Während des vierten Koalitionskrieges zog er sich von Erfurt zurück und ging zum Korps Weimar bei Gotha. Im Verlauf dessen Rückzuges kam er zum Korps Blücher. Nach dessen Kapitulation bei Ratekau geriet Zweiffel bei Lübeck in Gefangenschaft und wurde nach Nancy gebracht. Am 20. September 1807 ist er zurück in Bayreuth, wurde aber auf halbes Gehalt gesetzt. Er beantragte eine Wohnung in Berlin und erhielt am 6. Oktober 1807 die Genehmigung zum Umzug. Am 1. Februar 1814 erhielt er seine Demission mit Pension.