Nach dem Beginn des Zweiten Weltkrieges ersuchte Niedermayer um eine Verwendung in der Wehrmacht, entweder an der Front oder mit einer Beteiligung seines Institutes an der Verwaltung des besetzten Polens. Da die Wehrmachtführung darauf nicht reagierte, bat er einige befreundete Generäle um Fürsprache. Dennoch lehnte das Oberkommando des Heeres (OKH) sein Ersuchen am 20. Februar 1941 erneut ab.