Ab 18. September 1944 führte er dann als Kommandeur die 1. Panzer-Division. Die Division stand zu diesem Zeitpunkt in den Karpaten und zog sich dann nach Ungarn zurück, um bei der Schlacht um Budapest zu kämpfen. Am 1. Januar 1945 erfolgte seine Beförderung zum Generalmajor. Im März 1945 war die Division bis in den östlichen Ausläufer des Alpenraums (Wechselgebiet) zurückgedrängt worden und war in der Plattenseeoffensive eingebunden. Am 1. Mai 1945 soll Thunert noch zum Generalleutnant befördert worden sein und ging mit der Division am 8. Mai 1945 an der Enns in amerikanische Kriegsgefangenschaft.