W reprezentacji Brazylii Carlos Germano zadebiutował 11 października 1995 roku w wygranym 2:0 towarzyskim spotkaniu z Urugwajem. W 1997 roku jako rezerwowy zdobył z „Canarinhos” złoty medal Copa América 1997. W 1998 roku został powołany przez Mário Zagallo do kadry na Mistrzostwa Świata we Francji. Z drużyną wywalczył tam wicemistrzostwo świata, ale nie rozegrał żadnego spotkania. Po tym turnieju zakończył reprezentacyjną karierę, a w drużynie narodowej wystąpił 9 razy.