I februar 1969 blev Yasser Arafat valgt til formand for PLO, og den næste tid blev ikke nem for ham. Allerede i 1970 led PLO store tab ved et angreb på organisationens væbnede styrker i Jordan. Den jordanske konge og regering var bekymret, fordi PLO var i færd med at overtage magten og valgte at slå til militært inden, at det var for sent. Denne begivenhed blev siden kendt som Sorte September.