Il terremoto del 1908, che distrusse quasi interamente la città, provocò la morte di 88 dei 130 soci dell'accademia, che perse anche la sede e gran parte della propria biblioteca. Le successive guerre mondiali e la crisi economica della prima metà del secolo misero a dura prova le attività dell'accademia, che rallentò la frequenza degli incontri e delle pubblicazioni e chiese un sostegno finanziario alle autorità cittadine. Nel 1927, con la costruzione del nuovo edificio dell'università, fu assegnata all'accademia una sala al piano terra del corpo centrale (detto "il rettorato"). Nel 1928 l'accademia adottò un nuovo statuto, che definiva come unico scopo dell'accademia "l’incremento delle scienze e delle lettere e delle arti", ma pochi anni dopo, nel 1934, a causa del R.D.L. del 21 settembre 1933, n. 1333 (convertito in legge il 12 gennaio 1934, n. 90), fu necessario adottare un nuovo statuto che previde come requisito indispensabile per la nomina dei nuovi soci l’iscrizione al Partito Nazionale Fascista e la nomina delle cariche sociali divenne di competenza del Ministro dell’Educazione Nazionale o presidenziale. Con la costituzione dell'AMGOT nel 1943, 36 membri dell'accademia furono dichiarati decaduti in quanto ritenuti collusi con il fascismo e fu redatto un nuovo statuto, che escluse le imposizioni fasciste del decennio precedente.