В 1803 году Томас Джефферсон назначил Лира генеральным консулом на Северном побережье Африки с правом одновременного ведения частного бизнеса. Незадолго перед путешествием в Алжир Тобиас женился и вместе с женой должен был отплыть на корабле "". Однако в Средиземном море корабль был захвачен и их перевели на фрегат "USS Constitution". По иронии судьбы, именно Лир стал основным переговорщиком за освобождение экипажа "USS Philadelphia", а в 1805 году при его участии был заключён договор с Триполи, положивший конец Первой берберийской войне. Лир пробыл в Алжире до 1812 года.