Er führte im Zweiten Weltkrieg von Oktober 1940, seit Juli 1940 Generalmajor, bis Ende 1942 als Kommandeur die neu aufgestellte 125. Infanterie-Division. In dieser Position wurde er, seit Juli 1942 Generalleutnant, für die Erstürmung der Stadt Bataisk mit dem Ritterkreuz des Eisernen Kreuzes ausgezeichnet, nachdem er bereits am 5. Mai 1942 das Deutsche Kreuz in Gold erhalten hatte. Anschließend war er "Deutscher General" bei der 3. rumänischen Armee. Später im Krieg wirkte Schneckenburger von März bis Juli 1943 als Kommandierender General des XVII. Armeekorps. Mit diesem nahm er an der Donez-Mius-Offensive teil. Ende April 1943 war Schneckenburger zum General der Infanterie befördert worden.