Pendant la guerre de la deuxième Coalition, il se trouve aux défaites françaises d'Ostrach et de Stockach en mars 1799, puis sert sous les ordres d'un général de fraîche date, Michel Ney, aux lignes de défenses avancées de la ville de Zurich, en Suisse. À la bataille de Winterthour, alors que Ney est contraint d'abandonner ses positions, Walther couvre le repli de l'armée avec l'arrière-garde et conserve pendant 90 minutes le contrôle d'un pont stratégique enjambant la Töss face aux troupes autrichiennes numériquement supérieures du général Friedrich von Hotze. Quelques jours plus tard, il assiste à la première bataille de Zurich qui s'achève sur une défaite française et force l'armée de Masséna à repasser la rivière Limmat. En septembre 1799, Masséna prend sa revanche en écrasant les troupes russes du général Korsakov lors de la deuxième bataille de Zurich. Walther participe activement à la poursuite des fuyards. Il prend également part à la bataille de Moesskirch en 1800.