Jacques Santini, qui prend la relève de Lemerre, ne le convoque qu'une seule fois : pour un match amical contre les Pays-Bas en . Micoud réalise alors une bonne saison 2003-2004 avec le Werder Brême mais les Bleus réalisent le grand chelem en éliminatoires de l'Euro 2004 sans lui. Santini estime que Ludovic Giuly, Sidney Govou ou encore Pirès sont devant lui au poste de milieu offensif. Six mois avant ce match, Johan Micoud émet des doutes sur l'intégrité du staff tricolore. Malgré ce retour en sélection, Johan n'est pas dans les 23 appelés pour l'Euro portugais.