לאחר שיחה עם פידל קסטרו ובשל ייאושו מיצירת כלכלה חדשה בקובה, יצא גווארה לאלג'יריה ומשם לקונגו, כדי לסייע לכוחות השמאלניים במשבר קונגו. הוא האמין שיש ליצור מהפכה גם לפני שהתנאים מבשילים, ושהתחלת המהפכה יוצרת תנאים. למרות זאת, נכשלה מהפכה זו. עם שובו לקובה פרש מפעילות ציבורית (ככל הנראה בשל סכסוך שהתגלע בינו לבין קסטרו). הוא הוצא ממנהיגות המפלגה הסוציאליסטית המהפכנית של קובה, והוא הושמט מרשימת חברי הוועד המרכזי שנבחרו למוסד העליון של המפלגה.