В национальной сборной Хорватии Бабич дебютировал 8 мая 2002 года в матче со сборной Венгрии (2:0). В 2004 году он был включен в состав хорватов на чемпионат Европы, но не провёл там ни одного матча. Через два года Бабич поехал на чемпионат мира в Германии уже в качестве игрока основного состава, и выходил на поле во всех 3 матчах команды на турнире.