Im Zuge der Mobilmachung vor dem sich anbahnenden Deutsch-Dänischen Krieges wurde die "Scorpion" am 11. Februar 1864 wieder in Dienst gestellt und der I. Flottillen-Division zugeteilt. Das Kanonenboot nahm am 17. März am Seegefecht bei Jasmund gegen dänische Schiffe teil und wurde nach Kriegsende am 21. Oktober wieder außer Dienst gestellt. Im Folgejahr wurde das Schiff dem Minendepot in Kiel zugeteilt und dorthin verlegt, wobei die "Scorpion" zwei Ruderkanonenschaluppen im Schlepp hatte. Dies geschah jedoch ohne offizielle Indienststellung.