Il 22 giugno 1941, la Germania nazista attaccò l'Unione Sovietica e nel giro di una settimana prese il controllo di tutta la Lituania. Inizialmente i tedeschi furono accolti alla stregua di liberatori per via dell'oppressivo regime sovietico. I lituani speravano che i tedeschi avrebbero ristabilito la loro indipendenza o almeno avrebbero concesso un certo grado di autonomia (come nel caso della Repubblica Slovacca). Soprattutto seguendo le direttive del Fronte attivista lituano (LAF), i lituani organizzarono la rivolta di giugno per protestare contro i sovietici, istituirono un governo provvisorio (che operò per poco) e dichiararono l'indipendenza. Tuttavia, i tedeschi non riconobbero la legittimità del governo provvisorio e istituirono una propria amministrazione civile, il Reichskommissariat Ostland. Già attivi contro i nazisti, quando l'Armata Rossa riprese il controllo della Lituania nell'estate 1944-gennaio 1945, i partigiani lituani proseguirono i combattimenti per scongiurare una seconda occupazione sovietica. Circa partigiani e sostenitori partigiani morirono negli scontri tra il 1944 e il 1953.