Mlékárny vznikaly v 19. století při hromadné migraci venkovského obyvatelstva za prací do měst a navázaly tak na provoz již dříve zakládaných sýráren. Dříve byla výroba těchto pochutin pouze domácí záležitostí. Významným krokem k hromadnému zpracovávání mléka bylo vynalezení odstředivky A. Lavalem. První parní mlékárna v Českých zemích vznikla v Hostivici u Prahy v 70. letech 19. století, první družstevní mlékárnu založili o pár let později občané v Brně.Kolem roku 1900 již existovalo přes 85 mlékárenských družstev. Mléko se rozlévalo do jednotlivých domácností z konví, až objev tepelné sterilizace Louisem Pasteurem přinesl rozvoj mléka ve skleněných lahvích. Velkou ranou pro mlékárny se stala 1. světová válka, během níž trpělo mnoho zvířat podvýživou, nebo onemocnělo slintavkou či kulhavkou. Přes 140 mlékáren ukončilo během válčení svou činnost. Další šok představovala 2. světová válka, po jejíž trvání měli veškerou zemědělskou výrobu v rukách němečtí okupanti. Tehdejší výrobky se vyznačovaly velmi nízkým obsahem tuku a sušiny. Po únorovém převratu došlo k nucené kolektivizaci mlékáren. Podniky byly koncentrovány do větších zařízení a mlékárenství mělo jednotnou organizační základnu. Zejména na ochranu kvalitu sýrů byly vydány nové normy a z této doby pochází i mnohé jejich české názvy. V roce 1958 bylo ustanoveno 17 krajských podniků, z nichž si např. pražský Pragolaktos nebo olomoucká Olma udržely své postavení dodnes. Po revoluci roku 1989 se většina podniků roztříštila na menší části (výjimku tvořily Jihočeské mlékárny – dnes Madeta a.s.). Novou kapitolu pro většinu mlékáren započalo Česko vstupem do EU roku 2004. Mlékárenská výroba musela splňovat přísnější hygienické podmínky a uspět v konkurenci jiných evropských zpracovávatelů mléka.