In Union mit Spanien wurde Portugal auch in den Niederländischen Unabhängigkeitskrieg hineingezogen, zwischen 1602 und 1662 eroberten die Niederländer trotz eines portugiesischen Seesieges bei Kap Rachado (1606) und zweier portugiesisch-spanischer Siege vor Bahia (1625 und 1631) Teile der portugiesischen Kolonien Brasilien (1630–1654), Elmira (1637), Malacca (1641), Angola (1641–1648, außer Luanda), die Molukken (1653), Ceylon (1658) sowie die indische Malabarküste (1662, außer Goa); Goa, Luanda und Macau wurden belagert. Die Niederlagen gegen die Engländer im Seegefecht vor Suvali (1612) und gegen die Niederländer vor Malacca (1641) markierten das Ende der portugiesischen Seeherrschaft im indischen Raum, auch Perser und Araber schüttelten die portugiesische Herrschaft an ihren und den ostafrikanischen Küsten ab (1698, außer Mocambique). In Europa jedoch, wo die Niederländer den vereinten Spaniern und Portugiesen noch 1639 in der Seeschlacht bei den Downs eine weitere folgenschwere Niederlage beigebracht hatten, bildeten die Niederlande und Portugal seit 1641 eine Allianz gegen Spanien, eine vereinte Flotte unterlag aber 1641 den Spaniern in einer Seeschlacht vor Kap St. Vincent.