In 1509 werd Tripoli door de Spanjaarden veroverd die er een Spaanse gouverneur aanstelden. Keizer Karel V schonk de stad in 1530 aan de Orde van Malta, maar in 1551 werd Tripoli veroverd door Turken onder leiding van Turgut Reis, die vervolgens van de sultan de titel bey van Tripoli kreeg. Vanuit de stad opereerden in de daaropvolgende eeuwen vele Barbarijse zeerovers. Ter bestrijding van de zeerovers voerden de Verenigde Staten begin negentiende eeuw de Eerste Barbarijse Oorlog tegen het inmiddels semi-onafhankelijke Tripoli.