A pesar de todos los rumores finalmente no fue traspasado y permaneció en el equipo en la temporada 2012-13, con Mauricio Pellegrino como entrenador. Empezó a tener cierta continuidad, tras las lesiones de Éver Banega y Fernando Gago. Con la llegada del técnico Ernesto Valverde tuvo más minutos y se hizo con el puesto de titular indiscutible. Marcó su primer gol oficial como valencianista en Copa el 11 de diciembre de 2012 ante el Osasuna con un tiro libre por la escuadra, y su primer gol liguero fue el 20 de abril en Mestalla abriendo la goleada 5-1 ante el Málaga en la 32ª jornada.