Anatoli Bychovets est nommé à la tête de l'équipe pour la saison 1997. Sous ses ordres, l'équipe atteint cette fois la huitième place du championnat et accède à la demi-finale de la Coupe de Russie, où il est cependant vaincu par le Dynamo Moscou. Ramenant notamment des joueurs tels que Hennadiy Popovych, Roman Maksymyuk, Sargis Hovsepian, Alexandru Curtianu ou encore Aleksandr Panov, qui fait quant à lui son retour au club, pour l'exercice 1998, Bychovets construit une équipe qui amène le Zénith à la cinquième position au classement, son meilleur classement depuis 1986. La saison est cependant terminée par Anatoli Davydov, Bychovets quittant son poste au mois de septembre pour devenir sélectionneur de la Russie. Davydov est par la suite confirmé à la tête du club pour la saison 1999. Le début d'année est cette fois marqué par le parcours de l'équipe dans la coupe nationale, où celui-ci parvient à défaire le Rostselmach Rostov en quarts de finale puis le CSKA Moscou en demi-finales pour prendre part à sa première finale de coupe depuis 1984. Lors de la finale, les Pétersbourgeois l'emportent finalement sur le score de 3-1, Panov inscrivant un doublé tandis que Maksymyuk inscrit le troisième but du Zénith qui remporte ainsi sa première compétition sous l'ère russe, et son premier trophée depuis le championnat soviétique de 1984. Il prend par la suite part à la Coupe UEFA lors de l'été 1999, où il est cependant éliminé d'entrée par l'équipe italienne de Bologne. Dans le même temps en championnat, l'équipe n'arrive pas à faire mieux qu'une huitième place.