После возрождения КишДС сперва находилась при Свято-Вознесенском Ново-Нямецком монастыре в селе Кицканы, но потом переехала в Кишинёв в здание, которое занимала до присоединения Бессарабии и Северной Буковины к СССР. Здесь же стали обучаться и первые студенты КишДА (до того здание являлось одним из корпусов Государственного университета Молдовы). Через некоторое время Семинарию и Академию, под предлогом того, что знание находится в аварийном состоянии, переселили в гораздо более скромный корпус бывшего профессионально-технического училища Кининёва на Измаильской улице, где они и находятся в настоящее время; при этом КишДС является структурным подразделением КишДА.