I maj 1960 hölls det första parlamentsvalet i Kongo och största parti blev vänsternationalistiska MNC och högersinnade Alliance des Bakongo. Joseph Kasavubu från Alliance des Bakongo utsågs till president och Patrice Lumumba från MNC till premiärminister. Den nya statsbildningen kastades omedelbart ut i djup politisk kris, först gjorde arméstyrkor landsomfattande myteri och sedan utropade de mineralrika provinserna Katanga och Sydkasai sin självständighet. Kongokrisen kom att bli en av de svåraste internationella konflikterna på 1960-talet; den forna kolonialmakten Belgien vägrade att släppa de ekonomiska intressena i Katanga vilket ledde till direkt stöd till separatisterna, och oenigheterna eskalerade mellan president Kasavubu (som föredrog nära relationer med USA) och premiärminister Lumumba (som tvingades be Sovjetunionen om hjälp för att slå ner separatistupproren). FN-insatsen ONUC varade fram till år 1964 och hade bland annat inslag av svensk trupp. Krisen utmynnade i arméchefen general Joseph-Desiré Mobutus militärkupper med stöd av CIA, först 1961 och ånyo 1965. De olika upproren krossades av Mobutu som etablerade ett djupt korrumperat enpartisystem i landet, som 1966 bytte namn till Demokratiska republiken Kongo.