W czasie obrony Warszawy we wrześniu 1939 dworzec został również uszkodzony w czasie lotniczego bombardowania miasta. W pierwszych tygodniach niemieckiej okupacji został jednak prowizorycznie wyremontowany przez nazistowskie władze okupacyjne, które w błyskawicznym tempie przykryły halę odjazdów prowizorycznym dachem i oddały wypaloną część budynku do użytku jako dworzec podmiejski, w formie bardzo okrojonej w stosunku do pierwotnych planów. Czynne były podziemne perony i hala kasowa.