Il 21 settembre 2016, nel giorno del suo 17º compleanno, Isak segna i primi due gol del derby vinto 0-3 contro i rivali cittadini del Djurgården. Undici giorni dopo realizza un'altra doppietta nel 6-0 ai campioni in carica dell'IFK Norrköping, mentre nella gara seguente contro l'Östersund segna una rete. Chiude la stagione con 29 presenze e 13 gol all'attivo tra campionato e coppe, tutti segnati su azione. Viene inoltre eletto debuttante dell'anno in Svezia e inserito nella top 11 del campionato.