Pela Seleção Neerlandesa, disputou 79 partidas e 40 gols, sendo o maior artilheiro neerlandês até 2013, quando foi superado pelo compatriota Robin van Persie. Participou das Eurocopas de 1996, 2000 e 2004, e também da Copas do Mundo de 1998, onde os Países Baixos, após ter empatado no tempo regulamentar com o Brasil por 1 a 1, com Kluivert marcando a favor dos neerlandeses, perdeu na disputa por pênaltis. Também perderia a decisão do terceiro lugar por 2 a 1 para a boa Seleção Croata da época, liderada por Davor Šuker.