Durch die Aufteilung Polens fiel Ciechocinek am 23. Januar 1793 an Preußen. Der Ort gehörte während der preußischen Zeit zum Kreis Radziejów im Kammerdépartement (= "Regierungsbezirk") Posen. Preußen führte am 1. Juni 1794 in Ciechocinek die allgemeine Schulpflicht ein. Während des polnischen Kościuszko-Aufstands wurde der Ort im Herbst 1794 vorübergehend von polnischen Truppen zurückerobert. Am 28. Juli 1795 verstaatlichte Preußen dann das bisher polnische Krongut Ciechocinek und unterstellte es der Verwaltung des Domänenamts in Raciążek. Anfang 1798 untersuchte der preußische Oberbergrat Alexander von Humboldt die Solequelle von Ciechocinek, bis 1801 erfolgten weitere Probebohrungen. Der Salzgehalt der Sole erwies sich aber als zu niedrig. 1805 bis 1806 erfolgten weitere Probebohrungen. Die Kriegserklärung Preußens an Frankreich im Oktober 1806 läutete das Ende der preußischen Herrschaft in Ciechocinek ein. Im November begann der polnische Volksaufstand und die preußische Verwaltung musste aus Ciechocinek fliehen. Der Ort wurde am 1. Dezember 1806 von der französischen Armee besetzt. Am 30. Juni 1807 beschlagnahmte der französische Kaiser Napoléon Ciechocinek und das restliche Domänenamt von Raciążek und erklärte das Ganze zum Privatbesitz des Marschalls Soult als Dank dafür, dass dieser am 16. Juni Königsberg eingenommen und damit den Krieg mit Preußen beendet hatte.