Slottet blev säte för biskopen av Dorpat. Biskopen bodde i den östra delen av borgen. Den förste biskopen av Dorpat var Hermann av Dorpat, som var bror till Riga-biskopen Albert av Riga och ledare av Livländska korståget. Han hade blivit biskop 1211 och först haft sitt säte i Leal (Lihula). År 1224 hade biskop Hermann erövrat stora delar av sydöstra nuvarande Estland, och valde Dorpat som nytt säte. År 1242 besegrades biskop Hermann av Republiken Novgorods prins Alexander Nevsky vid Slaget på sjön Peipus.