Johnston werd commandant van het Army of Northern Virginia en leidde dit leger tot het begin van de campagne op het schiereiland van Virginia in 1862. Terwijl hij de hoofdstad Richmond verdedigde tegen generaal George McClellan, trok hij zich steeds "strategisch" terug, tot zijn leger met de rug tegen de hoofdstad stond, waar McClellan van plan was een beleg te slaan. In een hoek gedreven sloeg Johnston eindelijk terug op 31 mei 1862 ten zuiden van de Chickahominy in de Slag bij Seven Pines.