Juhamatti Aaltonen spielte bereits im Nachwuchsbereich für Kärpät Oulu, für dessen Profiteam er in der &lt;a href="SM-liiga%202003/04"&gt;Saison 2003/04&lt;/a&gt; sein Debüt in der SM-liiga gab. Bereits vor seiner Rookiespielzeit wurde Aaltonen im NHL Entry Draft 2003 in der neunten Runde als insgesamt 284. Spieler von den St. Louis Blues ausgewählt, für die er allerdings nie spielte. Seit seinem Debüt hat der Angreifer mit Kärpät in den Jahren 2004, 2005, 2007 und 2008 vier Mal den Meistertitel in der SM-liiga gewonnen und wurde 2009 Vize-Meister, sowie 2006 Dritter. Zudem erreichte er mit Kärpät in den Jahren 2005 und 2006 zwei Mal das Finale um den IIHF European Champions Cup, wobei das Team jeweils den beiden russischen Vertretern HK Awangard Omsk und HK Dynamo Moskau unterlag.