Protetta per lungo tempo dalla famiglia Del Carretto, con l'abbandono dei monaci benedettini sul finire del XV secolo l'abbazia di San Quintino fu destinata alla mensa vescovile della diocesi savonese, retta in quei anni dal cardinale Giuliano della Rovere, secondo la bolla papale di Alessandro VI del 1500. Tale proprietà episcopale perdurò sino al 1796 quando, con le campagne d'Italia di Napoleone Bonaparte, il sito abbaziale venne in gran parte distrutto, i beni incamerati e venduti e solo la chiesa restò aperta al culto liturgico. Con la caduta del Primo Impero francese, e il successivo congresso di Vienna del 1815, i beni dell'abbazia tornarono nelle mani della curia.