Juan Manuel Peña speelde in totaal 85 interlands voor Bolivia. Hij maakte zijn debuut op 16 juni 1991 in een vriendschappelijke wedstrijd in Asunción tegen Paraguay (0-0), toen hij 18 jaar en 150 dagen oud was. Zijn eerste en enige goal maakte Peña op 11 oktober 2003 in een vriendschappelijke wedstrijd tegen Honduras, die werd gespeeld in het Robert F. Kennedy Memorial Stadium in Washington D.C.. Peña nam met zijn vaderland deel aan het WK voetbal 1994 in de Verenigde Staten, waar de ploeg niet verder kwam dan de eerste ronde. Peña maakte deel uit van de selectie die in 1997 als tweede eindigde bij de strijd om de Copa América in eigen land. Zijn laatste interland speelde hij op 10 juni 2009 tegen Chili, op een leeftijd van 36 jaar en 144 dagen. In totaal besloeg zijn interlandcarrière 17 jaar en 359 dagen.