Im Jahr 2008 debütierte Anna Meixner für die österreichische U15-Juniorinnen-Nationalmannschaft. Zwei Jahre später wurde sie für die Weltmeisterschaft der U18-Juniorinnen der Division I nominiert und erzielte im Turnierverlauf acht Scorerpunkte. Weitere WM-Einsätze im U18-Bereich folgten 2011 und 2012, wobei sie 2011 als beste Stürmerin der Division I ausgezeichnet wurde. Bei den Olympischen Jugendspielen 2012 in Innsbruck gewann Meixner mit der U16-Nationalmannschaft die Silbermedaille im Eishockeyturnier, ehe sie im April 2012 an ihrer ersten Frauen-Weltmeisterschaft teilnahm. Seither ist sie fester Bestandteil des Nationalkaders und vertrat Österreich bei den jährlichen Weltmeisterschaften der Division I sowie im Rahmen der Olympia-Qualifikation 2013 und 2017. Bei der Weltmeisterschaft der Division IA 2015 wurde sie mit elf Punkten Topscorerin und folgerichtig als beste Stürmerin des Turniers ausgezeichnet.