In 1840 werd hij vervolgens tot gouverneur van Zevenburgen benoemd. Tijdens de Hongaarse Revolutie van 1848 behaalde Puchner als opperbevelhebber van de Oostenrijkse troepen in Transsylvanië weliswaar verschillende successen tegen generaal Józef Bem, toch viel zo goed als heel Transsylvanië in de handen van de opstandige Hongaren. Puchner, die met zijn gezondheid sukkelde, droeg de leiding van de krijgsverrichtingen uiteindelijk over aan veldmaarschalk Malkowsky. Hij ontving daarna het commandeurskruis in de Orde van Maria Theresia en werd tot gouverneur van Venetië benoemd. Hij stierf ten gevolge van twee beroertes in Wenen in 1852.