Después de la temporada 2013, Hinske se reincorporó a los Yankees, esta vez como cazatalentos. Ayudó a convencer a Brian McCann de firmar con los Yankees. Después de un mes como cazatalentos de los Yankees, Hinske fue contratado por los Cachorros de Chicago para ser su entrenador de primera base el 3 de diciembre de 2013. El 9 de octubre de 2014 asumió el cargo de asistente de entrenador de bateo dentro de la misma organización. En 2016, Hinske ganó su tercer anillo de la Serie Mundial cuando los Cachorros derrotaron a los Indios en la Serie Mundial de 2016 en siete juegos. Fue contratado por los Angelinos de los Ángeles el 23 de octubre de 2017 para ser su entrenador de bateo. Después de una temporada, fue reemplazado por Jeremy Reed.