Na sequência da revolução republicana, surgiu a necessidade de substituir os símbolos associados ao regime deposto, nomeadamente a bandeira e o hino. O processo de escolha da nova bandeira foi bastante controverso devido à falta de consenso, mesmo entre os republicanos, sobre o modelo a escolher. O maior ponto de discórdia foi a escolha das cores do campo da bandeira. A fação mais radical defendia a adoção das cores republicanas verde e encarnada. O outra fação, de onde se destacava o poeta republicano Guerra Junqueiro, defendia a manutenção das cores azul e branca, argumentando que estas eram as autênticas cores nacionais e não cores monárquicas. O azul também carregava um forte significado religioso pois era a cor de Nossa Senhora da Conceição, que havia sido coroada Rainha e Padroeira de Portugal por D. João IV, sendo a sua remoção ou substituição na futura bandeira justificada pelos republicanos como uma das muitas medidas necessárias para secularizar o Estado.