מולר היה לשחקן הרכב בנבחרת השווייצרית, ועם שבע הופעות מתוך שמונת משחקיה של שווייץ במסגרת מוקדמות יורו 2004, סייע מולר לנבחרתו להעפיל מראש הבית לטורניר הגמר, שהיה הטורניר המשמעותי הראשון של הנבחרת לאחר שמונה שנים. מולר זומן לסגל לטורניר על ידי המאמן קובי קון, פתח בהרכב ושיחק לאורך כל שלושת משחקיה של נבחרתו בטורניר. שווייץ פתחה עם שוויון 0-0 מול , לאחר מכן הובסה 3-0 על ידי ובמשחק האחרון של שווייץ בטורניר מול , הפסידה שווייץ 3-1 והודחה מהטורניר.