1898年の米西戦争後、1899年から1913年の間にフィリピンの革命的イスラム教徒とアメリカ軍との新たな紛争がフィリピン南部で発生した。フィリピン人は、フィリピンを自国の領土であると主張するアメリカによる外国統治に反対した。1898年8月14日、スペイン軍を破った後アメリカはフィリピンに軍事政府を設立した（軍事政府トップの軍事総督にウェズリー将軍が就任）。アメリカ軍は、1899年5月18日にホロの支配権をスペイン政府から取り、1899年12月にはサンボアンガも支配した。ジョン・C・ベイツ准将は、スールーのスルタン、ジャマルール・キラム2世と条約を交渉するために派遣された。キラム2世は、群島でのスペイン軍の敗北後、主権を取り戻すと予想していたためアメリカがその座を引き継ぐことに失望した。ベイツの主な目的は米比戦争におけるモロの中立性を保証し、フィリピン南部に秩序を確立することであった。いくつかの交渉の後、以前のスペインの条約に基づいたベイツ条約が調印された。ベイツ条約は、南部のイスラム教徒の中立性を保証したが、実際には北部の戦争が終わるまでアメリカが時間を稼ぐために設定された。戦争後の1915年にアメリカ人はスールーにカーペンター条約を課した。