ザンジバル・スルターン国では国王とごくわずかな官僚が国家を運営し、国王直属の小規模な軍隊を除いて行政組織と見なせるものは存在していなかった。ザンジバルを保護領としたイギリスは当初内政不干渉を打ち出していたが、こうした状況を見て国王からイスラーム法に基づく司法権を除いた権限を剥奪し、行政組織の整備に取り掛かった。ザンジバル側はイギリスからの干渉に抵抗し、特に奴隷制の廃止に対して強く抵抗した。1896年にザンジバル王ハマドが没した後、イギリスに敵対的な王族ハーリドが王宮を占領し、ハーリドはイギリスの降伏勧告を拒絶した。同年8月27日にイギリスの艦船はストーン・タウンの王宮に砲撃を行い、45分におよぶ攻撃の末に王宮は破壊され、ハリードは国外に逃亡した（イギリス・ザンジバル戦争）。ハーリドが国外に逃亡した後、サイードの孫にあたるハムードがイギリスによってザンジバルの王位に就けられ、島の旧支配者層に軍事力を誇示したイギリスはザンジバルの統治で主導的な役割を果たすことになる。1906年からイギリスによるザンジバル政府の再編が始められ、1913年にザンジバルはイギリスの植民省の管轄下に置かれ事実上の植民地となる。