Родителями Маргариты были Робер II, герцог Бургундский и Агнесса Французская, дочь короля Франции Людовика IX Святого. 23 сентября 1305 года была выдана замуж за будущего короля Людовика X. В 1314 году на пару с Бланкой Бургундской была уличена в супружеской неверности и заточена в крепость Шато-Гайар, где, скорее всего, была убита, когда её мужу Людовику X понадобилось жениться вторично — на Клеменции Венгерской.