После освобождения Иоганн фон Вирт вновь командовал баварской кавалерией и отличился во многих сражениях. Его первая кампания против французского маршала Гебриана протекала без осложнений, а вот вторая, в которой Иоганн участвовал под началом барона Франца фон Мерси, завершилась неожиданной победой у города Тутлинген 14—24 ноября 1643 года, в которой фон Верт сыграл ведущую роль. В 1644 году он воевал в долине нижнего Рейна, но затем вернулся к Мерси и блестяще сражался в битве у Фрайбурга. В следующем году благодаря своим храбрости и, одновременно опрометчивости, фон Верт сыграл наиболее заметную роль во время Второй битвы при Нёрдлингене. Во время сражения Мерси, командовавший соединёнными австро-баварскими войсками, был убит, а французы одержали победу. Вскоре после этого Верт был заменён на фельдмаршала Гелена. Иоганн был разочарован, но остался полностью верен воинскому кодексу чести и нашёл выход своей злости в возобновлении военных действий.