Im Sommer 1996 übernahm Iñaki Sáez die spanische U-21-Nationalmannschaft, die er bis 2002 sechs Jahre lang betreute. Mit dieser konnte er 1998 die Junioren-Fußballweltmeisterschaft gewinnen. Nach der Fußball-Weltmeisterschaft 2002 in Japan und Südkorea übernahm er das Amt als spanischer Nationaltrainer vom zurückgetretenen José Antonio Camacho, musste jedoch nach der Fußball-Europameisterschaft 2004 nach dem Ausscheiden in der Vorrunde seinen Posten für Luis Aragonés räumen.