Fin 1934, il retourne avec sa famille en Allemagne et sert dans la Luftwaffe pour le développement de l'armement antiaérien. Reiner Stahel sert dans le de réserve antiaérien en 1938, dans la ville d'Augsbourg. Part comme conseiller technique dans la France vichyste en ; et commande le anti-aérien. Avec le déclenchement de l'opération Barbarossa, Reiner Stahel sert à partir du dans le sud de la Russie. Il passe général en janvier, commande la et est muté à Messine. Après la retraite de Sicile, Reiner Stahel devient le commandant militaire de la ville de Rome le , puis de la ville de Vilnius en où il se bat contre l'Armée rouge et la résistance polonaise de l'Armée de l'Intérieur (cf Opération Ostra Brama). Le , il se bat à Varsovie lors de l'Insurrection de Varsovie. Avec le reflux des troupes allemandes, il est le dernier commandant à Bucarest le . C'est là qu'il est capturé avec le maréchal roumain Ion Antonescu.