W seniorskiej reprezentacji Paragwaju Aguilar zadebiutował za kadencji argentyńskiego selekcjonera Gerardo Martino, 22 sierpnia 2007 w zremisowanym 1:1 meczu towarzyskim z Wenezuelą. Premierowego gola w kadrze narodowej strzelił natomiast ponad pięć lat później, 16 października 2012 w wygranym 1:0 spotkaniu z Peru w ramach eliminacji do Mistrzostw Świata 2014. Podczas tych kwalifikacji pojawiał się na boiskach czterokrotnie (na szesnaście meczów), a jego drużyna nie zdołała się wówczas zakwalifikować na mundial. W 2015 roku znalazł się w ogłoszonym przez Ramóna Díaza składzie na rozgrywany w Chile turniej Copa América, podczas którego miał pewne miejsce na środku obrony, współtworząc parę stoperów z Paulo da Silvą i wystąpił w pięciu z sześciu możliwych meczów (we wszystkich w pierwszym składzie). Paragwajczycy dotarli natomiast do półfinału, w którym przegrali z Argentyną (1:6), zajmując ostatecznie czwarte miejsce. Rok później po raz kolejny został powołany na Copa América, jednak kilka dni przed rozpoczęciem rozgrywek doznał kontuzji, która wykluczyła go z udziału w imprezie (w składzie zastąpił go Iván Piris).