La stagione stagione 2005-2006 fu caratterizzata dal rinnovato duello tra Juventus e Inter. Le due squadre si trovarono a fronteggiarsi già in estate, nella Supercoppa italiana 2005 in cui la Juventus priva di Thuram e di altri titolari, perse per 1-0 ai tempi supplementari. In campionato, invece, non ci fu storia, con i bianconeri che furono ancora padroni, aggiudicandosi lo scudetto numero quattro con la Juventus (poi revocato ai bianconeri e assegnato ai rivali nerazzurri). Il difensore francese terminò la stagione con 39 presenze tra campionato e coppa e, dopo il terremoto di "Calciopoli", decise di lasciare la Juventus per evitare di giocare in Serie B.