È dalle colonne del "Giornale Filosofico Politico" che nel 1799 scrive una lettera aperta al duca Ferdinando d'Asburgo-Este, in cui denuncia i danni patiti in carcere nel 1796; nello stesso anno però Napoleone Bonaparte viene sconfitto dalle truppe austriache nella Battaglia di Novi e Melchiorre Gioia viene arrestato nuovamente dagli austriaci, per essere scarcerato quattordici mesi dopo, in seguito alla vittoria francese nella Battaglia di Marengo.