С начала нового сезона тренер «Ротора» Георгий Ярцев стал подключать Алдонина к тренировкам основной команды. 30 апреля 2000 года он дебютировал в чемпионате России, выйдя на поле на 82-й минуте матча против «Крыльев Советов». 13 мая игрок впервые вышел на поле в стартовом составе. По ходу сезона у волгоградского клуба сменился тренер. Новый наставник «Ротора» Евгений Кучеревский заявил, что должно пройти определённое время пока Алдонин полностью адаптируется и почувствует себя игроком первой команды. В основном, Алдонин выходил на поле на позицию крайнего полузащитника. Несмотря на то, что он уже проводил матчи в высшем дивизионе, он ещё играл и за вторую команду «Ротора». За основной состав клуба в сезоне 2000 сыграл 12 матчей. Перед началом сезона 2001 главным тренером «сине-голубых» стал Павел Гусев, который перевёл Алдонина на позицию опорного полузащитника и сделал его важным игроком основного состава, о чём говорит статистика: 29 матчей в чемпионате из 30 возможных. Он стал призываться в молодёжную сборную России, а журналисты назвали игру Алдонина «блистательной».