Sconfisse poi i turchi nella battaglia di Héliopolis, e successivamente domò una rivolta al Cairo, ma fu assassinato da un sicario, uno studente di scienze islamiche originario di Aleppo, un certo Suleiman al-Halabi, il 14 giugno 1800, lo stesso giorno in cui il suo grande amico, il generale Desaix, veniva ucciso a Marengo. Lo sostituì nel comando il generale Menou.