Els guerrillers més agressius de l'FPAP ràpidament es van cansar d'Habash, especialment Jibril, que creia que sols una guerra sense pausa contra Israel alliberaria la terra de Palestina. Jibril va deixar l'FPAP el 1968 per fundar el Comandament General. Aquest grup lluitava contra Israel amb ajuda síria, mentre Habash tractava de ser el més independent possible. El Comandament General va participar en el Setembre Negre de Jordània, el conflicte entre el Regne de Jordània i l'OAP el 1970 i després el 1971 quan l'OAP fou expulsada de Jordània. L'any 1974 el Comandament General es va unir amb l'FPAP i altres grups per formar el Front del Rebuig contra el Programa dels Deu Punts de Iàsser Arafat, president de l'OAP.