Регентский совет выбрал королём Португалии короля Испании Филиппа II, как наиболее близкого и при этом наиболее предпочтительного для королевства претендента на португальский престол, который, впрочем, воспользовался этим своим влиянием среди португальской знати, чтобы надавить на ту её часть, которая не желала его в качестве португальского монарха, хотя известно, что Энрике высказывал намерение назначить именно Филиппа своим преемником. Однако в городе Сантарен один из претендентов на престол — Антонио из Крату — 24 июля 1580 года поднял мятеж, будучи провозглашённым народом новым королём Португалии. Несколько дней спустя он с триумфом вошёл в Лиссабон, заставив бежать регентский совет. Филипп направил в Португалию герцога Альбу для подавления мятежа. В результате после поражения Антонио в битве при Алькантаре Лиссабон вскоре был занят, и Филипп был избран королём Португалии при условии, что Королевство Португалия и его заграничные территории не станут испанскими областями. Филипп II правил Португалией под именем Филипп I.