În 1798, Baggovut a fost promovat la gradul de colonel, iar în 1799 la gradul de general-maior. În 1801 a fost numit la comanda regimentului 4 "Jäger". În campania din 1806-1807, purtată împotriva Franței napoleoniene, s-a dovedit un comandant ferm și cu inițiativă. A luat parte la bătăliile de la Pułtusk, Eylau și Friedland. Pentru conduita în bătălia de la Pułtusk a primit Ordinul Sfântului Gheorghe, clasa a treia, în bătălia de la Eylau a fost rănit la piept, iar la Friedland a suferit o contuzie. După sfârșitul acestei campanii a fost ridicat la rangul de general-locotenent.