Gísli Þorgeir Kristjánsson spielte in Island bei FH Hafnarfjörður, für den er im &lt;a href="EHF-Pokal%202017/18"&gt;EHF-Pokal 2017/18&lt;/a&gt; vier Tore erzielte. Im Sommer 2018 wechselte der 1,91 Meter große Rückraumspieler in die deutsche Handball-Bundesliga zum THW Kiel, bei dem er einen Dreijahresvertrag unterschrieb. Bei der Weltmeisterschaft 2019 verletzte er sich an der Schulter des rechten Wurfarmes und musste sich einer Operation unterziehen. Mit dem THW Kiel gewann er 2019 den DHB-Pokal sowie den EHF-Pokal. Neben der Vizemeisterschaft belegte er mit den Norddeutschen auch den zweiten Platz beim Super Globe 2019. Im November 2019 zog er sich im Spiel bei den Rhein-Neckar Löwen eine traumatische Luxation der linken Schulter zu. Im Januar 2020 wechselte er zum SC Magdeburg. In seinem ersten Spiel für den SCM bei der SG Flensburg-Handewitt verletzte sich der Isländer erneut an der linken Schulter und fiel für den Rest der Saison aus. Dennoch wurde sein Vertrag im März 2020 vorzeitig bis 2023 verlängert. Nachdem er im Juli 2020 wieder in die Saisonvorbereitung eingestiegen war, gelangen ihm in den ersten 22 Spielen der Saison 2020/21 39 Treffer. Im März 2021 schlug das Verletzungspech dann erneut zu, erneut war die linke Schulter betroffen. Mit Magdeburg gewann er 2021 die EHF European League.