Negli anni successivi, Atene viene attaccata come tutta la Grecia dall'Impero persiano. Nel 490 a.C la flotta persiana sbarca in Eubea e tenta di assediare Atene. La città chiede aiuto a Sparta ma rimane sola. Gli ateniesi non si scoraggiano e a Maratona in una epica battaglia riescono a sconfiggere e a ricacciare in patria i persiani. Qualche anno dopo, il re Serse sbaraglia i greci alle Termopili e assedia Atene. Gli abitanti riescono a rifugiarsi a Salamina ma la città è distrutta dai persiani. Sotto la guida di Temistocle, gli ateniesi riescono comunque a sconfiggere i persiani e a ricostruire la loro città.