Borja keerde in januari 2016 definitief terug naar Colombia om voor de tweede keer in zijn carrière voor Cortuluá te gaan spelen, nu in de Primera A in plaats van de Primera B. Hij maakte in een halfjaar 19 doelpunten in 21 wedstrijden en werd daarmee topscorer van de Apertura 2016. Titelkandidaat Atlético Nacional haalde Borja daarop in juli 2016 naar Medellín. Hier scoorde hij vijf keer in de vier wedstrijden die hij meedeed in de dat jaar gewonnen Copa Libertadores; alle vier de doelpunten van Atlético Nacional in de (dubbele) halve finale tegen São Paulo en het winnende en beslissende doelpunt in de tweede finalewedstrijd tegen Independiente del Valle. Borja scoorde ook vijf keer in de zes wedstrijden die hij meedeed in het eveneens gewonnen toernooi om de Copa Colombia. Daarmee was hij dat jaar topscorer in het Colombiaanse bekertoernooi. Borja nam in december met Atlético Nacional deel aan het WK voor clubs 2016.