Im Italienfeldzug Napoleon Bonapartes während des Ersten Koalitionskrieges wurde die Stadt im Herbst 1796 und im Frühjahr 1797 zweimal von französischen Truppen erobert, nachdem sie 1703 während des spanischen Erbfolgekrieges schon einmal vergeblich von den Franzosen unter General Vendôme belagert worden war. Die Herrschaft der Fürstbischöfe und damit des Fürstbistums Trient endete schließlich mit der im Reichsdeputationshauptschluss von 1803 beschlossenen Säkularisation der geistlichen Fürstentümer des Heiligen Römischen Reiches. Mit dem Frieden von Pressburg wurde Trient Ende 1805 bayrisch; zum 1806 gegründeten Königreich Bayern gehörte es bis 1810 und war ab 1808 Hauptstadt des bayerischen Etschkreises. Der 1809 geschlossene Friede von Schönbrunn brachte Trient 1810 an das bis 1814 bestehende Königreich Italien. Danach wurde das Gebiet des ehemaligen Fürstbistums Teil des Kaisertums Österreich, später Österreich-Ungarns. Trient wurde Sitz der Statthalterabteilung für Welschtirol. Im 19. Jahrhundert setzte mit der Verwirklichung technischer Werke wie der Verlegung der Etsch 1858 und dem Bau der Brennerbahn 1859 eine moderne Stadtentwicklung ein, es entstanden Palazzi der Staatsverwaltung und große Hotels. Vor ihrer Begradigung durchzog die Etsch in vielen Windungen den gesamten Nordteil der damaligen Stadt.