После подписания нового контракта с Никласом Бекстрёмом на сумму более 3-х миллионов долларов позиции Фернандеса в «Миннесоте» ослабли. Появилась информация, что вратаря хотят видеть у себя «Флорида Пантерз» и «Бостон Брюинз». В итоге 1 июня 2007 года Фернандес перешёл в «Бостон», а в «Миннесоту» отправились нападающий Петр Калуш и выбор в четвёртом раунде драфта 2009 года (нападающий Александр Фэлльстрём). В «Бостоне» Фернандес должен был стать основным вратарем, но в начале сезона он выглядел неуверенно и потерял место в стартовом составе, уступив его Тиму Томасу. А 30 октября 2007 года получил травму левого колена, из-за которой был вынужден пропустить остаток сезона. Новый сезон Мэнни начал как дублёр Томаса, провел 28 матчей и во второй раз в карьере выиграл Уильям М. Дженнингс Трофи. По окончании сезона у Фернандеса закончился контракт с «Бостоном», а «Брюинз» не стали предлагать вратарю новый. Фернандес также склонялся к завершению карьеры игрока из-за травм спины.