Il 9 agosto 2016 l'Häcken ha comunicato di aver raggiunto un accordo con Farnerud, che torna così a giocare nel campionato svedese. Gioca la restante parte dell'Allsvenskan 2016 e 13 partite dell'edizione successiva, ma il suo campionato 2017 finisce anzitempo a causa di un nuovo grave infortunio al ginocchio, rimediato il 22 luglio durante la gara esterna contro il Sirius. A novembre, terminata la stagione, le due parti rescindono consensualmente il contratto.