Pederson spielte zunächst drei Jahre von 1988 bis 1991 an der University of Minnesota in der Western Collegiate Hockey Association der National Collegiate Athletic Association und erwies sich dort als offensiv- wie defensivbegabter Verteidiger. Bereits nach seinem ersten Jahr am College hatten ihn die Minnesota North Stars im NHL Entry Draft 1989 in der elften Runde an 217. Position ausgewählt.