Nella sua carriera da allenatore ha centrato il "sextuple" nel 2020, alla guida del Bayern Monaco, grazie alle vittorie in Bundesliga, DFB-Pokal, DFL-Supercup, Champions League, Supercoppa UEFA e Coppa del mondo per club. Ha inoltre vinto un'altra Bundesliga, sempre alla guida del Bayern Monaco (2020-2021), mentre in precedenza aveva conquistato la Oberliga 2000-2001 alla guida dell'Hoffenheim. In virtù dei successi conseguiti nella stagione 2019-2020, è stato nominato allenatore tedesco dell'anno, allenatore dell'anno UEFA, allenatore dell'anno IFHHS ed è stato premiato come miglior allenatore agli annuali Globe Soccer Awards.