Na de verloren Slag bij Shaho, werd Aleksejev teruggeroepen en werd Koeropatkin op 26 oktober door de tsaar aangesteld als bevelhebber over "alle strijdkrachten ter land en ter zee die tegen de Japanners strijden". Zijn bevel bleek een ramp. Na een aantal grote verliezen, waarvan de Slag bij Mukden de grootste was, liet hij zich op 21 maart 1905 op eigen verzoek vervangen door generaal Nikolaj Linevitsj met wie hij van positie wisselde als bevelhebber over het Eerste Russische Mantsjoeleger, een positie die hij tot 16 februari 1906 bekleedde.