През 484 г. пр. Хр. Ксантип е изгонен от Атина посредством остракизъм (съхранен е чиреп с неговото име), но с нахлуването на Ксеркс през 480 г. пр. Хр. е върнат предосрочно и незабавно е избран за стратег. В това си качество, на следващата година е изпратен начело на силен флот към бреговете на малоазийска Йония и командва атинския флот в сраженето (479 пр.н.е.) при нос Микале. В резултат на извоюваната от гърците победа по-голяма част от областта е освободена от персийска власт.