El Imperio Medio se derrumbó en el Segundo periodo intermedio (c. 1650-1550 a. C.), pero el país fue nuevamente reunido por gobernantes tebanos, quienes se volvieron los primeros faraones del Imperio Nuevo. Bajo el nuevo régimen, Amón se volvió el dios supremo del estado. Fue sincretizado con Ra, el antiguo patrón establecido de la monarquía, y su templo en Karnak, Tebas, se volvió el centro religioso egipcios más importante. La elevación de Amón era en parte debido a la gran importancia de Tebas. pero fue también debido al creciente sacerdocio profesional. Su sofisticada discusión teológica produjo detalladas descripciones del poder universal de Amón.