Nel corso della stagione raggiunge alcuni traguardi significativi: entra nella "top ten" dei migliori marcatori della storia del Napoli, toccando quota 70 reti complessive; va a segno per sei giornate consecutive, eguagliando la striscia positiva di Maradona nella stagione 1987-88; supera inoltre il proprio primato personale di gol segnati in una stagione (27) e le 29 reti di Cavani, fino ad allora il miglior cannoniere stagionale nella storia degli "azzurri" (limitatamente al campionato). Nella gara contro l'Udinese, persa per 3-1, raggiunge le 100 presenze in Serie A e realizza il trentesimo centro stagionale; nella partita è tuttavia protagonista di una reazione scomposta verso l'arbitro Massimiliano Irrati, che lo aveva espulso per somma di ammonizioni; ciò determina la squalifica di Higuaín per quattro giornate, poi ridotte a tre a seguito del ricorso presentato dal Napoli. Il 14 maggio, nel 4-0 dell'ultima giornata contro il , realizza la tripletta che gli consente di chiudere il campionato con 36 reti in 35 partite, vincendo la classifica marcatori e superando il record assoluto di reti in un singolo campionato italiano, fino ad allora detenuto da Nordahl nella stagione 1949-50, ed eguagliando inoltre quello di Rossetti che resisteva dal 1928-29, quando il campionato si disputava a più gironi. Il record sarà successivamente eguagliato da Ciro Immobile nella stagione 2019-20.