Wegen seines Ehrgeizes und seiner Loyalität zur Partei wurde er von Heinrich Himmler am 4. (oder 14.) Oktober 1939 zum Höheren SS- und Polizeiführer (HSSPF Ost) im Generalgouvernement ernannt. Damit stieg er zum mächtigsten Mann im besetzten Polen auf, wo er für zahlreiche Kriegsverbrechen verantwortlich war – unter anderem für die Vernichtungslager, die Zwangsarbeitslager, den Einsatz von Polizei und SS bei den Räumungen der Ghettos, die Niederschlagung des Aufstands im Warschauer Ghetto, die Durchführung der „Aktion Erntefest“, die Partisanenbekämpfung im Generalgouvernement, den Terror gegenüber der polnischen Bevölkerung, Massenerschießungen, die Vernichtung der polnischen Führungsschichten (u. a. AB-Aktion) und die Vertreibung von über 100.000 polnischen Bauern aus der Gegend in der Aktion Zamość. Ab Mai 1942 fungierte er zudem als Staatssekretär für das Sicherheitswesen im Generalgouvernement.