Maskhadov propagou a resistência armada à ocupação russa, mas condenou fortemente os ataques a civis. Ele ficou muito comovido pelo homicídio do presidente Akhmad Kadyrov, pró-Rússia, enquanto condenou o homicídio por parte dos russos do ex-presidente separatista por parte dos russos do ex-presidente separatista Yandarbiyev, no Qatar, em 2004. Maskhadov negou constantemente a responsabilidade pelos atos terroristas sempre mais brutais contra os civis russos cometidos pelos sequazes de Basayev, denunciando continuamente esses fatos através de seu porta-voz no exterior, como Akhmed Zazayev, em Londres. Descreveu os rebeldes do Massacre de Beslan como "loucos" originados do seio da causa de atos de brutalidade cometidos pelos russos..