Am 8. Dezember 1982 wurde Egli in den Bundesrat gewählt. Er stand dem Eidgenössischen Departement des Innern vor. Dadurch, dass er als deklarierter Konservativer nach der Katastrophe von Tschernobyl und dem Grossbrand von Schweizerhalle den aufkeimenden Umweltschutz zum Thema machte, verschaffte er diesen Anliegen politische Legitimität: Im Zusammenhang mit dem Waldsterben setzte er Massnahmen zur Luftreinhaltung durch. Er war Bundespräsident im Jahre 1986.