Cuando la guerra contra Francia estalló en 1809, von Hiller recibió el comando de los "VI Armee Korps" que cubrían el flanco izquierdo del principal ejército austríaco. Cuando el emperador Napoleón I de Francia atacó el flanco izquierdo del ejército austríaco el 20 de abril en la Batalla de Abensberg, Hiller llegó y tomó el comando de los V, VI y II "Armeekorps" de Reservas. Luego de ser derrotado en Abensberg y el 21 de abril en Landshut, se vio separado del ejército principal. El 22 de abril, el Archiduque Carlos fue derrotado en la Batalla de Eckmuhl y se replegó a la ribera norte del Danubio. Sin darse cuenta de que se encontraba solo en la ribera sur, Hiller atacó al Mariscal de Francia Jean-Baptiste Bessieres y obtuvo una pequeña victoria en la Batalla de Neumarkt-Sankt Veit el 24 de abril. Finalmente, al darse cuenta de que su situación era bastante crítica, se replegó en forma ordenada hacia Linz entre el 25 de abril y el 3 de mayo. En ese último día se enfrentó en una sangrienta batalla contra las fuerzas de André Masséna en la Batalla de Ebelsberg. Esta derrota obligó a von Hiller a replegarse a Mautern, al otro lado del Danubio.