Walter Nowotny lahir pada tanggal 7 Desember 1920 di Ceske Velenice/Gmünd di perbatasan Cekoslowakia dan Austria. Ayahnya Rudolf Nowotny adalah seorang pegawai perusahaan kereta api. Nowotny bersaudara semuanya terjun ke dalam dinas kemiliteran. Dua orang saudaranya, Rudolf dan Hubert berdinas di "Wehrmacht" (angkatan bersenjata Jerman). Rudolf adalah tawanan perang di Front Barat tahun 1944 dan satu-satunya Nowotny bersaudara yang selamat dari perang. Hubert Nowotny terbunuh dalam Pertempuran Stalingard.