A disputa continuou até o final do século XIX e início do século XX. Inúmeras tentativas foram feitas para definir as fronteiras, mas ambos os governos não conseguiam lidar com um acordo aceitável para seus constituintes. A guerra entre a Colômbia e o Peru ocorreu durante 1932 e 1933 na região oriental do território da Amazônia e resultou na designação oficial do rio Putumayo como uma fronteira entre a Colômbia e o Peru, mas os setores da sociedade consideraram esta prejudicial para a causa equatoriana, com a Colômbia neste momento reconhecendo os direitos do Peru para o território que o Equador reivindicava como sendo seus. Um acordo reconhecendo territórios em posse "de facto" por cada país foi assinado em 1936, mas escaramuças militares menores começaram a ocorrer em 1938. As tensões aumentaram, e a guerra eclodiu em julho de 1941, e oficialmente chegou ao fim com a assinatura do Protocolo do Rio de Janeiro em 29 de janeiro de 1942. O tratado tinha a intenção de, finalmente, trazer a longa disputa territorial ao fim, mas em 1960, o então presidente do Equador Dr. José María Velasco Ibarra propôs ao Congresso uma tese de nulidade com base no fato de que o protocolo de 1942 foi forçado sob o governo equatoriano sob coação.