En 1996-1997, Deschamps gagne avec les "Bianconeri" la Coupe intercontinentale et la Supercoupe de l'UEFA. Avec Zinédine Zidane, qui l’a rejoint au Stadio delle Alpi, il s’offre également deux "Scudetti" (1997 et 1998), mais s’incline à deux reprises en finale de la "Champions League", face au Borussia Dortmund en 1996 (1-3), puis devant le Real Madrid CF l'année suivante (0-1).