Po ukinitvi jezuitskega reda leta 1773 je bila cerkev dana Lazaristom, nato pa za posvetne namene, tudi kot prostor za shranjevanje. V letih 1793 - 1797 je bila Jezuitska cerkev uporabljena kot bolnišnica za ranjence prve koalicijske vojne. Tudi v prvi polovici napoleonskih vojn, skupno do 1808, je cerkev služila kot bolnišnica. Od 1. novembra 1809 je katoliška župnija Svetega Duha, od velikega vojvode Karla Fridrika iz Badna, prejela jezuitsko cerkev kot župnijsko cerkev, saj je kor cerkve Svetega Duha postal premajhen za katoliško skupnost. Dejansko so po odpravi številnih obstoječih samostanov v času sekularizacije, delovali samo v koru cerkve Svetega Duha. Zahtevek Univerze v Heidelbergu, da pusti jezuitsko cerkev kot mesto za univerzitetno knjižnico, je zavrnil veliki vojvoda. Katoliška skupnost je prinesla baročno notranjost v kor Svetega Duha - prižnico, ki je bila prilagojena za okrogle stebre cerkve Svetega Duha in zato jo v jezuitski cerkvi ni bilo mogoče uporabiti - kar nakazuje, da od prvotnega pohištva ni bilo nič pridobljeno.