Verdenscupen i skiskyting 1988/89 ble arrangert av UIPMB (Union Internationale de Pentathlon Moderne et Biathlon). Sesongen startet 14. desember 1989 i Obertilliach i Østerrike og ble avsluttet 18. mars 1990 i Kontiolax i Finland. VM i skiskyting 1990 skulle arrangeres i Minsk, men på grunn av snømangel ble kun normaldistansene for kvinner og menn gjennomført. Det ble besluttet at resten av mesterskapet skulle arrangeres i Holmenkollen. Sprintene, lagkonkurransene og stafett for kvinner ble gjennomført i Oslo, men stafett for menn ble avlyst midtveis på grunn av for tykk tåke. Stafetten ble derfor gjennomført i Kontiolax. På bakgrunn av dette besluttet UIPMB at disse VM-rennene skulle telle med i verdenscupen.