Борис Живковић је за репрезентацију Хрватске одиграо 39 утакмица и постигао 2 гола. Играо је на Светском првенству 2002, где је у утакмици против Мексика направио прекршај за једанаестерац, након чега је искључен из игре. Мексико је победио 1:0, а Хрватска је касније испала са такмичења. Играо је и на Европском првенству 2004.