Tra i club calcistici della provincia di Varese, la Pro Patria vanta il maggior numero di presenze nella massima divisione nazionale (14 totali, comprese le due annate immediatamente antecedenti la riforma che ha dato il via alla Serie A a girone unico, nel 1929-1930), nella quale ha militato per l'ultima volta nel 1955-1956. Ha inoltre al suo attivo 19 stagioni complessive in seconda serie (ultima delle quali nel 1965-1966). Nel suo palmarès annovera infine lo Scudetto Serie D per l'annata 2017-2018.