Weitere große Herausforderungen während seiner Präsidentschaft waren die Folgen des Hurrikans Mitch und die politische Krise, die durch die Ermordung des katholischen Bischofs Juan Gerardi zwei Tage nach Vorstellung des Berichts "Guatemala: Nunca más" ausgelöst wurde. In diesem Bericht war die von Gerardi geleitete Kommission zur „Wiedererlangung der historischen Erinnerung“ ("Recuperación de la Memoria Histórica", REMHI) des Menschenrechtsbüros des Erzbistums ("Oficina de Derechos Humanos del Arzobispado", ODHA) zu dem Ergebnis gelangt, dass die meisten Verbrechen während des guatemaltekischen Bürgerkriegs von der Armee und Regierungsmitarbeitern verübt wurden.