Il 30 agosto 2013 con il Bayern Monaco ha vinto la Supercoppa UEFA; dopo l'1-1 nei tempi regolamentari e il 2-2 dei supplementari, nel corso dei tiri di rigore Neuer ha parato a Lukaku l'ultimo tentativo del Chelsea, sancendo così la vittoria della propria squadra. Nel corso dell'annata con la squadra bavarese ha conquistato anche altri tre titoli: la Coppa del mondo per club, senza subire gol in entrambe le gare giocate, la Bundesliga, vinta con 7 giornate d'anticipo migliorando così il record stabilito l'anno precedente, e infine la Coppa di Germania battendo in finale il Borussia Dortmund dopo i supplementari.