Der Ort und seine Umgebung waren mehrmals Opfer feindlicher Einfälle, so wurden im 15. Jahrhundert große Teile des Weinviertels von den Hussiten heimgesucht und geplündert, darunter auch Zistersdorf. Gegen Ende des Dreißigjährigen Krieges zog der schwedische General Torstensson nach seinem Sieg bei Jankau 1645 eine Spur der Verwüstung bis nach Wien, wobei er mit seinem Heer auch in Zistersdorf einfiel. Am 17. Oktober 1706 fielen die Kuruzen unter Graf Simon Forgatsch (Forgács) mit 16.000 Mann in Zistersdorf ein, plünderten den Ort und töteten im Schloss rund 400 Menschen.