Scharnhorst, richiamato al Quartier Generale del re, rifiutò un posto di grado più elevato ma divenne capo di Stato Maggiore di Blücher, che aveva piena fiducia nel suo vigore, energia ed influenza sui giovani soldati. Il principe russo Wittgenstein fu talmente impressionato da Scharnhorst che chiese gli fosse assegnato temporaneamente come suo capo di Stato Maggiore. Blücher acconsentì. Nella prima battaglia a Lützen o Gross-Gotschen (2 maggio 1813), la Prussia patì una disfatta, ma fu una sconfitta ben diversa da quelle che Napoleone usualmente aveva inflitto fino ad allora. I francesi non riuscirono ad inseguire gli sconfitti, cosicché la disfatta non fu completa. In questa battaglia Scharnhorst ricevette una ferita al piede, di per sé non grave, ma che subito divenne mortale a causa delle fatiche della ritirata di Dresda, ed egli morì il 28 giugno 1813 a Praga, dove si era recato per negoziare con Schwarzenberg e Radetzky a causa dell'intervento armato dell'Austria. Poco prima della morte ricevette la promozione al grado di tenente generale. Federico Guglielmo III fece erigere a Berlino una statua alla sua memoria, scolpita da Rauch.