După Revoluția de Catifea, Vláčil a primit o serie de premii. A câștigat Leul Ceh pentru munca de o viață și contribuția extraordinară la cinematografia cehă și a devenit președinte al Academiei Cehe de Film și Televiziune. În 1997, Vláčil și-a rupt piciorul stâng și a fost spitalizat. El a fost operat, însă operația sa nu a reușit și a trebuit să fie refăcută. A doua operație a avut succes și i s-a permis să părăsească spitalul. După o zi, acasă, a căzut în inconștiență din cauza aritmiei cardiace. El nu s-a mai recuperat și a murit la 27 ianuarie 1999.