Преемником Луиса Чавеса-и-Гонсалеса на посту архиепископа стал Оскар Арнульфо Ромеро. В 1979 году после очередной серии военных переворотов в стране началась гражданская война. Католические священники, многие из которых поддерживали левые силы и выступали против эскалации насилия, стали объектом для охоты со стороны эскадронов смерти. Шесть священников были убиты, более 50 подверглись нападениям. 24 марта 1980 года, во время богослужения в часовне больницы, ультраправые боевики застрелили архиепископа Оскара Арнульфа Ромеро, беатифицированного в 2015 году.