דרכו של צ'אבי במדי הנבחרות הלאומיות של ספרד החלה עם זכייה באליפות העולם עד גיל 20 ב-. כעבור שנה זכה עם הנבחרת האולימפית של ספרד במדליית כסף באולימפיאדת סידני. צ'אבי החל לשחק בנבחרת ספרד בשנת והוא היה שחקן מרכזי בה בתקופה המוצלחת ביותר בהיסטוריה שלה, עת זכתה ביורו 2008, מונדיאל 2010 ויורו 2012. צ'אבי נבחר לשחקן המצטיין ביורו 2008. בנוסף, השתתף צ'אבי עם הנבחרת ביורו 2000 ו-2004 ובמונדיאל 2002, 2006 ו-2014. בסך הכול, לאורך תקופה של 14 שנים, הופיע צ'אבי 133 פעמים והבקיע 13 שערים במדי נבחרת ספרד.