En 146 matchs pour les Indians en 2013, Stubbs rehausse légèrement sa moyenne au bâton à ,233 et sa moyenne de présence sur les buts à ,305. Sa production de circuits est à la baisse, avec 10 en 146 matchs, et il produit 45 points. Il ajoute 17 buts volés et est retiré 141 fois au bâton, son meilleur total dans une saison complète. Il soutire 44 buts-sur-balles, seulement deux de plus qu'à sa dernière année à Cincinnati. Il est laissé de côté dans le seul match éliminatoire joué par Cleveland en 2013.