Il museo, proprio per la sua natura, subì diverse controversie nel corso della sua storia. Solitamente esso viene definito "un museo di un museo" in quanto non solo esso costituisce una struttura museale attiva ma ha il pregio di mostrare come un museo fosse concepito a metà Ottocento, all'epoca della sua istituzione, e per quali scopi. Non mancarono le contestazioni politiche relative all'Expo 1958 quando il museo ebbe lo scopo di mostrare le ottime relazioni che intercorrevano tra belgi e congolesi, mentre in realtà i due paesi erano sull'orlo della crisi per l'indipendenza tra colonia e madrepatria.