У Другом светском рату врт је погођен током нацистичког бомбардовања Београда априла 1941. године, када су, по речима тадашњег директора Александра Крстић, погинули и људи из околних зграда, који су се тамо крили мислећи да зоо врт неће бити мета напада. Три године касније, зоо врт је бомбардован и од стране савезника. Због разарања током рата већи део животињског фонда је игубљен, као и седам хектара земљишта.