Webern besuchte die Pagenschule in Kassel und trat 1801 als Junker in die hessen-kasselsche Armee ein. Bis Ende September 1805 avancierte er zum Sekondeleutnant. Nach dem Vierter Koalitionskrieg und dem Frieden von Tilsit wurde Hessen-Kassel in das neuerrichtete Königreich Westphalen integriert. Webern trat daraufhin am 3. Dezember 1807 als Sekondeleutnant in das 3. Infanterie-Regiment der Westphälischen Armee ein und nahm mit dem Verband an den Napoleonischen Kriegen auf der Iberischen Halbinsel teil. Bei der Belagerung bei Gerona wurde er schwer verwundet. Nach seiner Gesundung nahm Webern an den Gefechten bei Ponte Major, Esculade sowie Banolas teil und wurde mit dem Orden der Westphälischen Krone ausgezeichnet. Am 10. November 1809 wurde er in Spanien zum Hauptmann im 7. Linien-Regiment befördert.