Κατά τη διάρκεια της Βελούδινης Επανάστασης του 1989, υποστήριξε το Κοινό Ενάντια στη Βία (VPN) και το Αστικό Φόρουμ. Τη νύχτα της 24ης Νοεμβρίου, ο Ντούμπτσεκ εμφανίστηκε με τον Βάτσλαβ Χάβελ σε μπαλκόνι με θέα στην πλατεία Βένσεσλας, όπου τα πλήθη των διαδηλωτών τον υποδέχτηκαν με χειροκροτήματα και τον αγκάλιασαν ως σύμβολο της δημοκρατικής ελευθερίας. Αρκετοί θεατές φώναζαν "Ντούμπτσεκ να χραντ!" (λατινικό αλφάβητο: Dubček na hrad!, απόδοση: "Ντούμπτσεκ στο Κάστρο" ή Ντούμπτσεκ για Πρόεδρος). Ο Ντούμπτσεκ απογοήτευσε κάπως το πλήθος καλώντας την επανάσταση ως ευκαιρία να συνεχίσει το έργο που είχε ξεκινήσει 20 χρόνια νωρίτερα και να ξεκαθαρίσει το τι ήταν λάθος με τον κομμουνισμό. Μέχρι εκείνη τη στιγμή, οι διαδηλωτές στην Πράγα δεν ήθελαν να έχουν καμία σχέση με τον κομμουνισμό οποιουδήποτε είδους, ακόμη και με την ανθρώπινη έκδοση του Ντούμπτσεκ. Αργότερα εκείνο το βράδυ, ο Ντούμπτσεκ ήταν στη σκηνή με τον Χάβελ στο θέατρο Λατέρνα Μάγκικα, στο αρχηγείο του Αστικού Φόρουμ. Εκείνη την νύχτα παραιτήθηκε ολόκληρη η ηγεσία του Κομμουνιστικού Κόμματος, καταργώντας στην πραγματικότητα την κομμουνιστική κυριαρχία στην Τσεχοσλοβακία.