No desenvolvimento da Guerra da Beltraneja assinou com os Reis Católicos o Tratado das Alcáçovas-Toledo, inicialmente na vila portuguesa de Alcáçovas, no Alentejo, a 4 de setembro de 1479, colocando fim à Guerra de Sucessão de Castela (1479-1480) e posteriormente ratificado na cidade castelhana de Toledo, a 6 de março de 1480. Além de formalizar o fim das hostilidades (pelo qual Joana e seu tio e marido Afonso V de Portugal, desistiam para sempre das suas pretensões ao trono de Castela), o Tratado continha cláusulas concernentes à política de projeção externa de ambos os países, num momento em que os dois reinos competiam pelo domínio do oceano Atlântico e das terras até então descobertas na costa africana: Portugal obtinha o reconhecimento do seu domínio sobre a ilha da Madeira, o arquipélago dos Açores, o de cabo Verde e a costa da Guiné, enquanto que Castela recebia as ilhas Canárias (exploradas por Diego Garcia de Herrera em 1476), renunciando a navegar ao Sul do cabo Bojador, ou seja, do Paralelo 27 no qual se encontravam as próprias ilhas. Regulamentava também as áreas de influência e de expansão de ambas as coroas pelo Reino Oatácida de Fez, no Norte de África.