Già nel 1240 il vecchio papa Gregorio IX scomunica l'imperatore svevo col pretesto che non era partito per la crociata, e convoca un concilio con lo scopo di condannarlo solennemente. L'imperatore tuttavia, nella primavera del 1241, attacca, presso l'isola del Giglio, la flotta genovese che portava i prelati a Roma per il concilio, e li fa prigionieri; una volta ottenuto il rinvio del concilio, lancia un appello ai cardinali e alla chiesa contro il papa. Ma il 22 agosto il papa muore e si apre una lunga vacanza della sede apostolica, dominata dall'incertezza sul tipo di risposta da dare a Federico II, e sospesa solo per pochi giorni dalla elezione di Celestino IV, che però muore appena 13 giorni dopo la consacrazione.