Cependant, le conflit avec les États barbaresques perdure, et le , alors que le nouveau président Thomas Jefferson refuse de payer une rançon toujours plus élevée, les Tripolitains déclarent la guerre aux États-Unis marquant le début de la guerre de Tripoli. En 1803, lors du blocus de Tripoli mené par la marine américaine, l’ est capturé par les Maures et emmené à Tripoli. L'année suivante, un raid américain mené par Stephen Decatur permet de bruler le navire dans le port afin qu'il ne soit pas utilisé par l'ennemi. Les Marines envahissent les rives de Tripoli en 1805, capturant la ville de Derna. C’est la première fois dans l’histoire des États-Unis que son drapeau flotte sur une conquête étrangère. Cette action militaire se montre suffisante pour inciter les dirigeants de Tripoli à signer un traité de paix. Par la suite, la marine est considérablement réduite pour des raisons d'économie, et à la place de navires réguliers, de nombreuses canonnières sont construites, mais destinées à une utilisation côtière uniquement. Le Président Thomas Jefferson et son parti républicain s’opposent en effet à une marine trop grande. Pour ces derniers, une marine composée de petites canonnières situées dans les principaux ports était bien suffisante pour assurer la défense du pays. Seulement ces navires se révèlent inutiles en temps de guerre. Cette politique déployée durant une décennie s'avère donc totalement inefficace.