Chili lambat laun mulai mengembangkan pengaruhnya untuk menentukan perbatasan. Berdasarkan Traktat Tantauco, Kepulauan Chiloé menjadi bagian dari wilayah Chili sejak tahun 1826. Ekonomi Chili mulai mengalami ledakan setelah ditemukannya bijih perak di Chañarcillo dan perdagangan tumbuh dari pelabuhan Valparaiso, yang turut memicu sengketa kedaulatan maritim di Pasifik dengan Peru. Pembentukan Konfederasi Peru-Bolivia telah dilihat sebagai ancaman bagi kestabilan negara ini dan pernyataan dimulainya Perang Konfederasi pun diumumkan, masa peperangan ini diakhiri dengan kejayaan Chili dalam Pertempuran Yungay pada tahun 1839 dan pembubaran Konfederasi. Bersamaan dengan kejadian-kejadian ini, upaya-upaya telah dilakukan untuk memperkuat kedaulatan di selatan Chili, dengan mengintensifkan penetrasi Region Araucanía dan pendudukan Llanquihue oleh para imigran Jerman. Melalui pembangunan Fuerte Bulnes, Region Magallanes y la Antártica digabungkan ke dalam Chili pada tahun 1843, sedangkan Region Antofagasta yang pada saat itu milik Bolivia mulai diduduki.