El islamismo del FIS tiene su origen en la ideología de los Hermanos Musulmanes , creados en 1928 en Egipto, y en la Asociación de los Ulemas Musulmanes, fundada en Constantina tres años después, en 1931. Estas organizaciones recelaban del nacionalismo laico y hasta 1956 no se unieron a la lucha contra Francia, liderada por el FLN, durante la guerra de independencia.