Na década de 1990, logo após a independência do país, a Lituânia estabeleceu uma presença respeitável nas Eliminatórias da Copa do Mundo FIFA e nas Eliminatórias do Campeonato Europeu de Futebol: ficou em terceiro lugar no seu grupo tanto nas Eliminatórias para a Euro 1996 quanto nas Eliminatórias da Copa de 1998. Nas eliminatórias da Eurocopa 2004, eles surpreenderam a Europa ao lutarem pela classificação, chegando a ponto de empatarem com a forte Seleção da Alemanha fora de casa e uma vitória em casa sobre a Escócia. No entanto, uma derrota de 1 a 0 para a mesma Escócia sepultou o sonho lituano de disputar um torneio de primeira linha. Apesar de terminar em quinto lugar nas Eliminatórias do Mundial de 2006, a Seleção auriverde era competitiva.