Kaudella 1987 Berger sai kuljettajan paikan Ferrarilta. Kausi oli kuitenkin odotettua heikompi, koska Ferrarin tekniikka ei kestänyt yleensä maaliin saakka. Berger kuitenkin onnistui nousemaan toiseksi Portugalissa ja voittamaan kauden kaksi viimeistä kilpailua Japanissa sekä Australiassa. Berger lähti kauteen 1988 mestarisuosikkina, mutta joutui kuitenkin pettymään, kun McLarenin kuljettajat Ayrton Senna ja Alain Prost hallitsivat kautta ylivoimaisesti voittamalla 15 kilpailua 16:sta. Berger oli ainoa kuljettaja joka pystyi murtamaan McLarenin voittoputken voittamalla Italian GP:n. Voitto oli Ferrarille tärkeä, koska se ajettiin sen kotimaassa Italiassa ja koska Enzo Ferrari oli kuollut vain muutamia viikkoja sitten.