François Huet a été nommé général de brigade en 1956, il commande la mécanique rapide ( DMR), division expérimentale mise sur pieds un an plus tôt et qui dispose du meilleur matériel disponible à l'époque. En avril 1956, la DMR est transférée d'Allemagne en Algérie, dans la Mitidja, puis, en octobre-novembre 1956, participe à l'expédition de Suez. À partir de janvier 1957, Huet est sous les ordres d'un camarade de promotion de Saint-Cyr, le général Jacques Allard, nommé à la tête du Corps d'Armée d'Alger. Les autres subordonnés d'Allard sont les généraux Jacques Massu et Jacques de Bollardière (relevé à sa demande, et qui quitte définitivement l'Algérie en mars 1957). Outre la DMR, le général Huet commande le département d'Alger, avec, sous son autorité, l'ensemble du secteur Est de l'Atlas Blidéen. Huet participe bientôt, aux côtés de Massu, à la bataille d'Alger. En septembre 1957, la DMR occupe le secteur Aïn Taya-Maison Blanche. Huet adhère à l’enthousiasme du 13 mai 1958, mais demeure ensuite dans la voie de la discipline tout en « priant pour les harkis ».