Durante a Guerra Civil da Guatemala (1960-1996) as forças estatais efetuaram atrocidades violentas contra os povos maias. O governo considerava os maias como estando alinhados com os rebeldes comunistas, que às vezes estavam mas muitas vezes não estavam. As forças armadas da Guatemala realizaram três campanhas que têm sido descritas como genocídio. A primeira foi uma política de terra queimada que também foi acompanhada por assassinato em massa, incluindo o recrutamento forçado de meninos maias para o serviço militar, onde eram, por vezes, forçados a participar em massacres contra as suas aldeias natais. A segunda foi para caçar e exterminar aqueles que haviam sobrevivido e escapado do exército e a terceira foi a transferência forçada de sobreviventes para "centros de reeducação" e a busca contínua daqueles que tinham fugido para as montanhas. As forças armadas usaram estupro genocida de mulheres e crianças como uma tática deliberada. As crianças eram espancadas até a morte batendo-as contra paredes ou lançando-as vivas em valas comuns onde seriam esmagadas pelo peso de um adulto morto jogado em cima delas. Estima-se que 200.000 pessoas, a maioria delas maias, desapareceram durante a guerra civil guatemalteca. Depois dos acordos de paz de 1996, um processo legal foi iniciado para determinar a responsabilidade legal das atrocidades e para localizar e identificar os desaparecidos. Em 2013, o ex-presidente Efraín Ríos Montt foi condenado por genocídio e crimes contra a humanidade e foi sentenciado a 80 anos de prisão. Dez dias depois, o Tribunal Constitucional da Guatemala anulou a condenação.