Il a poursuivi Pompée à Alexandrie, où celui-ci a été assassiné par un ancien officier romain servant à la cour du roi Ptolémée XIII. César s'est ensuite impliqué dans la guerre civile alexandrine entre Ptolémée et sa sœur, sa femme et la reine co-régente, le pharaon Cléopâtre VII. Peut-être à cause du rôle de Ptolémée dans le meurtre de Pompée, César s'est rangé du côté de Cléopâtre; il aurait pleuré à la vue de la tête de Pompée qui lui a été offerte par le chambellan Potholus de Ptolémée en cadeau. En tout état de cause, César a résisté au siège d'Alexandrie et ce dernier a vaincu les forces ptolémaïques en 47 av. J.-C. lors de la bataille du Nil et a installé Cléopâtre comme souverain. César et Cléopâtre ont célébré leur victoire de la guerre civile alexandrine avec une procession triomphale sur le Nil au printemps de 47 av. J.-C. La barge royale était accompagnée de 400 navires supplémentaires, introduisant César au mode de vie luxueux des pharaons égyptiens.