Le plan originel réalisé par Giovanni di Simone en 1278, est celui d’un cloître allongé mêlant le style roman avec des ajouts de décors de style gothique. Il ne fut achevé qu’en 1464 en raison de la crise provoquée par la défaite pisane lors de la bataille de la Meloria en 1284. Le mur extérieur est composé de 43 arches aveugles et de deux portes.