Am 8. Dezember 1971 wurde Benda als Nachfolger von Gebhard Müller zum Präsidenten des Bundesverfassungsgerichts in Karlsruhe ernannt. Als Vorsitzender des Ersten Senats wirkte er unter anderem an den Urteilen zur Strafbarkeit des Schwangerschaftsabbruchs (1 BvF 1/74 u. a.) vom 25. Februar 1975 und dem zur Schleyer-Entführung (1 BvQ 5/77) vom 16. Oktober 1977 mit. In seine Amtszeit fällt auch das Volkszählungs-Urteil vom 15. Dezember 1983, das erstmals das "Recht auf informationelle Selbstbestimmung" entwickelte. Am 20. Dezember 1983 trat er in den Ruhestand. Sein Nachfolger wurde der bisherige Vizepräsident Wolfgang Zeidler.