Fatima-Zohra Imalayen föddes i en liten kuststad i utkanten av Alger i det på den tiden franska Algeriet. Fadern var algerier och lärare i franska vid den grundskola hon gick i. Till skillnad från många andra muslimska flickor uppmuntrades hon att studera. Hon tog därför gymnasieexamen och begav sig till Frankrike, där hon studerade vid Lycée Fenelon i Paris år 1954. Hon blev 1955 den första algeriska kvinnan som någonsin antogs vid École Normale Superieure de Sèvres i Paris. Där hade hon den franske islamologen Louis Massignon som lärare. På grund av oroligheter bland algeriska studenter som stödde Algeriets självständighet, tvingades hon avbryta studierna året därpå, men hon tog sedermera en högre examen i historia.