Anfang des Jahres 1602 gelang es den Niederländern allmählich, sich als Herrscher in der Region zu etablieren. Sie verdrängten die Portugiesen schrittweise Richtung Osten, die nur noch den östlichen Teil der Insel Timor (Portugiesisch-Timor) behielten. Die Niederländer kontrollierten das Gebiet fast 350 Jahre lang. Ausnahmen bilden kurze Perioden zwischen 1811 und 1816, als nach dem Englisch-Niederländischen Krieg das Britische Empire weite Teile der indonesischen Inseln eroberte. Während des Zweiten Weltkriegs wurde der Archipel von Japan besetzt. In der Zeit ihrer Herrschaft entwickelten die Niederländer Niederländisch-Indien zu einem ihrer weltweit wertvollsten Besitztümer.