2003 fontos év karrierjében: hiszen Hierro távozása után már nemcsak a spanyol válogatott, hanem a Real Madrid csapatkapitánya is lesz (ekkor mindössze 26 éves). Kora tavasszal a BL-ben szenzációsan játszott, ám vakbélműtéten esett át, és talán ez is szerepet játszott abban, hogy a Real Madrid elbukott a BL elődöntőjében a Juventus ellen. A bajnokságot ellenben megnyerték, ez volt a 4. bajnoki címe, majd nyár végén a Spanyol Szuperkupát is elhódította csapatával, immár csapatkapitányként először emelhette magasba a serleget. Az év során megerősítette vezető helyét mind a válogatott, mind a BL örök-góllövőlistáján. A spanyol válogatott Eb-pótselejtezőre kényszerült, és Raúl szinte egymaga vitte ki a csapatát a 2004-es Eb-re; talán ez volt az első olyan év, amikor a válogatottban jobban szerepelt, mint klubjában, melynek továbbra is ő volt az egyik legjobbja.