Im Jahr 1941 wurde Svoboda als Oberst zum Befehlshaber des ersten tschechoslowakischen Bataillons ernannt, das sich in Busuluk am Ural formierte und anschließend auf sowjetischer Seite kämpfte. 1943 wurde er als Brigadegeneral Kommandeur der 1. Tschechoslowakischen Brigade mit 60.000 Mann. Die Formation griff als erster fremder Truppenverband im März 1943 bei Sokolowo in den Kampf gegen die Deutschen ein und nahm am 6. November 1943 an der Befreiung von Kiew teil. Sie überschritt während der Schlacht am Dukla-Pass im Herbst 1944 als erster Verband die tschechoslowakische Staatsgrenze. Die „Svoboda-Armee“ agierte dann 1944/45 zusammen mit tschechoslowakischen Partisanen während der Befreiung des Landes und der Vertreibung der Deutschen aus der Tschechoslowakei.