У 1987 пішов у відставку з посади Генерального секретаря ЦК КПЧ (його змінив Мілош Якеш), проте зберіг пост Президента ЧССР. Після оксамитової революції 1989 року Гусак доручив Маріану Чалфі скласти "уряд народної згоди" й пішов у відставку. Новим президентом було призначено "дисидента" Вацлава Гавела.