Когда началась гражданская война, Арчер служил в форте Валла-Валла, на территории штата Вашингтон. 14 мая 1861 он уволился из рядов армии США, отправился на юг и вступил в ряды армии Конфедерации. Вскоре он стал полковником 5-го Техасского пехотного полка и служил в бригаде, организованной бывшим сенатором Техаса Льюисом Уигфоллом. Вскоре бригада была передана Джону Беллу Худу и приняла участие в сражениях Кампании на полуострове. Арчер хорошо проявил себя в сражении при Элтамс-Лэндинг и Севен-Пайнс, но так никогда и не смог заслужить уважения техасцев.