Klostret förstördes av danska vikingar 870, och återuppbyggdes ungefär hundra år senare. Ely var ett av de sista områdena i England som gjorde motstånd mot Vilhelm Erövraren. De kapitulerade inte förrän 1071. Katedralen i Ely påbörjades av Vilhelm Erövraren 1083, och färdigställdes 1351. Ely stift etablerades år 1109. Vid reformationen blev det ett anglikanskt stift, som 1995 hade ansvar för 610 000 medlemmar. Staden medverkade i "Peasants' Revolt" (Bondeupproret) 1381.