Mit dem Mobilmachungsbefehl wurde die "Hyäne" am 10. Februar 1864 in Dienst gestellt und während des Deutsch-Dänischen Krieges der I. Flottillen-Division zugeteilt. Mit dieser nahm sie am 17. März am Seegefecht bei Jasmund gegen dänische Schiffe teil. Nach Kriegsende blieb das Boot bis Anfang Oktober im Einsatz und wurde dann außer Dienst gestellt. Die nächste Aktivierung erfolgte erst knapp fünf Jahre später im Juni 1869, jedoch nur zur Überführung des Schiffes von Stralsund nach Kiel.