בשנת 2004 קאן השתתף עם נבחרת גרמניה ביורו 2004, אך כמו ביורו 2000, כשלה גרמניה והודחה כבר בשלב הבתים. לאחר טורניר זה, קאן העביר את סרט הקפטן למיכאל באלאק. בנוסף, פוטר מאמן הנבחרת רודי פלר, והוחלף ביורגן קלינסמן, שהנהיג שיטת רוטציה בין קאן, לבין השוער המחליף הוותיק שלו ינס להמן, על מנת לעודד תחרות בין קאן ולהמן, שהיו ידועים כמתחרים ויריבים עיקשים. הדבר נראה בגביע הקונפדרציות 2005, בו גרמניה סיימה שלישית וערכה חמישה משחקים, כאשר קאן ולהמן התחלקו במשחקים ביניהם ואף עם השוער השלישי טימו הילדברנד. באפריל 2006 הכריז קלינסמן כי להמן יהיה השוער הראשון של גרמניה במונדיאל 2006 שנערך בגרמניה. על אף שקאן לא הסתיר את חוסר שביעות רצונו מהחלטתו של קלינסמן, הוא הסכים לשמש שוער שני, ואף עמד מאחורי להמן, ובירך אותו על תצוגתו ברבע הגמר מול נבחרת ארגנטינה, בה הדף שני פנדלים בבעיטות ההכרעה, וסייע לגרמניה להעפיל לחצי הגמר. להמן המשיך לעמוד בשער גם בחצי הגמר, בו הפסידה גרמניה בתוצאה 2-0 לנבחרת איטליה. במשחק על המקום השלישי, בו ניצחה גרמניה 3-1 את נבחרת פורטוגל, הוחלט לכבד את קאן בחולצת ההרכב, בהופעתו האחרונה במדים הלאומיים. מיכאל באלאק אף ויתר עבורו על סרט הקפטן למשחק זה. קאן הצטיין במשחק זה, ולאחריו הכריז על פרישה מהנבחרת לאחר 86 הופעות, מתוכן 49 כקפטן. קאן מעולם לא זכה עם גרמניה במונדיאל, אך סיים פעם אחת במקום השני ופעם אחת במקום השלישי.