Kad se papa Pije -{VI}- zauzeo protiv revolucije u Prvoj koaliciji (1792–1797), Napoleon Bonaparta je izvršio invaziju na Italiju (1796). Francuske trupe su zatvorile papu 1797. godine, a on je umro nakon šest nedelja zatočeništva. Nakon promene stava, Napoleon je zatim ponovo uspostavio katoličku crkvu u Francuskoj potpisivanjem Konkordata 1801, i zabranio kult Vrhovnog bića. Mnoge antiklerikalne politike su nastavljene. Kada bi napoleonske armije ušle u teritoriju, manastiri su često bivali otpušteni, a crkvena imovina je sekularizovana.