O abade José Joaquim paroquiou Gandra num dos momentos mais difíceis e controversos da história de Portugal: o fim da monarquia e a consequente implantação da república, que se traduziu num período revolucionário que se principiou em 1908 e atravessa as primeiras duas décadas do século XX, terminando com a revolução de 1926 e a instauração da ditadura militar. Durante este período a igreja católica foi perseguida, tendo o abade José Joaquim ficado sem a administração do templo local, sem a residência paroquial e até foi enviado para o cárcere na Trafaria.