По выходу в отставку, И. С. Коперницкий был назначен в 1857 году и.д. прозектора анатомии в университете св. Владимира и в 1858 утвержден в этой должности. В 1863 году уволен по прошению от службы при университете. Во время восстания 1863 года командовал с марта по поздней осени командовал отрядом мятежников в Калишком уезде затем бежал во Львов.