Po wybuchu II wojny światowej i przyłączeniu Białostocczyzny do ZSRR ziemia cerkiewna została rozparcelowana (pozostawiono tylko grunty pod zabudowaniami), a na parafię nałożono wysokie podatki. W 1940 parafia w Starym Korninie odzyskała samodzielność. W marcu 1941 parafię dubicką włączono do nowo utworzonego wikariatu brzeskiego, na czele którego stał biskup Benedykt (Bobkowski). W czasie walk niemiecko-radzieckich (24–26 czerwca 1941) prawie cała wieś (w tym cerkiew i zabudowania parafialne) uległa spaleniu. Nie chcąc dopuścić do likwidacji parafii, wierni wraz z proboszczem zwrócili się do władz niemieckich z prośbą o przekazanie budynku na tymczasową świątynię. Władze przekazały pożydowski dom w Orli, który następnie przewieziono do Dubicz i urządzono w nim prowizoryczną cerkiew, która służyła parafianom aż do 1952.