Bonaparte va tornar l'any 1799, deixant la campanya a Egipte a càrrec del seu segon al comandament, el general Kléber, que hi va morir assassinat l'any següent. Va prendre el control del govern francès l'any 1799, derrocant el Directori francès amb l'ajuda de l'ideòleg Emmanuel Joseph Sieyès. L'ofensiva de les forces austríaques al Rin i a Itàlia es va convertir en una amenaça continua per a França, però totes les tropes russes havien estat retirades del front després de la mort de la tsarina Caterina II de Rússia. Napoleó va reorganitzar la milícia francesa i creà un exèrcit de reservistes per donar suport tant als esforços en el Rin com a Itàlia. En tots els fronts, els avanços francesos van trobar els austríacs amb la guàrdia baixa. En aquell moment l'exèrcit francès comptava només amb 300.000 soldats lluitant contra les forces de la Coalició. A Itàlia la situació era no obstant d'allò més delicada a causa de la pressió d'Àustria. Napoleó es va veure forçat a mobilitzar l'exèrcit de reservistes. Va xocar amb els austríacs a la Batalla de Marengo el 14 de juny de 1800 i podria haver perdut la batalla de no ser per la intervenció decisiva del general Louis Charles Antoine Desaix, que va atacar la rereguarda austríaca i la va vèncer. Desaix va morir a la batalla, i Napoleó va commemorar posteriorment el seu coratge construint-li monuments i gravant el seu nom a l'Arc de Triomf de l'Étoile. En el riu Rin, en canvi, la batalla decisiva va arribar quan un exèrcit francès de 180.000 homes es va enfrontar a 120.000 soldats austríacs a la Batalla de Hohenlinden el 3 de desembre. Àustria va ser vençuda definitivament i va abandonar el conflicte després del Tractat de Lunéville, el febrer de 1801.