Boughéra ammuttiin kuoliaaksi työpaikallaan kahvilassa vain kolme päivää 61-vuotissyntymäpäivänsä jälkeen vuonna 1959. Yhden lehdistössä kiertäneen version mukaan Kansallisen vapautusrintaman joukot tappoivat Boughéran hänen kieltäydyttyä tukemasta liikettä käynnissä olleen Algerian sodan aikana. Mahdollisesti hän tuli kuitenkin ammutuksi vain vahingossa riidan yhteydessä sivullisena uhrina.