Miután Etxeberria gólkirály lett az 1995-ös junior vb-n, fölkerült a felnőtt válogatottba, ahol eddigi 53 mérkőzésén 12 gólt szerzett. A nagy világesemények közül az 1998-as vb-n, valamint a 2000-es és a 2004-es Eb-n is játszott.