Am 27. Februar 1996 transferierten ihn die Kings im Austausch für die Stürmer Craig Johnson, Roman Vopat, Patrice Tardif sowie ein Erstrunden-Wahlrecht im NHL Entry Draft 1997 und ein Fünftrunden-Wahlrecht im NHL Entry Draft 1996 zu den St. Louis Blues. Dieser Transfer wurde als relativ überraschend eingestuft, da allgemein davon ausgegangen worden war, dass Gretzky zu den New York Rangers transferiert würde, um dort mit seinem ehemaligen Teamkameraden Mark Messier in einem Team zu spielen. In St. Louis folgte, wie bereits zuvor in Edmonton und Los Angeles, seine Beförderung zum Mannschaftskapitän. In der NHL-Geschichte hatte zuvor lediglich Mittelstürmer Terry Ruskowski, der für die Chicago Blackhawks, Los Angeles Kings und Pittsburgh Penguins als Mannschaftsführer aufs Eis gelaufen war, bei drei verschiedenen NHL-Teams das Kapitänsamt ausgefüllt. Im Trikot der Blues bildete Gretzky eine Angriffsreihe mit Brett Hull und Shayne Corson. In seinem zweiten Spiel für die St. Louis Blues wurde er von Kelly Buchberger per Ellenbogenschlag am Kopf getroffen, wodurch er eine leichte Gehirnerschütterung erlitt. Schlussendlich gelang im Dress der St. Louis Blues die Qualifikation für die Playoffs, in denen die Mannschaft in der ersten Runde die Toronto Maple Leafs besiegte und in den Conference-Halbfinals den Detroit Red Wings in sieben Spielen unterlag. Nachdem die entscheidende siebte Begegnung aufgrund eines Tores in der zweiten Verlängerung mit einer 0:1-Niederlage geendet hatte, wurde Gretzky von den Medien für das Ausscheiden aus der Endrunde stark kritisiert. Anschließend entschied sich der Offensivakteur, der als freier Spieler verfügbar wurde, die Mannschaft zum Saisonende zu verlassen.