Due anni dopo il ritorno della democrazia in Argentina nel 1983, fu processato e dichiarato colpevole per l'omicidio e la sparizione di migliaia di cittadini (circa 30.000) avvenuta durante la sua presidenza e condannato all'ergastolo. Tuttavia, nel 1990 il Presidente Carlos Saúl Menem, su pressione degli apparati militari, gli concesse l'indulto insieme ad altri membri delle giunte militari e capi della polizia della Provincia di Buenos Aires (decreto 2741/90), e al dirigente montonero Mario Eduardo Firmenich (decreto 2742/90). È stato detenuto, agli arresti domiciliari per motivi di età, perché indagato per il sequestro di minori durante la "Guerra sporca".