En 1757, il est mis à la tête de l'armée chargée de secourir Prague et, le 18 juin, inflige à Frédéric II de Prusse une sévère défaite lors de la bataille de Kolin. En l'honneur de cette victoire, l'impératrice créé l'ordre militaire de Marie-Thérèse et Daun reçoit la première grand-croix de cet ordre. Sous les ordres du prince Charles-Alexandre de Lorraine, il prend part à la victoire de Breslau, mais aussi à la défaite de Leuthen et il remplace le prince à la tête de l'armée à la suite de cette bataille. En 1758, Daun commence une guerre de manœuvres prudentes et, le 14 octobre, réussit à surprendre Frédéric II à la bataille de Hochkirch, lui infligeant une nouvelle défaite. Il poursuit la même tactique l'année suivante, encercle et force à se rendre une armée prussienne à Maxen le . Mais ses temporisations lui font manquer les opportunités d'exploiter ces victoires et il est défait lors de la bataille de Torgau le , au cours de laquelle il est blessé. À la fin de la guerre, il se consacre à nouveau à réorganiser l'armée et, à sa mort, Marie-Thérèse d'Autriche ordonne que l'on érige un monument à sa mémoire avec une inscription le décrivant comme « sauveur de ses États ».