Após a Guerra Hispano-Americana em 1898, um outro conflito desencadeou no sul das Filipinas entre os revolucionários muçulmanos das Filipinas e as forças armadas dos Estados Unidos que ocorreu entre 1899 e 1913. Os filipinos se opuseram ao domínio estrangeiro dos Estados Unidos, o qual revindicava as Filipinas como seu território. Em 14 de agosto de 1898, após derrotar as forças espanholas, os Estados Unidos estabeleceram um governo militar nas Filipinas sob o general Wesley Merritt como Governador Militar. As forças estadunidenses assumiram o controle em Jolo em 18 de maio de 1899 e em Zamboanga em dezembro de 1899. O brigadeiro-general John C. Bates foi enviado para negociar um tratado com o sultão de Sulu, Jamalul Kiram II. Kiram estava frustado com a tomada de poder estadunidense, haja vista esperava recuperar a soberania após a derrota das forças espanholas no arquipélago. O objetivo principal de Bates era garantir a neutralidade dos moros na Guerra Filipino-Americana e estabelecer a ordem no sul das Filipinas. Depois de alguma negociação o Tratado Bates seria assinado, o qual foi baseado em um tratado espanhol anterior. O Tratado Bates fez assegurar a neutralidade dos muçulmanos no sul, porém na verdade foi criado para ganhar tempo para os estadunidenses até a guerra no norte terminar. Depois da guerra, em 1915, os estadunidenses impuseram o Tratado Carpenter em Sulu.