バルト海艦隊の水兵たちはロシア革命において革命側を熱烈に支持し、十月革命でのソビエトの権力奪取を支援した。また、続くロシア内戦や、列強による干渉戦争でもバルト海艦隊は戦った。しかし独裁化するボリシェヴィキと、バルト海艦隊の水兵たちの意見の相違が大きくなり、1921年にはクロンシュタットの反乱が発生した。この蜂起は赤軍に鎮圧され、多くの水兵がフィンランドへ逃れている。 臨時政府軍、ロシア共和国海軍、ロシア社会主義連邦ソビエト共和国海軍、労農赤色海軍にかけての時代については、1918年にバルト海海軍（）、1919年に赤色バルト艦隊（）、1920年にバルト海海軍（）に改称している。 1935年1月11日には赤旗勲章受章バルト艦隊（Red-Banner Baltic Fleet）となった。