1989年11月16日ソブリノはエルサルバドル政府による暗殺を免れた。軍の部隊が UCA の司祭館に押入って、イグナシオ・エリャクリア、セグンド・モンテス、フアン・ラモン・モレノ、イグナシオ・マルティン＝バロ、アマンド・ロペス、ホアキン・ロペス・イ・ロペスの6人の仲間のイエズス会の司祭と家政婦のエルバ・ラモスと15歳の娘セリーナ・ラモス母子を惨殺した時、ソブリノは偶然エルサルバドルから離れていた。約75,000人の市民が犠牲となった残忍なエルサルバドル内戦に解決をもたらすため、当時のイエズス会士は公然と当局を批判しており、そのために標的とされたものである。