José de la Serna connaît lui aussi de graves problèmes car, au début de cette même année 1824, l'armée du Haut-Pérou commandée par le général Pedro Antonio Olañeta se révolte contre le vice-roi après avoir reçu la nouvelle que le gouvernement libéral espagnol était tombé à la suite de l'expédition française en Espagne. Ferdinand VII rétablit ainsi l'absolutisme, avec le soutien des troupes françaises, et Rafael del Riego est pendu alors que les autres dirigeants libéraux sont exécutés, exilés ou en fuite. Le monarque espagnol décrète l'abolition de toutes les décisions prises durant les trois années précédentes, ce qui annule la désignation de José de la Serna comme vice-roi du Pérou.