International spielte Jensen 47 Mal für Dänemark und erzielte acht Treffer. Er nahm an der Fußball-Weltmeisterschaft 2002 in Japan und Südkorea teil. Der Däne kam im Achtelfinale gegen England in Niigata zum Einsatz. Jensen wurde in der 58. Minute für Stig Töfting eingewechselt. Dänemark schied mit 0:3 aus. Weiters stand er im Kader der Dänen zur Fußball-Europameisterschaft 2004 in Portugal. In den Gruppenspielen gegen Italien und Bulgarien wurde Jensen eingewechselt. Bei der Viertelfinalniederlage gegen Tschechien spielte er bis zur 71. Minute, ehe er für Peter Madsen ausgewechselt wurde.