Після приєднання до СРСР Бессарабії і Північної Буковини постало питання про встановленні церковного життя в цих землях і пошуки кандидата призвели до єпископа Алексія. Указом Московської Патріархії від 3 грудня 1940 року він був відряджений у Кишинів як керуючий православними громадами Кишинівської, Бельцької, Ізмаїльської та Чернівецької єпархій терміном на 6 місяців. Указом Московської Патріархії від 12 травня 1941 року призначений архієпископом Кишинівським і Бессарабським із залишенням за ним Ізмаїльської та Бельцької єпархій та за дорученням управління Чернівецької єпархії; він титулувався як «екзарх Бессарабський і Північнобуковинский».