Von da, am 17. Oktober 1842 zum Major beim Wimpffen-Infanterieregiment Nr. 13 befördert, wurde Kellner General-Kommando-Adjutant in Wien, sodann am 3. Oktober 1846 Oberstleutnant in diesem Amt. Seine wichtige und zweckentsprechende Tätigkeit in dieser Verwendung brachte ihm im Mai 1846 die Ernennung zum Militärreferenten im Staatsrat ein, wo er am 14. Oktober 1846 zum Oberst vorrückte und bis zur Auflösung des Staatsrates im Mai 1848 verblieb. Im November 1848 wurde Kellner Militärreferent im Kriegsministerium und verblieb in dieser Verwendung bis zu seiner mit Rang vom 8. April 1849 erfolgten Ernennung zum Generalmajor und Stellvertreter des Kriegsministers. Er hatte inzwischen die Belagerung und Einnahme Wiens, dann die Gefechte beim Einmarsch in Ungarn bei Bruck an der Leitha und Prellenkirchen mitgemacht, wozu er sich freiwillig gemeldet hatte.