Nach der „Machtergreifung“ verdammte Albert Schmidt öffentlich die Gewalttaten der SA. Er wurde „zu einem der mutigsten Prediger der Bekennenden Kirche in Bochum und darüber hinaus in ganz Westfalen“. Am 13. November 1938 wurde er von der Gestapo noch in der Sakristei seiner Kirche verhaftet, nachdem er von der Kanzel über die Verwüstungen in der Wohnung seines „judenchristlichen“ Freundes und Amtsbruders Hans Ehrenberg beim Novemberpogrom berichtet hatte, obwohl er Gestapo-Beamte unter seinen Zuhörern wusste. Nach einmonatiger Haft wurde der stark zuckerkranke Schmidt aus Bochum ausgewiesen und mit Redeverbot belegt. Er zog ins westfälische Werther, wo er schwerkrank 1940 seine Pfarrtätigkeit vom Rollstuhl aus wieder aufnehmen durfte. Die Wertheraner ev. Kirchengemeinde hatte sich 1934 mit großer Mehrheit in der Gemeindevertretung der westfälischen Bekenntnissynode unterstellt. Im Jahr 1945 gehörte er zu den Mitbegründern der CDU. Er starb am 20. November 1945 im Alter von 52 Jahren in Werther an den Folgen seiner Krankheit.