Начал тренерскую карьеру в «Партизане» в 1988 году. Позднее тренировал греческие и кипрские клубы. Возглавляя кипрский «Этникос», занял в чемпионате четвёртое место — наивысшее в истории клуба. Во время отборочного турнира чемпионата мира 2002 года входил в тренерский штаб сборной Югославии, с которой не смог выйти в финальный турнир. После этого три года возглавлял первую сборную Кипра. В отборочном турнире чемпионата Европы-2004 киприоты заняли четвёртое место в группе, что привело к началу критики работы Вукотича. Неудачный старт квалификации чемпионата мира 2006 года, когда после пяти матчей сборная Кипра набрала всего одно очко в матче против сборной Фарерских островов, привёл к отставке Вукотича.