У 1792 році під час Французької революції Фердинанд III став першим монархом, який офіційно визнав Французьку республіку, з якою намагався мати мирні стосунки. Втім у 1794 році під вливом брата-імператора, Великої Британії, Російської імперії Фердинанд III приєднався до Першої антифранцузької коаліції. Але після перемог французьких військ, 1795 року великий герцог оголосив про вихід з коаліції та дотримання нейтралітету. Водночас Тоскана уклала мирний договір з Францією, де зобов'язувалась визнати Французьку республіку та сплатити їй 1 млн франків. У 1796 року французи спочатку зайняли порт Ліворно, щоб завадити створенню тут англійської бази. Згодом було зайнято усю Тоскану. Втім Фердинанд III залишився на троні.