Em 1964 Zia tornou-se tenente coronel, em 1969 ascendeu à general de brigada e, em 1972, a general de divisão. Neste período, participou das Segunda (1965) e Terceira (1971) Guerras indo-paquistanesas. Ele também chegou a combater com o Exército Real da Jordânia durante a guerra civil nesse país - o "Setembro Negro" - contra militantes da OLP, tendo inclusive sido condecorado pelo rei Hussein. Em abril de 1975 foi promovido a tenente general e em 1 de março de 1976, o primeiro-ministro Zulfikar Ali Bhutto o nomeou chefe do Estado Maior do exército paquistanês.