En , elle échoue à remporter un titre aux championnats du monde sur piste pour la première fois de sa carrière, terminant deuxième de la poursuite par équipes et de l'omnium. Privée des titres de sa star, la Grande-Bretagne termine ces championnats sans médaille d'or pour la première fois depuis 2001. Trott rejoint la nouvelle équipe Matrix Fitness Vulpine pour 2015 en tant que leader. Après une saison de route dans laquelle son meilleur résultat est une troisième place sur les championnats nationaux, Trott décroche trois nouvelles médailles d'or aux championnats d'Europe 2015, en poursuite par équipes, scratch et omnium. Elle enchaîne avec des médailles d'or lors de la course scratch et l'omnium aux championnats du monde de 2016 à Londres, ainsi qu'une médaille de bronze en poursuite par équipes.