その結果、領土が近接することとなった清とはたびたび武力衝突した（清・ロシア国境紛争）。1640年代からヴァシーリー・ポヤルコフやエロフェイ・ハバロフなどの探検隊が、ゼヤ川やアルグン川からアムール川に南下した。ロシア帝国はコサック兵ではなく正規ロシア兵を送るようになり、アルバジンおよびネルチンスクの両要塞を建設するが、清の康熙帝は対抗して1685年に武力をもってアルバジンを破壊した。事態を重く見たロシア帝国は1689年（康熙28年）に清とネルチンスク条約を締結し国境線を外興安嶺に制定し、ダウリヤはロシアが、外満洲は清が確保した。