Nel 1998 viene acquistato dall'AEK Atene dove insieme a Demis Nikolaidis, Vasilīs Tsiartas ex-compagni di nazionale vince la Coppa di Grecia nel 1999 e nel 2002. Qui nell'estate 2002 ritrova l'ex interista Grigorios Georgatos, insieme a questo rinforzo l' riesce a fare un buon cammino in Champions League. Michalis Kapis riesce a mettersi in luce in particolar modo in questa stagione dove dà il suo contributo in occasione del 3-3 dell'AEK Atene contro il Real Madrid delle stelle Ronaldo, Zidane, Raul. La sua abilità nel gioco difensivo porta il tecnico Otto Rehhagel a convocarlo in Nazionale e in seguito lo porta all'Europeo 2004 in Portogallo dove vengono vinti dalla Grecia