Het tribunaal is voor zijn financiering afhankelijk van vrijwillige donaties, veelal afkomstig van VN-leden. Vooral Japan is een belangrijke geldschieter. Doordat dit land in 2011 te kampen kreeg met de tsunamiramp en daardoor geld nodig had voor de wederopbouw, en Europese landen getroffen werden door de schuldencrisis, liepen de inkomsten drastisch terug. Eind 2012 meldde co-hoofdaanklager Andrew Cayley dat het hof bijna failliet was, en deed hij een beroep op de Britse regering voor meer steun.