ヘトマンたちはこの時点でヤン2世支持に戻ったが、チャルニェツキは彼らの反対を退けてスウェーデン軍にゲリラ戦を挑んだ。スウェーデン軍は機動的ですさまじい火力を有したが、チャルニェツキのゲリラ戦には弱かった。1656年2月中旬の では敗れたが4月のに勝利、以降も情勢が大きく変わり続け、5月のと6月のでは2度も敗北した。しかしいずれも限定的な敗北であり、チャルニェツキは規律を保って撤退した。ほかにもでの対スウェーデン蜂起を扇動して大成功を収めた。7月のワルシャワの戦いはチャルニェツキの意見に反して戦われたものの、その後の戦略でなんとか敗北の影響を最小限に抑えた。チャルニェツキはヤン2世の支持があったにもかかわらず、旧来の貴族からは成り上がりとみられ、ヘトマン就任を反対されたため、チャルニェツキは翌年初にルテニア県のヴォイヴォダの職と「国王軍の将軍および副指揮官」という特別称号しか受けられず、非公式のヘトマンのような立場となった。王冠領野戦ヘトマンはチャルニェツキよりやや劣るものの優れた指揮官であるイェジ・セバスティアン・ルボミルスキ（ルボミルスキ家出身）が任命された。チャルニェツキはこの出来事について「私は塩や畑から始めたわけではなく、私を傷つけるものから始めた」と述べた。ルボミルスキ家は塩貿易と農業で財を成したのに対し、チャルニェツキは軍務から財を成したが、ヘトマン就任の決め手になるのは軍務ではなく、金銭と政治であることを風刺した言葉だった。