Von 1939 bis 1940 hatte Jacobi am Überfall auf Polen und der anschließenden Besetzung des Landes teilzunehmen, kehrte aus gesundheitlichen Gründen aber wieder in das Pfarramt zurück. 1945 wurde er Superintendent des Kirchenkreises Berlin-Charlottenburg und ab 1. Januar 1946 Generalsuperintendent von Berlin (West). Hier widmete er sich besonders der Flüchtlingsseelsorge und dem kirchlichen Wiederaufbau. Von 1949 bis 1951 und von 1967 bis 1971 war er Vorsitzender des Kuratoriums der Stiftung Kaiser-Wilhelm-Gedächtniskirche in Berlin.