Johnston s'installe avec sa famille en Irlande en 2004, où il rejoint le Clontarf Cricket Club, et où il gagne sa vie en étant vendeur de tissu. Dès cette année-là, il débute en sélection irlandaise au cours d'une compétition nationale anglaise à laquelle celle-ci participe, le . Il est officiellement le de l'équipe d'Irlande. En juillet de la même année, il est sélectionné avec l'Irlande pour le Championnat d'Europe. Il participe également à la première édition de la Coupe intercontinentale, au cours de laquelle l'Irlande est éliminée au premier tour dans le groupe européen. L'année suivante, il atteint avec l'Irlande la finale du Trophée de l'ICC, perdue face à l'Écosse. Le tournoi offre six places qualificatives pour la Coupe du monde 2007, et l'Irlande réussit ainsi à obtenir sa première participation à la Coupe du monde. En 2005 toujours, Johnston est nommé capitaine de la sélection avant le tour final de la Coupe intercontinentale, disputé en Namibie, succédant ainsi à Jason Molins. L'Irlande fait match nul au cours de sa demi-finale contre les Émirats arabes unis mais se qualifie via un système de points. Elle gagne la finale contre le Kenya, après que Johnston a tenté un coup tactique, effectuant une déclaration dans la première des deux manches alors que l'Irlande a marqué moins de courses que son adversaire. En juin 2006, il dispute le premier match classé «  » (ODI) de l'histoire de l'Irlande, à Stormont contre l'Angleterre.