Aresztowany przez niemieckich okupantów 6 listopada 1939 w ramach Sonderaktion Krakau, został uwięziony w obozie koncentracyjnym Sachsenhausen, co znacząco nadszarpnęło jego zdrowie. Po zwolnieniu zaangażował się w tajne nauczanie oraz wstąpił do Komitetu Trzech, w ramach którego zdobywał fundusze na pomoc dla uniwersyteckich asystentów i ich rodzin.