Durant les trois sièges de Nice, notamment celui de celui de 1705-1706, le couvent subit d'importants dégâts. Après l'annexion par la Première République française du comté de Nice en 1792, les autorités françaises expulsent les frères et le couvent est alors reconverti en corps de garde, tribunal civil et tribunal de commerce, ainsi que bureau du magistrat de santé. Les troupes napoléoniennes utilisent une partie du couvent comme écurie en attendant leur départ pour la première campagne d'Italie.