W czasie „kampanii włoskiej” i „szwajcarskiej” Suworowa (II koalicja antyfrancuska), w stopniu generała-majora, dowodził awangardą ekspedycji. Odznaczył się wtedy podczas bitew nad Addą (wygrana) i Trebbią (przegrana), oraz pod Novi (wygrana) i na przełęczy Świętego Gotarda, gdzie nieznaczne siły francuskie odepchnęły korpus Suworowa, nie pozwalając mu wziąć udziału w II bitwie pod Zurychem. Był aktywnym uczestnikiem wojen napoleońskich w latach 1805–1807. W kampanii 1805 roku, podczas wielkiego odwrotu armii Kutuzowa z Braunau am Inn do Ołomuńca, Bagration dowodził ariergardą rosyjskiej armii. Jego żołnierze brali udział w wielu potyczkach, ubezpieczając tyły rosyjskiej armii. Wsławili się podczas bitwy pod Schöngrabern.