En 625, participó en la Batalla de Uhud, en la cual la mayoría de musulmanes fueron derrotados y él mismo resultó herido. Antes de que empezara la batalla, su hijo Abdul-Rahman, que en ese momento aún no era musulmán y que luchaba del lado de los Quraysh, se adelantó y lo desafió a un duelo. Abu Bakr aceptó el desafío pero Mahoma lo detuvo. Más tarde, Abdul-Rahman se acercó a su padre y le dijo “Te expusiste ante mí como objetivo, pero me di vuelta y no te maté.” A esto Abu Bakr le respondió “Sin embargo, si tú te me hubieras expuesto como objetivo yo no me habría dado vuelta.” En la segunda fase de la batalla, la caballería de Jálid ibn al-Walid atacó a los musulmanes por atrás, tornando una victoria musulmana en derrota. Muchos huyeron del campo de batalla, incluyendo a Abu Bakr. Sin embargo, de acuerdo con su propio testimonio, fue “el primero en regresar.”