1990年伊拉克入侵科威特后，阿里·哈桑·马吉德曾被萨达姆任命为“科威特省”省长，后兼任伊拉克革命指挥委员会南部战区总司令，驻地巴士拉。此后，他先后于1991年和1999年两次镇压伊拉克南部什叶派穆斯林的起义。其中1991年的镇压行动中他再次使用了化学武器，而1999年在巴士拉的镇压行动中有数百名什叶派穆斯林遭处决后被分别投入巴士拉周围多个乱葬坑中。