Алармантан пораст француске моћи у централној Европи је узнемиравао Пруску, која је била неутрална у дотадашњим сукобима. Након много дипломатских полемисања, Пруска је добила обећање руске војне помоћи и обезбедила формирање Четврте коалиције, 1806. године. Велика армија је напредовала ка пруским територијама чувеним батаљонским квадратним системом ("bataillon-carré)", у коме су трупе марширале у непосредној близини, тако да су могле извести различите формације у односу на ситуацију (авангард, заштитнике или бочне силе). У биткама код Јене и Ауерштата, вођеним 14. октобра 1806, пруска војска је страшно поражена. Након легендарне потере, Французи су успели да заробе око 140.000 Пруса и убију и ране око 25 000. Давуов Трећи корпус, који је однео победу у ове две битке, добио је част да први умаршира у Берлин. Поново, Французи су успели да поразе противника пре него што је помоћ успела да стигне, али ни ова победа није донела коначан мир.