Im August 2015 wechselte Joseph Aidoo auf Leihbasis für das verbleibende Spieljahr 2015 zum schwedischen Erstligisten Hammarby IF, der sich auch eine Kaufoption für den Verteidiger sicherte. Sein Debüt bestritt er am 25. Oktober 2015 (29. Spieltag) bei der 0:1-Heimniederlage gegen den Malmö FF, bei dem er zu Hammarbys besten Spieler des Spiels gewählt wurde. Dies blieb auch sein einziger Einsatz in dieser Saison. Der Hammarby IF zog zum im Januar 2016 die Kaufoption und stattete ihn mit einem Dreijahresvertrag aus. Zu Beginn der Spielzeit 2016 wurde er kaum berücksichtigt, im Sommer stieg er jedoch zum Stammspieler auf. Sein erstes Ligatreffer gelang ihm beim 12. September 2016 (21. Spieltag) beim 1:1-Unentschieden gegen den Örebro SK. In dieser Saison absolvierte er 14 Ligaspiele, in denen er einen Torerfolg verbuchen konnte. Auch im darauffolgenden Spieljahr 2017 behielt er seinen Platz in der Startelf bei und steigerte seine Leistungen erneut. Im April 2017 wurde er vom Internetportal Goal.com in der Mannschaft der besten afrikanischen Spieler des Monats genannt. Bis zu seinem Wechsel im Juli absolvierte er 12 Ligaeinsätze.