С прошлого мая с 24 числа сентября по третье число сделано исподних [нижних] житий на длиннике на тридцати семи саженях, попереченку на десяти саженях; а в том длиннике и поперечнике сделано: 4 палаты живых, 4 погреба теплых и с выходами в 2 ледника, и три проезда на середине, что под столовую палату, и выверстано архидрат [архитрав], все здания архидрат и влат [фриз] и гзмыз [карниз], будет в отделку нынешнего 206 го(да) октября к 1-му [по современному летоисчислению — 11 октября 1698 года] числу кругом всего здания, а под верхние жилые палаты всверстается под пороги. Из писем Аксамитова следует, что изначально дворец состоял только из корпуса вдоль Яузы. Это противоречит мнению историка Морица Поссельта о возведении комплекса со всеми флигелями одновременно. Согласно рапорту зодчего, на первом этапе строительства возвели нижний этаж, который частично уходил под землю со стороны двора. Второй этап работ начался весной 1698 года, но по причине внезапного возвращения императора и его спутников для усмирения Стрелецкого бунта строители были вынуждены спешно завершать работы. Отделка помещений велась уже под непосредственным руководством Петра I.