Nel maggio 2004 Nikolaidis formò un consorzio di imprenditori che acquistò l'AEK Atene salvando la società, che aveva molti problemi economici, dalla bancarotta. Nikolaidis si rititò dal calcio giocato dopo l'Europeo 2004, a 31 anni, e divenne presidente dell'AEK Atene. Rimase in carica per 4 anni, fino al 2 novembre 2008, quando si dimise.