Franz Prohaska studierte von 1785 bis 1791 Rechtslehre in Prag. Währenddessen trat er 1789 in das k.k. Militärjustizwesen ein und wurde dem Militärauditoriat zugewiesen. In diesem Verhältnis erhielt er 1792 seine Einteilung beim Ottocaner Grenz-Infanterie-Regiment Nr. 61 als Cantonsauditor. Schon 1794 avancierte er zum Hauptmann-Auditor und kam zum Kroatisch-Slawonischen Grenz-Husaren-Regiment Nr. 12. Die Einheit kämpfte damals im Verband der Reichsarmee am Oberrhein gegen das revolutionäre Frankreich und dessen Verbündete (Erster Koalitionskrieg). Dabei kam Prohaska erstmals mit Kampfhandlungen in Kontakt. Im Jahr 1797 rettete er das Corpsarchiv während eines Rückzuges und zeichnete sich dabei derart aus, dass ihm der Übertritt zum Dienst mit der Waffe mit gleichzeitiger Verzichtsleistung auf die Hauptmannscharge als Oberleutnant in das Grenzhusarenregiment genehmigt wurde.