לקראת סיומה של שנת 1942, תוצאותיהם של הקרבות בים האלמוגים, במפרץ מילן ובשביל קוקודה, הצליחו לעצור את סכנת הפלישה. באותה תקופה הרחיב קרטין גם את סעיפי חוק ההגנה (Defence Act), כך שחיילים מילואים אוסטרליים יוכלו להישלח אל מחוץ לאוסטרליה ל"טריטוריות אחרות בדרום-מערב האוקיינוס השקט שהמושל הכללי מוצא שהן קשורות להגנתה של אוסטרליה" גישה זו עמדה בניגוד לדעותיהם של רוב עמיתיו הוותיקים של קרטין מהצד השמאלי של המפה הפוליטית, בהנהגתו של ארתור קאלוול. בתקופת מלחמת העולם הראשונה התנגד קרטין לגיוס החובה וכן ב-1939, כאשר הוגשה הצעת חוק בנושא על ידי ממשלתו של מנזייס, אך הוא שינה את דעתו תחת הלחצים של מלחמת העולם השנייה. הלחצים שנבעו מהמאבקים הפנימיים בתוך הלייבור, השפיעו קשות על מצב בריאותו של קרטין, שלא היה במיטבו גם בתקופות רגועות. הוא סבל במשך כל חייו ממחלות הקשורות ללחץ נפשי והיה מעשן כבד. בשנים אלו נהג קרטין וכמוהו אחרים בממשלה, לעבוד 16 שעות ביממה.