Gord Murphy spielte im Jugendbereich für die "Don Mills Flyers", ehe er in die Ontario Hockey League, eine der drei höchsten kanadischen Juniorenligen, zu den Oshawa Generals wechselte. Bereits nach einer Saison wurde er im NHL Entry Draft 1985 von den Philadelphia Flyers an 189. Position ausgewählt, verblieb allerdings noch zwei weitere Jahre in der OHL. Dort gewann er 1987 mit der Mannschaft den J. Ross Robertson Cup und nahm somit am Memorial Cup teil, bei dem er ins "All-Star Team" berufen wurde. Mit Beginn der Saison 1987/88 trat er in die Organisation der Philadelphia Flyers über, wobei er die gesamte Spielzeit bei deren Farmteam, den Hershey Bears, in der American Hockey League verbrachte und dort sein Profidebüt gab. Mit den Bears gewann er am Ende der Saison den Calder Cup.