Bei den Europameisterschaften 2008 in Tampere siegte er im Mittelgewicht über Tigran Sahakjan, Armenien, Robert Papp, Rumänien und Wassyl Rachyba, Ukraine. Anschließend unterlag er gegen Badri Chassaia und stand danach im Kampf um eine EM-Bronzemedaille Andrea Minguzzi gegenüber. Wobei dem Sieger dieses Kampfes auch die Olympiaqualifikation winkte. Fischer führte in diesem Kampf bis 3 Sekunden vor Kampfende, ließ sich aber von Minguzzi noch überraschen und verlor so diesen Kampf mit 1:2 Runden. Minguzzi wurde dann einige Monate später in Peking sogar Olympiasieger. Jan Fischer gelang es anschließend nicht mehr, sich in den Olympia-Qualifikations-Turnieren in Rom und in Novi Sad für die Olympischen Spiele zu qualifizieren. Ein 3. Platz bei der Militär-Weltmeisterschaft 2008 in Split im Mittelgewicht hinter Artur Michalkiewicz aus Polen und Andrei Baranowski aus Weißrussland war für ihn sicher nur ein schwacher Trost.