Als daraufhin Schweden selbst den Sund sperrte, brachte es die Niederlande gegen sich auf, und es war dieser der erneute Seitenwechsel der Niederlande, der Dänemark vor dem Untergang rettete. Eine niederländisch-dänische Flotte schlug die Schweden 1658 im Öresund. Ohne Nachschub durch die Flotte konnten sich die schwedischen Überseekolonien nicht länger verteidigen. Dänemark eroberte 1658/63 alle schwedischen Besitzungen an der Goldküste (Ghana), während die Niederlande die schwedischen Kolonien in Nordamerika (Neuschweden) übernahmen. Die dramatische Niederlage von 1658/60 führte zum Umbruch des Machtgefüges in Dänemark. Friedrich III. festigte die Macht des Königtums und bemühte sich um den Wiederaufbau der Flotte. Nach dem Verlust der Ostseeherrschaft wandte sich Dänemark zunächst dem Ausbau der Überseekolonien zu. An der Seite der Niederlande wurde die dänische Marine 1667 in einen Krieg gegen England verwickelt und kurzzeitig eine (Rück-)Eroberung der vormals dänisch-norwegischen Orkney-Inseln durch eine gemeinsame niederländische-dänische Flotte erwogen. Eine Dänische Westindien-Kompanie wurde gegründet, die 1671 Saint Thomas in der Karibik übernahm. Admiral Cort Adeler wurde Direktor der Ostindien-Kompanie und bei Beginn des Schonenkrieges zum Oberbefehlshaber der Flotte berufen. Nach Adelers Tod wurde im Jahre 1676 der niederländische Admiral Cornelis Tromp zum obersten Generaladmiral der vereinigten niederländisch-dänischen Flotte ernannt, doch trotz glänzender Seesiege der Admirale Tromp und Niels Juel über die schwedische Flotte (1676 bei Bornholm und bei Öland, 1677 bei Møn und in der Køgebucht) scheiterte die Rückeroberung Schonens an dänischen Niederlagen zu Lande.