Во время Второй мировой Войны Макмиллан служил сначала в Англии, претворяя в жизнь оборонительные планы на случай возможного вторжения немцев. В декабре 1941 года он стал бригадный генералом в штабе ІХ корпуса и оставался на этом посту от операции «Торч» по высадке союзников в Северной Африке до взятия Туниса в мае 1943 года. С июня 1943 года возглавлял 152-ю бригаду, вместе с которой участвовал в успешной Сицилийской операции. По возвращении в Великобританию был назначен командовать 15-й (Шотландской) дивизией, во главе которой участвовал в Нормандской операции, операции «Эпсом» и операции «Блюкот», на исходе которой получил ранение. После выздоровления, в ноябре 1944 года вернулся в континентальную Европу как командующий 49-й (Уэст-Райдингской) дивизии, воевал в Неймеген. После смерти генерал-майора Томаса Ренни, 23 марта 1945, сразу после форсирования Рейна, вступил в командование 51-й (Хайлендской) дивизией.