A 2004-es Eb selejtezőiben Franciaország, Izrael, Ciprus és Málta voltak Szlovénia ellenfelei. A selejtezők végén Franciaország mögött a második helyen zártak, így sorozatban harmadik pótselejtezőjükre készülhettek, ahol Horvátország várt rájuk. Az első mérkőzésen Zágrábban 1–1-es végeredmény született, ami az idegenben szerzett gól miatt a szlovénoknak kedvezett. Azonban a Ljubljanában rendezett visszavágón Dado Pršo góljával a horvátok szerezték meg a győzelmet és ezzel Horvátország 2–1-es összesítéssel jutott ki a Portugáliában rendezett 2004-es Európa-bajnokságra. A két mérkőzésen a szlovénok összesen egyszer lőttek kapura. Prašnikar a védekező taktikája miatt sok kritikát kapott a média és a szurkolók részéről, ezért nem volt meglepő, hogy távoznia kellett. Helyére Branko Oblakot nevezték ki.