Вскоре после прихода к власти, Киршнер произвёл изменения в аргентинском Верховном Суде. Он обвинил определённых судей в вымогательстве и оказал давление на них, чтобы они ушли в отставку, также способствуя смещению двух других. Вместо большинства правых и неукоснительно консервативных судей, он назначил новых, кто был идеологически ближе к нему, включая двух женщин (одна из них общепризнанный атеист). Киршнер также отправил в отставку множество генералов и адмиралов, репутация некоторых из которых была запятнана злодеяниями «грязной войны».