In der Reichspogromnacht 1938 wurde die 1853 in der Schäfflergasse neu errichtete Synagoge aufgrund der Nähe zu anderen Häusern nicht niedergebrannt, jedoch wurden Fenster, Inventar und Ritualgegenstände vernichtet, entweiht und entwendet. Daran beteiligt waren auch von Lehrern dazu angehaltene Schulkinder. Ein Teil der jüdischen Bewohner (66 im Jahr 1933) konnte auswandern, die letzten wurden 1941/42 (teilweise von anderen Orten aus) deportiert und ermordet. Im Zweiten Weltkrieg kam es in Oettingen zu starken Schäden durch Bombenangriffe. Am 23. Februar 1945 warfen die Alliierten im Rahmen der Operation Clarion aus 48 Flugzeugen rund 500 Bomben über der Kleinstadt ab. 199 Menschen starben.