Осуществлённая им в 1956 году национализация Суэцкого канала привела к Суэцкому кризису и значительно увеличила его популярность в Египте и в арабском мире. Придерживаясь идеологии панарабизма, в 1958—1961 годах возглавлял Объединённую Арабскую Республику в составе Египта и Сирии. В 1962 году начал осуществлять широкие социалистические реформы и модернизацию страны. Несмотря на провалы панарабизма на международной арене, к 1963 году сторонникам Насера удалось прийти к власти в нескольких арабских странах, сам он оказался втянут в гражданскую войну в Северном Йемене. В марте 1965 на выборах на безальтернативной основе был переизбран на должность главы государства. После поражения Египта в Шестидневной войне с Израилем в 1967 году подал в отставку, однако после массовых демонстраций в собственную поддержку отменил решение. К 1968 году занял пост премьер-министра, начал войну на истощение с Израилем с целью отвоевать утраченные земли, запустил процесс деполитизации вооружённых сил и либеральные политические реформы. Скончался в 1970 году от сердечного приступа, что вызвало широкий отклик в арабском мире: на похоронах египетского президента в Каире присутствовало около 5 миллионов человек.