Convocado para a Seleção Angolana desde 2016, Eddie Afonso fez parte do elenco que disputou a Copa Africana de Nações de 2019, sendo um dos 3 atletas do Petro de Luanda chamados por Srđan Vasiljević, juntamente com Wilson e Herenilson. Porém, não saiu do banco de reservas em nenhuma das 3 partidas disputadas pelos "Palancas Negras", que caíram ainda na primeira fase.