מריה אמליה נולדה ב-26 באפריל 1782 בנאפולי, לפרננדו הראשון, מלך שתי הסיציליות ומריה קרולינה מאוסטריה, בתם של פרנץ הראשון, קיסר האימפריה הרומית הקדושה ומריה תרזה. עם פרוץ המהפכה הצרפתית לא התנגד לכך אביה, אולם לאחר הריגתם של דודיה לואי השישה עשר, מלך צרפת ומארי אנטואנט, מלכת צרפת, חבר אביה לקואליציה האנטי-צרפתית הראשונה, ובשנת 1798 נאלצה משפחתה לברוח לסיציליה. בשנת 1800 ברחה מריה אמליה עם אמה לאוסטריה, שם שהתה בשנתיים הבאות. בשנת 1802 חזרה המשפחה לנאפולי, אולם בשנת 1806 שוב נאלצו לברוח לסיציליה.