Một làn sóng thứ hai của những cư dân châu Á gọi là người Hyksos (xuất phát từ "Heqa-khasut", "các vị vua của những vùng đất ngoại quốc" như cách người Ai Cập gọi những vị thủ lĩnh của họ) di cư đến Ai Cập và tàn phá trung tâm quyền lực của người Canaan ở Avaris, rồi bắt đầu vương triều thứ 15 ở đó. Các vị vua Hyksos giành được thế thượng phong ở vùng Hạ Ai Cập vào đầu thời kỳ Chuyển tiếp thứ hai (1657-1549 TCN). Khi người Hyksos chiếm được Memphis trong hoặc một thời gian ngắn ngay sau triều đại của Merneferre Ay (khoảng năm 1700 TCN), các vị vua của vương triều thứ 13 đã bỏ chạy về phía nam tới Thebes và nó đã được khôi phục làm kinh đô của vương quốc.