Era arrivata l'epoca napoleonica e l'11 novembre 1796, prima della celebre battaglia d'Arcole, Napoleone fu sconfitto a Villanova in uno scontro furioso contro il generale austriaco Alvinczy che vi aveva posto il quartier generale. Dello scontro restano alcune tracce (lasciate dai proiettili dei cannoni) visibili sulle murature dell'abbazia e del suo campanile. Oltre 400 soldati francesi, feriti o ammalati, furono ammassati nell'antico complesso monastico. In seguito, comunque, il generale francese vinse ad Arcole: San Bonifacio risentì solo marginalmente della battaglia.