Toutefois, Maskhadov resta en Tchétchénie, même s'il n'avait pratiquement plus aucune autorité. À partir de ce moment, il entra en conflit juridique avec la Russie. Bientôt, il fut accusé d'être en rapport avec les commanditaires d'actes terroristes brutaux, tel que la Prise d'otages de Beslan en septembre 2004. Le gouvernement pro-russe d'Ossétie-du-Nord-Alanie le condamna par ailleurs comme terroriste. Il profita pourtant de son influence pour proclamer un cessez-le-feu provisoire en 2005 et, d'après certains, il abandonna ses prétentions séparatistes pour demander à Moscou de garantir l'existence de la nation tchétchène. Or, le gouvernement russe de Vladimir Poutine refusa le cessez-le-feu et, en mars 2005, Aslan Maskhadov fut tué lors d'un raid du FSB sur son fief de Tolstoï-Yourt. Il fut alors remplacé par le jeune Abdoul-Khalim Saïdoullaïev, qui promit d'établir une république démocratique une fois la guerre achevée. Condamnant les prises d'otage, il réussit toutefois à s'allier avec Chamil Bassaïev, le leader terroriste de la Confédération des Peuples du Nord-Caucase (CPNC). Il sera à son tour assassiné le et son vice-président Dokou Oumarov fut dès lors choisi pour lui succéder.