ספרו המפורסם "עור שחור, מסכות לבנות" (Peau noire, masques blancs) ראה אור שנה לאחר מכן, בשנת 1952. בשנת 1953 נישא פנון לג'וס דבל (Jose Duble), אישה לבנה ממוצא צרפתי. באותה שנה עבר לאלג'יריה והחל לכהן כראש המחלקה הפסיכיאטרית בבית החולים בלידה-ג'ונוויל (Blida-Joinville). בשנת 1954, במהלך שהותו שם, פרצה המלחמה לשחרור אלג'יריה. בשנתיים הראשונות למלחמה הוא המשיך בתפקידו ובמקביל סייע לכוחות המורדים. בעקבות המלחמה החל פנון לטפל בו זמנית גם בחיילים הצרפתים שהיו מעורבים בעינויים וגם בקורבנות האלג'יראים שעונו. ההיחשפות לתופעות העינויים ולסיפורים האישיים של מטופליו זעזעה את פנון ובשנת 1956 הוא התפטר מתפקידו.