Quando Hans Schemm morì dopo un incidente aereo, Boepple divenne ministro della cultura bavarese fino all'invasione della Polonia nel 1939. Nel 1940 prestò servizio nuovamente nell'esercito. Il 1 settembre 1941 fu nominato Segretario di Stato del Governatorato Generale nella Polonia occupata, ricoprendo il ruolo di vice del vicegovernatore Josef Bühler. Boepple era profondamente coinvolto nella soluzione finale come vice di Bühler e anche per il grado di SS-Oberführer nelle SS.