En 2009, Yannick Fonsat se classe troisième du 400 m et deuxième du relais 4 × 400 m lors des Jeux méditerranéens de Pescara. Meilleur temps des engagés aux Championnats d'Europe espoirs de Kaunas, il remporte la médaille d'or avec le temps de 45 s 68, améliorant de plus de trois dixièmes de seconde son record personnel, et devançant finalement le Britannique Nigel Levine. En fin de compétition, Fonsat conduit le relais 4 × 400 m français à la médaille de bronze. Sélectionné pour les Championnats du monde de Berlin, il ne peut concourir dans sa série du 400 m après s'être fait voler le sac contenant ses pointes. Il se classe septième de la finale du relais 4 × 400 m.