23. syyskuuta 2003 Englannin jalkapalloliitto järjesti Ferdinandille normaalin dopingtestin Manchester Unitedin harjoituskeskuksessa, Carringtonissa. Hän kuitenkin lähti harjoituskentältä tekemättä testiä. Myöhemmin hän tajusi unohtaneensa testin, ja soitti harjoituskeskukseen, mutta jalkapalloliiton testaajat olivat jo lähteneet. Rio kertoi, että oli unohtanut dopingtestin, koska hänellä oli muutto kesken ja lähti harjoitusten jälkeen suoraan ostoksille. Hän teki kuitenkin testin seuraavana päivänä ja näyte oli negatiivinen. Tästä ei ollut kuitenkaan hyötyä, koska häntä ei syytetty dopingin käytöstä, vaan siitä, ettei antanut testiä määrättynä ajankohtana. Ferdinand jatkoi pelaamista seurajoukkueessaan, kunnes hän sai kahdeksan kuukauden kilpailukiellon, joka alkoi 20. tammikuuta 2004. Manchester United ilmoitti tiedotteessaan että Ferdinand valittaa tuomiostaan. - Olen sitä mieltä, että saamani tuomio ja pelikielto ovat väärät, Ferdinand selitti. Maailman antidopingneuvosto Wadan puheenjohtaja Richard Pound puolestaan sanoi hänen olleensa onnellinen välttäessään kahden vuoden kilpailukiellon. Valitus ei mennyt läpi ja Ferdinand kärsi kilpailukieltonsa. Rion merkityksestä joukkueelleen kertoi paljon se, että ennen hänen viimeistä otteluaan Wolvesia vastaan ManU johti vielä Valioliigaa, mutta kauden lopussa United oli sarjassa kolmantena, 15 pistettä Arsenalin takana. United voitti keväällä FA Cupin, mutta Ferdinand ei saanut mitalia, koska ei pelannut yhtään peliä. Pelikiellon takia häneltä jäi luonnollisesti väliin myös 2004 EM-kisat, joissa John Terry korvasi hänet.