W reprezentacji Urugwaju Méndez zadebiutował 29 sierpnia 1993 w wygranym 4:0 pojedynku z Wenezuelą. W 1995 roku został powołany na rozgrywki Copa América, w finale których Urugwaj pokonał po rzutach karnych Brazylię. W 2002 roku Gustavo znalazł się w kadrze „Charrúas” na mistrzostwa świata. Na mundialu tym podopieczni Víctora Púi zajęli trzecie miejsce w swojej grupie i odpadli z turnieju. Méndez wystąpił tylko w przegranym 1:2 spotkaniu z Danią. Łącznie dla drużyny narodowej wychowanek Club Nacional rozegrał 46 meczów.