Englannin maajoukkueessa Scholes oli joukkueen avainpelaajia. Hän pelasi maajoukkueessa vuosina 1997–2004 yhteensä 66 ottelua ja teki 14 maalia. Hän pelasi MM-kilpailuissa 1998 ja 2002 sekä EM-kilpailuissa 2000 ja 2004.