La fase classificatòria del Mundial de 1990 va ser, probablement, la pitjor de la història del petit país balcànic, ja que va perdre els sis partits que va disputar. La fase de classificació del Mundial de 2002 no va ser massa millor, tot i que van aconseguir derrotar per 2-0 a Grècia. En la classificació per l'Eurocopa 2004 Albània si que aconseguí generar certa expectació, ja que van derrotar la selecció russa per 3–1 a l'estadi Loro Boriçi. El partit va veure també el debut del seleccionador alemany Hans-Peter Briegel, que va conduir al conjunt albanès a encadenar una ratxa de partits guanyats a casa. Tot i així, Albània va acabar amb només 8 punts i en penúltima posició. En la classificació per la Copa del Món de 2006 Albània va aconseguir uns resultats més positius, derrotant Grècia dos mesos després que aquesta es proclamés vencedora de l'Eurocopa de 2004 al derrotar la selecció portuguesa a Portugal. La selecció balcànica va guanyar als hel·lens per 2-1, marcant els seus gols els minuts 2 i 11 de partit.