Suuren nälänhädän koetellessa Irlantia John Mitchelin johtama radikaalisiipi alkoi irtautua Nuoren Irlannin liikkeestä vuoden 1848 alussa. Ranskassa samana vuonna puhjennut helmikuun vallankumous sai kuitenkin myös liikkeen maltilliset johtajat tilapäisesti radikalisoitumaan. Jyrkkien esiintymisten seurauksena John Russellin johtama Ison-Britannian hallitus päätti kesäkuussa 1848 pidätyttää Irlannin konfederaation johtajat, jolloin O’Brien ryhtyi vastentahtoisesti johtamaan kapinaa. Vaatimattomaksi jäänyt aseellinen kansannousu Tipperaryssa kukistettiin viikossa. Liikkeen johtajat vangittiin ja tuomittiin kuolemaan, joskin tuomiot muutettiin karkotuksiksi Tasmaniaan. Myöhemmin O’Brien ja eräät muut päästettiin palaamaan Irlantiin.