Das Ende des 16. und der Beginn des 17. Jahrhunderts waren geprägt von stetigen religiösen und politischen Konflikten mit England und den Niederlanden im Zuge des Achtzigjährigen Krieges. Besondere Bekanntheit erlangte die versuchte Invasion Englands durch eine Spanische Armada. Bereits 1579 und 1580 waren spanische Schiffe an der irischen Küste gelandet, doch 1587 hatte der englische Korsar Francis Drake mindestens 37 große Kriegsschiffe der zur Invasion in England vorgesehenen spanischen Flotte im Hafen von Cadiz versenkt. Die eigentliche Armada wurde 1588 teilweise im Kampf gegen die Engländer, vor allem aber durch Stürme und ungünstige Winde geschwächt und konnte die geplante Invasion nicht ausführen. Die schwere Niederlage der Armada leitete aber noch nicht den Übergang der Vormacht zu See von Spanien auf England ein – im Gegenteil; die Spanier begannen nach 1588 erst systematisch eine Kriegsmarine für den Atlantik aufzubauen. Die Spanier verdreifachten ihre Silberausfuhren aus den Überseekolonien und vereitelten den von Drake geleiteten Gegenangriff auf die Halbinsel, bekannt als die Gegenarmada; eine erneute Eroberung von Cádiz durch die Engländer 1596 und die damit verbundene Zerstörung weiterer Kriegsschiffe konnten sie jedoch nicht verhindern. Während des Neunjährigen Krieges landeten spanische Schiffe 1596 und 1601 nochmals zur Unterstützung der Aufständischen in Irland, verloren jedoch auch dabei weitere Schiffe. Einige Siege auf See im Karibischen Raum, unter anderem nach einem versuchten Angriff von Drake und John Hawkins auf San Juan, der mit dem Tod der beiden berühmtesten englischen Freibeuter jener Zeit endete, führten 1604 zum Londoner Vertrag und einen rund 20-jährigen Frieden zwischen den beiden Ländern.