Thomas Meagher besuchte die Jesuitenschule Clongowes Wood College im County Kildare und das Stonyhurst College in Lancashire. Nach dem Ende seiner Studienzeit in England kehrte er 1843 in seinen Geburtsort Waterford zurück, wo er sich der irischen Unabhängigkeitsbewegung anschloss und den bewaffneten Aufstand gegen die britische Herrschaft forderte. Im Zusammenhang mit der Februarrevolution von 1848 reiste Meagher mit einigen politischen Verbündeten nach Frankreich, um den Franzosen für die gelungene Revolution zu gratulieren. Nach seiner Rückkehr schlug er den Iren in Anlehnung an die französische Trikolore eine neue Fahne in den Farben grün, weiß und orange vor. Wegen seiner weiteren politischen Aktivitäten im Verlauf des Jahres 1848, die sich gegen die britische Regierung richteten, wurde er von den Engländern verhaftet und wegen Hochverrats zum Tode verurteilt. Das Urteil wurde später zu einer lebenslangen Verbannung nach Tasmanien umgewandelt. Im Jahr 1849 wurde er dorthin verbracht und im Januar 1852 gelang ihm die Flucht nach Amerika.