Dopo l'indipendenza, il Perù ei suoi vicini si impegnarono in dispute territoriali intermittenti. Un tentativo di unire il Perù e la Bolivia fu fatto durante il periodo 1836–1839 dal presidente boliviano Andres de Santa Cruz quando nacque la Confederazione Perù-Bolivia. Una forte opposizione interna ha portato alla sua fine nella Guerra della Confederazione che si è intrecciata in un tentativo peruviano di annettere la Bolivia fatto da Agustín Gamarra che alla fine fallì e si trasformò in una lunga guerra. Tra il 1857 e il 1860 una guerra contro l'Ecuador scoppiò per i territori contesi in Amazzonia. La vittoria peruviana nella guerra ha impedito agli ecuadoriani di insediarsi nella zona.