A inicios de junio de 2019 firma un contrato con el club hispalense por tres temporadas. En su primera temporada al frente del Sevilla, terminó la Liga en la cuarta posición, empatado a puntos con el 3º, y a nivel individual, fue el ganador del Premio Miguel Muñoz al mejor entrenador del Campeonato Nacional de Liga de Primera División. En competición europea, el 21 de agosto de 2020 se proclamó campeón de la Europa League tras derrotar al Inter de Milán por tres goles a dos en el estadio Köln situado en la ciudad de Colonia. En la final de la Supercopa de Europa, el equipo sevillista quedó subcampeón tras una disputadísima y luchada final contra el Bayern de Múnich (1-2).