Mot slutten av landslagskarrieren var Nedved kaptein på Tsjekkias lag. I semifinalen mot i EM 2004 ble Nedved skadet da han slo kneet inn i en gresk spiller. Han spilte en stund til, men måtte etter hvert gå av banen. Flere mente at Nedveds skade var en medvirkende årsak til at tsjekkerne tapte for Hellas, som senere ble europamestre. Skaden gjorde også at han trakk seg fra videre landslagsspill i september 2004. Etter at Nedved la opp som landslagsspiller gjorde han et unntak, nemlig å kvalifisere Tsjekkia til VM i Tyskland, kvalifiseringen var mot og Tsjekkia vant etter at Vladimir Smicer scoret i begge kampene.