1806年、プロイセンは第四次対仏大同盟を結成してフランスへ宣戦布告、ブリュッヘルは師団長として作戦に従事することとなった。しかし10月14日、イエナ・アウエルシュタットの戦いでプロイセン軍は大敗、敗走の中でブリュッヘルはシャルンホルストと合流、友軍が壊走する中、ブリュッヘルとシャルンホルストの軍は比較的整然と撤退を行い、追撃するフランス軍への抵抗を続け、11月7日、リューベック近郊のラトカウで降伏した。この際、「弾薬欠乏につき」という一文を入れ、名誉を守ることに成功した（まだ戦う意志はあるが、弾薬がなくなったのでやむなく降伏したという体裁をとったのである）。