В 2000 году на правах аренды перебрался в нижегородский «Локомотив», за который в первом круге Высшего дивизиона 2000 провёл 5 матчей и забил один мяч. В июне 2000 года Нериюс Василяускас отправился на просмотр в «Зенит» из Санкт-Петербурга, однако после почти недельного наблюдения за литовцем руководство приняло решение отказаться от покупки футболиста, так как питерцев смутила слишком большая сумма, которую запрашивали вильнюссцы, они оценили Нериюса в 200 тысяч долларов США. Второй круг того же сезона он провёл в махачкалинском «Анжи», однако на поле так и не вышел. После чего вернулся в «Жальгирис». С 2001 по 2003 год играл в польском клубе «Висла» из Плоцка, за которую сыграл лишь три матча в чемпионате Польши. С 2004 по 2005 играл за «Ветру».