Einige Tage nach der Vertragsauflösung beim Citroën Total World Rally Team wurde von Volkswagen Motorsport bekannt gegeben, dass Ogier 2012 mit dem Škoda Fabia S2000, der sich mit dem Polo WRC Bodengruppe, Getriebe, Differentiale und Antriebsstrang teilt, an allen WM-Läufen teilnehmen wird. Es wurde ein Vertrag über drei Jahre unterzeichnet. Parallel wird Ogier in die Weiterentwicklung des VW World Rally Car mit einbezogen sein. Bei der Rallye Monte Carlo 2012 zeigte Ogier wieder auf, als er mit dem um eine Klasse schwächeren Škoda S2000 vom zwölften auf den vierten Gesamtrang vorfuhr und dabei einige World Rallye Cars hinter sich ließ. Auf der letzten Wertungsprüfung des ersten Tages schied er aber im Kampf um Platz fünf aus. Bei den anschließenden zehn Starts – in Neuseeland nahm er nicht teil – der Rallyesaison belegte Ogier zehnmal in Folge den Klassensieg. Auf Sardinien gelang es Ogier als erstem Fahrer überhaupt, mit einem S2000 Fahrzeug eine Wertungsprüfung zu gewinnen und damit der bis dahin unerreichte fünfte Gesamtplatz mit einem Fahrzeug dieser Klasse.