W zespole Ferrari jeździł przez pięć lat. Na początku jego partnerem był jego rodak, doświadczony Alain Prost, przy którym Alesi mógł wiele się nauczyć. W sezonie 1991 zdobył 21 punktów (m.in. dzięki trzecim miejscom w Grand Prix Monako, Grand Prix Niemiec i Grand Prix Portugalii), co zaowocowało siódmym miejscem w klasyfikacji generalnej. Ponadto w swoim pierwszym wyścigu w Ferrari, Grand Prix USA, zaliczył najszybsze okrążenie. Następny sezon Alesi zakończył również na siódmym miejscu (tym razem uzyskał 17 punktów), dwukrotnie zajmując trzecie miejsca – w Hiszpanii oraz Kanadzie. Po tym sezonie do Ferrari przyszedł Austriak Gerhard Berger, z którym, jak się okazało, Alesi miał spędzić razem w jednym zespole kilka następnych lat. Pierwsza połowa sezonu 1993 była nieudana dla obu kierowców (Alesi zdobył 4 punkty), ale w drugiej, między innymi dzięki drugiemu miejscu w Grand Prix Włoch, było znacznie lepiej, co na koniec sezonu zaowocowało szóstym miejscem Francuza w klasyfikacji kierowców. Sezon 1994 był dla Francuza udanym rozdziałem w swojej karierze w Formule 1. Zdobył on 24 punkty (m.in. drugie miejsce na podium w Grand Prix Wielkiej Brytanii), zaliczając również pierwsze pole position w karierze – było to przed wyścigiem o Grand Prix Włoch, co przy drugim miejscu startowym jego partnera z zespołu spowodowało wielkie zadowolenie włoskich kibiców. Podczas wyścigu było już znacznie gorzej, Alesi do mety nie dojechał, a Berger ukończył wyścig na drugim miejscu. Kolejny sezon to ponownie piąte miejsce (na koniec sezonu zdobył 42 punkty), ale również pierwsze i jedyne zwycięstwo – odniesione w Grand Prix Kanady, oraz czterokrotnie drugie miejsce. Jednakże po sezonie wraz z Bergerem zmuszony był odejść z zespołu. Na ich miejsce zatrudniono Eddiego Irvine’a i Michaela Schumachera.