С 28 апреля 1941 года Гоглидзе — уполномоченный ЦК ВКП(б) и СНК СССР по Молдавии, руководил высылкой «антисоветских элементов» из присоединённой к СССР Бессарабии. Гоглидзе попросил у Сталина разрешение на выселение около 5 тысяч «активных контрреволюционеров» с семьями — активистов буржуазных партий, помещиков, полицейских и жандармов, офицеров белой, царской и румынской армий, крупных торговцев, домовладельцев и примарей (волостных старшин). Депортация из Молдавии, Черновицкой и Измаильской областей УССР была проведена в ночь с 12 на 13 июня 1941 года. В Казахскую ССР, Коми АССР, Красноярский край, Омскую и Новосибирскую области было переселено более 30 тысяч человек. Применительно к Молдавии имеются более подробные данные. Там, в частности, к аресту и переселению было намечено 8-8,5 тыс. активных молдавских «контрреволюционеров»: 5 тысяч направлялись в Козельщанский лагерь и 3 тысяч в Путивльский. Членов же их семей (в количестве 33 тыс. чел.) ждало выселение, в основном, в Казахстан и Западную Сибирь: в Южноказахстанскую, Актюбинскую и Карагандинскую области направлялись 11 тыс. чел., в Новосибирскую область — 10 тыс. и в Кустанайскую, Кзыл-Ординскую и Омскую — ещё 6 тыс. чел. (в качестве 6-тысячного резерва определялась Кировская обл.).