У бомбардовању Београда 6. априла 1941, којим је започео напад Сила осовине на Краљевину Југославију, погинула је његова прва супруга Нада Димитријевић (1908—1941). Већ наредног дана, Нешковић је отишао у Чачак у јединицу у коју је претходно био распоређен. У Чачку је сазнао да је његова јединица кренула ка Косову па је кренуо у том правцу. Стигао је до Косовске Митровице, али није могао да настави даље јер је саобраћајна веза према Скопљу била прекинута. Након тога се вратио у Чачак, са мишљу да се прикључи некој од јединица које су остале тамо. Како је у међувремену дошло до капитулације Југословенске војске повезао се са партијском организацијом. Око 20. априла вратио се у Београд, где је одмах почео са радом на обнављању Месног комитета КПЈ. Почетком маја 1941. састао се са Иваном Милутиновићем и Сретеном Жујовићем са којима се договорио да се одмах почне са радом на обнављању организација. Све до почетка устанка Нешковић је највише био ангажован на обнављању и јачању партијских организација у Београду, као и око стварања илегалних партијских штампарија.