Nikolaj Markussen (d. 1 Ağustos 1988, Helsinge), Danimarkalı hentbolcudur. Bjerringbro-Silkeborg ve Danimarka millî takımında oynamaktadır. Sırbistan'da düzenlenen 2012 Şampiyonası'nı finalde ev sahibi ülkeyi 21-19 mağlup ederek kazanan Danimarka millî takımıyla Avrupa şampiyonu, kendi ülkesi ve Almanya'nın ortaklaşa düzenlediği Dünya Şampiyonası'nda ise dünya şampiyonu olmuştur.