V letech 1982 a 1983 držel faktickou moc v zemi a bývá proto označován jako diktátor. Šlo o nejkrvavější období Guatemalské občanské války. V roce 2013 byl shledán odpovědným za masakry domorodého obyvatelstva, konkrétně 1771 osob z mayského kmene Ixilů z provincie El Quiché; režim Indiány decimoval pro podezření z podpory levicových povstaleckých skupin. Dne 10. května téhož roku byl odsouzen na 50 let za genocidu a na dalších 30 let za zločiny proti lidskosti. Lidskoprávní organizace, např. Amnesty International, přivítaly tento rozsudek jako průlomový pro Latinskou Ameriku.