Im März 1999 erzielte Scholes in einem EM-Qualifikationsspiel alle drei Tore zum 3:1-Heimsieg gegen Polen und im November desselben Jahres waren seine beiden Treffer zum 2:0-Auswärtssieg gegen Schottland vorentscheidend für den Play-off-Erfolg. Wenngleich die Euro 2000 in Belgien und den Niederlanden mit einem enttäuschenden Vorrundenaus endete, hatte er seinen zunehmenden Status in der Mannschaft auch unter der Leitung von Kevin Keegan untermauert und im Vierermittelfeld die Stammposition neben David Beckham, Paul Ince und Dennis Wise/Steve McManaman behauptet. Wie zwei Jahre zuvor, hatte er auch hier im ersten Gruppenspiel getroffen; sein 1:0-Führungstreffer reichte jedoch nicht, da England gegen Portugal noch mit 2:3 verlor. Bei der WM 2002 in Japan und Südkorea blieb Scholes auch unter Sven-Göran Eriksson „erste Wahl“ im Mittelfeldzentrum, das er in vier von fünf Partien mit Vereinskollege Nicky Butt bildete. Erst mit dem Aufkommen von Frank Lampard und Steven Gerrard, die beide die zentrale Mittelfeldposition zunehmend beanspruchten, neigte sich Scholes' Nationalmannschaftslaufbahn dem Ende entgegen. Zwischen Juni 2001 und 2004 blieb er drei Jahre lang ohne eigenes Tor und nachdem er bei der Euro 2004 in allen vier Partien ausgewechselt worden war – gegen Gastgeber Portugal gar nach nur 57 Minuten – verkündete der von Lampard auf die ungewohnte linke Mittelfeldposition verdrängte Scholes im August 2004 nach 66 Spielen und 14 Toren seinen Rücktritt aus der Nationalelf. Offiziell gab er an, sich mehr um die Familie kümmern und auf seine Vereinskarriere konzentrieren zu wollen.