През 1995 г. Ечеберия става голмайстор на Световното първенство за юноши в Катар със седем гола. В испанския отбор личат иманата на Раул, Иван де ла Пеня, Фернандо Мориентес и Мичел Салгадо, но той успява да се пребори едва за четвъртото място. За мъжкия отбор дебютира на 19 ноември 1997 г. срещу Румъния, вкарвайки гола при равенството 1:1. Участва на СП 1998, Евро 2000 и Евро 2004, но и в трите случая испанците се представят под очакванията и само през 2000 г. достигат четвъртфинал. В периода 1997 - 2004 г. Ечеберия има 53 мача и 12 гола за Испания, като по тези показатели към октомври 2009 г. е съответно на 22-ро и 18-о място сред испанските си колеги.