Confermato dalla BAR anche per il 2002, Panis iniziò la stagione con una serie di ben sette ritiri consecutivi; la vettura, inaffidabile e poco competitiva, non gli permise di ottenere performance di rilievo fino al Gran Premio di Gran Bretagna quando, sfruttando la superiorità delle gomme Bridgestone rispetto alle rivali Michelin in condizioni di pista bagnata, conquistò i primi punti stagionali, chiudendo al quinto posto alle spalle del compagno di squadra. Nel frattempo, il sicuro arrivo di Button nella scuderia anglo-americana per la stagione 2003 lo mise in pratica fuori dal team, tanto che in qualifica la BAR cominciò a fornirgli motori meno potenti rispetto a quelli di Villeneuve. Il francese firmò quindi un contratto biennale con la Toyota. Panis conquistò l'ultimo punto per la BAR nel Gran Premio d'Italia, dopo una bella rimonta dalla quindicesima posizione in griglia; chiuse il campionato con soli tre punti, confermando però il piazzamento dell'anno precedente.