Wkrótce po tym, gdy Fanon rozpoczął pracę w szpitalu, rozpoczęła się algierska wojna o niepodległość. Fanon leczył zarówno Francuzów, jak i Algierczyków. Pod wpływem doświadczeń w szpitalu narastał w nim krytycyzm wobec kolonializmu i rasizmu. Potajemnie zaangażował się w wojnę po stronie algierskiego Frontu Wyzwolenia Narodowego (, FLN). Jego pomoc polegała na tym, że w ramach swojej pracy w szpitalu zapewniał partyzantom lekarstwa i przyjmował ukrywających się działaczy do szpitala, zapewniając im bezpieczną kryjówkę. W 1956 roku jego działalność została wykryta przez rząd Francji, dla którego wciąż oficjalnie pracował w szpitalu. Zrezygnował ze stanowiska i został wydalony z Algierii przez rząd francuski. Osiedlił się w Tunisie, gdzie już jawnie angażował się w działalność FLN (organizacja stworzyła w Tunisie rząd na emigracji).