В апреле 1920 года вернулся в Петроград и продолжил образование на кораблестроительном отделении в Соединённых классах по подготовке командного состава флота. В октябре 1920 года стал слушателем механического факультета Военно-морской академии. Летом 1921 года занятия в академии были прекращены, а все слушатели распущены — их политическую благонадёжность проверяла специальная комиссия в связи с кронштадтским мятежом. В это время М. Рудницкий нанялся механиком на шхуну «Шарлотта», которая в августе 1921 года вышла из Петрограда и совершила плавание на Новую Землю для поиска месторождений каменного угля по программе Северной научно-промысловой экспедиции. В середине октября «Шарлотта» благополучно ошвартовалась в Архангельске.