La vieille église de la mission est l'édifice le plus ancien encore intact dans toute la ville de San Francisco et la seule des 21 missions californiennes encore en état. Elle a survécu à tous les tremblements de terre du lieu, notamment le séisme de 1906 dont elle est l'une des rares structures à avoir survécu. Il subsiste également un cimetière contenant les dépouilles des autochtones qui ont aidé à construire la mission et d'autres personnalités comme le premier gouverneur mexicain Luis Antonio Argüello. La mission comprend également une basilique, construite en 1918 et consacrée basilique mineure en 1952 par le pape Pie XII.