Seit 1792 führte das revolutionäre Frankreich Krieg gegen eine Koalition europäischer Regierungen, darunter Österreich und Preußen. Im Oktober 1794 nahmen die Revolutionstruppen Köln ein und leiteten damit eine 20 Jahre währende Besatzungszeit ein, die die Stadt endgültig aus mittelalterlichen Traditionen und Bräuchen reißen sollte und von Beginn an stark antiklerikal geprägt war. Das Erzbistum Köln hörte 1801 auf zu existieren und der Kölner Dom wurde zu einer normalen Pfarrkirche. Mit dem "Dekret zur Säkularisation" vom 9. Juni 1802 wurden alle geistlichen Korporationen der Rheindepartements aufgehoben. Das Martinskloster löste sich infolge dieser Richtlinie am 21. September 1802 auf und die verbliebenen 21 Mönche mussten sich ein Auskommen außerhalb der Klostermauern suchen; 11 von ihnen übernahmen Pfarrstellen in Köln. Die Kirche St. Brigiden wurde 1805 bis auf den Turm verkauft. In einem Versteigerungsprotokoll zum „Verkauf von National-Gütern“ vom 11. und 25. Frimaire des Jahres 14 des französischen Revolutionskalender hieß es: