In het jaar 1860 begon bisschop Motiejus Valančius met de voorbereidingen voor de bouw van een nieuwe kerk in Panevėžys. Na de Opstand van 1863 werd door de tsaristische autoriteiten het beleid van russificatie ingezet. Dit betekende onder meer een verbod op de Litouwse pers en de onderdrukking van het katholieke geloof. De overheid verbood de bouw van een nieuwe katholieke kerken en sloot de Piaristenkerk, zodat voor de katholieke inwoners van Panevėžys alleen de Petrus en Pauluskerk nog overbleef.