Pada 11 September 2012, Karagounis sekali lagi meninggalkan Panathinaikos dan ke luar negara sekali lagi tetapi kali ini ke England. Beliau menyertai Fulham secara percuma sehingga penghujung musim yang kurang memuaskan di Panathinaikos. Beliau menjadi pemain Greek kelapan yang memenangi Euro 2004 bermain di Liga Perdana Inggeris selepas Nikos Dabizas, Stelios Giannakopoulos, Vassilios Lakis, Theodoros Zagorakis, Angelos Basinas dan Kostas Chalkias. Beliau membuat debut untuk Fulham di Liga Perdana pada 29 September 2012 menentang Manchester City, beliau dimasukkan pada minit ke-81. Karagounis bermain penuh 90 minit ketika tewas 4-0 kepada Liverpool. Karagounis menjaringkan gol pertamanya untuk Fulham pada 5 Januari 2013 ketika menentang Blackpool pada saingan Piala FA. Pada 12 Januari 2013 seminggu selepas gol beliau di Piala FA, beliau menjairngkan gol pertamanya di Liga Perdana menentang Wigan Athletic.