Po wybuchu II wojny światowej został powołany do Wojska Polskiego 1 września 1939 i w czasie kampanii wrześniowej pełnił funkcję dowódcy 103 Batalionu Wartowniczego w Rzeszowie. 12 września 1939 został wzięty do niewoli przez Niemców, po czym oswobodził się podczas transportu i przybył do Brzozowa. Po nastaniu okupacji niemieckiej ziem polskich samodzielnie od początku listopada 1939 podjął działalność konspiracyjną. Został komendantem Narodowej Organizacji Wojskowej w powiatach Sanok, Brzozów, Jasło, Krosno, Gorlice, był głównym organizatorem i pierwszym komendantem Podokręgu Krośnieńskiego NOW. W tym czasie był aktywnym uczestnikiem tajnych narad organizowanych przez ks. Floriana Zająca na plebanii w Bączalu Dolnym. Zagrożony aresztowaniem przeniósł się z Brzozowa do Krakowa w lipcu 1940 i na początku 1941 został komendantem Okręgu Krakowskiego Organizacji Wojskowej Stronnictwa Narodowego / NOW (jego poprzednikiem był ppor. Franciszek Szwed). Podczas swojej pracy organizacyjnej wielokrotnie zmieniał miejsce pobytu i tożsamość. Działał w kamienicy Zgromadzenia Służebnic Najświętszego Serca Jezusowego (Sercanki) przy ówczesnej ulicy Jabłonowskich w Krakowie (obecnie plac Władysława Sikorskiego 14). Po scaleniu NOW z AK, wszedł w skład komendy Okręgu Krakowskiego AK jako oficer ds. scalenia. 3 maja 1943 otrzymał awans na stopień podpułkownika.