১৯৬৯ সালে ভারতীয় সেনাবাহিনীর ৮ম সেনাপ্রধান (সিওএএস) হিসেবে উন্নীত হন এবং তার নেতৃত্বে ভারতীয় বাহিনী ১৯৭১ সালের ভারত-পাকিস্তান যুদ্ধে পাকিস্তানের বিরুদ্ধে সফল অভিযান পরিচালনা করে। যুদ্ধটি ৩ ডিসেম্বর থেকে ১৬ ডিসেম্বর পর্যন্ত ১২ দিন ধরে চলে। এটি ইতিহাসের সংক্ষিপ্ততম যুদ্ধগুলোর মধ্যে একটি। একই সাথে এর সমান্তরালে ১৯৭১ সালের ২৬ মার্চ থেকে চলমান বাংলাদেশের স্বাধীনতা যুদ্ধের ফলে একই বছরের ১৬ ডিসেম্বরে বাংলাদেশ স্বাধীনতা লাভ করে।। ১৯৭১ সালের ১৬ ডিসেম্বরে লেফটেন্যান্ট জেনারেল জগজিৎ সিং অরোরা, লেফটেন্যান্ট জেনারেল জে এফ আর জ্যাকব সহ ভারতীয় সেনাবাহিনীর অন্যান্য ঊর্ধ্বতন কর্মকর্তাদের উপস্থিতিতে পাকিস্তান সেনাবাহিনীর লেফটেন্যান্ট জেনারেল আমির আবদুল্লাহ খান নিয়াজী ঢাকায় আত্মসমর্পণ দলিলে স্বাক্ষর করেন। সেদিন ৯৩ হাজারেরও বেশি পাকিস্তানি ভারতীয় সেনাবাহিনীর কাছে আত্মসমর্পণ করে, যা ইতিহাসের বৃহত্তম আত্মসমর্পণের মধ্যে একটি হিসাবে নথিভুক্ত করা হয়েছিল। যদিও পাকিস্তানের রাষ্ট্রপতি ইয়াহিয়া খান আত্মসমর্পণের পক্ষে ছিলেন না, কিন্তু তার সৈন্যদের জীবন রক্ষার্থে তাকে রাজি হতে হয়েছিল। এই যুদ্ধে মানেকশ’র চৌকস সামরিক নেতৃত্বে ভারতীয় সেনাবাহিনীর নিষ্পত্তিমূলক ফলাফল জাতির মধ্যে নতুন আত্মবিশ্বাস জাগিয়ে তোলে। তাই তার অবদানের স্বীকৃতিস্বরূপ ১৯৭৩ সালের জানুয়ারিতে ভারতের রাষ্ট্রপতি তাকে ফিল্ড মার্শাল পদমর্যাদা প্রদান করেন। পরবর্তীতে ভারতীয় জাতির প্রতি তার সেবার জন্য তাকে যথাক্রমে ভারতের দ্বিতীয় ও তৃতীয় সর্বোচ্চ বেসামরিক পুরষ্কার পদ্মবিভূষণ ও পদ্মভূষণ পুরস্কারও প্রদান করা হয়।