Fue nombrado virrey del Perú entre los años 1681 y 1689, llegando a Lima el 20 de noviembre de 1681. Llevó a cabo un censo de los indios para efectuar un nuevo reparto de los que debían servir en la "mita" de Potosí; y para remediar su notoria disminución en los pueblos próximos a dicho asiento, extendió la obligación pertinente aun a los de Canas y Canchis. Restableció la Casa de Moneda de Lima (1683), que en 1572 había sido suprimida. Piratas ingleses, comandados por Edward Davis, saquearon e intimidaron a los pueblos de la costa, sin que hubiera fuerza para contenerlos (1686) y, al tiempo que los comerciantes armaban naves para perseguirlos, el Virrey inició la fortificación de las ciudades de Lima y Trujillo mediante la contribución de los gremios, las instituciones y los vecinos. Pero aquella obra fue destruida por un violento terremoto en Lima y Callao (20 de octubre de 1687), e incluso el propio Virrey hubo de pasar más de dos meses bajo una toldería armada en la Plaza Mayor. Asimismo se esforzó por reducir ciertos privilegios eclesiásticos (inmunidad, protocolo, provisión de curatos, etc.).