Pour sa première participation à un championnat continental, les Championnats d’Europe juniors de 2009, à Novi Sad en Serbie, Shubenkov décroche la médaille d'argent du 110 m haies derrière le Britannique Lawrence Clarke, dans le temps de 13 s 56. Troisième des championnats de Russie en 2010, il ne parvient pas à réaliser les minimas de qualification pour les championnats d'Europe de Barcelone. En 2011, Sergey Shubenkov porte son record personnel sur 110 m haies à 13 s 46 à Yerino. Il participe peu après aux Championnats d’Europe espoirs d'Ostrava, en République tchèque, où il décroche le titre continental en 13 s 56, en devançant Balázs Baji et Lawrence Clarke. Sélectionné pour les Championnats du monde de Daegu, en Corée du Sud, le Russe est éliminé d'entrée en ne prenant que la sixième place du premier tour des séries du 110 m haies, en 13 s 70.