Durante el siglo XIX la diócesis experimentó varios períodos de vacancia. Tras el llamado Levantamiento de Enero contra el gobierno zarista, comenzó una persecución en Podolia contra la Iglesia católica. El ucase imperial del 3 de junio de 1866 decidió la supresión de la diócesis y la deportación del obispo Antoni Fijałkowski a Kiev. A partir de este momento, la diócesis se quedó sin obispo y la Santa Sede previó esta situación anómala encomendando la diócesis, por decreto de la Congregación Consistorial de 3 de mayo de 1867, al cuidado de los obispos de la diócesis unida de Lutsk y Zhytómyr.