João Félix teki ensiesiintymisensä maansa maajoukkueessa Kansojen liigan välieräottelussa Sveitsiä vastaan kesäkuussa 2019. Portugali voitti turnauksen kaadettuaan loppuottelussa Hollannin. João Félix on ennen kesän 2021 EM-kilpailuja pelannut 17 maaottelua, joissa 11 kertaa avauskokoonpanossa. Hän on tehnyt kolme maaottelumaalia: syyskuussa 2020 Kansojen liigan kotiottelussa Kroatiaa, marraskuussa 2020 ystävyysottelussa Andorraa ja kuusi päivää edellisen jälkeen Kansojen liigan vierasottelussa Kroatiaa vastaan.