Erste internationale Erfahrungen sammelte Margaret Kipkemboi bei den Jugendweltmeisterschaften 2009 in Brixen, bei denen sie im 800-Meter-Lauf mit 2:15,01 min in der ersten Runde ausschied. Bei den Crosslauf-Weltmeisterschaften 2015 in Guiyang gelangte sie in 27:32 min auf den 13. Platz. Zudem siegte sie in 15:30,15 min bei den Afrikaspielen in Brazzaville im 5000-Meter-Lauf. Im Jahr darauf gewann sie bei den Afrikameisterschaften in Durban in 15:07,56 min die Silbermedaille hinter ihrer Landsfrau Sheila Chepkirui. 2017 nahm sie an den Weltmeisterschaften in London teil und wurde dort mit 14:48,74 min im Finale Fünfte. Im Jahr darauf gewann sie bei den Commonwealth Games im australischen Gold Coast in 15:15,08 min hinter ihrer Landsfrau Hellen Obiri die Silbermedaille.