ב-21 בפברואר 2011, בתחילת מלחמת האזרחים בלוב הראשונה, ערקו שני מטוסי קרב של חיל האוויר הלובי למלטה במקום להפציץ מפגינים בבנגאזי. סירובה של ממשלת מלטה להסגיר את הטייסים או להחזיר את המטוס ללוב במהירות גרם לכך את מדינת שמלטה הפכה לשכנה לא ידידותית במלחמת האזרחים. מלטה גם תיאמה את פינוים של רבבות עובדים זרים שנקלעו לסכסוך; ושיחקה תפקיד פחות בהתערבות הבינלאומית המאוחרת יותר בסכסוך.