В исключительно сложной обстановке и с большими потерями в конце августа 1941 года проведена операция по прорыву сил Балтийского флота из Таллина в Кронштадт. К месту назначения прибыло 112 боевых кораблей, 23 транспортных и вспомогательных судна. В октябре — декабре 1941 года флот выполнил боевую задачу по эвакуации гарнизона ВМБ Ханко в Ленинград.