Kasun est membre de la sélection nationale croate lors du championnat d'Europe 2005, 2007 et 2009. Après des résultats décevants lors du championnat d'Europe 2009, Mario Kasun annonce sa retraite de l'équipe nationale par ces mots : "C'était mon dernier match avec l'équipe nationale. À chaque fois, je laisse tout sur le parquet, mais il semble que ce n'est pas assez. J'ai besoin de me reposer l'été pour ne pas me blesser".