マージド王の後、1870年にマージドの弟のバルガッシュ・ビン・サイードがザンジバルの新たなスルターンに即位した。バルガッシュ王治下のザンジバルはアラブ系ムスリムの奴隷商人ティップー・ティプが東アフリカ大陸部に奴隷を求めて進出し、タンガニーカ湖やコンゴ川（現在のコンゴ民主共和国東部）に至るまでの地域にザンジバル王の権威を及ぼした。一方、内陸部に於いては、1870年代中にニャムウェジ人のウリャンフル首長国のミランボ首長はルガルガと呼ばれる軍団を率いてザンジバル領のタボラを攻略し、ザンジバル王の派遣した総督（リワリ）を内陸部から追放して奴隷貿易に対して一定の制限を設けたが、他方でミランボ首長はティップー・ティプと手を結んでの奴隷貿易に携わった。1880年代に入ると、ベルギーがタンガニーカ湖の西岸にドイツ帝国がタンガニーカ湖の東岸に勢力を伸ばした。バルガッシュ王は、ヨーロッパ諸国の意向を受けてアフリカ分割の尖兵として活動していた探検家や商人に対抗するためにティップー・ティプを重用する構えを見せたものの、ドイツ帝国の宰相ビスマルクによって1884年から1885年にかけて開催されたベルリン会議 (アフリカ分割)の後、ドイツ帝国はザンジバル島対岸のアフリカ大陸部（タンガニーカ）を保護領だと宣言してダルエスサラーム港の割譲をバルガッシュ王に要求し、バルガッシュ王が仲介を期待していたイギリスがザンジバルを見捨てた結果、1886年1月にイギリスとドイツによってザンジバル領土画定委員会が設置され、この委員会によってザンジバルの国境線が確定された代わりに、ザンジバルはアフリカ大陸内陸部を全面的に喪失した。この後1888年にイギリスはモンバサ港をザンジバルから租借し、1890年にイギリスとドイツとの間に結ばれたヘルゴランド＝ザンジバル条約によってザンジバルはイギリスの保護国となった。こうして19世紀にインド洋貿易の中心地として栄えたザンジバルは、これ以後イギリス帝国の経済圏の周縁部となり、1896年のスルターン位継承問題に干渉したイギリス＝ザンジバル戦争によって親英的なハムード王を即位させた後は保護国化当初の内政不干渉の原則も反故にされ、イギリス主導での行政が進んだ。このイギリス＝ザンジバル戦争の2年前に当たる1894年に、明治時代の日本から最初のからゆきさん（娘子軍）がザンジバル島に渡っている。