Олександр Анюков постійно залучався до лав молодіжної збірної Росії, виступаючи ще у Самарі. Звідти ж його викликали й до національної команди країни. 25 травня 2005 року у матчі зі збірною Австрії (0:0) Олександр вперше вдягнув біло-червону футболку. З того часу його виклик до збірної Росії ніколи не підлягав сумніву. Взяв участь у двох Чемпіонатах Європи — у 2004 році на полях Португалії, та 2008 року у Австрії та Швейцарії. На Євро-2008 провів усі п'ять матчів у складі своєї команди, відзначившись двома результативними передачами.