Алдонин хорошо провёл первую часть чемпионата России 2004 и был одним из главных кандидатов в сборную для выступления на Евро-2004 в июне. 18 мая Георгий Ярцев включил его состав национальной команды на ЧЕ, а 25 мая россияне проводили последний перед турниром товарищеский матч против Австрии. Он завершился вничью 0:0, а Алдонин вышел на поле во втором тайме. По мнению журналистов, достаточно неплохо играл в предоставленный ему отрезок времени и заслужил места в составе на стартовый матч сборной на чемпионат Европы. В матче группового этапе против испанцев (0:1) Алдонин вышел в стартовом составе, но сыграл не лучшим образом и на 68-й минуте был заменён на Дмитрия Сычёва для усиления атаки.. В следующей игре против Португалии Ярцев опять выпустил Алдонина на поле с первых минут, но на 45-й минуте вратарь Сергей Овчинников получил красную карточку, и Алдонин был заменён на Вячеслава Малафеева. Португальцы одержали победу, и сборная России потеряла шансы на выход в четвертьфинал. В последней, победной игре против греков Алдонин на поле не выходил.