Con la nazionale greca Basinas ha esordito nel 1999, contro El Salvador, partita nella quale la Grecia si è imposta per 3-1. Basinas ne è diventato il rigorista insieme a Tsiartas e ha contribuito alla qualificazione della Nazionale greca per il vittorioso Campionato europeo 2004. Dopo il ritiro di Zagorakis Basinas ne è diventato il capitano e ha contribuito alla qualificazione della nazionale ellenica all'Europeo 2008 e al Mondiale 2010. Nella partita contro Israele ha totalizzato 100 presenze in nazionale, con 7 reti.