Sein Debüt im Dress der mexikanischen Nationalmannschaft gab Mendoza am 17. November 1998 in einem Freundschaftsspiel gegen El Salvador, das mit 2:0 gewonnen wurde. Sein letzter Länderspieleinsatz fand am 31. März 2004 in einem Testspiel gegen Costa Rica statt, das ebenfalls mit 2:0 gewonnen wurde. Sein einziges Länderspieltor erzielte Mendoza beim 1:2 gegen Jugoslawien am 13. Februar 2002. Neun von elf Länderspielen, in denen Mendoza mitwirkte, waren Testspiele; seine beiden einzigen Pflichtspieleinsätze fanden im Rahmen des CONCACAF Gold Cup 2000 gegen Guatemala (1:1) und Kanada (1:2 nach Golden Goal) statt.