Першим трофеєм Манджукича став Суперкубок Німеччини 2012, «Баварія» грала проти дортмундської «Боруссії», цей матч «Баварія» виграла завдяки дублю Манджукича. У першому матчі в Бундеслізі Манджукич забив свій перший гол проти «Гройтер Фюрт». «Баварія» пробилася у фінал Ліги чемпіонів, причому це був вперше німецький фінал проти «Боруссії» (Дотмунд), рахунок відкрив Манджукич, для якого це був третій гол у турнірі. Але Гюндоган, який грав за «Боруссію», зрівняв рахунок з пенальті, а на останніх хвилинах партнер по команді Ар'ен Роббен забив гол, у підсумку «Баварія» виграла. У цьому сезоні його команда виграла чотири трофеї за сезон. 30 серпня 2013 року «Баварія» виграла Суперкубок УЄФА 2013 в матчі проти «Челсі».