Batignani war auch Mitglied der uruguayischen A-Nationalmannschaft. Insgesamt absolvierte er von seinem Debüt am 23. September 1922 bis zu seinem letzten Spiel für die "Celeste" am 21. September 1928 elf Länderspiele. Dabei kassierte er insgesamt sechs Gegentreffer. Batignani nahm mit der Nationalelf an den Südamerikameisterschaften 1922 und 1926 teil. 1926 gewann er mit Uruguay den Titel. In beiden Turnieren kam er jeweils viermal zum Einsatz. Bei den Olympischen Sommerspielen 1928 feierte Batignani mit dem Kader der "Celeste" schließlich seinen größten Karriereerfolg. Man wurde Olympiasieger. Im Verlaufe des Turniers bestritt er allerdings kein Spiel.