Ende April 2004 musste sich der Stürmer einer Knie-Operation unterziehen und wurde auf Grund dieser Verletzung nicht für die EM-Endrunde 2004 in Portugal berücksichtigt. 2006 wurde Inzaghi Weltmeister. Bei seinem einzigen Einsatz, im Gruppenspiel gegen Tschechien, erzielte er den Treffer zum Endstand von 2:0.