Als unter Führung von General Charles Victoire Emmanuel Leclercs eine Invasionsarmee aufgestellt wurde, um in Saint-Domingue (Hispaniola) die Aufständischen um Toussaint Louverture zu bekämpfen (→Haitianische Revolution), meldete sich Watrin ebenfalls freiwillig. 1799 kehrte er nach Frankreich zurück und wechselte zur Armée d'Italie; u. a. kämpfte er vor Montebello (9. Juni 1800) und Marengo (14. Juni 1800).