Im Novemberpogrom vom 9. auf den 10. November 1938 wurde die Synagoge von Angehörigen der SA und weiteren Angehörigen der NSDAP geplündert und niedergebrannt; die herbeieilende Feuerwehr wurde jedoch von SA- und SS-Einheiten an der Löschung der brennenden Synagoge gehindert und konnte lediglich das Übergreifen des Feuers auf andere Gebäude verhindern. Die ausgebrannte Ruine wurde am 12. November 1938 gesprengt, die Kosten der Trümmerbeseitigung wurden der jüdischen Gemeinde auferlegt und der größte Teil in Briesnitz verkippt. Ein Teil der Steine wurde für den Straßenbau des Autobahnzubringers Meißner Landstraße verwendet. Einzelne aufgefundene Steine wurden später in die Umgebungsmauer der neuen Synagoge eingebaut. Den von Semper entworfenen Davidstern retteten Dresdner Feuerwehrleute vor der Vernichtung und nahmen ihn zur damaligen Hauptfeuerwache Annenstraße mit. Im Frühjahr 1939 brachte ihn Feuerwehrmann Alfred Neugebauer schließlich in die Prießnitzstraße 22 und versteckte ihn dort auf dem Dachboden (offiziell galt er als vernichtet). 1949 konnte ihn Neugebauer an den damaligen Vorsitzenden der jüdischen Gemeinde in Dresden, Leon Löwenkopf, übergeben. Der Davidstern wurde restauriert und auf der Kuppel der 1950 geweihten Synagoge Fiedlerstraße 3 angebracht und schließlich in den Eingangsbereich der Neuen Synagoge integriert.