2 июля во время атаки дивизии Джонсона на Калпс-Хилл он получил тяжелое ранение в бедро и надолго выбыл из строя. Только в августе 1863 генерал Ли назначил его командиром бригады, которой ранее командовал Уильям Смит (который оставил бригаду и стал губернатором Вирджинии). В том же году Джонс снова был ранен во время сражения при Майн-Ран.