Vào tháng 6 năm 2014, Beckenbauer bị Ủy ban Đạo đức FIFA cấm 90 ngày tham gia bất kỳ hoạt động nào liên quan đến bóng đá vì bị cáo buộc từ chối hợp tác với cuộc điều tra về tham nhũng liên quan đến quyền đăng cai các kỳ World Cup 2018 và 2022 cho Nga và Qatar. Ông phản đối lệnh cấm; lý do vì ông đã yêu cầu các câu hỏi bằng tiếng Đức và dưới dạng văn bản. Lệnh cấm đã được dỡ bỏ sau khi Beckenbauer đồng ý tham gia vào cuộc điều tra của FIFA. Vào tháng 2 năm 2016, Beckenbauer bị phạt 7.000 CHF và bị cảnh cáo bởi Ủy ban Đạo đức FIFA vì không hợp tác với cuộc điều tra vào năm 2014.