Începând de prin anul 1720, fortul a servit ca bază a garnizoanei militare a orașului, precum și ca închisoare pentru deținuții politici sau de rang înalt. Bastionul Trubețkoi, reconstruit în anii 1870, a devenit blocul principal al închisorii. Prima persoană care a evadat din închisoarea cetății a fost prințul anarhist Piotr Kropotkin în 1876. Alte persoane celebre încarcerate în „Bastilia rusă” au fost Șneur Zalman din Liadi, țareviciul Alexei Petrovici, Artemi Volînski, Tadeusz Kościuszko, Aleksandr Radișcev, grupul Decembriștilor, Grigori Danilevski, Fiodor Dostoievski, Maxim Gorki, Mihail Bakunin, Nikolai Cernîșevski, Leon Troțki și Iosip Broz Tito.