Владимир Иванович возглавлял комиссии по подготовке русских отделов на Всемирных выставках 1893 года в Чикаго и 1900 года в Париже. По инициативе Ковалевского в 1893 году было начато издание «Торгово-промышленной газеты». В 1896 году он разработал проект положения о коммерческих училищах. Способствовал заключению торговых договоров с Германией и другими странами. При активном участии Ковалевского проведены Всероссийская торгово-промышленная выставка и Всероссийский торгово-промышленный съезд в Нижнем Новгороде в 1896 году. Участвовал в разработке закона о государственно-промысловом налоге (1898). С 1899 года по 1901 год Ковалевский — председатель Особого совещания по подготовке законопроекта об учреждении промышленных предприятий. В апреле 1899 года В. И. Ковалевскому был присвоен чин тайного советника. В 1899 году, совместно с С. Ю. Витте, Д. И. Менделеевым и другими, организовал Санкт-Петербургский Политехнический Институт. В 1900 году Ковалевский был назначен товарищем министра финансов, заведующим делами торговли и промышленности.