Zamboangu založili ve 12. století příslušníci kmene Subanon. Název pochází z malajského výrazu "jambangan", který znamená „město květin“. Španělé se v místě usadili roku 1569, v roce 1635 založili na obranu před nájezdy kmene Morů pevnost Fort Pilar, okolo níž vzniklo město. V roce 1798 se město ubránilo britskému obléhání, k němuž došlo v rámci napoleonských válek. V roce 1899 generál Vicente Álvarez svrhl španělskou nadvládu a vyhlásil nezávislou Zamboangskou republiku, která se po americké invazi stala americkým protektorátem a zanikla roku 1903. 26. února 1937 byla Zamboanga vyhlášena statutárním městem, výročí tohoto dne je hlavním městským svátkem.