Durant la Nuit de Cristal du 9/, le Stadttempel fut la seule des plus de 90 synagogues de Vienne à échapper aux flammes, les Nazis n'ayant pas osé l'incendier du fait de son imbrication dans une zone de logements. Il fut tout de même profané et saccagé, et on y interna des juifs qui furent ensuite déportés et tués durant l'Holocauste. Une stèle placée dans l'entrée en 1988 rappelle ces évènements.