Находясь в убежище, принцессы большую часть времени проводили с няньками, поскольку королева Елизавета была занята рождением и последующим уходом за принцем Эдуардом, появившимся на свет в начале ноября 1470 года. Мария с семьёй провела в убежище ещё пять месяцев. В апреле 1471 года отец принцессы, подстёгиваемый вестью о рождении сына, вернулся в Англию и первым делом, после того, как побывал на благодарственном молебне в Вестминстерском аббатстве, вывел свою семью из убежища. В ту же ночь Мария в числе других членов семьи была перевезена в , служивший резиденцией её бабки по отцу — Сесилии Невилл. 11 апреля Йорки в сопровождении матери короля, брата королевы Энтони и архиепископа Кентерберийского Томаса Буршье отправились в королевские покои Лондонского Тауэра, в то время как отец Марии отправился на север отвоёвывать королевство. 13 апреля в битве при Барнете был убит Уорик, 4 мая Эдуард IV окончательно разбил войска Ланкастеров в битве при Тьюксбери, в которой был убит наследник Ланкастеров Эдуард Вестминстерский и захвачена в плен Маргарита Анжуйская. Однако 12 мая, пока Эдуард ещё был на пути к Лондону, последние сторонники Ланкастеров организовали нападение на Тауэр, намереваясь вернуть на трон Генриха VI; с реки были обстреляны две башни, в одной из которых находилась Мария с семьёй. Нападение было отбито, однако это вынудило короля предать смерти своего предшественника, и 21 мая 1471 года король Генрих VI был задушен в своей темнице.