O autoritarismo do governo de Castillo Armas fez aumentar a resistência interna, com o governo dele culpando os comunistas pelas crises. O regime de Castillo, impregnado de corrupção e lidando com uma forte crise econômica, foi ficando mais e mais dependente do auxílio dos Estados Unidos. Em 1957, Castillo Armas acabou sendo assassinado por um guarda do palácio presidencial que simpatizava com a esquerda. A Guatemala foi governada então por uma série de juntas militares autoritárias, ainda com apoio dos estadunidenses. Sua morte deu novo ânimo aos movimentos esquerdistas, forçando respostas do governo militar e culminando numa violenta guerra civil (1960-1996). Para os Estados Unidos, a ascensão e queda de Castillo causou um efeito contrário ao que eles pretendiam, com a Guatemala se mergulhando numa grave crise e longo conflito interno, desestabilizando o país por décadas. Sob o governo de Carlos Castillo Armas, a economia da Guatemala encolheu e a corrupção se espalhou pelas instituições políticas.