Jefferson et Hamilton ne sont pas plus d’accord sur la politique extérieure : le premier soutient le parti français à Washington lorsque la Grande-Bretagne déclare la guerre à la Convention en 1793, Le second ne cache pas ses sympathies anglophiles. Finalement, les États-Unis proclament leur neutralité dans cette guerre. Après le traité de Londres ("Jay Treaty") qui accorde le soutien de Washington à Londres contre la France, Jefferson préfère se retirer sur ses terres de Monticello. Il se présente à l’élection présidentielle en 1796 : il arrive deuxième derrière John Adams, et devient son vice-président. Sa fonction lui permet de retourner fréquemment en Virginie.