Lors du Championnat du monde 2019, il est nommé capitaine de l'équipe de France a la suite de l'annonce du forfait de Cédric Sorhaindo. Si ce dernier reprend le capitanat au Championnat d'Europe 2020, la contreperformance française et la saison perturbée par la pandémie de Covid-19 conduit Sorhaindo à se mettre en retrait en , Michaël Guigou devenant alors le nouveau capitaine de l'équipe de France. Il étrenne ainsi son nouveau rôle à l'occasion des deux matchs de qualification pour l'Euro 2022 qui ont précédé le Championnat du monde 2021.