Die Einnahme Warschaus durch die deutschen Truppen in 1939 überstand das Arsenal weitgehend unbeschädigt. Es wurde auch unter deutscher Besetzung weiterhin als Archiv genutzt. Am 26. März 1943 befreiten polnische Partisanen vor dem Gebäude den von der Gestapo verhafteten Untergrundkämpfer Jan Bytnar. Die Befreiungsaktion, die von Einheiten der „Grauen Reihen“ durchgeführt wurde, wurde als „Operation Arsenal“ bezeichnet. Während der Kämpfe des Warschauer Aufstandes war das Arsenal ein Stützpunkt von Einheiten der aufständischen Heimatarmee und entsprechend umkämpft. Nach Niederschlagung des Aufstandes wurde es von den deutschen Truppen komplett zerstört.