Da det tyske skøytelandslaget splittet opp treningsgruppene i herre- og damelandslag, ble Pechstein i stedet anbefalt Peter Müller, som hun kjente fra før. Den 3. juli 2009 fikk Pechstein en to-års utstengelse av International Skating Union for bloddoping uten at forbudte substanser ble påvist. Utestengelsen skjedde på grunn av indisier etter at flere blodprøver fra 7. februar 2009 under Allround-VM på skøyter 2009 på Hamar viste høye hemoglobinverdier (16,5 mg/dl) og for høye retikulozytverdier (3,5 %; 1,1 % over ISUs øvre grenseverdi). Pechstein påklagde utestengelsen og ventet på avgjørelse fra Den internasjonale voldgiftsretten for sport.