Durante la guerra civile spagnola, iniziata nel 1936, i baschi delle province di Bilbao, Vitoria e San Sebastian appoggiarono i repubblicani, che avevano permesso la formazione del Governo basco, ma la maggior parte dei baschi della Navarra si arruolò nelle file franchiste (i celebri "requetés"). Dopo sanguinosi combattimenti, tra cui la Battaglia di Bilbao, le Province Basche vennero occupate dalle truppe di Francisco Franco, che ben presto instaurò in tutta la Spagna un regime dittatoriale. In questo periodo venne vietato ogni tipo di autonomia, nonché l'espressione in lingue che non fossero il castigliano, unite a una forte repressione di ogni spinta autonomista.