Pada tahun 2011, FSB mencegah 94 "kejahatan yang bersifat teroris", termasuk delapan serangan teroris. Secara khusus, agensi tersebut menggagalkan rencana pemboman bunuh diri di Moskow pada Malam Tahun Baru. Namun, badan tersebut gagal mencegah teroris yang melakukan pengeboman Bandara Internasional Domodedovo. Selama bertahun-tahun, FSB dan organisasi keamanan negara yang berafiliasi telah membunuh semua presiden separatis Republik Chechnya Ichkeria termasuk Dzhokhar Dudaev, Zelimkhan Yandarbiev, Aslan Maskhadov, dan Abdul-Khalim Saidullaev. Tepat sebelum kematiannya, Saidullaev mengklaim bahwa pemerintah Rusia "dengan licik" membunuh Maskhadov, setelah mengundangnya untuk "berbicara" dan menjanjikan keamanannya "di tingkat tertinggi". Selama krisis sandera teater Moskow dan krisis sandera sekolah Beslan, semua penyandera dibunuh di tempat oleh pasukan Spetsnaz FSB. Hanya satu tersangka, Nur-Pashi Kulayev, yang selamat dan kemudian divonis oleh pengadilan. Dilaporkan bahwa lebih dari 100 pemimpin kelompok teroris telah terbunuh dalam 119 operasi di Kaukasus Utara selama tahun 2006. Pada tanggal 28 Juli 2006, FSB mempresentasikan daftar 17 organisasi teroris yang diakui oleh Mahkamah Agung Federasi Rusia, kepada surat kabar "Rossiyskaya Gazeta", yang menerbitkan daftar tersebut hari itu. Daftar tersebut telah tersedia sebelumnya, tetapi hanya melalui permintaan individu. Mengomentari daftar tersebut, Yuri Sapunov, kepala anti-terorisme di FSB, menyebutkan tiga kriteria utama yang diperlukan agar organisasi dapat terdaftar.