18世紀末のポーランド分割で併合されたウクライナおよびベラルーシの合同派教会（ウクライナ東方カトリック教会）に対しては正教会への復帰が強制されており、強い抵抗とこれに対する迫害が繰り返されることになる。1861年にワルシャワにおいて総督府の兵士と民衆との衝突が発生した際にカトリック教会、プロテスタント教会そしてユダヤ教寺院が合同で教会を閉鎖する抗議行動を起こして総督を辞任に追い込んでいる。1863年から1864年にかけてポーランド・リトアニアで起こった大規模な武装蜂起（一月蜂起）が鎮圧されると、ロシア政府は蜂起にカトリック教会の聖職者が関与していたとして規制が強化されて修道院の大半が閉鎖され、弾圧に抗議する司祭が追放されたためポーランド王国内で実質的に活動する教区が僅か1つとなる事態になっている。1882年にアレクサンドル3世（在位1881年 - 1894年）と教皇庁との間で政教条約（コンコルダート）が結ばれたものの、ポベドノスツェフ宗務総監の宗教政策により、この合意は無効同然にされた。アレクサンドル3世の時代には、それまで寛容であったバルト地方のルター派教会に対しても規制が強められている。