Rond de Congolese onafhankelijkheid in 1960 maakte de stad een grote groei door, doordat leden van de Luba vanuit verschillende delen van het land migreerden naar de regio. Met name mensen uit Thikapa in West-Kasaï kwamen naar de stad, op de vlucht voor bedreigingen die door de lokale bevolking aldaar tegen hen waren geuit. Van 1960 tot 1962 vormde Bakwanga de hoofdstad van de kortstondige separatistische staat Zuid-Kasaï tijdens de verwoestende Congocrisis. Het "Armée Nationale Congolaise", door premier Lumumba gestuurd om de afscheuring neer te slaan, maakte zoveel doden onder de ongewapende burgerbevolking dat VN-secretaris-generaal Dag Hammarskjöld in augustus 1960 over genocide sprak. Deze episode liet veel kwaad bloed tussen de Tetela en de Luba.