À la suite de cette Coupe du monde ratée, le Croate honore une dernière cape le lors des éliminatoires du Championnat d'Europe de football 2004 à Sofia en Bulgarie (défaite 2-0). Finalement, Alen Bokšić est sélectionné 40 fois et inscrit 10 buts avec le maillot à damiers rouges et blancs de la sélection croate.