1830 року був обраний сенатором до першого складу офіційного законодавчого органу країни. У 1831—1832 роках був міністром фінансів, у 1833—1839 — знову сенатором. Тим часом у країні почалася громадянська війна: 1838 року колишній президент Фруктуосо Рівера за підтримки Республіки Ріу-Гранді вторгся до країни та підійшов до столиці. Протягом тижня Перейра був тимчасовим президентом: 24 жовтня він прийняв повноваження у президента Мануеля Орібе, який подав у відставку, а 1 листопада передав їх Фруктуосо Рівері.