1951年（昭和26年）に「重要港湾」に指定されるとともに「港湾運送事業法」が適用され、「出入国管理令」に基づいて出入国港に、「検疫法」に基づいて検疫港に指定されている。1952年（昭和27年）に北洋漁業が再開されるとサケ・マス漁などが行われたが、1977年（昭和52年）に「排他的経済水域」が設定されると北洋漁業基地としての役割は大きく衰退した。なお、昭和20年代からイカとイカを原料としたスルメの加工業が成長し、「函館」ブランドが確立されている。1953年（昭和28年）に港湾管理者が函館市となる。1954年（昭和29年）には台風15号（後に洞爺丸台風と命名）の影響により洞爺丸事故が発生、大惨事となった。1959年（昭和34年）に中央埠頭が供用開始。1964年（昭和39年）に大間港、1967年（昭和42年）に青森港との間に道南海運（後の東日本フェリー→津軽海峡フェリー）のフェリーが就航。1974年（昭和49年）に万代埠頭が供用開始した。