Dopo un ritiro pre-stagionale poco brillante, lo status di Comrie di eroe locale inizia a venire meno, in seguito a una disputa contrattuale durante la stagione 2003–04. Kevin Lowe, poi general manager degli Oilers, propone il trasferimento di Comrie agli Anaheim Ducks, in cambio di Corey Perry e di una scelta al primo turno del draft, ma l'accordo prevede anche che Comrie rimborsi la squadra di 2.5 milioni di dollari, cifra che era una parte del bonus guadagnato dal giocatore, come previsto dal suo contratto. Così, Comrie rifiuta e nel dicembre 2003 viene venduto ai Philadelphia Flyers, in cambio di Jeff Woywitka, una scelta al primo giro nell'NHL Entry Draft 2004 e una scelta al terzo giro nel nell'NHL Entry Draft 2005.