С началом Гражданской войны полковник Гордеенко прибыл в Добровольческую армию и был зачислен в Корниловский ударный полк. 28 октября 1918 года назначен командиром офицерской роты Корниловского полка, с которой участвовал в обороне Каменноугольного бассейна. Отличившись в этих боях, в июле 1919 года переведен был на должность командира 1-го батальона, с которым принимал участие во взятии Белгорода и Курска. Во время боев за Орел 14 октября 1919 года назначен командиром 1-го Корниловского ударного полка. Продолжал командовать полком и в составе Русской армии, вплоть до эвакуации Крыма. 1 сентября 1920 года был удостоен чести принять из рук генерала Врангеля Георгиевское знамя, которым Корниловская дивизия была награждена за отличия в боях с красными. В бою на Юшуньских позициях получил четвертое за войну ранение. На 18 декабря 1920 года — в штабе Корниловского полка в Галлиполи. По воспоминаниям офицера-корниловца Е. Э. Месснера: