Junek debütierte am 15. September 1929 beim 1:2 gegen Österreich in Wien in der tschechoslowakischen Nationalmannschaft. Danach gehörte der Stürmer fünf Jahre lang zum Stammaufgebot der ČSR. Im Sommer 1934 gehörte er zum tschechoslowakischen Aufgebot bei der Weltmeisterschaft in Italien, das erst im Finale Gastgeber Italien mit 1:2 nach Verlängerung unterlag. Junek kam in allen vier Spielen zum Einsatz.