В 1556 году Агрикола в числе членов посольства Густава I Васы поехал в Москву для заключения мирного договора во время Русско-шведской войны. На обратном пути он заболел и 9 апреля 1557 года умер в Куолемаярви (ныне Пионерское близ современного Приморска), в 10-ти километрах северо-западней поселка Озерки на мысе Кюрённиеми (примерно на 100-м километре от Петербурга по Приморскому шоссе есть знак, указывающий поворот к месту его смерти и памятнику). Микаэль Агрикола был похоронен 12 апреля 1557 года в Выборге.