Ohne Resultat blieb Jonas Nilsson bei der Weltmeisterschaft 1987 in Crans-Montana. Im Slalom schied der Titelverteidiger im zweiten Durchgang aus und im Riesenslalom scheiterte er bereits in Lauf eins. Bei der Weltmeisterschaft 1989 in Vail/Beaver Creek fuhr Nilsson die schnellste Zeit im zweiten Slalomdurchgang, hatte aber im ersten Durchgang als Fünfter bereits 1,5 Sekunden Rückstand, sodass trotz der Bestzeit keine Rangverbesserung mehr möglich war. Im Riesenslalom wurde er 17. und in der Kombination 23., dabei hatte er im Kombinationsslalom die zweitbeste Zeit erzielt, in der Kombinationsabfahrt aber nur Rang 32. Bei den Olympischen Winterspielen 1988 in Calgary erreichte der Schwede Platz sechs im Slalom und Rang 21 im Riesenslalom. Bei der Weltmeisterschaft 1991 in Saalbach-Hinterglemm belegte Nilsson den 18. Platz im Riesenslalom, während er im Slalom nach Rang vier im ersten Lauf im zweiten Durchgang ausfiel. Bei seinem letzten Großereignis, den Olympischen Winterspielen 1992 in Albertville erreichte er den achten Platz im Slalom – elf Monate nachdem er zum letzten Mal im Weltcup unter die besten zehn gefahren war. Nach der Saison 1991/92 beendete Jonas Nilsson seine Karriere.