Le premier musée d'histoire naturelle officiel de l’Académie est inauguré en 1874 au coin des rues California et Dupont (aujourd’hui la Grant Avenue dans l’actuel Chinatown) et attire par an. Pour répondre à cette popularité, l’Académie déménage en 1891 dans un plus grand et plus récent immeuble sur Market Street, grâce au legs de James Lick (1796-1876). Malheureusement, seulement quinze ans plus tard, le tremblement de terre de 1906 à San Francisco détruit une partie importante de la bibliothèque et des collections.