军区的详细设立日期仍然是谜，但与其他几个的初始设立的军区相似，安纳托利亚军区也是因雅尔穆克战役之后，撤退的东罗马野战军的残余部队驻扎在此而设立。安纳托利亚军区也正由过去三大野战军（阿非利加，意大利和亚美尼亚）之一的东方野战军（希腊语：，Anatolē，即“东方”）而命名。在669年，该军区被第一次证实存在，与当地的军队一起被提及（Exercitus Orientalis，即东方野战军的拉丁语名字）。而当地所驻扎的部队之后在687年演化成查士丁尼二世的御林军。