Ein Konflikt mit den benachbarten Franken führte nach Gregor von Tours irgendwann zwischen 496 und 507 zu entscheidenden Niederlagen der Alamannen gegen den fränkischen König Chlodwig I. aus dem Geschlecht der Merowinger. Dieser soll in Zusammenhang mit dem Sieg nach einer entscheidenden Schlacht den christlichen (katholischen) Glauben angenommen haben. Die Entscheidungsschlachten waren möglicherweise die Schlacht von Zülpich sowie die Schlacht bei Straßburg (506). Die nördlichen alamannischen Gebiete kamen dadurch unter fränkische Herrschaft. Der Ostgotenkönig Theoderich gebot der fränkischen Expansion zunächst Einhalt, indem er die südlichen Teile Alamanniens unter ostgotisches Protektorat stellte und Flüchtlinge der besiegten Alamannen unter seinen Schutz nahm. Aber schon 536/537 überließ der von byzantinischen Truppen bedrängte Ostgotenkönig Witichis dem Frankenkönig Theudebert I. unter anderem Churrätien und das Protektorat über „die Alamannen und andere benachbarte Stämme“, um sich die Unterstützung der Merowinger zu erkaufen. Damit befanden sich alle Alamannen unter fränkischer Herrschaft.