בליל 9 בנובמבר 1938 פלשו אנשי האס אה לבית הכנסת, עקרו את הנברשות והעלו באש ערימה של ספרי תורה ותשמישי קדושה. לאחר מכן העלו גם את הבניין באש. הבניין שופץ לאחר המלחמה ומשמש את הכנסייה האוונגלית. מבין 128 יהודי רקסינגן שגורשו למחנות ריכוז, שרדו את השואה צעיר אחד ו-3 נשים. 174 מיהודי העיר הספיקו להגר לפני המלחמה, רובם לישראל ולארצות הברית.