Čech a început ca titular în primul meci al lui Chelsea din sezonul 2012-2013, în meciul de supercupă din 2012 împotriva lui Manchester City, în care Chelsea a fost învinsă de Manchester City cu 3-2, Čech primind gol de la Yaya Touré, Carlos Tevez și Samir Nasri. De asemenea, el jucat în ultima Supercupă a Europei jucată la Monaco pe Stade Louis II, în care a primit patru goluri și pe care Chelsea a pierdut-o cu 4-1 în fața câștigătoarei UEFA Europa League, Atlético Madrid. În octombrie 2012, Čech a preluat banderola de căpitanul, în timp ce căpitanul lui Chelsea, John Terry, a fost suspendat timp de patru meciuri.