După distrugerea Armatei a 6-a, Hube a fost trimis pe Frontul din Mediterana. El a creat și organizat "Gruppe Hube" în Sicilia, o forță militară germană formată din patru divizii, care avea misiunea să apere insula. Odată cu lansarea Operațiunii Husky (numele de cod al invaziei aliate în Sicilia) în noaptea de 9-10 iulie 1943, Hube a comandat apărarea militară germană. La 17 iulie 1943 generalul Hube a primit comanda tuturor unităților militare și a trupelor de apărare antiaeriană ale Axei de pe insulă. Hube a organizat evacuarea militară germană în Peninsula Italică. El a pregătit o puternică linie defensivă, „linia Etna”, în jurul Messinei, care permitea germanilor să efectueze o retragere progresivă în timpul evacuării forțelor militare pe continent. Generalul american Patton a declanșat asaltul asupra acestei linii la Troina, dar forțele germane de apărare au rezistat cu dârzenie. În ciuda a trei debarcări de blindate amfibii americane, germanii au reușit să-și salveze de la capturare cea mai mare parte a forțelor lor și să-și păstreze neschimbate planurile de evacuare. Retragerea unui număr mare de trupe germane amenințate să fie capturate de Aliați în Sicilia a reprezentat un succes militar major al Armatelor Axei. Hube a fost implicat ulterior în bătălia pentru apărarea pozițiilor germane de la Salerno în cursul Operațiunii Avalanche.