Libéré le , il s’installe en Tunisie, où le régime de Ben Ali vient d'être renversé. Il y fait venir des armes de Libye, alors en pleine guerre civile, pour armer les djihadistes tunisiens. Il planifie le meurtre de deux opposants politiques à Ennahdha afin de faire basculer dans le chaos la transition démocratique. L’avocat Chokri Belaïd est assassiné le devant chez lui. Le , Mohamed Brahmi est tué sous les yeux de sa famille. En , El Hakim quitte la Libye où il s’était réfugié, et retrouve la Syrie.