Die Geschichte des Balkan Cup geht zurück auf die 1970er Jahre, als die Skiverbände gemeinsame Balkan-Skimeisterschaften ("Balkan Ski Championships") austrugen. Bereits damals gehörten neben Jugoslawien auch Bulgarien, Griechenland, Rumänien und die Türkei zu den startenden Nationen. Nachdem die Meisterschaften nach 1990 an Bedeutung verloren und die politische Lage auf dem Balkan weitere Austragungen verhinderte, begannen einzelne Staaten Wettbewerbe als "Balkan Open Cup" auszutragen. Auf dem FIS-Kongress 2002 im slowenischen Portorož begannen zwischen den Verbänden der Balkan-Region und der Türkei Gespräche über die gemeinsame Austragung des Balkan Cup unter der Verantwortung des Internationalen Skiverbandes. Nach einem ersten Gespräch während der Nordischen Skiweltmeisterschaft 2003 entschieden die verantwortlichen Funktionäre Bengt Erik und Peter Petricek für den FIS-Kongress 2004 in Miami den Balkan Cup für einen von neun Continental Cups einzubringen. Dort wurde die Einführung beschlossen, so dass seit dem Winter 2005/06 der Balkan Cup jährlich ausgetragen wird. Nachdem der Cup mehr und mehr zu einem Erfolg wurde und durch ihn die Entwicklung des Skilanglaufs in der Region gefördert wurde, entschied man sich im Winter 2013/14 erstmals nach langem wieder Balkan-Skimeisterschaften im Skilanglauf, Ski Alpin, Snowboard und im Skispringen auszutragen.