Пасля паўстання 1863—1864 гадоў, у 1865 годзе па ініцыятыве генерал-губернатара М. М. Мураўёва царква рэканструявана паводле праекта М. Чагіна. Аб’ёмную кампазіцыю і тэктанічную структуру таго часу царква захавала да нашых дзён. Пры гэтым былі знесены пабудовы, якія акружалі рэшткі царквы, каб храм заняў дамінуючае становішча. Ад старажытных пабудоў захавалася невялікая частка сцяны. Пры аднаўленчых працах знайшлі абломак сцяны, на якім славянскім пісьмом выведзены год, які адпавядае года «стварэння свету». Асвячоны храм пры генерал-губернатары К. П. фон Каўфмане ў 1865 годзе. У 1886 годзе пляцоўка, на якой стаяла царква, была абнесена жалезнай агароджай на мураваным падмурку.