Aunque, con este tratado, San Miguel se mantendría en poder español, durante la guerra de la Primera Coalición, la ciudad pasó a ser ocupada por Francia en 1794. Así, al año siguiente (1795), la ciudad fue cedida formalmente a Francia, mediante la Paz de Basilea, junto con el resto de la actual Rep. Dominicana. Por ello, los habitantes de las ciudades fronterizas con Saint Domingue (como entonces se llamaba el oeste de la isla de Santo Domingo), emigran al interior de la Rep. Dominicana y a Cuba, Puerto Rico y Venezuela, dejando esas ciudades despobladas.