Wilhelm Harster, zoon van een jurist en politieambtenaar, bezocht het gymnasium in München en werd op 16-jarige leeftijd lid van een paramilitaire organisatie (Freikorps). Vervolgens studeerde hij rechten aan de universiteit van München, waar hij in 1927 promoveerde. In 1929 trad Harster in dienst van de politie in Stuttgart, maar al snel stapte hij over naar de politieke politie en vervolgens naar de opvolger daarvan, de Gestapo. Als Gestapo-chef was hij in Innsbruck betrokken bij de organisatie van de pogrom van november 1938 (Kristallnacht). In 1933 was Harster intussen lid van de NSDAP en van de SS geworden.