聯邦安全局特別用途中心所屬的特種部隊如：阿尔法小组和溫佩爾小組為俄羅斯國家級的反恐部隊，主要針對國家一級恐襲或重大事件作出應對（如：莫斯科歌劇院人質事件及別斯蘭人質危機），另外也曾在兩次車臣戰爭及北高加索叛亂中分別派到車臣共和國和達吉斯坦共和國跟分離主義武裝份子戰鬥。前蘇聯時期隸屬於國家安全委員會，除了應付國內反恐任務及叛亂以外也會派到海外執行軍事級的特種作戰及隱蔽行動，典型的作戰例子有333風暴行動。聯邦安全局也在俄羅斯境內多個城市設有分局，各分局也設有其專屬的區域特別用途單位，任務包括：打擊恐怖主義、人質救援及支援聯邦安全局的反情報行動等。