W okresie okupacji szpital służył leczeniu żołnierzy Wehrmachtu. Po wojnie mieścił się początkowo w 2 barakach, ponieważ gmach główny był zajęty przez Wojskowy Szpital Ewakuacyjny. W 1949 r. oddział zakaźny przeniesiono do Szpitala Obserwacyjno-Zakaźnego przy ul. św. Floriana, a obiekt przekształcono w Miejski Szpital Płucno-Chorych ze 144 łóżkami. Dyrektorem został dr med. Władysław Baranowski. Część personelu szpitala stanowiły siostry zakonne stopniowo wymieniane na pielęgniarki świeckie.