Od września 1918 do maja 1919 komisarz 1. Smoleńskiej (później 26) Dywizji Strzelców (DS), od maja 1919 dowódca 228. Karelskiego Pułku Strzeleckiego, od lipca dowódca 2. Brygady Strzelców w 26. DS, od grudnia 1919 dowódca 27 Dywizji Strzeleckiej. Walczył na Froncie Wschodnim, gdzie jego dywizja odznaczyła się w walkach i uzyskała miano „żelaznej”, i na Froncie Zachodnim w wojnie polsko-bolszewickiej 1920. W wojnie z Polską Putna zdobył sławę jednego z najlepszych dowódców dywizji w Armii Czerwonej. Dzięki jego umiejętnościom i działaniom resztki wojsk 16. i 3. Armii sowieckich uniknęły zniszczenia i przerwały okrążenie pod Białymstokiem, po czym wycofały się na wschód. Brał udział w likwidacji powstania w Kronsztadzie i tłumieniu powstań chłopskich na Powołżu. Po ukończeniu Wyższych Kursów Akademickich w 1923 komendant i komisarz 2. Moskiewskiej Szkoły Piechoty. W 1923 związał się z opozycją trockistowską. Później z nią zerwał. W latach 1924–1927 służył w sztabie i centralnych zarządach Armii Czerwonej, dowodził korpusem. W 1927–1931 attaché wojskowy w Japonii. W latach 1931–1934 dowódca korpusu, później dowódca Nadmorskiej Grupy Wojsk na Dalekim Wschodzie. W latach 1934–1936 attaché wojskowy w Wielkiej Brytanii. W 1935 został mianowany komkorem.