Внутри РСФСР большевикам пришлось на протяжении всей Гражданской войны бороться против восстаний крестьян и своих бывших союзников: так в 1918 году в Центральной России вспыхнул мятеж левых эсеров. В 1921 году бунтовали против большевиков также балтийские матросы в Кронштадте. Недовольство крестьян вызывала проводившаяся большевиками политика военного коммунизма, прежде всего её составная часть — продразвёрстка. В 1920-21 годах произошли крупные крестьянские антикоммунистические восстания в Тамбовской губернии, а также в Западной Сибири. В 1920-21 годах большевики разгромили на Украине анархистскую армию Махно (Махновщина). На протяжении всех 1920-х, 1930-х годов Советской власти пришлось подавлять басмаческое движение в Средней Азии.