Rachůnek pelasi alle 20-vuotiaiden MM-kilpailuissa vuonna 2001, jolloin hän voitti maailmanmestaruuden. Rachůnek pelasi myös alle 18-vuotiaiden MM-kilpailuissa vuonna 1999. Tšekin A-maajoukkueessa hän on pelannut yhteensä 47 ottelua tehopistein 4+7=11. Rachůnek teki A-maajoukkuedebyyttinsä 31. elokuuta 2006 Česká pojišťovna Cupin avausottelussa Liberecissä Suomea vastaan. Hänen ensimmäinen A-maajoukkuemaalinsa syntyi 19. joulukuuta 2010 Channel One Cupissa Moskovassa Ruotsia vastaan.