Por separado, Zhekov repelió las ofensivas aliadas emprendidas desde Salónica en el otoño de 1916 y la primavera de 1917 en las batallas de Florina y del lago Prespa. Las fuerzas de Zhekov también participaron en el ataque exitoso contra el puerto de Kavala en agosto-septiembre de 1916. El 6 de octubre de 1916 fue ascendido a teniente general. En el verano de 1918, enfermó y el 8 de septiembre se vio obligado a viajar a Viena para recibir tratamiento médico, dejando el mando del Ejército al su lugareniente, el general Georgi Todorov. Fue durante ese momento cuando una ofensiva de la Entente en Macedonia logró romper las líneas búlgaras en Dobro Polje y obligar al país a capitular. El 4 de noviembre de 1918, Zhekov se retiró del servicio activo y pasó a la reserva.