Szesnasty wyścig – Grand Prix Japonii – odbył się 10 października. Pierwszy trening wygrał Sebastian Vettel z czasem 1:32,585. Senna i Yamamoto zajęli dwie ostatnie pozycje. Brazylijczyk miał 1:38,814, Japończyk – 1:39,443. Pierwszą lokatę w drugim treningu zdobył ponownie Niemiec z wynikiem 1:31,465. Kierowcy HRT zakończyli go na ostatnich dwóch miejscach – Senna z czasem 1:37,352, Yamamoto miał o 0,479 s. gorszy wynik od Brazylijczyka. W trzecim treningu na czele znalazł się Jaime Alguersuari z wynikiem 1:55,902, jednak opady deszczu, które utrudniały widoczność kierowcom, spowodowały, że tylko on i Timo Glock zdecydowali się wyjechać na okrążenia pomiarowe. Pozostali kierowcy, w tym Senna i Yamamoto, wyjechali na jedno okrążenie instalacyjne, potem zjechali do boksów. Kwalifikacje z powodu pogarszających się warunków i trzykrotnym przekładaniu tej sesji zostały przeniesione na niedzielny poranek. Niedzielną sesję kwalifikacyjną wygrał Vettel z czasem 1:30,785. Kierowcy HRT ponownie zajęli ostatnie dwa miejsca: Senna miał czas 1:37,270, Yamamoto – 1:37,365. Rozegrany kilka godzin później wyścig wygrał Niemiec, który miał przewagę 0,905 s nad Webberem i 2,721 s nad Alonso. Przed startem Lucas di Grassi wypadł z trasy i rozbił swój bolid, co spowodowało, że nie mógł wziąć udziału w wyścigu na torze Suzuka. Kierowcy Hispanii zyskali jedną pozycję, dzięki czemu i ukończyli wyścig – Senna był 15., Yamamoto miejsce niżej, tracąc do reprezentanta Red Bull Racing odpowiednio dwa i trzy okrążenia.