Powstanie styczniowe zakłóciło rozwój klasztoru, w którym odbywały się wykłady studium zakonnego w XVIII i XIX wieku. Po powstaniu styczniowym, w ramach represji, władze rosyjskie skasowały 28 listopada 1864 klasztor. Zakonników wywieziono, kościół został zamknięty, a pomieszczenia klasztorne zostały zamienione na archiwum akt dawnych i gubernialnych, drukarnię i redakcję „Gubernialnych Wiadomości”, a później – areszt policyjny. Bernardyni wrócili do klasztoru dopiero w 1922 roku. Zniszczenia II wojny światowej spowodowały uszkodzenie bramy kościelnej, wieży i nagrobków na cmentarzu przy kościele. W 1959 roku kościół otrzymał nową polichromię pędzla Zygmunta i Ireny Acedańskich. Otoczenie kościoła zmieniło się w lipcu 1965 roku. Kolumnę św. Antoniego przeniesiono przed główne wejście za prezbiterium kościoła. Przed budynkiem klasztoru umieszczono w fontannie postać Matki Boskiej, wykonaną z kamienia polnego przez mnicha paulińskiego w obozie koncentracyjnym. Władze Piotrkowa w okresie Polski Ludowej nie zwróciły ogrodu klasztornego, urządzając z niego park publiczny, zabrano ponadto część placu przy kościele dla potrzeb otaczających klasztor ulic.