Duffner tävlade i stora backen under Skid-VM 1991 i Val di Fiemme i Italien och blev nummer 15. Under Skid-VM 1993 i Falun i Sverige tävlade han i båda individuella grenarna och blev nummer 28 i normalbacken och nummer 10 i stora backen. I Skid-VM 1997 i Trondheim i Norge deltog Duffner i tävlingarna i stora backen. I den individuella tävlingen blev han nummer 25 och i lagtävlingen vann han en bronsmedalj tillsammans med Martin Schmitt, Hansjörg Jäkle och Dieter Thoma. Under Skid-VM 1999 i Ramsau am Dachstein i Österrike startade Duffner i samtliga grenar. Han blev nummer 14 (normalbacken) och 18 (stora backen) i de individuella tävlingarna. I lagtävlingen vann Tyskland (Sven Hannawald, Christof Duffner, Dieter Thoma och Martin Schmitt) VM-guldet 1,9 poäng före Japan. I sitt sista Skid-VM i Val di Fiemme 2003 blev han nummer 20 i normalbacken och nummer 24 i stora backen.