У 1963 році країни обмінялися послами, після того як президент Пакистану Мухаммед Айюб Хан зробив перший в історії офіційний візит в Непал. Під час візиту лідери обох країн підписали угоду про створення режиму найбільшого сприяння в торгівлі. У 1963 році Пакистан і Непал дійшли згоди прибрати тарифи при торгових операціях, а також до поставки транспортних засобів в Непал через порт Читтагонг в Східному Пакистані (нині Бангладеш) і встановленню повітряного сполучення. Ці домовленості знизили економічну залежність Непалу від Індії. Хоча Непал офіційно підтримував нейтралітет під час Індо-пакистанської війни 1971 року, він став одним з перших держав, які визнали незалежність Бангладеш. У відповідь на цей недружній крок, Ісламабад розірвав дипломатичні відносини з Катманду.