In der nachfolgenden Zeit wurden Präsidenten willkürlich ein- und abgesetzt. Rebellionen und Bürgerkriege verhinderten die Entwicklung eines modernen Staates. Nach außen hin gab es ständig Differenzen und Kriege mit den Nachbarstaaten. Der bolivianische Diktator Andrés Santa Cruz marschierte im Peruanisch-Bolivianischen Konföderationskrieg 1836 in Lima ein und vereinigte die beiden Länder zur Peruanisch-Bolivianischen Konföderation. Diese Vereinigung zerbrach beim Sturz von Santa Cruz 1839 bei einem Konflikt mit Chile. Mit Spanien geriet Peru 1866 in kriegerische Auseinandersetzungen. Im Salpeterkrieg (1879 bis 1884) verbündete sich das Land mit Bolivien gegen Chile. Nach der Niederlage verlor Bolivien seinen Meerzugang und die salpeterreiche Atacamawüste und Peru die südlichen Provinzen (Vertrag von Ancón).