Місто занепало під час наполеонівських воєн. Чергова пожежа відбулась у 1821 році, внаслідок неї базиліка зазнала значних руйнувань. Після закінчення січневого повстання, у якому мешканці міста брали активну участь, Кодень втратило права міста. 6 квітня 1875 року за наказом царя костел св. Анни змінено на церкву православну; ікону Матері Божої в серпні 1875 року було вивезено на Ясну Ґуру, звідки повернулася 4 вересня 1927 року.