Религиозните войни започват с клането във Васи през 1562 г., когато са избити стотици хугеноти. В първите конфликти загиват водачите на воюващите фракции. Мирът от Сен-Жермен (1570) гарантира на хугенотите четири крепости. Той послужва като примамка за хугенотите, които се събират в Париж. На 24 август 1572 г. настъпва Вартоломеевата нощ – 20 000 хугеноти са вероломно избити, от тях 3000 само в столицата. Загива адмирал Колини, а синът на Антоан дьо Бурбон – Анри Наварски, бъдещият Анри IV, оцелява само защото приема католическата вяра. Въпреки страшната катастрофа хугенотите съхраняват военната си сила, особено в крепостта Ла Рошел. Създават собствена военна организация, с която възвръщат влиянието си. Във „войната на тримата Анри“ (1585 – 1589): Анри ІІІ, Анри Наварски и Анри дьо Гиз надмощието е вече на тяхна страна. Първите двама стават жертва на покушения, а Анри Наварски наследява короната. Това събужда остра реакция на католиците, а Испания изпраща войски в Париж, в опит да им помогне. Чак след победата при Иври (1590) и прогонването на испанците (1598) новият крал поставя край на религиозните войни.