V květnu 1940 byl Weygand povolán zpět do aktivní služby a během německé invaze převzal velení francouzské armády. Po sérii vojenských neúspěchů doporučil příměří a Francie poté kapitulovala. Vstoupil do vichistické vlády Philippe Pétaina jako ministr obrany a sloužil až do září 1940, kdy byl pověřen velením ve francouzské severní Africe. Weygand upřednostňoval pouze omezenou spolupráci s Německem a byl na Hitlerovu žádost propuštěn ze své funkce v listopadu 1941. Po spojenecké invazi do severní Afriky v listopadu 1942 byl Weygand Němci zatčen a vězněn na rakouském zámku Itter až do května 1945. Po návratu do Francie byl internován jako kolaborant ve Val-de-Grâce, ale byl v roce 1946 propuštěn a v roce 1948 zbaven obvinění. Zemřel v lednu 1965 v Paříži ve věku 98 let.