Ослаблением Пизы воспользовался её давний противник Генуя. В 1282 году возобновилась война между двумя морскими державами. Пизанцы попытались привлечь к своей борьбе против Генуи Венецианскую республику, однако 8 августа 1284 года в битве при Мелории пизанский флот под командованием Альбертино Морозини и Уголино делла Герардеска был полностью разгромлен генуэзцами. Погиб весь флот республики и несколько тысяч пизанцев. Поражение в этой битве привело к краху морского могущества Пизы. Доминирование в Западном Средиземноморье перешло к Генуе, которая также захватила пизанские владения на Корсике и Сардинии. Вскоре прекратили существование пизанские фактории в государствах крестоносцев в Палестине. В самом городе подозрения в измене Уголино делла Герардеска вызвали в 1288 году восстание прогибеллински настроенных пополанов. Уголино и его дети были арестованы и спустя несколько месяцев умерли от голода.