Πριν από τον πόλεμο, το Ζγκιες είχε μια ακμάζουσα εβραϊκή κοινότητα περίπου 4.000 ατόμων, η οποία αποτελούσε το 16,6% του πληθυσμού της πόλης μέχρι το 1931. Όταν οι Γερμανοί κατέλαβαν την πόλη, άρχισαν να διώκουν τους Εβραίους, με τη βοήθεια ντόπιων Γερμανών. Η συναγωγή κάηκε και οι Εβραίοι απήχθησαν από τους δρόμους για καταναγκαστική εργασία. Πολλοί προσπάθησαν να φύγουν από την πόλη, αν και μερικοί από αυτούς επέστρεψαν. Τον Δεκέμβριο του 1939, οι Γερμανοί απέλασαν 2.500 από τους Εβραίους στο Γκουόβνο του Γενικού Κυβερνείου, στη γερμανοκρατούμενη Πολωνία. Έμειναν πίσω από λιγότεροι από 100 Εβραίοι, κυρίως τεχνίτες που θεωρούνταν χρήσιμοι για τους Γερμανούς. Το 1942, αυτοί οι Εβραίοι απελάθηκαν στο Γκέτο του Λοτζ. Αυτή η ιστορία είναι ασυνήθιστη στο ότι δεν αναφέρθηκαν μαζικές δολοφονίες στο Ζγκιες. Φυσικά, οι Εβραίοι που απελάθηκαν στο Λοτζ και στο Γκουόβνο είχαν παγιδευτεί στη μοίρα αυτών των κοινοτήτων και οι περισσότεροι αργότερα απελάθηκαν στο στρατόπεδο εξόντωσης της Τρεμπλίνκα.Περίπου 350 Εβραίοι κάτοικοι του Ζγκιες επέζησαν από τον πόλεμο, αλλά δεν επέστρεψαν στην πόλη.