Während der Zeit des Bürgerkriegs in Guatemala (1963-96) war die Universität San Carlos ein Zentrum des friedlichen ebenso wie des bewaffneten Widerstands gegen die Regierung, insbesondere gegen die bis 1986 herrschenden Militärregime. Dies führte dazu, dass sie auch im Zentrum der Repression durch das Militär stand. Insbesondere in der ersten Hälfte der 1980er Jahre fielen zahlreiche Professoren und Studenten der Universität der Gewalt zum Opfer.