Политические воззрения Пастера развивались параллельно с философско-религиозными и были тесно переплетены с ними. Хотя во время революции 1848 года Пастер некоторое время провёл в Республиканской гвардии, по своей глубинной сути он был консерватором, если не реакционером. Во время Второй империи он определённо заявлял, что жёсткая власть, эффективная полиция и внутренний порядок много важнее любых гражданских свобод и демократии. Будучи, как и его отец, бонапартистом, Пастер идеализировал наполеоновскую империю и надеялся, что Луи Наполеон сможет в какой-то степени её воссоздать. Поскольку Жан-Батист Дюма после переворота 1851—1852 годов был приближен ко двору, Пастер получил возможность прямого обращения к императорской чете и посылал свои работы по брожению и самозарождению. В 1875 году земляки в Арбуа предложили Пастеру баллотироваться в Сенат, но он заявил, что никогда не занимался политикой и совершенно в ней не разбирается. Тем не менее его убедили выставить свою кандидатуру от консерваторов, и он получил всего 62 голоса, тогда как двое его соперников-республиканцев — более 400. В 1880-е годы Пастер дважды отклонял предложения баллотироваться в Сенат. Наконец, в 1892 году он попытался получить место в Сенате, но потом отказался от этой затеи по слабости здоровья.