В составе сборной Бразилии Лима дебютировал 15 мая 1944 года с Уругваем (6:1), в котором забил 2 гола. Годом позже он выступал за национальную команды в победном розыгрыше Кубка Рока, где Бразилии противостояла Аргентина, в котором он забил один из голов. В 1946 году он поехал в составе сборной на чемпионат Южной Америки. В первой игре команды на турнире против Боливии его заменил Тезоуринья, а во второй, против Уругвая, сам вышел на замену, вместо Шико. Тезоуринья вытеснил его из состава на оставшиеся матчи первенства, в результате Лима только раз вышел на позе, заменив его по ходу встречи с Аргентиной. После Эдуардо лишь раз сыграл за сборную, 29 марта 1947 года в матче Кубка Рио-Бранко с Уругваем (0:0).