Наиболее значимых достижений в качестве тренера Рауль Бентанкор достиг с молодёжной сборной Уругвая (до 20 лет). С 1977 по 1979 год Бентанкор параллельно руководил основной и молодёжной сборными Уругвая. В 1977 и 1979 годах он приводил сборную к победам в молодёжных Судамерикано. В 1977 году привёл «молодёжку» к четвёртому месту в чемпионате мира. В 1979 году добрался до третьего места на молодёжном чемпионате мира. В 1981 году вывел уругвайскую молодёжь в четвертьфинал Мундиаля, где южноамериканцы уступили румынским сверстникам.