20 февраля 1861 года он покинул ряды армии США и стал майором инженерных войск армии Конфедерации. Он занимался совершенствованием Чарльстонской гавани, а затем стал главным инженером в армии Шенандоа при генерале Джонстоне. Он находился на этой должности во время первого сражения при Булл-Ране. После гибели бригадного генерала Бернарда Би ему поручили командовать бригадой Би. В августе 1861 ему было присвоено звание бригадного генерала, а в начале 1862 года он стал командовать дивизией и принял участие в сражении при Севен-Пайнс. Он был временно направлен в долину Шенандоа, чтобы помочь генералу Томасу Джексону, после чего вернулся на вирджинский полуостров, где принял участие в сражениях при Гейнс-Милл и Малверн-Хилл.