Все объединения Союза активно действовали до лета 1940 года. После чего решением советского правительства общественные организации буржуазной Эстонии были закрыты; многие их члены были депортированы и репрессированы, некоторые в 1944—1945 годах бежали из Эстонии в Германию и Швецию.