С августа 1863 года по март 1864 Уоррен командовал Вторым корпусом — сменив на этой должности Уинфилда Хэнкока. В этой должности он хорошо проявил себя в сражении при Бристо-Стейшен. Во время сражения при Майн-Ране он получил приказ атаковать армию Ли, но предположил, что может попасть в ловушку и отказался выполнять приказ главнокомандующего. Мид был крайне рассержен, хотя и признал правоту Уоррена в этом деле.