Hänen palattuaan Napoleonin kanssa Ranskaan 1799 Napoleon teki samana vuonna vallankaappauksen. Vuonna 1800 Davout osallistui Marengon taisteluun, tällä kertaa Napoleonin komennossa. Napoleon huomasi Davoutin taidot ja tekikin tästä divisoonan kenraalin hyvin pian Marengon jälkeen. Vuonna 1801 Napoleon teki Davoutista konsulin kaartin kenraalin (Napoleonista tuli konsuli vuonna 1799, ja keisari vasta 1804). Kun Napoleonista tuli keisari, Davout oli yksi niistä kenraaleista, jotka saivat Ranskan marsalkan arvonimen, ja hänestä tuli Grande Arméen kolmannen armeijakunnan päällikkö, jona hän tekikin suurimmat saavutuksensa.