Morris ble født i kibbutzen Ein HaHoreshog, og er sønn av jødiske emigranter fra Storbritannia. Han tjenestegjorde seks år i de israelske militære styrker som fallskjemsoldat. Etter studiene ved Det hebraiske universitetet i Jerusalem og ved Cambridge-universitetet jobbet han som journalist i The Jerusalem Post, hvor i han dekket Libanon-krigen i 1982. Etter å ha nektet militærtjeneste ved Nablus på Vestbredden under den første intifadaen, satt han i 1988 fengslet i tre uker. Fra 1996 underviste han ved Ben-Gurion-universitetet, og fra 2005 har han vært gjesteforeleser ved University of Maryland. Morris ble historiker først og fremst gjennom sitt aktivistiske og journalistiske arbeid. De senere årene har han imidlertid endret sine synspunkter på flere områder. I forskningen sin har han skrevet om fordrivelsen av palestinerne i 1948, og han opprettholder fortsatt sitt synspunkt på at dette var en villet politikk fra de sionistiske lederne, men i dag mener han at problemet var at det ikke ble gjennomført mer konsekvent. Han mener at sionismens legitimitet er hevet over enhver tvil, og forsvarer endog etnisk rensing for å sikre dens mål. I tråd med dette mener han at palestinernes lidelser er deres eget ansvar, og han fremstiller palestinere og muslimer generelt som morderiske og ser Israels rolle i Midtøsten på linje med korsfarerne hva angår å spre sivilisasjon. For dette har han møtt skarp kritikk fra andre nye historikere, også fordi han, i motsetning til hebraisk kildemateriale, ikke leser arabisk og dermed må støtte seg på annenhåndslitteratur.