Israelin itsenäisyyssodan jälkeen Nablus päätyi Jordanian haltuun. Palestiinalaisille pakolaisille rakennettiin kaksi pakolaisleiriä sen lähelle. Kaupungin ja Ammanin välille kehittyi läheiset kauppasuhteet, itään kulkevaa tietä laajennettiin ja kaupunki alkoi nyt levittäytyä tähän suuntaan. Kuuden päivän sodan aikana Israel miehitti kaupungin ja sen lähelle perustettiin kolmas pakolaisleiri. Israel asetti alueen asukkaille joitakin kauppaa ja matkustamista koskevia rajoitteita, mutta kaupunki jatkoi kasvamistaan ja säilytti asemansa Länsirannan toiseksi suurimpana kaupunkina Jerusalemin jälkeen. Vuonna 1977 kaupunkiin perustettiin An-Najahin yliopisto, joka on nykyisin Palestiinan suurin. Ensimmäisen intifadan aikaan kaupungissa oli useita yhteenottoja palestiinalaisten ja israelilaissotilaiden välillä. Oslon rauhanprosessin tuloksena kaupunki päätyi Palestiinalaishallinnon alaisuuteen joulukuussa 1995. Huhtikuussa 2002 Israel miehitti jälleen kaupungin ja erityisesti sen vanhakaupunki kärsi tuhoja.