1799 erhielt er den Oberbefehl über die Armée de Mayence und die Donauarmee und setzte am 1. März 1799 bei Basel über den Rhein. Er wurde indes wiederum vom Erzherzog Karl bei Ostrach (21. März 1799) und Stockach (25. März 1799) geschlagen und deshalb abgesetzt. Sein Vorgehen in diesem Feldzug suchte seine Schrift "Précis des opérations de l'armée du Danube sous les ordres du général Jourdan" (Paris 1799) zu rechtfertigen.