Mit den von Jacques Necker umgesetzten Verwaltungsreformen wurde das Übersetzungsbüro des Außenministeriums 1787 aufgelöst. Durch die Einflussnahme der Königin wurde Genêt darauf zum Sekretär der französischen Gesandtschaft in der russischen Hauptstadt St. Petersburg ernannt. Im Sommer 1789, kurz nach dem Beginn der Französischen Revolution, begab sich der Botschafter Louis-Philippe de Ségur nach Paris, um sich in die Nationalversammlung wählen zu lassen und ließ Genêt als Geschäftsträger (frz. "chargé d’affaires") zurück. In den folgenden drei Jahren leitete Genêt so die französische Gesandtschaft in Russland. In diesen Jahren radikalisierte sich nicht nur die Revolution in Frankreich, sondern auch die politische Gesinnung Genêts, der trotz seiner guten Beziehungen zum Hof die Revolution begeistert begrüßte. In seinen zahlreichen Depeschen warnte er das bald von Revolutionären geleitete Ministerium vor Verschwörungen französischer adeliger Emigranten, die sich nach St. Petersburg wie in andere europäische Metropolen geflüchtet hatten und ausländische Monarchien zum militärischen Eingreifen gegen die Revolution bewegen wollten. Zarin Katharina schloss sich der ersten Koalition zwar nicht an, doch verweigerte sie Genêt ab August 1791 den Zutritt zum Hof und verwies ihn schließlich im Juli 1792 des Landes.