Khi Đức xâm chiếm Liên Xô, Kuznetsov, theo nguyên vọng đề đạt, đã được phái đến để gia nhập các nhóm du kích Liên Xô đang hoạt động tại Ukraina. Năm 1942, ông được kết nạp vào Đảng Cộng sản Liên Xô, chiến đấu với tư cách là thành viên của nhóm du kích "Victor", do Dmitry Medvedev lãnh đạo, ở miền trung và miền tây Ukraine. Kuznetsov phụ trách một số nhiệm vụ khó khăn liên quan đến các vụ ám sát và bắt cóc các quan chức cấp cao của Đức Quốc xã ở khu vực Rivne và Lviv, như các nhiệm vụ ám sát thành công thẩm phán trưởng của Đức tại Ukraina, phó thống đốc Galicia, cố vấn của Reichskommissar Ukraina, ba tướng Đức và những người khác. Kuznetsov được cho là điệp viên đầu tiên phát hiện ra kế hoạch tấn công xe tăng khổng lồ của Đức ở khu vực Kursk, và thông tin về tên lửa V-2 của Đức, cũng như về Chiến dịch Long Jump, kế hoạch của Hitler ám sát những người đứng đầu Liên Xô, Hoa Kỳ và Vương quốc Anh trong Hội nghị Tehran. Kuznetsov hoạt động tại Rivne (thủ đô của Reichskommissariat Ukraina) bằng cách sử dụng danh tính giả của một sĩ quan Đức là "Oberleutnant" Paul Siebert. Chính Kuznetsov là người đã thu được thông tin về vị trí của trụ sở "Người sói" của Hitler, gần thành phố Vinnytsia.