Während des Vierten Koalitionskrieges setzte ihn der König am 6. November 1806 als interimistischen Kommandanten von Danzig ein. Hamberger erhielt dabei den Auftrag, gemeinsam mit dem Generalleutnant von Manstein die Festung Danzig bis auf den letzten Mann gegen die Franzosen zu verteidigen. Aufgrund seiner gezeigten Leistungen und seines Einsatzes wurde er am 2. Dezember 1806 zum Generalmajor befördert. Außerdem ernannte ihn der König am 28. Januar 1807 zum Chef des Infanterieregiments „von Reinhart“. Nach dem Fall der Festung Ende Mai 1807 erhielt Hamberger für seinen Mut und seine Entschlossenheit bei der Verteidigung des Hagelsberges den Roten Adlerorden. Außerdem wurde ihm bis weiteres Urlaub gewährt.