Po vzniku Izraele byl Peres v roce 1952 jmenován náměstkem generálního ředitele ministerstva obrany a roku 1953, se ve věku 29 let stal vůbec nejmladším člověkem, který byl jmenován na post generálního ředitele ministerstva obrany. Měl na starosti nákup zbraní a navazování strategických spojenectví, která byla pro nově vzniklý stát velmi důležitá. Díky Peresovu zprostředkování získal Izrael vyspělé francouzské bojové stíhací letouny Dassault Mirage III, postavil jaderný reaktor v Dimoně a v roce 1956 společně s Francií a Spojeným královstvím dojednal tajnou trojstrannou dohodu, na jejímž základě byla téhož roku zahájena Sinajská válka.