В июле 1940 года румынское правительство вынуждено было признать законным присоединение Северной Буковины и Бессарабии к Советскому Союзу. 132 приходских священника (в том числе Богатырец) остались на советской территории и вместе с архимандритом Дамаскиным вошли в клир Русской православной церкви. Черновицкая епархия перешла в ведение московской патриархии. Себя в официальных документах (в первую очередь, в анкете для регистрации в Совете по делам РПЦ при Черновицком облисполкоме) отец Кассиан отмечал по национальности как «украинец», а не как «русин» или «русский». Историк С. Г. Суляк утверждал, что Богатырец сделал это под давлением, чтобы Богатырца не приняли за белогвардейца. Впрочем, Богатырец заполнял анкету на литературном русском языке. Имущество церквей и храмов в Буковинах было национализировано, а некоторые священники, не признавшие советскую власть, были арестованы за контрреволюционную деятельность. Впрочем, часть священников обратилась в вышестоящие инстанции с просьбой разрешить им вернуться в Румынскую православную церковь и получила разрешение. В итоге на территории Буковины остались только 22 православных священника: остальные уехали в Германию.