Kaisa Varis est à son tour prise dans la tourmente du dopage lorsqu'elle est contrôlée positive à l'EPO lors des Mondiaux 2003 organisés à Val di Fiemme. Privant le relais féminin finlandais d'une médaille d'argent, elle est suspendue deux années par la Fédération internationale de ski. Malgré un bref retour en coupe du monde fin 2005 (tout de même ponctué par une victoire en relais), elle décide de se consacrer au biathlon en 2006.