In den 1970er und 1980er Jahren war das Gebiet der Ixil wichtiger Kriegsschauplatz im Guatemaltekischen Bürgerkrieg, wobei die Militärregierungen durch eine Politik der „Verbrannten Erde“ "(tierra arrasada)" den Aufständischen den Boden zu entziehen suchten. Besonders unter der Diktatur von General Efraín Ríos Montt kam es zu schweren Massakern, bei denen ein Sechstel der Ixil-Bevölkerung ums Leben kam. Die Interessenvertretung der indigenen Völker "Waqib Kej" schrieb 2011 einen Brief an die UN, die Pérez Molina vorwarfen, aktiv am Völkermord, der Folter und der Zerstörung etlicher Dörfer beteiligt gewesen zu sein. 2013 verpflichtete der Oberste Gerichtshof Guatemalas die Regierung, sich bei den Ixil zu entschuldigen, und bezeichnete das Vorgehen während des Bürgerkrieges als Völkermord.