Frühzeitig machten sich aber innerhalb der Unabhängigkeitsbewegung auch die alten hinduistisch-muslimischen Gegensätze geltend, so während des Moplah-Aufstandes von 1921, bei dem in Kerala mehrere Tausend Muslime und Hindus ums Leben kamen. Dies war ein erster Vorbote der Auseinandersetzungen, die dann 1947 mit voller Wucht ausbrechen sollten. Während die britische Führung in der Indienfrage auf Grund der Popularität Gandhis zunehmend in die Defensive geriet, standen die indischen Muslime vor der Perspektive, in einem unabhängigen Indien in eine Minderheitenposition zu geraten. Sie setzten daher zunehmend auf einen eigenen muslimischen Teilstaat, der in den Regionen Indiens etabliert werden sollte, in denen sie die Mehrheit bildeten. Angesichts der komplexen geschichtlichen Entwicklung war eine entsprechende Grenze nicht eindeutig zu ziehen und die Pläne trafen auch auf den Widerstand der Hindus, sodass Ali Jinnah und seine Muslimliga im Jahre 1936 beschlossen, jede Zusammenarbeit mit dem INC aufzukündigen. Die Dominanz des INC zeigte sich besonders 1937, als er bei regionalen Wahlen in 6 von 11 Provinzen als Sieger hervorging. 1940 stellte Ali Jinnah daraufhin eine "Pakistan-Resolution" vor, in der er von der Kolonialregierung die Unabhängigkeit eines muslimischen Staates in Indien neben einem hinduistischen einforderte. Er begründete die Zwei-Nationen-Theorie mit der unterschiedlichen Lebensweise der beiden Religionsgemeinschaften: