Зимой 1999 года Смертин перешёл в московский «Локомотив». Новый сезон оказался одним из лучших в карьере полузащитника. Смертин сумел сразу же стать лидером команды и помог выиграть серебряные медали чемпионата России, а также победить в Кубке России. По итогам сезона (который стал самым результативным в его карьере) Смертин был признан лучшим игроком России по версии еженедьника «Футбол» и издания «Спорт-Экспресс».