Para 1978 la Universidad inició sus actividades académicas con tres facultades: La Facultad de Jurisprudencia y Ciencias Sociales "Dr. Isidro Menéndez", la Facultad de Cultura General y Bellas Artes "Francisco Gavidia" y la Facultad de Economía, Empresa y Negocios "Dr. Santiago I. Barberena". Para el periodo del conflicto armado en El Salvador en la década de los 80, la Universidad continuó con sus actividades regulares a pesar de las adversas circunstancias del momento, ocasionando así un considerable incremento en la demanda de educación superior, creándose con el paso del tiempo nuevas facultades y carreras. Ubicadas de manera descentralizada dichas facultades durante sus primeros años en San Salvador, en 1986 fueron unificadas geográficamente en una misma zona (el actual campus, ubicado en el municipio de Antiguo Cuscatlán). Para 1992 las facultades de Agricultura e Ingeniería fueron creadas, y luego en 1993 se creó la facultad de Ciencias de la Salud. Entre los años de 2004 y 2005 se abrió un nuevo campus en la misma localidad, transfiriéndose las facultades de Jurisprudencia y Economía mencionadas anteriormente.