Перес обвиняется в совершении военных преступлений во время гражданской войны в Гватемале, однако в судебном порядке его вина остаётся недоказанной. На него и его родных и приближённых совершён ряд покушений. Так, только за 2000—2002 годы было совершено покушение на его сына с семьёй, ранена дочь и убит крупный функционер Патриотической партии.