Tras la llegada de las tropas soviéticas a la zona, el UPA continuó su lucha por la independencia de Ucrania. En 1944, el Ejército Rojo lanzó su primera ofensiva contra el UPA con 30.000 hombres, sin resultados. Para lograr la pacificación de la zona, la URSS deportó a Siberia entre 1946 y 1949 a unas 500.000 personas. A principios de 1944, los guerrilleros de la UPA mataron en una emboscada al general soviético Nikolái Vatutin, famoso comandante de la Batalla de Kursk. Un famoso agente de la inteligencia soviética, Nikolái Kuznetsov, que vestía uniforme alemán para sus misiones, murió en un intercambio de disparos con el UPA, que lo confundieron con un alemán. La lucha desigual del UPA contra la URSS continuó en los años de posguerra, hasta el asesinato de Román Shujévych en 1950.