Tras la proclamación de la República fue el líder del ala moderada del partido, ejerciendo el cargo de ministro del Interior, y oponiéndose a Afonso Costa. Los moderados eligieron a Manuel de Arriaga como primer presidente electo, el 24 de agosto de 1911, derrotando el candidato del Partido Democrático, Afonso Costa. António José de Almeida fundó su propio partido, el Partido Republicano Evolucionista en 1919, que se quedó en segundo lugar en las elecciones parlamentarias del mismo año, después del Partido Democrático. El 6 de agosto de 1919 Antonio José de Almeida fue elegido presidente de la República, el único de la Primera República que completó el cuatrienio. Se enfrentó a la gran inestabilidad política del régimen y estuvo a punto de dimitir.