W latach 1999–2001 Hildebrand zaliczył osiemnaście występów dla reprezentacji Niemiec do lat 21. W dorosłej kadrze zadebiutował 28 kwietnia 2004 w wygranym 5:1 spotkaniu z Rumunią. W tym samym roku znalazł się w 23-osobowej kadrze powołanej przez Rudi Völlera na mistrzostwa Europy. Niemcy nie wyszli jednak ze swojej grupy, a we wszystkich trzech spotkaniach bronił Oliver Kahn. Następnie Hildebrand wystąpił w Pucharze Konfederacji 2005, w którym razem ze swoją reprezentacją zdobył brązowy medal. Kolejnym wielkim turniejem w karierze Niemca były Mistrzostwa Świata 2006, na których podopieczni Jürgena Klinsmanna także wywalczyli trzecie miejsce. W 2008 nowy trener reprezentacji Niemiec – Joachim Löw nie powołał Hildebranda na Euro 2008.