Geert Winther blev født 20. november 1813 i Hundslund ved Horsens og var søn af sognepræst Peter Winther (1764-1816) og Margrete f. Rasmussen. Han optoges 1825 i sin morbroder birkedommer Chr. Rasmussens hus på Vilhelmsborg og blev 1833 student fra Århus Skole. Han tog 1840 teologisk eksamen og 1844 magisterkonferens samt 1846 magistergraden med en afhandling om realskoler. Fra 1854 bar han titlen dr.phil. I årene 1835-45 ernærede han sig ved at forberede folk til studentereksamen. 1847 rejste han udenlands og opholdt sig i Paris under Februarrevolutionen; han kom samme år hjem og valgtes til den grundlovgivende rigsforsamling i Århus Amts 1. kreds imod J.P. Holst. Han blev senere i samme kreds uafbrudt valgt til Folketinget, som oftest uden medbejler, lige indtil 1884, da han vragedes for sønnen af hans gamle kampfælle Lars Bjørnbak. Endvidere valgtes han her 1864-66 til Rigsrådets Folketing og sad 1856-63 i Rigsrådet som valgt af folketingsmænd. Han sluttede sig straks til Venstre og særlig til A.F. Tscherning, gjaldt indtil 1866 som dennes politiske adjudant og var den egentlige leder for den gruppe af jyske bondevenner, der samledes om Tscherning. Efter at denne 1866 havde trukket sig tilbage fra det politiske liv, vedblev Winther at være gruppens leder, forbandt sig 1868 med sin gamle modstander J.A. Hansen og hans tilhængere til Det folkelige Venstre og gik også 1870 med til dannelsen af Det forenede Venstre; men allerede et års tid efter kom han på kant med partiets førere og trak sig tilbage fra partiet. Han stod i den følgende tid næsten ene i tinget eller kun med en ganske lille trop, af hvilken Søren Kjær var den vigtigste deltager.