Japanilla on rannikkoa yhteensä 29 751 kilometriä. Sitä ympäröivät meret ovat: Filippiinienmeri etelässä, Tyynimeri idässä, Ohotanmeri pohjoisessa, Japaninmeri lännessä ja Itä-Kiinan meri lounaassa. Maa sijaitsee tuliperäisellä ja maanjäristysherkällä alueella "Tyynenmeren tulirenkaan" varrella kolmen mannerlaatan yhtymäkohdassa. Alueella on yhteensä noin 160 tulivuorta, joista kolmasosa on aktiivisia. Japanissa on jatkuvasti pieniä maanjäristyksiä ja suurempia, tuhoisia maanjäristyksiä useita kertoja vuosisadassa. Maanjäristykset johtavat usein tsunameihin. Edelliset vakavat maanjäristykset olivat Tōhokun maanjäristys vuonna 2011, Chūetsun maanjäristys vuonna 2004 ja Kōben maanjäristys vuonna 1995. Myös kuumat lähteet ovat yleisiä, ja monet niistä ovat kehittyneet lomakohteiksi.