Στη Μάχη στο Μανιάκι στις 20 Μαΐου, βρήκε το θάνατο προβάλλοντας ηρωική αντίσταση μαζί με τους λίγους άνδρες που του είχαν μείνει. Σύμφωνα με την ιστορία, που αναφέρουν και ορισμένοι ιστορικοί της επανάστασης, μετά το τέλος της μάχης ο Ιμπραήμ ζήτησε από τους στρατιώτες του να αναζητήσουν και να βρουν το νεκρό σώμα του Παπαφλέσσα. Όταν εκείνοι το βρήκαν, τους διέταξε να τοποθετήσουν πάνω στο ακέφαλο πτώμα το κεφάλι και να τον στήσουν σε μια βελανιδιά που βρισκόταν εκεί. Τότε ο Ιμπραήμ πλησίασε τον νεκρό Παπαφλέσσα λέγοντας:«Αμαρτία να χαθεί τούτος ο πολέμαρχος!», σε ένδειξη αναγνώρισης της γενναιότητας, της ανιδιοτέλειας και του θάρρους του.