La Cronometro maschile Junior dei Campionati europei di ciclismo su strada 2012 si è svolta il 9 agosto 2012 a Goes, nei Paesi Bassi, per un percorso di 24,9 km. La gara è stata vinta dal danese Mathias Krigbaum, che ha terminato la gara in 30'15", alla media di 49,376 km/h.