После коммунистического государственного переворота 1948 года Зенкл находился под постоянным наблюдением со стороны Службы Государственной безопасности Чехословакии. Однако в августе того же года ему удалось со своей женой бежать на Запад. В последующие годы Зенкл возглавлял движение чехословацких политических эмигрантов. В 1949—1974 годах он занимал должность председателя Совета свободной Чехословакии, базировавшегося в Вашингтоне, столице США. Зенкл умер в 1975 году. После падения коммунистического режима в Чехословакии в 1989 году его останки были перенесены из США на Вышеградское кладбище в Праге. В октябре 1991 года чехословацкий президент Вацлав Гавел наградил его посмертно орденом Томаша Гаррига Масарика II степени.