首都の玄関駅としては小規模で、民主化以降、オーストリア国境で遮断されていたパルンドルフ-ブラチスラヴァ支線キッツエー-ブラチスラヴァ＝ペトルジャルカ間の復活（1998年）などで通過する貨物列車本数が急増し限界に達しているため、ブラチスラヴァ中央駅北方の丘陵地帯をトンネルで抜ける貨物列車用の迂回ルートが検討されている。2012年5月から2013年6月にかけて、1967年に架設された構内架線吊下設備の全面的な更新工事が段階的に実施され、この間、中央駅発着列車の大規模な運行ダイヤ変更が行われた。