В феврале 2009 года Дарья выступила во внеконкурсной программе на первенстве России в Дмитрове. Тогда И. А. Винер решила, что спортсменке нужно выступить на Гран-при «Москва-2009», где она в многоборье финишировала четвёртой после золотой российской тройки (Канаева, Капранова, Сесина). Этот результат позволил Кондаковой выступать на этапах Гран-при, а затем и на чемпионате мира 2009 в Исе (Япония), откуда она вернулась с золотой и 3 серебряными медалями.