В июле 1941 года Сарафанов был направлен на Черноморский флот в качестве инструктора пропаганды 3-го смешанного учебно-резервного полка флотских ВВС. Спустя месяц переведён в Военно-морское авиационное училище имени С. А. Леваневского, был заместителем начальника, начальником политотдела этого учебного заведения. В действующую армию Сарафанов был направлен лишь в июле 1943 года, заняв должность заместителя начальника политотдела 8-й минно-торпедной авиационной дивизии ВВС Балтийского флота. В январе 1944 года назначен начальником политотдела 9-й штурмовой авиационной дивизии ВВС Балтийского флота. Участвовал в операции по окончательному снятию блокады Ленинграда. Проводил большую партийно-политическую работу среди личного состава. 4 июля 1944 года попал под обстрел вражеских катеров, и был при этом ранен, но оставался в строю, продолжая руководить действиями матросов.