Efter at nazisterne kom til magten i Tyskland i 1933, intensiverede repressioner mod lokale polakker. Den jødiske menighed i Allenstein blev under nazismen udryddet. Synagogen blev under der Krystalnatten i 1938 nedbrændt. De fleste, som ikke emigrerede, kom fra 1942 i en Udryddelseslejr og der myrdet. Det sidste ikke ødelagte arkitektoniske vidnesbyrd om det jødiske liv i Allenstein er menighedshuset "Bet Tahara", som blev restaureret i 2008 og åbnet i 2013.