Florens V., Graf von Holland, versuchte sich des neuen Handelshafens zu bemächtigen und gewährte dessen Händlern Zollfreiheit. Gijsbrecht van Amstel, der gegen den Bischof von Utrecht rebelliert hatte, musste sich 1285 dem Grafen als Vasall unterwerfen, war jedoch 1296 in dessen Ermordung verwickelt. Sein Sohn Jan van Amstel nutzte 1303 eine flandrische Invasion in Holland, um sich von diesem loszusagen, wurde jedoch nach Abzug der Flamen unterworfen und musste die Stadtmauern schleifen und die Brücken zerstören; der Ort verlor alle Handelsprivilegien. Diese wurden erst nach der endgültigen Eingliederung Amsterdams in die Grafschaft Holland 1317 erneuert. Sodann wurden Amsterdam auch Stadtrechte verliehen, wie sie zuvor schon Dordrecht, Haarlem, Delft und Leiden erhalten hatten. Unter den Grafen von Avesnes und ihren Nachfolgern, den Wittelsbachern der Linie Bayern-Straubing, erlebte Holland eine Periode des Wohlstands, die mit dem Eindringen der burgundischen Macht beendet wurde – 1433 fiel Holland an Philipp den Guten, der es von Brüssel aus regierte. Der Haken-und-Kabeljau-Krieg zwischen 1350 und 1490 war ein lange schwelender Machtkampf des Bürgertums in den holländischen Städten, im Bündnis mit den Burgunderherzögen, gegen die Interessen des lokalen Feudaladels.