III. János lengyel király megadta a városi jogokat a 17. században. Eišiškės volt a Lengyel–Litván Unió királyi városa, amely Krakkót és Vilniusot összekötő fontos útvonalon található. 1795-ben a Lengyelország III. felosztása a várost Oroszország csatolta. Sok lakos vett részt az 1863-as Oroszország elleni lengyel felkelésben. Az első világháború utáni függetlenség visszaszerzése után ismét Lengyelországhoz tartozott.