Khmerien valtakausi päättyi Kambodžan–Vietnamin sotaan, jossa vietnamilaiset valloittivat Phnom Penhnin 7. tammikuuta 1979. Meni vielä jonkin aikaa, ennen kuin Vietnamin joukot saivat suurimman osan maasta hallintaansa. Vietnam valtasi maan, koska punaiset khmerit hyökkäilivät monia kertoja rajan takaa. Vietnamilaisia maahantunkeutujia auttoivat jonkin verran myös punaisissa khmereissä toimivat vastarinta-aktivistit, jotka muodostivat maan tulevan hallinnon ytimen. Khmerit jatkoivat maan länsiosissa, kontrolloiden Thaimaan rajaa vuosikausia rahoittaen toimintaansa timanttien ja puutavaran salakuljetuksella. Vuonna 1985 Khieu Samphan siirtyi virallisesti Punaisten khmerien johtoon. Puolue nimettiin Kamputsean Demokraattiseksi Puolueeksi ja se harjoitti jossain määrin itsekritiikkiäkin.