Après l’emprisonnement de Luciano en 1936, Anastasia eut un rôle de premier plan dans la manœuvre visant à le libérer pour avoir « participé à l’effort de guerre », pendant la Seconde Guerre mondiale. Pour ce faire, Anastasia organisa des incidents, pour convaincre l’US Navy de la nécessité de négocier avec la mafia, afin d’éviter tout risque de sabotage ennemi. Anastasia contrôlait en effet les docks de New York à travers le syndicat des dockers. Le paquebot français "Normandie", qui devait être transformé en transport de troupes transatlantique, brûla mystérieusement dans le port de New York en 1942. Les journaux évoquèrent à l’époque un acte de sabotage allemand, mais il est couramment admis actuellement qu’Anastasia donna l’ordre à son frère de mettre le feu au navire. En offrant par l'intermédiaire d'Anastasia la protection des docks, et par ailleurs le soutien de la mafia pour le débarquement en Sicile, Luciano parvint ainsi à améliorer ses conditions de détention et la garantie d'une libération à la fin de la guerre.