Baldivieso maakte op 14 juni 1991 zijn debuut in het Boliviaans voetbalelftal, in een oefeninterland tegen Paraguay in Santa Cruz de la Sierra, net als verdediger Eduardo Jiguchi, middenvelder José Luis Medrano en aanvallers Juan Berthy Suárez en Modesto Molina. Hij speelde in totaal 85 interlands, waarin hij vijftien keer scoorde. Hij speelde zijn laatste interland op 12 oktober 2005; een WK-kwalificatiewedstrijd tegen Peru in Tacna. Baldivieso nam met zijn vaderland deel aan het WK voetbal 1994 in de Verenigde Staten, waar de ploeg niet verder kwam dan de eerste ronde. Hij maakte tevens deel uit van de selectie die in 1997 als tweede eindigde in de strijd om de Copa América in eigen land.