Oskarżenie nie przedstawiło dowodów przestępstwa. Kardynał Bergoglio nie podejmował obrony. Dopiero w 2010 r. ujawnił w rozmowie z biografem, że jego osobiste starania doprowadziły do uwolnienia porwanych oraz że regularnie ukrywał na terenie kościelnym osoby poszukiwane przez juntę. Jednemu mężczyźnie, podobnemu z wyglądu, dał swoje dokumenty, by mógł uciec. O bierność wobec porwań dzieci opozycjonistów oskarżyła przyszłego papieża także organizacja Babcie z Plaza de Mayo. W 2012 roku kardynał Bergoglio przeprosił Argentyńczyków za postawę kleru podczas brudnej wojny, uznając za winnych juntę i lewicę.