בשנת 1888 פרץ במזרח אפריקה, מקום שם ניסו הגרמנים להקים מושבה, התקוממות גדולה של ערבים וסווהילים. הקנצלר אוטו פון ביסמרק מינה את ויסמן לרייכסקומיסר, ובשל היכרותו את האזור ציווה עליו לדכא את המרד. המורדים היו ערבים ממורמרים שהיוו את העילית באזור וחששו מפגיעה בפרנסתם (סחר עבדים ושנהב), וילידים סווהילים, אותם הנהיג ערבי למחצה בשם אבושירי אבן סאלם אל חארטי. ויסמן גייס שכירי חרב מקומיים רבים (אסקרי) ומינה עליהם קצינים גרמניים (מה שהיווה את הבסיס ליצירת השוצטרופה). הוא דיכא את המרד בשיטתיות, תוך כדי שהוא שורף כפרים וטובח בתושבים. ב-16 בדצמבר 1889 נלכד אל חארטי והוצא להורג, ולשאר המורדים העניק ויסמן חנינה.