2002-03 sezonu Guti'nin kariyeri boyunca en çok maça çıktığı sezon oldu. Sezon ilk maçlarından olan 2002 UEFA Süper Kupası maçında ilk 11'de başlayıp 71 dakika forma giyen Guti, takımının 3. golünü attı. Real Madrid, Feyenoord'u 3-1 yenerek tarihinin ilk Süper Kupası'nı kazandı. Bu kupa, Guti'nin de kariyerindeki tek UEFA Süper Kupası oldu. Ligde ise Real Sociedad ile yaşanan çekişmeli sezonun ardından birincilik geldi. Şampiyonlar Ligi'nde ilk maçta Roma deplasmanında 2 gol atıp, Madrid'in maçı 3-0 kazanmasını sağladı. İkinci maçta da Genk'e bir gol attı. Üçüncü maçta da AEK deplasmanında maçı 3-3'e getiren beraberlik golünü attı. Real Madrid gruptan birinci olarak çıktı, ancak yarı finale kadar ilerleyebildiler. Kıtalararası Kupa'da da forma giyen Guti, final maçında 82. dakikada Ronaldo'nun yerine girdi ve 2 dakika sonra gol atarak durumu maçın skoru olan 2-0'a getirdi. Paraguay takımı Club Olimpia'ya karşı alınan bu galibiyetle Guti, kariyerinin ikinci Kıtalararası Kupa şampiyonluğunu kazandı.