Successivamente è stato assegnato al personale del generale Eisenhower, dove ha contribuito a formare i piani per le invasioni del Nord Africa e della Sicilia ed è stato promosso a maggiore generale nel novembre 1944. Lemnitzer è stato uno dei responsabili inviati a negoziare coi fascisti italiani durante l'Operazione Sunrise e la resa tedesca nel 1945.