През юни 1944 г. на Холси е поверено командването на 3-ти флот, а оперативното му съединение от самолетоносачи нанасят няколко много успешни въздушни удара. Той е отговорен за прикриването и поддръжката на американските сухопътни операции, както и за намирането и унищожаването на голяма част от японския флот в битката в залива Лейте през октомври. Той ръководи американските войски през последните военноморски операции около Окинава и островите Рюкю от 28 май до 2 септември 1945 г., когато Японската империя капитулира.