Nommé pour remplacer Hoche, mort à la tête de l’armée de Rhin-et-Moselle, c’est finalement Augereau qui en prend les commandes. Il envahit l'évêché de Bâle en et l’occupe jusqu’en . Gouvion-Saint-Cyr qui refuse de féliciter le Directoire après son coup d'État du 18 fructidor an V (4 septembre 1797) remplace ensuite Masséna à la tête de l’armée de Rome du au . Il ramène l’ordre et la discipline et devient impopulaire auprès de ses soldats. De plus il est suspendu pour abus de pouvoir, ce qui d'ailleurs après enquête se révèle faux. Il revient en Allemagne et commande l’aile gauche sous les ordres de Jourdan à l’armée du Danube, il participe à la bataille de Stockach le , puis passe à l’armée d’Italie au moment où Masséna remplace Jourdan. Il est le commandant de l'aile droite lors de la défaite de Novi au cours de laquelle Joubert trouve la mort. Ne voulant pas se mêler à la politique il refuse que ses soldats prêtent serment au nouveau gouvernement consulaire. Il reçoit pourtant de la part de Napoléon Bonaparte, Premier Consul, un sabre orné de pierres précieuses et le brevet de premier lieutenant de France pour ses faits d'armes. Il gouverne Gênes et revient à l’armée du Rhin comme adjoint de Moreau. Il est accueilli avec enthousiasme de la part des soldats : . Il remporte la bataille de Biberach le .