Boggs affiche la meilleure moyenne de points mérités de tous les lanceurs des Cardinals en 2012 : 2,21 en 73 manches et un tiers lancées lors de ses 78 sorties en relève. Il savoure quatre victoires contre une défaite. En éliminatoires, il accorde un coup sûr et retire deux frappeurs dans le match de meilleur deuxième contre Braves d'Atlanta. Incapable de protéger la mince avance de 2-1 de son club dans le premier match de la Série de divisions contre Washington, il écope de la défaite mais maintient sa moyenne de points mérités à 0,00 en trois manches et deux tiers lancées en quatre parties dans ce duel gagné finalement par les Cards. Avec deux points alloués en quatre sorties face aux Giants de San Francisco, sa moyenne s'élève à 5,40 dans la Série de championnat où Saint-Louis est éliminé.