Il governo rivoluzionario francese nazionalizzò tutti i beni ecclesiastici e, con la Costituzione civile del clero, privò la chiesa e il clero di Francia di tutti i loro privilegi, arrogandosi anche il diritto di scegliere i vescovi. Papa Pio VI rispose con il breve "Quod aliquantum" nel quale condannava i principi della rivoluzione e rifiutava di riconoscere il nuovo governo come legittimo. Per rappresaglia, le forze rivoluzionarie occuparono il Contado Venassino e lo annessero. Con l'avvento del regime repubblicano le posizioni dei rivoluzionari si fecero ancora più spiccatamente anticlericali: tutti i religiosi che rifiutavano di giurare fedeltà alla repubblica furono giustiziati o costretti all'esilio; molti di essi si rifugiarono nei territori pontifici. Pio VI fu uno dei maggiori sostenitori della prima coalizione e per questo Napoleone, generale dell'Armata d'Italia, invase anche lo Stato Pontificio nel corso della campagna d'Italia, sottraendo al papa i territori della Romagna e di Ancona e imponendogli un pesantissimo indennizzo. Nel 1798, le truppe francesi occuparono Roma, proclamando la Repubblica Romana, e, dopo averlo arrestato, condussero Pio VI in esilio, dove morì.