Vanaf 1847 begon met onderbrekingen een bijna veertig jaar durende restauratie. In 1861 werd de proosdij verheven in de rang van abdij. Als straf voor de deelname van de kanunniken aan de januariopstand in 1863 tegen Rusland werd het klooster, net als alle andere kloosters in het door de Russen geannexeerde deel van Polen, geconfisqueerd. Na een moeilijke periode tijdens de communistische jaren worden in de kerk onafgebroken renovaties uitgevoerd. De uit de 15e eeuw stammende gotische kerkvensters, de kapellen en de inrichting werden net als het koorgestoelte gerestaureerd. Ook de muren van de kerk en de kloosterbibliotheek maakten deel uit van de herstelwerkzaamheden.