Muitos historiadores descrevem-no como uma das figuras mais sombrias da elite nazi; Adolf Hitler descreveu-o como "o homem com coração de ferro". Heydrich foi um dos fundadores da "Sicherheitsdienst" (SD), uma organização de informação encarregada de encontrar e neutralizar a resistência ao Partido Nazi através de detenções, deportações e assassinatos. Ajudou a organizar a "Kristallnacht", uma série de ataques coordenados contra os judeus em toda a Alemanha nazi e partes da Áustria em 9–10 de Novembro de 1938. Os ataques, efectuados por membros das SA e civis, representaram um presságio ao Holocausto. Quando chegou a Praga, Heydrich procurou eliminar a oposição à ocupação nazi suprimindo a cultura checa e deportando e executando os membros da resistência checa. Foi directamente responsável pelo "Einsatzgruppen", grupos de intervenção especiais que assassinaram mais de dois milhões de pessoas, incluindo 1,3 milhões de judeus, através de execuções em massa e gaseamentos.