1944年（昭和19年）1月19日、サンフアンは真珠湾でサラトガと再び合流し、サラトガの任務群は2月のエニウェトクの戦いを支援した。次いで、サンフアンは空母ヨークタウン2世 (') およびレキシントン2世 (') を護衛し、3月30日から4月1日にかけて、パラオ、ヤップ島およびウルシー環礁への攻撃（パラオ大空襲）を支援した。4月7日、サンフアンは空母ホーネット2世 ("") と合同し、ホーランジアの戦いの支援と、4月29日と30日に行われたトラック諸島への再度の空襲に従事した。ホーネットの任務群はマーシャル諸島の前進基地に引揚げて整備の後、6月前半からはマリアナ諸島の戦いの前哨戦として、小笠原諸島の父島と硫黄島への攻撃を行った。アメリカ軍はサイパン島に上陸し、これを阻止しようとした日本艦隊をマリアナ沖海戦で打ち破った。サンフアンは、海戦で対空防衛に専念した。