As relações dos Estados Unidos com o Sudão ficariam mais tensas na década de 1990. O Sudão apoiou o Iraque na sua invasão do Kuwait e forneceu refúgio e assistência a grupos terroristas islâmicos. No início e meados da década de 1990, Carlos o Chacal, Osama bin Laden, Abu Nidal e outros líderes terroristas residiam em Cartum. O papel radical do Sudão na Conferência Islâmica Pan-Árabe representou uma questão de grande preocupação para a segurança dos funcionários e dependentes estadunidenses em Cartum, resultando em várias retiradas e/ou evacuações do pessoal norte-americano de Cartum, no início dos anos 1990. As ligações do Sudão islamita com organizações terroristas internacionais representaram um assunto especial de preocupação para o governo dos Estados Unidos, levando à designação do Sudão como um "Estado patrocinador do terrorismo" em 1993 e uma suspensão das operações da Embaixada dos Estados Unidos em Cartum, em 1996. Em outubro de 1997, os Estados Unidos impuseram sanções econômicas, comerciais e financeiras abrangentes contra o Sudão. Em agosto de 1998, na sequência dos atentados às embaixadas da África Oriental, os Estados Unidos lançaram ataques com mísseis contra a fábrica farmacêutica Al-Shifa, no Sudão. O último embaixador estadunidense no Sudão, o embaixador Tim Carney, deixou o cargo antes deste evento e nenhum novo embaixador seria designado desde então. A Embaixada dos Estados Unidos é chefiada por um encarregado de negócios.