Jako piłkarz klubu Libertad wziął udział w turnieju Copa América 1953, gdzie Paragwaj zdobył tytuł mistrza Ameryki Południowej. Fernández, będąc kapitanem drużyny, zagrał we wszystkich siedmiu meczach - z Chile (zdobył 2 bramki), Ekwadorem, Peru (zdobył 1 bramkę), Urugwajem, Boliwią, Brazylią oraz w decydującym o mistrzowskim tytule barażu z Brazylią. Jako zdobywca 4 bramek był obok Ángela Berniego najlepszym strzelcem reprezentacji w turnieju.