Vor Beginn der mexikanischen Kolonisierung lag der Ort im Siedlungsgebiet der Küstenmiwok, einem Indianervolk, das ursprünglich große Gebiete nördlich des heutigen San Francisco bewohnte. Für das Jahr 1866 ist ein Landkauf von Nathan H. Stinson belegt, der dem Ort später seinen Namen lieh. Im Jahr 1870 wurde eine Landstraße gebaut, die Stinson Beach mit dem weiter südöstlich gelegenen Sausalito verband und damit auch Anschluss an die Fährverbindung nach San Francisco schuf. Einen großen Aufschwung nahm Stinson Beach in der Folge des verheerenden Erdbebens von San Francisco im Jahr 1906, in dessen Folge sich zahlreiche ehemalige Bewohner San Franciscos am Ort ansiedelten. Das erste Postamt von Stinson Beach wurde im Jahr 1916 eröffnet. Im Jahr 1939 wurde das Gebiet an Marin County verkauft. 1950 fiel es an den Staat Kalifornien und seit 1977 wird es vom National Park Service verwaltet.