Tras la división de Checoslovaquia en 1993, el club cambió su nombre de "FC Petržalka" por "Artmedia Petržalka". En la recién creada Liga eslovaca de fútbol, el Artmedia empezó en segunda división y tras tres temporadas, en 1996 logró el ascenso a la Corgoň Liga. El club consiguió ganar la Copa de Eslovaquia en la temporada 2003/04 y la Liga en la 2004/05.