לאחר שהצטיין בטורניר קופה אמריקה 1997 ומיצב עצמו כאחד החלוצים הטובים ביבשת, ובעקבות המלצתו של דייגו מראדונה, עבר הרננדס בהשאלה לבוקה ג'וניורס הארגנטינאית. הרננדס התקשה לפרוץ בהרכב הקבוצה, בין היתר עקב מכסת הזרים המלאה של המועדון, וסיים את הקדנציה בקבוצה עם ארבע הופעות ליגה בלבד, בהן כבש פעמיים.