Negli anni seguenti si limitò a disputare solamente poche corse a ruote coperte, imponendosi nella 24 Ore di Le Mans 1997, suo unico impegno dell'anno, al volante di una TWR-Porsche WSC-95 del team Joest Racing, insieme a Stefan Johansson e Tom Kristensen. L'anno seguente la sua squadra corse in qualità di team ufficiale Porsche, tuttavia Alboreto fu costretto a ritirarsi alla 24 Ore di Le Mans 1998 per problemi di natura elettrica alla sua macchina. Il miglior risultato della stagione fu un secondo posto alla Petit Le Mans. Nel 1999 il team Joest per cui correva, divenne squadra ufficiale Audi Sport, schierando per conto della casa automobilistica tedesca le barchette Audi R8r. Alboreto terminò al quarto posto la 24 Ore di Le Mans 1999, mentre l'anno seguente, al volante della rinnovata R8, concluse al terzo posto finale. Sempre nel 2000 vinse la Petit Le Mans e nel 2001 ottenne la sua ultima vittoria in una competizione motoristica nella 12 Ore di Sebring, in coppia con Capello e Aiello.