במהלך מערכות אזוב, כאשר פיוטר הגדול עזב את מוסקבה הושאר רומודנובסקי כאחראי על ענייני המדינה במינוי "נסיך-קיסר", תואר חדש שהוענק לו. מאותה תקופה נשמרה עד היום התכתבות ענפה בין פיוטר הגדול לבין פיודור רומודנובסקי שמעידה על שיתוף פעולה מלא בין השניים. בשנת 1698 כאשר התפרץ מרד 1698 היה בעל תפקיד מכריע בדיכוי המרד. החל משנת 1701 הוא היה ראש עיריית מוסקבה.