Разом з троюрідною тіткою Маргаритою Бургундською і сестрою Бланкою Бургундською була замішана у відомій справі Нельської вежі в 1314 році. Однак на суді, на відміну від сестер, факт подружньої невірності не було доведено. Іоанну звинуватили в пособництві і помістили до замку Дурдан, звідки вона була випущена в 1315 році за клопотанням свого чоловіка Філіппа Пуатьє. Її сестрі і троюрідній тітці пощастило менше, вони були заточені в суворий замок Шато-Гаяр, де Маргарита через рік зустріла свою смерть, а Бланка, не сповна розумом, провела майже все життя.