Rui Jorge pelasi koko ammattilaisuransa Portugalissa edustaen Rio Avea (1991–1992), Portoa (1992–1998), Sportingia (1998–2005) ja Belenensesiä (2005–2006). Portugalin A-maajoukkueessa hän pelasi 45 ottelua vuosina 1994–2004 ja teki yhden maalin. Rui Jorge oli mukana maajoukkueessa muun muassa olympialaisissa 1996, EM-kisoissa 2000, MM-kisoissa 2002, joissa hän pelasi avauskokoonpanossa Portugalin kaikissa kolmessa ottelussa, ja EM-kisoissa 2004.