Im Frühjahr 1900, nach Ausbruch des Zweiten Burenkrieges, ging Alderson erneut nach Südafrika, wo er anfänglich unter seinem Freund Edward Hutton diente, der hier eine berittene Brigade aus Empire-Truppen befehligte. Später kommandierte Alderson selbst verschiedene Brigaden und war beteiligt am Entsatz von Kimberley sowie den Schlachten von Paardeberg und Driefontein. Auch an der Besetzung der Hauptstädte der Burenrepubliken (Bloemfontein und Pretoria) nahmen seine Truppen teil. Alderson, der hier auch kanadische Einheiten unter seinem Befehl hatte, sollte nach dem Willen Lord Mintos, des Generalgouverneurs, 1901 die Leitung der kanadischen Miliz übernehmen, was aber nicht zustande kam. Stattdessen kehrte er nach Aldershot zurück, wo er Generalinspekteur der berittenen Infanterie wurde. Er hatte für seine Dienste im Burenkrieg den CB erhalten, war Brevet-Colonel und Aide-de-camp der Königin Victoria.