Seit Bestehen der griechischen Nationalmannschaft bildeten die Spieler von Panathinaikos deren Rückgrat. Von den Nachwuchsmannschaften bis zur Herrenauswahl gehörten Spieler wie Linoxilakis, Ikonomopoulos, Domazos, Saravakos, Basinas oder Karagounis zu den Leistungsträgern. Als besonders erfolgreich zeigt sich PAO auch bei seiner Jugendarbeit. So standen beim Europameister 2004 Griechenland mit Basinas, Chalkias, Karagounis und Goumas gleich vier Spieler im Kader, die aus der eigenen PAO-Jugend stammen. Mit Nikopolidis, Seitaridis, Fyssas, Georgiadis und Papadopoulos waren fünf weitere Spieler im Kader, die bei Panathinaikos unter Vertrag standen oder dort ihren großen Durchbruch schafften.