In der niederländischen Fußballnationalmannschaft kam Seedorf auf 86 Einsätze und 11 Tore. Er nahm an der Fußball-Weltmeisterschaft 1998 und den Europameisterschaften 1996, 2000 und 2004 teil, bei denen er – mit Ausnahme der EM '96 – jeweils das Halbfinale erreichte.