13. června 2021 vstřelil Arnautović třetí gól Rakouska v prvním zápase skupiny C EURO 2020 proti Severní Makedonii. Při oslavě gólu urážel Egzona Bejtulaie z týmu soupeře, který je albánského původu. Poté se za svá slova omluvil. UEFA později oznámila, že Arnautovićovo jednání vyšetřuje. Za urážku soupeře dostal jednozápasový trest.