Близько 462 до н. е. на запрошення Кімона Полігнот прибув до Афін, де йому разом з іншими живописцями було доручено розпис стін Стоа Пікіле, а також храмів Діоскурів і Тесея. У першій з названих будівель Полігнот зобразив битву афінян з лакедемонянами, бій Тесея з амазонками, руйнування Трої і Марафонську битву. Найбільшою популярністю користувалися картини, написані Полігнотом у Лесхі, у Дельфах, що зображали взяття Трої, відплиття греків з-під цього міста та відвідування Одіссеєм підземного царства.