Jankūnas edusti Liettuan juniorimaajoukkueita, joissa hän voitti MM-hopeaa ja -kultaa. Jankūnas edusti Liettuan koripallomaajoukkuetta vuosien 2005 ja 2007 EM-kisoissa. Lisäksi hän oli mukana vuosien 2006 ja 2010 MM-kisoissa.