Во время декабрьского восстания 1905 года дружинники (в основном рабочие Миусского трамвайного парка, а также савёловские и брестские железнодорожники) пытались захватить тюрьму, но были отбиты конвойной командой; бои продолжались до 14 декабря, когда Миусский парк был освобождён отрядом драгун. В 1907 г. в тюрьме было создано следственное отделение. В 1908 г. в Бутырской тюрьме было создано каторжное отделение («Временный централ»).