Al estallar la Guerra Civil, el 18 de julio, Azcárate fue nombrado ministro de Estado (Exteriores) en el gobierno de Diego Martínez Barrio, pero no llegó a tomar posesión del cargo, ya que se encontraba en León, que quedó inmediatamente en manos de los sublevados. Pocos días después fue detenido por un grupo de falangistas en Burgos y trasladado a Valladolid, donde permaneció encarcelado casi año y medio, hasta que fue canjeado por el falangista Raimundo Fernández-Cuesta. Un primo suyo, Gumersindo de Azcárate, no tuvo tanta suerte y fue fusilado después de haber sido hecho prisionero tras la conquista de Bilbao.