Im folgenden Jahr 1644 kommandierte Enghien die französischen Armeen in Deutschland. Gemeinsam mit Maréchal de Turenne (1611–1675) führte er die blutige Schlacht bei Freiburg (3. bis 9. August 1644) und drängte die bayerische Armee vom Rhein ab. Durch diesen Erfolg fielen wichtige Festungen an Frankreich. Auch im folgenden Jahr operierten Turenne und Enghien gemeinsam und besiegten erneut die kaiserlichen und bayerischen Truppen in der Schlacht bei Alerheim (3. August 1645). Diese beiden Siege kosteten die französischen Streitkräfte jedoch große Verluste und wurden deshalb in Paris wenig enthusiastisch aufgenommen. Bei Hofe kam Kritik an Louis d’Enghien auf.