Patrik Bärtschi a fait ses débuts en Ligue nationale A en 2000 avec les Kloten Flyers. Auparavant, il a fait ses classes de juniors dans le club zurichois, en compagnie de son frère aîné Deny Bärtschi. Il est choisi en 2002 au , en au total par les Penguins de Pittsburgh lors du repêchage d'entrée dans la LNH.