Ranska oli vuodesta 1954 käynyt siirtomaasotaa myös Algeriassa. Sodan kuluessa monet armeijan henkilöstöstä kääntyivät Ranskan halluitusta vastaan tarkoituksenaan varmistaa Algerian pysyminen osana Ranskaa. Ély erosi asemastaan esikuntapäällikkönä eturistiriitojen takia. Charles de Gaulle asetti hänet kuitenkin takaisin virkaansa ja vuonna 1960 de Gaule lähetti Élyn Algeriaan tunnustelemaan Ranskan armeijan suhtautumista Algerian mahdolliseen aselepoon ja autonomiaan. Seuraavana vuonna 1961 Ély jäi eläkkeelle. Hän kuoli Pariisissa 16. tammikuuta 1975.