Dengan keputusan sederhana, Baldini dipecat. Hingga Disember 2011, kelab ini kehilangan empat jurulatihnya sejak musim 2009-10. Kelab ini kekal di Serie B dramatiknya pada musim 2011-12. Selepas musim hambar, Empoli hampir tersingkir apabila menduduki tempat ke-18 dan hanya selamat satu mata dan bermakna mereka pula beraksi pada play-off penyingkiran menentang Vicenza. Akhirnya, "Azzurri" menang perlawanan ini 3-2 selepas ketinggalan 2-0 pada 30 minit terakhir. Pada musim 2012–13 menyaksikan kelab ini menduduki tempat keempat liga tetapi tewas pada perlawanan akhir play-off kepada Livorno. Kelab ini secara rasminya "pulang" ke Serie A pada musim musim berikutnya selaku naib juara di belakang Palermo. Sejak itu, Empoli menghuni Serie A sehingga kini dengan menamatkan musim di tempat ke-15 pada musim 2014–15 dan ke-10 pada musim 2015–16.