Відповідно до офіційної версії Лаурістін загинув під час евакуації з Таллінна на есмінці «Володарський» 28 серпня 1941 року, підірвавшись на міні. За версією його дружини Ольги, чоловіка вбили співробітники НКВС через відмову виконати наказ Сталіна про знищення підприємств.