Efter andra världskriget lyckades Papon dölja sitt förflutna och gjorde en betydelsefull karriär i det offentliga Frankrike. Han var Paris polischef 1958–1967. Hans roll i två ökända massakrer på demonstranter mot Frankrikes krigföring i Algeriet — massakern i Paris 1961 den 17 oktober 1961 och massakern vid métro Charonne den 8 februari 1962 — blev särskilt beryktad.