In die Amtszeit Clintons fielen verstärkte Aktivitäten des Terrornetzwerkes al-Qaida. Am 26. Februar 1993 fand der erste Terroranschlag auf das World Trade Center mit Autobomben statt. Im August 1998 wurden Terroranschläge auf die Botschaften der Vereinigten Staaten in Daressalam und Nairobi verübt; dabei kamen 224 Menschen zu Tode und über 5000 wurden zum Teil schwer verletzt. Als Vergeltungsmaßnahme ließ Clinton Luftangriffe auf Ausbildungslager von Al-Qaida in Afghanistan und auf eine Arzneimittelfabrik in Khartum (Sudan) anordnen (Operation Infinite Reach).