W reprezentacji Boliwii Peña zadebiutował w 1987 roku. W 1994 roku został powołany przez selekcjonera Xabiera Azkargortę do kadry na Mistrzostwa Świata w USA. Tam był rezerwowym i rozegrał jedno spotkanie, zremisowane 0:0 z Koreą Południową. Ogółem w kadrze narodowej od 1987 do 1996 roku rozegrał 43 mecze i strzelił 4 gole. Grał także na Copa América 1989, Copa América 1991, Copa América 1993 i Copa América 1995.