У последњем мечу доигравања у квалификацијама за Европско првенство 2020. против Грузије Пандев је постигао одлучујући гол и тако први пут одвео Северну Македонију на неко велико такмичење. Касније је на самом првенству постао први стрелац репрезентације на Европском првенству на утакмици против Аустрије коју је Северна Македонија изгубила са 3:1. На тај начин је и постао други најстарији стрелац у историји турнира после Ивице Вастића.