Salió de su retiro para la Guerra de la Quinta Coalición, Jelačić tomó el mando de una división de infantería en el VI Armeekorps de Johann von Hiller. Originalmente, la división incluía dos brigadas de infantería de línea al mando de Konstantin von Ettingshausen y Josef Hoffmeister von Hoffeneck. Al estallar la guerra, la brigada de Hoffmeister fue cambiada por la brigada ligera de Karl Dollmayer von Provenchères. La división se separó del VI Armeekorps y fue enviada a Múnich con órdenes de ocupar la ciudad. Después de las derrotas austríacas en las batallas de Abensberg, Landshut y Eckmühl del 20 al 22 de abril de 1809, Hiller se retiró rápidamente al este y Jelačić recibió la orden de regresar a Salzburgo.