1939年，第二次世界大战爆发，波兹南旋即被纳粹德国占领。在4年的占领期间，许多波兰居民被处决、逮捕、驱逐到波兰总督府控制区或被强迫劳动；与此同时，许多德国人和德意志裔人迁入这座城市。德意志人口从1939年的约5000人（约占居民总数的2%）增加到1944年的约95000人。