С 2003 года по 27 декабря 2010 года являлся командиром спецподразделения по борьбе с терроризмом «Алмаз». 27 февраля 2004 года Карпенкову досрочно присвоено звание полковника милиции. Во время разгона акций протеста 19 — 20 декабря 2010 года бойцы возглавляемого Карпенковым «Алмаза» отличились особой жестокостью. По свидетельствам потерпевшего кандидата в президенты Владимира Некляева, его лично избивал командир Карпенков.