5 сентября 2019 года Самудио дебютировал за сборную Парагвая в товарищеском матче против Японии (0:2). 8 июня 2021 года принял участие в матче отборочного турнира чемпионата мира по футболу 2022 года против Бразилии (0:2), на 80-й минуте заменив Анхеля Ромеро. 10 июня был включён в заявку сборной на Кубок Америки. 24 июня забил свой первый гол за сборную в матче группового этапа против сборной Чили (2:0). Сборная Парагвая покинула турнир на стадии четвертьфинала, уступив сборной Перу в серии пенальти, сам Самудио не сумел реализовать свой удар в серии.