Durch die Siege in den letzten wichtigen Bundesstaaten wie Kalifornien am 7. Juni sicherte sich Clinton nach Ansicht fast aller politischen Beobachter den Vorwahlsieg und damit die Mehrheit für die Nominierung bei der Democratic National Convention in Philadelphia am 25. bis 28. Juli 2016, auch wenn ihr Konkurrent Bernie Sanders seine Niederlage noch wochenlang nicht einräumte, da Clinton bei den durch Wahlen verteilten Delegierten keine absolute Mehrheit erreicht hatte und die (meist der Parteiführung angehörenden) Superdelegierten in ihrer Entscheidung frei seien. Ende Juni deutete Sanders in einer Sendung des TV-Senders "MSNBC" seine Niederlage mit dem Hinweis an, dass er rechnen könne. Er würde bei der Präsidentschaftswahl für Clinton stimmen, um die Wahl Trumps zum Präsidenten zu verhindern. Am 12. Juli 2016 erklärte Sanders schließlich bei einem gemeinsamen Auftritt in Portsmouth (New Hampshire) seine Unterstützung für Clinton („Endorsement“). Einen Tag nach dem Ende der Republican National Convention 2016, bei der Donald Trump zum Präsidentschaftskandidaten der Republikaner gewählt worden war, stellte Clinton am 22. Juli ihre Wahl für das Amt des Vizepräsidenten und Running Mate vor. Sie wählte Tim Kaine, den US-Senator und früheren Gouverneur des wichtigen Swing States Virginia, der als sichere Wahl eines erfahrenen Politikers gilt, der in Richtung der politischen Mitte integriert. Beim Nominierungsparteitag der Demokraten wurde Clinton am 26. Juli 2016 zur Kandidatin ihrer Partei für das Präsidentenamt gewählt.