После завершения Крымской операции 1 июля 1944 года 51-я армия была передана в состав 1-го Прибалтийского фронта. Рота гвардии лейтенанта А. И. Заболотского в ходе Шяуляйской операции участвовала в освобождении литовских городов Паневежиса и Шедувы. 27 июля 1944 года Анатолий Иванович, личным примером увлекая за собой свою роту, сломил ожесточённое сопротивление противника на подступах к Шяуляю и первым ворвался в город. В ходе боя бойцы Заболотского уничтожили до роты пехоты противника и ещё 30 солдат взяли в плен. Вскоре Анатолию Ивановичу было присвоено звание гвардии старшего лейтенанта. В октябре 1944 года А. И. Заболотский принимал участие в Мемельской операции и последующей блокаде Курляндской группировки противника. 28 и 29 октября 1944 года гвардии старший лейтенант Заболотский семь раз поднимал свою роту на штурм немецких укреплений и сумел захватить две линии вражеских траншей. 30 октября немцы предприняли яростную контратаку на позиции роты Заболотского, пытаясь вернуть утраченные позиции. Им удалось окружить командный пункт роты, но гвардии лейтенант Заболотский грамотно организовал круговую оборону и сумел дать противнику отпор. В ходе боя Анатолий Иванович был тяжело ранен, но продолжал командовать ротой. После отражения контратаки противника он был эвакуирован в госпиталь.