Ab 2013 spielte Fernández öfter im Nationaltrikot, aber nur einmal wurde er in einem Punktspiel eingesetzt. Es war das letzte Spiel in der Qualifikation für die Fußball-Weltmeisterschaft 2014, als Argentinien bereits als Gruppensieger feststand. Danach wurde er aber auch zur unmittelbaren WM-Vorbereitung eingeladen und bekam einen Platz im 23-Mann-Kader seines Landes für das Turnier. Sein letztes Spiel für die Nationalmannschaft bestritt er 2016 im Rahmen der Copa América Centenario.