W maju 2002 roku wygrał wybory prezydenckie, uzyskując 64,35% głosów, a jego przeciwnikiem był były minister Soumaïla Cissé. Okres rządów Touré był związany z destabilizacją kraju. Już w 2003 roku na zachodzie Mali doszło do walk między zwaśnionymi grupami islamskimi. W 2007 roku z kolei doszło do wybuchu walk z Tuaregami na skutek ich ataków na wojska rządowe. Walki trwały do 2009 roku. Do zaognienia relacji państwa z Tuaregami doszło w 2011 roku, kiedy po obaleniu i zabójstwie przywódcy Libii, pułkownika Mu’ammara al-Kaddafiego, do Mali powrócili tuarescy najemnicy, walczący w czasie wojny domowej po jego stronie. Napływ nowych, dobrze uzbrojonych i wyćwiczonych bojowników zmienił sytuację w regionie. W rezultacie w styczniu 2012 roku doszło do wybuchu zbrojnego powstania Tuaregów które przerodziło się w wojnę domową pod przewodnictwem Narodowego Ruchu Wyzwolenia Azawadu. Do rebelii włączył się też Arabski Ruch Azawadu.