Amikor a háború kitört Franciaországgal 1809-ben, von Hiller a VI. hadtest parancsnoka lett, amely a bal szárnyon a legfontosabb osztrák hadsereg szerepét töltötte be. Amikor Napóleon megtámadta az osztrák balszárnyat április 20-án, az abensbergi csatánál , Hiller megérkezett és átvette az V., VI., és a II. tartalékhadtest parancsnokságát. Vereséget szenvedett Abensbergnél és április 21-én a landshuti csatában, leválasztva főseregtől. Április 22-én, Károly főherceg vereséget szenvedett az eckmühli csatában és visszavonult a Duna északi partjára. Hiller nem vette észre, hogy ő maradt egyedül a déli parton, megtámadta Jean-Baptiste Bessières seregét, és egy kis győzelmet aratott ellene Neumarkt-Sankt Veitnél április 24-én. Végül felismerve helyzetét, rendben visszavonult Linz felé április 25 - május 3 között. Ádáz küzdelmet folytatott André Masséna alakulatai ellen az ebelsbergi csatában. Ez a vereség kényszerítette arra von Hillert, hogy visszavonja seregét a Dunán Mautern-nél .