רק בשלהי שנות ה-80 החלו ניצני החופש האקדמי לשוב לבין כותלי המוסד, עת תלמידים ארגנו פעילויות עצמאיות שונות, כולל הפגנות שקטות, על רקע סתיו העמים במדינות סמוכות במרכז ובמזרח אירופה. פעילויות אלה בישרו את מהפכת הקטיפה בשנת 1989, בה נטלו תלמידי ומורי האוניברסיטה תפקיד בולט.