Il 21 dicembre 2019 Bajević è stato nominato commissario tecnico della nazionale bosniaca, con un contratto fino a giugno 2020 e il compito di qualificarsi agli campionato d'Europa del 2020 attraverso i play-off. All'esordio, nel settembre 2020, ha ottenuto un pari in casa dell' nell'edizione 2020-2021 della UEFA Nations League, ma ha poi fallito la qualificazione all'Europeo (sconfitta ai tiri di rigore contro l' nello spareggio giocato a Sarajevo) e non ha evitato la retrocessione nella Lega B della Nations League, giunta a causa dell'ultimo posto nel girone.