עם פרוץ מלחמת העולם השנייה פיקד פון זאוקן על רגימנט הפרשים ה-2, ולחם עמו במהלך המערכה בפולין ובמהלך המערכה על צרפת. ב-16 בנובמבר 1940 מונה למפקד חטיבת הרובאים ה-4, ופיקד עליה במהלך מבצע ברברוסה ובמהלך הקרב על מוסקבה כחלק מדיוויזיית הפאנצר ה-4 במסגרת הקורפוס הממונע ה-24. ב-24 בדצמבר 1941 מונה למפקד דיוויזיית הפאנצר ה-4, ולחם עימה בבלימת מתקפת הנגד הרוסית כחלק מהקורפוסים ה-24 וה-53 לסירוגין במסגרת ארמיית הפאנצר השנייה. ב-1 בינואר 1942 הועלה פון זאוקן לדרגת גנרל מיור, וב-6 בינואר 1942 קיבל על פעולותיו בקרבות את עיטור צלב האבירים של צלב הברזל, ופרש מתפקידו עקב מחלה. לאחר החלמתו מונה באוגוסט 1942 למפקד בית הספר לשריון בקרמפניץ. ב-1 באפריל 1943 הועלה לדרגת גנרל לוטננט, וב-31 במאי 1943 מונה שוב למפקד דיוויזיית הפאנצר ה-4, שהייתה חלק מקורפוס הפאנצר ה-47 במסגרת ארמיית הפאנצר השנייה, ולאחר מכן השתתף עימה בקרב קורסק כעתודת הארמייה התשיעית, ועל פעולותיו בקרב קיבל ב-22 באוגוסט 1943 תוספת עלי אלון לעיטור צלב האבירים של צלב הברזל. בספטמבר הועברה הדיוויזיה תחת פיקוד קורפוס הפאנצר ה-56 במסגרת הארמייה השנייה. ב-15 בינואר 1944 פרש פון זאוקן לחופשה קצרה, וב-31 בינואר קיבל תוספת חרבות לעיטור צלב האבירים של צלב הברזל. ב-5 בפברואר 1944 מונה שוב למפקד דיוויזיית הפאנצר ה-4, שהייתה חלק מקורפוס הפאנצר ה-56 ולאחר מכן חלק מקורפוס הפאנצר ה-41 במסגרת הארמייה התשיעית. באפריל הועברה הדיוויזיה תחת פיקוד קורפוס הפאנצר ה-56 במסגרת הארמייה השנייה, ובמאי הועברה הדיוויזיה לקבוצת ארמיות דרום אוקראינה כעתודת ארמיית הפאנצר הרביעית.