1944年6月，第一机动舰队组建后参加的第一场主要作战就是菲律賓海海戰。是役第一机动舰队损失超过300架飞机，已经无法完成机动部队的功能。经此惨败，第三舰队返回本土休整，而第二舰队则南下为捷號作戰做准备。同年10月，雷伊泰灣海戰（莱特湾海战）爆发，第二、第三舰队均参加了是次作战。第三舰队严重缺乏飞机，只能在恩加尼奥角海战中作为诱饵，参展的4艘航母全部损失；而第二舰队也多有舰艇损失。