Слава о набожности и добродетелях священника разнеслась по всему королевству с такой силой, что Себастьян I стал испытывать к нему большое уважение, и впоследствии настоял на том, чтобы Томе де Жезуш сопровождал португальские войска в его втором африканском походе. После поражения в битве трёх королей при Алкасер-Кибире (1578) провёл в плену оставшееся время своей жизни. Сестра, графиня де Линьяреш ("Condessa de Linhares"), братья и другие родственники хлопотали о его выкупе. Филипп II велел послу в Марокко, Педро Ванегасу де Кордова ("Pedro Vanegas de Cordova"), способствовать освобождению Жезуша. Но раб божий отказался, ответив, что желает умереть, служа пленным в Марокко португальцам для укрепления их стойкости в несчастье. Помимо того августинец для ободрения португальцев написал утешающее так называемое «Письмо португальской нации» ("Carta à nação portuguesa").