היחידה הוקמה בנובמבר 1939 על בסיס היחידות שהיו ממוקמות באזור לנינגרד. ב-30 בנובמבר 1939 היא החלה את השתתפותה במלחמת החורף. בחורף 1939/1940 היא הובסה בקרב סואמוסאלמי. בעקבות התבוסה, חלק ממפקדי יחידות הבכירים הוצאו להורג. לאחר סיום מלחמת החורף הארמייה התשיעית הועברה לדרום והשתתפה בהסיפוח הסובייטי של בסרביה ובוקובינה הצפונית. ב-10 ביולי 1940 הארמייה פורקה.