En el caso de la IX Región, ésta no aparecía en la nueva estructura de 1939. La Capitanía General de Granada, de cuatro siglos de vigencia, había desaparecido en la reforma de 1893. Durante el curso de la Segunda Guerra Mundial, debido al desembarco aliado en el Norte de África en noviembre de 1942, se estableció la creación de esta nueva IX Región Militar para reorganizar las fuerzas de la zona. A tal efecto, como segregación de la II Región Militar, fue oficialmente creada el 1 de marzo de 1944, con Capitanía General en Granada. En 1959 sería igualada al mismo rango de las demás y elevada la jerarquía de su mando a teniente general, al mismo tiempo que integraría también la provincia de Jaén, dependiente hasta entonces de la II Región Militar.