Первые перехватчики Молния планировались к передаче на вооружение в ИАП №341, №343, №345 и №361-й ПВО в составе береговой воздушной армии. Первоначально ВА №10 ВМС была сформирована из ИАЭ ДАВ №1 ВМС. Ожидая поступления перехватчиков в войска, ИАП №341 в июле 1944 г. имел на вооружении корабельные И-0 и бипланы УТИ-93. Перевооружение затянулось до осени 1944 г., в результате чего ИАП ВА №10 (кроме ИАП №341) были расформированы. Среднепланы первых серий были поставлены также дислоцированному на Филиппинах ПВО ВМС. В ноябре 1944 г. ИАП №341 и №201 ПВО ВМС с Филиппин обеспечивали поддержку действий соединений ВМС в оборонительной операции у арх. Филиппин (з. Лейте). В стратегической операции ВМС Императорской Японии перехватчики Молния использовались в качестве истребителей ПВО, береговых разведчиков, и легких торпедоносцев. В конце октября 1944 г. для обороны Филиппин с о. Тайвань на о. Лусон был переброшен ИАП (более ста машин). Полк воевал с умением и жесткостью, но вскоре ему пришлось столкнуться с нехваткой материалов и запчастей в связи с морской и воздушной блокадой островов базирования. Получив первые машины осенью, был передислоцирован на военный аэродром ВМС Такао (г. Гаосюн, о. Тайвань), где с октября пытался сдерживать продвижение к берегам метрополии 38-й ВМС США (основной авианосной группировки, продвигавшейся к берегам Японии). В середине октября у о. Тайвань произошел один из самых крупных боев между силами ИАП №341 (до трех рот перехватчиков Молния) и авиацией ВМС США (до трех ИАЭ ВМС США, где ПВО ВМС Японии потеряло 14 машин, сбив десятку противника.. С начала 1945 г. ИАП №341 приступил в формированию таранных групп камикадзэ и после понесенных потерь был выведен в метрополию на о. Сикоку (аэродром ВМС Мацуяма).