Han började propagera för att USA skulle ställa sig utanför den kommande konflikten, något som fick delat mottagande i USA, där isolationister hade en konflikt med dem som bekymrade sig inför nyheter om förföljelser av judar. Detta ledde till att hans hjältegloria hamnade på sned. År 1938 började paret Lindbergh planera för att bosätta sig i Berlin. Strax efter att Lindbergh tagit emot Tyska örnens orden ägde Kristallnatten rum, förföljelserna ökade markant och omkring 20-30 000 personer sändes till koncentrationsläger, vilket fick paret Lindbergh att ställa in sina planer.