С 2002 года — заместитель директора ФСБ России, начальник Инспекторского управления. Во время теракта в Беслане 1—3 сентября 2004 года член оперативного штаба по освобождению заложников. В докладе Парламентской комиссии Федерального Собрания РФ по расследованию причин и обстоятельств совершения террористического акта относительно роли Анисимова отмечалось следующее: «Парламентской комиссии остались непонятными роль и задачи пребывания &lt;…&gt; заместителя директора ФСБ России генерал-лейтенанта В. Г. Анисимова. Участие должностного лица такого уровня в проведении контртеррористической операции должно было, по-видимому, выражаться в каких-то конкретных действиях». По данным североосетинской парламентской комиссии под руководством Станислава Кесаева, Анисимов был непосредственным руководителем операции по освобождению заложников (наряду с заместителем директора ФСБ Владимиром Проничевым и руководителем ЦСН ФСБ Александром Тихоновым). «Новая газета» также отмечала, что Анисимов «вместе с другим выходцем из карельского МГБ, ныне первым замом директора ФСБ Проничевым, отвечал за операцию по освобождению заложников в Беслане». Издание «Коммерсантъ», опираясь на книгу Ольги Алленовой «Форпост. Беслан и его заложники», отмечало, что, предположительно, в Беслан Анисимов прибыл вместе с Проничевым, после чего направился в штаб 58-й армии.