Le frère cadet de Godefroy, Louis Denis Godefroy (né en à Etain dans la Meuse), étudiant en médecine à Toulouse en 1821, puis professeur à Castres, se présente à la faculté de théologie protestante de Montauban créée en 1808 par décret impérial de Napoléon. Le consistoire protestant le nomme ensuite, le , pasteur à Viane dans le Tarn, où il officie jusqu'en .Fidèle aux traditions de sa famille, Godefroy Calès suit à Montpellier les cours de la faculté de médecine et est reçu docteur en 1822. Établi à Villefranche-de-Lauragais, où il acquiert de bonne heure une certaine influence politique dans les milieux républicains, Calès est nommé, après la révolution de 1830, commandant de la garde nationale ; mais voyant que le gouvernement s'engage dans une voie qui n’est pas la sienne, il donne sa démission. Godefroy reste proche en effet, intellectuellement et politiquement, de son oncle Jean-Marie qui se trouve à Liège, car condamné à l'exil par les Bourbons comme régicide lors de la restauration. Une lettre de l'ancien conventionnel et député au conseil des Cinq-cents, adressée en 1833 depuis Liège à son neveu Godefroy, témoigne explicitement de la proximité de leurs convictions républicaines. Resté cependant membre du conseil municipal de Villefranche, Godefroy y proclame la république lors de la révolution de février 1848 et prend en main l'administration de la ville.