В 1893 году вернулся в Нижний Новгород и устроился архитектором в городскую управу. Началом архитектурной практики Малиновского стало наблюдение за строительством в Нижнем Новгороде здания городского театра по проекту столичного архитектора и преподавателя ПИГИ В. А. Шрётера. Для качественного исполнения проекта Шрётера Малиновский организовал курсы, где обучал местных маляров, лепщиков, штукатуров и столяров; внёс ряд предложений по изменению проекта, которые были приняты и реализованы. Вскоре Малиновского стали привлекать и к другим архитектурным проектам: он занимался работами по реконструкции Дмитровской башни Кремля и принял участие в строительстве ряда сооружений на Всероссийской выставке 1896 года. Первой крупной самостоятельной работой П. П. Малиновского стало проектирование здания электростанции, которое одновременно использовалось как вестибюль Похвалинского фуникулера. Им построены ряд зданий в Сормово Нижегородской губернии: Спасо-Преображенский собор (1900—1903); Клуб инженеров и служащих Сормовского завода (1905); Жилой трехэтажный дом служащих Сормовского завода (1904); Церковно-приходская школа церкви св. Александра Невского (1902—1904); Заводоуправление Сормовского завода (1902); Два жилых дома для рабочих Сормовского завода (1927). Автор проекта Народного дома Коновалова (Дворца культуры, ныне Культурного центра в Вичуге).