Plus tard cette année cependant, Nakamaro se rebelle et Kiyomaro se range du côté de l'impératrice Kōken contre lui. L'ex-impératrice, victorieuse, reprend le trône du chrysanthème et Kiyomaro est promu . L'année suivante, en 765, davantage d'honneurs lui sont accordés, de deuxième classe, pour son service. Lors du banquet après la cérémonie de ré-intronisation de Kōken comme impératrice Shōtoku, Kiyomaro est présent en tant que directeur du "Jingi-kan". L'impératrice fait l'éloge de son intégrité et de son activité au cours de son long service dans cet organisme et il est promu .