1939/40 forderte Prinzhorn kurz nach der Besetzung Polens für die Universitätsbibliothek Thorarollen und Kultgegenstände der jüdischen Gemeinde in Krośniewice an. Die Universitätsbibliothek war insofern am systematischen Raub jüdischer Kulturgüter aktiv beteiligt. Dass Prinzhorn als einziger Fachberater die Liste der Bibliotheken und Archive zusammenstellte, welche von den Kommandos des RSHA im September 1941 im Baltikum geplündert wurden, darunter das umfangreiche Archiv des jüdischen Historikers Simon Dubnow, erscheint mehr als wahrscheinlich.