Im Pazifikkrieg gehörte sie der Kidō Butai an und nahm am Angriff auf Pearl Harbor teil. Im April 1942 war die "Shōkaku" an der Attacke im Indischen Ozean und an der Schlacht im Korallenmeer unter Konteradmiral Hara beteiligt. Bei letzterer wurde sie von drei, von Flugzeugen der USS "Yorktown" abgeworfenen, Bomben schwer getroffen und musste zwecks Reparatur zurück nach Japan. Durch die Bombentreffer wurden 108 Besatzungsmitglieder getötet. Ihre Flugzeuge waren hier an der Versenkung der USS "Lexington" beteiligt. Wegen der notwendigen Reparaturen nahm die "Shōkaku" an der Schlacht um Midway nicht teil.