EM 2004 blev om muligt en endnu større skuffelse for "støvlelandet" og Totti. Første kamp stod mod Danmark og Totti lagde faktisk flot ud med blandt andet at teste målmand Thomas Sørensen på et frispark fra omkring 30-40 meters afstand. Kampen endte dog 0-0. Efter kampen offentliggjorde UEFA dog billeder optaget af en norsk journalist. Billederne viste Totti der spyttede efter den danske midtbanespiller Christian Poulsen. UEFA idømte Totti en karantæne på tre spilledage og efter som at Italien, uden Totti, ikke formåede at kvalificere sig til knock-out-kampene, kom Totti ikke i yderligere aktion ved det EM.