苏俄内战爆发后，各地爆发了反布尔什维克的起义，并重启了战斗组织重新开始针对布尔什维克的恐怖活动。社会革命党支持反布尔什维克的一方，并加入了各种反布尔什维克的政府。但其报纸仍然公开在莫斯科发行。1918年6月14日，因社会革命党与反革命勾结被从全俄中央执行委员会清除出去。但是在党内，针对布尔什维克的态度又发生了分歧。1918年12月5日在乌法的中央委员曾通过允许党员参加苏维埃活动的决议，但是此决议又在1918年12月10日被社会革命党中央委员会会议推翻，但是社会革命党中央又在1919年2月认为武装反对苏维埃是不合法的，认为应该全力对抗帝国主义的干涉。1919年2月25日全俄中央执行委员会决定依据社会革命党1919决议，愿意接受转变了立场的社会革命党在苏维埃内任职。但是在地方上，全俄肃反委员会依然对社会革命党人进行全力的打压。1920年末，一些社会革命党人还参加了第八届全俄苏维埃代表大会。1921年3月发生了喀琅施塔得起义，提出了打倒布尔什维克的口号。列宁指责社会革命党与孟什维克鼓动了喀琅施塔得起义，对其活动做了十分严格限制。1923年3月社会革命党在莫斯科召开代表大会，宣布该党解散。列宁执政末期主张依法审判社会革命党人，但实际上大部分社会革命党领导人遭到长期监禁，直到列宁的继任者斯大林在1936年发起大清洗后才遭到处决。