Den ungarske revolusjon i 1848 gikk slovakiske nasjonalistledere på Østerrikes side for å kunne fremme løsrivelse fra kongedømmet Ungarn innenfor det østerrikske monarkiet. Det slovakiske nasjonalråd tok også del i den østerrikske militærkampanje ved å sette opp hjelpetropper mot regjeringen i revolusjonen. I september 1848 klarte rådet å organisere en kortvarig administrasjon for de okkuperte områdene, men de slovakiske troppene ble senere oppløst av Østerrikes keiserlige hoff. På den annen side hadde titusener av frivillige fra Slovakia kjempet i den ungarske hær. Etter revolusjonen ble nedkjempet ble den ungarske politiske elite undertrykket av de østerrikske myndighetene, mange av de som hadde deltatt i revolusjonen ble henrettet, fengslet eller tvunget til å gå i landflyktighet. I 1850 ble kongedømmet Ungarn inndelt i fem militære distrikter, to av dem med administrative sentre i Slovakia. Myndighetene i Østerrike forbød begge de slovakiske provinsene i 1860. Den slovakiske politiske elite dro nytte av den eneveldet ved hoffet i Wien og svekkelsen av den ungarske elite til å fremme egne nasjonale mål.