Станислав Балан начал свою профессиональную карьеру в 2003 году в составе родного клуба чешской Экстралиги «Злин», выступая до этого за его фарм-клуб. В следующем году на драфте НХЛ он был выбран в 7 раунде под общим 209 номером клубом «Нэшвилл Предэйторз». Год спустя на драфте Канадской хоккейной лиги он был выбран уже во 2 раунде под общим 61 номером клубом «Портленд Уинтерхокс», куда перед началом сезона 2005/06 он и отправился выступать.