Nikutowski begann sein Malereistudium in Königsberg, setzte es an der Kunstakademie Düsseldorf bei Carl Friedrich Lessing fort, folgte ihm 1859 nach Karlsruhe und ließ sich endgültig 1865 in Düsseldorf nieder. Seine ersten Werke waren kleinformatige Genrebilder, später schuf er hauptsächlich große Schlachtenbilder, darunter auch Episoden aus dem polnischen Januaraufstand 1863. Von 1880 bis zu seinem Tod im Jahr 1888 war er Lehrer für Anatomie an der Düsseldorfer Akademie. Dies veranlasste ihn zu Studien über vergleichende Anatomie und Proportionslehre, die nicht veröffentlicht wurden.