Valdas Adamkus besuchte die Jonas-Jablonskis-Grundschule und dann das Aušros-Gymnasium Kaunas. Nach der sowjetischen Annexion Litauens im Juni 1940 wurde Adamkus aktives Mitglied der litauischen Widerstandsbewegung gegen die Besatzer. Er floh im Juli 1944 mit seinen Eltern vor der heranrückenden Roten Armee nach Deutschland, kehrte jedoch noch einmal nach Litauen zurück und kämpfte in einer aus Litauern bestehenden Einheit in der Nähe der Ortschaft Seda im Oktober 1944 gegen die Rote Armee. Nachdem es der Roten Armee gelungen war, nahezu ganz Litauen zu erobern, floh Adamkus erneut nach Deutschland, wo er das Kriegsende erlebte.