Il sito è adiacente alla faglia di Sant'Andrea, in una cui scarpata, poco a est del santuario, giace una diramazione sterrata dello storico Camino Real che collega le missioni californiane. L'adiacenza della faglia ha reso la missione vulnerabile ai terremoti, che la danneggiarono in particolare nel 1800 e nel 1906. Mai completamente distrutta, tuttavia, fu restaurata dapprima nel 1884, e poi di nuovo nel 1949 con il sostegno finanziario della Hearst Foundation. Il campanile è stato interamente restaurato nel 2010.