Charles Floquet werd geboren op 2 oktober 1828 in Saint-Jean-Pied-de-Port in het departement Basses-Pyrénées. Hij studeerde rechten in Parijs en vestigde zich in 1851 aldaar als advocaat. Reeds als student gaf hij blijk van republikeinse sympathieën. Hij nam deel aan de Februarirevolutie van 1848. Na de staatsgreep van 2 december 1851, waarbij prins-president Lodewijk Napoleon Bonaparte alle macht naar zich toetrok, kwam hij in het verzet tegen de regering, zeker toen Frankrijk exact een jaar later een keizerrijk werd met Napoleon III als keizer. Zijn verzet werd pas goed merkbaar toen hij als advocaat van politieke tegenstanders van het regime optrad en felle artikelen schreef in "Le Temps" en andere invloedrijke kranten.