オスマン帝国が1716年8月5日にペーターヴァルダインの戦いで敗れた後、ゼムンを含むスレム地方南東部は、1717年にハプスブルク君主国（オーストリア大公国）に征服された。パッサロヴィッツ条約によってこの地方はシェーンボルン家（）の所領となった。ドナウ川とサヴァ川の合流地点に位置するこの場所は、ハプスブルク家のオーストリア大公国とオスマン帝国の戦いにおいて戦略的重要拠点であった。1739年のベオグラード条約（）によって最終的に国境が確定されオーストリア領となった。1746年には軍政国境地帯が設置され、1749年にゼムンは軍事地区に指定される。1754年の時点で、ゼムンには1900人の正教徒、600人のカトリック教徒、76人のユダヤ人、100人のロマが居住していた。1777年にはゼムンには1130世帯、6800人が居住し、うち半数はセルビア人、残りの半数はカトリック教徒やユダヤ人、アルメニア人、ムスリムなどであった。カトリックの住民の中で最大の勢力はドイツ人であった。この頃よりゼムンにはドイツ人やハンガリー人の居住者が増え始める。