Für die ägyptische Nationalmannschaft bestritt Yahia Omar bisher 52 Länderspiele, in denen er 171 Tore erzielte. Bei der Weltmeisterschaft 2019 belegte er mit seinem Team den 8. Rang. 2020 wurde er Afrikameister. Bei der Weltmeisterschaft 2021 im eigenen Land unterlag das Team im Viertelfinale gegen den späteren Weltmeister Dänemark. Omar traf in diesem Spiel elfmal, darunter ein Siebenmeter im entscheidenden Siebenmeterwerfen. Mit der ägyptischen Auswahl belegte er bei den Olympischen Spielen in Tokio den vierten Platz und war mit 38 Toren bester Schütze seiner Mannschaft. Am Turnierende wurde er in das All-Star-Team gewählt.