От 1939 година Лер е командващ 4-ти военновъздушен флот на Райха. Като командир на флота участва в нападението над Полша през септември 1939 г. За заслуги към бързата победа над Полша, получава от Хитлер „Железен кръст“ и „Кръст за храброст“, а от Херман Гьоринг получава „Златен въздушен кръст“. Неговия въздушен флот участва и в боевете на Западния фронт (във Франция, Белгия, Холандия).