Im Hochmittelalter eintretende Küstenveränderungen hatten die Verlandung einzelner Häfen wie den von Luna zur Folge. Vor allem aber machten sarazenische Piraten seit dem 10. und 11. Jahrhundert das Meer unsicherer und behinderten die Handelsströme. Wichtigster Hafen der tyrrhenischen Festlandsküste war Pisa. Es stand im Wettbewerb mit anderen italienischen Stadtstaaten auf den Inseln oder am Ligurischen Meer und konnte Anfang des 11. Jahrhunderts seinen Einfluss auf Korsika und Sardinien ausdehnen. Die beiden Seemächte Genua und Pisa schreckten ebenso wie kleinere Akteure nicht davor zurück, sich als Piraten zu betätigen, wenn sie Handelsschiffe der jeweils anderen aufstöbern konnten. Die Auseinandersetzungen der beiden Seerepubliken kulminierten in der Seeschlacht bei Meloria im Jahr 1284, die mit einem entscheidenden Sieg Genuas über seinen Rivalen endete. Erst nachdem Genua im späten 13. Jahrhundert die Kontrolle über das Tyrrhenische Meer gewinnen konnte, konnte es sich als Handelsmacht im Wettbewerb mit der Republik Venedig behaupten. Genua kontrollierte das Tyrrhenische Meer zudem von seiner Kolonie auf Korsika aus.