Im Krieg gegen Preußen nahm Lyncker am Gefecht bei Tauberbischofsheim teil und wurde dafür am 18. September 1866 belobigt. Nach dem Krieg war er für fünf Monate zum Generalkommando des preußischen XI. Armee-Korps nach Kassel kommandiert und wurde am 1. Juni 1868 unter Beförderung zum Major Abteilungskommandeur. Am 11. Mai 1869 kommandierte man ihn zur Führung der II. Abteilung des Brandenburgischen Feldartillerie-Regiments Nr. 3 („General-Feldzeugmeister“). In dieser Stellung wurde Lyncker zu Beginn des Krieges gegen Frankreich in der Schlacht bei Spichern durch einen Kopfschuss schwer verwundet. Nach einem Lazarettaufenthalt nahm er an der Belagerung von Metz teil, erkrankte dort schwer und war erst nach dem Waffenstillstand wieder dienstfähig. Ausgezeichnet mit dem Eisernen Kreuz II. Klasse beauftragte man ihn nach dem Friedensschluss am 31. Oktober 1871 mit der Führung des Artilleriekorps, bevor er am 1. Januar 1872 mit seinem Dienstgrad als Major mit Patent vom 1. Juni 1868 in den Verband der Preußischen Armee übernommen wurde. Am 26. Oktober 1872 wurde Lyncker zur Führung der Divisionsartillerie des Garde-Feldartillerie-Regiments nach Berlin kommandiert und Anfang September 1872 zum Oberstleutnant befördert. Mit der Trennung der Korps- von der Divisionsartillerie wurde aus seinem Verband am 7. Mai 1874 das 2. Garde-Feldartillerie-Regiment errichtet. Er fungierte weiterhin als Kommandeur, stieg Ende März 1876 zum Oberst auf und wurde am 14. Februar 1878 unter Stellung à la suite seines Regiments als Kommandeur der 6. Feldartillerie-Brigade nach Breslau versetzt. In dieser Eigenschaft wurde Lyncker Mitte September 1882 zum Generalmajor befördert und am 6. Dezember 1883 unter Verleihung des Roten Adlerordens II. Klasse mit Eichenlaub mit Pension zur Disposition gestellt.