במחצית 2009 חוותה קירשנר ירידה משמעותית בפופולריות שלה, בין היתר בשל האשמות בהתנהגות בלתי הולמת אשר הופנו כלפיה. ביולי 2009 התברר כי נכסיהם של בני הזוג קירשנר גדלו פי שבעה מאז 2003. חלק מהרווחים נבעו מעסקאות נדל"ן במחוז סנטה קרוז, שם בילו בני הזוג חופשות ממושכות ואף החזיקו בנדל"ן רב, אדמה בגודל 1.8 קילומטר רבוע ושני בתי מלון. ב-17 באוקטובר 2009 הציעה קירשנר הטלת חובה על ביצוע בדיקות DNA במקרים הקשורים לפשע נגד האנושות, הצעה שזכתה לשבחיו של ארגון זכויות האדם Abuelas de Plaza de Mayo (הסבתות של פלאזה דה מאיו) שפועל להשבת התינוקות שנחטפו בעת המלחמה המלוכלכת בתקופת המשטר הצבאי בארגנטינה (1976–1983). עם זאת, המהלך הוקע על ידי אנשי אופוזיציה כמהלך פוליטי שנועד לפגוע בארנסטינה הררה דה נובל, יו"ר קלארין מדיה גרופ אשר נגדה התקיימו הליכים משפטיים בחשד שאימצה שני ילדים ש"נעלמו", מה שהעכיר את יחסיה הידידותיים עד אותה עת עם משטרם של הקירשנרים.