С 12 сентября 1941 — командир 211-й стрелковой дивизии 43-й армии Резервного фронта. В начале немецкого генерального наступления на Москву, дивизия оказалась в окружении в Вяземском котле, но к 13 октября 1941 года одной из немногих сумела вырваться с боем из окружения в район Можайска. При этом дивизия понесла большие потери, её командир М. С. Батраков при прорыве был ранен. После краткого лечения в барнаульском госпитале в ноябре 1941 года назначен командиром 42-й отдельной курсантской стрелковой бригады. Она формировалась в Сибирском военном округе, с декабря воевала в 24-й армии на Западном фронте, с 30 декабря — в 3-й ударной армии на Северо-Западном и Калининском фронтах, в мае 1942 — в 1-й гвардейской армии там же, где участвовала в Торопецко-Холмской и Демянской (1942 года) наступательных операциях. В августе 1942 бригаду перебросили на Сталинградский фронт в состав 62-й армии. Бригада геройски сражалась в Сталинградской битве в уличных боях в черте Сталинграда. В бою 22 сентября 1942 года полковник Батраков был тяжело ранен и контужен, длительное время лечился в госпитале.