Budynek powstał w latach 1596 – 1601 według projektu Jana Eckarda, a przeznaczony był na bursę dla uboższej młodzieży Gimnazjum Akademickiego. Inicjatorem jej powstania był ówczesny burmistrz Torunia Heinrich Stroband. Uroczyste otwarcie obiektu miało miejsce 1 stycznia 1601 roku. W 1724 roku, po tumulcie toruńskim, władze miasta straciły dotychczasową siedzibę Gimnazjum mieszczącą się w sąsiedztwie kościoła NMP, lokując szkołę oraz jej bibliotekę w budynku bursy. W 1807 roku w czasie wojny napoleońskiej zorganizowano w nim francuski szpital polowy. W 1855 roku, po przeprowadzce Gimnazjum do nowej siedziby przy ul. Zaułek Prosowy 1, w obiekcie bursy umieszczono szkoły żeńskie.