Součástí reprezentačního celku se stal v roce 1999, kdy hrálo Německo Konfederační pohár FIFA. Tři roky poté vybojoval s Německem stříbrnou medaili na mistrovství světa v Koreji a Japonsku. Na mistrovství Evropy 2004 však Němci úspěchu nedosáhli. Dvě remízy s Lotyšskem a Nizozemskem a porážka od Česka, které mělo postup již jistý zatímco Němci hráli o všechno, nestačily k postupu. Následující rok ale opět přišla medaile, tentokráte bronová z Konfederačního poháru, které Německo pořádalo stejně jako mistrovství světa o několik měsíců později. Na mistrovství světa 2006 vybojovalo Německo rovněž bronzovou medaili. V úvodním zápase proti Kostarice nastoupil Schneider jako kapitán mužstva a dovedl svůj tým k povinnému vítězství. Toto mistrovství bylo posledním, na kterém si Bernd Schneider zahrál. Kvůli zranění se nemohl zúčastnit mistrovství Evropy pořádané Švýcarskem a Rakouskem.