Nach der Vertreibung der Deutschen aus der Tschechoslowakei nach Ende des Zweiten Weltkriegs im Mai 1945 – Brünnl hatte etwa 300 deutschsprachige Bewohner – und der Übernahme der Macht in der Tschechoslowakei durch die Kommunisten 1948 kam die Wallfahrt zum Erliegen. Obwohl das Stift Hohenfurth bereits im April 1950 liquidiert worden war – es lag im Bereich der Grenzbefestigungen der Tschechoslowakei im Kalten Krieg – konnten sich die Zisterzienser in Dobrá Voda noch bis 1952 halten. Durch die Auswirkungen dieses Eisernen Vorhangs war der Ort weitgehend entsiedelt. Die Kirche konnte vor der geplanten Zerstörung gerettet werden, allerdings wurde die Heilquelle zugeschüttet. Während der Zeit des Prager Frühlings 1968 lebte die Wallfahrt kurze Zeit wieder auf. Nach der Samtenen Revolution von 1989 übernahmen österreichische Mönche die seelsorgliche Betreuung der Wallfahrtskirche Dobrá Voda (Brünnl) in Tschechien.