Den 19. mars 1901 ble byens elektrisitetsverk innviet, og 1. april fulgte med pomp og prakt innvielsen av sporveien. I samband med sammenslåelsen av de ulike deler av Thüringen ble Jena 1920 hovedstad i delstaten Thüringen. Byen Jena ble 1922 "kretsfri by" og samtidig ble Landkreis Jena opprettet. Under Krystallnatten "(novemberpogrome)" 1938 ble det gjort antijødiske angrep og jødiske butikker ble boikottet og den jødiske befolkningens situasjon ble kraftig forverret.