La isla mide unos 1300 km de largo y entre 50 y 230 km de ancho, y su área total es de 227 942 km², alrededor del 60 % del área total de Japón. Por su superficie, es la después de la isla indonesia de Sumatra. Tiene 5450 km de costa y es especialmente una isla montañosa y volcánica; en ella se producen numerosos terremotos, como el gran terremoto de Kantō de septiembre de 1923 y el terremoto y maremoto en marzo de 2011. El pico más alto es el monte Fuji, con 3776 m. Hay muchos ríos, como el Shinano, el más largo de Japón y el río Tone, el que posee una mayor cuenca de Japón. El clima es muy variable, con un norte frío y un sur subtropical.