Na szczeblu reprezentacyjnym Santa występował niemal w każdej kategorii wiekowej. Reprezentował Kolumbię w każdej kategorii aż do U-23, a w pierwszej reprezentacji zadebiutował w 1995 roku. Brał udział w Letnich Igrzyskach Olimpijskich w Barcelonie, na których zajął z kadrą ostatnie, 4. miejsce w grupie. Występował także w Copa América 1995 (3. miejsce) i Copa América 1997 (ćwierćfinał). W 1998 roku był członkiem kadry narodowej na Mistrzostwa Świata we Francji. Zagrał tam 2 meczach grupowych: z Rumunią (0:1) oraz Tunezją (1:0) i w obu dostał żółtą kartkę.