Joakim Lindström se sice narodil ve Skelleftei, ale hokejově vyrůstal v týmu MODO Hockey, kde se také v sezóně 2000-01 objevil v 10 zápasech švédské nejvyšší ligy Elitserien. V sezóně 2001-02 hrál v Elitserien 42 zápasů. Krom toho nastupoval za juniorské reprezentace Švédska 17 a 18letých. Za juniory nastoupil i na MS do 18 let v roce 2001 a na MS do 20 let 2003. V roce 2002 ho do NHL draftoval tým Columbus Blue Jackets. Přesto zůstal dál ve Švédsku, kde pokračoval v kariéře za Modo a občas nastupoval v nižší lize HockeyAllsvenskan (postupně za kluby IF Troja-Ljungby, Örnsköldsviks SK a IF Sundsvall Hockey). Do zámoří odešel až v sezóně 2004-05, kdy nastupoval v nižší soutěži AHL za Syracuse Crunch. V sezóně 2005-06 nastoupil poprvé v dresu Columbusu Blue Jackets v NHL i když v té sezoně hrál pouze ve 3 zápasech této ligy. V sezoně 2006-07 hrál většinou v AHL a v NHL hrál v pouhých 9 zápasech, ve kterých vstřelil 1 gól. Ve střídání lig AHL a NHL pokračoval i v sezoně 2007-08, ačkoliv si zahrál už ve 25 zápasech nejvyšší severoamerické ligy. 15. července 2008 byl vyměněn z Columbusu do Anaheimu Ducks (za výběr ve 4. kole draftu 2010, ve kterém byl vybrán Mathieu Corbeil-Theriault), ale za ty nenastoupil ani jednou a nastupoval pouze za jejich farmářský tým Iowu Chops. 3. prosince 2008 byl Anaheimem vyměněn do Phoenixu Coyotes za Logana Stephensona. Ve Phoenixu hrál ve 44 zápasech sezóny 2008-09. Před sezónou 2009-10 odešel ze zámoří do Evropy a podepsal smlouvu s ruským Torpedem Nižnij Novgorod, za který v KHL hrál v 55 zápasech a připsal si 30 kanadských bodů. Před sezónou 2010-11 odešel do Elitserien, kde podepsal smlouvu s týmem Skellefteå AIK na 2 roky.