Primul post de profesor al lui Khalidi a fost la Oxford, dar a demisionat în 1956, în semn de protest față de participarea britanică la invazia Suezului. El a fost apoi profesor de studii politice la Universitatea Americană din Beirut, poziție în care a rămas până în 1982, iar ulterior a devenit membru cercetător al Centrului Weatherhead pentru Afaceri Internaționale. De asemenea, el a predat la Universitatea Princeton.