У період радянської окупації релігійне життя у Бессарабії та Північній Буковині зазнало переслідувань, подібних до тих, що відбувалися в СРСР між двома світовими війнами. У перші дні окупації деякі групи населення вітали радянську владу, а деякі з них навіть увійшли у новостворену радянську номенклатуру, в тому числі в НКВС. Останній використовував цих місцевих жителів для знаходження та арешту численних священиків Священиків, заарештованих і допитаних органами НКВС, депортували вглиб СРСР і знищували. Дослідження з цього питання досі перебувають на початковій стадії. Станом на 2007 рік, православна церква оголосила мучениками близько 50 духівників, які загинули у перший рік радянської окупації (1940-1941)