Müller est titularisé par Köbi Kuhn durant le championnat d'Europe 2004, la Coupe du monde 2006 où il a été de finaliste et l'Euro 2008, coorganisé par l'Autriche et la Suisse où l'équipe helvète est éliminée dès le premier tour, mais possède deux joueurs en haut dans les statistiques aux côtés des grandes stars: Eren Derdiyok et Hakan Yakin. Müller, lui est titulaire lors des trois matchs de la « Nati ».