В ноябре 1943 года Кинкейд возглавил союзные военно-морские силы в юго-западной части Тихого океана, став командующим 7-м флотом. В этом качестве он помогал войскам генерала Макартура продвигаться вдоль побережья Новой Гвинеи и вернуться на Филиппины (где корабли Кинкейда приняли участие в сражении в проливе Суригао). После устранения японских военно-морских сил из района Филиппин флот Кинкейда принял участие в освобождении Борнео. 3 апреля 1945 года Кинкейд был произведён в адмиралы.