1800 wurde Pahlen als Generalmajor Kommandeur der Kargopoler Dragoner und 1801 des Sumyer Husaren-Regiments. In dem sich 1806 nach der Niederlage von Jena und Auerstedt anschließenden Feldzug nahm Pahlen mit seinem Regiment 1806/07 als Führer der Vorhut der Armee unter dem Oberbefehl von Bagration an den Schlachten und Gefechten gegen die Napoléonischen Truppen teil. Dabei zeichnete er sich unter anderem in der Schlacht bei Lapotschin aus und führte bei Mohrungen einen Überraschungsangriff auf das Hauptquartier Bernadottes, wobei er über 1.000 Gefangene und reichlich Beute machte. An den Schlachten bei Eylau und Friedland nahm er ebenfalls teil. Bei den Friedensverhandlungen in Tilsit stand er mit seiner Einheit am östlichen Ufer der Memel.