Свою карьеру Публий Корнелий начал в 151 году до н. э. с военной службы в Ближней Испании под началом Луция Лициния Лукулла. Он быстро заслужил репутацию храброго и способного офицера. Со 149 года Сципион Эмилиан участвовал в осаде Карфагена в ходе Третьей Пунической войны. Военные действия велись в целом неудачно, и в ряде случаев только Публий Корнелий спасал римскую армию от чувствительных поражений. Поэтому он был досрочно избран консулом на 147 год и возглавил африканскую армию. После ожесточённых боёв Карфаген был взят и разрушен (146 год). Сципион был удостоен триумфа и почётного наименования "Африканский". В последующие годы он был одним из самых влиятельных политиков Римской республики: занимал пост цензора в 142 году, ряд представителей его окружения получил консулат. При этом Сципион вёл в целом безуспешную борьбу против «фракции» Цецилиев-Сервилиев. В его «кружке» был разработан план реформ в интересах плебса, но от реализации этого плана Сципион отказался из-за возможного сопротивления в обществе.