Бутина дебютировал в составе национальной сборной Хорватии в отборочном матче чемпионата мира 2002 года против сборной Сан-Марино, прошедшем 5 сентября 2001 года в Серравалле. Затем футболист был включен в заявку хорватской команды на финальную часть чемпионата мира 2002 года, где провел все три матча на скамье запасных, будучи вторым вратарем после Стипе Плетикосы. Из-за травмы последнего, в матчах чемпионата Европы 2004 года в стартовом составе выходил уже Томислав Бутина.