独立戦争時、貧弱な軍備のために敵前逃亡した苦い経験から、富国強兵政策を推進した。ジェファーソンは連邦政府の多くの税を撤廃し主に関税収入に頼ろうとした。ジョン・アダムズ政権で成立しており、ジェファーソンが違憲だと信じていた外国人・治安諸法の下で投獄されていた人々を釈放した。1801年の司法権法を撤廃し、アダムズの「真夜中の判断」で任命されていた多くの判事を解職した。このことで「マーベリー対マディソン事件」に関する重要な最高裁判所判決が導かれることになった。ジェファーソンは、アメリカとしては初の重要な海外戦争となった第一次バーバリ戦争（1801年 - 1805年）を指揮してこれに勝利した。1802年にはウェストポイントの陸軍士官学校を設立した。