Bajazeto I confirmou o senhorio de João VII sobre Selímbria, e as relações com Manuel II melhoraram, que pode mesmo ter chegado a reconhecer João VII como seu sucessor (numa altura em que os filhos de Manuel II ainda não tinham nascido). Em 1399, depois de Bajazeto I ter cercado Constantinopla durante cinco anos, Manuel II deixou a cidade em busca de auxílio militar na Europa Ocidental, e deixou João VII como regente. João VII desempenhou competentemente os seus deveres, na esperança de um milagre, que finalmente aconteceu quando Bajazeto foi derrotado por Tamerlão na Batalha de Ancara, a 20 de julho de 1402.