W minionym stuleciu kilkakrotnie rozważano likwidację dworca w dotychczasowej lokalizacji. Plan rozbudowy Krakowa z 1934 zakładał realizację nowego budynku w odległości ok. 300 metrów na północ od dotychczasowego, który zamierzano rozebrać. W okresie Generalnego Gubernatorstwa niemieccy okupanci rozważali likwidację średnicowej linii kolejowej (w jej miejscu miała powstać aleja miejska) i budowę nowej po zachodniej stronie miasta, wraz z nowym dworcem kolejowym w planowanej monumentalnej dzielnicy rządowej w Dębnikach. Podobne zamierzenia sformułowały władze PRL w związku z budową w latach 50. Nowej Huty, z tym że nowa linia średnicowa miała przebiegać na wschód od dotychczasowej, a nowy dworzec powstałby w okolicach Ronda Mogilskiego. Wszystkie te plany nie wyszły poza fazę wstępnych projektów.