In der Nacht vom 9. auf den 10. November 1938 kam es auch in Emden zu den von der Reichsleitung der Nationalsozialisten befohlenen Ausschreitungen gegen die Juden, die später als Reichspogromnacht oder „Reichskristallnacht“ bezeichnet wurden. Dabei zerstörten Männer aus Partei, SA und SS auf Anweisung des 26-jährigen Kreisleiters Bernhard Horstmann die Synagoge. Sie hatten zuvor (nach Angaben von Zeugen in der Nachkriegszeit) die Order erhalten, keine Uniformen zu tragen, um die Planmäßigkeit der Aktion wie auch die Identität der Täter zu verschleiern. Auf Befehl Horstmanns legten sein Stellvertreter, Kreisamtsleiter Neeland, und SS-Sturmführer Schreiber Feuer in dem Bau. Trotz einer größeren Explosion breitete sich der Brand nicht in dem gewünschten Maße aus. Erst nachdem Schreiber noch einmal 20 Liter Benzin in die Synagoge hatte verbringen lassen, zerstörte das Feuer das Gebäude völlig. Die Feuerwehr konzentrierte sich auf Anweisung darauf, ein Übergreifen der Flammen auf Nachbargebäude zu verhindern.