Au poste de conseiller à la sécurité nationale, il contribua à la politique étrangère de l'administration Clinton devant conseiller le président des suites de l'attentat des tours de Khobar en Arabie saoudite, sur le bombardement de l'Irak en décembre 1998, sur le bombardement en ex-Yougoslavie de mars à juin 1999, sur les réponses à donner aux attaques des ambassades américaines en 1998 au Kenya et en Tanzanie et sur la politique d'engagement de l'administration américaine vis-à-vis de la Chine. Il fut aussi un des acteurs importants du sommet de Camp David II en juillet 2000. Il a notamment déclaré en parlant des États-Unis que c'était la « première puissance d’envergure mondiale de l’histoire qui ne soit pas un empire ».