В Великую Отечественную войны Жарников вступил в составе того же полка. В сентябре 1941 года он стал командиром эскадрильи, позднее был выдвинут на должность полкового штурмана, а в январе 1943 года стал заместителем командира полка. Участвовал в обороне Ленинграда, совершая боевые вылеты на сопровождение штурмовиков и бомбардировщиков, прикрытие кораблей и наземных войск, воздушную разведку. Помимо активной боевой работы, Жарников обучал молодых лётчиков. С августа 1943 года занимал должность инспектора по технике пилотирования 9-й штурмовой авиационной дивизии. Продолжал совершать вылеты над акваторией Финского и Выборгского заливов, на Синявинском участке Ленинградского фронта. Участвовал в операции по окончательному снятию блокады Ленинграда, освобождении Ропши, Кингисеппа и Нарвы. С августа 1944 года служил старшим инспектором-лётчиков лётной инспекции ВВС Балтийского флота, а с декабря того же года — помощником командира 11-й штурмовой авиационной дивизии. Совершил большое количество боевых вылетов, принял участие в десятках воздушных боёв.