Die Südostasienwissenschaften entwickelten sich in westlichen Ländern aus der Anthropologie, Ethnologie, Orientalistik und Indologie (aus europäischer Sicht wurde Südostasien als Teil des Orients bzw. Indiens im weiteren Sinne betrachtet, wie sich in den älteren Bezeichnungen Hinterindien und Ostindien zeigt). Prägend war dabei oft ein missionarisches oder koloniales Interesse. So wurde am 1851 gegründeten Koninklijk Instituut voor Taal-, Land- en Volkenkunde vor allem zu Niederländisch-Indien (heute Indonesien) geforscht; an der 1901 gegründeten École française d’Extrême-Orient vor allem zu Französisch-Indochina. Die Aufgabe der 1916 gegründeten School of Oriental Studies in London war explizit, britische Kolonialbeamte auszubilden. In den USA begann die Südostasienwissenschaft nach der Annexion der Philippinen 1899. Diese koloniale Perspektive versperrte aber oft den Blick auf Südostasien als Ganzes und verzögerte eine vergleichende Betrachtung von grenzüberschreitenden Gemeinsamkeiten der südostasiatischen Kulturen und Gesellschaften sowie Sprachverwandtschaften. Diese wurden oft eher von Forschern aus Ländern ohne Kolonialbesitz in der Region aufgedeckt, wie dem Deutschen Adolf Bastian (1826–1905) oder den Österreichern Wilhelm Schmidt (1868–1945) und Robert von Heine-Geldern (1885–1968).