A Bundesligát a 05/06-os szezonnal megegyező eredménnyel, az 5. hellyel zárták. Berbatovot hatékonyságban azonban még nem sikerült pótolni, ezért érkezett a görögökkel 2004-ben EB-t nyerő Theofánisz Gékasz. Az ebben az évben magát első számú kapusnak felküzdő René Adler végül távozásra késztette Hans-Jörg Buttot. Átszerződött továbbá Juan az A.S. Romába és Andrij Woronin a Liverpoolba. Juan helyére a tapasztalt Manuel Friedrich érkezett, emellett a 2006-os Copa Sudamericanán feltűnő fiatal Arturo Vidal is itt kezdte meg európai karrierjét.