Nach 296 Punkten in 180 Spielen mit den Québec Remparts in der kanadischen Juniorenliga Québec Major Junior Hockey League wurde der Center im NHL Entry Draft 1998 in der ersten Draftrunde an 16. Gesamtposition von den Montréal Canadiens ausgewählt. Nach seiner Zeit bei den Canadiens und deren Farmteam, den Québec Citadelles aus der AHL spielte der Linksschütze zudem für die Philadelphia Flyers und die Minnesota Wild, wo er in der &lt;a href="NHL%202003/04"&gt;Saison 2003/04&lt;/a&gt; zusammen mit seinem Cousin Marc Chouinard auflief. Den Lockout der &lt;a href="NHL%202004/05"&gt;NHL-Saison 2004/05&lt;/a&gt; verbrachte Chouinard beim EC Red Bull Salzburg aus der Österreichischen Eishockey-Liga.