Факультет был основан 28 ноября 1946 года как часть Академии исполнительских искусств. На рубеже 1950-1960-х годов FAMU стал естественным центром чешской «новой волны», внёсший значительный вклад в мировой кинематограф. Несмотря на сильный идеологический прессинг со стороны властей, который значительно усилился после подавления Пражской весны и последовавшей за этим нормализации, на FAMU всегда влиял либеральный дух. Однако до конца 1980-х годов факультет был тесно связан с государственной монополией на кино- и телевизионную деятельность. В 1990 году, после Бархатной революции и падения социалистического режима Академия была преобразована из государственного в общественное учебное заведение.