W reprezentacji Szwajcarii Berner zadebiutował 15 sierpnia 2001 roku w wygranym 2:1 towarzyskim spotkaniu z Austrią. W 2004 roku został powołany przez Jakoba Kuhna do kadry na Mistrzostwa Europy w Portugalii, jednak był tylko rezerwowym i nie zagrał w żadnym spotkaniu.