למשטר וישי היו סמכויות מסוימות גם באזור הכיבוש הגרמני בצפון צרפת, אך החוקים שחוקק יושמו רק אם לא סתרו את החקיקה הגרמנית. עיקר כוחו של המשטר היה ב"אזור החופשי", שבו שכנה גם העיר וישי ששימשה כמרכזו האדמיניסטרטיבי של המשטר. הסדר זה נמשך עד מבצע לפיד, נחיתת בעלות הברית בחופי צפון אפריקה, ב-8 בנובמבר 1942, שבעקבותיו הורה היטלר על כיבוש האזור החופשי. לאחר כיבוש זה, שכונה "מבצע אנטון", הוחל הכיבוש הגרמני על כל חלקיה של צרפת, פרט לרצועה צרפתית באזור האלפים שבה שלטה איטליה הפשיסטית עד ספטמבר 1943.