Zanetti on uransa aikana pelannut yli 300 virallista ottelua ja tehnyt niissä kahdeksan maalia, joista neljä Serie A:ssa, kaksi Serie B:ssä, yhden UEFA-cupissa ja yhden maaottelussa. Hän pelasi MM-kilpailuissa 2002 kahdessa alkulohko-ottelussa ja tappiollisessa neljännesvälieräottelussa täydet minuutit sekä EM-kilpailuissa 2004 ensimmäisessä alkulohko-ottelussa 57 minuuttia. Hän voitti alle 21-vuotiaiden Euroopan-mestaruuden 2000 ja pelasi samana vuonna Sydneyn olympialaisissa neljä ottelua.