Vistosi ridurre gli spazi da giocatori come Andrij Ševčenko e Filippo Inzaghi, Tomasson decise di lasciare il Milan al termine della stagione 2004-2005, dopo aver vinto la Supercoppa italiana e aver giocato un'altra finale di Champions League: in quel match Tomasson segnò uno dei rigori conclusivi, ma il Milan perse contro il .