Известия о начале восстания в Греции заставили Кокрейна направиться в Европу. Получив команду над греческим флотом в марте 1827 года, Кокрейн связал своё имя с заговором и убийством греческого военачальника Караискакиса и самым большим поражением повстанцев за все годы Освободительной войны Греции 1821—1829 годов (Битва при Фалероне). Его попытка реабилитироваться на море, организовав в мае 1827 года поход греческого флота в Египет, не имела никакого успеха.