Quando la guerra con la Francia si riaprì nel 1809, von Hiller ottenne il comando del VI Armee Korps coprendo l'ala sinistra del corpo centrale dell'armata austriaca. Quando Napoleone Bonaparte sconfisse gli austriaci il 20 aprile di quello stesso anno nella battaglia di Abensberg, Hiller giunse sul campo e prese il comando della V, VI e VII Reserve Armeekorps. Sconfitto ad Abensberg e il 21 aprile a Landshut, venne separato dal grosso dell'armata austriaca. Il 22 aprile l'arciduca Carlo d'Asburgo-Teschen venne battuto nella battaglia di Eckmühl e venne costretto a ritirarsi. Non avendo realizzato di essere rimasto solo sul campo, Hiller attaccò il maresciallo di Francia Jean-Baptiste Bessieres ed ottenne una piccola vittoria nella battaglia di Neumarkt il 24 aprile anche se il 3 maggio dovette già ritirarsi verso Linz dopo la sconfitta nella battaglia di Ebersberg.