Vid NHL Entry Draft 2008 valdes Pavlikovský av Ottawa Senators i den sjunde rundan som 246:e spelare totalt. Han tillbringade de två nästkommande säsongerna både i IHL och AHL, där han representerade fyra olika klubbar: Cincinnati Cyclones, Cincinnati Mighty Ducks, Philadelphia Phantoms och Grand Rapids Griffins. Säsongen 2000/01 inledde Pavlikovský först med att spela en match för Griffins i AHL, sedan sju matcher för finska Jokerit i FM-ligan, för att sedan avsluta säsongen med HV71 i Elitserien. Han spelade sin första Elitseriematch den 2 december 2000 mot Modo Hockey och stod samtidigt för sin första ligapoäng genom en assist. Senare samma månad, den 26 december, gjorde han sitt första mål i Elitserien då han öppnade målskyttet i en 4–3-förlust mot Färjestad BK. Efter ytterligare en säsong med HV71, skrev han den 3 juni 2002 ett avtal med NHL-klubben Minnesota Wild. Pavlikovský lyckades dock inte slå sig in i Wilds NHL-trupp och blev således nedflyttad till farmarklubben Houston Aeros i AHL. Under vad som kom att bli hans sista säsong i Nordamerika, stod Pavlikovský för 27 poäng på 44 grundseriematcher för Aeros. Laget slog sedan, i tur och ordning, ut Milwaukee Admirals, Norfolk Admirals, Grand Rapids Griffins och Hamilton Bulldogs innan man stod som Calder Cup-mästare. På 23 slutspelsmatcher stod Pavlikovský för 13 poäng (tre mål, tio assist).