Bij de wereldkampioenschappen 2009 in de Italiaanse hoofdstad Rome strandde Van Aggele in de series van zowel de 50 meter schoolslag als de 100 meter vlinderslag. De Europese kampioenschappen kortebaan 2009 in Istanboel werden de definitieve doorbraak. Van Aggele werd verrassend Europees kampioen op de 100 meter schoolslag in een Europees Record van 56.29, op de 100 meter wisselslag eindigde hij op de vierde plaats. Op de 4x50 meter wisselslag eindigde hij samen met Nick Driebergen, Joeri Verlinden en Bastiaan Tamminga op de vijfde plaats.