Po raz pierwszy na arenie międzynarodowej Janis Morweiser pojawił się w 2 września 2007 roku, kiedy wystartował w zawodach juniorów w Einsiedeln. Zajął wtedy 60. miejsce w sprincie. W lutym 2009 roku wystartował na mistrzostwach świata juniorów w Štrbskim Plesie, gdzie zajął piąte miejsce w zawodach metodą Gundersena. Największe sukcesy w tej kategorii wiekowej osiągnął podczas mistrzostw świata juniorów w Hinterzarten w 2010 roku, gdzie w drużynie zdobył złoty, w Gundersenie srebrny, a w sprincie brązowy medal. Brał także udział w mistrzostwach świata juniorów w Otepää w 2011 roku, ale medali nie zdobył.