Назначенный в 1863 году директором Второго Департамента Министерства Государственных Имуществ, Протопопов, по вызову Н. A. Милютина — одного из главных разработчиков Крестьянской реформы 1861 года, ездил с ним в Варшаву, для участия в составлении Положения о крестьянах Царства Польского, наделявшее землёй польских крестьян (см. Польское восстание). Будучи, со второй половины 1860-х годов, членом Совета Министра Государственных Имуществ, Протопопов 31 марта 1868 года был произведен в тайные советники.