Когда началась война с революционной Францией, Шарнхорст служил в артиллерии, с 1793 года сражался на нидерландском театре военных действий и командовал конной батареей. В 1794 году выдвинулся спасением отряда, в котором он служил, от окружения в Менине во Фландрии и вскоре стал генерал-квартирмейстером ганноверского корпуса в союзной армии. После завершения войны он продолжил издание своего журнала, опубликовал ряд исследований о прошедшей войне и указал на большое количество выявленных в ходе её недостатков и на появление новой тактики (рассыпной строй). Однако призывы Шарнхорста остались неуслышанными и, более того, замедлилось его продвижение по службе, в 37 лет его произвели только в чин капитана.