Il devient colonel du détachement le : le corps expéditionnaire français, qui comprend hommes du , embarque pour la Crimée le et Cler se distingue dans le siège de la colline de l'Alma, sur laquelle il a planté le drapeau français. Le , il est élevé au grade de général de brigade et prend le commandement des 62 et d'infanterie de ligne. Sa conduite en Crimée lui vaut la Légion d'honneur. La réorganisation de la Garde impériale en 1856, le voit à la tête de la Brigade d'infanterie composée de zouaves, de grenadiers et de gendarmes à pied.