Tammikuussa 2016 Baxter jatkoi valmennusuraansa Etelä-Afrikassa Supersport Unitedin päävalmentajana. Toukokuussa 2017 Etelä-Afrikan jalkapalloliitto palkkasi Baxterin toistamiseen maajoukkueen päävalmentajaksi. Liiton ja Supersportin tekemän sopimuksen mukaan Baxter jatkaa seuransa päävalmentajana kesään ja Etelä-Afrikan sarjakauden loppuun saakka. Baxterin johdolla Etelä-Afrikka selvisi neljän vuoden tauon jälkeen Afrikan mestaruuskisoihin 2019. Tie lopputurnauksessa katkesi puolivälierätappioon Nigerialle. Hän jätti tehtävänsä päävalmentajana elokuussa 2019.