Его отец и мать имеют итальянское происхождение. Барнетта начал свою карьеру в родном «Санкт-Галлене». Уже в 17 лет он дебютировал в основном составе. После чемпионата Европы 2004 года он перебрался в немецкий клуб «Байер 04» из Леверкузена. Свой первый сезон для Транквилло сложился неудачно, он был отдан в аренду «Ганноверу», где, сыграв несколько матчей, получил травму и пропустил много времени.