Ezt követően a "Franklin" a 38.4-es hajócsoport zászlóshajója lett, majd visszatért Palau közelébe, ahol napi rendszerességgel járőröztek repülőgépei. Október 9-én a hajó egy repülőgép-hordozó csoporthoz csatlakozott, majd segített a leendő leyte-i partraszállásnál. Október 13-ának estéjén a hajócsoportot négy ellenséges bombázó támadta meg. A támadás során két torpedó kis híján eltalálta a "Franklin"t. Az egyik ellenséges repülőgép, mintegy a későbbi kamikaze hadjárat előhírnökeként, a "Franklin" fedélzetének végébe csapódott, végigcsúszott azon, majd a hajó jobb oldalán a vízbe zuhant.