14 lipca 1938 Gerstein został aresztowany. Na sześć tygodni (14 lipca do 28 sierpnia 1938) trafił do obozu koncentracyjnego w Welzheim. We wrześniu zarzucano mu zdradę stanu i związki z Towarzystwem Niemieckiej Wolności, którego program zakładał przywrócenie monarchii Hohenzollernów. Postępowanie zakończono w październiku. W odzyskaniu wolności Gersteinowi pomógł życzliwie nastawiony urzędnik Gestapo. Trudno ocenić, w jaki sposób Gerstein starał się oddzielić ekonomiczne aspekty osiągnięć państwa rządzonego przez partię narodowo-socjalistyczną od proklamowanego przez to państwo światopoglądu. Pogromy ludności żydowskiej podczas „nocy kryształowej” wstrząsnęły Kurtem.