Az 1994-es és az 1998-as világbajnokságra nem sikerült kijutniuk, azonban némi vigaszt jelentett az 1995-ös Copa América győzelem. Ez volt Francescoli utolsó tornája és ezután lemondta a válogatottságot. Uruguay ezzel a tizennegyedik győzelmét szerezte a Copak történetében, amivel egyenlítette Argentínával szemben a sikerek számában. Az évtized végén még egy ezüstérmet szereztek, miután az 1999-es Copa América döntőjében 3–0-ra kikaptak Brazíliától.