Kaibiles osallistui 1980-luvulla hallituksen puolella Guatemalan sisällissotaan, jonka aikana yksikkö tuhosi kokonaisia kyliä. Yksi tunnetuimmista tapauksista oli vuonna 1982 tapahtunut Dos Erresin verilöyly, jossa Kaibilesin sotilaat kiduttivat, raiskasivat ja surmasivat Dos Erresin kyläläisiä. Arvioiden mukaan vähintään noin 350 siviiliä menetti henkensä verilöylyssä. Kun sisällissota päättyi vuonna 1996, Guatemalan hallitus päätti Yhdistyneiden kansakuntien pyynnöstä tutkia Kaibilesin suorittamia ihmisoikeusloukkauksia ja paljasti yksikön suorittamat joukkomurhat. Elokuussa 2011 kolme entistä Kaibilesin kommandoa ja yksi upseeri tuomittiin elinkautiseen vankeusrangaistukseen.