В 1830 году был избран сенатором в первый состав официального законодательного органа страны. В 1831—1832 годах был министром финансов, в 1833—1839 — вновь сенатором. Тем временем в стране началась гражданская война: в 1838 году бывший президент Фруктуосо Ривера при поддержке Республики Риу-Гранди вторгся в страну, и подошёл к столице. В течение недели Перейра был временным президентом: 24 октября он принял полномочия у подавшего в отставку президента Мануэля Орибе, а 1 ноября передал их Фруктуосо Ривере.