לאחר מכן נשלחה פלגת נושאות המטוסים החמישית לבסיס הצי בלגונת טרוק, כהכנה למבצע MO, שמטרתו הייתה כיבוש פורט מורסבי שבגינאה החדשה. במבצע, שבמהלכו התנהל קרב ים האלמוגים, הצליחו מטוסיה לטבע את נושאת המטוסים האמריקנית לקסינגטון, אך שוקאקו עצמה ספגה נזק כבד ממטוסים אמריקנים ב-8 במאי. שוקאקו נפגעה משלוש פצצות במשקל 1,000 קילוגרם: בצד השמאלי הקדמי של סיפון ההמראה, בצד הימני האחורי של סיפון ההמראה, ובצד ימין של הגשר. אף על פי שנושאת המטוסים לא הייתה בסכנת שקיעה, למעשה נמנעה ממנה היכולת לשגר ולקלוט מטוסים, ובנוסף 109 ממלחיה נהרגו ו-114 נוספים נפצעו, ולפיכך עזבה את הקרב והפליגה ליפן.