Nonostante un interessamento da parte dell'Halmstad, il giocatore sceglie di firmare con l'Häcken, squadra del circondario di Göteborg. Vi rimane un anno e mezzo, periodo durante il quale riesce a vincere la Coppa di Svezia 2015-2016 vinta in finale ai rigori contro la sua ex squadra del Malmö FF. In questa partita tuttavia Rexhepi non era tra i convocati. Con l'Häcken gioca 21 partite dell'Allsvenskan 2015 (di cui 8 iniziate dal primo minuto), realizzando una rete. Nella prima parte del campionato 2016 trova spazio solo in una partita, durante la quale subentra nel corso della ripresa.