1940年代初期の緊迫した情勢と国力の限界ゆえに、三八式歩兵銃(6.5mm)から九九式小銃・短小銃(7.7mm)へと全面更新することは出来なかったが、九九式短小銃自体は太平洋戦争時の日本軍（陸海軍）主力小銃として使用された。主な配備部隊は南方戦線を中心とし、例としてガダルカナルの戦いの一木支隊。アッツ島の戦いにおける第7師団、ビアク島の戦いにおける第35師団、ペリリュー島の戦いにおける第14師団、フィリピン防衛戦における第68旅団、硫黄島の戦いにおける第109師団。ほかビルマの戦い、サイパン島の戦い、沖縄の戦い、日ソ戦いなどでも使用された。