Vojna nezačala veľmi sľubne – perzské loďstvo stroskotalo v roku 492 pred Kr. pri Athose a vojsko sa zaplietlo do bojov s Trákmi. Dareios musel urýchlene zorganizovať výpravu novú, aby pred súperom nestratil tvár. Pri nej Peržania dobyli mesto Eretriu a jeho obyvateľstvo deportovali do Elamu, stretnutie s Aténčanmi však pre nich dopadlo zle – skúsený vojvodca Miltiades porazil a zahnal na útek ich vojsko pri Maratóne (490 pred Kr.). Aj keď bitka neznamenala z vojenského hľadiska žiadnu katastrofu, veľmi posilnila grécke sebavedomie, čo malo mať v budúcnosti vážne následky.