Gauch s'est enrôlé lors du déclenchement de la Seconde Guerre mondiale, servant initialement dans la Luftwaffe, carrière interrompue après avoir été blessé à la colonne vertébrale dans un accident lors d'un vol d'entraînement. Il a affirmé par la suite qu'il avait suggéré à Himmler la politique de germanisation en Pologne, en absorbant des enfants polonais convenables sur le plan racial, qui présentaient des caractéristiques « nordiques ». Le 13 octobre 1939, il est le surveillant de l'officier de la RAF Harry Day, fait prisonnier sur le front. Ils sont restés en contact après la guerre.