Суарес вышел в стартовом составе на матч Суперкубка УЕФА-2012, где «Атлетико» разгромил «Челси» (4:1) благодаря хет-трику Фалькао и голу Миранды. Единственный гол в сезоне 2012/13 Марио забил в ворота «Райо Вальекано», когда «"матрасники"» одержали победу со счётом 4:3. В Кубке Испании Суарес играл на всех стадиях турнира; он провёл на поле 120 минут основного и дополнительного времени в финале против мадридского «Реала», закончившемся победой «Атлетико» (2:1). Этот успех позволил «Атлетико» не только получить кубок, но и выиграть в мадридском дерби впервые за 14 лет.