1. července 2007 byl vyměněn z Minnesoty Wild do Boston Bruins za českého útočníka Petra Kaluse a výběr ze čtvrtého kola vstupního draftu NHL 2009 (touto volbou byl vybrán švédský útočník Alexander Fallström). Jedničkou v bráně byl americký brankář Tim Thomas. Fernandez odchytal na začátku sezony pouhé čtyři zápasy, přivodil si vážné zranění kolene. Operaci se podrobil v prosinci 2007, dlouhodobá rehabilitace jej donutila předčasně ukončit ročník. Pozici druhého brankáře převzal Alex Auld, který do týmu přišel v prosinci 2007. Do sezony 2008-2009 se uzdravil, a vrátil se do sestavy jako druhý brankář. Spolu s Timem Thomasem dovršili v základní části s nejmenším počtem inkasovaných branek, tím si vysloužili trofej William M. Jennings Trophy, kterou Fernandez vyhrál podruhé. Po vypršení smlouvy neprodloužilo vedení Bruins smlouvu Fernandezovi, jelikož počítali na nadcházející sezonu 2009-2010 brankářské složeni Tim Thomas - Tuukka Rask. Po skončení smlouvy se stal nechráněným volným hráčem. Žádný z klubů NHL neprojevilo o něho zájem. Žádné oficiální ukončení kariéry neoznámil, do branky se již nepostavil. Poslední zápas odchytal za Bruins 11. dubna 2009 proti Buffalo Sabres.