1 сентября 2017 года в отборочном матче чемпионата мира 2018 против сборной Туниса Музинга дебютировал за национальную сборную. В 2019 году Ндонга принял участие в Кубок африканский наций в Египте. На турнире он принял участие в матчах против сборных Египта, Зимбабве и Мадагаскара.