Johnston stellte im Winter 1861/62 die Nord-Virginia-Armee auf und führte sie in der ersten Phase des Halbinsel-Feldzugs. Er agierte dabei, ähnlich wie später in Georgia, defensiv. Johnston gelang es mehrmals, die mehr als doppelt so starke Potomac-Armee am zügigen Vorgehen auf Richmond zu hindern. Um das zu erreichen, musste er aber immer Gelände aufgeben. Schwer verwundet in der schlecht koordinierten Schlacht von Seven Pines, in der Johnston, nicht zuletzt auf Drängen des Präsidenten, seinen Freund aus der Vorkriegszeit, Generalmajor McClellan angriff, folgte ihm am 1. Juni 1862 General Robert E. Lee als Oberbefehlshaber nach. Als Johnston später vom Ergebnis der Schlacht von Fredericksburg erfuhr (dort hatte der Oberbefehlshaber der Potomac-Armee, Generalmajor Ambrose E. Burnside, Division nach Division gegen die aus einem Hohlweg verteidigenden Südstaatler angreifen lassen und hohe Verluste erlitten), äußerte er sich verblüfft: