После завершения войны в апреле 1940 года назначен командиром формирующегося 131-го истребительного авиаполка в Запорожье. С полком участвовал в Бессарабским походе РККА в июне-июле 1940 года. В ноябре 1940 года полковник Кондрат всё-таки убыл продлжать обучение в академии. В мае 1941 года он окончил оперативный факультет Военно-воздушной академии РККА имени проф. Н. Е. Жуковского. Тогда же в мае 1941 года назначен инспектором-лётчиком по технике пилотирования Управления ВВС Северо-Кавказского военного округа.