«Чорноморець» виступав у Вищій лізі до 2001 року. Найвище місце, яке вдалося посісти — шосте, 1997 та 2000, це дозволило клубу виступити в Кубку УЄФА сезону &lt;a href="%D0%9A%D1%83%D0%B1%D0%BE%D0%BA%20%D0%A3%D0%84%D0%A4%D0%90%202001%E2%80%942002"&gt;2001/02&lt;/a&gt;. Однак у першому ж раунді Чорноморець вибила іспанська «Валенсія», результати матчів 0:1, 0:5. Крім того, у першості клуб також виступив невдало, й сезон було завершено на останньому місці.