Des de finals de 1904, Gapon va començar a col·laborar amb radicals que defensaven l'abolició de l'autocràcia tsarista. El 9 de gener jul./ 22 de gener de 1905 greg., un dia després que esclatés la vaga general a Sant Petersburg, Gapon va organitzar una marxa d'obrers amb la finalitat de presentar una missiva al tsar, que acabaria en tragèdia (Diumenge Sagnant). Els seus seguidors li van salvar la vida aquell dia. Després d'aquests successos, va excomunicar a l'emperador i va exhortar als treballadors al fet que actuessin contra el règim, però molt aviat fugiria a l'estranger, on va mantenir estret contacte amb el Partit Social-Revolucionari. Després del Manifest d'Octubre va tornar a Rússia i va continuar la seva relació amb la Ojrana. Sospitós de ser un agent provocador, Gapon va ser penjat en una cabanya finlandesa a les mans de Pinhas Rutenberg, qui paradoxalment havia marxat al costat d'ell en el Diumenge Sagnant, executant així una sentència de mort emesa per la direcció del Partit Social-Revolucionari.