Petr Benda nahm mit der tschechischen Basketballnationalmannschaft an der EM 2007 in Spanien teil, bei der Tschechien mit 3 Niederlagen den 13. Platz belegte. Außerdem spielte er 2005, 2007 und 2009 in der Nationalmannschaft bei der A-EM und 2011 bei der B-EM für Tschechien.