Nel 2016, Lindor batté con .301, con 15 home run, 78 RBI, 19 basi rubate e 30 doppi 158 gare per gli Indians. Fu premiato con il suo primo Guanto d'oro e convocato per l'All-Star Game. Nei playoff 2016, le sette gare con più di una valida furono un nuovo record assoluto per un giocatore con meno di 23 anni. Le sue 16 valide complessive furono anche il massimo per un battitore di Cleveland dal 1997. Con gli Indians raggiunse le World Series 2016 ma la sua squadra fu sconfitta per quattro gare a tre dai Chicago Cubs.