Bis zur Eroberung des Danischmenden-Emirats durch die Rumseldschuken war die Oberherrschaft über Kırşehir zwischen diesen beiden türkischen Dynastien strittig und wechselnd. Nach dem Ende des Rumseldschukenreichs 1307 geriet die Stadt unter die direkte Herrschaft der mongolischen Ilchane, die dort eine Münzstätte unterhielten. Von der Mitte des 13. bis zur Mitte des 14. Jahrhunderts war die Stadt ein bedeutendes kulturelles Zentrum in Anatolien. Nach dem Ende des Ilchanats 1335 geriet die Stadt unter die Herrschaft wechselnder türkischer Dynastien. Nachdem Kırşehir unter Sultan Bayezit I. bis zur Schlacht bei Ankara 1402 erstmals unter die Herrschaft der Osmanen geraten war, wurde die Stadt von Sultan Selim I. endgültig dem Osmanischen Reich einverleibt.