Die Synagoge war entwidmet und am 7. November 1938 für 600 Reichsmark an den benachbarten Tischlermeister August Teßmer verkauft worden, der sie fortan als Lagerraum nutzte. Dennoch wurden in der Pogromnacht 1938 die Fenster des Gebäudes eingeschlagen, die noch vorhandenen Einrichtungsgegenstände aus dem Gebäude geholt und auf dem Marktplatz verbrannt. SA-Truppen nahmen in jener Nacht alle jüdischen Einwohner des Ortes fest und brachten sie ins benachbarte Norden, wo auch andere Juden aus dem Landkreis zusammengetrieben wurden. Alte, Frauen und Kinder wurden am Morgen des 10. November entlassen, die Männer ins KZ Sachsenhausen deportiert, aus dem sie erst nach Wochen zurückkehrten. In der Folgezeit versuchten die letzten Juden, soweit sie dazu in der Lage waren, Dornum beziehungsweise Deutschland zu verlassen. Am 13. September 1939 lebten in Dornum noch 8 jüdische Mitbürger. Am 8. März 1940 wurde die Ortschaft als „judenfrei“ gemeldet.