В августе 1789 года он был назначен командующим стоявшей в Копенгагене российской эскадрой. В мае следующего года отличился во время сражения у Красной Горки, командуя кораблем «Св. Иоанн Богослов». Но вслед за тем за неисполнение некоторых приказаний эскадренного командира, был предан суду, тянувшемуся почти пять лет. И только 17 марта 1795 года после встречи Одинцова с Екатериной II был помилован, «во уважение прежней его беспорочной и засвидетельствованной храбрости», которую он проявил во время сражения со шведским флотом 23 мая 1790 года.