В апреле 2016 года Маккеон вошла в состав австралийской команды летних Олимпийские игры 2016 года в Рио-де-Жанейро. Она приняла участие в эстафете 4×100 метров вольным стилем, которая завоевала золотую медаль за рекордное время 3.30,65. Маккеон также выиграла две серебряные медали в составах эстафет 4×200 метров вольным стилем и комбинированной 4×100 метров. Также Эмма завоевала бронзовую медаль на дистанции 200 метров вольным стилем со временем 1.54,92. В 100-метровом финале баттерфляем она финишировала шестой.