Durante o governo do vice-rei do Peru Pedro Álvarez de Toledo y Leiva (1585-1654), marquês de Mancera, Pisco foi fundada como "villa", com o nome de "Villa de San Clemente de Mancera", embora sempre tivesse sido popularmente conhecida como "Villa de Pisco". Pisco foi vítima dos ataques dos piratas Clerck e David. Em 1687, a cidade foi destruída por um terremoto seguido de maremoto. O vice-rei Melchor Portocarrero, então, transladou a cidade para a sua atual localização, refundando-a em 1689 como "Villa de Nuestra Señora de la Concordia de Pisco".