Nachdem Pershing vier Jahre in dem südostasiatischen Land verbracht hatte, erhielt er im Dezember des Jahres 1913 den Befehl, die Leitung der 8. US-Infanteriebrigade im Presidio von San Francisco zu übernehmen. 1916 erhielt er den Oberbefehl über die Truppen der Strafexpedition, die ausgesandt wurde, um den mexikanischen Revolutionär Pancho Villa zu fassen. Während seiner Zeit in Mexiko kamen Pershings Frau und seine drei Töchter bei einem Hausbrand ums Leben; lediglich sein Sohn Warren überlebte.