Els seus orígens són incerts, si bé es troba documentada des de 1125. Josep Maria Cuyàs i Tolosa opinava que a l'antiga torre de can Peixau s'hi havia bastit una capella advocada a Sant Salvador damunt d'una primitiva casa d'una comunitat cristiana; construïda probablement amb reaprofitaments romans. Joaquim Font i Cussó opinava que probablement la capella era del , en època visigòtica, en endavant, car l'advocació a Sant Salvador és comuna des d'ençà. A més, opina que actuaria de centre de formació del nucli poblacional de Llefià durant l'edat mitjana, a partir de la conquesta de franca. A banda d'això, els actuals historiadors del Museu de Badalona opinen que Sant Salvador, conjuntament amb Santa Maria de Badalona degué ser un dels centres espirituals més importants d'abast local des del .