بعد الإطاحة بالشيوعية في ثورة 1989 المخملية، أعيدت ممتلكات الكنيسة تدريجياً إلى الكنيسة الكاثوليكية اليونانية السلوفاكية. اكتملت هذه العملية تقريبًا بحلول عام 1993، العام الذي أعقب تفكك تشيكوسلوفاكيا في جمهورية التشيك وسلوفاكيا. بالنسبة للكاثوليك اليونانيين في جمهورية التشيك، تم إنشاء نيابة رسولية منفصلة، وتم ترقيتها في عام 1996 إلى إكسرخسية، وبالتالي شكلت Exarchate الرسولي في جمهورية التشيك(التي تعتبر الآن جزءًا من الكنيسة الكاثوليكية الروثينية )؛ "أشارت Annuario Pontificio" لعام 2007 إلى أنها نمت في ذلك الوقت لتضم 177704 مؤمنًا و 37 كاهنًا و 25 رعية.