Cernăuți devient soviétique le à la suite du pacte Hitler-Staline et reçoit alors le nom russe de Tchernovtzy () : selon les dispositions de ce pacte, les germanophones chrétiens sont tous transportés de force vers l'Allemagne dans des trains et bus qui ne seront pas restitués ; par ailleurs, la quasi-totalité des Roumains qui n'avaient pas fui la ville et ses environs, soit près de personnes, sont déportés vers le Kazakhstan. Cernăuți est reprise l'été 1941 par l'armée roumaine aux ordres du maréchal Antonescu (allié de l'Allemagne nazie) qui donne l'ordre de déporter en Transnistrie les Juifs de la ville, indistinctement accusés d'avoir soutenu l'occupant soviétique, alors que seule une minorité de bundistes devenus communistes (et, par conséquent, sortis du judaïsme traditionnel) avait pris ce parti. Le "juste" Traian Popovici, maire de la ville jusqu'en 1942, parvient à grand-peine à en sauver .