Am 15. Dezember 1804 trat Friedrich Schäffer von Bernstein als Fähnrich in das zur westfälischen Brigade gehörenden preußischen Füsilierbataillon „von Ernest“ ein, in dem er bis Oktober 1806 diente. Am 25. Februar 1807 trat er als Sekondeleutnant in das großherzoglich-hessische Gardefüsilierbataillon ein und kämpfte im Vierten Koalitionskrieg 1807 gegen Preußen. 1809/10 begleitete er als Adjutant seinen Vater auf französischer Seite im napoleonischen Spanien-Feldzug. 1811 wurde er Premier-Leutnant, 1813 Kapitän III. Klasse und 1817 Kapitän II. Klasse. Er diente 1813 bis 1815 zuerst auf französischer, dann auf deutscher Seite in den Befreiungskriegen und war auch Mitglied des Generalstabs. 1825 wurde er Adjutant von Generalleutnant Prinz Emil und dafür als Rittmeister I. Klasse zur Kavallerie versetzt. 1827 erhielt er den „Charakter“ eines „Major der Kavallerie“. Ab 1831 war er dann Major im Generalstab.