Vuoden 1799 alussa Lefebvre johti Tonavan-armeijan etujoukkoja, mutta joutui jättämään rintaman haavoituttuaan maaliskuussa Stockachin taistelussa vaikeasti käsivarteen. Hänet nimitettiin Pariisiin sijoitetun 17. divisioonan komentajaksi. Pääkaupungin sotajoukkojen komentajana hänen tukensa oli välttämätön Napoléon Bonaparten marraskuussa 1799 suorittamassa brumairekuun 18. päivän vallankaappauksessa. Napoleon järjesti Lefebvrelle vuonna 1800 nimityksen senaattiin ja vuonna 1804 Ranskan marsalkan arvon. Napoleonin keisarinkruunajaisissa Lefebvre sai kantaa Kaarle Suuren miekkaa. Vuonna 1805 hän komensi reservijoukkoja. Neljännen liittokunnan sodan puhjettua lokakuussa 1806 Napoleon nimitti Lefebvren keisarillisen kaartin jalkaväen komentajaksi, missä ominaisuudessa Lefebvre osallistui voitokkaaseen Jenan taisteluun. Siirryttyään X armeijakunnan komentajaksi Lefebvre piiritti Danzigin ja valtasi kaupungin toukokuussa 1807. Tästä hyvästä hänelle myönnettiin vuonna 1808 Dantzigin herttuan arvo.