En 1849, Benedek fue enviado a Hungría. Liderando sus tropas en la Batalla de Győr, fue instrumental en derribar la rebelión. En otra batalla en Szőny fue gravemente herido. Recibió la Cruz al Mérito Militar y fue hecho coronel de un regimiento. Al mismo tiempo se convirtió en jefe del estado mayor de Radetzky en Italia.