V roku 1942 bol Alexander poverený vedením britských vojsk na Blízkom východe. Vo funkcii nahradil Clauda Auchinlecka, po britských neúspechoch pri Tobruku. Jeho podriadeným, veliacim 8. armáde v tomto období bol Bernard Law Montgomery. Obaja spolupracovali veľmi dobre. Alexander s úspechom riadil logistickú podporu, zatiaľ čo Montgomery riadil priamo bojové operácie. Po bitkách o El Alamein a tuniskej kampani sa im spoločne s jednotkami západných spojencov podarilo zlikvidovať nemecké a talianske sily. V tomto období spolupracoval s americkým generálom Eisenhowerom. Neskôr velil 15. armádnej skupine pri útoku na Sicíliu. V neskoršom období začiatku príprav vylodenia v západnej Európe, mu pripadla úloha viesť spojenecké vojská v Stredomorí. Zodpovedal za ďalší priebeh bojov v Taliansku. Pri bojoch o Rím, došlo v dôsledku zlej koordinácie postupu americkej 5. armády (gen. Mark Clark) k ústupu väčšiny nemeckých síl zo vznikajúceho obkľúčenia. Následný postup talianskym územím bol pomerne pomalý a trval až do konca vojny.