โชคชะตาของเยอรมนีในช่วงสงครามได้พลิกให้กลายเป็นความเสียเปรียบใน ค.ศ. 1942 โดยเฉพาะอย่างยิ่งด้วยความพินาศย่อยยับจากยุทธการที่สตาลินกราด ที่มันชไตน์ได้ล้มเหลวในการบังคัญชาเพื่อการบรรเทาวงล้อม (ปฏิบัติการพายุฤดูหนาว) ในเดือนธันวาคม ต่อมาได้เป็นที่รู้จักกันคือ "การตีหลังมือ" (backhand blow) มันชไตน์ได้ทำโจมตีตอบโต้กลับในยุทธการที่คาร์คอฟครั้งที่ 3 (กุมภาพันธ์–มีนาคม ค.ศ. 1943) ได้เข้ายึดชิงดินแดนที่สำคัญกลับคืนและส่งผลทำให้เกิดการล้างผลาญของกองทัพโซเวียตไปสามกองทัพและการล่าถอยไปอีกสามกองทัพ เขาได้เป็นหนึ่งในผู้บัญชาการหลักที่ยุทธการที่คูสค์ (กรกฎาคม–สิงหาคม ค.ศ. 1943) หนึ่งในการรบของรถถังที่ใหญ่ที่สุดในประวัติศาสตร์ ด้วยความไม่ลงรอยกันอย่างต่อเนืองของเขากับฮิตเลอร์ในการดำเนินสงครามต่อไปจนทำให้เขาต้องถูกปลดออกในเดือนมีนาคม ค.ศ. 1944 เขาไม่ได้รับคำสั่งอีกเลยและถูกจับกุมเป็นเชลยโดยอังกฤษในเดือนสิงหาคม ค.ศ. 1945 หลายเดือนหลังความพ่ายแพ้ของเยอรมนี