Le début de la première guerre barbaresque incite en , le président Jefferson à renforcer la présence navale américaine en mer Méditerranée. Une nouvelle escadre dirigée par le "commodore" Samuel Barron et composée du , de la "Congress", de la et de l' quitte les États-Unis fin juin et atteint la Méditerranée en août. Sous le commandement du capitaine John Rodgers, la Congress est envoyée en patrouille au large des côtes de Tanger puis de Tripoli. Accompagnée de la "Constellation", elle assure le blocus de Tripoli. Le , le capitaine Stephen Decatur prend le commandement de la "Congress". Début , la frégate participe au blocus de la Tunisie. Au début du mois de septembre, elle transporte l'ambassadeur tunisien jusqu'à Washington, après quoi elle est placée en réserve au Washington Navy Yard et sert de navire-école jusqu'en 1807.