В начале Второй мировой войны Маргарет занималась управлением в военном госпитале, связанном с Немецким Красным Крестом. К декабрю 1939 года она руководила госпиталями Красного Креста в III военном округе (Берлин-Бранденбург). В её ведомстве находились миссии на территориях и в странах, оккупированных германским Вермахтом. В марте 1940 года Маргарет совершила деловую поездку в оккупированную немцами Польшу, поэтому она, безусловно, была свидетельницей тамошних событий. В своих дневниках Маргарет писала: «Потом я была в Познани, Лодзи и Варшаве. Этот еврейский сброд, поляки, большинство из которых не похожи на людей, и грязь неописуемы. Это невероятная работа — пытаться навести там порядок».