В 1588 году умер Генрих Конде, и король Генрих Наваррский (будущий Генрих IV) оказался во главе протестантов. После убийства герцога де Гиза Генрих Наваррский и Генрих III примирились, Клод помог Колиньи де Шатийону защищать Тур против герцога Майена, за что Генрих III был ему благодарен. Ла Тремуй последовал за двумя королями осаждать Париж, но после убийства Генриха III и соглашения в Сен-Клу (декларировавшее намерения Генриха IV уважать католическую веру), он покинул королевскую армию и удалился в Пуату, где отбил несколько населённых пунктов у Лиги. Однако уже в следующем году он привёл значительное подкрепление на помощь королю. Он присутствовал при взятии Мёлана, отличился при Иври и вернулся в Пуату только с отступлением герцога Пармского.