Under säsongen 2016/17, vid 17 års-ålder gjorde Heiskanen sin professionella debut med HIFK i Liiga. Han spelade därefter hela säsongen med A-laget och blev en viktig kugge till laget framgångar. Han noterade för fem mål och fem assist på 47 matcher. HIFK:s huvudtränare Antti Törmänen beskrev honom som sitt lags bästa försvarare den säsongen och berömde hans förmåga att alltid fatta rätt beslut. I slutet av säsongen ansågs Heiskanen vara ett topp alternativen vid NHL Entry Draft 2017, med Göran Stubb från NHL Central Scouting som beskrev honom som "den solklaraste bästa europeiska försvararen i draften". Heiskanen valdes slutligen i första rundan som tredje spelare totalt.