また、アルジェリアやその南にあるマリ、ニジェールなどでは独立を目指すトゥアレグ族（ベルベル系の遊牧民）の反乱が起きていた。もともと戦闘力に定評のある彼らはリビア内戦に傭兵として参加したことにより、革命に伴って流出した大量の兵器や戦闘経験といった軍事力を蓄えた。彼らはマリで軍によるクーデターが発生したのを機にイスラム国家の建設を目指して2012年にアンサール・アッ＝ディーン、（MOJWA）、AQIMといったイスラム過激派組織とも協力して反乱を起こし、マリ軍を追放して彼らの暮らすマリ北部（アザワド地域）の独立を宣言した。しかしまもなくトゥアレグ族組織（MNLA）と過激派が反発し戦闘が勃発、過激派がトゥアレグ族組織を打倒した。これにより、アザワド地域は事実上イスラム過激派の手に落ちる事態となった。