С 22 августа 1920 года М.М. Загю преподаватель в Военной академии имени М. В. Фрунзе. Арестовывался ВЧК в 1921 году по подозрению в причастности к Кронштадтскому мятежу, был отпущен. В 1926 году арестовывался повторно, по статье 66-2, но снова был освобожден. В 1932 году была создана Военно-химическая академия РККА (ВХА), 29 июля 1932 года М.М. Загю переведен в неё старшим руководителем кафедры управления войсками. Автор нескольких учебников по военному администрированию. Работой «Химический тыл» заложил основы новой научной дисциплины, имеющей большое значение для военно-химической службы.