Maialen Chourraut begann im Alter von 12 Jahren in San Sebastian mit dem Kanusport. Seit 2002 war sie bei internationalen Meisterschaften dabei, wobei sie 2004 und 2005 wegen Verletzungen pausieren musste. Bei den Europameisterschaften 2008 erreichte sie erstmals das Finale in der Einzelwertung und belegte den fünften Platz. Im gleichen Jahr nahm sie auch an den Olympischen Spielen in Peking teil, schied aber in der Qualifikation als 16. aus. 2009 belegte sie den sechsten Platz bei den Europameisterschaften in Nottingham. Die Weltmeisterschaften 2009 wurden auf Chourrauts Hausstrecke in La Seu d’Urgell ausgetragen, Chourraut gewann die Silbermedaille hinter der Deutschen Jasmin Schornberg. 2010 erreichte Chourraut den siebten Platz bei den Europameisterschaften, bei den Weltmeisterschaften blieb sie als 16. abgeschlagen. Die Europameisterschaften 2011 fanden in La Seu d’Urgell statt, Chourraut belegte den fünften Platz. Bei den Weltmeisterschaften 2011 in Bratislava siegte Corinna Kuhnle aus Österreich vor der Lokalmatadorin Jana Dukátová, dahinter erreichte Chourraut den dritten Platz. 2012 bei den Olympischen Spielen in London siegte die Französin Émilie Fer vor der Australierin Jessica Fox, dahinter gewann Maialen Chourraut die Bronzemedaille. Es war die erste olympische Medaille im Wildwasser für Spanien überhaupt.