En 1942, les nazis ont lancé l'opération "Reinhard", la déportation systématique des Juifs vers les camps d'extermination. Les autorités nazies de toute l'Europe déportèrent des Juifs vers des ghettos d'Europe de l'Est ou le plus souvent directement vers des camps d'extermination construits par l'Allemagne nazie en Pologne occupée. Près de 300 000 personnes furent déportées du seul ghetto de Varsovie à Treblinka en 52 jours. Dans certains ghettos, des organisations de résistance locales organisèrent des soulèvements de ghetto. Aucun n'a réussi et les populations juives des ghettos furent quasi-systématiquement entièrement tuées. Le 21 juin 1943, Heinrich Himmler émit l'ordre de liquider tous les ghettos et de transférer les habitants juifs restants vers des camps de concentration. Quelques ghettos furent redésignés comme camps de concentration et existèrent jusqu'en 1944.