En 1941, durante la ocupación alemana, el retablo desmantelado fue enviado al Tercer Reich por orden de Hans Frank, el gobernador general de esa parte de la Polonia ocupada. Fue recuperado en 1946 en Baviera, escondido en el sótano del castillo de Nuremberg que había sido fuertemente bombardeado. El Altar Mayor se sometió a importantes trabajos de restauración en Polonia y fue puesto de nuevo en su lugar en la Basílica 10 años después.