Après la guerre de Sécession, Brannan quitte le service actifs des volontaires et retourne dans l'armée régulière avec le grade de commandant dans le 1st U.S. Artillery Regiment. Il est affecté dans des postes d'artilleur au fort Trumbull, Connecticut, au fort Wadsworth, New York, et à Ogdensburg, New York. Pendant qu'il est à Ogdensburg, il contribue à empêcher les raids des Fenians dans le Canada. En 1877, Brannan est à Philadelphie, en Pennsylvanie, où il aide à réprimer les émeutes du chemin de fer.