Po raz pierwszy na arenie międzynarodowej Martin Jakš pojawił się 29 listopada 2003 roku w zawodach FIS Race w Obertilliach, gdzie był dwunasty w biegu na 10 km techniką dowolną. W lutym 2004 roku wystąpił na mistrzostwach świata juniorów w Stryn, gdzie zajął 20. miejsce w tej samej konkurencji, a w sztafecie był szósty. Na rozgrywanych rok później mistrzostwach świata juniorów w Rovaniemi był między innymi piąty w biegu łączonym na 20 km oraz ósmy w sztafecie. Najlepsze wyniki w tej kategorii wiekowej osiągnął podczas mistrzostw świata juniorów w Kranju w 2006 roku. Zajął tam drugie miejsce w biegu na 10 km klasykiem, przegrywając tylko z Petterem Northugiem z Norwegii. Na tych samych mistrzostwach był również trzeci w sztafecie i biegu łączonym na 20 km, w którym wyprzedzili go jedynie Northug i Rosjanin Ilja Czernousow. Ponadto wywalczył złoty medal w biegu na 15 km stylem klasycznym na mistrzostwach świata młodzieżowców w Malles Venosta w 2008 roku.