Nach seiner Rückkehr aus Ägypten unterstützte er Napoleon beim Staatsstreich des 18. Brumaire VIII und wurde zum Kriegsminister ernannt; diesen Posten bekleidete er bis zum 2. April 1800. Während des zweiten Feldzugs in Italien war er wiederum Chef des Generalstabs und trug dazu bei, dass Napoleon in eine schwierige Lage in der Schlacht bei Marengo geriet, weil er falschen Berichten über die Route und Position der österreichischen Armee Glauben geschenkt hatte. Als er nach dem Sieg einen Waffenstillstand mit General Mélas abgeschlossen hatte, wurde er mit verschiedenen diplomatischen Aufträgen betraut und kehrte anschließend wieder ins Kriegsministerium zurück, das er bis zur Proklamierung des Kaiserreichs leitete. Von nun an stand er völlig im Dienst des Kaisers, der ihn mit Nebeneinkünften, Pensionen und Schenkungen und mit Titeln und Würden überschüttete, darunter am 19. Mai 1804 der Ernennung zum Marschall des Kaiserreichs und im März 1806 zum souveränen Fürsten von Neuchâtel und Valengin. Berthier war in den Jahren 1805 bis 1807 als Chef des Generalstabs im Range eines Général de division der Großen Armee ein ständiger Begleiter Napoleons in den Kriegen gegen Österreich, Russland und Preußen.