Zé Roberto debutó en la Selección de Brasil en 1995 ante y en la actualidad ha jugado un total de 84 partidos vistiendo la "Canarinha". Fue convocado a participar en la Copa Mundial de Fútbol de 1998, jugando el partido de octavos de final ante . También participó en las Copas Américas de 1997 y 1999.