Наредна реконструкција позоришне зграде уследила је 1940. године, али је због рушења гледалишта и позорнице у бомбардовању 6. априла Београда 1941. до реализације дошло тек крајем те године. Исте године је и обновљена. Према замисли архитеката Гојка Тодића и Драгана Гудовића, грађевина је у потпуности изменила изглед. Изузев профилисаног кровног венца, са главног прочеља је скинута сва дотадашња декоративна пластика. Овакав изглед позориште је задржало и током наредне реконструкције 1965. године, када су преуређени и улазни хол, гледалиште и оркестарски простор под руководством архитекте Николе Шерцера. За време окупације, тадашњи директор Народног позоришта Јован Поповић је ставио ову институцију у службу окупационог и квинслишког режима.