ต่อมาเมื่อเกิดกรณีพิพาทอินโดจีนกับฝรั่งเศส ท่าอากาศยานได้รับการปรับปรุงให้ดีขึ้นอีกครั้งเพื่อให้เครื่องบินจำนวน 3-4 ลำจากกองทัพอากาศสามารถมาประจำที่ท่าอากาศยานน่านได้ แต่เมื่อสงครามอินโดจีนยุติลง ก็ไม่มีการใช้ท่าอากาศยานอีก หลังจากนั้นอีกประมาณ 10 ปีเศษ ท่าอากาศยานได้รับการปรับปรุงอีกครั้งหนึ่ง โดยทำการขยายทางวิ่งให้กว้างประมาณ 10 เมตร ยาวประมาณ 600 เมตร ผิวทางวิ่งบดทับด้วยดินลูกรัง พอที่เครื่องบินขนาดเล็กจะขึ้น-ลงได้