На драфте НХЛ 2001 года Стюарт был выбран в 5-м раунде под общим 135-м номером клубом «Атланта Трэшерз». В 2004 году он отправился в фарм-клуб «Атланты» в АХЛ «Чикаго Вулвз», а также сыграл пять игр в ECHL за команду «Гвинетт Гладиэйторз». В 2007 году, после проведённых двух сезонов за «Вулвз», Стюарт провёл свой дебютный матч в НХЛ. В сезоне 2007-08 Колин отыграл 18 игр и забил 3 гола. В конце сезона он вернулся в «Чикаго» и вместе с командой выиграл Кубок Колдера.