In 2012 keerde hij terug in het Frans kampioenschap, maar nam ook deel aan een aantal IRC-rally's, met een derde plaats in de Azoren als beste resultaat. Bouffier was gedurende het seizoen ook nauw betrokken bij de ontwikkeling van de Peugeot 208 R2, waar later ook een R5-versie van zal verschijnen. Aan het begin van het jaar nam hij met de 207 S2000 ook deel in Monte Carlo, die inmiddels weer onderdeel was van het wereldkampioenschap rally. Bouffier zette daarin competitieve tijden neer, maar omstandigheden verhinderde hem uiteindelijk van een potentieel top tien resultaat. Bouffier werkte in 2013 met de 207 S2000 een programma af in het vernieuwde Europees kampioenschap, waarin hij begon met een bemoedigende tweede plaats tijdens de Jänner Rally. Daarnaast startte hij ook wederom in Monte Carlo, dit keer met een Citroën DS3 WRC geprepareerd door PH Sport. Hij won daarmee een klassementsproef en eindigde de rally als vijfde algemeen. Terug in het EK, en weer achter het stuur van de 207, wist hij zijn tweede klassieker uit zijn carrière op zijn naam te schrijven met een overwinning in Corsica.