Bedoya marque quatre buts lors de ses quarante-neuf sélections avec l'équipe de Colombie entre 2001 et 2009. Il participe à la Gold Cup en 2000, à la Copa América en 2001 et à la Coupe des confédérations en 2003 avec la Colombie. Il est notamment connu pour être le footballeur ayant reçu le plus de cartons rouges dans sa carrière, ayant été exclu au total 46