Noch während seines Aufenthaltes in Wien während der Großen Gesandtschaft bekam Peter im Sommer 1698 die Nachricht von einem erneuten Aufstand der Strelizen in Moskau und kehrte eilig in die russische Hauptstadt zurück. Die Strelizen galten als größtes Machtrisiko für Peters Reformkurs. Peter I. setzte eine Vernichtungsaktion in Gang, die mehrere Monate andauerte. Viele Tausende verloren auf diese Art ihr Leben, andere wurden nach Sibirien, Astrachan, Asow und weiteren Orten verbannt, das Korps der Strelizen für immer aufgehoben, der Name abgeschafft und für ehrlos erklärt. Während der Niederschlagung des Strelizenaufstandes verdächtigte Peter I. auch seine Frau Jewdokija Fjodorowna Lopuchina der Teilnahme an der Verschwörung und verbannte sie 1698 ins Kloster Susdal.