International péruvien depuis 2011, Yoshimar Yotún compte 105 capes (pour cinq buts marqués). Il a joué toutes les compétitions disputées par le Pérou depuis ses débuts en sélection, dont une Coupe du monde en 2018 (élimination au ) et cinq Copa América (2011, 2015, 2016, 2019 et 2021).