Начавшаяся вскоре вторая война с Наполеоном увлекла опять Нейдгардта на театр военных действий; в корпусе генерала Буксгевдена он направился в Пруссию, состоя при начальнике 14-й дивизии генерале Анрепе. После гибели последнего в сражении при Морунгене, Нейдгардт был причислен к главной квартире и состоял при Беннигсене. Находясь 22 января 1807 г. в сражении под Янковым, Нейдгардт принял затем горячее участие в сражениях 26 и 27 января при Прейсиш-Эйлау; за отличие в последнем сражении был награждён орденом св. Владимира 4-й степени.