Ab 1924 (dem Jahr der Königsberger Kant-Feier) gab die Gemeinde das "Königsberger Jüdische Gemeindeblatt" als Monatsschrift heraus. In der Zeit des Nationalsozialismus wurden die Juden entrechtet, enteignet und drangsaliert. Daher wanderten viele Juden aus. Die jüdische Bevölkerung sank von 3200 im Jahre 1933 auf 2100 im Jahre 1938. Nach dem 9. November 1938 konnten noch 500 Gemeindemitglieder die Stadt Königsberg verlassen. Im Oktober 1941 gelang Hugo Falkenheim als letztem Königsberger Juden die Flucht. Die übrigen Königsberger Juden wurden ermordet. Vom Güterbahnhof des Königsberger Nordbahnhofs fuhr am 24. Juni 1942 ein Zug nach Minsk mit deportierten Königsberger Juden, die in den Gruben bei Maly Trostinez ermordet wurden. 763 Königsberger Juden wurden nach Theresienstadt deportiert, von denen 59 bei der Befreiung des Lagers noch am Leben waren. Zu Beginn des Jahres 1944 lebten noch 60 jüdische Familien in der Stadt. Die wenigen Juden, die nach dem Zweiten Weltkrieg noch in Königsberg geblieben waren, wurden 1948 von den Sowjets zusammen mit den Deutschen vertrieben. Einer der letzten bedeutenden Abkömmlinge der Jüdischen Gemeinde Königsberg war Immanuel Jakobovits (1921–1999), der von 1967 bis 1991 als Oberrabbiner von Großbritannien amtierte.