Le gouvernement de Kubilai fait face à des difficultés financières après 1279, les guerres et les projets de construction ayant vidé le trésor mongol. De plus, la corruption et les scandales politiques entravent les efforts de collecte et de recouvrement des recettes fiscales. Des expéditions militaires mal gérées font suite aux problèmes financiers. La deuxième invasion du Japon par Kubilai en 1281 échoue à cause d'un typhon imprévu et les expéditions que le Kaghan organise contre le Đại Việt, le Champa et Java, échouent toutes les une après les autres. Toutefois, il remporte une victoire à la Pyrrhus contre la Birmanie. Ces expéditions sont entravées par la maladie, un climat inhospitalier et un terrain tropical inadapté à la guerre de cavalerie des Mongols. La dynastie Trần qui règne sur le Đại Việt vainc les Mongols à la bataille du Bạch Đằng. Ceci étant, même s'ils ne sont pas vaincus, le Đại Việt, la Birmanie et le Champa reconnaissent l'hégémonie mongole et établissent des relations tributaires avec la dynastie Yuan.