Tijdens het EK 2004 was hij een belangrijke man in het team van Nederland. Hij besliste de penaltyreeks tegen Zweden, waarmee hij Nederland (en zichzelf) van een penaltysyndroom verloste. Na het vertrek van bondscoach Advocaat veranderden er dingen bij Oranje. Van der Sar blijft onomstreden in het doel staan. Hij wordt tot reserveaanvoerder benoemd door de nieuwe bondscoach, Marco van Basten. Van der Sar beloonde dit vertrouwen met een sterke wedstrijd thuis tegen Tsjechië. Hij werd, nadat Edgar Davids niet meer geselecteerd werd, aanvoerder van het Nederlands elftal.