Sus éxitos iniciales fueron neutralizados por los reveses en la Batalla de Abensberg, en la Batalla de Landshut y en la Batalla de Eckmuhl, pero tras la evacuación de Viena, el Archiduque venció en la Batalla de Aspern-Essling, y a continuación luchó en la Batalla de Wagram, más desesperada aún, al final de la cual los austriacos habían sido derrotados, pero no expulsados. Infligió a Napoleón unas pérdidas de unos 50.000 hombres en las dos batallas. Al final de la campaña, el Archiduque puso a disposición de la corona todos sus cargos militares.