Heydrich là một trong những người đã tổ chức "Đêm thuỷ tinh", một cuộc pogrom nhắm vào Do Thái trên khắp nước Đức vào đêm 9–10 tháng 11 năm 1938. Đêm hôm đó, Heydrich đã đánh một bức điện tín tới các văn phòng SD và Gestapo khác nhau, đễ hỗ trợ phối hợp pogrom giữa các lực lượng SS, SD, Gestapo, cảnh sát mặc đồng phục (Orpo), SA, các quan chức của đảng Quốc xã và thậm chí cả các sở cứu hỏa. Trong bức điện tín, Heydrich đã cho phép đốt phá và phá hủy các doanh nghiệp và giáo đường Do Thái, đồng thời ra lệnh tịch thu tất cả "văn thư lưu trữ" từ các trung tâm cộng đồng và giáo đường Do Thái. Bức điện tín ra lệnh rằng "càng bắt được nhiều người Do Thái càng tốt – đặc biệt là người Do Thái giàu có – từ tất cả các quận huyện và bắt giam họ tron các cơ sở giam giữ hiện có... Ngay sau khi bắt giữ, cần liên hệ tới các trại tập trung thích hợp để tống người Do Thái vào trại càng nhanh càng tốt." Ước tính là có khoảng 20.000 người Do Thái đã bị bắt đưa đến trại tập trung ngay trong những ngày ngay tiếp đó. Các nhà sử học coi "Kristallnacht" là khởi đầu của Holocaust.