Les années suivantes, les efforts d'Andretti ne paient pas. En 1996, il termine treizième et en 1997 il abandonne. Alors qu'il a arrêté sa carrière de pilote automobile à plein temps depuis six ans, il s'engage aux 24 Heures du Mans 2000 et mène à l'âge de 60 ans, une Panoz LMP-1 Roadster-S du Team Panoz Motor Sports à la quinzième place. Il dit en 2006 au cours d'une interview que le Team Courage Compétition à cause de sa mauvaise organisation.