Pierwszym zadaniem nowego cesarza było stłumienie wstrząsających cesarstwem rewolucji. Stopniowo udało mu się uspokoić sytuację w większości krajów cesarstwa; w marcu 1849 roku rozwiązał obradujący w Kromieryżu sejm austriacki. Najpoważniejsze problemy wiązały się z sytuacją na Węgrzech, gdzie trwało powstanie. Franciszek Józef był zmuszony prosić o pomoc cara Rosji, Mikołaja I. Na Węgry wkroczyła armia rosyjska pod dowództwem feldmarszałka Iwana Paskiewicza. Stłumienie do jesieni 1849 roku tego ruchu pozwoliło mu umocnić swoją władzę. Wydany w 1851 roku Patent sylwestrowy cofał ustępstwa konstytucyjne z okresu Wiosny Ludów i kierował Austrię z powrotem na tory absolutyzmu.