Nach der zweiten Restauration der Bourbonen wieder angestellt, wurde Magnan am 23. Oktober 1815 als stellvertretender Bataillonskommandeur im Hauptmannsrang dem neugeschaffenen 6. königlichen Garderegiment zugeteilt und am 8. August 1820 als Bataillonschef ins 34. Linienregiment versetzt. Am 20. November 1822 wurde er zum Oberstleutnant im 60. Infanterieregiment befördert und machte in dieser Stellung 1823 den Feldzug von Katalonien unter Marschall Moncey mit, wobei er mehrfach wegen seines guten Verhaltens, besonders in den Gefechten von Esplugas und Caldes, im Tagesbefehl öffentlich belobigt wurde. Am 21. September 1827 avancierte er zum Oberst des 49. Linienregiments, mit dem er 1830 am Feldzug in Algerien teilnahm. Auch hier zeichnete er sich durch seine militärischen Verdienste aus und erhielt für seine Führung in der Schlacht von Staoueli (19. Juni 1830) und während der 22 Tage währenden Gefechte bei Bona Belobungen im Tagesbefehl.