El 27 de abril de 2016, jugando a un gran nivel, lideró al equipo para lograr el bicampeonato de Concacaf Liga Campeones 2015-16 derrotando a Tigres en el partido de ida y vuelta con un global de 4-1, Rubens levantó su primer campeonato como capitán del equipo y su cuarto como americanista. Fue premiado con el balón de oro y terminó como el máximo asistidor del torneo con 7 asistencias. En diciembre representó a México en la Copa Mundial de Clubes de la FIFA 2016, quedando en el Cuarto Lugar de la competición.