Magnussen rimase alla Stewart anche nel 1998, ma nella prima metà di stagione i risultati, complice una monoposto non particolarmente riuscita, ricalcano quelli dell'anno precedente, e dopo aver conquistato il suo primo ed unico punto in carriera al Gran Premio del Canada a Montreal con un 6º posto dietro al compagno Barrichello, lottando nella parte finale di gara e vincendo il duello con la Minardi di Shinji Nakano, venne licenziato dal team boss Jackie Stewart e sostituito dal più esperto pilota olandese Jos Verstappen.