Nauwelijks was men terug uit Indochina, of ook in Algerije brak een onafhankelijkheidsoorlog uit. De marine speelde een belangrijke rol door de aanvoer van wapens voor de rebellen over zee af te snijden, en door het inzetten van de marineluchtvaartdienst. In 1956 namen de vliegdekschepen "Arromanches" en "La Fayette", het slagschip "Jean Bart" en vier kruisers deel aan de aanval op de Egyptische havenstad Port Fouad in het kader van de Suezcrisis. In 1961 namen de "Arromanches", de kruiser "Colbert" en twee escorte's deel aan de bezetting van de Tunesische stad Bizerte. Frankrijk wilde na de onafhankelijkheid van Tunesië de strategische marinebasis aldaar in handen houden. In 1963 werd deze basis alsnog verlaten, in 1968 gevolgd door de basis in Mers-el-Kébir in Algerije. Nog in 1963 werd de T 53-torpedobootjager "Tartu" naar Brazilië gezonden om Franse vissers te beschermen gedurende de zogenaamde "Kreeftoorlog", wat echter door de Braziliaanse marine werd belet.