Am 17. Mai 2018 wurde er zum Präsidenten des spanischen Fußballverbandes gewählt. In einer seiner ersten Amtshandlungen verlängerte Rubiales den Vertrag mit dem A-Nationaltrainer Julen Lopetegui bis nach der Europameisterschaft, die zu diesem Zeitpunkt für 2020 geplant war. Nachdem Lopetegui am 12. Juni 2018 – drei Tage vor dem Auftaktspiel der Spanier bei der Weltmeisterschaft 2018 in Russland – von einer Ausstiegsklausel Gebrauch gemacht hatte, um zu Real Madrid zu wechseln, den Verband davon aber erst unmittelbar vor der Bekanntgabe informiert hatte, entließ er diesen einen Tag später und setzte den Sportdirektor des Verbandes, Fernando Hierro, als Trainer für die Weltmeisterschaft ein. Unter Hierro schied die Mannschaft nach einem 3:4 im Elfmeterschießen gegen den Gastgeber im Achtelfinale aus.