En definitiva, ante tanta actividad subversiva, el Gobierno General de Argelia (GGA) francés tomó la decisión de expulsar a Manresa en febrero de 1942. El religioso se refugió en Melilla donde se dedicó, después del desembarco americano en noviembre de 1942, a dirigir el movimiento de sublevación contra la tutela francesa, aunque Franco había oficialmente renunciado a su proyecto imperial. Manresa colaboraba francamente entonces con el contraespionaje alemán. El consulado de Orán guardó hasta 1945 su influencia sobre la población local.