În 1940, după ocuparea Basarabiei, clădirea a trecut în jurisdicția Armatei Roșii și a început să fie numită „Casa Armatei Roșii”. A fost aruncată în aer prin minare în iulie 1941 de către trupele sovietice care l-a retragere, au minat și incendiat instituțiile administrative din oraș. Clădirea nu a mai fost reconstruită pe tot parcursul războiului și în aceeași formă a ajuns în 1944. Cu toate că pagubele aduse clădirii nu au fost catastrofale, fiind posibilă reconstrucția acesteia, autoritățile sovietice aveau alte planuri pentru acest loc chiar în centrul orașului, având nevoie de o zonă întinsă pentru demonstrații și mitinguri. Prin urmare, deja în 1947, Casa eparhială a fost demolată. În prezent pe locul fostului edificiu se află Piața Marii Adunări Naționale, în apropierea străzii Aleksandr Pușkin.