I Copa América 1995 skrällde USA när man gick till semifinal och på vägen slog Argentina med 3-0 i gruppspelet. Han blev efter turneringen utsedd till mest värdefulla spelare tillsammans med uruguayanen Enzo Francescoli. Till VM 1998 blev Harkes petad av förbundskaptenen Steve Sampson, anledningen kom fram först 12 år senare då det kom fram att Harkes hade haft en affär med lagkamraten Eric Wynaldas fru. Han återvände dock till landslaget 1999 under nya förbundskaptenen Bruce Arena och hjälpte laget till en tredjeplats i Confederations Cup 1999. Han avslutade sin landslagskarriär 2000 efter 90 landskamper och sex mål.