Несмотря на то, что Пий IX не поддержал Польское восстание, российское правительство запретило деятельность большинства католических епархий в Российской империи. Пий IX критиковал действия Александра II по выселению восставших в Сибирь, в частности высылку варшавского архиепископа Зигмунта Фелинского. В своём послании он упоминал, что в сибирских деревнях Тунка и Иркут содержатся 150 католических священников. В ответ на это российское правительство 6 декабря 1863 года объявило во временном прекращении конкордата со Святым Престолом. Реакцией Пия IX на действия российских властей стала отдельная энциклика «Doverte», выпущенная 17 октября 1867 года, которая запрещала российским католикам подчиняться указам Духовной коллегии. С 1870 года, в результате дальнейшего обострения отношений между Святым Престолом и Российской империей, все католические епархии в Царстве Польском стали вакантными.