Selepas gempa bumi Tōhoku pada Mac 2011, loji ini berjalan dengan bekalan elektrik kecemasan yang dibekalkan oleh penjana diesel sandaran yang tidak ditujukan untuk kegunaan jangka masa lama. Dilaporkan bahawa terdapat sekitar 3,000 tan bahan api nuklear terpakai yang amat radioaktif yang dsimpan di Rokkasho pada ketika itu, dan boleh terlebih panas dan terbakar seandainya sistem pendingin rosak. Radio Jepun melaporkan pada 13 Mac bahawa 600 liter air terbocor di kolam bahan api terpakai Rokkasho. Menurut "The New York Times", bekalan kuasa dipulihkan pada 14 Mac 2011.