Baraguey d’Hilliers oli vuosina 1833–1836 Saint-Cyrin sotakoulun apulaisjohtaja ja vuosina 1836–1841 sen johtaja. Sitten hän palasi Algeriaan, jossa toimi vuosina 1843–1848 Constantinen alueen komendanttina. Hän sai 1843 divisioonakenraalin arvon. Hänet valittiin vuoden 1848 helmikuun vallankumouksen jälkeen Doubsin departementin edustajana perustuslakia säätävään kansalliskokoukseen, jossa hän liittyi monarkistisen oikeiston muodostamaan ”järjestyspuolueeseen” ("Parti de l’Ordre"). Baraguey d’Hilliers tuki toisen tasavallan presidentiksi valittua Ludvig Napoleonia, joka ehdotti häntä varapresidentiksi, mutta kansalliskokous ei valinnut häntä. Baraguey d’Hilliers valittiin seuraavana vuonna uudelleen kansalliskokoukseen. Hän sai marraskuussa 1849 komentoonsa Roomaa miehittäneet ranskalaiset interventiojoukot, minkä jälkeen hänet nimitettiin Ranskan lähettilääksi Kirkkovaltiossa. Vuonna 1851 hän oli divisioonankomentajana.