Fils d'un lanceur de javelot, David Ndiku, il ne suit pas les traces de son père et préfère se consacrer aux courses de fond. Il participe aux épreuves de cross-country et se classe cinquième des championnats du Kenya juniors 2008, alors âgé de seize ans seulement. Sélectionné pour les championnats du monde jeunesse de 2009, à Bressanone en Italie, il se classe deuxième du 1 500 m, derrière son compatriote Gideon Mageka. L'année suivante, il remporte le titre de champion du monde junior de cross à Bydgoszcz, et celui de champion du monde junior du à Moncton au Canada, en 3 min 37 s 30 (record personnel).