Le , l'église est victime d'un attentat à la bombe qui tue deux hommes et blesse cinq autres fidèles. Après la prise de Mossoul par les forces de l'État islamique en , l'archevêque syriaque orthodoxe de Mossoul, Nicodème Daoud Sharaf, parvient à s'enfuir en prenant la relique de saint Thomas qu'il confie au monastère Saint-Matthieu dans les montagnes au nord.