14世纪中叶，明朝建立，元廷退居漠北，元朝结束。同时，在中亚及新疆的突厥化蒙古人逐渐伊斯兰化，并失去蒙古特性。明朝时，将蒙古高原的东、西蒙古分称为鞑靼和瓦剌。明末，后金崛起，漠南蒙古诸部逐渐臣服于后金政权。终清一代，內屬蒙古被清廷所信赖和依仗。蒙古王公与之间的满蒙联姻政策被历代清帝忠实的执行，并形成制度化的联姻。18世纪，中国西北地区的准噶尔汗国随着清军的準噶爾之役而被消灭。清廷彻底征服漠北蒙古，自此东亚的蒙古领地尽归清廷管辖。与此同时，在中国西北地区，除了伊斯兰化、突厥化的蒙兀儿人外，有多个被称为蒙古回回和蒙回的——皈依伊斯兰教的蒙古族群，他们仍保留蒙古习俗，使用蒙古语族的方言。