Nel periodo massimo della sua ascesa, Cabrera entrò in contrasto con Pacheco, che tentò in ogni modo di screditarlo davanti al Re Enrico, facendo riferimento soprattutto alla sua condizione di ebreo converso. Lo stesso Marchese di Villena nel 1470 organizzò una rivolta antigiudaica a Segovia, che il Cabrera riuscì a reprimere. Pacheco ebbe notevole influenza sul re Enrico IV, di carattere debole e che gli affidò ampi poteri di governo, ma Cabrera rimase comunque fedele al proprio sovrano; nel 1474, morirono prima Pacheco e poi il Re di Castiglia, e Cabrera aderì a quella fazione che sostenne la successione al trono della principessa Isabella di Castiglia, sorellastra di Enrico, avversa alla fazione a sostegno di Giovanna la Beltraneja, figlia del monarca deceduto, capeggiata da Diego di Pacheco, figlio ed erede del Marchese di Villena. Entrambe le pretendenti al trono si autoproclamarono Regina di Castiglia, e le due parti andarono in conflitto con la Guerra di successione castigliana.