Après la mise en place du mandat français en Syrie, Ayoubi garde son poste de ministre de l'intérieur. Néanmoins, il a noué des contacts avec des chefs nationalistes, il a établi une contrebande d'armes et d'argent avec Saleh al-Ali, leader de la révolte syrienne de 1925-1927 sur la côte ouest et Ibrahim Hananu leader de la "Révolte d'Alep".