בשנת 1796 מת חמיה ויטוריו אמדאו השלישי, מלך סרדיניה, ובעלה הוכתר כקרלו אמנואלה הרביעי, מלך סרדיניה. בעקבות תבוסת צבא סרדיניה על ידי נפוליאון, נאלץ קרלו אמנואלה להסכים לתנאי חוזה פריז מ-1796 שאיפשרו לנפוליאון מעבר חופשי בשטח הממלכה. ב-6 בדצמבר 1798 כבש הגנרל המהפכני הצרפתי ברתלמי קתרין ז'ובר את טורינו, וגירש ממנה את קרלו אמנואלה וקלוטילד, שנמלטו אל האי סרדיניה, וויתרו על נחלותיהם ביבשת. בעת שהותם בסרדיניה ניהלה למעשה קלוטילד את הממלכה, ותמכה בבעלה כל העת שלא יתפטר מתפקידו לטובת אחיו. בספטמבר 1800 עזבו קרלו אמנואלה וקלוטילד את סרדיניה לפירנצה, משום שהברית הרוסית-אוסטרית במלחמה נגד צרפת גברה על תקוותיהם לשובם לטורינו, אך קרב מרנגו גרם להם להימלט לרומא ואחר כך לנאפולי, שם נשארו מנובמבר 1800 עד מרץ 1801 לפני שחזרו לרומא. בעת שהותם ברומא הם חיו כאורחים של עשירים ממשפחת קולונה, ובמאי 1801 הם חזרו לנאפולי. ב-7 במרץ 1802 מתה מארי קלוטילד, ובעקבות כך החליט קרלו אמנואלה ב-4 ביוני 1802 להתפטר לטובת אחיו ויטוריו אמנואלה הראשון, מלך סרדיניה.