Under sommaren 2007 valdes Gunnarsson i den sjunde rundan som nummer 194 totalt av Toronto Maple Leafs i NHL-draften. Den följande säsongen var Gunnarsson ordinarie i A-laget och spelade totalt 53 grundseriematcher, där han stod för två mål och sju assistpoäng. I det efterföljande SM-slutspelet tog sig Linköping till final för andra säsongen i följd sedan man slagit ut Djurgårdens IF i kvartsfinal och Färjestad BK i semifinal (båda med 4–1 i matcher). Säsongen avslutades återigen med ett SM-silver, efter finalförlust mot HV71 med 2–4 i matcher. Likt föregående slutspel noterades Gunnarsson för fyra assistpoäng – denna gång på 16 spelade matcher. &lt;a href="Elitserien%20i%20ishockey%202008/2009"&gt;Säsongen 2008/09&lt;/a&gt; kom att bli Gunnarssons sista säsong med Linköping och också hans poängmässigt bästa i Elitserien. I grundserien var han lagets näst främste poängplockare av backarna och stod för 16 poäng på 53 matcher (sex mål, tio assist). Linköping slutade tvåa i grundserien, men slogs i SM-slutspelet ut omgående av Skellefteå AIK i kvartsfinalserien med 4–3 i matcher. På dessa sju matcher stod Gunnarsson för en assistpoäng.