Met het Frans nationaal elftal won Giuly in 2003 de Confederations Cup. Hij miste Euro 2004 door een liesblessure, die de aanvaller had opgelopen in de Champions League-finale. Tot zijn ontzetting behoorde Giuly niet tot de Franse selectie voor het WK 2006, ondanks zijn goede prestaties bij FC Barcelona. De Franse pers zou spreken van een "zwarte lijst" van bondscoach Raymond Domenech, waar ook Robert Pirès, Olivier Dacourt en Nicolas Anelka op zouden staan.