Gli anni 1940 si conclusero con due campionati travagliati, nei quali la squadra si salvò dalla retrocessione nelle ultime giornate, finendo anche al centro di polemiche per il cosiddetto "Caso Pera", dal nome dell'arbitro che aveva diretto l'incontro Roma- della Serie A 1949-1950 (terminata 2-1 per i padroni di casa), nel quale il direttore di gara venne accusato di avere favorito la Lupa: a seguito delle contestazioni dei Gaudenziani, la Lega Calcio nel giugno 1950 decise dapprima di sospendere il risultato della partita, e successivamente di confermare la vittoria della Magica. La discesa in Serie B venne rimandata solo di un anno: nel campionato successivo i Capitolini persero dieci partite per 1-0 e cambiarono tre allenatori, posizionandosi penultimi e retrocedendo così il 17 giugno 1951. Nel 1952 Sacerdoti venne richiamato alla presidenza della società; la squadra fu affidata a Giuseppe "Gipo" Viani, che riuscì subito a farla risalire in massima serie, ottenendo la prima posizione in Serie B e aggiudicandosi così l'unico posto utile per la promozione.