Томас Фернандес виступав у національній збірній Куби в 30-х роках XX століття. Учасник чемпіонату світу 1938 року. На мундіалі у Франції зіграв у всіх трьох матчах, у двох поєдинках першого раунду проти Румунії, а також у програному (0:8) поєдинку проти Швеції. Автор вирішального голу в повторному матчі першого раунду у ворота Румунії