17 серпня 1899 року, невдовзі після початку філіппінсько-американської війни, Першинг прибув до Маніли, де був призначений в департамент Мінданао і Холо і командував силами, що брали участь у придушенні філіппінського повстання. 27 листопада 1900 року Першинг був призначений генерал-ад'ютантом свого департаменту і прослужив на цій посаді до 1 березня 1901 року. За дії на річці Кагаян під час спроби знищити філіппінський опорний пункт у Макажамбо він був відзначений у наказі.