在2012-13赛季对阵鲍里索夫BATE的冠军联赛比赛中，当菲利普·拉姆缺阵和巴斯蒂安·施魏因斯泰格被替换下场后，诺伊尔第一次作为场上队长戴上了队长臂章。2013年4月6日，他随拜仁在第28轮联赛后便提前确保了德国足球冠军。这也是诺伊尔获得的第一个冠军头衔。在2013年5月4日的第28轮联赛中，他又首次作为拜仁队长参加德甲比赛。2013年5月25日，凭借拜仁在2013年欧洲冠军联赛决赛以2-1击败多特蒙德，诺伊尔赢得了大耳朵杯。而在2014年6月1日的德国杯决赛中，诺伊尔再随拜仁以3比1击败斯图加特赢得德国杯。球队从而加冕了联赛、杯赛及欧洲冠军杯的三冠王，这是德国俱乐部在此前从未做到过的。为此，他得以随拜仁参加在2013年8月30日对阵切尔西的欧洲超级杯。诺伊尔在这场比赛的点球大战中扑出了由羅馬路·盧卡古主射的点球，顺利夺得冠军。2013年9月14日，诺伊尔在对阵汉诺威96的比赛中达到了德甲不失球的第100场纪录。而在年末于摩洛哥举行的2013年世界俱乐部杯赛中，他再帮助拜仁以不失球的纪录夺得冠军。