14 июня 1941 года В. Ф. Емельянов был арестован по обвинению в шпионаже за связь с германской фирмой UFA и депортирован вместе с семьей. Подозрение вызвало и то, что в 1941 году Емельянов с семьей пытался выехать в Германию с последней партией прибалтийских немцев и не получил разрешения советской власти на отъезд, так как не являлся этническим немцем.