II wojna światowa i okupacja w zasadniczym stopniu zakłóciły dotychczasową aktywność naukową i organizacyjno-hodowlaną Vetulaniego. W 1939 roku Niemcy zaproponowali mu możliwość kontynuowania badań, wykorzystanie jego włoskiego pochodzenia i pracę na Uniwersytecie Rzeszy w Poznaniu. Profesor odrzucił tę propozycję i narażając życie, zdecydował się na wyjazd do Krakowa. Tam przebywał aż do zakończenia wojny.