曼努埃尔二世在1391年约翰五世去世后成为拜占庭皇帝。后来约翰七世与曼努埃尔二世的关系得以改善。1399年，在巴耶济德围困君士坦丁堡数年后，曼努埃尔二世前往西欧寻求军事援助，并任命约翰七世为摄政。由于鄂圖曼帝國于1402年兵败安卡拉并在其后爆发内战，全国陷入一片混乱。约翰七世趁此机会与鄂圖曼签订和约，使鄂圖曼退回了原先侵占的部分拜占庭帝国领土，其中包括于1387年被占的塞萨洛尼基。当曼努埃尔二世回到拜占庭帝国后，约翰七世归还了统治权。此后他赴塞萨洛尼基定居，并被允许保留皇帝称号。1408年他在塞萨洛尼基去世。