В составе национальной сборной Германии футболист дебютировал 29 мая 2001 года в матче против Словакии, который прошёл в Бремене. В том матче он после перерыва заменил Марко Рехмера и помог команде одержать победу — 2:0. Со своей национальной командой Себастьян поучаствовал в двух чемпионатах мира: в 2002 году завоевал серебро, а в 2006 году — бронзу. На чемпионате Европы в Португалии, прошедшем в 2004 году, Кель вместе с товарищами по сборной не смог преодолеть групповой этап.