Wofford a précédemment voté contre la sécession, mais il offre ses services à son État et à l'armée confédérée. Il est nommé colonel dans la milice de l'État de Géorgie, puis capitaine dans le Georgia Infantry en . Le , Wofford est promu colonel, et sert en Caroline du Nord et en Virginie avant d'être affecté à la brigade du Texas du brigadier général John Bell Hood. Il participe aux combats à Yorktown, à Eltham's Landing, et à Seven Pines lors de la campagne de la Péninsule. Wofford et le combattent aussi lors de deuxième bataille de Bull Run et à Antietam, où il commande la brigade du Texas.