1973年7月，麦凯恩晋升中校，并于1973至1974年进入哥伦比亚特区麦克奈尔堡的美国战争学院深造。战俘回国后可以在选择下一个任务时得到优待，海军官员起初反对麦凯恩进入美国战争学院，因为进入该校深造的军官至少要达到中校军衔，而他的中校军衔这时尚未正式生效。麦凯恩于是向父亲的朋友、海军部长约翰·华纳（）呈请，后者同意他进入学院学习。进入学院后，麦凯恩深入研习越南历史和法国及美国在当地的战争，还把在越南沦为战俘的经历写成长篇论文《行为准则和越南战俘》（），作为对行为准则遵守度测试的答卷。到毕业时，麦凯恩已经认定，是美国政坛和军事领导人犯下的错误导致越战最终这样收场。他也接受反战团体有在美国行使集会抗议权利的自由，对那些因反战而逃避兵役的人抱持视而不见、互不干扰的态度。麦凯恩身在越南时，美国的社会道德观念发生了巨大变化，这些变化让许多归国战俘深感困扰，但麦凯恩淡然处之。1974年11月，麦凯恩再度抵达西贡，同其他多名昔日的战俘一起获得该国最高荣誉越南国家勋章。他还于西贡陷落5个月前在南越战争学院演讲。麦凯恩决定走出昔日战俘的阴影，重建人生。很少有人想到麦凯恩还会再度驾驶战机飞上蓝天，但他还是决心一试，与此同时他还在进行长达9个月的艰苦物理治疗，特别是要设法令自己的膝盖能够再度弯曲。