20 мая 1944 года назначен на должность командира 63-го стрелкового корпуса, который вёл боевые действия в ходе Белорусской и Прибалтийской наступательных операций, во время которых были освобождены города Паневежис, Радвилишкис, Шедува, Шяуляй и Ауце. За умелую организацию четкого управления частями корпуса в трудных условиях наступления, смелое применение обходного манёвра генерал-майор Фёдор Алексеевич Бакунин был награждён орденом Кутузова 2 степени.