В первой четверти XVIII века казематы Трубецкого бастиона использовались как арестантские камеры Тайной канцелярии. В 1718 году здесь содержался сын Петра I царевич Алексей Петрович, обвинённый в участии в государственном заговоре. С 1724 года в бастионе располагались мастерские, склады и жилые помещения Монетного двора. В начале 1826 года часть казематов переоборудовали в камеры одиночного заключения для участников восстания на Сенатской площади 14 декабря 1825 года (Восстания декабристов). В начале XIX века бастион находился в ведении Артиллерийского ведомства, а позже в нём были размещены нижние чины Инвалидной роты крепостного гарнизона. При этом часть казематов по-прежнему использовалась для содержания узников, за бастионом закрепилось название «русская Бастилия».