Coincidiendo con los últimos días del alzamiento, el congreso comunista aprobó sin oposición la Nueva Política Económica. Las revueltas en varias zonas del país, las huelgas en Petrogrado y el alzamiento en Kronstadt acabaron por acabar con la militarización del trabajo defendida por Trotski, hasta su aplicación por Stalin a finales de la década durante la industrialización forzosa. Al mismo tiempo que se liberalizaba parcialmente la economía, el partido prohibió todas las organizaciones opositoras en los sóviets, temeroso de que pudiesen recibir el apoyo del campesinado y la burguesía urbana que recuperarían poder con las medidas económicas. A esta prohibición se unió la de las corrientes internas dentro del partido. Trotski aceptó la moción secreta presentada por Lenin y aprobada en el congreso que permitía la expulsión de opositores del partido, y que finalmente si utilizaría contra él a final de la década. Durante la primera etapa de la Revolución, Trotski se convierte en hombre de confianza de Lenin y este le encomendará varias misiones. La primera será la de acabar la guerra con las potencias centrales. Será el encargado, como comisario (ministro) de Asuntos Exteriores, de firmar con los alemanes el llamado Tratado de Brest-Litovsk, paz que supondrá para Rusia una pérdida considerable de su territorio. Seguidamente será nombrado comisario de Guerra. Desde este puesto se encargará de la creación, promoción y dirección del Ejército Rojo, motivo principal de que los logros revolucionarios no se perdieran durante la época de la Guerra Civil (1918-1920) contra las fuerzas contrarrevolucionarias (potencias extranjeras y rusos blancos). Los anarquistas acusan a Trotski de reprimir cualquier movimiento de izquierda opuesto al oficial del Partido Bolchevique. Por ejemplo, al movimiento ácrata de Néstor Majnó en Ucrania o la rebelión de los marineros de Kronstadt en el golfo de Finlandia.