9 października 1939 roku, Tomaszów Lubelski zaczęli okupować Niemcy. W Generalnym Gubernatorstwie zlikwidowano szkoły wyższe i średnie. W listopadzie budynek szkoły opustoszał, w grudniu zamieniono go na lazaret, następnie zajęty został przez gestapo, a potem niemiecką żandarmerię policji porządkowej oraz policję graniczną. W budynku internatu stacjonował szef SS. Za „Dyrektorówką” Niemcy zbudowali psiarnię dla psów wykorzystywanych w obozie zagłady w Bełżcu.