Begin jätti 1983 pääministerin ja Likudin johtajan paikan, ja Shamir valittiin hänen seuraajakseen. Vaikea taloudellinen tilanne aiheutti kuitenkin Likudin suosion laskun, ja vuoden 1984 vaalien jälkeen Shamir suostui jakamaan pääministerin paikan Työväenpuolueen Shimon Peresin kanssa. Peres aloitti tehtävässä 1984 ja Shamir jatkoi 1986. Shamir vastusti Israelin ja arabinaapureiden välisten suhteiden lähentämistä, ja hän vastasi voimakkaasti vuonna 1987 alkaneeseen ensimmäiseen intifadaan. Hän tuki Länsirannan siirtokuntia ja kieltäytyi neuvottelemasta palestiinalaisten kanssa, minkä takia hänellä oli erimielisyyksiä Yhdysvaltojen silloisen presidentin George H. W. Bushin hallinnon kanssa, joka pyrki rauhanneuvotteluihin Palestiinan vapautusjärjestön tunnustettua Israel 1988.