Juhanan jälkeen valtaan nousi 1557 kolmevuotias Sebastian I. Hän alkoi jo nuorena kiinnostua fanaattisesti Marokkoon suuntautuvasta ristiretkestä, jonka avulla kristityt voisivat vallata Pohjois-Afrikan takaisin muslimeilta. Sebastianin joukot tuhottiin täysin 4. elokuuta 1578 käydyssä Ksar el-Kebirin taistelussa. Noin 8 000 portugalilaista sotilasta kaatui taistelussa, myös itse kuningas Sebastian.