Victoriile inițiale au fost anulate de insuccesele de la Abensberg, Landshut și Eckmühl însă, după evacuarea Vienei, arhiducele a câștigat marea Bătălie de la Aspern-Essling iar curând după aceea a luptat în și mai disperata Bătălie de la Wagram, la sfârșitul căreia austriecii au fost învinși, dar nu alungați. I-au cauzat lui Napoleon pierderi de aproape 50.000 de oameni în cele două bătălii. La finalul campaniei, arhiducele a cedat toate atribuțiile sale militare.