Malinovskij však pokračoval v prenasledovaní nepriateľa južnými Karpatami a Transylvániou až do Maďarska. 20. októbra 1944 obsadili jeho jednotky po ťažkých bojoch Debrecín a pokračovali ďalej na západ s úlohou obsadiť Budapešť a Viedeň. V nepriaznivom počasí čelil v oblasti Budapešti nemeckým protiútokom, ktoré odčerpali početné nemecké vojská nielen z oblasti Poľska, ale i západného frontu. Po dlhotrvajúcich krvavých bojoch obsadili jeho muži s konečnou platnosťou Budapešť 13. februára 1945. Neskôr viedol bratislavsko-brniansku operáciu, počas ktorej jeho vojská oslobodili 4. apríla Bratislavu. 2. ukrajinský front pod jeho velením ukončil druhú svetovú vojnu v Európe na území Česko-Slovenska, po tom, čo oslobodil Brno a ďalej západne sa stretol s americkými vojskami.