Im Jahr 1849 wurde die Stadt erneut Opfer von Kriegswirren. Die Ungarische Revolution von 1848–49 breitete sich auch nach Siebenbürgen aus. Die Stadt Aiud solidarisierte sich mit den Aufständischen gegen die österreichische Herrschaft, während die rumänische Bevölkerung dem von ungarisch-nationalistischen Forderungen getragenen Aufstand skeptisch gegenüberstand. Am 8. Januar 1849 erschien eine rumänische Bauernarmee unter der Führung von Ioan Axente Sever vor der Stadt und begann die Belagerung. Rumänische Sympathisanten unter der Führung des orthodoxen Popen Simion Prodan legten in der Stadt Feuer. Die Belagerung dauerte bis 17. Januar und durch Kampfhandlungen und den Brand starben ca. 600 Bewohner der Stadt, die jedoch nicht eingenommen wurde. Die Toten wurden über die Mauer in den Graben geworfen. Axente Sever wurde im Februar 1849 festgenommen und vor Gericht gestellt. Als die antiösterreichische Revolution jedoch im August 1849 scheiterte, wurde er freigesprochen.