Η Βενετική διοίκηση διήρκησε από το 1500 μέχρι το 1797, όπου καταλύθηκε η Ενετική Δημοκρατία από τον Μεγάλο Ναπολέοντα έτσι ώστε να έλθει υπό γαλλική κατοχή. Ύστερα όμως από 20 μήνες στα τέλη του 1778 κατόπιν νίκης των Ρωσοτούρκων έναντι των Γάλλων, το Ληξούρι (όπως και η υπόλοιπη νήσος) τέθηκε υπό την επικυριαρχία των Ρωσότουρκων οι οποίοι το 1800 αναγνώρισαν την υπό τον φόρο υποτελείας, βέβαια, "ανεξάρτητη" Πολιτεία των Ιονίων Νήσων. Οι πολεμικές επιχειρήσεις έφεραν τους Γάλλους πίσω στο νησί το 1807. Το 1809 κατέλαβαν το νησί οι Βρετανοί, αφού πρώτα οι Γάλλοι προέταξαν ασθενή αντίσταση χρησιμοποιώντας τα κανόνια στο λιμένα του Ληξουρίου. Τον 19ο αιώνα, η περιοχή αποτέλεσε σταθμό διαφόρων τουριστών στα Επτάνησα, όπως του Γιόχαν Στράους που την επισκέφθηκε τουλάχιστον δυο φορές. Το 1864 το Ιoνικό Κράτος ("Ηνωμένες Πολιτείες" της Επτανήσου υπό Αγγλική "προστασία") ενώνεται με το Βασίλειο της Ελλάδος, και πρωτεύουσα του Νομού Κεφαλληνίας γίνεται το Αργοστόλι. Το 1867 και το 1953 το Ληξούρι καταστρέφεται από σεισμούς. Τα ιστορικά κτήρια από τότε είναι πλέον ελάχιστα, και είναι δείγματα μιας ανθηρής μικρής πόλης του 18ου και 19ου αιώνα.