Dentro de las diversas fases del Holocausto, se emplearon de manera diferente los trenes. Al principio, fueron utilizados para concentrar a las poblaciones judías en los guetos, y con frecuencia para transportarlas a trabajos forzados y campos de concentración alemanes con el propósito de la explotación económica. En 1939, por razones logísticas, las comunidades judías en asentamientos sin líneas ferroviarias en la Polonia ocupada se disolvieron. A fines de 1941, alrededor de 3.5 millones de judíos polacos habían sido segregados y separados del gueto por las SS en una acción de deportación masiva que involucraba el uso de trenes de mercancías. Los guetos permanentes tenían conexiones ferroviarias directas, porque la ayuda alimentaria (pagada por los propios judíos) dependía por completo de las SS, similar a todos los campos de trabajo recién construidos. A los judíos se les prohibió legalmente hornear pan. Fueron aislados de la sociedad en general en cientos de islas prisión virtuales llamadas "Jüdischer Wohnbezirk" o "Wohngebiet der Juden". Sin embargo, el nuevo sistema era insostenible. A fines de 1941, a la mayoría de los judíos en el gueto no les quedaban ahorros para pagar a las SS por más entregas de alimentos a granel. El dilema se resolvió en la conferencia de Wannsee del 20 de enero de 1942 cerca de Berlín, donde se estableció la "Solución final de la cuestión judía" ("Die Endlösung der Judenfrage"). Era un eufemismo que se refería al plan nazi para la aniquilación del pueblo judío.