Liechtensteinin maajoukkue menestyi Andermattin alaisuudessa kehnosti. Vaikka joukkue ylsi EM-karsinnoissa 2004 mm. yllätystasapeliin Portugalin kanssa, MM-karsinnoissa 2006 Liechtenstein hävisi kaikki ottelunsa. Andermatt jätti tehtävänsä lokakuussa 2006 ja siirtyi BSC Young Boysin päävalmentajaksi. Ensimmäisella kaudellaan berniläisseuran peräsimessä Andermatt luotsasi seuran liigassa sijalle 4.