Im Januar 1915 erfolgte seine Ernennung zum Chef des Generalstabs des IX. Reserve-Korps, das überwiegend im Stellungskrieg auf französischem Boden und später in den Materialschlachten der Jahre 1916 bis 1918 eingesetzt war. So beteiligte sich das Korps an den Abwehrschlachten an der Somme 1916, bei Arras und in Flandern 1917 sowie an der „Michael“-Offensive im März 1918 und dem Angriff (Operation „Georgette“) bei Armentières im April 1918. Nach der Abschlagung schwerer Feindoffensiven wurde Oberstleutnant Thaer am 6. August 1917 in seiner Funktion als „Korps-Chef“ der Orden Pour le Mérite verliehen.