Il est finalement nommé dans des paroisses de la banlieue de la capitale, Santa Clara, El Sagrario puis Candelaria, et devient chancelier du provicaire général auprès de l'archevêque de Guatemala . est le promoteur du "Pèlerinage National contre le communisme" et de la dévotion au Christ noir d'Esquipulas. C'est cette même célèbre statue du Christ qui est nommée en « commandant en chef » du quand les mercenaires, financés par l'United Fruit, envahissent le Guatemala et que dénonce l'athéisme du président de la république Jacobo Árbenz Guzmán. Le Père Gerardi est à ce poste, au cœur de l'administration conservatrice de l'archevêché, quand, en , six ans après le coup d'état du lieutenant-colonel Carlos Castillo Armas et l'instauration par la CIA d'une dictature militaire, éclate la guerre civile du Guatemala, laquelle durera plus de trente ans et fera des dizaines de milliers de morts.