Vom Anstieg der Judenfeindschaft nach der NS-Machtergreifung blieb auch die Synagoge nicht verschont. Bereits am 12. April 1934 zerstörte ein Brand in der Herforder Synagoge, der allerdings bald gelöscht werden konnte, Teile der Inneneinrichtung, insbesondere die Orgel. Betrunkene SS-Leute waren für die Tat verantwortlich, wie sich bald herausstellte. Sie wurden zwar ermittelt und vor Gericht gestellt, aber aufgrund eines Straffreiheitsgesetzes für „Taten aus nationalsozialistischem Übermut“ freigesprochen. Am 9. und 10. November 1938 wurde die Synagoge in der Komturstraße bis auf die Grundmauern niedergebrannt. Die Inneneinrichtung wurde vollständig zerstört. Die Feuerwehr griff erst ein, als die unmittelbar benachbarte "Färberei und chem. Reinigung Ulrich" mit ihren leicht entzündlichen Chemikalien gefährdet schien.