Gutiérrez est alors vice-président et reste l'homme fort du régime. Deux semaines après que Duarte est entré dans la Junte, l'archevêque Oscar Romero est tué lors d'une messe dans une église catholique de la capitale. Le , le Front Farabundo Martí de libération nationale (FMLN) lance une insurrection générale contre le gouvernement. Le régime reçoit une aide militaire immédiate des États-Unis, et est soutenu par des conseillers militaires dépêchés, pendant cette guerre civile salvadorienne.