Cependant, à l'indépendance de l'Algérie, et avant que cet accord ne soit ratifié, une coalition menée par Ahmed Ben Bella et soutenue par l'Armée de libération nationale (ALN) évince Ferhat Abbas du gouvernement. Un des enjeux de la guerre de libération nationale était la préservation de l'unité du territoire, il s'agissait en particulier d'empêcher la France de séparer la région du Sahara du reste de l'Algérie. Ben Bella et les dirigeants de l'Armée de libération nationale (ALN) étaient de ce fait réticents à l'idée de rétrocéder le moindre territoire « libéré avec le sang de tant de martyrs » au Maroc et, après l'indépendance, ils refusent de reconnaître les revendications historiques ou politiques du Maroc. Ils perçoivent en fait les exigences du Maroc comme une tentative d'ingérence et de pression, au moment où le pays sort très affaibli de sa guerre d'indépendance. Le gouvernement algérien ne contrôle pas encore fermement tout son territoire ; en particulier, un soulèvement anti-FLN, conduit par Hocine Aït Ahmed, se développe notamment en Kabylie. Dans le même temps, les revendications socialistes du Front de libération nationale (FLN), trouvent un écho au Maroc avec l'Union nationale des forces populaires (UNFP) de Mehdi Ben Barka, qui exige une réforme agraire, une révolution des travailleurs, et une solidarité anti-impérialiste avec la révolution algérienne ; celui-ci doit quitter le Maroc en juillet 1963 à la suite de l'échec du « complot de juillet » contre le roi, dans lequel une faction de l'Union nationale des forces populaires (UNFP) est mêlée.