Дебютировав в сборной Бразилии в 1992 году, вскоре Мануэл уже являлся частью команды, выигравшей золото мирового первенства. На Чемпионате мира 1996 года он вновь стал чемпионом, при этом выиграв два главных индивидуальных трофея: «Золотую бутсу» и «Золотой мяч». В 2000 году, несмотря на проигрыш сборной Бразилии в финале, эти призы вновь ушли бразильскому бомбардиру.