Efter freden i Campo Formio fick Berthier överbefälet över hären. I februari 1798 besatte han Rom och proklamerade den romerska republiken. Sedan följde han såsom stabschef Bonaparte till Egypten, återvände därifrån tillsammans med honom och bidrog att framkalla revolutionen av 18 brumaire 1799 samt utnämndes därefter till krigsminister. I tåget över Stora S:t Bernhard och i segern vid Marengo hade han betydlig andel.