En , Desailly atteint les 100 sélections en équipe de France lors d'une rencontre qualificative pour le championnat d'Europe 2004 face à la Slovénie. Il se blesse en février 2003 lors de France-République tchèque et ne peut disputer les deux derniers matches qualificatifs pour l'Euro. En avril, il devient le recordman des sélections en équipe de France à l'occasion d'un match amical face à l'équipe d'Égypte. Il devance alors son ancien coéquipier Didier Deschamps, appelé à 103 reprises entre 1989 et 2000. Néanmoins, le défenseur estime que son record et annonce qu'il quittera la sélection après l'Euro.