John Witherspoon se narodil v Giffordu ve východním Lothianu ve Skotsku jako nejstarší dítě ctihodného Jamese Alexandra Witherspoona a Anne Walkerové. Jeho matka byla z rodiny skotského vůdce Johna Welshe of Ayr a Johna Knoxe.. Tvrzení o jejím původu z rodiny Johna Knoxe je dlouhodobě zpochybňováno a bez dokumentace. Studoval na gymnáziu ve skotském Haddingtonu a získal titul Master of Arts na univerzitě v Edinburghu v roce 1739. Zůstal na univerzitě studovat náboženství. V roce 1764 získal čestný titul doktora v nábožství na Univerzitě v St Andrews. Witherspoon byl neochvějný protestant, nacionalista a zastánce republikanismu. Byl aktivní v boji proti římsko-katolickému jakobínismu stoupajícímu zejména v letech 1745–46. Po vítězství Jakobitů v bitvě u Falkirku ze 17. ledna 1746 byl krátce uvězněn na hradě Doune, což mělo dlouhodobý účinek na jeho zdraví. V letech 1745 až 1758 byl představeným skotské presbyteriánské církve v městě Beith v kraji Ayrshire. Zde se oženil s Elizabeth Montgomeryovou z Craighouse. Měli deset dětí, z nichž se pět dožilo dospělosti. Od roku 1758 do roku 1768 byl představeným církve v Paisley. Witherspoon se stal prominentní osobou uvnitř církve jako evangelický oponent skotské strany Moderate Party. Během svých dvou pastorátů napsal tři dobře známá díla o teologii, zejména satiru "Ecclesiastical Characteristics" ("Církevní charakteristiky") z roku 1753, ve které se vyjádřil proti filosofickému vlivu Francise Hutchesona.