Коллинз получила медаль «За отличную службу» (Минобороны США), Крест лётных заслуг (США), медаль «За похвальную службу» (США), Медаль похвальной службы (США) с одной «группой дубового листа», медаль «Благодарность Воздушных сил» с одной «группой дубового листа», «Экспедиционная медаль» Вооружённых сил за обслуживание в Гренаде (Операция «Urgent Fury»), французский Орден Почётного легиона, медаль NASA «За Выдающееся Лидерство» и три медали NASA «За космический полёт» — 1995, 1997 и 1999 годы, премию «Свободный Дух» и в 2006 году — Национальный космический приз. Её именем назвали астрономическую обсерваторию — «Обсерватория Эйлин М. Коллинз» в колледже Corning Community в штате Нью-Йорк.