12 ноября 2011 года в отборочном матче чемпионата мира 2014 года против сборной Эквадора Айяла дебютировал за сборную Парагвая. Свой первый гол за сборную Виктор забил на Кубке Америки 2016 против команды Колумбии дальним ударом из-за штрафной.