Han arbeidet først som assistenttrener for det østerrikske landslaget. Fra sesongen 1999/2000 har han vært trener for det slovenske landslaget. Zupan var aktiv i en årrekke, og oppnådde en andreplass i verdenscuprenn i et skiflygingsrenn i Planica (1988), og var med på å ta sølv med det jugoslaviske laget under OL 1988 i Calgary.