En 1793, les Jacobins français confisquèrent le Saint-Bénin pour en faire un hôpital militaire. De 1800 à 1834, il fut géré par des laïcs, et confié ensuite aux Jésuites, chassés après la révolution de 1848. Après des périodes de reprise et de déclin, au cours desquelles des laïcs et des religieux alternèrent à la gestion du collège, il fut cédé par la municipalité à l'État italien en 1888 pour devenir le lycée national « Prince de Naples ». Les propriétés adjacentes furent en partie reconverties en jardins publics de la ville, et en partie ont servi à la construction de la gare d'Aoste.