Z východnej strany začal Osmanskú ríšu ohrozovať mocný uzbecký vládca s mongolskými koreňmi a ešte krutejší bojovník Tímúr. Bayezid podcenil silu svojho nepriateľa a stretol sa s ním v bitke pri Ankare, kde bol však na hlavu porazený a sám sultán bol zajatý. Pre osmanskú ríšu nastal kritický okamih, známy ako osmanské interregnum. Bayezid zomrel v uzbeckom zajatí za nevyjasnených okolností v roku 1403. Tímúr po spustošení Malej Ázie zamieril svoje dobyvateľské úsilie späť na Ďaleký východ. Päť synov Bayezida sa nebolo schopných dohodnúť na spoločnom sultánovi a každý z nich nárokoval trón pre seba. Nastala séria vzájomných občianskych vojen, kde väčšina týchto bratov bolo nakoniec zabitých. Až po jedenástich rokoch v roku 1413 sa stal novým sultánom Mehmed I. a začal konsolidovať zničenú krajinu. Následky tejto bratovražednej vojny museli riešiť ešte Mehmedovi nástupcovia Murad II. a tiež Mehmed II.