Banega won in 2007 met een Argentijnse jeugdselectie het WK 2007 onder 20. In 2008 werd hij met een Argentijnse ploeg olympisch kampioen. Banega debuteerde in 2008 in het Argentijns voetbalelftal. Bondscoach Sergio Batista selecteerde hem drie jaar later voor de Copa América 2011, zijn eerste eindtoernooi. Banega maakte ook deel uit van de Argentijnse ploeg op de Copa América 2015, de Copa América Centenario en het WK 2018.