Морські полки в Війні четвертої коаліції (1805) брали участь в десантних операціях загону графа П. О. Толстого, який зайняв потім Ганновер. Після Аустерлицької битви частина морських полків (по одному батальйону від кожного полку) була розписана до суден ескадри адмірала Сенявіна, діяла в 1806 році в Середземному морі, бравши участь в морському бою при Афонській горі і в занятті островів Тенедос і Лемнос. Цей зведений морської полк був названий 2-м морським полком, а два батальйони 2-го морського полку, які залишилися в Кронштадті, були приписані по одному до 1-го і 3-го полку.