Im Jahr 1806 übernahm Ledru die Brigade Merle der Division Legrand und nahm im selben Jahr am Feldzug gegen Preußen teil. Im Oktober kämpften seine Truppen in der Schlacht von Jena, er selbst wurde verwundet, schon im November kämpfte er wieder vor Lübeck. Anfang Februar 1807 verfolgten seine Truppen nach Hoff und besetzten im Kampf gegen russische Infanterie das Dorf Eylau. Als die Schlacht bei Eylau am nächsten Tag begann, Ledru wurde dabei schwer verletzt. Nach seiner Genesung nahm er im Juni im Verband des Korps Soult an der Schlacht bei Heilsberg teil und marschierte auf Königsberg.