В июле 1942 года авианосец был переведён на Средиземное море и в августе 1942 года принял участие в операции «Пьедестал» по проводке конвоя на блокированный остров Мальта. В ходе операции было сбито 30 вражеских самолётов, из них пять — лейтенантом Р. Дж. Корком из 880 эскадрильи. 12 августа 1942 года корабль был атакован 12 немецкими пикирующими бомбардировщиками Ju-87 и поврежден двумя бронебойными бомбами, которые пробили полетную палубу в носовой и кормовой части, а также близким разрывом, который сделал пробоину ниже ватерлинии. Палуба стала непригодной для использования и самолёты были вынуждены садиться на уцелевший после атак "«Викториэс»". "«Индомитебл»" вернулся в Гибралтар, а затем ушёл в США на ремонт, который продолжался до конца года. В июле 1943 года вошёл в состав Соединения «Н» и прикрывал высадку союзников на Сицилии. 16 июля 1943 "«Индомитебл»" получил попадание авиаторпеды с одиночного итальянского торпедоносца возле кормовой переборки левого машинного отделения. Взрыв произошел на нижней кромке броневого пояса. 114-мм плита разломилась, и её осколки пробили продольную броневую переборку. Корабль получил крен 12,5°, вода по вентиляционным шахтам пошла на главную палубу. "«Индомитебл»" спасли только быстрое контрзатопление отсеков правого борта и идеальный штиль. Но ремонт в Норфолке занял более 8 месяцев.