Após esses eventos, Navarra continuou sendo objeto de litígios nacionais e internacionais ainda por um século (uma reivindicação dinástica francesa ao trono não terminou até a Revolução de Julho de 1830). Carlos queria que seu filho e herdeiro Filipe II se casasse com a herdeira de Navarra, Joana d'Albret. Joana foi forçada a se casar com Guilherme, duque de Julich-Cleves-Berg, mas esse casamento sem filhos foi anulado após quatro anos. Em seguida, casou-se com Antônio de Bourbon, e ela e o filho se opuseram a Filipe II nas guerras religiosas francesas.