Coureur de fond polyvalent, Habtamu se distingue rapidement dans plusieurs disciplines. En 2006, il termine sixième junior aux Championnats du monde de cross-country à Fukuoka et remporte la médaille d'argent au classement par équipes. Il décroche sa première médaille individuelle en s'emparant du bronze sur 5 000 mètres lors des Jeux d'Afrique de l'Est juniors à Nairobi.