Aluksen lentokoneet iskivät 20. tammikuuta 1942 Australian asevoimien puolustamaan Rabauliin sekä vuorokautta myöhemmin Laelle Uuteen-Guineaan. Huhtikuussa alus osallistui Intian valtamerelle tehtyyn syöksyyn, jossa upotettiin Britannian kuninkaallisen laivaston lentotukialus "HMS Hermes" sekä raskaat risteilijät "HMS Cornwall" ja "HMS Dorsetshire". Toukokuussa alus sisaraluksineen osallistui operaatio MO:hon eli Port Moresbyn valtaukseen. Yhdysvaltain purettua sotatoimeen liittyvää viestiliikennettä lähetettiin alueelle laivasto-osasto. Seuranneessa Korallimeren taistelussa "Shōkaku" vaurioitui pahoin, "USS Lexington" upposi ja "USS Yorktown" vaurioitui pahasti. "Zuikaku" selvisi taistelusta vahingoittumattomana, mutta menetti lähes kaikki lentokoneensa. Taistelussa käsittyjen tappioiden korjaaminen esti kummankin japanilaisaluksen osallistumisen Midwayn taisteluun kesäkuussa.