Als Präsident setzte er sich für einen zügigen Abschluss der sich bereits seit sechs Jahren hinziehenden Friedensverhandlungen mit der Guerillaorganisation URNG (Unidad Revolucionaria Nacional Guatemalteca) ein. Dank einer geheimen Reise nach Mexiko, wo er erstmals direkte Verhandlungen mit der Führung der URNG aufnahm, gelang ihm der Durchbruch, der schließlich im Dezember 1996 zur Unterzeichnung des endgültigen Friedensabkommens und damit zur formellen Beendigung des sechsunddreißigjährigen Bürgerkriegs in Guatemala führte. Alle im Friedensvertrag vereinbarten Verfassungsänderungen wurden noch unter seiner Präsidentschaft umgesetzt und im Oktober 1998 vom Parlament verabschiedet. Das Referendum darüber hingegen endete im März 1999 gegen die Regierung, da – bei einer Wahlbeteiligung von nur 18,6 % – 50,6 % mit „Nein“ und nur 40,4 % mit „Ja“ stimmten (10 % der Stimmen waren ungültig). Trotzdem versank die Guerilla rasch in der Bedeutungslosigkeit.