In februari 2008 kondigde Colom aan de archieven van het Guatemalteekse Leger uit de tijd van de Guatemalteekse Burgeroorlog (1960-1996) te zullen laten openen. Hij heeft verschillende maatregelen genomen om de corruptie aan te pakken, die echter voor een groot deel werden getorpedeerd door het congres en ontsloeg verschillende officieren en politiefunctionarissen die zich schuldig zouden hebben gemaakt aan machtsmisbruik. Ook sprak hij zijn veto uit tegen een voorstel van het Congres van de Republiek om de doodstraf opnieuw in te voeren. Hoewel hij tijdens de verkiezingcampagne had beloofd een regering met een "Mayagezicht" te zullen vormen, heeft hij slechts één Maya in zijn kabinet benoemd. Ook omstreden was de benoeming van zijn echtgenote Sandra Torres tot directrice van de invloedrijke Raad voor Sociale Cohesie (CCS).