Am 28. April 1475, während des Krieges gegen Portugal, erteilte die Königin ihrem Ehemann eine Vollmacht, die ihn ermächtigte in ihrem Namen alle Regierungshandlungen auszuführen, die ihr erlaubt waren. In den Reichen der Krone von Aragonien, in denen Ferdinand nach dem Tod seines Vaters Johann II. im Januar 1479 zum König ausgerufen wurde, stand nur Ferdinand die Regierung zu. Deswegen diktierte Ferdinand am 14. April 1481 in Catalayud eine Anordnung, in der er seine Ehefrau zur Mitregentin, Gouverneurin und allgemeinen Verwalterin in allen Reichen der Krone von Aragonien ernannte. Isabella hat aber praktisch nie in die aragonischen Angelegenheiten aktiv eingegriffen.