Während der Novemberpogrome vom 9. auf den 10. November 1938 wurde auch diese Synagoge im Morgengrauen des 10. Novembers durch Brandlegung zerstört (das dahinter stehende Gemeindehaus blieb unbeschädigt). Nur eine der 93 Synagogen Wiens überstand diese Tage, wenn auch mit schweren Beschädigungen: der 1963 wieder eröffnete Stadttempel im 1. Bezirk. Am 1. Dezember 1939 erging an die Israelitische Kultusgemeinde per Bescheid die Genehmigung, die Ruine des Turnertempels abzutragen; als Frist wurde 1941 gesetzt und auch eingehalten.