Baudin kehrte auf fremden Schiffen nach Europa zurück und verhandelte in Wien über eine weitere Ostindienfahrt, zu deren Finanzierung Kaiser Leopold II. aber erst nach erfolgtem Rücktransport von Scholl und dessen Ausbeute 40 000 Gulden beitragen wollte. Kurz bevor die dritte "Jardinière," eine Fregatte von 600 Tonnen und 20 Kanonen, mit Bredemeyer, van der Schots Sohn Joseph, einem Freiherrn von Andrian-Werburg sowie einigen k. k. Offizieren und Soldaten 1792 von Genua aus in See stach, starb der Kaiser, und der Erste Koalitionskrieg brach aus. Das Schiff lag darauf monatelang in Málaga fest. Nachdem sich Baudin erfolglos um eine Wiederaufnahme in die französische Kriegsmarine bemüht hatte, setzte er die Fahrt im Oktober fort. Während die Österreicher in die Heimat zurückkehrten, übernahm er das Sammeln von naturgeschichtlichem Material selber.