Amanatidis zadebiutował w reprezentacji Grecji w listopadzie 2002 w meczu przeciwko Irlandii. Do sierpnia 2006 rozegrał w kadrze 9 meczów. Nie znalazł się w składzie reprezentacji Otto Rehhagela, która zdobyła Mistrzostwo Europy 2004. W sierpniu 2010 postanowił zakończyć karierę reprezentacyjną.