Am 13. Februar 2002 debütierte Joaquín in einem Freundschaftsspiel gegen Portugal in der spanischen Nationalmannschaft. Joaquín nahm mit Spanien sowohl an der WM 2002 in Japan und Südkorea, als auch an der EURO 2004 in Portugal und der WM 2006 in Deutschland teil. Für die Euro 2008 wurde er allerdings nicht von Trainer Luis Aragonés berücksichtigt.