Durante el terremoto de San Francisco de 1906, la iglesia fue completamente destruida. Los cimientos y partes de las paredes eran las únicas partes del edificio que aún permanecían en pie. Dado que muchos estaban conmocionados y desesperados, muchos de los feligreses abandonaron la iglesia. Mientras tanto, se llevaron a cabo misas en los lotes de arena en la calle Folsom entre las calles 3 y 4. También construyeron un refugio permanente llamado Tir-Na-Og (Tierra de los Jóvenes) que más tarde se llamaría refugio de San Patricio. Los que se quedaron construyeron una nueva iglesia, similar a la antigua. Se deseaba que fuera la iglesia de los irlandeses en la Costa Oeste.