In seguito all'invasione napoleonica i monaci nel 1796 dovettero dapprima consegnare tutto l'oro del monastero alla zecca di Torino e poi, nel 1802, si videro incamerare i loro beni e dovettero lasciare l'abbazia. La chiesa, destinata a fungere da magazzino, fu acquistata dal comune di Abbadia Alpina per l'educazione spirituale del popolo. L'abbazia divenne chiesa parrocchiale e il titolo di cattedrale di Santa Maria passò alla diocesi di Pinerolo, costituita nel XVIII secolo.