Spycher ha disputato 47 partite con la Nazionale svizzera, con cui ha partecipato ai Mondiali del 2006 (scendendo in campo una volta), agli Europei del 2004 (con 3 partite all'attivo) e del 2008 (mai in campo). Nel 2010 è stato convocato dal CT Ottmar Hitzfeld per il Mondiale di Sudafrica, ma un infortunio al legamento interno del ginocchio sinistro accadutogli in aprile gli ha impedito di partire.