Hindistan'a atanırken söz verildiği üzere 1948 yılında donanmaya geri dönen Mountbatten 1950 yılında Döndüncü Deniz Lordu, 1955 yılında Birinci Deniz Lordu, 1956'da Donanma Komutanı, 1959 yılında Savunma Kurmay Amiri olmuştur. Askeri gücün "Savunma Bakanlığı" altında toplanmasını sağlamış, bu dönemde Lordlar Kamarası'nda alınan kararlarda etkili olmuştur. 1956 yılındaki Süveyş Krizi sırasında Muhafazakâr Parti'nin tutumunun Ortadoğu'da altından kalkılamaz sonuçlara neden olacağını savunmuş fakat umursanmadığını gördüğünde reddedilecek istifasını sunmuştur. Aynı zamanda, donanmanın ilk nükleer denizaltısı kendi amirliği sırasında hizmete sunulmuş olsa da, Amerika ve Rusya'nın soğuk savaşı doğuran nükleer silah denemelerine karşı çıkmış, olası bir nükleer saldırıda kimsenin kazanmayacağını ve gezegenin sonunun geleceğini birçok kez dile getirmiş, bu konuda kapsamlı makaleler yazmış olsa da yayınlanmalarının ölümüne dek önüne geçilmiştir. Nükleer silahlanma karşıtı son konuşmasını ölümünden üç ay önce gerçekleştirmiştir.