Am 1. Juli 2009 wechselte Kubina zusammen mit Tim Stapleton im Tausch für Garnet Exelby und Colin Stuart von Toronto zu den Atlanta Thrashers. Auch in Atlanta spielte Kubina eine tragende Rolle in der Verteidigung des Teams und beendete die Saison als zweitbester Verteidiger im Team. Anfang Juli 2010 wurde bekannt, dass die Tampa Bay Lightning Kubina erneut unter Vertrag genommen hatten. Am 18. Februar 2012 transferierten ihn die "Bolts" im Austausch für Jonathon Kalinski, einem leistungsbedingten Zweitrunden-Wahlrecht im NHL Entry Draft 2013 und einem Viertrunden-Wahlrecht im selben Draft zu den Philadelphia Flyers. Dort beendete er die Spielzeit, fand für das Folgejahr aber zunächst keinen neuen Arbeitgeber. Im Februar 2013 wurde Kubina vom Genève-Servette HC aus der Schweizer National League A bis zum Saisonende verpflichtet, ehe er im Dezember – erneut vereinslos – im Alter von 36 Jahren seinen Rückzug aus dem Profisport bekannt gab.