その後の数年、カルクロイトは崇拝していたナポレオンとの同盟を支持する。1806年の戦役において彼は第二予備軍団の指揮を託されたが、それを左遷と見なした。カルクロイトは戦争に同意せず、軍の指導部を批判し、災厄を予見していたのである。そして自身が予言していたイェーナ・アウエルシュタットの戦いの敗北を、大いに引き寄せたと批判されるほどのを展開する。退却の途上、彼は今や自身の指揮下にある軍団の残存兵力を率いてハルツ山地を迂回しつつ北方へ向かったが、その指揮権を、やがてで降伏するホーエンローエ侯に譲渡しなくてはいけなかった。その間に、カルクロイトは東及び西プロイセンの指揮を託されている。後にダンツィヒ防衛戦の采配を振るったが、76日に及ぶ攻防の末、1807年5月24日に要塞をルフェーヴル元帥へやむなく引き渡した。彼との間に、マインツと同条件で降伏の合意が成立し、カルクロイトは指揮下の部隊とともに東プロイセンへ撤退することができた。続いてフリートラントの戦いの後、6月25日に彼はティルズィットで休戦協定を結び、和約に署名したが、7月12日にはその履行に極めて不利な追加条項が加わる。この交渉でカルクロイトは、自身のナポレオンへ崇拝に訴えかけ、彼に取り入った相手役、ベルティエ元帥に裏をかかれたのである。