Scott Thornton begann seine Karriere bei den London Diamonds, einer Nachwuchsmannschaft in der kanadischen Provinz Ontario, ehe er 1987 in die kanadische Juniorenliga Ontario Hockey League zu den Belleville Bulls wechselte. Dort brachte er gute Leistungen als defensiver Stürmer und wurde im NHL Entry Draft 1989 in der ersten Runde an Position drei von den Toronto Maple Leafs ausgewählt. Er spielte noch die Saison 1989/90, sowie drei Spiele der Saison 1990/91 in der OHL, ehe er in die National Hockey League nach Toronto wechselte.