Nel 1241 fu inviato a Roma per prendere parte al concilio indetto da Papa Gregorio IX per scomunicare Federico II di Svevia, il quale fece intercettare, presso l'Isola del Giglio, la flotta che trasportava parte del clero che si recava a Roma, rendendo impossibile lo svolgimento del concilio. Molti prelati furono imprigionati e Pietro da Collemezzo fu tra questi. Fu liberato probabilmente solo nel 1243, anno in cui fu inviato dal Papa proprio presso l'Imperatore svevo per tentare di ottenere una tregua dalle ostilità.