Politiikasta Bouguereau ei juurikaan välittänyt. Hän otti poliittisesti kantaa kahdesti, ja kummallakin kerralla hän asettui kannattamaan Ranskan yläluokan pyrkimyksiä. Hän vastusti vuoden 1848 helmikuun vallankumousta, ja vuonna 1870 hän liittyi kansalliskaartiin taistellakseen Pariisin kommuunia vastaan. Osa Bouguereaun kollegoista, kuten Gustave Courbet, kannatti kommuunia. Hän sai myös julkista tunnustusta, kun hänestä tuli Taideakatemian elinikäinen jäsen vuonna 1876, ja Kunnialegioonan komentajan arvonimen vuonna 1885. Ne ovat korkeimmat taiteilijalle myönnettävät kunnianosoitukset.