I Giochi della I Olimpiade si tennero ad Atene tra il 6 e il 15 aprile, con una cerimonia d'apertura presieduta da Re Giorgio I davanti a 80 000 spettatori, e si rivelarono un successo, malgrado lo stesso de Coubertin avesse giudicato generalmente poco esaltanti le competizioni, apprezzando però la gara di maratona ideata da Michel Bréal e vinta da Spyridōn Louīs. Al termine della manifestazione, in vista delle Olimpiadi di Parigi, il barone succedette a Vikelas alla presidenza del Comitato Olimpico Internazionale. Nonostante i buoni risultati del primo evento organizzato, il movimento olimpico affrontò alcune difficoltà negli anni successivi. Le istituzioni e il popolo greco, ritenendo le Olimpiadi un'eredità di loro competenza, contestarono la volontà di spostare la sede dei Giochi in una nazione diversa ogni quattro anni; il dissidio fu risolto durante il II congresso olimpico del 1897 di Le Havre respingendo la proposta greca, tuttavia quattro anni dopo il CIO propose comunque al Re di Grecia di organizzare un evento sportivo a metà di un Olimpiade. Anche per i Giochi olimpici del 1900 sorsero alcune problematiche; coordinati dal comitato organizzatore dell'Expo parigina, il cui commissario generale, Alfred Picard, nutriva una notevole avversione per lo sport ed estromise de Coubertin dall'organizzazione della manifestazione olimpica, che finì per denominarsi "Concours Internationaux d'exercises physiques et de sport" ("Concorso Internazionale degli esercizi fisici e dello sport"), ricevettero poca attenzione da parte del pubblico che preferì concentrarsi sulle attrazioni dell'Esposizione Universale.