Échouant à la promotion l'année suivante, le Fakel termine deuxième en 1999 derrière l'Anji Makhatchkala et effectue son troisième passage en première division en huit ans. L'équipe parvient cette fois à se maintenir, terminant treizième avec douze points d'avance sur le premier relégable en 2000. Il retombe cependant dès l'année suivante en finissant avant-dernier. Cette saison voit également la baisse drastique du financement du club par le gouvernement de l'oblast de Voronej à la suite de l'arrivée au pouvoir de Vladimir Koulakov.