Au vu de la situation, l'électeur Frédéric-Guillaume et son ministre Georges-Frédéric de Waldeck ont mis au point une attitude prudente entre les grands pouvoirs. Pendant la première guerre du Nord, en 1655, ils luttent contre les Suédois mais ont dû reconnaître leur suprématie dans le duché de Prusse. Peu après, ils partaient en campagne avec le roi suédois Charles X Gustave contre le roi de Pologne, Jan II Kazimierz Vasa, culminant à la bataille de Varsovie en 1656. Pour prix de son alliance, Charles X Gustave par le traité de Labiau du reconnaît la souveraineté de l'électeur. L'année suivante, le traité de Wehlau amena la paix avec la Pologne et Frédéric-Guillaume obtient du roi Jan Kazimierz l’affranchissement de la suzeraineté sur la Prusse ducale par le traité de Wehlau. Le duché obtient définitivement son autonomie par le traité d'Oliva signé le . Cette souveraineté a été un facteur décisif dans le développement du royaume prussien.