В сезоне 2006–07 Джонсон выступал в NCAA за Университет Миннесоты. Эрик был выбран под общим 1-м номером на драфте НХЛ 2006 года командой «Сент-Луис Блюз». 20 апреля 2007 года подписал трёхлетний контракт с «блюзменами». Он является одним из немногих американцев, выбранных на драфте НХЛ под первым номером на 2006 год. Предыдущим американцем, выбранным под первым номером, был вратарь Рик Дипьетро в 2000 году («Нью-Йорк Айлендерс»). Майк Модано и Брайан Лоутон также были первыми номерами драфта в 1988 и 1983 годах соответственно, последний был выбран ныне не существующей командой «Миннесота Норт Старз».