Po upadku powstania został aresztowany podczas próby przedostania się na Węgry, był więziony, a następnie wcielony do armii austriackiej. Ostatecznie udało mu się przedostać na Węgry wraz z grupą studentów ochotników z Galicji i wziąć udział w stopniu oficera w Powstaniu Węgierskim przeciwko Austrii w szeregach Legionu Polskiego pod dowództwem generała Józefa Wysockiego. Po zakończeniu wojny, Mrozowicki, wówczas już w stopniu kapitana, pod koniec sierpnia 1849 roku wraz z Legionem przekroczył granicę Serbii pod Orsovą, gdzie został internowany przez władze tureckie. Tam Władysław Kościelski, który został wyznaczony przez władze tureckie na pośrednika pomiędzy władzami miejscowymi a polską emigracją, powołał go na swojego sekretarza. Udało się wówczas wyjednać zasiłki dla żołnierzy i stworzyć warunki dla wielu oficerów i żołnierzy osiedlenia się w Turcji oraz na ewakuację pozostałych do Francji, na Maltę i do Ameryki. Z Turcji udał się na emigrację do Francji, gdzie związał się z obozem demokratycznym i ponownie nawiązał kontakt z generałem Wysockim. Kiedy na jesieni 1853 roku powstała koncepcja otworzenia w Turcji Legionu Polskiego w celu przygotowania powstania zbrojnego na ziemiach polskich, misję negocjacji w tej sprawie powierzono generałowi Wysockiemu, któremu w wyjeździe do Stambułu w styczniu 1854 roku towarzyszył Mrozowicki. Szanse na powodzenie ich misji zostały przekreślone po podpisaniu w czerwcu 1854 roku układu austriacko-tureckiego.