No geral, as relações entre as comunidades religiosas da Guiné-Bissau são positivas, porém, a instabilidade política do país desde o golpe de Estado de 2012 vem comprometendo isso. O islamismo extremista vem crescendo na África Ocidental, ameaçando a paz em grande parte da região. Os ímãs extremistas estrangeiros estão alegadamente ativos nas mesquitas do país. Em 10 de novembro de 2014, os bispos da Guiné-Bissau, juntamente com os do Senegal, Mauritânia e Cabo Verde, foram a Roma para a sua visita "ad limina". O Papa Francisco declarou: "Hoje em dia, a fé é ameaçada de muitas formas, seja através de propostas religiosas que são mais fáceis e mais atraentes no plano moral e que estão a surgir de todos os lados, seja pelo fenômeno da secularização, que também diz respeito às sociedades africanas". O Papa também recomendou que as paróquias disponibilizem aos fiéis "uma formação doutrinal e espiritual forte". Ele também apelou a eles que "impeçam que a fé se torne marginalizada em relação à vida pública".