Po sametové revoluci 1989 a po rozdělení Československa došlo k postupné reorganizaci, redukci a nakonec úplné likvidaci oddílů PVOS. Roku 1994 jsou zrušeny téměř všechny PLRO vyzbrojené S-75, zůstaly pouze dva oddíly (č. 1. a č. 3.). Koncem toho roku byla 71. PLRB přejmenována na 41. PLRB a její jednotky čekalo stěhování a další redukce. Během roku 1995 byly PLRO č. 11 a č. 12 zrušeny. Poslední jednotkou PVOS pozemní protiletadlové raketové obrany státu se stala 44. PLRB, která byla zrušena 31. května 2003.