La saison 2008-2009 est plus difficile pour la Roma et pour Totti, handicapé par ses blessures à répétition au genou. L'équipe perd en Supercoupe d’Italie en août 2008 où Totti, à peine rétabli, tire et rate le tir au but romain. En Ligue des champions, la Roma fait un bon parcours en phase de groupe avec notamment une victoire 3-1 à domicile contre Chelsea alors que les Romains, en crise, ne sont que du Campionnato. L'équipe de la Louve termine première du groupe A mais Totti voit son rêve de disputer la finale au Stadio Olimpico de Rome s’envoler en -de-finale contre Arsenal et quitte le terrain en pleurs. Totti dispute 24 rencontres et inscrit treize buts au cours du championnat et la Roma termine sixième grâce à une remontée fulgurante.