Sous la Restauration, Dupotet, nommé officier de la Légion d'honneur et chevalier de Saint-Louis, fit sur la "Flore", en 1S18, une croisière dans la Méditerranée, devint en capitaine de pavillon et chef d'état-major du contre-amiral Duperré, commandant de la station des Antilles, auquel il succéda plus tard, d'abord comme commandant provisoire de cette station, puis, en 1828, comme commandant définitif. Il fut nommé en même temps contre-amiral. Porté à la préfecture maritime de Brest en 1830, il y organisa l'expédition d'Alger, devint peu après gouverneur de la Martinique et y réprima des insurrections provoquées par la révolution nouvelle. Dupotet fut ensuite fait grand officier de la Légion d'honneur et entra au conseil de l'amirauté. En 1835, il alla commander la station du Brésil et de la mer du Sud, fut chargé du blocus des côtes argentines en 1838 et promu au grade de vice-amiral en 1841. Quatre ans plus tard, en 1845, il fut admis dans le cadre de réserve, après 52 ans de service.