Im Zuge der Säkularisation wurde die Wallfahrt im Jahr 1804 verboten und die Klause verwaiste. 1822 zog dort jedoch wieder die später als „Waldschwester“ bekannte Anna Maria Kreitner ein, die drei Jahre später acht Reliquien aus Rom mitbrachte. Diese durfte sie nach langen Verhandlungen mit dem Regensburger Bischof in den beiden Pfeffenhausener Kirchen aufstellen lassen. So befinden sich noch heute die Reliquien von vier Märtyrern in der Klausenkirche. Im Jahr 1859 wurde der heute noch bestehende Kreuzweg, der von der Klausenkirche aus den Klausenberg hinauf führt, errichtet. Etwa zur gleichen Zeit verlegte man auch den örtlichen Friedhof in die Nachbarschaft der Klausenkirche, da der ursprüngliche Platz auf dem Kirchhof rund um die Pfarrkirche zu knapp geworden war. Zum 200-jährigen Wallfahrtsjubliäum im Jahr 1910 wurde die Klausenkirche renoviert, und es Änderungen an der Ausstattung vorgenommen. Viele Ausstattungsstücke, zum Beispiel die Aufbauten der Altäre, sind aber noch Originale aus dem 18. Jahrhundert. Andere Stücke wurden nachgefertigt und im 20. Jahrhundert bzw. zum 300-jährigen Wallfahrtsjubiläum im Jahr 2010, dem die bisher letzte Renovierungsmaßnahme vorausging, wieder ergänzt. Seit diesem Jubiläum wird auch versucht, die Wallfahrt wiederzubeleben, indem zum Beispiel von Mai bis Oktober jeweils am 13. des Monats ein Fátima-Wallfahrtstag veranstaltet wird.