Michal Sersen begann seine Karriere als Eishockeyspieler in der Nachwuchsabteilung des HC Slovan Bratislava, für dessen Profimannschaft er in der &lt;a href="Extraliga%20%28Slowakei%29%202002/03"&gt;Saison 2002/03&lt;/a&gt; sein Debüt in der Extraliga gab. In seinem Rookiejahr blieb er in 17 Spielen punkt- und straflos und wurde mit seiner Mannschaft erstmals Slowakischer Meister. Anschließend spielte der Verteidiger drei Jahre lang in der kanadischen Juniorenliga QMJHL für L’Océanic de Rimouski und die Remparts de Québec. Mit Rimouski gewann er 2005 die Coupe du Président, die QMJHL-Meisterschaft. In der folgenden Spielzeit war er mit den Remparts im Memorial Cup, der Meisterschaft der Canadian Hockey League, erfolgreich. Während seiner Zeit in der QMJHL wurde er im NHL Entry Draft 2004 in der fünften Runde als insgesamt 130. Spieler von den Pittsburgh Penguins ausgewählt, bei denen er anschließend jedoch keinen Vertrag erhielt.