Era filho de Góbrias e genro de Dario I, por se haver casado com a filha deste, Artozostra. Após a revolta da Jónia, Mardónio foi enviado à Grécia Continental, incumbido de castigar Atenas pelo papel que havia tido no fomento da revolta das cidades da Jónia. Porém, como tivesse apanhado uma tempestade junto ao Monte Athos, acabou por regressar, tendo sido exonerado do comando das tropas, e como tal não participou da batalha de Maratona, em 490 a.C..