Dnia 26 sierpnia 2006 roku De los Cobos został trenerem reprezentacji Salwadoru. Jego pierwszym poważnym turniejem międzynarodowym w karierze trenerskiej był Złoty Puchar CONCACAF 2007. Tutaj Salwador zajął 3 miejsce w grupie z 1 zwycięstwem oraz 2 porażkami na koncie i kosztem USA i Gwatemali nie zakwalifikował się do fazy pucharowej. Brał również udział w Złotym Pucharze CONCACAF 2009, gdzie ponownie nie wyszedł z grupy.