Bis zuletzt gehörte Helmuth Hübener zur Hitlerjugend, in der er jedoch zahlreiche Konflikte austrug, so wegen des Drills und der Reichspogromnacht. Als die Kirchengemeinde, der er angehörte, Juden vom Gottesdienstbesuch ausschloss, reagierte er mit Widerspruch und Abscheu. 1941 begann Hübener nach Abschluss der Mittelschule eine Ausbildung als Verwaltungslehrling in der Hamburger Sozialbehörde. Er lernte Lehrlinge mit kommunistischem Hintergrund der Eltern kennen und wurde von ihnen in das Abhören sogenannter Feindsender eingeführt.