Em 1939, as forças de ocupação da Alemanha Nazista fecharam a Universidade Jaguelônica após a invasão da Polônia no início da Segunda Guerra Mundial. Todos os homens capazes foram obrigados a trabalhar e assim, de 1940 até 1944, Karol trabalhou em empregos tão diversos como mensageiro para um restaurante, operário numa mina de calcário e para a indústria química Solvay, levando-se em conta que a empresa produzia soda cáustica, particularmente importante no período da guerra, Wojtyła recebeu um documento de identidade que o poupou, tudo isso para evitar ser deportado para a Alemanha ou ao longo da frente oriental para realizar trabalhos forçados. Seu pai, um suboficial no Exército da Polônia, morreu de ataque cardíaco em 1941, deixando Karol como o último sobrevivente de seu grupo familiar imediato. "Eu não estive presente na morte de minha mãe, nem na do meu irmão e nem na do meu pai", ele disse, refletindo sobre esta época de sua vida, quase quarenta anos depois, "Aos vinte, eu já tinha perdido todos os que amava".