Μετά την Ιταλική εισβολή στην Αλβανία η χώρα έγινε προτεκτοράτο του Βασίλειου της Ιταλίας. Ο Μουσταφά Μερλίκα-Κρούγια, καταγόμενος από την Κρούγια, που εγινε πρωθυπουργός του νέου καθεστώτος, διέταξε τη δημιουργία μιας δύναμης χωροφυλακλης 300 ανδρών, για την άμυνα της πόλης έναντι των αντιστασιακών ομάδων. Εντούτοις λίγο αργότερα ο αντιστασιακός ηγέτης Αμπάζ Κούπι, επίσης καταγόμενος από την πόλη, σχημάτισε μια από τις πρώτες μόνιμες αντιστασιακές δυνάμεις της Αλβανίας στην Κρούγια και σταδιακά κέρδισε τον έλεγχο της περιοχής. Το 1943 στη συνέλευση του Ταπίζε η Μπάλι Κομπετάρ (εθνικιστική, αντικομμουνιστική και αντιμοναρχική οργάνωση) πρότεινε στο Εθνικό Απελευθερωτικό Κίνημα (ΕΑΚ) το σχηματισμό προσωρινής αντιστασιακής κυβέρνησης, με πρωτεύουσα την Κρούγια, αλλά η πρόταση αυτή απορρίφθηκε από τους ηγέτες του ΕΑΚ. Στα τέλη του Νοεμβρίου του 1944, τα τελευταία Γερμανικά στρατεύμσατα που ήταν στην περιοχή αποχώρησαν και μπήκαν στην πόλη τα τάγματα του ΕΑΚ.