Les ennuis de santé se poursuivent pour Jackson en début d'année 2001 à la suite d'une blessure au tendon d'achille contractée durant sa préparation hivernale. Après quatre mois d'inactivité, il fait son retour fin mai à l'occasion du Meeting d'Ingolstadt, ne réalisant que la modeste performance de . Peu convaincant dans la suite de son programme, hormis un réalisé à Dortmund, il n'est pas sélectionné pour la Coupe d'Europe des nations de Brême, la Fédération britannique préférant faire confiance à Tony Jarrett. À court de forme, et non remis de ses blessures de l'année précédente, Jackson décide de ne pas faire le déplacement aux Championnats du monde 2001 d'Edmonton, compétition qu'il avait remportée deux ans plus tôt. Après avoir disputé quelques meetings estivaux, il conclut sa saison par une cinquième place obtenue lors de la Finale du Grand Prix à Melbourne avec le temps de . Il termine seulement treizième meilleur mondial de l'année 2001.