A nivel internacional, Peña fue un importante miembro de la selección de fútbol de Bolivia, jugando en el Mundial de 1994 y la Copa Confederaciones de 1999, además de las eliminatorias a los Mundiales 1994, 1998, 2002, 2006 y 2010. Peña también fue parte de la representación boliviana durante las Copas América de 1991, 1993, 1995, 1997, 1999 y 2007. Es considerado como uno de los jugadores más importantes de su país en las últimas décadas.