Seqenenra nació en una época compleja, a la que se ha calificado de Segundo periodo intermedio de Egipto. Por aquel entonces, hacia 1560-1550 a. C., el delta de Nilo, al norte del país estaba dominado por los hicsos, un conjunto de pueblos provenientes de Asia cuyos dirigentes gobernaban casi todo Egipto. Sin embargo, el sur seguía siendo gobernado por dirigentes vasallos de origen egipcio, que resistían e incluso conspiraban contra el invasor. Uno de los territorios más rebeldes era el nomo de Tebas, gobernado por los mandatarios de la dinastía XVII, posibles descendientes de la dinastía XIII.