결국 미국과의 사이에 필리핀-미국 전쟁이 발발한다. 이듬해 1899년 1월 23일에 아기날도는 마롤로스 헌법을 공포하고 필리핀 제1공화국을 수립하여, 초대 대통령에 취임했다. 1900년에는 당시의 수도 마롤로스가 함락되고, 정규군은 해산되어 게릴라전을 전개한다. 다음 해, 1901년 3월 이사벨라 주 파라난에서 아기날도는 미군에 잡혔고, 미국의 주권 인정을 강제당했다. 1902년, 미군이 필리핀 주요 지역을 점령하여 미국의 식민지가 되었다. 《필라델피아 레져》지는 미국-필리핀 전쟁을 2년간 루손 섬 주민의 6분의 1이 죽었다고 보도했으며, 이는 약 61만 6000명에 이른다.