All'inizio della seconda guerra mondiale nel settembre 1939, Eddy era ufficiale addetto all'intelligence nel III Corpo d'armata; nell'ottobre 1941 fu posto al comando del 114º Reggimento, 44ª Divisione fanteria, incarico che mantenne dopo l'attacco di Pearl Harbor e la dichiarazione di guerra della Germania nazista e dell'Italia fascista. Nel marzo 1942 fu promosso a brigadier generale e scelto come vice comandante della 9ª Divisione fanteria, grande unità a capo della quale fu messo a luglio, quando fu rapidamente portato al grado di maggior generale. Guidò i suoi uomini nello sbarco in Africa Occidentale Francese (novembre), nella susseguente campagna di Tunisia (dicembre 1942-maggio 1943) e nel corso dello sbarco in Sicilia (luglio-agosto 1943). Nel novembre 1943, Eddy e la 9ª Divisione furono trasferiti in Gran Bretagna in vista della vasta operazione Overlord: nel dettaglio, la divisione costituì la riserva del VII Corpo d'armata del tenente generale Joseph Collins.