Nel 1953 fu nominato anche Direttore generale del Ministro della Difesa. Era incaricato dell'acquisto delle armi per il giovane Stato d'Israele. In questa carica ottenne diversi successi militari come la Campagna del Sinai, architettata insieme a Gran Bretagna e Francia. Peres in quegli anni puntò a stabilire una forte e avanzata industria militare israeliana, soprattutto nell'aeronautica con la Israeli Air Industries (IAI).