Isotalo ei haavansa takia kyennyt osallistumaan heimosodat aloittaneisiin Vienan retkiin. Hän oli kuitenkin edelleen kirjoilla jääkärirykmentissä, josta muodostettiin myöhemmin Porin jalkaväkirykmentti 2. Isotalo erosi Suomen sotajoukkojen palveluksesta marraskuussa 1918, jonka jälkeen hän hoiti Alahärmän suojeluskunnan paikallispäällikön tehtäviä ja värväsi vuoden 1919 alussa Etelä-Pohjanmaalta miehiä Viron vapaussodan avustusretkikuntiin. Isotalo liittyi vapaaehtoisten suomalaisten joukkoon kevättalvella 1919 osallistuakseen Itä-Karjalan vapauttamiseen tähdänneeseen Aunuksen retkikuntaan. Hän toimi komppanianpäällikkönä retken etelärintamalla, valloitti miehineen Pisin ja Mäkriän kylät (joista jälkimmäisessä haavoittui) ja oli mukana Aunuksenkaupungin valtauksessa. Vaikka hän niittikin mainetta ja pääsi isoisänsä tapaan myös laulun aiheeksi (”"Tuli Isontalon Antti Härmästä päin / kera joukkojen rynnistäväin"”), näillä voitoilla ei lopulta ollut pitkäaikaista vaikutusta hankkeen kaatuessa hallituksen tuen puutteeseen.