Il palazzo, solitamente chiuso ai visitatori ad eccezione della parte museale, è una delle destinazioni religiose più popolari legate alla vita di Papa Giovanni Paolo II. Tra il 1958 e il 1978 il palazzo fu la residenza del cardinale Karol Wojtyła, che nell'ottobre 1978 divenne il primo Papa slavo nella storia con il nome di Giovanni Paolo II. Wojtyła aveva vissuto per la prima volta nel complesso durante la seconda guerra mondiale, quando era uno studente del seminario clandestino dell'Arcidiocesi di Cracovia diretto dal cardinale Adam Stefan Sapieha durante l'occupazione nazista della Polonia. Dopo una retata nazista del 6 agosto 1944 di migliaia di uomini e ragazzi di Cracovia, e alla quale Wojtyła sfuggì, Sapieha insistette perché gli studenti del seminario rimanessero nel Palazzo vescovile finché i tedeschi non avessero lasciato la città. Nello stesso palazzo, subito dopo la fine della guerra, Wojtyła fu ordinato sacerdote da Sapieha il 1 novembre 1946.