Stefan Nilsson begann seine Karriere bei seinem Heimatverein Luleå HF, für den er in der &lt;a href="Elitserien%201984/85"&gt;Saison 1984/85&lt;/a&gt; sein erstes Ligaspiel in der Elitserien absolvierte. Beim NHL Entry Draft 1986 wurde Nilsson in der sechsten Runde an Position 124 von den Washington Capitals ausgewählt. Er spielte jedoch weder für die Caps noch jemals in der National Hockey League. Im Verlauf der &lt;a href="Elitserien%201986/87"&gt;Spielzeit 1986/87&lt;/a&gt; wurde er erstmals zu einer festen Größe im Kader des Luleå HF und kam für diesen zu 23 Einsätzen, in denen der schwedische Junioren-Nationalspieler zwölf Scorerpunkte erzielte. In den folgenden Jahren war Nilsson als Stammspieler gesetzt und fiel dabei nie als herausragender Torschütze auf. In der Elitserien erreichte er seinen Karrierebestwert in der &lt;a href="Elitserien%20%28Eishockey%29%201995/96"&gt;Saison 1995/96&lt;/a&gt; mit 14 Toren in der regulären Saison, bevor der Angreifer in den Playoffs mit Luleå HF erstmals die schwedische Meisterschaft gewann. Drei Jahre zuvor hatte er mit der Mannschaft die Vizemeisterschaft errungen und dasselbe gelang nochmals in der &lt;a href="Elitserien%20%28Eishockey%29%201996/97"&gt;Spielzeit 1996/97&lt;/a&gt;. Vielmehr waren es seine Passgeberqualitäten, die ihn zum A-Nationalspieler formten und später auch zum Mannschaftskapitän des Teams beförderten. Während seiner Karriere war Nilsson vier Mal bester Vorlagengeber der Elitserien (1990/91, 1991/92, 1996/97 und 2001/02).