Po raz pierwszy na arenie międzynarodowej Ilja Czernousow pojawił się 1 kwietnia 2004 roku podczas zawodów Pucharu Kontynentalnego w Murmańsku, gdzie zajął szesnaste miejsce w biegu na 15 km techniką klasyczną. W 2005 roku wziął udział w mistrzostwach świata juniorów w Rovaniemi, gdzie wraz z kolegami z reprezentacji zdobył złoto w sztafecie, a indywidualnie był dziewiętnasty w biegu na 10 km stylem dowolnym. Na rozgrywanych rok później mistrzostwach juniorów w Kranju był drugi w sztafecie 4x5km oraz w biegu łączonym na 20 km. Ponadto podczas mistrzostw świata młodzieżowców Tarvisio w 2007 roku był drugi w biegu na 15 km techniką dowolną za Dario Cologną ze Szwajcarii, a na mistrzostwach młodzieżowców w Malles Venosta w 2008 roku na dwukrotnie dłuższym dystansie ponownie uległ tylko Cologni.