Enfrentou dificuldades de relacionamento com o novo regime político no país, em especial por conta da Lei da Separação do Estado das Igrejas. Em julho de 1911, foi detido por usar vestes talares, prisão que se repetiu em agosto. Com a escalada de violência, além da nacionalização dos bens eclesiásticos, foi desterrado de Portalegre e chegou a se mudar para Salamanca, mas voltou em 1914.