С 1998 по 2006 годы Элиза Тогут выступала за национальную сборную Италии в официальных соревнованиях. Наивысшего успеха она добилась в 2002 году, когда на чемпионате мира в Германии в составе «скуадры адзурры» выиграла «золото», став к тому же MVP турнира и самой результативной в своей команде. Всего же в форме национальной команды Италии Тогут выступала на двух Олимпиадах (2000 и 2004), трёх чемпионатах мира (1998, 2002 и 2006), розыгрыше Кубка мира 1999, четырёх чемпионатах Европы (1999, 2001, 2003 и 2005), шести розыгрышах Гран-при (1998—2000, 2003, 2004, 2006). Кроме вышеупомянутой победы на чемпионате мира 2002, Тогут трижды становилась призёром первенств Европы и дважды призёром Гран-при. Всего же на момент окончания карьеры в сборной Италии (после чемпионата мира 2006) на счету Элизы Тогут 305 матчей, проведённых в составе «скуадры адзурры».