שוקוטה ערך את הופעת הבכורה שלו במדי נבחרת קרואטיה במשחק קריטי עבור הנבחרת, משחק הגומלין בפלייאוף ההעפלה במוקדמות יורו 2004. לאחר שוויון 1-1 בבית, התארחה קרואטיה אצל , כאשר שוקוטה רושם בכורה בהרכב של אוטו באריץ', והיה ליחיד באותו המשחק שעורך הופעת בכורה. את המשחק ניצחה קרואטיה 1-0, והעפילה לטורניר הגמר. בהופעתו השנייה במדי הנבחרת, במשחק ידידות מול , כבש שוקוטה את שער הבכורה שלו כבר לאחר שתי דקות, ועשר דקות לאחר מכן סיים את דרכו במשחק והוחלף על ידי איוויצה אוליץ'.