Nach dem Studium wurde Malinowski als Architekt im Staatsdienst in den St. Petersburger Hafen abkommandiert. Als er den Treueid auf den Thron verweigerte, wurde er entlassen und nach Kologriw verbannt. 1893 kehrte Malinowski nach Nischni Nowgorod zurück und arbeitete als Architekt im Stadtamt. Zunächst beaufsichtigte er den Bau des Stadttheaters nach dem Projekt des Hauptstadt-Architekten und PIGI-Dozenten Viktor Schröter. Um die Bauqualität sicherzustellen, organisierte Malinowski Kurse für die beteiligten Bauhandwerker. Er schlug Verbesserungen für das Projekt vor, die alle genehmigt und umgesetzt wurden. Bald wurde er auch an anderen Projekten beteiligt, so an der Restaurierung des Dimitrios-Turms des Nischni Nowgoroder Kremls und am Bau von Anlagen für die Allrussische Industrie- und Handwerksausstellung 1896 in Nischni Nowgorod. In den 1890er Jahren war er am Bau des Schlosses Scheremetew in Jurino in der Republik Mari El beteiligt zusammen mit Sergei Konstantinowitsch Rodionow und anderen.