Po válce se rozhodl opustit kibuc a vstoupil do řad Izraelských obranných sil (IOS). V letech 1951 až 1952 byl velitelem brigády Golani a z této pozice velel bitvě u Tel Mutila, která byla izraelskou reakcí na syrské překročení demilitarizovaného pásma na Golanských výšinách. Během bitvy se Izraelcům podařilo zatlačit Syřany zpět na jejich část demilitarizovaného pásma, avšak za cenu 40 mrtvých izraelských vojáků a mnoha dalších zraněných, za což byl Amit izraelským armádním velením kritizován. V roce 1952 byl jmenován velitelem školícího velitelství IOS. V roce 1954 se zúčastnil důstojnického kurzu ve městě Camberley ve Spojeném království a po návratu do Izraele stanul v čele operačního oddělení IOS. V roce 1955 byl jmenován velitelem jižního velitelství IOS a o rok později byl opětovně jmenován do čele armádního operačního oddělení. Ze svých funkcí byl zodpovědný za naplánování a provedení Sinajského tažení z roku 1956. V letech 1958 až 1959 stál v čele centrálního velitelství IOS.