W grudniu 1968 roku, po aneksji wojsk Układu Warszawskiego na Czechosłowację, został w nocy aresztowany i następnie osadzony w więzieniu, w którym był torturowany. W Wigilię Bożego Narodzenia roku 1969 lekarze poinformowali jego żonę, że mąż może nie przeżyć najbliższej nocy. Nie doszło do tego i w listopadzie 1972 roku Pachman wyemigrował do Republiki Federalnej Niemiec. W niedługim czasie dał się poznać jako aktywny działacz antykomunistyczny, popularność zdobywając dzięki częstym wystąpieniom w programach telewizyjnych. Po aksamitnej rewolucji w roku 1989 z powrotem otrzymał czeskie obywatelstwo, jednakże z powodu rozczarowania rządzącą elitą zrezygnował z niego w 1998 roku.