Cap a 1898, l'empresa de Lilly tenia una cadena de producció de 2005 articles diferents i vendes anuals de més de 300 000 dòlars —equivalent a 7 658 400 dòlars de 2009—. Josiah Lilly va heretar l'empresa després de la mort del seu pare i va seguir fent-la créixer abans d'heretar-la-hi als seus propis fills, Eli Lilly i Josiah K. Lilly Jr. Els tres van continuar amb la pràctica filantròpica i més tard van establir The Lilly Endowment, que es va convertir en la fundació filantrópica més gran del món en termes d'actius i donacions en 1998. Des de llavors ha estat superada però encara roman en els deu primers llocs. L'empresa va exercir un important paper en el lliurament de medicines a les víctimes del devastador terratrèmol de Sant Francisco de 1906. Eli Lilly and Company s'ha convertit en una de les companyies farmacèutiques més grans a nivell mundial i sota les ordres del net d'Eli Lilly ha desenvolupat moltes innovacions, que inclouen la recerca i el desenvolupament de la insulina durant els anys 1920, la fabricació en sèrie de penicil·lina durant els anys 1940 i la promoció d'avanços en la producció en sèrie de medicaments. La introducció de novetats ha continuat en l'empresa després que es va convertir en una corporació que cotitzava en la borsa de valors en 1952, van desenvolupar Humulin, Merthiolate, Prozac i molts altres medicaments. Segons "Forbes", Eli Lilly and Company en 2016 era l'empresa 243 entre les més grans del món, amb vendes de 20 mil milions de dòlars i un valor de mercat de 86 mil milions de dòlars. És la corporació més gran i també el major benefactor de l'estat d'Indiana.