Conseslus Kipruto participe aux championnats du monde de cross-country, en mars 2013 à Bydgoszcz en Pologne. Inscrit dans la catégorie junior, il se classe cinquième de l'épreuve individuelle, et deuxième de l'épreuve par équipe aux côtés de ses coéquipiers kényans. En mai 2013, lors du meeting Diamond League du Shanghai Golden Grand Prix disputé sous la pluie, il remporte l'épreuve du steeple en , améliorant de près de deux secondes son record personnel et signant provisoirement la meilleure performance mondiale de l'année. Il confirme son rang lors des deux meetings suivants en remportant la Prefontaine Classic d'Eugene () et les Bislett Games d'Oslo ().