Током нацистичке окупације Чешке, породица Неједли побегла је у Совјетски Савез, где је он наводно издалека помагао активности чешког отпора. У то време, његов син Вит Неједли (1912–45), чија је кратка каријера у Прагу била усредсређена на комунистичке комаде агитпропа и радничке зборове, био је укључен у чешку бригаду при Црвеној армији. Након завршетка рата (и смрти Вита од тифуса након битке код Дукла, јануара 1945), Здењек Неједли се вратио у Праг да учествује у послератној влади. У почетку је у Трећој републици Едварда Бенеша постављен за министра образовања, уметности и науке, али је то 1946. замењено за социјално осигурање. Након преузимања власти од комуниста („Фебруарска револуција“) 1948. године, вратио се у културу и образовање са појачаним овлашћењима, функцију коју је задржао до 1953. године. Ове кључне године применио се државни програм на свим нивоима образовања: његов ревизионистички став према чешкој историји добио је снагу закона. То је укључивало умањивање достигнућа нестале демократије као низа буржоаских трендова који су на крају наштетили друштву. То је била и Неједлијева прилика да промовише своју страст према Сметани и његовој „лози“, која је сада усвојена као државни закон. С тим последњим циљем ушао је у нову фазу ретроспективног издаваштва, са делима попут "Историја мог Сметанизма", "О чешкој култури", а посебно "Комунисти - наследници велике напредне традиције чешке нације". Ова дела и посебно њихова идеологија задржана су, у једном или другом облику, у Чехословачкој Социјалистичкој Републици све до пада комунизма („Плишана револуција“) 1989. године. Као такво, Неједлијево име су најмање две генерације ученика повезивале са тоталитарном хегемонијом, од којих многи нису имали никакве везе са његовом музикологијом.