Mais à la faveur de la première campagne d'Italie et de la prise de Pavie par Napoléon Bonaparte, il fut fait par ce dernier Chevalier de l'ordre de la couronne de fer ("Cavaliere dell'Ordine della Corona di Ferro") et en 1797 il fut rappelé à l'université pour y enseigner la philosophie morale et le droit naturel. La même année, après la révolte de Brescia et le renvoi des fonctionnaires vénitiens, Tamburini fut invité à diriger et organiser le lycée nouvellement créé selon les récentes institutions républicaines. Mais ses cours prirent fin brutalement avec l'arrivée des austro-russes en Italie au début de 1799, car le lycée brescian, tout comme l'Université de Pavie durent alors fermer leurs portes. Tamburini trouva refuge quelques mois dans une maison de campagne à Barona aux alentours de Pavie où il vécut dans la précarité. Il y fut même victime d'une agression par une bande de sanfedistes menée par don Andrea Filippi, chef de la rébellion anti-française de la Valle Sabbia.