В 1955 году, после провозглашения независимости Израиля и окончания Арабо-израильской войны (1947—1949), Бен-Галь был призван в армию, в танковые части. Во время «Суэцкой войны» принял участие в боевых действиях. После войны закончил офицерские курсы. Он хотел стать врачом, но по окончании службы остался в армии. В октябре 1960 года сменил официально имя на Авигдор Бен-Галь, хотя в армии его продолжали называть Януш. В 1962—1964 годах учился на военных командных курсах во Франции. Во время «Шестидневной войны» командовал разведывательными подразделениями 200-й бригады, которая прорвалась через египетские укрепления на Синае. Был ранен, когда его джип подорвался на мине. Во время войны на истощение командовал 77-м бронетанковым батальоном «Оз» на побережье Суэцкого канала. Во время «Войны Судного дня» командовал 7-й бронетанковой бригадой, которая задержала наступление сирийской армии на Голанских высотах. Бен-Галь предвидел войну за две недели до его начала, и начал подготовку своей бригады. Так как угроза войны не воспринималась всерьез в Израиле в то время, его заклеймили как «сумасшедшего». Тем не менее, когда разразилась война, его бригада была единственным подразделением в состоянии полной готовности. Героические действия 7-й бронетанковой бригады, а также личный героизм и командование Бен-Галя, по мнению многих, были решающим фактором в израильской победе над Сирией.