В ноябре 1944 года Виндушев был назначен командиром 16-й гвардейской воздушно-десантной дивизией. В декабре эта дивизия была переформирована в 106-ю гвардейскую стрелковую дивизию. В январе 1945 года дивизия вошла в Венгрию. 20 марта 1945 года дивизия овладела городом Мор, 26 марта – городом Папа и, выйдя к реке Раба, встретила сильное сопротивление 12-й танковой дивизии СС «Гитлерюгенд» и других частей войск СС. Дивизия форсировала реку Раба, прорвала оборону противника и 29 марта 1945 года овладела городом Чепрег. В апреле 1945 года, преодолевая лесистые горы, дивизия заняла ряд городов. После этого дивизия приняла участие в Венской операции и 15 апреля 1945 года заняла город Санкт-Пёльтен. 24 апреля 1945 года дивизия генерал-майора Виндушева вышла к Вене. 8 мая 1945 года дивизия овладела Зноймо и, развивая наступление, заняла ещё ряд городов. 11 мая 1945 года передовой отряд дивизии на реке Влтава встретился с частями армии США. Дивизия прошла с боями до 1000 км, захватила в плен до 52 тысяч немецких солдат и офицеров, 18 генералов и до 6 тысяч разных машин. За боевые действия дивизия была награждена орденами Красного Знамени и Кутузова II степени. Командир дивизии Виндушев был награждён орденом Кутузова II степени. В июне 1945 года генерал-майор Виндушев был командирован в Москву на парад Победы в составе сводного полка 3-го Украинского фронта в качестве заместителя командира полка генерал-лейтенанта Бирюкова.