Az ezredforduló után Scholes állandó tagjává vált a válogatott középpályájának. A 2002-es Vb-n is szerepelt a nemzeti csapattal. Sven-Göran Eriksson érkezése után gyakran balszélsőként kellett játszania, mivel a svéd mester Steven Gerrardot és Frank Lampardot játszatta középen. A 2004-es Eb után visszavonult a válogatottságtól, mondván, fontosabb neki a családja és a Manchester United. Később Steve McClaren és Fabio Capello is próbálta visszacsábítani, de minden alkalommal nemet mondott.