Mis en service en Chine courant 1941, l’Aichi E13A fut surtout utilisé depuis les croiseurs ("Kinugasa", "Atago", "Takao", "Chōkai", "Maya", "Kumano", "Chikuma", "Tone", "Suzuya"…) et ravitailleurs d’hydravions ("Chitose", "Chiyoda", "Kimikawa Maru") japonais à travers tout le Pacifique. 4 "Jake" effectuèrent les reconnaissances préliminaires à l’attaque de Pearl Harbor à l'aube du . Présent également pendant la Bataille de la mer de Corail, aux îles Midway, à Guadalcanal ou aux Îles Salomon, ce monomoteur démontra une grande flexibilité d’emplois : sauvetage en mer, lutte anti-sous-marine, attaque de navires de surface, escorte de convois, liaison, patrouille côtière… À Guadalcanal, utilisé pour des missions de harcèlement de nuit, le bruit caractéristique de son moteur lui valut le surnom de "Boiler-Charlie" (Charlie la lessiveuse). Durant les derniers mois de guerre les Aichi E13A furent encore utilisés pour des missions kamikaze contre les convois alliés en route vers le Japon.