Filmen handlar om Rysslands 1200-talskamp mot utländska makter, främst den mot de invaderande tyska korsriddarna. 1242 års slag på sjön Peipus, där tyskarna hejdades från att ta land österut, beskrivs ingående. Den ryske prins Alexander, som folkhjälte mer känd som Alexander Nevskij, är huvudpersonen i filmen. "Storm över Ryssland" var 1938 en tydlig allegori över (väst)europeiska maktambitioner i österled. I filmmanuset fick folkhjälten Alexander utsäga ett antal klassiska ryska ordspråk, vilket bidrog till att fästa filmhjältens kamp mot de tyska inkräktarna i rysk tradition.