У лютому 2021 року Едуард Сперцян дав згоду на виступи у складі національної збірної Вірменії. І 31 березня у матчі відбору до чемпіонату світу 2022 проти команди Румунії Сперцян дебютував у національній збірній Вірменії. В першому ж матчі Сперцян відзначився забитим голом.