Участник Великой Отечественной войны с 1941 года. В первые месяцы войны крейсер находился в главной базе флота — Таллине, где крейсер был переоборудован в плавбазу дивизиона катерных тральщиков. Впервые старший лейтенант Н. Н. Амелько отличился в трагическом Таллинском переходе 28—30 августа 1941 года. На борту корабля находилось несколько сотен бойцов и эвакуируемых жителей Таллина. Грамотно и умело управлял кораблём, который имел очень слабое вооружение (2 орудия калибра 76 мм и 4 зенитных пулемёта), поэтому главным стало непрерывное маневрирование в узком протраленном проходе, уклоняясь от атак немецких бомбардировщиков и не допустив попадания авиабомб в корабль. На свой риск провёл корабль через зону минных заграждений южным фарватером у эстонского берега под обстрелом немецкой артиллерии, но зато значительно менее насыщенной морскими минами противника. Более того, во время перехода экипажем «Ленинградсовета» было спасено около 300 человек с погибших кораблей, всех благополучно доставили в Кронштадт. Корабль отделался осколочными повреждениями от разрывов авиабомб. За этот прорыв Амелько был награждён своим первым орденом.