1978年底，越南在苏联支持下大舉入侵柬埔寨，于1979年初扶植建立柬埔寨人民共和國政权，在越南入侵的騷動下，極左的民主柬埔寨很快覆灭，红色高棉退到泰柬边境一带继续对抗越南。1981年12月，波尔布特宣布解散柬埔寨共产党，改组为民主柬埔寨党，并与西哈努克的奉辛比克黨、宋双的高棉人民解放全国阵线组成了抗越的三方联合政府——民主柬埔寨联合政府，得到中国、美国、泰国等国不同程度的支持，而该政府也继续掌握着柬埔寨的聯合國席位，各方不斷爭執。1989年，越南開始自柬埔寨撤军后，红色高棉、奉辛比克党、高棉人民解放全国阵线、柬埔寨人民共和国四方达成和解，在國際的監督下，于1991年签订《巴黎和平协定》，柬埔寨王國得以恢復，各勢力轉型為政黨選舉競爭，但波尔布特拒绝让红色高棉参加1993年的大选，也拒绝让红色高棉游击队缴械，引发红色高棉内讧。1998年4月，波尔布特逝世；1999年3月6日，塔莫克在泰柬边境被柬埔寨军方抓获，标志着红色高棉势力的覆灭。21世纪以来，部分前红色高棉领导人被联合国与柬埔寨共同成立的特别法庭以反人類罪、种族灭绝罪等判处终身监禁。