C'est néanmoins au Chiapas que se réorganisent les FLN. Le travail effectué à partir de 1974 au Chiapas a permis de construire des réseaux de solidarité locaux avec des groupes maoïstes, les syndicats paysans, des militants prônant la formation de coopératives, des indigènes politisés ou catholiques proches de la théologie de la libération. À la fin des années 1970, influencées par les exemples du FMLN, du FSLN et des guérillas guatemaltèques, les FLN rompent avec la stratégie foquiste et adoptent celle de la guerre populaire prolongée ou de libération nationale avec l'ambition de former une véritable armée révolutionnaire.