Zbytek života žil František Vejmelka s rodinou ve středočeském Ondřejově. Kvůli komunistickým perzekucím nemohl najít vhodnou práci, v obci proto zastával funkci obecního kronikáře. František Vejmelka zemřel 1. března 1968. Rehabilitace se František Vejmelka dočkal až dlouho po své smrti po Sametové revoluci, kdy mu byla navrácena jeho hodnost. Dne 28. října 2012 mu tehdejší ministr obrany Alexandr Vondra udělil vyznamenání Kříž obrany státu.