L'anno successivo il figlio Enzo (o Enzio) sposò Adelasia di Torres, vedova di Ubaldo Visconti, giudice di Torres e Gallura e Federico lo nominò Re di Sardegna. Ciò non poteva essere accettato dal papa, visto che la Sardegna era stata promessa in successione al papa dalla stessa Adelasia (che regnava comunque solo sulla parte nord dell'isola). Alle rimostranze del pontefice, Federico rispose nel marzo 1239 tentando di sollevargli contro la curia, ma il papa scagliò subito contro di lui la scomunica durante la settimana santa, indicendo successivamente un concilio a Roma per la Pasqua del 1241. Federico, per impedire lo svolgimento del Concilio che avrebbe confermato solennemente la sua scomunica, bloccò le vie di terra per Roma e fece catturare due cardinali e molti prelati, in viaggio per mare con navi della flotta genovese, da navi della flotta pisana guidate dal figlio Enzo, con una battaglia navale avvenuta presso l'isola del Giglio (3 maggio 1241). Le truppe imperiali giunsero alle porte di Roma, ma il 22 agosto 1241 l'anziano papa Gregorio IX morì e Federico, dichiarando diplomaticamente che lui combatteva il papa ma non la Chiesa (egli era sempre sotto scomunica), si ritirò in Sicilia.