Con el tiempo pasó a ser uno de los jugadores más queridos del club, siendo capitán, líder moral del equipo, y el jugador con mayor cantidad de presencias históricas. Permaneció en el club milanés durante 18 años, ganando 14 títulos: La Copa UEFA en 1998, donde anotó un gol desde afuera del área, la Copa de Italia de 2005, 2006, 2010 y 2011, la Supercopa de Italia de 2005, 2006 y 2010, los Scudettos correspondientes a las campañas 2005-06, 2006-07, 2007-08, 2008-09 y 2009-10, la Liga de Campeones de la UEFA 2009-10 y la Copa Mundial de Clubes 2010.