Po wycofaniu się wojsk radzieckich z Afganistanu w 1989 MAK przekształciła się w Al-Ka’ida al-Askarijja („baza wojskowa”), co wiąże się ze stworzeniem rok wcześniej przez Ibn Ladina komputerowej bazy zawierającej dane wojowników wojny w Afganistanie. Ibn Ladin zerwał także z Abd Allahem Azzamem. Al-Ka’ida miała walczyć z każdym przejawem ingerencji wojskowej i gospodarczej krajów niemuzułmańskich w świecie islamu, jednak przez kilka następnych lat nie posiadała jakichś bardziej konkretnie zdefiniowanych celów i operacyjnej agendy. W 1989 Ibn Ladin powrócił do Arabii Saudyjskiej, gdzie początkowo był witany jak bohater, jednak szybko rząd zaczął postrzegać go jako radykała i potencjalne zagrożenie. W obliczu irackiej inwazji na Kuwejt w 1990 starał się bezskutecznie przekonać rząd Arabii Saudyjskiej by bezpieczeństwo kraju oprzeć na jego siatce bojowników, nie zaś armii Stanów Zjednoczonych. Jego oferta została jednak odrzucona i Saudyjczycy zgodzili się na rozlokowanie wojsk amerykańskich na terenie swojego kraju. „Ta decyzja, poparta przez saudyjskie władze religijne, zradykalizowała al-Ka’idę i zmieniła jej nastawienie: saudyjski rząd został ogłoszony odstępcą od islamu i stał się najważniejszym wrogiem”. „W oczach Ibn Ladina obecność niewiernych żołnierzy w Arabii, kraju dwóch najświętszych świątyń islamu w Mekce i Medynie, była ostatecznym upokorzeniem islamu”.