Spariti i Turchi arrivò la minaccia napoleonica. Napoleone Bonaparte stava svolgendo la sua campagna d'Italia e, vittorioso, costrinse il 23 giugno 1796 papa Pio VI a firmare l'armistizio di Bologna, in cui permetteva l'occupazione di Ancona (assieme alla stessa Bologna e Ferrara) da parte dell'esercito francese. Mentre le principali città delle Marche settentrionali spingevano per la proclamazione della Repubblica Anconitana al fine di non tornare sotto lo Stato Pontificio, Loreto, da sempre papalina, trepidava per il saccheggio al tesoro del Santuario.