Kusociński si arruolò volontario nell'esercito polacco dopo che la Polonia venne invasa dalla Germania nazista, e fu ferito due volte. Durante l'Occupazione della Polonia lavorò come cameriere, ma fu segretamente membro della resistenza polacca. Janusz Kusociński fu arrestato dalla Gestapo il 26 marzo 1940 durante l'AB-Aktion, e fu imprigionato nella prigione di Mokotów. Fu giustiziato tre mesi dopo a Palmiry, vicino a Varsavia.