К началу Отечественной войны 1812 года полковник принц Эрнст Филиппстальский был обер-квартирмейстером казачьего корпуса М. И. Платова, в Бородинском сражении потерял правую ногу. Вернулся в строй в марте 1813 года и состоял при Главной квартире армии для особых поручений. За отличия в сражениях при Бауцене и Лютцене произведён в генерал-майоры; командовал сводной пехотно-казачьей бригадой в корпусе Ф. Ф. Винцингероде и был в сражениях при Гросберене, Денневице и Лейпциге. В кампании 1814 года находился при осаде Гамбурга.