Herman Epstein poślubił w 1830 Eleonorę Glücksberg (córkę Natana Glücksberga) ze znanej warszawskiej rodziny wydawców pochodzenia żydowskiego. Miał z nią czworo dzieci: Mikołaja Stanisława (1831-1902, powstańca styczniowego, sybiraka), Mieczysława (1833-1914, bankiera i przemysłowca), Leona (1834-1903, bankiera) i Marię (1836-1881).