Pe 10 martie 1948 Masaryk a fost găsit mort, îmbrăcat doar în pijama, în curtea Ministerului de Externe (Palatul Černín din Praga), sub fereastra de la baia sa. Ancheta inițială realizată de către Ministerul de Interne a precizat că el nu s-a sinucis, sărind de la fereastră, deși s-a crezut o lungă perioadă de timp că a fost ucis de guvernul comunist în formare. (A circulat în țară o astfel de glumă: „Jan Masaryk a fost un om foarte ordonat. Era un om atât de ordonat că, atunci când a sărit, a închis fereastra după el.”) Într-o a doua anchetă desfășurată în 1968, în timpul Primăverii de la Praga, moartea lui Masaryk a fost catalogată un accident, nefiind exclusă o crimă, și o a treia investigație de la începutul anilor 1990, după Revoluția de Catifea, a concluzionat că a fost o crimă.