Alors que Bonaparte bute sur Mantoue, qu'il doit assiéger huit mois, les armées d'Allemagne, qui devaient mener le plus fort de la guerre, piétinent et leur progression, malgré quelques succès, est bien plus lente que prévu. En septembre-octobre 1796, Jourdan et Moreau doivent repasser le Rhin. Dans le même temps, les Autrichiens harcèlent Bonaparte autour de Mantoue, mais sont battus à Castiglione, Arcole puis Rivoli. Mantoue tombe finalement le 2 février 1797. Afin de porter la guerre sur le sol britannique, le Directoire tente une expédition d'Irlande sous les ordres de Lazare Hoche, expédition avortée fin décembre 1796.