Matt Siddall crebbe giocando in alcune formazioni della lega giovanile BCHL fino al 2004, anno in cui si iscrisse alla Northern Michigan University. Quell'anno fu scelto al Draft NHL dagli Atlanta Thrashers al nono giro. Con i Wildcats giocò nella CCHA, conference appartenente alla NCAA. In quattro stagioni a livello universitario Siddall fu autore di 76 punti in 147 incontri disputati.