三个月后，在2013年歐洲超級盃上，此时由佩普·瓜迪奥拉执教的拜仁与切尔西（他们在欧冠分组赛阶段即退出了卫冕，但后来赢得改制后的欧洲联赛冠军）的对决再度上演。经过常规时间的1比1平局后，双方于加时赛又分享了两个入球，其中拜仁是在最后一分钟将比分扳平。比赛又被拖入点球大战，这次切尔西错失了他们的机会，而拜仁则五球全中，这是俱乐部第一次将超级杯收入奖杯陈列柜。然而，当多特蒙德夺得时，他们已经错过了包揽2013年度所有冠军的机会。作为欧洲冠军，拜仁直接进入了2013年在摩洛哥举行的世界俱乐部杯的半决赛。他们以3比0击败亚洲代表广州恒大进入决赛，然后在决赛中击败了东道主球队-{zh-hans:拉贾卡萨布兰卡; zh-hant:拉賈卡薩布蘭卡; zh-hk:拉查卡薩布蘭卡;}-（后者于半决赛出人意料地淘汰了南美冠军-{zh-hans:米内罗竞技;zh-hant:米內羅競技;zh-hk:明尼路;}-），第三次加冕世界冠军。如同欧洲冠军杯和洲际杯一样，拜仁是首个捧起世界俱乐部杯的德国俱乐部。