Bağımsızlık kazanıldıktan sonra çoğunluğunu Sefarad ibadetleri olan Bene Israel Yahudilerinin oluşturduğu 2000'den fazla Yahudi mevcuttu. İlk toplu göç 1948'de İsrail'in kurulmasıyla başladı; bu, Yahudilere karşı saldırıların ve sinagogların yakılışının tetikçisi oldu. Karaçi sinagogu anti-İsrail gösterilerinin merkezi haline geldi ve Yahudilere karşı ulusal alanda güvensizlik baş gösterdi. Yahudilere karşı saldırılar 1956'da Süveyş Krizi ve 1967'de Altı Gün Savaşı'yla devam etti. Her zaman önce Pakistan'lı olarak görülen Yahudiler Suudi Arabistan maddi destekli örgütlerin protestolarıyla karşılaştı.