W reprezentacji Grecji Chalkias rozegrał 4 mecze. W 2004 roku wraz z kolegami 32-letni piłkarz zdobył Mistrzostwo Europy, lecz na tym turnieju Kostas pełnił rolę rezerwowego bramkarza i, podobnie jak to było przed kilkoma laty w Panathinaikosie, miejsca między słupkami ustępował Nikopolidisowi.