Nastawienie do żydowsko-niemieckiego małżeństwa zmieniło się, gdy burmistrzem został członek partii NSDAP, Karl Gross, a żydowska społeczność – jak w całej Europie – zaczęła doświadczać prześladowań. W czasie Nocy Kryształowej ucierpiała także rodzina Lilli: kilku pijanych bojówkarzy SA wdrapało się na garaż i rozbijało szyby w domu, rzucając przedmiotami i wykrzykując pogróżki. Z kolei w Kolonii, bojówkarze wtargnęli do domu matki Lilli: zamknęli Paulę i jej służącą w osobnym pokoju, po czym zdemolowali cały dom. Maxa Meyera, męża kuzynki Lilli – Olgi – tej samej nocy aresztowano i zesłano do obozu koncentracyjnego w Dachau, skąd po czterech tygodniach półżywego wyrzucono na stopnie kolońskiej katedry. Po tych wypadkach Olga z mężem przedostała się do Szwajcarii nocą 2 września 1939. Antyżydowskie nastroje w Immenhausen sprawiły, że Lilli dostała zakaz wykonywania praktyki lekarskiej, zmuszono ją do podpisania zgody na anulowanie doktoratu. Wkrótce była jedynym żydowskim mieszkańcem w tej okolicy (matka z siostrą zdążyły wyemigrować do Birmingham w 1939 roku, a ojciec zmarł w 1932 roku). Latem 1939 roku, gdy rodzina Jahnów chciała spędzić wspólnie wakacje, pracownicy hotelu nie wpuścili do środka Lilli.