הוא הצטרף לצי של ארצות הברית ב-1799 בהיותו בן 31, גיל גיוס מבוגר מאוד באותם זמנים, מונה לפרח חובלים ושירת בתפקיד זה 22 חודשים. במלחמה הבלתי רשמית עם צרפת (1798-1800) שירת תחת פיקודו של קומודור ג'ון בֶּרִי בפריגטה "יונייטד סטייטס", וב-27 בפברואר 1801 הועלה לדרגת לוטננט. ב-24 במאי 1803 עבר לפריגטה "פילדלפיה" כלוטננט שני. ב-31 באוקטובר 1803, תוך כדי פעולה קרבית בנמל טריפולי שבלוב נגד הקורסארים הברברים, עלתה "פילדלפיה" על שרטון ונפלה בשבי עם כל צוותה. ג'ונס וחבריו לצוות שוחררו מן השבי ביוני 1805, בסיומה של המלחמה הברברית הראשונה.