Der russisch-orthodoxe Priester entstammte einer jüdisch-ukrainischen Bauernfamilie. Früh schon konvertierte er zum Christentum. Er wirkte in der Arbeiterbewegung sowie als Gefängnispfarrer und rief 1903 mit staatlicher Genehmigung die Versammlung der Russischen Fabrikarbeiter in Sankt Petersburg ins Leben, die allerdings schnell von der Geheimpolizei Ochrana unterwandert wurde. Die Bewegung profitierte davon, dass der Versuch, eine staatliche Gewerkschaft zu errichten, gescheitert und die betreffende Organisation aufgelöst worden war. Die Bewegung von Gapon wurde zunehmend größer und radikalisierte sich mit der Zeit, umfassende politische Forderungen wurden gestellt. Gapon selbst glaubte an den heiligen Bund zwischen Zar und Volk und berief sich auf den Mythos des „Guten Zaren“, der dem Volk helfe, wenn es in Not sei und sich mit seinen Problemen an ihn wende. Während des Russisch-Japanischen Krieges nahmen die Proteste gegen die Zarenherrschaft auch in Petersburg zu und eskalierten am sogenannten Petersburger Blutsonntag vom . Nach heftigen Streiks von zehntausenden Arbeitern für ihre Forderungen hatte Gapon, durch die Größe des Protestes ermutigt, eine unterwürfige Bittschrifft erstellt, die dem Zaren überreicht werden sollte. Trotz des Befehls an den Popen, den Marsch abzusagen, und Warnungen der Behörden fand der Marsch statt. Obwohl er friedlich verlaufen war, eröffnete die Palastwache des Winterpalastes das Feuer auf die Versammlung, die sogar Bilder des Zaren prozessionsartig mitgeführt hatte, wobei mehrere hundert Demonstranten ums Leben kamen. Gapon konnte sich retten und exkommunizierte daraufhin den Zaren, musste dann aber außer Landes gehen, wo er Kontakte zu sozialistischen Exilgruppen aufnahm. Nach dem Erlass des Oktobermanifestes kehrte er nach Russland zurück.