Po odchodu z Kuby se Dalton zapojil do občanské války v Salvadoru a v roce 1973 se připojil k Lidové revoluční armádě (ERP). Pro revoluční hnutí to byla těžká doba a Daltonova vlastní organizace ERP byla rozpolcena hořkým frakčním bojem. Dalton kritizoval vojenský avanturismus organizace a tvrdil, že je třeba vybudovat masovou základnu. Za okolností, které zůstávají nejasné, byl obviněn ze spolupráce s CIA a zavražděn členy konkurenční frakce ERP. Jednou z nejrozšířenějších verzí je, že celou akci kompromitace Daltona zosnovala samotná CIA ve spolupráci s agentem infiltrovaným do partyzanské armády.