לאחר גיוס ראש המשפחה לצבא, אינוקנטי הצעיר עזב את בית הספר, סיים קורס חובשים ועבד בבית חולים צבאי. בינואר 1943 הוא גויס ולאחר סיום הטירונות השתתף בקרב קורסק. בדצמבר 1943 נפל בשבי אך הצליח להימלט בינואר 1944. אינוקנטי סמוקטונובסקי הוסתר על ידי משפחה מקומית ובפברואר 1944 הצטרף לקבוצת פרטיזנים. במאי 1944 הצטרף לכוחות הצבא האדום, השתתף בקרבות סביב ורשה וסיים את המלחמה בשטח גרמניה. על השתתפות בקרבות הוענק לו פעמיים עיטור האומץ.