À la suite des triomphes de Bonaparte en Italie en 1796 – 1797, le grand maître Ferdinand de Hompesch demande au tsar de Russie Paul de devenir le protecteur de l'Ordre. Le , Bonaparte en route pour la campagne d'Égypte, quitte Toulon avec le gros de la flotte française et parvient à échapper à la flotte britannique de Nelson. Il se présente devant La Valette en demandant de faire "aiguade" (remplir les barriques d'eau) et devant le refus du grand maître de laisser entrer dans le port plus de quatre bateaux à la fois, Bonaparte s'empare de Malte, les et , assurant ainsi ses communications ultérieures avec la métropole. Le , la flotte française met le cap sur Alexandrie, après avoir laissé une garnison de trois mille hommes sur place.