Na začátku druhé světové války bojoval Giraud v Nizozemsku. V květnu 1940 byl znovu zajat Němci, ale v dubnu 1942 se mu po dvou letech pečlivého plánování podařil další úspěšný útěk ze zajetí. Ve vichistické Francii tajně spolupracoval se Spojenci a po operaci Torch (listopad 1942) po atentátu na Françoise Darlana převzal velení francouzských vojsk v severní Africe. V lednu 1943 se zúčastnil konference v Casablance spolu s Charlesem de Gaullem, Winstonem Churchillem a Franklinem D. Rooseveltem. Později téhož roku se Giraud a de Gaulle stali spolupředsedy francouzského Výboru národního osvobození, ale v dubnu 1944 Giraud ztratil politickou podporu a rezignoval na funkci.