Још на јесен 1799. године Французи су зауставили офанзиву коалиције. Руски цар Павле I Романов повлачи се из коалиције, док Британија, Напуљ и Аустрија настављају ратовање. Француска војска у Италији била је у тешком стању. Командант Масена био је опседнут у Ђенови, без намирница и муниције. Наполеон се преко Швајцарске упутио за Италију и напао Аустријанце са леђа. Они су му кренули у сусрет. До битке је дошло 14. јуна 1800. године код Маренга. Битка се развијала неповољно по Французе. Ствар је спасао генерал Луј Дезе који се самоиницијативно окренуо и ступио у помоћ Наполеону чиме је преокренуо битку. У бици је, међутим, изгубио живот. Истог дана, у Египту је извршен атентат на команданта француских снага, Жан-Батист Клебера, чијом смрћу је рат у Египту изгубљен. Након битке код Маренга, обновљена је Цисалпинска република, а тежиште операција пренето је у Немачку. Тамо је генерал Моро однео другу велику победу у овом делу рата, у бици код Хоенлиндена. Аустрија је након овог пораза приморана на мир. Мир је потписан у Линевилу код Нансија 9. фебруара 1801. године. Наполеон се задовољио аустријским признавањем Цисалпинске републике. Французима је враћена Луизијана, признато им је право на Белгију и на читаву леву обалу Рајне. Само десет дана касније из Друге коалиције излази Напуљска краљевина након потписивања мира у Фолињу. Друга коалиција је тиме престала да постоји јер је у рату остала само Британија. Руски цар Павле, придобијен од Наполеона, оснива Лигу неутралних земаља које се нису хтеле мешати у рат Француске и Британије. Лига је у овом тренутку више погодовала Француској. Британци су инспирисали и помогли атентат у коме је убијен руски цар Павле. Поморским нападом и бомбардовањем Копенхагена разбијена је Лига неутралних.