In 2010 werd het fossiel beschreven door Timothy Myers die het toewees aan "Pteranodon". Tijdens het samen met Brain Andres schrijven van een revisie van alle bekende Texaanse pterosauriërs, werd het Myers echter duidelijk dat de vondst een geheel nieuw taxon vertegenwoordigde. In 2013 benoemden en herbeschreven beiden de typesoort "Alamodactylus byrdi". De geslachtsnaam combineert een verwijzing naar de Slag om de Alamo, als symbool van de Texaanse onafhankelijkheid, met een Oudgrieks δάκτυλος, "daktylos", "vinger", een gebruikelijk element in de namen van pterosauriërs. De soortaanduiding eert Byrd als de ontdekker.