Terörizmle Savaş'ın başlamasının ardından el-Kaide'nin hem yönetici kademesinde hem de militanlarında kayıplar yaşanmaya başlansa da örgütün faaliyetleri devam etti. 22 Aralık 2001'de, Paris'ten Miami'ye gerçekleşen American Airlines'ın 63 sefer sayılı uçuşu sırasında, ayakkabısında sakladığı bombayı patlatmaya çalışan bir el-Kaide üyesinin bu girişimi kabin memurları ve yolcular tarafından engellendi. 11 Nisan 2002'de, Tunus'a bağlı Cerbe adasındaki El-Griba Sinagogu'na el-Kaide'ye bağlı bir kişi tarafından düzenlenen intihar saldırısı, 21 kişinin ölümüne yol açtı.