Mangıtlar zamanında hanlığın sınırları daralmaya başladı ve 19. yüzyılın sonlarına doğru son merkez olan Buhara'nın da Rus işgaline uğramasıyla Buhara Hanlığı Rus boyunduruluğuna girdi ve 1920 yılındaki Sovyet işgaline kadar yarı bağımsız kaldı. Hanlık toprakları 1860'a kadar bugünkü Türkmenistan'ı, Özbekistan'ın batısını ve Kazakistan'ın güneybatısını kapsıyordu.