В период Суэцкого кризиса 1956 года Шамс Бадран в должности управляющего кабинетом главнокомандующего инспектировал Национальную гвардию в Эль-Мансуре. Когда стало известно, что после высадки британского воздушного десанта все египетские военные руководители в Порт-Саиде бежали и верные правительству силы остались без командования, к Бадрану обратился офицер Мунир Муфави. Он предложил разрешить участие в сопротивлении находившихся в подполье египетских коммунистов. После консультаций с Каиром Бадран 5 ноября разрешил привлечь коммунистов к борьбе в Порт-Саиде, однако их действия контролировались службой безопасности. Его деятельность в эти дни не получила высокой оценки и после завершения кризиса он был уволен из армии и назначен членом Совета директоров Института общественного транспорта города Каира.