במקביל למלחמת ההתשה שניטשה בגבול התעלה, ואף לפניה, התנהלה מלחמת התשה בגבול ישראל-ירדן שמוקדיה העיקריים היו עמק בית שאן ובקעת הירדן. חוליות מחבלים ירדניים, בגיבוי הלגיון חדרו לאזורים אלו תכופות וביצעו ירי וחבלה כנגד היישובים היהודיים. בעקבות אירועים אלו, ביקשו וקיבלו תושבי עמק בית שאן, להחזיר לגזרה את פלוגה ז' של מג"ב. פלוגה זו פעלה באזור לפני 1967, ולאחר המלחמה נשלחה לשכם, עד שחזרה לעמק בית שאן בספטמבר 1967. הפלוגה ניהלה מלחמה כנגד המחבלים. מספר תקריות האש איתן הייתה צריכה הפלוגה להתמודד הגיע ל-800 בחודש. מלחמה קשה זו גבתה אבדות רבות מן הפלוגה, ובמהלכה אף חולק עיטור הגבורה היחיד בתולדות משמר הגבול לסמל שני יוסף וקיל. מלחמה זו נגמרה עם אירועי ספטמבר השחור ב-1970 בירדן, שבמהלכם הושמדו ארגוני הטרור הפלסטיניים בירדן.