Yara ten Holte lief für die niederländische Jugend- sowie für die Juniorinnennationalmannschaft auf. Sie nahm mit diesen Auswahlmannschaften an der U-17-Europameisterschaft 2015, an der U-19-Europameisterschaft 2017 und an der U-20-Weltmeisterschaft 2018 teil. Am 1. Oktober 2020 stand sie bei einem Testspiel gegen Deutschland erstmals im Kader der niederländischen A-Nationalmannschaft.