Under Uafhængighedskrigen ledede Moshe Dayan først de jødiske styrker i Jordandalen, senere var han leder for bataljonen ved Lod og fra august 1948 leder af fronten ved Jerusalem. Efter krigens afslutning i 1949 deltog han i våbenhvileforhandlingerne med Jordan (Transjordanien). Efterhånden steg han i graderne og var i perioden december 1953 til januar 1958 øverstbefalende for det israelske forsvar. I oktober 1956 var han generalstabschef under Suez-krigen, som han ledede med stor succes. Han forlod hæren i 1958.