W reprezentacji swojego kraju Zwyssig zadebiutował 6 sierpnia 1997 roku w przegranym 0:1 meczu ze Słowacją. W 2004 roku Jakob Kuhn powołał go na Mistrzostwa Europy. Szwajcarzy zajęli na nich jednak dopiero ostatnie miejsce w swojej grupie i odpadli z turnieju. Sam Zwyssig na portugalskich boiskach pełnił rolę rezerwowego i nie zagrał w żadnych ze spotkań. Łącznie w barwach drużyny narodowej wystąpił w 20 meczach, w których zdobył jedną bramkę.