Po nežnej revolúcii (v roku 1989) sa 1. marca 1990 ústavným zákonom opäť zaviedla trojpruhová vlajka (bez znaku). Používanie znaku na vlajke sa stalo nevyhnutnosťou od roku 1991, aby sa zabránilo zámenám s podobnými novými vlajkami Ruska a Slovinska. Keďže v tom čase bolo treba riešiť iné politické problémy, objavila sa nová vlajka so znakom až v 9. hlave Ústavy SR. Prvýkrát zaviala pred Bratislavským hradom 3. septembra 1992 o 20:22.