Edellisvuonna hallikaudella Tariku oli toiminut veljelleen jäniksenä, mutta vuonna 2006 keskittyi omiin suorituksiinsa. Kahden mailin kilpailussa Bostonissa ensimmäisessä hallikisassaan hän juoksi kovatasoisessa kilpailussa, johon osallistuivat muun muassa Gebremarian, Abebe Dinkessa ja Sileshi Sihine, Craig Mottram ja Alistair Cragg, hän johti kilpailua pitkään sijoittuen lopulta neljänneksi Mottramin, Sileshin ja Craggin takana. Seuraavassa kisassaan Birminghamissa hän sijoittui toiseksi juoksussa, jossa veljensä teki uuden maailmanennätyksen 8.05,12 ajalla 8.13,32. Moskovan MM-hallikisoissa hän oli 3 000 metrillä kuudes ajalla 7.47,11. Maastojuoksun MM-kisoissa Fukuokassa hän juoksi nuorten kisassa kolmanneksi kenialaisten Mangata Kimai Ndiwan ja Leonard Patrick Komonin takana ja saavutti joukkuehopeaa. Toukokuussa Bekele juoksi Ostravassa uuden 3 000 metrin ennätyksensä 7.36,44. Kesän mittaan hän kilpaili GP-kisoissa, juoksi Rooman Kultaisen liigan kisassa uuden Etiopian nuorten ennätyksen 5 000 metrillä (12.53,8) ja elokuussa nuorten MM-kisoissa Pekingissä voitti 5 000 metrillä kultamitalin ajalla 13.31,34. Kauden lopussa hän voitti 3 000 metrin kilpailun ja sijoittui 5 000 metrillä neljänneksi.