2012 lernte Falwell Jr. Donald Trump bei dessen Rede an der "Liberty University" kennen. Im Nachhinein sagte er, er sei sofort beeindruckt von Trump gewesen. Im Vorfeld der Republikanischen Vorwahlen zur Präsidentschaftswahl begann Falwell Jr., sich für den Kandidaten Trump zu engagieren. Dies wurde von vielen seiner Anhänger auf der religiösen Rechten nicht goutiert, weil Trumps Lebensstil mit zwei Scheidungen sowie Trumps indifferente Haltung in der Schwangerschaftsabbruchsfrage nicht mit dem Wertekanon der religiösen Rechten kompatibel ist. Auf der Republican National Convention 2016, auf der Trump zum Kandidaten gekürt wurde, hielt er am Abschlusstag eine Rede. Ende Januar 2017 wurde bekannt, dass Falwell Jr. von US-Präsident Trump zum Vorsitzenden einer Kommission zur „Reform“ des United States Department of Education berufen werden wird.