이 상황에서 이집트 원정을 떠나 있던 나폴레옹은 몇 명의 부하만 데리고 이집트를 탈출하여 프랑스로 돌아가 11월 9일, 브뤼메르 18일 쿠데타를 일으켜 통령정부를 세우고 제1집정에 취임하여 독재 권력을 쥐게 된다. 1800년 나폴레옹은 반격을 위해 알프스 산맥을 넘어 북부에 진출했다. 6월 14일 〈마렝고 전투〉에서 프랑스군은 오스트리아군의 급습을 받아 궁지에 몰렸지만, 반격에 성공한다. 모로가 이끄는 라인 방면군도 12월 3일 〈호엔린덴 전투〉에서 오스트리아군에게 승리했다. 이듬해 오스트리아는 《뤼네빌 조약》을 체결하고 프랑스와 강화했다.