Barghouti tornou-se um dos principais líderes na Cisjordânia da Primeira Intifada em 1987, levando os palestinos em um levante em massa contra a ocupação israelense. Durante a revolta, ele foi preso por Israel e deportado para a Jordânia, onde permaneceu por sete anos, até que ele foi autorizado a voltar sob os termos dos acordos de Oslo em 1994. Embora ele era um forte defensor do processo de paz que ele duvidava que Israel estava empenhada com a terra em troca de negociações de paz. Em 1996, ele foi eleito para o Conselho Legislativo da Palestina, após o que começou a sua defesa ativa do estabelecimento de um estado palestino independente. Campanha de Barghouti, contra a corrupção na administração e violações dos direitos humanos de Arafat por seus serviços de segurança, e ele relações estabelecidas com um número de políticos israelenses e membros do movimento pela paz de Israel. A posição formal ocupada por Barghouti foi secretário-geral do Fatah na Cisjordânia. No verão de 2000, especialmente após a cúpula de Camp David falhou, Barghouti ficou desiludido e disse que os protestos populares e "novas formas de luta militar" seria características da "próxima Intifada".