In 1988 werd hij in de Nationale Verzoeningscommissie benoemd, die een einde moest maken aan de Guatemalteekse Burgeroorlog en de verantwoordelijken voor de daarin begane gruweldaden moest opsporen. Later leidde hij de Rooms-katholieke commissie tot 'Herstel van het het Historisch Geheugen' (REMHI), die in 1998 met het overvloedig-gedocumenteerde eindrapport "" (Guatemala: nooit meer) naar buiten trad, waarin de regering en het leger als de verantwoordelijken werden aangewezen voor het overgrote deel van de begane oorlogsmisdaden. Twee dagen later, op 26 april 1998, werd de bisschop in de garage van het parochiehuis bij de kerk van San Sebastián, in het centrum van Guatemala-Stad, doodgeslagen. Zijn lichaam was zo zwaar verminkt dat het slechts dankzij de bisschoppelijke ring geïdentificeerd kon worden.