Sixième des Championnats du monde juniors de 2002, Sebastian Ernst remporte dès l'année suivante le titre junior des Championnats d'Europe de Tampere dans le temps de 20 s 63. Sélectionné pour les Jeux olympiques d'Athènes, en 2004, l'Allemand améliore son record personnel du 200 m dès les séries avec 20 s 36, mais est éliminé le lendemain au stade des demi-finales (20 s 63). Il se classe deuxième des Championnats d'Europe espoirs disputés en 2005 à Erfurt, derrière le Français David Alerte.