Mit 18 Jahren trat er als Oberstleutnant in die österreichische Armee ein. Bei der Teilnahme am Türkenkrieg wurde er am 9. April 1788 zum Generalmajor und am 20. August 1790 zum Feldmarschallleutnant befördert und nahm nach Ausbruch des Krieges gegen das revolutionäre Frankreich an den Kämpfen in den Niederlanden und 1796 am Niederrhein teil. Im März 1793 griff er unter Erzherzog Karl mit seinem zweiten Treffen in die Schlacht bei Neerwinden ein. Er warf dabei den linken Flügel der Franzosen unter General Champmorin zurück und erstürmte Leau. Am 7. April übernahm er die Belagerung von Condé und zwang den befehlshabenden General Chancel am 11. Juli 1792 zur Kapitulation. Für diesen Erfolg wurde der Herzog am 23. Juli 1793 mit dem Commandeurkreuz des Maria Theresien-Ordens ausgezeichnet. Im Frühjahr 1794 half er dem durch französische Truppen bedrohten Bistum Lüttich, konnte aber dessen Verlust nicht verhindern. Im Feldzug von 1795 führte er sein Armeecorps gegen den Einfall der französischen Armee unter Marschall Jourdan an den Rhein und operierte zwischen Lahn und Sieg. Zwischen 9. und 16. September führte er bei Dünebach, Schlibusch, Buschdorf, Blankenberg, Uckeradt, Weyerbusch und Freylingen mehrere Gefechte, die ihn zum eiligen Rückzuge nötigten. Der Abschluss einer Konvention in Ehrenbreitstein am 4. Jänner 1796 beendete schließlich diesen Feldzug. Am 21. März 1796 wurde Herzog Ferdinand zum Feldzeugmeister befördert. Im Feldzug von 1796 übernahm er am Niederrhein den Befehl über ein 18.000 Mann starkes Korps, welches gegen den linken Flügel der Sambre- und Maas-Armee des französischen Generals Kleber operierte. Ende Juni 1796 zwang ihn ein körperliches Leiden den aktiven Heeresdienst zu verlassen, worauf er sich nach Wien zurückzog.