В 1942 году окончил командно-авиационный факультет Военно-морской академии имени К. Е. Ворошилова, после чего был направлен на фронт Великой Отечественной войны. Воевал заместителем командира, затем командиром 8-й авиационной бригады ВВС Балтийского флота. В июле 1943 года назначен командиром 8-й минно-торпедной авиационной дивизии ВВС Балтийского флота. Участвовал в обороне Ленинграда, в том числе в операции по прорыву блокады Ленинграда и операции по окончательному её снятию. Многократно лично совершал боевые вылеты на штурмовике Ил-2. Большое внимание уделял вопросам подготовки резерва и отправке его в действующие части ВВС. В ходе кампании 1943 года, когда подводные лодки Балтийского флота не имели возможности выйти в открытое море, торпедоносцы дивизии Суханова успешно наносили удары по вражеским судам, военно-морским базам, береговым батареям, а также поддерживали действия наземных войск. Только за тот год лётчики Суханова совершили в общей сложности более 4500 боевых вылетов, потопив 51 транспорт, 3 танкера, 1 канонерскую лодку, 1 тральщик и 7 других судов, поставили 450 мин, а также нанесли большой ущерб сухопутной инфраструктуре врага.