Pierwszymi zadaniami nowej fregaty była ochrona amerykańskich statków handlowych w czasie quasi-wojny z Francją i walka z piratami w czasie I wojny berberyjskiej. Podczas wojny roku 1812 „Congress”, wraz z siostrzaną fregatą USS „President”, odbył kilka długich oceanicznych rejsów i zdobył (lub uczestniczył w zdobywaniu) 20 brytyjskich statków. Pod koniec 1813 roku, wobec braku materiałów na remont, okręt został odstawiony do rezerwy. Wrócił do służby w roku 1815, by wziąć udział w II wojnie berberyjskiej. W latach dwudziestych XIX wieku brał udział w zwalczaniu piractwa w Indiach Zachodnich, a nadto odbył kilka podróży do Ameryki Południowej i był pierwszym amerykańskim okrętem wojennym, jaki zawinął do Chin. Ostatnie dziesięć lat służby „Congress” spędził jako hulk mieszkalny, aż został, w roku 1834, skreślony z listy okrętów US Navy i rozebrany.