Felix Auböck schwimmt seit 2013 beim Berliner Schwimmverein SG Neukölln Berlin. Durch seine guten Leistungen bei den deutschen Meisterschaften konnte er sich für die Olympischen Spiele 2016 qualifizieren, bei welchen er in den Disziplinen 200 Meter Freistil (Rang 18), 400 Meter Freistil (Rang 25) und 1500 Meter Freistil (Rang 42) teilnahm. Beim 200-Meter-Freistilschwimmen stellte er einen neuen österreichischen Rekord von 1:47,24 Minuten (bisher 1:47,60) auf.