Trefousse wurde 1921 in der Weimarer Republik als Kind einer jüdischen Familie geboren. 1936 floh die Familie vor der Judenverfolgung im Dritten Reich in die Vereinigten Staaten. Nachdem er 1942 als Mitglied von Phi Beta Kappa am City College of New York einen Bachelor erworben hatte, meldete er sich freiwillig zur US Army. Er nahm am Zweiten Weltkrieg als Vernehmungsoffizier teil und verhörte an der deutschen Westfront