Wraz z wybuchem II wojny światowej w budynku urządzono szpital. Jednak ze względu na bliskość często bombardowanych linii kolejowych i dworców szpital ewakuowano. Po wkroczeniu Niemców gmach został zajęty przez wojsko, a następnie w listopadzie 1939 urządzono tu komisariat policji, działający do końca okupacji (1939–1944). Część wyposażenia i pomocy naukowych przeniesiono do budynku kurii biskupiej przy ul. Kawęczyńskiej 49, gdzie szkołom udostępniono dwa piętra (szkole nr 126 – III piętro, szkole nr 30 – IV piętro). Tu i w Bazylice Najświętszego Serca Jezusowego zorganizowano tajne nauczanie historii i geografii – przedmiotów zakazanych przez niemieckiego okupanta.