Durant l'été 1944 (après l'occupation de la Volhynie par l'Armée rouge) il est nommé administrateur apostolique pour les anciens diocèses de Kamieniec et . Avec certains prêtres, il avait commencé un travail pastoral, utilisant les églises rouvertes durant l'occupation allemande de l'Ukraine Soviétique. Mais cette situation n'a pas duré longtemps : en , après le déplacement du Front Ouest, il est arrêté par le NKVD. En dehors de lui-même, sont arrêtés également les prêtres du chapitre de Łuck (dont Władysław Bukowiński) et les prêtres de Jytomyr. Tous sont accusés d'espionnage pour le Vatican. Szelążek est emprisonné à Kiev.