En este escenario, Francisco, como provincial de los jesuitas, tuvo actuación en el caso de la desaparición forzada y las torturas sufridas en la ESMA por los sacerdotes jesuitas Orlando Yorio y Francisco Jalics, quienes realizaban tareas sociales en las villas miseria de Buenos Aires, entrevistándose con los dictadores Jorge Rafael Videla y Eduardo Massera para exigir y lograr su liberación. Bergoglio también organizó una red clandestina que organizaba la huida hacia Brasil de opositores perseguidos por la dictadura, entre lo que se encontraban Alicia Oliveira, tres seminaristas del obispo Enrique Angelelli, el escritor Alfredo Somoza, los activistas sociales Sergio y Ana Gobulin, etc. Bergoglio declaró dos veces como testigo en juicios por crímenes de lesa humanidad cometidos durante el terrorismo de Estado en las décadas de 1970 y 1980, en la megacausa ESMA -su declaración de tres horas fue filmada y hecha pública- y en la causa conocida como "Plan Sistemático", donde se investigó el secuestro y supresión de identidad de menores.