16 Mart 1920'de İngiliz askerlerinin resmen İstanbul'u işgal etmelerinden iki gün sonra yapılan Meclis-i Mebûsan baskınında içinde Şeref Aykut ve Faik Kaltakkıran'ın da bulunduğu milletvekilleri Malta'ya sürgüne gönderildi. 2779 tutukluluk numaralı Aykut, 25 Nisan 1921 tarihinde Malta'dan kurtularak Ankara'ya geldi ve Edirne milletvekili olarak TBMM'e katıldı. Ankara'da çıkmakta olan Hâkimiyet-i Milliye gazetesinde Mustafa Kemal Paşa'nın isteğiyle kaleme aldığı "Malta Hatıratı ve Malta'da Türkler" başlıklı yazısını bir ay süreyle yayımladı.