Favorisé par son républicanisme affiché, Jourdan devient un brillant général de la Révolution : il est vainqueur à Wattignies et surtout à la bataille de Fleurus, le , événement qui sauve la France d'une invasion et qui lui vaut une popularité immédiate. La même année, il remporte encore les batailles de Sprimont et d'Aldenhoven. Par la suite, ses campagnes de 1796 et de 1799 en Allemagne se révèlent moins heureuses face à l'archiduc Charles et il est battu plusieurs fois, notamment à Ostrach et Stockach. Parallèlement à ses activités militaires, il se montre actif en politique et fait voter en 1798 la loi Jourdan-Delbrel qui met en place la conscription. Rallié à Napoléon Bonaparte, il est élevé à la dignité de maréchal d'Empire en 1804.