Oppostosi fermamente alla rivoluzione, nel 1796 quando il Bonaparte entrò a Milano venne deportato con altri dapprima a Cuneo e poi alla fortezza di Nizza ove rimase imprigionato. Terminata la fase rivoluzionaria, dopo la vittoria della Battaglia di Marengo, la Repubblica Cisalpina lo richiamò nel 1801 per nominarlo rappresentante ai Comizi di Lione. Egli non rifiutò ma preferì farsi sostituire dal cugino Giovanni. Nel 1805, quando la Repubblica Italiana divenne Regno d'Italia napoleonico, il Melzi lo segnalò a Napoleone per ricoprire incarichi di rilievo e lo propose contestualmente per la nomina a cavaliere dell'Ordine della Corona ferrea. Tornato alla ribalta nell'amministrazione milanese, nel 1807 divenne consigliere per il comune di Corpi Santi (oggi compreso in quello di Milano) e nel 1810 divenne consigliere della città imperiale di Milano. Presenziò a Parigi nel 1811 col figlio Vitaliano al battesimo del figlio di Napoleone. Nel 1812 gli venne riconosciuto l'ambito titolo di "Conte del Regno napoleonico d'Italia".