Fin 1959, il démissionne de l'Union pour la nouvelle République par opposition au choix du général de Gaulle sur l'autodétermination algérienne. Il est présent à Alger, lors de la semaine des barricades ; néanmoins, il est impossible de savoir s'il prend part aux émeutes. Il est arrêté par la police française à son retour en France mais il bénéficie d'un non-lieu et est rapidement relâché. Partisan de l'Algérie française, les événements d'Algérie font de Biaggi un fervent opposant du général de Gaulle. Il est ensuite associé à l'Organisation armée secrète (OAS) sans y prendre part pour autant.