Fernandes membuat debut seniornya untuk Portugal pada bulan November 2017, setelah sebelumnya bermain di bawah-19, bawah-20 dan bawah 21 tahun. Dia juga mewakili Portugal di Sukan Olimpik 2016. Dia dipilih dalam skuad Portugal untuk Piala Dunia FIFA 2018, Final Liga Negara-Negara UEFA 2019 dan UEFA Euro 2020, memenangi pertandingan 2019 di tanah air sambil dinobatkan dalam Pasukan Kejohanan.