За провеждането на операция MO „Юбари“ преминава в периода от 30 април до 2 май 1942 г. в Рабаул и е назначен за флагман на групата, която трябва да превземе Порт Морсби, и включва също минния заградител „Цугару“, пет разрушителя, един миночистач и двадесет транспорта. На 4 май съединението излиза в морето и в нощта на 7-и пристига при остров Мисима. Там корабите се разделят – транспортите поемат обратен курс, „Юбари“ се насочва към остров Шортленд, където пуска котва за дозареждане до 9-и. На същия ден крайцерът осъществява прикритие на авионосното съединение. След окончателната отмяна на операция MO той се връща на Трук на 17 май (със стоянка в Киете на 13 – 15 май), а на 19-и се насочва за Япония. Ремонтът му с докуване в Арсенала на флота в Йокосука е в периода от 23 май по 15 юни.