Ab 1887 arbeitete er im damaligen Deutsch-Ostafrika in der Missionsstation Kipalapala bei Tabora. Wegen des Aufstands der ostafrikanischen Küstenbevölkerung musste er 1889 mit einer Karawane von 280 Trägern, 36 Kindern und 11 Askari zur Missionsstation Bukumbi am Viktoriasee fliehen. Dort traf eine Nachricht der Hilfsexpedition für Henry Morton Stanley und Emin Pascha ein, die dringend neue Ausrüstung benötigte, aber bereits auf dem Weg zur Ostküste war. Schynse wurde mit dem Transport beauftragt. In Eilmärschen und mit einem fast erblindenden Missionar, der zur ostafrikanischen Küste gebracht werden sollte, erreichte er die Expedition. Mit der Karawane von Stanley und Emin Pascha gelangte Schynse nach Sansibar an der Küste. Auf seinen Reisen führte er über seine Beobachtungen Tagebuch. Dieses Tagebuch wurde ohne sein Mitwissen veröffentlicht und erregte durch seine Enthüllungen über den eigentlichen Zweck der Reise Stanleys und seine Beziehung zu Emin Pascha in Deutschland großes Aufsehen.