En 1799, l'armée d'Italie se révolte et ne veut plus reconnaître l'autorité du général en chef ; seul le commandant Roguet sait conserver à Mantoue son bataillon dans le poste qu'il doit occuper ; ses soldats restent dans le devoir. À la bataille de Vérone le , le chef de bataillon Roguet, par ordre du général Moreau, marche sur le village de Sainte-Lucie, poste très important, chasse les Autrichiens, s'établit, se maintient, mais est blessé très grièvement d'un coup de feu à la jambe droite. À la fin il n'est pas encore guéri de sa blessure et se trouve à Gênes, lorsque le Piémont se soulève en masse, ainsi que les vallées d'Oneille et de Tanaro. Les insurgés, guidés par des officiers autrichiens et piémontais, se portent dans le Ponent de la Ligurie. Les Anglais tiennent la mer ; Gênes n'a aucune communication avec la France, ni avec l'armée. Il est chargé de châtier les insurgés ; il les disperse, s'empare de la ville et de la vallée d'Oneille et de celle du Tanaro, fait lever le siège de la Piève, y prend l'artillerie des insurgés, fait prisonnier le chef des insurgés et son état-major, rétablit les communications avec Gênes, et rejoint près de Ceva le général Moreau qui le nomme le , chef de brigade de la . Il fait des prodiges à Fossano, à Novi, à Coni et dans le Var. De , cette demi-brigade est réduite en juillet 1800 à 160 hommes, et elle reçoit ordre de se rendre à Paris pour se réorganiser. Quelques mois lui suffirent pour donner à ce corps une instruction et une discipline si parfaites qu'on le cite comme le modèle de l'armée.