A ascensão de seu sobrinho ao trono permitiu a João ascender aos maiores postos da aristocracia bizantina, inclusive o título de sebastocrator. Apesar de sua idade avançada, João esteve ativo como um comandante militar durante o reinado de Isaac Ângelo. Nicetas Coniata observou-o frequentando o imperador na corte em Cípsela durante a campanha contra a invasão dos normandos sicilianos em 1185. Lá, João Ducas ordenou que fosse esbofeteado no rosto por um discurso insolente na frente do imperador e assim impulsionou os eventos que acarretaram à rebelião valaco-búlgara mais tarde no mesmo ano. Em 1186, assumiu o comando do exército bizantino contra a rebelião valaco-búlgara. Embora Coniata afirme que ele mostrou alguma habilidade e foi capaz de conter os rebeles, ele logo foi removido do comando, pois Isaac Ângelo suspeitou que almejava o trono, e confiou o comando ao general cego João Cantacuzeno. Em 1191, João foi novamente para o campo, acompanhando seu sobrinho numa expedição contra os rebeldes búlgaros como comandante da retaguarda. A campanha foi uma falha desastrosa, mas João foi capaz de fugir com suas tropas sem perdas. No mesmo ano, foi um participante no sínodo que aceitou a renúncia do patriarca constantinopolitano Dositeu. Ele é registrado nos atos sinodais como o mais sênior dos parentes imperiais.