מסנה לא הצליח להחזיק מעמד בג'נובה והוא השיג הסכם לפינוי מרצון חזרה לצרפת. נפוליאון התקדם במהירות לעבר הכוח האוסטרי לפני שזה הספיק לקבל אספקה ותגבורת מהצי הבריטי דרך ג'נובה, שכעת הייתה נטולת הגנה. שני הצבאות התנגשו בקרב מרנגו. בתחילה נראה שהכף נוטה לכיוון האוסטרים שמנצחים הודות לעדיפותם המספרית, אך בהמשך הצילה את המצב התקפת נגד צרפתית, שאותה הוביל גנרל לואי דסו. נפוליאון שאל את דסו בקשר לסיכויי הקרב וזה השיב לו: "את הקרב הזה הפסדנו, אך היום עוד ארוך ויש זמן להתחיל קרב חדש" ויצא להוביל את המתקפה. האוסטרים הפסידו בקרב וצבאם עזב את צפון איטליה. מורו הביס את צבאות אוסטריה על הריין וצעד לעבר וינה מצפון, בעוד נפוליאון צועד אליה מדרום. האוסטרים איבדו תקווה והחלו משא ומתן על הסכם שלום.