La reprise de la guerre contre la France conduit, après la défaite de Marengo, à la catastrophe de Hohenlinden (3 décembre 1800). Avant même la conclusion de la paix de Lunéville (1801), Thugut donne sa démission. Contrairement aux conseils de l'archiduc Charles, il avait rejeté deux propositions de paix de Bonaparte et assumait ainsi l'entière responsabilité de la défaite. Il fut remplacé par le comte Cobenzl.