След петмесечен отпуск, в началото на 1860 година Казимир Ернрот отново е назначен в Генералния щаб. През 1861 година става началник-щаб на разположената в Полша Шеста пехотна дивизия, а през следващата година е повишен в полковник. През следващите месеци участва активно в потушаването на Полското въстание като командващ Витебския 27-и пехотен полк при Ченстохова. Той ръководи завземането на Ясногурския манастир, след което полският печат го определя като помагач в „сатанинските цели на палача Михаил Муравьов“. В края на 1863 година се връща в Русия, заедно с полка си.