Перед началом войны 1806 года фон Шметтау вернулся в армию в чине генерал-майора и получил в командование дивизию, которая в сражении при Ауэрштедте находилась в авангарде армии герцога Брауншвейгского. 14 октября дивизия фон Шметтау пыталась выбить французские войска с занятых им высот около деревни Хассенгаузен. Дважды ей удавалось захватить их и дважды она была вынуждена оставлять занятые позиции. Во время третьей атаки фон Шметтау был тяжело ранен случайным попаданием картечины. Скрываясь от преследовавших разбитые прусские войска французов, он сначала прятался в доме близкой подруги Гёте Шарлотты фон Штейн, а после перебрался в Веймарский замок, где и скончался от последствий ранения 18 октября. Похоронен на веймарском кладбище Якобсфридхоф.