Изабела Аљенде је рођена 2. августа 1942. у Лими (Перу), од оца Томаса Аљендеа и мајке Франсиске Љона. Томас Аљенде, рођак чилеанског председника Салвадора Аљендеа, био је дипломата; Изабела проводи рано детињство у иностранству. Године 1945. Томас напушта породицу и нестаје. Без могућности да од њега добије развод, мајка Франсиска је морала да поништи брак и да се са својом, сада пред законом ванбрачном децом, врати у породичну кућу свог оца. Изабела детињство проводи код деде у Сантијагу, у Чилеу. Године 1953. Франсиска се удаје за дипломату Рамона Уидобра и породица се поново сели, прво у Боливију а потом у Либан. Након Суецке кризе, Изабела се враћа у Чиле где завршава своје образовање. У Чилеу упознаје студента Мигела Фријаса, за кога се удаје 1962. године и добија двоје деце, кћерку Паулу (1963) и сина Николаса (1966).