L'armée de la toute jeune république fait ensuite face à l'invasion des États-Unis de 1899. La guerre se termine par la dissolution de la république en 1901 et l'occupation américaine jusqu'en 1945. C'est en 1935, lors de l'instauration du Commonwealth des Philippines, que renaît l'Armée philippine. Elle fait face à l'invasion japonaise de 1941 sous le commandement du général MacArthur.