L'ambient de violència política que s'havia viscut la dècada de 1970 va contribuir enormement a la Guerra civil, que duraria 12 anys (1980-1992). Va ser un conflicte que militarment es va definir com una "guerra de baixa intensitat", o "guerra popular" "perllongada", com la denominaven les forces guerrilleres del FMLN, i que va costar la vida a més de 75.000 persones entre morts i desapareguts.