24 травня 2018 року Родріго Ернандес підписав 5-річний контракт з «Атлетіко», яке заплатило за свого вихованця 20 млн євро плюс бонуси. 15 серпня в матчі мадридського дербі проти «Реала» він дебютував за нову команду в грі на Суперкубок УЄФА 2018 року в Таллінні. Родрі відіграв 71 хвилину, після чого був замінений на Вітоло, а його команда в додатковий час перемогла 4:2, принісши Родрі перший трофей у кар'єрі. У команді півзахисник відразу став основним гравцем і за сезон провів усі 34 гри в Ла Лізі, забивши 3 голи.