Durant les primeres etapes de la Revolució Cultural, el Comitè Central va deixar de funcionar, simplement es va convocar a l'agost de 1966 per consolidar les decisions que ja preses per Mao a l'inici de la Revolució Cultural. Mao es va enfrontar a una oposició molt dura en el 11è Ple, però en última instància, la majoria dels delegats es van encarregar de ratificar de les decisions maoistes. Després, però, molts membres van ser purgats. El Comitè es va tornar a convocar l'octubre de 1968 (12è Ple) per ratificar la decisió d'expulsar al llavors cap d'Estat Liu Shaoqi del partit. A la 12ena sessió plenària, menys de la meitat dels membres hi van assistir, víctimes de la Revolució Cultural. Kang Sheng va escriure que prop del 70% dels membres del CC van ser considerats "traïdors, espies o políticament poc fiables". La composició del Comitè Central al 9è Congrés del Partit d'abril de 1969 va ser àmpliament escollit per Mao i un petit grup d'aliats radicals.