1994 gewann er gemeinsam mit Damian McDonald, Phil Anderson und Dennis Brett das Mannschaftszeitfahren bei den Commonwealth Games im kanadischen Victoria. Henk Vogels begann seine professionelle Karriere 1995 beim Vorgänger-Team von Rabobank, nämlich Novell. In seinem zweiten Jahr gewann er eine Etappe bei der Nachwuchs-Rundfahrt Tour de l’Avenir. Dann wechselte er zu GAN, dem späteren Team Crédit Agricole, und nahm an der Tour de France 1997 zum ersten Mal teil. Er beendete sie auf dem 99. Gesamtrang. 1999 feierte er den größten Erfolg seiner Karriere, er gewann die nationale Meisterschaft. 2000 wechselte er zum US-amerikanischen Mercury Cycling Team. Nach drei Jahren dort blieb er noch zwei Jahre in den Staaten bei Navigators. 2005 und 2006 fuhr Vogels für das belgische ProTour-Team Davitamon-Lotto, danach wechselte er zum amerikanischen Team Toyota-United. Ende der Saison 2008 beendete er seine Karriere.