Hanyu si è allenato nella sua città natale, Sendai, sotto la guida di Nanami Abe sino alla stagione 2011/2012 compresa. A causa dei suoi problemi di asma, oltre che per il fatto che doveva frequentare la scuola, spesso si allenava per sole due ore al giorno. Alcuni tubi dell'acqua sotto la pista della sua città sono scoppiati a causa del terremoto e maremoto dell'11 marzo 2011, perciò il giovane pattinatore si è dovuto allenare a Yokohama e Hachinohe, Aomori finché la sua pista non è stata nuovamente aperta il 24 luglio 2011. A partire dalla stagione 2012-2013, Hanyu ha cominciato ad allenarsi presso il Toronto Cricket Club sotto la guida di Brian Orser, già campione del mondo nel 1987 e vincitore di due argenti olimpici, e diventato famoso come allenatore per aver portato Yuna Kim a vincere l'oro olimpico nel 2010.