Μετακόμισε στην Αθήνα το 1931, μαζί με την έδρα του περιοδικού "Ιόνιος Ανθολογία". Τότε γέννησε και τον γιο της, Διονύσιο-Άγγελο τον οποίο βάφτισε ο Άγγελος Σικελιανός, ο οποίος του αφιέρωσε το ποίημα του «Το Βρέφος». Το ζευγάρι βρέθηκε σε διάσταση και το 1936 πήρε διαζύγιο. Ωστόσο η Γιαννοπούλου συνέχισε να εργάζεται ατομικά για την εξερεύνηση ιστορικών στοιχείων από τα Επτάνησα. Το 1951 έγινε μέλος της Ενωσης Διανοουμένων Γυναικών Ελλάδας. Έναν χρόνο αργότερα έχασε τη μητέρα της, ενώ και οι Σεισμοί του Ιονίου το 1953 που είχαν ως αποτέλεσμα την καταστροφή του σπιτιού, της βιβλιοθήκης και του αρχείου της, της προκάλεσαν έντονη μελαγχολία. Το 1956 διαγνώστηκε με καρκίνο, και στις 27 Απριλίου 1962 πέθανε στην Αθήνα.