6 апреля 1941 года, в соответствии с директивой Гитлера, данной в день путча, Германия и её союзники напали на Югославию: около 7 часов утра начались германские воздушные налеты и бомбардировка Белграда и других городов. Бомбы падали в непосредственной близости от входа в Белградский собор и Патриаршего двора. Днём 6 апреля патриарх был вынужден переехать в монастырь Раковица под Белградом, а 7 апреля, вслед за королевским правительством, выехал из Раковицы в монастырь Жича и далее на Страстной седмице в черногорский монастырь Острог. На Пасху патриарх служил во Введенской церкви Острожского монастыря. После недельного пребывания в верхнем Острожском монастыре переехал в нижний монастырь, где был арестован немецкими силами 23 апреля. Взяв патриарха, острожского архимандрита Леонтия и Душана Дожича, племянника патриарха, немцы отвезли их в Сараево. Из Сараево патриарх был переведён в Белград, где с 1 по 5 мая 1941 года провёл в тюрьме бывшего окружного суда на Александровой улице. После немцы перевели его в монастырь Раковицу, а затем в монастырь Войловицу в Панчеве, где содержали вместе со святителем Жичским Николаем (Велимировичем) под сильной стражей. В тюрьме патриарх и епископ Николай отвергли все предложения нацистов о сотрудничестве.