Cuando en 1813 Rusia devolvió el control de la Legión Alemana a Prusia, Clausewitz y el resto de los prusianos volvieron a entrar en servicio en su ejército de origen. Sin embargo, la posición de Clausewitz a ojos de la Corte (y especialmente del rey) había quedado muy dañada por su defección, su postura contraria a la oficial y su papel en la redacción y aceptación de la Convención que había forzado al rey a cambiar su política. De modo que, a pesar de ser ascendido a coronel, no logró ningún destino. Afortunadamente, su amigo Gneisenau, ascendido a General y nombrado Jefe de Estado Mayor del Mariscal de Campo Gebhard Leberecht von Blücher, le reclamó como ayudante, posición en la que jugó un papel destacado en las batallas posteriores. Participó en la mastodóntica batalla de Leipzig y se distinguió en la de Lützen, en la que resultó herido tras liderar personalmente varias cargas de caballería. En la misma batalla resultó mortalmente herido su mentor, Scharnhorst, falleciendo unos días después.