W 1190 i 1193 toczyły się walki o miasto podczas Powstania Piotra i Asena, po zakończeniu którego zostało ponownie włączone do znajdującego się pod panowaniem cara Asena I tzw. Drugiego państwa bułgarskiego. Pomimo tego, że stolicą było Tyrnowo, to Sredec/Sofia od XII do XIV w. była znaczącym centrum handlu i rzemiosła. W 1376 roku miasto pierwszy raz zostało wzmiankowane jako "Sofia", jednak wcześniejszej słowiańskiej nazwy "Sredec" używano jeszcze oficjalnie do połowy XIX wieku.