Le , anticipant la décision du conseil de régence, Antoine s'est autoproclamé roi du Portugal à Santarém, en étant acclamé dans plusieurs localités du pays; son gouvernement a duré trente jours, jusqu'à ce qu'il soit mis en déroute à la Bataille d'Alcántara par le Duc d'Albe au nom de Philippe II d'Espagne. Après la prise de Lisbonne par les tercios espagnols puis celle de Porto, il a essayé de gouverner le pays depuis l'île de Terceira dans les Açores, où il a établi un gouvernement en exil jusqu'en 1583. Antoine a fait frapper des pièces, une manière de marquer sa souveraineté. Certains auteurs le considèrent comme le dernier monarque de la Maison d'Aviz (au lieu du Cardinal Henri). Son gouvernement dans Terceira a été seulement reconnu par les habitants des Açores, alors que sur le continent et à Madère, c'est Philippe II qui gouvernait.