കുഞ്ഞി തങ്ങൾ,പാലക്കാം തൊടി അബൂബക്കർ മുസ്ലിയാർ , ചെമ്പ്രശ്ശേരി തങ്ങൾ, ആലി മുസ്ലിയാർ തുടങ്ങിയവരുടെ കൊലകൾ മുസ്ലിയാർക്ക് കനത്ത ആഖാതമായി. മലബാർ കലാപം ടിയാനെ പുനർവിചിന്തനത്തിനു പ്രേരിപ്പിച്ചു. ഇതോടെ കലാപാനന്തരം കോൺഗ്രെസ്സുമായി അകലം വെക്കുകയും, മത മണ്ഡലത്തിൽ മാത്രമായി പ്രവർത്തമൊതുക്കുകയും ചെയ്തു. നല്ലളം, മണ്ണാർക്കാട് എന്നിവിടങ്ങളിലെ അധ്യാപനത്തിനു ശേഷം 1925 ൽ വാഴക്കാട് പ്രധാന അധ്യാപകനായി വീണ്ടും ചുമതലയേറ്റെടുത്തു. അവിടെ വെച്ചായിരുന്നു മരണവും