O navio passou a maior parte de 1943 nas bases de Kure e Truk, saindo ocasionalmente para realizar treinamentos. No ano seguinte foi designado para atuar nas áreas próximas de Lingga e Singapura até junho, quando partiu para atacar forças Aliadas nas Ilhas Marianas. O "Zuikaku" participou em junho da Batalha do Mar das Filipinas e depois em outubro da Batalha do Golfo de Leyte. Nesta última, o navio serviu como a capitânia do vice-almirante Jisaburō Ozawa, porém foi alvo de ataques aéreos norte-americanos que o afundaram durante a tarde do dia 25 de outubro.