Het uitvoeren van een noodstop is de eerste stap in het veilig stilleggen van de reactor, maar is niet afdoende. Ook na het stilvallen van de kettingreactie blijft de reactor nog geruime tijd nawarmte produceren door het radioactieve verval van de nog aanwezige splijtingsproducten, aanvankelijk tot zo'n 10% van het oorspronkelijke thermische vermogen. Wanneer deze warmte niet wordt afgevoerd, kunnen de brandstofelementen gaan smelten (een kernsmelting of "meltdown"). Dit gebeurde bij de reactoren van de Japanse kerncentrale Fukushima I na de aardbeving in Japan in maart 2011: direct bij de aardbeving werden de reactoren met een "scram" stilgelegd, maar de daarop volgende tsunami vernielde de noodkoelsystemen.