W reprezentacji Polski Tomasz Zdebel zadebiutował za kadencji Jerzego Engela, jako zawodnik Lierse SK, 29 marca 2000 roku w towarzyskim spotkaniu w Debreczynie z Węgrami. W kadrze rozegrał kilka meczów, jednak, ze względu na przebytą operację mięśni przywodzicieli ud, nie został powołany do składu na Mistrzostwa Świata 2002. Reprezentacyjną karierę zakończył po meczu z Łotwą w Rydze 6 września 2003 w eliminacjach do Euro 2004 pod wodzą Pawła Janasa. Ogółem Tomasz Zdebel zagrał w barwach narodowych 14 razy, nie zdobył bramki.