Araujo crée la Garde nationale le , sur le modèle de la Garde civile espagnole. Cette division constitue une sorte de police rurale dont la mission première est la lutte contre les bandes de hors-la-loi qui étaient alors nombreuses sur le territoire. Elle existe jusqu'à la fin de la guerre civile, dans les années 1990 . L’armée salvadorienne a également fait l’objet de réformes avec le recrutement de conseillers étrangers venus d’Espagne et du Chili pour assurer l’éducation et la formation de son personnel. L'état-major central de l'armée est par ailleurs créé sous sa présidence.