Wieś została założona w 1550 roku na prawie wołoskim w dobrach zamku dobczyckiego. Niegdyś wydobywano tu rudę żelaza. W XVII w. wieś została spustoszona w czasie walk powstań kuruców oraz licznych powodzi. W okresie międzywojennym pracowały tu tartaki kuźne i folusze. Okolice Wiśniowej i sąsiednich wsi (Lipnik, Zasań, Glichów) były we wrześniu 1944 r. terenem walk oddziałów partyzanckich z Niemcami. 17–18 września okupant niemiecki dokonał pacyfikacji Wiśniowej, w której zamordowano 76 osób (w tym ok. 17 dzieci w wieku od 1 do 9 lat). W listopadzie i grudniu 1944 r., miejscowa ludność ocalała z masakry, była zmuszana do kopania okopów w pobliskim Szczyrzycu i dodatkowych dostaw zboża i ziemniaków (poza obowiązkowymi kontyngentami) dla wojska niemieckiego.