År 1795 annekterades staden samt större delen av Litauen av Ryssland, och Ukmergė blev en del av Guvernementet Vilna. 1812 bekämpades slaget vid Deltuva mellan Ryssland och Napoleons franska armé inte långt ifrån Ukmergė. Under Napoleons ryska fälttåg plundrades staden av fransmännen, och under Novemberupproret 1831 förblev staden i rebellernas kontroll i flera månader. År 1843 flyttades staden till det nybildade Guvernementet Kovno. Under Januariupproret 1863 deltog staden på rebellernas sida. 1876 etablerades en tändsticksfabrik i staden, och ett år senare bröt en allvarlig brand som ödelade stora delar av staden i aska. Den framtida litauiska presidenten Antanas Smetona föddes här 1874. År 1899 straffades tretton personer för att ha spridit böcker skrivna på litauiska, vilket var förbjudet då.