Dans la nuit du 11 au , la synagogue subit un saccage au cours duquel des livres de prières sont lacérés voire brûlés et d'autres objets de culte endommagés. Des inscriptions racistes en arabe ainsi que des portraits de Yasser Arafat et des drapeaux palestiniens sont également apposés sur les murs. Ce saccage a lieu quelque temps après l'attentat de la Ghriba. Le gouvernement tunisien présente alors ses excuses et fait tout son possible pour remettre en état le bâtiment. Depuis cet incident, un policier se trouve en poste 24 heures sur 24 devant la synagogue.