Für sein Heimatland stand Kubalík im Juniorenbereich bei der U18-Junioren-Weltmeisterschaft 2013 sowie der U20-Junioren-Weltmeisterschaft 2015 für die tschechischen Juniorennationalmannschaften auf dem Eis. Seine ersten Einsätze überhaupt hatte der Stürmer bereits in der Saison 2010/11 in der U16-Landesauswahl absolviert. Im Rahmen der beiden Weltmeisterschaftsturniere kam Kubalík zu zehn Einsätzen, in denen er sechsmal punktete. Seinen einzigen Treffer erzielte er dabei für die tschechische U20-Nationalmannschaft.