Il 19 giugno 2019, in seguito alle dimissioni di Luis Enrique per gravi problemi familiari, viene nominato commissario tecnico della nazionale spagnola (che aveva già guidato per alcune partite ad interim in assenza di Luis Enrique) con un contratto valido fino al campionato europeo del 2020. Il 19 novembre successivo, dopo aver condotto la nazionale alla qualificazione al campionato europeo, lascia il posto al rientrante Luis Enrique, in aperta polemica con la decisione della federcalcio spagnola di richiamare quest'ultimo e con Luis Enrique stesso.