Toutefois, la relation entre les deux États a été compromise lorsque l'Irak envahit le Koweït en 1990, la France rompant toutes relations diplomatiques avec l'Irak, dénonçant l'invasion. Elle répondit en essayant de convaincre Saddam Hussein de retirer ses troupes du Koweït quelques jours avant le déclenchement de l'opération Tempête du désert. Des envoyés français étaient par ailleurs présent à Bagdad, essayant de trouver une solution diplomatique à la crise. La France est restée ainsi favorablement inclinée envers l'Irak contrairement aux autres pays occidentaux. Sur le plan économique, les relations avec l'Irak représentaient un désastre financier, laissant des factures impayées d'une valeur de 4 milliards de dollars.