Zaplanowana przez Sebastiana wielka krucjata przeciwko Marokańczykom rozpoczęła się w roku 1578. 4 lata wcześniej odbyła się pierwsza krucjata, jednak nie przyniosła powodzenia. Wbrew radom swych doradców, król wkroczył w głąb lądu. 4 sierpnia 1578 r. w bitwie pod Alcácer-Quibir wojska portugalskie zostały rozbite, a sam Sebastian zginął.