В 1990 году в матче против сборной Португалии Стюарт дебютировал за сборную США. 13 июля 1993 года в поединке против сборной Германии Эрни забил свой первый мяч за национальную команду. В 1994 году он попал в заявку на участие в домашнем чемпионате мира. На турнире Стюарт принял участие в поединках против сборных Швейцарии, Колумбии, Румынии и Бразилии. В трагично известном противостоянии с Колумбией он забил победный гол. После мундиаля Эрни защищал цвета страны на Кубке Америки 1995.