Ο Τζοβάνι Φαλκόνε πέρασε μέρος της νιότης του στην συνοικία Μαγκιόνε στην μητρική πόλη του το Παλέρμο, η οποία υπέφερε εκτεταμένες καταστροφές από αεροπορικές επιθέσεις κατά την διάρκεια της Συμμαχικής εισβολής της Σικελίας το 1943. Ήταν ο γιος του Αρτούρο Φαλκόνε, διευθυντή ενός επαρχιακού χημικού εργαστηρίου, και της Λουίζα Μπεντιβένια. Ύστερα από μια κλασσική εκπαίδευση, ο Τζοβάνι σπούδασε Νομική ακολουθώντας μια σύντομη περίοδο σπουδών στην ναυτική ακαδημία του Λιβόρνο. Αποφοιτώντας το 1961, άρχισε να εξασκεί την Νομική πριν τοποθετηθεί ως δικαστής το 1964. Ο Φαλκόνε τελικά κατευθύνθηκε προς το ποινικό δίκαιο αφότου υπηρέτησε ως επαρχιακός δικαστής.