Bauhofer war neben seiner seelsorgerischen Arbeit auch publizistisch tätig. 22 Werke von ihm sind im Druck erschienen. Sein bedeutendstes Werk ist "Die Geschichte der evangelischen Kirche Ungarns von der Reformation bis 1850". Die Entstehung dieses Werkes hat eine interessante Vorgeschichte. Maria Dorothea brachte in Erfahrung, dass sich im Nachlass des Superintendenten Theophil Gamauf in Ödenburg wertvolle kirchengeschichtliche Handschriften befinden. Insgesamt handelte es sich um 445 Einheiten, welche Maria Dorothea erwarb, 1847 der evangelischen Kirche schenkte und Bauhofer in Obhut gab. Diese Schenkung bewog Bauhofer dazu, sein Buch zu schreiben. Bauhofers Manuskript kam infolge der Revolution von 1848 auf abenteuerliche Weise ins Ausland. Die Ehefrauen zweier aus Ungarn ausgewiesener schottischer Missionare versteckten die Manuskripte in den Falten ihrer Krinolinenkleider und passierten so die ungarisch-österreichische Grenze. In Wien wurden die Handschriften Maria Dorothea übergeben, welche diese über die dortige englische Botschaft ins Ausland bringen ließ. Ein Exemplar wurde ins Englische übersetzt und erschien, mit einem Vorwort des bedeutenden Kirchenhistorikers Jean-Henri Merle d’Aubigné versehen, 1854 in London und gleichzeitig in Boston, USA. Das zweite Exemplar kam zu König Friedrich Wilhelm IV. von Preußen nach Berlin, wo es dessen Hofprediger Friedrich Wilhelm Krummacher ebenfalls im Jahre 1854 auf Deutsch herausgab. Die Kosten wurden von Maria Dorothea getragen. Da man befürchten musste, dass Bauhofer als Autor dieses Buches Repressalien ausgesetzt sein könnte, erschien das Buch anonym. Mit dieser Schrift legte Bauhofer ein aktuelles, allgemein lesbares und bis in die Gegenwart gültiges Standardwerk der Kirchengeschichte Ungarns vor, in dem auch die Forschungserkenntnisse aus der Gamauf'schen Handschriftensammlung verarbeitet wurden.