Ab September 1939 wurde Scheliha zum Leiter einer „Informationsabteilung“ im Auswärtigen Amt ernannt, die ausländischen Presse- und Rundfunkmeldungen über deutsche Besatzungspolitik in Polen propagandistisch begegnen sollte. Dadurch konnte er den Wahrheitsgehalt der Auslandsberichte prüfen und NS-Beamte dazu befragen. In dieser Position protestierte er häufig bei NS-Dienststellen gegen deutsche Verbrechen in Polen. Auch verhalf er Polen und Juden zur Flucht ins Ausland.