I 1606-8 byggedes et nyt bryghus på Slotsholmen, der hurtigt blev opgivet. I 1618 under Christian 4. indrettedes bryghuset i en tidligere bastion, den nuværende markante bygning på hjørnet af Frederiksholms Kanal og Christians Brygge. Huset tjente som bryghus de følgende 150 år. Bygningen blev hærget af en ildebrand i 1632 og blev udsat for et stormangreb af svenskerne i 1659. Disse ulykker var muligvis medvirkende til, at bryghuset blev forpagtet til Peter Klovman, en borger i byen. Han fik eneret til at forsyne hofholdningen, Kastellet og flåden med øl og havde ret til at brygge flere forskellige overgærede ølsorter. Dette var ikke til det københavnske bryggerlavs udelte tilfredshed; de klagede flere gange over Klovmans stigende omsætning, der ødelagde deres forretning. I 1701 førte det til, at han ikke måtte handle med øltappere og kroersker. Hans efterfølger Joris Klovman lå også i konstant diskussion med bryggerlavet. Til sidst gav de dygtige forpagtere op, og det blev bryggerlavet, der blev forpagter af bryghuset i 1739 for den årlige sum af 3000 rigsdaler.