1 maja 1950 Rokossowski wydał rozkaz nr 26, zatwierdzający rozpoczętą w listopadzie 1949 czystkę w korpusie oficerskim WP. Akcją usuwania niewygodnych dla ZSRR oficerów polskich i tzw. „elementu klasowo obcego” (ocenianego na ok. 18% korpusu oficerskiego), kierował gen. Stanisław Zawadzki, pod nadzorem radzieckiego "attaché" wojskowego gen. I. Kozaka. Całą operację nadzorował również płk Anatol Fejgin, ówczesny szef Departamentu Ministerstwa Bezpieczeństwa Publicznego. Między innymi zwolniono z WP „zasłużonego” w walkach z podziemiem niepodległościowym gen. Gustawa Paszkiewicza. Uniknął represji gen. Izydor Modelski, który przeczuwając niebezpieczeństwo odmówił powrotu do kraju. Czystce równolegle towarzyszyły aresztowania oficerów przedwojennych, którzy po 1945 zgłosili się do służby w LWP. Organizowano również procesy pokazowe, w 1951 odbyła się sprawa 4 generałów WP, tzw. proces generałów. W tzw. „procesach odpryskowych” (1950-1953), związanych z procesem wytoczonym generałom, osądzono łącznie 86 oficerów polskich – w sumie zapadło 40 wyroków śmierci, z czego wykonano 20&lt;ref name="Historia 1939 – 1997/98. Polska i świat"&gt;. &lt;/ref&gt; (m.in. skazano na śmierć 3 polskich komandorów, zasłużonych w obronie wybrzeża w 1939, w procesach pokazowych dotyczących tzw. spisku komandorów). Do 1954 wydalono z armii 9 tys. oficerów, w większości przedwojennych i pochodzących z PSZ. Sprawy informacji i „bezpieczeństwa” zostały wyłączone z II oddziału Sztabu i przekazane Głównemu Zarządowi Informacji (będącego wówczas pod nadzorem radzieckiego kontrwywiadu wojskowego III Zarządu Głównego Ministerstwa Bezpieczeństwa Państwowego ZSRR pod kierownictwem gen. Korolewa, następnie gen. Jedynowa, ów zarząd zastąpił osławiony Smiersz), pod dowództwem płk. D. Wozniesienskiego (zięcia gen. Karola Świerczewskiego) oraz płka. Antoniego Skulbaszewskiego.