Während der Religionskriege zum Ende des 16. Jahrhunderts und vor allem während des Dreißigjährigen Krieges gerieten Handel und Verkehr ins Stocken, die Hanse zerbrach. 1641 kam es zur Belagerung von Dorsten. 1642 wurde das Gymnasium Petrinum errichtet. 1699 gründete sich das Kloster der Ursulinen mit angeschlossenem Mädcheninternat. Dorsten wurde bis ins 18. Jahrhundert immer wieder von Truppen verschiedener Mächte belagert. Als im Zuge des Ersten Koalitionskrieges französische Truppen Ende 1794 über den Rhein setzten, floh der Kölner Kurfürst-Erzbischof Maximilian Franz zunächst nach Dorsten.