Po nástupu komunistického režimu v Československu následovala léta perzekuce církevních řádů a kongregací. V roce 1957 byla činnost Milosrdných sester násilně zlikvidována, klášter v Olomouci musely opustit. Po dobu čtyřiceti let objekt užívala firma Stavoprojekt. Milosrdným sestrám byl navrácen až po revoluci v roce 1989 ve značně zdevastovaném stavu. V devadesátých letech prošel celý objekt i s kaplí generální opravou. Na přelomu 20. a 21. století v něm žilo deset sester.