С июня 1943 года — на фронтах Великой Отечественной войны. Участвовал в Курской битве на Воронежском фронте, в которой едва не погиб: будучи контуженным, оказался засыпан землёй и был случайно обнаружен солдатами соседней части в то время, как его родственникам уже успели отправить «похоронку». Вскоре вернулся в строй, участвовал в битве за Днепр, боях на Лютежском плацдарме, Киевской, Житомирско-Бердичевской, Корсунь-Шевченковской операциях. Впоследствии полк был преобразован в 235-й гвардейский полк. В его составе Афанасьев участвовал в Львовско-Сандомирской операции в составе 1-го Украинского фронта.