Durante la finestra invernale di mercato fece rientro all'Inter, che lo riscattò per circa 23 milioni di euro. Nel girone di ritorno del campionato 2003-04 segnò 9 reti, contribuendo all'accesso ai preliminari di Champions League con il quarto posto in classifica. Nella stagione 2004-05 risultò il miglior marcatore nerazzurro, con 28 reti complessive: degna di nota la tripletta al Porto in campo europeo, nonché una doppietta alla Roma nella finale d'andata di Coppa Italia grazie a cui i meneghini ipotecarono il trofeo. Nel derby d'Italia con la Juventus del 20 agosto 2005, valido per l'assegnazione della Supercoppa nazionale, fornì a Verón l'assist per il gol decisivo.