Napoleone Bonaparte, all'inizio delle sue campagne, domandò al ministro di guerra chi fosse il creatore delle ambulanze volanti, volendo al proprio servizio un tale uomo per recare vantaggi alla sua armata. Il chirurgo quindi tornò al servizio medico attivo, partendo il 1º maggio 1797 verso l'Italia dove trovò la campagna militare quasi terminata: Napoleone stava infatti firmando la pace preliminare a Leoben. Dopo aver visitato le provincie conquistate, Larrey ispezionò gli ospedali e istituì in diverse città scuole di chirurgia; pose rimedio a una epizoozia che devastava le campagne del Friuli; organizzò le ambulanze e formò una legione di 340 individui ripartita in tre divisioni, ciascuna dotata di 12 vetture. Napoleone fu così soddisfatto dell'organizzazione del servizio sanitario in Lombardia e Veneto, che comprendeva anche l'insegnamento medico e l'introduzione di misure sanitarie per combattere le epidemie, che ebbe a dire: