Duchene est classé au deuxième rang des meilleurs espoirs du repêchage d'entrée de 2009 dans la Ligue nationale de hockey ; John Tavares qui a joué dans la LHO tout comme Duchene est considéré comme le premier. Le jour du repêchage, après que Tavares soit le premier joueur choisi par les Islanders de New York puis Victor Hedman par le Lightning de Tampa Bay, l'Avalanche du Colorado a décidé de faire son choix sur Duchene. Ce dernier s'est dit heureux d'être choisi par eux puisqu'il a grandi en idôlant l'Avalanche.