Năm 1580, Vua Philip II của Tây Ban Nha đã xâm chiếm Bồ Đào Nha sau một khủng hoảng kế vị do cái chết của Vua Sebastian của Bồ Đào Nha gây ra trong cái chết thảm khốc Cuộc tấn công của Bồ Đào Nha vào Alcácer Quibir tại Maroc năm 1578. Tại Cortes của Tomar năm 1581, Felipe đã lên ngôi Felipe I của Bồ Đào Nha, hợp nhất hai vương thất và đế quốc hải ngoại dưới Habsburg thuộc Tây Ban Nha cai trị trong triều đại Liên minh Iberia. Tại Tomar, Philip hứa sẽ giữ cho các đế quốc khác biệt về mặt pháp lý, để lại chính quyền của Đế quốc Bồ Đào Nha cho các công dân Bồ Đào Nha, với Phó vương Bồ Đào Nha ở Lisbon. Felipe thậm chí đã chuyển thủ đô đến Lisbon trong thời gian hai năm (1581–1583) do đây là thành phố quan trọng nhất trong Bán đảo Iberia. Tất cả các thuộc địa Bồ Đào Nha đã chấp nhận tình trạng mới ngoại trừ Azores, được tổ chức cho António, một đối thủ người Bồ Đào Nha tuyên bố ngai vàng đã giành được sự ủng hộ của Catherine de Medici của Pháp để đổi lấy lời hứa nhượng lại Brasil. Lực lượng Tây Ban Nha cuối cùng đã chiếm được các đảo vào năm 1583.