Marat alkoi vaikuttaa Pariisin jakobiiniklubin ja kordelieeriklubin piireissä, mutta pysytteli itsenäisenä ja erillään puolueista. Hän kääntyi vallankumouksen alkuvaiheen maltillisia johtajia kuten markiisi La Fayettea, Honoré Mirabeauta ja Jean-Sylvain Baillya vastaan. Marat sai paljon kannatusta alempien kansankerrosten parissa, mutta vallanpitäjät pitivät häntä vaarallisena ja yrittivät useasti vaientaa hänet. Hän oli ensin kuukauden ajan vangittuna loka–marraskuussa 1789, ja joutui asumaan tammikuusta toukokuuhun 1790 maanpaossa Lontoossa arvosteltuaan ankarasti La Fayettea ja valtiovarainministeri Jacques Neckeriä. Vangitsemismääräysten yhteydessä Marat meni useasti maan alle ja jatkoi lehtensä julkaisua palattuaan. "L’ami du peuple" lakkautettiin lyhyesti myös Marskentän verilöylyä heinäkuussa 1791 seuranneen tukahduttamisreaktion yhteydessä. Vuoteen 1791 mennessä Marat kääntyi kiihkeäksi tasavaltalaiseksi ja hän tuomitsi kansalliskokouksen pyrkimykset säilyttää kuningas Ludvig XVI valtaistuimella. Marat oleskeli uudelleen Lontoossa joulukuusta 1791 huhtikuuhun 1792. Palattuaan hän tuomitsi julkisesti Ranskan sodanjulistuksen Itävallalle ja joutui jälleen piileskelemään elokuuhun saakka.