Para el 1 de marzo de 1944, el sitio de Leningrado había terminado y las tropas soviéticas estaban en la frontera con Estonia. Los soviéticos lanzaron la Ofensiva del Báltico, una doble operación político-militar para derrotar a las fuerzas alemanas, el 14 de septiembre. El 16 de septiembre, el Alto Mando del Ejército alemán emitió un plan en el que las fuerzas estonias cubrirían la retirada alemana. Los soviéticos pronto llegaron a la capital de Estonia, Tallin, donde la primera misión de la NKVD fue evitar que alguien escapara del Estado; sin embargo, muchos refugiados lograron escapar a Occidente. La NKVD también se dirigió a los miembros del Comité Nacional de la República de Estonia. Las fuerzas alemanas y letonas permanecieron atrapadas en el Bolsa de Curlandia hasta el final de la guerra, capitulando el 10 de mayo de 1945.