На втором этапе Белорусской стратегической операции 39-я армия была по решению Ставки Верховного Главнокомандования временно передана в состав 1-го Прибалтийского фронта, где в июле участвовала в Шяуляйской фронтовой операции. Затем, перед началом Каунасской фронтовой операции, перед ней была поставлена задача: овладеть рубежом Даугавпилс — Подбродзье и в дальнейшем развивать наступление на Каунас и Шяуляй. Перейдя в наступление 28 июля, войска армии во взаимодействии с 5-й гвардейской танковой армией развивали наступление севернее Ковно (Каунас) и к концу операции вышли на рубеж восточнее Расейняй — Раудоняны, где на позициях севернее Немана, у границ Восточной Пруссии, заняла оборону.