באפריל 1797 גורשו כל הזרים מווינה עקב המתיחות של מלחמת הקואליציה האנטי-צרפתית הראשונה. בן-דוד שב לברלין, והשתלב מחדש בקרב חוגי הנאורות המקומיים. הוא מונה בין היתר למזכירה של החברה הפילומטית, אגודה קנטיאנית קטנה. הוא תמך בהנס כריסטיאן ארסטד, שעשה אז את צעדיו הראשונים בבירה הפרוסית, והציג אותו בפני מרכוס הרץ ואחרים. ב-1801 זכה בפרס האקדמיה הפרוסית למדעים על חיבורו הקנטיאני "Philotheus, oder über der Ursprung unserer Erkenntniss" ('פילותאוס, או על מקור הכרתנו'). ב-1802 התמנה לעורך הפוליטי של העיתון Spenersche Zeitung.