Il comandante supremo dello SHAEF fu, durante tutta la sua storia, solo il generale statunitense Dwight David Eisenhower, designato dal presidente Roosevelt nel dicembre 1943; Eisenhower si trasferì da Algeri a Londra il 24 dicembre 1943, e nel febbraio 1944, assunse ufficialmente il ruolo di Comandante supremo dello SHAEF, alla cui testa condusse tutta la campagna sul Fronte occidentale del 1944-1945 fino alla vittoria finale nel cuore della Germania.