W 2007 roku doszło do wznowienia walk z Tuaregami na północy kraju. Do zaognienia relacji państwa z Tuaregami doszło w 2012 roku, kiedy po obaleniu i zabójstwie przywódcy Libii, pułkownika Muammara al-Kaddafiego (1942–2011), do Mali powrócili tuarescy najemnicy, walczący w czasie wojny domowej po stronie Kaddafiego. Napływ nowych, dobrze uzbrojonych i wyćwiczonych bojowników zmienił sytuację w regionie i w rezultacie w styczniu 2012 roku doszło do wybuchu zbrojnego powstania Tuaregów, które przerodziło się w wojnę domową pod przewodnictwem Narodowego Ruchu Wyzwolenia Azawadu. Do rebelii włączył się też Arabski Ruch Azawadu. W związku z niepowodzeniami rządu w walce z rebeliantami tuareskimi, w marcu 2012 roku doszło do buntu armii i zamachu stanu. Władzę w państwie w następstwie przewrotu objął Narodowy Komitet na rzecz Przywrócenia Demokracji i Państwa pod przywództwem Amadou Sanogo. W odpowiedzi Unia Afrykańska i Wspólnota Gospodarcza Państw Afryki Zachodniej nałożyły na juntę i Mali sankcje, co szybko doprowadziło do niedoborów żywności i energii oraz wzrostu cen. Rebelianci tuarescy wykorzystali moment niestabilności politycznej, przejmując kontrolę nad północną częścią kraju wraz z miastami Gao i Timbuktu. 6 kwietnia 2012 roku tuareska grupa Narodowy Ruch na Rzecz Wyzwolenia Azawadu (fr. "Mouvement National pour la Libération de l’Azawad", MNLA) ogłosiła utworzenie niezależnego państwa Azawad. Tego samego dnia Touré zgodził się na madiację Wspólnoty Gospodarczej Państw Afryki Zachodniej i ustąpił ze stanowiska. 12 kwietnia tymczasowym prezydentem kraju został prezydent Zgromadzenia Narodowego Dioncounda Traoré. Miesiąc później w wyniku ataku demonstrantów na pałac prezydencki w Bamako, Dioncounda został pobity do nieprzytomności i z urazami głowy trafił do szpitala. Po leczeniu we Francji wrócił pod koniec lipca do Mali, by utworzyć rząd – w sierpniu mianował premierem Cheicka Modibo Diarrę.