Футболіст був лише частково задіяний на чемпіонаті світу 2002 року, а на чемпіонаті Європи 2004 не зіграв жодного матчу. Але, не зважаючи на піврічну відсутність через травму зв'язок коліна, Луїс Арагонес включив його до складу національної команди на чемпіонат світу 2006. На цьому чемпіонаті Хаві взяв участь в усіх іграх збірної, а в матчі проти України став найкращим гравцем матчу.