Zijn eerste succes boekte Allaert in 1999 met het winnen van de nationale titel op de halve marathon. Hiermee plaatste hij zich voor het wereldkampioenschap halve marathon in het Italiaanse Palermo, waar hij 35e werd in 1:04.00. Een jaar later werd hij Belgisch kampioen op de 5000 m. Op het WK halve marathon in Veracruz werd hij in datzelfde jaar vijftiende in 1:05.41 en eindigde met het Belgische team op een derde plaats bij het landenklassement.