Lorsque parvint à Montevideo la nouvelle de la bataille d’Arroyo Grande du , il fut nommé chef de l’armée dite "Armée de Réserve" (Parti Colorado), mise sur pied pour pouvoir faire face à l’armée uruguayenne de Manuel Oribe. Celui-ci, appuyé par Rosas, avait entrepris d’assiéger les colorados à Montevideo, déclenchant ainsi la Guerre civile uruguayenne ("Guerra Grande" en espagnol). Organisant efficacement la défense, Paz demeura à la tête de ce corps d’armée jusqu’à , puis passa au Brésil. De là, il retourna à Corrientes, où le nouveau gouverneur, Joaquín Madariaga, le nomma Directeur de la Guerra contre Rosas. Son principal dessein était d’attaquer Entre Ríos, alors dépourvue d’autorité par suite de l’absence du gouverneur Justo José de Urquiza, et, si possible, parvenir à Buenos Aires.