Avec l'invasion en 1823 des Cent mille fils de San Luis, on établira le régime absolutiste, qui apportera par conséquent le transfert de la capitale du Guipuscoa à Tolosa. En 1854 Saint-Sébastien est déclarée capitale de la province. On décide le recul des douanes à l'Ebre, mesure qui profite à la province, et la fermeture de Saint-Sébastien comme port habilité pour le commerce avec l'Amérique.