Nach der Friedhofsschließung kam es im Januar 1938 zu einem Vertragsabschluss zwischen der Gemeinde Coppenbrügge und der jüdischen Gemeinde in Hameln über künftige Beerdigungen. Diese sollten zukünftig auf dem Jüdischen Friedhof Hameln stattfinden. Die Friedhofsanlage in Coppenbrügge wollte die dortige Gemeinde auf eigene Kosten in einem würdigen Zustand dauernd erhalten. Im Mai 1938 hatte der Coppenbrügger Bürgermeister den Friedhof einebnen, und die Grabsteine beseitigen lassen. Sie fanden Verwendung als Baumaterial im Straßenbau und auf dem christlichen Friedhof. Der frühere jüdische Friedhof wurde zu einer Wiese umgestaltet und zwecks Grasnutzung verpachtet. Vier Grabstellen blieben erhalten, weil ihre Ruhefristen noch nicht abgelaufen waren. Im Oktober 1938 wollte die Gemeinde Coppenbrügge das Friedhofsgrundstück dem letzten jüdischen Bürger im Ort abkaufen und bot ihm 450 Reichsmark. Spätere Schätzungen bezifferten den Grundstückswert auf rund 2000 Reichsmark. Ein Vertrag kam nicht zustande, da der jüdische Bürger während des Novemberpogroms vom 9. November 1938 verhaftet wurde und vorübergehend in das KZ Buchenwald transportiert wurde. Bei dem Pogrom zerstörten SA-Angehörige aus Coppenbrügge die letzten vier Grabsteine auf dem Friedhof. 1941 kam es zu Verkaufsverhandlungen zwischen der Gemeinde Coppenbrügge und der Reichsvereinigung der Juden in Deutschland. 1942 teilte der Coppenbrügger Bürgermeister der Reichsvereinigung mit, dass er persönlich das Friedhofsgelände erwerben wolle. Nach einem entsprechenden Kaufvertrag von 1943 ging das Grundstück in seinen Privatbesitz über.