Juan José Pérez nació el 28 de agosto de 1814 en la ciudad de La Paz en el Virreinato del Perú. Pérez perteneció al seno de una familia de clase media acomodada dedicada al comercio en la ciudad de La Paz en 1814, su padre José Benito Pérez Pacheco ejerció algunos cargos públicos en la recién fundada república de Bolívar en 1825; a los 14 años Juan José se unió al ejército boliviano participando en las primeras campañas militares de ese país, pero no sería hasta el gobierno del mariscal Andrés de Santa Cruz cuando empezó su ascenso en la milicia tomando parte en las distintas empresas que el mariscal de Zepita emprendió en Perú para lograr la creación de la Confederación Perú-Boliviana, siendo la primera de ellas la llamada Pacificación del Perú y la segunda la guerra contra Chile, los restauradores peruanos y la Confederación Argentina. Durante este último conflicto cayó prisionero del ejército chileno pero escapó y tras pasar por Ecuador donde, tras su derrota en Yungay, se encontraba Santa Cruz regresó a Bolivia con la misión de trabajar en el regresó del derrocado presidente y ex protector de la Confederación.