Na jar 1989 navštívil v Prahe dramatika a disidenta Václava Havla po jeho prepustení z väzenia. Dubček a ďalší (Ivan Laluha, Ján Uher) podpísali protest proti politickým perzekúciám voči členom tzv. bratislavskej päťky zatknutých 14. augusta 1989 Dubček sa prvý raz verejne objavil na domácej pôde na protestnom zhromaždení občanov proti odsúdeniu člena päťky Jána Čarnogurského pred Justičným palácom v Bratislave 14. novembra 1989. V novembrových revolučných dňoch sa od začiatku zapájal do masových demonštrácií v Prahe i Bratislave, na ktorých niektorí skandovali heslá za jeho zvolenie na funkciu prezidenta republiky.