Antes del comienzo de la Segunda Guerra Mundial el SLS era el mayor partido esloveno, con más del 70% de votos entre los electores eslovenos. A la muerte de Anton Korošec en 1940 el partido quedó sin un dirigente claro que pudiese sustituir al fallecido. El nuevo presidente era Franc Kulovec, que murió en 1941 durante los bombardeos alemanes de Belgrado, en abril. Tras él dos dirigentes se disputaron la direccón del partido, Miha Krek y Marko Natlačen. Finalmente se decidió que el primero debía partir para reunirse con el gobierno exiliado en Londres mientras que el segundo, ban de la banovina del Drava (provincia), debía quedarse a dirigir el partido bajo la ocupación. El el partido decidió reunir un congreso nacional para decidir cómo lograr la autonomía de todo el territorio bajo un único ocupante, evitando su repartición entre los invasores del Eje. Los partidos eslovenos eligieron a Natlačen como presidente del consejo debido a su pertenencia al partido mayoritario de la región. En 1942 un oficial del servicio secreto al servicio del partido comunista esloveno asesinó a Natlačen, dejando de nuevo al SLS sin dirigente. Los sucesores de Natlačen, de variada idelología, lo consiguieron mantener al partido unido. Durante la guerra civil que tuvo lugar en Eslovenia durante la guerra mundial el SLS fue perdiendo apoyos e influencia debido al colaboracionismo de muchos de sus cuadros. A pesar de sus llamamientos desde Londres para que cesase esta colaboración con las potencias ocupantes, Miha Krek no logró recuperar el control del partido.