En 1823, los Cien Mil Hijos de San Luis enviados por la Santa Alianza devolvieron a Fernando VII sus prerrogativas absolutistas el 1 de octubre, dando comienzo a la Década Ominosa. Muñoz-Torrero huyó a Portugal, donde también fue perseguido por sus ideas liberales. Hecho prisionero, lo encerraron y torturaron en la , donde permanecería hasta su muerte, ocurrida el 16 de marzo de 1829.