Nijegorodov quitte finalement Nijni Novgorod en début d'année 2000 pour rallier le Lokomotiv Moscou, vice-champion russe en titre et connaissant depuis quelques saisons une montée notable en puissance. Il y devient immédiatement un titulaire récurrent et remporte son premier trophée dès le mois de en gagnant la Coupe de Russie face au CSKA Moscou, ayant disputé l'intégralité de la finale. Dans la foulée, il découvre également la Ligue des champions à l'été 2000, où les siens sont cependant éliminés d'entrée par le Beşiktaş. Il contribue par la suite à la deuxième place du club en championnat en 2000 puis en 2001, remportant par ailleurs une nouvelle Coupe de Russie cette dernière année face à l'Anji Makhatchkala.