Erste internationale Erfahrungen sammelte Phillip Kipyeko bei den Crosslauf-Weltmeisterschaften 2011 in Punta Umbría, bei denen er in der Juniorenwertung den 24. Platz belegte und in der Teamwertung die Bronzemedaille gewann. Anschließend belegte er bei den Jugendweltmeisterschaften in Lille im Finale über 3000 Meter den siebten Platz. Bei den Commonwealth Youth Games gewann er zwei Monate später die Bronzemedaille über dieselbe Distanz. Bei den Juniorenafrikameisterschaften 2011 in Gaborone gewann er die Bronzemedaillen über 5000 und 10.000 Meter. 2012 belegte er bei den Juniorenweltmeisterschaften in Barcelona in 13:45,52 min den sechsten Platz im 5000-Meter-Lauf.