Na ojczysty archipelag powrócił w 1894, jednak nie pozostał tam na długo. Oskarżony o związki z rewolucyjnym tajnym sprzysiężeniem Katipunan, został uwięziony w manilskim Forte Santiago (1896), gdzie był poddawany torturom. Niedługo później deportowano go do Hiszpanii (1897) i osadzony w madryckim więzieniu Modelo. Na Filipiny powrócił w 1898, założył pismo „La independencia”. Jego wcześniej zdobyte doświadczenie w zakresie wojskowości i taktyki uczyniło zeń cenne wsparcie dla filipińskich władz rewolucyjnych. Szybko stał się jedną z czołowych postaci wojny filipińsko-amerykańskiej, doszedł do stopnia generała brygady. Ceniony za swoje zdolności w prowadzeniu wojny partyzanckiej. W przemówieniu wygłoszonym w stulecie jego urodzin prezydent Ferdinand Marcos zauważył, że jego dokonania w tym zakresie można zestawić z Mao Zedongiem, Vo Nguyem Giapem czy Ho Chi Minhem. Był jednym z uczestników Kongresu w Malolos (1898). Pełnił również funkcję dziekana wydziału farmacji krótko istniejącego Universidad Literaria de Filipinas. Położył podwaliny pod formację intelektualną filipińskich sił zbrojnych, jako założyciel Academia Militar, prekursorki Filipińskiej Akademii Wojskowej. Padł ofiarą walki o władzę i wpływy w łonie filipińskich sił rewolucyjnych, został zamordowany na zlecenie generała Emilia Aguinaldo.