Κατά τη διάρκεια της γερμανικής εισβολής στην Πολωνία, η οποία πυροδότησε το Β΄ Παγκόσμιο Πόλεμο, το "Einsatzgruppe I" μπήκε στη Μπιέλσκο-Μπιάουα το πρώτο μισό του Σεπτεμβρίου του 1939 για βασανιστήρια, λεηλασίες και δολοφονίες Εβραίων. Κατά τη διάρκεια του πολέμου η Μπιέλσκο-Μπιάουα προσαρτήθηκε και καταλήφθηκε από τη Ναζιστική Γερμανία. Το 1939, οι Γερμανοί συνέλαβαν αρκετούς Πολωνούς δασκάλους και διευθυντές, οι οποίοι στη συνέχεια απελάθηκαν σε ναζιστικά στρατόπεδα συγκέντρωσης, όπου δολοφονήθηκαν. Μια φυλακή για τους Πολωνούς λειτουργούσε από τους Γερμανούς στη Μπιέλσκο-Μπιάουα. Πολλοί από τους Εβραίους κατοίκους του δολοφονήθηκαν στο κοντινό στρατόπεδο εξόντωσης του Άουσβιτς. Λιγότεροι από 1.000 από την εβραϊκή κοινότητα των 8.000 κατοίκων της Μπιέλσκο-Μπιάουα επέζησαν από τον πόλεμο. Μετά την ήττα της Ναζιστικής Γερμανίας το 1945, ο υπόλοιπος γερμανικός πληθυσμός έφυγε δυτικά ή εκδιώχθηκε. Η πόλη πολωνοποιήθηκε και σταδιακά επανεγκαταστάθηκε από Πολωνούς εποίκους.