הצי השני הוקם במסגרת הארגון מחדש של הצי האמריקני לאחר מלחמת העולם השנייה. משימתו העיקרית הייתה תמיכה בפעילות נאט"ו ובפעילות הצי השישי. במהלך משבר הטילים בקובה ב-1962 מימש הצי השני את ההחלטה על הטלת סגר ימי על קובה. במבצע זעם דחוף ב-1983 פיקד מפקד הצי השני ג'וזף מטקלאף על כוח המשימה המיוחד שריכז תחתיו את כלל הכוחות הצבאיים שנטלו חלק במבצע. הצי השני השתתף בפעילות מלחמתית גם במלחמת המפרץ ובמלחמת עיראק. כוחות הצי השתתפו בפעילות הומניטרית בעקבות הוריקן קתרינה והוריקן אייק. בעקבות ירידת כוחה של ברית המועצות ורוסיה הופחתו כוחות הצי עד שהוא פורק ב-2011.