Im Zweiten Weltkrieg wurde das Gemälde evakuiert und vor den Deutschen versteckt. Während des Angriffs auf Warschau am 7. September 1939 wurde die "Schlacht bei Grunwald" von Stanisław Mikulicz-Radecki und den jungen Malern Stanisław Ejsmond und Bolesław Surałło auf einem Pferdewagen nach Lublin im Osten Polens verbracht. Nach der Ankunft in der Stadt am Morgen des 9. September kamen beide Maler im Bombardement durch die deutsche Luftwaffe um. Das Gemälde wurde im Muzeum Lubelskie von dessen Direktor Józef Edward Dutkiewicz, der Kuratorin Maria Żywirska, einem weiteren Museumsmitarbeiter und einem Angestellten der Stadt versteckt. Dies war nötig, weil die Besatzer die "Schlacht bei Grunwald" im Zuge der Germanisierungspolitik unter Hans Frank zur Zerstörung vorgesehen hatten. Die Gestapo befragte in Warschau mehrfach die Ehefrau Stanisław Ejsmonds, Janina Ejsmond, sowie die Angestellten des Nationalmuseums über den Verbleib der "Schlacht bei Grunwald", auch suchten Angehörige der SS nach ihr. Als diese Bemühungen erfolglos blieben, bot Joseph Goebbels eine Belohnung von erst zwei, später zehn Millionen Reichsmark für ihre Auffindung. Das Gemälde war in einer Theke in der Bücherei des Museums versteckt. Als die deutschen Besatzer diesen Raum 1941 beanspruchten, wurde das Gemälde am 9. April 1941 aus dem Versteck entfernt und in Lublin vergraben. Um von dem Versteck abzulenken wurde bereits 1940 eine fiktive Nachricht über das polnische Radio in London verbreitet, dass die "Schlacht bei Grunwald" sicher in der britischen Hauptstadt angekommen wäre. Die Besatzer setzten ihre Suche in Lublin aber fort, in deren Verlauf mehrere Polen getötet wurden. Am 17. Oktober 1944 wurde das Gemälde aus seinem Versteck geholt. Es war in schlechtem Zustand, die gesamte Oberfläche mit Schimmel besetzt. 1949 wurde das restaurierte Werk wieder im Nationalmuseum von Warschau ausgestellt. 1990, 2000 und 2012 wurden erneut Restaurierungen vorgenommen.