Первоначально Уоффорд голосовал против сецессии своего штата (на Совета по Сецессии), но когда это произошло, он сразу вступил в армию Конфедерации. Он был назначен полковником джорджианского ополчения а в апреле 1861 года — капитаном 18-го джорджианского полка. 25 апреля он был повышен до полковника и служил в Северной Каролине и Вирджинии, пока не был присоединен к техасской бригаде Джона Худа. В составе бригады Худа он участвовал в сражении при Йорктауне, при Элтамс-Лендинг и при Севен-Пайнс.