Con la maglia dei Peterborough Petes Pronger giocò 155 incontri, segnando ben 48 reti e fornendo ai compagni 140 assist, per un totale di 188 punti, dimostrando buone attitudini offensive pur essendo un difensore. Nell'estate del 1993 prese parte all'NHL Entry Draft, dove fu scelto in seconda posizione assoluta dagli Hartford Whalers, dietro solo all'attaccante degli Ottawa Senators Alexandre Daigle, il quale dichiarò "Sono felice di essere stato scelto per primo, perché nessuno si ricorda del numero due."