Elle se révèle en 1994 en remportant la médaille d'or du 1 500 m lors des Championnats du monde juniors de Lisbonne, puis parvient à conserver son titre deux ans plus tard à Sydney. L'année suivante, elle monte sur la troisième marche du podium des Championnats du monde d'Athènes derrière la Portugaise Carla Sacramento et l'Américaine Regina Jacobs. La Suissesse termine au pied du podium de la course courte des Championnats du monde de cross-country 1998 et établit le la meilleure performance de sa carrière à l'occasion de Meeting Herculis de Monaco où elle boucle son 1 500 m dans le temps de 3 min 58 s 20, établissant à l'occasion un nouveau record national. Figurant parmi les favorites des Championnats d'Europe de Budapest, Anita Weyermann se classe troisième de la finale derrière Svetlana Masterkova et Carla Sacramento. En 1999, la Suissesse termine deuxième de la Finale du Grand Prix.