Metternich později sehrál roli také při zažehnání povstání v Lutychu a následně byl jmenován ministrem pro Rakouské Nizozemí. Jeho vliv zde však výrazně omezoval oficiální místodržitel, vévoda Albert Kazimír. Metternichova pozice v Bruselu se v roce 1792 kvůli začátku první koaliční války stala nebezpečnou, proto se dočasně stáhl. Po ztrátě Rakouského Nizozemí ve prospěch Francie v roce 1794 se Metternich vrátil do Vídně, avšak s odstoupením hraběte Kounice ztratil Metternich svého nejdůležitejšího spojence u dvora.