Junshirō Kobayashi war zunächst Nordischer Kombinierer. Am 14. Dezember 2007 gab er in Høydalsmo sein Debüt und belegte den 77. Platz. Am 15. Januar 2008 gewann er in Iiyama als 18. erstmals Punkte im B-Weltcup der Nordischen Kombination. Am 10. Januar 2009 gab er im Val di Fiemme sein Weltcup-Debüt und belegte den 52. Platz. Am nächsten Tag wurde er 45. Wenig später ging Kobayashi bei der Junioren-WM 2009 in Štrbské Pleso an den Start und wurde 21. im Einzel und Achter im Team. Ein Jahr später war er erneut bei der Junioren-WM am Start, hier allerdings nur im Einzel, wo er die Goldmedaille gewann. Die Junioren-WM war in Hinterzarten. Nach der &lt;a href="Weltcup%20der%20Nordischen%20Kombination%202009/10"&gt;Saison 2009/10&lt;/a&gt; beendete er seine Karriere als Nordischer Kombinierer und wechselte zum Skispringen.