После бархатной революции католическая церковь в Чехословакии освободилась от контроля со стороны властей. В 1990 году Чехословакию посетил папа Иоанн Павел II. Мечта кардинала Томашека исполнилась, и он, будучи уже в возрасте 90 лет, подал прошение об отставке. 26 марта 1991 года его прошение было удовлетворено. Преемником кардинала Томашека был назначен епископ Милослав Влк.