A principios de la Guerra Civil libia, supuestamente "huyó", pero después de que la ciudad de Ras Lanuf fuera reconquistada por fuerzas progubernamentales, AP informó el 13 de marzo que pidió ayuda a Eni para apagar un incendio en la refinería de Ras Lanuf. El 16 de mayo, Al Arabiya y el Consejo Nacional de Transición informaron que Shukri Ghanem desertó a Túnez. Al día siguiente, funcionarios de seguridad tunecinos lo confirmaron.