ביולי 1968 מונה למפקד פיקוד המרכז. בתפקיד זה ניהל את הלחימה כנגד מחבלים שחצו את הירדן. בתקופה זו, לפני אירועי ספטמבר השחור של 1970, חדרו חוליות מחבלים רבות לבקעת הירדן. זאבי השתתף ביותר מ-120 מרדפים שנערכו באזור זה. כמפקד פיקוד המרכז, שסמלו אריה, העניק לו משה דיין גורת אריות שקיבל מאציל צרפתי. הוא מנע מלהקת הנח"ל לשיר את "שיר לשלום" שכתב יעקב רוטבליט, בתחומי פיקוד המרכז, באמרו שהשיר מכיל תכנים תבוסתניים. תחת זאת ביכר את השיר "הימים האחרים" שכתב ידידו חיים חפר (בשנת 1971 כתב חפר את השיר "האיש מן הבקעה" לבקשת זאבי).