Karkotuksen sijasta Buonarroti vietti useita vuosia vankeudessa Cherbourgissa ja Oléronin saarella. Vuonna 1806 Napoleonin poliisiministeri Joseph Fouché salli hänen asettua Sveitsiin, jossa hän jatkoi vallankumouksellista toimintaansa. Hän yritti vuonna 1812 nostattaa Napoleonin vastaisen kansannousun Grenoblessa, minkä epäonnistuttua hän piileskeli kolme vuotta Genevessä. Sen jälkeen Buonarroti asui Brysselissä aina vuoteen 1830, jolloin hän palasi heinäkuun vallankumouksen jälkeen Ranskaan. Hän sai itselleen tukijoita varsinkin käsityöläisten parista ja johti vielä vanhoilla päivillään vallankumouksellisen salaseuran toimintaa, kunnes kuoli Pariisissa vuonna 1837.