La companyia operava el canal fins a la seva nacionalització pel president d'Egipte Gamal Abdel Nasser el 1956, que va conduir a la Crisi de Suez. Després de la nacionalització el patrimoni de la companyia fou transferit a l'Autoritat del Canal de Suez ("Suez Canal Authority"). La societat expropiada va rebre importants indemnitzacions, ja que tenia la concessió fins al 1968, llavors es va rebatejar com "Compagnie financière de Suez" (1958) i es va reconvertir participant en inversions en múltiples sectors de l'economia. El 1962, Egipte va fer els seus pagaments finals pel canal a la Companyia Universal del Canal de Suez i va prendre el control total del Canal.