את שירותה הפעיל בצי החלה "פילדלפיה" ב־5 באפריל 1800. האונייה מפורסמת בעיקר בשל גורלה המיוחד: ב-31 באוקטובר 1803, במהלך המלחמה הברברית הראשונה, עלתה על שרטון ליד נמל טריפולי (לוב) ונפלה עם כל אנשי צוותה לידי האויב. חודשים אחדים אחר כך, כשנסתבר כי אין כל אפשרות לחלץ את האונייה משבייה, היא הועלתה באש והושמדה בפעולה נועזת על ידי צוות הספינה "אנטרפרייז" בפיקודו של לוטננט סטיבן דִּיקֵייטֶר.