Les inondations sont une préoccupation majeure le long du Mississippi. Avec un si grand bassin fluvial et le vaste débit d'eau, le fleuve rend les villes le long de ses rives très sensibles aux fréquentes inondations. Le National Weather Service a indiqué que de 1980 à 2002, neuf inondations aux États-Unis ont provoqué des pertes totales dépassant le milliard de dollars. En termes de pertes financières et d'effets sur la société, l'inondation de 1993 été la pire.