1991 debütierte Susanne Müller in der Deutschen Hockeynationalmannschaft. Bei den Olympischen Spielen in Barcelona wirkte die Stürmerin in einem Spiel mit, nachdem ihre Mannschaftskameradinnen im Finale den Spanierinnen unterlagen, erhielt auch Susanne Müller die Silbermedaille. 1993 gehörte sie zur deutschen Mannschaft, die in London die Europameisterschaft im Hallenhockey gewann. Bei der Weltmeisterschaft 1994 in Dublin belegte Müller mit der deutschen Mannschaft den vierten Platz. Insgesamt wirkte Susanne Müller von 1991 bis 1997 in 61 Länderspielen mit, davon 5 in der Halle.