В 1941 году его призывают в армию и он служит пилотом на авианосце Сэнгамон на Тихоокеанском театре военных действий Второй мировой войны. К концу войны Кеньон дослужился до лейтенант-коммандера, сделал 97 боевых вылетов, однажды был сбит над островом Лейте, но выловлен из воды. За бой 24 октября 1944 года во время Сражения в заливе Лейте Кеньон был награждён Военно-морским крестом. После войны покупает 8-метровый шлюп и в течение двух месяцев исследует побережье Нижней Калифорнии. На основе собранных данных Кеньон публикует работы по распределению птиц. В 1947—1949 гг. работает преподавателем зоологии в Миллс-колледже. Позже переходит в Службу управления ресурсами рыб и диких животных США (USFWS), где проводит подсчёт морских котиков на островах Прибылова.