Akibat usianya yang sudah tua, Kenyatta jarang pergi ke luar Afrika Timur. Pada masa pemerintahan Kenyatta, Kenya tidak banyak terlibat dalam urusan negara lain, termasuk negara yang tergabung dalam Komunitas Afrika Timur. Walaupun ia tidak sepakat dengan pendirian Federasi Afrika Timur, pada Juni 1967 ia menandatangani Perjanjian Kerja Sama Afrika Timur. Pada bulan Desember, ia menghadiri pertemuan dengan perwakilan dari Tanzania dan Uganda untuk membentuk Komunitas Ekonomi Afrika Timur. Ia juga berperan sebagai mediator selama Krisis Kongo dan mengepalai Komisi Konsiliasi Kongo yang dibentuk oleh Organisasi Kesatuan Afrika.