После завершения игровой карьеры Лосано перешёл на тренерскую работу. Он возглавлял «Каха Толедо» и «Бумеранг Интервью», а в 1992 году стал главным тренером сборной Испании. Под его руководством испанцы прошли путь до сильнейшей сборной планеты. На Чемпионате мира 1992 года испанцы выиграли бронзу, 1996 года — серебро, а в 2000 году сенсационно обыграли сборную Бразилии и стали чемпионами мира. Четыре года спустя команда Хавьера Лосано блестяще защитила титул.