1940年（民国29年）、南京国民政府は国史館の再設置の準備に着手、1947年（民国36年）に南京市により再設置された。その後発生した国共内戦の結果中華民国政府が遷台し、館長の不在と研究員の多くが台湾に逃れたため、国史館の業務は1957年（民国46年）に台北県新店市に再設置されるまで国民党中央党史史料編纂委員会により代行されている。