Après avoir débuté dans des championnats locaux de Formule Ford et Formule Holden en Australie, Webber poursuit sa carrière au Royaume-Uni en 1995. Troisième du championnat international de Formule 3000 en 2000 puis vice-champion 2001, où il bat le futur champion du monde Fernando Alonso, Webber fait ses débuts en Formule 1 en 2002 au sein de l'écurie Minardi, alors rachetée par son compatriote Paul Stoddart. Il parvient à marquer des points dès sa première course, à domicile. L'année suivante, il est recruté par Jaguar pour deux saisons en tant que premier pilote. Au sein d'une équipe instable, Webber parvient à terminer régulièrement dans les points en 2003 et à devancer ses équipiers. Après une saison 2004 plutôt terne, il rejoint l'écurie Williams en 2005 et décroche son premier podium dans les rues de la principauté monégasque. À l'issue d'une saison 2006 extrêmement difficile, Webber quitte Williams et signe pour l'équipe Red Bull, où il y reste jusqu'à la fin de sa carrière en F1.