Il 12 dicembre 1866 veniva inaugurata la Stazione di Messina Centrale ma non venne realizzato il collegamento agli imbarcaderi a causa delle difficoltà economiche della Società Vittorio Emanuele. Nel 1885 subentrava nell'esercizio la Società Sicula, ma si dovette aspettare il 20 giugno del 1889, data dell'apertura del primo tratto della linea per Palermo, perché la stazione centrale di Messina fosse collegata con lo scalo al Porto di Messina con un binario di raccordo lungo 574 metri. Gli impianti ferroviari e di imbarco vennero duramente coinvolti nelle distruzioni del Terremoto di Messina del 1908 ed in seguito ricostruiti.