Zemřel ve výkonu úřadu 3. listopadu 1888 a byl pochován na plzeňském Mikulášském hřbitově. S Annou Pecháčkovou měli tři syny a jednu dceru. Dva ze synů pracovali pak jako sládci, jeden se dospělosti nedožil. Po pádu komunistického režimu v roce 1989 byla po Františku Pecháčkovi pojmenována též jedna z ulic na sídlišti Skvrňany.