Les répressions politiques suivent avec des déportations massives d'environ 130 000 citoyens menées par les Soviétiques. Les Instructions Serov, « sur la procédure de déportation des éléments antisoviétiques de Lituanie, de Lettonie et d'Estonie », contiennent des procédures et des protocoles détaillés à observer lors de l'expulsion des ressortissants baltes.