Nel 1806 Napoleone riportò una vittoria decisiva sulla Quarta coalizione (la Terza coalizione del 1805 non influì direttamente sul Regno di Napoli). Una delle sue prime decisioni fu quella di dichiarare guerra al Regno di Napoli. Il Consiglio di guerra di Ferdinando IV decise di richiamare all'azione sia il Cardinal Ruffo sia i capimassa. Ruffo rifiutò l'offerta e dei capimassa ormai non restava (vivo e operativo) che il colonnello Pezza, ben felice di tornare in azione. Fra' Diavolo lasciò Napoli e tornò nelle province a reclutare uomini abili alle armi tra la popolazione ma, mentre si preparava alla guerra, gli giunse la notizia che il re aveva abbandonato Napoli per riparare, come fatto nel 1799, a Palermo. Pochi giorni dopo ricevette un'ordinanza con la quale veniva ordinato ai comandanti militari di non aggredire l'armata napoleonica. «"In conseguenza, S. M. comanda che il colonnello Pezza (Fra Diavolo) e gli altri incaricati di battaglioni volanti non facciano alcun movimento, né resistenza contro la detta armata"». Supportato dalle armi del capace e spietato Maresciallo Andrea Massena, Giuseppe Bonaparte, fratello di Napoleone, fu incoronato re di Napoli per volere dell'imperatore francese.