Το 2000, μετά την κακή πορεία της Γερμανίας στο Ευρωπαϊκό Πρωτάθλημα Ποδοσφαίρου 2000, o Φέλερ ορίστηκε προπονητής της εθνικής Γερμανίας και τη βοήθησε να φτάσει μέχρι τον τελικό του Μουντιάλ 2002. Μαζί με τους Μάριο Ζαγκάλο, Φραντς Μπεκενμπάουερ και Ντιντιέ Ντεσάν, ο Φέλερ έχει τη διάκριση ότι έφτασε στον τελικό του Παγκοσμίου Κυπέλλου τόσο ως παίκτης όσο και ως προπονητής. Μετά τον αποκλεισμό στη φάση των ομίλων στο Ευρωπαϊκό Πρωτάθλημα Ποδοσφαίρου 2004, παραιτήθηκε από τη θέση. Το 2004 ήταν για μικρό χρονικό διάστημα προπονητής της Ρόμα και το 2005 της Μπάγερν Λεβερκούζεν, της οποίας αποτελεί έκτοτε αθλητικό διευθυντή.