À l’est, Bourbaki, après une victoire à Villersexel, échoue dans sa tentative de libérer Belfort assiégée : son offensive est stoppée à Héricourt et Montbéliard. Il est remplacé le 26 janvier, à la suite d'une tentative de suicide, par le commandant du , le général Clinchant, qui, encerclé par les Allemands, n’a d’autres ressources que de négocier avec le général suisse Hans Herzog et l’armée se réfugie en Suisse le ce qui provoque ainsi la disparition de l’armée de l’Est. Cependant, de durs combats ont lieu au défilé de la Cluse (au sud de Pontarlier) où des troupes se font massacrer courageusement pour sauver l’armée. D’autres généraux dont Crémer et Pallu de la Barrière ainsi que le Contre-amiral Penhoat réussissent à passer le Jura enneigé avec plusieurs milliers d’hommes et à rejoindre Lyon par Gex. Les forts de Joux et du Larmont ne se rendent que le 10 février après avoir occasionné de lourdes pertes aux Allemands.