Benché si fosse infortunato e non fosse sceso in campo nel periodo precedente, Rehhagel lo incluse nella lista dei convocati per Euro 2004. Durante la manifestazione continentale l'attacco titolare era composto da Vryzas e Charisteas ma Nikolaidis riuscì a disputare tutte e tre le partite del girone eliminario, anche se partì dalla panchina. Nei quarti di finale contro la Francia, invece, fu schierato come titolare. Dopo questa partita, tuttavia, si infortunò nuovamente e non poté giocare le ultime due partite che consegnarono il titolo di Campioni d'Europa ai greci.