Sjobukhova satte ny verdensrekord på 3000 meter innendørs da hun vant det russiske innendørsmesterskapet i friidrett 2006. Tiden hennes var 8:27,86. Like fort gikk det ikke ved VM i friidrett innendørs 2006, der hun løp på 8:42,18 og kon på 2.-plass bak etiopiske Meseret Defar. Hun deltok igjen ved VM i terrengløp 2006, og kom på 36.-plass i kort løype. Hun fikk en ny internasjonal medalje ved EM i friidrett 2006 i Göteborg, der hun løp inn til 2.-plass på 5000 meter bak spanske Marta Domínguez. Hun fikk også sølv på 5000 meter ved Verdenscupen i friidrett 2006, der Russland stilte eget lag.