El apoyo del episcopado fue fuerte en el noreste y se convirtió en el centro de un partido jacobita dirigido por John Graham de Claverhouse, que había sido nombrado vizconde de Dundee por Jacobo VII. Dundee levantó una fuerza que sostuvo al Castillo de Edimburgo para el rey depuesto y luego organizó un ejército que se formó principalmente de Hightlanders. Fueron enfrentados en Perthshire por una fuerza del nuevo gobierno que fue dirigida por el general Hugh Mackay, pero en la Batalla de Killiecrankie que tuvo lugar el 27 de julio de 1689, la fuerza del gobierno fue abrumada por los jacobitas y derrotada. Sin embargo, los jacobitas también sufrieron grandes pérdidas, incluido su líder, el vizconde de Dundee.