2016年6月25日、J1 1stステージで優勝。鹿島の日本人監督2人目のステージ優勝監督となった。Jリーグチャンピオンシップでは準決勝で川崎フロンターレ、さらに決勝で浦和レッズを制し、クラブ史上初、かつJリーグ史上初の選手と監督両方での年間優勝達成監督となった。この年のJリーグアウォーズで最優秀監督賞を初受賞。また、FIFAクラブワールドカップ2016では、日本人監督史上初の決勝進出に導いた。