Niskanen sijoittui Pyeongchangin olympialaisissa 2018 yhdistelmäkilpailussa 19:nneksi. Hän hiihti perinteisen osuudella pitkään kärjessä, muttei onnistunut pääsemään irtiottoon ja väsyi matkan loppupuolella. Perinteisen hiihtotavan sprinttikilpailussa hän oli neljästoista. 4 × 10 kilometrin viestissä Suomi sijoittui neljänneksi ja Niskanen oli toisen osuuden nopein hiihtäjä. Kisojen päätteeksi Niskanen voitti olympiakultaa 50 kilometrin perinteisen hiihtotavan yhteislähtökilpailussa. Hän lähti noin 20 kilometrin kohdalla irtiottoon Aleksei Poltoraninin kanssa. Kazakstanilaisen pudottua hänen kyydistään Aleksandr Bolšunov tavoitti Niskasen 37,5 kilometrin kohdalla. Niskanen pudotti venäläisen perästään viimeisellä kilometrillä ja kukisti hänet lopulta 18,7 sekunnilla. Suomen edellinen 50 kilometrin olympiavoittaja oli Kalevi Hämäläinen Squaw Valleyssa 1960.