После того, как в 1578 году молодой португальский король Себастьян I сложил голову при Эль-Ксар-эль-Кебире, правящая Ависская династия оказалась на грани угасания. Королём был провозглашён престарелый бездетный кардинал Энрике. Его смерть через два года привела к острому династическому кризису, в ходе которого корону оспаривали внуки Мануэла I — законнорожденный, но чуждый португальцам Филипп II Испанский (сын Изабеллы Португальской), незаконнорожденный приор Антонио из Крату и герцогиня Катерина Браганса с супругом. В XVII веке португальские элиты стали сознавать, что уния приносит их стране больше ущерба, чем выгод. Связано это было не только и не столько с ухудшением отношения к португальцам со стороны правящего монарха, сколько с тем, что португальские колонии стали основной мишенью многочисленных врагов Испании, а испанцы не спешили на их защиту. Особенно остро ощущался разрыв с Англией, которая поддерживала с Португалией союзные отношения со времён подписания Виндзорского трактата в 1386 году. Началось движение за восстановление государственности. Внук герцогини Браганса был провозглашён королём под именем Жуана IV, а 28-летнюю испано-португальскую войну (1640—1668) испанцы проиграли. Уния была расторгнута, и на португальский престол вступила династия Браганса.