Après le coup d'état, la SM deviendra la principale force d'intervention. Par ses fameux cellules BSP les (Bureaux de sécurité et de prévoyance) qui deviendra l'œil de l'État-FLN avec ces agents ils pénètrent alors l'administration, la police, le FLN, les médias, les entreprises d'État, tout en assurant l'organisation de l'espionnage et du contre-espionnage et la supervision d'un réseau d'indicateurs pour tester la population à l'égard du régime. La SM s'attache aussi à lutter contre les communistes et la gauche du FLN-pour contrôler les syndicats dont l'UGTA, le mouvement étudiant et l'Union des femmes (1965-1967), puis contre les partisans du colonel Tahar Zbiri (chef d'État-major de l'ANP qui tenta un putsch en 1967) et de Krim Belkacem (l'un des dirigeants historiques de l'insurrection). L'épuration de la résistance intérieure, jusqu'alors limitée, s'amplifia. La SM en profitera pour récupérer d'anciens cadres des wilayas, comme elle l'avait fait avec le FFS et le PRS, et en fit des agents, ce qui décupla son efficacité. Mais il faut souligner que cela concerne essentiellement les anciens maquisards qui persistaient à croire, malgré leurs déconvenues, qu'ils n'était de changement possible qu'avec le soutien des appareils et de l'armée.