Юхан Франссон начал свою профессиональную карьеру в 2000 году в родном клубе «Каликс», который представлял третий дивизион шведского хоккея. Затем Юхан выступал за фарм-клуб «Лулео». В 2002 году он дебютировал в Шведской элитной серии, однако в том сезоне по причине травмы паха он провёл лишь 3 игры на высшем уровне. В 2004 году на драфте НХЛ он был выбран во 2 раунде под общим 34 номером клубом «Даллас Старз». В сезоне 2003/04 Франссон стал крепким игроком основы «Лулео», завоевав по окончании года звание лучшего новичка сезона в Элитной серии. В первом же своём матче в серии плей-офф против «Ферьестада» Юхан получил сотрясение мозга. Он смог вернуться на поле лишь в последнем для «Лулео» матче, после которого клуб вылетел из серии на выбывание. Сразу после окончания того сезона многие специалисты стали предсказывать Франссону светлое будущее. Сам Юхан продолжал довольно успешно выступать в Элитной серии, однако, в его игре не чувствовалось того прогресса, которого от него ожидали эксперты. Поэтому по окончании сезона 2005/06 руководство «Лулео» решило не продлевать контракт с молодым защитником, и Франссон решил подписать контракт с «Фрёлундой».