Gli eventi della seconda guerra mondiale interessarono gradatamente anche la città di Napoli, coinvolgendo quindi gli allievi della Nunziatella. Inizialmente di bassa intensità, i bombardamenti aerei Alleati non ebbero al principio altra conseguenza sulla vita degli allievi che quella di costringerli a rifugiarsi in un ricovero sotterraneo nella sottostante via Chiatamone. Dopo il disastroso bombardamento del 4 dicembre 1942 che causò oltre 500 vittime in città e i successivi del 15 dicembre 1942 e del 1º gennaio 1943, fu tuttavia deciso lo spostamento degli allievi. La Scuola fu trasferita dal marzo al 30 dicembre 1943 a Benevento, nell'edificio successivamente sede dell'azienda ospedaliera; tale spostamento fu di grande danno per la Nunziatella, dato che per i saccheggi effettuati dalle truppe tedesche a Benevento andò perso quasi tutto il materiale lì trasportato, fatta eccezione per i beni del gabinetto di fisica e del magazzino, che erano restati a Napoli.