Nach seiner Ankunft in New York City wurde er von seinen dort lebenden irischen Landsleuten herzlich aufgenommen. Dann studierte er Jura und wurde 1855 als Rechtsanwalt zugelassen. Außerdem wurde er journalistisch tätig. Er gründete eine Zeitung mit dem Namen "Irish News", die vor allem seine gleich gesinnten Landsleute in den USA ansprechen sollte. Der Bürgerkrieg teilte auch die irische Kolonie in den USA in zwei Lager. Während sich viele Iren den Südstaaten anschlossen, gab es auch eine Gruppe, zu der Meagher gehörte, die sich für die Union entschieden. Meagher trat in die US Army ein und führte seit April 1861 das 69. New Yorker Miliz Regiment. Er diente als Stabsoffizier in der Schlacht am Bull Run, bevor er am 3. August 1861 das Kommando über die 2. („Irish“) Brigade erhielt und die er im Winter für den Halbinsel-Feldzug organisierte. Am 3. Februar 1862 wurde er Brigadegeneral und führte seine Brigade im Rahmen der Division Sumner bei der Potomac-Armee. Seine Truppen kämpften bei Seven Pines und während der Sieben Tage Schlacht. Im Herbst 1862 kämpfte er in der Schlacht bei Antietam und von Fredericksburg. Während der letzten Kriegsjahre wurde er aber im Westen der USA außerhalb des eigentlichen Kampfgebiets eingesetzt. Nach dem Krieg wurde er zum Staatssekretär im Montana-Territorium ernannt.