Po wybuchu II wojny światowej, gdy Niemcy wkroczyli do Haczowa 8 września 1939 i rozpoczęła się okupacja, wspierał duchowo, moralnie i finansowo parafian. Zwracał uwagę na niemoralne zachowania się żołnierzy niemieckich, odmawiał im kwaterowania na plebanii. Ta postawa polskiego kapłana doprowadziła do jego aresztowania 19 czerwca 1940. Początkowo więziony był w więzieniu w Sanoku, a potem przewieziony został do Tarnowa, a stamtąd 30 sierpnia 140 do niemieckiego obozu koncentracyjnego Auschwitz-Birkenau (tam otrzymał numer obozowy 3319), skąd trafił do Sachsenhausen (KL) i ostatecznie do Dachau, gdzie otrzymał numer więźniarski 22242. Przez dwa lata pobytu w obozie poddawany był torturom przez niemieckich strażników.