Kreikan maajoukkueessa Charistéaksen ensimmäinen peli oli 28. helmikuuta 2001 pelattu Kreikka–Venäjä (3–3). Hän pelasi kaikkiaan 88 maaottelua ja teki niissä 25 maalia. Vuoden 2004 EM-kilpailuissa Portugalissa Charistéas puski loppuottelussa Ángelos Basinásin antamasta kulmapotkusta Kreikalle 1–0-voittomaalin Portugalista. Hän teki turnauksessa maalin myös alkulohko-ottelussa Espanjaa ja puolivälierässä Ranskaa vastaan. EM-kilpailuissa 2008 hän pelasi täyden ajan Kreikan kaikissa kolmessa ottelussa ja teki viimeisessä niistä Espanjaa vastaan Kreikan ainoan maalin koko turnauksessa. MM-kilpailuissa 2010 hän pelasi yhden ottelun.