À partir de 1938, dans un contexte d'inquiétude du Conseil militaire (composé de Staline, Molotov, Kaganovich et Voroshilov), les districts militaires qui couvrent la Biélorussie et l'Ukraine prennent chacun le nom de « district militaire spécial » et sont organisés pour être très rapidement opérationnels, disposant de la majorité des corps mécanisés, des régiments d'artillerie lourde et de ceux d'aviation, même si les effectifs restent encore très inférieurs à leur dotation théorique. La signature du pacte germano-soviétique offre un répits temporaire, tandis que la possibilité d'un conflit sur deux fronts devient plus hypothétique après deux batailles frontalières contre le Japon (de juillet à , puis de mai à ). Les années 1939 et 1940 sont consacrées à l'invasion et l'annexion d'une série de territoires formant un glacis protecteur : la moitié orientale de la Pologne (en ), la Carélie finlandaise (guerre d'Hiver, de à ), les pays baltes (en ), ainsi que la Bessarabie et la Bucovine du Nord roumaines (de juin à ). La ligne Staline, qui longue l'ancienne frontière, est abandonnée, au profit de la ligne Molotov, à construire, avec déménagement de nombreux dépôts plus à l'ouest et mise à l'écartement russe des voies ferrées.