Dos años más tarde el 12 de noviembre de 1942 es rehabilitado por Franco, que lo nombra comandante militar de Melilla y delegado del Gobierno en aquella plaza. Este nombramiento se produjo unos días después de que los Aliados hubieran desembarcado en las colonias francesas del Norte de África. Yagüe es ascendido a teniente general en julio de 1943 y el 10 de octubre se hace cargo de la capitanía general de la VI Región Militar, con sede en Burgos, y de la jefatura del Cuerpo de Ejército de Navarra. Como Capitán general de Burgos desarrolló una importante labor social en la ciudad, con la construcción de la Ciudad deportiva cívico-militar, la barriada de viviendas "Juan Yagüe" y también de la denominada "Residencia Sanitaria General Yagüe". El hospital fue finalmente inaugurado en 1960 y permaneció activo hasta 2012, cuando fue sustituido por el nuevo Hospital Universitario de Burgos.