Nykyinen Kirjat Ata perustettiin vuonna 1925 ja se tunnettiin alun perin nimellä "Kefar Ata". Paikka hylättiin kuitenkin Palestiinan arabiväestön keskuudessa vuonna 1929 syttyneiden levottomuuksien takia. Juutalaiset siirtolaiset palasivat takaisin paikalle vuonna 1934 ja samana vuonna paikalle avattiin maan suurin tekstiilitehdas. Tehdas toimi aina vuoteen 1985 saakka. Israelin itsenäisyyssodan jälkeen vuonna 1948 kaupunkiin avattiin väliaikainen sijoitusleiri maahan saapuville uusille juutalaissiirtolaisille. Kirjat Atasta tuli oma kuntansa vuonna 1967.