Knox, II. Dünya Savaşı sırasında Bletchley Park bünyesinde çalışmalara dahil olur, geliştirdiği şifre kırma sistemiyle İtalyan Donanmasında ve Alman Abwehr bünyesinde kullanılan Engima makinalarının şifrelerinin kırılmasını sağlamıştır. Ayrıca Enigma şifrelemesinin analizine önemli katkılar sağlamıştır. Özellikle İtalyan donanmasının iletişim şifrelerinin kırılması 1941 yılı Mart ayındaki Matapan Burnu Muharebesinin İngiltere tarafından kazanılmasında belirleyici olmuştur. Deniz muharebesinde İtalyan donanmasına büyük zayiat verdiren Amiral Andrew Cunningham ülkeye döndüğünde bizzat Bletchley Park'a gitmiş ve istihbaratın ulaştırılmasında emeği geçenlere teşekkür etmiştir.