1945年抗日战争结束后，冯仲云奉派赴沈阳、哈尔滨等地任职。1946年4月，任松花江省人民政府主席兼哈尔滨工业大学校长。中华人民共和国成立后，1953年6月出任北京图书馆馆长。1954年9月，任中华人民共和国水利部副部长兼华东水利学院院长、中国水利学会负责人。1955年9月，获一级独立自由勋章、一级八一勋章。1958年，任中华人民共和国水利电力部副部长。冯仲云还当选中国共产党第八次全国代表大会代表，第一、二、三届全国人民代表大会代表。文化大革命中，冯仲云受到迫害。