Розпочав кар'єру в армії, де гарно себе зарекомендував, оскільки невдовзі потрапив до складу царської варти. Отримавши доступ до системи забезпечення безпеки фараона, Себекхотеп використав це з метою палацового перевороту та захоплення влади. Такий факт свідчить про глибоку кризу системи державного управління у той час.