1902 übernahm Stephens ein Professur für Geschichte an der University of California, Berkeley und unterrichtete dort bis zu seinem Tode. Er engagierte sich im einflussreichen "Ausschuss der Sieben" der American Historical Association (AHA) sowie als Mitglied des Ausschusses für Geschichte und Statistik von Erdbeben von Kalifornien, das unter anderem Material über das Erdbeben von San Francisco 1906 zusammentrug. 1915 löste er Andrew C. McLaughlin als Präsident der American Historical Association und bekleidete diesen Posten bis 1916, woraufhin George Lincoln Burr seine Nachfolge antrat.