Da der J-PARC nur circa 200 km vom Epizentrum des Tōhoku-Erdbebens 2011 entfernt war, kam es am 11. März 2011 zu erheblichen Beschädigungen an der Infrastruktur sowie an den Beschleunigern und Experimenten. Der Tsunami erreichte hier aber nur eine Höhe von 3 Metern und die für 8 Meter ausgelegten Hochwasserschutzeinrichtungen verhinderten eine Überflutung des Areals. Bis Ende Dezember 2011 konnten die Schäden behoben und der Betrieb wieder aufgenommen werden.