Unkarin vallankumouksen aikaisissa pommituksissa 12. kesäkuuta 1849 kirkko kärsi voimakkaasti, se sytytettiin tuleen ja kellotapuli tuhoutui kokonaan. Myöhemmin seuranneessa uudelleenrakennuksessa alkuperäistä kellotapulia ei koskaan palautettu. Novi Sadin katoliset olivat tyytymättömiä kirkkonsa rekonstroituun ulkomuotoon, joten he tekivät kaupungin kokouksessa aloitteen kuninkaallisen vapaakaupungin tittelikohtaisemman basilikan rakentamiseksi. Vuonna 1891 päätettiin purkaa entinen kirkko ja rakentaa samalle paikalle täysin uusi kirkko. Suunnitelman teki tuolloin kokenein arkkitehti György Molnár jo vuonna 1892 ja hän ei ollut pyytänyt mitään aineellista korvausta siitä laaja-alaisesta työstään. Samana vuonna vanha kirkko purettiin ja rakennus- ja muuraustyöt suoritettiin mestarien Stefan Gusekin ja Karl Lehrerin toimesta ja Molnárin valvonnassa marraskuuhun v. 1893 mennessä. Vuonna 1894 lokakuussa kellotornin huipulle pystytettiin vihitty kultainen risti.