A német invázió után nem követte Bordeaux-ba a kormányt, hanem Domecy-sur-Cure-be ment, ahol polgármester volt hosszú évek óta. Június 16-án a Wehrmacht elérte a települést és elfoglalta házát. Flandin Vichy-be ment és 1940. július 10-én ő is megszavazta Pétain teljhatalmát. Az első Vichy-kormány élén Pierre Laval állt 1940. július 16. óta, de Pétain december 13-án leváltotta a túlságosan németbarát kormányfőt, és Flandint nevezte ki miniszterelnök helyettessé. A németek nem álltak szóba Flandinnel, nem tetszett nekik Laval menesztése. Flandin elhagyta a kormányt és Vichyt 1941. február 9-én. 1942 novemberében Algériában jelen volt a Torch hadműveletnél, többször találkozott Winston Churchill fiával, Randolph Churchill-lel, aki diplomáciai küldetésben Jugoszláviában járt, és találkozott Titóval.