Inzwischen hatte Maximilian Emanuel auf dem niederländischen Kriegsschauplatz die Alliierten unterstützt. Er nahm unter anderem 1695 an der Wiedereroberung von Namur teil. Er konnte aber nicht verhindern, dass die Franzosen Brüssel bombardierten und insbesondere das Zentrum der Stadt zerstörten. Die schlechte finanzielle Lage zwangen ihn zu einer vorsichtigen Kriegsführung. Nach dem Frieden von Rijswijk 1697 führte sein Minister Jan van Brouchoven verschiedene Reformen durch. Der Plan, die Scheldemündung wieder für die Schifffahrt zu öffnen, scheiterte am Widerstand von England und den Niederlanden. Der Generalstatthalter wurde zunehmend unpopulär und musste 1699 einen Aufstand unter Führung der Zünfte gewaltsam von bayerischen Truppen niederschlagen lassen.