По време на Междусъюзническата война тук се води Битката при Кукуш. По време на войната в града са погребани 638 български военнослужещи. През Междусъюзническата война Кукуш е превзет и изгорен от гръцките войски и населението му избягва в България. Карнегиевата анкета заключава, че градът е подложен на системно унищожение заради българския му характер. Изгорени са 1846 къщи, 612 дюкяна и 6 воденици. В областта са разорени и опожарени манастирът „Свети Георги“ и 40 от българските села. Днешният град се намира в близост до стария град и е заселен предимно от жители на околните български села, както и от изселени от България и Източна Тракия гърци. В 1928 година в Кукуш има 1679 бежански семейства с 6433 души.