W „Noc kryształową” z 9 na 10 listopada 1938 roku nyska synagoga została zdewastowana, jednak nie została spalona z uwagi na swoje sąsiedztwo ze ścisłym centrum miasta. Nazistowscy bojówkarze zdemolowali także budynek Gminy Żydowskiej, żydowskie apteki, warsztaty oraz gabinet dentystyczny. Ogólny bilans wyniósł 11 sklepów oraz 31 domostw żydowskich. Wydarzenia te stały się powodem wyjazdu znacznej części ludności żydowskiej z Nysy. W mieście pozostało 152 zarejestrowanych wyznawców Judaizmu.