1808 entstand das Bayerische Kriegsministerium. Im Jahr 1809 wurde erneut Bayern und die neubayerischen Territorien in Tirol und Vorarlberg zum Kriegsschauplatz. Wieder besetzte eine zunächst überlegene Habsburger Streitmacht weite Teile Altbayerns. Eine Gegenoffensive Napoleons führte zu einem raschen Rückzug des Feindes nach einer Reihe von erfolgreichen Gefechten bei Abensberg, Eggmühl und Regensburg. Durch die Abwesenheit eines Großteils der französischen Armee, die sich in Spanien im Einsatz befand, trugen überwiegend die bayerischen Divisionen und weitere Rheinbundtruppen die Last der Kämpfe, teilweise unter dem direkten Kommando Napoleons. Die Division Wredes griff im Juli, erneut unter dem direkten Befehl des französischen Kaisers, in die Schlacht bei Wagram ein und trug maßgeblich zur Entscheidung der Schlacht bei. Parallel zu diesen Operationen gegen die Hauptstreitmacht des Gegners standen die bayerischen Divisionen vor der Aufgabe der Niederwerfung des Aufstandes in der vormals österreichischen Provinz Tirol, die 1805 dem Königreich Bayern zugesprochen worden war. Teilweisen und kurzfristigen Besetzungen von Innsbruck und Umgebung standen in den Sommermonaten mehrere Rückzüge entgegen. Erst durch den Frieden von Schönbrunn wurden weitere Kapazitäten frei, sodass Tirol im November 1809 von bayerischen, französischen und italienischen Truppen besetzt und der Aufstand endgültig niedergeschlagen werden konnte. Die angespannte Situation in Tirol hatte aber auch nach 1809 noch Folgen für die bayerische Armee, da unter anderem ein 1807 aufgestelltes Jäger-Bataillon aufgrund zahlreicher Desertionen 1811 wieder aufgelöst werden musste.