ポトマック軍のリッチモンドからの撤退に伴い、第3軍団はジョン・ポープのバージニア軍の北バージニア方面作戦支援するために派遣された。軍団は8月14日にハリソンズ・バーを出発し、ヨークタウンまで行軍し、8月20日にアレクサンドリアに向けて乗船した。ウォレントン・ジャンクションには8月26日に到着、翌27日、エクセルシオール旅団はブリストー駅で直ちに戦闘に入った。8月29日には軍団はグローブトンで交戦した。フッカー師団のクヴィア・グローバー（）の旅団は線路土手で猛烈に戦い、銃剣とマスケット銃を棍棒として使用した白兵戦が正式に報告されている。8月28日-30日の第二次ブルランの戦いで北軍は敗北したが、9月1日、カーニー師団はシャンティリーの戦いに参加し、中でもバーニー旅団が目覚しい活躍をした。カーニーはこの戦闘で戦死している。一連の戦闘での戦死者は260人、負傷1,525人、行方不明453人、合計2,238人であった。フッカーの師団はヨークタウンでは10,000人を有しており、さらに3,000人が補強されていた。ブルランの後、フェアファックス駅での食料配給は2,400人分であった。この数字が、作戦の困難さと敵の攻撃の激しさを物語っている。