Nach dem Ende der kommunistischen Herrschaft 1989 organisierten sich Roma einerseits verstärkt in Vereinen und Verbänden, andererseits bestand die gesellschaftliche Diskriminierung fort. So waren Roma bevorzugtes Angriffsziel neonazistischer Gruppierungen, wie beispielsweise im März 2010 in Vítkov in Mährisch-Schlesien, wo ein zweijähriges Mädchen bei einem Brandanschlag lebensgefährliche Verbrennungen erlitt. In Tschechien trat die politisch bedeutungslose, aber offensiv auftretende neonazistische Partei Národní strana um Petra Edelmannová wiederholt mit der Forderung nach einer „Endlösung der Zigeunerfrage“ auf, womit eine Deportation nach Indien gemeint war. In Ústí nad Labem (Aussig) wurde am 13. Oktober 1999 eine Mauer in der mehrheitlich von Roma bewohnten Matiční-Straße errichtet. Nach Protesten und der Zusage finanzieller Förderung für den Aufkauf von drei Einfamilienhäusern von Altanwesenden und für Sozialprogramme wurde die Mauer nach einigen Wochen am 24. November wieder abgebaut. Im Internet-Netzwerk facebook unterstützten im März 2010 85.000 Personen eine Kampagne gegen freiwilligen Schulunterricht auf Romani in einzelnen tschechischen Schulen. In der Presse wurde in der Vergangenheit über Sterilisationen von Romafrauen berichtet, die mit diesem Eingriff meist nicht einverstanden oder darüber im Vorfeld nicht informiert worden waren; diese Praktiken bestünden auch noch nach Ende der kommunistischen Ära fort. Wiederholt wurde außerdem über Ausreisewellen asylsuchender Roma nach Übersee, insbesondere nach Kanada, berichtet. Dies sei der Grund, warum es von Juli 2009 bis November 2013 eine Visumpflicht für tschechische Staatsbürger zur Einreise und Aufenthalt in Kanada gab.