Podczas oblężenia Warszawy we wrześniu 1939 zabudowania koszar mocno ucierpiały na skutek niemieckich bombardowań. W październiku 1940 kompleks więzienny znalazł się w granicach getta warszawskiego. W stosunkowo najlepszym stanie przetrwał oblężenie frontowy gmach przylegający do ul. Zamenhofa, stąd ulokowano tam pocztę, posterunek żydowskiej służby porządkowej oraz kilka agend gminy żydowskiej.