弗拉基米尔·格奥尔吉耶维奇·捷卡诺佐夫被派往立陶宛監督傀儡政府與成立與選舉，7月21日立陶宛蘇維埃社會主義共和國成立，並於8月3日加入蘇聯，隨後立陶宛被快速的，除立陶宛共產黨外的政黨與許多組織都被宣布非法，約12000人被逮捕後送往古拉格關押，大量私人財產被充公，貨幣也改為蘇聯盧布，糧稅大幅上升，立陶宛軍隊則被改編為蘇聯紅軍。1941年6月14日至18日（納粹德國進攻前一週）有約17000名立陶宛人被流放至西伯利亞，其中許多因不人道的環境而死亡，史稱六月遣送。6月22日納粹德國進攻蘇聯，發動六月起義，建立臨時政府，但德國北方集團軍後臨時政府即瓦解，立陶宛被併入德國的奥斯蘭總督轄區。