ジョアン3世が没した時、9人の嫡子と2人の庶子は全員死没していたため、孫のセバスティアン1世が王位に就けられる。1568年まではセバスティアン1世の祖母カタリナ・デ・アウストリア、大叔父の枢機卿ドン・エンリケらが摂政を務めていたが、セバスティアン1世は親政を開始して間もなく祖母の助言を聞き入れなくなり、側近の助言を受けて征服事業に乗り出すようになる。1578年にセバスティアン1世はモロッコに親征を行うが、アルカセル・キビールの戦いでサアド朝の君主アブー・マルワン・アブド・アル＝マリク1世に大敗し、およそ8,000人の貴族と兵士だけでなくセバスティアン1世自身も戦死する。大敗に終わったセバスティアン1世の遠征には年間の国家収入の半分に達する100万クルザード以上の軍費が投じられたと言われている。