В 2004 году Йенсен принял участие в чемпионате Европы в Португалии. На турнире он был основным футболистом сыграл в трех матчах против сборных Италии, Болгарии и Швеции. Никлас выступал за национальную команду до 2008 года, он принимал активное участие в отборочных раундах чемпионата мира 2006 и чемпионата Европы 2008 годов.