Während des Guatemaltekischen Bürgerkriegs war Rabinal mehrmals Schauplatz heftiger Kämpfe zwischen der linksgerichteten Guerillabewegung und der Armee. Insbesondere im Jahr 1982 fanden hier mehrere Massaker an der Zivilbevölkerung statt, die beschuldigt wurde, die Guerillabewegung zu unterstützen. Ein anderer Grund für diese Verbrechen war, dass sich die Menschen vor Ort teilweise mit Gewalt gegen den damals noch in Planung befindlichen Stausee von Chixoy wehrten.