Noch vor Kriegsausbruch formierte er die "Tuskeegee Light Infanterie" und stattete sie auf eigene Kosten mit entsprechenden Uniformen aus. Wenige Tage später wurden er und seine Männer in das 2. Infanterie-Regiment von Alabama integriert und Battle erhielt den Rang eines Lieutenant Colonel. Am 8. Januar 1861 wurden sie nach Pensacola abkommandiert, um die Truppen aus Florida zu unterstützen und Floridas Küsten zu sichern. Wenige Monate später wurde er zum 3. Alabama Infanterie-Regiment versetzt. Seine größten Kämpfe waren bei der Schlacht von Seven Pines am 31. Mai und 1. Juni 1862, bei der Schlacht von Fredericksburg vom 11. bis zum 15. Dezember 1862 und bei der Schlacht von Gettysburg vom 1. bis zum 3. Juli 1863. Danach wurde Battle zum Brigadegeneral befördert und kommandierte seine eigene Brigade bei der Schlacht in der Wilderness Anfang Mai 1864, bei der Schlacht bei Spotsylvania Court House vom 8. bis zum 21. Mai 1864 und bei der Schlacht am Cedar Creek am 19. Oktober 1864, wobei er schwer verwundet wurde.