Nachdem Victor Van Straelen 1959 in Gent in den Ruhestand gegangen war, wurde Jean de Heinzelin von der Universität Gent auf einen neu eingerichteten Lehrstuhl für Paläontologie berufen, den er bis zu seiner Emeritierung 1985 innehatte. Zu seiner Berufung trug insbesondere bei, dass er seit 1947/48 zahlreiche Expeditionen in die Kolonie Belgisch Kongo unternommen – sowie 1950 den Ishango-Knochen entdeckt – hatte und die Universität Gent ihre Forschungsvorhaben in der Region ausbauen wollte. Letztlich scheiterten diese Pläne jedoch infolge der sogenannten Kongo-Krise ab 1960. In den 1960er-Jahren forschte Heinzelin stattdessen u. a. im Süden von Ägypten und im Wadi Halfa im Sudan (1962 bis 1966), in Syrien und im Libanon (1964/65), im Norden von Kenia (1967 bis 1971), in Libyen (1968, 1977 bis 1982) und in Tunesien (1986).