Nach Ausbruch des Zweiten Weltkrieges wurde Burkhardt im deutsch besetzten Polen Kreishauptmann in Kielce im Generalgouvernement. Er unterstand in diesem Amt dem Distriktgouverneur von Radom Karl Lasch. Ab Anfang Januar 1940 wurde Burkhardt im neugeschaffenen Regierungsbezirk Hohensalza des Warthegaus als Regierungspräsident und Gauinspekteur eingesetzt. Als er sich mit Gauleiter Arthur Greiser überworfen hatte, wurde er im Juni 1944 in den Wartestand versetzt, der vorgeschobene Grund war, dass seine Tochter kirchlich geheiratet hatte.