Aatelissukuun syntynyt Pérignon aloitti sotilasuransa aliluutnanttina Lyonnaisin rykmentissä vuonna 1780. Hän erosi armeijasta jo kolmen vuoden kuluttua ja asettui asumaan Montechin kaupunkiin. Vallankumouksen puhjettua vuonna 1789 hänestä tuli Montechin kansalliskaartin everstiluutnantti. Hänet valittiin vuonna 1791 Haute-Garonnen edustajana lakiasäätävään kansalliskokoukseen, josta hän erosi ensimmäisen vallankumoussodan puhjettua toukokuussa 1792 palatakseen armeijaan. Pérignon palveli syyskuusta 1792 alkaen itäisten Pyreneiden armeijassa Espanjan-vastaisella rintamalla. Hänet ylennettiin syyskuussa 1793 prikaatikenraaliksi ja joulukuussa divisioonakenraaliksi. Hän toimi tammikuusta 1794 alkaen divisioonankomentajana. Kun kenraali Jacques François Dugommier kaatui marraskuussa 1794 Sierra Negran taistelussa, Pérignon otti välittömästi itäisten Pyreneiden armeijan komentoonsa ja voitti taistelun. Pérignon jatkoi hyökkäystä Espanjassa piirittämällä Rosesin, joka vallattiin helmikuussa 1795. Kärsittyään kesäkuussa 1795 tappion Bascaran taistelussa hän joutui väistymään ja hänen seuraajakseen tuli kenraali Barthélemy Schérer.