Bautista joue 118 matchs des Blue Jays en 2013. Placé le 21 août sur la liste des blessés pour une blessure au fémur gauche, les Blue Jays, qui connaissent une mauvaise année, décident début septembre de mettre un point final à sa saison. Bautista réussit 28 circuits et produit 73 points en 2013. Sa moyenne au bâton est de ,259. Il remet une moyenne de présence sur les buts identique (,358) à celle de la saison précédente mais sa moyenne de puissance de ,498 est sa plus basse depuis sa première saison à Toronto. Il honore une en 4 ans au match des étoiles. Il devient le de l'histoire des Blue Jays à réussir au moins 25 circuits durant 4 saisons consécutives, après George Bell (1984-1987), Joe Carter (1991-1996) et Carlos Delgado (1996-2004).