W kwietniu 1863 znalazł się w szeregach powstańczych. Jako "Chościakiewicz" dowodził jednym z oddziałów w wyprawie Zygmunta Jordana 20 czerwca na Komorów. Rozkazem dziennym Rządu Narodowego z 22 siwerpnia 1863 mianowany został majorem. W lutym 1864 przebywał w Rzymie, a następnie zwiedzał Hiszpanię. W połowie lat 70. XIX wieku ojciec zaś oddał mu majątek Wójczę. Zatrzymał obywatelstwo austriackie i gdy ojciec w 1881 wycofał się z Sejmu Krajowego Galicji, Jan został wybrany posłem na jego miejsce, z kurii wielkiej własności okręgu krakowskiego w V kadencji Sejmu. Zsiadał w komisji lustracyjnej, co roku odwiedzał utrzymywane z funduszów krajowych szpitale i zakłady opieki społecznej. W Sejmie był bezkompromisowym konserwatystą. Był przeciwko samorządowi miejskiemu mniejszych żydowskich miasteczek, przymusowi szkolnemu, przeciwko zwiększeniu obciążeń podatkowych, natomiast za zatrudnieniem zakonnic w ochronkach i szpitalach. Wystąpienia Popiele spotykały się z gwałtowną polemiką w Sejmie i poza nim, co też zniechęciło go do posłowania w następnej kadencji. Sprawozdania ze swojej działalności jako poseł drukował w Krakowie w 1883 i 1889 w broszurach "Do moich wyborców". W 1890 osiadł na stałe w Wójczy i zajął się gospodarowaniem w majątku. W czasie rewolucji 1905 związał się ze Stronnictwem Polityki Realnej, uważał, że jedyną szansą dla Polaków pod zaborem rosyjskim jest dojście do porozumienia z monarchą na wzór galicyjski. W 1908 stanął na czele pielgrzymki polskiej do Rzymu, w czasie której rozchorował się i już nie wrócił do pełni zdrowia. Pochowany został na cmentarzu w Biechowie.