1803年にブリッグのアーガス ("USS Argus") 艦長に着任、第一次バーバリ戦争で地中海に赴いた。戦闘地帯に入るとディケーターはスクーナーのエンタープライズ ("USS Enterprise") を指揮し、12月23日に敵のケッチ、マスティコ ("Mastico") を捕獲する。マスティコはアメリカ海軍でイントレピッド ("USS Intrepid") と改名され、ディケーターはイントレピッドを使って1804年2月16日にトリポリ港への夜襲を行い、チュニジアの海岸で座礁しチュニスのベイによって捕獲されていたフィラデルフィア ("USS Philadelphia") を破壊した。ホレーショ・ネルソン提督はこの夜襲を「時代の最も大胆で勇敢な行為」と評したとされる。