В мае 1919 года Мавлютов добровольно пошёл на службу в Рабоче-крестьянскую Красную Армию. Принимал участие в боях под Оренбургом, форсировании Урала, сражениях с казачьими формированиями. За отличие в ноябрьских наступательных боях 1919 года с Илецким казачьим полком в ноябре 1919 года командир 3-го Уральского стрелкового полка Мавлютов был награждён орденом Красного Знамени (5.10.1920). В дальнейшем Мавлютов принял участие в Бухарской операции, где он командовал правой колонной Каганской группы войск. В боях за Бухару Мавлютов во главе своего полка неоднократно отличался. 25 октября 1928 года он был награждён вторым орденом Красного Знамени, а его часть — почётным революционным Красным Знаменем.