У 1792 році між Сардинським королівством і Першою французькою республікою почалася війна, яку назвали Альпійською. Вона була частиною Першої коаліційної війни. Незважаючи на ліберальні погляди, Карл Еммануель вступив в неї офіцером армії короля Сардинії. Він боровся проти французької республіканської армії, захищаючи свою Батьківщину. Князь Каріньяно очолював штаб 3-го армійського корпуса, що розташовувався на лінії між Салуццо і Кунео. У грудні 1793 він отримав звання генерал-капітана. Брав активну участь в боях з 1793 по 1794 рік. Незважаючи на особисту доблесть, виявлену ним під час боїв, Карл Еммануель, на думку військового історика Фердинандо Августо Пінеллі, не володів талантом командира. Рекрути, що знаходилися під його керуванням, губилися під натиском ворога. По завершенню Альпійської війни в 1796 році, князь Каріньяно оселився в замку Ракконіджі.