Командуя 1-й пехотной дивизией, Манусояннакис участвовал в двух Балканских войнах 1912—1913 годов. После победных боев в Сарантапоро и у Янница (Битва при Сарантапоро и Битва при Яннице), в мае 1913 года Манусояннакису было присвоено звание генерал-лейтенанта. Во время Второй Балканской войны, командуя группировкой состоящей из своей 1-й и 6-й дивизии, Манусояннакис одержал победу на болгарами при Лахана, отбросил болгар до Сидирокастро (ном Серре, Восточная Македония), прошёл Кресненским ущельем и занял Горну Джумаю.