В 2012 году Пекерман возглавил сборную Колумбии. Под его руководством команда впервые за шестнадцать лет квалифицировалась на чемпионат мира, а на самом «мундиале» добилась лучшего результата в своей истории, выйдя в четвертьфинал. На групповом этапе ЧМ-2014 колумбийцы смогли добиться максимального результата, одержав победы во всех трёх матчах, а в 1/8 финала выбили из турнира сборную Уругвая. Лишь в четвертьфинале подопечных Пекермана остановили хозяева турнира бразильцы. На следующий год в Кубке Америки сборная Колумбии проиграла в четвертьфинале по пенальти сборной Аргентины. На Кубке Америки 2016 колумбийцы сумели завоевать бронзовые медали. На ЧМ-2018 сборная Колумбии вышла из группы с 1-го места, но в 1/8 финала, попав на родоначальников футбола, проиграла по пенальти.