La vieja iglesia de la misión es el edificio intacto más antiguo de la ciudad de San Francisco, y la única de las 21 misiones californianas que se encuentra inalterada. La estructura ha sobrevivido los terremotos de la zona, especialmente el sismo del año 1906, cuando fue de las pocas que terminaron en pie.También existe un cementerio que contiene los restos de nativos que ayudaron a construir la misión, y otras personalidades como el primer gobernador mexicano Luis Antonio Argüello. San Francisco de Asís comprende tanto la vieja iglesia como la Basílica, erigida en 1918.