V roce 1849 byl jmenován ostřihomským arcibiskupem. Tento post nebyl obsazen od roku 1847, kdy zemřel Jozef Kopáč. V roce 1848 sice Ferdinand V. jmenoval Jana Háma za nového ostřihomského arcibiskupa, ale ten v důsledku politických tlaků se postu vzdal ještě před nastoupením do úřadu. Ján Scitovský převzal úřad ostřihomského arcibiskupa a uherského primase 6. ledna 1850. Do roku 1853 spravoval i pécssku diecézi jako apoštolský administrátor. Vystupoval na obranu biskupů (např. Jozef Rudňanský), kteří měli problémy kvůli svým postojům během revoluce v letech 1848 - 1849. Vícekrát neúspěšně intervenoval u císaře Františka Josefa ve prospěch vůdců uherské revoluce, kteří byli později v Aradu popraveni.