알제와는 협상을 통해 문제가 원만히 해결되어 무력 충돌은 발생하지 않은 상태에서 한동안 양진영간에 평화가 유지되었다. 그러나 1800년들어 다시 문제가 발생하자 미국의 토머스 제퍼슨 대통령은 전격적으로 바르바리 해적 소탕작전을 펼친다. 제1차 바르바리 전쟁(1801년 ~ 1805년)과 제2차 바르바리 전쟁(1815년)에 승리를 거둔 미국은 그간의 피해를 보상 받았을 뿐만 아니라 안전통행세 없이 지중해를 항해할 수 있는 조약도 체결하였다. 신생 독립국가가 거둔 예상외에 결과에 대해 유럽국가들은 강한 자극을 받았다.