Mit der ersten polnischen Teilung von 1772 kam Bischofstein mit dem Ermland unter preußische Herrschaft. Nachdem das ermländische Siedlungsverbot für evangelische Christen aufgehoben worden war, bekannten sich in Bischofstein 20 Familien zum lutherischen Glauben. Sie erhielten bereits 1773 das Recht, ihre Gottesdienste im Rathaussaal abzuhalten und konnten sich 1803 mit finanzieller Hilfe des preußischen Königs eine eigene Kirche bauen. Im Krieg mit Frankreich besetzten französische Truppen am 8. Januar 1807 Bischofstein, und zwei Generäle nahmen dort Quartier. Die Stadt hatte Kontributionszahlung zu leisten, die insgesamt 13.363 Taler betrugen. Nach ihrer Niederlage im Russlandfeldzug 1812 zogen noch einmal französische Soldaten durch Bischofstein, plünderten das städtische Vorratslager für Lebensmittel und entwendeten zahlreiche Transportmittel. Am 28. Mai 1812 bezog der preußische Thronfolger für einige Tage Quartier in der Stadt, während gleichzeitig der französische Marschall Ney das Pfarrhaus besetzt hielt. Als Ostpreußen 1813 für den Befreiungskrieg seine Landwehr aufstellte, schlossen sich ihr 217 Bischofsteiner Bürger an.