Orfila a Sorbonne dékánja maradt egészen 1848-ig, amikor a forradalom után – mint a régi rezsim emberét – leváltották. Bár 1850-ben megválasztották az Orvosi Akadémia elnökévé, politikai meghurcoltatásai aláásták egészségét, és 1853. március 12-én meghalt.