Im Jahr 1904 wurde die Oregon Railway and Navigation Company von der Union Pacific Railroad übernommen und in San Francisco and Portland Steamship Company umbenannt. Zu dem Zeitpunkt galt die "Columbia" bereits als veraltet. Während des San-Francisco-Erdbebens von 1906 lag die "Columbia" bei den Union Iron Works in San Francisco im Dock. Aufgrund des Erdbebens legte sich das Schiff auf die Seite und prallte gegen die Dockmauern. Die Schiffshülle wurde beschädigt und es drang Wasser in den Rumpf ein. Es dauerte etwa zwei Monate, um das Schiff notdürftig zu reparieren. Die endgültigen Instandsetzungsarbeiten sollten in Hunter’s Point stattfinden. Auf dem Weg dorthin verließ die Besatzung das Schiff, weil eine Dampfleitung explodierte. Erst im Januar 1907 war die "Columbia" wieder im Dienst.