この事故は前年に起きた洞爺丸事故と相まって、国鉄に大きな教訓を与え、連絡船の船体構造の全面的な見直しが実施された。またこれに伴い、従来行われてきた連絡船による客車の航送が完全に中止されるとともに、上下航路の完全分離が実施された。事故が立て続けに起こった事に対し長崎惣之助総裁が引責辞任、後任には十河信二が就いた。航路を所管する四国支社（のち四国総局）には新たに宇高船舶管理部が設置された。