Sans que l'on ait pu déterminer comment le codex Borbonicus était parvenu en Europe, la première mention de son existence date de 1778 : il se trouve alors à la Bibliothèque du monastère de l’Escurial en Espagne. Par la suite il aurait été dérobé soit lors de la Guerre d'indépendance espagnole (1808-1814), soit au moment de l'Expédition d'Espagne (1823), pour réapparaître en 1826 dans une vente publique en France. C'est alors que Pierre-Paul Druon, curateur de la bibliothèque de l'Assemblée nationale qui mène une politique d'achats de documents rares, l'acquiert pour la somme de 1 300 francs-or. Conservé depuis lors dans cette même bibliothèque, le codex Borbonicus a été officiellement désigné comme trésor national en 1960, et ainsi interdit de sortie du territoire français.