Nach Abschluss seiner aktiven Laufbahn, erzwungen durch eine Knieverletzung infolge eines Autounfalls, im Jahre 1960 arbeitete Štípek als Trainer in der Tschechoslowakei, in Peru (bis 1966) und ab 1977 als Cheftrainer der Nationalauswahl in Spanien. 1987 verweigerten ihm die tschechoslowakischen Behörden die zur Verlängerung seines Vertrages in Spanien erforderliche Auslandsaufenthaltsgenehmigung, so dass er emigrierte. Nach der Samtenen Revolution konnte Štípek im November 1989 wieder in sein Heimatland zurückkehren und besuchte Prag.