Ce dernier échec domestique amorce un déclin progressif des performances du club, qui ne se classe que quatrième lors de l'exercice 1998, échouant à concourir pour le titre tandis que son parcours en Coupe UEFA s'arrête dès le tour préliminaire face à l'Étoile rouge de Belgrade. La situation empire d'autant plus l'année suivante, qui voit cette fois le Rotor lutter pour se maintenir, terminant treizième au terme de la saison tandis que Prokopenko quitte finalement ses fonctions à cette occasion, après quatre années et demi à la tête de l'équipe.