Победы русских и австрийцев в 1799 году уничтожили Цизальпинскую республику, но после победы Бонапарта при Маренго она возникла вновь и получила новую конституцию, выработанную на конгрессе в Лионе в 1801 году (законодательный совет из 50 членов, исполнительный совет из 9 членов, с президентом во главе совета и республики). Австрия вновь признала Цизальпинскую республику по Люневильскому миру (1801), причём она была увеличена небольшой территорией на правом берегу Эча, по Кампоформийскому миру остававшейся за Австрией. В январе 1802 года Цизальпинская республика была переименована в Итальянскую республику; Бонапарт избран её президентом, а вице-президентом назначен .