Brasilian A-maajoukkueessa Rodrigo Caio pelasi ensimmäisen ottelunsa 30. toukokuuta 2016, kun Brasilia voitti ystävyysottelussa Panaman 2–0. Rodrigo Caio oli mukana Copa América Centenariossa vuonna 2016, muttei päässyt kentälle. Hän kuului Brasilian joukkueeseen myös Brasilian olympialaisissa 2016.