Det oscarianska samhället var i stor utsträckning orienterat mot Berlin och de franska influenserna förbleknade. Från att ha använt impressionisternas korta streck gick han över till expressionistisk kraftigt snirklande linjeföring som Gude använde i sin ateljé. Sillén var den förste svenske marinmålare som ägnade sig åt att skildra moderna pansarfartyg. Övergången från segelfartyg till ångfartyg fick en betydelse även i konsten och den tekniska omställningen skiljer ut en ny grupp motiv. Tillsammans med amiralen och marinmålaren Jacob Hägg ansvarade Herman af Sillén för Flottans paviljong på Stockholms allmänna konst- och industriutställning 1897. Erfarenheterna från denna gjorde att de tillsammans började planera för ett Sjökrigshistoriskt museum i Stockholm. För Silléns del blev det inte något mer i och med hans bortgång 1908. Jacob Hägg närde dock dessa planer ända till sin död. Museet blev aldrig verklighet men större delen av det tänkta innehållet kom sedan att visas på Sjöhistoriska museet, öppnat 1938. Sillén medverkade i en konstutställning i Göteborg 1891 och i samlingsutställningar arrangerade av Konstföreningen för södra Sverige samt samlingsutställningar i Berlin, München, Washington och Philadelphia. En minnesutställning med hans konst visades på Sjöhistoriska museet i Stockholm 1942 och flera av hans målningar har reproducerats i svenska och utländska tidskrifter. Han illustrerade en serie artiklar under namnet "Till sjöss med svenska flottan" för tidningen Allers Familj-Journal. Han anses vara en av Sveriges främste marinmålare. Som sådan är han känd för sin förmåga att återge vattenytan på ett trovärdigt sätt. Sillén är representerad vid Nationalmuseum, Kungliga slottet, Sjöhistoriska museet. Kejsar Vilhelm II av Tyskland förvärvade en monumental målning av flottparaden vid invigningen av Kielkanalen 1895 och rumänska drottningen förvärvade en målning som placerades på slottet i Cotroceni. Han tilldelades Litteris et artibus 1894.