Para la temporada 2016-17, Cristiano regresaba de conseguir el primer título internacional en la historia de Portugal, pero en la final ante Francia había sufrido una lesión, por lo que se perdió la Supercopa de Europa ante el Sevilla. Por la Liga, se convirtió en el máximo goleador de la historia del derbi madrileño luego de anotarle un triplete al Atleti, con 18 goles. El 15 de diciembre alcanzó los 500 goles a nivel clubes, luego de convertirle al América por el Mundial de Clubes. En la final del torneo, anotó un triplete al Kashima Antlers para la victoria por 4 a 2, que lo llevó a finalizar como el máximo goleador del torneo y como el mejor jugador. Para inicios del 2017, ganaría su quinto Balón de Oro, y el primer FIFA The Best, una resurrección del antiguo Jugador Mundial de la FIFA.