K založení a rozvoji činnosti řádu v českých zemích došlo v roce 1937. Iniciátory byli kníže Karel VI. Schwarzenberg, který byl velmistrem jmenován prvním českým velkopřevorem v tehdejší ČSR (a po roce 1948 v exilu), a Břetislav Štorm, který se stal prvním heroldem řádu. Díky Schwarzenbergově vlivu a aktivitě řád záhy získal značnou popularitu. Jeho členy se stala řada předních osobností politického, kulturního a náboženského života a čeští Lazariáni proto mohli hned od počátku rozvinout aktivní charitativní činnost. V rámci řádu pracoval i historik a výtvarník Břetislav Štorm, který významně přispěl k rozvoji české heraldiky. Slibný vývoj ale přervala okupace českých zemí a druhá světová válka. Několik členů řádu bylo zatčeno, čtyři – kanovník a arcibiskupský kancléř Antonín Bořek-Dohalský, papežský komoří Vladimír Hruban, mjr. Karel Kříž a št.kpt. Oldřich Pilz – zahynuli v koncentračních táborech a mnoho dalších se účastnilo domácího či zahraničního odboje. Významným členem byl královéhradecký biskup Mořic Pícha, který založil tradici – jeho pokračovatelem v Řádu pak byl arcibiskup Karel Otčenášek. Komunistický převrat v únoru 1948 jeho činnost v českých zemích opět na řadu let ukončil a České velkopřevorství přežilo pouze díky svým exilovým členům. Řada členů velkopřevorství byla vězněna po samostatném procesu s lazariány v 50. letech. Ve své činnosti mohl Řád sv. Lazara Jeruzalémského v Česku pokračovat až po roce 1989. Pod patronací lazariánů byly vybudovány dva hospice - Hospic Štrasburk (Praha 8) a Hospic svatého Lazara (Plzeň), které zahájily činnost v r. 1998.