Невдовзі після приходу до влади Кіршнер здійснив зміни в аргентинському Верховному суді. Він звинуватив деяких суддів у хабарництві і здійснив тиск на них, щоб вони пішли у відставку, також сприяючи усуненню двох інших. Замість більшості правих та консервативних суддів, він призначив нових, хто був за ідеологією ближче до нього, включаючи двох жінок (одна з них — загальновизнаний атеїст). Кіршнер також відправив у відставку багатьох генералів та адміралів, репутація яких була заплямована злочинами «брудної війни».