10 июня 1941 года пять латышских генералов РККА, в том числе Я.Лиепиньш, были направлены в Москву на курсы Генерального штаба. Это были командир 24-го территориального корпуса Роберт Клявиньш, командиры обеих стрелковых дивизий Янис Лиепиньш и Андрей Крустиньш, а также начальник артиллерии корпуса Артур Даннебергс и начальник тыла корпуса Артур Дальбергс. 22 июня они были арестованы. Неделей ранее в летнем лагере Латышского корпуса в Литене войска НКВД арестовали 560 офицеров, инструкторов и солдат. Операция под руководством заместителя наркома внутренних дел Ивана Серова была спланирована для исключения вооруженного мятежа, которого опасались в связи с намеченной массовой депортацией из Латвии 14 июня. Таким образом 24-й территориальный корпус стал небоеспособным, а с началом войны в РСФСР с боями ушли только 3000 военнослужащих, часть из которых влилась впоследствии в 201-ю Латышскую стрелковую дивизию. Официально корпус был расформирован 1 сентября 1941 г.