Po wybuchu II wojny światowej (wrzesień 1939) ponownie zawiesił działalność. W czasie wojny członkowie Towarzystwa Gimnastycznego Sokół byli traktowani przez okupanta niemieckiego jako element niebezpieczny dla nazizmu oraz niemieckiego państwa. Organizację po raz kolejny zdelegalizowano, a wielu jej członków zostało zamordowanych przez niemieckich nazistów. Łódź, wolą mniejszości niemieckiej mieszkającej w mieście, została włączona do III Rzeszy. Nazwę miasta zmieniono na Litzmannstadt (prawa Polaków i polskich organizacji zostały ograniczone).