В 1786 году на острове был создан карантинный дом, содержавшийся за счёт таможенных доходов. С началом русско-шведской войны (1788—1790) на Сескаре организовали военно-морской лазарет, связь которого с действующим флотом осуществляло госпитальное судно «Холмогоры». После Гогландского сражения русский флот — за исключением повреждённых кораблей и пленённого «Принца Густава», которые ушли в Кронштадт, — укрылся у Сескара. В мае 1790 года между Сескаром и Красной Горкой началось Красногорское сражение, длившееся 2 дня и закончившееся под Выборгом победой русской кронштадтской эскадры. Шведами командовал генерал‑адмирал Карл Зюдерманландский, русскими — вице‑адмирал Александр Круз. Вечером после первого дня сражения шведский флот чинился возле острова.