Ndiaye debuteerde in 2014 in het Senegalees voetbalelftal. Hiervoor speelde hij onder meer op het Afrikaans kampioenschap 2017, zijn eerste eindtoernooi. Ndiaye vertegenwoordigde Senegal op het WK 2018 in Rusland, waar Senegal was ingedeeld in een groep met Polen, Colombia en Japan. Na een 2–1 zege op Polen speelde de West-Afrikaanse ploeg met 2–2 gelijk tegen Japan, waarna in de slotwedstrijd met 1–0 werd verloren van groepswinnaar Colombia. De selectie van bondscoach Aliou Cissé eindigde in punten en doelpunten exact gelijk met nummer twee Japan, maar moest desondanks toch naar huis: Senegal werd het eerste land dat op basis van de Fair Play-regels werd uitgeschakeld, omdat de ploeg iets meer gele kaarten kreeg dan Japan. Mede daardoor beleefde het Afrikaanse continent het slechtste WK sinds 1982. Ndiaye speelde mee in een van de drie WK-duels. Hij was basisspeler van de Senegalese ploeg die de finale van het Afrikaans kampioenschap 2019 haalde.