ניאנדר נולד בגטינגן כדייוויד מנדל. אומרים כי אביו, עמנואל מנדל, היה רוכל יהודי, אך אוגוסט אימץ את השם "ניאנדר" עם טבילתו כפרוטסטנטי. כשהיה עדיין צעיר מאוד, עבר עם אמו להמבורג. הוא הוטבל ב-25 בפברואר 1806 והחל ללמוד תאולוגיה באוניברסיטת האלה-ויטנברג בגיל 17. פרידריך שליירמאכר היה אחד ממוריו. ניאנדר מצא בו את ההשראה הדרושה לו, בעוד שליירמאכר מצא תלמיד כרוחו; אחד שיפיץ את השקפותיו בצורה נוצרית יעילה יותר. עד סוף אותה שנה, אירועי הקואליציה האנטי-צרפתית הרביעית אילצו את ניאנדר לעבור לגטינגן. שם המשיך את לימודיו, התמחה באפלטון ובפלוטרכוס, והתקדם במיוחד בתאולוגיה תחת גוטליב פלאנק הנערץ. יכולותיו שהתגלו על ידי שליירמכר אושרו גם על ידי פלאנק, וניאנדר הבין כי תחום מחקרו הראשי תהיה ההיסטוריה הנוצרית.