Volvió a Córdoba a mediados de 1852, después de la Batalla de Caseros y de la caída del caudillo federal Manuel López. Durante unos meses volvió a ser rector del Seminario. En 1854 fue presidente de la legislatura provincial y de la convención constituyente, y en los años siguientes fue nombrado cura rector de la Catedral de Córdoba, cargo que ejerció el resto de su vida.