З 1999 року виступав за молодіжну збірну Росії, а у 2000 році почав залучається до зборів національної команди. У листопаді 2003 року В'ячеслав зіграв свій перший матч за збірну Росії проти Уельсу. Взявши участь у відбіркових іграх до чемпіонату Європи 2004, Малафєєв завоював місце в заявці збірної, проте на сам турнір поїхав як другий воротар. Видалення основного голкіпера дало йому шанс — він зіграв у Португалії 2 матчі, і після чемпіонату Європи став першим номером збірної Росії. З Португалією був пов'язаний і похмурий епізод в кар'єрі В'ячеслава: у жовтні 2004 року у відбірковому матчі чемпіонату світу-2006 В'ячеслав пропустив 7 голів від фаворитів відбіркової групи.