Jeho reprezentační debut v A-mužstvu Česka se odehrál v utkání Makedonie - Česko, které skončilo 1:1. Své první reprezentační góly dal Ujfaluši týmu Jugoslávie 6. září 2002 (přispěl k vysoké výhře na Letné 5:0). Během působení v Hamburku odehrál s reprezentací neúspěšnou kvalifikaci na MS 2002 a také kvalifikaci o Euro 2004. Stabilním hráčem reprezentace se ale stal až za trenéra Brücknera.