У 1861 у Львові він почав видавати газету "«Голос»" (), на сторінках якої надрукував промову Агатона Ґіллера "«Послання до всіх співвітчизників на польських землях»", за що був звинувачений владою Австро-Угорщини в державному злочині, його видання було закрито, а сам він потрапив у в'язницю. У жовтні 1861 Качковський був засуджений до семи років суворого тюремного ув'язнення, але вже в грудні 1862 помилуваний указом імператора Франца Йосипа I. Брав участь в Січневому польському повстанні 1863.