В годы правления Красных кхмеров 1975—1979 гг. система образования была «отменена» (полностью уничтожена). Как и все прочие учебные заведения, университет был закрыт, а его ректор — Пхунг Тон, — был арестован, подвергнут пыткам и убит в печально известной тюрьме S-21. Во времена Пол Пота все образованные люди рассматривались как потенциальные враги режима. За годы правления Красных кхмеров большинство преподавателей и студентов погибли от голода и репрессий. Лишь немногие смогли дожить до вьетнамского вторжения в 1979 году.