In der Gegenwart sind Flugkörperschnellboote allerdings aus der Mode gekommen. Grundsätzlich war das ursprüngliche Einsatzkonzept für diesen Schiffstyp auf Küstengewässer ausgelegt; niedrige Anschaffungs- und Unterhaltskosten durch geringe Größe wurden dabei mit schlechten Seeeigenschaften, beengten Verhältnissen an Bord, erschwerter Wartung und damit einhergehend einer vergleichsweise geringen Nutzungsdauer erkauft. In taktischer Hinsicht problematisch war dagegen vor allem die unzureichende Flugabwehr, die bei den meisten Schiffsklassen dieses Typs lediglich aus leichten bis mittleren Flugabwehrkanonen bestand. Als exemplarisch für diesen Mangel gilt dabei die Operation Attain Document, bei der sich libysche Flugkörperschnellboote und Korvetten der La-Combattante-IIa-Klasse und der Nanuchka-Klasse nicht gegen Luftangriffe durch Flugzeuge der United States Navy erwehren konnten.