29 мая 1944 года переведен на должность начальника штаба 222-й стрелковой дивизии и в составе 69-го стрелкового корпуса этой же 33-й армии 2-го Белорусского фронта участвовал с ней в Белорусской наступательной операции, в прорыве обороны противника на реке Проня и форсировании реки Днепр севернее Могилёва. После форсирования реки Неман с 30 июля 1944 года Моисеенков переведен на должность начальника штаба 362-й стрелковой дивизии, входившей в 19-й стрелковый корпус 33-й армии 3-го Белорусского фронта и участвовал с ней в Каунасской наступательной операции. С середины августа по 9 сентября 1944 года дивизия отражала контрудары врага северо-восточнее города Ломжа со стороны города Кибартай, где понесла большие потери и затем была выведена в резерв. В декабре она была переброшена на пулавский плацдарм и с января 1945 года участвовала в Висло-Одерской наступательной операции. С 8 февраля и до конца войны полковник Моисеенков исполнял должность начальника штаба 64-й стрелковой Могилёвской ордена Суворова дивизии 33-й армии и в составе войск 1-го Белорусского фронта участвовал с ней в Берлинской наступательной операции.