Haydn selbst wählte den lateinischen Namen "Missa in tempore belli" aus, der daran erinnert, dass Napoléon Bonaparte damals im Ersten Koalitionskrieg, von Italien kommend, Wien bedrohte. Die Messe wird wegen der Pauken im "Agnus Dei" auch "Paukenmesse" genannt. Diese Paukenschläge sind ein verlangsamtes Abbild des französischen Armeepaukenwirbels mit charakteristischem anapästischem Rhythmus. Die eindrucksvolle Verbindung von kriegerischen Paukenklängen mit der Bitte um Frieden wurde ein Vierteljahrhundert später in ganz ähnlicher Weise von Ludwig van Beethoven in seiner "Missa solemnis" gestaltet.