Il 14 ottobre il "Wakaba" partì con il resto della 21ª Divisione di scorta alla 21ª Divisione incrociatori ("Ashigara", "Nachi") che, passando per Amami Ōshima, si ancorò a Mako nelle Pescadores, per proseguire poi da sola verso le Filippine in obbedienza al piano "Shō-Gō 1". I tre cacciatorpediniere continuarono sino a Takao e il 21 salparono con destinazione Manila, dove fecero scendere personale appartenente alla 2ª Flotta aerea. Il 23 ripresero il mare per unirsi alla 5ª Flotta del viceammiraglio Kiyohide Shima (anch'essa coinvolta nell'operazione), ma il 24 la piccola formazione fu individuata e attaccata da velivoli appartenenti alla portaerei ; il "Wakaba" fu colpito da una bomba o due che provocarono danni molto gravi: affondò in 45 minuti e con quarantadue morti a bordo al largo della costa occidentale di Panay e poco a ovest della piccola isola di Maniguin (). Lo "Hatsushimo" e lo "Hatsuharu" salvarono in totale 179 uomini, compresi ventisette feriti, il capitano Ninokata e il comandante della divisione, capitano di vascello Hisashi Ishii, e li trasportarono a Manila.