В новой должности Фурцева занялась обычной министерской деятельностью, хотя частичная опала продолжалась, чему способствовали такие события, как выставка авангардистов. В 1964 году поддержала на пленуме смещение Хрущёва с поста Первого секретаря ЦК КПСС. В 1966—1974 годах — депутат Верховного Совета СССР. После этого опала Фурцевой перешла из хрущёвской в брежневскую, хотя, замышляя заговор против Хрущёва, Брежнев и обещал ей место в Президиуме.