В начале апреля 1796 года Юнг сдал квалификационные экзамены. В июне из печати вышла его диссертация (на латинском языке), снабжённая посвящением двоюродному деду. Диссертация была посвящена механизму человеческого голоса; помимо физиологических аспектов, автор предложил универсальную транскрипцию из 47 знаков для фиксации всех возможных звуковых сочетаний, которые голосовой аппарат способен производить. Именно здесь, по словам Э. Робинсона, проявились главные интересы Юнга — структура языка и теория звуковых волн. Защита прошла 16 июля. Броклсби был успокоен, узнав, что его племянник публично прочитал молитву. После диспута по существовавшему обычаю его «поженили» с Гигеей и присудили сразу три докторские степени — общей медицины, хирургии и акушерства. Из-за вторжения Наполеона в Италию планы дальнейшего путешествия сорвались. В автобиографии Юнг писал, что из-за этого попал в Италию только спустя 25 лет, когда «великий завоеватель умирал на Святой Елене». Однако он объехал всю северную Германию, побывав в Готе, Веймаре, Йене, Лейпциге, Дрездене и Берлине. Молодой блестящий учёный был принят в обществе, в Веймаре общался с Гердером; в университете с ним учился сын Гёте. В Дрездене Юнг провёл месяц и преимущественно занимался итальянским искусством, образцы которого были выставлены в картинной галерее. Берлин его разочаровал, несмотря на то, что Юнга принимал британский посол лорд Элгин. В начале февраля 1797 года через Гамбург доктор Юнг вернулся на родину.