В составе чёрно-белых Бугаев провёл успешный сезон 2004 года, был приглашён Георгием Ярцевым в национальную сборную, поехал в её составе на чемпионат Европы в Португалию. В межсезонье руководство «Торпедо» решило принять предложение о продаже Бугаева в московский «Локомотив».