Zapata fu convocato in Nazionale colombiana per la prima volta nel 1995, prendendo parte ai XII Giochi panamericani: segnò un gol nella finale 3º-4º posto tra Colombia e . Nel 1997 fu incluso nuovamente tra i membri della Nazionale, stavolta venendo inserito nella lista per la Copa América 1997. In tale competizione non fu però mai schierato dal CT Gómez. Zapata tornò a vestire la divisa della selezione "cafetera" nel 2000, in occasione della Gold Cup, cui la Colombia partecipava in quanto invitata. Esordì dunque il 12 febbraio 2000 all'Orange Bowl di Miami contro la : giocò da titolare. Fu poi impiegato contro Honduras, , e , sempre da titolare.