El 29 de marzo de 2003, dos años después de su nombramiento como árbitro de la FIFA, Quesada dirigió su primer partido internacional. Fue designado como árbitro para el partido amistoso entre Costa Rica y Paraguay. El equipo "Tico" ganó con resultado de 2-1, con goles de Winston Parks y Try Benneth, y uno de Julio César Cáceres. Aunque inusual, no es raro que un árbitro FIFA dirija un partido de su propio país; algunos que lo han hecho fueron Ravshan Irmatov (Uzbekistán, seis veces), Pedro Ramos (Ecuador, cuatro veces), John Pitti y Roberto Moreno Salazar (de Panamá), Janny Sikazwe (Zambia), Bernard Camille (Seychelles), Abdulrahman Abdou (Qatar), Arumughan Rowan (India) y Peter O'Leary (Nueva Zelanda). Quesada condujo a su segundo partido internacional (y el primero bajo los auspicios directos de la FIFA), casi un año después, el 14 de marzo de 2004, en el torneo de clasificación para la Copa Mundial de 2006 entre Guyana y Granada (1-3). En julio de 2005, la CONCACAF nombró a Wálter Quesada para arbitrar la Copa de Oro de 2005. Fue asignado a un partido de veinticinco, precisamente en el encuentro del 13 de julio entre México y Jamaica (1-0). En 2007, tuvo participación en la Copa Centroamericana. También en 2009, 2011 y 2013. En su segunda Copa de Oro, en junio de 2007, Quesada dirigió un partido entre México contra Honduras (1-2).