У період, що передував і під час Січневого повстання (1863), він зробив багато портретів людей, пов'язаних з цією подією: організаторів повстання, керівників та рядових повстанців. Після вибуху повстання Беєра знову заарештували і відвезли до Новохоперська в Росію. Під час заслання він продовжував фотографувати, увічнивши безкоштовно своїх супутників у вигнанні. Закладом у Варшаві керувала його дружина. Незважаючи на його відсутність, будівництво розкішного кам'яничного будинку з ротондою, прикрашеного статуями та барельєфами за проектом архітектора Юзефа Орловського (на розі Краківського Передмістя та вулиці Крулевської), почате ним в 1863 році, прододовжувалося. Пізніше як його аналог була побудована ротонда готелю «Брістоль». Житловий будинок існував до 1944 року і до кінця його називали варшав'яни «кам'яницею Беєра». Після 1945 року його не відбудували.