Après avoir remporté la Coupe Memorial au terme de sa deuxième saison au niveau junior avec les Rebels de Red Deer de la Ligue de hockey de l'Ouest, Woywitka est réclamé par les Flyers de Philadelphie au premier tour du repêchage de la Ligue nationale de hockey en 2001. Il reste tout de même pour deux autres saisons avec les Rebels et représente en 2003 l'équipe du Canada qui prend part au championnat du monde junior.