La stagione 2003-2004 può considerarsi l'ultima di quest'epoca, tuttavia è segnata dalla tragica morte del ventiquattrenne Miklós Fehér, avvenuta sul campo il 25 gennaio 2004. Il Benfica subisce una doppia eliminazione in campo europeo per mano di squadre italiane (sconfitta dalla nel terzo turno preliminare di Champions League, ripescaggio in Coppa UEFA ed eliminazione con l' negli ottavi), mentre le uniche note positive sono l'inaugurazione del nuovo Estádio da Luz, costruito in vista dell'imminente Europeo, e la vittoria della ventiquattresima Coppa nazionale.