Johnston fik kommandoen over Army of Northern Virginia og ledte den i begyndelsen af Peninsula kampagnen i 1862. Opgaven var at forsvare hovedstaden Richmond i Virginia mod generalmajor George B. McClellan. Johnston trak sig gradvist tilbage, før det kom til et egentligt slag, indtil hans hær kun var 8 km uden for byen, hvor McClellan havde planer om at belejre den. Trængt op i et hjørne angreb Johnston den 31. maj 1862 syd for Chickahominy floden i Slaget ved Seven Pines. Slaget endte taktisk set uafgjort, men det stoppede McClellans fremmarch, og det skulle vise sig, at han aldrig kom byen nærmere. Af større betydning var det imidlertid, at Johnston blev såret på andendagen af slaget, og Jefferson Davis overdrog kommandoen over hæren til den mere aggressive general Robert E. Lee, som herefter kommanderede Army of Northern Virginia i resten af krigen.