Перед &lt;a href="%D0%A4%D0%9A%20%C2%AB%D0%91%D0%B0%D0%B2%D0%B0%D1%80%D0%B8%D1%8F%C2%BB%20%D0%B2%20%D1%81%D0%B5%D0%B7%D0%BE%D0%BD%D0%B5%202013/2014"&gt;сезоном 2013/14 года&lt;/a&gt; Бастиан перенёс операцию на лодыжке. 9 августа 2013 года он провёл свой 300-й матч в Бундеслиге, «Бавария» тогда победила дома мёнхенгладбахскую «Боруссию» со счётом 3:1. Впоследствии Швайнштайгер впервые выиграл Суперкубок УЕФА, «Бавария» обыграла «Челси» в серии пенальти, однако сам немец из-за травмы в этом матче так и не сыграл. В дальнейшем за свои выступления он был признан футболистом года в Германии. В ноябре 2013 года стало известно, что Швайнштайгера вновь прооперируют из-за продолжающихся проблем с лодыжкой. В начале февраля он вернулся к тренировкам с командой после проведённой операции. В конце марта Бастиан снова досрочно выиграл чемпионство с «Баварией». В первом матче четвертьфинала &lt;a href="%D0%9B%D0%B8%D0%B3%D0%B0%20%D1%87%D0%B5%D0%BC%D0%BF%D0%B8%D0%BE%D0%BD%D0%BE%D0%B2%20%D0%A3%D0%95%D0%A4%D0%90%202013/2014"&gt;Лиги чемпионов 2013/14&lt;/a&gt; против «Манчестер Юнайтед» Швайнштайгер забил гол и сравнял счёт (1:1), но позже был удалён с поля. Из-за травмы Бастиан пропустил финальный матч Кубка Германии 17 мая, где в дополнительное время «Бавария» со счётом 2:0 обыграла дортмундскую «Боруссию». Этот Кубок Германии стал седьмым для Швайнштайгера.