Shawn Thornton valdes som 190:e spelare totalt av Toronto Maple Leafs i 1997 års NHL-draft. Han representerade dock aldrig Maple Leafs utan gjorde istället debut i NHL för Blackhawks säsongen 2002–2003. Han hoppade mellan NHL och AHL tills säsongen 2006–2007 då han fick en mer permanent NHL-plats med Ducks.