През 1800 г. Макдоналд получава командването на армията в Хелветската република, поддържаща комуникациите между армиите в Германия и тези в Италия. Изпълнява задълженията си старателно и през зимата на 1800/1801 г. му е наредено да прекоси прохода Сплюген, начело на армията на Граубюнден. Начинанието е описано от Матийо Дюма, неговият началник-щаб, като толкова забележително, колкото и пресичането на прохода Сан Бернар от Наполеон преди битката при Маренго, макар че Макдоналд не води битка. След завръщането си в Париж, се жени за вдовицата на генерал Жубер и е назначен за посланик на Франция в Дания. След завръщането си през 1805 г., Макдоналд е свързван със заговора на Моро и по този начин си навлича неприязънта на Наполеон, който не го включва в списъка при първото произвеждане на маршали.