В начале 2015 года Магнус перешёл в шведский «Мальмё». 6 апреля в матче против «Сундсвалля» он дебютировал в Аллсвенскане. 3 мая в поединке против «Хельсингборга» Эйкрем сделал «дубль», забив свои первые голы за «Мальмё». В 2016 году он помог клубу выиграть чемпионат.