В марте 1937 года Кюршнер приехал в Бразилию, где месяцем позже стал главным тренером «Фламенго». В этой команде он модернизировал чепменовскую систему игры 2-3-5 на 3-2-2-3, которая была успешно использована главным тренером сборной Бразилии Адемаром Пиментой на чемпионате мира, где бразильцы стали бронзовыми призёрами. Этот период в работе Изидора был характерен критикой со стороны помощника главного тренера Флавио Косты и ряда игроков, которые не хотели видеть европейца своим наставником. Сам тренер был уволен после поражения клуба от «Васко да Гамы» 4 сентября 1938 года. В 1939 году Изидор возглавил «Ботафого», которым руководил один сезон. Тогда же он заболел некой вирусной инфекцией, вследствие которой скончался в 1941 году. Похоронен на кладбище Святого Иоанна Крестителя в Рио-де-Жанейро.