En 1798, Pablo I le dio a Korsakov el mando de una fuerza expedicionaria de 30.000 hombres que fueron enviados a Alemania para unirse a Austria en la lucha contra la República Francesa. A principios de 1799, la fuerza se desvió para expulsar a los franceses de Suiza. Dejando Rusia en mayo, Korsakov llegó a Stockach en 90 días. Con 29.463 hombres, sus hombres marcharon luego a Zúrich para unirse al cuerpo de 25.000 hombres del general Friedrich von Hotze. Se esperaba que el ejército de Alexander Suvorov se uniera a ellos desde Italia después de cruzar los Alpes, pero el terreno y la acción enemiga detuvieron el avance de Suvorov. Aun así, Korsakov los esperó cerca de Zúrich de forma relajada y demostrando su excesiva confianza. Aprovechando al máximo esto, los franceses al mando de André Masséna atacaron Zúrich el 25 de septiembre de 1799, en la Segunda Batalla de Zúrich, obteniendo una clara victoria y obligando a Korsakov a retirarse a Schaffhausen, quien, a pesar de la casi nula persecución francesa y la orden de Suvorov de mantenerse en esas tierras hasta su llegada, nunca redujo la velocidad de su retirada. Entonces Korsakov tomó una posición al este del Rin en el campo de Dorflingen entre Schaffhausen y Constanza, permaneciendo allí mientras Masséna tenía libertad para lidiar con Suvorov. Su ala izquierda, al mando de Condé, fue expulsada de Constanza el 7 de octubre; el mismo día en el que avanzó desde Büsingen contra Schlatt, donde acabaron siendo rechazados por Masséna, por lo que se vio obligado a abandonar su dominio en la orilla izquierda del Rin. Se unió a las tropas supervivientes de Suvorov en Lindau el 18 de octubre y poco después fue relevado del mando. Poco después fue destituido de su puesto de coronel en jefe del Regimiento de Mosqueteros de Rostov. El ejército combinado se devolvió hacia Bohemia, lugar donde recibieron la orden de Pablo I de regresar a Rusia para el invierno.