Danach wurde Eqrem Çabej Sekundarschullehrer in Shkodra, Elbasan, Gjirokastra und der albanischen Hauptstadt Tirana. Während der italienischen Besetzung des Königreichs Albanien wurde er in Rom inhaftiert. 1943 bot ihm der albanische Ministerpräsident Rexhep Mitrovica das Amt des Bildungsministers an, was Çabej ablehnte. 1944 kehrte er nach Albanien zurück, arbeitete als Lehrer und wurde 1947 in der nun Sozialistischen Volksrepublik Albanien Forscher am Institut der Wissenschaften von Tirana, dem Vorgänger der Universität Tirana. Von 1952 bis 1967 war er Professor für historische Phonologie, 1972 war er Gründungsmitglied der Akademie der Wissenschaften. Bis zum Ende seines Lebens forschte er am Institut für Sprachen und Literatur von Tirana.