Durante la Segunda Guerra Mundial, Schleyer fue conscripto y estuvo destinado por algún tiempo en el Frente Occidental. Después de un accidente, fue dado de baja y nombrado Presidente del cuerpo de estudiantes de Praga. En esta posición, conoció a Bernhard Adolf, uno de los líderes económicos del Protectorado de Bohemia y Moravia, quien llevó a Schleyer hacia la Asociación de Industriales de Bohemia y Moravia en 1943. Schleyer se hizo un delegado importante y consejero de Bernhard Adolf. El 5 de mayo de 1945, Schleyer escapó de la ciudad, poco después de estallar el levantamiento de Praga.