Metaxás pyrki pitämään Kreikan sivussa toisesta maailmansodasta, mutta Benito Mussolinin johtaman Italian joukot hyökkäsivät siitä huolimatta Albanian kautta Kreikkaan lokakuussa 1940. Seuranneessa sodassa kreikkalaiset onnistuivat menestyksekkäästi pitämään pintansa, mikä lisäsi Metaxásin mainetta sotapäällikkönä ja kansallissankarina. Hän ehti kuolemaan luonnollisen kuoleman tammikuussa 1941, kolmisen kuukautta ennen kuin Saksan joukot tulivat italialaisten avuksi ja valloittivat Kreikan.