Pokój z Francją nie trwał długo. W 1799 powstała II koalicja antyfrancuska, w skład której weszły Austria, państwa niemieckie, Wielka Brytania, Neapol, Rosja i Turcja. Wojska austriacko-rosyjskie odniosły pewne sukcesy we Włoszech, ale w 1799 Rosja wycofała się z wojny po fiasku wyprawy na Zurych. Przyczyniła się do tego niekompetencja austriackich generałów, którzy wyposażyli rosyjskiego dowódcę Suworowa w niedokładne mapy, w efekcie czego Suworow pobłądził w Alpach. W 1800 Napoleon zadał Austriakom klęskę pod Marengo i wyrzucił ich z Italii. Niepowodzenia wojenne spowodowały upadek Thuguta. Jego miejsce zajęli na krótko Ferdinand von Trauttmansdorff, potem Johann Ludwig von Cobenzl, który przystąpił do rokowań z Francją. Ich owocem był podpisany 9 lutego 1801 pokój w Lunéville.