Disputó la Copa del Mundo de Rugby de Nueva Zelanda 1987 perdiendo en semifinales con Francia (24-30) y luego siendo derrotados 21-20 contra Gales por el tercer puesto, Lynagh marcó 82 puntos quedando segundo en la lista de máximos anotadores por detrás de Grant Fox. Cuatro años más tarde en Inglaterra 1991, resultaría campeón venciendo a los anfitriones en la final, antes en cuartos de final marcó el try de la victoria frente a Irlanda en el último minuto. Jugó su último mundial en Sudáfrica 1995 dónde los Wallabies fueron derrotados en cuartos por los XV de la Rosa repitiendo el duelo de la final anterior, este fue su último partido con los Wallabies.