Onana pelasi Kamerunin maajoukkueessa ensimmäisen ottelunsa syyskuussa 2016 Gabonia vastaan. Seuraavan maaottelunsa hän pelasi kesäkuussa 2017 ja oli Maanosaliittojen cupissa joukkueen varamaalivahti. Vuodesta 2018 lähtien hän on päässyt useammin pelaamaan ja Afrikan-mestaruuskilpailuissa 2019 hän oli maajoukkueen ykkösmaalivahti. Kaikkiaan hän on pelannut 16 maaottelua.