A finales de 1942 don Juan manifestó por primera vez públicamente su aspiración a ocupar el trono de España y comenzó el distanciamiento con el régimen franquista. El 11 de noviembre de 1942, solo dos días después del inicio del desembarco aliado en Marruecos y en Argelia, el periódico suizo "Le Journal de Génève" publicó unas declaraciones suyas, que serían conocidas como el "Manifiesto de Ginebra", en las que, tras asegurar «que la Monarquía será restaurada y… no vacilaré un instante en ponerme a su servicio», decía: «Mi suprema ambición es la de ser el rey de una España en la cual todos los españoles, definitivamente reconciliados, podrán vivir en común». Así frente a la tesis que sostenían Franco y su asesor el capitán de navío Luis Carrero Blanco, de la Monarquía como continuidad del régimen franquista, don Juan presentaba la Monarquía como alternativa al mismo. «Atrás quedaban las afinidades ideológicas con Acción Española y se presentaba allí un hombre que anhelaba ser el rey de todos los españoles y no sólo de un bando, y que consideraba su misión principal conseguir la reconciliación de la nación, eliminando las causas que la mantenían dividida». Don Juan hizo estas declaraciones, como explicó en una carta privada meses más tarde, porque temía que «la política exterior del general Franco, política poco compatible con las obligaciones que impone la neutralidad estricta en la guerra mundial, pudiera provocar consecuencias peligrosas para el futuro de España», en referencia a la posibilidad de que los aliados decidieran invadir la península tras apoderarse del norte de África.