国家社会主義の時代、ドイツ全土でそうであったように、ミュンスターでもユダヤ系住民に対する迫害、追放、殺害が行われ、これによってユダヤ人の比率は大幅に減少した。さらに1938年の迫害行動（水晶の夜）では、11月10日の早朝にシナゴーグが放火され、破壊された。シナゴーグは1961年に新しい建物が建設され、1961年3月12日に公開された。1933年に708人いたユダヤ人のうち299人が強制収容所に送致され、このうち生き延びた者はわずか24人であった。合計280人のユダヤ系住民がミュンスターを去り、国外に亡命した。7人が自殺し、4人がミュンスターの地下でナチス時代を生き延びた。この時代に自然死した77人を除いて、この街にいた42人の動向が不明なままである。第二次世界大戦以降、そして国家社会主義の崩壊後、ユダヤ人コミュニティは終わりにはならなかった。旧ソヴィエト連邦からのユダヤ人難民が流入して再び拡大し、約800人の信者を擁している。