У сакавіку 2011 года, пасля пачатку грамадзянскай вайны ў Лівіі, Хафтар адправіўся ў Бенгазі. Ваенны прадстаўнік мяцежнікаў паведаміў, што Хафтар далучыўся да апазіцыі і прызначаны камандуючым, але ў Пераходным нацыянальным савеце гэта абверглі. У красавіку 2011 года камандуючым узброеных сіл рэвалюцыянераў быў Абдул Фатах Юніс, яго памочнікам быў Амар Эль-Харэры, які з’яўляецца камандуючым штаба, а Хафтар стаў трэцім сярод старэйшага каманднага складу, камандуючым сухапутнымі сіламі ў званні генерал-лейтэнанта. А не знайшоўшы падтрымкі, Хафтар вярнуўся назад у ЗША.