לאחר העצמאות, נאלצה ארצות הברית להגן על ספינותיה בעצמה. היא שילמה כ-80,000 דולר למדינות כמו בריטניה וצרפת, כדמי הגנה מול שודדי הים. אולם טריפולי דרשה תשלום מיידי של 225,000 דולר ותשלום שנתי של 25,000 דולר. ג'פרסון החליט שעדיף להילחם בשודדי הים. כתוצאה מכך, הכריז הפאשא של טריפולי מלחמה על ארצות הברית, וכך החלה המלחמה הברברית הראשונה. לפני היבחרו לנשיאות, התנגד ג'פרסון לתקצוב הצי בסכום שיעלה על הנדרש לצורך הגנה על החופים. ההתקפות מצד שודדי הים הובילה אותו לשנות את גישתו.