Nach dem Ableben Escobedos genoss Pérez bei Philipp II. noch größeren Einfluss. Anscheinend missbrauchte er aber diese große Vertrauensstellung zu seinem persönlichen Vorteil. Hatte er dies schon zuvor bei Geldtransaktionen und Verkauf von Staatsgeheimnissen getan, nutzte er nun die ungeklärte portugiesische Thronfolge aus, die nach dem missglückten Feldzug König Sebastians gegen Marokko und dessen Tod in der Schlacht von Alcácer-Quibir (4. August 1578) eingetreten war. Die Fürstin von Eboli betrieb nämlich die Vermählung ihrer jüngsten Tochter mit dem zehnjährigen Theodosius, Herzog von Barçelos, der ebenso wie Philipp II. Ansprüche auf den portugiesischen Thron erheben konnte, aber König Sebastian auf dessen gescheiterten letzten Feldzug begleitet hatte und in die Gefangenschaft des marokkanischen Sultans geraten war. Letzterer bediente sich des jungen Gefangenen als Faustpfand bei den Unterhandlungen mit dem spanischen König, und Pérez teilte der Fürstin von Eboli Philipps dabei gewählte Strategien mit.