В Венгерскую кампанию 1849 г. Непокойчицкий был начальником штаба отряда своего корпуса и находился в Трансильвании, и за отличия в сражениях с инсургентами при взятии укреплений в Темешском и Ротенбургском ущельях, при занятии Кронштадта и Германштадта, в сражениях при Сегешваре и Мюленбахе получил чин генерал-майора (4 августа 1849 г., старшинство с 25 июля 1849 г.), пять именных Высочайших благоволений и орденов св. Владимира 3-й степени (12 октября 1849 г., за отличие при взятии Кронштадта) и св. Станислава 1-й степени с мечами (12 октября 1850 г.). В сентябре 1849 г. Непокойчицкий был назначен исполняющим дела начальника штаба войск, занимавших Молдавию и Валахию, а в 1852 г. — начальником штаба 5-го пехотного корпуса. В это время им было написано «Описание войны в Трансильвании» (СПб., 1858). 18 августа 1851 г. награждён орденом св. Анны 1-й степени (императорская корона к этому ордену пожалована 28 сентября 1852 г.) и 1 февраля 1852 г. — орденом св. Георгия 4-й степени за 25 лет службы в офицерских чинах.