Située en zone libre, la commune ne fut pas touchée par la guerre durant les premières années. En 1943, l’école ouverte par l’abbé Roussenq fut rejointe par une école de filles. Démobilisé, Antoine de Saint-Exupéry vint s’installer chez sa sœur à Agay le , il y rédigea en partie "Citadelle". Le , après avoir décollé de l’aéroport de Bastia-Poretta et être passé à proximité du château de sa sœur, il disparut en mer. Il était en mission de reconnaissance aérienne en vue d’une prochaine opération. Malgré les pressions de l’amiral Henri Nomy pour épargner la commune, cette opération frappa durement la commune. Baptisée opération Anvil Dragoon, elle commença par un bombardement en vue de détruire le viaduc ferroviaire entre Anthéor et Le Trayas, mais ce fut le quartier d’Agay qui fut détruit. Dans la nuit du , des commandos prirent position sur la voie ferrée côtière. Le à huit heures du matin, la d’infanterie baptisée "Camel Force" débarqua sur la plage du Dramont ("Green Beach"), la calanque d’Anthéor ("Blue Beach") et la plage du Veillat à Saint-Raphaël ("Red Beach"), suivie le par l’Armée B du général d'armée de Lattre de Tassigny.