Bei den Novemberpogromen 1938 („Reichskristallnacht“) setzten regimetreue Haßfurter das Innere der Synagoge in Brand, schichteten vor dem Gebäude Torarollen, Gebetbücher und Ritualien auf und verbrannten sie vor den Augen der zusammengelaufenen Menschenmenge. Alle Männer jüdischen Glaubens wurden verhaftet. 34 von den 68 im Jahr 1941 verbleibenden Juden gelang die Emigration. Wer blieb, wurde in Vernichtungslager deportiert: 16 jüdische Einwohner am 22. April 1942 über Würzburg nach Izbica, die letzten beiden im September ins Ghetto Theresienstadt.