จากความล้มเหลวในครั้งนั้นทำให้พวกเขาต้องปรับโครงสร้างของทีมใหม่ทั้งหมด และนักเตะที่เป็นแกนหลักของทีมได้แก่ พาเวล เนดเวด, ยาน โคลเลอร์, มิลาน บารอส, มาเร็ค ยานคูลอฟสกี้ และ โทมัส กาลาเซ็ค รวมทั้งผู้รักษาประตูดาวรุ่งอย่าง เปเตอร์ เช็ค สาธารณรัฐเช็กยุคใหม่ทำสถิติสุดยอดระหว่างปี ค.ศ. 2002 - 2003 จากการถล่มคู่แข่งถึง 53 ประตูจาก 19 นัด และไม่พ่ายแพ้ต่อทีมใดเลย รวมทั้งผ่านเข้าไปเล่นยูโร 2004 ได้อย่างง่ายดาย และได้รับการยกย่องว่ามีโอกาสที่จะสอดแทรกขึ้นมาคว้าแชมป์ที่ประเทศโปรตุเกสมาครองได้ ทว่าสถิติไร้ถ่าย 20 นัดของพวกเขาต้องสิ้นสุดลงจากการแพ้ไอร์แลนด์ในเกมอุ่นเครื่องเมื่อวันที่ 31 มีนาคม ค.ศ. 2004 สาธารณรัฐเช็กชนะรวดทั้ง 3 นัดในรอบแบ่งกลุ่ม ซึ่งรวมถึงชนะเนเธอร์แลนด์ 2-0 และชนะเยอรมนี 3-2 ก่อนจะชนะเดนมาร์กในรอบ 8 ทีมสุดท้าย และเข้าไปเจอกับกรีซ ม้ามืดประจำทัวร์นาเมนต์ แต่พวกเขาก็ต้องหยุดเส้นทางเอาไว้เพียงรอบนี้เมื่อมาโดนยิงซิลเวอร์โกลในช่วงต่อเวลาพิเศษ หลังจากที่มีโอกาสจะเป็นผู้ชนะในแมตช์นั้นอยู่หลายครั้ง ก่อนที่กรีซจะผ่านเข้าไปคว้าแชมป์ยูโร 2004 ได้อย่างสุดเหลือเชื่อ