Przed wyjazdem cara Piotra do Europy (co w historiografii rosyjskiej nosi miano „wielkiego poselstwa” – ros. "Великое посольство") Szein został mianowany naczelnym dowódcą armii rosyjskiej, a także zastępcą cara w kwestii spraw zagranicznych. W roku 1697, Szein pokonał krymskich i nogajskich Tatarów, a w roku 1698 zdławił Powstanie strzeleckie. Jednakże po powrocie Piotra z zagranicy Szein popadł w niełaskę, bowiem nie ujawnił powiązania strzelców z Zofią Aleksiejewną, skutkiem czego utracił swe bojarstwo.