Перед початком сезону 2012/13, після уходу з команди Антоніо Лопеса, Луїса Переа і Альваро Домінгеса, Габі був обраний новим капітаном «Атлетіко». І відразу на початку того сезону клуб здобув свій другий трофей — виграв 31 серпня 2012 року Суперкубок Європи, здолавши «Челсі» з рахунком 4:1. Протягом решти сезону Габі регулярно грав і був найважливішою опорою для здобуття третього місця в чемпіонаті, що дозволило команді потрапити в Лігу чемпіонів 2013/14. А в національному кубку команда зіграла ще краще — дійшовши до фіналу, 17 травня 2013 року там вона здолала «Реал» в додатковий час. Габі вийшов в основному складі, але був видалений на 113 хвилині за другу жовту картку.