In het seizoen &lt;a href="Primera%20Divisi%C3%B3n%202011/12"&gt;Primera División 2011/12&lt;/a&gt; bereikte Atlético de finale van de UEFA Europa League. Koke deed in dertien duels mee in die competitie en mocht in de finale tegen Athletic Bilbao (3–0 winst) van coach Diego Simeone invallen voor Diego. Op 31 augustus 2012 stond hij in het basiselftal in het team dat in de UEFA Super Cup met 1–4 won van Chelsea. In oktober 2013 werd Koke verkozen tot Speler van de Maand in de Primera División.