La toujours sous les ordres de Lapisse quitte le front d'Italie en 1798 pour être employée à l'armée d'Angleterre et peu après, à celle de Mayence. Le 10 juin 1799, Lapisse est transféré à l'armée du Danube comme colonel de la de ligne. À la mi-septembre, la est à l'armée d'Helvétie dans la division du général Jean-de-Dieu Soult. Lors de la bataille de Zurich — du 25 au 26 septembre 1799 —, Lapisse est chargé, de concert avec le chef de brigade Pierre-Charles Lochet, d'effectuer le passage de la Linth par le pont de Grynan. Lochet parvient dans un premier temps à se déployer sur l'autre rive ; mais alors qu'il est vigoureusement attaqué par trois bataillons russes, le pont s'effondre. Lapisse entre à son tour dans l'action et par un feu de mousqueterie bien dirigé, met le désordre dans les rangs ennemis que Lochet achève de culbuter à la baïonnette. Le général en chef autrichien Friedrich von Hotze est tué au cours de la bataille et son armée mise en déroute. Lapisse est promu général de brigade sur le champ de bataille, grade qui lui est confirmé le 27 septembre. Il se distingue encore par la suite à l'armée d'Italie sous les ordres de Brune et de Moncey. Le 12 janvier 1801, son cheval est tué sous lui lors d'un accrochage à Castelfranco Veneto, alors qu'il dirige la française d'avant-garde. Après la signature de la paix, il fait partie de la division française à la solde de la République ligurienne de 1801 à 1803 avant d'être fait chevalier de la Légion d'honneur le 11 décembre de la même année.