Etter at Malsiner hadde hoppet seg to ganger inn blant de ti beste i rennene i Winterberg i midten av desember, fikk hun tillit i kvalifiseringen til verdenscupen 4. januar 2013 i Schonach i Schwarzwald, dette til tross for at hun ved sesongstart var plassert på rekruttlaget. Etter en 43. plass i kvalifiseringen endte hun som nummer 52 i konkurransen. En uke senere var hun nær ved å ta verdenscuppoeng ved å bli nummer 32 og 33 i Hinterzarten. Under Junior-VM 2013 i Liberec havnet hun på 35. plass i den individuelle konkurransen.