Em seu sermão de Natal de 634, Sofrônio se mostrou mais preocupado em manter o clero alinhado com a visão calcedoniana de Deus, dando apenas os alertas mais tradicionais sobre o avanço muçulmano-sarraceno na Palestina, comentando que eles já controlavam Belém. Em 636, após uma derrota do exército bizantino na Batalha de Jarmuque, o destino da Palestina foi selado. Sofrônio, que via o controle muçulmano da Palestina como "o inevitável castigo aos cristãos fracos e vacilantes pelos involuntários representantes de Deus", morreu logo após a conquista de Jerusalém pelo califa ortodoxo Omar, em 637, mas não antes de ter negociado o reconhecimento das liberdades civis e religiosas dos cristãos em troca de tributos - um acordo conhecido como Acordo de Omar. O Patriarcado de Jerusalém foi reconhecido como a mais alta autoridade sobre a guarda dos lugares sagrados, das comunidades cristãs, dos mosteiros e conventos. O Patriarcado se tornou também o mediador entre as autoridades cristãs e muçulmanas.