Sau khi tham gia chỉ huy kỵ binh của Napoléon tại Trận Marengo ngày 14 tháng 6 năm 1800, Murat được cử làm chỉ huy một doanh trại đóng tại Beauvais để bảo vệ nước Bỉ trong trường hợp người Anh đổ bộ. Tiếp đó, ông chuyển sang làm chỉ huy quân đồn trú tại miền trung nước Pháp và chiến đấu ở Ý mùa đông 1800 - 1801. Murat cũng là người ký hiệp ước đình chiến giữa Pháp và Vương quốc Napoli đồng thời ra lệnh cho quân Pháp không được hành hung dân Napoli. Ngày 27 tháng 7 năm 1801, Murat trở thành tổng tư lệnh quân đội đồn trú tại Cộng hòa Cisalpine.