По возвращении в Россию Никитин со своей ротой был назначен в 9-ю артиллерийскую бригаду, с которой и поступил осенью того же 1806 года в Днепровскую армию, бывшую под начальством Михельсона и назначенную для занятия Бессарабии, Молдавии и Валахии. В эту кампанию Никитин участвовал в сражении и занятии города Хотина, а затем, будучи в отряде генерал-лейтенанта Эссена, назначенном прикрывать, по случаю новой войны с Наполеоном, нашу границу от Брест-Литовска до Гродно, принял участие в войне с Наполеоном.