V mnohých oblastech však je jejich kapacita nedostačující; výstavba metra právě do Petržalky a do centra města sice byla na konci 80. let zahájena; těsně před sametovou revolucí byla zastavena a od této doby se již v stavbě nepokračovalo. Mnohokrát došlo ke změně koncepce celé dráhy, na počátku 21. století se tak počítá se systémem rychlodrážní tramvaje. Začátek její výstavby byl plánován na rok 2009, stavba však nebyla započata. Vybudování rychlodrážního dopravního systému je jeden z největších problémů městské dopravy ve slovenské metropoli. Též problematický je i stárnoucí vozový park autobusů, potažmo tramvají.