Во время немецкой оккупации Польши он работал курьером и бухгалтером в немецком управлении «Reichsland» по вопросам имений, конфискованных у польского населения. С его слов, арестовывался немецкой оккупационной администрацией по обвинению в деятельности в некоей антифашистской организации. В конце 1944 года тяжело заболел: находился в госпитале в момент, когда в город вошла Красная Армия. Деятель разведки Министерства внутренних дел ПНР, полковник Генрик Босак утверждал, что Голеневский вступил в ряды Красной Армии и в 1944 году учился в некоей школе НКВД в Куйбышеве, по окончании которой якобы был направлен в Главное управление информации Войска Польского. В конце 1940-х годов в отношении Михала даже было возбуждено уголовное дело в связи с подозрениями в сотрудничестве с гитлеровцами, которое якобы имело место во время его работы в вышеозначенном управлении, однако обвинения не подтвердились.