Début 1990, elle participe à plusieurs courses internationales de cross-country. Le , elle s'impose au "cross de San Sebastián" devant l'Éthiopienne Luchia Yishak. Elle enchaîne avec une victoire au "cross das Amendoeiras em Flor" en battant la tenante du titre Albertina Dias. Le , elle prend sa revanche sur Martine Bouchonneau lors des championnats suisses de cross à Frauenfeld. Battant clairement cette dernière, elle décroche son deuxième titre national. À nouveau engagée aux championnats du monde de cross-country à Aix-les-Bains, elle améliore son résultat en décrochant la quatorzième place, toujours en tant que meilleure Suissesse. Elle fait ensuite l'objet d'une enquête pour soupçons de dopage. Un contrôle subséquent à sa victoire au Portugal ayant relevé un rapport anormal de testostérone/épitéstostérone. D'après la Fédération suisse d'athlétisme (FSA), ces valeurs seraient dues à la physiologie particulière de Jeanne-Marie. Elle doit cependant mettre sa carrière sportive sur pause le temps de l'enquête. Début juillet, l'enquête de la Fédération internationale d'athlétisme confirme les hypothèses de la FSA et disculpe Jeanne-Marie qui peut reprendre la compétition. Faisant un retour discret, elle s'essaie ensuite aux distances plus longues sur piste et remporte la médaille d'argent sur 10 000 mètres lors des championnats suisses d'athlétisme à Langenthal.