En stor arkivhelhet bildas av handlingarna från krigen 1939-45, som omfattar bl.a. Högkvarterets, truppslagsstabernas, armékårernas och divisionsstabernas arkiv samt inemot 25 000 krigsdagböcker. I Krigsarkivet förvaras även skyddskårsorganisationens, Lotta Svärd-organisationens, Jägarförbundets och Finlands vapenbrödraförbunds arkiv samt olika privatpersoners arkiv och handlingar rörande de så kallade frändefolkskrigen. Samlingarna omfattar i dag omkring 45 hyllkilometer.