Après l'armistice, au cours de l'été 1940, son groupe de chasse est affecté au Maroc : Meknès le 14 juillet, Fès le 23 juillet et finalement Rabat le 17 août. Il fait partie des unités de l'armée de Vichy chargées d'assurer la surveillance de cette partie du Maghreb français. Marin la Meslée, nommé capitaine en décembre 1941, succède officiellement au capitaine Accart à la tête de la du GC I/5. Le groupe combat les alliés au sein de l'armée de Vichy lors du débarquement de . Au terme des accords conclus entre l'amiral Darlan et les autorités américaines, les troupes du régime de Vichy en Afrique du Nord rallient officiellement le camp allié et sont engagées contre l'armée allemande dès la fin du mois de novembre 1942.