Zenden sofria com lesões enquanto os Países Baixos sofriam para se classificar para a Copa do Mundo de 2002, e acabou não conseguindo, de fato. Após o fracasso, um princípio de reformulação tomou conta dos dirigentes dos Países Baixos. Junto com outros veteranos - Clarence Seedorf, Frank de Boer, Paul Bosvelt, Edgar Davids, Kluivert, van Hooijdonk, Overmars e Roy Makaay, Zenden teve sua última chance num torneio oficial pela Seleção na Eurocopa 2004. Após o evento, no qual jogou parcos 45 minutos na primeira partida, Zenden teve poucas chances. Marcou seu último gol num amistoso contra a Estônia, mas após sua lesão no joelho, não foi mais chamado. Com o surgimento de jogadores como Ryan Babel, Rafael van der Vaart, Wesley Sneijder, Dirk Kuyt, Robin van Persie e especialmente Arjen Robben, Zenden não teve mais oportunidades no selecionado neerlandês. Despediu-se com 54 jogos e 7 gols.