Libyen hat niemals eine Beteiligung an dem Anschlag eingeräumt, jedoch im Rahmen von Verhandlungen zur Beilegung der Konflikte mit den USA erklärt, es „akzeptiere die Verantwortung für Taten seiner Offiziellen“. Andere Berichte geben an, Libyen hätte 2002 die volle Verantwortung für den Anschlag übernommen. Anlass und Motiv waren offenbar die Bombardierungen von Tripolis und Bengasi im April 1986. Am 15. und 16. April 1986 starteten US-Kampfflugzeuge eine Serie von Luftangriffen von England aus: Die Operation El Dorado Canyon. Die ersten US-Luftangriffe von Großbritannien aus seit dem Zweiten Weltkrieg richteten sich gegen Tripolis und Bengasi, Libyen, als Vergeltung für einen Anschlag in der Nacht vom 4. auf den 5. April 1986 auf die Diskothek La Belle in West-Berlin, bei dem drei Menschen getötet und 229 verletzt worden waren, darunter viele US-Soldaten. Dieser Angriff wiederum war eine Vergeltung für die Versenkung von zwei libyschen Kriegsschiffen durch die USA. Unter den dutzenden Toten der Luftangriffe war nach Angaben der libyschen Regierung auch Hana Gaddafi, ein von Muammar al-Gaddafi adoptiertes Mädchen. Es bestehen jedoch Anhaltspunkte dafür, dass der Tod von Hana Gaddafi zu Propagandazwecken vorgetäuscht wurde. Angeblich habe Gaddafi geschworen, dass derjenige, der seine Tochter getötet hatte, auch einen vergleichbaren Verlust erleiden werde. Einer der Piloten des US-Vergeltungsschlags vom 15. April 1986 – und daher für den Tod von Gaddafis Adoptivtochter verantwortlich – sei Michael MacQuarrie gewesen. Der Flugkapitän des PanAm-Fluges 103, James Bruce MacQuarrie, war der Vater von Michael MacQuarrie.