На чемпионате Европы в 2004 году Кан остался основным вратарём в своей сборной, однако Германия вновь вылетела уже на стадии группового этапа. После турнира Оливер Кан передал звание капитана сборной Михаэлю Баллаку. Новый главный тренер немецкой сборной Юрген Клинсман, заменивший Руди Фёллера, стимулировал конкуренцию между Каном и голкипером лондонского «Арсенала» Йенсом Леманном. 7 апреля 2006 года, после двух лет борьбы между вратарями за место в составе, Клинсман объявил, что Леманн станет основным голкипером на чемпионате мира 2006 года. Кан решил остаться в качестве запасного голкипера и поехать на турнир. Несмотря на ожесточённую борьбу между двумя вратарями за место в стартовом составе сборной Германии, Кан открыто принял решение Клинсманна. В итоге Кан и Леманн публично пожали друг другу руки в ​​четвертьфинальном матче против сборной Аргентины. На пресс-конференции после этой игры, Кан похвалил Леманна за два решающих сейва в серии пенальти. После проигрыша немцев итальянцам в полуфинале Кан в основном составе вышел на поле в матче за третье место, состоявшемся 8 июля 2006 года. Германия обыграла Португалию со счётом 3:1, тем самым заняв третье место на турнире. Этот матч стал последним для Оливера в сборной, символично, что именно в нём Кан вновь надел капитанскую повязку в связи с отсутствием травмированного Михаэля Баллака. После матча Оливер Кан объявил о своём уходе из сборной Германии. В сумме ему удалось провести 86 матчей за сборную Германии, 49 из них — в качестве капитана команды.