Gli succedette come presidente "ad interim" Vladimir Putin. Prima delle sue dimissioni, un'invasione di jihadisti nel Daghestan costrinse Boris El'cin a inviare nuovamente truppe in Cecenia il 1º ottobre 1999. Putin ereditò la guerra e costrinse i separatisti ad arrendersi, reintegrando il territorio nella Federazione Russa come Repubblica Autonoma della Cecenia dopo che le truppe federali il 6 febbraio 2000 catturarono la capitale, Grozny. Putin si candidò alle elezioni del 26 marzo 2000 con la promessa di ristrutturare completamente il sistema federale e ripristinare l'autorità del governo centrale. Gli accordi di condivisione del potere iniziarono a scadere gradualmente o furono aboliti volontariamente dopo il 2003. Solo il Tatarstan e il Bashkortosta continuarono a negoziare le estensioni dei loro trattati. Il trattato di condivisione del potere del Bashkortostan scadde il 7 luglio 2005, lasciando il Tatarstan come l'unica Repubblica che manteneva la sua autonomia, che venne rinnovata l'11 luglio 2007. Dopo un attacco di separatisti ceceni in una scuola di Beslan, in Ossezia Settentrionale-Alania, nel settembre del 2004, Putin abolì le elezioni dirette dei governatori e assunse il potere di nominarli e rimuoverli personalmente. Durante tutto il decennio, ai leader regionali influenti come Mintimer Shaimiev del Tatarstan e Murtaza Rakhimov del Bashkortostan, che erano irremovibili nell'estensione dei loro accordi bilaterali con Mosca, furono licenziati, rimuovendo le ultime tracce di autonomia regionale dagli anni '90. Il 24 luglio 2017, l'accordo di condivisione del potere del Tatarstan scadde, diventando l'ultima Repubblica a perdere il suo status speciale. Dopo la risoluzione dell'accordo, alcuni commentatori espressero l'opinione che la Russia aveva smesso di essere una federazione.