V reprezentanci je odigral 108 tekem in dosegel 31 golov. Debitiral je z dvema zadetkoma 17. avgusta 1994 proti Češki. Igral je na svetovnih prvenstvih v letih 1998, 2002 in 2006 ter evropskih 1996, 2000 in 2004. V letih 1998 in 2000 je Francija osvojila naslov prvaka. Kariero je Zidane končal 8. julija 2006 v finalu Svetovnega prvenstva proti Italiji. V 109. minuti je po verbalnem dvoboju z glavo udaril Marca Materazzija in za to dobil rdeči karton.