Francescoli havia optado por deixar a seleção após a conquista. Porém, nas eliminatórias para a para a Copa do Mundo de 1998, seus colegas acumularam insucessos e Enzo acabou por ser convencido a voltar pelo próprio presidente uruguaio, Julio María Sanguinetti, reestreando em outubro de 1996. No período, voltou a ficar de fora de uma Copa América, se ausentando da de 1997. Seus dois últimos jogos pela "Celeste", em julho e agosto daquele ano, ocorreram após o torneio, disputado em junho. Os uruguaios ainda tinham três compromissos antes do encerramento das eliminatórias sul-americanas, mas chegaram à última rodada já sem chances matemáticas de classificação, terminando em sétimo no grupo único da CONMEBOL.