29 Haziran 1917'de Mısır Seferi Kuvvetleri "(Egyptian Expeditionary Force)" komutanlığına atandı. Süvari ve hareketli birliklerin kalıplaşmış savaş taktiklerinde yaptığı değişiklikler şaşkınlık uyandırdı. 1917 Ekim ayı sonunda başlattığı taarruzla Birüssebi ve Gazze'yi ele geçirdi. Gazze'deki karargâhından Cemal Paşa yönetimindeki Osmanlı kuvvetlerine karşı genel taarruz başlattı. 9 Aralık'ta düşen Kudüs'e, 11 Aralık günü kentin dini kimliğine saygı ifadesi olarak yaya girdi ve Filistin yönetimini kurdu. Uzun bir aradan ve 15 Eylül 1918'de Bakü Muharebesi (1918) sonucunda Azerbaycan Osmanlı hakimiyetine girdikten bir gün sonra 16 Eylül 1918'de yeniden saldırıya geçen Allenby, 19 Eylül'de Megiddo'da Mareşal Liman von Sanders komutasında üç ordudan oluşan Osmanlı Yıldırım Ordular Grubu'nu tamamen imha edip, Nablus Hezimetine uğratarak büyük bir zafer kazandı. 1 Ekim'de Şam, 16 Ekim'de Humus ve 25 Ekim'de Halep İngilizlerin eline geçti. 8 Ekim'de ateşkes talep eden Türk tarafının isteği kabul edilerek, 30 Ekim'de Mondros Mütarekesi imzalandı.