Al desembre de 1943 s'anuncià que Eisenhower seria el Comandant Suprem Aliat a Europa. Al gener, va reassumir el comandament ETOUSA i al febrer va ser nomenat oficialment com a Comandant Suprem Aliat de la Força Expedicionària a Europa (SHAEF), servint en un doble paper fins al final de les hostilitats a Europa al maig de 1945. En aquestes posicions va estar encarregat de planificar i portar a terme l'assalt sobre la costa de Normandia al juny de 1944, sota el nom clau d'Operació Overlord, l'alliberament de l'Europa occidental i la invasió d'Alemanya. Un mes després de l'atac a Normandia tindria lloc la invasió del sud de França, i el control de les forces que hi participarien passarien del AFHQ al SHAEF. Per tant, des de llavors i fins al final de la guerra a Europa el 8 de maig de 1945, Eisenhower, mitjançant el SHAEF, tenia el comandament absolut de totes les forces operatives aliades (formada per tropes originàries dels Estats Units, el Regne Unit, la França Lliure, Bèlgica, Luxemburg, Països Baixos, Txecoslovàquia, Polònia o Grècia, així com els dominis britànics del Canadà, Nova Zelanda, Austràlia, Sud-àfrica, a més de l'Índia britànica) i mitjançant ETOUSA, el comandament administratiu de totes les forces americanes al Front Occidental al nord dels Alps.