ב-6 ביוני 2014 סיכם בניון את תנאיו לשנתיים במכבי חיפה, תמורת 500 אלף דולר לעונה, ובתום חוזהו יתמנה לתפקיד המנהל הספורטיבי במועדון. בעקבות פרישתו של יניב קטן מונה בניון לקפטן הקבוצה. ב-6 בספטמבר 2014 נפצע בניון במהלך משחק קדם עונה במסגרת גביע הטוטו מול בני סכנין וסבל מקרע חלקי ברצועה הפנימית שהשבית אותו במשך שלושה שבועות. את הופעת הבכורה המחודשת שלו בליגת העל ערך בניון ב-28 בספטמבר 2014, בניצחון קבוצתו 3–1 על הפועל פתח תקווה במסגרת המחזור השלישי של עונת &lt;a href="%D7%A2%D7%95%D7%A0%D7%AA%202014/2015%20%D7%91%D7%9C%D7%99%D7%92%D7%AA%20%D7%94%D7%A2%D7%9C%20%D7%91%D7%9B%D7%93%D7%95%D7%A8%D7%92%D7%9C"&gt;2014/2015&lt;/a&gt;. ב-14 בדצמבר 2014, יותר מ-12 שנים לאחר שערו האחרון בליגה הישראלית, כבש בניון את שער הבכורה שלו לעונה זו, בניצחון 4–0 בדרבי מול הפועל חיפה. בסך הכל כבש בעונה זו 5 שערים ובישל 4 ב-26 הופעות בליגת העל. בעונתו השנייה בחיפה התגלעו חיכוכים בין בניון לקהל, אך בליגה הוא כבש 6 שערים ובישל 4 נוספים. ב-24 במאי 2016 זכה עם מכבי חיפה בגביע המדינה לאחר 18 שנה שבה המועדון לא זכה בתואר. היה זה גם גביע המדינה הראשון והיחיד שבניון זכה בו בישראל. לאחר משחק הגמר, בו ניצחה חיפה עם בניון בהרכב 1-0 את מכבי תל אביב, הודיע כי יעזוב את מכבי חיפה לטובת קבוצה אחרת, עם רמיזה שמדובר במכבי תל אביב, איתה יש לחיפה יריבות ספורטיבית ממושכת, והדבר החריף עוד יותר את הקרע בין בניון לאוהדים.