Müslümanlar, Bizanslılardan kalma, eski Aziz John Kilisesi'nin önce yarısını camileştirerek Cuma namazı için ibadet merkezi haline getirmiş, daha sonra tamamını camiye dönüştürerek, bugünkü Büyük El Nuri Camii'nin ortaya çıkmasını sağlamışlardır. Kısa bir süre sonra, 500 Muhammed sahabesinin, fetihin ardından Humus'a yerleşmesiyle, kent dindarlaşmış ve bir İslam merkezi haline gelmiştir. Bugün, İbn El Velid ve oğlu Abd ür-Rahman'ın mezarlarının yanında, İslam halifesi Ömer'in oğlu, Abdullah'ın mezarı da Humus'ta yer almaktadır. Emeviler ve halife Ali arasında yaşanan İlk Fitne ismi verilen iç savaş sırasında, Humus sakinleri Ali'nin tarafını tutmuşlardır ve Emevilerin lideri I. Muaviye iç savaşın kazananı olunca, Humus sakinlerine ceza amaçlı olarak, Humus Cündü'nü ikiye bölmüş ve kuzey kısmından "Kınnesrin Cündü" adında yeni bir cünd kurmuştur. Şehirde, Ali'ye ait küçük bir türbe ("mash-had 'Ali") bulunmaktadır ve yöresel halk türbenin üzerinde halifeye ait parmak izleri bulunduğunu iddia etmektedir. Yoğun Emevi baskısına rağmen, Humus, bir süre boyunca daha, bir Şii merkezi olarak kalmaya devam etmiştir. Bir Beni Kelb kalesi olan şehir, kabilenin başka bir Arap kabilesi olan Qais'le olan çatışmalarına da ev sahipliği yapmıştır. Son Emevi Halifesi II. Mervan bu çatışmalar sırasında Qais Kabilesi desteğinden yararlanmış ve bunun sonrasında, Beni Kelb tarafından başlatılan bir ayaklanmaya cevap olarak, şehrin duvarlarını ağır biçimde yağmalamıştır. 750 yılında, Abbasiler Suriye'nın kontrolünü ve İslam halifeliğini ellerine almışlardır, ancak bu değişime rağmen, yerel Arap kabileleri halifeliğe karşı isyan etmeye devam etmişlerdir.