През 1800 г., след австрийските поражения при Маренго и Хоенлинден, Карл се съгласява да командва разбитата армия. Той провежда успешно отстъпление и подписва примирие с французите, на което се основава Люневилския договор. През 1801 г. вече е председател на "Придворния Хофкригсрат", но неговите реформи в австрийската военна система не успяват да изкоренят старите обичаи и духът на съсловността в армията. През 1805 г., командвайки войските в Италия, се сражава при Калдиеро. През 1809 г., в началото на новата война с Наполеон, Карл е предводител на всички австрийски войски, но се смята, че неговият успех винаги е бил възпрепятстван от недостатъчните му твърдост и решителност. Винаги опитващ да постави братята си като предводители на отделните войскови, докато всички те са под негово командване Карл си навлича неодобрение в дворцовите среди. Победата му при Асперн все пак доказва способността му да надделее над наполеоновата войска, а след загубата при Ваграм водените от него австрийци отстъпили бързо и изкусно.