Bei den Novemberpogromen von 1938 verwüsteten SS- und SA-Männer die Synagoge durch Zerschlagen des Inventars und der Fenster. Ein Inbrandsetzen erfolgte nur aus dem Grund nicht, weil im Haus anwesende nichtjüdische Bewohner sich weigerten, es zu verlassen. Nach dem Pogrom wurden drei jüdische Männer aus Bad Münder vorübergehend im Konzentrationslager Buchenwald in Schutzhaft genommen.