Nachdem Sansibar 1872 von einem Zyklon getroffen wurde, der fast alle Handels- und Kriegsschiffe zerstörte, verlor das Sultanat seine Stellung und gelang vermehrt unter den Druck der europäischen Kolonialmächte. Im November 1890 wurde schließlich das gesamte Staatsgebiet britisches Protektorat. Unabhängigkeitsbestrebungen im Jahr 1896 wurden seitens der Briten im 38 Minuten andauernden britisch-sansibarischen Krieg niedergeschlagen. Sansibar blieb bis zum 10. Dezember 1963 unter britischer Kontrolle. Am Anfang der britischen Kolonialzeit, als das Deutsche Reich und das Vereinigte Königreich in Ostafrika konkurrierten, wurden verschiedene islamische Gelehrte des Landes verwiesen. Die britischen Beamten auf Sansibar vermuteten, dass diese ʿUlamā' den Deutschen Informationen vermittelt oder anderweitig Verrat begangen hätten.