Muhammad wird als Drahtzieher für die Terroranschläge auf die Botschaften der Vereinigten Staaten in Daressalam und Nairobi am 7. August 1998 verantwortlich gemacht, bei denen insgesamt 224 Menschen getötet und über 5000 verletzt wurden. Außerdem soll er in den Anschlag in Kenia auf ein in israelischem Besitz stehendes Hotel und den fast zeitgleichen Raketenabschuss auf ein israelisches Flugzeug verwickelt sein. Vor dem Bezirksgericht New York Süd wurde Anklage gegen ihn erhoben und er wurde über Interpol mit Haftbefehl gesucht. Seit dem 10. Oktober 2001 stand er auf der FBI-Liste der weltweit meistgesuchten Terroristen und für seine Ergreifung wurde ein Kopfgeld von 5 Millionen US-Dollar ausgelobt.