Der Dreißigjährige Krieg berührte auch den Raum Mistelbach und mit ihm Gaunersdorf. Im Frühjahr 1621 wurde der Markt Mistelbach von ungarisch-siebenbürgischen „Streifscharen“ geplündert und teilweise niedergebrannt. Nach der Schlacht bei Jankau in Böhmen im März 1645, die zur „Katastrophe“ (Herfried Münkler) für die kaiserlich-habsburgischen Truppen wurde, wandte sich das schwedisch-protestantische Heer unter General Lennart Torstensson in Richtung Wien. Das geschah entsprechend den üblichen Formen damaliger Kriegsführung in Gestalt eines großen „Plünderungsfeldzugs“ (Herfried Münkler) in Niederösterreich, von dem auch "Gaunersdorf" betroffen war. Der Ort sei, so ein Chronist 1839, niedergebrannt worden.