Wichterle werd in 1971 vanwege zijn rol bij het ontstaan van het Manifest van 2000 woorden uit de leiding van het instituut verbannen. Ook werd hij in zijn wetenschappelijke werk zeer beperkt, omdat het communistische regime hem de communicatie met buitenlandse wetenschappers onmogelijk maakte. Pas na de Fluwelen revolutie werd Wichterle gerehabiliteerd en werd hij van 1990 tot de splitsing van Tsjecho-Slowakije de president van de Academie van Wetenschappen.