На драфте НХЛ 1987 года был выбран в 1 раунде под общим 2 номером клубом «Нью-Джерси Девилз». Дебютировал в лиге 9 октября того же года, а первый гол забил только спустя два месяца, но этот гол принёс победу его команде над «Нью-Йорк Рейнджерс». Свой первый регулярный сезон Брендан закончил с 26 очками, а в плей-офф, куда «Дьяволы» попали впервые за свою историю, набрал 3 очка. Каждый последующий сезон, из трёх проведённых в команде, Шэнахэн постоянно улучшал свои показатели.