In oktober 2016 besloot Franciscus de Argentijnse kerkelijke archieven open te stellen voor de slachtoffers van de Vuile Oorlog (1977-1983). In de hoop dat zij meer te weten konden komen over hun familieleden en de kerk over haar rol in deze periode. Deze kon variëren van medewerking of wegkijken tot verzet (bv. de vermoorde bisschop Angelelli). Hij steunde als paus de Grootmoeders van de Plaza de Mayo en ontving voorzitster Estela de Carlotto enkele keren in audiëntie. Zij willen opheldering over het lot van 500 kinderen van tegenstanders van het regime die bij hun ouders werden weggehaald. Een aantal daarvan werd via kerkelijke verantwoordelijken bij door de junta vertrouwde ouders geplaatst.