Trong ba năm tiếp theo, Áo, với chính sách đối ngoại hiện do Philipp Stadion chỉ đạo, đã cố gắng duy trì hòa bình với Pháp, tránh Chiến tranh Liên minh thứ Tư (1806–1807) nhưng buộc phải tuân theo sự ngã giá của Pháp. Sự lật đổ của nhà Bourbon Tây Ban Nha vào năm 1808 đã gây lo lắng sâu sắc cho nhà Habsburg, những người đã liều lĩnh tham chiến một lần nữa vào năm 1809, Chiến tranh Liên minh thứ Năm lần này không có đồng minh lục địa mà chỉ có Vương quốc Anh. Những nỗ lực của Stadion nhằm tạo ra các cuộc nổi dậy trong dân chúng ở Đức đã không thành công và người Nga đã liên minh với Pháp, vì vậy Áo một lần nữa bị đánh bại trong Trận Wagram, mặc dù Napoléon cũng bị tổn thất lớn, người đã chịu thất bại trên chiến trường đầu tiên của mình trong cuộc chiến này tại Aspern-Essling. Tuy nhiên, Napoléon đã tái chiếm Vienna. Các điều khoản của Hiệp ước Schönbrunn sau đó khá khắc nghiệt. Áo để mất Salzburg vào tay Bayern, một số vùng đất thuộc Ba Lan vào tay Nga và phần lãnh thổ còn lại của nó duyên hải Adriatic (bao gồm phần lớn Kärnten và Steiermark) vào tay Các tỉnh Illyria của Napoléon. Áo trở thành một quốc gia lệ thuộc vào Pháp.