Когда началась гражданская война, Кентукки стал пограничным штатом с неопределенной ориентацией. Смит отправился в Ричмонд и поступил на службу в армию Конфедерации. 19 сентября 1861 года он стал генерал-майором и командовал дивизией из четырёх бригад: Уайтинга, Худа, Хэмптона, Хаттона и Петтигрю. Во время сражения при Севен-Пайнс его дивизия одновременно считалась левым крылом Северовирджинской армии.