Während in der Pogromnacht des 9./10. November 1938 alle anderen der über 130 Wiener Synagogen und Bethäuser in Brand gesteckt wurden, entging die Wiener Hauptsynagoge durch ihre enge Verbauung im Wohngebiet als einzige der Vernichtung. Der Innenraum wurde aber entweiht, verwüstet und als Sammellager für die Wiener Juden missbraucht, die dann deportiert und anschließend im Holocaust ermordet wurden. Daran erinnert eine im September 1988 enthüllte Gedenktafel in der Eingangshalle.