Kriget førte også til, at skønsvis 300.000 palæstinensiske flygtninge kom til Jordan. Årene, som fulgte, prægedes af politisk uro, hvilken kulminerede i Sorte September 1970. Jordan formåede da at trænge en mindre syrisk invasion tilbage, og i juli 1971 besejrede man de tungt bevæbnede palæstinensiske terrororganisationer, som blev tvungne til at forlade landet.