В войны в той же должности. С 10 августа 1941 года капитан Шепель и. д. начальника штаба 125-го запасного стрелкового полка 32-й запасной стрелковой бригады САВО. Полк выполнял задачи по прикрытию южной границы СССР и формированию частей для действующей армии. В феврале 1942 года назначен начальником оперативного отдела штаба 8-й стрелковой дивизии этого же округа, находившейся на формировании в городе Семипалатинск. С 23 апреля по 5 мая 1942 года она была переброшена на Брянский фронт в 3-ю армию. По прибытии в мае капитан Шепель был назначен заместителем командира 310-го, а в июне — командиром 229-го стрелкового полка этой же дивизии. Летом 1942 года дивизия в составе 48-й, затем 13-й армий этого же фронта участвовала в Воронежско-Ворошиловградской оборонительной операции.