Während der Hussitenkriege war der Ort einer der ersten, der zur neuen Lehre überwechselte. 1419 zog der Tross der Hussiten auf dem Weg nach Prag durch Krnian zum Hauptlager in Křížkový Újezdec, wo Václav Koranda predigte. Entlang der Moldau entstanden im 16. Jahrhundert Flößersiedlungen. In den letzten Jahren des Dreißigjährigen Krieges zogen schwedische und kaiserliche Truppen von Zbraslav über Krňany in Richtung Benešov, wo sie 1645 in der Schlacht bei Jankau aufeinandertrafen.