Pri nástupe vojenskej chunty k moci bola bezpečnostná situácia v krajine veľmi zložitá. Na začiatku svojej vlády v roku 1976 predstavil generál Videla plán, ktorý nazval Národný reorganizačný proces (Proceso de Reorganización Nacional). Počas tohto procesu došlo k zrušeniu všetkých perónistických inštitúcii, opozícia bola úplne potlačená, stávky a protesty zakázané. Vojaci začali riešiť tiež nepriaznivú ekonomickú situáciu štátu, do čela ministerstva financií bol armádou dosadený jeden z najbohatších Argentínčanov José Alfredo Martínez de Hoz. Ten nechal rýchlo znížiť mzdy, pričom toto zníženie bolo najväčšie v dejinách krajiny. Taktiež zmrazil mzdy štátnym zamestnancom a zvýšil dane. Tieto opatrenia pomohli ekonomike, keď export začal znova stúpať. Ale tvrdé ekonomické opatrenia boli možné iba vďaka silnej vojenskej represii. Hlavnou úlohou vojska však bolo zastaviť ľavicových teroristov tvorených viacerými ľavicovými skupinami, čo sa armáde za pomerne krátky čas z väčšej časti podarilo. Podiel na násilí však mali aj krajne pravicové skupiny vedené pravicovými Perónistami, ktoré boli tiež cieľom armády. Potlačenie tejto hrozby však bolo vďaka nebývalej brutalite vojakov, ktorí zabíjali všetkých bez ohľadu na vek, či skutočné členstvo v nejakej teroristickej skupine. Vojna proti teroristom sa však rýchlo zmenila na prenasledovanie kohokoľvek, kto nesúhlasil s režimom, alebo mal ľavicové názory. Začala sa tzv. Špinavá vojna (Guerra Sucia), ktorá je do súčasnosti veľkou traumou pre celú Argentínu. Počas tejto doby zmizli tisíce ľudí, ktorí boli zavraždení v špeciálnych táboroch či väzeniach, časť z nich dokonca vojaci vyhadzovali z lietadiel nad oceánom. Stovkám obetí, ktoré ozbrojené sily zavraždili, boli odobraté malé deti, ktoré si do tzv. prevýchovy zobrali prívrženci vojenského režimu.