Bei den Junioren-Weltmeisterschaften 2013 in Liberec gewann er nach Rang 23 im Einzel mit der Mannschaft beim Teamwettbewerb die Silbermedaille. Im Februar 2013 kam Gerstgraser zurück in den Continentalcup-Kader und erreichte in Eisenerz als Zweiter sein erstes Podium in dieser Serie. Obwohl er auch in der Folge überwiegend Punkteränge erreichte, startete er von September 2013 bis Januar 2014 erneut im Alpencup.