I VM på hemmaplan i Lahtis 2001 lyckades inte Ahonen vinna nya guldmedaljer, med vann två silvermedaljer i lagtävlingarna (2 poäng efter Österrike i K90-backen och 39,6 poäng efter Tyskland i stora backen - K116). han tog också en bronsmedalj i den individuella tävlingen i stora backen, efter Martin Schmitt, Tyskland och Adam Małysz, Polen. I VM i Val di Fiemme 2003 vann han igen en guldmedalj i laghoppningen, före Japan. I VM i Oberstdorf 2005 tog Janne Ahonen medalj i 3 tävlingar. Han vann i stora backen före Roar Ljøkelsøy, Norge, tog silver i lagtävlingen i stora backen (14,4 poäng efter Österrike) och vann en bronsmedalj i normalbacken.