Federico VI combatté in Ungheria, a fianco dell'Austria, nella repressione della rivolta nel Brabante e nella guerra austro-turca. Venne decorato dell'Ordine Militare di Maria Teresa e venne promosso al rango di maggiore, comandante di un reggimento di cavalleggeri. Nel 1792 prestò servizio in Baviera con il grado di luogotenente a capo del reggimento "Hohenzollern-Hechingen" nel corso delle guerre della Prima coalizione antinapoleonica. Nel 1794 venne promosso al grado di colonnello dei cavalleggeri di Modena e prestò servizio in Galizia. Nel 1796, venne assegnato con la sua armata nell'Alto Reno e venne ferito in battaglia nei pressi di Neuburg. Nel 1797 venne nominato comandante generale e nel 1800 maresciallo di campo. Il 25 marzo 1799, a fianco dell'arciduca Carlo, prese parte alla battaglia di Stockach, in Svevia.