С 23 июня по 11 сентября 1941 года корабли и катера отряда несли дозорную службу в Финском заливе, участвовали в конвоях в период перехода кораблей флота из Таллина в Кронштадт, эвакуировали гарнизоны с островов Выборгского и Финского заливов и вели боевые действия за острова. Кроме того, корабли отряда привлекались для артиллерийской поддержки операций сухопутных войск на Неве в конце августа - начале сентября 1941 года, при этом отряд понёс потери: 21 августа 1941 года, при высадке десанта в Усть-Тосно был потоплен КМ-317, 30 августа 1941 года на Неве погибли МО-183 и МО-194, при обеспечении перевозок через Ладожское озеро погиб МО-175.