Niemeläinen siirrettiin sisällissodan jälkeen 27. heinäkuuta 1918 alkaen Suomen valkoisen kaartin 4. komppanian, josta hänet siirrettiin edelleen 29. elokuuta 1918 alkaen 5. komppanian päälliköksi. Armeijasta Niemeläinen erosi 2. huhtikuuta 1919 ja liittyi Karjalan (Aunuksen) retkikuntaan, missä hän toimi 1. rykmentin adjutanttina. Retkikunnalla hän osallistui taisteluihin Aunuksenkaupungissa, Alavoistella, Tuuloksessa ja Viteleessä. Sotaretkeltä palattuaan hän astui armeijan palvelukseen 12. joulukuuta 1919 ja hänet sijoitettiin Suomen valkoisen kaartin 9. komppanian ja josta hänet siirrettiin 16. huhtikuuta 1921 alkaen komppanianpäälliköksi 8. komppanian. Hän hoiti eri vuosina useasti myös pataljoonan komentajan viransijaisuuksia. Suomen Valkoisesta kaartista hänet siirrettiin 6. joulukuuta 1925 alkaen talouspäälliköksi Porin rykmenttiin, josta hän palasi takaisin Suomen Valkoiseen kaartiin 28. huhtikuuta 1927 ja hänet nimitettiin kaartiin II pataljoonan komentajaksi. Pataljoonan komentajan tehtävästä hänet komennettiin 1. syyskuuta 1927 – 10. syyskuuta 1928 väliseksi ajaksi yleisesikuntaupseeriksi 1. Divisioonan esikuntaan. Hänet määrättiin 29. kesäkuuta 1928 alkaen Suomen valkoisen kaartin komentajan apulaiseksi ja siirrettiin 1. heinäkuuta 1933 alkaen päälliköksi Kokemäen sotilaspiiriin, minkä nimi muutettiin myöhemmin Porin sotilaspiiriksi. Tehtävässä hän toimi vuoteen 1938 saakka, jonka jälkeen hänet siirrettiin pataljoonan komentajaksi Porin Rykmenttiin, jossa hän palveli talvisotaan saakka.