Към XVI век в резултат на различни политически процеси и двата народа попадат под властта на Хабсбургите, но различията между тях се задълбочават с течение на времето. Бохемия и Моравия се утвърждават като сравнително богати индустриални региони под властта на австрийците, докато Горна Унгария (под каквото име е известна Словакия чак до разпада на Дунавската монархия) остава изостанал аграрен регион под властта на маджарите. Етническото осъзнаване на словаците като отделен народ започва едва към XVIII век с духа на Просвещението и Новото време, разпространяващ се на континента. Водената политика на „маджаризация“ (културрна асимилация на неунгарското население в границите на „земите на Короната на Свети Стефан“ – Унгария) допълнително засилва тези тенденции и когато унгарците се вдигат на въстание през 1849 г. словаците вземат оръжие срещу тях, подкрепяйки централната власт във Виена. След разгрома на Унгарската революция (1848 – 1849) територията на унгарските земи е разделена на военни губернатури и маджаризацията е временно преустановена, но след военното поражение от прусия в Австро-пруската война през 1866 г. австрийците на свой ред изпадат в положението на слабия фактор в монархията и за ад я спасят постигат компромисния „Аусглайх“ (изравняването на властта на австрийците и унгарците в рамките на Дунавската монархия, създавайки дуалистичната Австро-Унгария), след което „маджаризацията“ се връща с нова сила в унгарските земи. Словашките културни и политически дейци стават все по-убедени привърженици на отделянето на родината им в самостоятелна държава.