Em 1943, durante a Segunda Guerra Mundial, com 17 anos, o jovem Kinski foi convocado para a "Wehrmacht". Ele serviu na força aérea como paraquedista. Mas ele só entrou em ação no inverno de 1944, na Frente Occidental nos Países Baixos. Ele foi capturado pelos britânicos no seu segundo dia de combate. Kinski, no entanto, deu uma versão diferente dos fatos em sua autobiografia de 1988. Ele disse que fez uma decisão consciente de desertar; foi capturado pelos alemães, submetido à corte marcial por deserção e condenado à pena de morte, mas ele escapou e se escondeu no mato. Uma patrulha britânica atirou contra ele, ele foi ferido no braço, e eles o levaram cativo. Depois de ser tratado e interrogado, foi transferido para um acampamento de presos de guerra. O navio que o transportava foi torpedeado por um "U-Boot" alemão, mas chegou seguro a seu destino. Ele foi mantido no acampamento de prisioneiros de guerra número 186, em Berechurch, em Colchester, em Essex. Foi no campo de prisioneiros que descobriu seu talento de ator, representando para os outros prisioneiros para elevar o moral destes. Em maio de 1945, com o fim da guerra na Europa, os prisioneiros de guerra alemães estavam ansiosos para voltar para casa. Kinski ouviu que os prisioneiros doentes voltariam primeiro. Ele, então, tentou ficar doente, passando uma noite nu ao ar livre, bebendo urina e comendo cigarros. Entretanto, ele continuou saudável, e voltou finalmente para a Alemanha em 1946, depois de passar um ano e quatro meses preso. Chegando em Berlim, descobriu que seu pai morrera durante a guerra e que sua mãe fora morta em um bombardeio aliado na cidade de Berlim.