Una vez que comenzó la Segunda Guerra Mundial, Margarete ayudó a operar un hospital militar afiliado a la Cruz Roja Alemana. En diciembre de 1939, estaba supervisando los hospitales de la Cruz Roja en el Distrito Militar III (Berlín-Brandeburgo). En este puesto, dirigió misiones en los territorios y países ocupados por la Wehrmacht. En marzo de 1940, Margarete registró un viaje de negocios a la Polonia ocupada por los alemanes, por lo que sin duda fue testigo de los acontecimientos allí. En sus diarios, escritos mientras servía, escribió: "Entonces estuve en Posen, Łódź y Varsovia. Esta chusma judía, polacos, la mayoría de ellos no parecen seres humanos y la suciedad es indescriptible. Es un trabajo increíble tratar de crear orden allí".