Die Gegend war ein Siedlungsgebiet der Mississippi-Kultur, wovon die Fundstätte Bottle Creek Indian Mounds Zeugnis abgibt. Aufgrund der Lage am Golf war das County Durchzugsgebiet der frühesten europäischen Erkundungsmissionen im Süden der heutigen Vereinigten Staaten. Von der Mitte des 16. Jahrhunderts an war es nacheinander in Händen der Spanier, Franzosen und Briten. Mit dem Frieden von Paris wurde Baldwin County Hoheitsgebiet der Vereinigten Staaten. 1798 ging es im neu geschaffenen Mississippi-Territorium auf. Das Baldwin County wurde am 21. Dezember 1809 auf Beschluss der State Legislature des Alabama-Territoriums aus Teilen des Washington County gebildet, zehn Jahre bevor Alabama zum Bundesstaat wurde. Benannt wurde es nach Abraham Baldwin (1754–1807), einem der Gründerväter der Vereinigten Staaten, Feldprediger im Amerikanischen Unabhängigkeitskrieg und Delegierten auf dem Zweiten Kontinentalkongress sowie dem Verfassungskonvent der Vereinigten Staaten. Von 1789 bis 1807 war er für Georgia Abgeordneter im Senat beziehungsweise im Repräsentantenhaus.