Al estallar la Guerra Civil, D.H. Hill fue nombrado coronel de los primeros voluntarios de Carolina del Norte, el "Regimiento Bethel", al frente del cual ganó la batalla de Big Bethel, cerca de Fort Monroe, Virginia, el 10 de junio de 1861. Poco después, el 10 de julio de 1861, fue ascendido a general de brigada y comandó tropas en el área de Richmond. Para la primavera de 1862, era un mayor general y comandante de división en el ejército de Virginia del Norte. Participó en las operaciones de Yorktown y Williamsburg que iniciaron la Campaña de la Península en la primavera de 1862 y, como general de división, dirigió una división con gran distinción en la batalla de los Siete Pinos y las batallas de los Siete Días. La división de Hill's se quedó en el área de Richmond mientras que el resto del ejército se fue al norte y no participó en la Campaña del Norte de Virginia.