En dryg vecka efter junior-VM i Canmore, startade Peter Žonta i Skid-VM i Trondheim i Norge. Där blev han nummer 37 i normalbacken och nummer 44 i stora backen. I lagtävlingen blev han och lagkamraterna nummer 6. Under Skid-VM 1999 i Ramsau am Dachstein i Österrike, blev Žonta nummer 19 i normalbacken och nummer 15 i stora backen. I lagtävlingen blev han nummer fem. I Skid-VM 2003 i Val di Fiemme i Italien, deltog Žonta i tävlingen i stora backen där han blev nummer 29. Han blev nummer 6 i lagtävlingen. I sitt sista Skid-VM, i Sapporo i Japan 2007, blev Peter Žonta nummer 30 i normalbacken och nummer 39 i stora backen. I lagtävlingen blev han nummer 10.