Hij was een zoon van Arend van Egmont en Yolanda van Leiningen. Jan wordt voor het eerst vermeld in 1405, als hij wordt gevraagd voor een bijeenkomst in Hagestein. Hij volgt zijn vader op in 1409 als heer van Egmont. Jan II van Egmont werd ook wel "Jan met de bellen" genaamd, wat sloeg op de belletjes op zijn harnas. De man was een vurige Kabeljauw en dus een vijand van Willem VI en Jacoba van Beieren. Hij verloor zijn landgoederen in de Arkelse oorlog en maakte zich na de dood van Willem VI meester van IJsselstein.