Ο Περικλής γεννήθηκε στον Δήμο Χολαργού, βόρεια της Αθήνας, γύρω στο 495 π.Χ.. Πατέρας του ήταν ο επίσης πολιτικός και στρατηγός των αρχών του 5ου αιώνα π.Χ., Ξάνθιππος, γνωστός επειδή βοήθησε στην καταδίκη του Μιλτιάδη για την αποτυχημένη αθηναϊκή εκστρατεία εναντίον της Πάρου το 489 π.Χ., για τον οστρακισμό του το 485 π.Χ., και κυρίως για το ότι ηγήθηκε των αθηναϊκών δυνάμεων στη Ναυμαχία της Μυκάλης τον Αύγουστο του 479 π.Χ., όπου οι Έλληνες πέτυχαν αποφασιστική νίκη εναντίον των Περσών. Μητέρα του ήταν η Αγαρίστη, μέλος της παλαιάς και ισχυρής αριστοκρατικής οικογένειας των Αλκμεωνιδών. Προπάππους της Αγαρίστης ήταν ο τύραννος της Σικυώνας, Κλεισθένης, ενώ θείος της ήταν ο μείζων μεταρρυθμιστής του αθηναϊκού πολιτεύματος, Κλεισθένης που επίσης ήταν μέλος της οικογένειας των Αλκμεωνιδών.