После суда Мильтиад становится одним из самых влиятельных политиков Афин. В 490 году до н. э. Мильтиад был избран в коллегию стратегов. В том же году Дарий отправил экспедицию в Эгейское море, целью которой было покорение Афин. Знакомый с персидской тактикой, Мильтиад убедил военный совет дать сражение персам в открытом поле; получив благодаря добровольной уступчивости остальных стратегов в свои руки главное начальство над войском, Мильтиад воспользовался всеми выгодами местоположения и, сильным напором ошеломив персов, одержал победу над ними в битве при Марафоне.