В конце 1999 года Пердомо перешёл на работу с мужской сборной Кубы, сначала в качестве менеджера, а затем — тренера. После женского чемпионата мира 2006, где кубинские волейболистки стали лишь седьмыми, Пердомо вновь возглавил женскую национальную команду, тренером в которой остался Хорхе. Тем самым был воссоздан дуэт, принесший в 1970—1990-х годах славу женскому кубинскому волейболу.