Die islamische Expansion, die 636 mit der Schlacht am Jarmuk einen ihrer Höhepunkte fand, führte dazu, dass das byzantinische Reich seinen Einfluss verlor. Die neuen Machthaber zeigten wenig Toleranz gegenüber den Christen und zerstörten in den Städten Tyros, Sidon, Beirut, Byblos und Tripoli viele christliche Stätten. Die Einwohner Maghduschas zogen sich auf den Berg-Libanon zurück, hatten aber vor ihrer Flucht die Höhle mit der Kapelle verschlossen. Den Höhleneingang versteckten sie unter Erde, Steinen und Pflanzen. Dadurch geriet Unsere Liebe Frau von Mantara in Vergessenheit.