1996 und 1997 gewann Nicole Flagothier den Belgischen Meistertitel im Halbleichtgewicht, der Gewichtsklasse bis 52 Kilogramm. In dieser Gewichtsklasse erkämpfte sie 1996 noch einmal eine Bronzemedaille bei den Europameisterschaften. Bei den Weltmeisterschaften 1997 gewann sie nach ihrer Halbfinalniederlage gegen die Nordkoreanerin Kye Sun-hui ebenfalls Bronze. Flagothier blieb noch einige Jahre aktiv, gewann aber keine internationalen Medaillen mehr. Nach ihrer Karriere wurde sie Trainerin, unter anderem war sie jahrelang Trainerin der belgischen Frauen.