En 1956 la LFAJ devient partie prenante dans la fondation d'une organisation nationale unique d'auberges de jeunesse, la "Fédération unie des auberges de jeunesse" (FUAJ) regroupant plusieurs fédérations d'obédiences politique ou syndicale différentes. En 1959 la LFAJ se retire de la FUAJ, reprochant à celle-ci d’abandonner sa neutralité à propos des questions d’aide de l’État à l’école privée et de prendre position concernant la guerre d’Algérie.