Koren je za slovensko reprezentanca debitiral v kvalifikacijah za Evropsko prvenstvo 2004, na tekmi s Ciprom 2. aprila 2003 v Ljubljani. Pred začetkom kvalifikacij za Svetovno prvenstvo 2010 je bil imenovan za kapetana, Slovenijo pa je po zmagi v dodatnih kvalifikacijah proti Rusiji popeljal na Svetovno prvenstvo 2010 v Južnoafriški republiki, na katerem je 13. junija na prvi tekmi v skupini proti Alžiriji dosegel svoj peti gol za reprezentanco in hkrati poskrbel za prvo zmago Slovenije na velikih tekmovanjih (evropsko in svetovno prvenstvo). To je bil tudi 200. doseženi gol slovenske nogometne reprezentance v zgodovini.