Ujfaluši a fost convocat pentru prima dată la naționala Cehiei în 2001, în timp ce juca pentru Hamburg. El și-a reprezentat țara la UEFA Euro 2004 (jucând în patru meciuri pentru Cehia, echipă care avea să ajungă în semifinalele competiției), Cupa Mondială FIFA 2006 - fiind eliminat împotriva Ghanei cu Cehia calificându-se din grupe - și Euro 2008 (trei meciuri, fiind numit Omul meciul din primul din turneu, o victorie cu 1-0 împotriva Elveției).