Trong suốt năm 1799, Weyrother phục vụ dưới chức vụ Tham mưu trưởng cho Quân giới Kray Pál và ông thể hiện được tài năng của mình trong các trận Legnago (26 tháng 3), Magnano (5 tháng 4) và Novi (15 tháng 8). Ông cũng vạch kế hoạch cho cuộc hành binh vượt đèo Gotthard của Đại Nguyên soái Aleksandr Vasilyevich Suvorov. Nhờ công lao này, ông được thăng lên hàm Đại tá ("Oberst") và được bổ nhiệm làm chỉ huy Trung đoàn bộ binh Schröder số 7. Vào mùa thu năm 1800, Hoàng đế Franz II bổ nhiệm ông làm Tham mưu trưởng cho Đại Công tước Johann của Áo, Tư lệnh mới của Tập đoàn quân Bayern. Vì tin rằng quân Pháp của tướng Jean Victor Marie Moreau đang thoái lui trong thế bại trận, Weyrother gấp rút tổ chức một cuộc truy kích với bốn binh đoàn Áo hành quân qua các cánh rừng rậm rạp mà không có sự hỗ trợ lẫn nhau nào. Cuộc truy kích vội vã và thiếu tổ chức đó kết thúc bằng một tai họa ở Hohenlinden khi Moreau bí mật tổ chức mai phục và đập nát cánh trái của quân Áo, bắt sống gần 9000 tù binh. Thảm họa Hohenlinden cùng với thất bại lớn ở Marengo đã chính thức khép lại cuộc chiến tranh Liên minh thứ hai với thắng lợi mỹ mãn thuộc về nước Pháp.