2004 Avrupa Futbol Şampiyonası'nda ceza almasından sonra, Cissé için bir sonraki turnuva Almanya'da düzenlenen 2006 FIFA Dünya Kupası'ydı. Ancak, Fransa'nın Çin ile 7 Haziran 2006 tarihinde oynadığı son hazırlık maçının onuncu dakikasında, Çin takımının kaptanı Zheng Zhi tarafından yapılan müdahaleyle yere düştü ve bacağı vücudunun altında kalarak kırıldı. Kazadan hemen sonra kırılmış olan kaval kemiği ameliyata alınarak onarıldı; ancak yaşadığı bu sakatlık sebebiyle kadrodan çıkartıldı. 2008 Avrupa Futbol Şampiyonası elemelerinde üç maçta görev alsa da finaller için Fransa kadrosunda yer bulamadı.