Tijdens de mobilisatie voor de Tweede Wereldoorlog in de zomer van 1939, werd Stephan benoemd tot commandant van het nieuwe "Infanterie-Regiment 46"7 (467e Infanterieregiment). Hij betrok voor het eerst stelling in het Westen. In het voorjaar van 1940, leidde hij zijn regiment tijdens de slag om Frankrijk. Hierna werd zijn regiment ingezet als bezettingsmacht aan de Kanaalkust.