La derrota de Marató va marcar la fi de la primera invasió persa a Grècia. Darios preparava una segona expedició (que volia dirigir personalment) contra Grècia, quan es va produir la revolta d'Egipte (486 aC), que se suposa dirigida pel sàtrapa persa, i poc després el rei va morir (vers finals del 486 aC o el 485 aC). Després d'un regnat de 36 anys, fou enterrat a Naqa-i-Rostam, al sepulcre que ja havia preparat. Havia designat com a successor el seu primogènit Xerxes I, nascut del seu enllaç amb Atossa.