En 1877, després de tornar a Rússia, va publicar dos llibres: "Relacions de l'anatomia per a l'educació física" i "L'objectiu principal de l'educació física a les escoles". També va organitzar cursos d'educació física a les escoles militars, fins aquell moments inexistents. En 1893, va obrir un laboratori biològic que més tard, el 1918, es va transformar en l'Institut Lésgaft de Ciències Naturals. El 1901, per les seves implicacions amb el sistema rus, a Lesgaft li fou prohibit ensenyar o viure en qualsevol ciutat imperial o provincial per un període de dos anys. Al final de la seva condemna, va tornar a la capital per continuar els seus estudis, però, la majoria dels seus estudiants eren membres actius del Diumenge Sagnant i dels rumors revolucionaris de 1905-1907. Per tant, va acabar els seus viatges el 1907. A causa de la seva mala salut, es va traslladar al Caire, Egipte, on va morir el 1909, amb 78 anys, a causa d'una urèmia.