I 1998 ble Lagerbäck assisterende trener for Sveriges landslag, og i årene 2000–2004 ble jobben som hovedtrener delt mellom Lagerbäck og Tommy Söderberg. Da Söderberg sluttet etter EM i 2004 fikk Lagerbäck eneansvaret med Roland Andersson som assistent. I 2009 valgte han å gi seg som landslagssjef for Sverige, og året etter ble han utnevnt til trener for Nigeria.