В июле 1919 года В. Н. Жданов был мобилизован в Красную Армию. Окончил курсы лётчиков-наблюдателей Восточного фронта в Сызрани в 1919 году. С сентября 1919 года участвовал в Гражданской войне на Туркестанском фронте в составе 25-го авиаотряда, был лётчиком-наблюдателем, затем назначен адъютантом разведывательного авиационного отряда. Участвовал в Бухарской операции, в последующих боях с войсками эмира Бухарского, а затем два года воевал против отрядов басмачей. За «ряд полезных воздушных разведок и бомбометание крепости Старая Бухара» награждён золотыми часами приказом Реввоенсовета фронта (7.10.1920). С ноября 1920 года воевал адъютантом 11-го авиаотряда Туркестанского фронта.