Entrado el siglo XIX, la iglesia fue utilizada en 1823 como caballeriza de las tropas francesas durante la intervención de los Cien Mil Hijos de San Luis en favor del absolutismo, y el 25 de julio de 1835 el convento se vio afectado por el real decreto, por el que se ordenó la supresión de las propiedades conventuales. Esta resolución entraba dentro del contexto de la inminente desamortización del presidente Juan Álvarez Mendizábal (1836), de forma que se traspasó el convento como propiedad privada a la familia Picó (que levantaría la desaparecida botica de la calle Mayor), quedando únicamente como propiedad eclesiástica el templo.