Ruse stammte aus einer ostfranzösischen Hugenottenfamilie. Sein Vater Johannes Rusius (Veldhausen, 1591–1655) war seit 1618 Pfarrer in Ruinen und gründete das örtliche Gymnasium; sein Bruder Albert wurde Professor in Amsterdam und Leiden. 1639 begann Henri, im Alter von 15 Jahren, mit einer Ausbildung beim Militär und nahm an der Schlacht bei Freiburg im Breisgau, der Schlacht bei Alerheim und bei Philippsburg teil. 1646 ging er nach Bergamo und Venedig, und war unter General Leonardo Foscolo in Dalmatien und der Republik Ragusa tätig. Die Kriegszügen gegen die Turken gerieten bis Risan, Budva und Bar. Als Foscolo das Kommando in Candia (Heraklion) auf Kreta übernahm, kehrte Ruse 1651 nach Amsterdam zurück und schrieb sein Buch über Festungsbau und Mathematik. Er kritisierte die Pläne der Amsterdamer Bürgermeister Frans Banning Cocq, Johan Huydecoper van Maarsseveen, Cornelis Bicker und Nicolaes Tulp. In Amsterdam entwarf er ein Stadttor, das schon nach einigen Jahren zur Waage umgebaut wurde, sowie zwei Häuser am Keizersgracht. Außerdem war er unternehmerisch tätig, er kaufte einige Grundstücke in der Neustadt und importierte Baumstämme aus Norwegen.