Jego pierwszy wiersz ukazał się w 1958, a w 1961 jego debiutancki tomik utrzymany w poetyce Jiřego Wolkera, "Kam letí nebe". Jednak od kolejnego tomiku, "Těšení" (1963), jego twórczość nabrała elementów groteski i sennych wizji. Szybko umocnił się na pozycji jednego z najważniejszych poetów swojego pokolenia. Od 1968 do czasu Aksamitnej Rewolucji stał się poetą zakazanym, mógł więc publikować jedynie na emigracji, lub w wydawnictwach podziemnych. W latach siedemdziesiątych i osiemdziesiątych przygotował wiele audycji radiowych z własnymi przekładami dzieł sławnych poetów z całego świata (w których często dawał wyraz swojemu upodobaniu do mistyfikacji, posługując się wielokrotnie utworami własnymi). W 1981–85, wraz z Václavem Vokolkiem, redagował samizdatowy przegląd literacki „Almanach”. Niektóre wiersze Wernischa zostały wykorzystane w utworach muzycznych opozycyjnego zespołu The Plastic People of the Universe. Wernisch tworzy także kolaże, którymi np. ilustrował publikacje Martina Reinera.