Emmanuel Joseph Sieyès und Napoleon Bonaparte, die einen Sturz des regierenden Direktoriums planten, fürchteten ein Eingreifen Marbots und boten ihm einen Posten bei der Italienarmee an, den er akzeptierte. Als Divisionsgeneral nahm an der Schlacht an der Trebbia (17.–19. Juni 1799) und der Schlacht bei Novi (25. August 1799) teil. Vom 6. bis 15. Januar 1800 war per interim kurzzeitig Kommandant der Italienarmee. Unter Führung von General André Masséna nahm er an der Belagerung von Genua (6. April–4. Juni 1800) teil und wurde schwer verwundet. Im Feldlazarett erkrankte er zudem an Typhus und starb am 19. April 1800.