Произведённый в 1801 году в подполковники, он в 1804 году был переведён в Виленский гарнизонный батальон, из которого в следующем году перешёл в Навагинский пехотный полк и в 1806 году получил чин полковника. В кампании 1806—1807 годов Мерлини сражался с французами в Восточной Пруссии и отличился в сражении при Прейсиш-Эйлау.