Ο Τζον Χέιτινγκα έκανε το ντεμπούτο του στην Εθνική ομάδα της Ολλανδίας στις 18 Φεβρουαρίου 2004 σε ένα φιλικό παιχνίδι εναντίον των Η.Π.Α.. Με την Εθνική ομάδα έχει αγωνιστεί σε τρεις τελικές φάσεις Ευρωπαϊκών πρωταθλημάτων στο Ευρωπαϊκό Πρωτάθλημα Ποδοσφαίρου 2004 στο Ευρωπαϊκό Πρωτάθλημα Ποδοσφαίρου 2008 και το Ευρωπαϊκό Πρωτάθλημα Ποδοσφαίρου 2012. Επίσης και σε δύο τελικές φάσεις παγκοσμίων κυπέλλων στο Παγκόσμιο Κύπελλο Ποδοσφαίρου 2006 και στο Παγκόσμιο Κύπελλο Ποδοσφαίρου 2010 όπου έφτασε με την Ολλανδία μέχρι τον τελικό της διοργάνωσης όπου και αποβλήθηκε με δεύτερη κίτρινη κάρτα στην παράταση. Χάνοντας τελικά το παγκόσμιο κύπελλο από την Εθνική Ισπανίας