Die Französische Revolution wurde in Amerika nach einer anfänglich herzlichen Begrüßung seit Beginn der Schreckensherrschaft kontrovers betrachtet: Föderalisten sahen die Revolution als Warnung, wie eine Revolution in Terror enden könnte, während Republikaner und ein großer Teil der Bevölkerung in ihr eine Wiederholung der amerikanischen Revolution sahen. Die Frage, ob man die Revolution unterstützen sollte, wurde nach der Kriegserklärung Frankreichs an Großbritannien ein wichtiges Thema, denn der Handel mit beiden Nationen war für die amerikanische Landwirtschaft sowie Industrie wichtig. Hamilton und Jefferson unterstützten daher gemeinsam eine Neutralitätserklärung, doch konnten sie sich nicht auf genaue Details einigen: Jefferson wollte sie als Verhandlungsinstrument mit anderen Nationen nutzen, während Hamilton eine direkte Erklärung der Neutralität bevorzugte. Hamilton überzeugte Washington, der am 22. April die Neutralität offiziell bekanntgab. Eine diplomatische Krise, ausgelöst vom französischen Botschafter Edmond-Charles Genêt (nach der Politik des revolutionären Frankreich genannt "Citizen Genêt"), der die pro-revolutionäre Stimmung in der US-Bevölkerung anzuheizen versuchte, verschärfte die Spannungen zwischen Jefferson und Hamilton, wobei Washington weiter zu Hamilton hielt. Die Kämpfe im Kabinett erstreckten sich bis zum 31. Dezember 1793, als Jefferson zurücktrat und durch den Justizminister Edmund Randolph ersetzt wurde, neuer Justizminister wurde William Bradford. Auch Hamilton begann, einen Rücktritt in Betracht zu ziehen.