Under OL i 2006 i Torino tok hun bronsemedaljen på 30 km fristil. Kowalczyk tok sin første verdenscupseier på 10 km klassisk i Otepää den 27. januar 2007. I sesongen &lt;a href="Verdenscupen%20i%20langrenn%202007/08"&gt;2007/08&lt;/a&gt; gjorde hun store fremskritt, og da tok hun sin andre verdenscupseier, på 15 km dobbel jaktstart i Canmore den 22. januar 2008. I tillegg hadde hun flere pallplasseringer, og hun ble nummer tre i verdenscupen sammenlagt.