壞滅的第一航空艦隊長官南雲忠一中將和参謀長草鹿龍之介少將任第三艦隊指揮官。第三艦隊予定為空母六隻（翔鶴、瑞鶴、瑞鳳和飛鷹、隼鷹、龍驤２組）和戰艦2隻、巡洋艦4隻、長良為旗艦的驅逐艦16隻共計29隻的大艦隊。菲律賓海海戰時失去旗艦大鳳跟大量艦上機飛行員，其後練成的航空機亦於台灣空戰中消耗，雷伊泰灣海戰時基本沒有艦上機，作為誘敵艦隊而参加。雷伊泰灣海戰後、殘存的空母集合至第1航空戰隊，附屬聯合艦隊(後編入第二艦隊)，第4航空戰隊的航空戰艦伊勢・日向編入第二艦隊，第三艦隊廢止。其後、第4航空戰隊完成了。