Ираклий оставил Феодора своим наместником на Востоке, доверив ему командование войсками и восстановление хозяйства разорённого войной региона. В этой качестве Феодор встретил первый натиск мусульманского завоевания. Он недооценил угрозу, рассматривая арабов как «мёртвую собаку», и был не способен остановить их нападения. Возможно, это он командовал византийцами в 629 году при Муте, первом крупном сражении с мусульманами. В 634 году Феодор повёл византийскую армию из Месопотамию в Сирию, где потерпел поражение. Возможно, это была , место и время которой точно не известны. После этого он отступил в Эдессу или Антиохию, где присоединился к Ираклию. В ходе византийского контрнаступления 636 года он занял Эмесу и Дамаск. Согласно арабским источникам, Феодор участвовал и был убит в решающей битве при Ярмуке 20 августа 636 года, однако это маловероятно. Более вероятно, что вследствие неудач он впал в немилость у своего брата. Также их отношения осложнялись тем, что Феодор критиковал брак Ираклия с их племянницей Мартиной. Сообщается, что Ираклий приказал Феодору прибыть в Константинополь, где его арестовал сын императора Ираклеон. В результате этого сын Феодора, также по имени Феодор, вступил в неудачный заговор в 637 году. О другом сыне Феодора, Григории, ничего не известно.