太平天国起事不久，捻军及回民相继起事。1865年，浩罕汗国军官阿古柏在新疆南部建立了自己的政权。随着1870年前后中亚的浩罕汗国、布哈拉汗国先后成为俄国附庸，阿古柏为维持自己的统治，先后签订《俄国-喀什噶尔条约》及《英国-喀什噶尔条约》。俄国通过条约获得清朝不肯满足之通商及治外法权等权利，与俄国竞争中亚地区的英国亦透过土耳其-印度通道对阿古柏提供支持，换取通商等权利。是时，英俄在中亚开展大博弈，英国意欲以喀什噶尔为自己的保护国，以阻塞俄国的扩张，俄国猜忌阿古柏与英国交好，先行占领伊犁。俄国西伯利亚总督府向伊犁将军荣全提议帮忙“收复”伊犁，遭荣全拒绝后，俄国仍然于1871年5月以“代收代守”为理由侵占伊犁。荣全断言，俄国已经将伊犁视为自己之领土，并冀以之为跳板扩张到整个新疆。西北万里版图乃“圣祖菑之，世宗畲之，高宗获之”，对清朝有着重要意义。左宗棠奉命扫除西北内乱，至同治十二年（1873年），已克定陕西、甘肃之内乱，准备向新疆进军。左宗棠给總理衙門答复伊犁問題之看法中指出：「欲杜俄人狡謀，必先定回部，欲收伊犁，必先克烏魯木齊。」清政府亦回复称：「中國不圖規復烏魯木齊，則俄人得步進步，西北兩路已屬堪虞。且關外一撤藩籬，難保回匪不復嘯聚肆擾近關一帶。關外賊勢既熾，雖欲閉關自守，其勢不能。」由是可知，清朝急于收复新疆，意在阻止俄国之进一步扩张。