La dévastation qui a suivi le tremblement de terre de San Francisco de 1906 ralentit brièvement la marche de l'enquête. Ruef a lui-même perdu « près de dollars de patrimoine immobilier. ». Le maire Eugène Schmitz forme le « Comité des Cinquante » pour accélérer les réparations, et Ruef n'est pas invité, mais il vient quand même à Franklin Hall où le comité se réunit.