Полководческая звезда Джонстона взошла в сражении при Булл-Ране и не заходила до самого конца войны. Джонстон ярко проявил себя в сражении в Семи Соснах, в котором был ранен и заменен Робертом Ли. После выздоровления армия Теннесси под командованием Джонстона безуспешно пыталась прийти на помощь Джону Пембертону, осаждаемому в Виксбурге Улиссом Грантом. Затем была попытка удержать форт Джексон на Миссисиппи. Там Джонстону в первый раз противостоял Уильям Шерман.