Su capacidad como primer ministro fue puesta a prueba cuando en la primavera de 2011 tuvieron lugar el el Terremoto y Tsunami en el Norte de Japón y el posterior accidente nuclear de Fukushima. Sin embargo la percepción mayoritaria es que su gestión de la crisis fue un desastre, por lo que Kan se había comprometido a renunciar luego de que el Parlamento aprobara dos leyes esenciales para la reconstrucción; y efectivamente luego de esa aprobación Kan presentó su renuncia como primer ministro y líder del Partido Democrático de Japón, por lo que dejó el poder cuando su partido eligió un nuevo líder que fue casi inmediatamente elegido primer ministro, lo cual se produjo en unos días. Su sucesor fue Yoshihiko Noda.