У јуну 1942. године упућен је у Енглеску као командант америчког II корпуса, а само месец дана касније постављен је на положај главнокомандујућег савезничких снага у Европи. 17. августа 1942. године унапређен је у чин генерал-мајора. У октобру 1942. године послат је на Северноафрички фронт као заменик главнокомандујућег савезничких снага, генерала Двајта Д. Ајзенхауера. Његов задатак било је учествовање у припреми операције Бакља, предстојећег савезничког искрцавања у Француској Северној Африци. Извршавајући овај задатак Кларк је, у склопу операције Јарбол тајно посетио Француску Северну Африку како би се састао са пријатељски настројеним официрима снага Вишијевске Француске. Ајзенхауер је веома ценио Кларкове способности. Кларк је 11. новембра 1942. године унапређен у чин генерал-пуковника, само три дана након почетка операције Бакља.