Em 2000, a estação sofreu um incêndio, que levou à demolição de uma das casas dos Caminhos de Ferro Portugueses. Em 2004 foi modernizada a Linha do Sul, no âmbito do Campeonato Europeu de Futebol, incluindo a introdução de novos sistemas de telecomunicações e de sinalização, levando a uma extensa redução dos trabalhadores nas estações da linha, incluindo a da Funcheira. Em 2006 foi encerrado o edifício da estação, embora continuasse a ser servida pelos comboios Alfa Pendular e Intercidades. Na sequência do seu encerramento, a estação ficou quase totalmente ao abandono, entrando num profundo processo de decadência, com as coberturas em risco de cair. Em 2011, o centenário da estação foi comemorado pelo grupo "Amigos da Funcheira" com a organização de uma exposição de fotografia, uma missa em honra da estação, e a apresentação do livro "Funcheira: Tesouro Perdido dos Caminhos-de-Ferro".