Після початку другої світової війни, 23 вересня 1939 року, коли фашистська Німеччина напала на Польщу, під час бомбардування Варшави одна з бомб впала на будинок, де жила сім'я Гьотце. Один з сімох дітей Гьотце був важко поранений в голову. Німецька окупаційна влада частково знищила чи конфіскувала значну частину його ще не розповсюджених видань, що остаточно припинило видавничу діяльність Болеслава. Сім'я Гьотце емігрувала до Німеччини, а потім у 1954 р. переїхала до Канади, де він помер 10 січня 1962 р. у Кітченері . Болеслава Гьотце помер на сімдесят четвертому році життя далеко від батьківщини, не дочекавшись другого видання Біблії, над якою працював багато років.