Nach seinem Kriegsdienst in Polen und Norddeutschland begann Marquardt ein Studium der Evangelischen Theologie zuerst in Marburg, dann in Berlin (1947–1951). Nach dem ersten theologischen Examen erfolgten weitere Studien bei Karl Barth in Basel; dann ein Vikariat in Lindau am Bodensee. Ein Promotionsstudium bei Helmut Gollwitzer in Bonn schloss er nicht ab, stattdessen übernahm er Pfarrerstellen in Euskirchen und Langenfeld-Immigrath und war dann ab Mai 1957 Studentenpfarrer in Berlin. Seit 1961 arbeitete er in der Christlichen Friedenskonferenz (CFK) mit. 1963 wurde er Assistent bei Gollwitzer in Berlin. Zu dieser Zeit nahm er ein erneutes Promotionsstudium auf, jetzt mit dem Thema: "Israel bei Karl Barth." Seine Promotion erfolgte 1967 mit der Dissertation "Die Entdeckung des Judentums für die christliche Theologie: Israel im Denken Karl Barths", für die er 1968 die Buber-Rosenzweig-Medaille der Gesellschaften für christlich-jüdische Zusammenarbeit erhielt.