Beim NHL Entry Draft 2002 wurde er in der ersten Runde als Gesamtdritter von den Florida Panthers ausgewählt, nachdem Bouwmeester zuvor die Rangliste der hoffnungsvollsten Talente des "NHL Central Scouting Service" angeführt hatte. Direkt in seinem ersten NHL-Spiel erzielte Bouwmeester einen Punkt, als der Verteidiger am 10. Oktober 2002 eine Torvorlage in der Partie gegen die Tampa Bay Lightning gab.