Jak začal pro Bousqueta 2009 v červenci v Římě skvěle, skončil ještě lépe na prosincovém Mistrovství Evropy v krátkém bazénu 2009, které hostil turecký Istanbul. Zde získal plnou sbírku medailí, a sice dvě zlata na 50m volný způsob (20,53) a 4×50 volný způsob, stříbro na 50m motýlek (22,17) a bronz na 4×50 metrů polohový závod.