До складу клубу «Атлетіко» приєднався влітку 2012 року і відразу виграв Суперкубок УЄФА 2012 року. Вже у першому сезоні за нову команду Родрігес став міцним гравцем основної команди і допоміг клубу виграти вперше з 1996 року Кубок Іспанії, обігравши в фіналі принципового суперника — «Реал».