Po przejęciu pełni władzy w Albanii przez Ahmeda Zogu Alizoti stał się jedną z najbardziej wpływowych postaci życia politycznego. Od 1926 zasiadał nieprzerwanie w parlamencie. W 1927 ponownie objął urząd ministra finansów. Był jednym z głównych negocjatorów w sprawie układów włosko-albańskich, przy czym bardzo wyraźnie opowiadał się po stronie włoskiej. Po agresji włoskiej na Albanię w 1939 po raz kolejny objął stanowisko ministra finansów rządu albańskiego, w randze włoskiego ministra stanu. W lipcu 1941 po agresji niemieckiej na Jugosławię objął stanowisko Wysokiego Komisarza d.s. Ziem Przyłączonych (Kosowo i Okręgu Dibry). 16 maja 1943 stanął na czele pro-włoskiego quasi-parlamentu – Najwyższej Faszystowskiej Rady Korporacyjnej (Këshilli i Epërm Korporativ Fashist).