Kristalliyönä 9.–10. marraskuuta 1938 Neue Synagoge pelastui hyökkäykseltä ja tuhopoltolta, koska Wilhelm Krützfeld -niminen poliisi asettui turvaamaan sitä sillä perusteella, että kyseessä oli suojeltu rakennus. Synagoga kuitenkin tuhoutui suurelta osin toisen maailmansodan pommituksissa vuonna 1943. Päärukoushuoneen jäännökset purettiin vuonna 1958, minkä jälkeen rakennuksesta jäi pystyyn vain julkisivu. Se julistettiin vuonna 1966 sodan ja fasismin vastaiseksi muistomerkiksi. Synagogan jälleenrakennus aloitettiin vuonna 1988 DDR:n valtion tuella. Puoluejohtaja Erich Honeckerin tarkoituksena oli ilmeisesti saada itselleen suosiota Yhdysvalloissa tukemalla näkyvästi synagogan restaurointihanketta, mutta hän kukistui ennen sen valmistumista. Rakennus avattiin uudelleen toukokuussa 1995. Suurta päärukoushuonetta ei rakennettu uudelleen ja sen paikalla on nykyisin vain valkoisella merkitty sorakenttä, josta rakennukset alkuperäiset mittasuhteet voi nähdä.