Fulham war kurz zuvor in die Premier League aufgestiegen und der dort tätige französische Trainer Jean Tigana zahlte für Malbranque eine Ablösesumme in Höhe von fünf Millionen Pfund. Als Verbindungsglied im Mittelfeld mit dem Angriff, Ballverteiler und Spezialist für Standardsituationen führte er sich gut in die neue Umgebung ein. Dabei half auch, dass er über eine für den englischen Fußball notwendige Zweikampfhärte verfügte und sich mit zehn Pflichtspieltoren in seiner Debütsaison 2001/02 torgefährlich zeigte. Einen weiteren Nachweis diesbezüglich lieferte er in der Spielzeit 2002/03 mit neun Toren in sechs Spielen zur Jahreswende ab. Als „Herzstück“ des Mittelfeldspiels in Fulham war er in der Saison 2003/04 der einzige Spieler seines Klubs, der sämtliche Premier-League-Spiele absolvierte – trotz zunehmender gegnerischer Attacken. Mit gewachsener Reputation spielte er sich auch in den Fokus der französischen A-Nationalmannschaft, aber zwei Jahre nachdem er die U-21-Auswahl als Kapitän ins Finale der Europameisterschaft 2002 geführt hatte, berief ihn A-Nationaltrainer Jacques Santini zwar im März 2004 erstmals in den Kader, verzichtete jedoch auf ihn bei der anstehenden Euro 2004 in Portugal.