Sự nổi tiếng của Havel ở nước ngoài hơn hẳn sự nổi tiếng của ông ở trong nước, và ông thường là đối tượng của những tranh cãi và chỉ trích. Trong thời gian tại vị, Havel tuyên bố rằng việc trục xuất cộng đồng người Đức gốc Sudeten sau Thế chiến II là trái đạo đức, gây ra một cuộc tranh cãi lớn ở trong nước. Ông cũng mở rộng lệnh ân xá là một trong những hành động đầu tiên của mình trên cương vị tổng thống, nhằm giảm bớt áp lực trong các nhà tù quá đông cũng như trả tự do cho các tù nhân chính trị và những người có thể đã bị giam cầm sai lầm trong thời kỳ Cộng sản. Havel cảm thấy rằng nhiều quyết định của các tòa án của chế độ trước không đáng tin cậy, và hầu hết những người tù đã không được xét xử công bằng. Tuy nhiên, các nhà phê bình cho rằng lệnh ân xá này đã dẫn đến sự gia tăng đáng kể tỷ lệ tội phạm: tổng số tội phạm tăng gấp đôi, cũng như số vụ giết người. Một số tội ác tồi tệ nhất trong lịch sử của tội phạm học Séc đã được những tội phạm được thả trong lệnh ân xá này thực hiện. Trong vòng bốn năm kể từ cuộc cách mạng Nhung (và sau hai lần ân xá khác được tuyên bố bởi Havel), tội phạm đã tăng hơn gấp ba lần kể từ năm 1989. Theo cuốn hồi ký "To the Castle and Back" của Havel, hầu hết những người được trả tự do chỉ có chưa đầy một năm để thụ án trước khi kết thúc bản án, nhưng số liệu thống kê trái ngược với tuyên bố của Havel.