W Warszawie zastał ją wybuch II wojny światowej. 17 września 1939 Niemcy zamknęli pierścień oblężenia wokół Starego Miasta. Ostrzał artyleryjski trwał cały dzień. Siostry poszły do kościoła jezuitów na ul. Świętojańskiej, pragnąc uczestniczyć w nabożeństwie. Dotarły do domu wieczorem, natomiast siostra Hilaria – jako komendantka domu – pozostała przy ulicy Piwnej i w przerwie między salwami pobiegła ratować Najświętszy Sakrament w domowej kaplicy. Będąc przy tabernakulum została ciężko ranna trafiona odłamkiem pocisku. Konającą zabrano do punktu sanitarnego i po śmierci pochowano prawdopodobnie w którejś ze zbiorowych mogił, nigdzie bowiem nie odnaleziono jej ciała.