Čeprav je za sezoni 1969 Brabham pridobil motorje Cosworth DFV, pa je Rindt prestopil v Lotus. Njegova zamenjava, Jacky Ickx, je imel dobro drugo polovico sezone z zmagama na dirkah za Veliko nagrado Nemčije in Veliko nagrado Kanade, Jack Brabham pa je moral zaradi nesreče na testiranjih izpustiti nekaj dirk. Ickx je osvojil drugo mesto v dirkaškem prvenstvu z 37-imi točkami, prvak pa je postal Jackie Stewart s 63-imi. Brabham je dosegel nekaj najboljših štartnih položajev in dve uvrstitvi na stopničke, toda kar polovico dirk ni končal. Moštvo Brabham je bilo tudi drugo v konstruktorskem prvenstvu, k čemer je pripomogel tudi Piers Courage z drugima mestoma na dirkah za Veliko nagrado Monaka in Veliko nagrado ZDA s privatnim Brabhamom moštva Frank Williams Racing Cars.