В 1963 году страны обменялись послами, после того как президент Пакистана Мухаммед Айюб Хан совершил первый в истории официальный визит в Непал. Во время визита лидеры обеих стран подписали соглашение о создании режима наибольшего благоприятствования в торговле. В 1963 году Пакистан и Непал пришли к соглашению убрать тарифы при торговых операциях, а также к поставке транспортных средств в Непал через порт Читтагонг в Восточном Пакистане (ныне Бангладеш) и установлению воздушного сообщения. Эти договоренности снизила экономическую зависимость Непала от Индии. Хотя Непал официально поддерживал нейтралитет во время Индо-пакистанской войны 1971 года, он стал одним из первых государств признавших независимость Бангладеш. В ответ на этот недружественный шаг Исламабад разорвал дипломатические отношения с Катманду.