Berthier se remarcă în campania din Italia, nu numai ca șef de stat major ci și ca fiind un curajos conducător de oameni, atunci când circumstanțele o cer, de pildă la Lodi sau la Marengo. Este ministru de război din noiembrie 1799, facilitând lovitura de stat a lui Bonaparte din 9 noiembrie. Apoi devine ministru de război în timpul Consulatului și Imperiului, părăsind această funcție abia în august 1807. În 1804, Berthier a fost primul nume de pe lista inițială de 18 Mareșali ai nou-creatului Imperiu, fiind totodată și cel care a primit cele mai importante recompense financiare (aproape un milion de franci pe an), fiind judecat indispensabil datorită memoriei prodigioase și meticulozității sale. În calitate de șef de stat major al nou-createi "Mari Armate", în 1805 face glorioasa campanie ce culminează cu bătălia de la Ulm și bătălia de la Austerlitz. În 1806 participă la campania din Prusia și i se oferă titlul de Duce de Valangin și Prinț de Neuchâtel. Este din nou șef de stat major în campaniile din Polonia (1807) și Germania (1809). Din 1809 este Prinț de Wagram. Coordonează apoi operațiunile din Spania, având rolul ingrat de a retransmite ordinele Împăratului, aflat la Paris, unor mareșali deseori refractari; în plus, de multe ori, aceste ordine, venite de la Paris, erau prea vechi pentru a se potrivi cu noua evoluție a campaniei. Servind de cele mai multe ori drept "Maior General" (șef de stat major) pentru Napoleon, Berthier a avut totuși ocazia să joace de câteva ori și rolul de comandant operațional cu oarecare autonomie, mai ales în timpul campaniei din Spania (1808) și în primele faze ale campaniei din Germania (1809), unde a trebuit să coordoneze armate multiple pe teatrul de operațiuni. Participă apoi la campania din Rusia, la cea din Saxa (1813) și la cea din Franța (1814).