Sau khi quay lại trường đại học, Arafat học kỹ sư dân sự và làm chủ tịch Tổng Liên minh Sinh viên Palestine (GUPS) từ năm 1952 tới năm 1956. Trong năm đầu ông làm chủ tịch Tổng liên minh, trường được đổi tên lại thành Đại học Cairo sau một vụ đảo chính do Mặt trận Sĩ quan Tự do tiến hành lật đổ Vua Farouk I. Tới thời điểm ấy, Arafat đã tốt nghiệp cử nhân kỹ sư dân sự và được gọi vào chiến đấu trong các lực lượng Ai Cập trong cuộc Khủng hoảng Suez; tuy nhiên, ông không bao giờ thực sự chiến đấu trên chiến trường. Cuối năm đó, tại một hội nghị ở Praha, ông mặc một bộ đồ keffiyeh toàn trắng –khác biệt so với bộ đồ kẻ ô sau này ông mặc tại Kuwait, đã trở thành biểu tượng của ông.