Kipchoge sijoittui Brysselin maastojuoksun MM-kisoissa 2004 pitkällä matkalla neljänneksi ja sai joukkuekilpailussa hopeaa. Myöhemmin samana vuonna hän juoksi Roomassa ajan 12.46,53, joka oli vuoden toiseksi nopein aika Bekelen maailmanennätyksen 12.37,35 jälkeen. Ateenan olympialaisissa 2004 hän joutui antautumaan el-Guerroujille sekä Bekelelle, mutta juoksi kolmanneksi. Saman vuoden syyskuussa hän voitti 3 000 metrin juoksun. Vuonna 2005 hän oli maastojuoksun MM-kisoissa pitkällä matkalla viides ja samalla joukkuekilpailussa hopealla. Helsingin MM-kilpailuissa hän oli 5 000 metrillä neljäs. hän sijoittui 3 000 metrillä toiseksi. 2006 sisäratojen MM-kisoissa Moskovassa hän oli 3 000 metrillä kolmas Bekelen ja Saif Saaeed Shaheenin jälkeen.