La sua presidenza attraversò diversi momenti difficili, molti dei quali dovuti a divergenze con Garri Kasparov: l'inimicizia tra il filippino ed il campione azero risale all'epoca del match del 1984 con il palio il titolo mondiale tra Karpov e Kasparov, interrotto a causa dell'eccessiva durata. Il dissidio esplose definitivamente nel 1993, quando Kasparov, accusando la FIDE di incapacità nel reperire fondi e nel tutelare l'interesse del gioco e dei giocatori, abbandonò la federazione e ne fondò una propria, denominandola Professional Chess Association (PCA).