El museo fue fundado en 1991, tras la Revolución de Terciopelo en Checoslovaquia, por un grupo de intelectuales romaníes. Durante sus primeros años, la institución se enfrentó a problemas financieros y el museo cambió frecuentemente de emplazamiento. En diciembre de 2000, se trasladó a la calle Bratislavská de Brno, que es el centro de la cultura gitana local. En la actualidad, la financiación del museo corre a cargo de los presupuestos del Estado.