Toch merkte Anne op dat haar moeder in november 1938 erg somber was. In de nacht van 9 op 10 november 1938 had in Duitsland de Kristallnacht plaatsgevonden, een door de nazi's georganiseerde pogrom. In heel Duitsland werden Joden aangevallen, synagogen in brand gestoken, zo'n 7000 Joodse winkels geplunderd en tal van joodse bezittingen beklad. Twee ooms van moederskant wisten uiteindelijk naar de Verenigde Staten te ontkomen, terwijl Annes oma Rosa Holländer zich in maart 1939 bij de familie Frank op het Merwedeplein voegde. Ze overleed begin 1942 in Amsterdam.