Сезон 2012/13 Моуринью начал с победы в Суперкубке Испании, обыграв по сумме двух матчей «Барселону». По ходу сезона «Реал Мадрид» ещё несколько раз обыграл «Барселону» в Кубке Испании и в чемпионате. Но тем не менее сезон получился неудачным, «Реал Мадрид» не выиграл других трофеев, кроме Суперкубка, став вторым в Примере, проиграв в финале Кубка Испании «Атлетико Мадрид» и остановившись в шаге от финала Лиги чемпионов УЕФА, проиграв в полуфинале по сумме двух встреч «Боруссии Дортмунд». После этих неудач президент «Реал Мадрида» — Флорентино Перес на пресс-конференции заявил, что летом Жозе покинет мадридский клуб. 1 июня состоялся последний матч «Реал Мадрида» под руководством Моуринью, в котором «сливочные» дома переиграли «Осасуну» со счётом 4:2.