Однак невдовзі після початку філіппінсько-американської війни багато його товаришів знову були призвані на військову службу і в червні 1899 року Крюгер повторно був зарахований рядовим до роти «М» 12-го піхотного полку. Незабаром він вирушив у складі 2-ї дивізії генерал-майора Артура Макартура 8-го армійського корпусу на боротьбу з повстанцями Еміліо Агінальдо. Брав участь у переслідуванні партизанських військ Агінальдо. Під час служби на Філіппінах Вальтера Крюгера підвищили у сержанти. 1 липня 1901 року йому присвоєне звання другого лейтенанта і відправлено до 30-го піхотного полку, що базувався на Маріндуку.