Pochodzący z Bieżunia zawodnik karierę lekkoatletyczną zaczynał na zawodach szkolnych w Ciechanowie – startując w dysku Małachowski osiągnął wynik 31 metrów i dzięki staraniom nauczyciela trafił do trenera Witolda Suskiego, który podczas imprezy sędziował konkurs rzutu dyskiem. W 1999 zajął 10. miejsce w mistrzostwach Polski kadetów. Na dużej imprezie międzynarodowej zadebiutował w 2001 zajmując piątą lokatę w mistrzostwach Europy juniorów. W kolejnym sezonie uplasował się na szóstym miejscu rozegranych na Jamajce juniorskich mistrzostw globu. Na koniec 2002 był jeszcze drugi w Libercu podczas meczu młodzieżowców Czechy – Polska. Dziewiąty dyskobol młodzieżowych mistrzostw Europy w 2003. Do stypendium dorabiał jako bramkarz w dyskotekach wraz z ciężarowcem Marcinem Dołęgą. Jedynym międzynarodowym osiągnięciem Małachowskiego w 2004 było zwycięstwo w meczu młodzieżowców przeciwko Czechom 22 września w Krakowie. W listopadzie 2004 rozpoczął służbę wojskową i stał się zawodnikiem wrocławskiego Śląska. Zdobył – w 2005 w Erfurcie – tytuł wicemistrza Starego Kontynentu młodzieżowców przegrywając złoto o 51 centymetrów z reprezentantem Niemiec Robertem Hartingiem.