V roce 1961 zemřel generální tajemník OSN Dag Hammarskjöld při cestě na mírové jednání do Konga. U Thant byl zvolen jeho nástupcem. Za jeho největší úspěchy je považováno ukončení Karibské krize a války v Kongu. Kromě toho řešil také Šestidenní válku, pražské jaro. Kritizoval USA i Sovětský svaz za válku ve Vietnamu, čímž si obě mocnosti znepřátelil. V další volbě odmítl kandidovat, protože vyvodil odpovědnost právě za situaci okolo vietnamské války.