Получив команду над греческим флотом, Кокрейн связал своё имя с заговором и убийством греческого военачальника Г. Караискакиса и самым большим поражением повстанцев за все годы Освободительной войны 1821—1829 годов (Битва при Фалероне). Историки Д. Фотиадис и Т. Герозисис считают, что Караискакис был убит британскими агентами, поскольку согласно доктрине неприкосновенности Османской империи, в качестве волнолома против России, возрождаемое греческое государство должно было быть ограниченно одним лишь Пелопоннесом. Попытка Кокрейна реабилитироваться на море, организовав в мае 1828 года рейд на Александрию, не имела никакого успеха.