Formado en la cantera del Sporting, debutó en Primeira Liga con el conjunto lisboeta en 1990, fichando en 1995 por el Barcelona, en el que permaneció cinco temporadas, logrando dos ligas, dos copas del rey y dos títulos continentales. En el año 2000 se unió al Real Madrid, en un de 10 000 millones de pesetas (60 M€), convirtiéndose en el primero de los cuatro fichajes «galácticos», que realizó el presidente Florentino Pérez entre 2000 y 2003 (Figo, Zidane, Ronaldo y Beckham). Su palmarés con el Real Madrid, fue de dos Ligas, dos Supercopas de España, una Liga de Campeones, una Supercopa de Europa y una Copa Intercontinental, alcanzando a nivel individual el máximo reconocimiento con un «Balón de Oro» y un «FIFA World Player». Su último club como profesional fue el Inter de Milán (2005-2009), con el que logró cuatro «Scudetti» en sus cuatro temporadas como «nerazzurro».