Перота гуляў за зборную Італіі на моладзевым узроўні (да 21 года). У нацыянальнай зборнай ён дэбютаваў у 2002 годзе. Ён прымаў удзел у Еўра 2004, дзе забіў гол Балгарыі. На пераможным для Італіі чэмпіянаце свету 2006 года ў Германіі Перота прыняў удзел ва ўсіх 7 матчах зборнай.