Johan Holmqvist begann seine Karriere 1993 bei Tierps Hockey in der zweiten Division in Schweden und spielte dort drei Jahre. 1996 wechselte er zu Brynäs IF in die Elitserien. Nach seiner ersten Saison, in der er allerdings nur zwei Spiele bestritt, wurde er im NHL Entry Draft 1997 von den New York Rangers in der siebten Runde an Position 175 ausgewählt.