Юстина Будзінська народилась12 вересня 1867 року в Сувалки, яка в той час входила в склад Російської імперії у родині Ядвіги та Альфонса Будзінських. Її батько був ветеринаром, який брав участь у Січневому повстанні проти російської окупації Польщі, а згодом був депортований до Сибіру, де і помер. Вимушена заробляти собі на життя з раннього дитинства, Будзінську відправили до Варшави і відвідувала жіночий інтернат, закінчивши середню школу після закінчення навчання за сумісництвом. Отримавши медичну освіту та впродовж семи років практикуючись у Парижі, вона повернулася до Польщі та займалася медициною у Варшаві. Вона згодом працювала у міській раді Варшави і брала участь у соціальних заходах для покращення стану здоров'я та політичної участі жінок. Однією з таких ініціатив було відкриття першої в Польщі клініки контролю народжуваності, а іншою — заснування Асоціації польських жінок-лікарів. Вона брала участь у міжнародних феміністичних конвенціях та конгресах.