В ходе боевых действий на Тихоокеанском театре Второй мировой войны в первой половине 1942 года в составе 5-й дивизии крейсеров участвовал в захвате Филиппин и Нидерландской Ост-Индии. В сражении в Яванском море 27 февраля 1942 был флагманом адмирала Такаги, потопил торпедами голландский крейсер «Ява». Участвовал и во Втором сражении в Яванском море 1 марта. С весны 1942 года — флагман Пятого флота, в этом качестве он участвовал в Алеутской операции, проводке конвоев до Атту и Кыски, сражениях у Командорских островов и в заливе Лейте. 5 ноября 1944 года «Нати» был потоплен в Манильском заливе палубной авиацией с американских авианосцев «Лексингтон» и «Тикондерога».