Nach der Weltmeisterschaft und dem Rücktritt Mile Jedinaks wurde Milligan vom neuen Trainer Graham Arnold zum Mannschaftskapitän bestimmt. Unter Arnold war er bereits zehn Jahre vorher Kapitän der australischen Olympiamannschaft gewesen. In seiner neuen Rolle führte Milligan Australien bei seinem letzten großen Turnier, der Asienmeisterschaft 2019 bis ins Viertelfinale, in dem die Mannschaft gegen den Gastgeber, die Nationalmannschaft der Vereinigten Arabischen Emirate scheiterte. Nach einem weiteren Einsatz in der Qualifikation für die WM 2022 beendete er seine internationale Karriere Ende 2019.