Bu olayların akabinde Mutahharten Bey, 1402 yılında meydana gelen Ankara Muharebesi'nde Timur'un ordusunda savaştı. Tatarların Osmanlı ordusundan ayrılıp, Timur ordusuna geçmesinde rol oynadı. Savaş sonrası Erzincan'a geçti ve bir yıl sonra öldü. Ölümünden sonra beyliği kimin yönettiği tam olarak bilinemese de 1410 yılında beyliğin başında torunu Şeyh Hasan bulunmakta idi. Bu dönemde Karakoyunlular hükümdarı Kara Yusuf, 1410 yılında Erzincan'ı 45 günlük bir kuşatmadan sonra ele geçirdi. Bu tarihten itibaren beylik tamamen Karakoyunluların eline geçti ve beylik tarih sahnesinden çekildi.