La situación en estos años es más de crisis que de buenos resultados. Coincidió esta época con la crisis económica de finales del reinado de Isabel II, pero también con el desprestigio de esta entre amplios sectores de la sociedad española. En 1868 estalló la Revolución gloriosa y con ella el Sexenio Revolucionario: Tras la victoria de los sublevados en Alcolea, la reina tuvo que marchar al exilio y se constituye un gobierno provisional. En los siguientes cinco años tuvieron lugar el reinado de Amadeo I, la proclamación de la I República, el estallido de la rebelión cantonal y una inestabilidad política constante. Para 1875 finalmente se produjo la restauración de la monarquía borbónica en la persona de Alfonso XII. Esta agitada vida política se reflejó también en las cuentas y el devenir de la compañía. Así, en 1865 la compañía comienza a tener serias dificultades financieras, que son empeoradas por la lucha salvaje llevada contra la Compañía del Norte, pero sobre todo tras la crisis económica que sufrió la compañía en 1868 y que puso en riesgo la supervivencia de la compañía. Al año siguiente llegó a la dirección de la compañía Cipriano Segundo Montesino, primer español en este cargo y que lograría reflotar la empresa: consigue rectificar la situación y salva la compañía.