לאחר שעלה וסילי שויסקי לשלטון החלה בדרום התקוממת איכרים. חלק ניכר של האוכלוסייה לא תמך בשלטונו. בנוסף, הופיע טוען חדש לכתר, דמיטרי הכוזב השני. לקראת סוף שנת 1608 רוב המדינה הייתה בשליטתו. בשליטת הצאר היו הערים מוסקבה, קולומנה, סמולנסק, ניז'ני נובגורוד, קאזאן וערים נוספות במזרח המדינה. כתוצאה מחולשת השלטון החלו פלישות של הורדת נוגאי וכוחות של חאנות קרים הגיעו עד לאזורים במרכז רוסיה, דבר שלא התרחש כבר תקופה ארוכה. במקביל, כוחות של פולנים וליטאים, שהיו חלק מצבא דמיטרי הכוזב השני, פלשו לערים רבות והטילו מיסים על ערים שבשליטתם. בתחילת שנת 1609, לצבא הצאר בראשות מיכאל סקופין-שויסקי היו מספר הצלחות בשדה הקרב, אך הוא גם הפסיד במספר קרבות חשובים. ממשלת שויסקי חתמה על חוזה עם שוודיה, לפיו הרוסים יעבירו שטחים נכבדים לשליטה שוודית בתמורה לתמיכה צבאית. כוחות של כ-15 אלף שכירי חרב שוודים הועברו לרוסיה. הצבא המשותף הצליח להתקדם בשדה הקרב והיו לו מספר הצלחות. המצור על מוסקבה הופסק ודמיטרי הכוזב השני נאלץ לעזוב את המחנה שלו בפרברי מוסקבה ולהימלט. ב-12 במרץ 1610 צבאו של מיכאל סקופין-שויסקי, אחיינו של הצאר ואסילי, נכנס למוסקבה. באופן מפתיע, ב-29 באפריל המפקד הצעיר והאהוד נפטר. קיימת גרסה לפיה הוא הורעל בהוראת וסילי שויסקי עצמו שפחד מהתמיכה בו בקרב האצולה ומהאהדה לה הוא זוכה. הצבא, תחת פיקודו של דמיטרי שויסקי, אחיו של הצאר, יצא ממוסקבה במטרה לשחרר את העיר סמולנסק ממצור של צבא זיגמונט השלישי, מלך פולין. ב-4 ביולי 1610 התרחש קרב קלושינו. הרוסים נחלו תבוסה מוחצת וצבאם התפזר. תוך זמן קצר וסילי שויסקי סולק מהשלטון על ידי הבויארים, הפולנים נכנסו למוסקבה וכל משפחת שויסקי הועברה לוורשה.