Фокейцы принимали участие в Ионийском восстании 499—494 годов до н. э. В битве при Ладе в 494 году до н. э. Фокея выставила только три корабля. Поражение в восстании никак не сказалось на торговле Фокеи, судя по продолжению чеканки монет. С поражением персов в битве при Микеле в 479 году до н. э. закончилось их владычество в Фокее. Вскоре после этого Фокея вступила в Первый афинский морской союз, где оставалась до 412 года до н. э., когда в ходе Пелопоннесской войны перешла под контроль Спарты. В 394 году до н. э. в сражении при Книде афинский стратег Конон нанёс поражение спартанцам и освободил Фокею. Владычество Спарты негативно сказалось на экономике Фокеи, об этом свидетельствуют перерывы в чеканке монет.