Las áreas de interés profesional de Elena Milashina incluyen corrupción, violaciones de los derechos humanos en el norte del Cáucaso y Chechenia, en particular, la investigación del acto terrorista en Beslán (2004), los asesinatos de Anna Politkovskaya (2006) y Natalya Estemirova (2009) y el conflicto en Osetia del Sur (2008).En octubre de 2009, Elena Milashina se convirtió en la ganadora del premio anual de la organización internacional de derechos humanos Human Rights Watch.