V následujícím roce se Francii podařilo zvítězit v Konfederačním poháru, který se konal na jejich domácí půdě. Henry byl hlavním strůjcem tohoto úspěchu, když se stal nejlepším střelcem turnaje a zároveň byl ve třech utkáních z pěti zvolen hráčem utkání. Jednou ze čtyř vstřelených branek byla i vítězná trefa v prodloužení finálového utkání proti Kamerunu, které Francie vyhrála 1-0. V roce 2004 odehrál na mistrovství Evropy všechna čtyři utkání, v nichž dal dvě branky. Francie však byla vyřazena ve čtvrtfinále pozdějším vítězem celého turnaje, Řeckem. Na světovém šampionátu v roce 2006, které se uskutečnilo v Německu, se Francie probojovala až do finále, kde v penaltovém rozstřelu podlehla Itálii. Henry vstřelil na turnaji tři branky, včetně vítězné ve čtvrtfinálovém duelu s obhájcem trofeje Brazílií.