В декабре 1894 года был арестован за печать и распространение нелегальной литературы, находился всё это время в одиночном заключении в Таганской тюрьме до марта 1897 года, занимаясь самообразованием. В феврале 1897 года был приговорён «по высочайшему повелению» к ссылке на 5 лет в Якутию — в Колымский край. В конце 1898 года был освобождён из тюрьмы в Олёкминске, где работал врачом на золотых приисках. Затем в Колымском крае в городе Средне-Колымске, где инициировал создание больницы, изучал специфику местных заболеваний. По возвращении из ссылки, с октября 1903 по 1906 год вёл революционную работу в Москве, при этом с июня 1904 года после ареста Баумана по 1905 год второй раз был в ссылке в Твери. Работал врачом на Морозовской Тверской мануфактуре, вёл нелегальную политическую деятельность. Вернулся в Москву 9 января 1905 года. Вместе с В. А. Обухом Мицкевич организовал в Москве по предложению комитета РСДРП лекторскую группу, действовавшую в городе при Московском Комитете РСДРП с марта 1905 по 1907 год. Был участником Декабрьского вооружённого восстания в Москве.