W 1904 r. sprowokował wojnę z Japonią, która okazała się pasmem klęsk wojsk carskich i zakończyła się w 1905 japońskim zwycięstwem. Klęska na Dalekim Wschodzie przyczyniła się do wybuchu protestów społecznych, domagających się przeprowadzenia reform społeczno-politycznych. wojsko krwawo rozproszyło pokojową demonstrację w Petersburgu, zorganizowaną przez Gieorgija Gapona. Dokładna liczba ofiar nie jest znana, podawane są dane o zabitych i rannych od 400 do 5000. Car przebywający podczas zajść poza Petersburgiem, w Carskim Siole, po powrocie przyjął zorganizowaną przez władze delegację robotników, którą według cytatu z gazety "Nowosti dnia" „uszczęśliwił” określeniem zdarzeń jako bolesnych, ale i buntowniczych. Zajścia "Krwawej niedzieli" bezpośrednio poprzedziły wybuch rewolucji roku 1905. W konsekwencji Mikołaj II zmuszony był poczynić pewne ustępstwa. wydał manifest powołujący do życia Dumę Państwową, która w założeniu miała być jedynie organem doradczym cara. wydał tzw. manifest październikowy, znoszący część ustaw represyjnych, m.in. pozwolił wtedy na przywrócenie języka polskiego w szkolnictwie Kongresówki. Wprowadził też wolności obywatelskie, m.in. wolność wyznania, wolność słowa, wolność stowarzyszeń. nadał Rosji konstytucję, która gwarantowała carowi prawo weta ustaw głosowanych w Dumie i zapewniała mu szereg innych prerogatyw (w tym mianowanie i odwoływanie rządu, decydowanie o wojnie i pokoju).