We wczesnym średniowieczu ziemie te zamieszkiwało bałtyjskie plemię Sasinów. Pierwsza wzmianka o nowej osadzie pochodzi z 1325 roku z kroniki Piotra z Duisburga. W 1353 roku osadzie nadano prawa miejskie chełmińskie. W XIV wieku zbudowano kościół, a Krzyżacy zbudowali dookoła miasta mury obronne. W lipcu 1410 roku niedługo po bitwie pod Grunwaldem miasto zostało opanowane przez wojska króla Władysława Jagiełły, jednak na mocy I pokoju toruńskiego z 1411 roku powróciło jeszcze na kilkanaście lat w skład państwa zakonu krzyżackiego. W 1440 roku miasto przystąpiło do antykrzyżackiego Związku Pruskiego. W 1454 roku mieszczanie wypędzili z miasta Krzyżaków. W 1468 roku zostało przyłączone do Królestwa Polskiego, w zamian za Nidzicę. Miasto poważnie ucierpiało podczas Potopu szwedzkiego. W zaborze pruskim od 1772 roku. W latach 1807-1815 Nowe Miasto znajdowało się granicach Księstwa Warszawskiego. W 1865 roku miejscowi Polacy powołali Towarzystwo Rolnicze przekształcone w 1893 roku w Bank Ludowy. W Polsce ponownie od 1920 roku. W II Rzeczypospolitej wchodziło w skład województwa pomorskiego ze stolicą w Toruniu. Do 1 kwietnia 1937 roku nosiło urzędową nazwę „Nowemiasto – Pomorze”. Od 3 września 1939 roku okupacja niemiecka. 9 września, 15 października i 7 grudnia Niemcy przeprowadzają egzekucje Polaków. Wieczorem 20 stycznia 1945 roku przedpola miasta zajmuje 2 armia uderzeniowa oraz 8 samodzielny korpus pancerny gwardii II Frontu Ukraińskiego. Następnego dnia, po krótkiej wymianie ognia, oddziały radzieckie wkroczyły do miasta od strony Pacółtowa i Tylic oswobadzając je z rąk Niemców. W 1975 zlikwidowano powiat. Od 1 stycznia 1999 roku siedziba odtworzonego powiatu.