विभिन्न भारतीय घरेलू टूर्नामेंटों, जैसे कि रणजी ट्रॉफी और दिलीप ट्रॉफी में खेलने के बाद, गांगुली को भारतीय क्रिकेट टीम के इंग्लैंड दौरे पर पहली बार मौका मिला था। उन्होंने १३१ रन बनाए और भारतीय टीम में अपनी जगह पक्की की थी। गांगुली को टीम में जगह देने का आश्वासन श्रीलंका, पाकिस्तान और ऑस्ट्रेलिया के खिलाफ श्रृंखला में सफल प्रदर्शन के बाद दिया गया, जिन्होंने मैन ऑफ द मैच का पुरस्कार जीता था। १९९९ क्रिकेट विश्व कप में , वह राहुल द्रविड़ के साथ ३१८ रनों की साझेदारी में शामिल थे, जो विश्व कप टूर्नामेंट के इतिहास में दूसरी सर्वोच्च साझेदारी है। २००० में टीम के अन्य खिलाड़ियों द्वारा मैच फिक्सिंग घोटालों के कारण, और उनके खराब स्वास्थ्य के लिए, भारतीय कप्तान सचिन तेंदुलकर ने अपना पद त्याग दिया और गांगुली को भारतीय क्रिकेट टीम का कप्तान बनाया गया था। वह जल्द ही काउंटी की ओर से डरहम के लिए खराब प्रदर्शन और २००२ की नेटवेस्ट सीरीज के फाइनल में अपनी शर्ट उतारने के बाद मीडिया की आलोचना का विषय बने थे। उन्होंने २००३ क्रिकेट विश्व कप में भारत का नेतृत्व किया था और फाइनल मुकाबले में ऑस्ट्रेलिया से हार गए थे। व्यक्तिगत प्रदर्शन में कमी के कारण, उन्हें अगले वर्ष टीम से बाहर कर दिया गया था। गांगुली को २००४ में भारत के सर्वोच्च नागरिक पुरस्कारों में से एक पद्म श्री से सम्मानित किया गया था। उन्होंने २००६ में राष्ट्रीय टीम में वापसी की, और बल्लेबाजी में सफल प्रदर्शन किया। इस समय के दौरान, वह कई गलतफहमियों को लेकर भारतीय टीम के कोच ग्रेग चैपल के साथ विवादों में रहे थे। इसके बाद गांगुली को फिर से टीम से बाहर कर दिया गया, हालांकि उन्हें २००७ क्रिकेट विश्व कप में खेलने के लिए चुना गया था।