В 1979 в Сальвадоре началась гражданская война между Революционной правительственной хунтой, прокоммунистическим движением ФНОФМ и ультраправыми «эскадронами смерти». В лидеры ультраправого лагеря выдвинулся Роберто д’Обюссон. Медрано, как «учитель д’Обюссона», являлся видным авторитетом этих политических сил и в данном качестве участвовал в гражданской войне — хотя уже не играл прежней руководящей роли. Возглавляя POP, он поддерживал также партию д’Обюссона Националистический республиканский альянс ("ARENA"). Настаивал на максимальной жестокости в подавлении ФНОФМ, вплоть до карательных зачисток территорий, где партизаны находят поддержку. Медрано заявлял, что «враги и предатели родины не имеют женевских прав».