После реформ Юлиана II, уравнявшего все ветви христианства и даже язычество, Афанасий вернулся в Александрию, но после смерти Юлиана Отступника в 363 году поборник арианства Валент II начал новые преследования опальных епископов. Афанасий вновь бежал из Александрии, но вскоре вернулся и до своей смерти в 373 году занимал епископскую кафедру. Летом 365 года в результате мощного землетрясения, унёсшего жизни более 50 тыс. жителей, частично разрушился Александрийский маяк, ушли под воду расположенные в приморской части города дворцы Птолемеев, храм Посейдона, некоторые дома знати и соседний остров Антиродос. В 374 году римский префект Египта Палладий ворвался с толпой во время службы в храм и учинил погром. Преемник Афанасия Пётр II бежал из Египта, а ариане при поддержке Палладия возвели на александрийскую кафедру своего ставленника Лукия.