A mediados de junio de 1940, cuando la atención internacional se centró en la Invasión alemana de Francia, las tropas soviéticas del NKVD allanaron puestos fronterizos en los países bálticos. Stalin afirmó que se habían violado los tratados de asistencia mutua y dio ultimatums de seis horas para que se formaran nuevos gobiernos en cada país, incluidas listas de personas para puestos en el gabinete proporcionados por el Kremlin. Posteriormente, las administraciones estatales fueron reemplazadas por cuadros soviéticos, seguidas de controles masivos en la que 34.250 letones, 75.000 lituanos y casi 60.000 estonios fueron deportados o asesinados. Las elecciones para el parlamento y otras oficinas se llevaron a cabo con candidatos únicos en la lista, cuyos resultados oficiales mostraron la aprobación de los candidatos pro-soviéticos por el 92.8 por ciento de los votantes de Estonia, el 97.6 por ciento de los votantes en Letonia y el 99.2 por ciento de los votantes en Lituania. Las asambleas populares resultantes solicitaron inmediatamente la admisión en la URSS, que fue concedida. A fines de junio de 1940, Stalin dirigió la anexión soviética de Besarabia y el norte de Bukovina, proclamando que este territorio anteriormente rumano formaría parte de la RSS de Moldavia. Pero al anexar el norte de Bukovina, Stalin había ido un poco más allá de los límites acordados del protocolo secreto.