また、アフリカ統一機構時代とは違い、クーデターなど正規の手続きによらない政権交代には厳しい態度を示し、加盟国の資格停止を行うことが多い。近年では、2008年の1月31日から2月2日までアディスアベバで開かれた首脳会議の後、会見で議長は、チャドの反政府勢力による新政府が樹立しても加盟は承認しないという考えを示した（結局は政府側が勝利し、クーデターは失敗）。2009年1月のマダガスカル・クーデターによって成立したアンドリー・ラジョエリナ政権を認めず、加盟資格を停止した。また、2012年3月に発生したマリ軍事クーデターにおいてもマリ共和国の加盟資格を停止し、同年4月のギニアビサウ・クーデターにおいても同様の措置を取った。一方で2011年のリビア内戦においては、リビアの事実上の指導者であったカダフィ大佐がアフリカ連合の有力者であり、また石油の富を背景に加盟各国の援助を積極的に行っていたことや欧米に対する強硬な姿勢などから旧政府支持の国家も多く、連合としてどちらかの政権を支援するということはなかった。北大西洋条約機構（NATO）軍の空爆に対しては反対の立場を明確にし、カダフィ政権とリビア国民評議会との調停にたったが失敗に終わった。2012年8月22日に反政府軍が首都トリポリを制圧したのちもアフリカ連合は新政府を承認せず、結局承認は国際連合が9月16日に承認したのちの9月20日となった。2019年4月にスーダンで発生した軍事クーデターでは、軍部とデモ隊の衝突が発生したことを機に、2019年9月6日に民政移管されるまで資格停止処分とされた。