הפעילות של לוחמי הג'יהאד מתבטאת בשתי דרכי מאבק. הדרך הראשונה היא ביצוע מלחמת גרילה נגד משטרים מערביים או נוצריים בכלל, שכובשים ארצות מוסלמיות, וכנגד ממשל מקומי שאינו פועל בהתאם לאידאולוגיה הסלפית. הדרך השנייה היא הוצאת מתקפות טרור נגד המערב בארצו. בשנות ה-80 בתקופה בה התהווה באופן פעיל הזרם הג'יהאדיסטי, אזור הלחימה היה באפגניסטן, שם התרכזו לוחמי הג'יהאד בלחימת גרילה נגד הפלישה הסובייטית לאפגניסטן. במשך 10 שנים נלחמו לוחמי המוג'אהדין עד לנסיגתם של הסובייטים. לאחר הנסיגה הסובייטית שהוגדרה על ידי לוחמי המוג'האדין כניצחון האסלאם על האתאיסטים הקומוניסטים, החליטו חלק מהלוחמים שהגיעו לאזור מכל רחבי העולם המוסלמי להתגבש סביב רעיון הג'יהאד העולמי ולהמשיך את המלחמה נגד הכופרים, כשהמטרה כעת היא המערב ובראשו ארצות הברית. ב-1988 הקים עבדאללה עזאם את ארגון אל-קאעידה שהפך לארגון המרכזי של אותם לוחמים שהגרעין שלהם היה מחברי הג'יהאד האסלאמי המצרי, כאשר מ-1989 אוסאמה בן לאדן מימן והנהיג אותם בפועל. במשך שנות ה-90 הוציא אל-קאעידה שורה של מתקפות טרור שהמרכזיות שבהם הפיגוע במגדלי התאומים בארצות הברית ב-1993 ומתקפת הטרור על שגרירויות ארצות הברית בקניה ובטנזניה ב-1998. פעילות הג'יהאד העולמי הגיע לשיא בפיגועי 11 בספטמבר, ולאחר יציאתה של ארצות הברית ובעלות בריתה למלחמה באפגניסטן ובעיראק החלה שוב מלחמת הגרילה נגד צבאות המערב.