Wieść o akcji pacyfikacyjnej dotarła do „Ponurego” zbyt późno by interweniować. Dowództwo oddziału zdecydowało się więc na akcję odwetową. W nocy z 12 na 13 lipca pod posterunkiem blokowym Podłazie żołnierze AK zatrzymali pociąg pośpieszny relacji Warszawa-Kraków i zastrzelili co najmniej kilkunastu Niemców. Na burtach wagonów partyzanci wyryli napisy „Za Michniów”. Następnego dnia Niemcy ponownie spacyfikowali Michniów, tym razem mordując wszystkich przebywających we wsi Polaków bez względu na wiek i płeć. Łącznie ofiarą masakr dokonanych w dniach 12 i 13 lipca 1943 padło co najmniej 204 mieszkańców Michniowa (tyle nazwisk udało się ustalić historykom). Najmłodsza ofiara – Stefan Dąbrowa – miał 9 dni. Nie jest przy tym wykluczone, że w gronie osób zamordowanych w dniach 12-13 lipca 1943 znalazły się nierozpoznane dotąd osoby, nie będące stałymi mieszkańcami Michniowa. Wieś została doszczętnie spalona (ocalały tylko dwa budynki). Władze okupacyjne zakazały odbudowy wsi i uprawy michniowskich pól.