Po upadku kraju wielu jego obywateli wyemigrowało za granicę, m.in. były prezydent Edvard Beneš, który utworzył w Londynie rząd na uchodźstwie. W 1939, u boku Wojska Polskiego, utworzono Legion Czechów i Słowaków walczący w kampanii wrześniowej po stronie II RP. W okresie późniejszym powstały czechosłowackie jednostki walczące zarówno na Froncie Zachodnim (m.in. 1 Czechosłowacka Brygada Pancerna), jak i Wschodnim (1 Czechosłowacki Samodzielny Batalion Polowy przeformowany w 1 Samodzielną Brygadę Czechosłowacką, a następnie w I Czechosłowacki Korpus Armijny). Niektórzy obywatele czechosłowaccy walczyli także w zagranicznych ruchach oporu, m.in. Ján Kaminský (partyzant Brygady AL Północnej Lubelszczyzny) i Ján Nálepka (dowódca oddziału partyzantki radzieckiej).