In der frühen Neuzeit wurde die Region von zahlreichen Kriegen geprägt. Beginnend mit dem Schwabenkrieg und dem Deutschen Bauernkrieg. Während des Dreißigjährigen Krieges kam es 1632 zu Verwüstungen durch die Schweden, wovon vor allem das Kloster betroffen war. Hunger und Pest waren Schrecken und Unglück der Bevölkerung. Auch während der Eroberungskriege Ludwigs XIV. von 1654 bis 1697, des spanischen Erbfolgekrieges (ab 1704) sowie des Ersten (ab 1792) und Zweiten Koalitionskrieges (ab 1798) unter Napoleon litten Ort und Kloster unter Plünderungen, Einquartierungen und Requisitionen französischer Truppen. 1806 wurden die Ländereien der Fürstenberger dem Großherzogtum Baden zugeschlagen.