De vuelta en su tierra natal, sirvió en el ejército peruano desde 1834. Durante la Guerra contra la Confederación Perú-Boliviana, formó parte de la expedición que, bajo el mando del general José Trinidad Morán, capturó las islas Juan Fernández el 14 de noviembre de 1837 con la intención de liberar al general Ramón Freire, aliado político del protector Andrés de Santa Cruz, que tras un fracasado intento revolucionario había sido confinado en las prisiones de la isla tras correr el riesgo de ser condenado a muerte por el gobierno chileno. Freire, sin embargo, ya había sido trasladado al puerto de Jackson cerca de Sídney (Australia), donde permaneció en el exilio hasta 1842.