ב-24 במאי 1775, נבחר הנקוק לכהן כנשיא השלישי של הקונגרס הקונטיננטלי השני, כשהוא מחליף את הנרי מידלטון. הוא כיהן בתפקיד זה עד ה-30 באוקטובר 1777, מחליפו היה הנרי לורנס.