В 1639 году, во время сражения у Даунса, он был назначен лейтенантом Адмиралтейства Западной Фрисландии. Затем в 1640, 1641 и 1642 годах он служил на флоте лейтенант-адмирала Мартена Тромпа, который устраивал ежегодную блокаду Дюнкерка из-за действий дюнкеркских корсаров. В то время флоту стали уделять всё меньше внимания, и Флюг ушёл, чтобы найти работу в торговом флоте, которая у тому же намного лучше оплачивалась. Он, видимо, не участвовал в Первой англо-голландской войне; участие не было обязательным, не было никакого призыва на военную службу, а закон запрещал вербовку.