Ab 1993 wurde al-Baschir auch formell Staatspräsident und in dieser Funktion bei Wahlen 1996 und 2000 im Amt bestätigt. 1999 unterband al-Baschir eine von Hasan at-Turabi als Gesetz in die Nationalversammlung eingebrachte Verfassungsänderung, welche seine Macht beschnitten hätte, durch Auflösung des Parlaments. Die USA setzten den Sudan in den 1990er Jahren auf ihre Liste der Schurkenstaaten. Osama bin Laden konnte sich unter al-Baschir problemlos bis 1996 im Lande aufhalten. Nach den Terroranschlägen am 7. August 1998 auf die US-Botschaften in Nairobi/Kenia und Daressalam/Tansania führten die Vereinigten Staaten Militäraktionen auch gegen Khartum durch, weil im Sudan Unterstützer der Terroristen vermutet wurden. Der Raketenangriff zerstörte die Asch-Schifa-Arzneimittelfabrik in al-Chartum Bahri. Dies führte zum Bruch al-Baschirs mit der westlichen Weltmacht. Nach den Terroranschlägen des 11. September 2001 beteiligte sich al-Bashir jedoch an den von den USA initiierten Anti-Terror-Maßnahmen.