Mit 19 wechselte Papadopoulos für die vereinsinterne Rekordablösesumme von 700.000 € zum FC Burnley nach England. Nach seinem kurzen Gastspiel auf der britischen Insel kehrte er im Sommer 2003 nach Athen zurück und unterschrieb bei Panathinaikos Athen einen Profivertrag. Gleich im ersten Jahr errang der Stürmer einen Stammplatz und führte sein Team dank seiner 17 Tore zur griechischen Meisterschaft und zum Pokalerfolg 2004. Im Sommer des gleichen Jahres gewann er mit der griechischen Nationalmannschaft die Europameisterschaft 2004 und wurde im Anschluss in die Olympiaauswahl für die Olympischen Spiele in Athen berufen.