In tussentijd was het koningschap in Frankrijk echter ingestort. Er ontstond oorlog tussen Frankrijk en Oostenrijk en de expeditie liep vertraging op. Op 1 oktober 1792 vertrok de "Jardinière" dan toch uit Málaga. Ze rondde de Kaap de Goede Hoop en zette koers naar Nieuw-Holland. Twee opeenvolgende cyclonen maakten elke natuurwetenschappelijke studie echter onmogelijk. Het schip diende voor herstellingen aan te meren in Bombay. Vervolgens vertrok de expeditie terug naar de Perzische Golf, de oostkust van Afrika en de Rode Zee waar natuurhistorische specimens van de fauna en flora werden verzameld. De expeditie kwam bruusk aan haar einde door een hevige storm in de Tafelbaai in juni 1794. Baudin overleefde en keerde, over de Verenigde staten, terug naar Frankrijk. De collectie van de "Jardinière" werd in Trinidad achtergelaten. Hij probeerde vervolgens bij de Franse marine aan de slag te gaan.