У октобру 2001. године Стојковић је постао председник Фудбалског савеза Југославије, наследивши на том месту Миљана Миљанића. За време његовог мандата репрезентација није успела да се пласира на Светско првенство 2002. године у Јапану и Јужној Кореји и на Европско првенство 2004. године у Португалу. Стојковић се на позицији председника савеза задржао до истека мандата 2005. године.