El 1999, els territoris autònoms islàmics que s'havien constituït a Daguestan foren atacats per la policia de l'estat. Unitats irregulars txetxenes van acudir a la república per ajudar-los. Al·legant una invasió del país, Rússia va tornar a enviar tropes a Txetxènia. La resistència fou molt forta, però va cedir davant la superioritat dels atacants, que van entrar a Djokharkala el 6 de febrer del 2000. Maskhadov va fugir a les muntanyes amb el cap militar Xamil Bassàiev. Després d'un temps sota administració militar, fou designat president interí l'exguerriller Akhmad Kadírov (2000), i així va començar l'existència de dos governs. La presidència de KAdírov seria ratificada per unes polèmiques eleccions l'any 2003. Les tropes russes van començar les operacions de "neteja" en la qual foren assassinats o segrestats milers de civils, la qual cosa provocà que milers de persones marxessin a les muntanyes per unir-se als guerrillers i ocasionà també la participació d'alguns caps militars del govern muntanyès en actes terroristes, com Xamil Bassàiev (presa d'ostatges en un teatre de Moscou, assalt i presa d'ostatges a l'escola de Beslan a Ossètia...), que fou inclòs a la llista de terroristes del departament d'estat americà. Les vídues dels txetxens morts sota tortura o mares de noies violades van adoptar el vestit negre i es van fer algunes operacions d'atac terrorista suïcida, normalment contra instal·lacions militars russes. Kadirov fou assassinat el 9 de maig del 2004 i es va nomenar president el rus Serguei Abràmov (interí) i es van celebrar eleccions amb una participació d'un 11%; el 4 d'octubre del 2004 va prendre possessió el nou president "electe" Alu Alkhanov.