El Cerrito a été fondée par les réfugiés du séisme de 1906 sur les terres du ranch San Pablo. En 1909, un premier bureau de poste est ouvert et le nom du village est modifié en Rust, d'après William R. Rust, le premier postier. Cependant, le nom n'est pas apprécié parmi les habitants et est alors changé en El Cerrito en 1916. Un an plus tard, El Cerrito est incorporé en tant que "village" et compte habitants. Le nom signifie « petite colline » ou monticule.