En 1796, il a le commandement des avant-postes de l'armée de Sambre-et-Meuse sous le général Lefebvre. Il se signale à Altenkirchen, à la bataille de Friedberg, enlève les hauteurs de Willendorf et fait prisonniers ; s'empare de Giessen, fait capituler Francfort, enlève de vive force Gemünden, où il fait un grand nombre de prisonniers et prend quinze bateaux chargés de munitions de guerre, et enfin force le général Wartensleben à opérer sa retraite sur Bamberg. Au combat d'Hirschaid, à Ehmanstadt, Mortier donne des preuves de la plus grande valeur. Chargé par le général Hatry de traiter directement de la reddition de Mayence avec l'électeur Dalberg, Mortier fait deux voyages à Aschaffenbourg, et y conclut une négociation, d'après laquelle les Français occupent Mayence le . Dans le fort de Rotbemberg, dont il s'empare, il trouve 60 pièces de canon. Promu au grade de général de brigade le , il concourt puissamment à la prise de Lieptengen. Dans la guerre contre la Deuxième Coalition en 1799 il est élevé au grade de général de division le , il va commander la à l'armée d'Helvétie. Il combat avec distinction dans les différentes affaires qui précédent et suivent la prise de Zurich, et seconde Masséna à opérer l'entière expulsion de l'ennemi du territoire helvétique. Il participe ensuite aux opérations militaires qui ont lieu contre les Autrichiens dans le pays des Grisons.