Bereits 1223 wurde Stephen zum Abt von Stanley Abbey in Wiltshire, einem Tochterhaus von Quarr und Filialkloster von Savigny gewählt. Im Auftrag des Generalkapitels des Ordens unternahm Stephen 1226 einer Visitation der Zisterzienserklöster in Irland, nachdem bekannt geworden war, dass in Mellifont Abbey und deren Tochterklöstern die geistliche Disziplin zusammengebrochen sei. Stephen löste diese schwierige Aufgabe wohl so gut, dass er 1229 zum Abt und Oberhaupt der Savigny-Kongregation gewählt wurde. Im Frühjahr 1241 war er zusammen mit seinem Bruder John of Lexinton auf dem Weg nach Rom zum Konzil, das Papst Gregor IX. einberufen hatte. Auf der Seereise wurden ihre Schiffe im Mittelmeer in der Seeschlacht von Giglio von einer Flotte des römisch-deutschen Kaisers Friedrich II. angegriffen. Die kaiserliche Flotte konnte zahlreiche gegnerische Schiffe entern und dabei viele Prälaten gefangen nehmen, so dass das Konzil nicht zustande kam. Stephen konnte jedoch zusammen mit seinem Bruder John der Gefangennahme entkommen. 1243 wurde er zum Abt des Klosters Clairvaux gewählt, eine der vier Primarabteien des Zisterzienserordens. Wilhelm, sein Vorgänger als Abt, war in der Schlacht von Giglio in kaiserliche Gefangenschaft geraten und im Gefängnis gestorben.