A pesar de todo, el Gobierno vasco no pudo hacer frente a la superior militar de los sublevados, especialmente a los bombardeos aéreos, como fue el caso de los bombardeos de Durango y Guernica. Después de una larga campaña militar, el 19 de junio de 1937 cayó Bilbao y a principios de julio los últimos territorios bajo su jurisdicción quedaron bajo control del general Franco.