La conquista de Egipto bajo el reinado de Mentuhotep II parece haber interrumpido todas las actividades en la necrópolis, pero se reanudaron hacia el final de la Dinastía XI, cuando se recuperó el culto funerario de Pepi auspiciado por el Estado, aunque de forma más limitada que antes. En esta época, las actividades de culto privado parecen cesar en la necrópolis principal de Pepi, concentrándose sobre todo en el propio su templo mortuorio, principalmente en torno a sus estatuas, por entonces accesibles a los altos funcionarios que participaban en el culto del faraón. El abandono de ciertas partes del templo mortuorio y de la necrópolis de las reinas dio lugar a la instalación de nuevas tumbas; la más destacada fue la del alto funcionario Reheryshefnakht, que mandó construir para él una pequeña pirámide en medio de las tumbas de la familia real de la Dinastía VI. El culto real a Pepi I parece haber terminado con el inicio del Segundo periodo intermedio.