Ab Juni 1941 kam sie dann in der Ostsee zum Einsatz, wo sie schon in der letzten Juniwoche im Finnischen Meerbusen, zusammen mit den beiden Minenschiffen "Königin Luise" und "Kaiser" die sogenannte „Corbetha“-Sperre ausbrachte. Einige Wochen später folgte die Verlegung der „Juminda-Sperre“ vor dem Kap Juminda an der Nordküste Estlands. Die beiden Minenfelder führten zu schweren Verlusten der sowjetischen Kriegs- und Handelsmarine, als deren Schiffe beim schnellen Vormarsch der Wehrmacht aus den baltischen Häfen flüchteten (Siehe: Sowjetische Evakuierung von Tallinn). Der Kommandant der "Cobra", Karl-Friedrich Brill, wurde mit dem Ritterkreuz ausgezeichnet.