Wilson Eduardo reprezentował Portugalię w juniorskich kategoriach rozgrywkowych, jednak nigdy nie doczekał się powołania do dorosłej kadry. W 2013 roku odmówił powołania do reprezentacji Angoli, które było możliwe ze względu na to, że jego rodzice pochodzą z Angoli. W roku 2019 zawodnik zmienił zdanie, nie doczekawszy się powołania do kadry Portugalii i zadebiutował w afrykańskiej reprezentacji 22 marca 2019 w spotkaniu eliminacji do Pucharu Narodów Afryki 2019 przeciwko Botswanie. Otrzymał powołanie na turniej finałowy i zagrał we wszystkich trzech spotkaniach grupowych, po których Angola pożegnała się z turniejem.