Losowanie fazy grupowej odbyło się w dniu 12 stycznia 2017 r. w Libreville. 45 drużyn z koszyków 1-4 i trzech zwycięzców pierwszej rundy zagra w tym etapie. 48 zespołów zostało podzielonych na dwanaście grup, po cztery reprezentacje w każdej. Każda grupa będzie rozgrywać mecze systemem mecz i rewanż oraz każdy z każdym. Zwycięzcy każdej grupy, a także drużyny z drugich miejsc kwalifikują się do finałów. Wyjątek stanowi grupa J w której awans uzyskała jedynie najwyżej sklasyfikowana drużyna (oprócz Egiptu, który miał zapewniony awans jako gospodarz).