Era filho de Maria Ivanovna Maltsova e do capitão Pavel Nikolaievich Ignatiev, que se tinha convertido no favorito do czar Nicolau I devido à sua atuação durante a Revolta Dezembrista. O próprio herdeiro do trono, o Grão-Duque Alexandre, foi padrinho de batismo do jovem Nikolai Ignatiev. Depois de se graduar no Corpo de Pagens aos 17 anos, tornou-se oficial do regimento da Guarda de Hussardos de Sua Majestade e foi promovido a adido militar na embaixada russa em Londres, a cargo de operações de informação. Foi, porém, expulso do Reino Unido após uma operação falhada.