Während des Zweiten Weltkrieges wurde Piekałkiewicz als 17-jähriger Mitglied der polnischen Heimatarmee. Zu den Anführern des polnischen Widerstandes gegen die deutschen Besatzer zählte auch sein Onkel Professor Jan Piekałkiewicz (* 1892), der 1943 von der Gestapo ermordet wurde. Janusz Piekałkiewicz nahm am Warschauer Aufstand von 1944 teil und verbrachte den Rest des Krieges im „Arbeitserziehungslager“ Großbeeren bei Berlin.