Sofreu um breve revés em sua precoce carreira no início da temporada 2004–05. Por opção do recém-chegado técnico Felix Magath, Schweinsteiger retornou ao Time B durante algumas semanas, mesmo após suas recentes façanhas internacionais do verão na UEFA Euro 2004. Após apenas três partidas pelo chamado "Bayern München II", Schweinsteiger rapidamente reintegrou o time principal e teve papel importante na campanha do bicampeonato nacional.