После военного переворота 15 января 1966 года (непосредственные причины переворота были связаны с общенациональным разочарованием в коррумпированности руководства страны, а также с его неспособностью поддерживать закон и порядок и гарантировать безопасность жизни и имущества), организованного южанами и выходцами с востока страны (в основном из народности игбо) и свергнувшего гражданское правительство (премьер-министр, ряд министров и видные старшие офицеры северного происхождения были убиты, сам Я. Говон в это время был за границей), с января 1966 года — начальник штаба нигерийской армии (самый молодой в истории Нигерии).