В 2004 году Руни в составе сборной Англии принял участие в чемпионате Европы в Португалии. 17 июня 2004 года Уэйн стал самым молодым автором гола в истории финальных турниров чемпионата Европы, сделав «дубль» в матче против сборной Швейцарии. Однако уже через четыре дня швейцарец Йохан Фонлантен побил этот рекорд, забив гол в ворота сборной Франции. В первом тайме четвертьфинального матча против сборной Португалии Руни получил травму и вынужден был покинуть поле, а Англия проиграла эту встречу по пенальти.