Erste internationale Erfahrungen sammelte Libor Charfreitag im Jahr 1996 bei den Juniorenweltmeisterschaften in Sydney, bei denen er mit einer Weite von 61,52 m in der Qualifikation ausschied. Nach Beginn seines Studiums an der Southern Methodist University in Dallas nahm er 1999 erstmals an der Sommer-Universiade in Palma de Mallorca teil und belegte dort mit 75,18 m den achten Platz, ehe er bei den U23-Europameisterschaften in Göteborg mit 72,82 m Rang fünf erreichte. Er nahm auch an den Weltmeisterschaften in Sevilla teil, gelangte dort mit 70,20 m aber nicht bis in das Finale. Im Jahr darauf qualifizierte er sich für die Teilnahme an den Olympischen Spielen in Sydney, bei denen er mit einem Wurf auf 72,52 m aber nicht das Finale erreichte.