1803년에 브리그선 〈아르고스 호〉("USS Argus")의 함장으로 취임하여, 제1차 바르바리 전쟁을 위해 지중해에 다녀왔다. 전투 지역에 들어가면서 디케이터는 스쿠너 〈엔터프라이즈 호〉(USS "Enterprise")를 지휘하였고, 12월 23일에 적의 케치, 〈마스티코 호〉("Mastico")를 붙잡는다. 마스티코는 미국 해군에서 〈인트리피드 호〉(USS "Intrepid")로 바뀌었고, 디케이터는 용맹하게 1804년 2월 16일에 트리폴리 항구에 야습을 실시해, 튀니지 해안에서 좌초되어, 튀니스 만에 붙잡여 있는 〈필라델피아 호〉(USS "Philadelphia")를 파괴했다. 호레이쇼 넬슨 제독은 그 야습을 "시대의 가장 대담하고 용감한 행위"라고 평했다고한다.