Współpraca dwóch krajów nie rozwijała się jednak bez problemów. Kierownictwo syryjskiej partii Baas z Dżadidem na czele nie ufało liderom partii irackiej (al-Bakrowi, Ammasz, Hardan at-Tikriti, Saddam Husajn). Według Syryjczyków działacze ci nie sprawdzili się w rządzeniu państwem w 1963. Wrogość między obydwoma państwami rządzonymi przez oddziały tej samej organizacji jeszcze się pogłębiła, gdy Irak stał się celem emigracji syryjskich basistów odsuniętych od władzy w 1966. W partii Baas doszło do otwartego rozłamu na niezależnie działające formacje syryjską i iracką. Kolejną kością niezgody stało się utworzenie przez partię iracką palestyńskiej formacji zbrojnej o nazwie Arabski Front Wyzwolenia i szkolenie jej oddziałów w bazach w Syrii. Syryjczycy (wspierający własną palestyńską formację, As-Sa’ikę) zmusili je do rozbrojenia i wyjazdu do Iraku. Oba państwa zajęły natomiast podobne stanowisko wobec konfliktu Organizacji Wyzwolenia Palestyny i innych organizacji palestyńskich z królem Jordanii Husajnem (Czarny Wrzesień w Jordanii). Syria interweniowała zbrojnie w obronie Palestyńczyków, jednak wskutek wewnętrznych konfliktów w elicie władzy zakończyła się ona klęską. Irak również skierował do Jordanii wojska z baz syryjskich, także bez skutku.