В июне 1940 года генерал Котляр назначен начальником управления оборонительного строительства Главного военно-инженерного управления Красной Армии. Отвечал за строительство оборонительных рубежей и районов на новых западных границах СССР, образовавшихся после присоединения к СССР Западной Украины и Западной Белоруссии, Прибалтики, Бессарабии. В марте 1941 года назначен начальником Главного военно-инженерного управления РККА.