Да би објединио научна дела о теорији Сунчевог зрачења која су се налазила у бројним књигама и свескама, Миланковић почиње рад на свом животном делу 1939. године. Ова обимна књига је објављена под називом "Канон осунчавања Земље и његова примена на проблем ледених доба" и покрива скоро три деценије истраживања — укључујући велики број формула, прорачуна и шема — те такође сумира универзалне законе помоћу којих је могуће објаснити цикличне климатске промене за које ће касније постати епоним. Миланковић је провео две године уређујући и пишући "Канон". Текст је предат на штампање 2. априла 1941. године — четири дана пре инвазије Нацистичке Немачке и њених савезника на Краљевину Југославију. Током бомбардовања Београда 6. априла 1941. године, штампарија у којој се рад почео штампати је уништена; међутим, већи део табака је остао неоштећен у магацину. Након успешне окупације Србије, 15. маја 1941. године, двојица немачких официра и геолога који су на пропутовању за Блиски исток стигли у Београд, свратили су у кућу код Миланковића преневши му поздраве од професора Волфанга Соргела из Фрајбурга. Миланковић им је предао тек одштампан "Канон" да би га се однело Соргелу и на тај начин сачувало. Миланковић није учествовао у раду Универзитета током окупације, а након рата ће бити поновно постављен за професора.