Den 21. marts 1861 trådte Pender ud af Unionshæren og blev udpeget til kaptajn i artilleriet i Sydstaternes hær. Inden maj var han oberst og leder af 3rd North Carolina Infantry (også kaldet 13th North Carolina) og dernæst 6th. Prøvet med held i kamp i Slaget ved Seven Pines i juni 1862 blev han forfremmet til brigadegeneral og fik kommandoen over en brigade af North Carolinere i A.P. Hill's "Light Division". Præsident Jefferson Davis forfremmede personligt Pender på slagmarken ved Seven Pines.