Po wybuchu II wojny światowej Warszawa trafiła pod okupację niemiecką. Po utworzeniu w październiku 1940 przez Niemców getta, Dom Sierot znalazł się po stronie aryjskiej. Niedaleko od utworzonej granicy getta, przy ul. Chłodnej 33, znajdował się gmach Państwowej Szkoły Handlowej im. J. i M. Roeslerów. Pomiędzy Domem Sierot a Szkołą Handlową nastąpiła wymiana lokali, a Janusz Korczak i dyrektor Szkoły zobowiązali się wzajemnie zwrócić sobie budynki w stanie niezniszczonym. Przeniesienie Domu Sierot z Krochmalnej do getta nastąpiło przypuszczalnie w ostatnich dwóch dniach października lub na początku listopada 1940. Nowy lokal był mniejszy, nieprzystosowany do potrzeb zakładu opiekuńczego dla dzieci. Mieszkało tam również kilka rodzin żydowskich.