Ο Πέτκοφ ήταν μέλος της Εθνικής Βουλγαρίας στο Παγκόσμιο Κύπελλο Ποδοσφαίρου 1998 και το Ευρωπαϊκό Πρωτάθλημα Ποδοσφαίρου 2004. Αγωνίστηκε από το 1997 μέχρι το 2004 για την Εθνικής Βουλγαρίας είχε 37 συμμετοχές και σημείωσε 1 γκολ.