В сентябре 1942 года Д. К. Игнатьев был назначен комиссаром (впоследствии должность переименована в начальника политического отдела) Ижорского сектора береговой обороны Балтийского флота. С апреля 1943 года возглавлял Политотдел эскадры Балтийского флота. Проводил большую партийно-политическую и агитационно-пропагандистскую работу среди личного состава сектора, который вёл борьбу с вражескими батареями, поддерживал действия сухопутных частей, обеспечивал перевозки и высадки десантных групп. Сам неоднократно выезжал на передовую, лично руководя проведением боевых операций. Умело применял собственные артиллерийские знания, вынесенные из Киевской артиллерийской школы, большое внимание уделяя вскрытию и ликвидации недостатков артиллерийской подготовки эскадры. Вместе с Ижорским сектором, а затем и с Балтийской эскадрой Игнатьев содействовал успешному прорыву блокады Ленинграда, а затем и окончательному её снятию. В ходе этих операций сам выезжал на корректировочные посты, под вражескими обстрелами осуществляя корректировку артиллерийского огня.