1989. január 1-jén visszakapta engedélyét és ismét papként szolgálhatott. Először Klatovyi járás, majd a Šumava településein. A Bársonyos forradalmat követően, 1990. február 14-én II. János Pál pápa a České Budějovice-i egyházmegye püspökének nevezte ki. 1991. március 27-én II. János Pál pápa František Tomášek utódjaként prágai érseknek nevezte ki. Bíborosi címtemploma a római Santa Croce in Gerusalemme bazilika volt. Hivatalát június 1-jén foglalta el. 1992-ben a Cseh Püspöki Konferencia elnökévé választották. Ezt a tisztséget 2001-ig tartotta meg. XVI. Benedek pápa 2010. február 13-án fogadta el lemondását a prágai érsekségről.