對外方面，乾隆十年（1745年）準噶爾汗噶爾丹策零去世，國內諸子爭位。乾隆十七年（1752年）冬，达瓦齐袭夺准噶尔汗国汗位，阿睦爾撒納在随后的内斗中被击败，不得不归附清廷。乾隆帝乘機於乾隆二十年（1755年）派其為引導，以定北将军班第率軍平定準噶爾，攻下伊犁。而後阿睦爾撒納想要成為新一代準噶爾之主，由於沒有獲得乾隆帝支持而叛變。乾隆帝派兆惠西征，阿睦爾撒納战败逃亡哈萨克汗国，后因为哈萨克汗归降于乾隆，又逃亡帝俄，乾隆以《尼布楚条约》规定之中俄引渡逃人的条款要求俄方引渡，而阿睦爾撒納本人已于乾隆二十二年（1757年）出天花病死在托波尔斯克附近的库杜斯克酒厂。随着阿睦爾撒納的死去，天山北路遂告平定，準噶爾亡，其族在乾隆的屠杀令下慘遭滅絕。然而在天山南路，脫離準噶爾統治的回部領袖大小和卓兄弟起兵反清，史稱大小和卓之亂。其領袖布拉尼敦（大和卓）與霍集占（小和卓）佔據喀什噶爾與葉爾羌，意圖自立。乾隆二十三年（1758年）乾隆帝再命兆惠西征，兆惠率輕軍渡沙漠圍攻葉爾羌（今新疆莎車），反被包圍於黑水營。隔年清將富德率軍解圍，兆惠與富德最終攻滅大小和卓，並讓帕米爾高原以西的中亞各國成為藩屬國。乾隆末年，尼泊爾的廓爾喀王國兩次入侵西藏。1793年清廷派福康安與海蘭察領兵入藏，擊退廓爾喀入侵，不丹與哲孟雄（今錫金）亦為藩屬國，加強駐藏大臣的權力。