Les batailles décisives entre les troupes de Salaverry et celles de la Confédération ont eu lieu à Uchumayo, aux environs de la ville d'Arequipa, le 4 février 1836, où Salaverry gagne; et à Socabaya, trois jours plus tard, le 7 février, où c'est Santa Cruz qui l'emporte. Fait prisonniers, Salaverry et ses neuf principaux collaborateurs sont fusillés sur la Plaza de Armas d'Arequipa le 18 février 1836 par les Boliviens.Sous divers prétexte, le Chili déclare alors la guerre à la Confédération et envoie un contingent sous le commandement de l'amiral Ventura Blanco Encalada. Cette première expédition au Pérou, appelée « Restauradora » soutenue par les opposants à Santa Cruz, arrive sur le territoire d'Arequipa le 12 octobre 1837. Mais avant d'entamer les hostilités, des négociations permettent la signature d'un traité de paix à Paucarpata le 17 novembre, entre le chef militaire chilien et le général Quiroz, de la Confédération. Le gouvernement chilien n'ayant pas approuvé ce traité enverra une deuxième expédition l'année suivante, pour soutenir Ramón Castilla et d'autres chefs militaires péruviens opposés à Santa Cruz, ce qui aboutira à la chute de Santa Cruz, à la dissolution de la Confédération et permettra au maréchal Gamarra de reprendre les pleins pouvoirs au Pérou en août 1839.