1934 wurde López Pumarejo als Kandidat der Liberalen schließlich selbst erstmals zum Präsidenten Kolumbiens gewählt und konnte sich dabei klar gegen seinen einzigen Gegenkandidaten, den Kommunisten Estiquio Timote durchsetzen. Die persönliche Freundschaft zwischen ihm und dem 1933 erneut zum Präsidenten Perus gewählten Oscar R. Benavides führte zur Beendigung des Kolumbianisch-Peruanischen Krieges wegen einer Gebietsstreitigkeit um die Stadt Leticia am Amazonas durch ein Friedens- und Freundschaftsprotokoll. 1936 erließ seine Regierung zur Umsetzung einer Landreform ein Gesetz, das es ermöglichte, Privatbesitz im „sozialen Interesse“ zu enteignen. Aus Enttäuschung über das Verhalten der Vertreter der Liberalen Partei und der konservativen Partido Conservador bot er 1937 im Parlament ("Congresso") seinen Rücktritt an, der jedoch von den beiden Kammern des Parlaments zurückgewiesen wurde.