Voor het seizoen 2012 nam Breen met de Fiesta S2000 deel aan het Super 2000 World Rally Championship. Daarnaast reed hij ook een geselecteerd programma in de Intercontinental Rally Challenge met een Peugeot 207 S2000. Tijdens ronde vijf van het IRC-kampioenschap, in Targa Florio, crasht Breen, waarbij zijn vaste navigator Gareth Roberts kwam te overlijden. Breen keerde later dat jaar terug in het SWRC met Paul Nagle (voorheen naast Kris Meeke) nu als nieuwe navigator. Breen won eerder dat jaar in Monte Carlo al in zijn klasse, en zou dit ook opeenvolgend doen in Groot-Brittannië, Frankrijk en Catalonië (waar hij tevens binnen de top tien als zesde algemeen eindigde), waarmee hij directe concurrent Per-Gunnar Andersson versloeg in de strijd om de titel in het kampioenschap.