Nach der sowjetischen Besetzung Estlands diente es von 1940 bis 1979 als U-Boot der sowjetischen Marine. Im Verlauf des Zweiten Weltkriegs nahm die "Lembit" zusammen mit anderen Schiffen der Baltischen Flotte an der Evakuierung von Tallinn teil. 1994 wurde das U-Boot der estnischen Marine zurückgegeben. Bis zum 19. Mai 2011 trug es den Ehrentitel „Estnisches Militärschiff Nr. 1“.