Ab 1792 war Abadie wieder im Heer tätig und diente zunächst während des ersten Jahres des Kriegs des revolutionären Frankreich gegen europäische Mächte in der Nordarmee. Er befehligte sodann 1793 die Pioniertruppen der Westarmee und zeichnete sich bei der Eroberung der Burg von Chemillé sowie bei der Verteidigung von jener von Saumur aus, wo er aber in die Hände der royalistischen Aufständischen der Vendée fiel. Am 16. Dezember 1793 zum Chef de bataillon befördert wurde er mit der Wiederherstellung der Befestigungsanlagen von Nieuwpoort beauftragt. Auf Beschluss des Direktoriums rückte er am 27. Februar 1796 zum Chef de brigade (von 1793 bis 1803 an Stelle von „Colonel“ verwendet) auf und war damals auch Mitglied einer Kommission, der die Entwicklung der Pläne zur Küstenverteidigung oblag. Er ging 1800 auf den italienischen Kriegsschauplatz, war beim Sturm auf das Kastell von Bard (Mai 1800) beteiligt, focht in der Schlacht bei Marengo (14. Juni 1800) und nahm dann an der Belagerung von Peschiera del Garda teil. Nachdem dort der französische Marschall François de Chasseloup-Laubat am 1. Januar 1801 den Oberbefehl übernommen hatte, räumte er Abadie eine führende Rolle bei den Vorbereitungen zur Eroberung der Festung ein, die sich aber am 19. Januar auch ohne Angriff ergab.