Isa je bi eden od sinov sultana Bajazida I. Njegova mati je bila Devetšah Hatun, hčerka germijanskega Sulejman Šaha in Mutahare Abide Hatun. Med očetovim vladanjem je bil guverner ("sancak-bey") Antalije in se ob očetu boril s Timur Lenkom v bitki pri Ankari leta 1402. Osmanska armada je bila v bitki poražena, Bajazid pa ujet. Isa je pobegnil v zahodno Anatolijo.