Debut ve Formuli 1 si odbyl v sezóně 1993, kdy usedl do kokpitu týmu Scuderia Italia. Tým, za nímž stála automobilka Lola, byl ale bohužel naprosto nekonkukrenceschopný, a to i přesto, že mu motory dodávala automobilka Ferrari. Badoer sice byl lepší než jeho týmový kolega Michele Alboreto, přesto v dalším roce do kokpitu Scuderia Italia, která se sjednotila s týmem Minardi, neusedl a stal se testovacím jezdcem. V sezóně 1995 už ale do kokpitu Minardi usedl, když Alboreto ukončil kariéru. Jeho nejlepšími umístěními byla dvě 8. místa, při Grand Prix Kanady 1995 a Grand Prix Maďarska 1995. Pro sezónu 1996 přestoupil do týmu Forti Corse. Ani zde úspěch nenalezl, kvalifikoval se pouze do 6 z 10 závodů do kterých jeho tým nastoupil. Po Grand Prix Velké Británie 1996 tým ze šampionátu odstoupil.