С 1969 по 1977 год Хусейни работал в Иерусалиме техником в радиологической лаборатории, а затем отправился в Бейрут, где изучал историю в местном университете. В 1979 году он вернулся в Иерусалим, где основал Центр арабоведения (который в Израиле рассматривали как легальный фасад ООП, через который велась координация деятельности палестинских националистов на Западном берегу Иордана). В 1982 году он, продолжая традиции рода Хусейни, стал членом Высшего исламского совета. В это же время Хусейни наладил контакты с израильскими сторонниками мирных переговоров с палестинцами, выучив для этого иврит. Эти контакты были восприняты враждебно как в Израиле, где переговоры с представителями ООП были запрещены законом, так и среди палестинских политиков, многие из которых сочли их предательством со стороны Хусейни. Израильские власти закрыли Центр арабоведения и поместили Хусейни под административный арест, а после этого — под домашний арест, под которым он провёл пять лет. В апреле 1987 года он был снова отправлен в тюрьму, где находился до января 1989 года, таким образом пропустив начало первой интифады. Выйдя из заключения, Хусейни, однако, стал одним из основных идеологов интифады. В 1988 году, в короткий период нахождения на свободе, он сочинил черновой вариант декларации независимости, которую позже в том же году использовал Палестинский национальный совет при провозглашении независимого палестинского государства.