Zanetti speelde vanaf 1993 voor achtereenvolgens Fiorentina (1993-1996), Venezia (1996-1997), AC Reggiana 1919 (1997-1998), Internazionale (1998), Cagliari (1998-1999), AS Roma (1999-2001), Vicenza (2000-2001) en opnieuw Internazionale (2001-2006). Hij speelde van 2001 tot en met 2004 zeventien interlands voor Italië, waarin hij één goal maakte. Met AS Roma won hij een landstitel en met het nationale team deed hij mee aan het WK 2002 en Euro 2004.