Bei den pakistanischen Parlamentswahlen Ende 1970, den ersten landesweiten demokratischen Wahlen überhaupt, gewann die JI zusammen mit zwei anderen islamischen Parteien insgesamt nur 18 von 300 Sitzen, davon alle in Westpakistan. Als 1971 im bengalischen Ostteil Pakistans eine säkulare Bewegung für die Loslösung vom Westteil eintrat, stellte sich Ghulām Aʿẓam, der Chef des ost-bengalischen Flügels der Organisation, auf die Seite der Zentralregierung und half bei der Organisation paramilitärischer Verbände, der sogenannten Badr-Brigaden. Sie nahmen, nachdem Ost-Pakistan im Dezember 1971 unter dem Namen Bangladesch die Unabhängigkeit erlangt hatte, beim Völkermord an den Bengalen an der gezielten Ermordung bengalischer Intellektueller teil.