Setelah itu, ia terlibat dalam Pertempuran Teluk Leyte sebagai bagian dari armada Ozawa. Armada tersebut bagian dari armada umpan. Pada Pertempuran Tanjung Engano pada 25-26 Oktober 1944 mereka diserang oleh TBM-1C VT-21 dan VT-51 dari dan . Akibat serangan itu tenggelam dan Isuzu menyelamatkan 480 kru yang selamat. Pada hari yang sama, juga tenggelam dan karena menyelamatkan kru dari , Isuzu terkena serangan dari armada AS. Isuzu kemudian kembali ke Okinawa dua hari kemudian. Pada tanggal 19 November 1944 ia ditorpedo oleh USS Hake dan dibawa ke Singapura untuk perbaikan darurat.