Na het winnen van de treble speelde Barcelona de Supercopa van 2015 tegen Athletic Bilbao. In de afwezigheid van Busquets verloor Barcelona de uitwedstrijd met 4-0. In de thuiswedstrijd speelde Busquets wel mee, maar ook deze wedstrijd won Barcelona niet. Barcelona won wel de UEFA Super Cup tegen Sevilla na de verlenging. Busquets gaf de assist bij de 4-1 van Suárez. Barcelona gaf de 4-1 voorsprong uit handen, maar won na de verlenging alsnog. In de afwezigheid van Messi en Iniesta droeg Busquets voor het eerst de aanvoerdersband van Barcelona op 3 oktober 2015 tegen Sevilla. Barcelona mocht ook meedoen aan het WK voor clubs in 2015. Barcelona won de halve finale tegen Guangzhou Evergrande én de finale tegen River Plate met 3-0. Busquets gaf de assist bij de 2-0 van Suárez in de finale. Busquets won met Barcelona in 2016 voor de zesde keer de Primera División. In de Champions League werd Barcelona net als in 2016 uitgeschakeld door Atletico Madrid. Busquets won voor de vierde keer de Copa del Rey nadat Barcelona in de verlenging van de finale Sevilla versloeg. Het seizoen 2016/17 was een van de weinige seizoenen dat Busquets niet kampioen werd. Barcelona werd tweede achter Real Madrid. Aan het begin van het seizoen werd wel de Supercopa gewonnen tegen Sevilla en aan het eind van het seizoen werd de finale van de Copa del Rey gewonnen tegen Deportivo Alavés. Busquets speelde in al deze wedstrijden. Busquets verloor met Barcelona de Supercopa van 2017 van Real Madrid. Barcelona werd in het seizoen 2017/18 wel kampioen van Spanje met slechts één verloren wedstrijd. In die enige verloren wedstrijd tegen Levante gaf Busquets wel een assists. Barcelona won de dubbel omdat de Copa del Rey ook werd gewonnen. In de finale werd Sevilla met 5-0 verslagen. In de Champions League werd Barcelona net als de twee seizoenen daarvoor in de kwartfinale uitgeschakeld.