במלחמת העולם השנייה הוא לחם בשורות צבא הודו הבריטית בזירת הים התיכון. לאחר חלוקת הודו על ידי הבריטים הוא היה לאזרח פקיסטן והצטרף אל הכוחות המזוינים שלה ולקח חלק בחדירה החשאית לקשמיר ההודית שהציתה את מלחמת הודו-פקיסטן השנייה ב-1965. ב-1969, לאחר שבאופן שנוי במחלוקת הוא מונה לפקד על הצבא, לקח ח'אן את תפקיד הנשיא על עצמו, הטיל משטר צבאי במדינה והשעה את החוקה. ב-1970, לאחר שהתקיימו לראשונה בפקיסטן בחירות כלליות, הוא עיכב את העברת השלטון לשייח' מוג'יבור רחמן שהצית את ההתנגדות האלימה במזרח פקיסטן והורה לרשויות בחלק זה של המדינה לדכא בכוח את המרידה שפרצה שם ושנחשבת כיום כרצח העם הבנגלי.