Memasuki musim 2009, Trulli merupakan salah satu pembalap yang merasakan dampak positif pemakaian KERS pada mobilnya. Walaupun begitu, tim Toyota kerap kali tidak memasang KERS pada beberapa balapan, menyusul beban berat yang juga memengaruhi mobil. Di paruh musim pertama, Jarno berhasil finish di posisi podium dua kali, yaitu saat ia finish di P3 di Australia dan Bahrain. Tetapi di pertengahan musim, Trulli banyak kehilangan kesempatan untuk meraih angka. Di akhir musim, Trulli kembali bias tersenyum ketika ia bisa finish podium di P2 di Jepang. Di balapan berikutnya di Brazil, Trulli terlibat insiden dengan Adrian Sutil. Sesaat setelah keduanya tersingkir, Trulli tampak marah-marah pada Sutil, dan sebagai akibatnya ia kemudian didenda $10.000. Pada balapan penutup musim di Abu Dhabi, Trulli hanya finish P7, dan sekaligus pula menjadi balapan terakhir Toyota di ajang F1.