El Mohamady es miembro de la selección de fútbol de Egipto, con la cual ha anotado un gol en 8 partidos. El 8 de septiembre de 2018 debutó con el combinado nacional en la goleada por 6-0 sobre por la clasificación para la Copa Africana de Naciones de 2019 jugando como titular en la defensa de tres de Egipto, junto a Ahmed Hegazy y Ali Ghazal. Desde entonces fue considerado por el técnico Javier Aguirre en sus convocatorias habituales. El 16 de noviembre de ese mismo año convirtió su primera anotación con Egipto en la victoria por 3-2 sobre , también por la clasificatoria. El 11 de junio de 2019 fue convocado para disputar la Copa Africana de Naciones 2019, torneo en el cual fue pieza de recambio en la defensa.