Hamilton memulakan musim 2009 di Australia dari tempat ke-18 selepas McLaren mengantikan kotak gear keretanya selepas pusingan kelayakan. Hamilton mendapat manfaat daripada sebuah kemalangan yang berlaku di antara pemandu Red Bull, Vettel, dan pemandu BMW, Kubica, untuk berganjak ke tempat keempat pada saat akhir perlumbaan. Beliau kemudiannya menamatkan perlumbaan di tempat ketiga selepas Jarno Trulli telah dihukum kerana memintas Hamilton di bawah keadaan kereta keselamatan. Semasa pendengaran steward selepas perlumbaan, Hamilton dan pegawai McLaren memberitahu kepada steward bahawa mereka tidak sengaja membenarkan Trulli memotong Hamilton, namun perhubungan komunikasi radio McLaren tidak mengatakan demikian. Hamilton kemudiannya disingkirkan daripada perlumbaan tersebut kerana memberikan "bukti yang mengelirukan" semasa pendengaran steward. Beliau kemudiannya memohon maaf kepada pengarah perlumbaan FIA, Charlie Whiting, kerana berbohong kepada steward.