Von 1988 bis 1991, zur Zeit der Ersten Intifada, gehörte er dem Leitungsgremium der PLO an. Mit Faisal Husseini verfasste er Flugblätter und kümmerte sich um die Finanzierung des Aufstands, indem er Spenden aus dem Ausland organisierte und persönlich als Geldbote fungierte. Während Husseini öffentlich wirkte und deswegen immer wieder inhaftiert wurde, arbeitete Sari Nusseibeh im Hintergrund. Während des Ersten Golfkrieges arbeitete er mit Schalom Achschaw zusammen und setzte sich für ein Ende der Angriffe auf Zivilisten ein. Im Januar 1991 war er wegen angeblicher Spionage für den Irak für drei Monate ohne Verurteilung (administrative Haft) in Israel inhaftiert. Für seine Freilassung setzte sich unter anderem Amnesty International ein. Zusammen mit Mark Heller verfasste er 1991 das Buch "No Trumpets, No Drums", in dem er für eine Zwei-Staaten-Lösung des israelisch-palästinensischen Konflikts plädiert.