У 1608 році Маржерет повернувся в Московію і вступив на службу до Лжедмитрія II (Тушинського лиходія), а згодом — до польського короля Сигізмунда III. Під командуванням гетьмана Станіслава Жолкевського взяв участь в Клушинскій битві 24 червня 1610 року, в якій війська Василя Шуйського зазнали нищівної поразки. У березні 1611 року Маржерет брав участь в придушенні повстання москвичів проти інтервентів і в руйнуванні Москви. 19 березня, коли Гонсевский, під натиском князя Пожарського, відступив в Китай-Город, Маржерет наспів до нього на допомогу і відбив нападників. Восени 1611 Маржерет пішов до Польщі. У січні 1612 року він був уже в Гамбурзі, звідки просив у московського уряду дозволу прибути в Архангельськ, виявляючи готовність вступити на московську службу і битися з поляками. Підозрюючи, що його підсилає польський король Сигізмунд з будь-яким злим наміром, бояри поспішили зміцнити Архангельськ, а прохання Маржерета залишили без відповіді. На вторинну пропозицію йому послідувала різка відмова.