Am 23. Juni 2013 wurde Bernier im Tausch gegen Ben Scrivens, Matt Frattin, sowie einem Zweitrundenwahlrecht im NHL Entry Draft 2014 oder 2015 zu den Toronto Maple Leafs transferiert. Dort avancierte der Schlussmann in den folgenden drei Spielzeiten zum Stammtorwart der Kanadier und bildete ein Duo mit James Reimer. Nach der Verpflichtung von Frederik Andersen im Juni 2016 gaben die Leafs Bernier wenige Wochen später für ein Wahlrecht im NHL Entry Draft 2017 an die Anaheim Ducks ab. Dort verbrachte er eine Saison, bevor er sich als Free Agent im Juli 2017 der Colorado Avalanche anschloss. Anschließend wechselte er im Juli 2018 in gleicher Weise zu den Detroit Red Wings, wobei er in der "Motor City" einen Dreijahresvertrag erhielt. Kurz vor dem Auslaufen seines Vertrag wurden die Rechte an ihm im Juli 2021 samt einem Drittrunden-Wahlrecht im NHL Entry Draft 2021 an die Carolina Hurricanes abgegeben, während Alex Nedeljkovic nach Detroit wechselte. Da sich Bernier mit den Hurricanes jedoch nicht auf einen Vertrag einigen konnte, schloss er sich Ende Juli den New Jersey Devils an. Er unterzeichnete dort einen Zweijahresvertrag mit einem Gesamtvolumen von 8,25 Millionen US-Dollar.