La particolare tinta di blu usata nella bandiera è stata oggetto di controversia per quasi novant'anni. Dal 1920 al 1985, la tonalità era "blu mare", ma il Presidente Ferdinand E. Marcos ordinò che venisse cambiata in "blu cielo", su consiglio dei circoli storici, per renderla uguale a quella usato nella bandiera cubana, che era vista come un alleato contro la Spagna. A causa di una mancanza di standard e di materiale durante la Guerra filippino-americana, i sostenitori della tonalità blu mare e quelli della tonalità blu cielo hanno entrambi prove documentarie che sostengono e contraddicono le argomentazioni di ognuno. Si veda Bandiere della rivoluzione filippina.