Daags voor de slotronde van het kampioenschap had Volkswagen aangekondigd dat het zich na afloop van het seizoen zou terugtrekken uit het kampioenschap. Mikkelsen kwam hierdoor evenals Ogier en Latvala zonder zitje voor 2017. Waar de andere uiteindelijk wel een plek zouden vinden bleef Mikkelsen ondanks pogingen toch zonder te zitten. Wel ving hij de start van het seizoen aan in Monte Carlo, actief met een officiële Škoda Fabia R5. In Sardinië verving hij Stéphane Lefebvre in de #9 Citroën C3 WRC. Opnieuw met een gastoptreden voor Citroën greep hij op het asfalt in Duitsland naar een tweede plaats toe. Hierna tekende Mikkelsen een tweejarig contract bij het team van Hyundai en maakte zijn eerste opwachting voor het team in Catalonië.