Ο Μπαΐα ήταν σε καλή κατάσταση και πάλι τη σεζόν 2002-03, βοηθώντας την ομάδα του να κερδίσει το πρωτάθλημα, το κύπελλο και το Κύπελλο UEFA, εμφανιζόμενος σε 11 από τους 13 αγώνες στην τελευταία διοργάνωση, συμπεριλαμβανομένων των ημιτελικών εναντίον της ΣΣ Λάτσιο, όπου απέκρουσε ένα πέναλτι, και τον τελικό εναντίον της Σέλτικ. Δεν θα ήταν μέχρι την επόμενη σεζόν, όταν ανέκτησε την πλήρη φυσική του κατάσταση και θα είχε μία από τις πιο εντυπωσιακές σεζόν της σταδιοδρομίας του, κερδίζοντας το UEFA Champions League και το έβδομο τρόπαιο του στο πρωτάθλημα. Στο Champions League έπαιξε σε όλους τους αγώνες, καθώς η Πόρτο νίκησε την ΑΣ Μονακό στον τελικό με 3-0 και, κατά συνέπεια, επελέγη ως «Καλύτερος Τερματοφύλακας της Χρονιάς των συλλόγων της UEFA», ο πρώτος Πορτογάλος τερματοφύλακας που κέρδισε αυτόν τον ατομικό τίτλο. Ωστόσο, αυτό δεν ήταν αρκετά καλό για να κληθεί για το Ευρωπαϊκό Πρωτάθλημα του 2004 - που διεξήχθη στην Πορτογαλία -, με τον Ρικάρντο Περέιρα της Σπόρτινγκ να προτιμάται αμφιλεγόμενα. Αργότερα, το 2007, σε μια συνέντευξη του στο FIFA.com, ο Μπαΐα είπε: «"(...) Είναι κάπως περίεργο γιατί ψηφίστηκα ως ο καλύτερος τερματοφύλακας στην Ευρώπη τη σεζόν 2003-04 και λίγες μέρες πριν την ανακοίνωση της ομάδας για το Ευρωπαϊκό Πρωτάθλημα του 2004, θα κέρδιζα το πορτογαλικό πρωτάθλημα και το UEFA Champions League και ακόμη και τότε δεν με κάλεσαν"». Στο τέλος της σεζόν ονομάστηκε στον κατάλογο για τον «Καλύτερο Τερματοφύλακα στον Κόσμο του 2004 της IFFHS», τερματίζοντας όγδοος στις ψηφοφορίες, ενώ ο Ρικάρντο κατέλαβε την 19η θέση.