Die "Eli Lilly and Company" hatte 1898 ein Sortiment von über 2.005 Produkten und einen Umsatz von über 300.000 US-Dollar (heute: $ ). Sein Sohn Josiah Kirby Lilly, Sr. erbte das Unternehmen und führte es im Sinne seines Vaters weiter, bevor er es selbst an seine Söhne Eli Lilly und Josiah Kirby Lilly, Jr. vermachte. Diese behielten die philanthropische Einstellung und gründeten später die Lilly Endowment, die im Jahre 1998 zur vermögendsten Stiftung der Welt wurde. In der Zwischenzeit wurde sie überholt, gehört aber noch immer zu den zehn großzügigsten und größten Organisationen. Das Unternehmen spielte eine wichtige Rolle bei der Belieferung von medizinischen Hilfsgütern für die Opfer des Erdbebens von San Francisco 1906. Die "Eli Lilly and Company" wurde unter der Führung der Enkeln von Eli Lilly zu einem der größten Pharmaunternehmen der Welt. Wichtige Innovationen und Erfindungen wie die Entwicklung der ersten Insulinpräparate in den 1920er Jahren, die Massenproduktion des Antibiotikums Penicillin in den 1940er Jahren sowie die generelle Förderung der Massenproduktion bei medizinischen Produkten gingen von diesem Unternehmen aus. Auch nach der Umwandlung in eine Public Traded Company im Jahre 1952 gingen die Innovationen weiter. So entstanden unter anderem die Produkte Methadon, Fluoxetin und viele weitere.