Наполеон Бонапарта је у државном удару 18. бримера збацио власт Директоријума (1799). Следеће године поставио је Карноа за министра рата. Карно је обављао своју функцију у време битке код Маренга. Противио се идеји да Наполеон именује своје синове за наследнике сматрајући да ће тиме његова власт постати деспотска. Након Наполеоновог крунисања за цара (1804), повлачи се из јавног живота. Вратио се у политички живот после Наполеоновог катастрофалног пораза у Русији. Водио је одбрану Антверпена од снага Шесте коалиције. Предао га је на захтев грофа Артоа, млађег брата Луја XVIII и каснијег краља Карла X.