V roku 1988 Zoubek podpísal petíciu Několik vět a v novembri 1989 sa aktívne v Prahe zúčastnil Nežnej revolúcie ako člen akčného výboru Zväzu československých výtvarných umelcov. Bol jedným zo zakladajúcich členov obrodenej a obnovenej Umeleckej besedy.