В битве при Лютцене 2 мая 1813 года Шарнхорст был ранен ядром в ногу. С незажившей раной он отправился в Вену, чтобы хлопотать о присоединении Австрии к коалиции. Рана его разболелась, и 28 июня того же года Шарнхорст умер. Похоронен на кладбище Инвалиденфридхоф в Берлине, его захоронение положило начало семейной усыпальнице, сохранившейся до наших дней.