В 1796—1797 и 1799 годах находился в походах в Италии и отличился в сражениях при Дего (был ранен) и Арколе, за последнее дело был назначен командиром батальона и произведён в полковники. 28 апреля 1799 года был захвачен в плен войсками Суворова и впоследствии после обмена пленными вернулся во Францию. Себастьяни был активным участником переворота 18 брюмера. Затем он сражался при Маренго.