Les années suivantes sont difficiles. Le en 1996 et 1997 tourne au naufrage, l'Uruguay terminant des neuf concurrents d'Amérique du Sud. Pendant l'été 1997, la "Celeste" doit défendre son titre continental en Bolivie mais est éliminée dès le premier tour par la Bolivie et le Pérou. Invitée à disputer en décembre la Coupe des confédérations 1997 en tant que champion sud-américain 1995, l'Uruguay présente une équipe très rajeunie, faisant largement appel aux finalistes de la dernière Coupe du monde des moins de 20 ans. Vainqueurs notamment de la Tchéquie et de l'Afrique du Sud, les jeunes s'inclinent en demi-finale face à l'Australie et terminent . Après une année quasi blanche de matchs, l'Uruguay pointe en au au classement mondial de la FIFA, son plus bas historique.