В края на 1806 година Круковецки постъпва в Наполеоновата армия, воюваща срещу съюзените Русия и Прусия в полските земи. Първоначално е щабен офицер, но скоро след това получава командването на батальон, с който остава в армията на Варшавското херцогство. Участва във войната с Австрия през 1809 година, когато достига до чин полковник, и в похода на Наполеон в Русия през 1812 година. По време на този поход през август е ранен тежко в битката за Смоленск. През пролетта на 1813 година, когато бойните действия се пренасят в Германия, Круковецки получава званието генерал и командването на кавалерийска бригада, но губи вяра в успеха на Наполеон. По време на Лайпцигската битка проявява неподчинение и отвежда отряда си от поверения му участък. Не след дълго полага клетва за вярност на руския цар Александър I.