W 1997 roku Flores został powołany do reprezentacji Peru na Copa América. Na tamtym turnieju, zakończonym przez Peru na 4. miejscu, nie zagrał ani razu. W drużynie narodowej zadebiutował 17 lutego 1999 roku w wygranym 2:1 towarzyskim meczu z Ekwadorem. W 2007 roku ponownie znalazł się w zespole na Copa América. Z tamtego turnieju Peru odpadło w ćwierćfinale, a Flores nie rozegrał na nim żadnego spotkania. W latach 1999–2007 w kadrze zagrał 6 razy.