Čtyři zápasy odehrál v sezoně 1998/99 za Dynamo Moskva, poté nadále pokračoval za Washington Capitals. Nikolišin odehrál za Washington celkem šest sezon (1996/02), jeho nejdelší působení v jednom klubu NHL. 1. listopadu 2002 byl společně, se spoluhráčem Chrisem Simonem vyměněni do organizace Chicago Blackhawks za švedského útočníka Michael Nylander a výběr ve třetím kole draftu 2003 (touto volbou byl vybrán Steve Werner). Za Blackhawks již nenavázal na bodovou produktivitu z předchozích sezonách NHL. 21. června 2003 se vedení Blackhawks rozhodlo pro výměnu Nikolišina do klubu Colorado Avalanche bez výměny hráče, pouze za čtvrtou volbu ve vstupním draftě 2004 a (touto volbou byl vybrán Mitch Maunu). Ani za Avalanche se produktivně nedokázal prosazovat, ročník 2003/04 byl pro něho nejslabší co se týče kanadských bodů ale za pobyt na ledě +/- se držel v kladných číslech +3.