In den Novemberpogromen während und nach dem 9. November 1938 kam es auch in der Provinz zur Brandschatzung der Synagogen und teilweise, wie in Lünen, auch zur Ermordung jüdischer Bürger. Gut dokumentiert sind die Vorgänge in Medebach. Wie im ganzen Reich wurde die jüdische Gemeinschaft auch in Westfalen fast völlig vernichtet. In Dortmund gab es 1933 etwa 4000 Juden, von diesen fielen 44 bis 1939 den verschiedenen Verfolgungsmaßnahmen des Regimes zum Opfer. Hinzu kamen natürliche Todesfälle. Über 1000 starben zwischen 1940 und 1945 in den Konzentrationslagern und noch 200 durch Entkräftung in den ersten Nachkriegsmonaten. Einem Teil gelang bis 1941 die Flucht ins Ausland. In ganz Westfalen sank die Zahl der jüdischen Bevölkerung zwischen 1933 von etwa 18.000 auf etwas mehr als 7000 im Jahr 1939. Diese Zahl sank bis zum Beginn der systematischen Deportationen in die Vernichtungslager noch einmal auf 5800 (1941) ab. An der Wannseekonferenz war auch der Oberpräsident Alfred Meyer in seiner Eigenschaft als Staatssekretär im Reichsministerium für die besetzten Ostgebiete beteiligt. In Westfalen begannen die Deportationen am 10. Dezember 1941 mit Transporten aus dem Münsterland, einige Tage später folgten Bielefeld und der Regierungsbezirk Arnsberg. Bereits Ende März 1943 gab es in ganz Westfalen nur noch etwa 800 Juden. Bei ihnen dürfte es sich vor allem um geschützte Personen im Rahmen von Mischehen und sogenannte Geltungsjuden gehandelt haben. Nach dem Krieg kamen nur wenige von ihnen in die Region zurück. Zu ihnen gehörte der Schmallenberger Hans Frankenthal, der später über seine Erlebnisse berichtete, und die Familie des 2006 verstorbenen Paul Spiegel (bis zu seinem Tod Vorsitzender des Zentralrates der Juden in Deutschland) aus Warendorf.