6 listopada 1939 r. został aresztowany i osadzony w piwnicy gmachu gestapo przy ul. Poniatowskiego 5. Niektórzy Niemcy bydgoscy oskarżali go o to. że w dniu 3 września 1939 r. (tzw. „krwawa niedziela”) wydawał broń ludności cywilnej. Nie mieli jednak dowodów, a również gestapo nie zdołało udowodnić jego winy. Dzięki interwencji pewnego kupca niemieckiego, mającego dostęp do gestapo, został 12 listopada 1939 r. zwolniony, z zastrzeżeniem, iż z parafianami będzie się mógł kontaktować tylko urzędowo. Jednak wbrew zakazowi okupanta i stałego zagrożenia aresztowaniem, spowiadał w języku polskim, podtrzymywał parafian na duchu oraz wspierał ich materialnie. W czasie okupacji plebania szwederowska stanowiła komórkę kontaktową AK i miejsce „tajnego miniseminarium duchownego”.