El USS "Boston" retornó a San Francisco el 9 de agosto de 1899 y fue puesto de servicio en Mare Island Navy Yard el 15 de septiembre de 1899. permaneció de baja hasta el 11 de agosto de 1902, cuando volvió a unirse a la escuadra del pacífico. Entre el 16 y el 25 de junio de 1905 representó a la US Navy en la exposición sobre la Expedición de Lewis y Clark en Portland, Oregón, y entre el 23 de abril y el 10 de mayo de 1906 ayudó a las víctimas del fuego y del terremoto de San Francisco. Fue puesto de nuevo fuera de servicio en los astilleros Puget Sound Navy Yard el 10 de junio de 1907.