En las siguientes dos temporadas jugo regularmente con el entrenador Stefano Colantuono en el centro del campo, disputando 32 y 33 partidos respectivamente y anotando otros 2 goles (ambos durante la temporada 2013-14). Para la temporada 2015-16 y debido a diversos problemas físicos, solo jugó 10 partidos durante la temporada (9 por Serie A y 1 por la Copa Italia), mientras que en la temporada 2016-2017 después de haber jugado 2 de las primeras 4 fechas de la Serie A (su último duelo el 18 de septiembre de 2016 en la caída de visita 3-0 con Cagliari), ya no es considerado por Gian Piero Gasperini, y finalmente el 31 de enero de 2017 rescinde su contrato que lo vinculaba con Atalanta, dejando así el club después de 7 temporadas, en las que jugó un total de 162 partidos (156 por liga italiana y 6 en la Copa de Italia) y marcó 5 goles.