Phalasarna besaß einen geschlossenen künstlichen Kriegshafen, in der Antike "Kóthon" (hoher, bauchiger Krug) genannt, der durch einen Kanal in Richtung Westen mit dem Meer verbunden war. Er wurde in den Ausmaßen von 100 x 75 Metern aus den Küstenfelsen herausgehauen. Ein zweiter Kanal ermöglichte die Ausfahrt 100 Meter hinter der Nordseite der Akropolis. Als Befestigungsanlage besaß der Hafen vier Türme aus dem 4. Jahrhundert v. Chr., die teilweise erhalten sind. Durch ein großes Erdbeben am 21. Juli 365 n. Chr. und einer damit verbundenen Hebung der Landmasse bei Phalasarna um sechs bis neun Meter wurde das Hafenbecken trockengelegt.