Im 19. Jahrhundert nahm die Bedeutung Puducherrys in dem Maße ab, in dem sich das koloniale Interesse Frankreichs Indochina zuwandte. Nach der Februarrevolution 1848 wurden alle Einwohner Puducherrys zu französischen Staatsbürgern erklärt. In der Dritten Republik erhielten Puducherry und die anderen französischen Kolonien in Indien eine Vertretung im französischen Parlament. Anfang des 20. Jahrhunderts gingen einige indische Nationalisten ins Exil nach Puducherry, da ihnen in Britisch-Indien die Verhaftung drohte. So kam Aurobindo Ghose (Sri Aurobindo) 1910 nach Puducherry, wo er den Sri Aurobindo Ashram gründete. Auch der nationalistische Dichter Subramaniya Bharati, der als Begründer der modernen tamilischen Literatur gilt, lebte von 1908 bis 1918 im Exil in Puducherry.