У складзе нацыянальнай зборнай Германіі футбаліст дэбютаваў 29 мая 2001 года ў матчы супраць Славакіі, які прайшоў у Брэмене. У тым матчы ён пасля перапынку замяніў Марка Рэмера і дапамог камандзе атрымаць перамогу з лікам 2:0. Са сваёй нацыянальнай камандай Себасцьян паўдзельнічаў у двух чэмпіянатах свету: у 2002 годзе заваяваў срэбра, а ў 2006 годзе — бронзу. На чэмпіянаце Еўропы ў Партугаліі, які прайшоў у 2004 годзе, Кель разам з таварышамі па зборнай не здолеў пераадолець групавы этап.