Влітку 1997 року Жонса став гравцем нідерландського клубу «Де Графсхап». Після двох сезонів його купив гранд місцевого футболу «Феєнорд». У першому сезоні команда Томаша виграла Суперкубок Нідерландів. Проте під час періоду, коли Жонса був з клубом, у період з 1999 по 2003 рік «Феєнорд» не зміг виграти жодного національного титулу, але 2002 рік став видатним роком для команди, коли вони виграли Кубок УЄФА, перемігши у фіналі «Боруссію» (Дортмунд) (3:2). Це дозволило команді зіграти у Суперкубку УЄФА 2002 року, але вони програли «Реалу» (1:3). Жонса зіграв обидва фінали. Всього польський легіонер відіграв за команду з Роттердама чотири сезони своєї ігрової кар'єри, взявши участь у 90 матчах чемпіонату.