Recruté en 2000 par le Tchernomorets Novorossiisk, il y connaît une bonne première partie de saison en inscrivant neuf buts en championnat, incluant un triplé contre le Krylia Sovetov Samara et deux doublés contre le Dynamo Moscou et le Lokomotiv Moscou. Il ne peut cependant accroître son compteur durant la deuxième moitié de saison en raison de plusieurs soucis disciplinaires qui finissent par l'exclure de l'effectif pendant une grande partie du deuxième semestre 2000. Il est prêté l'année suivante au Kouban Krasnodar en deuxième division où il joue peu avant de revenir au Tchernomorets en 2002, alors que le club a été relégué entre-temps. Kovalenko effectue finalement son dernier passage dans l'élite durant l'été 2002, qui le voit rejoindre le Saturn Ramenskoïe où il dispute deux rencontres de championnat en tant que remplaçant.