Как глава МВД, Альварес Руис стал одним из ведущих деятелей гражданской войны в Гватемале второй половины 1970-х и начала 1980-х годов. Альварес Руис сформировал разветвлённую сеть осведомителей и способствовал террору ультраправых организаций (Mano Blanca, Секретная антикоммунистическая армия) против прокоммунистических и левых активистов. Действовал в тесном служебном взаимодействии с директором Национальной полиции Херманом Чупиной Бараона.