En catégorie junior, il commence à disputer des compétitions au niveau national. En 2007, à 17 ans, Ilnur Zakarin est champion d'Europe du contre-la-montre juniors, en devançant Michał Kwiatkowski. En juillet 2009, il est contrôlé positif à un stéroïde anabolisant (le méthandrosténolone) et est suspendu deux ans par la fédération russe de cyclisme.