Quatzenheim liegt an der ehemaligen Römerstraße, die von Straßburg nach Saverne (Zabern) führte und die heute noch zum Teil als Départementsstraße genutzt wird. Seit der Zeit des Hochmittelalters sind mehrere Feudalherren des Ortes urkundlich belegt. Im 14. Jahrhundert war das Dorf im Besitz der Adelsfamilie von Müllenheim, die seit dem Spätmittelalter zu den angesehensten Familien des Straßburger Patriziats zählten. Walter von Müllenheim, Kanoniker der Kirche Jung-St.Peter in Straßburg, Stiftspropst von Rheinau, zugleich Vogt von Reichenweier sowie Statthalter des Landvogts im Breisgau, ließ im 14. Jahrhundert in Quatzenheim einen Adelssitz errichten. Im Jahre 1674 wurde das Schloss von Quatzenheim während des Holländischen Kriegs (1672–1679) als Folge der Schlacht bei Enzheim zerstört. In der Schlacht trafen die französischen Truppen von Henri de La Tour d’Auvergne auf die kaiserlichen Truppen des Heiligen Römischen Reichs. Die Schlosskapelle, die als einziger Überrest der Anlage stehenblieb, dient heute als Dorfkirche von Quatzenheim.