Anatoli Anatoljewitsch Neratow wurde geboren, während in Russisch-Polen der Aufstand von 1863 tobte; nach der Niederschlagung des Aufstandes war sein Vater Anatoli Iwanowitsch Neratow (1830–1907) kurzzeitig russischer Gouverneur des polnischen Kielce (1869–1871). Anatoli Anatoljewitsch wuchs jedoch vor allem in Sankt Petersburg auf. Nach dem Besuch des Alexander-Lyzeums in Zarskoje Selo trat Neratow um 1888 oder 1890 in den Auswärtigen Dienst ein. Von 1906 bis 1910 war er zunächst Vizedirektor der 1. Abteilung des russischen Außenministeriums, von 1910 bis 1917 dann Unterstaatssekretär bzw. stellvertretender Außenminister. Obwohl er während seiner gesamten Dienstzeit kein einziges Mal im Ausland war, agierte Neratow in Krisenzeiten viermal kurzzeitig sogar als amtierender Interims-Außenminister: