Duphot nacque alla Guillotière, un sobborgo di Lione, figlio di uno scalpellino. Si arruolò giovanissimo, all'età di 15 anni, nel 61º reggimento Vermandois (25 luglio 1785). Divenne poi membro di uno dei primi battaglioni costituiti da volontari, creati allo scoppio della Rivoluzione francese, e fece rapidamente carriera. fu promosso sergente il 25 marzo 1792; partecipò alle spedizioni in Savoia e a Nizza. Fu nominato aiutante generale nel novembre del 1794 dopo la presa di Figueras nel corso della quale uccise personalmente il generale che comandava le truppe spagnole. Prese parte alla Campagna d'Italia (1796-1797), partecipando all'assedio di Mantova, e combattendo a Rivoli e alla Favorita. Promosso generale di brigata il 30 marzo 1797, ricevette da Bonaparte l'incarico di organizzare le truppe della Repubblica Cisalpina. Duphot scrisse anche il testo di un canto militare di cui si è conservato solo il titolo ("Ode aux mânes des héros morts pour la liberté").