De volgende jaren eindigde de club in de lagere middenmoot. In 1923 werd de naam Mackenzie weggelaten en nam de club terug de oprichtingsnaam aan, de huidige naam werd in 1940 aangenomen. In 1933 eindigde de club voor het eerst in de top drie. Er liepen enkele sterspelers rond zoals Machado en Batatais, die beiden op het WK 1938 zouden spelen. Ook in 1933 werd voor het eerst het Torneio Rio-São Paulo georganiseerd. De beste teams uit het Campeonato Paulista en het Campeonato Carioca namen het hier tegen elkaar op. Gezien dit de twee sterkste competities waren mocht de winnaar zich officieus als landskampioen beschouwen. Portuguesa eindigde op een derde plaats achter de stadsrivalen Palestra Itália en São Paulo da Floresta. De volgende editie vond pas in 1940 plaats en daarna jaarlijks vanaf 1950. Na een nieuwe derde plaats in 1934 stond het voetbal in de staat in 1935 voor een splitsing. Het profvoetbal kreeg een eigen competitie en ook de amateurclubs bleven een competitie hebben, beide kampioenen worden officieel erkend. Portuguesa bleef in de amateurcompetitie spelen, waarin Ypiranga de enige andere noemenswaardige club was. Portuguesa stond het hele seizoen aan de leiding, maar op het einde kwam Ypiranga langszij. Er kwamen twee testwedstrijden om de titel te bepalen. Na een 2-2 gelijkspel won Portuguesa de tweede wedstrijd met 5-2 en kroonde zich voor het eerst tot kampioen. Ook het volgende seizoen werd de club kampioen, nu met een punt voorsprong op Ypiranga. In 1937 bleef enkel nog de profcompetitie over en Portuguesa speelde hier dat jaar niet in, maar maakte wel in 1938 haar opwachting. Na een bescheiden start eindigde de club in 1939 derde achter de grootmachten Corinthians en Palestra Itália. In 1940 werd de club zelfs vicekampioen. In de jaren veertig eindigde de club in 1946, 1947 en 1949 op de derde plaats, de andere seizoenen in de middenmoot.