Он ввёл гражданский порядок и созвал филиппинский конгресс, который провозгласил Филиппинскую республику и выработал конституцию. Во главе республики был поставлен Агинальдо. Когда Соединённые Штаты, после победы над испанцами, решили оккупировать Филиппины (см. Филиппино-американская война), Агинальдо оказал им решительное сопротивление. Три года длилась партизанская война. Береговая линия была легко занята американцами, но внутри острова Лусона Агинальдо властвовал безраздельно, нередко нанося американцам серьёзные поражения. В марте 1901 г. он был разбит, взят в плен и неожиданно для друзей заявил, что отказывается от борьбы и становится лояльным Соединённым Штатам. Многие увидели в этом измену. Борьба филиппинцев против американцев продолжалась и без него.