През 1800 г. Масена се завръща в Италия и води войските си при обсадата на Генуа, едно от най-значимите му военни постижения. Продължава да води енергична отбрана, дълго време след като повечето генерали биха капитулирали. Най-накрая се предава на 4 юни, при условието австрийците да осигурят на него и хората му безопасно преминаване до френска земя. Заедно с оцелелите 7000 души от армията си се оттегля към Франция с пълни почести. Въпреки факта, че губи града, Масена дава на Наполеон ценно време за подготовката за битката при Маренго на 14 юни. Генералът е назначен за командващ на войските в Италия, но по-късно е освободен от Бонапарт.