Lokvenc a marcat de două ori intrând pe teren din postura de rezervă într-un meci de calificare din iunie 2003 împotriva Moldovei, marcând ambele goluri cu capul într-o victorie de 5-0 pentru țara sa. A jucat într-un meci la Euro 2004. El a început ca titular în meciul din grupă împotriva Germaniei, făcând parte dintr-un grup de jucători trimis pe teren care a fost descris de BBC drept „o a doua echipă a Cehiei”, dar nu a marcat niciun gol și a fost înlocuit de Milan Baroš după 59 de minute. Cehia a câștigat meciul cu 2-1.