Ust-Kut blev grundlagt i det 1631 af den sibiriske kosak ataman Ivan Galkin som lod opfører et ostrog (et lille fort) her. Lokaliteten mistede sin militære betydning i slutningen af 1600-tallet, men blev tiltagende vigtig som en flodhavn for handel på Lena. I årevis var Ust-Kut et sted for eksil for politiske fanger. På saltanlægene i Ust-Kut var en lang række eksilerede polakker, der havde deltaget i opstanden i 1863, på tvangsarbejde. I efteråret 1900 kom Lev Trotskij i eksil i Ust-Kut og tilbragte to år i byen.