Japán négy tektonikus lemez (az Eurázsiai, Észak-Amerikai, Csendes-óceáni és Fülöp-szigeteki) találkozásánál fekszik, azért területe geológiailag igen aktív. A világ működő vulkánjainak 10%-a található az országban (40 aktív, 148 inaktív) és évente 1500 földrengést detektálnak, melyek között nem ritka a 4-7-es erősségű. Szinte naponta fordul elő, hogy az országban valahol az épületek elmozdulásával járó földrengést tapasztaljanak. A 20. század leghírhedtebb földrengése 1923-ban sújtotta Kantót, 130 000 ember halálát okozva. A partközeli tengeralatti földrengések is nagy veszélyt jelentenek, az általuk okozott cunami miatt. 2011. március 11-én a Japánban valaha mért legnagyobb, 9,0-es tengeralatti rengés a hatalmas cunamit zúdított Honsú keleti partvidékére, amely közel halálos áldozatot követelt és megrongálta a fukusimai atomerőművet.