В сезоне 2000/2001 Ламбьель ещё продолжал участвовать в юниорских турнирах, хотя, по словам швейцарца, его долго сдерживала федерация, не позволив, например, выступить на чемпионате мира среди юниоров 1999 года, хотя Стефан выиграл чемпионат Швейцарии. Аналогично было и со взрослым уровнем: Ламбьель был готов выступать на взрослом уровне даже раньше, но федерация старалась «удержать» его «в юниорах». В этом сезоне он вновь участвовал в двух этапах юниорского Гран-при, завоевав серебро в Мексике, но во Франции став лишь девятым. Затем Ламбьель участвовал во взрослом чемпионате Швейцарии, сразу же выиграв золото. Благодаря этому успеху фигурист получил право участвовать на чемпионате Европы в Братиславе, где занял девятое место, впервые «встретившись» на одном турнире с россиянином Евгением Плющенко, который в дальнейшем станет одним из главных его конкурентов. На втором для Ламбьеля чемпионате мира среди юниоров ему удалось улучшить результат: он стал пятым. При этом в короткой программе фигурист занял третье место, хотя двое судей ставили его на первое. Тем не менее в произвольной программе он стал лишь седьмым, опустившись на итоговое пятое место.