Die 1,54 m große Nicole Flagothier kämpfte bis 1995 im Leichtgewicht, der Gewichtsklasse bis 56 Kilogramm. Im Leichtgewicht war sie 1986 und von 1988 bis 1993 Belgische Meisterin. 1987 erreichte sie den fünften Platz bei den Europameisterschaften. 1989 belegte sie sowohl bei den Europameisterschaften als auch bei den Weltmeisterschaften den siebten Platz. 1990 gewann sie eine Bronzemedaille bei den Europameisterschaften. Bei den Weltmeisterschaften 1991 in Barcelona besiegte sie auf ihrem Weg ins Finale die Japanerin Chiyori Tateno, die Deutsche Gudrun Hausch und die Französin Catherine Arnaud. Im Finale unterlag sie der Spanierin Miriam Blasco und erhielt die Silbermedaille. 1992 erhielt sie nach ihrer Niederlage gegen Nicola Fairbrother im Europameisterschaftsfinale ebenfalls Silber. Bei der olympischen Premiere des Frauenjudo 1992 in Barcelona unterlag sie im Halbfinale Nicola Fairbrother und im Kampf um eine Bronzemedaille der Japanerin Chiyori Tateno. 1993 gewann sie noch einmal Bronze bei den Europameisterschaften.