С началом кампании 1806 года против Пруссии, маршал 5 октября вновь возглавил 5-й корпус, который действовал на левом фланге Великой Армии. 10 октября в битве при Заальфельде Ланн разбил корпус принца Людвига. Во время битвы при Йене (14 октября 1806 года) корпус Ланна вынес главную тяжесть первого этапа сражения. Лично возглавил штыковую атаку 100-го полка линейной пехоты. 26 декабря 1806 года вступил в сражение с русскими войсками в бою при Пултуске на правом берегу Нарева. Ланн имел здесь кроме 2-х собственных дивизий (Сюше и Газана) ещё одну дивизию (Гюдена) из 3-го корпуса маршала Даву (всего около 20 тыс. чел. против 40 тыс. и 40 пушек у русских под началом Беннигсена). После ожесточённого боя Ланн оттеснил неприятеля с поля битвы. Но обе стороны понесли серьёзные потери. Сам маршал был ранен, и 31 января 1807 года отбыл на лечение во Францию. На посту командира корпуса его заменил адъютант Наполеона — генерал Савари.