Рушан Рафиков прошёл через все вертикали сборной России, от юниорской до главной. Из основных достижений, можно отметить победу на Мировом Кубка Вызова в 2012 году, победу в в молодёжной суперсери в 2014 году, вызов в университетскую сборную и победу на зимней Универсиаде в Гранаде — 2015, а также серебро на Молодёжном чемпионате Мира — 2015. В 2016 году Рафиков получил вызов сборную России на финский этап Еротура и уже во втором матче поразил ворота сборной Швеции, таким образом открыв счёт голам за основную сборную страны.