Tras el asesinato de Kennedy en 1963, las relaciones indo-estadounidenses se deterioraron gradualmente. Mientras el sucesor de Kennedy Lyndon Johnson buscaba mantener relaciones con la India para contrarrestar a la China comunista, también buscó fortalecer los lazos con Pakistán con la esperanza de aliviar las tensiones con China y debilitar la creciente concentración militar de la India también. Las relaciones luego alcanzaron un mínimo histórico bajo la administración de Nixon a principios de los años setenta. Richard Nixon se alejó de la postura neutral que sus predecesores habían tomado hacia las hostilidades indo-paquistaníes. Estableció una relación muy estrecha con Pakistán, ayudándola militar y económicamente, ya que India, ahora bajo el liderazgo de Indira Gandhi, fue vista como inclinada hacia la Unión Soviética. Consideraba a Pakistán como un aliado muy importante para contrarrestar la influencia soviética en el subcontinente indio y establecer vínculos con China, con quien Pakistán era muy cercano. La relación personal helada entre Nixon e Indira contribuyó aún más a la mala relación entre las dos naciones. Durante la Guerra indo-pakistaní de 1971, los Estados Unidos apoyaron abiertamente a Pakistán e incluso desplegaron su portaaviones USS Enterprise (CVN-65) hacia el Bahía de Bengala, que fue vista como una demostración de fuerza por parte de los EE. UU. en apoyo de las asediadas fuerzas Pakistán Occidental. Más tarde, en 1974, India realizó su primera prueba nuclear, Smiling Buddha, a la que Estados Unidos se opuso, sin embargo, también concluyó que la prueba no violaba ningún acuerdo y procedió a un envío en junio de 1974 de uranio enriquecido para el reactor Tarapur.