Після захоплення організацією ХАМАС влади в Секторі Газа в 2006 р., «Аль-Каїда» стала проявляти інтерес до створення осередків у цьому регіоні. Розбіжності між цими організаціями призвели до великомасштабного зіткнення 15 серпня 2009 у Рафіаху, у якому загинуло щонайменше 24 людини і понад 120 отримали поранення. За твердженням лівійської влади «Аль-Каїда» причетна до масових заворушень в Лівії. У червні 2011 «Аль-Каїда» звернулася до мусульман всього світу із закликом до «індивідуального джихаду».