Tammikuussa 2003 Mick McCarthy sai potkut Irlannin maajoukkueen päävalmentajan tehtävistä ja Kerr nousi hänen tilalleen. Kerr ei onnistunut kovassa tilanteessa nostamaan Irlantia EM-kisoihin 2004, vaan tuloksena oli karsintalohkon kolmossija. MM2006-karsinnoissa Kerrin suojatit pelasivat hyvin häviämällä vain yhden ottelun. Tiukassa lohkossa se oli kuitenkin liikaa ja Irlanti jäi pisteen päähän kisapaikasta ollen lohkonsa neljäs. Kerr kritisoi karsintojen aikana mediaa hänen taktisiin valintoihinsa kohdistuneesta ansiottomasta kritiikistä, mikä teki hänestä epäsuositun mediassa. Lopulta Irlannin jalkapalloliitto ei enää jatkanut Kerrin sopimusta ja tämä joutui jättämään tehtävänsä lokakuussa 2005.