В начале января 1800 года Жюно покинул берега Северной Африки, но его надеждам на скорейшее возвращение во Францию не суждено было сбыться. Корабль, на котором он плыл на родину, был захвачен англичанами, а сам Жюно и его адъютант Лаллеман попали в плен. Лишь 14 июня, в то время когда Первый консул сражался при Маренго, Жюно прибыл в Марсель.