Oleh kerana China berada di bawah penaklukan Empayar Mongol, semua negara bawahan China kemudiannya dikendalikan oleh maharaja Mongol China. Pada awal tahun 1292, Kublai Khan dikatakan telah menghantar ekspedisi ke utara Borneo, sebelum berangkat untuk Pencerobohan ke Jawa pada tahun 1293. Hasil daripada kempen ini, dipercayai bahawa banyak pengikutnya selain pedagang Cina lain akhirnya menetap dan mendirikan jajahan mereka sendiri di Sungai Kinabatangan (). Pada abad ke-14, ()Brunei menjadi negara yang ditaklukan oleh penguasa Majapahit tetapi pada tahun 1370 mengalihkan kesetiaannya kepada dinasti Dinasti Ming dari China. Maharaja Karna dari Borneo kemudian mengadakan lawatan ke Nanjing bersama keluarganya sehingga kematiannya. Dia digantikan oleh puteranya Hsia-wang yang bersetuju untuk mengirim penghormatan ke China dengan kekerapan tiga tahun sekali. Sejak itu, orang Cina dengan menggunakan kapal Jong datang ke Borneo utara dengan membawa muatan rempah, sarang burung, sirip hiu, kapur barus, rotan dan mutiara. Lebih ramai peniaga Cina akhirnya menetap di Kinabatangan, seperti yang dinyatakan dalam catatan Brunei dan Sulu. Seorang adik perempuan Ong Sum Ping (Huang Senping), Gabenor penempatan orang Cina kemudian kahwin dengan Sultan Ahmad dari Brunei. Mungkin kerana hubungan ini, sebuah tempat perkuburan dengan 2.000 keranda kayu, kira-kira berusia 1,000 tahun, ditemui di Gua Agop Batu Tulug di daerah Kinabatangan (). Dipercayai bahawa budaya pemakaman jenis ini dibawa oleh pedagang dari Tanah besar China dan Indochina ke utara Borneo kerana keranda kayu serupa juga ditemui di negara-negara ini. Di samping penemuan seramik Cina dari kapal karam di Tanjung Simpang Mengayau yang dianggarkan dari 960 hingga 1127 Masihi milik Dinasti Song dan Vietnam (drum Đông Sơn drum) di Bukit Timbang Dayang pada Pulau Banggi yang telah wujud antara 2.000 hingga 2.500 tahun yang lalu.