Dimulai dari Krisis Penyanderaan Teater Moskow pada 2002, Rusia dihadapkan pada peningkatan terorisme Islamis. FSB, sebagai badan utama yang bertanggung jawab atas operasi kontra-teroris, berada di garis depan dalam perang melawan teror. Selama pengepungan teater Moskow dan pengepungan sekolah Beslan, unit Spetsnaz FSB Grup Alpha dan Vympel memainkan peran kunci dalam operasi pembebasan sandera. Namun, penampilan mereka dikritik karena tingginya jumlah korban sandera. Pada tahun 2006, FSB mencetak sukses besar dalam upaya kontra-teroris ketika berhasil membunuh Shamil Basayev, dalang di balik tragedi Beslan dan beberapa aksi teroris terkenal lainnya. Menurut FSB, operasi tersebut direncanakan selama enam bulan dan dimungkinkan karena meningkatnya aktivitas FSB di luar negeri yang memasok senjata kepada para teroris. Basayev dilacak melalui pengawasan perdagangan senjata ini. Basayev dan militan lainnya sedang bersiap untuk melakukan serangan teroris di Ingushetia ketika agen FSB menghancurkan konvoi mereka; 12 militan tewas. Selama tahun-tahun terakhir masa kepresidenan kedua Vladimir Putin (2006-2008), serangan teroris di Rusia menyusut, turun dari 257 pada tahun 2005 menjadi 48 pada tahun 2007. Analis militer Vitaly Shlykov memuji keefektifan badan keamanan Rusia, dengan mengatakan bahwa pengalaman yang dipelajari di Chechnya dan Dagestan adalah kunci keberhasilan. Pada tahun 2008, majalah Kebijakan Luar Negeri American Carnegie Endowment menyebut Rusia sebagai "tempat terburuk untuk menjadi teroris" dan secara khusus menyoroti kesediaan Rusia untuk memprioritaskan keamanan nasional daripada hak-hak sipil. Pada tahun 2010, pasukan Rusia, yang dipimpin oleh FSB, berhasil menyingkirkan pimpinan puncak pemberontakan Chechnya, kecuali Dokka Umarov.