W seniorskiej reprezentacji Meksyku Almaguer zadebiutował 14 marca 1991 w wygranym 3:0 meczu towarzyskim z Kanadą. Osiem lat później został powołany przez selekcjonera Manuela Lapuente na turniej Copa América, gdzie rozegrał jedno spotkanie, natomiast jego kadra odpadła w półfinale, zajmując trzecie miejsce. W 2000 roku znalazł się w składzie na Złoty Puchar CONCACAF; tam z kolei Meksykanie odpadli już w ćwierćfinale, natomiast Almaguer dwukrotnie pojawiał się na boisku. Swój bilans reprezentacyjny zamknął ostatecznie na siedemnastu rozegranych meczach bez zdobytej bramki.