En novembre 1938, Bernhard Lichtenberg a été témoin des pogroms contre les Juifs. Le soir même, il déclare au cours de son sermon à la cathédrale Sainte-Edwige de Berlin : « Dehors, la synagogue est en train de brûler, celle-là aussi est une maison de Dieu ». Il décide également de prier publiquement chaque soir au cours de l’office des Vêpres « pour les chrétiens non-aryens persécutés, pour les juifs ». Il étendra par la suite sa prière aux détenus des camps de concentration.