美国介入意味着菲律宾革命融入美菲战争，菲律宾人为独立而战，但1900年军事总督小亚瑟·麦克阿瑟为首的美军已占上风。麦克阿瑟觉得委员会纯属累赘，这时就叫毫无准备的菲律宾人民自治根本不切实际。但麦金莱授权委员会控制驻菲美军预算，所以将军只能配合塔夫脱。1900年9月1日，委员会接手菲律宾行政权；1901年7月4日，塔夫脱当上民事总督。阿德纳·查菲将军接手麦克阿瑟的美军司令职务，不再设军事总督。