Спустя два месяца Самуэльсон начала кататься в паре с Тоддом Гиллесом. Тренерами дуэта стали бывшие наставники Эмили — Ярослава Нечаева и Юрий Чесниченко. Новоиспечённые партнёры заняли восьмую строчку на чемпионате США, вследствие чего не попали в сборную на главные старты сезона. По окончании которого, в июне 2012 года Самуэльсон сообщила, что её партнёрство с Гиллесом закончено.