Első válogatott meccse 1994. február 23-án Törökország ellen volt. Emellett ez volt a válogatott első meccse azóta, hogy Csehszlovákia 1992-ben felbomlott. Poborský a válogatottal játszott az 1996-os, a 2000-es és a 2004-es Eb-n, valamint a 2006-os vb-n is. A 2006–2007-es szezon végén hagyott fel végleg az aktív futballal. A legjobb eredményei a válogatottal egy döntő az 1996-os Eb-n, valamint egy bronzérem a 2004-es Eb-n. A 2006-os vb, mint a válogatottnak, neki sem sikerült. Itt a csehek már a csoportkörben kiestek. Ő volt a válogatott csapatkapitánya a 2004-es Eb-n és a 2006-os vb-n is.