Den Krieg führte Johann II. mit wechselvollem Erfolg. So gab er bereits zu Anfang des Krieges vorschnell die Schlacht bei Warschau, 1656, gegen Karl X. Gustav und den mit ihm verbündeten Friedrich Wilhelm von Brandenburg verloren. Friedrich Wilhelm, der für das Herzogtum Preußen ein Vasall des polnischen Königs war, ließ die schwedischen Truppen frei durch das brandenburgische Hinterpommern ziehen, um sein Land zu schützen: Dies wurde von polnischer Seite als ein klarer Lehensbruch angesehen. Auch der siebenbürgische Fürst Georg II. Rákóczi kam dem Schwedenkönig zur Hilfe, indem er im Bündnis mit Chmelnyzkyj weite Teile Polens durch seine kosakisch-siebenbürgische Armee (bis zu 40.000 Mann) verheeren und plündern ließ. Dass es nicht zu einem völligen Zusammenbruch des Königreichs kam, war nur dem Hetman Stefan Czarniecki und seiner Guerillataktik, sowie einer kurzlebigen Allianz mit dem Khanat der Krim unter İslâm III. Giray zu verdanken. Der König Johann, dem die polnische Öffentlichkeit die Schuld am verheerenden Krieg anlastete und vom Teil des Adels die Loyalität gekündigt wurde (Verträge von Ujście und Kėdainiai), flüchtete 1655 nach Schlesien, wo die Wasa in Oppeln als Landesherren auftraten. Der von ihm erhoffte militärische Beistand durch die katholischen Habsburger, mit denen er verwandt war, blieb zunächst aus.