В 2016 году Хосе провёл рекордные для себя 152 игры в регулярном чемпионате. По его итогам он вошёл в число десяти лучших по проценту отбивания в Американской лиге, а также занял второе место по числу даблов (46). Рамирес успешно закрыл позицию аутфилдера, не допуская большого числа ошибок. В конце июля он заменил Хуана Урибе на третьей базе. «Индианс» дошли до игр Мировой серии, где уступили «Чикаго Кабс». Хосе в этих играх отбивал с показателем 31,0 %.