Während der erfolgreichen Qualifikation für die WM 2002 in Japan und Südkorea ließ ihn Trainer Mick McCarthy schließlich in wichtigen Spielen wie gegen die Niederlande und Portugal antreten. Da jedoch in letzter Konsequenz Steve Staunton und Gary Breen in der Innenverteidigung den Vorzug erhielten, blieb Dunne beim Turnier selbst – obwohl Teil des Kaders – unberücksichtigt. Auch im Anschluss an die Weltmeisterschaft blieben Dunnes Perspektiven noch verhalten, denn der neue Trainer Brian Kerr bevorzugte den aufstrebenden John O’Shea sowie Kenny Cunningham in den Qualifikationspartien zur Euro 2004 in Portugal, die letztlich verpasst wurde. Erst ab den letzten drei Pflichtspielen vor der WM 2006 in Deutschland war Dunne regelmäßig dabei, darunter bei einer nahezu vorentscheidenden 0:1-Heimniederlage gegen Frankreich.