L'illa fa uns 1300 km de llarg i entre 50 i 230 km d'ample, i la seva àrea total és de 227.943 km², el que suposa al voltant del 60% de l'àrea total del Japó. Per superfície, és la setena illa més gran del món i també és la segona més poblada després de l'illa indonèsia de Java. Té fins a 5.450 km de costa. És una illa muntanyosa i volcànica, en la qual es produeixen molts terratrèmols, com el gran terratrèmol de Kantō del setembre de 1923 i el terratrèmol i tsunami al març del 2011. El cim més alt és el mont Fuji. S'hi troben molts rius, com el Shinano, el més llarg del Japó, i el riu Tone, el qual posseeix la major conca del Japó. El clima és molt variable, amb un nord fred i un sud subtropical.