Fu istituita a Modena con decreto del 16 ottobre 1796 dal Congresso cispadano; al suo comando fu posto il capo brigata Angelo Scarabelli Pedoca, già generale estense. All'atto della sua formazione inglobò le truppe estensi, ovvero il battaglione «Guardie», il battaglione «di Stato», la cavalleria di linea, le guardie del corpo, gli artiglieri e quattro legioni di milizie di 8.500 uomini. La funzione della Legione Cispadana fu quella di combattere al fianco della Armée d'Italie nella prima campagna d'Italia.