Neben Kriegs-, Hunger- und Pestjahren fügte vor allem der große Kroatenbrand im Jahre 1623 der Gemeinde großen Schaden zu. Der größte Teil des Dorfes Malsch wurde niedergebrannt. Die Einwohnerzahl schrumpfte von 1.400 auf 300. Im Jahr 1796 fand hier die Schlacht bei Malsch im Rahmen des Ersten Koalitionskrieges statt.