В 1999 году Фёдоров перешёл в юниоры и стал выступать за клуб «Уинсор Спитфайрз» в юниорской хоккейной лиге Онтарио. Через год он сменил команду на «Садбери Вулвз» из той же лиги. Сезон 2001/2002 стал успешным для Фёдора, набравшего 78 очков (33+45) в 67 матчах. На драфте НХЛ 2001 года Фёдоров был выбран уже под общим 66-м номером клубом «Ванкувер Кэнакс». В сезоне 2001/02 россиянин играл за фарм-клуб «Кэнакс», «Манитоба Мус» из АХЛ, а также «Колумбия Инферно» из Хоккейной лиги Восточного побережья. В 2002 году Фёдоров провёл хороший тренировочный сбор с «Ванкувером» и получил шанс дебютировать в НХЛ. В сезонах 2002/03 и 2003/04 он провёл только 15 игр за «Кэнакс», набрал два очка. Большую часть времени Фёдор проводил в «Манитобе», за которую он сыграл 116 матчей в трёх сезонах.