Haeberl lernte früh die Missstände des bayerischen Gesundheitssystems kennen und bemühte sich anschließend um deren Verbesserung. Bei den Feldzügen 1806 und 1807 war er "Dirigent" des Militärsanitätswesens. Zurückgekehrt wurde er als Obermedizinalrat an die Spitze des inneren Sanitätswesens des Königreichs Bayern gestellt. Er führte die gesetzliche Pockenimpfung und die "Central-Veterinärschule" ein. 1808 legte er den Entwurf des sogenannten „Organischen Edicts“ mit dem das Gesundheitssystem neuorganisiert wurde. Im selben Jahr war er mit Franz Xaver von Haeberl am Aufbau des Allgemeinen Krankenhauses München beteiligt und wurde mit dem Ritterkreuz des Verdienstordens der Bayerischen Krone ausgezeichnet. Seine politische Arbeit endete 1817 auf eigenes Gesuch hin kurz nach dem Rücktritt des Innenministers Maximilian von Montgelas, mit dem er zuvor erfolgreich zusammenarbeitete. Seit 1821 war er außerordentliches Mitglied der Bayerischen Akademie der Wissenschaften.