Michael Olunga est ensuite sélectionné avec l'équipe nationale du Kenya pour participer à la coupe d'Afrique des nations en 2019. Titulaire à la pointe de l'attaque du Kenya lors du tournoi, il participe à tous les matchs de son équipe et se fait remarquer face à la Tanzanie le 27 juin en inscrivant un doublé, contribuant ainsi à la victoire de son équipe (3-2). Avec une victoire et deux défaites les joueurs kényans ne parviennent pas à sortir de la phase de groupe.