V roce 1941 byla libeňská synagoga, stejně jako všechny ostatní v protektorátu, uzavřena a přeměněna na sklad konfiskovaného židovského majetku. Po druhé světové válce nebyly pro nedostatek věřících bohoslužby obnoveny, synagoga zůstala nadále skladištěm (ovoce, později kulisy blízkého Divadla pod Palmovkou). V 50. letech zde často pobýval jako kulisák Bohumil Hrabal. V uvolněné atmosféře 60. let 20. století synagogu oživovaly literární a filosofické debaty a workshopy Bohumila Hrabala, Egona Bondyho a Vladimíra Boudníka. Po revoluci roku 1989 byla synagoga vyklizena, zčásti opravena a částečně se začala využívat ke kulturním účelům; několikrát se zde konaly bohoslužby. Do budoucna se počítá s multifunkčním využitím; jednak pro kulturní účely, jednak pro častější konání bohoslužeb.