През 1598 г. градът е обсаден от османците, но те успяват да го превземат окончателно едва през 1663 г. Установен е еялета Варат, но през 1692 г. Орадя е завладян от Хабсбургите и е поставен под австрийска администрация. Това е последвано от нов период на възход, през който са построени бароковите Епископален дворец и катедралата на Света Мария. По време на Унгарската революция през 1848 – 1849 г. унгарското правителство бяга в Дебрецен, но архивите и печатницата за пари са преместени в Орадя, където работи и оръжейно предприятие.