Après la fin des compétitions soviétiques et l'établissement du championnat russe en 1992, le Torpedo continue d'être une équipe de milieu de classement capable de brèves fulgurances, celui-ci remportant notamment la première édition de la Coupe de Russie en 1993 et atteignant la troisième place du championnat en 2000. Il est connaît sa première relégation à l'issue de la saison 2006 avant que des problèmes financiers ne le fasse retomber jusqu'à la quatrième division en 2009. Il parvient cependant à remonter la pente et retrouve le premier échelon en 2014, avant d'être une nouvelle fois relégué puis rétrogradé en troisième division pour des raisons financières.