У наступным годзе Сіес быў пасланы ў Берлін паўнамоцным міністрам, з даручэннем дамагчыся калі не саюза, дык хоць бы нейтралітэту Прусіі, што яму і ўдалося. Пасля вяртання ў Францыю Сіес быў абраны дырэктарам на месца Рэбеля (у 1799 годзе) і ў час падрыхтоўкі да перавароту 18 брумера стаяў на баку Банапарта, якому аказаў вельмі істотную падтрымку сваім уплывам на дэпутатаў; ён жа склаў праект новай канстытуцыі, істотна, зрэшты, зменены Банапартам. Пасля перавароту Сіес стаў адным з трох часовых консулаў, але не меў ніякай сапраўднай улады. Банапарт прызначыў яго сенатарам і даў яму вельмі прыбытковы дзяржаўны маёнтак Крон (Crosne). Пасля Сіес быў некаторы час прэзідэнтам сената, а ў 1808 годзе атрымаў тытул графа Імперыі. Ён быў таксама членам Французскай акадэміі. Пасля другой рэстаўрацыі Сіес, выгнаны з Францыі як манархазабойца, пасяліўся ў Бруселі і вярнуўся ў Парыж толькі пасля Ліпеньскай рэвалюцыі 1830 года.