В 1976 году произошёл переворот и началась военная диктатура (1976—1983), во время которой в результате репрессий пропали без вести 30 000 человек. Хуан Хельман остался в ссылке, стал работать переводчиком в ЮНЕСКО. Проживал в Риме, Мадриде, Манагуа, Париже, Нью-Йорке и Мексике. Своим участием в кампаниях международной солидарности с политзаключенными Аргентины и просветительской деятельностью по разоблачению преступлений хунты добился, что французская газета «Ле Монд» выступила с осуждением военного режима в Аргентине. Обличение диктатуры не прекратил и после выхода из группы «Монтонерос», с руководством которой возникли серьёзные разногласия (Хельман уличил его в милитаризме и авторитаризме).