MacDonald übernahm nach dem Tod von Andrew Gilbert Wauchope von diesem das Kommando über die dritte (Highland) Brigade im Zweiten Burenkrieg. Am 30. Januar 1900 traf er im Lager am Modder River auf seine Brigade. Der ehemalige Colour Sergeant MacDonald exerzierte in den nächsten Tagen mit seinen Einheiten und lernte diese bis in die unteren Ränge kennen. Teilweise übernahm er dabei sogar die Funktion eines Kompaniechefs. Vom 18. bis 27. Februar führte er die Brigade in der Schlacht von Paardeberg und wurde dabei verwundet.