1853. március 14-én az 1848-as vér nélküli pesti forradalom évfordulójának előestéjén hunyt el Bécsben, ahol barátaival éppen az észak-itáliai felkelés leverését ünnepelte és a halálának okát a jelenlévők agyvérzésnek vélték, hisz nem tudhatták, hogy egy fejsérülése utóhatásaként Haynau rendszeresen elveszti eszméletét. Később a halál pontos okának kiderítéséért elrendelték a holttest felboncolását, amit a koponyatető lefűrészelésével kezdtek el. Egy bécsi történet szerint az elborzadt orvosok akkor vették észre, hogy Haynau valójában él, mert a felnyitott koponyában az agyvelő még lüktetett. A történet szerint az egyik orvos elájult, míg egy másik kollégája kést vágott a boncasztalon fekvő Haynau agyába. A valóságban azonban a kiérkező orvos meg tudta állapítani a halál beálltát, és élve boncolására nem került sor.