Am 10. November 1938 wurde Kraft im Zuge des Pogroms in Wunstorf zusammen mit anderen von der Gestapo als vermögend eingestuften Juden in Schutzhaft genommen, nach Hannover ins Polizeigefängnis gebracht, am 11. November als sogenannter Aktionsjude per Reichsbahnsonderzug ins KZ Buchenwald deportiert und dort sadistisch gequält. Am 25. November körperlich und seelisch schwer traumatisiert aus der Haft in Buchenwald entlassen, kam er ins Israelitische Krankenhaus in Hannover. Angesichts der auferlegten „Sühneleistungen“ und verschärfter Arisierung floh er Anfang März 1939 mit seiner Frau Frieda in die Niederlande, völlig mittellos. Nachdem das Ehepaar zunächst in Amsterdam untertauchen konnten, wurde 1942 Emil Kraft von der Gestapo gefasst und sollte mit einem LKW ins Durchgangslager Westerbork bei Amersfoort gebracht werden. Dies konnte die Familie Knigge/Kaiser, die auch in Amsterdam lebte, verhindern, indem sie sich bei einem zur Bewachung eingesetzten Wehrmachtsoffizier für Kraft verwendete. Bei der nächsten Verhaftung des 70-jährigen gelang dieses jedoch nicht mehr, und Kraft wurde über Westerbork nach Auschwitz deportiert und dort am 24. September 1943 ermordet. Elfriede Kraft hatte nach den Erlebnissen ihres Mannes in Buchenwald seine erneute Verschleppung seelisch nicht verkraften können und stürzte sich aus großer Höhe von einem Amsterdamer Balkon.