W 1939 r., w następstwie okupacji niemieckiej 1939-45, gmina wcielona została do prowincji Śląsk. Od 1941 r. prowincję Śląsk podzielono na dwie części, jej część wschodnią nazwano prowincja Górny Śląsk i odtąd gmina Trzebinia do niej przynależała. 1 stycznia 1942 r. zniesiona i przekształcona: w gminę Młoszowa (Dulowa, Karniowice, Lgota, Młoszowa, Myślachowice, Ostrężnica, Piła Kościelicka, Płocki i Psary) i gminę Siersza (Balin, Góry Luszowskie, Siersza i Wodna wraz z Ciężkowicami – bez ich części o nazwie Pieczyska) – dołączonymi tego samego dnia do gminy Trzebinia ze zniesionej gminy Szczakowa; Górkę i Trzebionkę włączono natomiast do miasta Trzebinia.