Pierwszym dowódcą jednostki został por. mar. Arthur MacArthur. Przez pierwsze 3,5 roku służby okręt stacjonował w San Francisco, uczestnicząc w próbach i procesie szkolenia. 18 kwietnia 1906 roku załoga „Grampusa” uczestniczyła w likwidacji skutków trzęsienia ziemi w San Francisco. W okresie 28 listopada 1906 – 13 czerwca 1908 roku był wycofany z czynnej służby. W styczniu 1910 roku przydzielono go do 1. Dywizjonu Okrętów Podwodnych we Flocie Pacyfiku. 17 listopada 1911 roku nazwę okrętu zmieniono na oznaczenie literowo-numeryczne A-3, a 28 czerwca 1912 roku jednostka trafiła do rezerwy. 16 lutego 1915 roku A-3 wraz z A-5 na pokładzie węglowca USS „Hector” rozpoczął podróż na Filipiny, osiągając Olongapo 26 marca. 17 kwietnia okręt ponownie wszedł do służby we Flocie Azjatyckiej. W okresie I wojny światowej A-3 patrolował wejście do Zatoki Manilskiej. 17 lipca 1920 roku okręt otrzymał numer identyfikacyjny SS-4. 25 lipca 1921 roku w Cavite SS-4 został wycofany ze służby i przeznaczony na okręt-cel. Z listy floty został skreślony 16 stycznia 1922 roku.