Fra 1658-1660 under Første Karl Gustav-krig var København som sidste område i riget under dansk kontrol, men under belejring af de svenske tropper anført af Karl X Gustav. I februar 1659 forsøgte svenskerne at indtage byen ved et stormløb, men en fælles indsats fra soldater og byens borgere holdt dem tilbage. Efter det mislykkede stormløb holdt svenskerne dog byen belejret helt frem til 27. maj 1660. Som udløber af Freden i København indførtes enevælden i 1660 under Frederik III og København blev en endnu vigtigere by i Danmark, fordi det var herfra den stadigt mere centralistiske danske stat blev styret. Som en del af denne proces fik København i 1660 en ny ledelsesform ved navn Stadens 32 mænd, som var en forløber til den nuværende Borgerrepræsentation.