Yhdysvallat miehitti Manilan vuonna 1898 Espanjan–Yhdysvaltain sodan aikana ja hieman myöhemmin he voittivat kansallismieliset filippiiniläiset sodassa 1899–1902. Vuonna 1903 Manilan asukasluku oli 219 928 ja vuoteen 1935 mennessä se nousi lukemaan 620 000. Filippiinit oli vuoteen 1901 saakka sotilashallinnon alaisuudessa, mutta sen jälkeen Manilasta tuli itsehallinnollisen liittovaltion pääkaupunki. Toisen maailmansodan sytyttyä Manila julistettiin avoimeksi kaupungiksi ja japanilaiset joukot miehittivät sen tammikuussa 1942. Japanilaisten saapuminen ei aiheuttanut juurikaan tuhoja, mutta kaupunki tuhoutui lähes täysin amerikkalaisjoukkojen vallatessa kaupungin takaisin vuonna 1945. Filippiinit itsenäistyi vuonna 1946 ja Manilasta tuli uuden maan pääkaupunki. Sen jälleenrakennusta vauhditti Yhdysvalloista saatu apu. Vuonna 1948 pääkaupunki siirrettiin Quezon Cityyn lähelle Manilaa, mutta se siirrettiin takaisin Manilaan vuonna 1978. Manila kasvoi ja teollistui huomattavasti 1900-luvun aikana, mikä johti toisaalta ongelmiin esimerkiksi saasteiden ja ylikansoittumisen takia. Yhteiskuntavakautta ovat horjuttaneet myös islamistiset ja kommunistiset terroristiryhmät.