28 grudnia 1908 roku trzęsienie ziemi zniszczyło posiadłość Merzbachera w Mesynie na Sycylii. Dorobek rodziny Merzbacherów bezpowrotnie przepadł. W związku z niskimi zarobkami lekarzy w Niemczech Merzbacher w 1910 roku przyjął propozycję kierowania laboratorium przy klinice psychiatrycznej Hospicio de las Mercedes w Buenos Aires. Pobyt w Ameryce Południowej był planowany jako tymczasowy i neurolog początkowo otrzymał urlop od władz tybińskiego uniwersytetu jedynie na dwa lata. Ostatecznie uczony został w Argentynie do końca życia. Od 1914 do 1919 prowadził wydział patologiczno-anatomiczny Clínica Modelö w Buenos Aires, a od 1924 pracował jako ordynator w niemieckim szpitalu w Buenos Aires. W 1923 roku odwiedził Niemcy i został zaproszony przez Walthera Spielmeyera do wygłoszenia referatu o chorobach demielinizacyjnych w Monachium.