Slišković war von 2003 bis 2006 Nationaltrainer von Bosnien und Herzegowina, und versuchte, sich mit dem Team für die Fußball-Europameisterschaft 2004 und die Fußball-Weltmeisterschaft 2006 zu qualifizieren. Nach der Fußball-WM 2006 setzte er sich das neue Ziel, die Fußball-Europameisterschaft 2008 in Österreich und der Schweiz mit der Auswahl Bosnien und Herzegowinas zu erreichen. In der Qualifikation gelang ein 5:2-Sieg gegen die maltesische Fußballnationalmannschaft, aber die folgenden Spiele waren nicht erfolgreich. Als Reaktion darauf erfolgte seine Beurlaubung durch den Verband im Oktober 2006.