Пратио је Наполеона за време бриљантног похода у Италији 1796. После Кампоформијског мира постао је командант француске војске у Италији. Освојио је Рим и утамничио је 20. фебруара 1797. папу Пија VI. Папа је у тамници умро од болести. Организовао је Римску републику, па се придружио Наполеону у Египатском походу. Ту је служио све до Наполеоновога повратка. Помогао је Наполеону приликом државног удара 9. новембра 1799, којим је Наполеон дошао на власт и успоставио Конзулат. Био је једно време министар рата (1800—1807). У време битке код Марења био је номинални командант Резервне армије, али кад је Наполеон пратио Резервну армију, опет је Бертије постао као и увек Наполеонов начелник штаба.