Emma Jørgensen gewann ihre erste internationale Medaille im Jahr 2014, als sie in Moskau im Zweier-Kajak mit Henriette Hansen auf der 1000-Meter-Distanz sogleich Weltmeisterin wurde. Während sie 2015 ohne Medaillengewinn blieb, folgte ein weiterer großer Erfolg schon im Jahr 2016. Bei den Olympischen Spielen 2016 in Rio de Janeiro startete sie in zwei Disziplinen. Im Einer-Kajak über 500 Meter erreichte sie nach zweiten Plätzen im Vorlauf und dem Halbfinale den Endlauf, den sie ebenfalls auf dem zweiten Platz abschloss. Mit fast zwei Sekunden Rückstand auf die Olympiasiegerin Danuta Kozák sicherte sich Jørgensen die Silbermedaille, nachdem sie sich im Fotofinish gegen Lisa Carrington mit 46 Tausendstel Sekunden Vorsprung durchgesetzt hatte. Die Konkurrenz im Vierer-Kajak auf der 500-Meter-Strecke verlief vergleichsweise weniger erfolgreich. Zwar erreichte Jørgensen auch in dieser Disziplin den Endlauf, kam in diesem aber nicht über den sechsten Platz hinaus, mit knapp zwei Sekunden Rückstand auf den Bronzerang. Im selben Jahr gewann sie in Moskau im Einer-Kajak über 500 Meter die Bronzemedaille bei den Europameisterschaften.