El 23 de marzo de 1799 en la batalla de Feldkirch en Vorarlberg, Jelačić llevó a sus 5.500 soldados a la victoria sobre 12.000 franceses. Los austriacos infligieron 3.000 bajas a sus enemigos con un costo de tan solo 900 muertos y heridos. Su mando incluía el 3er batallón del Regimiento de Infantería Kaunitz Nr. 20, Regimiento de Infantería De Vins Nr. 37, y el Regimiento Peterwardeiner Grenz Nr. 9; el 2do batallón de Infantería St. George Gernz Nr. 6, y el 1er batallón del Regimiento de Infantería Broder Grenz Nr. 7. Los franceses fueron dirigidos por dos futuros mariscales, André Masséna y Nicolas Oudinot. Por esta notable hazaña, recibió el ascenso a Feldmarschall-Leutnant (Teniente Mariscal de Campo) y recibió la Cruz de Caballero de la Orden Militar de María Teresa. También se le otorgó el título de barón hereditario. En 1802, el Emperador Francisco II lo nombró propietario del Regimiento de Infantería Franz Jellačić Nr. 62. Esta unidad no debe confundirse con el Regimiento de Infantería Johann Jellačić Nr. 53. En 1801, su esposa Ana Portner von Höflein dio a luz a su hijo Josip Jelačić, quien también se convirtió en general y apoyó al régimen austriaco durante la Revolución húngara de 1848.