Следват нови пет гола в квалификациите за Европейското първенство през 2004 година в Португалия, за което възпитаниците на селекционера Пламен Марков се класират като първи тим в групата си. Бербатов е титуляр и в трите мача на „трикольорите“ на шампионата на Стария континент, но не успява да се разпише. В квалификациите за Световното първенство през 2006 година в Германия Бербатов записва 7 гола, а в тези за Европейското през 2008 година в Австрия и Швейцария – 6 попадения, но тимът пропуска и двата форума.