Après la chute du régime communiste en 1989, la dissolution de la Tchécoslovaquie en 1992 et l'avènement de la nouvelle République tchèque indépendante, les bâtiments du Musée juif sont rendus à la communauté juive de Prague et à ses responsables en 1994, ainsi que le vieux cimetière juif de Prague. Ludmila Kybalová devient la nouvelle directrice du musée. Grâce à elle, les bâtiments dans lesquels le musée fonctionnait sont restaurés en 1994 ainsi que l'ancien cimetière juif.