L'annata seguente approdò alla dove trovò Marcello Lippi, con cui instaurerà un lungo e proficuo sodalizio professionale. Chiamato a far «salire Peruzzi dal quarto posto a quello di titolare della Nazionale dei Mondiali '98», ebbe un importante ruolo nella crescita tecnica del portiere, che di lì a poco, come profetizzato da Lippi, diverrà il nuovo "numero uno" dell'Italia. Rimase a Torino per tutto il primo ciclo bianconero del tecnico viareggino, fino al 1999, contribuendo alle vittorie in Italia di tre scudetti (1994-1995, 1996-1997 e 1997-1998), una Coppa Italia (1994-1995) e due Supercoppe di Lega (1995 e 1997), e in campo internazionale di una UEFA Champions League (1995-1996), una Supercoppa UEFA (1996) e una Coppa Intercontinentale (1996).