W 1807 roku doszło do oblężenia Gdańska przez wojska Napoleona Bonapartego, ale mimo że twierdza nie została zdobyta, siły koalicji antyfrancuskiej poddały miasto. Przez następne sześć lat funkcjonowała w granicach Wolnego Miasta, aż do 1813 roku i kolejnego oblężenia Gdańska. Tym razem twierdza odpierała atak wojsk rosyjskich, lecz i tym razem pozostało niezdobyta. Po walkach toczących się przez prawie rok, francuski garnizon broniący murów miasta skapitulował, tym samym załoga twierdzy również musiała zakończyć działania obronne. Zwrot twierdzy Prusom nastąpił w wyniku postanowień kongresu wiedeńskiego (1814–1815).