Po odejściu Svenssona, został asystentem kolejnego selekcjonera Tommy’ego Söderberga. Pod koniec 1999 roku szefowie federacji postanowili, że ze szwedzką kadrą będzie pracowało dwóch trenerów. W ten sposób Lagerbäck stał się równoprawnym partnerem Söderberga. Wspólnie kierowali reprezentacją podczas Euro 2000 i 2004 oraz Mundialu 2002.