Le , il quitte Dijon pour Nantes (Loire-Inférieure). Sous son mandat, le passage Pommeraye est construit et inauguré, la première pierre de la basilique Saint-Nicolas est posée. En revanche, le préfet échoue à sauvegarder la collégiale Notre-Dame dont il incitait la mairie à faire l'acquisition. Il est enfin promu le à la préfecture du Rhône, poste le plus important après la préfecture de Paris. Il se trouve à la préfecture de Lyon lorsqu'éclate la Révolution de février 1848. Chaper doit faire face aux révolutionnaires qui descendent de la colline de la Croix-Rousse. Tandis qu'à Paris le roi fuit, il sera le dernier préfet de la Monarchie de Juillet à quitter son poste, refusant de délaisser la préfecture avant d'avoir transféré le pouvoir aux nouvelles autorités représentées par Emmanuel Arago.