アッザームはエジプトに移りアル＝アズハル大学の大学院でシャリーアの研究を深めた。その後、ヨルダンに戻りアンマンのヨルダン大学で教鞭をとるが、黒い九月事件で反イスラエルのパレスチナ人であるアッザームは追放され、再びアル＝アズハル大学に戻り博士号を取得、その間、ウサーマ・ビン＝ラーディンやアイマン・ザワーヒリーなどサイイド・クトゥブのクトゥブ主義に影響された若者たちと出会う。クトゥブはムスリム同胞団の指導者で今日の世界中のイスラム原理主義の原点ともいうべき多大な影響を与えた詩人・思想家であったが、1966年にナーセル大統領に処刑される。これはイスラム原理主義者では殉教と捉えられており、アッザームはクトゥブに続く理論家になっていく。アッザームは「文明の衝突」を不可避的なものと考え、世俗的な政府の打倒を目指すようになった。