Будучи уроженцем Локерена, Антюэнис тренировал в числе многих команд клубы «Генк» и «Андерлехт», с которыми он выиграл три чемпионата Бельгии подряд в период с 1999 по 2001 годы (первый чемпионат в составе Генка, остальные с Андерлехтом), а также получал в эти годы награду «Тренер года» от Лиги Жюпиле. После перехода в «Андерлехт», его команда сыграла свой лучший сезон Лиги чемпионов УЕФА со времён появления групповой стадии, выиграв матчи против мадридского «Реала», «Манчестер Юнайтед», «Лацио», «Ромы», «ПСВ» (Эйндховен) и киевского «Динамо». С июля 2002 года он был тренером сборной Бельгии по футболу, но его контракт, заключённый до июля 2006 года не был продлён после неудачных отборов на ЧЕ-2004 и ЧМ-2006. 1 января 2006 года Антюэнис был назначен тренером Локерена. Это был его третий приход на пост рулевого клуба. 28 февраля 2006 года он ушёл в отставку с поста тренера и завершил футбольную карьеру тренера по состоянию здоровья; за неделю до этого он обращался в госпиталь с жалобой на боли в груди, связанные с сердечной мышцей.