В 1979 в Сальвадоре началась многолетняя гражданская война между Революционной правительственной хунтой, прокоммунистическим Фронтом национального освобождения имени Фарабундо Марти (ФНОФМ) и ультраправыми силами, консолидированными в эскадронах смерти. Хоакин Вильялобос выступил одним из основателей ФНОФМ в октябре 1980 и принял на себя военное руководство партизанскими формированиями.