Скоулз в течение семи лет выступал за сборную Англии. Он участвовал в четырёх больших соревнованиях — чемпионатах мира 1998 и 2002 и чемпионатах Европы 2000 и 2004. После Евро-2004 Скоулз объявил о завершении своей карьеры в сборной, мотивировав это желанием сосредоточиться на клубной карьере, а кроме того, больше времени проводить с семьёй.