İlk maçına 2013 Almanya Süper Kupası'nda Borussia Dortmund karşısında çıktı ve takımı maçı 4-2 kaybetti. Bayren Münih ile ilk kupasını 2013 UEFA Süper Kupası'nda Chelsea'yi penaltı atışları sonucu yenerek kazandı. 2013 Aralık ayında 2013 FIFA Kulüpler Dünya Kupası'nda Fas ekibi Raja CA'i 2-0 yenerek kupayı kazandı. 25 Mart 2014 tarihinde Hertha BSC'i 3-1 yenerek 2013-14 Bundesliga'yı lider bitirmeyi garantiledi. Böylece Bayern Münih, lig tarihinde, ligi 7 maç kala en erken lider bitirmeyi garantileyen takım olmuştur. Guardiola, lig tarihinde Karl-Heinz Feldkamp'e ait olan en uzun galibiyet serisini kırdı. Feldkamp, 1978-79 Bundesliga sezonunda 1. FC Kaiserslautern ile ilk 14 maçta yenilmemişti. Guardiola ise yenilmemesi serisi 28 maçına çıkardı; FC Augsburg karşısında alınan 1-0 skor ile bu seri sona erdi. Bununla birlikte bir önceki sezondan devam eden 53 maçlık yenilmeme süresi FC Augsburg yenilgisiyle sonuçlandı.