Am 16. Mai 1941 übernahm Meindl den Befehl über die Kampfgruppe West für den Einsatz auf Kreta. Am 20. Mai 1941 nahm er am Unternehmen Merkur teil und war, trotz einer schweren Verwundung, maßgeblich an der Einnahme des strategisch wichtigen Flugplatzes Maleme beteiligt. Dafür erhielt er das Ritterkreuz des Eisernen Kreuzes und wurde im Wehrmachtbericht genannt. Nach einem längeren Lazarettaufenthalt wurde er am 26. Februar 1942 Kommandeur der Luftwaffen-Division Meindl, die später in 21. Luftwaffen-Feld-Division umbenannt wurde. Mit ihr wurde er an der Ostfront bei den Kämpfen um Staraja Russa, Demjansk und Cholm eingesetzt und am 27. Juli 1942 mit dem Deutschen Kreuz in Gold ausgezeichnet. Mit Wirkung zum 1. Oktober 1942 wurde er zum Kommandierenden General des XIII. Flieger-Korps ernannt. Am 1. Februar 1943 erfolgte seine Beförderung zum Generalleutnant. Er wurde am 1. August 1943, bei gleichzeitiger Versetzung in das Oberkommando der Luftwaffe, Inspekteur der Luftwaffen-Inspektion 18 „Lw.-Feldverbände“. Ab 5. Februar 1943 übernahm er als Kommandierender General das II. Fallschirm-Korps und war mit diesem Verband unmittelbar an den Kämpfen nach der Invasion der Alliierten in Frankreich beteiligt. Am 1. April 1944 wurde er zum General der Fallschirmtruppe befördert. Für seine Führungsleistung im Kessel von Falaise erhielt er das Eichenlaub zum Ritterkreuz des Eisernen Kreuzes (564. Verleihung). Mit den Resten seines Großverbandes kämpfte er bis Kriegsende noch an der Westfront in den Niederlanden und in Deutschland bei Wesel.