Во время стрелецкого бунта 1698 года Лефорт вместе с Петром возвратился в Россию. Едва ли он принимал непосредственное участие в подавлении восстания и казни стрельцов (есть сведения, что он даже отказался рубить головы мятежникам, однако этому, по-видимому, воспрепятствовало прогрессирование болезни Лефорта). Он занимался оборудованием своего великолепного дворца, построенного в его отсутствие на деньги царя. 12 февраля 1699 года было отпраздновано новоселье с участием трёхсот гостей, 23 февраля Лефорт заболел горячкой, а 12 марта 1699 года (2 марта по старому стилю) скончался. Узнав о его смерти, Пётр воскликнул: "«Я потерял самого лучшего друга моего, в то время, когда он мне наиболее нужен…»"