Erste internationale Erfahrungen sammelte Abubaker Ali Kamal im Jahr 1999, als er bei den Jugendweltmeisterschaften in Bydgoszcz im 1500-Meter-Lauf in 3:45,72 min den vierten Platz belegte und anschließend bei den Juniorenasienmeisterschaften in Singapur mit neuem Meisterschaftsrekord von 3:42,46 min die Goldmedaille gewann. Bei den Crosslauf-Weltmeisterschaften 2000 in Lissabon erreichte er nach 24:19 min Rang 13 in der U20-Wertung und gewann anschließend bei den Asienmeisterschaften in Jakarta in 3:52,64 min die Silbermedaille hinter seinem Landsmann Mohamed Suleiman. Bei den Juniorenweltmeisterschaften in Santiago de Chile belegte er in 3:44,12 min den siebten Platz. Im Jahr darauf erreichte er bei den Arabischen Meisterschaften in Damaskus nach 8:54,22 min Rang vier im Hindernislauf. 2002 gewann er bei den Juniorenweltmeisterschaften in Kingston in 8:33,67 min die Bronzemedaille im Hindernislauf und gewann anschließend auch bei den Asienmeisterschaften in Colombo in 8:37,4 min die Bronzemedaille hinter seinem Landsmann Khamis Abdullah Saifeldin und Saad Shaddad al-Asmari aus Saudi-Arabien. Daraufhin nahm er erstmals an den Asienspielen in Busan teil und gewann dort in 8:31,75 min die Silbermedaille hinter Landsmann Saifeldin. Gegen Ende des Jahres siegte er bei den Juniorenasienmeisterschaften in Bangkok mit neuem Meisterschaftsrekord von 8:53,47 min und gewann über 1500 Meter in 3:53,48 min die Silbermedaille.