Os distúrbios civis em toda a região após a independência resultaram no abandono de muitas missões e no retorno à prática das religiões tribais indígenas, que toleravam a poligamia. Muitos padres e religiosos homens e mulheres foram massacrados em meio a uma crescente onda de fervor nacionalista africano. Em novembro de 1965, um golpe militar trouxe ao poder o presidente Mobutu Sese Seko, que reprimiu a rebelião e a guerra civil em Katanga, Stanleyville e Kwilu e permitiu que o país começasse a se reconstruir. No início da década de 1970, a região possuía uma das economias mais fortes da África.