В 1930 Костек-Бернацкий был назначен комендантом Брестской крепости, которая служила тюрьмой для политзаключённых, противников Пилсудского, в том числе бывших парламентариев, осужденных в ходе Брестского процесса. С 1 июля 1931 — воевода Новогрудского воеводства. 8 сентября 1932 года назначен на пост Полесского воеводы.