Протиріччя посилилося під час національно-визвольного повстання 1863 року. Фелінський докладав зусиль для звільнення ув'язнених священиків, підтримав заборонені у зв'язку з облоговим становищем святкові релігійні процесії. Вийшов з Державної ради Царства Польського і 15 березня 1863 звернувся з листом до імператора Олександра II, закликаючи його покласти край насильству при придушенні повстання і дати полякам велику політичну автономію. Послання було засуджено революціонерами і негативно зустрінуте імператором.