La República va ser dissolta després de les derrotes de França contra la Segona Coalició a l'agost de 1799, sent ocupada per les tropes del Sacre Imperi Romanogermànic. El 1800 aquestes tropes abandonaren la zona després de la victòria de Napoleó Bonaparte en la Batalla de Marengo, sent restaurada novament la República mitjançant la signatura del Tractat de Lunéville el 9 de febrer de 1801. Per aquest tractat el territori de la República es va estendre a Novara, les terres austríaques del Vèneto i en algunes legacions papals de l'actual regió de Marques.