4 березня 2015 року призначений головним тренером «Аталанти». Змінив на цьому посту Стефано Колантуоно. До кінця сезону провів на чолі бергамської команди 13 ігор чемпіонату, здобувши 14 очок (2 перемоги, 8 нічиїх та 3 поразки), чого виявилося достатнім аби «Аталанта» забезпечила собі 17 місце турнірної таблиці, тобто сберегла за собою місце в Серії A. Наступного сезону очолювана ним команда суттєво покращила результати, сягнувши 13-го рядка турнірної таблиці, проте по його завершенні Рея залишив «Аталанту».