Mezi militantní frakce Fatahu patří Fatah Hawks, Tanzim a Brigády mučedníků Al-Aksá. První zmiňovaná organizace hrála klíčovou roli během první intifády. Fatah hrál důležitou roli prostřednictvím Jásira Arafata a zastřešující OOP ve vyjednávání mírového procesu (Mírová dohoda z Osla), které ukončilo první intifádu. Po podepsání těchto mírových dohod (13. září 1993 ve Washingtonu) bylo křídlo Fatah Hawks rozpuštěno. Již za dva roky však Fatah ustanovil nové militantní jednotky Tanzim. Jednotky Tanzim, neoficiálně označovány jako Arafatova armáda, měly být protiváhou palestinským islamistickým skupinám Hamás a Palestinský islámský džihád a zároveň jako útvar schopný zasahovat proti Izraeli. Na rozdíl od jiných teroristických skupin zasahují jednotky Tanzim pouze na území Palestinské autonomie a odmítají sebevražedné atentáty. Izraelské armádě se podařilo v dubnu 2002 zatknout vůdce Tanzimu Marwana al-Barghoutiho a izraelský soud ho následně odsoudil k několika doživotním trestům. Organizace Brigády mučedníků Al-Aksá byla vytvořena po vypuknutí druhé intifády. Brigády mučedníků Al-Aksá organizovaly a spáchaly velký počet teroristických ozbrojených a sebevražedných útoků proti občanům Izraele. Tato odnož Fatahu je na seznamu teroristických organizací.