Parafia siemiatycka została zmuszona do powrotu do wyznania prawosławnego w 1839, na mocy postanowień synodu połockiego. Chociaż cerkiew z XVII w. była już wtedy w złym stanie, murowaną świątynię prawosławną wzniesiono w Siemiatyczach dopiero po stłumieniu powstania styczniowego, w znacznej części z rosyjskich funduszy państwowych. Obiekt był stale czynny do 1915, gdy prawosławni mieszkańcy miasta udali się na bieżeństwo. W dwudziestoleciu międzywojennym cerkiew została ponownie otwarta i pozostaje nieprzerwanie czynna.