את שירותה בצי החלה "קונגרס" בהגנה על אוניות סוחר אמריקניות, תחילה במלחמה הבלתי רשמית עם צרפת (1800-1798) נגד פריבטירים צרפתיים ואחר כך במלחמה הברברית הראשונה (1805-1801) נגד הקורסארים הברברים של צפון אפריקה. במלחמת 1812 ערכה האונייה כמה הפלגות-סיור ארוכות בלוויית אוניית האחות שלה "פרזידנט", ותפסה שלל או סייעה בתפיסה של עשרים ספינות סוחר בריטיות. בסוף שנת 1813, בשל מחסור בחומרי גלם שנדרשו לתיקונה, הושמה האונייה בעתודה עד סופה של המלחמה. ב-1815 הושבה "קונגרס" לשירות פעיל, השתתפה במלחמה הברברית השנייה (1815) והוסיפה לפטרל גם במהלך 1816. בתחילת שנות העשרים נטלה חלק בהדברת הפירטיות באיי הודו המערבית, ערכה הפלגות אחדות לאמריקה הדרומית, והייתה אוניית המלחמה האמריקנית הראשונה שביקרה בסין. את עשר שנותיה האחרונות בצי עשתה "קונגרס" בנמל, כאוניית קליטה של מלחים לפני הצבתם לאוניות. ב-1834 הוצאה מן השירות ונגרטה.