Карно је радио на стварању француске националне армије која би се супротставила снагама Прве коалиције. Увео је војну обавезу. Карноове реформе подигле су број француских војника са 645.000 (средином 1793. године) на 1.500.000 (септембар 1794. године). Заслужан је за гушење устанка у Вандеји због чега је стекао надимак "Организатор победе". На јесен 1793. године преузео је команду над армијом која се борила на северном фронту и допринео је победи Жана-Батиста Журдана у бици код Ватињија. Карно није предузео никакве кораке у циљу спречавања јакобинског терора, али је узео учешћа у Термидорској реакцији током које је Максимилијан Робеспјер збачен са власти заједно са јакобинцима.