A magasabb egység további összecsapásokban vett részt mint az 1941–1942 telén zajló brit Crusader hadművelet, vagy az azt követő május–júniusi német Theseus hadművelet, illetve a Kairó előtti El-Alameinnél végbement első csata. A német csapatok ekkor már kimerülőben voltak, az utánpótlás akadozott attól függetlenül, hogy az Tobrukba érkezett. Málta elfoglalásának elhalasztása megpecsételte az afrikai csapatok ellátásának biztonságát, a RAF visszatelepült vadász- és támadó repülőgépei folyamatosan rombolták a felszíni és légi utánpótlási vonalakat. Ebben nagy segítséget jelentett az Enigma megfejtése, és elsősorban azokat a tengeri szállítmányokat támadták, melyek az utánpótlás szempontjából kulcsfontosságúak voltak. Egyik jelentős rajtaütés az úgynevezett "„Virágvasárnapi mészárlás” (Palmsonntag Massaker/Palm Sunday Massacre)", amely a Flax légihadművelet keretében zajlott le 1943. április 18-án vasárnap, amikor is 24 darab &lt;a href="Junkers%20Ju%2052"&gt;Ju 52/3m&lt;/a&gt;-met lőttek le az amerikai–brit pilóták és további 35 darab kényszerleszállást hajtott végre Szicília partjainál. Négy nappal később, 22-én 14-16 darab Me 323 Gigant is elpusztult a szövetséges légihadműveletben. Összesen 125-152 darab Ju 52/3m és 21 darab Me 323 semmisült meg a "Flax" alatt, amely mind a Luftwaffénak, mind a Heernek később pótolhatatlan veszteséget jelentett. Az Afrika-hadtest végig hiányt szenvedett üzemanyagban, munícióban, emberanyagban, ivóvízben. A tengelyhatalmak az október–novemberi második el-alameini csatában súlyos veszteségeket szenvedve voltak kénytelenek visszavonulni.