In 499 v.Chr. kwam het tot de Ionische Opstand die uiteindelijk in 493 v.Chr. werd neergeslagen, waarmee het Perzische bestuur over Anatolië hersteld was. De steun die Athene had verleend aan de Ioniërs, ondanks een verdrag met de Perzen, was in 490 v.Chr. aanleiding tot een plundertocht van enkele Griekse steden. Deze kwam tot een einde na een verrassende Griekse overwinning tijdens de Slag bij Marathon. Darius begon met voorbereidingen voor een volgende campagne, maar kon deze door onlusten in Egypte niet voltooien.