Afinal, a partir de 1560, Duarte Coelho foi sucedido por seus dois filhos Duarte Coelho de Albuquerque e Jorge de Albuquerque Coelho. No entanto, Jorge regressou a Portugal em 1565, e Duarte, em 1572. Ambos foram incorporados à armada do rei D. Sebastião, que avançava sobre a África. Ambos foram gravemente feridos após a Batalha de Alcácer-Quibir, em 4 de Agosto de 1578, e nunca retornaram ao Brasil. O último donatário da capitania na sua família será Duarte de Albuquerque Coelho (1591-1658), filho de Jorge.