Von 1711 bis 1716, während des Nordischen Krieges, wurden die Räume als Kaserne, Magazin und Lazarett genutzt, ebenso 1758/59 im Siebenjährigen Krieg. Auch in der Zeit der Napoleonischen Kriege von 1805 bis 1815 diente das gesamte Klostergelände als schwedisches Militärlazarett; der Unterricht fand vorwiegend in den Lehrerwohnungen statt. Ab 1815 wurden die Schulräume restauriert. Zur Feier des 300. Jubiläums der Reformation in Stralsund wurde der große Hörsaal 1823 als Aula eingerichtet. Dabei erhielt er vom Rektor Karl Kirchner die lateinische Inschrift: