1940-ben az Olasz Királyság a tengelyhatalmak oldalán, Franciaország megtámadásával belépett a második világháborúba. A háború első éveiben Rómát nem érte bombatámadás. Azonban az amerikaiak szicíliai partraszállása után, 1943. július 17-én nagy bombatámadást hajtottak végre: a San Lorenzo-negyed (a templom is) súlyos károkat szenvedett, és majdnem ezer halálos áldozat volt. A következő napon a Fasiszta Nagytanács leváltotta Mussolinit, akit őrizetbe is vettek. A németekkel azonban hivatalosan csak szeptember elején fordultak szembe. 1943. szeptember 7-től 9-ig a délről érkező német csapatokat heves ellenállás fogadta. Ennek leverése után a németek megszállták Rómát. Októberben kb. nyolcezer zsidót elhurcoltak. Sok száz zsidó menekültet a Vatikánban bújtattak el. 1944. június 4-én végül a szövetségesek elfoglalták várost, kiűzve a német csapatokat.