Увлекся революционными идеями и в 1845 г. вместе с отцом принял участие в Краковском восстании. После его поражения схвачен и доставлен крестьянами австрийским властям, заключен в тюрьму на два года. В июне 1847 г. приговорен к смертной казни. От смерти его спасла революция 1848 года в Венгрии. События 1848 г. привели к его освобождению, но пребывание в тюрьме и, особенно, «Галицийская резня», сильно повлияли на политические взгляды С. Качковского — он вышел из неё консерватором.