Walton kuoli perjantai iltana 9. heinäkuuta klo 23.18. lontoolaisessa St Thomasin -sairaalassa. 47-vuotiaana kuollut Walton oli saanut saman viikon maanantaina sydänkohtauksen, minkä takia hän oli joutunut sairaalahoitoon. Hän kuitenkin kuoli sairaalassa perjantaina. Kunnioittaakseen Waltonin kuolemaa talli osallistui Britannian GP:hen ilman mainoksia. Autojen kyljissä oli teksti "John Boy", jossa o-kirjaimet olivat sydämiä. Kilpailupäivän aamuna Waltonin muistoksi pidettiin hiljainen hetki. Hänen kerrotaan olleen pidetty henkilö varikolla.