À la mort de l'amiral Mineichi Koga, Toyoda fut nommé commandant en chef de la Flotte combinée, le . En juin, il lance l'opération "A-Gō" pour la défense des îles Mariannes, mais au cours de la bataille de la mer des Philippines (19-), dans ce que les marins américains ont qualifié de « Grand Tir aux dindons des Mariannes », la Flotte mobile, sous le commandement du vice-amiral Ozawa, perd l'essentiel de son aviation embarquée. Il conçoit l'opération "Sho-Gō", pour la défense des Philippines, qui prévoit le sacrifice des derniers porte-avions opérationnels, au bénéfice d'une attaque massive des cuirassés, plan aussi hétérodoxe que risqué, qui aboutit à la défaite lors de la Bataille du golfe de Leyte. Mais l'amiral Toyoda était persuadé que les enjeux étaient tels pour l'Empire du Japon que la sauvegarde des bâtiments de la marine impériale n'avait pas de sens en cas de défaite. Aussi a-t-il poursuivi une stratégie de défense agressive, comme l'opération Ten-Gō, c'est-à-dire la dernière sortie, sans espoir de retour, du . devant Okinawa, en .