Il Bayern vince poi la prima Supercoppa UEFA e la prima Coppa del mondo per club FIFA, ma ora in panchina c'è Josep Guardiola. Arriva anche la conquista del ventiquattresimo titolo a ben sette giornate dalla fine, evento che costituisce un record in Bundesliga, così come le diciannove vittorie consecutive ottenute sempre in questa stagione. Il Bayern conquista poi il venticinquesimo titolo nella stagione successiva; qui, per il secondo anno di seguito, la permanenza nel massimo campionato tedesco dell'Amburgo, l'unica squadra ad aver disputato tutte le stagioni della Bundesliga, è a rischio, e viene conquistata solo vincendo lo spareggio promozione-retrocessione contro la terza classificata della Zweite Bundesliga: prima contro il Greuther Fürth (grazie alla regola dei gol fuori casa, dopo due pareggi), poi contro il Karlsruhe (dopo un pareggio in casa ed una vittoria in trasferta ai supplementari). Nella stagione 2015-2016 si registra invece il quarto titolo consecutivo, impresa mai riuscita prima, dei "Rossi" bavaresi, che raggiungono la terza semifinale di fila in Champions League, ma anche la retrocessione dello Stoccarda, squadra che ritorna in seconda divisione a distanza di quarant'anni.