Pius VI. schloss sich mit Österreich und Neapel der Koalition gegen das revolutionäre Frankreich an und musste die Folgen der Niederlage im Ersten Koalitionskrieg mittragen. Teile des Kirchenstaates wurden im Jahr 1796 im Zuge des Italienfeldzugs Napoleon Bonapartes von französischen Truppen besetzt. Bonaparte erzwang den Frieden von Tolentino (19. Februar 1797), mit dem er vom militärisch unterlegenen Kirchenstaat Gebietsabtretungen an Frankreich, die Zahlung einer erheblichen Geldsumme und die Übergabe wertvoller Kunstwerke erreichte. Nach neuerlichen militärischen Interventionen besetzten die Franzosen Anfang 1798 Rom und riefen am 15. Februar 1798 die Römische Republik aus. Der Papst wurde für abgesetzt erklärt und zunächst nach Siena, dann nach Florenz verbannt. Bereits schwerkrank, wurde er ab Ende März 1799 über Parma und Turin nach Frankreich verschleppt. Nach einmonatiger Haft in der Zitadelle von Valence verstarb er dort im Sommer 1799. Papst Pius VI. wurde zunächst im Garten der Zitadelle begraben; erst nach Abschluss des Konkordats mit Bonaparte durfte er umgebettet werden. Am 24. Dezember 1801 wurde der Sarg Pius’ VI. ausgegraben, mit einem Gespann von vier Pferden nach Marseille gebracht und nach Genua verschifft. Von dort kam er über Lerici, Massa, Pisa und Siena nach Rom, wo er am 18. Februar 1802 im Petersdom (Vatikanische Grotten) bestattet wurde.