Grygera tagja volt a cseh válogatott keretének a 2004-es európa-bajnokságon és a 2006-os világbajnokságon. 2006 nyarán elhagyta volna az Ajaxot a Juventus kedvéért, de az olasz bundabotrány miatt még egy évet Hollandiában töltött és csak 2007-ben szerződött Olaszországba. 2006 augusztusában voltak, olyan felvetések, hogy a Tottenham Hotspur szeretné leigazolni, de Grygera nem akart a Premier Leagueben játszani.