La Guerra civil de Guatemala —que duró 36 años— se originó en la zona oriental; aunque los hechos no estén bien documentados, sucedieron algunas masacres y hubo represión selectiva en contra de los habitantes del municipio sobre todo a principios del conflicto (décadas 1960-70). A pesar de ello, de los fondos obtenidos a partir de la firma de paz, muy pocos fueron orientados hacia el municipio de Jocotán.