文化大革命爆发后，李富春协助周恩来主管经济工作，主持起草和下发了《关于抓革命促生产的通知》、《关于财政贸易和手工业方面若干政策问题的报告》，并支持有关部门起草《工交企业进行文化大革命的若干规定》。他还协助周恩来在保护受迫害的领导干部等方面做了大量工作。1966年8月中共八届十一中全会上，当选中央政治局常委。1967年，李富春与陈毅、叶剑英、谭震林、李先念、徐向前、聂荣臻等对文化大革命进行抗争，被指为“二月逆流”。李富春被诬为“黑俱乐部主任”，受到严重迫害。1969年10月，李富春被“战备疏散”到广东从化。