Les États pontificaux sont rétablis à la fin de l', avec l'entrée des troupes napolitaines dans Rome et la chute de l’éphémère république romaine. Le conclave qui assure l'élection du successeur de se tient à Venise, sous contrôle de l'Autriche depuis le traité de Campo-Formio de 1797. En , devient le nouveau pape. Napoléon Bonaparte, désormais Premier consul de la République française, engage une offensive en Italie au et sa victoire à Marengo marque la fin du front italien de la seconde coalition, qui se disloque complètement en 1801. La République française normalise ses relations diplomatiques avec les états pontificaux reconstitués, et signe le concordat de avec l'Église catholique. Ces évolutions permettent le retour du corps de à Rome, le , où il reçoit des funérailles conduites par son successeur le , dans la basilique Saint-Pierre de Rome.