Nach der Niederlage blieb er in Vichy-Diensten, beteiligte sich aber an einem Résistance-Netzwerk, das französische Kriegsgefangene – darunter General Giraud – bei der Flucht unterstützte. Im November 1942 floh er vor der Gestapo nach Nordafrika, wo kurz zuvor die Alliierten gelandet waren. In Algier schloss er sich den freifranzösischen Kräften unter General Giraud an, der ihn zum Chef seines Militärkabinetts machte. Mitte 1943 gehörte er der französischen Militärmission in London an. Im Herbst übernahm er das Kommando über das 3. Algerische Schützenregiment ("3e régiment de tirailleurs algériens") und nahm mit diesem von Dezember 1943 bis August 1944 unter General Goislard de Monsabert am Italienfeldzug teil. Das Regiment zeichnete sich hier in der Schlacht um Monte Cassino aus und zählte zu den ersten alliierten Verbänden in Rom. Am 16./17. August 1944 landete Linares, inzwischen im Rang eines Oberst ("colonel"), mit seinem Regiment an der Côte d’Azur (Operation Dragoon) und beteiligte sich an der Einnahme von Toulon. Im September wurde er stellvertretender Stabschef der Armee B unter General Lattre de Tassigny. Dieser lernte Linares als effizienten Offizier und engen Vertrauten zu schätzen und förderte seine weitere Karriere: Bereits im November 1944 wurde Linares zum Brigadegeneral ("général de brigade") befördert, im Februar 1945 wurde er Stabschef der nunmehr umbenannten 1. Armee ("1re armée"). Ende März stießen die französischen Truppen nach Süddeutschland vor. Im April wurde Linares zum Kommandeur der 2. Marokkanischen Infanteriedivision ("2e division d’infanterie marocaine") ernannt. Bei Kriegsende befand er sich in Vorarlberg.