Od roku 1940 Clark służył w Forcie Lewis, w stanie Waszyngton. W sierpniu 1941 na wniosek George’a Marshalla został mianowany asystentem szefa sztabu ds. operacyjnych głównej kwatery US Army, w styczniu 1942 – zastępcą szefa sztabu, a w październiku – szefem sztabu Wojsk Lądowych oraz zastępcą dowódcy sił alianckich w Afryce Północnej. Na tym stanowisku zajął się planowaniem operacji desantowej, znanej jako Operacja Torch. W ramach swych obowiązków na kilka tygodni przed lądowaniem udał się z tajną misją na pokładzie brytyjskiego okrętu podwodnego HMS „Seraph” (P219) do Szarszalu (Cherchell) w Algierii, by negocjować z Francuzami Vichy.