Militærreservatet ble oppkalt etter den amerikanske oberst John M. Stotsenburg som hadde falt i kamp kort etter utbruddet av Den filippinsk-amerikanske krig, ved Quingua i Bulacan ikke langt unna, den 24. april 1899. Dette hadde vært det første større sammenstøtet under denne krigen. De filippinske nasjonalistiske styrker var knekket da Fort Stotsenburg ble anlagt, skjønt spredte og sporadiske sammenstøt pågikk i enda et tiår.