Sebastian Kehl a fait partie des sélections de jeunes de l'Allemagne. En 1998, aux côtés de futurs internationaux comme Sebastian Deisler, Fabian Ernst ou Timo Hildebrand, il échoue en finale du Championnat d'Europe des moins de 18 ans contre Irlande. Il connaît sa première cape internationale avec l'équipe d'Allemagne lors d'un match amical contre la Slovaquie le . Il marque son premier but international lors de son second match contre la Hongrie. Retenu pour la Coupe du monde 2002, il ne dispute que 2 matchs lors du tournoi qui voit l'Allemagne échouer en finale contre le Brésil, 2 à 0. Retenu pour le Championnat d'Europe de football 2004, il ne dispute aucune minute du tournoi.