Am 13. April 1799 positionierte General Maximilian Baillet von Latour und Major Michael von Kienmayer 6000 Mann bei Herblingen und Büsingen. Die Geschütze postierte man bei Buchthalen auf der "Windegg". Nachdem die Aufforderung zur Übergabe von Stadt und Festung unbeantwortet geblieben war, wurde gegen 15 Uhr mit der Beschiessung begonnen. Die Besatzung des Munot erwiderte das Feuer, doch nach der Erstürmung der Stadt gegen 17 Uhr warfen sie die Geschütze in den Graben, wo sie die Österreicher in Besitz nahmen. Um eine Verfolgung zu vereiteln, setzten die Franzosen die Grubenmann-Brücke in Brand. Diese war 1758 nach Plänen des Appenzeller Baumeisters Hans Ulrich Grubenmann errichtet worden. Am 22. und 23. Mai 1799 überquerten etwa 25 000 österreichische Soldaten unter der Führung von Erzherzog Karl von Süddeutschland kommend auf zwei Behelfsbrücken im Schaaren den Rhein. Zuvor wurden über 1200 Einwohner der Region gezwungen, den Brückenkopf mit einem Rheinkastell im Schaarenwald, bestehend aus Wällen, Gräben und Verhauen, zu sichern. Im August wurden die Österreicher durch die verbündeten russischen Truppen unter dem Obristen Borodin abgelöst, sie schlugen ihr Lager zwischen Büsingen und Gailingen auf. Nach der Zweiten Schlacht um Zürich zogen sie Ende Oktober ab, und die Österreicher nahmen ihre Stellungen ein.