Die Belagerung von Königstein im ersten Koalitionskrieg führte 1792 auch zu größeren Schäden an den Klostergebäuden. Durch den Reichsdeputationshauptschluss wurde Kurmainz aufgelöst und Königstein fiel an Nassau-Usingen bzw. das Herzogtum Nassau. Mit Edikt vom 17. Februar 1813 wurde das Kloster durch Herzog Friedrich August von Nassau-Usingen aufgehoben. Sieben Ordenspriester und zwei Brüder mussten das Kloster verlassen. Der letzte Vikarius P. Wieger blieb als Kaplan in Königstein. Die Gebäude fielen an die herzogliche Domäne. Die Domänenverwaltung versteigerte das Anwesen und erzielte einen Erlös von 4695 Gulden.