Po agresji ZSRR na Polskę i rozpoczęciu okupacji sowieckiej wykładał archeologię chrześcijańską na tajnym Wydziale Teologicznym UJK. Był zaangażowany w tajne nauczanie. Po ataku Niemiec na ZSRR i nastaniu okupacji niemieckiej), upoważniony przez dyrektora Departamentu Oświaty i Kultury Delegatury Rządu na Kraj Czesława Wycecha do koordynacji działań w podziemiu ukierunkowanych na szkolnictwo wyższe. Od lipca 1941 prowadził prace mające na celu reaktywację tajnej działalności UJK, a od 5 sierpnia 1941 do stycznia 1942 pełnił funkcję Okręgowego Delegata Rządu we Lwowie, działając pod pseudonimem „Krakowiak”. Został rektorem tajnego UJK (30 czerwca 1941 – lipiec 1944), prowadził wykłady archeologii na Wydziale Humanistycznym, zasiadł w komisji przewodów doktorskich. Po ponownej okupacji Lwowa przez Armię Czerwoną 28 lipca 1944 i otwarciu w nowym roku akademickim Uniwersytetu im. Iwana Franki został zatrudniony w Katedrze Filologii Klasycznej.