Пасля паўстання 1863—1864 гадоў рэзідэнцыя біскупа Жамойці Мацеюса Валанчуса была перанесена з Варняў у Коўна. У гэтым жа годзе пры манастыры цыстэрцыянцаў і касцёле св. Георгія была ўтворана духоўная семінарыя. З 1863 па 1870 гады колькасць навучэнцаў у семінарыі была абмежавана, бо службовыя асобы Расійскай імперыі не дазвалялі набор новых навучэнцаў.