Gagné draftades som 22:e spelare totalt av Philadelphia Flyers vid NHL-draften 1998 och var med på träningslägret med Flyers inför säsongen 1999-2000. Under hans rookiesäsong spelade han främst center och gjorde 20 mål och 28 assist på 80 matcher, som var tillräckligt bra för att namnges till NHL All-Rookie Team. Han gjorde 5 mål och 5 assist på 17 matcher under slutspelet före Flyers förlorade mot New Jersey Devils i Eastern Conference-finalen.