Blair gab 2002 gegen Kanada sein Debüt für Schottland und erzielte gleich einen Versuch. Er war Teil des Kaders zur Weltmeisterschaft 2003 und kam dabei zu einem Einsatz gegen die USA. Im November 2004 wurde er beim historischen 100:8-Sieg gegen Japan eingewechselt und konnte erneut einen Versuch zum Sieg beisteuern. Bei den Six Nations 2006 gehörte er zu den herausragenden Spielern des Turniers und trug dazu bei, dass die Schotten sowohl Frankreich als auch England im heimischen Murrayfield Stadium schlugen. Im darauf folgenden Jahr konnte er aufgrund einer Verletzung nicht an diesem Turnier teilnehmen, wurde aber rechtzeitig zur WM wieder fit und konnte an vier von fünf Partien mitwirken.