A Jupp Heynckes subentra lo spagnolo Josep Guardiola, che vince, prime volte nella storia del club tedesco, la Supercoppa europea, battendo a Praga il , e la Coppa del mondo per club FIFA, battendo nella finale di Marrakech il Raja Casablanca. La stagione vede i bavaresi conquistare pure il ventiquattresimo titolo nazionale, con sette giornate d'anticipo e numerosi record, e la diciassettesima Coppa di Germania. Nelle due stagioni successive i bavaresi vincono altrettanti titoli di Bundesliga, arrivando così al record di quattro successi consecutivi nella manifestazione, e la Coppa di Germania 2015-2016. In Champions la squadra di Guardiola si ferma sempre in semifinale, per tre stagioni di fila.