En 1991, grâce au soutien de Marlboro, il intègre l'écurie novice Jordan Grand Prix et multiplie les performances en faisant preuve d’une étonnante régularité : quatrième à Montréal et à Mexico, sixième à Magny-Cours et cinquième à Hockenheim. À Spa, il talonne le leader Ayrton Senna avant d’abandonner sur casse moteur. Cette course pointe toutefois ses limites lorsque, en essais, il assiste aux débuts prometteurs de son nouveau coéquipier Michael Schumacher qui débute en Formule 1 sur une voiture qu’il ne connaît pas. Malgré ses bonnes performances, Eddie Jordan ne peut le conserver en raison des problèmes financiers que connaît son équipe.