W reprezentacji Bośni i Hercegowiny Blatnjak zadebiutował w 2002 roku. W barwach kadry narodowej grał m.in. w eliminacjach do Mistrzostw Europy 2004, Mistrzostw Świata 2006 i Mistrzostw Europy 2008. Od 2007 roku znajduje się poza drużyną narodową.