En 1888, resultó elegido diputado por el departamento Victoria, formando parte del partido Conservador. El continúo enfrentamiento entre el presidente liberal José Manuel Balmaceda y el Congreso Nacional, sumado al descontento de la oligarquía conservadora con el primero, condujo a la guerra civil de 1891, en donde Patricio, se declaró leal a los congresistas, al igual que sus hermanos el diputado Enrique y el capitán del ejército Joaquín. La Junta de Gobierno de Iquique lo nombró teniente coronel, cargo que desempeñó tanto en esa ciudad, como en Antofagasta y Concepción. En 1891, participó en varios combates decisivos del conflicto, tales como la toma de Copiapó, o las batallas de Concón, Viña del Mar y Placilla, ocupando diversos y trascendentales cargos militares.