През 1803 г. е назначен за командир на корпус в Италия, през 1805 г. служи, отличавайки се, под командването на Масена, а през 1806 г. участва в кампанията в южна Италия. Също така взима участие в кампаниите в Прусия и Полша, по време на Войната на Четвъртата коалиция, а през 1808 г. – годината, в която е обявен за конт, командва армейски корпус в Каталония; но, нежелаейки да се съобразява със заповедите, които получава от Париж, Сен Сир подава оставка и се оттегля в немилост до 1811 г.