Kaudella 2020/21 Flick luotsasi Bayernin jälleen Saksan mestariksi. Joukkue voitti pokaalit myös Saksan supercupissa, UEFA Super Cupissa ja FIFA Club World Cupissa. Mestarien liigassa Flickin yritys puolustaa mestaruutta kariutui kuitenkin puolivälierissä, kun PSG otti edelliskauden finaalivastustajastaan revanssin edeten jatkoon vierasmaalisäännön turvin. Toukokuussa 2021 vahvistettiin, että Flick korvaa Joachim Löwin Saksan maajoukkueen päävalmentajana kesän EM-lopputurnauksen jälkeen.