A partir de mayo el mando lo asumió el general Mariano Gamir Ulibarri, cuando la situación militar en Vizcaya ya era muy complicada. El general Gamir mantuvo unas relaciones cordiales con Aguirre, si bien era muy crítico ante la actitud de los batallones peneuvistas —los cuales, en opinión de Gamir, eran «más afines al enemigo [que a nuestros principios]» y mantenían abiertos contactos con el enemigos. Durante la defensa de Bilbao las fuerzas del Cuerpo de Ejército de Euzkadi presentaron una enconada resistencia, pero la presión enemiga logró imponerse y Bilbao cayó la mañana del 19 de junio; la pérdida de Bilbao provocó una profunda desmoralización de las fuerzas vascas.