Nel 1943 nel corso di un bombardamento aereo degli alleati, la chiesa venne gravemente danneggiata, in particolar modo il tetto e l'area del transetto, che crollarono quasi del tutto. Nel 1962 durante i lavori di ristrutturazione, furono rinvenuti resti del primitivo tempio e anche un cimitero, oggi visitabili tramite l'accesso da una porta posta sotto le scalinate principali della basilica che conducono alla chiesa del Santissimo Crocifisso detta la Sciabica.