À la suite du déclenchement de la Seconde Guerre mondiale, la LMFA décide d’interrompre les championnats, et d'instituer la Coupe de la Guerre. La compétition reprend la formule initiale des débuts de la ligue, où chaque sous-ligue organise son championnat, et dont les meilleurs accèdent en phase finale, ici les quarts de finale. L'USRS ne réussira pas à atteindre les quarts. Le championnat reprend alors lors de la saison 1941-1942, avec l'installation du Régime de Vichy, où l'USRS rejoint à nouveau la Première Division. Le championnat est à nouveau suspendu en pleine saison 1942-1943, à la suite du débarquement des Alliés le 8 novembre 1942 en Afrique française du Nord. Un critérium de guerre est alors institué.