После 13 мая 1958 года и возвращения генерала де Голля к власти, Мельник стал техническим советником премьер-министра Франции. В 1959—1962 годах — координатор работы французских спецслужб (, , SDECE, , PP) при премьер-министре Мишеле Дебре. Первоначально главной его задачей была борьба с разведкой КГБ и алжирского Фронта национального освобождения. В своих взглядах и работах, изданных позже в RAND. Мельник положительно относился к систематическим пыткам пленных партизан и оправдывал их. Затем сферой его деятельности стала борьба с Секретной вооружённой организацией (ОАС). Это был период, когда де Голль резко изменил вектор своей алжирской политики, приступил к свёртыванию колониальной войны и затеял тайные переговоры с борцами за независимость Алжира из ФНО. В роли посредника выступил именно Константин Мельник.