Fernando Couto speelde tevens 110 interlands voor het Portugees nationaal elftal. Hij nam deel aan de EK's van 1996, 2000 en 2004 en het WK 2002. In 2004 stopte de verdediger als international, nadat hij met zijn ervaring als motivator had gefungeerd op het EK van 2004. Couto was aanvoerder op het WK 2002 in Japan en Zuid-Korea en in eigen land op EURO 2004. Portugal verloor de finale tegen Griekenland met 0–1.