Edgar Hilsenraths far var en judisk handelsman. Han föddes i Leipzig, men växte upp i Halle an der Saale. Före Kristallnatten i november 1938 flydde han med sin mor och yngre bror till mormor och morfar i Sereth i Bukovina, Rumänien. Planen var att hans far skulle komma efter, men efter krigsutbrottet var det omöjligt, och fadern flydde vidare till Frankrike, där han överlevde kriget. 1941 deporterades Edgar, hans bror och mor liksom all släkt och vänner från Sereth till det rumänska gettot Mogilov-Podelsk (i dagens Ukraina). Sedan de ryska trupperna befriat gettot i mars 1944 vandrade han till fots tillbaka mot Sereth och därifrån vidare till Czernowitz. Med hjälp av organisationen Ben-Gurion lyckades han med hjälp av lånade pass ta sig till Palestina tillsammans med andra judiska överlevande. Inte bara på vägen till, utan också i, Palestina, fängslades han ett flertal gånger, men varje gång bara för en kort tid.