Hatzfeld comenzó su carrera como periodista en 1977 en el diario francés "Libération". Ha escrito también para otros periódicos y realizado documentales para televisión. Ha cubierto el conflicto en el Oriente Medio, el ascenso del movimiento Solidaridad en Polonia, la Revolución de Terciopelo en Checoslovaquia y la caída del dictador rumano Ceausescu. Fue durante varios años corresponsal de guerra en Líbano, a principios de los ochenta. También cubrió las guerras yugoslavas (en las que resultó gravemente herido). Ha pasado largas temporadas en Líbano, Israel, Irak y otros países. En 1994, Jean Hatzfeld viajó al este de África para cubrir el genocidio de Ruanda para el diario "Liberación". Se dedicó posteriormente a la investigación de este genocidio, sobre el que publicó varios libros. El primero, "Dans le nu de la vie" (2000), que narra historias de supervivientes Tutsi, ganó varios premios: el Premio Culture 2000, el Pierre Mille y el France Culture. A este libro le siguió un volumen con historias de los asesinos Hutu, "Une Saison de machettes", que ganó el Premio Femina en 2003 y el Jossef Kessel en 2004. Un tercer volumen sobre el genocidio, "La stratégie des antilopes", ganó en 2007 el Premio Médicis y el Ryszard-Kapuściński. Más tarde publicó "Englebert des Collines" (2013) y "Un Papa de sang" (2015). También ha escrito tres novelas.