В сезоне 2000 года железнодорожники долго шли на последнем месте. В середине сезона команду покинул Валерий Овчинников, однако спустя месяц вернулся. Команда выдала серию неплохих матчей, но не смогла подняться выше 15-й строчки в таблице и снова покинула высший дивизион.