13 декабря 1803 года получает в командование бригаду в пехотной дивизии генерала Дюпона в лагере Монтрёй, с 29 августа 1805 года командует 2-й бригадой 1-й пехотной дивизии 6-го корпуса Великой Армии. Отличился в сражении при Хаслахе и Дюренштейне. Произведённый 24 декабря 1805 года в дивизионные генералы, Маршан сделал кампанию 1806—1807 годов в корпусе Нея, где участвовал в сражении при Йене и находился при взятии Магдебурга; за отличие в сражении при Фридланде Маршан был награждён знаком Большого Орла Почётного легиона, а 26 октября 1808 года получил графский титул. Некоторое время затем он состоял при Нее в Испании.