V roku 1967 prešlo múzeum v dôsledku šesťdňovej vojny pod izraelskú správu. Na rozdiel od priebehu Suezskej krízy, sa Zvitky od Mŕtveho mora nesťahovali na bezpečnejšie miesto ako bola "Osmanlı Bankası". V dôsledku toho utrpeli v tej dobe niektoré zbierky značné škody. Palestínski Arabi múzeum napadli a pokúsili sa ukoristiť časť obsahu, Nadžíb bol pod hrozbou zbrane požiadaný o odomknutie sklenených dosiek, na ktorých boli nasnímané zvitky. Ten zaklamal, povedal, že nemá kľúče, a dodal, že on sám je Arab. Po troch dňoch ho prepustili. Čoskoro potom, čo Arabi stratili kontrolu nad múzeom, používali izraelské ozbrojené sily časť múzea ako rozhľadňu.