Werther war der Sohn des Generalleutnants Philipp August Wilhelm von Werther (1729–1802) und dessen zweiter Frau "Sophie Albertine Elisabeth von Korff" (1744–1795). Auch er trat 1787 in den preußischen Militärdienst ein. Als Rittmeister nahm er am Feldzug von 1807 im Dragonerregiment seines 1802 verstorbenen Vaters teil. Nach dem Frieden von Tilsit verließ Werther wegen der Verkleinerung der Streitkräfte die Armee als Kapitän. Zunächst wurde er danach Kammerherr von Friedrich Wilhelm III.