Seine ersten Einsätze für eine Auswahl des Deutschen Eishockeybundes erhielt Jörg Mayr bei der U-20-Europameisterschaft 1987. Auch bei den Junioren-Weltmeisterschaften 1989 und 1990 spielte er für die deutsche Junioren-Auswahl. Sein erstes Turnier in der A-Mannschaft war die Weltmeisterschaft 1991. Im Laufe seiner Karriere spielte Mayr zudem bei den Weltmeisterschaften 1992, 1993, 1994 (als Kapitän), 1999 und 2001. Ebenso hat er für das deutsche Team an den Olympischen Spielen 1992, 1994 und 2002 teilgenommen.