С 1794 по 1795 год он был уполномоченным по исполнению договоров с Испанией. Однако испанская миссия Шорта оказалась неудачной, потому что Франция и Испания вступили в войну в марте 1793 года, что значительно усложнило исполнение всех испано-американских соглашений. После долгих лет работы он был отстранен от должности. Шорт вернулся в Париж, но, узнав его возлюбленная, герцогиня Розали де Ларошфуко, не желала покидать Францию, в 1802 году вернулся в США и занялся бизнесом. Сразу после возвращения Шорт месяц прожил у Джефферсона в Монтичелло.