שווייץ הצטרפה להגבלות שהוטלו על עיראק ב-6 באוגוסט 1990, ארבעה ימים לאחר הפלישה לכווית, אף על פי שעדיין הייתה רק במעמד של משקיפה באו"ם; ב-25 ביוני 2003, לאחר נפילתו של סדאם חוסיין ובהתאם להחלטת מועצת הביטחון של האו"ם, הקלה ממשלת שווייץ על רבות מהסנקציות שהוטלו כנגד עיראק, ההגבלות שבוטלו היו הגבלות על המסחר, הטיסות, והפיננסים; אך ההגבלות של אמברגו הנשק והקפאת הנכסים נותרו בתוקפן; בראשית שנות ה-2000 הצטרפה שווייץ לסנקציות שהוטלו כנגד אפגניסטן וארגון הטליבאן, ההגבלות כללו בין היתר הגבלות טיסה ליעדים בינלאומיים על חברת התעופה האפגנית אריאנה (לאחר נפילת בטליבאן ב-2001, הוסרו מגבלות התעופה מתוך מחווה של רצון טוב, אולם ב-2006 בשל ליקויי בטיחות נאסרה טיסת החברה לאיחוד האירופי.) והגבלות הקשורות לגידול ותעשיית האופיום באפגניסטן ששימשה למימון ארגון הטליבאן; כמו כן הצטרפה שווייץ לסנקציות שהוטלו על לוב בעקבות האסון בהפלת טיסה 103 של פאן-אם.