Осознавая невозможность победить в этой войне, Якуб-Хан предложил правительству Пакистана проявить здравомыслие и предоставить независимость Бангладеш. Однако Яхья Хан отверг это предложение и в 1971 году отправил его в отставку. Он был откомандирован обратно в Пакистан и присоединился к верховной военной ставке в Зимней войне против Индии (1971). В 1972 году был уволен с военной службы.