Šiškauskas pelasi Liettuan koripallomaajoukkueessa ja voitti pronssia Sydneyn olympialaisissa 2000. Kultaa hän voitti EM-kisoissa 2003. Viimeinen mitali oli EM-kisojen 2007 pronssimitali. Vuonna 2008 Šiškauskas päätti vetäytyä maajoukkueesta.