Po porážce habsburských vojsk u Jankova v roce 1645 opustila císařská vojska Moravu a do Šternberka se opět nastěhovala švédská armáda. Hlavním ležením Švédů byla stále Olomouc, do které museli šternberští měšťané odvádět kontribuci a zásoby potravin. Do podepsání vestfálského míru zažíval Šternberk poměrně klidné období, zatížené sice neustálým živením vojska a dalšími problémy, které posádka městu přinášela, přesto však bylo město ušetřeno dalších přímých vojenských akcí. Definitivně odešli Švédové až v červnu roku 1650, kdy se postupně stáhli z celé Moravy po vyplacení válečné náhrady 200 000 zlatých. Nedlouho poté město obsadilo císařské vojsko mobilizované tureckým nebezpečím. Zároveň na celém panství došlo k postupné rekatolizaci obyvatel a zejména obrovské vlně migrace směrem od severovýchodu, kdy se z horských oblastí a Slezska stěhovalo mohutně obyvatelstvo do úrodnějších částí panství na usedlosti zničené dlouholetými válečnými konflikty. Proměnilo se tím zároveň národnostní složení obyvatel a z čistě českých vsí se postupem doby staly vesnice s převahou německého obyvatelstva. Tato demografická obměna vyvrcholila až ve druhé polovině sedmnáctého století a dochované konsignace poddaného obyvatelstva z let 1694 a 1695 pak jednoznačně podávají již zcela opačný obraz národnostních poměrů ve většině vsí a městeček, které byly ještě na počátku století s obyvatelstvem jazykově českým.