Em 1890, os jesuítas voltaram a assumir o controlo do Seminário. Porém, com a revolução republicana de 5 de Outubro de 1910, todos os jesuítas foram novamente expulsos do Império português, incluindo Macau. O Seminário, gravemente atingido por esta medida, passou novamente a ser operado pelos padres diocesanos locais. Em 1916, o edifício que aloja o seminário foi submetido a grandes obras de remodelação e restauro. Em 1929, devido à falta de professores, os jesuítas, que tinham uma missão em Shiu-Hing, voltaram a assumir o controlo do Seminário. Em 1940, eles abandonaram definitivamente este seminário histórico, que passou a ser pertencente e administrado pela Diocese de Macau, através dos seus padres diocesanos.