Nel 2016, Bàez salì a una media battuta di .276, con 14 fuoricampo. Il 15 ottobre 2016, in gara 1 delle National League Championship Series contro i Los Angeles Dodgers, Báez rubò casa base nel secondo inning. Fu il primo giocatore dei Cubs a riuscirvi in una gara di playoff da Jimmy Slagle nel 1907 e fu il 19º giocatore nella storia del baseball a farlo nella "post-season". Báez e il compagno Jon Lester furono nominati co-MVP della serie, dopo che il portoricano batté con .318, con 5 RBI, 4 doppi e 2 basi rubate nella serie, incluse 3 valide e 3 RBI in gara 5. Bàez a fine stagione vinse le World Series 2016 in sette partite contro i Cleveland Indians, riportando il titolo ai Cubs dopo 108 anni.