В Емельянов был призван на службу в Рабоче-крестьянскую Красную Армию. В 1941 году окончил Подольское стрелково-пулемётное училище. В начале войны попал в окружение, был ранен, но сумел со своими товарищами выйти к своим. Участвовал в битве за Москву, Сталинградской и Курской битвах, битве за Днепр, форсировании Западного Буга и Вислы. С 1943 года гвардии майор Борис Емельянов командовал 1-м стрелковым батальоном 215-го гвардейского стрелкового полка 77-й гвардейской стрелковой дивизии 69-й армии 1-го Белорусского фронта. Отличился во время освобождения Польши.