Da Hitler kom til makten i 1933, fikk Jeckeln ansvar for SS-gruppe sør og rang som SS "Gruppenführer". Samtidig var han politikommissær. Rieseberg-mordene i 4. juli 1933 var nazistenes første terrorhandling etter at de kom til makten. Elleve kommunister og sosialister ble drept i småbyen Rieseberg utenfor Braunschweig. Jeckeln sørget i rollen som politikommissær for at drapene ikke ble etterforsket og beordret dem trolig selv. Han ble forfremmet til "Obergruppenführer" i 1936. Jeckeln kritiserte åpent nazistenes besatthet av forestillingen om blonde og blåøyde «ariere». Han medvirket til trakassering av jøder, blant annet i Braunschweig fra 1933, og var sentral i organiseringen av Krystallnatten i Braunschweig og Hannover. Ifølge vitnemål etter krigen gikk Jeckeln i brutalitet og effektivitet lenger en ordren krevde.