Byl veden Státní bezpečností jako spolupracovník. StB Alexandera Babiše podle slovenského časopisu Týždeň zaevidovala jedenáct dní před 17. listopadem 1989 jako agenta s krycím jménem "Miki". „Není tajností, že i o mně jsou vedené spisy StB. To ale bylo jen proto, že jsme byli monitorováni,“ uvedl Babiš.&lt;ref name="neo23/6"&gt;&lt;/ref&gt;