Perun A-maajoukkueessa Flores pelasi ensimmäisen ottelunsa 14. elokuuta 2013, kun Peru pelasi maalittoman tasapelin Etelä-Koreaa vastaan. Ensimmäisen kilpailullisen maaottelunsa Flores pelasi 25. maaliskuuta 2016, kun Peru pelasi kotonaan 2–2-tasapelin Venezuelaa vastaan MM-kilpailujen 2018 karsinnoissa. Ensimmäisen A-maajoukkuemaalinsa hän teki 24. toukokuuta 2016, kun Peru voitti Trinidad ja Tobagon 4–0. Flores valittiin mukaan Copa América Centenarioon, jossa hän teki maajoukkueuransa ensimmäisen kilpailullisen maalin Ecuadoria vastaan pelatussa 2–2-tasapelissä 9. kesäkuuta 2016.