L'aeronautica militare peruviana venne costituita il 20 maggio 1929 con la denominazione di Cuerpo de Aviación del Perú, fino ad allora sotto il comando della Marina de Guerra del Perú. Dopo pochi anni venne coinvolta nel suo primo evento bellico, la guerra colombo-peruviana del 1932-1933, scontrandosi con la Fuerza Aérea Colombiana. Successivamente assunse la nuova denominazione di Cuerpo Aeronáutico del Perú coinvolto nuovamente, nel 1938, in un altro conflitto locale, la guerra ecuadoriano–peruviana, nel quale si distinse per un atto eroico il pilota José Quiñones Gonzáles, a cui venne da quel momento intitolata l'aeronautica militare peruviana.