Toisen maailmansodan jälkeen Messmerilla oli lukuisia tehtäviä Ranskan siirtomaissa Afrikassa. Hän toimi Indokiinan siirtomaahallinnon tehtävissä 1947–1949, Mauritanian kuvernöörinä 1952–1954 ja Norsunluurannikon kuvernöörinä 1954–1956, sitten Kamerunin ylikomissaarina kunnes päätti siirtomaauransa toimimalla 1958–1960 Ranskan Länsi-Afrikan kuvernöörinä. Hän oli de Gaullen läheinen liittolainen ja armeijoiden ministeri 1960–1969, johon aikaan sijoittivat Algerian sodan päättyminen ja Ranskan nousu ydinasevallaksi. Hän oli myöhemmin pääministeri Pompidoun alaisuudessa.