Den 5 oktober inträffade revolutionen i Portugal och Almeida blev inrikesminister i den provisoriska republikanska regeringen. 1912 lämnade han det republikanska partiet och bildade "Evolutionistpartiet". Fyra år senare blev han konseljpresident för en koalitionsregering. 1919 valdes Almeida till Portugals president. Efter fyra år avböjde han omval på grund av sjukdom.