Maajoukkueessa Pandev on pelannut kesäkuun 20. päivään 2021 mennessä 121 maaottelua, joissa hän on tehnyt 38 maalia. Hän on eniten Pohjois-Makedonian maajoukkueessa maaleja tehnyt pelaaja. Hän on ollut maajoukkueen vakituinen kapteeni vuodesta 2011 alkaen. Hän teki maansa ensimmäisen arvokisamaalin kesän 2021 EM-kilpailuissa Itävaltaa vastaan.