在约瑟夫·E·约翰斯顿將軍在1862年6月1日於七松之役負傷後，李繼任北維吉尼亞軍團司令，獲得第一個領兵作戰的機會，他迅即發動了一連串的攻勢。在七日戰役中，他面對由喬治·麥克萊倫率領，威脅首都里奇蒙的聯邦軍。聯盟國部隊因李將軍的攻擊行動而傷亡慘重，並因李將軍部下執行戰術時的無能而受損，但他的積極行動挫敗了麥克萊倫。在麥克萊倫撤退後，李將軍在-{zh-hans:第二次布尔河战役;zh-hant:第二次牛奔河之役}-中擊敗另一支聯邦軍隊。他後來入侵馬里蘭，企圖重新補給軍需，並儘可能的影響北方不利於戰爭結束的選舉結果。麥克萊倫因截獲一份南軍所遺落的軍令而得知李將軍的計畫，並在南軍得以集結之前增援優勢兵力至-{zh-hans:安蒂特姆;zh-hant:安提耶坦}-。在那血腥的一日中，李將軍抵擋住了北軍的攻擊，但不得不撤回維吉尼亞。