רוצ'סטר הושמה תחת מצור בפעם השלישית בשנת 1264 בזמן מלחמת הברונים השנייה. רוג'ר דה ליבורן היה מפקדה של הטירה מטעם המלך הנרי השלישי. כוחות המורדים בהנהגת סימון החמישי דה מונפור וגילברט דה קלייר מגלוסטר הגיעו לרוצ'סטר והטילו מצור על הטירה, אך הפעם ויתרו על כיבושה כבר לאחר מספר ימים. למרות שהמגינים לא נכנעו, הטירה סבלה מנזק רב שתוקן רק במאה השנים הבאות. בשנת 1381 התקיים הקרב האחרון בטירה, כאשר היא נכבשה ונבזזה בזמן מרד האיכרים האנגלי נגד המלך-הילד ריצ'רד השני, שהיה בן 14 בלבד. בדומה למבני-אבן רבים לאורך ההיסטוריה (למשל הקולוסיאום ברומא), גם טירת רוצ'סטר שימשה, לאחר שלא היה בה עוד צורך צבאי, כמקור לאבני בניין בשימוש חוזר, וחיל המצב שלה פוזר בהוראת הכתר.