Sein Debüt in der niederländischen Fußballnationalmannschaft gab Jaap Stam am 24. April 1996 beim 0:1 gegen die deutsche Nationalmannschaft in Rotterdam. Bei der Europameisterschaft 2000 verschoss Stam einen Elfmeter im Halbfinale gegen Italien. Seinen Rücktritt von der Nationalmannschaft verkündete er nach der Europameisterschaft 2004. Jaap Stam absolvierte 67 Länderspiele und schoss drei Tore.