Nach der Machtübernahme der Sandinisten am 20. Juli 1979 wurde Pastora stellvertretender Innenminister (unter Tomás Borge), später Vize-Verteidigungsminister (unter Humberto Ortega), wo er mit dem Aufbau sandinistischer Volksmilizen beschäftigt war. Dabei kam es immer wieder zu Meinungsverschiedenheiten mit Ortega. Im Juli 1981 trat er als Vizeverteidigungsminister zurück und ging freiwillig ins Exil. Fortan reiste er viel, um Befreiungsbewegungen in anderen Ländern zu unterstützen, z. B. die ORPA in Guatemala.