Gdy terytoria te po ataku III Rzeszy na ZSRR w czerwcu 1941 znalazły się pod okupacją niemiecką – okupant zlikwidował również i te szkoły średnie. Po roku 1941 tajne nauczanie podjęły uniwersytety we Lwowie (Uniwersytet Lwowski) i w Wilnie (Uniwersytet Wileński). We Lwowie niemieccy okupanci pozwolili z czasem na częściowe reaktywowanie szkolnictwa wyższego, jednak na zasadzie wyższych szkół zawodowych ("Fachkurse"). Dzięki temu prowadzono wyższe kursy medyczne na dawnym Wydziale Lekarskim UJK  i kursy zawodowe na niektórych wydziałach Politechniki Lwowskiej. Zajęcia prowadzone w większości przez przedwojenną polską kadrę naukową stały na wysokim poziomie i z reguły absolwenci tych kursów uzyskiwali po wojnie nostryfikację swych dyplomów na polskich uczelniach.