In 1793 veroverde het Franse leger bijna de gehele Oostenrijkse Nederlanden en kwam zelfs tot diep in Staats-Brabant. Van Geen werd tijdens het beleg van Willemstad, op 6 maart 1793, tot eerste luitenant bevorderd. In april werden de Fransen weer teruggeslagen; Van Geen bevond zich van 14 juni tot 28 juli 1793 in de vesting Valencijn, die door de Engelsen en Oostenrijkers belegerd werd en waar hij aan de rechterhand gewond raakte. Op 5 november werd zijn corps in het Franse leger opgenomen en in 1794 rukten de Fransen weer vooruit. Bij Walem kreeg Van Geen op 16 juli een sabelhouw op het hoofd en even daarna een kartetskogelwond aan de rechterdij. Nadat Pichegru de Noordelijke Nederlanden was binnengedrongen en door de patriotten als bevrijder was toegejuicht, ging Van Geen op 22 september in dienst der Bataafse Republiek over. In september 1796 vocht hij met Bataafse hulptroepen bij Düsseldorf en op 11 december 1797 werd hij benoemd tot kapitein.