Сезон 2002 року Алдонін також провів на хорошому рівні і увійшов до списку 33 найкращих гравців чемпіонату. У серпні Валерій Газзаєв вперше викликав молодого півзахисника в основну збірну країни. 17 березня 2002 року він забив свій перший м'яч у професійній кар'єрі, відзначившись у матчі проти саратовського «Сокола» й приніс «Ротору» перемогу з рахунком 2:1. Алдонін став ключовим гравцем «Ротора» і декілька клубів зробили покупку Євгена своєю трансферною метою. За словами тренера «Ротора» Володимира Салькова президент «синьо-блакитних» Володимир Горюнов «зробив все можливе, щоб утримати в команді півзахисника». Наступний сезон став останнім для Алдоніна в «Роторі». За його підсумками він вдруге поспіль був включений в список 33 найкращих футболістів РФПЛ. У чемпіонаті півзахисник зіграв 29 матчів і забив 1 м'яч, яким він відзначився у грі з ярославським «Шинником». У тому ж матчі Євген забив м'яч у ворота власної команди. Під час сезону висловлювалися думки про те, що Алдонін переріс рівень «Ротора», а після поразки «синьо-блакитних» у передостанньому матчі сезону проти ЦСКА, вболівальники московської команди викрикували з трибун підбадьорливі слова на адресу півзахисника і звали його в свій клуб. У листопаді з'явилася інформація про попередню угоду між «Ротором» і ЦСКА про перехід півзахисника в стан «армійців», а наприкінці року Євген офіційно перейшов в московську команду, підписавши контракт з «армійцями» на 4 роки. У підсумку, за «синьо-блакитних» півзахисник провів 102 матчі і забив 7 м'ячів у всіх турнірах.