Im Mai 1596 wurde Pérez wieder nach England zu Königin Elisabeth I. geschickt, die über militärische Erfolge der Spanier in Flandern beunruhigt war und sich zu einer härteren Gangart gegenüber Philipp II. entschloss. Da aber sein Freund und Schutzherr, der Earl von Essex, nicht anwesend war, konnte Pérez nicht am Vertrag vom 10. Mai 1596 mitwirken, der eine englisch-französische Defensiv- und Offensivallianz festschrieb. So hielt sich Pérez nur kurzzeitig in England auf. Heinrich IV. wählte sich ihn als wichtigen Berater und gestand ihm im Januar 1597 zusätzlich zur Pension weitere Gratifikationen zu. Pérez forderte auch, dass zwei Schweizer Soldaten für seinen Schutz sorgen sollten. Er bemühte sich intensiv, die Kooperation mit England aufrechtzuerhalten. Sully war dem exilierten Spanier weniger gewogen als der König. Nach der Wiedereroberung von Amiens (September 1597) durch die Franzosen suchte der bereits 70-jährige Philipp II. den Ausgleich mit Frankreich und schloss den Frieden von Vervins (Mai 1598). Dies schwächte die Position von Pérez, der in seiner Korrespondenz mit seinen Londoner Freunden öfters indiskret gewesen war. Seitdem hielt der französische König den flüchtigen Spanier für suspekt, traf sich nicht mehr mit ihm, hörte auch nicht mehr auf dessen Ratschläge und warf ihm vor, in nach England adressierten Briefen französische Staatsangelegenheiten zu erörtern. Pérez suchte sich zu rechtfertigen, gab vor krank zu sein und verließ zwei Monate sein Appartement nicht. Von Frankreich und England fallengelassen versuchte er die Voraussetzungen für seine Rückkehr nach Spanien zu schaffen, indem er Heinrich IV. bat, dass dieser vom spanischen König seine Begnadigung fordern solle. Allerdings kam Heinrich IV. diesem Wunsch nicht nach.