Während der Herrschaft des jakobinischen Wohlfahrtsausschusses wurden im November 1793 neben anderen Revolutionären auch die Schöpfer der Zivilkonstitution des Klerus hingerichtet. Neun von zehn der konstitutionellen Geistlichen schworen dem Priesterstand ab und verließen die Kirche oder gingen wie die Eidverweigerer in den Untergrund. Nach dem Ende der Terrorherrschaft im Sommer 1794 beschloss der Nationalkonvent am 18. September die Trennung von Kirche und Staat und schaffte alle Unterstützungsleistungen für die Geistlichkeit ab, womit die Zivilverfassung des Klerus gegenstandslos wurde. Am 21. Februar 1795 wurde die Kultfreiheit gesetzlich verankert. Die Direktoriumsverfassung vom Herbst 1795 verlangte von den Priestern nur noch die allen Bürgern vorgeschriebene Erklärung des Gehorsams gegenüber den Gesetzen der Republik. Mit einem nicht offiziell veröffentlichten Breve vom 5. Juli 1796 erklärte der Papst, der durch den Italienfeldzug Napoleons unter Druck geraten war, das bloße Gehorsamsversprechen für zulässig. Dennoch kam es auch nach 1795 noch zu repressiven Dekreten, die die Ausbürgerung jener Geistlichen anordneten, die als Eidverweigerer verbannt worden waren oder die Republik weiterhin nicht anerkannten. Besonders die in den Jahren 1795 bis 1797 vollzogene Angliederung Belgiens an Frankreich führte zu Konflikten mit dem dortigen Klerus; 1798/99 kam es dort – unter anderem wegen des vorgeschriebenen Priestereids – zu einem Bauernaufstand („Boerenkrijg“).