En el plano interno, la administración de Santa Cruz se enfrentó al descontento de parte de ciertos grupos políticos peruanos y bolivianos, parte de los cuales pasaron al exilio en las Provincias del Plata, Ecuador y Chile; de entre ellos, los “emigrados peruanos” en Chile formaron un importante grupo. El gobierno chileno, bajo instigación del ministro Diego Portales, preparó una expedición militar al Perú, denominada Expedición Restauradora, pues se proponía restaurar la situación del Perú y Bolivia tal como estaba antes del establecimiento de la Confederación. Luego de dos expediciones o campañas “restauradoras”, los chilenos, junto con los “emigrados peruanos”, lograron la fragmentación de la confederación y la reunificación peruana (1839).