Л. Рублевская приводит сведения, что во время Восстания 1863 года И. Черский находился в партизанском отряде, который возглавлял Кастусь Калиновский, предводитель восстания на территории Западного края Российской империи. В отряде Черский пробыл лишь около четырёх недель, в бою был взят в плен российским военным отрядом. Витебским военно-полевым судом осуждён на бессрочную рекрутскую службу в Сибири с конфискацией имущества и лишением дворянского звания.