Prześladowanie ludności żydowskiej na terenach późniejszego okręgu Gdańsk-Prusy Zachodnie zapoczątkowały już w połowie lat 30. zdominowane przez nazistów władze Wolnego Miasta Gdańska. Od 1933 tamtejszą społeczność żydowską poddawano najróżniejszego rodzaju szykanom, bojkotowi ekonomicznemu, konsekwentnemu ograniczaniu praw obywatelskich, a w końcu – terrorowi fizycznemu. W nocy z 12 na 13 listopada 1938, trzy dni po „Kryształowej nocy” w Rzeszy, doszło w Gdańsku do antyżydowskich zamieszek. 23 listopada 1938 na obszarze Wolnego Miasta Gdańska weszły z kolei w życie ustawy norymberskie. Na skutek tych poczynań społeczność żydowska w Gdańsku zmniejszyła się (na skutek emigracji) z około 10 000 osób do niespełna 1400 (stan na 1 września 1939).