El general Francisco Serrano y Domínguez organizó un ejército rebelde en Andalucía, logrando reclutar a algunos guardias civiles, que derrotó a las tropas gubernamentales, lideradas por el general Manuel Pavía y Lacy, y en las que se encontraba la Guardia Civil, en la Batalla del Puente de Alcolea de 1868. A esto siguió un gobierno presidido por Serrano. Para mantener el orden, la Guardia Civil de Madrid desarmó a 20 000 milicianos. Otros milicianos se atrincheraron en Cádiz, donde fueron derrotados por la Guardia Civil tras ocho días de combates. También hubo levantamientos y enfrentamientos con los milicianos en Málaga, Zaragoza, Barcelona, Valladolid, Badajoz, Tarragona y otras ciudades.