В сезоне 2005-06 Эммертон помогает «Кингстон Фронтенакс» попасть в плей-офф, заработав в 66 матчах 90 очков. Однако добиться большого успеха команда из Кингстона не смогла, проиграв в первом раунде, сопернику в 6 матчах. Эммертон сыграл во всех матчах плей-офф и забросил в 6 встречах 2 шайбы. На драфте в 2006 году Кори был выбран во 2 раунде под общим 41-м номером клубом «Детройт Ред Уингз».