سه سال پس از ایجاد لیگ اروپا، اتلتیکو با هدایت سیمئونه دومین قهرمانی خود در این مسابقات را کسب کرد و در فینال ۹ مه ۲۰۱۲ که در ورزشگاه ملی رومانی در بخارست برگزار شد، با دو گل از رادامل فالکائو و تک گل دیگو، اتلتیک بیلبائو را ۳–۰ شکست داد. به دنبال این قهرمانی در لیگ اروپا، اتلتیکو در سوپر جام اروپا ۲۰۱۲ به مصاف چلسی به عنوان قهرمان فصل قبل لیگ قهرمانان اروپا رفت. این دیدار به تاریخ ۳۱ اوت ۲۰۱۲ و در ورزشگاه لویی دوم شهر موناکو برگزار شد. اتلتیکو با هت-تریک فالکائو در نیمه اول و تک گل میراندا در نیمه دوم ۴–۱ پیروز و سوپر جام را به خود اختصاص داد. در ۱۷ مه ۲۰۱۳، اتلتیکو در فینال کوپا دل ری ۲۰۱۳ و در یک بازی پرتنش که با اخراج یک بازیکن از هر دو تیم همراه بود، رئال مادرید را با نتیجه ۲–۱ شکست داد. این پیروزی خاتمه‌ای بر یک سریال ۱۴ ساله از ۲۵ بازی بدون برد در دربی مادرید برای اتلتیکو بود. فصل ۱۳–۲۰۱۲ برای اتلتیکو با سه جام به پایان رسید.