Джон Скотт родился в Эдмонтоне, но вырос в Сент-Катаринс, провинция Онтарио. Как и многие другие канадцы, он с детства играл в хоккей, болея за «Бостон Брюинз» и лично Рэя Бурка. В молодости Скотт не подавал больших надежд: благодаря своим габаритам он выступал в роли защитника оборонительного плана, но ему существенно недоставало скорости, вследствие чего игрока не включали в составы лучших юниорских команд и не выбрали на драфте 2001 года. Тем не менее, со временем Скотту удалось настолько улучшить своё катание, что он получил стипендию спортсмена для учёбы в Мичиганском Технологическом Университете. Джон относился к учёбе серьёзно, так как, получив образование, не планировал связывать свою карьеру с профессиональным спортом. Однако, проведя за четыре года игры за «Мичиган Тек Хаскиз» 126 матчей, набрав 19 очков и 347 минут штрафного времени, он получил приглашение в клуб Американской Хоккейной Лиги «Хьюстон Аэрос». Невеста дала Джону три года на занятия профессиональным хоккеем, но уже через 20 игр он подписал двусторонний контракт с «Миннесотой Уайлд». По воспоминаниям самого игрока, именно в АХЛ он начал регулярно драться на льду, причём одним из первых его оппонентов в бою стал опытный боец Ди Джей Кинг.