В составе сборной Словении он сыграл в пяти чемпионатах континента, начиная с Чемпионата Европы по баскетболу 1997, 1999 и 2001 годов. Позднее, тренер отобрал его для участия в Чемпионате Европы по баскетболу 2007. Ягодник появился снова на последнем, Чемпионате Европы по баскетболу 2009 под руководством тренера Юрия Здовца; в том сезоне ему было 32 года и он являлся самым старшим членом команды.