האלימות בין ההינדים והמוסלמים לא נפסקה לאחר החלוקה. בני שתי הקהילות נטבחו במהלך מאורעות 1971 בבנגלדש, שהביאו למותם של 200,000-3,000,000 איש לפי הערכות שונות. הינדים שנשארו בפקיסטן נרדפו בגלל דתם, ומוסלמים בהודו סבלו פעמים רבות מגלי אלימות בין-עדתית, כמו למשל מאורעות 2002 בגוג'ראט, שנהרגו בהן, לפי הערכות גורמים בינלאומיים, כ-2,000 איש, רובם מוסלמים.