Im folgenden Jahr, während der Reichspogromnacht vom 9. auf den 10. November 1938 setzten Freiburger SS- und SA-Mitglieder gegen 3 Uhr die Synagoge in Brand. Die Brandruine wurde am selben Tag durch SS und SA gesprengt und die Umfassungsmauern umgehend abgetragen. Trümmer der Synagoge sowie im Erdreich vorhandene Fundamentmauern verblieben zunächst auf dem Areal. Ebenfalls erhalten blieben die Außentreppen, die von Westen und Osten auf den Synagogenhügel geführt hatten, sowie damit verbundene Mauerreste.