1938 року Стефанідес переїхав до Салоніків, де на завдання Фонду Рокфеллера досліджував переносників малярії. У 1939 році Стефанідес був мобілізований до британської армії та служив у . Він брав участь у Битві за Крит 1941 року, кампанії в Лівійській пустелі 1941—1943 років та Сицилійській операції 1943 року. Дружина та донька Стефанідеса евакуювалися з Корфу до Великої Британії на початку війни, а його батьки загинули 1943 року під час німецького бомбардування острова. У 1946 році він опублікував спогади «Розв'язка в Криті» (), де критикував британське командування за відсутність підготовки до оборони впродовж 6 місяців 1941 року та описав настрої й побоювання солдатів під час тієї операції.