Au terme du désastre de la Bataille des Trois Rois, où le roi Sébastien avait trouvé la mort en 1578 sans laisser d'héritier, le vieux cardinal Henri était monté sur le trône ; mais ce prélat ne pouvant, de par sa fonction et son âge, avoir lui-même de descendance, la crise dynastique était patente bien avant sa mort en 1580. Aussi le duc de Bragance se mit-il à militer pour les droits de sa femme à monter sur le trône : celle-ci était en effet une petite-fille du roi Manuel Ier. Philippe II d'Espagne (autre petit-fils de Manuel Ier et également prétendant au trône), tenta de le convaincre de renoncer à défendre les prétentions de sa femme, en lui offrant la vice-royauté du Brésil, la charge de Grand-Maître de l’Ordre du Christ, le privilège d’affréter chaque année un galion personnel pour les Indes, et enfin l'assurance du mariage de son fils aîné, Théodose de Bragance à l'une de ses filles (soit Isabelle-Claire-Eugénie, soit Catherine-Michelle) ; mais le duc de Bragance demeura inflexible.