同年2月16日，军方与文革小组的冲突达到顶峰，聂荣臻、谭震林、陈毅、李先念纷纷发言怒斥文革小组。会后中共文革小组向毛泽东汇报，经毛泽东表态，文革小组开始制造“二月逆流案”。同年3月起的七次“政治生活会”上，聂荣臻被迫接受批判。6月，聂荣臻赴核试验基地现场指挥中国首次氢弹试验。1968年3月，发生杨余傅事件，陈伯达、康生等借机“揪杨余傅的黑后台”，将矛头指向聂荣臻。1968年10月，中共八届十二中全会召开，朱德、陈云、叶剑英、徐向前、陈毅、聂荣臻等人被分为不同小组，进行批判。1969年1月3日，毛泽东表示为二月逆流案平反。然而在同年4月中国共产党第九次全国代表大会上，朱德、陈毅、徐向前、聂荣臻等元帅继续被分组批判。