לאחר שובו, עסק הופקינסון במסחר בפילדלפיה ונישא לאן בורדן ב-1 בספטמבר 1768, נולדו להם חמישה ילדים. ב-1 במאי 1772 התמנה הופקינסון לפקיד המכס של ניו קאסל שבדלאוור. הוא עבר לברודנטאון שבניו ג'רזי ב-1774, הפך לחבר במועצה המחוזית של ניו ג'רזי, וחבר בלשכת עורכי הדין של ניו ג'רזי ב-8 במאי 1775. הוא התפטר מכל מינויו הממשלתיים בשנת 1776, ומ-22 ביוני, ייצג את ניו ג'רזי בקונגרס הקונטיננטלי השני שבו חתם על מגילת העצמאות. הוא עזב את הקונגרס ב-30 בנובמבר 1776 כדי לשרת במנהלת הצי שבפילדלפיה.