Les premiers succès sont neutralisés par les revers des batailles d'Abensberg, Landshut et Eckmühl. Après l'évacuation de Vienne ont lieu les terribles batailles d'Aspern-Essling et Wagram, à l'issue desquelles les Autrichiens, bien que vaincus, infligent à l'empereur des Français une perte de plus de . Au combat sanglant d'Aspern, le courage de l'archiduc fait l'admiration de tous : chaque fois que l'archiduc voit ses soldats fléchir, il saute à bas de son cheval, saisit un drapeau et les ramène au combat. Le Chancelier prince de Metternich convainc alors l'Empereur de signer la paix de Schönbrunn.