В сезоне 2002/03 Янне стал четвёртым в общем зачете. Кроме этого финн выиграл своё второе Турне четырёх трамплинов, победив на этапе в Инсбруке. А на чемпионате мира в Валь-ди-Фьемме финская команда во главе с Ахоненом (Тами Киуру, Артту Лаппи, Матти Хаутамяки) реабилитировалась за второе место на Олимпиаде, выиграв золотую медаль.