לאחר קרב גבעת בנקר שירת פטנאם תחת וושינגטון במצור על בוסטון. בעיקר בשל המאמצים הגאוניים של הנרי נוקס ושל בן דודו של פטנאם, רופוס פטנאם, אולצו הבריטים לסגת מבוסטון. ישראל פטנאם שירת כמפקד הזמני של הכוחות האמריקאים בניו יורק תוך שהוא ממתין להגעתו של המפקד העליון, ג'ורג' וושינגטון ב-13 באפריל 1776. מזלו של פטנאם פחות שפר עליו בקרב לונג איילנד באוגוסט 1776, שם הוא נאלץ לבצע נסיגה חפוזה. כמה אישים בקונגרס הקונטיננטלי השני האשימו את פטנאם בתבוסה, אך וושינגטון, שהיה המפקד העליון והיה עד לקרב, הגן עליו.