После окончания обучения 17 апреля 1943 года назначен командующим 17-м гвардейским стрелковым корпусом, входившим в состав 1-й гвардейской, 13-й, 70-й, 60-й, 38-й армий Центрального, Воронежского и 1-го Украинского фронтов. 28 апреля 1943 года А. Л. Бондареву было присвоено звание генерал-лейтенант. Корпус участвовал в Курской битве. За успешное ведение корпусом оборонительных боёв в период Курской битвы А. Л. Бондарев был награждён орденом Кутузова 2 степени. В последующем корпус участвовал в Черниговско-Припятской, Киевских наступательной и оборонительной, Житомирско-Бердичевской наступательной операциях. За успешное форсирование корпусом рек Днепр и Припять А. Л. Бондареву 16 октября 1943 года было присвоено звание Героя Советского Союза. С декабря 1943 года по январь 1944 года корпус под командованием А. Л. Бондарева освободил более 300 населённых пунктов, за что он был награждён орденом Ленина. 28 мая 1944 года назначен командиром 101-го стрелкового корпуса 38-й армии. Корпус участвовал в освобождении городов Львов, Бобрка в ходе Львовско-Сандомирской операции, городов Ясло и Вадовице в ходе Западно-Карпатской операции и чехословацкого города Моравска-Острава в ходе Моравско-Остравской наступательной операции. За успешные боевые действия корпус был награждён орденами Ленина, Красного Знамени и Суворова 2-й степени.