Nel quadro del Campoformio, Napoleone I pretese esplicitamente le sue dimissioni da ministro degli Esteri, che ottenne. Sicuramente incise anche la crescente ostilità interna. Thugut tuttavia poteva sempre vantare, in compensazione della perdita del Belgio, di Milano e della supremazia in Italia, l'acquisizione di Cracovia e Venezia. Tant'è vero che, nel breve periodo fra la prima e la seconda coalizione, egli venne "confinato" al posto di commissario con ‘pieni poteri’ nella gestione delle nuove province venete e dalmate. Mentre il Cobenzl riprendeva il controllo della amministrazione centrale, con intenzioni decisamente più pacifiche verso il Buonaparte. Poteva tuttavia contare sul sostegno del 'partito della guerra che faceva perno sulla Gran Bretagna, che ne apprezzava la determinazione anti-francese, e godeva di grande influenza, in virtù degli ampi sussidi versati all'Impero.