1848-ban a honvédelmi bizottmány kormánya alatt Magyarország főorvosává nevezték ki. 1849-ben ő is követte a magyar kormányt Debrecenbe, és részt vett a honvédelmi bizottmány ülésein. A szabadságharcban vállalt szerepe miatt annak bukása után bujdosni kényszerült, megfosztották minden rangjától, tisztségétől, a katedrájától és a nyugdíjától is. Végül kegyelmet kapott. Idejét Budán töltötte, többnyire nyelvészeti búvárkodással, tanulta a finn és a török nyelvet, kertészkedett, és orvosi gyakorlatot is folytatott. Közéleti visszatérését csak 1861-ben engedélyezték.