Narodil se v rodině muzikologa, jeho otcem byl PhDr. Josef Bek, CSc. (1934–2005). V roce 1986 absolvoval studium hudební vědy na Filozofické fakultě Masarykovy univerzity (tehdy UJEP) v Brně, vedoucím jeho diplomové práce "Ke genezi Dvořákova Jakobína" byl Miloš Štědroň. Ve studiu pokračoval na Filozofické fakultě Univerzity Karlovy v Praze. Tam byl členem fakultního výboru SSM se zodpovědností za organizaci Studentské vědecké odborné soutěže. V roce 1988 se stal kandidátem KSČ, k členství ve straně ovšem jeho kandidatura nedospěla. 17. listopadu 1989 se zúčastnil protirežimní demonstrace na Národní třídě a poté na FF UK spoluzakládal stávkový výbor. V týdnu po 17. listopadu svou kandidaturu zrušil. Doktorský titul získal roku 1995 na FF UK prací "Vybrané problémy hudební sociologie" pod vedením Ivana Vojtěcha. Roku 2004 byl habilitován pro obor muzikologie na MU.