Cestu za obhajobou titulu začal Lewis při Grand Prix Austrálie 2009. Po závodě byl klasifikován na 4. místě. Na protest McLarenu byl ale poté diskvalifikován Jarno Trulli, který Hamiltona předjel při safety caru. Trulli se však jen vracel na své původní místo (protože se nesmí při safety caru předjíždět) poté, co v jedné ze zatáček vyjel z trati. Tým McLaren pak byl obviněn ze lži, jelikož radiová komunikace potvrdila, že Hamilton dostal pokyn od týmu Trulliho před sebe pustit. Lewis byl poté ze závodu diskvalifikován a Trulli se vrátil na 3. pozici. V následujících dvou Velkých cenách poznamenaných deštěm sice Hamilton bodoval, avšak na pódium ztrácel ještě hodně. Své nadlouho poslední body si připsal v Bahrajnu, jelikož v následujících 5 závodech skončil bez bodu.