Werner commande la corvette à vapeur "Nymphe" au déclenchement de la guerre des Duchés de 1864 contre le Danemark, et se distingue à la bataille navale de Jasmund, le . Il est donc nommé "korvettenkapitän" et prend le commandement en 1866 de l'"Arminius", grâce auquel il s'empare des forteresses hanovriennes (le Hanovre étant allié de l'Autriche) sur l'Elbe, la Weser et l'Ems. Il participe au siège de Hanovre sous le commandement du général von Manteuffel. Ensuite, de 1867 à 1869, Werner est directeur des chantiers navals de Dantzig, puis il commande la frégate blindée "Kronprinz" de conception toute nouvelle. Il est nommé capitaine de vaisseau en 1870. Il sort plusieurs fois de Wilhelmshaven à bord de la "Kronprinz" pour échanger des tirs contre la flotte française qui organise un blocus.