В мае 2001 года Фейсал Хусейни был направлен Арафатом в Кувейт, где в это время проходила арабская конференция, посвящённая координации политики в отношении Израиля. Лидер ПНА поручил своему министру попытаться добиться улучшения отношений с Кувейтом, пострадавших в 1990 году, когда ООП поддержала захват страны Ираком. Кувейтское руководство, однако, сообщило палестинскому дипломату, что не готово к нормализации отношений. Вернувшись в свой гостиничный номер, Хусейни 31 мая в возрасте 60 лет умер от инфаркта. Он был похоронен на Храмовой горе в Иерусалиме; его смерть вызвала соболезнования и высокую оценку заслуг не только от палестинских деятелей, но и от лидеров левого политического лагеря в Израиле (Йоси Сарида, Йоси Бейлина, бывшего заместителя мэра Иерусалима Мерона Бенвенисти).