In 1943 werd de Nagato samen met de Yamato en het hoofddeel van de gecombineerde vloot naar het strategische eiland Truk gestuurd om daar snel in actie te kunnen komen tegen de geallieerde aanvallen. Na de evacuatie van Truk in februari 1944 verbleef de Nagato in Lingga in de buurt van Singapore. Daar bleef hij tot hij in de Slag in de Filipijnenzee meedeed. Deze slag liep uit op een ramp, maar de Nagato raakte niet beschadigd. Nog geen vier maanden later vertrok de Nagato vanuit Brunei Bay als onderdeel van admiraal Kurita's centrale vloot voor de Slag in de Golf van Leyte. Dat was een wanhopige strijd om de geallieerden er verder van te weerhouden op deze eilanden te landen.