Ve své druhé instanci (1943 až 1945) byla 1. "kókú kantai" znovu vytvořena 1. července 1943 jako letecká flota pozemních "kókútai". Prvním velitelem se stal "čúdžó" Kakudži Kakuta. Jednotky podřízené 1. "kókú kantai" se zúčastnily bitvy ve Filipínském moři, navazujících bojů o Mariany a bitvy u Leyte. Dne 15. června 1945 byla rozpuštěna.