Zur Judenverfolgung schwieg er nach 1935, obwohl er von einzelnen aus der Kirche aufgefordert wurde, zur "Judenfrage" Stellung zu nehmen und die Verfolgung von Juden zu verurteilen. So wandte sich der ehemalige Synodalpräsident Wilhelm Freiherr von Pechmann mehrmals an Meiser, um Stellung zu beziehen, zuletzt nach den Pogromen im November 1938. Meiser war der Ansicht, dass öffentlicher Protest Juden und auch der eigenen Kirche gleichermaßen erheblichen Schaden bereiten würde und ein stiller, direkt an die Führung gerichteter Protest wirksamer war.