После прихода к власти сандинистов в июле 1979 Байярдо Арсе был координатором Политической комиссии СФНО, заместителем Даниэля Ортеги в Исполкоме СФНО и Совете национальной обороны. Формулировал сандинистскую идеологию в духе марксистско-коммунистических установок. Курировал также международные связи, был одним из вдохновителей ФНОФМ в сальвадорской гражданской войне. В экономической политике Арсе выступал проводником национализации.