Wonjong erlebte ab seinem zwölften Lebensjahr die Angriffe der Mongolen auf das Goryeo-Reich und wuchs damit auf, dass sein Vater König Gojong nicht wirklich Herrscher des Reiches war, sondern seine Geschicke von der Militärdiktatur der Choe-Familie, angefangen von General Choe Chung-heon (), über seinen Sohn Choe U () als Nachfolger und dessen Sohn "Choe Ui" () bestimmt wurden. Die Macht der Choe-Familie fand mit den Mongoleninvasionen und der Ermordung von "Choe Ui" im Jahr 1258 ein Ende. Im folgenden Jahr sandte König Gojong, der kurzfristig seine Macht zurückerlangte, seinen Sohn zu den Mongolen, um um Frieden zu bitten. Nachdem der Friedensvertrag zustande kam und König Gojong im Juli 1259 verstarb, folgte Wonjong ihm auf den Thron. Seine Hauptaufgabe war fortan den Friedensvertrag im Inneren seines Reiches zu verteidigen und durchzusetzen. Unterstützung fand er dabei unter den Gelehrten und der Aristokratie, Widerstand hingegen bei den Militärs und dies besonders, als König Wonjong im Jahr 1270 die Hauptstadt von der Insel Ganghwado () wieder nach Kaesŏng verlegte. Um seine Macht gegenüber den widerständigen Militärs durchzusetzen und zu festigen, die ihrerseits auf der Festung der Insel Ganghwado einen König installierten, rief er die Armee der Mongolen zu Hilfe. Die widerständigen Militärs flohen auf die Insel Jejudo (), wo sie letztendlich im Jahr 1273 von den Mongolen bezwungen wurden.