Algerian sota syttyi vuonna 1954 ja Salanista tuli Algerian ranskalaisjoukkojen komentaja joulukuussa 1956. Salan oli Algeriassa varsin epäsuosittu vaihtoehto komentajana. Vuonna 1957 hän oli oikeistolaisten ryhmittymien salamurhayrityksen kohde. Hän tuki Charles de Gaullen paluuta valtaan toukokuun 1958 Algerian siirtolaisten kapinan ja Ranskan neljännen tasavallan päättymisen yhteydessä. De Gaullekaan ei kuitenkaan luottanut Salaniin ja tämä syrjäytettiin tehtävistään Algeriassa joulukuussa 1958. Salan jäi eläkkeelle ja asui sittemmin Algeriassa. De Gaulle alkoi sittemmin kannattaa ajatusta Algerian itsenäisyydestä. Salan ja tietyt asevoimien piirit kokivat de Gaullen asennemuutoksen petoksena. 22. huhtikuuta 1961 Salan oli yksi neljästä ranskalaiskenraalista, jotka johtivat oikeistolaisen Organisation de l’Armée Secrèteen (OAS) vallankaappausritystä Algeriassa. Suurin osa Ranskan asevoimista pysyi kuitenkin uskollisena de Gaullelle. Vallankaappausyritys oli kaatunut neljä päivää alkamisensa jälkeen.