Poco antes de embarcar para África y perder la vida en la Batalla de Alcazarquivir, Sebastián I de Portugal ordenó un cambio aparentemente insignificante, pero de gran significado político: procedió a la sustitución de la corona abierta por una corona real cerrada. Este pequeño cambio simbolizaba el refuerzo de la autoridad regia a través de la conquista de Marruecos y de la obtención de un título imperial, que simbolizaba la corona cerrada. De igual manera, al gusto de la época manierista, se volvió a establecer una forma ojival para el escudo. Esta parece haber sido la primera bandera portuguesa con formato rectangular, pues anteriormente todas habían sido cuadradas.