ヨーロッパでフランス革命戦争とナポレオン戦争が勃発し、戦乱とも呼べる荒れた時期にアジア貿易に携わった。ネーデルラント連邦共和国が1795年にフランスにその衛星国バタヴィア共和国に代わると、インドネシアにあったオランダのアジア貿易の拠点バタビアもバタヴィア共和国の配下に置かれたが、1799年にオランダ東インド会社も解散した。1810年にフランスがオランダを併合した。1811年にフランスと敵対するイギリスが東南アジアのした。また、1795年からイギリスと戦争状態だったので、1797年にオランダ東インド会社がアメリカ船"Eliza of New York"号を雇ったのを始めとして、アメリカ、デンマーク、ドイツ(ブレーメン)などの船を雇っていた。オランダ国旗を掲げてオランダ東インド会社の社員が乗っており、またそこに雇われオランダの荷物のみを積んでいるとされる船のみ入港を許可された。1807年に、長崎から出港したオランダが雇ったアメリカ船マウントバーノン号がマカオでイギリス軍艦ディスカバリー号から攻撃を受けた(ポルトガルが仲介した)。1809年には、次期商館長クルイソフを乗せたアメリカ船レベッカ号がイギリスに拿捕された。1809年のオランダ船"Goede Trouw"の後はオランダ領東インド政府は船を出さなかった。この状態は植民地を取り返した後1817年まで続いた。