Entre 1888 i 1892, el "Leipzig" fou el vaixell insígnia de l'esquadra alemanya, inicialment sota el comandament del vicealmirall Karl August Deinhardt, nomenat el 14 de juliol quan el vaixell era a Aden; va assumir el comandament del vaixell a Zanzíbar el 2 d'agost i de l'esquadra el 31 d'agost 31 a Manda-Bay (Kenya). El viatge planificat cap als mars del sud es va cancel·lar amb els primers signes de problemes a l'Àfrica oriental. El "Leipzig", així, va participar en la supressió de la revolta d'Abushiri a l'Àfrica Oriental Alemanya. El 8 de maig de 1889, un escamot de desembarcament procedent del vaixell també va participar en l'assalt al camp de Buschiri, prop de Bagamojo. Un altre grup de desembarcament va participar en la captura de Pangani el 8 de juliol de 1889. Un cop acabada la revolta, la nau va anar a Ciutat del Cap per reparacions (agost i setembre). A principi de setembre, Deinhardt va rebre un telegrama de l'emperador Guillem II per dur el seu vaixell a la Mediterrània oriental.