Ely var et av de siste steder i England som gjorde motstand mot Vilhelm Erobreren, og kapitulerte ikke før i 1071. Elykatedralen ble påbegynt av Vilhelm i 1083, og fullført i 1351. Ely bispedømme ble etablert etter at katedralen var påbegynt, i 1109. Ved reformasjonen ble det et anglikansk bispedømme, som i 1995 hadde ansvar for 610 000 medlemmer av kirken. I 1381 tok byen del i Bondeopprøret. Oliver Cromwell bodde i Ely i flere år, etter at han arvet stillingen som skatteinnkrever i 1636.