Durant el període del nacionalsocialisme, Münster era la seu administrativa del "gau" «Westfàlia-Nord» i l'Ordnungspolizei, que era formada per aproximadament 200.000 «agents de seguretat» que van estar involucrats en l'assassinat en massa de jueus, gitanos, homosexuals i altres grups. Com a arreu d'Alemanya, s'hi van produir pogroms, expulsions i assassinats de jueus. Durant la Nit dels vidres trencats ("Kristallnacht") el 1938, la matinada del 10 de novembre, la sinagoga va ser incendiada i destruïda, i no va ser fins al 1961 que va ser substituïda per un nou edifici, que va ser inaugurat el 12 de març de 1961. Dels 708 membres de la comunitat jueva que hi havia originàriament el 1933, 299 van ser deportats a camps de concentració, dels quals només 24 van sobreviure. Un total de 280 ciutadans jueus van deixar Münster i van emigrar a l'estranger, set es van suïcidar i quatre van sobreviure al nacionalsocialisme a Münster amagats sota terra. Després de deduir que 77 persones van morir de manera natural durant aquest període, romanen 42 persones el destí de les quals encara no és clar. Des del final de la Segona Guerra Mundial i del nacionalsocialisme, la comunitat jueva ha tornat a créixer, a causa de l'afluència de refugiats jueus de l'antiga Unió Soviètica i té uns 800 fidels.