Das Dorf brannte 1531 und 1600 ab. Im 17. und 18. Jahrhundert war Pömbsen Rittersitz des Fürstbistums Paderborn. 1871 baute die jüdische Gemeinde eine Synagoge, die nach dem Pogrom vom 9. November 1938 abgebrochen wurde. In der Gemarkung lagen zahlreiche eingegangene Orte. Unter ihnen war der im Jahr 854 in den Corveyer Traditionen genannte Hof "Amriki", der im Dreißigjährigen Krieg zerstört wurde. Der Name lebt fort im Bachnamen Emmerke („kleine Emmer“), einem Zufluss der Emmer, der fälschlicherweise in fast allen Landkarten "Mühlenbach" genannt wird. Dieses Gelände mit der Mineralquelle in der „Bornwiese“ wurde 1859 vom Hermannsborner Verein mit Sitz in Dortmund erworben, zwecks Nutzung des Mineralbrunnens.