Az 1663–64-es Habsburg–török háború során Ernst Rüdiger von Starhemberg századosi rangban szolgált Raimondo Montecuccoli tábornagy hadseregében, és századával részt vett az 1664-es magyarországi és erdélyi hadjáratokban. Kanizsa ostrománál és a szentgotthárdi csatában bizonyította parancsnoki rátermettségét és személyes bátorságát. A szentgotthárdi csatát eldöntő támadásban, amelyet Hohenlohe tábornok javasolt, és Sparr gróf a brandenburgi kontingens élén hajtott végre, Starhemberg személyesen vezette rohamra a császári gyalogságot. Alezredessé léptették elő, majd a tokaji és a szatmári vár katonai parancsnokává nevezték ki. A vár német őrsége nem kímélte a környék lakosságát. Sarcolásaik miatt Szatmár vármegye már 1668-ban bepanaszolta a szatmári vár őrségét Nádasdy Ferenc országbírónál, kérve (hiába) hogy cseréljék magyarra a várőrséget. 1669-ben a közeli Aranyosmeggyes várőrsége, Lónyai Anna várúrnő felbiztatására rajtaütött a rekvirálásra induló szatmári császári katonákon és felkoncolta őket. Még 1669-ben Starhemberget ezredessé léptették elő, és megkapta az 1668-ban elhunyt von Sparr gróf korábbi ezredének parancsnokágát.