После 1636 года он вернулся на службу в военно-морском флоте; 18 февраля он вместе с Йоханом Эвертсеном принудил дюнкеркского капера Якоба Колларта к капитуляции; он был награжден почётной золотой цепью и должностью командующего и 3 мая 1637 года был назначен контр-адмиралом (более низкий ранг, чем он обладал в Голландской Вест-Индской компании, поскольку это не влекло за собой эквивалентный ранг военно-морского флота). С 1 октября 1637 года по 11 января 1638 года он был временным вице-адмиралом. В 1639 году он снова контр-адмирал, служащий под началом лейтенант-адмирала Мартена Тромпа, когда он участвовал в первой стычке (инцидент от 18 сентября 1639 года) против большого испанского флота в Ла-Манше и в последующем сражении у Даунса. Он подошёл со своими двенадцатью кораблями в разгар битвы, которая началась 28 сентября, чтобы помочь Тромпу, и тогда Банкерт, кстати, очень успешно боролся против превосходящих сил испанцев.