Im November 1887 wurde Schmidt wieder als Leutnant in der Preußischen Armee angestellt. 1888 kehrte er als Angehöriger der sogenannten "Wissmann-Truppe" zurück nach Deutsch-Ostafrika und beteiligte sich an der Niederschlagung des "Araber-" oder "Küstenaufstandes". Er gründete Stützpunkte bei Daressalam, Mpapua, Saadani und Lindi. Auf mehreren Expeditionen wurde Schmidt nochmals verwundet. Ein besonderes Unternehmen war das Geleit für Emin Pascha und Henry Morton Stanley zur ostafrikanischen Küste.