Το 1908, στον μεγάλο σεισμό της Μεσσήνης, 14 καθηγητές πέθαναν κάτω από τα ερείπια, ενώ οι περισσότερες βιβλιοθήκες και εργαστήρια καταστράφηκαν. Το πανεπιστήμιο ξανάνοιξε σταδιακά, με πρώτη τη Νομική Σχολή του τον Οκτώβριο του 1909. Το 1914 και το 1915 επαναλειτούργησαν μέσα σε τεράστιες δυσκολίες οι Σχολές Φυσικών Επιστημών, Ιατρικής και Φαρμακολογίας.