In 1998 volgde Van Lingen Advocaat opnieuw. De twee trokken samen naar Schotland, waar ze Glasgow Rangers trainden. In 2002 werd Advocaat voor de tweede keer aangesteld als bondscoach van Nederland. Van Lingen bleef zich bezighouden met de coördinatie van de nationale jeugdploegen. In 2004 trok hij met Oranje naar het Europees Kampioenschap in Portugal. Advocaat en Van Lingen konden toen rekenen op namen als Patrick Kluivert, Arjen Robben en Wesley Sneijder. Aan de samenwerking met de KNVB kwam in 2009 een einde. Advocaat, op dat ogenblik trainer van Zenit Sint-Petersburg, haalde zijn vroegere assistent naar Rusland. Maar lang duurde het avontuur daar niet, want Advocaat nam ontslag en ging aan de slag bij de Rode Duivels. Van Lingen volgde hem en zag hoe Advocaat Marc Wilmots koos als tweede hulptrainer.