Jak bylo pro japonské námořní plánování během druhé světové války typické, Jamamotův bojový plán pro obsazení Midway (pojmenovaný operace MI) se vyznačoval mimořádnou složitostí. Vyžadoval pečlivou a dobře načasovanou součinnost několika bojových skupin, rozptýlených na stovkách čtverečných kilometrů volného oceánu. Jeho návrh byl také založen na optimistických zpravodajských informacích, podle kterých americké tichomořské loďstvo disponovalo pouze letadlovými loděmi USS "Enterprise" a USS "Hornet", tvořícími "Task Force 16" (TF 16 ~ 16. operační svaz). Během bitvy v Korálovém moři o měsíc dříve byl USS "Lexington" potopen a USS "Yorktown" utrpěl takové škody, že jej Japonci považovali též za ztracený. Po několikadenní provizorní opravě v Pearl Harboru se však "Yorktown" vrátil do služby a nakonec u Midwaye sehrál rozhodující roli při objevení a následném zničení japonských letadlových lodí. A konečně, velká část Jamamotových plánů byla – v souladu s tehdejším obecným přesvědčením japonského vedení – založena na hrubě nesprávném odhadu bojové morálky Američanů, která měla být oslabená šňůrou japonských vítězství během předchozích měsíců. Japonci začali trpět „chorobou“, později označovanou jako „nemoc z vítězství“. Považovali se za morálně nadřazené a předurčené být prvními na světě, zatímco Američany pokládali za slabé, dekadentní a vyžilé. V době bitvy u Midway „dosáhla tato arogance bodu, kdy ovlivňovala myšlení a činy důstojníků a mužstva ozbrojených sil“. Dokonce i během herní simulace nadcházející bitvy, která proběhla na palubě bitevní lodi "Jamato" 1. až 4. května, se jakákoliv možnost vážnějších komplikací či dokonce porážky nepřipouštěla a došlo to tak daleko, že v simulaci ztracené japonské letadlové lodě byly svévolně vraceny do hry.