Hallituksen jäsenenä hän vastusti sotasyyllisten tuomioita 1946 (eriävä mielipide hallituksen pöytäkirjaan) ja 1948 YYA-sopimuksen sotilaallista osaa. Presidentti Paasikivi merkitsi päiväkirjaansa keskusteluja Peltosen kanssa päiväyksillä 4.3.1948 ja 9.3.–11.3.1948: "Peltonen - - ei voi olla mukana tekemässä sotilasliittoa - -" sekä 13.4.1948 "- - ottaen kaikki asianhaarat huomioon hän hyväksyy sopimuksen".