Al estallar en 1841 la Guerra del Paraná, en el marco de la Guerra Grande y llamada así por desarrollarse en el río de la Plata y el río Paraná, Guillermo Brown fue convocado por Juan Manuel de Rosas para comandar nuevamente la Armada Argentina y combatir la escuadra que al mando de su antiguo subordinado John Halstead Coe había sido levantada por Fructuoso Rivera tras derrocar al presidente uruguayo Manuel Oribe.