В 1987 году в составе молодёжной сборной Чили Гонсалес занял четвёртое место. В 1993 году он дебютировал за сборную Чили. В 1997 году Педро принял участие в розыгрыше Кубка Америки. На турнире он сыграл в матчах против сборных Эквадора и Аргентины.