Войну за португальское наследство выиграла испанская армия во главе с герцогом Альбой, разгромившим сторонников приора Антонио под Алькантарой. В 1581 году Филипп II прибыл в Лиссабон и был коронован как португальский король Филипп I. Он обеспечил португальское представительство в управлении единым государством, позволил Португалии сохранить собственные законы и денежную единицу; одно время даже обсуждалась идея переноса столицы в Лиссабон. Португальцы обладали «испанским» национальным самосознанием (под «Испанией» в то время понимался весь полуостров; ещё Камоэнс, живший до утраты независимости, называет соотечественников «отважнейшим из народов Испании») и были лояльны Габсбургам. Исполнительную власть в Португалии в период унии возглавлял вице-король. Высадка приора Антонио из Крату с английской помощью в 1589 году не встретила поддержки населения, и англичане, не имея ресурсов для ведения затяжной войны, эвакуировали претендента.