Када је избио устанак 1863. године, Акелиатис се вратио у Литванију и постао помоћник комесара пољске националне владе у Аугустову. Писао је прокламације, регрутовао људе, организовао оружје итд. Објавио је два броја литванског билтена (Вести о пољском рату са Московљанима) у фебруару и марту 1864. Пред крај устанка побегао је у Источну Пруску где се придружио литванским активистима и привукао пажњу немачке полиције. Ухапшен је и осуђен на две године затвора, али је успео да побегне из суднице.