In 1985 werden nieuwe verkiezingen georganiseerd die Cerezo wist te winnen, en de christendemocraten werden tevens de grootste partij in het congres. Op 14 januari 1986 werd hij ingehuldigd als president. Cerezo had beloofd de Guatemalteekse Burgeroorlog te beëindigen en begon gesprekken met de Guatemalteekse Nationale Revolutionaire Eenheid (URNG), maar deze leidden tot niets. Het land bleef geplaagd door geweld en politieke moorden. Het Guatemalteekse Leger bleef de belangrijkste machtsfactor. Zij eiste het stopzetten van de gesprekken met de URNG en het verbreken van alle banden met de Sovjet-Unie. In 1988 wist zij een wet doorgevoerd te krijgen waarin een algemene amnestie voor militairen werd uitgevaardigd. Een generaal verklaarde zelfs wel blij te zijn met het feit dat er nu een burgerpresident was aangezien het leger nog steeds ongestoord haar gang kon gaan terwijl de christendemocraten de schuld zouden krijgen wanneer het mis zou gaan. In 1988 overleefde Cerezo een militaire couppoging.