Irak hyökkäsi Kuwaitiin elokuussa 1998 ja maan valtauksen jälkeen Kuwaitista tehtiin Irakin 19. maakunta. A-Majidista tehtiin Kuwaitin maakunnan kuvernööri. Hänen alaisensa irakilaisjoukot syyllistyivät esimerkiksi ryöstelyihin. Paikallinen oppositio tukahdutettiin. Yhdysvaltojen johtamat joukot murskasivat irakilaiset vuoden 1991 Persianlahden sodassa. Tappiota seurasi šiialaisten irakilaisten laaja kapina Irakin eteläosissa. Saddam Hussein teki al-Majidista sisäministerinsä ja asetti hänet Irakin asevoimien eteläisten joukkojen johtoon. Kapinointi murskattiin al-Majidin johdolla verisesti. Vuosien 1993 ja 1995 välillä hän oli puolestaan Irakin puolustusministeri.