Paon kolmatta tuotantokautta alettiin esittää Yhdysvalloissa syyskuussa 2007 ja se jatkui helmikuuhun 2008. Käsikirjoittajien lakosta johtuen tuotantokautta tehtiin vain 13 jaksoa. Tällä kaudella Michael Scofield on passitettu pahamaineiseen Sonan vankilaan, jossa hänen halutaan vapauttavan erään vangin. Michaelin lisäksi vankilassa ovat Theodore ”T-Bag” Bagwell, entinen vanginvartija Brad Bellick ja entinen FBI-agentti Alexander Mahone.