นอกจากจะเข้าร่วมในสงครามอินโดจีนโดยอยู่ฝ่ายตรงข้ามกับกลุ่มที่นิยมสมเด็จพระนโรดม สีหนุ พรรคคอมมิวนิสต์กัมพูชา และเวียดนามเหนือแล้ว สาธารณรัฐเขมรยังมีความขัดแย้งกันภายในรัฐบาล ความโดดเด่นทางการเมืองขอสมเด็จงพระนโรดม สีหนุในช่วง พ.ศ. 2493 – 2513 แสดงถึงความเป็นนักการเมืองที่จัดเจนของพระองค์ ในช่วงเริ่มต้น ฝ่ายสาธารณรัฐมีการแบ่งกลุ่มกันภายในเพื่อต่อสู้กับระบอบสีหนุคือฝ่ายของลน นล กับฝ่ายของนักองค์ราชวงศ์สีสุวัตถิ์ สิริมตะ นักองค์ราชวงศ์สีสุวัตถิ์ สิริมตะเป็นนายกรัฐมนตรีในปีแรกเนื่องจากลน นล มีปัญหาทางด้านสุขภาพ บทบาทของเจ้าสิริมตะมีความโดดเด่นเนื่องจากรูปแบบการบริหารงานและการเป็นเชื้อพระวงศ์ ความนิยมเพิ่มขึ้นในกลุ่มคนหนุ่มสาว และคนในเขตเมือง แม้ว่ายังคงมีการฉ้อราษฎร์บังหลวงที่ทำให้รัฐบาลอ่อนแอ เมื่อลน นลเดินทางกลับมาจากการรักษาตัวที่ฮาวายในเดือนเมษายน พ.ศ. 2514 ได้เกิดความขัดแย้งอย่างรุนแรงในรัฐบาล โดยเฉพาะกับลน นน น้องชายของลน นลที่มีบทบาทมากในกองทัพ ในวันที่ 16 ตุลาคม พ.ศ. 2514 ลน นลเข้าครอบงำสภาแห่งชาติในการเขียนรัฐธรรมนูญใหม่