Μετά το Ευρωπαϊκό Πρωτάθλημα του 2004, ο Σρνα κατέστη βασικό στέλεχος της εθνικής ομάδας για την προκριματική φάση του Παγκοσμίου Κυπέλλου του 2006. Πέτυχε συνολικά 5 τέρματα σε 9 αναμετρήσεις, αποτελώντας, τότε, τον πρώτο σκόρερ των προκριματικών. Ήταν αυτός που πέτυχε το τέρμα της πρόκρισης με πέναλτι στην αναμέτρηση του Ζάγκρεμπ απέναντι στην Σουηδία.