Brunner sert à la tête de l"'&lt;a href="Einsatzkommando"&gt;Einsatzkommando 4 / I&lt;/a&gt;" lors de l'invasion de la Pologne et les débuts de l'occupation allemande en 1939, chargé d'assassiner des intellectuels polonais. Au cours de son séjour dans le nord de l'Italie, il est également responsable de l'arrestation puis de l'expulsion des Juifs italiens sous sa juridiction, ainsi que de nombreuses représailles contre des civils italiens. Le , il est capturé à Bolzano et interné au camp de prisonniers de guerre d'Island Farm et libéré en 1948.