К концу своего второго президентского срока Джефферсон и его секретарь Казначейства Альберт Галлатин сократили государственный долг США до 560 миллионов долларов, но для этого сократили государственный аппарат, а также численность регулярной армии и флота. Тем не менее, в годы правления Джефферсона США вели войну в Африке (первую берберийскую, за которой в 1815 г. последовала ещё и вторая берберийская война).