Rimasto sotto il controllo del Governo di Vichy, il "Jean de Vienne" vide scarso impiego per il resto del conflitto: posto in disarmo per essere sottoposto a lavori di grande manutenzione, l'incrociatore non tornò in servizio attivo fino al marzo 1941 ma, a parte poche sortite di esercitazione, trascorse il tempo all'ancora a Tolone. Il 27 novembre 1942, a seguito degli sbarchi anglo-statunitensi in Nordafrica e della conseguente invasione della Francia di Vichy ad opera dei tedeschi, il "Jean de Vienne" partecipò all'autoaffondamento della flotta francese a Tolone: le prese a mare della nave furono aperte e lo scafo, inondato di acqua, si adagiò sul basso fondale del porto.