Тероризм став все більш важливим питанням національної безпеки під час адміністрації Клінтона. В останні роки радянсько-афганської війни, Осама бен Ладен організував Аль-Каїду, войовничу сунізську організацію. Бен Ладен та інші лідери Аль-Каїди зневажали західні цінності і особливо були розлючені військовою присутністю США в Саудівській Аравії. «Аль-Каїда» зросла протягом 90-х років, займаючись тероризмом на Близькому Сході та в інших країнах. Група взяла на себе відповідальність за вибух у Всесвітньому торговому центрі 1993 року, вибухи двох посольств США в Східній Африці та бомбардування американського корабля в порту в Ємені. В якості помсти Клінтон наказав здійснити бомбардування об'єктів Аль-Каїди в Афганістані та Судані. Центральне розвідувальне управління і військові відстежували рух Бен Ладена в спробі захопити або убити його, але Бен Ладен ухилявся від захоплення або смерті в гірській і ворожій країні Афганістану.