Torres va iniciar la temporada 2012-13 disputant la Community Shield 2012, on el Chelsea es va enfrontar al Manchester City al Villa Park. "El Niño" va marcar el primer gol del partit, però el Chelsea va acabar perdent per 3-2 (amb gols de Yaya Touré, Carlos Tévez i Samir Nasri per als "Citizens", i Ryan Bertrand per als "Blues"). El 22 d'agost de 2012 Torres va marcar el seu primer gol a la Premier League 2012-13 en la victòria per 4-2 davant el Reading (en una data avançada, a causa de la participació del Chelsea a la Supercopa d'Europa) i en la següent jornada, el Chelsea va guanyar al Newcastle United per 2-0, amb Torres participant en els dos gols que li van donar la victòria als londinencs: primer, ocasionant un penal que després va transformar en gol el belga Eden Hazard, i després marcant gol després d'una combinació amb el mateix Hazard. També va marcar en les següents dates, en les victòries per 2-1 i 4-1 davant l'Arsenal FC i el Norwich City, respectivament. Després d'aquest gran començament de lliga, el Niño va patir una ensopegada en rebre la seva segona expulsió a la Premier League, per doble groga, davant el Manchester United que li va remuntar un 2-0 el Chelsea i els "Red Devils" van guanyar 2-3 (a l'expulsió de Torres, se li va sumar la del seu company Branislav Ivanović).