オーバーホール後戦線に復帰したミシシッピは9月12日にペリリュー島上陸を支援、一週間の作戦従事後マヌス島へ向かった。同島に10月12日まで留まっている。マヌス島を発ってフィリピン攻略戦に参加、10月19日にレイテ島東部への砲撃を行った。10月24日の夜、ジェシー・オルデンドルフ提督率いる艦隊の一部としてスリガオ海峡海戦に参加した。戦艦ミシシッピは、西村艦隊をスリガオ海峡で迎え撃った戦艦列の旗艦で、ジョージ・ウェイラー少将が座乗したが、何故か、僅か1斉射に留まった。