2002 und 2003 gewann Honda jeweils die Bronzemedaille bei den Weltmeisterschaften. Er war damit der erste japanische Eiskunstläufer seit Minoru Sano 1977, der wieder eine Weltmeisterschaftsmedaille erringen konnte. Bei den Olympischen Spielen 2002 wurde Honda Vierter und verpasste somit eine Medaille nur knapp. 2004 und 2005 konnte er verletzungsbedingt kaum Wettbewerbe bestreiten oder musste wie bei der Weltmeisterschaft 2005 aufgeben. 2006 beendete der sechsfache japanische Meister schließlich seine Karriere.