In der Saison 2018/19 holte Takagi drei Weltcupsiege in der Teamverfolgung, einen im Teamsprint und zwei über 1500 m. Zudem wurde sie über 1000 m viermal Zweite und über 1500 m zweimal Zweite und belegte damit jeweils den zweiten Platz im Gesamtweltcup über 1000 m und über 1500 m. Bei den Eisschnelllauf-Weltmeisterschaften 2019 in Inzell holte sie die Silbermedaille über 1500 m und die Goldmedaille in der Teamverfolgung. Zudem wurde sie dort Sechste über 3000 m und Vierte über 1000 m. Ende Februar 2019 gewann sie bei der Sprintweltmeisterschaft in Heerenveen die Silbermedaille. Bei der Mehrkampfweltmeisterschaft 2019 in Calgary holte sie ebenfalls die Silbermedaille.