В 2012 Елена Благоевич дебютировала в национальной сборной Сербии, приняв в её составе участие в розыгрышах Гран-при и Евролиги и Олимпийских играх в Лондоне. Вторично в сборную была призвана в 2017 году, выиграв со своей командой чемпионат Европы и став бронзовым призёром Гран-при. В 2019 стала двукратной чемпионкой Европы.