Pisco fue víctima del ataque de los piratas Clerck y David; además, en 1687, un terremoto y el maremoto que se produjo a continuación, la destruyó. Entonces el virrey Melchor Antonio Portocarrero Lazo de la Vega, la trasladó a su actual emplazamiento, refundándola en 1689 como "Villa de Nuestra Señora de la Concordia de Pisco".