לנובוטני 48 הופעות בנבחרת גרמניה, בהן כבש שער אחד. נובוטני ייצג את גרמניה ביורו 2000 וביורו 2004, בשניהם לא צלחה הנבחרת הגרמנית את שלב הבתים, ובמונדיאל 2006 שנערך בגרמניה, אליו זומן עקב ניסיונו, על אף שלא שיחק שנתיים במדי הנבחרת. עם זאת, שימש בעיקר גיבוי מהספסל לפר מרטסאקר וכריסטוף מצלדר, ושיחק רק במשחק על המקום השלישי. את מונדיאל 2002, בו הפסידה נבחרתו במשחק הגמר לנבחרת ברזיל, החמיץ נובוטני בגין פציעה ארוכה.