Under reisen over Atlanterhavet til OL i 1932 med skipet SS «Île de France» ble han svært sjøsyk, og sverget på at han aldri skulle sette sine bein i et skip igjen. Skjebnen ville det imidlertid annerledes. Etter at Tyskland angrep Polen i september 1939, flyktet Marusarz via Ungarn til Hellas, der han gikk om bord i det polske skipet SS «Warszawa». Skipet ble torpedert utenfor Tobruk (nå i Libya) 26. desember 1941. Han overlevde torpederingen og ble reddet. Resten av krigen seilte han på flere andre polske skip, og deltok blant annet i Murmansk-konvoiene, invasjonen i Nord-Afrika (1942), Sicilia (1943), Italia (1943) og Normandie (1944). For krigsinnsatsen ble han tildelt ni polske og britiske militære utmerkelser.