Met het Argentijns olympisch voetbalelftal won Gallardo een zilveren medaille op de Olympische Zomerspelen 1996. Tussen 1994 en 2003 kwam hij 44 keer uit voor het Argentijns voetbalelftal waarbij hij 13 doelpunten maakte. Gallardo nam deel aan de Copa América 1995 en 1997 en aan het wereldkampioenschap voetbal 1998 en 2002.