A 25 de Agosto de 1580, deu-se a Batalha de Alcântara entre as tropas de António, Prior do Crato e as de Filipe II de Espanha (depois tornou-se Filipe I de Portugal), tendo este último ganho o confronto, tirando a independência de Portugal. Durante o domínio filipino, Alcântara desenvolveu-se bastante a nível urbano devido ao estabelecimento de vários conventos e de um palácio real. A Igreja e Convento das Flamengas, instalado por D. Filipe II, foi construída em 1582 para acolher monjas vindas da Flandres, perseguidas pelos calvinistas; à sua frente, junto ao rio, foi erguido o Mosteiro do Monte Calvário, fundado por D. Violante de Noronha em 1617.