У 1943 році, коли Червона Армія готувалася до битви за Київ, Боженко з родиною евакуюється до Львова, а згодом до Німеччини. Тут він певний час працював чорноробом у будівельній фірмі, ремонтуючи шляхи. Після завершення бойових дій він опинився в американській зоні окупації і потрапив до українського табору переміщених осіб у місті Регенсбург. У таборі діяли українська школа і гімназія, Український технічно-господарський інститут, церковні парафії, культурні й спортивні товариства, поштова станція. Борис Олександрович працював професором інституту, згодом став деканом агрономічно-лісового факультету, писав книжку «Виноградство».