Im Jahr 1815 kommandierte Harris die "Marines" an Bord von USS "Macedonian", die unter "Commodore" Stephen Decatur im Mai des Jahres von New York auslief um gegen Piraten im amerikanisch-tripolitanischen Krieg vorzugehen. Nach Rückkehr in die Vereinigten Staaten wurde Harris zunächst in Erie, Pennsylvania, dann in Boston, Massachusetts stationiert. Als nächstes Bordkommando folgte im August 1821 ein Einsatz auf USS "Franklin". Nach Operationen im Südpazifik wurde er am 3. März 1825 ehrenhalber zum Hauptmann ernannt. Es folgten Verwendungen Anbord von USS "Java" und USS "Delaware". Am 13. Juni 1830 wurde er zum ordentlichen Hauptmann befördert. Seine nächste Stationierung war Norfolk, Virginia. Bis März 1836 erneut auf USS "Deleware" eingesetzt, kam er anschließend zum Kontingent der "Marines" in Fort Monroe, Virginia, von wo aus es zusammen mit der U.S. Army die Aufgabe war, in die Auseinandersetzungen mit den natürlich Ureinwohnern Nordamerikas („"Indianer“") einzugreifen. Er zeichnete sich in den Kämpfen mit den Creek in Alabama und den Seminolen in Florida aus. "Commandant" Oberst Archibald Henderson erwähnte ihn voller Lob in einem Schreiben an den Marineminister ("Secretary of the Navy"). Am 27. Januar 1837 wurde Harris zum Major ehrenhalber ernannt. Er kam im März des Jahres nach Washington zurück. Am 6. Oktober 1841 wurde sein Dienstgrad als Major ordentlich bestätigt. Es folgten Einsütze im Mexikanisch-Amerikanischen Krieg, in Philadelphia, Washington und Norfolk.