Каардынатар «Еўрапейскай Беларусі», быў адным са стваральнікаў і актыўным удзельнікам маладзёжнага руху «Зубр». За сваю апазіцыйную публічную дзейнасць неаднаразова падвяргаўся рэпрэсіям з боку дзеючай улады: штрафам, адміністратыўным арыштам, збіццю, запалохванням і ціску. Пасля падзеяў 2010 года Яўген Афнагель працяглы час быў вымушаны знаходзіцца ў эміграцыі, але вярнуўся ў выніку ў Беларусь, дзе працягнуў актыўную палітычную дзейнасць.