Alaba on edustanut Itävallan nuorisomaajoukkueita. Hän pelasi kaksi ottelua alle 19-vuotiaiden EM-kilpailuissa 2010. Lokakuussa 2009 hän debytoi Itävallan maajoukkueessa ystävyysottelussa Ranskaa vastaan ja hänestä tuli samalla nuorin maan paidassa pelannut pelaaja. Ensimmäisen maaottelumaalinsa hän teki MM-karsintaottelussa Kazakstania vastaan lokakuussa 2012. Hän oli avauskokoonpanossa Itävallan kaikissa kolmessa ottelussa EM-kilpailuissa 2016. Kesällä 2021 pelattavissa EM-kilpailuissa hän on joukkueen kapteeni.