Сезон 2002 Алдонин также провёл на хорошем уровне и вошёл в список 33 лучших игроков чемпионата. В августе Валерий Газзаев впервые вызвал молодого полузащитника в основную сборную страны. 17 марта 2002 года он забил свой первый гол в профессиональной карьере, отличившись в матче против саратовского «Сокола» и принеся «Ротору» победу со счётом 2:1. Алдонин стал основополагающим игроком «Ротора» и несколько клубов сделали покупку Алдонина своей трансферной целью. По словам тренера «Ротора» Владимира Салькова президент «сине-голубых» Владимир Горюнов «сделал все возможное, чтобы удержать в команде полузащитника». Следующий сезон стал последним для Алдонина в «Роторе». По его итогам он во второй раз подряд был включён в список 33 лучших футболистов РФПЛ. В чемпионате полузащитник сыграл 29 матчей и отметился одним мячом, которым он отличился в игре с ярославским «Шинником». В том же матче Алдонин забил гол в свои ворота. По ходу сезона высказывались мнения о том, что Алдонин перерос уровень «Ротора», а после проигрыша «сине-голубых» в предпоследнем матче сезона против ЦСКА, болельщики московской команды кричали с трибун подбадривающие слова в адрес полузащитника и звали его в свой клуб. В ноябре появилась информация о предварительном соглашении между «Ротором» и ЦСКА о переходе полузащитника в стан «армейцев», а в самом конце года Алдонин официально перешёл в московскую команду, подписав контракт с «армецами» на 4 года. В итоге, за «сине-голубых» полузащитник провёл 102 матча и забил 7 голов во всех турнирах.