Après le débarquement anglo-américain en Afrique du Nord, et le ralliement de l'Armée d'Afrique, le , Boisson rallie l’AOF aux Alliés. Resté à la tête de la Fédération, il y continue tout en essayant d'augmenter la production agricole destinée à ravitailler les troupes alliées. En , la législation républicaine est rétablie, et Boisson est contraint de quitter son poste après la création du Comité français de Libération nationale (CFLN) en .