Under tiden som Taffe spelade med University of Minnesota draftades han av St. Louis Blues i första rundan, som nummer 30 totalt, i NHL-draften 2000. 2001 bytte Blues bort rättigheterna till Taffe till Phoenix Coyotes. Efter sin tredje säsong med Minnesota, debuterade Taffe 2002/03 i AHL för Coyotes farmarlag, Springfield Falcons. Under samma säsong fick han också chansen i NHL. Han gjorde sin första match för Coyotes den 14 oktober 2002 och gjorde sitt första NHL-mål den 14 januari 2003 på Brent Johnson i en 1–4-förlust mot St. Louis Blues. Under säsongen spelade Taffe totalt 20 NHL-matcher och noterades för tre mål. Säsongen 2004/05 spelade Taffe för Utah Grizzlies i AHL. Den 24 november 2004 var han involverad i en incident på isen där han armbågade Houston Aeros målvakt Josh Harding i nacken, vilket resulterade i att Harding fick en andra gradens hjärnskakning. Ligan stängde därefter av Taffe i fyra matcher. Under ett spann av tre säsonger, spelade Taffe totalt 82 matcher för Coyotes innan han byttes bort till New York Rangers i utbyte mot Jamie Lundmark under &lt;a href="National%20Hockey%20League%202005/2006"&gt;säsongen 2005/06&lt;/a&gt;. Han spelade endast två matcher för Rangers innan han byttes tillbaka till Phoenix i ett byte mot Martin Sonnenberg.