Nachdem er keine Einberufung für das australische A-Nationalteam erhielt und der kroatische Fußballverband ihn beobachtete, entschied sich Didulica, künftig für das kroatische Nationalteam aufzulaufen. Sein Debüt gab er im April 2004 gegen Mazedonien. Er war im kroatischen Kader bei der Europameisterschaftsendrunde 2004 in Portugal und der Weltmeisterschaft 2006 in Deutschland, kam aber bei beiden Turnieren nicht zum Einsatz. Im Oktober 2006 trat Joey Didulica vorübergehend aus dem Nationalteam zurück.