Am 1. August 1858 wurde Moniuszko in Warschau zum Chefdirigenten der "Opera Narodowa" (Polnische Nationaloper) im Teatr Wielki ernannt. Schon während des ersten Jahres schafft Moniuszko es, eine seiner Opern auf den Spielplan zu setzen (Oper "Flis") und dirigierte während seiner folgenden 15 Jahre im Amt beinahe ausschließlich eigene Kompositionen. Hoffend, dass die Pariser eine seiner Opern ins Programm nehmen, reiste Moniuszko im Jahr 1862 erneut nach Frankreich. Der Erfolg blieb aus. Aufgrund des Wandels der politischen Verhältnisse im Zuge des polnischen Januar-Nationalaufstands, der im Ausland unvorteilhaft für künstlerische Aktivitäten war, kehrte er sehr früh auch wieder heim. 1864 begann Moniuszko am Warschauer Konservatorium Harmonik, Kontrapunkt und Komposition zu lehren, leitete dort den Chor. Seine Schüler dort waren u. a. Zygmunt Noskowski und Henryk Jarecki. Am 28. September 1865 erfreute sich die Uraufführung seiner neuen Oper "Das Gespensterschloss" enthusiastischer Rezeption und bewies einen Erfolg vergleichbar mit dem seiner Oper "Halka". Er wurde am Warschauer Konservatorium zum Professor für Komposition und Musiktheorie berufen.