Schlussendlich hatte jedoch auch Landshut unter dem Feldzug Napoleons, der am 21. April 1809 in der Stadt einzog, zu leiden. Infolge der als „Schlacht bei Landshut“ bekannten Auseinandersetzungen wurden drei Stadttore bzw. -türme so stark beschädigt, dass sie abgerissen werden mussten. Nachdem ein früheres Jesuitenkloster bereits Ende des 18. Jahrhunderts aus dem Stadtbild verschwunden war, bestanden die anderen sieben Klöster bis in die Jahre 1802/1803. Als jedoch die Säkularisation des beginnenden 19. Jahrhunderts einsetzte, wurden sämtliche Klöster sowie das Kollegiatstift aufgelöst. In den folgenden vierzig Jahren wurden zumindest drei kirchliche Einrichtungen wiedereröffnet: Den Anfang machte das St.-Joseph-Kloster der Ursulinen im Jahr 1826, knapp zehn Jahre später – genauer gesagt im Jahr 1835 – folgten das Kloster Seligenthal der Zisterzienserinnen sowie das Franziskanerkloster (fälschlicherweise als Kloster St. Peter und Paul bezeichnet).