Хопкинс был выбран и во Второй Континентальный конгресс, который собрался 10 мая 1775 года после апрельских сражений при Лексингтоне и Конкорде. В начале большая часть представителей колоний также как и на Первом Континентальном конгрессе не хотели конфликта и отделения от метрополии, однако после усугубления отношений с Великобританией конгресс в июле 1776 года принял Декларацию независимости США. В декабре 1775 года Хопкинс состоял в комитете, ответственном за обеспечение колоний военно-морским вооружением. Его знания, приобретенные во время занятия кораблестроением, стали полезными при создании Континентального флота. Работая в комитете, Хопкинс сыграл важную роль в разработке морского законодательства. Первая американская морская эскадра вышла в открытое море 18 февраля 1776 года. Стивен использовал своё влияние для того, чтобы командующим флотом был назначен его брат .