У серпні 2002 року Сантіні очолив збірну Франції. А через рік переміг з командою на Кубку конфедерацій і легко вивів національну команду на чемпіонат Європи 2004 році. За ці досягнення IFFHS назвала його кращим тренером року серед збірних команд. Після всіх цих успіхів Сантіні висловив бажання продовжити контракт зі збірною, проте Федерація футболу Франції захотіла розглядати продовження лише після закінчення європейської першості. Тоді Сантіні не став чекати рішення федерації та за кілька днів до початку Євро повідомив про те, що підписав контракт з англійським клубом «Тоттенгем Готспур». На самому чемпіонаті Європи французи виступили невдало, програвши в 1/4 фіналу збірній Греції. Загалом під його керівництвом Франція здобула 22 перемоги, 4 нічиї та 2 поразки.