באזור בו ממוקמת פורט מורסבי היה כבר מרכז מסחר, כשקפטן ג'ון מורסבי הגיע לשם בשנת 1873 וקרא למקום על שם אביו, אדמירל פיירפקס מורסבי. הבריטים הקימו באזור עיר בשנת 1883 כשסיפחו את דרום מזרח גינאה החדשה. בזמן מלחמת העולם השנייה היה בפורט מורסבי בסיס חשוב של בעלות הברית. במהלך קרב ים האלמוגים ניסו היפנים לכבוש את פורט מורסבי אולם הדבר לא צלח בידם. ניסיון שני לכבוש את העיר בוצע מכוון צפון בדרך היבשה. ב-17 בספטמבר 1943 התקרבו היפנים עד 50 קילומטרים מן העיר ונהדפו באבדות עצומות.