У 2014 року Ніколай Альго дебютував у складі національної збірної Фінляндії в товариському матчі зі збірною Оману. Пізніше тривалий час у збірну не викликався, і наступний матч у складі національної збірної зіграв 6 вересня 2020 року в рамках турніру Ліги націй УЄФА проти збірної Ірландії. Після цього Альго розпочав постійно залучатися до національної збірної, і в кінці травня 2021 року його включили до заявки збірної для участі в чемпіонаті Європи 2020 року.