Während des Feldzugs Frankreichs gegen Preußen belagerte der General Vandamme mit einem Corps, das größtenteils aus Württembergern und Bayern bestand, die Stadt. Am 7. Dezember 1806 begann die Belagerung. Dabei brannten die Nikolai-, die Ohlauer und die Schweidnitzer Vorstadt ab. Am 7. Januar 1807 nach 29-tägiger Beschießung kapitulierte der General von Thile. So eroberten Truppen des Rheinbunds Breslau und hielten es bis 1808 besetzt. Die Schleifung der Befestigungen Breslaus dauerte bis 1810. Durch die von Napoléon gegen Großbritannien verhängte Kontinentalsperre erlahmte der Handel mit Leinwänden. Infolge des Säkularisationsediktes König Friedrich Wilhelms III. vom 30. Oktober 1810 kam es auch im preußischen Teil Schlesiens zur Aufhebung von Stiften und Klöstern. In Breslau entstand dadurch aus dem Sandstift die Universitätsbibliothek Breslau. Die Brandenburgische Universität Frankfurt wurde ein Jahr später nach Breslau verlegt. Danach schlossen sich die örtliche Hochschule der Jesuiten und die Viadrina zusammen und gründeten 1811 die "Schlesische Friedrich-Wilhelms-Universität". Breslau erlebte mit Friedrich Wilhelms III. Aufruf „An Mein Volk“ den Auftakt der Befreiungskriege. Die Schlesische privilegierte Zeitung veröffentlichte ihn am 20. März 1813.