Während des Krieges gegen Österreich nahm Etzel 1866 an den Schlachten bei Münchengrätz und Königgrätz teil. Noch im selben Jahr wurde er Direktor der Kriegsakademie. Bei der Mobilmachung anlässlich des Krieges gegen Frankreich ernannte man ihn zum Kommandierenden General des Stellvertretenden Generalkommandos des IX. Armee-Korps. In dieser Stellung erhielt Etzel am 26. Juli 1870 den Charakter als General der Infanterie. Am 22. Juli 1871 wurde er zum Gouverneur von Stettin ernannt.