Rupert Kratzer (Múnich, 16 de febrero de 1945–Garching bei München, 23 de septiembre de 2013) fue un deportista alemán que compitió para la RFA en ciclismo en la modalidad de pista. Ganó una medalla de bronce en el Campeonato Mundial de Ciclismo en Pista de 1973, en la prueba de persecución por equipos.