W reprezentacji Bułgarii Czilikow zadebiutował 7 września 2002 roku w wygranym 2:0 spotkaniu z Belgią. W 2004 roku Płamen Markow powołał go do 23–osobowej kadry na Mistrzostwa Europy w Portugalii. Na turnieju tym Bułgarzy nie zdobyli ani jednego punktu i zajęli ostatnie miejsce w swojej grupie. Sam Czilikow na Euro wystąpił tylko w przegranym 0:5 meczu przeciwko Szwecji, kiedy to w 76. minucie zmienił Dimityra Berbatowa.