На 12 август 1898 г. американски войски превземат Манила след битка, а на 14 август те установяват американско военно правителство на Филипините. За губернатор а назначен генерал-майор Уесли Мерит. През нощта на 4 февруари 1899 г. филипинец е застрелян от американски пазач. Инцидентът се счита за началото на Филипино-американската война. Превъзхождащите технологично американци прогонват филипинските войски от града, а правителството на Агиналдо е принудено да се мести от място на място, докато военната обстановка ескалира. В битката при река Марилао, самият президент предвожда войската, за да предотврати американското настъпление. Американците вземат надмощие в сражението едва след тежък бой и използването на канонерски лодки в реката. Американските официални сведения признават, че Агиналдо е действал със страхотно чувство за военна стратегия. На 13 ноември 1899 г. той разпуска редовната армия на Филипините и издава указ, според който оттогава нататък ще се води партизанска война. Агиналдо предвожда съпротивата срещу американците, но се оттегля към северната част на Лусон.