Charles-Léon-"Édouard" Siebecker est issu d'un famille protestante originaire d'Alsace. Son père, François Siebecker, jeune officier de la Grande Armée, avait dû s'exiler en Russie après avoir pris part à la conspiration de Belfort en 1821. Devenu professeur à l'Académie impériale des beaux-arts, il avait alors épousé une fille d'expatrié français, Charlotte Delacroix-Lireau (ou Delacroix-Loreau), lectrice de la grande-duchesse Hélène. La famille rentre en Alsace après la Révolution française de 1830.