В 2000 году Бедойя дебютировал за сборную Колумбии. В том же году он был включен в заявку на участие в Золотом кубке КОНКАКАФ. На турнире он сыграл две встречи против сборных США и Ямайки. В матче против американской сборной он забил гол, но потом был удален с поля. По итогам соревнования он стал серебряным призёром.