Mascarenhas de Morais organizzò le difese militari brasiliane della regione contro un eventuale attacco dei paesi dell’Asse, sferrato dal Nord-Ovest africano. In poco più di un anno, il numero degli effettivi brasiliani per la difesa della zona aumentò da poche migliaia a 50.000 uomini. Sotto il suo comando, dal giugno 1940 al gennaio 1943, furono costruiti le basi aeree, i porti e i depositi che servirono, in seguito, alle forze alleate statunitensi per operare i ponti aerei dal Brasile verso l'Africa.