Khi quân miền Bắc tiến về tuyến phòng thủ bên ngoài Richmond, họ bị sông Chickahominy chia cắt ra, làm giảm bớt khả năng chuyển quân qua lại dọc theo mặt trận. McClellan giữ phần lớn binh đoàn ở bờ bắc con sông, đợi McDowell từ bắc Virginia đến; chỉ còn 2 quân đoàn miền Bắc (IV và III) ở lại bờ nam. Dưới áp lực của tổng thống miền Nam Jefferson Davis và cố vấn quân sự của ông là Robert E. Lee, Johnston liền quyết định tấn công bộ phận yếu hơn của đối phương ở phía nam con sông, với hy vong sông Chickahominy lụt lội do mấy trận mưa lớn trước đó sẽ ngăn không cho McClellan tiến qua bờ nam. Trận Seven Pines (còn gọi là trận Fair Oaks) đã diễn ra trong 2 ngày 31 tháng 5– 1 tháng 6 năm 1862, không theo đúng kế hoạch của Johnston do bản đồ bị lỗi, cuộc tấn công của miền Nam thiếu sự phối hợp và viện binh miền Bắc vẫn qua được sông bất chấp lụt lội. Trận đánh bế tắc về mặt chiến thuật, nhưng miền Nam có được 2 thành quả chiến lược. Thứ nhất, Johnston đã bị thương trong trận chiến và được thay thế bằng viên chỉ huy tài giỏi hơn: Đại tướng Robert E. Lee, người đã lãnh đạo Binh đoàn Bắc Virginia đi đến nhiều thắng lợi trong chiến tranh. Thứ hai, tướng McClellan đã chọn cách đình chỉ các hoạt động tiến công nhằm tổ chức bao vây và đợi lực lượng tăng viện mà ông ta đang yêu cầu từ Tổng thống Lincoln. Không bao giờ ông ta còn lấy lại được đà tiến công chiến lược trước đó.