L’armistice du 22 juin 1940 la trouve en mission à Lyon où elle prend la direction, le , du secrétariat du pour la zone non occupée domicilié au 2 rue de la Poulaillerie. La politique du régime de Vichy exigeant le rattachement des organisations sportives féminines à une fédération masculine, le se trouve contraint de fusionner avec la Fédération gymnastique et sportive des patronages de France (FGSPF). Eugénie Duisit assure alors pour celle-ci le rôle de déléguée générale de la zone libre. C’est à ce titre qu’elle visite dans le cadre d’une mission le mouvement sportif algérien le . Son retour est prévu le pour le congrès de Paris mais le les alliés débarquent en Afrique du Nord.