Гіппій попрямував в Сігей в Троаді, де правив його єдинокровний брат Гегесістрат. 508 року до н. е. відбулося повстання афінян проти олігархії Ісагора і спартанської інтервенції, і спартанці приходять до думки відновити тиранію Гіппія; однак ця ідея зазнає провалу через відмову всіх союзників брати участь у поході. Гіппій знову повертається до Азії і починає завзято інтригувати при дворі перських сатрапів Лідії і самого перського царя Дарія I, прагнучи повернутися в Афіни з перської допомогою. 490 року до н. е. Гіппій, уже в глибокій старості, бере участь у перській експедиції проти Афін; саме він веде персів і вказує їм як місце табору Марафонську рівнину, де перси і зазнали поразки в Марафонській битві. У тому ж році Гіппій вмирає.