В середине IV веке эпоха былого процветания закончилась. Сабрата, наряду с другими городами Северной Африки, неоднократно страдала от природных катастроф и нашествий диких племен. В 365 г. произошло землетрясение, сопровождавшееся цунами. На город неоднократно нападали дикие берберские племена гетулов () и австорианов (). В 363—365 гг. последние разорили окрестности триполийских городов Лептис Магны и Сабраты при попустительстве Романа, назначенного комитом Африки. Не исключено, что Сабрата была взята штурмом и сожжена. В последующие годы камни и плиты с надписями из разрушенных построек были использованы для ремонта общественных зданий форума и курии. Наконец, в 439 г. племена вандалов Гейзериха прокатились по всей Северной Африке. Они разрушили городские стены Сабраты, оставив жителей беззащитными перед нашествиями берберов. V—VI века стали временем постепенного угасания Сабраты несмотря даже на то, что при Юстиниане I в 533—534 гг. вандалы были разбиты, а город частично восстановлен. Половина Сабраты была обнесена стеной, а в припортовой части возведена новая базилика. Спустя столетие, после арабского завоевания Северной Африки VII в., когда центр политической и экономической жизни сместился в Триполи, Сабрата окончательно захирела. Приблизительно до XIV в. ряд поздних арабских историков (Мухаммад аль-Идриси в XII в., Ибн Хальдун в XIV в.) всё ещё упоминали крепость под названием Сабра, но жизнь на поселении замерла, вероятно, уже в VIII веке.