Neben den Konflikten, die Colloredo mit der Herausgabe seines berühmt gewordenen Hirtenbriefes im Innern Salzburgs 1782 heraufbeschwor, wurde die Situation des Erzstiftes allmählich von außen bedroht, sodass er sich vermehrt um diese Agenden kümmern musste. So musste er z. B. die Einhaltung der 1786 beschlossenen Emser Punktation urgieren, die den Zweck hatte, das Eingreifen der päpstlichen Kurie in die erzbischöflichen Rechte einzuschränken, oder sich den von Kaiser Joseph II. anvisierten neuen Gebietsaufteilungen im Reich entgegenstellen. Im Spannungsfeld zwischen Wien, Berlin, Mainz, München und Rom hatte Colloredo zwischen 1787 und 1790 erhebliche Belastungsproben zu bestehen, 1792 folgte eine erste Kriegsphase mit Frankreich (Erster Koalitionskrieg), für die Colloredo im Jahr darauf Soldaten für die rheinische Front rekrutieren lassen musste, was besonders auf dem Land zu Aufständen führte. Dabei hatte sich unter Colloredo Salzburg zu einem Aufklärungs- und Wissenschaftszentrum besonderer Art entwickelt, in dem geniale Gelehrte und Publizisten wirkten. Vor einer Drohkulisse, die mit den Begriffen Kriegsgefahren, Säkularisationsdrohungen und Volksunruhen illustriert werden kann, gerieten Colloredos innenpolitische Anliegen allmählich in den Hintergrund, und seine Projekte im Sinne der Aufklärung waren auf Dauer in Salzburg unpopulär und wenig erfolgreich.