Był najstarszym synem z pięciorga dzieci Jana, właściciela dóbr Onacków, herbu własnego i Olgi z hrabiów Stadnickich, herbu Szreniawa. Gdy miał 13 lat, w wyniku upadku Powstania styczniowego jego ojciec został zaocznie skazany na karę śmierci. Należący do Beyzymów dwór w Onackowcach spalili Kozacy. Matka razem z dziećmi przeniosła się do Kijowa, gdzie Jan Beyzym w latach 1864–1871 ukończył II Gimnazjum. W 1872 roku przedostał się do Galicji, gdzie wstąpił do nowicjatu OO. Jezuitów w Starej Wsi 11 grudnia 1872. Odbył w kolegium starowiejskim studia humanistyczne i filozoficzne, a następnie teologiczne w Krakowie. Święcenia kapłańskie przyjął 26 lipca 1881 z rąk biskupa Albina Dunajewskiego i powrócił do Tarnopola, gdzie był znów wychowawcą, aż do zamknięcia tutejszego konwiktu (1881–1887). Po złożeniu ostatnich ślubów zakonnych (2 lutego 1886), jesienią 1886 roku przybył do Chyrowa, by przez 10 lat w słynnym Zakładzie naukowo-wychowawczym Ojców Jezuitów być wychowawcą młodzieży. Jako misjonarz podjął pracę wśród trędowatych na Madagaskarze, co wymagało wielu wysiłków. Leprozorium w Ambahivorace składało się z 4 budynków, w których 150 chorych pozbawionych opieki medycznej wegetowało w skrajnej nędzy, niekiedy umierając częściej z głodu niż z powodu samej choroby: "Katolicy i poganie, mężczyźni, kobiety, dzieci, stłoczeni razem, jak zwierzęta". Beyzym podjął ciężką i rozpaczliwą pracę chcąc poprawić stan zdrowia i morale chorych, a także zwalczyć ich stygmatyzację społeczną.