13 января 2013 года Эмери был назначен главным тренером «Севильи», сменив на этом посту Мигеля Мичела. Контракт был рассчитан до 30 июня 2014 года. Президент «Севильи» заявил: "«Мы нашли идеального тренера как минимум на окончание нынешнего сезона и сезон следующий. В нынешнем положении нам нужно думать не о будущем, а о каждой следующей игре. В общем, думаю, я нанял идеального тренера»". 16 января состоялся дебют Эмери. В гостевом матче против «Сарагосы» в рамках 1/4 финала Кубка Испании команда сыграла вничью 0:0. Дебют тренера в чемпионате состоялся 19 января, в котором «Севилья» поделила очки с «Хетафе». В ответной матче 1/4 финала Кубка Испании против «Сарагосы» Эмери одержал свою первую победу на посту главного тренера — 4:0. 28 января Эмери одержал свою первую победу на посту «Севильи» в чемпионате, выиграв у «Гранады» 3:0. По итогам сезона 2013/14 помог «Севильи» занять 5 позицию в чемпионате Испании и выиграл с клубом Лигу Европы, обыграв в финале португальскую «Бенфику» (0:0, 4:2 — по пенальти). 29 мая 2014 года продлил контракт с клубом до 2016 года. Через год «Севилья» повторила прошлогодний успех, выиграв Лигу Европы (в финале был обыгран «Днепр»). 5 июня 2015 года Эмери продлил контракт с «Севильей» до 2017 года. 18 мая 2016 года Эмери выиграл с «Севильей» третью Лигу Европы подряд, одержав в финале волевую победу над «Ливерпулем» во главе с Юргеном Клоппом.