Die Personalsituation im Team war wiederum geprägt durch den Gegensatz von Prost und Senna, aufgrund dessen das McLaren-Team in diesen Jahren auch als ein „darwinistisches Motorsportprojekt“ bezeichnet wurde. Beide waren erneut die dominierenden Piloten, aber ihre Vorherrschaft war nicht so deutlich wie in der Saison 1988. Senna erzielte sechs Siege (San Marino, Monaco, Mexiko, Deutschland, Belgien und Spanien), daneben aber nur noch einen zweiten Platz (Ungarn). Prost gewann nur vier Große Preise (USA, Frankreich, Großbritannien und Italien), erzielte darüber hinaus aber sechs zweite Plätze und einen dritten Platz. Vor dem Großen Preis von San Marino schlossen beide Fahrer einen Nichtangriffspakt, den Senna allerdings bereits in der ersten Runde des Rennens brach. Im Vorfeld des Großen Preises von Japan kam es schließlich sogar zu Handgreiflichkeiten zwischen Senna und Prost.