Rentré des prisons de l'ennemi, Soult fait les campagnes des ans VIII et IX avec l'armée chargée de la défense de Gênes. Il se fait remarquer sur le Monte-Faccio où il a un cheval tué sous lui et où lui et son frère sont faits prisonniers une nouvelle fois. La victoire de Marengo le rend à la liberté le 28 prairial de la même année. Nommé chef de brigade du régiment de chasseurs à cheval par arrêté des consuls le , il reçoit la croix de chevalier de la Légion d'honneur et celle d'officier le . Passé aide de camp de son frère le , il prend peu après le commandement de la cavalerie légère du corps de la Grande Armée et est promu général de brigade le suivant.