Il 24 luglio 2006 firma un contratto triennale con i Toronto Raptors. Il 26 marzo 2007 ha riportato un gravissimo infortunio a Boston. Paul Pierce conduce il contropiede e serve Al Jefferson in corsa; Garbajosa cerca di impedire al giocatore bostoniano di realizzare i due punti, ma il salto dello spagnolo è scoordinato e tutto il peso del suo corpo crolla sul ginocchio sinistro, provocando gravi danni all'articolazione. A causa di questo grave infortunio Garbajosa sembrava che dovesse stare fuori gioco per almeno 6 mesi, rischiando gli Europei che si svolgeranno nella sua Spagna a settembre, ma Garbajosa ha chiesto e ottenuto dallo staff l'opportunità di seguire la squadra: l'ala recupererà in tempo per disputare la competizione con la sua Nazionale.