Oriunda do seio da família real portuguesa, sendo bisneta de D. Luís, Príncipe de Portugal e Duque de Beja, filho do rei D. Manuel I de Portugal, após a crise sucessória de 1580 e a auto-proclamação ao trono pelo seu avô D. António de Portugal, Prior do Crato, seguindo-se a consequente perda do título apenas um mês depois na Batalha de Alcântara para Filipe II de Espanha, em 1580 o seu pai, D. Manuel, então príncipe de Portugal, partiu em busca de exílio para França e posteriormente para a República das Sete Províncias Unidas dos Países Baixos, onde se casou em segredo com a princesa Emília de Orange, a 17 de novembro de 1597, em Haia. Fruto desse evento, não aprovando a união secreta de sua irmã com o aristocrata português, Maurício, Príncipe de Orange, baniu a sua irmã da corte durante dez anos, obrigando o recém-casado casal a viver em Delft e Roterdão durante os primeiros anos do seu casamento.