Auch wenn die Zitadelle eine wichtige Verteidigungsfunktion im westlichen Teil des russischen Reiches übernehmen sollte, war der Zeitpunkt ihres Baues und ihrer Lage (mit direktem Schussfeld auf Warschaus Alt- und Neustadt) ein Element der Einschüchterung und Unterdrückung der polnischen Unabhängigkeitsbewegung des 19. Jahrhunderts. So wurde die Zitadelle von Anfang an nicht nur zur Stationierung russischer Truppen (im Frieden rund 5.000 Mann, während des Januaraufstandes wurde die Garnisonsstärke auf 16.000 Soldaten erhöht), sondern in erheblichem Umfang als Gefängnis für politische Häftlinge genutzt. Rund um den bis heute erhaltenen und als Museum genutzten X. Pavillon entstanden Gefängnisgebäude, in deren Zellen knapp 3.000 Häftlinge untergebracht werden konnten. In der Zitadelle wie auch an den Hängen zum Weichselufer wurden Hunderte von Häftlingen exekutiert. Ihrem Gedenken ist heute ein symbolischer Friedhof gewidmet.