З початку нового сезону тренер «Ротора» Георгій Ярцев став підключати Алдоніна до тренувань основної команди. 30 квітня 2000 року він дебютував у чемпіонаті Росії, вийшовши на поле на 82-ій хвилині матчу проти «Крила Рад». 13 травня гравець вперше вийшов на поле в стартовому складі. Під час сезону у волгоградського клубу змінився тренер. Новий наставник «Ротора» Євген Кучеревський заявив, що має пройти певний час поки Євген повністю адаптується і відчує себе гравцем першої команди. В основному, Алдонін виходив на поле на позицію крайнього півзахисника. Незважаючи на те, що Євген вже проводив матчі у вищому дивізіоні, він ще грав і за другу команду «Ротора». За основний склад клубу в сезоні 2000 зіграв 12 матчів. Перед початком сезон 2001 року головним тренером «синьо-блакитних» став Павло Гусєв, який перевів Алдоніна на позицію опорного півзахисника і зробив його важливим гравцем основного складу, про що говорить статистика: 29 матчів в чемпіонаті з 30 можливих. Він став викликатися до молодіжної збірної Росії, а журналісти назвали гру Євгена «блискучою».