Al plantearse la unificación de las fuerzas sublevadas en un partido único, Zamanillo se destacó como uno de los principales oponentes a la misma. Inicialmente, en la reunión de Portugal, los tradicionalistas "rodeznistas" (favorables a la unificación) estaban en minoría. No obstante, una vez en España lograron imponerse tras una serie de tensas reuniones. Al proclamarse el Decreto de Unificación, Zamanillo ingresó en una unidad de combate del Requeté y —según algunas fuentes— se planteó ofrecer resistencia armada a la unificación. Finalmente, como integrante del Tercio de Navarra, combatió en el frente vasco y participó en el asedio de Bilbao.