1889 wurde Bohndorff während des ostafrikanischen Aufstandes Dragoman und Proviantmeister der "Wissmann-Truppe" im Dienst von Major Hermann von Wissmann. Im Jahr darauf war er Decksoffizier auf der Mtoni-Fähre, die bei einem kleinen Besfetigungsposten nahe Bagamoyo den Kinganifluss querte. Mit seiner blutigen Niederschlagung endete der Aufstand im Dezember 1890.