З початком німецької окупації Польщі займався передусім організацією православної церкви на Холмщині і Підляшшю. Опікувався питанням створення окремої Холмсько-Підляської єпархії. У 1939 році став членом новоствореної у Холмі Тимчасової церковної ради. Згодом обраний до окремої Церковної Управи, яка була створена Тимчасовою церковною радою і яка мала замінити на Холмщині і Підляшші Варшавську православну консисторію. 5 листопада 1939 року на Народному З'їзді Холмщини і Підляшшя, основним завданням якого було упорядкування церковно-релігійного життя у цьому регіоні, головою Православної Церкви та єпархіальним єпископом Холмщини і Підляшшя обрано митрополита Діонісія. Для того, щоб сповістити митрополита про рішення З'їзду, Володимир Косоноцький та Семен Любарський (також член Церковної управи) вирушили до Діонісія у Варшаву і до грудня 1939 року провели з ним низку нарад, результатом яких стало затвердження Діонісієм рішень З'їзду. Запрошений архієпископом Іларіоном на посаду керівника пресового відділу Холмсько-Підляської Духовної Консисторії та редактора Холмського Православного Народного Календаря (вийшло два річники: 1941 і 1942).