Получив команду над греческим флотом в марте 1827 года, Кокрейн связал своё имя с заговором и убийством греческого военачальника Г. Караискакиса и самым большим поражением повстанцев за все годы Освободительной войны (Битва при Фалероне). И Д. Фотиадис и Т. Герозисис считают, что Караискакис был убит британскими агентами, поскольку согласно доктрине неприкосновенности Османской империи, в качестве волнолома против России, возрождаемое греческое государство должно было быть ограниченно одним лишь Пелопоннесом.