Később a szövetségi kapitány, Giovanni Trapattoni szerette volna, ha Peruzzi eljön a válogatottal a 2002-es VB-re, mint 3. számú kapus, de ő ezt a nem túl megtisztelő feladatot visszautasította. Két év múlva, a portugáliai EB-n már a csapat tagja volt, de ismét csak 3. volt a sorban Buffon és Toldo mögött. Egészen 2004 áprilisáig (2000-től), egy Spanyolország elleni mérkőzésig Peruzzi nem játszott a válogatottban, majd ezután 2005 augusztusában, 2 VB-selejtezőn, a skótok és a fehéroroszok elleni meccseken helyettesítette a sérült Buffont.