Durante la prima guerra balcanica Kılkış fu occupata dall'esercito bulgaro e ribattezzata Кукуш ("Kukuš"). Assieme alle truppe regolari di Sofia giunse una banda paramilitare della VMRO che costrinse i notabili musulmani della città a pagare ingenti somme di denaro e cedere le proprie ricchezze per avere salva la vita. Nei giorni seguenti un secondo gruppo di guerriglieri bulgari, ostili alla VMRO, occupò Kukuš e saccheggiò e incendiò le case dei musulmani. Come testimoniato da una missione cattolica francese, gli uomini furono bruciati vivi dentro le moschee, mentre le donne e i bambini furono massacrati. Con lo scoppio della seconda guerra balcanica, fu occupata dalle truppe elleniche il 4 luglio 1913 dopo una sanguinosa battaglia che vide il completo annientamento dei Bulgari che lasciarono sul terreno oltre 4.000 morti. Una volta conquistata, i Greci la distrussero e la incendiarono. In aggiunta a ciò la popolazione bulgara o slavo-macedone, che costituiva la maggioranza dei circa 13.000 abitanti, fu costretta ad abbandonare le proprie abitazioni ed espulsa. Kilkis, ormai ridotta ad un cumulo di rovine e svuotata della maggioranza dei suoi abitanti fu ripopolata dai rifugiati greci provenienti dai territori assegnati alla Bulgaria dal trattato di Bucarest, in particolare dalla cittadina di Strumica, situata nell'odierna Macedonia del Nord.