I rinforzi principali per i campioni d'Italia sono l'argentino Hernán Crespo, prelevato dal Chelsea, e l'olandese Jaap Stam, proveniente dalla Lazio. Contro gli stessi biancocelesti il Milan si aggiudica la Supercoppa italiana il 21 agosto, imponendosi per 3-0 a San Siro grazie alla tripletta di Ševčenko. La difesa del titolo nazionale inizia contro il : Seedorf porta in vantaggio i rossoneri per due volte, ma gli amaranto (di nuovo in Serie A dopo 55 anni) raggiungono il pari con Lucarelli. Il centrocampista si ripete in Champions League, dando al Milan i tre punti sul campo dello Šachtar. Nel prosieguo del campionato la squadra ottiene tre vittorie, con in mezzo una sconfitta casalinga contro il neo-promosso . Nei mesi autunnali, oltre a primeggiare nel girone di Champions League (davanti al Barcellona), i Diavoli lottano per la testa della classifica con la Juventus. Lo scontro diretto con i bianconeri in terra piemontese, all'ultima giornata prima della sosta natalizia, termina con un pareggio senza reti. Il 19 febbraio il Milan compie l'aggancio alla Juventus in vetta nonostante le sconfitte con Livorno e Bologna maturate nelle prime giornate del girone di ritorno. Nello stesso mese il club di via Turati estromette dagli ottavi di finale di Champions League il Manchester United: entrambe le sfide terminano con il risultato di 1-0, con gol messi a segno dall'argentino Crespo. Mentre in campionato continua il testa a testa con la Juventus, i quarti di finale di Champions league propongono nuovamente (dopo l'incrocio del 2002-2003) il derby con l'Inter. L'andata si conclude sul punteggio di 2-0 (gol di Ševčenko e Stam), mentre la gara di ritorno viene sospesa al 73' sul risultato di 0-1 per il Milan (altra rete di Ševčenko): al culmine di una contestazione della curva interista verso la propria squadra, un fumogeno lanciato dai tifosi nerazzurri colpisce alla testa il portiere Dida, causando il 3-0 a tavolino in favore del Milan.