Nel 1800 i francesi riconquistarono i territori persi l'anno precedente (Vittoria di Marengo, 14 giugno) e ristabilirono il loro dominio sulla Romagna. Fecero chiudere la gloriosa università di Cesena (vecchia di 5 secoli) in parte per non dare concorrenti a Bologna e in parte per fare uno sgarbo al cesenate Pio VI, irriducibile avversario di Napoleone, che il Bonaparte aveva costretto a lasciare Roma e teneva in semilibertà a Parigi. Nel periodo napoleonico nacque e si diffuse in Romagna un notabilato di idee giacobine. A Milano fu rifondata la Repubblica Cisalpina e fu ripristinato il Dipartimento del Rubicone con capoluogo Forlì.