С началом немецкой оккупации Люблина в ноябре 1939 года проходили массовые аресты интеллигенции города. 9 ноября Александр Грухальский был арестован и заключен под стражу в Люблинский замок, но на следующий день он был отпущен. Возможно, причиной столь скорого освобождения является то, что он был задержан по ошибке. Опасаясь повторного ареста, Грухальский уехал из Люблина в Ужендув. Однако нахождение в родном городке не гарантировало ему безопасность — его старший брат, Ян Грухальский (), под кодовым именем Сокол (), был одним из лидеров подпольной «Рабоче-крестьянской боевой организации», а затем и Польской рабочей партии. Более того, он командовал одной из дивизий «Народной гвардии». В начале 1943 года Ян стал жертвой внутренней конкуренции в «Народной гвардии», а 5 мая того же года был убит и Александр Грухальский. Его застрелил польский офицер Крипо из Красника, узнав в нём одного из активистов подпольного движения. Александр Грухальский был похоронен в Ужендуве в одной могиле с Яном.