С горечью провожали соседи своих друзей-евреев 29 сентября 1941, когда по приказу немецкого командования их собирали в районе Бабьего Яра. Предлагали им помочь спрятаться, но евреи поверили фашистской лжи об их отправке в безопасное место. София Бойко со своей подругой Галиной Вайнтроп под руководством своей мамы Ефросиньи Трофимовны Бойко участвовали в спасении обречённых на смерть людей. Незадолго до освобождения Киева 25 октября 1943 утром Софью вместе с мамой и братом за отказ покинуть город арестовали. Три эсэсовца вели их на расстрел в Бабий Яр, но члены семьи Бойко были спасены загулявшими солдатами вермахта в обмен на водку. Той же ночью, воспользовавшись суматохой, им удалось вырваться из Киева в отцовское село Рославичи, где 7 ноября они были освобождены из оккупации Красной армией.