В начале 1944 года ВЛИК послал полковника Казимераса Амразеюса на дипломатическую миссию в Стокгольм, но его схватили и допрашивали агенты гестапо в Эстонии. Это привело к арестам восьми членов комитета 29 — 30 апреля 1944 года. В 1944 году, когда Красная Армия наступала в Прибалтике, большинство членов ВЛИК бежали в Германию. ВЛИК прекратил свою деятельность в Литве. ВЛИК оставил трёх своих членов в Литве, но остался только один. Связь с Литвой была практически разорвана, было очень мало контактов с группами антисоветского сопротивления.