Стойкость и инженерная подготовка выпускников были доказаны во время Великой Отечественной войны. Особую роль в обороне Ленинграда сыграл форт «Красная Горка», построенный по проекту профессора К. И. Величко, преподававшего в Военно-технической академии РККА им. Ф. Э. Дзержинского до самой смерти в 1927 году. ВИТУ ВМФ реально участвовало в войне, выпуская военных инженеров для всех фронтов. Кроме того, личный состав непосредственно принимал участие в обороне Ленинграда. Преподаватели и курсанты участвовали в работах по строительству оборонительных сооружений летом и осенью 1941 года, обеспечивали патрульную службу, занимались маскировкой зданий и сооружений, осуществляли инженерное обеспечение обороны города, готовясь к уличным боям. Значительная часть профессорско-преподавательского состава принимала участие в экспертных и проектных работах для фронта. Группу экспертов начальника инженерной обороны Ленинграда возглавлял академик Б. Г. Галёркин. В группу входили профессора Б. Д. Васильев, Н. А. Кандыба, C. А. Шустиков, Н. И. Унгерман, доценты С. С. Голушкевич, П. И. Клубин. Научные работы С. С. Голушкевича о ледовых переправах обеспечили теоретическую основу для создания Дороги жизни на Ладожском озере и связи со страной. Профессор Н. Н. Лукницкий занимался научными консультациями производства сборных железобетонных огневых точек. Профессор Л. В. Канторович решал проблему уменьшения рисков и обеспечения безопасности Дороги жизни. Механическая мастерская лаборатории кафедры сопротивления материалов круглосуточно производила детали стрелкового оружия. Большое количество выпускников, командиров, преподавателей и курсантов, участвовавших в войне, были удостоены высоких правительственных наград. курсанты награждённого годом ранее орденом Красного Знамени училища приняли участие в Параде Победы, а всему личному составу были вручены медали «За оборону Ленинграда».