Kapóra jött hát számára a Sparta Praha érdeklődése s hamar meg is egyeztek egymással – noha előtte a hírek szerint a Milan és a Parma is érdeklődött a Bosman-szabály miatt nagyon olcsón mozdíthatóvá vált középpályás iránt. Poborsky a fővárosi klubban hamar visszanyerte egykori jó formáját, pár hét múlva már ő volt a bordó mezesek csapatkapitánya, s természetesen a válogatottból sem lehetett kiszorítani. A soros Európa-bajnokságon, Portugáliában újra pályára lépett, s mintha nyomtalanul múlt volna el fölötte ez a kemény nyolc év: frissen, ötletesen, bátran és elszántan száguldozta be a pálya teljes jobb oldalát; több szavazáson is bekerült a torna álomcsapatába, és Robben előtt ő adta a legtöbb gólpasszt az egész tornán. A Spartával a hazai bajnoki címek és a kupagyőzelem mellett a BL-ben is vitézkedett, kiváló produkciói mellett sokáig példamutatóan viselkedett, azaz igazi kapitány volt. Ezért is volt váratlan például a Ferencváros elleni mérkőzésen bemutatott karszalag-dobálása illetve későbbi száműzetése. 2004 nyarán, noha több külföldi klub is megkereste, a prágaiak meghosszabbították lejárófélben lévő kontraktusát, sőt, az egyesület és az első osztály, a Gambrinus Liga legjobban fizetett labdarúgója lett 30 millió koronás csúcsfizetésével. A luxusautóval furikázó játékos végzete azonban a tulajdonosváltás és ominózus csapatkapitánysága lett, ugyanis 2005-ben a mindenható menedzser, Daniel Křetínský érkezése után azonnal kirúgta Straka mestert, de az általa odavitt Hřebíkkel sem a csapatkapitány, sem a csapat nem volt elégedett, s ezért több edzőbuktató 90 percet játszottak. Ám mindez nem használt, így Poborsky figyelmeztetésül lemondott csapatkapitányi rangjáról, mire a menedzser sms-ben értesítette arról, hogy sürgősen hagyja el a Spartát.