Aflak pozostał w Iraku do 1970, gdy popadł w konflikt z prezydentem irackim Ahmadem Hasanem al-Bakrem na tle stosunku do Organizacji Wyzwolenia Palestyny. Aflak był zdania, że Irak powinien interweniować w Jordanii w obronie palestyńskich partyzantów przeciwko armii jordańskiej (Czarny Wrzesień). Al-Bakr odmówił interwencji, toteż Aflak wyjechał z Bagdadu i ponownie osiadł w Bejrucie, krytykując od tej pory baasistowski rząd Iraku.