Luego de la muerte del presidente Perón en 1974 y con el inicio del terrorismo de Estado llevado adelante por la Alianza Anticomunista Argentina (Triple A), Guillermina Garmendia fue expulsada de la universidad. El 24 de marzo de 1976 tomó el poder una dictadura que generalizó y sistematizó el terrorismo de Estado. Garmendia se encontraba entre las personas que podían resultar víctimas de desaparición forzada y pocos días antes de que su casa fuera allanada y todos sus libros quemados, abandonó el país con toda su familia. Su sobrino y dirigente estudiantil, Ángel Mario Garmendia, con quién mantenía una relación de afecto profundo e identificación ideológica, fue detenido-desaparecido en Tucumán en 1977, siendo una de las víctimas por las que fue condenado el represor Luciano Benjamín Menéndez.