Nach der Umsiedlung der Baltendeutschen in das besetzte Polen 1939/40 arbeitete Taube eine kurze Zeit lang als Treuhänder eines Gutes im „Warthegau“. Gemeinsam mit Reinhard Wittram und Wilhelm Lenz begründete er 1940 an der Reichsuniversität Posen das Baltische Institut mit Bibliothek, Museum und Archiv. Zur Wehrmacht eingezogen war Taube von 1941 bis 1944 in der Abteilung Kulturverwaltung der Zivilverwaltung des besetzten Estlands tätig. Dort kümmerte er sich, seit 1. März 1941 auch Mitglied der NSDAP, unter anderem um die Neugestaltung des Geschichtsunterrichts an den estnischen Schulen, den er im Sinne der nationalsozialistischen Ostpolitik gestaltet wissen wollte.