Френсіс Мустафа у 2015 року дебютував у складі збірної Бурунді в матчі проти збірної Ефіопії. У складі збірної був учасником першого в її історії великого міжнародного турніру — Кубка африканських націй 2019 року в Єгипті, на якому зіграв у трьох матчах групового турніру, за підсумками якого бурундійська збірна припинила виступи на турнірі. Усього зіграв у складі збірної 10 матчів.