В июне 1861 года О’Нил был произведён в капитаны армии КША. При подходе к Ричмонду он был назначен майором 9-го алабамского пехотного полка, а осенью произведён в подполковники. В марте 1862 года он был назначен полковником 26-го алабамского пехотного полка, и командовал этим полком во время кампании на полуострове. Во время сражения при Севен-Пайнс под О’Нилом была убита лошадь, а он был тяжело ранен осколком снаряда. В начале 1863 года генерал Роберт Родс стал командовать дивизией, а свою алабамскую бригаду передал О’Нилу, который командовал ею в битве при Чанселорсвилле и получил высокую оценку командования.