1578 wurde unter König Sebastian I. am Vorabend der Schlacht von Alcácer-Quibir die Flagge verändert. Die Anzahl der Burgen wurde nun endgültig auf sieben festgesetzt und die Krone erhielt drei Bügel. Sebastian I. fiel in der Schlacht. Sein Großonkel Heinrich I. folgte ihm auf den Königsthron. Mit Heinrichs Tod 1580 starb die portugiesische Dynastie von Avis aus und Portugal fiel an den König von Spanien. Da Portugal und Spanien von ihm in einer Personalunion geführt wurde, war die Flagge Portugals weiter für das Land gültig. In das Banner des habsburgischen Königs wurde das Wappen Portugals aufgenommen.