In de loop van zijn bestaan is Fort Bay regelmatig beschadigd of zelfs deels verwoest door hevige orkanen. Hierdoor moesten de twee pieren op verschillende tijdstippen (onder meer in 1995 en 1999) gerepareerd en gedeeltelijk heropgebouwd worden. Een van de meest verwoestende stormen van de afgelopen jaren was orkaan Lenny, in 1999. Grote schade werd ook aangericht, onder meer door orkaan Omar in 2008 en orkaan Maria in 2017.