1806 erhielt Kurfürst Karl Friedrich als Gegenleistung für seine Unterstützung Badens von Napoleon im Krieg gegen Österreich den sanktblasischen Besitz. Die hierfür notwendige Enteignung kirchlicher Territorien war durch den Reichsdeputationshauptschluss staatsrechtlich vorbereitet worden. Damit nahm ein rund tausendjähriges Wirken der Mönche innerhalb des Klosters sein Ende. Die Mönche gingen nach Österreich und bezogen 1809 das Stift St. Paul im Lavanttal. Dorthin brachten sie auch den größten Teil des Kirchenschatzes, die Bibliothek mit 18.000 Bänden und die Kunstsammlung, darunter das Adelheid-Kreuz. 1808 und 1809 ließ der Großherzog die Kirche räumen, die Orgel von Johann Andreas Silbermann wurde in die Stephanskirche nach Karlsruhe gebracht. Die Glocken und die Einrichtung wurden für andere Kirchen vorgesehen. Die fragile Ausstattung aus Gips, Marmor und Alabaster ging beim Ausbau und Transport in großen Teilen zu Bruch. Intakte Teile der Innenausstattung wurden in die durch den vormaligen blasianischen Stiftsbaumeister Sebastian Fritschi erweiterte Stadtkirche von Waldshut, Liebfrauen eingebaut. Die bauzeitliche Kupfereindeckungen der Kuppel und der Vordächer wurden durch billige Zinkplatten ersetzt. Die abgenommene Dacheindeckung wurde in Karlsruhe zu Kreuzern umgemünzt. Der beim Übergang an Baden gerade 23 Jahre alte Kirchenbau schien für die Kirchengemeinde St. Blasien überdimensioniert und ließ hohe Instandhaltungskosten befürchten. Der geplante Abriss kam nicht zur Ausführung.