Werner maakte eveneens deel uit van de Duitse selectie die onder leiding van bondscoach Joachim Löw deelnam aan het WK 2018 in Rusland. Hier strandde Duitsland, voor het eerst sinds het WK 1938, in de groepsfase, na nederlagen tegen Mexico (0–1) en Zuid-Korea (0–2). In groep F werd alleen van Zweden (2–1) gewonnen. Werner was basisspeler in alle drie de wedstrijden.