В апреле 1943 года Волков был назначен начальником Политуправления Балтийского флота. За время его руководства военно-политической работой флот провёл ряд активных боевых операций во взаимодействии с Ленинградским фронтом — в частности, окончательное снятие блокады и сражения на Карельском перешейке. В 1945 году получил назначение на Черноморский флот, заняв должность начальника Политотдела эскадры Черноморского флота. Принимал участие в организации работ по разминированию Чёрного моря.