Евгений Скачков начал свою профессиональную карьеру в 2002 году в составе клуба Высшей лиги «Дизелист», выступая до этого за фарм-клуб пензенского клуба. В следующем году на драфте НХЛ был выбран в 7 раунде под общим 221 номером клубом «Сент-Луис Блюз». Сезон 2002/03 Евгений провёл в ступинском «Капитане», выступая в Восточно-европейской хоккейной лиге. В следующем сезоне выступал за фарм-клуб ЦСКА, сыграв за основную команду лишь один матч. С 2004 по 2006 год являлся игроком московского «Спартака». Тем не менее, в «Спартаке» ему также не удалось стать игроком основного состава — за 2 года в Суперлиге он провёл всего 11 матчей.