En 1812, lors de la campagne de Russie, le maréchal Mortier reçoit le commandement de la Jeune Garde impériale. L'Empereur le nomme gouverneur du Kremlin et lui donne, au moment de la retraite, la terrible mission de le faire sauter. Poursuivi par des forces supérieures, le duc de Trévise est attaqué lors de la bataille de la Bérézina et partage avec le maréchal Ney l'honneur de sauver les débris de la Grande Armée. C'est lui qui réorganise, à Francfort-sur-le-Main, la Jeune Garde dont il a le commandement pendant la campagne de 1813. Il combat à Lützen, à Bautzen, à Dresde, à Wachau, à Leipzig et à Hanau. Pendant la campagne de 1814, le maréchal duc de Trévise prend une part active à toutes les actions qui signalent cette campagne désespérée. Dans la défense de Paris, il est chargé de soutenir le choc de l'armée alliée dans la plaine Saint-Denis. Parvenu au pied de l'enceinte de cette capitale, l'empereur de Russie envoie à Mortier le comte Orlov, son aide de camp, pour le sommer de mettre bas les armes ; le maréchal répond  : « Les alliés, pour être au pied de la butte Montmartre, ne sont pas pour cela maîtres de Paris. L'armée s'ensevelirait sous ses ruines plutôt que de souscrire à une capitulation honteuse ; et quand elle ne pourra plus se défendre, elle sait comment et par où effectuer sa retraite devant et malgré l'ennemi ».