באיטליה האוסטרים הגבירו את מאמציהם, והצרפתים נאלצו להעביר לשם את העתודה שלהם. נפוליאון הביס את האוסטרים תחילה בקרב מרנגו (Marengo) ב־14 ביוני 1800. מאוחר יותר האוסטרים הובסו על ידי הצרפתים בקרב הוהנלינדן (Hohenlinden), ב־3 בדצמבר (שם נלחמו 130,000 חיילים צרפתים מול 120,000 חיילים אוסטרים). האוסטרים הסכימו לחתום על חוזה לונביל (Lunéville) (פברואר 1801), שהוציא אותם באופן זמני מהעימות. בכך נותרה הממלכה המאוחדת הבריטית היחידה שעמדה מול נפוליאון. היא המשיכה בהשפעתה הרבה על המעצמות ביבשת תוך עידודן להתנגדות לצרפת. נפוליאון הבין שללא תבוסה בריטית או חוזה איתה, לא יצליח להשיג שלום מוחלט, ובעוד שהצבא הבריטי היה קטן ולא איים כמעט על צרפת, הצי המלכותי הבריטי היווה איום מתמשך על הספנות הצרפתית ועל הקולוניות שלה. כמו כן, הבריטים השקיעו כספים באיחוד המעצמות האירופאיות נגד צרפת. נפוליאון, אם כן, לא היה מסוגל לפלוש לאי הבריטי, ולכן העימות עם בריטניה נכנס לשוויון מסוים.