Quatrième du lors de la Finale mondiale d'athlétisme 2008, Mark Kiptoo se classe septième des Championnats du monde de cross-country 2009, à neuf secondes de l'Éthiopien Gebre-egziabher Gebremariam, vainqueur de l'épreuve. Il descend pour la première fois de sa carrière sous les 13 minutes sur en réalisant 12 min 57 s 62 lors du meeting Golden Gala de Rome.