У 1939 році Микола Томан повторно мобілізується до Червоної Армії. Він отримує посаду командира саперного взводу. Під час служби в армії Томан брав участь у анексії західнобілоруських земель Радянським Союзом, пізніше брав участь у радянсько-фінській війні. Після закінчення радянсько-фінської війни Микола Томан служив у частинах Закавказького військового округу. З початком радянсько-німецької війни Томан знаходиться у діючій армії, служить у інженерній розвідці. Під час війни він бере участь у Сталінградській битві, боях за Харків, битві на Курській дузі, боях у Прибалтиці.