1939年4月、イタリアがアルバニアに侵攻すると、ホッジャはアルバニア・ファシスタ党への参加を拒絶したため教師の職を解雇される。ホッジャはティラナでタバコ屋を開き、間もなくそこには共産主義者達が集うこととなる。ホッジャはヨシップ・ブロズ・チトーらユーゴスラビアのパルチザンによって支援され、1941年11月にアルバニア共産党（1948年以降はアルバニア労働党）を結成し、レジスタンス運動を展開した。同党は1944年11月に政権を樹立し、ホッジャが首相に就いた。