また、この頃東トルキスタンを根拠地としてオイラト系のジュンガル（準噶爾）部が勃興していたが、康熙帝は北モンゴルに侵入したジュンガル部のガルダンを破った。のち乾隆帝はジュンガル部を滅ぼし、バルハシ湖にまでおよぶ領域を支配下に置き、この地を新疆(ice jecen イチェ・ジェチェン)と名付けた（清・ジュンガル戦争）。