Avec l'équipe du Pérou, Germán Pinillos joue 14 matchs (pour 2 buts inscrits) entre 1992 et 2000. Il figure dans le groupe des sélectionnés lors de la Copa América de 1995. Il participe également à la Gold Cup de 2000, où son équipe atteint les demi-finales (éliminée par la Colombie).