Советские войска понесли чувствительные потери в плавсоставе Балтийского флота, как в ходе Таллинского перехода, так и в ходе дальнейших бомбардировок Кронштадта. С начала войны и по 3 декабря 1941 года Балтийский флот потерял 1 лидер, 16 эсминцев, 28 подводных лодок, 43 тральщика, 5 сторожевых кораблей, 5 гидрографических судов, 3 минных заградителя, 23 торпедных катера, 25 катеров-охотников, транспортные суда и основное количество из них потеряны во время проведения Ленинградской оборонительной операции. Также Балтийский флот потерял более 10 % от всего личного состава только безвозвратно (9384 человек), а всего потери составили более четверти всего личного состава, или человек. Однако полностью дезорганизовать сопротивление немецким войскам так и не удалось.