על אף ששיחק בקבוצות בכירות והישגיות, דרכו הבינלאומית של פלגרינו הייתה קצרה מאוד. הוא זומן על ידי המאמן דניאל פסארלה לסגל נבחרת ארגנטינה לקראת קופה אמריקה 1997. פלגרינו פתח בהרכב הנבחרת בכל שלושה המשחקים שלה בשלב הבתים, שהסתיימו בשוויון 0-0 מול , ניצחון 2-0 על ושוויון 1-1 מול . אף על פי שבמשחקי שלב הבתים ספגה ארגנטינה שער אחד בלבד, פלגרינו לא שותף ברבע הגמר מול , שהסתיים בהפסדה של ארגנטינה 2-1 והדחתה מהטורניר.