Z biegiem czasu Sejm Żydów Litwy (podobnie jak i funkcjonujący na ziemiach polskich Sejm Żydów Korony) zaczął tracić na znaczeniu. W XVIII wieku obyło się tylko kilka zjazdów. Władze żydowskie zaczęły tracić autorytet i nie były w stanie sprostać zadaniom, w celu realizacji których powstały te instytucje. Ostatnie posiedzenie Sejmu Żydów Litewskich odbyło się w 1761 roku. W 1764 roku Sejm konwokacyjny rozwiązał sejmy żydowskie jako nie potrafiące skutecznie zbierać podatków od Żydów.