1995 erreichte Vernerová bei den Europameisterschaften in Birmingham das Halbfinale, belegte aber nach Niederlagen gegen Jenny Gal aus den Niederlanden und Catherine Fleury-Vachon aus Frankreich nur den fünften Platz. Bei den Weltmeisterschaften in Chiba bezwang sie die Japanerin Yuko Emoto, schied dann aber gegen Yael Arad aus Israel aus. 1996 unterlag sie bei den Europameisterschaften in Den Haag der Belgierin Gella Vandecaveye im Viertelfinale und schied dann in der Hoffnungsrunde aus. Bei den Olympischen Spielen 1996 in Atlanta verlor sie ihren Auftaktkampf nach 1:43 Minuten gegen die Venezolanerin Xiomara Griffith. Ihre erste Medaille bei internationalen Meisterschaften in der Erwachsenenklasse gewann Michaela Vernerová bei den Europameisterschaften 1997 in Ostende. Sie erreichte das Finale mit einem Sieg über die Polin Irena Tokarz, im Finale unterlag sie Gella Vandecaveye. Bei den Weltmeisterschaften in Paris scheiterte sie in der ersten Runde an der Ukrainerin Alla Klimovich.