Nel 1995 disputò Coppa re Fahd, torneo amichevole intitolato all'allora re dell'Arabia Saudita, che venne poi assorbito dalla FIFA nell'ambito della Confederations Cup. L'Argentina perse in finale per 2-0 contro la . Nell'estate dello stesso anno Zanetti venne anche convocato per la Copa América in Uruguay, in cui l'Argentina uscì ai quarti di finale contro il , ai calci di rigore.