קראגוניס משחק בנבחרת יוון בכדורגל מאז שנת 1999. קודם לכן, כיהן כקפטן הנבחרת הצעירה של יוון באליפות אירופה עד גיל 21 ב-1998, והעפיל עמה לגמר הטורניר, שם היא הפסידה לספרד. לאחר מכן הוא הפך לשחקן קבוע בנבחרת הבוגרת. הוא ערך את הופעת הבכורה שלו במדי הנבחרת במשחק מול אל סלבדור ב-1999, ושיחק במסגרת קמפיין המוקדמות של יוון למונדיאל 2002. הישג השיא של קראגוניס בקריירה הבינלאומית היה זכייה עם הנבחרת היוונית באליפות אירופה ב-2004. הוא היה שחקן מפתח בנבחרת יוון, והבקיע את השער הראשון בטורניר במשחק מול פורטוגל, מבעיטה שטוחה ממרחק רב מהשער. השער הפתיע את אוהדי פורטוגל, שהייתה הנבחרת המארחת, ושיפר רבות את סיכוייה של יוון להעפיל לרבע הגמר. קראגוניס העפיל עם נבחרתו עד למשחק הגמר, שם היא ניצחה פעם נוספת את פורטוגל וזכתה בטורניר.