V roku 2000 bol Bergoglio jediný z cirkevnej hierarchie, ktorý sa zmieril s Jerónimom Podestáom, bývalým biskupom, ktorý bol suspendovaný z kňazstva potom, čo sa postavil na odpor Argentínskej revolučnej vojenskej diktatúre roku 1972. Zastal sa Podestáovej manželky pri útokoch na ich manželstvo zo strany Vatikánu. V tomtiež roku Bergoglio povedal, že Katolícka cirkev v Argentíne potrebuje "„si potrebuje obliecť odev verejného pokánia za hriechy, ktoré spáchala počas rokov diktatúry“" v 70. rokoch 20. storočia počas Špinavej vojny.