Dňa 2. novembra bolo zavŕšené aj rokovanie o odstúpení južných častí Slovenska a Podkarpatskej Rusi horthyovskému Maďarsku (Prvá viedenská arbitráž). Na okupovanej časti Slovenska i Podkarpatskej Rusi (premenovanej v novembri 1938 na Karpatskú Ukrajinu) došlo pod nátlakom Maďarov k nútenému odchodu slovenského a rusínskeho obyvateľstva. Ani po následnom zábore odstúpeného územia nenastal na novej česko-slovensko-maďarskej hranici pokoj, maďarské silové zložky ďalej pokračovali v útokoch na príslušníkov Stráže obrany štátu. Štát bol v závere roka nútený riešiť neutešenú situáciu utečencov z pohraničia, ktorí nemali stále strechu nad hlavou ani zamestnanie. Napríklad 25. novembra vydala česko-slovenská vláda nariadenie, aby okresné úrady podľa možností umiestňovali poľnohospodárskych utečencov s ich rodinami a hospodárskym inventárom v poľnohospodárskych závodoch nad 50 ha výmery. Na pomoc utečencom boli organizované aj verejné zbierky, peniaze došli aj od organizácií a cirkví zo zahraničia. Do konca roka 1938 sa podarilo česko-slovenským úradom z veľkej časti vyriešiť ako problém utečencov, tak aj problémy výroby, zásobovania, školstva či peňažníctvo. V odtrhnutých Sudetoch sa české obyvateľstvo dostalo do pozície národnostnej menšiny bez akýchkoľvek práv. Boli zrušené všetky české politické strany a spolky, ich majetok bol zabavený, v úradnom styku bol zakázaný český jazyk, česky sa nesmelo hovoriť ani na verejnosti a v dopravných prostriedkoch. Česi nesmeli vykonávať zamestnanie v ktorejkoľvek inštitúcii štátnej správy. Boli zrušené všetky české noviny, bola zakázaná tlač českých kníh, do kín nesmel prísť žiadny český film, bolo zrušené české vysielanie v rozhlase. Zakázané boli aj české divadelné ochotnícke predstavenia, futbalové zápasy, tanečné zábavy, púte, verejná procesia i kázanie a bohoslužby v češtine. Nemeckí nacisti rozpútali v pohraničí aj hon na Židov, čo vyvrcholilo v novembri 1938 Krištáľovou nocou.