В 1903 году Общество вновь передает зоосад в аренду — директору сада И. А. Антушевичу, и опять это лишь ухудшает состояние дел. Во время вооружённых столкновений на Пресне осенью 1905 года зоосад оказался в центре революционных боев и сильно пострадал: был разрушен недавно построенный Аквариум, сожжены многие деревянные здания, сгорели архивы и библиотека, погибли многие животные.