Eine Welle von Repressionen ab 1969 gegen Lehrende und Studenten ergab sich im Zuge der Beteiligung von Angehörigen der Universität an den Ereignissen des Prager Frühlings. Die Samtene Revolution am 17. November 1989 war dagegen nicht nur ein bedeutendes Ereignis für die tschechische Gesellschaft als Ganzes, sondern das Ende des Staatssozialismus hat der Universität neuen Schub gegeben. Tiefgreifende Reformen wurden begonnen.