A república foi dissolvida após a derrota da França contra a segunda Coalizão em agosto de 1799. Foi então ocupada pela Áustria, que permaneceu até junho de 1800, quando Napoleão Bonaparte venceu a Batalha de Marengo. A república foi restaurada depois do Tratado de Lunéville de 9 de fevereiro de 1801, e seu território foi ampliado com as terras anteriormente austríacas do Vêneto e dos Estados Pontifícios da atual região italiana de Marcas.