Marko Tuomainen iniziò la sua carriera da giocatore di hockey su ghiaccio nella squadra della propria città, il KalPa, esordendo da professionista nella SM-liiga nella stagione 1989-90. Dopo un altro anno trascorso in Finlandia trascorse le quattro stagioni successive nella NCAA presso la Clarkson University. Nel corso di quegli anni fu selezionato in occasione dell'NHL Entry Draft 1992 al nono giro da parte degli Edmonton Oilers, squadra con cui esordì nella National Hockey League giocando quattro partite alla fine della stagione 1994-95. Nelle due stagioni successive Tuomainen giocò nei farm team degli Oilers in American Hockey League, i Cape Breton Oilers e gli Hamilton Bulldogs.