Na een korte periode van quarantaine werd Rapp weer vrijgelaten om terug toe te treden tot het leger. Op 14 juni 1800 werden zowel Desaix als Kléber gedood: de eerste bij de Slag bij Marengo en de tweede in Caïro bij een moordaanslag. Rapp werd verkozen door Napoleon als zijn "aide de camp", een rol die hij tot 1814 vervulde. Hij kreeg een aantal vertrouwelijke missies, met name in de Vendée van juli tot augustus 1800, en werd ook belast met de organisatie en het commando van het Egyptische mammelukken eskadron in Marseille. Hij voltooide ook een aantal missies in België (februari tot maart 1803) en Zwitserland voordat Rapp naar Hannover en de monding van de Elbe werd gestuurd, waar hij toezicht hield op de verdedigingsvoorbereidingen tegen mogelijke Britse legerexpedities.