Durant la Segona Guerra Mundial Stalin va reobrir les esglésies. Un motiu pot ser motivar la majoria de la població que tenia creences cristianes. El raonament darrere d'això és que, canviant la política oficial del Partit i de l'Estat cap a la religió, l'Església i els seus membres podrien posar-se a la seva disposició mobilitzant-se per a l'esforç de guerra. El 4 de setembre de 1943, Stalin convidà al Metropolità Sergi, al Metropolità Alexis i al Metropolità Nicolau al Kremlin i els proposà restablir el Patriarcat de Moscou, que havia estat suspès des de 1925, i elegir al Patriarca. El 8 de setembre de 1943, el Metropolità Sergi va ser elegit Patriarca. També s'ha de notar que la trobada amb el patriarca va tenir lloc poc després de les batalles de Stalingrad i de Kursk. L'Exèrcit Roig estava a punt per començar una ofensiva per a recuperar els territoris fronterers occidentals. Hitler havia permès que les esglésies cristianes, incloent l'Església Autocèfala Ucraïnesa funcionessin durant l'ocupació. Com que havien provat de nou la llibertat religiosa, seria molt difícil tornar a suprimir-la immediatament i així, a l'hora que restaurava una autonomia limitada per a l'Església Ortodoxa Russa, Stalin l'autoritzà perquè tornés a ocupar-se d'edificis que no li pertanyien des de la dècada de 1920. mentre les forces armades soviètiques s'obrien pas per Ucraïna i Bielorússia, les esglésies passaven a mans de l'Església Ortodoxa Russa. Evidentment, Stalin jutjà que es podria controlar amb molta més facilitat als creients cristians si el Patriarca Sergi tenia autoritat sobre ells.