Cooper verbreitete Verschwörungstheorien zu verschiedenen Themen. In seinen ufologischen Veröffentlichungen der späten 1980er Jahre deutete er an, dass die Trilaterale Kommission und die Delta Force ein wesentlicher Teil der Majestic 12-Verschwörung wären, wodurch seine Version der Verschwörungstheorie anschlussfähig für regierungsfeindliche Rechte wurde. Präsident Eisenhower habe 1954 mit außerirdischen Raumfahrern von der Beteigeuze einen geheimen Vertrag unterschrieben, der ihnen erlaube, in Area 51 und anderswo im Südwesten der Vereinigten Staaten gewaltige unterirdische Basen anzulegen und Menschen zu entführen. Dabei würden Implantationen vorgenommen, wovon angeblich bereits jeder 40. US-Bürger betroffen sei. Außerdem würden Konzentrationslager für „Patrioten“ vorbereitet, die sich einer Machtübernahme der Außerirdischen widersetzen würden; die CIA spiele bei alldem eine zentrale Rolle. Verteidigungsminister James V. Forrestal habe 1949 keinen Selbstmord begangen, sondern sei ermordet worden, weil er diese Informationen an die Öffentlichkeit habe bringen wollen. Geheimagenten im Vatikan hätten zudem herausgefunden, dass die damals noch geheime dritte der Prophezeiungen von Fátima, von denen er glaubte, sie wären das Werk von Außerirdischen, die Heraufkunft des Antichrist und die Endzeit beträfen. In einer Petition an den Kongress aus dem Jahr 1989 beschuldigte Cooper Präsident George H. W. Bush mit den Außerirdischen unter einer Decke zu stecken, und forderte die Bestrafung aller Mitwisser; jeder der sich weigere, an der Aufdeckung dieser Verschwörung mitzuhelfen, werde seiner gerechten Strafe zugeführt. Der amerikanische Politikwissenschaftler Michael Barkun sieht Parallelen zu den Drohungen in einem 1986 veröffentlichten Aufruf zum Steuerboykott aus Kreisen der rechtsradikalen Christian-Identity-Bewegung.