毛泽东在大会上的发言从一定程度上维护了邓小平，使其得以去江西的一家拖拉机场工作、反省，而没有得到毛泽东维护的另外两名元老刘少奇、贺龙则不得不面对更加严酷的待遇。刘少奇被匿名关押，缺医少药，1969年11月12日在河南开封的一座封闭的旧银行中因肺炎去世，1967年后就未能与其见面的妻子王光美被继续关押至文革结束后的1979年。而元帅贺龙则连基本的饮食饮水都得不到供应，“贺龙专案组”还刻意造成错误用药，促使其于1969年6月9日在北京解放军三〇一医院去世。这次全会从很大程度上反映了文革对于中共政治局面的影响，中央委员会1966年十一中全会后仍然在世的87位正式中央委员中，仅有40人被邀请出席十二中（其余多数已经被“打倒”），1956年及1958年八大选举的96名候补委员中，仅有19名参加了会议，其中10人被补选为正式委员，替换已去世的10名正式委员（其中两人自杀身亡），才使得出席人数达到了中央委员会全体会议的最低标准。而与此同时，又有74名非中央委员会委员或候补委员被邀请参加了大会，主要来自文革开始后得势的中央文革小组、“夺权”成功的各省市的革命委员会、实际控制局势的解放军机构等，也使得大会成为中共历史上罕见的与会非委员人数超过委员的奇观。