В рамках последующего отбора к чемпионату Европы 2004 года Словения потерпела своё самое крупное поражение (0:5 от Франции), однако смогла стать второй после неё в группе, но в стыковых играх уступила Хорватии (1:1 и 0:1). Не пройдя отбор на чемпионат мира 2006 года, команда смогла нанести единственное поражение в этой кампании будущему чемпиону — Италии. Неудача постигла её и в отборе к чемпионату Европы 2008 года: сборная финишировала шестой из семи команд группы.