Arana kommandierte Ende der 1960er Jahre eine Militärbasis der Armee im Osten von Guatemala, wo er eine Kampagne gegen die dort aktive Guerillabewegung leitete. Er kandidierte 1970 für den ultrakonservativen "Movimiento de Liberación Nacional" (MLN) als Präsident und bekleidete diesen Posten von 1970 bis 1974. Den direkt nach seinem Amtsantritt verhängten Ausnahmezustand nutzte er sowohl zur Bekämpfung der Guerillabewegung als auch zur Verfolgung von radikalen Studenten, Gewerkschaftern und oppositionellen Politikern.