1578年，国王塞巴斯蒂昂在摩洛哥的三王战役中阵亡，叔公红衣主教恩里克一世被迫还俗即位，但亦于1580年逝世，造成。随后，西班牙哈布斯堡王朝的费利佩二世宣称他作为曼努埃尔一世的外孙，拥有葡萄牙的继承权、并成功继承之，成为西班牙和葡萄牙的共主，建立伊比利亚联盟。同西班牙的联合使葡萄牙卷入八十年战争，并与英国交恶。葡萄牙在波斯湾的殖民地忽里模子被英国占领；1595年至1663年，又与荷兰共和国，丧失了在巴西、非洲、印度和远东的部分商业利益，且失去了印度洋贸易的垄断优势。