В должности губернатора Виленской губернии С. Ф. Панютин стал одним из ближайших сотрудников как графа Муравьёва, так и его преемников — К. П. фон-Кауфмана и графа Э. Т. Баранова, принимавших решительные меры для усмирения польского восстания в западных губерниях, к возможному устранению его на будущее время, а также к обеспечению крестьянского населения этих местностей землёй и доставлению им независимости от бывших их помещиков. Панютин много заботился о постройке православных церквей, об обеспечении быта православного духовенства, об обучении в народных школах русскому языку и о придании ему того значения, которое он должен был иметь в Западном крае. Одним словом, Панютин является выдающимся деятелем в борьбе с польским влиянием; как таковой, он и подвергся нападкам в некоторых органах российской печати того времени.