Ağustos 2016'da Çerçesov, 2018 FIFA Dünya Kupası'na kadar iki yıllık bir sözleşme ile Rusya'nın yeni baş antrenörü seçildi. Çerçesov liderliğindeki millî takım 31 Ağustostaki ilk maçlarında Türkiye ile 0-0 berabere kaldı. 10 Kasım'da Katar millî takımına karşı 1-2 mağlup oldu. Daha sonra ise Suudi Arabistan'ı 5-0, Mısır'ı 3-1 ve İspanya'yı 1-1 (pen. 4-3) yenerek 1970'ten beri ilk kez çeyrek finale yükseldi. SSCB'nin çöküşünden bu yana, Pavel Sadırin, Oleg Romantsev, Georgi Yartsev ve Leonid Slutski'nin başaramadığını başararak Rusya'yı ikinci kez büyük bir turnuvanın eleme aşamasına kadar getiren ilk Rus teknik direktör oldu. 27 Temmuz 2018'de Rus millî takımıyla iki yıllık bir dönem için uzatma seçeneği ile yeni bir sözleşme imzaladı. 12 Mart 2020'de sözleşme 30 Aralık 2022 tarihine kadar uzatıldı. 2022 FIFA Dünya Kupası'nda Rusya'nın eleme aşamasına geçmeye hak kazanması hâlinde sözleşme 31 Temmuz 2024'e uzatılacak.