Den 20 juni 1799 blev republiken erövrad av österrikisk-ryska trupper. Den återfördes till Kungariket Sardinien, men exakt ett år senare återupprättades republiken som Subalpinska republiken, efter att Napoleon återerövrat en stor del av norra Italien efter att ha segrat i Slaget vid Marengo. Subalpinska republiken upphörde att existera den 11 september 1802, då den delades mellan Första franska republiken och Republiken Italien.