Mit dem „Anschluss“ Österreichs an den NS-Staat im März 1938 wurde Kerschagl aller Ämter enthoben und war von 13. März bis 29. Juli 1938 inhaftiert. Anschließend wurde er mit „Gauverbot“ belegt. Im August 1938 erfolgt seine Entlassung nach dem BBG, die im März 1940 rückwirkend in eine Versetzung in den Ruhestand unter Verminderung der Bezüge umgewandelt wurde. Er arbeite bis 1944 in Berlin und als Leiter einer Bank im besetzten Polen. 1944 kehrte er nach Kärnten zurück und wurde in der Widerstandsbewegung aktiv.