EM-kvalet till Portugal 2004 blev en riktig klassiker bland bosniska och hercegovinska fans, man hade i stort sett snubblat på mållinjen när man inte lyckades slå Danmark på hemmaplan, en seger som hade garanterat en plats i Portugal. Bosnien och Hercegovina spelade lika (1-1) och fick stanna hemma, men aldrig tidigare hade man varit så nära. Däremot så ökade landslagets popularitet väldigt mycket vilket var positivt för det nästkommande kvalet till VM i Tyskland 2006. Trots att man i kvalgruppen hade lag som Spanien, Belgien och grannlandet Serbien och Montenegro så gjorde man en väldigt respektabel insats och slutade till slut på en tredjeplats, fyra poäng bakom Spanien och sex poäng bakom Serbien och Montenegro. Bland resultat som står ut hamnar bland annat båda matcherna mot Spanien som slutade oavgjort (1-1, 1-1) samt den väldigt viktiga segern mot Belgien på hemmaplan (1-0). Bakom Bosnien och Hercegovina hamnade Belgien, Litauen och San Marino.