Sein Debüt für die tschechische Nationalmannschaft gab Lokvenc am 6. September 1995 beim 2:0-Sieg im EM-Qualifikationsspiel in Prag gegen Norwegen. Sein zweites und vorerst letztes Spiel absolvierte er am 15. November 1995 beim 2:0 in der EM-Qualifikation an gleicher Ort und Stelle gegen Luxemburg. Erst ab 1997 wurde Lokvenc regelmäißg eingesetzt. Mit der Mannschaft nahm er an den Europameisterschaften 2000 in Belgien und den Niederlanden sowie 2004 in Portugal und an der Weltmeisterschaft 2006 in Deutschland teil. Das zweite Gruppenspiel am 17. Juni 2006 gegen Ghana bei der WM 2006 war sein letztes Länderspiel. Im September 2006 trat er aus der Nationalmannschaft zurück.