Neljännen liittokunnan sodan puhjettua vuonna 1806 Hohenlohe-Ingelfingen sai komentoonsa toisen Preussin kahdesta armeijasta, joiden tuli pysäyttää Napoleonin hyökkäys. Hänellä oli kuitenkin yhteistyövaikeuksia Preussin ylipäällikön, Braunschweigin herttua Kaarle Vilhelm Ferdinandin kanssa. Hänen päämajoitusmestarinsa Christian von Massenbach suunnitteli operaatioita, jotka olivat ristiriidassa ylipäällikön strategian kanssa. Tämän seurauksena Hohenlohe-Ingelfingen kärsi murskatappion 14. lokakuuta 1806 Jenan taistelussa, jossa Napoleon käytännössä tuhosi hänen armeijansa. Kaarle Vilhelm Ferdinand haavoittui kuolettavasti samanaikaisesti lähellä käydyssä Auerstädtin taistelussa, joten Hohenlohe-Ingelfingen joutui ottamaan ylipäällikkyyden. Hän perääntyi pääarmeijan rippeiden kanssa itään kohti Oderia, mutta luultuaan virheellisesti joutuneensa saarroksiin hän antautui 28. lokakuuta Prenzlaussa. Useat muut komentajat antautuivat seuraavina päivinä hänen esimerkkiään seuraten.