Det førstnevnte er antatt å ha bli påbegynt i år 507 f.Kr. og deretter etterlatt ufullført fram til etter athenernes seier over perserne ved Marathon i år 490 f.Kr. Bankel sier at Afaiatempelet er mer utviklet enn de første faser av denne strukturen, og gir det en dato rundt 500 f.Kr. Metopene på dette tempelet, som ikke er funnet, var satt inn i fuger i triglyfblokker og festet til bakblokker med klemmer. Om de var av tre er det ikke til undres over at de ikke er blitt bevart. Om de var av stein kan de ha blitt fjernet av plyndrere som skaffet antikke oldstidsgjenstander til dette markedet mens strukturen fortsatt holdt seg. Alteret ble også omgjort i denne fasen.