Après avoir joué dans diverses ligues juniors de la Saskatchewan, sa province d'origine, Nolan Schaefer rejoint le Providence College et l'équipe de hockey de l'université sise dans l'État de Rhode Island, les Friars de Providence. Il joue quatre ans dans la NCAA avant de prendre le chemin d'une carrière professionnelle. Il a en effet été entretemps choisi en par les Sharks de San José lors du repêchage d'entrée de 2000.