Es wurde eine Reichsfluchtsteuer von 25 % erhoben. Bei einem ersten Brandanschlag auf die Konstanzer Synagoge im Jahr 1936 wurde das Gebäude noch von der Freiwilligen Feuerwehr gerettet. Die beschädigten sieben Torarollen wurden auf dem Jüdischen Friedhof beigesetzt. In der Reichspogromnacht 1938 wurde die Konstanzer Synagoge von Angehörigen der Allgemeinen SS, Abschnitt XIX Konstanz, unter SS-Oberführer Walter Stein in Brand gesteckt. Eine Brandbekämpfung wurde der Feuerwehr diesmal nicht gestattet. Im Gegenteil wurde versucht, die Dachluken der Synagoge zu öffnen, um dem Feuer besseren Zug zu verschaffen. Anschließend wurde die Synagoge von der SS-Verfügungstruppe III./SS-Standarte Germania aus Radolfzell gesprengt. 16 männliche Juden wurden in das KZ Dachau verbracht. Ab 1938 wurde eine Judenvermögensabgabe erhoben. Einigen Konstanzer Familien gelang es bis 1939 noch, in die Schweiz, nach Palästina, England, USA, Argentinien und in asiatische Länder zu fliehen. Die Schweizer Bodensee-Kantone schotteten sich ab. In Konstanz lebten im Jahr 1933 433 Juden, im Jahr 1940 120. Von diesen wurden 112 ins südfranzösische Camp de Gurs gebracht.