Questo positivo momento per Mandžukić s'interrompe nell'estate 2013, quando a Monaco di Baviera approda Josep Guardiola, fautore di un sistema di gioco — il cosiddetto "tiki-taka" — che rifugge da una classica prima punta, qual è invece il croato che di conseguenza non si trova a proprio agio con i nuovi schemi portati dal tecnico spagnolo. La stagione 2013-14 si apre il 30 agosto con la vittoria della Supercoppa UEFA, ottenuta sconfiggendo ai tiri di rigore la compagine londinese del , dopo che i tempi regolamentari e supplementari si erano conclusi sul 2-2. Nel corso dell'annata troviamo un Mandžukić sempre più insofferente verso la filosofia calcistica di Guardiola, pur rimanendo prolifico sottoporta; con la squadra tedesca conquista altri tre titoli: la Coppa del mondo per club, con un 2-0 al nella finale del 21 dicembre, la Bundesliga, vinta matematicamente il 25 marzo 2014 con ben sette giornate d'anticipo, e la Coppa di Germania, grazie al 2-0 del 17 maggio sul Borussia Dortmund.