Ngày 7 tháng 8 năm 1998, al-Qaeda đánh bom các đại sứ quán Mỹ ở Đông Phi, giết chết 224 người, trong đó có 12 người Mỹ. Để trả đũa, một loạt tên lửa hành trình do quân đội Mỹ phóng đi đã tàn phá một căn cứ của al-Qaeda ở Khost, Afghanistan. Al-Qaeda không hề hấn gì. Vào cuối năm 1999 và năm 2000, Al-Qaeda đã lên kế hoạch cho các cuộc tấn công trùng với thiên niên kỷ, do Abu Zubaydah chủ mưu và có sự tham gia của Abu Qatada, bao gồm vụ đánh bom các thánh địa Thiên chúa giáo ở Jordan, vụ đánh bom sân bay quốc tế Los Angeles của Ahmed Ressam, và vụ đánh bom .