Han vant sølv i EM i Heerenveen i Nederland som gikk den 9.–11. januar 2009, og ble slått av Sven Kramer. Allround-VM på skøyter 2009 gjorde Bøkko historisk. Nok en gang ble det sølv sammenlagt, men Bøkko ble nr. 2 på 500 meter og 5 000 meter, vant 1 500 meter og ble nr. 2 på 10 000 meter. Pallplass på alle distanser i et allround VM hadde ingen nordmann klart etter Michael Staksrud gjorde det i 1937.