Under kriget mot självständighetsrörelsen i det franska territoriet Algeriet 1954–1962 hamnade legionen i vanrykte, dels på grund av den allmänt utbredda tortyren av fångar inom den franska armén, samt på grund av deltagandet i kuppförsöket mot president Charles de Gaulle. Legionens existens ifrågasattes, men efter att dess första fallskärmsregemente upplösts och högkvarteret flyttats till franska fastlandet kunde förbandet överleva.