Das operative Kommando des MTO war ein kombiniertes US/britisches operatives Kommando, das Allied Forces Headquarters (AFHQ) genannt wurde, das Land-, See- und Luftoperationen und Leitungsaktivitäten des MTO plante und koordinierte. Es wurde am 12. September 1942 gegründet, um eine kombinierte britisch/amerikanische Operation gegen die nördliche und nordwestliche Küste Afrikas zu starten (Operation Torch). Von September bis November 1942 war das AFHQ in London stationiert. Im November 1942 wurde es nach Algier in Algerien verlegt, wo es auch bis zum Juni 1944 blieb. Dann zog es nach Caserta, Italien, um, wo es bis Juli 1944 blieb. Zwischen April 1944 und April 1947 war es dann in Livorno, ebenfalls in Italien, untergebracht.