Nach dem Ersten Weltkrieg absolvierte Juin erfolgreich die Militärakademie. 1938 sollte er eine Brigade übernehmen, erhielt aber bei Ausbruch des Zweiten Weltkrieges das Kommando über die "15e Division d'Infanterie Motorisée" (15e DIM), eine motorisierte Infanteriedivision. Bei Lille wurde die Division eingekesselt und Juin geriet in Gefangenschaft, aus der er 1941 auf Bitten der Vichy-Regierung freigelassen wurde. Nach der Entlassung aus der Kriegsgefangenschaft begab er sich nach Nordafrika und übernahm das Kommando über die Vichy-Truppen. Nach der Landung der Alliierten in Nordafrika 1942 wechselte er zu den freifranzösischen Truppen.