Bedoya kwam 49 keer (vier doelpunten) uit voor de nationale ploeg van Colombia in de periode 2000–2009. Hij maakte zijn debuut op zaterdag 12 februari 2000 in de Gold Cup-groepswedstrijd tegen Jamaica (1-0), net als Gonzalo Martínez. Hij won in 2001 met Colombia voor eigen publiek het toernooi om de Copa América.