Als Friedrich der Große starb, ernannte dessen Nachfolger Friedrich Wilhelm II. Mencken zum Geheimen Kriegsrat. Dem Historiker Hermann Hüffer zufolge war Mencken „der geistig bedeutendste“ unter den Kabinettsräten des Königs. Der politisch liberale und aufgeklärt-rationalistische Mencken verlor jedoch vorübergehend seinen Einfluss an Günstlinge des neuen Königs wie Johann Christoph von Woellner. Dennoch begleitete er Friedrich Wilhelm 1790 zum Kongress von Reichenbach und 1792 in das Hauptquartier des Frankreichfeldzuges (Erster Koalitionskrieg).