L'année 2009 constitue sa première saison sur le circuit de l'IAAF. En mars, Adam Kszczot se classe quatrième des Championnats d'Europe en salle de Turin avec le temps de 1 min 49 s 52, échouant à seulement deux dixièmes de secondes du podium. Durant l'été, le Polonais remporte son premier titre national et établit la meilleure performance de sa carrière sur 800 mètres avec le temps d'1 min 45 s 72 lors du meeting d'Ostrava. Quelques jours plus tard, à Kaunas, il devient champion d'Europe espoir en 1 min 45 s 81, devant son compatriote Marcin Lewandowski. Sélectionné pour les Championnats du monde de Berlin, Adam Kszczot est éliminé au stade des demi-finales en 1 min 46 s 33.