Sau khi quân Mỹ đổ bộ vào Bắc Phi, chính quyền thực dân Pháp tại Bắc Phi được chuyển thuộc lực lượng Pháp quốc Tự do. Khi Ủy ban Giải phóng Quốc gia Pháp ("Comité français de Libération nationale" - CFLN) được thành lập, Léon Pignon được bổ nhiệm vào Ủy ban Thuộc địa. Sau khi quân Đồng minh tiến vào Paris và Chính phủ lâm thời Cộng hòa Pháp được thành lập, ông được được bổ nhiệm làm giám đốc Ban Đông Dương thuộc Pháp trong cơ quan chính trị của Bộ Thuộc địa.