No dia 5 de outubro, uma insurreição derrubou a monarquia e instaurou a república portuguesa, sob o olhar de Hermes e todos da comitiva brasileira. Após um período de embaraço, uma vez que o motivo desta comissão estar em Portugal era por serem convidados do rei, no dia 6, o Marechal deu as boas vindas ao presidente provisório da República Portuguesa, Teófilo Braga, a bordo do couraçado brasileiro. Brindes de champanhe foram trocados. Hermes da Fonseca ofereceu asilo político à Família Real Portuguesa, mas Manuel II gentilmente recusou a oferta, dizendo que ainda tinha assuntos pendentes em Portugal. Ainda assim, levantaram-se rumores dentre os revolucionários portugueses de que o rei estaria no "São Paulo"; eles tentaram subir a bordo do couraçado, mas foram proibidos de fazê-lo. Depois, solicitaram que alguns marinheiros do navio desembarcassem para ajudar na manutenção da ordem, mas também sem sucesso. No dia 7 de outubro, o "São Paulo" deixou Lisboa e rumou para o Rio de Janeiro, onde fundeou no dia 25. Sua chegada nas águas da Baía de Guanabara estampou manchetes nos jornais e gerou concorrência, junto ao público, por um lugar em que se pudesse avistá-lo.