W momencie wybuchu II wojny światowej okręt pełnił służbę na Morzu Śródziemnym, wchodząc w skład 14. dywizjonu 2. Flotylli okrętów podwodnych w Oranie. Dowódcą jednostki był w tym okresie kpt. mar. P.C. Ropers. W czerwcu 1940 roku okręt nadal stacjonował w Oranie. Jednostka uczestniczyła w tym miesiącu w patrolowaniu rejonu Gibraltaru. Po zawarciu zawieszenia broni między Francją a Niemcami „Danaé” znalazła się pod kontrolą rządu Vichy (rozbrojona w Oranie). Na przełomie 1941 i 1942 roku okręt został wycofany z czynnej służby. 8 listopada 1942 roku, podczas lądowania Aliantów w Afryce Północnej, okręt (wraz z bliźniaczym „Ariane”) stacjonował w Oranie, znajdując się w doku pływającym. Następnego dnia, aby uniknąć zdobycia przez Aliantów, na rozkaz wiceadmirała Rioulta okręt został samozatopiony wraz z dokiem.