Koubek pelasi Tšekin nuorisomaajoukkueissa. Tšekin A-maajoukkueessa hän pelasi ensimmäisen kerran maaliskuussa 2016 ystävyysottelussa Skotlantia vastaan. Kesäkuun 2021 loppuun mennessä hän on pelannut 11 A-maaottelua, joihin sisältyy yksi MM-karsintaottelu ja yksi Kansojen liigan ottelu. Kesän 2021 EM-kilpailuissa hän oli Tšekin joukkueessa varamaalivahtina.