Szczepan Zakrzewski wziął czynny udział w powstaniu styczniowym 1863 roku. Jego majątek był jednym z ważniejszych ośrodków udzielających materialnej pomocy powstańcom na północnym Mazowszu. Przystąpił też (na czele liczącego pięciu ludzi oddziału, który sam wyekwipował w konie i w broń) do partii Tomasza Kolbego, operującej na terenie powiatów mławskiego, przasnyskiego i ciechanowskiego. Oddział Kolbego został otoczony nad rzeczką Łydynią w pierwszych dniach maja 1863 roku. Tomasz Kolbe poległ, a Szczepan, wraz z jednym ze swoich ludzi, ukrywał się w okolicznych dworach. Po powrocie do domu został oskarżony przez miejscowe władze carskie o wspomaganie powstańców i obciążony kontrybucją. Represje carskie odbiły się w fatalny sposób na stanie jego majątku.