La prima parte del campionato 1986-87 fu altalenante, ma nel ritorno i liguri ottennero ben 20 punti: soltanto il Napoli, vincitore del titolo, riuscì a fare meglio (21). Lo spareggio perso con il Milan privò i doriani delle coppe europee per l'annata 1987-88, in cui le finanze della società vennero duramente colpite: la causa riguardò la ristrutturazione dello stadio, in vista dei Mondiali 1990. Malgrado la situazione economica, non mancarono le soddisfazioni sportive: quarta in A, la Sampdoria vinse la coppa nazionale ai danni del Torino.