Gli anni trenta ha visto un calo nelle prestazioni del Polonia, con la squadra retrocessa dalla Liga per la prima volta al termine della stagione 1932 e successivamente anche nel 1935. Quest'ultima stagione è stata una delle peggiori del club, avendo conquistato solo otto punti e perso 15 delle 20 partite di campionato. Una delle bandiere del Polonia Varsavia di quegli anni, Władysław Szczepaniak, rappresentò la nazionale polacca sia ai giochi olimpici di Berlino 1936 sia al campionato mondiale 1938. Nel 1937 vinse il campionato locale di Varsavia superando anche i rivali del e tornando nella Liga. Dopo un quarto posto conquistato nella Liga 1938, il Polonia Varsavia occupava la settima posizione nella Liga 1939 quando il campionato venne interrotto a causa dell'invasione della Polonia che diede inizio alla seconda guerra mondiale. Nel corso della guerra con l'occupazione nazista tutte le attività sportive vennero proibite ai polacchi, sebbene partite di calcio clandestine vennero disputate, lo stadio del Polonia Varsavia fu teatro di tragici eventi e alcuni dei tesserati morirono nei campi di concentramento, in rappresaglie e durante la rivolta di Varsavia. Nel 1945, con la guerra terminata e con la nascita della Repubblica Popolare di Polonia, il club riprese le attività con la nuova denominazione MKS Polonia Warszawa ("Milicyjny Klub Sportowy Polonia Warszawa"), successivamente mutata in KS Polonia ("Klub Sportowy Polonia"). Nonostante la perdita di molti calciatori e l'inagibilità del proprio terreno di gioco, nel 1946 il club vinse un'edizione non ufficiale del campionato polacco, disputato in forma di coppa, risultando essere la prima competizione nazionale vinta dal Polonia Varsavia.