Peralta debuteerde in 2005 in het Mexicaans voetbalelftal. Hij maakte deel uit van het team dat de Pan-Amerikaanse Spelen 2011 won. In 2012 won hij met Mexico de Olympische Zomerspelen. Hij maakte tijdens dat toernooi vier doelpunten, waaronder beide Mexicaanse treffers in de finale tegen Brazilië (2–1). Peralta nam op het WK 2014 de enige treffer voor zijn rekening in Mexico's eerste groepswedstrijd, tegen Kameroen (1–0). Hij won een jaar later met Mexico de Gold Cup 2015 en de CONCACAF Cup 2015. Hij was ook actief voor de Mexicaanse ploeg op de Copa América 2011, de Copa América Centenario, de Confederations Cup 2017 en het WK 2018.