En 2013, Peralta reçoit une seconde invitation à la partie d'étoiles de mi-saison et maintient une excellente moyenne au bâton de ,305 en 104 parties, avec 11 circuits et 54 points produits. Une suspension se pointe toutefois à l'horizon pour Peralta, soupçonné d'être lié avec une clinique de Floride ayant fourni des produits dopants à des joueurs de baseball. Fin juillet, les Tigers, anticipant une suspension, transigent avec les Red Sox de Boston pour un nouveau joueur d'arrêt-court, José Iglesias. Le , Jhonny Peralta est suspendu 50 matchs pour dopage, dans la foulée de 13 sanctions imposée en relation avec l'affaire Biogenesis. Après sa suspension sans salaire, Peralta réintègre les Tigers le pour les 3 derniers matchs de la campagne et les séries éliminatoires qui suivent.