"Zuikaku" 25 Eylül 1941'de hizmete girdi ve deniz kukvvetleri sancağı çekildi. 26 Kasım 1941'de Chishima Adalarından (Kuril Adaları) Etorofu Adasının (İturup Adası) ortasında bulunan Hitokappu Körfezi'nden Hawaii Adası'na doğru hareket etti. 7 Aralık 1941'de Pearl Harbor Saldırısı'na katıldı. 20 Ocak 1942'de Rabaul'a karşı hava saldırısına katıldı. 21 Ocak 1942'de Lae'ye karşı hava saldırısına katıldı. Daha sonra Hint Okyanusu'na girip 5 Nisan 1942'de Ceylon Adası (Sri Lanka)'da bulunan Kolombo Üssü ve Trincomalee Deniz Üssü'ne karşı hava saldırısına katıldı. 7 Mayıs 1942'de Mercan Denizi Muharebesi, 24 Ağustos 1942'de Doğu Solomon Adaları Muharebesi ve 26 Ekim 1942'de Santa Cruz Adaları Muharebesi'ne katıldı. 29 Ocak 1943'te Ke gō Harekâtı kapsamında lojistik işleriyle uğraştı ve Şubat 1943'te Guadalcanal Adasından çekilişini destekledi. Nisan ayında I gō Harekâtı kapsamında ve Kasım ayında ise Ro gō Harekâtı kapsamında savaş uçaklarını Rabaul'a taşıdı. 19 Haziran 1944'te Filipin Denizi Muharebesi'ne katıldı. 17 Ekim 1944'te Shō 1 gō Harekâtı başlatıldı ve 20 Ekim 1944'te Ozawa Filosu'na bağlı olan "Zuikaku" Beppu Körfezi'nden hareket ederek güneye doğru ilerledi.