Considerando que este acuerdo favorecía a Cleopatra más que a Ptolomeo XIII y que el ejército de 20 000 soldados de este último, incluidos los "gabiniani", podría derrotar al de César de 4000 tropas sin apoyo, Potino decidió que Aquilas condujera sus fuerzas a Alejandría para atacar a César y Cleopatra. El asedio del palacio mantuvo a César y Cleopatra atrapados en su interior hasta el año siguiente, el 47 a. C.; durante el asesio la quema de barcos por parte de César en el puerto propagó incendios y posiblemente quemó parte de la Biblioteca de Alejandría. Cuando César hizo prisionero a Potino y lo ejecutó tras abortar un complot de este para asesinarlo, Arsínoe IV unió sus fuerzas con Aquilas y fue declarada reina; poco después su tutor Ganímedes mató a Aquilas y tomó su puesto como comandante de su ejército. Entonces Ganímedes engañó a César solicitando la presencia del cautivo Ptolomeo XIII como negociador, solo para que se uniera al ejército de Arsínoe IV. Como estaba familiarizado con el palacio, Ganímedes bombeó agua de mar a los depósitos de agua a través de tuberías, pero Cleopatra y César lo contrarrestaron ordenando la construcción de pozos de agua dulce.