Die alte Mission überstand das Erdbeben von San Francisco 1906 mit nur geringen Schäden, während die rechts daneben errichtete große Backsteinkirche einstürzte und von 1918 bis 1926 in anderem Stil wieder aufgebaut wurde. Die Kirche wurde 1952 durch Papst Pius XII. in den Rang einer Basilica minor erhoben. Am 16. März 1972 wurde die Mission in das National Register of Historic Places aufgenommen.