El país tingué el seu "segle d'or" en aquest període. Tanmateix, en la Batalla de Kasr al-Kabir (1578) el jove rei Sebastià i part de la noblesa portuguesa van morir. Pujà al tron Enric, que morí dos anys després, per la qual cosa comença la segona crisi de successió, que es resol amb la pujada al tron portuguès de Felip II d'Espanya, els primer dels tres reis espanyols. Aquest domini acabà l'1 de desembre del 1640 gràcies a la noblesa nacional que després d'haver vençut la guàrdia reial en un sobtat cop d'Estat, coronà Joan IV com a rei de Portugal.