Le l'URSS, conformément au pacte Hitler-Staline signé l'année précédente, occupe le Bessarabie et la Bucovine du nord. Une première vague de terreur et de déportations, sous l'égide du NKVD et en direction du Goulag, s'abat sur le pays, visant en priorité tous les moldaves ayant servi l'état roumain, les instituteurs, les prêtres, et les paysans possédant du bétail ou de la terre, étiquetés « koulaks ». En , les troupes allemandes et roumaines (dont le pouvoir est à ce moment entre les mains du « Pétain roumain » Ion Antonescu, qui a renversé le gouvernement pro-Allié en ), attaquent l'URSS. Les Roumains ré-occupent pour quatre ans la Bessarabie et la Bucovine ainsi que la Podolie située entre le Dniestr et le Boug, à partir du nord de Bar en RSSU, que l'Allemagne et la Roumanie décident d'administrer sous le nom de Transnistrie. Une deuxième vague de terreur et de déportations s'abat sur le pays, ciblant cette fois les Juifs, accusés en bloc d'avoir servi l'URSS et dénoncé au NKVD les anciens fonctionnaires ou prêtres roumains. La Roumanie fasciste fait de la Transnistrie une sorte de « Sibérie roumaine » où les armées allemandes et roumaines déportent Juifs, Roms et résistants (beaucoup y mourront de faim, de froid et de dysenterie ; d'autres furent enfermés dans des hangars arrosés d'essence et brûlés vifs).