Estallada la Guerra Civil y desde el año 1936 hasta la caída de Bilbao, en junio de 1937, toda la línea pasa a ser gestionada por los Ferrocarriles de Euzkadi, manteniéndose el servicio durante la contienda sin interrupciones significativas. En 1936 el ayuntamiento de Santander decide derribar la antigua estación de la Costa, habilitando una estación provisional hasta la construcción de la actual estación conjunta para el servicio de Renfe, Ferrocarril Cantábrico y Ferrocarriles de Santander a Bilbao en 1947.