Christian Chartier begann seine Karriere als Eishockeyspieler bei den Saskatoon Blades aus der Western Hockey League, für die er von 1996 bis 1999 drei Jahre lang spielte. Während des NHL Entry Draft 1999 wurde Chartier in der siebten Runde als insgesamt 199. Spieler von den Edmonton Oilers gewählt. Anschließend wechselte er innerhalb der WHL zu den Prince George Cougars, für die er zwei Jahre aktiv war.