Die Beziehungen Preußens zu Österreich erlitten durch die großen Gebietsgewinne Preußens einen Bruch. Die unstete Neutralitätspolitik des neuen, seit 1797 regierenden preußischen Königes Friedrich Wilhelms III. isolierten das Land zusätzlich. 1806 stand Preußen damit fast allein in der Vierten Koalition der Koalitionskriege Napoleon gegenüber und verlor nach der Schlacht bei Jena und Auerstedt im Frieden von Tilsit 1807 sämtliche linkselbischen Gebiete sowie den größten Teil der Landgewinne aus den Polnischen Teilungen.