V roce 1776 byl Stockton zvolen delegátem druhého kontinentálního kongresu, kde byl velmi aktivní. V srpnu, kdy se konaly volby do státních úřadů vlády nového národa, dostali Stockton a William Livingston každý stejný počet hlasů v prvním hlasování na úřad guvernéra New Jersey. Livingston později volby vyhrál rozdílem jednoho hlasu a Stockton byl jednomyslně navržen do funkce vrchního soudce u New Jersey Supreme Court. Stockton tuto funkci odmítl, chtěl zůstat pracovat na Kongresu. Byl první osobou z New Jersey, která podepsala Deklaraci nezávislosti. Stockton byl spolu s Georgem Clymerem poslán Kongresem na vyčerpávající dvouměsíční cestu do Fort Ticonderogy, Saratogy a Albany ve státě New York na pomoc kontinentální armádě v americké revoluční válce. Po návratu do Princetonu odcestoval 30 mil na východ do domu přítele Johna Covenhovena, aby evakuoval svou rodinu do bezpečí. Dne 30. listopadu 1776, on a Covenhoven byli zajati uprostřed noci, vytaženi z postele loajalisty a jejich majetek byl zabaven. Byli odvlečeni do britského vězení v Perth Amboy. V den, kdy byl Stockton zajat, napsal generál William Howe své „Proclamation“, prohlášení ve kterém nabízí úplnou beztrestnost a udělení milosti těm, kdo podepíší přísahu věrnosti britskému králi. Přestože někteří tuto nabídku využili, Stockton to neudělal nikdy. V Perth Amboy byl vsazen do želez a bylo s ním zacházeno s brutalitou slušící těžkému zločinci. Poté byl přemístěn do vězení Provost ve státě New York, kde byl úmyslně vystaven hladovění a mrazivému počasí. Po téměř pěti týdnech brutálního zacházení byl Stockton propuštěn na čestné slovo, ale jeho zdraví bylo zničeno.