Cette décision provoqua la colère des est-pakistanais et fut suivie de violentes protestations. En réaction, le , Yahya Khan suspendit la séance de l'Assemblée nationale et dissolut son cabinet civil. Dans la nuit du , il fit arrêter Rahman et lança l'opération militaire "Searchlight" contre le Pakistan oriental. Très sanglante, la répression militaire fit des centaines de milliers de victimes. Ainsi se déclencha la guerre de libération du Bangladesh, qui se prolongea pendant neuf mois ; le , l'intervention de l'Inde dans le conflit et la défaite pakistanaise força le Pakistan à reconnaître treize jours plus tard l'indépendance du Bangladesh. Peu après, le , le mécontentement populaire croissant contraignit Yahya Khan à démissionner de ses fonctions. Il fut alors remplacé par Bhutto, qui l'assigna à résidence en 1972 (et le restera jusqu'en 1979). Yahya Khan mourut le à Rawalpindi.