El 20 de enero de 1839 las fuerzas restauradora del chileno Manuel Bulnes y del peruano Agustín Gamarra lograron la victoria de Yungay contra Santa Cruz que puso fin a la Confederación Perú-Boliviana. El 14 de febrero de 1839, el general Velasco, nuevo presidente de Bolivia, comunicó al gobernador de Jujuy el fin del estado de guerra y se mostró dispuesto a negociar el problema de Tarija. El 26 de abril de 1839 el general Rosas puso fin oficialmente a la guerra sin aprovechar la derrota de Santa Cruz para avanzar sobre Tarija, permitiendo que los propios tarijeños decidieran la cuestión, estos se mantuvieron del lado boliviano. El territorio de la Puna de Jujuy, Iruya y otras poblaciones ocupadas, fueron devueltas por Bolivia en marzo de 1839.