Вернувшись во Францию, Мутон 1 февраля 1805 года был произведён в бригадные генералы, состоял одно время адъютантом Наполеона и принял участие во всех войнах Империи. В кампании 1806—1807 годов Мутон отличился при Иене и Фридланде и 5 октября 1807 года был произведён в дивизионные генералы.