Tahun 1995 Rubens hanya mampu mencatatkan P2 di GP Kanada di belakang Jean Alesi. Sisanya ia kerap dirundung sial karena mobil Jordan 1995 tidak sebagus musim sebelumnya. Barrichello di akhir musim hanya mampu menempati P11 dengan raihan 11 poin. Musim 1996 Jordan kedatangan mesin baru, Peugeot. Namun meskipun mesin Peugeot menjanjikan, Barrichello tetap gagal memberikan hasil yang bagus untuk timnya. Hubungannya yang memburuk dengan EJ di pertengahan 1996 membuat beberapa tim besar tertarik meminangnya, diantaranya Ferrari dan McLaren. Namun akhirnya Barrichello memilih untuk bergabung dengan tim debutan Stewart Grand Prix untuk musim 1997. Di musim terakhirnya bersama Jordan, Barrichello hanya mampu mencatatkan 14 poin.