En 2000, il devient le joueur hollandais le plus cher de tous les temps en étant acheté 39,6 millions d'euros par le FC Barcelone. Dans le club catalan, il rejoint plusieurs de ses compatriotes dont certains comme Kluivert, Bogarde ou les frères Frank et Ronald de Boer, qui ont participé avec lui au sacre de 1995. Malgré un effectif pléthorique, le "Barça" ne remporte aucun titre pendant la période où il y joue. Ce sera son dernier club comme joueur professionnel. En juillet 2004, à la suite de l'Euro portugais, une persistante blessure au genou le contraint à renoncer à 31 ans, à la suite de sa carrière.