Změna politické situace postavila Samaritány do obtížné situace. Část Samaritánů zůstala v Izraeli, větší část na území okupovaném Jordánskem ve svém starém sídle v Nábulusu. Samaritánům bylo garantováno právo na návrat (tj. Stát Izrael považuje Samaritány za „etnické Židy“). "Status quo" zůstal zachován i po šestidenní válce až do vypuknutí první intifády, kdy se Samaritáni z bezpečnostních důvodů z centra Nábulusu přestěhovali blíže izraelským osadám u hory Gerizím, do sídliště Kirjat Luza. Ačkoli palestinská samospráva garantovala Samaritánům místo v parlamentu, z důvodu nefunkčnosti palestinské vlády a tíživé ekonomické situace na palestinských územích se stále více prohlubují vztahy s Izraelem. Z důvod obav reakcí z jedné či druhé strany se Samaritáni snaží zůstat v izraelsko-arabském konfliktu nestranní.