С 1958 по 1959 годы Фрей был генеральным секретарём партии UNR (Союз за новую республику), работал в кабинете Жака Сустеля, потом занимал посты министра информации (с 8 января 1959 по 5 февраля 1960 года), министра-делегата в кабинете премьер-министра Мишеля Дебре (до 6 мая 1961 года), министра внутренних дел (май 1961 — 1 апреля 1967 года в кабинетах Мишеля Дебре и Жоржа Помпиду). На своём посту Фрей боролся с ОАС после окончания войны в Алжире.