V A týmu Dánska zažil debut 22. dubna 1998 v utkání s Norskem (prohra 0:2). Poslední zápas odehrál na Euru 2004 22. června 2004 proti Švédsku (oba týmy potřebovaly na postup ze skupiny remízu 2:2 nebo vyšší (3:3, 4:4 atd.), která by vyřadila ze hry Itálii, zápas skončil 2:2). Ve čtvrtfinále Dánsko podlehlo České republice 0:3. Po evropském šampionátu ukončil Ebbe Sand reprezentační kariéru.