На международном уровне Баллак играл на чемпионате Европы в 2000, 2004 и 2008 годах и чемпионате мира в 2002 и 2006 годах. Главный тренер сборной Германии Юрген Клинсманн назначил Баллака капитаном сборной в 2004 году, немец пробыл им 6 лет — до 2010 года.