Il cugino di Manuele, Andronico I Comneno, che era stato esiliato nel 1168, fu richiamato da Maria Comnena ed arrivò marciando su Costantinopoli nel 1182, il suo arrivo generò un'ondata di festeggiamenti nella popolazione che purtroppo degenerarono in quello che viene ricordato come il Massacro dei Latini avvenuto nel mese di maggio. Le vittime principali furono mercanti veneziani e genovesi da lungo tempo in disaccordo con i mercanti locali che poco gradivano gli italiani sia per il loro predominio, che danneggiava il mercato locale, sia per le differenze religiose che li dividevano. Poco dopo aver preso il controllo di Costantinopoli sia Maria Comnena che il marito morirono improvvisamente, forse avvelenati si dice proprio per mano di Andronico, mentre Maria venne tratta in arresto e portata presso il monastero di San Diomede o nei suoi pressi.