Cuando el 20 de junio de 1937 fue tomada Bilbao, Franco evitó la repetición de las matanzas de Málaga prohibiendo que entraran en la ciudad grandes unidades militares. De esta forma se evitaron las sangrientas represalias inmediatas y la represión fue más suave. También prohibió a su artillería disparar contra una franja costera en la que no combatientes estaban embarcando para ser evacuados. Aun así hubo al menos trescientas ejecuciones. La purga se encaminó a acabar con los sentimientos nacionalistas de los vascos. Numerosos maestros fueron despedidos y el vascuence dejó de tener cualquier reconocimiento oficial y fue objeto de una intensa propaganda contra su uso. Ello provocó la superioridad de la población urbana —mayoritariamente hispanohablante— sobre la rural. Además, Vizcaya y Guipúzcoa fueron declaradas «provincias traidoras» a pesar de que muchos de los milicianos tradicionalistas procedían de ellas. La represión posterior provocó el encarcelamiento, destitución o deportación de 278 sacerdotes y 125 religiosos católicos.