Zpět se vrátila do země, která již stála na prahu změn. Po 17. listopadu 1989 se aktivně podílela na společenských i univerzitních proměnách. Byla členkou ústředí studentského stávkového výboru, místopředsedkyní nově ustaveného akademického senátu Univerzity Karlovy za všechny teologické fakulty. Aktivně se podílela na přípravách inkorporace teologických fakult do univerzity a také na navrácení Roháčovy koleje zpět církvi. Zároveň pokračovala ve studiu. Ve své magisterské práci se věnovala Paulu Tillichovi, jehož metoda korelace měla trvalý vliv na její práci. Na začátek 90. let se také datuje její první kontakt s Heythrop College, která je součástí Londýnské univerzity. Ivana zde mohla nejprve tři měsíce studovat díky Masarykovu stipendiu, a pak, díky podpoře Heythrop College, v letech 1993–1999 pokračovat v distančním doktorském studiu.