Luego de la muerte de Uthmán, Alí, un primo y yerno de Mahoma, se convirtió en califa y movió la capital de Medina a Kufa, donde Mukhtar trabajó a su cargo en alguna oficina menor, y el tío de Mukhtar se convirtió en gobernador de la cercana ciudad de al-Madain. Unos cuantos compañeros de Mahoma, incluyendo Muawiya, el gobernador de Siria, se rehusaron a reconocer la autoridad de Ali, y la guerra civil estalló. La Batalla de Siffín terminó en un punto muerto (julio de 657), cuando las fuerzas de Alí se rehusaron a luchar en respuesta a los llamados de Muawiya por arbitraje externo. Alí aceptó las charlas a regañadientes pero una facción de sus fuerzas, más tarde llamados jariyies, se retiró en protesta, condenando la aceptación del arbitraje por parte de Ali como blasfema. El arbitraje no logró resolver la disputa entre Muawiya y Alí y este último fue luego asesinado por un jariyí en enero de 661.