En el gobierno económico, se concentró en enfrentar el problema de la decadencia de la producción minera. En relación con las minas de azogue de Huancavelica, afectadas por el terremoto de 1687, dispuso la rebaja de la carga sobre los mitayos y ordenó que su salario se elevara a siete reales por jornada. A continuación, trasladó las mismas reformas a las minas de plata de Potosí, con las consiguientes protestas de los mineros que pagaban hasta entonces cuatro reales a cada indio. Pese a esta medida, la villa potosina siguió despoblándose y la producción de plata continuó su declive. El comercio del virreinato entró en una fase de prosperidad, que se vio alentada por el tráfico de navíos que hacían la ruta de Guayaquil, Panamá, Arica y Valparaíso, lo que animó a la Corona a proyectar el financiamiento de las flotas y galeones de Indias con nuevos impuestos a este sector. El Tribunal del Consulado de Lima, como representante de los grandes comerciantes, elevó su protesta a la Casa de Contratación de Sevilla ante tal medida, pero solo logró paralizarla después de remitir dos donativos en 1690 y 1695 por un valor de 30.000.000 de pesos. El 21 de agosto de 1701, Portugal se enemistó con España a consecuencia del contrato celebrado con la corporación francesa Compañía Real de Guinea, que concedía a esta última la exclusividad en el tráfico de esclavos por sus territorios. Esta alianza contribuyó al incremento del contrabando francés por las costas peruanas, en el que se especializó el navío "Aurora" del capitán Rigodier.