Po návrate do Izraela v roku 1988 vstúpil do politiky a v októbri toho istého roku úspešne kandidoval v parlamentných voľbách za stranu Likud, s ktorou bola jeho rodina spätá po dve generácie. Okrem postu poslanca bol vymenovaný námestníkom ministra zahraničných vecí vo vláde Jicchaka Šamira. V tejto funkcii zotrval štyri roky, počas ktorých došlo k intifáde, vojne v Zálive a Madridskej mierovej konferencii, ktorá iniciovala priame rozhovory medzi Izraelom a jeho susedmi. Vďaka dobrým komunikačným schopnostiam Benjamina Netanyahu a najmä umu jednania s médiami, došlo opäť k lepšiemu vnímaniu Izraela v zahraničí. V roku 1992 prehral Likud pod Šamirovým vedením predčasné parlamentné voľby a ten preto odišiel z politiky.