Podczas obrony Warszawy w 1939, od pierwszych dni września do 17 września, w budynku miało swoją siedzibę Dowództwo Obrony Warszawy, co upamiętnia tablica pamiątkowa z piaskowca wmurowana w 1950. Pałac został uszkodzony w czasie nalotów Luftwaffe. 17 września siedzibę dowództwa przeniesiono do gmachu Centrali PKO na rogu ulic Marszałkowskiej i Świętokrzyskiej.