Pada 2007 ia kembali lagi ke Milton Keynes, namun kali ini bukan bersama Jaguar, tetapi bersama tim reinkarnasi Jaguar, Red Bull Racing. Ia bergabung bersama David Coulthard di tim tersebut untuk menggantikan posisi Christian Klien. Selama musim 2007, Webber berhasil meraih satu kali podium di GP Eropa. Namun ia membuang percuma peluang untuk menang di GP Jepang setelah menyenggol Sebastian Vettel. Mereka berdua menuduh Lewis Hamilton-lah yang menjadi penyebab kecelakaan tersebut. Posisi klasemen Mark Webber di musim 2007 adalah di P12 klasemen dengan raihan 10 poin. Total selama musim 2007, Webber hanya mampu meraih angka di tiga balapan saja yaitu di AS, Eropa, dan Belgia.