1938 veröffentlichte er sein Werk "Lenin als Philosoph" unter dem Namen John Harper. Während des Zweiten Weltkrieges arbeitete Pannekoek an seinem Buch "Arbeiterräte", das 1946 unter dem Pseudonym P. Aartsz in zwei Teilen veröffentlicht wurde. Die Fertigstellung des Manuskriptes war mühsam, da während der Schlacht um Arnheim im Jahre 1944 Pannekoeks Archiv größtenteils verbrannt war. In den Folgejahren blieb Pannekoek seinen Überzeugungen treu und korrespondierte u. a. mit Cornelius Castoriadis, veröffentlichte aber nur noch sehr wenige Artikel.