Nel 1797 a causa della Campagna d'Italia napoleonica, tutto il contingente dell'allevamento venne obbligato a una marcia di 40 giorni verso Stuhlweissenburg, presso il lago Balaton. Dopo i danni del terremoto del 1802, che devastò edifici e scuderie, i cavalli e il personale dovettero fuggire ancora nel 1805 e nel 1807 per fronteggiare l'avanzata delle truppe napoleoniche. Quando nel 1815, dopo il Congresso di Vienna, i Lipizzani poterono ritornare a Lipizza, non erano più i cavalli sani e resistenti di un tempo.