В 1636 году Мельхиор фон Гацфельдт захватил город Магдебург, а затем потерпел поражение от шведов в битве при Виттоштоке. В 1638 году он выиграл битву при Флото. В 1640 году вместе с Оттавио Пикколомини выбил шведские войска под командованием Юхана Банера из Богемии. В 1641 году германский император Фердинанд III предоставил Мельхиору фон Гацфельдту во владение Трахенберг в Силезии (ныне Жмигруд в Польше, ранее город принадлежал роду Шаффгоч). В 1643 году он участвовал в захвате Туттлингена, в том же году он был назначен главнокомандующим имперской армии. В марте 1645 году Мельхиор фон Гацфельдт потерпел поражение от шведского фельдмаршала Леннарта Торстенссона в битве под Янковом, был взят в плен и прекратил службу в имперской армии.