12 октября «Фуюцуки» эскортировал лёгкий крейсер «Оёдо», и во Внутреннем море был атакован американской подводной лодкой «Трепанг», добившейся торпедного попадания в его носовую часть. Корабль получил повреждения средней тяжести (затоплена часть носовых отсеков, вышла из строя первая артустановка), которые были исправлены в ходе ремонта в Куре 14-20 октября. Этой недели простоя оказалось достаточно, чтобы эсминец не смог принять участие в сражении в заливе Лейте.