1993 року дебютував в офіційних матчах у складі національної збірної Бразилії. Разом з нею того ж року був учасником розіграшу Кубка Америки 1993 року в Еквадорі, де бразильці вилетіли в чвертьфіналі. Після цього Сезар зіграв і на наступному розіграші Кубка Америки 1995 року в Уругваї, де разом з командою здобув «срібло», поступившись у фіналі в серії пенальті уругвайцям.