Au début de la guerre franco-allemande de 1870, il est appelé début à la tête de la du corps d'armée ; ce corps, commandé par le général Paul de Ladmirault, souffre de la même impréparation et des mêmes problèmes logistiques que le reste de l'armée française. Après s'être installé fin juillet à Bouzonville et fait procéder à des reconnaissances en territoire ennemi, Cissey recule avec le qui se replie sur Metz sans avoir combattu ; cette retraite est due aux premières victoires prussiennes de Forbach et de Frœschwiller. Après le départ précipité de l'empereur qui confie l'armée du Rhin au maréchal Bazaine, ce dernier propose à Cissey de devenir son chef d'état-major général. Mais Cissey, averti de l'empire du colonel Napoléon Boyer sur l'esprit de ce maréchal indécis, refuse ce poste majeur car il se doute que ses ordres seront contrecarrés ou contournés.