Po odwołaniu z Treblinki powrócił na stanowisko kierownika ośrodka w Bernburgu. Niewiele wiadomo na temat jego działalności w tym okresie. W 1943 roku ośrodek został zamknięty. Według zeznań Fritza Bleicha, innego uczestnika akcji T4, złożonych przed Trybunałem w Norymberdze, Eberl wraz z doktorami Georgiem Renno i Horstem Schumannem miał uczestniczyć w eksperymentach medycznych przeprowadzanych na więźniach obozu Auschwitz-Birkenau między październikiem 1943 i marcem 1944. W styczniu 1944 Eberl miał zostać powołany w szeregi Wehrmachtu, niemniej pozostał na liście płac Kancelarii Führera. W lipcu 1944 jego żona zginęła w alianckim nalocie lotniczym. W tym samym miesiącu Eberl wyjechał urzędowo, ale z nieustalonego powodu do Słowacji. Później został skierowany jako lekarz wojskowy na front zachodni, do 902. pułku piechoty. W kwietniu 1945 roku w Luksemburgu dostał się do amerykańskiej niewoli. Nie został rozpoznany jako oficer SS i komendant obozu zagłady. Będąc jeńcem wojennym pełnił funkcję lekarza w obozowym oddziale chorych na gruźlicę. Zwolniony został z obozu jenieckiego w Dietersheim 6 czerwca 1945.