С 1884 года при музее были образованы специальные комиссии — так называемые «собрания преподавателей» — по воспитанию и обучению русскому языку и словесности, математике, иностранным языкам, физике, химии и космографии, школьной гигиене, музыке и пению. С 1888 года собрания эти получили форму специальных отделов учебно-воспитательного комитета музея — 6 июня 1888 года было Высочайше утверждено положения о музее, введшее его в ряд правительственных учреждений; директором был назначен его заведующий В. П. Коховский. С 1891 года стал А. Н. Макаров. Почётные награды были получены на чикагской всемирной выставке 1893 года и нижегородской 1896 года.