Ferdinando prese parte alla Guerra di successione castigliana. Dopo la morte del re Enrico IV di Castiglia, la figlia ed erede del re, Giovanna la Beltraneja, sposata con re Alfonso V, fu proclamata "Regina di Castiglia", ma ebbe l'opposizione della sua zia (la futura regina Isabella I di Castiglia). I portoghesi invasero Castiglia e, durante la Battaglia di Toro, Fernando fu responsabile della sicurezza della regina Giovanna.