במאי 2002 ערך פרייר את הופעת הבכורה שלו במדי נבחרת גרמניה, במשחק הכנה למונדיאל 2002, בו הביסה גרמניה את נבחרת כווית בתוצאה 7-0. למונדיאל עצמו פרייר לא זומן. לאחר המונדיאל, פרייר היה שחקן חשוב בנבחרת גרמניה, וביוני 2003 הבקיע את שערו היחיד במדים הלאומיים, בניצחון 4-1 על נבחרת קנדה במשחק ידידות. פרייר נכלל בסגל ההתחלתי של גרמניה ליורו 2004, אך נופה לקראת הטורניר בגין פציעה. פרייר זומן גם לסגל הגרמני ההתחלתי למונדיאל 2006, אך נופה מהסגל לקראת הטורניר. במרץ 2007 ערך פרייר את הופעתו ה-17 והאחרונה במדים הלאומיים, בהפסד 1-0 לנבחרת דנמרק.