Podczas okupacji hitlerowskiej zaangażowała się w konspirację, ukrywając w mieszkaniu Żydów i uciekinierów z obozów jenieckich, w tym obcokrajowców. 11 sierpnia 1942 roku została aresztowana przez gestapo razem z najmłodszą córką Zofią (pierwszą żoną Stanisława Jankowskiego „Agatona”). Początkowo więzione na Pawiaku, 14 października zostały przewiezione do obozu koncentracyjnego Auschwitz. Zofia Garlicka zmarła tam 18 listopada, Zofia Jankowska 13 grudnia 1942 roku.