Невдовзі після прибуття до Алжиру Фанон приєднався до національного руху, а пізніше вступив до Фронту Національного Визволення (ФНВ) Алжиру. 1956 року через пильну увагу до нього з боку поліції Фанон був змушений тікати до Тунісу, де працював у редакції головного друкованого органу ФНВ — газети «Муджахід». Він неодноразово виконував доручення посла Алжирської революції закордоном, виступав з промовами та лекціями перед африканською та європейською аудиторіями.