Kadife Devrimden hemen önce 14 Ağustos 1989 tarihinde tutuklandı ve 25 Kasım 1989 tarihinde Komünist rejimin çöküşünden sonra başbakanlık af yoluyla serbest kaldı. Aralık 1989'dan Nisan 1990'a kadar Slovak federal Cumhuriyeti'nin, Nisan'dan Haziran 1990'a kadar Çekoslovakya'nın başbakan yardımcılığı görevini yürüttü. Şubat 1990 itibarıyla Hristiyan Demokrat Hareketi'nin kurucularından biri olarak başkanlığını yapmaya başladı. 1990 Slovakya meclis seçimlerinde Hristiyan Demokrat Hareketi'nin ikinci en büyük parti olmasıyla Čarnogurský, Haziran 1990'da Slovakya'nın başbakan yardımcı oldu. Halk Partisi - Demokratik Bir Slovakya Hareketi'nın Verejnosť proti násiliu'dan ayrılmasından sonra, yani parti 1990 seçimlerini kazandıktan sonra Nisan 1991'de Slovakya'nın başbakanlık görevini devraldı.