Dopo un buon inizio di campionato, nel mese di dicembre la squadra accusa un calo di rendimento. Maldini padre, che sostituisce Zaccheroni esonerato, esordisce a marzo con un 4-0 interno contro il , e alla fine il Milan si piazza al 6º posto in Serie A, qualificandosi per la Coppa UEFA 2001-2002. La squadra vince il derby in trasferta contro l'Inter per 6-0 l'11 maggio 2001 grazie alle doppiette di Comandini e Ševčenko e ai gol di Federico Giunti e Serginho; è dalla nascita del campionato di Serie A a girone unico (stagione 1929-1930) che un derby di Milano non termina con uno scarto così ampio. Comandini contro l'Inter segna le uniche due reti di un campionato caratterizzato, sotto il profilo personale, da numerosi infortuni; un evento simile era accaduto a Paolo Rossi nel 1985-1986: anche lui segnò le uniche due reti in campionato in un derby, finito 2-2.