La începutul lunii martie 1940 a fost avansat la gradul de general-locotenent și a comandat apoi Corpul XI Armată al Wehrmacht-ului în două rânduri (1 martie 1940 – 6 octombrie 1941 și 10 decembrie 1941 – 1 iunie 1942). A participat la Campania de pe Frontul de Vest și, în urma succeselor obținute cu Corpul XI Armată, a fost înaintat în august 1940 la gradul de general de infanterie și decorat la 1 septembrie 1940 cu Crucea de Cavaler al Crucii de Fier. Corpul XI Armată a participat în anul 1941 la Campania din Balcani și apoi la Campania din Rusia, ca parte a Grupului de Armate Sud. Generalul Kortzfleisch a fost decorat pe 19 septembrie 1941 cu Ordinul „Mihai Viteazul” cl. III-a „pentru destoinicia, devotamentul și bravura personală de care au dat dovadă în luptele contra bolșevicilor în colaborare cu trupele române”. După ce s-a aflat temporar în vara anului 1942 (28 iunie - 15 august 1942) la comanda Corpului XXXXIII Armată, a fost trecut în rezerva de comandanți ("Führerreserve") a Wehrmachtului până la începutul anului 1943.