В 1846—1848 гг. работал домашним учителем у графов в в Трансильвании. Затем, когда регион охватили волнения 1848 года и графский дом был разорён восставшими (причём погибли все сочинения, записи и обработки Воячека за три года), короткое время преподавал в Коложваре, после чего вернулся во Всетин, руководил концертами в замке , затем до 1851 г. мужским хором в Брно, в этот период написал много хоровой церковной музыки. Всё это время занимался, как и его отец, сбором и обработкой музыкального фольклора, преимущественно славянского. В 1853 г. оказался в Вене, где познакомился познакомился с композитором Алексеем Львовым, пригласившим его на должность учителя музыки в дом генерала Евгения Самсонова, женатого на сестре Львова Надежде. После недолгой работы у Самсоновых в Бресте и преподавания там же в кадетском корпусе Воячек проследовал в Санкт-Петербург, где в 1855—1857 гг. состоял капельмейстером в Лейб-Гвардии Преображенском полку.