Czuczor az 1848-as forradalom leverését követően börtönbe került, de a munkát ott is folytatta. Hatéves ítéletét nem kellett letöltenie, mert az Akadémia kérelmére 1851-ben kegyelmet kapott. Ezután 1866-ban bekövetkezett haláláig már szinte csak a nyelvtudománnyal foglalkozott.