Prezydenturę objął po kryzysie finansowym i gospodarczym w Argentynie z lat 2001–2002, z powodu którego ze stanowiska zrezygnował prezydent Fernando de la Rúa. Kirchner do grudnia 2003 formalnie kończył jego konstytucyjną kadencję. Jako prezydent nadzorował wyjście kraju z kryzysu. Renegocjował warunki oddłużenia kraju. W 2005 wynegocjował zmianę warunków spłaty 100 mld USD państwowego zadłużenia. W 2006 spłacił 9,8 mld USD długu zaciągniętego w Międzynarodowym Funduszu Walutowym. Doprowadził też do zniesienia amnestii wobec członków junty wojskowej rządzącej Argentyną w latach 1976–1983, oskarżanych o łamanie praw człowieka.