Nell'ultima parte del decennio, Toyoda riprese mansioni di alta responsabilità all'interno del Ministero della marina e alla fine del 1930 assunse il comando della nave da battaglia ; contrammiraglio dal 1931, fu integrato nello stato maggiore generale e poi in quello della Flotta Combinata. Di riconosciuta competenza amministrativa, fino al 1937 occupò posizioni centrali nell'apparato burocratico e militare della marina nipponica. Alla fine degli anni trenta comandò in successione la 4ª Flotta e la 2ª Flotta e nel periodo 1939-1941 fu Direttore del Comando di costruzioni navali. Nel settembre 1941, promosso ammiraglio, fu posto a dirigere il 2º Distretto navale (Kure). Affossatore di una guerra contro gli Stati Uniti, Toyoda rimase lontano dalla partecipazione diretta alla guerra in Asia e nell'Oceano Pacifico e sino al maggio 1944 ricoprì comandi in patria. Il 5 maggio fu nominato successore dell'ammiraglio Mineichi Kōga a capo della Flotta combinata: in quanto tale, Toyoda fu responsabile della pianificazione di due grandi operazioni, "A-Gō" e "Shō-Gō", che provocarono rispettivamente i disastri del Mare delle Filippine (19 giugno) e del Golfo di Leyte (23-26 ottobre); insistenti pressioni da parte dell'esercito e il pericolo incombente di sbarco alleato in Giappone lo convinsero, inoltre, a varare nell'aprile 1945 la disperata operazione Ten-Go, terminata con la perdita della nave da battaglia .