Par la suite, Iker Casillas participe à la campagne de qualification pour l'Euro et produit de bonnes performances en n'encaissant de quatre buts. Il fait ensuite partie de l'effectif pour l'Euro 2004 qui se révèlera désastreux pour l'Espagne, éliminée dès la phase de poule par le Portugal (0-1). De la même manière, il dispute la Coupe du monde 2006 avec sa sélection qui sera éliminée dès les huitièmes de finale par la France de son coéquipier Zinédine Zidane (1-3).