Nel 1806, gran parte del Sacro Romano Impero venne invasa da Napoleone. Quest'evento ebbe conseguenze drastiche per il Liechtenstein: i meccanismi di governo imperiali, legali e politici crollarono, mentre l'Imperatore Francesco II abdicò e l'Impero stesso venne sciolto. Come risultato, il Liechtenstein cessò di avere ogni obbligazione verso l'Impero e nello specifico verso l'Austria. A questo periodo si fa risalire la "sovranità indipendente" dello Stato. In realtà, il principe divenne effettivamente un principe sovrano, ma rimase ad ogni modo poco più di un comune feudatario di secondo piano. Dal 25 luglio 1806 quando venne fondata la Confederazione del Reno, il Principe del Liechtenstein ne fu membro, vassallo "de facto" come tutti gli altri stati aderenti, dell'Imperatore Napoleone Bonaparte, sino alla dissoluzione della Confederazione il 19 ottobre 1813.