После войны О’Махони вернулся к борьбе с британской короной. Несколько миллионов долларов, собранных фениями, пошли на организацию восстания в Ирландии 1867 года и рейдов вооружённых отрядов фениев на территорию Канады. Умер он в Нью-Йорке в 1877 году и был похоронен в Дублине на кладбище Гласневин.