Entre agosto de 1988 y finales de 1989 creó una red terrorista conocida como al Qaeda (en árabe: القاعدة "al-qā`ida", ‘la Base’), la cual consistía, en gran medida, en militantes musulmanes que Bin Laden había conocido en Afganistán, tales como su lugarteniente Aymán al-Zawahirí, junto con el propio Bin Laden. El grupo presuntamente financió y organizó varios ataques por todo el mundo, incluidos la detonación de coches bomba contra blancos estadounidenses en Arabia Saudí en 1996, el asesinato de turistas en Egipto en 1997 y los ataques con bomba simultáneos a las embajadas estadounidenses en Nairobi (Kenia) y en Dar es Salaam (Tanzania) en 1998, los cuales terminaron con la vida de 224 personas y miles de heridos.