W reprezentacji narodowej, Morales zadebiutował 19 października 1924 roku; wystąpił wtedy w meczu przeciwko reprezentacji Urugwaju (porażka 0-5), który był rozgrywany w ramach turnieju Copa América. Wystąpił także w trzech kolejnych meczach tego turnieju, jednak jego reprezentacja nie zajęła miejsca na podium. Był także w składzie reprezentacji Chile w Copa América 1926 (3. miejsce), igrzyskach olimpijskich 1928 i mistrzostwach świata w 1930 roku, na których to rozegrał swój ostatni mecz w reprezentacji narodowej (przegrane spotkanie z Argentyną).