Par la suite, le club doit faire au départ progressif de ses cadres des années précédentes et à la montée en puissance des équipes alentours. De ce fait, la sixième place de la saison 1999, qui s'achève par ailleurs sur le départ de Valeri Gazzaev ainsi que la nouvelle demi-finale de coupe de 1998 constituent les meilleurs performances de l'équipe durant la fin des années 1990.