Lorsque Elf lâche La Filière, reprise en mains par la FFSA, Pescarolo décide de poursuivre en fondant en 2000 sa propre écurie d'endurance, Pescarolo Sport. La Courage C52 engagée au Mans en 2000 termine quatrième (Bourdais-Grouillard-Clérico) derrière les trois Audi officielles. De 2001 à 2003, il engage des Courage C60-Peugeot au Mans et pour quelques épreuves en FIA Sportscar (victoires à Estoril, Magny-Cours, Barcelone et Spa) mais les résultats au Mans sont moins bons (huitième et neuvième en 2003). En 2004, Pescarolo saute le pas en développant sa propre voiture à partir d'un châssis Courage C60 et avec un moteur Judd. Au Mans, la « Pesca » termine à nouveau quatrième derrière les intouchables Audi. L'écurie décroche également le quatrième rang du championnat Le Mans Series. Aux 24 Heures 2005, les Pescarolo-Judd ont échoué de peu pour la victoire face aux Audi, mais remportent le championnat.