Nach dem Regimewechsel 1989 kehrte Lubomír Brokl in das wieder neu zugelassene Soziologische Institut der Akademie zurück, wo er 1990–2003 Leiter der Abteilung für Soziologie der Politik und 1992–1997 stellvertretender Direktor war. 2000 habilitierte er an der Karlsuniversität und erhielt eine Professur an der Wirtschaftsuniversität Prag. Seit 2005 arbeitet er als Soziologe an der Universität Hradec Králové.