D'origine guinéenne par sa mère et ivoirienne par son père, Ernest Seka décide de rejoindre l'équipe nationale de Guinée en mai 2018 et fête sa première sélection le même mois. Il a participé à la Coupe d'Afrique des nations 2019 en Egypte, jouant trois des quatre matchs de son équipe, éliminée en de finale face à l'Algérie, vainqueur de la compétition.