Neuchâtel quedó así en una situación especial dentro de Suiza, siendo el único cantón gobernado por una monarquía. Las influencias republicanas de los cantones vecinos, además del impacto de las revoluciones francesas de 1830, propiciaron el conflicto en Neuchâtel entre pro-prusianos y pro-republicanos. Estos últimos, en el contexto de las revoluciones de 1848, protagonizaron un golpe de Estado y establecieron un gobierno provisional, que cambió la bandera del país por una tricolor verde-blanca-roja y la cruz suiza en el extremo superior derecho. Ese mismo año, Suiza estableció una nueva constitución que la convirtió en una federación, con Neuchâtel como miembro pleno.