S bratrem Eduardem sdílel i politické názory, které byly liberální, antiklerikální a nacionalistické, a časem se okolo nich vytvořila názorová platforma, z níž se zrodila samostatná Národní strana svobodomyslná (mladočeská). Již v 60. letech se rozcházel v mnohých otázkách s názory hlavního proudu české politiky tak, jak ji reprezentovali František Ladislav Rieger a František Palacký. V roce 1863 to byla například otázka postoje k polskému povstání proti carské vládě, kde Rieger i Palacký razili proruské, slavjanofilské stanovisko. Eduard Grégr tehdy sice přijal Palackého stati k otištění, ale redakční pozice Národních listů byla odlišná. Rieger v roce 1863 proto zahájil vydávání vlastního politického deníku "Národ" a Národní listy zůstaly nadále sice nejvýznamnějším českým periodikem, ale trvale si udržovaly vlastní pozici, více či méně odlišnou od oficiální Riegrovy a Palackého platformy. Oba bratři Grégrové se roku 1864 účastnili schůzek, jež svolal Rudolf Thurn-Taxis, na kterých se profiloval program samostatné liberální politické strany. Nakonec ale k formálnímu ustavení nezávislé mladočeské formace nedošlo a oba proudy české politiky i nadále existovaly ve volné alianci.