Ved borgerkrigens udbrud havde Sickes et ønske om at genoprette sit offentlige ry og var aktiv i hvervningen af frivillige til hæren i New York. Han blev udnævnt til oberst i et af de fire regimenter, han organiserede. Han blev forfremmet til brigadegeneral i den frivillige hær i september 1861 og blev en af de berømte politiske generaler i unionshæren. I marts 1862 blev han tvunget til at opgive sin kommando, fordi Kongressen nægtede at godkende hans udnævnelse til general, men han bearbejdede flittigt sine politiske forbindelser i Washington og fik både sin rang og sin kommando tilbage den 24. maj 1862, i tide til at deltage i Peninsula kampagnen. På grund af denne afbrydelse var han ikke med under brigadens indsats i Slaget ved Williamsburg. Selv om han ikke havde den mindste militære erfaring, var hans ledelse af "Excelsior" brigaden kompetent i Slaget ved Seven Pines og Syv dages slaget. Han var fraværende i det Andet slag ved Bull Run, hvor han havde udnyttet sine politiske forbindelser til at få orlov for at tage til New York og rekruttere nye tropper. Han deltog heller ikke i Slaget ved Antietam, fordi III korps, hvor han var divisionskommandør, var stationeret ved Potomac flodens nedre løb til beskyttelse af hovedstaden.