6 февраля 1799 года Кенель был принят на действительную службу в Итальянскую армию. В начале Войны второй коалиции Кенель руководил бригадой в дивизии Поля Гренье. Дивизия содержала по три батальона из 17-й, 24-й и 106-й полубригад, по одному батальону из 2-го гельветического легиона и 1-го польского легиона, 450 кавалеристов и одну пехотную артиллерийскую батарею. Он возглавлял свою бригаду во время битв при Вероне 26 марта 1799, Магнано 5 апреля и в Кассано 27-28 апреля. В битве при Бассиньяне 12 мая 1799 года он был ранен в левое предплечье. В битве при Нови Кенель руководил бригадой в дивизии Пьера Гарнье де Лабуассьера. Бригада состояла из 17-го лёгкого и 63-го линейного пехотных полков. Боли в руке вследствие ранения заставили его временно уйти из армии. С 1 июня 1801 года Кенель занимал военный пост в Цизальпинской республике. Два года спустя он принял командование войсками недалеко от Фаэнцы.