I premiären av allsvenskan 2016 fick Jesper Karlsson göra sin debut i den högsta serien. I den 79:e minuten byttes han in istället för Akseli Pelvas, det i en match som Falkenbergs FF förlorade med 0–2 mot IFK Göteborg. Den 17 juli 2016 gjorde Karlsson sina två första allsvenska mål i en 3–3-match mot Hammarby IF.