Het belang van het tweede Pikmeerarrest blijkt onder andere uit de nasleep van geruchtmakende zaken als de vuurwerkramp in Enschede (2000), de cafébrand in Volendam (2001) en het gifschandaal rond het schip de Probo Koala van Trafigura (2006). In de eerste twee gevallen besloot het Openbaar Ministerie niet tot vervolging van overheden over te gaan op grond van Pikmeer II: de eventuele strafbare feiten zouden zich moeten hebben voordoen bij de vergunningverlening en het toezicht daarop, en vervolging was daarom volgens het Openbaar Ministerie niet mogelijk. Wat betreft Enschede werd in een artikel 12-procedure ook door het gerechtshof besloten dat de gemeente niet hoefde te worden vervolgd. In de zaak-Probo Koala besloot het OM de gemeente Amsterdam wel te vervolgen, ondanks een beroep van de gemeente op strafrechtelijke immuniteit. De Hoge Raad oordeelde in 2013 echter dat de gemeente niet kon worden vervolgd en dat het OM niet-ontvankelijk was in haar vervolging van de gemeente, op grond van Pikmeer II en het arrest in de Gouden Bodem-affaire.