W kwietniu 2015 Bocanegra doznał urazu więzadła krzyżowego, wobec czego musiał pauzować przez kolejne trzy miesiące. Po powrocie do składu, w sezonie Finalización 2015 zdobył z Nacional – prowadzonym już przez Reinaldo Ruedę – swoje trzecie mistrzostwo Kolumbii, ponadto ponownie zajął drugie miejsce w Superliga Colombiana. W 2016 roku skompletował potrójną koronę; wywalczył puchar (Copa Colombia), superpuchar (Superliga Colombiana), a przede wszystkim triumfował w najbardziej prestiżowych rozgrywkach kontynentu – Copa Libertadores, będąc filarem zwycięskiej drużyny. Po dwuletniej przerwie dotarł również do finału Copa Sudamericana (zwycięstwo zostało wówczas przyznane brazylijskiej ekipie Chapecoense, której zawodnicy zaraz przed finałem zginęli w katastrofie lotniczej). W grudniu wziął również udział w Klubowych Mistrzostwach Świata, gdzie Nacional odpadł w półfinale i zajął trzecie miejsce.