Il 13 febbraio 1776 il 2º Virginia divenne parte dell'Esercito Continentale. Scott ottenne il grado di tenente colonnello durante la transizione. Dopo aver passato l'inverno con parte del 2º Virginia a Suffolk, Scott fu scelto dal Secondo congresso continentale come colonnello del 5º Virginia il 12 agosto 1776. Sostituì il colonnello William Peachy che aveva dato le dimissioni. Il 5º Virginia rimase nelle città di Hampton e Portsmouth fino alla fine di settembre. Gli fu poi ordinato di unirsi a George Washington in New Jersey, prima di ritirarsi nella città di Trenton a novembre.