In der Pogromnacht am 10. November 1938 wurde die Synagoge von SA-Männern in Brand gesetzt. Die Synagoge wurde völlig zerstört. Die aus der Synagoge entwendeten Torarollen und die rituellen Gegenstände wurden auf das Polizeirevier gebracht. Heidelberger Bürger und vor allem Studenten verbrannten die Torarollen etwa eine Woche nach der Zerstörung der Synagoge auf dem Universitätsplatz.