Il colpo di grazia arrivò con l'impaludamento del porto e l'arrivo della malaria che costrinse gli abitanti a migrare verso l'interno. Intorno al 1240 Aleria fu assoggettata alla Repubblica Marinara di Pisa, finché non diventò genovese a seguito della sconfitta pisana alla Meloria nel 1284. Nel 1572 i genovesi costruirono un forte (detto poi "di Matra", dal nome di una potente famiglia locale) a presidio della foce del Tavignano e vi insediarono abitanti del luogo. Nel 1840 fu lo scrittore francese Prosper Mérimée a scoprire i resti dell'antica città. Nel 1920 incominciarono i primi scavi veri e propri.