Are în gestiunea sa, de asemenea Muzeul Armatei din Chișinău. O altă ramură a instituției este istoriografia și muzeografia militară, a cărei cercetare a început în 1994 prin înființarea muzeului militar. În 2015, la inițiativa ministrului apărării, Anatol Șalaru, a fost deschis un muzeu în cadrul centrului, unde sunt afișate dovezi ale deportărilor din timpul ocupației sovietice a Basarabiei și Bucovinei de Nord. În septembrie (2015), la instrucțiunile sale și cu participarea personală, un tanc T-34 montat pe teritoriul Brigăzii 2 Infanterie Motorizată „Ștefan Cel Mare” din Chișinău a fost scos din piedestal și transferat la muzeu. Instituția deține, de asemenea, o expoziție în aer liber de echipamente și arme tehnice militare, precum și Complexul memorial „Capul de pod Șerpeni” prin muzeul armatei.