Espanjan varakuningas rakennutti kirkon ja sitä ympäröineet rakennukset 1700-luvulla paikallisväestön käännyttämiseksi kristinuskoon. Alamoa ei enää 1800-luvulla käytetty lähetystyöhön vaan se toimi linnoituksena, jossa käytiin monta taistelua – kuuluisimpana Texasin itsenäisyyden alkuaikoina vuonna 1836 käyty ratkaisutaistelu texasilaisten ja Meksikon välillä.