Als Preußen anlässlich des Januaraufstands im benachbarten Kongresspolen im März 1863 die Truppen der angrenzenden Bezirke des I., II., V. und VI. Armee-Korps dem Oberbefehl General Franz Karl von Werders unterststellte, erhielt Clausewitz den Posten seines Stabschefs. Während dieses Kommandos wurde er Anfang März 1863 von seinem Verhältnis als Mitglied der Studienkommission der Kriegsakademie entbunden. Im Januar 1864 kehrte Clausewitz zu seiner Brigade zurück und war ab Anfang Februar auch wieder Mitglied der Studienkommission. Am 17. Oktober 1864 folgte seine Ernennung zum Inspekteur der Besatzungen der Bundesfestungen Mainz und Rastatt. In dieser Stellung zeichnete ihn Kaiser Franz Joseph I. mit dem Kommandeurkreuz des Leopold-Ordens und am 18. Juni 1865 avancierte er zum Generalleutnant.