Einen militärisch deutlich schwereren Schlag gegen die spanische Vormachtstellung auf See stellte die Schlacht bei Gibraltar im Jahre 1607 dar, bei der eine von Jacob van Heemskerk befehligte niederländische Flotte eine spanische, die an der Bucht von Gibraltar ankerte, überraschte und vollständig zerstörte. Spanien verlor auf einen Schlag 21 Kriegsschiffe, darunter 10 große Kriegsgaleonen. Noch folgenschwerer war dem Marinehistoriker Alexander Meurer zufolge die Seeschlacht bei den Downs (1639), von der Niederlage gegen die Niederländer erholte sich die spanische Kriegsmarine nicht mehr; mehr als 40 Kriegsschiffe wurden zerstört oder fielen in Feindeshand. Mit den Niederlagen gegen französische Flotten bei Guetaria bzw. Genua (1638), Cádiz (1640), Barcelona (1642), Cartagena (1643) und Ortobello (1646) ging auch die Seeherrschaft im Mittelmeer verloren. Aus eigener Kraft konnte Spanien selbst im Mittelmeer seine Besitzungen nicht mehr verteidigen und musste dafür ausgerechnet die Niederländer um Hilfe bitten, doch auch die vereinte spanisch-niederländische Flotte unterlag 1676 in der Seeschlacht vor Palermo den Franzosen, weil die Spanier die von ihnen gerufenen Niederländer kaum unterstützten. In der zweiten Hälfte des 17. Jahrhunderts verlor Spanien sukzessive seine Vormachtstellung in den Weltmeeren an die Niederlande, England und Frankreich, blieb aber eine Seemacht. Die spanische Flotte spielte noch eine bedeutende Rolle als Verbindung zu den Kolonien.