Iniciou a carreira no "kart" em 1990, profissionalizando-se em 1996, na Fórmula Renault francesa. Foi campeão da divisão europeia da categoria no ano seguinte. Até 1999, disputou provas do Masters de Fórmula 3, Fórmula 3 Alemã e da Procar. No mesmo ano, fez sua estreia na Fórmula 3000 pela equipe Witmeur-KTM, não se classificando em 3 das 10 etapas da temporada, terminando-a em 17º lugar, com 3 pontos. Continuou na Witmeur em 2000, obtendo novamente 3 pontos, ficando em 19º. Nas 2 temporadas, Van Hooydonk chegou em quarto lugar nos GP's de Magny-Cours e Barcelona. Ainda em 2000, participou das 24 Horas de Le Mans pilotando um Reynard-Mopar da Oreca, ao lado do francês Didier André e do experiente Didier Theys. O trio ficou em 10º lugar na classe LMP900 e em vigésimo na classificação geral.