Bedeutende internationale Einsätze waren unter anderem 1997 das Endspiel im Europapokal der Pokalsieger zwischen Paris Saint-Germain und dem FC Barcelona (0:1), das Eröffnungsspiel der EM 2000 zwischen Belgien und Schweden (2:1), 2002 sein erstes WM-Spiel zwischen Japan und Russland, 2003 das Finale der Champions League zwischen Juventus Turin und AC Mailand sowie am 4. Juli 2004 das Endspiel der EM 2004 zwischen Gastgeber Portugal und Griechenland (0:1). Insgesamt leitete Merk sechs EM-Endrundenspiele, nur der Schwede Anders Frisk kam auf mehr Einsätze.