На 15 декември 1944 година, след неуспешния опит на военния министър Дамян Велчев да защити военните от закона за Народния съд, комунистите установяват контрол над ключови постове в армията и Кинов е назначен за началник на Генералния щаб. Той остава на този пост по време на войната срещу Германия (1944 – 1945) и до 1949 година. Иван Кинов е част от българската делегация на Парада на победата на СССР над Третия райх в Москва, проведен на 24 юни 1945 г. На 3 февруари 1947 г. до 10 декември 1949 г. е заместник-министър на войната.