Überraschend gut startete Peterka in die &lt;a href="Skisprung-Weltcup%202002/03"&gt;Saison 2002/03&lt;/a&gt;. So konnte er in Kuusamo seinen 13. Weltcupsieg feiern. Am Neujahrstag folgte im Rahmen der &lt;a href="Vierschanzentournee%202002/03"&gt;Vierschanzentournee 2002/03&lt;/a&gt; in Garmisch-Partenkirchen schließlich sein 14. und letzter Sieg. Es folgten diesem Erfolg weitere Top-10-Platzierungen, darunter mehrere vierte Plätze. Nachdem Peterka bei der Nordischen Skiweltmeisterschaft 2003 im Val di Fiemme als 18. von der Normal- und 15. von der Großschanze erneut ohne Einzelmedaille blieb, beendete er die Weltcup-Saison im März als Siebenter der Gesamtwertung. Diesen Platz erreichte er auch in der Gesamtwertung des Skisprung-Grand-Prix 2003 im Sommer. Dabei feierte er in Hinterzarten beim Teamspringen als Dritter einen erneuten Podestplatz.