1773 kam Perrée als Schiffsjunge auf das Handelsschiff „Glorieuse“, das sein Vater kommandierte. Bis 1793 diente Perrée in der französischen Handelsmarine. Er wurde zum Lotsen ausgebildet und 1785 zum Kapitän ernannt. Perrée wurde bald schon ein Anhänger Napoleons und meldete sich zu Beginn des ersten Koalitionskriegs zur Kriegsflotte.