Brandon Rogers machte 2001 seinen Abschluss an der Hotchkiss School. Aufgrund guter Leistungen in der Eishockeymannschaft seiner Highschool wurde er beim NHL Entry Draft 2001 in der vierten Runde an 118. Stelle von den Mighty Ducks of Anaheim ausgewählt. Rogers war damit einer von sieben Spielern, die 2001 direkt von der Highschool gedraftet wurden. Anschließend begann er ein Studium an der University of Michigan und spielte für das dortige Eishockeyteam "Michigan Wolverines" im Spielbetrieb der Central Collegiate Hockey Association. Am Ende der Saison 2001/02 erreichte Rogers mit seiner Mannschaft als Meister der CCHA das "Frozen Four" genannte Finalturnier der National Collegiate Athletic Association, wo man aber im Halbfinale unterlag. Im nächsten Jahr konnte die Meisterschaft der CCHA verteidigt werden, im Halbfinale des Frozen Four unterlag die Mannschaft jedoch erneut. Rogers war punktbester Verteidiger seines Teams und wurde in das CCHA All-Tournament Team gewählt. In der Saison 2003/04 gehörte Rogers zum CCHA Second All-Star Team. In seinem letzten Jahr als Student wurde er zum dritten Mal Meister der CCHA und stand im CCHA All-Tournament Team. Wie im Vorjahr schied er mit seinem Team in der zweiten Runde der NCAA-Serie aus.