1937 folgte er der Einladung des Kinoregisseurs Leonid Obolenski, um im damaligen Aschchabad, der Hauptstadt der Turkmenischen SSR, ein Opernstudio aufzubauen. Er beschäftigte sich intensiv mit der Folklore des Landes und schuf nach einem Stoff des turkmenischen Klassikers Mollanepes die Oper "Зохре и Тахир", eine der ersten turkmenischen Opern. Mit diesem Werk wurde am 6. November 1941 das Turkmenische Opern- und Ballett-Theater eröffnet – in der Hauptrolle sang Annagul Annakuliyeva. Schaposchnikow komponierte weitere Opern, zum Teil – wie vom Sowjetregime gefördert – in Zusammenarbeit mit turkmenischen Komponisten, u. a. "Шасенем и Гариб" (1944) mit Daňatar Öwesow und "Кемине и казы" (1947) mit Weli Muhadow. Er schuf in dieser Zeit auch Chorwerke nach Texten des turkmenischen Poeten Magtymguly Pyragy (1941) und ein Klavierkonzert nach turkmenischen Themen (1947). Beim Erdbeben von Aschchabad 1948 zählte er zu den vielen Verletzten, die aus den Trümmern geborgen werden konnten, und wurde zurück nach Moskau verbracht. Dort beschäftigte er sich weiterhin mit turkmenischer Volksmusik und mit der Weiterentwicklung des dortigen Musiklebens. Dafür erhielt er in seinem letzten Lebensjahr 1967 den Ehrentitel „Verdienter Künstler der Turkmenischen SSR“.