В отборочном турнире к чемпионату мира 2002 года Ковач провёл 5 матчей и забил 1 мяч в гостевой игре со сборной Сан-Марино (4:0). В финальном турнире он принял участие как игрок стартового состава во всех трёх проведённых командой матчах. В отборочных играх к чемпионату Европы 2004 года он продолжал регулярно выходить на поле, и провёл 7 матчей, забив 2 мяча в матчах с Эстонией и Андоррой. В финальном турнире Ковач провёл 3 игры и смог забить гол, открыв счёт в матче со сборной Англии (в итоге завершившемся поражением — 2:4). Как и два года назад, сборная Хорватии не смогла пройти дальше группового этапа турнира.