Als Syrien aufgrund der Sueskrise 1956 Vorbereitungen für eine Vereinigung mit Ägypten unter Nasser schuf, wurde auch Asali zu einem Nasseristen. Er wurde daher am 14. Juni 1956 zum dritten und letzten Mal zum Ministerpräsidenten der Syrischen Republik ernannt. Mit dem Ende seiner Amtszeit am 1. Februar 1958 wurde aus Ägypten und Syrien die Vereinigte Arabische Republik gebildet, und Asali wurde zum Stellvertreter des Präsidenten Nasser. Nach seinem erzwungenen Rücktritt 1959 schloss sich Asali 1960 der syrischen Opposition gegen das Nasser-Regime an und unterstützte den Militärputsch von 1961, der die Union beendete, und unterzeichnete die Sezessionserklärung.