Fu fondata dallo zar Pietro il Grande (1682-1725) nel 1704, l'anno dopo aver strappato l'isola di Kotlin agli svedesi, il quale affidò la costruzione della fortezza a Domenico Trezzini. Nei secoli, è stata sede di un'accademia militare navale e teatro di molti fatti storici, per esempio la visita dei francesi nell'estate 1891 ricevuti da Alessandro III (1881-1894), poco prima dell'alleanza franco-russa, e altre vicende legate alla rivoluzione russa e a quella d'ottobre. Durante i mesi di febbraio e marzo 1921, Kronštadt è stata il focolaio di una rivolta diretta dal suo soviet in contrapposizione all'accentramento del potere nelle mani dei bolscevichi dopo la rivoluzione d'ottobre.