Nach dem Ende der &lt;a href="WHL%201996/97"&gt;WHL-Saison 1996/97&lt;/a&gt; wechselte der Kanadier in den Profibereich und machte dort bei den Springfield Falcons, dem Farmteam der Coyotes, in der American Hockey League erste Versuche dort Fuß zu fassen. In der &lt;a href="NHL%201997/98"&gt;Spielzeit 1997/98&lt;/a&gt; erarbeitete sich der Rookie einen Stammplatz im Kader Phoenix’ und absolvierte insgesamt 66 Partien. Sein zweites NHL-Jahr verlief weniger positiv, da Isbister immer wieder von Verletzungen zurückgeworfen wurde und er so nur 32 Spiele für die Coyotes bestritt. Im März 1999 trennten sie sich dann von ihrem Talent und transferierten es mit einem Drittrunden-Wahlrecht im NHL Entry Draft 1999 zu den New York Islanders. Diese gaben den Tschechen Robert Reichel und jeweils ein Dritt- und Viertrunden-Wahlrecht im selben Draft nach Phoenix ab.