Коли під час Кришталевої ночі 1938 року усі синагоги та молитовні будинки Відня, яких налічувалося більше 130, були підпалені, лише головній синагозі міста через свою прилеглість до житлового району вдалося уникнути знищення. Втім, її інтер'єр був осквернений і розграбований та використовувався як збірний табір для віденських євреїв, яких потім депортували та врешті-решт знищували за часів Голокосту. Про це нагадує відкрита у вересні 1988 року пам'ятна дошка у вхідній залі.