В ноябре 1943 года генерал-майор Куропатенко был освобожден от должности по болезни и направлен на лечение в Кисловодский санаторий. В конце января 1944 года командирован на учебу в Высшую военную академию им. К. Е. Ворошилова. После окончания ее краткосрочных курсов 19 августа 1944 года назначен командиром 71-й гвардейской стрелковой дивизии, входившей в состав 2-го гвардейского стрелкового корпуса 6-й гвардейской армии 1-го Прибалтийского фронта. Части дивизии под его командованием принимали участие в освобождении Прибалтики, в Рижской и Мемельской наступательных операциях. В начале ноября 1944 года переведен на должность командира 9-й гвардейской стрелковой дивизии этих же армии и фронта. С декабря 1944 года по 29 марта 1945 года находился на излечении в санатории города Сочи, затем состоял в распоряжении Военного совета 1-го Белорусского фронта. В мае 1945 года назначен заместителем командира 80-го стрелкового корпуса 61-й армии.