Sovjetunionen tvang Estland til at tillade oprettelsen af militærbaser i oktober 1939 som følge af hemmelige tillæg til Molotov-Ribbentrop-pagten med Tyskland. I juni 1940 blev landet fuldstændig besat, og Sovjetunionen tog fuld kontrol over styret. Ved et valg samme år fik kommunisterne flertal i parlamentet, som anmodede om, at landet måtte blive optaget i Sovjetunionen som Estiske SSR. Det skete formelt i august 1940, men tilføjelsen blev ikke anerkendt af andre stater end Tyskland og dets allierede. Mange politikere, militære og intellektuelle, blev henrettet eller deporteret.