In realtà ben presto le truppe francesi dovettero affrontare l'insurrezione reazionaria della popolazione della Calabria e le truppe britanniche sbarcate nel Golfo di Sant'Eufemia; fino al 1808 una parte dei reparti francesi presenti in Italia dovettero essere impiegate, al comando del maresciallo Massena e del generale Jean Reynier, in una spietata repressione della sollevazione legittimista e in difficili operazioni belliche per contrastare e respingere i britannici. Durante la guerra della quarta coalizione, il maresciallo Massena fu richiamato dalla penisola e impegnato nella primavera 1807 nel comando di un corpo d'osservazione in Polonia e l'Armata d'Italia venne schierata in Italia settentrionale al comando diretto del viceré Eugenio di Beauharnais per controllare eventuali iniziative austriache; oltre 120.000 soldati francesi furono ammassati in Italia in questo periodo delle guerre napoleoniche.