Kerajaan Pertengahan runtuh pada Periode Menengah Kedua (sekitar 1650–1550 SM), tetapi negeri tersebut kembali dipersatukan oleh penguasa Thebes, yang menjadi firaun pertama Kerajaan Baru. Di bawah rezim baru ini, Amun menjadi dewa negara tertinggi. Dia disinkretisasi dengan Ra, pelindung raja yang sudah lama berdiri, dan kuilnya di Karnak menjadi pusat agama Mesir yang paling penting. Ketinggian status Amun sebagian disebabkan karena pentingnya wilayah Thebes, juga karena kependetaan yang semakin profesional. Diskusi teologis mereka yang maju, menghasilkan uraian rinci tentang kekuatan universal Amun.