In seguito alla caduta delle posizioni francesi con la seconda coalizione antifrancese e l'occupazione di Milano da parte degli austro-russi guidati dal generale Suvorov, Bossi riparò a Chambery, da dove si adoperò per ottenere i passaporti per gli esuli liguri in fuga dagli eserciti nemici. Col ritorno di Napoleone dalla Campagna d'Egitto e la vittoria di Marengo (14 giugno 1800), i francesi rimasero padroni dell'Italia Settentrionale fino al 1814, ed è in questo periodo che il Bossi assurse ai più alti gradi nella carriera amministrativa e archivistica.