Ganaría en Judgment Day (2003) junto a Eddie Guerrero (ya que Chavo Guerrero se fracturó la mano) el campeonato en parejas derrotando a Team Angle y cambiando a face, defendiéndolo contra Roddy Piper y Sean O Haire sin embargo perderían contra Team Angle en Smack down. Luchó en Summerslam por el campeonato de los Estados Unidos, sin embargo Eddie Guerrero retuvo el cinturón. A fines de julio, Tajiri peleó contra Rey Mysterio, siendo derrotado y escupiendo la Green Mist, cambiando a Heel, naciendo una fuerte rivalidad entre los pesos crucero, el nipón derrotó a Mysterio en septiembre ganando por tercera y última vez el Campeonato Crucero, lo retuvo con éxito ante Mysterio en No Mercy 2003 (gracias a la intervención/debut de Akio y Sakoda) y también ante Jaime Noble en Survivor Series. Finalmente perdió ante Rey el título, acabando la rivalidad.