Todo inició a raíz del sufrimiento y las muertes ocurridas durante el Conflicto Armado Interno en Guatemala. Benito Charlemagne llegó a Chinique , era sacerdote y además antropólogo. Se dio cuenta de que el sistema de salud en esa región era deficiente y no contaban con los recursos para llevar la medicina a esos lugares. Por lo que Charlemagne y sus ayudantes decidieron recuperar la medicina tradicional maya. Entre ellos se encontraba Felipe Pol, uno de los fundadores de la Asociación y actual director. Charlemagne se enteró del programa de apoyo a los países del tercer mundo que estaba brindando la ONG francesa, por lo que les contactó y recibió una propuesta afirmativa. Para recaudar los fondos necesarios apoyó en la fundación del CAIG, quienes también proveyeron para la Asociación de Médicos Descalzos de Chinique, principalmente par comprar un terreno y no depender de la Iglesia.