1933 waren in der inzwischen vereinigten Gemeinde Wilhelmshaven-Rüstringen 191 jüdische Personen registriert. Bis zum Jahr 1938 verließen aufgrund der zunehmenden Entrechtung im Nationalsozialismus etwa 100 Juden die Stadt. Am frühen Morgen des 10. November 1938 wurde die Synagoge vermutlich durch eine größere Menge ausgegossenes Benzin in Brand gesetzt. Die Feuerwehr war lediglich zur Sicherung der umliegenden Gebäude anwesend, bekämpfte das Feuer in der Synagoge jedoch nicht. Da der Brand zunächst nicht die erwartete Wirkung zeigte, wurde er am Vormittag des 10. Novembers erneut gelegt. Er zerstörte den Dachstuhl und den Rest des Gebäudes völlig. Mehrere Dutzend Wilhelmshavener Juden kamen bis zum Ende des Zweiten Weltkriegs in Konzentrationslagern ums Leben. Der Synagogenplatz wurde in den 1970er Jahren als Gedenkstätte hergerichtet.