С 1942 года — заместитель командира, а с мая 1943 по январь 1945 года — командир 2-го гвардейского авиационного корпуса дальнего действия в составе авиации дальнего действия. Авиационный корпус дальнего действия, которым он командовал, отличился в битве под Курском, в Брянской, Смоленской, Крымской, Белорусской, Ясско-Кишинёвской, Будапештской, Висло-Одерской, Восточно-Померанской наступательных операциях, а во время боёв в Восточной Пруссии наносил массированные удары по военным объектам Кёнигсберга. В январе 1945 года в связи с реорганизацией АДД корпус был преобразован в 2-й гвардейский бомбардировочный авиационный корпус 18-й воздушной армии, им продолжал командовать генерал Е. Ф. Логинов.