La question sécuritaire rapidement s'impose au nouveau gouvernement, avec un attentat à Ouagadougou mené par Al-Qaïda au Maghreb islamique, qui provoque 30 morts et 150 blessés, un peu plus d'une semaine après la nomination du nouveau gouvernement. Le terrorisme reste alors un problème récurrent tout au long des mandats de Premier ministre de Thiéba, avec un autre attentat de Ouagadougou le , et des prises d'otages régulières commises par des djihadistes que les forces de sécurité burkinabés ne parviennent pas à enrayer. La dernière sous le mandat de Thiéba a lieu trois jours avant sa démission, le , avec l'assassinat d'un ressortissant canadien et l'enlèvement de six autres. De plus, les tensions ethniques et représailles aux attaques djihadistes entraînent des violences supplémentaires, comme lors du Massacre de Yirgou, où le meurtre de six civils mossis par des djihadistes peuls, le , entraîne des représailles de la part de miliciens mossis qui massacrent 43 civils peuls le .