Эль-Ксар-эль-Кебир был основан в I тысячелетии до нашей эры Карфагеном. Город затем перешёл под контроль к римлянам, которые переименовали его в "Oppidum Novum". В 11 веке нашей эры город заново был отстроен арабскими иммигрантами. В XII веке были построены городские стены по повелению Альмохадов. В августе 1578 года в окрестностях города состоялась Битва трёх королей. В XVII веке султан Мулай Исмаил уничтожил городские стены города. В 1911 году Испания завоевала Северное Марокко и город получил испанское название — "Alcazarquivir".