В 2016 году Маркиньос был вызван на Кубок Америки 2016 года, проходивший в США. В первых двух матчах своей сборной Маркиньос выступил в паре с Жилом, впоследствии лишь выйдя на замену Миранде в последнем матче группового этапа; этот матч со сборной Перу закончился поражением со счётом 1:0. Позднее в том же году Маркиньос был включён в состав команды, отправившейся на Летние Олимпийские игры 2016 года. В полуфинале этого турнира против сборной Гондураса в Рио-де-Жанейро Маркиньос отличился забитым мячом, сам матч закончился со счётом 6:0.