W XVI wieku wyspę ufortyfikowano: wzniesiono zachowane do dzisiaj forty l'Estissac i l'Eminence oraz wieżę na przylądku Port Man ("Pointe de Port Man"). Umocnienia były oblegane i niszczone przez Anglików w latach 1743 i 1793. W sierpniu 1944, wyspa wraz z fortyfikacjami została zdobyta przez aliantów podczas Operacji Dragoon. 14 grudnia 1963 Port-Cros została przekazana w całości na własność francuskiemu państwu w celu utworzenia parku narodowego, który objął również okoliczne wyspy.