Végül Hamburgban az amerikai hadsereg felvette. 1864 nyarán, 17 évesen, anyja akarata ellenére kivándorolt, és az északiak oldalán részt vett az amerikai polgárháborúban (hasonlóan az 1848-49-es magyar forradalom utáni magyar kivándorló generáció sok tagjához). New Yorkban a főleg németekből, de számos magyarból is álló 1. számú önkéntes Lincoln-lovasezredbe sorozták be. Az ezreddel Pulitzer négy kisebb ütközetben vett részt, majd az ezredet 1865. június 24-én leszerelték a virginiai Alexandriában, utolsó zsoldját 1865. július 7-én kapta meg. New York-ban nem talált munkát.