Alus osallistui myöhemmin "Zuikakun" kanssa Korallimeren taisteluun, jossa sen pommikoneet upottivat "USS Lexingtonin" ja vaurioittivat vakavasti "USS Yorktownia". Taistelussa "Shōkakuun" osui kolme pommia, jotka vaurioittivat alusta vakavasti. Alus oli lähellä upota paluumatkalla Japaniin kovien aallokoiden takia, mutta alus saapui Kureen 17. toukokuuta 1942. Aluksen vauriot korjattiin 10 päivässä, mutta alus ei korjaustöiden takia päässyt osallistumaan Midwayn taisteluun.