Po zmene režimu v roku 1989 sa uskutočnili voľby riaditeľa. Od 1. 2. 1990 bol za riaditeľa bol zvolený Ing. Anton Muška. Zriaďovateľom SOUE sa od 1. 4. 1991 stalo Ministerstvo hospodárstva SR. Dostavba školy v tomto období umožnila vznik gymnázia so zameraním na telesnú výchovu, ktoré v Prešove chýbalo. Gymnázium bolo zriadené od 1. 9. 1992 ako rozpočtová organizácia. Vzhľadom k tomu, že v priestoroch školy sa nachádzali dva právne subjekty, príspevková a rozpočtová organizácia došlo k spojeniu škôl a od 1. 7. 2005 vznikol jeden právny subjekt – Spojená škola, ako rozpočtová organizácia s dvoma organizačnými zložkami –SOUE a gymnáziom. Zriaďovateľom školy sa stal Prešovský samosprávny kraj. Od 1. 9. 2008 došlo k premenovaniu organizačnej zložky Stredné odborné učilište elektrotechnické na Stredná odborná škola technická (SOŠT).