Potęga Pizy jako liczącego się gracza na arenie międzynarodowej została zniszczona w bitwie pod Melorią, która rozegrała się w 1284 roku. Genueńczycy nie tylko zwyciężyli, ale nieomal zniszczyli całą flotę pizańską, biorąc przy okazji wielu jej dowódców jako jeńców. W 1290 atak floty genueńskiej doprowadził do zniszczenia Porto Pisano. Miasto było wówczas zdane na łaskę Genueńczyków i utraciło swoją niezależność i silną pozycję. W XIV wieku dostało się pod panowanie rodu Viscontich, którzy w 1402 roku sprzedali je Florencji, która w 1406 roku pozbawiła Pizę resztek samodzielności, także w sprawach wewnętrznych. Datę tę uważa się za koniec Republiki.