Am 9. August 1240 berief Gregor ein allgemeines Konzil für Ostern 1241 nach Rom ein. Die Versammlung sollte die Absetzung des Kaisers beschließen. Die Anreise der Konzilsteilnehmer sollte Genua gewährleisten. Mit Hilfe Pisas, der Konkurrentin Genuas, gelang es Friedrich, die Anreise der Konzilsteilnehmer mit einer Seeblockade zu verhindern. Bei der Insel Montecristo kam es deshalb zu einer Seeschlacht. Genua erlitt am 3. Mai 1241 gegen die mit Friedrich verbündete Flotte Pisas eine vernichtende Niederlage. Von 27 Genueser Schiffen konnten nur zwei entkommen. Mehr als hundert Prälaten wurden gefangen genommen und in Süditalien eingekerkert. Als Folge dieser Maßnahme erreichte die Verteufelung des Kaisers durch die päpstliche Propaganda ihren Höhepunkt.