V rámci listopadových událostí roku 1989 byla rektoru Univerzity Karlovy předána žádost o začlenění HČBF do svazku UK, na základě dalších jednání se stala spolu s Římskokatolickou cyrilometodějskou bohosloveckou fakultou (dnes KTF UK) a Komenského evangelickou bohosloveckou fakultou (ETF UK) zákonem č. 163/1990 Sb. z 10. 5. 1990 jednou ze tří teologických fakult nejstarší české univerzity, a to pod názvem Husitská teologická fakulta Univerzity Karlovy.