원안을 카츠라가 썼고 시나리오를 야마모토 신지, 타나카 유이치로가 썼다. 원안은 페르소나의 전작들과는 외떨어진 줄거리를 하고 있었다. '자아찾기'와 '여행'을 키워드로서 액자형식으로 된 구조로서 배낭여행을 주제로 한 이야기가 되었었지만 2011년 일본에 대지진이 닥치면서 카츠라는 무대를 일본으로 돌려 이야기를 처음부터 다시 쓰기로 작정한다. 대지진의 불러일으킨 낙진에 대한 정부의 대처와 또 그 대처에 대한 국민의 반응은 특히나 큰 영향이었다. 재난에 맞서서 똘똘 뭉쳐진 사람사람의 모습은 카츠라에게 큰 영감이 되었던 것이다. 그로 하여 카츠라는 무대를 일본 일국만으로 정해 놓고 그 과정에서 '여행'을 하는 곳으로서 계속하여 변화되는 팰리스를 구상한다. 한말로 본작의 이야기의 핵심은 곧 현대사회, 특히나 일본의 그것의 변화에 영감되었다고 할 수 있을 것이다. 카츠라 스스로의 밝히기에는 본작의 주제는 즉 '자유'와 그 자유를 등장인물들이 어떻게 쟁취하느냐이다. 페르소나를 처음 접하는 사람에게 "주제에 있어 와닿"기를, 또한 강렬한 카타르시스로써 마음을 울리는 경험을 남기기를, 또한 삶에서 부딪히는 문제들을 풀어줄 실마리가 되기를 바람에서였다고 한다.