Libéré par la Révolution de février 1848, il revient à Paris, où il s'installe au de la rue Boucher avec son ami Blanqui. Ce dernier fonde la Société républicaine centrale, dont Flotte devient l'archiviste. Dès cette époque, il est surnommé « Flotte le cuisinier » afin d'éviter toute confusion avec un autre révolutionnaire, Paul de Flotte. Lors des élections législatives du mois d'avril, Flotte est inclus sur plusieurs listes de candidats mais il n'obtient que . Blanqui et lui font alors l'objet d'un mandat d'amener, demeuré sans exécution, depuis une tentative d'insurrection menée le .