Zu Beginn des Zweiten Koalitionskrieges übernahm er 1798 eine Division in Italien. Im Frühjahr 1799 kämpfte er bei Verona und gegen Kray bei Magnano, danach unglücklich gegen die Russen in der Schlacht an der Adda (27. April). Er besiegte die russischen Truppen am 12. Mai bei Bassignano, später bei San Giuliano und am Passo della Bocchetta und bei der Belagerung von Tortona. Im Juni besetzten seine Truppen den Pass über den Kleinen St. Bernhard. Anfang September 1799 kommandierte er den linken Flügel der Italienarmee und erhielt die Führung des linken Flügels des selbständigen "Corpes des Alpes". Grenier besiegte die Österreicher im September bei Fossano und im Oktober bei Centallo. Am 4. November erlitt er unter dem Oberbefehl von Championnet in der Schlacht bei Genola eine Niederlage gegen den österreichischen General Ott, musste sich aus dem befestigten Lager bei Limone zurückziehen und verteidigte den Pass Colle di Tenda.