Il s'illustre durant les Championnats du monde de cross-country 2007 en se classant troisième de la course individuelle, derrière Zersenay Tadese et Moses Mosop. Cinquième sur 10 000 mètres lors des Championnats du monde de Berlin, en , Bernard Kipyego remporte la médaille d'argent des Championnats du monde de semi-marathon de Birmingham avec le temps de 59 min 59 s.