Va tornar a la selecció neerlandesa després que Louis van Gaal no aconseguís classificar l'equip "taronja" per al Mundial de Corea i Japó al gener del 2002, dirigint els Països Baixos en la classificació per a l'Eurocopa 2004. La selecció d'Advocaat va quedar en segona posició, per darrere de la República Txeca, havent de disputar una eliminatòria per disputar la competició a Portugal el 2004. El rival a batre va ser Escòcia, que va aconseguir vèncer en el primer partit per 1-0. Els mitjans de comunicació neerlandesos van criticar el joc de l'equip molt durament, motiu pel qual els jugadors es va negar a atendre als periodistes després de guanyar per 6-0 en el partit de tornada jugat a Amsterdam.