民主化に伴う国民保安隊解体を受けて1990年に航空管理部は業務ごとに分離され、高官輸送業務は国家航空局（スロバキア語:ŠLÚ, Štátny letecký útvar）に改組。警察航空業務は連邦内務省航空業務庁（スロバキア語:ÚFMV LS, Úrad FMV pre leteckú službu、1990年-1991年）に改組されたのち、連邦警察隊発足に合わせて連邦警察隊航空サービス（スロバキア語:LS FPZ, Letecká služba Federálneho policajného zboru、1991年-1992年）に再編。さらにチェコスロバキア連邦共和国の連邦制解消に伴い、両機関のスロバキア共和国内における業務を再統合して1993年1月1日、スロバキア共和国内務省航空局が発足した。