Jego ojcem był Dmitrij Nabokow, minister sprawiedliwości w latach 1878–1885, matką baronówna Maria von Korff. Nauki pobierał początkowo w domu, później ukończył z wyróżnieniem gimnazjum klasyczne. W 1887 roku rozpoczął studia na wydziale prawa Uniwersytetu Petersburskiego. W 1890 roku został aresztowany za udział w protestach studenckich, z więzienia zwolniono go po czterech dniach. W 1892 ukończył studia, uzyskując dyplom w dziedzinie prawa karnego. Potem kontynuował naukę w Niemczech. W latach 1896–1905 kierował katedrą kryminologii w Cesarskiej Szkole Prawniczej, stanowisko to stracił po nawoływaniu do wypłacenia odszkodowań rodzinom, których bliscy polegli podczas krwawego stłumienia protestów w styczniu 1905 roku. Należał również do Międzynarodowej Unii Kryminologii.