Präsident José Joaquín Prieto Vial (1831–1841) überzeugte Portales im Jahr 1835, ins Amt zurückkehren, da sich das Land in einem instabilen Zustand befand. Im Herbst 1836 brach der Krieg zwischen Chile und der Peruanisch-Bolivianischen Konföderation aus. Portales stellte die Truppen für den Krieg zusammen. Im Juni 1837 wurde Portales von politischen Gegnern ermordet. Den Sieg Chiles im Jahr 1839 hat er nicht mehr miterlebt. Sein Leichnam wurde in der bürgerlichen Krypta der Metropolitankathedrale von Santiago beigesetzt.