Isma’il Hanijja urodził się w obozie dla uchodźców Asz-Szati, w Strefie Gazy. Jego rodzice zostali uchodźcami po opuszczeniu swego rodzinnego miasta, dzisiejszego Aszkelonu, w czasie wojny o niepodległość Izraela w 1948. W 1987 Hanijja ukończył studia na Uniwersytecie Islamskim w Gazie na kierunku literatura arabska. W 1989 został zatrzymany na trzy lata przez władze izraelskie za swój udział w Pierwszej Intifadzie. Po opuszczeniu więzienia w 1992, został deportowany do Libanu. Rok później powrócił jednak do Gazy, gdzie objął posadę na dziekana Uniwersytetu Islamskiego.