Van der Sar teki ensiesiintymisensä Hollannin maajoukkueessa kesäkuussa 1995 ottelussa Valko-Venäjää vastaan. Hän oli siitä lähtien maajoukkueen pitkäaikainen ykkösvahti ja pelasi yli sadassa maaottelussa. Sadannen pelinsä Hollannin paidassa hän pelasi ottelussa Suomea vastaan kesäkuussa 2005. Hän pelasi kuusissa arvokisoissa: EM-kisoissa 1996, MM-kisoissa 1998, EM-kisoissa 2000 ja 2004, MM-kisoissa 2006 sekä EM-kisoissa 2008. Kolmessa ensiksi mainitussa turnauksessa Hollannin tie katkesi rangaistuspotkukilpailuun.