Vuoden 2015 puolella liikkui huhuja al-Murabitounin liittymisestä Isis-järjestöön. Yksi Mujaon johtajista ilmoitti liittymisestä, mutta myöhemmin Belmokhtar totesi järjestön olevan uskollinen al-Qaedan johtaja Ayman al-Zawahirille. Vuonna 2015 järjestö toteutti myös useita terrori-iskuja Malissa. Elokuussa järjestö hyökkäsi hotelliin Sevaren kaupungissa surmaten ainakin 19 henkilöä. Se otti myös vastuun hyökkäyksestä kahvilaan Bamakossa maaliskuussa 2015, jossa sai surmansa viisi henkilöä. Marraskuussa 2015 järjestö otti panttivankeja Bamakon Radisson Blu-hotellilla. Mauritanialaisen al-Akhbar-uutistoimiston mukaan isku toteutettiin yhteistyössä Islamilaisen Maghrebin al-Qaidan kanssa. Yhteistyötä on pidetty merkkinä yrityksistä lähentää toimintaa al-Qaidan kanssa, joka on kärsinyt kilpailusta Isis-järjestön kanssa. Samanlaista kehitystä oli havaittavissa Burkina Fason terrori-iskuissa 2016. Islamilaisen Maghrebin al-Qaida otti vastuun iskuista, mutta yhdysvaltalaisen terroristijärjestöjä tarkkailevan SITE:n mukaan iskun toteuttajat olivat Al-Murabitounin jäseniä.