El Director General de la Policía Judicial, Joao Biague, anunció que el exjefe de inteligencia, Samba Diallo, fue asesinado poco después de que cerraran las urnas. El 12 de abril, elementos del ejército fraccionalizado dieron un golpe de Estado, lo que condujo al arresto de ambos candidatos de la segunda vuelta por el Comando Militar y al llamamiento a un gobierno de unidad nacional.