Kurz nach Ausbruch des Zweiten Weltkrieges wurde der Grundbesitz der Morgensterns enteignet, und sie wurden als Juden ins besetzte Polen deportiert, wo sie im Ghetto Litzmannstadt in Łódź leben mussten. Dort starb Samuel Morgenstern im August 1943 an Auszehrung. Er wurde auf dem Ghettofriedhof begraben. Seine Frau Emma, die, wie ihr Schwager Wilhelm Abeles (der auch im Ghetto lebte und Auschwitz überlebte) bezeugt hat, bis zum Tod ihres Mannes mit diesem zusammen war, wurde höchstwahrscheinlich noch im selben Monat ins KZ Auschwitz-Birkenau deportiert. Da es in Auschwitz Praxis war, die meisten Neuankömmlinge, insbesondere arbeitsunfähige alte Frauen, direkt ins Gas zu schicken, kann ihr Tod als gesichert gelten. Dementsprechend stellte ein Wiener Gericht im Dezember 1946 fest, dass sie das Ende des Krieges 1945 nicht erlebt haben könne, und erklärte sie in Zustimmung zu einem Antrag ihres Bruders Max Pragan für tot.