Portugalin maajoukkueessa Gomes pelasi 76 maaottelua ja teki 29 maalia vuosina 1996–2011. Hän oli mukana EM-kilpailuissa 2000, EM-kilpailuissa 2004 ja EM-kilpailuissa 2008 sekä MM-kilpailuissa 2002 ja 2006. Gomes kuului Portugalin joukkueeseen myös kesäolympialaisissa 1996. Maajoukkueessa hän saavutti EM-hopeaa kotikisoissa 2004. Gomes teki EM-kilpailuissa 2000 neljä maalia ja kahdessa seuraavassa EM-turnauksessa yhden maalin, ja jakaa vuoden 2016 kisojen jälkeen neljännen sijan EM-kilpailujen kaikkien aikojen parhaiden maalintekijöiden listalla. MM-kilpailuissa 2002 hän pääsi kentälle vain vaihtopelaajana kahdessa ottelussa.