Bakken osallistui ensimmäisiin aikuisten arvokisoihinsa Sevillan MM-kisoissa 1999, joissa hän karsiutui 5 000 metrin juoksun alkuerissä. Hän voitti samana vuonna hopeaa alle 23-vuotiaiden EM-kisoissa 5 000 metrillä. Seuraavana vuonna hän karsiutui Sydneyn olympialaisissa samalla matkalla. Edmontonin MM-kisoissa 2001 hän selviytyi 5 000 metrin finaaliin, jossa juoksi yhdeksänneksi ajalla 13.22,07. Seuraavana vuonna Münchenin EM-kisoissa hän oli neljästoista. Ateenan olympialaisissa 2004 hän karsiutui alkuerissä. Seuraavana vuonna Helsingin MM-kisoissa Bakken selvisi finaaliin 5 000 metrillä, jossa sijoittui kahdenneksitoista, oltuaan kisan paras eurooppalainen. Göteborgin EM-kisoissa 2006 hän keskeytti 5 000 metrin loppukilpailussa.