Після поразки Франції у війні з нацистами 1940 року, уряд Віші скасував декрет Крем'є, звинувативши єврейську громаду в поразці Франції від Німеччини. 117 тис. євреїв піддалося гонінням, їм заборонялось працювати в державних установах, банках, закладах освіти, вступати до університетів. 1941 року відбулась конфіскація майна, проте, на знак солідарності, жоден мусульманин не скористався конфіскованим майном. Через це багато хто з євреїв вступив до Руху Опору, був спійманий і відправлений до трудових таборів, або страчений. Юденрат допомагав у військовій логістиці з матеріального постачання. 8 листопада 1942 року в місті Алжир відбулося повстання під керівництвом Ж. Абулькера, місто було оголошено нейтральною територією. Після операції з висадки союзників 1942 року на північному узбережжі Алжиру і Марокко, умовна назва «Смолоскип», при владі в Алжирі залишились колишні вішісти, що порвали з режимом Філіппа Петена. Попри протести міжнародних організацій і Французького комітету національного визволення на чолі з де Голлем вони не тільки обмежили права євреїв, але й організували для них спеціальні концентраційні табори. Лише в жовтні 1943 року, після особистого втручання президента США Франкліна Делано Рузвельта, дію декрету Крем'є було відновлено. 1947 року була створена Федерація єврейських громад Алжиру, що об'єднувала 60 місцевих громад.