Dalam pelayaran ini, Tiongkok Ming juga terpaksa menggantungkan permusuhan yang ada antara mereka dan Jawa. Jawa diperintah oleh para raja Majapahit suksesif, yang bertindak berseberangan terhadap Tiongkok Ming sejak masa pemerintahan Hongwu. Pada perang saudara 1401 dan 1406, Raja Jawa Barat telah menewaskan 170 personel kedutaan besar Tiongkok saat mereka datang ke pesisir wilayah musuhnya di Jawa Timur. "Taizong Shilu" 23 Oktober 1407, entri mencatat bahwa Kaisar Yongle memanggil para duta besar Jawa. Ia dikatakan menuduh Jawa merengek minta pengampunan, karena Tiongkok Ming memobilisasikan tentaranya untuk menghukum mereka. Ia juga menyatakan bahwa ia menuntut 60,000 ons emas dan memerintahkan mereka untuk melirik keadaan di Annam (Vietnam), yang sekarang diinvasi oleh tentara Tiongkok. Ini terjadi setelah ekspedisi kedua diperintahkan dan mungkin sebelum mereka hengkang. Tiongkok meraih dan menerima ganti rugi dan permintaan maaf mereka. Mereka akan tetap memantau kegiatan mereka pada pelayaran-pelayaran berikutnya.