El 1939, Zofia Kossak-Szczucka va deixar Górki Wielkie i es va traslladar a Varsòvia. A la capital, es va implicar en activitats clandestines i de beneficència. Durant l'ocupació alemanya de Polònia, va treballar a la premsa clandestina: del 1939 al 1941, va coeditar el diari clandestí "Polska żyje" ("Polónia viu"). El 1941, va cofundar l'organització catòlica "Front Odrodzenia Polski" ("Front per al Renaixement de Polònia"), i va editar-ne el seu diari, "Prawda" ("La veritat").