En 218, il est préteur en Sicile, alors que la deuxième guerre punique, débutée en 219, a désormais pour théâtre d'opération la péninsule italienne, où Hannibal a pénétré en franchissant les Alpes. Durant ce même temps, une flotte carthaginoise tente d'aborder l'Italie en contournant la Sicile par le détroit de Messine. Il échoit alors à Marcus Aemilius d'organiser une première défense, terrestre, des villes de Sicile sous domination romaine, ce qu'il fait avec l'aide de Hiéron II de Syracuse, qui contrôle alors la pointe sud-est de l'île. Peu de temps après, le consul Tiberius Sempronius Longus, de passage en Sicile afin d'en renforcer la défense, confie à Marcus Aemilius une flotte de cinquante navires.