El 1938, després de l'annexió d'Àustria per l'Alemanya de Hitler, Zuckerkandl, com a filla de jueus, es va veure obligada a fugir a l'exili. Va ser Géraldy qui va viatjar a Viena i la va ajudar a escapar-se a París. Allí, Bertha va mantenir un estret contacte amb altres refugiats austríacs, entre els quals Franz Werfel. Com a beneficiària de la Legió d'Honor, va poder evitar de ser detinguda i va aconseguir escapar-se a Alger, al costat del seu fill abans de l'ocupació de França del 1940. Durant la guerra va exercir l'activisme polític contra Hitler, entre altres, en emissions de radi en les quals instava als austríacs a la resistència contra els nazis. No va aconseguir emigrar als Estats Units. Després de la conquesta d'Alger pels aliats, va treballar en una estació de ràdi, i el 1945 va tornar a París.