Efter Svarta september tvingades PLO fly från Jordanien till Libanon. Rörelsen var aktivt deltagande i inbördeskriget i Libanon och stred mot israeliska armén, libanesisk högermilis, samt syriska styrkor. PLO försvagades inbördes då Fatah, som styrde rörelsen, inte var särskilt ideologiskt färgstark utöver målet att befria Palestina. Däremot var kommunistiska PFLP och DFLP mycket tydligare i ideologi och utgjorde därmed ett hot mot Fatah för kontroll över rörelsen. Dessutom skapade Baathpartiets sekulära regeringar i Irak och Syrien marionettgrupper inuti PLO vilket komplicerade situationen ytterligare. Under den israeliska invasionen av Libanon 1982 tvingades man överge högkvarteret i Beirut och flytta till Tunis.