1997 gründete er das Peres Center for Peace. Peres blieb Unterstützer des Oslo-Friedensprozesses und des palästinensischen Autonomieprozesses trotz der Ersten und Zweiten Intifada. Dennoch unterstützte Peres in der Opposition die Militärpolitik Ariel Scharons, mit Hilfe der israelischen Armee unter anderem Selbstmordattentate zu verhindern.