Inzwischen brach im Küstengebiet des Indischen Ozeans ein Aufstand der Küstenbevölkerung gegen die Herrschaft der Deutsch-Ostafrikanischen Gesellschaft aus, welcher zur Räumung fast sämtlicher Stationen führte. Dennoch beschloss man deutscherseits, von der Absendung einer Hilfsexpedition nicht abzustehen, und da Wissmann die Stellung eines Reichskommissars für Ostafrika annahm, wurde Peters mit der alleinigen Leitung der Expedition betraut.