A bolíviai válogatott történetének legnagyobb sikerét 1963-ban érte el, amikor hazai pályán megnyerte az 1963-as Dél-amerikai bajnokságot. Az 1978-as világbajnokság részvételi jogáért interkontinentális pótselejtezőt játszottak Magyarország ellen. Az első mérkőzésen Budapesten 6–0-ra, a visszavágón La Pazban 3–2-re kaptak ki. Az 1970-es években akadémiát hoztak létre annak érdekében, hogy a nemzetközi mezőnyhöz jobban felzárkózzanak. Az akadémia tagjai volt többek között: Marco Etcheverry, Erwin Sánchez és Luis Cristaldo. Az 1994-es világbajnokság selejtezőiben történetük során először megverték Brazíliát és kijutottak a világbajnokságra. A C csoportba kerültek és ők játszották a torna nyitómérkőzését a címvédő Németország ellen Chicagóban. A mérkőzést a németek nyerték 1–0-ra, miután a csereként beállt Marco Etcheverry mindössze 3 perc után a kiállítás sorsára jutott. Ezután Dél-Koreával játszottak 0–0-s döntetlent, majd Spanyolországtól kikaptak 3–1-re. A bolíviaiak egyetlen és első vb gólját Erwin Sanchez szerezte. 1997-ben Bolívia adott otthont a Copa Américanak, ahol egészen a döntőig jutottak, de ott 3–1-s vereséget szenvedtek Brazília ellen. A második helyükkel részvételi jogot szereztek az 1999-es konföderációs kupára (Brazília vb döntősként szerzett jogot, miután Franciaország visszalépett az indulástól). A csoportkörben Egyiptommal 2–2-s, Szaúd-Arábiával 0–0-s döntetlent játszottak, míg Mexikótól kikaptak 1–0-ra.