С начала 2000 года Елена Кельдибекова привлекалась к играм за национальную сборную Перу. Была участницей Олимпийских игр 2000-го года в Сиднее, где на волейбольном турнире команда разделила со сборной Кении последние 11-12 места. Елена была в составе сборной на Чемпионатах Южной Америки, где команда занимала призовые места. Трижды Елена Кельдибекова была признана лучшей связующей на турнире Панамериканского Кубка в 2010, 2011 и 2012 годах. Была участницей двух чемпионатов мира 2006 и 2010. В 2011 году Елена, в отсутствии травмированной Патрисии Сото, была капитаном сборной на двух турнирах — Мировом Гран-при в Макао и на домашнем чемпионате Южной Америки, проходившем в Перу.