Девет година касније, након пет година блокаде Цариграда, Јованов стриц Манојло -{II}- је отишао на "Запад" у покушају да покрене нови крсташки поход против Османлија. У његовом одсуству, царски регент постао је Јован. Током четворогодишњег Манојловог одсуства, он је успешно водио одбрану града који је на крају спашен османлијским поразом код Ангоре. Иако се налазио у позицији да поново покуша да узурпира власт, Јован то није учинио чак и када је Бајазит умро после Ангоре, а Манојло продужио свој останак на "Западу". Сам цар се и сам прибојавао ове могућности, због чега је своју супругу Јелену и двојицу синова Јована ("-{VIII}-") (савладар 1421—1425, цар 1425—1448) и Теодора ("-{II}-") (морејски деспот 1407—1443) склонио у Морејску деспотовину код свог млађег брата Теодора -{I}- (морејски деспот 1382—1407). По Манојловом повратку у престоницу, он му је предао власт после чега се повукао у Солун који му је додељен на управу и у коме је и умро 1408. године.