После образования независимого Уругвая в период с 1832 по 1838 годы, когда партийная система в Уругвае ещё не была окончательно разработана, состоял в уругвайском сенате. В октябре 1834 года, после ухода Фруктуосо Риверы в отставку, Анайя занял пост президента Уругвая. В марте следующего года он передал президентские полномочия Мануэлю Орибе. Когда в 1838 году Риверо сверг Орибе, то Анайя поддержал Орибе и уехал вместе с ним в Буэнос-Айрес, где прожил после этого семь лет. В 1845 году он вместе с Орибе вернулся в Уругвай, и был во время осады Монтевидео председателем Апелляционного суда в «правительстве Серрито». Окончательно отошёл от общественной деятельности в 1851 году.