Toni Duggan ha fatto parte delle selezioni giovanili dell'Inghilterra, giocando tre partite con la selezione Under-17 e ventotto con la selezione Under-19, scendendo in campo nelle partite di qualificazione alle fasi finali dei campionati europei di categoria. Con la maglia della selezione Under-19 ha preso parte alla fase finale del campionato europeo in tre edizioni consecutive: nel 2008, nel 2009 e nel 2010. In tutte e tre i tornei si rese protagonista, realizzando complessivamente nove reti. In particolare, nell'edizione 2009 contribuì con le sue quattro reti alla vittoria finale dell', realizzando una doppietta nella semifinale e la rete del vantaggio nella finale vinta per 2-0 sulla , segnando nel giorno del suo compleanno. Al termine del torneo Duggan venne inserita dall'UEFA nella lista dei dieci talenti emersi nel corso della manifestazione. Ancora diciassettenne, fece parte della rosa dell' che partecipò al campionato mondiale 2008 di categoria, realizzando due reti nella fase a gironi. Venne convocata anche per il campionato mondiale Under-20 2010, realizzando una sola rete.