Im April 2021 wurde Kuipers mit seinen Assistenten Sander van Roekel und Erwin Zeinstra für die Europameisterschaft 2021 nominiert; er erhielt aufgrund der Schiedsrichter-Altersgrenze der UEFA von 45 Jahren eine Sondergenehmigung. Kuipers leitete bei diesem Turnier vier Partien, darunter zwei Gruppenspiele, ein Viertelfinale und das Finale. Für seine hervorragende Spielführung wurde er nach dem Finale vielfach gelobt. Damit erhöhte er seine Bilanz auf insgesamt neun EM-Spiele, was ihn zusammen mit Cüneyt Çakır zum Schiedsrichter mit den meisten Einsätzen bei Fußball-Europameisterschaften macht.