Pekarík debytoi Slovakian maajoukkueessa joulukuussa 2006 Arabiemiirikuntia vastaan. Hän teki ensimmäisen maajoukkuemaalinsa kesäkuussa 2009 MM-karsintaottelussa San Marinoa vastaan 7–0-voitossa ja toisen maalinsa maaliskuussa 2015 EM-karsintaottelussa Luxemburgia vastaan. Hän pelasi MM-lopputurnauksessa 2010 täydet minuutit kolmessa Slovakian neljästä ottelusta. EM-kilpailuissa 2016 hän pelasi täydet minuutit joukkueensa kaikissa neljässä ottelussa. Pekaríkista tuli neljäs sataan maaotteluun yltänyt slovakialaispelaaja kesäkuussa 2021 EM-kilpailuihin valmistavassa ystävyysottelussa Bulgariaa vastaan.