После отставки Алькала Самора уехал в поездку по Скандинавии, где его застало начало Гражданской войны. Он отказался возвращаться в Испанию, так как сторонники республики разграбили его дом и вскрыли сейф в мадридском отделении банка «Креди лионэ», в котором находилась рукопись его мемуаров. В свою очередь, франкисты заочно приговорили его к пяти годам ссылки и штрафу в 50 млн песет. Начало Второй мировой войны застало его во Франции, откуда он был вынужден бежать в Латинскую Америку после прихода к власти коллаборационистского правительства Виши, преследовавшего испанских республиканцев. В январе 1942 года он добрался до Аргентины, где работал над книгами и статьями. Из трудов эмигрантского периода его жизни выделяются политические исследования «Дефекты конституции 1931» ("Los defectos de la Constitución de 1931", 1936) и «Глобальный мир и международная организация» ("Paz mundial y organización internacional", 1946).