Lee faisait partie de l'équipe des moins de qui a terminé à la troisième place de la Coupe du monde féminine de football des moins de 20 ans 2010. Le , elle fait ses débuts en Équipe de Corée du Sud féminine de football dans une défaite 1-0 contre la Corée du Nord. Le , elle a marqué son premier but dans une victoire (5-0) gagnée contre le Vietnam au Tournoi des quatre nations de 2016. En 2017, Lee est nommée footballeuse de l'année par la fédération de Corée du Sud de football.