В следующий раз на крупном турнире Бокшич сыграл только в 2002 году на чемпионате мира в Японии и Корее. К тому времени Бокшичу уже исполнилось 32 года, но он отыграл все три матча сборной на турнире. Голов он не забил, а Хорватия даже не смогла выйти из группы. Свой последний матч в составе сборной Ален Бокшич провёл 12 октября 2002 года в Софии, где Хорватия уступила хозяевам, сборной Болгарии 0:2 в отборочном матче Евро-2004. Всего за карьеру Бокшич провел в национальной команде 40 игр, в которых забил 10 голов.