W październiku 1939, wraz z księdzem wikarym Adamcem, został aresztowany przez Niemców i wywieziony do Lipna. Następnego dnia został przewieziony do Torunia i osadzony w forcie VII. Skrajne warunki higieniczne, wilgoć i złe odżywianie spowodowały ciężką chorobę księdza. Ponieważ dłuższy czas nie następowała żadna poprawa w stanie zdrowia, został zwolniony z więzienia.