Bonaparte sa po neúspešnej kampani vrátil do Francúzska z Egypta 23. augusta 1799. Velenie nad francúzskou vládou prevzal 9. novembra štátnym prevratom, zrušil pozíciu konzula a transformoval republiku na "de facto" diktatúru. Ďalej reorganizoval francúzske vojská a založil veľkú rezervnú armádu, ktorá poslúžila na podporu kampaní na Rýne alebo v Taliansku. Rusko už bolo z vojny von a pod Napoleonovým vedením Francúzi v júni 1800 jednoznačne porazili Rakúšanov. V decembri bolo Rakúsko definitívne porazené Moreauovými jednotkami v Bavorsku. Porážku Rakúska spečatila zmluva v Lunéville začiatkom nasledujúceho roku, čo prinútilo Britov podpísať Amienskú zmluvu s Francúzskom a zaviesť tak neistý mier.