Aufgrund seiner Erfahrungen als sklavenhaltender Pflanzer zweifelte er an den ökonomischen Vorteilen dieser Institution, außerdem sprach er sich anfangs gegen eine Sezession aus. Nach dem Ausbruch des Krieges legte er sein Senatorenamt nieder, um in der Miliz des Staates als einfacher Soldat zu dienen. Der Gouverneur von South Carolina ernannte ihn jedoch zum Regimentskommandeur. Trotz eines völligen Mangels an militärischer Bildung organisierte der frischgebackene Offizier die "Hampton’s Legion". Die Aufstellung dieses aus sechs Kompanien Infanterie, vier Kompanien Kavallerie und einer Batterie Artillerie bestehenden Verbandes finanzierte Hampton größtenteils aus seinem eigenen Vermögen (er ließ für seine Männer Geschütze und begehrte Enfield-Gewehre aus England importieren). In der ersten Schlacht am Bull Run spielte Hamptons Legion eine entscheidende Rolle bei der Verteidigung des Henry Hill, wobei Hampton verwundet wurde. Er genas rechtzeitig, um, am 23. Mai 1862 zum Brigadegeneral befördert, das Kommando über eine Infanteriebrigade während des Halbinsel-Feldzuges im Frühjahr 1862 zu übernehmen. Bei Seven Pines wurde Hampton erneut verwundet, kehrte aber bereits Ende Juli in den aktiven Dienst zurück und übernahm eine Kavalleriebrigade unter J.E.B. Stuart, jedoch unter der Bedingung, so bald wie möglich zur Infanterie zurückzukehren. Als ihm im Dezember 1862 das vakant gewordene Kommando einer Infanteriebrigade angeboten wurde, lehnte Hampton indes ab. Er führte seine Truppen bei Antietam, dem Chambersburg-Raid und Gettysburg, wo er sowohl am zweiten Tag als auch in einem Kavalleriegefecht am dritten Tag der Schlacht gleich mehrere Verwundungen erlitt. Am 3. September 1863 wurde er – mit Wirkung vom 3. August – zum Generalmajor befördert, allerdings konnte er aufgrund der Schwere seiner Verwundungen erst am 5. November 1863 das Kommando seiner Kavalleriedivision antreten.