Nel torneo 2015-16 i nerazzurri, malgrado un girone d'andata vissuto in testa alla classifica, incapparono in una crisi agli inizi del 2016 (inclusa anche l'espulsione subita durante il derby perso 3-0) che, oltre a costare l'allontanamento dalle zone di vertice, spinse la società a riconsiderare la sua posizione. Fallito l'ingresso alla finale di Coppa Italia anche per questa stagione, l'Inter chiuse il campionato al quarto posto, entrando in Europa League. In estate annunciò di voler rimanere sulla panchina della squadra, ma gli attriti con la nuova proprietà lo convinsero a risolvere il contratto nel mese di agosto.