Jørgensen var født i Frederikshavn, hvor hans fader, kancellisekretær Hans Jacob Jørgensen (1784-1819), var by- og herredsfoged; hans moder var Grethe Marie f. Landt (1794-1846). Han indtrådte i Landkadetkorpset i 1832 og blev i 1837 sekondløjtnant à la suite ved Kronens Regiment. I 1838 afgik han fra Landkadetkorpset og trådte i nummer ved regimentet, men blev straks efter elev på Den kongelige militære Højskole. Ved afgangen fra denne i 1842 udnævntes han til premierløjtnant i Ingeniørkorpset og ansattes ved ingeniørtropperne i København, hvor han forblev til 1847, idet han dog samtidig, fra 1844-47, forrettede adjudanttjeneste ved Ingeniørkorpset. Fra 1847-53 var han beskæftiget ved den korpset underlagte Vejtjeneste i kongeriget med de afbrydelser, som krigsårene foranledigede. Han var i disse ansat ved feltingeniørdetachementet og deltog i slaget ved Slesvig 23. april og fægtningen i Sundeved 28. maj 1848, i udfaldet fra Fredericia 6. juli 1849 samt i fægtningen ved Helligbæk 24. juli og slaget ved Isted 25. juli 1850. Under krigen avancerede han i 1848 til kaptajn af 2. og i 1850 til kaptajn af 1. klasse. 1848 blev han Ridder af Dannebrog. Fra 1853-56 stod han atter ved ingeniørtropperne og fungerede samtidig som lærer i vejbygning ved Den kongelige militære Højskole samt var medlem af Københavns Vej- og Brolægningskommission. 1856-63 virkede han på ny ved Vejtjenesten og var i nogle år amtsvejinspektør i Svendborg Amt samt i 1861 borgerrepræsentant i Odense; 1860 tillagdes der ham majors krakter. I krigen 1864 var han ansat ved ingeniørkommandoen ved den aktive armé og deltog i fægtningerne ved Mysunde 2. februar og ved Vejle 8. marts. 1864 blev han Dannebrogsmand.