Shaqiri pelasi ensimmäisen maaottelunsa Sveitsin maajoukkueessa Uruguayta vastaan maaliskuussa 2010. MM-kilpailuissa 2010 hän pelasi 12 minuuttia ottelussa Hondurasia vastaan. Ensimmäisen maajoukkuemaalinsa hän teki EM-karsintaottelussa Englantia vastaan saman vuoden syyskuussa. MM-kilpailuissa 2014 hän pelasi avauskokoonpanossa Sveitsin kaikissa neljässä ottelussa, ja teki hattutempun ottelussa Hondurasia vastaan. EM-kilpailuissa 2016 hän oli niin ikään avauksessa Sveitsin kaikissa neljässä ottelussa ja teki maalin neljännesvälieräottelussa Puolaa vastaan. Myös MM-kilpailuissa 2018 hän avasi Sveitsin kaikki neljä ottelua, ja onnistui maalinteossa ottelussa Serbiaa vastaan. Kesän 2021 EM-kilpailuissa hän teki kaksi maalia alkulohko-ottelussa Turkkia vastaan.