W reprezentacji Kolumbii Bedoya zadebiutował w 2000 roku. W tym samym roku został powołany do kadry na Złoty Puchar CONCACAF. Zagrał na nim w meczach z Jamajką (1:0) i Stanami Zjednoczonymi (2:2, 1:2 w rzutach karnych). W spotkaniu ze Stanami Zjednoczonymi otrzymał czerwoną kartkę, a także zdobył bramkę, który był jednocześnie jego pierwszym w drużynie narodowej. Tamten turniej Kolumbia zakończyła na 2. miejscu.