Er wechselte die Seiten und schloss sich den Forces françaises libres an. Am 25. Juni 1943 wurde er Colonel. Die nächste Station war im Mai 1944 Korsika, wo er das Kommando über ein Regiment der 9e division d’infanterie coloniale (9. Kolonialinfanteriedivision) erhielt und General Jean de Lattre de Tassigny kennenlernte. Im August 1944 nahm er an der Landung in Südfrankreich teil und war an schweren Kämpfen um Toulon beteiligt. Der weitere Kriegsverlauf führte Salan im Herbst und Winter 1944 ins Elsass, am 25. Dezember 1944 wurde er Général de brigade und Kommandeur der Division. Es folgten weitere Auszeichnungen, darunter die Ernennung zum Kommandeur der Ehrenlegion. In Mülhausen fand am 10. Februar 1945 die erste Begegnung mit Charles de Gaulle statt. Das Kriegsende erlebte Salan in Donaueschingen.