I marts 2018 blev Nicolai Boilesen igen udtaget til det danske landshold og fik comeback i 1-0 sejren mod . den 22. marts, mens han var i startopstilingen mod og spillede hele 0-0 kampen i Aalborg den 27. marts. Han blev udtaget til EM-slutrunden 2020 (afholdt i 2021) og spillede én kamp som indskifter i Danmarks 4-0-sejr over i ottendedelsfinalen.