Bale loukkaantui joulukuussa 2016 ja joutui olemaan sairauslomalla neljä kuukautta nilkkaleikkauksen vuoksi. Erinäisten loukkaantumisten takia hän ei pystynyt pelaamaan seurajoukkueiden MM-kilpailuissa eikä UEFA Super Cupissa. Balelta jäi väliin myös LaLigan ratkaiseva päätöskierros, ja Mestarien liigan loppuottelussa hän pääsi kentälle vasta 77. minuutilla, jolloin Real Madrid johti ottelua jo 3–1. Kollektiivisesti kausi 2016–2017 oli kuitenkin Real Madridin seurahistorian menestyksekkäin. Joukkue voitti yhteensä neljä titteliä Mestarien liigasta, LaLigasta, seurajoukkueiden MM-kilpailuista ja UEFA Super Cupista.