En 2011 regresó a Libia para apoyar la guerra civil. A mediados de marzo, entró en su país natal a través de Egipto. El mismo mes, un portavoz militar anunció que Haftar había sido nombrado comandante del Ejército de Liberación Nacional Libio (ELNL), afirmación que fue negada por el Consejo Nacional de Transición (CNT). En abril, el general Abdul Fatah Younis tenía el rol de comandante en jefe de las Fuerzas Armadas, Omar El-Hariri servía como el jefe del estado mayor de Younis y Haftar tomó el tercer puesto más alto como el comandante de las fuerzas de tierra con el rango de teniente general. Ese mismo verano, Younis fue asesinado.