Po odzyskaniu stolicy król Jan Kazimierz, wbrew radom regimentarza, postanowił przyjąć otwartą bitwę z siłami szwedzko-brandenburskimi. 36 tysięcy wojsk polsko-litewsko-tatarskich nie było jednak w stanie oprzeć się 19 tysiącom sił wroga i po trzydniowej bitwie pod Warszawą (28–30 lipca) znów stracono stolicę, a rozproszone wojska polskie wycofały się na południe. W trakcie opuszczania pola bitwy udało się jeszcze Czarnieckiemu zniszczyć na Grochowie wysłany przeciw niemu 2-tysięczny oddział szwedzki. Po bitwie tej ponownie pozwolono regimentarzowi na prowadzenie wojny szarpanej. W nocy z 24 na 25 sierpnia koło Radomia jego oddział rozbił straż tylną wojska Karola Gustawa, a już 28 sierpnia zniszczył 3 tys. wojska szwedzkiego z dużym taborem pod Strzemesznem koło Rawy Mazowieckiej. Czarniecki otrzymał tam kolejną ranę, przez co nie mógł przez kolejne 3 miesiące wsiąść na konia. Wieść o nadchodzącej śmierci regimentarza rozeszła się wśród Szwedów, on jednak już w grudniu tego roku podjął działania wojenne. Mimo porażki w bitwie pod Chojnicami zdołał za 120 tysięcy talarów, obiecanych przez królową Ludwikę Marię na nowy zaciąg, przeprowadzić rajd do Gdańska po króla Jana Kazimierza, czyniąc przy tym spore zamieszanie wśród Szwedów, a 26 lutego 1657 wraz z królem znalazł się już w Kaliszu. Tam dowiedział się o śmierci hetmana polnego koronnego Stanisława Lanckorońskiego i o wolnym po nim stanowisku. Jednak buławę otrzymał Lubomirski. W trakcie posiedzenia senatu regimentarz miał skomentować ten fakt słowami: "Jam nie urósł ani z żup solnych, ani z szerokiej roli".