W połowie maja 1940 „Janus” został przeniesiony z grupą okrętów do 14. Flotylli Niszczycieli Floty Śródziemnomorskiej w Aleksandrii, dowodzonej również przez komandora Philipa Macka (w jej skład wchodziły wówczas HMS „Juno”, „Mohawk” i „Nubian”). Do połowy lipca był okrętem flagowym komandora Macka. Do Aleksandrii przybył przez Maltę 24 maja. Brał tam następnie aktywny udział w działaniach przeciw flocie i żegludze włoskiej oraz osłonie konwojów na Maltę i działań głównych sił floty. 6 lipca 1940 wraz z krążownikiem HMS „Capetown” i niszczycielami HMS „Ilex”, „Imperial” i „Juno” ostrzeliwał port w Bardii. Brał udział w bitwie koło przylądka Stilo 9 lipca 1940. We wrześniu i grudniu ostrzeliwał cele lądowe na wybrzeżu afrykańskim, m.in. lotnisko w Sidi Barrani. 22 grudnia 1941 dobił uszkodzony na minie brytyjski niszczyciel HMS „Hyperion”. W marcu 1941 wziął udział w bitwie pod Matapanem.