Der schnelle deutsche Vormarsch entzog ihr 1941 die erst kurz zuvor in Besitz genommenen Flottenstützpunkte im Baltikum. Zu sehr großen Verlusten kam es bei der Evakuierung von Tallinn ab dem 27. August 1941. Die Sowjetarmee zog ihre 25.000 Soldaten aus Hanko ab und im Dezember rückten finnische Truppen ein. Die meisten Schiffe waren ab September in Leningrad eingeschlossen und halfen mit ihren Geschützen bei der Verteidigung der belagerten Stadt. Das Schlachtschiff "Marat" sank nach schweren Bombentreffern am 23. September 1941 in Kronstadt am Kai, konnte aber noch als feste Batterie verwendet werden und bildete den ganzen Krieg hindurch das Rückgrat der sowjetischen Verteidigung.