Viste le ottime prestazioni attira l'attenzione di vari club di Serie A, ma la Sampdoria, allenata da Mimmo Di Carlo, decide di puntare su di lui per la stagione di Serie A 2010-2011; nonostante ciò però Jonathan non trova molto spazio nelle scelte del mister, che lo schiera in campo solamente in occasione della sfida di Europa League del 16 dicembre Debrecen-Samp 2-0, e per questo motivo il 3 gennaio 2011 decide di ritornare in prestito al Sassuolo per giocare con più continuità. Con gli emiliani gioca altre 18 partite tutte da titolare.