Quella del 1999 fu la migliore stagione nella storia della Stewart: la SF3 fin dalla prima gara cominciò a marcare punti con una certa regolarità, riuscendo a lottare spesso per le prime posizioni. Il primo podio arrivò già alla terza gara stagionale a Imola grazie a Barrichello, che si ripeté a Magny-Cours dove conquistò anche la prima e unica pole position nella storia del team; al Nürburgring poi, complici i numerosi ritiri avversari, Herbert riuscì a ottenere anche un'insperata vittoria, che fu la prima e unica del team, completata da un altro terzo posto del pilota paulista. Questi risultati, sommati ad altri piazzamenti a punti, garantirono alla squadra il quarto posto tra i costruttori, dietro solo all'iridata , alla del campione del mondo Mika Häkkinen e alla , e davanti alle blasonate e ; nel campionato piloti invece il brasiliano e il britannico chiusero rispettivamente 7° e 8°.