Il débuta au niveau junior en 2001 avec les Rockets de Kelowna de la Ligue de hockey de l'Ouest. Après une première participation à la Coupe Memorial avec ces derniers, Comeau se voit, à l'été 2004 être réclamé lors du repêchage annuel de la Ligue nationale de hockey par les Islanders de New York qui font de lui leur choix du deuxième tour.