In una nicchia della navata sinistra si trova una "Deposizione di Gesù nel sepolcro", scultura lignea policroma di Anton Maria Maragliano, mentre le statue nelle nicchie dell'abside (Pietà, di ispirazione michelangiolesca, Davide, Geremia, S. Giovanni Battista e Sant'Andrea) sono opera del Montorsoli, al quale si deve anche la cripta sotto il coro, con la volta in stucchi dorati, alla quale si accede per una scala in marmo, che ospita la tomba di Andrea Doria, anch'essa opera dello stesso artista. Nella chiesa si trovano anche le tombe di altri esponenti della famiglia Doria, tra cui Lamba Doria, vincitore di Curzola, Oberto, vincitore della Meloria, Luciano, artefice della vittoria nella battaglia di Pola, in cui egli stesso perse la vita, Filippino, Giannettino e Pagano.