Det uppstod rykten 1836 att hon skulle giftas bort med kung Ferdinand II av Bägge Sicilierna, men det visade sig inte stämma, och hon blev i stället gift med August av Sachsen-Coburg-Gotha, en mycket förmögen man, som inte hade någon tron men många värdefulla kontakter med Europas dynastier. Maken var officer vid österrikiska armén, men tjänstgjorde efter giftermålet i franska armén. Efter revolutionen 1848 tvingades paret lämna Frankrike, och maken tjänstgjorde sedan återigen i österrikiska armén, med familjen bosatt i det s.k. Palais Coburg i Wien, medan Clementine bestred Napoleon III:s konfiskation av hennes egendom genom insändare i franska tidningar.