Оттер принял участие в обороне Канады во время фенианских набегов. К 1883 году возглавил военное пехотное училище в Торонто. Когда началось восстание метисов, Оттер был направлен в Саскачеван в ранге подполковника. 2 мая 1885 года его войско атаковало индейский лагерь вождя Паундмейкера, чья община обвинялась в убийстве индейского агента и разграблении Батлфорда. В последующем сражении равнинные кри и ассинибойны, возглавляемые военным вождём кри Прекрасным Днём, разбили солдат Оттера, при том, что численность индейских воинов была в 7 раз меньше. Неудачные действия подполковника не помешали ему в дальнейшей карьере военного.