1 июня 1826 года Болотников был назначен членом Верховного уголовного суда по делу восстания декабристов, 22 августа 1826 г. пожалован ему орден св. Александра Невского. 2 октября 1827 г. он произведён в действительные тайные советники, а 31 июля 1828 г. уволен от звания председателя медицинского совета министерства внутренних дел по случаю долговременной его болезни.