Шміцер був одним з ключових гравців збірної Чехії, яка брала участь у Чемпіонатах Європи 1996, 2000 і 2004 років. На кожному з цих турнірів він відзначався забитими м'ячами — досягнення, яке досі ніхто не зміг повторити. У складі збірної став віце-чемпіоном Європи 1996 року.