Infolge des Gesetzes vom 9. Mai 1793 beschlagnahmte Frankreich seine Güter in Vimy, wogegen er unter Hinweis auf seine patriotische französische Gesinnung und den „Hass seiner Mitfürsten“ reklamierte. Charles-François Lebrun versicherte ihm sodann, dass die Republik ihre Freunde nicht verlassen und nicht vergessen werde, was sie für sie leiden. Friedrich ließ jedoch nicht locker und protestierte als „Bürger Friedrich von Salm-Kyrburg“ erneut. Am 26. Januar 1794 wurde auf Betreiben eines Revolutionsausschusses ein Haftbefehl gegen Friedrich und seine Schwester Amalie erlassen. Durch Verfügung eines Sicherheitsausschusses vom 2. April 1794 wurde „der sogenannte Salm-Kirburg, deutscher Fürst“ in das Gefängnis Les Carmes überführt, wo er schrecklich behandelt wurde und seine Lage in einem Briefwechsel mit seiner Schwester schilderte. Antoine Quentin Fouquier-Tinville nannte ihn in seiner Anklageakte „Salm, auswärtiger deutscher Fürst, der unter der Maske des Patriotismus nichts anderes ist als der versteckte Agent der deutschen Koalition gegen Frankreich“. Am 21. Juli 1794 wurde er in einer Gruppe von 54 Gefangenen von Carmes zur Conciergerie überführt. Am Folgetag stand er von dem Revolutionstribunal, das ihn in seiner Sitzung mit 49 anderen Personen als „Volksfeind“ zum Tode verurteilte.