Aaron Boogaard commence sa carrière junior en jouant pour le Hitmen de Calgary dans la Ligue de hockey de l'Ouest lors de la saison 2002-2003. La saison suivante, il change d'équipe pour jouer avec les Americans de Tri-City. Au terme de sa deuxième saison, il est choisi par le Wild du Minnesota au rang du sixième tour du repêchage d'entrée de la Ligue nationale de hockey de 2004. Ayant joué sa dernière saison junior en 2006-2007 avec les Americans, Boogaard n'a toujours pas signé de contrat avec le Wild et devient agent libre.