Allen tornò negli Stati Uniti nella primavera del 1907 e ritornò al suo grado permanente di maggiore. Successivamente si unirà allo stato maggiore nel 1910 come esperto di cavalleria. Nell'agosto del 1912 venne nominato al grado di tenente colonnello e poi, nel luglio 1916, divenne colonnello. Assunse il comando dell""'8º Cavalleria e lo condusse durante la Spedizione punitiva, in cui il brigadier generale John J. Pershing tentò di catturare Pancho Villa.