Селището е споменато за пръв път през 1469 г., когато руски войници са се спирали тук, на път към Казанското ханство. Според разкопки, обаче, мястото на Чебоксари е било обитавано и по-рано. Българският град Веда Сувар се е появил тук след монголското нашествие във Волжка България през 13 век от преселници от град Сувар. Сегашното име на града се предполага, че произлиза от тюркското Чабаксар. Чувашкото име Шупашкар означава буквално „крепост на чувашите“.