Siden det finnes svært lite flatmark, blir mange åser og fjellsider oppdyrket helt til toppen. Ettersom Japan befinner seg i et vulkansk område langs stillehavsdypet, og har 110 aktive vulkaner, kan en registrere hyppige, svake jordskjelv og tidvis vulkansk aktivitet på øyene. Varme kilder er tallrike, og har med betegnelsen Onsen blitt utviklet som kurbad og ferietilbud. Ødeleggende jordskjelv inntreffer flere ganger hvert århundre, og resulterer ofte i veldige flodbølger ("tsunami"). Den 11. mars 2011 klokken 14:46 lokal tid, ble Japan utsatt for et jordskjelv som ble målt til en styrke på 9,0 MW.