בשנת 1990 הוא הודח ברבע הגמר של אליפות העולם בשחמט על ידי ג'ונתן ספילמן. ב-1993 הוא העפיל לגמר תוך ניצחון על אנטולי קרפוב ויאן טימן. בעקבות סכסוך עם נשיא פיד"ה שורט וקספרוב פרשו מהארגון, ונערך דו-קרב בין השניים מחוץ למסגרת פיד"ה. נייג'ל שורט הפסיד בדו-קרב וגארי קספרוב המשיך להיות אלוף העולם. באליפות העולם 1995 הוא הודח בחצי הגמר על ידי גטה קמסקי.