Высокая боевая готовность Черноморского флота сорвала попытки вывести из строя его основные силы в первые же дни войны. В ночь на 22 июня силами ПВО флота был отражён налёт на главную базу бомбардировщиков люфтваффе, так как подход самолетов был своевременно обнаружен радиолокационной станцией крейсера «Молотов». Авиация Черноморского флота нанесла ответные удары по Констанце, Сулину, Плоешти. Со стороны Германии на начальном этапе участвовала авиация; по мере продвижения частей вермахта появился и германский флот (малые подводные лодки, торпедные катера, , быстроходные десантные баржи). Активно действовал румынский флот (минные постановки и так далее). Начиная с весны 1942 года к ним присоединился и итальянский флот — на Чёрное море были переброшены , (впрочем последние в ходе войны на Чёрном море никак себя не проявили) и 6 сверхмалых подводных лодок. Болгарские ВМС в боевых действиях не участвовали и за линии оборонительных минных заграждений не выходили.