Nasceu numa família empobrecida da pequena nobreza Krupski a 14 de fevereiro(jul.)/26 de fevereiro de 1869(greg.) em São Petersburgo. Era filha única de um homem politicamente radical, Konstantin Ignatievich Krupski e a sua esposa, Elizaveta Vasilevna Tristova, uma mulher emancipada. O seu pai, originário de Cazã, tinha ficado órfão muito jovem, aos nove anos, e o Estado tinha-se encarregado da sua educação, enviando-o para uma escola militar na capital russa. Depois de se formar como cadete, foi enviado para a Polónia, onde participou no esmagamento da Revolta de Janeiro de 1863. Foi então enviado para estudar Direito na Academia Jurídico-Militar da capital, onde casou e deu à luz Nadezhda — em russo, "Esperança" — em 1869. Depois de se formar na academia, entrou na Administração do Estado e foi-lhe confiada a administração de um distrito do Polónia do Congresso, Grójec. As autoridades czaristas ficaram descontentes com as medidas progressivas que ele implementou e levaram-no a julgamento em 1874. Condenado, foi expulso da função pública e, apesar de um recurso em 1880 ter anulado a sentença, nunca mais recuperou o seu antigo posto. A expulsão da carreira administrativa mergulhou a família em dificuldades financeiras. Em 1883, quando Krupskaya tinha apenas catorze anos, Konstantin Ignatievich morreu de tuberculose.