In den nächsten Jahren führten ihn seine Beförderungen zu verschiedenen Kommandos unter den Generälen Dampierre, Custine und Houchard. Durch seine Äußerungen zum Massaker auf dem Marsfeld (17. Juli 1791) fiel Jennings de Kilmaine in Ungnade und wurde verhaftet. Die Terrorherrschaft der französischen Revolution verbrachte er in Kerkerhaft. Nach der Hinrichtung Maximilien de Robespierres am 24. Juli 1794 wurden seine Haftbedingungen gelockert und zum 12. Dezember desselben Jahren dann auch entlassen. Mit Wirkung zum 20. Mai 1795 wurde ihm sein Rang samt den dazugehörigen Bezügen wieder zugesprochen.