В 1995 году Берналь принял участие в Кубке Америки, а также помог сборной завоевать бронзовые медали на Кубке Короля Фахда. В 1998 году Марселино во второй раз принял участие в Чемпионате мира во Франции. На турнире он сыграл в поединках против сборных Германии и Южной Кореи. Сразу после окончания мундиаля он завершил карьеру в сборной.