През първата половина на този период ( – 1185) Византийската империя доминира на Балканите и при управлението на Комнините се наблюдава възраждане на просперитета и урбанизацията; обаче византийското господство приключва с успешното въстание на Асен и Петър през 1185 г. Регионът след това е разделен между византийците – днешна Гърция, някои части на Македония и Тракия, българите – Мизия и по-голямата част от Тракия и Македония, и сърбите на северозапад. Източната и западната църкви се разделят официално през XI век с Великата схизма и въпреки спорадичните периоди на сътрудничество през XII век, през 1204 г. рицарите от Четвъртия кръстоносен поход коварно превземат Константинопол. Това сериозно наврежда на византийците и в крайна сметка тяхната мощ е отслабена от нападенията на селджуците и от изгряващата Османска империя през XIV – XV век. Властта на Латинската империя обаче е краткотрайна, след като кръстоносната армия е разбита от българския цар Калоян в битката при Адрианопол (1205 г.).