Zásluhou admirála Nelsona a také formováním druhé protifrancouzské koalice (Velká Británie, Rusko, Rakousko, Turecko, Portugalsko, Neapolsko a Papežský stát) však bylo egyptské tažení bezvýsledné a úsilí Francie se obrátilo zpět do Evropy. V roce 1799 z koalice vystoupilo Rusko a 14. června 1800 bylo v bitvě u Marenga poraženo Rakousko. Británie sice zaznamenala úspěchy (dobytí strategicky významné Malty a rozšíření indických kolonií), avšak ztratila své hlavní kontinentální spojence a 27. března 1802 přistoupila na Amienskou mírovou smlouvu s Francií.