In 2004 liep Sætre bij een val op een training in Erfurt een ernstige blessure op. Hij hield aan de val een diepe vleeswond boven de linkerenkel over. In het seizoen 2004-2005 reed hij nog wel World Cup wedstrijden, maar kon niet meer zijn oude niveau halen. Een jaar later was hij weer helemaal terug, en wist als derde schaatser ooit onder de 13 minuten op de 10.000 meter te rijden. Het WK Allround van 2006 in Calgary werd Sætre's laatste officiële wedstrijd, waar hij als elfde eindigde. Op de laatste afstand, de 10.000 meter, verbrak hij bijna nog het wereldrecord van Chad Hedrick door 12.56,85 te schaatsen. Een paar ritten later ging het record er alsnog aan, doordat Sven Kramer 12.51,60 op de klokken bracht.