Após a queda do senador McCarthy (que nunca serviu na Câmara, nem no HUAC), o prestígio do HUAC começou um declínio gradual a partir do final dos anos 50. Em 1959, o comitê estava sendo denunciado pelo ex-presidente Harry S. Truman como a "coisa mais antiamericana do país hoje". O comitê perdeu considerável prestígio à medida que a década de 1960 progredia, tornando-se cada vez mais o alvo de satiristas políticos e o desafio de uma nova geração de ativistas políticos. O HUAC intimou Jerry Rubin e Abbie Hoffman dos Yippies em 1967 e novamente após a Convenção Nacional Democrata de 1968. Os Yippies usaram a atenção da mídia para zombar dos procedimentos. Rubin chegou a uma sessão vestido como soldado da Guerra Revolucionária dos Estados Unidos e distribuiu cópias da Declaração de Independência dos Estados Unidos para as pessoas presentes. Rubin então "soprou bolhas de chiclete gigantes enquanto suas co-testemunhas provocavam o comitê com saudações nazistas".