Народноослободилачка борба се пренела на подручје Босне и Херцеговине и Хрватске, где су се од 1942. до 1944. године водиле пресудне борбе које су одредиле будућност Југославије у следећим деценијама. Највеће битке догодиле су се у долинама реке Неретве (март 1943) и Сутјеске (мај 1943). Партизанске снаге су победнички изашле из обе битке, упркос бројним и јачим немачким и квислиншким снагама. Осим тога, велики обрачун је у том периоду уследио између партизана и четника, потпомогнутим разним војним постројењима (усташе, домобрани, недићевци, љотићевци, месни четници попут Ђуришићевих и Пећанчевих, балисти, разне локалне милиције). Пораз четника у бици на Неретви (марта 1943) избацио их је с историјске позорнице као могућу власт у будућој Југославији.