1958年のクーデターでミールザー大統領が失脚し（）、パキスタン軍の総司令官だったアイユーブ・ハーンの軍事独裁政権が誕生し、以後パキスタンは軍政と民政を交互に繰り返すことになる。1965年には第二次印パ戦争が起き、1970年11月に東パキスタンがボーラ・サイクロンによる被害を受け、被災地への政府対応に対する批判が高まり、第三次印パ戦争（1971年12月3日 - 12月16日）に発展して、東パキスタンがバングラデシュとして分離独立した。