Ghezzi giocherà quindi con il Genoa nel 1958-59, mentre nel 1959 passerà al Milan in cambio di Lorenzo Buffon: dopo alcune difficoltà iniziali con Giuseppe Viani e Luigi Bonizzoni che spesso gli preferiscono Luciano Alfieri, con l'avvento di Nereo Rocco diverrà un punto fermo dei milanisti, con cui raccoglierà altri importanti successi: il 25 aprile 1961 a Bologna, vincerà il suo terzo scudetto nel campionato 1961-62 e la successiva vittoria nella finale di Coppa dei Campioni, la prima conquistata da una squadra italiana, contro il Benfica di Eusébio. Il Milan perderà invece la Coppa Intercontinentale 1963, vinta dal Santos nella terza sfida, dopo che le gare di andata e ritorno si erano concluse entrambe sul risultato di 4-2 (prima per il Milan, poi per il Santos).