В ходе боёв за Киев осенью 1943 года пострадал от пожара красный корпус университета, в котором сгорели все фонды музея. После окончания войны, благодаря усилиям Михаила Воинственского и Вадима Совинского, коллекцию бабочек, вывезенную в Кёнигсберг, удалось вернуть и на её основе начать возрождение зоологического музея.