Nach dem Zerfall des römischen Reichs standen die Küsten Europas für die Raubzüge der Araber und Wikinger offen. Im östlichen Mittelmeer setzte allerdings die Byzantinische Marine die römische Tradition nahtlos fort. Häufig wurde in dieser Zeit das Versenken gegnerischer Schiffe mit Brandsätzen (Griechisches Feuer). Kaiser Friedrich II. baute im 13. Jahrhundert eine schlagkräftige Mittelmeerflotte auf, mit der er gegen die Republik Genua Krieg führte (siehe Seeschlacht von Giglio). Genua wiederum führte erfolgreiche Seekriege gegen Pisa, wurde aber als führende Seemacht Anfang des 15. Jahrhunderts durch die Republik Venedig abgelöst (siehe Chioggia-Krieg).