Хајдрих је био један од организатора "Кристалне ноћи", погрома Јевреја широм Немачке у ноћи 9. на 10. новембар 1938. Хајдрих је те ноћи послао телеграм разним службеницима СД и Гестапоа како би олакшао координацију програма са СС, СД, Гестапо, униформисаном полицијом (Орпо), СА, нацистичким службеницима, па чак и ватрогасцима. У телеграму се говори о дозвољавању паљевина и уништавања јеврејских радњи и синагога, и наређује се конфискација свог „архивског материјала“ из центара јеврејских заједница и синагога. Телеграм је наређивао да „што више Јевреја (колико год је могуће сместити у постојеће установе за притвор)  – поготово имућнијих Јевреја – буде ухапшено у свим општинама ... Одмах након што се хапшења спроведу, одговарајући концентрациони логори треба да буду обавештени како би се Јевреји сместили у логоре што је пре могуће.“ Двадесет хиљада Јевреја је послато у концентрационе логоре у данима који су уследили одмах након погрома; историчари сматрају Кристалну ноћ почетком Холокауста.