Obwohl 1864 der mangelnde Synagogenbesuch beklagt wurde, kam es unter erheblichem finanziellem Aufwand für die Gemeinde in den 1870er Jahren zu einem Gebäudeausbau mit der Einrichtung einer Schule. Wahrscheinlich entstand dabei der eingeschossige Vorbau mit Wohnraum für jüdischen Familien. Während des Novemberpogroms von 1938 wurde die Synagoge in Bad Münder verwüstet. Im Dezember 1938 veräußerte die jüdische Gemeinde das Synagogengebäude an einen Bürger aus Bad Münder. Laut Anordnung des hannoverschen Regierungspräsidenten Rudolf Diels war der Verkaufserlös für jüdische Bedürftige in Bad Münder zu verwenden. Bekannt geworden ist unter anderem die finanzielle Unterstützung eines jüdischen Ehepaares.