Историчари га сматрају једном од најмрачнијих личности у нацистичкој врхушци; Адолф Хитлер га је назвао „човеком са гвозденим срцем“. Био је оснивач и шеф Зихерхајтдинста (СД), обавештајне организације која је била задужена за проналажење и неутрализацију отпора Нацистичкој партији помоћу хапшења, депортација и убистава. Учествовао је у организацији Кристалне ноћи, серије координисаних напада на Јевреје широм нацистичке Немачке и делова Аустрије између 9. и 10. новембра. Напади, које су извели СА јуришници и цивили, били су увертира за Холокауст. По доласку у Праг, Хајдрих је покушавао да елиминише опозицију нацистичкој окупацији сузбијајући чешку културу и депортујући и убијајући чланове чешког покрета отпора.