İktidara geldikten sonra De Gaulle'ün ilk ilgilendiği konulardan biri Cezayir Sorunu oldu. De Gaulle, Cezayir'deki savaşın askerî olarak kazanılabileceğini düşünse de, uluslararası ortamda bu durumun savunulamaz olduğunu düşünüyordu. Bu sebeple, bu koloninin bağımsız olmasına izin vererek kendisini iktidara getiren Fransız milliyetçilerini büyük düş kırıklığına uğrattı. Bu karar, Cezayir'deki Fransız vatandaşlarından ve Avrupa'daki destekçilerinden çok tepki gördü, hatta aşırı sağcı kolonların kurduğu Organisation armée secrète örgütü De Gaulle'ü öldürmeye çalıştı. Cezayir'deki Fransız asker, polis ve kolonların katıldığı ayaklanmalar, birçok kez zor kullanılarak bastırıldı. Fransa hükûmetinin, Cezayir'in bağımsızlığı için savaşan Ulusal Kurtuluş Cephesi ile görüşmelere başlamasının ardından Fransız ordusundaki bazı generaller askerî darbe yaparak bu durumu engellemeye çalışsalar da başarısız oldular.