19 Kasım 2003'te, Malafeev millî takım ile ilk maçına Euro 2004 elemeleri play-off rakibi Galler karşısında çıktı. Kaleci Sergei Ovchinnikov'un arkasından ikinci kaleciydi. Malafeev ilk kez Euro 2004'te Portekiz ile yaptıkları maçta Ovchinnikov'un kırmızı kart almasıyla, Yunanistan maçında ilk 11'de başladı.