Od pierwszych dni wojny przez Tarnów przechodziły tłumy uchodźców cywilnych przed działaniami wojennymi. Pierwsze bomby spadły 3 września. W nocy z 5 na 6 września miał miejsce najcięższy nalot na Tarnów. Bomby spadły m.in. na szpital powszechny i dom dla nieuleczalnie chorych przy ul. Starodąbrowskiej. Żołnierze polscy spalili cały budynek poczty przy ul. Urszulańskiej, aby zniszczyć przechowywane w nim dokumenty i księgi szyfrów. Ewakuowano szpitale wraz z chorymi zdolnymi do transportu. Prezydent Mieczysław Brodziński z częścią urzędników opuścił miasto. Na rozkaz gen. Kazimierza Fabrycego oddziały 24 Dywizji Piechoty opuściły pozycje nad Dunajcem i 7 września niemieckie oddziały zajęły Tarnów. W budynkach więzienia, kilku szkół i w magazynach Państwowej Fabryki Związków Azotowych i Domu Sportowym nad Białą umieszczono 7–8 tys. jeńców polskich, przetrzymywanych tam do przełomu października i listopada, kiedy wywieziono ich do obozów w Rzeszy. 25 września 1939 r. zlikwidowano polski Tymczasowy Zarząd Miejski i wszystkie komisje miejskie. Komisarzem cywilnym miasta (Stadtkommissar) został Ernst Kundt. W październiku 1939 r. Niemcy zburzyli pomniki Kazimierza Brodzińskiego i Józefa Szujskiego stojące przed I Gimnazjum. Zamknięto większość polskich instytucji, zakazano działalności organizacjom społecznym i politycznym. Wprowadzono reglamentację żywności. Rozpoczęły się aresztowania i rozstrzeliwania Polaków. Żydzi zostali zmuszeni do oznaczenia gwiazdą Dawida wszystkich sklepów, restauracji i kawiarni stanowiących przynajmniej w 50% ich własność. Od 4 października 1939 r. nakazano Żydom noszenie opaski z gwiazdą Dawida. Zarządzono też zwolnienie wszystkich Żydów zatrudnionych w aryjskich restauracjach, kawiarniach, sklepach i składach. 9 listopada 1939 r. w rocznicę pogromu zwanego „kryształową nocą” Niemcy zdewastowali i podpalili tarnowskie synagogi, sale modlitwy, a także siedzibę zarządu gminy żydowskiej przy ul. Nowej.