Maerckers militärische Ausbildung begann im Kadettenhaus Culm und endete nach dem Besuch der Hauptkadettenanstalt in Groß-Lichterfelde bei Berlin. Anschließend wurde er am 14. April 1885 als Sekondeleutnant dem 4. Pommerschen Infanterie-Regiment Nr. 21 der Preußischen Armee in Thorn überwiesen. Es folgte am 1. April 1887 seine Versetzung in das Infanterie-Regiment Nr. 137 in Hagenau. Dort ließ er sich am 19. September 1888 für ein Jahr beurlauben, um nach Afrika zu gehen. Nach kurzer Tätigkeit für die Deutsch-Ostafrikanische Gesellschaft ging er als Offizier zur Schutztruppe nach Deutsch-Ostafrika. Dort nahm er am 18. Mai 1889 an einem Gefecht bei Dar-es-Salam im Rahmen der Niederschlagung des sogenannten Araberaufstandes teil. Im Jahre 1890 wurde er wieder in die Preußische Armee übernommen, wo er u. a. an der Kriegsakademie in den Jahren 1891 bis 1894 weiter ausgebildet wurde. 1895 wurde er zum Großen Generalstab versetzt. Im gleichen Jahr heiratete er Luise Lindner.