Alaphilippe begon zijn carrière in het veldrijden. Zo werd hij begin 2010 tweede op het wereldkampioenschap, hij moest het in de sprint-à-deux afleggen tegen thuisrijder Tomáš Paprstka. In 2012 en 2013 werd hij nog wel Frans beloftenkampioen, en eind 2012 werd hij derde op het Europees kampioenschap, toch koos Alaphilippe voor de weg.