Als am 22. Juni 1795 in Basel der Frieden zwischen Spanien und Frankreich vereinbart wurde, hatte Pérignon fast ganz Katalonien erobert. Bis 1797 vertrat er Frankreich am spanischen Hof, dann erhielt er das Kommando der Armée d’Italie zu einem Zeitpunkt, als viele der französischen Besitzungen an Österreich gefallen waren. In der Schlacht bei Novi, in der General Joubert fiel und Grouchy – später ebenfalls Marschall – unter ihm diente, zeichnete er sich erneut aus, wurde jedoch durch sieben Säbelhiebe schwer verwundet und gefangen genommen.