La révolution de Juillet 1830 semble avoir donné un coup de frein à sa carrière puisque Bougainville reste un certain temps sans affectation, sans doute occupé à la rédaction de son récit, publié seulement en 1837. Commandant supérieur de la marine à Alger, il est élevé au grade de contre-amiral le . En il entre au Conseil d'amirauté, ancêtre du Conseil supérieur de la Marine et devient président du Conseil des travaux, organisme appelé à jouer un rôle important au moment où la marine entre dans une ère de révolutions technologiques avec l’arrivée de la propulsion à vapeur et de bien d’autres innovations. Il meurt célibataire peu avant d’atteindre la limite d’âge, le à Paris, rue de la Cerisaie.