Втрати Австрії у останній війні були такими тяжкими, що у новому союзі Пруссії з Росією та війні 1806—1807 років Франц не був здатним взяти участь, попри те, що його ненависть до Франції та Наполеона, як носія революційних початків, аніскільки не зменшилась. Він віднайшов можливість задовольнити це почуття 1809 року, вчетверте оголосивши війну Франції (Війна п'ятої коаліції), але поразка при Ваграмі змусила його укласти Шенбруннський мир (14 жовтня 1809), за яким Австрія втратила Іллірію й досягла апогею своїх нещасть.