Vid EM i Portugals kval bjöd San Marino återigen på samtliga förlorade matcher med inga gjorda mål, men San Marino inledde kvalet bättre än vanligt. I första matchen mot Polen lyckades man hålla 0-0 i första halvlek, men den sista kvarten tröt orken och San Marino släppte in två sena mål. San Marino höll nollan fram till 75:e minuten. I andra matchen mot Ungern förlorade laget med 0–3 efter att Ungerns Zoltán Gera gjort ett äkta hat-trick i andra halvlek. I tredje matchen mot Lettland såg man länge ut att spela oavgjort, men på övertid gjorde Carlo Valentini ett självmål som innebar att San Marino gick miste om en eventuell poäng. San Marinos form höll sig inte och de förlorade resten av de fem matcherna. Den mildaste förlusten var 0-3 borta mot Lettland. 2003 tog man sin fjärde poäng efter 2–2 mot Liechtenstein. I returen 2004 vann man sin första match någonsin, 1–0. I den matchen blev Andy Selva målskytt. Selva är för övrigt den enda spelaren som gjort mer än ett mål för San Marino.