Ujfaluši gab sein Debüt am 28. Februar 2001 gegen Mazedonien. Sein erstes großes Turnier spielte er bei der Europameisterschaft 2004 in Portugal, bei der er mit seiner Mannschaft in der Vorrunde Deutschland aus dem Turnier warf und bis ins Halbfinale vorstieß, in dem Tschechien gegen den späteren Europameister Griechenland ausschied.