Летом 1941 года, в условиях начавшейся немецкой оккупации, одновременно с созданием раскольнической Украинской автокефальной православной церкви, со своей стороны принял меры для устроения церковного управления на Украине в рамках юрисдикции Московского патриархата: 18 августа 1941 года им было созвано архиерейское совещание в Почаевской лавре, установившее местное автономное церковное управление в подчинении местоблюстителя Московского патриаршего престола, с которым, однако, было невозможно поддерживать живую связь. Совещание епископов предоставило архиепископу Алексию как старшему архиерею Украины права митрополита области. В послании 1 сентября 1941 года архиепископ Алексий отверг Варшавскую юрисдикцию на Украине, сославшись на отказ митрополита Дионисия в 1939 году от возглавления Православной церкви Польши и от управления Волынской епархией, а также на административное разделение между генерал-губернаторством (оккупированной Польшей) и рейхскомиссариатом Украина.