21 marca 1861 r. Pender złożył rezygnację ze służby w armii federalnej i został mianowany kapitanem artylerii armii Konfederacji. Do maja awansował na pułkownika i dowódcę 3. Regimentu Piechoty z Płn. Karoliny, a później 6. Zasłużywszy się pod siedmioma sosnami w czerwcu 1862 r. został mianowany generałem brygady – przydzielono mu dowództwo brygady z Płn. Karoliny, wchodzącej w skład "Lekkiej Dywizji" A. P. Hilla. Prezydent Jefferson Davis osobiście awansował Pendera na polu bitwy pod Seven Pines.