Medzi priority vlády patrila tiež podpora ochrany ľudských práv, podporovala preto aj organizácie, ktoré sa ochrane ľudských práv venovali. Zvlášť sa prezident Kirchner zasadzoval o pokračovanie stíhania predstaviteľov poslednej vojenskej chunty a krajne pravicovej teroristickej organizácie Triple A za ich zločiny počas poslednej vojenskej diktatúry. Tieto stíhania boli totiž z dôvodu rozhodnutí predchádzajúcich prezidentov Alfonsína a Menema zastavené, resp. amnestované. To spôsobovalo veľkú traumu pre celú spoločnosť a prezident tak považoval tento problém za nevyriešený. Jeho úplne prvým krokom v tejto oblasti bolo nariadenie núteného odchodu do penzie pre čelných predstaviteľov ozbrojených síl, ktorí pôsobili aj v čase špinavej vojny. V kongrese následne v auguste 2003 vláda presadila zrušenie rozhodnutí, ktoré bránili pokračovaniu stíhaní, no toto rozhodnutie bolo iba symbolické. Až najvyšší súd v roku 2005 definitívne zrušil sporné zákony ako neústavné a umožnil obnovenie stíhaní a súdnych procesov. 24. marca 2004, teda presne na výročie zosadenia prezidentky Maríe Estely Martínezovej Perónovej vojenským prevratom, nechal Kirchner symbolicky odstrániť portréty vojenských predstaviteľov poslednej vojenskej chunty zo stien vojenskej akadémie. Súčasne požiadal ľud za štát o odpustenie za zločiny, ktoré chunta v mene štátu počas svojej vlády vykonala.