La prima fase dello scontro (1237 - 1249), nonostante la Battaglia della Meloria del 1241, quando la flotta imperiale intercettò al largo delle coste di Livorno la flotta papale spingendola sulle secche e prendendo prigionieri alti porporati, vide la vittoria dei Comuni, che sconfissero pesantemente Federico II nella Battaglia di Fossalta (vicino a Modena) nel 1249. Federico II perse il figlio, Enzo di Sardegna, fatto prigioniero e morto in cattività a Bologna. Federico II morì nel 1250 ed Enzo nel 1272. Contemporaneamente, a Firenze, i ghibellini, di parte guelfa, alleata della Lega Lombarda, godeva infine dell'importantissima benevolenza del Papa e dell'alleanza di Pistoia, di Grosseto e di Lucca, ma - soprattutto - di Carlo I d'Angiò, fratello del re di Francia. Ghibelline erano, invece, Arezzo, Siena, Pisa, Empoli, Montepulciano, Montalcino. Più in generale la fazione ghibellina era disseminata in tutta la Toscana e, pur essendo generalmente minoritaria, essa trovava in Siena e Pisa due baluardi duri a morire. Nel 1248 i ghibellini presero il potere a Firenze, ma il tramonto degl'imperiali e la morte di Federico II provocò la loro cacciata dalla città nel 1251.