W czasie wojny sześciodniowej dowodził siłami broniącymi Wschodniej Jerozolimy, ponosząc klęskę. Mimo to pozostał na dotychczasowym stanowisku do 1970. W wymienionym roku siły jordańskie pod jego dowództwem wsparły oddziały palestyńskiego Al-Fatahu w bitwie pod Karamą. Podczas Czarnego Września brał udział w walkach ze zbrojnymi organizacjami palestyńskimi, zakończonych całkowitym rozbiciem ich oddziałów lub ich wyparciem poza granice Jordanii. Dwa lata po Czarnym Wrześniu Zajd ibn Szakir został szefem sztabu jordańskich sił zbrojnych.