Burundi Krallığı 1962'de bağımsızlığını yeniden kazandı. Ancak suikastler, darbeler ve bölgedeki genel istikrarsızlık iklimi; 1966'da monarşinin devrilerek tek parti rejiminin kurulmasına yol açtı. 1970 ve 1990'lardaki etnik temizlik ve iç savaşlar yüzbinlerce insanın ölümüne neden oldu ve Burundi'yi dünyanın en az gelişmiş ve en yoksul ülkelerinden biri haline getirdi. İkisi de Hutu olan Ruanda ve Burundi devlet başkanları 1994'te birlikte bindikleri uçağa füze atılarak öldürüldüler. Burundi İç Savaşı'nı sonlandıran Arusha Anlaşması ile 2000 yılında geçici hükûmet kuruldu. 2015'te Başkan Pierre Nkurunziza'nın üçüncü kez seçimlere katılmak istemesi üzerine büyük çaplı protestolar düzenlendi ve başarısız bir darbe girişimi gerçekleşti. Gerçekleşen seçimler uluslararası kuruluşlarca yoğun bir biçimde eleştirildi.