Uscita di prigione riprese con lena l'attività politica cercando di rianimare le forze ormai calanti del suo partito, che aveva subito, dopo l'attentato a Mirbach, due scissioni da parte delle ali pro-bolsceviche, tra cui quella dei "comunisti rivoluzionari" guidati dal vecchio Natanson, e che sperimentava anche un travaso diretto di forze verso il partito di Lenin. Dopo solo due settimane Feliks Ėdmundovič Dzeržinskij, il vecchio compagno di lotta di Rosa Luxemburg diventato ora capo della Čeka, la polizia segreta del regime, avanzò il sospetto che la Spiridonova potesse stare cospirando per attentare alla vita di Lenin e dispose che «quest'isterica fosse tenuta sotto stretto controllo». Puntualmente il 22 gennaio 1919, nell'anniversario della domenica di sangue del 1905, dopo un discorso particolarmente infiammato, la Spiridonova venne nuovamente arrestata e di nuovo sottoposta a processo. Questa volta il dibattimento si svolse in sua assenza e con l'unica testimonianza a carico portata addirittura da Bucharin, il quale la dipinse sostanzialmente come un'isterica malata di mente, pericolosa per la società (stigma che continuò per decenni ad aleggiare su di lei). Alla fine di febbraio fu trovata colpevole di diffamazione contro il potere sovietico e i suoi capi, e quindi di oggettivo favoreggiamento della controrivoluzione, e venne condannata ad un anno di internamento in casa di cura. Secondo Steinberg, alla lettura della sentenza era presente la sua vecchia compagna della Siberia, Irina Kachovskaja, appena liberata dalla prigionia tedesca a Kiev, dove aveva organizzato il riuscito attentato alla vita di Hermann von Eichhorn, governatore militare dell'Ucraina occupata.