Il se montre tiède à l'avènement de Guillaume III et attend l'événement. Finalement, en , il écrit à William pour lui faire part de son allégeance. En mai, il prend part à la proclamation de William et Mary en tant que roi et reine à Édimbourg. Mais pendant l'insurrection du vicomte Dundee, il permet à ses troupes d'être utilisées à la Bataille de Killiecrankie contre les partisans du nouveau roi, ce qui contribue à la défaite des troupes du gouvernement. Il est ensuite convoqué à Londres et emprisonné en août. En 1690, il est impliqué dans le complot de Montgomery pour restaurer Jacques II, puis dans d'autres intrigues du jacobitisme. En , il reçoit un pardon et, par la suite, agit pour le gouvernement dans la pacification des Highlands .