En 1801, il est envoyé servir en mer Méditerranée combattre les pirates lors de la guerre de la côte des Barbaresques. Les nations commerçant en Méditerranée doivent alors payer tribut aux États du Maghreb, sous peine de voir leurs navires attaqués par des corsaires. Après leur indépendance, les États-Unis ne sont plus protégés par le tribut payé par les Britanniques. Ils commencent par payer eux aussi, mais en 1801 le Bey de Tripoli augmente le montant de la « protection ». Les Américains refusent, et envoient une escadre sur place.