ב-1989 היה חבר פעיל ב-מהפכת הקטיפה וב-28 בדצמבר נבחר לכהן כיו"ר האספה הפדרלית של צ'כוסלובקיה. באותה שנה זכה בפרס סחרוב לחופש המחשבה. לאחר הפילוג של צ'כיה וסלובקיה היה ליו"ר המפלגה הסוציאל-דמוקרטית של סלובקיה. דובצ'ק נפצע בתאונת דרכים בספטמבר 1992 (שעוררה תאוריות קשר) ומת מפצעיו בתחילת נובמבר.