Hopkinson studierte Biologie am Ursinus College im Montgomery County, Pennsylvania und erhielt dort 1970 seinen Bachelor of Science. Anschließend ging er für ein Masterstudium für Meereskunde an die Louisiana State University welches er 1973 erfolgreich abschloss. 1973 bis 1975 war Charles Hopkinson wissenschaftlicher Mitarbeiter am Center for Wetland Resources der Louisiana State University. An derselben Hochschule erhielt er vier Jahre darauf seinen Ph.D. ebenfalls in Meereskunde. Anschließend war er bis 1989 Mitarbeiter am Meeresforschungsinstitut der University of Georgia und an der Hochschule zugleich von 1980 bis 1989 Dozent am Fachbereich für Zoologie. Seit 1997 ist er Wissenschaftler am Meeresbiologischen Laboratorium Woods Hole. Im August 2010 widersprach er der Darstellung der US-Regierung der größte Teil des Öls der Ölpest im Golf von Mexiko sei bereits beseitigt. Charles S. Hopkinson und vier weitere Meeresforscher war er zu Einschätzung gekommen, dass noch etwa 70 bis 79 Prozent des Öls im Golf sind.