1994 beherrschte Magnussen die Britische Formel-3-Meisterschaft. Er gewann 14 von 18 Rennen und absolvierte seinen ersten Formel-1-Test bei McLaren, wo er dann als Formel-1-Testfahrer eingestellt wurde. 1995 fuhr Magnussen in der DTM/ITC und nahm erstmals an einem Formel-1-Rennen für McLaren als Ersatzfahrer für Mika Häkkinen teil. 1996 fuhr er weiterhin in der ITC und hatte einige Gaststarts in der Champ-Car-Serie als Ersatz für den kurzfristig nach einem Unfall zurückgetretenen Emerson Fittipaldi. 1997 und 1998 war er Stammfahrer neben Rubens Barrichello bei Stewart Grand Prix. 1998 errang er beim Großen Preis von Kanada seinen ersten und einzigen Weltmeisterschaftspunkt, wurde danach aber durch den Niederländer Jos Verstappen ersetzt.