En début de saison 2003, le Kényan s'adjuge le titre junior des Championnats du monde de cross se déroulant à Lausanne, où il devance de deux secondes l'Ougandais Boniface Kiprop. Il réalise d'excellentes performances durant les premiers meetings estivaux, terminant notamment troisième des Bislett Games d'Oslo derrière Kenenisa Bekele et Sammy Kipketer. Âgé de seulement, il obtient sa qualification pour les Championnats du monde de Paris grâce à sa troisième place obtenue lors des sélections kényanes. Le , Eliud Kipchoge crée la surprise en s'adjugeant le titre du en (nouveau record de la compétition) devant les spécialistes de la distance Hicham El Guerrouj et Kenenisa Bekele. Il remporte en fin de saison 2003 le de la Finale mondiale de l'IAAF.