Prima della guerra di Suez, Khan Yunis era amministrato ufficialmente dal governo pan-palestinese, con sede a Gaza e successivamente al Cairo. Dopo un violento scontro a fuoco, i carri armati Sherman della 37ª Brigata corazzata dell'IDF hanno attraversato le linee fortificate al di fuori di Khan Yunis detenute dall'86ª Brigata Palestinese. Era l'unico sito nella striscia di Gaza in cui l'esercito egiziano oppose resistenza all'invasione israeliana di Gaza, ma si arrese il 3 novembre 1956.