Im weiteren Verlauf des Jahres folgten in schneller Aufeinanderfolge die beiden Terroranschläge auf die Botschaften der Vereinigten Staaten in Daressalam und Nairobi. O’Neill hoffte, wegen der enormen Kenntnisse, die er über Osama bin Ladens terroristisches Al-Qaida-Netzwerk gewonnen hatte, an den Ermittlungen beteiligt zu werden. Jedoch führten Revierkämpfe und die gegen O’Neill vorherrschende Ablehnung bei Vorgesetzten in Washington zunächst dazu, dass das New Yorker FBI-Büro aus den Ermittlungen herausgehalten wurde und im weiteren Verlauf O’Neill zurückblieb, als andere Agenten aus New York in die Region gesandt wurden.