Миссионер Хасинто Мария де Кито () основал Белен-де-лос-Андакиес 17 февраля 1917 года, назвав его в честь центра христианского паломничества — Вифлеема (), и населявшего эту территорию народа (), уничтоженного в середине XVIII века, с расширением территории добычи хинного дерева и каучука. Первоначально муниципалитет включал в себя территории современных муниципалитетов , , и Альбания. К 1920 году в муниципалитете проживало 1000 человек, были возведены часовня и женский монастырь. Во время колумбийско-перуанской войны в муниципалитете были размещены войска; многие военнослужащие решили остаться в муниципалитете после окончания боевых действий.