Habré wurde 1990 durch die bewaffnete Opposition des Mouvement Patriotique du Salut von Idriss Déby gestürzt. 1994 wurde der Aouzou-Streifen durch den Internationalen Gerichtshof wieder dem Tschad zugesprochen. Laut Aussagen von Abu Bakr Yunis Jaber kämpften Einheiten der Republikanischen Garde des Tschad im Bürgerkrieg in Libyen auf Seite der Regierung. Diese sollen von Issa Taher, dem Vizechef für die Sicherheitsapparate im Tschad und nahen Verwandten von Idriss Déby, angeführt worden sein. Streitkräfte des Tschad nahmen 2013 an der Opération Serval zur Vertreibung von islamistischen Rebellen aus im Norden Malis teil.