Прапор Другої республіки Мобуту Сесе Секо став офіційним після того, як Мобуту створив свою диктатуру. Цей прапор був у використанні в 1966—1971 рр. і складалася з тих же жовтої зірки, дещо меншої, розташованої у верхньому кутку внутрішньої сторони, з червоною і жовтою смугами по діагоналі через центр. Червоний символізує кров народу, жовтий символізує процвітання, синій символізує надію а зірка була символом кожної людини.