In 1998 kwam Gijs de Vries naar de Nederlandse nationale politiek. Nadat zijn naam al was genoemd als staatssecretaris van Defensie in het kabinet-Kok I (een functie die Gijs de Vries weigerde), werd hij in het tweede Paarse kabinet staatssecretaris van Binnenlandse Zaken. Als staatssecretaris was Gijs de Vries onder meer verantwoordelijk voor de invoering van C2000, de nasleep van de cafébrand in Volendam en de samenwerking met de Nederlandse Antillen.