Doch kam es bald schon zu einem Ereignis, welches schwerwiegende Folgen für die persische Geschichte haben sollte. Um 500 v. Chr. brach vermutlich auch aufgrund wirtschaftlicher Probleme und nicht nur aufgrund der von Herodot beschriebenen Ereignisse ein Aufstand der kleinasiatischen Griechen aus, der bis 494 v. Chr. andauerte und als Ionischer Aufstand bezeichnet wird. Die Perser reagierten mit Unternehmungen im Ägäisraum, unter anderem gegen die Unterstützer der Aufständischen, Athen und Eretria. Bis auf die Niederlage in der Schlacht bei Marathon war man dabei erfolgreich. Dies war der Beginn der so genannten Perserkriege, über deren Verlauf uns Herodot Auskunft gibt, wenn auch manche seiner Beobachtungen mit Vorsicht zu genießen sind. Die militärischen Auseinandersetzungen wurden zu einem bestimmenden Element der Beziehungen zwischen den griechischen Poleis und dem Perserreich.