De acuerdo al Plan de Capacidades de la Armada de 1975, la fuerza creó 12 fuerzas de tareas conformados por fuerzas terrestres para participar del terrorismo de Estado a nivel nacional. El BISA integró la Fuerza de Tareas 3 «Agrupación Buenos Aires». Investigaciones del Ministerio de Defensa de la década de 2010 relevaron que el Batallón de Seguridad conformó el Grupo de Tareas 3.4, junto a la Jefatura Militar del Comando en Jefe de la Armada. También, se descubrieron comisiones de personal de la Aviación Naval en el BISA.