Pärnu erövrades av svenskarna första gången 2 juni 1562, innehades en kortare tid 1565 av en trupp tyska riddare under C. von Oldenbokum och erövrades 1575 av Ryssland. Under den följande tiden kom Pärnu att växla ägare flera gånger, innan staden 1617 för en längre tid erövrades av Sverige från polska trupper. Den 28 november 1617 erhöll staden privilegier av Gustaf II Adolf och slottet blev samma år säte för en svensk ståthållare. 1625 erhöll Frans Bernhard von Thurn Pärnu med område som förläning, 1627 som grevskap. Under stora nordiska kriget spelade Pärnu åter en viktig roll. Karl XII landsteg i Pärnu med den svenska armén den 6 oktober 1700 för att undsätta de av Sachsen och Ryssland ansatta svenska Östersjöprovinserna, och 1702 räddade sig resterna av Wolmar Anton von Schlippenbachs armé in i staden efter nederlaget i Slaget vid Hummelshof. 1710 intog ryssarna Pärnu, och staden ingick därefter i det ryska guvernementet Livland fram till 1920.