Донован был членом сборной США на чемпионате мира 2006, на котором американцы не прошли групповой этап. Он привёл США к победе в Золотом кубке КОНКАКАФ 2007, забив 4 гола, в том числе решающий с пенальти, который принёс победу со счётом 2:1 над Мексикой в финале. 19 января 2008 года Донован забил свой 35-й международный гол в матче против Швеции, побив рекорд Эрика Виналды по количеству голов за сборную. Он сыграл свой сотый матч за сборную в возрасте 26 лет 8 июня 2008 года, им стал товарищеский матч против Аргентины, который закончился сухой ничьей, Донован стал четвёртым самым молодым человеком, покорившим этот рубеж.