פיליפינים רבים הגיבו להשתלטות האמריקנית במלחמת גרילה, ודרשו עצמאות לאיים, אולם הצבא, בהנהגת המושל הצבאי ארתור מקארתור הבן (אביו של הגנרל דאגלס מקארתור) שלט שם. מקארתור הרגיש שהוועדה היא מטרד, ומשימתם הייתה לנסות לכפות שלטון עצמי על עם שאינו מוכן לכך. הגנרל נאלץ לשתף פעולה עם טאפט, כיוון שמקינלי נתן לוועדה שליטה בתקציב הצבאי של האי. הוועדה קיבלה את כוחה בפיליפינים ב-1 בספטמבר 1900, וב-4 ביולי 1901, הפך טאפט למושל האי. מקארתור, שהיה המושל הצבאי עד אז, שוחרר מתפקידו ונשלח בחזרה לארצות הברית.