Otec Jan byl místní soudce. Účastnil se Lednového povstání v roce 1863, po jeho porážce byl odsouzen na rok vězení. Stanislovas Narutavičius studoval na gymnáziu v Liepāji, později odešel na Petrohradskou univerzitu studovat práva. Byl členem tajné studentské organizace "Gmina". V roce 1890 začal publikovat týdeník "Tygodnik Powszechny". V té době se oženil s Joannou Billeviczovou (1868 - 1948), což byla shodou okolností sestřenice Józefa Piłsudského a sestra generála Leona Billewicze. Měli spolu syna Kazimierze.