Sementara di bawah komando Halsey sebagai Armada Ketiga, armada ini beroperasi di dan sekitar Kepulauan Solomon, Filipina, Formosa, Okinawa, Kepulauan Ryukyu, dan Kepulauan Jepang, pertama dengan kapal perang dan, dari Mei 1945 hingga akhir perang, kapal perang sebagai kapal andalannya. Sebagai Armada Ketiga, ia ambil bagian dalam kampanye Kepulauan Palau September-November 1944 dan kampanye Filipina 1944–1945, mengalahkan Angkatan Laut Kekaisaran Jepang dalam dua dari empat aksi besar - Pertempuran Laut Sibuyan dan Pertempuran Cape Engaño - yang merupakan Pertempuran Teluk Leyte pada Oktober 1944, menghadapi Topan Cobra yang merusak pada bulan Desember 1944, mengalami Topan Connie pada Juni 1945, dan ikut serta dalam operasi terakhir perang di perairan Jepang pada musim panas 1945, meluncurkan udara serangan ke Tokyo, pangkalan angkatan laut di Kure, dan pulau Hokkaidō dan membombardir beberapa kota pantai Jepang dengan tembakan senjata laut.