Erst nach der im Juni 1990 erfolgten Verhaftung von RAF-Aussteigern, die unter Mitwirkung des Ministeriums für Staatssicherheit (MfS) in der Deutschen Demokratischen Republik (DDR) untergetaucht waren, wurde Hofmanns Führungsrolle innerhalb der RAF in ihrer ganzen Bedeutung bekannt. 1995, kurz vor ihrer regulären Haftentlassung wurde sie ein zweites Mal angeklagt. Noch im selben Jahr wurde sie – maßgeblich auf Basis der Aussagen der DDR-Aussteiger – als Tatbeteiligte an der Entführung und Ermordung Hanns Martin Schleyers und wegen „verantwortlicher Mitwirkung“ am gescheiterten Anschlag auf den NATO-Oberbefehlshaber Alexander Haig zu einer lebenslangen Freiheitsstrafe unter Feststellung der besonderen Schwere der Schuld verurteilt. 1999 wurde sie vorzeitig auf Bewährung aus der Haft entlassen.