Durante la Guerra d'Algeria, Bigeard, divenuto colonnello, fu mandato nella capitale algerina alla testa del 3º reggimento di paracadutisti coloniali inquadrato nella 10ª divisione paras del generale Jacques Massu. Compito del reggimento era quello di riportare l'ordine ad Algeri. Fu anche lui a condurre, a partire dal 1957, la famosa Battaglia di Algeri (nella quale fu impegnata l'intera 10ª divisione paracadutisti). Adottò ogni metodo di coercizione e contrasto appreso durante la sua lunga carriera militare (sia nella Resistenza che dai Vietmin in Indocina) per fronteggiare i combattenti del fronte di liberazione dell'Algeria. I suoi metodi controversi prevedevano anche la tortura durante gli interrogatori dei sospettati. Fu accusato di aver organizzato addirittura "voli della morte" per eliminare e far sparire nel mare membri della guerriglia algerina.