Sau một thời gian dưỡng bệnh tại Côn Sơn, đến năm 1945 Cách mạng tháng 8 thành công, Hòa thượng lại trở về Quán Sứ. Vận dụng khả năng tri thức và trí tuệ vốn có để ứng dụng Phật sự trong hoàn cảnh mới của đất nước. Ý thức trách nhiệm trước sứ mệnh lịch sử dân tộc và đạo pháp, Ngài khắc phục mọi trở ngại, đề cao chủ trương: Thống nhất Phật giáo, đoàn kết Tăng già. Và cuối cùng nguyện vọng ấy đã đạt được qua việc thành lập Hội Tăng ni Chỉnh lý Bắc phần, tiền thân của Giáo hội Tăng già Bắc Việt do Ngài làm Chủ tịch, đồng thời giữ chức Phó Hội trưởng Hội Phật giáo Việt Nam. Lúc ấy Ngài mới 47 tuổi (năm 1950).