Někteří historikové tvrdí, že Pacelli jako státní sekretář odradil umírajícího Pia XI. od odsouzení Křišťálové noci, o které byl informován apoštolským nunciem v Německu. Taktéž v případě encykliky "Humani generis unitas", kterou měl Pius XI. připravenou v září 1938 a která obsahovala otevřené a jasné odsouzení veškerého antisemitismus a rasismu, mohla být odložena „ad akta“ na základě jeho naléhání. Jako papež pak Pacelli použil některé její části ve své inaugurační encyklice "Summi pontificatus". Ta sice na jedné straně nejmenuje výslovně nacismus ani antisemitismus, na straně druhé zcela jednoznačně odsuzuje rasismus jako učení příčící se základům křesťanské víry.