Wegen der Abgaben änderte sich die Armee tiefgreifend: Am 6. November 1940 zog man das Kommando der "Armata del Po" zur Aufstellung der 9. Armee in Albanien heran, weswegen man es praktisch wiederaufstellen musste. Bis April 1941 gingen etliche Verbände an die 2. Armee, die vom Nordosten Italiens aus am deutschen Jugoslawienfeldzug teilnahm. Die übrigen gepanzerten und motorisierten Divisionen schickte man nach Nordafrika. Am 15. Februar 1941 erfolgte die Umbenennung in 6. Armee und die Verlegung nach Süditalien, dessen territoriale Verteidigung sie von der dort aufgelösten 3. Armee übernahm. Die 6. Armee führte auf dem Festland sowie auf Sizilien und Sardinien verschiedene Korps. Ab September 1941 war sie nur noch für Sizilien und Kalabrien verantwortlich, ab April 1943 beschränkte sich ihr Zuständigkeitsbereich auf Sizilien. Dort unterstanden dem Armeeoberkommando in Enna das XII. Korps im Westen der Insel mit drei Küstendivisionen und zwei Infanteriedivisionen sowie das XVI. Korps im Osten mit zwei Küstendivisionen, zwei Küstenbrigaden und einer Infanteriedivision. Bei diesen Infanteriedivisionen handelte es sich um zweitklassige, bei den Küstendivisionen um drittklassige Verbände mit älteren Reservisten. Zur Armeereserve gehörten zwei deutsche Divisionen sowie die für eine 1942 geplante Landung auf Malta vorbereitete 4. Infanteriedivision "Livorno", die dann dem XVI. Korps unterstellt wurde. Nach der Landung der Alliierten auf Sizilien am 10. Juli 1943 operierten die deutschen Verbände auf der Insel weitgehend eigenmächtig, weswegen sie nicht als Teil der 6. Armee betrachtet werden können. Ab Ende Juli 1943 bis zur Aufgabe Siziliens am folgenden 17. August lag die Führung der deutschen und italienischen Verbände beim deutschen General Hans-Valentin Hube.