Nach dem deutschen Überfall im September 1939 wurde die Universität von der deutschen Besatzungsmacht geschlossen, 183 Professoren wurden im Zuge der Sonderaktion Krakau verhaftet, ein Teil von ihnen starb in Konzentrationslagern. Wojtyła führte seine Studien in der Untergrunduniversität fort, wurde aber zwangsweise zum Baudienst im Generalgouvernement herangezogen und war in einem Steinbruch sowie vom Frühjahr 1942 bis August 1944 in einer Chemiefabrik eingesetzt; so konnte er seine Deportation zur Zwangsarbeit nach Deutschland verhindern.