Die großen Abwesenden der 53. Targa Florio waren wie im Jahr davor die Werkswagen der Scuderia Ferrari. Hatte der Rennstall von Enzo Ferrari 1968 nach einer Reglementänderung kein passendes Einsatzfahrzeug, wurde 1969 als offizieller Grund die Teilnahme am Großen Preis von Spanien angegeben, der am selben Wochenende stattfand. Für das Rennen am Circuit de Montjuïc in Barcelona hatte die Scuderia jedoch nur einen Ferrari 312 für Chris Amon gemeldet. Da ein Startverzicht der Scuderia bei der Targa Florio ungewöhnlich war, machte im Fahrerlager bald das Gerücht die Runde, Enzo Ferrari und die Funktionäre des Veranstalters hätten sich nicht auf das von Ferrari geforderte Startgeld einigen können.