Op 26 juli 1940 volgde hij Marcel Peyrouton, die minister in de Vichy-regering werd, op als minister-resident van Tunesië. Hij was nog steeds in functie toen Operatie Toorts in november 1942 van start ging. Zo begon een reeks van vertragingen die eindigde met een volledige samenwerking met de Duitsers en Italianen. Op 9 november 1942 protesteerde Esteva tegen de komst van de Luftwaffe op het vliegveld van Tunis. Maar doordat hij trouw was aan Philippe Pétain en door instructies van Pierre Laval veranderde Esteva van standpunt. Hij stelde de Duitse piloten de Franse bases op Tunesisch grondgebied ter beschikking evenals brandstofvoorraden.