През следващия сезон Индзаги печели и Серия А, но получава серия от тежки контузии, поради които отсъства от терените през по-голямата част от 2004 г. и 2005 г. Тези контузии идват в най-добрите години на Индзаги и не му позволяват да играе в множество решителни мачове като финала на Шампионската лига през 2005 г., пропуска и Европейското първенство през 2004 г., в чиито квалификации е голмайстор за Италия. Неговото отсъствие налага привличането на Ернан Креспо под наем за сезон 2004 – 2005 и трансфера на Алберто Джилардино през лятото на 2005 г.