In der Folge des Tōhoku-Erdbebens 2011 am 11. März 2011 kam der Fahrbetrieb auf der Yamagata-Shinkansen vollständig zum Erliegen. Am 31. März 2011 wurde zunächst das Teilstück zwischen Fukushima und Shinjō wieder in Betrieb genommen. Ab 12. April 2011 wurden wieder einzelne Verbindungen nach Tokio durchgebunden. Die Anzahl wurde anschließend sukzessive erhöht.