Po wybuchu I wojny światowej wstąpił do Legionów Polskich, w których był bliskim współpracownikiem Józefa Piłsudskiego. Po bitwie pod Jastkowem w 1915, w której Roja był dowódcą 4 pułku piechoty, doszło jednak między nimi do ostrej wymiany zdań. Piłsudski ocenił, że działania ppłka Roi cechowała zbytnia brawura. Z kolei Roja zarzucał Piłsudskiemu i dowódcy walczącego na jego prawym skrzydle 7 pułku piechoty mjrowi Mieczysławowi Ryś-Trojanowskiemu opieszałość w ataku, co powodowało, że kompanie „czwartaków” narażone były na flankowy ogień wojsk rosyjskich.