La production nationale de charbon a pris fin en 2002, mais le charbon reste une ressource largement utilisée, en particulier pour la production d'électricité : 27 % de la puissance installée des centrales électriques fonctionnait au charbon en 2010. Le Japon importe la totalité de ses besoins en charbon, principalement d'Australie ; en 2011, ces importations ont totalisé ( en 2010) ; le Japon a été pendant trois décennies le plus gros importateur mondial de charbon, mais en 2012 la Chine l'a dépassé. Plusieurs centrales à charbon ont été endommagées par le séisme du Tōhoku en mars 2011, si bien que l'utilisation n'a pas pu progresser entre 2011 et 2012, laissant la production d'électricité dépendre massivement du gaz naturel et du pétrole pour remplacer les centrales nucléaires arrêtées. Deux nouvelles centrales charbon, d'une capacité de au total, sont entrées en fonction dans le nord du Japon au début 2013 ; de la centrale de Haramachi ont été remises en service en 2013 après réparation des dommages causés par le séisme. Le gouvernement encourage les compagnies électriques à construire des centrales charbon supplémentaires en réduisant les contraintes réglementaires environnementales. Au et 2013, la consommation de charbon s'est accrue de 20 % ; cela permet de moins utiliser les centrales au pétrole, les plus coûteuses.