Keene también ha participado en la organización de varios encuentros por el Campeonato del Mundo. Organizó la primera mitad del encuentro de vuelta del Campeonato Mundial de Ajedrez de 1986 entre Kasparov y Karpov en Londres. El encuentro, sin embargo, resultó en una derrota para la Federación Británica de Ajedrez (BCF) y, por razones nunca aclaradas, renunció a su puesto en la BCF poco después. Organizó el encuentro por el Campeonato Mundial de la PCA de 1993 entre Kasparov y Nigel Short en Londres, del que fue uno de los comentaristas oficiales junto con los grandes maestros Jonathan Speelman y Daniel King. Fue la fuerza instrumental detrás de 'Brain Games', que organizó el encuentro por el Campeonato del Mundo en 2000 entre Kasparov y Vladimir Kramnik. Después del encuentro, sin embargo, retuvo el trofeo en lugar del dinero que creía que se le debía por el colapso de Brain Games: Kramnik no lo recibió hasta 2008. Brain Games más tarde colapsó en circunstancias controvertidas.