Dès 1945, ils sont victimes de mesures discriminatoires, telles que l'exclusion de la fonction publique, la mise sous tutelle des écoles juives pour « égyptianiser et arabiser » leurs programmes, l'obligation aux organisations communautaires de transmettre à l’État la liste de leurs adhérents et l'expulsion des Juifs résidant dans les palais du roi Farouk. En 1947, une loi sur les sociétés commerciales, visant à « l'égyptianisation des affaires publiques et commerciales », exige que « 75 % des employés [soient] de « vrais » Égyptiens (arabes ou musulmans) ». De ce fait, une majorité de Juifs perdent leurs moyens de subsistance. En , il leur est interdit de quitter l’Égypte pour Israël et en 1950, les passeports sont retirés à ceux qui partent pour l’étranger. En , leurs biens sont mis sous séquestre. Entre 1945 et 1952, des émeutes anti-britanniques et antisémites accompagnées de pillages éclatent dans plusieurs villes. À la suite de la proclamation de l’État d’Israël le , un millier de Juifs sont internés pour sionisme. En 1956, une des répercussions immédiates de la campagne de Suez est la publication, le , d'une proclamation mentionnant que tous les Juifs sont des sionistes et des ennemis de l'État et qu'ils seront bientôt expulsés. Quelque , soit à peu près la moitié de la communauté, quittent l'Égypte pour s'installer en Europe, notamment en France, aux États-Unis et en Amérique du Sud, mais un grand nombre émigre aussi en Israël, après avoir signé une déclaration mentionnant qu'ils quittent le pays volontairement et acceptent la confiscation de leurs avoirs. Un millier d'autres sont emprisonnés. Des mesures similaires sont prises à l'encontre des nationaux britanniques et français en représailles à la participation de leur pays à la guerre. Dans son introduction, Joel Beinin résume : « Entre 1919 et 1956, la totalité de la communauté juive, comme la société Cicurel, est transformée d'un atout national en une cinquième colonne ».