Koncem 90. let 20. století podalo hnutí žádost o registraci v Česku, ale ministerstvo kultury ČR to odmítlo. Podle Davida Zbírala hnutí splňovalo podmínky příslušného zákona a tedy i v polistopadové éře se členové církve zřejmě stali obětí diskriminace ze strany státních institucí. V České republice se v roce 2001 k Církvi sjednocení při sčítání lidu přihlásilo 43 obyvatel. V roce 2011 to bylo 65 obyvatel.