היקף האבדות בנפש באירועים שקרויים רצח העם הבנגלי לא ידוע בשום רמה של דיוק. ממשלת בנגלדש טענה ש-3 מיליון איש נהרגו, בעוד שוועדת חקירה רשמית של ממשלת פקיסטן העמידה את המספר על 26,000 הרוגים בקרב האוכלוסייה האזרחית. על פי דוח שחובר על ידי העיתונאית האמריקאית ממוצא הודי, סרמילה בוס, בין 50,000 ל-100,000 משתתפים פעילים בלחימה ואזרחים משני הצדדים איבדו את חייהם. מחקר שפורסם ב-2008 ב-British Medical Journal על ידי זיאד אוברמייר, כריסטופר ג'. ל. מוראיי ועימנואלה גקידו מעריך שכ-269,000 נהרגו כתוצאה מהעימות. מפרסמי המחקר ציינו שמספר זה גבוה בהרבה מההערכה הקודמת של אוניברסיטת אופסלה ושל מכון המחקר לשלום באוסלו, שעמדה על 58,000. על פי סרג'ור רחמן, ההערכה הרשמית של ממשלת בנגלדש שעמדה למעשה על 300,000 הרוגים (בבנגלית: "3 lahks"), תורגמה בטעות לאנגלית ל-3 מיליון. כתוצאה מעימות זה נמלטו בין שמונה לעשרה מיליון איש והפכו לפליטים בהודו.