בשנת 1993, לאחר שמפקד חיל הים, האלוף אלכס טל, סירב לקדמו מבלי שיפקד על סטי"ל, נענה לבקשת מפקד חיל הים (עמי אילון) ואלוף פיקוד הדרום דאז, מתן וילנאי, ושימש כמפקד יחידת שמשון. שאול הוביל את היחידה במבצעים מיוחדים כנגד הטרור הפלסטיני באינתיפאדה הראשונה, תחת פיקודם של מפקדי אוגדת עזה דאז תא"ל יום טוב סמיה ואחריו תא"ל דורון אלמוג תוך שיתוף פעולה הדוק עם השב"כ. בתקופת פיקודו של שאול פותחה על ידי יחידת שמשון, תוך כדי ביצוע מאות מבצעים מוצלחים, התורה שכונתה סיר לחץ (תפיסה זו מוסדה על ידי תא"ל סמיה במטרה להביא ללכידת מחבלים תוך סיכון מינימלי לחיילי צה"ל). בשיטה זו הצליחה היחידה בפיקודו של שאול להביא ללכידת מחבלים מסוכנים ביותר ללא אף הרוג בקרב היחידה. בין היתר, במבצע מיוחד עם השב"כ, נהרג בקרב עם לוחמי היחידה עימאד עקל שרצח במו ידיו עשרה חיילים ואזרחים. בתפקידו כמפקד היחידה הוביל את אנשיו בפעילות קרבית ובפעילות מסתערבת. בשנים 1996-1994 פיקד על פלגת הלוחמים בשייטת 13. בשנים אלו פעלה שייטת 13 במגוון משימות מבצעיות התקפיות ומודיעיניות במגוון יעדים ייעודיים ליחידה ובלחימה ברצועת הביטחון.