Wyspy są zamieszkane przez Aborygenów australijskich z ludu Ngaro od około 9000 lat, czego świadectwem są rysunki naskalne i narzędzia znalezione w wielu stanowiskach archeologicznych. W czerwcu 1770 wyspy odkrył dla Europejczyków James Cook, podczas pierwszej wyprawy dookoła świata. Współcześnie używana angielska nazwa wysp została nadana przez niego, jako że Cook odkrył cieśninę dzielącą je od lądu w dzień Pięćdziesiątnicy (w brytyjskim angielskim ). W latach 60. XIX wieku na wyspach zaczęli osiedlać się europejscy osadnicy, początkowo głównie drwale pozyskujący drewno, później hodowcy owiec. Od lat 80. rdzenni mieszkańcy byli przymusowo wysiedlani przez przybyszy i w latach 30. XX wieku pozostało tam niewielu Aborygenów. W latach 20. XX wieku na wyspach zaczęła rozwijać się turystyka. W drugiej połowie lat 30. rząd Queenslandu zaczął obejmować wyspy ochroną i współcześnie większość archipelagu obejmują parki narodowe. W trakcie II wojny światowej, w dniach poprzedzających Bitwę na Morzu Koralowym, okręty amerykańskiej marynarki ukrywały się między tymi wyspami a kontynentem przed sztormami i wykryciem przed marynarkę japońską.