Onder de schepen die de maatschappij tijdens de oorlog verloor, bevonden zich ook drie grote passagiersschepen, de Jan Pieterszoon Coen, "Marnix van Sint-Aldegonde" en de "Christiaan Huygens". De Coen werd al in mei 1940 door de Nederlandse Marine afgezonken om de haven van IJmuiden te blokkeren. De Marnix deed dienst als troepentransportschip voor de Britten, onder meer bij de aanval op Noord-Afrika in november 1942, de Landing op Sicilië in juli 1943 (Operation Husky) en de landing bij Salerno (Operation Avalanche) in september 1943. De Marnix werd op 6 november 1943 voorbij Gibraltar op de Middellandse Zee gebombardeerd en ging op 7 november verloren, maar al zijn 1.800 opvarenden wisten zich in veiligheid te brengen.