Während des Dreißigjährigen Krieges fielen 1639 die Schweden unter General Adam von Pfuel und 1645 nach der Schlacht bei Jankau unter General Torstensson ein und plünderten Dorf und Kloster. Im Jahre 1722 brach in Frauental die Pest aus, an der 100 Einwohner verstarben. Zur Beerdigung der Toten wurde nördlich weit außerhalb des Dorfes der Pestfriedhof bei der Hl. Anna angelegt, der bis 1772 für Begräbnisse genutzt wurde. 1782 wurde das Kloster durch Kaiser Joseph II. säkularisiert, jedoch lebten dort noch zehn Jahre Karmelitinnen. Das Gut Frauenthal und Termeshöfen wies er dem Religionsfond zu.