Harriman teki joitain merkittäviä lahjoituksia. Hän rahoitti vuonna 1899 Alaskaa tutkineen niin sanotun Harrimanin retkikunnan ja lahjoitti San Franciscoon vuoden 1906 maanjäristyksen jälkeen miljoonan dollarin arvosta yhtiöidensä rautatiekalustoa. Kuollessaan Harriman jätti leskelleen noin 100 miljoonan dollarin suuruisen perinnön.