În 1400, războinicul mongol Timur Lenk (Timur cel șchiop) a reușit să convingă regatele locale, ce fuseseră cucerite de turci, să i se alăture în atacul împotriva lui Baiazid. În Bătălia de la Ankara, pe 20 iulie 1402, Baiazid a fost capturat de Timur și a murit în captivitate. Există unele surse ale timpului care pretind că acesta ar fi fost ținut în lanțuri într-o cușcă drept trofeu. De asemenea, există multe povești ale captivității, inclusiv una care descrie cum Timur îl folosea ca scaun pentru picioare. Cu toate acestea, se crede că toate aceste mărturii sunt false, deoarece scriitori de la curtea lui Timur au afirmat că Baiazid a fost tratat bine și că Timur i-a jelit moartea. De asemenea, propria istorie a lui Timur cu alți conducători a demonstrat că s-a ținut de cuvânt când mai târziu a afirmat că a încercat să-l reînscăuneze pe Baiazid pe tronul Imperiului Otoman. Un an mai târziu, Baiazid moare, unele surse afirmând că s-ar fi sinucis.