Im nächsten Jahr war die kaiserlich-bayerische Armee unter Mercys Oberbefehl auch in der Schlacht bei Herbsthausen vom 5. Mai 1645 erfolgreich, in der Turenne eine seiner wenigen Niederlagen überhaupt erlitt. In der Schlacht bei Alerheim bei Nördlingen ereilte Mercy am 3. August 1645 der Tod durch eine Musketenkugel, als er Verstärkungen in den Brennpunkt des Geschehens führte. Sein Leichnam wurde auf einem Artilleriewagen zunächst nach Donauwörth und am nächsten Tag nach Ingolstadt gebracht. Der gefangene französische Marschall Gramont berichtet voller Staunen vom überschwänglichen Empfang, der Mercy von der Bevölkerung der Stadt bereitet wurde, die vor die Tore geeilt war. Er war in Ingolstadt, wo er Festungskommandant und Statthalter gewesen war, sehr beliebt und hoch angesehen.