Durant la guerre, Ford et son unité vont parcourir les théâtres d'opérations militaires. Ils sont tout d'abord dans le Pacifique et en 1942, il y réalise pour la marine, les documentaires "December 7th" sur l'attaque de Pearl Harbor, et "La Bataille de Midway" sur la bataille éponyme. Ces deux films remportent l'Oscar du meilleur film documentaire. Au cours de cette dernière bataille, le réalisateur est blessé à la hanche et perd l'usage de son œil gauche alors qu'il filme seul l'affrontement. Un petit film nommé "Torpedo Squadron", est également réalisé lors de la bataille de Midway pour les familles des victimes d'une opération qui a fait 29 morts sur 30 soldats engagés. Toujours en 1942, Ford est ensuite en Afrique du Nord pour couvrir le débarquement. Durant l'année 1943, il couvre de multiples opérations extérieures dont la campagne de Birmanie dans "Victoire en Birmanie" ("", 1946). En 1944, il filme le débarquement de Normandie, sans débarquer dans l'immédiat, puisqu'il reste sur un bateau pour saisir les vagues d'attaques marines successives.