شاپر به اس‌اس پیوست و در ۲۰ آوریل ۱۹۳۵ به درجه "اس‌اس-اونتراشتورمفورر" ارتقا یافت. سپس در ۲۰ آوریل ۱۹۳۷ به درجه "اس‌اس-اوبراشتورمفورر" دست یافت. پیش از تهاجم ۱۹۳۹ به لهستان، شاپر در دفاتر اصلی اس دی آلمان نازی کار می‌کرد. در طی اشغال لهستان، شاپر فرمانده یکی از آینزاتس‌گروپ‌ها با نام "Kommando SS Zichenau-Schröttersburg" بود، که یکی از پنج تشکیلات اینچنینی به‌شمار می‌رفت که در شرق لهستان ایجاد شده و متشکل از ۵۰۰ تا ۱۰۰۰ تن از اعضای اس‌اس و گشتاپو بود. شاپر در منطقه پوتسک (تغییر نام یافته به شروترزبورگ) که توسط کنت فان در گروبن اداره می‌شد، فعالیت داشت. ارشد او "اس‌اس-اشتورمبانفورر" هارتموت پولمر، رئیس گشتاپو مستقر در چیخانوف (تغییر نام یافته به زیخِناو) بود.