W reprezentacji Finlandii Kuqi zadebiutował 18 sierpnia 1999 w meczu z Belgią. Od tego czasu jest podstawowym graczem kadry Finlandii. Był członkiem kadry w eliminacjach do ME 2000, MŚ 2002, ME 2004, MŚ 2006 oraz ME 2008, jednak na żadne z nich jego reprezentacja nie awansowała.