В декабре 1917 года тюрьма Трубецкого бастиона была передана в систему тюрем ВЧК. Здесь содержались сотни заключённых: участники поднятого Комитетом спасения Родины и революции юнкерского восстания, члены «Союза защиты Учредительного собрания», объявленные в конце 1917 года «врагами народа» лидеры кадетской партии. Официально по приказу Наркомюста от 7 марта 1918 года тюрьма была закрыта, все заключённые были переведены в «Кресты» и в Дом предварительного заключения. Однако уже с мая 1918 года здесь снова содержались заключённые — подозреваемые в противодействии новой власти, а также заложники периода Красного террора, участники Кронштадтского восстания 1921 года и многие другие.