Itsenäinen Malin liittovaltio oli olemassa vain kahden kuukauden ajan. Se kaatui Sudanin tasavallan ja Senegalin kansantalouksien erilaisuuteen sekä maiden valtapuolueiden ja niiden johtajien välisiin poliittisiin ja ideologisiin ristiriitoihin. Liittovaltion pää- ja ulkoministerinä toiminut Modibo Keïta ja hänen puolueensa kannattivat radikaaleja sosialistisia uudistuksia ja aktiivista ulkopolitiikkaa muun muassa Algerian ja Kongon kysymyksissä, kun taas Senegalin johto halusi vaalia hyviä suhteita Ranskaan. Senegal julistautui itsenäiseksi elokuussa 1960, ja Malin liittovaltion sudanilaiset johtajat karkotettiin Dakarista Bamakoon. Liittovaltion hajoamisen seurauksena Sudanin tasavalta julistautui itsenäiseksi Malin tasavallaksi 22. syyskuuta 1960.