Laut Mark Wischnitzer gibt es erst im Mittelalter wieder Berichte über die Juden in Persien. Nach der Eroberung Persiens durch die muslimischen Araber im 7. Jahrhundert wurden Synagogen im Lande in Moscheen umgewandelt. Um der Konversion zu entgehen, wanderten viele Juden aus, während es bald darauf auch wieder Einwanderung von Juden gab. Im 12. Jahrhundert gab es in Persien laut Benjamin von Tudela die größten jüdischen Gemeinden in Isfahan mit 15.000 Juden und in Hamadan mit 50.000 Juden. Die Massaker der Armeen Timur Lenks in Hamadan und Isfahan nach der Eroberung 1387 wirkten sich verheerend auf die jüdischen Gemeinden aus. So konnte sich die jüdische Gemeinde von Hamadan nicht mehr erholen, während mit dem erneuten Aufstieg der Stadt Isfahan als Metropole des Handels zwischen Indien und Europa hier wieder jüdisches Gemeindeleben entstand. Die Isfahaner Juden führten ihre Abstammung auf die vom babylonischen König Nebukadnezar II. ins babylonische Exil verschleppten Juden zurück, während nach einer anderen Legende aus dieser Zeit der jüdische König Salomo mit seinem Minister "Assaf" die Stadt Isfahan gegründet haben soll.