В сентябре 1776 года по причине своего слабого здоровья Хопкинс был вынужден покинуть Второй Континентальный конгресс и вернуться в свой дом В Род-Айленде, однако он оставался депутатом членом в 1777—1779 годах. Хопкинс умер 13 июля 1785 года в возрасте 78 лет в своём доме в Провиденсе и был похоронен на кладбище .