Prestonin jälkeen McIlroy siirtyi valmentamaan Northwich Victoriaa. Vuonna 1993 hän aloitti Macclesfield Townin managerina. Onnistuneiden seitsemän Macclesfield-vuosien jälkeen McIlroysta tuli vuonna 2000 Pohjois-Irlannin maajoukkueen päävalmentaja. Melkein neljä vuotta P-Irlantia valmentanut pystyi vain viiteen voittoon 28 ottelussa. Vuoden 2004 EM-karsinnoissa Pohjois-Irlanti ei tehnyt yhtään maalia ja McIlroy siirtyi Stockport Countyn manageriksi.