Acabada la Campaña de Italia, en 1799 Masséna fue nombrado comandante en jefe del Ejército francés en Suiza, donde en septiembre de ese año venció a los rusos bajo el mano del general Aleksandr Rimski-Kórsakov en la Segunda Batalla de Zúrich. Esta gran derrota hizo cambiar al zar Pablo I de Rusia de política exterior, pues abandonó la Segunda Coalición antifrancesa y proyectó una alianza con Francia. Como autor de este gran éxito, Masséna comenzó a gozar de un inmenso prestigio y fama.