В 1789 году, в чине капитана бригадирского ранга, состоя командиром корабля «12 апостолов», он участвовал в Эландском сражении со шведами и в следующем году, на том же корабле — в Красногорском и Выборгском сражениях. В том же 1790 году Фёдоров был награждён орденом Св. Владимира 3-й степени и произведён в капитаны генерал-майорского ранга.