En 1589, après l'assassinat d', il devient le deuxième personnage du royaume. Il est le premier à reconnaître tout naturellement son cousin pour roi et participe à ses côtés aux batailles contre la Ligue et plus particulièrement à Ivry. Nommé gouverneur d'Auvergne, de Paris et du Dauphiné en 1595. Cet homme sourd et bègue est mentionné comme un candidat pour le trône de France à la mort du cardinal de Bourbon en 1590.