W reprezentacji Portugalii Miguel zadebiutował 12 lutego 2003 roku w przegranym 0:1 meczu przeciwko Włochom. Rok później Luiz Felipe Scolari powołał go do 23-osobowej kadry na Mistrzostwa Europy 2004. Na turnieju tym Portugalczycy wywalczyli srebrne medale przegrywając w finale z Grecją 1:0. Następnie Miguel razem z drużyną narodową wystąpił na Mistrzostwach Świata 2006. Zespół prowadzony przez Luiza Felipe Scolariego tym razem zajął czwarte miejsce przegrywając mecz o brązowy medal z Niemcami. Miguel brał również udział w Euro 2008. Na imprezie w Austrii i Szwajcarii reprezentacja Portugalii została wyeliminowana już w ćwierćfinale, natomiast sam Miguel brał udział tylko w grupowym pojedynku ze Szwajcarami.