Non esiste nessuna politica nazionale per il riprocessamento del combustibile, la decisione è affidata alla ČEZ che non vede al momento come una soluzione economicamente conveniente. La ČEZ è responsabile per tutto il processo di smaltimento e stoccaggio di tutti i rifiuti, fino alla creazione del deposito radiologico nazionale sotto la supervisione dell'ente per il controllo radiologico nazionale RAWRA. Tutto il combustibile usato è stoccato presso gli impianti, il combustibile esaurito di Dukovany era stato presso un deposito intermedio situato presso l'impianto di Bohunice (ora in Slovacchia); a causa della dissoluzione della dissoluzione della Cecoslovacchia fu costruito un deposito presso Dukovany, nel 1995 fu costruito un secondo deposito. Presso Temelín è iniziata nel 2009 la costruzione di un deposito a secco che è previsto iniziare a funzionare nel corso del 2010