Ndidi werd voor het eerst opgeroepen voor het Nigeriaans voetbalelftal voor oefenwedstrijden tegen Congo-Kinshasa en Kameroen op 8 en 11 oktober 2015. Ndidi maakte zijn debuut in de wedstrijd tegen Congo-Kinshasa, waar hij in de 83e minuut mocht invallen voor Ogenyi Onazi. Enkele dagen later, tegen Kameroen, mocht hij in de 63e minuut invallen voor John Obi Mikel. Nididi was basisspeler voor Nigeria op het WK 2018 en het Afrikaans kampioenschap 2019.