השלטון הקומוניסטי בצ'כוסלובקיה הופל במהפכת הקטיפה בשנת 1989, ובאותה שנה הופלה גם חומת ברלין, ובשנת 1990 אוחדה גרמניה מחדש. בשנת 1992 הוביל ראש ממשלת סלובקיה ולדימיר מצ'יאר מהלך של הפרדה מהרפובליקה הצ'כית, ובעקבותיו פוצלה המדינה הפדרלית של צ'כיה וסלובקיה, בדרכי שלום, באופן רשמי ב-1 בינואר 1993. עם הקמת סלובקיה, הוקמו יחסים דיפלומטיים מלאים בין המדינות, וכיום חברים שתי המדינות באיחוד האירופי ובנאט"ו.