Spartalaiset ottivat Kytheran saaren hallintaansa 500-luvun eaa. puolivälissä. Peloponnesolaissodan aikana, vuonna 424 eaa. Ateena miehitti Kytheran. Takaisin Spartalle saari palautui vuonna 421 eaa. solmitussa Nikiaan rauhassa. Spartan vallan aikana saarella palvottiin spartalaisen pantheonin mukaisia jumalia eli esimerkiksi Heraklesta, dioskuureja ja Poseidonia. Lääkinnän ja terveyden jumalaa Asklepiosta palvottiin 400-luvun eaa. puolivälistä alkaen. Kytherasta tuli itsenäinen 100-luvulla eaa, ja paikallisväestö esimerkiksi löi omia rahojaan. Kytherasta tuli osa Rooman valtakuntaa sen laajentuessa itään. Saaren kaakkoisrannikolla sijainnut Skándian kaupunki tuhoutui täysin vuonna 365 jaa. suuressa maanjäristyksessä. Lisäksi maanjäristystä seurannut tsunami muokkasi suuresti rantaviivaa.