Diyarbakır valisi Bıyıklı Mehmed Paşa’nın Mısır seferinde bulunduğu sırada İdris-i Bitlisî vekâleten Diyarbakır yönetimi ile görevlendirildi. Mercidabık Savaşı’ndan sonra Diyarbakır’a dönen Bıyıklı Mehmet Paşa, onun Diyarbakır halkı üzerindeki etkisinden hoşlanmadı veya kendisinin ya da Bitlisî’nin Diyarbakır’dan alınmasını talep etti. Bunun üzerine İdris-i Bitlisî, padişahın Büyük Mısır Seferi'ne danışman olarak çağrıldı. Maveraünnehir hanlarına yazılacak fetihnameleri kaleme aldı. Mısır’ın ilhakından sonra bölgede kalarak Mısır’a Osmanlı yönetiminin şekillenmesinde rol oynadı.