Onder Josep Guardiola werd Lahm veranderd van linksback naar verdedigende middenvelder. In dat seizoen won Bayern o.a. de UEFA Super Cup, waarin Lahm de derde strafschop in de strafschoppenserie voor zijn club nam en scoorde. Ook de titel werd dat seizoen gewonnen, voor de 24ste keer in de clubhistorie, met nog 7 wedstrijden te gaan. In het seizoen 2013/14 speelde Lahm 48 wedstrijden in 6 verschillende competities. In juni 2014 tekende Lahm een nieuw contract bij Bayern München tot medio 2018. In het seizoen 2014/15 scoorde Lahm voor het eerst twee doelpunten in één wedstrijd, tegen Werder Bremen op 18 oktober maakte hij zowel het openingsdoelpunt als de 5-0. Van november tot maart van dat voetbaljaar moest Lahm 17 wedstrijden missen door een blessure. Wel werd opnieuw de Bundesliga-titel gewonnen, de zevende in de carrière van de Duitser. Op 28 april 2015 werd Bayern München door Borussia Dortmund uitgeschakeld in de halve finale van de DFB-Pokal. Lahm miste de eerste penalty in de strafschoppenreeks.