Fleury rejoint Paris où il se met au service du comité militaire de l'Assemblée constituante. Le , il est promu maréchal de camp. En 1792, lorsque la guerre contre l'Autriche éclate, il reprend du service. Lors d'une retraite de l'armée française vers Mons, en , il est blessé en passant sous son cheval, lors d'une charge de cavalerie ennemie. Au mois de juin, il prend finalement sa retraite de l'armée.