Nell'immediato primo dopoguerra, il Padova si trasformò in una delle migliori squadre del Veneto, qualificandosi regolarmente alle semifinali dell'Alta Italia, nelle quali non brillò mai particolarmente, concludendo sempre nelle ultime posizioni. Nel 1921-22 fu tra le secessioniste che si staccarono dalla FIGC fondando una federazione e un campionato indipendenti (CCI): il Padova concluse al 5º posto nel girone B di Prima Divisione CCI, qualificandosi senza problemi al torneo successivo di massima serie nonostante la riconciliazione tra FIGC e secessioniste e conseguente riduzione dei quadri. Nella stagione 1922-23 il Padova riuscì nell'impresa di vincere il girone C di Prima Divisione qualificandosi al girone a tre di semifinale per lo scudetto con Genoa e Pro Vercelli, nel quale terminò però solo terza. Nella stagione 1923-24 disputò un altro ottimo torneo sfiorando l'accesso alla finale con un 2º posto nel girone A. Negli anni successivi il Padova riuscì sempre a salvarsi rimanendo in massima serie (che da Prima Divisione cambiò prima denominazione in Divisione Nazionale nel 1926 e poi nel 1929 in Serie A). Nel 1928-29, con un 8º posto nel girone A di Divisione Nazionale, riuscì a qualificarsi, seppur in extremis, al primo campionato di Serie A a girone unico. La stagione del debutto in A fu tuttavia infausta per i padovani: terminando il torneo al penultimo posto, retrocesse per la prima volta in Serie B. Dal 1919 al 1930 la squadra ebbe un centravanti prolifico, Giovanni Monti, autore di 57 reti (più 2 in Coppa Italia). Monti era un pilota e aveva anche combattuto nella prima guerra mondiale; pochi mesi dopo il suo ritiro da calciatore, nel luglio del 1931, precipitò con un idrovolante nel Lago di Garda perdendo la vita.