Równocześnie w latach 60. XX wieku Jordania doraźnie modyfikowała swoją politykę zewnętrzną, dostosowując się do bieżących uwarunkowań regionalnych. Podstawowym czynnikiem, który wpływał na politykę zagraniczną kraju, był konflikt izraelsko-arabski. Od 1963 król Husajn godził się, by Jordania była bazą wypadową Organizacji Wyzwolenia Palestyny, pozwalając na rozwój radykalnego palestyńskiego ruchu niepodległościowego. W maju 1967 Jordania nieoczekiwanie zawarła porozumienie wojskowe z Egiptem i kilka dni później wspólnie z Egiptem i Syrią zaatakowała Izrael. Wojna zakończyła się całkowitą klęską państw arabskich, a Jordania straciła w niej Zachodni Brzeg. W konflikcie arabsko-izraelskim Stany Zjednoczone stały po stronie Izraela. Dwa lata później Husajn udał się z oficjalną wizytą do Waszyngtonu, spotkał się z prezydentem Richardem Nixonem i uzyskał jego aprobatę dla planów usunięcia z terytorium Jordanii palestyńskich partyzantów. Politycy amerykańscy rozumieli, że zaangażowanie Jordanii w wojnę sześciodniową wynikało z doraźnych uwarunkowań i stanowiło przejaw polityki „elastycznego balansowania”, która miała zagwarantować monarchii haszymickiej gwarancje bezpieczeństwa. Palestyńscy partyzanci byli po wojnie sześciodniowej akceptowani na terytorium Jordanii, gdyż król Husajn miał nadzieję, że ich ataki na Izrael pozwolą odzyskać Zachodni Brzeg. Organizacja Wyzwolenia Palestyny i inne palestyńskie formacje były jednak zdecydowane walczyć o własne państwo, niezależnie od celów politycznych goszczącej ich Jordanii. Ulegały również coraz większej radykalizacji w duchu lewicowym i od listopada 1968 atakowały zarówno Izrael, jak i siły jordańskie, służące monarchii uznawanej za reakcyjną. Wojna domowa między wojskiem jordańskim a Palestyńczykami, znana jako Czarny Wrzesień, zakończyła się zwycięstwem Jordańczyków i wycofaniem się formacji palestyńskich do Libanu i Syrii.