Im Zweiten Koalitionskrieg befehligte Karl die kaiserlichen Truppen in Süddeutschland und in der Schweiz, er siegte 1799 über die französische Armee Jourdan bei Ostrach (21. März) und Stockach (25. März), zusammen mit General Friedrich von Hotze schlug er auch General Masséna in der Ersten Schlacht bei Zürich (5. Juni). Obwohl Minister Thugut unterdessen durch Cobenzl ersetzt worden war, kam es zu zunehmenden Spannungen mit dem Wiener Hof. Im März 1800 legte Karl sein Kommando nieder.