Po odejściu Katanca (po konflikcie z największą gwiazdą reprezentacji Zlatko Zahovičem) reprezentacja znów popadła w przeciętność, przegrywając eliminacje do UEFA Euro 2004 (po barażu z reprezentacją Chorwacji), Mistrzostw Świata 2006 i UEFA Euro 2008. Jednakże w 2008 roku, po objęciu funkcji selekcjonera przez Matjaža Keka, słoweńska reprezentacja wyraźnie poprawiła swoje osiągnięcia. W eliminacjach do MŚ 2010, Słoweńcy zajęli drugie miejsce w grupie (kosztem faworyzowanych reprezentacji Czech i Polski), co uprawniało ich do rozegrania barażu o awans. W meczach barażowych reprezentacja Słowenii wyeliminowała reprezentację Rosji (na wyjeździe 1:2, u siebie 1:0, przy równym bilansie zadecydował gol zdobyty w Moskwie) i wywalczyła udział w Mistrzostwach Świata w Republice Południowej Afryki.