L'addestramento militare di base di Maercker inizia nel collegio propedeutico del corpo dei cadetti a Kulm (ora Chełmno, Polonia) e si conclude alla Scuola Allievi ufficiali dell'esercito prussiano a Groß-Lichterfelde, presso Berlino. Nell'aprile 1885 è assegnato come sottotenente al Reggimento di Fanteria "von Borcke" a Thorn, (ora Toruń, Polonia) e successivamente, nell'aprile 1887, viene trasferito al secondo reggimento di fanteria del Basso Reno a Hagenau (ora Haguenau, Francia). Nel settembre 1888 si prende un anno di aspettativa per viaggiare in Africa dove, per un breve periodo, è assunto dalla Compagnia dell'Africa Orientale Tedesca. Viene poi arruolato come ufficiale dell'esercito coloniale nell'Africa Orientale Tedesca, ora Tanzania, ove partecipa alla battaglia di Dar es Salaam del 18 maggio 1889 contro i rivoltosi di Abushiri. Nel 1890 rientra nei ranghi dell'esercito regolare e dal 1891 al 1894 frequenta la Scuola di guerra prussiana a Berlino. Nel 1895 viene trasferito nei ranghi dello Stato maggiore tedesco. Lo stesso anno sposa Louise Lindner.