Magda po celou dobu manželství tolerovala časté milostné zálety svého manžela, ale skutečná krize nastala ve chvíli, kdy se Goebbels vášnivě zamiloval do české herečky Lídy Baarové a začal v roce 1938 uvažovat o rozvodu. Když se o tomto vztahu zmínila Magda před Hitlerem, dostal Hitler záchvat zuřivosti a zakázal Goebbelsovi další kontakty s Baarovou. Goebbels se chtěl kvůli Baarové vzdát svého postavení ale Hitler rezignaci odmítl. Přízeň svého rozhněvaného pána však rychle získal zpět, když 9. listopadu 1938 zinscenoval děsivý pogrom na židovské obyvatelstvo, tzv. Křišťálovou noc.