大会通过的《中国共产党章程》，除了废除中央委员会主席职务，改以中央委员会总书记为最高负责人外，为适应改革开放和社会主义现代化建设的需要，对党的民主集中制和各项组织制度、党的纪律作了更充分、更具体的规定。新党章清除了“十一大”党章中仍肯定“无产阶级专政下继续革命的理论”等“左”的语句，吸收了“七大”和“八大”党章的特点，并根据新时期执政党的特点，提出了许多新的要求。大会通过了《关于十一届中央委员会报告的决议》、《关于〈中国共产党章程〉的决议》和《关于中央纪律检查委员会工作报告的决议》。大会选举了由210名中央委员和138名中央候补委员组成的第十二届中央委员会，选举了由172名委员组成的中央顾问委员会和由132名委员组成的中央纪律检查委员会。