El 3 de septiembre de 2004 se produjo otra crisis terrorista en la localidad de Beslán, Osetia del Norte. El gran número de muertos, 334, hizo que el gobierno de Putin se enfrentase a la mayor crisis de sus primeros años. Una de las medidas tomadas fue la supresión de las elecciones para gobernador y presidente en todas las entidades federativas. Pese a este suceso y las medidas adoptadas, la popularidad de Putin llegaba al 86 % en 2008.