Франко се трудио да задржи власт над шпанским колонијама, које су у то време чинили Шпанска Гвинеја (данас Екваторијална Гвинеја), Шпанска Сахара (данас Западна Сахара) и Шпански Мароко. Током Алжирског рата за независност (1954—1962) Мадрид је био центар "Ораганизације тајне армије" (), коју су чинили десно оријентисани француски официри који су се залагали да Алжир остане под Француском управом. Међутим Франко је био приморан да учини и неке уступке. Када је 1956. Француски Мароко добио независност, Франко је морао да преда Шпански Мароко мароканском краљу Мухамеду V, задржавши само неке енклаве.