Philippe Le Bourgeois rejoint à nouveau le SDECE comme attaché naval adjoint à Moscou et chef de poste, de à , travaillant principalement sur les forces armées soviétiques. Il est promu capitaine de frégate en , à 41 ans. C'est une période de transformations en Union soviétique, le fameux congrès du Parti communiste, en février 1956, permettant la libération des dissidents du Stalinisme et une relative ouverture de la vie publique. C'est aussi l'époque de l'envoi dans l'espace du satellite Spoutnik (1957), ou encore d'une très forte tension avec Paris et Londres lors de la crise de Suez et de la répression dans le sang de la révolution hongroise.