Sur le plan militaire, la spécialité de Carnot, il se trouve en minorité, au côté de Le Tourneur, lui aussi officier du Génie, face au « triumvirat » (Barras, Reubell, La Revellière-Lepeaux) : alors que la première coalition est réduite à l'Autriche et au Royaume-Uni, il est partisan d'une paix rapide, sans chercher plus d'agrandissements du territoire, alors que les trois autres Directeurs veulent porter la frontière nord-est sur le Rhin, « frontière naturelle de la France ». Le plan stratégique adopté est le leur : attaquer Vienne en partant de l'Allemagne (Moreau et Jourdan), fixation d'une partie de l'armée autrichienne en Italie (Kellermann et Bonaparte). L'application de ce plan va en fait donner un rôle primordial à l'armée d'Italie de Bonaparte, qui au bout d'un an et demi de campagne oblige l'Autriche à faire la paix et à accepter la frontière sur le Rhin (traité de Campo-Formio, ).