Le , au début de l'insurrection contre Kadhafi, le Conseil de sécurité des Nations unies place Abou Bakr Younès Jaber sous le coup d'une interdiction de voyager du fait de son rôle à la tête des forces armées libyennes. Durant le conflit, des bruits contradictoires ont couru sur le général Jaber : des médias ont rapporté qu'il aurait été arrêté et emprisonné à la suite de son refus d'obéir aux ordres de tuer les manifestants; dans le même temps, la télévision officielle a diffusé des images de Abou Bakr Younès Jaber saluant les troupes à Brega.