Gdy w roku 1861 w Ameryce wybuchła wojna secesyjna, Kearny wrócił do Stanów Zjednoczonych, gdzie z miejsca otrzymał awans na generała brygadiera i dowództwo Pierwszej Brygady New Jersey, którą umiejętnie wyszkolił. Ze względu na jego kalectwo armia dość długo wahała się, czy przyznać mu stopień wojskowy, ale szok po przegranej I bitwie nad Bull Run przyczynił się do pozytywnej dla Kearny’ego decyzji. Jego brygada, nawet wtedy, gdy odszedł, by dowodzić dywizją, stawała znakomicie, szczególnie podczas bitwy pod Glendale. 30 kwietnia 1862 roku objął dowództwo 3. dywizji III Korpusu. Dowodził tą dywizją w bitwach pod Williamsburgiem i pod siedmioma sosnami. Pod Williamsburgiem, przed wejściem dywizji do bitwy, Kearny stanął przed swymi ludźmi i krzyknął: "I’m a one-armed Jersey son-of-a-gun, follow me!" (pol. Ja jestem jednoręki s...syn z Jersey, za mną!) i poprowadził szarżę, jak dawniej z szablą w dłoni i cuglami w zębach. Cytowano też jego słowa skierowane do niezbyt chętnie idących do akcji żołnierzy: "Don’t worry, men, they’ll all be firing at me!" (pol. Nie przejmujcie się chłopcy, oni wszyscy strzelać będą do mnie!). Jego umiejętności i odwaga w czasie kampanii półwyspowej spotkały się z uznaniem żołnierzy i przełożonych z wyjątkiem dowódcy Armii Potomaku, generała majora George B. McClellan, którego rozkazy (szczególnie te nakazujące odwrót) często ignorował. Po bitwie Battle of Malvern Hill, która zakończyła się zwycięstwem unionistów, McClellan zarządził odwrót, na co Kearny napisał: