10 апреля он был заочно провозглашён главой правительства Восточного Пакистана и Верховным Главнокомандующим вооруженными силами. В стране началась кровопролитная гражданская война, в которой погибли, по разным данным, от 200 тысяч до 3 млн человек, ещё 8 млн стали беженцами. К декабрю сторонники независимости (при активной помощи индийских войск) нанесли поражение пакистанской армии, состоявшей почти исключительно из уроженцев западных провинций. После подписания капитуляции пакистанских войск в Восточной Бенгалии 16 декабря 1971 года Рахман был освобождён из тюрьмы Пакистана и через Лондон прибыл в Дакку 10 января 1972 года.