EM-hopean ansiosta Saksa lunasti paikkansa vuoden 2006 MM-kilpailuihin. Menestys kisoissa jäi kuitenkin viimekertaista heikommaksi jääden kahdeksanneksi. Kisojen päätyttyä Nowitzki kuitenkin sanoi, ettei sijoitus ollut huono. Nowitzki oli mukana myös vuoden 2007 EM-kisoissa, joissa Saksa sijoittui viidenneksi. Nowitzki voitti turnauksen korikuninkuuden ja oli toinen levypallotilastoissa. Häntä ei kuitenkaan valittu turnauksen arvokkaimmaksi pelaajaksi, sillä tämän palkinnon sai Andrei Kirilenko.