Ende Juni 2014 wurde Guerra für ein Jahr nach Kolumbien an Atlético Nacional ausgeliehen. Sein erstes Pflichtspiel für "Nacional" bestritt Guerra im Copa Colombia. Im Auswärtsspiel gegen Rionegro am 23. Juli 2014 stand Guerra in der Startformation. In der Saison 2014 lief Guerra das erste Mal in der Categoría Primera A auf. Seinen Einstand in den Wettbewerb gab Guerra am 27. Juli 2014, dem zweiten Spieltag der Finalrunde. Im Heimspiel gegen Deportivo Cali stand er in der Anfangsformation und wurde in der 61 Minute für Harrison Otálvaro ausgewechselt. Noch in dem Jahr traf Guerra das erste Mal in der Liga für "Nacional". Im Auswärtsspiel gegen den Uniautónoma FC am 22. September 2014 erzielte er in der 81. Minute das Tor zum 3:0-Endstand. Nach dem Ende des Leihgeschäftes gab "Nacional" bekannt, dass dieser 70 % der Transferrechte von "Mineros" erworben hat. Die restlichen 30 % verblieben bei "Mineros". Im selben Jahr gewann er mit "Nacional" noch die Finalización. 2016 schlossen sich weitere Erfolge an. Im Januar gewann er mit "Nacional" die Superliga de Colombia, im Juli die Copa Libertadores 2016 und im November die Copa Colombia 2016. Mit dem Erfolg in der Libertadore schrieb Guerra ein Stück Fußballgeschichte. Als erster Venezuleaner überhaupt konnte er diesen Wettbewerb gewinnen. Er wurde zudem als bester Spieler des Turniers ausgezeichnet. "Nacional" beendete Guerra bei der FIFA-Klub-Weltmeisterschaft 2016. In dem Turnier belegte der Klub den dritten Platz.