In der Schlacht von Alcácer-Quibir gegen die Saadier im Jahre 1578 starb der junge König Sebastian von Portugal. Sebastians Großonkel und Nachfolger, Heinrich I. (Portugal), war zu dieser Zeit 66 Jahre alt. Auf Heinrichs Tod folgte eine Erbfolgekrise, in der drei Enkel von Manuel I. den Thron beanspruchten: Katharina, Herzogin von Braganza (verheiratet mit Johann, 6. Herzog von Braganza), António von Crato, und König Philipp II. von Spanien. António, ein illegitimes Mitglied des im Mannesstamm erloschenen Königshauses Avis, war am 24. Juli 1580 von den Einwohnern von Santarém und dann in vielen Städten und Ortschaften des Landes zum König von Portugal erklärt worden. Einige Mitglieder des portugiesischen Gouverneursrates, die Philipp unterstützt hatten, flohen nach Spanien und erklärten ihn zum Rechtsnachfolger Heinrichs. Philipp marschierte in Portugal ein und besiegte die António von Crato treuen Truppen in der Schlacht von Alcântara. Die von Fernando Álvarez de Toledo, Herzog von Alba befehligten Truppen besetzten das Land. Der Herzog von Alba unterwarf die portugiesischen Provinzen der Herrschaft Philipps, bevor er in Lissabon einmarschierte, wo er sich eines ungeheuren Schatzes bemächtigte; unterdessen erlaubte er seinen Soldaten, die Umgebung der Hauptstadt zu plündern. 1581 wurde Philipp von den Cortes von Tomar als König anerkannt, womit die Herrschaft des Hauses Habsburg über Portugal begann. Philipp machte seinen Neffen Albrecht VII. von Habsburg 1583 zu seinem Vizekönig in Lissabon. In Madrid richtete er einen Rat von Portugal ein, der ihn in portugiesischen Angelegenheiten beraten sollte.