Mit der Leitung des neugegründeten Referats 12 wurde der damals 45-jährige Oberleutnant Wilhelm Vauck (1896–1968) betraut. Aufgabenschwerpunkt waren „Agentenverfahren“, also die Funkaufklärung und Entzifferung von Agentenfunk, somit Aufgaben, wie sie auch von Fu III bearbeitet wurden. Möglicherweise nicht nur aufgrund der räumlichen Nähe der beiden Dienststellen in Berlin, gab es eine enge Zusammenarbeit zwischen dem Referat Vauck und Fu III. Früh im Jahr 1943 wurden beide unter der Chiffrierabteilung des Oberkommandos der Wehrmacht (OKW/Chi) zusammengelegt. Als die Funkabwehr im Herbst 1943 nach Dorf Zinna (bei Jüterbog) verlegt wurde, ging das Referat mit. Es bearbeitete Funknetze außer in Deutschland in Ländern wie Frankreich, Spanien, Belgien, den Niederlanden, Polen, der Tschechoslowakei, der Sowjetunion und Ländern in Südosteuropa. Mit den Aufgaben wuchs auch die Personalstärke des Referats von 26 auf 40 Personen.