O navio participou de algumas batalhas da Guerra do Paraguai em 1868 e 1869. Em particular, na Passagem de Humaitá, destacou-se dentre os demais, pois seu capitão, ignorando ordens, conduziu o monitor às barreiras e canhões inimigos sem apoio de outras embarcações, que já haviam atravessado o passo, contribuindo para a vitória dos aliados. Após a guerra, o "Alagoas" foi designado para a recém-formada Flotilha do Alto Uruguai, sediada em Itaqui, onde participou em 1874 de bombardeio contra Alvear, na Argentina, ordenado por Estanisláo Przewodowski em tempos de paz. Foi descomissionado em 1896.