ניתן לחלק את הטרור לשלוש תקופות נפרדות. הראשונה והעקובה מדם מכולן פרצה על רקע התלכדות של משבר כלכלי חמור, סדרת תבוסות במלחמת הקואליציה האנטי-צרפתית הראשונה ושורה של מרידות פנימיות במחאה על מדיניות הגיוס הכללי וההפקעות הנוקשה של השלטונות המונטניארדיים. עוד ב-11 אוגוסט 1793 הושעתה החוקה החדשה שניסחה הוועידה הלאומית, במהלך ספטמבר הועברו חוקי חירום לטיפול במשבר וב-10 באוקטובר נקבע שהוועד לשלום הציבור יפעל כממשלה זמנית עד להשבת השקט. הערים המורדות הוכנעו ואזרחים חשודים הוצאו להורג באלפיהם, בחבל ונדה דוכאה התקוממות מקומית באכזריות רבה ובפריז הבירה הומתו דמויות פוליטיות בכירות, כגון המלכה מארי אנטואנט ורבים ממנהיגיה המוקדמים של המהפכה. הכנסייה הקתולית, שזוהתה עם האויב, נרדפה ביסודיות. טרור ראשון זה, שהתפתח כמעט מאליו בעיקר עקב יוזמה מקומית, הופסק להלכה עם חוקי 14 בפרימר שעברו ב-4 בדצמבר וקיצצו את סמכויות הגופים האזוריים, אם כי נדרשו עוד חודשים לרגיעה למעשה. אבל האלימות והריב הופנו עתה פנימה, והמונטניארדים עברו לנהל מאבק שליטה קשה בינם לבין עצמם. הסיעה האברטיסטית שדגלה בהחרפת הטרור התעמתה עם המתונים יותר וניסתה להוביל הפיכה. בתגובה, נאסרו ראשיה והוצאו להורג ב-24 במרץ 1794. גם המונטניארדים הפייסניים ביותר, ממחנה ז'ורז' דנטון, נחשדו כאויבים וחוסלו כך בתורם כמעט מיד לאחר מכן, ב-5 באפריל. שלב זה הותיר את מקסימיליאן רובספייר, מנהיג המרכז, כשליט יחיד למעשה. רובספייר השיק טרור נוסף נגד כל מי שראה כאויב, תחת חוקי החירום של 22 בפְּרֵרִיאָל שעברו ב-10 ביוני. תקופה זו, שנודעה כ"טרור הגדול", הייתה הרבה פחות שטופת דם מהראשונה, אך ההוצאות להורג היו תכופות יותר: בפריז הומתו 1,515 איש עד אוגוסט. צירי הוועידה חששו לחסינותם לאחר סבבי הטיהורים באביב, והתאחדו נגד רובספייר, שהופל בהפיכה והוצא בעצמו להורג ב-28 ביולי. נפילתו סימנה את קץ הטרור ככלל בידי הוועידה העייפה והמפוחדת ששבה ונטלה את השלטון לידיה, והמנגנונים והחוקים שאפשרו אותו בוטלו. ב-1 באוגוסט הופקעו חוקי פרריאל, ב-10 נעצר התובע של בית-הדין המהפכני המיוחד, וב-11 באוגוסט 1794 נשללו כמעט כל סמכויות הוועד לשלום הציבור.