Efter att Frankrike givit upp släpptes Juin för att ta befäl över Vichyregimens trupper i Marocko. När de allierade landsteg i Nordafrika i november 1942 (Operation Torch) hjälpte Juin till att förhandla fram en lösning där inte de Vichyfranska trupperna kom i strid med de allierade. Snart tog Juin aktiv del i striderna mot Tyskland i Tunisien och i september 1943 blev han chef för det nyformerade förbandet Franska Expeditionskåren som deltog i fälttåget i Italien, bland annat i slaget om Monte Cassino och intåget i Rom. När expeditionskåren sattes in i södra Frankrike blev Juin utsedd till stabschef för den franska försvarsmakten. Efter kriget fortsatte Juin på diverse höga poster inom armén och NATO. År 1952 fick han fältmarskalkstaven och var då den ende levande marskalken av Frankrike.