2 lutego 1939 roku okręt został oficjalnie włączony do Marynarki Wojennej. W składzie Dywizjonu Okrętów Podwodnych, „Orzeł” wziął udział w początkowym okresie obrony Wybrzeża. Internowany w stolicy Estonii, zdołał zbiec. Pozbawiony map, do 7 października kontynuował patrol na Bałtyku, po czym przez cieśninę Sund przepłynął do Wielkiej Brytanii.