Alla fine del 2006 Bob Bradley fu ingaggiato come allenatore della Nazionale e Michael diventò titolare nella squadra sotto la gestione del padre, giocando la prima partita da titolare il 28 marzo 2007, in un'amichevole contro il Guatemala. Fu titolare alla CONCACAF Gold Cup 2007 aiutando la Nazionale a vincere il titolo, nonostante la sua espulsione nella semifinale contro il Canada. Segnò il primo gol con la Nazionale maggiore il 17 ottobre 2007, all'87', in un'amichevole a Basilea contro la Svizzera che la sua squadra vinse proprio grazie al suo gol.