Сапата играл за молодёжную сборную Колумбии на молодёжном чемпионате мира 2005 года, где его сборная дошла до 1/16 финала. Во взрослой сборной он дебютировал в 2007 году. Свой первый гол за сборную Кристиан Сапата забил 4 июня 2016 года в матче открытия Юбилейного Кубка Америки с хозяевами сборной США.