Батько Зигмунта, Стефан Щотковський ще юнаком разом з матір'ю підтримували січневих повстанців, за що Щотковські були покарані втратою маєтку, а він сам був відправлений в 1864 вглиб Російської імперії. У 1867 приїхав до Варшави і одружився тут. Невдовзі захворів на туберкульоз і помер у 1879, коли його синові було два роки.