Under 2. verdenskrig indgik den amerikanske regering en aftale med Luciano, mens han afsonede sin dom. I 1942 var den amerikanske flådes efterretningsvæsen bekymret over risikoen for, at italienske og tyske agenter kom ind i USA gennem havnene i New York og for sabotage i havnene. Det var alment kendt, at mafiaen kontrollerede havnene, hvorfor US Navy tog kontakt til Lansky for at få en aftale med Luciano, der i den forbindelse blev flyttet til fængslet Great Meadow Correctional Facility i Comstock, der lå tættere på New York City. Luciano, US Navy og delstaten New York indgik herefter en aftale om formildelse af Lucianos straf, såfremt han og hans organisation leverede efterretninger til flåden. Lucianos nære allierede Albert Anastasia, der kontrollerede fagforeningerne på havnefronten, forpligtede sig til at undlade strejker under krigen. Som led i forberedelsen af den allierede invasion af Sicilien i 1943 gav Luciano formentlig efterretninger til hæren om kontakter i den sicilianske mafia.