В 1690 году с изгнанием турок и ликвидацией независимого Трансильванского княжества, Хайдушаг был включён в состав Венгерского королевства Габсбургов. Определённые привилегии жители Хайдушага ещё некоторое время сохраняли, однако их значение с усилением централизации и унификации постепенно падало. Тем не менее, наряду с Куншагом и Ясшагом, Хайдушаг оставался одним из трёх автономных регионов Венгрии. В 1849 году Дебрецен стал на короткое время столицей Венгрии, когда сюда перебралось венгерское революционное правительство Лайоша Кошута и венгерский парламент. А после образования Австро-Венгрии административный статус Хайдушага был пересмотрен: его привилегии ликвидированы и в 1876 году был образован комитат Хайду с центром в Дебрецене.