Он сражался с силами гугенотов в течение нескольких лет; он участвовал в битве при Арке в 1589 году. В том же году Карл Эммануил стал военным губернатором Парижа, поскольку силы гугенотов во главе с Генрихом Наваррским осадили Париж. Во время осады король Франции Генрих III погиб, и Генрих Наваррский вскоре объявил себя королём Генрихом IV. Карл Эммануил бежал и сражался с недавно провозглашённым королем при Иври в 1590 году, что стало решающим поражением Католической лиги. В том же году он командовал католическими войсками во время осады Парижа, успешно обороняя город.