In Messico Hernández ha militato nel Querétaro FC, nel Cruz Azul, nel CF Monterrey, Necaxa, nel Club América, nel Tigres UANL, nel CD Veracruz e nel Jaguares de Chiapas. Ha vinto il titolo di miglior giocatore del Messico nel 1997 e 1998. Ha militato anche nella squadra argentina del Boca Juniors dopo la Copa América 1997, ma non è riuscito ad essere tra i titolari.