Alankomaiden maajoukkueessa Makaay on jäänyt vähälle peliajalle, sillä taitavampia hyökkääjiä on aina löytynyt. EM-kisoissa 2000 hän pääsi vaihdosta kentälle yhdessä alkulohko-ottelussa ja puolivälieräottelussa tunnin kohdalla ja EM-kisoissa 2004 yhden alkulohko-ottelun ja puolivälierän loppupuolella sekä välierän puolivälissä. Pekingin olympialaisissa 2008 Makaay pelasi kolme alkulohko-ottelua mutta ei enää jatkoaikatappioon päättynyttä puolivälieräottelua Argentiinaa vastaan.