Lo scontro navale all'isola del Giglio del 1241, risoltosi con la vittoria dei Pisani sulla flotta genovese, influì sul destino di Lerici. La Repubblica marinara di Pisa, infatti, occupò la baia e l'approdo, forse senza incontrare resistenza. I Pisani tentarono di conquistare anche il presidio di Porto Venere, ma furono respinti e decisero di fortificare Lerici edificandovi delle mura.