23 июля 1806 Чаплиц был назначен шефом Павлоградского гусарского полка, а 23 октября того же года — бригадным командиром и участвовал в походах против французов в Пруссию; в сражении под Голоминым он атаковал неприятеля и дал возможность прочим войскам ретироваться. 12 января 1806 награждён орденом Св. Георгия 3-го кл. В январе 1807 он пробился через занятый французами город Алленштейн и выручил теснимый и преследуемый отряд кн. Долгорукого, а потом в течение двух недель был комендантом в Кенигсберге, откуда отправил в Россию легко раненых и больных наших солдат.