Durant la primera Intifada, lliurada als pobles i ciutats àrabs de Cisjordània i la Franja de Gaza entre petits grups palestins de resistència i la polícia i exèrcit israelians, el FDLP va sofrir més desercions. Fatah, el FPLP i els grups islàmics Hamás i la Yihad Islàmica tenien gran suport dins dels territoris ocupats, mentre que el FDLP mancava de presència en ells. D'aquesta forma, el suport a Hamas i Fatah creixia mentre que el del FDLP disminuïa. En 1991 el FDLP es va veure encara més minvat quan el sector més moderat, dirigit per Yasser Abed Rabbo, es va escindir per recolzar la Conferència de Pau de Madrid. El nou grup, l'Assemblea Democràtica Palestina (FIDA), va néixer sense tenir un ala militar i va ser un dels primeres grups palestins a exhortar a negociar amb Israel. No va arribar a obtenir suports perquè en 1993 l'OLP i Israel van signar els Acords d'Oslo.