С 1842 года участвует в гражданской войне на стороне либеральной коалиции уругвайских «колорадос» и , при поддержке Великобритании и Франции, против коалиции консерваторов — уругвайских «бланкос», сторонников бывшего уругвайского президента Мануэля Орибе, и аргентинских «федералистов» каудильо Хуана де Росаса. По предложению президента Уругвая Фруктуосо Риверы, Гарибальди принял командование над уругвайским флотом — фактически небольшой каперской флотилией, которую он вынужден был уничтожить, чтобы не допустить её захвата аргентинским флотом. В 1843 году сформировал , во главе которого успешно действовал при и в (8 февраля 1846 года). Униформой легионеров стали красные рубахи, самих их называли «краснорубашечники». Эти форма и прозвище закрепятся за солдатами Гарибальди и в последующих кампаниях.