בראשית המאה ה-21 נפגעה הדלתא משני אסונות טבע: הוריקן קתרינה והוריקן ריטה שגרמו לשיטפונות באוגוסט ובספטמבר 2005 ודליפת הנפט במפרץ מקסיקו (2010). עליית גובה פני הים עקב ההתחממות העולמית גורמת להצפה קבועה של שטחים שבשנות ה-50 של המאה ה-20 עוד היו קרקע מוצקה.