Позднее ему вместе с сыном Кара Юсуфом пришлось столкнуться с армией Тимура, победа войск Тимура вынудила предводителя туркмен бежать на запад к Османскому правителю — Баязиду. В битве при Ангоре Баязид I потерпел сокрушительное поражение и попал в плен, что на время ослабило давление с запада и дало возможность Тимуру вернуться в Самарканд и собрать новую армию для похода в Китай. Воспользовавшись этой паузой, Кара Юсуф вместе со своим союзником Ахмедом Джалаиром вернулись в Багдад. Здесь между ними возникли разногласия, вынудившие Ахмеда покинуть город; Кара Юсуф захватил город. Однако, потерпев поражение в битве с Тимуридами, он на этот раз нашёл приют в государстве Мамлюков.