Spycher maakte zijn debuut op 30 april 2003 in een vriendschappelijke wedstrijd in Genève tegen Italië, die met 2-1 verloren ging. Hij verving in dat duel na 61 minuten Ludovic Magnin. Spycher behoorde tot het Zwitserse nationale team tijdens onder meer het EK 2004, het WK 2006 en het EK 2008. Bondscoach Ottmar Hitzfeld selecteerde hem om ook mee te gaan naar het WK 2010, maar hij zegde een maand voor het toernooi met een knieblessure af. Daarbij beëindigde hij direct zijn interlandloopbaan.