Le , Philippe Pottier est nommé directeur de l'Énap, succédant à Philippe Astruc. Il est alors le premier directeur pénitentiaire d'insertion et de probation à occuper cet emploi, ce qui revêt une valeur symbolique au moment où la garde des Sceaux Christiane Taubira avait décidé de réunir une conférence de consensus sur , où les thématiques liées à la probation occupaient une place centrale. Christiane Taubira vient d'ailleurs elle-même à Agen, le , pour l'installer dans ses nouvelles fonctions. À la tête de l'école, il milite pour donner une plus grande place à la probation dans la formation des personnels pénitentiaires et rénove profondément la formation des conseillers pénitentiaires d'insertion et de probation. Peu après les attentats de Paris, il met en place une formation sur la radicalisation religieuse à destination de l'ensemble des élèves de l'Énap. Il signe également un partenariat avec la ville d'Agen afin de monter des projets culturels à destination des élèves de l'école. En 2014, il fait l'objet de critiques de la part de syndicats et est confronté à un mouvement de protestation à la suite de décisions prises en réponse à un rapport de la Cour des comptes, notamment quant à la gestion financière de l'école et au recrutement et à la carrière des formateurs.