W reprezentacji Czech Mareš zadebiutował 12 lutego 2002 roku w wygranym 2:0 meczu z Węgrami. W 2004 roku został powołany do kadry na Mistrzostwa Europy w Portugalii jako zmiennik dla Marka Jankulovskiego. Na Euro 2004 wystąpił tylko w jednym spotkaniu, grupowym wygranym 2:1 z Niemcami, a z imprezy tej przywiózł brązowy medal za 3-4. miejsce. W 2006 roku Pavel został powołany przez Karela Brücknera na Mistrzostwa Świata w Niemczech, jednak nie wystąpił w żadnym meczu, a Czesi nie wyszli z grupy.