К началу Отечественной войны 1812 года генерал-майор Казачковский был шефом Калужского пехотного полка и командовал 1-й бригадой 5-й пехотной дивизии, отличился в сражении под Клястицами и в первом бою под Полоцком, где был ранен. Во время Заграничного похода 1813 года командовал 5-й пехотной дивизией и в сражении под Лютценом получил тяжёлую рану в живот, из-за которой вынужден был покинуть армию; за отличие в этом сражении произведён в генерал-лейтенанты.