Vuonna 1999 Hughes nousi Walesin jalkapallomaajoukkueen peräsimeen jatkaen samalla peliuraansa. Wales kuului Euroopan heikoimpiin maajoukkueisiin, mutta 72 maaottelua pelanneen Hughesin opein se taisteli paikasta EM-kisoihin 2004. Wales oli karsintalohkonsa toinen Italian jälkeen ja pääsi jatkokarsintoihin. Ensimmäinen osaottelu Moskovassa päättyi 0–0 ja odotukset olivat korkealla. Cardiffin Millennium Stadiumilla reilut 73 000 katsojaa joutui kuitenkin todistamaan Walesin 0–1 tappiota, kun Vadim Evseev teki ottelun ainoaksi jääneen maalin 21. minuutilla.