Le SHAEF resta au Royaume-Uni jusqu'à ce que suffisamment de forces fussent déployées pour justifier son transfert en France. À ce moment-là, Montgomery cessa de commander l'ensemble des forces terrestres, mais continua en tant que commandant en chef du Groupe d’armées britannique (21 AG) sur l'aile Est de la tête de pont en Normandie, et le Groupe d'armées des États-Unis (12 AG) commandé par le lieutenant général Omar Bradley fut créé à l'aile Ouest de la tête de pont. Alors qu'une percée avait lieu en Normandie , les Alliés lancèrent l'invasion de la France méridionale, le avec le Groupe d'armées des États-Unis (6 AG) sous le commandement du Lieutenant-général Jacob L. Devers. Lors de l'invasion du sud de la France, le 6 AG était sous le commandement du Quartier général des Forces alliées (Allied Forces Headquarters) du Théâtre des opérations Méditerranéen, mais au bout d'un mois il passa sous le commandement du SHAEF dont un PC avancé fut successivement déplacé à Bayeux, Saint-Lô et Jullouville. En , le SHAEF principal prit place à l'hôtel Trianon Palace à Versailles et un poste avancé s'établit à Reims où furent signés les Actes de capitulation du Troisième Reich le . Le , un autre poste avancé du SHAEF s'installa à Francfort. Après la capitulation de l'Allemagne, PC avancé et principal du SHAEF s'établirent définitivement à Francfort pour organiser le démantèlement de l'armée allemande. Comprenant plus de officiers et hommes de troupe à cette période, le SHAEF fut dissous le .