Фернандо принял активное участие в войне с Португалией, возглавив армию и поведя её в битве при Торо, а также при столкновениях с мятежными феодалами. Борьба кончилась в 1479 году решительным поражением Хуаны и подписанием Алкасовашского мира с Португалией. В этом же году Фернандо наследовал своему отцу Хуану II, став и полновластным королём Арагона.