O reino de Portugal ficara entregue a cinco governadores dependentes dos Habsburgos, os quais hesitavam em reconhecer Filipe como Rei. Este se dispôs a conquistar Portugal pelas armas. O prior do Crato se fizera aclamar em Santarém, mas dispunha de poucas tropas. Filipe reuniu exército, entregou-o ao Duque de Alba; confiou ao Marquês de Santa Cruz o comando da esquadra, e conservou-se próximo da fronteira de Badajoz. Alba marchou sobre Setúbal; conquistando o Alentejo, atravessou para Cascais na esquadra do Marquês de Santa Cruz, marchou sobre Lisboa, derrotou o prior do Crato na Batalha de Alcântara a 4 de agosto de 1580, perseguiu-o até à província do Minho, e preparou enfim o reino para receber a visita do seu novo soberano.