Münstereifel wurde wie das gesamte linke Rheinufer im Ersten Koalitionskrieg von französischen Truppen besetzt; im Jahr 1798 erfolgte die Annexion dieses Gebiets durch die Erste Französische Republik. Münstereifel wurde zu einer Mairie (Bürgermeisterei) im Département de Rhin-et-Moselle. Hier gehörte es zum Kanton Rheinbach im Arrondissement de Bonn. Die Säkularisation der Klöster und des Stifts um 1802 durch Napoleon bedeutete einen schweren Rückschlag für das wirtschaftliche Leben der Stadt, das durch zuletzt sieben Klöster und Kirchen mit insgesamt etwa 100 Priestern, Schwestern und Laienbrüdern geprägt wurde.