En 1844, il tente un diplôme d’études supérieures à Saint-Pétersbourg, en Russie, tout en étant précepteur. Il rentre à Montbéliard en 1846, où il trouve un emploi de commis à la Sous-Préfecture. En 1847, Contejean part une première fois pour Paris où il trouve du travail dans une usine de chimie, qu’il ne garde que quelques mois. En effet, en , il prend une part active à la Révolution et aurait été renvoyé au pays… En 1852, Contejean est un des pères fondateurs de la Société d’émulation de Montbéliard (SEM), tout en étant le premier conservateur du Musée. En 1853 à Montbéliard, il obtient à 29 ans un second bac, es-sciences. Cela lui ouvre les portes de la Faculté de Besançon. Il y obtient sa Licence et passe brillamment sa thèse de géologie en 1859. Il est docteur es-sciences.