Nach dem Petersburger Blutsonntag 1905 kehrte An-ski nach Russland zurück. In St. Petersburg gründete er 1908 die Jüdische Historisch-Ethnographische Gesellschaft. Finanziert von dem Pariser Unternehmer Vladimir de Gunzburg (1873–1932), unternahm An-ski zwischen 1912 und 1914 mehrere ethnographische Expeditionen im jüdischen Ansiedlungsrayon. Während des Ersten Weltkrieges hielt er sich als Vertreter einer jüdischen Hilfsorganisation in Galizien auf.