У липні 2002 року Фердінанд перейшов до «Манчестер Юнайтед» за 30 млн фунтів, знову побивши клубний трансферний рекорд. У першому ж сезоні за «Юнайтед» він виграв Прем'єр-лігу. 2003 року Ріо відмовився пройти обов'язковий тест на допінг, за що отримав восьмимісячну дискваліфікацію (починаючи з січня 2004 року), пропустивши половину сезону в Прем'єр-лізі, а також Євро-2004. Після закінчення дискваліфікації він твердо закріпився в основному складі «Манчестер Юнайтед» та заслужив визнання своїми виступами, тричі потрапляючи до складу «команди року за версією ПФА». Він виграв Прем'єр-лігу в сезонах , , , та , а також Лігу чемпіонів 2008 року. Всього за «Манчестер Юнайтед» провів 12 сезонів, зігравши за цей час 455 офіційних поєдинків за клуб (8 голів), з них 312 в Прем'єр-лізі (7 голів).