אחרי פיטורי מאנצ'יני החתימה אינטר את ז'וזה מוריניו הפורטוגלי המצליח למאמן כשבפניו הוצבה מטרה ברורה, הצלחה בליגת האלופות. בעונתו הראשונה של מוריניו 2008/2009, זכתה אינטר באליפות רביעית ברציפות וה-17 בתולדות המועדון. בנוסף, זכתה בסופר קאפ האיטלקי הרביעי שלה אחרי ניצחון על רומא, אך באירופה נכשלה כששוב הודחה בשמינית הגמר על ידי מנצ'סטר יונייטד. בגביע האיטלקי אחרי ארבעה גמרים רצופים הודחה הקבוצה בחצי הגמר על ידי סמפדוריה.