Toen in 1976 na de machtsovername door Jorge Videla de systematische onderdrukking van de bevolking begon, bleef Pérez Esquivel zich inzetten voor de formatie en financiering van organisaties die streden voor de mensenrechten. Ook steunde hij de families van slachtoffers van de Vuile Oorlog. Hij werd vanwege zijn acties in 1977 opgepakt in Buenos Aires, en 14 maanden vastgezet. Tijdens zijn gevangenschap kreeg hij de Pope John XXIII Peace Memorial. In 1980 kreeg hij tevens de Nobelprijs voor de Vrede voor zijn inzet voor de mensenrechten. In 1999 kreeg hij de Pacem in Terris Award.