Jusqu'en 2000, le drapeau confédéré flottait au-dessus de la South Carolina State House (parlement de l'état), après avoir été hissée au-dessus du dôme du Capitole en 1961 en signe d'opposition à l'intégration raciale. Beasley a initialement soutenu la présence du drapeau, mais a annoncé à la télévision nationale en 1996 qu'il changeait d'avis et pensait désormais que le drapeau devrait être déplacé vers un monument ailleurs sur le terrain. La position de Beasley sur le drapeau confédéré lui a coûté de nombreux votes républicains aux élections suivantes. Le drapeau a été retiré du dôme du Capitole en 2000 après le départ de Beasley. Il a été exposé sur un poteau devant le Statehouse jusqu'à ce qu'il soit retiré du terrain en 2015 après la fusillade d'Emanuel Nine. Beasley a également été accusé d'avoir une liaison avec son ancienne attachée de presse, Ginny Wolfe. Beasley réfute ces affirmations, déclarant: «Je peux vous dire tout de suite [ma femme] Mary Wood et moi nous nous aimons beaucoup. Nous avons tous les deux été fidèles l'un à l'autre à 100%."