Regresado a España, Fernández de Prada ascendió a Capitán del Cuerpo en 1863 y asistió a la batalla de Alcolea en septiembre de 1868, por la que se le concedió el empleo de Comandante, y ganó los grados de Teniente Coronel y de Coronel peleando contra los republicanos de Sevilla, Cádiz y Málaga.