Alhoewel, tijdens deze periode, werd Truxton verwikkeld in een descutiekwestie over zijn commandantsrang met Richard Dale. Truxton nam het bevel over van de ""USS President"" voor enkele maanden in 1800. Weldra na zijn uitstap uit de Amerikaanse Navy, bevond hij zich eerst in Perth Ambot, New Jersey en later in Philadelphia. Hem werd verzocht een commando over te nemen tijdens de Eerste Barbarijse Oorlog in 1801, maar weigerde dat, en vestigde zich alvast met rustpensioen.