Vụ đánh bom USS Cole khi một tàu khu trục Mỹ là Aegis hiện diện ở Yemen vào tháng 10 năm 2000, đã dẫn đến một nỗi lo rủi ro khủng bố trong khi tàu chiến đang trong cảng hoặc gần bờ biển thù địch. Chiến tranh chống khủng bố cũng đã tăng cường nhận thức về vai trò của hải quân chống khủng bố. Cuộc xâm lược Afghanistan do Hoa Kỳ lãnh đạo đã tái khẳng định vai trò của sức mạnh không lực hải quân, máy bay từ tàu sân bay Mỹ đã sử dụng hầu hết các chủng loại tại Afghanistan chống lại lực lượng Taliban và Al-Qaeda. Hơn 90% đạn dược do Hải quân Hoa Kỳ chuyển giao trong Chiến dịch Tự do bền vững là loại đạn được dẫn đường chính xác. Một số quốc gia đã đóng góp tàu và máy bay tuần tra hàng hải để ngăn chặn Al-Qaeda tiếp cận Biển Ả Rập và Ấn Độ Dương, bao gồm Mỹ, Úc, Anh, Canada, Đức, Hà Lan và New Zealand. Pháp và Ý cũng sử dụng máy bay từ tàu sân bay của họ tại chiến trường Afghanistan. Các lực lượng đặc biệt hoạt động từ các tàu sân bay Mỹ và Anh, đặc biệt là USS "Kitty Hawk". Máy bay thường được sử dụng để tuần tra trên biển như Nimrod và P-3 Orion cũng được sử dụng trong vai trò giám sát trên bộ đối với Afghanistan trước và trong cuộc xâm lược Iraq năm 2003.