Le lieutenant-colonel Egan participe à la plupart des grandes batailles de l'armée du Potomac. Initialement, le régiment de Mozart sert dans la première division du III corps. On rapporte que le colonel Egan arrête le colonel du régiment pour mauvaise conduite à la bataille de Fair Oaks, en . En , Egan est promu colonel. Il dirige le régiment lors de la seconde bataille de Bull Run, la bataille de Chantilly et la bataille de Chancellorsville. À Chancellorsville, le colonel Egan devient commandant par intérim de la première brigade de la première division du III corps, quand le brigadier général Charles K. Graham est affecté au commandement de la troisième division à la suite de la mort du major général Amiel W. Whipple. Lors de la bataille de Gettysburg, le , le colonel Egan, une fois de plus la tête de son régiment, est blessé au combat près de Devil's Den, étant touché à une jambe, et le monument du régiment se trouve à proximité de ce site.  Le régiment de Mozart perd 150 hommes sur les . Egan mène également le régiment Mozart lors de la campagne de Mine Run au cours de l'automne 1863.