I begyndelsen af 1314 blev Johannes søster Blanka og hendes svigerinde Margrete dømt for utroskab med to riddere, efter vidnesbyrd fra deres svigerinde Isabella af Frankrig i Tour de Nesle Affæren. Det er antaget, at Johanne havde kendskab til affærerne og blev derfor sendt i husarrest i Dourdan som straf. Hun fortsatte med at hævde sin uskyld, ligeså gjorde hendes mand, der havde nægtet at slå hånden af hende, og i 1315 - gennem sin mors og mands indflydelse - blev hendes navn renset af parlamentet i Paris, og hun fik lov til at vende tilbage til hoffet.