Brückner a devenit selecționerul echipei naționale în 2001, în urma campaniei de calificare nereușită a Republicii Cehe pentru Campionatul Mondial din 2002. Până în martie 2004, Republica Cehă a realizat o serie de douăzeci de meciuri fără înfrângere sub conducerea sa, câștigând șapte din opt meciuri din calificările la turneul Euro 2004 și remizând în celălalt. În meciul din grupele turneului cu Olanda, Cehia a marcat două goluri în primele 20 de minute. Deși Jan Koller a marcat golul de 2-1, Brückner a răspuns făcând o schimbare tactică neobișnuită de a face o înlocuire tactică în prima repriză a meciului, trimițându-l pe mijlocașul Vladimír Šmicer în locul fundașului Zdeněk Grygera după doar 25 de minute. Republica Cehă a mai marcat de două ori, Šmicer marcând golul câștigător cu două minute înainte de final. Echipa avea să ajungă în semifinalele lui Euro 2004.