En la temporada 2012-2013 queda eliminado en la 2.ª ronda de la Copa del Rey ante el Club Esportiu Constància en la tanda de penaltis (3-1) tras empatar a 1-1 en el campo mallorquín. En liga logra consolidar la categoría, tras un año de lesiones y la fuga al Granada en el mercado invernal de su pichichi Jona, se salva en la jornada 37.ª, a pesar de caer derrotado contra el Zamora C.F. por 1-0 y a falta de una jornada de la finalización de dicha temporada.