Sau một chặng dừng ngắn tại Tân Châu Cảng, "Macdonough" khởi hành đi đến quần đảo Admiralty, đi đến Manus vào ngày 15 tháng 9 và bắt đầu làm nhiệm vụ hộ tống. Vào ngày 14 tháng 10, nó tháp tùng các tàu chở quân đi đến Leyte, Philippines, và ở lại đây trong suốt quá trình Trận chiến vịnh Leyte vào ngày 24-25 tháng 10. Nó quay trở lại Manus để hộ tống một đoàn tàu vận tải khác đi đến Leyte vào ngày 3 tháng 11, và sau khi quay trở lại Philippines đã tuần tra tại khu vực vịnh Leyte và phía Nam eo biển Surigao. Sang tháng sau, nó tiếp nối nhiệm vụ hộ tống vận tải; hoạt động từ Ulithi, nó bảo vệ các tàu chở dầu hạm đội cho các chuyến đi tiếp nhiên liệu tại khu vực Philippine, Đài Loan và biển Hoa Nam. Vào tháng 1 năm 1945, chiếc tàu khu trục lên đường quay trở về Xưởng hải quân Puget Sound để đại tu, vốn kéo dài đến ba tháng. Quay trở lại Ulithi, nó làm nhiệm vụ cột mốc radar ngoài khơi đảo này cho đến ngày 5 tháng 7, khi nó quay trở lại hoạt động hộ tống vận tải. Cho đến khi xung đột kết thúc, nó hộ tống tàu bè Đồng minh đi lại giữa Ulithi và Okinawa.