Во время войны за кастильское наследство он служил Кастилии в качестве дипломата и участвовал в основании Святой Эрмандады в 1476 году, а также в организации подкреплений для обороны Гран-Канарии в 1479 году. Согласно его собственному утверждению, Фернандес де Паленсия утратил расположение королевы в 1480 году.