Ai playoff per l'assegnazione del titolo partecipano da 3 a 5 squadre. La prima classificata nella classifica comprensiva delle 34 giornate (che accede direttamente alla finale), le due vincitrici delle due fasi e ogni altra squadra che sia tra le prime tre della classifica accorpata delle due fasi. In caso di cinque squadre, nel primo turno in partita unica la squadra vincente la singola fase con il punteggio più alto affronta la terza della classifica stagionale, mentre la squadra vincente la singola fase con il punteggio più basso affronta la seconda della classifica stagionale. Le due squadre vincenti si affrontano in partita unica per decidere chi affronterà la prima della classifica stagionale. In caso di tre squadre, la seconda e la terza della classifica complessiva delle due fasi si affrontano in partita unica per sfidare in finale la prima. La squadra vincitrice della finale è campione della J1 League 2016 e si qualifica per la Coppa del mondo per club FIFA 2016, essendo il Giappone paese ospitante. Le prime due classificate nella classifica comprensiva delle 34 giornate accedono alla fase a gironi della AFC Champions League 2017. La terza classificata nella classifica comprensiva delle 34 giornate accede all'ultimo turno di qualificazione della AFC Champions League 2017.