Els problemes amb els veïns turcmans, sobretot amb Karaman, el principat turc més fort d'Àsia Menor, va obligar el soldà a combatre a l'est. El resultat va ser l'annexió d'aquests petits estats fins que l'oest va tornar a reclamar l'atenció de Baiazet. Moltes de les zones ja conquerides es van voler alliberar del poder otomà, però el soldà va reconquerir ràpidament el que s'havia perdut i va continuar endavant: van irrompre a Estíria, van ocupar Grècia i el 1397 van dur a terme la conquesta d'Atenes. Es van dirigir llavors cap a l'est, on es van trobar amb un enemic molt més poderós: Tamerlà. El 1402, Tamerlà va guanyar la Batalla d'Ankara, la qual cosa va suposar l'enfonsament de l'hegemonia otomana a l'Àsia Menor. Els otomans es van reconèixer vassalls de Tamerlà i Baiazet va trobar la mort a la presó el 1403.