30 студзеня 1933 года Адольф Гітлер і нацысцкая партыя прыйшла да ўлады. Нацысцкі рэжым знішчыў яўрэйскую суполку Берліна, якая налічвала 170 тысяч чалавек да 1933 года. Пасля Крыштальнай ночы ў 1938 годзе, тысячы яўрэяў горада былі заключаны ў турму ў суседнім канцлагеры Захсенгаўзен, а на пачатку 1943 года былі адпраўлены ў лагеры смерці, як Асвенцім, з прычыны чаго 19 мая таго ж года горад быў аб'яўлены «юдэнфрай». Падчас Другой сусветнай вайны вялікая частка Берліна была разбурана ў 1943—1945 гадах паветранымі налётамі і падчас бітвы за Берлін. Сярод сотняў тысяч людзей, якія загінулі падчас бітвы за Берлін, паводле ацэнак, 125 тысяч з'яўляліся грамадзянскімі асобамі. Пасля заканчэння вайны ў Еўропе ў 1945 годзе Берлін атрымаў вялікі лік бежанцаў з усходніх правінцый. Дзяржавы-пераможцы падзялілі горад на чатыры сектара, аналагічныя зонам акупацыі, якімі была падзелена ўся Германія. На тэрыторыі сектараў заходніх саюзнікаў (ЗША, Вялікабрытанія і Францыя) быў створаны Заходні Берлін, у той час на тэрыторыі савецкага сектара сфарміраваўся Усходні Берлін.