Ensimmäisen vallankumoussodan alkuvaiheessa vuonna 1792 Berthier sai kenraalimajurin ("maréchal de camp") arvon ja palveli pohjoisarmeijassa kenraali La Fayetten sekä marsalkka Lucknerin esikuntapäällikkönä, mutta monarkian kukistuttua hänet kutsuttiin reserviin elokuussa 1792. Maaliskuussa 1793 Berthier lähetettiin Länsi-Ranskaan taistelemaan rojalistikapinallisia vastaan, mutta heinäkuussa 1793 yhteishyvän valiokunta määräsi hänet vetäytymään palveluksesta, koska hänen ylhäisen syntyperänsä vuoksi hänen uskollisuuttaan tasavallalle epäiltiin. Hän piileskeli terrorin aikana, mutta maaliskuussa 1795 Lazare Carnot kutsui hänet takaisin palvelukseen prikaatikenraalina. Berthier nimitettiin Ranskan Alppien- ja Italian-armeijan esikuntapäälliköksi ja ylennettiin divisioonakenraaliksi.