Fiul unui medic, Jean-Baptiste Bessières ar fi trebuit să îmbrățișeze aceeași profesiune, dar decide în schimb să se înscrie în Garda Națională din Prayssac, apoi face parte din „Garda Constituțională” a regelui Ludovic al XVI-lea al Franței, care încearcă să apere palatul Tuileries contra revoluționarilor. Decide însă să se alăture Revoluției și servește în Garda Națională din Paris, apoi în armata „Pirineilor”, unde câștigă gradele de locotenent și căpitan. Trece apoi în rândurile armatei din Italia și se remarcă în prima campanie din peninsulă, la comanda „ghizilor” generalului Bonaparte. Este citat de mai multe ori pentru vitejie, ceea ce îi câștigă stima lui Bonaparte, astfel că Bessières participă la Campania franceză din Egipt. Revenind în Franța odată cu Bonaparte, îi asigură acestuia protecția în timpul loviturii de stat de la „18 brumar” și apoi se distinge la Marengo (1800), când șarjează impetuos în fruntea Grenadierilor Călare și a Vânătorilor Călare din Garda Primului Consul. Devine general de brigadă în 1800 și general de divizie în 1802.