Die "Finca La Helvetia" in Retalhuleu war Eigentum von Roberto Alejos Arzú, einem engen Freund Idígoras'. Am 13. November 1960 rebellierten die Truppen der "Fuerte de Matamoros", um eine Invasion auf Kuba zu verhindern. Dieser gescheiterte Putschversuch markiert den Anfang des guatemaltekischen Bürgerkrieges. 1962 werden die "Furezas Armadas Revoluciónarias" (FAR) gegründet. Idigoras ordnete Luftangriffe auf mexikanische Fischerboote an, welche in den Hoheitsgewässern von Guatemala fischten. Seine Regierung untermauerte die Ansprüche Guatemalas auf Belize mit deutlichen militärischen Drohungen und ließ einige Ortschaften nach Kriegern benennen: Pedro de Alvarado, den letzten König der Quiché Tecun Uman, Melchor de Mencos.