Geridderd op 1 januari 1941 en Cunningham werd begin 1941 teruggeroepen naar Admiralty House en benoemd tot "Fourth Sea Lord" en hoofd van de Bevoorrading en Transport. Hij bleef bijna twee jaar op die post en werd in juni 1943 naar het oostelijk Middellands Zeegebied gestuurd en benoemd tot opperbevelhebber Levant met de rang van admiraal. In augustus werd hij definitief bevorderd tot admiraal en toen later dat jaar de twee Middellandse Zeecommando’s samen werden gevoegd werd Cunningham benoemd tot opperbevelhebber van de Mediterranean Fleet en werd verantwoordelijk voor alle geallieerde oorlogsschepen in die regio. In die tijd was de situatie voor de geallieerde marine in de Middellandse Zee aanzienlijk verbeterd, maar de belangrijke amfibische operaties bij Anzio en de landing in Zuid-Frankrijk (Operatie Dragoon) moesten nog plaatsvinden. Bij beide operaties was Cunningham betrokken.