Greg Watson esordì in Western Hockey League al termine della stagione 1998-99 disputando due partite con la maglia dei Prince Albert Raiders. Rimase per altre quattro stagioni totalizzando 145 punti in 236 presenze. In occasione del Draft NHL 2001 fu scelto al secondo giro dai Florida Panthers. Concluse la sua esperienza giovanile disputando la stagione 2002-03 sempre in WHL con i Brandon Wheat Kings.