Al snel bleek van Portillo's verkiezingsbeloften niet veel te komen. Hoewel Portillo had beloofd schuldigen mensenrechtenschendingen uit de Guatemalteekse Burgeroorlog te zullen vervolgen, werd zijn regering juist gekenmerkt door een hoge mate van straffeloosheid, en kregen veel van mensenrechtenschendingen verdachte militairen hoge positie. Portillo werd in Guatemala dan ook vrij algemeen gezien als een marionet van Ríos Montt, die hij tot parlementsvoorzitter benoemde. De regeerperiode van Portillo wordt zowel nationaal als internationaal beschouwd als een periode van stagnatie in de ontwikkeling van Guatemala. Corruptie nam hand over hand toe, niet in de laatste plaats door Portillo zelf en zijn regering, die meer dan 120 miljard quetzal (ongeveer 1,2 miljoen euro) aan overheidsgeld naar buitenlandse rekeningen bleken te hebben doorgesluisd.