Bei den Weltmeisterschaften 1997 in Paris verlor sie einmal mehr ihren Auftaktkampf gegen Marie-Claire Restoux. Mit vier Siegen in der Hoffnungsrunde erreichte sie aber den Kampf um Bronze, den sie gegen die Belgierin Nicole Flagothier verlor. Im Mai 1998 standen sich im Schmutz und Restoux im Achtelfinale der Europameisterschaften in Oviedo gegenüber und diesmal siegte die Schweizerin, die dann im Halbfinale der Britin Georgina Singleton unterlag. Den Kampf um Bronze gewann Schmutz gegen die Niederländerin Tamara Meijer. 1999 war Schmutz Siebte der Europameisterschaften in Bratislava. Bei den Weltmeisterschaften 1999 in Birmingham schied sie in ihrem ersten Kampf gegen die Rumänin Ioana Maria Aluaș aus. Anfang 2000 belegte Isabelle Schmutz bei vier Weltcupturnieren (Moskau, Sofia, München, Prag) den dritten Platz, danach siegte sie beim Turnier in Rotterdam. Bei den Europameisterschaften 2000 schied sie im Achtelfinale gegen die Portugiesin Paula Saldanha aus. Vier Monate später unterlag sie bei den bei den Olympischen Spielen in Sydney in ihrem ersten Kampf der Algerierin Salima Souakri nach vier Minuten. Im März 2001 gewann Schmutz im Finale des Weltcup-Turniers in Rom gegen Restoux. Bei den Europameisterschaften 2001 in Paris siegte sie im Halbfinale gegen Georgina Singleton, im Finale unterlag sie der Belgierin Inge Clement. Zum Abschluss ihrer Karriere trat Schmutz bei den Weltmeisterschaften 2001 in München an. Nach Niederlagen gegen die Japanerin Yuki Yokosawa und die Chinesin Liu Yuxiang belegte sie einen geteilten neunten Platz.