Существованию Директории угрожала Вторая коалиция (1798—1802). Роялисты и их союзники всё ещё мечтали о восстановлении монархии, и в то же время Прусская и Австрийская корона не могли смириться с территориальными потерями в прошлой войне. В 1799 Русская армия смогла выбить французов из Италии в битве на реке Адде, а Австрийские войска одержали победу в Швейцарии в битвах при Штокахе и Цюрихе. Наполеон захватил власть в ходе государственного переворота и установил власть Консулата в 1799 году. Австрийская армия потерпела поражение в битве при Маренго (1800 год) и далее в битве при Гогенлиндене.