На втором этапе гражданской войны Цю Хуэйцзо первоначально служил политкомиссаром в 8-й армии НОАК под командованием Линь Бяо. В 1948 Линь Бяо назначил Цю Хуэйцзо начальником логистического управления 4-й армии. На этом посту Цю Хуэйцзо тесно взаимодействовал с Хуан Юншэном. Участвовал в решающих битвах гражданской войны — Ляошэньской и Пекин-Тяньцзиньской.