Nach Beginn des Ersten Weltkriegs meldete sich Ybarnégaray als Freiwilliger zur Armee und diente als Offizier an der Westfront. Nach einer Verwundung erhielt er die Auszeichnung als Ritter der Ehrenlegion und kehrte in das Parlament zurück. Dort kritisierte Ybarnégaray die Nivelle-Offensive (1917) sowie die Bedingungen des Versailler Friedensvertrages.