Durant les , l'abbaye est victime de nombreuses exactions menées au cours des révoltes et guerres. En 1525, durant la Révolte des paysans, l'abbatiale est profanée puis incendiée. Il en coûte à la communauté environ trois cents florins de dépenses pour se rééquiper en mobilier ou en bétail. En 1620, c'est la guerre de Trente Ans qui vaut au monastère d'être incendié et détruit. Il reste à l'état de ruine durant cinquante ans, avant d'être rebâti en 1671. Mais, inquiètes des mouvements de troupes durant les guerres de Louis XIV en 1673, les religieuses se réfugient à Haguenau.