V listopadu 1777, New Jersey byl Boudinota zvolen delegátem druhého kontinentálním kongresu. Jeho povinnosti komisaře mu zabránily v účasti, tak v květnu 1778 rezignoval. Začátkem července byl nahrazen a zúčastnil se prvního zasedání Kongresu 7. července 1778. Jako delegát stále pokračoval v e své funkci generálního komisaře pro zajatce. Jeho první funkční období v tomto roce skončilo.