Στις 1-5 Σεπτεμβρίου 1939, τις πρώτες μέρες της γερμανικής εισβολής στην Πολωνία, η οποία ξεκίνησε το Β΄ Παγκόσμιο Πόλεμο, η γερμανική Luftwaffe εισέβαλε πολλές φορές στο Κολούσκι. Στις 1-3 Σεπτεμβρίου, πολλοί κάτοικοι διέφυγαν και το πολωνικό αντιαεροπορικό πυροβολικό κατέρριψε έξι γερμανικά αεροπλάνα. Στις 6 Σεπτεμβρίου, οι Γερμανοί μπήκαν στο Κολούσκι και άρχισε η κατοχή. Το Κολούσκι προσαρτήθηκε απευθείας στη Γερμανία και ο πληθυσμός του υπέστη διάφορες καταπιέσεις, όπως μαζικές συλλήψεις, απελάσεις σε στρατόπεδα συγκέντρωσης των Ναζί και δολοφονίες. Μαζικές συλλήψεις Πολωνών ιντελιγκέντσια, συμπεριλαμβανομένων δασκάλων, πραγματοποιήθηκαν στις 9 Νοεμβρίου 1939 στο πλαίσιο του "Ιντελιγκέντσακτιον" ("Intelligenzaktion"). Παρ΄ όλα αυτά, ήταν ένα τοπικό κέντρο του πολωνικού κινήματος αντίστασης και οι Πολωνοί αντάρτες ήταν ενεργοί στην περιοχή.