Gonçalo Guedes durchlief von der U15 bis zur U21 alle portugiesischen Juniorennationalmannschaften. Am 14. November 2015 gab er sein Debüt in der A-Nationalmannschaft. Im Sommer 2018 nahm er an der Weltmeisterschaft teil und kam in allen Spielen zum Einsatz, ehe Portugal im Achtelfinale gegen Uruguay ausschied. In der &lt;a href="UEFA%20Nations%20League%202018/19"&gt;UEFA Nations League 2018/19&lt;/a&gt; erzielte er im Finale das Siegtor gegen die Niederlande. Bei der Europameisterschaft 2021 stand er abermals im portugiesischen Kader, kam jedoch im Turnierverlauf nicht zum Einsatz.