Un capitolo a parte merita la rivalità tra Pisa e Livorno: le radici di questa rivalità risalgono addirittura al 1284, quando la flotta pisana fu sconfitta da quella genovese al largo di Livorno, all'epoca porto pisano, fra gli scogli delle melorie sancendo l'inizio della fine della Repubblica Marinara. Nemmeno un secolo dopo il porto livornese diventò, da piccolo scalo sottomesso, uno dei principali porti della Toscana. Arrivando ai giorni nostri questa rivalità non si è mai sopita: girando per il mondo non è raro vedere scritte di scherno tra le due opposte fazioni nei luoghi più disparati. Tra le due tifoserie nel corso degli anni non sono mancati scontri violenti, come nel 1999 o come nel 2001. Anche Romeo Anconetani, che durante la sua presidenza espresse chiaramente l'idea di unire le due città sotto un'unica squadra chiamata "Pisorno", si dovette ricredere vedendo le proteste che scaturirono dalle due città. Nel 2012 l'allora presidente del consiglio Mario Monti propose l'accorpamento di varie province italiane e tra queste vi erano proprio Pisa e Livorno, pure in questo caso ne scaturì un pandemonio di proteste e sfottò nelle due città.