1913 yılında faaliyet gösterilmeye başlayan boks sporunda Fenerbahçe, 2020-21 sezonu itibarıyla Türkiye'de en çok şampiyonluk kazanan takım unvanını korumaktadır. 1919-1923 yılları arasında İstanbul'un işgali sırasında Sarı-lacivertli kulübün Kuşdili'ndeki lokalinde bulunan ringde yetişen Fenerbahçeli boksörler, işgal güçlerinin sporcularına karşı Taksim'de yapılan müsabakalarda önemli başarılar kazandılar. 1928 Kasım'ında ilk kez kurulan ve Moskova ile Bakü'de karşılaşmalara çıkan 5 kişilik Türk millî takımına da Fenerbahçe 2 boksör verdi. 1947 yılından itibaren takım halinde faaliyet göstermeye başlayan Fenerbahçe 1965'te düzenlenmeye başlayan Türkiye Kulüplerarası Boks Şampiyonası'nda kazandığı 17 şampiyonlukla en seçkin yeri tuttu. Sarı-lacivertli takım İstanbul Boks Şampiyonası'nda aldığı 41 şampiyonlukla önder konumunu korumaktadır. 1997'den beri faal olan kadın takımı da 2007 yılından beri üstünlüğünü sürdürmektedir. 2004 Yaz Olimpiyatlarında gümüş madalya kazanan Atagün Yalçınkaya, 2008 Yaz Olimpiyatlarında bronz madalya kazanan Yakup Kılıç, Dünya Şampiyonları Mustafa Genç ve Gülsüm Tatar, Avrupa Şampiyonları Nurhan Süleymanoğlu, Ramazan Palyani, Agasi Ağagüloğlu, Gülsüm Tatar ve Sümeyra Kaya Fenerbahçe Boks Takımı'nda forma giymiş Türk boksörlerdir. Profesyonel boksta Avrupa şampiyonluğuna ulaşmış Cemal Kamacıve Eyüp Can da amatörlüklerinde Fenerbahçe'de forma giymişlerdir. Fenerbahçe'de boks şubesi faaliyetleri çerçevesinde 2000-2004 yılları arasında Tae Bo, 1998'den beri Kick Boks ve Muay Thai ve 2006'dan beri Wushu da yer alırken, Kıymet Karpuzoğlu'nun 2005 yılında kick boks dalında, Hüseyin Dündar'ın ise 2007 yılında wushu dalındaki Dünya Şampiyonlukları en kayda değer başarılar olmuştur.