28 июня 1940 года Бессарабия была присоединена к СССР, её жители стали получать советское гражданство. В марте 1941 года диакон Никита Латышев был призван на военную службу в Рабоче крестьянскую Красную армию, но, как и раньше, получил освобождение. В 1943 году диакон Никита Латышев вновь оказался в румынской армии, но, поскольку не знал румынского языка и актив но выступал против требований со стороны румынских властей служить в старообрядческих храмах по новому стилю, был сослан в во лагерь Южная Сарата Измаильской области, В 1944 году сумел совершить побег и скрывался до прихода в Бессарабию Красной армии, Затем возвратился на родину и продолжил диаконское служение, Эти сведения из официальной автобиографии расходятся с устными свидетельствами, на которые опирается, напр. А. А. Болученкова. Так, в качестве очередной даты призыва в румынские войска указывается не 1943, а 1941 год: тогда Никита Латышев задумал дезертировать, но предатель осведомил военное руководство о побеге, диакон и его товарищи были приговорены к расстрелу, который затем отменили. В конечном итоге диакон оказался в обозной службе на Восточном фронте под Сталинградом. В результате разгрома гитлеровских войск и немецких союзников он сумел добраться до родного села, откуда по доносу был отправлен в концентрационный лагерь.