1930-1990 yılları arası toplamda düzenlenen 15 Dünya Kupası'ndan sekizinde yer alma başarısı gösteren Yugoslavya millî takımının bir parçası olan Bosna-Hersek, 1995 yılında ülkenin Yugoslavya'dan ayrılmasından sonra ilk karşılaşmasına çıkmıştır. İlk olarak 1998 FIFA Dünya Kupası elemelerine katılan Bosna-Hersek, 2004 Avrupa Şampiyonası'na katılma şansını sadece 1 gol farkıyla kaçırmıştır. 2006 FIFA Dünya Kupası'na katılma şansını da son maçta Sırbistan-Karadağ'a kaybederek kaçırmıştır. 2010 FIFA Dünya Kupası'na katılma şansını elde etmiş fakat Play Off'larda Portekiz'e kaybetmiş ve amacına ulaşamamıştır.