קונגו הבלגית חולקה ל-4 מחוזות – לאופולדוויל (או קונגו-קאסאי, בעתיד יתגלו בו מחצבי יהלומים, שעד היום מהווים מרכז הפעילות הכלכלית של בלגיה במדינת הרפובליקה הדמוקרטית של קונגו. נקראת קינשסה בימינו, ומהווה את הבירה של הרפובליקה הדמוקרטית של קונגו.)- מרכז ומערב המדינה, אקואטאור- צפון מערב, אוריאנטלה- צפון מזרח וקאטאנגה- מרכז מזרח ודרום (אזור שלימים יהיה חלק מרצח העם ברואנדה ובורונדי שאיתם הוא חולק גבול ממזרח, וידע את משבר קונגו- עימותים מול מוסדות הרפובליקה הדמוקרטית של קונגו ב-1960 מיד לאחר הקמתה עקב עושר המחוז במחצבי אורניום, זהב, נחשות ועוד). כל המחזות חולקו לתת-מחוזות, 24 סה"כ. לכל תת-מחוז היה נשיא מחוז. לדברי הקטור מרטנס, מנהל אתר כרייה מטעם חברה פרטית שפעלה בקונגו הבלגית, "ב-75% מהמקרים נשיא המחוז לא היה קונגולזי שנבחר על ידי האוכלוסייה המקומית אלא איש מנהלי בלגי שמונה על ידינו (הבלגים) ומטרתו לוודא שהפעילות המתחרשת במחוזו שלו משרתת את האינטרס הבלגי". עד 1926 מבנה נשיאות הקולוניה היה בבומה, שם הוצב לראשונה בהיווסדות מדינת קונגו החופשית ב-1886. ב-1926 בירת הקולוניה הוקמה מחדש בלאופולדוויל, העיר שנקראה על שמו של המלך ליאופולד השני. רשות אכיפת החוק המקומית נקראה "פורס פובליק" (בצרפתית "כוח הציבור"). החיילים/שוטרים היו קונגולזים שגויסו תחת הוראה ופקודה בלגית.