Bounou debuterade för Marockos landslag den 14 augusti 2013 i en 2–1-förlust mot Burkina Faso, där han blev inbytt i halvlek mot Mohamed Amsif. I maj 2018 blev Bounou uttagen i Marockos trupp till fotbolls-VM 2018. Han har även varit uttagen i Marockos trupp vid Afrikanska mästerskapet 2017 och 2019.