W sierpniu 1942 roku doznał w Algierze drugiej porażki w karierze – ponownie przez dyskwalifikację − tym razem z Victorem Buttinem. W tym samym roku został pozbawiony mistrzostwa Europy przez kontrolowane przez hitlerowców władze IBU, gdyż nie podjął w wyznaczonym terminie obrony tytułu przeciwko Niemcowi Gustavowi Ederowi. We wrześniu zgodził się jednak walczyć w okupowanym Paryżu o odzyskanie tytułu z Hiszpanem Jose Ferrerem. Cerdan w ciągu 83 sekund ośmiokrotnie powalił rywala na deski, zanim sędzia przerwał pojedynek. Po walce Francuz opuścił ring, nie odbierając należnej mu gaży, a następnie, używając podrobionych przepustek, przedostał się do Maroka. Wkrótce potem alianci zajęli posiadłości Vichy w Afryce Północnej, a cała kontynentalna Francja została zajęta przez wojska III Rzeszy. Cerdan zaciągnął się do Marynarki Wojennej Wolnych Francuzów i w konsekwencji przez prawie rok nie walczył. Na ring powrócił w sierpniu 1943 roku. Walczył głównie przeciwko amerykańskim zawodowym bokserom odbywającym służbę wojskową na froncie śródziemnomorskim, wygrywając dwa międzyalianckie turnieje w Algierze i Rzymie. W 1944 roku przeszedł do wagi średniej.