Während des Zweiten Weltkrieges wechselte Harms Ende Januar 1942 ins deutsch besetzte Polen, wo er im Distrikt Lublin des Generalgouvernements zunächst Stellvertreter des Kreishauptmanns in Puławy wurde. Von Dezember 1942 bis Mai 1944 war er Kreishauptmann in Chełm. In einem Lagebericht zum April 1943 rügte er, dass „bei einer Judenaussiedlung [zur Ermordung] nur ca. 50 % aller für die Umsiedlung vorgesehenen Juden erfaßt wurden“. Zuletzt war er von Mai bis Juli 1944 Kreishauptmann in Krasnystaw.