Po wybuchu II wojny światowej zajęciu Lwowa przez Sowietów przeniósł się do niemieckiej strefy okupacyjnej. W okresie okupacji niemieckiej ziem polskich uchodził za zdecydowanego zwolennika ukrainizacji Łemkowszczyzny, cieszył się poparciem okupacyjnych władz niemieckich. Od 10 czerwca 1940 był wikariuszem generalnym AAŁ w Sanoku. Pod naciskiem kierowanego przez Kubijowicza Ukraińskiego Komitetu Centralnego (UCK) w Krakowie został 5 lutego 1941 przez nuncjusza apostolskiego w Berlinie Cesare Orsenigo mianowany administratorem apostolskim Łemkowszczyzny). Obowiązki administratora przejął po ustępującym w styczniu 1941 ks. J. Medweckim. Działania Małynowskiego prowadziły w głównej mierze do ukrainizacji struktur administracji poprzez usuwanie z diecezji księży sprzyjających w okresie międzywojennym orientacji staroruskiej, wprowadzeniu rozporządzeń i stosowaniu w pracach ordynariatu języka ukraińskiego oraz utrzymywaniu jak najlepszych relacji z władzami niemieckimi. W 1940 wystosował petycję do okupacyjnych władz niemieckich o odebranie rzymskim katolikom kościoła parafialnego w Sanoku pw. Przemienienia Pańskiego i przekazania go grekokatolikom.