Um nach Europa zu gelangen, bestieg Baudin 1790 ein Schiff der spanischen "Compañía de Filipinas (Philippinen-Kompanie)." Dieses wurde offenbar seeuntüchtig, so dass er seine Sammlungen auf Trinidad zurücklassen musste. Über Martinique kehrte er im September 1791 nach Wien zurück. Dort verhandelte er über eine weitere Fahrt mit Ziel "Neuholland" (Australien), zu deren Finanzierung Kaiser Leopold II. aber erst nach erfolgtem Rücktransport von Scholl beitragen wollte. Kurz bevor die dritte "Jardinière," eine Fregatte mit 20 Kanonen, mit den Gärtnern Franz Bredemeyer (1758–1839) und Joseph van der Schot, einem Freiherrn von Andrian-Werburg sowie einigen k. k. Offizieren und Soldaten im Mai 1792 unter österreichischer Flagge von Genua aus in See stach, starb der Kaiser, und der Erste Koalitionskrieg brach aus. Von Letzterem erfuhr Baudin erst nach Passieren der Straße von Gibraltar. Um Instruktionen einzuholen, legte er darauf in Málaga an, wurde aber verhaftet und nach Madrid gebracht. Nachdem er sich erfolglos um eine Wiederaufnahme in die französische Kriegsmarine bemüht hatte, konnte er die Fahrt im Oktober fortsetzen. Weil die Österreicher an Bord in die Heimat zurückkehrten, übernahm er das Sammeln von naturgeschichtlichem Material selber.