Lors de la Guerre d’Algérie, il s’indigne des violences commises de la part des indépendantistes comme des Français de l’OAS et dénonce les “deux terrorismes” qui se font face. Il prend publiquement position dans la presse ou dans des comités où il siège avec Jean-Paul Sartre ou Albert Camus. Lors d’une conférence en 1958, il est blessé par des partisans de l’Algérie française criant : “Massignon trahison!”. Il meurt quelques mois après les accords d’Evian qui mettent fin à la Guerre d’Algérie.