Già dalla prima gara stagionale Ralf Schumacher, suo compagno di squadra, ottenne prestazioni migliori e giunse a podio, mentre l'italiano venne costretto al ritiro. Nonostante il sostegno da parte del suo team in questa fase iniziale del campionato, le pressioni su di lui andarono aumentando a fronte anche di risultati non eccellenti, e nel giro di poche corse la fiducia del team nei suoi confronti cominciò a calare; inoltre rimase spesso vittima di guasti meccanici che complicavano il suo percorso nella serie. In Brasile, poi, ricevette pure una multa di cinquemila dollari per aver superato il limite di velocità nella corsia dei box. A Imola, invece, sembrò poter conquistare il primo punto, ma scivolò sull'olio lasciato dal motore della vettura di Herbert, ritirandosi mentre occupava la sesta posizione. Il prosieguo della stagione, però, fu deludente e raramente Zanardi riuscì a concludere le gare, venendo spesso costretto al ritiro o a posizioni di rincalzo. Durante l'estate, poi, venne resa nota l'intesa tra Williams e BMW per la fornitura dei motori a partire dal 2000 e si diffuse la voce che il pilota italiano a fine stagione avrebbe abbandonato la scuderia.