На территории Азербайджана проживает немало беженцев из Чечни, в том числе участников вооружённых действий против российских войск. Азербайджанская территория в течение длительного времени, по сообщениям СМИ, использовалась чеченскими сепаратистами как транзитная страна и своего рода тыловая база, где, в частности, проходили восстановление раненые боевики. Боевикам сравнительно легко удавалось пересекать границу между Азербайджаном и Дагестаном. 15 сентября 2004 российские власти после теракта в Беслане закрыли все пограничные сухопутные переходы для автотранспорта и людей и открыли их лишь через полтора месяца после переговоров между президентами, а также задержаний и выдачи российским властям группы бывших боевиков. В Баку было закрыто чеченское представительство.