En 1939, il rejoint l'armée à Tours et est affecté dans le groupe d'aviation où se trouve Antoine de Saint-Exupéry. Après trente-deux missions en territoire ennemi, il s'écrase au sol près d'Étampes. Il reprend du service sur un avion chargé d'orienter une partie de son groupe à travers la Méditerranée en , atterrit à Oran, puis reprend son activité dans l'administration franco-marocaine. Blacque-Belair aide au débarquement américain en Afrique du Nord en 1942, puis, au moment de la création de la nouvelle armée française, intègre le de chasseurs parachutistes. Il sautera à dix-sept reprises, dont entre autres lors du débarquement de Normandie et celui de Provence. À Alger, il remet au général de Gaulle un long rapport sur l'évolution nationaliste de la Tunisie, de l'Algérie et du Maroc. Intégré dans l'armée du géneral de Lattre de Tassigny comme capitaine à la tête d'une compagnie, il atteint les Vosges, puis l'Alsace.