През пролетта на 1943 година по решение на Югославската народна освободителна армия комунистите създават Националноосвободителна армия, която има два отделни щаба — един за старата територия на Албания, оглавен от Енвер Ходжа, и друг за Косово, начело с Фадил Ходжа. И двата щаба са поставени под надзора на Светозар Вукманович. През лятото на 1943 година Националноосвободителния фронт и Бали Комбътар се споразумяват за общи действия и създаване на съвместен Комитет за спасение на Албания. Споразумението се обявява за независима Албания в граници, съответстващи на националното самоопределение на населението. По тази причина и под югославски натиск малко по-късно комунистите се оттеглят от него, а през есента монархистите напускат Националноосвободителния фронт. Комунистите продължават да имат голямо влияние в южна Албания. През лятото на 1944 г. партизаните изземат инициативата и в края на юли те отново заемат големи площи в централните и северни части на страната. През есента българската армия организира специална операция срещу войски на Третия райх в Косово. Проведена е в периода 21 октомври - 21 ноември 1944. Целта ѝ е да се прекъсне пътя на оттеглящите се от Гърция група армии „Е“ на Вермахта. Настъплението на българската армия е подкрепено от Югославските народоосвободителни войски, както и от Албанската народноосвободителна войска, които преграждат пътищата на отстъпление на германските войски и балистите. До 22 ноември хитлеристките войски се изтеглят и в ръцете на българската армия попада Прищина.