Kirk servit comme commandant de forces amphibies en Méditerranée en 1942 et 1943 (Invasion alliée de la Sicile et en Italie). Il fut également le commandant américain d'une des deux forces navales pendant l'opération Neptune, le débarquement en Normandie le , embarqué sur le croiseur lourd USS "Augusta" puis fut commandant des forces navales américaines en 1944-1945. Il prit sa retraite de la marine en 1946.