Il MINSY operò come principale centro di riparazione navale affacciato sull'oceano Pacifico nel corso del tardo XIX secolo, svolgendo lavori di manutenzione tanto di unità navali statunitensi quanto di navi russe o giapponesi giunte dall'altra parte del bacino. Il MINSY svolse il ruolo di principale centro di comando per le attività di protezione civile e risposta alle emergenze lungo tutta la West Coast statunitense, inviando navi da guerra lungo le coste del Nord-ovest Pacifico in risposta agli attacchi delle tribù di nativi americani in zona come pure distaccando unità sulle coste dell'America centrale e meridionale per rappresentare gli interessi economici e commerciali degli Stati Uniti in loco; nel corso della guerra ispano-americana del 1898 il MINSY svolse il ruolo di centro di supporto logistico per le operazioni degli Stati Uniti nel Pacifico, mentre nel 1906 la base inviò uomini, navi e materiali in soccorso delle autorità locali dopo il distruttivo terremoto di San Francisco. La produzione e lo stoccaggio di munizioni furono inoltre importanti attività del MINSY per quasi tutta la sua esistenza.