San Cristóbal Verapaz, fue afectado enormemente por la Guerra civil de Guatemala, específicamente a inicios de la década de 1980, ya que debido a su situación geográfica estaba cerca del campo de acción del Ejército Guerrillero de los Pobres y de las regiones petroleras de Chisec e Ixcán. En este municipio se realizaron masacres, desapariciones forzadas, torturas, aldeas destruidas, atentados a comercios públicos y edificios municipales con cauda de cientos de civiles muertos, realizadas según el Informe de la Comisión para el Esclarecimiento Histórico, por los militares guatemaltecos, las PAC y los guerrilleros izquierdistas.