Jones es el futbolista con más partidos disputados en la historia de la selección estadounidense, con 164 partidos y marcó 15 goles. Jugó para el equipo en la Copa del Mundo 1994, 1998 y 2002. Fue nombrado en el Once Ideal en la Copa de Oro de la Concacaf 2000 y ganó con la selección nacional la Copa de Oro de la Concacaf 2002. También representó a su país en los Juegos Olímpicos de 1992 Summer en Barcelona. Después de jugar en 1995 la Copa América, también se convirtió en un jugador popular en América Latina debido al apodo utilizado por un comentarista argentino llamarlo: "Escobillón" ("swab"), debido a su peinado de rastas y la pronunciación similar de su nombre, es Cobi Jones, y la palabra "escobillón".