Marc-André Bourdon begann seine Karriere als Eishockeyspieler in der kanadischen Juniorenliga Ligue de hockey junior majeur du Québec, in der er von 2006 bis 2009 für die Rouyn-Noranda Huskies und Rimouski Océanic aktiv war. In diesem Zeitraum wurde der Verteidiger im NHL Entry Draft 2008 in der dritten Runde als insgesamt 67. Spieler von den Philadelphia Flyers ausgewählt.