Dommen blev annulleret i juni 1968 under Prags-foråret, men på grund af den efterfølgende sovjetiske besættelse af Tjekkoslovakiet blev Horákovás omdømme først fuldt rehabiliteret efter Fløjlsrevolutionen i 1989. En større hovedvej i Prag 7, Letná, blev omdøbt til hendes ære i 1990. I 1991 blev hun tildelt Tomáš Garrigue Masaryk-ordenen (1. klasse). 27. juni, dagen for hendes henrettelse, blev erklæret en "mindedag for ofrene for det kommunistiske regime" i Den Tjekkiske Republik.