Im Hesychasmus-Streit stand Helena Kantakuzene im Gegensatz zu ihrem Vater auf der Seite der Palamiten. Als 1352 erneut ein Machtkampf zwischen Johannes V. und Johannes VI. ausbrach, begleitete sie ihren Gatten ins thrakische Didymoticho. Nach der schweren Niederlage in der Schlacht von Demotika im Oktober 1352 setzte sich das Kaiserpaar auf die venezianische Insel Tenedos ab. Von Thessaloniki aus erzwang Johannes V. im Oktober 1354 die Rückeroberung Konstantinopels und die Abdankung seines Schwiegervaters.