Na debiut w dorosłej reprezentacji musiał poczekać 2 lata. Etxeberria po raz pierwszy zagrał w seniorskiej reprezentacji w 1997 r., w meczu przeciwko Rumunii, strzelając bramkę na wagę remisu (mecz zakończył się wynikiem 1:1). Wystąpił na Mundialu 1998 ( Hiszpanie ukończyli turniej na fazie grupowej), Euro 2000 (dotarli do ćwierćfinału, gdzie doznali porażki 2:1 z późniejszymi – Francją oraz na Euro w Portugalii. Karierę reprezentacyjną zakończył po tym turnieju. W sumie rozegrał 53 mecze i strzelił 12 bramek.