Au début de la guerre, il est nommé le colonel du 89e régiment d'infanterie de New York dont il assure le commandement et avec lequel il participe à l'intégralité de la guerre de Sécession, sous les ordres du major-général Ambrose Burnside en Caroline du Nord et lors de la campagne de la Péninsule. Il prend part aux batailles de South Mountain, d'Antietam, de Fredericksburg, de Cold Harbor, de Petersburg, de Fair Oaks et d'Appomattox. En 1864, il est le commandant de la Brigade de la Division du XXIV Corps d'Armée, aux ordres du major-général John Gibbon et est présent lors de la reddition du général Lee. Il est breveté général de brigade, le , pour l'ensemble de ses services durant le conflit et se retire de l'armée le .