Od grudnia 1940 roku, jako zaufany marszałka Pétaina, był odpowiedzialny w rządzie francuskim za sprawy wewnętrzne, obronę i politykę zagraniczną. Pomimo jego proniemieckiego nastawienia Niemcy nie darzyli go zaufaniem. W kwietniu 1942 roku Darlan został głównodowodzącym Armii Rozejmowej. 7 listopada, dzień przed rozpoczęciem operacji „Torch”, Darlan przybył do Algieru. Zbieg okoliczności sprawił, że 21-letni syn admirała przeszedł atak polio i Darlan postanowił go odwiedzić w szpitalu w Maillot. O północy ok. 400 francuskich powstańców zaatakowało stanowiska artylerii nadbrzeżnej w Sidi Ferruch. Akcja ta była uzgodniona z Amerykanami. Siły powstańcze, w których skład wchodzili głównie studenci i młodsi oficerowie, zaatakowały też prefekturę policji, siedzibę gubernatora generalnego, pocztę oraz koszary policji. Dowodzący w Algierze generał Mast był zwolennikiem aliantów i już 23 października zawarł z generałem Markiem Clarkiem tajne porozumienie o niestawianiu oporu. Jednak zarówno oddziały policji, jak i marynarki nie zamierzały się poddać. Grupa uzbrojonych studentów wdarła się do siedziby sztabu armii francuskiej w Algierii. Znajdowali się tam przedstawiciele armii amerykańskiej, którzy prowadzili pertraktacje z admirałem Darlanem i głównodowodzącym wojskami francuskimi w Afryce Północnej generałem Alphonse'em Juinem. Kilka godzin później Darlan, otrzymawszy informację o desantach w Oranie i Casablance, miał powiedzieć: „Stawką jest Francja i jej honor. Zostaliśmy zaatakowani. Będziemy się bronić”.