В 1806—1807 годах Модзалевский находился в делах в Восточной Пруссии. 14 декабря 1806 года он сражался под Голымином, 21 января 1807 года — под Алленштейном, 26 и 27 января — в битве при Прейсиш-Эйлау, где получил контузию в грудь и правое плечо. За отличие в сражении 24 мая при Петерсдорфе Модзалевский был 26 мая произведён в ротмистры и при особом рескрипте от 18 мая 1808 года был награждён орденом св. Анны 3-й степени. Затем он сражался при Гуттштадте и Гейльсберге и наконец завершил эту кампанию в битве под Фридландом, за что 20 мая 1808 года был награждён золотой шпагой с надписью «За храбрость».