Після утворення незалежної Східної Держави Уругвай від 1832 до 1838 року, коли партійна система в країні ще остаточно не сформувалась, Аная був у складі уругвайського Сенату. У жовтні 1834 року, після виходу Фруктуосо Рівери у відставку з поста президента, Аная очолив виконавчу владу. В березні наступного року він передав президентські повноваження Мануелю Орібе. Коли 1838 року Рівера повалив Орібе, то Аная підтримав останнього та виїхав разом з ним до Буенос-Айреса, де прожив ще сім років. 1845 він разом з Орібе повернувся до Уругваю, де під час облоги Монтевідео очолював Апеляційний суд в «уряді Серріто». Остаточно відійшов від політичної діяльності 1851 року.