4 мая 1789 года произведён в капитаны 2-го ранга и в июле участвовал в Эландском сражении. В следующем году Хомутов командовал кораблём «Святой Пётр» и отличился в Красногорском сражении, за что ему была пожалована золотая шпага с надписью «За храбрость». Затем он отличился в сражении под Выборгом и 6 июля был удостоен ордена Св. Георгия 4-го класса (№ 385 по кавалерскому списку Судравского и № 738 по списку Григоровича — Степанова) .