עם גיוסו לצה"ל התנדב גולן לצנחנים ושובץ בגדוד 202. בצנחנים עבר מסלול הכשרה כלוחם, קורס מ"כים חי"ר ולחם במלחמת יום הכיפורים. בהמשך השלים קורס קציני חי"ר ושימש כמפקד מחלקה וכמפקד פלוגה בגדוד, בין היתר במבצע ליטני. לאחר מכן שירת בימ"מ, בין היתר במלחמת לבנון הראשונה וכסגן מפקד בית הספר ללוחמה בטרור ומאוחר יותר מפקדו. גולן שירת כמפקדה השלישי של יחידת דובדבן כמפקד היחידה הוביל גולן מבצעים כנגד הטרור הפלסטיני באינתיפאדה הראשונה, אולם הודח מתפקידו ביולי 1992 לאחר מותו של במבצע מאש ידידותית.