Спустя всего год после победы на Гран-при Австралии 2008 года с поул-позиции Хэмилтон начал свой сезон со второго с конца ряда стартового поля. После проблем с коробкой передач в квалификации на первом этапе Гран-при Австралии 2009 года в McLaren решили заменить коробку передач, и получили штраф в пять позиций. Хэмилтон продвинулся на восемнадцатое место после штрафа пилотов Toyota Тимо Глока и Ярно Трулли за гибкое заднее антикрыло. Стартовав с 18-го места Хэмилтон совершил много обгонов. После середины дистанции казалось, что у Хэмилтона есть шансы финишировать с очками. После некоторых ключевых обгонов Хэмилтон извлёк выгоду из аварии пилота Red Bull Себастьяна Феттеля и пилота BMW Sauber Роберта Кубицы, переместившись на четвёртое место, на котором он первоначально и финишировал. Он получил третье место после штрафа Ярно Трулли за обгон Хэмилтона во время нахождения на трассе автомобиля безопасности. Во время слушаний стюардов после гонки, Хэмилтон и представители McLaren говорили стюардам, что не давали приказа пропустить Трулли, но воспроизведение записи переговоров McLaren показало, что это не так. Хэмилтон был дисквалифицирован за намеренное введение в заблуждение стюардов гонки.