Under oppholdet i Algerie hadde den algeriske frigjøringskrigen økt betraktelig i styrke og omfang, og det ble umulig for Fanon å ikke ta stilling til de historiske hendelsene som pågikk rundt ham, og som han kom i direkte kontakt med som praktiserende lege. «Han behandlet så vel franske torturister som algeriske torturofre, franske kolonisatorer traumatisert av frigjøringshærens angrep, og algeriere som var knyttet til frigjøringshæren». En situasjon som ble mer og mer umulig, og hvor det ikke var annen utvei enn å velge side. Fanon sa opp stillingen ved sykehuset og meldte seg inn i den algeriske frigjøringsbevegelsen Front de Libération Nationale (FNL). I januar 1957 ble han utvist fra Algerie, og flyttet derfor til Tunis hvor han arbeidet mer eller mindre på heltid for frigjøringsbevegelsen. Her jobbet han blant annet som psykiater ved FNLs helsesentre, og redigerte tidsskriftet "El Mouhajid" . Fanon ble kjent som en ledende figur innen FNL, og ble utsatt for flere attentatforsøk fra franskmennenes side. De siste fire årene av hans liv var han aktiv som FNLs ambassadør i Accra, Ghana.