Kroatia oli alkuvuodesta 1999 FIFA-rankingissa kolmantena useita kuukausia, mikä on edelleen Kroatian paras sijoitus FIFA-rankingissa. Kroatia karsiutui vuoden 2000 EM-kilpailuista. Kroatia selvisi Etelä-Korean ja Japanin MM-kilpailuihin 2002, mutta hävittyään alkulohkossa Meksikolle ja Ecuadorille jäi Kroatia lopulta alkulohkonsa kolmanneksi. Portugalin EM-kilpailuissa 2004 Kroatia pelasi alkulohkossaan tasapelit Ranskaa ja Sveitsiä vastaan ja hävisi Englannille. Kroatia jäi lohkonsa kolmanneksi ja karsiutui pudotuspeleissä. Sama kohtalo oli Saksan MM-kilpailuissa kaksi vuotta myöhemmin: tappio Brasilialle ja tasapelit Australiaa ja Japania vastaan jättivät Kroatian alkulohkossaan kolmanneksi. MM-kilpailujen jälkeen Kroatian päävalmentajaksi tuli Slaven Bilić. EM-kilpailuissa 2008 Kroatia voitti oman alkulohkonsa, mutta hävisi puolivälierissä Turkille rangaistuspotkukilpailun jälkeen. Kroatia jäi lohkonsa kolmanneksi Englannin ja Ukrainan jälkeen, jolloin Kroatia ei selvinnyt lopputurnaukseen. EM-kilpailuissa 2012 Kroatia sijoittui alkulohkonsa kolmanneksi voitettuaan Irlannin, pelattuaan tasapelin Italiaa vastaan ja hävittyään Espanjalle. Brasilian MM-kilpailuissa 2014 Kroatia oli jälleen alkulohkonsa kolmas voitettuaan vain Kamerunin ja hävittyään Brasilialle ja Meksikolle.