Nach den anfänglichen Misserfolgen der Truppen im Burenkrieg in Südafrika übertrug man ihm erneut den Oberbefehl. Er entsetzte Kimberley und zwang am 27. Februar 1900 den burischen Oberbefehlshaber Piet Cronjé in der Schlacht von Paardeberg zur Kapitulation. Am 13. März nahm er Bloemfontein und am 5. Juni Pretoria ein, woraufhin er den Oranje-Freistaat und die Südafrikanische Republik zu britischen Kolonien erklärte. Der Krieg schien gewonnen und Roberts kehrte nach England zurück. Sein Nachfolger wurde Lord Kitchener, bis dahin sein Stabschef. Die Buren setzten den Widerstand aber noch bis 1902 fort.