V září 2004 se Politkovská vydala jako prostředník jednat o propuštění rukojmí při teroristickém útoku na školu v Beslanu v Severní Osetii. Na palubě letadla letícího do Beslanu po vypití hrníčku čaje, který jí podali, došlo k otravě a Politkovská byla hospitalizována v nemocnici v Rostově na Donu. Lékařské záznamy z ošetření v nemocnici se záhadně ztratily.