San Franciscon maanjäristys 1906 tuhosi sekä kartanon että koulun. Uusi koulu valmistui vuodenkuluttua kartanon entiselle paikalle ja sai uuden nimen San Francisco Institute of Art. Vuonna 1916 SFAA sulautui yhteen San Francisco Society of Artistsin kanssa, ja sen johtoon tuli San Francisco Museum of Modern Art, joka silloin sijaitsi Panama-Pacific International Exposition jääneessä Palace of Fine Artsissa. Koulu sai jälleen uuden nimen California School of Fine Arts (CSFA). Vuonna 1926 koulu siirtyi San Franciscossa nykyiseen paikkaansa osoitteeseen 800 Chestnut Street. Vuonna 1961 se sai vihdoin nykyisen nimensä San Francisco Art Institute.