Im Dezember 1939 schloss sich Hynek, inzwischen im Range eines Majors, dem polnischen Untergrund gegen die deutsche Besatzung an. Am 19. Mai 1944 wurde er verhaftet, einige Wochen im berüchtigten Warschauer Gefängnis Pawiak interniert, danach in das Konzentrationslager Groß-Rosen und schließlich nach Bergen-Belsen gebracht.