Infolge des Erdbebens in Japan am 11. März 2011 und der darauffolgenden Nuklearkatastrophe von Fukushima forderte Oettinger, über einen EU-weiten Atomausstieg zu diskutieren, und initiierte ein Krisentreffen des Energieministerrats mit Vertretern der Energiekonzerne und Kontrollbehörden sowie Kernkraftwerksbetreibern und -herstellern, bei dem EU-weite Stresstests für Kernkraftwerke vereinbart wurden; er sprach sich gegen eine „Verwässerung“ der geplanten EU-Stresstests z. B. durch England und Frankreich aus.