Ende März 1941 wurde der Stab, die I. und III. Gruppe des Geschwaders zur Luftflotte 4 verlegt und nahm im Rahmen des VIII. Fliegerkorps am Balkanfeldzug teil. Zu Beginn waren der Stab und die zwei Gruppen in Wien-Zwölfaxing () stationiert. Von hier aus nahmen sie am 6. April am Luftangriff auf Belgrad teil, bei dem mindestens 2271 Menschen ums Leben kamen. Im weiteren Feldzugsverlauf unterstützte es die vorgehenden Heeresverbände und später die Eroberung der Insel Kreta aus der Luft. Während des Balkaneinsatzes wurden 18 Flugzeuge zerstört und 37 Geschwaderangehörige getötet.