С первых дней Великой Отечественной войны — на её фронтах. Принимал участие в боях под Сталинградом. В звании подполковника Николай Иконников был начальником отдела укреплённых районов штаба Донского фронта, занимался строительством укреплённых районов и сколачиванием воинских частей, которых входили в состав этих районов. Став впоследствии начальником отдела укреплённых районов штаба Центрального фронта, руководил работами по строительству оборонительных рубежей на Орловско-Курском направлении. Благодаря ему строительство было завершено до начала битвы на Курской дуге, что позволило советским войскам на этом участке успешно вести бои с противником.