Parafia jest siedzibą dekanatu wilejskiego archidiecezji mińsko-mohylewskiej. Pierwsza drewniana kaplica w Wilejce spłonęła w 1810 r. W 1862 r. rozpoczęto budowę kościoła, który po powstaniu styczniowym przekształcono w cerkiew. Obecny kościół wybudowano w latach 1906-1913. Po II wojnie światowej świątynię zamknięto i przekształcono w magazyn. W 1990 r. została zwrócona wiernym.