Несколько месяцев Ли пробыл на авиабазе Касфарет близ Большого Горького озера в зоне Суэцкого канала, а потом возобновил разведывательную работу в Исмаилии (собирал и обрабатывал разведданные). Затем, незадолго до того, как получить в конце января 1943 года и попасть в в качестве офицера разведки, он присоединился к . По мере развития событий в Северной Африке эскадрилья совершала «большие скачки» между египетскими аэродромами в и Мерса-Матрух. Эскадрилья оказывала поддержку с воздуха сухопутным войскам и бомбила стратегические объекты. От Ли, учитывая его должность, «строго говоря, ожидалось, что он знает всё». Наступление союзников продолжалось в Ливии: союзники прошли через Тобрук и Бенгази к Мраморной арке, а также через Эль-Агейлу, Хомс и Триполи. Эскадрилья в этот период выполняла до пяти операций в день. Пока продолжалось наступление в Тунисе, силы «оси» окопались на , где Ли едва не погиб, когда аэродром, где располагалась его эскадрилья, подвергся бомбардировке. После эскадрилья Ли окончательно разместилась на базе в Кайруане. После капитуляции «оси» в Северной Африке в мае 1943 года эскадрилья была переброшена в Зувару в Ливии в рамках подготовки вторжения союзников на Сицилию. Затем, уже после захвата 8-й Британской армией сицилийского города Пакино, но ещё до создания постоянной базы в Аньон-Баньи, эскадрилья была переброшена на Мальту. В конце июля 1943 года Ли получил повышение (второе за год), став . После окончания сицилийской кампании Ли слёг с малярией в шестой раз менее, чем за год, и был переправлен в госпиталь в Карфагене. Когда он вернулся из госпиталя, эскадрилья была в смятении, обеспокоенная отсутствием новостей с восточного фронта и из Советского Союза в целом, а также отсутствием почты из дома. Волнения росли и грозили вылиться в бунт. Ли уговорил членов эскадрильи возобновить обязанности, чем сильно впечатлил своего командира.