Mandó construir un complejo de pirámides para su culto funerario al sur de Saqqara, junto al que construyó al menos otras seis pirámides para sus consortes. La pirámide de Pepi, que originalmente medía 52,5 m de altura, y el gran templo que la acompañaba, seguían la disposición habitual heredada de finales de la Dinastía V. El corpus más extenso de Textos de las Pirámides del Imperio Antiguo cubre las paredes de la cámara funeraria de Pepi I, la antecámara y gran parte del corredor que conduce a ella; por primera vez, estos textos aparecen también en algunas de las pirámides de las consortes. Durante las excavaciones se encontró un paquete de vísceras y un fragmento de momia, ambos presuntamente pertenecientes al faraón. El complejo funerario, denominado en idioma egipcio "Pepy Mennefer" (o "Men-nefer"), continuó siendo el centro de su culto hasta bien entrado el Imperio Medio y acabó dando nombre a la cercana Menfis, capital de Egipto. Su culto cesó a principios del Segundo período intermedio. Los monumentos del complejo empezaron a ser saqueados para extraer su piedra durante el Imperio Nuevo y en la época mameluca fueron desmantelados casi por completo.