Вышел в отставку 17 августа 1940 года, после чего работал переводчиком в Народном комиссариате труда ЭССР. 14 июня 1941 года был уволен с этой должности. Во время июньской депортации 1941 года его сослали 14 июня 1941 года из Нымме вместе с супругой Линдой. Отправили в СевУралЛаг, в лагерный отдел Сосьва. Там он заболел и умер 27 января 1942 года.. После смерти, 28 февраля 1942 года, особое совещание назначило Юнкуру высшую меру наказания по статье §58-4 УК РСФСР.