Ωστόσο, η σχέση μεταξύ των δύο εθνών εξαφανίστηκε το 1938, μετά την προσάρτηση της Αυστρίας από τη Ναζιστική Γερμανία. Μέχρι το 1945, η σχέση μεταξύ Αυστρίας και Πολωνίας διέφερε κυρίως σε σχέση με τη Γερμανία και την Πολωνία, η οποία θα γινόταν τεταμένη λόγω της γερμανικής εισβολής στην Πολωνία, η οποία πυροδότησε τον Δεύτερο Παγκόσμιο Πόλεμο . Η Αυστρία μοιράζεται μια κοινή γλώσσα και πολιτισμό με τη Γερμανία και συμμετείχε στην κατοχή της Πολωνίας. Πολλά εγκλήματα εναντίον των Πολωνών διαπράχθηκαν υπό τη σημαία της ναζιστικής Γερμανίας, και τα στρατόπεδα συγκέντρωσης Μαουτχάουζεν και Γκούζεν βρίσκονταν στην υπό γερμανικό έλεγχο Αυστρία.