Nach dem Ende der SED-Diktatur in der DDR wurde sie im Juni 1990 verhaftet und später vor Gericht gestellt. Ihr gleichzeitig verhafteter Ehemann war zuvor nach einer Gegenüberstellung als nicht tatverdächtig entlassen worden. Wegen der Beteiligung an der Schleyer-Entführung wurde Monika von Seckendorff 1992 unter Anwendung der Kronzeugenregelung vom OLG Stuttgart zu sieben Jahren Haft verurteilt. Sie sagte unter anderem aus, dass der Selbstmord der in Stammheim inhaftierten Terroristen 1977 von vornherein für den Fall eingeplant war, dass ihre Befreiung scheitern würde (RAF-interne Bezeichnung „Suicide Action“). Die Geschichte vom „Mord an den Gefangenen“ war laut Helbing eine „Lüge“. 1995 wurde von Seckendorff auf Bewährung entlassen. Sie distanzierte sich von der RAF und sagte als Zeugin in RAF-Strafprozessen aus, darunter 1995 am OLG Stuttgart zur Beteiligung von Sieglinde Hofmann an der Schleyer-Ermordung und 1997 am OLG Frankfurt am Main zur Beteiligung von Monika Haas an der Entführung des Flugzeugs „Landshut“.