Qawuqji liittyi sittemmin Ranskan perustaman mandaattihallinon alaiseen Levantin arabiarmeijaan, jossa hänellä oli kapteenin arvo. Hän loikkasi kuitenkin syyrialaisten kapinallisten puolelle Syyrian suuren kapinan puhjetessa vuonna 1925. Hän oli ollut tuolloin komentamassa arabiarmeijan ratsuväkiyksikköä Hamassa ja kansannousun syttyessä Hawranin suunnalla hän tapasi salaa Rahman Abd al-Shahbandarin Damaskoksessa. Shahbandar oli yksi kapinan johtohahmoista. Qawuqji saattoi asemansa puolesta päästä käsiksi esimerkiksi ranskalaisiin sotilaskarttoihin ja yksiköiden sijainteihin. Syyskuussa 1925 hän johti kapinaa Hamassa, mikä loi kapinallisille toisen rintaman ranskalaisia vastaan. Hama vallattiin 4. lokakuuta 1925 vain muutamassa tunnissa. Seuraavana päivänä seurasivat kuitenkin Ranskan ilmavoimien iskut. Paikalliset taivuttelivat Qawuqjin lähtemään kaupungista siviiliväestön säästämiseksi. Qawuqji johti kapinallisia ympäröivällä maaseudulla vielä kaksi vuotta, kunnes ranskalaiset kukistivat viimein kapinaliikkeen.