Alla fine di aprile 1942, Hitler e Mussolini concordarono che un'eventuale invasione di Malta (per la quale fu preparato un piano, l'Operazione C3) si sarebbe effettuata dopo l'offensiva dell'Asse in Africa Settentrionale. Quindi, verso la fine di maggio il III./ZG 26 abbandonò la Sicilia, per supportare l'offensiva in Africa; ma vi fu un'occasionale ritorno della 8./ZG 26, trasferita da Creta, in concomitanza della Operazione Pedestal a metà agosto: per l'occasione, i "Bf 110" furono inviati temporaneamente a Palermo. Il pomeriggio dell'11 agosto, la 8./ZG 26 scortò i bombardieri He 111 del KG 26 che, nel ruolo di aerosiluranti, tentarono di colpire le navi britanniche. I "Bf 110" vennero in contatto con i Sea Hurricane della portaerei di scorta al convoglio navale, riuscendo ad abbattere due dei caccia britannici al prezzo di uno "Zerstörer", ma senza perdite per gli "He 111". Complessivamente, ben nove delle 14 navi di rifornimenti furono affondate dagli attacchi aerei della Luftwaffe e della Regia Aeronautica; ma le sole cinque navi che giunsero a Malta furono comunque sufficienti ad aiutare l'isola a resistere ancora. I "Bf 110" lasciarono nuovamente la Sicilia e tornarono solo dopo alcuni mesi, all'inizio del 1943; ma a quel punto le forze dell'Asse non erano più in grado di effettuare un'invasione dell'isola.