La crisi libica è stata una grande sfida di politica estera per Lawrence Gonzi e il suo governo. Il Primo Ministro ha denunciato i crimini contro l'umanità perpetrati dal regime di Gheddafi sin dall'inizio del conflitto. Durante tutta la crisi Malta è stata il fulcro dell'evacuazione di cittadini stranieri dalla Libia. Gonzi ha fornito assistenza umanitaria e medica alla Libia, e concesso asilo a due piloti dell'aeronautica libica che hanno disertato dopo aver ricevuto l'ordine di bombardare i manifestanti a Bengasi. Lawrence Gonzi ha rifiutato di restituire i jet al regime di Gheddafi, consentendo alla NATO di atterrare a Malta per far rispettare una zona di non volo stabilita dalle Nazioni Unite, e scambiando informazioni sul conflitto libico con la NATO. Gonzi offrì anche un prezioso supporto ad altre nazioni europee, negoziando il rilascio di due piloti olandesi tenuti prigionieri dalle forze di Gheddafi.