Amico di Sam Houston, Moses e Stephen Austin, Erasmo Seguin, Juan Seguin e altri leader dell'indipendentismo texano, dopo l'abrogazione da parte di Santa Anna, nel 1835, della Costituzione democratica messicana approvata nel 1824 e l'inizio della persecuzione nei confronti dei coloni anglo-americani, Bowie si unì alla causa indipendentista a Gonzales, guidando i Texani a Conception (28/10/1835), alla battaglia di Grass Fight (26/11/1835) e, ucciso in combattimento Benjamin Rush Milam, alla conquista di Bejar (5-9/12/1835), insieme al quasi altrettanto famoso Erastus "Deaf" Smith. Subentrò, quindi, al col. James L. Neill come comandante della missione / fortezza di San Antonio a Bejar, presidiata da volontari, ma l'arrivo di truppe regolari texane al comando del maggiore William B. Travis (nel frattempo nominato colonnello) innescò un dissidio tra i due "co-comandanti" fino a quando, debilitato per la malattia, lo stesso Bowie ordinò ai suoi di obbedire agli ordini di Travis. Al tempo in cui fu ucciso nella Battaglia di Alamo all'età di 39 anni, Bowie era ammalato in stadio avanzato di tubercolosi.