Weimarin tasavallan aikoihin Saksan kansallissosialistisen työväenpuolueen kannatus oli Heidelbergissä keskimääräistä suurempi, jo vuoden 1930 valtiopäivävaaleissa se oli kaupungissa vahvin puolue. Kansallissosialistien tultua valtaan 30. tammikuuta 1933 Heidelbergissäkin alkoi systemaattinen juutalaisten ja muiden ”ei-arjalaisten” syrjintä. Jo saman vuoden huhtikuussa kaikki ”ei-arjalaiset” virkamiehet erotettiin viroistaan, Heidelbergin yliopisto menetti vuoteen 1939 mennessä kolmannen opettajakunnastaan rasistisista tai poliittisista syistä. Kristalliyössä 9. marraskuuta 1938 Heigelberginkin synagogat poltettiin. Samana päivänä alkoi kaupungin juutalaisten deportaatio Dachaun keskitysleiriin.