Krste Velkoski spielte für die U17, U19 und die U21-Nationalmannschaft. Seit 2014 spielt er für die A-Nationalmannschaft von Mazedonien. Sein Länderspieldebüt gab er am 8. September 2014 in einem EM-Qualifikationsspiel gegen Spanien. Für die EM 2021 wurde er in den nordmazedonischen Kader nominiert, kam aber mit diesem nicht über die Gruppenphase hinaus.