С началом русско-турецкой войны войско верных казаков приняло в ней самое активное участие. Летом 1788 года казацкие «чайки» под командованием Головатого успешно проявили себя при осаде Очакова — в так называемом «лиманском сражении», в ходе которого был разгромлен турецкий флот Гасан-паши. После этого сражения отряд казацких лодок был преобразован в Черноморскую казацкую флотилию (), командование которой было поручено Головатому. 7 ноября того же года казаки и их флотилия взяли штурмом укреплённый остров Березань, после падения которого был вскоре захвачен и Очаков, который оказался в полной блокаде. За это дело Головатый был награждён своей первой наградой — в мае 1789 года ему был пожалован Орден Святого Георгия 4-й степени.