В октябре 1948 года Нина Трофимовна пережила личную трагедию: во время Ашхабадского землетрясения погибли её дети и мать, а сама она с тяжёлыми травмами попала в больницу. После выздоровления Н. Т. Нечаева всецело посвятила себя научной деятельности. Она защитила докторскую диссертацию (1951), стала членом-корреспондентом АН Туркменской ССР (1951) и получила профессорское звание (1956).