En 1798, Wallis fue comandante general de Venecia. Al año siguiente, durante la Guerra de la Segunda Coalición, comandó parte del ejército de los Habsburgo en Suabia, al mando del Archiduque Carlos. Lideró la tercera columna en el asalto a las posiciones francesas en la victoria de los Habsburgo sobre el Ejército del Danubio del General de División Jourdan en la Batalla de Ostrach el 21 de marzo. Una semana después, en la derrota francesa en Stockach el 25 de marzo, comandó el ala derecha. Del 14 al 25 de abril, mientras el archiduque Carlos estaba indispuesto, Wallis asumió el mando del principal ejército de los Habsburgo acuartelado a orillas del río Rin. Unas semanas más tarde, comandó la reserva en la Primera Batalla de Zúrich el 4 de junio, donde el General de División André Masséna, ahora al mando del "Ejército del Danubio" y del "Ejército de Suiza", fue derrotado y obligado a retirarse a través del río Limago. Durante la batalla, Wallis dirigió cinco batallones de granaderos para asaltar las posiciones francesas en el monte Zúrich. Fue gravemente herido y murió cinco semanas después, el 19 de julio de 1799.