С 2000 года провёл 87 матчей за сборную Швейцарии. Ранее Якину было предложено играть за команду Турции, но он отказался по личным причинам. Принимал участие в чемпионатах Европы 2004 и 2008, а также чемпионатах мира 2006 и 2010. 11 июня 2008 года забил первый мяч в ворота сборной Турции и отказался праздновать гол, а после упустил прекрасную возможность оформить дубль. Швейцарцы пропустили дважды и стали первой командой, потерявшей шансы на выход из группы на чемпионате Европы. Тем не менее в последнем матче Якин дважды забил в ворота португальцев. Хакан занял второе место в списке лучших бомбардиров турнира вместе с Лукасом Подольски, Романом Павлюченко и Семихом Шентюрком. Под руководством нового тренера Оттмара Хитцфельда принял участие в семи из десяти матчей в отборочном турнире к чемпионату мира, забив один мяч в игре против сборной Израиля. 4 октября 2011 года объявил о завершении международной карьеры.