1934 sorgte die "Schwimmbadaffäre" für internationales Aufsehen, als der Stadtrat Juden den Zutritt zum städtischen Schwimmbad verweigerte, woraufhin zahlreiche jüdische Kurgäste der Stadt fernblieben. Bei den Novemberpogromen 1938 kam es zu Beschädigungen der "Neuen Synagoge". Trotz reparabeler Schäden ließ sie der Bad Kissinger Stadtrat 1939 abreißen. 1942 kam es zu Deportationen jüdischer Einwohner nach Izbica und Theresienstadt, wodurch 69 Kissinger Juden ums Leben kamen.