Seitaridis gjorde sin internasjonale debut 13. februar 2002 mot , og senere samme år deltok han i EM for U-21-landslag i Sveits. Han var også en av de viktigste spillerne på det greske landslaget som vant EM i fotball 2004 i Portugal, en seier som sjokkerte en hel fotball-verden. Hellas' odds var 100-1 før turneringen startet. Seitaridis ble ansett som den viktigste spilleren for Hellas i dette EM sluttspillet og ble utnevnt som en del av UEFAs All-Starlag, sammen med fire andre greske spillere. Han scoret sitt første landslagsmål den 2. juni 2007 mot i en kvalifiseringskamp til EM i fotball 2008.. Seitaridis spilte også kamper i kvalifiseringen for VM i fotball 2010.