En 1314, lors du procès dit de la tour de Nesle, où sa sœur Blanche de Bourgogne et sa belle-sœur Marguerite de Bourgogne, sont reconnues coupables d'adultère, elle n'est accusée que de connivence. Elle est enfermée dans la forteresse de Dourdan. Ne cessant de crier son innocence, elle échappe à l'accusation d'adultère, mais elle est toutefois poursuivie pour ne pas avoir dénoncé la conduite de ses belles-sœurs. Acquittée par arrêt du Parlement, elle est libérée entre le 24 et le et retrouve sa place auprès de son époux à la cour de France.