Funes Mori debytoi Argentiinan jalkapallomaajoukkueessa maaliskuussa 2015 ystävyysottelussa El Salvadoria vastaan. Vuoden 2016 Copa América Centenariossa, jossa Argentiina saavutti hopeaa, hän pelasi joukkueensa kaikki ottelut alusta loppuun. Vuoden 2019 Copa Américassa hän pääsi kentälle vain pronssiottelun viime hetkiksi. Kaikkiaan hän on pelannut 26 maaottelua ja tehnyt maalin lokakuussa 2016 MM-karsintaottelussa Perua vastaan sekä marraskuussa 2018 ystävyysottelussa Meksikoa vastaan.