Alfonsín, sin poder militar para detener el golpe de Estado, negoció con los líderes militares «carapintadas» la garantía de que no habría nuevos juicios contra militares por violación de derechos humanos. Esas medidas se concretaron en la ley de Obediencia Debida y el reemplazo del teniente general Héctor Ríos Ereñú por el teniente general José Dante Caridi, al mando del Ejército Argentino. Este último, desde su cargo, comenzaría a defender públicamente la dictadura y el terrorismo de estado. Desde entonces Alfonsín debió enfrentar otras dos insurrecciones militares durante 1988 (18 de enero y 1 de diciembre) y un permanente estado de insubordinación de las Fuerzas Armadas. En rigor, Alfonsín había desarrollado en la campaña electoral su propuesta: castigar a quienes dieron las órdenes. Él pensaba en alrededor de veinte oficiales superiores, pero de ningún modo los subalternos. Sin embargo, su proyecto había sido modificado por el Senado. Muchos tribunales que habían estado remisos para aceptar habeas corpus, se lanzaron luego de la guerra de Malvinas a citaciones indiscriminadas, incluyendo personal de baja graduación.