Основное кольцо, протонный синхротрон MR (Main Ring) на энергию 50 ГэВ, периметр 1567.5 м. Имеет две системы выпуска: медленная, и быстрая. Частота повторения 3 с при быстрой экстракции и 6 с — при медленной. Система медленного выпуска направляет пучок протонов на станцию адронной физики, где протонный пучок рождает каоны. Быстрый выпуск используется для создания пучка нейтрино: пучок протонов выводится в сверхпроводящий канал транспортировки, направляющий пучок в сторону Super-Kamiokande, затем сбрасывается на мишень, где рождается пучок пионов, которые быстро распадаются на мюоны. В распадном канале мюонов рождаются нейтрино, которые далее летят 293 км до нейтринного детектора Super-Kamiokande. Первые нейтрино были зарегистрированы в начале 2010-го года, однако после землетрясения 2011-го года установка была значительно повреждена, восстановление продлилось около года.