Несмотря на то, что в преддрафтовых рейтингах Натан занимал второе место (после американского защитника Сета Джонса), успешная игра хоккеиста в Мемориальном Кубке поспособствовала тому, что именно Маккиннон был выбран под общим первым номером на драфте НХЛ 2013 года командой «Колорадо Эвеланш».