Завершив игровую карьеру в 2001 году, 36-летний Стойкович сразу же стал президентом Югославского Футбольного союза, сменив Миляна Милянича. Назначение Стойковича первоначально получило широкое одобрение общественности, но 4-летний срок его пребывания в должности в первую очередь запомнится непопаданием национальной сборной (Югославии и Сербии и Черногории) на чемпионат мира 2002 в Японии и Корее и чемпионат Европы 2004 в Португалии. Тем не менее к окончанию срока полномочий Стойковича в отборочном турнире к чемпионату мира 2006 национальная команда наконец отобралась на Кубок мира, заняв в группе первое место.