Todavía convaleciente, Lannes se unió de nuevo al ejército para participar en el ataque de Arcole el 15 de noviembre. Allí recibió dos nuevas heridas y fue llevado en ambulancia a Ronco, donde le llegaron los rumores de los fracasos de los asaltos franceses. Entonces Lannes cogió un caballo y regresó a Arcola, llegando a tiempo para ver a Bonaparte atrapado en la retirada. Mientras los ayudantes de Bonaparte se esforzaban para protegerle del contraataque austríaco, Lannes lanzó a su columna contra el enemigo y le rechazó más allá del puente. Recibió una nueva herida, la tercera del día, pero Bonaparte pudo escapar con vida. Desde ese día surgió una amistad especial entre Bonaparte y Lannes, que continuaría hasta la muerte del segundo. El 17 de marzo de 1797 recibió la confirmación del grado de general de brigada por el Directorio ejecutivo y fue enviado por Bonaparte para tratar la paz con el Papa.