Scharnhorst va ser cridat al Quarter General del Rei, va rebutjar un lloc de grau més elevat, però va ser nomenat Cap d'Estat Major de Blücher, que tenia plena confiança en el seu vigor. El príncep rus Wittgenstein va quedar tan impressionat per Scharnhorst que va demanar li fos assignat temporalment com el seu cap d'estat Major, la qual cosa Blucher va consentir. En la primera batalla a Lützen o Gross-Gotschen (2 de maig de 1813), Prússia va sofrir una derrota, però va ser una derrota molt diferent de les que Napoleó havia infligit fins al moment. Els francesos no van aconseguir perseguir als derrotats, per la qual cosa la victòria no es va completar. En aquesta batalla Scharnhorst va rebre una ferida al peu, que no era greu, però que de sobte es va tornar mortal a causa de les fatigues de la retirada de la Batalla de Dresde, i va morir el 28 de juny de 1813 a Praga, on s'havia detingut per negociar amb Carles Felip de Schwarzenberg i Joseph Radetzky Radetz a causa de la intervenció armada d'Àustria. Poc abans de morir va ser promogut a Tinent General. Frederic Guillem III va ordenar erigir a Berlín una estàtua en la seva memòria, esculpida per Christian Daniel Rauch.