Belgian Kongo (nykyinen Kongon demokraattinen tasavalta) itsenäistyi 30. kesäkuuta 1960, ja maahan valittiin sosialistinen pääministeri Patrice Lumumba. 11. heinäkuuta maan itäinen osa Katanga, jossa on paljon luonnonrikkauksia, julistautui itsenäiseksi pääministeri Moise Tšomben johtamana. Eri puolilla maata syntyi kapinoita ja alueellisia itsenäistymisliikkeitä (Kongon kriisi). Hammarskjöld teki neljä matkaa Kongoon johtamaan Lumuban ja Tšomben välisiä neuvotteluja. Hänen ehdotuksensa rauhanturvajoukkojen lähettämisestä maahan kaatui Neuvostoliiton vastustukseen. Neuvostoliitto vaati Hammarskjöldin eroa ja halusi, että YK:n pääsihteereiksi valittaisiin kolmen miehen troikka, yksi sosialistisista maista, yksi kapitalistisista maista ja yksi juuri itsenäistyneistä kolmannen maailman maista, ja näillä olisi veto-oikeus. Hammarskjöld ei kuitenkaan eronnut. Hammarskjöld ei suostunut Lumumban ehdotukseen Katangan liittämisestä Kongoon, ja Lumumba pyysi apua Neuvostoliitosta.