I 1982 ble Pankin utnevnt til ambassadør i Sverige. Han hadde denne posten frem til 1990. I 1990 ble han ambassadør i Tsjekkoslovakia, og skal der ha vært ansvarlig for at myndighetene ikke slo ned Fløyelsrevolusjonen. Under kuppforsøket i Sovjetunionen i 1991 forble han lojal mot president Mikhail Gorbatsjov, og ble derfor kalt tilbake for å tjenestegjøre som utenriksminister. Han fikk imidlertid bare være utenriksminister i drøye hundre dager, frem til Sovjetunionen gikk i oppløsning på tampen av året.