La situación acarreó la intervención directa del Tercer Reich alemán cuya "Luftwaffe" bombardeó el 6 de abril de 1941 la ciudad causando la muerte a miles de personas (según se estima, entre 5000 y 17 500). La Biblioteca Nacional fue destruida junto con 300 000 manuscritos y libros de la Edad Media, más de 1300 de ellos fechados entre el siglo XII y XVIII. Yugoslavia fue invadida por la "Wehrmacht" y sus aliados italianos, húngaros y búlgaros, siendo sus territorios occidentales incorporados al estado títere filonazi del Estado Independiente de Croacia.