Кафедральним собором спочатку служила дерев'яна церква, зведена ще до перенесення кафедри в Саратов. Плановане будівництво великого кам'яного собору однак було відкладено через Польське повстання 1863 року. Після його придушення польські священики єпархії та викладачі семінарії були звільнені, деякі заарештовані за підозрою у зв'язках з повстанцями. Після цього до керівних посад в єпархії і семінарії допускалися тільки німці. Нарешті, в 1873 році дозвіл на будівництво собору було дано. Будівництво кафедрального собору тривало 8 років, в 1881 році собор був освячений в ім'я Святого Климента.