Onder leiding van stadhouder Jan III van Egmont trok Jan van Baexen ten strijde tegen de Hoeken en later tegen Karel van Gelre. In 1505 werd hij benoemd tot heer van de nieuwe heerlijkheid Rosmalen. Vier jaar later werd Van Baexen ook benoemd tot laagschout van 's-Hertogenbosch. Toen Margaretha van Oostenrijk in 1511 's-Hertogenbosch bezocht, overnachtte ze in het onderkomen van Jan van Baexen. In datzelfde jaar werd het heerlijkheid van Rosmalen opgeheven. Jan van Baexen overleed in 1529, mogelijk aan de in 1529 en 1530 heersende Engelse zweetziekte.