また、ハイジャックや邦人救出、日本の団体スポーツ選手団の定期便が就航していない就航地への輸送などに際しては、過去の運航実績などから特別機やチャーター機を運航することも多い。1990年、湾岸戦争のきっかけとなったイラク軍のクウェート侵攻の際、クウェートに在留していた邦人を救出したり、湾岸戦争中、イラクで働いていてエジプトに避難していたベトナム人を輸送したりしたのは、日本政府がチャーターした日本航空の特別機だった。2010年アイスランドの火山噴火では、日本からニューヨーク経由でイタリアローマへ救援便を回航し、日本人救出第一便として日本へ運航するなど日本航空の体制でしかできない運航もしている。