Nikopolidisz a Euro 2004 után, évi 800 000 euróért az Olimbiakószhoz igazolt. Az "piros-fehéreknél" a 71-es mezt viselte, ami a születési évére utal. Miután aláírta a szerződését (ami 2007-ig tartott), közölte, hogy bár sose volt Olimbiakósz-drukker, a régi klubja olyan tisztességtelenül járt el, hogy szerinte nem erkölcsi kérdés, hogy hova igazol. 2006 tavaszán meg is nyerték a bajnokságot és a kupát. A 2010-11-es szezon végén bajnokként vonult vissza.