Во время военного переворота в Нигерии 1966 года Одумегву-Оджукву поддержал правительство генерала Джонсона Иронси и был назначен им военным губернатором . Он был активным сторонником федерализации и децентрализации власти. После произошедшего следом контрпереворота и убийства Иронси, не согласившись с политикой усиления центральной власти и господства исламского севера, Чуквемека объявил восток страны суверенной республикой, что отчасти способствовало переходу от тлеющего межнационального конфликта к полноценной гражданской войне, продолжавшейся более 2 лет и унёсшей жизни от 700 тысяч до 2 миллионов человек. В 1970 году на фоне явного преимущества правительственной армии по «силовому подавлению мятежа» он сложил с себя полномочия командующего Биафры и бежал в Кот-д’Ивуар. Спустя 12 лет Эмека был помилован и активно занимался политической деятельностью в стране вплоть до своей смерти в возрасте 78 лет.