קירשנר ביצע שינויים פרסונליים מרחיקי לכת בצמרת הממשל. בכירים בצבא, חלקם כאלה שהיו מעורבים במלחמה המלוכלכת, הודחו, ושופטים שמרנים ודתיים בבית המשפט העליון הוחלפו בשופטים המזוהים עם השמאל.