Во время Шведского потопа Ян Стахурский служил в королевской гвардии, участвовал в осаде Варшавы и в трехдневной битве под Варшавой (28 — 30 июля 1656). С 1660 года — подполковник, участвовал в украинской кампании гетмана польного коронного Ежи Себастьяна Любомирского, был ранен в битве под Чудновом.