L'association sort rapidement de son objectif social et culturel pour prendre plus explicitement position sur l'actualité politique dans son journal, "L'étudiant d'Afrique noire". Proche de la ligne nationaliste du Rassemblement démocratique africain, la FEANF est traversée par des débats internes à chacune des communautés (sénégalaise, malgache, dahoméenne, etc), elles-mêmes divisées entre progressistes et conservateurs. Lors de son cinquième congrès de , le débat opposant le député sénégalais Senghor, qui préconise la mise en place d'organes législatifs dans chaque colonie, et le militant communiste et anticolonialiste Jacques Vergès, qui prône l'unité et l'internationalisme dans la lutte pour l'indépendance, tourne à l'avantage de ce dernier. L'impact de l'insurrection algérienne (1954), de la conférence afro-asiatique de Bandung (1955) et du congrès des écrivains noirs de la Sorbonne (1956) renforce idéologiquement la FEANF, qui prend alors une orientation fermement anti-impérialiste.