У складі чорно-білих Бугайов провів успішний сезон 2004 року, був запрошений Георгієм Ярцевим у національну збірну, поїхав в її складі на чемпіонат Європи в Португалію. У міжсезоння керівництво «Торпедо» вирішило прийняти пропозицію про продаж Бугаєва в московський «Локомотив».