Отряды прикрытия отразили попытки германских подводных лодок, торпедных катеров и эсминцев нанести удар по конвоям. Больший ущерб нанес шторм в середине июня, который вывел из строя одну искусственную гавань и затянул до 19 июля постройку другой. Тем не менее выгрузка на берег продолжалась. Было решено в отлив оставлять десантные суда на берегу, чтобы разгружать их прямо на суше. Так как к концу июня положение в районе высадки стабилизировалось, штаб-квартира Рамсея была переведена с корабля на берег – в Курсель. Морская боевая часть операции завершалась. Однако корабли флота участвовали в обстрелах побережья. Флот занимался восстановлением разрушенных французских портов, которые обеспечивали потребности армии в грузах. 5 июля на плацдарм высадился миллионный солдат. Значительная часть кораблей, участвовавших в операции «Нептун», направлялась на Средиземное море для доставки десанта на юг Франции. В отчете Рамсей отметил, что высадка была проведена в соответствии с планом. Сказалась не только работа над плановыми документами, но и упорная боевая подготовка, тренировка моряков и войск. Немалую роль сыграл и сам адмирал Рамсей, ибо победу обеспечило господство флота на море и авиации в воздухе. Так как германское командование начало подвергать морские перевозки атакам торпедных катеров и других военных судов, Рамсей создал эскадру из малых артиллерийских кораблей, которая днем у берега поддерживала армию, а вечерами патрулировала якорные стоянки, отбивая атаки неприятельского флота. Германский флот потерял в Ла-Манше с 1 июля по 4 августа 9 подводных лодок. Успехи противника оказались невелики.