В мае 1944 года был назначен на должность начальника штаба 6-го гвардейского стрелкового корпуса, принимавшего участие в ходе Ясско-Кишиневской, Белградской, Будапештской наступательных и Балатонской оборонительной операций. С 8 по 24 ноября временно командовал этим корпусом. За мужество и отвагу, проявленные в боях, Михаил Дмитриевич Зайчиков был награждён орденами Богдана Хмельницкого 2 степени, Отечественной войны 1 степени, и ему было присвоено воинское звание «генерал-майор».