Daraufhin wurde José Miguel de Velasco Präsident. Aus der Revolution von 1829 ging Andrés Santa Cruz y Calahumana, der an der Befreiung Perus und Ecuadors beteiligt gewesen war, als Sieger hervor. Während seiner Präsidentschaft wurde die von Bolívar geschaffene Verfassung wieder aufgehoben. Am 15. August 1836 marschierte Santa Cruz in Lima ein und vereinigte Perú und Bolivien in der "Confederación Perú-Boliviana". Es kam zum Peruanisch-Bolivianischen Konföderationskrieg mit Chile von 1836 bis 1839. Braun besiegte im argentinisch-bolivianischen Grenzgebiet eine argentinische Invasionsarmee. Trotz dieses Teilerfolges zerbrach die Konföderation am 20. Januar 1839 nach dem Sieg einer chilenischen Expeditionsarmee in Peru. Nach dem Sturz von Santa Cruz wurde das Land von häufig wechselnden und zumeist kurzlebigen Militärdiktaturen "(caudillos bárbaros)" beherrscht. Anomie, Misswirtschaft, Klientelwesen und Korruption bestimmten die Politik. Auf Präsident Velasco folgten 1841 José Ballivián, 1847 wiederum Velasco, 1848 Manuel Isidoro Belzu, 1855 Jorge Córdova, 1857 José María Linares, 1861 José Maria de Achá, 1864 José Mariano Melgarejo, 1871 Agustín Morales, 1872 Adolfo Ballivián, 1874 Tomás Frías Ametller, 1876 Hilarión Daza und nach dessen Sturz im Dezember 1879 ab dem 19. Januar 1880 Narciso Campero im Amt.