16-летний Вильгельм в 1808 году получил звание полковника. С началом Войны пятой коалиции в 1809 году, когда наполеоновские армии выступили против Австрии, принц Вильгельм решил воевать, бросил баденский гвардейский пехотный полки и поступил на службу адъютантом к маршалу Франции Андре Массена. Вильгельм Баденский принимал участие в Абенсбергском, Экмюльском, Аспернском и Ваграмском сражениях.