L'8 agosto seguente comincia la seconda stagione a Torino vincendo la sua seconda Supercoppa italiana, la prima sulla panchina juventina, battendo 2-0 a Shanghai la Lazio: con questo successo Allegri eguaglia Capello e Benítez come i soli tecnici riusciti a conquistare tale trofeo alla guida di due diversi club. A livello individuale, il 20 ottobre 2015 viene inserito nella lista dei dieci candidati al FIFA World Coach of the Year, cui seguono il 14 dicembre il secondo premio della carriera quale Migliore allenatore AIC, e il 7 marzo 2016 la sua seconda Panchina d'oro. Frattanto nella Serie A 2015-2016, con il successo interno del 13 febbraio sul Napoli inanella una striscia di quindici vittorie consecutive in campionato, stabilendo il nuovo record societario bianconero; il mese seguente porta la Juventus in finale di Coppa Italia per la seconda volta consecutiva, evento che non accadeva in casa bianconera da cinquantasei anni.