W reprezentacji Belgii Nelis zadebiutował 17 marca 1940 roku w wygranym 7:1 towarzyskim meczu z Holandią, rozegranym w Antwerpii, w którym zdobył gola. Wcześniej, w 1938 roku, został powołany do kadry na mistrzostwa świata we Francji. Na nich był rezerwowym. W kadrze narodowej wystąpił 2 razy i strzelił 2 gole.