1580 yılından 1640 yılına kadar Portekiz’in bağımsızlığı bir süre sekteye uğradı. Fas’taki Osmanlı Fas kuvvetleriyle yaptığı Vadisseyl Muharebesi sırasında ölen Portekiz Kralı I. Sebastião ardında erkek vâris bırakmayınca İspanya Kralı II. Felipe taht üzerinde hak iddia etti ve Portekiz Kralı I. Filipe olarak tahta geçti. Bu savaş Portekiz'i büyük devletler sınıfından çıkardığı gibi Kuzey Afrika'ya ve Fas'a tehdidi ortadan kaldırmış, Osmanlı devletini Kuzey Afrika'nın tartışmasız hakimi haline getirmiştir. Ancak bundan hoşnut kalmayan Portekiz soylularının desteğiyle ayaklanma başlatan IV. João 1640 yılında kral ilan edilerek Bragança hanedanını başlattı. Aynı dönemde Büyük Britanya ve Hollanda, Portekiz İmparatorluğu’nun denizaşırı topraklarını ele geçirmek için saldırmaktaydı ve Portekiz özellikle 1822’de Brezilya’nın bağımsızlığını kazanmasıyla birlikte, 20. yüzyıla kadar sürecek olan bir çöküş dönemine girdi.