Сергей Гайдученко начал свою профессиональную карьеру в 2007 году в составе новокузнецкого «Металлурга».В том же году на драфте НХЛ он был выбран в 7 раунде под общим 202 номером клубом «Флорида Пантерз». В том сезоне Гайдученко стал финалистом Кубка Гагарина. В следующем году Сергей принял участие в 20 играх ярославцев, выступая в команде вместе с Георгием Гелашвили.