Im Jahr 1801 trat Thomas Jefferson sein Amt als Präsident an und vollzog als solcher eine noch von Adams beschlossene Kürzung des Marinebudgets. Adams hatte befürchtet, dass Jefferson diese noch radikaler ausfallen ließe, wenn ihm die Haushaltsführung in dieser Hinsicht überlassen worden wäre. Jefferson sah sich jedoch mit den Barbareskenstaaten konfrontiert, die den Seehandel der USA durch ihre Freibeuterei gefährdeten. Ein Tributultimatum des Herrschers von Tripolis, Yusuf Karamanli, nahm Jefferson zum Anlass, ein Flottenkontingent ins Mittelmeer zu senden, was den Amerikanisch-Tripolitanischen Krieg auslöste. Bis ins Jahr 1805 bombardierten amerikanische Kriegsschiffe wiederholt die Barbareskenstädte, während das United States Marine Corps Expeditionen in die entsprechenden Gebiete unternahm, die sich in ihre Hymne niederschlugen. Zur herausragenden Militärperson dieses Konfliktes, die mit Verzichtserklärungen der nordafrikanischen Staaten auf Sklavenhandel, Geiselnahme von Schiffsbesatzungen und Piraterie endete, avancierte Stephen Decatur. Insgesamt starben 31 Seeleute der Navy, während 54 verwundet wurden.