Mitte August 1888 unternahm Meyer, begleitet von Oskar Baumann, einen zweiten Versuch. Nachdem sie die Gebirgslandschaft Usambara überschritten und erstmals in ihrer ganzen Ausdehnung erforscht hatten, verließen die Träger die Expedition, weil an der Küste ein Aufstand gegen die Deutsch-Ostafrikanische Gesellschaft ausgebrochen war. Meyer und Baumann mussten die Expedition abbrechen. Sie kehrten an die Küste zurück, wo sie von dem Rebellenführer Buschiri bin Salim gefangen genommen und misshandelt wurden. Erst die Zusage der Zahlung eines hohen Lösegeldes brachte beide wieder in Freiheit.