À la suite du séisme du et à ses conséquences (tsunami puis accident nucléaire), il fait adopter au PLD une attitude moins agressive à l'égard du gouvernement tout en refusant dès le 19 mars l'appel du Premier ministre Naoto Kan de former un Cabinet d'union nationale. Et s'il fait voter son parti en faveur des budgets supplémentaires de reconstruction préparés par l'administration démocrate, il obtient en échange de ce vote le report voire l'abandon de certains de ses projets phares (comme l'augmentation de l'aide à l'éducation des enfants ou la gratuité des péages autoroutiers), et il recommence à demander la démission de Naoto Kan à partir du 14 mars. Il dépose en ce sens une motion de censure le qui, si elle est rejetée sans surprise le lendemain par la Chambre des représentants, obtient l'effet escompté, puisque le chef du gouvernement promet son départ rapide afin d'éviter que certains membres de son propre parti (dont Ichirō Ozawa, Yukio Hatoyama et leurs partisans) ne votent la défiance. Naoto Kan démissionne ainsi le , et est remplacé le 5 septembre par une figure de la jeune garde et aile droite du PDJ, Yoshihiko Noda.