Koncem dubna téhož roku byl "Yorktown" s letadlovou lodí USS "Lexington" poslán do Korálového moře, kde měl čelit hrozbě japonské invaze v přístavu Port Moresby na Nové Guineji. Počátkem května došlo ke tvrdé bitvě se svazem japonských letadlových lodí, jež se do dějin zapsala jako úplně první, ve které bojovala výhradně letadla z palub letadlových lodí. Američané sice po tvrdých bojích invazi zabránili, ale zaplatili vysokou cenu. Obě lodě byly vystaveny tvrdým útokům japonských bombardérů. "Lexington" byl potopen a "Yorktown" natolik poškozen, že si Japonci byli jistí, že se během několika okamžiků potopí. Pomalu plující a ve velmi špatném stavu nacházející se "Yorktown" se však 27. května objevil v Pearl Harboru. Odhadovaná doba, potřebná na opravu, byla pět měsíců. Na to ale nebyl čas. Američané stáli před další hrozbou. Japonci měli v úmyslu začátkem června 1942 zaútočit na atol Midway a každá letadlová loď měla nyní cenu zlata. "Yorktown" byl během tří dnů provizorně opraven a 1. června už spěchal na místo utkání jedné z rozhodujících bitev druhé světové války.