Zu Beginn ihrer ersten Waljagd im Südpolarmeer, 1998, brach an Bord der "Nisshin Maru" ein Brand aus, im Februar 2007 wurde sie erneut durch einen Großbrand schwer beschädigt. Nach dem frühen Ende der Walfangsaison 2010/11 wurde die Nisshin Maru für Hilfstransporte in die vom Erdbeben und Tsunami zerstörten Gebieten eingesetzt.