בעונתו השנייה בליגה, עונת 2006-2007, חל שיפור גדול ביכולתו. הוא שיפר את קליעתו בצורה דרסטית, הסתגל לליגה והחל להפגין את היכולת שצפו ממנו. ככל שהעונה התקדמה כך קלדרון השתפר בכל התחומים ובסוף אותה עונה הראפטורס סיימו בראש הבית האטלנטי ובמקום השלישי באזור המזרח כולו. בפלייאוף קלדרון נתן סדרת משחקים נהדרים מול הניו ג'רזי נטס, אך לבסוף הנטס ניצחו בסדרה 4-2 והדיחו את הראפטורס בסיבוב הראשון בפלייאוף. השינוי הגדול ביכולתו נגלה גם באליפות אירופה בכדורסל שנערכה בספרד בשנת 2007 כאשר לאליפות זו הגיע ספרד כפייבוריטית לזכייה עם סגל "כוכבים" ברמה האירופאית שכלל את חורחה גרבאחוסה, פאו גאסול, חואן קרלוס נבארו, רודי פרננדס וקלדרון עצמו שהיה מספר 2 רק לגאסול. למרות אליפות יוצאת מן הכלל לקלדרון אישית, שבסופה נבחר לחמישיית מצטייני הטורניר, ספרד כשלה במשחק הגמר מול רוסיה והפסידה את מדליית הזהב לרוסים למרות הצטיינות של קלדרון בגמר.