Más tarde entró en acción en la batalla de Farsalia en el año 48 a. C., Julio César llevó la VI a Alejandría para decidir la disputa en Egipto con Cleopatra. Alejandría fue sitiada, y la VI sufrió muchas bajas, perdiendo casi dos tercios de sus efectivos. César con el tiempo triunfó con refuerzos cuando llegó Mitrídates de Pérgamo.