Suomen sisällissodan puhjettua Ekström värväytyi tammikuussa 1918 vapaaehtoisena Suomen valkoiseen armeijaan, johon hänet otettiin luutnanttina. Hän palveli ensin Pietarsaaren tykistökoulussa, sitten 2. Hämeen pataljoonan komentajana ja sodan loppuvaiheessa Vaasan Rykmentin komentajana. Hän osallistui Tampereen taisteluun ja Viipurin valtaukseen. Hänet ylennettiin maaliskuussa kapteeniksi ja hieman myöhemmin majuriksi. Ekströmin mahdollinen osuus Viipurissa kaupungin valtauksen jälkeen toteutettuihin venäläisten joukkoteloituksiin ei ole täysin selvä. Hän määräsi noin 200 kaupungissa vangittua aseetonta venäläistä kuljetettaviksi Hiekan miinakasarmille, mutta kiisti antaneensa määräystä perillä suoritettuun teloitukseen ja väitti saapuneensa paikalle, kun verityö oli jo tapahtunut.