Υπήρξε βασικό στέλεχος της εθνικής Λιθουανίας με την οποία έχει κατακτήσει τρία μετάλλια. Το 2000 κατέκτησε το χάλκινο μετάλλιο στους Ολυμπιακούς Αγώνες με την ομάδα της Λιθουανίας. Μετά αγωνίστηκε Ευρωμπάσκετ 2001 και το 2003 κατέκτησε το χρυσό μετάλλιο στο Ευρωμπάσκετ της Σουηδίας. Ο Ραμούνας Σισκάουσκας ολοκλήρωσε το τουρνουά με μέσο όρο 14,8 πόντους. Συμμετείχε και στο Ευρωμπάσκετ 2005. Το 2007 κατέκτησε το χάλκινο μετάλλιο στο Ευρωμπάσκετ της Ισπανίας νικώντας στον μικρό τελικό την Εθνική Ελλάδος με 69-78. Ο ίδιος σημείωσε 13,8 πόντους, 3,9 ριμπάουντ και 2,6 ασίστ. Στο τέλος του έτους, ανακηρύχθηκε ο καλύτερος αθλητής της Λιθουανίας για το 2007. Ο Σισκάουσκας επίσης έχει πάρει μέρος σε άλλες δυο Ολυμπιάδες της Αθήνας το 2004 και του Πεκίνου το 2008. Μετά την Ολυμπιάδα του Πεκίνου, όπου είχε 11 πόντους και 4 ριμπάουντ ανά παιχνίδι, ανακοίνωσε την απόσυρσή του από την εθνική.