W 1283 roku należało do Bartłomieja z Poznania, któremu Przemysł II w zamian dał 4 łany na Winiarach i 5 jatek w Poznaniu. W 1311 roku Łodzic Wojciech z Krosna zastawił je biskupowi poznańskiemu Andrzejowi Zarembie. Ponieważ Wojciech w ciągu trzech lat zobowiązania swojego nie wykonał, Żabikowo pozostało własnością biskupa. W 1508 roku wieś posiadała 12 siedzib chłopskich, młyn i dwie karczmy. W 1564 roku zanotowano dwa stawy, przy każdym młyn o jednym kole korzecznym. W 1796 roku na skutek zarządzonej przez zaborcę konfiskaty dóbr kościelnych, Żabikowo stało się własnością Rządu Pruskiego. Wieś liczyła wtedy 10 gospodarstw (2 kmiece, 2 półrolnicze, 6 chałupników) odprawiających pańszczyznę na rzecz dworu w Komornikach. Wykorzystując złoża gliny tworzy się cegielnie: Królewską (początek XIX wieku) oraz Suwalskiego i Fechnera (przełom XIX i XX wieku). Z inicjatywy Augusta Cieszkowskiego utworzono w Żabikowie działającą w latach 1870–1877 Wyższą Szkołę Rolniczą. W pierwszych latach XX w., w celu wzmocnienia żywiołu niemieckiego, powstaje popierane przez władze pruskie osiedle z rynkiem (obecnie plac bł. E. Bojanowskiego). W czasach II Rzeczypospolitej siedziba gminy. We wrześniu 1942 roku zaczęto budowę obozu karno-śledczego, w którym do końca okupacji zginęło kilkuset Polaków.