Политически Хуан Юншэн был полностью лоялен Мао Цзэдуну. Он решительно поддержал Культурной революции, в том числе репрессии в НОАК. Именно в этот период Хуан Юншэн стал начальником Генштаба, его предшественники Ло Жуйцин и Ян Чэнъу были отстранены и репрессированы. На IX съезде КПК он был введён в состав Политбюро ЦК.