No início de 1942, várias formações de bombardeiros norte-americanos operaram sob o controlo da Área de Comando Nordeste, incluindo os A-24 Banshees do Esquadrão de Bombardeamento N.º 8 a partir de Port Moresby, e bombardeiros B-17 Flying Fortress do Esquadrão de Bombardeamento N.º 435 (inicialmente conhecido por "Esquadrão Canguru") a partir de Townsville. No dia 20 de Abril, a autoridade operacional de todas as infraestruturas de combate da RAAF, incluindo as áreas de comando, foi investida no recém-estabelecido Quartel-general das Forças Aéreas Aliadas, sob o comando da Área do Sudoeste do Pacífico. Um resultado desta reestruturação foi a inclusão de pessoal da USAAF nos quartéis-generais das áreas de comando da RAAF. De acordo com a história oficial da RAAF, embora isto tenha sido "mais um gesto diplomático do que um método prático de organização bélica", criou as condições necessárias para que os militares de ambas as forças aéreas se pudessem acostumar uns aos outros e "na Área de Comando Nordeste, por exemplo, a atmosfera era alegre e o pessoal extremamente cooperativo uns com os outros". Depois da Batalha do Mar de Coral em Maio, as unidades da RAAF deixaram de operar sob o comando da RAAF na Área de Comando Nordeste e passaram a ser comandadas directamente por comandantes seniores norte-americanos a partir do quartel-general das Forças Aéreas Aliadas.