Die deutschen Besatzer erreichten mit Eingemeindungen im Jahr 1941 mehr als die Verdopplung der Größe der Stadt. Hans Frank wollte ein repräsentatives Regierungsviertel um den Park "Błonia" bauen, aber der Architekt Hubert Ritter hatte dagegen durch Enteignungen und Abriss ein das Stadtbild stärker zerstörendes Projekt „Ost-Nürnberg“ in Dębniki entworfen. Die größte Siedlung der einigen Dutzend mehrgeschossiger Gebäude wurde dagegen auf der Reichstrasse, in Nowa Wieś, gegründet. Die Besatzer errichteten im Stadtteil Podgórze am rechten Weichselufer für jüdische Stadtbürger das Ghetto Krakau, in dem zeitweise 20.000 Menschen als Arbeitssklaven gefangen gehalten wurden. Im Herbst 1941 wurden 2.000 Menschen aus dem Ghetto für die Tötung „selektiert“, weggebracht oder dort ermordet. Das Ghettogelände wurde anfangs mit Mauern abgesperrt. Nach weiteren Deportationen (1.–8. Juni und 27.–28. Oktober 1942) wurde das ganze Gelände im Dezember in Wohnbezirk A und Wohnbezirk B unterteilt. Das war die Vorbereitung für die endgültige Liquidation, die am 13. März 1943 begann.