לאורך שנות ה-90 ארגון אל-קאעידה הוציא לפועל שורה ארוכה של מתקפות טרור איכותיות ואפקטיביות, המיועדות בעיקר כנגד יעדים אמריקניים. כך למשל ב-26 בפברואר 1993, הארגון ביצע ניסיון ראשון למוטט את מגדלי התאומים בניו יורק באמצעות משאית-תופת שהתפוצצה בחניון התת-קרקעי של מגדל מספר 1 במרכז הסחר העולמי. 6 אזרחים נהרגו ויותר מ-1000 נפצעו. לאחר מספר שנות רגיעה, ב-7 באוגוסט 1998, ביצע הארגון פיגוע גדול ממדים בשגרירויות האמריקניות בניירובי, בירת קניה, ובדאר א-סלאם, בירת טנזניה. בפיגועים אלו נרצחו 224 בני אדם לרבות 12 אמריקניים, ונפצעו למעלה מ־4,000.