בפרוץ המלחמה לחם פרטר-פיקו עם יחידתו במהלך המערכה בפולין, וב-6 בפברואר 1940 מונה למפקד רגימנט הארטילריה ה-297, שהיה חלק מהדיוויזיה ה-297, וב-1 בספטמבר 1940 הועלה לדרגת אוברסט. פרטר-פיקו לחם עם יחידתו במהלך המערכה על צרפת ובמהלך מבצע ברברוסה, וב-7 בפברואר 1942 מונה למפקד אגד הארטילריה ה-102. ב-20 בפברואר 1943 הוא מונה למפקד הדיוויזיה ה-57, וב-1 במרץ אותה שנה הוא הועלה לדרגת גנרל מיור. בקיץ 1943 הוא לחם עם הדיוויזיה כחלק מהקורפוס ה-52 במסגרת פלגת הארמייה קמפף, והשתתף עמה בקרב חרקוב השלישי ובקרב קורסק. ב-25 בספטמבר 1943 הוא מונה למפקד דיוויזיית המילואים ה-148 בדרום צרפת, ולאחר מבצע דרגון הוא מונה על אבטחת המעברים בין צרפת לאיטליה בהרי האלפים. ב-18 בספטמבר 1944 שונה שם הדיוויזיה לדיוויזיה ה-148, וב-20 באוקטובר הוא הועלה לדרגת גנרל לוטננט. באביב 1945 לחמה הדיוויזיה כנגד מתקפת האביב של בעלות הברית בצפון איטליה, וב-28 באפריל הוא נפל עם כוחותיו בשבי כוח המשלוח הברזילאי.