Магазин проработал до начала оккупации Киева во время Великой Отечественной войны. Перед самым вступлением фашистских войск в Киев универмаг, как и другие магазины города, был разграблен. В 1941 году Центральный универмаг горел. Магазин возобновил работу сразу после освобождения города в 1944 году, когда в левом крыле универмага открылись секции по карточной продаже населению продуктов первой необходимости.