Ο Ναπολέων επισκέφτηκε πολλές φορές την Κορσική τα επόμενα χρόνια (1790-1792). Επιχείρησε να επιτύχει την ανεξαρτησία του νησιού από τη Γαλλία. Όταν η προσπάθειά του απέτυχε, κινδύνευσε να χάσει τη θέση του στον Γαλλικό Στρατό, αλλά η συμμετοχή κάποιων από τους αδελφούς του και άλλων συγγενών του στην πολιτική ζωή στο Παρίσι, του εξασφάλισε ατιμωρησία. Στη συνέχεια αφοσιώθηκε στην Επανάσταση και συμμετείχε σε μία μικρή δύναμη, που ανέλαβε να αποκαταστήσει την τάξη στην Κορσική, όταν η τοπική ηγεσία καταδίκασε την Επανάσταση. Στον εμφύλιο που ακολούθησε, οι δημοκρατικές δυνάμεις απέτυχαν και ο ίδιος τέθηκε σε διαθεσιμότητα. Έτσι δεν βρέθηκε σε κανένα μέτωπο, όταν το 1792 ξεκίνησε ο εξωτερικός πόλεμος του Α΄ Συνασπισμού εναντίον της Γαλλίας. Ταυτόχρονα, συγγενείς και οπαδοί του, υποχρεώθηκαν να εγκαταλείψουν το νησί τους. Η τελευταία φορά που ο ίδιος θα πάει ξανά εκεί, θα είναι το 1799 κατά την επιστροφή του από την εκστρατεία της Αιγύπτου, όταν θα καταφέρει αυτή την φορά αναίμακτα να συντρίψει τους μοναρχικούς.