La gara prende il nome dalla Vallagarina, nome dell'ultimo tratto della valle percorsa dal fiume Adige. La prima edizione del Cross della Vallagarina è stato organizzato nel 1978 in seguito alla partecipazione dell'atleta locale Cristina Tomasini al campionato del mondo di corsa campestre del 1977. Inizialmente la corsa era riservata esclusivamente alle donne: la gara maschile è stata introdotta nel 1981.