Pendant la Seconde Guerre mondiale, la majeure partie de la très petite population de colons blancs quitte le pays, qui devient le théâtre d'importants affrontements. En , les Japonais envahissent et occupent la colonie. En , la Bataille de la mer de Corail marque le début de plus d'un an et demi de combats continus entre les Alliés (emmenés par les Américains) et les Japonais. La Bataille de Guadalcanal, d' à , marque une étape importante dans la Guerre du Pacifique. En , les Salomon sont à nouveau sous le contrôle des Alliés, et l'autorité britannique est rétablie. La présence de soldats américains en grand nombre, toutefois, a une influence importante sur les Salomonais, provoquant des mouvements millénaristes dits « cultes du cargo », et incitant certains à contester l'autorité coloniale.