L'insieme delle trattative riuscì ad accontentare chiunque tranne Pisa e i pisani. I ghibellini cominciarono a vedere il Conte Ugolino come un traditore sia in battaglia che in politica, per essere passato alla parte guelfa in gioventù, per la presunta diserzione della Meloria e per il sacrificio dei capi ghibellini a Genova, al momento destinati alla vendita come schiavi. I guelfi lo consideravano troppo ambiguo, perché privo di una vera affidabilità per le sue origini ghibelline, per la concessione dei castelli ai nemici e per la troppa avidità di ricchezze e potere, per costituire una guida sicura per la città. Il duumvirato con Nino Visconti, suo nipote, ebbe dunque vita breve: costui decise di appropriarsi del titolo di podestà insediandosi nel palazzo comunale, si avvicinò alla maggioranza ghibellina entrando in contatto con l'arcivescovo Ruggieri degli Ubaldini, capofazione del patriziato e dei sostenitori dell'Impero.