Nell'estate del 2004 si trasferì all', dove militò in prestito per due stagioni (2004-2005 e 2005-2006), tornando a giocare ad alti livelli. Con i nerazzurri disputò 74 partite, realizzando quattro reti (di cui 3 in campionato), e conquistò la terza e la quarta Coppa Italia della sua carriera (2004-2005 e 2005-2006), dopo quelle conquistate con Parma (nel 1998-1999) e Lazio (nel 1999-2000). Il 20 agosto 2005, grazie alla sua rete decisiva nei supplementari, l'Inter si aggiudicò la Supercoppa italiana contro la Juventus. Con la società milanese vinse anche lo scudetto 2005-2006, assegnato ai nerazzurri dopo i fatti di Calciopoli.