Orpheline de père à dix ans, Marie-Henriette est dotée d'un co-tuteur en la personne de son oncle l'archiduc Jean. Elle est la demi-sœur de l'archiduc Étienne (« Stephan ») qui, après avoir succédé à son père comme comte palatin de Hongrie en 1847, soutient le désir d'indépendance des Hongrois pendant la révolution de 1848. Cet appui lui vaut la disgrâce de l'empereur François-Joseph qui l'exile. En revanche son frère l'archiduc Joseph d'Autriche prend le parti de l'empereur.