Ján sa narodil okolo roku 1370 ako jediný syn byzantského cisára Andronika IV. a bulharskej princeznej Kerace. Už počas detstva bol spolu so svojim otcom čiastočne oslepený Jánom V. Po Andronikovej smrti v roku 1385 sa jediným vládcom Byzantskej ríše stal Ján V. Andronikov syn získal do správy len mesto Selymbria (Silivri), čo ešte viac umocnilo jeho odpor voči cisárovi. Zosnoval preto plán a v apríli 1390 sa s pomocou Osmanov a Janovčanov zmocnil vlády v Konštantínopole. Už v septembri toho istého roku bol však zvrhnutý svojim príbuzným Manuelom, ktorý na trón znovu dosadil svojho otca Jána V. Po tom, čo sa Manuel o rok neskôr stal novým cisárom došlo medzi nimi k zmiereniu. Keď následne Manuel v roku 1399 odišiel do Európy hľadať pomoc proti Turkom, menoval Jána za svojho regenta a odovzdal mu obranu Konštantínopola. Mesto čoskoro obľahli vojská sultána Bajazida I. V roku 1402 však boli Turci pri Ankare porazení Tímúrom a ich moc bola oslabená natoľko, že súhlasili s uzavretím mieru (1403). Zmluvu vyjednal Ján, ktorému následne po Manuelovom návrate pripadla správa znovunadobudnutého Solúna a Thesálie. Zomrel v roku 1408 krátko po tom, čo zomrel aj jeho syn.