A finales de 1790 se trasladó a la Universidad de Maguncia, donde estudiaría hasta 1792, en tanto que durante el verano colaboró con su padre (por entonces plenipotenciario en los Países Bajos Austriacos). En 1792, Francisco II sucedió a Leopoldo en el trono imperial, y Metternich también asistiría a su coronación en el verano de dicho año. Entretanto, había estallado la Guerra de la Primera Coalición, que forzó a Metternich una vez más a abandonar sus estudios.