In januari 2016 werd Škriniar voor één miljoen euro verkocht aan UC Sampdoria. In zijn eerste half jaar bij zijn nieuwe club zat Škriniar vooral op de bank. Op 24 april 2016 debuteerde hij voor Sampdoria, tegen Lazio in de Serie A. In deze wedstrijd verving hij vlak voor tijd Dodô. In de laatste wedstrijd van het seizoen, tegen Juventus, werd Škriniar na slechts veertien minuten van het veld gestuurd met een rode kaart. In het seizoen 2016/17 werd hij een vaste basiskracht voor Sampdoria. Hij speelde dat seizoen 35 competitiewedstrijden, waarmee Škriniar de jongste verdediger werd in de Serie A die zoveel wedstrijden speelde.