С 1934 года до своей эмиграции из Третьего рейха Карл Зюсхайм с семьей проживал в Мюнхене по адресу «Preysingstraße 12». После Хрустальной ночи он ненадолго оказался в концентрационном лагере Дахау. В 1941 году, с помощью своих турецких друзей, Зюсхайм сумел перебраться в Стамбул, где занял временную позицию в Стамбульском университете. Скончался от болезни почек в 1947 году и был похоронен на кладбище евреев-ашкеназов в районе Ортакёй (Ortaköy).