В 1938 году окончил Военную академию РККА имени М. В. Фрунзе. С сентября 1938 года — командир 5-го тяжелого бомбардировочного авиационного полка (с начала 1939 года — 5-й скоростной бомбардировочный авиационный полк) ВВС Киевского Особого военного округа (Кировоград). Во главе полка участвовал в Походе РККА в Западную Украину в сентябре 1939 года. С февраля по март 1940 года во главе полка участвовал в советско-финской войне. Тогда полк был передан в состав 1-й легкой бомбардировочной авиабригады ВВС 7-й армии Северо-Западного фронта, за время участия в боевых действиях выполнил 402 боевых вылета на бомбардировщиках СБ. Потери полка составили 3 бомбардировщика с экипажами, все — от огня зенитной артиллерии. За умелое командование полком на этой войне и лично произведённые 14 боевых вылетов командир полка майор Ф. П. Котляр был награждён своим первым орденом — Красной Звезды. В июне—июле 1940 года полк находился в боевой готовности на случай боевых действий при вводе советских войск в Бессарабию и Северную Буковину, но до боевых вылетов дело не дошло. В второй половине 1940 года полк был переброшен на аэродром в Аккермане и начал переобучение на бомбардировщики Пе-2. Член ВКП(б) с 1938 года.