Im Vorrundenspiel der Europameisterschaften 2021 soll Arnautović Ezgjan Alioski beleidigt haben. Nach einer Beschwerde durch die Nordmazedonische Fußballnationalmannschaft leitete die UEFA ein Dispziplinarverfahren ein. Er wurde von der UEFA für ein EM-Spiel gesperrt und kam mit der Mannschaft bis zum Achtelfinale. In den beiden restlichen Spielen Österreichs kam er dann wieder zum Einsatz.