Auer immatrikulierte sich am 29. September 1752 als Student an der Universität Königsberg. 1754 wurde er als Junker im Dragonerregiment „von Schorlemer“ der Preußischen Armee angestellt. Zunächst als Fähnrich, später als Sekonde- und Premierleutnant kämpfte Auer während des Siebenjährigen Krieges bei Groß-Jägersdorf, Zorndorf, Kay, Liegnitz sowie Freiberg und war bei der Belagerung von Dresden. Im Dezember 1770 wurde er dann Stabskapitän und nahm 1778/79 am Bayerischen Erbfolgekrieg teil. Auer blieb zeit seines Lebens mit seinem Regiment verbunden. Er wurde Eskadronchef und stieg im April 1790 zum Regimentskommandeur auf. Anlässlich einer Revue in Königsberg erhielt Auer am 7. Juni 1802 den Orden Pour le Mérite. Im Jahr darauf ernannte ihn König Friedrich Wilhelm III. zum Regimentschef und beförderte ihn am 20. Mai 1803 zum Generalmajor.