En junio de 1942 fue nombrado primer comandante de la 5.ª Brigada de Montenegro del ejército partisano. Su unidad tomó parte en 1942 en la campaña de Bosanska Krajina -operación contra guarniciones del NDH que puso bajo control partisano una gran parte de Bosnia. En febrero y marzo de 1943, durante la Batalla del Neretva, (en clave "operación Weiss") Kovačević lideró a su brigada en los ataques en Prozor contra los italianos, uniéndose a los defensores de Konjic contra la ofensiva del Eje. El 6 de junio, durante la Batalla del Sutjeska (en clave "operación Schwarz") se convirtió en comandante de la 3.ª División de Asalto. Su división cubría la retaguardia de otras unidades -entre las que se encontraban los líderes del movimiento, incluido Tito- que, al mando de Koča Popović, consiguieron romper el cerco a que los alemanes les habían sometido.