Первый вызов в национальную сборную Шотландии Макфадден получил в мае 2002 года на матч Reunification Cup против ЮАР. Дебютировал в этой игре в первом составе «горцев», заменив во втором тайме поединка Аллана Джонстона. Примечательно, что Джеймс проспал обратный рейс самолёта из Гонконга, где проходила встреча, за что его чуть было не отлучил от национальной команды наставник шотландцев Берти Фогтс. 6 сентября 2003 года нападающий появился на поле в футболке «тартановой армии» в отборочном матче к чемпионату Европы 2004 Шотландия — Фарерские острова и на 74-й минуте встречи поразил ворота соперника, забив свой первый гол за «горцев». 15 ноября того же года в первом стыковом поединке за право поехать на Евро—2004, коим было противостояние против Нидерландов, Макфадден нанёс точный результативный удар, ставший победным для шотландцев. Тем не менее, в ответной игре «оранжевые» разгромили «горцев» 6:0 и оставили их за бортом финального турнира.