Filippídis fait son retour sur les pistes en 2009 lors des Championnats d'Europe par équipes à Leiria (Portugal) où il prend la quatrième place avec 5,65 m. Il participe ensuite aux Universiades de Belgrade où il ne prend que la neuvième place du concours avec 5,15 m et est sélectionnée aux Championnats du monde de Berlin mais quitte la compétition dès les qualifications (5,55 m).