Первой для Пономарёва командировкой и первой «горячей точкой», где он побывал, стал город Беслан (Северная Осетия), где 1 сентября 2004 года чеченские террористы захватили заложников в школе № 1. В 2005 за серию снимков с захвата террористами школы в Беслане Сергей занял первое место в категории News Picture Story на конкурсе Atlanta Photojournalism Seminar.