Nach dem Stapellauf erfolgten einige Probefahrten und am 23. Oktober 1859 wurde die "Arcona" unter ihrem Kommandanten Kapitän zur See Henrik Ludvig Sundevall in Dienst gestellt. Die Ausrüstung auf der Marinewerft in Danzig verzögerte sich allerdings wegen schlechten Wetters, sodass die "Arcona" erst am 11. Dezember 1859 Richtung England aufbrechen konnte. Auf dem Weg dorthin geriet das Schiff in einen schweren Sturm, der einen längeren Reparaturaufenthalt in Southampton notwendig machte. Dadurch konnte die "Arcona" erst am 24. Mai 1860 mit der "Frauenlob" und der "Thetis" in Rio de Janeiro zusammentreffen. Das Geschwader verließ Rio dann am 5. Juni. Bis zum 5. Oktober 1862 führte die "Arcona" als Flaggschiff mit den beiden anderen Schiffen eine beinahe dreijährige Ostasienreise durch, die als "Preußische Ostasienexpedition" oder nach ihrem Leiter Friedrich zu Eulenburg auch als "Eulenburg-Expedition" bekannt wurde. Während dieser Reise ging am 2. September 1860 vor Yokohama während eines Taifuns der Kriegsschoner "Frauenlob" mit allen 47 Mann Besatzung unter. Außer Japan waren China, Siam, Singapur sowie das Mekongdelta Stationen der Reise. 1862 wurde die "Arcona" durch ihr Schwesterschiff "Gazelle" als Stationsschiff in Ostasien abgelöst. Im Jahr 1864 bewährte sich die Schraubenkorvette im Deutsch-Dänischen Krieg. Im Seegefecht bei Jasmund war die "Arcona" das Flaggschiff von Kapitän zur See Eduard von Jachmann.