Johannes mor Margrete og Margretes svigerinder, søstrene Johanne og Blanka af Burgund, blev arresteret sammen med to riddere, brødrene Filip og Gautier d'Aunay, i 1314. Efter at være blevet tortureret, tilstod brødrene at de havde været Margrete og Blankas elskere i tre år. d'Aunay-brødrene blev hurtigt henrettet, og Margrete og Blanka blev fængslet. Inden længe døde Margrete i sit fangenskab på Château Gaillard. Efter skandalen blev der sat spørgsmålstegn ved Johannes legitimitet, fordi hendes mor var fundet skyldig i at have haft en udenomsægteskabelig affære omkring det år, hvor Johanne blev født.