Gennat verblieb auch nach der nationalsozialistischen Machtergreifung auf seinem Posten. Unverzüglich beauftragte der neue preußische Innenminister Hermann Göring die Mordkommission Gennats mit der Wiederaufnahme der Ermittlungen zu den von der Politischen Polizei im Jahr 1931 nicht aufgeklärten Tötungsdelikten an Berliner Polizisten durch Angehörige der Kommunistischen Partei Deutschlands (KPD). Gennat konnte im Fall Paul Zänkert, der sich am 29. Mai 1931 auf dem Senefelderplatz ereignet hatte, einen Verdächtigen, der schon im Dezember 1932 festgenommen worden war, als Tatbeteiligten überführen. Für die Morde auf dem Bülowplatz vom 9. August 1931 ermittelte er die Täter Erich Mielke und Erich Ziemer sowie deren Fluchtwege in die Sowjetunion. Nach dem Auftritt Gennats im Bülowstraßenprozess im Juni 1934, wo er zu seinen Ermittlungen aussagte, beförderte ihn Göring zum Kriminaldirektor.