За основную сборную Колумбии Франсиско Кассиани выступал с 1995 по 1997 год, проведя за «кафетерос» пять матчей. Он принял участие в Кубке Америки 1995 года, на котором колумбийцы заняли третье место, однако сам Кассиани на поле ни разу не появился.