Vid 16 års ålder gjorde Roy sin första säsong i OHL, med Kitchener Rangers, 1999/00. Han vann lagets interna poängliga med 87 poäng på 66 matcher och blev utsedd till årets rookie i OHL. Säsongen därpå stod han för 81 poäng på 65 matcher (42 mål, 19 assist). Under sommaren 2001 valdes han i den andra rundan, som nummer 32, av Buffalo Sabres vid NHL-draften. Säsongen därpå blev Roys poängmässigt bästa i OHL då han noterades för 89 poäng (43 mål, 46 assist) på 62 matcher. Under hösten 2002 spelade han med Sabres under försäsongen, men återvände till OHL för ytterligare en säsong med Rangers. Han utsågs till lagkapten och klubben vann mästerskapet: på 21 matcher i slutspelet stod Roy för 32 poäng och tilldelades efter säsongen Stafford Smythe Memorial Trophy som turneringens mest värdefulla spelare.