Presidiossa on myös sotilashautausmaa "San Francisco National Cemetery", toinen jäljellä olevista hautausmaista, jotka sijaitsevat kaupungin rajojen sisäpuolella. Sinne haudattujen sotilaiden joukossa on kenraali Fedreick Funston, Espanjan ja Yhdysvaltain välisen sodan ja Filippiinien ja Yhdysvaltain välisen sodan sankari. Hän oli Presidion komentajana, kun vuoden 1906 maanjäristys vavisutti San Franciscoa. Viimeisen leposijansa on sieltä saanut myös kenraali Irvin McDowell, joka komensi Unionin armeijaa Sisällissodan alussa ja hävisi Konfederaatiolle Bull Runin ensimmäisessä taistelussa (Manassasin ensimmäisessä taistelussa). Kun hän jäi eläkkeelle, hän muutti Kaliforniaan ja kuoli sydänkohtaukseen vuonna 1885.