Ήδη η ειρηνική Βελούδινη επανάσταση είχε φέρει μεγάλες αλλαγές τόσο στην πολιτική όσο και στην οικονομία της Τσεχοσλοβακίας και το κράτος προχώρησε τότε στην ιδιωτικοποίηση των περισσότερων βιομηχανιών. Ειδικότερα για την Škoda Auto, η κυβέρνηση αποφάσισε να φέρει έναν ισχυρό συνεργάτη στην εταιρεία, ο οποίος βρέθηκε το 1990 και ήταν ο Όμιλος Volkswagen, που τότε αποτελείτο από τις φίρμες Volkswagen, Audi και SEAT. Έτσι, στις 16 Απριλίου 1991 η Škoda έγινε η τέταρτη αυτοκινητοβιομηχανία – θυγατρική του Ομίλου. Η μετέπειτα μέτρια πορεία άλλων βιομηχανιών του πρώην Ανατολικού Μπλοκ, όπως της Lada / AvtoVAZ, της Zastava και της Škoda Works, κάποτε μητρικής εταιρείας της Škoda Auto, αποδεικνύουν πως η επιλογή της τσέχικης κυβέρνησης ήταν απόλυτα επιτυχημένη (άλλωστε η ιδιωτικοποίηση και η πώληση σε μία μεγάλη γερμανική εταιρεία, ήταν τότε ένα εξαιρετικά αμφιλεγόμενο εγχείρημα).