В 2006 году прошли новые выборы посреди гражданской войны, которые были байкотированы оппозицией. Увеличился процент этнического насилия; верховный комиссар ООН предупредил, что в стране могут начаться этнические чистки или геноцид, подобный дарфурскому. В том же году повстанцы попытались захватить столицу страны, однако потерпели неудачу. Через два года состоялась вторая неудачная попытка захвата власти. В этой войне участвовал также и Судан вплоть до 15 января 2010 года, когда было подписано соглашение о прекращении огня. Благодаря этому были развёрнуты совместные силы двух стран для обеспечения безопасности границы, а ряд чадских и суданских военных вернулись домой. В 2013 году был предотвращён подготавливавшийся в течение нескольких месяцев военный переворот против президента Деби.