Österreich erkannte den neuen Staat im Frieden von Campo Formio vom Oktober 1797 an, drang aber bei Beginn des Zweiten Koalitionskrieges im Mai 1799 in das Land ein und hob die Republik auf. Bonapartes Sieg bei Marengo im folgenden Jahr stellte die ursprünglichen Verhältnisse wieder her. Der Frieden von Lunéville 1801 bestätigte die Existenz der Cisalpinischen Republik, die eine zweite, neue Verfassung mit einer einkammerigen Legislative ("Consulta") und einer neunköpfigen Exekutive ("Governo") erhalten hatte. Am 26. Januar 1802 änderte sie ihren Namen in "Italienische Republik", nahm die französische Konsulatsverfassung an und wählte Napoléon Bonaparte zum Präsidenten. Am 17. März 1805 nahm Napoléon, seit Dezember 1804 Kaiser der Franzosen, die Krone des Königreichs Italien an und löste die Italienische Republik auf.