Nachdem das Erzstift Magdeburg bereits 1648 säkularisiert worden war, kam Aken 1680 mit dem Herzogtum Magdeburg endgültig unter die Herrschaft des Kurfürstentums Brandenburg und wurde der territorialen Verwaltung des Holzkreises unterstellt. Nach der 1701 erfolgten Bildung des Königreichs Preußen wurde Aken bis 1790 Garnisonsstadt. 1711 gründeten die aus Anhalt zugewanderten reformierten Akener eine eigene Gemeinde und erhielten bis zu deren Auflösung 1831 die bis dahin nur noch für Begräbnisse genutzte Nikolaikirche. Einen weiteren Zuzug gab es 1714 durch zehn schwäbische Familien. Durch die Zuwanderung erhöhte sich die Einwohnerzahl von Aken auf rund 2000. Der Siebenjährige Krieg brachte für Aken 1759 und 1760 erneut Kontributionszahlungen und Plünderungen mit sich. Napoleons Feldzug gegen Preußen berührte Aken vom Oktober 1806 an, als vier Wochen lang verschiedene französische Truppenteile plündernd durch die Stadt zogen. Anschließend hatte die Stadt an Preußen 6750 Reichstaler Kriegskontributionen zu zahlen. Nach Preußens Niederlage geriet Aken 1807 in den Bereich des von Frankreich beherrschten Königreichs Westphalen. Die Stadt wurde in Acken umbenannt und wurde Verwaltungssitz des gleichnamigen Kantons im Distrikt Magdeburg. Bei seinem Streifzug durch Westphalen kam der preußische Freischärler Ferdinand von Schill 1809 auch durch Acken. Während der Befreiungskriege 1813–1815 gegen Napoleon zogen zunächst französische, später preußisch-russische Truppenteile die Stadt, von denen jeweils Quartier und Verpflegung für die Soldaten gefordert wurden. Obwohl der preußische General von Hühnerbein schon am 14. April 1814 das französische Recht in Aken für beendet erklärt hatte, wurden die napoleonische Truppen erst im September 1814 endgültig aus der Stadt vertrieben.