二战期间，许多巴布亚人入伍参加了巴布亚步兵营，以及其他为盟军和日军提供支持的运送员。其他许多居住在莫尔兹比港的巴布亚居民要么返回自己的村庄，要么在出现日军潜在入侵危险时被疏散到了营地。整座城市成为了盟军部队重要的军事基地，驻扎着数千名士兵。这里也是盟军抵御日本侵略澳大利亚的最后一个岛上防线。1942年5月，日本军队发动了珊瑚海海战进攻莫尔兹比港；同年7月，日军发动了科科达小径战役，企图攻占莫尔兹比港，都失败了。在此期间，莫尔兹比港经受了炮火的洗礼，导致多数建筑物年久失修。二战结束后，整座城镇都需要重建。1945年，澳大利亚將原英屬和德屬新畿內亞合併，成立“巴布亞及新畿內亞領地”，摩斯比港成為該領地的首府，也成為公共服務擴展的中心。