A nivel de selección, Bolaños participó en el Mundial Sub-17 de 2001 y en categoría mayor jugó en tres ediciones de la Copa de Oro de la Concacaf. Fue mundialista en 2006, en 2014 y 2018 —siendo el único futbolista que ha visto acción en tres certámenes máximos diferentes— y también estuvo en la nómina que enfrentó la Copa América Centenario en 2016.