Nach 1937 arbeitete er am mittlerweile als Robert-Koch-Krankenhaus bekannten Krankenhaus Moabit, ebenfalls als Oberarzt für Chirurgie. Als Oberarzt und stellvertretender Leiter der Chirurgie am Universitätsklinikum wurde Forßmann von Kurt Strauß, dem Leiter der Chirurgie und SS-Führer, mit Karl Gebhardt, dem Leibarzt Heinrich Himmlers, bekanntgemacht. Gebhardt sagte Forßmann Unterstützung für seine Arbeit zu, die dieser jedoch ablehnte. Ein Jahr später geriet Forßmann nach eigener Darstellung in Konfrontation mit Strauß, da er entgegen einem Verbot nach den Novemberpogromen von 1938 verletzte Juden in das Krankenhaus aufnahm und gemeinsam mit den sogenannten „arischen Deutschen“ behandelte.