Pavel Brendl spelade juniorishockey för Calgary Hitmen i den kanadensiska ligan WHL, där han skördade stora framgångar och noterades för sammanlagt 320 poäng på 178 spelade matcher. Hans framgångar som junior gjorde att ett flertal NHL-klubbar fick upp ögonen för honom. Brendl valdes som 4:e spelare totalt i NHL-draften 1999 av New York Rangers, direkt efter Daniel och Henrik Sedin.