Вернулся строй в октябре и участвовал в ударе по Уэйку. Участвовал в захвате Макина с ноября по декабрь 1943 года. В начале 1944 года в составе оперативного соединения 58 действовал на Марианских и Каролинских островах, принимал участие в бою в Филиппинском море. «Миннеаполис» участвовал в сражении в заливе Лейте. Поддерживал высадку десантов на Батаан и Коррехидор. Действовал в районе Окинавы до апреля 1945 года, затем вернулся для текущего ремонта в США. В конце войны крейсер действовал в районе Филиппин. 9 августа на борту крейсера адмирал Томас Кинкейд принимал капитуляцию японцев в Корее. За годы войны CA-36 «Миннеаполис» получил 17 боевых звезд.