Morton foi eleito para o Primeiro Congresso Continental em 1774, e para o Segundo Congresso Continental em 1775. Ele cautelosamente ajudou a mover Pensilvânia em direção à independência, apesar de oposição radical da Constituição de Pensilvânia de 1776. Em junho de 1776, o Congresso começou o debate sobre uma resolução da independência, e a delegação de Pensilvânia ficou dividida, com Benjamin Franklin e James Wilson em favor de declarar a independência, e John Dickinson e Robert Morris em favor dos britânicos. Morton mostrou-se indeciso até 1º de julho, quando ficou do lado de Franklin e Wilson em prol da Independência. Quando a votação final foi feita no dia 2 de julho, Dickinson e Morris abstiveram-se, fazendo com que a delegação de Pensilvânia apoia-se a resolução de independência, sem discordância. Morton assinou a Declaração de no dia 2 de agosto com a maioria dos outros delegados.