Né le à Fribourg-en-Brisgau en Allemagne, Mirko Höfflin fait ses gammes dans les équipes junior du Adler Mannheim, avec qui il remporte à trois reprises le titre de champion d’Allemagne junior. En 2009 et en 2010, il représente son pays au championnat du monde des moins de 18 ans. Durant la saison 2009-2010, il fait ses débuts professionnels en 2. Bundesliga avec les Heilbronner Falken. Durant cette saison, il joue pour l’Allemagne lors du championnat du monde junior. En juin 2010, il est repêché par les Blackhawks de Chicago au ( au total). Il rejoint alors l’Amérique du Nord et les Remparts de Québec en Ligue de hockey junior majeur du Québec, avec qui il joue la saison 2010-2011. Au cours de cette même saison, il joue à nouveau le championnat du monde junior. Il est échangé après sa première saison au Titan d'Acadie-Bathurst, toujours dans la Ligue de hockey junior majeur du Québec, contre Jérémie Malouin. Il joue une dernière fois le championnat du monde junior en décembre 2011 et janvier 2012.