En 1938, Lichtenberg se convierte en deán de la Catedral de Santa Eduvigis en Berlín. Tras la "Noche de los cristales rotos" reza en público por los judíos perseguidos. En 1941, protesta en una carta al Jefe de Salud del Reich, Leonardo Conti contra el asesinato de discapacitados (el "programa de eutanasia").