ב־17 ביולי 1775, הקונגרס הקונטיננטלי השני החליט לבחור את בדפורד לסגן המפקד הכללי בניו יורק לצבא הקונטיננטלי, במהלך מלחמת העצמאות האמריקאית. ב־28 בפברואר 1776 הוא הוצב בקנדה כדי לגייס שם חיילים . ב־18 ביוני 1776 הועלה לתפקיד אלוף והועבר לניו יורק. הוא שימש זמן קצר כעוזר לגנרל ג'ורג 'וושינגטון.