Immédiatement après l'occupation, le nouveau gouvernement commença à mettre en œuvre une politique de soviétisation de la politique, de l’économie et de la vie sociale. Le juillet, toutes les organisations culturelles et religieuses sont interdites. Le Parti communiste de Lituanie — avec quelque et sa branche jeunesse furent désignés comme les seules entités politiques légitimes. Avant les élections au , les Soviétiques arrêtèrent environ des militants politiques les plus importants. Ces arrestations paralysèrent l'opposition. La répression se poursuivit et s’intensifia. On estime que furent emprisonnées car au cours de l'année suivant l’annexion. Entre le et , moins d'une semaine avant l'invasion nazie, quelque Lituaniens furent déportés en Sibérie, où beaucoup périrent en raison des conditions de vie inhumaines (voir la Déportation de juin).