Флотом проводилась эвакуация баз и изолированных группировок советских войск. В частности — эвакуация из Таллина в Кронштадт 28—30 августа, из Ханко в Кронштадт и Ленинград 26 октября — 2 декабря, из района сев.-зап. побережья Ладожского озера в Шлиссельбург и Осиновец 15—27 июля, с о. Валаам в Осиновец 17—20 сентября, из Приморска в Кронштадт 1—2 сентября 1941 года, с островов Бьёркского архипелага в Кронштадт 1 ноября, с островов Гогланд, Большой Тютерс и др. 29 октября — 6 ноября 1941 года. Это позволило сохранить личный состав — до 170 тысяч человек — и часть военной техники, частично вывезти гражданское население, усилить войска, оборонявшие Ленинград. Из-за неподготовленности плана эвакуации, ошибок в определении маршрутов следования конвоев, отсутствия прикрытия с воздуха и предварительного траления, вследствие действия авиации противника и гибели судов на своих и немецких минных полях имелись тяжёлые потери.