การฆ่าล้างเผ่าพันธ์ุครั้งนี้ก่อให้เกิดการรั่วไหลครั้งที่สองของผู้ลี้ภัย ซึ่งหลายคนได้หลบหนีไปยังประเทศเพื่อนบ้านอย่างเวียดนาม และรองลงมาคือไทย การบุกครองกัมพูชาของเวียดนามถือเป็นจุดสิ้นสุดลงของการฆ่าล้างเผ่าพันธ์ุด้วยความปราชัยของเขมรแดง ในเดือนมกราคม ค.ศ. 1979 เมื่อวันที่ 2 มกราคม ค.ศ. 2001 รัฐบาลกัมพูชาได้จัดตั้งศาลคดีเขมรแดงเพื่อพิจารณาคดีต่อสมาชิกผู้นำเขมรแดงที่มีส่วนรับผิดชอบต่อการฆ่าล้างเผ่าพันธ์ุชาวเขมร การพิจารณาคดีได้เริ่มต้นขึ้นในวันที่ 17 กุมภาพันธ์ ค.ศ. 2009 เมื่อวันที่ 7 สิงหาคม ค.ศ. 2014 นวน เจียและเขียว สัมพันถูกศาลตัดสินว่ามีความผิดและถูกจำคุกคลอดชีวิตด้วยข้อหาอาชญากรรมต่อมนุษยชาติในช่วงการฆ่าล้างเผ่าพันธ์ุ เป็นสิ่งที่น่ากลัวมาก