Beckers Eltern waren Juden; sein Vater Max Becker, geborener Mieczyslaw Bekker (1900–1972), arbeitete als Angestellter und später als Prokurist in einer Textilfabrik. Nach dem deutschen Überfall auf Polen 1939 wurde Jurek Becker zusammen mit seinen Eltern ins Ghetto von Łódź deportiert. 1944 kam er mit seiner Mutter, Anette Bekker, zunächst in das KZ Ravensbrück und später nach Sachsenhausen bzw. ins KZ-Außenlager Königs Wusterhausen. Dort wurde er am 26. April 1945 durch die Rote Armee befreit.