Фадл ибн Раби убедил аль-Амина провозгласить наследником трона малолетнего сына Мусу, что привело к конфликту с братом аль-Мамуном. Противоречия между братьями усилились в связи с отказом аль-Мамуна вернуть в Багдад под контроль аль-Амина войско эмира Харсамы, которое перед этим подавляло восстание Рафи ибн Лайса в Самарканде (809—811). Между братьями началась гражданская война, известная под названием «Четвёртая фитна». Аль-Амин направил против аль-Мамуна большое войско (ок. 50 тысяч) под командованием Али ибн Исы ибн Махана. Аль-Мамун не успел собрать большой армии и выставил против войска брата немногочисленные полки (до 10 тысяч) под руководством Тахира ибн Хусейна и Харсамы, чтобы задержать армию халифа. В состоявшемся 1 мая 811 г. сражении Тахир разгромил превосходящую армию аль-Амина и двинулся на Ирак. В 811—813 гг. полководцы аль-Мамуна захватили большую часть Ирака и в 812 г. осадили Багдад. Осада длилась около года. Сторонники аль-Амина упорно сопротивлялись, защищая каждую пядь земли в городе. Для населения Багдада армия аль-Мамуна представлялась иноплеменной, так как состояла главным образом из иранцев и тюрков, поэтому война носила межнациональный характер. В условиях блокады в городе начался голод; солдаты аль-Мамуна к осени 813 г. постепенно захватили ряд важных центров обороны. В этих условиях аль-Амин бежал, попытавшись уплыть на лодке, но был схвачен офицерами Тахира и казнён.