La estadía en Roma del arquitecto fue breve: en abril del año siguiente se trasladó a Lisboa, por invitación del rey Sebastián I que lo acompañó en la expedición a África que concluyó con el desastre de Alcazarquivir, en el cual el soberano encontró la muerte y Terzi fue hecho prisionero. Tras volver a Lisboa y haber pagado el rescate para su libertad, fue uno de los arquitectos de confianza de Felipe II, que apenas había heredado la corona lusitana (1580), uniendo dinásticamente a toda la península ibérica. En una visita que realizó a Portugal en 1582, el rey quiso conocer personalmente a Terzi y le confió primero los trabajos de reestructuración y ampliación de las fortificaciones de la plazafuerte de Setúbal, luego las obras del claustro principal (conocido como "Claustro de D. João III") del "Convento de Cristo" en Tomar.