Во время Конголезского кризиса 1961 года в Стэнливиле находилась ставка Мобуту, оппозиционного к центральному правительству Лумумбы. В 1964 году в Стэнливиле силами бельгийских парашютистов была проведена операция «Красный Дракон» по освобождению белых заложников, захваченных боевиками движения симба. Во время Второй конголезской войны город стал ареной боевых столкновений. 23 августа 1998 года Кисангани был захвачен боевиками РКД, которые разместили здесь в 1999 году свою резиденцию. 14 мая 2002 года произошла бойня в Кисангани — одно из наиболее кровавых событий войны.