Das nächste geschichtlich sehr relevante Ereignis fand am 28. September 1901 während des Philippinisch-Amerikanischen Krieges in der Ortschaft Balangiga statt. An diesem Tag attackierten philippinische Rebellen zusammen mit den Dorfbewohnern die in Balangiga stationierte amerikanische Garnison, töteten den Großteil der Soldaten und vernichteten die gesamte Einrichtung. Dieses Ereignis ging als das Balangiga-Massaker in die amerikanische und philippinische Geschichte ein. Als Vergeltung erhielten die US-Streitkräfte den Befehl, die Insel Samar in eine "heulende Wildnis" zu verwandeln, woraufhin viele Dörfer niedergebrannt und tausende Filipinos, darunter viele Zivilisten, getötet wurden. Als Kriegstrophäe wurden die Kirchenglocken von Balangiga von den amerikanischen Truppen demontiert und in die Vereinigten Staaten überführt. Bis heute ist dieses Ereignis ein schwarzer Fleck in den Beziehungen der Philippinen zu den Vereinigten Staaten.