Auf Anraten von Lucien und Joseph Bonaparte schlug das Direktoriumsmitglied Gohier Bernadotte als Nachfolger des allgemein für unfähig gehaltenen Louis Marie de Milet de Mureau zum Kriegsminister vor. Am 2. Juli 1799 wurde Bernadotte einstimmig vom Direktorium gewählt. Zur Zeit Bernadottes Kriegsministeramtes gab es 260.000 Soldaten der Revolutionstruppen, die von Holland bis Neapel stationiert waren und durch äußere Feinde und im Inneren durch die Royalisten bedroht waren. Er ordnete die Finanzen, ging gegen Korruption vor, richtete neue Ausbildungslager für Rekruten ein und verbesserte die Versorgungslage der Truppen. Als Jourdan, Augereau und Saliceti versuchten, mit Bernadotte ein Komplott gegen die Regierung zu verabreden, bei dem Barras, Sieyès und Fouché verhaftet werden sollten, hätte er für eine Unterstützung zuvor zurücktreten sollen. Das Komplott fand nicht statt. Sieyès, Barras und Ducos, die gewarnt worden waren, versetzten Bernadotte – gegen den Widerspruch der anderen beiden Direktoren – am 14. September 1799 in den Ruhestand. Zuvor hatte er noch Befehle an André Masséna zur dann siegreichen Zweiten Schlacht von Zürich geben können.