Todas as obras de Beer foram seriamente danificadas durante o período nazista na Alemanha. O vandalismo mais dramático foi o incêndio da sinagoga de Prinzregentenstrasse em Wilmersdorf, durante a Noite dos Cristais entre 9 e 10 de novembro de 1938. Antes de ser deportado, os nazistas obrigaram Alexander a transformar os restos da sinagoga incendiada em um celeiro. Na atualidade uma placa em Prinzregentenstr relembra a sinagoga destruída. Desde 2000, alguns outros edifícios de Alexander Beer foram restaurados, principalmente com financiamento privado.