Tahta III. Selim'in geçmesinden sonra kayıplar devam etti. Avusturya kuvvetleri toparlanıp tekrar saldırıya geçti ve Ruslarla birleşip Osmanlıları, Fokşan (Focşani) (1 Ağustos 1789) savaşında yenilgiye uğrattılar. Osmanlılar kaybedilen Fokşan Muahrebesi'nin ardından Boze Muharebesi'nde de (22 Eylül 1789) büyük kayıplara uğradı, kuşatma altındaki Boğdan'daki kalelerin durumu iyice kötüleşti, Belgrad kalesinin durumu tehlikeye girdi. Sonrasında Boğdan'daki İzmail, Akkerman ve Anapa kalesi Rusların eline geçti ve Besarabya Rusya tarafından işgal edildi. Buna ilaveten bir Avusturya Ordusu Boze Muharebesi sonrası artık iyice durumu kötüleşen Belgrad üzerine yürüyüp 3 haftalık bir kuşatma sonrası şehri ele geçirdi. Osmanlı Devleti, kendine müttefik bulma amacıyla 11 Temmuz 1789 tarihinde İsveç ve 31 Ocak 1790 tarihinde de Prusya'yla barış antlaşmaları imzaladı. Ancak bu iki devletten de yardım alamadı. 1790'da Yaş şehrini de ele geçiren Rus ordusu generali Potemkin burada ihtişamlı bir karargâh kurdu, savaşın kalan 2 senelik kısmında Rus ordusunu buradan yönetti.