הגוון המדויק של הצבע הכחול המשמש בדגל היה במרכז ויכוח במשך כמעט תשעים שנה. משנת 1920 ועד שנת 1985 הגוון היה "כחול צי", עד שהנשיא פרדיננד מרקוס הורה לשנותו ל"כחול שמים", בעצת חוגים היסטוריים, כדי שיהיה כמו הגוון המשמש את דגל קובה, שנתפשה כבעלת ברית נגד ספרד. בשל מחסור בחומרי גלם ובסטנדרט אחיד בזמן המלחמה הפיליפינית-אמריקאית, תומכי שני הגוונים יכולים להציג עדויות מתועדות שתומכות וסותרות את שתי הגישות. ראו דגלי המהפכה הפיליפינית.