Magnan avancierte am 20. Juli 1811 zum Leutnant, am 8. Februar 1813 zum Oberleutnant und am 6. September 1813 zum "Capitaine" und war in diesen Graden ein Mitkämpfer bei den unter den Generälen Reille und Soult auch ferner in den Feldzügen von 1812 und 1813 in Spanien, namentlich in der Schlacht bei Vitoria (21. Juni 1813) und in den der englischen Armee bei den Entsetzungen von San Sebastián (7. Juli bis 8. September 1813) und Pamplona gelieferten Gefechten. In der Folge wurde er als "Capitaine" zur kaiserlichen Garde versetzt und machte als solcher den Feldzug 1814 in Frankreich und 1815 in Belgien mit. Hierbei focht er u. a. mit in den Schlachten von Château-Thierry (12. Februar 1814), Montereau (18. Februar 1814), Craonne (7. März 1814), wo er verwundet wurde, und Paris (30.–31. März 1814), war während der Rückkehr Ludwigs XVIII. nicht aktiv, schloss sich aber Napoleon während dessen erneuter Herrschaft der Hundert Tage wieder an und nahm an der mit Napoleons entscheidender Niederlage endenden Schlacht bei Waterloo (18. Juni 1815) teil.