Der Dreißigjährige Krieg schien Niederösterreich lange Zeit wenig zu berühren, lediglich zu Beginn dieses langen Krieges, als Graf Heinrich Matthias von Thurn mit dem Heer der aufständischen Böhmen auf Wien vorrückte, wurden einige Orte entlang der heutigen Brünner Straße geplündert. Gegen Ende des Krieges kam es jedoch weit schlimmer: Bei Jankau in Böhmen, etwa 60 km südöstlich von Prag, fand die letzte große Schlacht des Dreißigjährigen Krieges statt. Am 6. März 1645 besiegte ein schwedisch-protestantisches Heer unter Feldmarschall Lennart Torstensson die kaiserlich-habsburgischen Truppen unter Feldmarschall Melchior Graf von Hatzfeldt, womit für die Schweden der Weg nach Wien offenstand. Die schwedischen Truppen verwüsteten große Teile des Weinviertels, etliche Burgen wie Staatz und Falkenstein sind seitdem Ruinen. Der Markt "Gaunersdorf", also das heutige Gaweinstal, wurde wie Stockerau vollständig niedergebrannt. Die Städte Krems, Korneuburg und Stein wiederum erlitten durch schwedische Angriffe und die anschließende Rückeroberung durch kaiserliche Streitkräfte schwere Schäden und Verluste an Menschenleben.