Bei der Europameisterschaft 2004 in Portugal war Merk Schiedsrichter der beiden Vorrundenpartien zwischen Frankreich und England (2:1) sowie zwischen Dänemark und Schweden (2:2). Von der UEFA wurde er zudem mit der Leitung des Endspiels der Europameisterschaft zwischen Portugal und Griechenland (0:1) betraut. Merk war damit der zweite deutsche Schiedsrichter nach Rudi Glöckners WM-Endspiel 1970, der das Endspiel einer Welt- oder Europameisterschaft leitete. Als Assistenten standen ihm dabei Jan-Hendrik Salver und Christian Schräer zur Seite.