Ali Benflis est né dans une famille d’agriculteurs nationalistes à Batna, la cinquième ville d’Algérie et capitale des Aurès. Il est le sixième d’une fratrie de douze enfants. En 1957, en pleine guerre de libération algérienne et alors qu’Ali Benflis a 13 ans, son père Touhami Benflis et son frère aîné Amar sont enlevés par l’armée française puis portés disparus. La famille Benflis n’apprendra qu’à la fin de la guerre que son père est mort sous la torture et que son frère a été exécuté par les Français.