Эрнст дебютировал в составе сборной в товарищеском матче с Кувейтом 9 мая 2002 года. В качестве игрока запаса Фабиан был взят на ЕВРО-2004. На этом турнире он сыграл лишь в одном матче, выйдя на замену. В 2006 году Эрнст получил последний вызов в сборную, возглавляемую Юргеном Клинсманном. Всего на его счету 24 матча за национальную команду, в которых он забил 1 гол.