En abril de 1993 Hanna Nasir fue finalmente autorizado a regresar a Palestina, junto con otros 30 deportados, en un gesto conciliador por parte del gobierno israelí durante las negociaciones de paz que llevarían a la creación de un autogobierno palestino. Retomó el puesto de presidente de la Universidad de Birzeit que había reabierto un año antes, tras haber sido clausurada cuatro años y medio por una orden militar durante la Intifada. A pesar de los cierres frecuentes ordenados por las autoridades israelíes y de las detenciones y deportaciones de estudiantes y profesores, la universidad había pasado en apenas 20 años de 250 a 2.500 alumnos, un tercio de ellos mujeres. Hanna Nasir se jubiló como presidente en 2004, pero sigue siendo miembro del Consejo de Administración.