Für das folgende WM-Turnier in Japan und Südkorea 2002 qualifizierten sich die Niederlande nicht, aber zwei Jahre später erreichte van der Sar bei der Euro 2004 in Portugal erneut das Semifinale. Dort unterlag er mit seinen Mannen dem Gastgeber nach regulären 90 Minuten mit 1:2, nachdem er zuvor im Viertelfinale gegen Schweden im Elfmeterschießen den Schuss von Olof Mellberg entscheidend gehalten hatte. Zwei Jahre später verlor van der Sar mit den Niederlanden bei der WM 2006 in Deutschland erneut gegen Portugal (0:1). Zuvor hatte er eine Serie von zehn gegentorlosen Pflichtspielen, die erst beim 2:1-Sieg gegen die Elfenbeinküste endete. Beim Ausscheiden gegen Portugal hatte er dazu mit dem 113. Länderspiel Frank de Boer als ehemaligen niederländischen Rekordnationalspieler abgelöst.