На 12 – 30 септември линкорът бомбардира бреговите укрепления на японците, помагайки за подготовка на нахлуването на остров Лейте. След това корабът отплава от Филипините и на 23 октомври пристига в щата Вашингтон. Във военноморската корабостроителница в Бремъртън линкорът преминава модернизация, в резултат на която е поставено допълнително зенитно въоръжение. По тази причина „Индиана“ не взема участие в главното сражение в залива Лейте. След края на модернизацията „Индиана“ се насочва за Пърл Харбър.