En la Copa Mundial de Clubes 2016 logró el tercer lugar ante el América de México, ganando en la definición por penales, tras empatar 2-2. El 10 de mayo de 2017 Nacional logró ser el primer campeón para Colombia de la Recopa Sudamericana, se disputó entre el campeón de la Copa Libertadores 2016, Atlético Nacional y el campeón de la Copa Sudamericana 2016, Chapecoense. El partido de ida, jugado en Chapecó, terminó 2-1 a favor de Chapecoense, aunque en el juego de vuelta, en Medellín, Atlético Nacional ganó 4-1 y el global terminó 5-3 a favor del equipo "Verdolaga".