После неудачи на Квалификации на чемпионат мира 1986 года сборная сконцентрировалась на молодых перуанских футболистов «Альянсы». 8 декабря 1987 года команда возвращалась из города Пукальпа, с очередного матча первенства страны против клуба «Депортиво Пукальпа». Не долетев всего несколько километров до столичного аэропорта, самолёт разрушился и упал в море. Единственным уцелевшим оказался пилот самолёта. В числе погибших были главный тренер команды Маркос Кальдерон, вратарь Хосе Гонсалес Ганоса и молодая звезда клуба Луис Антонио Эскобар. Сборная провалила квалификации на чемпионаты мира: в 1990 и 1994. Но на Кубке Америки 1997 сборная заняла четвёртое место и на чемпионат мира 1998 не вышла только из-за того, что проиграла Чили по разнице забитых и пропущенных мячей. В 1999 году сборная выиграла Кубок Кирин в Японии. Перу заняло 3-е место на Золотом кубке КОНКАКАФ 2000, в котором участвовали как приглашённые команды-гости.