Depois da separação, a Rússia manteve sua tradição de excelência competitiva, com medalhas em todas as competições femininas e masculinas. Durante a segunda metade da década de noventa, a ginasta a destacar-se foi Svetlana Khorkina - três vezes campeã europeia. No entanto, nas Olimpíadas de 2004, o esporte apresentou seu primeiro sinal de crise: a conquista de apenas um terceiro lugar por equipes. Em Pequim 2008, a dificuldade concretizou-se, preludiada pelo mal desempenho da equipe no Mundial de 2007: a Rússia, pela primeira vez em uma competição olímpica feminina, estava fora de todos os pódios. Seu destaque durante os anos 2000 foi Ksenia Semenova, única medalhista russa no Campeonato Mundial de Stuttgart em 2007, quarta colocada nas Olimpíadas de Pequim e campeã europeia em 2009.