1368年，在反抗蒙古的斗争中胜出的朱元璋建立了明朝，同年推翻了元朝在中国的统治。元朝廷北遷退回大漠(今天的蒙古地區)，史稱北元。1392年，李成桂的朝鮮王朝成立。当时北方除了元顺帝据有漠南、漠北，关中还有元将扩廓帖木儿驻守甘肃定西，此外元廷还领有东北地区与云南地区。明太祖为了占领北方，采取兵分二路，各个击破的方式，此即明太祖第一次北伐。元顺帝战败后于1370年在应昌去世，元昭宗爱猷识理达腊即位后北逃至漠北和林。明将冯胜夺取了甘肃地区。然而元将扩廓帖木儿仍然在漠北多次与明将徐达等人作战。1378年四月，元昭宗去世，继位的元天元帝继续和明朝对抗，屡次侵犯明境。1387年，明朝发动第五次北伐，经过多次战争，1387年10月，纳哈出投降蓝玉，明朝占领东北地区。镇守云南的元朝梁王把匝剌瓦尔密，在元廷退回草原后仍然继续效忠。1371年明太祖派汤和等人领兵平定据有四川的明玉珍。1381年12月，明军攻入云南，1382年梁王逃离昆明并自杀，随后明军攻克大理。1388年元天元帝被阿里不哥后裔也速迭尔杀害，蒙古政權不再使用年号及大元国号，北元亡。14世纪末到15世纪初，中国明朝的燕王朱棣和李氏朝鲜的王子李芳远均通过武力政变的方式获得了国家最高统治权，1399年，燕王朱棣发动靖难之役，于1402年取得胜利并登基为帝。1407年，中國明成祖出兵佔領越南，1428年明軍被逐出，後黎朝建立。1471年滅南部的占婆，但1527年越南又南北分裂。另外，蒙古高原在北元灭亡后开始出现瓦剌和鞑靼两部，瓦剌逐渐崛起并与中国本土发生了冲突，1449年瓦剌在土木之变中俘虏了明朝的皇帝朱祁镇，此后瓦剌衰落。1506年，鞑靼大汗达延汗统一了漠南蒙古，后人称其为蒙古的“中兴之主”。与此同时，在东南沿海，自中国元朝末期到明朝中后期，日本的海盗和武士與中國沿海的平民组成的倭寇袭扰中国东南，造成了中國東南的動盪。