Während des Bürgerkriegs in Libyen 2011 musste die Stadt große Flüchtlingsströme aus dem Nachbarland aufnehmen. Bei den Personen handelte es sich zumeist um Menschen, die Jahre zuvor von Staaten Subsahara-Afrikas nach Libyen immigriert waren. In der Flüchtlingskrise in Europa ab 2015 wurde Agadez auch zu einer Drehscheibe für den Menschenschmuggel in Richtung Europa.