Im Februar 1982 wurde Jaromír Johanes zum stellvertretenden und dann zum Ersten stellvertretenden Außenminister ernannt, vom 12. Oktober 1988 bis zum 10. Dezember 1989 war er Außenminister. Kurz vor seinem Rücktritt nach der Samtenen Revolution von 1989 schlug er der Regierung noch vor, die Botschafter bei den 21 wichtigsten internationalen Partnern seines Landes auszutauschen. Sein Nachfolger im Amt, der frühere Dissident Jiří Dienstbier, setzte danach den Wechsel in der tschechoslowakischen Außenpolitik und im Wechsel des Diplomatencorps radikal fort.