С 27 по 29 августа корпус на кораблях Балтийского флота был эвакуирован в Ленинград (см. Таллинский переход). Несмотря на большие потери в двухмесячных боях в Прибалтике и при переходе на море, корпус генерала Николаева сохранил боеспособность, и сразу же вошёл в состав Ленинградского фронта. В сентябре был назначен на должность заместителя командующего, а 24 октября — на должность командующего 42-й армией, которая вела оборонительные бои на подступах к Ленинграду, а затем более двух лет оборонялась внутри кольца блокады Ленинграда.