Свою юношескую карьеру Стоун начал в команде из ЗХЛ «Брэндон Уит Кингз» в сезоне 2008/09. В первом своём сезоне в ЗХЛ Марк набрал 39 очков в 56 матчах и занял 12-е место по этому показателю среди новичков лиги. Перед началом сезона 2009/10 он вошёл в топ-50 рейтинга проспектов НХЛ по версии Центрального скаутского бюро лиги. В ходе сезона Стоун получил две травмы, сотрясение мозга и перелом большого пальца, по этой причине он сыграл в ЗХЛ лишь 39 игр и набрал 28 очков и на драфте НХЛ 2010 года был выбран лишь в 6-м раунде под общим 178-м номером клубом «Оттава Сенаторз», получив характеристику силового форварда со слабым катанием.