Roku 1945 byl Josef Wagner jmenován profesorem na Vysoké škole uměleckoprůmyslové v Praze, kde učil až do roku 1957. Své studenty kromě sochařství učil také restaurátorským metodám. Restaurování se sám věnoval prakticky po celý život. Jednou z posledních zakázek byla obnova renesančních sgrafit na Míčovně Pražského hradu. Pokračoval i ve své sochařské tvorbě. V roce 1956 dokončil plastiku Karla IV. pro Karolinum. Přestože byl již těžce nemocen, pracoval na návrhu "Chlapce s ratolestí" pro československý pavilon na Expu 58.