Vom 13. Juni 1995 bis Jahresende 2002 war Tarcisio Bertone Sekretär der von Kardinal Ratzinger geleiteten Kongregation für die Glaubenslehre. In dieser Zeit übernahm er in dessen Auftrag weitere, oftmals schwierige Missionen, zum Beispiel im Fall des abgefallenen Erzbischofs Emmanuel Milingo, der durch Bertones mehrjährige Begleitung zunächst erfolgreich zur Wiedereingliederung in die katholische Kirche bewegt werden konnte und mit dem er sich anfreundete. Eine andere Mission war seine Reise nach Tschechien zur Untersuchung der heimlichen Priesterweihen verheirateter Männer, die unter den Bedingungen der kommunistischen Diktatur in der Tschechoslowakei stattgefunden hatten. Auch bei der Enthüllung des dritten Geheimnisses von Fatima im Jahr 2000 agierte Bertone als rechte Hand des bayerischen Kurienkardinals.