Napoleon kembali ke Prancis pada tanggal 23 Agustus 1799. Kemudian ia mengambil alih pemerintahan pada tanggal 9 November 1799 dalam sebuah kudeta bernama "18 Brumaire". Napoleon menata ulang sistem militer dan membuat pasukan cadangan untuk mendukung aksi militer di sekitar Rhine dan Italia. Di semua pertempuran, Prancis lebih unggul. Di Italia, Napoleon memenangkan pertempuran dengan Austria dalam Marengo pada tahun 1800. Tetapi pertempuran yang menentukan terjadi di Rhein, wilayah Hohenlinden pada tahun 1800. Dengan kalahnya Austria ini, kekuatan koalisi kedua hancur. Akan tetapi Britania Raya tetap kuat dan memberi pengaruh yang besar kepada negara-negara lainnya agar dapat mengalahkan Prancis. Napoleon menyadari hal ini, tanpa kekalahan Inggris atau perjanjian damai dengannya maka ia tidak akan pernah mencapai perdamaian secara penuh di benua Eropa.