W klasyfikacji IUCN amazonka cesarska ma status gatunku krytycznie zagrożonego (CR – "critically" "endangered"). Jedną z przyczyn jest utrata siedlisk. Do odbudowy populacji potrzebne jest odpowiednie środowisko. Drzewa są ścinane dla budulca i węgla drzewnego. Druga przyczyna to huragany. Huragan David mający miejsce w 1979 roku zniszczył 5 mln drzew. Słabszy huragan Allen w roku 1980 postrącał z drzew wszystkie owoce. Przez 2 lata gatunek ten nie miał jak wyprowadzać lęgów. W roku 1985 cała populacja spoza Mount Diablotins zniknęła. Jeżeli nastąpi jeszcze jeden huragan o podobnej sile co David, prawdopodobnie te amazonki wyginą. Drapieżnikami mogącymi zagrażać tym ptakom są boa dusiciele, myszołowy szerokoskrzydłe, dydelfy północne oraz szczury. W 2017 roku przez Dominikę przeszedł następny silny huragan – Maria, który spowodował największy spadek liczebności do 40–60 osobników. W grudniu 2019 r. IUCN postanowiła przeklasyfikować status zagrożenia gatunku z zagrożonego na krytycznie zagrożony.