Kalifa Coulibaly debütierte im Oktober 2013 für die malische Nationalmannschaft. Er stand bei der Afrikameisterschaft 2017 im malischen Kader; Mali schied aus dem Turnier mit lediglich zwei Punkten aus. Am 10. Juni 2017 erzielte Coulibaly gegen Gabun beim 2:1-Sieg sein erstes Länderspieltor, dem Qualifikationsspiel für die Afrikameisterschaft 2019 in Ägypten.