Con la maglia della Nazionale portoghese Miguel ha debuttato il 12 febbraio 2003 contro l'. In tutto ha collezionato 59 presenze realizzando una rete (nell'amichevole vinta 5-3 contro l'Albania) partecipando da titolare alla finale del Campionato europeo 2004 giocato in casa, poi persa con la . Successivamente ha giocato ai Mondiali 2006 (con il Portogallo arrivato terzo) da titolare. È stato convocato poi anche per gli Europei 2008 e per i Mondiali 2010, dove ha giocato da riserva. Dopo i Mondiali in Sudafrica ha giocato solo una partita il 3 settembre 2010 nel 4-4 contro Cipro, che è stata quindi la sua ultima gara in Nazionale.