Když během Sametové revoluce 22. listopadu 1989 poprvé veřejně vystoupil v Bratislavě a o dva dny později na balkóně na Václavském náměstí v Praze vedle Václava Havla, byl nadšeně uvítán. Byl vážným kandidátem na funkci prezidenta republiky, ale nakonec došlo k dohodě a 28. prosince 1989 byl zvolen předsedou Federálního shromáždění. V této funkci, kterou vykonával až do roku 1992, se Dubček především staral o vyřešení česko-slovenských problémů a působil také v zahraniční politice.