In het Nederlands elftal was Waterreus lange tijd eerste reserve, na Edwin van der Sar. Hij speelde zijn eerste interland op 15 augustus 2001, tegen Engeland onder leiding van bondscoach Louis van Gaal. Vanwege een blessure van Van der Sar speelde hij in de voorronden van het Europees kampioenschap 2004 de wedstrijden tegen Tsjechië en Moldavië. Waterreus zat ook bij de selectie van het eindtoernooi in Portugal, maar kwam niet in actie.