L'incarico affidatogli fece molto discutere in quanto Pruitt, che in passato ha ricevuto molti finanziamenti da industrie petrolifere, è portatore di idee particolari riguardo al problema del riscaldamento globale, nella genesi del quale egli afferma l'irrilevanza delle emissioni di CO2 in atmosfera per effetto dell'attività antropica. Ha anche espresso la sua contrarietà all'accordo di Parigi negoziato durante la XXI Conferenza delle Parti dell'UNFCCC nel 2015. Nell'agosto 2018, non più sotto la sua amministrazione, l'Epa rende di nuovo legale l’utilizzo dell’amianto nei materiali per l’edilizia.