Čech 2002 óta a cseh válogatott tagja, benne volt a 2004-es Európa-bajnokság cseh keretében. Több bravúros védésének is köszönhetően válogatottja egészen az elődöntőig menetelt, ahol a későbbi győztes Görögországtól szenvedtek vereséget. Čech-t az Eb után beválasztották a torna all-star csapatába.