Después del Levantamiento de 1863 , la comisión fue cerrada y reemplazada por la Comisión Arqueográfica de Vilna patrocinada por el gobierno (siguiendo el ejemplo de la Comisión Arqueográfica Imperial). Fue presidida por Yakub Holovatsky en 1868–1888, Julian Krachkovsky en 1888–1902, y Flavian Dobryansky en 1902–1913. Ya no estaba a cargo del museo, que estaba subordinado al Vilna educational district. En cambio, la comisión se centró en publicar material histórico que demostraría que Lituania era una antigua tierra ortodoxa rusa y oriental que necesitaba volver a sus raíces (es decir, la posición oficial para justificar diversas políticas de rusificación). La comisión publicó 14 libros y 39 volúmenes de "Actas de la Comisión Arqueográfica de Vilna" (Акты Виленской археографической комиссии), que publicó fuentes primarias sobre la historia social y económica. Los documentos incluían archivos de tribunales de Vilna, Hrodna, Ukmergė, Upytė, Trakai, Minsk, Slonim (vols. 2–9, 22, 26, 32, 36), magistrados en Vilna y Mogilev (vols. 10, 20, 39, 39), Tribunal de Lituania (vols. 11–13, 15), inventarios de mansiones lituanas (vols. 25, 35, 38), documentos sobre nobleza lituana (vol. 24), Lipka Tatars y judíos lituanos (vols. 28, 29, 31 ), la Iglesia Ortodoxa del Este (vol. 33), la Unión de Brest (vol. 16), la Guerrruso-polaca (1654-1667) y la invasión francesa de Rusia en 1812 (vols. 34, 37). La administración rusa también estableció una comisión arqueológica, un capítulo local de la Sociedad Geográfica Imperial de Rusia, pero estuvo en gran parte inactiva.