Nach seiner krankheitsbedingten Abberufung von den Philippinen 1902 diente er als Befehlshaber mehrerer territorialer Departments der Army im Westen der USA. 1902 wurde er von Mark Twain in dessen sarkastischer Schrift "A Defence of General Funston" für sein Auftreten als Befürworter von Krieg und territorialer Expansion kritisiert. 1906 war er Befehlshaber des "Department of California", als es dort am 18. April zum Großen San-Francisco-Erdbeben kam, und organisierte schnelle Hilfsmaßnahmen der Einheiten unter seinem Kommando. Von 1908 bis 1910 war er Kommandant der "Army Service School" in Fort Leavenworth. Anschließend diente er für drei Jahre als Befehlshaber des "Department of Luzon" auf den Philippinen und danach für einige Monate im "Hawaiian Department". Im Frühjahr 1914 wurde er Kommandeur der US-Truppen bei der Besetzung von Veracruz. Im November 1914 wurde er zum Major General befördert.