Kepulauan diserahkan oleh Sepanyol kepada Amerika Syarikat yang memenangi Perang Sepanyol-Amerika. A compensation of US$20 million was paid to Spain according to the terms of the 1898 Treaty of Paris. Makin jelas bahawa Amerika Syarikat tidak akan mengiktiraf Republik Filipina Pertama yang baru ditubuhkan, maka berletusnya Perang Filipina-Amerika, Republik Pertama itu tewas, maka kepulauan tertakluk di bawah pemerintahan Kerajaan Kepulauan. Perang ini menyebabkan kematian berpuluh ribu askar dan ratusan ribu orang awam, kebanyakannya akibat daripada wabak taun.