Le mauvais début de saison 2000 amène au départ de Davydov qui est remplacé par Iouri Morozov au mois d'avril, qui effectue alors son troisième passage à la tête de l'équipe. Sous ses ordres, le club termine septième du championnat à deux points des qualifications européennes et atteint la finale de la Coupe Intertoto à l'été 2000, où il est cependant vaincu par le Celta Vigo. L'année suivante est plus productive pour le club qui, s'appuyant sur des jeunes joueurs du centre de formation comme Aleksandr Kerjakov, Andreï Archavine ou encore Viatcheslav Malafeïev, s'impose cette fois comme une des principales équipes du championnat en accrochant la troisième place à égalité avec le Lokomotiv Moscou et à quatre points du Spartak Moscou, qui l'emporte finalement. En 2002, le Zénith atteint une nouvelle finale de coupe nationale au mois de mai avant d'y être battu par le CSKA Moscou sur le score de 2-0. En championnat, le club connaît également un début de saison prometteur le voyant se placer quatrième après dix journées. L'état de santé de l'entraîneur Morozov se dégrade cependant rapidement durant cette période, amenant à sa démission au mois de juin. Ce départ soudain et inattendu affecte nettement les performances de l'équipe par la suite, qui est éliminée d'entrée par le Grasshopper Zurich en Coupe UEFA avant de s'effondrer en championnat sous la houlette de Mikhaïl Birioukov puis Boris Rapoport, achevant finalement l'année 2002 en dixième position.