Nel 1898, la guerra ispano-americana incrementò il numero dei detenuti sull'isola da 26 a più di 450, e dal 1905 al 1907 la prigione venne comandata dal generale statunitense George W. McIver. Dopo il Terremoto di San Francisco del 1906, i prigionieri civili vennero trasferiti ad Alcatraz per maggior sicurezza. Nel 1909 si diede inizio alla costruzione di un primo blocco consistente di celle, disegnate dal maggiore Reuben Turner, che caratterizzano ancora oggi l'aspetto dell'isola. Venne completato nel 1912. Per far spazio al nuovo blocco di celle, la cittadella e tre caserme vennero demolite al piano terreno, mentre vennero mantenute intatte le parti sotterranee. La struttura venne inoltre circondata da un fossato asciutto con scopi difensivi. Il primo piano venne incorporato come base del nuovo blocco di celle, contribuendo ad alimentare la leggenda di "carceri misteriose" sotto il blocco principale delle celle.