В составе сборной Перу Семинарио дебютировал на чемпионате Южной Америки в 1956 году, где сыграл 2 матча. Через год он участвовал на другом первенстве южноамериканского континента, на котором перуанцы заняли третье место, а сам Хуан провёл все 6 игр и забил 1 гол (в ворота Уругвая). Играл Семинарио и на турнире в Аргентине два года спустя, где также провёл все 6 матчей, и в которых забил 2 гола, оба в первой игре с Бразилией. Отметился Семинарио и в матче с Уругваем, где уже на 37 минуте встречи получил красную карточку. Хуан Роберто сыграл главную роль в матче со сборной Англии, которая была обыграна со счётом 4:1, а сам нападающий забил 3 гола перуанцев. После отъезда в Европу, Семинарио, как и другие перуанские игроки, выступавшие за европейские команды, перестал вызываться в состав сборной страны. В 1969 году он вернулся в Перу и даже был приглашён вновь играть за национальную команду, но сам отказался, чувствуя несправедливость из-за того, что когда он был в лучшей форме, его не вызывали. Из-за этого нападающий не попал на чемпионат мира 1970, о чём впоследствии очень жалел. Всего за национальную команду Хуан Семинарио забил 6 голов в 19 встречах.