В 1847 году отец Дженкина вышел на пенсию и семья переехала во Франкфурт-на-Майне, отчасти из соображений экономии, а отчасти из-за образования мальчика. В Германии Дженкин занимался рисованием, писал стихи и учил немецкий язык. В следующем году Дженкины переехали в Париж, где он изучал математику и французский язык. В 15 лет Флеминг стал свидетелем начала революции 1848 года. Дженкины уезжают в Геную, где пережили ещё одну революцию. В то время как миссис Дженкин с сыном и золовкой нашли защиту на британском судне в порту, капитан Дженкин охранял их дом. В Генуе Дженкин поступил в университет, став его первым студентом-протестантом. Лекции электромагнетизму читал профессор естественной философии падре Банкалари, его физическая лаборатория считалась на тот момент лучшей в Италии. Дженкин получил степень магистра первого класса с отличием. Также Флеминг посещал художественную школу и получил серебряную медаль, учился игре на фортепиано, посещал театр и оперу.