中野渡俊治は、「二所朝廷」と呼ばれていても、平城上皇（あるいはそれ以前の太上天皇）の時代には、後世の院庁・院司に相当する機関は存在しておらず、朝廷（太政官）の職員は天皇と太上天皇の両方に分担して職務を行うことになっていた現象を指すに過ぎず、天皇が詔勅を出すのに必要な内印と駅鈴及びこれを管理・運用する官吏（少納言・主鈴）や詔勅の文章を作成する中務省は嵯峨天皇の平安京に居たと考えられ、平城上皇の下には天皇大権を直接発動する仕組がなかった（嵯峨天皇の同意が無い限り有効性のある詔勅が出せなかった）ことが、乱が早々に失敗に終わった原因であると解説している（反対に恵美押勝の乱では、孝謙上皇は真っ先に同じ平城京にあった内印と駅鈴の接収に成功して勝利を収めている）。