สาธารณรัฐเช็กทำสถิติของตัวเองขึ้นใหม่ใน ฟุตบอลโลก 2006 รอบคัดเลือก เมื่อพวกเขาถล่ม อันดอร์ร่า 8-1 และในแมตช์เดียวกันนั้น ยาน โคลเลอร์ ก็กลายเป็นดาวซัลโวสูงสุดตลอดกาลของทีมชาติ ด้วยจำนวน 35 ประตู และพวกเขาก็จบลงด้วยการเป็นอันดับ 2 ของกลุ่ม ก่อนชนะนอร์เวย์ในรอบเพลย์ออฟ ทำให้ทีมได้ผ่านเข้าไปเล่นฟุตบอลโลกได้เป็นครั้งแรก สาธารณรัฐเช็กได้รับข่าวดีเมื่อ พาเวล เนดเวด ตัดสินใจกลับมาเล่นให้ทีมชาติอีกครั้ง หลังเคยประกาศเลิกเล่นเมื่อจบการแข่งขันยูโร 2004 และสมาชิกชุดฟุตบอลโลก 2006 ก็มาจากชุดยูโร 2004 ถึง 18 คนเลยทีเดียว ทว่าพวกเขาก็ต้องตกรอบแรกที่ประเทศเยอรมนีอย่างสุดเหลือเชื่อ ทั้งที่ชนะสหรัฐอเมริกา 3-0 ในเกมแรก แต่ก็แพ้กาน่าและอิตาลีในอีก 2 นัดต่อจากนั้น และหลังจบทัวร์นาเมนต์ พาเวล เนดเวด, คาเรล โพดอลสกี้ และวราติสลาฟ ล็อกเวนซ์ ต่างก็ประกาศแขวนสตั๊ดหลังความผิดหวังในฟุตบอลโลก 2006 นั้น โดยสาธารณรัฐเช็กกลับมาทำได้ดีอีกครั้งในการแข่งขันยูโร 2008 รอบคัดเลือก จากการคว้าแชมป์กลุ่ม จบในอันดับที่เหนือกว่าเยอรมนี และในการแข่งขันรอบสุดท้ายที่ประเทศออสเตรียและประเทศสวิตเซอร์แลนด์ สาธารณรัฐเช็กเอาชนะเจ้าภาพร่วมไปได้ 1-0 ในรอบแบ่งกลุ่มนัดแรก ก่อนจะแพ้โปรตุเกส 1-3 และแพ้ตุรกี 3-2 ส่งผลให้ต้องตกรอบแรกไปอย่างเหลือเชื่อ และเป็นแมตช์สุดท้ายที่ คาเรล บรูคเนอร์ คุมทีม