Ο Κοστούρι επέστρεψε στην αλβανική πολιτική ζωή την 1η Οκτωβρίου 1943, ως εκπρόσωπος της περιφέρειας της Κορυτσάς και το ίδιο έτος εκλέχτηκε να ηγηθεί της επιτροπής για την έγκριση των αποτελεσμάτων και αργότερα πρόεδρος της Συνταγματικής Συνέλευσης της Αλβανίας στις 25 Οκτωβρίου 1943. Ως πρόεδρος, ακύρωσε όλους τους νόμους και νομικές πράξεις που εγκρίθηκαν μεταξύ 7 Απριλίου 1939 και Σεπτεμβρίου του 1943. Έτσι, η «προσωπική ένωση» μεταξύ Αλβανίας και Ιταλίας (η οποία ξεκίνησε από τις 12 Απριλίου 1939) έληξε. Δήλωσε την επίσημη αλβανική ουδετερότητα στον Β΄ Παγκόσμιο Πόλεμο.