Bergoglio pflegte als Erzbischof gute Beziehungen zur jüdischen Gemeinschaft in Argentinien. Nach Bombenanschlägen auf das Gebäude der "Asociación Mutual Israelita Argentina" (AMIA) 1994 unterzeichnete er als Erster eine Petition, die den Anschlag verurteilte und forderte, die Täter zur Verantwortung zu ziehen. Er nahm 2007 an den Feiern zum jüdischen Fest Rosch ha-Schana teil. Er erlaubte der argentinischen Abteilung der jüdischen Organisation B’nai B’rith, ihre jährliche Gedenkfeier zur „Reichskristallnacht“ 1938 und zum Holocaust in katholischen Kirchen der Erzdiözese Buenos Aires abzuhalten. Bergoglio nahm wiederholt an diesen Feiern teil und trat am 12. November 2012 in der Kathedrale von Buenos Aires als Hauptredner dabei auf.