Na zijn terugkeer werd hij aanvankelijk als held binnengehaald door Filips II, maar door een liefdesaffaire van zijn zoon Fadrique geraakte ook Alva zelf in opspraak. Alva werd verbannen van het hof en bracht zijn tijd door in het kasteel van Uceda. Daar zou hij twee jaar verblijven. Alva bleek in 1580 weer onmisbaar voor Filips, toen in Portugal verzet ontstond tegen Filips' aanspraak op de Portugese troon. Alva werd benoemd tot opperbevelhebber. Na de Slag bij Alcântara (1580) nam hij Lissabon in, verdreef de leider van de opstand en droeg Portugal over aan Filips II.