I juni 1942 tog han til England som øverstkommanderende for 2. korps, og den følgende måned blev han kommanderende general for de amerikanske styrker i Europa. Den 17. august 1942 blev han forfremmet til generalmajor. I oktober 1942 blev han viceøverstkommanderende for de allierede styrker i Nordafrika. Clarks opgaver i denne række af stillinger bestod i at planlægge og styre træningen af enheder til invasionen i Nordafrika – kendt som Operation Torch. En del af forberedelserne af invasionen bestod i, at han blev sat i land i Nordafrika fra den britiske undervandsbåd HMS Seraph (P219) nogle uger inden invasionen for at forhandle om de vichyfranske troppers overgivelse eller samarbejde. Disse forhandlinger foregik ved Cherchell den 21.-22. oktober 1942.