軍事情報部門のトップであった1993年、ホルヘ・セラノ大統領を亡命に追い込んだ。当時セラノは議会を解散し、新しく最高裁判所の判事を任命することで自作自演の逆クーデターを起こそうと画策していた(を参照)。後任の大統領には憲法の規定に従って、であるラミーロ・デ・レオン・カルピオが就任した。カルピオはペレスを大統領の首席補佐官に任命し、1995年までその職にあたらせた。30年間にわたるグアテマラ内戦の交渉による解決を支持したペレスは、軍を代表してグアテマラ民族革命連合（URNG）などのゲリラ勢力との交渉にあたった。両者は1996年、和平協定を結んだ。