Der PFK ZSKA Moskau war nach dem Zusammenbruch der Sowjetunion einer der Gründungsmitglieder der neugeschaffenen russischen Obersten Liga. In den ersten sechs Spielzeiten belegte die Mannschaft die Plätze im Tabellenmittelfeld. In der Saison 1998 wurde die erste Vizemeisterschaft und in der nächsten Spielzeit der dritte Rang erkämpft. In den darauffolgenden beiden Spielzeiten belegte ZSKA Moskau erneut Plätze im gesicherten Mittelfeld der Tabelle. In der Saison 2002 gewann die vom Russen Waleri Gassajew trainierte Mannschaft erneut die Vizemeisterschaft. 2003 wurde der erste Meisterschaftsgewinn in der russischen Eliteliga gefeiert. Danach wurde der Cheftrainer Waleri Gassajew überraschend entlassen. Als sein Nachfolger wurde der Portugiese Artur Jorge verpflichtet. Unter dem neuen Trainer konnte das Team nicht an die Leistungen aus der Meistersaison anknüpfen. Somit wurde bereits im Juli 2004 als ZSKA auf den fünften Tabellenplatz abgerutscht war Artur Jorge nach nur einer achtmonatiger Amtszeit wieder entlassen. Unter dem zurückgekehrten Waleri Gassajew konnte ZSKA 2004 noch den Vizemeistertitel gewinnen.