Aragonés trascorse molti anni della sua carriera all': militò infatti nelle file dei "colchoneros" dal 1964 al 1980 (fino al 1974 come calciatore, poi da allenatore), per poi tornarvi successivamente. In quegli anni la squadra vinse il campionato per quattro volte e raggiunse anche la finale della Coppa dei Campioni 1973-1974: al 114º minuto di gioco Aragonés segnò il gol del momentaneo vantaggio spagnolo sul Bayern Monaco, ma poco dopo arrivò il pareggio di Hans-Georg Schwarzenbeck. All'epoca non erano previsti i tiri di rigore, ma la ripetizione del match, in cui i "colchoneros" furono sconfitti per 4-0. A causa della rinuncia dei tedeschi, gli spagnoli parteciparono alla Coppa Intercontinentale 1974, che vinsero. Dal 1964 al 1974 Aragonés scese in campo per 265 partite nella Liga spagnola, mettendo a segno 123 reti.