Tras iniciarse la Guerra colombo-peruana (1932-1933), Rojas fue reintegrado al servicio activo. En 1936 fue ingeniero del departamento técnico de la fábrica de municiones del Ejército, y como tal fue enviado en misión especial a Alemania, con el fin de obtener la maquinaria necesaria para fabricar las municiones en Bogotá. A su regreso a Colombia, fue nombrado jefe del departamento técnico de la fábrica de municiones.