Проіснувавши як незалежні країни протягом двадцяти років, країни Балтії були окуповані та незаконно анексовані в червні 1940 р. Отримавши вільну руку від нацистської Німеччини через Німецько-радянський пакт про ненапад та його секретний додатковий протокол від серпня 1939 р. СРСР тиснув на три країни з проханням прийняти свої військові бази у вересні 1939 р. У разі відмови СРСР здійснив повітряну та морську блокаду і погрожував негайно здійснити атаку сотнями тисяч військовослужбовців, приземлених на кордоні. Збройні сили випередили політичну систему цих країн і встановили маріонеткові режими після фальсифікації виборів у червні 1940 року. Радянізація була перервана німецькою окупацією в 1941–1944 роках. Балтійський наступ відновив радянський контроль у 1944–1945 роках і відновив радянізацію, переважно завершену до 1950 року. Примусова колективізація сільського господарства розпочалася в 1947 році, а завершилася після масової депортації в березні 1949 року. Конфісковано приватні фермерські господарства, а фермерів змушено вступати в колгоспи. Збройний рух опору " лісових братів " діяв до середини 50-х років. Сотні тисяч брали участь або підтримували рух; десятки тисяч були вбиті. Радянська влада, яка воювала з лісовими братами, також зазнала сотень смертей. З обох сторін було вбито деяких невинних мирних жителів. Крім того, діяла низка підпільних націоналістичних шкільних груп. Більшість їх членів були засуджені до тривалих термінів ув'язнення. Каральні дії швидко зменшились після смерті Йосипа Сталіна в 1953 році; з 1956–58 рр. значній частині депортованих та політичних в’язнів було дозволено повернутися.