Mike Matheson karierę sportową rozpoczął w 2009 roku w juniorskim klubie Lac St. Louis Lions występującym w lidze Quebec Midget AAA, w którym występował do 2011 roku i zdobył w tym czasie brązowy medal Telus Cup 2011 oraz został wybrany do drużyny turnieju. Następnie został zawodnikiem klubu ligi USHL - Dubuque Fighting Saints, w barwach którego w &lt;a href="USHL%20%282011/2012%29"&gt;sezonie 2011/2012&lt;/a&gt; był liderem klasyfikacji najskuteczniejszych obrońców oraz został wybrany do Drużyny Debiutantów USHL. Znakomite występy w lidze spowodowały, że talent Mathesona zauważyli działacze klubu ligi NHL – Floridy Panthers, którzy dnia 22 czerwca 2012 roku wybrali go w pierwszej rundzie draftu NHL z numerem 23. Następnie zaczął grać w drużynie uniwersyteckiej Boston College Eagles w lidze NCAA, z którym zdobył mistrzostwo sezonu zasadniczego NCAA oraz był wybierany do Drużyny Debiutantów, Drużyny Amerykanów, Drużyna NCAA wybieranych przez Amerykańskie Stowarzyszenie Hokejowych Trenerów (AHCA).