Удержание под контролем Португалии требовало содержания оккупационных войск, а в Испании финансовое положение очень стеснённым после банкротства 1576 года. В 1584 году Вильгельм I Оранский был убит фанатичным католиком Бальтазаром Жераром, и, казалось бы, смерть популярного лидера голландского сопротивления должна была положить конец войне; однако этого не случилось. В 1586 году английская королева Елизавета I поддержала протестантское движение в Нидерландах и Франции и Фрэнсис Дрейк начал нападения на испанские торговые суда в Карибском море и на Тихом океане, а в 1587 году он совершил дерзкое нападение на порт Кадис. В 1588 году, рассчитывая остановить вмешательство Елизаветы в испанские дела, Филипп отправил Испанскую армаду к берегам Англии. Благоприятная погода, более сильное вооружение и лучшая манёвренность английских кораблей, а также то, что англичане получили предупреждение от своих шпионов в Нидерландах и были готовы к встрече испанского флота, способствовали разгрому Непобедимой армады. Однако провал экспедиции Дрэйка и Норриса к Португалии и Азорским островам в 1589 году стал поворотным пунктом в англо-испанской войне 1585—1604 годов. Испанские флоты стали более эффективными в отражении нападений английских кораблей, и серебро и золото продолжало поступать в Испанию.