Током периода Француског царства (1804-1814), Сијес се није политички истицао. Током Наполеонових 100 дана (1815), Сијес је био члан "коморе равноправних". Након Бурбонске рестаурације, Сијес је 1816. године избачен из Академије моралних и политичких наука од стране Луја XVIII. Преселио се у Брисел, али се после Јулске револуције (1830) вратио у Француску. Умро је у Паризу 1836. године у животној доби од 88 година.