В сентябре 1936 года в Грётцингене жила маленькая еврейская община, насчитывающая примерно 20 человек. Во время ноябрьских погромов в ночь с 9 на 10 ноября 1938 года в Грётцингене также дошло до беспорядков. При этом синагога была осквернена и сильно повреждена, но из-за просьб соседей, что их дома находятся в непосредственной близости и поэтому под угрозой пожара, синагога не была подожжена. Наконец, она была снесена в начале 1939 по поручению муниципалитета. Таким образом больше не стало религиозной общины евреев, живущих в Грётцингене. После того, как течение нескольких недель начали происходить депортации евреев в концентрационный лагерь Дахау, много еврейских семей покинули страну. 22 октября 1940 года, последние 10 оставшихся в деревне евреев, вместе с другими евреями из Бадена и Пфальца были посажены в грузовик и депортированы в Южную Францию в концентрационный лагерь Гюрс.