Первым трофеем Манджукича стал Суперкубок Германии 2012, «Бавария» играла против дортмундской «Боруссии». В первом матче в Бундеслиге Манджукич забил свой первый гол против «Гройтер Фюрт». «Бавария» пробилась в финал Лиги чемпионов, причём это был впервые немецкий финал против «Боруссии», счёт открыл Манджукич, для которого это был третий гол в турнире. Но Гюндоган, игравший за «Боруссию», сравнял счёт с пенальти, а на последних минутах партнёр по команде Роббен забил гол, в итоге «Бавария» выиграла. В этом сезоне его команда выиграла четыре трофея за сезон. 30 августа 2013 года «Бавария» выиграла Суперкубок УЕФА в матче против «Челси».