Im Jahr der nationalsozialistischen „Machtergreifung“ 1933 emigrierte van Hoddis’ Mutter mit seinen Schwestern Marie und Anna ebenfalls nach Palästina. Am 29. September 1933 wurde van Hoddis in die „Israelitischen Heil- und Pflegeanstalten“ Bendorf-Sayn bei Koblenz verlegt. In dieser Anstalt wurden ab 1940 der größte Teil von jüdischen psychiatrischen Patienten im deutschen Reich konzentriert. Am 30. April 1942 wurde er von dort in den Distrikt Lublin nach durch Nazis besetztes Polen deportiert und – höchstwahrscheinlich im Vernichtungslager Sobibór – im Mai oder Juni desselben Jahres im Alter von 55 Jahren ermordet.