Bonaparte Napóleon 1796-os első itáliai hadjárata során több csatában megverte az osztrákokat és behatolt az egyházi állam északi területeire is. A pápa a fegyverszüneti megállapodás jegyében lemondott Bolognáról, Ferraráról, és átadta a franciáknak Anconát. Emellett 21 millió scudi hadisarcot fizetett, és a franciák több száz felbecsülhetetlen értékű műkincset vittek magukkal Párizsba. 1797-ben a pápaság 15 millió scudi hadisarcot fizetett és további műkincsek vándoroltak Párizsba. A pápa világi hatalmának nagy részét felszámolták. 1798-ban a francia csapatok megszállták a egyházi államot, a rómaiak pedig kikiáltották a köztársaságot és teljesen megszüntették a pápa világi hatalmát, az aggastyán VI. Piusz pápát pedig a franciák fogságba hurcolták. Utóda, VII. Piusz, akit osztrák segítséggel, Velencében választottak pápává, az angolok, az oroszok és a törökök támogatásával újból bevonulhatott a Vatikánba. 1800-ban a római köztársaságot megbuktatták, és helyreállították az egyházi államot.