S otcem byl v názorovém souznění a poté, co se rozhořela občanská válka, odmítl opustit zemi. V červnu 2011 na něj byl vydán mezinárodní zatykač. V srpnu 2011 pak libyjští povstalci oznámili, že Sajfa zadrželi, což se nakonec nepotvrdilo. V říjnu 2011 se nejprve spekulovalo o jeho smrti, později se dokonce hovořilo o jeho zadržení ve městě Zlitán 160 kilometrů východně od Tripolisu. Kaddáfí se má zdržovat pod ochranou kmene Tuaregů u hranic s Nigerem. Ačkoliv jsou připuštěna jeho neoficiální jednání s Mezinárodním trestním soudem (ICC) o možnosti vydání se soudu, existují i informace o nabídce žoldáků zajistit Kaddáfímu převoz do africké země, která není signatářem dohody o ICC, čímž by bylo Kaddáfího vydání do Haagu znemožněno.