L'Union soviétique occupe de nouveau la Lituanie dans le cadre l'offensive balte, une double opération politico-militaire visant à mettre en déroute les forces allemandes et à , à compter de l'été 1944. En 1945, l'Armée rouge reprend la totalité de la Lituanie, la population germanique ou germanisée est alors expulsée. Entre 1941 et 1952, sont déportées de Lituanie, parmi lesquelles les survivants des déjà arrêtés en 1941. Elle est dirigée d'une main de fer par le Parti communiste de Lituanie jusqu'en 1989.