In juni 1940 volgde hij de lijn van maarschalk Philippe Pétain en generaal Maxime Weygand en verbood elk verzet in Marokko. Tijdens Operatie Toorts paste hij een instructie toe om weerstand te bieden tegen de geallieerde invasie, drie dagen later volgde een staakt-het-vuren. Noguès werd door Darlan en Giraud in zijn functie in Rabat gehandhaafd, maar moest zijn post door de komst van Charles de Gaulle in Algiers verlaten. In 1943 vertrok hij naar Portugal.