Regresó al Mediterráneo en noviembre como comandante en jefe. Cooperó con los austríacos en el asedio de Génova, la cual se rindió el 4 de junio de 1800. No obstante, la ciudad fue perdida casi de inmediato como consecuencia de la Batalla de Marengo, y los franceses volvieron a entrar tan rápidamente que el almirante tuvo serios problemas para retirar a sus buques del puerto. A finales de 1801 y principios del año siguiente pasó transportando al ejército que había sido enviado para retomar Egipto de manos francesas. Debido a que la flota enemiga fue obligada a mantenerse en puerto por completo, el almirante británico no vio combate en el mar, pero su manejo del convoy que transportaba las tropas, y de su desembarco en Aboukir, fueron muy admirados.