In einer Epoche politischer Instabilität unterstützte er 1836 einen erfolglosen Aufstand von Ramón Freire gegen die Regierung und wurde in Folge aus dem Marinedienst entlassen und in ein Gefängnis nach Valparaíso gebracht. Allerdings wurde er 1838 im Krieg gegen die Konföderation Peru-Bolivien wieder in die Marine aufgenommen. 1839 wurde er bei einem Unfall im Hafen von Valparaíso lebensgefährlich verletzt, wovon er sich nie vollständig erholte. Er bewarb sich danach erfolgreich wieder um das Amt des Marinegouverneurs von Chiloé.