Zwei Jahre später war er im Kader für die WM 1998 in Frankreich. Dort verletzte er sich bereits im ersten Gruppenspiel gegen Tunesien (2:0) und kehrte erst im Achtelfinale gegen Argentinien per Einwechslung für Graeme Le Saux zurück, kurz nachdem David Beckham des Feldes verwiesen worden war. Auch bei der Euro 2000 in den Niederlanden und Belgien kam er zum Einsatz, aber bei der WM 2002 in Japan und Südkorea fehlte er im Kader Englands, obwohl er die Mannschaft im vorletzten Länderspiel vor der WM-Endrunde (1:1 gegen Südkorea) noch in der zweiten Halbzeit als Kapitän angeführt hatte. Ein möglicher Einsatz bei der Euro 2004 in Portugal scheiterte an einer Knieverletzung, die sich Southgate in der Schlussphase der Saison 2003/04 zugezogen hatte. So blieb sein 57. Länderspiel gegen Schweden (0:1) am 31. März 2004 sein letztes.