Die Rehabilitierung Massénas stand in direkter Verbindung mit dem zweiten Koalitionskrieg gegen Frankreich und der Landung eines starken russischen Expeditionscorps unter dem Kommando des damals bekanntesten russischen Feldherren Alexander Suworow in Norditalien. Dabei gelangen den Russen und Österreichern zu Beginn der Kriegshandlungen beachtliche Erfolge. Daraufhin beauftragte das Direktorium Masséna am 10. Dezember 1798 zum Schutz Frankreichs mit dem Kommando über die neugebildete „schweizerische Armee“, damit löste er General Balthasar Alexis Henri Antoine von Schauenburg ab. Nach der Ersten Schlacht bei Zürich war Masséna gezwungen, am 4. Juni 1799 die Stadt zu räumen. Doch wenige Wochen später fand am 25. und 26. September die Zweite Schlacht bei Zürich statt, mit der er die Alliierten stoppte und einen legendären Sieg erzielte.