1936 arbeitete Witos mit der oppositionellen Emigrationsbewegung „Front von Morges“ zusammen. Im März 1939 kehrte er nach Polen zurück. Im September 1939 wurde er durch die deutsche Besatzungsmacht inhaftiert. Die deutschen Behörden versuchten, ihn zur Gründung einer Kollaborationsregierung zu bewegen, was er wiederholt ablehnte. Im September 1941 wurde er zwar aus der Haft entlassen, blieb jedoch bei ständiger Bewachung durch die Gestapo unter Hausarrest.