Bautista w reprezentacji Meksyku zadebiutował 19 stycznia 2002 w wygranym 1:0 spotkaniu z Salwadorem w rozgrywkach Złotego Pucharu CONCACAF. Pierwszą bramkę strzelił 21 stycznia 2002 roku, w wygranym 3:1 meczu przeciwko Gwatemali. Był powołany na Copa América 2004 i 2007, gdzie jego zespół zajął trzecie miejsce oraz na Złoty Puchar CONCACAF 2002 i 2007, gdzie jego zespół zajął drugie miejsce. Wystąpił także na Mundialu 2010 w RPA, gdzie Meksyk dotarł do 1/8 finału.