ב-1861 השתתף סוסייה ב ולאחר המצור על אואחקה הועלה לדרגת קצין בלגיון הכבוד. הוא פיקד על רגימנט בלגיון הזרים, והיה האחרון לראות את פלוגה 3 של הלגיון לפני שהושמדה בקרב קמרון. עם שובו ממקסיקו הוא הועלה לדרגת לוטננט קולונל, עזב את לגיון הזרים והצטרף לצבא הסדיר. עם פרוץ מלחמת צרפת–פרוסיה הוא הוצב בארמיית הריין בפיקודו של פרנסואה אשיל בזן. הוא השתתף בקרב קולומבי וקרב גרבלוט ולאחר מכן ב. כאשר בזן רצה להיכנע לפרוסים, היה סוסייה בין הקצינים אשר סירבו לכך ורצו לצאת למתקפת התאבדות נגד הפרוסים. עם זאת, דעתו לא התקבלה והארמייה כולה נכנעה לפרוסים. סוסייה הובל כשבוי לקלן ומשם לגראודנץ. הוא הצליח להימלט ב-26 בדצמבר ולהגיע לצרפת. הוא חזר לצבא והוענקה לו דרגה זמנית של ז'נרל דה דיוויזיה. הוא לחם עד סוף המלחמה במסגרת ארמיית הלואר.