Heitinga kuului pikkupojasta saakka Ajaxin nuorisoryhmään. Hän debytoi edustusjoukkueessa 26. elokuuta 2001 Feyenoordia vastaan ja vakiinnutti pian paikkansa avauskokoonpanossa. Välissä hän joutui pitämään polvivamman vuoksi puolen vuoden tauon, jonka jälkeen hän loukkaantui heti paluuottelussa, mikä tiesi jälleen pelitaukoa. Kaudella 2003–2004 hän palasi jälleen huipputasolle, mikä tiesi myös kutsua Alankomaiden A-maajoukkueeseen. Hän pelasi 2004 EM-kilpailuissa.