Zu Beginn des Sezessionskrieges kehrte er als Oberst des 1. Infanterieregiments von Minnesota in den aktiven Militärdienst zurück und wurde nach anschließender Verwendung an der Kriegsfront im Februar 1862 zum Brigadegeneral der Freiwilligtruppen ernannt sowie zur Army of the Potomac versetzt. In der Folgezeit nahm er als Kommandeur einer Brigade an verschiedenen Kampfhandlungen wie dem Halbinsel-Feldzug, der Schlacht von Seven Pines, der Schlacht am Malvern Hill und schließlich am 17. September 1862 an der Schlacht am Antietam teil. Dort befehligte er eine Brigade in der 2. Division von General John Sedgwick, die zum II. Korps von General Edwin Vose Sumner gehörte, und wurde abermals schwer verwundert.