Katkov vastusti ja kritisoi voimakkaasti vähemmistökansallisuuksien pyrkimyksiä erillisvaltiokehitykseen Venäjän valtakunnan sisällä. Puolan kapinan vuonna 1863 hän tuomitsi erittäin jyrkästi ja piti sitä puolalaisten kiittämättömyyden ja petollisuuden osoituksena. Venäjän lehdistöstä juuri "Moskovskije vedomostissa" seurattiin tarkimmin myös suomalaisen ”separatismin” ilmauksia 1800-luvun jälkipuoliskolla. Katkov nosti Suomen autonomian kehityksen ongelmallisuuden esille venäläisessä julkisessa keskustelussa. Hänen kuoltuaan samasta aiheesta jatkoivat harrastelijahistorioitsijat K. F. Ordin ja Mihail Borodkin.