Принимал непосредственное участие в сражениях Русско-персидской войны. 5 июня он отличился в сражении в урочище Джаван-Булах, а 7 июня при взятии Аббас-Абада. За заслуги, проявленные при осаде Аббас-Абада 14 (26) октября его произвели в штабс-капитаны. Задолго до этого, персидским принцем Аббас-Мирзой были начаты переговоры о мире. Ещё 20 июля Паскевич отправил А. С. Грибоедова и Бакиханова в местечко Каразиадин для личных переговоров с Аббас-Мирзой. Тем временем, русская армия продолжала успешное наступление. 20 сентября армия под командованием Паскевича взяла Сардар-Абад, а уже 1 октября был взят Эривань. Во всех этих сражениях участвовал и Бакиханов, за что его наградили орденом Анны 3-й степени с бантом.