Tuttavia, la Maltarchiata, così come le altre strutture vicine, fu gravemente danneggiata a causa dello scontro tra la Repubblica di Pisa e quella genovese, che raggiunse il culmine durante la Battaglia della Meloria. In seguito, malgrado i tentativi di ripristinare il sistema portuale, la torre cadde definitivamente in rovina, tanto che già alcuni secoli dopo la Maltarchiata aveva assunto la denominazione di "Torraccia", come il vicino Magnale. Di forma ottagonale era stata ricostruita più volte in laterizio dopo le distruzioni seguite alla battaglia della Meloria. Rimasta a lungo sulla spiaggia, allora antistante il Marzocco, crollò in gran parte con il terremoto del 1742.