En 1996 ganó la Liga de Campeones de la UEFA; durante la final contra el Ajax paró dos tiros desde el punto de penal decisivos para la conquista de la "Champions League", después de los tiempos reglamentarios y suplementarios finalizaran 1-1. Durante esa final, Peruzzi cometió un error que le costó el empate del Ajax: «Si no hubiésemos ganado, creo que me hubiesen crucificado para el resto de mi carrera», recordó el guardameta. «Por suerte tuve la oportunidad de redimirme durante la tanda de penales». Ese mismo año, fue nombrado vicecapitán del equipo, obtuvo la Supercopa de Europa y la Copa Intercontinental contra París Saint-Germain y River Plate, respectivamente.