Mitte November 1849 nahm Alten seinen Abschied aus der Preußischen Armee und wurde als Hauptmann I. Klasse im Generalstab beim Generalkommando der Schleswig-Holsteinischen Armee angestellt. Nachdem die Armee am 1. April 1851 aufgelöst, nahm er am 16. August 1851 seinen Abschied und trat am 22. Juni 1852 als Premierleutnant im 32. Infanterie-Regiment wieder in preußische Dienste. In den Jahren 1853/54 war Alten kurzzeitig zur 4. Pionier-Abteilung sowie zum 6. Ulanen-Regiment kommandiert. Am 1. Juli 1855 erfolgte seine Kommandierung als Kompanieführer beim III. Bataillon im 32. Landwehr-Regiment in Naumburg (Saale) und Anfang Januar 1858 stieg er zum Hauptmann auf. Dieses Kommando wurde von September 1858 bis August 1859 durch eine Verwendung als Kompanieführer beim 4. kombinierten Reserve-Bataillon unterbrochen. Mitte November 1859 wurde Alten zum Kompaniechef im 32. Infanterie-Regiment ernannt, in dieser Eigenschaft Anfang Januar 1866 in das Brandenburgische Füsilier-Regiment Nr. 35 versetzt und Anfang April zum Major befördert. Im Krieg gegen Österreich führte er seine Kompanie bei Münchengrätz und Königgrätz, wurde nach dem Friedensschluss im September 1866 Kommandeur des I. Bataillons, das zur Besatzung von Dresden gehörte, und mit dem Roten Adlerorden IV. Klasse mit Schwertern ausgezeichnet.