Był synem Edwarda Eichlera, aptekarza w drugim pokoleniu. Dziad Witolda, Karol Ferdynand Eichler brał udział w wyprawie Napoleona na Moskwę. Stryj Bogumir Eichler (1843–1905) był botanikiem, powstańcem styczniowym. Rodzina była pochodzenia niemieckie, ale uzyskała szlachectwo i pieczętowała się herbem Dębnik. Zupełnie spolonizowani, Eichlerowie byli wyznania luterańskiego.