Aaron Gagnon commence sa carrière avec la franchise de hockey des Thunderbirds de Seattle localisé dans l'état de Washington pour qui il évolue durant six saisons (de 2001-2002 à 2006-2007). Il termine meilleur pointeur de son équipe lors des saisons 2004-2005, 2005-2006 et 2006-2007. Lors du Repêchage d'entrée dans la LNH 2004, il est sélectionné par les Coyotes de Phoenix de la Ligue nationale de hockey en ().