Когато през май 1641 г. Банер умира, правителството принуждава Тощенсон да го наследи като главнокомандващ на цялата шведска армия в Германия, въпреки че той вече е болен и няма голямо желание. За да го убеди, правителството му дава чин фелдмаршал и го прави губернатор на окупираната от шведите Померания. Той повдига духа на войниците и още през пролетта на 1642 г. печели блестящата победа при Лайпциг, след което може лесно да покори Саксония. Необезпокояван разорява владенията на императора в Чехия и Моравия и заедно с френския маршал Тюрен бечели и втората битка при Брайтенфелд през октомври 1642 г. На следващото лято получава неочаквана заповед да нападне Дания от юг (виж Шведско-датска война (1643-1645)) и той повежда армията си към полуостров Ютланд. Настъплението му е неотразимо и той окупира Ютланд, но неуспеха на шведския флот да му осигури прехвърляне край Копенхаген проваля плановете му. Той оставя войната срещу Дания на генерал Врангел и се връща отново на юг, където се сблъсква с имперската армия на генерал Галас. Тя му прегражда пътя към Прага, но на 5 март 1645 г. е напълно разбита в голямото сражение при Янкау (Янковец). Отново бързото придвижване на артилерията изиграва решаваща роля за шведската победа.