Kun Demokraattinen Kamputsea ajautui 1978 sotaan entisen liittolaisensa Vietnamin kanssa, Ieng Sary pyrki parantamaan maan suhteita ulkomaihin. Vietnamin joukot onnistuivat jo tammikuussa 1979 kaatamaan Demokraattisen Kamputsean hallinnon. Samana vuonna Phnom Penhissä järjestetyssä näytösoikeudenkäynnissä muun muassa Ieng Sary ja Pol Pot tuomittiin poissaolevina kuolemaan. Ieng Sary oli karannut Thaimaan puolelle, missä jatkoi punaisten khmerien ulkoministerinä. Hän muun muassa organisoi vuodesta 1982 alkaen kiinalaisia asekuljetuksia punaisten khmerien tukikohtiin. Hän oli myös edelleen Demokraattisen Kamputsean maanpaossa olevan hallituksen virallinen edustaja YK:ssa.