Erfolgreicher waren die Turniere auf europäischer Ebene. Bei der Fußball-Europameisterschaft 1996 in England erreichte Coutos Team das Viertelfinale. Vier Jahre später schied man im Halbfinale gegen den späteren Sieger Frankreich aus. Zur Euro 2004 im eigenen Land sollte Couto die Nationalmannschaft als Spielführer ins Turnier führen. Doch nach einer enttäuschenden Leistung bei der 1:2-Niederlage im Auftaktspiel gegen Griechenland wurde er von Nationaltrainer Luiz Felipe Scolari für die folgenden Spiele auf die Bank verbannt und durch Ricardo Carvalho ersetzt. Die Kapitänsbinde übernahm daraufhin Luís Figo. Portugal schaffte es bis ins Finale, konnte dort aber keine Revanche für das erste Spiel geben und verlor zum zweiten Mal gegen die Griechen.