Durante el conflicto armado interno de El Salvador, Palacios era pastor de una comunidad bautista en San Salvador. En esta calidad, participó en la fundación del Consejo Nacional de Iglesias en El Salvador, sirviendo como Director Ejecutivo de esta entidad durante tres años, así como Presidente del Comité Permanente del Debate Nacional para Paz, colaborando en esta tarea con el obispo luterano Medardo Gómez.