Pedernera fez parte da talentosa geração argentina que acabou privada de disputar uma Copa do Mundo por, dentre outros fatores, a ocorrência da Segunda Guerra Mundial, que não deixou condições para que o torneio pudesse ser realizado na década de 1940. Fez sua estreia pela Seleção Argentina em 1940, marcando um dos gols da vitória por 3 x 1 sobre o arquirrival Uruguai. No ano seguinte, integraria o elenco da "Albiceleste" que sagrou-se campeão sul-americano, o que ele voltaria a ser nas outras duas edições que disputou, em 1942 e 1946.