Il 17 novembre 1999, dopo l'esonero di John Toshack, venne nuovamente chiamato ad allenare la prima squadra in crisi di risultati e, in un primo momento, si pensava che dovesse ancora svolgere il ruolo di traghettatore; a fine stagione arrivò la vittoria in Champions League nel 1999-2000 e il 5º posto in campionato, venendo confermato anche per la stagione successiva. Da allora vinse due campionati spagnoli nel 2000-2001 e 2002-2003, una Supercoppa di Spagna nel 2001, una Champions League nel 2001-2002, una Coppa Intercontinentale nel 2002 e una Supercoppa europea sempre nel 2002.