Nachdem er insgesamt 20 Juniorenländerspiele für Italien bestritten hatte, debütierte Cristiano Zanetti am 7. November 2001 unter Trainer Giovanni Trapattoni beim 1:1 in Japan in der italienischen Nationalmannschaft. In den folgenden Jahren nahm er mit den "Azzurri" an der Weltmeisterschaft 2002 in Japan und Südkorea sowie der Europameisterschaft 2004 in Portugal teil. Sein bisher letztes Länderspiel bestritt Zanetti am 14. Juni 2004, beim 0:0 gegen Dänemark, dem ersten Spiel der Italiener bei der EM-Endrunde.