Rebecca Nilsson bestritt zwischen 2014 und 2018 insgesamt 56 Länderspiele für die schwedische Jugend- sowie für die Juniorinnennationalmannschaft, in denen sie drei Tore warf. Mit diesen Auswahlmannschaften nahm sie an der U-17-Europameisterschaft 2015, an der U-18-Weltmeisterschaft 2016, an der U-19-Europameisterschaft 2017 und an der U-20-Weltmeisterschaft 2018 teil.