康熙五十九年（1720年），清兵進駐吐魯番，莽蘇爾“迎獻駝馬”。但清兵主力撤回後，莽蘇爾因降清被策妄阿拉布坦囚禁於喀喇沙爾（今焉耆縣）。乾隆二十年（1755年）春，朝廷發兩路大軍征討達瓦齊，平定準噶爾。莽蘇爾、哈什木得知後，再次逃出並向清軍投誠。定北將軍班第認為莽蘇爾“為人平常”（平庸之輩），奏請定奪是否應將莽蘇爾送回吐魯番、管理舊部。班第認為，莽蘇爾為察合台後王，應送回吐魯番管理回衆；而額敏和卓所屬部眾，應遣回原籍魯克察克（今鄯善縣魯克沁鎮）。未幾，阿睦爾撒納及大小和卓相繼反叛。莽蘇爾不得回歸吐魯番，與哈什木一同逃往葉爾羌。乾隆二十四年（1759年），清軍平定大小和卓之亂，獲莽蘇爾、哈什木。次年（1760年），莽蘇爾、哈什木赴京師朝覲，乾隆皇帝加恩授其為一等台吉。此後，莽蘇爾及其子孫長居京師，隸屬於正白旗蒙古。