Nach Ausbruch des Dreißigjährigen Krieges wurde auch Buxtehude von der Pest heimgesucht. Ab 1627 kommt es kurz zu einer katholischen Restitution durch den kaiserlichen Feldherrn Tilly. Nachdem Buxtehude 1632 durch den schwedischen General Tott erobert worden war, fiel es 1676 im Nordischen Krieg nach Eroberung des Herzogtums Bremen-Verden in den Besitz der antischwedischen Koalition. Im Zuge des Friedens von Nimwegen fiel Buxtehude von 1679 bis 1712 wieder an Schweden zurück.