Ia berpartisipasi dalam Pertempuran Yarmuk, Pertempuran Al-Qadisiyyah, dan Pertempuran Jalula. Setelah Pengepungan Utsman dan kematian Utsman, Ibnu Hudaij menyerukan pembalasan. Pada tahun 658, dia membunuh Muhammad bin Abu Bakar. Pada saat itu, ia adalah seorang tentara pro-Umayyah dan dikatakan telah bertengkar dengan tahanan dan membunuhnya di luar kendali. Ibnu Hudaij sangat marah pada Muhammad bin Abu Bakar sehingga dia memasukkan tubuhnya ke dalam kulit keledai yang sudah mati dan membakar kedua mayat itu bersama-sama, sehingga tidak ada yang bisa selamat dari musuhnya. Ia menempatkan pasukan di daerah Kairouan (654 - 665) dan melakukan operasi melawan Hadrumetum di wilayah Tacape (Teluk Gabès). Ia melakukan penggerebekan di Sisilia pada 44 H (666). Ia diangkat sebagai gubernur Barqah (Kirenaika) pada 47 H (669).