Baiazid a trecut în Anatolia cu armata compusă în principal din trupe vasale balcanice, inclusiv sârbi conduși de Lazarevici. El a trebuit să înfrunte amenințarea unuia dintre cei mai puternici cuceritori ai vremii, Timur Lenk. La începutul anului 1400, Timur Lenk și-a făcut simțită prezența pentru prima oară în Orientul Mijlociu. În august 1400, Timur și hoardele sale au cucerit și distrus orașul Sivas și au început înaintarea spre inima Anatoliei. Armatele turcă și mongolă s-au înfruntat decisiv la Ankara, în 1402. Turcii au fost înfrânți, iar sultanul Baiazid a fost luat prizonier, murind în cele din urmă în captivitate. Otomanii au devenit vasali ai lui Timur Lenk. Imperiul Otoman a trecut printr-o perioadă de lupte interne între 1402 – 1413, care au implicat pe cei trei fii supraviețuitori ai lui Baiazid. Această luptă internă pentru putere – Interregnul otoman – a stopat temporar expansiunea otomană în Balcani.