С апреля 1942 года до конца войны был заместителем командующего — начальником инженерных войск последовательно Южного, Сталинградского, Донского, Центрального (2-го формирования), Белорусского, 1-го Белорусского фронтов. С конца 1942 года и почти до конца войны воевал под командованием К. К. Рокоссовского, который оценивал Прошлякова как одного из лучших военных инженеров РККА. Прошляков участвовал в подготовке инженерного обеспечения таких крупнейших оборонительных и наступательных сражений Великой Отечественной войны, как Сталинградская битва, Курская битва, битва за Днепр, Белорусская операция, Висло-Одерская операция, битва за Берлин.