Дана, 22. октобра 1944. године, Јапанци започињу операцију „ШО-ГО“ која доводи до битке у заливу Лејте, и крстарица Јахаги се налазила у секундарном делу централних снага вицеадмирала Курите, као заставни брод 10. флотиле разарача; Кијошимо, Новаки, Ураказе, Јукиказе, Хамаказе и Исоказе. У бици у Сибујанском мору, 24. октобра 1944. године, снаге „А“ су 11 пута нападнуте из ваздуха, од преко 250 авиона који су узлетали са америчких носача авиона из оперативне ескадре ТФ-38; Есекс, Лексингтон, Интрепид, Кабот, Френклин и Ентерпрајс. Том приликом, Јапанцима је потопљен бојни брод Мусаши, а оштећени су бојни бродови Јамато и Нагато, бојни крсташ Харуна, тешке крстарице Мјоко и Тоне, и 3 разарача, док је крстарица Јахаги прошла без оштећења. Такође и у бици код острва Самар, 25. октобра 1944. године, Јахаги пролази без оштећења. Дана, 26. октобра, централне снаге (снаге „А“) су прво нападнуте из ваздуха од 80 палубних авиона у близину острва Панај, а затим од 30 бомбардера Б-24 Либератор и на крају од 60 палубних авиона. Током ових напада, Јахаги нује погођена не једном, и стиже безбедно до Брунеја.