Podczas wojny sześciodniowej w 1967 wioskę zajęły wojska izraelskie. Bajtunja znalazła się na okupowanym przez Izrael terytorium Zachodniego Brzegu Jordanu. Okres dobrej współpracy palestyńsko-izraelskiej został przerwany wybuchem w grudniu 1987 pierwszej Intifady. W 1988 na południe od miasta Bajtunja powstał tymczasowy obóz-więzienie, w którym izraelskie siły bezpieczeństwa umieszczały na czas przesłuchań zatrzymanych uczestników arabskich zamieszek. Z czasem namioty zastąpiono barakami więziennymi, przekształcając obóz w więzienie Ofer.