Zwischen 4200 ± 90 BP und 3930 ± 90 BP lag der Meeresspiegel am bisher tiefsten bekannten Punkt (−6,55 ± 0,55 m). Für die Proto- oder Altpalastzeit (1900–1700 oder 1600 v. Chr.) und die Neupalastzeit der minoischen Kultur (1600–1450 v. Chr.) ließen sich zwei Stände feststellen, nämlich bei −3,95 ± 0,35 m und bei −2,70 ± 0,15 m. Ein weiterer Anstieg auf −1,25 ± 0,05 m fand zwischen 1450 und 400 v. Chr. statt. 1604 stieg der Meeresspiegel in kürzester Zeit um 0,70 m an. Seither stieg er um weitere 0,55 m an. Im 4. Jahrhundert wurde der westliche Teil der Insel um 9,15 ± 0,20 m gehoben, der östliche, der sich zudem nach Südosten neigte, um 2 m. Wahrscheinlich entstand mit dem schweren Beben des Jahres 365 der Graben von Spili, entlang dem die Insel auseinanderbrach. Um 1600 senkte sich der westliche Teil um 1,25 ± 0,05 m gleichzeitig mit der Absenkung des östlichen Teiles der Insel.