Od 1921 kościół i klasztor jest własnością salezjanów i siedziba niższego seminarium duchownego Towarzystwa Salezjańskiego. Salezjanie dokonali restauracji zniszczonych zabudowań klasztoru adaptując je na cele dydaktyczne. W latach okupacji Salezjanie zostali zmuszeni do opuszczenia klasztoru a kościół zamknięto. 1939–1941 mieścił się tu hitlerowski obóz przejściowy dla księży, głównie z diecezji włocławskiej. Wśród 152. więźniów lądzkiego obozu był ks. biskup Michał Kozal oraz wspólnota salezjanów z Lądu, z ks. dyrektorem Franciszkiem Miśką na czele. Większość więzionych księży i kleryków wywieziono z Lądu do obozu zagłady w Dachau, gdzie wielu z nich poniosło śmierć. Z tego grona, oprócz ks. bpa Michała Kozala, Jan Paweł II beatyfikował: ks. Henryka Kaczorowskiego, ks. Franciszka Drzewieckiego, ks. Józefa Straszewskiego, ks. Michała Oziębłowskiego i ks. Michała Woźniaka oraz alumnów seminarium włocławskiego: kl. Tadeusza Dulnego i kl. Bronisława Kostkowskiego. Obecnie trwa proces beatyfikacyjny sługi bożego ks. Franciszka Miśki. Po likwidacji obozu w klasztorze znalazł się ośrodek Hitlerjugend.