Como Comandante del Ejército de la Izquierda, sufrió una importante derrota en Gévora, que significó su alejamiento del mando. Mendizábal solicitó poder servir como simple soldado, lo que le fue concedido. Tras distinguirse en la Batalla de La Albuera fue rehabilitado por las Cortes con el mando del “Séptimo Exército”, con el que operó en el norte de España, en un territorio que comprendía las provincias del País Vasco, Navarra, La Rioja, Burgos y Santander, en cuyas montañas lo había formado a modo de guerrilla. El 16 de diciembre de 1812 Mendizábal fue nombrado jefe político del Señorío de Vizcaya. En la fase final de la guerra, dirigió una de las divisiones en la definitiva y sangrienta batalla de San Marcial, del 31 de agosto de 1813. Fue condecorado con la máxima distinción, la Gran Cruz Laureada de San Fernando y también la de San Hermenegildo.