กลุ่ม อี ของ แอฟริกาคัพออฟเนชันส์ 2019 รอบคัดเลือก จะเป็นหนึ่งของ 12 กลุ่มที่จะตัดสินหาทีมที่เข้าไปสู่ทัวร์นาเมนต์ แอฟริกาคัพออฟเนชันส์ 2019 รอบสุดท้าย. กลุ่มนี้ประกอบไปด้วยสี่ทีม: ไนจีเรีย, แอฟริกาใต้, ลิเบีย, และ เซเชลส์.