Das Bahnhofsgebäude wurde am 5. September 1939 bei mehreren Bombenangriffen der deutschen Luftwaffe auf Warschau getroffen. Bei den Angriffen wurden neben Zivilisten auch eine Gruppe von im Sanitätsdienst eingesetzten Pfadfinderinnen getötet; ihnen ist ein Gedenkstein an der "ul. Kijowa" gewidmet. Während der Besatzungszeit im Zweiten Weltkrieg als "Bahnhof Warschau-Ost" genutzt, wurde er bei Kämpfen 1944 endgültig zerstört. Nach dem Krieg wurden die Ruinen abgerissen.