Zollikofer kam 1752 in das kursächsische Kadettenkorps in Dresden. Am 22. Februar 1754 wurde er als Kornett in das Leibkürassier-Regiment der sächsischen Armee versetzt. Während des Siebenjährigen Krieges kämpfte er bei der Belagerung Pirnas. Nach der Kapitulation der sächsischen Armee nahm er am 23. Oktober 1756 seinen Abschied, ging am 6. November 1756 in preußische Dienste und kam als Kornett in das Regiment der Gardes du Corps mit Patent vom 3. November 1756. Zollikofer kämpfte in den Schlachten bei Prag, Roßbach, Leuthen, Zorndorf, Liegnitz, Torgau, Burkersdorf und Hochkirch. Am 26. Mai 1762 wurde er zum Leutnant befördert.