I andre halvdel av 1500-tallet begynte en nedgangstid for Portugal med epidemier og minkende befolkningstall. Både Spania og Portugal hadde globale imperier, samtidig som herskerne i begge land ønsket å kontrollere Nord-Afrika. I et katastrofalt felttog i Marokko i 1578 ble kongen, Sebastian I, og mesteparten av adelen drept i Slaget ved Alcácer Quibir. I 1580 invaderte Spania det svekkede Portugal og landet havnet i en personalunion med Spania under kong Filip II av Spania (med navnet Filipe I av Portugal). Spanjolene behandlet Portugal dårlig, og i 1640, under Tredveårskrigen, brøt det ut et opprør som førte til at landet ble selvstendig. Et samtidig og tilsvarende opprør i Catalonia mislyktes. Løsrivelsen fra Spania ble fulgt av en krig som med avbrudd varte til 1668. Grenseområdet Extremadura ble lagt nesten øde i den langvarige krigen. England støttet Portugals løsrivelse fra Spania og det innledet en langvarig allianse mellom de to landene. Økonomien var imidlertid dårlig og på 1700-tallet var landet nært knyttet til England. Dette var også en periode med politisk ustabilitet. Portugals kolonier spredt i tre verdensdeler var kostbart å beskytte militært. I Øst-Asia fortrengte etter hvert hollandske handelsfolk portugiserne. Omkring år 1600 sto England, Frankrike og Nederland frem som de dominerende landene i Europa og i den videre kolonisering av oversjøiske områder.