Bei der folgenden Weltmeisterschaften 2003 im Val di Fiemme gewann mit der schwedischen Staffel die Bronzemedaille. Zuvor hatte er bereits Rang neun über 30 km sowie jeweils Rang sieben über 15 km und in der Verfolgung erreicht. Am 16. März gewann er in Lahti zum vierten Mal einen Einzelweltcup. Auch in der Verfolgung von Falun lief er als Erster ins Ziel, bevor er an gleicher Stelle mit der Staffel den zweiten Weltcup-Sieg errang. Wenig später feierte Fredriksson nach weiteren guten Platzierungen seinen ersten und einzigen Gesamtweltcup-Sieg vor René Sommerfeldt und seinem Landsmann Jörgen Brink. Im Sprintweltcup den sein Bruder Thobias Fredriksson gewann, erreichte er Rang 30.