Bei seiner umjubelten Rückkehr erhielt Scipio den Ehrentitel "Africanus". Doch aufgrund zunehmender Differenzen mit führenden Senatsmitgliedern, die seinen Ruhm mit Besorgnis sahen, zog er sich für mehrere Jahre aus dem öffentlichen Leben zurück. Seine Lage war problematisch, da er schlicht zu viel Ansehen und Macht auf sich vereinigt hatte, um einfach wieder in die Nobilität integriert werden zu können – die übrigen Aristokraten versuchten daher, sein Ansehen wieder auf Normalmaß zu reduzieren. Unvergessen war, dass die spanischen Legionen Scipio als "rex", als „König“, gefeiert hatten (auch wenn er diesen Titel zurückgewiesen und sich stattdessen als "imperator" hatte anreden lassen). Zwischenzeitlich wurde er dennoch 199 v. Chr. zum Zensor ernannt und bekleidete 194 v. Chr. noch einmal das angesehene Amt des Konsuls. Außerdem führte er als Vorsitzender 193 v. Chr. die Untersuchung über einen Grenzstreit zwischen Karthago und Massinissa, der ständig sein numidisches Königreich erweitern wollte. (Diese Grenzstreitigkeiten sollten Jahrzehnte später, 150 v. Chr., den Grund für den letzten punischen Krieg bieten, welcher den Untergang des punischen Karthago markierte.) In der Folge plante Scipio aufgrund des wachsenden Widerstands gegen seine dominierende Position seinen endgültigen Abschied aus der römischen Politik. Als jedoch Rom 190 v. Chr. dem Seleukiden Antiochos III. von Syrien den Krieg erklärte, zog er noch einmal, zusammen mit seinem Bruder Lucius Cornelius Scipio, in den Krieg. Scipio Africanus diente hierbei als Organisator der Legionen und gleichzeitig als Taktiker. Den Oberbefehl dagegen, den er gefordert hatte, wollte ihm der Senat nicht zugestehen, da man fürchtete, nach einem Sieg würde er endgültig unangreifbar werden. Dennoch oblag ihm die eigentliche Durchführung der Operationen. Vor allem seinem schnellen Handeln ist der Sieg in der Schlacht von Magnesia zu verdanken, welche den Krieg rasch zugunsten Roms beendete.