25 เมษายน 2016 ซีนาเปิดเผยผ่านทวิตเตอร์ของตนเองว่ามีกำหนดการจะกลับคืนสู่สังเวียน WWE ในรายการรอว์ 30 พฤษภาคม (วันทหารผ่านศึก) ในรอว์ 30 พฤษภาคม ซีนาได้ออกมาทักทายแฟนๆ ก่อนที่เอเจ สไตส์ออกมาเพื่อกล่าวต้อนรับซีนา แกลโลส์และแอนเดอร์สันออกมาจะหาเรื่อง แต่ซีนาก็ถูกเอเจหักหลัง ในมันนีอินเดอะแบงก์ (2016)ซีนาได้มีแมตช์กับเอเจ ผลปรากฏว่าเดอะคลับออกมาเล่นงานซีนาจนแพ้ ในสแมคดาวน์ 19 กรกฎาคม ซีนาได้ถูกดราฟท์ไปอยู่สแมคดาวน์จากการเลือกของเชน แม็กแมน ในแบทเทิลกราวด์ (2016) ซีนาได้ร่วมทีมกับเอ็นโซและแคสเจอกับเดอะคลับ ในแมตช์แทกทีม 6 คน และเป็นทีมซีนาที่ชนะหลังจากซีนาจับเอเจใส่ AA บนเทิร์นบักเคิลและกดนับ3 ในสแมคดาวน์ 2 สิงหาคม ซีนาและเอเจได้ประกาศท้าเจอกันอีกครั้งในซัมเมอร์สแลม (2016) โดยซีนาแพ้ให้เอเจ หลังแมตช์ซีนาถอดปลอกแขน Never Give Up ออก แล้ววางทิ้งไว้บนเวทีก่อนจะเดินกลับไป หลังจากเอเจได้แชมป์ WWE จากดีน แอมโบรสในแบ็กแลช (2016) 2 วันต่อมาในสแมคดาวน์ 13 กันยายน ซีนาได้ออกมาขอท้าชิงแชมป์กับเอเจและแอมโบรสในแมตช์สามเส้าในโนเมอร์ซี (2016) แต่ไม่สามารถคว้าแชมป์สมัยที่16มาได้ ในสแมคดาวน์ส่งท้ายปี 27 ธันวาคม ซีนาได้กลับมาและประกาศท้าชิงแชมป์ WWE กับผู้ชนะในแมตช์ชิงแชมป์คืนนั้น โดยเป็นเอเจ สไตส์ที่ป้องกันแชมป์ไว้ได้ ทำให้ซีนาได้ชิงแชมป์กับเอเจ ในรอยัลรัมเบิล (2017) ซีนาสามารถคว้าแชมป์จากเอเจได้เป็นสมัยที่16 ทำให้สถิติแชมป์โลกเทียบเท่าของริก แฟลร์ ก่อนเสียแชมป์ให้เบรย์ ไวแอ็ตต์ในอิลิมิเนชั่น แชมเบอร์ (2017)หลังจากครองได้แค่ 2 สัปดาห์ ในเรสเซิลเมเนีย ครั้งที่ 33ได้จับคู่กับแฟนสาวของเขา นิกกี เบลลาเอาชนะเดอะมิซและมารีสไปได้ หลังแมตช์ซีนาได้ขอนิกกีแต่งงาน