19 апреля произошло первое столкновение американских колонистов с британской армией (Сражения при Лексингтоне и Конкорде), а в мае собрался Второй Континентальный конгресс, который официально создал Континентальную армию и учредил должности главнокомандующего и генерал-майоров. Ли мог претендовать на должность главнокомандующего, однако было решено, что ввиду того, что он родился в Англии, он не должен командовать армией, состоящей полностью из уроженцев колонии. В итоге главнокомандующим стал Джордж Вашингтон. 15 июня Ли стал одним из первых четырёх генерал-майоров. Томас Маффлин предложил сделать его вторым по старшинству после Вашингтона, ввиду его многочисленных заслуг, но Джон Адамс выступил против: генерал , фактически командир армии под Бостоном, не согласился бы служить под командованием иностранца. По этой причине Ли стал третьим по старшинству.