V roce 1955 vstoupil Beer zpět do armády a byl pověřen sepsáním oficiální historie První palestinské války. Dostal volný přístup k Davidu Ben Gurionovi a tajným archívům IOS. Iser Harel považoval Beera za bezpáteřného kariéristu a věřil, že Beer ve skutečnosti zůstal stále přesvědčením levičák. Postupem času (zejména před suezskou operací v roce 1956 byl Beer považován za ohrožení bezpečnosti státu a Šin Bet se pokoušela proti němu sehnat důkazy o protistátní činnosti.