El 3 de novembre de 2013 és elegit, mitjançant procés de primàries dins del propi PA, candidat a la Junta d'Andalusia per a les Eleccions al Parlament d'Andalusia de 2015, per un resultat del 76'97% davant de l'altre candidat, Sergio Flores. Després de la dissolució acordada del PA a setembre de 2015, Antonio Jesús Ruiz es convertiria en l'últim secretari general de la formació.