L'ultima evoluzione del 1969 fu caratterizzata dall'incremento di potenza (436 CV a 11000 giri/minuto) e, dopo il Gran Premio di Spagna, dall'alettone posteriore fisso e di dimensioni ridotte. Passato Jacky Ickx alla Brabham, le sorti della scuderia furono affidate a Chris Amon, ma quest'ultimo se ne andò a metà stagione, stufo della non competitività della sua Ferrari e fu quindi sostituito da Pedro Rodriguez; il 1969 fu l'anno peggiore per la 312, poiché furono conquistati appena sette punti nell'intera stagione (record negativo per la Ferrari), non si aggiudicò alcuna vittoria e fu molto spesso vittima di problemi meccanici (il più importante avvenne in Spagna dove Amon, partito secondo si ritrovò al comando del GP grazie agli incidenti delle due Lotus ma si dovette ritirare al 56º giro per problemi al motore), il miglior risultato fu un terzo posto di Amon in Olanda. A Maranello comunque lo sviluppo della vettura si era già interrotto per concentrarsi meglio sulla prossima vettura, la Ferrari 312B.