หลังจากถูกขับไล่ออกจากพรรค ดุปเชคและภรรยาใช้ชีวิตอย่างสงบในบราติสลาวา ในปี ค.ศ. 1989 เขาได้รับรางวัลซาคารอฟ ในปีเดียวกัน ดุปเชคได้สนับสนุนการปฏิวัติกำมะหยี่ หลังการปฏิวัติ ดุปเชคได้รับเลือกเป็นประธานรัฐสภาแห่งสมาพันธ์เชโกสโลวาเกีย จนกระทั่งถึงแก่กรรมในปี ค.ศ. 1992