W listopadzie 1806 zaciągnął się do oddziałów pruskiej Landwehry, gdzie z powodu dobrego urodzenia otrzymał od razu stopień chorążego. W tym czasie trwała na terenie Polski kampania Napoleona przeciwko IV koalicji. Jego oddział mimo to do jej końca szkolony był w obozie z dala od frontu, przez co Henryk Brandt nie zdążył wziąć udziału w walkach. Po pokoju w Tylży opuścił Landwehrę i powrócił w rodzinne strony, które podlegały teraz administracji Księstwa Warszawskiego. Bezskutecznie próbował znów dołączyć do oddziałów armii pruskiej.