Apabila Jepun menyerang China pada tahun 1937, Lee, yang dikenali dengan persekutuannya dengan Parti Kuomintang China, mengetuai Dana Bantuan China Selangor untuk menyokong China. Beliau kemudiannya menjadi Ketua Angkatan Pertahanan Pasif Kuala Lumpur pada tahun 1941. Berikutan usaha perang anti-Jepun, Lee terpaksa melarikan diri dengan keluarganya ke Mumbai melalui Chongqing ketika perang sampai Malaya pada tahun yang sama dan Jepun satu pemberian kepadanya.