Irak hyökkäsi Kuwaitiin Hornerin ollessa matkalla TAC:n esikuntaan elokuussa 1990. Hän sai pikaisen kutsun takaisin komentopaikalleen 9. ilma-armeijassa. Sieltä hän jatkoi matkaansa Central Commandin esikuntaan antamaan tilannekatsausta kenraali Norman Schwarzkopfin kanssa Yhdysvaltain silloiselle presidentille George W. Bushille. Tästä Horner jatkoi edelleen Saudi-Arabiaan, missä hän sai vastuulleen Persianlahden sodan operaatio Desert Shieldin ilmaoperaatioiden suunnittelun. Horner jatkoi samoissa tehtävissä operaatio Desert Stormissa, jonka aikana hän tuli suurelle yleisölle tutuksi esiinnyttyään sotaa seuranneissa päivittäisissä lehdistötilaisuuksissa.