Ejlatský přístav vznikl až ve 2. polovině 20. století, poté co Izrael ovládl tuto výspu na pobřeží Rudého moře a poté, co v důsledku suezské krize roku 1956 získal Izrael garance volné lodní dopravy v Akabském zálivu. Přístav byl založen roku 1957, roku 1965 se přemístil do nynější lokality. Od roku 2005 funguje jako samostatný podnik spadající pod Izraelskou správu přístavů.