22 апреля 1998 года Степан Томас дебютировал за сборную Хорватии, выйдя на замену во втором тайме домашнего товарищеского матча против сборной Польши. 19 июня 1999 года он забил свой первый и единственный гол за национальную команду, сравняв счёт в самой концовке гостевой товарищеской игры с корейцами. На чемпионате мира 2002 года в Японии Томас отыграл без замен все три матча сборной Хорватии на этом турнире. Он был включён в состав сборной на чемпионате Европы 2004 года в Португалии, но не сыграл ни в одном из его матчей. Томас также принимал участие в финальной стадии чемпионате мира 2006 года в Германии, где сыграл в поединке против сборной Австралии. Эта игра стала его последней за национальную команду.