Новый кардинальный перелом произошёл 17 ноября 1989 года (в пятидесятую годовщину дня студенчества): крупная студенческая манифестация против действующей власти, начавшаяся в пражском районе и прошедшая по Национальному проспекту, вызвала подъём всего чехословацкого общества и в итоге привела к падению коммунистического режима в стране. Вскоре прошла «Бархатная революция», в которой как студенты университета, так и его преподаватели, сыграли большую роль: издавали журналы с критикой действующей власти, рисовали агитационные плакаты, проводили демонстрации. В декабре 1989 года президентом республики был назначен Вацлав Гавел.