II wojna światowa i okupacja hitlerowska przerwały działalność Towarzystwa Strzeleckiego. 23 lipca 1940 roku generalny gubernator Hans Frank wydał dekret na mocy którego rozwiązane zostały wszystkie polskie kulturalne, charytatywne i wojskowe w tym również Bractwo Kurkowe. W latach okupacji bracia kurkowi mieli zakaz wstępu do Celestatu, z kolei sam budynek zamieniono na pralnię i odwszalnię dla żołnierzy Wehrmachtu. Najcenniejsze pamiątki Towarzystwa zostały zakopane wcześniej na terenie klasztoru Franciszkanów, gdzie bezpiecznie przetrwały wojnę. Pozostałe pamiątkowe przedmioty zostały ukryte w prywatnych mieszkaniach członków Bractwa. Jednak znaczna część wyposażenia strzelnicy (meble, broń, serwisy i wiele innych kosztowności) została przez okupanta zagrabiona lub zniszczona.