Сыграл крупную роль в создании новой царской армии, обученной по европейскому образцу, сначала в виде «потешных» войск. Был одним из главных вождей Азовских походов 1695 и 1696, начатых под его влиянием. В 1695 году назначен адмиралом ещё не построенного русского флота. В 1697 году был поставлен во главе посольства в Западную Европу, при котором Пётр I числился урядником Петром Михайловым. В 1698 году вместе с Петром возвратился в Москву для подавления восстания стрельцов, считавших «еретика» Лефорта главным виновником своих бед.