У 1997 році Фернандес втретє захищав честь країни на Кубку Америки 1997 року у Болівії, але взяв участь лише в одній зустрічі проти збірної Мексики. Через два роки Анхель вчетверте взяв участь у Кубку Америки 2001 року у Колумбії. На турнірі він зіграв у поєдинках проти збірних Чилі, Колумбії та Венесуели, в матчі проти останніх він відзначився забитим м'ячем.