В составе сборной Бразилии Эйтор дебютировал 4 декабря 1932 года в матче с Уругваем на Кубок Рио-Бранко, в котором Бразилия победила 2:2 и завоевала трофей. В 1934 году он поехал в составе национальной команды на Чемпионат мира, где сыграл единственный матч против сборной Испании (1:3). Затем он много играл товарищеских встреч за сборную во время турне по Европе, а также на родине в Бразилии. В 1937 году он стал участником чемпионата Южной Америки. На этом турнире Каналли провёл лишь одну встречу, 3 января против Чили, ставшую последнем матчем полузащитника в составе национальной команды. Всего за сборную Эйтор провёл 20 игр.