Vanaf het einde van de 18e eeuw raakte de kerk geleidelijk aan in verval. Dit was vooral een gevolg van de onderdrukking van het tsaristische Rusland. Tijdens de Kościuszko-opstand, de Russisch-Poolse oorlog in 1794, werden veel eigendommen van het klooster in beslag genomen (waaronder zelfs de koperen bekleding van de koepel). In de jaren 1860 bereikte de repressie na de januariopstand het klooster opnieuw en werden stukken grond afgenomen. In de jaren 1870-1880 vonden er renovaties plaats, maar het verval bleek niet te stoppen. Ondanks de financiële problemen speelden de nonnen een belangrijke rol bij de anti-russificatie. Tijdens de Eerste Wereldoorlog werd de financiële situatie zo penibel, dat men zich genoodzaakt zag kerkmeubilair te verkopen.