Suomen sisällissodan aikana Virkki oli Suomen Pankin johtokunnan jäsen, ja sodan loppuvaiheessa hän siirtyi Venäjälle, jossa hän oli jäsenenä Pietarin suomalaisessa keskuskomiteassa. Virkki haavoittui Kuusisen klubin ammuskelussa 31. elokuuta 1920. Vuonna 1921 hän toimi Venäjän kommunistisen puolueen suomalaisten jaosten keskustoimiston rahastonhoitajana. Myöhemmin Virkki oli valistustyöntekijänä Neuvosto-Karjalassa. Mikko Virkin vaimo Katariina Virkki kuoli vuonna 1942 nälkään Leningradissa piirityksen aikana.