Seitaridis și-a făcut debutul la echipa mare pe 13 februarie 2002, într-un meci internațional amical cu Suedia. El a ajutat Grecia să se califice la UEFA Euro 2004 în Portugalia pentru a doua oară în istorie și a fost, de asemenea, unul dintre jucătorii cheie în timpul campaniei de succes a Greciei, o victorie care a șocat lumea fotbalului, deoarece Grecia a fost considerată outsider înainte de începerea turneului. Seitaridis a obținut un penalty la primul meci împotriva Portugaliei, când a fost faultat de Cristiano Ronaldo. În finală, el a obținut și un corner important jucând mingea în centru care a fost blocată de Cristiano Ronaldo. În general, contribuțiile sale la câștigarea Campionatului European din 2004 au fost recunoscute prin numirea sa în echipa Campionatului European, alături de alți jucători greci precum Antonis Nikopolidis, Traianos Dellas, Theodoros Zagorakis și Angelos Charisteas.