Pavón est également un membre essentiel de l'équipe nationale du Honduras, dont il est le meilleur buteur de tous les temps avec 57 buts marqués. Il est célèbre pour avoir marqué un hat-trick contre le Mexique lors des qualifications pour la Coupe du monde 2002. Il inscrit aussi quatre buts contre Cuba, lors d'un match de poule de la Gold Cup 2007, le 13 juin 2007. Il inscrit surtout le but qui qualifie le Honduras pour la Coupe du monde 2010 lors d'une victoire (1-0) contre le Salvador, ce qui constitue la deuxième participation des "Catrachos" en Coupe du monde.