Obóz został wybudowany w 1939 roku jako "Centraal Vluchtelingenkamp Westerbork" za zgodą rządu holenderskiego i był sfinansowany przez społeczność żydowską. Miał służyć za schronienie dla Żydów, którzy po wydarzeniach Nocy kryształowej z listopada 1938 roku zdecydowali się opuścić Niemcy. Składał się z dużej liczby drewnianych baraków i nowoczesnego drewnianego domu dla dyrektora, wybudowanych z dala od innych terenów zabudowanych. Do 1940 roku do Holandii przybyło 10 000 żydowskich uchodźców, głównie z Niemiec. Pierwszych 22 żydowskich uchodźców zamieszkało w obozie 9 października 1939 roku. Pod koniec kwietnia następnego roku w obozie mieszkało już 749 żydowskich uchodźców.