À la déclaration de guerre, il est mobilisé dans un hôpital militaire à Thibar, dans l'intérieur du pays. Démobilisé à l'été 1940, il rentre à Tunis, où toute activité politique ouverte est devenue impossible, surtout à partir de la loi d' portant statut des Juifs (signée notamment par l'ancien résident général Peyrouton, devenu entretemps ministre de l'Intérieur de Vichy). En , le Conseil de l'Ordre des médecins l'informe qu'il devra limiter sa clientèle aux seuls patients juifs dans un délai de deux mois. Mais, dès novembre, l'arrivée des Allemands l'oblige à se cacher pour échapper à la police pétainiste et aux fascistes italiens. En compagnie de son épouse, il reste caché, avec l'aide de ses camarades de parti, jusqu'à l'arrivée des Alliés en . Il s'engage alors dans les Forces françaises libres, est d'abord envoyé quelques mois au Levant, puis rejoint Alger, où il entre, pour quelques mois également, au cabinet civil d'André Le Troquer, commissaire à la Guerre et à l'Air du gouvernement de Charles de Gaulle. Il participe ensuite, comme médecin militaire, au débarquement allié en Provence et à la progression des armées alliées jusqu'en Allemagne en 1944-1945.