У жовтні 1943 року Гітлер несподівано призначив Шернера командиром 40-го танкового корпусу на Україну, попри те, що той не мав ні відповідної підготовки, ні досвіду командування танковими з'єднаннями. Незабаром Шернер очолив армійську групу «Нікополь», до складу якої, крім його корпуса, входили ще 3 армійські корпуси. Перед цією групою Гітлер поставив завдання обороняти Нікопольський плацдарм на Дніпрі. Вибір фюрера, мабуть, ґрунтувався на тому, що Шернер до того часу зумів проявити себе, як один з найбільш видатних в німецькій армії організаторів міцної оборони і майстром ведення оборонних дій. Його 2-річний досвід ведення успішної оборони в суворих умовах Крайньої Півночі був високо оцінений верховним командуванням вермахту. І Шернер виправдав довіру Гітлера, завзято утримуючи Нікопольський плацдарм протягом 4 місяців. Він був залишений німцями тільки тоді, коли у лютому 1944 радянські війська обійшли його, створивши загрозу оточення. Незважаючи на винятково складні умови обстановки (сильне бездоріжжя, потужний натиск радянських військ, які прагнули замкнути кільце оточення), Шернеру вдалося вивести основну масу своїх військ з-під удару противника на захід і врятувати їх від неминучої загибелі. Оборона Нікопольського плацдарму принесла Шернеру славу талановитого воєначальника. У лютому 1944 року він був призначений начальником штабу націонал-соціалістичного керівництва при головному командуванні сухопутних військ. Його основне завдання на цій посаді полягала в розповсюдженні нацистської ідеології серед особового складу сухопутних військ. Проте вже через 1,5 місяця він вступив у конфлікт з всемогутнім шефом НСДАП М. Борманом і залишив цей пост.