Pérez también representó a la selección colombiana y participó en los Juegos Olímpicos de Barcelona 1992, en la Copa América de 1997, las Eliminatorias al Mundial de Francia 1998, la Copa Mundial de Fútbol de 1998 realizada en Francia y la Copa de Oro de la Concacaf del 2000. Él jugó en los cuatro partidos de Colombia en la Copa América de 1997, pero se mantuvo en el banco a lo largo de la Copa del Mundo del año siguiente. Su última participación con la Selección Colombia fue en la Copa de Oro de la Concacaf del 2000, donde Colombia salió subcampeona de dicho torneo.