Шмицер был ключевым игроком сборной Чехии, которая принимала участие в Чемпионате Европы 1996, 2000 и 2004 годов. На каждом из этих турниров он отличался забитыми мячами — достижение, которое кроме него покорялось только Клинсману, Анри, Нуну Гомешу, Ибрагимовичу и Поштиге. Также он провёл один матч за сборную Чехословакии.