Anna Pfeffer gewann ihre erste internationale Medaille bei den Weltmeisterschaften 1966 in Ost-Berlin. Im Zweier-Kajak erkämpfte sie hinter den Booten aus der DDR und der Sowjetunion die Bronzemedaille zusammen mit Katalin Benkö. Zwei Jahre später gewann sie mit Katalin Rozsnyói die Silbermedaille bei den Olympischen Spielen 1968 in Mexiko-Stadt hinter den westdeutschen Roswitha Esser und Annemarie Zimmermann mit einer Hundertstelsekunde Vorsprung auf Ljudmila Pinajewa und Antonina Seredina aus der Sowjetunion. Im Einer-Kajak erreichte Pfeffer in Mexiko-Stadt zwar das Finale, gab aber auf.