As forças de esquerda que se decidem pela oposição belicosa contra o governo formam a Frente Farabundo Martí de Libertação Nacional (FMLN). Durante a década de 80, e com Schafik Handal em seu comando, a FMLN realizou extensivas operações de guerrilha, de modo a controlar territórios do país e derrubar o governo central, que era apoiado pelos Estados Unidos. O conflito se tornou, na prática, uma guerra civil, que, durante 12 anos, levou à morte de 75.000 salvadorenhos.