Помимо клубов Крафт выступал за молодёжные и основную сборную Чехии. В составе молодёжной сборной он выиграл золото чемпионата мира 2000 года, став автором победного гола в серии послематчевых буллитов финальной игры с молодёжной сборной России. Крафт также вошёл в символическую сборную чемпионата и был признан лучшим нападающим турнира. В составе основной сборной Чехии участвовал в чемпионате мира 2004 года (7 игр, 1 гол + 1 передача).