A partir de maig el comandament el va assumir el general Mariano Gamir Ulibarri, quan la situació militar a Biscaia ja era molt complicada. El general Gamir va mantenir unes relacions cordials amb Aguirre, si bé era molt crític davant l'actitud dels batallons peneuvistes —els quals, en opinió de Gamir, eren «més afins a l'enemic [que als nostres principis]» i mantenien oberts contactes amb l'enemic. Durant la defensa de Bilbao les forces del Cos d'Exèrcit d'Euzkadi van presentar una aferrissada resistència, però la pressió enemiga va aconseguir imposar-se i Bilbao va caure el matí del 19 de juny; la pèrdua de Bilbao va provocar una profunda desmoralització de les forces basques.