Eflak tekrar Genel sekreter seçildikten sonra, Şubat 1968'de Bağdat'a taşındı ve 1970 yılında Kara Eylül olayları gerçekleşene kadar burada kaldı. Baas yönetimini, olaylar sırasında Filistin Kurtuluş Örgütü'nü (FKÖ) yalnız bırakmakla suçladı. Bu süreçte Eflak, FKÖ ve Yaser Arafat lehine yoğun lobi faaliyetinde bulundu. Irak'ın müdahil olmasını istiyordu ancak el-Bekir müdahil olmaya yanaşmıyordu. Bu duruma kızan Eflak Irak'ı terk ederek Lübnan'a gitti. Hafız Esad yönetimi, 1971 yılında gıyabında Eflak'ı ölüme mahkûm ettirdi.