Il 27 giugno 2009 firma un quadriennale con il Panathinaikos. Qui ritrova l'ex interista Giōrgos Karagkounīs e Geōrgios Seïtaridīs, suoi ex compagni di Nazionale con cui ha vinto l'Europeo 2004. Qui trova anche l'argentino Sebastián Leto e il francese Djibril Cissé e l'allenatore Ten Cate (sostituito da Nikos Nioplias). Contribuisce alla qualificazione del Panathinaikos agli ottavi di finale in Europa League ai danni della , dove il Panathinaikos si impone prima 3-2 allo Stadio Olimpico di Atene e poi 2-3 allo stadio Olimpico di Roma. L'11 giugno 2010 conquista il titolo di Grecia ai danni dei rivali dell'Olympiakos. Il 24 aprile 2010 conquista anche la Coppa di Grecia contro l'Aris Salonicco allenata dall'ex-interista Héctor Cúper.