Deux ans plus tard en 1959, l'Égypte et la Syrie fusionnent pour la République arabe unie et accueille la seconde édition au Caire où les équipes participantes sont les trois mêmes qu'en 1957. Le football devient une préoccupation politique puisque le numéro deux du régime de la RAU, le maréchal Abdel Hakim Amer, parachute son homme de confiance, le général Abdelaziz Mostafa, à la tête de la Confédération africaine de football.