Во время беспорядков 1929 года Мишмар-ха-Эмек был атакован арабами. Нападение было отбито, но по требованию британских властей его жителям пришлось покинуть свои дома. Высаженная ими роща была вырублена, временные жилища разграблены. В 1930 году отряд первопроходцев вернулся на прежнее место, а с ним и остальные члены группы. Началось строительство постоянных домов (в первую очередь детского интерната и водонапорной башни) и развитие сельскохозяйственной структуры. В следующем году в Мишмар-ха-Эмеке открылась центральная школа движения Ха-Кибуц ха-Арци.