In tempo di guerra la "John W. Brown" compì 13 viaggi fino al golfo Persico ed al mar Mediterraneo, prestando anche servizio durante lo sbarco di Anzio. Fece anche parte della forza di invasione della Francia meridionale durante l'operazione "Dragoon" nell'agosto 1944. I cannonieri della US Navy Armed Guard imbarcati a bordo abbatterono almeno un aeroplano nemico durante l'invasione della Francia meridionale nell'agosto 1944.