Weil Wilhelm nicht dem Rheinbund beitrat und zu Beginn des preußisch-französischen Kriegs 1806 seine Armee teilmobilisierte und sein Land für neutral erklärte, besetzte Napoleon Kurhessen. Am 1. November 1806 marschierte französisches Militär in Kassel ein. Der Kurfürst floh rechtzeitig und ging ins Exil, zuerst nach Holstein, wo er im Itzehoer Prinzesshof residierte, und später nach Prag. Wesentliche Teile des kurhessischen Staatsschatzes konnten 1806 durch den Hauptmann Wilhelm Mensing vor dem Zugriff Napoleons in Sicherheit gebracht werden. Die Stammlande von Hessen-Kassel wurden dem von Napoleon neu geschaffenen Königreich Westphalen zugeschlagen, die südlichen Landesteile, also die Grafschaft Hanau-Münzenberg, unterstanden ab 1806 zunächst der französischen Militärregierung und gehörten von 1810 bis 1813 zum Großherzogtum Frankfurt.