Ήδη η ειρηνική Βελούδινη επανάσταση είχε φέρει μεγάλες αλλαγές τόσο στην πολιτική όσο και στην οικονομία της Τσεχοσλοβακίας και το κράτος προχώρησε στην ιδιωτικοποίηση των περισσότερων βιομηχανιών. Ειδικότερα για την Škoda Auto, η κυβέρνηση αποφάσισε να φέρει έναν ισχυρό συνεργάτη στην εταιρεία, ο οποίος βρέθηκε το 1990 και ήταν ο Όμιλος Volkswagen, που τότε αποτελείτο μόνο από τις μάρκες Volkswagen, Audi και SEAT. Έτσι, στις 16 Απριλίου 1991, η Škoda έγινε η τέταρτη αυτοκινητοβιομηχανία – θυγατρική του Ομίλου. Η μετέπειτα μέτρια πορεία άλλων βιομηχανιών του πρώην Ανατολικού Μπλοκ, όπως της Lada / AvtoVAZ, της Zastava και της Škoda Works, κάποτε μητρικής εταιρείας της Škoda Auto, αποδεικνύουν πως η επιλογή της τσεχικής κυβέρνησης ήταν απόλυτα επιτυχημένη - άλλωστε η ιδιωτικοποίηση και η πώληση σε μία μεγάλη γερμανική εταιρεία, ήταν τότε ένα εξαιρετικά αμφιλεγόμενο εγχείρημα.