С началом техасской борьбы за независимость Боуи возглавил местное ополчение в боях за Консепсьон и т. н. «битве за сено» в 1835 году. В 1836 году Боуи руководил защитой миссии Аламо в Сан-Антонио. Все защитники осаждённой крепости погибли в бою. Боуи был прикован к постели болезнью, однако перед смертью, как гласит предание, успел разрядить свои пистолеты в ворвавшихся в его комнату мексиканцев.