Nel 1714 lo scoppio del torrione-mastio del Castello dei Pico provocò gravi danni alla chiesa di San Francesco, oltre che a tutti gli edifici del centro cittadino. Altri gravi danni si registrarono nel 1798-1799 durante la campagna francese in Italia, tuttavia la Chiesa riuscì a salvarsi dalle distruzioni napoleoniche (che abolirono inoltre gli Ordini ecclesiastici), in quanto venne venduta insieme con l'oratorio di Santa Rosalia.