Desde 1980 hasta 1992, El Salvador sufrió una guerra civil la cual dejó más de 75000 mil muertos. Al interior de la guerra no se conoce oficialmente la existencia de personas LGBT+, los registros tanto de víctimas, afectados y participantes en cualquiera de los dos bandos en contienda no registraron la existencia de personas de orientación sexual diferente a la heterosexual. No obstante a este proceso de invisibilidad, no quiere decir que las personas LGBT+ no hayan sido afectadas. Se conoce que desde 1980 hasta el final de la guerra, tanto los Escuadrones de la Muerte como el Ejército realizaban acciones de "limpieza social" contra personas LGBT+, principalmente contra mujeres trans que ejercían trabajo sexual en las vías públicas de San Salvador.