Als Teil des 7. Kreuzergeschwaders wurde die "Perth" im Januar und Februar 1941 für Patrouillen sowie Truppentransporte nach Kreta und Malta eingesetzt. Im Hafen von Malta wurde der Kreuzer bei einem Luftangriff durch einen Nahtreffer leicht beschädigt. Nach Reparatur transportierte sie Truppen nach Griechenland, welche die Griechen im Kampf gegen Italien unterstützen sollten. Am 28. und 29. März 1941 nahm das Schiff an der Schlacht bei Kap Matapan teil, in der die italienische Marine eine verheerende Niederlage erlitt. Ende April wurde der Kreuzer bei der Operation Demon eingesetzt, der Evakuierung der britischen Truppen von Griechenland nach Kreta, welche durch den erfolgreichen deutschen Balkanfeldzug notwendig geworden war. Als die deutschen Truppen dann im Mai auch Kreta angriffen, gehörte die "Perth" zu der von Konteradmiral King kommandierten "Force C", einem von vier britischen Kampfverbänden, die während der Luftlandeschlacht um Kreta trotz deutscher Luftherrschaft nördlich von Kreta operierten, um zu verhindern, dass die deutschen Fallschirmjäger auf Kreta über See verstärkt wurden. Während der zahlreichen schweren Luftangriffe, bei denen unter anderem die britischen Kreuzer "HMS Fiji" und "HMS Gloucester" am 22. Mai versenkt wurden, gelang es der "Perth", allen Angriffen auszuweichen, lediglich ein Nahtreffer richtete Schäden an, welche vom 24. bis 28. Mai in Alexandria repariert wurden. Danach kehrte der Kreuzer nach Kreta zurück und nahm im Rahmen der Evakuierung von Kreta 1200 Personen an Bord. Auf dem Rückweg nach Alexandria kam es erneut zu Luftangriffen auf den Konvoi, zu dem die "Perth" gehörte. Diesmal erhielt sie neben mehreren Nahtreffern auch einen direkten Treffer in einen der Kesselräume, bei dem 13 Menschen starben und der Kesselraum ausfiel. Die Reparatur des Schadens in Alexandria dauerte diesmal bis zum 25. Juni 1941.