В 2003—2004 годах — главный редактор газеты «Известия». Уволен после выпуска газеты от 5 сентября 2004 года, посвящённого теракту в Беслане. Ещё 2 сентября «Известия» первыми назвали число заложников в 1200 человек (вопреки официальной версии в 350), дали репортаж о штурме и его последствиях, оценили освещение бесланских событий на ТВ (колонка Ирины Петровской). Номер был сделан без заголовка, только крупные фото в плакатной стилистике. На следующий день после выхода номера Шакиров был уволен из «Известий» по настоянию президентской администрации.