1904 kom dock Gapons organisation under allt starkare inflytande av de revolutionära stämningarna. Den 9 (22) januari 1905 deltog även Gapon i ett fredligt petitionståg till Nikolaj II i Vinterpalatset. Där mottogs petitionen av eldgivande trupper. Gabon, som gick i spetsen för tåget, undgick genom en tillfällighet att dödas vid beskjutningen. Efter denna så kallade "blodiga söndagen" trädde Gabon i närmare samarbete med de revolutionära organisationerna. 1905 utkom Gapons självbiografi.