Фрай играе за швейцарския национален отбор на Европейското първенство по футбол през 2004 г. и на Световното първенство по футбол през 2006 г. в Германия. На световното от 2006 вкарва 2 гола, един на националния отбор на Того и един спорен гол на националния отбор на Южна Корея. Фрай има 84 мача за Швейцария.