Током Другог свјетског рата, школске 1942/43. године, женска школа је добила име „Царица Милица“. У рату школа је страдала у шестоаприлском бомбардовању Београда а окупатори су зграду адаптирали за своје потребе (у школи је била и команда за присилно мобилисање омладине). Ученици су за то вријеме морали да користе оближње школе на Звездари.