Durante a Guerra Civil da Guatemala, a região do lago de Atitlán foi palco de numerosos abusos de direitos humanos, consequência da política de terra queimada conduzida pelo governo. Considerava-se que os povos indígenas eram universalmente apoiantes da guerrilha que combatia as tropas governamentais, e por isso foram alvo de brutais represálias. Pelo menos 300 maias de Santiago de Atitlán terão desaparecido durante o conflito. Em 1990, uma marcha de protesto espontânea que se dirigia à base militar à saída desta mesma localidade foi recebida a tiro, tendo sido mortos 13 civis desarmados. A pressão internacional forçou o governo guatemalteco a encerrar a base e a declarar Santiago Atitlán zona desmilitarizada.