Il 4 aprile 1799 decise di trasferirsi a Milano dove entrò negli uffici ministeriali della nuova repubblica, ma venne poco dopo costretto ad emigrare in Francia con il ritorno degli austriaci. Da Parigi passò a Bruxelles, Leida ed Amsterdam dove ebbe inizio la sua passione per le antichità. Dopo la Battaglia di Marengo poté fare ritorno a Milano dove cercò senza riuscirvi di ottenere le proprietà che a Brescia gli erano state sequestrate. Abbandonata ormai definitivamente l'attività giornalistica e rivoluzionaria, il 3 agosto 1800 venne nominato segretario del dipartimento del Mella per poi fare ritorno a Brescia poco dopo e sposarsi con Teresa Pellegrini, dalla quale ebbe poi undici figli. Nel 1802 venne rieletto alla carica di delegato del dipartimento del Mella a cui si aggiunse quello del Mincio e del Serio, divenendo dal 1804 anche segretario della prefettura dell'Adige. Il 12 giugno 1805 tornò a Brescia per accogliere Napoleone alla sua nomina a re d'Italia, dal quale venne riportato a Milano come capo della divisione dell'intendenza generale per i beni della Corona.