За національну збірну дебютував 25 березня 1934. У Коломбі чехословацькі футболісти перемогли збірну Франції (2:1). На 89-й хвилині Їржі Соботка забив переможний гол. У наступному матчі, проти збірної Угорщини, відкрив рахунок вже на другій хвилині. На чемпіонаті світу Соботка був гравцем основного складу. Грав відтягнутого форварда під нападниками Свободою і Неєдлим. Відмінно зіграв на турнірі, хоч сам і не забивав. Більше займався постачанням м'яча центрфорвардам або швидким крайнім нападникам Пучу й Юнеку. За збірну Соботка виступав до 1937 року. Цього року, в товариському матчі проти команди Литви, зробив хет-трик (остаточний рахунок 4:0). Грав у першій грі відбірного циклу до чемпіонату світу 1938, але до Франції не поїхав. Всього за національну команду провів 23 матчі, 8 голів.