Al ritorno di Janssens, Louis Bonaparte lo nominò segretario generale del dipartimento di guerra. Ricoprì una serie di importanti cariche amministrative fino all'abdicazione di Luigi ed all'annessione dell'Olanda alla Francia nel 1810. L'11 novembre 1810 fu nominato governatore generale del territorio noto, prima dell'annessione, come Indie orientali olandesi, sostituendo Herman Willem Daendels. Giunse a Batavia, Giava, il 15 maggio 1811, dedicandosi subito al rafforzamento delle difese della colonia. Giava beneficiò di numerose truppe olandesi e francesi, paragonata a Colonia del Capo. La flotta d'invasione britannica giusne poco dopo, il 30 luglio, guidata da Sir Samuel Auchmuty.