La Guerra de los Mil Días se desarrolló entre 1899 y 1902 como reacción al gobierno conservador durante la presidencia de Manuel Antonio Sanclemente y José Manuel Marroquín; la guerra, la posterior quiebra del país y el interés económico de Estados Unidos terminó en la separación de Panamá en 1903. Finalizada la guerra fue elegido Rafael Reyes (1904-1909), quien disolvió el Congreso en 1905 y lo reemplazó por una Asamblea Constituyente que le otorgó poderes dictatoriales. Durante su gobierno se normalizó el orden interno, se estabilizó la economía y se inició un proceso de industrialización y modernización del estado. En la década de 1920 se presentan hechos de violencia política como la Masacre de las Bananeras en 1928, llega la aviación al país y surgen los movimientos populares campesinos, obreros e indígenas. En 1930, por primera vez desde 1886, es decir 44 años después, un liberal ganó las elecciones presidenciales. Con Enrique Olaya Herrera (1930-1934) se inició el periodo en el que los liberales ejercieron el poder durante 16 años continuos. Durante su gobierno se dio la guerra contra Perú, originada en 1932 cuando un grupo de peruanos se tomaron la ciudad de Leticia en el Amazonas. Aunque Colombia fortaleció su flota militar, el conflicto no se soluciona en el campo de batalla sino a través de la vía diplomática por medio del Protocolo de Río de Janeiro (1934) que puso fin al diferendo limítrofe. El primer gobierno de Alfonso López Pumarejo se denominó 'la revolución en marcha' y fue una constante de reformas.