La rivalità sportiva più accesa riguarda il , con il quale il Lecce gioca il cosiddetto derby di Puglia, disputatosi per la prima volta l'8 dicembre 1929 in Serie B a Lecce, dove la squadra di casa si impose sul Bari per 1-0. Da quel momento il derby si giocò in più occasioni anche in Serie C e Coppa Italia, ma soprattutto in Serie A. Il primo derby tra Lecce e Bari giocato nella massima serie risale al 27 ottobre 1985, quando, allo stadio della Vittoria di Bari, i padroni di casa si imposero per 2-0. L'ultimo derby giocato in massima serie risale al 15 maggio 2011, quando allo stadio San Nicola di Bari i salentini vinsero per 2-0 contro il Bari già retrocesso, festeggiando il raggiungimento della salvezza con un turno di anticipo rispetto alla fine del campionato di Serie A 2010-2011. La partita fu poi messa sotto inchiesta dalla giustizia sportiva, che emise delle condanne per illecito sportivo. Tra le vittorie più importanti che i tifosi giallorossi ricordano nel derby con il Bari figura quella per 4-0 ottenuta allo stadio San Nicola il 22 dicembre 2007, nel campionato di Serie B 2007-2008.