מסחאדוב המשיך להטיף להתנגדות מזוינת נגד מה שראה ככיבוש רוסי, אך התנגד להתקפות על אזרחים. יש האומרים כי תמך בהתנקשות בחיי ראש הממשלה הפרו-רוסי אחמד קדירוב בצ'צ'ניה, וגינה את ההתנקשות בחיי הנשיא לשעבר יאנדרבייב בקטר ב-2004. מסחאדוב הכחיש כל מעורבות במעשי הטרור המחריפים והולכים נגד אזרחים רוסים שביצעו תומכי באסייב, וזאת באמצעות דוברים בארצות זרות, ובמיוחד בלונדון. את מבצעי הטבח בילדי בית הספר בבסלאן כינה "מטורפים" והבטיח כי לאחר שישוב לשלטון ישפוט את באסייב על חלקו בפרשה זו, אך האשים את הרוסים כי באכזריותם דחפו את מבצעי הטבח לבצע את מעשיהם.