Toisen maailmansodan aikana Schleyer oli länsirintamalla. Rintamalta hän sai tehtävän Prahan opiskelijaliitossa. Hän oli töissä Bernhard Adolfilla, joka oli saksalainen taloustieteilijä protektoraatissa. Juuri Adolf toi Schleyerin virkoihin Määrissä ja Böömissä. 5. toukokuuta 1945 Schleyer pakeni Prahasta. Sodan jälkeen hän oli SS-upseeriutensa vuoksi liittoutuneiden sotavankina kolme vuotta. Hänet vapautettiin vuonna 1948.