鼓楼和钟楼始建于元朝至元九年（1272年），鼓楼当时的名字叫齐政楼。钟楼和鼓楼在建成不久后先后被大火焚毁，大德元年（1297年）鼓楼得以重建。明朝永乐十八年（1420年）迁都北京后，皇宫位置比元朝偏东，鼓楼也随之迁址，现在的鼓楼位于元代大都城中心阁的旧址之上，当年在鼓楼北侧，也就是元代钟楼的基址上重建了钟楼。钟楼建成后不久再次被火焚毁。嘉靖十八年（1539年）时，鼓楼被雷击毁，不久后重修。乾隆十年（1745年）重建钟楼，历时十二年建成。但在乾隆年间时鼓楼被毁。嘉庆五年（1800年）和光绪二十年（1894年）鼓楼得以重修。1900年，八国联军入侵北京时曾严重毁坏鼓楼上的文物。