Am 5. Dezember 1974 richtete die Militärregierung Guatemalas bei Melchor de Mencos (in Petén, an der Grenze zu Belize) ein Ausbildungszentrum für Spezialkräfte ein. Aufgebaut wurde es vom damaligen Major Pablo Nuila Hub („Kaibil 001“), der wie etliche andere guatemaltekische Offiziere bereits an Spezialkräftelehrgängen im Ausland teilgenommen hatte. Am 5. März 1975 erhielt die Schule zu Ehren von Kayb'il B'alam den Beinamen Kaibil ("Escuela de Adiestramiento y Operaciones Especiales „Kaibil“"). In dieser Zeit orientierte sich die Ausbildung in dem berüchtigten Ausbildungscamp "El Infierno" (Gemeinde La Pólvora) am Vorbild der United States Army Rangers, später wurde sie vermehrt an den örtlichen Bedürfnissen ausgerichtet. Eine besondere Rolle spielte hier die Aufstandsbekämpfung und die nachdrücklichen Ansprüche, die Guatemala seinerzeit auf Belize erhob. Vor allem die Brutalität der Ausbildung und die damit verbundene Enthemmung führte, wie eine Wahrheitsfindungskommission im Februar 1999 feststellte, zu den zahlreichen Menschenrechtsverletzungen und Verbrechen, die Kaibiles während des Guatemaltekischen Bürgerkriegs verübten, darunter das "Massaker von Dos Erres" im Dezember 1982. Weil linksgerichtete Guerrilleros dort einen Militärkonvoi überfallen und 21 Soldaten getötet hatten, brachten Kaibiles als Vergeltung 226 Männer, Frauen und Kinder des Ortes auf grausame Weise um, mit der Begründung, die Zivilisten hätten die Guerillabewegung unterstützt. Erst im Jahr 2000 bat die Regierung um Vergebung und entschädigte die Überlebenden mit 1,82 Mio. US-Dollar. 2011 und 2012 wurden fünf Soldaten der Einheit zu jeweils mehr als 6000 Jahren Gefängnisstrafe verurteilt. Im November 2018 wurde nach Auslieferung aus den USA der ehemalige Soldat Santos López Alonzo zu 5160 Jahre in Haft verurteilt.