Niittymäki spielte bereits 1995 im Alter von 15 Jahren für die C-Junioren des Eishockeyklubs seiner Geburtsstadt, TPS Turku. In den folgenden Jahren bis 2001 einschließlich durchlief er den restlichen Juniorenbereich bis hin zu den Senioren, deren erste Mannschaft zu dieser Zeit zu den besten Mannschaften der finnischen SM-liiga gehörte. Bereits in der &lt;a href="SM-liiga%201998/99"&gt;Saison 1998/99&lt;/a&gt; gehörte der damals 18-jährige erstmals zum Kader, blieb aber hinter den Stammkräften Fredrik Norrena und Miikka Kiprusoff ohne Einsatz. Das Talent des jungen Schlussmanns war auch den Scouts der Franchises der National Hockey League nicht verborgen geblieben. So sicherten sich die Philadelphia Flyers vorzeitig im NHL Entry Draft 1998 in der sechsten Runde an 168. Stelle die Transferrechte an Niittymäkis Person. Ab 1999 gehörte Niittymäki zum Stammpersonal der ersten Mannschaft und bildete in den folgenden drei Jahren mit Norrena das Torhütergespann von TPS. Er hatte im Vorfeld zwar versucht nach Nordamerika zu wechseln, doch die allgemein gültige Wehrpflicht in Finnland verhinderte dies zumindest bis Januar 2001.