Италия находилась в состоянии войны, две группы городов противостояли друг другу. Священный престол поддерживался гвельфами во главе с Болоньей и Генуей, а гибеллины, возглавляемые Пизой и Сиеной, поддерживали императора. Это усилило враждебность между императором и папой, углубило конфликт и увеличило разрыв между ними. Григорий IX решил созвать собор из кардиналов и духовенства со всей Европы, чтобы объединить силы и победить императора. Испанские, английские, ломбардские и французские епископы, избегая проезда по территориям, контролируемым Фридрихом, отправились из Генуи на корабле под охраной 20 генуэзских судов. Узнав об этом, Фридрих выслал флот из 27 сицилийских кораблей, к которым присоединились 40 пизанских. 3 мая 1241 года между островами Монтекристо и Джильо (по другой версии — у Мелории возле Ливорно) состоялась битва флота Фридриха и генуэзского флота. Часть генуэзского флота была потоплена, а оставшиеся корабли захвачены и отбуксированы в Пизу. В плен попали архиепископ Безансона, три легата папы, аббаты Норбертина, Клюни и Клерво, в общей сложности более ста прелатов. Все пленные были заключены в тюрьмы Пизы, Сан-Миниато, часть была отвезена в тюрьмы Апулии.