Židé byli v nerovnoprávném postavení tolerované menšiny, do značné míry závislé na přízni panovníka. Situace tak kolísala od relativní prosperity (období Rudolfa II.), až po vyhnání Židů ze země za Marie Terezie a pogromy ve středověku. Postavení Židů se začalo zlepšovat až v době osvícenství za Josefa II., v 19. století došlo k jejich zrovnoprávnění a začalo docházet k částečné asimilaci s většinovým obyvatelstvem. Během nacistické okupace za druhé světové války došlo k tragédii holocaustu, kterou nepřežilo na 80 tisíc českých, moravských a slezských Židů. Ty připomíná Památník obětí šoa. Židovskou menšinu, které nebyl nakloněn ani komunistický režim, tak po obnovení demokracie tvoří jen zlomek původního počtu.