В сборной Германии Бобич дебютировал 12 октября 1994 года в Будапеште в матче со сборной Венгрии. Бобич участвовал с национальной командой на чемпионате Европы в 1996 году, где немцы стали лучшей командой «Старого света», а сам Бобич провёл три матча на турнире — с Чехией, с Италией на групповой стадии и в четвертьфинале с Хорватией. 22 февраля 1998 года в игре с Саудовской Аравией Бобич провёл свой последний, в 1990-е годы, матч в футболке национальной команды. В 2002 году Бобич вернулся в сборную Германии, сыграв в матче с Нидерландами, в котором забил единственный мяч своей команды, а немцы проиграли 1:3. В 2004 году Бобич в составе сборной поехал на Евро-2004, где провёл два матча с Нидерландами и Латвией, этот матч, сыгранный 19 июня, стал последней игрой Бобича в составе «бундестим».