Po wybuchu w Libii powstania i wojny domowej w 2011, pozostał wierny pułkownikowi Muammarowi al-Kaddafiemu. Stanowisko utracił wraz z zakończoną sukcesem ofensywą powstańców na Trypolis i zdobyciem przez nich siedziby Kaddafiego 23 sierpnia 2011. Władzę w kraju przejęła wówczas "de facto" Narodowa Rada Tymczasowa. 1 września 2011 al-Mahmudi ogłosił poparcie dla nowych władz. 21 września Al-Baghdadi Ali al-Mahmudi został zatrzymany w Tunezji i skazany na 6 miesięcy więzienia za nielegalne przekroczenie granicy.