Den 19 mars 1901 invigdes stadens elverk och 1 april följde under pompa och ståt invigningen av spårvägen. I samband med hopslagningen av de olika delar av Thüringen blev Jena 1920 huvudstad i delstaten Thüringen. Staden Jena blev 1922 "kretsfri stad" och samtidigt skapades Landkreis Jena. Under Kristallnatten "(Novemberpogrome)" 1938 skedde antijudiska angrepp och judiska affärer bojkottades och den judiska befolkningen situation försämrades kraftigt.