Haziran 2008'e kadar, Wilfred Bouma Hollanda için 35 karşılaşmada oynayıp, iki gol kaydetmiştir. Bouma ilk kez 2 Eylül 2000 günü, 2-2 olarak sonuçlanan İrlanda Cumhuriyeti karşılaşmasında millî formayı giydi. Gelecek yıllarda defansın ortasındaki oyunu ile 2004 Avrupa Şampiyonası'nda 4 karşılaşmayı da içeren birkaç istikrarlı karşılaşmada oynadı. Bouma 2008 Avrupa Şampiyonası kadrosundayken, Fransa'ya karşı 78. dakikadan itibaren ve Romanya'ya karşı 90 dakika boyunca toplam 2 kez forma giydi. Bouma'nın uluslararası müsabakalardaki iki golünü 4 ay arayla attı. 2004 Avrupa Şampiyonası Grup karşılaşmasında Çek Cumhuriyeti'ni 3-2 yenerken galibiyet golünü kaydetti. Diğer golünü aynı yıl Ekim ayında Makedonya'ya karşı 2-2 sonuçlanan maçın açılış golünü kaydetti.