Joubert fick oktober 1798 befälet i Italien efter Guillaume Brune och tvang Sardinien till fred, varefter denna stat blev republik. Han var just på väg att betvinga även Toscana då det misstänksamma direktoriet återkallade honom. 1799 var han dock åter i Italien och blev 15 augusti överrumplad av Aleksandr Suvorov vid Novi, där han stupade strax i början av slaget.