Prusia y Rusia forjaron una nueva alianza (Cuarta Coalición) y atacaron a la Confederación. Napoleón derrotó al ejército prusiano en Jena y Auerstädt (1806) y al ruso en Friedland. En julio de 1807 estableció el Tratado de Tilsit con el zar Alejandro I, por el que se redujo el territorio de Prusia. Además, Westfalia, gobernado por su hermano Jerónimo, y el Gran Ducado de Varsovia, entre otros estados, pasaron a formar parte del Imperio.