W reprezentacji Szwajcarii Hakan Yakin zadebiutował 19 lutego 2000 roku w meczu przeciwko Omanowi. W 2004 wystąpił z reprezentacją Jakoba Kuhna na Mistrzostwach Europy w Portugalii, z których jego drużyna odpadła po fazie grupowej. W 2006 Yakin znalazł się w składzie na Mistrzostwa Świata za kontuzjowanego Johana Vonlanthena. Na turnieju w Niemczech zadebiutował w drugiej połowie drugiego meczu grupowego z Togo. Yakin awansował z reprezentacją do drugiej rundy, zaś w 1/8 finału wystąpił w meczu z Ukrainą, przegranym po rzutach karnych 0:3. Do tej pory Hakan Yakin rozegrał w reprezentacji Szwajcarii 53 mecze i zdobył 16 bramek. Jego starszy brat Murat Yakin jest obecnie trenerem piłkarskim, a niegdyś był reprezentantem Szwajcarii i czołowym zawodnikiem w swoim kraju.