În 2005, jucătorul turneului UEFA Euro 2004 a semnat un contract cu PAOK Salonic. Zagorakis a semnat în cele din urmă un contract pe doi ani cu PAOK pentru suma de 700.000 de euro pe an. Când Zagorakis a aterizat la aeroportul Makedonia din Salonic, 7 000 de suporteri au fost acolo să-l primească. Revenirea sa însă coincidea cu o perioadă turbulentă, cu clubul având multe probleme financiare și administrative.