Rusty Fitzgerald spielte zunächst in der High-School-Meisterschaft des Bundesstaates Minnesota für die "William M. Kelly High School" und die "Duluth East Greyhounds". Im NHL Entry Draft 1991 wurde er in der zweiten Runde an 38. Stelle von den Pittsburgh Penguins ausgewählt. Anschließend studierte Fitzgerald an der University of Minnesota Duluth und war auch für das dortige Eishockeyteam aktiv.