Emellertid ändrade Mollet ståndpunkt i Algerietfrågan och intog en mer negativ ståndpunkt till Algeriets eftersträvade självständighet. Under slaget om Alger 1957 skickade Mollet franska trupper till Algeriet för att bekämpa självständighetsrörelsen FLN och Algerietrevolten. De franska trupperna använde sig flitigt av tortyr och andra brutala metoder för att slå ner revolten. Fiaskot under Suezkrisen och regeringens brutala hantering av Algerietfrågan gjorde att Mollet tvingades avgå från premiärministerposten i juni 1957.