Το χωριό, το οποίο βρίσκεται στους πρόποδες του βουνού "Κουφιέρος", του ημιορεινού συμπλέγματος των Κοντοβουνίων, έχει μακρόχρονη ιστορία που ακολουθεί την ιστορία της Μεσσηνίας και της ευρύτερης περιοχής τόσο της Μεθώνης, όσο και της Πυλίας. Η περιοχή του οικισμού, κατά την αρχαιότητα, ήταν τμήμα του βασιλείου του Νέστορα, της αρχαίας Πύλου. Το χωριό υπάρχει, τουλάχιστον από τα χρόνια της Ενετοκρατίας και η παλαιότερη ονομασία του ήταν "Κοντογόνι". Η νεότερη ονομασία δόθηκε στο χωριό προς τιμή του αγωνιστή της Επανάστασης του 1821, κληρικού και πολιτικού Παπαφλέσσα, ο οποίος έπεσε μαχόμενος κατά τη διάρκεια της Μάχης στο Μανιάκι (20 Μαΐου 1825).