Dans les années qui suivent, marquées par les répercussions du problème palestinien en Jordanie et au Liban, Kouchner effectue de fréquentes missions humanitaires dans cette région du monde. Avant la création de MSF, dès septembre 1970 (ultérieurement appelé Septembre noir par les Palestiniens), Kouchner répond à un appel du Comité international de la Croix-Rouge. Il se rend alors avec Max Récamier et deux autres médecins en Jordanie où l'affrontement entre l'armée du roi Hussein de Jordanie et les Palestiniens de Yasser Arafat a tourné au désavantage de ces derniers, et a provoqué le massacre de dizaines de milliers de Palestiniens. Les quatre médecins français montent un dispensaire en collaboration avec le service de santé palestinien.