Les idées politiques de Huet, qui se situent dans la lignée d'un socialisme chrétien soucieux de liberté et de justice sociale, suscitent la suspicion dans les milieux universitaires belges, où divers bruits courent sur les activités de la Société Huet. En 1848, Huet et plusieurs de ses étudiants adhèrent à une souscription lancée par un journal gantois en faveur des victimes de la révolution française de février. En outre, divers membres de la Société Huet collaborent à une publication flamande, connue pour ses idées avancées. Le gouverneur de la province de Flandre-Orientale écrit au ministère de l'Intérieur, dénonçant Huet comme un qui a fait de sa maison un lieu de réunion de . Les détracteurs gantois de Huet s'adressent quant à eux directement au Roi Léopold, qui demande à son ministre de l'Intérieur que soit mis un terme au . Des journaux s'en prennent à l'enseignement de Huet jugé contraire à la morale publique, ainsi qu'à ses idées socialistes pourtant modérées et éloignées de tout souhait de révolution violente. Affecté à la fois par des problèmes de santé et par la campagne dirigée contre son enseignement, François Huet finit par demander, en avril 1850, sa mise à la retraite pour raisons de santé, sollicitant en outre un congé d'un an avant de prendre sa retraite définitive. Mais, le 3 septembre, un arrêté royal le déclare émérite et le met directement à la retraite, avec une très modeste pension. Ses élèves, ayant appris dès juillet la mise à la retraite de leur professeur, organisent une manifestation en son honneur en lui remettant une médaille d'or marquée de ces mots .