Zwischen 1940 und 1945 wurden von den verschiedenen Dienststellen der Gestapo rund 27.000 Männer und 5.000 Frauen an das "Gefängnis Theresienstadt" überstellt, zunächst Inhaftierte aus Prag, dann aus ganz Böhmen und ab 1944 auch aus Mähren. In der "Kleinen Festung" wurden bis Kriegsende überwiegend Tschechen festgehalten, darunter viele Widerständler gegen das nationalsozialistische Regime, in den letzten Jahren dann auch Bürger der Sowjetunion, aus Polen, Jugoslawien und gegen Kriegsende Gefangene aus den Reihen der Alliierten Armeen. Teils wurden auch Gefangene aus dem oft Getto genannten Teil des Lagers dorthin überstellt.