Sydstaternes hær. Den 19. september 1861 blev han udnævnt til brigadegeneral og senere blev han forfremmet til generalmajor. Han kommanderede højre fløj af Army of Northern Virginia under Peninsula kampagnen. Da general Joseph E. Johnston blev alvorligt såret på første dag af Slaget ved Seven Pines den 31. maj 1862, måtte Smith overtage kommandoen over hele hæren. Det udløste straks et nervesammenbrud for ham, og dagen efter blev han udskiftet med general Robert Edward Lee.