Dopo la morte di Nicolucci e durante l'epoca fascista, in cui venne abolita la cattedra di antropologia, il museo rimase chiuso al pubblico, rimanendo un centro di studi strettamente accademico, se non lasciato all'abbandono, con oggetti relegati nei depositi dell'ateneo. Allo stato di degrado, si aggiunsero le devastazioni dei bombardamenti della Seconda Guerra mondiale degli anni 1943-44, che colpirono i locali dell'università e -conseguentemente- causarono danni anche al museo di antropologia.