Das Decatur County wurde im November 1845 aus Teilen des Perry County gebildet und die Verwaltungsorganisation am 6. März 1846 abgeschlossen. Benannt wurde es nach Stephen Decatur (1779–1820), einem kommandierenden amerikanischen Marineoffizier u. a. im Britisch-Amerikanischen Krieg und im Amerikanisch-Tripolitanischen Krieg.