14 марта 1939 года словацкий сейм провозгласил суверенитет Словацкой республики. Республика имела площадь 38 004 км², на которой проживало 2 655 053 человека. После оккупации Польши в сентябре 1939 года на севере и на западе Словакия стала граничить с Германией, на юге и на востоке — с Венгрией. Республика была признана 27 государствами, в том числе СССР в 1939 году. В марте 1939 года того же года при оккупации Подкарпатской Руси венгерская армия нарушила границу Словакии, и вступила с нею в бои, длившиеся несколько дней. В ноябре 1940 года Словакия присоединилась к Тройственному пакту. В 1939 году словаки принимали участие в оккупации Польши (за что Словакия вернула себе территории, присоединённые к Польше в 1920 и 1938 годах), с июня 1941 года — в войне против СССР. Словацкие солдаты и офицеры на советско-германском фронте целыми частями регулярно переходили на советскую сторону. Большинство чехов были выселены из Словакии. С 25 марта по 20 октября 1942 года 57 628 евреев были депортированы в нацистские лагеря на оккупированные Германией территории. Вторая волна выселения евреев в количестве 13 500 человек пришлась на период с сентября 1944 года по март 1945 года. Десять тысяч из них погибли. Цыгане, проживавшие в центральной Словакии, подвергались массовому уничтожению частями СС.