Po nastaniu okupacji sowieckiej w 1939 większość z sejneńskich ewangelików została uwięziona przez Rosjan, a następnie przekazana Niemcom i przez nich zwolniona. Po przejęciu zarządu okupacyjnego nad tym terytorium przez III Rzeszę, w marcu 1941 wszystkie osoby wyznania ewangelickiego zostały uznane z Niemców i pod groźbą internowania lub przesiedlenia do Generalnego Gubernatorstwa zmuszano ich do podpisania volkslisty. Niepodpisujący zostawali również wysyłani do obozów koncentracyjnych.