Después de su recuperación, d'Hautpoul recibió el mando de la caballería pesada del "Ejército de Sambre-et-Meuse" al mando del general Paul Grenier. Después de Neuwied, fue transferido al "Ejército de Inglaterra" bajo el mando de Lazare Hoche. Cuando el Directorio francés abandonó la idea de una invasión a Inglaterra, fue nuevamente desplegado en el frente alemán, esta vez como parte del "Ejército del Danubio". Después de la derrota francesa en la batalla de Ostrach, su reserva de caballería protegió la retirada francesa en Pfullendorf. Unos días más tarde, después de no liderar una carga oportuna en la batalla de Stockach, fue suspendido por orden del comandante del ejército, Jean-Baptiste Jourdan, quien culpó a d'Hautpoul por la derrota. Absuelto por un consejo de guerra en Estrasburgo, d'Hautpoul reanudó sus funciones a finales de julio de 1799, habiendo fracasado la importante acción en la Primera Batalla de Zúrich.