Две самые большие волны депортаций произошли в июне 1941 года и в марте 1949 года одновременно во всех трёх странах Балтии (Эстония, Латвия и Литва). Депортации подвергались различные категории лиц, причисляемых к антисоветским элементам и «врагам народа»: это были националисты (т. е. политическая элита, военные, полицейские), партизаны (т. е. лесные братья), кулаки и другие. Имели место депортации по национальному признаку (немцы в 1945 году, финны-ингерманландцы в 1947―1950 гг.) и религиозному (свидетели Иеговы в 1951 году). Эстонцы, проживававшие в Ленинградской области подвергались депортации ещё с 1935 года.