La stagione ha un avvio positivo: Trulli conquista infatti il terzo posto nell'inaugurale Gran Premio d'Australia, dopo essere stato retrocesso in fondo alla griglia di partenza per un'irregolarità della sua Toyota. Al termine della gara, l'abruzzese viene penalizzato di 25 secondi per aver superato Lewis Hamilton in regime di safety car, venendo così retrocesso alla 13ª posizione, salvo poi una revisione del giudizio da parte dei commissari FIA e la conseguente restituzione del terzo posto a Trulli. La stagione prosegue in modo positivo al Gran Premio della Malesia: qui Trulli si qualifica secondo in prova e conclude la gara al quarto posto, alle spalle del compagno di squadra Timo Glock. Inoltre, il 25 aprile 2009, al Gran Premio del Bahrain conquista la pole position, dedicandola ai suoi corregionali abruzzesi colpiti dal terremoto; otterrà un altro terzo posto dopo la gara. Tornerà sul podio a Suzuka, nel Gran Premio del Giappone dove, dopo un secondo posto in qualifica, mantiene la posizione ottenendo il secondo posto sul podio.