Gomes a portugál válogatottal két világbajnokságon és három Európa-bajnokságon vett részt. Ő is hozzá segítve a nemzeti csapatot a 2004-es hazi rendezésű Európa-bajnokságon a második helyhez, a 2000-es Európa-bajnokságon pedig a harmadik helyhez. 1996 és 2011 között 79-szer húzta magára a címeres mezt és 29 gólt szerzett.