17 апреля 1943 года был назначен на должность командира 18-го гвардейского стрелкового корпуса, который вскоре принимал участие в ходе Курской битвы и освобождении Левобережной Украины, а затем в Киевских оборонительной и наступательной операциях. В 1944 году корпус под командованием генерал-майора Афонина принимал участие в Житомирско-Бердичевской, Ровно-Луцкой, Проскуровско-Черновицкой, Львовско-Сандомирской, Восточно-Карпатской, Карпатско-Ужгородской и Будапештской наступательных операций, а также при освобождении городов Шепетовка, Изяслав, Монастыриска, Тлумач, Станислав и Будапешт.