Nachdem Routinier Coulthard seinen Rücktritt erklärt hatte, erhielt Webber für die Saison 2009 mit dem jungen Rennfahrer Sebastian Vettel einen neuen Teamkollegen. Bereits während der Wintertestfahrten war abzusehen, dass Adrian Newey für Red Bull erstmals ein konkurrenzfähiges Auto entwickelt hatte, mit dem Siege in Reichweite liegen würden. Ungünstigerweise zog sich Webber in der Winterpause bei einem Mountainbikerennen mehrere Knochenbrüche zu. Durch diesen Unfall war zunächst unklar, wie lange er ausfallen würde. Allerdings erholte Webber sich schnell und nahm bereits am ersten Saisonrennen in Australien wieder teil.