Colton Parayko begann im Alter von fünf Jahren mit dem Eishockeyspielen und war in seiner Jugend für diverse Junioren-Mannschaften in seiner Heimatstadt St. Albert aktiv. Im Jahr 2010 wechselte er zu den "Fort McMurray Oil Barons" in die zweitklassige Alberta Junior Hockey League; den Sprung in eine der drei höchsten kanadischen Junioren-Ligen schaffte der Verteidiger nicht und beschritt somit einen für spätere NHL-Profis eher ungewöhnlichen Weg. In seinem ersten Jahr bei den Oil Barons absolvierte Parayko 42 Spiele und kam dabei auf für einen Verteidiger durchschnittliche 12 Scorerpunkte, sodass er im NHL Entry Draft 2011 keine Berücksichtigung fand. Im Jahr darauf steigerte sich der Kanadier allerdings deutlich, erzielte 42 Punkte in 53 Spielen und wurde in der Folge an 86. Position im NHL Entry Draft 2012 von den St. Louis Blues ausgewählt.