Софія Амалія, ймовірно, була серед тих, хто в 1657 році схилив короля до активних дій проти Швеції, в результаті яких Данія втратила частину своїх територій. Незабаром війна відновилася. При облозі Копенгагена, король і королева, відмовившись покинути місто і показавши приклад стійкості і відваги перед лицем противника, завоювали любов і відданість свого народу. Зрештою, облога була знята, і в травні 1660 року було укладено мирний договір, за умовами якого Данія знову отримала деякі з втрачених раніше земель. У світлі останніх подій популярність королівської пари була дуже висока. Скориставшись цим, Фредерік провів ряд реформ, що закріплювали за монархами необмежену владу. Існує припущення, що Софія Амалія також брала участь в ухваленні рішення заснувати режим абсолютизму.