Джонс до сих пор является лидером национальной сборной США по количеству проведённых матчей со 164 пунктами, забив 15 голов. Он участвовал в чемпионатах мира 1994, 1998 и 2002 годов. Вошёл в символическую сборную Золотого кубка КОНКАКАФ 2000 года и выиграл Золотой кубок КОНКАКАФ 2002 года. Он также представлял свою страну на летних Олимпийских играх 1992 года в Барселоне. После игры в Кубке Америки 1995 года он стал популярным игроком в Латинской Америке, где он известен под прозвищем «Эскобилон» («Тупфер») из-за обесцвеченных волос и схожего произношения его имени — Коби Джонс и «эскобилон».