В июне 1940 года, в результате подписания пакта Молотова-Риббентропа, Румыния была вынуждена уступить Бессарабию и Северную Буковину Советскому Союзу и в результате была образована Молдавская ССР. КишДС почти сразу была упразднена большевиками, разделив судьбу десятков других семинарий находившихся на территориях находящихся под юрисдикцией советской власти Только после распада СССР, Кишинёвская семинария восстановила работу.