Az 1848–49-es magyar forradalom során Ferdinánd császár 1848. június 10-i manifesztumában János főherceget saját helyettesévé nevezte ki. E minőségében a főherceg Bécsben tárgyalt gróf Batthyány Lajos magyar miniszterelnökkel és a császárhű Jellasics tábornaggyal, a horvát bánnal. Megkísérelt egyezséget létrehozni köztük, de közvetítési kísérlete Jellasics hajthatatlansága miatt kudarcot vallott.