Čech oli pitkään myös Tšekin maajoukkueen ykkösmaalivahti. Hän pelasi joukkueessa Portugalin EM-kisoissa 2004, Saksan MM-kisoissa 2006, Sveitsin ja Itävallan EM-kisoissa 2008, Puolan ja Ukrainan EM-kisoissa 2012 ja Ranskan EM-kisoissa 2016. Kaikkiaan hän pelasi MM-kilpailuissa kolme ja EM-kilpailuissa 14 ottelua. MM-karsintaotteluja hän pelasi 31 ja EM-karsintapelejä 36. Yhteensä hän pelasi 125 maaottelua vuosina 2001–2016.