Ab 1. Oktober 1864 war Voigts-Rhetz als Lehrer an der Kriegsakademie tätig. Mitte Mai 1866 wurde er zum Generalstab der 2. Garde-Division kommandiert und nahm als Oberstleutnant während des Krieges gegen Österreich u. a. an den Schlachten bei Trautenau und Königgrätz teil. Nach Kriegsende ernannte man ihn am 30. Oktober 1866 zum Chef des Generalstabes des III. Armee-Korps unter Friedrich Karl von Preußen. Ende des Jahres wurde Voigts-Rhetz zusätzlich auch Mitglied der Studienkommission für die Kriegsschulen. 1868 zum Oberst befördert, nahm Voigts-Rhetz nun unter dem Kommandierenden General Constantin von Alvensleben 1870/71 am Krieg gegen Frankreich teil. Dabei kam er u. a. in den Schlachten bei Spichern, Vionville, Gravelotte, Beaune-la-Rolande, Orléans, Le Mans sowie der Belagerung von Metz zum Einsatz. Für seine Leistungen erhielt er neben beiden Klassen des Eisernen Kreuzes auch die höchste preußische Tapferkeitsauszeichnung, den Orden Pour le Mérite.