Ai Mondiali del 1999 si laureò campione del mondo sul trampolino normale K90 e fu di nuovo argento nella gara a squadre. Nelle stagioni successive Funaki faticò a ottenere risultati di rilievo, soprattutto a livello individuale; ai XIX Giochi olimpici invernali di fu 9° nel trampolino normale, 7° nel trampolino lungo, 5° nella gara a squadre. Con il quartetto giapponese vinse comunque l'argento nella gara a squadre ai Campionati mondiali di sci nordico 2003.