Arsenal 2003-04 sezonunun başlangıcında, Premier Lig şampiyonluğuna talip olmaya karar verdiğini gösterdi. Henry tekrar takımının önceki başarılı sezonunun üstünde, etkili bir performans sergileyerek; Dennis Bergkamp, Patrick Vieira ve Robert Pirès'le uyumlu bir şekilde takımıyla mücadele etti. Arsenal'ın "the Gunners" adını, takımının daha önceki yüzyılda olmadığı kadar başarılı olmasına katkı sağlayan isimlerden biri olarak emniyete aldı. İngiltere'de Yılın Futbolcusu Ödülü ve Futbol Yazarları Derneği Yılın Futbolcusu Ödülü başarılarının yanında, Henry, 2004 FIFA Dünya'da Yılın Oyuncusu Ödülü'nde de kendini gösterdi. Oynadığı maçlarda attığı 39 golle Avrupa'da en çok gol atan futbolcu olarak Avrupa Altın Ayakkabı Ödülü'nü kazandı. Aldığı bu ödüllere rağmen, 2002'den Euro 2004'e kadar devam eden süreçte uluslararası arenada önemli bir başarı yakalayamadı.