Som følge av Den kambodsjansk-vietnamesiske krig ble Demokratisk Kampuchea invadert av Vietnam i 1979, og Pol Pot ble avsatt. Deretter flyktet Pol Pot og hans tilhengere inn i jungelen i den nordvestlige delen av Kambodsja, hvor de drev geriljakrig mot de vietnamesiske okkupasjonsstyrkene og de kambodsjanske regjeringsstyrkene. Invasjonen av Kambodsja ble fordømt av flere land, som USA og Kina, og Røde Khmer fikk derfor beholde Kambodsjas sete i FN. Kina, som var regimets næreste allierte, invaderte også Vietnam som reaksjon på invasjonen av Kambodsja. Pol Pot ble aldri stilt til ansvar for handlingene sine, men ble avsatt og fengslet etter en intern maktkamp i restene av Røde Khmer i 1997. Han døde av naturlige årsaker under husarrest i 1998, hvoretter Røde Khmer-geriljaen gikk raskt i oppløsning.