З 1919 по 1921 рік брав участь у бойових діях на Далекому Сході, був поранений. Обіймав посаду комісара 13-го Амурського полку, а тоді комісара 8-й Амурської стрілецької бригади. У 1921—1922 роках навчався в Московській гірничій академії. 1921 року Фадєєв, як делегат Х з'їзду РКП (б), поїхав до Петрограда. Брав участь у придушенні Кронштадтського повстання, при цьому був поранений вдруге. Після лікування та демобілізації Фадєєв залишився в Москві.