Радянські війська 1-го Прибалтійського фронту, що наступали, досягли узбережжя Балтійського моря і відсікли в Прибалтиці угруповання німецьких військ від Східної Пруссії. В цих умовах Шернер жорсткими заходами вдалося утримати фронт в Прибалтиці від повного розвалу. Щоб скоротити ширину фронту оборони, для утримання якого сил у нього було явно недостатньо, Шернер запропонував Гітлеру залишити Естонію, але отримав відмову. 14 вересня 1944 Червона Армія розпочала наступ в Прибалтиці по всьому фронту. У лічені дні оборона ворога звалилася. Майже вся територія трьох прибалтійських республік Радянського Союзу була звільнена від гітлерівських окупантів. Залишки групи армій «Північ» були заблоковані в Курляндії. В ході цієї оборонної операції Шернер допустив велику оперативну помилку, що значно прискорило поразку німецьких військ у Прибалтиці. Він проігнорував пропозицію начальника Генерального штабу сухопутних військ генерала Г. Гудеріана про посилення свого правого флангу і неправильно використовував 3-тю танкову армію, яка перед цим пробила коридор до групи армій «Північ» і відновила її зв'язок зі Східною Пруссією. В результаті на початку жовтня 1944 року радянські війська завдали потужного удару в районі Клайпеди, розгромили німецьку 3-тю танкову армію і остаточно відсікли групу армій «Північ» від основних сил німецького Східного фронту. Правда, всі спроби радянських військ ліквідувати «Курляндський котел» наприкінці 1944 були Шернером відбиті.