Lokvenc a jucat 74 de meciuri pentru echipa națională a Cehiei, pentru care a marcat 14 goluri. A jucat la Cupa Confederațiilor FIFA din 1997 înainte de a participa la trei competiții majore. El și-a făcut trei apariții ca rezervă la Euro 2000 și a jucat într-un meci de la Euro 2004. Ultimul său turneu internațional a fost Campionatul Mondial din 2006, la care a jucat în primele două meciuri din grupe, ratându-l pe al treilea din cauza unei suspendări. Cehia nu s-a calificat pentru următoarea rundă a competiției, iar Lokvenc s-a retras de la națională în 2006.