Podczas okupacji niemieckiej 1939–1945 więzienie służyło władzom okupacyjnym. Było to tzw. "więzienie ciężkie" (Zuchthaus), przeznaczone dla mężczyzn skazanych na długoterminowe kary pozbawienia wolności i kary obozu karnego z okręgów Wyższego Sądu Krajowego w Poznaniu, ośmiu sądów krajowch w Kraju Warty (Warthegau): w Poznaniu, Gnieźnie, Inowrocławiu, Kaliszu, Lesznie, Łodzi, Ostrowie Wielkopolskim i Włocławku oraz 72 sądów obwodowych Kraju Warty. Ponadto z 21 sądów krajowych III Rzeszy.