Inicialmente, Nesselrode creyó que podría llegarse a algún tipo de acuerdo con la Francia napoleónica, pero la brutal invasión de Prusia en 1806 le descubrió el verdadero rostro del rapaz imperio de Bonaparte. Desde entonces no ocultó su abominación hacia el corso. En agosto de 1806 viajó a Alemania meridional para informar sobre el estado y movimientos de las tropas francesas; fue destinado sucesivamente como secretario diplomático de los generales Kamenski, Buxhoewden y Bennigsen. Estuvo presente en la Batalla de Eylau, en enero de 1807, y participó en la negociación de la Paz de Tilsit.