Maa sijaitsee tuliperäisellä ja maanjäristysherkällä alueella ”Tyynenmeren tulirenkaan” varrella kolmen mannerlaatan yhtymäkohdassa. Alueella on yhteensä noin 160 tulivuorta, joista kolmasosa on aktiivisia. Japanissa on jatkuvasti pieniä maanjäristyksiä ja suurempia, tuhoisia maanjäristyksiä useita kertoja vuosisadassa. Maanjäristykset johtavat usein tsunameihin. Lähihistorian vakavat maanjäristykset ovat Kōben maanjäristys vuonna 1995, Chūetsun maanjäristys vuonna 2004 ja Tōhokun maanjäristys vuonna 2011.