Erst nach der samtenen Revolution von 1989 konnten das Priesterseminar und die theologische Fakultät in Prešov gegründet werden. In den 1990er Jahren passte der Vatikan die Bistumsorganisation der Katholiken des byzantinischen Ritus den neuen politischen Gegebenheiten an. Nach dem Zerfall der Tschechoslowakei (1993) entstand 1996 für die Gläubigen der Griechisch-katholischen Kirche in Tschechien das Prager Exarchat. 1997 wurde das Exarchat von Košice gegründet.