V roce 1967 přešlo muzeum v důsledku šestidenní války pod izraelskou správu. Na rozdíl od průběhu Suezské krize, se Svitky od Mrtvého moře nestěhovaly na bezpečnější místo, jako byla Osmanská banka. V důsledku toho utrpěly v té době některé sbírky značné škody. Palestinští Arabové muzeum napadli a pokoušel se ukořistit část obsahu, Nadžíb byl pod hrozbou zbraně požádán o odemknutí skleněných desek, na kterých byly nasnímány Svitky od Mrtvého moře. Lhal tehdy, řekl, že nemá klíče, a dodal, že on sám je Arab. Po třech dnech byl propuštěn. Brzy poté, co Arabové ztratili kontrolu nad muzeem, používaly izraelské síly části muzea jako rozhlednu.