Ha fatto parte della Grecia che ha perso la finale del Campionato europeo di calcio Under-21 nel 1998 contro la Spagna. Nel novembre del 1999 Stoltidis ha esordito con la maglia della nazionale maggiore con cui ha giocato complessivamente sei partite ed ha poi rappresentato il suo paese alle Olimpiadi di Atene nel 2004, nonostante risultasse spesso determinante e nonostante le vittorie con l'Olympiakos Otto Rehhagel non lo convoca per gli europei del 2004.