Po upadku reżimu wojskowego i elekcji Raúla Alfonsína w 1983 roku, Viola został aresztowany i skazany na 17 lat pozbawienia wolności, dożywotnią utratę uprawnień do zasiadania na stanowiskach publicznych oraz utratę stopnia wojskowego za naruszenie praw człowieka w trakcie brudnej wojny. W trakcie pobytu w więzieniu stan zdrowia Violi uległ pogorszeniu. W 1990 roku Viola, wraz z ośmioma innymi członkami junty wojskowej, został ułaskawiony przez ówczesnego prezydenta Argentyny Carlosa Saúla Menema. Zmarł w 1994 roku w swoim domu, przed ponownym otwarciem sprawy sądowej przeciwko niemu. Został pochowany na cmentarzu La Chacarita.