Niko Kapanen begann seine Karriere als Eishockeyspieler 1995 in seiner Heimatstadt bei HPK Hämeenlinna, für die er insgesamt fünf Jahre lang in der SM-liiga aktiv war, und mit denen er in den Jahren 1997, 1999 und 2000 jeweils den dritten Rang in der Meisterschaft erreichte. In dieser Zeit wurde er zudem im NHL Entry Draft 1998 in der sechsten Runde als insgesamt 173. Spieler von den Dallas Stars ausgewählt. Zunächst spielte er jedoch ein weiteres Jahr in der SM-liiga, in der er in der Saison 2000/01 erstmals in seiner Karriere mit TPS Turku Finnischer Meister wurde.