Непосредно пре Европског првенства 2004. Никополидис је потписао трогодишњи уговор са Олимпијакосом. У првом дербију против бившег клуба Никополидис није примио гол. Са Олимпијакосом је 2 пута узастопно освојио дуплу круну, и тако постао први грчки фудбалер који је освојио три узастопне дупле круне са два различита тима. Истакао се у мечевима у Лиги шампиона одбранивши пенале против Реала, Роме и Розенборга.