В 1574 году он предпринял экспедицию в Танжер, где безуспешно боролся с маврами. Когда в Марокко возникла борьба за престол, Себастьян явился на помощь изгнанному Абу Абдалле Мохаммеду. Его войско состояло из португальцев, испанских, итальянских и немецких наёмников. При Эль-Ксар-эль-Кебире войско Себастьяна было разбито, сам король погиб, но тело его не было найдено.