Nel 1941, durante l'occupazione tedesca, l'altare smantellato fu spedito al Terzo Reich su ordine di Hans Frank – il Governatore Generale di quella parte della Polonia occupata. Fu recuperato nel 1946 in Baviera, nascosto nel sotterraneo del Castello di Norimberga, pesantemente bombardato. L'altare maggiore subì un importante lavoro di restauro in Polonia e fu rimesso al suo posto nella Basilica 10 anni dopo.