Under sommaren 2009 valdes Ekbom av Pittsburgh Penguins i den sjätte rundan som 181:e spelare totalt i NHL-draften. Den efterföljande säsongen var Ekbom ordinarie i Linköping, han lånades dock åter ut till IK Oskarshamn i januari 2010, för vilka han producerade två mål på tre spelade matcher. Totalt 47 grundseriematcher för Linköping och stod för två assistpoäng. I SM-slutspelet slogs laget ut i semifinalserien mot Djurgårdens IF med 4–1 i matcher. Säsongen 2010/11 kom att bli Ekboms sista med Linköping. I den första matchen i SM-slutspelet ådrog han sig en skada och missade resten av slutspelet.