Vaatimattoman pelaajauransa jälkeen Lagerbäck siirtyi valmentajaksi. Hän luotsasi uransa alussa eri seuroja Ruotsin alasarjoissa, kunnes vuonna 1990 siirtyi Ruotsin jalkapalloliiton palvelukseen. Hän valmensi Ruotsin poikamaajoukkueitta ja vuosina 1994–1997 alle 21-vuotiaita yhdessä Tommy Söderbergin kanssa. Hän valmensi myös Ruotsin B-maajoukkuetta, kunnes siirtyi Södebergin apuvalmentajaksi A-maajoukkueeseen vuonna 1998. Vuosina 2000–2004 Lagerbäck ja Söderberg jakoivat Ruotsin valmennusvastuun. He johdattivat maan vuoden 2002 MM-kisoihin ja vuoden 2004 EM-kisoihin. Vuodesta 2004 lähtien Lagerbäck on toiminut Ruotsin päävalmentajana yksin. Hän on johdattanut maan vuoden 2006 MM-kisoihin ja vuoden 2008 EM-kisoihin.