Komunitas Yahudi di Surabaya berkurang drastis saat terjadinya Perang Sinai, Israel bersama Britania Raya dan Prancis menyerang Mesir untuk merebut terusan Suez, yang menyebabkan kebencian terhadap warga Yahudi di Indonesia. Keberadaan warga Yahudi di Indonesia mendekati titik akhir ketika Presiden Soekarno mengeluarkan kebijakan nasionalisasi aset asing. Pada penghujung dasawarsa 1950-an, komunitas Yahudi turut meninggalkan Indonesia bersama gelombang kepulangan dan pengungsian warga non-Indonesia ke luar negeri.