Durant dos segles, Mazagan fou una base de protecció de la ruta a l'Índia, un cap de pont portuguès per a una futura conquesta del Marroc si es donaven les condiciones favorables (que mai es van donar) i un reclam per obtenir del papa butlles de croada que aportaven a la corona alguns beneficis. Però la guarnició i la població no podien sortir de les muralles de la ciutat sense una escorta armada, ja que les tribus sempre estaven a l'aguait amenaçadores, i van establir a la rodalia dues fortaleses per mantenir bloquejada Mazagan: Fahs al-Zamuriyyin i Fahs Awlad Dhuwayyib (les seves ruïnes encara existeixen). La guarnició cada vegada estava més mal aprovisionada, i la fam, les malalties i les epidèmies l'afectaven greument, però estava protegida per les muralles, contra les quals les tribus no podien fer res. Tot i així, es van fer atacs importants, i en destaca el de 1562 dirigit per Muhammad (fill del soldà Abd Allah al-Ghalib, i mort més tard en la Batalla de Kasr al-Kabir el 1578), que va assetjar la ciutat i la va atacar dues vegades, i fou rebutjat malgrat que la guarnició eren 2.600 soldats, i d'atacants uns 170.000. Al , els governadors de la plaça van aconseguir fer aixecar el bloqueig i restablir els contactes de bon veïnatge amb les tribus, però això va enfurismar els radicals i el "mudjahid" Sidi Muhammad al-Ayyashi va atacar la ciutat el 1639, i va causar algunes pèrdues als portuguesos, encara que sense cap possibilitat de prendre-la.