Początkowo lotniskowiec służył w Home Fleet na Atlantyku, biorąc udział w bezowocnych poszukiwaniach niemieckich krążowników pomocniczych. Stąd też został na początku stycznia 1941 roku skierowany do Floty Śródziemnomorskiej adm. Cunninghama z bazą w Aleksandrii. Podczas rejsu do Egiptu (trasą wokół Afryki) samoloty pokładowe okrętu zaatakowały włoskie porty nad Morzem Czerwonym: Kismaju, Mogadiszu i Massaua. W marcu 1941 HMS "Formidable" brał udział w bitwie u przylądka Matapan. Załogi samolotów startujących z pokładu lotniskowca w trzech atakach przeprowadzonych przeciw okrętom włoskim 28 marca 1941 uszkodziły torpedami pancernik "Vittorio Veneto" oraz krążownik ciężki "Pola". 26 maja 1941 okręt uczestniczył w akcji na wodach Dodekanezu, gdzie jego samoloty zbombardowały włoskie lotnisko na wyspie Scarpanto (obecnie Karpatos). Tego samego dnia wycofujące się siły brytyjskie zostały zaatakowane przez Luftwaffe. W bitwie powietrznej strącono 6 niemieckich bombowców nurkujących Ju-87, jednak lotniskowiec otrzymał dwa bezpośrednie trafienia 500 kg bombami. Na pokładzie zginęło 12, a rannych zostało 10 marynarzy. Po prowizorycznych naprawach w Aleksandrii HMS "Formidable" został odesłany do Stanów Zjednoczonych, gdzie od sierpnia do listopada przeszedł remont w stoczni Norfolk Navy Yard w Wirginii. Po jego zakończeniu podczas rejsu przez Atlantyk okręt doznał kolejnych uszkodzeń na skutek kolizji z bliźniaczym HMS "Illustrious".