Chiến tranh giành độc lập Croatia và sau Chiến tranh Bosnia chứng kiến một số hoạt động hải quân, khởi đầu khi Hải quân Nam Tư tuyên bố phong tỏa đường vào Dalmatia từ tháng 9 đến tháng 12 năm 1991 và sau đó trong 1994-1995, khi hải quân của NATO mở màn hoạt động Sharp Guard, đã triển khai một số đơn vị đến biển Adriatic để thực thi lệnh cấm vận vũ khí của Liên Hợp Quốc đối với Nam Tư (cũ). Các hoạt động sau đó nhằm vào Nam Tư (cũ) như Chiến dịch Deliberate Force và Allied Force đã đưa ra sử dụng máy bay quân sự trên biển và phóng tên lửa hành trình Tomahawk chống lại các mục tiêu của người Serb. Các tàu chiến của Anh và Úc đã hỗ trợ hỏa lực cho chiến dịch Al-Faw trong Cuộc tấn công Iraq 2003. Các lực lượng hải quân Hoa Kỳ và Anh đã sử dụng lại tên lửa hành trình Tomahawk tấn công các mục tiêu trên bộ trong quá trình chiến đấu kể từ khi kết thúc Chiến tranh Lạnh, cũng như mở cửa sự can thiệp quốc tế vào Nội chiến Libya, trong đó Lực lượng Vũ trang Anh đóng vai trò quyết định.