Nell'agosto 1744 l'esercito di Carlo, forte ancora della presenza di truppe spagnole, sconfisse nella Battaglia di Velletri gli austriaci che tentavano di riconquistare il regno. Alla situazione precaria in cui versava la corona borbonica sul regno di Napoli corrispose una politica ambigua di Carlo: egli all'inizio del suo governo cercò di assecondare le posizioni politiche delle gerarchie ecclesiastiche, favorendo l'istituzione a Palermo di un tribunale d'Inquisizione e non contrastando la scomunica di Pietro Giannone. Quando però la fine delle ostilità in Europa scongiurarono le minacce al suo titolo regale, nominò primo ministro Bernardo Tanucci, la cui politica fu rivolta subito ad arginare i privilegi ecclesiastici: nel 1741, con un concordato furono drasticamente ridotti il diritto d'asilo nelle chiese ed altre immunità al clero; i beni ecclesiastici furono sottoposti a tassazione. Successi analoghi non si ebbero tuttavia nella lotta alla feudalità nelle province periferiche del regno. In questi anni fu istituita la "Giunta di Commercio" per favorire la liberalizzazione del commercio, che si dimostrò un organo solo parzialmente efficace perché fortemente contrastato da chi non voleva fossero rimossi i privilegi feudali nelle aree rurali.