Nach der Restauration wurde Baudin in den Ruhestand versetzt und schloss sich 1816 der Handelsmarine an, nahm jedoch unter der Juliregierung wieder militärische Dienste an. 1838 wurde er Konteradmiral und erhielt den Oberbefehl über das gegen Mexiko entsandte Geschwader. Bei diesen Gefechten eröffnete er am 27. November 1838 das Feuer gegen das Fort von Vera Cruz, San Juan de Ulúa. Das Fort ergab sich einen Tag später.