Maahan syttyi laajoja lakkoja ja puhkesi poliittisen terrorismin aalto. Entinen kabareetanssija Isabelita oli heikkotahtoinen valtionpäämies, ja asevoimien kaikkien puolustushaarojen muodostama juntta otti vallan 24. maaliskuuta 1976 Jorge Rafael Videlan johdolla. Ihmisoikeusloukkauksista tuli juntan valtakaudella arkipäivää. Arviolta 8 960–30 000 argentiinalaista tapettiin tai katosi. Argentiinassa aikakautta nimitetään likaiseksi sodaksi () tai nimellä "El Proceso". Ihmisoikeusloukkaukset rasittivat maan kuvaa ulkomailla. Juntta leimasi kritiikin Argentiinan vastaiseksi kampanjaksi. Ulkopoliittisesti juntta kiisteli Chilen kanssa kolmesta asumattomasta saaresta Etelä-Amerikan eteläkärjessä Beaglen kanaalissa. Vuonna 1977 Pinochetin Chile ja Argentiina olivat hyvin lähellä avointa sotaa.