Урон Австрии в последней войне был так тяжёл, что в новом союзе Пруссии с Россией и войне 1806—1807 годов Франц не был в состоянии принять участие, несмотря на то, что его ненависть к Франции и к Наполеону, как носителю революционных начал, нисколько не уменьшилась. Он нашёл возможность удовлетворить это чувство в 1809 году, в четвёртый раз объявив войну Франции (Война пятой коалиции), но поражение при Ваграме заставило его заключить Шенбрунский (Венский) мир (14 октября 1809 года), по которому Австрия потеряла Иллирию и достигла апогея своих несчастий.