2004'te Rusya millî futbol takımına çağrıldı. Euro 2004'te Sergey Ovçinnikov ve Vyaçeslav Malafeyev'den sonra 3. kaleci olarak kadroda yer aldı. İlk büyük maçı 30 Mart 2005'te, 2006 FIFA Dünya Kupası Elemeleri'nde Estonya'ya karşıydı. Vyaçeslav Malafeyev'in uzun süren sakatlığı sonrası Rusya'nın ilk kalecisi oldu. 18 yıl 20 günlükken, Rus millî takımına katılan en genç oyuncu oldu. Guus Hiddink yönetiminde ilk kaleci olarak görev almaya devam etti. 6 Mayıs 2007'de Akinfeev, FK Rostov'la 1-1 berabere kaldıkları maçta, kendisini 4 ay oynamaktan men edecek şekilde dizinden sakatlandı. Bu yüzden yerini Vyaçeslav Malafeyev, daha sonrasındaysa Vladimir Gabulov'a kaptırdı. Kasım ayının başlarında Rusya millî futbol takımına geri döndü ancak Euro 2008 Elemeleri'nde İsrail'e karşı oynanacak maçta formunun düşük olması gerekçesiyle kadroya katılmadı. Euro 2008 boyunca Rusya için Guus Hiddink'in ilk seçimi oldu.