L'any 1941, durant l'ocupació nazi, el retaule fou desmantellat per a ser embarcat al Tercer Reich per ordre de Hans Frank, el governador-general d'aquella part de la Polònia ocupada. L'any 1946 fou recuperat a Baviera, amagat al soterrani del fortament bombardejat Castell de Nuremberg. L'Altar major experimentà tasques importants de restauració a Polònia i fou recol·locat al seu lloc d'origen a la basílica 10 anys més tard.