Бонапарта је фебруара 1799. године кренуо ка Сирији у намери да се копненим путем врати у Европу. Међутим, поражен је код луке Акре те је наредио повлачење ка Египту. Турска армија која му је пошла у сусрет је разбијена. Бонапарта је сломио енглеску флоту у Абукиру. Међутим, рат на истоку ипак је био изгубљен. Увидевши то, Наполеон је команду препустио Клеберу и тајно се упутио назад у Француску. У Египту је за команданта француских снага оставио Жан-Батист Клебера. Клебер је убијен у атентату курдског ученика Сулејмана ел Халабија. Избоден је ножем. Атентатор је убрзо ухваћен у погубљен. Атентат се догодио 14. јуна 1800. године, истог дана када је у бици код Маренга страдао његов пријатељ, Луј Дезе.