W reprezentacji Polski debiutował 10 października 1937 w meczu z Jugosławią. Było to spotkanie eliminacyjne Mistrzostw Świata 1938, Polacy zwyciężyli w nim 4:0. Swój drugi, a zarazem ostatni mecz w kadrze rozegrał niemal rok później – 25 września 1938 Polska przegrała z Łotwą 1:2, a Habowski strzelił honorową bramkę dla polskiego zespołu. Został powołany do szerokiej kadry na Mistrzostwa Świata 1938, jednak nie znalazł się wśród piętnastu zawodników zabranych przez selekcjonera Józefa Kałużę do Francji.