בשל חולשת האימפריה הרומית הקדושה, ניסה יוזף השני, קיסר האימפריה הרומית הקדושה לאחד את גרמניה תחת שליטת בית הבסבורג. בעקבות כך חבר קרל אוגוסט לפרידריך השני, מלך פרוסיה, ובשנת 1785 אף היה ממיסדי "ליגת הנסיכים". אולם על אף כל זאת נהג קרל אוגוסט בחכמה, וכשהוצע לו כתר הונגריה בשנת 1787 סירב לקבלו. בשנת 1788 הצטרף לצבא הפרוסי ומונה למפקד רגימנט, ולחם עמו בקרב ואלמי ובקרבות נוספים כנגד צרפת המהפכנית. בשנת 1806 השתתף בקרב ינה-אאורשטדט, ולאחר הקרב נבזזה העיר ינה על ידי הצרפתים. כדי למנוע את הפקעת נחלותיו, הצטרף קרל אוגוסט לקונפדרציה של הריין, ולחם עם הצרפתים בקרבות השונים, ובכלל זה בפלישה הצרפתית לרוסיה. בשנת 1809 איחד קרל אוגוסט את דוכסויות סקסוניה-ויימאר וסקסוניה-אייזנך לדוכסות אחת, בשם דוכסות סקסוניה-ויימאר-אייזנך.