Under Peninsula kampagnen i sommeren 1862 blev Pettigrew alvorligt såret i Slaget ved Seven Pines. Han blev ramt af et Minié-projektil, som beskadigede hans hals, luftrør og skulder. Han var nær forblødt, og mens han lå såret, fik han endnu et skudsår i armen og blev stukket med en bajonet i det højre ben. Da han troede, at hans sår var dødelige, tillod Pettigrew ikke nogen af sine mænd at forlade deres post for at bære ham bagud. Han blev efterladt som død, men genvandt bevidstheden som krigsfange ved Unionen. Han blev udvekslet to måneder senere og overvandt sine sår. Han tilbragte efteråret 1862 med at lede en brigade i generalmajor Daniel Harvey Hills division omkring Richmond og vinteren med at lede en brigade i North Carolina og det sydlige Virginia. Han vendte tilbage til sin brigade fra North Carolina i tide til at kunne deltage i Gettysburg kampagnen i juni 1863.