Klaus va començar a treballar en política després de la Revolució de Vellut (16 de novembre - 29 de desembre de 1989), el mateix any s'afilià al partit txec Fòrum Cívic (en fou president de 1990 a 1991). En les eleccions del juny de 1992 el Fòrum Cívic se situà líder i guanyà les eleccions amb un 29,7% i obtingué 76 diputats (amb coalició amb el Partit Democristià). El 2 de juliol de 1992 fou nomenat Primer Ministre de la República Txeca, succeint a Petr Pithart (OF). Durant el seu mandat aconseguí la independència de la República Txeca i Eslovàquia (31 de desembre de 1992). Klaus va continuar com a primer ministre fins al 1996 que tornà a guanyar les eleccions amb un 29,6% dels vots i 68 diputats. Klaus va dimitir el 17 de desembre de 1997 per una crisi de govern en què el seu partit l'ODS es veia implicat en un escàndol, el succeí Josef Tošovský. La ODS (Partit Democràtic Cívic) va veure una notable caiguda en les eleccions de 1998, davant la victòria del CSSD (Partit Socialdemòcrata Txec). La ODS encara va caure més en les eleccions de 2002. Posteriorment deixà el càrrec a Mirek Topolánek.