Він народився в Празі. Закінчив в географії Карлового університету в Празі в 1984 році, отримавши ступінь доктора в галузі природничих наук ступеня через рік. У середині 1980-х він був дисидентом і підписантом Хартії 77. Після організації демонстрації в січні 1989 року Вондра був поміщений у в'язницю протягом двох місяців. У листопаді 1989 року (в той час Оксамитова революція була в стадії реалізації) він став співзасновником Громадянського форуму.