Dès , Charlotte David, en désaccord avec les opinions de son mari, engage leur séparation et se retire un temps dans un couvent. Le , David fait partie des signataires de la pétition demandant la déchéance de Louis XVI, réunis au Champ de Mars juste avant la fusillade ; il fait à cette occasion la connaissance du futur ministre de l'Intérieur, Roland. En septembre de la même année, il tente sans succès de se faire élire comme député à l'Assemblée législative. Son activité artistique se fait moins présente : s'il trouve le temps de faire son deuxième autoportrait dit "Autoportrait aux trois collets" (1791, Florence, Galerie des Offices), il laisse inachevés plusieurs portraits, dont ceux de Madame Pastoret et de Madame Trudaine.