Si fece notare nella Copa América 1997, dove con sei gol diventò capocannoniere del torneo. Al segnò 4 reti, diventando così il primo giocatore messicano a segnare più di 2 reti in un mondiale. I 35 gol (in 85 presenze) lo rendono il quarto miglior realizzatore della storia della sua Nazionale, a pari merito con Carlos Hermosillo e superato solo da Jared Borgetti, Cuauhtémoc Blanco e l'omonimo Javier Hernández. Hernández ha giocato anche nel , senza però segnare.