Zum Beweis seiner Neutralität in den Koalitionskriegen ließ der Hamburger Rat 1804 die Befestigungsanlagen von Hamburg einreißen. Wegen der strategischen Bedeutung der Stadt für die Durchsetzung der Kontinentalsperre ließ Napoleon die Stadt im vierten Koalitionskrieg besetzen. Am 19. November 1806 marschierten französische Truppen in Hamburg ein und hielten die Stadt bis 1814 besetzt (siehe Hamburger Franzosenzeit). Als Hauptstadt des neu geschaffenen Departements der Elbmündungen war Hamburg (franz. "Hambourg") Teil des französischen Kaiserreichs. Auf Befehl Ludwigs XVIII. übergab Marschall Davout – fast zwei Monate nach Napoleons Abdankung – am 29. Mai 1814 die Stadt, da seine Streitkräfte durch Krankheiten und Mangel dezimiert waren. Davout verließ mit 25.000 Soldaten und 5.000 Pferden die Stadt. Russische Truppen wurden von der Bevölkerung als Befreier gefeiert. Der Wiener Kongress garantierte 1815 die Souveränität Hamburgs. Hamburg trat dem Deutschen Bund bei und nannte sich seit Ende 1819 "Freye und Hansestadt".