Hun var en af hovedpersonerne i rækken af dynastiske borgerkrige kendt som Rosekrigene og ledte til tider personligt Lancaster-fraktionen. På grund af sin mands hyppige anfald af sindssyge styrede Margrete kongeriget i hans sted. Det var hende, der indkaldte til rigsrådsmødet i maj 1455, der udelukkede York-fraktionen, ledet af Richard af York, 3. hertug af York, og det blev gnisten, der antændte en borgerkonflikt, der varede i mere end 30 år, decimerede Englands gamle adel og resulterede i tusinders død, herunder hendes eneste søn Edvard af Westminster, i Slaget ved Tewkesbury i 1471.