Özvegy anyja a Direktórium idején szalont tartott Párizsban. Itt ismerkedett meg Napoléon Bonaparte tábornokkal. 1796. március 9-én Párizsban összeházasodtak. Bonaparte 1797-ben tiszti rangot adott Eugène-nek. A fiú részt vett a vendée-i felkelők elleni hadjáratban, harcolt Quiberonnál. Anyja azonban elérte, hogy hazahívják. Napóleon megtette segédtisztjének "(aide de camp)". Mielőtt azonban magával vitte volna őt az itáliai hadjáratba, befejeztette vele félbehagyott tanulmányait. Eugène követte Bonaparte tábornokot az egyiptomi expedícióra is, ahol részt vett a legvéresebb harci műveletekben. Harcolt Szuez ostrománál. 1798. november 8-án az előőrs élén ő hatolt be elsőként a várba, tettéért hadnagyi rangba jutott. Harcolt a jelentős abukiri csatában és Akkó ostrománál is.