A cidade de Paysandú conta com a Liga Departamental de Fútbol de Paysandú, criada em 1911. Esta liga é afiliada a Organización del Fútbol del Interior, ou seja, não participa do Campeonato Uruguaio de Futebol, participando apenas da Copa El País, a maior competição de futebol do interior uruguaio. Porém, entre 2003 e 2006 houve um time (Paysandú Fútbol Club), que participou do Campeonato Uruguaio (organizado pela Asociación Uruguaya de Fútbol). Hoje o time mais importante do futebol sanducero é o Paysandú Bella Vista, que joga de mandante no Parque "Bella Vista". Outro estádio localizado na cidade é o Estádio Parque Artigas, que já foi sede do Campeonato Sul-Americano de Futebol Sub-19 de 1979 e da Copa América de 1995.