После присоединения Бессарабии к СССР в 1940 году раввин Цирельсон подвергся травле в советской прессе. Погиб при воздушной бомбардировке Кишинёва в первые дни войны, по самой распространённой версии 25 июня или 6 июля 1941 года. В склепе раввина Цирельсона на старом еврейском кладбище на Скулянке в Кишинёве были захоронены повреждённые в результате бомбардировок свитки Торы и других священных книг. В начале 1950-х годов часть еврейского кладбища была снесена под строительство новой дороги, и могила раввина Цирельсона, находящаяся при входе на кладбище, была перенесена в другое место. В 1958 году вся нижняя часть еврейского кладбища была снесена под строительство рыночной площади и парка отдыха, памятник на могиле раввина Цирельсона был разрушен, а сама могила и надгробная плита перенесены и захоронены у памятника жертвам Кишинёвского погрома 1903 года (см. фото здесь).