Poche settimane prima dello scoppio della Seconda guerra mondiale e dell'occupazione tedesca della Polonia, i Polacchi smontarono l'altare e depositarono le sue statue principali in casse sparse per tutto il paese. Le casse furono localizzate da un'unità nazista chiamata "Sonderkommando Paulsen", saccheggiate e trasportate nel Terzo Reich, probabilmente a Berlino. Anche i pannelli furono trovati e mandati in Germania, dove furono messi nei sotterranei del Castello di Norimberga. Al castello, i prigionieri polacchi inviarono messaggi ai membri della resistenza polacca che il venerabile altare si trovava là. L'altare sopravvisse alla guerra malgrado i pesanti bombardamenti di Norimberga e fu restituito alla Polonia nel 1946, dove fu sottoposto a un profondo restauro. Fu riportato nella Basilica di Santa Maria nel 1957.