W reprezentacji Estonii Lindpere zadebiutował 1 listopada 1999 roku w zremisowanym 2:2 towarzyskim spotkaniu ze Zjednoczonymi Emiratami Arabskimi. W swojej karierze grał w eliminacjach do Euro 2004, Mistrzostw Świata 2006, Euro 2008 i Mistrzostw Świata 2010.