3 червня 1997 року дебютував в офіційних матчах у складі національної збірної Бразилії, коли його збірна розійшлася миром 1:1 з Францією на товариському Французькому турнірі. Друга і остання гра Пауло Нунеса за збірну відбулася 29 червня 1997 року на Кубку Америки 1997 року у Болівії проти господарів турніру. Це була фінальна гру турніру, в якій Нунес вийшов на поле на 67 хвилині замість Едмундо, а його команда обіграла суперника з рахунком 3:1 і здобула титул континентального чемпіона.