Ensuite, Duanfang devient juge dans la province du Shaanxi, commissaire administratif, et agent du gouverneur. La du règne de l'empereur Guangxu (1900), après l'occupation de Pékin à la suite de la bataille de Pékin, l'impératrice douairière et l'empereur Guangxu fuient au Shaanxi. Duanfang est transféré à un nouveau poste de commissaire administratif au Henan, puis de gouverneur du Hubei. La du règne de l'empereur Guangxu (1902), Duanfang sert provisoirement comme , avant de devenir gouverneur du Hunan. Dans ses postes successifs, il encourage les étudiants à apprendre davantage, étant reconnu comme une personne éclairée et « enthousiaste pour les affaires étrangères et nationales ».