Z východní strany začal Osmanskou říši ohrožovat mocný uzbecký vládce s mongolskými kořeny a ještě krutější bojovník Timur Lenk (známý též jako Tamerlán). Bájezíd podcenil sílu svého nepřítele a utkal se s ním v bitvě u Ankary, kde však byl na hlavu poražen a sám sultán byl zajat. Pro osmanskou říši nastal kritický okamžik, známý jako osmanské interregnum. Bájezíd zemřel v uzbeckém zajetí za nevyjasněných okolností v roce 1403. Tamerlán po zpustošení Malé Asie zaměřil své dobyvatelské úsilí zpět na Dálný východ. Pět synů Bájezída se nebylo schopno dohodnout na společném sultánovi a každý z nich nárokoval trůn pro sebe. Nastala série vzájemných občanských válek, kdy většina těchto bratrů byla nakonec zabita. Teprve po jedenácti letech v roce 1413 se stal novým sultánem Mehmed I. a začal konsolidovat zničenou zemi. Následky této bratrovražedné války museli řešit ještě Mehmedovi nástupci Murad II. a také Mehmed II.