Sa localisation sur une colline surplombant la région explique que l’église devienne un objectif militaire pendant la campagne de Tunisie. Dès le , alors que les unités américaines et anglaises débarquées en Algérie ne sont pas encore arrivées, l’armée française est contrainte d’évacuer Medjez el-Bab face aux offensives allemandes et de se replier sur Oued Zarga. La ligne de front ne bouge pas jusqu’à l’offensive finale de . Lorsque les habitants peuvent regagner leurs foyers, ils découvrent une église qui a beaucoup souffert des combats. Il faut attendre 1946 pour que l’édifice réparé puisse à nouveau accueillir les offices.