24 ноября 1905 года назначен московским генерал-губернатором. Руководил подавлением Декабрьского вооружённого восстания в Москве. 7 декабря 1905 года объявил Москву и Московскую губернию в положении чрезвычайной охраны. Ввел практику расстрела захваченных дружинников на месте. "С первых дней московского восстания центральная власть в лице министра внутренних дел Дурново подстегивала генерал-губернатора Дубасова скорее расстреливать арестованных-пленных. Уже 10 декабря Дурново запрашивал Дубасова: «Предполагаете ли предавать арестованных бунтовщиков военному суду для непременного и быстрого применения статьи двести семьдесят девятой Воинского устава? Благоволите ответить». По-видимому, после обстрела училища Фидлера и ареста там дружинников Дурново докладывал об этом царю и получил благословение расстреливать задержанных на месте без суда. В шифрованной телеграмме от 16 декабря министр внутренних дел уведомлял Дубасова, что он докладывал (в телеграмме не указано, кому докладывал) свой разговор с генерал-губернатором и «требуется в отношении фидлеровцев быстрейшее решение и исполнение». Телеграмма заканчивалась многозначительными словами: «в общем принято одобренное вами решение кончать бесповоротно и окончательно в каждом случае на месте»."