ב-1933 הועבר לכהן כקונסול בריטניה בסוריה תחת המנדט הצרפתי. המתח בין המעצמות היה גבוה ביותר. צרפת האשימה את בריטניה בסיוע למורדים הדרוזים ובריטניה האשימה את צרפת בכך שהיא מהווה בסיס ללאומנים פלסטינים החודרים משטחה לשטחי המנדט הבריטי ומבצעים פעילות טרור (אנשי עז א-דין אל-קסאם). השקפתו של מק'קרת על הסכסוך בין היהודים לערבים הייתה כעל סכסוך מקומי אלים שיש לפתור על ידי אמצעים להשלטת סדר. בניגוד לעמדת בכירי שירות החוץ הבריטי היה מק'קרת סקפטי לגבי פתרון פאן ערבי ותמך בכינון מדינות לאום בחסות בריטית, על מנת לספק את היצרים הלאומיים. מק'קרת לא היסס להפעיל ריגול על מנת לפצח את ההתארגנויות הפלסטיניות והחדיר סוכנים לפגישות סודיות בהן נדונו תוכניות מבצעיות לפעילות טרור. סוכניו של מק'קרת רמזו לו על תוכנית לפעילות חיסול של בכיר בריטי, אך לא ידעו לספק מידע נוסף. עקב המידע החסר לא נמנע רצח מושל הגליל, לואיס אנדרוס בספטמבר 1937. אחת מתוצאות הדבר הייתה המלצתו של מק'קרת להקים את גדר הצפון, על מנת שתחצוץ בין שטחי המנדט הבריטי והצרפתי. סיבה נוספת לחציצה זו הייתה הניסיון לעצור את ההעפלה היבשתית של יהודים שהסתננו לארץ ישראל מצפון. במסגרת מיזם זה התקיימה התכתבות מקפת בין מק'קרת לבין יועץ המשטרה בארץ ישראל צ'ארלס טגארט ואחרים (נחקרה בעיקר על ידי איתמר רבינוביץ') המהווה מקור היסטורי חשוב להבנת המדיניות הבריטית שנוצרה בשטח בעיקר על מנת להילחם בטרור המקומי (בניגוד להסתכלות הרחבה שגובשה בלונדון) ולהגדרת ההיסטוריוגרפיה המבדילה בין הדיפלומטיה של שירות החוץ ומשרד המושבות לבין דרכי ההתמודדות שננקטו על ידי פקידים באזור. דרך נוספת בה השפיע מק'קרת על הפוליטיקה של סוריה בניסיון להטותה לטובת הבריטים הייתה שוחד ששילם באופן קבוע במהלך שנים לראש ממשלת סוריה הלאומני, ג'מיל מרדם.