Debiutował w reprezentacji w 2005. W 2006 zajął 7. miejsce na mistrzostwach świata juniorów w Kranju w konkursie indywidualnym, natomiast dwa dni później wraz z Gregorem Schlierenzauerem, Arthurem Pauli i Thomasem Thurnbichlerem zdobył złoty medal w konkursie drużynowym. Zajął 6. miejsce w letnim Pucharze Kontynentalnym. Po udanym TCS w sezonie 2006/2007 awansował do kadry A. Nie wystąpił jednak w konkursie drużynowym mistrzostw świata. Jego najlepszy wynik w Pucharze Świata to 5. miejsce w Neustadt. W 2010 w Harrachovie ustanowił swój rekord życiowy wynoszący 164,5 m. W tym samym roku na mistrzostwach świata juniorów w Hinterzarten Austriacy w składzie: Innauer, Lukas Müller, Florian Schabereiter i Michael Hayböck zdobyli kolejny złoty medal w drużynie.