A nagy egyházszakadás után, a 13. század kezdetétől Novgorodnak svéd, dán és német hódítók ellen kellett harcolnia. Az 1240-es novgorodi–svéd háború során a svédek olyan területeket hódítottak meg, ahol a népesség egy része a novgorodiaknak fizetett adót. (Lásd még: Finn–novgorodi háborúk.) A németek a 12. század végén igyekeztek meghódítani a Baltikumot. Novgorod 26 alkalommal háborúzott a svédek ellen és 11-szer a kardtestvérek rendje, a rigai püspök alapította lovagrend ellen, s nagyjából ugyanennyiszer az Észak-Észtföldet uraló dánok ellen. A német lovagok, a dán és svéd feudális urak 1240 és 1242 között több, nem egyeztetett támadást indítottal. A novgorodi források szerint a svéd hadsereget 1240-ben a névai csatában megverték. A németek balti hadjáratának a Csúd tó jegén elszenvedett vereségük vetett véget 1242-ben (ez azonban nem lehetett az Eizenstein filmjében is megörökített hatalmas dimenziójú ütközet). Viborg megalapításával 1293-ban a svédek megvetették a lábukat Karéliéban. 1323 augusztus 12-én Novgorod megkötötte a svédekkel a nöteborgi békét határaikról.