Im weiteren Verlauf des Zweiten Weltkriegs, nachdem die deutsche Wehrmacht im Balkanfeldzug (1941) Jugoslawien und Griechenland besetzt hatte, wurden der größte Teil des Kosovos sowie Gebiete in Westmazedonien und Montenegro mit albanischer Bevölkerungsmehrheit mit Albanien als italienische Besatzungszone vereint. Albanien, seit 1939 von Italien besetzt, wurde dadurch von 28.748 auf 42.469 Quadratkilometer erweitert und die Bevölkerung stieg von 1.122.000 auf 1.756.000 Personen. Unter deutscher Herrschaft (1943–1944) erlangte Albanien wieder seine Unabhängigkeit. Die siegreichen kommunistischen Partisanen unter Enver Hoxha, die stark mit jugoslawischen Kommunisten zusammengearbeitet und sich verbündet hatten, stellten keine Ansprüche auf Gebiete außerhalb der alten Grenzen, als sie 1944 die Sozialistische Volksrepublik Albanien ausriefen. Entsprechende Vereinbarungen waren bereits im Sommer 1943 im Abkommen von Mukja vereinbart worden. Monate später wurde den Albanern in Jugoslawien für die Nachkriegszeit eine gewisse Selbstbestimmung zugesichert, die aber nicht umgesetzt wurde. Die erneute Eingliederung Kosovos in Jugoslawien erfolgte mit Waffengewalt.