Zgodnie z informacją przekazaną przez Pauzaniasza budowla została wzniesiona jako wyraz dziękczynienia po zwycięstwie nad Persami w bitwie pod Maratonem w 490 roku p.n.e. Część badaczy podważa jednak wiarygodność tego przekazu, dowodząc, że budowla może być starsza. Ruiny skarbca zostały odsłonięte w 1893 roku przez członków francuskiej misji archeologicznej. Jego obecny wygląd jest efektem przeprowadzonych w latach 1903–1906 prac rekonstrukcyjnych.