В русско-прусско-французской войне 1806—1807 годов командовал авангардом герцога Веймарского. После получения известия о катастрофе при Йене и Ауэрштедте отошёл к Гарцу, где соединился с Блюхером. Прикрывая отход Блюхера на север от Эльбы, 26 октября дал бой при Альтенцауне (), в котором разбил французов, проявив незаурядное тактическое мастерство. Это была первая победа над французами после поражения при Йене. В последнем бою Блюхера в той войне, данном 6 ноября на улицах Любека, Йорк был ранен и взят в плен. В июне 1807 года его обменяли на одного французского генерал-адъютанта, и за успешные действия в войне пожаловали чин генерал-майора и орден Pour le Mérite.