A tomada norte-americana fez com que a Revolução Filipina se tornasse parte da Guerra Filipino-Americana, em que os filipinos estavam lutando por sua independência, porém as forças dos Estados Unidos lideradas pelo general Arthur MacArthur Jr. estavam em vantagem por volta de 1900. MacArthur achava que a comissão era um incômodo e que a missão desta era uma tentativa quixotesca de impor autogoverno em um povo despreparado. O general foi forçado a a cooperar pois McKinley havia dado o controle do orçamento militar das ilhas à comissão. Esta assumiu seus poderes executivos em 1 de setembro de 1900, com Taft tornando-se governador-geral civil em 4 de julho de 1901. MacArthur, até então também o governador militar, foi substituído pelo general Adna Chaffee, que foi designado apenas como comandante das forças norte-americanas.