Параллельно с книжной торговлей Франсуа Масперо начал небольшой издательский бизнес, в котором с 1959 по начало 1970-х годов работал фактически в одиночку. Он издавал книги на остросоциальные темы — такие, как Война в Алжире, убийство конголезского премьер-министра Патриса Лумумбы или похищение марокканского оппозиционера Бен-Барки. Он также издавал сочинения классиков левой революционной направленности: Троцкого, Бухарина, Рузу Люксембург и т. д. Издательство Масперо предоставляло также свои страницы молодым неизвестным левым мыслителям, в том числе Луи Альтюссеру, Тахару Бенжеллуну, Пьеру Видаль-Наке или Бернару-Анри Леви.