W reprezentacji Rosji Ałdonin zadebiutował 21 sierpnia 2002 roku w zremisowanym 1:1 towarzyskim meczu ze Szwecją. W 2004 roku został powołany przez Georgija Jarcewa do kadry na Mistrzostwa Europy w Portugalii. Tam wystąpił we dwóch spotkaniach grupowych: przegranych 0:1 z Hiszpanią oraz 0:2 z Portugalią. Od tamtego czasu jest był zawodnikiem "Sbornej" i grał w niej do 2007 roku. Łącznie wystąpił w niej 29 razy.