En 1943, tras la ocupación por los aliados del norte de África y la pérdida de iniciativa alemana en el frente del este, el Gobierno español volvió a declararse neutral y anunció la retirada de la mayoría de los integrantes de la División Azul. Al mismo tiempo, el Ejército fue reorganizado con la creación de un Grupo de Divisiones de Reserva, integrado por tres divisiones de infantería, el refuerzo de las divisiones de montaña y de las fuerzas de defensa de bases navales, y la creación de una división acorazada. Con el Programa Bär se intentó adquirir armamento alemán para reequipar a los ejércitos, pero las necesidades propias de Alemania solo permitieron la transferencia de materiales en una cantidad inferior a la deseada por España. El año siguiente se creó una nueva región militar con capital en Granada para defender mejor el sur de España ante una posible invasión. La liberación aliada del sur de Francia dio libertad de acción a los republicanos españoles en Francia, que se trasladaron a áreas próximas a la frontera con España para preparan una invasión, cruzando la frontera pirenaica en octubre de 1944 en la llamada invasión del Valle de Arán, pero fracasando al no realizarse el esperado levantamiento popular y al contraatacar el Gobierno con tropas de montaña, legionarios y regulares. La resistencia por parte de las guerrillas republicanas continuó –no solo en el Pirineo, sino también en otras zonas de España– por varios años, y fue reprimida por fuerzas de la Guardia Civil y la Policía Armada, tabores de regulares, y otras unidades del Ejército.