במהלך מלחמת העולם השנייה נותרה פרו נייטרלית במשך רוב המלחמה. פרו ניתקה את היחסים הדיפלומטיים עם צרפת של וישי בינואר 1943, לאחר מבצע לפיד וממשלת פרו קיימו יחסים דיפלומטיים עם ממשלת צרפת החופשית תחת הגנרל שארל דה גול. לאחר המלחמה, שתי המדינות נרמלו את היחסים הדיפלומטיים.