Az Intertotó-kupa ötlete Ernst B. Thommentől, a FIFA későbbi elnökhelyettesétől és a vásárvárosok kupája alapítójától, valamint Karl Rappantól származik, aki a svájci labdarúgó-válogatottat az 1938-as, az osztrák labdarúgó-válogatottat pedig az 1954-es világbajnokságon irányította szövetségi kapitányként. A „kupa nélküliek kupáját” a svájci "Sport" című újságban reklámozták. A neve a „Toto” szóból származik, ami a német nyelvben a sportfogadás megfelelője.