Sotto la gestione di Sven-Göran Eriksson Heskey ha fatto parte della selezione per i Mondiali 2002 in Corea del Sud e Giappone, dove ha disputato da titolare tutte e 5 le partite dell'Inghilterra segnando la rete del definitivo 3-0 negli ottavi di finale contro la Danimarca, e per gli Europei 2004, nei quali ha disputato una sola partita.