В 1947 году был назначен главным хирургом Министерства обороны СССР, на этом посту проработал до 1955 года. Одновременно с этим назначением был избран на пост заведующего кафедрой факультетской хирургии 1-го МММИ имени И. М. Сеченова. Под его руководством защищено 9 докторских и свыше 30 кандидатских диссертаций. В 1948 году был направлен во главе большой группы военных и гражданских врачей в Ашхабад, где ему было поручено организовать систему медицинской помощи населению, пострадавшему при землетрясении. Там Н. Н. Еланский обратил внимание на неоднократные факты смерти людей, длительное время находившихся под обломками зданий, но не имевших серьёзных травм. Он установил, что от длительного сдавливания тела отказывали почки и одним из первых в СССР стал применять аппарат «искусственная почка» при лечении острой почечной недостаточности.