15 марта 1848 года в Будапеште начались волнения. Сторонники революции разработали программу из 12 пунктов, среди них значились: обеспечение основных гражданских свобод, ликвидация феодальных повинностей крестьян, замена сословного сейма выборным парламентом, создание венгерской армии и другие. Вскоре было сформировано либеральное правительство во главе с графом Баттьяни. Настроенный достаточно либерально, эрцгерцог Стефан не противился переменам, но положение его становилось всё более сложным. 7 апреля 1848 года император Фердинанд I назначил первым премьер-министром парламентского правительства Венгрии Лайош Баттьяни. 24 сентября 1848 года Стефан Франц отказался от палатината. В 1850 году удалился в свои владения в Германии и поселился в замке Шаумбург. Должность палатина сохранилась, но палатин имел уже символические функции. Формально Стефан Франц Австрийский был палатином до самой смерти, но уже не участвовал в делах королевства.