Сезон 2002/03 Анрі провів на хорошому рівні, забив 32 м'ячі і віддав 23 гольових паси, «Арсенал» втратив звання чемпіона, але знову виграв Кубок Англії. Упродовж усього сезону форвард посідав перше місце в списку бомбардирів ліги, в кінцівці лише на один гол поступився голландцю Руду ван Ністелрою. Втім, його назвали гравцем року за версією футболістів ПФА і Асоціації футбольних журналістів, в голосуванні на звання гравця року за версією ФІФА посів друге місце, програвши співвітчизнику — Зінедіну Зідану, який лідирував з великою перевагою. У сезоні 2003/04 «Арсенал» виглядав як ніколи добре й повернув собі чемпіонське звання. Анрі був одним з лідерів команди, разом з такими гравцями як Денніс Бергкамп, Патрік Вієйра і Робер Пірес, він досягнув феноменального результату — в регулярному чемпіонаті клуб жодного разу не зазнав поразки, чого нікому не вдавалося вже понад сто років. Футболіста знову номінували на гравця року за версією ФІФА, але за підсумками голосування він знову опинився на другій позиції — цього разу його обійшов бразилець Роналдінью. З 39-ма голами французький спортсмен посів перше місце в суперечці бомбардирів ліги і одержав «Золоту бутсу». На чемпіонат Європи 2004 року Анрі приїхав у статусі зірки, але Франція поступилася у чвертьфіналі Греції.