In occasione dell'invasione francese e della fine della Repubblica, si mostrò subito ostile al nuovo governo filo-francese, respingendone l'autorità e rifiutando gli ordini impartiti da esso, del che, poi, fu sollevato dall'incarico e si ritirò a Vienna, dove fu accolto con tutti gli onori. Dopo il trattato di Campoformio e la cessione di Venezia all'Austria, nel 1798 fece ritorno in patria, dove fu nominato comandante generale della neonata Marina Austro-Veneta ed ispettore generale dell'Arsenale, venendo immediatamente cooptato nel Consiglio Segreto dell'Impero ("Geheimer Rat").