第5次吉田内閣は造船疑獄などにより支持を失いつつあり、日本民主党結成により内閣不信任案可決が必至となり、衆議院解散を断念した吉田は総辞職した。12月10日には第一次鳩山内閣が成立した。組閣に当たって鳩山首相は旧改進党の意志の尊重を掲げ、党では無役となった三木は運輸大臣として入閣を果たした。三木は運輸大臣として洞爺丸事故の後始末と紫雲丸事故への対応などに当たることになる。