En juin 1579, l'église conventuelle fut pillée par les Iconoclastes qui la démontèrent ensuite partiellement en août 1581 ; le chœur gothique fut renversé avec la majorité des monuments funéraires qu'il renfermait dont celui du duc Jean Ier de Brabant. Une fois les Calvinistes expulsés hors de Bruxelles (1585), le chœur fut reconstruit grâce à un subside de dix mille florins imposé à la ville par Alexandre Farnèse, gouverneur des Pays-Bas espagnols ; quant au gisant médiéval du duc Jean Ier, un nouveau monument funéraire (une lame de cuivre gravée par Etienne van Schore) fut financé par l'Archiduchesse Isabelle vers 1624-1627. L'église franciscaine, qui avait été agrandie dans les années 1621-1623, fut à nouveau détruite lors du bombardement de Bruxelles des 13, 14 et 15 août 1695 ; une partie du couvent et la quasi totalité des archives conventuelles furent à cette occasion dévorés par les flammes. La reconstruction du cloître débuta en 1697 et la nouvelle église dédiée aux saints Martin et Catherine fut consacrée le 30 août 1699.