Catherine de Bourbon, die Schwester Heinrichs IV., hielt in Pau Hof, als sie Béarn im Namen ihres Bruders regierte. In den Religionskriegen hatte Pau allerdings viel zu leiden. 1620 kam es durch Ludwig XIII. an die französische Krondomäne. Die 1722 hier gestiftete Universität hatte fünf Professoren, die das kanonische, Zivil- und französische Recht sowie die schönen Wissenschaften lehrten. Sie wurde nach der Französischen Revolution aufgehoben, und auch die 1721 gegründete Akademie der Wissenschaft und Künste ging später ein. In der Folge der Februarrevolution 1848 wurde der gefangenen Abd el-Kader am 23. April 1848 aus dem Fort Lamalgue bei Paris nach dem Schloss von Pau gebracht, in dem er nun längere Zeit mit seiner Familie wohnte.