Po obsadení Naxosu perzská flotila prehľadala okolité ostrovy a násilne odviedla mnoho mužov do svojej armády. Potom sa Peržania obrátili k ostrovu Eubója, kde začali obliehanie Eretrie. Mesto obsadili o 6 dní potom, čo niektorí prominentní obyvatelia otvorili dobyvateľom brány. Z Eretrie pokračovali smerom do Atén a stretli sa v pozemnom boji s Grékmi v Bitke pri Maratóne. Tu však boli spojenými silami Atén a Plataje porazení a nútení vrátiť sa späť do Malej Ázie. Naxos zostal súčasťou Perzskej ríše do roku 479 pred Kr., kedy prebehol v Bitke pri Salamíne na stranu víťaznej gréckej flotily.