Inzwischen waren die verbliebenen Boote der Flottille bereits nach Sizilien verlegt worden, "R 14" und "R 15" am 8. April, "R 10" und "R 16" am 7. Mai 1943. "RA 10", das britische Beuteboot, war schon am 30. April nach einem Bombentreffer vor La Goulette gesunken. Mit der Eroberung Siziliens durch die Alliierten (Juli–August 1943) ging die Rückverlegung der Flottille an die Westküste Italiens einher, nach Anzio und Nettuno. Von dort aus sicherte sie Geleite im Seegebiet zwischen Neapel, La Spezia und Bastia, im August auch bis nach Toulon. Dabei wurden die durch Flugzeugangriffe verursachten Schäden und daher notwendigen Werftliegezeiten immer zahlreicher. Im Juli wurde Kapitänleutnant Walter Klemm neuer Chef der Flottille. Am 13. August 1943 wurde "R 6" bei einem Fliegerangriff vor Civitavecchia versenkt. Nachdem Italien am 8. September 1943 kapituliert hatte, wurden "R 7" und "R13" durch ihrer Besatzungen mit je sechs Wasserbomben am 9. September in Salerno gesprengt, als Schiffsartillerie der alliierten Landungsflotte die Stadt unter Feuer nahm.