Le contre-amiral Ugaki est alors le plus proche collaborateur de l'amiral Yamamoto dans cette fonction, qu'il occupe pendant l'attaque de Pearl Harbor, pendant l'offensive victorieuse du début de 1942, mais aussi pendant les batailles de la mer de Corail, de Midway, des Salomon orientales, des îles Santa Cruz et de Guadalcanal. Il est nommé vice-amiral en . Lorsqu'en , après l'opération I-Go, l'amiral Yamamoto décide une tournée d'inspection dans les îles Salomon, le vice-amiral Ugaki l'accompagne. Lorsque leurs deux avions sont abattus, par des chasseurs américains P-38, le au-dessus de Bougainville, dans l'opération que les Américains ont baptisé du nom de code « Vengeance », l'appareil du vice-amiral Ugaki s'écrase en mer, et Matome Ugaki est un des trois survivants.