Под командованием контр-адмирала Фрэнка Джека Флетчера весной 1942 г. авианосец принял участие в сражении в Коралловом море. Силами его 5-й авиагруппы в составе 20 истребителей Грумман F4F «Уайлдкет», 38 пикирующих бомбардировщиков Дуглас SBD-5 «Донтлесс» и 13 торпедоносцев Дуглас TBD «Девастейтор» 7 мая был потоплен лёгкий авианосец «Сёхо». На следующий день пикирующие бомбардировщики «Йорктауна» поразили авианосец «Сёкаку». Но японские торпедоносцы B5N «Кейт» и пикирующие бомбардировщики «Вэл», прорвались к американскому авианосцу, несмотря на плотные порядки истребителей и зенитный огонь. Одна из бомб попала в полётную палубу, нанеся значительные повреждения. Прежде чем разорваться, бомба прошила три палубы. Возникли многочисленные очаги пожара, которые были потушены, и корабль смог вернуться в Пёрл-Харбор для ремонта.