13 січня 2013 року Унаї був призначений головним тренером «Севільї», змінивши на цій посаді Мігеля Мічела. Контракт розрахований до 30 червня 2014 року. Президент «Севільї» заявив: "«Ми знайшли ідеального тренера як мінімум на закінчення нинішнього сезону та сезон наступний. У нинішньому положенні нам потрібно думати не про майбутнє, а про кожну наступну гру. Загалом, думаю, я найняв ідеального тренера»". 16 січня відбувся дебют Емері. У гостьовому матчі проти «Сарагоси» в рамках 1/4 фіналу Кубка Іспанії команда Емері зіграла в нічию — 0:0. Дебют тренера в чемпіонаті відбувся 19 січня, в якому «Севілья» поділила очки з «Хетафе». У матчі-відповіді 1/4 фіналу Кубка Іспанії проти «Сарагоси» Емері здобув свою першу перемогу на посту головного тренера андалуського клубу, розбивши противника — 4:0. Завдяки цій впевнено перемозі «Севілья» вийшла в півфінал турніру. 28 січня Емері здобув свою першу перемогу на посту «Севільї» в чемпіонаті, вигравши у «Гранади» з рахунком 3:0.