Згодом взяв участь у двох Кубках Америки — у 2015 і 2016 роках, на обох турнірах аргентинці сягнули фіналів, в яких обидва рази зазнали прикрих поразок від збірної Чилі у серіях післяматчевих пенальті після нульових нічиїх в основний і додатковий час. На першому турнірі Банега взяв участь у п'яти з шести ігор, здебільшого виходячи на заміну наприкінці матчу, а на другому виходив на поле у стартовому складі у всіх матчах, у першому з яких, грі групового етапу проти збірної Чилі, став автором другого і, як згодом з'ясувалося, переможного голу аргентинців.