I buoni risultati ottenuti nella seconda metà di stagione spingono la Ferrari a confermarlo anche per il 2013. Nelle ultime gare della stagione il brasiliano conferma il buon momento di forma, giungendo a punti sia in India che ad Abu Dhabi. Nel Gran Premio degli Stati Uniti Massa batte per la seconda volta in stagione il compagno di squadra in qualifica, venendo però fatto penalizzare di proposito dalla scuderia per permettere ad Alonso, in lotta per il mondiale, di partire dal lato "pulito" della pista. Il pilota brasiliano conclude la gara in quarta posizione, alle spalle dello stesso Alonso. Anche nella gara di casa Massa risulta più rapido di Alonso in qualifica, aiutando e difendendo l'asturiano nelle prime fasi di gara (memorabile la sua manovra che porta Alonso al doppio sorpasso su Webber e sul brasiliano) chiudendo il Gran Premio in terza posizione e conquistando il secondo podio stagionale. Il titolo però ancora una volta sfugge alla rossa, mentre Massa conclude il campionato in settima posizione, con 122 punti.