W czasie wojny, w latach 1939–1945, Rotary w Polsce nie miało możliwości działania, gdyż wszystkie formy polskich organizacji społecznych były przez okupanta niemieckiego zakazane, zresztą także i w Niemczech ruch rotariański był w czasach nazistowskich formalnie wyjęty spod prawa. Po zakończeniu wojny podjęte zostały próby w kierunku reaktywacji klubów, spotkało się to jednak z represjami ze strony reżimu komunistycznego i spowodowało zaniechanie wszelkich kroków w tym kierunku. Ideologia ruchu rotariańskiego pozostawała bowiem w jaskrawej sprzeczności z ideologią komunistyczną. Ruch wywodzący się ze środowisk inteligencji i przedsiębiorców uznany został za klasowo obcy. Hasło solidarności rotariańskiej pozostawało w sprzeczności z ideą walki klas, a zasada rozwijania współpracy międzynarodowej uznana została za przejętą z ideologii „zgniłego Zachodu”. Rozpowszechniany był także pogląd, jakoby organizacja rotariańska miała charakter paramasoński.