Under hans styre ble situasjonen i Argentina veldig ustabil, og motstandsbevegelsen Mødrene av Plaza de Mayo ble opprettet. 11. desember ble Roberto Viola avsatt under et nytt militærkupp ledet av generalløytnant Leopoldo Galtieri. I 1983 ble Roberto Viola arrestert for brudd på menneskerettigheter fra det som er kjent som Guerra sucia en Argentina («Den skitne krigen»). Han skulle sitte i fengsel til år 2000, men døde i 1994.