Nach Ende der Feierlichkeiten wurde die "Seeadler" am 13. Mai zur Ablösung des seit dort 1888 stationierten Kreuzers "Schwalbe" auf die Ostafrikastation entsandt. Sie kam am 2. September 1893 in Sansibar an und versah dann bis Anfang Mai 1898 Stationsdienst in Ostafrika, mit einer kurzen Unterbrechung von April bis Mai 1896 in Deutsch-Südwestafrika. Im Oktober 1896 wurde Chalid ibn Barghasch, der ehemalige Sultan von Sansibar, der nach dem 38-minütigen Britisch-Sansibarischen Krieg im deutschen Konsulat Asyl vor den Briten suchte, an Bord der "Seeadler" von dort entfernt; dies wurde von der "New York Times" als ein Affront gegen England bezeichnet. Am 26. Juni 1898 kehrte das Schiff nach Kiel zurück.