En 1861, durant la guerre de Sécession, Walker s'est enrôlé dans l'Armée confédérée et a servi dans la légion de Hampton, du nom de son général, Wade Hampton. Il a été blessé à la Bataille de Seven Pines ( - ). Après son rétablissement, il a été transféré à Charleston, où il a été assigné aux postes de garde, ce qui lui a laissé du temps pour observer et peindre.