Перота, рођен у Енглеској, био је италијански репрезентативац. Са репрезентацијом до 21 године освојио је Европско првенство у фудбалу 2000. године. Од дебија за националну селекцију 2002. године до повлачења 2009. године одиграо је 48 утакмица и постигао је 2 гола за репрезентацију. Био је члан репрезентације на 1 светском првенству (2006.) и 2 европска првенства (2004 и 2008.). Као члан националне селекције постао је шампион света 2006. године.