Na zijn terugkeer van het WK -20 van 2015 tekende Milinković-Savić in augustus 2015 bij SS Lazio. Dat betaalde circa € 10 miljoen voor hem aan KRC Genk. Op 18 augustus 2015 debuteerde hij voor Lazio in de play-offs voor de Champions League tegen Bayer Leverkusen als vervanger van Onazi. Dit was ook zijn eerste internationale clubwedstrijd. Vier dagen later maakte hij ook zijn Serie A-debuut tegen Bologna. Dit deed hij door na een uur Lulić te vervangen. Op 17 september 2015 was Milinković-Savić voor het eerst trefzeker voor zijn nieuwe club, in de groepsfase van de Europa League tegen Dnipro. In de Serie A scoorde hij zijn eerste doelpunt op 9 januari 2016 bij een 1–3 overwinning op Fiorentina. In zijn eerste seizoen bij Lazio speelde Milinković-Savić in alle competities 35 wedstrijden, waarin hij drie doelpunten scoorde. In zijn tweede seizoen bij Lazio speelde hij 34 competitiewedstrijden waarin goed was voor vier goals. Lazio verloor de finale van de Coppa Italia op 17 mei 2017 met 2–0. Op weg naar deze finale scoorde hij driemaal. Op 13 augustus 2017 won Milinković-Savić voor het eerst een prijs met Lazio. Juventus werd om de Supercoppa met 2–3 verslagen.