Werner Forssman dovette affrontare l'obiezione dei suoi superiori e dei suoi colleghi che criticarono aspramente la sua esperienza, cinici nei confronti di quella che poi sarebbe stata una scoperta oltre il tempo. Dopo molti anni trascorsi nell'“Augusta Victoria Home ” non fu più assunto come assistente dal professor Ferdinand Sauerbruch che lo alienò definitivamente da una sua possibile illuminante carriera e non riuscì ad ottenere la fiducia di Wilhelm His, Sr., uno dei fondatori della fisiologia cardiaca. Non mancò la cruciale morte di una paziente affetta da peritonite purulenta alla quale fu somministrato del farmaco attraverso un catetere posizionato con la sua tecnica. Venne così definitivamente allontanato anche dalla clinica Charitè di Berlino. Ormai afflitto e frustrato decise di abbandonare il campo della cardiochirurgia e di dedicarsi ad urologia, specializzandosi a Berlino nell'ospedale " Rudolf Virchow " e a Magonza; iniziò poi, dopo essersi trasferito in campagna, a lavorare a Dresda. All'inizio della seconda guerra mondiale prestò servizio medico nell'esercito tedesco ma dopo poco tempo fu reso prigioniero sul Fronte occidentale dagli Alleati per circa sei mesi nel 1944. Dopo alcuni mesi dalla liberazione, il suo sostegno al governo fu premiato con il ruolo di chirurgo principe di gerarchi e militari, con l'attribuzione di generale e della Croce di Ferro, numerosi riconoscimenti e premi autorevoli. Fu anche nominato responsabile della Sezione Medica del Consiglio della Ricerca del Reich che gestiva studi su internati nei campi di concentramento o detenuti in manicomio. Pur con numerosi incarichi, continuò anche inalterata la sua professione come medico di provincia accanto alla moglie, anch'ella medico.