Во время первой интифады Баргути являлся одним из лидеров восстания, он был инициатором многих массовых митингов и беспорядков. В результате этого он был задержан израильскими властями и депортирован в Иорданию, где пробыл семь лет до того, как ему было позволено вернуться в рамках Соглашений Осло в 1994 году.