Durante o século XVI, como consequência da morte do rei de Portugal, D. Sebastião, na Batalha de Alcácer-Quibir, o seu tio, D. Filipe II, rei de Espanha, filho de D. Isabel de Portugal e neto do rei D. Manuel, fez valer a sua pretensão ao trono português, e em Junho de 1580 enviou o Duque de Alba e o seu exército a Lisboa para assegurar a sua sucessão. Filipe II foi aclamado rei de Portugal, como D. Filipe I, nas Cortes de Tomar em Abril de 1581. O outro pretendente, D. António, Prior do Crato, foi derrotado em Alcântara (1580) acabando por se refugiar nos Açores, onde a armada filipina lhe infligiu a derrota final. Deste modo, desde 1580 a 1640, quando Portugal se rebelou sob a liderança de D. João, duque de Bragança, efetivou-se a união da Península sob uma única coroa; não obstante, manteve-se a distinção formal entre "as Espanhas" e Portugal, como exemplifica o título de "Hispaniarum et Portugalliae Rex". D. João IV recebeu um apoio generalizado do povo português, e os espanhóis – que tinham de lutar contra rebeliões em muitos dos seus domínios, para além da guerra com França – foram incapazes de responder. Espanhóis e portugueses mantiveram-se num estado de paz "de facto" entre 1641 e 1657. Quando D. João IV morreu, os espanhóis tentaram lutar por Portugal contra o seu filho D. Afonso VI, mas foram derrotados na batalhas do Ameixial (1663), Castelo Rodrigo (1664) e Montes Claros (1665), o que levou Espanha a reconhecer a independência portuguesa em 1668 pelo Tratado de Lisboa.