En 1939, durante la invasión soviética de Polonia, el régimen se anexionó Galitzia, hecho que propició la huida de numerosos nacionalistas. Ante la probable represión, Rudnitska se trasladó a Cracovia, ocupada por los nazis. Posteriormente, en 1940, viajó a Berlín, donde su hijo Iván estaba terminando sus estudios, ya iniciados en Lwów. En 1943 llegó a Praga, donde publicó su libro "Ucrania occidental bajo los bolcheviques, IX/1939-VI/1941" ("Західня Україна під большевиками: IX.1939-VI.1941", 1944). Mientras continuaba escribiendo en el exilio, regresó a Berlín y luego dirigió el Comité de Socorro Ucraniano (Український Допомоговий Комітет) en Ginebra entre 1945 y 1950. Ese mismo año se mudó a Nueva York, ciudad en la que permanecería ocho años antes de regresar a Europa, primero a Roma y finalmente a Múnich, donde viviría el resto de sus días.