In Briefen, die er an seine Freunde und an das britische Colonial Office richtete, kritisierte er die in der Kolonie tätigen Offiziere, da diese vor allem ihren eigenen wirtschaftlichen Interessen nachgingen, die Siedler nicht unterstützten und dies nicht von der Kolonialverwaltung untersagt werde. Die korrupten Offiziere wiederum bezichtigten ihn deshalb der Volksverhetzung. Es wird vermutet, dass Margarot von der Vorbereitung des Aufstands von Castle Hill im Jahr 1804 beteiligt war, bzw. davon wusste.