Il est sélectionné pour la première fois avec l'équipe du Sri Lanka au cours d'un test-match disputé au Marrara Cricket Ground de Darwin contre l'Australie. Les Australiens sont surpris par sa technique et il réussit à prendre six guichets. Il fait partie du groupe appelé à disputer la Coupe d'Asie 2004, disputée au Sri Lanka. Il y fait ses débuts en "" (ODI), contre les Émirats arabes unis. Il participe au Trophée des champions de l'ICC la même année. En avril 2005, lors d'un test-match contre la Nouvelle-Zélande, il prend en tout neuf guichets pour 210 courses concédées. Du fait de la position presque horizontale de son bras lorsqu'il lance la balle, ses adversaires ont du mal à la voir et réclament que l'arbitre situé derrière Malinga change de couleur de pantalon. Les arbitres refusent mais utilisent par exemple une serviette autour de leur taille pour faire un écran qui met en valeur la balle. Il participe en 2006 à la série d'ODI que le Sri Lanka remporte contre l'Angleterre, en Grande-Bretagne, par cinq victoires à zéro. Il cumule 30 guichets en 18 ODI durant les douze mois qui précèdent la Coupe du monde 2007.