Μετά αυτήν την αρχική δυναστική αναταραχή, βασίλεψε για τα επόμενα 50 με 80 χρόνια μια σειρά βασιλιάδων με μεγαλύτερη περίοδο βασιλείας και με καλύτερες μαρτυρίες για αυτούς . Ο ισχυρότερος αυτής της περιόδου ήταν ο Νεφερχοτέπ Α' που βασίλεψε για 11 χρόνια και διατήρησε αποτελεσματικά τον έλεγχο της Άνω Αιγύπτου, της Νουβίας και του Δέλτα, με εξαίρεση ίσως τις πόλεις Ξόις και Άβαρις. Επιπλέον, Ο Νεφερχοτέπ Α' αναγνωρίστηκε ως επικυρίαρχος του κυβερνήτη της Βύβλου, υποδηλώνοντας ότι η 13η Δυναστεία ήταν ικανή να διατηρήσει το μεγαλύτερο μέρος της εξουσίας που είχε η 12η Δυναστεία, τουλάχιστον μέχρι την βασιλεία του. Σε κάποιο χρονικό σημείο κατά την διάρκεια της 13ης Δυναστείας, η Ξόις και η Αύαρις άρχισαν να γίνονται αυτοδιοικούμενες , αποτελώντας η ηγεμόνες της Ξόις την 14η Δυναστεία, και Ασιατικοί ηγεμόνες της Αύαρις να είναι οι Υξώς της 15ης Δυναστείας. Σύμφωνα με τον Μανέθωνα, οι τελευταίοι επαναστάτησαν κατά τη διάρκεια της βασιλείας του Σομπεκχοτέπ Δ', διαδόχου του Νεφερχοτέπ, αν και δεν υπάρχουν αρχαιολογικές αποδείξεις. Τη βασιλεία του Σομπεκχοτέπ Δ' ακολούθησε μια σύντομη του Σομπεκχοτέπ Ε', που διαδέχτηκε ο Wahibre Ibiau και μετά ο Merneferre A. Ο Wahibre Ibiau βασίλεψε για 10 χρόνια και ο Merneferre Ai για 23, το μεγαλύτερο διάστημα βασιλείας για την 13η Δυναστεία, αλλά κανένας από αυτούς δεν άφησε τόσες μαρτυρίες όσες οι προκάτοχοί τους Νεφερχοτέπ και Σομπεκχοτέπ Δ' . Παρά αυτό το γεγονός, φαίνεται ότι και οι δύο διατηρούσαν τουλάχιστον ένα μέρος της Κάτω Αιγύπτου. Όμως μετά τον Merneferre Ai, δεν υπήρχε κανένας βασιλιάς το όνομα του οποίου να έχει βρεθεί σε οποιοδήποτε αντικείμενο πλην του νότου (Άνω Αίγυπτος) . Το παραπάνω σηματοδοτεί την τελευταία περίοδο της 13ης Δυναστείας, όταν οι βασιλείς από το βορά συνέχιζαν να εξουσιάζουν την Άνω Αίγυπτο, αλλά το χρονικό σημείο κατά το οποίο η ενοποιημένη Αίγυπτος έπαψε να υπάρχει, είναι αυτό που σηματοδοτεί την μετάβαση από το Μέσο βασίλειο στην Δεύτερη Μεταβατική Περίοδο .