Die erste Indienststellung der "Pfeil" erfolgte aufgrund des ausgebrochenen Deutsch-Dänischen Krieges am 11. Februar 1864. Das Kanonenboot trat zur I. Flottillen-Division und nahm am 17. März am Seegefecht bei Jasmund gegen dänische Kriegsschiffe teil. An einem weiteren Vorstoß am 6. Mai, der zu keiner Gefechtsberührung führte, war das Schiff ebenfalls beteiligt. Nach einer Umorganisation der Kanonenbootsverbände wurde die "Pfeil" wahrscheinlich zum Flaggschiff der I. Flottillen-Division, jedoch ist dies nicht zweifelsfrei belegbar. Nach der am 13. Oktober erfolgten Außerdienststellung wurde das Schiff erneut auf dem Dänholm eingemottet.