ギルバート諸島を攻略したアメリカ軍は、フリントロック作戦（マーシャル諸島攻略作戦）に取り掛かった。1944年1月19日、インディアナポリスは引き続き第5艦隊旗艦としてタラワに向かった。インディアナポリスはタラワで任務部隊のほかの艦と合流し、1944年1月31日、インディアナポリスは巡洋艦群の1隻としてクェゼリン環礁の島を砲撃した（クェゼリンの戦い）。翌2月1日、インディアナポリスは僚艦ルイビル（USS Louisville, CA-28）を誤って砲撃し損傷を与えてしまったものの、防塞や他の海岸の施設を破壊し、上陸部隊を援護した。2月4日にはクェゼリン環礁内に侵入し、抵抗がなくなるまで留まった。陸上で激しい戦いが行われている頃、環礁内のインディアナポリスの艦上では、スプルーアンス中将や他の幕僚が、戦いの銃声・砲声が聞こえる中で立派な昼食を食べていた。この戦いが予想以上に進んだため、アメリカ軍上層部は5月1日に予定されていたエニウェトクの戦いを、クェゼリンに投入される予定だった部隊を使って上陸決行日を大幅に繰り上げる検討を始めた。これは現場のスプルーアンス中将など各司令官も同じ考えをもっていたので、2月3日に作戦期日の繰り上げが本決まりとなった。2月8日、インディアナポリスは占領したばかりのマジュロ環礁に入り、2日後の2月10日にスプルーアンス中将は大将に昇進した。