La PNC surgió como resultado de los Acuerdos de Paz de Chapultepec que pusieron fin a la guerra civil de la década de 1980. En los Acuerdos de Paz se establecía la obligación del Estado de desmovilizar a los antiguos cuerpos de seguridad: Guardia Nacional, Policía Nacional y Policía de Hacienda que habían sido señalados por múltiples violaciones a los derechos humanos antes y durante el conflicto bélico, por ese motivo se acordaba la reforma constitucional para crear la Policía Nacional Civil como nuevo cuerpo policial que debía estar basado en una doctrina civilista y democrática.