Po wybuchu II wojny światowej, we wrześniu 1939, w wyniku nalotu bombowego na wojskowy szpital w Warszawie zginęła jego żona. Ks. Rudyk wycofał się razem z wojskami polskimi do Rumunii i został tam internowany. Przebywał w obozach Călimănești i Târgu Jiu. Następnie w 1941 został wydany Niemcom i przeniesiony do oflagu VI E w Dorsten w Westfalii w charakterze kapelana. Dzięki interwencji osieroconych synów ks. Rudyka, wspartych przez Międzynarodowy Czerwony Krzyż, otrzymał w lutym 1942 zgodę na opuszczenie obozu i zezwolenie na zamieszkanie w Berlinie jako wikariusz parafii przy soborze Zmartwychwstania Chrystusa w Berlinie, należącym do eparchii berlińskiej i niemieckiej Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego poza granicami Rosji. Do Warszawy, na teren Generalnego Gubernatorstwa nie mógł wrócić jako były kapelan w Wojsku Polskim.