У 2003 році, коли болгари вже забезпечили собі участь на Євро-2004, він несподівано оголосив про закінчення кар'єри у збірній. Відсутність тривала понад рік. Він повернувся до команди за ініціативи нового головного тренера збірної Христо Стоїчкова. У команді, що невдало боролась за вихід на Євро-2008 він найчастіше був опорним півзахисником. Але після того як на початку 2008 року збірну знову очолив Пламен Марков (який керував болгарською збірною на Євро-2004), Кишишев вирішив вдруге піти зі збірної. У останньому перед уходом матчі з Албанією (1:1) він відзначився автоголом.