Lors de la saison 2013-2014, Josep Guardiola prend les commandes du club. L'entraîneur espagnol replace Lahm en milieu de terrain. C'est à ce poste qu'il remporte quatre nouveaux titres lors de la saison 2013-2014 : un autre Championnat d'Allemagne, une Coupe d'Allemagne ainsi que la Supercoupe de l'UEFA 2013 et Coupe du monde des clubs 2013. Néanmoins, le Bayern Munich malgré un bon parcours, n'arrive pas à remporter une seconde Ligue des champions d'affilée et s'incline en demi-finale contre le futur vainqueur, le Real Madrid qui le défait sèchement, avec notamment une victoire 4-0 à l'Allianz Arena.