Als minister van Afrikaanse Zaken vanaf 3 september 1960 was D'Aspremont Lynden samen met minister van Buitenlandse Zaken Pierre Wigny politiek verantwoordelijk voor het Belgisch beleid aan het begin van de Congocrisis. Na de onafhankelijkheid van Congo in 1960 leidde Belgische inmenging achter de schermen tot de afzetting en liquidatie van Patrice Lumumba, de wettig verkozen premier van het land, die door het Belgisch establishment gezien werd als te onbetrouwbaar. Kolonel Mobutu Sese Seko werd met onder meer Belgische steun aan de macht geholpen en zou het land gedurende meer dan dertig jaar als dictator regeren.