Depois da morte do cardeal-rei D. Henrique e com o retorno da sua família a Portugal, e ainda, com a aclamação do seu pai como rei de Portugal a 24 de Julho de 1580 em Santarém, Manuel passou a ostentar o título de Príncipe herdeiro de Portugal. Mas o reinado do seu pai seria curto e atribulado porque no dia 25 de Agosto do mesmo ano, o seu pai perde o trono na Batalha de Alcântara para . Depois da derrota das tropas do seu pai, e para evitarem serem aprisionados, D. António e D. Manuel fogem para Coimbra, onde recrutam 6 mil homens para enfrentar outra vez as tropas espanholas, mas seriam outra vez derrotados. Sem opções, D. Manuel e o seu pai passam alguns dias escondidos entre mosteiros e casas de amigos, mas são obrigados a fugir com o resto da família para França. Mas antes, D. António dirige-se a Inglaterra para pedir auxilio à rainha , que aceitou, mas a armada inglesa nem chegou a Portugal, devido à peste que atacou os soldados ingleses. Mas D. António continuou a ser aclamado rei até 1583, nos Açores, até as tropas espanholas conseguiram entrar no território açoriano.