Nel 1956 il Bomber Command ritornò sul piede di guerra a causa dell'occupazione militare egiziana del canale di Suez, a cui il governo di Anthony Eden rispose con azioni di guerra. I Canberra del Bomber Command vennero inviati a Cipro e Malta, isola in cui atterrarono anche i Valiant, e in totale più di cento bombardieri parteciparono alle azioni militari. Nel corso degli anni cinquanta i vecchi Lancaster del 407º squadrone, basati nella Columbia Britannica, fecero dei continui voli per individuare, con appositi congegni, radiazioni nucleari nell'aria e mappare così, con l'aiuto degli statunitensi, le basi atomiche sovietiche. Dal 1959 al 1963 al Bomber Command vennero assegnati, nell'ambito del progetto angloamericano "Emily", anche 60 missili balistici nucleari PGM-17 Thor ripartiti in venti basi della RAF.