Après l'attaque de la Pologne par l'Allemagne en , Marusarz a fui via la Hongrie, jusqu'en Grèce, où il a embarqué à bord du navire polonais « SS Varsovie ». Le navire a été torpillé au large de Tobrouk (aujourd'hui en Libye) le . Il a survécu au naufrage et a été sauvé. Par la suite, il a navigué durant la guerre sur plusieurs autres navires polonais, et a pris part à la bataille de l'Atlantique, à Mourmansk, à l'opération Torch en Afrique du Nord (1942), à l'opération Husky en Sicile (1943), à l'opération Avalanche en Italie (1943) et à la bataille de Normandie (1944). Il a reçu neuf récompenses militaires polonaises et britanniques.