El 15 de noviembre de 2006, fue presentado como nuevo entrenador de la Selección de Panamá, a su vez fue ratificado estratega del combinado Sub-23. Estando al frente del cuadro panameño, obtuvo el subcampeonato de la Copa de Naciones UNCAF 2007 y alcanzó los cuartos de final de la Copa de Oro ese mismo año. Con la Sub-23 quedó en la fase de grupos del Preolímpico de Concacaf. El 24 de junio de 2008, se dio la separación de Guimarães tras su eliminación prematura en la ruta al Mundial 2010.