W trakcie obrony Wybrzeża, wobec przeważających sił niemieckich, na rozkaz płk. Stanisława Dąbka oddziały polskie 12 września rozpoczęły wycofywać się z Gdyni na Kępę Oksywską wraz z wojskiem na Oksywie udał się również Sokół. Admirał Józef Unrug powołał następnie komisarza jako ppor. rez. do służby czynnej i wezwał do swego sztabu na półwyspie, gdzie został przydzielony do sztabu kmdr. Stefana Frankowskiego. Wraz z załogą helską został wzięty do niewoli. Przebywał w oflagu, najpierw X B w Nienburg (Weser), później XVIII c Spittal an der Drau. W marcu 1940 został przewieziony do siedziby Gestapo w Gdańsku i oskarżony o działalność na szkodę III Rzeszy. Głównymi zarzutami było to, że ze względu na bezpieczeństwo Gdyni na wypadek wojny, komisarz zmierzał m.in. do wykupienia na jej rzecz majątków na Kępie Oksywskiej, których właścicielami byli Niemcy oraz fakt podpisania na początku września 1939 pisma do przedsiębiorstwa Żegluga Polska w Gdyni z nakazem wykonania 500 drążków do osadzenia kos i bagnetów dla oddziałów Kosynierów Gdyńskich. Po długotrwałym śledztwie został w 1941 r. osadzony w Stutthofie. Przeniesiony do Mauthausen-Gusen doczekał tam wyzwolenia.