Al tiempo que se desarrollaba el congreso, estalló la Rebelión de Kronstadt, que exigió el fin de la dictadura bolchevique y la vuelta a los sóviets electos. El Gobierno decidió aplastar el levantamiento, que coincidió con otros en el país; el 5 de marzo, Trotski llegó a Petrogrado y exigió la rendición de los alzados. El aplastamiento del levantamiento quedó paradójicamante en manos de aquel que había recibido antaño el apoyo de los marinos de la base tanto en 1917 como durante la guerra civil, a los que había tildado de «orgullo y gloria de la revolución». La revuelta unió al partido e incluso las corrientes críticas rechazaron el alzamiento; tras concentrar tropas escogidas que sufrieron grandes bajas en el asalto, las fuerzas gubernamentales tomaron la base naval al asalto a finales de marzo.