În timpul Revoluției de la 1848 el s-a ocupat, în principal, cu strângerea de material pentru cărțile sale de istorie veche a slavilor. În 1848 a fost numit director al Bibliotecii Universității din Praga și profesor de filologie slavonă la Universitatea Carolină din Praga, dar a demisionat din postul din urmă în 1849 și a rămas doar șef al bibliotecii universitare. Motivul demisiei sale l-a reprezentat faptul că, în timpul Revoluției din 1848-1849, a participat la Congresul Slav de la Praga din iunie 1848 și, astfel, a devenit suspect pentru autoritățile austriece. În timpul perioadei absolutiste de după înfrângerea revoluției, el a dus o viață retrasă și a studiat mai ales literatura cehă veche și textele scrise în slavona bisericească.