חמש עשרה מרכזי הלמהולץ שותפים ליוזמת האקלים האזורי של הלמהולץ (בגרמנית: Regionale Klimainitiative, באנגלית: The Helmholtz Climate Initiative Regional Climate) במטרה להתמודד עם יחסי הגומלין בין האטמוספירה, מדף קרח הים, האוקיינוס ומשטחי היבשה. יחסי גומלין אלה קובעים את האקלים של כדור הארץ. היוזמה באה בעקבות פרסום דין וחשבון מיוחד על שינויי האקלים בעולם, של הפאנל הבין־ממשלתי לשינויי אקלים (IPCC) בוועידת האומות המאוחדות לשינוי אקלים (2015). יוזמת האקלים החדשה של הלמהולץ הושקה ב־1 ביולי 2019 במימון ראשוני של 12 מיליון אירו לשנתיים. היוזמה תתמקד בשני תחומים מרכזיים; "צמצום פליטות" ו"התאמה להשפעות שינויי האקלים".