«Черноморец» выступал в высшей лиге до 2001 года. Самое высокое место, которое удалось завоевать — шестое. Новороссийцы сделали это дважды в 1997 (под руководством Олега Долматова) и 2000 (под руководством Анатолия Байдачного). По итогам сезона 2000 года шестое место позволило клубу выступить в &lt;a href="%D0%9A%D1%83%D0%B1%D0%BE%D0%BA%20%D0%A3%D0%95%D0%A4%D0%90%202001-2002"&gt;Кубке УЕФА2001/02&lt;/a&gt;. В первом же раунде «Черноморец» играл с испанской «Валенсией». Дома, при сильнейшем ветре новороссийцы уступили 0:1, а в гостях проиграли с крупным счетом 0:5. Первенство клуб закончил на последнем месте.