2004年にサウジアラビアで設立されたアラビア半島のアル＝カーイダ（AQAPとは別組織）が2007年に設立されたイエメンのアル＝カーイダ（AQY）に合流し、AQAP（これらの組織を以下まとめてアル＝カーイダ系組織と表記）が設立されたのは2009年のことであるが、その構成員たちは設立前の1990年代後半からイエメンで活動を行っていた。彼らは2000年のアデン港における米艦コール襲撃事件や2008年の米大使館に対する自爆テロ事件、2009年のデルタ航空機爆破テロ未遂事件などを実行したとされる。サーレハ政権は2001年以降アメリカの「テロとの戦い」に協力する姿勢をとっており、イエメン国内での米軍ドローンによるアル＝カーイダ構成員の殺害を許可する見返りとして、経済援助や米軍によるイエメン軍特殊部隊の育成を受けた。その一方で、2007年にコール襲撃事件の容疑者を釈放、2011年には約70名のアル＝カーイダ構成員容疑者をサナアの刑務所から釈放するなど、アル＝カーイダ系組織を徹底的に弾圧しているわけではないようにも見受けられる。「批評家によると、サーレハ大統領は西側諸国から援助を集めるために、しばしばアル＝カーイダ系組織の脅威を誇張していたようだ」と伝える新聞記事もあることから、サーレハ政権はアル＝カーイダ系組織を資金集めの道具として利用していた可能性もあると考えられる。アル＝カーイダ系組織は内陸部の砂漠地帯、山岳地帯に散在しており、掃討作戦の効果が上がっていなかったため、2012年にサーレハ政権が終わるまで依然として勢力を保っていた。