Lorsque la guerre civile a commencé, il a rejoint le roi à York. Il a été engagé dans la cause des royalistes tout au long des guerres civiles et au-delà. Après que Byron s'est distingué lors de la Première bataille de Newbury le roi Charles l'a créé baron Byron en et l'a nommé commandant des forces royalistes dans le Lancashire et le Cheshire. Cependant, il a été vaincu à la bataille de Nantwich en 1644 et contraint de se retirer à Chester. Il a ensuite marché avec les forces du prince Rupert dans le Yorkshire et a commandé le flanc droit royaliste à la bataille de Marston Moor en , mais après que ses troupes ont été mises en déroute par des forces parlementaires numériquement supérieures, il s'est retiré à Carnarvon et a démissionné de son commandement. Il a cependant défendu le Château de Caernarfon avec compétence pour la cause royaliste, résistant à de longs sièges avant de finalement le rendre aux forces parlementaires en 1646.