En janvier 2021, pendant la pandémie de Covid-19, il publie une tribune sur le site "FranceSoir", qui est jugé complotiste par de nombreux médias : il dénonce une « tyrannie », demande aux parlementaires, et à défaut aux militaires, de « mettre fin à l'exercice du mandat de l'actuel président de la République », Emmanuel Macron, et appelle à la désobéissance civile afin d'obtenir . Les médias font remarquer que le fait de provoquer à la désobéissance des militaires est passible de poursuites ; une enquête est ouverte le mois suivant pour « provocation à la commission d'atteintes aux intérêts fondamentaux de la nation ». Le 28 mars 2021, toujours durant la crise sanitaire, il tient un concert à Nice durant lequel il propose aux 350 spectateurs présents de commettre un délit sous les yeux des forces de l'ordre en s'embrassant, chose que la foule fait. En juin 2021, lors d’un malaise du joueur Christian Eriksen durant une rencontre du championnat d'Europe de football, Francis Lalanne suggère sur Twitter une possible corrélation entre le vaccin anti-Covid et l'arrêt du cœur du sportif, qui n’est pourtant pas vacciné. Son compte est suspendu après qu'il l'utilise pour comparer le vaccin anti-Covid à un .