Jak válka postupovala, připravovala se rodina Petacciových na vpád Spojenců. V luxusní rodinné vile byly budovány protiletecké kryty a shromažďovány obrovské zásoby jídla a pohonných hmot. 10. července 1943 přistáli Spojenci na Sicílii, a o den později dostal Mussolini do rukou policejní spis o finančních podvodech rodiny Petacciů. Po přečtení spisu Mussolini zuřil a Clara měla od té chvíle k jeho osobě zakázaný vstup. Spojenci zatím dál postupovali, Mussolini byl zatčen a uvězněn a zatčení hrozilo i Petacciovým. Ti byli nakonec při útěku skutečně dopadeni a uvězněni v Novaře v kraji Piemont. V září 1943 byl ale Mussolini osvobozen německými výsadkáři. Osvobozeni byli i Petacciové. Mussolini pak vyhlásil nový stát, Italskou sociální republiku a nastěhoval se do Salò u Gardského jezera, kde se zanedlouho setkal s Clarou a jejich milostný vztah pokračoval dál. Když se o přítomnosti Clary u Gardského jezera dozvěděla Mussoliniho manželka Rachele Mussoliniová, osobně se s Clarou setkala, nazvala ji cizoložnicí a donutila ji okamžitě oblast opustit. Clara se však nevzdala, odstěhovala se jen o několik kilometrů dál a nadále se s Mussolinim setkávala. Spojenci stále postupovali, a tak v dubnu 1945 opustili oblast Gardského jezera Mussolini, jeho rodina i Petacciové. Clara odmítla uprchnout ze země se svou rodinou a zůstala s Mussolinim. Milenci prchali společně do Coma a dál směrem do Švýcarska. Pak plány změnili a rozhodli se odjet do Innsbrucku. Kolonu prchajících aut však zastavili partyzáni a Mussolini byl zatčen. Clara požádala velitele partyzánů o to, aby mohla nadále zůstat po boku svého milence, což jí bylo umožněno. 28. dubna 1945 byli Mussolini i Clara Petacciová popraveni zastřelením u Bonzaniga, jejich mrtvoly převezeny do Azzony a 29. dubna 1945 visela jejich mrtvá těla hlavou dolů na nosnících rozbombardované čerpací stanice Esso na Piazzale Loreto v Miláně.