С 1997 по 1999 год Муратов играл во второй команде «Нефтехимика» в Первой лиге чемпионата России. В сезоне &lt;a href="%D0%A7%D0%B5%D0%BC%D0%BF%D0%B8%D0%BE%D0%BD%D0%B0%D1%82%20%D0%A0%D0%BE%D1%81%D1%81%D0%B8%D0%B8%20%D0%BF%D0%BE%20%D1%85%D0%BE%D0%BA%D0%BA%D0%B5%D1%8E%20%D1%81%20%D1%88%D0%B0%D0%B9%D0%B1%D0%BE%D0%B9%201998/1999"&gt;1998/99&lt;/a&gt; он дебютировал в Суперлиге, где сыграл 7 матчей в регулярном сезоне и 3 игры в плей-офф, где забросил свою первую шайбу за «Нефтехимик». Следующий сезон Евгений проводил уже в статусе основного игрока нижнекамского клуба. В декабре он вошёл в окончательный состав сборной России для участия на молодёжном чемпионате мира 2000. На этом турнире россияне завоевали серебряные медали. Муратов стал лучшим снайпером турнира, забросив 6 шайб, четыре из которых были оформлены в матче со сборной Казахстана. Директорат чемпионата также включил нападающего в Сборную всех звёзд соревнования. Вернувшись в «Нефтехимик» Муратов продолжил демонстрировать качественный уровень игры, после чего перешёл в конце регулярного сезона в «Ак Барс». Вместе с казанским клубом Евгений стал серебряным призёром чемпионата России. По окончании сезона «Ак Барс» не стал продолжать сотрудничество с Муратовым, и он вернулся в Нижнекамск. Летом нападающий принял участие на драфте НХЛ 2000 года, где был выбран клубом «Эдмонтон Ойлерс» в 9-м раунде под общим 274-м номером.