El 3 de noviembre de 2013 es elegido, mediante proceso de primarias dentro del propio PA, candidato a la Junta de Andalucía para las Elecciones al Parlamento de Andalucía de 2015, por un resultado del 76'97% frente al otro candidato, Sergio Flores. Tras la disolución acordada del PA en septiembre de 2015, Antonio Jesús Ruiz se convertía en el último secretario general de la formación.