Hegemonia partidului s-a încheiat cu Revoluția de catifea din 1989. În noiembrie, Jakeš și întregul prezidiu și-au dat demisia. Jakeš a fost succedat de Karel Urbanek, care a deținut puterea doar vreo lună, înainte ca partidul să abandoneze oficial puterea în decembrie. Mai târziu în decembrie, Husák, care a păstrat președinția după ce a depus funcția de secretar general, a fost obligat să jure în primul guvern necomunist al țării după 41 de ani.