В мае 1943 года был назначен на должность командира 34-го гвардейского стрелкового корпуса, который принимал участие в ходе Изюм-Барвенковской наступательной операции, битве за Днепр, Никопольско-Криворожской, Березнеговато-Снигиревской, Одесской и Львовско-Сандомирской наступательных операциях. В сентябре 1944 года генерал-майор Николай Матвеевич Маковчук был отстранён от должности «за неумение организовать и направить усилия войск…» и зачислен в распоряжение Военного совета 1-го Украинского фронта, после чего в январе 1945 года был назначен на должность заместителя командира 39-го гвардейского стрелкового корпуса, который принимал участие в ходе Венской и Пражской наступательных операций, а также в освобождении городов Зирез, Кёсег, Папа, Винер-Нойштадт, Вена и Корнейбург (Корнойбург).