2013 júliusától átveszi a csapat irányítását Josep Guardiola, aki azelőtt a spanyol FC Barcelona vezetőedzője volt. Az új edző hatására Mario Götze, a Borussia Dortmund középpályása, valamint Thiago Alcántara, az FC Barcelona középpályása érkezett a csapathoz. A 2013-as német labdarúgó-szuperkupa 4:2-es vereséggel zárult bajorok számára. Augusztus 30-án megnyerték az UEFA-szuperkupát, így a Bayern lett az első német alakulat, mely el tudta hódítani ezt a nemes trófeát.