В 2001 году он вернулся в Швецию, в клуб «Юргорден» и выиграл с ним чемпионаты страны 2002 и 2003 годов и Кубок Швеции 2003 года. В это же время он стал игроком сборной Швеции, дублёром Магнуса Хедмана. Свой первый матч за сборную Швеции Исакссон сыграл в марте 2002 года. Травма Хедмана позволила Исакссону занять постоянное место в воротах национальной команды, в которой он сыграл все кроме одного матчи отборочного турнира Чемпионата Европы 2004 и все матчи финального турнира.