Die Saison 2004 begann für Eliud Kipchoge mit einem vierten Platz bei den Crosslauf-Weltmeisterschaften. Anfang Juli verbesserte Kipchoge in Rom seinen persönlichen Rekord über 5000 Meter. Am 28. August standen sich im Finale bei den Olympischen Spielen in Athen die Medaillengewinner der Weltmeisterschaften 2003 erneut gegenüber. Das Rennen begann eher verhalten und steigerte sich dann langsam. Erneut kam es zu einem langen Schlussspurt, den dieses Mal El Guerrouj in 13:14,39 min für sich entschied. Hinter Bekele (13:14:59 min) kam Eliud Kipchoge als Dritter ins Ziel und gewann für 13:15,10 min Bronze. Anfang September gewann Kipchoge beim Golden-League Meeting in Brüssel den 3000-Meter-Lauf in Jahresweltbestzeit von 7:27,72 min.