Il 1999 si aprì per Irvine con la prima vittoria in carriera in Formula 1 (portando la Ferrari a 120 vittorie complessive): al Gran Premio d'Australia arrivò primo davanti a Frentzen e Ralf Schumacher, favorito anche dai ritiri delle due McLaren e da vari guasti avuti dal compagno di squadra che non andò oltre l'ottavo posto. Seguirono due gare avare di soddisfazioni, in quanto al Gran Premio del Brasile chiuse al quinto posto, anche a causa di un problema al serbatoio dell'aria delle valvole pneumatiche, e ad Imola un guasto al motore però ne causò il ritiro mentre occupava la terza posizione. Due settimane dopo, a Monaco, ottenne un secondo posto, contribuendo a realizzare una doppietta con il compagno di squadra. Dopo una quarta piazza al Gran Premio di Spagna, complice una brutta partenza e un circuito sfavorevole alla Ferrari, Irvine ottenne il terzo posto al Gran Premio del Canada facendo segnare, per la prima e unica volta in carriera, il giro più veloce.