В работу Секретариата ЦК Чжу Дэ включился осенью 1945 года, в то время как Мао Цзэдун и Чжоу Эньлай вели переговоры с Чан Кайши в Чунцине. Вместе с ними он принимает участие в работе Политической консультативной конференции с участием представителей Гоминьдана и посредниками с американской стороны. Последняя попытка избежания конфронтации не оправдала поставленных перед собой целей и в июне 1946 года началось общее наступление гоминьдановских войск, что послужило началом нового этапа гражданской войны. Именно тогда, маршал, проявив незаурядную политическую интуицию, предложил идею, во многом обусловившую исход нового витка военного противостояния. В сентябре 1945 года ЦК, признав аргументы Чжу Дэ убедительными, принимает новый стратегический курс «развёртывания на север, обороны на юг». 100-войсковая группировка и 10 тысяч кадровых работников, подготовленные к переброске в Южный Китай, по его настоянию, были отправлены в Маньчжурию для создания там военно-политической и экономической базы партии в войне с гоминьданом. Кроме этого, он занимался планированием, подготовкой и осуществлением решающих сражений этой войны — Ляошэньского, Хуайхайского и Пекин-Тяньцзинького; под его руководством было успешно проведено форсирование Янцзы, освобождены важнейшие города Центрально-Южного Китая (Нанкин, Шанхай, Ухань).