В 2013 году Ян Фансюй впервые была включена в национальную сборную Китая, выступавшую в экспериментальном составе в традиционном турнире «Воллей Мастерс» в швейцарском Монтрё. В 2014 спортсменка уже полноценно дебютировала в главной национальной команде страны, приняв участие в Гран-при, а затем став серебряным призёром чемпионата мира. В 2015 году Ян Фансюй стала чемпионкой Азии, а затем в июле того же года во время очередного розыгрыша Гран-при получила тяжёлую травму колена — разрыв связок. После операции и последующего восстановления волейболистка вернулась в сборную и выиграла со своей командой «золото» Олимпиады-2016 в Рио-де-Жанейро.