1573 bekam Lagos das Stadtrecht und 1577 wurde es Hauptstadt der Algarve. Ein Jahr später, 1578, brach Dom Sebastião I ("König Sebastian I.") mit 18.000 Soldaten von Lagos aus nach Marokko auf, um dort an der für Portugal verheerenden Schlacht von Alcácer-Quibir teilzunehmen. Sebastião wurde getötet, sein Leichnam jedoch nie gefunden. Dieser Umstand gab Anlass zur Spekulation, der König sei noch am Leben, und die Hoffnung, er könne Portugals Schicksal wieder wenden. Ein modernes, 1973 von João Cutileiro geschaffenes Denkmal erinnert heute an das Schicksal des „ersehnten Königs Sebastião“ auf der Praça Gil Eanes.