Die Konservativen verbannten ihn ins Exil nach Peru, von wo aus er den Aufstand gegen die neue Regierung fortsetzte. 1836 startete er im Peruanisch-Bolivianischen Konföderationskrieg einen militärischen Vorstoß, doch der Angriff wurde vom chilenischen Expeditionsheer unter General Manuel Bulnes Prieto abgewehrt. Freire gelangte in chilenische Gefangenschaft und wurde erneut zum Exil verurteilt, diesmal weit draußen im Pazifik auf der Juan-Fernández-Inseln. Von dort begab er sich nach Tahiti.