Участва активно в провеждането на Деветосептемврийския преврат през 1944 година, след който е върнат в армията, повишен е в генералско звание и заема поста министър на войната във второто и третото правителство на Кимон Георгиев. На този пост той прави опити да предпази военнослужещите от ширещия се в страната терор, но е принуден да се откаже от тях под натиска на ръководителя на Съюзната контролна комисия Сергей Бирюзов и дори предлага да стане член на Комунистическата партия. Той ръководи българската делегация за Парада на победата на СССР над Третия райх в Москва, проведен на 24 юни 1945 г.