Heinäkuussa 1918 Antikainen liittyi Puna-armeijaan. Syksyllä hän oli mukana Suomen kommunistisen puolueen perustavassa kokouksessa. Antikainen valmistui Pietarin kansainvälisen sotakoulun upseerikurssilta ensimmäisten joukossa keväällä 1919. Antikainen komennettiin suoraan rintamalle ja hän osallistui moniin Venäjän sisällissodan taisteluihin. Antikainen suoritti myös sotakoulun jatkokurssin ja toimi sen jälkeen kyseisen koulun opettajana. Antikainen sympatisoi alkuaikojen SKP:ssa ryhmittymää, joka myöhemmin opittiin tuntemaan ”murhaoppositiona”. Niin sanottujen Kuusisen klubin murhien jälkeen hän oli pidättämässä samaa joukkoa. Antikainen osallistui myös Kronstadtin kapinan kukistamiseen.