Nathan Horton commence sa carrière junior avec les Generals d'Oshawa de la Ligue de hockey de l'Ontario en saison 2001-2002. Lors du repêchage d'entrée dans la Ligue nationale de hockey de 2003, les Panthers de la Floride en font leur premier choix, le troisième joueur au total après Marc-André Fleury et Eric Staal. Il commence sa carrière professionnelle lors de la saison 2003-2004 alors qu'il joue avec les Panthers une cinquantaine de rencontres. L'année suivante, Horton rejoint le Rampage de San Antonio de la Ligue américaine de hockey en raison du "" qui annule la saison 2004-2005 dans la LNH.