Во время войны с Наполеоном 1806—1807 годов при формировании ополчения — «милиции земского войска» — Алтуфьев был назначен командиром батальона ополчения Московского уезда. Во главе батальона он дошёл до Витебска, где заболел. За службу в ополчении в 1808 году Василий Алтуфьев был награжден золотой медалью на владимирской ленте и произведен в надворные советники. В 1808 году Василий Иванович был назначен на «выгодную службу» в кригс-комиссариат, который ведал закупками снаряжения для армии.