Malgré les succès militaires de Bonaparte en Italie, le régime est marqué par l'instabilité, la corruption et de graves problèmes financiers. Les Directeurs, souvent incapables de s'entendre, rendent difficile la prise de décisions, alors que le Parlement est le théâtre de violentes oppositions partisanes, comme ce fut le cas lors des coups d'État du 18 fructidor an V (4 septembre 1797) ou du 30 prairial an VII (18 juin 1799). Le Directoire a duré quatre années et prend fin avec le coup d'État du 18 brumaire (an VIII, 9 novembre 1799).