Wybuch II wojny światowej otworzył najbardziej tragiczny rozdział w historii diecezji chełmińskiej. Okupanci niemieccy zamordowali 356 kapłanów kapłanów diecezjalnych, w tym niemal wszystkich kanoników pelplińskich oraz profesorów tamtejszego Wyższego Seminarium Duchownego i słynnego "Collegium Marianum". Katedrę w Pelplinie obrabowano i zbezczeszczono, urządzając w niej szkołę policyjną. Archiwum diecezjalne wywieziono. Również wiele innych kościołów pozamykano, przeznaczając budynki na inne cele (garaże, kina, magazyny), dokonywano aktów profanacji i złośliwych zniszczeń (między innymi obiektów sakralnych Kalwarii Wejherowskiej). Używanie języka polskiego podczas mszy, a nawet spowiedzi, było surowo karane. W dniu 29 listopada 1939 roku Stolica Apostolska mianowała niemieckiego biskupa Gdańska Karola Marię Spletta administratorem diecezji chełmińskiej (pod nieobecność biskupa Wojciecha Okoniewskiego, który po wybuchu wojny zbiegł za granicę), co stało się bez konsultacji z polskim rządem, a zatem z pogwałceniem zapisów obowiązującego konkordatu.