Für Tschechien nahm Duba im Juniorenbereich an der U18-Junioren-Weltmeisterschaft 1999 sowie den U20-Junioren-Weltmeisterschaften 2000 und 2001 teil. Bei den U20-Weltmeisterschaften 2000 und 2001 gewann er mit seiner Mannschaft jeweils den Weltmeistertitel. Beim Turnier 2001 wies er zudem mit 1.14 Gegentoren pro Spiel den niedrigsten Gegentorschnitt und mit 94,7 Prozent die höchste Fangquote auf und wurde darüber hinaus zum besten Torwart gewählt. Im Seniorenbereich stand er 2005 und 2008 im Aufgebot seines Landes bei der Euro Hockey Tour.