У 1471 р. під командуванням Афонсу V він брав участь у завоюванні Танжера та Асіли в Марокко, кілька років служив там офіцером. У 1476 році він супроводжував принца Жуана у війнах проти Кастилії, включаючи битву при Торо. Він брав участь у кампанії на італійському півострові в 1480 р. для порятунку Фердинанда II Арагонського від османського вторгнення в Отранто, яке закінчилося перемогою. По поверненню в 1481 році, коли принц Жуан був коронований королем Жуаном II, Афонсу був призначений головним королівським конюшим (), на посаду, яку він обіймав протягом усього правління Жуана ІІ. У 1489 р. він повернувся до військових компаній в Північній Африці, керуючи обороною острівної фортеці Грасіоза на річці Луко поблизу міста Лараче. У 1490 році Албукеркі входив до персональної гвардії короля Жуана II. Він повернувся в Асілу в 1495 році разом із молодшим братом Мартімом, який там загинув в боях з берберами.