Le séjour de Filippo Terzi à Rome fut bref. En , il s'installe à Lisbonne à l'invitation du roi Sébastien. En 1578, il accompagne le roi dans l'expédition d'Afrique qui s'est terminée le à la bataille d'Alcácer-Quibir (Ksar el-Kébir) où le roi est tué et Terzi est fait prisonnier. Henri devient roi du Portugal et paie les rançons des prisonniers. Terzi revient à Lisbonne.