Op 25 maart 1998 maakte Jørgensen zijn debuut voor het Deense nationale elftal in het oefenduel tegen Schotland. Hij kwam op dat moment binnen als recordinternational van het elftal onder-21, met 31 wedstrijden en negen goals. Datzelfde jaar mocht hij mee naar het WK 1998. Hij speelde er in alle vijf de wedstrijden van Denemarken. Jørgensen scoorde daar tegen de latere finalist Brazilië. Ondanks een blessure ging hij ook mee naar het EK 2000. Hij behoorde eveneens tot het nationale team op het WK 2002, EURO 2004 en het WK 2010.