Когда началась Гражданская война, Мотт вступил в Добровольческую армию США и стал подполковником 5-го Нью-Джерсийского пехотного полка. Его полк был включен в состав бригады Паттерсона и весной 1862 года отправлен на Вирджинский полуостров, где участвовал в сражении при Уильямсберге. После сражения Мотт получил звание полковника и возглавил 6-й Нью-Джерсийский пехотный полк. Он командовал этим полком во время сражения при Севен-Пайнс и был отмечен за храбрость, но в последующей Семидневной битве его полк активного участия не принимал.