Marner spielte bis zum Sommer 2013 bei zahlreichen Jugendteams, darunter auch die "St. Michael's Buzzers" aus der Ontario Junior Hockey League. Nachdem er in der OHL Priority Selection des Jahres 2013 an 19. Gesamtposition von den London Knights aus der Ontario Hockey League ausgewählt worden war, schloss er sich dem Team zur &lt;a href="OHL%202013/14"&gt;Saison 2013/14&lt;/a&gt; an und schlug zeitgleich ein Stipendium der University of Michigan aus. Marner absolvierte eine erfolgreiche Rookiespielzeit und sammelte 59 Punkte in 64 Einsätzen, was ihm die Berufung ins Second All-Rookie Team der Liga bescherte. Im folgenden Spieljahr bildete er mit Max Domi und Christian Dvorak eine überaus erfolgreich Sturmreihe. Der Angreifer sammelte insgesamt 126 Scorerpunkte und beendete die Saison als zweitbester Scorer der Liga hinter Dylan Strome. Dennoch wurde er ins First All-Star Team berufen und erhielt die Jim Mahon Memorial Trophy. Im Sommer 2015 wurde er schließlich an vierter Position von den Toronto Maple Leafs aus der National Hockey League im NHL Entry Draft 2015 gezogen. Bereits Ende Juli 2015 verpflichteten die Maple Leafs ihren Draft-Pick und statteten ihn mit einem auf drei Jahre befristeten NHL-Einstiegsvertrag aus.