Der Nordmali-Konflikt wurde akut, nachdem zahlreiche schwer bewaffnete Söldner und Islamisten aus dem Krieg in Libyen nach Mali kamen und sich mit den Tuareg-Rebellen verbündeten. Im Januar 2012 griffen Tuareg-Verbände das malische Militär im Nordosten des Landes an, drei Monate später hatten sie den gesamten Norden unter ihre Kontrolle gebracht und erklärten das von ihnen beherrschte Gebiet für unabhängig. Die Armee Malis hatte den Rebellen nichts entgegenzusetzen, immerhin besaß sie die Kraft, den Präsidenten aus dem Amt zu putschen. Im März 2012 wurde die Regierung von einer Gruppe niederrangiger Offiziere um Hauptmann Amadou Sanogo für gestürzt und Präsident Amadou Toumani Touré für abgesetzt erklärt. Die Putschisten begründeten ihr Vorgehen mit der Unfähigkeit der Regierung, den seit Mitte Januar 2012 andauernden Aufstand der Tuareg-Rebellen der Nationalen Bewegung für die Befreiung des Azawad (MNLA) in der Region Azawad im Norden des Landes unter Kontrolle zu bekommen. Der UN-Sicherheitsrat, die Afrikanische Union und die EU-Außenbeauftragte Catherine Ashton verurteilten den Staatsstreich und belegten die Militärjunta mit Sanktionen; Entwicklungshilfe wurde vorübergehend eingestellt. Demgegenüber nahm die Bevölkerung den Putsch gelassen hin, es kam sogar zu Solidaritätskundgebungen mit den Putschisten.