Il 1º gennaio 1945, sul finire della seconda guerra mondiale, il ricostituito club modifica la denominazione sociale in "Associazione Sportiva Bari"; nell'estate dello stesso anno vi subentra come presidente l'imprenditore Tommaso Annoscia. A causa dei problemi di molte società calcistiche i biancorossi vengono riammessi nel campionato misto Serie A-B di Divisione Nazionale, che concludono al secondo posto nel girone centro-meridionale ex aequo con il primo classificato, ottenendo così l'ammissione nella Serie A 1946-1947 tornata a girone unico. Allenati prima da Raffaele Costantino e poi da András Kuttik, i galletti chiudono il suddetto campionato in settima posizione, piazzamento finora mai eguagliato dalla formazione pugliese. In quegli anni il Bari è soprannominato "la Stella del Sud". Dall'edizione 1948-1949 l'andamento dei biancorossi è più altalenante e nella stagione 1949-1950 retrocedono, dopo cinque anni di permanenza nella massima categoria, con il presidente Annoscia a denunciare pubblicamente favoritismi operati da un gruppo di arbitri alla , concorrente del Bari per la salvezza nelle ultime giornate di campionato, poi salva. I ripetuti ricorsi del Bari vengono rigettati e Annoscia punito con una squalifica di tre anni; deluso e risentito decide di lasciare il mondo del Calcio.