Seit 1805 Generalmajor, wurde Rauch bei Ausbruch des Krieges gegen Frankreich im Sommer 1806 dem Gouverneur der Festung Stettin, dem 77-jährigen Generalleutnant Friedrich Gisbert Wilhelm von Romberg, als Vizekommandant und Kommandant der Festung Preußen beigegeben. Romberg stand stark unter dem Eindruck der verlorenen Schlachten von Jena und Auerstedt und der weitgehenden Auflösung der preußischen Armee während ihres Rückzugs. Am 28. Oktober 1806 hatte der Oberbefehlshaber des preußischen Feldheeres, General der Infanterie Friedrich Ludwig Fürst zu Hohenlohe-Ingelfingen, die Kapitulation von Prenzlau nach nur kurzem Kampf gegen französische Truppen akzeptiert. Als 800 französische Reiter am Folgetag, dem 29. Oktober 1806, vor Stettin erschienen, übergab Generalleutnant von Romberg ihnen, ohne die Stärke des Gegners beurteilt zu haben, die voll verteidigungsbereite Festung samt den darin befindlichen 5184 Mann. Rauch hatte dem zusammen mit dem Stettiner Festungskommandanten, dem Generalmajor Kurd Gottlob von Knobelsdorff, widerstandslos zugestimmt. Für seine Entscheidung wurde Rauch am 1. Dezember 1806 ohne Abschied aus der Armee entlassen, später unter Hausarrest gestellt und am 17. März 1809 zu lebenslangem Arrest in der Zitadelle der Festung Spandau verurteilt. Vergleichbar drakonische Strafen ließ König Friedrich Wilhelm III. von Preußen mit seinem „Ortelsburger Publicandum“ vom 1. Dezember 1806 gegen eine Vielzahl seiner Generäle und Stabsoffiziere ergehen, die im Oktober 1806 ähnliche Entscheidungen wie Romberg, Knobelsdorff und Rauch getroffen hatten.