Huntington byl otevřeným kritikem donucovacích aktů britského parlamentu. V důsledku toho jej shromáždění v říjnu 1775 zvolilo, aby se stal jedním z jejich delegátů druhého kontinentálního kongresu. V lednu 1776 odcestoval spolu s Rogerem Shermanem a Oliverem Wolcottem do Filadelfie jako delegát za stát Connecticut. Podepsal Deklaraci nezávislosti a Články Konfederace. Během kongresu onemocněl neštovicemi.