Nynější souostroví je zbytkem velkého sopečného ostrova (nazývaný ve své době Thēra), jehož střed byl rozmetán mohutným výbuchem. K sopečné erupci Santorin došlo někdy na přelomu 17. století př. n. l. a 16. století př. n. l. (Druhá přechodná doba). Jedná se patrně o jeden z nejsilnějších sopečných výbuchů známých člověku, který svou silou mnohonásobně převýšil slavný výbuch sopky Krakatoa v roce 1883 (podle některých odhadů až 100×). Jím vyvolaným klimatickým změnám a vlnám tsunami je připisován pád mínojské civilizace, dává se do souvislosti s některými z biblických deseti egyptských ran. Po erupci v Egyptě následovala Nová říše, jejíž zakladatel Ahmose I. je identifikován jako faraon, který vystupuje v příběhu Exodus. Někdy se tato katastrofa považuje za zdroj pověsti o Atlantidě. Síla výbuchu se odhaduje kolem 2 400 megatun TNT. Pro představu, hirošimská bomba explodovala se silou 15 kilotun TNT, Théra se tedy vyrovnala svojí silou 160 000 hirošimským bombám. Nejsilnější lidstvem vytvořená bomba, nazývaná car-bomba, byla i při své síle výbuchu 50 megatun TNT stále 48krát slabší než výbuch ostrova Théra.