W dniu 3 września 1939 roku został uszkodzony przez saperów Wojska Polskiego most nad Kłodnicą przy ul. Piotrowickiej. W tym samym dniu w okolicach wiaduktu na ul. Piotrowickiej za linią kolejową doszło do wymiany ognia między idącymi w kierunku Katowic żołnierzami Wehrmachtu a obrońcami miasta spośród których 4 poległo, a 20 zostało rannych. Strzelanina miała także miejsce w okolicach dworca kolejowego. Wkrótce po zajęciu Ligoty Niemcy zniszczyli pomnik Powstańców śląskich. Od października 1939 roku nałożono obowiązek posługiwania się poza domem wyłącznie językiem niemieckim. W 1941 roku jeńcy radzieccy zaczęli budować nowe osiedle domów wielorodzinnych tzw. stodół. W 1943 roku na terenie Ligoty Niemcy osadzili około 200 wysiedlonych z Alzacji Francuzów z rodzinami. Podczas niemieckiej okupacji w latach 1939-1945, na terenie Ligoty znajdował się obóz dla Polaków wypędzanych z Górnego Śląska do Generalnego Gubernatorstwa. Wojska niemieckie wycofały się z Ligoty rano 26 stycznia 1945 roku wysadzając trzy mosty nad Kłodnicą oraz nastawnię główną i południową na dworcu kolejowym, a następnego dnia pojawiły się w Ligocie wojska ZSRR.