I juni 2001 meldte Kasakhstans fotballunion seg ut av AFC, og de ble tatt opp i UEFA i april 2002, og måtte igjen vente flere år på kvalifiseringskamper. Kasakhstan spilte en rekke vennskapskamper mot europeiske lag, men klarte ikke å vinne en eneste, og tapte blant annet to ganger mot Færøyene. Laget deltok ikke i EM-kvalifiseringen 2004, og debuterte med 1–2 mot i kvalifiseringen til VM 2006. De tok i alt ett poeng, en uavgjort kamp i , og tapte de øvrige 11 kampene, blant annet med 0–6 hjemme mot . Kasakhstan klarte ikke en gang å score mål på hjemmebane.