Hooton begann seine Laufbahn 2000 bei den Quesnel Millionaires aus der BCHL. Von 2002 bis 2006 ging er für die St. Cloud State University in der College-Liga NCAA aufs Eis. Er wurde 2002 in der jährlichen Talentziehung der NHL in der 5. Runde an 150. Position von den Ottawa Senators ausgewählt.