1987 wurde McGeechan zum Assistenztrainer des schottischen Nationaltrainers Derrick Grant ernannt und war Teil des Trainerteams zur ersten Weltmeisterschaft. Ein Jahr später übernahm er das Amt von Grant. Er führte Schottland zum Gewinn des Grand Slams bei den Five Nations 1990 und in das Halbfinale bei der WM 1991, dem bis heute größten Erfolg der schottischen Nationalmannschaft. 1990 wurde ihm der Orden Officer of the British Empire verliehen.