En 1940, lors de la campagne de France, il ne peut donc participer aux opérations en métropole en raison de la menace italienne sur les colonies françaises d’Afrique. De sa propre initiative, le , il entreprend une mission aérienne sur le sud libyen. Il effectue un raid sur les postes italiens de Tedjéré et de Gatroun (ou Al Qatrun), près de Mourzouk, dans le Zeila libyen ; cela lui vaut une sanction de quinze jours d’arrêts de rigueur. Le , lors de l'inspection du général Gama, nouveau commandant des forces aériennes d'AOF, Maricourt lui avoue que : "« son personnel ne peut accepter la défaite et demande à combattre, par conséquent à rallier toute formation militaire qui n'accepte pas l'armistice »". Le général est désagréablement surpris par cette révélation : il ne s'y attendait pas. Plus tard, affirmant imprudemment vouloir rejoindre le Nigéria britannique pour poursuivre la lutte, il est muté au Sénégal et reste donc encore un temps, malgré ses premières velléités, au service de l'Armée de Vichy. En 1942, il rejoint à nouveau la métropole et s’y marie. Puis, de retour en Afrique du Nord (A.F.N.), il est nommé commandant en second du groupe de bombardement (GB) de Blida. Rappelé à Thiès, au Sénégal, il prend la tête du groupe GB II/62. Après le débarquement allié de novembre 1942, il reçoit à Meknès le commandement du groupe de chasse GG I/32 et part s’entraîner avec ses pilotes sur avions américains à Telergma. Fin 1943 et début 1944, il participe, depuis une base de Sardaigne, à la campagne d’Italie avant d’appuyer le débarquement de Provence (). Lieutenant-colonel, il devient ensuite commandant de la de bombardement opérant sur B26 Marauder. Ses missions l’amènent à opérer sur le sol allemand. À la fin de la guerre, il travaille à l’État-major du Corps Tactique Aérien (CATac) de Lahr.