Lobos war Mitglied der A-Nationalmannschaft Uruguays. Er gehörte dem Kader der "Celeste" bei der Südamerikameisterschaft 1926 in Chile an, bei der Uruguay den Titel gewann. Im Verlaufe des Turniers bestritt er jedoch kein Spiel. Am 15. Mai 1932 und am 5. Februar 1933 wirkte er in Länderspielen gegen Argentiniens Auswahl mit. Zudem kam er im Rahmen der Copa Rio Branco 1932 gegen Brasilien zum Einsatz.