2013-ban 20 évvel később visszatért a Valencia együtteséhez, de már edzőként. Eredmények hiányában 2014-ben menesztették és a helyére Nuno Espírito Santo érkezett. Ezt követően 50 tétmérkőzés erejéig a mexikói Club León kispadját foglalta el. 2016-ban a chilei válogatott szövetségi kapitánya lett és a 2016-os Copa Américát megnyerte a válogatott élén.