Но междувременно през юни започва Междусъюзническата война и Сандански прекратява мисията си, като се връща в София след опасен преход през сръбските линии. След завръщането той уведомява правителството, че е успял да се споразумее за съвместни военни действия срещу окупаторите. Албанците били са дали клетва да отмъстят на сърбите за безчинствата над местното население, съставено от българи и албанци. За да осуетят договорката на Сандански, Сърбия и Гърция веднага изпращат свои пратеници в Албания, като им предлагат Дебър, Дяково, Корча и Аргирокастро в замяна. При тези обещания албанците се отмятат. Междувременно, след битката при Кукуш, българите се изтеглят безредно на север, но гръцката армия не ги преследва. Тогава четата на Яне Сандански завзема Рупелската клисура и с това прекъсва връзките на гръцката войска. Това позволява на отстъпващата българска армия да се прегрупира, да се укрепи при село Бело поле, Горноджумайско, където спира гърците. След Междусъюзническата война и подялбата на Македония, Сандански се оттегля в България. След войната от 1913 г. България приема общо четвърт милион изселници. Един милион българи остават под чужда власт. Българската историография определя тези последици като „Първа национална катастрофа“.