Свой першы матч за зборную Швецыі Ісаксан згуляў у сакавіку 2002 года. Траўма Хедмана дазволіла Ісаксану заняць сталае месца ў браме нацыянальнай каманды, у якой ён згуляў усе акрамя аднаго матчы адборачнага турніру да чэмпіянату Еўропы 2004 і ўсе матчы фінальнага турніру. Ён заставаўся асноўным брамнікам зборнай і на чэмпіянаце свету 2006, дзе згуляў 3 матчы.