Na začátku ledna začalo Švédsko a v reakci na to také Dánsko provádět pasové kontroly na svých hranicích. Dne 15. ledna oznámilo Rakousko, že pro rok 2016 je stanoven limit přijímaných uprchlíků na 37 500 lidí a do poloviny roku 2019 maximálně 127 500 osob; co se bude dít v případě naplnění tohoto limitu nebylo upřesněno. Česká vláda souhlasila s plánem na vznik společné evropské pohraniční a pobřežní stráže, podle kterého by mělo ochranu hranice posílit 1 500 pohraničníků; někteří analytici tento počet vzhledem k celkové délce vnějších Schengenských hranic označili jako nedostatečný. Dne 21. ledna němečtí představitelé oznámili, že kontroly na tamních hranicích budou probíhat až do neurčita. V lednu 2016 padlo rovněž rozhodnutí, že neúspěšní žadatelé o azyl ve Švédsku a Finsku budou z obou zemí deportováni dle platných zákonů a mezinárodních smluv, jež byly v průběhu krize kvůli velkému množství žadatelů o azyl porušovány. Rozhodnutí se týkalo několika desítek tisíc lidí, kteří do obou severských zemí přišli. Dne 28. ledna se v reakci silvestrovské sexuální obtěžování žen ze strany migrantů Německo rozhodlo, že některé severoafrické země (Alžírsko, Tunisko a Maroko) bude nově považovat za tzv. bezpečné země. Německá politická scéna byla rozdělená; bavorští političtí představitelé v lednu 2016 pohrozili Angele Merkelové odvoláním z funkce v případě, že Německo nezajistí ochranu svých hranic.