UCA стал одним из крупнейших высших учебных заведений в Центральной Америке. Университет ставит своей целью преобразование несправедливого общества Сальвадора. Приоритет отдаётся обучению социальным наукам, проведению социальных исследований, результаты которых издаёт университет, а также независимые журналы. Этот момент уменьшает место университета в международных рейтингах. В годы Гражданской войны в Сальвадоре университет стал местом работы для международно признанных иезуитских учёных, таких как Джон Собрино, Игнасио Эллакуриа, Игнасио Мартин-Баро, Сегундо Монтес. Они выступали против жестоких мер правительства, проводили исследования для демонстрации последствий войны и бедности в стране. Социальные условия в Сальвадоре давали широкий эмпирический базис для проведения исследований в области социологии, социальной антропологии, философии, социальной психологии и теологии. Эти учёные внесли большой вклад в развитие науки. Эллакуриа, Мартин-Баро и Монтес, вместе с тремя другими профессорами, их домработницами и детьми, были убиты вооружёнными людьми в форме 16 ноября 1989 года.