2011年、ハフタルはカダフィ政権打倒の武装蜂起を支援するため、リビアに帰還した。3月には、軍部のスポークスパーソンが、ハフタルが軍司令官に任命されたと発表したが、暫定政府であるリビア国民評議会はこれを否定した。4月には、が軍の最高司令官の地位に就き、がユーニスの参謀長となり、ハフタルは陸軍司令官として軍のナンバー3の地位を得て、中将となった。ユーニスは、同年夏に暗殺された。