Under ledelse af Johnston tørnede hæren straks ind i det Første slag ved Bull Run. Den 22. oktober 1861 blev militærområdet Northern Virginia officielt oprettet, hvilket betød enden på Army of the Potomac. Området omfattede militærdistrikterne Aquia, Potomac og Valley. Senere, i april 1862, blev området udvidet, så det også omfattede distrikterne Norfolk og Virginia Halvøen. General Johnston blev tvunget til at flytte hæren sydpå til forsvarsstillingerne omkring Richmond i begyndelsen af Peninsula-kampagnen hvor den benyttede retrætekampe og defensiv taktik indtil Johnston blev alvorligt såret i Slaget ved Seven Pines.