Рафаэл ван дер Варт дебютировал за национальную сборную Нидерландов в матче с командой Андорры 6 октября 2001 года в возрасте 18 лет. Он играл за сборную на Евро-2004, чемпионате мира 2006 года, Евро-2008 и чемпионате мира 2010 года. После завершения карьеры Джованни ван Бронкхорста, стал капитаном сборной. На Евро-2012 забил в ворота Португалии. Нидерландцы проиграли со счетом 1:2 и вылетели с турнира.