Pedro de Alvarado eroberte die Gegend um den Atitlán-See 1524, indem er die verfeindeten Cakchiquel und Tzutuhil gegeneinander ausspielte. In den Jahrzehnten danach starb die eingesessene Bevölkerung auf Grund von eingeschleppten Seuchen fast aus. In der Kolonialzeit bildete das Gebiet das Zentrum des "Corregimiento de Tzololá (Sololá)", der südliche Teil gehörte zum "Corregimiento de Atitlán (Santiago Atitlán)". Sololá wurde bereits am 4. November 1825 zum Departamento erhoben, war jedoch 1838, 1840 und 1848 bis 1849 Teil des "Estado de Los Altos", des so genannten sechsten Staates der Zentralamerikanischen Konföderation. Nach der Gründung des Departamentos El Quiché im Jahr 1872 verlor Sololá fast zwei Drittel seines ursprünglichen Gebietes. In den 1930er Jahren schloss die Regierung Guatemalas den Atitlán-See an das nationale Straßennetz an. Die wirtschaftliche Folge war, das Großgrundbesitzer begannen, die einheimische Landbevölkerung als billige Arbeitskräfte auszubeuten. In den 1960er Jahren war der Atitlán-See ein Anlaufpunkt der nordamerikanischen Hippie-Bewegung. Vom Bürgerkrieg blieb der See und Sololá nicht verschont. Der Tourismus erholte sich erst Ende der 1980er Jahre wieder.