Sébastien Bourdais fait ses débuts aux 24 Heures du Mans en 1999 sur une Porsche 911 GT2 de l'équipe Larbre Compétition. L'équipage est contraint à l'abandon sur problème moteur. Il obtient son premier grand résultat dans l'épreuve en 2000 en terminant quatrième sur la Courage-Peugeot de l'équipe Pescarolo Sport.