1943. december 25-én újabb sérüléseket szerzett, amikor Truk közelében megtorpedózta a "Skate" amerikai tengeralattjáró. A "Jamato" részt vett a Leyte-öbölbeli tengeri ütközetben: két amerikai bomba a "Jamató"t is megrongálta ebben a csatában. 1945. április 7-én Japánból indult az Okinava partjainál felvonuló szövetséges tengeri haderővel szemben, s az öngyilkos bevetés során amerikai repülőgépek süllyesztették el Kagosimától 210 km-re délnyugatra. 2498 ember vesztette életét a fedélzeten. A végső csatába indulásakor a visszaútra nem hagytak üzemanyagot.