Позиция португальцев была выбрана неудачно: в тылу у них оказались реки, уровень которых сильно повышается во время прилива. Армия Себастьяна образовала огромное каре посреди равнины. Стакли с итальянцами и испанцами занял место на левом фланге. В ходе многочасовой битвы португальцам, несмотря на яростные атаки, не удалось сломить сопротивление противника; сами они были окружены марокканской кавалерией. Стакли погиб: по одной версии, был убит в начале битвы пушечным ядром, оторвавшим ему ноги, по другой — убит собственными солдатами-итальянцами, окончательно деморализованными и утратившими доверие к своему командиру. Битва завершилась разгромом португальцев и их союзников, король погиб, не оставив наследника, а его страна в скором времени на 60 лет утратила независимость.