西海岸沿岸での慣熟訓練の後、マニラ・ベイは11月20日に真珠湾に向かい、破損した航空機を収容した後12月4日にサンディエゴに戻ってきた。マニラ・ベイは訓練を再開し、やがてが配属された。1944年1月3日、マニラ・ベイは真珠湾に向けて出港し、一週間後には第24空母群 (CarDiv 24) 旗艦としてラルフ・E・デヴィソン少将の将旗を掲げる事となった。空母群とともに第52任務部隊に加わったマニラ・ベイは、1月22日にマーシャル諸島攻撃のため出撃した。1月31日から2月6日までの間、マニラ・ベイの航空機は空中哨戒と対潜哨戒の任務に就くと同時に、クェゼリン環礁内のにある日本軍拠点に対する攻撃も行い、機銃掃射等によって弾薬庫と防御砲台を破壊した。2月に入ってからは、マジュロの確保とエニウェトクの戦いに参加した。