Якуб Петружалек начал свою профессиональную карьеру в 2002 году в составе родного клуба Чешской экстралиги «Литвинов», выступая до этого за его фарм-клуб. 2 года спустя на драфте НХЛ он был выбран в 9 раунде под общим 266 номером клубом «Нью-Йорк Рэйнджерс». В том же году Якуб отправился в Северную Америку, где стал игроком клуба «Оттава Сиксти Севенс», который выбрал его на драфте Канадской хоккейной лиги в 1 раунде под общим 22 номером. В составе «Оттавы» в сезоне 2004/05 Петружалек набрал 81 (31+50) очко в 80 матчах.