Im Philippinisch-Amerikanischen Krieg kämpfte eine Unabhängigkeitsbewegung unter Führung der Katipunan für eine nationale Republik unter Präsident Emilio Aguinaldo und gegen die Kolonialmacht USA. Am 22. März 1897 wurden die philippinischen Streitkräfte in Cavite gegründet dessen Führung zunächst General Artemio Ricarte übernahm und im Januar 1899 von General Antonio Luna abgelöst wurde. Luna wurde später Chef der operativen Kriegsführung und gründete auch die erste Militärische Akademie in Malolos in der Provinz Bulacan. Luna wurde durch Aguinaldos Offiziere im Juni des gleichen Jahres erschossen. Nach der Gefangennahme von Präsident Aguinaldo 1901 durch US-Soldaten und herben Verlusten der jungen Streitkräfte konnten die Soldaten nur noch Guerillaaktionen durchführen, ehe auch dieser Widerstand bis Ende 1902 erlosch und das Land durch US-Soldaten besetzt wurde. Etwa eine Million Filipinos (20 % der Gesamtbevölkerung) kamen während dieser Zeit ums Leben. Während der Kolonialzeit der USA führten die US-Streitkräfte im Land von 1904 bis 1913 einen Krieg zur Kontrolle der Moro-Provinz im Süden der Philippinen. 1913 wurde auch dieser Krieg zugunsten der USA entschieden.