Helmikuussa 1805 Oudinot sai komentoonsa eliittijoukkona pidetyn krenatööridivisioonan, jota hän komensi seuraavan kahden vuoden aikana kolmannen ja neljännen liittokunnan sodassa. Oudinot’n divisioona osallistui marsalkka Jean Lannesin armeijan mukana muun muassa voitokkaisiin Wertingenin, Amstettenin, Hollabrünnin ja Austerlitzin taisteluihin. Oudinot haavoittui Hollabrünnissä ja joutui siksi jakamaan Austerlitzin taistelussa divisioonansa komennon kenraali Géraud Durocin kanssa. Vuonna 1807 Oudinot osallistui Ostrołękan valtaukseen, Danzigin piiritykseen ja Friedlandin taisteluun. Napoleon antoi hänelle kreivin arvon vuonna 1808. Oudinot palasi vielä krenatööridivisioonansa komentajaksi viidennen liittokunnan sodan puhjettua. Hän haavoittui taas Aspern-Esslingin taistelussa toukokuussa 1809. Lannesin haavoituttua kuolettavasti kesken sotaretken Oudinot nimitettiin hänen tilalleen II armeijakunnan komentajaksi. Komennettuaan tätä armeijakuntaa neuvokkaasti Wagramin taistelussa hänet ylennettiin kesäkuussa 1809 marsalkaksi.