Военная карьера Декейтера началась в 1798 году, в качестве мичмана. Почти в каждой боевой операции его служба характеризовалась актами героизма и исключительной преданности военному делу. Он прошёл через первую и вторую берберийские войны в Северной Африке, квази-войну с Францией и войну 1812 года с Англией. В этот период он командовал многими военными судами и в конечном итоге стал членом уполномоченного совета флота. В Вашингтоне им был построен большой дом, ныне известный как «Дом Декейтера», располагающийся на площади Лафайет. В начале XIX века дом был центром вашингтонского общества, позже здесь жили многие известные американцы, среди которых Генри Клей, Мартин Ван Бюрен. Декейтер был знаменит своими способностями руководителя и искренней заботой о моряках под его командованием. Блестящая карьера преждевременно закончилась, когда он был убит в поединке с другим офицером. Его многочисленные победы создали Соединённым Штатам имидж лидирующего государства с военной мощью сопоставимой английской и французской. Стивен Декейтер стал первым национальным героем после Джона Пола Джонса, чьё имя отождествлялось с военно-морскими силами США.