Филип Новак начал свою профессиональную карьеру в 1999 году в составе клуба WHL «Реджайна Пэтс», выступая до этого за молодёжный состав родного «Ческе-Будеёвице». В следующем году на драфте НХЛ он был выбран во 2 раунде под общим 64 номером клубом «Нью-Йорк Рейнджерс». Карьера Филипа в WHL складывалась очень успешно, и он постоянно попадал в различные символические сборные лиги. 8 марта 2002 года Новак стал частью исторического обмена между «Нью-Йорк Рейнджерс» и «Флоридой», в результате которого «рейнджером» стал Павел Буре.