המלחמה הצ'צ'נית, ומתקפות הטרור שבעקבותיה, סירבו לרדת מן הכותרות. בספטמבר 2004 פרץ משבר בני הערובה בבסלאן, בו נחטפו מאות ילדי בית ספר על ידי קיצונים צ'צ'נים בעיר בסלאן. לאחר שלושה ימים פרצו החיילים אל בית הספר, לאחר שהחוטפים ירו באנשי סגל רפואי שהורשו להיכנס אל המבנה. באירוע נהרגו 334 מבני הערובה ו-10 מאנשי הכוחות המיוחדים. פוטין הורה על שני ימי אבל לאומיים, 6 ו-7 בספטמבר. בימים אלו נערכה הפגנת ענק נגד הטרור, בהשתתפות כ-135,000 בני אדם בכיכר האדומה במוסקבה. פוטין השתתף באירוע, ולשם כך ביטל פגישה עם קנצלר גרמניה גרהרד שרדר.