След смъртта на адмирал Минеичи Кога, Тойода е назначен за главнокомандващ на Обединения флот на 3 май 1944 г. През юни той изготвя и пуска в действие плана „А-Го“, който води до решителното поражение на Императорския военноморски флот под командването на адмирал Джисабуро Одзава в битката за Филипинско море. След това продължава с плана „Шо-Го“, който отново води до голяма загуба в битката в залива Лейте. Тойода ясно осъзнава, че и двата плана крият голям риск, но тъй като Императорският военноморски флот бързо свършва запасите си от гориво и други важни провизии, той решава, че потенциалната победа оправдава риска за загуба на флота, който и без това скоро би станал безполезен. В крайна сметка, обаче, агресивната отбранителна стратегия на Тойода не проработва. Въпреки това, той продължава в същия дух, одобрявайки плана „Тен-Го“, предвиждащ изпращането на линейния кораб „Ямато“ на последната му мисия до Окинава.