2013 blieben Webber und Vettel bei Red Bull. Er startete mit einem sechsten Platz bei seinem Heimrennen in Australien in die Saison. Beim zweiten Rennen in Malaysia übernahm Webber im Rennen die Führung. In der Schlussphase wurde er jedoch noch von seinem Teamkollegen Vettel entgegen der Stallorder überholt. In China blieb Webber im Qualifying ohne Treibstoff stehen, sodass er vom Ende des Feldes starten musste. Im Rennen kollidierte er zunächst mit Jean-Éric Vergne und schied im weiteren Rennverlauf mit einem nicht ordnungsgemäß befestigten Reifen aus. Beim Großen Preis von Großbritannien war Webber nach einem schlechten Start weit zurückgefallen. In der Schlussphase gelang es ihm, schnelle Runden zu fahren und noch bis auf den zweiten Platz vorzufahren. Eine Woche später in Deutschland startete Webber gut ins Rennen und lag in der Anfangsphase auf dem zweiten Platz. Bei seinem ersten Boxenstopp wurden sein rechtes Hinterrad nicht richtig befestigt, sodass es sich noch in der Boxengasse löste. Das Rad traf einen Kameramann, der dabei verletzt wurde. Webber nahm das Rennen mit einer Runde Rückstand wieder auf und wurde schließlich Siebter. Beim Großen Preis von Italien stand Webber als Dritter erneut auf dem Podest. Im nächsten Rennen in Singapur schied Webber in der letzten Runde wegen eines Motorschadens aus. In der Auslaufrunde nahm ihn Alonso auf dem Seitenkasten mit zurück an die Box. Für diese Fahrlässigkeit wurde Webber von den Rennkommissaren zum dritten Mal in dieser Saison verwarnt und für das nächste Rennen um zehn Startplätze strafversetzt. In Japan war Webber erstmals in der Qualifikation schneller als sein Teamkollege Vettel. Im Rennen wurde er hinter Vettel Zweiter. Diese Konstellation wiederholte sich in Abu Dhabi: Webber startete von der Pole-Position und wurde hinter Vettel Zweiter. Beim Saisonfinale in Brasilien wurde Webber Zweiter. Es war sein letztes Formel-1-Rennen.