Поочерёдно с адмиралом Рэймондом Спрюэнсом Холси командовал группировкой ВМС в центральной части Тихого океана (в её состав входили 3-й и 5-й флоты США). Он руководил американскими силами во время сражения в заливе Лейте 24 октября 1944 года.