Niin sanottu toinen intifada alkoi vuonna 2000 ja sen aikana Israelin puolustusvoimat iskivät Jeniniin useita kertoja. Huhtikuussa 2002 Israelin asevoimat hyökkäsi pakolaisleiriin, jolloin alkoivat 10 päivää kestäneet ankarat taistelut. 400 kotia tuhoutui tyystin ja sadat muut vaurioituivat. Turvallisuustilanne on jatkunut huonona vuoden 2002 jälkeenkin. Sekä Israelin että Palestiinalaishallinnon turvallisuusjoukot ovat tehneet leiriin ajoittain iskuja.