Senere fungerede Kœnig som de Frie Franskes delegerede ved den allierede overkommando SHAEF under general Dwight D. Eisenhower. I 1944 fik han kommandoen over de Frie Franske, som tog del i invasionen i Normandiet. Kœnig fungerede også som militær rådgiver for de Gaulle. I juni 1944 fik han kommandoen over Forces Françaises de l'Intérieur for at forene de forskellige Franske modstandsbevægelse|franske modstandsgrupper under de Gaulles kontrol. Under hans ledelse stoppede FFI indbyrdes stridigheder i Maquisen og koncentrerede sig om sabotage, som hjalp invasionshæren. FFI var vigtig på D-dag men blev af afgørende betydning i slaget om Normandiet og ved landgangen i Sydfrankrig af 7. amerikanske armé og den franske Armé B. Den 21. august 1944 udpegede de Gaulle Kœnig til militærguvernør over Paris for at få genoprettet ro og orden. I 1945 blev han sendt af sted for at arrestere Philippe Pétain, som havde søgt asyl i Tyskland, men som overgav sig ved grænsen til Schweiz.