Après une année passée dans le club du Kouban Slaviansk, Popov fait son retour à Novorossiisk en 1998 et marque son premier but dans l'élite le 4 avril 1998 contre le Torpedo Moscou à l'occasion d'une victoire 3-2. Il s'agît cependant de l'unique but de la saison durant laquelle il dispute principalement des bouts de matchs en tant que remplaçant, de même durant l'exercice 1999. Titularisé de manière régulière lors de la saison 2000, il inscrit cette année-là huit buts en 19 matchs, des problèmes de blessures l'amenant à manquer près d'un tiers du championnat.