El mercado se normalizó ligeramente a pesar de la crisis del 29 y el astillero fue adaptado a la construcción de petroleros tras a creación de CAMPSA. Pero la repentina sublevación militar que dio origen a la guerra civil española provocó la militarización de las instalaciones, que se centraron en la construcción y reparación de buques de guerra. En el final de la guerra fue ubicado en sus cercanías un campo de concentración de prisioneros republicanos que superó los cinco mil internos, operando al menos entre marzo y agosto de 1939.