En 2011, Godín commence à porter le numéro 2 (numéro qu'il gardera par la suite) qu'il obtient à la suite du départ de Juan Valera à l'été 2011. Godín est titulaire lors des victoires des "Colchoneros" en finale de la Ligue Europa 2012 et en Supercoupe d'Europe 2012 le 31 août 2012.