Происходил из народа бенгала, в 1950 году был призван в вооружённые силы. В 1956 году Мобуту вышел в отставку в звании сержанта и начал вести колонку в одной из газет столицы колонии Леопольдвиля. В 1959 году бельгийские власти отправили его учиться в Брюссель. 30 июня 1960 года страна провозгласила независимость. Сразу после этого в ней началась гражданская война, вызванная стремлением богатой медью провинции Катанга (позже переименованной в Шабу) отделиться от нового государства. Конфликт ознаменовался непримиримыми противоречиями между премьер-министром Патрисом Лумумбой и президентом Жозефом Касавубу. 14 сентября того же года Мобуту, уже имевший звание полковника и назначенный премьером начальником генерального штаба, при поддержке США совершил военный переворот. 27 ноября Лумумба был арестован верными полковнику войсками и убит. В 1961 году Мобуту передал власть гражданским, после чего активно участвовал в подавлении восстаний на юге, востоке и в центре Демократической Республики Конго, а в 1965 году вновь осуществил путч.