Beim ersten Continental Cup der &lt;a href="Skisprung-Continental-Cup%202006/07"&gt;Saison 2006/07&lt;/a&gt; in Klingenthal sprang Windmüller als Neunte erstmals unter die besten zehn. Am 16. Januar 2007 stand sie als Dritte in Toblach erstmals auf einem Continental Cup-Podium. Da es ihr letzter Weltcup der Saison war, beendete sie diese auf Rang 23 in der Gesamtwertung. Bei den Schweizer Meisterschaften im Skispringen 2007 in Kandersteg sicherte sie sich hinter Salome Fuchs die Silbermedaille bei den Damen. In die &lt;a href="Skisprung-Continental-Cup%202007/08"&gt;Saison 2007/08&lt;/a&gt; ging Windmüller erfolgreich mit durchweg guten Platzierungen in den Punkterängen. Bei den Junioren-Weltmeisterschaften 2008 in Zakopane sprang sie auf Rang 13 von der Normalschanze. Bereits fünf Tage zuvor hatte sie in Schönwald im Schwarzwald mit einem erneuten dritten Platz ihr zweites Podium gefeiert. Die Saison beendete Windmüller auf Rang 20 der Gesamtwertung.