Es folgten Konflikte mit den Franken, welche nach Süden expandierten. Die Alamannen führten mit den Franken von 496 bis 507 einen Krieg. Die Franken errangen den entscheidenden Sieg bei Zülpich unter ihrem König Chlodwig I. Das alamannische Gebiet kam an das Frankenreich der Merowinger. Das Gebiet des späteren Markgräflerlandes und des Breisgaus wurden Besitz von fränkischen Adligen.