Pierre Mendès-Francen johtaman keskustavasemmiston voitettua vuoden 1956 parlamenttivaalit Mollet kohosi kokoomushallituksen pääministeriksi tammikuussa 1956. Hänen hallituksensa kompastuskiveksi muodostui Ranskan siirtomaassa Algeriassa puhjennut kapina. Hallitus yritti aluksi neuvotella kapinallisten kanssa, mutta tämän epäonnistuttua se ryhtyi lähettämään ranskalaisia joukkoja kukistamaan kapinaa, joka sitten laajeni sodaksi. Saharan eteläpuolisille Ranskan siirtomaille sen sijaan annettiin osittainen itsehallinto. Ranska osallistui myös Britannian kanssa turhaksi osoittautuneeseen Suezin kanavan miehitykseen marraskuussa 1956, koska Mollet’n hallitus uskoi Egyptin tukevan Algerian kapinallisia. Suezin kriisin aikana Mollet ehdotti salaisissa neuvotteluissa Ranskan ja Britannian välille valtioliittoa sekä myöhemmin Ranskan liittymistä Brittiläiseen kansainyhteisöön, mutta Britannian hallitus torjui molemmat ehdotukset. Tiedot näistä salaisista keskusteluista tulivat julkisuuteen vasta vuonna 2007.