In 2014 beleefde Nakagami een moeilijk seizoen, waarin een tiende plek in San Marino zijn beste resultaat was. Hij werd uiteindelijk 22e in de eindstand met 34 punten. In 2015 wist hij in San Marino de weg naar het podium weer terug te vinden met een derde plaats en werd opnieuw achtste in het kampioenschap met 100 punten. In 2016 stond hij op het podium in Catalonië alvorens in de TT Assen zijn eerste overwinning te behalen in het wereldkampioenschap.