Za utrzymywanie kontaktów z Wojskiem Polskim aresztowany przez Niemców we wrześniu 1939, więziony w obozie koncentracyjnym Sachsenhausen, następnie w Dachau, gdzie zginął. Symboliczny grób ks. Jana Trzaskomy znajduje się na cmentarzu w Chotomowie, zaledwie kilka kilometrów od jego rodzinnej Olszewnicy.