בשנת 1934 עוררה פרשת בריכת השחייה (Schwimmbadaffäre) סערה בינלאומית כאשר מועצת העיר סירבה להכניס יהודים לבריכת השחייה של העיר, וגרמה לאורחי ספא יהודים רבים להתרחק מהעיר. בית הכנסת החדש ניזוק במהלך הפוגרומים בנובמבר בשנת 1938. למרות הנזקים הניתנים לתיקון, מועצת העיר באד קיסינגן הרסה אותו בשנת 1939. בשנת 1942 גורשו תושבים יהודים לגטו איזביצה בפולין וטרזיינשטט בצ'כיה, 69 יהודים מקיסינגן נרצחו.