W 1799 polscy legioniści (ok. 8 tys.) wzięli udział w walkach z wojskami II koalicji antyfrancuskiej. W tym okresie legiony poniosły szereg porażek i ciężkie straty, np.: w bitwach pod Weroną, Magnano, w oblężonej Mantui, bitwach nad Trebbią i pod Novi. Straty pierwszej legii wynosiły 2 tys. zabitych i rannych; w drugiej legii, dowodzonej wówczas osobiście przez Dąbrowskiego, pozostało tylko 800 żołnierzy zdolnych do walki. W 1799 powstał nad Renem, dowodzony przez gen. Kniaziewicza, legion zwany naddunajskim, a w 1800 Dąbrowski odbudował 6-tysięczny legion pod nazwą Pierwsza Polska Legia.