בשנות ה-90 של המאה ה-19 התהוותה במקום מחתרת קטיפונן, שהתנגדה לשלטון הספרדי. המחתרת הייתה גורם מרכזי במהפכה הפיליפינית שפרצה ב-1896. ב-1898 הפיליפינים סופחו לארצות הברית בעקבות מלחמת ארצות-הברית ספרד. כעבור שנה פרצה מלחמת ארצות הברית–הפיליפינים במהלכה המקומיים ניסו לגרש את האמריקאים ולשחרר את הפיליפינים. במהלך המלחמה התקיימו בקלואוקן שני קרבות קשים.