24 июня 1941 года дивизия в составе 41-го стрелкового корпуса убыла на Северо-Западный фронт и вела бои в районах городов Двинск, Остров, Опочка. С 15 июля майор Жеков-Богатырев по ранению находился в госпитале и в отпуске в Москве. По выздоровлении приказом по войскам МВО от 28 января 1942 года назначен командиром 687-го стрелкового полка 141-й стрелковой дивизии, формировавшейся в городе Алатырь. В начале июня дивизия была переброшена в район ст. Поворино Воронежской области. С 5 июля в составе 6-й резервной армии находилась в резерве Ставки ВГК, затем по приказу штаба Брянского фронта заняла оборону по реке Дон на участке Семилуки — Духовское. С 17 июля она была включена в 40-ю армию Воронежского фронта и участвовала в Воронежско-Ворошиловградской оборонительной операции. 8 августа 1942 года подполковник Жеков-Богатырев был ранен в грудь и контужен и до февраля 1943 года находился в госпитале, по выздоровлении направлен на Воронежский фронт и с 18 марта допущен к исполнению должности заместителя командира 161-й стрелковой дивизии. В мае был командирован на учебу в Высшую военную академию им. К. Е. Ворошилова, по окончании ее ускоренного курса в мае 1944 года направлен в 5-ю армию 3-го Белорусского фронта и по прибытии с 4 июля допущен к командованию 97-й стрелковой Витебской дивизией. Участвовал с ней в Белорусской, Витебской и Каунасской наступательных операциях, в овладении городами Вильнюс и Каунас. За освобождение г. Вильнюс она была награждена орденом Красного Знамени (25.07.1944). 21 августа 1944 года отстранен от командования и назначен заместителем командира 320-й стрелковой дивизии. В том же месяце направлен в распоряжение Уполномоченного СНК по делам года репатриации. С 29 декабря там же исполнял должность помощника начальника группы, а с 15 января 1945 года — начальника группы представителей. С 28 апреля 1945 года был начальником инспекции Управления Уполномоченного СНК СССР по делам репатриации.