냉전 동안 유럽 사령부의 관할지를 넘어 대서양에 들어온 소련의 공격에 대비하는 임무를 수행하였다. 1960년 콩고 위기 당시 대서양 사령부의 지휘부는 사하라 하부 아프리카에서의 계획과 작전을 위한 애드훅부대인 JTF-4 본부를 설치하고 루이스 W. 트루먼 중장에게 지휘권한을 맡겼다. 1993년 10월 1일 새로운 두문자어 "", 1999년 미국 합동전력사령부(USJFCOM)로 재편성되므로서 대서양 사령부는 편제표에서 내려졌다.