Slovakia itsenäistyi vuoden 1993 alussa. Tšekkoslovakian jakautumisen jälkeen Tšekki peri paikan A-sarjassa ja Slovakia joutui aloittamaan C-sarjasta. Ensimmäisen kerran Slovakia pelasi MM-kisojen A-sarjassa vuonna 1996 (Joukkue oli 10:s.) ja oli mitaleilla jo vuonna 2000. Tuolloin Slovakia voitti Suomen 3–1 MM-välierässä Pietarissa, mutta hävisi loppuottelun Tšekille 3–5. Parhaimmillaan Slovakian maajoukkue olikin vuosituhannen vaihteessa, jolloin maalla oli useita NHL-tähtiä, kuten Miroslav Šatan, Peter Bondra, Zigmund Palffy ja Zdeno Chára.