Články konfederace stanovily, že prezidenti Kongresu jsou voleni na jednoroční období, a Hanson se stal prvním, kdo se tím řídil. V rozporu s tvrzeními některých jeho pozdějších zastánců však nebyl prvním prezidentem, který pracoval podle pravidel Článků a ani prvním kdo byl podle těchto pravidel zvolen. Když Články vstoupily v platnost v březnu 1781, Kongres se nezvolil nového prezidenta; místo toho Samuel Huntington pokračoval ve funkci i když překročil jednoroční lhůtu. Dne 9. července 1781 se Samuel Johnston stal prvním mužem, který byl po ratifikaci článků zvolen prezidentem druhého Kontinentálního kongresu. Johnston funkci odmítl, zřejmě proto aby se mohl zúčastnit voleb v Severní Karolíně, kde se stal šestým guvernérem státu. Poté, co Johnston funkci odmítl, byl zvolen Thomas McKean. McKean sloužil jen několik měsíců, rezignoval v říjnu 1781 poté, co slyšel zprávy o britském kapitulaci v Yorktownu. Kongres ho požádal, aby zůstal ve funkci až do listopadu, kdy mělo být zahájeno nové zasedání Kongresu. Jedním ze velkých okamžiků Hansonova předsednictví byl den, kdy George Washington na Kongres donesl meč britského generála Charlese Cornwallise, 1. markýze z Cornwallisu. Z veřejného života Hanson odešel po skončení svého ročního funkčního období prezidenta Kongresu. Zemřel 15. listopadu 1783, při návštěvě Oxon Hill Manor v kraji Prince George's v Marylandu, na plantáži svého synovce Thomase Hawkinsa Hansona a byl tam i pohřben. Hanson vlastnil v době své smrti nejméně 223 akrů půdy a 11 otroků.