Murray est initialement partisan de la politique vigoureuse de Lord Lauderdale, prenant part à un raid contre les Covenanters en 1678, mais il perd temporairement la faveur royale en conseillant la modération à leur encontre. En 1679, cependant, il est présent à la Bataille de Bothwell Bridge. En , il est nommé vice-amiral d'Écosse et en 1681, président du Parlement .