Fu assassinato nel 1983 nell'Aeroporto Internazionale di Manila (ora intitolato Ninoy Aquino International Airport in suo onore) mentre sbarcava dall'aereo che lo riportava in patria dagli Stati Uniti alla fine del suo esilio. I suoi uccisori non furono mai individuati e la sua morte è ancora oggi misteriosa. Secondo diverse voci venne ucciso da agenti militari, altre accusarono invece Danding Cojuangco per via del loro dissidio e di ambizioni politiche, mentre una minima parte indicò come mandante Ferdinand Marcos a causa del notevole seguito che Aquino aveva tra le varie frange dell'opposizione politica.