Создание конфедерации встретило сопротивление как внутри Перу, так и привело к войнам с соседними Чили и Аргентиной. После поражения А. де Санта-Круса года в и его бегства в Эквадор конфедерация была распущена, отдельные органы управления Юга и Севера замещены органами единого Перу.