Alisson edusti Brasilian alle 17-vuotiaiden maajoukkuetta vuoden 2009 ikäluokan MM-kilpailuissa, joissa hän pelasi kolmessa ottelussa. Brasilian jalkapallomaajoukkueessa Alisson debytoi lokakuussa 2015 MM-karsintaottelussa Venezuelaa vastaan. Hän pelasi Brasilian kaikki kolme ottelua Copa Américassa 2016, viisi ottelua MM-kilpailuissa 2018 sekä kuusi ottelua Brasilian mestaruuteen päättyneessä Copa Américassa 2019.