Für sein Heimatland stand Trnka bei der U18-Junioren-Europameisterschaft 1994, der Junioren-Weltmeisterschaft 1995 und der Weltmeisterschaft 2003 auf dem Eis. Bei der U-20-Weltmeisterschaft 2014 war Trnka Assistenztrainer der tschechischen Juniorenauswahl, die den sechsten Platz belegte.