W czasie działań wojennych w 1939 kościół parafialny uległ pożarowi i z tego powodu nabożeństwa przez jakiś czas organizowano w kościele rektoralnym pw. św. Jerzego. Odbudowa głównego kościoła ze zniszczeń nastąpiła po 1940 i była w dużej mierze zasługą ówczesnego proboszcza, ks. Czesława Koziołkiewicza. W czasie okupacji niemieckiej 1939-1944 zostali aresztowani i zamordowani w obozach koncentracyjnych dwaj księża pracujący w parafii, Jan Samolej i Józef Chmielewski.