После Альминского сражения, 30 сентября 1854 года, был назначен главнокомандующим сухопутными и морскими силами в Крыму и оставался на этом посту до февраля 1855 года. Действия его в ходе Крымской войны считаются не слишком удачными, его критиковали за осторожность, Меншиков вошёл в историю как виновник русского поражения в войне, хотя в новейшее время предпринимались попытки пересмотреть эту репутацию.