In 1794, na de tweede Franse inval, ontvluchtte bisschop Felix Brenart de stad en werd de kathedraal als 'nationaal goed' onteigend. Op 28 april 1799 werd ze openbaar verkocht en in de daaropvolgende jaren helemaal afgebroken. Ze werd niet heropgebouwd. Hetzelfde lot ondergingen talrijke kerken en abdijen in Frankrijk en de Lage Landen, onder meer de Sint-Michielsabdij in Antwerpen, de Onze-Lieve-Vrouwekerk in Gent, de Sint-Lambertuskathedraal in Luik, en de Abdij van Villers. In Brugge verdwenen ook de kloosters van de geschoeide karmelieten, de augustijnen, de minderbroeders (franciscanen) en de predikheren (dominicanen) uit het stadsbeeld. Alleen van deze laatste bleef het grootste gedeelte van het kloostergebouw bewaard.