1938年水晶之夜后，纳粹对犹太人的迫害逐步升级，犹太人为避免被抓入集中营，只有离开欧洲，但要想逃离就必须获得外国签证，于是成千上万的犹太人奔走于各国使馆之间申请签证，在当时一张签证就可以拯救一条生命，因而被称为“生命签证”。但1938年7月6日在法国埃維昂萊班召开的国际难民会议上，与会的美国、加拿大、澳大利亚、爱尔兰和新西兰等32国均拒绝接受犹太移民。此时何凤山基于人道主义立场，不顾上司驻德大使陈介的反对，在中華民國驻维也纳领事馆向数以千计的犹太人发放了“生命签证”。从1938年到1940年5月何凤山奉调回国，2年间他共签发多少张“生命签证”其准确数字已无从统计，根据已找到的签证看，一份1938年6月的签证的号码为200号，另一份1938年10月27日的签证号码为1906号，也就是说半年间他共签发了近2000份签证。納粹當局也以總領事館原屬於猶太人房產為由，將總領事館沒收。而在國民政府又拒絕出資租房後，何鳳山自掏腰包在約翰内斯巷22號租下一套小公寓，把總領事館搬到那裏，繼續堅持發放簽證。1939年4月何鳳山被外交部記過一次。