Летом 1937 года националисты-франкисты прорвали так называемое железное кольцо — укрепления вокруг Бильбао — благодаря предательству одного из проектировавшего их инженера. Из-за падения Бильбао Агирре был вынужден бежать в Трусиос, а оттуда в Каталонию; после поражения республики эмигрировал во Францию. Во Франции он находился до 1940 года, после оккупации страны нацистами бежал в Швецию через Бельгию (где прятался в иезуитском колледже) и Германию (где прожил четыре месяца, оставив семью в Лёвене), снабжённый поддельным панамским паспортом, а 31 июля 1941 года вместе со своей женой и детьми отправился в Бразилию вновь по поддельным документам.