W reprezentacji Francji Rothen zadebiutował 29 marca 2003 roku w wygranym 6:0 spotkaniu przeciwko Malcie. W tym samym roku wraz z drużyną narodową wywalczył Puchar Konfederacji pokonując w finale po dogrywce Kamerun 1:0. W 2004 roku Jacques Santini powołał go na Mistrzostwa Europy. Na imprezie tej Francuzi dotarli do ćwierćfinału, gdzie przegrali 0:1 z późniejszymi triumfatorami turnieju – Grekami.