С июня 1995 года — начальник Оперативного управления — заместитель начальника Главного оперативного управления (06.1995-08.1997), начальник Главного Оперативного управления (08.1997-27.07.2001), первый заместитель начальника Генерального штаба Вооруженных Сил Российской Федерации (08.1997-19.07.2004). В июне 1999 года поддержал идею и принимал участие в обеспечении марш-броска российских десантников на Приштину. На этих должностях принимал активное участие в переговорах с высшим руководством НАТО, завершившихся подписанием Договора о сокращении стратегических наступательных потенциалов 2002 года.