Com o final da URSS, em 1991, as seleções dissidentes iniciariam a sua trajetória como equipes independentes no ano seguinte, incluindo a Seleção Estoniana, pela qual Zelinski faria sua estreia em maio de 1994, na derrota por 4 a 0 frente aos Estados Unidos. Participou das eliminatórias para as Copas de 1998 e 2002 das Eurocopas de 1996, 2000, 2004 e 2008. Encerrou sua carreira internacional em 2010, em um amistoso contra a Finlândia.