שאמיל בסאייב הואשם גם באחריות לפשיטה על קהילה רוסית ובאחריות למשבר בני הערובה בבסלאן, שבו נרצחו למעלה מ-385 אנשים, רובם ילדים. הממשלה הרוסית הציעה פרס של עשרה מיליון רובלים (כ-300,000 דולר אמריקאי) למי שיביא מידע שיוביל לתפיסתו. במשך השנים 2000–2005 בסאייב הואשם בעוד מספר פעולות טרור, ביניהן פיגועי המטוסים הרוסיים (2004) וההתקפה על המטרו במוסקבה. ב-23 באוגוסט 2005 הצטרף בסאייב שוב לממשלה הבדלנית הצ'צ'נית, שם מילא תפקיד בכיר.