1894 wurde Bell in den Stab von General James William Forsyth versetzt, dem Kommandeur des Militärbezirks von Kalifornien "(Department of California)". Danach folgte im Juli 1897 die Versetzung ins Fort-Apache-Reservat sowie im Februar 1898 in die "Vancouver Barracks", ehe er kurz darauf zum "Judge Advocate General’s Corps" abgeordnet und am 17. Mai 1898 zum Major der Freiwilligentruppe ernannt wurde. Zu Beginn des Philippinisch-Amerikanischen Krieges wurde er am 2. März 1899 zum Hauptmann "(Captain)" der regulären US Army befördert und zu dem von General Wesley Merritt kommandierten VIII. Korps "(VIII Corps)" versetzt. Kurz darauf wurde er Chef der Kundschafter "(Chief of Scouts)" im Stab von General Arthur MacArthur und dann am 5. Juli 1899 zum Oberst der Freiwilligentruppe ernannt. Als solcher war er Kommandeur des 36. Freiwilligen Regiment "(36th US Volunteer Infantry Regiment)" und führte seine Einheit am 9. September 1899 in einem Einsatz bei Porac auf Luzon gegen philippinische Einheiten. Dabei gelang ihm die Festsetzung von sieben Feinden mit seiner Pistole sowie die Befreiung eines Hauptmanns sowie zweier Gefreiter seines Regiments in einem Bambusdickicht. Für seine Tapferkeit wurde ihm am 11. Dezember 1899 die Medal of Honor verliehen, die höchste militärische Auszeichnung der amerikanischen Regierung. Zugleich wurde er zum Brigadegeneral der Freiwilligentruppe ernannt.