Unterwegs lief die "Nautilus" das Sulu-Archipel an, um zu prüfen, ob der Streit zwischen den spanischen Kolonialbehörden und den einheimischen Herrschern auch andere Europäer gefährdete. Am 15. August 1887 erreichte der Kreuzer Sansibar, wo er mit dem verbliebenen Stationskreuzer "Möwe" zusammentraf. Die abzulösende "Hyäne" hatte schon vor einem Monat Ostafrika verlassen. Beide Kreuzer führten eine Vielzahl Vermessungsfahrten entlang der Küste des Schutzgebietes durch. Ein herausragendes Ereignis war die dreiwöchige Fahrt mit dem Gründer der Kolonie, Dr. Carl Peters, vom 4. bis zum 26. Dezember 1887 entlang der Küste von Saadani bis nach Mombasa, auf der auch Lamu im Sultanat Witu angesteuert wurde, wo der Kommandant auch Konflikte zwischen dem Sultan von Witu und der deutschen Witu-Gesellschaft klären sollte. Im März 1888 nahm der Kreuzer an den Feierlichkeiten zur Beerdigung des verstorbenen Sultans von Sansibar Barghasch ibn Said und der Thronbesteigung seines Nachfolgers teil. Der schwer fieberkranke Korvettenkapitän Curt van Hoven musste im Juni 1888 sein Kommando abgeben und trat die Heimreise an. Aber auch den Kreuzer erreichte am 9. August in Durban der Heimreisebefehl. Unter ihrem ersten Offizier wurde die Heimreise angetreten und das Schiff erreichte am 7. Dezember Kiel. Von dem „Araberaufstand“ in der Kolonie hatten weder das Schiff noch die Admiralität rechtzeitig Kenntnis erhalten.