После присоединения к СССР Бессарабии и Северной Буковины встал вопрос об устроении церковной жизни в этих землях, и поиски кандидата привели к епископу Алексию. Указом Московской патриархии от 3 декабря 1940 года он был командирован в Кишинёв в качестве управляющего православными общинами Кишинёвской, Бельцкой, Измаильской и Черновицкой епархий сроком на 6 месяцев. Указом Московской патриархии от 12 мая 1941 года назначен архиепископом Кишинёвским и Бессарабским с оставлением за ним Измаильской и Бельцкой епархий и с поручением управления Черновицкой епархией; он титуловался как «экзарх Бессарабский и Севернобуковинский».