Con la instalación de los mamelucos en El Cairo, comienza otra etapa en la historia de Egipto. No persiguieron a las iglesias coptas ni a las comunidades judías, aunque fueron guardianes del islam en el conjunto social. El final de la dinastía llegó con la derrota en 1517 ante Selim I, sultán del Imperio otomano, pero ya con anterioridad la pérdida del control del tráfico comercial con Asia como consecuencia de las nuevas rutas establecidas por Portugal y España tras el descubrimiento del paso de Cabo de Buena Esperanza y el Nuevo Mundo, había provocado una paulatina decadencia de Egipto. Así en 1517, las fuerzas otomanas son imparables y conquistan el país.