Durante la seconda guerra mondiale, il Paese fu invece occupato dalla Germania nazista nel corso della campagna di Francia (1940); durante l'occupazione il Paese fu soggetto al Reichskommissariat Niederlande, diretto dal reichskommissar Arthur Seyß-Inquart. Nei cinque anni che seguirono gran parte della popolazione ebrea fu deportata nei campi di sterminio nazisti. La resistenza che si sviluppò fu assai ramificata e ben organizzata, ma gli Alleati vi fecero scarso affidamento. Nel 1942 i possedimenti coloniali olandesi in Asia (Indonesia ed isole adiacenti) vennero occupati dal Giappone. Nel settembre 1944 gli Alleati, dopo aver liberato Francia e Belgio, tentarono di superare il Reno nella regione fra Nimega ed Arnhem (operazione Market-Garden), ma l'audace operazione fallì e gran parte dei Paesi Bassi restò sotto il controllo tedesco. L'inverno successivo fu caratterizzato da una grave carestia, ed il Paese fu liberato solo nel maggio 1945.