Одновременно с этим 12-14 июня 1941 года в соответствии с Постановлением ЦК ВКП (б) и СНК СССР от 16 мая 1941 года «О мероприятиях по очистке Литовской, Латвийской и Эстонской ССР от антисоветского, уголовного и социально опасного элемента» с западных приграничных территорий страны власти СССР осуществили серию депортаций, в результате которой вглубь страны было отправленно около 65 тысяч человек. По мнению Михаила Мельтюхова и Виктора Суворова, эта депортация была также подготовкой к нападению на Германию.