Après la bataille de Waterloo, il est de nouveau désigné pour le grade de lieutenant-général mais cette nomination n'est pas confirmée par le roi. Pendant quelques années, le général Bonnemains reste dans l'ombre, mais il finit par s'entendre avec les Bourbons, est créé vicomte, fait la campagne d'Espagne en 1823 et est enfin nommé lieutenant-général le de la même année. Commandeur de Saint-Louis le mois suivant puis gentilhomme de la chambre du roi de France, il devient également commandant de la Corse et grand officier de la Légion d'honneur.