Гвардиола придерживался тактики, в основе которой лежит владение мячом. Этот тренер хотел, чтобы в построении игры принимали участие все игроки команды. В его предыдущей команде — «Барселоне» голкипер Виктор Вальдес пытался играть в роли вратаря-либеро, такое видение тренера отражалось большими перспективами для дальнейшего развития Нойера. В итоге он улучшил свою игру под руководством Гвардиолы, тренер отмечал, что Мануэль слишком часто отдавал передачи прямо на нападающего, в итоге голкипер стал чаще играть в короткий пас. Длинные передачи Нойера тоже преобразились: он стал чаще отдавать мяч игрокам центра поля и крайним защитникам. Под руководством Гвардиолы Нойер стал принимать ещё большее участие в игре команды, отдавать больше передач, а также чаще владеть мячом. И Нойер, и Гвардиола были очень довольны работой друг с другом. Несмотря на всё это, тактика Гвардиолы начала работать не сразу. «Бавария» проиграла матч за Суперкубок Германии в июле 2013 года против дортмундской «Боруссии», однако уже в конце августа выиграла очередной трофей — Суперкубок УЕФА, в том матче мюнхенский клуб смог обыграть «Челси» в серии пенальти. Чемпионат Германии, как и в предыдущем сезоне, завершился для «Баварии» чемпионским титулом, победа в Бундеслиге была закреплена ещё до окончания турнира. Сам Нойер отмечал, что под руководством Гвардиолы защита команды стала сильнее, в связи с чем у него появилось больше возможностей помогать своей команде вне штрафной площади. В &lt;a href="%D0%9B%D0%B8%D0%B3%D0%B0%20%D1%87%D0%B5%D0%BC%D0%BF%D0%B8%D0%BE%D0%BD%D0%BE%D0%B2%20%D0%A3%D0%95%D0%A4%D0%90%202013/2014"&gt;Лиге чемпионов 2013/14&lt;/a&gt; «Баварии» удалось дойти до стадии 1/2 финала, там по сумме двух игр со счётом 0:5 победу одержал «Реал Мадрид». Вскоре после этого Мануэль продлил свой контракт с «Баварией» до 2019 года. В мае Нойер сыграл в своём четвёртом подряд финале Кубка Германии, в котором «Бавария» одержала победу и выиграла данный трофей.