Gradualmente Mornay comenzó a ser reconocido como la mano derecha de Enrique, representándolo en Inglaterra en 1577-1578 y nuevamente en 1580, y en los Países Bajos 1581-1582. Con la muerte del Duque de Alençon-Anjou en 1584, que colocó a Enrique a las puertas del trono de Francia, comenzó el periodo de mayor actividad política de Mornay, y luego de la muerte de Enrique I de Borbón-Condé, en 1588, su influencia creció tanto que se lo designaba como el "papa hugonote". Estuvo en el sitio de Dieppe, peleó en Ivry, y en 1591-1592 participó del sitio de Ruan, llegando a ser enviado en misión a la corte de reina Isabel. Philippe y su esposa frecuentaron a varios protestantes ingleses entre los que se cuentan Francis Walsingham, Mary Sidney, y su hermano Philip Sydney.