Nykyisen Heratin alueen asukkaat toimivat Aasiasta Babyloniin ja Kreikkaan kulkevilla kauppareiteillä jo 1000 vuotta eaa. Zarathustralaisuuden pyhä kirja Avesta viittaa Heratin alueeseen yhtenä seitsemästä pyhästä maasta ja Kserkses I:n Marathonin taisteluun osallistuneiden joukkojen mukana oli joukkoja Heratista. Herodotos viittaa Akesjokeen (nyk. Hari Rud) tärkeänä alueena. Dareios III:n kukistanut Aleksanteri Suuri saapui alueelle vuonna 330 eaa, jolloin tehtiin myös ensimmäiset historialliset viittaukset varsinaiseen kaupunkiin. Tarinan mukaan Aleksanteri salli kaupungin hallitsija Sati Barzanin säilyttää asemansa kreikkalaisten alaisuudessa, mutta Aleksanterin jatkettua edelleen sotaretkellään Barzani kapinoi ja surmautti kaupungin kreikkalaisen varuskunnan. Aleksanteri palasi ja valtasi kaupungin uudelleen ankaran taistelun jälkeen. Aleksanteri rakennutti kaupunkiin uuden linnoituksen ja varuskunnan nimeten sen uudelleen Arian Aleksandriaksi. Hänen kuolemansa jälkeen kaupunkia hallitsi sen kreikkalainen yläluokka satraappeina ja kaupunkia kutsuttiin nimellä Areia. Seleukos I Nikator valtasi kaupungin vuonna 301 eaa. ja sen ollessa osa Seleukidien valtakuntaa kreikkalaisten maahanmuuttoa kannustettiin esimerkiksi myöntämällä siirtolaisille maata. Kreikkalainen kulttuuri kukoisti, mikä näkyi esimerkiksi rakennuksissa ja lyödyissä kolikoissa. Kaupungissa käytettiin myös kreikan kieltä. Parthialaiset valtasivat kaupungin vuonna 247 eaa, mutta se säilyi vielä paikallisena kreikkalaisen kulttuurin keskuksena.