Miyazaki rencontre beaucoup de difficultés dans la conception de l'histoire et de l’"e-konte" (storyboard) du film et avance d'abord très lentement. Il veut faire le film mais craint qu'il ne rencontre pas son public ; dans les premiers temps, il ne veut pas renoncer à intéresser aussi les enfants. En outre, le sujet est particulièrement délicat, car le film est consacré à un ingénieur qui a inventé un avion de guerre, qui plus est pour l'armée impériale. Ce sujet suscite des dissensions au sein du studio, certains craignant de passer pour des apologues de la guerre ; la femme de Miyazaki est également dubitative. Miyazaki lui-même est conscient du problème, qui rejoint sa contradiction personnelle de pacifiste, néanmoins passionné par les avions et les engins, y compris militaires. Le séisme du 11 mars 2011 perturbe le travail dans les studios pendant quelques jours et provoque d'autres remises en cause puisqu'il devient délicat d'aborder le séisme de 1923 de Kantō dans le film. C'est en que les idées du réalisateur commencent à se mettre en place : il renonce à recourir au fantastique et centre le film sur la question de la vie dans une époque troublée comme celle des années 1930, époque où, comme dans le poème de Valéry, .