Należy jednak podkreślić, iż utworzenie Sądu Specjalnego w Bydgoszczy – podobnie zresztą jak innych sądów specjalnych działających w okupowanej Polsce – władze niemieckie zaplanowały jeszcze przed 1 września 1939. W związku z przygotowaniami do agresji na Polskę minister sprawiedliwości Rzeszy Franz Gürtner oraz głównodowodzący wojsk lądowych generał Walther von Brauchitsch, już 26 sierpnia 1939 uzgodnili powołanie sądów specjalnych (niem. Sondergericht), które miały posuwać się za poszczególnymi niemieckiemu armiami bądź zajmować z góry wyznaczoną im siedzibę w polskich miastach opanowanych przez Wehrmacht. 5 września 1939 von Brauchitsch wydał rozporządzenie, które oficjalnie wprowadzało sądownictwo specjalne na okupowanych ziemiach polskich. Wbrew zasadom prawa międzynarodowego sądom zalecono, by stosowały przepisy prawa niemieckiego.