14 апреля 1904 года в связи с началом Русско-японской войны Некрасов был командирован на Дальний Восток, где служил в составе отрядов Всероссийского объединённого дворянства. Вместе с ним на фронт едет его жена Надежда Максимовна (из семьи купцов Гладилиных). Некрасов участвует в боях на Шахе и Сандену, работает заведующим врачебного отделения в Харбине. За время войны он проделал свыше 1000 крупных операций.