En 1985, la synagogue est une première fois touchée par une attaque lorsqu'un soldat tunisien chargé de maintenir l'ordre ouvre le feu dans l'enceinte de la synagogue de la Ghriba et tue cinq personnes, dont quatre Juifs. Le 11 avril 2002, un attentat terroriste touche l'édifice, déclenché c'est un Franco-Tunisien de 25 ans lié au réseau terroriste Al-Qaïda qui perpètre au volant d'un camion-citerne un attentat meurtrier qui fait 21 victimes.