Quan el 9 de novembre de 1938 té lloc la Nit dels cristalls trencats, Charlotte ja no era a l'Acadèmia: li van donar un premi que acabava de guanyar a una altra alumna per por de cridar l'atenció sobre el seu origen jueu; la situació es tornava insuportable per a ella i, després d'una curta detenció del seu pare, va haver d'optar per abandonar Berlín i reunir-se amb els seus avis a França, mentre que el seu pare i la seva esposa partien cap a Holanda.