Após a queda do governo comunista na Checoslováquia (1989) e no restante da Europa Central, a empresa perdeu uma grande porção de seu mercado em treinadores a jato. Vendas de aeronaves militares caíram no início da década de 1990 no Leste Europeu e países membros da OTAN onde a entrada de uma nova fabricante era obviamente desnecessária. A Aero foi controlada por vários anos, de 1998 a 2004, pela Boeing.