La Résistance s'installe peu à peu dans le département comme avec le maquis du Haut-Jura et le département honore les victimes des représailles allemandes comme le docteur Jean-Michel à Lons-le-Saunier. À l'approche de la Libération, la Wehrmacht multiplie les exécutions et les destructions et frappent des villages martyrs du secteur de Saint-Claude en avril-août 1944, comme Dortan ou Lavancia-Epercy. Le département est libéré au début septembre 1944 par les armées alliées débarquées en Provence.