W czasie agresji włoskiej na Albanię (7 kwietnia 1939), Moisiu w stopniu majora dowodził oddziałami straży granicznej w rejonie Szkodry. Próbował organizować ośrodek oporu w rejonie Shëngjin, ale przekonany o bezsensie dalszej walki opuścił kraj i uciekł do Jugosławii. W 1940 powrócił do kraju i wstąpił na służbę włoską. Z uwagi na swoje doświadczenie został mianowany dowódcą batalionu ochotników albańskich Tomorri i w czasie wojny włosko-greckiej skierowany na front. Podległe mu oddziały praktycznie nie wzięły udziału w walkach, a sam Moisiu zachęcał swoich żołnierzy do dezercji. W 1941 stanął przed włoskim sądem wojskowym, który skazał go na karę śmierci. Karę tę zamieniono na degradację i usunięcie z armii, obawiając się postawy podległych mu żołnierzy, pozostających nadal na służbie włoskiej.