Khi chiến tranh Việt Nam - Campuchia nổ ra vào năm 1979, nhiều người Việt Nam đã tìm nơi ẩn náu ở Malaysia từ thời điểm đó trở đi vào những năm 1980 và gây ra các vấn đề an ninh kinh tế và quốc gia cho Malaysia đặc biệt là sự cân bằng chủng tộc của họ vì hầu hết người tị nạn Việt Nam giống người Trung Quốc. Quan hệ song phương được bình thường hóa từ năm 1988 trở đi, khi Việt Nam tuyên bố kế hoạch rút khỏi Campuchia.