Tagja volt a következő világbajnokságra utazó amerikai keretnek is. Ez már korántsem sikerült olyan jól sem az ő, sem csapata szempontjából. Az amerikaiak a csoportkör után búcsúztak, Donovan nem talált be. Egy évvel később, az aranykupán nagy szerepet vállalt az USA győzelmében. Négy gólt szerzett, többek között egy győztes találatot a döntőben, Mexikó ellen. 2008 januárjában, Svédország ellen megdöntötte Eric Wynalda gólcsúcsát. 2008. június 8-án szerepelt századszor a válogatottban Argentína ellen, egy 0–0-ra végződő összecsapáson. Ezzel a negyedik legfiatalabb labdarúgó lett, aki ezt véghez tudta vinni.