Scott Thorntons Cousin ist Joe Thornton, ebenfalls Eishockeyspieler in der NHL. Joe Thornton war die erste Auswahl im NHL Entry Draft 1997 und erhielt 2006 die Hart Memorial Trophy als wertvollster Spieler sowie die Art Ross Trophy als bester Scorer der NHL. Gemeinsam spielten sie von Dezember 2005 bis zum Sommer 2006 bei den San Jose Sharks.