Hòa bình không kéo dài được bao lâu. Chẳng bao lâu, bất đồng nổi lên giữa Áo và Pháp về việc tái tổ chức Đức, Áo liên minh với Nga, Anh và Napoli trong Chiến tranh Liên minh thứ Hai vào năm 1799. Mặc dù lực lượng Áo-Nga ban đầu đã thành công trong việc đánh đuổi quân Pháp từ Ý, tình thế nhanh chóng thay đổi — người Nga rút lui khỏi cuộc chiến sau thất bại tại Zürich (1799) mà họ đổ lỗi cho sự liều lĩnh của người Áo và người Áo đã bị đánh bại bởi Bonaparte, lúc này là Đệ nhất Tổng tài, tại Marengo, buộc họ phải rút khỏi Ý và sau đó ở Đức tại Hohenlinden. Những thất bại này buộc Thugut phải từ chức, và Áo, hiện do Ludwig Cobenzl lãnh đạo, phải tiến hành hòa bình tại Lunéville vào đầu năm 1801. Các điều khoản nhẹ nhàng — các điều khoản của Campo Formio phần lớn đã được khôi phục nhưng bây giờ con đường đã rõ ràng cho việc tái tổ chức Đế chế trên các chiến tuyến của Pháp. Theo Báo cáo Đại biểu Đế quốc năm 1803, Đế chế La Mã Thần thánh đã được tổ chức lại hoàn toàn, gần như tất cả các lãnh thổ giáo hội và các thành phố tự do từng là các bộ phận của Đế chế thân thiện nhất với Gia tộc Áo bị loại bỏ.