Tojoda velmi protestoval proti válce se Spojenými státy, protože jako někdejší velitel Komise pro výstavbu lodí znal dobře rozdíl mezi průmyslovou silou Japonska a Spojených států. V listopadu 1942 se stal členem Válečné rady. Poté velel Námořnímu okruhu Jokosuka, a to až do května 1944, kdy byl po smrti admirála Kogy jmenován vrchním velitelem Spojeného loďstva. V této funkci plánoval bitvu ve Filipínském moři v červnu 1944, bitvu u Leyte v říjnu 1944 a operaci Ten-gó v dubnu 1945. Při těchto akcích přišlo japonské námořnictvo o velkou část svých sil a přestalo prakticky existovat jako bojeschopná síla.