Отто Перес Моліна народився 1 грудня 1950 року у місті Гватемала. Закінчив військову академію Гватемали, а згодом Школу Америк та Міжамериканський оборонний коледж у США. Займав посади військового інспектора і керівника розвідки. У 1983 році брав участь у військовому перевороті Оскара Умберто Мехії Віктореса. 1993 року почав працювати в команді президента Раміро де Леон Карпіо, колишнього правозахисника. Брав участь у підписання мирних угод, що поклали кінець Громадянській війні у Гватемалі.