Seine Profikarriere begann Seitaridis bei dem griechischen Verein PAS Ioannina, in dessen Jugendabteilungen er schon zuvor spielte. Im Sommer 2001 wechselte er zum griechischen Top-Verein Panathinaikos Athen. Dort reifte er, nicht zuletzt aufgrund seiner Auftritte in der Champions League, zu einem Weltklasse-Verteidiger, und zeigte dies auch bei der Europameisterschaft 2004 in Portugal, bei der er mit Griechenland den Titel gewann. Er spielte in allen Partien der Griechen durch und bekam im gewonnenen Finale die gelbe Karte.