Одним из слабых мест «Лексингтона» была система ПТЗ. Мало того, что по меркам Второй мировой войны подводная защита от взрыва 182 кг ТНТ была уже недостаточной, и при торпедном попадании авианосец должен был больше рассчитывать на развитую систему борьбы за живучесть и хорошее деление на отсеки, чем на стойкость ПТЗ. Проблемой стало и использование полостей ПТЗ для хранения авиационного топлива. В результате во время боя в Коралловом море на «Лексингтоне» цистерны и трубопроводы получили повреждения в результате торпедного попадания. И взрыв скопившихся паров авиационного бензина затем стал основной причиной гибели авианосца. Ещё одним недостатком, возможно, ставшим одной из причин гибели корабля, стала плохая манёвренность авианосцев типа «Лексингтон». Из-за больших размеров и большого соотношения длины к ширине (8:1) диаметр тактической циркуляции составлял 1780 м против 722 м у авианосцев типа «Йорктаун».