César speelde twaalf interlands voor het Spaans nationaal elftal, waarin hij driemaal scoorde. Hij debuteerde op 18 augustus 1999 tegen Polen. César behoorde tot de Spaanse selectie voor het Europees kampioenschap 2004 in Portugal, maar de verdediger kwam op dit toernooi niet in actie. Een oefenwedstrijd tegen Andorra voorafgaand aan het EK op 5 juni 2006 was uiteindelijk zijn laatste interland.