W 1939 roku księgozbiór Biblioteki przekroczył 150 tys. woluminów, jednak wybuch II wojny światowej zahamował dalszy rozwój księgozbioru. Od 1940 roku przez 4 lata okupacji biblioteka współpracowała w konspiracji ze szkołą nieprzerwanie udostępniając swoje zbiory. W trakcie działań wojennych budynek biblioteczny ocalał, a wraz z nim księgozbiór. Biblioteka utraciła jedynie ok. 4% swoich zbiorów.