Nach fünf Toren in der Qualifikation zur Euro 2004 in Portugal blieben ihm wieder in der Gruppenphase eigene Tore versagt, bevor er im Viertelfinale gegen den Gastgeber einen frühen 1:0-Treffer schoss. Die Partie ging danach erneut ins Elfmeterschießen und obwohl Owen selbst ein weiteres Mal verwandelt hatte, schied England wieder über diesen Weg aus. Zur zwei Jahre später stattfindenden WM 2006 in Deutschland gelang es Owen nach einem Mittelfußbruch zwar, sich rechtzeitig einsatzbereit zu melden, aber dort riss er sich im letzten Gruppenspiel gegen Schweden ohne Einwirkung eines weiteren Spielers das Kreuzband im rechten Knie. Owen bereute später seinen Einsatz bei der WM in Anbetracht der beschleunigten Maßnahmen zu seiner Wiederherstellung nach dem Mittelfußbruch und der mangelhaften Muskulatur zur Stabilisierung des Knies.