Ο Μάικλ Όουεν είχε συμμετοχές με τις μικρές εθνικές ομάδες της χώρας του. Την πρώτη του εμφάνιση στην Εθνική Αγγλίας την πραγματοποιεί σε ηλικία 18 ετών και 59 ημερών στις 11 Φεβρουαρίου 1998 σε ένα φιλικό παιχνίδι εναντίον της Χιλής. Η συμμετοχή τον έκανε αυτόματα τον νεότερο παίκτη που εκπροσώπησε την Εθνική Αγγλίας τον 20ό αιώνα. Συμμετέχει στο Παγκόσμιο Κύπελλο Ποδοσφαίρου 1998, όπου εντυπωσιάζει με τις εμφανίσεις του. Αγωνίστηκε επίσης με την Εθνική Αγγλίας στο Ευρωπαϊκό Πρωτάθλημα Ποδοσφαίρου 2000 στο Παγκόσμιο Κύπελλο Ποδοσφαίρου 2002 και στο Ευρωπαϊκό Πρωτάθλημα Ποδοσφαίρου 2004, σκοράροντας σε όλες τις διοργανώσεις και στο Παγκόσμιο Κύπελλο Ποδοσφαίρου 2006 χωρίς να σκοράρει. Τραυματίστηκε στο τελευταίο παιχνίδι του ομίλου. Τον Απρίλιο του 2002 φόρεσε για πρώτη φορά το περιβραχιόνιο του αρχηγού της Εθνικής ομάδας.