In de nacht van 9 op 10 november 1938 kwam het ook in Emden tot de door de nazi's georkestreerde geweldpleging tegen joden. Bernhard Horstmann, de 26-jarige Kreisleiter, kreeg van de gouwleiding in Oldenburg om 22:30 uur telefonisch instructies. Hij werd ervan op de hoogte gesteld dat in deze nacht in heel Duitsland vergeldingsmaatregelen tegen de joden moesten worden uitgevoerd. Om 01:00 uur 's nachts zouden alle synagoges van Duitsland in brand moeten staan. Om 23:30 uur belastte Horstmann zijn plaatsvervanger Neeland met de organisatie van de brandstichting in de synagoge. Neeland bracht daarop met de SS brandmiddelen in het godshuis. Tegelijkertijd werd de brandweer van Emden over de geplande actie geïnformeerd. Ze kregen de opdracht om niet in te grijpen en zich te beperken tot het verhinderen van het overslaan van de vlammen naar omliggende gebouwen. SA-troepen bereidden zich op de arrestatie van alle joden in Emden voor. Tegen 's nachts om 01:00 uur begaven SA-ers en SS'ers zich naar de synagoge. Een uniform werd niet gedragen om de identiteit van de daders te verhullen. Bovendien moest de hele operatie een zo spontaan mogelijke wraakactie van de Duitse bevolking lijken als reactie op de moord op de diplomaat Ernst vom Rath door de jood Herschel Grynszpan.