পরবর্তীতে ১৯৫৬ সালে সুয়েজ সংকট নামক দ্বিতীয় আরব-ইসরায়েল যুদ্ধে মিশরের সরকার তাদের দেশের ইহুদিদের উপর অত্যাচারের মাত্রা বাড়িয়ে তুলে এবং অনেক ইহুদিদের নাগরিকত্ব বাতিল করে তাদের দেশ থেকে বিতাড়িত করে। সেই সময় এলি কোহেন-কেও মিশর ছাড়তে বাধ্য করা হয়। সেই সময় ইহুদি সংস্থার সহায়তায় ইতালির নেপলস শহর দিয়ে হাইফা বন্দরে এসে কোহেন অবশেষে ইসরায়েলে পদার্পণ করেন। এরপর ১৯৫৭ সালে কর্মস্থল হিসেবে ইসরায়েলের প্রতিরক্ষা বাহিনীতে তিনি যোগদান করেন এবং ইসরায়েলের সামরিক গোয়েন্দা শাখায় "প্রতি-গোয়েন্দা বিশ্লেষক (কাউন্টার-ইন্ট্যালিজেন্স অ্যানালাইসিস)" হিসেবে কর্মজীবন শুরু করেন। কিন্তু এই কাজে আগ্রহ হারিয়ে কোহেন বরং মোসাদে ঢুকার চেষ্টা করেন। কিন্তু মোসাদ কর্তৃক প্রতাখ্যাত হওয়ায় তিনি রুষ্ট হন এবং সেনাবাহিনীর হয়ে প্রতি-গোয়েন্দা বিশ্লেষণ কাজেও ইস্তফা দেন। এর পরের দুই বছর তেল আবিবের একটি ইন্স্যুরেন্স কোম্পানীতে কোহেন কেরানী হিসেবে চাকরি করেন। ১৯৫৯ সালে কোহেন উদারপন্থী লেখক সামি মাইকেলের বোন "নাদিয়া মাজাল্ড" নামক এক ইরাকি-ইহুদি নারীকে বিয়ে করেন। নাদিয়ার সাথে এলি কোহেনে "সোফি", "ইরিত" আর "শাই" নামের ৩ টি সন্তান আছে এবং বিয়ের পর কোহেন-পরিবার তেল আবিব শহরের দক্ষিণে বাত ইয়াম শহরে বসবাস করতে শুরু করে।