Mit der slowenischen Nationalmannschaft nahm Nesterovič an den Europameisterschaften 1997, 1999, 2001, 2005 und 2007 sowie der Weltmeisterschaft 2006 teil. 2008, nachdem Slowenien die Qualifikation für die Olympischen Spiele verpasst hatten, trat er von der Nationalmannschaft zurück.