Deux semaines après son élection, le président Kaboré fait face à sa première grave crise. Le 15 janvier, un restaurant et un hôtel du centre de Ouagadougou, notamment fréquenté par des expatriés, fait l’objet d’une attaque terroriste revendiquée par Al Qaida au Maghreb islamique (AQMI). Le bilan fait état de trente morts. Alors que les chancelleries du monde entier témoignent de leur solidarité avec le Burkina Faso, les forces de sécurité nationales sont mises en cause devant la facilité avec laquelle les trois assaillants ont manœuvré, pour leur temps de réaction ou pour la pauvreté du renseignement national. Également ministre de la Défense, Roch Marc Christian Kaboré rencontre son armée deux semaines plus tard, soulignant la nécessité de lui donner les moyens d’assurer la sécurité du pays et d’en faire une institution « apolitique ».