Am Morgen des 18. April 1906 verwüsteten ein Erdbeben und ein Feuer San Francisco. Im Allgemeinen wird die Zahl der Todesopfer auf 700 geschätzt, einige Quellen geben aber eine drei- bis viermal höhere Zahl an. Das Missionsgebäude überstand das Erdbeben ohne Schaden, so dass es heute das älteste Gebäude der Region ist.