El primer trabajo de Khalidi como profesor fue en Oxford, un puesto del que dimitió en 1956 en protesta por la invasión británica de Egipto en la Guerra de Suez. Fue profesor de Estudios Políticos en la Universidad Americana de Beirut hasta 1982, tras lo que se convirtió en socio investigador del Centro Harvard para Asuntos Internacionales. También ha dado clases en la Universidad de Princeton.