Nach dem Besuch des Gymnasiums in Offenburg und für die letzten beiden Schuljahre des Lyzeums in Rastatt, wo er der Pennäler-Verbindung Markomannia 1824 angehörte, studierte Karl Schaible Medizin an der Albert-Ludwigs-Universität Freiburg und der Ruprecht-Karls-Universität Heidelberg. 1843 wurde er Mitglied des Corps Suevia Freiburg. 1846 schloss er sich dem burschenschaftlichen "Neckarbund" in Heidelberg an. 1846 gründete er zusammen mit Franz Volk und Anderen den Offenburger Turnverein. Wegen seiner Beteiligung an politischen Aktivitäten innerhalb der Studentenschaft wurde er 1847 kurz vor seinem Examen auf der Reise von Heidelberg nach Offenburg in Rastatt verhaftet. Nach neun Monaten Haft in einer engen, dunklen Zelle sowie zahlreichen längeren erschöpfenden Verhören, in denen er die Identität von Verschworenen preisgeben sollte, hatte sich sein Gesundheitszustand dermaßen verschlechtert, dass er auf Drängen des Gefängnisarztes und Stellen einer Kaution in Höhe von 4000 Gulden in das Haus seines Vaters, eines Offenburger Arztes, entlassen wurde. Noch ans Krankenbett gefesselt, wurde er zu einer Strafe von einem Jahr Arbeitshaus wegen "entfernten Versuchs von Hochverrat" verurteilt, die er jedoch nicht antreten musste, da er unter eine im März 1848 ausgesprochene Amnestie fiel, die die badische Regierung unter dem Eindruck der Februarrevolution in Frankreich zur Stabilisierung der innenpolitischen Lage in Baden erlassen hatte. Nach der Niederschlagung des Heckeraufstands im April 1848, dem sich auch die Offenburger Jugend und damit auch Schaible angeschlossen hatten, gelang es ihm, nach Straßburg zu fliehen. In Straßburg und später auch in Metz besuchte er im Rahmen seiner medizinischen Studien die dortigen Hospitäler.