תאודוסיו נולד ב-28 באפריל 1568 באלנטז'ו, לז'ואאו הראשון, דוכס ברגנסה השישי ולקתרינה, דוכסית ברגנסה, בתם של דוארטה, דוכס גימרייש הרביעי ואיזבלה מברגנסה, דוכסית גימרייש. בילדותו, תאודוסיו הובא לבית המלוכה תחת סבשטיאו, מלך פורטוגל. המלך אהב אותו מאוד ובשנת 1578 התעקש לקחת אותו לאפריקה במשלחת נגד מלך מרוקו. המערכה הצבאית הזו נכשלה. במהלך קרב אל-קסר אל-כביר, תאודוסיו נשאר לצדו של מלכו עד שהמצב נהיה מסוכן ביותר. ואז, סבסטיאן הורה למשרתים לקחת את הילד בן העשר למקום מבטחים מאחורי הקווים. תאודוסיו לא שמח להישאר בצד וברח בהזדמנות הראשונה. תאודוסיו לקח סוס ורכב לקווי החזית של הקרב, ובסופו של דבר, כמו רבים אחרים, הוא נפצע ונלקח בשבי. בפורטוגל אביו ז'ואאו הציע הון כופר על יורשו. הוא גם ביקש מפליפה השני, מלך ספרד לכתוב למלך מרוקו כדי לחסוך את חייו של תאודוסיו הצעיר. לא היה צורך בבהלה כזו. לאחר שהורשם מסיפור אומץ ליבו בקרב, מלך מרוקו נתן לילד ללכת, בבטחה וללא כופר, באוגוסט 1579.