Locotenent în serviciul Provinciilor-Unite în 1785, MacDonald este din 1792 aghiotant al generalului Beurnoville, apoi Dumouriez și participă astfel la Războiul Primei Coaliții. Se remarcă la bătălia de la Jemmapes, unde câștigă gradul de locotenent-colonel. În 1793 devine general de brigadă și se distinge în mod repetat în armata din nord, câștigând rapid gradul de general de divizie (septembrie 1794). Petrece apoi o perioadă scurtă în cadrul „Armatei Rinului”, înainte de a fi afectat „Armatei din Italia”, comandând contingentul aflat la Roma (1798). Este silit într-o primă fază să evacueze orașul, dar apoi îl reocupă în decembrie după ce napolitanii sunt învinși la Civita Castellana. Începând cu 13 februarie 1799 îl înlocuiește pe generalul Championnet la comanda armatei din Neapole și este victorios la Modena, unde este rănit, iar apoi est învins de Suvorov la Trebbia (17 - 19 iunie). Revine în Franța pentru a își restabili starea de sănătate și este numit comandant al Versailles, susținând apoi Lovitura de Stat de la 18 Brumar. În 1800, este sub comanda lui Moreau în cadrul „Armatei Rinului” și un an mai târziu devine ambasador în Danemarca.