Il bénéficie d'une période de repos puis s'entraîne en en juin 1944. Reprenant les combats en août sur le front occidental, il est mis à la tête de l'escadrille "Strasbourg" du Groupe de chasse Alsace en octobre. Lors de la libération de la Belgique et des Pays-Bas, Didier Béguin opère dans le ciel d'Arnhem lorsqu'il est abattu par la DCA le 26 novembre 1944. Tué dans le crash de son avion, il est inhumé dans la nécropole nationale du Pétant en Meurthe-et-Moselle.