1987-ben már a Ferrari csapat színeiben indulhatott, de a sorozatos technikai problémák megfosztották a jó szereplés lehetőségétől. Az autó az idény végére följavult, Portugáliában megszerezte első pole-pozícióját, majd az évad utolsó két versenyét megnyerte. Így 1988-ra már a vb-cím esélyesei közé lépett, de ez volt az az év, amikor Prost és Senna által vezetett McLarenek verhetetlenek voltak, 16 futamból 15-ön győztek. Egyedül Bergernek sikerült rajtuk kívül futamot nyerni, az olasz nagydíjon. A Michele Alboretóval aratott kettős győzelem némi gyógyírt jelentett az olasz csapatnak az Enzo Ferrari két héttel korábban bekövetkezett halála miatt érzett fájdalomra.