Als Mannschaftskapitän nahm Pavón am CONCACAF Gold Cup 2000 teil, wo er in allen drei Spielen seiner Mannschaft je einen Treffer erzielte und im Viertelfinale gegen Peru ausschied. Kurz nach dem Gold Cup trat der Stürmer in den Jahren 2000 und 2001 mit der honduranischen Nationalmannschaft bei der Qualifikation zur Fußball-WM 2002 an und avancierte dabei zum absoluten Torjäger. Mit 15 Treffern in 17 Länderspielen belegte er hinter dem Australier Archie Thompson (16 Treffer), der allein beim Fußballländerspiel Australien – Amerikanisch-Samoa 2001 zwölf Tore erzielte, den zweiten Platz und wurde somit Vizetorschützenkönig der kompletten WM-Qualifikation. Mit der honduranischen Nationalelf schaffte es Pavón bis in die letzte Finalrunde, wo die Mannschaft allerdings als guter Viertplatzierter hinter Costa Rica (Gruppensieger), Mexiko (2.) und den USA (3.) nur knapp an einer WM-Teilnahme scheiterte.