20 stycznia 2007 ogłosił swój start w kolejnych wyborach, po odsunięciu od władzy prezydenta Taji w wyniku zamachu stanu. W wyborach prezydenckich 11 marca 2007 zajął 4. miejsce z wynikiem 9,8% głosów poparcia. 19 marca 2007 ogłosił poparcie dla Sidi uld Szajcha Abdallahiego w drugiej turze głosowania. 26 kwietnia 2007 Boulkheir został wybrany przewodniczącym Zgromadzenia Narodowego. Jego kandydaturę poparło 91 z 93 deputowanych, biorących udział w głosowaniu.