Маргарита народилася 25 січня 1869 року у резиденції своїх батьків Морган-хаус у Лондоні. Вона була четвертою дитиною та другою донькою в родині герцога Шартрського Роберта та його дружини Франсуази Орлеанської. Мала старшу сестру Марію та братів Робера та Генріха. Родина мешкала у Великій Британії після Революції 1848 року у Франції, коли було повалено монархічний режим.