В сезоне 2012/13 продолжал выходить преимущественно на замены, не сыграв ни один полноценный матч. 28 января 2013 Хуан забил свой первый гол за основную команду, поразив ворота «Льягостера» в рамках Кубка Испании. После очередной распродажи, устроенной «Валенсией» летом 2013 года, получил реальный шанс заиграть за первую команду.