Il 1994 fu per Herbert molto sofferto. La Lotus affrontava un periodo di crescenti difficoltà economiche; visti i pesanti debiti che gravavano sul bilancio della squadra, venne stipulato con la Mugen-Honda un contratto di fornitura di motori, che però risultavano poco competitivi rispetto alla concorrenza. Per le prime gare, venne schierata una versione aggiornata della 107; la nuova Lotus 109 esordì con un solo esemplare destinato a Herbert a partire dal Gran Premio di Spagna, ma senza segnare grandi miglioramenti sui risultati. Con il trascorrere della stagione, il rapporto tra Herbert e la Lotus si logorò, toccando a detta del pilota il punto più basso in occasione della gara in Ungheria. L'unico acuto fu il quarto posto in qualifica al Gran Premio d'Italia, vanificato da un contatto alla prima curva innescato da Eddie Irvine. Con la squadra ormai sempre più schiacciata dai debiti, il contratto di Herbert venne acquistato da Tom Walkinshaw che fece trasferire il pilota britannico alla Ligier, in occasione del Gran Premio d'Europa. Nell'occasione, Herbert, pur senza ottenere punti, ben figurò battendo il nuovo compagno di squadra Olivier Panis. Disputò poi un test a Barcellona per la Benetton, con cui disputò le ultime due gare dell'anno a fianco di Michael Schumacher, senza però ottenere punti. Chiuse la stagione senza alcun risultato utile, ma venne confermato dalla Benetton anche per la stagione successiva.