2013 року очолив тренерський штаб національної збірної Ямайки. 2015 року привів команду до «срібла» на континентальній першості Північної Америки. Також очолювані Шефером ямайці змагалися на Копа Америка розіграшів 2015 та 2016 років, на яких, утім, завершували змагання на груповому етапі, не здобувши бодай однієї нічиєї. Того ж 2016 року залишив збірну.