ใน ค.ศ. 625 เขามีส่วนร่วมในยุทธการที่อุฮุด ซึ่งฝ่ายมุสลิมพ่ายแพ้และเขาได้รับบาดเจ็บ ก่อนเริ่มสงคราม ลูกชายของเขา [อับดุรเราะฮ์มาน อิบน์ อบีบักร์]] ในตอนนั้นยังไม่เข้ารับอิสลาม และอยู่ฝ่ายกุเรช เดินมาข้างหน้าและท้าดวล อะบูบักร์รับคำท้า แต่ท่านศาสดามุฮัมมัดหยุดเขาไว้ จากนั้น อับดุรเราะฮ์มานเผชิญหน้ากับพ่อเขาและบอกว่า "นายเล็งผมเป็นเป้าหมาย แต่ผมหลีกหนีไปจากเจ้า และไม่ฆ่าเจ้า" อะบูบักร์จึงตอบว่า "อย่างไรก็ตาม ถ้าเจ้าเล็งข้าเป็นเป้าหมาย ข้าจะไม่หนีไปจากเจ้า"