Ο ναός αποσυναρμολογήθηκε το 490 π.Χ. από τους Αθηναίους, αμέσως μετά τη νίκη τους επί των Περσών στο Μαραθώνα, για να κατασκευάσουν ένα νέο ναό, το γνωστό ως "Προπαρθενώνα." Ο ναός αυτός καταστράφηκε το 480 π.Χ. από τους Πέρσες όσο ακόμη χτιζόταν και αντικαταστάθηκε από τον παρόντα Παρθενώνα.