Coronó su carrera ya anciano con la crisis sucesoria en Portugal de 1580, venciendo a las tropas portuguesas del pretendiente Antonio, prior de Crato, en la Batalla de Alcántara y conquistando ese reino para Felipe II. Gracias a su genio militar España logró la unificación de todos los reinos de la península ibérica y la consecuente ampliación de los territorios de ultramar.