Gonçalves chegou à seleção brasileira em 1996, graças às suas boas atuações pelo Botafogo. Estreou pela seleção em um amistoso contra a Rússia. Pela seleção, foi campeão da Copa América de 1997 e da Copa das Confederações de 1997. Nesta segunda, teve que raspar seus longos cabelos na semifinal, quando toda a seleção entrou em campo com a cabeça raspada. Na Copa América, Gonçalves foi titular em quase todos os jogos; já na Copa das Confederações, foi reserva e só jogou a semifinal. Também disputou pela seleção a Copa do Mundo de 1998, na França, em que o Brasil foi vice-campeão. Na Copa do Mundo, foi reserva e participou de dois jogos: na derrota para a Noruega, na primeira fase, onde atuou como titular; e na fácil vitória sobre o Chile, nas oitavas-de-final, quando entrou no lugar de Aldair no segundo tempo. Depois da Copa do Mundo, não foi mais convocado para a seleção. Ao todo, Gonçalves jogou 24 partidas pela seleção brasileira e marcou um único gol, num amistoso contra os Países Baixos em 1996.