Trotz dieser Erfolge geriet Johann in den folgenden Jahren gegenüber seinen englischen Baronen zunehmend in Bedrängnis. Anlass dazu gab er selbst durch eine aggressive Kirchenpolitik, die ihm die Exkommunikation einbrachte, und durch die Fortführung der Steuerpolitik seines Bruders die ihm vorrangig zur Rückeroberung der familiären Festlandsgebiete diente. Für dieses Ziel engagierte er sich für seinen Neffen Kaiser Otto IV. im deutschen Thronstreit gegen die Staufer, um diesen als Alliierten gegen den König von Frankreich zu gewinnen. Zusätzlich betrieb Johann eine intensive Bündnispolitik in dem für die englische Exportwirtschaft wichtigen flämisch-niederländischen Raum gegen Frankreich. Diese Aktivitäten führten im Gegenzug zur Parteinahme Frankreichs für den jungen sizilianischen König Friedrich II. von Hohenstaufen als Gegenkandidat zum welfischen Kaiser. 1213 konnte Johann eine Invasion Frankreichs in England durch eine rechtzeitige Unterwerfung unter den Papst begegnen, den er als Lehnsherr Englands anerkannte und dafür vom Bann gelöst wurde. Darauf entschloss sich das englisch-welfische Bündnis im Folgejahr zu einer großen Offensive gegen Frankreich, nachdem die Position Kaiser Ottos im Reich durch die Ankunft Friedrichs zunehmend in Frage gestellt wurde. Johann landete im Frühjahr 1214 mit einem Heer im Poitou und drang in das Anjou vor, um das Stammland seiner Familie zurückzuerobern, während gleichzeitig Kaiser Otto mit einem Heer in Flandern vorrückte. Am 2. Juli wurde Johann bei Roche-aux-Moines vom französischen Kronprinzen Ludwig VIII. dem Löwen überrascht und in einem kurzen Kampf in die Flucht geschlagen. Wenige Wochen später am 27. Juli konnte König Philipp II. in der Schlacht bei Bouvines den entscheidenden Sieg über den Kaiser erringen.