Während des Novemberpogroms von 1938 wurde die Synagoge in Bad Münder geschändet und verwüstet, und es wurden drei Juden in das Konzentrationslager Buchenwald verschleppt. Danach war die jüdische Gemeinde gezwungen, den unbelegten und als Garten genutzten westlichen Teil des Friedhofs abzugeben. Noch 1938 veräußerte ihn der Vorsitzende der örtlichen jüdischen Gemeinde an einen nichtjüdischen Bürger aus Bad Münder, der auch schon das bei dem Pogrom verwüstete Synagogengebäude erworben hatte. Auf dem Friedhof befanden sich im Jahr 1939 32 Einzel- und 7 Doppelgräber.