Na początku 2006 zawodnik wygrał – 18 marca w Tel Awiwie – zawody zimowego pucharu Europy w rzutach pokonując – pierwszy raz w karierze – wicemistrza świata z 2005 Estończyka Gerda Kantera oraz ustanawiając wynikiem 65,01 nowy rekord życiowy. Zajął odpowiednio drugie i trzecie miejsce podczas najważniejszych krajowych mityngów sezonu – europejskiego festiwalu lekkoatletycznego w Bydgoszczy (1 czerwca) i memoriału Janusza Kusocińskiego w Warszawie (18 czerwca). 11 dni po warszawskich zawodach Małachowski zadebiutował w reprezentacji podczas superligi pucharu Europy – w Maladze wygrał konkurs dyskoboli i wynikiem 66,21 ustanowił nowy rekord Polski poprawiając o 23 centymetry rezultat Dariusza Juzyszna z 1985 roku. 23 lipca zdobył w Bydgoszczy złoto mistrzostw kraju. Podczas rozrywanych na stadionie Ullevi w Göteborgu mistrzostw Europy z wynikiem 63,76 zajął trzecie miejsce w eliminacjach, a w finale uzyskując 64,57 uplasował się ostatecznie na szóstym miejscu. Na koniec sezonu zajął szóste miejsce w światowym finale lekkoatletycznym.