Verder was de oorlogsschade in de periode 1618-1648 relatief beperkt. In 1650 verleende Ravensburg aan Vlotho het recht op het houden van een grote jaarmarkt. Het stadje herstelde zich sneller van deze rampzalige periode dan veel omliggende steden en dorpen. Aan de Wezer ontwikkelde zich te Vlotho de belangrijkste binnenhaven tussen Minden en Hamelen. Er ontwikkelde zich in het inmiddels Pruisisch geworden Vlotho een invloedrijk schippersgilde, de vlotterij met boomstammen en molenstenen op de Wezer stroomafwaarts was een bloeiende bedrijfstak, de stad kreeg een linnenmarkt ("Leinenlegge") en werd in 1719 door koning Frederik Willem I van Pruisen tot "Titularstadt" verheven; blijkbaar waren de 13e-eeuwse stadsrechten in de loop der eeuwen vervallen verklaard. Ook op de 11 km lange, door de gemeente stromende "Forellenbach" waren vooral in de 18e en 19e eeuw talrijke watermolens, die vroeg-industriële bedrijven van allerlei aard mogelijk maakten. Vanaf het midden van de 19e eeuw vestigden zich ook veel joden in Vlotho, en in de stad werd een synagoge gebouwd. Helaas werd ook hier vanaf de Kristallnacht in 1938 door de jodenvervolging in Adolf Hitlers Derde Rijk een gruwelijk stuk geschiedenis geschreven. 41 Joden vonden in de vernietigingskampen de dood. In de stad zijn na 1945 talrijke gedenkplaatsen voor hen opgericht.