Nella prima parte stagione 2002-2003 Małysz ottenne vari piazzamenti a podio, ma nessuna vittoria; ai Mondiali della Val di Fiemme, sui trampolini Giuseppe Dal Ben di Predazzo, si laureò campione del mondo in entrambe le gare individuali, K90 e K120. Con una rimonta nel finale della stagione riuscì a vincere anche la Coppa del Mondo, per il terzo anno consecutivo, primo saltatore ad aver vinto il trofeo per tre volte di seguito.