Obama se heurte également à des résistances de la part du juge militaire en chef à Guantanamo, qui refuse de suspendre le procès d'Abd al-Rahim al-Nashiri, accusé d'avoir organisé l'attentat d'octobre 2000 contre l'. Cependant, Susan Crawford, la magistrate chargée de superviser les juridictions militaires de Guantanamo, a finalement décidé de suspendre les charges pesant contre lui, « sans préjudice » (c'est-à-dire qu'elles pourront être reprises), interrompant ainsi la procédure comme le demandait le président Obama.