Étant à l'étranger en il échappe à un assassinat commandité par le gouvernement salvadorien de l'époque qui coûte la vie à six de ses compagnons jésuites (): le philosophe et théologien Ignacio Ellacuria, le philosophe et sociologue Segundo Montes, Juan Ramón Moreno, le philosophe et psycho-sociologue Ignacio Martin Baro, Amando López et Joaquín López y López. Leur cuisinière Elba Ramos et sa fille Celina Ramos, sont tout aussi sauvagement assassinées. Un groupe para-militaire d'extrême droite en est l'auteur. Les jésuites étaient visés car leur compétence intellectuelle reconnue internationalement et leur influence à l'université donnait un poids considérable à leurs prises de positions dans la guerre civile salvadorienne et leur implication auprès des victimes civiles de cette guerre. Cette proximité avec les exactions commises pendant la guerre civile le pousse à se placer davantage encore du côté des victimes.