Cissé arbeitete als Präsident der Westafrikanische Wirtschafts- und Währungsunion (UEMOA). Er galt als ein Favorit für die Präsidentschaftswahl im April 2012. Diese wurde jedoch aufgrund des Putsches abgesagt. Cissé trat bei der Wahl 2013 für die URD an und gewann nach Ibrahim Boubacar Keïta die meisten Stimmen. Da Keïta nicht die absolute Mehrheit erreichte, trat er gegen Cissé bei der Stichwahl am 11. August an. Nach Auszählung von ca. zwei Dritteln der Stimmen gestand Cissé seine Niederlage ein und gratulierte Keïta zum Sieg.