В период «Интифады Аль-Аксы» подразделение «Шайетет 13» под командованием Ротберга было удостоено знака отличия Начальника Генштаба два года подряд — в 2002 году и в 2003 году. В этот период подразделение участвовало, помимо прочего, в операции «Ноев ковчег» () по захвату судна «Карин А» с контрабандным грузом оружия в январе 2002 года, а также было задействовано в ряде сухопутных контртеррористических операций, включая точечные операции по ликвидации лидеров террористических группировок, а также участие в бою в Дженине и совместная с бригадой «Цанханим» операция в Наблусе в рамках операции «Защитная стена» в апреле 2002 года.