В 1997 году Чавес был вызван в сборную Мексики для участия в Кубке Америки. 13 июня в первом матче группового этапа против сборной Колумбии, Пауло дебютировал за национальную команду. На турнире Чавес провёл все 5 матчей и завоевал бронзовые медали. В том же году он принял участие в Кубке Конфедераций в Саудовской Аравии. Пауло принял участие во всех трех встречах, но мексиканцы вылетели после группового этапа.