Teprve po roce 1989 se mohl ujmout biskupského úřadu, pro nějž byl určen již před 40 lety. Dne 27. ledna 1990 byl oficíálně uveden do úřadu 23. sídelního biskupa královéhradecké diecéze a sídelním biskupem byl do 26. září 1998, kdy byl vystřídán biskupem Dominikem Dukou. V rámci Československé biskupské konference se stal předsedou pro duchovenstvo a předsedou komise "Justicia et Pax" České biskupské konference. Pro jeho zásluhy mu byl papežem Janem Pavlem II., jehož byl osobním přítelem, v roce 1998 udělen osobní titul arcibiskupa.