En marzo de 2015, Reja se incorporó al Atalanta con el objetivo de evitar el descenso, meta que alcanzó a falta de 2 jornadas para el final de la Serie A. En la temporada 2015-16, el conjunto de Bérgamo se sitúa en la zona intermedia de la clasificación durante la primera parte del torneo. La segunda vuelta fue peor, pero aun así se obtuvo la permanencia con 3 jornadas de antelación. En junio de 2016, el club anunció que Reja no iba a continuar en el banquillo, siendo sustituido por Gian Piero Gasperini al día siguiente.