W 1999 roku Williams uczestniczył w Pucharze Konfederacji 1999, na którym USA zajęło 3. miejsce. Na turnieju w Meksyku Fraser wystąpił w czterech meczach z Nową Zelandią, Brazylią, Meksykiem i Arabią Saudyjską. Rok później uczestniczył w Złotym Pucharze CONCACAF 2000. Na tym turnieju wystąpił w dwóch meczach: grupowym z Haiti oraz przegranym ćwierćfinale z Kolumbią. W 2002 po raz drugi uczestniczył w Złotym Pucharze CONCACAF, który USA wygrało. Na tym turnieju wystąpił w dwóch meczach: grupowym z Kubą oraz w finale z Kostaryką. Łącznie w latach 1988–2002 wystąpił w reprezentacji 20 razy.