台湾省主席は1947年5月16日より台湾地区の行政を行う目的として設置された。1950年代以前の中華民国政府遷台前は台湾省主席が台湾の最高統治者であった。当初は魏道明（1947年5月16日就任）が就任し、続いて陳誠（1949年1月5日就任）が就任したが、1949年10月1日に国共内戦に敗れた国民党が遷台し、1949年12月7日、行政院長閻錫山が中華民国行政院が台北の「介寿館」（現在の総統府）にて行政事務を行うことを宣言すると、台湾の最高行政官は行政院長となった。この状況は、1950年3月に蔣介石が総統府に移り執務開始するまで続いた。