Sieyès valittiin vuonna 1804 Ranskan akatemian jäseneksi. Valtio lahjoitti hänelle Crosnen kruununmaat. Sieyès nimitettiin myös kunnialegioonan suurupseeriksi vuonna 1804 ja korotettiin 1808 kreiviksi. Satapäiväisen keisarikunnan aikana Napoleon antoi hänelle vielä päärinarvon. Restauraation alettua vuonna 1815 Sieyès karkotettiin maasta, sillä hän oli äänestänyt Ludvig XVI:n kuolemantuomion puolesta. Hän asettui asumaan Brysseliin, mutta palasi Ranskaan heinäkuun vallankumouksen jälkeen vuonna 1830.