Nachdem Noguchi 1999 den Halbmarathon von Inuyama gewonnen hatte, beschloss sie, sich auf diese Disziplin zu spezialisieren. In jenem Jahr war Noguchi als Zweite der Weltrangliste klassiert. 1999 wurde sie Zweite bei den Halbmarathon-Weltmeisterschaften und in den beiden folgenden Jahren Vierte. 2001 gewann sie die japanische Firmenmeisterschaft. Bis 2004 nahm sie an 24 Halbmarathons teil, von denen sie 14 gewann, so dass sie als „Königin des Halbmarathons“ bezeichnet wurde. Nur zweimal wurde sie von einer Japanerin geschlagen. Im März 2002 bestritt sie beim Nagoya-Marathon zum ersten Mal die volle Distanz und gewann das Rennen auf Anhieb in 2:25:35 h. Ein Jahr später verbesserte sie als Siegerin des Osaka Women’s Marathon diese Marke auf 2:21:18 h.