Štěpán Vachoušek se zúčastnil Mistrovství Evropy ve fotbale 2004 v Portugalsku. Odehrál zde jediné utkání, poslední zápas základní skupiny 23. června 2012 proti Německu. Trenér Karel Brückner si mohl dovolit udělat 9 změn v sestavě, neboť český celek měl po výhrách 2:1 nad Lotyšskem a 3:2 nad Nizozemskem již jistý postup do čtvrtfinále z prvního místa. Štěpán Vachoušek odehrál celé utkání, v němž ČR porazila svého západního souseda 2:1 a získala ve skupině plný počet bodů (9).