Ông tiếp tục với cương vị đó, dưới quyền của Rokossovsky (và từ tháng 11 năm 1944, Zhukov), trải qua phần lớn cuộc chiến phục vụ tại các phương diện quân Bryansk (Tham mưu trưởng: 20.7.42 - 27.9.42), Sông Don (30.9.42 - 15.2.43), Trung tâm (15.2.43 - 20.10.43) và Belorussia 1 (20.10.43 - 10.6.45). Như vậy, ông đã tham gia các trận chiến ở Moskva, Stalingrad, Kursk, Belarus, Ba Lan và Berlin. Malinin được thăng cấp Trung tướng vào ngày 20 tháng 12 năm 1942, và lên Thượng tướng vào ngày 18 tháng 9 năm 1943.