In der Vorbereitung auf den &lt;a href="Biathlon-Weltcup%202016/17"&gt;Weltcup 2016/17&lt;/a&gt; ließ sich Neureuther einen neuen Schaft für ihre Waffe bauen, jedoch nicht von Sandro Brislinger, der als Büchsenmacher üblicherweise die deutschen Biathleten betreut. „Ich wollte für mich mal was Neues, für meinen Kopf, quasi einen kleinen Neustart“ erklärte Neureuther diese Entscheidung. Beim ersten Weltcup der Saison im schwedischen Östersund machten sich diese Änderungen jedoch nicht bezahlt. Bei teilweise schwierigen Bedingungen am Schießstand erreichte sie nur eine Trefferquote von 54 %. Da sich ihre Laufzeiten auch zum Teil deutlich außerhalb der zehn Schnellsten eines Rennens bewegten, war ein 37. Platz im Sprint das einzige Ergebnis innerhalb der Punkteränge. In Pokljuka verbesserten sich sowohl ihre Trefferquote als auch ihre Zeiten in der Loipe. Bei Windstille am Schießstand beendete sie den Sprint mit nur einem Fehler und der 10. Laufzeit auf Rang 10, in der Verfolgung wurde sie mit fünf Strafrunden am Ende 25. Auch im Januar 2017 konnte Neureuther die vom DSV geforderten Kriterien für eine Nominierung für die Biathlon-Weltmeisterschaften (ein Einzelergebnis unter den besten acht eines Rennes oder zwei Ergebnisse unter dem besten 15 Athletinnen) nicht erfüllen und wurde in der Folge auch nicht mehr für den Weltcup in Antholz aufgestellt. Stattdessen fuhr sie mit der Mannschaft des zweitklassigen IBU-Cups zu den Europameisterschaften ins polnische Duszniki-Zdrój. Kurz nach dem Ende der Wettkämpfe der EM gab Neureuther bekannt, dass sie die Wettkampfsaison vorzeitig beenden wird. Als Grund gab sie eine Entzündung der Stirnhöhle an, die operativ behandelt werden muss.