1644 wurde er jedoch von Kaiser Ferdinand III. mit einem Generalat im westfälischen Kreis betraut; 1645 vereinigte er seine Truppen in Aschaffenburg mit denen Franz von Mercys und befehligte den rechten Flügel in der Schlacht bei Alerheim gegen die Franzosen und Hessen, in der Mercy fiel und Geleen gefangen genommen wurde. Nach der Schlacht wurde er gegen den französischen Marschall Gramont ausgetauscht, der in derselben Schlacht vom linken bayrischen Flügel unter Johann von Werth gefangen worden war. Anstelle Werths übernahm Geleen anschließend auch die Nachfolge Mercys als Oberbefehlshaber der bayrischen Truppen. 1646 nahm er mit diesen am Feldzug von Erzherzog Leopold Wilhelm von Österreich gegen Turenne und Wrangel teil, in dem es zu keiner größeren Schlacht kam. Nach dem Waffenstillstand von Ulm im März 1647, den Bayern mit Schweden und Frankreich ohne die Kaiserlichen schloss, nahm Geleen seinen Abschied von der Armee.