Toto ministerstvo vzniklo v roku 1990, predtým bola starostlivosť o oblasť životného prostredia rozdelená medzi ministerstvo kultúry, ministerstvo vnútra a ministerstvo lesného a vodného hospodárstva (v rámci Českej socialistickej republiky). Ministerstvo vnútra pred nežnou revolúciou nieslo krátko názov MVŽP - Ministerstvo vnútra a životného prostredia. Prvým samostatným ministrom životného prostredia bol Bedřich Moldan.