Une aile du musée est consacrée aux deux années de la occupation française de l'île (entre 1798 et 1800). Des collections d'objets militaires datant de la récente période d'occupation par la Grande-Bretagne et quelques références à la Première Guerre mondiale sont aussi présentées. De grands panneaux photographiques et beaucoup d'objets d'époque présentent les différentes opérations militaires qui concernent l'archipel maltais entre 1940 et 1943 comme l'Opération Pedestal. Un mémorial a été dédié aux soldats qui ont vaillamment combattu pour la liberté de Malte sans oublier le rappel des sacrifices de la population maltaise pendant le blitz. La "George Cross" attribuée à Malte et la reproduction de la lettre d'attribution du roi George  d' sont exposées au musée. Pendant la Seconde Guerre mondiale, Malte fut le lieu d'une forte résistance contre les tentatives de conquête italienne et allemande. Un exemple est fourni de l'Opération Pedestal. Un mémorial a été dédié aux soldats qui se sont sacrifiés pour la liberté de Malte. La Croix de Georges originale qui fut attribuée à Malte par le roi George VI en est exposée au musée. Une salle est entièrement dédiée à la "Royal Navy". Le grand hall central expose, entre autres, un canon Bofors, l'avion Gloster Gladiator "Faith", la Jeep Willys "Husky" utilisée par le général Eisenhower avant le débarquement de Sicile en 1943 puis le président Roosevelt lors de la conférence de Malte en 1945, un E-boat italien et les épaves d'un Supermarine Spitfire et d'un Messerschmitt Me-109 récupérées du fond de la mer.