В течение этого периода Тракстон вступал в спор за пост командующего «Констеллейшн» и с Ричардом Дейлом. В 1800 году он несколько месяцев командовал фрегатом «Президент», а вскоре после этого ушёл в отставку, поселившись сначала в (штат Нью-Джерси), а затем в Филадельфии. В 1801 году, во время Первой берберийской войны, ему была предложена должность командира на корабле, однако он отказался.