1848. március 15-én kitört a pesti forradalom, ami a Batthyány-kormány megalakulásához vezetett. 1848 júliusában megnyílt az első pesti országgyűlés és ezzel minden szempontból Pest-Buda vált az ország fővárosává. A szabadságharc eseményei során azonban 1849. január 5-én az osztrák császári sereg bevonult a városba, a pesti és budai polgárok számára szinte mindent megtiltottak, még az utcák és terek sem viselhették a magyar nevüket, visszaállították a régi német elnevezéseket. Az osztrákok a városban rendezték be katonai főhadiszállásukat. A Magyar Honvédség egyik legnagyobb sikere volt a tavaszi hadjárat során Pest visszafoglalása, majd a budai vár visszavétele, 1849 májusában. Nyáron újra császári kézre került a város, Pestre olasz csapatok jöttek. A szabadságharc leverése után Pest lett az osztrák elnyomó rendszer székhelye. A Gellért-hegy tetején ekkor épült a félelmetes erődítmény, a Citadella, ahonnan az osztrák katonaság állandó megfigyelés alatt tarthatta a lázadó magyar fővárost. 1849. október 6-án Batthyány Lajost, az első magyar miniszterelnököt a mai Szabadság tér helyén álló Újépület udvarán kivégezték.