Na początku 1965 roku Guevara wyjechał do Afryki, aby zaoferować swoją wiedzę i doświadczenie w walce partyzanckiej w trwającym w Kongo konflikcie. Guevara prowadził kubańską operację wsparcia ruchu marksistowskiego „Simba”, który powstał w trakcie kryzysu w Kongo. Guevara i 12 innych kubańskich oficerów przybyło do Kongo 24 kwietnia 1965 roku. Wkrótce potem dołączył do nich kontyngent złożony ze 100 Afro-Kubańczyków. Przez pewien czas współpracowali z partyzantką, na czele której stał Laurent-Désiré Kabila, zwolennik obalonego i zamordowanego prezydenta Patrice’a Lumumby. Kontyngent musiał walczyć zarówno z białymi najemnikami z RPA pod wodzą Mike’a Hoare, jak i armią Mobutu Sese Seko. Najemnicy byli wspomagani przez porozumienie CIA i środowisko kubańskich wygnańców. Mieli udaremnić uderzenie Guevary w górach w pobliżu miejscowości Fizi nad jeziorem Tanganika. Pomimo faktu, że Guevara dążył do ukrywania swojej obecności w Kongo, rząd USA był świadomy jego lokalizacji i działalności. Celem Che było "eksportowanie" rewolucji poprzez szkolenie lokalnych bojowników w ideologii marksistowskiej i strategii wojny partyzanckiej. Jeszcze w tym roku, 20 listopada 1965, w złym stanie zdrowia spowodowanym ostrą astmą oraz zniechęcony siedmioma miesiącami frustracji i braku aktywności, Guevara opuścił Kongo razem ze swoją 12-osobową kolumną. W pewnym momencie Guevara myślał o samotnym powrocie do Kongo i walce do śmierci, aby dać przykład innym rebeliantom. Guevara, niechętny powrotowi na Kubę, spędził sześć miesięcy potajemnie mieszkając w Dar es Salaam i Pradze. W tym czasie opracował swoje wspomnienia z Kongo i pisał projekty dwóch kolejnych książek, jedna miała być poświęcona ekonomii, druga – filozofii. Następnie odwiedził kilka krajów Europy Zachodniej, aby sprawdzić swoje fałszywe dokumenty tożsamości zrobione przez kubański wywiad. Potajemnie wrócił na Kubę, aby odwiedzić Castro i zobaczyć swoją żonę. Na miejscu napisał ostatni list do swoich pięciorga dzieci.