13 апреля 1984 года Мордехай в звании бригадного генерала (тат-алуф) командовал операцией по освобождению заложников захваченных палестинскими террористами. Был обвинён в ликвидации двух захваченных в плен террористов, но оправдан, когда выяснилось, что террористов ликвидировали сотрудники Шабак. Он был повышен в звании до генерал-майора (1986) и стал известен как «Командующий всех округов», после того как командовал последовательно всеми тремя военными округами Израиля (Южным, Центральным и Северным). В 1988 году, когда началась интифада, Мордехай был командующим Южного военного округа. Как глава Северного округа он командовал Операцией «Сведение счётов» в 1993 году.