Lors des guerres de religion, les protestants s'emparent de la forteresse et occupent la ville en 1562, mais celles-ci sont reprises par les armées du roi , six mois plus tard. Lors de la Journée des barricades (1588), les partisans de la Sainte Ligue investissent le château. En 1590, le marquis d'Alègre, gouverneur de Gisors, partisan d', alors roi de France et de Navarre, prend le château, sans conquérir la ville. Assiégé et canonné par Claude de Lorraine chevalier d'Aumale il est contraint à la reddition trois jours plus tard. Apprenant à Gaillon la nouvelle, est furieux de cette action prématurée. Resté en Normandie, il bat l'armée du duc de Mayenne à Ivry.