Στις 29 Σεπτεμβρίου 1944, ο Μπουρ-Κομορόφσκι προήχθη σε Γενικό Επιθεωρητή των Ενόπλων Δυνάμεων (Στρατάρχης της Πολωνίας). Στις 4 Οκτωβρίου, μετά από δύο μήνες έντονης μάχης, ο Μπουρ-Κομορόφσκι παραδόθηκε στον SS-"Obergruppenführer" Έριχ φον ντεμ Μπαχ-Ζελέφσκι, αφού η Ναζιστική Γερμανία συμφώνησε να αντιμετωπίσει τους μαχητές του Εσωτερικού Στρατού ως αιχμαλώτους πολέμου. Ο Στρατηγός Μπουρ-Κομορόφσκι τέθηκε υπό κράτηση στη Γερμανία (στο Oflag IV-C). Παρά τις επανειλημμένες απαιτήσεις, αρνήθηκε να διατάξει να παραδοθούν οι υπόλοιπες μονάδες του Εσωτερικού Στρατού στην Κατεχόμενη Πολωνία.