В 1656 году участвовал в трехдневной битве со шведами под Варшавой, в 1657 году — в преследовании отстпающей армии трансильванского князя Дьёрдя Ракоци, где принимал участие в битвах под Меджибожем и Чёрным Островом. В 1658 году Ян Потоцкий попал в молдавский плен, преследуя противника на чужой территории. В сентябре того же года участвовал в работе галицкого сеймика.