У 1864 годзе касцёл і кляштар былі зачыненыя і канфіскаваныя расійскімі ўладамі за ўдзел гараджан Мінска ў нацыянальна-вызваленчым паўстанні. Касцёл прыстасавалі пад праваслаўную палкавую царкву Св. Кірыла і Мяфодзія, а кляштарныя карпусы былі ператвораныя ў казармы Каломенскага пяхотнага палка і памяшканні следчае камісіі.