Карен Магнуссен родилась и выросла в Ванкувере. Впервые она выступила на публике в возрасте шести лет. Магнуссен добилась признания на национальном уровне, выиграв канадский юниорский чемпионат в 1965 году и заняв четвёртое место на «взрослом» чемпионате четыре года спустя. На своём первом чемпионате мира в 1967 году она стала двенадцатой. Прорыв произошёл в 1968 году, когда спортивную карьеру окончила лидер канадской сборной по фигурному катанию Петра Бурка. В этом году Магнуссен впервые стала чемпионкой своей страны и заняла седьмое место на зимних Олимпийских играх в Гренобле. Тогда фигуристке было всего лишь 15 лет. В следующем году спортсменка смогла стать лишь второй на чемпионате Канады. Перед чемпионатом мира Магнуссен страдала от нестерпимых болей в ногах, а после врачебного осмотра выяснилось, что фигуристка получила тяжелую травму. По словам врачей, о возвращении в спорт не могло быть и речи, однако, спортсменка смогла вернуться на лёд.