Когда Папа Пий VI выступил против революции в Первой коалиции (1792—1797), Наполеон Бонапарт вторгся в Италию (1796). Французские войска заключили в тюрьму Папу в 1799 году, и он умер после шести недель плена. После перемены настроения Наполеон затем восстановил католическую церковь во Франции с подписанием Конкордата 1801 года и запретил Культ Высшего Существа. Многие антиклерикальные политики продолжались. Когда наполеоновские армии вступали на территорию, монастыри часто были разграблены, а церковная собственность секуляризирована.