Tras la derrota sufrida en 48 a. C. en la batalla de Farsalia por parte de su rival Julio César durante la segunda guerra civil romana, el estadista romano Pompeyo el Grande huyó a Egipto, un estado cliente de Roma. Ptolomeo XIII ordenó el asesinato de Pompeyo mientras César ocupaba Alejandría en persecución de su enemigo. Como cónsul de la República romana, César trató de reconciliar a Ptolomeo XIII con su hermana Cleopatra, pero Potino el Eunuco, consejero jefe del monarca egipcio, creyó que los términos que proponía el cónsul beneficiaban a su hermana y por ello sus fuerzas sitiaron a César y Cleopatra en Alejandría. El asedio se levantó gracias a la llegada de aliados de César a comienzos de 47 a. C. y Ptolomeo XIII murió poco después en la batalla del Nilo. Arsínoe IV, hermana menor de Cleopatra que había liderado el asedio, se exilió en Éfeso y César, ya entonces elegido dictador, declaró a Cleopatra y a su hermano pequeño Ptolomeo XIV cogobernantes de Egipto. Sin embargo, el general romano inició una relación sentimental con la reina egipcia de la que nació Cesarión, futuro Ptolomeo XV. Cleopatra viajó a Roma en 46 y 44 a. C. como reina vasalla y se alojó en la villa de César. Cuando este fue asesinado en 44 a. C., Cleopatra intentó que su hijo fuera designado heredero, pero no pudo debido al ascenso al poder de Octavio (posteriormente conocido como Augusto y que sería el primer emperador de Roma en 27 a. C.). Entonces Cleopatra ordenó el asesinato de su hermano Ptolomeo XIV y elevó a su hijo Cesarión como corregente de Egipto.