В 1844 году Илинский был арестован в Константинополе по просьбе российского правительства по обвинению в сотрудничестве с Михаилом Чайковским, в это время формировавшим казачье войско для защиты польской идеи. Чтобы избежать суда, он согласился принять ислам под именем Мехмет Искендер. После принятия ислама был немедленно освобождён и принят в турецкую армию майором под именем Искандер-Бег. В 1848—1849 годах снова был помощником Бема, на этот раз во время революции в Венгрии. После служил в Румелии под началом Омера Лютфи-Паши.