Auch während der Proteste gegen Muammar al-Gaddafi in Libyen, die sich zum Bürgerkrieg und zum Sturz des Diktators ausweiteten, spielte Al Jazeera eine aktive Rolle. Al Jazeera meldete am 22. Februar 2011, dass sein Satelliten-Signal von Arabsat in Libyen mit Störsendern gestört wurde. Nach Angaben des Senders stammte das Störsignal von Einrichtungen des libyschen Geheimdienstes, südlich der Hauptstadt Tripolis. Auch die Homepage des Senders war in Libyen nicht erreichbar. Gleichzeitig veröffentlichte der Sender Alternativfrequenzen auf Nilesat, Badr4 und Hotbird. Am 12. März 2011 wurde ein Kameramann Al Jazeeras in der Nähe der libyschen Hafenstadt Bengasi erschossen. Al Jazeera teilte mit, "Ali Hassan al-Jaber" sei mit seinem Team in einen Hinterhalt geraten, und bewertete die Tat als einen gezielten Anschlag gegen Angehörige des Senders.