En el año siguiente, Mercy expulsó a los ejércitos franceses, ahora bajo el cargo de Luis II de Borbón y de Enrique de la Tour. Luchó y al final perdió la desesperada Batalla de Freiburg, pero se vengó al año siguiente por causar a Tour la derrota en la Batalla de Mergentheim (Marienthal). Más tarde en 1645, luchó una vez más contra Luis y Tour, Merci fue muerto en la Batalla de Nordlingen (o Allerheim) en la crisis del compromiso, la cual, incluso sin el mando de Merci, quedó casi en empate. Murió el 3 de agosto de 1645. En el sitio donde cayó, Luis de Borbón levantó un monumento, con la inscripción "Sta viator, heroem calcas".