Luego del fracaso en el Mundial de 1994 que derivó en el final de la era Basile, se contrató a Daniel Passarella como nuevo técnico, quién convocó a Batistuta para disputar la Copa FIFA Confederaciones 1995, donde iba a anotar dos goles en la final que su seleccionado perdió contra Dinamarca. Participó en la Copa América 1995 donde anotó cuatro goles con los que se consagró goleador del torneo, a pesar de que el combinado argentino fue eliminado en cuartos de final por penales a manos de Brasil.