Podczas działań wojennych w 1939 Biłgoraj został zrujnowany, a parafialny kościół Trójcy Świętej i Wniebowzięcia NMP uległ pożarowi. Kościół św. Jerzego nie odniósł wtedy znacznych strat. W związku ze zniszczeniami, które miały miejsce w głównej świątyni, niewielki kościół św. Jerzego stał się miejscem odprawiania nabożeństw dla całej parafii. Funkcję tę pełnił do 1940, kiedy okupacyjne władze niemieckie zadecydowały o odebraniu kościoła katolikom i o przekazaniu go ponownie w ręce prawosławnych.