Nový velitel švédského vojska Torstenson zahájil v roce 1642 invazi přes Slezsko na Moravu, během které obsadil Olomouc. Po druhé bitvě u Breitenfeldu se dostal v roce 1643 k Praze a odtud na Moravu, pak však bylo koncem roku švédské vojsko odvoláno do nové války v Dánsku. Roku 1645 se střetla švédská a císařská vojska v bitvě u Jankova, v které Torstenson vyhrál. Tohoto vítězství chtěl využít a napadnout Vídeň. Při tažení museli Švédové překonat Brno, což se jim však nepodařilo a od obléhaného Brna se museli stáhnout zpět do Švédska. Ve funkci vrchního velitele švédských armád vystřídal Torstensona Carl Gustav Wrangel. Ferdinand III. nakonec podepsal separátní mír se sedmihradským knížetem Jiřím I. Rákoczym.