С первых дней войны дивизион Капралова участвовал в боевых действиях против немецкого флота, отражая атаки торпедных катеров и подводных лодок врага. Уже на первом этапе боевых действий катера под его командованием потопили две немецкие субмарины. Участвовал в обороне Таллина, а после его оставления — в переходе до Кронштадтской военно-морской базы, неся охранение крейсера «Киров». С мая 1942 года служил начальником штаба, затем командиром истребительного отряда охраны водного района Балтийского флота. Много раз участвовал в поисковых, десантных, эскортных операциях, не раз рискуя собственной жизнью. Так, 7 июля 1942 года Капралов принял на себя обязанности погибшего командира катера и успешно высадил десант на остров Соммерс. Участвовал в операции по окончательному снятию Ленинграда и наступлении советских войск на Карельском перешейке. Группа катеров истребительного отряда под личным командованием Капралова выполняла самые разнообразные задачи, почти ежедневно вступая в соприкосновение с противником. Только при поддержке сухопутных частей в прибрежной полосе Карельского перешейка его группа на протяжении двух суток перестреливалась с финскими береговыми батареями и кораблями в Выборгском заливе. 20 июня 1944 года Капралов был тяжело ранен, но оставался в строю, пока бой не завершился победой.