Als student aan de Lycée Stanislas in Parijs nam Bonnier de La Chapelle op 11 november 1940 deel aan een anti-Duitse studentendemonstratie bij de Arc de Triomphe. Hij stak in het geheim de demarcatielijn tussen door de Duitsers bezette Frankrijk en Vichy-Frankrijk en ging naar Algiers, waar zijn vader als journalist werkte. Na in 1942 te zijn geslaagd voor zijn "baccalauréat" was hij verrast door de geallieerde landingen in Noord-Afrika (Operatie Torch), op 8 november 1942 en door de deelname van zijn vrienden in de zogenoemde "putsch van 8 november", waarbij het verzet de controle overnam over diverse Vichy-regeringsgebouwen in Algiers.