法国大革命战争中，梅克伦堡-什未林一直保持中立。直到1806年的耶拿和奥尔斯塔特战役，第四次反法同盟被拿破仑打败，法军于1806年12月占领了梅克伦堡。弗里德里希·弗朗茨一世全家徙居汉堡市郊区的阿通纳，受到丹麦的保护。1807年7月，弗里德里希·弗朗茨一世亲自会见了拿破仑，随后，梅克伦堡-什未林加入萊茵聯邦。