Pendant la Seconde Guerre mondiale, Arrese se signala comme l’un des principaux zélateurs de l’Allemagne nazie. Il entretenait des contacts réguliers avec Hans Thomsen, chef du Parti nazi en Espagne, et avec Erich Gardemann, conseiller de l’ambassade d’Allemagne à Madrid, les assurant que la chute de Serrano Suñer entraînerait automatiquement une coopération accrue entre l’Espagne franquiste et l’Allemagne. Vers la fin de 1942, Arrese appartenait au groupe de personnalités politiques et militaires qui faisaient pression sur Franco à l’effet que l’Espagne s’engage dans la guerre aux côtés d'Adolf Hitler. Lorsqu’en novembre de cette même année eut lieu le débarquement allié en Afrique du Nord, Arrese fut— avec José Antonio Girón de Velasco et Carlos Asensio — parmi les ministres qui proclamèrent que c’était là le moment pour l’Espagne d’entrer en guerre. Cette position déclencha un vif débat et de fortes dissensions internes au sein du gouvernement franquiste ; quoi qu’il en soit, l’Espagne s’abstiendra finalement de prendre part au conflit.