Бо́льшую часть своих работ Уоткинс хранил в студии на Маркет-стрит. Эта студия была разрушена в результате землетрясения и пожара в Сан-Франциско в 1906 году. Бесчисленные фотографии, негативы и бо́льшая часть его стереоскопических изображений безвозвратно пропали. После этой ужасной потери он удалился на ранчо Капай.