W latach 2003–2005 uzyskiwał przeciętne wyniki w Pucharze Świata. Na mistrzostwach świata w Val di Fiemme w 2003 był szesnasty na dużej i piętnasty na normalnej skoczni, a razem z Miyahirą, Kasaim i Akirą Higashim wywalczył srebrny medal w konkursie drużynowym. Coraz rzadziej zdobywał punkty, a w pierwszej dziesiątce zawodów pojawił się raptem kilka razy. Jednak 5 lutego 2005 wygrał zawody PŚ w Sapporo, wyprzedzając Thomasa Morgensterna oraz Roara Ljøkelsøya. Było to ostatnie podium zawodów PŚ w karierze Funakiego.