Le 23 juillet 2006, il signe une nouvelle prolongation de contrat pour deux ans avec les Penguins. Au début de la saison 2006-2007, l'équipe de Pittsburgh voit arriver de nouveaux joueurs dans l'effectif dont les choix de premiers tours de l'équipe : Ievgueni Malkine, choisit en 2004 et Jordan Staal en 2006. Les Penguins parviennent pour la première fois aux séries éliminatoires depuis 2001 mais ils perdent au premier tour contre les Sénateurs d'Ottawa 4 matchs à 1 alors qu'Ottawa atteint par la suite la finale de la Coupe Stanley. Orpik est le deuxième joueur le plus pénalisé lors de la saison régulière avec 82 minutes alors que l'ailier droit, Jarkko Ruutu, agitateur en compte 127.