In der Nacht vom 9. auf den 10. November 1938 beteiligten sich die Emder NSDAP und die SA an den von der Reichsleitung der Nationalsozialisten befohlenen und den örtlichen Parteibefehlshabern organisierten Ausschreitungen gegen die Juden. Die Synagoge wurde niedergebrannt und alle männlichen Juden wurden in das Konzentrationslager Sachsenhausen deportiert, aus dem sie erst nach Wochen zurückkehren konnten. Die Diskriminierung hielt weiter an. Ende Januar 1940 führte eine Initiative ostfriesischer Landräte und des Magistrats der Stadt Emden zu der Weisung der Gestapo-Leitstelle Wilhelmshaven, wonach Juden Ostfriesland bis zum 1. April 1940 verlassen sollten. 1941 gehörte Emden zu den ersten zwölf Städten im Reich, aus denen Juden in den Osten deportiert wurden. Die letzten jüdischen Einwohner wurden 1942 deportiert.