1999 Ramsaun MM-hiihdoissa Šmigun saavutti hopeaa 15 kilometrin vapaan tyylin kilpailusta ja pronssia 30 kilometrin perinteisen kilpailusta. 2001 Lahden MM-hiihdot ja 2002 Salt Lake Cityn olympialaiset olivat Šmigunille pettymyksiä, mutta 2003 Val di Fiemmen MM-hiihdoista hän voitti neljä mitalia: kultaa takaa-ajosta, hopeaa 10 km ja 15 km perinteisen hiihtotavan kilpailuista ja pronssia 30 kilometrin vapaan hiihtotavan kilpailusta.