В 1794 году, 16-го октября, уже секунд-майором, он был назначен кригс-комиссаром при Кронштадтском порте, а через три года назначен командиром Московского гренадерского полка (1797 г., января 19-го) с чином полковника (6 мая); 26 февраля 1798 года, «за усердие к службе», награжден был 500 душами крестьян, а затем зачислен шефом в Пермский мушкетерский полк (в Орше) и произведен в генерал-майоры (1798 год, 3 мая). Вскоре он выступил в поход против французов в корпусе генерала Римского-Корсакова; 8 августа 1799 года прибыл в Швейцарию, где его полк нес аванпостную службу вдоль правого берега реки Лиммат под начальством генерала Дурасова; в 1-й день Цюрихского боя Пущин прикрывал батарею на берегу во время демонстраций и канонады французов. На обратном пути в Россию, на зимних квартирах в Богемии, он вышел в отставку (3 января 1800 года) и отправился к себе в имение.