ניצחון המוסלמים בקרב הירמוך בשנת 636 הוביל לבריחתם של שומרונים רבים. במהלך המאה התשיעית החריבו המוסלמים בתי כנסת יהודיים ושומרוניים רבים. במאה העשירית השתפרו היחסים בין המוסלמים, היהודים והשומרונים. במאה הארבע-עשרה שלטו בארץ הממלוכים, שפגעו באתרים המקודשים לשומרונים והפכו אותם למסגדים. בשל העובדה כי מוחמד לא שמע על השומרונים או הכיר את דתם, חשבו הכובשים הערבים והמוסלמים כי השומרונים הם "פגאנים" ולכן יש לנהוג בהם כמו שמורה הקוראן ביחס לכופרים ולהשמידם אם לא יתאסלמו, בשל כך שומרונים רבים נאלצו להתאסלם כדי להישאר בחיים.