Efter avskedet från Treblinka återkom Eberl för en kort tid till anstalten i Bernburg. I början av år 1944 anslöt han sig till Wehrmacht och kommenderades till västfronten i Luxemburg, där han senare greps av amerikanska trupper och hamnade i krigsfångenskap. Då de allierade inte hade kännedom om Eberls aktiviteter inom Aktion T4 och i Treblinka, släpptes han i juli 1945. Han bosatte sig i Blaubeuren och etablerade sig ånyo som läkare. Med tiden kom myndigheterna Eberl på spåren och i januari 1948 arresteras han i avvaktan på rättegång. En dryg månad senare hängde sig Eberl i sin cell i Ulm.