Francisco Javier de Balmis naquit à Alicante le 2 décembre 1753 et reçut le baptême trois jours après en la basilique Sainte-Marie ("Basílica de Santa María"), l’église la plus ancienne de la ville. Fils et neveu de chirurgiens-barbiers, il se conforma à la tradition familiale et entra à l’âge de 17 ans à l’hôpital militaire d’Alicante, où il restera cinq années. En 1775, il s’enrôla dans les rangs d’une expédition militaire engagée par la marine espagnole, sur ordre de Charles III, contre l'Alger des Zianides, expédition qui, placée sous le commandement du général d’comte O´Reilly, avait mission d’en finir avec les incursions de pirates barbaresques dans le Levant espagnol.