Ein Jahr nach dem Ende seiner aktiven Karriere begann Quinn seine Trainerlaufbahn als Assistenztrainer an der Northeastern University. Dort war er zwei Jahre aktiv, bevor er in gleicher Funktion an die University of Nebraska Omaha wechselte und das dortige Eishockeyteam von 1996 bis 2002 betreute. Zudem war er in dieser Zeit als Assistent der Frauen-Nationalmannschaft der USA bei den Weltmeisterschaften 1999 und 2000 tätig und gewann dort mit dem Team jeweils die Silbermedaille. 2002 wurde er als Cheftrainer beim USA Hockey National Team Development Program (NTDP) angestellt, der zentralen Talenteschmiede des US-amerikanischen Verbandes USA Hockey.