In vielen deutschen Städten wurden am 9. November 1938 die Synagogen der jüdischen Gemeinden von Nationalsozialisten in Brand gesteckt, in Stadthagen geschah dies in der Nacht vom 11. auf den 12. November 1938. Der damalige Bürgermeister Fritz Hamelberg behauptete nach dem Zweiten Weltkrieg, er habe einen Angriff auf die Stadthagener Synagoge am 9. November 1938 nicht gewünscht. Daher sei die Synagoge erst zwei Tage später, als er verreist gewesen sei, angezündet worden. Ob für diese Tatsache tatsächlich eine Weigerung Hamelbergs oder aber andere Gründe ausschlaggebend gewesen sind, ist ungeklärt. Der Reichspogromnacht ging die Verdrängung der jüdischen Mitbürger aus dem öffentlichen und gesellschaftlichen Leben voraus. So wurde das jüdische Kaufhaus Elias Lion nach zahlreichen Boykottaktionen 1938 arisiert und vom Kaufmann Thomas übernommen. Während des Zweiten Weltkrieges blieb die Stadt von gezielten Bombenangriffen verschont. Lediglich dreimal wurde die Stadt in jener Zeit von Fliegerbomben getroffen. Das Schloss, die Eisenbahnlinie Hannover – Minden, sowie der Bereich der heutigen Windmühlenstraße waren die Orte, an denen die Bomben fielen. Am 9. April 1945 wurde Stadthagen ohne Gegenwehr durch amerikanische Truppen eingenommen, wodurch der Stadt Kriegsschäden erspart blieben.