Ha estat al centre d'algunes polèmiques. Durant les Guerres dels Iugoslàvia, Amanpour va trencar famosament la idea de neutralitat periodística en denunciar els abusos que s'estaven cometent contra els drets humans i afirmant que "en algunes situacions no es pot ser neutral, perquè quan ets neutral ets còmplice". També va haver de retractar-se per comparar la política de Trump amb la Nit dels vidres trencats.