Depuis sa ville d'origine, il observe les évènements chaotiques de la première guerre civile des musulmans entre les soutiens d'Ali, qui fait de Koufa sa capitale, et la majeure partie des Quraysh qui s'opposent à son califat. Lorsqu'Ali et Mu'awiya ibn Abi Sufyan, le gouverneur de Syrie ayant pris fait et cause pour venger la mort de son parent omeyyade Othman, décident de suspendre la bataille de Siffin pour recourir à un arbitrage en 657, al-Mughira, sans y être invité par les parties, assiste aux entretiens à .