A poc a poc va anar apropant-se a la causa pro-palestina, Khoury va viatjar a Jordània durant el 1970 on va visitar un camp de refugiats palestins. Just llavors s'allistà a Al-Fatah, organització integrada a l'OAP. Durant el Setembre Negre de Jordània de 1970 es veié obligat a deixar Jordània per a viatjar fins a París on seguí amb els seus estudis d'història i sociologia fent un màster a l'École Pratique des Hautes Études, i on acabà fent la tesi sobre la Guerra Civil del Liban del 1860. Quan retornà de la seua estada a París combaté a la Guerra Civil del Líban del 1975, al bàndol d'Al-Fatah, durant aquesta guerra fou ferit greument i perdé la vista temporalment.