Als im August 1896 die Philippinische Revolution ausbrach wurde er des Landes verwiesen und reiste zuerst nach Japan, später ging er nach Hongkong. Er gründete dort zusammen mit Esteban De Ocampo und Jose Maria Basa im Dezember 1896 das "Filipino Revolutionary Committee". Nachdem die Republik von Biak-na-Bato am 15. Dezember 1898 aufgelöst wurde kam Emilio Aguinaldo nach Hongkong. Zusammen mit ihm gründete Agoncillo das Hongkong-Komitee, im April 1898. Nach dem Ausbruch des spanisch-amerikanischen Krieges wurde Agoncillo zu den Verhandlungen nach Paris entsandt, wurde jedoch dort weitestgehend ignoriert. Als der Pariser Frieden am 10. Dezember 1898 zwischen Spanien und den Vereinigten Staaten unterzeichnet wurde, legte Agoncillo seinen Protest schriftlich ein. Da sein Protest weitestgehend ignoriert wurde, reiste er in die USA um sich vor dem US-Kongress Gehör zu verschaffen. Er knüpfte Verbindungen zu antiimperialistisch eingestellten Abgeordneten, jedoch wurde er von US-Präsident William McKinley nicht empfangen. Nach dem Ausbruch des philippinisch-amerikanischen Krieges kehrte er über Kanada nach Hongkong zurück.