В середине сезона 2000 года Анатолия Давыдова сменил опытный Юрий Андреевич Морозов, уже приводивший «Зенит» к бронзовым медалям в 1980 году. Ушли Максимюк, Березовский, Панов, Кондрашов, Вернидуб и Бабий. Вместо них пришли молодые петербургские воспитанники Аршавин, Акимов, Малафеев, Катульский и Астафьев, а также опытный украинский полузащитник Александр Спивак. «Зенит» дошёл до финала Кубка Интертото, где ему противостояла испанская «Сельта», которой в гостях он уступил 1:2. В матче на «Петровском» «Зенит» выигрывал по ходу матча 2:0, но голы Валерия Карпина на 83 минуте и Бенни Маккарти на 89-й привели к поражению по сумме двух встреч. В чемпионате России-2000 «Зенит» занял 7-е место, а в Кубке России вылетел на стадии 1/16 финала, уступив липецкому «Металлургу» 1:2. В межсезонье в «Зенит» из любительского клуба «Светогорец» перешёл 18-летний нападающий Александр Кержаков.