Zum Generalmajor befördert – vom 26. März 1862 –, zeichnete er sich als Divisionskommandeur in der Schlacht von Seven Pines und in der Sieben-Tage-Schlacht besonders aus. Weiterhin nahm er an der zweiten Schlacht am Bull Run und an der Schlacht am Antietam teil. Zuvor ermöglichte Hill durch seinen hartnäckigen Widerstand am Übergang des South Mountain General Robert Edward Lee, die Flankenbedrohung durch die Garnison in Harpers Ferry zu beseitigen. Die Division Hills leistete einen erheblichen Beitrag in den Schlachten am Antietam und Fredericksburg.