É o sucessor do IB e IM, formados após a Guerra Indo-Paquistanesa de 1947 para coordenar e operar as atividades de espionagem para os três ramos das Forças Armadas do Paquistão. O ISI foi estabelecido como uma agência de inteligência independente em 1948, a fim de fortalecer o intercâmbio de informações militares entre os três ramos das forças armadas do Paquistão, no rescaldo após a Guerra Indo-Paquistanesa de 1947, que expôs fraquezas na coleta de informações, compartilhamento e coordenação entre o Exército, Força Aérea e Marinha. Desde a sua criação, a agência é dirigida por um oficial general de 3 estrelas designado no Exército do Paquistão, apesar de os oficiais dos três ramos das Forças Armadas do Paquistão, também servirem e contratarem na agência. No entanto, após a coleta de informações e falhas de coordenação durante a Guerra Indo-Paquistanesa de 1971, o Joint Chiefs of Staff Committee foi criado, que é o mandato para coordenar e supervisionar todos os exercícios e operações militares das Forças Armadas do Paquistão.