Перротта играл за сборную Италии на молодёжном уровне (до 21 года). В национальной сборной он дебютировал в 2002 году. Он принимал участие в Евро 2004, где забил гол Болгарии. На победном для Италии Чемпионате мира 2006 года в Германии Перротта принял участие во всех 7 матчах сборной.