Als trainer kende hij nog meer succes. Trapattoni, die bekendstond om zijn defensieve speelstijl, brak in de jaren 70 door als coach van Juventus. Hij was in totaal meer dan tien jaar trainer van de club uit Turijn en won in die periode onder meer zes landstitels, de Europacup I, Europacup II en de UEFA Cup. In de jaren 80 maakte hij zijn reputatie van opvliegende succescoach ook waar bij de topclubs Internazionale en Bayern München. Van 2000 tot 2004 was hij bondscoach van Italië, met wie hij deelnam aan het WK 2002 en Euro 2004. Later nam hij als bondscoach van Ierland ook deel aan Euro 2012. In 2013 zette de Italiaan een punt achter zijn trainerscarrière. Trapattoni behoort tot de vier trainers die in vier verschillende Europese landen kampioen werden. De andere trainers zijn José Mourinho, Ernst Happel en Tomislav Ivić. Trapattoni was ook de tweede voetballer in de geschiedenis die als speler én als trainer de Europacup I won, na Miguel Muñoz. Trapattoni is tevens de enige trainer ooit die de Europacup I, Europacup II, UEFA Cup, UEFA Super Cup en wereldbeker voor clubteams wist te winnen.