Ένας ισχυρός σεισμός ισοπέδωσε τη Μεσσήνη (1783) και χρειάστηκε να περάσουν πολλές δεκαετίες για να επανέλθει η φυσιολογική ζωή, ήταν από τις πρώτες πόλεις που ξέσπασε η επανάσταση για την Ιταλική Ενοποίηση (1847) αλλά οι Βουρβόνοι την κατέστειλαν εύκολα. Τα στρατεύματα του Τζουζέπε Γκαριμπάλντι μπήκαν στη Μεσσήνη (1860) και η πόλη μαζί με ολόκληρη την Σικελία ενώθηκαν με το Βασίλειο της Ιταλίας (1861). Ο Τζιουζέπε Ματσίνι μια σημαντική μορφή της Ιταλικής ενοποίησης καταγόταν από τη Μεσσήνη και είχε εκλεγεί βουλευτής στο Κοινοβούλιο της πόλης (1866). Ένας άλλος ισχυρός κατέστρεψε την πόλη (16 Νοεμβρίου 1894), στις αρχές του 20ού αιώνα ισχυρός σεισμός και τσουνάμι θανάτωσαν 75 έως 200 χιλιάδες ανθρώπους (28 Δεκεμβρίου 1908), στον πλέον πολύνεκρο σεισμό στην ευρωπαϊκή ιστορία. Η πόλη οικοδομήθηκε ξανά τα επόμενα έτη. Η Μεσσήνη δέχθηκε σκληρούς βομβαρδισμούς από τις Συμμαχικές Δυνάμεις όταν ξέσπασε ο Β΄ Παγκόσμιος Πόλεμος (1943). Αποζημιώθηκε με το «Χρυσό Μετάλλιο Στρατιωτικής Τιμής», που την βοήθησε στις προσπάθειές της για ανασυγκρότηση. Τον Ιούνιο του 1955 έγινε εκεί η διάσκεψη των Υπουργών Εξωτερικών της Δυτικής Ευρώπης, κατόπιν δημιουργήθηκε η Ευρωπαϊκή Οικονομική Κοινότητα.