La déportation massive est une autre arme clé du contrôle soviétique. Au printemps 1941, les instructions Serov "sur la procédure de déportation des éléments antisoviétiques de Lituanie, de Lettonie et d'Estonie" sont publiées, elles prévoient une procédure d'expulsion de ceux jugés "antisoviétiques". Cet ordre est rendu opérationnel le 14 juin 1941, la déportation massive de juin a alors lieu simultanément dans les trois pays baltes; près de Estoniens sont expulsés en quelques jours seulement. La conscription forcée dans l'Armée rouge commence après l'invasion allemande de l'Union soviétique le 22 juin 1941, mais les conscrits estoniens sont jugés peu fiables, et sont donc affectés à de durs «bataillons de travail». Sur les conscrits estoniens, plus de meurent dans des conditions inhumaines à cause de la maladie, de la faim et du froid.