Tobias Angerer commence sa saison 2002-2003 par une dixième place lors d'une course de coupe du monde, un sprint libre à Duesseldorf. Après une quatrième place lors d'une course FIS, il se cantonne au circuit de la coupe du monde, obtenant un podium avec le relais allemand à Kiruna. Il obtient son premier podium individuel en coupe du monde lors de la poursuite de Ramsau, deux fois dix kilomètres, derrière son compatriote Axel Teichmann et le Suédois Anders Södergren. Cinquième de la course suivante, un dix kilomètres à Kavgolovo, il obtient deux podiums avec le relais allemand, puis une troisième place du sprint libre derrière Cristian Zorzi à Reit im Winkl et un nouveau podium en relais. Lors des Mondiaux 2003 de Val di Fiemme, il termine de la poursuite puis termine quatrième du sprint, derrière Thobias Fredriksson, Håvard Bjerkeli et Tor Arne Hetland. Non retenu au sein du relais allemand qui remporte la médaille d'argent, il termine de la dernière épreuve, le cinquante kilomètres. Il termine ensuite sa saison sur le circuit de la coupe du monde où il termine treizième du classement général.