У 2000 році Бедоя дебютував за збірну Колумбії. У тому ж році він був включений в заявку на участь в Золотому кубку КОНКАКАФ. На турнірі він зіграв дві зустрічі проти збірних США і Ямайки. У матчі проти американської збірної він забив гол, але потім був вилучений з поля. За підсумками змагання він став срібним призером.