Tháng 11 năm 1942, ông trở thành ủy viên Ban chấp hành Trung ương CPSU về các vấn đề nhân sự. Vào ngày 22 tháng 12 năm 1942, ông cũng được bổ nhiệm làm Phó ủy viên nhân dân phụ trách chế tạo máy hạng trung. Trong trận Stalingrad, ông đã tham gia Hội đồng quân sự Phương diện quân Stalingrad một thời gian ngắn. Tháng 2 năm 1943, ông bị cách chức và được bổ nhiệm lại làm lãnh đạo đảng ủy Kharkov, vì Hồng quân dường như đã tái chiếm khu vực này. Ngày 26 tháng 5, Yepishev được phong quân hàm Thiếu tướng và được bổ nhiệm làm thành viên hội đồng quân sự, sĩ quan chính trị cao nhất, trong Tập đoàn quân 40 của tướng Kirill Moskalenko. Ông đã tham gia Trận Vòng cung Kursk và Trận sông Dniepr. Ngày 2 tháng 11, ông nhận chức vụ tương tự trong Tập đoàn quân 38, một lần nữa dưới quyền Moskalenko, và giữ chức vụ này cho đến khi chiến tranh kết thúc. Tập đoàn quân 38 đã tham gia Trận Kiev, tấn công Dnepr – Carpat, Lvov – Sandomierz, Trận Đèo Dukla và Chiến dịch Praha.