Como "chef de brigada", ele serviu na expedição egípcia e ganhou mais distinção em Acre e Aboukir.  Retornando à Europa com Napoleão, Bessières esteve presente na Batalha de Marengo (1800) como segundo em comando da Guarda Consular. O general Jean Lannes, comandando um corpo de exército em Marengo, sentiu que Bessières não apoiava suas tropas vacilantes o suficiente, e uma longa rivalidade surgiu entre eles. No final da batalha, Bessières liderou uma carga de cavalaria bem-sucedida com a Cavalaria da Guarda, embora seu efeito na batalha não fosse tão decisivo quanto Napoleão pretendia. O ataque de cavalaria de François Étienne de Kellermann que venceu a batalha por Marengo, mas Napoleão deu o crédito em grande parte à sua própria Cavalaria da Guarda.