Родился в селе Адрианополь Славяносербского уезда Екатеринославской губернии в семье крестьянина Фёдора Колесникова. Мальчик рано проявил художественный талант, первые свои уроки он получил у заезжих изографов. Когда Степану было 16 лет, в 1896 году, его рисунки были отобраны на Всероссийскую выставку в Нижнем Новгороде. Благодаря им будущий художник получил награду от земской управы в виде стипендии для получения соответствующего образования.