Über viele weitere Stationen wurde Carpegiani Nationaltrainer von Paraguay. Diese führte er zur Weltmeisterschaft 1998 in Frankreich. Dort überstand man die Vorrunde, schied dann aber im Achtelfinale gegen den späteren Turniersieger Frankreich mit 0:1 nach Golden Goal aus. Bereits im Vorjahr nahm man an der Copa América 1997 teil, wo das Team ebenfalls gegen den späteren Gewinner, die Mannschaft Brasiliens den Kürzeren ziehen musste. Anschließend widmete sich Carpegiani wieder Vereinsmannschaften, ehe er 2003 als Trainer der Nationalmannschaft Kuwaits vorgestellt wurde. Bereits nach einem Jahr, noch vor der Asienmeisterschaft 2004, verließ er den Verband wieder.