З початком радянської окупації (1940) втратив старшого брата Івана, який навчався у Румунії, а з поверненням на батьківщину був звинувачений у шпіонажі і страчений.. Під час Другої світової війни й повторної румунської окупації Дмитро Гнатюк жив у евакуації в місті Нижня Салда Свердловської області, де змушений був з 1944 року працювати металургом.