במרץ 1899, לאחר תקופה בה היה חולה במלריה, התמנה לראש המשרד למכס ולענייני האיים (Office of Customs and Insular Affairs), שתחת סמכותו נפלו השטחים שנכבשו מהספרדים במלחמה - קובה, פוארטו ריקו, הפיליפינים וגואם. אולם אז פרצה מלחמת ארצות הברית–הפיליפינים והוא נשלח למנילה, שם התייצב ב-17 באוגוסט 1899 והושם במחלקת מינדנאו וג'ולו , שם פיקד על המאמצים לדכא את הכוחות המורדים. ב-27 בנובמבר 1900 התמנה לשליש אותה מחלקה, תפקיד בו עשה עד ה-1 במרץ 1901. שוב צוין עוזו לשבח, הפעם על חלקו בקרב על מוצב המורדים במקאג'מבו, על נהר קגאיאן .