Згодом у 1948—1950 роках, а також у 1956 році Артуро Фернандес очолював збірну Перу. Під його керівництвом команда стала бронзовим призером Чемпіонату Південної Америки 1949 року в Бразилії та учасником чемпіонату Південної Америки 1956 року в Уругваї, зайнявши там останнє шосте місце.