W reprezentacji Szwecji Kihlstedt zadebiutował w 1998 roku. Dwa lata później Lars Lagerbäck i Tomas Söderberg powołali go na Euro 2000. Na mistrzostwach Szwedzi zajęli ostatnie miejsce w swojej grupie i odpadli z turnieju. Pierwszym bramkarzem reprezentacji był wówczas Magnus Hedman, który bronił we wszystkich trzech spotkaniach. W 2002 roku Kihlstedt znalazł się w kadrze drużyny narodowej na mistrzostwa świata. Na boiskach Korei Południowej i Japonii "Blågult" w 1/8 finału przegrali po dogrywce z Senegalem 1:2. Na mundialu tym, ponownie jak na Euro 2000, podstawowym golkiperem reprezentacji Szwecji był Magnus Hedman. Ostatnim wielkim turniejem w karierze Kihlstedta były Mistrzostwa Europy 2004, na których między słupkami Szwedów stanął Andreas Isaksson. Zespół prowadzony przez trenerów Lagerbäcka i Söderberga został wyeliminowany w ćwierćfinale, kiedy to po rzutach karnych lepsi okazali się Holendrzy. Łącznie dla drużyny narodowej Kihlstedt rozegrał trzynaście meczów.