Maajoukkueessa Peruzzi on ollut mukana 31 kertaa, ensimmäinen maaottelu oli Viroa vastaan 25. maaliskuuta 1995. Peruzzin piti olla maansa ykkösmaalivahti vuoden 1998 MM-kisoissa, mutta joutui jäämään kisoista viime hetken loukkaantumisen takia ja ykkösvahdiksi nousi Gianluca Pagliuca. Hän koki saman kohtalon kaksi vuotta myöhemmin EM-kisoissa, jossa Francesco Toldo vartioi Italian maalia. Peruzzi jätti maajoukkueen, mutta teki paluun EM-kisoihin 2004, jossa oli Gianluigi Buffonin kakkosvahtina, samoin vuoden 2006 MM-kisoissa, jotka Italia voitti. Peruzzi oli myös vuoden 1992 olympiajoukkueessa.