Il 23 marzo 1799 alla Battaglia di Feldkirch nel Vorarlberg, Jelačić guidò i suoi 5.500 soldati alla vittoria su più di 12.000 soldati francesi. Gli austriaci riuscirono ad infliggere 3.000 perdite ai francesi con da parte loro 900 soldati perduti sul campo. Al suo comando erano compresi il 3º battaglione del 20º reggimento di fanteria "Kaunitz", il 37º reggimento di fanteria "De Vins" ed il 9º reggimento di fanteria "Peterwardeiner"; il 2º battaglione del 6º reggimento di fanteria "St. George" ed il 1º battaglione del 7º reggimento di fanteria "Broder". I francesi erano guidati dai futuri marescialli Andrea Massena e Nicolas Oudinot. Per il suo comportamento rimarchevole, ricevette la promozione a feldmaresciallo luogotenente ed ottenne la Gran Croce dell'Ordine Militare di Maria Teresa. Ottenne inoltre il titolo ereditario di barone. Nel 1802 l'imperatore Francesco II lo nominò proprietario del 62º reggimento di fanteria "Franz Jellačić". Questa unità non va confusa col 53º reggimento di fanteria "Johann Jellačić". Nel 1801, sua moglie Ana Portner von Höflein diede alla luce un figlio, Josip Jelačić, che fu anch'egli generale e supportò gli austriaci durante la Rivoluzione ungherese del 1848.