Aunque el armamento principal de los "Yamato" fue designado oficialmente como Tipo 94 de 40 cm/45 calibres, de hecho se trataba de nueve piezas de 460 mm —las mayores empleadas en un buque de combate—, instaladas en tres torretas triples, cada una con un peso de 2774 toneladas. Cada cañón tenía 21,13 metros de largo, y pesaba 147,3 toneladas, y cada una de las torretas pesaba lo mismo que un destructor de buen tamaño. Empleaban proyectiles perforantes de alto explosivo, capaces de alcanzar blancos a una distancia de 42 kilómetros con una cadencia de fuego de entre 1,5 y 2 disparos por minuto. Las baterías principales eran también capaces de disparar la munición antiaérea de 1360 kg conocida como el "3 Shiki tsūjōdan" ("Tipo 3 común"). Estos proyectiles podrían haber recibido el apodo de "el enjambre" mientras estuvieron en servicio (Véase: ). Se empleaba una espoleta de tiempo para ajustar la distancia a la que el proyectil estallaría (usualmente un kilómetro). Tras la detonación, cada uno de los proyectiles liberaba 900 tubos incendiarios que se abrían formando un cono de 20° hacia los aviones que se aproximaban. Una carga de demolición destruía la carcasa del proyectil para crear más metralla, tras lo cual los tubos entraban en ignición, ardiendo durante unos cinco segundos a temperaturas de 3000 grados centígrados. Aunque representaba el 40% de la munición embarcada en 1944, el "3 Shiki tsūjōdan" fue empleado solo ocasionalmente debido al excesivo desgaste que disparar este tipo de munición ocasionaba al ánima de los cañones. De hecho, uno de los proyectiles pudo haber estallado prematuramente en el "Musashi", inutilizando uno de sus cañones durante la batalla del mar de Sibuyan. El objetivo de los proyectiles era crear una barrera de fuego que los aviones atacantes debían atravesar, aunque los aviadores estadounidenses lo consideraban más un artificio pirotécnico que un arma antiaérea funcional.