Makaay fez a sua estreia internacional pela Seleção Holandesa na vitória por 3 a 1 frente ao País de Gales, em 1996. Disputou as edições da Eurocopa de 2000 e 2004. Após uma temporada 2005–06 ruim, não foi convocado pelo técnico Marco van Basten para a Copa do Mundo de 2006. Em 2008 foi convocado para a disputa das Olimpíadas, como um dos três jogadores acima de 23 anos. Na época, Makaay tinha 33 anos.