A 2009-es idényt szintén a BMW Sauber csapat pilótájaként kezdte meg. A szezonnyitó ausztrál nagydíj időmérőjén a 4. rajtpozíciót szerezte meg. A verseny jelentős részében a 3–4. helyen haladt. A futam záró szakaszában az élen haladó Button és Vettel belassulása miatt győzelmi esélyei voltak, azonban három körrel a leintés előtt előzés közben összeütközött Vettellel, és mindketten feladni kényszerültek a versenyt. A maláj nagydíj időmérőjét a 8. helyen zárta, azonban Barrichello és Vettel rajtbüntetése miatt a versenyt hatodikként kezdhette meg. A futam második körében BMW-je motorja kigyulladt, így a versenyt feladni kényszerült. Kínában nem sikerült az időmérő edzés második szakaszába bejutnia, a versenyt a 17. helyről kezdhette meg, de csak a boxutcából indult a mezőny után. A mindvégig esős verseny egy pontján a vizes aszfalton felúszott az autója, és hátulról nekiütközött Trullinak, akinek fel kellett adnia a versenyt. Kubica végül tizenharmadikként ért célba – az idény során első alkalommal sikerült versenyt befejeznie. A bahreini nagydíjon a BMW Sauber egyáltalán nem volt versenyképes. Kubica az időmérőn 13. lett, a versenyen rajt után nem sokkal csapattársa, Nick Heidfeld nekiütközött, ezután mindkettejüknek ki kellett jönnie a boxba új első vezetőszárnyért, így a mezőny legvégére kerültek. Innen sem sikerült előrébb kerülniük. Kubica körhátrányban, 18. helyen zárta a futamot.