Le catholicisme, qui a pu se développer surtout grâce à l'influence des Habsbourg, subit la répression des communistes arrivés au pouvoir en 1948. Ces derniers confisquèrent toutes les propriétés de l'Église et persécutèrent de nombreux prêtres : églises saisies, prêtres emprisonnés ou exécutés. Certains offices étaient cependant permis lorsque menés par des prêtres étroitement encadrés, payés par l'État et surveillés par la police secrète. Après la Révolution de Velours, certains monastères et églises furent restitués mais pas dans leur intégralité ni les autres propriétés d’antan. En , un compromis, sous forme de dédommagement financier, aboutit entre le gouvernement et l'Église catholique tchèque dont la figure actuelle la plus importante est le cardinal Dominik Duka. Cependant, le problème de la propriété de la cathédrale Saint-Guy de Prague persiste.