Čo sa korupcie týka, už v súvislosti s jeho prvou úspešnou voľbou v roku 1998 viceprezident Africkej futbalovej konfederácie a prezident Somálskej futbalovej federácie Farra Ado vzniesol v britskej tlači voči Blatterovi obvinenia, keď tvrdil, že mu bol ponúknutý úplatok vo výške 100 000 dolárov zato, že bude hlasovať za Blattera. Kontroverznosťami bola sprevádzaná aj jeho voľba v roku 2002 a najmä v 2015, keď tri dni pred voľbou švajčiarska polícia v Zürichu zatkla sedem vysokých funkcionárov FIFA obvinených z korupcie v súvislosti s voľbou dejísk MS 2018 a 2022. Celkovo bolo v tomto prípade obvinených 14 osôb, z toho 9 vysokých bývalých a súčasných predstaviteľov FIFA. Obvinenia sa týkajú z vydierania, prania špinavých peňazí a korupcie.