Vaclík pelasi Tšekin maajoukkueessa ensimmäisen kerran marraskuussa 2012 ystävyysottelussa Slovakiaa vastaan. EM-kilpailuissa 2016 hän oli mukana varamaalivahtina, mutta Petr Čechin lopetettua maajoukkueuransa noihin kisoihin Vaclík nousi maajoukkueen ykkösmaalivahdiksi. Hän on kesän 2021 EM-kilpailujen päättyessä pelannut 42 maaottelua, joihin kuuluu kymmenen MM-karsinta- ja seitsemän EM-karsintaottelua sekä kesän 2021 EM-kilpailujen viisi ottelua.