McCarthy spielte während seiner Juniorenzeit bis 2004 zunächst in der High-School-Mannschaft der "St. John’s Prep School". Im Herbst 2004 schloss er sich dann den Des Moines Buccaneers aus der US-amerikanischen Juniorenliga United States Hockey League an. Dort erreichte er in 60 Begegnungen 18 Scorerpunkte, bevor er ans College wechselte. In der Saison 2005/06 spielte der linke Flügelstürmer parallel zu seinem Studium in Wirtschaftswissenschaften für die Eishockey-Mannschaft der Boston University. Als Rookie absolvierte er 32 der 40 Saisonspiele und gewann am Saisonende die Meisterschaft der Hockey East, einer Division im Spielbetrieb der National Collegiate Athletic Association. Er steuerte dazu vier Scorerpunkte bei. Anschließend wurde McCarthy im NHL Entry Draft 2006 in der siebten Runde an 202. Stelle von den San Jose Sharks aus der National Hockey League ausgewählt. Die folgenden beiden Spielzeiten war der Stürmer Stammspieler der Universitätsmannschaft, konnte in der Offensive aber kaum Akzente setzen. Nach Abschluss seines dritten Collegejahres standen in 109 Partien lediglich 16 Punkte zu Buche. Dennoch wurde er in beiden Jahren ins All-Academic-Team der Hockey East gewählt.