Ο Μιχάλης Κακιούζης διετέλεσε βασικό στέλεχος της εθνικής Ελλάδος καθώς και αρχηγός της ομάδας. Με την Εθνική ομάδα πήρε μέρος στα Ευρωμπάσκετ του 1999, 2001, 2003, 2005, 2007. Ήταν επίσης παρών στους Ολυμπιακούς αγώνες της Αθήνας το 2004 και στο Παγκόσμιο πρωτάθλημα του 2006.