En , il devient le premier athlète à remporter les titres du cross court () et du cross long () lors des mêmes Championnats du monde, s'adjugeant également deux médailles d'argent au titre du classement par équipes. En 2003, Bekele remporte cinq victoires consécutives sur cross avec une avance moyenne de 27 secondes sur ses premiers concurrents. Aux Championnats du monde de cross d'Avenches, en Suisse, l’Éthiopien décroche deux nouvelles médailles d'or dans les épreuves individuelles, ainsi que deux médailles d'argent par équipes. Lors de la saison estivale sur piste, il bat à deux reprises son compatriote Haile Gebreselassie, une première fois à Hengelo sur  et une seconde fois à Rome sur où il subit néanmoins sa première défaite en deux ans, face au Kényan Abraham Chebii. Aux Bislett Games d'Oslo, Bekele l'emporte en et descend pour la première fois de sa carrière sous les 13 minutes sur .