Ve své první sezóně v NTDP byl Jones součásti obou dvou kategorií a to do 17 i 18 let, které jsou součástí americké juniorské ligy (USHL), zápasů proti týmům divizi II a III Národní vysokoškolské atletické asociace (NCAA) a mezinárodních zápasů. Byl kapitánem týmu do 17 let. V této kategorii si připsal v 37 utkáních 21 bodů. V hlavním výběru odehrál 28 utkání, ve kterých si připsal 14 bodů. V obou těchto kategorií byl nejproduktivnějším obráncem, pouze v kategorii do 18 let byl se ziskem 10 bodů v 20 zápasech až pátý. V následující sezóně byl kapitánem hlavního mužstva i mužstva do 18 let. V hlavním týmu byl s 12 body ve 20 utkáních třetím nejproduktivnějším obráncem mužstva. Po své druhé sezóně si Jones potřeboval vybrat, zda chcete hrát v NCAA nebo v Everett Silvertips ve WHL. Později se rozhodl, že Silvertips by pro něj nebyl dobrou volbou a očekával, že bude hrát za University of North Dakota. Poté, co byl Jones informován, že by už neměl za Silvertips hrát, byly vyměněny jeho obchodní práva Portlandu Winterhawks. O dva týdny později, Portland podepsal Jonese a vyměnil dva podepsané hráče a práva pro dva a více hráčů, aby oficiálně dokončil obchod pro získání svých práv. Během hraní v Portlandu, byl mezi skauty řazen jako potenciální jednička draftu NHL 2013. V polovině sezóny k cestě k NHL ho Centrální úřad skautingu NHL zařadil jako jedničku mezi severoamerickými hokejisty a skautingová služba International Scouting Services ho dokonce zařadil na celkové první místo mezi všemi.