Під час оборони Варшави у вересні 1939 року багато споруд на Фільтраційній станції (в тому числі Департамент швидких фільтрів, резервуари з чистою водою та повільні фільтри) були пошкоджені авіаційними бомбами. У пошкодженому трьома бомбами будинку Департаменту швидких фільтрів вода затопила прецизійні фільтраційні пристрої та електричні насоси. Через побоювання, що підтримання тиску в трубах може спричинити подальше пошкодження, в полудень 24 вересня водопостачання міста було перервано. Водогін відновив роботу 4 жовтня 1939 року за допомогою парових насосів. У цей день надійшло в мережу приблизно 20 % зазвичай вживаної води. Водопровідна мережа, пошкоджена в 586 місцях, була повністю наповнена водою в грудні 1939 року, а усунення пошкоджень на станції тривало до червня 1941 року. Протягом усієї німецької окупації сума плати за воду та користування каналізацією не змінювалася.