L’environnement est menacé par la croissance industrielle. Le 1986, l’incendie des usines « Sandoz » à Bâle déverse de produits chimiques dans le Rhin, provoquant une grave pollution. Les cinq États du bassin mettent alors en place une gestion commune de l’environnement du fleuve. Après plus de 20 ans, le Rhin est le fleuve le plus propre d’Europe d’un point de vue physico-chimique, mais pas encore selon les normes bactériologiques, bien que le Saumon y ait été réintroduit.