Ibn Ladina wiązano z atakami na hotel w Jemenie (grudzień 1992), zamachem na World Trade Center (26 lutego 1993), nieudaną próbą zabicia Mubaraka (czerwiec 1995) oraz atakami w Rijadzie (listopad 1995) i Az-Zahranie (czerwiec 1996). Zarówno sam fakt, jak i ewentualny stopień udziału Al-Ka’idy w tych aktach pozostaje nie do końca pewny, niemniej Ibn Ladin publicznie je pochwalał i nazywał biorących w nich udział męczennikami (szahidami). W 1998 Usama ibn Ladin nakazał przeprowadzenie największej z dotychczasowych operacji Al-Ka’idy – jednoczesnych zamachów na amerykańskie ambasady w Nairobi i Dar es Salaam, w których zginęły łącznie 224 osoby. Stany Zjednoczone w odwecie wystrzeliły pociski manewrujące na miejsca, które uważano za bazy Ibn Ladina w Afganistanie. W roku 2000 Al-Ka’ida przedsięwzięła kolejny atak, zabijając 17 marynarzy amerykańskiego niszczyciela USS Cole, znajdującego się w Jemenie. 11 września 2001 dziewiętnastu bojowników powiązanych z Al-Ka’idą dokonało serii ataków na wieże World Trade Center w Nowym Jorku i Pentagon w Waszyngtonie, w których zginęło 2996 osób. Usama ibn Ladin początkowo odmówił przyjęcia odpowiedzialności za ten ostatni zamach, chociaż tradycyjnie publicznie pochwalił jego autorów. Stany Zjednoczone zażądały, by talibowie wydali Ibn Ladina; ci zaś odmówili. W rezultacie Amerykanie zbudowali koalicję, która obaliła rządy talibów w Afganistanie. W grudniu 2001 Ibn Ladin zszedł do ukrycia, po tym jak uniknął ujęcia przez siły amerykańskie w kompleksie jaskiń Tora Bora. W następnych latach Amerykanie szukali jego kryjówki na pograniczu afgańsko-pakistańskim.