Второй сезон показывает жизнь Изабеллы во время гражданской войны за трон между сторонниками её и её мужа, Фердинанда Арагонского, и теми, кто поддерживает права Хуаны Бельтранехи, предполагаемой дочери умершего короля Энрике IV. Так же охватываются события войны против Гранады, изгнания евреев из Испании и подготовка к первому плаванию Колумба.