Когда началась Война первой коалиции, Чарлз Стюарт вернулся на действительную военную службу. 23 мая 1794 года он принял командование над армией на Корсике, и руководил осадой Кальви (во время которой Нельсон потерял глаз); его адъютантом в это время был полковник Джон Мур. 24 октября 1794 года он стал полковником 68-го пехотного полка. Однако его конфликты с командующим флотом адмиралом Самуэлем Худом и с губернатором Корсики Гилбертом Эллиотом вынудили его в феврале 1795 года подать в отставку. 25 марта 1795 года он был переведён с поста командира 68-го полка на пост командира 26-го пехотного полка, которым командовал до конца жизни.