La sua carriera da professionista inizia nel Galatasaray, dove esordisce a 17 anni nella stagione 1997-1998. In quattro stagioni Emre disputa 155 presenze e segna 21 gol, vincendo 3 campionati turchi (1998, 1999, 2000), 2 Coppe nazionali (1999, 2000), una Coppa UEFA (1999-2000), e una Supercoppa UEFA (2000).