Una de las primeras cosas que debió afrontar Mubarak fue la expulsión de Egipto de la Liga Árabe tras los acuerdos firmados con Israel. Hasta la suspensión de Libia de la organización en 2011, durante la guerra civil, Egipto fue el único país alguna vez suspendido. No fue sino hasta 1989 que Egipto fue readmitido y la sede de la Liga volvió a El Cairo, donde había estado desde su fundación, luego de permanecer en Túnez desde la expulsión. Mubarak fue reelegido mediante otro referéndum en 1987, sin participación de la oposición y con el 97,1 % de los votos en una participación del 88,5 %.