1938年のユダヤ人排斥運動により、この街のシナゴーグが破壊された。1940年10月22日に、最後までこの街に暮らしていたユダヤ人がゲシュタポに逮捕され、Gursの収容所に移送された。1943年からは、飛行機のモーターのためのナット工場がヴィンターバッハからネッカービショフスハイムに移転してきた。1944年9月から、ネッカービショフスハイムにナッツヴァイラー強制収容所の外郭施設ネッカーエルツ収容所の支所が設けられた。この施設に伴う多くの宿舎や作業所が建設された。1945年の3月末にこの支所は閉鎖され、収容者達は、まずネッカーエルツへ、その後ダッハウ強制収容所へ移送された。ネッカービショフスハイム北駅は、ジーゲルスバッハやオーバーギムペルン（現 バート・ラッペナウの市区）の軍需施設に近い戦略上重要な意義を持つ施設であったため、何度も低空飛行攻撃の標的にされた。