Depois disso, Berthier juntou-se ao seu chefe no Egito, servindo lá até o retorno de Napoleão. Ele ajudou no Golpe de 18 de Brumário (9 de novembro de 1799), depois se tornando Ministro da Guerra por um tempo. Durante a Batalha de Marengo, Berthier foi o chefe nominal do Exército da Reserva, mas o primeiro cônsul acompanhou o exército e ele atuou na realidade, como sempre, como chefe do Estado-Maior de Napoleão.