Andrei Schefer begann seine Karriere als Eishockeyspieler in der Nachwuchsabteilung von Sewerstal Tscherepowez, für dessen Profimannschaft er in der &lt;a href="Superliga%20%28Russland%29%201998/99"&gt;Saison 1998/99&lt;/a&gt; sein Debüt in der Superliga gab. Anschließend wurde er im NHL Entry Draft 1999 in der zweiten Runde als insgesamt 43. Spieler von den Los Angeles Kings ausgewählt und verbrachte die Saison 1999/2000 bei den Halifax Mooseheads in der kanadischen Juniorenliga QMJHL. Aufgrund der Sprachbarriere und persönlicher Probleme kehrte Schefer zur &lt;a href="Superliga%20%28Russland%29%202000/01"&gt;Saison 2000/01&lt;/a&gt; zu seinem Ex-Verein Sewerstal Tscherepowez zurück. Nach 20 Spielen wurde er aufgrund mangelnder Eiszeit an den SKA Sankt Petersburg ausgeliehen, wo der als Stürmer ausgebildete Schefer erstmals als Verteidiger eingesetzt wurde. Kurz vor den Playoffs wurde er zu Sewerstal zurückbeordert, erhielt aber weiter wenig Einsatzchancen und spielte entweder in der dritten oder vierten Reihe oder wieder als Verteidiger. In der folgenden Spielzeit wurde er erneut an den SKA Sankt Petersburg ausgeliehen, kehrte aber nach 28 Partien nach Tscherepowez zurück. In den folgenden viereinhalb Jahren spielte er für seinen Heimatclub in der Superliga, musste aber zeitweise auch in der zweiten Mannschaft aufs Eis gehen oder als überzähliger Spieler die Spiele von der Tribüne aus verfolgen.