Brescia giành Cup Anh-Ý năm 1994, thành tích đáng chú ý nhất trong toàn bộ lịch sử của họ cho đến nay. Brescia thực sự đã lên đỉnh bóng đá chỉ vào năm 2000, khi câu lạc bộ chưa từng có trước đó đã ký hợp đồng với cựu cầu thủ FIFA World của năm, Roberto Baggio, người đã dẫn dắt Brescia về đích thứ bảy trong mùa giải 2000-01, do đó đủ điều kiện tham dự UEFA Intertoto Cốc. Liên tiếp, Brescia đạt đến trận chung kết Cúp Intertoto, sau đó thua Paris Saint-Germain theo xa mục tiêu loại trừ sau khi đạt được một 0-0 đi vẽ ở trận lượt đi và 1-1 bốc thăm tham dự lượt về ở sân nhà. Baggio đã trải qua bốn năm tại Brescia trước khi nghỉ hưu vào năm 2004 và trong bốn năm lịch sử đó, Brescia được biết đến rộng rãi với tên gọi "Baggio's Brescia". Trong suốt bốn năm thi đấu của Baggio với Brescia, câu lạc bộ đã thi đấu tốt ở Serie A. Trong mùa giải tiếp theo sau khi nghỉ hưu của Baggio (2004-05), Brescia đã bị xuống hạng từ Serie A vào ngày cuối cùng, vị trí thứ 19. Brescia đã phải vật lộn để trở lại Serie A sau khi xuống hạng và cuối cùng trở lại Serie A sau khi đánh bại Torino với tổng cộng 2 - 1 trong mùa giải 2009-10. Tuy nhiên, trong mùa giải 2010-11, họ đã bị xuống hạng trở lại Serie B. Trong mùa giải 2014-15, họ đã xuống hạng Lega Pro sau khi kết thúc thứ hai từ dưới đếm lên. Tuy nhiên, sau tuyên bố phá sản và giáng chức của Parma xuống Serie D, Brescia là một trong những đội được chọn để thay thế họ ở Serie B. Một cơ hội thăng hạng mới cho Serie A đã được hiện thực hóa trong mùa giải 2018-19, trước hai vòng đấu.