Nos tempos modernos, o Japão e a Santa Sé mantêm relações cordiais e estão empenhados na cooperação cultural. Apesar do pequeno número de cristãos no Japão, muitos japoneses têm simpatia pela fé e, de acordo com o embaixador Hidekazu Yamaguchi, o governo japonês reconhece "a contribuição que a Igreja Católica deu à educação e à saúde do povo japonês por meio de suas escolas e hospitais", bem como a ajuda humanitária que a Santa Sé prestou logo após o terremoto e tsunami de Tohoku em 2011. Ele acrescentou que o Japão e o Vaticano compartilham opiniões sobre muitas questões.