Etter et innledende dynastisk kaos, kom en rekke faraoer som er bedre bevitnet og med lengre regjeringstid for rundt femti til åtti år. Den sterkeste farao i denne perioden var Neferhotep I. Han styrte i elleve år og opprettet effektiv kontroll over Øvre Egypt, Nubia, og Nildeltaet. Mulige unntak var kanskje Xois og Avaris. Neferhotep I ble faktisk anerkjent som overherre av Byblos, noe som indikerer at det trettende dynasti var i stand til å beholde mye av makten til det tolvte dynasti, i det minste opp til hans styre. Ved et tidspunkt i løpet av det trettende dynasti begynte Xois og Avaris å styre seg selv, herskerne av Xois ble til det fjortende dynasti, og de asiatiske herskerne av Avaris ble til hyksosene i det femtende dynasti. I henhold til Manetho, skjedde sistnevntes opprør under styret til Neferhoteps etterfølger, Sobekhotep IV, skjønt det er ingen arkeologiske bevis for dette. Sobekhotep IV ble etterfulgt av det korte styret til Sobekhotep V, som ble fulgt av Wahibre Ibiau, deretter Merneferre Ai. Wahibre Ibiau styrte i ti år, og Merneferre Ai styrte i tjuetre år, det lengste av noen farao fra det trettende dynasti, men ingen av disse to kongene etterlot seg så mange vitnemål som både Neferhotep og Sobekhotep IV. Til tross for dette, begge synes å ha holdt minst deler av Nedre Egypt. Etter Merneferre Ai var det ingen konge som etterlot seg sitt navn på noe objekt som er funnet utenfor sørlige Egypt. Det innleder den siste delen av det trettende dynasti da de sørlige kongene fortsatte å styre over Øvre Egypt, men da foreningen av Egypt gikk helt i oppløsningen, gikk perioden mellomriket over i neste epoke, andre mellomepoke.