Beim darauf folgenden Rennen in Singapur machte er von Platz sieben beim Start vier Positionen gut und wählte anschließend eine andere Strategie, womit er erneut den zweiten Platz erreichte. In Japan kam er als Vierter ins Ziel und übernahm damit mit 1571 Punkten den Rekord der meisten erzielten Punkte in der Formel-1-Weltmeisterschaft. Aufgrund mehrfach geänderter Punktesysteme – 1950 gab es für einen Sieg 8 Punkte, 2013 waren es 25 Punkte – besitzt diese Bestmarke jedoch wenig Aussagekraft. Beim Großen Preis von Indien blieb er zum zweiten Mal in der Saison ohne Punkte. Er kam auf dem elften Platz ins Ziel, nachdem sein Fahrzeug in der ersten Runde bei Kollisionen mit Webber und Button beschädigt worden war. Bei diesem Rennen entschied Vettel die Weltmeisterschaft vorzeitig für sich. Alonso war bis vor diesem Rennen der einzige Fahrer, der neben Vettel noch theoretische Titelchancen besaß. Beim Großen Preis von Abu Dhabi zog sich Alonso eine Rückenverletzung zu, nachdem er mit seinem Ferrari bei einem Überholmanöver neben die Strecke über die Randsteine gefahren war. Im letzten Saisonrennen in Brasilien wurde er ein weiteres Mal Dritter. Alonso beendete die Saison auf dem zweiten Platz in der Fahrerweltmeisterschaft. Mit 242 zu 112 Punkten setzte er sich teamintern erneut deutlich gegen Massa durch.