Als Mitte 1835 Texas seine Lösung von Mexiko erklärte, ernannte der mexikanische Präsident, General Santa Anna, Filisola zu seinem Stellvertreter als Kommandeur der mexikanischen Truppen. Er nahm unter anderem an den Schlachten von Gonzales und Alamo teil. Als Santa Anna am 22. April 1836, dem Tag nach der verheerenden Niederlage in der Schlacht von San Jacinto, von den Texanern gefangen genommen wurde, fiel Filisola die Aufgabe zu, den Rückzug der mexikanischen Truppen zu organisieren. Auf Santa Annas Befehl hin räumte Filisola San Antonio, ratifizierte den von Santa Anna geschlossenen "Vertrag von Velasco" und setzte die Truppen Richtung Matamoros in Marsch. Am 28. Mai erhielt er von der neuen mexikanischen Regierung unter Präsident José Justo Corro (Santa Anna war inzwischen abgesetzt worden) den Befehl, eroberte Gebiete nicht zu räumen. Zwar erklärte sich Filisola daraufhin zunächst zu einer Rückeroberung bereits geräumter Gebiete bereit, entschloss sich dann jedoch aufgrund des Zustands seiner Truppen, den Rückzug nach Matamoros fortzusetzen. Am 12. Juni wurde Filisola als Kommandeur der mexikanischen Truppen abgelöst und zog sich nach Saltillo zurück. Wegen des eigenmächtigen Rückzugs wurde er in Mexiko vor ein Kriegsgericht gestellt, jedoch im Juni 1841 freigesprochen.