Podczas Sonderaktion Krakau 6 listopada 1939 roku zbiegiem okoliczności uniknął aresztowania. W czasie niemieckiej okupacji pracował w Zakopanem jako sprzedawca, księgowy i portier w rodzinnym hotelu. W 1942 roku został aresztowany przez Gestapo, ale dzięki interwencji prof. Rudolfa Weigla został zwolniony i wkrótce potem zatrudniony w jego instytucie przeciwtyfusowym jako laborant i karmiciel wszy. W tym okresie podjął też studia na tajnym Wydziale Lekarskim Uniwersytetu Jagiellońskiego