Joaquín ha debuttato con la Nazionale spagnola il 13 febbraio 2002, a Barcellona, in un'amichevole contro il Portogallo. Ha fatto parte della spedizione spagnola ai Mondiali di calcio del 2002, in cui sbagliò il rigore decisivo nei quarti di finale contro i padroni di casa della Corea del Sud. È stato inoltre convocato per gli Europei portoghesi del 2004 e per i Campionati del Mondo del 2006, pur se utilizzato con poca continuità.