Летом 2019 года Жонатан был вызван в состав своей национальной сборной на Кубок африканских наций в Египте. В первом матче против ЮАР он забил гол на 64-й минуте, а команда одержала победу 1:0. В матче 1/4 финала его гол на 62-й минуте матча в ворота Алжира помог сборной сыграть вничью в основное время матча, но в серии послематчевых пенальти команда уступила сопернику и покинула турнир.