Морган Райлли на профессиональном уровне начал выступать в Западной хоккейной лиге в команде «Мус-Джо Уорриорз». После двух сезонов за «Мус-Джо» его выбрал на драфте 2012 года клуб «Торонто Мейпл Лифс» под общим пятым номером. Спустя два месяца, 2 августа, Райлли подписал с «Торонто» контракт новичка, но ещё на год продолжил выступления в ЗХЛ. По различным рейтингам игроков как до драфта, так и поле него Райлли всегда входил в десятку лучших игроков своего возраста.