Kaupunki elpyi vasta 1400-luvun jälkeen, kun kristittyjen vallattua al-Andalusin Pohjois-Afrikkaan alkoi virrata pakolaisia. Osa heistä muutti lopulta Dernaan. Andalusilaisia siirtolaisia mainitaan historiallisissa lähteissä Dernassa 1600-luvulta lähtien. Samoissa lähteissä mainitaan kaupungin olleen raunioina ennen uusien siirtolaisten saapumista. Kaupungin mainitaan autioituneen jälleen kerran Tripolin dey Uthmanin hyökkäyksessä 1656, mutta tällä kertaa se toipui nopeasti. 1600-luvun lopussa Tripolin paššan paikallinen kuvernööri Muhammed Bey vastasi paljolti kaupungin jälleenrakennuksesta ja esimerkiksi keinokasteluverkoston valmistumisesta. Tällöin rakennettiin myös kaupungin suurmoskeija. Vuonna 1805 kaupungissa käytiin Dernan taistelu Tripolia kohti marssivien amerikkalaisten retkellä Yusuf Karamanlia vastaan tämän harjoittaman merirosvouden takia. Vuonna 1816 kaupunkiin iski kulkutauti, joka huvensi sen asukasluvun 7 00:ta 500:an. Karamanlit hallitsivat Dernaa vuoteen 1835 saakka, jolloin se palautui Osmanien valtakunnan suoran hallinnon alle. Dernasta tuli Bengasin sandjakiin kuuluva "kada".