El 15 de gener de 1966 un cop d'estat militar (vegeu Cop d'estat de Nigèria del gener de 1966) va posar fi al govern i va posar fi a la vida de Akintola i del governador tinent coronel Adekunle Fajuyi. El cop d'estat va fracassar però l'exèrcit es va fer càrrec del poder i va abolir l'autonomia regional. L'anomenat contracop de juliol de 1966 va restablir l'autonomia de les regions.