Etter to år hos Jaguar Racing, gikk Webber over til Williams før Formel 1-sesongen 2005. Han tok sin første pallplassering med en 3.-plass i Monaco, og endte sesongen på en 10.-plass med 36 poeng. 2006-sesongen ble derimot en skuffelse, hvor Webber kun tok 7 poeng og endte på 14.-plass i sammendraget.