Η ανέγερση του τέμενους Βαγιαζήτ ξεκίνησε επί Βαγιαζήτ Α΄ (1389–1402), αλλά διακόπηκε λόγω της τουρκικής ήττας και του θανάτου του Βαγιαζήτ στη Μάχη της Άγκυρας το 1402 και της ταραγμένης περιόδου που ακολούθησε. Η κατασκευή ξαναξεκίνησε επί του γιου του Βαγιαζήτ Μεχμέτ Α΄ (1413–1421) και εγκαινιάστηκε το Μάρτιο του 1420. Την οικοδόμησή του, ανέλαβε ο Καδής του Διδυμοτείχου Σεγίντ Αλί και το τζαμί το έκτισε ο Ντογκάν Μπιν Αμπντουλάχ με μηχανικό τον Ιβάζ Μπιν Μπαγεζίντ. Οι τοίχοι του κτιρίου έχουν πάχος περίπου 2,50 μ. και η κύρια είσοδος είναι στην νότια πλευρά. Στην νοτιοανατολική πλευρά βρίσκεται ο επιβλητικός μιναρές ο οποίος αρχικά είχε έναν εξώστη. Το 1913 οι Τούρκοι πρόσθεσαν δεύτερο εξώστη, ψηλότερα από τον πρώτο ξανακτίζοντας το πάνω μέρος του μιναρέ, το οποίο είχε καταρρεύσει.