Durante el sitio de la misión por parte de las tropas de Santa Anna (del 23 de febrero al 6 de marzo de 1836) cayó gravemente enfermo. La tradición estadounidense afirma que murió luchando en su cama de la enfermería durante el asalto final, según algunas versiones disparando contra ellas o peleando con su cuchillo, mientras que otras fuentes aseguran que murió en el lecho cosido a bayonetazos o incluso que pudo morir a causa de tuberculosis (algunos sugieren que fue de tifoidea) horas antes de la batalla. Dado que los asaltantes mexicanos mataron a todos los heridos y enfermos de la misión, así como a los médicos y enfermeros, no es posible determinar si su deceso se produjo en ese momento o se había producido anteriormente.