V březnu roku 1980 byl zastřelen, když sloužil mši v kapli nemocnice Boží Prozřetelnosti v San Salvadoru. Během jeho pohřbu, o šest dnů později, vybuchla před katedrálou bomba a odstřelovači rozmístění na střechách okolních domů zastřelili desítky věřících účastnících se obřadu. Jeho smrt byla jedním z aspektů, které roznítily salvadorskou občanskou válku.