Το Μέσο Βασίλειο κατέρρευσε στην Δεύτερη Μεταβατική Περίοδο (περ. 1650–1550 π.Χ.), αλλά η χώρα ενώθηκε και πάλι από τους ηγεμόνες από τη Θήβα, που έγιναν οι πρώτοι φαραώ του Νέου Βασιλείου. Υπό το νέο καθεστώς, ο Άμμων έγινε ο υπέρτατος θεός του κράτους. Συνδυάστηκε με το Ρα, τον από καιρό εδραιωμένο θεό για το βασιλικό θεσμό, και το Συγκρότημα του Άμμωνα-Ρα στο Καρνάκ στις Θήβες έγινε το σημαντικότερο θρησκευτικό κέντρο. Η άνοδος του Άμμωνα ήταν εν μέρει από τη σημασία των Θηβών, αλλά ήταν επίσης και λόγω την άνοδο της τάξης των επαγγελματικού ιερατείου. Οι θεολογικές τους τοποθετήσεις παρήγαγαν λεπτομερείς περιγραφές της οικουμενικής δύναμης του Άμμωνα.