Podczas wojny 1806 roku z Francją Scharnhorst został szefem sztabu generalnego ("Generalquartiermeister") księcia Brunszwiku. Został lekko raniony pod Auerstedt i wyróżnił się męstwem podczas odwrotu armii pruskiej. Razem z feldmarszałkiem Blücherem dostał się do niewoli podczas kapitulacji Ratkau, a następnie wziął udział w wymianie jeńców za oficerów napoleońskich. Odegrał ważną rolę w dowodzeniu pruskim korpusem generała L’Estocqa, współdziałającym z Rosjanami. Za kampanię został odznaczony orderem Pour le Mérite.