Mit Pius XII. wurde im März 1939 ein Hauptinitiator des Konkordats Papst. Nach heutiger Quellenlage setzte er seine Hoffnung auf Diplomatie, um größeren Schaden zu verhindern und durch verborgenes Handeln Menschen zu retten. Dies schränkte den Handlungsspielraum der Katholiken in Deutschland ein. Nichtöffentliche Proteste blieben Sache des Vatikan; eine erklärte Opposition gegen den Holocaust gab es nicht. Einzelne setzten ihr Leben für die Juden ein und wurden zu Märtyrern, darunter die Priester Alfred Delp, Maximilian Kolbe, Rupert Mayer und Bernhard Lichtenberg. Vor allem die Priesterschaft Polens hatte nach dem deutschen Überfall auf Polen (September 1939) viele Opfer zu beklagen. Es wird geschätzt, dass 16 % der Priester Polens in der Zeit der deutschen Besatzung ermordet wurden.