בשנת 1943 שירת מיקווה במטה הכללי הקיסרי, וב-1944 הוא פיקד על צי המשלוח השני לפיליפינים. מאוחר יותר באותה שנה קיבל את הפיקוד על צי אזור דרום-מערב המצומצם, ועל כוח האוויר ה-13. לאחר קרב מפרץ לייטה באוקטובר 1944 שב מיקווה ליפן, ובמאי 1945 פרש מהצי הקיסרי.