Bei den Olympischen Spielen 2016 in Rio de Janeiro verpasste Margalis über 200 m Lagen mit dem vierten Platz knapp eine Medaille. Mit der 4-x-200-m-Freistil-Staffel nahm sie am Vorlauf teil. Durch den Sieg von Allison Schmitt, Leah Smith, Maya DiRado und Katie Ledecky im Finale gewann Margalis ebenfalls eine olympische Goldmedaille.