Elneny on edustanut Egyptiä nuorten maajoukkuetasolla. Vuoden 2012 kesäolympialaisissa Lontoossa hän pelasi kaikissa Egyptin otteluista joukkueen selviytyessä puolivälieriin. Egyptin jalkapallomaajoukkueessa hän debytoi jo syyskuussa 2011 Sierra Leonea vastaan. Avausmaali syntyi kesäkuussa 2014 ystävyysottelussa Jamaikaa vastaan. Hän teki Egyptin ainoan maalin tappiollisessa Afrikan-mestaruuskilpailujen 2017 loppuottelussa Kamerunia vastaan. Hän pelasi turbauksessa neljä ottelua. Hän pelasi Egyptin kaikki kolme ottelua MM-kilpailuissa 2018 ja neljä ottelua Afrikan-mestaruuskilpailuissa 2019.