In der Saison 2002/03 konnte Nystad mit dem deutschen Team mehrere Staffel-Weltcupsiege feiern. Aber auch in den Einzelwettbewerben gelang ihr der Anschluss an die guten Resultate des Jahres 2001. So erreichte sie unter anderem in Kiruna hinter Kristina Šmigun und Evi Sachenbacher-Stehle einen dritten Platz über 5 Kilometer Freistil und in Clusone hinter Marit Bjørgen einen zweiten Platz im Freistil-Sprint. Bei den Nordischen Skiweltmeisterschaften 2003 im Val di Fiemme startete Nystad mit Platz elf im Verfolgungswettbewerb. Im Staffelwettbewerb, zwei Tage später, gelang es ihr, aus einem Rückstand von 20 Sekunden auf Norwegen einen Vorsprung von 13 Sekunden zu machen. Sachenbacher-Stehle konnte den Sieg klar und deutlich nach Hause laufen. Auch im Sprintwettbewerb, der in der freien Technik ausgetragen wurde, erreichte Nystad wie bei den Olympischen Spielen 2002 den Finallauf. Diesmal musste sie sich jedoch nur der überragenden Marit Björgen den Vortritt lassen. Bei der Militärweltmeisterschaft 2003 in Rovaniemi gewann sie hinter Gabriella Paruzzi die Silbermedaille über 10 Kilometer Freistil. Am Ende der Saison belegte sie sowohl im Gesamtweltcup als auch im Sprintweltcup den siebenten Rang.