Nel 1580, il re Filippo II di Spagna invase il Portogallo dopo una crisi di successione causata dalla morte di re Sebastiano del Portogallo, caduto in battaglia a Alcazarquivir in Marocco nel 1578. Alle Cortes de Tomar nel 1581, Filippo fu incoronato Filippo I di Portogallo, unendo le due corone e gli imperi d'oltremare sotto la dominazione spagnola degli Asburgo in un'unione dinastica iberica. A Tomar, Filippo promise di mantenere gli imperi giuridicamente distinti, lasciando l'amministrazione dell'Impero portoghese ai cittadini portoghesi, con un viceré del Portogallo a Lisbona che avrebbe provveduto ai suoi interessi. Filippo fece addirittura trasferire la capitale a Lisbona per un periodo di due anni (1581-83) poiché era la città più importante della penisola iberica. Tutte le colonie portoghesi accettarono il nuovo stato di cose tranne le Azzorre, che sostennero Antonio, priore di Crato, un pretendente al trono portoghese che aveva ottenuto il sostegno di Caterina de' Medici in cambio della promessa di cedere il Brasile alla Francia. Le forze spagnole riuscirono infine a catturare le isole nel 1583.