בשנת 1578, הוא יצא למסע צלב נגד מרוקו, אך צבאו הובס בקרב אל-קסר אל-כביר וסבשטיאו עצמו נעלם בזמן הקרב. הוא נראה בפעם האחרונה כשהוא נלחם באומץ נגד אויביו, וההערכה היא כי נהרג בקרב וגופתו לא נמצאה. את סבשטיאו ירש אחי-סבו אנריקה.