Im Herbst 1806 zog Ferdinand an der Spitze seines Regiments in den Krieg gegen Frankreich. Nach der Schlacht bei Jena schlug er sich mit seinem Regiment bei Zehdenick durch die feindlichen Linien. Ferdinand wandte sich nach Pommern, wo er versprengte Soldaten und 3000 Pferde sammelte, die er dem König nach Ostpreußen zuführte. Dieser ernannte ihn im November 1806 erfreut zum Generalmajor und sandte ihn mit Sondervollmachten als Generalgouverneur nach Schlesien. Ferdinands Versuch, mit einem von ihm organisierten Korps Breslau zu entsetzen, scheiterte ohne sein Verschulden. Weil auch weitere Unternehmungen zur Rückeroberung Schlesiens erfolglos blieben, nahm Ferdinand Anfang Februar 1807 Waffenstillstandsverhandlungen mit dem französischen Oberkommandierenden Jérôme Bonaparte auf, musste sich aber nach dem Fall von Schweidnitz nach Böhmen zurückziehen und sich von den Österreichern entwaffnen lassen. Daraufhin setzte der König Ferdinands bisherigen Stellvertreter, den Grafen Götzen an seine Stelle. Gekränkt ersuchte Ferdinand um seinen Abschied, den ihm der König jedoch erst nach dem Frieden von Tilsit gewährte. Danach lebte er wieder in Pleß und bereiste Holland und Frankreich.