L'annata 2012-2013 finisce con un'altra vittoria per il Viktoria guidato da Vrba: la squadra non parte bene, pur conquistando la vetta della graduatoria verso il giro di boa. A dieci giornate dalla fine, il match che può decidere il torneo contro lo Sparta Praga e vinto dai granata per 1-0. Con questo successo, lo Sparta appaia il Viktoria Pilsen al primo posto in classifica. A cinque turni dalla fine, lo Sparta Praga pareggia contro il , lasciando i rivali da soli al comando. Entrambe le formazioni fanno nove punti sui quindici disponibili e la classifica resta invariata a favore del tecnico Vrba, che si aggiudica il suo secondo campionato in tre anni (a +2 dallo Sparta). In Europa, i cechi partono subito dal secondo turno preliminare di Europa League, riuscendo a raggiungere la fase a gironi. Nel raggruppamento, il Viktoria Pilsen vince quattro match tra cui uno contro i detentori dell'Europa League e della Supercoppa UEFA dell' di Simeone, superando il girone al primo posto con 13 punti. Nella fase a eliminazione diretta, Vrba estromette anche il con un punteggio complessivo di 5-0 prima di uscire agli ottavi contro il (1-2).