Po agresji III Rzeszy na Polskę 1 września 1939 roku budynek dworca został zbombardowany przez Luftwaffe, w wyniku czego zniszczona została praktycznie cała szklana konstrukcja hali peronowej. Mimo to dworzec pozostał ważnym punktem polskiej obrony miasta. W 1940, pod okupacją sowiecką, zbudowano dworzec tymczasowy. Obiekty dworca ucierpiały ponownie w czerwcu 1941 roku, po wybuchu wojny niemiecko-sowieckiej. Pod okupacją niemiecką ruszyła odbudowa głównego budynku, którą ostatecznie zakończono w 1957 roku, pomimo tego, że istniały plany jego zburzenia i zastąpienia go nowym, zgodnym z duchem epoki. W efekcie zewnętrzny wygląd dworca przywrócono do stanu bliskiemu oryginałowi, a wnętrza wypełniono stalinowskim socrealizmem.