Bocanegra capitanò per la prima volta la sua nazionale in un'amichevole con la Cina giocata il 2 giugno 2007 e terminata 4-1 per gli Stati Uniti; vestì di nuovo la fascia di capitano contro Guatemala, Panama, Canada e Messico nella Gold Cup 2007. Bocanegra è uno dei candidati a essere capitano permanente degli USA: insieme a Oguchi Onyewu, DaMarcus Beasley, Landon Donovan e Tim Howard, è uno dei giocatori a cui il CT Bob Bradley ha chiesto di assumere un ruolo più importante nella guida della squadra.