Στον Β΄ Βαλκανικό Πόλεμο του 1913 ο ελληνικός στρατός εισήλθε στο Κιλκίς μετά από την τριήμερη, πολύνεκρη μάχη του Κιλκίς-Λαχανά (19-21 Ιουνίου), κατά την οποία οι ελληνικές απώλειες ξεπέρασαν τις 10.000, αλλά αποτέλεσε καθοριστικό βήμα για την τελική, νικηφόρα για την Ελλάδα έκβαση του πολέμου. Όταν ο ελληνικός στρατός εισήλθε στο Κιλκίς το πρωί της 21ης Ιουνίου/4ης Ιουλίου, βρήκε την πόλη έρημη, καθώς οι περισσότεροι κάτοικοί της, που ήταν Βούλγαροι, 7.000 συνολικά, μετά από προτροπή του Βούλγαρου επισκόπου είχαν ακολουθήσει τον υποχωρούντα βουλγαρικό στρατό, με την εξαίρεση 400 αμάχων που βρήκαν καταφύγιο στο καθολικό ορφανοτροφείο της πόλης και 70 ατόμων που παρέμειναν στην πόλη και μάλλον σκοτώθηκαν. Προς το απόβραδο της ίδιας μέρας το Κιλκίς, αφού λεηλατήθηκε, πυρπολήθηκε και καταστράφηκε ολοκληρωτικά από τον ελληνικό στρατό. Οι Κιλκισιώτες (βουλγαρικής συνείδησης) εγκατέλειψαν την πόλη, κατέφυγαν στη Βουλγαρία και εγκαταστάθηκαν στο μεγαλύτερο μέρος τους στη Σόφια.