Karel Emanuel bojoval proti První Francouzské republice ve válce první koalice. Po abdikaci Karla Emanuela IV. Sardinského byl však s Francouzskou republikou uzavřen mír. Brzy poté se Karel Emanuel stal Francouzům podezřelým a byl uvězněn v turínské citadele. Odtud byl převezen do Dijonu a posléze byl francouzskou vládou internován v Chaillotu, tehdy na předměstíPaříže, kde 16. srpna 1800 zemřel. Pohřben byl v bazilice Superga na okraji Turína.