1989 novemberében Jan Kavan visszatért Prágába, ahol csatlakozott a Polgári Fórumhoz, a Bársonyos forradalom vezető erejéhez. Tagja lett a szervezet egyeztető bizottságának. 1990 júniusában a 44 év után megtartott első szabad választáson parlamenti mandátumhoz jutott, és tagja lett külügyi bizottságnak. 1993-ban belépett a Cseh Szociáldemokrata Pártba, amelynek külügyi bizottságát irányította négy éven át. Jan Kavan képviselte pártját a Szocialista Internacionáléban, amelynek elnökhelyettesévé választották 1997-ben. 1996 és 2000 között felsőházi szenátor volt.