1940 wurde er Brigadegeneral und Superintendent in West Point, dessen Ausbildung er modernisierte. Mit Kriegseintritt der USA suchte er um aktiven Dienst nach und bekam das Kommando über die 77. Infanterie-Division in Fort Jackson sowie im Juni 1942 über das I. Korps, bestehend aus der 8., 30. und 77. Infanterie-Division. Im August wurde er MacArthur im Pazifik unterstellt und Korps-Kommandeur der 32. und 41. Infanteriedivision in Australien. Er wurde von MacArthur persönlich beauftragt, nach Rückschlägen gegen die Japaner das Kommando über die 32. Infanterie-Division in der Schlacht um Buna-Gona-Sanananda auf Neuguinea zu übernehmen, die mit hohen Verlusten verbunden war, aber für die Alliierten im Januar 1943 siegreich endete. Eichelberger erhielt erneut das Distinguished Service Cross und wurde KBE. 1943 begleitete er Eleanor Roosevelt auf ihrem Besuch in Australien. 1944 kommandierte er die Landung bei Hollandia (→ Operation Reckless) auf Neuguinea und danach in der Schlacht um Biak, wofür er den Silver Star erhielt.