21 lutego 2011, na początku libijskiej wojny domowej, dwa myśliwce libijskich sił powietrznych uciekły na Maltę zamiast bombardować protestujących w Bengazi. Odmowa rządu maltańskiego ekstradycji pilotów lub zwrotu samolotów do Libii szybko sprawiła, że państwo wyspiarskie stało się nieprzyjaznym sąsiadem rządu Kaddafiego w trakcie powstania libijskiego. Malta koordynowała również ewakuację dziesiątek tysięcy pracowników zagranicznych, którzy zostali uwięzieni w czasie konfliktu, i odegrała mniejszą rolę w późniejszej międzynarodowej interwencji w konflikcie. 11 marca jeden z kuzynów Kadafiego próbował przekupić funkcjonariuszy maltańskich sił powietrznych, aby kupić paliwo do silników odrzutowych.