Markéta chtěla Warwicka následovat, ale ten byl Eduardem IV. poražen a zabit 14. dubna 1471 v bitvě u Barnetu. Markéta se s yorským vojskem utkala v bitvě u Tewkesbury, v níž byl její 17letý syn zabit. Markéta sama byla zajata a vězněna na hradu Wallingford a v Toweru, dokud nebyla osvobozena francouzským králem roku 1475. Zemřela 25. srpna 1482 na zámku Dampierre v Anjou a byla pochována v katedrále svatého Mořice v Angers.