그러나 제퍼슨의 생각은 달랐다. 바르바리 해적국가들이 조공를 올려서 국고에 부담이 커지자, 1801년 6월 미국 해군과 해병대를 트리폴리로 보내 소탕작전을 전격적으로 진행하였다. 미국의 함대는 스웨덴 함대와 함께 바르바리의 해적들과 맞서 싸웠다. 4년간 계속된 제1차 바르바리 전쟁은 '트리폴리 해안으로 진격한' 미국 해병대가 승리로 종결되었다. 미해군 전함이 침몰되는 큰 피해도 있었으나 1805년 결국 승전국의 자격으로 추후 조공을 받치지 않는 조건하에 트리폴리와 평화 조약을 맺었다. 당시 미국의 사망자는 35명, 부상자는 64명이었으나 바르바리군의 사망자는 800명, 부상자는 1200명이었으니 미국의 최초의 해외 원정으로서 꽤 큰 성과였다.