All'inizio degli anni novanta Reed perde due carissimi amici, Doc Pomus e una certa Rita, una transgender facente parte dell'entourage warholiano e conosciuta come The Mayor o appunto come Rotten Rita (nome di nascita: Kenneth Rapp); in realtà la notizia della morte di Rita era solo supposta, in quanto risulta ufficialmente che sia deceduta nel 2010. Affrontando la perdita di due amici nel modo a lui più confacente, il rock, pubblica "Magic and Loss", il terzo tassello della cosiddetta trilogia del dolore (o a livello musicale della rinascita) iniziata con "New York". Nel 1992 affermò di aver tentato ancora e più volte di disintossicarsi ma senza successo ("ho cercato di sbarazzarmi della droga e del bere ma non ha funzionato"). In omaggio alle proprie origini ebraiche, si esibisce lo stesso anno al "Kristallnacht Festival" di Berlino in ricordo del pogrom nazista del 1938, e in questa occasione conosce Laurie Anderson, la sua ultima compagna di vita, che poi diverrà la sua terza moglie.