Trong đêm "Kristallnacht" vào ngày 9 tháng 11 năm 1938, quân đội phát xít đã đốt trụi các Giáo đường Do thái tại hai địa điểm trong thành phố. Ngày hôm sau, họ bắt đầu trục xuất có hệ thống những người gốc Do thái, gửi 150 người tới Trại tập trung Dacha. Vào ngày 22 tháng 10 năm 1940, Trong sự kiện "Wagner Buerckel", phe phát xít đã trục xuất 6000 người do thái địa phương, bao gồm 281 người từ Heidelberg, tới Trại Gurs - trại tập trung tại Pháp. Trong vòng một vài tháng, có tới 1000 người trong số họ (trong đó có 201 người từ Heidelberg) đã chết do thiếu đói và bệnh tật. Trong số những người bị trục xuất ra khỏi Heidelberg, có nhà thơ Alfred Mombert (1872–1942) đã được thoát khỏi trại vào tháng 4 năm 1941 nhờ sự giúp đỡ của nhà thơ người Thụy Sĩ Hans Reinhart. Từ năm 1942, những người bị trục xuất nhưng đã sống sót trong cảnh giam giữ ở Gurs, một lần nữa bị lưu đày tới phía Đông Âu, nơi hầu hết bọn họ đều bị giết hại.