À Austerlitz il est aide de camp du général Duroc qui y commande un corps de grenadiers. Il est colonel du de chasseurs à cheval à la bataille d'Iéna où il reçoit plusieurs coups de sabre dans une charge, et général de brigade à l'ouverture de la campagne le . Sa brigade, composée des 1 et , se distingue au combat d'Abensberg, où elle fait prisonnier un régiment d'infanterie, prend ses deux drapeaux, plusieurs pièces de canon et exécute une charge contre les dragons de Dawencher et les hussards de OU. Une division du premier de ces régiments est presque détruite. La brigade Jacquinot se trouve aussi aux batailles de Raab et de Wagram.