Für die Apertura 2016 wechselte Miguel Borja erneut zu Cortuluá. Dort konnte er sich durchsetzen und wurde mit einem neuen Torrekord für Kurzturniere Torschützenkönig der ersten kolumbianischen Liga. Daraufhin wurde er vom kolumbianischen Spitzenclub Atlético Nacional verpflichtet, mit dem er direkt die Copa Libertadores und die Copa Colombia gewinnen konnte, Torschützenkönig der Copa Sudamericana und der Copa Colombia wurde und an der FIFA-Klub-Weltmeisterschaft 2016 teilnahm. Am Ende des Jahres wurde Borja zu Südamerikas Fußballer des Jahres und in Südamerikas Elf des Jahres gewählt. Borja war zwar aus Rotationsgründen nur in sechs Ligaspielen zum Einsatz gekommen, hatte aber einen wichtigen Anteil am Erfolg des Vereins in den weiteren Wettbewerben.