Нові тяжкі випробування чекали на місто у Другій світовій війні. В березні 1945 року у Секешфегерварі й околицях тривали важкі бої між 5-ою танковою дивізією СС та військами радянського 3-го Українського фронту (Балатонська операція). В ході боїв майже половина будівель міста була зруйнована, загинуло понад 10 тисяч жителів.