Embora a Guerra Suja tenha terminado na década de 1980, Kirchner a considerou uma questão não resolvida. Em seu discurso de posse, apoiou organizações de direitos humanos que buscavam o encarceramento dos militares ligados ao Processo de Reorganização Nacional. Também ordenou que as principais lideranças militares se aposentassem. Kirchner enviou um projeto de lei ao Congresso para anular a Lei de Ponto Final e a Lei de Obediência Devida, que pararam os julgamentos dos militares por crimes relacionados à Guerra Suja. As leis foram revogadas em 1998, mas essa revogação teve pouco significado legal, uma vez que apenas uma anulação reabriria os casos. Embora essa iniciativa tenha sido contrariada por Duhalde e Scioli, a maioria dos legisladores a considerou um gesto simbólico, uma vez que a constitucionalidade das leis seria decidida pela Suprema Corte. Ambas as leis foram anuladas pelo Congresso em agosto de 2003, e como resultado muitos casos foram reabertos. A Suprema Corte declarou as leis, e os indultos presidenciais de Menem, inconstitucionais em 2005. Jorge Julio López, testemunha em um julgamento do policial Miguel Etchecolatz, desapareceu em 2006. Isso causou um escândalo nacional, já que se suspeitava de que ele havia desaparecido para intimidar outras testemunhas nos próximos julgamentos, e o governo não conseguiu localizá-lo.