Selepas aksi Euro 2004, jurulatih kebangsaan baru, Marco van Basten melantik Davids sebagai kapten pasukan. Walau bagaimanapun, berikutan prestasi Davids di Inter dilihat kurang menonjol, Davids kehilagan tempatnya dalam pasukan kebangsaan pada Oktober 2004. Sarung lengan kapten diserahkan kepada Edwin van der Sar. Pada pusingan kelayakan ke Piala Dunia 2006, beliau beraksi semula untuk pasukan kebangsaan tetapi tidak menjadi kapten pada Oktober 2005. Beliau akhirnya disisihkan dari skuad Piala Dunia 2006.