Между тем составилась новая Директория, которая не только освободила генерала, но поручила ему командование Альпийской армией. Но военное счастье Шампионне уже закатилось; он сменил генерала Жубера, разбитого Суворовым при Нови во главе армии, и отвел её в сторону Генуи. 4 ноября 1799 года у города Дженола под командованием генерала Меласа. Шампионне пробыл командующим армией с 21 сентября по 30 декабря, и всё это время она находилась в тяжелом положении, в которое, впрочем, попала до его назначения главнокомандующим, благодаря действиям русских войск. Шампионне лишился от тифа большей части своей армии и сам умер в Антибе 9 января 1800 года. Остатки французских войск под командованием Массена укрепились в Генуе и дали тем самым фору вернувшимся из Египта Бонапарту и Дезе разгромить Меласа в сражении при Маренго.