Im Oktober 2006 handelte er sich Ärger mit dem Nationaltrainer Franco Navarro ein, als er nur zu einem von zwei Länderspielen gegen den Erzrivalen Chile antrat, um wieder rechtzeitig zum FC Bayern München zurückkehren zu können. Für den Fall einer Bestrafung seitens der FIFA oder des F.P.F. drohte er mit seinem Rücktritt aus der Nationalmannschaft. In einem Brief bat Pizarro schließlich den peruanischen Fußballverband, nicht mehr für Länderspiele nominiert zu werden, solange Navarro Nationaltrainer ist. Im Juli 2008 wurde die verbandsinterne Sperre für am Boykott beteiligte Spieler aufgehoben. Trotzdem wurde Pizarro zunächst nicht mehr berücksichtigt. Am 29. März 2011 kam er im Test-Länderspiel gegen die Auswahl Ecuadors in Den Haag wieder zum Einsatz. Am 17. Juni 2011 erlitt er in einem Trainingsspiel der Nationalmannschaft einen Innenbandriss, somit fiel er für die Copa América 2011 aus. 2015 nahm er erneut an der Copa América teil, kam in den Gruppenspielen gegen die Auswahl Venezuelas, gegen die er den 1:0-Siegtreffer erzielte, und gegen Kolumbien zum Einsatz, wobei er zu seiner Überraschung von Carlos Lobaton die Kapitänsbinde überreicht bekam. Er spielte auch im Viertelfinale gegen die Auswahl Boliviens und im mit 1:2 verlorenen Halbfinale gegen den späteren Turniersieger Chile. 2016 verzichtete Trainer Ricardo Gareca bei der 100-jährigen Jubiläumsausgabe der Copa América auf Pizarro. Für die Weltmeisterschaft 2018 wurde er nicht für den peruanischen Kader nominiert. Aktuell steht der Peruaner bei 85 A-Länderspielen mit 20 Treffern.