시메오네는 팀을 유로파리그 우승으로 이끌며 3년만에 두번째 우승을 거두었는데, 2012년 5월 9일 부쿠레슈티에서 열린 결승전에서 라다멜 팔카오와 지에구의 쐐기골로 아틀레틱 빌바오를 3-0으로 이겼다. 유로파리그를 또다시 우승하면서 2012년 8월 31일에 모나코에서 열린 2011-12년 UEFA 챔피언스리그의 우승팀 첼시와의 2012년 UEFA 슈퍼컵 진출권을 획득하였다. 아틀레티코는 팔카오의 전반전 해트트릭에 힘입어 4-1로 승리하였다. 2013년 5월 16일, 아틀레티코는 코파 델 레이 결승전에서 레알 마드리드를 상대하였는데, 이 경기에서 양 팀이 10명으로 싸운 끝에 2-1로 승리하였다. 이 경기에서의 승리로 아틀레티코는 14년간 25경기 엘 데르비 마드릴레뇨 무승의 수렁에서 빠져나왔다. 2012-13 시즌에 아틀레티코는 1년을 약간 넘은 기간동안 3개의 트로피를 획득하였다.