Toutes les autres conquêtes musulmanes sont interrompues par une guerre civile entre les factions arabes rivales qui entraîne l'assassinat du calife Othman en 656. Il est remplacé par Ali ibn Abi Talib, qui est assassiné en 661. Le califat omeyyade s'établit alors à Damas, et le calife Muawiyah commence à consolider son empire de la mer d'Aral à la frontière occidentale de l'Égypte. Il met un gouverneur en place en Égypte à Fostat, créant un siège de pouvoir subordonné qui se poursuit pendant les deux siècles suivants. Il continue ensuite l'invasion des pays voisins non-musulmans, attaquant la Sicile, et l'Anatolie en 663. En 664, Kaboul, en Afghanistan, tombe sous le joug des armées musulmanes.