Obwohl er Erbe der umfangreichen Familiengüter war, trat Obernitz zunächst in den preußischen Militärdienst ein. Er wurde Infanterist im Regiment Courbière zu Fuß und war 1806 bei Ausbruch des Krieges gegen Frankreich Secondeleutnant. In dem für Preußen so unglücklichen Kriegsgeschehen gehörte sein Regiment zu den Verteidigern der Festung Danzig, die sich im Gegensatz zu vielen anderen preußischen Festungen nicht alsbald ergab, sondern heftigen Widerstand leistete. Obernitz und das Regiment „Courbiere“ zeichneten sich bei den Abwehrkämpfen besonders aus. Bei einem Ausfall in der Nacht vom 29. auf den 30. April 1807 kämpfte das Regiment und mit ihm Obernitz so bravourös, dass dies in einer Parole vom 30. April besonders hervorgehoben wurde. Dort heißt es u. a.: "..., Parolebefehl vom 30. 4. ...Treulich hat Major vom Kamptz mit seiner Kolonne (dies) ausgeführt. S.E. statten ihm Ihren Dank ab, sowie sämtliche Offiziers, die unter ihm hinausgegangen sind, dem braven Bataillon von Courbiere, ... . Namentlich bemerken Sie als bei dieser Kolonne dem König besonders empfohlen zu werden, würdig: ... den Lieutenant von Obernitz vom Regiment Courbiere...". Zu Obernitz heißt es in einem weiteren Vermerk: "...Zeichnete sich beim Ausfall in der Nacht vom 29. auf den 30. April durch Entschlossenheit und Bravour sowie durch kaltblütige Besonnenheit aus." Obernitz gehörte zu den Anfang Juni 1807 vom König mit dem Pour le Mérite ausgezeichneten Offizieren. Obernitz diente zunächst weiter in der Preußischen Armee, schied aber bald als Hauptmann aus dem aktiven Dienst aus.