Після початку Другої світової війни у 1939 році його будинок став притулком для біженців. Після вторгнення СРСР до Польщі 17 вересня 1939 році його маєток був розграбований, а Станіслав Старовейський та його брат Маріан заарештовані. Після відходу радянських військ за Буг, Старовейський повернувся до свого маєтку наприкінці вересня 1939 року. Під час німецької окупації він діяв з благодійністю та підтримував Єпархіальну курію в Любліні. 19 червня 1940 року його арештували гестапівці й ув'язнили в Замойській ротонді, потім у Люблінському замку, а потім перевели до німецького концтабору в Заксенхаузені. У вересні 1940 року його перевели до табору в Дахау. Як представник шляхти та католицький активіст, він зазнав жорстоких переслідувань у таборі. Стан його здоров'я погіршився, ноги набряклі, а з ран постійно сочилася кров. Станіслав Завейський помер 13 квітня 1941 року. Урну з його прахом влада табору надіслала родині, а потім поховали на родинному кладовищі Шептицьких у Лабуні.