Durant la Seconde Guerre mondiale elle est occupée par l'Union Soviétique de septembre 1939 à juin 1941. Plusieurs familles polonaises sont déportées loin en URSS, et l'administration d'occupation est co-créée par des juifs locaux. De juin 1941 à juillet 1944 elle est occupée par l'Allemagne nazie. En 1941, les Allemands déportent 99 juifs locaux vers les ghettos d'Augustów et Grodno, d'où ils sont ensuite transportés bers le Camp d'extermination de Treblinka. Le , les Allemands tuent 50 polonais de Lipsk à Naumovichi. Parmi les victimes figure Marianna Biernacka, une des 108 Martyrs polonais de la Seconde Guerre mondiale. En juillet 1944, Lipsk est capturée par l'Armée rouge, avec le lot de meurtres et pillages qui s'ensuit, ainsi que le combat contre le mouvement de résistance polonais Armia Krajowa.