La società all'inizio del 1907 acquisì anche la gestione del bacino di carenaggio di Messina. Nel suo primo lustro di vita la società ebbe risultati di bilancio particolarmente negativi, con la produzione che aveva incontrato vari ostacoli, fra cui ricorrenti problemi di approvvigionamento delle materie prime, la difficoltà nel reperire manod'opera qualificata e alcune gravi sciagure, quali l'incendio che nel 1907 danneggiò al Muggiano due transatlantici in costruzione e il terremoto di Messina del dicembre 1908, che devastò il locale bacino di carenaggio. Le cause della crisi in cui la società era precipitata andavano principalmente ricondotte alle scelte strategiche compiute dalla Terni che aveva riservato ai cantieri Odero e Orlando le sostanziose commesse statali, mentre ai Cantieri Navali Riuniti era toccato il compito di attrarre la domanda privata, così, fra il 1906 e il 1911, l'azienda genovese fu costretta a ridurre di tre quinti il numero dei propri addetti e visto dimezzato il valore dei propri impianti.