Als Gefängnis dient die Festung auch nach der sogenannten samtenen Revolution von 1989. Am 15. März 1990 kam es im Gefängnis zu einer Revolte, als sich über 200 Häftlinge etwa zwei Wochen lang verbarrikadiert hielten, eine Person wurde getötet. Im November 1991 wurden bei einem Ausbruch fünf Wärter getötet. Nach diesen Vorkommnissen sollte das Gefängnis geschlossen werden, der Beschluss wurde jedoch rückgängig gemacht. Heute bietet das Gefängnis in Leopoldov Platz für etwa 1500 Gefangene.