Am 6. Oktober 1806 marschierten das 1. und 2. Bataillon des Regiments das Regiment aus Erfurt ab, um sich der preußischen Hauptarmee zum Feldzug gegen die französischen Truppen anzuschließen. Das 3. Bataillon blieb als Garnison in der Stadt. Die beiden ersten Bataillone waren Teil der Streitmacht, die in der Schlacht bei Auerstedt zum Einsatz gelangte, und zerfielen nach der Niederlage: Die Grenadierkompanien lösten sich während des Rückzugs zur Elbe weitgehend auf, Teile des 1. Bataillons flüchteten sich im Laufe des 15. Oktober zurück nach Erfurt, Überreste des 2. Bataillons flohen in die Festung Magdeburg.