Santini a 2004-es portugáliai Európa-bajnokságon vezette a nemzeti csapatot. A csoportkörben a következő eredményeket érték el: Anglia (2–1), Horvátország (2–2), Svájc (3–1). Csoportgyőztesként azt a Görögországot kapták ellenfélül a legjobb nyolc között, amely később megnyerte a tornát. A franciákat 1–0-ra győzték le. A korábbi tendenciáknak megfelelően a sikertelenség után új szövetségi kapitányt neveztek ki. Raymond Domenech kapta a megtisztelő feladatot, hogy irányítsa a munkát. A 2006-os labdarúgó-világbajnokságot Svájc ellen kezdték egy 0–0-s döntetlennel. Dél-Koreával ugyancsak döntetlenre végeztek (1–1), Togót pedig 2–0-ra megverték. Az egyenes kieséses szakaszban Spanyolországot 3–1-re, Brazíliát és Portugáliát 1–0-ra győzték le és döntőbe jutottak. A döntőben Olaszország ellen léptek pályára. Zinédine Zidane révén megszerezték a vezetést, amit Marco Materazzi egyenlített ki. A rendes játékidő és a ráadás sem hozott újabb gólt, ezért következhettek a büntetőrúgások. Ezt az olaszok nyerték 5–3 arányban, így Franciaország a második helyen végzett. A döntő emlékezetes maradt még egy nem éppen labdarúgópályákra való incidensről, ami Zidane és Materazzi között történt. Zidane dühében mellbe fejelte az olasz, miután ő provokálta és a kiállítás sorsára jutott.