Après s'être brouillé avec Mourinho, "Super Mario" est reconvoqué en , où il contribue par un but à la victoire (3-0) de l'Inter contre Bologne. Il fait à nouveau controverse lors de la demi-finale de la C1 le après avoir jeté son maillot sur le sol après le coup de sifflet final, en réponse aux supporters intéristes qui l'ont hué pour sa mauvaise performance. Des fans irrités le confrontent et essayent de l'attaquer après le match, il s'en excuse plus tard alors qu'il est devenu entretemps joueur de l'ennemi intime, l'AC Milan. Son attitude sur le terrain est source de désapprobation par ses coéquipiers, Zanetti déclarant que . Malgré tous les problèmes qui l'entourent à l'Inter Milan, Balotelli vit le plus beau printemps de sa jeune carrière remportant le triplé historique Ligue des champions-Serie A-Coupe d'Italie. Ces deux dernières compétitions, qu'il a remporté respectivement trois fois consécutives et une fois lors des trois dernières années l'ont été face à l'AS Rome pour 3 des 4 trophées. Durant cette saison, l'attaquant dispute 40 rencontres pour . Au milieu de ces polémiques avec son équipe et son entraîneur, plusieurs clubs de Premier League, dont Manchester United et Manchester City font part de leur intérêt pour Balotelli en . Devant les incertitudes concernant la suite de sa carrière milanaise, son ancien entraîneur Roberto Mancini, devenu depuis entraîneur de Manchester City, décide d'octroyer à Balotelli une seconde chance dans un nouveau club. Il quitte donc Milan après avoir porté la tunique Nerazzuri à 86 reprises pour et remporté trois Championnats, une Ligue des champions, une Coupe d'Italie et une Supercoupe d'Italie. Il reste dans l'histoire du club italien grâce au triplé historique réussi en 2010 (Ligue des champions-Serie A-Coupe d'Italie).