В 1979 году полковник Гутьеррес по рекомендации капитана Эмилио Мены Сандоваля был привлечён к военному заговору с целью свержения режима Карлоса Умберто Ромеро и после переворота 15 октября 1979 года стал одним из двух представителей армии в составе Революционной правительственной хунты. Гутьерреса считали вторым по значению человеком в Сальвадоре после полковника Адольфо Арнальдо Махано, занявшего посты главы хунты и главнокомандующего вооружёнными силами. Вскоре между двумя лидерами страны стали нарастать разногласия: Махано видел решение углублявшегося политического кризиса в радикальных социальных реформах, Гутьеррес, представлявший интересы консервативной армейской группировки генерала Карлоса Эугенио Видеса Касановы и министра обороны полковника Хосе Гильермо Гарсии, полагался на военные методы решения проблем. В мае 1980 года правые добились отстранения Адольфо Махано от реальной власти и 12 мая 1980 года Хайме Абдул Гутьеррес занял пост главнокомандующего вооружёнными силами, а ещё через два дня возглавил Революционную хунту. Устранение двоевластия и победа правых в руководстве Сальвадора, с одной стороны, и консолидация вооружённой оппозиции, с другой стороны, означали переход к открытой гражданской войне. В течение последующих месяцев террор нарастал и боевые действия распространялись на всю территорию страны.