Les "Històries", per la seva extensió i el fet d'estar escrites en prosa, tenen una estructura complexa. De fet, es poden distingir dues estructures, una d'externa, que va ser fixada pels editors d'Alexandria que van publicar l'obra sota la dinastia dels Ptolemeus, que la van distribuir en nou llibres o unitats temàtiques d'una llargada semblant. Al menys des del segle II aC, cada llibre estava associat amb una de les nou Muses les divinitats protectores de les arts. Aquesta distribució és la que encara s'utilitza, encara que no respecta gaire el ritme intern de l'obra. A l'estructura interna Heròdot va explicar els antecedents remots de les guerres mèdiques fins a la seva causa immediata, la Revolta Jònica, per arribar a les victòries gregues de Marató, Salamina, Platea i Mícale i acabant amb la presa de Sestos pels grecs, la base persa als Dardanels. L'obra tenia dos parts quasi iguals, una primera on explora, des d'un punt de vista quasi etnogràfic, l'Imperi Persa, les formes de viure dels perses i dels seus vassalls, i aprofita per explicar els canvis polítics i militars. A la segona part, fa un recull dels conflictes entre perses i grecs. Com ja havia fet Homer i després faria Tucídides, Heròdot dona a conèixer els fets simultanis i successius juntament amb els seus propis comentaris com a narrador, i introdueix discursos i converses dels personatges.