Skobelev osallistui Grodnon husaarirykmentin kornettina Puolan kapinan kukistamiseen 1863–1864 ja hänet kutsuttiin 1866 yleisesikuntakatemiaan. Hänet lähetettiin vuonna 1868 Taškentiin ja hän osallistui sotaretkiin Turkestanissa 1869 ja Kaukauksella 1870–1871. Kenraali Konstantin von Kaufmannin johtamalla sotaretkellä Hivan kaanikuntaa vastaan vuonna 1873 Skobelev johti pataljoonankomentajana venäläisten etujoukkoa. Kaufmannin kukistaessa vuonna 1875 Kokandin kaanikunnassa noussutta kapinaa Skobelev toimi ratsuväen komentajana ja valtasi tammikuussa 1876 tärkeän Andižanin kaupungin, mikä mahdollisti koko kaanikunnan miehityksen. Kun Kokand liitettiin helmikuussa 1876 osaksi Venäjän valtakuntaa nimellä Ferganan provinssi, kenraalimajuriksi ylennetty Skobelev nimitettiin sen ensimmäiseksi sotilaskuvernööriksi.