Während des Krieges gegen Frankreich wurden 1806 ähnlich wie früher in Stettin kleine Kräfte bei Danzig und in Ostpreußen aufgestellt, die als „Königliche Flottille“ bezeichnet und bereits nach dem Frieden von Tilsit 1807 wieder aufgelöst wurden. Auch in der Endphase der Napoleonischen Kriege kamen in den Jahren zwischen 1811 und 1813 einzelne Kriegsschiffe unter preußischer Flagge zum Einsatz, darunter 1812/1813 das Festungswachtschiff Colberg.