חואן נולד ב-30 ביוני 1478 בסביליה, פרננדו השני, מלך אראגון ולאיזבלה הראשונה, מלכת קסטיליה. בעת לידתו נלחמו הוריו במלחמת הירושה הקסטיליאנית נגד בת דודתו חואנה, נסיכת קסטיליה, בתו של אנריקה הרביעי, מלך קסטיליה, אשר נתמכה על ידי אפונסו החמישי, מלך פורטוגל, ולידת חואן סייעה לאמו לנצח במלחמה.