Бельгійська революція та II пандемія холери, яка охопила Бельгію, в 1831 році змусили Сан-Мартіна залишити Брюссель і переїхати у Париж, де на холеру захворіли і Сан-Мартін, і його дочка. Їм допомагав Маріано Балькарсе, який зрештою одружився з Мерседес, і у них була дочка Марія Мерседес. Протягом революції 1848 року Сан-Мартін покинув Париж і переїхав до Булонь-сюр-Мер, невеликого міста на півночі Франції. Він був майже сліпим і мав багато проблем із здоров'ям через похилий вік, але продовжував писати листи та підтримувати зв'язок з аргентинськими політиками, отримувати новини з Південної Америки. Незабаром після отримання звістки про перемогу Аргентини проти англо-французької блокади, яку він до цього рішуче засудив, Сан-Мартін помер 17 серпня 1850 року.