L'histoire de la région de Kidal est marquée par toutes les rébellions touarègues du Mali (1962-1964, 1990-1996, 2006, 2007-2009 et 2012). La région administrative est créée le par décret, à la suite de la promulgation du Pacte National conclu entre le gouvernement du Mali et les mouvements et fronts unifiés de l'Azawad . Ce Pacte fit suite à un premier cessez-le-feu dit accords de Tamanrasset signés le après la rébellion de 1990.