We wrześniu 1939 roku wszystkie okręty podwodne wzięły udział w obronie Wybrzeża, nie prowadząc jednak działań ofensywnych do czego były predestynowane, lecz realizując na małym obszarze typowo defensywne plany operacyjne „Worek” oraz „Rurka”, „okrężnej obrony” Helu jako głównej bazy Floty. W rezultacie, w pierwszych dniach wojny wszystkie jednostki dywizjonu były wykrywane, śledzone i atakowane przez małe okręty nawodne i lotnictwo, a incydentalnie także przez U-Booty, co doprowadziło do licznych uszkodzeń okrętów i pogorszenia stanu psychicznego załóg, a w konsekwencji do internowania ORP „Żbik” „Ryś” i „Sęp” w Szwecji, natomiast ORP „Wilk” i „Orzeł” zdołały przerwać niemiecką blokadę i przedostać się do Wielkiej Brytanii, co zakończyło istnienie dywizjonu.