Im Frühjahr 1863 kam es in Folge der Januaraufstände im östlichen Polen zur Mobilmachung der im Osten positionierten deutschen Korps. Das „5. Ostpreußische Infanterie-Regiment (Nr. 41)“ wurde von Februar 1863 bis Juni 1864 zum Grenzschutz in der Gegend von Thorn eingesetzt. Ende Juni 1864 erfolgte der Befehl zum Rückzug vom Grenzschutz, das I. Bataillon verlegte vom Einsatzort wieder in die Garnison nach Königsberg ab. Während das II. Bataillon und das Füsilier-Bataillon Befehl erhielten zur Verlegung nach Pillau, mit der Aufgabe des Küstenschutzes gegen die den Pillauer Hafen blockierenden dänischen Schiffe. Im Zuge dieser Aufgabe kam es zum vereinzelten Beschuss der vor Pillau liegenden dänischen Schiffe, welcher allerdings ohne Wirkungstreffer blieb. Nach Beendigung des Deutsch-Dänischen Krieges kehrten auch diese Einheiten nach Königsberg zurück.