Mirgisa je obstajala že pred gradnjo velike trdnjave. Po njeni izgradnji je postala obmejna utrdba, trgovsko središče in kontrolna točka na drugem Nilovem kataraktu. Pomembno najdišče Akha iz srednje kamene dobe, oddaljeno samo nekaj sto metrov od velike trdnjave, dokazuje, da je bila Mirgisa naseljena že okoli leta 7500 pr. n. št. Velika kamnita orodja so datirana v obdobje okoli 3500 pr. n. št. Naselje je doseglo višek v Srednjem kraljestvu in drugem vmesnem obdobju Egipta in nekoliko manjšega v Novem kraljestvu.