Од децембра 1939. године до новембра 1940. године, "Читосе" је модернизован да може примити на боковима 12 нових мини-подморница типа „А“. Крма је преправљена тако, да су подморнице могле да се спуштају у море право из хангара. За време исте модернизације на Чијоди (могуће и на Читосе) скинута су предња два катапулта. При превозу на боковима максималног броја мини-подморница типа „А“, број хидроавиона се смањивао на 12 комада. Током маја 1941. године, опрема за опслуживање и транспорт мини-подморница, је уклоњена. У исто време на бродовима је почела пробна употреба хидроавиона Каваниши Е15К1. Када је започео рат на Пацифику, састав авио-групе се састојао од 20 хидроавина; 16 Мицубиши Ф1М2 и 4 Аичи Е13А1, на сваком од ова два брода. Јануара 1942. године, састав авио-групе је промењен и бројао је 13 хидроавиона; 1 Накаџима А6М2-Н и 12 Мицибиши Ф1М2. Убрзо након јапанског пораза у бици за Мидвеј, на носачима хидроавиона "Читосе" и "Чијода", отпочели су радови за њихову преправку у лаке носаче авиона, који ће трајати све до јануара 1944. године. Јула 1944. године, број против-авионских топова од 25 -{"mm"}-, повећан је на 48 цеви (16 х 3), плус 2 против-авионска митраљеза од 13 -{"mm"}-. Неизвесно је да ли су бродови добили предвиђену пројектну авио-групу, али се јула 1944. године, на бродовима налазило по 30 авиона; 21 Мицубиши А6М5б, 3 Накаџима Б6Н и 6 Накаџима Б5Н. У својој последњој бици – Битка у заливу Лејте, авио-групе су имале следећи састав; 12 Мицубиши А6М5б, 1-2 Накаџима Б5Н и 4-5 Накаџима Б6Н.