7. listopadu 1938 mladý Žid jménem Herschel Grynszpan zastřelil Ernsta vom Ratha, sekretáře německého velvyslanectví v Paříži, na protest proti zacházení se svou rodinou v Německu. Tato událost poskytla záminku k pogromu, který nacisté podnítili proti Židům o dva dny později. Členové SA poškodili nebo zničili synagogy a židovský majetek po celém Německu. Během tohoto pogromu, později známého jako Křišťálová noc, bylo zabito nejméně 91 německých Židů. V nadcházejících měsících byla na Židy uvalena další omezení - bylo jim zakázáno vlastnit podniky nebo pracovat v maloobchodech, řídit auta, chodit do kina, navštívit knihovnu nebo vlastnit zbraně a židovští žáci byli ze škol propuštěni. Židovská komunita dostala pokutu ve výši jedné miliardy marek k úhradě škod způsobených Křišťálovou nocí a řekla, že budou zabaveny všechny pojistné dohody. Do roku 1939 do Spojených států, Argentiny, Velké Británie, Palestiny a dalších zemí emigrovalo přibližně 250 000 ze 437 000 německých Židů. Mnozí se rozhodli zůstat v kontinentální Evropě. Emigranti do Palestiny tam směli převádět majetek podle podmínek Haavarské dohody, ale ti, kteří se stěhovali do jiných zemí, museli ponechat na místě prakticky veškerý svůj majetek a vláda jej zabavila.