Durante la Guerra civil de El Salvador de 1979-1992, España desempeñó un papel activo en el intento de encontrar una solución pacífica al conflicto entre el gobierno y el [Frente Farabundo Martí para la Liberación Nacional]] (FMLN). En noviembre de 1989, cinco sacerdotes españoles fueron asesinados en la Universidad Centroamericana por soldados salvadoreños. En 1992, representantes del gobierno salvadoreño y el FMLN firmaron los Acuerdos de Paz de Chapultepec en la Ciudad de México y fueron presididos por representantes del gobierno español.