Natzmer se casó dos veces, la primera con Sophie von Wreech y después con Charlotte Justine von Gersdorff. Tuvo dos hijos varones de su segundo matrimonio, Carl Dubislav (m. 1737) y Heinrich Ernst (m. 1739). Ya que los dos hijos murieron antes que su padre, la rama pomerana de la familia Natzmer terminó después de la muerte de Dubislav en Berlín. Otras ramas de la familia poseían fincas a lo largo de Brandeburgo, Sajonia, y Silesia; diez miembros de la familia Natzmer sirvieron en la Cuarta Coalición contra Napoleón Bonaparte. Uno de los más estrechos amigos del emperador Guillermo I era Oldwig von Natzmer.