С октября 1942 года занимал должность заместителя командующего 60-й армией Воронежского фронта, в декабре вступил в командование 18-м стрелковым корпусом этой же армии. Корпус под его командованием участвовал в Острогожско-Россошанской и Воронежско-Касторненской наступательных операциях. В феврале 1943 года был короткое время заместителем командующего 69-й армией, а в конце февраля вновь стал заместителя командующего 60-й армией Воронежского, Центрального и 1-го Украинского фронтов. Участвовал с ней в Курской битве, в битве за Днепр, в Киевских наступательной и в Киевской оборонительной, в Житомирско-Бердичевской, Ровно-Луцкой, Проскуровско-Черновицкой и Львовско-Сандомирской наступательных операциях. В октябре 1944 года из-за частых болезней генерал Зыков был освобождён от должности, в ноябре направлен заместителем командующего Львовским военным округом.