Für diesen Sieg wurde er vom Direktorium zum Général de division befördert. Als Chef des Generalstabs des Oberkommandos der italienischen Armee bewies er in der Schlacht bei Novi glänzende Tapferkeit, befehligte gegen Ende des Feldzugs die Truppen in Genua und wurde auf Wunsch von General Jean-Victor Moreau zum Chef des Generalstabs der Rheinarmee ernannt. Dessolles konnte sich in der Schlacht bei Hohenlinden und beim Überqueren von Inn und Salza auszeichnen.