Au début du , c'est William P. Sullivan qui est "Chief of Police". Il est remplacé en 1901 par George Wittman qui lance une croisade contre le jeu et les fumeries d'opium de Chinatown. C'est Jeremiah F. Dinan qui prend la suite en 1905. Le survient un terrible séisme, suivi d'un incendie dévastateur. San Francisco compte alors habitants et est détruite à près de . À la suite d'émeutes et de pillages, le maire Eugene Schmitz publie l'arrêté suivant: Dès 1907, le SFPD est l'une des premières polices américaines à utiliser les empreintes digitales dans son travail d'enquêtes. Cette même année, le maire Edward Robeson Taylor nomme William J. Biggy chef de la police. Il n'occupe pas longtemps ce poste, car le , pendant la nuit, il « tombe » à la mer depuis une vedette de la police qui effectue une traversée de la baie de San Francisco. On ne retrouve son corps que deux semaines plus tard. Comme des appels à la démission ont été lancés à son encontre, l'enquête hésite entre accident et suicide. C'est finalement l'accident qui est retenu par le légiste, probablement parce que Biggy était un catholique pratiquant. C'est cependant grâce à son impulsion que le , le SFPD est doté de trois motos acquises pour sept cent quatre-vingt-trois dollars. En 1911, David A. White est nommé chef du département et c'est sous sa direction, en 1913, que pour la première fois, trois femmes sont admises au sein du corps de police avec le titre de « "Women Protective Officers" ».