К 1940 году в Куктауне осталось мало следов «золотой лихорадки» конца XIX века. Во время Второй мировой войны рядом с городом была расположена военная база. На ней размещались 20 000 австралийских и американских военнослужащих, участвовавших в боевых действиях на Тихом океане и Новой Гвинеи. Аэропорт Куктауна сыграл важную роль во время сражения в Коралловом море, в ходе которого было остановлено продвижение японских войск на австралийские территории.