בשנת 1941 מונה פרדנדאל למפקד הקורפוס ה-9, ובשנת 1942 נבחר לפקד על כוח המשימה המרכזי בצפון אפריקה. פרדנדאל פיקד על כוח המשימה המרכזי שנחת בחופי אלג'יריה במסגרת מבצע לפיד ב-8 בנובמבר 1942, במהלך השלבים הראשונים של המערכה בתוניסיה פיקד פרדנדאל על הקורפוס ה-2. במסגרת זו נחלו כוחותיו של פרדנדאל תבוסה בקרב מעבר קסרין בפברואר 1943, אך הסבו אבדות קשות לקורפוס אפריקה הגרמני בפיקודו של הפילדמרשל ארווין רומל. לאחר התבוסה החליף אותו דווייט אייזנהאואר בגנרל ג'ורג' פטון. עם זאת, עם שובו לארצות הברית זכה לקבלת פנים של גיבור, הועלה לדרגת לוטננט גנרל, ומונה למפקד הארמייה השנייה של ארצות הברית, שעסקה בעיקר באימון הכוחות האמריקאיים לקראת הפלישה לנורמנדי.