Il est secrétaire général lors de la grève nationale réussie des chemins de fer de 1919, qui est menée conjointement par le NUR et l'ASLEF contre les réductions de salaires proposées. En 1921, Thomas joue un rôle de premier plan dans la crise du Black Friday, au cours de laquelle les syndicats des chemins de fer et des transports n'ont pas aidé les mineurs, confrontés à des baisses de salaires. Avant la grève générale de 1926, le TUC demande à Thomas de négocier avec le gouvernement conservateur de Stanley Baldwin, mais les pourparlers échouent et la grève s'est poursuivie.