22 апреля 1943 года полковник Шишов допущен к и. д. командира 124-й стрелковой дивизии 67-й армии (утвержден приказом НКО от 04.06.1943). Ее части занимали оборону по западному побережью Ладожского озера, вели подготовку к Мгинской наступательной операции. С 15 июля 1943 года по 10 января 1944 года Шишов проходил обучение в Высшей военной академии им. К. Е. Ворошилова, по окончании ее краткосрочного курса зачислен в распоряжение Военного совета Западного фронта. С 19 февраля 1944 года вступил в должность заместителя командира 371-й стрелковой дивизии. Приказом по войскам Западного фронта от 5 марта 1944 года допущен к временному и. д. командира этой дивизии. Ее части в составе 33-й армии занимали оборону юго-восточнее города Витебск. 25 мая 1944 года, в связи с возвращением из госпиталя бывшего командира дивизии генерал-майора В. Л. Алексеенко, он был освобожден от должности и зачислен в резерв Военного совета Западного фронта. С 8 мая 1944 года вступил в командование 97-й стрелковой дивизией. Ее части в составе 65-го стрелкового корпуса 5-й армии 3-го Белорусского фронта принимали участие в Витебско-Оршанской наступательной операции, в освобождении города Витебск. За отличия в этих боях она получила наименование «Витебская». С 3 июля 1944 года полковник Шишов занимал должность заместителя командира 159-й стрелковой Витебской дивизии. С 6 июля она в составе 45-го стрелкового корпуса участвовала в Вильнюсской наступательной операции. За образцовое выполнение заданий командования в боях за овладение городом Вильнюс Указом Президиума Верховного Совета СССР от 25.07.1944 она была награждена орденом Красного Знамени. В ходе Каунасской наступательной операции полковник Шишов 3 августа 1944 года подорвался на противотанковой мине и 5 августа скончался от полученных ран.