בשלהי 1915 הועבר כות למערכה במסופוטמיה שם מונה למפקד הכוחות העות'מאנים לאחר קרב קטסיפון כשהוא מחליף את נוראדין איברהים פאשה. כות, שמונה למפקד הקורפוס ה-13, הוביל את הכוחות הטורקים למצור על כות במהלכו לכדו את חיילי הדיוויזיה השישית "פונה" בפיקודו של צ'ארלס טאונסנד. במהלך חודשי המצור (דצמבר 1915 - אפריל 1916) פיקד כות על הקרבות לבלימת הניסיונות של הבריטים לפרוץ את המצור (בין השאר קרב שייח' סעד, קרב ואדי, קרב אום-אל-האנה וקרב דוג'יילה) עד כניעת הדיוויזיה הנצורה. בעקבות הניצחונות על הבריטים מונה כות למושל בגדאד וקיבל את הפיקוד על הארמייה השישית שהיוותה את הכוח הטורקי המרכזי במסופוטמיה. את התהילה על הניצחון חלק כות עם מפקדו הגרמני קולמר פון דר גולץ על אף שזה נפטר שבועיים לפני כניעת הבריטים.