בדצמבר 1941 מונה לפיקוד על כוחות האוויר בים התיכון וצפון אפריקה. בפברואר 1942 הוא הציע לפלוש למלטה והחל לתכנן את מבצע הרקולס לנחיתה על האי. המבצע אמנם אושר בידי היטלר, אך מדינות הציר כשלו להוציאו לפועל. כישלונו של קסלרינג לשתק את מלטה ולאפשר העברת אספקה ולספק לרומל סיוע אווירי מתאים, היה גורם משמעותי בתבוסת כוחות הציר בקרב אל עלמיין ובסופו של דבר אילץ את הכוחות הגרמנים לסגת מצפון אפריקה.