Jego rodzicami byli Stanisław i Maria, z domu Olejnicka. Po dwóch latach nauki decyzją władz rosyjskich został usunięty ze szkoły elementarnej ze względu na działalność ojca w Polskiej Partii Socjalistycznej. Edukację tego stopnia dokończył w Kutnie. Aktywnie włączył się w działalność niepodległościową po wybuchu I wojny światowej, w maju 1915 r. przystąpił do Polskiej Organizacji Wojskowej, a we wrześniu tego roku został aresztowany przez Niemców i osadzony w Prusach Wschodnich, skąd uciekł w 1917. Następnie dołączył do formowanego II Korpusu Polskiego w Rosji, a w jego ramach służył w 4 Dywizji Strzelców Polskich (13 pułk, 6 kompania). 11 maja 1918 r. brał udział w bitwie pod Kaniowem przeciwko Niemcom. Wówczas odznaczył się bohaterskim czynem bojowym, gdy powstrzymywał tymczasowo wojska wroga zbliżające się do wsi Jemczychy. Mimo tego bitwa została przegrana. Następnie Nowakowski powrócił w rodzinne strony, działał ponownie w POW oraz w zakresie rozbrajania wojsk niemieckich pod koniec I wojny światowej. Tuż po tym, 11 listopada 1918 r. wszedł w szeregi 30 pułku piechoty, który przyjął nazwę 30 pułku Strzelców Kaniowskich i rozpoczął swój udział w wojnie polsko-ukraińskiej 1918–1919. 15 kwietnia 1919 r. awansowano go do stopnia starszego strzelca, a w czerwcu 1919 do kaprala. Później brał udział w wojnie polsko-bolszewickiej, 10 lipca 1920 r. został wzięty do niewoli, z której odzyskał wolność 8 maja 1921 i powrócił do Polski. Otrzymał kolejny awans do stopnia plutonowego.