El 20 de marzo marcó su cuarto gol en la Serie A en la victoria por 1-4 sobre el Torino en el denominado derbi de Turín, donde además fue expulsado por reclamos. Tras estar dos fechas suspendido, volvió como titular el 17 de abril frente al Palermo, donde Khedira marcó el primer gol en la contundente victoria por 4-0 de la "Vecchia Signora". La fecha siguiente faltando tres jornadas para el final de la Serie A, la Juventus se proclama campeón gracias a la victoria por 2-1 sobre la Fiorentina y la derrota del Napoli por 1-0 en su visita a la Roma, consiguiendo Khedira su primer "scudetto", además de ser el quinto campeonato consecutivo que consigue la Juventus. El 21 de mayo, la Juventus obtuvo su undécimo título de Copa Italia ante el Milan tras ganar por 0-1 en el Estadio Olímpico de Roma, encuentro que Khedira no disputó por lesión. De esta manera, Khedira logra conseguir su primer triplete en su primera temporada en la Juventus. Terminó la temporada 2015-16 con 20 apariciones y 5 goles en la Serie A.