Jones jest rekordzistą pod względem liczby występów w reprezentacji Stanów Zjednoczonych. W latach 1992–2004 rozegrał dla niej 158 meczów i strzelił 14 bramek. Brał udział między innymi w Mistrzostwach Świata 1994, 1998 i 2002, został wybrany do najlepszej jedenastki Złotego Pucharu CONCACAF 2000 oraz zwyciężył w Złotym Pucharze CONCACAF 2002, był także uczestnikiem Igrzysk Olimpijskich w Barcelonie i Copa América 1995.