Un autre problème rencontré par le programme a été l'agitation militaro‑politique dans les régions alentour de plusieurs volcans. La guerre civile du Guatemala a affecté les études au Santa María jusqu'au cessez-le-feu de 1996. Les affrontements en République démocratique du Congo ont entravé les études au Nyiragongo. Plus généralement, les rares ressources accordées aux études sur les volcans ont entraîné la compétition entre les programmes pour bénéficier de fonds limités.