В 1993 году Грегг выступал за молодёжную сборную США на чемпионате мира. На турнире он провёл все 4 матча. За первую сборную Берхалтер дебютировал 15 октября 1994 года во встрече против Саудовской Аравии. Первым турниром Грегга стал Кубок Америки 1995 года. На нём США заняли 4-е место. В 1998 он стал серебряным призёром золотого кубка КОНКАКАФ, в 1999 бронзовым призёром Кубка конфедераций. На чемпионате мира 2002 года после того, как Джефф Эйгус выбыл из строя, он заменил его и сыграл в двух матчах плей-офф. Таким образом Грегг стал первым футболистом «Кристал Пэласа», сыгравшим на чемпионате мира. В 1/8 финала, в матче со сборной Германии, Берхалтер пробил по воротам, Оливер Кан не успел среагировать на удар, однако Торстен Фрингс вынес мяч с линии ворот рукой. Этот эпизод остался незамеченным со стороны судьи. На чемпионат мира 2006 года он попал из-за травмы . Однако на первенстве не сыграл ни одного матча и после окончания турнира завершил выступления за национальную команду.