Obwohl geplant gewesen war, die 2. Amphibische Brigade erst 1944 aufzustellen, wurde diese im November 1943 aufgestellt. Als Stammeinheit diente ihr der Infanterie-Brigade-Stab der 29. Division und die 5. Selbstständige Garnisons Einheit, stationiert in Mandschukuo. Am 11. April 1944 wurde die 2. Amphibische Brigade der Südarmee unterstellt, die diese im Mai desselben Jahres auf die Philippinen beorderte, allerdings ohne deren Panzer-Kompanie. Im Monat darauf wurde die Brigade weiter südwärts auf die Vogelkop-Halbinsel in West-Neuguinea verlegt und war dort der 2. Armee unterstellt. Während der seit Mai 1944 tobenden Schlacht um Biak wurde erwogen, die Brigade als Verstärkung der Inselgarnison zu schicken, doch der bereits in See gestochene Konvoi (Operation "Kon") kehrte unverrichteter Dinge um. Daraufhin wurde die 2. Amphibische Brigade nach Sorong befohlen, wo sie, geschwächt durch ausbleibende Versorgung, Unterernährung und tropische Krankheiten, bis zum Kriegsende im August 1945 ausharrte.