Nel periodo del Direttorio Josèphine de Beauharnais, che teneva un salotto a Parigi, conobbe il giovane generale Napoleone Bonaparte, con il quale si sposò il 9 marzo 1796, a Parigi. Bonaparte prese Eugène come proprio aiutante di campo e lo portò con sé in Egitto, dove Eugène assistette alla battaglia terrestre di Abukir. Il colpo di Stato del 18 brumaio, con il quale Napoleone divenne console, lanciò pure Eugène – ormai giovane ufficiale – nel gran mondo. Eugène era a Marengo e, con la proclamazione dell'Impero, il 18 maggio 1804, fu nominato grand'ufficiale della Legion d'onore, generale di brigata e colonnello generale dei cacciatori della guardia. Napoleone aveva estrema fiducia in lui e si appoggiava al Beauharnais, il cui motto era «"Honneur et Fidélité"» (onore e fedeltà).