尼布楚之地原屬清朝外蒙古之地。1654年，哥萨克进入此地，在尼布楚建立城堡。于四年后将其建成城镇，成为连接外贝加尔山脉和黑龙江之间的重要俄罗斯人贸易据点。1689年，清廷與沙俄代表在此地簽訂《尼布楚條約》，確定尼布楚為往後的中俄貿易中心之一，此地遂屬沙俄。沙俄期間，許多礦產被不斷發現，使得此地成為外貝加爾的主要城鎮。這裡也是著名的卡托加之一——。1825年十二月黨人起義後，部份起義者被流放到這裡。1863年波蘭一月起義後，許多起義者被流放到這裡挖掘銀礦。西伯利亞鐵路落成之後，赤塔逐漸取代了尼布楚的經濟地位。