En 1996, Häkkinen prouve que son accident n'a en rien entamé ses qualités de pilote. De son crash, il conserve néanmoins une légère paralysie faciale, ainsi que de forts maux de têtes. La faible compétitivité de la McLaren-Mercedes ne lui permet toujours pas de jouer la gagne et il doit se contenter de quatre troisièmes places comme meilleur résultat. Les choses changent en 1997 avec l'introduction par Mercedes d'un nouveau moteur qui combine performance et faible encombrement. Mais la fiabilité aléatoire du bloc allemand pose problème. Ainsi, Häkkinen abandonne à trois reprises alors qu'il était en tête de la course, notamment à Silverstone, à cinq tours de l'arrivée. Il remporte néanmoins sa première victoire au dernier Grand Prix à Jerez, où son coéquipier David Coulthard et Jacques Villeneuve, sur Williams-Renault, ralenti par son accrochage avec Michael Schumacher, lui offrent la victoire en vue de l'arrivée. Il signe également sa première pole position lors du Grand Prix du Luxembourg. Il termine la saison 1997 à la sixième place avec 27 points.