Am 25. Mai 1782 stieg er zum Oberstleutnant auf und am 24. September 1782 zum Oberst. Am 31. Juli 1787 wurde er zum Kommandeur des Dragonerregiments „Graf von Posadowsky“ ernannt. Am 8. Juni 1789 verlieh ihm der König bei der Revue bei Heiligenbeil den Orden Pour le Mérite und am 9. April 1790 wurde Werther Chef des Dragonerregiments „von Rohr“. Kurz darauf, am 13. August 1790 erhielt er die Ernennung zum Generalmajor. Während des Ersten Koalitionskrieges wurde Werther in Vertretung des Generals Kalckreuth Generalinspekteur der Ostpreußischen Kavallerieregimenter, wofür er eine Zulage von 500 Talern erhielt. Am 1. Januar 1796 wurde er dann noch Generalleutnant. Am 29. Mai 1796 konnte er sein 50-jähriges Dienstjubiläum feiern. Bei dieser Gelegenheit erhielt er von den Offizieren des Regiments eine wertvolle Medaille. Am 5. Juni 1798 erhielt er bei der Revue auch den Roten Adlerorden. Er starb am 1. Juli 1802 in Königsberg in Preußen.