En 1919-1921 va participar en operacions a l'Extrem Orient Rus, va prendre part en el moviment de guerrilles contra els intervencionistes japonesos i l'Exèrcit Blanc durant la Guerra Civil Russa, i va ser ferit. En 1921-1922 va estudiar a l'Acadèmia de Mines de Moscou. En 1921 fou delegat al Desè Congrés del PC (b). Va participar en la repressió de la revolta de Kronstadt, i fou ferit per segon cop. Després del tractament i la desmobilització Fadéiev es va quedar a Moscou.