След избухването на Януарското въстание в 1863 г., Врублевски се включва в нелегалната дейност, но няма информация дали е участвал в сражения. След арест от руските власти, прекарва година и половина в затвори в Гродно и Вилнюс. Осъден е на заточение, като избягва смъртна присъда поради непълнолетие. Изпратен е в западносибирския град Томск, където престоява до 1867 г., когато е преместен в Цивилск. През 1869 г. получава амнистия и заминава за Варшава. По-късно през годината отива в Берлин, където завършва физика в Берлинския университет.