În 1807 a fost chemat să comande după sfârșitul bătăliei de la Eylau și a participat la cea de la Friedland, după care, bolnav, a renunțat la comandă. Devine Duce de Rivoli în 1808. Cu toate acestea, Masséna nu avea să stea mult timp departe de câmpul de bătălie; în 1809 i se acordă comanda Corpului IV de armată și contribuie din nou decisiv la gloria imperiului în bătăliile de la Landshut, Eckmühl, Passau, Ebersberg Essling și Wagram. Luptând deseori în prima linie, cu sabia în mână, ca un grenadier, mareșalul stârnește admirația soldaților săi. Rănit grav la picior, mareșalul nu poate încăleca o perioadă dar refuză să renunțe la comanda Corpului său și la Wagram, cât și în bătăliile ce au urmat, a comandat dintr-o caleașcă trasă de patru cai albi, foarte vizibilă pe câmpul de bătălie. Din acest motiv, a fost de mai multe ori la un pas de moarte. La Wagram, spre sfârșitul bătăliei, pentru a-și încuraja oamenii să treacă la atac, și-a adus caleașca în fruntea trupelor strigându-le „Scursurilor, voi câștigați 6 "sous" pe zi iar eu valorez 500,000 de franci pe an și tot mă obligați să v-o iau înainte!” Aceste bizare cuvinte de încurajare au funcționat totuși, gestul electrizând trupele. Două săptămâni după Wagram, l-a susținut în mod decisiv pe Marmont la Znaim. Comportamentul său pe parcursul campaniei din 1809 îi va aduce cel de-al doilea titlu nobiliar, de această dată unul princiar.