21 kwietnia 1933 roku objął stanowiska pruskiego sekretarza stanu oraz ministra finansów, chociaż do tego czasu nie należał jeszcze do partii NSDAP. Według doniesień południowoniemieckiego wydania magazynu "Völkischer Beobachter" z 1 lutego 1937 roku (według niektórych źródeł – z roku 1939), Popitzowi zaoferowano złote insygnia partii nazistowskiej, który ten zgodził się przyjąć. Po tzw. nocy kryształowej ("Kristallnacht") (9 listopada 1938) Popitz zaprotestował przeciw masowym prześladowaniom Żydów, ogłaszając swoją dymisję, która jednak nie została przyjęta.