В марте 1848 года в Вене вспыхнуло восстание против Габсбургов, Земмельвейс часто не присутствовал на рабочем месте, хотя документальных свидетельств о его активном участии в протестах нет. За этот месяц ни у одной из 276 рожениц не развилась родильная горячка. То же самое произошло и в августе 1848-го. Рост смертности в 1-й клинике в ноябре 1847-го объяснялся тем, что тогда была госпитализирована пациентка с медуллярной карциномой матки. Женщину разместили на койке, с которой начинался ежедневный осмотр. Поскольку доктора мыли руки раствором хлора только "перед" началом обхода палаты, а между осмотрами пациенток мыли руки просто с мылом, 11 из 12 лежавших с ней в палате женщин умерли от родильной горячки. Аналогичный случай произошёл, когда госпитализировали пациентку с гангреной колена. Эти эпизоды позволил Земмельвейсу понять, что не только трупный яд, но и любые яды разлагающихся тканей могут вызвать сепсис.