Dolomieu ebbe una fine di vita drammatica. Aveva partecipato alla spedizione in Egitto di Napoleone, ma durante il viaggio di ritorno naufragò in Calabria e rimase imprigionato a Messina per 21 mesi, per oscuri conflitti con l'Ordine di Malta. Visto che Dolomieu era massone, il principe Carlo d'Assia, allora Gran maestro della massoneria tedesca, su consiglio di Friederich Münter, si rivolse à Don Diego Naselli dei principi d'Aragona, Gran maestro della Gran Loggia Nazionale di Napoli, perché ne facilitasse la scarcerazione. Lo scienziato rimase però prigioniero nella Cittadella dal giugno del 1799 al marzo del 1801 e ritrovò la libertà solo dopo la vittoria dell'esercito francese a Marengo: la sua liberazione fu una delle clausole imposte da Napoleone nel trattato di pace di Firenze.