Nach dem deutschen Überfall auf Polen wurde Schulz im September 1939 in der besetzten Stadt Posen mit dem Aufbau der sogenannten Gauselbstverwaltung beauftragt. Seit Oktober 1939 war er Gauamtsleiter für Kommunalpolitik im Reichsgau Wartheland und nebenamtlich bis April 1941 Gaustabsamtsleiter unter Wahrnehmung der Geschäfte des stellvertretenden Gauleiters. Von April 1940 bis 1945 war er Gauhauptmann von Wartheland und ab Mai 1940 als Führer beim Stab des SS-Oberabschnitts Warthe tätig. Im November 1940 meldete sich Schulz freiwillig zur Wehrmacht, wo er als Unteroffizier der Reserve in einem Lehrregiment eingesetzt wurde. In der SS wurde Schulz zuletzt im April 1942 zum Brigadeführer befördert. In der Endphase des Zweiten Weltkriegs ordnete Heinrich Himmler im März 1945 an, dass Schulz im Entschärfen von Bomben ausgebildet werden und sofort zum Einsatz kommen solle.