Samuelsson påbörjade sin karriär som ishockeyspelare i moderklubben Väsby IK. Vid TV-pucken 1997 tilldelades Samuelsson Sven Tumbas stipendium, som gick till turneringens bästa forward. Efter att ha spelat junior- och ungdomsishockey, och dessutom debuterat med seniorlaget säsongen 1997/98, med Hammarby IF, anslöt Samuelsson till Modo Hockeys juniorsektion 1998. Efter två säsonger i Modo återvände han till Hammarby 2000. Samma år draftades Samuelsson av Boston Bruins i den första rundan som 27:e spelare totalt. Tillsammans med ytterligare fyra andra spelare vann han Hammarby interna skytteliga säsongen 2000/01, då han stod för 15 mål på 38 matcher. Han spelade sedan ytterligare en säsong i Hockeyallsvenskan med Hammarby innan han i juni 2002 skrev på ett treårsavtal med Bruins i NHL.