Il est le deuxième choix du repêchage de 2003 par les Blues de Saint-Louis en étant choisi, au total alors que Shawn Belle, le trentième choix du repêchage est le premier des Blues. Backes ne rejoint pas l'équipe de la LNH à l'automne suivant et joue à la place pour l'université d'État de Minnesota-Mankato du championnat universitaire. Dès la fin de sa première saison avec sa nouvelle équipe, il est désigné membre de l'équipe des recrues de la ', la division dans laquelle évoluent les Mavericks ; il est alors le premier joueur de l'histoire de l'équipe à avoir cet honneur. Avec trente-sept points, il termine deuxième pointeur de l'équipe derrière Shane Joseph qui en compte six de plus.