Sau khi Trossero từ chức Liên đoàn bóng đá đã quyết định chọn Jakob "Köbi" Kuhn làm huấn luyện viên. Ông cũng đã từng là cầu thủ của đội tuyển từ 1962 đến 1976 và đã dẫn dắt đội tuyển bóng đá quốc gia U-21 trước đó. Nếu như Kuhn đã bị giới truyền thông đại chúng cho là một lựa chọn sai lầm sau các lần thi đấu đầu tiên thì khoảng 1 năm sau đó đã có thể nhận rõ tiến bộ của đội bóng. Kuhn đã thành công trong việc mang nhiều cầu thủ trẻ do ông dẫn dắt trước đó vào đội hình và trẻ hóa đội tuyển. Thụy Sĩ đứng đầu bảng trong vòng loại của Giải vô địch bóng đá châu Âu 2004, vượt qua được Nga và Ireland. Thế nhưng đội đã không khẳng định được tài năng tại Bồ Đào Nha. Sau lần hòa 0:0 với đội Croatia là 2 lần thua Anh (0:3) và Pháp (1:3). Bàn thắng duy nhất của Thụy Sĩ trong giải này do Johan Vonlanthen (17 tuổi) mang lại, Johan trở thành cầu thủ phá lưới trẻ tuổi nhất trong lịch sử của Giải vô địch bóng đá châu Âu.