Během období nacionálního socialismu zde bylo stejně jako všude v Německé říši židovské obyvatelstvo systematicky zbaveno svých práv a zavlečeno do koncentračních táborů. Za Křišťálové noci byl v roce 1938 místním hasičským sborem zhacen pokus zapálit zhořeleckou synagogu, která se jako jedna z mála synagog v Sasku zachovala do dnešních dnů. Roku 1943 byl zřízen pobočný tábor "KZ-Außenlager Görlitz" spadající pod Koncentrační tábor Gross-Rosen. V něm zemřelo násilnou smrtí nebo následkem nemocí a vyčerpání přes 400 převážně židovských vězňů z Maďarska, Čech a Sovětského svazu. V průběhu druhé světové války a zejména na jejím konci bylo ve městě zcela zničeno přibližně 80 domů, část byla těžce poškozena. Všech sedm mostů přes Nisu bylo odstřeleno 7. května 1945 – v poslední den války – v 19 hodin ustupujícími vojáky wehrmachtu. Tyto odstřely postihly řadu přilehlých budov, tlaková vlna smetla i vitráže v oknech kostela sv. Petra a Pavla. Město bylo následně obsazeno Rudou armádou a stalo se tak součástí sovětské okupační zóny a od roku 1949 potom NDR.