1930 befordrades Burgdorf till chef för 12. kompaniet vid 8. preussiska infanteriregementet i Görlitz, befordrades den 1 februari 1930 till hauptmann, förflyttades på våren 1933 till staben vid 4. divisionen i Dresden och blev på hösten 1934 lärare vid infanteriskolan i Dresden. Burgdorf befordrades den 1 november 1935 till major, blev den 1 november 1936 adjutant vid generalkommandot vid IX. armékåren i Kassel, befordrades den 1 augusti 1938 till överstelöjtnant och deltog i fälttåget mot Polen 1939. På våren 1940 anslöt sig Burgdorf till Führerreserven, tjänstgjorde som kommendant vid 529. infanteriregementet och deltog i fälttågen västerut. Den 1 september 1940 befordrades han till överste och återgick i tjänst för Führerreserven på våren 1942. Den 1 maj 1942 förflyttades Burgdorf till Oberkommando des Heeres (OKH), blev samma dag biträdande chef för OKH:s personalavdelning, befordrades till generalmajor den 1 oktober 1942, till generallöjtnant den 1 oktober 1943 och blev den 9 november 1944 general av infanteriet.