W okresie okupacji niemieckiej 1939–1945 powiat wchodził w skład rejencji bydgoskiej w okręgu Gdańsk-Prusy Zachodnie. Liczba mieszkańców wynosiła ok. 60 tys. Szczeblem pośrednim były tzw. urzędy obwodowe: Bydgoszcz-wieś, Dobrcz, Koronowo-wieś, Mąkowarsko, Nowa Wieś Wielka, Sicienko, Solec-wieś, Wierzchucin, Wtelno i Żołędowo. Odrębny status zachowały miasta: Koronowo, Solec Kujawski i Fordon. Powiat dzielił się na 114 gmin. W powiecie obowiązywały restrykcyjne przepisy wydane przez gauleitera Alberta Forstera. Już w październiku 1939 wprowadzono nakaz używania włącznie języka niemieckiego, także w kościołach i nabożeństwach oraz usunięcia polskich napisów z przestrzeni publicznej, nawet z nagrobków. Polskie przedsiębiorstwa i majątki konfiskował na rzecz III Rzeszy Główny Urząd Powierniczy-Wschód z ekspozyturą w Bydgoszczy. Wiele przedsiębiorstw przestawiono na produkcję wojenną, a 75% polskich zakładów handlowych i rzemieślniczych zlikwidowano. W latach 1939–1943 dokonano licznych wysiedleń Polaków z gospodarstw rolnych, bądź domów i mieszkań do Generalnego Gubernatorstwa. Na ich miejsce osiedlano Niemców z Wołynia, krajów nadbałtyckich i Besarabii. W marcu 1941 wprowadzono niemiecką listę narodowościową (niem. "Volksliste"), która służyć miała zniemczeniu ludności polskiej oraz zasileniu Wehrmachtu nowymi rekrutami. Od 1942 Polaków zmuszano do wpisywania się na listę pod groźbą wysiedlenia, a także umieszczenia w obozie koncentracyjnym.