Da mellomriket til sist falt sammen, ble det avløst av andre mellomepoke (ca. 1650–1550 f.Kr.), men riket ble igjen forent av herskere fra Teben som da ble de første faraoer i det nye rike. Under det nye rike ble Amon den fremste gud for den egyptiske staten. Han ble synkretisert med Ra, den lenge etablerte skytsgud for kongeverdigheten, og hans tempel i Karnak ved Teben ble Egypts viktigste religiøse senter. Opphøyelsen av Amon skyldes dels tilknytningen til Teben, men også et økende profesjonelt presteskap. Deres teologiske diskusjoner inneholdt detaljerte beskrivelser av Amons universelle makt.