Κατά τη διάρκεια της κοινής γερμανικής-σοβιετικής εισβολής στην Πολωνία, η οποία ξεκίνησε τον Δεύτερο Παγκόσμιο Πόλεμο τον Σεπτέμβριο του 1939, η πόλη καταλήφθηκε από τη ναζιστική Γερμανία. Κατά τη διάρκεια της γερμανικής κατοχής, οι Εβραίοι ληστεύθηκαν και υποβλήθηκαν σε καταναγκαστική εργασία χωρίς αμοιβή. Κάποιοι εργάστηκαν στην κοινότητα, άλλοι στάλθηκαν σε στρατόπεδα εργασίας και οι Πολωνοί υπέστησαν απελάσεις και μεταφορές σε στρατόπεδα καταναγκαστικής εργασίας. Το 1940, οι Γερμανοί απέλασαν 102 Πολωνούς, οι οποίοι στη συνέχεια κρατήθηκαν σε στρατόπεδο διέλευσης στο Λοτζ και είτε μεταφέρθηκαν για καταναγκαστική εργασία στη Γερμανία είτε απελάθηκαν με εμπορευματικά τρένα στο Γενικό Κυβερνείο (γερμανοκρατούμενη κεντρική Πολωνία), ενώ τα σπίτια τους παραδόθηκαν στους Γερμανούς αποίκους στο πλαίσιο της πολιτικής του "Lebensraum" ("Ζωτικός χώρος"). Επίσης το 1940, πέντε Πολωνοί από το Σάντεκ δολοφονήθηκαν από τους Σοβιετικούς στη μεγάλη σφαγή του Κατύν. Το 1940, οι 410 Εβραίοι που έμεναν στην πόλη ειδοποιήθηκαν τρεις ώρες πριν ότι επρόκειτο να μετακινηθούν σε ένα γκέτο όπου θα ζούσαν σε συνθήκες φτώχειας και με άθλιες συνθήκες υγιεινής. Στις 14 Αυγούστου 1942, όλη η εβραϊκή κοινότητα του Σάντεκ απελάθηκε στο στρατόπεδο εξόντωσης του Χέλμνο, όπου αμέσως σκοτώθηκαν σε θάλαμο αερίων. Υπήρξαν λιγότεροι από είκοσι επιζώντες από την εβραϊκή κοινότητα του Σάντεκ. Μία Πολωνή γυναίκα έκρυψε μια Εβραία γυναίκα, σώζοντας τη ζωή της και μετά τον πόλεμο τιμήθηκε από το Γιαντ Βασσέμ ως Πολωνή Δίκαιη των Εθνών. Η γερμανική κατοχή τελείωσε το 1945 και η πόλη επανήλθε στην Πολωνία.