Kyle Wanvig begann seine Karriere als Eishockeyspieler in der kanadischen Juniorenliga Western Hockey League, in der er von 1997 bis 2001 für Edmonton Ice, Kootenay Ice und die Red Deer Rebels aktiv war. Seine erfolgreichste Spielzeit hatte er in der Saison 2000/01, seinem letzten Juniorenjahr, als er mit den Red Deer Rebels zunächst den Ed Chynoweth Cup, die WHL-Meisterschaft, sowie anschließend den Memorial Cup, die Meisterschaft der Canadian Hockey League gewann. Zudem erhielt er die Stafford Smythe Memorial Trophy als wertvollster Spieler des Memorial Cup-Turniers. In seiner WHL-Zeit wurde der Flügelspieler zunächst im NHL Entry Draft 1999 in der dritten Runde als insgesamt 89. Spieler von den Boston Bruins ausgewählt. Da diese ihn anschließend nicht unter Vertrag nahmen, konnte er im NHL Entry Draft 2001 in der zweiten Runde als insgesamt 36. Spieler von den Minnesota Wild gedraftet werden.