Papst Paul VI. ernannte Jan Hirka am 2. April 1969 zum Apostolischen Administrator von Prešov, eine Bischofsernennung wurde vom Staat nicht erlaubt. Das bischöfliche Ordinariat bestand aus einer Zweizimmer-Wohnung in einem Vorort von Prešov. Nach der „sanften Revolution“ ernannte ihn Papst Johannes Paul II. am 21. Dezember 1989 zum Bischof von Prešov. Die Bischofsweihe erteilte ihm Kardinal Jozef Tomko am 17. Februar 1990 unter großer Beteiligung von Bischöfen aus aller Welt. Es war die erste Bischofsweihe nach dem Fall des „Eisernen Vorhangs“ in der Tschechoslowakei.