L'annata seguente si apre con le vittorie della Supercoppa UEFA, grazie al successo per 2-1 ai tempi supplementari contro il , e della Supercoppa di Germania, in virtù del successo per 3-2 contro il Borussia Dortmund. L'11 febbraio 2021 la compagine tedesca vince per la seconda volta la Coppa del mondo per club, battendo per 1-0 il nella finale dello stadio dell'Education City di Doha e completando il "sextuple", impresa riuscita in precedenza solo al nel 2009. La stagione si chiude con un altro successo in campionato, il trentunesimo, mentre in UEFA Champions League i bavaresi si fermano ai quarti di finale; alla fine dell'annata Flick lascia la panchina dei bavaresi a Julian Nagelsmann.