1920–1930-luvuilla Pekkala oli kahdesti vankilassa poliittisista syistä. Vuonna 1930 Pekkala joutui äärioikeistolaisen Lapuan liikkeen sieppaamaksi, mutta yhteiskunnallisen tilanteen muututtua hänet nimettiin jatkosodan jälkeen sotasyyllisyysoikeudenkäynnin erikoistuomioistuimen jäseneksi. Pekkala oli nuoruudessaan lahjakas urheilija, ja vuosina 1919–1927 hän toimi Työväen urheiluliiton ensimmäisenä puheenjohtajana. Pääministeri Mauno Pekkala oli Eino Pekkalan veli.