Pela Seleção Panamenha de Futebol, Edwin participou do Campeonato Mundial de Futebol Sub-20 de 2005 e era um membro da equipe, mas não jogou, no Copa Ouro da CONCACAF de 2007. Aguilar também fez parte da equipe que ganhou a Copa das Nações UNCAF de 2009 em Honduras.