בבית הכלא ביפו החל ללמוד אנגלית בעזרת ספר שקיבל מקומוניסט כלוא אחר ומילון אנגלי שנתן לו אביו. חנין נשפט למספר חודשי מאסר בבית הסוהר וכשנה מאסר בית. כשפרצה מלחמת העולם השנייה הוגלה דוד חנין לבת ים. למרות ניסיונותיו לראות מה שלום משפחתו בזמן הפצצת חיל האוויר האיטלקי על תל אביב, הוא לא הצליח. בתחילת שנת 1942, בעקבות פתיחת החזית המזרחית במלחמה והפשרת יחסי הממלכה המאוחדת ורוסיה כתוצאה מכך, שוחררו חנין ואסירים קומוניסטים נוספים. כששוחררו, למרות שהיו תנועה אסורה לפי חוק, החלו לפעול בגלוי והפיצו כרוזים הקוראים להקמת חזית שנייה נגד הנאצים. בזמן זה חנין ניסה להתגייס לצבא הבריטי, אך מזכירות הנוער הקומוניסטי, שביססה עליו את בניית התנועה, לא התירה לו להתגייס. בסיום המלחמה נודע לחנין שאחיו הבכור, בוריס, נהרג במלחמה, ככל הנראה בקרבות לשחרור בודפשט.