Während des Aufstandes in Ungarn wurde Benedek 1849 zur Armee in Ungarn beordert und nahm am 29. Juni bei der Eroberung von Raab teil. Während der Zweiten Schlacht von Komorn (2. Juli 1849) zeichnete er sich im Bereich des IV. Reserve-Korps (FML Wohlgemuth) bei Ács aus und stürmte das Dorf Ö-Szőny, einen wichtigen Stützpunkt der ungarischen Stellung. Nach dem Kriegsende in Ungarn wurde er am 14. Oktober 1849 zum Generalstabschef der Italienarmee des Feldmarschall Radetzky ernannt. Am 26. Oktober 1852 wurde er zum Feldmarschallleutnant befördert. Am 28. Februar 1857 übernahm er kurzfristig die Führung das II. Armeekorps in Krakau, dieses Kommando tauschte er am 27. März mit dem Kommando über das IV. Armeekorps in Lemberg, das während des Krimkriegs der Observationsarmee in Galizien zugeteilt war.