Халкидонский собор (451) прошёл без участия армянских епископов, и его решения армянские клирики отказались признавать. На II Двинском соборе (554) определения Халкидонского собора и исповедание святителя Льва Великого были отвергнуты и осуждены что ознаменовало отпадение армянской церкви от Православия. Тем не менее, впоследствии значительная часть армян на территории Армении, входившей в состав Византии, оставалась в общении с Вселенской Церковью перейдя в Константинопольский патриархат. После вторжения в византийские владения турок-сельджуков (со второй половине XI века) православные армяне вынуждены были перейти в юрисдикцию Грузинского патриархата.