Počátky hnutí v Československu sahají do roku 1968, kdy do Východní Evropy přišla první vlna misionářů. Jeho členové byli pronásledováni a vězněni. V roce 1974 proběhlo se členy Církve sjednocení několik soudních procesů, v nichž byla naprostá většina členů komunistickým režimem odsouzena k vězení. Členka církve Marie Živná 11. dubna 1974 zemřela ve svých 24 letech ve vězení a je církví považována za první mučednici, která položila život při misijní činnosti v komunistických zemích. Všichni členové církve byli komunistickým režimem pronásledováni. Život církve a další rozvoj Hnutí v Československu nastal až po listopadu 1989.