Das seit 1512 von den Katholischen Königen regierte „Ober-Navarra“ (spanisch: "Alta Navarra") blieb zunächst als eigenständiges Königreich erhalten, das von den Herrschern Kastiliens und Aragóns in Personalunion regiert wurde. Diese wurden hier von einem Vizekönig vertreten. Auch nach dem Spanischen Erbfolgekrieg (1701–1714) konnte Navarra seine Rechte behaupten, da es auf Seiten des siegreichen Bourbonen Philipp V. gestanden hatte. Während der französischen Besetzung von 1810 bis 1814 wurde das Königreich Navarra aufgehoben und in eine Präfektur umgewandelt, doch erlangte es nach der Restauration der Herrschaft der Bourbonen seine Autonomie wieder. Diese ging bereits kurz darauf in der Spanischen Revolution (Trienio Liberal, 1820–1823) erneut verloren; 1822 wurde die Provinz Navarra geschaffen, die jedoch nach dem erneuten Einmarsch der Franzosen (unter dem Duc d’Angoulême) 1823 aufgehoben wurde. Während des ersten Carlistenkrieges (1833–1840) unterstützten die Stände Navarras den carlistischen Prätendenten gegen Isabella II. von Spanien. Als diese den Sieg davontrug, beschloss ihre Regierung am 16. August 1841 die endgültige Aufhebung der navarresischen Cortes und Fuero und machte das Land zu einer Provinz des spanischen Zentralstaats. Dennoch ist der Titel des Königs von Navarra bis heute in der spanischen Königstitulatur erhalten.