La Grande Armata rimase accantonata nella Germania meridionale dopo la vittoria e nell'ottobre 1806 poté intervenire rapidamente contro la Prussia che aveva dato vita insieme alla Russia alla Quarta coalizione; le truppe francesi diedero una nuova dimostrazione di potenza bellica. In una settimana Napoleone poté concentrare i corpi della Grande Armata e sbaragliare completamente l'esercito prussiano nella battaglia di Jena. I soldati francesi marciarono con rapidità e precisione, nonostante la consueta disorganizzazione logistica, e sul campo di battaglia diedero prova di una chiara superiorità tattica di fronte all'antiquato esercito nemico. La successiva fase di inseguimento, condotta con grande energia dai luogotenenti dell'imperatore, mise a dura prova la resistenza delle truppe, ma al termine delle operazioni, la Grande Armata aveva distrutto o catturato l'esercito prussiano e Napoleone era entrato a Berlino.