כ"סיכון ביטחוני", קרא הראל את בר לשיחות אחדות, ניסה לתהות על קנקנו ולהחליט האם הוא אופורטוניסט שהצטרף למפלגה השלטת, או שחבר לחוגי השלטון כסוכן סובייטי. הפגישה הראשונה ביניהם נערכה בסוף שנת 1955. תשובותיו של בר לשאלותיו הגלויות והישירות של הראל, שהיו משום הודאה בעברו הפרו-סובייטי, שממנו השתחרר מסיבות אידאולוגיות, לא הפיגו את חשדותיו של הראל. ערב מבצע סיני, כצעד של נקיטת אמצעי ביטחון למניעת דליפת ידיעות על המבצע, קרא הראל לפגישה עשרה אנשי שמאל ובר ביניהם. בר הודה בשיחה כי נפגש עם מזכיר משגרירות ברית המועצות, אך טען כי עשה זאת כדי לסקור בפניו באופן אובייקטיבי את בעיותיה של ישראל. את השיחה הממושכת ביותר עם בר ניהל איסר הראל בשנת 1960, וזאת לנוכח פגישותיו של בר עם הגנרל גהלן. בשובו לישראל הפיץ בר את השמועה כי הביא שדר מגהלן לבן-גוריון. הראל נזף בבר, הטיח בו דברים קשים, והודיע לו כי הוא אוסר עליו לנסוע יותר לחו"ל. בר הגיב בזעם ויצא נסער מהחדר.