Die "New Jersey" verließ Hawaii Ende August als Flaggschiff von William F. Halsey. Operationsbasis wurde das Ulithi-Atoll. Im September griff sie Ziele auf den Philippinen an. Im Oktober folgten Angriffe auf japanische Flugplätze auf Okinawa und Formosa, um die Invasion von Leyte vorzubereiten und Japan die Möglichkeit zu nehmen, auf diese zu reagieren. Nach dem Start dieser Operation begann die japanische Marine einen weiteren Versuch, die US-Flotte zu schwächen, wofür sie den Großteil ihrer verbliebenen Kräfte massierte. Die "New Jersey" war zu dieser Zeit als Schutz der Träger abgestellt. Zu Beginn der See- und Luftschlacht im Golf von Leyte gelang es der japanischen Marine, den Großteil der amerikanischen Kräfte aus dem Golf zu locken. Die Gruppe, in der sich auch die "New Jersey" befand, verließ den Golf, um eine als Köder platzierte Flotte im Norden anzugreifen. Währenddessen kam eine wesentlich kampfstärkere japanische Flotte aus Westen durch die San-Bernardino-Straße in den Golf von Leyte. Die "New Jersey" drehte daraufhin bei, um den im Golf verbliebenen, unterlegenen amerikanischen Schiffe beizustehen. Noch bevor sie jedoch den Golf erreicht hatte, war die japanische Flotte geschlagen worden und zog sich daraufhin nach Westen zurück. In den folgenden Wochen führte die "New Jersey" Angriffe auf Luzon und Mindoro durch. Während Halsey seine Kampfgruppe zu Betankungen von der Küste zurückzog, geriet sie in den Taifun Cobra. Durch starken Wind und hohe Wellen rollten besonders die kleineren Schiffe der Gruppe stark, da diese durch die leeren Tanks sehr leicht waren. Drei Zerstörer – die "USS Hull (DD-350)", "USS Monaghan (DD-354)" und "USS Spence (DD-512)" – sanken, die "New Jersey" blieb aber weitgehend unbeeinträchtigt. Nachdem die Kampfgruppe danach weitere Angriffe auf Luzon durchgeführt hatte, erreichte sie zu Weihnachten Ulithi.