От началото на Втората световна война е началник-щаб на Югозападния фронт. Участва в първите сражения в Украйна, включително танковите битки в района на Дубно – Луцк – Броди, Лвов-Черновци, и Киевската отбранителна операция. Снет от длъжност на 23 юли 1941 г. След кратък престой в резерва, Пуркаев е назначен за старши преподавател в Академията на Генералния щаб на Червената армия, а оттам е прехвърлен в инспектората за формиране на нови военни части.