Den Sieg in den Auseinandersetzungen um den Thron errang schließlich die Partei Peters I., die Sofia ins Nowodewitschi-Kloster bei Moskau verbannte. Als im Zusammenhang mit dem erneuten Aufstand der Strelitzen in Moskau vom Jahre 1698 Sofia der Konspiration verdächtigt wurde, befahl der Halbbruder, Zar Peter I., sie zur Nonne zu scheren.