Κατά τη διάρκεια της κρίσης στο Μπεσλάν το 2004, η Πολιτκόφσκαγια έπεσε θύμα δηλητηρίασης, αφότου ήπιε τσάι σε μια πτήση της γραμμής, καθώς πήγαινε στο Μπεσλάν για να βοηθήσει στις διαπραγματεύσεις. Αρρώστησε βαριά, έχασε της αισθήσεις της και δεν κατάφερε να πάει στην περιοχή. Η αιτία της αρρώστιας δεν έχει προσδιοριστεί, σύμφωνα με την Επιτροπή για την Προστασία των Δημοσιογράφων.