Томаш Кундратек начинал свою профессиональную карьеру в «Оцеларжи», он был выбран под общим 90-м номер и был выбран «Нью-Йорк Рейнджерс» во время драфта НХЛ 2008, и Кундратек стал одним из лучших чешских игроков в НХЛ. Кундратек подписал свой первый профессиональный контракт с «Нью-Йорк Рейнджерс» 25 августа 2008 года. В следующем сезоне, с целью адаптации к североамериканскому стилю игры, Кундратек перешёл в «Медисин-Хат Тайгерс» — главную юниорскую канадскую команду в Западной хоккейной лиге.