2013 júliusától átveszi a csapat irányítását Josep Guardiola, aki azelőtt a spanyol FC Barcelona vezetőedzője volt. A csapathoz érkezett: Jan Kirchhoff, az 1. FSV Mainz 05 védője, Mario Götze, a Borussia Dortmund középpályása, valamint Thiago Alcantara, az FC Barcelona középpályása. A felkészülési időszákban első alkalommal nyerte meg a négycsapatos Telkom-kupát és az Uli Hoeness-kupát az FC Barcelona ellen. A szezon első tétmeccsén viszont a 2013-as német labdarúgó-szuperkupa végeredménye a Borussia Dortmund ellen 4-2-es vereséggel zárult. Augusztus 30-án megnyerték a 2013-as UEFA-szuperkupát, így a Bayern lett az első német alakulat, aki el tudta hódítani ezt a nemes trófeát.