Op het Europees kampioenschap voetbal 2004 scoorde Baroš het eerste doelpunt voor Tsjechië in hun eerste wedstrijd van het toernooi tegen Letland. Zijn tweede goal in dezelfde toernooi was tegen Nederland. Het Nederlandse team had twee goals voorsprong op de Tsjechen, tot de laatste 22 minuten. Jan Koller scoorde na een steekpass van Baroš, die daarna zelf gelijkmaakte. Zijn laatste goal van het toernooi was de winnende tegen Duitsland. Baroš en Ruud van Nistelrooij waren de enige twee spelers op het toernooi die drie keer scoorden in de groepsfase. Baroš scoorde nog tweemaal tegen Denemarken en werd topscorer van het toernooi.