Sono state fatte molte modifiche alla storia originale di "Virtue's Last Reward". Durante una scena nel gioco, Dio ammanetta Clover e Tenmyouji ad un lavandino, per impedir loro di partecipare al Nonary Game (la punizione per la non partecipazione è la morte). Originariamente, era stato previsto che Dio facesse qualcosa molto più "compromettente" a Clover, ma il presidente di Chunsoft si oppose a questa scena per "ragioni etiche", dopo di che la scena fu modificata. Un'altra scena che ha dovuto essere modificata è stato il finale. Prima del Terremoto e maremoto del Tōhoku del 2011, era stato piaificato un altro finale in cui tutta l'umanità sarebbe morta, a quel punto un personaggio sarebbe andato indietro nel tempo e cambiare il passato così che il futuro potesse essere salvo, dopo di che il gioco sarebbe terminato. Uchikoshi sentiva che non era bello andare avanti con quel finale per via del terremoto, e sentiva che il finale era "un po' grezzo e posticcio", così l'ha modificato per essere più positivo. Uchikoshi ha anche considerato di inserire numerosi esperimenti e teorie scientifiche e filosofiche, ma che alla fine sono state accantonate, incluse: "Struttura dissipativa, Problema di Monty Hall, Teoremi di incompletezza di Gödel, Toxoplasmosi, Disturbo psicotico condiviso, Sindrome di Capgras, Sindrome di Fregoli, Test della falsa credenza, e Progetto MKULTRA."