Niet sa čo diviť, že Čarnogurský zostal antikomunista (na ŠtB bol vedený ako nepriateľská osoba dokonca štyri krát „po línii slovenský separatizmus“), čo deklaroval aj po politických zmenách v roku 1989. Jeho syn Ján, ktorý sa vydal v jeho politických šľapajach ho charakterizuje ako „novinára, štátnika a disidenta“ a pripomína okrem iného aj jeho členstvo v tajnej cirkvi v 80. rokoch minulého storočia.