Nel 2006 Chris DiDomenico esordì nella Quebec Major Junior Hockey League con i Saint John Sea Dogs. La sua prima stagione si concluse con 75 punti ottenuti in 70 partite di stagione regolare, e gli valsero l'elezione nell'All-Rookie Team della lega. Nella stagione successiva, dopo essere stato scelto dai Toronto Maple Leafs, DiDomenico si migliorò ancora arrivando a concludere la stagione 2007-08 con 95 punti, frutto di 39 reti e 56 assist. Nel 2009, il giorno dopo la vittoria del titolo mondiale U20, nel quale giocò in linea con John Tavares e Jordan Eberle, fu scambiato con i Drummondville Voltiguers, squadra con cui concluse la stagione regolare e vinse i playoff, con 60 punti in 40 gare disputate.