На этом посту встретил начало Великой Отечественной войны. Организовывал действия подводных лодок на вражеских коммуникациях летом 1941 года. Во время Таллинского перехода находился на борту подводной лодки «С-5», которая подорвалась на морской мине и затонула. При взрыве был сброшен с мостика в море, спасён одним из катеров. 1 сентября 1941 года назначен командиром объединённой бригады подводных лодок Балтийского флота, но уже 19 сентября 1941 года был отстранён от занимаемой должности (фактически сдал дела 28 сентября) и направлен в распоряжение Военного совета Балтийского флота. По утверждению самого Н. Е. Египко, отстранение состоялось после его несогласия с планом прорыва отряда подводных лодок флота с Балтики на Северный флот из-за огромной вероятности гибели лодок в тщательно охраняемых немецком флотом Датских проливах.