Japan ligt in een geologisch zeer onstabiel gebied, 10% van de alle actieve vulkanen ter wereld liggen in Japan. Jaarlijks worden er meer dan 1500 aardbevingen opgemeten, bevingen van 4 tot 6 op de schaal van Richter zijn niet ongewoon. Af en toe zijn er ook grote, catastrofale aardbevingen, de bekendste in de 20e eeuw was waarschijnlijk de Kanto-aardbeving in 1923, waarin 130.000 mensen om het leven kwamen. Onderzeese aardbevingen zorgen voor het gevaar van vloedgolven of tsunami's op de lange kustlijnen van Japan. Onder meer in 2011 was er een grote zeebeving voor de kust gevolgd door een tsunami. Ook wordt Japan regelmatig getroffen door orkanen, die de archipel bereiken via de Grote Oceaan.