Најважнија збирка музеја односи се на Други светски рат. Постоје разни фотографски панели који приказују живот на Малти током рата, посебно тешкоће цивилног становништва и штете од ваздушног бомбардовања. Један од најважнијих експоната је труп авиона "Gloster Sea Gladiator N5520", јединог преживелог Ловца бомбардера ("Hal Far Fighter Flight)". Музеј такође садржи џип Вилис 'Хaски' који је користио Двajт Д. Aјзенхауер пре инвазије на Сицилију, а такође и Рузвелт током посете Малти. Џорџов крст којим је краљ Георге VI одликовао народ Малте за храброст, у априлу 1942. године такође је изложен у музеју. Колекција садржи и олупине срушених авиона, заробљене немачке митраљезе, торпедо, минобацаче и друго оружје.