1861/62 wurde an der Stelle ihres Vorgängerbaus mit Hilfe von Spendengeldern eine neue Synagoge erbaut. Zu dieser Zeit lebten 180 Juden in Geisa, das waren fast elf Prozent der Einwohnerschaft. Der Neubau war ein Backsteingebäude mit großer Freitreppe und einer großen runden Kuppel und wurde am 5. September 1862 feierlich eingeweiht. Das Gebäude wurde am 9. November 1938 durch Brandstiftung weitgehend zerstört und die Ruine 1940 abgerissen. Die Zahl der jüdischen Gemeindemitglieder war seit 1895 rückläufig, Ende 1942 gab es keine Kultusgemeinde mehr.