Während des Novemberpogroms 1938 ist der Friedhof stark in Mitleidenschaft gezogen worden. Die jüdische Gemeinde wurde von der Stadt Rees aufgefordert, die Grabsteine aufzustellen und wieder Ordnung zu schaffen. 1941 wurde der letzte Vorsteher der Gemeinde gezwungen, den unbelegten nördlichen Teil des Friedhofs, 570 m², an die Stadt Rees abzutreten. Die Stadt Rees hat das in der NS-Zeit unrechtmäßig erworbene Gebiet nach dem Krieg nicht wieder zurückgegeben.