Якуб Шиндел начал свою профессиональную карьеру в 2003 году в составе пражской «Спарты», выступая до этого за его фарм-клуб, а также вторую команду родной «Славии». В следующем году на драфте НХЛ он был выбран во 2 раунде под общим 54 номером клубом «Чикаго Блэкхокс». В том же году Якуб впервые в своей карьере поднялся на пьедестал почёта чешских первенств, завоевав вместе со «Спартой» бронзовые награды.