Af væsentlige ledelsesopgaver havde Pershing kommandoen over den amerikanske hærs 8. brigade, som i 1916 foretog en straffeekspedition ind i Mexico under den mexicanske revolution, med det formål at finde og tilbageholde den mexicanske oprørsleder Pancho Villa, som tidligere samme år angreb med 1.500 mexicanere over den amerikanske grænse i protest mod at USA havde anerkendt Venustiano Carranzas nydannede regering samt amerikanske styrker i Europa under første verdenskrig.