După Criza Suezului și Războiul din Sinai s-a ivit un conflict acerb între al-Husseini și Nasser, care a dus la publicarea în august 1959 a unor articole ostile față de Hadj Amin în presa egipteană, care l-a acuzat de a fi avut un rol în soarta arabilor palestineni, și a cauzat părăsirea de către acesta a Egiptului. În 1960 al-Husseini s-a exilat în Liban, unde vreme de doi ani a benficiat de ajutoare din partea Irakului. În 1962 el a publicat în Liban încă sub titulatura de președinte al Înaltului Comitet Arab din Palestina, a declarație de principii a acestui Comitet. Această declarație a reprezentat o bază pentru viitoarele Convenții ale Organizației pentru Eliberarea Palestinei.