Le déferlement des troupes de la France révolutionnaire lors de la Campagne d'Italie (1796-1797), met la ville en danger et Monza voit son statut diminué car, avec sa Villa Archiducale, elle représente l’ancien régime. Cependant avec l'établissement de l'empire, Monza connaît un autre renouveau. En 1805, Napoléon Ier nomme vice-roi d'Italie son fils adoptif Eugène de Beauharnais qui après avoir épousé la fille aînée du roi de Bavière, séjourne volontiers à la villa royale. L'empire Français vaincu, la Lombardie redevient une possession Autrichienne. L'époque est riche en innovations. En 1841, la deuxième ligne ferroviaire d’Italie relie Milan à Monza.