Miyako on vanha satamakaupunki, jossa kaupattiin etenkin meren antimia. Edo-kaudella 1600–1800-luvuilla siellä sijaitsi Moriokan daimiokunnan paikallinen hallintokeskus. 1930-luvulla kaupungin satama-alueelle alkoi rakentua teollisuutta, ja kaupunkioikeudet osana Japanin nykyistä kunnallishallintoa Miyakolle myönnettiin vuonna 1941. Nykyisin kaupungissa on kalastukseen ja vesiviljelyyn liittyvän elintarviketeollisuuden lisäksi puu-, lannoite-, metalli- ja elektroniikkateollisuutta. Sisämaassa viljellään kasviksia ja hedelmiä. Kaupunki laajeni huomattavasti vuonna 2005, kun siihen liitettiin Tarōn maaseutukaupunki ja Niisaton kyläkunta, ja vuonna 2010, kun siihen yhdistyi Kawain kyläkunta. Vuonna 2011 Tōhokun maanjäristys ja tsunami aiheuttivat Miyakossa pahoja vahinkoja, kun 475 ihmistä sai surmansa ja 2 677 asuinrakennusta tuhoutui kokonaan.