Do athénské politiky znovu zasáhli až po zavraždění Peisistratova syna Hipparcha roku 514 př. n. l. a následném svržení jeho bratra Hippia (510 př. n. l), kdy Kleisthenés, syn Megakleův, prosadil demokratizaci mocenské struktury obce. V době první řecko-perské války roku 490 př. n. l. byli Alkméonovci obviňováni athénským lidem, že během bitvy u Marathónu dávali znamení perské flotile. Z rodu po matce pocházel též demokratický athénský státník a politik Periklés, žijící v období před a během peloponéské války.