Mimo ciągłego braku funduszy, na sezon 1989 Coloni wystawił dwa samochody: jeden dla Roberto Moreno, a drugi dla Pierre-Henri Raphanela. FC188B był kolejnym rozwinięciem modelu z 1987 roku. Był trudny w prowadzeniu i przeciętnie około 20 km/h wolniejszy od konkurencji. Niemniej jednak obaj kierowcy byli w stanie zakwalifikować się do Grand Prix Monako; był to jedyny wyścig Formuły 1, w którym wystartowały dwa samochody Coloni. W Kanadzie Coloni zaprezentował nowy samochód (Coloni C3), który został zaprojektowany przez byłego pracownika AGS, Christiana Vanderpleyna. C3 był w zasadzie dobrym projektem, ale zespół nie miał z tego powodu korzyści w związku z całkowitym brakiem testów, co oznaczało, że zespół często nie mógł znaleźć odpowiednich ustawień na Grand Prix. Przez resztę sezonu C3 kwalifikował się do wyścigu tylko trzykrotnie, a miało to miejsce w Grand Prix Kanady, Wielkiej Brytanii i Portugalii. Do wszystkich tych wyścigów kwalifikował się Moreno, przy czym do wyścigu o Grand Prix Portugalii startował z wysokiego, 15 miejsca, co miało związek z rozwojem przedniego spojlera. Jednakże podczas rozgrzewki Moreno zderzył się z Eddiem Cheeverem i musiał skorzystać z zapasowego samochodu, który w wyścigu zepsuł się. Z powodu niezadowalających wyników z zespołu został zwolniony Vanderpleyn, a Enzo Coloni sam objął stanowisko inżyniera w zespole. Nie dało to jednak poprawy, podobnie jak zastąpienie w charakterze kierowcy za Raphanela Enrico Bertaggią. Zespół, nie kończąc żadnego wyścigu w sezonie, zajął w klasyfikacji zespołów 18 miejsce, wraz z Zakspeedem. Co więcej, Grand Prix Portugalii okazało się ostatnim wyścigiem, do którego zakwalifikował się kierowca Coloni.