Baacke loukkaantui pahoin kaaduttuaan mäkihyppyharjoituksissa Rukalla syksyllä 2001, minkä seurauksena häneltä jouduttiin poistamaan perna sekä toinen munuainen. Baacke oli sivussa kauden 2001–2002 ja palasi kilpailemaan syksyllä 2002. Val di Fiemmen MM-kilpailuissa 2003 hän sijoittui puolustavana maailmanmestarina sprintissä 23:nneksi. Loukkaantumisen jälkeen Baacke sijoittui maailmancupin osakilpailussa parhaimmillaan kolmanneksitoista Oslon sprinttikilpailussa maaliskuussa 2003.