We wrześniu 1939 w pałacu utworzono Szpital Maltański, będący jedyną filią Szpitala Ujazdowskiego. Placówka działała w tym miejscu w czasie okupacji niemieckiej (1939–1944) i powstania warszawskiego (1944). Ranni zostali ewakuowani 14 sierpnia. Ewakuację organizowali: szef sanitarny AK – płk dr Leon Strehl „Feliks” i lekarz naczelny szpitala, kpt dr Jerzy Dreyza.