המשרה שבה ונוצרה מחדש בעקבות מהפכת פברואר 1848 והקמת הרפובליקה הצרפתית השנייה. אולם כבר בחודש יוני של אותה שנה בוטלה המשרה עקב בחירתו של נפוליאון השלישי וכינון הקיסרות השנייה. התפקיד השלטוני של מחוז פריז נמסר לידי מושל מחוז הסן שהיה מינוי אישי של שר הפנים הצרפתי. בתפקיד זה כיהנו שניים מהמשפיעים ביותר על העיר, קלוד-פיליבר ברתלו דה רמבוטו (כיהן בתפקיד בשנים 1833-1848) וז'ורז'-אז'ן אוסמן (1853-1870), אדריכל תוכנית אוסמן להתחדשות פריז, שהיה נאמנו האישי של הקיסר וזכה בסמכויות נרחבות ביותר.