1241 griffen kaiserliche, venezianische und pisanische Schiffe einen genuesischen Flottenverband bei Montecristo an und errangen in der Seeschlacht von Giglio einen vollständigen Sieg. Damit konnte Friedrich II. verhindern, dass sich die auf den genuesischen Schiffen befindlichen Prälaten aus Frankreich und Spanien an dem vom Papst einberufenen Konzil teilnahmen, auf dem vermutlich seine Absetzung vollzogen werden sollte. Friedrich besetzte daraufhin große Teile des Kirchenstaats. Ehe er Rom erreichte, verstarb Gregor IX. überraschend am 22. August 1241.