Beckert setzte ihre Entwicklung kontinuierlich fort. Beim Weltcup in Moskau am 14. Februar 2008 gelang ihr erstmals bei einem Weltcup der Sprung unter die Top 3. Sie belegte im 5000-m-Rennen hinter Claudia Pechstein und Martina Sáblíková den 3. Platz. Beim Weltcup in Heerenveen wurde sie Zweite und im November 2009 erreichte sie an gleicher Stelle den ersten Weltcupsieg. Bei ihrer ersten Teilnahme an der Mehrkampfweltmeisterschaft 2009 in Hamar belegte sie den zwölften Platz. Auf der letzten Strecke über 5000 Meter wurde sie Dritte. Einen Monat später bei den Einzelstreckenweltmeisterschaften 2009 in Richmond belegte Stephanie Beckert über diese Distanz den vierten Platz und wurde Achte über 3000 Meter.