Il organise et revendique les prises d'otages sanglantes de civils à Boudionnovsk (ou "Boudennosk") (juin 1995, 150 morts) et à Beslan en Ossétie du Nord (septembre 2004, 350 morts), Chamil Bassaïev fut considéré par les autorités russes comme le « terroriste numéro un » dans le pays. Il est aussi accusé par ces dernières d'avoir orchestré des attentats à Moscou et à Volgodonsk fin 1999. À l'élection présidentielle tchétchène de janvier 1997, il obtient 23 % des voix face au modéré Aslan Maskhadov, qui les remporte avec 59 % des voix. Bassaïev a reconnu avoir reçu de l'argent venant des milieux d'affaires de Moscou, en particulier de l'oligarque Boris Berezovski, financier proche de Boris Eltsine. Avec son allié, le Jordanien Habib Abd Ar-Rahman Khattab, il fait une intrusion armée dans le Daghestan voisin de la Tchétchénie à partir du 7 août 1999 en vue d'y instaurer une république islamique. Sa tête est alors mise à prix par le Kremlin.