בסוף שנות ה-80 עוצמת היחסים הדו-צדדיים פחתה; את תשומת ליבם של הציבור והפוליטיקאים הפינים משכה רק פעילות האופוזיציה האנטי-קומוניסטית וקריסת המשטר בנובמבר 1989. היחסים ההדדיים השתנו; נערכו יותר מגעים ברמה הרשמית כמו גם בחיי היומיום. במאי 1991 ביקר הנשיא ואצלב האוול בפינלנד במהלך הסיור שלו ב. חלוקת צ'כוסלובקיה התקבלה על ידי הציבור הפיני בהבנה. ביוני 2005 ערך נשיא צ'כיה ואצלב קלאוס ביקור ממלכתי בפינלנד. בשנת 2008 ביקר ראש הממשלה מאטי ואנהאנן בצ'כיה, חמש שנים לאחר מכן ביקר ראש ממשלת צ'כיה פטר נצ'אס בפינלנד ובשנת 2018 ביקר בפינלנד ראש הממשלה אנדריי באביש.