Collioure jakautui aiemmin kahdeksi kyläksi, joita erotti Douy-joki. Vanha kaupunki joen eteläpuolella oli "Port d'Avall", nykyisin Le Faubourg, ja ylävirtaan oli satama "Port d'Amunt", nykyisin La Ville. Maréchal de la Meillerayein ranskalaiset joukot valtasivat Colliouren 1642. Vuosikymmen myöhemmin kaupunki antautui Pyreneiden rauhansopimuksella 1659 virallisesti Ranskan valtaan. Kaupungin strategisen merkityksen vuoksi sotilasinsinööri Vauban korjasi Ludvig XIV:n aikana Château Royal de Colliouren linnoitukset ja Fort Saint-Elmen linnakkeen. Silti Espanjan joukot piirittivät Colliouren ensimmäisessä vallankumoussodassa vuonna 1793, mikä oli Espanjan viimeinen yritys saada kaupunki haltuunsa. Saarron mursi vuoden kuluttua kenraali Jacques François Dugommier.