มาเรียแห่งบราบ็องต์เสด็จพระราชสมภพเมื่อวันที่ 13 พฤษภาคม ค.ศ. 1254 ในเลอเฟิน (ปัจจุบันอยู่ในประเทศเบลเยียม) บิดาของพระองค์คือเฮนริคที่ 3 ดยุคแห่งบราบ็องต์ที่ถึงแก่กรรมในปี ค.ศ. 1261 ซึ่งมาเรียยังเป็นเด็กอยู่ ส่วนมารดาของพระองค์คืออาเดอแลด บุตรสาวของอูกที่ 4 ดยุคแห่งบูร์กอญ อาเดอแลดมีน้องชาย คือ รอแบต์ที่ 2 ดยุคแห่งบูร์กอญที่ต่อมาสมรสกับแอนเญ็สแห่งฝรั่งเศส พระธิดาคนเล็กของพระเจ้าหลุยส์ที่ 9 แห่งฝรั่งเศส และเป็นบิดาของมาร์เกอรีตแห่งบูร์กอญ อนาคตพระมเหสีของพระเจ้าหลุยส์ที่ 10 แห่งฝรั่งเศสและนาวาร์ที่ถูกจองจำในข้อหาคบชู้ในปี ค.ศ. 1314 กับฌานแห่งบูร์กอญ อนาคตพระมเหสีของพระเจ้าฟิลิปที่ 6 แห่งฝรั่งเศส ด้วยเหตุนี้มาเรียแห่งบราบ็องจึงเป็นลูกพี่ลูกน้องลำดับที่หนึ่งมาร์เกอรีตแห่งบูร์กอญ อนาคตพระมเหสีของพระเจ้าหลุยส์ที่ 10 แห่งฝรั่งเศสที่อ่อนวัยกว่าพระองค์มาก มาเรียยังเป็นลูกพี่ลูกน้องลำดับที่หนึ่งของบล็องช์แห่งอาร์ตัวส์ สมเด็จพระราชนีแห่งนาวาร์ซึ่งเป็นพระสัสสุของพระเจ้าฟิลิปที่ 4