У 2004 році Руні в складі збірної Англії взяв участь в чемпіонаті Європи в Португалії. 17 червня 2004 року Вейн став наймолодшим автором гола в історії фінальних турнірів чемпіонату Європи, зробивши «дубль» у матчі проти збірної Швейцарії. Проте, вже через чотири дні швейцарець Йоган Фонлантен побив цей рекорд, забивши гол у ворота збірної Франції. У першому таймі чвертьфінального матчу проти збірної Португалії Руні зазнав травми і змушений був залишити поле, а Англія програла цю зустріч за пенальті.