26 апреля в кают-компании возник крупный конфликт. Старший помощник лейтенант П. В. Повалишин резко протестовал против планов командира, что зафиксировано в журнале штурмана Калинина. Дословно Повалишин сказал: «Что вы нас, переморить хотите?», на что последовал ответ: «Есть ли услышит хоть одно слово дерзкое, то велит свести в каюту». Курс, тем не менее, прокладывали по меридиану Островов Зелёного Мыса, а затем Азорских островов, чтобы иметь возможность собирать дождевую воду и в случае чего получить помощь с берега. 9 июня у острова Корво встретили английское военное судно, сообщившее о начале войны между Францией и Россией. Несмотря на то, что на «Неве» имелось охранное свидетельство французского правительства, были сделаны военные приготовления. Наконец, 26 июня ночью вошли в Ла-Манш, а встреченный лоцманский бот провёл шлюп в Портсмут за 50 гиней. Рекордный переход длился 140 суток, и был беспримерным для своего времени; на борту не было цинготных больных. Стоянка в Портсмуте продлилась две недели (28 июня — 13 июля), в продолжение которых Лисянский побывал в Лондоне. От Даунса до Скагена «Нева» шла с эскадрой лорда Кита; разрешения на это добился российский посол. 21 июля скончался матрос Иван Горбунов, раненный в грудь ещё во время русско-шведской войны 1788—1790 годов. В последний день плавания — 5 августа — при попутном ветре «Нева» продемонстрировала рекордную скорость в , и утром 6 августа бросила якорь в Кронштадте.