W 1906 roku San Francisco nawiedził największy kataklizm w jego historii. 18 kwietnia 1906 o 5:12 silne trzęsienie ziemi obróciło miasto w ruinę. Część budynków zawaliła się od wstrząsów, a następnie, wskutek uszkodzeń linii gazowych, wybuchły gigantyczne, wielodniowe pożary, które strawiły większą część pozostałej zabudowy. Ponieważ uszkodzone wodociągi uniemożliwiały skuteczne gaszenie ognia, artylerzyści z Presidio próbowali opanować rozprzestrzenianie się pożarów, wysadzając w powietrze kwartały budynków, by postawić barierę płomieniom. Wskutek trzęsienia i pożarów więcej niż trzy czwarte miasta legło w gruzach, włączając w to całe centrum. Ówczesne raporty mówiły o 498 ofiarach śmiertelnych, jednak współczesne badania szacują straty nawet na kilka tysięcy. Ponad połowa z 400 000 mieszkańców została bez dachu nad głową. Ocaleni tymczasowo zamieszkali w koczowisku w namiotach w Parku Golden Gate, w Presidio, na plażach oraz tam gdzie było jeszcze miejsce. Wiele osób na stałe wyprowadziło się z miasta w inne rejony Zatoki.