Roku 1929 zavraždili hebronští Arabové během Hebronského masakru, který byl součástí arabských nepokojů v Palestině 67 Židů a dalších 60 zranili. Zbylí židovští obyvatelé poté město opustili. V roce 1931 se Židé na krátkou dobu vrátili, ale britská správa se rozhodla vystěhovat je, „aby předešla dalším masakrům“. Během první arabsko-izraelské války byl Hebron obsazen Arabskou legií a v letech 1948–1967 se stal součástí Jordánska. Od šestidenní války v červnu 1967 je město pod izraelskou kontrolou a byla opět obnovena židovská komunita ve městě (nové židovské město Kirjat Arba kromě toho vyrostlo na svazích východně od města). Teprve v roce 1967 byl také zrušen zákaz vstupu do svatyně pro židy a křesťany. V současnosti město patří do oblasti palestinské autonomní správy. V únoru 1994 radikální izraelský rabín Baruch Goldstein střelbou usmrtil ve svatyni 29 přítomných muslimů a 125 jich zranil.