El gobierno provisional de Texas nombró a Rusk inspector general del ejército en el distrito de Nacogdoches. Fue también delegado de este distrito a la convención de 1836, en la que firmó la declaración de independencia del territorio y se integró a los comités encargados de redactar la constitución de la república de Texas. El gobierno interino de la nueva república, que se instaló el 17 de marzo de 1836, designó a Rusk como su secretario de Guerra. Al conocer la noticia de que El Álamo había caído y que las tropas de México se movían hacia el Este, Rusk colaboró con el presidente David Burnet en el traslado del gobierno texano hacia Harrisburg (Texas).