Територију Литванске ССР окупирала је немачка војска, јуна 1941. године, али су ју до јула 1944. ослободиле јединице Црвене армије у тзв. Балтичкој офанзиви. Након прикључења Совјетском Савезу, али и по повратку совјетске власти, вршене су масовне депортације Литванаца у сибирске логоре, под разним оптужбама.