Tšetšeniaan liittyvät ongelmat vainosivat Putinia edelleen. Toukokuussa 2004 salamurhattiin Putinin liittolainen, Tsetsenian presidentti Ahmat Kadyrov. Loppukesällä Beslanin koulukaappauksessa sai surmansa satoja panttivankeja. Tapahtumat saivat Putinin korostamaan puheissaan Venäjän yhtenäisyyden merkitystä ulkoisten uhkien kuten islamistisen terrorismin ja sitä tukevien, Venäjän heikkoutta toivovien ulkovaltojen edessä.