После начала Филиппино-американской войны Артуру Макартуру пришлось вновь вернуться на Филиппины и опять брать Манилу. Когда война из стадии регулярных боевых действий перешла в стадию борьбы с партизанским движением, Артур Макартур возглавил Департамент Северного Лусона. В январе 1900 года он получил звание бригадного генерала регулярной армии и стал военным губернатором Филиппин. После захвата Эмилио Агинальдо Артур Макартур вынудил его призвать своих соратников к прекращению борьбы против США. В 1902 году Артур Макартур был произведён в генерал-майоры.