Toen in 1896 de Filipijnse Revolutie uitbrak werd Rizal door de Spaanse koloniale autoriteiten gearresteerd en gemarteld met de bedoeling hem een bekentenis te ontlokken, die zijn broer zou linken aan de revolutie. Hij werd uiteindelijk vrijgelaten, toen hij het er op leek dat hij zou komen te overlijden als gevolg van zijn verwondingen. Na de executie van zijn broer in december 1896 trok hij naar Imus in Cavite waar hij zijn diensten aanbood aan Emilio Aguinaldo, de leider van de Filipijnse revolutionaire beweging. Hij werd aangesteld als generaal en kreeg de leiding over troepen in zijn geboorteprovincie Laguna. Hij vocht eerst tegen de Spanjaarden en later na het einde van de Spaans-Amerikaanse Oorlog en het uitbreken van de Filipijns-Amerikaanse Oorlog tegen Amerikaanse troepen. In 1900 werd Rizal gevangengenomen door de Amerikanen.