Bereits im Jahr 2003 wurden die ersten Kredite in Lospalos vergeben. Die Registrierung beim Forum der Nichtregierungsorganisationen in Osttimor FONGITIL erfolgte 2004 und die Anerkennung der Gemeinnützigkeit beim osttimoresischen Finanzamt 2005. 2006 vergab der Matsuba Fund zinslose Kredite an Witwen der Todesopfern der gewaltsamen Unruhen in diesem Jahr. Von 2011 bis 2012 musste der Matsuba Fund die Arbeit wegen des Tōhoku-Erdbebens aussetzen. 2014 wurde der japanische Zweig des Matsuba Funds gegründet, um in Japan Spenden für Osttimor zu sammeln.