Guardado, Atlas takımında profesyonel olduktan dört ay sonra 14 Aralık 2005 tarihindeki Macaristan ile oynanan özel maçta ilk kez millî takımının forması giydi. Ertesi yıl Almanya'da düzenlenen 2006 FIFA Dünya Kupası için teknik direktör Ricardo Lavolpe tarafından kadroya alınan Guardado, turnuvada sadece "son 16" turunda Arjantin ile oynanılan ve 2-1 kaybedilen maçta forma giyebildi. 28 Şubat 2007'de Venezuela'ya karşı oynanılan dostluk maçında ilk millî golünü kaydetti. 2007 CONCACAF Altın Kupa'da ABD'ye karşı 2-1 kaybedilen final maçında takımının tek golünü attı ve turnuvada "mansiyon ödülü"ne layık görüldü. Aynı yıl düzenlenen Copa América'da ise 3-1 kazanılan üçüncülük maçında Uruguay'a "El Tri"'nin son golünü attı.