Om het moreel van de stad na de verwoestende aardbeving van San Francisco van 1906 op te poetsen, werd deze wedloop georganiseerd op 1 januari 1912 als eerste jaarlijkse “Cross-City Race”. Vanaf 1928 vond deze steeds later in het jaar plaats tot tegenwoordig in de maand mei. De eerste wedstrijd werd gewonnen door Robert J. (Bobby) Vlught. Vrouwen mochten lange tijd niet meedoen, maar in 1940 liep Bobbie Burke toch mee. Ze was verkleed als een man.