Con i nerazzurri ha vinto due Coppe Italia, entrambe contro la (2-0 e 1-0 la doppia finale del 2005, 1-1 e 3-1 l'anno seguente), conquistando così la Coppa Italia per tre volte consecutive, e la Supercoppa italiana 2005 contro la . Dopo la revoca dello scudetto 2005-2006 alla Juventus e l'assegnazione a tavolino dello stesso all'Inter, Favalli è diventato nuovamente campione d'Italia, questa volta in maglia nerazzurra.