Відразу після окупації новий уряд розпочав реалізацію політичної, економічної та соціальної політики радянізації. 1 липня всі культурно-релігійні організації були закриті. Комуністична партія Литви - близько 1500 членів та її молодіжна філія були визначені єдиними законними політичними утвореннями. Перед виборами до Народного сейму Ради заарештували близько 2000 найвидатніших політичних активістів. Ці арешти паралізували опозицію. Репресії тривали і посилювались. За оцінками, протягом року після анексії 12 000 осіб були ув'язнені як " вороги народу". У період з 14 по 18 червня 1941 року, менш ніж за тиждень до вторгнення нацистів, близько 17 000 литовців було депортовано до Сибіру, де багато загинули через нелюдські умови життя (див. Червнева депортація ).