18 июня 2019 года «Сан-Хосе Шаркс» обменяли Брауна в «Филадельфию Флайерз» на 2-й раунд Драфта НХЛ 2019 года и 3-й раунд Драфта НХЛ 2020 года. 5 октября 2020 года из неожиданного для всех завершения карьеры защитника «Флайерз» Мэтта Нисканена, Джастин переподписал контракт с «Флайерз» на 2 года на общую сумму $ 3,6 млн, несмотря на то, что ранее было объявлено об его уходе на рынок свободных агентов.