W reprezentacji Hiszpanii César zadebiutował 18 sierpnia 1999 roku w wygranym 2:1 towarzyskim spotkaniu z Polską. W 2004 roku został powołany przez Iñakiego Sáeza do kadry na Mistrzostwa Europy w Portugalii, ale był tam tylko rezerwowym i nie zagrał w żadnym spotkaniu. Ostatni mecz w kadrze rozegrał w 2004 roku przeciwko Andorze (4:0). W drużynie narodowej wystąpił 12 razy i zdobył 3 gole.