Po upadku Kołczaka Smirnow jako przewodniczący Sibrewkomu i tajnego Biura Syberyjskiego RKP(b) z siedzibą w Omsku do końca sierpnia 1921 administrował zajętymi terenami Syberii. Odprawił do Moskwy pod konwojem pociąg ze złotem , przejętym od Korpusu Czechosłowackiego w Irkucku. Na zajętym terenie Smirnow bezwzględnie tłumił zarówno pozostałą po armii Kołczaka partyzantkę jak powstania chłopskie (Tiumeń, Ałtaj), które zaczęły wybuchać po otwartym przejęciu władzy na Syberii przez bolszewików i wprowadzaniu systemu komunistycznej gospodarki wojennej (w szczególności przymusowych kontyngentów żywnościowych).