Elazar tetap berada dalam militer setelah perang, dan ditransfer ke korps berperisai karena terjadinya Krisis Suez tahun 1956. Ia menjadi deputi untuk panglima besar korps, Haim Bar Lev, dan menjadi panglima besar tahun 1961. Ia tetap dalam posisi ini sampai tahun 1964, ketika ia ditunjuk sebagai Kepala Komando Utara Israel. Ia berada dalam posisi ini selama Perang Enam Hari tahun 1967, dan melihat Israel merebut Dataran Tinggi Golan dari tangan Suriah dalam waktu 2 hari yang membuat terjadinya gencatan senajta antara Israel dan Suriah pada akhir perang.