Terminato il trasferimento delle opere, nel 1787 Pietro Leopoldo mise la villa in vendita. Dopo dodici anni, in un periodo di grandi tensioni politiche a seguito della campagna d'Italia, la villa pervenne alla Francia; successivamente, nel 1803, Napoleone Bonaparte firmò il contratto di acquisto e vi trasferì l"'Académie de France à Rome", la cui precedente sede era stata incendiata nel 1793. Questa prestigiosa istituzione culturale ebbe fra i suoi direttori Ingres e Balthus.