След избухването на Ноемврийското въстание, Прондзински е назначен за генерал–квартирмайстер – на практика трети в командването на полската армия. Той е автор на стратегическия план, с който поляците провалят руското настъпление към Варшава през пролетта на 1831 година, а при Игане води една от най-успешните битки на въстаниците. След поражението при Остроленка е за кратко началник на генералния щаб, а по-късно ръководи изграждането на варшавските укрепления.