Nachdem Johnson zwischen 2003 und 2009 35 Länderspiele für die Nachwuchsmannschaften des DFB bestritten hatte und mit der U-21-Nationalmannschaft unter dem Bundestrainer Horst Hrubesch Europameister in Schweden geworden war, erhielt er am 25. August 2011 vom US-amerikanischen Nationaltrainer Jürgen Klinsmann die Berufung für zwei A-Länderspiele im Test gegen Costa Rica und Belgien. Er erlangte seine Spielberechtigung für die A-Nationalmannschaft der Vereinigten Staaten durch die FIFA erst danach und wurde am 3. November 2011 für die A-Länderspiele gegen Frankreich und Slowenien erneut in den Kader berufen. Am 11. November 2011 debütierte er im Stade de France bei der 0:1-Niederlage gegen Frankreich. Johnson gehörte dem Nationalmannschaftskader an, der an der vom 12. Juni bis 13. Juli 2014 in Brasilien ausgetragenen Weltmeisterschaft 2014 teilnahm. Er bestritt alle drei Gruppenspiele und das mit 1:2 n. V. verlorene Achtelfinalspiel gegen Belgien. 2016 nahm er mit dem US-Team an der Jubiläumsausgabe der Copa América teil und erreichte das Halbfinale, das mit 0:4 gegen Argentinien verloren wurde.