В 2004 году Хоакин принял участие в чемпионате Европы в Португалии. На турнире он сыграл в матчах против сборных Греции и Португалии. В 2006 году Санчес во второй раз принял участие в чемпионате мира в Германии. На турнире он сыграл в поединках против команд Туниса, Саудовской Аравии и Франции.