Le débit du Missouri manque de pondération. Son régime présente un maximum en juin, en raison des fortes pluies estivales que renforce la fonte des neiges dans les Rocheuses, et un minimum en janvier, à cause de la rétention nivale. La construction de nombreux barrages sur son cours et sur ceux de ses affluents a contribué à réduire ces importantes fluctuations. Néanmoins des crues historiques peuvent toujours se produire. La crue de 1993 fut à cet égard remarquable. Le débit de la rivière a atteint le la valeur record de à Hermann. Il faut remonter à l'année 1844 pour trouver une crue d'importance comparable. Cette année-là le débit de la rivière s'était élevé à au même endroit au mois de juin. Des pluies prolongées sur la partie méridionale de son bassin sont responsables de la crue de 1993. Elles ont provoqué notamment le débordement de plusieurs de ses affluents dont les rivières Kansas et Platte.