Деятельность Скипитиса была прервана Литвы в июне 1940 года. Опасаясь ареста НКВД, он бежал в нацистскую Германию осенью 1940 года, оставив жену и двух дочерей в Литве, которые были отправлены в Сибирь во время Июньской депортации 1941 года. В Берлине он присоединился к Казису Шкирпе и стал в ноябре 1940 года одним из соучредителей Литовского фронта активистов (LAF). Скипитис был назначен председателем комиссии этой организации по литовцам за рубежом. В апреле 1941 года, когда разрабатывались планы Июньского восстания, Скипитису было зарезервировано место министра иностранных дел во Временном правительстве Литвы. Однако, когда Германия вторглась в СССР в июне 1941 года, Гестапо не позволило ему покинуть Берлин, и он так и не присоединился к восстанию в Литве. В июле 1941 года Скипитис, Эрнестас Галванаускас и Петрас Калвелис обратились к Шкирпе с просьбой закрыть Литовский фронт активистов в Берлине. Шкирпа ответил на это официальным исключением всех троих из рядов своей организации.