1995年，俄罗斯联邦安全局接管了维加特种部队并将其改名回“信号旗特种部队”，信号旗特种部队随后隶属于联邦安全局特別用途中心V科。信号旗特种部队参与了2000年3月的逮捕萨尔曼·拉杜耶夫的行动和2004年别斯兰人质事件。