Ранение сделало его непригодным для полевой службы и Мура перевели на штабные должности. С октября 1861 по май 1862 года он служил адъютантом при генерала Джонстоне, а после ранения Джонстона в сражении при Севен-Пайнс стал адъютантом Джеймса Лонгстрита (до июля 1862).