Када је 30. јуна 1960. Конго добио независност, Мобуту је био именован за начелника генералштаба нове конгоанске војске. Следећих неколико месеци је играо значајну улогу у конгоанској кризи, а 14. септембра 1960. је извео државни удар којим је свргнут премијер Лумумба, а неколико месеци касније га је изручио властима сецесионистичке покрајине Катанге где је Лумумба био убијен. Мобуту је тако стекао подршку САД и западних сила која ће га служити и након што је 1965. и формално преузео власт.