Na de Olympische Winterspelen in Turijn zegden een aantal schaatsers af voor het WK Allround 2006 in Calgary. Janmaat was tweede reserve en mocht na zes jaar afwezigheid weer aantreden op een internationaal toernooi. Het kampioenschap sloot hij als negende af wat hem de beste Nederlander maakte na Sven Kramer, die derde werd. Het jaar daarop sloot hij na het NK Allround zijn schaatscarrière af en is hij assistent-trainer geworden van Jac Orie.