Etter at skøytingen ble innført permanent i skiskyting fra 1985 ble det noe vanskeligere for Kvalfoss å hevde seg, men han knep sprintsølvet i VM-85 på rutinen. Midt på 80-tallet var det fem år yngre Frank-Peter Roetsch som taklet overgangen best, og han hadde hegemoniet t.o.m OL i Calgary-88. Hjemmebane-VM 1986 var ingen fullklaff for Eirik, til det var skytingen for svak. Svak var også 87-sesongen, men året etter var han tilbake med andreplass i verdenscupen sammenlagt. I Calgary-OL 1988 måtte han likevel ta til takke med en sjetteplass som best på 20-kilometeren.