Po zakończeniu kariery został szkoleniowcem. Od 1999 do 2012 roku prowadził 10 klubów, między innymi Hajduk Split. W latach 2002–2006 był selekcjonerem reprezentacji Bośni i Hercegowiny. Prowadzeni przez niego piłkarze byli bliscy awansu na EURO 2004. W ostatnim meczu eliminacyjnym "Zmajevi" musieli wygrać z Danią, ale ostateczny wynik – remis 1:1 – pozwolił na zajęcie zaledwie czwartego miejsca w grupie, za wspomnianą Danią, Norwegią, a także Rumunią. W eliminacjach na Mundial 2006 prowadzeni przez Sliškovicia piłkarze okazali się z kolei słabsi od Serbii i Czarnogóry oraz Hiszpanii.