兩國自15世紀開始交往，而當代馬來西亞政府在1973年與越南政府建交，1970年代末期以來柬越戰爭和越南船民等問題曾引致兩國關係緊張，問題在1980年代解決，自此兩國之間的經貿往來漸趨頻繁，並開始在不同領域進行合作。兩國之間有一條海上邊界，在南沙群島亦有重疊的主權聲張。