Wkrótce potem, podczas wymiany jeńców, Humbert został zwolniony przez Brytyjczyków, co umożliwiło mu powrót do Francji. Mianowano go dowódcą kolejno w: Armii Moguncji, Armii Dunaju i Armii Helweckiej. W szeregach tej ostatniej wziął udział w 2-iej bitwie pod Zurychem. Następnie z polecenia Napoleona Bonaparte wyruszył w podróż na Saint-Domingue, gdzie uczestniczył w kilku kampaniach. Karaibska wyprawa Humberta dobiegła końca wraz z oskarżeniem go o grabieże przez generała Bruneta. W październiku 1802 roku odesłano go Francji na polecenie generała Leclerca. Była to kara za “"krętactwa, współpracę z przywódcami tubylców oraz hersztami band"”. Jako gorliwy republikanin Humbert wyrażał swoją dezaprobatę dla imperialnych aspiracji Napoleona. Doprowadziło to do jego dymisji w roku 1803, po której osiadł w Morbihan w Bretanii.