No presente século, o clube altera radicalmente o modelo de gestão com a eleição de António Salvador e inicia uma era de resultados que o projectam em termos nacionais e internacionais. Também a nível de infraestruturas, o clube passa a utilizar o Estádio Municipal de Braga, construído para o Euro 2004. Desde a época 2003-2004, até ao ano presente, falhou apenas um ano a ida às competições europeias (13-14), tendo conquistado a Taça Intertoto na época 2008-2009 e atingido os oitavos-de-final da Taça UEFA nas épocas 2006-2007 e 2008-2009 e sendo finalista da Liga Europa 2009-2010. Em 2010, depois de sagrar-se vice-campeão nacional, participa pela primeira vez na fase de grupos da Liga dos Campeões. Em 2012, depois de acabar o campeonato em 3º lugar na época anterior, apurou-se pela segunda vez para a fase de grupos da Liga dos Campeões.