19 октября 1994 года Луис Лопес дебютировал в составе сборной Уругвая в гостевом товарищеском матче против команды Перу, выйдя в основном составе. В следующем году он был включён в состав Уругвая на домашний Кубок Америки, где сыграл лишь в первом матче группового этапа, выйдя на замену на 71-й минуте поединка с Венесуэлой. На Кубке конфедераций 1997 года в Саудовской Аравии Лопес провёл все 5 матчей своей команды. На Кубке Америки 1999 года в Парагвае в первом матче группового этапа против колумбийцев Лопес был капитаном уругвайцев, но на 67-й минуте был удалён с поля.