W 1989 podczas aksamitnej rewolucji był moderatorem w trakcie wieców. Wziął udział w powołaniu Społeczeństwa przeciw Przemocy. Pełnił funkcję jego koordynatora, a od stycznia 1990 przewodniczącego tego ruchu. W listopadzie 1989 został dokooptowany do Słowackiej Rady Narodowej. W 1990 zrezygnował z ubiegania się o mandat w wolnych wyborach, gdy ujawniono, że jego nazwisko znalazło się na liście tajnych współpracowników policji politycznej StB. Nie odnaleziono żadnych dokumentów potwierdzających współpracę; upublicznione później dokumenty jednoznacznie zaś wskazywały, że Ján Budaj również w okresie rejestracji był traktowany jako przeciwnik systemu komunistycznego.