Oprócz tego kościół posiada kilka ołtarzy bocznych. Wszystkie są wykonane z wypalanej ceramiki. Jeden z nich, w kształcie stylizowanego liścia dębu zdobi figura Matki Boskiej Fatimskiej, przywieziona w 1995 r. z Fatimy i poświęcona w kolejnym roku. Wpisywało się to w obchody nawiedzenia oryginalnej figury. Ołtarz ten wykonał Antoni Bisaga w konsultacji z Tadeuszem Furdyną. W jego pobliżu wisi obraz Chrystusa Miłosiernego, który przeniesiono z kaplicy przy ul. Jagiellońskiej. Kolejny ołtarz boczny zdobi ceramiczna płaskorzeźba Matki Boskiej Hetmanki Żołnierza Polskiego, wykonana w 2002 roku. Związany jest z posługą garnizonową parafii w latach 1992–2002. W jego centrum wisi obraz Matki Boskiej Częstochowskiej przeniesiony z izby modlitwy w pomieszczeniach garnizonowych. To przy nim w 2004 roku umiejscowiono gablotę, w której przechowywane są m.in. sztandar 14 pułku Piechoty Ziemi Kujawskiej i medale weteranów z Włocławka od czasów wojny polsko-bolszewickiej po wojny w Iraku i Afganistanie. Medale złożyli tu: członek Związku Żołnierzy Wojska Polskiego, major WP Jerzy Chełminiak; lekarz i żołnierz AK Zdzisław Czuczman (1923-2001); Walenty Duda (1899-1985); członek Związku Żołnierzy Wojska Polskiego, starszy chorąży WP Walenty Farbotko; Jadwiga Jurzystka; podpułkownik WP Henryk Kowalczyk (1924-2004); Wacław Malinowski; Wacław Pieczonka; żołnierz AK i podpułkownik WP Adam Rybak (1922-2011); Władysław Rybak; jeniec wojenny Zdzisław Kazimierz Sikorski (1925-2014); Jan Sroka; żołnierz AK i ofiara represji stalinowskich, członek Światowego Związku Żołnierzy AK, wspomniany wyżej Klemens Sobociński; Henryk Stasiak; były duszpasterz wojskowych, podpułkownik WP Zbigniew Szygenda; Władysław Szygenda; Wacław Zakrzewski oraz Jerzy Ziółkowski.