Das schwedische Militär zog Ende 1643 nach einem erneuten Eindringen in Mähren überraschend ab, um im Torstenssonkrieg Dänemark anzugreifen. Die Kaiserlichen reagierten mit einer eigenen Offensive zur Unterstützung der Dänen bis nach Jütland, die allerdings erfolglos blieb. Der kaiserliche Rückmarsch aus Holstein entwickelte sich zu einer Katastrophe. Im Herbst 1644 vom schwedischen Heer Torstenssons erst in Bernburg, dann in Magdeburg eingeschlossen, desertierten viele Soldaten. Nach einem Ausbruch mit schweren Verlusten schlug sich Gallas' Truppe nach Böhmen durch. Ein neu aufgestelltes Heer unter Befehl Hatzfeldts stellte sich am 6. März 1645 den in Böhmen eingedrungenen Schweden in der Schlacht bei Jankau entgegen, und wurde ebenfalls zerschlagen. Daraufhin zogen sich die verbliebenen kaiserlichen Truppen nach Prag zurück, um die böhmische Hauptstadt vor weiteren Angriffen der Schweden zu schützen. Die Schweden entschlossen sich jedoch mit ihrer rund 28.000 Mann starken Armee weiter Richtung Wien vorzustoßen. Im Juli 1645 führte Rákóczi seine Truppen nach Mähren, um Torstensson bei der Belagerung von Brünn zu unterstützen. Ferdinand III. erkannte die Gefahr eines gemeinsamen militärischen Vorstoßes von Torstensson und Rákóczi gegen Wien. Am 13. Dezember 1645 wurde zwischen Kaiser Ferdinand III. und Fürst Georg I. Rákóczi von Siebenbürgen der Linzer Frieden geschlossen. Mit Sachsen hatte zuvor allerdings auch ein Verbündeter des Kaisers mit den Schweden den Waffenstillstand von Kötzschenbroda geschlossen und war aus dem Krieg ausgeschieden. Nach der Abwehr des schwedischen Vorstoßes an der Donau und der erfolgreichen Verteidigung von Brünn mussten die Schweden sich wieder aus Niederösterreich zurückziehen, wo sie bis Mitte 1646 noch Korneuburg behaupteten, und wurden auch aus Böhmen zurückgedrängt.