Все 4 года Великой Отечественной войны генерал Лакеев неотлучно находился в действующей армии. Участвовал в приграничной оборонительной операции на Западной Украине, Киевской оборонительной операции, в битве за Ленинград, в воздушном сражении на Кубани, в Курской битве, в Изюм-Барвенковской, Донбасской, Днепровской воздушно-десантной, Запорожской, Киевской, Житомирско-Бердичевской, Корсунь-Шевченковской, Никопольско-Криворожской, Проскуровско-Черновицкой, Одесской, Львовско-Сандомирской, Ясско-Кишиневской, Восточно-Карпатской, Западно-Карпатской, Моравско-Остравской, Пражской наступательных операциях. К концу января 1945 года выполнил на фронтах Великой Отечественной войны 62 боевых вылета, сбил 1 немецкий самолёт (в воздушном сражении на Кубани в июне 1943 года).