Милан Крафт начал свою хоккейную карьеру в клубе чешской Экстралиги «Пльзень». После драфта НХЛ 1998 года, на котором он был выбран в первом раунде под 23-м номером клубом «Питтсбург Пингвинз», он перебрался за океан, где два года выступал в Западной хоккейной лиге. В 2000 году он дебютировал в НХЛ за «Питтсбург». Во время локаута в 2004 году Крафт вернулся в Европу. Играл в основном в Чехии, первую половину сезона 2005/06 провёл в Российской суперлиге за «Авангард Омск». Завершил игровую карьеру в 2013 году. Последние свои 4 сезона провёл в команде «Хомутов».