מלבד תהליכי השלום עמד קלינטון מאחורי שיגור כוחות אמריקאים להתערבות במשבר בקוסובו שבבלקן ובסומליה. ב-1998 הוא הורה לתקוף בטילי שיוט כוחות של אל-קאעידה באפגניסטן, בעקבות הפיגועים שלהם בשגרירויות האמריקאיות בקניה ובטנזניה.