Ebenfalls gewann er mit der englischen U-17-Nationalmannschaft die U-17-Europameisterschaft 2010. Bei dem Turnier spielte Johnstone vor Jack Butland als Stammtorhüter. Im Juni 2021 debütierte er für die A-Nationalmannschaft, mit der er im selben Jahr auch an der EM teilnahm, aber gegenüber Jordan Pickford das Nachsehen hatte. England verlor das Finale gegen Italien im Elfmeterschießen im heimischen Wembley-Stadion.