De onafhankelijkheidsgedachte won veld in de persoon van Filips van Kleef die Maximiliaan verweet de Nederlanden bij Oostenrijk te willen inlijven. Filips van Kleef kon het keizerlijk leger gemakkelijk weerstand bieden met de steun van de Vlaamse steden, en in september ook Brussel en Leuven, door de Hoeksen, die weer de wapens opnamen, door de Luikenaars met Willem van der Marck en ten slotte, door Esquerdes' ruiterij en de door Karel VIII gezonden Franse huurlingen. Frederik noch Maximiliaan bezaten overigens de middelen om hun krijgstroepen lang onder de wapens te houden. Deze raakten ontmoedigd na een vergeefse veertiendaagse belegering van Gent, dat gewoontegetrouw als verdedigingsmiddel het omliggende onder water zette door zijn rivieren te doen overstromen. De terugtrekking nadat Frederik in oktober zelf uittrok, leverde op het platteland nog een aantal vernielende schermutselingen op, waarna in februari 1489 Maximiliaan zelf wegens andere politieke belangen de Nederlanden verliet, en de herovering van de gebieden overliet aan de stadhouder, hertog Albrecht van Saksen. In de periode die volgde geraakte de burgeroorlog in de Nederlanden ondergeschikt aan de grotere internationale politiek, en besloten de steden een na één hun poorten open te zetten voor deze Albrecht. De Franse koning had namelijk als opperleenheer van Vlaanderen bij het verdrag van Montil-lez-Tours van 30 oktober 1489 aan Maximiliaan toegezegd dat zij de Roomse koning als momboor zouden erkennen en hem 300.000 gouden kronen betalen, als boete en in ruil voor vrede. Filips van Kleef, die dit verdrag weigerde te tekenen, trok naar Sluis, dat de weerstand tegen Albrechts pogingen tot bezetting dan ook zou blijven volhouden. Maar zijn ambitie om de grote oppositie tegen de 'momboor' te leiden was mislukt.