Stoesser trat am 1. Mai 1805 als Gefreitenkorporal in die Preußische Armee ein und wurde im Infanterieregiment seines Vaters angestellt. Als Fähnrich nahm er während des Vierten Koalitionskrieges an der Verteidigung von Danzig teil. Anfang April 1807 avancierte Stoesser zum Sekondeleutnant und wurde am 3. Juli 1813 als Premierleutnant Adjutant der 9. Brigade. Während der Befreiungskriege befand er sich bei der Belagerung von Erfurt. In der Schlacht bei Großgörschen erwarb er das Eiserne Kreuz II. Klasse. Stoesser kämpfte bei Bautzen, Dresden und erhielt für sein Verhalten bei Leipzig den Orden des Heiligen Wladimir IV. Klasse sowie das Eiserne Kreuz I. Klasse. Im Jahr darauf kämpfte er bei Laon und Paris und stieg am 8. April 1814 zum Stabskapitän auf. 1815 kämpft er in der Schlacht bei Waterloo und wurde am 10. April 1815 als Kapitän und Kompaniechef in das 18. Infanterie-Regiment versetzt.