Hän jätti Tombstonen vuonna 1889 ja perusti menestyksekkään praktiikan Tucsoniin, ennen kuin muutti San Franciscoon vuonna 1899 ja avasi praktiikan siellä. Hän menetti praktiikkansa ja henkilökohtaisen omaisuutensa San Franciscon maanjäristyksessä 1906, minkä jälkeen hän muutti takaisin Lounais-Yhdysvaltoihin, jossa hänestä tuli Southern Pacific Railroad -yhtiön ylilääkäri. Goodfellow sairastui 1910 ja kuoli myöhemmin samana vuonna Los Angelesissa.