La temporada 2012-13 resultó decepcionante a nivel de equipo pero fue la mejor a nivel individual para Álvaro Negredo. En plena madurez como futbolista se convirtió en capitán de la plantilla, y volvió a conquistar por segunda vez el Trofeo Zarra, esta vez con la cifra de 25 goles, a los que habría que sumar los 6 conseguidos en Copa, competición en la que se alcanzaron las semifinales. En liga el equipo terminó de nuevo en un 9.º puesto pero que clasificaba al Sevilla para la Europa League al sancionar la UEFA a Málaga y Rayo que habían quedado por delante. Esta clasificación no se confirmó hasta la última jornada, el 1 de junio de 2013, día en el que Álvaro Negredo se despedía del Sánchez Pizjuán marcando los 4 goles de la victoria 4-3 frente a un Valencia que también necesitaba la victoria para entrar en la Champions League.