Morgan Klimchuk vertrat sein Heimatland mit der kanadischen Nationalmannschaft erstmals beim Ivan Hlinka Memorial Tournament 2012. Beim Goldmedaillengewinn der Kanadier kam er in fünf Partien zum Einsatz und erzielte dabei ein Tor. Seinen zweiten Einsatz für die kanadische Auswahl hatte Klimchuk bei der U18-Junioren-Weltmeisterschaft 2013. Die Kanadier beendeten das Turnier nach einem Finalerfolg gegen die US-amerikanische Mannschaft auf dem ersten Platz. Klimchuk erzielte dabei in sieben Partien drei Tore und fünf Torvorlagen und war damit hinter Connor McDavid zweitbester Scorer der Kanadier.