Roku 1686 byl Budín po těžkém šestitýdenním obléhání dobyt habsburským vojskem a většina Uher tak byla ovládnuta Habsburky. Při dobytí Budína rakouští vojáci vraždili muslimské a židovské civilisty včetně dětí. Bestiálně zavraždili 30000 civilistů, než vůdce obléhání zakázal vraždění. Město se z válek brzy vzpamatovalo a opět začalo růst. Do Budína byly z Bratislavy přeneseny hlavní uherské úřady. Ke konci 18. století měla tři města dohromady kolem 50 000 obyvatel, ale stále postrádala větší mezinárodní význam. Na modernizaci Pešti a Budína měl velkou zásluhu hrabě István Széchenyi – kupříkladu inicioval postavení prvního (řetězového) mostu přes Dunaj, který dnes nese jeho jméno. Za maďarské revoluce v letech 1848/1849 byla tři města nakrátko sjednocena, ale po potlačení povstání bylo toto nařízení odvoláno, ba co víc, na Gellértově vrchu vyrostla mohutná citadela, jejíž děla měla zastrašit vzpurné Maďary. Maďaři po tzv. rakousko-maďarském vyrovnání v roce 1867 požadovali demolici Citadely. Rakouská vojenská posádka opustila pevnost až v roce 1897; tehdy byla symbolicky poškozena zeď nad hlavní bránou, vybráním zdiva do písmene V. Když byla uznána existence maďarského státu, již nic nebránilo sjednocení měst. Pešť, Budín a Starý Budín byly sloučeny 1. ledna 1873.