På uppdrag av president Franklin D. Roosevelt undersökte Murphy, hösten 1942, förhållandena i Franska Nordafrika inför de allierades landstigningar - Operation Torch - den första stora allierade markoffensiv under andra världskriget. Han utsågs till presidentens personliga representant med rang av ministern till Franska Nordafrika. Murphy tog kontakt med olika franska officerare i Alger och rekryterade dem att stödja de allierade när invasionen av Franska Nordafrika kom.