Son engagement au sein du Parti démocrate le fait remarquer par Robert F. Kennedy qui lui confie la direction de sa campagne présidentielle de 1968 pour le District de Columbia. Robert Kennedy est assassiné le à Los Angeles alors qu'il vient de remporter la primaire de Californie, les Démocrates endeuillés se réunissent à Chicago pour tenir une nouvelle convention nationale démocrate afin de choisir un autre candidat. Eugene McCarthy, Hubert Humphrey et George McGovern posent leur candidature, mais l'aile gauche du parti hésite à rallier l'un des candidats, c'est alors que Philip M. Stern tient un discours où il propose la candidature de Channing E. Phillips en arguant que ce serait le candidat qu'aurait voulu Robert Kennedy, qu'il représente les espoirs de l'aile gauche du parti, que sa légitimité repose sur le fait qu'il est un Afro-Américain qui connaît les ghettos, que son expérience permettrait plus que d'autres de résoudre les problèmes sociaux des ouvriers et des minorités, les crises urbaines tout comme le parti a su briser un premier tabou en proposant à la présidentielle un catholique John Fitzgerald Kennedy, il saura briser un autre tabou en choisissant un Afro-Américain. Channing E. Phillips fait campagne mais ne remporte que soixante-sept voix et demie, et doit se retirer au profit d'Hubert Humphrey comme candidat à la présidence, avec le sénateur du Maine Edmund Muskie comme candidat à la vice-présidence.