В ходе Братиславско-Брновской операции армия наступала в составе ударной группировки фронта, соединения и части армии в первый день операции форсировали реку Грон, освободив 28 марта город Врабле, 30 марта — Нитра, 1 апреля — Глоговец, 13 апреля — Годонин, наряду с 6-й гвардейской танковой армией и 1-й гвардейской конно-механизированной группой 53-я армия 26 апреля освободила город Брно. Последней операцией Великой Отечественной войны для 53-й армии стала Пражская операция.