Francúzsko za postupne začalo zhoršovať. Aj keď v roku 2001 vyhrali Pohár konfederácií FIFA, v roku 2002 na Majstrovstvách sveta skončili v skupine na poslednom mieste. Jedným z najväčších šokov v histórii Majstrovstiev sveta bolo, keď Francúzi prehrali otvárací zápas proti Senegalu 1:0. Francúzsko sa stalo len druhým tímom, ktorý ako obhajca Majstrovstiev sveta vypadol už v skupine, predtým sa to podarilo Brazílii v roku 1966. Od Majstrovstiev sveta 2006 sa toto opakuje na každom turnaji (Taliansko 2010, Španielsko 2014 a Nemecko 2018). Po tom ako Francúzsko nepostúpilo zo skupiny bol Lemerre nahradený Jacquesom Santinim. Na Eure 2004 vypadli vo štvrťfinále proti budúcemu víťazovi Grécku. Santini odstúpil a novým trénerom sa stal Raymond Domenech. Francúzsko postúpilo z kvalifikácie na Majstrovstvá sveta 2006 z prvého miesta. Postup si však zariadili až po poslednom kole, v ktorom zdolali Cyprus presvedčivo 4:0. Na Majstrovstvách sveta Francúzsko neprehralo do finále ani raz. V osemfinále porazili Španielov, vo štvrťfinále Brazíliu a v semifinále Portugalsko. Francúzi hrali finále proti Taliansku. V nadstavenom čase zápasu dostal Zidane červenú kartu za úder hlavou do hrude Marca Materazziho. Francúzsko prehralo 5:3 po penaltách.