Wegen des Widerstands aus der Bevölkerung und der Rückkehr der Franzosen nach der Zweiten Schlacht um Zürich vom 25. bis 26. September 1799, die die Zustände vom Sommer 1798 wiederherstellten, floh Hans Jakob Gonzenbach mit den Österreichern und ging im Oktober 1799 ins Exil. Das Direktorium klagte ihn des Verbrechens gegen die helvetische Nation an, enthob ihn seines Amtes und beschlagnahmte sein Vermögen. Er hielt sich daraufhin in Lindau, München, Augsburg und Erlangen auf.