Tanmateix, com a Primer Ministre de Nigèria, va jugar funcions importants en el continent i el poder dels nous estats. Fou un dirigent important en la formació de l'Organització d'Unitat Africana i va crear una relació cooperativa amb els estats francòfons d'Àfrica. Fou també instrumental en negociacions entre Moise Tshombe i les autoritats congoleses durant la Crisi del Congo de 1960–1964. Va dirigir una protesta contra la Massacre de Sharpeville de 1960 i també va entrar en una aliança amb ministres de la Commonwealth que van voler expulsar a Sud-àfrica d'aquest organisme el 1961. Tanmateix, un càrrec de traïció i la condemna en contra d'un dels dirigents de la regió occidental, Obafemi Awolowo, conduí a protestes per part dels seus seguidors. Les eleccions de 1965 a la regió van comportar protestes violentes. Aldarulls i violència foren aviat associats al polític i al gran resultat obtingut a l'elecció per Awolowo i els adversaris occidentals de Balewa.