Im Jahr 2016 behauptete Dollinger, das dritte Geheimnis von Fátima sei nach Angaben von Papst Benedikt XVI. nicht vollständig veröffentlicht worden. Im unveröffentlichten Teil sei von „einem schlechten Konzil und einer schlechten Messe, die in naher Zukunft kommen soll“ die Rede gewesen. In seiner ersten Presseerklärung seit seinem Verzicht auf das Papstamt im Jahr 2013 dementierte der emeritierte Papst Dollingers Angaben und gab an, nie mit Dollinger über Fátima gesprochen zu haben. Seine letzten Lebensjahre verbrachte Dollinger bei der St. Petrus-Bruderschaft im Opfenbacher Ortsteil Wigratzbad. Er war Autor mehrerer theologischer Bücher.