Получил назначение на должность помощника начальника отдела морской группы при Главнокомандующем войсками Северо-Западного направления. Являлся ближайшим помощником адмирала И. С. Исакова по организационным вопросам — в частности, занимался формированием морских батальонов для обороны Ленинграда, эвакуацией населения блокадного города, оборудованием огневых позиций кораблей. С сентября 1941 года возглавлял оперативную часть Осиновецкого военного порта Ладожской военной флотилии, который приобрёл особое значение как конечный пункт «Дороги жизни» на Ладожском озере. С января 1942 года командовал 1-м дивизионом эскадренных миноносцев Балтийского флота. Корабли дивизиона Иванова несли вахту на Неве и Усть-Ижоре, систематически обстреливая укреплённые районы немецких войск, ведя контрбатарейную стрельбу, а затем успешно действовали во время прорыва блокады Ленинграда и операции по окончательному её снятию. Помимо боевой работы, занимался подъёмом затонувших кораблей, их восстановлением и введением в строй.