Štefana si zvolil tým Atlanta Thrashers, který byl zároveň nováčkem draftu v roce 1999. Skauti ten rok favorizovali především bratry Sediny avšak ti dali dříve najevo, že budou hrát pouze spolu. Atlanta, která měla právo první volby proto zvolila Patrika Štefana. Skauti Atlanty v něm viděli hráče podobného typu jakým byl Bobby Holík. Tedy neúnavného, pracovitého hokejistu s ideálními fyzickými parametry a šikovnýma rukama. Neuvážili však jeho odolnost vůči zraněním. Měl za sebou již tři otřesy mozku a celou jeho kariéru v NHL ho provázely zdravotní problémy. Dále než na pozici třetího centra nedospěl. Proto je společně s Kanaďanem Daiglem a Američanem DiPietrem řazen jako nejhorší první volba draftu NHL.