Das Zusammengehen von Österreich und Preußen im Bund gegen Frankreich stellte jedoch nun sowohl für Kurbayern als auch für Jülich und Berg wegen der alten Erbansprüche der beiden deutschen Großmächte eine Gefahr dar. 1794 wurde im Zuge des Ersten Koalitionskrieges, in dem Kurpfalzbayern dann unter Generalleutnant Ysenburg auf der Seite der Koalition kämpfte, das Herzogtum Jülich von französischen Truppen besetzt, wenig später dann faktisch der linksrheinische Teil der Kurpfalz infolge der französischen Besetzung vom rechtsrheinischen Teil abgetrennt. 1796 waren französische Revolutionsheere bis in die Oberpfalz und an die Isar vorgestoßen. Karl Theodor hatte mit Wien ein Bündnis geschlossen, das die Verteidigung Bayerns durch die österreichische Armee zum Inhalt hatte. Im Sommer 1796 wurde dann auch München von französischen Truppen bombardiert, Karl Theodor und sein Hofstaat hatten sich im August derweil in Lockwitz in Sachsen in Sicherheit gebracht. In München wurde ein Regentschaftsrat unter den Freiherrn Hertling und Weichs sowie Graf Törring eingerichtet. Die Politik des Kurfürsten lavierte zwischen Österreich und dem revolutionären Frankreich. Der Austritt Bayerns aus der Koalition mit dem Waffenstillstand von Pfaffenhofen am 7. September 1796 schwächte zunächst die österreichische Stellung. Das wechselnde Kriegsglück, Erfolge der Österreicher und der rasche Rückzug der französischen Truppen über den Rhein erlaubten es Karl Theodor schließlich, dem harten Waffenstillstandsvertrag von Pfaffenhofen nachträglich die Anerkennung zu versagen.