Em novembro de 1939 (durante a ocupação nazista), por iniciativa do advogado ucraniano Harasimov, prefeito nomeado pelo invasor, cerca de 100 famílias judias foram expulsas para além do rio San. As autoridades soviéticas contudo, não as deixaram entrar nos territórios ocupados pela União Soviética e depois de duas semanas elas retornaram. Em agosto de 1942, os alemães deportaram judeus de Pruchnik para o gueto de Bircza e depois os mataram nas florestas de Wólka Pełkińska. Alguns deles foram levados pelos alemães ao cemitério católico de Pruchnik e mortos a tiros. Após a guerra, um memorial foi colocado no local das morte e um pedestal com a inscrição "Nesses campos, de 1942 a 1943, criminosos nazistas assassinaram 67 pessoas de nacionalidade judaica. Pruchnik - setembro de 1969 ". Os judeus deixados para trás pelos alemães foram enviados para um campo de trânsito em Pełkinia ou para o campo de extermínio em Bełżec. Um cemitério judeu devastado sobreviveu na cidade.