מהמאה ה-16 החל המסדר לאבד נכסים, כשהסיבה העיקרית הייתה תנועת הרפורמציה שמייסדה מרטין לותר היה בעצמו נזיר אוגוסטיני. במהלך המהפכה הצרפתית נהרסו רובם של 157 מנזרי האוגוסטינים שבצרפת, כמו גם כל מנזרי האוגוסטינים היחפים. המגמה התחזקה במאה ה-19. ב-1835 פעלו בספרד 48 מנזרים מתוך סך כל 153 המנזרים האוגוסטינים שהיו בה. לעיתים פעל השלטון המקומי וסגר את המנזרים האוגוסטינים. כך קרה במקסיקו ב-1860, ברוסיה ב-1864, ובממלכת הנובר ב-1875. בפיליפינים רוב המנזרים היה שייך לאחד משני המסדרים האוגוסטינים. מלחמת ארצות הברית–ספרד שבה כבשה ארצות הברית את הפיליפינים מידי ספרד ומלחמת ארצות הברית–הפיליפינים שבאה בעקבותיה ב-1898 גרמו לבריחה של קהילות הנזירים, וגם התייצבות המצב אחר־כך לא הביאה לשובם.