国共内战时期，任晋察冀军区“冀晋（赵尔陆）纵队”司令员兼政治委员。1946年1月任北平军事调处执行部驻张家口第五小组中共少将代表，9月任晋察冀军区参谋长。1948年5月9日，成立华北军区任参谋长兼后勤司令员。赵尔陆参与华北地区多次重大战役，并全面负责组织清风店、石家庄、太原等战役的后勤保障工作。曾参与平津战役的策划和指挥。1949年3月，任第四野战军兼华中军区（后改中南军区）第二参谋长，参与指挥广西战役和湘、粤、桂的剿匪作战。