Сезон 2002/03 Анри провёл на хорошем уровне, забил 32 мяча и отдал 23 голевых паса, «Арсенал» утратил звание чемпиона, но снова выиграл Кубок Англии. На протяжении всего сезона форвард занимал первое место в списке бомбардиров лиги, в концовке всего лишь на один гол уступив голландцу Руду ван Нистелрою. Тем не менее, он был назван игроком года по версиям футболистов ПФА и Ассоциации футбольных журналистов, в голосовании на звание игрока года по версии ФИФА занял второе место, проиграв безоговорочно лидирующему соотечественнику — Зинедину Зидану. В сезоне 2003/04 «Арсенал» выглядел как никогда хорошо и вернул себе чемпионское звание. Анри был одним из лидеров команды, вместе с такими игроками как Деннис Бергкамп, Патрик Виейра и Робер Пирес, которая добилась феноменального достижения — в регулярном чемпионате клуб ни разу не потерпел поражения, чего никому не удавалось уже больше ста лет. Футболиста вновь номинировали на игрока года по версии ФИФА, но по итогам голосования он опять оказался на второй позиции — на этот раз его обошёл бразилец Роналдиньо. С 39-ю голами французский спортсмен занял первое место в споре бомбардиров лиги и получил «Золотую бутсу». На чемпионат Европы 2004 года Анри приехал в статусе звезды, но Франция уступила в четвертьфинале Греции.