Po porážce Francie v dubnu 1799 byla republika rozpuštěna a okupována rusko-rakouskými oddíly pod velením ruského generála Suvorova. Ten jmenoval provizorní vládu vedenou Císařskou komisí v čele s mantovským hrabětem Luigi Cocastellim. Po Napoleonem vyhrané bitvě u Marenga byla Cisalpinská republika 4. června 1800 oficiálně obnovena a 17. června Napoleon ustanovil Mimořádný vládní výbor sestávající z 9 členů a legislativní "Consultu". 6. července byly anulovány všechny úkony, vydané za rakouské okupace a poté obnovena trikolóra. Dne 25. září byly pravomoci Mimořádného výboru přeneseny na tříčlenný Vládní výbor.