Witez II n'a qu'un an lorsque l'Allemagne nazie envahit la Pologne en 1939. L'Union soviétique et l'Allemagne occupant le pays, le haras de Janów est temporairement évacué. Cependant, bien que Janów soit du côté allemand de la ligne Curzon, l'armée rouge a confisqué la plupart des reproducteurs matures comme butin de guerre. Witez II, ainsi que la plupart des jeunes chevaux, ont évité ce sort et ont finalement été renvoyés à Janów, placé sous la direction de l'armée allemande. En tant que jeune cheval, il est mis à l'entraînement de course, mais en raison de l'annulation des courses de chevaux pendant l'occupation de la Pologne, il n'a pas couru sur la piste. Il est mis à la reproduction, d'abord à Janów, puis à Hostau (actuelle République tchèque), où les nazis ont rassemblé de races différentes depuis toutes les régions du Troisième Reich. Selon l'historienne Margaret E. Derry, l'objectif de ce programme d'élevage est de donner naissance à des « super-chevaux ».