25 марта 1971 года офицеры-бенгальцы предупредили лидеров Авами лиг о прибытии Яхья Хана с войсками. Не сумев убедить Муджибура Рахмана немедленно провозгласить независимость Бангладеш, Османи 28-29 марта перебрался в Силхет, а 4 апреля объявился в районе расположения 2-го Восточнобенгальского полка. 17 апреля 1971 года свежесформированное Бангладешское правительство в изгнании назначило Мухаммада Османи главнокомандующим всеми бангладешскими вооружёнными силами. Так как войска, состоящие из бенгальцев, были разбросаны по всей территории Восточного Пакистана, и не могли вести классических боевых действий в контакте друг с другом, то Османи, разбив территорию Восточного Пакистана на сектора, назначил в каждом секторе командующего, полностью отвечающего за боевые действия в нём, а сам занялся общей координацией и налаживанием связей с вооружёнными силами Индии ради получения оружия и снабжения. К середине июня бенгальские войска оказались вытесненными на территорию Индии, и стали налаживать инфраструктуру, необходимую для ведения партизанской войны. В середине июля Османи подал в отставку с поста главнокомандующего, однако на совещании командующих секторами его единогласно попросили вернуться на этот пост, и он, получив звание генерала, вновь занялся строительством бангладешских вооружённых сил. Созданные под его руководством мукти-бахини помогли Индии выиграть начавшуюся в декабре индо-пакистанскую войну.