Houphouët-Boigny participa asimismo en la crisis congoleña. En noviembre de 1960 en la ONU, a fin de sustraer el Congo-Léopoldville de la influencia de Patrice Lumumba, acusado de simpatías comunistas, el líder marfileño da su apoyo al presidente Joseph Kasa-Vubu, adversario declarado de Lumumba, y después, alineándose con Francia, al muy controvertido Moïse Tshombe. Este último, condenado por buena parte de África, se ve así defendido con ardor por Houphouët-Boigny, que incluso le hace entrar, en mayo de 1965, en su nueva organización, la OCAM. Su apoyo a Tshombe es tal que tras el derrocamiento de este en noviembre de 1965 por el general Mobutu, el presidente marfileño apoya en 1967 el plan Kerilis propuesto por los servicios secretos franceses que pretende devolver al poder al depuesto líder congoleño. La operación es un fracaso. En reacción, Houphouët-Boigny decide boicotear la reunión de la 4ª cumbre anual de la OUA celebrada en septiembre de 1967 en la capital zaireña.