W reprezentacji Chorwacji Butina zadebiutował 5 września 2001 roku w wygranym 4:0 meczu z reprezentacją San Marino. Butina został wkrótce powołany do kadry na finały Mistrzostwa Świata 2002, gdzie był tylko rezerwowym bramkarzem dla Stipe Pletikosy i wszystkie 3 mecze przesiedział na ławce rezerwowych. Jednak w 2004 roku na Euro 2004 role się odwróciły. Pletikosa doznał kontuzji, a miejsce między słupkami zajął właśnie Butina i to on zagrał we wszystkich 3 meczach Chorwatów, którzy nie zdołali wyjść z grupy. Także w eliminacjach do Mistrzostw Świata w Niemczech Butina był pierwszym bramkarzem i zagrał w nich 8 na 10 możliwych meczów. Na samych mistrzostwach jednak znów był tylko rezerwowym dla Pletikosy i po finałach zdecydował się zakończyć swoją karierę w reprezentacji. Ogółem w kadrze Butina rozegrał 28 meczów, a ostatni zagrał jeszcze przed mistrzostwami w Niemczech – 3 czerwca 2006 roku w Wolfsburgu przegrany 1:0 z reprezentacją Polski.