Urkundlich belegt ist, dass die Marienkapelle schon im Jahr 1408 baufällig war. Es wird angenommen, dass sie in den darauffolgenden Jahren erneuert wurde. In den folgenden Jahrhunderten wurde die Kapelle mehrmals schwer beschädigt, so 1430 durch die Hussiten, 1553 im Zweiten Markgrafenkrieg und 1633 durch schwedische Truppen im Dreißigjährigen Krieg. Großzügige Hilfen der Bevölkerung ermöglichten jedes Mal eine Instandsetzung. Im Jahr 1796, im Zuge des ersten Koalitionskrieges, brannte das gesamte Stadtviertel bis auf die Marienkapelle nieder. Die Bewahrung des Kirchleins ging als „Wunder der Marienkapelle“ in die späteren Erzählungen ein. Im Nachhinein wurde jedoch die Innenausstattung der Kapelle durch napoleonische Truppen teilweise zerstört. Der Bildhauer Friedrich Theiler (1748–1826) restaurierte um 1800 die Innenräume im spätbarocken Stil und gestaltete zusätzlich einige Skulpturen von großem künstlerischem Wert, wie beispielsweise die Strahlenmadonna, den hl. Sebastian und den hl. Johannes den Täufer. Im Jahr 1802 wurde die vormalige gebauchte Zwiebelhaube des Turms durch ein Spitzdach ersetzt.