Começou a temporada 2015–16 marcando dois gols de falta na épica vitória do Barcelona sobre o Sevilla por 5–4 na decisão da Supercopa da UEFA. Marcou também no segundo jogo da decisão da Supercopa da Espanha contra o Athletic Bilbao, que sagrou-se campeão da competição por haver vencido a primeira partida por 4–0. No dia 28 de agosto de 2015, recebeu o prêmio de Melhor Jogador da Europa da temporada passada, ficando a frente de Cristiano Ronaldo e Luis Suárez. Messi se lesionou num jogo contra o Las Palmas pelo Campeonato Espanhol, ficando dois meses sem jogar. O argentino não se lesionava desde 2013.