Mit der ghanaischen U20-Nationalmannschaft nahm Joseph Aidoo am U20 Afrika-Cup 2015 im Senegal teil. Er bestritt alle fünf Spiele und errang mit der Auswahl den dritten Platz. Im Herbst desselben Jahres war er Stammspieler bei der U20-Weltmeisterschaft in Neuseeland und schied mit der U20 im Achtelfinale gegen Mali aus.