После «бархатной революции» принял активное участие в политической жизни города Йиндржихув-Градец, где он в то время проживал. Шпидла присоединился к ЧСДП, в 1992 году вошёл в Президиум партии, в 1997 году стал вице-председателем ЧСДП, а в апреле 2001 года стал председателем партии. Член чешского парламента с 1996 года. С 1998 по 2002 Шпидла был вице-премьером в правительстве Милоша Земана, а также занимал пост министра труда и социальных вопросов. 12 июля 2002 года Шпидла стал четвёртым премьер-министром Чехии. На посту премьер-министра Шпидла уделял особое внимание поддержке бюджета с установленным Евросоюзом уровнем дефицита. 19 июля 2004 года Шпидла ушёл в отставку после неудачных для социал-демократов выборов в Европарламент. Новым премьер-министром стал его однопартиец, министр внутренних дел Станислав Гросс, который в это время был одним из самых популярных политиков в стране.