6 августа 2018 года Эктор Купер был назначен главным тренером национальной сборной Узбекистана. Футбольная ассоциация Узбекистана заключила с ним контракт на три года с возможностью продления ещё на год. Перед Купером была поставлена задача подготовки к успешному выступлению на Кубке Азии 2019 года и выводу сборной в финальную стадию чемпионата мира 2022 года. В Кубке Азии 2019 сборная Узбекистана вышла из группы со второго места и проиграла в 1/8 финала сборной Австралии в серии пенальти. Отборочные матчи к чемпионату мира 2022 сборная Узбекистана начала с поражения и в середине сентября контракт с Купером был расторгнут по обоюдной договоренности. Болельщики и ряд специалистов футбола критиковали Купера за обороняющий стиль игры сборной, которая по их мнению не подходит к сборной Узбекистана, которая всегда играла в атакующий футбол.