W reprezentacji Szwajcarii Berner zadebiutował 6 października 1996 roku w wygranym 3:2 spotkaniu z Finlandią, rozegranym w ramach eliminacji do MŚ 1998. W 2004 roku został powołany przez Jakoba Kuhna do kadry na Mistrzostwa Europy w Portugalii. Tam wystąpił w dwóch grupowych meczach Helwetów: zremisowanym 0:0 z Chorwacją i przegranym 0:3 z Anglią, w którym otrzymał czerwoną kartkę.