Родился в семье священнослужителя. В 1794 году поступил в Санкт-Петербургскую генеральную госпитальную школу. В 1798 году Шебанов получил звание кандидата хирургии. В 1799 году был произведён в лекари и назначен в 7-й егерский полк. Вместе с этим полком он участвовал в двух заграничных кампаниях против французов. В 1805 году получил звание штаб-лекаря. После кампании 1805—1806 гг. был произведён в старшие лекари 1-го класса. За кампанию 1807 года получил чин коллежского асессора.