In vista dell'NHL Entry Draft 2009 l'NHL Central Scouting Bureau posizionò Duchene secondo miglior giocatore nordamericano alle spalle di John Tavares. Oltre a loro due anche il difensore svedese Victor Hedman era considerato un possibile candidato alla prima posizione assoluta. Alla fine, dopo le prime due posizioni conquistate da Tavares e Hedman, Matt Duchene fu scelto in terza posizione assoluta dai Colorado Avalanche. Essendo un tifoso degli Avalanche, Duchene conquistò l'affetto dei tifosi dopo che un video nel corso del Draft lo colse esultante alla notizia della chiamata proprio da parte degli Avalanche. Duchene fu paragonato per caratteristiche tecniche a stelle della NHL come Steve Yzerman, Joe Sakic e Mike Richards.