Після цього на чемпіонаті світу 2002 року в Японії і Південній Кореї та чемпіонаті Європи 2004 року у Португалії, а Генріксен також був незамінним гравцем основи. Програний збірній Чехії чвертьфінал Євро-2004 став останнім матчем в міжнародній кар'єрі Рене. При цьому після чемпіонату світу 2002 року він був капітаном збірної. Всього протягом кар'єри у національній команді, яка тривала 7 років, провів у формі головної команди країни 66 матчів, в тому числі 25 як капітан.