אבולעפיה התגייס לצה"ל בספטמבר 1986, ושובץ בגדוד 950 (לימים גדוד 50) בחטיבת הנח"ל. עבר מסלול הכשרה כלוחם, קורס מ"כים חי"ר וקורס קציני חי"ר. בסיום הקורס שב לחטיבה ושימש כמפקד מחלקה בגדוד. בנובמבר 1990 מונה למפקד פלוגה בגדוד 50. בשנת 1992 שימש כמפקד פלוגה בבה"ד 1. בהמשך מונה למפקד פלס"ר נח"ל בין השנים 1993–1995, והוביל אותה בלחימה בדרום לבנון וכנגד ארגוני הטרור הפלסטינים במהלך האינתיפאדה הראשונה. לאחר מכן שירת בנספחות צה"ל בוושינגטון. לאחר לימודים בפו"ם, הועלה לדרגת סא"ל ומונה למפקד גדוד 906 בין השנים 2000–2002. לאחר מכן הקים את גדס"ר נח"ל, ושימש כמפקד הגדוד בין השנים 2002–2004.