ベトナム南部において党組織の設立を支援するためサイゴンに派遣されたが、1941年から1945年まで再び拘留された。1945年、ベトナムはフランスの支配からの独立を宣言し、第一次インドシナ戦争が勃発する。南部中央局幹部として、リンは南ベトナムにおける抗仏戦を指導した。ジュネーヴ会議後の1954年の改組で、南部委員会常任委員会委員・サイゴン＝チョロン地区委員会書記に就任。1957年5月、北に呼び戻されたレ・ズアンを継いで、南部委員会書記に就任。1960年9月、ベトナム労働党第3回党大会において非公然党中央委員として秘密裏に選出。1961年、党南部中央局の再建とともに同書記に就任。1964年10月、党政治局員のグエン・チー・タイン大将が南部の責任者として派遣されると、中央局書記を交代し、リンが副書記に就任した。ベトナム戦争中は南ベトナムにおいて、アメリカの傀儡政府に対するゲリラ組織を指揮した。しかしその任務は、軍事上のものよりも組織上のものがほとんどであった。リンはまたプロパガンダを専門に扱い、ベトナムの利益となるようアメリカの政治に影響を及ぼす研究・企画を行っていた。彼はサイゴンの政府機関に潜入する特殊部隊を訓練した。1968年、リンはアメリカに対するテト攻勢を指揮し、この全土にわたる奇襲の成功は、ベトナム戦争の転換点となった。