Несмотря на победу стрельцов в восстании (и, следовательно, одобрение требований старообрядцев), царевна Софья стала опасаться заговора против себя и казнила Хованского в 1687 году, начальником Стрелецкого приказа был назначен боярин Фёдор Шакловитый. В 1689 случился второй стрелецкий бунт, который был организован уже самой Софьей с целью свержения Петра. Ему к тому времени уже исполнилось шестнадцать лет. Однако бунт оказался неудачным: предводителей, в том числе Шакловитого, казнили, а фаворита царевны князя Василия Голицына отправили в ссылку. В 1698 году произошёл третий стрелецкий бунт, который также был подавлен, зачинщики казнены, а Софья заточена в монастырь; только после этого Пётр I фактически получил власть. Модест Мусоргский при создании оперы основывался на этих событиях, при этом объединил первые два бунта, а также использовал в сюжете события, произошедшие в третьем. При этом композитор, тесно сотрудничавший с Владимиром Стасовым, был вынужден удалять некоторые сцены и добавлять новые, так как либретто сильно «разбухало». Так, например, изначально запланированные Пётр и Софья вовсе не вошли в действия оперы. При этом отмечается, что цензура запрещала показывать на сцене членов династии Романовых, но в то же время музыковед Эмилия Фрид полагает, что Мусоргскому для демонстрации драмы народа они и не были нужны.