Al poco tiempo, el rey es asesinado también en venganza por el asesinato de Enrique de Guisa. La muerte de Enrique III de Francia el 2 de agosto de 1589 hizo recaer formalmente la corona francesa sobre la cabeza de Enrique de Navarra, pero solo fue reconocido como rey por los hugonotes. La Liga Católica, el papa, Carlos Manuel I de Saboya, Carlos III de Lorena y Felipe II de España se negaron a reconocerlo como rey de Francia en razón de su adscripción al protestantismo y propusieron al cardenal Carlos de Borbón (que reinaría como Carlos X de Francia). En tales condiciones, la Liga –reforzada por la ayuda de España– lo obligó a retirarse al sur del país y a convencerse de que tendría que acceder al trono por la fuerza de las armas. Aunque los protestantes consiguieron significativas victorias en las batallas de Coutras (1587), Arques (1589) e Ivry (1590), Enrique no pudo tomar París ante la intervención española al mando de Alejandro Farnesio.