За сборную Болгарии Янкович провёл 30 матчей, забил два гола. Дебютировал за сборную в феврале 2002 года в товарищеском матче против команды Хорватии, который закончился со счётом 0:0. Также Янкович был в составе сборной на Чемпионате Европы 2004 года в Португалии.