2 години по-късно Югославия с Йоканович в състава се класира и на европейското първенство в Белгия и Холандия през 2000 г.. На самото първенство югославяните отново прескачат групата си след победа над Норвегия, равенство със Словения и загуба с 3:4 от Испания. Именно в мача срещу Ла Фурия Йоканович получава червен картон, който го изважда от сметките за 1/4 финалната фаза. Там Югославия отново среща Холандия и губи с 1:6.