Iwobi olisi voinut edustaa aikuisten maajoukkuetasolla synnyinmaansa sijaan myös Englantia, jossa hän on asunut pitkään. Hän edustikin Englantia alle 17- ja alle 18-vuotiaissa. Nigerian jalkapallomaajoukkueessa Iwobi teki debyyttinsä lokakuussa 2015 ystävyysottelussa Kongon demokraattista tasavaltaa vastaan. Ensimmäisen Afrikan-mestaruuskilpailujen karsintaottelunsa hän pelasi Egyptiä vastaan maaliskuussa 2016. Ensimmäisen maaottelumaalinsa hän teki MM-karsintaottelussa Sambiaa vastaan lokakuussa 2016. Hän pelasi Nigerian kaikissa kolmessa ottelussa MM-kilpailuissa 2018, kahdessa jälkimmäisessä pelissä tosin vain minuutin kummassakin. Afrikan-mestaruuskilpailuissa 2019 hän pelasi pronssia saaneen Nigerian kaikki seitsemän ottelua, ja teki yhden maalin.