また、レ10000形として製造された車両も、1958年（昭和33年）、1959年（昭和34年）の両年に改造を受けて2段リンク化され、本形式に編入されている。レ10000 - レ10542を番号順にレ12750 - レ13290としているが、543両のレ10000形のうち、レ10340、レ10485の2両については、1954年9月26日の洞爺丸事故で海没しており改造されていない。この2両については車番は詰めて本形式への改番が行われている。本形式は、新製車、改造車合わせて1,841両を数え、これは国鉄冷蔵車の単一形式として最も多い車両数である。