سال ۶۵۱ آشوب‌هایی در خلافت آغاز شد و ۶۵۶م به کشته شدن عثمان توسط شورشیان مسلمان انجامید و مردم با علی بیعت کردند. خلافت علی با جنگ‌های داخلی میان مسلمانان شناخته شده به نام فتنه اول همراه بود. علی نخست در نبرد جمل با گروهی از مخالفان به رهبری طلحه، زبیر و عایشه که بصره را تصرف کرده بودند جنگید و آن‌ها را شکست داد. از سوی دیگر، معاویة ابن ابی‌سفیان، حاکم شام، از بیعت سرباز زد و به بهانهٔ قصاص قاتلان عثمان با علی به مخالفت برخاست. علی با معاویه در صفین نبرد کرد و به ناچار به حکمیت تن درداد. در نتیجهٔ حکمیت، خلافت به دو سرزمین به مرکزیت کوفه و دمشق تقسیم شد، که بخش اول تحت فرمان علی و دیگری در دست معاویه بود. سپس، علی با گروهی از مخالفان موسوم به خوارج جنگید. نهایتاً، علی به دست یکی از خوارج، ابن ملجم مرادی، در ۶۶۱ میلادی کشته شد. حسن بن علی پس از پدر به امامت (در دیدگاه شیعیان) و خلافت مشغول شد؛ ولی پس از مدت کوتاهی قرارداد صلح با معاویه را پذیرفت و به سود معاویه از خلافت کناره‌گیری کرد. با پایان خلافت حسن بن علی و قرارداد صلح او با معاویه، خلافت راشدین جای خود را به خلافت امویان داد که از ۴۱ ه‍.ق (۶۶۲م) تا ۱۳۲ ه‍.ق (۷۵۰م) حکومت کرد.