Sin embargo, tras el éxito de Francia en la Guerra de la Primera Coalición (1792-1797) contra los ejércitos aristocráticos de Prusia y Austria, el gobierno francés consideró que había llegado el momento de emprender acciones directas contra el aristocrático "Ancien Régime" en Suiza. En 1797, los distritos de Chiavenna, Valtelina y Bormio, dependencias de las Tres Ligas (un asociado de la Confederación), se rebelaron incitados por Francia. Fueron rápidamente invadidos y anexados a la República Cisalpina el 10 de octubre de 1797. En diciembre del mismo año, el obispado de Basilea fue ocupado y anexado. El 9 de diciembre de 1797, Frédéric-César de La Harpe, miembro del Club Helvético de Vaud, pidió a Francia que invadiera Berna para proteger Vaud. Al presentarse una oportunidad para eliminar a un vecino feudal y obtener la riqueza de Berna, Francia aceptó. En febrero de 1798, las tropas francesas ocuparon Mulhouse y &lt;a href="Biel/Bienne"&gt;Biel/Bienne&lt;/a&gt;. Mientras tanto, otro ejército entró en Vaud, fundando la República Lemánica. La Dieta se disolvió consternada sin tomar ninguna medida para evitar la anexión. El 5 de marzo, las tropas entraron en Berna, la cual fue abandonada por sus aliados y quienes estaban sufriendo disputas internas. Tras la batalla de Grauholz y la muerte de Karl Ludwig von Erlach, la resistencia contra los franceses fue aplacada. Con Berna, bastión del partido aristocrático, en manos revolucionarias, la vieja Confederación se derrumbó. En un mes, la Confederación estaba bajo control francés y todos los miembros asociados de la Confederación se habían ido.