היחסים הדיפלומטיים בין שתי המדינות כוננו לראשונה רשמית ב-18 בנובמבר 1947, ולאחר מכן רבים מנשיאי הודו וראשי ממשלה הגיעו לביקורים תכופים בצ'כוסלובקיה. ביקורים מפורסמים רבים התקיימו לאחר מהפכת הקטיפה והקמת צ'כיה וסלובקיה. בפברואר 1994 ביקר נשיא צ'כיה ואצלב האוול בהודו, שם קיבל שני פרסים יוקרתיים: פרס השלום של אינדירה גנדי ופרס גנדי לשלום. באוקטובר 1998 חתמו שתי המדינות על אמנה למניעת כפל מס. ביוני 2010 ביקר סגן נשיא הודו, מוחמד חמיד אנסארי, בצ'כיה ונחתם הסכם ביטוח לאומי וכן הסכם על שיתוף פעולה כלכלי בין שתי המדינות.