En 1796, mientras Napoleón Bonaparte conquistaba el norte de Italia, durante la Guerra de la Primera Coalición, Caprara se mantuvo favorable al avance francés, quizás buscando su propio beneficio, ya que poseía tierras e intereses en la zona boloñesa. Apoyó a la recién creada República Transpadana, a pesar de sus fuertes medidas anticlericales. Durante esta época se le conocería con el sobrenombre de "cardenal jacobino". Apoyó la firma del Tratado de Tolentino en 1797, que imponía la rendición de los Estados Pontificios.