Der bei seiner Verpflichtung nur als Ergänzungsspieler betrachtete Vyntra profitierte im Sommer 2004 vom Abgang des bis dahin unumstrittenen Georgios Seitaridis, der nur wenige Wochen zuvor in Portugal Europameister wurde. Während Vyntra bis dahin immer nur auf der Position des Innenverteidigers aufgestellt wurde, spielte er fortan als Rechter Verteidiger und war seitdem ein fester Bestandteil von Panathinaikos’ Mannschaft. In der Saison 2012/13 war Vyntra Kapitän seiner Mannschaft. Zwischen 2013 und 2015 spielt er beim spanischen Erstligisten UD Levante, wo er auf 75 Einsätze in der Primera Division kam.