Emre Belözoğlu 31 Mayıs 2012 tarihinde yapılan resmi açıklamaya Atlético Madrid ile 2 yıllık sözleşme imzaladı. 31 Ağustos 2012 tarihinde Chelsea takımıyla oynanan ve 4-1 Atlético Madrid'in galibiyeti ile biten Süper Kupa maçı sonucunda Madrid ekibi kupayı müzesine götürmüştür. Emre böylece Galatasaray ile 2000 UEFA Süper Kupası'ndan sonra kariyerindeki ikinci Süper Kupa zaferini tatmış oldu. Atletico'ya geldikten sonra kendisi için ayrı bir öneme sahip olan 5 numaralı formanın dolu olmasından sonra Emre, Galatasaray'da ilk giymiş olduğu 21 numaralı formayı giydi.