2004-ben visszatért a Williams csapathoz, ahol Ralf Schumacher sérülése miatt négy nagydíjon indulhatott. A Német Nagydíjon hetedik lett és ezzel megszerezte első pontjait a sorozatban a Hungaroringen sikerült megismételnie ezt a bravúrt. A Belga Nagydíjon műszaki hiba miatt kiesett, de Monzában ismét hetedik lett. Ezután Schumacher felépült és így Pizzonia 6 ponttal zárta élete legsikeresebb Formula-1-es szezonját.