Under krigen 1864 var han kommandør for 1. divisions artilleri og deltog i kampen ved Mysunde samt i fægtningerne foran Dybbøl 22. februar, 17. og 28. marts. Det overdroges ham i april at ordne trænforholdene ved hæren, og efter at have endt denne virksomhed udnævntes han til højstkommanderende artilleriofficer på Als, hvor han ankom lige førend øens erobring; i slutningen af felttoget var han kommandør for hele feltartilleriet. 1864 blev han Dannebrogsmand. I 1865 blev Glahn oberstløjtnant og chef for artilleriregimentet, medens han ved gennemførelsen af Hærloven af 1867 blev oberst og chef for 1. artilleriregiment. Som sådan gjorde han en betydelig indflydelse gældende, ligesom han også var medlem af mange kommissioner, så at han i 1873 blev Kommandør af Dannebrogs 2. grad. Ved sit 50 års officersjubilæum i 1876 blev han Kommandør af Dannebrogs 1. grad og afskedigedes samme år på grund af alder med titel af general. 1882 blev han formand for De danske Vaabenbrødre, hvilket han var til sin død, 1886 næstformand for Selvbeskatningen og 1891 Storkors af Dannebrog. Glahn døde 5. februar 1896.