Er wurde 1792 wieder in Dienst genommen und zeichnete sich im Kościuszko-Aufstand bei Maciejowice aus. Nach seinem Aufstieg zum Oberstleutnant wurde er 1797 Kommandeur und 1798 Chef des 14. Jäger-Regiments. 1798 avancierte er zum Oberst und 1799 zum Generalmajor. Paul I. hatte ihn im Jahr 1800 verabschiedet, Alexander I. bereits in seinem ersten Regierungsjahr wieder eingestellt und zum Chef des 4. Jäger-Regiments gemacht. Während der Vierten Koalition führte er größere Verbände, nahm an der Schlacht bei Pułtusk teil und deckte bei Preußisch Eylau den Rückzug. Er erhielt für seinen Einsatz den St. Georgs-Orden III. Klasse, den St. Anna-Orden I. Klasse und den Roten Adlerorden I. Klasse. Nach seiner Beförderung zum Generalleutnant wurde er 1808 Kommandeur der 5. Division in Finnland und kämpfte im Finnischen Krieg. 1812 wurde er Kommandeur des. II. Infanterie-Korps der I. Armee unter Barclay de Tolly. Während Napoleons Russlandfeldzug zeichnete er sich in der Schlacht bei Borodino aus und wurde mit dem Alexander-Newski-Orden geehrt. Er war auch Inhaber des St. Wladimir-Ordens II. Klasse. Baggehufwudt ist in der Schlacht bei Tarutino gefallen und wurde im Kloster von Kaluga beigesetzt.