Inför säsongen 2016 fanns isländske anfallaren Vidar Örn Kjartansson och den danske mittfältaren Anders Christiansen med bland nyförvärven. Senare anslöt också den rutinerade backen Behrang Safari. Årets enda chans att få kvala in till Europaspel för Malmö FF:s del gick via &lt;a href="Svenska%20cupen%20i%20fotboll%202015/2016"&gt;Svenska cupen 2015/16&lt;/a&gt;, där man gick till sin första final sedan 1996. Mot BK Häcken hemma på Swedbank Stadion förlorade laget till slut efter straffavgörande (2–2 efter ordinarie tid och förlängning), och därmed inget Europacupspel för Malmö. I Allsvenskan 2016 fick bortamötet mot IFK Göteborg avbrytas under kaosartade former, sedan en IFK Göteborgssupporter kastat in en banger (kraftig smällare) på MFF-spelaren Tobias Sana, tidigare i IFK Göteborg. Även en av linjedomarna som stod alldeles i närheten drabbades. Därtill sprang en person in på planen, som senare visade sig vara ishockeyspelaren Mats Rosseli Olsen (Frölunda HC). Matchen kom aldrig att återupptas, utan Malmö FF tilldömdes i efterhand segern med 3–0. Malmö kom att säkra sin 19:e SM-titel den 26 oktober 2016, då man bortabesegrade Falkenbergs FF med 3–0, och därmed gick Malmö FF definitivt förbi IFK Göteborg i kampen om Sveriges "Mesta Mästare". I november meddelades det att Malmö FF sade upp Allan Kuhns anställning som tränare i Malmö FF, vilken ersattes av Magnus Pehrsson.