Hubungan antara Jepang dengan Malaysia mengacu pada hubungan luar negeri bilateral antara kedua negara, Jepang dan Malaysia. Hubungan sejarah yang tercatat paling awal antara kedua negara adalah hubungan perdagangan antara Kesultanan Melaka dan Kerajaan Ryukyu pada abad ke-15. Hal ini terus berlanjut hingga abad ke-20 dengan munculnya Kekaisaran Jepang dan invasi selanjutnya dan pendudukan Malaya Britania selama Perang Dunia II. Jepang mendirikan kedutaan di ibu kota Kuala Lumpur, sedangkan Malaysia mendirikan kedutaan besar di Shibuya, Tokyo. Duta Besar Jepang saat ini untuk Malaysia adalah Makio Miyagawa, dan Duta Besar Malaysia saat ini untuk Jepang adalah Datuk Ahmad Izlan Idris.