בשנת תרי"ח (1858) הוזמן על ידי העורך הראשי (אליעזר ליפמן זילברמן) של "המגיד" להשתתף בעריכת העיתון. גורדון נענה להזמנה והיה עורך בפועל של המגיד. לאחר מותו של זילברמן העיתון עבר לרשותו של גורדון. עיתון "המגיד" היה יוצא לאור בעיר ליק בפרוסיה המזרחית, סמוך לגבול הרוסי. העיתון היה מכוון בעיקר ליהודי רוסיה והוא לא היה נתון לצנזורה של השלטון הצארי. גורדון העמיד את העיתון לרשותה של התנועה לתחייה לאומית. דוד גורדון היה הראשון בעיתונות העברית להטיף לחיבת-ציון ויישוב ארץ ישראל. השקפתו הלאומית התגבשה בעקבות המרד הפולני של 1863. הוא ביטא את זה במאמרו "בשובה ונחת תושעון", המאמר עשה רושם רב על חוגי היהדות, גם במזרח וגם במערב. כשנשאל לצד מי יש לנטות במאבקם של פולנים ברוסים הוא השתמש בסיסמה עתיקה כדי לענות:"והביאנו לציון עירך ברנה ולירושלים בית-מקדשך בשמחת עולם...". במאמרו "דבר בעתו" ("המגיד", 1869) הוא העמיד את יעודו הלאומי של עם ישראל:"ארץ ישראל ותחית ישראל על אדמתו". באותה תקופה הוא פרסם כמה מאמרים העוסקים ביישוב ארץ ישראל כיסוד לתחיה לאומית-מדינית.