Anthony Stewart est repêché au total lors du repêchage de 2003 de la Ligue nationale de hockey par les Panthers de la Floride lors de son passage avec les Frontenacs de Kingston. Il devient capitaine de son équipe junior lors de ses deux dernières saisons, soit de 2003 à 2005. Il participe avec l'équipe LHO au Défi ADT Canada-Russie en 2003 et 2004.