Poyet speelde 26 keer voor het Uruguayaans voetbalelftal. Onder leiding van bondscoach Luis Alberto Cubilla maakte hij zijn debuut op 13 juli 1993 in de vriendschappelijke uitwedstrijd tegen Peru (1-2). Hij moest in dat duel na 67 minuten plaatsmaken voor aanvaller Carlos Aguilera. Poyet won met Uruguay de Copa América 1995 in eigen land.