Задолго до ухода Хайнкеса появилась официальная информация, что «Баварию» будет тренировать Хосеп Гвардиола. Вскоре Хайнкес заявил, что покинет клуб в начале лета. Гвардиола купил Тьяго из «Барселоны». Вскоре в клуб пришли Марио Гётце и Ян Кирхгофф. Сезон он начал удачно, обыграв в финале Audi Cup 2013 «Манчестер Сити» (2:1). Далее команда уступила в финале Суперкубка Германии дортмундцам (2:4). 9 августа Гвардиола дебютировал в матче Бундеслиги против «Боруссии» Мёнхенгладбах (3:1). 30 августа команда обыграла «Челси» в серии послематчевых пенальти, в Суперкубке УЕФА. 21 декабря 2013 года в финале клубного чемпионата мира «Бавария» становится чемпионом, обыграв клуб из Касабланки «Раджа» со счётом 2:0 (голы на счету Данте и Тьяго Алькантары).