I sovietici assunsero il controllo della vita politica, economica e culturale nei tre stati. Furono rapidamente intraprese politiche già adottate in precedenza in Russia: nazionalizzazione delle imprese private, riforma agraria in vista della collettivizzazione, soppressione delle organizzazioni politiche, culturali e religiose. L'economia subì un rallentamento. Attivisti politici e altre persone etichettati come "nemici del popolo" furono arrestati e imprigionati. Nel giugno 1941, circa 17 000 lituani furono deportati durante la prima deportazione. Ulteriori repressioni furono impedite dall'invasione nazista dell'Unione Sovietica. Entro una settimana la Wehrmacht si assicurò la Lituania. Inizialmente i tedeschi furono accolti come liberatori dalle popolazioni locali. Benché i lituani contrastarono i tedeschi dopo qualche mese il loro insediamento costituendosi in movimenti partigiani, il più grande dei quali era il Comitato supremo per la liberazione della Lituania, l'Unione Sovietica venne etichettata comunque come "nemico pubblico numero uno".