Von Baerin vanhemmat olivat kapteeni, liikemies Anders Baer ja Albertina Brehmer ja puoliso vuodesta 1850 Alexandra Amburger. Baer palveli vänrikkinä 1. Suomen jalkaväkirykmentissä 1820–1821 ja vuodesta 1821 Savonlinnan suomenmaalaisessa jalkaväkirykmentissä. Hänet ylennettiin aliluutnantiksi 1824, jolloin hän siirtyi komppaniaupseeriksi kadettikouluun. Henkivartioväen suomenmaalaiseen rykmenttiin Baer määrättiin 1827. Hänet ylennettiin luutnantiksi 1830, alikapteeniksi 1832, kapteeniksi 1838 ja everstiksi henkivartioväen suomenmaalaisessa rykmentissä 1844. Keski-Venäjälle Tambovin jääkärirykmentin komentajaksi Baer tuli 1847. Hän osallistui Venäjän väliintuloon Unkarin vallankumouksessa 1849. Vuonna 1852 Baer määrättiin ruhtinas Suvorovin krenatöörirykmentin komentajaksi. Hänet ylennettiin kenraalimajuriksi seuraavana vuonna ja siirrettiin 1854 henkivartioväen 2. reservijalkaväkiprikaatin ja reservijääkärirykmentin komentajaksi.