V novembrových dňoch roku 1989 bol jedným z komunistických politikov, ktorí odmietli situáciu riešiť násilím. Po novembrových udalostiach roku 1989 Husák vymenoval 10. decembra 1989 „vládu národného porozumenia“ pod vedením Slováka Čalfu a vzápätí abdikoval z funkcie prezidenta republiky. V konečnom dôsledku tým napomohol k zvoleniu Havla za prezidenta a poškodil Dubčekovi. Husák by podľa Čalfovho názoru „nebol prežil, aby sa po ňom Dubček stal prezidentom. On by sa hádam nebol ani vzdal, keby bol Dubček ako oficiálny kandidát“.