Während des Novemberpogroms wurde der Friedhof geschändet und, wie fast auf allen jüdischen Friedhöfen, wurden viele Inschriften der Grabsteine zerstört. Im Zuge der Reichspogromnacht kam es zu Schäden und Randalierungen in Frechen in Höhe von 12.000 Reichsmark (heute circa 120.000 Euro). Die letzte reguläre Bestattung vor dem Zweiten Weltkrieg fand 1936 statt. Im Jahr 1941 hatte Frechen keine jüdischen Einwohner mehr, da diese entweder verzogen oder vertrieben worden waren. Nur 4 Juden konnten nach dem Krieg wieder nach Frechen zurückkehren.