Als der Nordische Krieg ausbrach, beteiligte sich Baudissin im Auftrag des dänischen Königs ab Herbst 1675 am Bremen-Verdener Feldzug auf der Seite der antischwedischen Koalition. Dazu hatte er ein Reiterregiment mit sechs Kompanien und ein Infanterie-Regiment aus 12 Kompanien mit jeweils 125 Mann angeworben. Der Feldzug war erfolgreich und die Schwedischen Truppen konnten lediglich die beiden Festungen Stade und Carlsburg behaupten. Am 22. August 1675 wurde Baudissin in diplomatischem Auftrag zum mit Dänemark verbündeten Bischof von Münster Christoph Bernhard von Galen geschickt, um über die besetzen Gebiete zu verhandeln. Ab Herbst 1675 war Baudissin dann mit seinen Truppen an der Eroberung der Festung Carlsburg und nach deren Fall im Januar 1676 an der Belagerung der letzten schwedischen Festung Stade beteiligt. Bei der Eroberung von Stade wurde er verwundet. Danach warb Baudissin in den Grafschaften Oldenburg und Delmenhorst das Oldenburger Landregiment an und ernannte Oberst Anton Günther von Ellebrecht zum Kommandeur. Nachdem die Operationen in Norddeutschland weitgehend abgeschlossen waren, erhielt Baudissin am 4. August 1676 den Befehl, sich beim Heer im dänisch besetzten Schonen einzufinden. Nach der dänischen Niederlage in der Schlacht bei Halmstad wurde er allerdings weiter nach Norwegen befohlen, um den dort inzwischen als Statthalter tätigen dänischen Oberbefehlshaber Ulrich Friedrich Gyldenlöwe zu unterstützen. Dort kam er jedoch nie an und seine Truppen waren an verschiedenen anderen Kriegsschauplätzen gebunden.