Netxàiev va néixer a Ivànovo, en aquell temps una petita ciutat tèxtil, i el 1865, als 18 anys, Netxàiev es va traslladar a Moscou, on va treballar per a l'historiador Mikhaïl Pogodin. Un any més tard, es va traslladar a Sant Petersburg, va aprovar l'examen de mestre i va començar a ensenyar en una escola parroquial. A partir de setembre de 1868, Netxàiev assistí a classes a la Universitat de Sant Petersburg (com a oient, mai s'hi va matricular), involucrant-se en els creixents avalots dels estudiants a la universitat i es va familiaritzar amb la literatura subversiva russa dels desembristes, el Cercle Petraixevski i Mikhaïl Bakunin, entre altres. De Netxàiev s'havia arribat a dir que dormia despullat al bosc i vivia de pa negre en imitació de Rakhmètov, el revolucionari ascètic de la novel·la de Nikolai Txernixevski "Txto dèlat?" ("Què cal fer?").