Retournant en Russie en 1995, Morozov devient alors directeur sportif du Zénith Saint-Pétersbourg jusqu'en 1997 avant de devenir brièvement adjoint d'Anatoli Davydov entre décembre 1999 et avril 2000. Après le départ de ce dernier, il prend la tête de l'équipe et l'amène à la septième place du championnat 2000 ainsi qu'à la finale de la Coupe Intertoto au cours de l'été, étant cependant vaincu par le Celta Vigo. L'année suivante est meilleure pour le club qui, s'appuyant sur des jeunes joueurs du centre de formation comme Aleksandr Kerjakov, Andreï Archavine ou encore Viatcheslav Malafeïev, s'impose cette fois comme une des principales équipes du championnat en accrochant la troisième place à égalité avec le Lokomotiv Moscou et à quatre points du champion le Spartak Moscou. L'année 2002 voit le Zénith atteindre la finale de la coupe nationale, mais est défait par le CSKA Moscou. En championnat, le club connaît également un début de saison prometteur le voyant se placer quatrième après dix journées. L'état de santé de Morozov se dégrade cependant rapidement durant cette période, amenant à sa démission au début du mois de juillet. Ce départ soudain et inattendu affecte par la suite les performances de l'équipe, qui est éliminée d'entrée en Coupe UEFA avant de s'effondrer en championnat en terminant finalement l'année 2002 en dixième position.