Het spel van Seitaridis bij Panathinaikos zorgde ervoor dat hij in 2002 voor het eerst werd geselecteerd voor Griekenland. Hij maakte zijn debuut voor de nationale ploeg op 13 februari 2002 in de vriendschappelijke wedstrijd tegen Zweden (2-2), net als Sotiris Kyrgiakos (Panathinaikos). Daarvoor kwam hij meermaals uit voor het Griekse elftal onder 21 jaar. In 2004 was hij een van de vaste waarden van het elftal dat het Europees Kampioenschap in Portugal wist te winnen. Tevens werd hij er benoemd tot een van de 23 beste voetballers van het toernooi.