Die Kirche wurde 1895 von den Mönchen bereits kurz vor der philippinischen Revolution verlassen und im darauffolgenden Jahr von philippinische Revolutionstruppen besetzt. Danach besetzten 1898 amerikanische Soldaten während des Philippinisch-Amerikanischen Krieges die Kirche. Nach den Reparaturen 1912 wurde die Kirche 1914 mit einem Stadtfest zu Ehren von San Pedro Bautista neu geweiht. 1932 wurde sie zur Pfarrkirche erhoben.