Его первым официальным матчем стал матч за Суперкубок Германии против дортмундской «Боруссии», в котором «Бавария» проиграла со счётом 2:4. Его первым трофеем с «Баварией» стал Суперкубок УЕФА 2013 года, в котором он победил давнего противника Жозе Моуринью, который только что вернулся на тренерскую работу в «Челси». «Бавария» победила «Челси» в серии пенальти после того, как Мануэль Нойер отбил удар Ромелу Лукаку. В декабре 2013 года Гвардиола выиграл свой третий Клубный чемпионат мира, победив «Раджу Касабланку» в Марокко. 25 марта 2014 года он привёл «Баварию» к 23-му титулу чемпиона Бундеслиги, победив «Герту» со счётом 3:1 на «Олимпиаштадионе» в Берлине. Когда до конца сезона оставалось семь матчей, это было самое раннее завоевание чемпионского титула в истории Бундеслиги, побив рекорд Карла-Хайнца Фельдкампа, установленный в предыдущем сезоне. Гвардиола побил его рекорд по самой длинной победной серии в начале его пребывания в клубе Бундеслиги. Фельдкамп не побеждал в своих первых 14 матчах во главе «Кайзерслаутерна» в &lt;a href="%D0%A7%D0%B5%D0%BC%D0%BF%D0%B8%D0%BE%D0%BD%D0%B0%D1%82%20%D0%A4%D0%A0%D0%93%20%D0%BF%D0%BE%20%D1%84%D1%83%D1%82%D0%B1%D0%BE%D0%BB%D1%83%201978/1979"&gt;сезоне 1978/79&lt;/a&gt;. Эта серия закончилась на отметке 28, когда в 29-м туре «Аугсбург» обыграл «Баварию» со счётом 0:1. Эта серия также положила конец 53-матчевой непобедимой серии «Баварии».