23 декабря 1798 года Маргарон стал шеф де бригад (полковником) 1-го кавалерийского полка, который впоследствии стал 1-м кирасирским полком. В 1799 году 1-й кавалерийский сражался в битве при Треббии 17-20 июня, в битве при Нови 15 августа 1799 года и в битве при Дженоле 4 ноября. В Треббии, 1-й кавалерийский полк численностью 263 человек был частью дивизии Жозефа Эли Дезирэ Перрюке де Монришара. 19 июня атака дивизии была отражена. В Нови 1-й кавалерийский был частью кавалерийского резерва Антуана Ришпанса. Всадники Ришпанса предприняли две контратаки против австрийцев, составлявших правое крыло союзников. Маргарон получил пулевое ранение в Нови и сломал правую ногу в Дженоле (Фоссано), выполняя миссию по приказу Жана Этьена Вашье Шампионне.