1858年、アムール川を東進してきたロシア帝国の監視所がアムール川とウスリー川の合流点に建設され、17世紀のロシアの探検家エロフェイ・ハバロフにちなんで「ハバロフカ」と命名された（ハバロフはアムール川探検の際、現在のハバロフスク付近にアチャンスクという要塞を築き植民地化をもくろんだが、清軍などの攻撃により放棄している）。1860年の北京条約により、この町の中心部になるアムール川東岸（右岸）の地域は正式に清からロシアに割譲された。1895年には現在の「ハバロフスク」という名前になった。