1997 startete Panis für Prost Grand Prix, nachdem Alain Prost das Ligier-Team 1996 übernommen hatte. Bei einem schweren Unfall beim Großen Preis von Kanada brach sich Panis beide Beine und musste für sieben Rennen pausieren. Bis zu diesem Rennen lag er auf dem dritten Platz der Fahrerwertung und fuhr in Brasilien und Spanien jeweils aufs Podest. Beim Großen Preis von Luxemburg feierte der Prost-Pilot mit dem sechsten Platz ein starkes Comeback, konnte an seine gute Form jedoch nicht mehr anknüpfen.