Javier was een van de eerste leden van de ondergrondse verzetsbeweging Katipunan en had een nauwe band met Andres Bonifacio. In 1893 was hij ook een van de leden van de tweede "Supreme Council" van de beweging. Hij was vanaf dat jaar actief in het verspreiden van het revolutionaire gedachtegoed, eerst in Santa Cruz en later buiten Manilla in de provincies Laguna en Nueva Ecija. Na de ontdekking van de Katipunan op 19 augustus 1896 werd hij gearresteerd en veroordeeld tot 202 jaar ballingschap. Hij werd samen met Isabelo de los Reyes en Pascual Poblete op een schip gezet naar San Sebastián de la Gomera. Op 19 augustus 1899 kon hij echter terugkeren in de Filipijnen na een uitruil van gevangenen. Hij sloot zich direct na terugkeer weer aan bij de opstandelingen en leidde een groep van 300 manschappen in de Filipijns-Amerikaanse Oorlog onder supervisie van generaal Pantaleon Garcia. Nadat hij een ziekte opliep in Buenavista in Santa Maria in de provincie Bulacan werd hij heimelijk naar Manilla gebracht voor een behandeling.