Nell'estate del 2013 entra nello staff della nazionale maggiore guidata da Ján Kozák, con cui arriva a disputare EURO 2016; nell'ottobre del 2018, dopo le dimissioni dello stesso Kozák, assume il ruolo di allenatore "ad interim" per la partita contro la Svezia. Lascia il posto a Pavel Hapal, assumendo il ruolo di direttore tecnico della nazionale stessa prima di farne ritorno sulla panchina in seguito al licenziamento nell'ottobre 2020 dello stesso Hapal, riuscendo a qualificare la nazionale ad EURO 2020 dopo gli spareggi. Il cammino nella fase finale della competizione con la nazionale slovacca si ferma ai gironi: la vittoria con la Polonia e la doppia sconfitta con Svezia e Spagna, valgono il 3º posto nel Gruppo E, ma la differenza reti la piazza all'ultimo posto nel raffronto tra le terze classificate non permettendone il ripescaggio.