În 1776 coloniștii spanioli s-au stabilit în vârful peninsulei San Francisco, construind o fortareață la Golden Gate și o biserică numită în cinstea Sfântului Francisc din Assisi. Ca rezultat al goanei după aur în California în 1848, orașul a intrat într-o perioadă de creștere rapidă. După ce a fost devastat de cutremurul și incendiul din 1906, orașul a fost reconstruit rapid.