Stojanovski absolvierte im November 2017 sein einziges Spiel für die mazedonische U21-Auswahl. Im September 2019 wurde er erstmals für die A-Nationalmannschaft nominiert. Sein Debüt für das A-Team gab er im November 2019, als er in der EM-Qualifikation gegen Österreich in der 13. Minute für den verletzten Aleksandar Trajkovski eingewechselt wurde. In jenem Spiel, das die Nordmazedonier mit 2:1 verloren, erzielte Stojanovski mit dem Treffer zum Endstand in der Nachspielzeit auch zugleich sein erstes Tor in der Nationaldress. Im November 2020 gelang es den Mazedoniern sich erstmals für eine EM zu qualifizieren. Für das im Sommer 2021 stattfindende Turnier wurde der Stürmer im Mai 2021 schließlich auch in den nordmazedonischen Kader nominiert, kam aber mit diesem nicht über die Gruppenphase hinaus.