Ved starten af 2003-04-sæsonen var Arsenal fast besluttet på at genvinde ligatitlen. Henry var igen en væsentlig brik i Arsenals forrygende succcesfulde sæson; sammen med Dennis Bergkamp, Patrick Vieira og Robert Pirès sikrede Henry, at "the Gunners" blev det første hold i mere end et århundrede, som gik ubesejret igennem turneringen og derved vandt mesterskabet. Ud over kåringen som PFA Players' Player of the Year og Football Writers' Association Footballer of the Year for anden gang blev Henry endnu engang nr. 2 i kåringen af årets fodboldspiller i verden 2004. Med 39 mål i turneringerne var franskmanden øverst på målscorerlisten og vandt Guldstøvlen. Imidlertid havde Henry som ved VM i 2002 ikke held til at skaffe landsholdet til succes ved EM 2004.