В мае 1944 года назначен на должность заместителя командующего 8-й армией, после чего участвовал в ходе Нарвской наступательной операции. В июле того же года назначен на должность командира 124-го стрелкового корпуса, который в ходе Прибалтийской наступательной операции прорвал оборону противника, за что Якунин был награждён вторым орденом Красного Знамени.