Während der deutschen Besetzung Polens wurde ein Verbot, in polnischer Sprache zu predigen, verhängt. Drapiewski widersetzte sich wiederholt dieser Anordnung und wurde am 10. Mai 1940 verhaftet und sechs Tage später ins KZ Dachau überstellt. Von dort aus führte sein Leidensweg über das KZ Gusen nach Mauthausen. Dort wurde er zur Zwangsarbeit gezwungen und musste im Steinbruch sowie am Bau des Krematoriums mitwirken. Am 8. Dezember 1940 wurde er zurück ins KZ Dachau verbracht. Dort verschlechterte sich sein Gesundheitszustand. Er litt unter Phlegmonen an den Beinen. Eines Tages stürzte er beim Morgenappell und wurde daraufhin in die Tötungsanstalt Hartheim verbracht, wo er entweder am 10. oder 31. August 1942 im Zuge der Häftlingseuthanasie ermordet wurde.