Les opérations militaires se révèlent cependant beaucoup plus délicates que les fois précédentes, les meilleures unités françaises étant parties avec Bonaparte en Égypte. Tout au long de la campagne de 1799, les Polonais essuient des pertes sévères. La légion sous les ordres de Dombrowski combat ainsi du 17 au 19 juin à la bataille de la Trebbia, où elle subit de lourdes pertes : seuls deux bataillons sur cinq échappent à la destruction et Dombrowski est blessé. Les légionnaires participent également aux batailles de Novi le 15 juillet et de Zurich le 26 septembre.