Viro liitettiin Neuvostoliittoon 6. elokuuta 1940, ja sen jälkeen aloitettiin suuria sosialistisia muutoksia. Kaupungin budjetti kasvoi peräti kolminkertaiseksi, kun terveydenhuoltoa ja sivistystointa tehostettiin. Yritykset ja kiinteistöt kansallistettiin, ja monia omistajia vainottiin. Ensimmäiset suurkarkotukset olivat virolaisille suuri järkytys: 14. kesäkuuta 1941 alkoivat virolaisten kuljetukset karjavaunuissa Siperiaan, ja Tartosta vietiin lähes tuhat henkeä.