В апреле 1941 года, после начала вторжения стран «оси» в Югославию, в ходе немецких бомбардировок Белграда полностью уничтожили здание библиотеки вместе с собранием книг в 500 000 экземпляров, бесценной коллекцией из 1424 кириллических рукописей и уставов, коллекцией старинных карт и гравюр, насчитывавшей 1500 единиц, коллекцией из 4000 журналов, 1800 газетных заголовков, богатыми и уникальными архивами турецких документов и со всеми списками и каталогами.