Er absolvierte 1984 die "Marineakademie „Nikola Jonkow Wapzarow“" in der Stadt Warna, Bulgarien, mit Master-Abschluss im Fach „Nautik für die Marine“ als Jahrgangsbester. Bojan Mednikarow trat in die Bulgarische Marine als Leutnant zur See und als Kommandeur eines Flugkörperschnellbootes im Rahmen der Leichten Marinebrigade in der Stadt Sozopol, Bulgarien ein. Es folgten Beförderungen zum stellvertretenden Schiffskommandant, Schiffskommandant, Kommandeur einer taktischen Gruppe von Schiffen, Stabschef der Division Schiffe.