Napoleon painosti Haugwitzin seuraajaksi tulleen Karl August von Hardenbergin eroamaan Preussin hallituksesta huhtikuussa 1806, jolloin Haugwitz palasi aiempaan tehtäväänsä. Hänen johdollaan Preussi ryhtyi sangen huonosti valmistautuneena elokuussa 1806 uuteen sotaan Napoleonia vastaan, mutta kärsi murskatappion Jenan–Auerstädtin taistelussa lokakuussa. Haugwitz erosi uudelleen hallituksesta marraskuussa 1806, eikä enää palannut. Hän asui vuodesta 1820 Italiassa. Hänen muistelmansa julkaistiin postuumisti vuonna 1837 nimellä "Fragment de mémoires inédits du comte de Haugwitz".