Durante 1776, as forças sob seu comando repeliram os britânicos durante tentativa de capturar Charleston, que impulsionou sua posição no exército e no Congresso. Mais tarde, naquele ano, ele foi capturado pela cavalaria britânica de Banastre Tarleton e mantido como prisioneiro até ser libertado em 1778. Mais tarde naquele ano, durante a inconclusiva Batalha de Monmouth, Lee liderou um ataque aos britânicos, e mais tarde cessou. Ele foi posteriormente submetido a corte marcial, assim levando ao fim de seu serviço militar.