Наибольший успех пришёл к Саэсу во время тренерской деятельности в молодёжной сборной Испании. За 6 лет она выиграл несколько крупных турниров, а после ухода из основной сборной Хосе Антонио Камачо баск занял его место. Иньяки готовил испанцев к чемпионату Европы 2004 года, но выступления на первенстве было неудачным — команда не смогла выйти из группы. После этого Саэс вернулся в «молодёжку», которую возглавлял ещё 4 года. В 2008 году он объявил о своём уходе с поста тренера молодёжной сборной. Его место занял Хуан Рамон Лопес Каро, с которым Иньяки некоторое время работал в тандеме.