Nel 2006 passa al Genoa, in Serie B, con cui centra la promozione nella massima serie. Rimane in forza al "Grifone" per cinque stagioni consecutive, ritagliandosi sempre un posto da titolare nel centrocampo rossoblu, fino alla rottura con la tifoseria, avvenuta nella stagione 2010-2011. A seguito delle contestazioni al giocatore derivate da un gesto di stizza avvenuto dopo il goal vittoria nell'ultimo Derby della Lanterna nei confronti della tifoseria genoana e dalle conseguenti pressioni effettuate sulla società, Milanetto decide di lasciare il Genoa ed il 23 luglio 2011 viene annunciato il suo passaggio in forza al Lugano. Tuttavia, il 26 luglio, non ritenendo la B svizzera un palcoscenico abbastanza prestigioso, passa al Padova a titolo definitivo.