Дебютировал в сборной Швеции 28 февраля 1996 года в товарищеском матче против Австралии. Стал основным центральным защитником сборной перед Чемпионатом мира 2002, когда Якобссону пришлось заменять травмированного Патрика Андерссона. На том чемпионате Якобссон провёл все 4 игры сборной Швеции без замен. На Чемпионате Европы 2004 также сыграл все 4 матча без замен и составлял связку с Улофом Мельбергом; благодаря им Швеция пропустила всего 3 гола. После Евро-2004 завершил выступления за сборную.