La CIA insistió en que los atacantes no podían ser conscientes de que la agencia operaba en el World Trade Center 7, a pesar de que esta sucursal fue sede de muchas investigaciones sobre asuntos criminales importantes y terrorismo. Al parecer el centro investigó los atentados de agosto de 1998 contra las embajadas estadounidenses en África, así como el ataque en el USS Cole de octubre del 2000. De todas formas, la sede que la CIA tenía en el WTC operaba bajo la apariencia de otra agencia federal cuyo nombre no ha trascendido. En los meses posteriores al 11-S se produjo un gran aumento de solicitudes para trabajar en la CIA; según la propia agencia, esta recibe entre 500 y 600 solicitudes a la semana, pero en los meses posteriores a los atentados esa cantidad de solicitudes se volvió diaria.