Κατά τη διάρκεια της γερμανικής εισβολής στην Πολωνία, η οποία πυροδότησε το Β΄ Παγκόσμιο Πόλεμο, το Γκόστιν καταλήφθηκε από τη Βέρμαχτ στις 6 Σεπτεμβρίου 1939. Κατά τη διάρκεια της ναζιστικής γερμανικής κατοχής της Πολωνίας, το Γκόστιν έγινε ο τόπος δημοσίων εκτελέσεων, συλλήψεων και απελάσεων των Πολωνών. Οι πρώτες μαζικές συλλήψεις και εκτελέσεις πραγματοποιήθηκαν ήδη από τον Σεπτέμβριο του 1939. Στις 21 Οκτωβρίου 1939, περίπου 30 πολίτες της πόλης των οποίων τα ονόματα καταγράφηκαν στο "Sonderfahndungsbuch Polen", το οποίο είχε ετοιμάσει η τοπική γερμανική μειονότητα, εκτελέστηκαν από έναν "Einsatzkommando". Μεταξύ των δολοφονηθέτων ήταν ο δήμαρχος του Γκόστιν, Χιπόλιτ Νιεστράφσκι, Πολωνοί ακτιβιστές, αξιωματούχοι, τεχνίτες και πρώην αντάρτες της Μείζονος Πολωνίας. Ήταν μία από τις πολλές σφαγές των Πολωνών που διαπράχθηκε από τη Γερμανία στις 20-23 Οκτωβρίου 1939 σε ολόκληρη την περιοχή, σε μια προσπάθεια να κατευνάσει και να τρομοκρατήσει τον πολωνικό πληθυσμό. Οι μαζικές απελάσεις ξεκίνησαν στις 4 Δεκεμβρίου 1939, με έως και 2.000 Πολωνούς να στέλνονται στο Γενικό Κυβερνείο κατόπιν εντολής του "SS-Standartenführer" Ερνστ Ντάμτσογκ, όπου σταμάτησαν στο Πόζναν. Μεταξύ της άνοιξης του 1940 και της 15ης Μαρτίου 1941 απελάθηκαν επιπλέον 2222 άτομα. Ο Βουαντίσουαφ Ναβρότσκι, Πολωνός αξιωματικός και προπολεμικός πρόεδρος του τοπικού ποδοσφαιρικού συλλόγου Κάνια Γκόστιν, δολοφονήθηκε από τους Σοβιετικούς στη Σφαγή του Κάτιν το 1940.