Dopo lo scoppio della guerra contro la Repubblica francese il "San Hermenegildo" divenne nave di bandiera dell’ammiraglio Federico Carlos de Gravina y Napoli, la cui divisione di quattro vascelli fu incorporata nella squadra navale dell’ammiraglio Juan de Lángara y Huarte operante in Mediterraneo. Il vascello prese parte alle operazioni di appoggio alle operazioni belliche in Catalogna, e poi all’evacuazione delle truppe anglo-spagnole da Tolone, in collaborazione con la squadra inglese dell’ammiraglio Samuel Hood nel 1793.