Zuřila občanská válka a tak byl Novikov v roce 1919 povolán do Rudé armády, konkrétně k 27. privolžskému pluku do Nižného Novgorodu a protože se osvědčil, byl o rok později poslán do velitelského kurzu. V témže roce se stal i členem Komunistické strany. Po jeho absolvování sloužil jako zástupce velitele pluku u 43. střelecké divize 7. armády u Petrozavodsku, odkud byl převelen přesně v době vypuknutí vzpoury námořníků v Kronštadtu ke 128. střelecké brigádě v Petrohradu. Po počátečních neúspěšných pokusech byl k jejímu potlačení povolán Michail Tuchačevskij. Novikov byl načas od brigády odvelen do jeho štábu a zodpovídal za průzkum v jednom ze sektorů. Po ukončení bojů v březnu 1921 se ke 128. brigádě vrátil.