Efter den tredje deling af Polen i 1795 blev Vilnius indlemmet i Rusland og blev guvernementshovedstad. I 1812 blev byen erobret af Napoleon på hans færd mod Moskva. Efter at dette felttog havde slået fejl, trak hæren sig tilbage til et område, hvor tusinder af franske soldater døde og blev gravlagt i skyttegravene, de selv havde bygget nogle måneder tidligere. Efter novemberopstanden blev universitetet lukket, og undertrykkelsen stoppede byens videre udvikling. Under januaropstanden i 1863 var der svære kampe i byen, roen blev genoprettet af Mikhail Muravjev. Muravjev gik under navnet "Korikas" eller "Wieszaciel" ("Bøddelen") af byens indbyggere på grund af de mange henrettelser, han beordrede. Efter opstanden blev undertrykkelsen udvidet og litauisk, polsk og hviderussisk blev forbudt.