Coty voitti Ranskan presidentinvaalit 23. joulukuuta 1953 13. äänestyksessä. Hän astui virkaansa 16. tammikuuta 1954. Cotyn vaikutus Ranskan politiikkaan oli vähäisempi kuin edeltäjällään. Hänen presidenttikaudellaan käytiin veristä Algerian sotaa. Tämä kuohutti myös Ranskan sisäpolitiikkaa, ja vuonna 1958 Coty pyysikin Charles de Gaullea pääministeriksi vakauttamaan maan tilanteen.