I conflitti sulle politiche di ʿUthmān portarono al suo omicidio nel 656. ʿAlī, cugino e genero di Maometto, divenne califfo e trasferì la sua capitale da Medina a Kufa. Ben presto incontrò la resistenza di diverse fazioni, specialmente di Muʿāwiya, governatore della Siria, che esigeva giustizia per gli assassini di ʿUthmān. La moglie di Maometto, ʿĀʾisha, e due compagni di Maometto, Ṭalḥa e al-Zubayr, furono coinvolti in questo frangente e il contrasto degenerò in conflitto nella Prima Fitna ("guerra civile"), prolungatosi dal 656 fino al 661. ʿAlī vinse nella battaglia del Cammello del 656 ma la battaglia di Siffin (luglio 657) contro Muʿāwiya fu inconcludente. La posizione di ʿAlī fu indebolita quando per la prima volta accettò un arbitrato, rifiutando però di accettarne il verdetto, che chiedeva sia a lui sia a Muʿāwiya di rinunciare al loro ruolo, perché si scegliesse un nuovo Califfo. Nel 661, i più agitati oppositori dell'arbitrato, i Kharijiti, cercarono di uccidere entrambi i rivali ma, mentre ʿAlī fu ucciso, il tentativo di assassinare Muʿāwiya fallì. Il figlio di ʿAlī, al-Ḥasan (considerato secondo Imam dai futuri sciiti), accettò Muʿāwiya come Califfo in cambio di un lauto appannaggio da destinare ai suoi numerosi seguaci. Questo evento segnò l'inizio della dinastia degli Omayyadi, con la sua capitale a Damasco.