Nach der italienischen Besetzung Albaniens 1939 ging Malëshova in den Widerstand und kämpfte als Partisan und selbsternannter „Rebellendichter“ gegen die italienischen und deutschen Besatzungstruppen. 1942 wurde er Mitglied des von den Kommunisten dominierten Führungsrats der albanischen Befreiungsbewegung LNÇ („Levizja Nacional Çlirimtare“), 1943 Mitglied des Generalstabs der albanischen Volksbefreiungsarmee. Er war eines der Gründungsmitglieder der kommunistischen Partei Albaniens und Mitglied des Zentralkomitees sowie des Politbüros.