12 kwietnia 2012, po dokonaniu przez wojsko zamachu stanu, została usunięta z urzędu. Wojsko rozwiązało wszystkie instytucje państwa oraz aresztowało pełniącego obowiązki prezydenta Raimundo Pereierę i kandydata w wyborach Carlosa Gomesa Júniora. Władzę w kraju przejęło Dowództwo Wojskowe na czele z generałem Mamadu Ture Kurumą. Po przeworcie przebywała do końca maja 2012 w placówce Unii Europejskiej, po czym powróciła do swojego miejsca zamieszkania. 16 maja 2012, po zawarciu porozumienia przez juntę wojskową z ECOWAS, nowym szefem przejściowego rządu został mianowany Rui Duarte de Barros.