В конце июля того же года Измаил со всей Бессарабией отошел к СССР, и Измаильская епархия перешла в подчинение Московского архиепископа. В августе того же года была образована Аккерманская область, к которой относился и Измаил, затем, 7 декабря того же 1940 года, она была переименована в Измаильскую с центром в Измаиле. Епископ Арсений остался в Измаиле, став советским подданным. С июля 1941-го по 26 августа 1944 года город был оккупирован немецкими и румынскими войсками. После его освобождения епископ Арсений также проживал в Измаиле.