Il est remplacé, comme gouverneur de Nouvelle-Calédonie, par Auguste Montchamp. Celui-ci, ainsi que d'Argenlieu, se heurtent alors à une profonde opposition de la population locale, fortement attachée à Sautot : le conseil général adopte une attitude d'opposition systématique aux décisions du gouverneur Montchamp. Henri Sautot est embarqué d'autorité sur ordre de Thierry d'Argenlieu. Finalement, la menace japonaise, dont l'avancée dans le Pacifique ne sera stoppée qu'à la Bataille de la mer de Corail de mai 1942, contribue à ramener la paix civile dans le territoire.