Po wybuchu II wojny światowej, Stado liczące ponad 120 koni wyewakuowano na wschód, jednak w czasie ewakuacji zostało ono zbombardowane i ostrzelane przez armię radziecką; od odłamka zginął dyrektor Nosarzewski. Ostatecznie po niedługim czasie, Stado powróciło do Bogusławic, gdzie przeszło pod władzę okupanta niemieckiego. W roku 1945 zarządzono ewakuację koni na zachód, co doprowadziło je do prawie zupełnego wyniszczenia.