השלטון הקומוניסטי בצ'כוסלובקיה הופל במהפכת הקטיפה בשנת 1989, ובאותה שנה נפתחו גם הגבולות בין צ'כוסלובקיה לאוסטריה, מה שזירז את נפילת חומת ברלין. בשנת 1992 הוביל ראש ממשלת סלובקיה ולדימיר מצ'יאר מהלך של הפרדה מהרפובליקה הצ'כית, ובעקבותיו פוצלה המדינה הפדרלית של צ'כיה וסלובקיה, בדרכי שלום, באופן רשמי ב-1 בינואר 1993. עם הקמת סלובקיה, הוקמו יחסים דיפלומטיים מלאים בין המדינות, וכיום חברים שתי המדינות באיחוד האירופי.