Με το ξέσπασμα του Β΄ Παγκοσμίου Πολέμου την 1η Σεπτεμβρίου 1939, η περιοχή ήταν μια σκηνή της Μάχης του Μπζούρα και μερικές μάχες σημειώθηκαν στην περιοχή του Γκουόβνο. Η πόλη καταλήφθηκε από την γερμανική Βέρμαχτ κατά τη δεύτερη εβδομάδα του Σεπτεμβρίου. Η ναζιστική γερμανική διοίκηση ιδρύθηκε και το Γκουόβνο έγινε μέρος της γερμανικής διοικητικής μονάδας γνωστής ως Γενικό Κυβερνείο. Κατά τη διάρκεια της κατοχής, στο Γκουόβνο σημειώθηκαν πολλές πράξεις πολωνικής αντίστασης από τον Εσωτερικό Στρατό, κ.α., συμπεριλαμβανομένης της παράνομης εκτέλεσης ενός Ρωμαιοκαθολικού ιερέα που εργάστηκε ως πληροφοριοδότης της ναζιστικής αστυνομίας. Τα ναζιστικά αντίποινα πήραν τη ζωή πολλών πολιτών, συμπεριλαμβανομένων εκείνων που δολοφονήθηκαν σε μαζικές εκτελέσεις στο νεκροταφείο της πόλης και στο εσωτερικό της γερμανικής αστυνομικής έδρας της πόλης, καθώς και στη διαβόητη φυλακή Πάβιακ της Βαρσοβίας. Πολλοί πολίτες αναγκάστηκαν να σε καταναγκαστική εργασία για τους Γερμανούς και μερικοί μεταφέρθηκαν σε διάφορα εργοστάσια και αγροκτήματα σε όλη τη Γερμανία.