Sisällissodan jälkeen hänet nimitettiin Yleisesikunnan tiedusteluosaston päälliköksi, josta tehtävästä hän erosi 28. helmikuuta 1919 ja otti vastaan Viron Avustamisen Päätoimikunnan jäsenen tehtävät sotilaskomiteassa, jossa tehtävässä hän toimi 1. toukokuuta 1919 saakka, kunnes toukokuussa 1919 hän sai tehtäväkseen koota Pohjois-Inkerin vapaajoukon ja toimi sen perustamisen jälkeen joukon esikunnassa 17. syyskuuta 1919 saakka. Edellä mainitun joukon mukana hän otti osaa taisteluihin Kirjasalossa. Suomalaisten aktivistien toimeksiannosta Kuussaari myös kokosi inkeriläisistä 35 miehen iskuryhmän, joka suoritti 30. maaliskuuta 1919 sarjan pommi-iskuja Pietarin vesilaitoksen toimipisteissä. Suomalaisten tietojen mukaan iskuissa kuoli ainakin 16 ihmistä. Kuussaari otti osaa myös Aunuksen retkikunnan valmisteluihin. Armeijan palvelukseen hän astui uudelleen 1. huhtikuuta 1920 ja hänet sijoitettiin toimistoupseeriksi Yleisesikunnan tiedustelutoimistoon ja 1. toukokuuta 1922 alkaen osasto 2:n taloudenhoitajaksi, josta hänet siirrettiin 26. elokuuta 1927 Karjalan Kaartin rykmentin 1. pataljoonan komentajaksi ja 6. joulukuuta 1928 alkaen Yleisesikunnan liikekannallepanotoimiston päälliköksi. Kuussaari oli järjestämässä presidentti K. J. Ståhlbergin kyyditystä Helsingistä Joensuuhun 14. lokakuuta 1930 yhdessä Suomen Lukon sihteerin, hovioikeuden auskultantin Mikko Jaskarin kanssa, jonka seurauksena hänet erotettiin vakinaisesta palveluksesta 28. lokakuuta 1930. Korkein oikeus tuomitsi hänet teosta yhden vuoden ehdottomaan vankeusrangaistukseen. Yleisesikunnan sotahistoriallisen toimiston palvelukseen hän astui 1. syyskuuta 1932 ja tutki Aunuksessa ja Itä-Karjalassa Suomen sisällissodan aikana ja sen jälkeen käytyjen sotatoimien historiaa.