Несмотря на не самое удачное выступление Джованни продолжил тренировать «скуадру адзурру». Ему успешно удалось квалифицироваться на Евро 2004 (его подопечные вновь сумели выиграть отборочную группу), однако в финальном турнире повторилась история двухлетней давности. В первых двух матчах итальянцы сыграли вничью со сборными Дании и Швеции. Для выхода в плей-офф им нужно было в заключительном матче группового этапа побеждать сборную Болгарии и надеяться на то, что параллельный матч между скандинавскими командами не закончиться вничью. В результате подопечные Трапаттони сумели выиграть свой матч, но команды Дании и Швеции сыграли вничью 2:2, тем самым выбив итальянцев из дальнейшей борьбы за титул. На этот раз подобный расклад вызвал слухи о «скандинавском заговоре». После второй неудачи на международном турнире Трапаттони оставил пост главного тренера сборной.