In der Weltcupsaison &lt;a href="Skilanglauf-Weltcup%202001/02"&gt;2001/02&lt;/a&gt; erreichte Mayer im Sprint die Plätze Acht und Zehn und belegte in Nove Mesto mit der österreichischen Staffel den vierten Platz. Er erreichte damit den 15. Platz im Sprintweltcup. Bei den Österreichischen Meisterschaften 2002 wurde er Zweiter im Sprint. Im Februar 2002 nahm er bei den Olympischen Winterspielen 2002 in Salt Lake City teil. Allerdings wurde er im Mai 2003 wegen Dopings nachträglich disqualifiziert und von der FIS für zwei Jahre gesperrt, nachdem in der österreichischen Unterkunft Blutbeutel gefunden wurden. Es wurden dabei alle seine Ergebnisse der Olympischen Winterspiele 2002 und aus der nachfolgenden Saison 2002/03 gestrichen. Einzig sein Meistertitel über 30 km bei den Österreichischen Meisterschaften 2003 blieb ihm erhalten. Mayer ging darauf gegen die Sperre vor dem Internationalen Sportgerichtshof (CAS) in Berufung. Die CAS widersprach der Entscheidung der FIS und Mayer war damit zu Beginn der Saison 2003/04 wieder startberechtigt. Er startete daraufhin wieder im Weltcup, konnte dabei aber bis zu seinem Karriereende nach der Saison 2004/05 keine Weltcuppunkte mehr gewinnen.