Mabini befand sich nun im Zentrum der kritischsten Periode in der Geschichte dieses neuen Staates und musste sich sogleich mit Problemen auseinandersetzen, die er kaum hatte erahnen können. Eine dieser Aufgaben war die Verhandlungsführung bei den Gesprächen mit den Amerikanern, die am 6. März 1899, kurz nach Ausbruch des Philippinisch-Amerikanischen Krieges, begannen. Die Vereinigten Staaten und die neue philippinische Republik waren zu diesem Zeitpunkt miteinander in extrem strittigen und gewalttätigen Konfrontation verwickelt.