Odbor vyšetřování Státní bezpečnosti ve vojenské kontrarozvědce byl zrušen v roce 1979, XIII. správa v roce 1982. Statisticko evidenční odbor byl od roku 1981 přiřazen pod XIII. správu.V roce 1985 byla zrušena XIV. správa a její úkoly byly rozděleny mezi II. a XI. správu a Odbor zvláštního určení (tzv. "červené barety" proslulé brutalitou během demonstrace 17. listopadu 1989). K poslední reorganizaci došlo k 1. srpnu 1988. II., X. a XI. správa byly sloučeny do jednoho útvaru s názvem II. správa SNB – Hlavní správa kontrarozvědky SNB pod vedením Karla Vykypěla.