En , Morris se rengage dans l'armée en tant que capitaine des volontaires. Il fait partie de l'état-major du brigadier-général John J. Peck en tant qu'adjoint adjudant-général de la brigade de Peck lors de la campagne de la Péninsule et du au en tant qu'adjoint de l'adjudant-général de la deuxième division du IVe corps de l'armée du Potomac, après la nomination de Peck comme commandant de la division. Morris participe au siège de Yorktown, à la bataille de Williamsburg et à la bataille de Fair Oaks.