Перед тем как начать профессиональную карьеру Марк три года учился в колледже Колорадо (который находится в городе Колорадо-Спрингс) и играл за хоккейную команду колледжа — «Тайгерз». На драфте 2003 года Стюарта выбирает «Бостон Брюинз» в 1 раунде под общим 21-м номером клубом. Свою профессиональную карьеру Марк скорее всего бы начал ещё в 2004 году, однако из-за начавшегося локаута в НХЛ молодой игрок не смог подписать контракт. В сезоне 2004-05 был капитаном «Колорадо Колледж Тайгерс» и помог своей команде выйти в финал Чемпионата по хоккею среди мужчин Национальной ассоциация студенческого спорта "(англ. National Collegiate Athletic Association, сокр. NCAA)", где «Тигры» уступили команде Денверского университета.