第2中間期（紀元前1782 – 1570年）には、ミニヤーを含む中部エジプトと下エジプトはヒクソスに支配された。ミニヤーの総督は、エジプト人のファラオが支配する第16王朝と大17王朝ではなく、ヒクソスの第15王朝を支持したと見られる。第2中間期の終盤、テーベのファラオがヒクソスをエジプトから排除しようと試みたとき、ミニヤーは最初の大規模な戦闘の舞台となった。紀元前1552年、第17王朝の最後のファラオ・カーメスは人部隊を北のネフルシー（ミニヤーの数km南）に向けて進軍させ、そこでペピの息子テティと呼ばれる人物の軍を破った。テティはミニヤーを「アジア人の巣」に変えた張本人とされていた。これはヒクソスにとって初めての大きな敗北だった。紀元前1540年前後、カーメスの弟のイアフメス1世は北に進軍し、ヒクソスをエジプトから排除することに成功した。