В действующей армии красноармеец С. С. Данилов со 2 июля 1942 года. В боях с немецко-фашистскими захватчиками с 20 июля. Боевое крещение принял в частной наступательной операции дивизии под Малой Верейкой. С августа 1942 года по январь 1943 года дивизия, в которой воевал Семён Степанович, вела позиционные бои севернее Воронежа в составе 38-й армии Воронежского фронта. Зимой-весной 1943 года С. С. Данилов принимал участие в Воронежско-Касторненской и Харьковской наступательной операциях, в ходе которых части соединения генерал-майора вышли на подступы к городу Сумы, где закрепились на позициях, образовавших юго-западный участок Курской дуги. В мае 1943 года во время боёв за улучшение позиций в районе Пушкарёвки Семён Степанович был ранен, но к августу вернулся в строй. В период Битвы за Днепр красноармеец Данилов вёл инженерную разведку, прокладывал маршруты наступающим стрелковым частям через минные поля противника, обезвреживал оставленные немцами мины-сюрпризы, работал на переправах через Псёл, Десну и Днепр. Во время боёв за освобождение города Киева сапёры 180-го отдельного сапёрного батальона, действуя в качестве танкового десанта, обеспечили прорыв через минные заграждения противника 39-го отдельного танкового полка и вместе с танкистами ворвались в дачный посёлок Пуща-Водица. 5 ноября бойцы капитана Г. Ф. Самойловича на головных танках одними из первых вошли в Киев с севера. После освобождения города красноармеец С. С. Данилов в составе своего подразделения принимал участие в разминировании территории кондитерской фабрики и складов пивзавода, а также обеспечивал закрепление достигнутых дивизией рубежей к югу от столицы Украинской ССР.