Em 22 de abril de 1943, várias posições de comando foram alteradas, impactando Schröer. O "Geschwaderkommodore" (comandante de ala), Eduard Neumann foi enviado para o estado-maior do "General der Jagdflieger" (General de Caças) Adolf Galland. A vaga na posição "Geschwaderkommodore" foi preenchida novamente pelo "Gruppenkommandeur" (comandante do grupo) do II./JG 27, Gustav Rödel, que entregou o seu comando a Schröer. O II./JG 27 agora estava operando com o novo Bf 109 G nos céus perigosos da Sicília, enquanto os Aliados se preparavam para a invasão com pesados ​​ataques de bombardeio preparatório. Com base em Trapani, no canto oeste da ilha, eles enfrentavam a superioridade aérea dos Aliados e tinham a tarefa inútil de tentar proteger aeronaves de transporte que realizavam voos de evacuação desesperados dos feridos e especialistas restantes do sitiado Afrika Korps, agora reprimido em Tunis. Pouco antes de Schroer assumir o comando, na noite de 18 de abril, apenas 6 transportes haviam chegado à Sicília, dos 65 que saíam de Túnis. Voando ao nível do mar, metade foi abatida e o restante danificado. Impotente para ajudar, o II./JG 27 reivindicou apenas um caça inimigo em resposta. No entanto, com vigor renovado, Werner liderou na frente e, nos dois meses seguintes, afirmou que 22 aeronaves aliadas foram abatidas, incluindo 12 bombardeiros pesados ​​quadrimotores. A rendição do Afrika Korps em maio foi de uma escala comparável à rendição do 6.º Exército em Stalingrado apenas alguns meses antes. A Operação Husky, a invasão aliada da Sicília, começou em 10 de julho. Incapaz de influenciar o resultado em grande medida, o II./JG 27 já havia sido ordenado a voltar ao continente italiano.