У 2000 році Мора вдруге взяв участь у розіграші Золотого кубка КОНКАКАФ. На турнірі він зіграв у матчах протиКанади, Гватемали та Тринідаду і Тобаго. У поєдинку проти гватемальців Еміліо забив свій перший гол та єдиний за національну команду.