Über Madeira erreichte Baudin im April 1793 das Kap und fuhr von dort Richtung Neuholland. Doch musste er wegen Sturmschäden umkehren und das Schiff in Bombay reparieren lassen. Da ihm dort ein Großteil der Besatzung abgeworben wurde, kehrte er über den Persischen Golf und das Rote Meer Richtung Kapkolonie zurück. Während sein Heimatland Frankreich die Sklaverei abschaffte, kaufte er in Moçambique Sklaven. Diese konnten sich retten, als die dritte "Jardinière" im April 1794 bei Kap Agulhas, dem südlichsten Punkt Afrikas, auf ein Riff auflief. In der Folge behauptete der enttäuschte Scholl – wie eine Untersuchung ergab, zu Unrecht –, Baudin habe die Havarie inszeniert und damit Österreich geschädigt. Gerettet wurden laut Baudin auch Teile des für Wien bestimmten Sammelguts, worunter lebende Pflanzen von 150 bis 200 Arten in 160 Kisten und Fässern sowie 70 lebende Vögel. 1795 soll er dieses Material dem Ingenieur und Botaniker Pierre Labarrère auf Trinidad bzw. einigen dort lebenden Franzosen anvertraut haben. (Spanien, dem Trinidad gehörte, schied damals aus der Koalition gegen Frankreich aus.)