Wybuch II wojny światowej przerwał rozwój szkoły. Budynek gimnazjum i liceum został zajęty przez wojska niemieckie 7 września 1939 r. Początkowo władze okupacyjne zezwoliły na otwarcie gimnazjum i liceum, do których zapisało się 120 uczniów. Pierwsze zajęcia odbyły się 15 listopada w domu państwa Partyków. Po dwóch tygodniach nauki cywilne władze okupacyjne zamknęły szkołę, nakazały likwidację podręczników do historii, geografii, literatury, a także pomocy naukowych i zbiorów bibliotecznych.