V 19. a v 1. polovině 20. století se na místě nynějšího Bejt Še'anu nacházelo menší arabské město Bejsan. V září 1918 byla tato oblast dobyta v závěru první světové války britskou armádou a Bejt Še'an se stal do roku 1948 součástí britské mandátní Palestiny. Během arabských nepokojů v roce 1929 odtud odešla nevelká židovská komunita. Do roku 1948 pak šlo o ryze arabské město. Samotný Bejsan zůstával převážně arabským sídlem, ale od 20. let 20. století vznikaly v jeho okolí první židovské osady (například kibuc Ejn Charod). Podle plánu OSN na rozdělení Palestiny z roku 1947 se měl Bejsan stát součástí židovského státu. V roce 1945 měl Bejsan 5720 obyvatel (z toho 540 židovských, zbytek Arabové). Během následné arabsko-izraelské války pak 12. května 1948 Bejsan dobyly v rámci operace Gid'on židovské síly Hagany. Dobytí tohoto regionu provedla brigáda Golani. Místní arabské obyvatelstvo v průběhu bojů oblast opustilo.