Το 2003 η ποδοσφαιρική ομάδα φθάνει μέχρι τους οκτώ του Κυπέλλου ΟΥΕΦΑ. Το 2004 η αθλήτρια στίβου Χρυσοπηγή Δεβετζή κατακτά το ασημένιο μετάλλιο στο τριπλούν στους Ολυμπιακούς Αγώνες της Αθήνας και το χάλκινο στο Παγκόσμιο Πρωτάθλημα κλειστού στίβου. Το 2004 η ομάδα βόλεϊ των ανδρών αγωνίζεται στο φάιναλ φορ του Κυπέλλου Συνομοσπονδιών Ευρώπης. Την ίδια χρονιά, η Εθνική Ελλάδος στο ποδόσφαιρο κατακτά το Ευρωπαϊκό Πρωτάθλημα με αρκετούς παίκτες που είχαν αγωνιστεί στο ίδιο σύνολο στον Παναθηναϊκό κατά τα πρώτα χρόνια της νέας χιλιετίας να ξεχωρίζουν: Σεϊταρίδης, Καραγκούνης, Μπασινάς, Νικοπολίδης, Παπαδόπουλος, Γκούμας, Φύσσας.