Do bị dính chấn thương, anh bỏ lỡ hầu hết mùa 2002–03. Ở mùa thu 2003, anh chơi ở các trận đầu vòng loại quan trọng của Giải vô địch bóng đá châu Âu 2004 cho Ba Lan. Tuy nhiên Ba Lan bị loại còn 1. FC Nürnberg không thể trụ hạng ở Bundesliga. Với màn thể hiện xuất sắc, anh được chuyển tới câu lạc bộ hàng đầu của Bundesliga là Bayer Leverkusen. Ở mùa 2004–05, anh là một trong những cầu thủ hay nhất của câu lạc bộ; bộ ba Krzynowek, Andriy Voronin và Dimitar Berbatov đã gây được sự chú ý của nhiều câu lạc bộ hàng đầu châu Âu. Bayer Leverkusen cũng chơi cực hay tại Champions League, họ chỉ bị loại bởi những câu lạc bộ như Real Madrid và A.S. Roma. Krzynowek ghi ba bàn thắng, một trong số đó là bàn thắng vào lưới Real Madrid, được tôn vinh là một trong những bàn thắng đẹp nhất giải đấu năm đó.