Acuña pelasi Chilen maajoukkueessa 61 maaottelua ja teki niissä kolme maalia. Hän kuului Ranskan MM-kisoissa 1998 pelanneeseen maajoukkueeseen. Copa Américassa hän pelasi vuosina 1995, 1997, 1999 ja 2004. Viimeisen maaottelunsa hän pelasi juuri Copa Américassa heinäkuussa 2004.