Kahn teki debyyttinsä Saksan maajoukkueen paidassa 23. kesäkuuta 1995 ottelussa Sveitsiä vastaan. Hän on ollut mukana Saksan kokoonpanossa kuusissa arvokisoissa, kolmissa EM-kisoissa, vuosina 1996, 2000 ja 2004, ja neljissä MM-kisoissa, vuosina 1994, 1998, 2002 ja 2006; pelaavana maalivahtina hän on ollut kolmissa kisoissa, vuoden 2000 EM-kisoista vuoden 2004 EM-kisoihin asti. Kahnin maajoukkueuran kohokohtana voidaan pitää vuoden 2002 jalkapallon maailmanmestaruuskisoja, joissa Saksa eteni lopulta aina loppuotteluun saakka; Kahn torjui turnauksessa viisi nollapeliä ja kisojen päätyttyä hänet palkittiin turnauksen parhaana pelaajana ja parhaana maalivahtina. Kahn toimi pitkään myös maajoukkueen kapteenina, mutta Jürgen Klinsmannin päävalmentajakaudella kapteenina toimi Michael Ballack. Klinsmannin aikana Kahn myös menetti aiemman lähes kiistattoman ykkösvahdin asemansa maajoukkueessa ja joutui jakamaan torjuntavastuun Jens Lehmannin kanssa; vuoden 2006 Saksan maailmanmestaruuskisoissa Lehmann toimi Saksan ykkösmaalivahtina ja Kahn tämän varamaalivahtina.