1966年，泛非洲体育运动理事会（SCSA）在馬里首都巴馬科成立；成為全非洲運動會管理機構。第二屆運動會原訂於1969年在馬里舉行，但1968年一場推翻该国总统的軍事政變迫使該屆運動會取消。尼日利亞的拉各斯原本預備於1971年作為東道主舉行運動會。由於比亞法拉戰爭（Biafra War）剛剛在奈及利亞結束，該屆運動會最終延至1973年舉行。