W styczniu 1950 został dowódca jednostki sił specjalnych Shayetet 13, stacjonującej w Atlit. W 1950 wysłano go na studia do Stanów Zjednoczonych. W 1954 ukończył inżynierię i architekturę na Massachusetts Institute of Technology. W styczniu 1956 został wysłany do Wielkiej Brytanii, by przejąć dowodzenie niszczycielem INS „Jafo”. Na wiosnę przyprowadził okręt do Izraela. Podczas kryzysu sueskiego uczestniczył w przechwyceniu egipskiego niszczyciela „Ibrahim el Awal” (później INS „Haifa”). W październiku 1957 Ben-Nun po raz drugi objął dowództwo nad jednostką Shayetet 13.