I februari 1944 avsade sig Alpers alla sina partiämbeten och påbörjade sin tjänstgöring på västfronten som major i Luftwaffes reserv. Den 21 augusti 1944 ersatte Alpers Kurt Stephani som chef för 9:e fallskärmsjägarregementet. Efter att ha sårats allvarligt vid Mons i Belgien begick Alpers självmord genom att skjuta sig.