Bonilla kwam in totaal zeventien keer (vijf doelpunten) uit voor de nationale ploeg van Colombia in de periode 1997–2001. Onder leiding van bondscoach Hernán Darío Gómez maakte hij zijn debuut op 8 juni 1997 in een WK-kwalificatiewedstrijd tegen Uruguay (1-1), toen hij na rust inviel voor Walter Escobar. Andere debutanten in dat duel waren Carlos Asprilla en John Wilmar Pérez, beiden van America de Cali. Bonilla maakte deel uit van de selecties voor de Copa América 1997 en de Copa América 1999.