Durante la temporada 2013-14, con la llegada de Pep Guardiola Rafinha encontró más oportunidades de jugar con regularidad, debido a que Pep decidió que su compañero Philipp Lahm fuera a jugar a la mitad de la cancha. Empezó la temporada el 30 de agosto con la obtención de la Supercopa de Europa 2013. En diciembre participó de los dos encuentros válidos por el Mundial de Clubes donde el Bayern se coronaria campeón. Hizo 46 apariciones en todas las competiciones aportando una buena cantidad de asistencias a gol. Jugó la totalidad de los encuentros de la DFB-Pokal en la que el Bayern se consagró campeón por segundo año consecutivo después de derrotar a Borussia Dortmund. Además de lograr nuevamente el título de liga