הצי הארגנטינאי נטל חלק במהפכות הצבאיות במהלך המאה ה-20. בתקופת המשטר הצבאי בארגנטינה השתתפו קצינים וחיילים של הצי במלחמה המלוכלכת, בה נחטפו אלפי אזרחים ארגנטינאיים, עונו ונרצחו על ידי הכוחות הצבאיים של חונטה הצבאית השלטת. בית הספר למכניקה של הצי, שנודע בראשי התיבות ESMA (Escuela de Mecánica de la Armada) היה אחד המרכזים הידועים בהם עונו הנחטפים. במהלך תקופה זו תמכו ראשי הצי בפתרון צבאי לסכסוכים הטריטוריאליים שבהם הייתה נתונה ארגנטינה מזה שנים רבות: הסכסוך עם צ'ילה על האיים בתעלת ביגל, והסכסוך המתמשך עם בריטניה על השליטה באיי מלווינס, איי פוקלנד בפי הבריטים.