Les croisades baltes contre les païens et les chrétiens orthodoxes orientaux se poursuivirent par intermittence de la fin du XIIe au début du XVIe siècle. Motivées par des objectifs politiques plutôt que religieux, elles étaient dirigées par l'Ordre teutonique. Leur défaite en avril 1242 contre les armés d'Alexandre Nevsky, mit fin à l'expansion du catholicisme en Europe de l'Est. Deux croisades visant à arrêter l'avance ottomane en Europe du Sud-Est, à Nicopolis en 1396 et Varna en 1444, se terminèrent toutes deux par un désastre.