Перед стартом чемпионата мира Марек продлил контракт с клубом до 2015 года, несмотря на интерес со стороны «Манчестер Юнайтед». Но Марек дал понять всем, что он не собирается покидать Неаполь продлив контракт с клубом до 2015 года. В августе словак помог своей команде обыграть шведский «Эльфсборг» и пройти в групповой этап Лиги Европы. К концу года Мареком стал интересоваться питерский «Зенит», оценивший его в 30 миллионов евро, мюнхенская «Бавария», готовая отдать за него 35 миллионов евро и «Ливерпуль», предлагавший 12 миллионов фунтов. В то же время агент Марека Юрай Венглош опроверг слухи о том, что его клиент зимой перейдёт в «Манчестер Сити». Несмотря ни на что, Гамшик продолжал играть за «Наполи». В феврале неаполитанцы выбыли из розыгрыша Лиги Европы, когда на стадии 1/16 финала не смогли пройти «Вильярреал». Первый матч в Неаполе завершился нулевой ничьей, в ответном матче Марек забил гол уже на 18-й минуте матча, но до конца первого тайма Нилмар и Джузеппе Росси забили два гола, которые принесли испанцам победу со счётом 2:1 и выход в следующую стадию. Тогда же вновь появились слухи о возможном уходе Марека из клуба, и новыми претендентами стали «Барселона», готовая заплатить 30 миллионов евро, «Манчестер Юнайтед», рассматривающий Гамшика в качестве замены Полу Скоулзу, «Интер» и «Челси». Скауты «Челси» даже приезжали просмотреть Марека на матч 27-го тура Серии A с «Миланом», который завершился поражением «Наполи» со счётом 0:3 Вскоре агент игрока вновь опроверг все слухи о его возможном уходе, а Аурелио Де Лаурентис заявил, что никогда не продаст словака в другой клуб. В конце марта Марек во второй раз подряд был признан лучшим футболистом Словакии. Завершив выступления в Кубке Италии и Лиге Европы неаполитанцы сосредоточились на выступлениях в чемпионате. По итогам сезона «Наполи» занял третье место в чемпионате, которое позволило клубу впервые в истории попасть в Лигу чемпионов.