W reprezentacji Albanii Skela zadebiutował 15 sierpnia 2000 roku w zremisowanym 0:0 towarzyskim meczu z Cyprem. Od czasu debiutu, stał się zawodnikiem pierwszego składu kadry. W swojej karierze brał udział w eliminacjach do Mistrzostw Świata 2002, 2006 oraz w kwalifikacjach do Mistrzostw Europy 2004 i 2008.