Los orígenes del museo remontan a 1804, cuando el arzobispo de Évora frey Manuel del Cenáculo, coleccionista ecléctico, creó la Biblioteca Pública de Évora, donde también organizó una colección de arte. Sin embargo, el Museo de Évora fue creado oficialmente en 1915, después de la implantación de la república y fue instalado en el antiguo palacio episcopal que aún es su sede.