Stephen Kiprotich (Cheptiyal village, Kapchorwa-district, 27 februari 1989) is een Oegandese langeafstandsloper, die gespecialiseerd is in de marathon. Naast nationaal recordhouder werd hij in 2012 olympisch en in 2013 wereldkampioen in deze discipline. Hij is geen familie van Wilson Kipsnag Kiprotich, de Keniaanse atleet die eveneens gespecialiseerd is in lange afstanden.