En 2005, Kristjan Koren intègre l'équipe continentale slovène Sava. Il est champion de Slovénie du contre-la-montre espoirs en 2006. Il participe aux championnats d'Europe espoirs, où il prend la du contre-la-montre, et aux championnats du monde sur route, lors desquels il se classe du contre-la-montre des moins de 23 ans. En 2007, il remporte le champion de Slovénie du contre-la-montre élite. Il dispute des manches de la Coupe des Nations U23 avec l'équipe de Slovénie. Il est notamment sixième de la Côte picarde, remportée par son coéquipier Simon Špilak, et participe au Tour de l'Avenir durant lequel il est deuxième d'étape puis neuvième de l'étape contre-la-montre. La Slovénie remporte cette Coupe des nations. Kristjan Koren participe à nouveau aux championnats d'Europe et du monde des moins de 23 ans, sans autant de réussite qu'en 2006 : il y est respectivement et des épreuves contre-la-montre, devancé par son coéquipier d'équipe nationale Grega Bole.