同年2月8日，国务院总理周恩来在怀仁堂召开中央政治局碰头会。会上，徐向前同陈伯达就刘志坚问题发生严重争执。2月11日，叶剑英和徐向前等与陈伯达、康生、张春桥就军队稳定问题发生争执。2月16日，军方与文革小组的冲突达到顶峰，谭震林、陈毅、李先念纷纷发言怒斥文革小组。会后中共文革小组向毛泽东汇报，经毛泽东表态，文革小组开始制造“二月逆流案”。2月25日至3月18日，中共中央多次开会，叶剑英同谭震林、陈毅、李富春、李先念、徐向前、聂荣臻等被冠以“二月逆流”的罪名，遭江青、康生、陈伯达、谢富治等人围攻批斗。1968年3月，发生杨余傅事件，叶剑英、聂荣臻等人被诬陷为“黑后台”。1968年10月，中共八届十二中全会召开，朱德、陈云、叶剑英、徐向前、陈毅、聂荣臻等人被分为不同小组，进行批判。1969年1月3日，毛泽东表示为二月逆流案平反。然而在同年4月中国共产党第九次全国代表大会上，朱德、陈毅、叶剑英等元帅继续被分组批判。