Før EM i fotball 2004 signerte Seitaridis for den portugisiske klubben FC Porto, som da var regjerende Champions League-mestere, for tre millioner euro. Like etter vant de Intercontinental Cup. Før han signerte for FC Porto, gikk det rykter om en overgang til Real Madrid, men avtalen ble ikke gjennomført. 23. mai 2005 ble han solgt til den russiske klubben Dynamo Moskva for € 10 millioner, hvor han spilte sammen med de tidligere lagkameratene i FC Porto Derlei, Costinha og Maniche.