עד 1971 הורכבה פקיסטן משני אזורים: פקיסטן המערבית, ממערב להודו ופקיסטן המזרחית, ממזרח להודו שהפרידה בין החלקים. ב-1971 התמרדה פקיסטן המזרחית ובעזרת כוחות הודיים הפכה למדינה עצמאית, היא בנגלדש. בשנת 1971 ביצע השלטון הצבאי הפקיסטני רצח עם באזרחיה ההינדים והמוסלמים של בנגלדש הידוע כ"רצח העם הבנגלי". חבל קשמיר (שבו רוב האוכלוסייה היא מוסלמית) הוא אזור הנתון במחלוקת בין הודו לפקיסטן עוד מתקופת הכרזת העצמאות של שתי המדינות, לאחר שמרביתו הועבר לריבונות הודית. כמעט מיד לאחר הכרזת העצמאות פתחו פקיסטן והודו במלחמה על קשמיר, ולאחר מכן נלחמו עליו שוב ב-1965 וב-1971, והשתתפו בעימות מוגבל נוסף ב-1999 (מלחמת קרגיל). על אף שפקיסטן הפסידה ברוב הקרבות, גורל האזור טרם הוכרע. מצב זה גורם לאי-יציבות מתמדת בין הודו לפקיסטן, שהוחמרה לאחר ששתי המדינות השיגו יכולות גרעיניות. בשנות ה-2000 נעשו מספר ניסיונות ליישב את הסכסוך בדרכי שלום, אך אלו לא נחלו הצלחה.