Nel 1716 lasciò il governatorato del ducato di Milano e divenne governatore dei Paesi Bassi ex spagnoli (fino al 1714), carica che per gli impegni militari dovette lasciare a Ercole Ludovico Turinetti di Priero fino al 1724, quando venne sostituito dalla sorella dell'imperatore Carlo VI, Maria Elisabetta. I turchi di Ahmed III dichiararono guerra alla Repubblica di Venezia, alleata dell'Austria, che venne coinvolta nel conflitto (Seconda guerra di Morea). Violati i patti della pace di Carlowitz, i turchi, guidati dal Gran visir Damad Alì Kumurçi, si avvicinarono con un esercito di oltre 100.000 uomini alle postazioni di Eugenio nei pressi di Petervaradino e cominciarono l'accerchiamento delle truppe austriache, ma Eugenio, con una sortita audace ed improvvisa, il 5 agosto 1716 li sconfisse pesantemente. Il resto dell'anno lo impiegò a sottomettere il Banato e ad espugnare la fortezza di Temesvar (14 ottobre 1716).