De marine groeide snel tot 96 oorlogsbodems. Toen het land in conflict kwam met de Verenigde Provincies van de Río de la Plata — zelf net onafhankelijk van Spanje en het latere Argentinië — blokkeerden de Brazilianen de monding van de Río de la Plata. Dit strategisch gebied zou nog lang het onderwerp van conflict zijn tussen de vier landen die er liggen. Na verschillende slagen werden de Argentijnen in 1827 verslagen. Onder de tweede keizer Peter II bereikte de Braziliaanse marine haar grootste relatieve sterkte — in 1870 was ze de vijfde marine van de wereld, werd het marinierkorps opgericht en werd het stoomschip geïntroduceerd. Ook werd deelgenomen aan de strijd tegen opstanden tegen het keizerrijk. In 1864 werd gevochten in de Uruguayaanse Burgeroorlog, gevolgd door de Oorlog van de Drievoudige Alliantie met Paraguay.