Spartalaiset ottivat Kytheran saaren hallintaansa 500-luvun eaa. puolivälissä. Peloponnesolaissodan aikana vuonna 424 eaa. Ateena miehitti Kytheran. Takaisin Spartalle saari palautui vuonna 421 eaa. solmitussa Nikiaan rauhassa. Kytherasta tuli itsenäinen 100-luvulla eaa. Kytherasta tuli osa Rooman valtakuntaa sen laajentuessa itään. Saaren kaakkoisrannikolla sijainnut Skándian kaupunki tuhoutui täysin vuonna 365 jaa. suuressa maanjäristyksessä.