18 октября 1944 года в 01:00 5-я дивизия («Мёко» и «Хагуро») в составе Первого набегового соединения вице-адмирала Куриты покинула Лингу для выполнения операции «Сё-Го». 20 октября корабли прибыли в Бруней и два дня спустя снова вышли в море, направляясь к проливу Сан-Бернандино. 24 октября во время боя в море Сибуян, находясь восточнее острова Маэстре-де-Кампо, в 10:29 крейсер был поражён в правый борт 569-мм авиаторпедой Mk 13 с взрывчатки, сброшенной торпедоносцем TBM-1C «Эвенджер» из состава 18-й торпедоносной эскадрильи с авианосца «Интрепид». Торпеда попала между 248 и 250 шпангоутами, и в результате её взрыва было затоплено машинное отделение № 4 и кормовой отсек генераторов. Также были повреждены обе валолинии правого борта, и максимальная скорость упала до 15 узлов. Вице-адмирал Хасимото перенёс свой флаг на «Хагуро», а «Мёко» был в сопровождении эсминца «Кисинами» отправлен назад в Бруней, куда он благополучно прибыл 29 октября, с промежуточной стоянкой 27 октября в бухте Корон. С 30 октября по 3 ноября «Мёко» вместе с «Хагуро», «Кисинами» и тральщиком № 34 перешёл из Брунея в Сингапур.