Pemerintah Soviet melakukan kebijakan Sovietisasi: nasionalisasi semua kepemilikan swasta, kolektivisasi pertanian, penindasan Gereja Katolik, dan pemberlakuan kontrol totaliter. Pada saat yang sama pendidikan gratis dan sistem kesehatan nasional juga diperkenalkan. Partisan anti Soviet bersenjata dilikuidasi pada tahun 1953. Sekitar 130.000 warga Lituania, dijuluki "musuh rakyat", dideportasi ke Siberia (lihat Deportasi Juni dan Deportasi Maret). Setelah kematian Josef Stalin pada tahun 1953, Uni Soviet mengadopsi kebijakan de-Stalinisasi dan mengakhiri penganiayaan massa. Perlawanan tanpa kekerasan terus dilanjutkan oleh warga Lituania dan diaspora Lituania. Gerakan-gerakan ini bersifat rahasia, ilegal, dan lebih terfokus pada masalah-masalah sosial, hak asasi manusia, dan kebudayaan daripada tuntutan politik.