V československé hokejové reprezentaci odehrál celkem 134 zápasů a dal 33 gólů. Zúčastnil se MS 1985 (mistr světa), MS 1986, MS 1987, Kanadského poháru 1987, ZOH 1988, MS 1989. Hokejové publikace uvádějí jako nejlepší výkon Jiřího Šejby v reprezentaci utkání proti Kanadě na MS 1985, které rozhodovalo o titulu mistra světa. Jiří Šejba v tomto zápase dal 3 góly, z toho jeden v oslabení po sóle z vlastního obranného pásma.