El final de 1798 y el comienzo de 1799 marcaron el comienzo de la Guerra de la Segunda Coalición. Dentro de aproximadamente a un año de su formación, la Legión había devenido en unos 10.000 hombres. Sin embargo, la nueva serie de luchas resultó ser mucho más difícil, ya que la coalición anti-francesa avanzó hacia Italia, ahora desprovista de unidades de élite francesas que estaban con Napoleón en Egipto. En general, 1799 vio a las legiones sufrir bajas significativas. A mediados de 1799, la Primera Legión del General Dąbrowski luchó contra los rusos en Trebbia (17–19 de junio de 1799), donde sufrió grandes bajas (solo dos de los cinco batallones sobrevivieron a la batalla y Dąbrowski fue herido). Los legionarios polacos también lucharon en la Batalla de Novi (15 de julio de 1799), y la Segunda Batalla de Zúrich (26 septiembre).