Quelques semaines après l'accession au pouvoir d'Adolf Hitler, au début de l'année 1933, Zehrer fut contraint d'abandonner l'édition de "Die Tat" dont la direction fut confier à Giselher Wirsing. Le "Tagliche Rundschau" fut ensuite provisoirement interdit par la Gestapo avant de l'être définitivement au mois de juillet. Zehrer se retira quelque temps à Blankenese près de Hambourg. À Partir de 1934, il vécut quelque temps à Sylt, où il rencontra le jeune Axel Springer. En tant qu'ancien protégé de Sckleicher, et en raison de son mariage avec Margot Sussmann-Mosse d'origine juive, Zehrer subit "de facto" une interdiction de travailler même si celle-ci ne fut jamais explicitement prononcée. Après les pogroms de novembre 1938, Zehrer envoya sa femme se réfugier en Grande-Bretagne. Il retourne ensuite à Berlin et prend la direction de la filiale des éditions Gerard Stalling de Oldenburg. Dès cette époque, Zehrer avait eu le pressentiment de la deuxième guerre mondiale. Il écrit à sa femme le de cette année-là : « c'est le commencement de la fin et elle sera amère. Je suis convaincu qu'à l'automne prochain nous aurons la catastrophe derrière nous mais ce sera bien une catastrophe ». Un an plus tard, en , il se sépare de sa femme en raison de la longue séparation et de la différence raciale.