Обучался в училище Мостов и Шоссе. В 1793 году поступил на действительную службу в инженерные войска в чине лейтенанта. В период якобинского террора был арестован, просидел в тюрьме четыре месяца. Вернулся к армии, участвовал в ряде сражений. В 1794 году, будучи уже батальонным командиром, отличился при разгроме десанта роялистов, сторонников свергнутой династии Бурбонов, на остров Киберон, где получил пулевое ранение в руку. После ряда сражений на Рейне, направлен в состав Второй Ирландской экспедиции, ставившей своей целью вывести Ирландию из под британского владычества. Экспедиция окончилась неудачей, Киржинер попал в плен к англичанам в результате морского боя, но вскоре был отпущен во Францию. Отличился в боях Второй коалиции в Италии (Монтебелло, Маренго). В Войне третьей коалиции командовал инженерами, приданными одному из армейских пехотных корпусов (участвовал в сражении при Аустерлице и ряде других. Произведён в бригадные генералы.