После вступления США во вторую мировую войну в декабре 1941 года Чёрч занял пост заместителя начальника штаба по оперативной деятельности а затем стал и начальником штаба 45-й пехотной дивизии. Он служил в дивизии с 1943 по 1944 годы, в то время дивизия участвовала в высадке на Сицилии, многочисленных битвах Итальянской кампании, высадке на юге Франции. Затем Чёрч возглавил 157-й пехотный полк, в сентябре 1944 года был произведён в бригадные генералы и стал заместителем командира (ADC) 84-й пехотной дивизии. Ближе к концу войны Чёрч получил новое ранение в ходе наступления дивизии из Голландии к реке Эльба.