Auch im Dritten Punischen Krieg diente Lilybaeum den Römern als Basis. Im Sklavenkrieg des Jahres 102 v. Chr. wurde die Stadt von Aufständischen unter Athenion vergeblich belagert. Nach dem Ende des Weströmischen Reiches verfiel die Festung zusehends und wurde schließlich von den Vandalen und den Arabern verwüstet. Letztere gründeten anschließend etwas südöstlich davon das heutige Marsala. Das Stadtgebiet des antiken Lilybaion ist seitdem unbewohnt. Ein 35 Meter langes punisches Kriegsschiff wurde aus dem Hafen geborgen und restauriert. Es ist im Museo Archeologico Baglio Anselmi ausgestellt.