Během vleklé guatemalské občanské války (1960–1996) se státní složky dopustily zločinů proti Mayům. Stát podezříval Maye ze spolupráce s komunistickými rebely, což byla v některých případech pravda. Praktikoval přitom ovšem princip kolektivní viny, který otiskl do tří tažení proti Mayům. Prvním bylo tažení, během kterého stát použil taktiku spálené země doprovázenou masakry Mayů a nucenými odvody jejich chlapců do státní armády. Při druhém byli loveni ti, kteří utekli před odvodem do armády. Při třetím byli přeživší zavíráni do převýchovných táborů. Doprovodným jevem bylo také hromadné znásilňování žen, které bylo oficiální demoralizační taktikou. Děti byly ubity nebo zaživa vhozeny do masových hrobů, kde byly udušeny váhou mrtvých těl. Odhaduje se, že během guatemalské občanské války zmizelo kolem 200 000 lidí, převážně Mayů. V roce 2013 byl bývalý prezident Guatemaly a generál armády v době války Efraín Ríos Montt odsouzen za zločiny proti lidskosti k 80 letům vězení, týden poté byl ovšem rozsudek Ústavním soudem Guatemaly zvrácen.