A mãe de Nicholas, Ekaterina Semenovna, nascida Bekker, era descendente de alemães e poloneses (seus três irmãos tomaram parte na Insurreição de janeiro de 1863). Depois de 1873, a família de Miklouho-Maclay comprou e morou em uma propriedade rural no Malyn, a noroeste de Kiev na região de Polesia.