Від початку окупації Кракова в будівлі функціонувала нацистська поліцейська в'язниця підпорядкована Гестапо. Монтелюпіх була визнана «однією з найстрашніших нацистських в'язниць в окупованій Польщі». У 1940—1944 рр. за гратами Монтелюпіх побувало близько 50 000 осіб. Окрім місцевих жителів, яких було спіймано під час вуличних облав, званих в народі «лапанками», у в'язниці утримували також британських та радянських шпигунів, затриманих парашутистів «тихотемних» і навіть звичайних кримінальних злочинців. Окрім вже перелічених груп в Монтелюпіх відвезли затриманих професорів Ягеллонського університету, яких нацистські спецслужби заарештували в результаті акції Sonderaktion Krakau. Ціллю даної акції було придушення діяльності краківської інтелігенції. В часи війни тут відбувались масові розстріли в'язнів. Утримуваних в Монетлюпіх арештованих страчували не тільки на території закладу. Більшість затриманих, після допитів, були перевезені в концтабори Аушвіц та Плашув.