Gli anni novanta sono più ricchi di trionfi: dopo i quarti raggiunti nella Coppa delle Coppe 1991-1992, dove vengono battuti dai futuri campioni del , i "Cimbom" vincono due scudetti, dei quali quello del 1993-1994 rappresenta il decimo titolo. Subito dopo la squadra, che comprende tra gli altri Hakan Şükür, Hagi e successivamente anche Cláudio Taffarel, viene poi allenata da Terim, e dal 1997 vince quattro titoli consecutivi. I turchi, pur venendo sempre eliminati nella fase a gironi della nuova Champions League, finiscono terzi davanti al nell'edizione 1999-2000, e proseguono così in Coppa UEFA. Qui, dopo avere eliminato anche il di Giuseppe Signori, arrivano a disputare la finale. La gara si gioca il 17 maggio 2000 al Parken di Copenaghen contro il favorito di Arsène Wenger, che può schierare campioni del calibro di Patrick Vieira, del capocannoniere degli ultimi mondiali Davor Šuker e della punta Thierry Henry, tuttavia si trascina fino ai calci di rigore. Dal dischetto sono decisivi gli errori proprio di Šuker e di Vieira, così i giallo-rossi conquistano la coppa: per il Galatasaray è un'impresa storica, tanto che al ritorno a Istanbul i giocatori vengono accolti da festeggiamenti che durano per giorni. La squadra è inoltre la prima a giocare la Supercoppa UEFA da detentrice della Coppa UEFA, e si aggiudica anche questo trofeo: il 25 agosto allo Stadio Louis II di Monaco viene infatti sconfitto il più quotato ai tempi supplementari.