Im Siebenjährigen Krieg vermietete der Fürstbischof die beiden Regimenter Rot-Würzburg und Blau-Würzburg an den Kaiser. Die Infanterieregimenter „Roth-Würzburg“ stand bei dem Kaiserlichen Heer, „Blau-Würzburg“ bei der Reichsarmee. Der hochfürstlich Würzburger Generalfeldwachtmeister Maximilian Wilhelm Siegmund von Stetten führte beide Regimenter im Siebenjährigen Krieg. Das Blaue-Würzburger Regiment nahm an der Schlacht bei Roßbach teil und konnte die Linien halten und geordnet den Rückzug antreten, bei einem Verlust von 32 Toten und 259 Vermissten. Das Heer umfasste 1789 knapp 3000 Mann starke Linientruppen. Bedingt durch die Neuordnung Europas und Deutschlands wurde das Fürstbistum 1803 erstmals dem Kurfürstentum Bayern zugeschlagen. Es folgte eine kurze Phase als säkularisiertes Großherzogtum Würzburg innerhalb des Rheinbundes und der erneuten Aufstellung landeseigener Truppen als Großherzoglich-württembergische Armee. Wie alle anderen Rheinbundstaaten hatte auch Würzburg ein Bundeskontingent zu stellen. Im Rahmen der Allianz mit Napoleon folgten kriegerische Einsätze im Vierten Koalitionskrieg. 1809 marschierte das Hausregiment nach Spanien, wo es besonders bei der Belagerung von Gerona bedeutende Verluste erlitt. Ebenso forderten Kämpfe in Katalonien so schwere Verluste bei den Mannschaften, dass nur ein Bataillon von einstmals zweien übrig blieb. Dieses Bataillon blieb in Spanien bis es 1813 nach der Völkerschlacht bei Leipzig gleichsam mit den Truppen der anderen Rheinbundstaaten entwaffnet wurde. Für den Russlandfeldzug stellte Würzburg ein drei Bataillone starkes Regiment. Die Reste des 2. und 3. Bataillons kehrten aus Russland zurück und wurden für den Frühjahrsfeldzug 1813 erneut aufgestellt. Die Bataillone kämpften bei Großgörschen, Bautzen, Weißenberg, Görlitz, Großbeeren, Dennewitz und Leipzig. Während des Waffenstillstands war ein fünftes Bataillon formiert worden, welches zu der Garnison von Torgau stieß.