Molto più deludente fu il 1999, in cui la nuova vettura risultò essere più inaffidabile della precedente ed anche meno veloce. Al primo Gran Premio della stagione fu costretto al ritiro senza aver compiuto nemmeno un giro per la rottura del cambio, mentre al Gran Premio del Brasile fu fermato da un problema analogo quando occupava la quinta posizione, dopo una lunga rimonta dall'iniziale 21º posto. Il primo risultato utile della stagione arrivò al terzo appuntamento mondiale con un sesto posto. Al Gran Premio del Canada si ripeté la stessa coincidenza verificatasi l'anno precedente, con Alesi che fu tamponato pochi metri dopo il via dalla Prost di Jarno Trulli. Questo episodio fece infuriare il francese che, nonostante l'ottimo rapporto tra i due, attaccò duramente l'italiano accusandolo di non comportarsi da pilota professionista. A questo ritiro ne seguirono parecchi altri, nonostante alcune buone prestazioni in qualifica, tra cui una prima fila ottenuta al Gran Premio di Francia, anche grazie alle condizioni climatiche.