Esordisce in Serie A il 13 settembre 2015, nel pareggio contro il Palermo (2-2). Segna il primo gol il 17 gennaio 2016, trasformando il rigore che vale il 2-1 contro la Sampdoria. Nella partita contro la Lazio della penultima giornata si procura due rigori, fallendoli però entrambi: il portiere Marchetti para le due conclusioni, al 12' (sullo 0-0) e al 41' (sul 2-0 per i biancocelesti). La gara finisce 1-3, con il gol della bandiera da lui messo a segno. Il pareggio avrebbe dato la salvezza al Carpi – quartultimo prima della partita contro la Lazio – che retrocede, però, una settimana dopo, nonostante la vittoria fuori casa sull'Udinese a cui Mbakogu non partecipa, restando in panchina per tutti i 90 minuti; a salvarsi, per un solo punto, è il Palermo. La stagione in Serie A non si rivela quindi particolarmente fortunata per il calciatore italo-nigeriano, nonostante la fiducia quasi incondizionata a lui riservata dall'allenatore Castori, che spesso lo preferisce a calciatori del calibro di Borriello, Matos, Mancosu e Lasagna. Termine la stagione con due sole reti, di cui una su rigore, e due assist a referto.