Efter knapt et år var selvstyret ovre, for den 17. marts 1900 landsatte amerikanerne styrker i Tagbilaran for at overtage kontrollen under Den filippinske-amerikanske krig. Boholanoene organiserede sig til modstand. De blodige kampe pågik i flere måneder. Amerikanerne nedbrændte 20 af Bohols 35 småbyer, dræbte tusindvis af filippinere. Den 23. december 1900 overgav boholanerne sig.