Además de apoyar las guerras en Tierra Santa, la marina desempeñó un papel vital en la rivalidad genovesa con la cercana República de Pisa, que compitió con Génova por la influencia en Córcega y Cerdeña. Era común que los estados marítimos italianos capturaran barcos mercantes de sus rivales, y se sabía que la armada genovesa combatía y participaba en esta práctica. En 1119 un escuadrón genovés allanó un convoy mercante pisano, comenzando la primera de las guerras entre Pisa y Génova. La primera de las guerras terminó indecisamente, pero resultó en un siglo de incursiones y piratería mientras ambas ciudades luchaban por Córcega y Cerdeña. En la década de 1230, estalló una segunda guerra no declarada entre Génova y Pisa como parte del conflicto entre Guelfos y Gibelinos. El Sacro Emperador Romano se puso del lado de Pisa cuando estalló la guerra, obligando a Génova a encontrar aliados en el extranjero. La república se puso del lado del Papa (que en ese momento estaba en una disputa con el Sacro Emperador Romano), y envió una flota para transportar un ejército guelfo a Roma en una muestra de apoyo a la causa papal. Los gibelinos descubrieron el plan y, junto con una flota pisana, interceptaron a la armada genovesa en la Batalla de Giglio en 1241. Cargada de pasajeros y equipaje, la armada genovesa perdió 3 galeras que fueron hundidas y 27 fueron capturadas. La segunda guerra con Pisa acabó en una paz blanca en 1243.