Το Ανάκτορο του Κεραμεικού έγινε και πάλι επίσημη έδρα του εκτελεστικού κλάδου της κυβέρνησης μετά το πραξικόπημα του Ναπολέοντα Γ΄ το 1852· όταν ο Πρόεδρος Λουδοβίκος-Ναπολέων Βοναπάρτης έγινε Αυτοκράτορας Ναπολέων Γ΄, μετακόμισε από το προεδρικό γραφείο του Μεγάρου των Ηλυσίων στον Κεραμεικό, υπογραμμίζοντας και κατ' αυτόν τον τρόπο την ανακήρυξη της Δεύτερης Αυτοκρατορίας. Κατά τη Δεύτερη Αυτοκρατορία, στο Ανάκτορο του Κεραμεικού εκτελέστηκαν εκτεταμένες εργασίες ανακατασκευής και αναδιακόσμησης, ώστε ν' αποκατασταθούν οι λεηλασίες και ζημιές που έλαβαν χώρα κατά την Επανάσταση του 1848. Κάποιες επιβλητικές αίθουσες επισήμων εκδηλώσεων έλαβαν πλούσιο διάκοσμο, υπηρετώντας ως κεντρική σκηνή των τελετών και θεαμάτων της Δεύτερης Αυτοκρατορίας, όπως με την περίπτωση της επίσημης επίσκεψης της Βασίλισσας Βικτωρίας στον Κεραμεικό το 1855. Επί της Δεύτερης Αυτοκρατορίας επίσης ολοκληρώθηκε η βόρεια πτέρυγα του Λούβρου κατά μήκος της οδού Ριβολί ("rue de Rivoli"), ενώνοντας το Ανάκτορο του Κεραμεικού με το υπόλοιπο Λούβρο και έτσι τελικά επιτυγχάνοντας τη δημιουργία του τεραστίου συμπλέγματος Λούβρου-Κεραμεικού, του οποίου το γενικό σχέδιο είχε πρωτοδιατυπωθεί τρεις αιώνες νωρίτερα.