クレタ島はゲルマン人の移動や内乱、都市と農村の荒廃といった古代末期にローマ帝国を襲った数々の被害とは無縁であった。年代記作家や歴史家たちは古代末期以降、ビザンツ帝国時代のクレタ島に滅多に言及せず、当時のクレタ島の状況を伝える史料はほとんど存在しない。365年にクレタ島を襲い甚大な被害を出した大地震、ユスティニアヌス1世帝（在位：527年-565年）時代の4つの軍管区の設置、732年のレオン3世（在位：717年-741年）による人頭税の増額、コンスタンティノス5世（在位：741年-775年）がこの島で徴兵した兵士を自分の部隊に組み込んだことなどが断片的に知られている。732年、レオン3世は聖像破壊論争の中で、クレタ島の管轄をローマ教皇庁からコンスタンティノープル総主教庁に移し、以降クレタ島のキリスト教は正教会と運命を共にした。しかし、当時のクレタ島は大主教1名、主教11名を擁していたが、彼らはビザンツ帝国の公会議において大きな役割は果たしていない。芸術はビザンツ帝国で進展していた傾向と流れを一にしていたと見られるが、9世紀以前の時代のものはほとんど残されていない。