Paciano war das zweite von elf Kindern einer wohlhabenden Familie in Calamba, Laguna, und wuchs als Zeuge der Misshandlungen der Geistlichen und der spanischen Kolonialherren auf. Sein enger Freund Jose Burgos war in die "Cavite Aufstände" von 1872 verwickelt und wurde hingerichtet. Das war einer der Beweggründe für Rizal, der Widerstandsbewegung beizutreten. Paciano Rizal trat der Kampagne von Marcelo H. del Pilar und seiner Zeitung Diariong Tagalog bei und unterstützte diese aktiv. Außerdem half er bei der Verbreitung der Unabhängigkeitsbewegung Katipunan in Laguna. Im Januar des Jahres 1897, nach der Exekution seines Bruders, trat er der Revolution unter General "Emilio Aguinaldo" bei. Er wurde zum Brigadegeneral der Revolutionsstreitmacht ernannt und zum Finanzminister der Regierungsabteilung Zentral Luzon gewählt. Während des Amerikanisch-Philippinischen Krieges (1899–1913) kommandierte er die philippinischen Streitmächte bei Luzon. US-amerikanische Truppen nahmen ihn 1900 gefangen. Er wurde kurze Zeit später freigelassen und ließ sich in der Stadt Calumpit, Bulacan nieder. Er lebte ein ruhiges Leben als Freizeitbauer und hatte sechs Kinder mit seiner zweiten Frau. Rizal verstarb im Alter von 79 Jahren an Tuberkulose.