Il embarqua aussitôt sur la corvette Labrune puis sur un vaisseau de quatre-vingt canons le « Ca-Ira » (anciennement La Couronne) : nommé aide-major, il fut désigné pour occuper le poste de second chirurgien puis premier-aide major. En , la flotte française fut impliquée dans la Bataille de Gênes : après un combat héroïque, le « Ca-Ira » fut capturé par les Anglais et son équipage interné en Corse, à Saint-Florent. Récamier y soigna non seulement ses compagnons d’infortune mais aussi la population de l’île, qui lui fit des propositions pour qu’il s’y installe définitivement. Finalement, il fut échangé contre un chirurgien–major britannique et il put regagner Toulon en .