Die Gegend von Malappuram kam 1792 nach Ende des Dritten Mysore-Krieges unter britische Herrschaft. Die Briten gliederten das Gebiet als Teil des Distrikts Malabar in die Präsidentschaft Madras ein. Während der britischen Kolonialzeit kam es wiederholt zu Aufruhr seitens der muslimischen Bevölkerung gegen die Kolonialmacht, die im Moplah-Aufstand von 1921 kulminierte. Nach der indischen Unabhängigkeit kam Malappuram 1956 zum Bundesstaat Kerala, der nach den Sprachgrenzen des Malayalam aus dem Distrikt Malabar und der Föderation Travancore-Cochin entstanden war. Als eigenständiger Distrikt besteht Malappuram seit 1969. Er wurde aus Teilen der Distrikte Kozhikode und Palakkad gebildet, die ihrerseits durch Teilung des alten Distrikts Malabar entstanden waren.