Перед самим початком німецько-радянської війни, у червні 1941 року, підполковник Шапошников був призначений на посаду начальника оперативного відділу штабу 37-ї танкової дивізії 15-го механізованого корпусу Київського Особливого військового округу. З першого дня війни в боях на Південно-Західному фронті. Брав участь в прикордонній танковій битві в районі Дубно-Луцьк-Броди, в Київській оборонній операції, в Уманській оборонній операції.