Durante el resto del Portugal vivió períodos de enorme perturbación política y social, como la guerra civil y las repetidas revueltas y pronunciamientos militares como la revolución de Septiembre, la de Maria da Fonte, la de Patuleia, etc. Gracias al Acto Adicional a la Carta Constitucional de 1852 fue posible un periodo de paz interna así como el inicio de las políticas de obras públicas lideradas por Fontes Pereira de Melo. A finales del las ambiciones imperiales portuguesas chocaron con las inglesas, lo que provocó el ultimátum británico de 1890. La cesión a las exigencias británicas y los crecientes problemas económicos causaron a la monarquía un descrédito creciente, que culminó con los asesinatos de Carlos I y el príncipe heredero Luis Felipe el 1 de febrero de 1908. La monarquía se mantuvo en el poder durante dos años más, encabezada por Manuel II, pero fue abolida el 5 de octubre de 1910, instaurándose una república.