Após a fracassada tentativa de fuga da família real, Bailly tentou conter a multidão republicana que pedia a destituição de Luís XVI. Na manhã de 17 de julho de 1791, a tensão crescia à medida que aumentavam as suspeitas de traição por parte do rei. Cidadãos suspeitos de criticar o governo ou a Guarda Nacional eram interrogados e detidos. Bailly, ao saber de uma concentração no Champ de Mars, onde cidadãos se reuniam para assinar petições pela destituição do Rei, impôs a lei marcial e ordenou que a Guarda Nacional dispersasse a reuião. Seguiu-se uma repressão violenta, com muitos mortos, e Bailly, juntamente com Lafayette, foi responsabilizado por aquilo que ficaria conhecido como o Massacre do Campo de Marte, fato considerado pelos revolucionários como um exemplo de opressão pelo governo. Assim, tendo-se tornado extremamente impopular, Bailly renunciou às suas funções políticas em 12 de novembro e foi substituído, quatro dias depois, por Jerôme Pétion. Bailly mudou-se para Nantes onde compôs sua obra "Mémoires d'un Témoin", em 3 volumes, publicada entre 1821 e 1822, contendo uma narrativa incompleta dos eventos extraordinários de sua vida pública.