Durante a ocupação da Polônia, na Segunda Guerra Mundial, ele foi governador do distrito da Cracóvia sob o Governo Geral e depois do distrito da Galícia (atualmente parte do oeste da Ucrânia). Mais tarde, em 1944, Wächter foi apontado como o chefe da administração militar alemã na Republica de Salò, na Itália. Nos dois meses finais da guerra, foi o responsável pelo comando das forças não-alemãs da Reichssicherheitshauptamt (RSHA) em Berlim.