La temporada 2012-13 estuvo marcada por el regreso de Aritz Aduriz y la marcha de Javi Martínez al Bayern de Múnich, quien tras muchas tribulaciones abonó la cláusula de 40 millones de euros que daba por rescindido su contrato con el Athletic, sumado a la decisión de no renovar su contrato de Fernando Llorente.Además, la decisión de no renovar a Fernando Amorebieta, que pedía un salario más alto, llevó a la aparición de un joven llamado Aymeric Laporte. El Athletic fue eliminado muy pronto tanto de la Liga Europa, donde cayó en la fase de grupos, como de la Copa del Rey, donde no logró pasar ni la primera eliminatoria. Mientras, en la liga, el equipo se pasó toda la temporada en la parte media-baja de la clasificación, incluso en algunas jornadas se metió en puestos de descenso, pero finalmente logró la salvación sin pasar demasiados apuros, quedando en 12.ª posición. Por otro lado, el domingo 26 de mayo de 2013 a las ocho de la tarde, se disputó el último partido oficial del primer equipo en el antiguo San Mamés frente al Levante U. D., que finalizó con victoria para los visitantes por 0-1. Tras el partido se realizó un sencillo acto de homenaje al estadio, que aún fue testigo de otros dos encuentros más antes de su cierre y posterior demolición; el domingo 2 de junio el Bilbao Athletic disputó el play-off de ascenso a Segunda División, mientras que el día 5 del mismo mes tuvo lugar el partido de homenaje a San Mamés, que enfrentó al Athletic contra la selección de Vizcaya. Días después San Mamés comenzó a ser derribado tras 100 años de actividad y 1741 partidos oficiales disputados.