Jatkosodan jälkeisessä sotasyyllisyysoikeudenkäynnissä Tanner tuomittiin viideksi ja puoleksi vuodeksi vankeuteen helmikuussa 1946. Valvontakomission puheenjohtaja Andrei Ždanov oli ennen oikeudenkäyntiä vaatinut ehdottomasti Tannerin istuttamista syytettyjen penkille; hän oli jopa sanonut oikeusministeri Urho Kekkoselle, että "oikeudenkäynti ilman Tanneria on kuin auto ilman kuljettajaa". Neuvostoliiton asenteen Tanneria kohtaan on katsottu johtuneen ennen kaikkea siitä, että hän oli sosialidemokraatti eli Moskovan silmissä aatteellinen petturi. Paasikiven hallitus päätti asettaa sotaan syyllisiksi nimetyt henkilöt syytteeseen 6. marraskuuta 1945, ja seuraavana päivänä Valpon etsivät pidättivät Tannerin tämän kotoa, Elannon pääjohtajan virka-asunnosta Sörnäisistä. Muodolliseksi syyksi Tanneria vastaan esitettiin hänen jäsenyytensä Linkomiehen hallituksen ulkoasiainvaliokunnassa, ja sen myötä syytettyjen piiriin joutuivat myös maalaisliittolaiset ministerit Antti Kukkonen ja Tyko Reinikka.