Maroš Šefčovič sa narodil v Bratislave 24. júla 1966. Jeho otec bol elektrotechnický inžinier, matka poštová úradníčka. V roku 1984 začal študovať na Vysokej škole ekonomickej v Bratislave. Počas štúdia ekonómie dostal ponuku študovať diplomaciu na MGIMO v Moskve vo vtedajšom Sovietskom zväze. Štúdium na Moskovskom štátnom inštitúte medzinárodných vzťahov dokončil roku 1990. Niektorí sa nesprávne domnievajú, že ak podľa vtedy účinného zákona č. 39/1980 Zb. o vysokých školách bolo možné udeľovať absolventom zahraničných vysokých škôl nostrifikácie a súčasne aj priznávať titul JUDr. iba do 9. mája 1990, a ak Šefčovič údajne dostal záverečné vysvedčenie o skončení MGIMO v Moskve až 13. júna 1990, nemal na titul nárok. Avšak v skutočnosti je rozhodujúci dátum absolvovania, a nie dátum doručenia diplomu, preto titul JUDr. získal oprávnene. Šefčovič podľa vlastných slov bol v lete 1989 prijatý do Komunistickej strany Československa, ale členská legitimácia mu nikdy nebola doručená, keďže v tom istom roku prebehla Nežná revolúcia.