Stojanow absolvierte insgesamt 37 Länderspiele für die bulgarische Fußballnationalmannschaft. Sein Debüt gab er 1998. Er gehörte zum bulgarischen Aufgebot für die EM 2004, bei der sein Team als letzter der Gruppe C punktlos bereits in der Vorrunde ausschied. In den Spielen gegen Dänemark und Italien kam er als Linksverteidiger zum Einsatz. Sein letztes Länderspiel absolvierte er bei der 3:0-Niederlage am 7. Oktober 2011 im Freundschaftsspiel gegen die Ukraine.