Aviat es va iniciar la campanya de Prússia. Durant la batalla de Jena, el 14 d'octubre del 1806, dugué les seves divisions a l'assalt de les línies prussianes. Però, endut per la seva empenta, es troba voltat d'enemics i el mariscal Jean Lannes l'ha de treure d'aquest mal pas. L'endemà, pren Erfurt i uns dies més tard comença el setge de Magdeburg, el qual va durar menys de 24 hores. La Batalla de Eylau, el (8 de febrer del 1807), no es va perdre gràcies a les càrregues del mariscal Murat, però sí que es va guanyar mercès a l'arribada propícia i inesperada del 6è Exèrcit dirigit pel Mariscal Ney. Amb solament 14.000 soldats, forçà els 70.000 soldats russos a replegar-se cap a Guttstadt. El 6è Exèrcit fou encarregat de perseguir el prussià L'Estocq cap al nord. Però abans d'establir el contacte, Ney va decidir defugir el combat, tot recorrent 80 quilòmetres en un sol dia. La victòria en la Batalla de Friedland el 1807 també es pot atribuir al mèrit de Ney, el qual és nomenat duc d'Elchingen el 6 de juny del 1808.