V dnešní době klášter vlastní řád františkánů, který sídlí v Praze, ale stabilně jezdí svůj klášter navštěvovat a podílí se finančně na jeho opravách. Ty zde probíhají prakticky nepřetržitě od revolučního převratu v roce 1989, kdy byl klášter tomuto řádu navrácen. Ambit a špitál dnes slouží jako zázemí Základní umělecké školy Bechyně, která tyto prostory také sama spravuje, udržuje a podílí se tak na celkové údržbě kláštera. Klášter je tak po letech opět v dobrém stavu a turisté mohou obdivovat jeho nezaměnitelnou atmosféru. Dodnes se využívá ke konání bohoslužeb a je neodmyslitelnou dominantou města Bechyně.