โกปาอาเมริกาเซนเตนาริโอ รอบแพ้คัดออก จะเริ่มต้นในวันที่ 16 มิถุนายนและจะสิ้นสุดในวันที่ 26 มิถุนายน 2559 กับ รอบชิงชนะเลิศ ที่ สนามกีฬาเมตไลฟ์ ใน รัตเธอร์ฟอร์ดตะวันออก (รัฐนิวเจอร์ซีย์). เวลาทั้งหมดเป็น EDT ().