Ulica została wytyczona w latach 70. XIX wieku. Na zachód od niej rozciągał się las miejski, przez co początkowo nazywała się Leśna, a następnie Leszno. Nazwa ta mogła się zmienić przez przekształcenie głoski ś w głoskę sz. Możliwe, że miała ona nawiązywać do nazwy jednej z warszawskich ulic. Już pod koniec XIX stulecia przy ulicy powstały fabryki. Były to: farbiarnia i apretura Falzmanna i Preisera (nr 22), farbiarnia i apretura Salomona Henocha Rabinowicza i Mosze Bachracha (nr 23), wykończalnia Mosze Bachracha (nr 39) i wykończalnia Majera Rappaporta (nr 50). W sumie przy dzisiejszej ulicy Żeligowskiego istniały dwie farbiarnie, dwie apretury i dwie wykończalnie tkanin. Pod nr 7 mieściły się carskie koszary. Dzisiaj znajduje się tu Katedra Anestezjologii i Intensywnej Terapii, Zakład Medycyny Ratunkowej i Medycyny Katastrof, a także Muzeum Wojskowej Służby Zdrowia (dziś Muzeum Uniwersytetu Medycznego) – jedyne w Polsce, nieznane powszechnie muzeum gromadzące m.in. starodruki medyczne, mundury wojskowych lekarzy, sprzęt medyczny, pamiątki po najbardziej zasłużonych lekarzach i odznaki pułkowe. W 1936 roku ulica zyskała swą obecną nazwę. W czasie okupacji niemieckiej 1939-1945 nazywała się Gneisenaustrasse. Po wojnie powróciła nazwa Żeligowskiego i nie była już więcej zmieniana.