В российском первенстве достижения клуба скромнее, чем в советском. Был выигран первый кубок России, завоёвана бронза чемпионата-2000. В тяжёлые для российской экономики 1990-е годы «ЗИЛ» не захотел продолжать содержать команду высшей лиги, и она досталось «Лужникам» Владимира Алёшина. Так и не найдя солидного спонсора, в 2000-х клуб с каждым годам всё больше отставал в гонке бюджетов и по итогам сезона-2006 вылетел из премьер-лиги (первое понижение в классе за всю историю «Торпедо»). В 2008 году клуб не удержался в первой лиге, однако перед стартом следующего сезона не смог пройти лицензирование и, минуя второй дивизион, отправился в любительскую футбольную лигу. Выиграв первенство Москвы, «Торпедо» получило возможность в 2010 году сыграть во втором дивизионе, где выиграло первенство зоны «Центр».