Балаков је играо 92 утакмице и постигао 16 голова за Бугарску. У репрезентацији је играо између 1988. и 2003. године. Балаков је био један од кључних играча на Светском првенству 1994. где је Бугарска изборила полуфинале. Осим на Светском првенству 1994. године, играо је за своју земљу и на Европском првенству 1996. и Светском првенству 1998. године. У 37. години играо је у квалификацијама за Европском првенство 2004. да би помогао саиграчима да се квалификују, али се повукао из фудбала пре завршне фазе у Португалу.