27 августа 2019 года Муньос впервые получил вызов в сборную Колумбии от главного тренера Карлуша Кейроша на товарищеские матчи против Бразилии и Венесуэлы, однако не принял в них участие из-за травмы. Дебютировал за сборную 3 июня 2021 года в отборочном матче чемпионата мира 2022 против сборной Перу (3:0), выйдя на замену на 56-й минуте, но был удалён с поля уже спустя 3 минуты. 10 июня 2021 года был вызван на Кубок Америки.