1806 übersiedelte Kottwitz nach Berlin. Auch dort begann er gleich, die in den Wirren der Napoleonischen Kriege arbeitslos gewordenen Handwerker an Spinnrad und Webstuhl zu beschäftigen. Hieraus entstand am Alexanderplatz eine „Freiwillige Beschäftigungsanstalt“, die von König Friedrich Wilhelm III. finanziell gefördert wurde und noch über Kottwitz’ Tod hinaus bestand. Der König ermutigte Kottwitz, auch in Schlesien weitere Spinnereien und Webereien zu gründen, so 1812 in Grüssau, später auch in Glatz und Spiller. All diese Fabriken blieben aber auf Zuschüsse angewiesen und letztlich erfolglos. Kottwitz’ soziale Projekte waren vom Denken der Aufklärung geprägt und setzten eher auf Sozialarbeit und Arbeitsbeschaffungsmaßnahmen als auf Bekehrung, weil Arbeit für ihn eine der wichtigsten Voraussetzungen der „Glückseligkeit“ darstellte. Er beeinflusste mit ihnen aber auch die Pioniere der frühen protestantischen Diakonie oder Inneren Mission. Johann Hinrich Wichern lernte Kottwitz während seines Theologiestudiums in Berlin 1829 bis 1832 kennen und berief sich später oft auf sein Beispiel. Mit Theodor Fliedner korrespondierte er über die Gründung des Berliner Vereins für die Verbesserung der Strafgefangenen (1830).