Zu Beginn des Zweiten Koalitionskrieges diente Gyulay als Brigadekommandeur unter Erzherzog Karl und nahm an den Schlachten bei Ostrach (21. März 1799) und bei Stockach (25. März 1799) teil. Am 5. Mai 1800 deckte seine Truppen nach der Niederlage in der Schlacht bei Meßkirch den Rückzug des österreichischen Heeres unter Feldzeugmeister Kray über die Donau. Am 11. Oktober 1800 bekam er von Kaiser Franz II. das Kommandeurkreuz des Maria-Theresien-Ordens und wurde am 29. Oktober 1800 zum Feldmarschall-Leutnant ernannt. Nach dem Frieden von Lunéville am 9. Februar 1801 wurde Ignác Gyulay Divisionskommandeur in Pest.