Eugène Minkowski wurde als Sohn jüdischer Eltern in Sankt Petersburg geboren. Er ging in Warschau zur Schule und studierte anschließend Medizin an der Universität München. Als Student beteiligte er sich 1905 an der Russischen Revolution. Über seine Frau Françoise Minkowska kam er in Kontakt mit der Psychiatrie. Im Ersten Weltkrieg meldete er sich freiwillig zur französischen Armee und kämpfte in Verdun, an der Somme und an der Aisne. Während des Zweiten Weltkriegs engagierte er sich u. a. in der Kinderhilfsorganisation Œuvre de secours aux enfants. Nach dem Krieg ließ er sich als Psychiater in Paris nieder. Während des Zweiten Weltkriegs wurde er als Jude verfolgt und überlebte in der Illegalität. Im Auftrag der United Restitution Organization erstellte er psychiatrische Gutachten zu Wiedergutmachungsanträgen verfolgter Juden.