Am 21. März 2012 wurde Touré einen Monat vor dem regulären Ende seiner Amtszeit durch einen Militärputsch gestürzt. Der Sprecher der Putschisten, Amadou Konaré, erklärte im Staatsfernsehen, dass der Präsident nicht in der Lage sei, die Regierung zu führen und den seit Mitte Januar 2012 andauernden Aufstand der Tuareg im Norden des Landes unter Kontrolle zu bekommen. Die Putschisten setzten zugleich die Verfassung außer Kraft, setzten die für den 29. April angesetzte Präsidentschaftswahl ab und erklärten alle bisherigen staatlichen Institutionen für aufgelöst. Touré gelang es zu fliehen; er hielt sich zeitweise unter dem Schutz loyaler Soldaten in einem Militärcamp südwestlich von Bamako auf. Am 9. April kündigte er offiziell seinen Rücktritt an. Danach ging er ins Exil nach Senegal, wo er fünf Jahre lang blieb. 2017 kehrte er nach Mali zurück.