Сезон 2015 года Клубер провёл плохо, выиграв всего девять матчей и проиграв шестнадцать. Его показатель пропускаемости вырос до 3,49. При этом он установил личный рекорд, проведя четыре полных игры. В 2016 году Клубер вернулся на прежний уровень игры и впервые попал в число участников Матча всех звёзд лиги. В регулярном чемпионате он выиграл восемнадцать матчей, проиграв девять, с пропускаемостью 3,14. В плей-офф он был лидером команды, в первых пяти матчах в стартовом составе играя с ERA 0,89. «Индианс» вышли в Мировую серию, где уступили «Чикаго Кабс» в семи матчах. Клубер одержал победы в первом и четвёртом матче серии. По решению тренерского штаба он открывал решающий седьмой матч после всего трёх дней отдыха и был заменён, пропустив три рана в четырёх иннингах.