С 1999 года выступал за молодёжную (олимпийскую) сборную России. С 2000 года привлекался к сборам национальной сборной. В ноябре 2003 года сыграл свой первый матч за сборную России — вторую стыковую игру против Уэльса. Поучаствовав в отборочных играх к чемпионату Европы, Малафеев завоевал место в заявке сборной и на сам турнир. В матче группового этапа Евро-2004 против Португалии в конце первого тайма за игру рукой вне штрафной площади (которой на видеоповторе не было обнаружено) был удалён Сергей Овчинников, основной вратарь сборной, и его заменил Вячеслав Малафеев, доигравший матч против Португалии (поражение 0:2) и Греции (победа 2:1). С Португалией был связан и мрачный эпизод в карьере Малафеева: 13 октября 2004 года в отборочном матче чемпионата мира 2006 года Малафеев пропустил 7 голов от португальцев.