W 1941 r. kościół został zamknięty przez okupanta oraz sprofanowany. Posłużył jako magazyn zbożowy. W 1942 r. Niemcy zrabowali i przetopili trzy dzwony. Pewnej nocy zniszczono, znajdującą się na rogu Zgierskiej i Krzeszewskiej, figurkę przedstawiającą Jezusa Chrystusa z krzyżem na ramieniu.