У 1795 годзе горад трапіў у склад Расійскай імперыі, увайшоўшы ў склад Віленскай губерні. У 1812 годзе ў наваколлі Вількаміра адбылася бітва паміж рускім і французскім войскамі. Пад час паўстання 1830 года горад быў узяты войскам паўстанцаў на некалькі месяцаў. У 1843 годзе горад увайшоў у склад Ковенскай губерні. Жыхары горада актыўна ўдзельнічалі ў паўстанні 1863—1864 гадоў.