Günther-Eberhardt Wisliceny rejoint la SS-Stabswache Berlin. En 1938, il est affecté dans le régiment "Der Führer", voyant sa première action en tant que commandant de compagnie dans les Balkans au printemps 1941. Il passe de 1941 à 1943 sur le Front de l'Est et en 1944 en France, dans tous les combats majeurs des divisions SS. Il est blessé par quatre fois. Il reçoit en 1943 la Croix de chevalier de la Croix de fer pour son commandement d'un bataillon pendant la bataille pour le saillant de Koursk en juillet et les feuilles du chêne, le , lors de l'invasion de la Normandie par les alliées. Les épées lui sont décernés pour ses actions dans les Ardennes, en Hongrie et en Autriche.