Vaikka Marseljeesi yhdistettiin pian Ranskan vallankumoukseen ja tasavaltaan, Rouget de Lisle ei itse ollut vallankumouksellinen ja hän kieltäytyi vannomasta monarkiaa vastaan suunnattua uskollisuudenvalaa tasavallalle. Hänet erotettiin armeijasta kertaalleen syksyllä 1792 hänen arvosteltuaan kuningas Ludvig XVI:n vangitsemista ja lopullisesti elokuussa 1793. Rouget de Lisle vangittiin terrorin aikana, mahdollisesti koska hän oli arvostellut pormestari Dietrichin teloitusta, mutta hänet vapautettiin Robespierren kukistumisen jälkeen. Hän soti tämän jälkeen kenraali Lazare Hochen armeijassa ja haavoittui vuoden 1795 Quiberonin taistelussa. Rouget de Lisle jätti lopulta armeijan keväällä 1796 omistautuakseen musiikille ja runoudelle. Napoleon tilasi häneltä uuden sotalaulun, mutta ei pitänyt siitä, minkä vuoksi Rouget de Lisle pysyi syrjässä koko Napoleonin valtakauden ajan. Hän muutti vuonna 1812 vanhalle kotiseudulleen Montaiguun ja vuonna 1817 Pariisiin, jossa hän julkaisi vuonna 1825 laulukokoelman "Chants français". Hän eli vuosia köyhyydessä, mutta kun Marseljeesi vuoden 1830 heinäkuun vallankumouksen jälkeen palautettiin arvoonsa, kuningas Ludvig Filip I myönsi hänelle kruunun eläkkeen ja nimitti hänet Ranskan kunnialegioonan ritariksi. Marseljeesista tuli virallisesti Ranskan kansallislaulu kolmannen tasavallan aikana vuonna 1879.