Ursprünglich war die Gegend von Apachen besiedelt, die im 18. Jahrhundert von Comanchen vertrieben wurden. 1873 und 1874 erlitten die Comanchen eine erste Niederlage gegen die US-Armee, die nach und nach die Indianer aus der Gegend vertrieb. Lynn County wurde am 21. August 1876 aus Teilen des Garza County gebildet und die Verwaltungsorganisation 1903 abgeschlossen. Benannt wurde es nach William Lynn (?–1836), einem Soldaten der Texanischen Revolution, der in der Schlacht von Alamo fiel. Nachdem ab 1877 Büffeljäger in größerem Ausmaß zu jagen begannen, kam es erneut zu einer Auseinandersetzung mit den Comanchen, die jedoch bereits Anfang 1877 von der US-Armee aus der Region vertrieben wurden. Obwohl das Land ab 1877 zur Besiedlung freigegeben war, blieb die Einwohnerzahl niedrig. Anfang der 1880er Jahre ließen sich erste Rancher in der Gegend nieder, zumeist in den Randgebieten des Countys. Innerhalb des Countys wurde 1884 die erste Ranch gegründet, weitere folgten, es waren jedoch zumeist kleine Familienbetriebe. Die Einwohnerzahl des Countys stieg von neun im Jahre 1880 auf 24 in 1890. Im Jahre 1900 war die Einwohnerzahl auf 19 gesunken. Zwar war das County bereits 1876 gegründet worden, aber es blieb bis 1903 unorganisiert. Nach 1900 strömten vermehrt Farmer ins County, die die Rancher von Teilen des Landes vertrieben, so stieg die Zahl der Farmen von 1900 bis 1910 von 5 auf 201 und die Bevölkerung wuchs von 17 im Jahr 1900 auf 1713 im Jahr 1910.