O'Neill, El-Kaide örgütü hakkındaki detaylı çalışmalarına 1993 Dünya Ticaret Merkezi saldırısı ile başladı. Bu eylemin faili ve aynı zamanda lider planlayıcısı olan Remzi Yusuf'un yakalanmasına yardımcı oldu. Fakat, O'Neill sonradan yaptığı araştırmalarında Remzi Yusuf'un El-Kaide Militanı olduğu ve El-Kaide'nin liderinin Usame bin Ladin olduğununu ortaya çıkarttı. O'Neill, 1996 yılında Suudi Arabistan'daki El-Huber Kuleleri saldırısı ve 2000 yılında Yemen'deki USS Cole saldırısına ilişkin araştırma görevinde bulundu. Dünya Ticaret Merkezi güvenliğinin şefi olmak için FBI'dan ayrıldı. 11 Eylül saldırılarında 49 yaşındayken hayatını kaybetti.