Karena Paus Pius VI memihak kubu penentang revolusi dalam Perang Koalisi Pertama, Napoleon Bonaparte menginvasi Italia. Sri Paus yang sudah berumur 82 tahun itu digiring sebagai tawanan ke Prancis pada bulan Januari 1798, dan wafat tak lama kemudian. Untuk mengambil hati rakyat, Napoleon mengizinkan Gereja Katolik untuk kembali berkiprah di Prancis dengan menandatangani Konkordat 1801. Tanah-tanah milik Gereja tidak pernah dikembalikan, tetapi para padri dan agamawan lainnya digaji pemerintah, yang mendanai perawatan harta benda Gereja dengan pendapatan pajak. Umat Katolik diizinkan membuka kembali sejumlah sekolahnya. Berakhirnya perang-perang Napoleon yang ditandai penyelenggaraan Kongres Wina, menjadi era kebangkitan Katolik dan kembalinya Negara Gereja menjadi wilayah kedaulatan Sri Paus. Serikat Yesus juga dipulihkan.