W 2016 roku Peralta po raz drugi wziął udział w turnieju Copa América, gdzie rozegrał dwa z czterech możliwych spotkań (jedno w wyjściowym składzie) i w fazie grupowej wbił gola Jamajce (2:0). Meksykanie, prowadzeni wówczas przez Juana Carlosa Osorio, odpadli natomiast w tej jubileuszowej edycji rozgrywek w ćwierćfinale, znacząco ulegając Chile (0:7).