Em 1810, Boyen tornou-se Diretor do Gabinete Militar. Na reconstituição do exército prussiano, ele atuou como o ajudante mais diligente de Scharnhorst, mas após a conclusão da aliança entre a Prússia e a França em 1812, ele renunciou ao posto de coronel e visitou Viena e São Petersburgo. Os acontecimentos de 1813 viram-no ser chamado de volta ao serviço prussiano: como coronel, acompanhou o exército russo desde a sua base em Kalisz até à Saxónia. Após a Batalha de Lützen (2 de maio de 1813), ele ficou encarregado dos guardas de fronteira e, em última instância, da defesa de Berlim. Mas durante a trégua, o rei Frederico Guilherme III nomeou-o Chefe do Estado-Maior General do 3º Corpo de Exército. Como tal, Boyen participou das batalhas e escaramuças de 1813 e 1814 e foi promovido a major-general.