Históricamente conocida como la Plaza del Fortín (debido al "Cuartel del Fortín", una instalación militar española en la zona), la plaza pasó a llamarse Plaza Lawton tras la Guerra Hispano-americana en honor a , un general estadounidense asesinado durante la guerra entre Filipinas y Estados Unidos. En 1963, recibió su nombre actual en honor al líder revolucionario Andrés Bonifacio, quien fundó el movimiento independentista Katipunan. Un monumento en su honor ahora se encuentra en el centro de la plaza.