Niko Kovač (), född 15 oktober 1971 i Västberlin, Västtyskland, är en kroatisk före detta fotbollsspelare (mittfältare), numera tränare, som avslutade sin spelarkarriär i Red Bull Salzburg. Han var lagkapten för Kroatien vid EM i fotboll 2004, VM i fotboll 2006 och EM i fotboll 2008. Han är storebror till Robert Kovač.