新疆的和卓家族指瑪哈圖木·阿雜木的後裔。瑪哈圖木·阿雜木是中亞費爾干納人，自稱祖父來自麥地那，冒充穆罕默德女婿阿里·本·阿比·塔利卜的後裔，其實與穆罕默德家族並無血緣關係。瑪哈圖木·阿雜木的子孫分為黑山派與白山派兩個敵對的宗教派系。在葉爾羌汗國、準噶爾部統治天山南路的時期，黑山派與白山派之間多次發生激烈的鬥爭。1690年代，白山派首領伊达雅图勒拉曾短暫控治喀什噶爾、葉爾羌一带。1757年，清滅準噶爾後，伊达雅图勒拉的曾孫波羅尼都與霍集占兄弟發動了大小和卓之亂。1759年，清軍擊敗大小和卓，最終統一新疆。清道光、咸豐年間，波羅尼都的後裔張格爾、邁瑪特玉素普、倭里罕等人仍以“和卓”的名義，在浩罕汗國的支持下侵擾新疆。光緒年間，最后的和卓後裔邁買的明、布素魯克等人在阿古柏之亂中被殺或下落不明，和卓家族最終退出歷史舞臺。