Ruotsia monissa eri nuorten maajoukkueissa edustanut Ekdal debytoi Ruotsin A-maajoukkueessa elokuussa 2011 ystävyysottelussa Ukrainaa vastaan. Hän on pelannut 60 A-maaottelua, joihin sisältyy kolme ottelua EM-kilpailuissa 2016, viisi ottelua MM-kilpailuissa 2018 ja kolme ottelua kesän 2021 EM-kilpailujen alkulohkossa.