En julio de 2016 luego de que Argentina perdiera la final de la Copa América Centenario ante Chile y la renuncia de Gerardo Martino a la banca de la selección, la AFA tenía planeado como reemplazante a Sampaoli que recién había asumido su cargo en el club español. Ante la posibilidad de dirigir a la selección, cercanos al entrenador señalaron que esta «"dispuesto a todo por dirigir la albiceleste"» La alta cláusula de salida que le puso el Sevilla a Sampaoli y la crisis económica de la AFA hicieron que finalmente el cargo de D.T. de la selección Argentina lo tomará Edgardo Bauza, a pesar de que en un momento se especuló con que el gobierno argentino pondría el dinero necesario para pagar la cláusula además de que Sampaoli dirigiera a la selección y Sevilla al mismo tiempo. Luego de que los resultados de Argentina al mando de Bauza no fueran los mejores sobre todo en la derrota por 3-0 ante Brasil, nuevamente se empezó a especular con la llegada de Sampaoli. Esta situación desató la molestia de los dirigentes e hinchas del Sevilla, ya que Sampaoli se reunía con dirigentes de la AFA mientras aún era técnico del club andaluz, esto ocasionó que Sevilla emitiera un comunicado oficial expresando su malestar. Finalmente el 1 de junio de 2017 se oficializó la salida de Sampaoli del Sevilla y su llegada a la selección argentina.