W reprezentacji Chile Fuentes zadebiutował 9 kwietnia 1991 roku w przegranym 0:1 towarzyskim meczu z Meksykiem. W 1991 roku był członkiem kadry na Copa América 1991, ale nie zagrał tam żadnego spotkania, podobnie jak na Copa América 1995. W 1998 roku został powołany przez Nelsona Acostę do kadry na Mistrzostwa Świata we Francji. Na tym turnieju był podstawowym zawodnikiem Chile i zagrał we wszystkich meczach: grupowych z Włochami (2:2), z Austrią (1:1) i z Kamerunem (1:1) oraz w 1/8 finału z Brazylią (1:4). Ostatni mecz w reprezentacji rozegrał w 2000 roku przeciwko Kolumbii (0:1). W kadrze narodowej zagrał 50 razy i zdobył jednego gola.