Im Feldzug von 1809 führte er eine Division im Verband des 5. Armeecorps und nahm am 20. April an der Schlacht von Abensberg teil, nach dem Rückzug erhielt er von FML Hiller den Auftrag mit der Nachhut den Ort Riedau (1. Mai) zu verteidigen. Mit seinen Truppen konnte er wenige Tage zuvor beim Gefecht von Neumarkt die verfolgenden Bayern und französische Division Molitor für kurze Zeit aufhalten. Er musste dann vor Massenas Vortruppen zurückweichen und bei Reith unweit Ebelsberg wieder die Ebene zu gelangen, wo sich derweil die Brigade Radetzky dem Feinde entgegen warf. Schustekh warf sich den Franzosen in die linke Flanke und konnte seinen geordneten Rückzug hinter die Traun fortsetzen. Mit einem unabhängigen Korps von 10.000 Mann sicherte er dann das linke Donauufer von Linz bis Neuaigen bis zum Tage der Schlacht bei Wagram (5. Juli). Nach dem Krieg wurde er in die Position eines Kavallerie-Inspektors nach Prag versetzt und am 18. Februar 1810 zum zweiten Inhaber des Dragoner-Regiments Erzherzog Johann Nr. 1 ernannt. Im Krieg von 1813 leitete er die Organisierung der Landwehr in Böhmen. Im Jahr 1814 übernahm er das Generalkommando in Mähren.