1956-ban Ben-Gúrión vezetése alatt Peresz és Móse Daján vezették a Franciaországgal folytatott tárgyalásokat és a Sínai háború előkészítését. 1959-ben, miután a Knesszet tagjává választották, Ben-Gúrión kinevezte a védelmi miniszter helyettesévé, mely pozíciót hat évig töltötte be. Ez alatt az idő alatt ő irányította Izrael védelmi beszerzési, kutatási és gyártási tevékenységeit, valamint folytatta a légi-, elektronikai és nukleáris ipar fejlesztését.