Il nome deriva dal conflitto noto come Settembre nero in Giordania, che ebbe inizio il 16 settembre 1970, quando Re Husayn, in risposta ad una serie di attentati operati da palestinesi residenti in Giordania, si mosse per riprendere il totale controllo del suo paese. Il tentativo si concluse con la morte o l'espulsione dalla Giordania di migliaia di palestinesi. L'Organizzazione Settembre Nero prese vita come una piccola cellula di uomini di al-Fatḥ, determinati a vendicarsi dell'esercito giordano. Ad esso si unirono persone reclutate dall'FPLP, da al-Sāʾiqa e da altri gruppi.