En , Eichelberger est envoyé dans le Pacifique sud-ouest sous le commandement de la South West Pacific Area, où il conduit des troupes américaines et australiennes dans la sanglante bataille de Buna-Gona. En 1944, il obtient des victoires notables à Hollandia et à Biak. En tant que commandant général de la armée nouvellement formée, Eichelberger mène l'invasion des Philippines du sud et nettoient les îles de Mindoro, Marinduque, Panay, Negros, Cebu et Bohol. En , ses forces défont les Japonais sur Mindanao. En , la armée d'Eichelberger entame l'occupation du Japon pour une période de trois ans. Eichelberger se retire de l'armée à la fin de 1948.