Kashmirin kysymys oli esillä, kun vuonna 1965 käytiin toinen ja vuonna 1971 kolmas sota. Vuonna 1984 Intia miehitti hyvin korkealla vuoristossa sijaitsevan asumattoman Siachenin jäätikön, jota ei ollut mainittu vuoden 1972 Simlan sopimuksessa. Muslimit nousivat Kashmirissa kapinaan vuonna 1989, mikä ajoi suurten määrän hinduja pakoon. Intia vastasi kansannousuun kovin ottein, sen poliisit ampuivat mielenosoittajia. Kashmiriin oli syntynyt terroristijärjestöjä, jota vain harva Kashmirin muslimi tuki. Pakistan käytti joitain näistä omien etujensa ajamiseen. 1990-luvun alussa Intian turvallisuusjoukot kiduttivat ja tappoivat monia muslimeja pelkän terrorismiepäilyn perusteella. Kansannousu ja sitä seuranneet levottomuudet rauhoittuvat 1990-luvun puolivälin jälkeen, mutta vuoden 1990 aikoihin puhkesi uusia erimielisyyksiä Intian ja Pakistanin välille Kargilissa sattuneen välikohtauksen ja Pakistanista Intiaan saapuvien islamilaisterroristien takia. Maiden välit kiristyivät äärimmilleen vuosina 1999 ja 2002, kun Intian suuttui muslimien terrori-iskuihin. Intian mielestä Pakistan tuki tai ei ainakaan tarpeeksi estänyt äärimuslimien toimintaa.