ゲティスバーグの後、エイムズは旅団長に戻されたが、正規軍の大佐に名誉昇進した。その師団はジョージ・ヘンリー・ゴードン准将が指揮を執り、南部方面軍に配転されてサウスカロライナ州とフロリダ州での任務に携わった。1864年、その師団はベンジャミン・フランクリン・バトラー少将が指揮するジェームズ軍の第10軍団の一部となり、バミューダ・ハンドレッド方面作戦とピーターズバーグ包囲戦に参戦した。だいぶ後になるが、エイムズはバトラーの義理の息子になった。その冬、その師団は第24軍団に配置換えとなり、ノースカロライナ州に派遣された。ポトマック軍の任務に続く2年間の間に、エイムズは旅団長と師団長の間を行き来したが（2つの機会では軍団長にもなった）、概して師団長と識別されている。第二次フィッシャー砦の戦いでは、第24軍団第2師団を指揮し、手ごわい海岸要塞に部隊兵を連れて踏み込み、その参謀達の大半が狙撃兵に倒される中で攻略に成功した。エイムズはこの戦闘での功績で志願兵の少将（正規軍の准将）に名誉昇進した。