Während der Novemberpogrome 1938 hielt sich Moritz Rülf in Frankfurt auf. Er wurde erneut verhaftet und deportiert, vermutlich in das KZ Dachau. Obwohl er sich weigerte, eine Erklärung zu unterschreiben, dass er das Land verlässt, wurde er nach mehreren Wochen freigelassen. 1942 verlieren sich die Spuren Rülfs und seiner Frau. Während ihre drei Kinder Herbert, Karoline Hanna und Erich in den 1930er Jahren nach Palästina emigrierten, blieben Moritz und Erika Rülf bis zum Schluss in Deutschland. Moritz Rülf und die Kinder des von ihm geleiteten Kinderheims wurden am 20. Juli 1942 nach Minsk deportiert und direkt nach Ankunft in einem Wald bei Maly Trostinez am 24. Juli 1942 erschossen.