Rooney gab sein Debüt am 12. Februar 2003 gegen Australien, damit wurde er der jüngste Spieler, der je in Englands Nationalmannschaft gespielt hatte. Dieser Rekord hielt bis zum Einsatz von Theo Walcott im Mai 2006. Rooney ist derzeit der jüngste Spieler, der je für die englische Nationalmannschaft ein Tor erzielte (2003 gegen Mazedonien). Rooney nahm 2004 an der Europameisterschaft teil. Am 17. Juni 2004 wurde er der jüngste Spieler, der je bei einer EM ein Tor erzielte. Dieser Rekord wurde vier Tage später vom Schweizer Johan Vonlanthen gebrochen. Im Viertelfinalspiel gegen Portugal (24. Juni 2004) verletzte sich Rooney am Mittelfußknochen. England schied im Elfmeterschießen aus. Rooney wurde ins offizielle „Euro 2004 All-Star“-Team gewählt und war bester Torschütze der englischen Mannschaft.