9 марта 1798 года Баррон получил звание лейтенанта и был принят в ВМС США. Будучи в команде фрегата он продемонстрировал блестящие способности в освоении морского дела. Через два года ему присвоено звание капитана и поручено командование шлюпом , на котором он участвовал в Квази-войне, незадолго до её завершения. Во время Первой берберийской войны Баррон совершал плавания в Средиземное море и руководил строительством канонерской лодки.