Η Φραγκική κυριαρχία όμως στη χερσόνησο υπέστη σοβαρό πλήγμα μετά τη Μάχη της Πελαγονίας (1259), οπότε ο Γουλιέλμος Β΄ Βιλλεαρδουίνος αναγκάσθηκε να παραχωρήσει τα πρόσφατα κατασκευασμένα κάστρο και ανάκτορο στο Μυστρά, κοντά στην αρχαία Σπάρτη, στο αναγεννημένο Βυζάντιο. Αυτή η Ελληνική επαρχία (και αργότερα ημιαυτόνομο Δεσποτάτο) προχώρησε σε σταδιακή ανακατάληψη του Φραγκικού πριγκιπάτου μέχρι το 1430. Οι Οθωμανοί Τούρκοι άρχισαν να κάνουν επιδρομές στην Πελοπόννησο γύρω στα 1358, αλλά αυτές εντάθηκαν μόνο μετά το 1387, όταν ανέλαβε τον έλεγχο ο δυναμικός Εβρενός Μπέη. Εκμεταλλευόμενος τις διαμάχες μεταξύ Βυζαντινών και Φράγκων λεηλάτησε όλη τη χερσόνησο και υποχρέωσε τόσο τους Βυζαντινούς δεσπότες, όσο και τους Φράγκους ηγεμόνες που είχαν απομείνει, να αναγνωρίσουν την Οθωμανική επικυριαρχία και να πληρώνουν φόρους. Αυτή η κατάσταση συνεχίσθηκε μέχρι την ήττα των Οθωμανών στη Μάχη της Άγκυρας το 1402, μετά την οποία η Οθωμανική ισχύς για κάποιο διάστημα περιορίστηκε. Οι Οθωμανικές εισβολές στο Μωριά επαναλήφθηκαν υπό τον Τουραχάν μπέη μετά το 1423. Παρά την ανακατασκευή του Εξαμιλίου τείχους στον Ισθμό της Κορίνθου οι Οθωμανοί υπό το Μουράτ Β΄ το παραβίασαν το 1446, αναγκάζοντας τους Δεσπότες του Μωρέα να αναγνωρίσουν εκ νέου την Οθωμανική επικυριαρχία, όπως και πάλι υπό τον Τουραχάν το 1452 και το 1456. Μετά την κατάληψη του Δουκάτου των Αθηνών το 1456, οι Οθωμανοί κατέλαβαν το ένα τρίτο της Πελοποννήσου το 1458 και ο σουλτάνος Μωάμεθ Β΄ εξάλειψε τα υπολείμματα του Δεσποτάτου το 1460. Το τελευταίο Βυζαντινό οχυρό, το Κάστρο του Σαλμενίκου, υπό το διοικητή του Γραίτζα Παλαιολόγο άντεξε μέχρι τον Ιούλιο του 1461. Μόνο τα Βενετικά φρούρια της Μεθώνης, Κορώνης, Ναβαρίνου, Μονεμβασιάς, Άργους και Ναυπλίου παρέμειναν εκτός του ελέγχου των Οθωμανών.