L'11 aprile 2012 realizza il terzo gol nella vittoria esterna dell'Atalanta contro il Napoli; si tratta della sua prima rete con la maglia della formazione bergamasca, oltre che del suo primo gol in Serie A. La stagione successiva, dopo aver saltato diverse partite per infortunio, rientra in campo il 31 ottobre 2012 nella partita contro il Napoli, nella quale segna anche il gol che garantisce ai bergamaschi la vittoria per 1-0. Il 2 febbraio 2013 mette a segno la sua seconda rete stagionale nella partita vinta per 2-1 contro il Palermo. Anche nelle due stagioni successive gioca regolarmente da titolare dal tecnico Stefano Colantuono nel centrocampo bergamasco, collezionando rispettivamente 32 e 33 presenze e segnando anche altre 2 reti (entrambe nel corso della stagione 2013-2014). Nella stagione 2015-2016 a causa di vari problemi fisici gioca solamente 10 partite (9 in campionato ed una in Coppa Italia) mentre nella stagione 2016-2017 dopo aver giocato 2 delle prime 3 giornate di campionato (l'ultima delle quali il 18 settembre 2016) non viene più schierato da Gian Piero Gasperini, ed il 31 gennaio 2017 rescinde il contratto che lo legava all'Atalanta, lasciando quindi il club dopo 7 stagioni, nelle quali ha disputato in totale 160 partite (155 in campionato e 5 in Coppa Italia) e segnato 5 reti.