Für Jugoslawien nahm Zupančič an der U20-Junioren-B-Weltmeisterschaft 1988 sowie der B-Weltmeisterschaft 1991 teil. Nach der Teilung des Landes stand er im Aufgebot der neu gegründeten slowenischen Nationalmannschaft bei den C-Weltmeisterschaften 1993, 1994, 1995, 1996 und 1997 sowie bei den B-Weltmeisterschaften 1999, 2000, 2001 und 2004 und bei der A-Weltmeisterschaft 2002.