С трёхлетнего возраста увлекается футболом, играл в молодёжных клубах «Ронсберг», «Айнтрахт» (Хомбрух) и «Боруссия» (Дортмунд), в основном составе которого дебютировал в 2008 году. Проведя пять лет в основе рурского клуба, летом 2013 года перешёл в мюнхенскую «Баварию» за 37,0 млн €, что сделало его вторым самым дорогим немецким игроком в истории, после Месута Озила (50 млн €). За пять лет в Дортмунде Гётце выиграл два чемпионских титула и один Кубок страны, а также стал финалистом &lt;a href="%D0%9B%D0%B8%D0%B3%D0%B0%20%D1%87%D0%B5%D0%BC%D0%BF%D0%B8%D0%BE%D0%BD%D0%BE%D0%B2%20%D0%A3%D0%95%D0%A4%D0%90%202012/2013"&gt;Лиги чемпионов УЕФА 2012/2013&lt;/a&gt;. C «Баварией» Марио три раза подряд выиграл Чемпионат Германии, становился победителем Клубного чемпионата мира, а также стал обладателем Суперкубка УЕФА и двух Кубков Германии.