W styczniu 1900 w czasie gdy był zajęty poszukiwaniem złota w Skagway na Alasce, Burnham otrzymał następujący telegram: "Lord Roberts mianuje cię do swojej osobistej służby jako szef Skautów. Jeśli akceptujesz tę propozycję, przybądź tak szybko jak to możliwe." Jakkolwiek Kapsztad znajduje się po przeciwnej stronie globu względem Klondike, Burnham wyruszył na spotkanie w ciągu godziny. Przybył na front tuż przed rozpoczęciem bitwy pod Paardeberg. Podczas wojny większość czasu spędził po drugiej stronie linii frontu, zdobywając informacje i wysadzając mosty i podkłady kolejowe. Dwukrotnie został złapany i dwukrotnie udało mu się uciec z niewoli. Przez pewien czas był niezdolny do walki z powodu odniesienia bardzo poważnych, prawie śmiertelnych ran.