Auf Grund seiner guten Leistungen wurde er im NHL Entry Draft 2006 von den Philadelphia Flyers in der ersten Runde an Position 22 ausgewählt. Kurioserweise hatte Philadelphias damaliger General Manager Bobby Clarke Girouxs Namen vergessen, als er die Erstrunden-Wahl der Flyers bekannt gab. Giroux spielte noch ein weiteres Jahr in der LHJMQ und war der erste Spieler in der Liga, der die 50 Punkte-Marke während der Saison 2006/07 erreichte, wofür er nur 22 Spiele benötigte. Er konnte sich jedoch nicht an der Spitze der Punktbesten halten und war am Ende viertbester Scorer der Liga mit 112 Punkten in 63 Spielen.