Al es va establir a Danzig una comunitat d'immigrants escocesos. Durant les guerres de religió la ciutat va adoptar majoritàriament el Luteranisme En aquest segle va patir una davallada econòmica. Durant la Guerra de Successió de Polònia la ciutat, on el rei polonès Estanislau I Leszczynski havia fugit després de la conquesta russa de Varsòvia i el seu posterior fracàs en trobar suport a Polònia fou assetjada. Després de 135 dies, la fortalesa va capitular, forçant a Estanislau a fugir a Königsberg i la ciutat va ser severament danyada i va haver de pagar compensacions econòmiques. La ciutat va caure en mans franceses durant la guerra de la Quarta Coalició i durant l'imperi napoleònic, va ser declarada ciutat lliure, però el 1815 va tornar a formar part de Prússia.