Karierę reprezentacyjną Skoubo rozpoczął od występów w reprezentacji Danii U-21, w której wystąpił w 8 spotkaniach i zdobył 3 bramki. W reprezentacji A zadebiutował 11 czerwca 2003 roku w wygranym 2:0 spotkaniu eliminacji do Euro 2004 z Luksemburgiem. 1 marca 2006 roku w towarzyskim meczu z Izraelem (2:0) zdobył pierwszego gola w kadrze narodowej.