Napoleonin noustua valtaan brumairen vallankaappauksella marraskuussa 1799 Berthier nimitettiin sotaministeriksi. Hän jätti seuraavana vuonna tilapäisesti ministerin tehtävät osallistuakseen Napoleonin Italian-sotaretkeen ja Alppien ylitykseen. Berthier kunnostautui kesäkuussa 1800 Marengon taistelussa, jossa hän myös haavoittui käsivarteen. Hän palasi lokakuussa 1800 sotaministeriksi ja jatkoi tehtävässä yhtäjaksoisesti elokuuhun 1807 saakka. Ministerinä Berthier järjesteli Ranskan armeijan uusiksi. Hän pääsi osoittamaan taitonsa myös diplomaattina neuvotellessaan Ranskan nimissä rauhansopimuksen Espanjan kanssa. Kun Napoleon vuonna 1804 julisti keisarikunnan perustetuksi, Berthier ylennettiin ensimmäisenä Ranskan marsalkaksi. Seuraavana vuonna Napoleon lisäksi lahjoitti Berthierille Val-de-Marnessa sijaitsevan Grosbois’n linnan.