In der 13. Dynastie gewann die Stadt weiter an Bedeutung. Der Hof scheint hier immer häufiger residiert zu haben. Es gibt zahlreiche Stiftungen von Statuen an den Amun-Tempel. Theben wurde in der weiteren Zweiten Zwischenzeit wieder Hauptstadt, nachdem der Norden des Landes von den Hyksos regiert wurde. Nach der Vertreibung der Hyksos und mit der Wiederherstellung der unter ihnen zerstörten Tempel, also unter der 18. Dynastie, entstanden die außerordentlichen Bauten, die, im Lauf der folgenden elf Jahrhunderte verschönert, vergrößert und vermehrt, die Stadt zum Wunder der Alten Welt erhoben haben.