Родился в семье известного ботаника Петра Степановича Шестерикова и учительницы иностранных языков Луизы Степановны Шестериковой. Дедом Сергея со стороны матери был француз Этьен Лантересс, оказавшийся в Одессе в 1848 году во время Французской революции. Детство и юность Сергей провёл в Одессе.