לאחר תקופת תיקונים ארוכה ב-1943 בחוף המערבי של ארצות הברית שבה אנטרפרייז לזירת האוקיינוס השקט והשתתפה בכל הפלישות העיקריות לאיי מרכז האוקיינוס השקט, לרבות בקרב ים הפיליפינים ובקרב מפרץ לייטה. בשלהי המלחמה הצטרפה לאוניות הצי בקרב אוקינאווה ושם, ב-14 במאי 1945, נפגעה על ידי מטוס שהוטס על ידי טייס קמיקזה יפני וספגה נזקים חמורים. בכך הסתיימה תקופת שירותה כנושאת מטוסים. בבוא יום הניצחון על יפן היא הייתה עדיין מושבתת, אך לאחר מכן היא הוכשרה להשתתף בהשטת חיילי צבא ארצות הברית חזרה למולדתם במסגרת מבצע מרבד קסמים.