Saksan kansallissosialistinen työväenpuolue erotti Elmshornin pormestarin virastaan 1933. Kristalliyönä 10. marraskuuta 1938 poltettiin Flamwegin varrella sijainnut synagoga. Rautatiesolmukohtansa ja teollisuutensa vuoksi Elmshornia pommitettiin tiuhaan toisen maailmansodan aikana. Brittien ilmahyökkäyksessä 3. elokuuta 1943 kuoli 62 ihmistä ja haavoittui 150, sillä runsaan pilvisyyden johdosta Hampuriin suunnatut pommit piti pudottaa Elmshorniin. Kun brittien nopeasta etenemisestä keväällä 1945 oltiin täysin varmoja, Elmshorniin pystytettiin väliaikainen antifasistinen hallinto 3. toukokuuta. Pormestari pantiin viralta ja kansallissosialistijohtajat pidätettiin. Schleswig-Holsteinin provinssin johtaja ja kansallissosialistinen aluejohtaja ("Gauleiter") Hinrich Lohse yritti tukahduttaa tämän kansannousun väkivaltaisesti Pinnebergistä käsin. Paikalle tulleet brittijoukot riisuivat kuitenkin Lohsen poliisijoukot aseista ja estivät operaation. Elmshornin irtaantuminen kansallissosialismista ennen miehitysjoukkojen saapumista oli ainutkertaista Saksassa.