Bij de terugkomst naar Europa met Napoleon was Bessières aanwezig bij de Slag bij Marengo in 1800 en tweede bevelhebber van de Consulaire Garde. Hij werd in 1802 gepromoveerd tot divisiegeneraal en in 1804 benoemd tot Maarschalk van Frankrijk. In de meeste campagnes van het Grande Armée was hij kolonel-generaal van de cavalerie van de Keizerlijke Garde. In 1805 kreeg Bessières voor zijn verdiensten de Grote Adelaar in het Franse Legioen van Eer. Ook kreeg hij in 1809 de titel "hertog van Istria".