No ano posterior, no Campeonato Mundial de Aarhus, novamente não conquistou medalhas; classificando-se apenas para a final do individual geral, terminou como o décimo ginasta ranqueado. Em 2007, Rafael participou do Europeu de Amsterdã, encerrando na quarta colocação no evento geral, e medalhista de ouro nos exercícios de solo. Em outubro, no Mundial de Stuttgart,- que serviria de classificação para as Olimpíadas de 2008; terminou em sexto no evento geral individual e na prova coletiva. Disputando a etapa de Barcelona da Copa do Mundo, terminou na terceira colocação no solo.