第一次対仏大同盟戦争でアーレンは、1796年にひどい略奪を受けた。第二次対仏大同盟戦争は1801年にリュネヴィルの和約によって終結し、1803年の帝国代表者会議主要決議が発効し、多くの帝国都市はそれぞれの近隣諸侯領に併合されることとなった。アーレンはヴュルテンベルク選帝侯領（後に王国）に編入され、オーバーアムト・アーレンの主邑となった。第三次対仏大同盟戦争では1805年10月6日にナポレオン・ボナパルトが4万人の軍勢を率いてアーレンを行軍した。この日とその数日後に入城したバイエルンとオーストリアの軍勢は、市の書記官によれば「筆舌に尽くしがたいほどの」苦しみをもたらした。