W reprezentacji Danii Sand zadebiutował 22 kwietnia 1998 roku w przegranym 0:2 pojedynku przeciwko Norwegii. Następnie został powołany do kadry na mistrzostwa świata, na których podopieczni Bo Johanssona dotarli do ćwierćfinału. Na mundialu Sand strzelił jedną bramkę w wygranym 4:1 meczu 1/8 finału z Nigerią, kiedy to na listę strzelców wpisał się minutę po pojawieniu się na placu gry. W późniejszym czasie Sand wystąpił na Euro 2000, na którym Duńczycy nie zdobyli ani jednego gola i odpadli już w rundzie grupowej. W 2002 roku Morten Olsen zabrał go na kolejne mistrzostwa świata. Tym razem drużyna Sanda została wyeliminowana w 1/8 finału przez Anglików, którzy zwyciężyli 3:0. Ostatnim wielkim turniejem w karierze Duńczyka były Mistrzostwa Europy 2004, na których podopieczni Mortena Olsena w ćwierćfinale przegrali z Czechami 3:0. Łącznie w barwach reprezentacji swojego kraju Ebbe Sand wystąpił w 66 meczach i zdobył 22 gole.