Maajoukkuedebyyttinsä Cissé teki toukokuussa 2002 ottelussa Belgiaa vastaan. MM-kilpailuissa 2002 hän pääsi vaihtopelaajana kentälle Ranskan kaikissa kolmessa ottelussa. Hän ei päässyt EM-kisoihin 2004, koska oli pelikiellossa, ja vuoden 2006 MM-kisat jäivät väliin, sillä hän mursi oikean jalkansa epäonnekkaasti päivää ennen kisojen alkua harjoitusottelussa Kiinaa vastaan.