Bailly oli vallankumouksen alkuaikana hyvin suosittu, mutta menetti kansansuosionsa lujan perustuslaillisen kuningasvallan kannattajana. Hän liittyi perustuslaillisen monarkian kannattajien heinäkuussa 1791 perustamaan feuillanttien klubiin. Hänen maineensa kärsi pahasti, kun hän kuningasparin Varennesin pakoyrityksen nostattamien tasavaltalaisten mielenosoitusten aikana julisti 17. heinäkuuta 1791 Pariisin sotatilaan ja määräsi kansalliskaartilaiset hajottamaan voimakeinoin Marskentälle kokoontunutta suurta rauhanomaista mielenosoitusta, mikä johti niin sanottuun Marskentän verilöylyyn. Tasavaltalaisten mukaan verilöylyssä kuoli jopa 2 000 ihmistä, mutta viranomaiset väittivät mellakoitsijoita kuolleen vain alle kymmenen. Todellinen määrä lienee ollut noin 50 henkeä. Arvostelun kohteeksi joutunut Bailly erosi viroistaan 16. marraskuuta 1791. Hän siirtyi heinäkuussa 1792 Nantesiin.