ביקורו של פיוטר נקטע בשנת 1698, כשנקרא לסור בדחיפות לרוסיה על מנת לדכא את מרד החיילים במוסקבה. אלא שהמרד דוכא עוד לפני שובו של הצאר, במחיר הרוג בודד. למרות זאת, לא גילה פיוטר רחמים כלפי המורדים. יותר מ-1,200 מהם עונו והוצאו להורג, כשפיוטר עצמו נמנה עם המוציאים להורג. הסטרלצים פוזרו, ומושא הערצתם - סופיה, אחותו למחצה של פיוטר - הוכרחה להצטרף למנזר. בשובו לרוסיה התגרש באופן רשמי מאשתו, הצארינה יבדוקיה לופוחינה, אותה גירש למנזר שנים קודם לכן. היא ילדה לו שלושה בנים, אולם רק אחד - יורש העצר אלכסיי שרד מעבר לגיל ההתבגרות, הואשם בבגידה ונפטר במעצר.