Władza francuska utrzymywała się jednak w Szwajcarii i tę koalicjanci postanowili zająć. Generał Korsakow atakował z północy, a feldmarszałek Suworow z południa. Generał André Masséna postanowił zniszczyć armię Korsakowa, zanim ten połączy się z Suworowem. Udało mu się i 26 września pokonał armię Korsakowa pod Zurychem. Wobec opieszałości Austriaków, którzy nie chcieli Rosjan w swojej strefie wpływów, armia Suworowa została okrążona i pobita. 27 sierpnia w Batawii wylądowała armia brytyjsko-rosyjska pod dowództwem Fryderyka, księcia Yorku. Dowodzący armią francusko-batawską generałowie Guillaume Marie-Anne Brune i Herman Willem Daendels pokonali siły koalicjantów 19 września pod Bergen aan Zee i 6 października pod Castricum. Po tej bitwie armia brytyjsko-rosyjska została ewakuowana, 19 listopada 1799 roku. Tymczasem 25 lipca pod Abukirem wylądowała armia turecka, szybko rozbita przez generała Bonapartego. 23 sierpnia, przekazując Armię Wschodu pod komendę generała Klébera, opuścił on Egipt.