A mediados de julio, en el transcurso de unas maniobras militares del Ejército de África en Llano Amarillo, durante el banquete posterior al desfile Yagüe celebró un encuentro con otros oficiales implicados en la trama golpista. Durante la reunión se oyó en repetidas veces «¡CAFÉ!», que en realidad quería decir «¡Camaradas, Arriba Falange Española!». Yagüe estaba a cargo de la sublevación militar en Ceuta. A las 23:00 del 17 de julio, después de que la sublevación hubiera comenzado en Melilla de forma inesperada, se hizo con el control de Ceuta de forma rápida y fácil, sin siquiera haber disparado un solo tiro. Una vez que la rebelión había triunfado en todo Marruecos, el descabezamiento de los mandos de la Legión dejó a Juan Yagüe como comandante en jefe de la unidad. Fue el comienzo de la guerra civil española.