Después del levantamiento fallido de 1863, el régimen zarista promulgó estrictas políticas de rusificación. Ya en noviembre de 1863, el gobernador general Mikhail Muravyov-Vilensky ordenó construir una escultura del rey Władysław II Jagiełło en Jadwiga por el escultor Tomasz Oskar Sosnowski pero fue retirada, ya que inspiraba el patriotismo polaco. En febrero de 1865, Muravyov organizó una comisión para reorganizar el museo que incluía al general Arkady Dmitrievich Stolypin. La comisión buscó desacreditar el museo y criticó objetos sentimentales relacionados con el nacionalismo polaco y romántico, a menudo ridiculizando su dudoso valor y autenticidad. Muchas de las pertenencias del museo, incluso remotamente relacionadas con la antigua Mancomunidad Polaca-Lituana, fueron llevadas al Museo Rumyantsev en Moscú. Por ejemplo, se eliminó el busto de Thomas Jefferson por temor a que se le asociara con Tadeusz Kościuszko o a ideas democráticas liberales. Según los protocolos oficiales, la comisión eliminó solo 256 objetos, pero muchos más se trasladaron a Moscú, de manera que se estima en un total de 10,000 artículos con tal vez hasta 6,029 artículos numismáticos. Los modelos de fortificaciones fueron trasladados a la Escuela Militar de Vilna. También hubo informes de robos y vandalismo mientras el museo estaba cerrado. Los robos, en particular de artículos numismáticos, continuaron. En 1902, el museo descubrió la falsificación de libros de inventario y que faltaban más de 300 artículos.