Finalmente, obtuvieron el subcampeonato al ser derrotados por marcador de 2:1 en la final ante Francia. En la Copa Mundial de Fútbol de 2002, Italia formó parte del grupo G junto con las selecciones de Croacia, Ecuador y México, Francesco disputó los tres encuentros de la ronda de grupos de titular aunque no llegó a marcar ningún gol. En los octavos de final se enfrentaron a Corea del Sur; el encuentro finalizó con marcador de 2:1 a favor de los asiáticos, y fue expulsado al recibir doble tarjeta amarilla por parte del árbitro ecuatoriano Byron Moreno. Fue nuevamente convocado para la Eurocopa 2004, llegando a disputar solo un encuentro, al ser expulsado por escupir al futbolista danés Christian Poulsen en el primer encuentro del grupo C.