L'indennità di guerra passò da 21 a 36 milioni di lire, inoltre il Papa dovette rinunciare alla Romagna, alla città di Avignone con il suo territorio, e al Contado Venassino, già exclave pontificia precedentemente occupata dall'esercito francese. In forza del trattato il Papa dovette inoltre cedere diverse opere d'arte, sicché oltre cento fra statue e dipinti vennero portati a Parigi. I francesi si riservarono il diritto di entrare in tutti gli edifici (pubblici, privati o religiosi) per sottrarre le opere. Questa parte del trattato fu estesa con i trattati del 1798 a tutto il territorio italiano. Foligno divenne il luogo prescelto per il pagamento e la consegna da parte dello Stato Pontificio verso la Repubblica Francese, di parte delle somme pattuite nell'armistizio di Bologna: 10 milioni di lire tornesi in contanti e 5 milioni di lire tornesi in diamanti. Ulteriori 15 milioni di lire tornesi erano da corrispondere con scadenza nei mesi di marzo e aprile. A garanzia di tutti i pagamenti concordati venivano mantenute sotto occupazione militare l’Umbria, a tutela della prima rata, le Marche per la seconda e il Montefeltro per la terza. Altre condizioni imponevano il risarcimento della famiglia del diplomatico della Francia repubblicana Ugo di Basseville, ucciso dalla folla romana nel 1793, e il consenso allo stazionamento delle truppe francesi in Ancona sino al termine della guerra.