In accordo con i termini del patto Molotov-Ribbentrop del 1939, l'Unione Sovietica invase e successivamente annesse (legittimamente secondo la storiografia sovietica, illegittimamente secondo il giudizio delle potenze occidentali) Estonia, Lettonia e Lituania come repubbliche socialiste nel 1940. La Germania nazista si spinse verso est quando dichiarò guerra all'URSS nel 1941 e si insediò una settimana più tardi della prima deportazione di massa coordinata da Mosca. I membri del partito comunista giunti nel 1940 si ritirarono in aree interne dell'URSS e i regimi fantoccio installati vennero smantellati; chi cadde in mano dei tedeschi fu trattato duramente o assassinato. L'Unione Sovietica rioccupò gli Stati baltici nel 1944-1945 quando la seconda guerra mondiale volgeva al termine.