В 1991 году Пенья попал в заявку национальной команды на участие в Кубке Америки. 16 июня в матче группового этапа против сборной Парагвая он дебютировал за сборную Боливии в возрасте 18 лет. 11 октября 2003 года в поединке против команды Гондураса Пенья забил свой первый гол за сборную. В 1994 году Хуан принял участие в чемпионате мира в США. На турнире он сыграл в матче против сборной Испании. В 1997 году Пенья помог сборной завоевать серебряные медали домашнего Кубка Америки.