Po wybuchu II wojny światowej 1939 wraz z kadrą Centrum Wyszkolenia Sanitarnego ewakuował się na tereny wschodnie, a po agresji ZSRR na Polskę został aresztowany przez Sowietów. Był przetrzymywany początkowo w obozie putywlskim a następnie w Kozielsku. Wiosną 1940 został przetransportowany do Katynia i rozstrzelany przez funkcjonariuszy Obwodowego Zarządu NKWD w Smoleńsku oraz pracowników NKWD przybyłych z Moskwy na mocy decyzji Biura Politycznego KC WKP(b) z 5 marca 1940. Został pochowany na terenie obecnego Polskiego Cmentarza Wojennego w Katyniu. Podczas ekshumacji w 1943 jego ciało nie zostało zidentyfikowane pod jego nazwiskiem. Na terenach polskich, okupowanych od 1939 przez Niemców, wydanie czasopisma „Goniec Krakowski” z 16 kwietnia 1943 poinformowało wówczas o ekshumacji ciał polskich żołnierzy w Katyniu i zidentyfikowaniu m.in. zwłok gen. Smorawińskiego.