Favre oli kauppiaan poika, ja opiskeltuaan Pariisissa hän toimi lakimiehenä synnyinkaupungissaan Lyonissa. Hän esiintyi tasavaltalaisena vuoden 1830 heinäkuun vallankumouksesta alkaen. Vuonna 1836 hän muutti Pariisiin. Helmikuun vallankumouksen jälkeen Favre nimitettiin 1848 sisäministeriön virkamieheksi ja hänet valittiin seuraavana vuonna kansalliskokoukseen. Favre vastusti avoimesti presidentti Louis-Napoleon Bonapartea ja tämän kaapattua vallan 2. joulukuuta 1851 hän yritti yhdessä Victor Hugon ja eräiden muiden kanssa nostattaa kansalaiset Pariisin kaduilla aseelliseen vastarintaan, siinä kuitenkaan onnistumatta. Tämän jälkeen Favre vetäytyi joksikin aikaa politiikasta. Hän palasi julkisuuteen vuonna 1858 puolustamalla julkisesti keisari Napoleon III:n murhaa yrittänyttä Felice Orsinia. Pian sen jälkeen hänet valittiin Pariisista Ranskan edustajainkamariin, jossa hän kuului keisarikuntaa vastustaneeseen tasavaltalaiseen ”viiden ryhmään”. Vuodesta 1863 Favrea pidettiin tasavaltalaisen puolueen johtajana. Hän esiintyi parlamentissa Ranskan Meksikon-sotaretken ja Rooman-miehityksen arvostelijana. Hänet nimitettiin 1867 Ranskan akatemian jäseneksi.