Bruno K. Schultz, der seine Tätigkeiten für die SS parallel zu seiner universitären Arbeit verrichtete, war ab Oktober 1941 in Personalunion Leiter des nach Prag verlegten Rassenamtes des Rasse- und Siedlungshauptamtes. Während des Zweiten Weltkrieges nahm Schultz in deutsch besetzten Gebieten rassenkundliche Untersuchungen an Zivilisten vor (Elsaß-Lothringen, Polen, Jugoslawien, Slowenien, Sowjetunion) und ließ durch von ihm ausgebildete Rasseprüfer rassisch unerwünschte Menschen ausmustern beziehungsweise geeignete Kinder eindeutschen. Diese Tätigkeiten fanden im Rahmen der sogenannten „Umvolkungsaktionen“ statt. Nach den Folgekonferenzen der Wannseekonferenz zur „Endlösung der Judenfrage“ erarbeitete Schultz 1943 ein Gutachten, indem er empfahl Jüdische Mischlinge II. Grades mit „jüdischen Merkmalen im äußeren Erscheinungsbild“ wie „Jüdische Mischlinge I. Grades“ zu behandeln. Diesem Vorschlag stimmten Reichsführer SS Heinrich Himmler und Martin Bormann zu. Kriegsbedingt wurde der Vorschlag jedoch nicht mehr umgesetzt. Diese Maßnahme hätte zur Folge gehabt, dass die entsprechend identifizierten Personen Zwangssterilisationen unterzogen worden wären.