Zagorakis a jucat un rol important în triumful Greciei la Campionatul Europene din 2004 și a fost numit Jucătorul turneului de către UEFA și, prin urmare, a fost inclus în Echipa Turneului. FIFA l-a inclus pe Zagorakis pe lista celor mai buni jucători FIFA ai anul 2004 (a terminat pe locul 17 la egalitate cu legenda Spaniei și a lui Real Madrid, Raúl), fiind nominalizat și la Balonul de Aur din 2004, unde a obținut locul cinci, în spatele lui Ronaldinho (locul al treilea) și Thierry Henry (locul al patrulea). El deține recordul pentru cele mai multe meciuri jucate consecutiv la națională, 57.