Am 21. November 2001 feierte Berni Rodríguez im Zuge der Qualifikation für die Basketball-Europameisterschaft 2003 gegen Rumänien sein Debüt in der Spanischen A-Nationalmannschaft. Sein größter Erfolg mit dieser sollte ihm im Jahr 2006 glücken, als Berni Rodríguez mit seiner Auswahl die Weltmeisterschaft gewann. Bei der Basketball-Europameisterschaft 2007 im eigenen Land scheiterte sein Team erst im Endspiel an Russland und holte Silber. Ein weiterer Erfolg gelang ihm mit der Nationalmannschaft bei den Olympischen Spielen 2008 in Peking, als die Spanier erst im Endspiel gegen die USA verloren. Dies sollte zugleich sein letzter Auftritt im Dress der Spanier sein.