Po skončení jeho prvého obdobia, bol na odporúčanie Bezpečnostnej rady OSN zvolený na druhé obdobia. Počas tejto doby vstúpilo do OSN mnoho nových afrických a ázijských krajín. U Thant bol odporcom apartheidu v JAR a ostro proti nemu vystupoval. Podieľal sa taktiež na rokovaniach v Jemene v roku 1962 a v Bahrajne roku 1968, ktoré zabránili vypuknutiu konfliktov. Bol kritizovaný zo strany USA a Izraela, kvôli jeho rozhodnutiu stiahnuť jednotky zo Sinajského polostrova, ktoré tam boli od ukončenia Suezskej krízy.