1700-luvulla linna menetti sotilaallisen merkityksensä, ja sitä ryhdyttiin käyttämään poliittisten vankien säilytyspaikkana. Vankilassa viruivat muun muassa Pietari Suuren sisar Marija Aleksejevna, hänen ensimmäinen vaimonsa Jevdokija Lopuhina sekä keisari Iivana VI, joka sai surmansa vapauttamisyrityksen yhteydessä. 1800-luvulla vangittuina oli dekabristeja, Puolan kapinallisia ja narodnikkeja. Linnoituksessa on teloitettu muun muassa Leninin vanhempi veli Aleksandr Uljanov. 1900-luvun alussa rangaistusvankilassa pidettiin vuosien 1905–1907 vallankumoustapahtumien osanottajia, sosiaalidemokraatteja, sosialistivallankumouksellisia, anarkisteja ja niin edelleen.