Severozápadní část Kyjevské Rusi včetně Izborsku byla sice ušetřena nájezdů Mongolů, zato musela čelit útokům ze strany Řádu německých rytířů. Ti poprvé město dobyli roku 1223, i když záhy přispěchali na pomoc Pskované a Izborsk osvobodili. Nové problémy nastaly po roce 1237, kdy byla založena Livonská větev Řádu německých rytířů. Ti roku 1240 porušili mírovou dohodu s Pskovem, načež dobyli Izborsk a hned nato i Pskov. Němečtí rytíři byli z ruských zemí vyhnáni až po bitvě na Čudském jezeře roku 1242.