Esther Thyßen debütierte im Alter von 16 Jahren in der Frauen-Nationalmannschaft. Bei der Weltmeisterschaft 1999 war sie Ersatztorhüterin hinter Stephanie Wartosch-Kürten und wurde in zwei Spielen eingesetzt. Ein Jahr später nahm sie an den Olympischen Winterspielen in Salt Lake City teil, weil andere Torhüterinnen verletzt waren. Auch hier kam sie auf zwei Einsätze, in denen sie neun Gegentore hinnehmen musste. Bis 2005 spielte Thyßen für die Nationalmannschaft und wollte sich auch für die folgenden Olympischen Spiele empfehlen, schaffte es aber nicht in den Kader. Insgesamt absolvierte Thyßen 71 Länderspiele.