Nell'ultimo decennio del Settecento la chiesa avrebbe dovuto assumere il ruolo parrocchiale in luogo della vicina pieve di S. Martino, che versava in stato di degrado, ma con la discesa in Italia di Napoleone e il conseguente avvento della Repubblica Ligure filo-francese, nel 1797 i teatini vennero allontanati e il complesso fu confiscato dal governo, mentre il titolo parrocchiale passò alla chiesa di Santa Maria della Cella. Il complesso fu utilizzato negli anni della dominazione francese come caserma e deposito di munizioni, e tale rimase anche dopo il passaggio dell'ex Repubblica Ligure al Regno di Sardegna (1815).