V lednu 1839 byl Baudin jmenován viceadmirálem a v následujícím roce byl pověřen vojenskou a diplomatickou misí do Buenos Aires a stal se velitelem francouzské jihoamerické flotily. Roku 1841 se stal Baudin ministrem námořnictva, ale funkci brzy složil a působil jako námořní prefekt v Toulonu. Po Únorové revoluci roku 1848 byl jmenován vrchním velitelem francouzského středomořského loďstva. V této funkci se podílel na bojích proti Neapoli a na Sicílii vystoupil proti násilí generála Carla Filangeriho. Roku 1849 se s rodinou usadil na Ischii, kde zemřel. Krátce před smrtí byl povýšen na admirála.