७ जून १९६९ रोजी त्यांनी जनरल कुमारमंगलम यांच्याकडून सैन्यप्रमुख पदाची सुत्रे हाती घेतली. १९७१ च्या पूर्व पाकिस्तानातील घडामोडींनंतर भारतात मोठ्या प्रमाणावर निर्वासितांचा लोंढा येऊ लागल्याने माणेकशॉ यांचे सेनापतीपद कसाला लागले. या घडामोडींची परिणीती १९७१ च्या भारत-पाक युद्धात झाली. या युद्धात भारताने माणेकशॉ यांच्या नेतृत्वाखाली पाकिस्तानचा जबरदस्त पराभव केला व बांगलादेशाची निर्मिती केली.