Gegenüber seinen Schülern und Mitarbeitern verhielt sich Pasteur autoritär, und er galt als völlig humorlos. Sein Labor führte er wie ein Familienvater, wobei er darauf achtete, dass seine Angestellten auch verwandtschaftlich verbunden waren. Obwohl Pasteur in seiner Jugend kurzfristig an der Februarrevolution von 1848 teilgenommen hatte, war seine spätere politische Haltung konservativ bis reaktionär. Louis Napoleons Staatsstreich von 1851 begrüßte er und suchte engen Kontakt zum Kaiser. Auch nach dessen Abdankung verschwieg er nicht, wie sehr er ihm verpflichtet gewesen war. 1875 kandidierte Pasteur für die Konservativen für einen Sitz im Senat für seine Heimatstadt Arbois, scheiterte aber weit abgeschlagen, weil er als Bonapartist galt. Abgesehen von diesem Ausflug in die Politik lebte Pasteur ausschließlich für die Wissenschaft, verfolgte auch keine Hobbys; in seiner Pariser Zeit verließ er nur selten das Quartier Latin, wo die für ihn wesentlichen Wissenschaftsinstitutionen lagen.