Voor het nationale team van Frankrijk speelde Makélélé op de Olympische Spelen in 1996, het wereldkampioenschap 2002 en het Europees kampioenschap 2004. Onder leiding van bondscoach Aimé Jacquet maakte hij zijn debuut voor de nationale ploeg op 22 juli 1995 in de vriendschappelijke wedstrijd tegen Noorwegen (0–0) in Oslo, net als Frank Lebœuf (RC Strasbourg).