Giocò la sua prima partita nel 1993, dopo lo scioglimento della Repubblica Socialista Federale di Jugoslavia. In precedenza i giocatori macedoni giocavano per la nazionale iugoslava. Non ha mai partecipato alla fase finale del campionato del mondo, mentre conta una partecipazione alla fase finale del campionato europeo, nell'edizione del 2020, dove è uscita al primo turno, concludendo la competizione con tre sconfitte in altrettante partite. Le partite in casa sono abitualmente giocate all'Arena nazionale Toše Proeski di Skopje.