Libyan sisällissodan alettua vuonna 2011 Haftar palasi Libyaan ja hänestä tuli merkittävä kapinalliskomentaja maan itäosassa. Gaddafin kukistuttua Haftar jäi sivuun maan poliittisesta kehityksestä aina helmikuuhun 2014 saakka, jolloin hän piti televisioidun puheen kannustaen libyalaisia nousemaan vaaleilla valittua yleistä kansalliskongressia vastaan. Puheen pitohetkellä monet kaupungit ja mukaan lukien Bengasi olivat al-Qaedaan yhdistetyn Ansar al-Sharian ja muiden islamistiryhmien hallussa. Puhe sai kaikua etenkin Bengasissa, jossa oltiin pettyneitä yleisen kansalliskongressin kyvyttömyyteen toimia islamisteja vastaan. Kuitenkin monilla muilla Libyan alueilla Hatariin suhtaudutaan epäillen, johtuen hänen aikaisemmista yhteyksistään Gaddafiin ja Yhdysvaltoihin.