Свою историю университет отсчитывает с 1933 года, когда в Кишинёве на базе Ясского университета был образован Факультет сельскохозяйственных наук, с 1938 года — Агрономический факультет. После присоединения Бессарабии к СССР на базе факультета был организован Кишинёвский сельскохозяйственный институт. В 1944 году институт возобновил свою работу на базе Сорокского сельскохозяйственного техникума и в том же году переведен в Кишинёв. В 1991 году институт преобразован в Государственный аграрный университет Молдовы. В 1995 году он первым среди молдавских вузов стал членом Ассоциации европейских университетов.