Inmediatamente después de la Atentado contra el USS Cole en 2000, los funcionarios de los Estados Unidos se quejaron de que las autoridades yemeníes no cooperaron en la investigación. Después de los ataques terroristas del 11 de septiembre de 2001, el gobierno yemení se mostró más dispuesto a colaborar con la campaña de Estados Unidos para reprimir a Al Qaeda. El presidente Saleh ha permitido que pequeños grupos de tropas de las Fuerzas Especiales de los EE. UU. Y agentes de la CIA ayuden a identificar y eliminar a los cuadros de Al Qaeda que se esconden en Yemen, a pesar de la simpatía por Al Qaeda entre muchos yemeníes. Según artículos de prensa que citan a funcionarios estadounidenses y yemeníes, el gobierno yemení permitió al personal estadounidense lanzar un ataque con misiles desde un avión no tripulado contra un automóvil en el este de Yemen en noviembre de 2002, matando a seis presuntos terroristas, entre ellos Qaid Salim Sinan al Harithi, el líder de Al Qaeda en Yemen y un planificador clave del ataque al USS Cole. Yemen luego arrestó al reemplazo de al Harithi, Muhammad Hamdi al Ahdal, un año después. Los Estados Unidos también han ayudado a Yemen a construir y equipar a un moderno guardacostas utilizado para patrullar el estrecho estratégico de Bab al Mandab, donde el Mar Rojo se encuentra con el Golfo de Adén y el Océano Índico.