Zakończenie tej tzw. chwalebnej rewolucji nie oznaczało bynajmniej końca walki o koronę. Jakub II udał się na wygnanie do Francji, gdzie wsparcie obiecał mu Ludwik XIV. W kraju, zwłaszcza w Irlandii i Szkocji, pozostali stronnicy Jakuba, zwani jakobitami. Pierwsze powstanie wywołali już w kwietniu 1689 r. w Szkocji pod wodzą wicehrabiego Dundee. Poparcia udzieliły mu klany górskie. 27 lipca pokonał wilhelmitów pod Killiecrankie, ale sam zginął walcząc w pierwszej linii. Po jego śmierci powstanie zaczęło przygasać. Ostatnie oddziały walczyły do 1691 r. W tym samym roku Wilhelm próbował przeciągnąć na swoją stronę klanowych przywódców. Po fiasku tej inicjatywy rząd w Edynburgu, obsadzony przez stronników Wilhelma (tzw. oranżystów) ogłosił ultimatum, w którym nakazywał złożenie do końca 1691 r. przysięgi na wierność Wilhelmowi. Kto by tego nie uczynił, zostanie ogłoszony zdrajcą ze wszystkimi tego konsekwencjami.