El F-6 fue volado por la Fuerza Aérea de Pakistán desde 1965 hasta 2002, el diseño del avión sufrió alrededor de 140 modificaciones para mejorar sus capacidades en los roles de interceptor y apoyo aéreo cercano. Los cazas F-6 de la PAF participaron en la Guerra Indo-Pakistaní 1971 contra India, logrando aproximadamente 6 victorias aéreas confirmadas. Los tres escuadrones paquistaníes J-6 volaron casi mil salidas, durante las cuales el PAF perdió 3-4 F-6 por fuego de tierra y sufrió múltiples pérdidas en el combate aéreo con al menos 2 atribuidos a los Sukhoi Su-7 indios. Un F-6 también se perdió en el fuego amigo. Uno de los pilotos del F-6 derribado fue Wajid Ali Khan, quien fue tomado como prisionero de guerra y luego se convirtió en miembro del Parlamento en Canadá. El F-6 de asiento individual fue retirado de la Fuerza Aérea de Pakistán en 2002, pero el entrenador de dos asientos, el FT-6, permanece en servicio en muy pocos números.