由於雷伊泰灣海戰大敗後，日本海軍的制海權與制空權旁落，終導致臺灣各港口機能的喪失與海域遭受封鎖，因此第三期結訓後已無法進行外派，全部均留在臺灣戰區的海軍各部隊服役。日本當局面臨即使如此，對臺灣籍海軍特別志願兵的組訓工作仍然持續不輟，緊接著第四期在11月之際召募入伍，又1945年2月又有第五期召募入伍，至1945年5月間則有第六期的召募入伍，總計六期共召募11,000餘人。另外，台灣籍的「海軍特別志願兵」，除了在本島徵募之外，於海外的占領地，台灣人亦可經由一定程序，辦理申請轉服特別志願兵，如海南島駐守的部分台灣籍海軍特別志願兵；但在太平洋前線戰地情況危急下，往往是現地徵召轉服志願兵的方式，直接納入特別陸戰隊的戰鬥編組。