Han har også vært assisterende manager og hovedtrener for Englands landslag i fotball. Denne stillingen fikk han først under Peter Taylor som var hadde stillingen midlertidig i 2000, etter Kevin Keegan hadde sagt opp, og før Sven Göran Eriksson fikk stillingen permanent. Styret i Manchester United og Alex Ferguson ga umiddelbart McClaren anledning til å ta denne jobben under Taylor. Etterhvert sa han fra seg denne rollen, etter et visst press fra United. Det var da han begynte å leke med tanken om å bli manager selv. Middlesbrough-styret åpnet muligheten for å gå tilbake som assistent for Eriksson, og han hjalp til under forberedelsene til VM 2002 i Sør-Korea/Japan, men valgte å fokusere på managerrollen. Han kom imidlertid tilbake og assisterte Eriksson under EM i 2004 i Portugal, fordi daværende assistent Brian Kidd fikk helseproblemer.