El 9 de octubre de 2018, Gustavo es designado como el nuevo entrenador de la Selección de Costa Rica, en sustitución del estratega interino Ronald González, siendo esta su primera experiencia en el que dirige a un combinado nacional. Como principal objetivo fue planteada la clasificación al Mundial que tendría lugar en 2022, así como de mejorar el estilo de juego de los costarricenses el cual era cuestionado por la poquedad en oportunidades a gol. Su contrato dio comienzo de manera oficial el 2 de enero de 2019 y previamente había elegido a sus asistentes Héctor Altamirano y Douglas Sequeira para conformar el cuerpo técnico. Debutó como seleccionador el 2 de febrero, en un partido amistoso celebrado en el Avaya Stadium de California, contra el conjunto de Estados Unidos en fecha no FIFA. El resultado decretó la derrota por 2-0.