Окончив Школу в 1955 году Тьекоро Багайоко был зачислен во французскую колониальную армию и получил сержантское звание. В 1958 году он был направлен на войну в Алжире, где за участие в боевых действиях получил Медаль Креста Спасения французской армии. Но в 1960 году Мали стала независимым государством, начала строительство национальных вооружённых сил и нуждалась в офицерских кадрах. Многие сержанты-малийцы, служившие Франции, теперь возвращались на родину, где им открывалась перспектива офицерской карьеры. В их числе был и Тьекоро Багайоко, не скрывавший своего честолюбия и желания выдвинуться.