Infolge des Bürgerkriegs in Libyen wurde durch die UN eine Flugverbotszone verhängt, in deren Folge Afriqiyah Airways ab Sommer 2011 bis auf Weiteres keine Flüge mehr durchführen konnte. Zeitweise waren alle Maschinen der Afriqiyah Airways an verschiedenen Orten abgestellt. Im Zuge der Kampfhandlungen wurde auf dem Flughafengelände mindestens ein Airbus A320-200 der Gesellschaft beschädigt, der Airbus A300-600, der als Regierungsflugzeug diente, wurde völlig zerstört. Ende 2011 wurde der Flugbetrieb zunächst in kleinem Rahmen wieder aufgenommen.