Бернардзінцы адны з першых трапілі пад рэпрэсіі з боку расійскіх улад пасля паўстання 1863—1864 гг. Мінскі губернатар адзначаў  г., што сярод усіх кляштараў Нясвіжа менавіта бернардзінскі «у час мінуўшай смуты» праявіў актыўную антырасійскую палітыку. У 1864 г. кляштар скасаваны, жылы корпус перададзены ваеннаму ведамству, а касцёл быў перароблены пад царкву. Манахаў выслалі ў Крацінгу (Жамойць), Кімбараўку (прыгарад Мазыра), Гарадзішча.