El 3 de septiembre de 2018, la Asociación Paraguaya de Fútbol nombró a Juan Carlos Osorio como director técnico de la selección para afrontar la Copa América 2019 y las eliminatorias de la Conmebol rumbo al Mundial de Catar 2022. El 13 de febrero de 2019 renunció a la selección paraguaya de fútbol debido a motivos familiares no conocidos a la luz pública, terminando así su aventura en el fútbol guaraní.