Trotz seines zweiten Wohnsitzes Philadelphia blieb McKean ein wirksamer Anführer der Amerikanischen Unabhängigkeitsbewegung in Delaware. Zusammen mit George Read und Caesar Rodney war er einer von Delawares Delegierten auf dem Ersten Kontinentalkongress 1774 und den Zweiten Kontinentalkongress 1775/76. Als offener Befürworter war er eine der Schlüsselstimmen beim Überreden Anderer, um für die Unabhängigkeitserklärung der Vereinigten Staaten zu stimmen. Als George Read gegen die Unabhängigkeit stimmte, sorgte McKean dafür, dass der abwesende Caesar Rodney noch in der Nacht von Dover nach Philadelphia ritt, um das Unentschieden in der Stimme Delawares zu Gunsten der Unabhängigkeit zu brechen.