Cách mạng tháng Tám thành công kết thúc 143 năm trị vì của nhà Nguyễn, đồng thời cũng đánh dấu một giai đoạn khủng hoảng và suy thoái của quần thể di tích Huế. Việc người Pháp quay trở lại Đông Dương và sau đó là sự can thiệp của người Mỹ đã biến Huế với địa thế của mình những năm đó thành một chiến trường giành giật ác liệt của tất cả các phe tham chiến đặc biệt trong các chiến cuộc tháng 2 năm 1947 và tết Mậu Thân năm 1968. Một loạt công trình ở Huế trở thành phế tích. Điện Cần Chánh cùng hàng loạt công trình khác bị thiêu rụi, cầu Trường Tiền bị đánh sập 2 lần, Trấn Bình Đài bị quân đội Pháp rồi sau đó tới Quân lực Việt Nam Cộng hòa quân sự hóa mà tới giờ vẫn còn dấu tích. Trong sự kiện tết Mậu Thân 1968, các phe tham chiến giành giật nhau ác liệt Huế với cường độ bom đạn ác liệt đã tàn phá các di tích Huế dữ dội: đàn Nam Giao bị chặt trụi thông, các khu Quan Cư, Binh Xá, Thần Trù... vòng tường thành ngoài cùng bị phá hủy. Khu vực lăng tẩm bị rơi vào khu vực tranh chấp hoặc bị bom đạn tàn phá nặng nề. Ngoài ra năm 1953 và năm 1971, Huế còn trải qua hai trận lũ lớn càng làm cho các di tích Huế bị thương tổn nặng.