Aufgrund einer Kooperation von "Volero Zürich" mit Swiss Volley wurde Lippuner 2010 parallel zu seinem Engagement in Zürich auch Co-Trainer der Schweizer Nationalmannschaft. Dieses Amt hatte er bereits seit 2007 als Assistent von Séverin Granvorka inne. Nach der EM 2013 übernahm er die Mannschaft von Svetlana Ilić zunächst interimsmäßig und dann als Cheftrainer. Unter Lippuner feierten die Schweizerinnen mit dem Erreichen der letzten Qualifikationsrunde zur WM 2014 und der ersten sportlichen Qualifikation für eine Europameisterschaft 2019 (Für die EM 2013 war die Schweiz als Gastgeber automatisch qualifiziert) ihre bisher größten Erfolge.