En , son fils officier parachutiste Jean-Loup est arrêté pour avoir participé à un attentat de l'OAS dans lequel un gendarme de 27 ans a été tué . Il est condamné à dix ans de prison au pénitencier de l'Île de Ré. Jacques Perret prend la défense de son fils, réclamant qu'on lui fasse endosser l'entière responsabilité morale des actes de ce dernier, et soutient avec véhémence une Algérie gouvernée par la France. Il attaque le général de Gaulle dans des pamphlets virulents. Ses collaborations à des journaux marqués à l'extrême-droite, comme le journal royaliste "Aspects de la France", sa part active et son engagement dans la défense de l’Algérie française, ses nombreux articles contre de Gaulle et des offenses à la Légion d'honneur lui vaudront d'être déchu de ses droits civiques, puis, en 1963, sans doute sous la pression d'opposants gaullistes, rayé du contrôle de la Médaille militaire, malgré les protestations de journalistes, d'écrivains et d'organismes de tous bords politiques. La peine de son fils est écourtée quelques années plus tard. En , il signe un appel demandant l'arrêt de poursuites en cours contre le Groupe union défense.