בשנת 1989 הוכרה ישראל כ"בעלת ברית עיקרית שאינה בנאט"ו", דבר שהעניק לה השתתפות בפרויקטים צבאיים אמריקאיים. בעקבות פריצת האינתיפאדה הראשונה בדצמבר 1987 יזמה ארצות הברית בפברואר-מרץ 1988 תוכנית שלום שנודעה כמסמך שולץ, תוכנית שלא הביאה להתקדמות מעשית. הכרזתו של אש"ף על הקמת מדינה פלסטינית בנובמבר 1988 הביאה לפתיחת דיאלוג בינו לבין ארצות הברית שהתקיים תוך התנגדות תקיפה של ישראל (הדיאלוג הופסק לאחר הפיגוע בניצנים ב-1990). בשנת 1989 הציעה ארצות הברית תוכנית שנודעה כ-4 הנקודות של בייקר (במאי) ואחר כך כ-5 הנקודות של בייקר (בספטמבר), תוכנית שלא התממשה. במקביל הסכימו ארצות הברית וישראל על עריכת בחירות בשטחים אולם הן לא התקיימו בשל מחלוקת על מזרח ירושלים שהתבטאה גם בהכרזתו של ג'ורג' הרברט ווקר בוש ב-3 במרץ 1990 כי מזרח ירושלים איננה חלק ממדינת ישראל. בעקבות פלישת עיראק לכווית העבירה ארצות הברית סוללות פטריוט לישראל. בפעם הראשונה לוו הסוללות בחיילים אמריקאיים שהגנו על שמי ישראל.