Jomo Kenyatta, que foi o primeiro presidente da nova república, morreu em 1978, e Daniel Toroitich arap Moi ascendeu ao poder. Impopular, ineficiente e corrupto, o governo de Moi provocou mais agitação e uma tentativa fracassada de golpe de estado, até que ele concordou com as eleições, que foram realizadas em 1992. Sua nova vitória nessas eleições não significaram a estabilização política, e nem o fim da violência étnica. Em 1998, a embaixada dos EUA em Nairóbi foi bombardeada, deixando numerosas vítimas; a Igreja teve um papel ativo no alívio do sofrimento que se seguiu a essa tragédia. Apesar da corrupção do governo em todo o país, as autoridades católicas do Quênia continuaram se manifestando contra a pobreza, o preconceito étnico e outras questões sociais que ameaçavam a qualidade de vida. Entre os mais proeminentes desses líderes estavam o arcebispo de Nairóbi, Dom Raphael Ndingi Mwana a 'Nzeki, e o padre John Kaiser, um missionário de Mill Hill. O padre Kaiser foi assassinado em agosto de 2000, e acredita-se que sua morte foi uma consequência de suas francas declarações contra o governo; as investigações de sua morte foram interrompidas pela polícia.