Um 411 lag Mogontiacum im Einflussbereich des Kriegerverbandes der Burgunden, mit deren Unterstützung der Usurpator Jovinus zum römischen Kaiser erhoben wurde (möglicherweise in Mogontiacum), der sich aber nur kurze Zeit halten konnte. Die Burgunden selbst wurden 413 als römische "foederati" rheinaufwärts (mit Schwerpunkt Worms/"civitas Vangionum") angesiedelt; gemeinsam mit regulären römischen Einheiten überwachten sie fortan die Grenze. Ihr Machtbereich wurde aber schon 436 von den Römern angegriffen und durch hunnische Hilfstruppen vernichtet, die Überlebenden wurden 443 in der "Sapaudia" (in etwa das heutige Savoyen) neu angesiedelt. Bei dem 451 erfolgten Einfall Attilas in Gallien überquerten die Hunnen bei Mogontiacum den Rhein. Die Stadt blieb zwar relativ unbeschadet zurück, jedoch endete nach diesem Ereignis, spätestens aber in den späten 460er Jahren, die offizielle römische Herrschaft über Mogontiacum. Zivile römische Strukturen blieben in der teilweise zerstörten Stadt aber bestehen, und kirchliche Vertreter des Bischofssitzes Mogontiacum übernahmen möglicherweise administrative Aufgaben. Spätestens nach der Schlacht von Zülpich 496 gehörte Mogontiacum nicht mehr zum Machtbereich der Alamannen. Die Stadt wurde nun Teil des Fränkischen Reiches unter Chlodwig I.