Con la propria selezione nazionale raccolse 14 presenze e 5 gol tra il 1956 e il 1963. Debuttò il 15 febbraio 1956, scendendo in campo come ala sinistra nel 2-3-5 di Stábile durante l'incontro del Campeonato Sudamericano tra Argentina e . Quella rimase la sua unica presenza in tale competizione. In seguito fu impiegato per 4 partite delle qualificazioni al campionato mondiale di calcio 1958, in cui mantenne una buona media realizzativa, mettendo a referto tre marcature. Ciononostante, fu escluso dalla lista dei convocati per il Mondiale, giocando tre amichevoli nel 1958, sue ultime gare nella gestione Stábile. Horacio Torres lo convocò per il Sudamericano 1963, riportandolo così in Nazionale dopo cinque anni. Zárate debuttò contro la , segnando due reti, una al terzo minuto e l'altra all'89º. Contro il tornò a far gol, realizzando l'1-0 al 57º minuto; all'80º dopo fu rimpiazzato da Juan Carlos Lallana. Contro il , il 24 marzo a La Paz, giocò tutto l'incontro, così come contro la il 28 marzo. L'ultima gara in cui scese in campo fu quella del 31 marzo con il , in cui venne sostituito a partita in corso nuovamente da Lallana.