El otro gran conflicto fue la Guerra Civil del Congo. En 1962 los secesionistas katangueños de Moise Tshombe atacaron un destacamento militar de la UNOC, que había sido desplegado después del asesinato del líder Patrice Lumumba. Al no tener garantizada la libertad de movimiento sobre el terreno, Thant autorizó una operación militar de la UNOC, conocida como «Operación Grandslam», que logró minar a las fuerzas rebeldes y supuso la reintegración de Katanga en la República del Congo. Aquella fue la primera vez que la ONU utilizó la fuerza para implementar las decisiones del Consejo de Seguridad.