Рапаич дебютировал за сборную Хорватии в апреле 1994 года, в матче со сборной Словакии. В составе сборной он участвовал в чемпионате мира 2002 года, где сыграл 2 матча. Милан неожиданно стал героем в матче со сборной Италии, забив победный гол в её ворота, примечательной этой игра стала тем, что после поражения от сборной Мексики из основного состава Хорватии были отправлены в запас её лидеры Роберт Просинечки и Давор Шукер, и несторя на предрекаемые перед игрой прогнозы окончательного развала команды, «омоложенная» Хорватия нанесла поражение фавориту группы. Также Милан играл на чемпионате Европы 2004, забив мяч сборной Франции. В 2007 году Рапаич объявил о завершении международной карьеры.