W reprezentacji Islandii Guðjónsson zadebiutował w kwietniu 1997 w towarzyskim meczu ze Słowacją. Od tego czasu był uczestnikiem eliminacji do MŚ 1998, ME 2000, MŚ 2002, ME 2004, MŚ 2006, ME 2008, jednak na żaden turniej jego reprezentacja nie awansowała. Obecnie jest członkiem kadry w eliminacjach Mistrzostw Świata 2010.