Han gick under jorden i mars 2012 efter att delar av den maliska militären inlett en statskupp mot hans regering, vilket innebar att han avsattes enbart några månader innan han förväntades lämna ämbetet. Som en del av avtalet för att återställa den konstitutionella ordningen i Mali avgick Touré "de jure" från presidentskapet den 8 april.