30. července 2016 podepsal Ben Yedder pětiletou smlouvu se španělským klubem Sevilla FC za údajný poplatek za přestup ve výši 9 milionů euro. Poté, co 9. srpna, v utkání Superpoháru UEFA zůstal na lavičce náhradníků, debutoval o pět dní později, když v 61. minutě prvního utkání španělského superpoháru s Barcelonou nahradil Luciana Vietta. Dne 20. srpna se objevil v základní sestavě ve svém prvním zápase La Ligy proti RCD Espanyol a na stadionu Ramóna Sáncheze Pizjuána vstřelil gól při vítězství 6:4.