À la mort du deuxième calife bien guidé ʿUmar en 644, ʿUṯmān ibn ʿAffān, un des tout premiers compagnons du Prophète et membre des Banū ʾUmayyah, lui succède. Initialement, il maintient les différents gouverneurs nommés par son prédécesseur à leur poste, mais, progressivement, commence à les remplacer par des Banū ʾUmayyah ou des membres du clan plus large des Banū ʿAbd Šams. Ainsi, Muʿāwiyah reste gouverneur de Syrie et d'autres membres du clan sont nommés gouverneurs de territoires conquis en Irak et en Iran. Marwān ibn al-Ḥakam, cousin de ʿUṯmān, devient son conseiller principal. En 645-646, ʿUṯmān ajoute la Djézireh aux territoires gouvernés par Muʿāwiyah et accède favorablement à sa demande de prendre possession de toutes les terres byzantines en Syrie afin de financer ses troupes. Même s'il est un membre important du clan des Banū ʾUmayyah, ʿUṯmān n'est généralement pas considéré comme faisant partie de la dynastie omeyyade car élu par consensus parmi le cercle restreint des dirigeants musulmans ; d'ailleurs, il n'essaie jamais de nommer un membre de son clan à sa succession. Néanmoins, à la suite de sa politique, les Banū ʾUmayyah retrouvent la puissance qu'ils avaient perdue après la conquête de la Mecque. Cette politique finit par provoquer l'ire de l'élite musulmane ne faisant pas partie des Banū ʾUmayyah. ʿUṯmān est assassiné à la suite de protestations en 656, déclenchant la Grande discorde ou Première Fitnah. Selon l'historien Hugh N. Kennedy, l'assassinat de ʿUṯmān est expliqué par sa détermination à centraliser le pouvoir de l'État entre les mains de l'élite de Qurayš, particulièrement son clan qu'il estime avoir la compétence et l'expérience nécessaires pour gouverner, aux dépens de nombreux premiers musulmans.