Tra il 1940 ed il 1941, in seguito a nuovi lavori, il "Bari" ricevette altre 6 mitragliere singole da &lt;a href="Breda%2020/65%20Mod.%201935%23Affusti%20navali"&gt;Breda 20/65 Mod. 1940&lt;/a&gt;. Nel 1942 l'armamento dell'unità risultò consistere negli 8 pezzi da 150 ed in 19 mitragliere da 20/65, oltre che nelle sistemazioni per la posa delle mine. L'incrociatore fu impiegato anche per scorta convogli e missioni di soccorso. Successivamente la nave, dislocata a Livorno, venne assegnata anche alle operazioni di sbarco a Malta (operazione «C3»). Secondo i piani elaborati nell'aprile-maggio 1942, il "Bari" ed il "Taranto", insieme a 20 torpediniere, nove motosiluranti, tre vedette antisommergibili, un cacciatorpediniere tedesco, una flottiglia di motosiluranti tedesche ed una di dragamine veloci, tutti inquadrati nella Forza Navale Speciale, avrebbero dovuto scortare il convoglio (composto, per lo sbarco, da 3 posamine, 4 motonavi cisterna, 2 motonavi, 65 motozattere italiane e 32 tedesche, 100 motolance, 24 motoscafi, 7 piroscafi di piccola stazza e 2 traghetti, e per il trasporto da 10 trasporti truppe, 6 piroscafi da carico, 25 motovelieri, 5 navi cisterna adibite al trasporto di materiali, 12 dragamine e 10 rimorchiatori) e fornirgli la protezione diretta nell'area dello sbarco. La Forza Navale Speciale, sempre al comando dell'ammiraglio Tur, avrebbe dovuto organizzare e portare a compimento la spedizione, fornire difesa ravvicinata al convoglio ed all'area dello sbarco e porre il blocco alle acque costiere di Malta, mentre il grosso della flotta italiana avrebbe supportato lo sbarco con il fuoco delle proprie artiglierie, impedito l'arrivo di rifornimenti all'isola ed impedito un contrattacco da parte della Mediterranean Fleet. L'operazione «C3», tuttavia, non venne mai attuata.