De staat was volkomen van Frankrijk afhankelijk en het Franse bestuur bracht op allerlei gebieden vernieuwingen. In de Tweede Coalitieoorlog (1799) bezette Oostenrijk de Cisalpijnse Republiek maar na de Slag bij Marengo in het daaropvolgende jaar werd het land weer hersteld. De Consulta van Lyon veranderde de naam in januari 1802 in Italiaanse Republiek en in 1805 ging deze samen met Venetië op in het koninkrijk Italië.