Son nom était entouré d'un grand éclat scientifique quand, en 1797, Bonaparte revint de la campagne d'Italie et se plut à paraître à l'Institut, et surtout à la classe des sciences. Il rechercha Prony et Madame de Prony, que sa naissance et l'éducation avaient toujours tenue en relation avec la noblesse, fut reçue avec amitié par Joséphine de Beauharnais. À la mort d'Antoine Chézy, Prony fut nommé directeur de l'École des ponts et chaussées. C'est en cette qualité que, en , il alla en compagnie de Sganzin visiter le département de la Vendée, à l'effet d'étudier les mesures à prendre pour assécher les marais poitevins, pour canaliser la Sèvre, et pour améliorer les ports. En 1798, il succède à Lamblardie à la direction de l'École des ponts et chaussées et il le reste jusqu'à sa mort soit pendant .