Nach den Unruhen im Gefolge des polnischen Aufstandes im Russischen Kaiserreich 1863, welche dazu führten, dass 1864 der Belagerungszustand über Krakau verhängt wurde, ernannte man Dunajewski, der nun als österreichischer Patriot anerkannt wurde, im Mai 1865 nachträglich zum Rektor 1864/1865 der Universität, eine Würde, die Dunajewski auch noch 1868/69 und 1879/80 bekleiden sollte. Sein Hauptschwerpunkt galt den Bereichen Nationalökonomie und Finanzwissenschaft, darüber hinaus lehrte er aber auch Strafrecht, Statistik und vor allem Verwaltungsrecht. 1864 veröffentlichte er sein erstes Werk, "Boden und Kredit", ein Jahr später erschien "Das System der Nationalökonomie und Finanzwirtschaft". 1871 schließlich publizierte Dunajewski ein drittes Werk, "Grundzüge der Organisation der Verwaltungsbehörden für Galizien", welches bis zum Ende der Monarchie als ein Standardwerk galt.