Desde então, a Estônia melhorou sua situação. Nas eliminatórias para a Eurocopa 2004 não se classificou, com 8 pontos, 4 gols marcados e 6 sofridos. Já nas eliminatórias para a Copa do Mundo FIFA de 2006, a Estônia viu mais melhorias, com 5 vitórias, 2 empates e 5 derrotas.