Військово-морські сили також брали участь у всіх військових переворотах в Аргентині протягом 20 століття. Під час диктатури 1976-1983 років персонал ВМС був залучений у Брудну війну, в якій тисячі людей були викрадені, замучені та вбиті силами військової хунти. Школа механіків ВМС Аргентини, відома як ESMA, була горезвісним центром тортур. У жовтні 2007 р. ВМС Аргентини офіційно передали школу правозахисним організаціям, щоб перетворити її на меморіальний музей.