1906年4月18日，旧金山市发生强烈地震。莱恩当时正在北伯克利的家中等待参议院确认总统提名，得知地震的消息后匆忙上路，在数小时里就赶到灾区提供帮助。市长尤金·施米茨（）立即任命莱恩进入五十人委员会，应对地震造成的破坏和随后的火灾，并制订方案重建城市。据莱恩的朋友、作家威尔·欧文（）回忆，莱恩没有参与委员会的主要工作，而是亲自同火灾搏斗，帮助挽救了大部分西增区。4月下旬，他乘火车前往哥伦比亚特区，为旧金山的复苏争取联邦资金，但未能成功。