Бертие придружава Бонапарт по време на брилянтната кампания от 1796 г. и е оставен начело на армията след договора от Кампо Формио. През 1798 г. нахлува в Италия, превзема Ватикана, основава Римската република и отвежда папа Пий VI като затворник във Валанс, където, след мъчителното пътуване, папата умира. След това Бертие се присъединява към Наполеон в Египет и служи там до завръщането му във Франция. Помага при преврата от 18 брюмер и за известно време е военен министър. В кампанията на битката при Маренго Бертие номинално е начело на Резервната армия, но Наполеон също съпровожда армията и генералът изпълнява, както винаги, задълженията на негов началник-щаб. В края на кампанията, Бертие се занимава с граждански и дипломатически дейности, включително мисия до Испания през август 1800 г., в резултат на която Луизиана е отстъпена на Франция с договора от Сан Илдефонсо на 1 октомври същата година (три години по-късно Луизиана е продадена на САЩ).