Tuy nhiên, triều Trần trải qua ba lần kháng chiến chống Nguyên Mông và 30 năm chiến tranh với Chế Bồng Nga đã khiến gần như toàn bộ các công trình kiến trúc bị tàn phá. Đặc biệt, cuộc kháng chiến chống Minh của nhà Hồ thất bại khiến cho trong hơn hai muơi năm quân Minh đã tàn phá tất cả những công trình đồ sộ nhất, kết thúc với việc Vương Thông bị vây ở thành Đông Quan đã phá hủy nốt An Nam tứ đại khí là những tác phẩm nghệ thuật Phật giáo đỉnh cao nhất của thời Lý - Trần.