A fine anno decise di lasciare la Arrows. Inizialmente Hill venne approcciato dal suo ex compagno di squadra Alain Prost per guidare per la sua scuderia, ma l'inglese declinò l'offerta. Per il 1998 venne ingaggiato dalla Jordan-Mugen Honda al fianco di Ralf Schumacher, fratello minore di Michael, con un ingaggio da 5 milioni di sterline. Dopo il grave incidente occorso a Olivier Panis l'anno precedente, vennero bandite le gomme lisce e introdotte delle nuove coperture con battistrada scanalato. Dopo un inizio particolarmente difficile causato da una scarsa affidabilità della vettura e varie sfortune (tra cui una squalifica in Brasile), la macchina migliorò nella seconda metà di campionato e Hill iniziò ad andare a punti regolarmente. Hill e Michael Schumacher ebbero modo di scontrarsi nuovamente in pista in Canada quando Hill in seconda posizione tagliò la strada più volte alla Ferrari di Schumacher per difendere la sua posizione, prima di ritirarsi per problemi alla vettura. Dopo la gara Schumacher accusò Hill di guida pericolosa.