In 1898 werd in Malolos City in de provincie Bulacan het eerste congres van deze nieuwe Filipijnse kerk gehouden. Aglipay was de representant van Ilocos Norte tijdens dit eerste congres. Na de machtsovername door de Amerikanen begon de Filipijns-Amerikaanse Oorlog en werd Aglipay een guerrillaleider in de Ilocos Region. Hij gaf zich in 1901 over in Laoag toen de Amerikanen de oorlog officieel als beëindigd verklaarde.