Im Alter von 39 Jahren zog sie 1806 mit ihrer 1797 geborenen Tochter Adele nach Weimar. Sie kamen nicht zum günstigsten Zeitpunkt, denn napoleonische Truppen drangen auf ihrem Weg zur preußischen Hauptstadt Berlin in das kleine Herzogtum ein, wo sie jedoch vorerst steckenblieben, bis es dann im Oktober in der Schlacht bei Jena und Auerstedt zur Konfrontation mit Preußen kam. Das Herzogtum Sachsen-Weimar-Eisenach war mit Preußen und Russland gegen Napoleon verbündet. Bekanntlich verlor Preußen diese Schlacht, sodass für Weimar eine schwierige Zeit anbrach. Johanna unterstützte tatkräftig die Weimarer, die unter französischen Zwangseinquartierungen zu leiden hatten, und half ihnen bei der Versorgung der Verwundeten. Dies verschaffte ihr in Weimar einen guten Ruf, sodass Johann Wolfgang von Goethe später sagte, die Ereignisse in Weimar zur Zeit der Schlacht bei Jena und Auerstedt seien ihre Feuertaufe gewesen.