Bij de inval der Engelsen en Russen in Noord-Holland in augustus 1799 was Van Geen commandant van een bataljon Jagers onder Chassé; hij onderscheidde zich bij een nachtelijke tocht van Den Helder naar Zijpe, waarbij zijn bataljon de voorhoede uitmaakte en men door de moerassen van het Koegras moest waden. Op 10 september werd hij door een kartetskogel aan het rechterbeen gewond. In de Slag bij Bergen raakte hij op 19 september bij Schoorl in Engelse gevangenschap, maar werd spoedig uitgewisseld. Op 15 februari 1807 werd Van Geen bevorderd tot luitenant-kolonel, op 29 augustus 1809 tot kolonel en tot commandant van het 8ste regiment infanterie benoemd. Na de inlijving werd hij in juni 1811 met een deel van het regiment naar Bayonne en vervolgens naar Portugal gedirigeerd. Op de weg daarheen verborg hij zich op een kerkhof te San Christoval, waardoor hij een belangrijk konvooi uit de handen van de vijand redde. Voor dit wapenfeit verkreeg hij het Legioen van Eer. Pas op 15 maart 1812 kon Van Geen zich bij het leger onder Marmont voegen. Bij Salamanca redde hij, op 22 juli, een vaandel en ook bij Burgos en bij Pampeluna onderscheidde hij zich. Voor deze en andere zaken werd hij op 14 december 1813 benoemd tot Officier in het Legioen van Eer. Op 11 november van dat jaar ging hij doodziek met verlof naar La Rochelle, waar hij naar een langdurig ziekbed genas. Pas op 14 oktober 1814 keerde hij naar Nederland terug en trad als kolonel in dienst. Op 21 april 1815 werd hij tot generaal-majoor bevorderd en te Leuven geplaatst. Van Geen vocht niet mee tijdens de Slag bij Waterloo; op 29 juni werd hij bevorderd tot bevelhebber te Namen en op 21 december 1818 aangesteld als provinciaal commandant te Utrecht; op 24 november 1816 werd hij benoemd tot Ridder der Militaire Willems-Orde.