Em 1578, o rei D. Sebastião desapareceu na Batalha de Alcácer-Quibir, tendo sido sucedido pelo seu tio, Henrique I, que no entanto faleceu em 1580. Desta forma, o trono passou para o rei Filipe II de Espanha, provocando desta forma a perda da independência portuguesa. No entanto, este período foi de expansão para a cidade de Lagos, com a construção de uma rede de fortificações costeiras, de forma a defender a cidade dos corsários ingleses, que começaram a atacar a região. O corsário mais importante foi Francis Drake, que em 1587 lançou uma campanha contra a costa algarvia. Em 25 de Maio de 1587, Francis Drake entrou na baía de Lagos, onde desembarcou um grande exército junto às muralhas da cidade, com o intuito de a saquear. Um manuscrito italiano denominado de "Ritrato et Riverso del Regno di Portogallo" fez uma descrição do país durante o reinado de Henrique I, entre 1578 e 1580, no qual Tavira, Lagos, Faro e Silves surgiram como cidades sem bispado. Os principais portos no Algarve eram Lagos, Tavira e Vila Nova (de Portimão). Silva Lopes refere que o rei D. Filipe II de Espanha confirmou, em 4 de Agosto de 1581, vários privilégios que tinham sido dados a Lagos.