Khalafalla tävlade för Egypten vid olympiska sommarspelen 2016 i Rio de Janeiro, där han blev utslagen i försöksheatet på 50 meter frisim. Vid olympiska sommarspelen 2020 i Tokyo slutade Khalafalla på 24:e plats på 50 meter frisim och på 30:e plats på 100 meter frisim.