ในคริสต์ทศวรรษ 1990 ลิทัวเนียได้เข้าร่วมแข่งขันในรอบคัดเลือกของฟุตบอลโลกและฟุตบอลชิงแชมป์แห่งชาติยุโรป โดยจบอันดับที่ 3 ของกลุ่มในรอบคัดเลือกของฟุตบอลชิงแชมป์แห่งชาติยุโรป 1996 และฟุตบอลโลก 1998 ต่อมาในรอบคัดเลือกฟุตบอลชิงแชมป์แห่งชาติยุโรป 2004 ลิทัวเนียทำผลงานได้ดีด้วยการบุกไปเสมอเยอรมนี และเปิดบ้านเอาชนะสกอตแลนด์ แต่ในนัดสุดท้าย ลิทัวเนียไปแพ้สกอตแลนด์ 1–0 ทำให้ต้องตกรอบ และในรอบคัดเลือกฟุตบอลโลก 2006 ลิทัวเนียจบอันดับที่ 5 ของกลุ่ม