קניסארס עלה להופעת הבכורה שלו בנבחרת ספרד ב-17 בנובמבר 1993 לאחר הרחקתו של אנדוני זוביזרטה בכרטיס אדום במהלך משחק מול נבחרת דנמרק במסגרת מוקדמות מונדיאל 1994. קניסארס השתתף עם הנבחרת הספרדית בשלושה מונדיאלים (1994, 1998 ו-2006) וב-3 אליפויות אירופה (1996, 2000, 2004). את מונדיאל 2002 הוא החמיץ לאחר שגיד ברגלו נחתך מבקבוק אפטר שייב. הופעתו האחרונה בנבחרת הייתה מול נבחרת ערב הסעודית במונדיאל 2006. בסך הכל שיחק קניסארס ב-46 משחקים במדי ספרד.