בעקבות נפילת העמדות הצרפתיות בידי הקואליציה האנטי-צרפתית השנייה וכיבוש מילאנו על ידי הצבאות האוסטרי הרוסי בפיקודו של הגנרל סובורוב נמלט בוסי לשאמברי, בה פעל להנפקת דרכונים לשם חילוצם מאיטליה של הגולים הליגורים. עם חזרתו של נפוליאון מהמסע במצרים ואחרי קרב מרנגו (14 ביוני 1800 חזר השלטון הצרפתי לצפון איטליה ונמשך עד שנת 1814. בתקופה זו עלה בוסי בהייררכיה המנהלית והאריכונאית.