L’interprétation des thèses de Barmen et leur traduction "en situation" donna lieu ensuite à des dissensions au sein même de la BK. La plus grande lacune de la déclaration était le défaut d’engagement à une inébranlable solidarité panchrétienne avec les Juifs persécutés. L’effet s’en révéla funeste : très peu de chrétiens en effet exercèrent une résistance directe aux mesures prises par le pouvoir contre les Juifs, résistance qui pourtant allait être, au plus tard après les pogroms de novembre 1938, impérative. Ces résistants ne furent guère soutenus, pas même par l’Église confessante elle-même. Seules quelques individualités entendaient la résistance au régime nazi comme découlant, de façon nécessaire et incontournable, de la foi chrétienne.