William Pitt tinha proposto que a Grã-Bretanha, a Rússia e a Áustria se comprometessem a não fazer a paz com a França separadamente. Essa situação tinha acontecido durante a Guerra da Primeira Coligação e tinha facilitado a vitória francesa. No entanto, as três potências não assinaram nenhum compromisso nesse sentido. O insucesso da expedição na Holanda e as derrotas sofridas na Suíça levaram o czar Paulo I a retirar a Rússia da Coligação, a 22 de outubro de 1799. No dia 16 de outubro, Napoleão Bonaparte, que tinha deixado o Egito, chegou a Paris e, menos de um mês depois, a 10 de novembro, assumiu as funções de Primeiro Cônsul. Napoleão manobrou por forma a provocar mais divisões entre os seus inimigos. Quando a Rússia se retirou da guerra, a França detinha prisioneiros russos. Napoleão enviou esses prisioneiros para a Rússia, completamente equipados e sem procurar nenhuma compensação. Além disto, Napoleão propôs que a ilha de Malta ficasse sob proteção russa. Paulo I tinha sido eleito recentemente Grão-Mestre dos Cavaleiros de Malta e a guarnição francesa da ilha estava bloqueada em Valeta pelas forças britânicas. A guarnição francesa rendeu-se no dia 5 de setembro de 1800. Em 1798, ao preparar-se a formação da Segunda Coligação, o governo britânico tinha prometido entregar a ilha aos russos. Como a Rússia se retirou da Coligação, os britânicos mantiveram-se na posse da ilha. A reação russa foi criar a Segunda Liga da Neutralidade Armada, que se opunha ao poder marítimo britânico. Paulo I da Rússia foi assassinado a 11 de março de 1801 e sucedeu-lhe o seu filho . A diferença de política seguida pelos monarcas russos deitou por terra as tentativas de reaproximação feitas por Napoleão.