Înaintarea sa rapidă expune avangarda franceză atacurilor inamicului superior numeric și, la 9 iunie, Lannes se găsește cu 8 000 de oameni din divizia Watrin în fața celor peste 18 000 de austrieci ai Feldmareșalului Ott. Bătălia se desfășoară la Montebello și Lannes, dând dovadă de un curaj excepțional și expunându-se tot timpul își conduce oamenii către o magistrală victorie, permisă de sosirea întăririlor generalului Victor. Austriecii sunt respinși și lasă pe câmpul de bătălie în jur de 4 000 de oameni, în timp ce Lannes a pierdut doar 5 00. Doar cinci zile mai târziu, generalul se remarcă din nou în timpul sângeroasei bătălii de la Marengo, unde conduce contraatacul decisiv, coordonat cu coloanele proaspăt sosite ale lui Desaix.