Після відставки Алькалья Самора вирушив у подорож по Скандинавії, де його застав початок Громадянської війни. Він відмовився повертатися до Іспанії, оскільки прихильники республіки розграбували його будинок і розкрили сейф у мадридському відділенні банку «Креді Ліоне», в якому перебував рукопис його мемуарів. У свою чергу, франкісти заочно засудили його до п'яти років заслання і штрафу в 50 млн песет. Початок Другої світової війни застав його у Франції, звідки він був змушений тікати до Латинської Америки після приходу до влади коллабораціоністського уряду Віші, який переслідував іспанських республіканців. У січні 1942 року дістався до Аргентини, де працював над книгами і статтями. Серед праць емігрантського періоду його життя можна відзначити політичні дослідження «Дефекти конституції 1931» (Los defectos de la Constitución de 1931, 1936) і «Глобальний світ та міжнародна організація» (Paz mundial y organización internacional, 1946).