À son retour de l’armée en 1953, Jean-Claude Perrot est nommé professeur au lycée Malherbe de Caen, ville où est nommée également son épouse. Ils enseigneront pendant quatre ans dans cette ville et y rencontreront notamment le grand historien de la Grèce ancienne Pierre Vidal-Naquet, nommé assistant à l’université de Caen en 1956. C’est avec lui, ainsi qu’avec un groupe d’autres enseignants de Caen, dont Jacques Ozouf et Mona Ozouf, qu’ils prendront part à la lutte contre la torture et la guerre d’Algérie.