俄国内战时期，铁路运输对工农红军的行动作出了有力的支援。在战时共产主义的措施下，为了将铁路的一切力量用于执行军事任务，人民委员会于1918年11月决定在全国铁路实行军事管制，各铁路局均设立了非常军事委员，行政权力隶属共和国革命军事委员会（交通人民委员亦为该委员会的委员之一）。同年12月，工农国防委员会成立了“制定整顿铁路运输工作措施委员会”，工作任务为指挥军事物资及粮食的运输，以及防范铁路的安全事故及犯罪行为。内战期间铁路开行了数以万计的军用列车，运载了大量红军部队及物资。但同时由于许多战斗发生在铁路沿线范围，俄国的铁路系统亦在战争中遭受了很大的破坏，超过4300座桥梁、1800公里铁路干线被破坏，使铁路修复工作成为苏俄政府一项沉重的负担。