La stagione successiva sembra iniziare bene, ma dopo le prime due partite, la squadra perde di convinzione e lucidità, riuscendo a conquistare solo cinque punti in dieci giornate frutto di una sofferta vittoria col Bologna per 1-0, due pareggi, entrambi in casa (con l' per 1-1 e col per 2-2) e sei sconfitte. Torna alla vittoria in casa l'8 novembre battendo il Chievo, con un gol di Alberto Gilardino, ma dopo due giorni viene sollevato dall'incarico e sostituito da Davide Ballardini. Venne poi richiamato ad allenare la prima squadra con il suo staff il 15 febbraio 2016. L'8 marzo 2016 si dimise da allenatore del Palermo, per delle divergenze tecniche avute con il presidente Maurizio Zamparini; il patron dei rosanero stesso arrivò a definire l'allenatore con brutti epiteti come "deficiente" e "perdente". Successivamente, Iachini è stato sostituito da Walter Novellino, tecnico di cui era stato vice negli inizi del percorso di allenatore al Piacenza.