1936-ban a Harmadik Birodalom újjászervezett Haditengerészetében "(Kriegsmarine)" a személyzeti főhivatal vezetője lett. 1937-ben a torpedónaszád-flotta parancsnoka "(Führer der Torpedoboote)" lett, október 1-jén ellentengernagyi "(Konteradmiral)" rangot kapott. Nem lépett be a nácipártba, továbbra is az egykori Weimari Köztársaság Birodalmi Flottájának tiszti dísztőrét viselte, horogkeresztes jelvény nélkül. 1938 novemberében Lütjens egyike volt annak a három német kötelékparancsnoknak "(Flaggoffizier)", akik írásban tiltakoztak a „Kristályéjszaka” "(Reichskristallnacht)" néven elhíresült novemberi pogromokban elkövetett atrocitások ellen.