1840-ben a Virginia-i Egyetemre hívták meg a modern nyelvek és irodalom tanárának. Ebből a rabszolgatartó államból 1844-ben Bostonba (Massachusetts) költözött, iskolája itt is nagy népszerűségnek örvendett, több könyve már ismert volt, s összehasonlító nyelvészettel is foglalkozott. A legkülönbözőbb nyelveket tanulmányozta, köztük sémi nyelvek, altaji nyelvek, mongol nyelv, stb. Amikor azonban elérkezett hozzá a az 1848-49-es magyar szabadságharc híre, akkor semmivel nem gondolva, ment haza, hogy segítse a magyar szabadságharcot. Párizsban, majd Hamburgban is azonban értesült arról, hogy a magyar szabadságharc már elbukott. Közvetlenül is értesült erről Újházy Lászlótól és kíséretétől, akik Amerikába tartottak. Krajtsir Károly Hamburgból Újházyékkal együtt ment vissza Amerikába, s ott mint tolmács és mint magyar-amerikai tapasztalatokkal rendelkező, széles látókörű ember nagy segítségére volt Újházynak. Együtt egyengették Kossuth Lajosnak és kíséretének kiszabadítását a török száműzetésből. Újházytól és kíséretétől akkor búcsúzott el, amikor azok elmentek kolóniát alapítani Iowa államba. 1851-től New Yorkban élt, s részt vett a magyar emigráció közéletében. Kossuth Lajossal nem került közeli barátságba, Kossuth a száműzetésben jól megtanult angolul, s önállóan is boldogult Amerikában, ám New Buda megalapítását ő sem helyeselte, úgy érzékelte, hogy Amerika nagyon messzire van, a hírek akkor még lassan jártak, az utazás is hosszú időt vett igénybe. Ezt Krajtsir Károly is így látta, bár nem biztos, hogy ezt megbeszélték egymással. Kossuth jó hazafinak tartotta Krajtsir Károlyt, Perczel Miklós szintén.