Il connut ensuite plusieurs revers dans ses affaires et fut emprisonné par le régime républicain après la grève des mineurs d'Asturie. Arrivé au pouvoir, Franco nationalisa sa compagnie d'aviation Iberia et ses chantiers navals. Echevarrieta finit sa vie ruiné et mourut dans son palais Muñoa, construit dans le style Empire, à Baracaldo dans le pays Basque.