Свае першыя выклікі ў склад нацыянальнай каманды Марат атрымаў ў 2001 годзе. За нацыянальную зборную Расіі гуляў на чэмпіянаце свету 2002 года і чэмпіянаце Еўропы 2004 года, пасля чаго доўгі час не запрашаўся ў зборную. 25 мая 2012 года пасля 6-гадовага перапынку Марат з’явіўся на полі ў таварыскім матчы супраць зборнай Уругвая, у рамках падрыхтоўкі Расіі да чэмпіянату Еўропы 2012 года. На Еўра-2012 Марат выйшаў у матчы супраць зборнай Польшчы, замяніўшы на 79-й хвіліне Алана Дзагоева, таксама Ізмайлаў гуляў у матчы супраць зборнай Грэцыі.