Wychowanek Nieftiechimika Niżniekamsk. W sezonie 2009/2010 występował w juniorskiej drużynie tego klubu – Reaktorze – występującej w rozgrywkach MHL. W 2010 roku został wybrany w KHL Junior Draft z numerem 19 przez Nieftiechimik Niżniekamsk. Następnie od 2010 roku przez dwa lata był zawodnikiem kanadyjskiego klubu Sarnia Sting w lidze Ontario Hockey League. W czerwcu 2012 roku został wybrany w NHL Entry Draft 2012 z numerem 1 przez kanadyjski klub Edmonton Oilers – jako trzeci rosyjski zawodnik w historii wybrany z najwyższej pozycji w drafcie NHL. 23 lipca 2012 roku poinformowano, że został zawodnikiem klubu z Edmonton (podpisał 3-letni kontrakt). Od września 2012 do stycznia 2013 roku na okres lokautu w sezonie &lt;a href="NHL%20%282012/2013%29"&gt;NHL (2012/2013)&lt;/a&gt; związany rocznym kontraktem z macierzystym klubem Nieftiechimik Niżniekamsk. W meczu ligi KHL 3 października 2012 roku pomiędzy SKA Sankt Petersburg a Nieftiechimikiem, dwukrotnie doprowadzał do wyrównania w meczu zakończonym wynikiem 2:2, a następnie uzyskał decydujące trafienie w serii rzutów karnych (łącznie wykonano ich 30). W maju 2015 prawa zawodnicze do Naila Jakupowa nabył od Nieftiechimika klub CSKA Moskwa. Od października 2016 zawodnik amerykańskiego klubu St. Louis Blues. W kwietniu 2017 prawa zawodnicze do Jakupowa w ramach KHL nabył klub SKA Sankt Petersburg od CSKA Moskwa. Po sezonie &lt;a href="NHL%20%282016/2017%29"&gt;NHL (2016/2017)&lt;/a&gt; został wolnym agentem. Od lipca 2017 zawodnik Colorado Avalanche. W czerwcu 2018 nie otrzymał od klubu propozycji nowej oferty, w związku stał się wolnym zawodnikiem od 1 lipca 2018. Na początku lipca 2018 został zawodnikiem SKA. W czerwcu 2019 podpisał trzyletni kontrakt z tym klubem. W maju 2020 został przetransferowany do Witiazia Podolsk, a stamtąd miesiąc później do Amura Chabarowsk. 20 października 2020 ogłoszono jego transfer w ramach wymiany do Awangarda Omsk.