Ob Mochlos als Siedlung nach der mit dem Fall Hierapytnas vollständigen römischen Eroberung Kretas 67 v. Chr. weiter bestand, ist unklar. Der erste Ausgräber, Richard B. Seager, vermerkte die Funde von zwei Münzen der Kaiser Hadrian und Diokletian sowie mehrere von Konstantin dem Großen. Die Landbrücke zur heutigen Insel "Agios Nikolaos" könnte beim Erdbeben vor Kreta 365 n. Chr. überflutet worden sein. In byzantinischer Zeit gab es lediglich kleinere Siedlungen an der kretischen Küste und die Nutzung der späthellenistischen Befestigungen auf der Insel.