Успех његовог нећака довео је до тога да Јован буде примљен у редове византијске аристократије и понесе титулу севастократора. Упркос поодмаклој животној доби, Јован је био активан као војсковођа током владавине Исака Анђела. Никита Хонијат пише како је Јован био на двору у Кипсали током норманске инвазије на Солун 1185. године. Постоје вести да је Јован Дука ошамарио Јована Асена приликом његовог посланства пред византијским царем што је довело до избијања бугарске побуне и стварања Другог бугарског царства. Јован је 1186. године преузео команду над византијском војском која је кренула да угуши побуну. Иако, према Никити Хонијату, није био способан војсковођа, Јован је успео да задржи побуњенике. Убрзо га је Исак сменио јер је сумњао да учествује у завери да га збаци са престола. Команда је поверена Јовану Кантакузину. Јован је 1191. године пратио свог нећака у још једном походу против бугарских побуњеника. Кампања је завршена потпуним неуспехом, али је Јован извукао своје трупе без великих губитака. Исте године учествује на сабору на коме је прихваћена оставка цариградског патријарха Доситеја. У документима је забележен као припадник уже цареве породице.