En 1797, à la suite de l'invasion napoléonienne, la ville devint le chef-lieu de l'éphémère département du Verbano, avant qu'il ne soit supprimé et intégré au département d'Olona. En 1801, Varèse fut rétrogradée au rang de vice-préfecture au sein du département du Lario dont le chef-lieu était Côme. Le gouvernement de Napoléon Ier décréta la première expansion du territoire communal, statuant en 1801 l'annexion de Bobbiate et de Capolago, et en 1812 celle de Lissago, Masnago et Induno.