Koncem dubna 2019 podal na vlastní žádost demisi ministr spravedlnosti za ANO Jan Kněžínek. Babiš na jeho místo nominoval Marii Benešovou, která post ministryně spravedlnosti zastávala i ve vládě Jiřího Rusnoka. Obavy z možných dopadů výměny ministrů na vývoj kauzy Čapí hnízdo vyvolaly další protesty veřejnosti, organizované především spolkem Milion chvilek. Ty ještě zesílily na počátku června, kdy byly zveřejněny předběžné výsledky dvou auditů Evropské unie, podle kterých Babiš i po převodu akcií Agrofertu do svěřenských fondů zůstal v konfliktu zájmů a Agrofert proto nebyl oprávněn čerpat evropské dotace. Demonstrace na pražské Letenské pláni 23. června 2019 se zúčastnilo přibližně 250 tisíc lidí, čímž se stala největší v české historii od revolučních shromáždění z 25. a 26. listopadu 1989.