C'est en 1997 que Jan Magnussen parvient enfin à décrocher un volant de titulaire en Formule 1. L'écurie débutante Stewart Grand Prix (qui sous le nom de Paul Stewart Racing avait accompagné le pilote danois dans sa fructueuse campagne 1994 en F3) le choisit pour épauler le Brésilien Rubens Barrichello. Mais rapidement, les performances de Magnussen déçoivent. Très loin du niveau de son coéquipier, il ne doit qu'à ses légers progrès en fin de saison de conserver son volant pour 1998. Mais en 1998, le déclic tant attendu ne vient pas, et malgré une sixième place au GP du Canada, il est limogé à la mi-saison, et remplacé par Jos Verstappen.