In den Jahren 1663 und 1664 führte er einen Feldzug gegen den habsburgischen Teil Ungarns. Nachdem er mehrere Festungen erobert hatte (unter anderen Neu-Zrin im Norden Kroatiens), erlitt er bei der Schlacht von St. Gotthard eine Niederlage und sah sich gezwungen, mit Österreich den Frieden von Eisenburg zu schließen, der allerdings viele der türkischen Eroberungen sicherte. Der kaiserliche Feldherr Montecuccoli war wegen der Schwächen seines Heeres nicht in der Lage, den Sieg auszunützen, deswegen blieb Fâzıl Ahmed Paschas Einfluss auf den Sultan ungebrochen.