La 11 iunie 2004, cu o zi înainte de câștigarea Campionatului European din 2004 pentru Grecia, se zvonea că Seitaridis a semnat cu echipa portugheză și, în acel moment, deținătoarea Ligii Campionilor, FC Porto, pentru o sumă de transfer de 3 milioane de euro. Cu toate acestea, anunțul oficial a fost făcut la 26 iulie 2004, după aproape o lună și jumătate, cu zvonuri care îl legau de Real Madrid între timp. El a ajutat-o pe "Dragões să" câștige SuperCupa Portugaliei și Cupa Intercontinentală din acel an.