Posłował na sejm 1655, po czym uczestniczył w bitwie z Kozakami pod Gródkiem Jagiellońskim 20 września 1655. 16 października 1655 przeszedł na stronę Karola X Gustawa, pociągając za sobą uważającego Jana Fryderyka za autorytet w sprawach wojskowych, Jana Sobieskiego. Należał do najgorliwszych stronników szwedzkiego króla. W listopadzie 1655 został wysłany do obozu polskiego pod Brześciem Litewskim jako poseł mający skłonić zebrane wojska do poddania się. W grudniu 1655 zaciągnął dwie chorągwie kozackie. W lutym-marcu 1656 jako naczelny wódz polskiej jazdy osłaniał idące na południe główne siły Karola X Gustawa przed partyzanckimi atakami Stefana Czarnieckiego. Brał udział w bitwie pod Gołębiem. Pod koniec lutego posłował do Jana Zamoyskiego, wzywając go do poddania Zamościa królowi szwedzkiemu. Od połowy marca jeźdźcy polscy zaczęli uciekać do Stefana Czarnieckiego. Nie mogąc temu zapobiec, pod naciskiem podwładnych Jan Fryderyk 28 marca sam porzucił szwedzką służbę. Od tego czasu brał udział w dalszych bitwach w dywizji Czarnieckiego, m.in. w bitwie pod Warszawą, działaniach przeciwko Jerzemu Rakoczemu (1657), blokadzie Prus (1658-1659). Na początku 1659 pułk Jana Fryderyka został przydzielony do dywizji hetmana Stanisława Potockiego. Wiosną 1659 wraz z Janem Sobieskim fortyfikowali Lwów, a następnie do końca 1660 brali udział w walkach z wojskami moskiewsko-kozackimi podczas kampanii ukraińskiej (bitwy pod Lubarem, pod Cudnowem i pod Słobodyszczami).