Seraina Mischol, die für den Skiklub Davos startete, begann im Dezember 1998 ihre internationale Karriere in FIS- und Continental-Cup-Rennen. In Saalfelden nahm sie 1999 erstmals bei Junioren-Weltmeisterschaften teil und wurde 37. über 5 Kilometer. Ihr Weltcupdebüt feierte Mischol im Dezember 1999 in Engelberg als 43. im Sprint. In der Folgezeit wurde sie nur selten im Weltcup eingesetzt, startete weiter meist in FIS- und Continental-Cup-Rennen sowie immer wieder bei den jährlichen Juniorenweltmeisterschaften. 2001 gewann sie in Langis den Schweizer Juniorenmeistertitel im 10-Kilometer-Rennen und wurde Zweite über 15 Kilometer hinter Natascia Leonardi Cortesi. Bei den anschliessenden Junioren-Weltmeisterschaften in Karpacz und Szklarska gewann sie Bronze über 15 Kilometer, wurde Fünfte über fünf Kilometer und 13. im Sprint. Seit 2001 wurden Mischols Einsätze im Weltcup zunehmend häufiger. In dem Jahr wurde sie in Lahti auch erstmals bei einer Nordischen Skiweltmeisterschaft eingesetzt. Hier belegte sie im 10-Kilometer-Rennen den 55. Platz. 2003 trat sie zum zweiten Mal bei einer Nordischen Ski-WM an. Diesmal startete Mischol in drei Rennen, bestes Ergebnis war der zehnte Platz mit der Schweizer Staffel. Ebenfalls mit der Staffel erreichte sie in Beitostølen ihr erstes Ergebnis unter den besten Zehn im Weltcup. 2004 erreichte sie mit Laurence Rochat einen zehnten Platz im Teamsprint von Davos. Im Dezember des Jahres folgte ein vierter Platz beim Teamsprint von Bern. Mischol entwickelte sich zu dieser Zeit immer mehr zu einer Sprinterin. In Reit im Winkl kam sie als Neunte im Sprint erstmals in einem Einzel-Weltcup unter die Besten. Bei der anschliessenden Nordischen Skiweltmeisterschaft in Oberstdorf erreichte sie abgesehen von einem achten Platz mit Rochat im Teamsprint keine nennenswerten Ergebnisse.