Mondragón debytoi Kolumbian A-maajoukkueessa vuonna 1993, mitä ennen hän oli osallistunut olympiajoukkueen mukana vuoden 1992 kesäolympialaisiin. Hän kuului Kolumbian joukkueeseen vuosien 1993 ja 1997 Copa Américassa, vuosien 1994, 1998 ja 2014 MM-kilpailuissa sekä vuosien 2003 ja 2005 Gold Cupissa. Vuoden 1998 MM-kilpailuissa hän oli maalilla kaikissa Kolumbian kolmessa ottelussa. Vuoden 2014 MM-kilpailuissa hänestä tuli 43-vuotiaana siihen mennessä vanhin koskaan kisoissa pelannut, kun hänet otettiin vaihdosta kentälle alkulohkon viimeisen kierroksen ottelun loppuminuuteilla. Vuoden 2018 MM-kilpailuissa Egyptin Essam El-Hadary rikkoi hänen ennätyksensä pelattuaan ottelun 45-vuotiaana.