Vaughan diente als enger Gefolgsmann von seinem Halbbruder William Herbert und seinen Verwandten von der Familie Devereux, die während der Rosenkriege loyale Unterstützer des Hauses York waren. Vermutlich als Geschenk seines Halbbruders Herbert erhielt er um 1450 Tretower Court in Mittelwales, das er zu einem eindrucksvollen befestigten Herrenhaus ausbauen ließ. Wie andere Yorkisten wurde er 1457 vom "Coventry Parliament" begnadigt, doch kämpfte er anschließend weiter auf Seiten des Hauses York. Im Februar 1461 nahm er an der Schlacht von Mortimer's Cross teil. Angeblich soll er nach der Schlacht den geschlagenen Anführer der Lancastrianer, Owen Tudor, zu seiner Hinrichtung nach Hereford gebracht haben. Zusammen mit seinen Verwandten sicherte er nach diesem Sieg die Herrschaft von König Eduard IV. in Wales. Er übernahm verschiedene Ämter in Wales und war schließlich ab dem 15. November 1461 für die Verwaltung mehrerer Herrschaften in Brecknockshire verantwortlich. 1465 nahm er an der Niederschlagung einer Revolte von Lancastrianern in Carmarthenshire teil. Als Dank erhielt er verschiedene Güter in Gower und Kidwelly, die Rebellen wie Philip Mansel abgenommen worden waren. Vor dem 23. März 1465 wurde er zum Knight Bachelor geschlagen. Am 16. Februar 1470 wurde er zum Constabler von Cardigan Castle ernannt. Nach dem erneuten Sieg des Hauses York in der Schlacht von Tewkesbury im Mai 1471 sollte er auf Befehl König Eduards IV. Jasper Tudor, einen Sohn von Owen Tudor, verfolgen und gefangen nehmen. Dabei wurde er jedoch selbst von Jasper Tudor gefangen genommen und aus Rache in Chepstow enthauptet. Mehrere walisische Dichter wie "Llywelyn Goch y Dant" verlangten für die Hinrichtung von Vaughan Vergeltung.