Нe меньше храбрости и расторопности выказал Нейпперг в 1800 году, при взятии Мон-Сени (8 апреля), в сражении при Маренго и переговорах о заключении перемирия. В сентябре он служил в штабе в Мантуанском гарнизоне, а в конце декабря, с честью сражаясь на берегах Минчо. Получил орден Марии Терезии.