בשנת 1559 הוא נישא בשנית עם ביאטריס מלנקסטר (1542–1623), נכדתו של אינפנטה ז'ורז' מלנקאסטרה, דוכס קוימברה. ילדם הראשון, חיימה מברגנסה, נהרג ללא יורשים בשנת 1578, בקרב אל-קסר אל-כביר. ילדתם השנייה, איזבל, התחתנה עם הדוכס הראשון של קמינה.