Géré par les Ferrocarriles Nacionales de El Salvador, le service des trains est suspendu en 2002, en raison des dommages causés par la guerre civile et des problèmes financiers. L'exploitation est cependant reprise du au , entre la station de FENADESAL, à l'est de San Salvador, et la municipalité d'Apopa. L'entreprise prévoit de la reprendre à l'échelle nationale dans un délai non précisé.