לנוכח התחלפות הממשלה החל משבר פוליטי מחודש אשר אפשר את התחזקותה של המפלגה הרפובליקנית אשר חיזקה את הטענה שממשלת המלך חסרת יכולת ניהולית של המדינה הפורטוגזית. המשברים הפוליטיים הובילו את מנואל להחליף מספר ראשי משלה בניסיון להקים קואליציה יציבה של תומכי המונרכיה. בשנתיים שבהן מלך הייתה פורטוגל בידי שש ממשלות שונות. בין הרפורמות שהנהיג מנואל השני היו חקיקות שהבטיחו את חופש העיתונות, הסדירו את זכויות האדם מבחינה חוקתית והותירו התמודדות בבחירות למפלגות אנטי-מלוכניות למיניהן, הגדולה שבהן היא המפלגה הרפובליקנית. בקיץ 1910 נסע מנואל לטיול ברכס הרי בוצ'קו () שבפנים חצי האי האיברי, אך בשובו פרצה המהפכה הרפובליקנית, שנתמכה בידי כוחות הצי הפורטוגזי על נהר טז'ו. ארמונו המלכותי הופגז בידי מהפכנים חמושים, ומנואל ברח תחילה לארמון הלאומי במפרה, הממוקם מצפון לליסבון. המהפכנים הכריזו על פורטוגל כרפובליקה, והמלך יצא לגלות בממלכה המאוחדת.