Anschließend ging er zur United States Army, wo er zunächst im Philippinisch-Amerikanischen Krieg an der amerikanischen Besetzung der Philippinen und später in China an der Niederschlagung des Boxeraufstandes beteiligt war. Nach Beendigung der Kampfhandlungen kehrte er in die USA zurück und arbeitete weitere zwei Jahre für die Armee in Washington, D.C. 1903 ging er erneut nach China und begann in den Folgejahren mit den Vorbereitungen für eine von ihm finanzierte ausgedehnte Expedition in die chinesische Provinz Shaanxi. Zusammen mit dem Zoologen Arthur de Carle Sowerby (1885–1954) und 36 weiteren Personen unternahm er 1908/09 die nach ihm benannte "Clark-Expedition", die im Norden dieser Provinz kartographische, ethnologische und zoologische Forschungen betrieb. Nach der Ermordung ihres Dolmetschers kam es jedoch zum abrupten Abbruch dieser Expedition. Das Reisetagebuch und die wissenschaftlichen Ergebnisse erschienen später in Buchform.