In de jaren daarop werd het leger verwaarloosd waardoor het slecht voorbereid was voor de Uruguayaanse Burgeroorlog in 1864 en de Oorlog van de Drievoudige Alliantie tegen Paraguay, dat op de monding van de Río de la Plata aasde, in 1865. Brazilië putte vooral troepen uit de nationale wacht en het was meer de marine die gewicht in de schaal legde. In 1866 werd Luís Alves de Lima e Silva benoemd tot bevelhebber van de Braziliaanse troepen. Die reorganiseerde het leger en versterkte het fors — tot 82.000 man in 1869. De oorlog tegen Paraguay, dat uiteindelijk vernietigend werd verslagen, werd de bloedigste uit de Zuid-Amerikaanse geschiedenis. Deze oorlog decimeerde de bevolking van Paraguay, maar ook Brazilië verloor naar schatting 50.000 manschappen.