به‌نوشتهٔ ویلفرد مادلونگ، عثمان به بنی‌امیه که قوم و خویشش بودند بیش از حد امتیاز می‌داد. این موضوع و مسائل دیگر، خشم مردم در مناطق مختلفِ حکومت اسلامی را در سال ۳۱ ه‍.ق/۶۵۰–۶۵۱ م برانگیخت و منجر به نخستین دوره از جنگ‌های داخلی امت اسلامی از ۳۵ تا ۴۱ ه‍.ق/۶۵۶–۶۶۱ م شد که به فتنه اول شهرت یافت. این جنگ‌ها با شورش علیه عثمان و کشته شدن وی آغاز شد و شش ماه پس از کشته شدن علی، با صلح حسن و معاویه پایان یافت. نخستین جنگ داخلی از میان جنگ‌های فتنه اول، در دوران خلافت علی شکل گرفت و با شورش‌هایی نظیر شورش ایرانیان هم‌زمان بود. علی با دو نیروی مخالف مجزا مواجه شد: گروهی به رهبری عایشه، طلحه، و زبیر در مکه که خواهان برگزاری شورای خلافت برای تعیین خلیفه بودند و گروهی دیگر به رهبری معاویه در شام که انتقام خون عثمان را خواستار بودند. چهار ماه پس از خلافت، علی در جمل گروه اول را شکست داد؛ اما نبرد صفین با معاویه به لحاظ نظامی بی‌نتیجه خاتمه یافت و در پی آن حکمیت به لحاظ سیاسی ضد علی تمام شد. سپس در سال ۳۸ هجری بخشی از سپاه علی، موسوم به خوارج، که قبول حکمیت توسط وی را بدعت می‌دانستند بر او شوریدند. علی در نهروان آنان را شکست داد. او سرانجام در مسجد کوفه به ضرب شمشیر یکی از خوارج به نام ابن ملجم مرادی کشته شد و در خارج شهر کوفه دفن شد. در سال ۴۱ ه‍.ق/۶۶۱ م، مُعاویه قلمروی اسلامی را به‌چنگ آورده و حکومتِ آن را به خلافت اُمَوی تبدیل کرد. وی و جانشینانش شدیدترین فشارها را بر خاندان علی و حامیان و شیعیانشان وارد کردند. دشنام به علی تبدیل به امری ضروری در نماز جماعت شد و به مدت ۶۰ سال ادامه یافت.