Pemerintah Revolusioner Filipina tidak mengiktiraf perjanjian atau kedaulatan Amerika, dan seterusnya bertarung dan kalah pada Amerika Syarikat. Pertempuran tersebut asalnya disebut oleh Amerika sebagai "Pemberontakan Filipina" kini secara umum rasminya dipanggil Perang Filipina–Amerika, yang berakhir pada penangkapan Emilio Aguinaldo oleh tentera AS dan serta pernyataan Aguinaldo yang mengiktiraf dan menerima kedaulatan Amerika Syarikat ke atas Filipina. Ini diikuti dengan kiriman telegram Setiausaha Perang AS Elihu Akar pada 2 Julai 1902 mengenai berakhirnya pemberontakan tersebut dan pemerintahan provinsi awam Amerika telah ditubuhkan seluruh negara kecuali kawasan yang didiami oleh masyarakat Moro.