Isaksson debuteerde in maart 2002 tegen Zwitserland in het Zweeds voetbalelftal. Voor Zweden was hij doelman tijdens onder meer het Europees kampioenschap voetbal 2004, het wereldkampioenschap voetbal 2006, het Europees kampioenschap 2008 en het EK 2012. Op het WK 2006 miste hij alleen de achtste finale tegen Duitsland vanwege een blessure. Op 12 oktober 2012 speelde Isaksson zijn honderdste interland voor Zweden, een WK-kwalificatiewedstrijd tegen de Faeröer (1–2 winst). Op 11 mei 2016 selecteerde bondscoach Erik Hamrén hem voor zijn vijfde interlandtoernooi, het Europees kampioenschap voetbal 2016 in Frankrijk. Ten tijde van de selectie was hij de speler met de meeste interlands achter zijn naam, gevolgd door middenvelder Kim Källström. Zweden werd uitgeschakeld in de groepsfase na nederlagen tegen Italië (0–1) en België (0–1) en een gelijkspel tegen Ierland (1–1). Hij speelde zijn laatste wedstrijd voor de nationale ploeg op woensdag 22 juni 2016 tegen België, net als spits Zlatan Ibrahimovic en middenvelder Kim Källström.