Podczas obrony Warszawy we wrześniu 1939 zabudowania koszar mocno ucierpiały na skutek niemieckich bombardowań. 2 października 1940 obiekt znalazł się na terenie warszawskiego getta, a 15 listopada tego samego roku urządzono w nim Areszt Centralny dla dzielnicy żydowskiej (adres: ul. Gęsia 22 lub 24). Z kolei w sierpniu 1942 stał się siedzibą Rady Żydowskiej, która musiała opuścić budynek przy ul. Grzybowskiej 26/28 z powodu wyłączenia z dzielnicy zamkniętej tzw. małego getta. Od jesieni 1942 istniał również wychowawczy obóz pracy policji bezpieczeństwa.