След края на клубния сезон Меси играе на юбилейния турнир Копа Америка Сентенарио. На 22 юни при победата с 4:0 над САЩ отбелязва своя 55-и гол като национал подобрявайки рекорда на Габриел Батистута (54 гола) за голмайстор на Аржентина. Меси завършва участието си на турнира с 5 отбелязани гола. На финала Аржентина губи след изпълнение на дузпи от Чили. Меси пропуска първата дузпа за своя отбор, като ударът му минава над вратата. На следващия ден (27 юни 2016 г.) Меси обявява, че повече няма да играе за отбора на Аржентина. По-късно през същата година Меси променя решението си.