1941 júniusában, amikor a "Nelson" megérkezett Gibraltárhoz, a hajót hozzárendelték a Force H kötelékhez, mely a Földközi-tengeren látott el kísérő feladatokat. 1941. szeptember 27-én a hajót komolyan megrongálta az olasz légierő egyik torpedóbombázójának találata, aminek következtében visszatért Nagy-Britanniába, és 1942 májusáig javítás alatt állt. 1942 augusztusában visszatért a Force H-hoz, amelynek zászlóshajójává is vált. A Force H ekkor a Máltára igyekvő konvojok kíséretét látta el. 1942 novemberében részt vett az Algériában zajló Torch hadműveletben, 1943 júliusában pedig Szicília megszállásában. 1943 szeptemberében a salernói hadműveletekben is részt vett, a parti erődítmények ágyúzásával. Szeptember 29-én Eisenhower és Pietro Badoglio marsall a "HMS Nelson" fedélzetén írta alá az olasz fegyverletételt.