2004 Avrupa Futbol Şampiyonası'nın ilk maçında İngiltere'ye maçın son dakikalarında iki gol atarak, maçın adamı seçildi. Fransa'nın turnuvaya çeyrek finalde veda etmesine rağmen, Zidane turnuvanın karmasında yer almayı başardı. Avrupa Futbol Şampiyonası'ndan sonra, 4 Ağustos 2004 tarihinde, Fransa millî takımından çekilme kararı aldı. Ancak tam bir yıl sonra, 3 Ağustos 2005 tarihinde, kararını geri alarak, Fransa'yla yeniden oynamak istediğini ve millî takımın elemelerden çıkması halinde, 2006 FIFA Dünya Kupası'nı oynamak istediğini vurguladı.