Pur rammaricato per l'atroce destino patito da sua sorella Maria Antonietta, Massimiliano Francesco si rifiutò sempre di aderire alla guerra dichiarata dall'imperatore suo fratello alla Francia rivoluzionaria, vedendo questo gesto come un'ingiustificata ingerenza negli affari interni di un'altra nazione. Per questo motivo decise di assistere molti di coloro che dalla Francia decidevano di emigrare in Germania, proibendo, a differenza di altri stati dell'area tedesca, la formazione di truppe composte appunto dagli stessi esuli. Pur mantenendo un profondo distacco dalla politica attuata dall'imperatore, come membro del Sacro Romano Impero non poté fare a meno di adempiere ai suoi obblighi nei confronti della corona imperiale e pertanto collaborò con dei battaglioni al mantenimento della causa austriaca in difesa delle teste coronate d'Europa. Sulla scia delle guerre della Prima coalizione antifrancese, Massimiliano Francesco venne costretto a lasciare temporaneamente Bonn nel dicembre del 1792 per l'avanzata dei francesi e prese residenza a Münster. Nel mese di aprile del 1794 fu in grado di fare ritorno a Bonn, ma nell'autunno di quello stesso anno, quando le truppe francesi occuparono la riva sinistra del Reno dell'elettorato di Colonia, venne costretto a fuggire nuovamente, vivendo per qualche tempo a Dorsten e poi spostandosi nella residenza dell'Ordine Teutonico a Mergentheim, deviando probabilmente anche per Lipsia.