La mort du roi Sébastien Ier de Portugal lors de la bataille d'Alcacer-Quibir, en 1578, amène Philippe II de Castille sur le trône portugais en 1580, sous le nom de Philippe Ier de Portugal. Cependant, le Portugal reste un État souverain, associé au reste de la péninsule et à la Monarchie catholique. Là encore, l'union n'est pas politique mais personnelle, "in persona regis" (en la personne du roi) : les souverains castillans règnent tous au Portugal sous un nom de règne portugais, avec stricte séparation des administrations, monnaies, armées et Empires. Les Cortes de Tomar (1581), qui reconnaissent Philippe de Habsbourg comme roi de Portugal, imposent des conditions de règne très strictes au monarque. Et la titulature des souverains espagnols rappelle clairement la stricte séparation du Portugal, très attaché à son indépendance, d'avec le reste de la péninsule, elle-même plurielle politiquement, puisque Philippe de Habsbourg et ses trois successeurs portent le titre (court) de « Roi des Espagnes et de Portugal ».