Mit der brasilianischen Nationalmannschaft gewann Felipe Borges die Panamerikanischen Spiele 2007 und 2015 sowie die Panamerikameisterschaft 2006, 2008 und 2016. Zusätzlich nahm er an den Olympischen Spielen 2008 und an den Olympischen Spielen 2020 teil. Borges spielte auch bei den Weltmeisterschaften 2009, 2011, 2013, 2015 und 2019. 2009 wurde er mit 61 Toren in neun Spielen drittbester Torschütze des Turniers. Bisher bestritt er 228 Länderspiele, in denen er 801 Tore erzielte.