Pierwsze sukcesy w karierze Yvonne Nauta osiągnęła w 2009 roku, kiedy podczas mistrzostw świata juniorów w Zakopanem zdobyła cztery medale. W biegu drużynowym i na 3000 m zajmowała pierwsze miejsce, a w wieloboju i na dystansie 1500 m była druga. Na rozgrywanych rok później mistrzostwach świata juniorów w Moskwie zwyciężyła w biegu drużynowym, a na 3000 m była druga. Pierwszy medal w kategorii seniorek zdobyła w 2014 roku, zajmując drugie miejsce na wielobojowych mistrzostwach Europy w Hamar, przegrywając tylko ze swą rodaczką, Ireen Wüst. Miesiąc później wywalczyła brązowy medal na wielobojowych mistrzostwach świata w Heerenveen. W zawodach tych wyprzedziły ją Ireen Wüst oraz Rosjanka Olga Graf. W 2014 roku wzięła również udział w Zimowych Igrzyskach Olimpijskich w Soczi, zajmując szóste miejsce na dystansie 5000 m.. Kilkakrotnie stawała na podium zawodów Pucharu Świata, ale nie odniosła zwycięstwa. Najlepsze wyniki osiągnęła w &lt;a href="Puchar%20%C5%9Awiata%20w%20%C5%82y%C5%BCwiarstwie%20szybkim%202013/2014"&gt;sezonie 2013/2014&lt;/a&gt;, kiedy zajęła trzecie miejsce w klasyfikacji końcowej 3000/5000 m.