Después de la Batalla de Caseros (1852) el presidente Justo José de Urquiza nombró a Baigorria comandante de toda la frontera con los indios. Fue nombrado comandante de la frontera sur de Córdoba, que incluía San Luis. Avanzó esa frontera algunas leguas hacia el sur, lo que causó nuevos malones, al mando de Mariano Rosas. Logró debilitar a este aliándose con Ignacio Coliqueo y dividiendo a los ranqueles al formar una tribu independiente, bajo el mando de su ahijado Baigorrita a la muerte del padre de este, Pichuin (o "Pichún") en 1855.