Patrik Bärtschi begann seine Karriere als Eishockeyspieler beim EHC Kloten, für die er von 2000 bis 2006 in der Nationalliga A aktiv war. In dieser Zeit wurde er im NHL Entry Draft 2002 in der siebten Runde als insgesamt 202. Spieler von den Pittsburgh Penguins ausgewählt, für die er allerdings nie spielte. Nachdem er drei Jahre lang für den SC Bern auf dem Eis stand, erhielt Bärtschi zur Saison 2009/10 einen Vertrag beim amtierenden Champions-Hockey-League-Sieger, den ZSC Lions. Mit den Zürchern gewann er 2009 gegen die Chicago Blackhawks den Victoria Cup. 2012 wurde er mit demselben Verein Schweizer Meister.