Al termine del campionato seguente, con 13 reti, fu secondo nella classifica marcatori: meglio di lui fece solo Roberto Pruzzo, con 19 gol. L'annata successiva, tuttavia, fu caratterizzata da numerosi problemi fisici, e Rummenigge non andò oltre i 3 gol in campionato, chiudendo anticipatamente la stagione dopo un infortunio patito contro il il 1º febbraio 1987. Questa fu l'ultima presenza con i nerazzurri, poiché a settembre venne ceduto al , con cui, nel 1989, terminò la carriera vincendo il titolo di miglior marcatore del campionato elvetico.