בינואר 2000 החל את קריירת האימון שלו בהולנד, שוב ב-AGOVV אפלדורן מעיר הולדתו ששיחקה אז בליגה החובבנית השנייה: הופטקלאס. ב-2002 זכה איתה באליפות הליגה הזו ועבר לאמן את דה חראפסחאפ המקצוענית. בין 2004 ל-2006 אימן את הראקלס אלמלו ואף זכה איתה באליפות הליגה השנייה והעפלה לליגה הראשונה. ב-2006 החל לשמש כמנהל ספורטיבי בפיינורד, תפקיד בו החזיק עד 2009. ב-2010 חזר לעמדת המאמן בהראקלס עד לשנת 2013. בין 2013 ל-2016 אימן את ויטסה ארנהם ובתחילת ינואר 2016 חתם במכבי תל אביב. את העונה סיים ללא תואר, כולל הפסד 0–1 בגמר הגביע למכבי חיפה. בתום העונה, הודיע בוס על עזיבתו לאייאקס.