През 1944 г. Гареев е назначен за командир на ескадрила от 76-и гвардейски щурмови авиационен полк на 1-ва гвардейска щурмова авиационна дивизия от 1-ва въздушна армия на 3-ти Беларуски фронт. По време на Втората световна война Гареев извършва около 250 излитания. Войната завършва като майор, щурман на полка. Участва в Парада на победата в Москва на 24 юни 1945 г. След края на войната е командир на авиационен полк. През 1951 г. завършва Военната академия „Фрунзе“, а през 1959 г. – Военната академия на Генералния щаб на СССР. През 1956 г. му е присвоено званието полковник.