Im September 1796 wurde er Adjutant von John Hunter und im Jahre 1800 zum Major befördert. Im gleichen Jahr nahm ihn William Paterson unter Arrest, wegen „"paying spirits to a sergeant as part of his pay - and disobedience of orders"“ (deutsch: Verkauf von Spirituosen an einen Serganten auf eigene Rechnung – und wegen Nichtbeachtung von Befehlen.) Er wurde vor ein Kriegsgericht gestellt und Hunter schickte ihn nach England zurück. Da es Probleme mit dem Kriegsgerichtsurteil gab, wurde das Prozedere gestoppt und er kam 1802 zurück nach New South Wales. Im Jahre 1803 wurde er befristeter Kommandeur des New South Wales Corps und da Paterson erkrankt war, wurde er in einen Konflikt zwischen Philip Gidley King und dem Militär hineingezogen. Im März 1804 handelte er entschieden im Aufstand von Castle Hill, den irische Sträflinge versuchten. Er schlug ihn mit Waffengewalt nieder. Als ihn Paterson nach Port Dalrymple (heute Launceston) schickte, wurde er Kommandeur des New South Wales Corps.