De Lattre blieb als Kommandeur der 13. Militärregion der Vichy-französischen Streitkräfte zunächst bis 1941 in Clermont-Ferrand, danach als Général de division in Tunesien bis Ende 1941 aktiv. Er übernahm danach als Général de corps d'armée die 16. Division in Montpellier. Als die Wehrmacht wegen der Landung der Alliierten in Nordafrika Ende November 1942 in die „unbesetzte, freie Zone“ eindrang (Unternehmen Anton), begann er in der Nähe von Cette-Eygun am Rande der Pyrenäen eine Streitmacht gegen die deutschen Besatzer zu organisieren und eine Widerstandsstellung zu schaffen. Er verweigerte den Befehl, nicht zu kämpfen, was ihm eine Verhaftung und eine Verurteilung zu zehn Jahren Haft einbrachte.