Lors de la saison 2009-2010, Nys remporte le Trophée Gazet van Antwerpen et le championnat de Belgique. Il est malchanceux lors du Superprestige, où il semble pourtant sur la voie d'une dixième victoire dans ce challenge. Mais à Diegem, il abandonne la course après avoir brisé son dérailleur et perd toute chance de remporter le classement général. En fin de saison, Nys remporte une autre médaille de bronze aux championnats du monde, tandis que le Tchèque Zdenek Stybar est sacré à domicile.