Nel 1992 Jara fu convocato nella Nazionale olimpica, venendo incluso dal CT uruguaiano Markarián nella lista dei 20. Debuttò a Barcellona contro la , disputando poi gli incontri con , e . Il 10 giugno 1993 fece il suo esordio in Nazionale maggiore, Selezionato per la Copa América 1993, scese in campo per la prima volta il 24 giugno contro il a Cuenca, sostituendo Sotelo al 75º. Durante la Copa América 1995 fu altresì impiegato con maggiore continuità, risultando spesso tra i titolari. Nell'edizione 1997 fu utilizzato sporadicamente come sostituto, entrando a gara in corso con , e .