Under sin juniortid i HC Sparta Prag blev Duba draftad i den sjunde omgången av NHL Entry Draft 2001 som 217:e spelare totalt av Pittsburgh Penguins. Samma år lämnade Duba Tjeckien och skrev på för SaiPa i FM-ligan. Två säsonger blev det i Finland innan han återvände till Tjeckien och HC Znojemsti Orli.