Algunos de los mensajes transmitidos por los niños presagiaban guerras y calamidades en el mundo. Según el relato de Lucía, el 13 de julio de 1917, les fue confiado a los niños el llamado «secreto de Fátima», dado a conocer por la Santa Sede durante el pontificado de Juan Pablo II. Después del relato de la tercera aparición, que incluyó la revelación del «secreto de Fátima», los niños fueron secuestrados por mandato del alcalde de Vila Nova de Ourém y sometidos a castigos físicos con el objetivo de que revelaran el contenido de ese mensaje.