Для проведения операции MO «Юбари» перешёл в период с 30 апреля по 2 мая 1942 года в Рабаул и был назначен флагманом группы, которая должна была захватить Порт-Морсби, и включала также минный заградитель «Цугару», пять эсминцев, один тральщик и двадцать транспортов. 4 мая соединение вышло в море и в ночь на 7-е прибыло на остров Мисима. Там корабли разделились — транспорты взяли обратный курс, «Юбари» же отправился к острову Шортленд, где стал на якорь для дозаправки 9-го. В тот же день крейсер осуществлял прикрытие авианосного соединения. После окончательной отмены операции MO он вернулся на Трук 17 мая (с стоянкой в Киете 13—15 мая), а 19-го отправился в Японию. Его ремонт с докованием на верфи Арсенала флота в Йокосуке занял период с 23 мая по 15 июня.