Durante la Expedición punitiva contra Francisco Villa, los problemas de suministro, la falta de disciplina, la deserción y el liderazgo inadecuado afectarón fuertemente al ejército mexicano. En este contexto, en junio de 1916 Nájera le informó a su superior el Gral. Treviño, que estaba sumamente frustrado por los problemas de disciplina y de pobre liderazgo, y que quería que el general eliminara a algunos comandantes de alto rango. De lo contrario, Nájera creía que el éxito contra Villa sería limitado y que los mexicanos no podrían enfrentar a las tropas estadounidenses. Nájera amenazó con renunciar a su mando si no se hacía nada.