Упершыню за зборную Іспаніі Алонса згуляў 30 красавіка 2003 года ў таварыскім матчы супраць зборнай Эквадора, ва ўзросце 22 гадоў. На Еўра-2004 Алонса быў заменены ў матчы з Расіяй пры ліку 1:0, згуляў усе 90 хвілін супраць Партугаліі, дзе яго каманда саступіла з лікам 0:1. У выніку іспанцы не прайшлі групавы этап.