После разгрома восстания декабристов и трагедии, постигшей сыновей Муравьева-Апостола (Ипполит, не желая сдаваться, застрелился, Сергей повешен, Матвей осужден на 15 лет каторги, но вскоре отправлен на поселение в Сибирь; до суда, 11 мая 1826 состоялось свидание отца с Матвеем и Сергеем в Петропавловской крепости), он оставил службу, а в мае 1826 был «уволен по болезни в чужие края». До 1847 года значился неприсутствующим сенатором. Жил преимущественно в Вене и Флоренции. В Россию вернулся в 1840-х годах. В печати имя Муравьева-Апостола не упоминалось с 1826 до конца 1850-х годов. Его мемуары и библиотека утрачены, хотя отдельные экземпляры книг хранятся в Отделе редких книг и рукописей Научной библиотеки МГУ имени М. В. Ломоносова. Умер в Санкт-Петербурге, похоронен на Георгиевском кладбище на Большой Охте.