Bei den anschließenden Feldzügen in Nord- und Westeuropa war sie nicht aktiv. Erst beim Balkanfeldzug wurden ihr wieder größere Verbände unterstellt. Zu Beginn des Angriffs auf Jugoslawien am 6. April 1941 bombardierten Flugzeuge der Luftflotte 4 die jugoslawische Hauptstadt Belgrad. Nach jugoslawischen Angaben kamen dabei 2271 Menschen ums Leben. 9000 Gebäude wurden zerstört oder beschädigt. Der verantwortliche Oberbefehlshaber der Luftflotte 4, Alexander Löhr, wurde dafür am 16. Februar 1947 vor dem Militärgerichtshof der Föderativen Volksrepublik Jugoslawien zum Tode verurteilt. Das Urteil wurde zehn Tage später vollstreckt.