Unas semanas antes del estallido de la Segunda Guerra Mundial y la ocupación alemana de Polonia, los polacos desarmaron el retablo y almacenaron sus principales estatuas en cajas dispersas por todo el país. Las cajas fueron localizadas por una unidad nazi llamada "Sonderkommando Paulsen" y transportadas al Tercer Reich, probablemente a Berlín. Los paneles también fueron encontrados y enviados a Alemania. Los depositaron en el sótano del castillo de Nuremberg. En el castillo, los prisioneros polacos enviaron mensajes a los miembros de la resistencia polaca de que el venerado retablo estaba escondido allí. El retablo sobrevivió a la guerra a pesar del fuerte bombardeo de Nuremberg, y fue descubierto por el conde Emeryk Hutten-Czapski, que estaba adscrito a la 1ª División Blindada polaca, y fue devuelto a Polonia en 1946, donde fue sometido a una importante restauración. Fue devuelto a la Basílica de Santa María en 1957.