Lors de la saison 2012-2013, la presse espagnole relate des tensions entre José Mourinho entraîneur du Real Madrid et Iker Casillas. Évènement rarissime, il est placé sur le banc lors de la de la Liga, ce fait témoigne du mauvais début de saison de son club et du principal intéressé. Le , il est encore placé sur le banc au profit d'Adàn mais ce dernier, sur une sortie ratée à la écope d'un carton rouge obligeant donc José Mourinho à faire rentrer Iker Casillas. Cristiano Ronaldo, qui portait le brassard en l'absence d'Iker Casillas et de Sergio Ramos propose même à Iker Casillas de le récupérer, ce dernier refusa. Le , Iker Casillas se fracture le pouce gauche pendant un match de Coupe du Roi contre le FC Valence. Son absence est estimée au minimum à six semaines. Après avoir été complètement rétabli de sa blessure Diego Lopéz recruté pour le remplacer devient le gardien numéro 1 de l'équipe et prend la place d'Iker Casillas. Ses mauvaises relations avec son entraîneur José Mourinho ne l'aidant pas, il se confine au rôle de remplaçant jusqu'en fin de saison.