Heikkonen oli toukokuusta 1918 alkaen aluksi yleisvenäläisen erikoiskomission määräämissä tehtävissä ja hän osallistui sitten tykistökurssille ja jalkaväen komentajakursseille. Huhtikuun lopulla 1919 Heikkonen lähti Kansainvälisen sotakoulun kurssilaisryhmän mukana Aunuksen rintamalle, jossa hän toimi ensimmäisen suomalaisen rykmentin komissaarina ja heinäkuusta 1919 alkaen 6. suomalaisen rykmentin komissaarina. Rykmentti taisteli Suomen puolelta tulleita Aunuksen retkeläisiä vastaan aina syksyyn 1919 saakka. Heikkonen palasi syksyllä Pietariin, mutta lähti sieltä pian kansainvälisen sotakoulun suomalaisoppilaista kootun pataljoonan komentajana Arkangelin rintamalle, jossa vastassa olivat englantilaiset ja amerikkalaiset joukot. Taistelut päättyivät helmikuussa 1920 Arkangelin valtaukseen ja tämän jälkeen suomalainen kurssilaispataljoona siirrettiin Puolan rintamalle. Maaliskuussa 1921 Heikkosen johtama kansainvälisen sotakoulun oppilaista muodostettu pataljoona oli mukana kukistamassa Kronstadtin kapinaa. Vajaa vuosi myöhemmin tammikuussa 1922 Heikkonen osallistui Itä-Karjalan kansannousun aikana Toivo Antikaisen johtamalle Kiimasjärven retkelle adjutanttina ja komppanianpäällikkönä.