Die Gegenreformation setzte in dem während der Reformation weitgehend protestantisch gewordenen Land erst ab den 1570er-Jahren ein. Ein Bauernaufstand wurde 1597 blutig niedergeschlagen. Der Dreißigjährige Krieg schien lange Zeit das Weinviertel wenig zu berühren, lediglich zu Beginn dieses langen Krieges, als Graf Heinrich Matthias von Thurn mit dem Heer der aufständischen Böhmen auf Wien vorrückte, wurde einige Orte entlang der heutigen Brünner Straße geplündert. Gegen Ende des Krieges kam es jedoch weit schlimmer: Bei Jankau in Böhmen, etwa 60 km südöstlich von Prag, fand die letzte große Schlacht des Dreißigjährigen Krieges statt.