Fünfmal – zwischen 1967 und 1973 – wurde Rupert Kratzer deutscher Meister in der Einerverfolgung der Amateure; zweimal wurde er zudem Vizemeister. 1968 startete er bei den Olympischen Spielen in Mexiko-Stadt, schied aber schon im Viertelfinale in der Einerverfolgung gegen den späteren Olympiasieger Daniel Rebillard aus. 1973 errang er bei den UCI-Bahn-Weltmeisterschaften 1973 in San Sebastián die Bronzemedaille in dieser Disziplin.