W pierwszych dniach września 1939 na fabrykę przy ul. Zamoyskiego spadły bomby, ale nie poczyniły większych szkód. Uszkodzone zostały m.in. magazyn przy ul. Wierzbowej oraz sklep na rogu ul. Pięknej i Marszałkowskiej. Kontynuację produkcji umożliwiały zapasy m.in. ziarna kakaowca, poczynione przed wojną. Zapasy te zasiliły wszystkie dopuszczone do produkcji fabryki czekolady w Generalnym Gubernatorstwie. W latach 1940–1944 warszawska fabryka przy. Zamoyskiego pracowała także dla potrzeb okupanta niemieckiego. Pracownicy otrzymywali od właściciela deputaty żywnościowe. Jan Wedel wspomagał także rodziny wysyłające paczki do bliskich w oflagach.