Ο σουλτάνος Βαγιαζήτ Α' όμως δε δίστασε να αποκλείσει και να πολιορκήσει την Κωνσταντινούπολη, με πρόσχημα τη θέλησή του να αποκαταστήσει το νεαρό Ιωάννη. Ο κλοιός γύρω από την πόλη έγινε ασφυκτικότερος μετά την αποτυχημένη Σταυροφορία του 1396, που τερματίστηκε με τη συντριπτική νίκη του σουλτάνου στη μάχη της Νικόπολης το ίδιο έτος. Το 1399 εισήλθε πανηγυρικά ο Ιωάννης Ζ' στην Πόλη, χωρίς όμως να επιτρέψει την παράδοσή της στους Οθωμανούς. Ο ίδιος τέθηκε επικεφαλής της άμυνας, ενώ ο Μανουήλ κατέφυγε στη Δύση με σκοπό να συγκεντρώσει πολυτιμη βοήθεια. Όλοι περίμεναν το θαύμα, το οποίο ήρθε με τη μορφή του Ταμερλάνου: το 1402 ο Βαγιαζήτ λύνει την πολιορκία για να αντιμετωπίσει τη Χρυσή Ορδή και ηττάται στην Άγκυρα.