Der Zweite Weltkrieg, von dem die Stadt Remagen wegen ihrer strategisch wichtigen Rheinbrücke stark betroffen war, hatte auch für die Apollinariskirche und das Kloster schwere Folgen. Durch eine V2, die in der Nähe einschlug, wurden Dächer und die Verglasung teilweise zerstört. Da die Reparaturen erst 1947 ausgeführt werden konnten, schädigte die eindringende Feuchtigkeit die Fresken schwer. Die Franziskaner boten der Bevölkerung in ihren Räumlichkeiten Schutz und standen ihr seelsorglich zur Seite.