Az 1848. októberi bécsi forradalom leverése után, a magyar forradalom elleni háború idején férjét, Ferdinánd császárt 1848. december 2-án lemondatták unokaöccse, Ferenc József főherceg javára. A volt császár és császárné ezután Morvaországban és Prágában élt. Itt is hunytak el: Ferdinánd 1875-ben, Mária Anna császárné 1884-ben. Mindkettőjüket a Habsburg-család hagyományos temetkezési helyén, a bécsi kapucinusok templomának Császári kriptájában temették el.