В 1999 занял пост главного тренера «Торпедо» (Москва). В команде провёл 4 сезона. За это время Шевченко удалось создать самобытный коллектив, который на рубеже 1990—2000-х демонстрировал достаточно яркий футбол и регулярно претендовал на призовые места в чемпионате России. Во главе «Торпедо» Шевченко стал бронзовым призёром чемпионата России 2000 года. С 2002 года в лужниковском клубе начались финансовые трудности, и летом того же года Шевченко покинул «Торпедо».