In der Uruguay-Runde (1986–1994) verpflichtete sich die Schweiz zum Abbau der Preisstützungen und der Exportsubventionen. 1986 wurden Tomaten und Gurken zum ersten Mal Hors-Sol angebaut. Im selben Jahr gab das Bundesamt für Gesundheit wegen der Nuklearkatastrophe von Tschernobyl vom 26. April 1986 die Empfehlung ab, Freilandprodukte zu waschen und Kinder sollten während zwei Jahren ganz auf den Konsum verzichten. Der Schaden der Gemüseproduktion wurde auf 9,7 Millionen Franken geschätzt. Am 1. November 1986 flossen durch den Grossbrand von Schweizerhalle Agrochemikalien mit dem Löschwasser in den Rhein, was ein grosses Fischsterben verursachte und infolge der Öko-Bewegung weiteren Auftrieb verlieh. Im selben Jahr wurde das erste Präparat zugelassen, um Schadinsekten mittels Verwirrungstechnik zu bekämpfen. Der Torfabbau – welcher ab 1945 stark zurückging – wurde durch die 1987 angenommene Rothenthurm-Initiative verboten. Im gleichen Jahr wurde der Schweizerische Getreideproduzentenverband und die Bio-Stiftung Schweiz gegründet. 1988 wurde ein biotechnologisch erzeugter Labaustauschstoff für die Käseproduktion zugelassen (weitere GVO-Erzeugnisse folgten). 1989 fand die Eidgenössische Volksinitiative «für ein naturnahes Bauern – gegen Tierfabriken (Kleinbauern-Initiative)» bei der Volksabstimmung keine Mehrheit. Im gleichen Jahr wurde IP-Suisse sowie der Verein gegen Tierfabriken gegründet.