Efter sin succé i Frankrike blev Rommel den 1 juli 1941 befordrad till general ("General der Panzertruppe"). När Mussolini bad om hjälp i Nordafrika utnämnde Hitler Rommel till generalöverste (30 januari 1942) och därefter till chef över Afrikakåren (senare utvidgad och omdöpt till "Panzerarmee Afrika"), som sedan oväntat lyckades driva britterna ut ur Libyen och hösten 1942 rycka fram till el-Alamein i Egypten. Nordafrika var då för länge sedan prisgivet av tyska krigsledningen, och Rommel saknade i allt väsentligt underhåll. Hans uppgift var egentligen att föra uppehållande strider och därmed binda brittiska styrkor i området. Det var dock inte en av Rommels starka sidor, varför han istället startade en offensiv. Vid el-Alamein var det emellertid stopp och när de amerikanska trupperna sedan landsteg i Marocko och Algeriet i november 1942, tvingades Rommel lämna Afrika. Hans trupper blev till stor del krigsfångar.