Bei seiner Rückkehr nach Deutschland wurde er im Haus seines ältesten Bruders, des kurmainzischen geheimen Rates und Zollschreibers von Bingen am Rhein Heinrich Christian Adam Eckart, aufgenommen. Er schrieb dort seine missionarischen und naturwissenschaftlichen Erfahrungen und Erkenntnisse nieder. In seinen Schriften thematisierte er den Alltag seiner missionarischen Tätigkeit, das Verhältnis zur indigenen Bevölkerung und seine Haftzeit. 1792 floh er vor den französischen Revolutionstruppen nach Nürnberg. Im Jahr 1803 reiste Eckart nach Russland, da der Jesuitenorden dort nicht verboten war. Er verstarb am 29. Juni 1809 in Polazk, heute Weißrussland.