Незважаючи на здобуття незалежності, країна швидко поринула у кризу, яку спричинили заворушення серед солдатів та сепаратистів Катанги (на чолі з Моїзом Чомбе), а також Південного Касаї (на чолі з Альбертом Калонжі). У вересні Лумумба та Касавубу остаточно посварились, після чого президент звільнив свого прем'єра та призначив на його місце Жозефа Ілео. У свою чергу Лумумба заявив, що президента усунуто від влади, утім Ілео провалив ухвалення такої заяви в парламенті. Вихід з глухого кута було знайдено, коли помічник Лумумби полковник Жозеф Мобуту заарештував колишнього прем'єра, пізніше його вивезли до Катанги, де вбили за нез'ясованих обставин.