Podczas najazdu perskiego Alkmeonidów posądzano o sprzyjanie Persom, być może źródłem takich ocen było zainicjowanie przez Klejstenesa wysłania poselstwa ateńskiego z prośbą o pomoc do satrapy Artafernesa w 507 roku. Wedle przekazu Herodota w Atenach powszechnie uważano, że członkowie tego rodu dawali z miasta (lub innego miejsca w głębi lądu) sygnały nieprzyjacielowi podczas bitwy pod Maratonem, posługując się tarczą. Znaki te Persowie dostrzegli już po zaokrętowaniu i miały ich skłonić do próby zajęcia miasta od strony morza.