Wydarzenia roku 1471 miały poważne konsekwencje dla Małgorzaty i jej syna. 4 maja w bitwie pod Tewkesbury zginęli lancasterski następca tronu, książę Edward, oraz kuzyn Małgorzaty, książę Somerset. Niedługo potem zabity został król Henryk VI. Z braku innych kandydatów stronnicy Lancasterów uznali za prawowitego króla syna Małgorzaty, Henryka, który po klęsce uciekł wraz ze stryjem Jasperem do Bretanii. W tym samym roku Małgorzata owdowiała i ok. października 1473 r. poślubiła Thomasa Stanleya, 2. barona Stanley (1435 – 29 lipca 1504), syna Thomasa Stanleya, 1. barona Stanley, i Joan Gousell, córki sir Roberta Gousella. Również i to małżeństwo pozostało bezdzietne.