In 1580 ontstond in Portugal een opvolgingsprobleem, omdat de koninklijke familie van Portugal uitstierf. Filips' moeder was een Portugese prinses en Filips benoemde zichzelf op grond daarvan tot koning van Portugal. Dit werd in eerste instantie door de Portugese bevolking niet geaccepteerd, waardoor Filips II overging tot een invasie en bezetting van het land. Hij zette met succes de toen al oude 'ijzeren hertog' van Alva voor de laatste maal in. Deze won de Slag bij Alcantara. Portugal zou 60 jaar deel uitmaken van het Spaanse Rijk. De annexatie van Portugal leverde nieuwe koloniën en rijkdommen op, waardoor de financiële problemen van Filips enigszins verlicht werden.