Am 1. März 1666 heiratete sie den ungarischen Adligen Franz I. Rákóczi. Die Trauung wurde auf der Rákóczi-Burg Zborov vom Erzbischof von Gran Georg Szelepcsényi vollzogen. Der ungarische Adel, welchem auch ihr Ehemann angehörte, widersetzte sich den ständigen absolutistischen Tendenzen der Habsburger. Ungarische Hochadelige waren mit dem Friedensschluss von Eisenburg zwischen Kaiser Leopold I. und dem osmanischen Sultan nach der siegreichen Schlacht bei Mogersdorf (ung. Szentgotthárdi csata) am 1. August 1664 unzufrieden gewesen, da den Türken trotz ihrer Niederlage weite Teile Ungarns und Kroatiens überlassen worden waren. Und so begann etwas später ein offener bewaffneter Konflikt, der als „Magnatenverschwörung“ bekannt wurde. Die Führer der Magnatenverschwörung waren Jelenas Vater, dessen Schwager Franz Christoph Frankopan (ung. Frangepán Ferenc, 1643–1671) und Franz III. Graf Nádasdy (1622–1671), der oberste Kronrichter Ungarns.