V rámci nežnej revolúcie došlo k odpolitizovaniu ústavu zánikom Základnej organizácie Komunistickej strany Slovenska 21. decembra 1989. Viacerí pracovníci ústavu sa následne zapojili do činnosti poradných orgánov vlády – Rady vlády SR pre národnosti (Štefan Šutaj, Marián Gajdoš, Anna Jurová) a Úradu vlády ČSFR a SR k rómskej problematike (Viera Bačová). Od roku 1989 do roku 1993 sa znížil stav pracovníkov zo 46 na 21.