Pada zaman silam, Pulau Biak termasuk wilayah kekuasaan Kesultanan Tidore yang membaginya menjadi 9 distrik (uli siwa). Pada Perang Dunia II, lapangan terbang strategis milik Pasukan Imperial Jepang berada di sana sebagai pangkalan komando pada Perang Pasifik. Tentara Amerika Serikat kemudian menguasai pulau itu. Pada 29 Mei 1944, pertempuran antartank terjadi di Biak.