ประเทศมาลีปัจจุบันเคยเป็นส่วนหนึ่งของจักรวรรดิแอฟริกาตะวันตกสามแห่งซึ่งควบคุมการค้าข้ามซาฮารา คือ จักรวรรดิกานา จักรวรรดิมาลี (อันเป็นที่มาของชื่อมาลี) และจักรวรรดิซองไฮ ในปลายคริสต์ศตวรรษที่ 19 ฝรั่งเศสเข้าควบคุมมาลีและทำให้เป็นส่วนหนึ่งของเฟรนช์ซูดาน (French Sudan) เฟรนช์ซูดาน (ซึ่งขณะนั้นรู้จักกันในชื่อ สาธารณรัฐชาวซูดาน) เข้าร่วมกับเซเนกัลใน พ.ศ. 2502 และได้รับเอกราชใน พ.ศ. 2503 ในฐานะสหพันธรัฐมาลี ไม่นานหลังจากนั้น หลังเซเนกัลถอนตัวจากสหพันธรัฐ สาธารณรัฐชาวซูดานได้ประกาศตนเป็นสาธารณรัฐมาลีอันมีเอกราช หลังการปกครองแบบพรรคเดียวอันยาวนาน รัฐประหาร พ.ศ. 2534 ได้นำไปสู่การเขียนรัฐธรรมนูญฉบับใหม่และการสถาปนามาลีเป็นรัฐประชาธิปไตยระบบหลายพรรค วันที่ 22 มีนาคม พ.ศ. 2555 กลุ่มนายทหารอ่อนอาวุโสยึดการควบคุมทำเนียบประธานาธิบดีของประเทศและประกาศยุบรัฐบาลและระงับรัฐธรรมนูญ วันที่ 6 เมษายน พ.ศ. 2555 กบฏขบวนการปลดปล่อยแห่งชาติอาซาวัด (MNLA) ประกาศการแยกรัฐอาซาวัดใหม่ออกจากมาลี