Der gegenüber den Kapuzinern voreingenommene Kaiser Joseph II. visitierte im Juli 1777 auf dem Rückweg der Reise nach Paris die Stadt Breisach. 1785 wurde das Kapuzinerkloster als eines der ersten in Vorderösterreich aufgehoben. Die verbliebenen Kapuziner erhielten lediglich ein Bleiberecht. 1793 wurde das Kloster durch das Bombardement der französischen Revolutionsarmee im Ersten Revolutionskrieg unbewohnbar. Die Reste wurden 1825 abgetragen. Lediglich ein Teil der Gruft und Mauerreste blieben erhalten. Das Klostergelände lag innerhalb der Stadtmauern am Übergang zum südlichen Drittel der Stadt, in etwa auf der Höhe der heutigen Kapuzinergasse 6–10. Nach den Zerstörungen der Kriege seit 1793 erinnert nur noch die Straßenbezeichnung Kapuzinergasse an das Klostergelände.