明清之際，科布多一带屬蒙古杜爾伯特部。清朝乾隆年間滅準噶爾後成為中國領土。科布多城始建於雍正八年（1730年），因其瀕臨科布多河而得名。乾隆年間因洪水而廢。乾隆三十二年（1767年）於布彥圖河（今布彥特河）沿岸修築新城，為科布多參贊大臣駐地，為外蒙古西部重鎮。