Nach einem Studium für Allgemeinmedizin an der Karls-Universität Prag begann Sobotka seine berufliche Laufbahn in der chirurgischen Abteilung des Krankenhauses im nordböhmischen Liberec, von wo er dann nach zwei Jahren in die Röntgenabteilung wechselte. Dort verbrachte er den Rest seines Berufslebens. Während der Samtenen Revolution ab Ende 1989 begann er sich in Liberec für das Bürgerforum zu engagieren, aus dem dann die national-konservative und wirtschaftsliberale Partei ODS ("Demokratische Bürgerpartei") hervorging, der er angehört. Von 1990 bis 1996 war er im Stadtrat von Liberec.