Am 15. April 1071 eroberten nach dreijähriger Belagerung die Normannen unter Robert Guiskard die Stadt, den zu dieser Zeit letzten Besitz von Byzanz in Italien. 1087 wurden die Gebeine des heiligen Nikolaus von Myra nach Bari gebracht. Der Heilige ist seither in Italien auch als Nicola di Bari bekannt. 1096 schiffte sich ein Großteil des Kreuzfahrerheers im Hafen von Bari zum Ersten Kreuzzug ein. Im Oktober 1098 berief Papst Urban II. das „Konzil von Bari“ ein, bei dem u. a. Anselm von Canterbury anwesend war und auf dem keine Lösung zur Aussöhnung der römisch-katholischen Kirche mit den orthodoxen Kirchen erreicht werden konnte.