Υπό τη γερμανική κατοχή, η Τσενστοχόβα ήταν διοικητικά ένα πόβιατ πόλης ("Stadkreis Tschenstochau"), μέρος της Περιοχής Ράντομ του Γενικού Κυβερνείου. Το πολωνικό κίνημα αντίστασης ήταν ενεργό στην πόλη και μονάδες του Εσωτερικού Στρατού και των Εθνικών Ενόπλων Δυνάμεων (ΕΕΔ) επιχειρούσαν στην περιοχή του. Ένα τμήμα του μυστικού Πολωνικού Πανεπιστημίου Δυτικών Εδαφών βρισκόταν στην πόλη και συνέχισε κρυφά την πολωνική εκπαίδευση. Το μυστικό πολωνικό συμβούλιο για την ενίσχυση των Εβραίων «Ζεγκότα», δημιουργήθηκε από το πολωνικό κίνημα αντίστασης που λειτουργούσε στην πόλη. Στις 20 Απριλίου 1943, μια μονάδα των ΕΕΔ επιτέθηκε στο τοπικό γραφείο της Εκδοτικής Τράπεζας στην Πολωνία. Μετά την κατάρρευση της Εξέγερσης της Βαρσοβίας, η Τσενστοχόβα ήταν για σύντομο διάστημα η πρωτεύουσα του Πολωνικού Υπόγειου Κράτους.