Od września 1939 roku do czerwca 1941 roku miasto znajdowało się pod sowiecką okupacją. W miejscowym więzieniu NKWD przeprowadzało liczne egzekucje. Po rozpoczęciu niemieckiej inwazji ZSRR większość więźniów pognano pieszo do Borysowa, mordując po drodze od 500 do 800 osób. W latach 1941–1944 Wilejka znajdowała się pod niemiecką okupacją. W latach 1945–1991 należała do Białoruskiej SRR.