Como resultado de la muerte del rey Enrique I de Portugal en enero de 1580, su sobrino el rey Felipe II de España, hijo de Isabel de Portugal y por tanto nieto del rey Manuel I de Portugal, hizo valer su reclamación al trono portugués, su ejército derrotó a su rival Antonio, prior de Crato en la batalla de Alcántara y se aseguró la sucesión proclamándose rey en septiembre. Felipe II fue finalmente reconocido rey de Portugal en las Cortes de Tomar (1581), en la que se estableció la integración del reino de Portugal dentro de la Monarquía Hispánica. De este modo el reino de Portugal se integró en el sistema polisinodial en el que el Consejo de Portugal era el órgano que mediatizaba y negociaba la orientación de las decisiones del monarca español respecto a los asuntos concernientes al reino portugués.