Im Frühjahr 1241 trat Oddone seine Rückreise nach Rom an, der Einberufung eines Generalkonzils durch Papst Gregor IX. folgend, der bereits 1239 den Kaiser zum zweiten Mal gebannt hatte. Auf der Schiffspassage von Genua nach Rom wurde die genuesische Flotte, welche die Konzilreisenden transportierte, in der Seeschlacht von Giglio von einer kaiserlichen Flotte gekapert. Nahezu alle Konzilteilnehmer gerieten in die Gefangenschaft des Kaisers. Nach Haftaufenthalten in San Miniato, Tivoli und Capua wurde Oddone im August 1242 frei gelassen und wirkte fortan mäßigend auf päpstlicher Seite im Konflikt mit dem Kaiser. Am 28. Mai 1244 wurde er vom neuen Papst Innozenz IV. zum Kardinalbischof von Porto e Santa Rufina ernannt. Darauf war er entscheidend beim Wechsel von Viterbo in das päpstliche Lager beteiligt, eine anschließende Friedensinitiative mit dem Grafen Raimund VII. von Toulouse auf kaiserlicher Seite verlief allerdings erfolglos. Im November 1244 begleitete er den Papst in das Exil nach Lyon.