Napoleó menyspreava Godoy com a home i com a ministre, però va fomentar els recels i ambicions per les seves finalitats. Entre 1805 i 1806, Godoy li va proposar entrar en un repartiment de Portugal i que li concedís una de les porcions, planejant un canvi de l'ordre de successió al tron espanyol per eliminar el príncep hereu Ferran o exercir ell la regència. A l'hivern de 1806, l'emperador va concedir el Regne de Nàpols al seu germà Josep després d'expulsar a Ferran IV de Borbó, germà del sobirà espanyol i pare de María Antònia, casada amb el príncep d'Astúries. Aconseguir l'aprovació de Carles IV no hauria estat fàcil sense comptar amb l'animadversió de Godoy al príncep. Napoleó,al cim de la seva glòria va desatendre les pretensions del favorit i va exigir en canvi homes, diners, l'adhesió d'Espanya al Bloqueig Continental contra el Regne Unit, i el port de Pasaia o les Illes Balears per al rei destronat de Nàpols. Godoy es va adonar llavors de les veritables intencions de l'emperador i va pretendre allunyar-se de la seva òrbita, ja que fins i tot va pensar a aliar-se amb els seus enemics en la Quarta Coalició, però la victòria francesa a la Batalla de Jena ho va impedir.