Убрзо по доласку у Литекс, након три месеца, Јанковић добија бугарско држављанство, да би после годину дана добио позив да наступа за Бугарску. Дебитује за репрезентацију фебруара 2002. године у пријатељској утакмици против Хрватске у Ријеци, која је завршена резултатом 0:0. Свој први гол је постигао против Белгије у Бриселу, септембра 2002. године, у победи Бугарске која је завршена резултатом 2:0. Био је део репрезентације која је учествовала на Европском првенству 2004. године у Португалији, на којем је одиграо све три утакмице у групи, у којој је Бугарска завршила на последњем месту. За Бугарску је наступао у периоду од 2002. до 2007. године, забележио је 30 наступа и постигао је 2 гола.