Με την έναρξη του Πολέμου το Σύνταγμα του Στάουφενμπεργκ έλαβε μέρος στην εκστρατεία της Πολωνίας το 1939. Εκεί ο Κλάους, ενώ αρχικά είχε εκφραστεί υπέρ της εκστρατείας και του αποικισμού της Πολωνίας από τη Γερμανία, είδε να διαπράττονται ωμότητες από ορισμένες γερμανικές μονάδες και, φυσικά, από τα SS. Αυτό κλόνισε ακόμη περισσότερο τις πεποιθήσεις που είχε αρχικά σχηματίσει σχετικά με τα εθνικοσοσιαλιστικά ιδεώδη, τα οποία τον έβρισκαν σύμφωνο μόνον ως προς τις εθνικιστικές απόψεις τους. Είχε, όμως, έντονες διαφωνίες και ως προς τα υπόλοιπα σημεία τους και ως προς την πρακτική εφαρμογή τους, την οποία είχε αρχίσει να διαπιστώνει ήδη από το 1938, όταν έγινε σαφέστατα αντιληπτό από ολόκληρο τον Γερμανικό λαό η ρατσιστική πολιτική του καθεστώτος, με αποκορύφωμα την Νύχτα των Κρυστάλλων. Ωστόσο, ως στρατιώτης, συνέχισε την άψογη εκτέλεση των καθηκόντων του.