Pir Hasan musiał walczyć o władzę nad Kara Kojunlu z synem Kara Mehmeda, Kara Jusufem (1389–1420), i ostatecznie zmarł w roku 1391. Wkrótce Kara Jusuf stanął jednak w obliczu kolejnych najazdów Timura i chociaż wykorzystując jego odejście udało mu się kilkakrotnie odbić Tebriz, to w obliczu przewagi przeciwnika udał się on w roku 1400 na wygnanie do Osmanów, a gdy w roku 1402 Timur pokonał Bajazyda (1389–1402) pod Ankarą do Iraku i ostatecznie mameluckiej Syrii. W roku 1406 Kara Jusuf powrócił do wschodniej Anatolii i pokonał pod Nachiczewanem panującego w Azerbejdżanie wnuka Timura, Aba Bakra (1405–1408). Zdobycie Azerbejdżanu zostało przypieczętowane zwycięstwem pod Sard Rud w pobliżu Tebrizu w roku 1408, w której to bitwie zginął syn Timura Miranszah (1405–1408). Te sukcesy Kara Jusufa wywołały zazdrość Dżalajirydy Ahmada, który zajął Tebriz, jednak w roku 1410 został pokonany przez przywódcę Kara Kojunlu i zabity. Jego terytoria w Iraku zostały zdobyte przez syna Kara Jusufa Szaha Mehmeda (1412–1433), który rządził nimi, początkowo w imieniu ojca, aż do roku 1433. W kolejnych latach Kara Jusuf prowadząc zwycięskie walki z lokalnymi dynastiami poszerzał terytoria Kara Kojunlu, jednak na drodze jego dalszej ekspansji we wschodniej Anatolii stanął przywódca Ak Kojunlu Kara Jülük Osman (1403–1435). Mimo że Kara Jülük został pokonany w kilku bitwach, a nawet zmuszony do ucieczki na terytorium mameluckie, to Kara Jusuf nie był w stanie go sobie podporządkować.