Dal 1796, con l'occupazione delle truppe francesi a seguito della Campagna d'Italia di Napoleone Bonaparte, Biffi subì alcune vessazioni dal nuovo regime, cessate solo con lo scioglimento della Repubblica Cisalpina e la restaurazione del 1799. Da quella data non si hanno più sue notizie sino alla morte, che lo colse nella città natale a settant'anni, nel 1807.