Напачатку чэрвеня 1942 года Бабаджанян быў скіраваны на навуку на паскораны курс пры Ваеннай акадэміі імя М. В. Фрунзэ, пасля сканчэння якога пад канец жніўня таго ж года быў прызначаны на пасаду камандзіра 3-й механізаванай брыгады, якая неўзабаве ўзяла ўдзел у Курскай бітве.