Okres świetności Warszawy przerwał najazd szwedzki w latach 1655–1660. W wyniku działań wojennych legły w gruzach bogate rezydencje magnackie, a znajdujące się w nich meble, dzieła sztuki, archiwa i biblioteki wywieziono do Szwecji. Okupacja szwedzka, nazwana w historii potopem, trwała do 1660. W 1656 została stoczona Bitwa pod Warszawą podczas II wojny północnej, po zakończeniu ostatnich potyczek ze strażą tylną cofającej się jazdy koronnej Szwedzi i Brandenburczycy zajęli miejsce, w którym leżał obóz polski oraz opanowali Pragę, którą całkowicie spalono. Wkrótce nad Wisłę przybył król Szwecji Karol Gustaw, który nakazał wymordowanie całego bezbronnego tłumu, w tym także i dzieci. Kolejny okres rozkwitu przeżyła Warszawa za panowania króla Jana III Sobieskiego, który przyczynił się do zagospodarowania przede wszystkim południowych terenów stolicy. W 1677 nabył dobra Milanów i rozpoczął budowę reprezentacyjnej podmiejskiej rezydencji, dając jej nazwę "Villa Nova".