Nel 1797, durante la Campagna d'Italia, il Priamar viene occupato dalle truppe francesi guidate da Bonaparte e la fortezza resterà poi nelle loro mani, attraverso le varie fasi istituzionali vissute dall'Italia settentrionale nel periodo napoleonico, sino al 1815 - tranne un breve intermezzo nel 1800 quando è nel possesso dagli Austriaci prima della loro sconfitta a Marengo. Dopo il Congresso di Vienna, che sancisce la fine della Repubblica di Genova e la sua annessione al regno di Sardegna, la fortezza passa ai Piemontesi. A quel punto, ormai, il complesso ha perso ogni importanza di tipo militare ed i nuovi proprietari vi manterranno soltanto un piccolo presidio. Nel 1820 lo trasformano in bagno penale ed è qui che - in piena epoca risorgimentale - viene detenuto Giuseppe Mazzini, rinchiuso nella cella n. 54, dal novembre 1830 al marzo 1831 dopo il suo arresto per attività cospirativa.