Después de jugar con Puebla, Almaguer fue transferido a Necaxa para la temporada de Invierno 1997. Su permanencia con los "rayos" fue exitosa, fue campeón en la temporada Invierno 1998 y ganó la Copa de Campeones CONCACAF 1999. Después de jugar cuatro años con Necaxa, firmó con Cruz Azul, donde pasó dos años participando en 37 juegos. Formó parte del equipo que disputó la final de la Copa Libertadores 2001 ante Boca Juniors, perdiendo en penales. Fue convocado al seleccionado mexicano en 17 ocasiones entre 1991 y 2000. Participó en la Copa América 1999 y Copa Oro 2000. Fue prestado a Galatasaray de Turquía por un año, solo apareció en cuatro partidos de liga, tres partidos de la UEFA Champions League y no marcó goles. Después de media temporada en Turquía regresó a México, firmó con Chiapas. El 28 de junio de 2005, Almaguer anunció su retiro, poniendo fin a su carrera de 18 años.