W reprezentacji Hondurasu Mendoza zadebiutował w 2002. W 2007 razem z drużyną narodową dotarł do ćwierćfinału Złotego Pucharu CONCACAF. 30 maja 2008 strzelił swoją pierwszą bramkę w reprezentacji, a Honduras zremisował 1:1 z Wenezuelą. W maju 2010 Reinaldo Rueda powołał Mendozę do kadry na Mistrzostwa Świata w RPA.