Vydra on pelannut useissa Tšekin nuorisomaajoukkueissa. Tšekin A-maajoukkueessa hän pelasi ensimmäisen kerran syyskuussa 2012 Kööpenhaminassa MM-karsintaottelussa Tanskaa vastaan. Kaksi ensimmäistä maaottelumaaliaan hän teki maaliskuussa 2013 MM-karsinnan vierasottelussa Armeniaa vastaan. Tämän jälkeen hän on tehnyt maalin maaliskuussa 2014 ystävyysottelussa Norjaa, toukokuussa 2014 ystävyysottelussa Suomea, maaliskuussa 2016 ystävyysottelussa Ruotsia vastaan ja lokakuussa 2020 Kansojen liigan ottelussa Israelia vastaan. Kesän 2021 EM-kilpailujen päättyessä hän on pelannut 39 A-maaottelua, joista 18 ottelua avauskokoonpanossa. EM-turnauksessa hän pääsi vaihdosta kentälle kolmessa Tšekin viidestä ottelusta.