Noto per aver promosso attività di ribellione patriottica all'interno del clero filippino, partecipò alla Guerra filippino-americana per combattere la presenza statunitense nel paese. Per diverse sue azioni ritenute intollerabili dalla Chiesa cattolica, fu scomunicato dall'Arcivescovo di Manila Bernardino Norzaleda y Villa nel maggio 1899, sotto richiesta di Papa Leone XIII. Successivamente divenne uno stretto collaboratore di Isabelo de los Reyes, con il quale fondò la Chiesa filippina indipendente nel 1902. Quest'ultima rifiutava l'autorità spirituale del Papa e abolì il celibato ecclesiastico, permettendo a tutti i suoi membri di sposarsi.