Sáez hadde langt større hell med aldersbestemte landslag. Han vant U21-VM med Spania i 1998, og fikk ansvaret i 1997 for U20-landslaget, som han vant U20-VM med i 1999. I 2002 ble Sáez utnevnt til A-lagstrener etter José Antonio Camacho. Som landslagstrener var han ikke like dyktig, og hans eneste mesterskap var EM i fotball 2004 i Portugal, der Spania røk ut i kvartfinalen uten å gjøre inntrykk. Sáez ble erstattet av Luis Aragonés og gikk tilbake til å trene aldersbestemte lag igjen.