1803 zogen im Verlauf der napoleonischen Kriege französische Truppen unter Édouard Adolphe Mortier in Kurhannover ein und besetzten Nienburg. Während der bis 1805 anhaltenden französischen Besetzung wurden die Festungsbauarbeiten fortgesetzt, bei denen zeitweise 600 Arbeiter pro Tag eingesetzt wurden. Nachdem Preußen eine Allianz mit Frankreich eingegangen war, zogen 1806 preußische Truppen mit rund 2000 Mann in Nienburg ein. Unter ihrem Kommando kam es zu den letzten Arbeiten an den Festungsanlagen. Eine einschneidende Maßnahme war die Anordnung des Nienburger Festungskommandanten Ludwig von Strachwitz zur Einebnung von Gärten und Gebäuden rund um Nienburg. Damit sollten die Kanonen ein freies Schussfeld erhalten und Angreifern die Deckungsmöglichkeiten genommen werden. Infolge der Niederlage Preußens in der Schlacht bei Jena und Auerstedt übergab Ende 1806 von Strachwitz Stadt und Festung kampflos französischen Truppen unter Leone Baptiste Dumonceau. 4000 Preußen kamen in französische Gefangenschaft. Dafür wurde Strachwitz 1809 von einem Militärgericht zu vier Jahren Festungshaft verurteilt.