En 1938, tras la anexión de Austria por la Alemania de Hitler, Zuckerkandl, como hija de judíos, se vio obligada a huir al exilio. Fue Géraldy quien viajó a Viena y le ayudó a escapar a París. Allí, Bertha mantuvo estrecho contacto con otros refugiados austriacos, entre ellos Franz Werfel. Como beneficiaria de la Legión de Honor, pudo evitar ser detenida, y logró escapar a Argel junto a su hijo antes de la ocupación de Francia en 1940. Durante la guerra ejerció el activismo político contra Hitler, entre otras cosas en emisiones de radio en las que instaba a los austriacos a la resistencia contra los nazis. No consiguió emigrar a los Estados Unidos. Tras la conquista de Argel por los aliados, trabajó en una emisora de radio, y en 1945 regresó a París.