Самым крупным терактом этого периода стал захват школы в Беслане. 1 сентября 2004 года боевики захватили школу в Беслане (Северная Осетия), взяв в заложники более тысячи детей и взрослых. В ходе нападения и в последующие дни несколько заложников были убиты террористами. 3 сентября в школьном здании произошли несколько взрывов, за которыми последовали возгорание и штурм здания. В результате нападения, взрывов и пожара, а также в ходе боя и спасательной операции погибло 19 сотрудников спецподразделений и 314 заложников, включая 186 детей. Критики высказывали мнение, что российским властям следовало изначально отказаться от силовой операции и пойти на переговоры с террористами. Либерально-демократическая оппозиция называла причиной роста терроризма в России неверную политику Путина в отношении Чечни и предлагала договариваться с «умеренной частью» чеченских сепаратистов.