토머스 맥도너 주니어(Thomas Macdonough, Jr., 1783년 12월 21일 ~ 1825년 11월 10일)는 19세기 초 미국 해군의 장교였다. 그는 제1차 바르바리 전쟁과 1812년 전쟁에서 큰 활약을 펼친 인물이다. 그는 델라웨어 미들타운 근처에 살았던 미국 독립 전쟁 때의 장교였던 아버지 토머스 맥도너의 아들이었다. 10 형제 중 여섯 째로 태어났으며, 시골에서 자랐다. 그는 어릴 적 해군에 입대하여 16세에 수습 장교직을 받았다. 스티븐 디케이터와 트리폴리에서 함께 복무를 하면서, 그는 제1차 바르바리 전쟁 기간 프레블 총사령관의 지휘 하에서 복무를 했던 해군 장교들의 선별 집단인 프레블 보이스의 멤버였다. 맥도너는 1812년 전쟁에서 미국 해군을 지휘하여 플래츠버그 전투의 일부인 샹플레인 호수에서 영국 해군을 물리치면서 명성을 얻게 되었다. 그의 활약은 그 전쟁을 끝낼 수 있도록 도움을 주었다.