Вторая мировая война серьёзно повлияла на деятельность музея. В самом начале войны, 9 сентября 1939 года, в результате бомбёжки Люблина музей сильно пострадал: были частично разрушено здание, утрачены некоторые коллекции и документы. После установления режима оккупации руководить музеем были назначены Эрвин Рихтер и Карл Людвиг. В это время из музея и его хранилищ активно вывозились различные экспонаты, в том числе наиболее ценные. В 1940 году в здании музея был организован склад, на который свозились ценные предметы искусства и старины со всего востока Польши.