Дебют Хуанито в сборной Испании состоялся 21 августа 2002 года в игре против сборной Венгрии, матче-чествовании Ференца Пушкаша. Первый гол в национальной команде Хуанито забил сборной Кот-Д’Ивуара, тот матч испанцы выиграли со счётом 3:2. Игрок также играл в составе сборной на чемпионате Европы 2004 года, а также на чемпионате мира 2006 года, где он забил единственный мяч во встрече со сборной Саудовской Аравии (1:0). В 2008 году также был включён в заявку испанской команды на триумфальный для испанцев Евро-2008, где принял участие в одном матче – победе над сборной Греции со счётом 2–1.