Син Лілі та два онуки, а також компанія Ліллі продовжували благодійництво, яке практикував Ліллі. Ілай Ліллі та компанія зіграли важливу роль у доставці ліків жертвам руйнівного землетрусу 1906 року в Сан-Франциско . У 1937 році син і онуки заснували Фонд Ліллі, який став найбільшим благодійним фондом у світі за рівнем активів та благодійних дарувань у 1998 році. (Інші кошти відтоді перевершили її, але вона все ще залишається в першій десятці.)