O campeonato foi disputado no sistema de pontos corridos em turno e returno. Ao final, o campeão e o vice eram promovidos para o Campeonato Russo de Futebol de 1999 e cinco equipes eram rebaixadas diretamente para o Campeonato Russo de Futebol de 1999 - Terceira Divisão. O décimo sétimo colocado jogava um torneio de promoção com um dos campeões do Campeonato Russo de Futebol de 1998 - Terceira Divisão.