Poc després d'aquestes victòries, un estudiant sirià, fanàtic religiós, va assassinar Kléber als jardins de la seva residència a el Caire el 14 de juny de 1800, el mateix dia en què el seu vell amic i camarada Desaix moria en la Batalla de Marengo. Les cerimònies fúnebres van ser organitzades per Nicolas-Jacques Conté i l'enginyer en cap Jacques-Marie Le Pére, i van tenir lloc el 17 de juny davant l'Institut d'Egipte. El secretari perpetu de l'Institut, Jean-Baptiste Joseph Fourier, amic i col·laborador del General Kléber, va pronunciar l'elogi fúnebre. Poc temps després els francesos van capitular i Kléber va ser exhumat de la seva tomba a el Caire per repatriar el taüt juntament amb 13.500 soldats i egipcis que havien col·laborat en l'expedició. Les seves restes descansen a la plaça d'Armes d'Estrasburg, on el 1840 se li erigí una estàtua de bronze. El cirurgià en cap de l'exèrcit d'Orient, Dominique-Jean Larrey, va conservar el cadàver de l'assassí del general, que es va transportar a França amb finalitats científiques.