Né le à Zoug de deux parents belges qui se sont connus en Suisse, Joren Van Pottelberghe commence à patiner à l’âge de trois ans grâce à sa marraine, avant d’intégrer le mouvement junior du EV Zoug. En 2013, à l’âge de 16 ans, il quitte la Suisse pour rejoindre les juniors du Linköping HC, en Suède. Il gravit peu à peu les échelons dans son club suédois. Au terme de la saison 2014-2015, il est sélectionné par la Suisse pour disputer le championnat du monde des moins de 18 ans qui se déroule à Zoug et Lucerne. Avec la Suisse, il termine à la quatrième place du tournoi. Quelques semaines plus tard, il est repêché au tour ( au total) par les Red Wings de Détroit à l’occasion du repêchage d'entrée dans la LNH. La saison 2015-2016 est sa dernière avec les juniors de Linköping. Durant cette saison, il est également sélectionné pour jouer son premier championnat du monde junior. D’abord remplaçant, avec Ludovic Waeber, de Gauthier Descloux, il profite des déboires de ses concurrents, pourtant plus âgés, pour prendre la place de titulaire et aider son équipe à se maintenir en division élite.