W 1798 roku Barrona mianowano kapitanem USS „Augusty”, którą dowodził podczas quasi-wojny przeciwko Francji. W trakcie I wojny berberyjskiej zastąpił Edwarda Preble'a jako dowódca fregaty USS „President” operującej w pobliżu Trypolisu. W 1805 roku zdał komendę na swoją eskadrą Johnowi Rodgersowi i powrócił do Stanów Zjednoczonych z uwagi na zły stan zdrowia. W ojczyźnie przejął zarząd na stocznią Norfolk Naval Shipyard. Nadwątlone zdrowie doprowadziło do przedwczesnej śmierci w 1810 roku w wieku 45 lat.