Prace nad słownikiem trwały konspiracyjnie w czasie niemieckiej okupacji ziem polskich w latach 1939–1945. Polskim naukowcom pod patronatem Biblioteki Jagiellońskiej udało się ochronić przed zniszczeniem przez Niemców przygotowane materiały językowe, część najważniejszych zabytków oraz opracowane katalogi, które okupanci przeznaczyli do wyrzucenia na śmietnik. Utworzony został zespół naukowców, w którego skład weszli oprócz prof. Nitscha; Wanda Namysłowska oraz pracownicy Biblioteki Jagiellońskiej Franciszek Sławski, Wanda Żurowska oraz Stanisław Urbańczyk. W 1944 przygotowali oni indeks liczący 1311 stron opisujący posiadane materiały, który skopiowano fotograficznie i wraz z oryginałem ukryto w różnych miejscach Krakowa na wypadek zniszczenia głównego zbioru. Zapobiegliwość ta okazała się szczęśliwie zbędna, ponieważ Kraków nie odniósł większych zniszczeń podczas działań wojennych.