В начальный период Великой Отечественной войны руководил флотом, который содействовал сухопутным войскам на приморских направлениях, в обороне Таллина, Ханко, Моонзундского архипелага, нарушал коммуникации противника в Балтийском море. Возглавлял в августе 1941 года переход сил флота из Таллина в Кронштадт; в результате которого было потоплено большое количество советских транспортных судов, оставленных боевыми кораблями на произвол судьбы, тем самым допустил халатное отношение к судьбе моряков, погибших из-за его просчётов. В октябре-декабре 1941 года руководил эвакуацией гарнизона военно-морской базы Ханко. Принимал участие в организации и осуществлении обороны Ленинграда, на всех её этапах (1941—1944), взаимодействуя с сухопутными войсками в операциях, проводившихся Красной армией.