À la mort du roi-cardinal, le duc accompagna les gouverneurs du Royaume à Lisbonne et Setúbal, tentant de s'assurer leur appui dans la reconnaissance de son épouse comme souveraine légitime ; devant la montée des violences, il finit toutefois par prendre le parti de Philippe II (futur Philippe Ier de Portugal). Au cours de la guerre civile qui s'ensuivit, Antoine de Crato fut défait à la Bataille d'Alcántara (1580) ; Philippe II fit son entrée au Portugal et fut confirmé par le Cortes de Tomar, où João occupait le poste de connétable.