Στις 2 Σεπτεμβρίου 1939, το Σέιμ πραγματοποίησε την τελική του προπολεμική σύνοδο, κατά τη διάρκεια της οποίας δήλωσε την προθυμία της Πολωνίας να αμυνθεί έναντι των εισβολών των γερμανικών δυνάμεων. Στις 2 Νοεμβρίου 1939, ο Πρόεδρος διέλυσε το Σέιμ και τη Γερουσία, τα οποία στη συνέχεια, σύμφωνα με το σχέδιο, θα συνεχίσουν τη δραστηριότητά τους εντός δύο μηνών μετά το τέλος του Β΄ Παγκοσμίου Πολέμου, αυτό όμως δεν συνέβη ποτέ. Κατά τη διάρκεια του πολέμου, ιδρύθηκε το Εθνικό Συμβούλιο (1939-1945) για να εκπροσωπήσει το νομοθετικό σώμα ως μέρος της πολωνικής εξόριστης κυβέρνησης. Εν τω μεταξύ, στη γερμανοκρατούμενη Πολωνία, ιδρύθηκε το Συμβούλιο Εθνικής Ενότητας. Αυτό το σώμα λειτούργησε από το 1944 έως το 1945 ως κοινοβούλιο του Πολωνικού Υπόγειου Κράτους. Με την παύση των εχθροπραξιών το 1945 και την επακόλουθη άνοδο στην εξουσία της Κομμουνιστικής Προσωρινής Κυβέρνησης Εθνικής Ενότητας, η Δεύτερη Πολωνική Δημοκρατία έπαψε νόμιμα να υπάρχει.