Åren 1939-1943 var Cunningham befälhavare för den brittiska medelhavsflottan och det var han som var befälhavare när brittiska hangarfartyg anföll den italienska flottbasen vid Taranto i november 1940. Han hade också befäl vid slaget om Kreta, och tillsammans med Dwight D. Eisenhower ledde han de allierade styrkorna vid Operation Torch.