В конце 1941 года Уэллс пригласил Кортеса снимать эпическую драму «Великолепные Эмберсоны» (1942). «Отбросив в сторону какую-либо экономию и эффективность, которым он научился, работая над фильмами категории В для „Юнивёрсал“, Кортес с удовольствием поглотил ценное съёмочное время, добившись чудесных, по общему признанию, фотографических эффектов». Не щадя затрат, Кортес и Уэллс создавали особый, визуально интересный облик фильма, который строился на сдержанном освещении, подвижной съёмке, глубоком фокусе и уникальной постановке кадра. «Это был первый из двух фильмов Кортеса, широко признанный как визуальный шедевр, с красивыми световыми эффектами, умными ракурсами и длительными крупными планами. Особенно следует отметить сцену на лестнице и снятую ручной камерой знаменитую продолжительную сцену опустевшей усадьбы». Тем не менее, по прямому указанию босса студии «РКО» Джорджа Шэфера без консультаций с Уэллсом и Кортесом из фильма было вырезано 40-50 минут. Несмотря на восторги критики, «Эмберсоны» стали финансовой катастрофой для студии. И хотя Кортес был удостоен номинации на Оскар за лучшую чёрно-белую операторскую работу, студия посчитала его косвенно виновным в неоправданной трате дорогого съёмочного времени и чрезмерной расточительности в постановке сцен. Тем не менее, «то, что осталось от „Эмберсонов“, стало с течением времени очень высоко оцениваться как высочайший визуальный опыт» и «именно за „Великолепные Эмебрсоны“ Кортеса будут помнить всегда».