Vuoden 1989 samettivallankumouksen jälkeen ČSL yritti uudistaa mainettaan ja tehdä eroa entiseen. Tähän sisältyi nimenvaihdos 1992 kristillisdemokraattisen liiton liittymisen jälkeen ja yritys kehittyä saksalaisen CDU:n mallin mukaan. KDU-ČSL oli mukana Václav Klausin ja ODS:n hallituksessa syksyyn 1997, kunnes sen ministerien ulosmarssi johti hallituksen kaatumiseen. KDU-ČSL oli mukana myös Josef Tošovskýn virkamieshallituksessa ennen vuoden 1998 ennenaikaisia vaaleja.