In de Vierde Coalitieoorlog was Augereau nog steeds de bevelhebber van het VIIe Korps. Hij onderscheidde zichzelf in de Slag bij Jena, waarin zijn korps de linkerflank vormde. In het begin van 1807 leed hij aan een zware griep, maar toch voerde hij het bevel over zijn troepen tijdens de slag bij Eylau op 7 februari van dat jaar. Hij moest hiervoor op zijn paard ondersteund worden. Bij Eylau werd zijn korps haast vernietigd en de maarschalk zelf liep een wond op, waarvan hij nooit meer volledig herstelde.