Karim comenzó la temporada con la victoria del conjunto blanco en la Supercopa de Europa 2016 contra el Sevilla Fútbol Club con un marcador favorable de 3-2 el día 9 de agosto de 2016. También conquistó el Mundialito de Clubes 2016 disputado en Japón ganando al Kashima Antlers por 4-2. Él hizo una muy buena contribución a su equipo para la consecución del título, marcando un gol en las semifinales contra el Club América y otro en la final. También conquistó la Primera División de España por segunda vez en su carrera, marcando 11 goles y dando 5 asistencias y la UEFA Champions League, ganando en la final el 3 de junio de 2017 a la Juventus F. C. por un contundente 1-4, consiguiendo por primera vez su equipo en el formato actual repetir campeonato.