År 1644 blev Mörner ryttare vid ett tyskt regemente till häst i svensk sold, men övergick samma år till fältmarskalk Gustaf Horns svenska regemente där han blev kornett. Han avancerade från ryttmästare vid greve Robert Douglas regemente 1645, generaladjunkt 1646 till överstelöjtnant innan han 1651 blev kammarherre hos prins Karl Gustav. Efter några år vid Kungliga livgardet blev han överste vid Smålands kavalleri 1657, 1672 generalmajor över kavalleriet samt generallöjtnant 1675. Mörner utmärkte sig vid Tredagarsslaget vid Warszawa med flera slag, varför han förlänades Morlanda säteri, som tillhört ätten Bildt men som indragits från denna på grund av att Knut Bildt ställde sig på danskarnas sida i samband Bohusläns införlivning med Sverige 1658. Officiellt fick man nu släktnamnet "Mörner af Morlanda". Medlemmar av ätten Bildt motsatte sig förläningen och Mörner kunde därför aldrig ta godset i besittning och han överlämnade det därför med tiden till dem.