Chiến đội còn tham gia cuộc không kích vào Ấn Độ Dương và trận biển San hô giúp đánh chìm ba tàu chiến của Anh rồi đánh chìm tàu sân bay "USS Lexington" của Mỹ. Do thiệt hại cho chiếc Sh"ō"kaku và phi đội của Zuikaku, Chiến đội năm đã bỏ qua trận Midway. Thất bại tại Midway buộc Hải quân Nhật phải chỉ định lại tàu sân bay của Chiến đội 5 cùng với tàu sân bay hạng nhẹ Zuihō sang Chiến đội 1 dẫn đến việc giải thể Chiến đội 5.