En début de saison 2013, Faith Kipyegon remporte l'épreuve individuelle junior des championnats du monde de cross, à Bydgoszcz en Pologne. Le 10 mai, lors du Qatar Athletic Super Grand Prix de Doha, elle établit un nouveau record du Kenya du en , s'inclinant néanmoins face à la Suédoise Abeba Aregawi. En août 2013, lors des championnats du monde de Moscou, Faith Kipyegon se classe cinquième de la finale du dans le temps de .