W 1989 roku Schumacher podpisał kontrakt z prowadzonym przez Williego Webera zespołem Niemieckiej Formuły 3, WTS. Wspomagany finansowo przez Webera Schumacher w 1990 roku zdobył mistrzostwo Niemieckiej Formuły 3 oraz wygrał Grand Prix Makau. Pod koniec 1990 roku, wraz z rywalami z Niemieckiej Formuły 3 – Heinzem-Haraldem Frentzenem oraz Karlem Wendlingerem – dołączył do juniorskiego programu Mercedesa w Mistrzostwach Świata Samochodów Sportowych. Była to rzadka sytuacja wśród młodych kierowców, jako że większość rówieśników Schumachera ścigających się później w Formule 1 rywalizowała w Formule 3000. Jednakże Weber przekonał Schumachera, że branie udziału w profesjonalnych konferencjach prasowych oraz ściganie się mocnymi samochodami pomoże w jego karierze. W sezonie 1990 Mistrzostw Świata Samochodów Sportowych Schumacher wygrał Sauberem-Mercedesem C11 ostatni wyścig sezonu na torze Autódromo Hermanos Rodríguez i został sklasyfikowany na piątym miejscu w mistrzostwach mimo faktu, że brał udział w trzech z dziewięciu wyścigów. W 1991 roku Schumacher nadal rywalizował w Mistrzostwach Świata Samochodów Sportowych i w Sauberze-Mercedesie C291 ponownie wygrał ostatni wyścig sezonu – eliminację na torze Autopolis, i zakończył mistrzostwa na dziewiątym miejscu w klasyfikacji. W tym samym roku wziął udział w wyścigu 24h Le Mans, który ukończył na piątym miejscu, dzieląc samochód z Karlem Wendlingerem i Fritzem Kreutzpointnerem. W 1991 roku wziął udział także w jednym wyścigu Japońskiej Formuły 3000, który ukończył na drugim miejscu.