La 31 august 2015, Ljajić a fost împrumutat la Internazionale Milano pentru un sezon, iar Inter i-a plătit lui AS Roma 1,75 de  milioane de euro, având opțiunea de a-l transfera permanent la sfârșitul sezonului pentru 11 milioane de euro. La 1 decembrie 2015, Ljajić șa marcat primul gol Inter în deplasare scor cu 2-1 cu Napoli.