Anche nel 1985-1986 e nel 1986-1987 Müller si piazzò al 2º posto nella classifica della Coppa del Mondo di discesa libera: nel primo caso con dieci podi e cinque vittorie, superato di 5 punti da Peter Wirnsberger; nel secondo con sei podi e tre vittorie e sopravanzato da Zurbriggen di 20 punti. Invece ai Mondiali di Crans-Montana 1987 riuscì a prevalere sulla concorrenza e a indossare la medaglia d'oro nella discesa libera, che ancora gli mancava. Ai XV Giochi olimpici invernali di , suo congedo olimpico, fu ancora medaglia d'argento nella discesa libera, battuto nuovamente da Zurbriggen; nella stessa stagione aggiunse al suo palmarès la vittoria in un'altra classica della specialità, la Birds of Prey di Beaver Creek (il 12 marzo).