El 21 de novembre de 1974, després d'un dia de manifestacions estudiantils a favor de l'OLP, va ser deportat al Líban; l'exèrcit israelià va declarar que havia estat expulsat per promoure manifestacions en contra l'ocupació israeliana. Nasir va marxar a Amman, a Jordània, on va romandre exiliat 18 anys; malgrat la distància va continuar supervisant la construcció del campus universitari a Birzeit i l'ampliació acadèmica dels estudis i recaptant fons per finançar els projectes. En els seus primers anys d'exili Nasir va començar a exercir un paper polític actiu. Va ser membre del Consell Nacional Palestí (les sessions es feien al Caire) com independent el 1976 i va ser triat membre del Comitè Executiu de l'OLP el 1977 i el 1979, encarregat de l'ensenyament superior. El mateix any va assumir la direcció del Fons Nacional de Palestina, càrrec que va ocupar fins al 1982. A l'abril de 1993 Hanna Nasir va ser finalment autoritzat a tornar a Territoris Palestins, arrel dels Acords d'Oslo que portarien a la creació d'un autogovern palestí. Va reprendre el lloc de director de la Universitat de Birzeit, que havia reobert un any abans, després d'haver estat clausurada quatre anys i mig per una ordre militar durant la Intifada. Malgrat els freqüents tancaments ordenats per les autoritats israelianes i de les detencions i deportacions d'estudiants i professors, la universitat havia passat en 20 anys, de 250 a 2.500 alumnes, un terç d'ells dones.