Niedaleko miasteczka toczono walki podczas powstania listopadowego i styczniowego, a w samej miejscowości działała wytwórnia powstańczej broni. W 1902 powstała elektrownia wodna. W 1908 przebudowano miejscowy kościół (wybudowany w XVIII w.) pw. św. Mateusza na styl neogotycki. Świątynia ta jest najwyższym kościołem na Litwie – sięga 79 m. W trakcie II wojny światowej Niemcy zabili w Oniksztach ok. 1,5 tys. mieszkańców, głównie Żydów.