Po aksamitnej rewolucji 1989 powraca na Uniwersytet Karola (gdzie wykłada w latach 1990–1992) i na Akademię Nauk Republiki Czeskiej (gdzie wykłada od 1992 do śmierci). Wiele podróżuje po Europie z wykładami (głównie do Barcelony i Paryża). W 1999 otrzymał Nagrodę im. Toma Stopparda przyznawaną przez środowisko Karta 77 za swoją książkę "Myśli przedpotopowe"; w 2001 w Klementinum otrzymał od czeskiego ministra kultury Nagrodę Artis Bohemiae amicis.