Laivaston merkittävimpiin operaatioihin kuuluivat Tallinnan evakuointi etenevien saksalaisten edeltä, Hangon evakuointi ja Leningradin ja Kronstadtin puolustus. Sodan aikana laivasto oli saarrettu Suomenlahden perukkaan miinakentillä ja sukellusveneverkoilla. Suomen solmittua aselevon 1944 laivaston sukellusveneet pääsivät operoimaan Itämerellä käyttäen tukikohtanaan muun muassa Turkua ja tekivät muutamia merkittäviä upotuksia kuten "Wilhelm Gustloff", "General von Steuben" ja "Goya". Upotusten sotilaallista arvoa himmentää se, että kaikki olivat pakolaisia ja haavoittuneita sotilaita täyteen lastattuja aseettomia kauppalaivoja – "Steuben" jopa kansainvälisin tunnuksin merkitty sairaalalaiva.