Après la prise de pouvoir des Sandinistes en juillet 1979, Pastora devient vice-ministre de l'Intérieur (sous Tomás Borge ), puis vice-ministre de la Défense (sous Humberto Ortega ), et participe à l'organisation de milices populaires sandinistes. Ses désaccords avec Daniel Ortega persistent cependant. En juillet 1981, il démissionne de son poste de vice-ministre de la défense et s'exile volontairement. Par la suite, il voyage beaucoup pour soutenir les mouvements révolutionnaires dans d'autres pays, comme celui de l'ORPA au Guatemala .