Marian Pahars maakte op 12 maart 1996 zijn debuut voor het Lets voetbalelftal. De wedstrijd eindigde in een 1–0 nederlaag tegen Cyprus. Zijn eerste doelpunt maakte hij tegen Polen. Pahars maakte deel uit van de selectie die Letland voor het eerst op een eindtoernooi vertegenwoordigde, het Europees kampioenschap 2004 in Portugal. Pahars speelde in totaal 75 interlands in de periode tussen 1996 en 2007. Hij vond daarin vijftien keer het net.