Op 20 november 2012 debuteerde Papadopoulos voor het Grieks voetbalelftal tegen Ierland. Hij maakte deel uit van de Griekse selectie die het Europees kampioenschap voetbal 2004 won. Hij speelde ook op de Olympische Zomerspelen 2004. Papadopoulos maakte ook deel uit van de Griekse selectie op de FIFA Confederations Cup 2005 en het Europees kampioenschap voetbal 2008.