Первым официальным для него турниром стали Летние Олимпийские игры 1996. В 1997 году Хосе Мануэль, вместе со сборной, принял участие в Кубке Америки 1997, на котором сборной Мексики удалось стать бронзовым призёром турнира. В этом же году Абундис был вызван в сборную для участия в Кубке конфедераций 1997, на котором сборная Мексики добилась лишь третьего места в группе А.