Получив образование врача, Абдель Шафии начал работу в муниципальном госпитале Яффо в подмандатной Палестине. В 1944—1945 служил в девятой бригаде английской армии. Его бригада готовилась принять участие в войне на Втором фронте на Балканах. Однако проект переброски бригады в Европу так и не был осуществлён. Вместо этого бригада постоянно передислоцировалась по разным городам Палестины — Аль Азрак, Ашона, Иерихон и Газа. После окончания войны бригада прекратила своё существование. Абдель Шафии вернулся в Газу и занялся частной медицинской практикой. В этот период он стал соучредителем Палестинской медицинской ассоциации.