В 2003/2004 сезоне Хески сталкивается с конкуренцией со стороны Милана Бароша за место в стартовом составе. В январе 2004 года Эмил получил травму подколенного сухожилия в матче против «Ньюкасл Юнайтед» и выбыл на 3 недели. Несмотря на все сложности, Хески смог забить больше, чем в прошлом сезоне (12 голов) и попал в заявку сборной Англии на Евро-2004.