Nel luglio 2016 ha svolto un provino con l'Halmstad, squadra che stava militando nella seconda serie svedese, con cui ha poi firmato un contratto valido fino al termine della stagione 2018. A novembre l'Halmstad ha chiuso la Superettan 2016 al terzo posto, piazzamento utile per partecipare agli spareggi promozione contro l'Helsingborg, a sua volta terzultimo in Allsvenskan. Dopo l'1-1 casalingo della sfida di andata, è stata proprio una doppietta di Mathisen a consegnare in extremis la promozione alla sua squadra, con un calcio di rigore trasformato all'86' minuto e un tiro da fuori area all'89' minuto per l'1-2 finale. È poi rimasto all'Halmstad fino alla fine del proprio contratto, disputando il campionato di Allsvenskan 2017 e quello di Superettan 2018 a seguito della retrocessione dell'anno prima.