"Scamnum" ist lateinisch für "Sandbank". Wahrscheinlich war eine Sandbank im Tuggenersee für Schänis namensgebend. In alten Dokumenten ist der Ort als "Skennines", "Scandensis" und "Scennies" aufgeführt. Die Geschichte des Dorfes ist eng mit derjenigen des adligen Damenstifts verbunden. 1438 ging die Hohe Gerichtsbarkeit über Schänis mit dem Stift in die Hände von Schwyz und Glarus über. Das Dorf bildete eine der sechs Tagwen in der Vogtei Gaster und bildete dessen Hauptort, da hier die Landsgemeinden stattfanden und sich das Amtshaus befand. Am 29. April 1610 wurde das Dorf mit Kirche und Stift durch ein verheerendes Feuer zerstört. 1798 gingen die Herrschaftsrechte des Stifts an die Gemeinde über. Die Stiftskirche ging an die Kirchgemeinde Schänis. Während der Helvetik wurde die heutige Gemeinde Schänis innerhalb des Kantons Linth geschaffen, indem die Ortsgemeinden Schänis, Rütiberg, Dorf, Rufi und Maseltrangen zusammengefasst wurden. Das ehemalige Amtshaus und Rathaus von Schänis ging wie die Stiftsgebäude an die Familie Gmür. Während der Zweiten Schlacht um Zürich kam es 1799 bei Schänis zu Kämpfen zwischen französischen und österreichischen Truppen, bei denen der kaiserlich-königliche Feldmarschallleutnant Friedrich von Hotze den Tod fand. Seit 1831 war Schänis Hauptort des Bezirkes Gaster im Kanton St. Gallen.