След като за известно време работи като треньор във ФК Цюрих (1979-1995), през 1996 г. Кун приема предложение за работа като треньор на националния отбор на Швейцария до 17 г. През 1998 г. става старши треньор на младежкия национален отбор на Швейцария, а през юни 2001 г. е назначен на поста старши треньор на мъжкия национален отбор на Швейцария. Заменяйки аржентинеца Енцо Тросеро, Кун става първият швейцарец-старши треньор на швейцарците от 1969 г. насам. Извежда отбора до финалите на европейското първенство по футбол през 2004 г. и на световното първенство по футбол през 2006 г.