Mowat est d'abord élu conseiller municipal pour la ville de Toronto en 1857. Il est par la suite élu député à l'Assemblée législative de la province du Canada dans la circonscription d'Ontario-Sud. Bien qu'il ait pris les armes pour la cause royaliste lors de la Rébellion du Haut-Canada en 1837 , ce qui suggère une idéologie conservatrice, sa méfiance des politiques de Macdonald, de George-Étienne Cartier et des autres dirigeants du Parti conservateur l'ont poussé à se ranger du côté des Réformistes. En tant que député de 1858 à 1864 il était très proche de George Brown. Il a été nommé secrétaire de la province en 1858 pendant le gouvernement Brown-Dorion qui n'a duré que deux jours. De 1863 à 1864 il a été nommé au conseil des ministres de John Sandfield Macdonald en tant que Maître général des Postes. Il était un avide défenseur du principe de représentation selon la population (au contraire de la représentation égale entre le Canada-Ouest et le Canada-Est).