Po wejściu w życie dekretu o stosunku Państwa do Kościoła Ewangelicko-Augsburskiego w RP z 1936 r., w roku 1937 zbór uzyskał osobowość prawną jako parafia, zaś diecezja zmieniła nazwę na diecezję wielkopolską. Okupacja hitlerowska spowodowała w 1939 r. całkowitą likwidację polskiej parafii, ks. senior Gustaw Manitius został aresztowany i zamordowany w Forcie VII, majątek został skonfiskowany, ludzie się rozproszyli. Niektórzy parafianie padli ofiarą wojny, tak w kraju, jak na wschodzie i na zachodzie.