Pochodził z rodziny szlacheckiej osiadłej od pokoleń na Żmudzi, ojciec Jan Narutowicz był uczestnikiem powstania 1863 roku. Po ukończeniu gimnazjum w Lipawie, studiował prawo w Sankt Petersburgu, gdzie włączył się w polskie życie studenckie. Zajmował się również dziennikarstwem, wydając w 1890 roku pismo „Tygodnik Powszechny”.