Toisen maailmansodan alkaessa Weizsäcker oli 19-vuotias sotamies Gross Bornissa lähellä Puolan rajaa ja osallistui hyökkäykseen, minkä jälkeen hänet kuljetettiin välittömästi länsirintamalle. Weizsäcker haavoittui Itä-Preussissa vuonna 1945 ja palasi kotiinsa Stuttgartiin. Hän opiskeli oikeustiedettä ja avioitui vuonna 1953 Marianne von Kretschmannin kanssa. Parille syntyi neljä lasta.