Natalia Rodríguez connaît une année 2009 mouvementée. Lors de l'édition inaugurale des championnats d'Europe par équipes, elle est disqualifiée à l'issue de l'arrivée du 3 000 m qu'elle avait franchie en tête. En effet, d'après le nouveau règlement elle aurait dû abandonner la course pour avoir figuré en dernière position à 5 tours de la fin. Aux Championnats du monde de Berlin, elle est à nouveau disqualifiée pour avoir fait chuter l’Éthiopienne Gelete Burka dans les derniers 200 m et finir ainsi en tête de la course.