Die Situation im Fürstbistum Paderborn war ungünstig. Das Land litt unter einer großen Finanznot und Franz Egon verzichtete daher zu seiner Amtseinführung auf die sonst üblichen kostspieligen Feierlichkeiten. Allerdings machte er sich bei den Untertanen nicht viele Freunde und brachte ihm dies den Ruf eines Geizhalses ein. Auch ein wirkliches umfassendes Reformwerk wurde durch die schlechte finanzielle Situation und durch den zu erwartenden Widerstand der Stände kaum zu erwarten. Allerdings versuchte Franz Egon zumindest die seit dem siebenjährigen Krieg auf den beiden Bistümer lastenden Schulden abzubauen. Allerdings machte der erste Koalitionskrieg gegen das revolutionäre Frankreich diesem Ziel ein rasches Ende. Die schlechte finanzielle Lage begrenzte von vorneherein alle Bemühungen um eine Politik der Gewerbeförderung. Immerhin hat von Fürstenberg die bislang strengen Zunftschranken etwas gelockert. Andere Maßnahmen, wie die Förderung einer rationalen Forstwirtschaft, wirkten sich zu seiner Regierungszeit nicht mehr aus. Wichtiger waren die Reformen im Schulwesen. Dabei orientierte sich Franz Egon teilweise am Vorbild seines Bruders Franz von Fürstenberg im Hochstift Münster. So wurde eine Schulordnung erlassen, die von der damaligen Pädagogik als besonders fortschrittlich gelobt wurde. Auch eine Normalschule zu besseren Ausbildung der Lehrer wurde eingerichtet. In den Gymnasien wurde die lateinische Sprache von Deutsch als allgemeiner Unterrichtssprache abgelöst.