Desde finales de 1904, Gapón comenzó a colaborar con radicales que defendían la abolición de la autocracia zarista. El , un día después de que estallara la huelga general en San Petersburgo, Gapón organizó una marcha de obreros con el fin de presentar una misiva al zar, que acabaría en tragedia (Domingo Sangriento). Sus seguidores le salvaron la vida aquel día. Tras estos sucesos, excomulgó al emperador y exhortó a los trabajadores a que actuaran contra el régimen, pero muy pronto huiría al extranjero, donde mantuvo estrecho contacto con el Partido Social-Revolucionario. Tras el Manifiesto de Octubre regresó a Rusia y continuó su relación con la Ojrana. Sospechoso de ser un agente provocador, Gapón fue ahorcado en una cabaña finlandesa a manos de Pinhas Rutenberg, quien paradójicamente había marchado junto a él en el Domingo Sangriento, ejecutando así una sentencia de muerte emitida por la dirección del Partido Social-Revolucionario.