Az 1848–49-es magyar szabadságharc idejében az emeleten sebészeti műtőt létesítettek. 1849-ben, miután a magyar honvéd sereg visszafoglalta Budát a császáriaktól, az orvosi feljegyzések szerint sok szifiliszes női beteget vettek fel, akik azonban a kórházban is folytatták „mesterségüket”. 1863-ban a kórház utcai főbejárata nagyívű új kőkeretet kapott, Gangusch István kőfaragó művét. A templom tornyába két harang került, ezeket Zehenter Antal (Anton Zehenter) mester műhelyében öntötték. A toronyórát 1864-ben Henszler János (Johannes Hensler), a templom orgonáját 1893-ban Országh Sándor készítette.