Jesienią 1943 znów nawiązał kontakt z dowództwem NSZ. W wyniku rozłamu wewnątrz Narodowych Sił Zbrojnych, w kwietniu 1944, część jego dotychczasowych podkomendnych odmówiła dalszego wykonywania jego rozkazów i połączywszy się z Armią Krajową (NSZ-AK), doniosła nowym dowódcom o kolaboracji „Toma” z Niemcami. Komenda organizacji, dowodzona przez Władysława Pacholczyka, wydała na niego wyrok śmierci za współpracę z okupantem.