12 февраля 2003 года Мигел Монтейру дебютировал за сборную Португалии, выйдя на замену в конце второго тайма гостевого товарищеского матча против сборной Италии. 11 октября того же года он забил свой первый и единственный гол за национальную команду, поставив точку на 65-й минуте в сверхрезультативном домашнем поединке против команды Албании. Мигел провёл 5 матчей на домашнем для Португалии чемпионате Европы 2004 года, в финале первенства он был заменён на 43-й минуте. На чемпионате мира 2006 года в Германии Мигел пропустил лишь матч за третье место, а на чемпионате Европы 2008 года сыграл в одном матче, проигранном сборной Швейцарии. На чемпионате мира 2010 года в ЮАР он вновь появился на поле в одной игре, выйдя в основном составе в поединке с КНДР. Следующий его матч в сборной стал последним в карьере игрока: 3 сентября 2010 года португальцы умудрились пропустить у себя дома 4 мяча от киприотов.