1846年のクラクフ自由市がオーストリア帝国に併合される際はこれに反対し、1848年に帝国議会議員となる。1848年革命終息後に民族主義抑圧の風潮が高まる中、1851年に国家反逆罪に問われて禁錮6年を宣告されたが、翌1852年に恩赦を受けた。1861年にはガリツィア領邦議会議員および帝国議会議員（復帰）となった。ポトツキは1860年の政治混乱期には中央集権体制を固守するドイツ人勢力や、アントン・フォン・シュマーリング内相の政策を批判し、1863年の民族反乱（1月蜂起）に際しては、オーストリア政府のポーランド人に対する中立姿勢を強く非難した。ハプスブルク家の皇帝の下でガリツィアが自治権を享受できる連邦制の導入を基本政策として掲げていたが、一方で同じ西スラヴ系のチェコ人には強い共感を覚えていた。