Lorsque Darius monta son expédition contre la Grèce, il ordonna à Datis et Artapherne, fils du satrape de Lydie, de s'emparer des Cyclades. Ils pillèrent Naxos, Délos fut épargnée pour des raisons religieuses et Siphnos, Sérifos et Milos préférèrent se soumettre et livrer des otages. Les îles passèrent donc sous le contrôle perse. Après Marathon, Miltiade entreprit la reconquête de l'archipel, mais il échoua devant Paros. Les insulaires fournirent dix-sept navires à la flotte perse, mais la veille de la Bataille de Salamine, six ou sept navires cycladiques (venus de Naxos, Kéa, Kythnos, Sériphos, Siphnos et Milos) seraient passés du côté grec. Les îles eurent ainsi le droit d'être sur le trépied consacré à Delphes.