In der Schlacht bei Jankau am 6. März 1645 befehligte er das schwedische Zentrum. In der Folge zog er unter General Torstensson erneut nach Mähren, wo er an der erfolglosen Belagerung von Brünn teilnahm. Am 29. Januar 1646 war Mortaigne mit wichtigen Unterlagen auf dem Weg zum Hauptquartier in Leipzig, als er von kaiserlichen Truppen bei Borna gefangen genommen wurde. Er wurde im Februar erst nach Eger, dann nach Pilsen unter dem Stadtkommandanten Jan van der Croon gebracht. Mortaigne konnte von dort aus selbst seine Freilassung aushandeln. Ab Ende 1646 verhandelte er als einer der schwedischen Unterhändler mit Kurbayern den im März 1647 abgeschlossenen Waffenstillstand von Ulm.