Podobnie jak wielu innych weteranów akcji T4 został przeniesiony do okupowanej Polski, aby wziąć udział w eksterminacji Żydów. W czerwcu 1942 roku rozpoczął służbę w obozie zagłady w Bełżcu. Służył na terenie tzw. obozu I: na rampie oraz w rozbieralni, w której Żydzi udający się do komór gazowych musieli rozebrać się do naga i oddać wszystkie wartościowe przedmioty. W marcu 1943 roku, gdy przystąpiono do likwidacji obozu, został przeniesiony do obozu pracy w Dorohuczy. Gdy w listopadzie 1943 roku w związku z akcją „Erntefest” przeprowadzono tam likwidację żydowskich więźniów, Zierke eskortował ofiary do miejsca straceń w Trawnikach. Następnie został wysłany do obozu zagłady w Sobiborze, gdzie w tym czasie prowadzone były prace likwidacyjne. Po ich zakończeniu, jako członek kordonu zabezpieczającego, uczestniczył w egzekucji ostatniej grupy więźniów.