Però quando Enrico IV morì, l'11 dicembre del 1474, Giovanna rientrò in Castiglia per sostenere la figlia, Giovanna detta la "Beltraneja", legittima erede del trono, contro Isabella, i cui sostenitori non avevano cambiato idea e ritenevano legittima la successione di Isabella. Puntualmente tra i due partiti scoppiò una guerra civile.