אפונסו נולד ב-18 במאי 1475 בליסבון, לז'ואאו, נסיך פורטוגל וללאונור מוויזאו, בתם של פרננדו, דוכס ויזאו וביאטריש מפורטוגל, דוכסית ויזאו. סבו אפונסו החמישי, מלך פורטוגל התחתן באותה שנה עם אחייניתו חואנה, נסיכת פורטוגל, ולחם לצידה במלחמת הירושה הקסטיליאנית, נגד איזבלה הראשונה, מלכת קסטיליה ובעלה פרננדו מאראגון.