En Égypte, les Karaïtes de souche égyptienne, plus pauvres, moins politisés, moins éduqués, partirent en second, après le durcissement anti-juif qui se développa à partir de 1952 (émeutes du Caire) et surtout de la guerre israélo-égyptienne de 1956. . Un des agents israélien impliqué dans les attentats du Caire était en effet un karaïte, le docteur Moshe Marzouk. .