Le , Francona est nommé manager des Indians de Cleveland. Il succède à Sandy Alomar, Jr.. Pour sa première année à la tête de l'équipe, les Indians gagnent 92 matchs contre 70 défaites et ne terminent qu'un match derrière les champions de la division Centrale, Détroit. C'est leur première saison gagnante depuis 2007 et leur première qualification en éliminatoires depuis la même année. Les Indians perdent cependant à Cleveland le match de meilleur deuxième aux mains des Rays de Tampa Bay. Il est nommé manager de l'année 2013 dans la Ligue américaine.