Hasta el final de la guerra civil, la UES sufrió un período de decadencia, sumado al daño de la infraestructura de la Ciudad Universitaria producido por el terremoto del 10 de octubre de 1986. En el campus central de la UES quedaron destruidas casi en su totalidad las Facultades de Ciencias Económicas, de Odontología y de Química y Farmacia, en tanto que otras cinco resultaron con daños graves, además de la Administración Central. Los daños económicos en la UES ascendieron a 89 millones de colones. El presidente José Napoleón Duarte visitó el 10 de noviembre de 1986 las instalaciones de la UES para comprobar los daños sufridos por el sismo del mes pasado, pero tuvo que abandonar el lugar ante el recibimiento hostil que obtuvo por parte de los estudiantes universitarios.