У час вызвольнага паўстання, 8 чэрвеня 1863 года, віленскі генерал-губернатар Мураўёў раптоўна выдае сакрэтны загад пра звальненне 5 чыноўнікаў, у тым ліку і Рудольфа Пішчалы. Звольнены са службы 20 чэрвеня 1863 года і пакінуты без пенсіі. Прамых звестак, што Пішчала падтрымаў паўстанне, няма. Праз два гады ён пачаў пісаць прашэнні, каб пенсію вярнулі, пераконваючы, што «"не належаў ні да якіх дэманстрацый"». У выніку гэта дала плён і пенсію ў памеры 560 руб. 40 кап. вярнулі, аднак 12 мая 1868 года Рудольф Пішчала памёр, так і не дачакаўшыся яе. Пахаваны ў родным Гарадзішчы.