Negli ultimi tempi, egli ha molto sofferto per la salute del suo fraterno amico e collega Ted Kennedy, colpito nel maggio 2008 da un cancro al cervello: avuta la notizia, Byrd pronunciò un breve ma intenso discorso in Senato, in cui, più volte interrotto dalle lacrime, espresse tutto il suo dolore e la sua vicinanza alla famiglia. In seguito, quando il Senatore Kennedy ebbe un forte malore il 20 gennaio 2009, in occasione dell'insediamento di Barack Obama, lo stesso Byrd, seduto al medesimo tavolo, si sentì male per l'emozione e dovette abbandonare i festeggiamenti. Infine, alla morte di Kennedy, avvenuta il 25 agosto 2009, Byrd salutò commosso la perdita del suo «miglior amico in Senato».