В июле 1944 года Шёнгарт был назначен командующим полицией безопасности и СД в Нидерландах. Непосредственным начальником его там был высший руководитель СС и полиции и генеральный комиссар по вопросам безопасности Рейхскомиссариата Нидерланды Ганс Альбин Раутер. На этой своей должности Шёнгарт значительную часть своих сил уделял борьбе с усилившимся после открытия Второго фронта Нидерландским Движением Сопротивления, а также продолжал политику отправки нидерландских евреев в концентрационные лагеря в Германии (в том числе в Освенцим). Когда в ночь с 6 на 7 марта 1945 года нидерландская группа сопротивления совершила покушение на Г. Раутера, по приказу Шёнгарта в разных частях страны было казнено 263 заключённых в качестве «ответной меры».