Podczas rewolucji teksańskiej Fernández Castrillón służył jako adiutant Santa Anny. Bardzo często sprzeciwiał się decyzjom Santa Anny, np. tej by natychmiast zaatakować Alamo. Wolał czekać na nadejście ciężkiej armaty, która zmieniła mury Alamo w gruz. 6 Marca 1836 roku podczas ostatniego ataku na misję Alamo Manuel Fernández Castrillón przejął dowodzenie batalionu po pułkowniku Francisco Duque i zaatakował północną ścianę Alamo.