1980年から1988年まで続いたイラン・イラク戦争では、イラクが連盟内の国家でありイランがそうでなかったこと、およびこの前年の1979年に起きたイラン革命によって成立したイスラム共和制に対し殆どの加盟各国が強い警戒心を抱いたことから一貫してイラクを支持し続けた。1987年にパレスチナで起こった第1次インティファーダについては支援を行う決議を採択した。またこの間エジプトが加盟各国との関係改善に努めた結果、1990年3月にはエジプトが連盟に復帰して本部も再びカイロへと戻った。