Pierre Bonaparte osallistui vuonna 1831 Romagnan kapinaan ja sen jälkeen Amerikassa Kolumbian sisäiseen konfliktiin. Palattuaan Italiaan hänet vangittiin poliisin taposta, mutta tuomio lievennettiin armahduksella maastakarkotukseksi. Ranskassa hänet valittiin helmikuun vallankumouksen jälkeen 1848 kansalliskokoukseen Korsikan edustajana, jolloin hän julistautui tasavaltalaiseksi. Serkkunsa Louis-Napoleon Bonaparten kaapattua vallan joulukuussa 1851 hän kuitenkin teki sovinnon tämän kanssa. Pierrestä tuli prinssi toisessa keisarikunnassa, ja hän sai suuren eläkkeen, mutta tasavaltalaiset hylkäsivät hänet, eikä keisariserkku luottanut häneen hänen menneisyytensä vuoksi. Hänellä ei ollut merkittävää vaikutusvaltaa keisarikunnan aikana.