Zoals veel andere kloosters en kerken in Vilnius werd het klooster na de mislukte opstanden tegen Rusland in 1863 door de tsaristische autoriteiten gesloten. Het klooster en de kerk werden twee jaar later aan de Russisch-Orthodoxe Kerk overgedragen, die het complex veranderde in het door orthodoxe nonnen bewoonde Maria Magdalenaklooster. De kerk werd heringericht om het geschikt te maken aan de liturgische eisen van de orthodoxie.