Nachdem Barghasch während zäher Verhandlungen mit der Deutsch-Ostafrikanischen Gesellschaft (DOAG) plötzlich gestorben war, wurde Chalifa zu dessen Nachfolger als Sultan berufen. Gegenüber der DOAG zeigte er sich deutlich entgegenkommender und unterzeichnete am 28. April 1888 den sogenannten "Küstenvertrag," dem zufolge Sansibar gegen Entschädigungszahlungen der Gesellschaft die Oberhoheit über die ostafrikanische Küstenzone und die Zolleinnahmen aus deren Häfen verpachtete. Der Flaggenwechsel führte zum Aufstand der ostafrikanischen Küstenbevölkerung.