Rok szkolny 1938/39 rozpoczęto z opóźnieniem w październiku 1938. Na frontonie budynku ukazał się napis: PUBLICZNA SZKOŁA POWSZECHNA W BOCHOTNICY. Naukę rozpoczęło 216 dzieci w sześciu oddziałach, bowiem edukacja młodzieży wiejskiej w tamtych czasach kończyła się na klasie szóstej. W latach okupacji nauka w szkole odbywała się sporadycznie. Młodzież wykorzystywano najczęściej do prac zleconych kierownictwu szkoły przez okupanta, takich jak zbieranie ziół na herbatę dla więźniów w obozach, wykonywanie pakietów sanitarnych bądź też innych prac gospodarczych. W okresie nasilonych walk frontowych szkoła stanowiła koszary dla żołnierzy, lazaret i sztab dowódcy w pomieszczeniach mieszkalnych – dla oficerów Wermachtu i SS. Po wejściu Armii Czerwonej obok szkoły pochowano setki radzieckich żołnierzy. Ciała potem ekshumowano i umieszczono na cmentarzu żołnierzy radzieckich w Kazimierzu.