W reprezentacji Argentyny Pellegrino zadebiutował 11 czerwca 1997 roku w zremisowanym 0:0 meczu Copa América 1997 z Ekwadorem. Argentyna odpadła z tego turnieju po porażce 1:2 w ćwierćfinale z Peru. Łącznie w kadrze narodowej Mauricio rozegrał 3 spotkania.