Hacia finales del siglo VI a. C. se reanudó la larga rivalidad con su vecina Atenas, cuya flota de trirremes fue en parte construida para combatir la hegemonía de Egina. Temístocles había mandado construir la flota que participó en Salamina (480 a. C.) precisamente para luchar contra los eginetas. Ambas ciudades tuvieron una destacada actuación en esta batalla. Egina aporto 30 barcos, por lo que Heródoto explica los motivos de su enfrentamiento, aunque se limita a justificar el conflicto sobre la base de causas históricas marginales, como el relatado "supra" y que continúa "infra", sin atender a las diferencias socio-políticas que enfrentaban a los oligarcas eginetas con los demócratas atenienses por el dominio comercial del Egeo occidental. La flota egineta también participó en la Batalla de Mícala y en la Batalla de Platea (479 a. C.).