В эпоху реставрации монархии власть в Монбельяре возвращается к именитым лютеранам. Вторая империя была плохо встречена поначалу, но впоследствии получила большую поддержку в Монбельяре, поскольку император распорядился построить "железную дорогу", которая существенно повлияла на развитие города. Благодаря либерализации Наполеона III в политической жизни возникает конкуренция и появляется оппозиция в лице "республиканского движения" во главе с Жюлем Вьетом () и депутатом Дорианом. После начала Франко-прусской войны город был оккупирован германскими войсками уже . В январе 1871 года высоты вокруг Монбельяра были заняты французской армией генерала Бурбаки. Перед ним была поставлена задача разрушить немецкие линии связи и отвоевать Бельфор, который отважно оборонял гарнизон под командованием полковника Пьера Данфер-Рошро. Эта задача не была выполнена. Согласно условиям мирного договора Германия получила Эльзас, но Бельфор остался французским. Монбельяр, расположенный южнее, никто не потревожил.