Nach der Demission von Cheftrainer Nanne Bergstrand nach Ende der Allsvenskan-Spielzeit 2016 beim schwedischen Erstligisten Hammarby IF wurde Michelsen ab Januar 2017 dessen neuer Trainer mit einem Dreijahresvertrag. Bis zur Übernahme des neuen Trainerpostens führte er noch SønderjyskE in die Winterpause der dänischen Meisterschaft. Mit Hammarby IF belegte Michelsen in seiner ersten Saison als Cheftrainer den neunten Tabellenplatz, die beste Platzierung seit 2008. Am 4. Januar 2018 wurde die Zusammenarbeit beendet.