עוד באותו החודש החל צ'ומבה לתמוך במרד מזוין של חיילים קונגולזים נגד ממשל קסא-וובו, אותו כינה דיקטטור וקומוניסט. צ'ומבה הכריז על עצמאותה של מדינת קטנגה מקונגו ובכך החל משבר קונגו שהיה למלחמת אזרחים. צ'ומבה מונה לנשיא קטנגה והצליח לשמור במשך שלוש שנים על ריבונותה לנוכח התנגדות מצד הממשלה הקונגולזית וכוח משלחת צבאי של האומות המאוחדות. קטנגה, חבל הארץ העשיר ביותר בכל קונגו, הייתה לפרס מצד משקיעים רבים וצ'ומבה התכוון להשתמש בכך כדי להעשיר את הונו ולהסדיר את מעמדו הפוליטי-כלכלי. צ'ומבה תחילה ניהל משא ומתן להסדר לאחר הדחתו של ראש הממשלה הקונגולזי פטריס לומומבה אך נטש את המגעים במטרה להביא לריבונות מלאה של קטנגה. לבסוף פגש צ'ומבה בכישלון דיפלומטי להביא להכרה בריבונותה של קטנגה ובתמיכה בלגית וצרפתית הוא ברח אל המדינה הספרדית.