Nella stagione 2013-2014, in seguito al ritiro di Heynckes, a guidare il Bayern è Josep Guardiola. L'allenatore spagnolo esordisce ufficialmente con la sconfitta nella Supercoppa di Germania, tuttavia poco dopo conduce la squadra alla vittoria della prima Supercoppa UEFA: questo dopo aver sconfitto a Praga il . In dicembre poi, in seguito alla vittoria a Marrakech contro il Raja Casablanca, viene messa in bacheca anche la prima Coppa del mondo per club FIFA. Il Bayern è poi eliminato dal nella semifinale di Champions League, stabilendo però il record di vittorie consecutive nella manifestazione, dieci, e mette in bacheca il ventiquattresimo titolo nazionale con sette giornate d'anticipo, vincendo le ultime diciannove partite e stabilendo numerosi record. L'annata è impreziosita dal "double", arrivato con la vittoria della diciassettesima Coppa di Germania. Nelle due stagioni successive i bavaresi raggiungono sempre le semifinali della Champions League (eliminazioni contro e ) e conquistano altrettanti titoli di Bundesliga, arrivando così al record di quattro successi consecutivi nella manifestazione. Sempre in campionato il 24 ottobre 2015 la squadra ottiene, in seguito al 4-0 contro il , la millesima vittoria. Il Bayern si aggiudica, per la diciottesima volta, la Coppa di Germania.