Mike Zigomanis begann seine Karriere als Eishockeyspieler in der kanadischen Top-Juniorenliga Ontario Hockey League, in der er von 1997 bis 2001 für die Kingston Frontenacs aktiv war. In dieser Zeit wurde er zunächst im NHL Entry Draft 1999 in der zweiten Runde als insgesamt 64. Spieler von den Buffalo Sabres ausgewählt. Da diese ihn in den folgenden beiden Jahren nicht unter Vertrag nahmen, konnte der Angreifer im NHL Entry Draft 2001 in der zweiten Runde als insgesamt 46. Spieler von den Carolina Hurricanes ausgewählt werden.