Nach weiteren Kriegseinsätzen kam Humbert zur Armée de Mayence in den Stab von General Jean-Baptiste Jourdan und kämpfte u. a. Ende September 1799 in der Schlacht um Zürich. Er konnte sich durch Tapferkeit auszeichnen und Anfang 1800 erfolgte dann seine Ernennung zum général de division. Ende 1800 kam Humbert in den Stab von General Charles Victoire Emmanuel Leclerc, der eine Invasionsarmee gegen die Kolonie Saint-Domingue (Hispaniola) aufstellte. Auf Befehl des Ersten Konsuls Napoleon Bonaparte sollte die Haitianische Revolution beendet, zumindest aber Toussaint Louverture und seine Truppen geschlagen werden.