За репрезентацију је наступао на Светском првенству 2002. и ЕУРУ 2004. након чега је имао трогодишњи пост. Разлог томе био је селектор Марчело Липи који га је игнорисао па није стављен на списак за Мундијал 2006. у Немачкој. Доласком Роберта Донадонија на селекторску клупу, Панучи је поново уведен у репрезентацију. Тада је играо у квалификацијама за ЕУРО 2008. против Грузије, Шкотске и Фарских острба. На утакмици против Грузије Панучи није крио одушевљење, будући да му је то била јубиларна педесета утакмица у репрезентативном дресу. Будући да се утакмица играла у Ђенови, играч је изјавио: „"За мене је веома емотиван осећај што играм на травњаку на ком сам одрастао. Никад нећу заборавити овације које сам овде добио"“.