À la suite de son échec en Italie, l'archiduc est nommé gouverneur et capitaine général de la Bohême le 12 décembre 1797. Rappelé à Vienne en octobre de l'année suivante, il prend la tête de l'armée d'Allemagne le 2 novembre 1798. Lors de la campagne de 1799 qui s'ensuit, il bat le général Jourdan à Ostrach le 21 mars et à Stockach le 25 mars : dans ce dernier combat, il met pied à terre et charge lui-même à la tête de ses grenadiers. Passé en Suisse, il fait assaut de manœuvres et d'audace contre Masséna, qu'il vainc pendant la première bataille de Zurich, après quoi il rentre en Allemagne, bloque Philippsburg et repousse une fois de plus les Français au-delà du Rhin, remportant, le , la bataille d'Heingheim.