Im Jahr 1993 erhielt Mendéz die ersten Aufgebote in die Nationalmannschaft und debütierte schließlich am 29. August 1993 im WM-Qualifikationsspiel gegen Venezuela für die uruguayische Auswahl. Der Abwehrspieler verpasste nach einer Niederlage in der letzte Partie der Qualifikation gegen Brasilien mit Uruguay die Teilnahme an der Fußball-Weltmeisterschaft 1994. Ein Jahr später nahm er mit Uruguay an der Copa América teil und gewann nach dem Finalsieg über Brasilien überraschend den Wettbewerb im Elfmeterschießen. In der Folgezeit lief er in vier Partien im Jahr 1997 beim Konföderationen-Pokal auf und erreichte mit der Auswahl den vierten Rang. Mit der uruguayischen Nationalmannschaft hatte er sich auch für die Endrunde der Fußball-Weltmeisterschaft 1998 nicht qualifizieren können. Für die folgende Fußball-Weltmeisterschaft 2002 gelang es vor dem punktgleichen Kolumbien die Qualifikation für die Endrunde sicherzustellen. Der Verteidiger wurde beim ersten Gruppenspiel gegen Dänemark eingesetzt, konnte dabei die 1:2-Niederlage nicht verhindern und schied als Gruppendritter mit zwei Punkten aus dem Turnier aus. Dieser Einsatz, datierend vom 1. Juni 2002, war auch gleichzeitig das letzte seiner 46 Länderspiele. Ein Tor erzielte er im Laufe seiner Nationalmannschaftskarriere nicht.