1949 yılında ülkesinin Fransa koloni bölgesi olması nedeniyle koloni bölgesindeki Fransa ordusuna dahil olan Kountché, ilk önce Birinci Çinhindi Savaşı'na ardında da Cezayir Bağımsızlık Savaşı'na katılmıştır. 1957 yılında Astsubay rütbesine yükseltilen Kountché, ülkesi Nijer'in 3 Ağustos 1960 tarihinde bağımsızlığını elde etmesi neticesinde 1961 yılında Fransa ordusundan ayrılarak kendi ülkesinin ordusuna dahil olmuştur. 1965 yılından 1966 yılına kadar Paris'te bulunan bir subay okulunda eğitim gören Kountché, ülkesine Genelkurmay 2. Başkanı olarak atanmıştır. İlerleyen süreçte yarbay rütbesine terfi edilen Kountché, 1973 yılında Genelkurmay Başkanı olmuştur.