W maju 1801 roku, po zakończeniu konfliktu, „Philadelphię” wysłano na Morze Śródziemne, jako część pierwszej amerykańskiej eskadry patrolującej wody wokół wybrzeża Berberii. W lipcu 1802 okręt powrócił do Ameryki, gdzie pozostawał zacumowany w porcie do maja roku następnego. Wówczas wysłano go ponownie na Morze Śródziemne, gdzie w trakcie I wojny berberyjskiej odbił z trypolitańskich rąk bryg „Cecilia” i rozpoczął blokadę miasta.