A 2004-es évet nagy elánnal kezdte, főként a spanyol kupában villogott, ám súlyos magánéleti gondokkal küzdött, ami kihatott a játékára is, és pályafutása egyik legrosszabb formáját hozta tavasszal. Alig-alig talált a kapuba, mindez nagyon kihatott az egész Real Madrid teljesítményére hisz – Zidane mellett – elsősorban rá épült a csapat játéka. A Real hosszú idő után ismét trófea nélkül zárta az évet, 1999 után először nem nyernek semmit. A spanyol kupadöntőt drámai körülmények között bukták el, a BL-ben szintén így búcsúztak a legjobb nyolc között, a kimerült sztárok nem bírták a bajnoki hajrát sem. Raúlnak egy esélye maradt: a 2004-es Eb, a szomszédos Portugáliában. De csakúgy, mint csapattársai, ő sem tudott jó teljesítményt nyújtani a tornán. Ezt a csapat nagyon megsínylette, és a spanyolok már a csoportkör után búcsúztak, ezúttal megérdemelten. A görögök elleni zseniális sarkazós gólpassza valószínűleg sokáig megmarad a legtöbb szurkoló emlékezetében, de ennek ellenére nem játszott jól. Az oroszok ellen még megúszta, de a görögök ellen az elhibázott fejesei már a győzelembe kerültek, míg a portugálokkal szemben szinte helyzetbe sem került. Ennek ellenére sem váltott Saez, Spanyolország kiesett, Raúl pedig vezérként egy újabb nagy tornán bukott el.