Considéré comme l'un des plus grands espoirs du hockey helvétique, il est sélectionné au , en par l’Avangard Omsk lors du repêchage d'entrée dans la KHL 2010. Quelques jours plus tard, il est sélectionné en au total par les Islanders de New York à l'occasion du repêchage d'entrée dans la LNH 2010, ce qui fait de lui, à l'époque, le joueur suisse repêché à la plus haute position, juste devant Sven Bärtschi, repêché en en 2011 et Michel Riesen, choisi en en 1997. Il est finalement dépassé par Nico Hischier en 2017, repêché en . En 2010, Niederreiter est le premier Européen à être repêché et il rejoint son compatriote Mark Streit au sein de l'organisation des Islanders.