No entanto, Lima não estava livre de perigos. Em 20 de outubro e 2 de dezembro de 1687, fortes abalos sísmicos destruíram a maior parte da cidade e seus arredores Os surtos de doenças e escassez de alimentos que se seguiram às catástrofes causaram uma redução da população para menos de 40 mil em 1692. A segunda ameaça foi a presença de piratas e corsários no oceano Pacífico. A expedição naval holandesa liderada por Jacques l'Hermite atacaram o porto de Callao em 1624, mas foi repelido por Diego Fernández de Córdoba. Em 1680, corsários ingleses proliferaram nas águas do Pacífico, até terem sido derrotados pelos comerciantes de Lima em 1690. Como medida de precaução, o vice-rei Melchor de Navarra y Rocafull construiu as Muralhas de Lima entre 1684 e 1687.