В сентябре 1999 года Ширер забил свой единственный хет-трик за сборную Англии, это произошло в матче отборочного турнира Евро-2000 против Люксембурга (6:0). В итоге Англия смогла квалифицироваться на сам чемпионат Европы, а Алан объявил, что Евро-2000 станет для него последним турниром в составе английской сборной. В первом матче группового этапа Англия со счётом 2:3 проиграла сборной Португалии, однако во втором матче против Германии Ширер забил единственный гол встречи, благодаря чему Англия одержала победу. В последней игре группового этапа против Румынии Алан забил с пенальти, однако английская сборная в итоге проиграла, завершив своё выступление на турнире. Всего за английскую национальную команду Алан Ширер провёл 63 игры, в 34 из которых он выходил на поле с капитанской повязкой, а также забил 30 голов. Он занимает шестое место в списке лучших бомбардиров в истории сборной Англии вместе с Нэтом Лофтхаусом и Томом Финни. Несмотря на слухи о возвращении Алана в сборную перед чемпионатом мира 2002 и чемпионатом Европы 2004 года, он в неё так и не вернулся, а также отклонил предложение стать помощником тренера Стива Макларена после чемпионата мира 2006 года (эту должность в конечном итоге занял Терри Венейблс).