Seguirono quattro campionati in "Segunda Division" B in cui la squadra ottenne un primo, due secondi ed un terzo posto, riuscendo a salire di categoria solo al termine del campionato 2012-13, dopo aver battuto nuovamente L'Hospitalet nei play-off. In quell'annata L'Eibar si segnalò anche per aver eliminato i “cugini” dell'Athletic Bilbao nei sedicesimi di finale della Coppa del Re (doppio pareggio per 0-0 in casa ed 1-1 in trasferta).