7 Ağustos 1998'de el-Kaide ve Mısır İslam Cihadı tarafından, Tanzanya'nın Darüsselam şehri ile Kenya'nın başkenti Nairobi'deki Amerika Birleşik Devleti büyükelçiliklerine bomba yüklü kamyonlarla saldırı düzenlendi. Saldırılarda 224 kişi öldü, 4.000'den fazla kişi ise yaralandı. 20 Ağustos günü Hartum'daki eş-Şifa fabrikası ile Afganistan'daki bazı el-Kaide eğitim kamplarına Amerikan güçleri tarafından füzeyle saldırılar düzenlendi. Bin Ladin'in kimyasal silah ürettiği gerekçesiyle düzenlenen saldırı sonucunda fabrika imha edilirken, daha sonra yapılan incelemeler ve Amerikalı hükûmet yetkililerinin açıklamalarıyla fabrikada böyle bir üretimin gerçekleşmediği ve yalnızca ilaç üretimi yapıldığı, bin Ladin ile fabrika arasında herhangi bir bağlantı olmadığı tespit edildi. Öte yandan Amerikan istihbarat yetkilileri, bin Ladin ile Sudan hükûmetine ait Military Industry Corporation adlı şirket arasında birtakım finansal ilişkilerin olduğunu öne sürdü. 4 Kasım 1998'de Amerika Birleşik Devletleri'nde hakkında açılan davada, büyükelçiliklerin bombalanması olayında suçlu bulundu. Haziran 1999'da bin Ladin, Federal Soruşturma Bürosu (FBI) tarafından oluşturulan Ten Most Wanted Fugitives ("En Çok Aranan On Kaçak") listesine dahil edildi. 1 Ocak 2000'de veya yakın tarihlerde, el-Kaide üyeleri tarafından farklı noktalarda eş zamanlı olarak gerçekleştirilmesi planlanan saldırılar çeşitli sebeplerden dolayı gerçekleşmedi. 12 Ekim 2000'de, Aden'de demirlemiş olan Amerika Birleşik Devletleri Donanması'na bağlı USS "Cole" (DDG-67) muhribine düzenlenen saldırıda 17 Amerikan askeri öldü.