Jakub nie pogodził się z utratą tronu. Mając poparcie Ludwika XIV oraz wiernych stronników w irlandzkich katolikach oraz u szkockich i angielskich legitymistów już w 1689 r. podjął próby odzyskania tronu. Od jego imienia popierających sprawę katolickiego króla i jego potomków nazywano „jakobitami”. Pierwsze powstanie jakobici wywołali w Szkocji. 16 kwietnia 1689 r. John Graham, wicehrabia Dundee, ogłosił zaciągi pod sztandary króla Jakuba. Klany szkockie poparły Dundeego, który pokonał armię królewską pod Killiecrankie, gdzie jednak sam zginął. Pozbawione zdolnego wodza oddziały powstańcze walczyły jeszcze do 1691 r.