Unter Admiral William F. Halsey nahm seine Einsatzgruppe im nun ausgebrochenen Pazifikkrieg bei den ersten Angriffen gegen japanische Stützpunkte im Februar 1942 auf den Gilbert- und Marshallinseln teil. Einen Monat später nahm Fletcher an den taktischen Einsätzen gegen Neuguinea teil. Kurz darauf wurde er zum Vice Admiral befördert, und die Einsatzgruppe wurde um den Träger USS "Lexington" und seine Begleiteinheiten erweitert. Mit dieser Gruppe nahm Fletcher als taktischer Befehlshaber an der Schlacht im Korallenmeer teil. Zwar musste er den Verlust der "USS Lexington" hinnehmen, aber er verhinderte die Invasion von Port Moresby durch die Japaner.