С сентября 1943 года — командир 36-го гвардейского стрелкового корпуса в 11-й гвардейской армии на Брянском, 2-м Прибалтийском и 1-м Прибалтийском фронтах. Во главе корпуса участвовал в Брянской, Городокской, Витебской фронтовых наступательных операциях. Особо отличился в Белорусской стратегической операции (в том числе Витебско-Оршанская операция, Вильнюсская наступательная операция, Каунасская наступательная операция). Тогда, летом 1944 года, корпус генерала Шафранова после умелого обходного маневра с ходу освободил превращенный в единый укрепрайон город Оршу, в июле без задержки форсировал реку Неман и за трое последующих суток продвинулся на 50 километров и овладел городом Калвария.