4 września 1939 r. rozpoczęła się niemiecka okupacja Będzina. W nocy z 8 na 9 września Niemcy podpalili synagogę wraz z modlącymi się w niej Żydami. Część z nich ocalił ks. Mieczysław Zawadzki. Administracja niemiecka zmieniła nazwę miasta na "Bendsburg". Pod koniec 1942 r. na terenie Warpia (Kamionka) Niemcy utworzyli getto żydowskie dla ludności żydowskiej (ok. 30 tys.), łącząc go z gettem na sąsiedniej Środuli w Sosnowcu. Na początku sierpnia 1943 r. getto zostało zlikwidowane, a ludność wywieziona do obozów zagłady. 27 stycznia 1945 r. do Będzina wkroczyła Armia Czerwona.