Лагербек заработал хорошую репутацию за своё умение хорошо готовить команды, а также привлекать молодых игроков. В 1990 году Лагербек стал членом Шведского футбольного союза, как его молодёжный тренер, и шесть лет тренировал детские, юношеские и молодёжные сборные Швеции. Впервые стал руководить сборной Швеции в 1998 году, в качестве помощника главного тренера Томми Сёдерберга, и был назначен вторым тренером в 2000 году. Когда Сёдерберг ушёл в отставку после ЕВРО 2004, Лагербек стал единоличным тренером Швеции. Когда на Евро-2008 сборная не смогла выйти из группы, подвергся жёсткой критике со стороны СМИ, требовавших его отставки. В октябре 2009 года ушёл в отставку после того, как сборная впервые за 10 лет не попала в финальную часть чемпионата мира. На чемпионате мира в ЮАР сборная Нигерии под его руководством заняла последнее место в группе B. С октября 2011 года по июль 2016 года возглавлял сборную Исландии по футболу.