В первом же сезоне (1998/99) за «Фейеноорд» Жонса стал Чемпионом Нидерландов. Но после, за время игры Томаша за Фейеноорд (1999—2003), клуб не мог выиграть внутренние турниры. Но 2002 год был выдающимся годом для клуба из Роттердама. Они обыграли Дортмундскую Боруссию в Финале Кубка УЕФА 2002, со счётом 3—2, и, следовательно, играли в Суперкубке УЕФА 2002, против победителя &lt;a href="%D0%9B%D0%B8%D0%B3%D0%B0%20%D1%87%D0%B5%D0%BC%D0%BF%D0%B8%D0%BE%D0%BD%D0%BE%D0%B2%20%D0%A3%D0%95%D0%A4%D0%90%202001/2002"&gt;Лиги чемпионов 2001/02&lt;/a&gt;, мадридского «Реала», которому проиграли со счётом 1-3. Томаш играл оба финала.