Λίγο πριν από την Βελούδινη Επανάσταση, στις 14 Αυγούστου 1989, φυλακίστηκε και απελευθερώθηκε μόνο μετά την κατάρρευση του κομμουνιστικού καθεστώτος μέσω μιας προεδρικής αμνηστίας στις 25 Νοεμβρίου 1989. Από τον Δεκέμβριο του 1989 έως τον Απρίλιο του 1990 ήταν ο πρώτος αντιπρόεδρος της κυβέρνησης, από τον Απρίλιο έως τον Ιούνιο του 1990 ο αντιπρόεδρος της Τσεχοσλοβακίας. Ήταν συνιδρυτής και, από τον Φεβρουάριο του 1990, πρόεδρος του Χριστιανοδημοκρατικού Κινήματος της Σλοβακίας. Δεδομένου ότι το Χριστιανοδημοκρατικό Κίνημα ήταν το δεύτερο μεγαλύτερο κόμμα της Σλοβακίας μετά τις σλοβακικές βουλευτικές εκλογές του 1990, ο Τσαρνογκούρσκι έγινε αντιπρόεδρος της Σλοβακίας και τον Ιούνιο του 1990. Μετά το διαχωρισμό του Κινήματος για μια Δημοκρατική Σλοβακία από το κοινό κατά της βίας, δηλαδή από το κόμμα που είχε κερδίσει τις εκλογές του 1990, ο Τσαρνογκούρσκι ανέλαβε τη θέση του πρωθυπουργού της Σλοβακίας τον Απρίλιο του 1991.