१९७९ में कंबोडिया-वियतनाम युद्ध के दौरान जब पड़ोसी वियतनाम ने कंबोडिया पर आक्रमण किया तो पोल पॉट दक्षिण पश्चिम कंबोडिया के जंगलों में भाग गए और खमेर रूज सरकार का पतन हो गया। १९७९ से १९९७ के दौरान पोल पॉट अपने पुराने खमेर रूज के बचे हुए सहयोगियों के साथ अपनी गतिविधियों को कंबोडिया और थाईलैंड, के सीमा क्षेत्र से संचालित करते रहे और जहां, वे पुन: सत्तासीन हो गये साथ ही संयुक्त राष्ट्र ने उनकी सरकार को कंबोडिया की सच्ची सरकार के रूप में मान्यता भी प्रदान की।