Peru Selatan dibentuk setelah wilayah Republik Peru dibagi menjadi Republik Peru Utara dan Selatan. Dua republik ini didirikan pada tahun 1836 sebagai negara bagian konfederasi tersebut. Namun, konfederasi ini dibubarkan tiga tahun kemudian akibat kekalahannya dalam Perang Konfederasi melawan Chile. Pada Agustus 1839, Agustín Gamarra secara resmi menyatakan pembubaran konfederasi, sehingga Republik Peru Utara dan Selatan kembali bersatu.