В 1698 году дворец фактически превратился в застенок, куда свозили участвовавших в бунте московских стрельцов. Розыском по делу стрельцов, получившем название «великого сыска», занимался Преображенский приказ. Всего было арестовано более четырёх тысяч стрельцов. Для проведения дознания в Преображенском было оборудовано четырнадцать пыточных камер. Петр лично принимал участие в допросах и пытках.