Mặc dù kết quả khiêm tốn, Baldini đã bị sa thải. Đến tháng 12 năm 2011, câu lạc bộ đã trải qua bốn huấn luyện viên kể từ mùa giải 2009-10. Câu lạc bộ duy trì thi đấu tại Serie B trong năm 2011-12. Sau một mùa giải tồi tệ, Empoli kết thúc thứ 18, một điểm từ sự an toàn, điều đó có nghĩa là một trận thi đấu tránh suất xuống hạng với Vicenza. Trận đấu đầu tiên kết thúc không bàn thắng trước khi Vicenza dẫn trước 2-0 ở trận lượt về sau 30 phút. Tuy nhiên, hai bàn thắng trong hai phút đã chứng kiến "Azzuri" san bằng tỷ số trước khi Massimo Maccarone ghi bàn để giành chiến thắng 3 - 2 trong phút bù giờ thứ tư. 2012-13 đã chứng kiến câu lạc bộ kết thúc ở vị trí thứ tư, một sự cải thiện đáng kể ở mùa giải trước, nhưng đã thua trận chung kết play-off thăng hạng trước Livorno. Câu lạc bộ được thăng hạng trở lại Serie A mùa tiếp theo, kết thúc với tư cách là á quân sau Palermo và ở lại Serie A trong hai mùa, kết thúc thứ 15 trong mùa 2014-15 và thứ 10 vào mùa 2015-16. Bước vào trận đấu cuối cùng của mùa giải 20161717 Serie A, Empoli đã hơn một điểm so với đội đang ở vị trí xuống hạngCrotone, tuy nhiên cuối cùng đã xuống hạng Serie B sau khi họ thất bại trước Palermo, trong khi Crotone đánh bại Lazio. Sau thành công tại 2017-18 Serie B, Empoli đã nhanh chóng lấy lại sưất thăng hạng lên Serie A, sau khi vô địch Serie B vào ngày 28 tháng 4 năm 2018 trước bốn vòng đấu.