Nel 1999 ha partecipato di nuovo al mondiale di calcio Under-20, stavolta però l'Irlanda uscì ai sedicesimi contro la . Prima di essere promosso a commissario tecnico della Nazionale maggiore, Kerr ha anche ottenuto la qualificazione ai mondiali Under-20 del 2003. Il 27 gennaio 2003, a sorpresa, è stato chiamato ad allenare la Nazionale irlandese sostituendo Mick McCarthy colpevole di aver fallito la qualificazione agli Europei 2004. La prima partita di Kerr da CT dell'Irlanda fu un'amichevole vinta 2 a 0 contro la all'Hampden Park. Brian Kerr, nonostante le sole 4 sconfitte nella sua gestione, è stato licenziato il 18 ottobre 2005 per aver fallito la qualificazione ai Mondiali 2006.