La question du terrorisme devint l'un des principaux enjeux de sécurité nationale sous la présidence de Clinton. Pendant la guerre d'Afghanistan, Oussama ben Laden avait fondé Al-Qaïda, une organisation militante sunnite. Ben Laden et les autres dirigeants d'Al-Qaïda méprisaient les valeurs occidentales et étaient particulièrement scandalisés par la présence de militaires américains en Arabie Saoudite. L'organisation prit de l'importance dans les années 1990 et commença à mener des actions terroristes au Moyen-Orient et ailleurs. Le groupe revendiqua l'attentat du World Trade Center de 1993, les attentats contre les ambassades américaines en Afrique et l'attentat contre l'USS "Cole" au large du Yémen. En guise de représailles, Clinton ordonna à l'aviation américaine de bombarder les bases d'Al-Qaïda en Afghanistan et au Soudan. Traqué par l'armée américaine et par la CIA, ben Laden parvint à se réfugier dans les montagnes afghanes.