Diego Godín hrál v Uruguayi za kluby Defensor Sporting (v mládežnických týmech), CA Cerro a Nacional Montevideo. V srpnu 2007 přestoupil do Španělska do klubu Villarreal CF, kde podepsal pětiletý kontrakt. V srpnu 2010 přestoupil do prvoligového klubu Atlético Madrid, zde podepsal rovněž pětiletou smlouvu. S Atléticem nasbíral řadu trofejí na domácí i evropské scéně, vyhrál např. &lt;a href="Evropsk%C3%A1%20liga%20UEFA%202011/12"&gt;Evropskou ligu 2011/12&lt;/a&gt;, Superpohár UEFA 2010 a 2012 a &lt;a href="Copa%20del%20Rey%202012/13"&gt;Copa del Rey 2012/13&lt;/a&gt;.