Проте перемога при Марафоні мала швидше моральне, чим військове, значення. Поразки зазнав фактично експедиційний корпус, а не армія персів тож Дарій справедливо вважав, що програв битву, але не війну. У нього були навіть деякі підстави вважати, що в материковій Греції він досяг успіху, оскільки багато міст дали йому «землю і воду». Проте Дарій не залишав думки про новий похід проти Греції. Після Марафонської битви він переконався, що за допомогою нечисленної армії підкорити греків не вдасться. Підготовка походу вимагала часу, і Дарій почав розсилати гінців в різні області своєї держави з наказом споряджати війська і кораблі і збирати продовольство. Три роки йшла підготовка до війни, але на четвертий (486 рік до н. е.) в Єгипті спалахнуло повстання проти перського панування. Причиною повстання послужили важкий податковий гніт і відігнання тисяч ремісників до Ірану для спорудження царських палаців у Сузах і Персеполі. Проте навряд чи всупереч поширеній думці приводом для повстання послужила битва при Марафоні.