在此后的第二次车臣战争中，萨杜拉耶夫率领家乡的民兵继续坚持抗争。1999年俄军占领车臣后，萨杜拉耶夫成为马斯哈多夫最忠诚的指挥官之一。2002年，被指定为马斯哈多夫的继承人。2005年马斯哈多夫阵亡之后，萨杜拉耶夫就任伊奇克里亚车臣共和国总统。他试图整合车臣以外的伊斯兰叛军势力，获得了车臣分离主义乃至整个北高加索地区伊斯兰叛军的支持。在别斯兰人质危机后，他劝说沙米尔·巴萨耶夫不要发动任何大型的恐怖袭击。