Nel 1942 la Forza Navale Speciale venne incaricata dell’esecuzione dell'Operazione C3, la progettata conquista di Malta: secondo i piani, 19 navi da trasporto, 270 mezzi da sbarco ed una cinquantina di altri natanti, scortati da una trentina di siluranti, avrebbero dovuto sbarcare un totale di 62.000 uomini (nonché 1600 veicoli e 700 pezzi d’artiglieria) sulle coste dell'isola. L'ammiraglio Tur avrebbe dovuto dirigere l'operazione; per attuare lo sbarco (il primo giorno sarebbero stati sbarcati 35.000 uomini, seguiti da altri 25.000 nei giorni seguenti), la Forza Navale Speciale venne potenziata con l'assegnazione di motozattere, motolancie Classe ML, bragozzi, motovelieri e vaporetti lagunari convertiti in mezzi da sbarco, traghetti convertiti in navi da sbarco e diversi posamine. Nella prima metà del 1942 la Forza Navale Speciale, concentrata a Livorno si addestrò nelle operazioni di sbarco lungo le coste della Toscana, che presentavano una conformazione rocciosa simile a quella di Malta; ma nel luglio 1942, a seguito del favorevole andamento delle operazioni terrestri sul fronte libico-egiziano, l'Operazione C3 venne annullata.