Efter spelarkarriären tog Wouters 1996 över som assisterande tränare i Utrecht, innan han 1997 fick jobb som ungdomstränare i Ajax. I december 1998 tog han över Ajax A-lag och vann senare under säsongen den holländska cupen. Han stannade i Ajax fram till mars 2000, och har sedan 2001 varit assisterande tränare i Glasgow Rangers. Under EM 2004 var han assisterande förbundskapten i holländska landslaget. Wouters blev assisterande tränare i PSV Eindhoven 2006. Han var huvudtränare mellan 1 november 2007 och 1 januari 2008 där, när Ronald Koeman lämnade PSV för Valencia. Sedan dess var Wouters assisterande tränare igen, först med Sef Vergoossen som huvudtränare och från och med säsongen 2008-2009 med Huub Stevens.