Im Sommer 1796 standen napoleonische Truppen (Erster Koalitionskrieg 1792/97) vor den Toren Regensburgs. Wie die meisten Mitglieder des Immerwährenden Reichstags verließ auch von Struve die Stadt und schiffte sich mit seiner Familie auf der Donau nach Krems ein. Im nahegelegenen Stein, heute ein Stadtteil von Krems, fand er eine neue Bleibe.