Пеския был включён в состав сборной Аргентины на чемпионат Южной Америки 1945, однако ни одного матча на турнире, ставшем победным для аргентинцев, не провёл. В 1946 году Наталио провёл четыре из пяти матчей своей сборной на южноамериканском чемпионате и второй год подряд завоевал золотые медали. На 1947 Пеския принял участие в 6 матчах, аргентинцы в 3 раз за 3 года стали чемпионами. Всего в составе национальной команды Наталио провёл 12 встреч.