Réclamé en troisième ronde par les Maple Leafs de Toronto lors du repêchage de 2001 de la Ligue nationale de hockey alors qu'il évolue pour les 67 d'Ottawa de la Ligue de hockey de l'Ontario. Brendan Bell poursuit avec ses derniers jusqu'en 2003, année où il reçoit le titre de meilleur défenseur dans la Ligue canadienne de hockey.