Meer dan tachtig procent van de 200.000 slachtoffers van de Guatemalteekse Burgeroorlog (1960-1996) bestond uit Maya's. In de jaren tachtig, onder de presidenten Romeo Lucas García en Efraín Ríos Montt, vond in Guatemala een genocide op de Mayabevolking plaats. De Rooms-Katholieke Kerk van Guatemala heeft de vaak gruwelijke misdaden uitvoerig gedocumenteerd, wat een bisschop van het aartsbisdom, Juan Gerardi, het leven kostte. Iemand die van Mayaanse zijde actie voert tegen voortbestaande rechteloosheid is Rigoberta Menchú (Nobelprijs voor de Vrede, 1992). Onder internationale druk zijn er de laatste jaren overigens meer rechten toegekend aan het omvangrijke Mayaanse bevolkingsdeel. Vooral het tweetalige onderwijs is internationaal wel geprezen. In Mexico laaiden de spanningen op toen in 1994 het Zapatistisch Nationaal Bevrijdingsleger (EZLN) in Chiapas in opstand kwam.