ภายใต้การนำของไรซ์ฟือเรอร์-เอสเอสไฮน์ริช ฮิมม์เลอร์และการกำกับดูแลของไรน์ฮาร์ท ไฮดริช ไอน์ซัทซ์กรุพเพินได้ปฏิบัติการในดินแดนที่ถูกยึดครองโดยกองทัพเยอรมันภายหลังจากการบุกครองโปแลนด์ในเดือนกันยายน ปี ค.ศ. 1939 และปฏิบัติการบาร์บารอสซา (การรุกรานสหภาพโซเวียต) ได้เริ่มปฏิบัติการจากโปแลนด์ภายใต้การยึดครองในเดือน มิถุนายน ปี ค.ศ. 1941 ไอน์ซัทซ์กรุพเพินได้ทำงานร่วมมือกันกับกองพันตำรวจออโป (Orpo-Ordnungspolizei) ในแนวรบด้านตะวันออกเพื่อปฏิบัติการตั้งแต่การสังหารเพียงไม่กี่คนต่อการปฏิบัติการซึ่งกินเวลานานกว่าสองวันหรือมากกว่า เช่น การสังหารหมู่ที่เบบี้ ยาร์ (Babi Yar) ด้วยชาวยิวเสียชีวิตจำนวน 33,771 คน และการสังหารหมู่ที่รัมบูล่า (Rumbula) (ด้วยประมาณ 25,000 คนถูกฆ่าตายในสองวันจากการยิงเป้า) ตามคำสั่งของผู้นำนาซี อดอล์ฟ ฮิตเลอร์ กองทัพเวร์มัคท์ได้ร่วมมือกับไอน์ซัทซ์กรุพเพินและจัดเตรียมการส่งกำลังบำรุงจากการปฏิบัติการของพวกเขา นักประวัติศาสตร์