26 июня 1980 года здание университета было вновь оккупировано армией, после чего Четыре года университет не функционировал. 10 октября 1986 года в ходе землетрясения была серьёзно повреждена инфраструктура университета в Сан-Сальвадоре До конца Гражданской войны в Сальвадоре университет так и не был восстановлен.