По состоянию на 1940 год в Берлине проживали 62 тысячи евреев. 18 августа 1941 года на встрече с Гитлером Геббельс настаивал на скорейшем решении «еврейского вопроса», и тот обещал ему как можно быстрее выделить транспорт для депортации берлинских евреев на Восток. 5 сентября 1941 года он обязал берлинских евреев носить жёлтую звёзду. Их депортация началась 18 октября 1941 года. По прибытии в такие города, как Рига или Каунас, многие из них были незамедлительно расстреляны. 6 марта 1942 года Геббельс получил копию протокола Ванзейской конференции. Документ конкретизировал политику национал-социалистов в отношении евреев: всё еврейское население Европы должно было быть отправлено в лагеря смерти на территории оккупированной Польши и убито. Дневники Геббельса того периода однозначно указывают на то, что он знал о судьбе евреев. 27 марта 1942 года он записал, что 60 процентов населения, вероятно, может быть уничтожено, остальные 40 процентов будут привлечены к труду. Этот «приговор» он счёл «варварским, но совершенно заслуженным».