De retour en compétition officielle en début d'année 2009, Florence Kiplagat s'adjuge le titre individuel des Championnats du monde de cross, à Amman, devançant avec le temps de 26 min 13 s sa compatriote Linet Masai. Elle devient la deuxième athlète kényane titrée au niveau mondial après Hellen Chepngeno en 1994. Lors de cette compétition, l'équipe du Kenya remporte le classement par équipes devant l'Ethiopie et le Portugal.