Mit dem Niedergang des Mittleren Reiches folgte die unübersichtliche Zweite Zwischenzeit, die Manetho erneut vor die Probleme stellte, die Könige den jeweiligen Dynastien zuzuordnen. Aus diesen Gründen entfällt wohl auch eine namentliche Nennung von Herrschern der Dynastien 13, 14, 16 und 17, denen er insgesamt nur eine Gesamtzahl von Regierungsjahren zuweist. Die 15. Dynastie der „großen Hyksos“ ist in den manethonischen Fassungen wahlweise als 15. oder 17. Dynastie aufgeführt, ein Beleg für die verwirrende Quellenlage jener Epoche. Insbesondere die begleitenden Erklärungen zu den Hyksos zeigen eine Zunahme von griechischen, jüdischen und christlichen Nachbearbeitungen der manethonischen Fassungen, weshalb die Historiker große Schwierigkeiten haben, die tatsächlichen Aussagen Manethos herauszufiltern.