大虐殺は、の引き金になり、難民の大多数が近隣のタイに逃げ、比較的少数ながらベトナムにも向かった。ベトナムがカンボジアに侵攻したことで、クメール・ルージュ政権が1979年1月に打倒され、大虐殺が終わった。2001年1月2日、カンボジア政府は、クメール・ルージュの指導者に対しカンボジア大虐殺に関与した責任を問うためにカンボジア特別法廷を設置した。裁判は2009年2月17日に開始され、2014年8月7日にヌオン・チアとキュー・サムファンが、大虐殺に関与した人道に対する罪で終身刑の判決を受け収監された。