Пітер Шефер почав свою кар'єру в 1993 році клуб «Йорктон Малерс» і продовжив через рік у клубі «Брендон Вет Кінгс» із Західної хокейної ліги, а вже у 1995 році був обраний в третьому раунді Драфта НХЛ клубом НХЛ Ванкувер Канакс‎. У сезоні 1995/96, він виграв Кубок Президента з «Брендон Вет Кінгс». Разом з Майком Леклерком, Джастіном Курцом, Корі Киренном, Вейдом Редденом і Свеном Бутеншоном був одним із лідерів команди. В наступному сезоні ЗХЛ Шефер вдруге поспіль набрав більше 100 пунктів за сезон (123 очка 49+74). У 1997 році він отримав нагороду як гравець року Західної хокейної ліги. В сезоні 1996/97 грав за фарм-клуб «Канакс‎» «Сірак'юс Кранч» в Американській хокейній лізі. Протягом сезону 1998/99 років, він дебютує в основному складі «Ванкувер Канакс‎», закидує чотири шайби в 25 матчах.