Kun Kongo itsenäistyi Belgian siirtomaavallasta vuonna 1960 ja Kongon kriisi alkoi, Kabila oli varakomentajana Patrice Lumumballe uskollisen Balubakat-puolueen nuorisosiivessä, joka osallistui taisteluun Moise Tshomben ajamaa Katangan itsenäisyysliikettä vastaan. Joseph-Désiré Mobutu syrjätti Lumumban pian sotilasvallankaappauksessa. Lumumbalaiset muodostivat Conseil National de Libérationin, ja Kabila lähetettiin Itä-Kongoon auttamaan vallankumouksen valmistelussa. Vuonna 1965 Kabila johti kapinaliikettä, joka toimi Tanganjika-järven yli Kigomasta Tansanian puolelta.