En 1402, l'empire ottoman fut désorganisé par les attaques de Tamerlan, en particulier à la suite de la défaite d'Ankara. Les Hospitaliers de l'ordre de Saint-Jean de Jérusalem en profitèrent pour construire un robuste château-fort, auquel ils donnèrent le nom de saint Pierre, à partir des matériaux du mausolée. Durant plus d'un siècle ils ne cessèrent d'améliorer les défenses du site. Le château fut assiégé vainement en 1453 et 1480