Samettivallankumouksen aikana Dubček tuli takaisin. Hän tuki Václav Havelin liikettä. Dubček valittiin kansalliskokouksen puhemieheksi 28. joulukuuta 1989 ja uudelleen vuonna 1990. Hän katsoi samettivallankumouksen olevan voitto hänen ”ihmiskasvoiselle sosialismilleen”. Hän liittyi Slovakian sosiaalidemokraattisen puolueen jäseneksi vuonna 1992. Dubček kuoli syyskuussa 1992 sattuneessa auto-onnettomuudessa saamiinsa vammoihin 7. marraskuuta 1992. Huhuja liikkui siitä, että auto-onnettomuus olisi ollut järjestetty. Hänet haudattiin Slávičie Údolieen Bratislavaan Slovakiaan. Dubčekin kuolema oli isku monille Tšekkoslovakian yhtenäisyyttä kannattaneille. Tšekki ja Slovakia erosivat toisistaan 1. tammikuuta 1993.