Danilo tuli vaihdosta kentälle Real Madridin voittoisassa Mestarien liigan loppuottelussa 2016. Realin päävalmentaja Zinédine Zidane ei antanut Danilolle paljoakaan peliaikaa kaudella 2016–2017. Jos ei oteta huomioon Primera Divisiónin ratkaisevaa päätöskierrosta ja Copa del Reyn puolivälieriä, Danilo jäi vaihtopenkille UEFA Super Cupissa sekä Mestarien liigan ja seurajoukkueiden MM-kilpailujen loppuottelussa. Sivumennen sanottuna kausi oli Real Madridin seurahistorian menestyksekkäin. Joukkue voitti yhteensä neljä pokaalia Mestarien liigasta, Primera Divisiónista, MM-kilpailuista ja UEFA Super Cupista.