נקודת המפנה בחייו של קונגרייב הייתה בעת ביקורו בפריז זמן קצר לאחר המהפכה הצרפתית ב־1848. הוא פגש שם את ז'ול ברתלמי-סן-הילייר ואוגוסט קונט שהשפעתו נשארה איתו כל חייו. הוא אימץ לחלוטין את הגישה הפוזיטיביסטית, כולל הכת הדתית. הוא התפטר ממשרתו (1855), עזב את אוקספורד, וזמן קצר אחר כך ייסד את הקהילה הפוזיטיביסטית בלונדון.