Λίγο πριν το Δεύτερο Παγκόσμιο Πόλεμο, περίπου το 50% του πληθυσμού της πόλης ήταν Εβραίοι. Όταν οι Γερμανοί εισέβαλαν στην Πολωνία τον Σεπτέμβριο του 1939 και κακοποίησαν αμέσως τον πληθυσμό. Μερικοί Πολωνοί από τη Βάρτα δολοφονήθηκαν από τη Βέρμαχτ στις 7 Σεπτεμβρίου 1939, στο κοντινό χωριό Βιλάζουουφ. Κατά τη διάρκεια της γερμανικής κατοχής, οι Εβραίοι απήχθησαν για καταναγκαστική εργασία, ληστεύτηκαν από τα υπάρχοντά τους και στις αρχές του 1940, εξαναγκάστηκαν να ζήσουν σε γκέτο, αφήνοντας πίσω τους τα έπιπλα και άλλα αγαθά για ντόπιους και Γερμανούς. Τον Απρίλιο του 1940, οι Γερμανοί δολοφόνησαν 499 ασθενείς του τοπικού ψυχιατρείου στο πλαίσιο του "Aktion T4" ("Πρόγραμμα Ευθανασίας Τ4"). Οι επόμενοι 82 ασθενείς δολοφονήθηκαν τον Ιούνιο του 1941. Και στις δύο περιπτώσεις, οι ασθενείς σκοτώθηκαν σε φορτηγό αερίων. Την άνοιξη του 1942, πολλοί Εβραίοι, συμπεριλαμβανομένου του ραβίνου, κρεμάστηκαν, με τη δικαιολογία πως δήθεν έστειλαν ψωμί σε Εβραίους που είχαν σταλεί σε στρατόπεδα καταναγκαστικής εργασίας. Τον Αύγουστο του 1942, όλοι οι Εβραίοι μαζεύτηκαν και κρατήθηκαν σε μια εκκλησία για τρεις ημέρες χωρίς τίποτα για φαγητό. Κάποιοι πέθαναν από πείνα και δίψα, άλλοι πυροβολήθηκαν εκεί. Στη συνέχεια, περίπου 1.000 στάλθηκαν στο στρατόπεδο εξόντωσης του Χέλμνο, όπου πυροβολήθηκαν αμέσως. Λίγες εκατοντάδες στάλθηκαν στο Γκέτο του Λοτζ. Ο αριθμός των προπολεμικών Εβραίων επιζώντων είναι ασαφής, με τουλάχιστον 50 και ίσως κοντά στους 200. Περισσότεροι από 40 εγγράφηκαν εκεί μετά τον πόλεμο, αλλά δύο σκοτώθηκαν από Πολωνούς κομμουνιστές μετά το τέλος του πολέμου και οι άλλοι έφυγαν από την πόλη.