14. augusta 1989 ho uväznili a obvinili z z trestného činu poburovania a z „nepriateľstva k socialistickému spoločenskému a štátnemu zriadeniu“. Žaloba spočívala v týchto troch bodov: z vydávania Bratislavských listov, z prípravy kladenia vencov a kvetov obetiam sovietskej okupácie z roku 1968 a z prednesenia požiadavky slobodných volieb v júni 1989 na zhromaždení v Predmieri pri Žiline. V novembri 1989 sa konal súdny proces, na základe ktorého bol oslobodený. Prepustený bol však až po udelení amnestie od prezidenta Gustáva Husáka 25. novembra až v období prebiehajúcej nežnej revolúcie. (Približne 15 000 ľudí 22. novembra 1989 demonštrovalo pred Justičným palácom v Bratislave za jeho prepustenie).