26 февраля 1901 года поступил в 1-й Оренбургский казачий полк, в рядах которого принял участие в русско-японской войне. Был в боях у Лягоулина, Ляояна, на реке Шахе, под Сандепу и Мукденом. 18 июля 1904 года в сражении у Лягоулина находясь на позициях к северу от д. Каодзяфузя контужен ружейной пулей в шею. Приказом Главнокомандующего войсками, действующими против японцев, от 28 мая 1905 года Печенкин был произведён в есаулы (производство утверждено Высочайшим приказом от 3 декабря 1905 года, старшинство в чине установлено с 1 июля 1900 года). С 8 октября 1908 года Печенкин служил в 3-м Оренбургском казачьем полку, с 1 августа 1911 года находился на льготе и 5 октября 1913 года произведён в войсковые старшины.