Otto Toivonen oli myös Sotasyyllisyysoikeuden jäsen ja yhdessä kahden muun sosiaalidemokraatin ja Maalaisliiton Lauri Riikosen kanssa äänesti loppuun asti kaikkien syytettyjen vapauttamisen puolesta. Tästä kommunistien lehdet, kärjessä Vapaa Sana ja Työkansan Sanomat, herjasivat häntä raskaasti.