764年（天平宝字8年）、恵美押勝の乱で亡くなった人々の菩提を弔うと共に、鎮護国家を祈念するために、称徳天皇が『無垢浄光大陀羅経』の説くところによって制作された。『続日本紀』宝亀元年（770年）四月二十六日条に、完成した百万塔を諸寺に納めたことが記されている。この諸寺とは、大安寺・元興寺・興福寺・薬師寺・東大寺・西大寺・法隆寺・弘福寺（川原寺）・四天王寺・崇福寺の十官寺を指す。このうち、元興寺・薬師寺・法隆寺・興福寺・東大寺・西大寺の六寺には、「小塔院」と呼ばれる、百万塔などを納める堂宇も建立された。