Il 16 gennaio 2013 Guardiola viene annunciato come nuovo allenatore del in sostituzione di Jupp Heynckes, che si sarebbe ritirato al termine di quella stagione. Esordisce in gare ufficiali affrontando il in occasione della Supercoppa di Germania, perdendola. Il 30 agosto vince ai tiri di rigore la Supercoppa UEFA contro il , aggiudicandosi il quindicesimo titolo da allenatore, il primo con una squadra diversa dal Barcellona. Con tre successi, realizza il record di vittorie per un allenatore nella competizione. Il 21 dicembre 2013 la squadra di Pep Guardiola, si aggiudica l'ultimo trofeo dell'anno, battendo per 2-0 i marocchini del nella finale della Coppa del mondo per club. Il 24 marzo 2014 il Bayern di Guardiola si laurea campione di Germania con sette turni d'anticipo, vincendo il campionato tedesco. Il 29 aprile viene eliminato in semifinale di UEFA Champions League dal Real Madrid. Il 17 maggio Guardiola mette in bacheca la Coppa di Germania, grazie al successo per 2-0 ai supplementari nella finale contro il Borussia Dortmund.