W 1939 miasto liczyło 5,5 tys. osób. W okresie 1939–1945 Kcynia znajdowała się pod okupacją hitlerowską; w latach 1939–1940 pod nazwą "Prien am Berge". Zginęło kilkudziesięciu mieszkańców, wielu wywieziono do Generalnego Gubernatorstwa. 22 stycznia 1945 nastąpiło oswobodzenie miasta. Mieszkańcy pochodzenia niemieckiego zostali zmuszeni do opuszczenia miasta i okolic lub przyjęcia obywatelstwa polskiego. Powstał Zakład Poprawczy i liceum ogólnokształcące.