Bei den am 9./10. November 1938 im ganzen Reich organisierten Pogromen gegen Juden wurden die Kultgegenstände der Synagoge vor dem Gebäude verbrannt. Die Synagoge blieb intakt. Die Nazis in Jülich begingen diesen Tag, an dem reichsweit an den misslungenen Hitlerputsch vom 9. November 1923 erinnert wurde, mit einem Aufmarsch an der Eleonoren-Bastion (westlich des Rathauses am Schwanenteich). Beim verheerenden Bombenangriff auf Jülich am 16. November 1944 wurde die Synagoge schwer beschädigt, die Außenmauern blieben stehen.