Mentre era ancora in Germania, Edinger iniziò a studiare le specie esistenti da una prospettiva paleoneurobiologica; fece ipotesi sullo sviluppo evolutivo del cervello nei sireni, usando prove anatomiche stratigrafiche e comparative. Edinger continuò le sue ricerche nella Germania nazista fino alla notte del 9 novembre 1938, quando migliaia di ebrei furono uccisi o imprigionati in quella che divenne nota come la Notte dei Cristalli. Sebbene non fosse immediatamente disponibile un visto per l'immigrazione negli Stati Uniti, con l'aiuto di amici e colleghi che la stimavano Edinger riuscì a emigrare a Londra; qui si diede alla traduzione di testi medici tedeschi in inglese. Alla fine riuscì a ottenere il visto e fu così in grado di immigrare negli Stati Uniti, dove assunse una posizione come ricercatrice presso il Museo di zoologia comparata di Harvard.