Mit Schreiben vom 5. August 1939 stimmte das Reichsministerium für Wissenschaft, Erziehung und Volksbildung der Aufnahme „ohne Bedenken“ zu. Während der Deutschen Besetzung Polens 1939–1945 wurde er am 6. November 1939 mit 182 Hochschullehrern der Universität Krakau und der Bergakademie Krakau im Collegium Novum festgenommen. Trotz seiner 73 Jahre und der hochgradigen Arteriosklerose wurde er Ende des Monats in das KZ Sachsenhausen (Block 46, Nr. 5215) verbracht. Auf Bitte seiner Frau ersuchte Emil Abderhalden den Generalgouverneur Hans Frank um Wachholz' Freilassung. Daraufhin kam er mit 101 Gefangenen aus Krakau am 8. Februar 1940 frei. Nach der Rückkehr aus dem Konzentrationslager war er krank und erschöpft. Da auch die finanzielle Situation schlecht war, arbeitete er ein wenig. Sein Gesundheitszustand blieb unverändert. Mit 75 Jahren starb er an den Folgen der Erschöpfung. In Krakau wohnte er in der Wyspianskiego 8.