Kwestia odpowiedzialności Blaskowitza za zbrodnie wojenne, zwłaszcza wydarzenia z lat 1939 i 1940 w okupowanej Polsce jest sporna. Po zakończeniu kampanii wrześniowej Blaskowitz dowodził niemieckimi wojskami okupacyjnymi w Polsce, sprawował też zwierzchnictwo nad niemiecką policją i żandarmerią. Blaskowitz miał się wówczas sprzeciwić zbrodniom wojennym SS i policji na polskiej ludności cywilnej i nawet spowodował postawienie pewnej liczby zbrodniarzy przed sądami polowymi z orzeczonymi wyrokami śmierci. Wyroki skazujące uchylono po interwencji Hansa Franka u Hitlera, a Blaskowitz został przeniesiony na front zachodni. Blaskowitz, prawdopodobnie w związku z tymi wydarzeniami, jako jedyny z dowódców armii, nie został awansowany (rozpoczął i zakończył wojnę jako generaloberst) w toku wojny. Resztę wojny spędził na froncie zachodnim, między innymi jako dowódca sił okupujących Holandię. Jest możliwe, iż hipoteza o zabójstwie dokonanym przez współwięźniów w Norymberdze, jest prawdziwa. Zabójstwo byłoby aktem zemsty za wyroki na członków SS, do których doprowadził Blaskowitz.