Из-за закрытия волгоградской ледовой арены, на которой тренировался Евгений, ему пришлось в 11 лет без родителей переехать в Санкт-Петербург. Мать приехала к Евгению только на следующий год, отец, Виктор Плющенко, столяр по специальности, и сестра Елена остались в Волгограде. Тренером Плющенко стал Алексей Мишин. Будучи убеждённым в таланте ученика, Мишин на протяжении трёх лет оплачивал петербургскую квартиру Евгения, который тренировался в группе с Алексеем Урмановым и Алексеем Ягудиным. Последний стал его многолетним соперником, особенно после своего перехода в 1998 году к выдающемуся тренеру Татьяне Тарасовой. Дебютировал на международной арене в 1995 году на чемпионате мира среди юниоров. На Чемпионат Мира 1998 года Плющенко попал после отказа от участия в нём Ильи Кулика и сразу занял третье место (в произвольной программе откатав без четверных прыжков). После ряда побед в сезоне 1999—2000 на чемпионате мира в произвольной программе допустил несколько ошибок (в том числе на четверном тулупе) и остался лишь четвёртым. В следующем сезоне (2000/2001) Плющенко выиграл все турниры, в которых принимал участие, в том числе второй раз подряд чемпионат Европы (с двумя четверными прыжками, в том числе в каскаде прыжков четверной-тройной-двойной) и впервые в карьере чемпионат мира, где Евгений представил свой ставшим знаменитым показательный номер «Sexbomb».