Po rozpoczęciu okupacji niemieckiej w Polsce, aresztowany 6 listopada 1939 w akcji Sonderaktion Krakau. Zmarł 11 stycznia 1940 w niemieckim obozie koncentracyjnym Sachsenhausen na nieleczone zapalenie płuc. Urna z prochami profesora przyjechała do Krakowa, złożono ją na Cmentarzu Rakowickim (pas 12, rząd wsch.). Imieniem profesora nazwano polskie statki naukowo-badawcze (zob. poniżej).