След превземането на Виена от императорските войски Бем бяга в Унгария, която е въстанала срещу австрийското господство. В края на 1848 година Лайош Кошут му поверява командването на унгарските войски в Трансилвания. През зимата и пролетта на 1849 година командваните от Бем въстанически сили прогонват верните на императора войски от почти цяла Трансилвания и Банат. В тези месеци Бем се проявява като отличен организатор, пълководец и политик, работейки за помирение между местните унгарци и румънци.