Después de la Kristallnacht, en la noche del 9 de noviembre de 1938, cuando se incendiaron negocios, sinagogas y hogares judíos en toda Alemania, Gertrud recorrió Friburgo en bicicleta, visitando a vecinos judíos de manera amistosa y solidaria. Luckner comenzó a trabajar a tiempo completo en "Caritas". Mediante contactos internacionales, consiguió un pasaje seguro al extranjero para muchos refugiados. Organizó círculos de ayuda para judíos, ayudó a muchos a escapar, envió paquetes de comida y ropa a los internos, fundó direcciones donde los judíos podían esconderse y trabajó con los sacerdotes Bernhard Lichtenberg y Alfred Delp.