Врхунац његове репрезентативне каријере је освајање Европског првенства 2004. Био је један од кључних играча, постигао је одлучујући гол на турниру против Португала. Касније је Харистеас учествовао и на Купу конфедерација 2005. и Европском првенству 2008. Играо је и на Светском првенству 2010. у Јужној Африци на коме Грчка није постигла значајнији резултат.