Unerwartete Hilfe kam mit dem Mongolensturm unter Timur. Die Osmanen wurden 1402 bei Ankara geschlagen und Bāyezīd gefangen genommen. Nach dessen Tod in Gefangenschaft (1403) brachen im Osmanischen Reich Thronwirren aus. Manuel kehrte bei Bekanntwerden der osmanischen Niederlage unverzüglich von Paris nach Konstantinopel zurück, wo er wohl 1403 wieder eintraf. Er manövrierte während des Interregnums diplomatisch geschickt und konnte die Kontrolle über Thessaloniki und von Teilen der westlichen Schwarzmeerküste bis zur Bucht von Burgas (mit den Städten Sosopolis, Anchialos und Mesemvria) im Norden als Gegenleistung für byzantinische Hilfe zurückerhalten. Außerdem wurden die Tributzahlungen und die Verpflichtung zur Heeresfolge gegenüber den Osmanen aufgehoben. Ein Bündnis mit Serbien, dem Land seiner Ehefrau, verschaffte ihm neue politische Bewegungsfreiheit.