Erst 2002 war es wieder soweit und der neue Trainer Mick McCarthy führte Irland zur WM-Endrunde nach Japan und Südkorea. Irland hatte – nicht zuletzt aufgrund der beständig guten Leistungen von Roy Keane – eine starke Qualifikation gespielt, war zu Hause unbesiegt geblieben und am Ende sogar vor den Niederlanden Gruppenzweiter gewesen. Im Laufe der ersten Trainingseinheit äußerte Keane Bedenken über das Quartier der Nationalmannschaft, überwarf sich mit Trainer McCarthy und reiste ab. Trotz der Abreise ihres Kapitäns und Superstars spielten die Iren eine gute Endrunde. Nach Niederlagen in der Frühphase der Qualifikation zur Euro 2004 gegen Russland (2:4) und die Schweiz (1:2) trat McCarthy im November 2002 zurück und Keane, der eine mögliche Rückkehr zuvor nicht ausgeschlossen hatte, feierte im April 2004 unter der neuen sportlichen Leitung von Brian Kerr gegen Rumänien ein Comeback. Die Rolle des Mannschaftsführers füllte jedoch weiter Kenny Cunningham aus und nachdem sich Irland für die Endrunde der WM 2006 in Deutschland nicht hatte qualifizieren können, verkündete Keane seinen endgültigen Rücktritt aus der Nationalelf. Insgesamt hatte er zwischen 1991 und 2005 insgesamt 67 Länderspiele bestritten und dabei neun Tore erzielt.