Признаком тесных отношений Буркина-Фасо и Ливии на рубеже тысячелетий стало создание , членами которого были обе страны. Отношения значительно осложнились в XXI веке, когда в 2011 году разразилась гражданская война в Ливии. 24 августа 2011 года, после падения Триполи в руки повстанцев, Буркина-Фасо объявила, что перестала признавать Великую Социалистическую Народную Ливийскую Арабскую Джамахирию. Вместо неё она признала конкурирующий Переходный национальный совет. Несмотря на это, страна первоначально предложила Каддафи убежище, хотя она подписала договорМеждународного уголовного суда, который обвинил ливийского лидера в преступлениях против человечности. Позднее 7 сентября предложение было отозвано. Муаммар Каддафи был схвачен и убит 20 октября 2011 года.