Heraclio dejó a Teodoro prácticamente como su virrey en el este, y le confió el comando de las fuerzas bizantinas y la restauración de la autoridad imperial allí. En esta capacidad, Teodoro enfrentó los primeros ataques musulmanes a provincias bizantinas. Aparentemente, Teodoro subestimó a la amenaza musulmana árabe (se dice que se refería a los árabes como «perros muertos») y no pudo contrarrestar sus incursiones. Se piensa que fue el comandante de las fuerzas bizantinas en la Batalla de Mu'tah en 629, el primer encuentro militar importante entre árabes musulmanes y bizantinos. En 634, movió sus tropas desde Mesopotamia a Siria, donde aparentemente sufrió una fuerte derrota en una batalla cerca de Gabitha (probablemente la batalla de Achnadayn el 30 de julio, aunque otras fuentes indican que fue derrotado en octubre). De allí se retiró hacia Edesa o Antioquía, uniéndose a Heraclio. Durante la contraofensiva bizantina de 636, logró reocupar Emesa y Damasco, las cuales habían sido abandonadas por los musulmanes. Es probable que no haya participado en la batalla final el 20 de agosto de 636, en contradicción con fuentes musulmanas (que también indican que murió en esa batalla).