Диего Альтамирано, дед Эрнана по материнской линии, женатый на Леоноре Санчес Писарро, был мажордомом Беатрисы Пачеко, графини Медельинской. Он входил в число городских советников и стал алькальдом. Мартин Кортес де Монрой (1449—1528), отец Эрнана, в течение всей жизни занимал разные государственные должности, в частности, был рехидором, затем генеральным прокурором городского совета Медельина. В средневековой Испании эти должности могли занимать только идальго. Мартин Кортес участвовал в гражданской войне 1475—1479 годов на стороне противников королевы Изабеллы в чине капитана кавалерии.