I 1851 blev Hirsch karakteriseret major og kommandør for 2. forstærkningsbataillon, året efter major ved 4. jægerkorps og i 1854 virkelig major, men kaldtes i 1857 til København som stabschef hos generalinspektøren for fodfolket. Udnævnt til oberstløjtnant i 1860 blev han chef for 18. infanteribataljon og ved mobiliseringen 1863 chef for 18. regiment. Han deltog derpå i kampen ved Mysunde og i Dybbøls forsvar og blev i marts samme år både oberst og kommandør af 2. grad af Dannebrogordenen samt kommandant i Sønderborg. Hans nedbrudte helbred tvang ham dog snart til at søge lazarettet, og først i løbet af sommeren kunne han melde sig til tjeneste igen.