Irak i Jordania w latach 80. XX wieku wspólnie podjęły działania na rzecz zdestabilizowania sytuacji wewnętrznej w Syrii, popierając fundamentalistyczne organizacje sunnickie, przede wszystkim syryjskie struktury Braci Muzułmańskich. Na terenie Jordanii szkolono islamskich bojowników, którzy mieli dokonywać ataków w Syrii. W odpowiedzi w Damaszku przygotowywano zamachy na aktywistów Bractwa w Jordanii. W 1980 Syria i Jordania postawiły swoje wojska w stan gotowości bojowej, ostatecznie jednak nie doszło do otwartej konfrontacji. Dwa lata później do Jordanii emigrowała znaczna grupa działaczy organizacji fundamentalistycznych, uczestników nieudanego powstania antyrządowego w Syrii. Widząc jego stłumienie, Jordania wycofała się z tego typu działań przeciwko rządom al-Asada. W 1985 doszło do czasowej poprawy stosunków obu krajów, gdyż król Husajn przeprosił rząd Syrii za udzielanie pomocy Braciom Muzułmańskim w Syrii. Podczas wojny iracko-irańskiej Jordania i Syria popierały różne strony konfliktu - odpowiednio Irak i Iran. Jordania wsparła Irak również podczas agresji na Kuwejt. Syria natomiast, widząc, że jej wieloletni sojusz z ZSRR traci całkowicie na znaczeniu, podjęła decyzję o dołączeniu do kierowanej przez USA koalicji antyirackiej w wojnie w Zatoce Perskiej.