Med drugo svetovno vojno je direktor muzeja Jole Bovio Marconi vse gradivo v muzeju preselil v samostan San Martino delle Scale. To je zbirko rešilo pred uničenjem zaradi bombardiranja med zavezniško invazijo na Sicilijo. Leta 1949 je bil Bovio Marconi odgovoren za obnovo muzeja, saj je bila stavba močno poškodovana. Stavbo je prenovil arhitekt William De Angelis D'Ossat. Od septembra 2015 je le majhen del muzeja brezplačno dostopen. Negotovo je, kdaj bo celotna razstava ponovno odprta.