Η πρώτη διεθνής συμμετοχή του Πομπόρσκι, εναντίον της Τουρκίας στις 23 Φεβρουαρίου 1994, ήταν επίσης ο πρώτος αγώνας για την Εθνική Τσεχίας μετά τη διάλυση της Τσεχοσλοβακίας. Έπαιξε για τη χώρα του στο Ευρωπαϊκό Πρωτάθλημα του 1996, όπου ήταν ένας από τους πολυτιμότερουςς παίκτες της Εθνικής Τσεχίας και ολόκληρης της διοργάνωσης, στην οποία σημείωσε τη φημισμένη «λόμπα του Πομπόρσκι», στο Ευρωπαϊκό Πρωτάθλημα του 2000 και στο Ευρωπαϊκό Πρωτάθλημα του 2004, καθώς επίσης και στο Παγκόσμιο Κύπελλο του 2006, όπου οι εμφανίσεις του ήταν πολύ υποτονικές, λόγω της ηλικίας και του συμβολαίου του με την Τσέσκε Μπουντεγιόβιτσε, με την οποία είχε παίξει μόνο σε 2 αγώνες της δεύτερη κατηγορίας Τσεχίας. Μετά το Παγκόσμιο Κύπελλο του 2006, ο Πομπόρσκι αποσύρθηκε από την εθνική ομάδα.