В 656 году халиф Усман был убит, а Али был избран халифом. В августе 656 года в ходе гражданской войны мекканцы, выступившие против Али, подняли жителей Басры на восстание. В декабре у стен города произошло сражение, закончившееся победой Али. Суфьянидские халифы Омейядов владели Басрой до смерти халифа Язида I в 683 году. Первым суфьянидским губернатора города был Абдалла, известный военачальник, но плохой администратор. В 664 году Муавия I заменил его Зиядом ибн Абу-Суфьяном, который стал печально известен драконовскими правилами общественного порядка. После смерти Зияда в 673 году губернатором стал его сын Убайдулла ибн Зияд. В 680 году Язид I приказал Убайдулле поддерживать порядок в Куфе, где росла популярность его соперника Хусейна ибн Али. Убайдулла взял контроль над Куфой, Хусейн послал своего двоюродного брата Муслима в качестве посла к жителям города, но Убайдулла приказал его казнить, опасаясь восстания. Убайдулла сформировал армию и сразился с армией Хусейна в месте под названием Кербела близ Куфы. Хусейн и его последователи были убиты, а их головы отправлены к Язиду в качестве доказательства победы. После смерти Язида Басра перешла в руки антихалифа Абдаллы ибн аз-Зубайра. Его наместник Ибн аль-Харис провёл год во главе Басры, пытаясь подавить восстание хариджитов Нафи ибн аль-Азрака в Хузестане. В 686 году Аль-Мухтар ас-Сакафи поднял восстание в Куфе и разбил войска Убайдуллы ибн Зияда около Мосула. В 687 году Аль-Мухтар был разгромлен армией ибн аз-Зубайра с помощью куфанцев, изгнавших его из города. Халиф Абд аль-Малик ибн Марван отвоевал Басру в 691 году, и горожане остались верны губернатору аль-Хаджжаджу во время мятежа Ибн Асхаса в 699-702 годах. Тем не менее, Басра поддержала восстание ибн аль-Язида Мухаллаба против Язида II в 720-х годах. В 740-е Басра перешла под власть Абуль-Аббаса ас-Саффаха, основателя халифата Аббасидов.