W styczniu 1963 opublikował w „Tygodniku Powszechnym” krytyczny wobec tradycji powstańczej artykuł "Z kurzem krwi bratniej", poświęcony powstaniu styczniowemu. Skrytykował w nim kult klęski i nieracjonalnej bohaterszczyzny. Został za to publicznie skrytykowany przez Stefana Wyszyńskiego. W tym czasie jego pozycja w kręgach kościelnych stopniowo słabła. Kolejny kryzys w relacjach z prymasem został wywołany kolportowaniem w październiku 1963 w Rzymie „opinii środowisk katolickich w Polsce” związanych z „Tygodnikiem Powszechnym”, miesięcznikami „Znak” i „Więź” oraz kołem posłów „Znak”, przygotowanej z udziałem Stanisława Stommy. W dokumencie tym za błąd uznano potępienie każdej formy państwa rządzonego przez komunistów. Dostrzegając ciągłe pogarszanie się sytuacji Kościoła katolickiego w Polsce, wskazywano, że relacje z władzami nie muszą się pogarszać. Postulowano w związku z tym konstruktywną postawę wobec zadań społecznych i gospodarczych. Najbardziej kontrowersyjnym punktem dokumentu był jednak postulat nawiązania stosunków dyplomatycznym Polski ze Stolicą Apostolską. Tekst ten Stefan Wyszyński uznał za akt nielojalności, a przeprosiny Stanisława Stommy przyjął dopiero w kwietniu 1964.