Unmittelbar nach dem „"Anschluss"“ (März 1938) wurden einige Kremser Juden inhaftiert, kurz darauf aber wieder freigelassen. Geschäfte jüdischer Besitzer wurden beschmiert, das jüdische Bethaus in den Dinstlstraße mit Hakenkreuzen beschmutzt. Mitte September 1938 mussten unter SA-Aufsicht jüdische Einwohner den „"Judentempel"“ ausräumen, dabei wurden sie gedemütigt und verspottet. Das Synagogengebäude wurde danach als Lager genutzt, sodass es in den Novembergpogromen nicht beschädigt wurde. Von den 27 bestehenden jüdischen Gewerbebetrieben wurden bis Jahresende fast alle „"arisiert"“. 1940 verkaufte die „Israelitische Religionsgesellschaft“ das Friedhofsgelände an die Stadt Krems. Die meisten Juden flüchteten 1938 und 1939, 1940 lebten in Krems 16 Juden. Die restlichen Kremser Juden wurden nach Wien forciert, wo sie unter menschenunwürdigen Umständen in Sammelwohnungen auf engstem Raum mit anderen Juden untergebracht wurden. 130 Kremser Juden wurden deportiert und ermordet.