Tuttavia, ebbe maggior notorietà per la sua attività di aiuto regista, al fianco di registi come William Wyler in "Ore disperate" (1955) e "Il grande paese" (1958), Rudolph Maté in "Acque profonde" (1958), Sam Wood in "L'imboscata" (1950), "Il canto del Nilo", "Partita d'amore", e soprattutto Jack Conway, al fianco del quale lavorò in sei film. Per uno di questi, "Viva Villa!" (1934), Waters ricevette l'Oscar per la migliore aiuto regia nel 1935, dopo la candidatura dell'anno precedente.