El duque, nombrado capitán general, reunió sus fuerzas, estimadas en 40 000 hombres, en Badajoz, y en junio de ese mismo año cruzó la frontera hispano-portuguesa y avanzó hacia Lisboa. El 25 de agosto de 1580 venció al ejército portugués del general Diego de Meneses en la batalla de Alcántara y entró triunfante en la ciudad, despejando el camino para la llegada de Felipe II que se convirtió en el rey Felipe I de Portugal, logrando la unión dinástica "aeque principaliter" con los demás reinos de la Monarquía Hispánica bajo la Casa de Habsburgo. Así, el Imperio español alcanzó su apogeo.