Паводле парады старэйшага брата працягнуў вучыцца ў Пецярбургскай медыка-хірургічнай акадэміі, якую скончыў у 1861 годзе з залатым медалём. Імя Свянціцкага як найлепшага выпускніка было занесена на мармуровую дошку канферэнц-залы акадэміі, а сам ён быў пакінуты для падрыхтоўкі да навуковай і педагагічнай дзейнасці. Праз тры гады Сігізмунд Свянціцкі абараніў доктарскую дысертацыю, але перспектывы будучай навуковай кар’еры ўскладніліся сацыяльным напружаннем пасля паўстання 1863—1864 гадоў, праз што назаўсёды пакінуў сцены Акадэміі.