En 2012, Freese est pour la première fois invité au match des étoiles. Il établit de nouveaux records personnels de coups sûrs (147), de circuits (20), de points marqués (70) et de points produits (79) durant la saison, où il frappe pour ,293 en 144 parties jouées. Les Cardinals peuvent encore compter sur lui en séries éliminatoires, du moins durant la Série de divisions où Saint-Louis élimine le meilleur club de la ligue, les Nationals de Washington, en 5 matchs. Freese frappe pour ,421 dans cette série avec 8 coups sûrs, dont 3 doubles, en 19 présences au bâton. Il n'obtient toutefois que 5 coups sûrs en 26 pour une moyenne de ,192 dans les 7 matchs de Série de championnat où les Cardinals sont vaincus par les futurs champions, les Giants de San Francisco.