Irakista tultua Yhdistyneen kuningaskunnan mandaattialue vuonna 1920 kaupungin perinteiset yhteydet Saudi-Arabiaan ja Kuwaitiin katkesivat. Sen sijainti lähellä maan rajaa teki kuitenkin siitä salakuljetuksen keskuksen, jota harjoitetaan edelleen. persianlahden sodassa Zubairiin keskitettiin joukkoja, jotka osallistuivat Irakin aloittamaan hyökkäykseen Kuwaitiin. Kaupungissa sijaitsi myös 51. mekanisoidun divisioonan päämaja. Paikallinen infrastruktuuri kärsi mittavia vahinkoja Yhdysvaltojen ilmaiskuissa Irakin armeijaa vastaan ja kuuluisa kuoleman moottoritie päättyy kaupungin edustalle. Sodan jälkeen vuonna 1991 Zubairissa syttyi Saddam Husseinin vastainen kansannousu, joka levisi pian muualle Etelä-Irakiin. Irakin tasavaltalaiskaarti tukahdutti kansannousun verisesti ja tuhannet paikalliset katosivat. Irakin sodassa vuonna 2003 Zubair oli ensimmäisiä koalition joukkojen valtaamia kaupunkeja.