En juin 1942, Charles Perzo prend, à Dakar, le commandement de la Division de contre-torpilleurs, composée des navires "Le Fantasque", "Le Terrible" et "Le Malin". Dans cette période difficile où la flotte française continuait de dépendre du gouvernement légal du Maréchal Pétain, il est vite confronté à la flotte anglaise à l’occasion du débarquement manqué des troupes anglo-gaullistes. Quelques mois après, c’est de Dakar qu’il apprend la mort d’un neveu, Louis Bouclet aspirant sur l’aviso "La Surprise", bâtiment coulé devant Oran lors du débarquement anglo-américain réussi de novembre 1942, peu de jours avant la signature de l’armistice franco-allié mettant fin aux combats en Afrique du Nord.