В течение всего периода работы на посту заместителя министра обстановка в Дагестане была сложной. Велась тяжёлая и кровопролитная борьба с терроризмом на территории республики. В Дагестане было создано и обильно финансировалось террористическое подполье, пропагандировались идеи ваххабизма. Омаров был одним из последовательных и непримиримых борцов против политической и уголовной преступности — руководил всеми крупными спецоперациями против террористического подполья на территории республики, чем заслужил личную ненависть у террористов. В мае 2003 на жизнь Омарова было совершено покушение — был взорван фугас на пути следования его автомобиля, сам он был ранен и контужен.