Während der Wende im November 1989, die in der Tschechoslowakei bald die „Samtene Revolution“ genannt wurde, und bei den anschließenden Neubesetzungen der höchsten Staatsämter fand Klaus zunächst Anschluss an die Kreise um den neuen Staatspräsidenten Václav Havel. Ab Oktober 1990 war er Vorsitzender der großen Bürgerbewegung "Občanské fórum" (Bürgerforum, "OF"). Bereits im Dezember 1989 wurde er in der ersten nichtkommunistischen Regierung Marián Čalfa I tschechoslowakischer Finanzminister, 1991 zudem Stellvertreter des Premiers.