Mit dem deutschen Überfall auf die Sowjetunion 1941 rückte die deutsche Wehrmacht auch ins Baltikum vor. Nach offiziellen Angaben starb Johannes Lauristin während der Evakuierung Tallinns beim Schiffsuntergang des Zerstörers "Jakow Swerdlow" auf einer deutschen Minensperre im Finnischen Meerbusen. Der estnische Historiker Mati Õun behauptet dagegen, Lauristin sei von Kommunisten im August 1941 ermordet worden, weil er sich Stalins Kriegsbefehlen widersetzt habe.