乾隆十三年（1748年），清朝用兵大小金川，阿桂随兵部尚书班第赴四川办事。岳鍾琪告發阿桂“勾結張廣泗，蒙蔽訥親”。而後皇帝念其父只有阿桂一子，而阿桂办事勤勉；又因为阿桂罪状与贻误军机不同，而特别宣布赦免。此后命為江西按察使，不久又擔任內閣侍讀學士。乾隆二十年，擢內閣學士，当时适逢清廷出兵準噶爾，阿桂赴乌里雅苏台管理台站。其间，阿桂之父阿克敦病故，阿桂被准回京办理丧事。为时不久即奉命返回西北，任參贊大臣，命令驻防科布多，授蒙古鑲紅旗副都統。乾隆二十二年秋，授工部侍郎先是率军策应清军唐喀禄部，追击图谋遁入俄国的辉特部首领舍楞，后又与副将军富德一起追捕其余人员，獲賜花翎。