En 1848, compte tenu des événements politiques consécutifs à la Révolution de février, la compagnie subit la forte baisse du cours des actions des chemins de fer, qui se poursuit par un effondrement des banques qui suspendent leurs avances et prêts. S’y ajoutent les troubles sociaux des journées révolutionnaires. En 1849, apparaît une timide reprise de l’activité locale contrebalancée par de mauvaises récoltes, le choléra, et une crise métallurgique dans le Centre faisant refluer vers le sud la houille non consommée et donc infléchissant le prix de la houille des Cévennes à la baisse. Face à la concurrence des transporteurs parallèles à la voie ferrée qui se sont organisés pour baisser leur prix, la compagnie demande une baisse de ses tarifs en avril 1849 mais l’administration n’y répond favorablement que début 1850. En 1850, la compagnie entreprend quelques travaux : renouvellement du ballast, entrepôt de charbon à Alès, double voie dans le tunnel des Pèlerins.