После оккупации Польши немецкими войсками в 1939 году Бадер бежал на территорию СССР в город Луцк. Затем бежал во Львов, где был арестован советскими властями и сослан в Архангельск. В 1941 году освобожден, и в августе 1942 года покинул СССР как член армии Андерса. В декабре 1943 года в составе той же армии прибыл в Подмандатную Палестину, дезертировал и присоединился к подпольной организации Иргун. В 1945 году арестован властями и помещен в заключение в лагере Латрун, где находился до мая 1948 года.