In 1964 veroverden de Simba's de stad tijdens de Congocrisis en zij gijzelden daarbij 1600 Europeanen. Na 111 dagen van vruchteloze onderhandelingen lanceerden de Verenigde Staten, België en een leger van huurlingen onder het bevel van kolonel Frederic Vandewalle de Operatie Dragon Rouge om de gijzelaars te bevrijden. Hierbij werden onder andere paracommando's gedropt nabij de stad. In 1966 en 1967 was Kisangani het toneel van muiterijen van de Baka en van de huurlingen. De Europese bevolking was toen al massaal weggetrokken uit Kisangani en de omliggende provincie .