Después de la retirada francesa de la región de Hegovia a la Selva Negra, Nauendorf llevó su fuerza a través del Rin entre Constanza y Stein am Rhein el 22 de mayo, y se colocó en Steinegg. Después de que la columna de Friedrich Freiherr von Hotze expulsara con éxito a los franceses de Winterthur el 26 de mayo, el Archiduque Carlos ordenó a Nauendorf que asegurara el pueblo de Neftenbach, encerrando efectivamente en un semicírculo a la fuerza francesa en Zúrich . Una vez que el ejército principal austríaco se unió con su ala izquierda, al mando Nauendorf, y su extrema izquierda, al mando de Hotze, Carlos ordenó el asalto a Zúrich. El 4 de junio, Nauendorf ayudó a derrotar a la fuerza francesa en la Batalla de Zúrich, al mando del ala derecha de la Coalición; con una presión sostenida sobre la fuerza de André Massena, Massena empujó a su ejército a través del río Limago, excavó y se posicionó en las faldas de las colinas de allí, esperando el momento propicio para retomar la ciudad, lo que logró en septiembre de 1799, en la Segunda Batalla de Zúrich; Nauendorf no estuvo presente para esta acción, estando con el Archiduque Carlos en una marcha hacia el norte, hacia Mainz. En 1800, Nauendorf luchó en las batallas perdidas para los austriacos en Stockach y Engen el 3 de mayo, Messkirch el 5 de mayo y Biberach el 9 de mayo.