Die jüdische Bevölkerung konzentrierte sich schon vor 1933 weitgehend auf Esens. Dort sah sie sich in der Zeit des Nationalsozialismus Ausgrenzung und zunehmender Verfolgung ausgesetzt. Bereits unmittelbar nach der so genannten "Machtübernahme" wurde ihnen über den Anzeiger für Harlingerland mitgeteilt, dass sie von öffentlichen Aufträgen ausgeschlossen waren. Viele Juden verließen in den Folgejahren ihre Heimatstadt und emigrierten. Hatte die Gemeinde 1933 noch 80 Mitglieder, waren es 1939 nur noch 30. Die letzte Beerdigung auf dem jüdischen Friedhof fand am 31. März 1938 statt. Am 10. November zerstörten Esenser SA-Männer die örtliche Synagoge im Zuge der nationalsozialistischen Pogrome in der Nacht vom 9. auf den 10. November 1938. Sie drangen in das Gebäude ein, zerstörten die Inneneinrichtung und setzten das Gebäude in Brand. Die anwesende Feuerwehr beschränkte ihre Tätigkeit anweisungsgemäß auf den Schutz der Nachbarhäuser. Dabei brannte die Synagoge aus und das Gebäude wurde später zu einer Garage umgebaut. In dieser Funktion ist es bis heute erhalten. Andere Häuser von Juden wurden bei den Pogromen aufgebrochen und geplündert. 56 Gemeindeglieder wurden zusammengetrieben und anderntags zusammen mit etwa 200 anderen jüdischen Ostfriesen nach Oldenburg gebracht, von wo aus sie ins Konzentrationslager Sachsenhausen deportiert wurden. Erst nach und nach wurden sie wieder freigelassen. Die Jüdische Gemeinde löste sich nach den Pogromen schnell auf. Im März 1940 wurde Esens für „judenfrei“ erklärt. Von den 139 zwischen 1933 und Frühjahr 1944 ständig oder vorübergehend in Esens lebenden Juden sind mindestens 40 im Holocaust umgekommen. 56 emigrierten ins Ausland, vor allem in die USA, nach Argentinien und Israel.