Youssouf Koné spielte zunächst für die U-20-Nationalmannschaft Malis und nahm mit dieser 2015 an der Afrika- sowie der Weltmeisterschaft teil und erreichte in beiden Wettbewerben das Halbfinale. Für die A-Nationalmannschaft debütierte er am 6. September 2015 gegen Benin (1:1), als er in der 88. Minute für Bakary Sako eingewechselt wurde. Sein einziges Tor erzielte Koné am 14. Juni 2019, als er auswärts beim 1:1 gegen Kamerun die Führung erzielte.