Während des Deutsch-Dänischen Krieges 1864 führte Jachmann als Chef des Stationskommandos der Ostsee die Seestreitkräfte in der Ostsee und war zusätzlich noch Kommandant der Dampfkorvette SMS Arcona. Er leitete am 17. März 1864 auf preußischer Seite das Seegefecht bei Jasmund (Rügen), worauf er zum Konteradmiral ernannt wurde. Nach dem Krieg wurde er zum Chef der Marinestation der Ostsee in Kiel und leitete auch alljährlich das Übungsgeschwader in der Nord- und Ostsee. 1867 wurde er Präses des Marineministeriums und 1868 zum Vizeadmiral befördert. Außerdem war er ab 1867 preußischer Bevollmächtigter des Bundesrates des Norddeutschen Bundes. Während des Deutsch-Französischen Krieges 1870/71 war Jachmann Oberbefehlshaber in der Nordsee.