W czasie II wojny światowej klub zaprzestał prowadzenia działalności. Wszelka aktywność sportowa Polaków była zabroniona przez władze okupacyjne. W toku wojny zamordowanych zostało ponad 50 członków WTW – zgodnie z powojennymi ustaleniami: 3 w kampanii wrześniowej, 3 w Katyniu, 8 w obozach hitlerowskich, 7 w egzekucjach, 3 na frontach, 12 w Oświęcimiu i 14 w powstaniu warszawskim. W wyniku działań wojennych i powstania warszawskiego, przystań wioślarska WTW została całkowicie zniszczona, a Dom przy ul. Foksal był wypalony, lecz mury przetrwały pożar. Jesienią 1945 roku 100 członków klubu rozpoczęło odbudowę siedziby zimowej przy ul. Foksal. W 1946 roku ruszyła natomiast odbudowa przystani nad Wisłą i podjęto pierwsze treningi na wodzie. Pierwsze zawody po wojnie odbyły się w Warszawie w 1947 roku, z udziałem AZS i Wukawek.