Sepupu Manouel, Andronikos Komnenos, yang telah dieksil selama masa pemerintahan Manouel, diundang kembali oleh "Porphyrogenita" Maria, dan berbaris di Konstantinopel pada tahun 1182. Ia memprovokasi warga untuk membantai orang-orang Latin, kebanyakan para pedagang Venesia dan Genova. Setelah mendapatkan kendali kota tersebut, ia meracuni Porphyrogenita dan Ranieri, dan kemudian menangkap Permaisuri Maria dan memenjarakannya di biara St. Diomedes atau di sebuah penjara terdekat. Permaisuri tersebut mencoba mencari bantuan dari saudara iparnya, Raja Béla III dari Hongaria, tetapi gagal. Andronikos menyuruh Alexius II menandatangani perintah eksekusi ibundanya, dan menunjuk putranya sendiri Manouel dan "sebastos" George untuk mengeksekusinya, tetapi mereka menolak. Sebagai gantinya, menurut Niketas, Maria dicekik oleh "Hetaireia" Konstantinus Tripsychos dan kasim Pterygeonites, dan dimakamkan di sebuah makam tak bertanda di pantai terdekat. Agaknya karena kerahasiaan seputar kematiannya, versi alternatif dari kematiannya yang beredar, seperti ia diikat di dalam sebuah karung dan ditenggelamkan. Andronikos membuat dirinya sendiri dimahkotai sebagai rekan-kaisar, tetapi Alexius II segera dibunuh juga, dan Andronikos menguasai kekaisaran sepenuhnya. Beberapa waktu kemudian, Andronikos juga merusak atau menghancurkan sebagian besar gambar Maria di Konstantinopel.