Mustafa Kemal 13 Kasım'da İstanbul'a Haydarpaşa Garı'na ulaştı. Haydarpaşa'dan İstanbul'a geçerken şehrin işgali için boğaza demirli düşman savaş gemilerini gördüğünde ünlü "Geldikleri gibi giderler!" sözünü söyledi. İşgal altındaki İstanbul'da geçirdiği altı aylık süre boyunca ülkenin işgali ve parçalanmasına karşı direnmek isteyen diğer yurtsever subaylarla gizli görüşmeler yaptı. Mütareke döneminde Fethi Bey (Okyar) ile birlikte Ahmet İzzet (Furgaç) Paşa yanlısı ve Ahmet Tevfik Paşa (Okday) karşıtı bir tavrı koyan "Minber" gazetesini çıkararak siyasi girişimlerde bulundu. Yıl sonuna doğru daha önce yazdığı "Zâbit ve Kumandan ile Hasb-ı Hâl" kitabını yayımlattı. İstanbul'da önce Pera Palas'ta kaldı, kısa bir süre sonra Halep'te tanıştığı Suriyeli bir Hristiyan Arap olan Salih Fansa'nın Beyoğlu'ndaki evine taşındı. Ardından 21 Aralık 1918'de, Akaretler'de oturan annesi Zübeyde Hanım ve kız kardeşi Makbule'yi de yanına alarak günümüzde Atatürk Müzesi olan eve yerleşti. İstanbul'un işgal altında bulunduğu günlerde Mustafa Kemal arkadaşlarıyla bu evde sık sık toplandı. Bu toplantılarda önceleri İstanbul'daki hükûmeti değiştirme, daha sonra ise ülkenin işgaline karşı ordunun dağıtılmasının durdurulması, silah ve mühimmatın saklanması, genç subayların Anadolu'ya geçirilmesi, ulusal görüşlere bağlı bürokratların yerlerinde kalması ve halkın moralinin yükseltilmesi konularında kararlar alındı. Samsun'a hareket ettiği gün olan 16 Mayıs 1919'a kadar bu evde oturdu.