Hubočan pelasi Slovakian A-maajoukkueessa ensimmäisen kerran joulukuussa 2006 ystävyysottelussa Arabiemiirikuntia vastaan. EM-kilpailuissa 2016 hän pelasi täydet minuutit alkulohko-otteluissa Venäjää ja Englantia vastaan. Hän kuuluu Slovakian joukkueeseen myös kesällä 2021 pelattavissa EM-kilpailuissa. Kesäkuun 17. päivään 2021 mennessä hän on pelannut 70 A-maaottelua, joista 66 ottelua avauskokoonpanossa. Otteluista 17 on ollut MM-karsinta- ja 17 EM-karsintaotteluita sekä kolme Kansojen liigan otteluita.