Lyncker trat, wie es damals für junge Landadelige üblich war, in die preußische Armee als Offiziersbewerber ein. Bei Ausbruch des Krieges gegen Frankreich im Jahre 1806 war er Premierlieutenant im Infanterieregiment „Courbière“. Nach der Niederlage der preußischen Armee in der Schlacht bei Jena und Auerstedt gehörte sein Regiment zu den Verteidigern der Festung Danzig. Bei den Kämpfen gegen die französischen Belagerer wurde er in einem Gefecht am 26. März 1807 dreimal verwundet und zeichnete sich so aus, dass Oberst von Massenbach General von Kalckreuth bat, Lyncker dem König zur Auszeichnung mit dem Orden Pour le Mérite vorzuschlagen. In Massenbachs Bericht vom 29. März 1807 heißt es: Mit Allerhöchster Kabinettsorder vom 8. April 1807 verlieh Friedrich Wilhelm III. Lyncker den Orden Pour le Mérite. Lyncker diente noch eine Weile in der Armee und schied nach dem Tilsiter Frieden als Kapitän aus dem Militärdienst.