Beim "WWE Draft" am 19. Juli 2016 wurde Cena wieder dem "SmackDown-Roster" zugeteilt. Nach dem "SmackDown-PPV" "No Mercy" am 9. Oktober 2016 nahm er sich eine Auszeit, um an den Dreharbeiten der zweiten Staffel von "American Grit" teilzunehmen. Am 27. Dezember 2016 kehrte Cena zurück und forderte AJ Styles zu einem Match um die "WWE Championship" heraus. Am 29. Januar 2017 beim "Royal Rumble" durfte er sich gegen diesen durchsetzen und gewann zum 13. Mal die "WWE Championship". Somit ist er 16-maliger "World Champion" und zusammen mit Ric Flair Rekordchampion. Am 12. Februar 2017, bei "Elimination Chamber", verlor er seinen Titel in einem "Elimination-Chamber-Match" an Bray Wyatt.