Dalla fine dell'agosto del 1862, Kearny (che nel frattempo era divenuto Generale), condusse la propria divisione nella disastrosa Seconda Battaglia di Bull Run, che vide le armate dell'Unione distrutte dal Generale confederato Robert E. Lee. Le armate dell'Unione si ritirarono verso Washington e combatterono nuovamente il 1º settembre 1862 nella Battaglia di Chantilly. Durante il violento temporale che investì il teatro dello scontro, Kearny decise di cogliere l'occasione per esplorare le posizioni del nemico ma fu scoperto, e gli venne intimato di fermarsi. Tentò di fuggire, ma fu colpito da un colpo di fucile alla base della spina dorsale che lo uccise all'istante. Non appena udito lo sparo, accorse il Maggiore Generale A.P. Hill, confederato, che dispose che il suo corpo tornasse presso i suoi asserendo, inoltre, che per un uomo tanto coraggioso si attendeva un miglior fato.