En 1798, le comte occupe les fonctions de commandant-général en Vénétie. L'année suivante, dans le cadre de la Deuxième Coalition, il commande une partie de l'armée autrichienne en Souabe sous les ordres de l'archiduc Charles. Le , il joue un rôle non négligeable dans la victoire autrichienne d'Ostrach sur les forces françaises du général Jourdan en menant personnellement une colonne d'attaque sur les positions françaises. Lors de la bataille de Stockach, quatre jours plus tard, il dirige l'aile droite. Du 14 au , Wallis assume temporairement le commandement de toute l'armée à la place de l'archiduc Charles tombé subitement malade. Quelque temps plus tard, le , se déroule la première bataille de Zurich à l'issue de laquelle le général André Masséna, commandant en chef l'armée française du Danube, doit s'avouer vaincu. Alors que la bataille fait rage, Wallis, qui a été placé à la tête des hommes de la réserve, conduit cinq bataillons de grenadiers à l'assaut des lignes françaises sur le Zürichberg. Après plusieurs heures de combat acharné, les Autrichiens réussissent à percer les défenses adverses, mais ils sont alors contre-attaqués sur leurs arrières par les troupes de Soult pendant que Masséna fait donner ses réserves, refoulant les soldats autrichiens en désarroi. Grièvement blessé au cours de l'action, le comte de Wallis succombe à ses blessures cinq semaines plus tard à Kloten, le .