Trajkovski absolvierte zwischen März 2011 und März 2014 13 Partien für die mazedonische U-21-Auswahl. Im August 2011 debütierte er in einem Testspiel gegen Aserbaidschan für die A-Nationalmannschaft. Sein erstes Tor für sein Land gelang ihm im August 2013 bei einem 2:0-Testspielerfolg gegen Bulgarien. Mit Nordmazedonien gelang es ihm im November 2020 sich erstmals für eine EM zu qualifizieren. Für das im Sommer 2021 stattfindende Turnier wurde der Offensivmann im Mai 2021 schließlich auch nominiert. Mit dem nordmazedonischen Kader kam er aber nicht über die Gruppenphase hinaus.