Vuonna 1578 nuori kuningas Sebastian I kuoli Ksar el-Kebirin taistelussa jättämättä perillisiä. Koska Espanjan Filip II oli portugalilaisen prinsessan poika, hänestä tuli Portugalinkin hallitsija nimellä Filip I 1580. Portugali säilytti aluksi omat lakinsa, rahansa ja hallituksensa. Kolmas espanjalainen kuningas, Filip III eli Espanjan Filip IV, yritti tehdä Portugalista Espanjan maakunnan. Tämän vuoksi Portugalin kuningassuvun jäsen Bragançan herttua julistettiin Portugalin kuninkaaksi 1. joulukuuta 1640 nimellä Juhana IV, ja Espanjaa vastaan käytiin perimyssota. Sen seurauksena Espanjan kuningas menetti Portugalin kuninkaan aseman ja Juhana IV nousi Portugalin uudeksi kuninkaaksi. Portugali menetti siirtomaitaan, kun britit veivät Intian ja Hollanti Indonesian. Vain siirtolaisten raivokas puolustus piti Brasilian Portugalilla hollantilaisten hyökkäyksistä huolimatta.