En 1593, Sully conseille au nouveau roi de se convertir au catholicisme, afin de pacifier le royaume, mais refuse lui-même d’abjurer. Il négocie alors le ralliement de quelques chefs de la Ligue (marquis de Villars, duc de Guise, le cardinal de Bourbon). Lors du siège d'Amiens en 1597, il s'illustre de nouveau, à la tête de l’artillerie.