Nach einem Jahr Pause kehrte Pierantozzi 1999 im Halbschwergewicht zurück und gewann zum Auftakt das Weltcupturnier in Paris. 1999 gewann sie noch das Turnier in Rom, 2000 siegte sie in Sofia und erneut in Rom. Bei den Europameisterschaften 2000 belegte sie den fünften Platz. Zum Abschluss ihrer Karriere startete sie bei den Olympischen Spielen 2000 in Sydney. Nachdem sie in ihrem Auftaktkampf die Japanerin Noriko Anno besiegt hatte, unterlag sie im Viertelfinale gegen die Belgierin Heidi Rakels. Nach drei Siegen in der Hoffnungsrunde erhielt Emanuela Piantozzi die Bronzemedaille.