然而，1899年2月4日，美军突然进攻马尼拉市郊的菲军，翌日菲律宾第一共和国向美国宣战，美菲战争爆发，马卡布洛斯效忠的菲律宾共和国政权同时陷入美西战争和美菲战争中，他被任爲旅长，继续抗击美军。12月10日，美西战争结束，战胜国美国攫取了菲律宾统治权。1901年3月21日，菲律宾全境落入美军手中，阿奎纳多被俘投降，共和国覆灭。