Válka začala roku 492 př. n. l., kdy si vojevůdce Mardonios podmanil Thrákii a Makedonii – velká část perského loďstva však během výpravy ztroskotala u Athosu. V roce 490 př. n. l. vyrazila do boje nová expedice, vedená významným velmožem Dátidem a královým synovcem Artafernem. Při ní Peršané dobyli Eretrie a její obyvatelstvo deportovali do Elamu, střetnutí s Athéňany však pro ně dopadlo špatně – zkušený vojevůdce Miltiadés porazil a zahnal na útěk jejich vojsko u Marathónu (září 490 př. n. l.). Přestože bitva neznamenala z vojenského hlediska žádnou katastrofu, velmi posílila řecké sebevědomí, což mělo mít v budoucnu vážné následky.