Rae palasi takaisin Suomeen sisällissodan jälkeen 10. kesäkuuta 1918 ja astui 12. kesäkuuta vänrikkinä armeijan palvelukseen ja hänet sijoitettiin jääkäritykistöprikaatin 6. patteriin, minkä mukana hän siirtyi Suomen tykistökouluun. Tykistökoulussa hänet määrättiin 15. heinäkuuta 1918 hevoshoito- ja ratsastusopetusosastoon. Tykistökoulusta hänet siirrettiin 2. marraskuuta 1918 kenttätykistörykmentti 2:een, jossa hän toimi jaosjohtajana ja patterinpäällikkönä. Rae osallistui 20. kesäkuuta 1919 Karjalan (Aunuksen) retkikuntaan ja oli tykkivene "Terrorin" päällikkönä Laatokalla sekä myöhemmin 4. kenttäpatterin päällikkönä 5. lokakuuta 1919 saakka.