Участвовал в начавшейся вскоре после операции «Шомрон» Синайской кампании, а в дальнейшем благодаря знанию суахили был откомандирован в Восточную Африку, где провёл четыре года как военный советник при вооружённых силах Уганды, Кении и Танзании. По возвращении в Израиль был направлен в бригаду «Голани», где служил сначала в качестве офицера разведки, а затем — в должности заместителя командира 12-го батальона. В феврале 1967 года Пинхас Ной получил под своё командование 13-й батальон «Голани». Батальон Ноя участвовал в боях на сирийском фронте Шестидневной войны 1967 года, и именно он установил израильский флаг над занятой Кунейтрой. 12 июня Ной участвовал в высадке с вертолётов на горе Хермон и определил, где в дальнейшем будут размещаться израильские огневые позиции. После окончания боевых действий 13-й батальон был занят на разминировании и очистке сирийских армейских бункеров на Голанских высотах от оставшегося оружия и боеприпасов. Через три дня после окончания войны в одном из бункеров произошёл несчастный случай: при взрыве боеприпасов погибли 11 солдат. Этот эпизод известен в Израиле как «катастрофа на верхней таможне»; степень вины Ноя в произошедшем неизвестна, его показания в своё время были противоречивыми: с одной стороны, он утверждал, что приказывал проверить бункер сапёрам перед тем, как туда вошли его солдаты, а с другой — что солдаты проникли в бункер вопреки приказу и «играли с оружием».