Na začátku druhé světové války "Júbari" podporoval japonskou invazi na atol Wake a později doprovázel letadlové lodě "Akagi" a "Kaga" při obsazení Rabaulu. Během amerického nájezdu na Lae a Salamaua byl lehce poškozen. Zúčastnil se operace MO a během bojů o Guadalcanal se zúčastnil bitvy u ostrova Savo. Poté se věnoval převážně eskortní službě. Při návratu z výpadu proti americkému vylodění na Rendova najel 5. července 1943 na minu a byl poškozen. Dopoledne 27. dubna 1944 byl torpédován ponorkou USS "Bluegill" a potopil se v ranních hodinách 28. dubna.