Do úřadu po něm nastoupila jeho třetí manželka Isabel Perónová, která ale nedovedla čelit vzrůstajícím politickým problémům Argentiny, a to včetně levicových povstání a pravicových reakcí na ně. V březnu roku 1976 byl v Argentině proveden vojenský puč pod vedením generála Jorge Rafaela Videla, jež nastolil v rámci tzv. procesu národní reorganizace v podstatě bezprecedentní politiku státního terorismu. Toto období až do pádu Vidalovy vojenské diktatury (1976–1983) je nazýváno jako Špinavá válka ("Guerra Sucia").