Gvardiol on pelannut Kroatian nuorisomaajoukkueissa. Hän pelasi vuonna 2021 alle 21-vuotiaiden EM-kilpailujen puolivälieräottelussa, jonka Kroatia hävisi jatkoajalla Espanjalle. Gvardiol pelasi Kroatian A-maajoukkueessa ensimmäisen kerran kesäkuussa 2021 ystävyysottelussa Belgiaa vastaan, kun hän tuli ottelun puolivälissä vaihdosta kentälle. Saman kesän EM-kilpailuissa hän pelasi täydet minuutit alkulohko-otteluissa Englantia ja Tšekkiä vastaan ja oli avauskokoonpanossa myös kolmannessa alkulohko-ottelussa Skotlantia vastaan.