Im Juni 1941 wurde die jetzt in Gibraltar stationierte "Nelson" der Force H zugeteilt und fungierte als Eskorte. Am 27. September 1941 wurde sie bei einem Angriff der Regia Aeronautica torpediert, schwer beschädigt und bis Mai 1942 in Großbritannien repariert. Sie kehrte im August 1942 als Flaggschiff zur Force H zurück und führte Geleitschutz für Konvois nach Malta durch. Sie unterstützte die Operation Torch in Algerien im November 1942, die Invasion Siziliens im Juni 1943 und die Landung bei Salerno im September 1943 durch Küstenbeschuss. Eine erweiterte Fassung der Kapitulation Italiens wurde von Dwight D. Eisenhower und Marschall Pietro Badoglio am 29. September an Bord der "Nelson" unterzeichnet.