Kowalczyk démarre au niveau international en 2000 à l'occasion des Championnats du monde junior. L'année suivante, elle prend son premier départ en Coupe du monde à Cogne. Elle est médaillée d'argent en sprint aux Championnats du monde junior de 2003. Cette année, elle est sélectionnée pour les Championnats du monde à Val di Fiemme.