Under den andre verdenskrig ble byen rammet av store ødeleggelser av bombing fra både de allierte som fra det nasjonalsosialistiske Tyskland i 1943. Operasjon Husky, kodenavn for den allierte invasjonen av Sicilia, ble satt i gang natten 9./10. juli 1943 med britiske styrker som angrep vest på øya. General Montgomerys åttende armé erobret Siracusa på den første dagen av invasjonen bortimot uten motstand. Havnen ble deretter benyttet som base for Royal Navy. Vest for byen ligger den britiske krigskirkegården hvor rundt 1000 menn er gravlagt. Etter den andre verdenskrig fikk de nordlige kvartalene av byene en tung, ofte kaotisk ekspansjon grunnet den raske prosessen med industrialisering.