פרוץ מלחמת העולם השנייה שינה את אופיו של המלון. בהפצצה על תל אביב של חיל האוויר המלכותי האיטלקי ב-9 בספטמבר 1940 ספג המלון פגיעה מרסיסים שהרסו את גג הזכוכית המחפה של האולם ושל גרם המדרגות, אם כי רק אחד האורחים נפצע קלות. בעקבות האירוע, שופצה הקומה התחתונה לחלוטין ולמלון נוסף מקלט עבור 22 איש. בתוך כך, נקטעה תיירות הפנים והחוץ ואת המלון פקדו עתה חיילם אנגלים וגם אוסטרלים.