שמואל פאלאג'י נולד בפאס שבמרוקו בסביבות 1550, כבן למשפחת רבנים מקהילת המגורשים שבפאס. כאיש משכיל שדיבר שפות רבות, הוטלו עליו על ידי שלטונות מרוקו שליחויות דיפלומטיות שונות באירופה. אחרי ניצחונה הגדול של מרוקו בקרב שלושת המלכים ב-1578, ארצות אירופה - כולל ספרד הקתולית - רצו קשרים דיפלומטיים עם הממלכה השריפית. שליחותו הדיפלומטית הראשונה, אליה יצא יחד עם אחיו יוסף הייתה למדריד, שליחות שכנראה לא עלתה יפה. שמואל עורר בביקורו זה בספרד את חמתה של האינקוויזיציה, אולי משום שעזר לאנוסים לעזוב את הארץ ועודד אחרים לחזור ליהדות.