In het seizoen 2016/17 was stadsgenoot Real Madrid voor het vierde jaar achter elkaar de ploeg die Atlético Madrid uitschakelde in de Champions League. In de halve finale speelde Godín beide wedstrijden uit, Atlético verloor over die twee wedstrijden met 4-2. Op 28 oktober 2017 speelde Godín zijn 315e wedstrijd in dienst van Atlético Madrid tegen zijn voormalige ploeg Villarreal, waarmee hij Luis Perea voorbij ging als non-Spanjaard met meeste wedstrijden voor Atlético Madrid. Atlético Madrid bereikte in de Europa League de finale, waarin Olympique Marseille de tegenstander was. Atlético Madrid won de wedstrijd (3-0) en Godín speelde de volledige negentig minuten. Op 15 augustus 2018 won Godín voor de derde keer in zijn carrière de UEFA Super Cup. Atlético Madrid versloeg Real Madrid met Godín als aanvoerder na verlenging (2-4). De verdediger gaf de assist op het snelle openingsdoelpunt van Diego Costa. Op 7 mei 2019 werd bekend gemaakt dat Godín na negen jaar Atlético Madrid zou verlaten. Hij speelde 389 wedstrijden voor de Madridleense club.