Der Versuch, Ostafrika durch die private „Deutsch-Ostafrikanische Gesellschaft“ zu beherrschen, brach im Aufstand der ostafrikanischen Küstenbevölkerung 1888/89 zusammen. Das Deutsche Reich übernahm die unmittelbare Kontrolle und Peters wurde 1891 zum Reichskommissar für das Kilimandscharogebiet ernannt. Hier kümmerte er sich um die Festlegung der Grenze gegenüber dem britischen Ostafrika (Kenia). Seine Amtsführung vor Ort war durch Grausamkeit gegenüber den Landesbewohnern und die willkürliche Anwendung der Todesstrafe gekennzeichnet. Dieses brutale Vorgehen, oft aus rein persönlichen Gründen gegen die afrikanische Bevölkerung, kostete Peters das Amt. So hatte er sich afrikanische Mädchen als Geliebte gehalten. Als er entdeckte, dass seine Konkubine Jagodia ein Verhältnis mit seinem Diener hatte, ließ er beide öffentlich aufhängen und ihre Heimatdörfer niederbrennen. Dies führte zu bewaffneter Gegenwehr der Tschagga, die über Monate brutal niedergeschlagen wurde.