1989 besuchten die British and Irish Lions Australien, um drei offizielle Testspiele gegen die Nationalmannschaft Australiens zu bestreiten, von denen sie letztlich zwei gewannen. Lynagh war einer der stärksten Spieler der unterlegenen „Wallabies“, konnte aber den Sieg der Lions nicht verhindern. Er erzielte 1990 24 Punkte gegen Frankreich und übernahm damit den australischen Rekord für die meisten Punkte in einem Spiel. Im selben Jahr übertraf er als erster Spieler der Geschichte die 500-Punkte-Marke. Bei den Weltmeisterschaften 1991 war er Teil der Nationalmannschaft, die den ersten Weltmeistertitel für Australien gewinnen konnte. Er erzielte dabei mit 66 Punkten die zweit meisten aller Spieler. Im Viertelfinale gegen Irland zeigte er seine wichtige Rolle im Team, als er nach der Verletzung des Kapitäns Farr-Jones die Rolle übernahm und mit einem Sprungtritt und einem Versuch das Spiel zugunsten der „Wallabies“ drehte.