Po žametni revoluciji na Češkoslovaškem leta 1989 je Aero izgubil velik del trga trenažernih letal. Prodaja vojaških letal v vzhodni Evropi in NATO članicah se je v 1990ih zelo zmanjšala. NATO članice niso hotele novega proizvajalca letal. Med letoma 1998 in 2004 je bil Aero pod kontrolo Boeinga.