Kariya wurde vor dem NHL Entry Draft, einer jährlichen Veranstaltung, bei der sich Mannschaften der National Hockey League (NHL) die Rechte an hoffnungsvollen Nachwuchsspielern sichern können, als einer der fünftbesten Nachwuchsspieler bewertet. Paul Kariya wurde schließlich in der ersten Runde an insgesamt vierter Position von den Mighty Ducks of Anaheim ausgewählt. Nach dem Draft kehrte er zu seinem Universitätsteam zurück und wurde zu Beginn der Saison 1993/94 zum Mannschaftskapitän der Black Bears ernannt. Im Dezember 1993 verließ der Stürmer das Team um sich mit der kanadischen Nationalmannschaft auf das anstehende Olympische Eishockeyturnier 1994 vorzubereiten. Nach dem Turnier kehrte Kariya nicht mehr zur University of Maine zurück, da er seine Karriere als Profispieler fortsetzen wollte.