12 мая 1990 года лидеры прибалтийских республик подписали совместную декларацию, известную как Балтийская антанта. К середине июня Советы начали переговоры с прибалтийскими республиками при условии, что они согласятся заморозить свои декларации о независимости. У Советов была более серьёзная проблема в другом месте, в форме РСФСР, провозгласившей суверенитет в июне. Одновременно прибалтийские республики также начали вести прямые переговоры с РСФСР. Осенью 1990 года была установлена таможенная граница между Прибалтийскими государствами, РСФСР и Белоруссией. После провала переговоров СССР предпринял попытку выйти из тупика и в январе 1991 года направил войска в Литву и Латвию. Попытки провалились, десятки мирных жителей были убиты, и советские войска решили отступить. В августе 1991 года жестко настроенные члены советского правительства попытались взять под контроль Советский Союз. Через день после переворота, 21 августа, эстонцы провозгласили независимость. Вскоре после этого советские десантники захватили Таллиннскую телебашню. Аналогичное заявление в тот же день сделал и латвийский парламент. 28 августа Европейское сообщество приветствовало восстановление суверенитета и независимости балтийских государств. Советский Союз признал независимость Прибалтики 6 сентября 1991 года. Российская Федерация прекратила свое военное присутствие в Эстонии после того, как она 26 сентября 1995 года отказалась от контроля над ядерными объектами в Балтийском, и в Латвии — после того, как 31 августа 1998 года Скрунда-1 приостановила свою деятельность и впоследствии была демонтирована. Последний российский солдат покинул Скрунду-1 в октябре 1999 года, тем самым положив символический конец российскому военному присутствию на территории прибалтийских стран.