L'abitato venne fondato da Benigno Bustamante nel 1867. Con un trattato del 1922 il Perù cedette l'area di Leticia alla Colombia in cambio di una striscia di terra a nord del Putumayo. Solo dieci anni dopo però, la zona fu oggetto di una disputa territoriale tra i due Stati che sfociò in una guerra svoltasi tra il 1932 e il 1933. Il conflitto si risolse nel 1934 col ritorno allo "status quo ante bellum", grazie anche all'intervento della Società delle Nazioni.