Nach den Ausschreitungen im November 1938 wurde Weltlinger für zwei Monate im Konzentrationslager Sachsenhausen inhaftiert. Von März 1939 bis Februar 1942 arbeitete er bei der Jüdischen Gemeinde Berlin und war für die Verwaltung und Erhebung der Auswanderungs-, Abwanderungs- und Theresienstadt-Heimeinkaufsabgaben verantwortlich. Weltlinger und seiner Frau Margarete gelang es, beide Kinder noch vor Kriegsausbruch mit Kindertransporten nach England in Sicherheit zu bringen. 1943 tauchte das Paar vor der drohenden Deportation unter. Die mit ihnen befreundete nichtjüdische Familie Möhring versteckte sie bis zum Kriegsende in ihrer Berliner Zweieinhalbzimmerwohnung.