پس از مرگ هارون الرشید، جنگ میان امین و مأمون، آغازگر وقایع مهم و تأثیرگذار بر وضعیت خلافت عباسی در قرن سوم هجری بود. چنانکه پس از سلسله کشمکش و نزاع‌هایی میان دو برادر، مأمون، نام امین را از خطبه نماز جمعه و سکه‌هایی که در خراسان ضرب می‌شد، برداشت و نیز خود را با لقب «امام الهُدی» معرفی کرد. در مرحلهٔ نهایی اختلافات، به دستور امین، سکه‌هایی که توسط مأمون ضرب شده بود و نام خلیفه بر روی آن نبود، به رسمیت شناخته نشد و از رونق افتاد و در طرف مقابل، مأمون تمام راه‌های میان عراق و خراسان را بست و ارتباطش را با پایتخت قطع، با تمام تصمیمات امین مخالفت و اعلام کرد که دیگر از او پیروی نمی‌کند؛ در نتیجه، خلافت اسلامی به صحنهٔ نبرد دو مدعی تبدیل شد. با بروز جنگ، طاهر عهده‌دار فرماندهی بخشی از سپاه از جانب مأمون شد و به کنشگری فعال و عنصری مهم در روند تصاحب قدرت توسط مأمون تبدیل گشت. در نبرد ری، سپاه امین از طاهر شکست یافت و فرمانده‌اش،علی بن عیسی بن ماهان، کشته شد. سپس، طاهر به مقابله با لشکرهایی که به صورت پیاپی از سمت امین گسیل می‌گشتند، پرداخت. طاهر و هرثمه بن اعین، دو سردار مأمون، به وسیلهٔ لشکریانی که در اختیار داشتند، در سال ۱۹۷ ه‍.ق/۸۱۲ م، به محاصرهٔ اطراف بغداد مشغول گشتند و با شدت بخشیدن به این محاصره، فشار را بر لشکریان امین افزون کردند. در محرم سال ۱۹۸ ه‍.ق/ ۸۱۳ م، طاهر بر شدت حملات خود افزود و محلات بغداد را یکی پس از دیگری فتح کرد و سرانجام بغداد، در همین زمان فتح گردید و امین توسط طاهر کشته و مأمون خلیفه کل خلافت عباسی شد.