Las deportaciones de población judía comenzaron tras la recuperación de las provincias perdidas en junio de 1940. De los alrededor de 800 000 judíos presentes en el país en 1940, solo quedaban 315 000 a comienzos de 1941 —por las pérdidas de territorio— y 375 000 tras la recuperación de Besarabia y Bucovina. Unos 130 000 se habían retirado con las fuerzas soviéticas ante el avance rumano-alemán. Las matanzas se iniciaron con las deportaciones, ya a finales de junio. A finales de junio y por el acuerdo entre Hitler y Antonescu que desconocían las autoridades militares alemanas, los rumanos deportaron a Transnistria, aún bajo control alemán, a unos treinta mil judíos. Los mandos alemanes devolvieron a los judíos, no sin que antes unidades de seguridad alemanas al mando de un oficial de las SS asesinasen a unos veinte mil.