"Nelson" už 30. října 1939 zasáhla tři torpéda z ponorky "U-56", ale naštěstí nevybuchla. Dne 4. prosince 1939 ho však na osm měsíců vyřadil výbuch německé magnetické miny. V roce 1941 byl "Nelson" ("Rodney" též) součástí svazu H v Gibraltaru. Dne 27. září 1941 byl "Nelson" při doprovodu konvoje zasažen italským leteckým torpédem. V roce 1942 se "Nelson" spolu s "Rodney" podílely na vylodění v Severní Africe (Operace Torch), v následujícím roce i na vylodění na Sicílii a v Itálii. V roce 1944 "Nelson" a  a jeho sesterská loď podporovaly vylodění v Normandii.