С 24 января 1945 года Афонин находился на излечении в госпитале после тяжёлого ранения (после близкого разрыва снаряда в теле оказалось свыше 20 осколков) с контузией, полученного им в передовых порядках войск при штурме Будапешта. После выздоровления с апреля того же года командовал этим же корпусом, который принимал участие в Братиславско-Брновской и Пражской наступательных операций.