Tiếp theo đó, Bonin được lên chức Trung úy và đổi vào Tiểu đoàn Jäger số 6 tại Breslau (Schlesien). Năm sau, ông được đổi sang Tiểu đoàn Jäger số 5 ở Düsseldorf. Tại đây, ông được thăng hàm Đại úy vào ngày 13 tháng 6 năm 1857 rồi lãnh chức Đại đội trưởng vào ngày 7 tháng 12 năm 1858. Đến ngày 13 tháng 2 năm 1861, ông được đổi vào Trung đoàn Bộ binh 64 Magdeburg 4 tại Quedlinburg với chức vụ sĩ quan phụ tá cho Bộ Tổng chỉ huy ("Generalkommando") của Quân đoàn VII. Sau khi thôi chức vụ này Bonin được đổi sang Trung đoàn Bắn súng hỏa mai số 40 ở Trier và được thăng chức Thiếu tá vào ngày 17 tháng 3 năm 1863. Trong thời kỳ động binh ("für die Dauer des mobilen Verhältnisses"), Bonin được thuyên chuyển vào Bộ Chỉ huy chiến tranh tại Schleswig-Holstein vào ngày 15 tháng 12 năm 1863. Tại đây, ông tham chiến chống Đan Mạch và chiến đấu trong trận đột chiếm pháo đài Düppel cùng với các trận đánh ở Missunde, Wielhoi và Rackebüll. Sau hiệp định đình chiến được ký kết, Bonin được nhậm chức Chỉ huy trưởng Tiểu đoàn Bắn súng hỏa mai trong Trung đoàn Phóng lựuu 11 Schlesien 2 tại Flensburg vào ngày 9 tháng 6 năm 1864.