מיגל קלרו שיחק במדי הנבחרת 55 משחקים ולא הבקיע שום שער. הוא השתייך לסגל הנבחרת בטורניר בקופה אמריקה של 1991, 1995, 1997, 1999, 2001 ו-2007 וכן לסגל הנבחרת במונדיאל 1998. לצערו האישי, באותה תקופה לקולומביה היו שוערים טובים כמו רנה היגיטה, אוסקר קורדובה ופאריד מונדראגון, מה שהיקשה על קלרו לתפוס מקום בהרכב. הטורניר היחיד בו שיחק כשוער ראשון היה הקופה אמריקה 1999, שם גם שותף לאחד המשחקים המפורסמים כאשר קולומביה הביסה את ארגנטינה 0-3 במשחק בו החמיץ מרטין פלרמו שלושה פנדלים כשקלרו הודף אחד מהם. גם בטורניר הקופה אמריקה 2007 שיחק בשני המשחקים הראשונים, אבל ספג תשעה שערים והוחלף. כמו כן, שיחק כשוער המשנה של אוסקר קורדובה בקופה אמריקה 2001 בו זכתה קולומביה בסופו של דבר. בסך הכל רשם קלרו 55 הופעות במדים הלאומיים.