Z powodu kontuzji stracił większą część sezonu 2002/2003. Jesienią 2003 grał w decydujących meczach eliminacji Mistrzostw Europy. Reprezentacji Polski nie udało się jednak zdobyć awansu, zaś drużyna 1. FC Nürnberg nie zdołała utrzymać się w 1. Bundeslidze. Mimo to udało mu się zdobyć uznanie w Niemczech i w 2004 przeszedł do czołowej drużyny 1. Bundesligi – Bayeru 04 Leverkusen. W sezonie 2004/05 był uznawany za jednego z najlepszych piłkarzy klubu, a tercet Krzynówek – Woronin – Berbatow budził zainteresowanie wielu mocnych klubów Europy. Drużyna Bayeru dobrze grała również w Lidze Mistrzów, gdzie wyeliminowała takie kluby jak Real Madryt i AS Roma, a polski zawodnik zdobył 3 bramki: przeciwko Realowi Madryt, AS Romie oraz FC Liverpool (zwycięzca Ligi Mistrzów w ówczesnym sezonie; z Jerzym Dudkiem w składzie).