Sul finire del 1799 il Governo Provvisorio della Repubblica Ligure, subentrato alla soppressa Repubblica di Genova dopo gli eventi napoleonici, accusò l'ex doge Ayroli di aver partecipato assieme ad altri esponenti nobiliari alla sommossa popolare del 4 settembre 1799. Condannato al pagamento di 50.000 lire genovesi, fu poi scagionato ed evitò l'arresto.