Когда закончилась гражданская война, Бреннан уволился из рядов добровольческой армии и вернулся в регулярную армию, где стал майором 1-го артиллерийского полка. Он служил в форте Трамбалл (Коннектикут), фоте Уодсворт (Нью-Йорк) и в Огденсбрге, где противодействовал феннианским набегам на Канаду. В 1877 году Бреннан находился в Филадельфии, где подавлял железнодорожные бунты. В том же 1877 году он перевелся в 4-й артиллерийский поле. 19 апреля 1882 года Бреннан покинул службу в звании полковника и поселился в Нью-Йорке.