Między wrześniem i listopadem 1919 Kowtiuch dowodził nowo sformowaną 48. Dywizją Strzelecką, następnie od grudnia 1919 do marca roku następnego – 50. Tamańską Dywizją Strzelecką. W sierpniu 1920 r. rozbił grupę desantową gen. Siergieja Ułagaja na Kubaniu. Dwukrotnie odznaczony Orderem Czerwonego Sztandaru – za udział w walkach pod Carycynem w styczniu 1920 r. i Tichoriecką w marcu tego samego roku oraz za rozbicie grupy Ułagaja. Brał udział w stłumieniu powstania w Kronsztadzie.