סאמאר הוא המזרחי באיי הוויסאיאס והגדול מביניהם. האי מופרד מלייטה על ידי מצר סן חואניקו (San Juanico Strait) כאשר הנקודה הצרה ביותר שלו בין שני האיים מגיעה מגיע לשני ק"מ בלבד. מעל המצר נבנה ב-1973 גשר סן חואניקו המחבר בין סאמאר ללייטה. האי סאמאר שוכן דרומית מזרחית לחצי האי ביקול (Bicol) השייך לגדול באיי הפיליפינים, לוזון, כאשר ביניהם מפריד מצר סן ברנרדינו. לדרומו של האי שוכן מפרץ לייטה בו נערך קרב ימי מכריע בין ציי ארצות הברית ויפן, הנחשב לגדול ביותר שנערך במלחמת העולם השנייה, ואחד הגדולים בהיסטוריה. המפרץ נפתח לעבר ים הפיליפינים השוכן לחופו המזרחי של האי סאמאר ומהווה חלק מהאוקיינוס השקט.