Після відставки Троссеро збірну Швейцарії очолив Якоб Кун. В 1962–1972 роках він сам грав за національну збірну, а до призначення на посаду тренував молодіжну збірну Швейцарії (U-21). Відразу після перших матчів швейцарська преса назвала призначення Куна черговою помилкою, але протягом наступного року у грі команди намітилися явні позитивні тенденції. Куну вдалося інтегрувати в команду ним же вихованих гравців молодіжної збірної, здійснивши таким чином зміну поколінь. Кваліфікаційний турнір до чемпіонату Європи 2004 року збірна Швейцарії завершила на першому місці у групі, випередивши команди Росії й Ірландії. Однак на фінальному турнірі в Португалії швейцарцям підтвердити свій клас не вдалося: після нульової нічиєї з Хорватією вона зазнала поразки від Англії (0:3) та Франції (1:3) і покинула турнір. Єдиний швейцарський гол на чемпіонаті забив 18-річний Йохан Фонлантен, який став наймолодшим бомбардиром в історії європейської першості.