Questa posizione lo portò a contribuire ai piani d'espansione per l'Oceano Pacifico nonché alla stesura delle successive operazioni una volta iniziata la guerra contro gli Alleati. Pessimista per natura e reso ancor più cupo dalla perdita della consorte, Ugaki non credette mai che l'Impero giapponese potesse vincere gli Stati Uniti. Dopo la morte dell'ammiraglio Yamamoto nell'aprile 1943, lasciò il posto di capo di stato maggiore e per diverso tempo prestò servizio allo stato maggiore, ottenendo inoltre la promozione a viceammiraglio. All'inizio del 1944 fu scelto per comandare la 1ª Divisione corazzate, comprendente anche la grande : condusse la formazione nelle battaglie del mare delle Filippine (giugno) e del Golfo di Leyte (ottobre). Nel febbraio 1945 fu trasferito al comando della 5ª Flotta aerea e si occupò di estendere sistematicamente la tattica degli attacchi "kamikaze", che caratterizzarono la disperata battaglia di Okinawa (aprile-giugno). Al momento della resa del Giappone il 15 agosto, Ugaki s'impossessò di un aereo per schiantarsi su una nave statunitense, non volendo sopravvivere alla fine dell'Impero nipponico; tuttavia fu abbattuto nei cieli di Okinawa prima che potesse realizzare l'ultimo attacco kamikaze della guerra.