I militari scatenarono un colpo di stato il 15 ottobre 1979 e forzarono Romero a dimettersi e a recarsi in esilio. Diversi ufficiali di alto grado rimasti fedeli al presidente, come il ministro della difesa nazionale e il direttore della guardia nazionale furono costretti a loro volta alle dimissioni e all'esilio. Il golpe è a volte indicato nelle fonti come l'inizio della Guerra civile di El Salvador.