约翰斯顿在南北战争中指挥的有效性在一定程度上受到了他与联盟国总统杰弗逊·戴维斯之间矛盾的影响。在他指挥的大多数会战当中，很少有成功的例子。第一次牛奔河战役期间他作为高级指挥官参与作战，但他获胜的能力胜利常常被他的下属，P·G·T·博雷加德的光彩所掩盖。1862年约翰斯顿指挥了保卫里士满的半岛会战，但是在联邦陆军少将乔治·B·麦克莱伦优势兵力攻势下被迫撤退。他在七松之役中受了一道重伤，于是被罗伯特·E·李取代了北弗吉尼亚军团的指挥权。