1800 gelang es der französischen Armee, nun wieder unter dem Oberkommando Napoleons, Italien zurückzuerobern (Alpenübergang beim Grossen St. Bernhard-Pass und Sieg bei Marengo). Am 20. Juni 1800 fiel Turin, der König von Sardinien wurde ein zweites Mal für abgesetzt erklärt und die Republik erneut ausgerufen; diesmal unter dem Namen Subalpinische Republik, die unter französischer Militärverwaltung stand und deren Heer in das Frankreichs eingegliedert wurde. Von April 1801 bis September 1802 regierte den Staat nur noch eine provisorische Regierung, und am 11. September 1802 annektierte Frankreich seine Tochterrepublik im Rahmen der Neuordnung Italiens (Wiederherstellung des Königreichs Neapel und des Kirchenstaats, Verwandlung des Herzogtums Toskana ins Königreich Etrurien und der Cisalpinischen in die Italienische Republik). Piemont sowie Savoyen und Nizza wurden erst 1814/1815 nach dem Ende der napoleonischen Herrschaft aus Frankreich herausgelöst und mit dem restaurierten Königreich Sardinien-Piemont wiedervereinigt.