Mississippi on hyvin tarkkaan säännelty joki, mutta se on edelleen arvaamaton, ja joskus sen annetaankin tulvia luonnollisesti. Mississippille on rakennettu 29 patoa ja kymmenittäin muita tulvaesteitä, mutta ajoittain suuret tulvat voivat edelleen aiheuttaa suurta vahinkoa. Vuoden 1927 tulva peitti 70 000 km2, ja ainakin 250 ihmistä sai surmansa. Vuoden 1993 tulva aiheutti suurimmat vahingot Yhdysvaltain historiassa. Taloudellisiksi menetyksiksi arvioitiin 15–20 miljardia dollaria, 50 000 kotia tuhoutui tai vahingoittui, ja 62 ihmistä kuoli.