Nach seiner Zeit als Trainer bei Vereinsmannschaften wechselte Lagerbäck 1990 zum schwedischen Fußballverband und war dort bis 1995 Trainer der schwedischen U-21 und im Anschluss von 1996 bis 1997 Trainer der B-Nationalmannschaft. 1997 wurde er dann Assistent von Tommy Söderberg, der das schwedische Nationalteam trainierte. 2000 wurde er gleichberechtigter Partner von Söderberg und bildete mit ihm gemeinsam ein Trainerduo. Zusammen mit Söderberg betreute er Schweden bei der WM 2002 und der EM 2004. Nach der EM trat Söderberg von seiner Stelle zurück, sodass Lagerbäck fortan die schwedische Nationalelf als alleiniger Cheftrainer führte.