Auf dem Weg zur Iser kam es am 26. Juni von 9 bis 14 Uhr zum Gefecht bei Liebenau, und die Armee überquerte dann bei Eisenbrod, Turnau und Podol die Iser. Das zur Verteidigung dieser Flussübergänge angeordnete österreichische Korps wurde in der Nacht vom 26. auf den 27. Juni in der Schlacht bei Podol zurückgeworfen. Am nächsten Tag marschierte die Armee jedoch statt östlich auf Gitschin nach Süden in Richtung Münchengrätz. In der Schlacht bei Münchengrätz wurden die vereinigten Österreicher und Sachsen zum Rückzug gezwungen und dabei getrennt. Gleichzeitig erfolgte hier die erste Vereinigung mit der Elbarmee. Für diese Abweichung vom Aufmarschplan und den damit verbundenen Zeitverlust wurde Friedrich Karl trotz des Erfolges heftig kritisiert, da sich dadurch die Vereinigung der beiden preußischen Hauptarmeen verzögerte. Um den weiteren Vormarsch nicht noch weiter zu behindern, mussten sich die beiden preußischen Armeen wieder teilen. Somit war es die erste Armee alleine, welche in der Schlacht bei Gitschin kämpfte. Gitschin wurde am späten Nachmittag des 29. Juni 1866 durch zwei Divisionen erreicht und nach einem längeren Kampf in der Nacht genommen. Eine mögliche Verfolgung des hier geschlagenen Gegners erfolgte nicht, da den Divisionen (3. und 5.) keine zusätzliche Kavallerie-Einheiten mitgegeben worden waren.