Am 29. März 2016 erzielte er in Córdoba beim 2:0 im WM-Qualifikationsspiel gegen Bolivien per Elfmeter sein 50. Länderspieltor. Am 26. Juni 2016 gab Messi seinen Rücktritt aus der Nationalmannschaft bekannt, nachdem Argentinien das Endspiel der Copa América Centenario erneut gegen Chile im Elfmeterschießen verloren und Messi dabei einen Elfmeter verschossen hatte. Messi konnte mit Argentinien spielerisch stärker als bisher überzeugen, im Finale blieb das Team aber erneut unter seinen Möglichkeiten. Am 12. August 2016 gab Messi seinen Rücktritt vom Rücktritt bekannt. Mit seinem Länderspieltreffer am 1. September 2016 im WM-Qualifikationsspiel gegen Uruguay holte Messi mit 56 Toren in 114 Spielen den Rekordschützen der argentinischen Nationalmannschaft Gabriel Batistuta (56 Toren in 78 Spielen) ein und baute später den Rekord weiter aus.