В отборочном турнире к чемпионату Европы 2004 Тотти сыграл трижды: в двух играх с Финляндией и в матче с Азербайджаном. В первой игре с финнами Франческо сделал две голевые передачи на Кристиана Вьери, во второй уже забил самостоятельно и вновь сделал голевой пас. Перед началом чемпионата Европы главный тренер итальянцев Джованни Трапаттони сказал, что «Тотти важнее для сборной Италии, чем Зидан для сборной Франции. Тотти — уникальный игрок. Он не только ведёт игру, как Зидан, но и сам забивает, причём немало. 20 голов в прошедшем чемпионате — превосходный результат. Ещё во время чемпионата мира я говорил, что следующий турнир, то есть чемпионат Европы, должен стать звёздным для Тотти, который к тому времени достигнет своего расцвета. Франческо достиг того возраста, когда может отдавать себе отчёт в своих действиях и в своей значимости для команды. Это тот редкий футболист, про которого говорят: он способен выиграть матч в одиночку. Надеюсь, я не перестарался с комплиментами в адрес Франческо». На самом первенстве Тотти провёл 1 матч с Данией. В этой игре он совершил грубый проступок, плюнув в игрока соперника Кристиана Поульсена. Судья в поле эпизода не видел, однако камеры зафиксировали поступок Франческо, который был дисквалифицирован на 3 игры. Проступок Франческо вызвал дебаты в Италии, многие ветераны сборной осудили игрока и сказали, что наказание заслужено. В интернете даже появилась шуточная игра — «Плюнь вместе с Тотти».