Morales war Mitglied der Nationalmannschaft seines Heimatlandes und nahm mit ihr sowohl am Campeonato Sudamericano 1924 als auch dem gleichen Turnier des Jahres 1926 teil. Zudem gehörte er jeweils dem Aufgebot Chiles bei den Olympischen Sommerspielen 1928 und der ersten Fußball-Weltmeisterschaft 1930 an. Während er bei den Olympischen Spielen drei Einsätze gegen die Nationalmannschaften Portugals, Belgiens und der Niederlande vorweisen kann, stand er während des WM-Turniers in den Spielen gegen Argentinien und Mexiko auf dem Platz. Insgesamt absolvierte er von seinem Debüt am 19. Oktober 1924 bis zum 22. Juli 1930 zehn Länderspiele Chile.