Em 1853, Menchikov foi enviado em missão especial a Constantinopla, e quando a guerra da Crimeia deflagrou, regressou à vida militar e foi nomeado comandante chefe do exército e das forças navais. Comandou o Exército Imperial Russo na Batalha de Alma e na Batalha de Inkerman onde foi manifesta a sua incompetência para o comando militar em batalha. Em 15 de fevereiro de 1855, o czar retirou o comando a Menchikov, e substituiu-o pelo príncipe Mikhail Gortchakov. De dezembro de 1855 a abril de 1856, ocupou o posto de governador geral de Kronstadt antes de ser reformar. Morreu em São Petersburgo.