Farmacéutico de la ciudad de Carcassonne durante el estallido de la Revolución Francesa, Frère ejerció esta profesión hasta 1791, cuando decidió unirse al ejército. Fue elegido rápidamente capitán, participando en las operaciones militares de los Pirineos contra España durante la Guerra de la Primera Coalición. Se distinguió en la batalla y ganó el rango de jefe de batallón en 1793. Tras la firma del tratado de paz entre el Reino de España y el joven República Francesa, Frère fue asignado al Ejército de Italia y participó de varias batallas, incluyendo el asalto de la Sierra Reductos, donde fue herido, y en la batalla de Bassano. Enviado a servir en Ejército de Inglaterra, no pudo tomar la isla Saint-Marcouf en las costas de Normandía (9 de abril de 1798). Después de haber pasado algún tiempo en el Ejército de Batavia y después en el Ejército del Rin, fue ascendido al rango de general de brigada y dado el prestigio de comando de la infantería de la Guardia Consular, el mandato de la Guardia Imperial.