Nach dem Ausbruch des Zweiten Weltkrieges musste Marusarz Polen verlassen und floh über Ungarn nach Griechenland, wo er das polnische Passagierschiff "SS Warschau" betreten konnte, welches im Zweiten Weltkrieg benutzt wurde, um polnische Soldaten und Flüchtlinge zu evakuieren. Marusarz diente anschließend der Marine und war an Bord der SS Warschau, als das Schiff am 26. Dezember 1941 vor der libyschen Küste von zwei deutschen Torpedos getroffen wurde. Andrzej konnte sich retten und segelte in der folgenden Zeit unter anderem als Steuermann alliierter Konvois, darunter auch auf Schiffen, die an den Operationen Torch in Nordafrika und Overlord in der Normandie beteiligt waren.