Після зняття Густава Гусака на драматичному засіданні партії у грудні 1987 року Якеш був висунутий на посаду Генерального секретаря Комуністичної партії Чехословаччини. Після приходу до влади Якеш почав заявляти про себе, як про реформатора. Незважаючи на спробу Комуністичної партії заспокоїти вимоги громадськості щодо реформ, Якеш залишався проти будь-якого діалогу зі зростаючим опозиційним рухом у країні. Навіть коли спалахнула Оксамитова революція, Якеш відмовився розглядати будь-які серйозні переговори з опозицією. 24 листопада він подав у відставку разом з усією Президією партії. Комуністи офіційно відмовилися від влади через чотири дні.