Während des Algerien-Kriegs wurden 1959 zwei Mönche von den Fellaghas entführt, später aber wieder freigelassen. Nach der Unabhängigkeitserklärung Algeriens 1962 wurden die Mönche vom Staat behindert und unterdrückt. Zu dieser Zeit waren nur noch wenige Mönche im Kloster. Dank gegenseitigem Respekt zwischen den Mönchen, die auch als Ärzte und Lehrer tätig waren, und der überwiegend islamisch geprägten Bevölkerung konnte das Kloster in den folgenden Jahrzehnten trotz Argwohns seitens des Staates, der Armee sowie einiger islamistischer Gruppierungen in der Umgebung gehalten werden.