Nablus también es la sede de la Universidad Nacional an-Najah, la mayor universidad palestina en Cisjordania. Fundada en 1918 por la Escuela Nablusi an-Najah, se convirtió en instituto en 1941 y en universidad en 1977. Las autoridades israelíes cerraron an-Najah durante la Primera Intifada, pero pudo reabrir en 1991. A fecha de 2011, la universidad tenía cuatro campus en Nablus con más de 20.000 alumnos y 800 profesores distribuidos en trece facultades.