В XVI—XVII веках Ужгород, ставший после битвы при Мохаче крайним восточным форпостом Габсбургской Австрии на границе с Трансильванией, быстро развивался в экономическом плане, но, вместе с тем, стал ареной противостояния православия, католицизма и протестантизма. В результате, в 1646 году была провозглашена Ужгородская уния, давшая начало грекокатолицизму в Закарпатье. В 1707 году город стал резиденцией Ференца II Ракоци, предводителя национально-освободительной войны венгерского народа. Именно в Ужгородском замке он вёл переговоры с послами Петра Великого и Людовика XIV. В 1775 году, по решению императрицы и королевы Марии-Терезии, в Ужгороде был расположенный центр полноправной греко-католической епархии, которая объединяла 13 комитатов тогдашней Венгрии. Город превратился в крупный региональный духовный и культурный центр; для нужд епархии были переданы Замок и большая часть замкового холма, где были расположены административные, учебные, жилые и культовые сооружения. Революционные традиции сохранялись в Ужгороде и в XIX веке — 27 марта 1848 года жители города поддержали венгерскую революцию.