Vuoden 2002 MM-kisojen jälkeen Prašnikar siirtyi Slovenian jalkapallomaajoukkueen päävalmentajaksi. Oikeastaan pesti oli jo hänen kolmantensa maajoukkueessa, sillä hän oli toiminut 1991–1993 Slovenian maajoukkueen ensimmäisenä päävalmentajana Jugoslavian hajoamisen jälkeen. Joukkue pelasi tuolloin kuitenkin ainoastaan neljä ottelua eikä ollut mukana karsimassa paikasta EM-kisoihin 1992. Vuonna 1998 hän toimi maajoukkuevalmentajana viidessä ottelussa Zdenko Verdenikin potkujen jälkeen. 2002 alkanut pesti oli kuitenkin Prašnikarin ensimmäinen varsinainen koetus maajoukkuevalmentajana. Menestys ei kuitenkaan tyydyttänyt Slovenian jalkapalloliittoa maan jäätyä EM2004-karsinnoissa ulos lopputurnauksesta. Karsintojen play-offeissa Kroatia oli parempi yhteismaalein 2–1. Prašnikar saikin potkut toukokuussa 2004.