Filipíny byly až do konce 19. století španělskou kolonií. Roku 1898 vypukla španělsko-americká válka, jejíž důležitou epizodou byla španělská prohra v bitvě v Manilské zátoce. Američané po ní potřebovali pomoc filipínských zastánců nezávislosti, a proto jim mimo jiné darovali člun z potopeného křižníku "Reina Cristina". Plavidlo pojmenované "Magdalo" se stalo první lodí filipínského revolučního námořnictva, které doplnilo několik původně španělských ozbrojených parníků a obchodních lodí. Dne 20. května 1898 na něm byla vyvěšena filipínská vlajka. Toto datum je oslavováno jako den vzniku filipínského námořnictva. Revoluční flotila se úspěšně zapojila do filipínské revoluce, po jejímž úspěchu byla vyhlášena Filipínská první republika. Nedokázalo však vzdorovat americké invazi roku 1898. Po filipínsko-americké válce se v roce 1901 Filipíny staly kolonií Spojených států amerických.