Vnitropoliticky se Kirchner například zaměřil na změnu ve složení Nejvyššího soudu, ve kterém v době jeho zvolení převládali pravicově smýšlející či konzervativní soudci. Postupně dosáhl toho, že v soudu zasedli jemu bližší soudci. Kirchner také odmítl smířlivou politiku vůči aktérům vojenské diktatury. V době jeho prezidentství byla před soud postavena řada bývalých generálů, admirálů a důstojníků, spojených s násilnostmi v době tzv. Špinavé války (Guerra Sucia).