Hijo de Luciano Bonaparte, hecho príncipe de Canino por el papa Pío VII, nació pocos meses después de que su padre se reconciliara con su hermano el emperador durante el gobierno de los Cien Días. En 1831, cuando contaba dieciséis años, su familia se vio forzada a abandonar Italia por los sucesos revolucionarios, pero él, enardecido por el ejemplo de su hermano Paul, muerto en combate por la libertad de Grecia, decidió escapar del hogar paterno e incorporarse a la insurrección de la Romaña. Detenido por la policía en la Toscana, antes de encontrarse con los revolucionarios, fue conducido a la prisión de Livorno donde permaneció más de seis meses. Tras ser puesto en libertad y al no serle permitido volver a residir en los dominios papales se exilió en Estados Unidos, acogido por su tío José I Bonaparte en su residencia de Point-Breeze en Bordentown. Allí conoció al general Santander, presidente de la República de la Nueva Granada, al que en abril de 1832 se ofreció para unirse a la guerra contra el Ecuador, entrando en campaña como jefe de escuadrón. En enero de 1833, tras la firma de la paz, retornó a Nueva York y de allí a Canino con su hermano Antonio.