Nach den 2006er Weltmeisterschaften wechselte Nguyen zurück ans Sportgymnasium nach München, an dem er im Juni 2007 das Abitur ablegte. Wenige Monate später nahm er mit der Mannschaft an den Weltmeisterschaften in Stuttgart teil und gewann dort die Bronzemedaille, was gleichzeitig die Qualifikation des Turn-Teams für die Olympischen Spiele bedeutete. Ende des Jahres wurde Nguyen Dritter am Boden beim Weltcup in Tokio. 2008 erreichte Nguyen den zweiten Rang mit der deutschen Mannschaft bei den Europameisterschaften in Lausanne. Bei den Deutschen Meisterschaften stand er dreimal auf dem Podest. Höhepunkt waren die Olympischen Spiele in Peking, bei denen sich das deutsche Team im Kampf um die Bronzemedaille knapp den USA geschlagen geben musste. 2009 konnte Nguyen seine ersten Erfolge als Mehrkämpfer verbuchen: Bei der Champions Trophy in Stuttgart belegte er den zweiten Platz, ebenso bei der nachfolgenden DM. Im selben Jahr gewann er zudem mit seinem Bundesliga-Verein KTV Straubenhardt die Deutsche Meisterschaft. Bei den Europameisterschaften 2010 in Birmingham war Marcel Nguyen Mitglied der deutschen Mannschaft, die erstmals den Titel holte. Er gewann dazu noch Bronze am Boden. Mit dem Deutschen Meistertitel im Mehrkampf qualifizierte Nguyen sich im gleichen Jahr für die Weltmeisterschaften 2010 in Rotterdam, an denen er aber nicht teilnehmen konnte, weil er sich zuvor bei einem Länderkampf das Wadenbein gebrochen hatte.