Po porážce v bitvě na řece Jarmúku v roce 636 ztratili Byzantinci kontrolu nad Sýrií a bylo jen otázkou času, kdy se arabští dobyvatelé rozhodnou šířit svoji novou víru dále na západ. V prosinci 639 postoupilo vojsko 4000 Arabů, vedených Amr ibn al-Asem a vyslaných chalífem Umarem, z Palestiny do Egypta. Arabské vojsko si rychle podrobilo deltu Nilu. Císařská posádka však ustoupila za hradby měst, kde se dokázala úspěšně bránit déle než jeden rok. Arabové ale vypravili do Egypta posily a v dubnu 641 padla Alexandrie do jejich rukou. Většina egyptských křesťanů své nové vládce uvítala. Nástup nového režimu pro ně znamenal konec náboženských perzekucí a tvrdého daňového útisku ze strany Byzantinců. Císař Konstans II. sice vyslal do Egypta ohromnou flotilu s cílem dobýt jej zpět, přičemž se Byzantincům v roce 645 dokonce podařilo dobýt Alexandrii. Avšak již v následujícím roce muslimové město znovu opanovali, čímž úspěšně završili své podmanění Egypta. Téměř 1000 let trvající etapa řecko-římské vlády v Egyptě skončila.