Six ans après la colonisation officielle des Indes orientales, la République batave fut occupée par les forces françaises napoléonienne. Le gouvernement néerlandais s'exila en Angleterre et céda ses possessions coloniales à la Grande-Bretagne. Le Gouverneur-général Jan Willem Janssens, pro-français, résista à l'invasion de Java par une force britannique en 1811 jusqu'à ce qu'il soit forcé de se rendre. Le Gouverneur britannique Raffles, qui fonda plus tard la ville de Singapour, dirigea la colonie pendant les dix années de l'interrègne britannique (1806-1816).