В 1999 году Конго дебютировал за сборную Колумбии. 22 апреля в товарищеском матче против сборной Парагвая он забил свой первый гол за национальную команду. В том же году Эдвин был внесен в заявку сборной на Кубок Америки. В матче против сборной Аргентины он забил один из голов. В 2000 году Эдвин принял участие в Золотом кубке КОНКАКАФ. На турнире он сыграл в поединках против сборных Ямайки, Гондураса, США и Канады и завоевал серебряную медаль.