El siguiente emperador, su hijo Francisco II (1792-1835), se encontró en guerra con Francia en la Primera (1792-1797) y en la Segunda Coalición (1798-1802) el preludio de las Guerras Napoleónicas (1803-1815), en que Austria perdió más territorio. Después de más pérdidas austriacas en la guerra de la Tercera Coalición (1803-1806), el futuro del Imperio de los Habsburgo parecía cada vez más incierto. Napoleón I se había autodeclarado emperador de Francia en mayo de 1804 y estaba ocupado reorganizando gran parte de las tierras del Sacro Imperio Romano, y parecía asumir también el título de emperador, como un segundo Carlomagno. Francisco II respondió proclamando el Imperio de Austria en agosto, tomando el nuevo título de Emperador. En 1806, habiendo detentado ambos títulos en el ínterin, renunció a la corona imperial del Sacro Imperio Romano de la Nación alemana, que luego dejó de existir.