Después de recuperarse fue enviado a tomar parte del Ejército del Rhin bajo las órdenes del Archiduque Carlos, Duque de Teschen. El 11 de mayo de 1796 fue ordenado caballero en la Orden Militar de María Teresa. En septiembre de 1796 Weyrother fue transferido al norte de Italia donde luchó en la batalla de Bassano bajo el comando de József Alvinczi. Durante la campaña de 1799 sirvió como jefe de estado al general Pál Kray, y fue distinguido en Legnano (26 de marzo), Magnano (abril 5) y en la Batalla de Novi (1799). Por su conducta en esas batallas fue mencionado en las cartas que Alexander Suvorov envió al Emperador, fue promovido a coronel y le fue otorgado el comando del séptimo Regimiento de Infantería. En la Batalla de Hohenlinden, Weyrother sirvió como jefe de estado al Archiduque Johann de Austria.