Na wieść o secesji Pickett wyruszył do Wirginii i wstąpił do armii Konfederacji. W ciągu dziesięciu miesięcy służby został awansowany kolejno na majora artylerii (marzec 1861), pułkownika (kwiecień 1861) i generała-brygadiera (14 stycznia 1862, na wniosek gen. Theophiliusa H. Holmesa, pod którego rozkazami Pickett odsłużył pierwszy rok wojny). W pierwszych walkach w barwach konfederackiej armii uczestniczył podczas inwazji Armii Potomaku na Półwysep Wirginia w ramach kampanii półwyspowej, walczył m.in. w nierozstrzygniętej bitwie pod Seven Pines oraz w bitwie siedmiodniowej, w której trafiony kulą spadł z konia skutkiem czego trzy miesiące spędził poza teatrem działań wojennych, co więcej, przez następny rok cierpiał na zesztywnienie ręki. Po powrocie do armii Pickett otrzymał dowództwo dywizji w korpusie gen. Longstreeta i 10 października został awansowany do stopnia generała-majora.