Kun Napoleon Bonaparte marraskuun 1799 vallankaappauksen myötä siirtyi konsuliksi, hän järjesti ensi töikseen Massénan nimityksen Italian-joukkojen komentajaksi. Italiaan saavuttuaan Masséna siirsi päämajansa Nizzasta Genovaan ja onnistui palauttamaan joukkojen rapistuneen taisteluhengen. Keväällä 1800 vastahyökkäyksen tehneet itävaltalaiset piirittivät Genovaa 21. huhtikuuta alkaen brittiläisen laivaston tuella. Masséna piti pintansa 4. kesäkuuta saakka, jolloin hänen oli antauduttava, mutta hänen vastarintansa voitti riittävästi aikaa Napoleonille, joka kiiruhti toisen armeijan kanssa Italiaan ja löi itävaltalaiset kymmenen päivää myöhemmin Marengon taistelussa. Lisäksi Genovan antautumissopimus salli Massénan armeijalle vapaan poistumisen, joten se ei jäänyt vihollisen vangiksi. Napoleon nimitti Massénan nyt molempien Italiaan saapuneiden armeijoiden yhteiseksi komentajaksi, mutta hän joutui eroamaan jo elokuussa 1800, kun häntä syytettiin ryöstelystä ja joukkojensa huonosta kohtelusta.