Poco después de estas victorias, un estudiante sirio, Suleiman al-Halabi, fanático religioso, asesinó a Kléber en los jardines de su residencia en El Cairo el 14 de junio de 1800, el mismo día en el que su viejo amigo y camarada Desaix caía muerto en la Batalla de Marengo. Las ceremonias fúnebres fueron organizadas por Nicolas-Jacques Conté y el ingeniero en jefe Jacques-Marie Le Pére, y tuvieron lugar el 17 de junio delante del "Instituto de Egipto". El secretario perpetuo del Instituto, Jean-Baptiste Joseph Fourier, amigo y colaborador del General Kléber, pronunció el elogio fúnebre. Poco tiempo después los franceses capitularon y Kléber fue exhumado de su tumba en El Cairo para repatriar su ataúd junto con 13.500 soldados y egipcios que habían colaborado en la expedición. El asesino fue torturado y juzgado por un tribunal islámico que lo condenó a empalamiento. El cirujano en jefe del ejército de Oriente, Dominique-Jean Larrey, conservó el cadáver del asesino del general, que se transportó a Francia con fines científicos.