1987 und 1988 wurde er jeweils wegen der Teilnahme an der ersten Intifada zu kürzeren Haftstrafen verurteilt. 1989 wurde Haniyya schließlich zu drei Jahren Haft verurteilt und 1992 zusammen mit anderen führenden Hamas-Mitgliedern wie Abd al-Aziz ar-Rantisi und Mahmud az-Zahar in den Südlibanon deportiert.