A város az 1848–49-ben súlyos károkat szenvedett. 1848 július végén Szászsebesszék követeiként Samuel Meistert és Simeon Balomirit választották a pesti országgyűlésbe. Utóbbi a következő év áprilisáig Debrecenben maradt. 1849. január 5-én Popovici alprefektus hadisarcot vetett ki a városra, de azt a főhadparancsnokság utasítására visszaszolgáltatta. Bem közeledő honvédserege elől a lakók egy részét, főként az északi városrészben élő durlachiakat a császáriak a Vörös-szakadék tetejére menekítették. Február 5-én reggel a Vízakna felől érkező Bem rohammal foglalta el a gyulafehérvári helyőrségtől, dél körül viszont megérkezett az őt üldöző Puchner. A két sereg a városban utcai harcokba bocsátkozott egymással. Másnap Puchner megadásra szólította fel Bemet. A piski csata után Bem itt vette át Mészáros Lázártól az első osztályú érdemrendet. Július 31-én Stein Miksa Gyulafehérvárról Nagyszeben felé tartó serege a városnál vereséget szenvedett. Augusztus 6-án itt vette át az erdélyi hadsereg parancsnokságát, de augusztus 12-én megsemmisítő vereséget szenvedett Lüderstől.