Le , alors que le nouveau président Thomas Jefferson refuse de payer une rançon toujours plus élevée, les Tripolitains déclarent la guerre aux États-Unis marquant le début de la guerre de Tripoli. En 1803, lors du blocus de Tripoli mené par la marine américaine, l’ est capturé par les Maures et emmenée à Tripoli. L'année suivante, un raid américain mené par Stephen Decatur à bord de l', permet de brûler le navire dans le port afin qu'il ne soit pas utilisé par l'ennemi. Les Américains multiplient les bombardements contre Tripoli en 1804 et en 1805, les Marines envahissent les rives de Tripoli, capturant la ville de Derna. C’est la première fois dans l’histoire des États-Unis que son drapeau flotte sur une conquête étrangère. Cette action militaire se montre suffisante pour inciter les dirigeants de Tripoli à signer un traité de paix.