Am 9. Januar 1856 wurde Johnson als vierter Gouverneur von Kalifornien in sein Amt eingeführt. Mit 30 Jahren ist er bis heute der bei Amtsantritt jüngste Gouverneur Kaliforniens geblieben. Sein erstes Ziel als Gouverneur war der Abbau der Staatsverschuldung, die er von seinem Vorgänger übernommen hatte. Zu diesem Zweck wollte er die Staatsausgaben drastisch kürzen. Johnsons Amtszeit wurde aber von bürgerkriegsähnlichen Unruhen in der Stadt San Francisco überschattet. Dort hatte es schon vor seiner Amtszeit Aufstände unzufriedener Bürger gegen die offene Korruption gegeben. Zum erreichen dieses Zieles hatten sich die Bürger zu einem Komitee zusammengeschlossen. Es kam in der Folge zu gewalttätigen Ausschreitungen einschließlich einiger Lynchmorde zwischen den Bürgern und den örtlichen Behörden, denen zeitweise auch der Gouverneur machtlos gegenüberstand. Die Krise wurde schließlich mit dem "Consolidation Act" von 1856 beigelegt. Dieses Gesetz vereinigte die städtischen Behörden der Stadt San Francisco mit denen des angrenzenden Bezirks. Ziel war die Eindämmung der Korruption. Das zwischenzeitlich schlechte Krisenmanagement des Gouverneurs in dieser sogenannten "Vigilante Crisis" kostete ihn das Vertrauen seiner Partei und seiner Wähler. Für die nächsten Wahlen wurde er nicht wieder für das Amt des Gouverneurs nominiert. Bald darauf kam auch das Ende seiner Partei, die mehr oder weniger in der Republikanischen Partei aufging. Erwähnenswert ist noch, dass unter Gouverneur Johnson mit den Planungen für das Capitol in Sacramento begonnen wurde.