เอลาซาร์ยังคงอยู่ในกองกำลังป้องกันอิสราเอลหลังสงคราม โดยถ่ายโอนไปยังกองกำลังติดอาวุธในสงครามไซนายปี ค.ศ. 1956 เขาทำหน้าที่ในฐานะรองผู้บัญชาการกองกำลังของไฮม์ บาร์-เลฟ โดยเข้ารับตำแหน่งผู้บัญชาการกองพลยานเกราะในปี ค.ศ. 1961 เขายังคงอยู่ในตำแหน่งนี้จนกระทั่งปี ค.ศ. 1964 เมื่อเขาได้รับการแต่งตั้งเป็นหัวหน้าของหน่วยบัญชาการภาคเหนือ ซึ่งเป็นตำแหน่งที่เขาดำรงอยู่จนถึงปี ค.ศ. 1969 ในช่วงสงครามหกวันของปี ค.ศ. 1967 เขาเป็นผู้สนับสนุนที่สำคัญสำหรับการยึดครองยุทธศาสตร์ที่ราบสูงโกลัน ซึ่งเป็นส่วนหนึ่งของประเทศซีเรีย และเขาคุมการเข้ายึดครองในเวลาเพียงสองวัน