しかし、チーム運営をめぐるトラブルが次々と発生した。チームとしてはモナコGPではチームオーダー疑惑が浮上をきっかけにトラブルが目立ち始める。アロンソはベルギーGPまでの全戦でポイントを獲得するなど好調ではあったが、ハミルトンのデビューから3戦連続表彰台の時点でランキングで後れを取り、カナダGPで初優勝すると両ドライバーの関係は微妙なものとなった。その象徴としてハンガリーGP予選ではアロンソがハミルトンのラストアタックの機会を妨害したとして（ただ、ロン・デニスによればハミルトンがチームからの無線による指示を無視しアロンソを先行させなかったことが原因としている）、チームに同GPのコンストラクターズポイントを無効とするペナルティが課せられた。そのうえ、ベルギーGP前には、マクラーレンのフェラーリに対する産業スパイ疑惑に対して、この年のコンストラクターズ全ポイントを無効とする厳罰が下され、確実視されていたコンストラクターズタイトルを失うことになった（結果的には見れば、フェラーリの204ポイントに1ポイント及ばなかった実質2位となったものの、イタリアGP終了時点では、コンストラクターズタイトルはマクラーレンが先行しており、しかも、ハンガリーGPの剥奪ポイントも含めた両ドライバーの単純合計では218ポイントで、理論上コンストラクターズタイトルを獲得していたこととなる）。