פרננדו השני השתתף במלחמת הירושה הקסטיליאנית . בעקבות מות אנריקה הרביעי, מלך קסטיליה, הוכרזה בת המלך ויורשתו, חואנה, נסיכת קסטיליה, אשר הייתה נשואה למלך אפונסו החמישי, כמלכת קסטיליה, אך מאידך דודתה למחצה (המלכה לעתיד איזבלה הראשונה מקסטיליה) טענה לזכותה על הכתר. הפורטוגזים פלשו לקסטיליה, ובמהלך קרב טורו היה פרננדו אחראי לשלומה של המלכה חואנה.