Nachdem die Situation in Libyen zu eskalieren drohte, verließ die "America" im März 1986 Norfolk, um erneut im Mittelmeer eingesetzt zu werden. Am 23. März operierte der Träger mit seinen Eskorten "USS Ticonderoga (CG-47)", "USS Scott (DDG-995)" und "USS Caron (DD-970)" vor Libyen, wobei seine Flugzeuge gemeinsam mit Einheiten der "USS Saratoga (CV-60)" auch südlich der Linie 52°30′ N, von Muammar al-Gaddafi als "Todeslinie" bezeichnet, flogen. "Ticonderoga", "Scott" und "Caron" überquerten am Morgen des 24. März ebenfalls die "Todeslinie". Am Morgen und Nachmittag wurden von einer libyschen Flugabwehrstellung bei Sirte mehrere Raketen vom Typ SA-5 Gammon gestartet, die jedoch die amerikanischen Flugzeuge verfehlten. Später näherte sich ein libysches Kriegsschiff, das von zwei A-6 Intruder des an Bord der "America" stationierten "VA 34" mit AGM-84 Harpoon versenkt wurde. Die Flugabwehrstellung bei Sirte konnte anschließend erfasst und mit AGM-88 HARM bekämpft werden. Im April war die "America" an der Durchführung der Operation El Dorado Canyon beteiligt. Nach Beendigung des Einsatzes stürzte im selben Monat vor Syrakus ein zur Versorgung eingesetzter Bordhubschrauber des Trägers auf dem Flugdeck ab, wobei mehrere Besatzungsmitglieder verletzt wurden. Im November erreichte das Schiff Norfolk. Bis Anfang 1988 folgte daraufhin eine lang andauernde Überholung.