Kort før krigen med Sverige fikk Hans Nansen atskillige klager fra borgerne og han måtte til slutt gi borgerne det de ville ha, noe som endte med at Nansen måtte betale 18.000 riksdaler til bedre forpleining, kloakker og lønn til de arbeiderne som ryddet veiene for ekskrementer. Under svenskekrigene ble Nansen en stor mann i København og fikk gjenreist borgernes tro på en dansk seier. Ved stormen på København lyktes det ham for første gang i hans liv å avfyre skudd med en pistol og han traff en svensk korporal i ryggen. Etter avslutningen på svenskekrigene og eneveldets begynnelse falt Hans Nansens ry, men han oppnådde allikevel å være borgermester til den dag han døde.