Také v obsazeném pohraničí ČSR působil protinacistický odboj, ať již aktivní, nebo pasivní. Vedle české menšiny uvízli v zabraném pohraničí také čeští Němci, kteří se nepřipojili k masové podpoře nacistické strany. Jednalo se v prvé řadě o místní sociální demokraty a komunisty, dále však také třeba o svědky Jehovovy a postupně i další názorové menšiny, které stály buď otevřeně proti politice nacistické strany, nebo ji odmítaly podporovat. Tito dosavadní českoslovenští občané nemohli z různých důvodů odejít do českého vnitrozemí. Prakticky hned po nacistickém záboru pohraničí začali být zatýkáni nebo společensky postihováni. O měsíc a půl později proběhla i v zabraném pohraničí Křišťálová noc a sudetští nacisté začali systematicky pronásledovat i místní židovskou menšinu.