Якуб Зборжил начал свою хоккейную карьеру в юниорских командах ХК «Комета Брно». В 2014 году он перебрался за океан, где выступал на протяжении трёх сезонов за клуб «Сент-Джон Си Догз» из главной юниорской хоккейной лиги Квебека. На драфте НХЛ 2015 года его выбрал «Бостон» в первом раунде под 13-м номером.