29 августа 1993 года в товарищеском матче против сборной Венесуэлы Мендес дебютировал за сборную Уругвая. В 1995 году он принял участие розыгрыше Кубка Америки и стал обладателем трофея. В 1997 году Мендес занял с национальной командой четвёртое место на Кубке Конфедераций.