Efter monarkins fall 1931 gav CNT endast begränsat stöd till Andra republiken då de nya republikanska regeringarna valde att fortsätta slå ner alla försök till strejk med storskaligt våld. Åren 1931-1933 inkluderade flera försök till både industrispecifika strejker och generalstrejker men samtliga krossades av militär och polis. Samtidigt ökade CNT sitt inflytande utanför Katalonien och det radikala FAI ökade sitt inflytande i CNT. 1932 bröt Ángel Pestaña med de radikala anarkisterna och bildade det icke-militanta Syndikalistiska partiet. Anarkisterna höll sig fortsättningsvis ofta i bakgrunden under de politiska oroligheterna på grund av statsmaktens hot om repressalier, vilket visade sig tydligt under gruvarbetarstrejken i Asturien 1934. I parlamentsvalet 1936 var CNT delat mellan de som ville bojkotta valet, de som ville låta varje arbetare själv få välja om han ville rösta eller ej och de som ville organisera aktivt stöd för Folkfronten. Resultatet blev att förhålla sig neutralt till alla partier trots UGT:s försök att vinna över CNT till vänsterkoalitionen. 1 juni hölls dock en gemensam strejk med UGT men demonstrerande arbetare attackerades av högerextrema falangister varefter protesterna urartade, polis besköt arbetarna, anarkister hämnades genom ett attentat mot falangistledaren José Antonio Primo de Rivera och myndigheterna stängde ner CNT:s lokaler i Madrid. Detta bakslag till trots hade Folkfronten vunnit parlamentsvalet och förbudet mot CNT upphävdes. Trots det var CNT fortsatt skeptiska mot vänsterregeringen på grund av de ideologiska skillnaderna mot de som ville genomföra samhällsförändringar via statsapparaten (t.ex. socialdemokrater och kommunister) och anarkisterna som helt förkastade statsapparaten som medel för förändring.