2002 FIFAワールドカップ 日韓大会では10番の背番号を与えられ、グループステージのエクアドル戦とクロアチア戦でクリスティアン・ヴィエリのそれぞれ先制点をアシストしたにも拘わず、その低調なパフォーマンスは国内のメディアの批判に晒された。決勝トーナメント・ラウンド16の共催国の韓国戦では、延長戦で彼が倒れたプレーが疑惑の判定でシミュレーションをとられ退場（後にFIFAが誤審を認める）となり、その他数々の疑惑の判定の末にイタリアは敗北し、トッティは「審判を代えて、最初からワールドカップをやり直すべきだ」と怒りを顕にした。またポルトガルで開催されたEURO2004では、グループステージ初戦のデンマーク戦で、DFのクリスティアン・ポウルセンの顔面に唾を吐いたシーンが映像に残ったため3試合の出場停止処分を受け、チームもグループステージで敗退したため活躍できなかった。