Sa population ne comptait plus qu'une centaine d'individus en 1993 et moins de 200 au début des années 2000. L’Amazone impériale est considérée en danger selon l’UICN. Il est placé sous l’annexe I et II de la CITES. Ce statut est basé sur une très faible population, la perte continue de son habitat, la capture pour le trafic et les dommages occasionnels causés par les ouragans (notamment "David" en 1979 et "Maria" en 2017).