Em outubro de 1806, Frederico Guilherme lutou na Batalha de Jena-Auerstädt como general-major do exército prussiano no qual o seu pai era marechal-de-campo. O seu pai morreu de um ferimento recebido nesta batalha e Frederico herdou o Ducado de Brunsvique visto que o seu irmão mais velho tinha morrido dois meses antes e os seus outros dois irmãos sofriam de um atraso mental. Após a derrota do Reino da Prússia na Quarta Coligação, o seu estado passou a ser controlado pela França. Frederico Guilherme fugiu para a casa dos seus sogros no grão-ducado de Baden que tinha permanecido um estado soberano mesmo depois da dissolução do Sacro Império Romano-Germânico em 1806 pelo imperador Francisco II, onde viveu nos anos que se seguiram.