Membre de la tribu acamantide, il a pour père Xanthippe, un homme politique important qui s'est opposé à Miltiade et qui, bien qu'ostracisé en -485/-484, est revenu dans la cité pour commander le contingent athénien dans les victoires grecques au cap Mycale et à Sestos cinq ans plus tard. Sa mère, Agaristé, est une descendante de la puissante famille noble et controversée des Alcméonides et ses liens familiaux ont joué un rôle crucial dans le démarrage de la carrière politique de Xanthippe. Agaristé est l'arrière-petite-fille du tyran de Sicyone, Clisthène, et la nièce du réformateur athénien également appelé Clisthène, autre Alcméonide. Son frère aîné, Ariphron, nommé comme le père de Xanthippe, n'a pas laissé de traces d'activités politiques.