伴隨安德洛尼卡的到來，以及太后玛丽的摄政政府被推翻，君士坦丁堡内很快爆發了拉丁大屠杀，大量西方拉丁人遭到支持安德洛尼卡的憤怒市民們的瘋狂洩憤，當時拉丁人實際控制了帝國的經濟是誘發殺戮的主因之一，而安德洛尼卡也任由屠杀自由发展。安德洛尼卡隨即掌握實權，儘管阿歷克塞二世的姐姐支持安德洛尼卡的介入，但他仍安排宦官把瑪麗亞和她的丈夫毒死。不久之後，安德洛尼卡將瑪麗太后關入監獄，旋即強迫年幼的阿歷克塞二世親自簽發將他母親瑪麗處決的詔書，並脅迫阿歷克塞二世於教堂的露台上向人群宣布任命安德洛尼卡为共治皇帝，此後不久阿歷克塞二世便被安德洛尼卡一世的朝臣們用弓弦勒死，屍身被拋入大海。