Czekanowski studerade i Kiev och Dorpat först medicin, därefter mineralogi, men förvisades 1863 för delaktighet i polska upproret till Sibirien. Han internerades i Padunsk nära Angara, varifrån han försåg de akademiska museerna med naturhistoriska samlingar och erhöll 1868 tillåtelse att flytta till Irkutsk, i vars guvernement han på uppdrag av sibiriska avdelningen av ryska geografiska sällskapet utförde geologiska undersökningar.