По време на участието на България в окончателния разгром на хитлеристка Германия (1944 – 1945) е командир на Първа българска армия. Под негово командване тя достига най-далечния рубеж на българската войска – Австрийските Алпи. На 8 май 1945 в Клагенфурт генерал-лейтенант Стойчев подписва споразумение за демаркация с командващия Пети корпус от Осма британска армия ген. Чарлз Кейтли. Ген. Владимир Стойчев е част от българската делегация на Парада на победата на СССР над Третия райх в Москва, проведен на 24 юни 1945 г.