Летом 1940 года Бессарабия вошла в состав CССР. В том же году советские власти отобрали монастырскую землю и инвентарь, но при возвращении румын в 1941-м монахи вернули свою собственность. В 1945 году в монастыре проживали 7 человек, из которых монахами были только трое. Настоятелем был священник Онуфрий Рябов, кроме него, проживал священник Кондрат Белов, оба не были монахами. Действующей к тому времени оставалась только церковь Архангела Михаила. В том же году всю монастырскую землю отобрали и передали колхозу, но по жалобе Онуфрия Рябова она была возвращена. В 1946 году остались 5 человек, из которых двое монахов. 5 июня 1946 года было предложено объединить Кугурлуйский монастырь с Вилковским Петропавловским, но слияние не состоялось из-за желания властей отобрать себе монастырские хозяйства. В 1947 году монастырь уже фактически не действовал, а священник Онуфрий перешёл служить в сельскую Введенскую церковь. 10 декабря 1949 года власти официально ликвидировали монастырь. Монастырские здания передали колхозу имени Молотова.