Filip Meirhaeghe wurde 1996 zum ersten Mal belgischer Meister im Cross Country. Diesen Titelgewinn konnte er 1998, 2000 und 2001 wiederholen. Ein Jahr später siegte er bei der Mountainbike-Austragung von Paris–Roubaix. Auch diesen Triumph konnte er 2002 wiederholen. Bei den Mountainbike-Weltmeisterschaften 1998 holte er seine erste von zwei Bronzemedaillen, die zweite folgte 1999.