Po jeho smrti se ujal vedení jeho nejstarší syn Karel, který se vrátil do Prahy ze studií v Paříži. Realizoval plán svého otce na zbudování větší lékárny a přikoupil další objekt, na jejichž místě nechal vystavět novorenesanční bytový dům s lékárnou a výrobní laboratoří v suterénu. Ve své době se jednalo o nejmodernější lékárnu v Praze. Firma pod názvem B. Fragner se nadále zdárně rozvíjela, ve 30. letech 20. století pak v Dolních Měcholupech u Prahy vystavěla moderní výrobní farmaceutický závod podle návrhu nejstaršího syna, architekta Jaroslava Fragnera. Po únoru 1948 byl podnik znárodněn a přejmenován na SPOFA, na jehož základě po roce 1989 vznikla farmaceutická firma Zentiva.