Il 28 gennaio 2013 realizza il suo primo gol in campionato nel 3-0 inflitto al , gara che segna il debutto in panchina di Unai Emery. Nella Coppa del Re il Siviglia viene eliminato in semifinale dall'. Nella gara di ritorno Kondogbia viene espulso per un duro fallo ai danni di Diego Costa; nel dopo partita, il francese accusa l'attaccante di averlo provocato con insulti razzisti. Chiude la stagione con 40 partite e un gol.