В 1806 г. он участвовал в военных действиях на Кавказе против Аварского хана, когда был ранен. В кампании 1806—1807 гг. против французов отличился при Гейльсберге, и 4 декабря 1807 г. назначен в чине майора командиром Перновского мушкетёрского полка (в подполковники произведён 12 декабря того же года). По окончании войны с Францией Керн принял участие в русско-шведской войне 1808—1809 гг.