Durant els anys 1980, Suchitoto va patir l'assalt de la Guerra Civil d'El Salvador. A més a més de la destrucció dels seus edificis, els pobladors van emigrar de la localitat, per la qual cosa va acabar gairebé abandonada. D'acord amb un testimoni, dels 10.000 habitants que tenia Suchitoto tot just van romandre en el lloc unes 50 famílies. El 1992, després de la signatura dels Acords de Chapultepec, va iniciar el seu procés de reconstrucció i el retorn dels seus habitants. De llavors ençà, Suchitoto és un dels emblemes turístics d'El Salvador, i en el seu creixement ha estat meritòria la labor del cineasta Alejandro Cotto.