Em julho de 2015, com a demissão de Toninho Cerezo, foi promovido ao comando técnico do Antlers, sendo o primeiro treinador japonês do clube desde 1994 (Takashi Sekizuka chegou a exercer a função em 1998 e 1999, mas como interino), quando Masakatsu Miyamoto era o técnico da equipe. Seu primeiro título foi a Copa da Liga, obtida sobre o Gamba Osaka. Conquistou ainda a J-League de 2016 e ainda viu o Kashima dar trabalho ao Real Madrid na final da Copa do Mundo de Clubes, vencida pela equipe espanhola por 4 a 2 - o treinador fez críticas ao árbitro Janny Sikazwe por este não ter expulsado o zagueiro Sergio Ramos depois de cometer uma falta no meio-campo. Ishii foi eleito ainda o Treinador do Ano da J. League.