Avec les "Merengue" au Real Madrid, Zidane dispute 231 matchs et inscrit 49 buts toutes compétitions confondues entre 2001 et 2006. Sous les couleurs madrilènes, il est sacré champion d'Espagne en 2003 et remporte, par deux fois, la supercoupe d'Espagne en 2001 et 2003. Il est également finaliste de la coupe du Roi en 2002 et 2004. Avec le Real, il gagne plusieurs compétitions amicales : le trophée de la cité d'Alicante (2001 et 2002), le trophée Valencia Naranja (2003) ainsi que le trophée Santiago Bernabéu (2003 et 2005). Son titre principal avec le Real Madrid reste la ligue des champions gagnée en 2002, précédant la coupe intercontinentale et la Supercoupe de l'UEFA que le Real s'adjuge la même année.