Durante la Segunda Guerra Mundial, los alemanes establecieron tres subcampos del campo de concentración de Gross-Rosen en la ciudad,11 campos de trabajos forzados y 4 campos de prisioneros de guerra para franceses, italianos y soviéticos del campo de prisioneros de guerra en Żagań. Fruto de la conferencia de Potsdam y la imposición de la línea Óder-Neisse, los habitantes fueron expulsados y la ciudad fue repoblada con polacos procedentes de otros lugares, incluidos los desplazados del la antigua Polonia oriental anexada por la Unión Soviética. La ciudad regresó a Polonia, y el primer alcalde de la ciudad de la posguerra fue Tomasz Sobkowiak, prisionero del campo de concentración de Auschwitz durante la ocupación alemana de Polonia, recordado como un administrador eficiente, amable con los alemanes. La ciudad fue llamadó temporalmente "Zielonogóra" en 1945, recuperó su nombre histórico polaco Zielona Góra en 1946.