Haeckel wurde nach seiner Referendarzeit in Breslau dann Stadtsyndikus in Landeshut. Nach Napoleon Bonapartes Feldzug gegen Preußen engagierte er sich heimlich im Widerstand gegen die Franzosen. 1808 wurde er Mitglied im Tugendbund. 1809 wurde er in Landeshut Direktor des Stadtgerichts. Von 1811 bis 1815 war er als Kommissar für die Säkularisation des Klosters Grüssau beauftragt. Mit Beginn der Befreiungskriege trat er 1813 dem Lützowschen Freikorps bei. Kurz darauf erfolgte die Abkommandierung als Ordonnanzoffizier in den Stab der von Gebhard Leberecht von Blücher geführten Schlesischen Armee.