Srna și-a făcut debutul internațional pentru echipa națională a Croației într-un meci amical împotriva României în noiembrie 2002. El a câștigat marcat primul său gol într-un meci oficial în partida împotriva Belgiei în martie 2003 contând pentru calificările la Campionatul European din 2004, marcând primul gol din victoria cu 4-0 a Croației. El a jucat în șase meciuri în campania de calificare a Croației pentru Euro 2004, printre care s-au numărat și cele două meciuri din play-off jucate în fața Sloveniei.