Durant la Guerra Civil d'El Salvador, Morazán va ser una de les zones més disputades del territori nacional. L'Exèrcit Revolucionari del Poble, una de les organitzacions integrants del FMLN, va concentrar una nombrosa tropa insurgent en diversos campaments de la zona nord del departament. Així mateix, prop de Perquín va estar instal·lada la base d'operacions de Ràdio Venceremos. El 1981, una unitat de la Força Armada d'El Salvador va perpetrar prop d'Arambala la Massacre del Mozote, en la qual van morir uns 1 000 camperols.