Como uno de los principales oradores durante la primera noche de la Convención Nacional Republicana de 2016, Flynn dio lo que el "Los Angeles Times" describió como un discurso «ardiente», en el que declaró: «"We are tired of Obama's empty speeches and his misguided rhetoric. This has caused the world to have no respect for America's word, nor does it fear our might."» («Estamos cansados de los discursos vacíos de Obama y su retórica equivocada. Esto ha causado que el mundo no respete la palabra de Estados Unidos, ni tema nuestro poder.»); también acusó a Obama de elegir ocultar las acciones de Osama bin Laden y el Estado Islámico. Flynn continuó criticando a la corrección política y se unió a la multitud en un canto de «U-S-A! U-S-A!». Durante los cantos dijo a los que estaban en la audiencia: «"Get fired up! This is about our country."» («¡Enciéndanse! Esto es sobre nuestro país.»). Durante el discurso, Flynn lanzó un ataque contra la candidata demócrata Hillary Clinton. Dirigió a la multitud en cánticos de «"Lock her up!"» («¡Enciérrenla!»); durante uno de esos cantos, alentó a la multitud a mantenerlo, diciendo: «"Damn right! Exactly right! There is nothing wrong with that!"» («¡Maldita sea! ¡Exactamente! ¡No hay nada malo en eso!»). Llamó a Clinton a retirarse de la carrera, diciendo «"If I did a tenth of what she did, I'd be in jail today"» («Si yo hubiera hecho una décima parte de lo que hizo, estaría en la cárcel hoy.»). Repitió en entrevistas subsecuentes que ella debe ser «encerrada». Mientras hacía campaña por Trump, Flynn también se refirió a Clinton como el «campamento enemigo». Seis días después del discurso, Flynn provocó una controversia por retwitear comentarios antisemitas, de lo que más tarde se disculpó y alegó no fue intencional. Durante la campaña electoral, Flynn usó Twitter para publicar enlaces a historias negativas sobre Clinton, incluyendo noticias que se demostraron eran falsas.