W chwili wybuchu II wojny światowej biblioteka posiadała ok. miliona jednostek zbiorów. W 1940 r. połączono biblioteki: Narodową, Uniwersytecką i Ordynacji Krasińskich tworząc Staatsbibliothek Warschau. W czasie okupacji Biblioteka nielegalnie udostępniała swoje zbiory tajnym uniwersytetom: Warszawskiemu i Poznańskiemu.