Na zijn actieve carrière begon Stábile aan een succesvolle trainersloopbaan. Hij had al enige ervaring opgedaan bij Genoa, waar de voormalige spits als co-trainer fungeerde, en bij Red Star Paris als speler-trainer. Stábile was voor de uitbraak van de Tweede Wereldoorlog teruggekeerd naar Argentinië waar hij van 1939 tot 1958 eindverantwoordelijke werd van het nationale elftal. In deze periode loodste hij Argentinië zesmaal naar de winst van de Copa América (1941, 1945, 1946, 1947, 1955 en 1957). Dit kwam voornamelijk door de aanwezigheid van spelers van River Plates, dat begin jaren 40 de bijnaam "La Máquina" (de machine) droeg en bestond uit Juan Carlos Muñoz, José Manuel Moreno, Adolfo Pedernera, Ángel Labruna, en Félix Loustau. Nadat Tsjecho-Slowakije in 1958, tijdens de eerste ronde van het WK, Argentinië naar huis stuurde met een 6-1 nederlaag, eindigde het bondscoachschap van Stábile. In 1960 werd hij als bondscoach van Argentinië teruggevraagd en leidde hij zijn land naar de eindoverwinning bij het Pan-Amerikaanse voetbalkampioenschap.