Jeho tělo bylo v generálské uniformě uloženo do rakve a poté zpopelněno. Urna byla uložena do mramorového sarkofágu v Národním památníku na vrchu Vítkově v Praze 3. Po 17. listopadu 1989 byla urna přenesena do rodinného hrobu v urnovém háji u Strašnického krematoria, kde byla již dříve uložena i urna s popelem jeho ženy Marie. Rodinný hrob Zápotockých patří na tomto hřbitově k nejskromnějším.