21 марта 1861 года Пендер уволился из рядов армии США и вступил в армию Конфедерации в качестве капитана артиллерии. К маю он стал полковником 3-го северокаролинского пехотного полка, а 15 августа 1862 года его перевели в 6-й северокаролинский. Он хорошо проявил себя в сражении при Севен-Пайнс в июне 1862 года и был повышен до бригадного генерала. Ему поручили командование северокаролинскую бригаду в дивизии Эмброуза Хилла. Президент Дэвис лично произвел его в генералы на поле боя у Севен-Пайнс. Бригада Пендера состояла из двух батальонов и четырёх полков: