Tšekkoslovakian jakauduttua Tšekki muodosti oman maajoukkueensa. Itsenäinen Tšekki eteni ensimmäistä kertaa EM-kilpailuihin vuonna 1999. Maa sijoittui kuudentoista maan turnauksessa kahdenneksitoista ja joukkueen pelaajista Luboš Bartoň oli turnauksen pistetilastossa toinen (18,7/ottelu). Seuraavan kerran Tšekki selviytyi arvokisoihin vuonna 2007. Tällöin maa sijoittui EM-kisoissa kolmanneksitoista hävittyään kaikki alkusarjan ottelunsa. Vuonna 2013 Tšekki pelasi jälleen EM-kisoissa. Se voitti alkulohkossaan Georgian ja Puolan mutta hävisi isäntämaa Slovenialle sekä Espanjalle ja Kroatialle eikä päässyt jatkoon ja sijoittui turnauksessa 13:nneksi. Vuoden 2015 EM-kilpailuissa Tšekki sijoittui seitsemänneksi mutta jäi kaksi vuotta myöhemmin EM-kisoissa alkulohkoon.