พื้นที่ส่วนใหญ่ของมินามิซันริกุถูกทำลายจากเหตุแผ่นดินไหวและคลื่นสึนามิในโทโฮกุ พ.ศ. 2554 โดยที่อาคารส่วนใหญ่ถูกคลื่นกวาดไปถึง 16 เมตรหรือมากกว่า ประชากรเมืองกว่าครึ่ง หรือ 9,500 คน สูญหาย และเกือบจะแน่ใจได้ว่าเสียชีวิต หากจำนวนดังกล่าวได้รับการยืนยัน การสูญเสียชีวิตในเมืองแห่งนี้จะถือเป็นร้อยละยอดผู้เสียชีวิตสูงสุดของญี่ปุ่นทั้งประเทศจากคลื่นสึนามิ อย่างไรก็ตาม ประชากร 9,700 คนได้รับยืนยันว่ารอดชีวิต และอพยพไปแล้ว