Na de Derde Poolse Deling van 1795 kwam Sejny in Pruisen terecht. In 1807 kwam de stad in het Hertogdom Warschau te liggen, een vazalstaat van Napoleon Bonaparte. Toen Napoleon uiteindelijk was verslagen, in 1815, ging de stad deel uitmaken van Congres-Polen, op zijn beurt een vazalstaat van het Keizerrijk Rusland. De stad was hoofdstad van een powiat en kreeg in 1818 een eigen bisschop en in 1826 een priesterseminarie. In 1831 verloor Congres-Polen het laatste restje zelfstandigheid en werd het geheel geïntegreerd in Rusland. Sejny werd een deel van het Goebernija Suwałki. Tegen het eind van de 19e eeuw begon de welvaart in Sejny af te nemen. Veel inwoners hadden enthousiast deelgenomen aan de Januariopstand van 1863 en de stad werd gestraft met verlies van zijn privileges. Zeker toen in de jaren tachtig van de 19e eeuw een spoorlijn van Grodno via Augustów, Suwałki, Šeštokai en Alytus naar Orany (het huidige Varėna) werd aangelegd, met in beide eindpunten aansluiting op de spoorlijn van Sint-Petersburg naar Warschau, die Sejny links liet liggen, ging het bergafwaarts met de stad.