Ради взяли під свій контроль політичне, економічне та культурне життя трьох держав. Вони швидко впроваджували різноманітну політику радянізації : націоналізацію приватних підприємств, земельну реформу в рамках підготовки до колективізації, придушення політичних, культурних та релігійних організацій. Економічне життя було порушено, а рівень життя знижений. Політичні активісти та інші люди, яких називають " ворогами народу ", були заарештовані та ув'язнені. У червні 1941 року під час першої депортації було депортовано близько 17 000 литовців. Подальші репресії запобігли вторгненню нацистів у СРСР. За тиждень Литва перебувала під нацистським режимом. Спочатку німців зустрічали як визволителів від гнітючої радянської влади. Навіть коли литовці розчарувались у нацистському режимі та організували опір, зокрема Верховний комітет визволення Литви, СРСР залишався "Громадським ворогом номер один".