La Liga se opuso encarnizadamente al hugonote Enrique de Navarra, rey legítimo, prefiriendo a un tío suyo, el cardenal Carlos I de Borbón, al que ya llamaban "Carlos X" (fallecido en prisión en 1590). Derrotada en las batallas de Arques en 1589, y de Ivry el 14 de mayo de 1590, y agotada tras dos asedios consecutivos de la capital, la Liga no se desarmó y París resistió. Enrique IV y sus tropas intentaron tomar París hasta valiéndose de estratagemas, como en la llamada jornada de las harinas en enero de 1590, pero su tentativa fracasó. Los miembros más extremistas de la Liga impusieron el terror en París, organizando procesiones espectaculares de religiosos armados y procesiones de miles de niños, y encarcelando a los hombres conocidos por su lealtad al Rey, a los que llamaban los «políticos». Bajo la autoridad de dieciséis regidores, «Los dieciséis», la Liga acabó ahorcando en 1591 al presidente del Parlamento de París, Barnabé Brisson, un conocido liguista. La llegada a París del duque de Mayenne, hermano de Enrique I de Guisa y jefe de la Liga nobiliaria, para castigar a los extremistas que habían decidido ejecutar a Brisson, marcó una ruptura en el seno de la Liga.