В ходе подготовки к Параду Победы в Москве 24 июня 1945 года Алексеев был начальником штаба сводного полка Народного комиссариата ВМФ. С апреля по сентябрь 1947 года — командир охраны водного района Беломорского морского района Северного флота (Архангельск), в 1947—1951 годах командир бригады торпедных катеров, с июля по ноябрь 1951 года — командир дивизии торпедных катеров Северного флота. В ноябре 1947 года ему присвоено звание капитана 1-го ранга, в январе 1951 года — контр-адмирала. В августе 1945 года Алексеев награждён орденом Отечественной войны I степени, а в 1949 году — орденом Красной Звезды.