Pendant ce temps, la Tunisie est le théâtre d'importantes opérations militaires connues sous le nom de campagne de Tunisie : des troupes allemandes prennent position dans le pays dès le lancement de l'Opération Torch (débarquement des Alliés en Afrique du Nord) le . L'Afrika Korps du général Rommel se replie depuis la Libye derrière la ligne Mareth. À son retour à Tunis, le , Bourguiba s'assure que son message soit transmis à toute la population et à ses militants. Après plusieurs mois de combats et une contre-offensive blindée allemande dans la région de Kasserine et Sbeïtla au début de l'année 1943, les troupes du Troisième Reich sont contraintes de capituler le 11 mai dans le cap Bon, quatre jours après l'arrivée des forces alliées à Tunis. Bourguiba se voit remis en liberté par les Forces françaises libres le 23 juin. Le , Bourguiba s'achemine clandestinement vers l'Égypte, et le l'Union générale tunisienne du travail (UGTT) est fondée par Farhat Hached. Ce syndicat compte, durant cette période, adhérents, et il joue un rôle considérable dans le mouvement national car sa naissance dote le Néo-Destour d'un allié dans la lutte pour la libération et la construction du nouvel État, même si les tentatives visant à le mettre au pas débutent dès les premiers mois de l'indépendance, entravant du même coup le développement d'un contre-pouvoir.