У 1831 годзе Стоўбцы канфіскаваны царскім урадам з-за падтрымкі Чартарыйскімі паўстання 1830—1831 гадоў, кляштар скасаваны, касцёл застаўся парафіяльным, але ў 1870 годзе, пасля паўстання 1863 года, быў пераасвячоны ў праваслаўную царкву святой Марыі Магдалены, пры гэтым значна перабудаваны.