«Высшее командование» является идеологическим противником Исламского государства — «Высшее командование» выступает за светское государство в международно признанных границах Ирака, в то время как ИГ стремится создать салафитский халифат на территории нескольких государств. Ад-Дури осуждал действия ИГ по изгнанию христиан из Мосула и преследованию езидов, «Армия людей накшбандийского ордена» запрещает своим бойцам нападать на гражданских лиц независимо от их этнической и религиозной принадлежности. Однако объединяющая их ненависть к США и иракскому правительству заставляла их в ряде случаев сотрудничать. Так, «Высшее командование» вместе с ИГ принимало участие в штурме Мосула в ходе летнего наступления ИГ на севере Ирака в 2014 году.