В 1862 г. возглавил кафедру ботаники и зоологии в Политехническом институте сельского хозяйства и лесоводства в Ново-Александрии (ныне Пулавах), занимался организацией городского ботанического сада. Из-за массовых выступлений студентов во время польского январского восстания (1863—1864), институт был закрыт. Ф. Бердау вернулся в Краков, где защитил докторскую диссертацию, посвященную вопросам географии, геологии и ботаники Карпат с акцентом на Татранские горы.