Tuttavia, non trovandosi in accordo con il tecnico del club, nel 2000 decise di tornare in Grecia, dove fu ingaggiato dall'. Anche qui divenne una figura cardine del club, con il quale ottenne una Coppa di Grecia nel 2002, contro gli storici rivali dell'Olympiakos. Nella stagione 2004-2005, dopo aver vinto con la nazionale greca il Campionato europeo di calcio 2004, si trasferì in Serie A, nel Bologna di Carlo Mazzone. La squadra retrocesse dopo lo spareggio col e Zagorakīs lasciò il club felsineo a fine stagione, nonostante il suo buon contributo alla causa dei rossoblù. Rientrato in patria, al , vi giocò le ultime due stagioni della propria carriera.