Vanwege toenemende spanningen onder leiding van Pascal Paoli verliet Fesch Corsica samen met zijn halfzus. In Zuid-Frankrijk sloten ze zich vervolgens aan bij Napoleon en vertrokken in 1793 met hem naar Toulon. Tijdens het Tweede Schrikbewind was er voor Fesch geen geestelijke post te vinden. In plaats daarvan bekleedde hij administratieve posten, onder andere bij het revolutionaire Alpenleger in Savoye. Tijdens de Italiaanse Veldtocht van 1796-1797 werd hij door Napoleon als politiek commissaris toegevoegd aan de Franse strijdmacht. Zijn optreden tijdens deze Italiaanse campagne is niet vrij van blaam. Zo zou hij zich mede schuldig hebben gemaakt aan plunderingen, met name van schilderijen.