Ballack debuteerde op 28 april 1999 tegen Schotland als Duits international. Sindsdien speelde hij meer dan negentig interlands, waaronder op het EK 2000, WK 2002, EK 2004, WK 2006 en EK 2008. Ballack was ook geselecteerd voor het WK 2010, maar moest daarvoor met een enkelblessure afzeggen. Die liep hij op toen hij in mei 2010 met Chelsea FC de FA Cup-finale speelde tegen Portsmouth FC en Kevin-Prince Boateng hem tackelde.