Ngày 17 tháng 8 năm 2015, trong trận mở màn mùa giải mới gặp Perugia tại vòng 3 Coppa Italia, Honda là người mở tỉ số và có đường chuyền thành bàn cho Luiz Adriano ấn định chiến thắng 2-0. Ngày 14 tháng 2 năm 2016, anh có bàn thắng đầu tiên và cũng là cuối cùng tại Serie A 2015-16 bằng cú sút xa nâng tỉ số lên 2-0 trong trận thắng 2-1 trước Genoa.