Хаусер участва в Полската кампания като наблюдател със смесената Вермахт/СС танкова дивизия "Кемпф". През октомври 1939 г. SS-VT е разширена до моторизирана пехотна дивизия, а Хаусер е назначен за неин командир. Той ръководи тази част, по-късно преименувана на 2-ра СС дивизия "Дас Райх", по време на кампанията във Франция през 1940 г. и в началните етапи на Операция Барбароса. За службата си в Русия Хаусер е награден с Рицарски кръст през 1941 г. и дъбови листа към него през 1943 г. (трябвало е да получи мечове за службата си в Нормандия), ранен е тежко и губи око. След като се възстановява е назначен за командир на новосформирания СС танков корпус (преименуван по-късно на 2-ри СС танков корпус през юни 1943 г.). Въпреки заповедта на Хитлер той изтегля своята част от Харков, за да избегне обкръжение. След това превзема отново града през март 1943 г. Той води 1-ва, 2-ра и 3-та СС дивизии ("ЛССАХ", "Дас Райх" и "Мъртвешка глава") по време на битката при Курск. След това неговият корпус е реформиран (заменени са 1-ва, 2-ра и 3-та СС танкови дивизии с 9-а и 10-а СС танкова дивизия – "Хоенщауфен" и "Фрундсберг") и е изпратен във Франция, където го командва в началните етапи на битката за Нормандия. След смъртта на главнокомандващия на 7-а армия, Фридрих Долман, Хаусер е назначен за неин командир. По време на обкръжението във Фалезкия чувал той остава със своите войници докато е ранен (прострелян през челюста). Хаусер е повишен до ранг СС-Оберстгрупенфюрер или генерал-полковник от Вафен-СС през август 1944 г. и впоследствие командва Група армии „Г“ от 28 януари до 3 април 1945 г. Завършва войната като част от щаба на фелдмаршал Алберт Кеселринг.