Com o desenrolar da guerra civil, apesar de não ser palco de operações militares, a situação nas ruas da capital era desconfortável. Desaparecimentos forçados, bombas e ataques a transportes públicos eram habituais. Nesses anos, um acontecimento em especial atingiu a área metropolitana: o terremoto de 1986, que, além de causar a perda de cerca de 1500 vidas, destruiu muitos edifícios do centro histórico. Outro momento crítico ocorreu com a chamada "ofensiva final" de 11 de novembro de 1989. Os Acordos de Paz de Chapultepec, assinados em 16 de janeiro de 1992, terminaram com a guerra. Nesses dias, no centro histórico ocorreram diversas demonstrações de alegria, especialmente em 1º de fevereiro com o fim oficial das ações militares. Apesar dessa conquista histórica que pôs fim à violência política, novos desafios surgiram com a escalada da violência criminal.