Im Februar kehrte der Träger nach Großbritannien zurück und erhielt dort eine neue Radaranlage. Deren Tests und das Einfahren einer neuen Besatzung erfolgten bei der Home Fleet. Ab dem 17. Juni 1943 verlegte die "Indomitable" von Scapa Flow zurück in das Mittelmeer, um die alliierte Landung auf Sizilien (Operation Husky) zu unterstützen. Der Träger wurde einem britischen Verband im Ionischen Meer zugeteilt, der ein Eingreifen der italienischen Flotte im Landungsraum verhindern sollte. Am 16. Juli 1943 wurde eine auf den Träger zufliegende Maschine zu lange für eine eigene Maschine gehalten. Noch eingeleitete Ausweichmanöver kamen zu spät, um den Torpedotreffer einer italienischen SM.79 Sparviero zu verhindern. Die Flutung eines Teil des Rumpfes auf der unbeschädigten Seite verhinderte ein Kentern des Schiffes, das mit 11 kn nach Malta lief, wo eine Behelfsreparatur die Seefähigkeit des Trägers wieder herstellte. Er konnte dann nach Gibraltar laufen.