Pekhart pelasi Tšekin A-maajoukkueessa ensimmäisen kerran toukokuussa 2010. EM-kilpailuissa 2012 hän pääsi vaihdosta kentälle kolmessa ottelussa. Kesän 2021 EM-kilpailuissa hän tuli vaihdosta kentälle kolmannessa alkulohko-ottelussa Englantia vastaan. Hän on 23 A-maaottelussaan pelannut kahdeksan kertaa avauskokoonpanossa. Hän on tehnyt kaksi A-maaottelumaalia: lokakuussa 2012 kotikentällä MM-karsintaottelussa Maltaa vastaan ja lokakuussa 2013 MM-karsinnan vierasottelussa samaa maata vastaan.