Em 1894 ocorreu na cidade a Revolução dos 44, que propiciou o golpe de estado contra o governo de Carlos Ezeta. Durante a época dourada do café, a princípios do século XX, foi à cidade mais rica do país. Para o século XX, y na década dos anos 1980, Santa Ana se viu afetada pela Guerra Civil de El Salvador. Com a assinatura dos Acordos de Paz de Chapultepec em 1992 (que pôs o fim a 12 anos de guerra) e com o início do terceiro milênio, a localidade teve que fazer frente o aumento da delinquência surgido pelo surgimento das gangues e foi por sua vez experimentou um aumento da população urbana devido à emigração de habitantes das áreas rurais e uma expansão urbana acelerada com a construção de novas colônias.