Die friedlich in die Verapaz-Region vordringenden Dominikaner-Mönche Luis de Cáncer, Pedro Santa María de Angulo und Juan Rodrigo de Landrade gründeten Santa María Cahabón im Jahr 1543 an der Stelle einer Kekchí-Siedlung namens "Chicaj’bom". 1980 verlor Cahabón sein nördliches Gemeindegebiet, aus dem das neue Municipio Fray Bartolomé de Las Casas gebildet wurde. Cahabón war bis in die 1990er Jahre vom Bürgerkrieg in Guatemala stark betroffen. 1998 richtete der Hurrikan Mitch schwere Verwüstungen an.