Yokohama Kokutai została utworzona 1 października 1936 r. w Jokohamie i została podporządkowana Yokosuka Chinjufu (Bazie Marynarki w Yokosuce). Początkowo miała na stanie 12 samolotów. 15 listopada 1940 r. jednostka została przydzielona do 4. Rengo Kokutai z Rengo Kantai (od 15 stycznia 1942 r. 14. Koku Sentai z 4. Koku Kantai). Stan grupy wzrósł do 16 samolotów. Trenowano ataki torpedowe. Po wybuchu wojny grupa została podporządkowana 24. Koku Sentai z 4. Koku Kantai. Samoloty Yokohama Kokutai stacjonowały na wyspie Emidj w atolu Jaluit i Roi-Namur w atolu Kwajalein, skąd przeprowadzały ataki na Wake i Makin. Stan grupy wzrósł do 24 samolotów. 14 lutego 1942 r. główne siły przeniesiono do Rabaulu przez Truk. W marcu dwa prototypy łodzi latającej H8K1 wzięły udział w operacji K. 1 kwietnia grupa została podporządkowana 25. Koku Sentai z 11. Koku Kantai. W maju część samolotów przebazowano na wyspę Tulagi na Wyspach Salomona. Jednostka wzięła udział w bitwie na Morzu Koralowym, wykonując loty rozpoznawcze na rzecz japońskiej floty. Następnie do lipca przeprowadzała sporadyczne naloty na północno-wschodnią Australię. Podczas amerykańskiego lądowania na Tulagi w sierpniu jednostka poniosła duże straty w ludziach i sprzęcie. Grupa odtwarzała gotowość bojową w Jokohamie, gdzie otrzymała 16 łodzi latających H8K. Po powrocie do Rabaulu 1 listopada 1942 r. Yokohama Kokutai została przemianowana na 801. Kokutai.