Bejt Še'arim byl založen v roce 1936. Vesnice byla nazvána podle nedaleké stejnojmenné lokality Bejt Še'arim, kde stávalo ve starověku židovské město. Novověké židovské osídlení této lokality je ale staršího data. Pozemky v prostoru nynější vesnice vykoupil Židovský národní fond z Jugoslávie. V roce 1926 se tu usadili první obyvatelé. Čelili ale ekonomickým potížím a nedostatku vody. V roce 1930 v upadající komunitě zůstávalo jen 8 rodin. V témže roce se ale v okolních židovských osadách zformovala skupina aktivistů nazvaná Irgun Efrajim (ארגון אפרים), kteří si za cíl stanovili nové osídlení této lokality. Mělo jít i o reakci na arabské nepokoje v roce 1929, které postihly tehdejší mandátní Palestinu a připravily o domov mnohé zdejší Židy. Po šest let se jen připravovali na svoji misi. Na místě se usadili až roku 1936. V té době zde už z původních osadníků jugoslávského původu zůstávaly jen tři rodiny.