Il réprima ladite révolution avec vigueur et sévérité, compte tenu en effet qu’elle s’était déjà propagée à Cochabamba et à La Paz. La répression qui s’abattit sur le soulèvement de La Paz toutefois n’était pas son œuvre, mais celle du général José Manuel de Goyeneche, missionné en ce sens par le vice-roi Abascal de la Vice-royauté du Pérou voisine, à quoi du reste celui-ci n’était pas habilité. Alors que Nieto ordonnait des peines de prison, et laissait d’autre part les suspects en liberté, Goyeneche réprima La Paz dans le sang, attaquant la ville, causant des centaines de morts, et prononçant des peines capitales par dizaines.