Il numero degli studenti crebbe da 399 nel 1918-19 a 1440 nel 1937-38, questa crescita fu interrotta dallo scoppio della seconda guerra mondiale e dall'occupazione nazista della Polonia.Tra tutte le università presenti nei territori occupati dai nazisti, l'università di Lublino fu l'unica a continuare i lavori nell'ottobre 1939. Il 23 novembre 1939 i nazisti giustiziarono diversi accademici tra i quali i professori Michał Niechaj e Czesław Martyniak.