משבר תעלת סואץ בשנת 1956 השפיע על ההסכם לרעה. עיראק כחברה ערבית בברית לא הייתה יכולה להישאר נייטרלית במשבר סואץ. כתוצאה מכך עיראק הדירה את בריטניה מישיבות הסכם בגדאד ומלך עיראק הצטרף לפסגה הערבית בביירות במופע של סולידריות פאן-ערבית לאחר משבר סואץ. למרות קיומן של בעיות אלו, עיראק הייתה המדינה הערבית היחידה בחוזה בגדאד וניסתה ליצור איזון בין טורקיה, מדינות המערב ומדינות ערב.