Al año siguiente, se retiró de la selección de Uruguay para dedicarse por completo a River; las copas volverían a Núñez. La primera de ellas fue la más importante: Francescoli lideró un conjunto joven a su segunda victoria de la Copa Libertadores de América en 1996 —igualando al archirrival Boca Juniors. Con esto Francescoli saldó la frustración que le dejó no estar allí cuando River ganó por primera vez la Copa en 1986, debido a su traslado a Francia —"Saldé una deuda conmigo mismo"— declaró. Esta, y la conquista de Uruguay en la Copa América 1995 es tenida por él como el mejor momento de su carrera.