Las tropas del duque de Angulema, los llamados Cien Mil Hijos de San Luis, entraron en España el 7 de abril de 1823 y fueron progresando hacia el sur llegando a Madrid el 23 de mayo. Los liberales, con Fernando VII como rehén, se refugiaron primero en Sevilla y luego en Cádiz, donde terminaron por rendirse el 1 de octubre. Ante este panorama y en ese contexto histórico no existe unanimidad entre los investigadores sobre el posicionamiento que acabó tomando Fausto de Otazu o si, por el contrario, fue forzado por las circunstancias. Ciertamente, en su necrológica (1869) se afirma que sufrió la consiguiente persecución política por los cargos que ocupó durante el Trienio y sus ideas liberales. Probablemente esta persecución fue el motivo de su traslado a San Sebastián donde procuró pasar desapercibido. El historiador Joseba Agirreazkuenga asegura que a partir de 1826 recuperó el protagonismo político, como se manifiesta en su intervención en las Juntas Generales, en la ostentación del cargo de teniente de diputado de la provincia, cuando el patricio Valentín de Verastegui ejercía de diputado general de Álava, y los consiguientes compromisos de gestión de las instituciones alavesas que le encomendaron. En 1828 fue nombrado por la Diputación comisionado en Corte y representante ante el rey Fernando VII durante su visita a las provincias vascas.