В феврале 1940 года Куйбышевским РВК г. Ленинграда был призван в РККА и направлен рядовым бойцом в 4-й мотострелковый Краснознаменный полк внутренней охраны НКВД СССР имени Ф.Э. Дзержинского, за­тем исполнял обязанности заместителя политрука роты 2-го батальона. В составе батальона принял участие в присоединении Бессарабии и Северной Буковины к СССР. С началом Великой Отечественной войны полк дислоцировался в городе Киев. 27 июня 1941 года полк вошел в оперативное подчинение начальника охраны войскового тыла Юго-Западного фронта. 13 июля 1941 года при прорыве немецких войск к Киеву Алексеев был направлен на его ликвидацию в районе реки Ирпень. 16 июля 1941 года в районе села Белогородка был ранен и тяжело контужен. После излечения в госпитале направлен в распоряжение военной прокуратуры РККА в которой проходил службу на разных фронтах. В самый трудный период Ленинградской блокады (1942-1943 гг.) находясь в осажденном городе, нёс службу в органах военной прокуратуры. Член ВКП(б) с 1943 года. Войну закончил в должности военного прокурора 23-й отдельной железнодорожной бри­гады 2-го Белорусского фронта. В 1945–1946 годах Алексеев был помощником главного обвинителя от СССР Р. А. Руденко на Нюрнбергском процессе. В июне 1948 года капитан юстиции Алексеев был уволен в запас.