В 1806 году после вступления в Великую Польшу французских войск Станислав Понинский сформировал 4-й полк пехоты Герцогства Варшавского. Получил чин полковника и участвовал в военной кампании 1806—1807 годов. Принимал участие в сражениях под Прейсиш-Элау, Гданьском и Фридландом, за что был награждён Крестом Virtuti Militari и Крестом Почётного Легиона. После заключения Тильзитского мира (1807) уволился с военной службы.