Mais la suite est moins heureuse. Il commence le Tournoi des Six Nations 2013 comme titulaire mais déçoit lors des défaites contre l'Italie (18-23) et le Pays de Galles (6-16). François Trinh-Duc le remplace alors face à l'Angleterre (13-23) mais déçoit également. Michalak retrouve alors une place de titulaire lors des deux derniers matchs où les Bleus relèvent la tête avec un match nul (13-13) face à l'Irlande et une victoire face à l'Écosse (23-16). Mais Michalak continue de décevoir et quitte même ce dernier match sur blessure.