1916 diente er als Befehlshaber des "Southern Department" an der mexikanischen Grenze, wo es vermehrt zu Übergriffen mexikanischer Rebellen auf amerikanisches Gebiet kam. Nach dem Überfall Pancho Villas auf die Kleinstadt Columbus in New Mexico am 9. März 1916 entsandte er mit Billigung des Präsidenten Woodrow Wilson den ihm unterstellten damaligen Brigadegeneral John J. Pershing auf die Mexikanische Expedition. Wilson und Kriegsminister Newton D. Baker favorisierten Funston als Leiter der Expeditionstruppen, sollte es zu einem Eingreifen der USA in den seit 1914 in Europa tobenden Ersten Weltkrieg kommen. Hierzu kam es aufgrund des frühen Todes Funstons nicht: Er erlag am 19. Februar 1917, weniger als zwei Monate vor der Kriegserklärung der USA an das Deutsche Reich, 51-jährig einem schweren Herzinfarkt. Sein Leichnam wurde sowohl im texanischen Alamo als auch in der City Hall von San Francisco aufgebahrt und auf dem San Francisco National Cemetery beerdigt. Nach ihm wurden unter anderem das Fort Funston im Norden San Franciscos, das Camp Funston in Kansas (heute Teil von Fort Riley) und drei Straßen benannt: in San Francisco, New Carlisle (Ohio) und in Fort Leavenworth, Kansas.