Der Aufstand der Kronstädter Matrosen 1921 – sie forderten sofortige gleiche und geheime Neuwahlen der Sowjets, Rede- und Pressefreiheit für alle anarchistischen und linkssozialistischen Parteien, Versammlungsfreiheit, freie Gewerkschaften und eine gerechtere Verteilung von Brot – wurde von der Roten Armee unter Trotzkis Führung „mit erbarmungsloser Härte und Massenerschießungen“ unterdrückt. Trotzki verteidigte auch energisch die Pressezensur. Auch für die blutige Niederschlagung von Bauernaufständen mit Tausenden Toten, z. B. im Gebiet der heutigen Ukraine, die sich vor allem gegen die Kornkonfiszierungen richteten, wurde Trotzki als oberster Heeresführer verantwortlich gemacht. In den 1930er Jahren kritisierten die Kommunisten Max Eastman, Boris Souvarine, Ante Ciliga und Victor Serge Trotzkis Rolle bei der brutalen Niederschlagung, die sie als Beginn des Stalinismus und als Vorläufer des Großen Terrors ihrer Gegenwart ansahen. Trotzki rechtfertigte sein Vorgehen: