Il figlio di Lilly, così come i due nipoti e l'intera compagnia, continuarono gli sforzi in campo benefico che il colonnello conduceva quand'era in vita; la Eli Lilly and Company ebbe un importante ruolo nella consegna di medicinali in seguito al catastrofico Terremoto di San Francisco del 1906 e nel 1937 venne istituita la Lilly Endowment, che divenne la più grande associazione filantropica del pianeta in termini di donazioni nel 1998. Attualmente ancora attiva, figura stabilmente tra le prime dieci associazioni umanitarie a livello mondiale.