V roce 1798 se jako člen Commission des sciences et des arts podílel na Napoleonově tažení do Egypta, během expedice však onemocněl a v březnu 1799 Severní Afriku opustil. Během návratu z Alexandrie však byla loď, na níž se plavil, nucena v důsledku špatného počasí vplout do italského přístavu Taranto. Následně byl na příkaz velmistra Řádu maltézských rytířů zatčen v italské Neapoli a převezen na Sicílii do Messiny, kde dva roky strávil ve vězení ve špatných podmínkách. Důvodem jeho zatčení byla účast na zprostředkování kapitulace Malty Napoleonovi. Proti jeho uvěznění protestovala i světová vědecká veřejnost, jeho propuštění však bylo dosaženo až po opětovném získání Itálie Napoleonem po bitvě u Marenga v roce 1801. Po propuštění se věnoval mineralogii v Pařížském muzeu přírodní historie. Zemřel půl roku po propuštění v důsledku špatného zdravotního stavu způsobeného špatnými podmínkami ve vězení. Jeho velká kolekce minerálů se dnes nachází v přírodovědném muzeu v Paříži.