Die Römer behandelten Malta zunächst wie alle eroberten Ländereien und setzten einen für zivile und militärische Angelegenheiten zuständigen Prokurator ein. Sie änderten die Namen der Inseln: Aus Malet wurde Melita, aus Gol Gaulus. Es ist davon auszugehen, dass sich Melita von Mel, dem lateinischen Wort für Honig, herleiten sollte, der damals in großen Mengen auf der Hauptinsel gewonnen wurde. Darüber hinaus ordneten die Römer neben dem Bau der Stadt Melita (das heutige Mdina) über einer älteren punischen Siedlung auch die Errichtung von Victoria auf Gozo an. Nach mehreren Jahrzehnten änderte sich das Verhältnis zur Römischen Republik dahingehend, dass sie nun Malta vor allem als Verbündeten und nicht mehr als Besiegten ansah und der Bevölkerung zahlreiche Zugeständnisse machte. Dieser Wandel dürfte darin begründet sein, dass die Römer Maltas strategisch günstige Lage im Kampf gegen die Karthager erkannt hatten. Den Einwohnern wurde erlaubt, ihre Sprache sowie ihre eigenen Götter beizubehalten. Nach dem Ende des Dritten Punischen Krieges im Jahre 146 v. Chr. war Malta von römischen Provinzen umgeben, was eine langwährende militärische Sicherheit bewirkte. Auch die bis dahin häufige Plünderung durch Seeräuber hörte auf.