統一新羅時代の伝承は確認されていない。創建以降は1259年（高麗高宗46年）に境内に假闕をつくったという話が登場するまで900年近く、伝承が残っていない。武臣政権時代の1232年（高宗19年）から1270年（元宗11年）にかけて、モンゴルの侵攻を受けた高麗は江華島に王宮を移したが、1266年（忠烈王7年）に真宗寺は重修を行った。この時期、王室はモンゴルの退散を祈願して、この寺で高麗八萬大蔵経の版木を彫刻させた（のちに移され、現在は海印寺に所蔵されている）。