A la tardor de 1799 tornà a París ajudant a la reconciliació marital entre el seu pare adoptiu i la seva mare, Josefina de Beauharnais. Quan el general Bonaparte fou elevat a la categoria de cònsol, Eugeni esdevingué capità en la guàrdia personal de Bonaparte. Poc temps després d'aquest ascens prengué part a la Batalla de Marengo de 1800.