Когда Литва была в июне 1940 года, Аукштуолис вместе с другими высокопоставленными лицами встречал в аэропорту Каунаса Владимира Деканозова, заместителя Вячеслава Молотова. Он остался в Литве, хотя его жена бежала в Аргентину. Аукштуолис также использовал свои дипломатические контакты, чтобы помочь Мартину Ичасу перебраться в Берлин. Сам же он потерял работу в министерстве, но по рекомендации Юстаса Палецкиса (они вместе работали в литовском посольстве в Риге) получил работу преподавателя русского языка в в Паневежисе. Он был одним из 17 500 литовцев, принудительно отправленных в Сибирь во время Июньской депортации 1941 года. Вместе с несколькими другими видными литовцами, включая бывшего президента Александраса Стульгинскиса и министра Стасиса Шилингаса, Аукштуолис оказался в Краслаге в Красноярском крае. В 1942 году он и ещё 16 литовцев были вновь арестованы и обвинены в антисоветской деятельности. НКВД требовал вынести им смертный приговор, но окончательный приговор в 25 лет заключения был объявлен только в феврале 1952 года — почти через три года после смерти Аукштуолиса от туберкулёза и недоедания в Дубравлаге.