У 16-17. веку, за време Тридесетогодишњег рата у граду је било много занатских радњи. Верски рат није изостао ни у граду, између католичких Хабзбурга (Аустрија) и протестантске Трансилваније (Мађари). 1646. потписана је унгварска унија (ужгородска унија); црковна унија где су се православни свештеники придружили грко-католичкој цркви по принципу Брестовске уније из 1596. Церемонија је обављена на Унгаврском граду од стране Ватикана. 1707. године тврђави влада Ференц II Ракоци, вођа бунта против аустријских Хабзбурга. Буна је угушена 1711. када се мења и владар Ужгорода. У самој тврђави Ференц II Ракоци водио је преговоре са руским царом Петром Великим и Лујем XIV од Француске. Револуционарна традиција у Мађара се наставила до Аустријанаца и касније у 19. веку. 27. марта 1848. године Ужгород је подржао Мађарску револуцију.