Cinco días después del inicio de la Operación Barbarroja, el Minsk se encontraba en Tallin como parte de la 5.º División de destructores y se le ordenó cubrir las operaciones de colocación de minas en la entrada del Golfo de Finlandia entre Hanko y Osmussaar del 23 al 27 de junio. El 3 de julio ayudó a colocar un campo minado que cubría el acceso a Tallin. Del 23 al 27 de agosto, el buque bombardeó posiciones alemanas alrededor de Tallin, disparando 563 proyectiles con sus cañones principales. El 27 de agosto, uno de sus cañones fue alcanzado por un proyectil alemán. Esa misma noche, los soviéticos comenzaron a evacuar el puerto de Tallin, el destructor Minsk, fue el encargado de proteger la evacuación con fuego naval, además enarbolaba la bandera de combate del ContralmiranteY. A. Panteleyev, jefe del Estado Mayor de la Flota del Báltico. El barco continuó brindando apoyo con su artillería principal hasta que todos los evacuados hubieron embarcado en los buques de rescate, en la mañana del 28 de agosto. Más tarde esa misma noche, una mina detonó en uno de sus paravanes, dañando el casco del barco. La explosión inundó tres compartimentos con 600 toneladas de agua y el capitán de 2do rango (capitán de fragata) Peter Petunin ordenó echar el ancla durante la noche para no chocar contra más minas; el buque finalmente llegó a Kronstadt al día siguiente.