Κατά τη διάρκεια της εισβολής στην Πολωνία, η οποία ήταν η αφορμή για την έναρξη του Β΄Παγκοσμίου Πολέμου, το Γκνιέζνο κατελήφθη από γερμανικά στρατεύματα στις 11 Σεπτεμβρίου 1939. Στις 26 Οκτωβρίου 1939 προσαρτήθηκε στη Ναζιστική Γερμανία ως μέρος του Ράιχσγκαου Βάρτελαντ. Κατά τη διάρκεια της γερμανικής κατοχής, οι ντόπιοι Πολωνοί υπέστησαν συλλήψεις, απελάσεις και μαζικές εκτελέσεις. Οι Γερμανοί δολοφόνησαν αρκετές εκατοντάδες κατοίκους, και περισσότεροι από 10.000 κάτοικοι της πόλης και του πόβιατ εκδιώχθηκαν στο Γενικό Κυβερνείο ή φυλακίστηκαν σε ναζιστικά στρατόπεδα συγκέντρωσης. Στα τέλη του 1940, στο ψυχιατρικό ινστιτούτο Ντζιεκάνκα (πολωνικά: "Dziekanka," γερμανικά: "Tiegenhof") κοντά στο Γκνιέζνο, 1172 ασθενείς εκκενώθηκαν και στη συνέχεια δολοφονήθηκαν. Και πάλι στα τέλη του 1940, εκατοντάδες ασθενείς δολοφονήθηκαν σε φορτηγά αεριών από τους κομάντο του Ρούντολφ Λάνγκε, μια υπομονάδα του Einsatzkommando 2. Παρ΄ όλα αυτά, το Γκνιέζνο παρέμεινε το κέντρο της πολωνικής αντίστασης.