Am 31. Mai 1944 wurde die "Tsugaru" der „Operation KON“ (Schlacht um Biak) zugewiesen, bei der sie in dem Bemühen der amerikanischen Landung entgegenzuwirken, Verstärkungen aus Zamboanga transportierte. Am 21. Juni wurde die "Tsugaru" nach dem Auslaufen aus Sorong, zur Insel Halmahera, von dem niederländischen U-Boot "K-XIV" angegriffen und erlitt schwere Schäden. Nach vorübergehenden Reparaturen versuchte sie Manila zu erreichen, wurde aber am 29. Juni in der Nähe von Biak von der USS "Darter" gesichtet. Diese schoss daraufhin sechs Torpedos ab, wovon zwei trafen, worauf die "Tsugaru" in weniger als 25 Minuten auf der Position sank, wobei ein Großteil der Besatzung ihr Leben verlor. Die "Tsugaru" wurde am 10. August 1944 aus der Flottenliste der Schiffe der Kaiserlichen Marine gestrichen.