Мартин Шкоула начал свою профессиональную карьеру в 1996 году в клубе чешской Экстралиги «Литвинов». В 1997 году Мартин отправился в Северную Америку, а спустя год на драфте НХЛ был выбран в 1 раунде под общим 17 номером клубом «Колорадо Эвеланш».