Milan Šperl lebt in Boží Dar und startet für den TJ Dukla Liberec. Sein Debüt im Weltcup feierte er im Januar 2000 als 68. in einem 10-Kilometer-Rennen in Nové Město na Moravě. Bei den anschließenden Junioren-Weltmeisterschaften in Štrbské Pleso waren seine Ergebnisse ebenso wenig nennenswert, wie bei den Militärweltmeisterschaften 2000 in Saalfelden, 2001 in Colchester und 2002 in Kranjska Gora, der Universiade 2001 in Zakopane und den Olympischen Spielen 2002 von Salt Lake City. Ein erstes gutes Ergebnis erreichte er als Vierter bei der Universiade 2003 in Tarvisio über 30 Kilometer. Anschließend nahm er, jedoch ohne größere Erfolge zu erreichen, an der Nordischen Skiweltmeisterschaft in Val di Fiemme teil. Im November 2003 erreichte Šperl in Beitostølen mit der Staffel als Neunter erstmals ein Top-Ten-Ergebnis im Weltcup.