Entre 1959 et 1961, c'est à Montluc que les Algériens membres du Front de libération nationale (FLN) et du Mouvement national algérien (MNA), condamnés à mort par le tribunal permanent des forces armées (TPFA) sont incarcérés. Onze condamnés à mort membres du FLN, dont la grâce est refusée par Charles de Gaulle, y sont guillotinés entre et . La guerre d'indépendance algérienne a pour particularité de se dérouler en Algérie mais également en France métropolitaine à partir de 1957. Des affrontements sanglants opposent dans la région lyonnaise le FLN et le MNA pour l'emprise sur la population algérienne (103 morts côté FLN, 47 côté MNA) et des attentats ont lieu contre des commissariats de police dans le contexte de la guerre d'indépendance et d'une intense répression policière. Arrêtés, 850 Algériens ont été jugés au TPFA de Montluc à Lyon qui a prononcé 112 peines de mort concernant 90 individus selon l'historien Marc André.