בשנת 1956 חשב קפלן להשתחרר אך בהוראת המטכ"ל משה דיין הוצב כסגן למפקד חיל החימוש. בתפקיד זה שירת שנה וחצי כולל תקופת מלחמת סיני. בתום מבצע סיני היה עיקר העיסוק בחיל החימוש שיקום ציוד הלחימה וניצול השלל לשימוש. קפלן קיבל תקן של אל"ם אך נשאר בדרגת סא"ל היות שמפקד החיל עמוס חורב נשא דרגת אל"ם.