El 24 de julio de 1580, Antonio se autocoronó rey de Portugal en Santarem, con la aclamación popular. Un mes después, el 25 de agosto, las tropas castellanas del duque de Alba lo derrotaron en la batalla de Alcántara, convirtiéndose Felipe II en el nuevo rey de Portugal (con el nombre de Felipe I) el 15 de abril de 1581, según el reconocimiento de las Cortes de Tomar. Antonio huyó a las Azores, desde donde intentó continuar ejerciendo soberanía sobre Portugal hasta 1583, año en que fue expulsado de ellas por las huestes castellanas.