Après la fin des compétitions soviétique en 1991, le club est intégré directement au sein de la nouvelle première division russe en 1992. Il n'y reste cependant qu'une seule saison, terminant dix-neuvième et relégable en fin d'année avec près de treize points de retard sur le maintien. Il passe par la suite quatre années en deuxième division, se plaçant trois années dans les six premières places avant d'atteindre la deuxième position à l'issue de la saison 1996, à un point du Dinamo-Gazovik Tioumen, ce qui lui permet de retrouver l'élite pour la saison 1997. Il s'y démarque comme la grande surprise de l'année, terminant quatrième au classement avec 55 points à la fin du championnat, ce qui lui permet de se qualifier pour le deuxième tour de la Coupe Intertoto 1998, où il parvient à défaire les Finlandais du TPS Turku avant de chuter face au club espagnol de Valence. Ses performances retombent cependant très vite dans les années qui suivent, et après une quatorzième place en 1998, le Chinnik termine seizième et dernier l'année suivante et retombe au deuxième échelon.