Nachdem Frankreich am 20. April 1792 Österreich den Krieg erklärt hatte, musste sich Vidocq während des ersten Koalitionskrieges oft an Kämpfen beteiligen. So nahm er im September 1792 an der Schlacht bei Valmy teil und wurde am 1. November zum Caporal der Grenadiere befördert. Während der Feier zum Anlass seiner Beförderung forderte er einen höheren Offizier zu einem Duell heraus. Als man ihn dafür vor das Kriegsgericht stellen wollte, desertierte er von seinem Regiment und wechselte zu den 11e bataillon de chasseurs (Jäger zu Fuß), natürlich ohne seine Vorgeschichte zu erwähnen. Am 6. November 1792 kämpfte er unter Général Dumouriez in der für die Franzosen erfolgreichen Schlacht bei Jemappes gegen die Österreicher. Im April 1793 wurde er jedoch als Deserteur identifiziert und folgte daraufhin dem General bei dessen Wechsel ins feindliche Lager. Nach einigen Wochen kehrte Vidocq ins französische Lager zurück, da er sich aus Beteiligungen an Kampfhandlungen gegen seine Landsleute nicht mehr herauszureden vermochte. Ein befreundeter Jäger Capitaine vermittelte für ihn, woraufhin er wieder bei den Jägern aufgenommen wurde. Schließlich trat er aus der Armee aus, nachdem er bei seinen Kameraden nicht mehr gern gesehen war.