Isabelle Andersson lief anfangs für die schwedische Jugend- sowie für die Juniorinnennationalmannschaft auf. Mit diesen Auswahlmannschaften nahm sie an der U-17-Europameisterschaft 2017, an der U-18-Weltmeisterschaft 2018 und an der U-19-Europameisterschaft 2019 teil. Bei der U-18-WM wurde sie in das All-Star-Team berufen. Andersson bestritt am 28. November 2020 ihr Debüt für die schwedische A-Nationalmannschaft gegen Ungarn. Sie wurde in das schwedische Aufgebot für die Olympischen Spiele in Tokio berufen. Andersson zog sich nur wenige Tage vor dem Beginn des olympischen Turnieres eine Kreuzbandverletzung zu, wodurch eine Teilnahme an der Olympiade nicht möglich war.