В 2001 году в ходе Второй чеченской войны в небе над Нестеровской был смертельно ранен командир вертолётной эскадрильи пограничник Леонид Константинов, посмертно удостоенный звания Героя Российской Федерации. В 2004 году средняя школа станицы Нестеровской была выбрана террористом Абу Дзейтом в качестве «запасного» объекта для атаки в случае, если захват школы № 1 в Беслане потерпит неудачу, но нападение на Нестеровскую по ряду причин не состоялось. В 2006 году в бою с членами исламистского бандподполья в станице Нестеровской погиб чеченский милиционер Муслим Исмаилов, посмертно удостоенный звания Героя Российской Федерации.