Il settimo posto del 1999, gli valse la seconda partecipazione consecutiva all'Intertoto: nell'edizione del 2000 vennero immediatamente eliminati dai francesi dell'Auxerre. Da segnalare la prestazione in Coppa di Russia 2002-2003 quando per la prima volta la squadra, che in quella stagione fu rinominata Rostov, raggiunse per la prima volta la finale, perdendo contro lo Spartak Mosca.