Po roce 1989 byl kostel předán Arcibiskupství olomouckému a od roku 2007 obdržel statut univerzitního kostela v majetku nově zřízené Akademické farnosti Olomouc. V 90. letech téhož století došlo na rekonstrukci exteriéru. V roce 2005 Otmar Oliva pro kostel zhotovil bronzový oltář s mramorovou deskou. Pro svou velmi dobrou akustiku je kostel oblíbený mezi hudebníky. Během roku se zde pořádá mnoho koncertních vystoupení.