Es folgten erste Geschäfts- und Hausverkäufe. Fünf Juden absolvierten eine Ausbildung zur Vorbereitung einer Einwanderung nach Palästina (Hachschara), andere emigrierten in andere europäische Länder, die Vereinigten Staaten und nach Südamerika. Beim Novemberpogrom 1938 stürmten die Warburger SA- und SS-Mitglieder, unterstützt von Kräften der SS-Division Germania Arolsen die Synagoge, zerstörten das Innere, transportierten die Sakralgegenstände auf den Altstädter Marktplatz und steckten sie an. Auch die meisten jüdischen Geschäfte wurden zerstört und viele Wohnungen beschädigt. Ein Teil der männlichen Juden wurde in die Konzentrationslager Buchenwald und Dachau eingeliefert und erst nach einigen Wochen wieder freigelassen. 1939 wohnten nur noch 96 Juden in der Kernstadt.