Selon le docteur Hager Karoui, plusieurs peuples et pays en revendiquent la paternité. La Tunisie où est inventée l'harissa, l'épice qui la pimente. L'Algérie qui lui trouve une origine kabyle (le mot merguez viendrait du berbère "amrguaz", "am" signifiant « comme » et "rguaz" « l'homme », la merguez désignant le phallus). Les juifs d'Algérie prétendent l'avoir créée dans leurs boucheries d'Oran et l'avoir rapportée en France quand ils ont dû quitter le pays à son indépendance. Les colons alsaciens installés au nord-est de Constantine l'auraient inventé : faute de porc, ils auraient remplacé les ingrédients de la saucisse par du bœuf et de l'agneau, et auraient utilisé du vin pour lui donner sa couleur rouge.