Primul meci jucat de Poborský la națională a fost cel împotriva Turciei, la 23 februarie 1994, fiind și primul meci disputat de echipa Cehiei ca stat independent după despărțirea Cehoslovaciei. A jucat pentru țara sa la Euro 96, competiție a fost unul dintre cei mai buni jucători ai echipei naționale a Cehiei, marcând în această competiție ceea ce avea să fie cunoscut la „lobul Poborský”. A mai jucat la Euro 2000 și Euro 2004, fiind și el în echipa națională pentru Campionatul Mondial din 2006, unde a jucat mai slab datorită vârstei și din cauza faptului că venea de la o echipă de liga a doua České Budějovice. După Campionatul Mondial din 2006, Poborský s-a retras de la națională.