Aflaq pindah ke Baghdad setelah ia terpilih kembali menjadi Sekretaris Jenderal pada Februari 1968. Ia menetap disana sampai 1970, saat September Hitam terjadi, ia mengkritik sikap Ba'ath yang terlalu sedikit membantu Organisasi Pembebasan Palestina saat konflik tersebut. Saat konflik tersebur, Aflaq secara khusus melobi Yasser Arafat dan OPP. Aflaq menginginkan agar Irak ikut campur tangan; namun, al-Bakr menolak keterlibatan Irak dalam konflik semacam itu. Karena itu, Aflaq pergi ke Lebanon untuk mengasingkan diri. Pemerintahan Hafez al-Assad, Presiden Suriah, mengecam Aflaq pada 1971.