בקיץ 2002, נמכר לאינטר מילאנו תמורת 32 מיליון אירו. אולם השנתיים בהן שיחק ב"נראזורי", אשר אומנו על ידי הקטור קופר, נחשבו כאכזבה יחסית. יכולתו הייתה בינונית והוא סבל מפציעות רבות. בקיץ 2004, אחרי אליפות אירופה לאומות, בה נכשלה נבחרת איטליה (כולל קנבארו ששיחק במדיה) כישלון חרוץ, הציע לו המאמן פאביו קאפלו חוזה ביובנטוס, אותה החל אז לאמן. לקנבארו יועד תפקיד מרכזי בקבוצה המחודשת שבנה קאפלו. הוא חזר לשתף פעולה עם ליליאן טוראם וג'אנלואיג'י בופון, חבריו מפארמה ויחדיו הם יצרו שוב את קו ההגנה המצטיין של הליגה האיטלקית.