17 июля 1996 года в товарищеском матче против сборной Китая, Дельгадо дебютировал за сборную Уругвая. В 1997 году он попал в заявку национальной команды на Кубок Америки. На турнире Хавьер принял участие в поединках против сборных Венесуэлы и Боливии.