En 1921, sur ordre du parti communiste, il écrase la révolte des marins de Kronstadt, qui fait plusieurs milliers de morts. En été de 1921, Toukhatchevski n'hésite pas à bombarder les populations aux gaz toxiques pour mater la grande révolte des campagnes de Tambov, appliquant ainsi l’ordre émanant du Politburo qui précisait que