Mezi nejdůležitější von Beckerathovy práce patří "Handbuch der ägyptischen Königsnamen" (doslova "Příručka egyptských královských jmen") a "Chronologie des pharaonischen Ägypten" (doslova "Chronologie faraonského Egypta"). Dnes patří mezi standardní práce egyptologie. Jeho nejdůležitější a nejvlivnější vědeckou prací však zůstává výzkum tzv. Druhého přechodného období, ve kterém byl i habilitován.