Em março de 2017, foi escolhido como novo técnico da Seleção Malgaxe, substituindo Auguste Raux. Sob o comando de Dupuis, os "Barea" obtiveram uma classificação inédita para a para a Copa das Nações Africanas, em 2019, mesmo ano em que foi contratado para assumir o comando técnico do FC Fleury 91, do Championnat National 2 (terceira divisão francesa).