En noviembre de 1797 se convocó un Congreso en Rastadt para establecer la paz entre Francia y el Imperio y procurar que la Dieta imperial renunciara los derechos feudales y suzeranos sobre Italia, puesto que el tratado de Campo Formio no se había llevado a cabo con el Imperio, sino con el emperador, como soberano de Austria y rey de Bohemia y Hungría. Pero el Congreso de Rastadt finalizó abruptamente en abril de 1799 con la derrota francesa en Cassano d'Adda frente a los ejércitos austriacos y rusos de la Segunda Coalición, lo que les permitió apoderarse de todo el norte italiano. Ante los éxitos austro-rusos, la Dieta imperial declaró la guerra a Francia meses más tarde, en septiembre. Bonaparte se hizo con el poder en Francia como cónsul en noviembre, tras el 18 de brumario, y emprendió el camino de Italia. Tras atravesar los Alpes entró en Milán en junio de 1800, y días después la victoria francesa tras la Batalla de Marengo produjo el fracaso de la campaña austriaca en Italia. En Milán se restauró la República Cisalpina y por el armisticio de Alessandria, los austriacos se retiraron hacia el Mincio y abandonaron Piamonte, donde se reinstauró un nuevo gobierno provisional profrancés —la república Subalpina—, hasta su incorporación a Francia en 1802. El abandono austríaco de Génova reinstauró la República ligur. En octubre los franceses ocuparon Toscana, en diciembre pasaron el Mincio y detuvieron su avance por el armisticio de Treviso en enero de 1801.