Em 1951, Navon se tornou o secretário político do primeiro primeiro-ministro de Israel, David Ben-Gurion. No ano seguinte, foi nomeado chefe da sucursal de Ben-Gurion. Ele permaneceu nesta posição sob o primeiro-ministro Moshe Sharett. Seu julgamento foi crucial para o conselho que o governo recebeu durante a Crise de Suez e o Caso Lavon.