Thibaudeau floh mit seinem Sohn in die Schweiz, wo er in Lausanne auf Befehl des Erzherzogs Johann von Österreich eingesperrt wurde. Danach wurde er nach Basel und Freiburg gebracht und nach einmonatiger Haft in Colmar interniert, das damals die Österreicher besetzt hielten. Er erhielt dann einen österreichischen Pass für die Reise nach Prag. 1819 durfte er nach Wien übersiedeln, ging dann nach Augsburg und 1823 nach Brüssel. Nach der Julirevolution von 1830 kehrte er nach Frankreich zurück. Nach dem Staatsstreich Napoleons III. vom 2. Dezember 1851 ernannte ihn Letzterer 1852 zum Senator und im folgenden Jahr zum Großoffizier der Ehrenlegion. Er starb am 8. März 1854 im Alter von 89 Jahren in Paris.