Tredje sæson blev nomineret til seks Primetime Emmy Awards, blandt andet med nomineringer for instruktion, manuskript, redigering og lydspor. O'Quinn vandt tredje sæsons eneste Emmy for sit skuespil i en birolle. Den ottende episode blev nomineret til en Writers Guild of America Award i kategorien "Dramaepisode". Producerne blev nomineret til en Producers Guild Award i "TV-drama"-kategorien. "Lost"s stunthold blev nomineret til sæsonens eneste Screen Actors Guild Award. "Lost"s tredje sæson modtog også en Television Critics Association-nominering i drama-kategorien. Sæsonen blev ikke nomineret til en Golden Globe Award og fik to Directors Guild Award-nomineringer. Sæsonen havde i gennemsnit 14,6 millioner seere i Amerika per episode, hvilket gav en 17. plads samlet og en 9. plads i fokus-segmentet, der er voksne mellem 18 og 49. Den første blok havde et gennemsnit på fire millioner flere seere end den anden blok, der med 14. afsnit havde færrest seere i seriens historie med 11,52 millioner seere. Dog var "Lost" et af de shows, der blev optaget mest i 2007.