Тероризм став важливим питанням національної безпеки в адміністрації Клінтона, і це стало одним з домінуючих питань адміністрації Буша. Наприкінці 1980-х років Осама бен Ладен створив Аль-Каїду, войовничу багатонаціональну організацію сунітів-ісламістів, яка прагнула повалити підтримувані західними урядами Саудівську Аравію, Йорданію , Єгипет та Пакистан. У відповідь на рішення Саудівської Аравії почати приймати американських солдатів у 1991 році, Аль-Каїда розпочала терористичну кампанію проти американських цілей, оркеструючи напади, такі як бомбардування USS Cole 1998 року. Під час перших місяців Буша на посаді американські спецслужби перехопили повідомлення, що свідчать про те, що Аль-Каїда планувала черговий напад на США, але зовнішньополітичні чиновники були не готові до великого нападу на США. Буш ознайомився з діяльністю Аль-Каїди, але зосередився на інших зовнішньополітичних питаннях протягом своїх перших місяців перебування на посаді.