Maaliskuun 31. päivänä 2021 Navalnyi julisti aloittavansa syömälakon protestiksi lääkärihoidon epäämistä vastaan. 18:n päivän kuluttua hän oli laihtunut 9 kg ja hänen kerrottiin olevan hengenvaarassa munuais- ja sydänongelmien vuoksi. Hänet siirrettiin vankilan sairasosastolle. Navalnyi sai tukea mm. Beslanin koulukaappauksesta selvinneiden vanhemmilta, jotka myös menivät syömälakkoon, sekä ympäri maata järjestettyjen mielenosoitusten osanottajilta, joista yli 1 900 otettiin kiinni. Lopulta Navalnyi päästettiin riippumattomien lääkärien tutkittavaksi, ja nähtyään tutkimuksen tulokset, hänen omat lääkärinsä kehottivat Navalnyitä lopettamaan syömälakkonsa, mihin hän suostuikin. Hän lopetti lakkonsa hitaasti 24 päivän aikana. Hänet palautettiin sairaalasta rangaistussiirtolaan 7.6.2021. Syömälakon alkaessa Navalnyi painoi 85 kiloa ja hänen painonsa laski alimmillaan 76 kiloon.