En el contexto de la Segunda Guerra Mundial, Arrese también destacó como uno de los principales partidarios de la Alemania nazi. Mantuvo contacto regular con Hans Thomsen —el jefe del Partido nazi en España— y con Erich Gardemann —el consejero de la embajada alemana en Madrid—, convenciéndoles de que la caída de Serrano Suñer supondría implícitamente una mayor cooperación entre la España franquista y la Alemania nazi. Para finales de 1942 ya formaba parte del grupo de políticos y militares que presionaba a Franco para que España entrase en la guerra del lado de Hitler. Cuando en noviembre de ese año se produjo el desembarco aliado en el norte de África, Arrese fue uno de los ministros —junto a José Antonio Girón de Velasco y Carlos Asensio— que manifestaron que aquel era el momento para que España entrase en guerra. Esto provocó un fuerte debate en el seno del gobierno franquista y, a pesar de las fuertes disensiones internas que se produjeron, finalmente no se produjo ninguna entrada en guerra.