За време Првог светског рата, синагога је била оштећена експлозијом гранате. Друго оштећење објекта било је 6. маја 1941. године током бомбардовања Београда оштећена, а приликом повлачења нациста из Београда, крајем Другог светског рата спаљена. Унутрашњи део објекта био је од дрвене грађе, због чега је потпуно уништена. Иако је била једина београдска грађевина у маварском стилу, никада није обновљена, а Други општински суд је 1963. године објавио решење о непокрености у којем се парцела на месту некадашње синагоге води као друштвена својина. На темељима некадашње синагоге изграђена је Галерија фресака, која је део Народног музеја. На данашњој згради постављена је спомен плоча као спомен на јеврејску заједницу. У Улици Краља Петра 71 налази се Јеврејски историјски музеј у којем се чувају степенице из Бет Израел синагоге.