I juni 1918 gick Antikainen med i Röda armén. På hösten närvarade han på Finlands kommunistiska partis (SKP:s) grundande möte. Antikainen var bland de första att ta examen vid Petrograds internationella krigsskolas officerskurs på våren 1919. Antikainen skickades direkt till fronten och han deltog i många slag i ryska inbördeskriget. Antikainen gick även krigsskolans fortsättningskurs och arbetade senare som lärare på skolan. Antikainen sympatiserade från början en gruppering inom SKP som kallades för "mordoppositionen". Efter de så kallade morden på Kuusinens klubb var han med och arresterade just detta gäng. Antikainen deltog också i krossandet av Kronstadt-upproret.