Het lidmaatschap van Madagaskar werd op 20 maart 2009 opgeschort wegens een machtsgreep door Andry Rajoelina. Madagaskar werd na verkiezingen op 27 januari 2014 weer toegelaten tot de Afrikaanse Unie. Op 17 maart 2012 werd Guinee-Bissaus lidmaatschap opgeschort wegens een staatsgreep. Guinee-Bissau werd op 17 juni 2014 na verkiezingen weer toegelaten. Hetzelfde gebeurde op 23 maart 2012 voor Mali vanwege de staatsgreep door het leger. Mali werd op 25 oktober 2012 weer toegelaten tot de Unie, maar werd in 2021 na een tweede staatsgreep in een jaar tijd opnieuw geschorst. Op 25 maart 2013 volgde de Centraal-Afrikaanse Republiek, nadat rebellen de hoofdstad Bangui hadden bezet. De Centraal-Afrikaanse Republiek werd in 2016 weer toegelaten. Na de afzetting van Mohamed Morsi door het leger werd Egypte's lidmaatschap op 6 juli 2013 opgeschort. Op 17 juni 2014 werd Egypte weer toegelaten. Burkina Faso werd geschorst op 19 september 2015 nadat aanhangers van oud-president Blaise Compaoré de interim-regering hadden afgezet.