Dan Ellis začal juniorskou kariéru v klubu Omaha Lancers ve Spojených státech amerických v lize USHL, kde obdržel v sezóně 1999-00 cenu pro brankáře roku, hráče roku a byl jmenován do 1. All-Star Teamu. Poté si jej vybral klub Dallas Stars ve 2. kole na 60. místě celkově v draftu NHL 2000. Ellis se pokusil prorazit do NHL v sezóně 2003–2004, ale nastoupil pouze v jednom zápase. Zbytek sezóny odchytal na farmě Dallasu v týmu Utah Grizzlies v lize AHL a ještě o úroveň níž v lize ECHL v klubu Idaho Steelheads.