Musa Muhammed est capitaine dans les sélections U17 et U20. Il remporte la Coupe du Monde des moins de 17 ans en 2013 en inscrivant trois buts lors de la compétition dont le dernier but de la finale contre le Mexique sur un coup-franc dans un succès 3-0. Avec les moins de 20 ans il remporte la CAN 2015 et termine meilleur buteur de la compétition. Malgré son poste de défenseur, il inscrit 4 buts, tous sur penalties.