Como uno de los hijos menores de Harún, Abu Ishaq fue inicialmente de poca importancia, y no figuraba en la línea de sucesión. Poco después de la muerte de Harún en el 809, estalló una cuarta guerra civil entre sus hermanastros mayores al-Amín y al-Mamún. Al-Amín contaba con el apoyo de las élites abbasíes tradicionales de Bagdad, mientras que al-Ma'mún contaba con el apoyo de otras secciones. Al-Ma'mún salió victorioso en el 813 con la rendición de Bagdad tras un largo asedio y la muerte de al-Amín. Al elegir permanecer en su fortaleza de Jorasán, en la periferia nor-oriental del mundo islámico, al-Ma'mún permitió que sus principales lugartenientes gobernaran en su lugar en Irak. Esto dio lugar a una oleada de antipatía hacia al-Ma'mún y sus lugartenientes persas, tanto entre las élites abbasíes de Bagdad como en las regiones occidentales del Califato, que culminó con la designación del hermano menor de Harún al-Rashid, Ibrahim, como anti-califa en Bagdad en el 817. Este acontecimiento hizo que al-Ma'mún se diera cuenta de su incapacidad para gobernar desde lejos; inclinándose ante la reacción popular, despidió o ejecutó a sus lugartenientes más cercanos, y regresó en persona a Bagdad en el 819 para comenzar la difícil tarea de reconstruir el Estado.