Bei den Wahlen vom 17. November 1932 sowie 31. Januar 1937 wurde er abermals zum Mitglied des Parlaments gewählt und fungierte zwischen 1932 und 1936 erneut als Parlamentspräsident "(Kryetar i Parlamentit)". Er gehörte dem Parlament bis zur Besetzung Albaniens durch Italien am 7. April 1939 an. Am 9. November 1936 übernahm er als Nachfolger von Mehdi Bej Frashëri zum zweiten Mal das Amt des Ministerpräsidenten, das er nunmehr ebenfalls bis zur italienischen Besetzung am 7. April 1939 innehatte. Er bildete in dieser Zeit sein drittes Kabinett. Seine Amtszeit war geprägt von Spannungen zwischen Italien-Nahestehenden und mehr Unabhängigkeit suchenden Parteien, die sich zum Teil auch in der Religionszugehörigkeit der Kabinettsmitglieder zeigte, das wie alle albanischen Regierungen religiös durchmischt war. Kostaq Kota gehörte der autokephalen orthodoxen Kirche von Albanien an.