Po zajęciu Poznania przez Niemców we wrześniu 1939 usunął swój szyld "Księgarnia Uniwersy­tecka", co prawdopodobnie sprawiło, że jego firma była najdłużej działającą polską księgarnią w Poznaniu pod okupacją niemiecką. Wiosną 1940 została ona zamknięta, a całe zasoby – z wyjątkiem pojedynczych egzemplarzy przekazanych do biblioteki uniwersyteckiej – oddano na przemiał do fabryki papieru w Czerwonaku. Wartość zniszczonych książek wyceniono na ok. 1,5 mln złotych przedwojennych. Jachowski wyjechał do Generalnego Gubernatorstwa, ostatnie lata wojny spędził w Krakowie.