Pela Seleção Dinamarquesa de Futebol disputou a Eurocopa de 2012 e foi o capitão na Copa do Mundo FIFA de 2018 e na Euro de 2020, onde ficou marcado quando Christian Eriksen desmaiou no campo, Kjær foi o primeiro a ajudá-lo e convocar a equipe médica para entrar rapidamente em campo. Ele também se certificou de que as vias aéreas de Eriksen permanecessem desobstruídas quando ele estivesse inconsciente. Depois, ele orientou seus companheiros de equipe para cobrir Eriksen enquanto ele recebia tratamento médico, e depois consolou a esposa de Eriksen, Sabrina.