Przed wybuchem wojny, tj. 24 sierpnia 1939 roku, „Komendant Piłsudski” został włączony do Dywizjonu Minowców, a dowódcą mianowano kpt. mar. Mieczysława Jacynicza. Następnie z dniem 1 września okręt podporządkowano Morskiej Obronie Wybrzeża. W chwili wybuchu II wojny światowej okręt znajdował się w porcie wojennym na Oksywiu. Kanonierka wzięła udział w początkowej fazie obrony Wybrzeża odpierając niemiecki nalot na port. W jego wyniku zniszczeniu uległ przewód parowy maszynki sterowej. Po południu okręt wyszedł w morze wraz z głównymi siłami polskiej floty zmierzającymi w kierunku Helu (stawiacz min ORP „Gryf”, niszczyciel ORP „Wicher”, sześć trałowców i kanonierka ORP „Generał Haller”) w celu osłony operacji minowania "Rurka". Na wodach Zatoki Puckiej polskie okręty zostały zaatakowane przez niemieckie bombowce nurkujące i kanonierka uczestniczyła w odpieraniu ich ataków. Następnie resztę dnia patrolowała rejon Hel – Mechelinki.