Nel 1994 la competitività della Ferrari ricominciò a migliorare. Al primo appuntamento mondiale Alesi giunse terzo, ma un infortunio alla schiena avuto durante alcuni test al Mugello lo costrinse a saltare i successivi due Gran Premi e fu sostituito dal collaudatore Nicola Larini. Tornato per il Gran Premio di Monaco conquistò un quinto posto, risultato ottenuto anche a causa di un contatto con il pilota della Simtek David Brabham che gli fece perdere alcune posizioni, seguito da un quarto in Spagna e da un terzo in Canada, dovuto a problemi al cambio, che causarono la perdita della seconda posizione. Dopo un ritiro alla gara di casa, causato da una collisione con Barrichello, Alesi ottenne un secondo posto in Gran Bretagna, anche grazie alla squalifica di Michael Schumacher. Le successive corse furono però contrassegnate da continui ritiri, il più importante dei quali a Monza. Il francese aveva infatti conquistato la sua prima pole position in carriera e si trovava in testa alla corsa, quando al pit stop, a causa di un guasto alla trasmissione, la sua vettura non ripartì. Questa serie negativa venne interrotta al Gran Premio del Giappone, penultimo appuntamento mondiale, con la conquista di un terzo posto, dopo un duello sotto la pioggia con Nigel Mansell, seguito da una sesta piazza conquistata in Australia. A fine stagione poté contare su ventiquattro punti conquistati e un quinto posto nella classifica piloti.