Torres został wybrany do wyjściowej jedenastki przeciwko Hull City A.F.C. przez José Mourinho w pierwszym meczu sezonu 2013/14. Swojego pierwszego gola w sezonie 2013/2014 strzelił w meczu o Superpuchar Europy przeciwko Bayernowi Monachium. 28 września został zawieszony po otrzymaniu dwóch żółtych kartek w zremisowanym meczu ligowym z Tottenhamem na White Hart Lane. 22 października 2013 po raz setny wystąpił w koszulce Chelsea przeciwko FC Schalke 04 w meczu Ligi Mistrzów strzelając dwie bramki w wygranym meczu 3:0. 27 października strzelił swojego pierwszego gola w sezonie ligowym w 93 minucie spotkania z Manchesterem City (2:1) dając tym samym zwycięstwo The Blues. W tym samym meczu asystował przy trafieniu André Schürrle na 1:0. 14 grudnia Hiszpan otworzył wynik spotkania w zwycięskim meczu z Crystal Palace F.C. (2:1). 27 kwietnia w meczu ligowym przeciwko FC Liverpool znalazł się w okazji sam na sam z bramkarzem, lecz wybrał podanie do Williana, który podwyższył wynik spotkania na 2:0. 30 kwietnia w meczu Ligi Mistrzów Torres strzelił gola swojemu byłemu klubowi Atlético Madryt, jednak mecz zakończył się przegraną Chelsea 1:3. Ostatniego gola w sezonie zdobył przeciwko Cardiff City F.C. w ostatniej kolejce Premier League. Torres sezon zakończył z 11 golami w 44 spotkaniach wszystkich rozgrywek.