Em 12 de novembro de 2020, ele marcou o gol que classificou seu país para a Eurocopa de 2020 pela primeira vez em sua história.  Em 13 de junho de 2021, ele marcou o primeiro gol da história de seu país nessa competição, na partida diante da Áustria, onde a seleção acabou perdendo por 3 a 1. Pandev vestiu a camisa dez e foi o capitão da seleção macedônia na Eurocopa de 2020.