À partir de 1997, Washington impose des sanctions économiques au Soudan, en réaction au soutien présumé du gouvernement à des groupes islamistes. Oussama ben Laden a vécu à Khartoum entre 1992 et 1996. A la suite des attentats de Nairobi et de Dar es-Salaam en 1998, l’aviation américaine bombarde l’usine pharmaceutique d’El Shifa, près de Khartoum, la soupçonnant de produire des armes chimiques, et d'être contrôlée par Ben Laden. Le Soudan se voit placé sur la liste des pays soutenant le terrorisme, puis doit faire face à une série de mesures (interdiction des transferts de technologie, du commerce des pièces détachées, et embargo sur toutes les transactions bancaires internationales en dollars) qui pénalise lourdement le fonctionnement de l’économie soudanaise