После того, как отец ушёл на фронт добровольцем, 16-летний Филипп приписал себе в документах возраст и осенью 1942 года был зачислен добровольцем в Красную армию. Воевать ушёл в составе Сибирских добровольческих частей. В действующей армии с декабря 1942 года. Был помощником командира взвода, комсоргом стрелкового батальона, командиром взвода. Воевал на Западном фронте, участвовал в Ржевско-Вяземской операции 1943 года, где получил ранение средней тяжести. По выздоровлении сражался в Смоленской наступательной операции, в октябре 1943 года воевал под Могилёвом, в малоуспешных зимних наступательных боях в Белоруссии зимой 1943—1944 годов. Там был ранен второй раз, причём тяжело — от близкого разрыва мины получил около 40 осколочных полиорганных ранений. Находился в госпиталях, восемь месяцев провёл в Центральной клинической больнице НКПС имени Семашко. Летом 1944 года вернулся на фронт, воевал вместе с отцом в одной части. В июле 1944 года у деревни Большие Гривны на Псковщине Денис Никодимович получил смертельное ранение и умер от гангрены. Филипп Бобков в составе войск 2-го Прибалтийского и Ленинградского фронтов принимал участие в Прибалтийской операции и в блокаде Курляндского котла. Завершил боевой путь командиром взвода, гвардии старшиной 9 мая 1945 года в Латвии, где была окружена и разбита курляндская группировка противника. За годы войны награждён орденом Славы 3-й степени, двумя медалями «За отвагу». Член КПСС с 1944 года. Воевал в 22-й и 65-й гвардейских стрелковых дивизиях.