Successivamente la direzione passò a Rafael Kubelík (1942–1948), Karel Ančerl (1950–1968), Václav Neumann (1968–1989), Jiří Bělohlávek (1990–1992), Gerd Albrecht (1993–1996), Vladimir Ashkenazy (1996–2003), Zdeněk Mácal (2003–2007), e Eliahu Inbal (2009–2012). All'alba della Rivoluzione di velluto, l'orchestra si riorganizzò nel 1991 votando come suo direttore Gerd Albrecht al posto di Bělohlávek che si dimise nel 1992. Nel dicembre 2010 l'orchestra annunciò che Bělohlávek avrebbe riassunto il posto di direttore stabile nel 2012, con un contratto iniziale di 4 anni.