Generał Gudin otrzymał dowództwo nad 3 Dywizją piechoty w Wielkiej Armii Francuskiej i walczył w wojnach z trzecią i czwartą koalicją antyfrancuską pomiędzy 1805 a 1807 rokiem. Jego 3 Dywizja w III Korpusie była pierwszą formacją, która wzięła udział w bitwie pod Jeną-Auerstedt i wzięła na siebie główny ciężar walk. Zginęło wtedy 40% żołnierzy, a sam Gudin został ciężko ranny. W 1808 roku został Hrabią Imperium Francuskiego, a następnego roku zarządcą zamku w Fontainebleau. Wziął następnie udział w kilku bitwach w wojnie przeciwko V koalicji antyfrancuskiej i został ponownie ranny w bitwie pod Wagram. W 1812 roku otrzymał dowodzenie 3 dywizją I korpusu Wielkiej Armii. W bitwie pod Górą Walutyną, 19 sierpnia 1812 w Rosji, został trafiony kulą armatnią, która zmiażdżyła mu udo i łydkę. Przeszedł operację amputacji nogi, lecz zmarł 3 dni później z powodu gangreny. Jego serce zostało złożone na cmentarzu Père-Lachaise, a pozostałe szczątki zostały pochowane w mauzoleum w cytadeli smoleńskiej. Po tym jak Niemcy w czasie II wojny światowej zbombardowali Smoleńsk i jego okolice, miejsce spoczynku Gudina pozostawało nieznane.