Арафат следва в университета на крал Фуад I (по-късно станал известен като Каирския университет). Той се опитва да разбере по-добре юдаизма и ционизма като се включва в беседи с евреи и като чете публикации на Теодор Херцел и други ционисти. Но до 1946 г. той вече е палестински националист и доставя оръжия в Египет, които после се внасяли тайно в Палестина в името на арабската кауза. По време на Арабско-израелската война от 1948 година Арафат напуска университета и заедно с други палестинци се опитва да влезе в Палестина, за да воюва за независимостта на палестинците. Той е разоръжен и върнат обратно в египетските военни сили, които отказали да позволят на зле обучените партизани да се включат във военната зона. Арафат почувствал, че е „предаден от тези [арабски] режими“. След като се връща в университета, той се присъединява към Мюсюлманското братство, а от 1952 до 1956 г. е председател на Съюза на палестинските студенти. През 1956 г. Арафат получава бакалавърска степен по строително инженерство и служи като младши лейтенант в египетската армия по време на Суецката криза. По-късно, през 1956 г., на една конференция в Прага той е облечен с куфия — традиционната карирана кърпа за глава, с което много хора го свързват.