제1차 바르바리 전쟁 기간에는 USS 애덤스(USS "Adams") 함상에서 복무를 하다가, 이후 데르나 함락 때 USS 노틸러스(USS "Nautilus")를 지휘하게 된다. 1806년에 시작하여, 그는 슬루프 USS 리벤지(USS "Revenge")를 지휘하여 통상금지법 (1807년)을 강제하기 위한 순항 활동에 종사하며 스페인령 플로리다에서 미국 배를 탈환하는 성공적인 임무를 수행했다. 1811년 1월 9일 리벤지호는 로드아일랜드로 돌아가다가 좌초되었다. 배를 구할 수 없음을 재빨리 파악하고서, 페리는 선원들을 구하는데 집중을 했다. 함미로 그들에게 로프를 내린 후에 그는 마지막으로 그 배를 떠났다. 그리하여 뒤이은 회부된 군법회의에서 선원들의 탓으로 책임을 돌리고 페리는 면책을 받았다. 2011년 1월, 한 다이버 팀이 리벤지 호의 난파 잔해를 발견했는데, 침몰 후 약 200년이 지난 것이었다.