Пошто је освојио друго место у надметању за Римску награду 1841. године, незадовољан својим статусом, Франк напушта конзерваторијум не завршивши га. Најпре се враћа у Белгију, надајући се да ће тамо доживети веће признање, но ово се ипак завршава неуспехом. Стога, наредних година, ради као оргуљаш са повременим ангажманом у различитим црквама у Паризу и Орлеану, те као наставник музике. Његова дела из 1840-их година не доживљавају веће признање, упркос Листовим настојањима да их промовише на сопственим концертима. Прекида и односе са родитељима, који су били незадовољни чињеницом да њихов син не развија пијанистичку каријеру (за коју су били убеђени да може бити профитабилна), а могуће, и због његове љубавне везе са ученицом и каснијом супругом Јужином Фелисите Катарином Салио, чија породица је у целости припадала једној трупи позоришта Комеди франсез. Крајем деценије, доживљава нервни слом. Револуционарни догађаји из 1848. године представљају прекретницу и у Франковом животу: жени се и отпочиње породичан живот, мири са родитељима, те проналази трајнији ангажман као оргуљаш у цркви Нотр-Дам-де-Лоријет у Паризу. Тиме отпочиње један од мистериознијих периода његовог музичког живота: познато је да је доста импровизовао и експериментисао са оргуљама, но из овог времена није сачувано готово ниједно дело. У извесној мери се ово мења 1858. године, када добија ангажман као главни оргуљаш у Катедрали Свете Клотилде у Паризу, која је поседовала једне од најбољих симфонијских оргуља у Европи. С краја 1850-их и почетка 1860-их година јесте сачувано неколико Франкових оргуљских минијатура, но оне су објављене тек постхумно, почетком 20. века.