Michálek draftades i första rundan som 6:e spelare totalt i 2003 års NHL-draft. Han har tidigare spelat för San Jose Sharks. Hans bästa säsong rent poängmässigt är från 2006–07 då han noterades för 26 mål och 66 poäng på 78 matcher. Michálek har även en bror, Zbyněk Michálek, som är en professionell ishockeyspelare i Arizona Coyotes.