Torres inició la temporada 2012-13 disputando la Community Shield 2012, en donde el Chelsea se enfrentó al Manchester City en Villa Park. "El Niño" anotó el primer gol del encuentro, pero el Chelsea terminó perdiendo por 3-2 ante el Manchester City (con goles de Yaya Touré, Carlos Tévez y Samir Nasri para los "Citizens", y Ryan Bertrand para los "Blues"). El 22 de agosto de 2012 Torres marcó su primer gol en la Premier League 2012-13 en la victoria por 4-2 ante el Reading (en una fecha adelantada, debido a la participación del Chelsea en la Supercopa de Europa) y en la siguiente jornada, el Chelsea le ganó al Newcastle United por 2-0, con Torres participando en los dos goles que le dieron la victoria a los londinenses: primero, ocasionando un penal que luego transformó en gol el belga Eden Hazard, y después anotando gol tras una combinación con el mismo Hazard. También convirtió en las siguientes fechas, en las victorias por 2-1 y 4-1 ante el Arsenal y el Norwich City, respectivamente. Tras este gran comienzo liguero, "el Niño" sufrió un traspiés al recibir su segunda expulsión en la Premier League, por doble amarilla, ante el Manchester United que le remontó un 2-0 al Chelsea y los "Red Devils" ganaron 2-3 (a la expulsión de Torres, se le sumó la de su compañero Branislav Ivanović).