Viene così acquistato dalla Sampdoria, contribuendo al ritorno dei liguri in A: segna infatti un gol nella semifinale d'andata dei play-off, in cui la sua squadra sconfigge per 2-1 il Sassuolo. Nel biennio che segue è invece determinante per la salvezza dei blucerchiati, assommando 19 reti in 63 presenze. Nella stagione 2014-15 risulta uno dei punti di forza per i genovesi, che ottengono la qualificazione in Europa League a scapito del Genoa: Éder va in gol per 9 volte, ricevendo anche la chiamata della Nazionale azzurra. Il 6 agosto 2015 trova la prima marcatura in campo internazionale, ma la Sampdoria viene eliminata dal Vojvodina nei preliminari di Europa League con il risultato complessivo di 4-2. Nel girone di andata del campionato 2015-16 segna 12 gol, tra cui il centesimo nel campionato italiano: a subirlo è proprio l'Empoli, il club che lo aveva fatto esordire.