Po revoluci se přeměnila na komerční aerolinku, na zakázku provozovala lety po Evropě, své letouny také pronajímala. V roce 1990 flotila čítala čtyři L-410. V roce 1991 získala kontrakt na přepravu pracovníků Škoda Auto a Volkswagen mezi Prahou a Braunschweigem, poblíž totiž sídli Volkswagen, který Škodu Auto zakoupil. Flotila se rozšířila o další tři letouny L-410. Kontrakt v roce 1992 vypršel a získala ho společnost Top Air, provozovala totiž přetlakované letouny, které koncern vyžadoval. Škoda Air tak odprodala část své flotily, která neměla využití. Škoda Air létala pro firmu DHL také nákladní linku Praha – Norimberk. V roce 1994 se společnost opět pokusila uspět v tendru Volkswagenu, ale nestalo se tak, i když si pronajala od společnosti Commuterinvest přetlakovaný Saab 340. Zakázku vyhrála společnost Air Ostrava. Saab 340 společnost pronajímala Českým aeroliniím na linku Praha – Vídeň.