A Seleção Estoniana fez seu primeiro jogo oficial em outubro de 1920, contra a Finlândia, que saiu vencedora por 6 a 0. A estreia em eliminatórias de Copa foi contra a Suécia, em 1933 (partida válida pelas eliminatórias da Copa de 1934, as primeiras realizadas na história). Em 1940, disputou seu último jogo como país independente, ao derrotar a vizinha Letônia por 2 a 1. Na época em que integrou a União Soviética, nenhum jogador estoniano foi convocado para defender o "Exército Vermelho" em competições oficiais.