В 2000 году Мора во второй раз принял участие в розыгрыше Золотого кубка КОНКАКАФ. На турнире он сыграл в матчах против команд Канады, Гватемалы и Тринидада и Тобаго. В поединке против гватемальцев Эмилио забил свой первый гол за национальную команду.