Bei Ausbruch des Sezessionskrieges im Jahre 1861 war Sickles darauf bedacht, sein Bild in der Öffentlichkeit wieder positiver zu gestalten und er war maßgeblich an der Aufstellung von vier Freiwilligenregimentern in New York beteiligt. Er wurde bald zum Kommandeur eines dieser Regimenter ernannt und bereits im September 1861 zum Brigadegeneral der Freiwilligen befördert. Er war einer der prominentesten politischen Generäle des Unionsheeres. Zwar war Sickles im März 1862 gezwungen, seinen Posten aufzugeben, da der US-Kongress sich weigerte, seine Beförderung zu bestätigen, doch gelang es ihm unter Nutzung seiner politischen Verbindungen, sowohl seinen Rang als auch sein Kommando bereits am 24. Mai 1862 zurückzuerhalten. Er stieß wieder zu seiner Brigade, die am Halbinsel-Feldzug der Army of the Potomac unter George B. McClellan teilnahm, verpasste aber wegen der Unterbrechung seines Kommandos die Schlacht von Williamsburg, in der sich die Brigade besonders hervortat. Trotz seiner mangelnden militärischen Erfahrung kommandierte Sickles seine Brigade in der Schlacht von Seven Pines und in der Sieben-Tage-Schlacht mit Geschick. Sie wurde bald unter dem Namen „Excelsior Brigade“ bekannt. An der Zweiten Schlacht am Bull Run war Sickles nicht beteiligt, da er seinen politischen Einfluss genutzt hatte, um die Erlaubnis zu erhalten, in New York neue Truppen auszuheben. Auch an der Schlacht am Antietam nahm er nicht teil, weil das Korps, dem er bereits als Divisionskommandeur zugeteilt war, zum Schutz der Hauptstadt abgestellt wurde.