バーリは古代にはバリウムと呼ばれた。もとは古代ギリシャの植民都市で、後にローマ帝国の商業の中心地となった。その後はランゴバルド族、東ローマ帝国（イスラムからの攻撃を防ぎきれないランゴバルドの要請で879年にビザンツが攻略した）の支配を受けた。1071年、ノルマン人によって征服されたことで、東ローマ帝国の南イタリア支配が終わり、12世紀前半に成立したシチリア王国の統治下におかれた。第二次世界大戦中はイタリア海軍の主要な基地となったが、1943年9月には連合国軍に占領された。同年12月2日にドイツ空軍によって空襲が行われ、港湾施設などに多大な被害を受けた。