1782 zum Lieutenant-General befördert zog sich Vaughan nach dem Krieg aus dem aktiven Dienst zurück. Bei Ausbruch des Französischen Revolutionskriegs wurde er reaktiviert und zum Oberbefehlshaber auf den Windward-Inseln ernannt. Am 15. August 1792 wurde er als Knight Companion des Order of the Bath geadelt. Seine feierliche Ordenseinführung wurde kriegsbedingt aufgeschoben und entfiel schließlich, als er plötzlich am 30. Juni 1795 auf Martinique starb.