En variant af teorierne mener at angrebet blev planlagt og udført af en jødisk eller israelsk sammensværgelse. Det specielle ved denne teori er at den har formået at forene vestlige venstreorienterede og ekstremt højreorienterede neonazistiske grupper og en arabisk tradition for jødisk centreret sammensværgelsesteorier. Teorien har også været viderebragt af Danmarks Radios P1 i en udsendelsesrække i 2006 omhandlende angrebet 11/9. Lignede teorier om jødisk skyld har været fremført ved terrorangrebet i Beslan 2004 og London 2005.