Tijdens de Mongoolse invasie in Roes werd Novgorod als enige grote stad van de Roes niet veroverd. De Mongoolse legers maakten namelijk op ongeveer 100 kilometer van de stad rechtsomkeert; niet vanwege de sterkte van de stad, maar waarschijnlijk omdat de Mongoolse bevelhebbers niet wilden wegzakken in de drassige gebieden rond de stad. Ze wisten echter wel genoeg dreiging uit te oefenen om de bevolking schatting te laten betalen aan de belastinginners van de kan (hetgeen de vorst was die de titel van grootvorst droeg) uit Moskou, met name aan Joeri Danilovitsj en Ivan de Geldzak. Doordat Novgorod de enige Oost-Slavische stad was die niet onder de heerschappij van de Mongolen viel, maakte Alexander Nevski haar tijdens zijn regering tot grootvorstzetel. Novgorod vormde een grensstad die ook vanuit het noorden en westen werd belaagd. In 1240 leed het Zweedse leger een nederlaag tegen de Novgorodse legers tijdens de Slag aan de Neva en in 1242 werd opmars van de Duitse Orde naar het oosten tot staan gebracht door de Slag op het IJs.