V roce 2004 dovedl reprezentační mužstvo k bronzové medaili na Mistrovství Evropy, když český výběr podlehl v semifinále Řecku 0:1 v prodloužení. Na Mistrovství světa 2006 Brücknerův tým nepostoupil ze základní skupiny. I přes tento neúspěch Brückner trenérem české reprezentace zůstal a pod jeho vedením tým ČR vyhrál kvalifikační skupinu na Euro 2008 (o dva body před druhým Německem).