У 2002 році став наступником Хосе Антоніо Камачо на посаді очільника національної збірної Іспанії. Під керівництвом Саеса головна іспанська збірна кваліфікувалася до фінальної частини Євро-2004, проте на полях Португалії, де проходила континентальна першість, неочікувано припинила боротьбу вже на груповій стадії. Розпочавши турнір з мінімальної перемоги над аутсайдерами групи збірною Росії, іспанці спочатку звели унічию гру зі збірною Греції, а згодом програли господарям турніру португальцям. В результаті збірна Іспанія набрала чотири очки, стільки ж як й майбутні несподівані переможці турніру, греки, втім за додатковими показниками пропустила грецьку збірну уперед, ставши лише третьою. Після такого незадовільного результату на континентальному чемпіонаті Саес залишив національну команду.