Lors de l'arrivée de l'État islamique à Mossoul dans la nuit du 6 au 7 août 2014, Najeeb Moussa Michaeel part se réfugier à Erbil, au Kurdistan irakien, en emportant environ 800 manuscrits datés du au , qu'il transportait de Qaraqoch vers Mossoul. Durant sa période de refuge, il numérise ces manuscrits et vient en aide aux chrétiens réfugiés dans la plaine de Ninive. Les documents sauvés sont plus tard exposés aux Archives nationales et à l'Institut du monde arabe à Paris, ainsi qu'en Italie. Parmi ces manuscrits se trouvaient des textes de spiritualité chrétienne et musulmane écrits en araméen, syriaque, arabe et arménien. Par ailleurs, depuis 1990, Najeeb Michaeel contribue à la sauvegarde de autres manuscrits et documents de l'Église d'Orient.