Nem sokkal a győzelem után, egy szíriai diák, Soleyman El-Halaby , aki Egyiptomban élt, 1800. június 14-én merényletet követett el ellene, szíven szúrta késével. Ez ugyanazon a napon történt, amikor Kleber barátja és bajtársa, Desaix elesett Marengonál. A merénylő jobb karját elégették, és egy kairói köztéren karóba húzták és több órán át hagyták haldokolni. A merénylő koponyáját Franciaországba szállították, és francia orvostanhallgatóknak mutogatták, mint a merénylők jellegzetes fejét, hogy ez mutatja a hajlamot a bűnelkövetésre és a fanatizmusra.