С сентября 1942 года Копнов был военным комиссаром, начальником Политотдела Кронштадтского сектора береговой обороны Балтийского флота. Помимо проведения большой партийно-политической и агитационно-пропагандистской работы среди личного состава флота, он участвовал в подготовке и проведению различных десантных операций на южном берегу Финского залива, в том числе и в период операции по окончательному снятию блокады Ленинграда. По завершении боёв за Ленинград возглавил Политотдел Училища береговой обороны Военно-морского флота СССР.