Während des Zweiten Koalitionskrieges diente er 1799 als Stabschef der Italienarmee unter General Kray, dabei nahm er an den Schlachten bei Legnago (26. März) und Magnano (5. April) teil. Nach der Ankunft der Russen unter Marschall Suworow in Norditalien wurde Weyrother Verbindungsoffizier zum russischen Generalstab, dabei hatte er Anteil am Erfolg in der Schlacht bei Novi (15. August). Danach war er verantwortlich für die Ausarbeitung der Marschroute des legendären Alpenmarsches Suworows.