El 1795 les particions de Polònia van deixar Varsòvia amb accés només a la Universitat de Vílnius; el centre acadèmic polonès més antic i influent, la Universitat Jagellònica de Cracòvia, va passar a formar part de la monarquia dels Habsburg. El 1815, el recentment establert Tsarat de Polònia que pertanyia de facto a l'Imperi Rus es va trobar sense cap universitat, ja que Vilnius es va incorporar a Rússia. Els primers a establir-se al Congrés de Polònia van ser la Facultat de Dret i la Facultat de Medicina. El 1816, el tsar Alexandre I va permetre a les autoritats poloneses crear una universitat, que comprenia cinc departaments: Dret i Administració, Medicina, Filosofia, Teologia i Art i Humanitats. La universitat aviat va tenir 800 estudiants i 50 professors. Després que la majoria dels estudiants i professors participessin en la Revolta polonesa del 1830, la universitat fou clausurada. Després de la guerra de Crimea, Rússia va entrar en un breu període de liberalització i es va donar el permís per crear una acadèmia polonesa de medicina i cirurgia ("Akademia Medyko-Chirurgiczna") a Varsòvia. El 1862 es van obrir els departaments de Dret i Administració, Filologia i Història i Matemàtiques i Física. La recentment creada acadèmia va guanyar importància i aviat va passar a anomenar-se "Escola principal" ("Szkoła Główna"). Tanmateix, després de la insurrecció de gener de 1863, va acabar el període liberal i es van tornar a tancar totes les escoles en llengua polonesa. Durant la seva curta existència, l'escola principal va educar més de 3.000 estudiants, molts dels quals van passar a formar part de la columna vertebral de la Intel·liguèntsia polonesa.