Im Oktober 1899 wurde Thomas Kelly-Kenny als Generalleutnant "(Lieutenant-General)" Oberkommandierender des Aldershot-Kommandos "(General Officer Commanding-in-Chief, Aldershot Command)", bekleidete dieses Kommando aber nur zwei Monate bis Dezember 1899. Während des darauf folgenden Zweiten Burenkrieges war er Kommandeur der dort eingesetzten 6. Division und nahm mit dieser an der Schlacht von Paardeberg ( 23. bis 27. Februar 1900) teil. Nach seiner Rückkehr wurde er zum General befördert und löste im Oktober 1901 General Evelyn Henry Wood als Generaladjutant des Heeres "(Adjutant-General to the Forces)" ab. Er hatte dieses Amt bis Februar 1904 inne und wurde daraufhin von General Charles Douglas abgelöst.