Во время террористического акта в Беслане (сентябрь 2004 года), ответственность за который взял на себя Басаев, президент Северной Осетии Александр Дзасохов просил Масхадова (через Ахмеда Закаева) о помощи. Вечером 2 сентября Закаев от имени Масхадова сообщил агентству «Франс-Пресс», что Масхадов готов вылететь в Беслан и принять меры по освобождению заложников, если ему будут предоставлены гарантии личной неприкосновенности. Утром 3 сентября на сайте «Чечен.орг» появилось личное заявление Масхадова с осуждением теракта (на следующий день сайт «Чечен.орг» заявил, что материал от имени Масхадова является сомнительным и был вывешен неизвестным взломщиком). По словам Закаева, 3 сентября в 12:00 по московскому времени было достигнуто соглашение с Дзасоховым о прилёте Масхадова в тот же день в случае предоставления ему гарантий неприкосновенности. Дзасохов, в свою очередь, утверждал, что Закаев в это время сообщил лишь о передаче сообщения Масхадову и о готовности проинформировать Дзасохова, если поступят новые сведения (см. подробнее "Противоречия, связанные с бесланским терактом"). В 13:05 у террористов взорвались бомбы, выжившие заложники начали выбегать из школы, и через некоторое время начался штурм здания. 17 сентября заместитель генерального прокурора РФ Владимир Колесников заявил, что Генпрокуратура располагает доказательствами причастности Масхадова к теракту в Беслане. В 2006 году Масхадов был посмертно признан Верховным судом Северной Осетии одним из заказчиков теракта в Беслане.