La temporada 2013-14 comienza con un relevo en el banquillo: Pep Guardiola sucede a Jupp Heynckes con el reto de mantener el elevado listón que le dejó este. El debut del nuevo entrenador tuvo lugar el 27 de julio en la Supercopa de Alemania 2013 ante el Borussia Dortmund perdiendo por 2:4. En cambio, el 30 de agosto, el Bayern ganó su primera Supercopa de Europa, derrotando al Chelsea en la tanda de penaltis, tras un 2:2 al final de la prórroga. El equipo alemán cerró con la conquista de la Copa Mundial de Clubes de la FIFA 2013 el 21 de diciembre, además de ostentar un sólido liderato en la 1. Bundesliga 2013-14. Finalmente, el Bayern gana dicho torneo el 25 de marzo de 2014, con siete jornadas de antelación, luego de vencer al Hertha Berlín con una marcador de 3:1. Ya como campeón, el Bayern pierde por 1:0 ante el Augsburgo y pone fin a una racha de 53 partidos sin perder y 65 consecutivos marcando. Aunque el equipo sufrió una contundente eliminación en semifinales de la Liga de Campeones de la UEFA 2013-14 contra el Real Madrid con un global de 0:5, terminó la temporada con un doblete al ganar la Copa de Alemania 2013-14. Era la segunda vez, después de hacerlo en 2006, que el Bayern encadenaba dos dobletes consecutivos.