Am 1. Juni 1799 erhielt er den Orden Pour le Mérite bei einer Parade in Petershagen bei Minden. Aufgrund seiner Verletzungen folgte am 8. Juli 1799 seine Ernennung als Kommandant in Würzburg mit einer Pension von 600 Talern. Am 1. Juli 1800 erfolgte die Ernennung zum Generalmajor. Am 1. November 1802 wurde er als Kommandant zur Plassenburg bei Kulmbach versetzt, dazu erhielt er eine Pension von 1000 Talern sowie freies Logis. Uttenhofen bemühte sich vergeblich, die Festung in einen kampffähigen Zustand zu versetzen. Auch ein persönliches Gespräch mit dem preußischen König Friedrich Wilhelm III. half nichts. Allerdings bekam er nun eine formelle Ablehnung seines Anliegens. Im Vorfeld des Vierten Koalitionskrieges am 8. Oktober 1805 erhielt er eine Zuweisung von Waffen und Munition und einen Ingenieuroffizier, aber keine weiteren Soldaten, auch kam der Ingenieuroffizier erst wenige Wochen vor Ausbruch des Krieges. Er hatte nur 629 Mann Besatzung (größtenteils Invalide), als die Bayern am 10. Oktober 1806 mit 10.000 Mann anrücken. Uttenhofen verweigerte zunächst die Kapitulation, da er nichts von einer Kriegserklärung wusste. An 25. November 1806 übergab er die Festung an den bayerischen Oberst Graf von Beckers.