自願將特殊能力SPEC封印的當麻紗綾並未因此迎來安定的生活，隨着一宗神秘海難的發生，當局為對付SPEC持有者的「簡單計劃」（シンプルプラン/Simple Plan）亦逐漸曝光，並相繼引出涉及世界末日的謎樣的預言：「法蒂瑪的第三預言」。此時，死去多時的最強SPEC持有者一十一 — 亦即當麻的弟弟陽太 — 突然神奇復活，並挺身而出帶領SPEC持有者與當局對抗。一十一一方面發動襲擊擄走警視總監及內閣情報調査室特務員青池裡子的女兒，另一方面親自現身未詳辦公室，遊說當麻與他合作。當麻坦言已將SPEC封印，再不是SPEC持有者，而且身為刑警，有責任制止一十一，姐弟二人正式決裂。