"Fløjlsrevolutionen" medførte, at Uzunoglu vendte tilbage til Prag, hvor han grundlagde 17 kommercielle selskaber. Fra 1994 begyndte han at få alvorlige problemer med den tjekkiske stat. I 1994 blev tyrkiske statsborgere med en falsk identitet angrebet af bevæbnede mænd.De blev anholdt af den tjekkiske politi. Uzunoglu blev fængslet og tortureret den 13. september 1994. Fra 1994 til 1997 var han varetægtsfængslet. Amnesty International ønskede at starte en undersøgelse, idet de mente, at processen ikke var fair. I 2007 blev den tjekkiske præsident Vaclav Havel involveret i sagen og den Oscar-vindende filminstruktør Zdenek Sverak deltog også i sultestrejken for at støtte Uzunoglus retslige kamp. Sagerne åbnedes og fortsatte i retten den 31. juli 2007, idet der ikke var noget bevis mod den anklagede. Efter 13 års juridisk kamp blev det besluttet, at alle anklager mod ham var ubegrundede. Han fremsatte 56 klagepunkter, der skulle tages stilling til i forbindelse med hans behandling under fængslingen og den skade, han havde lidt under sin tilbageholdelse. De retssager, der blev rejst, skulle afsluttes inden maj 2010, og han vandt sagen.