Η Επαναστατική Επιτροπή για την Ενότητα και τη Δράση επανεμφανίστηκε ως Εθνικό Απελευθερωτικό Μέτωπο (Front de libération nationale, FLN), το οποίο ξεκίνησε μια εθνική ένοπλη εξέγερση εναντίον της Γαλλίας την 1η Νοεμβρίου 1954. Ο Μπουντιάφ ήταν εκείνη τη στιγμή κύριος ηγέτης του κινήματος και εμφανίστηκε ως σημαντικό μέλος της εξόριστης ηγεσίας εργαζόμενος από το Κάιρο και τις γειτονικές χώρες της Αλγερίας. Το 1956, συνελήφθη μαζί με τον Αχμέντ Μπεν Μπελά και αρκετούς άλλους ηγέτες του Μετώπου σε μια αμφιλεγόμενη αεροπειρατεία από γαλλικές δυνάμεις, και φυλακίστηκε στη Γαλλία. Ενώ ήταν φυλακισμένος, εξελέγη συμβολικά υπουργός στην εξόριστη κυβέρνηση του Εθνικού Απελευθερωτικού Μετώπου, την Προσωρινή Κυβέρνηση της Αλγερινής Δημοκρατίας, κατά τη δημιουργία της το 1958 και επανεκλέχθηκε το 1960 και το 1961. Επιπλέον, ορίστηκε ένας από τους Αντιπροέδρους της. Αφέθηκε ελεύθερος μετά την ανεξαρτησία της Αλγερίας το 1962, μετά από έναν σκληρό οκταετή πόλεμο που κόστισε 350.000 έως 1,5 εκατομμύρια ζωές.