Enfin, lors de la chute de la dynastie Yuan, la communauté musulmane se trouve divisée entre ceux qui restent fidèles aux Yuan et ceux qui soutiennent le nouveau régime. C'est ainsi que, pendant la conquête du Yunnan par les Ming, les généraux musulmans Mu Ying et Lan Yu commandent les troupes musulmanes fidèles à la dynastie Ming et luttent contre les troupes mongoles et musulmanes fidèles à la dynastie Yuan.