Незабаром після початку окупації була проведена політика радянізації. 1 липня всі політичні, культурні та релігійні організації були закриті існували лише Комуністична партія Литви та її молодіжне відділення. Усі банки (включаючи всі рахунки понад 1000 літів ), нерухомість більше були приватні підприємства з більш ніж 20 працівниками або більше 150000 літи валових надходжень націоналізовані. Це порушення в управлінні та діяльності призвело до різкого падіння виробництва. Російські солдати та чиновники прагнули витратити свої дорогі рублі і спричинили величезний дефіцит товарів. Щоб перетворити дрібних селян проти великих землевласників, у Литві не було запроваджено колективізацію. Вся земля була націоналізована, ферми зменшено до , а додаткові землі (приблизно ) було роздано дрібним фермерам. В рамках підготовки до можливої колективізації були введені нові податки від 30% до 50% сільськогосподарського виробництва. Литовський літ був штучно амортизований у 3–4 рази від його фактичної вартості та вилучений до березня 1941 р. Перед виборами до Народного парламенту Ради заарештували близько 2000 найвидатніших політичних активістів. Ці арешти паралізували будь-які спроби створення антирадянських груп. За оцінками, 12 000 були ув'язнені як " вороги народу ". Коли фермери не змогли сплатити непомірні нові податки, близько 1100 великих фермерів були піддані суду. 14–18 червня 1941 року, менш ніж за тиждень до вторгнення нацистів, близько 17 000 литовців було депортовано до Сибіру, де багато загинуло через нелюдські умови життя (див. Червнева депортація ). Деякі з багатьох політичних в'язнів були вбиті відступаючою Червоною Армією. Ці переслідування були ключовими у проханні підтримки нацистів.