Er wurde mehrfach befördert und kam in der Funktion eines Aide-de-camp in den Stab von Marschall Claude-Victor Perrin gen. Victor. Als solcher nahm er an den Kämpfen bei Montebello (9. Juni 1800) und Marengo (14. Juni 1800). Als der zweite Koalitionskrieg mit dem Frieden von Amiens (25./27. März 1802) beendet wurde, konnte Thomières mit seinen Truppen wieder nach Hause zurückkehren.