ゴルカ王プリトビ・ナラヤン・シャハが1769年にネパールを制圧して開いたネパール王国は、第3代ラナ・バハドゥル・シャハの在位期間に、貨幣鋳造問題をめぐってチベットに対して軍事行動を起こした。ネパールがチベットに侵攻したグルカ戦争（清・ネパール戦争）は1788-1789年と1791-1792年の2度に及んだ。これに対してダライ・ラマ政権は自力で対処できず、清朝の援軍を仰いだ。この結果、ようやくチベットからグルカ兵を撃退することができたものの、清朝からの強い統制を受けることとなった。清の軍勢はこのときカトマンズまであと5キロメートルというところまで迫っている。チベット政府は、戦後処理の一環として清により行政・軍事・教団運営などの制度改革を強制され、ダライ・ラマやパンチェン・ラマの転生者の認定にくじを用いる金瓶掣籤の制度が導入された。これは、乾隆帝が下賜した金瓶に入れられた転生者の候補の中から駐蔵大臣（アンバン）が抽選するというもので、これにより、化身ラマの認定プロセスそのものに清朝が直接関与する事態を招いた。この制度によってダライ・ラマ認定や即位のプロセスにおける清朝の存在は従来になく強まったものの、あくまでも最終段階でくじ引きをさせたものにすぎず、清朝が特定個人の任免権を有するわけではなかった。