Persianlahden sotaa edeltäneen Kuwaitin kriisin aikana elokuun lopulla 1990 Waldheim vieraili Irakissa ja tapasi maan presidentin Saddam Husseinin. Waldheim sai neuvotelluksi maastapoistumisluvan itävaltalaisille, jotka olivat jääneet panttivangeiksi Kuwaitiin Irakin miehitettyä maan. Waldheimin toimintaa arvosteltiin muun muassa Euroopan yhteisön jäsenmaissa, koska hänen katsottiin poikenneen yhteisesti sovitusta linjasta ja Irakia vastaan kohdistetusta saarrosta.