Она проиграла борьбу за трон: самым сильным претендентом был её двоюродный брат король Филипп II, который хотел создать личную унию Португалии с другими испанскими королевствами. Националистическая партия, которая хотела, чтобы Португалия оставалась независимой, поддерживала её незаконнорождённого двоюродного брата Антонио из Крату, а не Екатерину. Антонио проиграл Филиппу в битве при Алькантаре в 1580 году.