Принимал участие в битве на Курской дуге, Брянской операции, бомбардировках Кёнигсберга. К сентябрю 1943 года майор Алексей Баукин командовал эскадрильей 42-го дальнебомбардировочного авиаполка 36-й авиадивизии дальнего действия АДД СССР. За время своего участия в боевых действиях Баукин совершил 182 вылета, 170 из которых — в тёмное время суток. В результате произведённых бомбардировок он вызвал 86 очагов пожаров и 17 взрывов, уничтожил 5 складов с боеприпасами и топливом, 1 склад с торпедами, 1 ангар с боевой техникой, 18 самолётов на аэродромах и 1 — в воздушном бою, 10 железнодорожных эшелонов, 21 автомашину, 14 танков. Обучил пять экипажей лётчиков действиям в ночных условиях.