Pálffy gróf 1848-49-ben a magyar szabadságharc ellen harcolt. 1848-ban miután Pesten leszúrták Lamberget, Pálffy a bécsi kormányt bosszúra sarkallta. Munkásságát és életét ajánlotta fel a magyarok ellen. Még ez évben visszatért a császári sereg kötelékébe, a 3. könnyűlovassági (Chevauleger) ezredbe és őrnagyként szolgált. Windischgrätz tábornagy mellé osztották be. Amikor Kossuth Ivánka Imrét küldte Pálffyhoz, azzal az üzenettel, hogy minden magyar 15 nap alatt köteles hazájába visszatérni, máskülönben megszűnik magyarnak lenni. Pálffy kijelentette, hogy ez esetben ő nem magyar. Windischgrätz 1848 december 27-én Görgei Artúr visszavonulása után Győrt megszállta, a város kulcsaival Pálffyt küldte Ferenc Józsefhez Olmützbe. 1849-ben Haynau táborszernagy szárnysegéde lett, majd csendőrségi alezredes, később az 1. huszár ezred parancsnoka és ezredese. 1849 május 17-én több társával együtt felhívást bocsátott ki Pozsonyból, melyben a fegyver letételére szólította fel a magyarságot.