Florence Kiplagat se révèle durant les Championnats du monde juniors 2006 en se classant deuxième du 5 000 mètres derrière la Chinoise Xue Fei. L'année suivante, à Mombasa, elle se classe cinquième de l'épreuve individuelle senior des Championnats du monde de cross et permet à l'équipe du Kenya d'occuper la deuxième place du classement par équipes derrière l'Éthiopie. Elle met provisoirement un arrêt à sa carrière sportive en 2008 pour donner naissance à son premier enfant.