Après avoir joué en junior avec les Krefeld Pinguine, Christian Ehrhoff signe à l'âge de dix-sept ans un contrat avec le club en 1999. Il apparaît dans neuf rencontres des Pinguine en ' (souvent désigné par le sigle DEL), l'élite du hockey en Allemagne, passant l'essentiel de la saison avec l'EV Duisburg de l", le troisième échelon national, auquel il est prêté. Durant le cours de la saison, il s'entraîne le matin avec Krefeld et le soir avec Duisbourg. Il finit sa première année professionnelle avec quinze points en quarante-et-une partie avec Duisbourg et un but avec Krefeld. La saison suivante, il rejoint les Pinguine à plein temps et inscrit quatorze points en cinquante-huit matchs, auxquels s'ajoutent trois marqués en six parties jouées avec Duisbourg. Durant l'été qui suit, Ehrhoff est sélectionné en quatrième ronde du repêchage d'entrée 2001 dans la LNH — cent-sixième choix au total — par les Sharks de San José. Un des trois joueurs allemands retenus par les Sharks au cours du repêchage, il se dit heureux d'être choisi par cette franchise, celle-ci comptant alors dans son effectif un autre joueur allemand, Marco Sturm.