Als das Deutsche Reich Österreich 1938 "anschloss", musste Berta Zuckerkandl als Jüdin fliehen. Der französische Autor Paul Géraldy kam nach Wien und half Zuckerkandl bei ihrer Flucht nach Paris. Dort hatte sie engen Kontakt zu anderen vertriebenen Österreichern wie beispielsweise Franz Werfel. Als Trägerin des Ordens der Ehrenlegion war sie von der Internierung in Frankreich ausgenommen und konnte im Frühjahr 1940 zu ihrem schon früher ausgewanderten Sohn Fritz nach Algier übersiedeln. Nach der Eroberung Algiers durch die Alliierten arbeitete sie bei einem Rundfunksender der Alliierten an Radiosendungen mit, in denen sie die Österreicher zum Widerstand gegen die Nationalsozialisten aufrief. Die Ausreise in die USA gelang ihr nicht. Aus dem Jahr 1945 sind Briefe an Franz Theodor Csokor erhalten, in denen sie ihm für die Zukunft in Österreich alles Gute wünscht, aber bezweifelt, ihre Heimatstadt noch einmal zu sehen. Sie kehrte 1945, bereits schwer krank, nach Paris zurück und starb dort noch im selben Jahr.