Bei einer Pegida-Demonstration in München am 12. Oktober 2015 wurden die Reichskriegsflagge gezeigt und rechtsextreme Parolen wie „nationaler Widerstand“ gerufen. Im Nachgang stiegen Neonazis, die an der Versammlung teilgenommen hatten, in die Feldherrnhalle – Schauplatz des versuchten Hitlerputsches 1923 – und skandierten rechtsextreme Parolen; einer hob den rechten Arm „wie zum Hitlergruß“. Bei einer Kundgebung und Kranzniederlegung am Platz der Opfer des Nationalsozialismus eine Woche darauf (mit etwa 150 Teilnehmern) zitierte der Versammlungsleiter Heinz Meyer mehrfach den Satz „Wollt ihr den totalen Krieg?“ von Joseph Goebbels und wetterte gegen „schweinische Migranten“. Seither ist der Verein unter Beobachtung des Landesamts für Verfassungsschutz. Eine vom örtlichen Pegida-Ableger angemeldete Versammlung vor der Feldherrnhalle am 9. November, dem Jahrestag des Hitlerputsches und der Reichspogromnacht 1938, wurde von der städtischen Ordnungsbehörde untersagt. Im Dezember 2016 verbot das Münchner Kreisverwaltungsreferat Pegida-Chef Meyer für ein Jahr, Pegida-Versammlung zu leiten, da es dabei wiederholt zu Rechtsverstößen gekommen war. Zu den Kundgebungen kommen zwar immer weniger Menschen, dafür befinden sich darunter regelmäßig zahlreiche polizeibekannte Rechtsextreme. Auch Vertreter der neonazistischen Partei "Der III. Weg" zählen zu den Teilnehmern und Rednern auf Veranstaltungen von Pegida München, ebenso wie Personen aus dem Umfeld der Identitären Bewegung, deren Symbol wiederholt am Rednerpult von Pegida München angebracht wurde.