С началом в 1806 году войны с Наполеоном, Шилль всё ещё был вторым лейтенантом, но открывшаяся кампания дала ему возможность проявить свои способности. В сражении под Ауэрштедтом, отрезанный в схватке от своего взвода и окружённый несколькими французскими всадниками, он один продолжал рубиться, получил две тяжёлые раны в голову, но сумел спастись от смерти и плена. Вскоре, он прибыл в Магдебург, но предвидя скорое падение этой крепости, спустя несколько дней оставил её и добрался до Кольберга, где совершенно изнемог и остался больным.