Lokakuussa 2018 Anastasiádis valittiin Kreikan maajoukkueen päävalmentajaksi Kreikan menestys Anastasiádisin alaisuudessa jäi varsin vaisuksi. Heikot tulokset EM2020-karsinnoissa kasvattivat päävalmentajaan kohdistuvaa kritiikkiä. Tappiot Italialle ja Armenialle sekä Anastasiádisin riitautuminen kapteeni Sokrátis Papastathópoulosin kanssa vaikeuttivat hänen asemaansa päävalmentajana. Kreikan jalkapalloliitto vapautti hänet tehtävistään heinäkuussa 2019.