W reprezentacji zadebiutował 19 listopada 1933 w meczu przeciwko reprezentacji Niemiec, który jego zespół przegrał 0:2. W 1934 Heini Müller, ówczesny selekcjoner reprezentacji Szwajcarii powołał Hubera na MŚ 1934. Nie zagrał w żadnym spotkaniu. Razem z ekipą osiągnął na włoskim turnieju ćwierćfinał. W 1938 Karl Rappan powołał go na MŚ 1938. Na tym turnieju był podstawowym bramkarzem i zagrał w 3 spotkaniach: dwukrotnie z Niemcami (1:1 i 4:2), a także w ćwierćfinale z Węgrami przegranym 0:2. Po raz ostatni w reprezentacji zagrał 1 listopada 1942 w przegranym 0:3 spotkaniu z Węgrami. W sumie wystąpił w 16 spotkaniach.