Am Morgen des 10. Novembers 1938 brach auch in Duderstadt der Reichspogrom aus. Die Synagoge wurde dabei durch einen Brand zerstört. Den Versuch eines Feuerwehrmanns, den Brand zu löschen, ließ der Bürgermeister der Stadt nicht zu. Erst als das Feuer auf das Nachbarhaus überzugreifen drohte, durfte der Feuerwehrmann dieses löschen. Im Anschluss plünderten die SS-Standarte 51 und einige Einwohner Duderstadts die beiden noch bestehenden jüdischen Geschäfte. Die Warenbestände wurden dabei beschlagnahmt und der NS-Volkswohlfahrt in Duderstadt zur Verwahrung übergeben. Die letzten vier jüdischen Männer der Stadt wurden verhaftet. Innerhalb von zwei Wochen wurden die letzten zwei Geschäfte zwangsarisiert.