Перебуваючи в притулку, принцеси більшу частину часу проводили з няньками, оскільки королева Єлизавета була зайнята народженням і наступним доглядом за принцом Едуардом , що з'явився на світ на початку листопада 1470 року . Марія з сім'єю провела в притулку ще п'ять місяців . У квітні 1471 року батько принцеси, підштовхнутий звісткою про народження сина, повернувся в Англію і в першу чергу, після того, як побував на подячному молебні у Вестмінстерському абатстві, вивів свою сім'ю з притулку. В ту ж ніч Марія в числі інших членів сім'ї була перевезена в замок Бейнард, який служив резиденцією її бабки по батькові — Сесілії Невілл . 11 квітня Йорки в супроводі матері короля, брата королеви Ентоні і архієпископа Кентерберійського Томаса Бурш'є вирушили в королівські покої Лондонського Тауера, в той час як батько Марії вирушив на північ відвойовувати королівство. 13 квітня в битві при Барнеті був убитий Уорік , 4 травня Едуард IV остаточно розбив війська Ланкастерів в битві при Тьюксбері , в якій був убитий спадкоємець Ланкастерів Едуард Вестмінстерський і захоплена в полон Маргарита Анжуйська . Однак 12 травня, поки Едуард ще був на шляху до Лондону, останні прихильники Ланкастерів організували напад на Тауер, маючи намір повернути на трон Генріха VI; з річки були обстріляні дві вежі, в одній з яких знаходилася Марія з сім'єю. Напад було відбито, однак це змусило короля надати смерті свого попередника, і 21 травня 1471 року король Генріх VI був задушений в своїй темниці .