Основне кільце - протонний синхротрон MR ("Main Ring") на енергію 50 ГеВ, периметр 1567,5 м. Має дві системи випуску: повільну, і швидку. Частота повторення 3 с за швидкої екстракції і 6 с - за повільної. Система повільного випуску скеровує пучок протонів на станцію адронної фізики, де він народжує каони. Швидкий випуск використовується для створення пучка нейтрино: пучок протонів виводиться в надпровідний канал транспортування, що направляє пучок у бік "Super-Kamiokande", потім скидається на мішень, де народжується пучок піонів, які швидко розпадаються на мюони. У розпадному каналі мюонів народжуються нейтрино, які далі летять 293 км до нейтринного детектора "Super-Kamiokande". Перші нейтрино зареєстровано на початку 2010 року, однак під час землетрусу 2011 року установка була значно пошкоджена, відновлення тривало близько року.