Dirijorii șefi ai orchestrei au fost ulterior Rafael Kubelík (1942-1948), Karel Ančerl (1950-1968), Václav Neumann (1968-1989), Jiří Bělohlávek (1990-1992), Gerd Albrecht (1993-1996), Vladimir Ashkenazy (1996-2003), Zdeněk Mácal (2003-2007) și Eliahu Inbal (2009-2012). În urma Revoluției de Catifea, orchestra  s-a reorganizat în 1991 și a votat, într-o alegere controversată, demiterea lui Bělohlávek și numirea lui Gerd Albrecht în funcția de dirijor șef. În loc să rămână în funcție până la instalarea lui Albrecht, Bělohlávek a demisionat din orchestră în 1992. În decembrie 2010, orchestra a anunțat numirea lui Bělohlávek ca dirijor șef, începând din 2012, cu un contract inițial de 4 ani.