Im Jahr 1801 trat Mutius wieder ein und war 1807 Stabsoffizier des Dragonerregiments „von Rouquette“ Nr. 13, das zur Besatzung von Danzig gehörte. Schon vor Beginn der Belagerung hatte er in einem Gefecht bei Marienwerder den Orden Pour le Mérite erworben. Er übernahm den Befehl über das Krockowsche Freikorps, als dessen Kommandeur er in Kriegsgefangenschaft geriet. Mutius verließ 1810 die Armee, um bereits 1813 bei Beginn der Freiheitskriege wieder einzutreten und kommandierte eine Dragonerbrigade. Er kämpfte bei Groß-Görschen, Bautzen und Haynau, wo er die Nachhut der Schlesische Armee unter Blücher führte.