Již v roce 1988 bylo zahájeno projektování modernizace hlavních tranzitních koridorů, na kterých měly být aplikovány rychlosti vyšší než do té doby obvyklých 120 km/h. Práce na projektu se protáhla mj. i díky listopadovému převratu roku 1989, po kterém byl projekt dále přepracován kvůli měnící se zahraničně-politické situaci, takže byl dokončen v roce 1993. Vznikla tak síť čtyř tzv. tranzitních železničních koridorů, vytyčených na tratích o délce 1442 km v návaznosti na panevropské dopravní koridory stanovené v první polovině 90. let. Tratě jsou státními náklady modernizovány na rychlost až 160 km/h, což navenek představuje hlavně budování protihlukových stěn, napřimujících přeložek některých úseků a přestavbu stanic, nástupišť, výstavbu mimoúrovňových křížení místo přejezdů atd. S modernizací těchto tratí se začalo v roce 1993 na I. koridoru v části mezi Prahou a Českou Třebovou. Finančně náročnější přeložky nebo zcela nové tratě (například tunelová vysokorychlostní trať Praha – Beroun nebo takzvaný pátý koridor Praha – Liberec) jsou ve fázi předběžných studií či úvah. Existují také různé plány na výstavbu nových regionálních tratí, ale zatím se žádný z těchto plánů neblíží realizaci.