In 1856 werd Meisels opperrabbijn van Warschau (in het door Rusland bestuurde deel van Polen), waar hij snel het respect en het vertrouwen van de bevolking kreeg. In 1861, tijdens de onlusten die voorafgingen aan de Januariopstand van 1863, deed hij er alles aan om de Joden te overtuigen om de Poolse zaak te steunen. Zo vergezelde hij de Aartsbisschop van Warschau bij de begrafenis van de eerste slachtoffers van de onlusten. Later werd hij door de Russische vice-regent aangeduid om te zetelen in de voorlopige gemeenteraad van Warschau, maar hij bleef trouw aan het Pools patriottisme. Hierdoor verbeterde de relatie tussen de Poolse en de Joodse gemeenschap, wat de veiligheid van de joodse bevolking bevorderde.