Clark sai kostettua seuraavana vuonna, jolloin hän voitti ensimmäisen mestaruutensa 25:llä. Hän voitti seitsemän kilpailua: Belgian, Ranskan, Hollannin, Britannian, Italian, Etelä-Afrikan ja Meksikon GP:t. Lotus voitti myös ensimmäisen valmistajien mestaruutensa. Kaudella Clark voitti 25:llä kolme kilpailua. Kauden päätöskilpailussa Meksikossa, aivan kuten kaudella 1962, Climaxin moottori sai öljyvuodon, ja Clark keskeytti viimeisellä kierroksella, näköetäisyydellä MM-tittelistä, joka meni John Surteesille.