Ως αποτέλεσμα της κοινής γερμανικής-σοβιετικής εισβολής στην Πολωνία, η οποία ξεκίνησε το Β΄ Παγκόσμιο Πόλεμο τον Σεπτέμβριο του 1939, η πόλη καταλήφθηκε από τη Γερμανία. Οι Γερμανοί δολοφόνησαν αμέσως πολλούς Πολωνούς και Εβραίους και απήγαγαν άλλους. Αργότερα, το Βιερούσουφ προσαρτήθηκε απευθείας στη ναζιστική Γερμανία . Οι Γερμανοί κατέστρεψαν το μνημείο των ηρώων της Εξέγερσης της Μείζονος Πολωνίας. Κατά τα επόμενα δύο χρόνια, οι Γερμανοί απήγαγαν Εβραίους για καταναγκαστική εργασία, τους ανάγκασαν να ζήσουν σε ένα γκέτο στο φτωχότερο τμήμα της πόλης, παραδίδοντας τις πρώην κατοικίες τους στους Πολωνούς και έστειλαν άνδρες και γυναίκες σε στρατόπεδα εργασίας κοντά στο Πόζναν. Τον Αύγουστο του 1942, οι υπόλοιποι Εβραίοι συνελήφθησαν και κρατήθηκαν σε ένα τοπικό μοναστήρι για αρκετές ημέρες. Αρκετοί Εβραίοι δολοφονήθηκαν εκεί. Άλλοι στάλθηκαν στο Γκέτο του Λοτζ και οι υπόλοιποι, ίσως 800-900, μεταφέρθηκαν με τρένο στο στρατόπεδο εξόντωσης του Χέλμνο, όπου αμέσως δολοφονήθηκαν με αέριο. Μετά από αυτό, οι ντόπιοι Πολωνοί αναγκάστηκαν να μετακινηθούν στα σπίτια που είχαν εγκαταλείψει οι Εβραίοι κάτοικοι. Μετά τον πόλεμο, μερικοί Εβραίοι επιζώντες επέστρεψαν στο Βιερούσουφ, αλλά το εγκατέλειψαν μετά τη δολοφονία πολλών Εβραίων. Ο αριθμός των επιζώντων είναι άγνωστος.