Naziler Berlinli Yahudileri toplumdan soyutlayıp toplama kamplarına gönderdi, birkaç yıl sonra da katlettiler. 1933'te başkentte 160.000 Yahudi yaşıyordu. 1938'de Kristal Gece olarak bilinen geceden sonra Yahudilere yapılan saldırı ve tacizler artarak devam etti. II. Dünya Savaşı'nda Berlin yoğun bombardımana tutuldu ve Berlin'deki evler ve yapılar hasar görüp yıkıldı. Eğer Hitler savaşı kazansaydı Berlin'i Büyük Alman İmparatorluğu'nun başkenti yapmayı ve adını Germania olarak değiştirmeyi planlıyordu.