1942年秋には、ルーズヴェルト大統領の指示によって公使級個人使節としてフランス領北アフリカ地域に赴き、同地での活動に従事している。連合国は同地域での地上軍上陸作戦（トーチ作戦）を計画していたが、マーフィーの活動はこの作戦のために行われたものであった。具体的には、アルジェリアに駐屯するフランス陸軍のさまざまな幹部と接触し、連合国の作戦への協力を取り付ける活動を行った。