En 2006, elle remporte le Marathon de Boston en établissant une nouvelle meilleure marque personnelle en . Vainqueur cette même année du semi-marathon de Paris, elle se classe troisième des championnats du monde de course sur route, à Debrecen en Hongrie, disputés sur la distance du . Lors de cette compétition l'équipe du Kenya, composée également d'Edith Masai et Eunice Jepkorir, remporte la médaille d'or par équipes devant l'Éthiopie et le Japon. En fin de saison 2006, Jeptoo se classe quatrième du Marathon de New York.