Sa première saison sous ses nouvelles couleurs a failli se terminer en beauté mais le FC Valence perd sa deuxième finale de la Ligue des champions consécutive cette fois ci-contre le Bayern Munich aux tirs au but, même si Ruben Baraja marque le sien. En 2002, Baraja remporte son premier trophée avec les chés puisque le club est sacré Champion d'Espagne et il inscrit un total de 7 buts durant la saison. Cette même année, il participe à la Coupe du monde 2002 en Corée du Sud et au Japon avec la Roja. En 2004, Valence est désignée meilleure équipe du monde à la suite de son fabuleux triplé (Champion d'Espagne, Coupe de l'UEFA et Supercoupe de l'UEFA). Il fait partie des candidats sérieux pour le titre de ballon d'or, finalement lors des votes il ne finit que . Il est logiquement appelé par Iñaki Sáez pour disputer le Championnat d'Europe de football 2004 au Portugal ; il est titularisé deux matchs et dispute le troisième comme remplaçant mais la Roja est éliminée dès le premier tour.