Pérez debuteerde voor Panama in 2000 tegen Guatemala. Hij nam met Panama deel aan de CONCACAF Gold Cup 2007. In dat toernooi werd het land in de kwartfinales uitgeschakeld door de Verenigde Staten. Pérez werd door de organisatie na afloop geselecteerd voor het "elftal van het toernooi". Op 13 november 2015 speelde hij zijn honderdste interland, een kwalificatiewedstrijd voor het wereldkampioenschap voetbal 2018 op en tegen Jamaica (0–2 winst). Na generatiegenoten Gabriel Enrique Gómez en Jaime Penedo is hij daarmee de derde Panamees die honderd interlands of meer heeft gespeeld.