Участвовал в боях Великой Отечественной войны с 23 июня 1941 года. Полк воевал на истребителях И-16 на Западном фронте в составе 47-й и 23-й смешанных авиационных дивизий. Свою первую победу капитан Павел Чупиков одержал уже на четвёртый день войны, сбил 25 июня 1941 года под Лепелем немецкий бомбардировщик в группе. В тяжелейших боях Приграничного сражения в Западной Белоруссии и Смоленского сражения полк лишился практически всех самолётов и был выведен на переформирование. После пополнения и переобучения на истребители ЛаГГ-3 30 августа 1941 года вновь вступил с полком в бой, но теперь уже на Южном фронте, где входил в состав ВВС 9-й и 57-й армий. В сентябре 1941 года назначен штурманом 170-го истребительного авиаполка. Участвовал в Донбасско-Ростовской оборонительной, Ростовской и Барвенково-Лозовской наступательных операциях, в Харьковском сражении, в Воронежско-Ворошиловградской оборонительной операции.