W reprezentacji Holandii Sneijder zadebiutował 30 kwietnia 2003 roku w zremisowanym 1:1 spotkaniu z Portugalią. Ma za sobą występy na Mistrzostwach Europy w Portugalii (3.-4. miejsce), na Mistrzostwach Świata w Niemczech (1/8 finału) oraz Mistrzostwach Świata w RPA (2 miejsce). Był członkiem holenderskiej kadry na Euro 2008. Obecnie Sneijder ma na swoim koncie 132 mecze w barwach reprezentacji i 31 zdobytych bramek. Gdy selekcjonerem został Louis van Gaal, Sneijder został wybrany kapitanem reprezentacji.