Republik Cisalpina diakui oleh Austria dalam Traktat Campo Formio (17 Oktober 1797), dan sebagai gantinya memperoleh sisa wilayah Republik Venesia. Republik ini sempat bubar pada tahun 1799 saat Milan diduduki oleh pasukan Austria-Rusia pada 29 April. Namun, setelah kemenangan Prancis dalam Pertempuran Marengo pada 14 Juni 1800, Republik Cisalpina didirikan kembali oleh Napoleon.