Moreau oli asianajajan poika ja opiskeli isänsä tahdosta oikeustiedettä Rennesin yliopistossa, vaikka oli jo nuorena pyrkinyt armeijaan. Hän johti vuonna 1788 opiskelijamielenosoitusta, jossa vastustettiin kuningas Ludvig XVI:n pyrkimystä rajoittaa parlamenttien valtaa. Vallankumouksen puhjettua seuraavana vuonna Moreau perusti Rennesissä uudelle kansalliskaartille paikallisen tykistökomppanian, jonka kapteeniksi hänet valittiin. Syyskuussa 1791 hänestä tuli everstiluutnantti Ille-et-Vilainen vapaaehtoispataljoonaan, joka sodan seuraavana vuonna puhjettua liitettiin osaksi Ranskan pohjoista armeijaa. Moreau kunnostautui valtaamalla helmikuussa 1793 Stephenswerthin linnoituksen ja hieman myöhemmin osallistuessaan Neerwindenin taisteluun. Hänet ylennettiin vuoden lopussa prikaatikenraaliksi. Huhtikuussa 1794 hänet ylennettiin divisioonakenraaliksi ja määrättiin komentamaan divisioonaa kenraali Charles Pichegrun armeijassa, joka eteni Itävallan Alankomaissa. Moreaun joukot valtasivat muun muassa Ypresin, Ostendin ja Nieuwpoortin. Hän oli syksyllä 1794 Pichegrun sairauden aikana kaksi kuukautta pohjoisen armeijan komentajana ja hänet nimitettiin pysyvästi Pichegrun tilalle maaliskuussa 1795.