Sein Debüt in der Nationalmannschaft gab Franz Cisar am 1. Oktober 1933 beim 2:2-Unentschieden gegen den „Erzrivalen“ Ungarn. Nach einigen überzeugenden Leistungen im Team wurde er von Hugo Meisl als Verteidiger gemeinsam mit seinem Klubkollegen Karl Sesta für die Fußball-Weltmeisterschaft 1934 in Italien nominiert, bei der Österreich nach einer zweifelhaften Schiedsrichterleistung im Halbfinale gegen den Gastgeber ausschied. Die Fußball-Weltmeisterschaft war gleichzeitig Franz Cisars letzter Auftritt im österreichischen Nationalteam.