Tudo indicava que pouco faltava para que Bajazeto conquistasse Constantinopla e procedesse seu avanço em direção ao coração da Europa. Todavia, em 1401 levanta-se na Ásia um novo império mongol, liderado por Tamerlão. Este já havia conquistado boa parte da Ásia Central, todo o Irã e o Cáucaso, e invadira o leste da Anatólia, alcançando os Otomanos pela retaguarda. Bajazeto é obrigado a abandonar o assédio a Constantinopla e voltar todas as suas forças para a defesa da Anatólia. Em 20 de julho de 1402, Bajazeto é derrotado e capturado pelos mongóis na Batalha de Ancara. Morre no cativeiro em 1403, deixando um vazio no trono. Teve início uma fase de caos, que durou onze anos e quase resultou na divisão do império em três estados distintos (Trácia e Bulgária ao norte, Zona do Egeu ao sudoeste, e Anatólia ao leste).