Im Zuge des sogenannten Röhm-Putsches wurde Lutze 1934 Nachfolger des am 1. Juli 1934 ermordeten Ernst Röhm als Stabschef der SA eingesetzt. Die SA, einiger entscheidender Köpfe beraubt, entfaltete unter seiner Führung innerhalb der nationalsozialistischen Organisationen nur noch wenig politische Wirksamkeit und verlor, besonders nach Ausgliederung der SS am 20. Juli 1934, schnell an Bedeutung. Im Vordergrund stand nach einem durch Säuberungen ausgelösten deutlichen Mitgliederrückgang die vor- und nachmilitärische Ausbildung. Damit war die SA zur Hilfstruppe der Wehrmacht degradiert. Im November 1938 aktivierte Lutze ein letztes Mal das Terrorpotential der SA, die als Träger der organisierten Pogrome gegen die jüdische Bevölkerung Deutschlands reichsweit eingesetzt wurde. 1939 erhielt Lutze eine Dotation in Höhe von 154.000 Reichsmark. Im April 1941 wurde er als Reichsleiter der NSDAP auf eigenen Wunsch von seiner Position als Oberpräsident in Hannover entbunden, sein Nachfolger dort war Hartmann Lauterbacher.