Le , le "Tsugaru" est réaffecté à la 3 flotte expéditionnaire du Sud. Le , il est déployé depuis Palau pour mouiller le détroit de Balabac aux Philippines, après un stationnement à Balikpapan (Bornéo). L'une de ses missions de mouillage de mines est crédité du naufrage de l' en . Le , le "Tsugaru" est affecté à l'opération "KON", transportant des renforts de Zamboanga à Mindanao dans le but de contrer les débarquements américains. Le , après avoir quitté Sorong, en Nouvelle-Guinée pour l'île d'Halmahera, il est torpillé par le sous-marin de la marine royale néerlandaise HNLMS "K XIV", lui causant de graves dommages. Après des réparations temporaires, alors qu'il tente de rejoindre Manille, il est localisé au large de Biak le par l', qui lui tire une série complète de six torpilles. Deux touchent le navire japonais qui coule moins de 25 minutes plus tard à la position . Cette attaque provoque la perte de la plupart de son équipage, y compris son commandant, le capitaine Nakatsu.