Ещё подростком в Мексике Хуан проявлял сильный интерес к политике. И, весьма критически относясь к своему сверстнику Антонио Лопесу де Санта-Анне, с радостью присоединился к Техасской революции, чтобы избавить Техас от власти Санта-Анны. После битвы при Гонсалес в октябре 1835 года, Стивен Ф. Остин произвёл Сегина в чин капитана и поставил его во главе роты из тридцати семи человек. Осенью того же года его рота была задействована в разведке и снабжении революционной армии, а 5 декабря участвовала в штурме Бехара. Затем Сегин возглавил отряд из двадцати пяти теханос, сражавшихся на техасской стороне в битве за Аламо. Поскольку Сегин владел испанским, ему было проще пройти мексиканские патрули вокруг осаждённой крепости, — и он был направлен нарочным с сообщением о том, что техасцы «"не сдадутся и не уйдут"». Сегин доставил письмо техасским войскам. И вернулся в Аламо — но к этому моменту форт уже пал под ударами армии Санта-Анны. Там он организовал погребение останков защитников Аламо с военными почестями.