Viele Verschwörungstheoretiker bestreiten, dass Osama bin Laden die Anschläge vom 11. September in Auftrag gab, weil nicht einmal der frühere Steckbrief des FBI sie erwähnte. Widersprüchliche Aussagen von Regierungsmitgliedern nährten die Zweifel. Außenminister Colin Powell kündigte am 23. September 2001 Beweise an. FBI-Vizedirektor Dale Watson erklärte im Februar 2002 vor dem Kongress, die Beweise für Bin Ladens Verbindung zum 11. September seien „klar und unwiderlegbar“. FBI-Direktor Robert Mueller erklärte jedoch im April 2002, man habe bisher keine Dokumente für die Pläne der Attentäter gefunden. FBI-Pressesprecher Rex Tomb erklärte 2006, die Anschläge fehlten auf Bin Ladens Steckbrief, „weil das FBI nicht genug harte Beweise dafür hat“. Wie bei den Botschaftsanschlägen von 1998 werde das Justizministerium erst dann eine förmliche Anklage erheben, wenn genug Beweise vorlägen. Kurz darauf erklärte Tomb: Das FBI könne den 11. September auf dem Steckbrief ergänzen, müsse es aber derzeit nicht. Das FBI erklärte auf seiner Liste der zehn meistgesuchten Terroristen, weitere Anklagen könnten im Zuge der Ermittlungen folgen, „zum Beispiel für die Terroranschläge am 11. September 2001“.