Unitamente alla contemporanea XV dinastia e alla XVII dinastia (che invece successe cronologicamente alla XVI a Tebe), questa dinastia forma la fase della storia egizia denominata "Secondo periodo intermedio" (circa 1650–1550 a.C.), un periodo instabile e caotico che vide la divisione dell'Alto e Basso Egitto fra i faraoni di Tebe e i sovrani hyksos della XV dinastia, invasori asiatici d'origine semita installatisi ad Avaris, nel delta del Nilo, intorno alla metà del XVII secolo a.C.. Per questo motivo coloro che li ritengono vassalli degli invasori chiamano, talvolta, i governanti della XVI dinastia "Piccoli Hyksos", tracciando un parallelismo con i "Grandi Hyksos", cioè la XV dinastia degli occupanti asiatici.