Впрочем, надолго в «Далласе» Ягр не задержался. 2 апреля он был обменян в «Бостон Брюинз» на Лейна Макдермида и Коди Пэйна, а также право выбора во втором раунде драфта-2013 (или первом, если «Бостон» дойдет до полуфинала Кубка Стэнли в 2013 году). Интересно, что и Макдермид, и Ягр (Пэйн ещё не дебютировал в НХЛ) забили по голу в своих дебютных матчах за новые команды. Правда, гол Ягра в игре против «Нью Джерси» оказался победным, а вот гол Макдермида лишь подсластил пилюлю поражения «Далласа» от «Анахайм Дакс». Вторая шайба Ягра за «медведей», заброшенная 21 апреля в ворота «Флориды Пантерз» стала 118-й победной шайбой Яромира в регулярных чемпионатах. По этому показателю он сравнялся с легендой «Брюинз» Филом Эспозито. «Бостон» дошёл до финала Кубка Стэнли, где уступил «Чикаго Блэкхокс», а Яромир лишь во второй раз за карьеру не забил ни одного гола в плей-офф (10 передач в 22 матчах). Примечательно, что Ягр сыграл в финале кубка Стэнли спустя 21 год, что в очередной раз сделало его рекордсменом НХЛ. Ранее этот рекорд принадлежал Гэри Робертсу, который играл в финале кубка Стэнли с интервалом в 19 лет (за «Калгари» в 1989 и за «Питтсбург» в 2008).