При римском завоевании Крита в 68/67 году до н. э., прекрасные виллы, бани, и другие общественные здания, показывают, что Элефтерна процветала при Империи, до катастрофического землетрясения 365 года. Елефтерна стала местом пребывания христианского епископа: епископ Эуфратас построил большую базилику в середине VII века. Нападение Харун ар-Рашида в конце VIII века привело к установлению арабской гегемонии на острове. В 796 году случилось землетрясение, которое разрушило остатки и так уже почти заброшенного города. Краткая оккупация латинян, привела к созданию здесь католического диоцеза существующего теперь как титулярная епархия.