W swojej karierze Morales występował też w takich turniejach jak: Copa América 2004 (ćwierćfinał), Puchar Konfederacji 2005 (4. miejsce), Złoty Puchar CONCACAF 2007 (finał) oraz Copa América 2007 (gol w wygranym 2:0 meczu z Brazylią, 3. miejsce).