Sodan jälkeen Lotman palasi Leningradiin opiskelemaan ja aloitti tutkijanuransa. Hänen ensimmäiset työnsä käsittelivät 1700–1800-luvun Venäjän kirjallisuuden ja yhteiskunnallisen ajattelun historiaa ja hänen ensimmäinen artikkelinsa, varhaista Decembrist -liikkeestä, julkaistiin vuonna 1949. Vuonna 1950 Juri Lotman valmistui erinomaisin arvosanoin maisteriksi, mutta stalinistien antisemitistisen toiminnan takia hän sai juutalaisena vain vapaadiplomin eikä päässyt aspirantuuriin. Hän totesi jäävänsä juutalaisuutensa vuoksi myös työttömäksi ja päätyi Tarttoon.