Yunus Bajá tuvo un papel importante en la guerra entre los otomanos y los mamelucos (1516–17). Después de la victoria otomana en la batalla de Marj Dabiq en 1516, Yunus Bajá, con las tropas otomanas bajo su mando, movilizó sus fuerzas y entró en la ciudad de Alepo (actual Siria), a partir de ahí la invasión de las ciudades de Hama, Homs y Damasco fue rápida. Después de la Batalla de Ridaniya de 1517, entró en la ciudad egipcia de El Cairo con sus fuerzas de Jenízaros, y después de un asedio de tres días, capturó la ciudad para el Imperio Otomano.