Após os eventos da Primeira Intifada, em 1987, Khalifeh se sentiu inspirada pela resistência das mulheres palestinas, e por isso fundou o "Women's Affairs Center" em Nablus. Rita Giacama, Rema Hammami, Islah Jad e Amal Nashashibi foram algumas das outras mulheres que a ajudaram a desenvolver o projeto. Seu principal objetivo era criar um centro com o objetivo de defender os direitos das mulheres e a igualdade de gênero por meio do desenvolvimento de capacidades, informações e pesquisas inovadoras e programas de defesa. Em 1991 uma filial foi aberta em Gaza e posteriormente uma em Amã, mas esta logo foi fechada.