I foråret 1862 under Peninsula kampagnen rykkede unionshæren Army of the Potomac under general George B. McClellan frem mod Richmond ad Virginiahalvøen fra Fort Monroe og nåede til sidst den østlige udkant af Konføderationens hovedstad ved Chickahominy floden. Efter at general Joseph E. Johnston var blevet såret i Slaget ved Seven Pines den 1. juni 1862, overtog Lee kommandoen over Army of Northern Virginia, hans første chance for at lede en hær i felten. Samtidige avisledere gjorde ophævelser over hans udnævnelse på grund af bekymringer om, at han ikke ville være tilstrækkelig aggressiv og ville vente på, at unionshæren kom til ham. I begyndelsen af krigen kaldte hans mænd ham for "bedstemor" Lee på grund af hans påstået forsigtige lederstil. Efter Syv dages slaget og indtil slutningen af krigen kaldte hans mænd ham blot "Marse Robert" (Marse er slang for Master). Han førte opsyn med en betydelig forstærkning af Richmonds forsvarsværker i de første tre uger af juni og iværksatte derefter en række angreb, Syv dages slaget, mod McClellans styrker. Lees angreb resulterede i store tab for Sydstaterne, og de var skæmmet af klodsede, taktiske præstationer af hans underordnede, men hans aggressive handlinger fik McClellan til at miste modet, og han trak sig tilbage langs James River til dér, hvor Unionens flåde havde kontrollen. Lees succes førte til en hurtig ændring af den offentlige mening, og avisernes ledere ændrede hurtigt mening om Lees aggressivitet.