Giffen besuchte 1940 das Naval War College und verbrachte mehrere Monate als Berater des Chief of Naval Operations in Washington, D.C. Zum Konteradmiral befördert, übernahm Giffen im März 1941 das Kommando über eine Kreuzerdivision, die an den Neutralitätspatrouillen im Nordatlantik teilnahmen. Nach dem Kriegseintritt der Vereinigten Staaten eskortierte der Verband Versorgungskonvois über den Atlantik. Hierbei arbeitete Giffen eng mit Sir John Tovey, dem Befehlshaber der britischen Home Fleet zusammen. im November 1942 unterstützte Giffens Verband die Landung in Nordafrika, seine Schiffe nahmen auch französische Einheiten vor Casablanca unter Feuer.