Свой первый матч за сборную Болгарии сыграл в 1995 году в матче со сборной Узбекистана. Кирилов сыграл 51 игру за национальную сборную с 1998 по 2006 годы. Он был в составе команды на Чемпионате Мира 1998 года и на Чемпионате Европы по футболу 2004 года.