Кафес начинал играть в небольшом клубе «Понтион». Клуб играл очень неудачно, вылетев с ним в третий дивизион. Но он был одним из лучших в команде и в 1997 году перешёл в ПАОК. В его составе в первом же сезоне забил 7 мячей в 27 матчах. В составе «северян» Кафес завоевал два Кубка Греции. Победа в финале 2003 года над «Олимпиакосом» заставила селекционеров пирейского клуба обратить внимание на игрока. В 2004 ездил на Евро-2004. Хотя не сыграл там ни одного матча, стал чемпионом Европы. В 2007 году перешёл в АЕК из Афин.