Nils (Niilo) Boije (noin 1490–1568) oli sotapäällikkö ja hallintomies, joka toimi päällikkönä jo kreivin sodassa 1534–1536, Dacken kapinan kukistamisessa 1542 sekä Kustaa Vaasan sodassa 1555–1557. Hän oli Juhana-herttuan luottomiehiä, mutta siirtyi kuninkaan (Eerik XIV) puolelle ja osallistui Turun linnan piiritykseen 1563. Hän oli mukana Helsingin perustamistoimissa, ja hän sai nimityksen Suomen käskynhaltijaksi, mutta ei voinut hoitaa sitä sairauden vuoksi ja kuoli pian.