בתחילת 1999 מונה למזכיר הממשלה בממשלת נתניהו הראשונה. הוא כיהן בתפקיד במשך כחצי שנה, עד להפסדו של בנימין נתניהו בבחירות. לאחר מכן הקים עם שותף משרד עורכי דין עצמאי, אך עזב את המשרד כעבור שנתיים, במרץ 2001, כשמונה שוב למזכיר הממשלה, הפעם בממשלת שרון הראשונה, ושימש בתפקיד במהלך האינתיפאדה השנייה ובעת מבצע חומת מגן. במסגרת תפקידו טיפל, בין היתר, בוועדת מיטשל, ובמאבק נגד הניסיון להקים ועדת חקירה בינלאומית בעקבות הקרב בג'נין במהלך מבצע חומת מגן. עמד בראש ועדה שבחנה עבור ראש הממשלה והקבינט המדיני-ביטחוני את סוגיית עקורי איקרית ובירעם, והמלצותיה אומצו בהחלטת הקבינט. סער פעל גם בכנסת, בשם הממשלה, בחקיקת חוקים רגישים בתחום הביטחוני והפוליטי.