由於在布吉地震後身體虛弱和公眾形像不佳，莫迪在2001年被任命為古吉拉特邦第一部長，並在不久後當選為議會議員；他於2001年至2014年间擔任吉拉特邦第一部長。在其上任之后的第二年，古吉拉特邦出现了十分严重的宗教暴乱，印度教徒與穆斯林的冲突导致超过1000人丧生，他领导的政府被指没能有效地采取措施制止冲突，更导致他于2005年申请美国外交签证时被拒签。直至2014年莫迪赢得印度总理选举，奥巴马政府才收回拒签的决定。