在短暂的修整之后，拜仁以历史上第二次赢得欧洲超级杯开启了新赛季。在这场势均力敌的比赛中，拜仁由哈维·马丁内斯在加时赛射入制胜一球后以2比1击败塞维利亚。2021年2月，他们依靠罗伯特·莱万多夫斯基的梅开二度以2比0击败非洲冠军开罗国民、继而在决赛中凭借邦雅曼·帕瓦尔的入球而以1比0击败了墨西哥新莱昂自治大学老虎之后，赢得了2020年世界俱乐部杯（由于新冠疫情而从2020年12月推迟）。成为继2009年的巴塞罗那之后，第二支获得六冠王的球队。随后，拜仁在欧冠四分之一决赛中被巴黎圣日耳曼淘汰，未能完成卫冕。然而，它却成功实现了德甲九连冠。在该赛季期间，罗伯特·莱万多夫斯基以41个入球打破了盖德·穆勒保持了四十九年的德甲单季进球记录。