Калі пачалося Польскае паўстанне, С. І. Мандроўскі, як лекар, які доўга служыў у заходніх абласцях Расіі і ў Царстве Польскім і добра ведаў гэты тэатр ваенных дзеянняў, быў прызначаны галоўным доктарам Віленскага (у 1864 годзе), а затым Бабруйскага (у 1865 годзе) ваенных шпіталяў. І толькі калі канфліктная сітуацыя ў Польшчы сціхла, 20 чэрвеня 1870 года С. І. Мандроўскі быў прызначаны галоўным урачом . Ужо 15 ліпеня 1870 года ён быў узведзены ў чын сапраўднага стацкага саветніка.