Αφού πέρασαν τον χειμώνα στη Μίλητο, το επόμενο έτος (493 π.Χ), οι Πέρσες κατέλαβαν τις πόλεις της Χίου, της Λέσβου και της Τένεδου, καθώς και τις υπόλοιπες ιωνικές πόλεις, οι οποίες τιμωρήθηκαν αυστηρά - όχι όμως όπως η Μίλητος. Οι Πέρσες κατέλαβαν τις περιοχές της ασιατικής Προποντίδας και τις ευρωπαϊκές ακτές του Ελλήσποντου, κάτι που έβαλε οριστικά τέλος στην Ιωνική Επανάσταση. Το 492 π.Χ, ο Δαρείος στέλνει τον Μαρδόνιο για να πείσει την Αθήνα και την Ερέτρια να συμμαχήσουν με την Περσία. Οι τελευταίες αρνήθηκαν, ωστόσο η Θράκη και η Μακεδονία συμμάχησαν με τους Πέρσες, η εκστρατεία των οποίων έληξε με την καταστροφή του στόλου τους στο Όρος Άθως. Δύο έτη αργότερα, οι Πέρσες επιτέθηκαν ξανά στην Ελλάδα και κατέλαβαν τις Κυκλάδες και την Ερέτρια, μέχρι να ηττηθούν στον Μαραθώνα.