Mit der Errichtung der Helvetischen Republik nach dem Einmarsch der Franzosen 1798 wurde in Seuzach genau wie andernorts eine Munizipalgemeinde geschaffen. Die bestehende Dorfgemeinde wurde in eine privatrechtliche Zivilgemeinde umgewandelt und 1928 aufgelöst. Im Zweiten Koalitionskrieg war Seuzach ein Kriegschauplatz rund um das Gefecht bei Winterthur. Nach der Ersten Schlacht um Zürich beherrschten österreichische und russische Truppen den Kanton Zürich. Im September kehrten nach der Zweiten Schlacht um Zürich die Franzosen zurück.