Nachdem Touré zum Präsidenten gewählt worden war, ernannte dieser Sidibé am 9. Juni 2002 zu seinem Generalsekretär im Rang eines Ministers. Er behielt diese Position, bis er am 28. September 2007 von Präsident Touré als Ministerpräsident vereidigt wurde. Seine Regierung nahm am 3. Oktober 2007 die Amtsgeschäfte auf. Sidibé trat etwa ein Jahr vor der geplanten Präsidentschaftswahl 2012 am 30. März 2011 zurück; vor dem Putsch in Mali 2012 wurde vermutet, dass er sich auf eine Kandidatur um die Nachfolge Tourés vorbereitet. Tatsächlich trat Sidibé bei den Wahlen 2013 an. Er konnte sich allerdings nur auf dem vierten Platz behaupten.