José Manuel Abundis był ważnym ogniwem reprezentacji Meksyku w latach 1996-2001. Brał udział w Igrzyskach Olimpijskich 1996, Copa América 1997, Pucharze Konfederacji 1997, Pucharze Konfederacji 1999, Złotym Pucharze CONCACAF 2000 i Pucharze Konfederacji 2001.