Początek V wieku p.n.e. przyniósł Grecji konflikt z potężnym imperium perskim. W 499 p.n.e. poleis Jonii na czele z Miletem zbuntowały się przeciwko perskiej władzy, otrzymały pomoc od Aten, ale w 494 p.n.e. powstanie upadło. Dariusz I postanowił ukarać Greków z Europy, lecz wysłana przez niego armia poniosła spektakularną klęskę pod Maratonem w 490 p.n.e. Syn Dariusza, Kserkses I, ponowił próbę zdobycia Grecji w 480 p.n.e., złupił opuszczone Ateny, ale jego flota doznała porażki pod Salaminą. W roku 479 p.n.e. Persowie zostali rozgromieni pod Platejami i w bitwie morskiej pod Mykale, co zmusiło ich do wycofania się z Grecji.