Bouma eddig 35 alkalommal ölthette magára a válogatott mezét, ezeken kétszer talált be. Debütálására 2000. szeptember 2-án, Írország ellen került sor. A 2004-es Eb-ig csak elvétve szerepelt a válogatottban, a kontinenstornán azonban négy meccsen is szóhoz jutott. Itt szerezte meg első gólját, Csehország ellen. Következő gólját mintegy négy hónappal később, a macedónok ellen szerezte.