Бретт Скиннер начал свою профессиональную карьеру в 2005 году в составе клуба АХЛ «Манитоба Мус», выступая до этого в студенческих лигах Северной Америки. В своём дебютном сезоне Бретт провёл на площадке 78 матчей, в которых он набрал 29 (4+25) очков. За 3 года до этого на драфте НХЛ он был выбран в 3 раунде под общим 68 номером клубом «Ванкувер Кэнакс». 9 марта 2006 года Бретт был обменян в «Анахайм Дакс», однако остался в Манитобе на правах аренды до конца сезона.