La sovietizzazione fu interrotta dall'occupazione tedesca nel 1941-1945. L'offensiva baltica ristabilì il controllo sovietico nel 1944-1945 e riprese la sovietizzazione, completata per lo più nel 1950. La collettivizzazione forzata dell'agricoltura ebbe inizio nel 1947 e fu completata dopo la deportazione di massa nel marzo 1949. Le fattorie private furono confiscate e gli agricoltori sono stati fatti per unirsi alle fattorie collettive. Un movimento di resistenza armata di "fratelli della foresta" è stato attivo fino alla metà degli anni '50. Centinaia di migliaia hanno partecipato o supportato il movimento; decine di migliaia sono stati uccisi. Anche le autorità sovietiche che combattono i fratelli della foresta hanno subito centinaia di morti. Alcuni civili innocenti sono stati uccisi da entrambe le parti. Inoltre, un certo numero di gruppi di studenti nazionalisti clandestini erano attivi. La maggior parte dei loro membri è stata condannata a lunghe pene detentive. Le azioni punitive diminuirono rapidamente dopo la morte di Iosif Stalin nel 1953; dal 1956 al 1958, a gran parte dei deportati e dei prigionieri politici fu permesso di tornare.