В 1989 году, в период Бархатной революции, Иван Медек вернулся на родину из ссылки. В 1993 году он вошёл в состав Канцелярии президента Чехии Вацлава Гавела, заняв пост директора Департамента внутренней политики, а в 1996—1998 годах Медек находился на должности руководителя Управления делами президента (канцлера).