一方、大陸部のタンガニーカでは、ペータースの植民地会社は沿岸地方で発生したアブシリの反乱の鎮圧に手こずり、会社による統治は不可能と判断され、本国ドイツから総督の派遣を受ける統治形態へと変わった。19世紀末、領域内部には部族国家が複数存在しており、中でもルヴマ州のソンゲア・ルワフ・ムバノ率いるンゴニ族とイリンガ州のムクワワ率いるが二大勢力であったが、相争っていたため、数年がかりで各個制圧されていった。しかしながら、指導者ムクワワが率いるとのゲリラ戦（1891年 - 1898年）は長期化した。1905年の霊媒師（Kinjikitile Ngwale）が主導するマジ・マジ反乱はンゴニ族も呼応して最大の反乱となったが、ヘヘ族がドイツ側について部族の垣根を越えることはできず、徹底的に鎮圧された。この反乱を受けて、ドイツは統治政策の見直しを行うこととなった。沿岸部からタンガニーカ湖までを結ぶ鉄道（現在の）は、1905年にダルエスサラームを起点に着工し、1914年には終点キゴマに到達して完成した。