In etlichen Versen seiner Ehefrau Anna finden sich Vorahnungen und Ängste vor der Zukunft; dennoch unternahmen sie während der Zeit des Nationalsozialismus keinen Versuch zur Emigration. Nach der Machtergreifung musste er als Jude 1933 seine Berufstätigkeit samt allen Mandaten und Funktionen aufgeben. Durch diesen schnellen Verzicht blieb Heinemann zunächst unbehelligter durch die Nationalsozialisten als seine rund 20 jüdischen Essener Amtskollegen. Die Anwaltskanzlei wurde durch seine Mitarbeiter, den getauften Neffen "Dr. Aschaffenburg" und den nicht-jüdischen "Dr. Witte" bis 1938 weitergeführt. Das Notariat war ihnen jedoch bereits im September 1935 entzogen worden. In der Nacht der Novemberpogrome vom 9. auf den 10. November 1938 wurde die gesamte Einrichtung in ihrem gemeinsamen Wohnhaus am Haumannplatz verwüstet und in Brand gesteckt sowie seine auf 40.000 Reichsmark geschätzte Kunstsammlung zerstört. Eine der beiden ehemaligen Hausdamen brachte das Ehepaar außerhalb Essens unter. Wenig später, am 14. November des Jahres, kam das Paar an den Haumannplatz zurück und beging hier Suizid. Salomon Heinemann starb vier Tage später, also auch vier Tage nach seiner Frau, im Krankenhaus Huyssensstift an den Folgen einer Leuchtgasvergiftung.