1863年5月までにジョンソンは十分快復しており、ゲティスバーグ方面作戦ではその師団を指揮した。徒歩で動く時はまだ重いヒッコリーの杖を必要としており（また戦闘を回避していると思った兵士にそれを使うことでも知られた）、兵士達は「オールド・クラビー」という渾名も付けた。北のペンシルベニア州に向かう途上の第二次ウィンチェスターの戦いで北軍のロバート・H・ミルロイ将軍を破った。ジョンソンの部隊は1863年7月1日、ゲティスバーグの戦い初日の夜に戦場に到着した。イーウェルがまだ使っていないジョンソンの師団を使ってその夜直ぐに北軍のセメタリーヒル陣地を攻撃させなかったことは現在でも議論のタネになっており、そうすれば決定的な勝利を得た可能性があった。ジョンソンはその夜カルプスヒルへの攻撃を辞退したと議論されているが、それは自由裁量のある命令だった。ジョンソン師団はその代わりに2日目と3日目にカルプスヒルを攻撃した主要部隊となり、この難攻不落の陣地に何度も猛攻をかけて永続するような成功には繋がらず、重い損失を受けた。1863年秋、ジョンソンはマイン・ラン方面作戦では傑出した役割を演じた。