Fu la maggiore formazione d'opposizione alla dittatura militare durante la guerra civile salvadoregna, che convenzionalmente si ritiene iniziata l'11 marzo 1980 con l'assassinio di mons. Romero. Con la stipula degli accordi di pace di Chapultepec del 1992 e la missione degli osservatori delle Nazioni Unite, tutte le unità armate che operavano agli ordini dell'FMLN furono smobilitate e l'organizzazione divenne un partito politico.