Po odejściu z Legii w 1996 objął obowiązki selekcjonera reprezentacji młodzieżowo-olimpijskiej. Odszedł w 1999 po odpadnięciu w drugiej rundzie eliminacji do Igrzysk Olimpijskich w Sydney w 2000. 20 grudnia 2002 został nominowany na stanowisko selekcjonera reprezentacji Polski seniorów, po rezygnacji Zbigniewa Bońka. Choć nie udało mu się wywalczyć awansu do Mistrzostw Europy w Portugalii w 2004, pozostał na stanowisku i awansował z drużyną narodową do Mistrzostw Świata w Niemczech. Podczas samego turnieju w Niemczech Reprezentacja Polski przegrała dwa pierwsze mecze (z Ekwadorem 0:2 i Niemcami 0:1) i tym samym straciła szansę na awans do 1/8 finału turnieju, a krytyka Janasa przez kibiców i media uległa nasileniu. W ostatnim meczu Reprezentacja Polski pokonała Kostarykę 2:1. Jednak to zwycięstwo nie uchroniło Janasa przed krytyką. Mimo to Janas odmówił podania się do dymisji. Ostatecznie 11 lipca 2006 na jego stanowisku zastąpił go Leo Beenhakker.