Spycher spielte seit 2002 für die Schweizer Fussballnationalmannschaft und nahm mit ihr an der Europameisterschaft 2004 in Portugal teil, bei der er in allen Spielen eingesetzt wurde. Er bekam von allen Schweizer Spielern bei diesem Turnier die besten Noten der Kritiker und sagte selbst: „Ich kann zufrieden mit meinen Leistungen an der EM sein. Trotzdem wäre es schöner gewesen, wenn wir erfolgreicher abgeschnitten hätten“. Die Schweiz schied nach zwei Niederlagen gegen England und Frankreich und einem Remis gegen Kroatien in der Vorrunde als Gruppenletzter aus. Spycher wurde auch in den Vorrundenspielen der Weltmeisterschaft in Deutschland 2006 gegen Südkorea eingesetzt. Bei der Europameisterschaft 2008 in Österreich und der Schweiz stand er erneut im Aufgebot der Schweiz, kam aber nicht zum Einsatz. Nach der Weltmeisterschaft 2010 in Südafrika wollte Spycher seine Nationalmannschaftskarriere beenden. Da er jedoch infolge einer Verletzung nicht teilnehmen konnte, beendete er seine Nationalmannschaftskarriere schon vorher.