Aiskhylos kunnostautui kirjailijanuran lisäksi myös sotilaana persialaissodissa vuosien 490–479 eaa. välillä. Hänen ensimmäinen suuri taistelunsa oli Marathonin taistelu vuonna 490 eaa. Hän ja hänen veljensä Kynaigeiros saavuttivat siinä niin paljon mainetta, että heidät kuvattiin maalauksessa, joka oli tehty Dionysoksen teatterille, Pausaniaan mukaan jo kauan ennen sinne pystytettyä Aiskhyloksen patsasta. Aiskhylos osallistui myös Artemisionin ja Salamiin taisteluihin (480 eaa.) sekä Plataiain taisteluun (479 eaa.).