Tomáš Plekanec begann schon früh in seiner Laufbahn, sein Heimatland bei internationalen Titelkämpfen und Turnieren zu vertreten. Seine erste Berufung in eine Juniorenauswahlmannschaft Tschechiens bekam er im Alter von 14 Jahren und war ab diesem Zeitpunkt fester Bestandteil der Nachwuchsförderung. Insgesamt nahm er im Juniorenbereich an drei Weltmeisterschaften teil: Mit der U18-Nationalmannschaft absolvierte er die U18-Junioren-Weltmeisterschaft 2000. In den folgenden zwei Jahren gehörte er dem Kader der U20-Nationalauswahl an, wobei er bei der U20-Junioren-Weltmeisterschaft 2001 die Goldmedaille gewann.