Початок сезону 2003/04 років був знову затьмарений травмою, через що Пахарс був переведений до резервоного складу, в якому повинен був проходити реабілітацію та набирати ігровий тонус. Зіграв декілька хвилин у вирішальному поєдинку, коли Латвія завоювала путівку на Євро 2004. Поступово почав набирати ігрову форму, свідченням чого став вихід у стартовому складі в 3-х поспіль матчах, в яких святі здобували перемоги. Дебютним у сезоні голом відзначився — після понад річної перерви — 21 грудня 2003 року в переможномк (3:0) домашньому дербі проти «Портсмуту», коли Мар'янс прекрасним ударом з правої ноги в нижній правий кут від голкіпера.