No ano seguinte, com ele aposentado da "Celeste" para dedicar-se apenas ao River, as taças voltariam a Núñez. A primeira foi a mais importante: Francescoli liderou um conjunto jovem do River (dentre os quais, Ariel Ortega, Matías Almeyda, Juan Pablo Sorín, Hernán Crespo, Marcelo Gallardo), ao título da Taça Libertadores da América de 1996 - a segunda da história da instituição, igualando momentaneamente o arquirrival Boca Juniors -, amenizando uma antiga frustração: dez anos antes, ele transferira-se para a França e justamente naquele segundo semestre de 1986 o clube, já sem ele, fora campeão da Libertadores e da Intercontinental ("Saldei uma dívida comigo mesmo", declarou sobre). Até 2013, foi a última vez em que o melhor time da fase de grupos conseguiu terminar o torneio como campeão. A conquista - curiosamente, contra o mesmo América de Cali que o clube derrotara na final continental de 1986 - é tida por ele, juntamente com a da Copa América de 1995, como o melhor momento da carreira. O ano de 1996 prosseguiu dourado para os "millonarios", que encerraram uma série de campanhas ruins no campeonato argentino, faturando no segundo semestre o Apertura com nove pontos de vantagem sobre o segundo colocado após terem ficado apenas em 14º no Clausura, no primeiro semestre.