Igazgatása ideje éppen 1848-1849. nehéz időszakára esett, midőn a színészek hol játszottak, hol nem; Klestinszky is a 9. vörös sipkás kassai zászlóalj alakításában fáradozott, melynek hadipénztárnoka s depot-intendánsa lett. Néhány napig magyar sereg, majd ismét osztrákok váltakozva időztek a városban. Hol lojális, hol rebellis (így gúnyolódtak) színdarabot kívántak a színtársulattól; a honvédekké fölcsapott fiatal színészek helyett színésznők adták elő a fiatal férfi szerepeket. Klestinszky mindenre ráért, darabokat is írt a társulatnak, amint kívánták: lojálist, rebellist. Sok baja is volt ezért. 1848-ban három hónapig nemcsak a megye jegyzőségét is egyedül vitte, de mint nemzetőr is hasznos szolgálatokat tett, a jegyzőkönyveket éjjel a főőrhelyen fogalmazta és ezenkívül a játékrendről és a próbák rendes megtartásáról is gondoskodott. A német rendszer alatt újból az ügyvédi tollat vette kezébe. 1853-ban azonban az ügyvédeskedéstől eltiltatott és csak 1856-ban nyert újra engedélyt az ügyvédség folytatására. 1860. májusban Marx Vilmos akkori kassai Polizeidirektor őt mint a Széchenyihalom-egylet titkárát gonosz feladás következtében, elzáratta; csak negyednap szabadult meg. Ugyanez évben a kassai társalgási egylet őt bízta meg a Széchenyi István gróf arcképének leleplezési ünnepély, a Széchenyi-requiem, a szűkölködő horvátok segélyezésére adott táncvigalom, valamint az október 20-i diploma alkalmából rögtönzött estély rendezésével.