Durch das am 30. September 1938 unterzeichnete Münchner Abkommen wurde Eger mit dem Sudetenland dem Deutschen Reich zugesprochen und einen Tag nach der Unterzeichnung am 1. Oktober 1938 von deutschen Truppen besetzt. Am 3. Oktober besuchte Adolf Hitler die nunmehr deutsche Stadt und wurde dort von der Bevölkerung begeistert empfangen. Bei den kurz danach stattfindenden Pogromen im November 1938 wurde die von 1893 stammende Synagoge zerstört. Am 1. Mai 1939 schied Eger aus dem Landkreis Eger aus und bildete einen eigenen Stadtkreis. Ihr wurde gleichzeitig die Gemeinde Matzelbach angegliedert. Bis zum Jahr 1945 gehörte der Stadtkreis Eger zum Regierungsbezirk Eger im Reichsgau Sudetenland. Der Amtssitz des Regierungspräsidenten befand sich in Karlsbad.