Nel corso della seconda guerra mondiale la stazione al Carmine venne gravemente danneggiata dai bombardamenti del 1943 e in particolare dall'esplosione, avvenuta il 28 marzo 1943 nel porto di Napoli, della motonave Caterina Costa, che causò il crollo di buona parte dell'edificio, salvo un'ala adibita a sede del Dopolavoro Ferroviario fino al 1980, quando in seguito al terremoto dell'Irpinia, la proprietà passò al Comune di Napoli. Da allora la struttura giace nel più completo abbandono ed è oggi ridotta allo stato di rudere, in condizioni di forte degrado, con ampie parti della costruzione demolite; della primitiva stazione resta solo una finestra della facciata ed alcune strutture interne.