Новые тяжёлые испытания ждали город во Вторую мировую войну. В начале 1945 года в Секешфехерваре и окрестностях шли тяжёлые бои между 5-й танковой дивизией СС (4-го танкового корпуса СС) и войсками 21-го гвардейского стрелкового корпуса 4-й гвардейской армии 3-го Украинского фронта (в январе 1945 г.), а в марте разгорелось сражение между 6-й танковой армией СС и войсками 2-го и 3-го Украинских фронтов (Балатонская оборонительная операция). В ходе боёв почти половина зданий в городе была разрушена, погибло более 10 тысяч жителей. На городском кладбище в братских могилах похоронены останки советских воинов, в том числе два Героя Советского Союза.