II turę wyborów prezydenckich wygrał Otto Pérez Molina (53,74%), pokonując Manuela Baldizóna (46,26%). Frekwencja wyborcza wyniosła 60,83%. Molina został pierwszym prezydentem, jako wojskowy w stanie spoczynku po zakończeniu ponad 30-letniej wojny domowej w 1992. Molina obiecał wysłać wojsko na ulice do walki z gangami narkotykowymi, tak jak obiecywał podczas kampanii wyborczej. Obiecał też zbudowanie nowego centralnego więzienia. Molina został zaprzysiężony 14 stycznia 2012.