Sein Debüt in der Schweizer Eishockeynationalmannschaft gab Eberle, damals notabene noch als NLB-Spieler, 1982. In den folgenden Jahren wurde er zur festen Grösse in der Nationalmannschaft, 1991 wurde er zum Captain ernannt. 1986 und 1990 gelang ihm der Aufstieg in die Weltgruppe. Seinen grössten Erfolg feierte er an der WM 1992, als die Schweiz bis ins Spiel um Platz 3 vorstoss und dort der Tschechoslowakei mit 2:5 unterlag. Nur ein Jahr – 1993 – später stiegen die Schweizer wieder in die B-Gruppe ab. Eberle ist mit 142 Punkten in 193 Spielen – bei nur 4 Strafminuten – der Rekordscorer der Schweizer Eishockeynationalmannschaft.