しかし、ギリシア軍の相次ぐ勝利は、エーゲ海対岸の同胞たちに幸運をもたらした。ミュカレの戦い（紀元前479年）におけるペルシア軍の敗北で、ついにイオニアは自由を手に入れた。イオニアはアテナイの独立した同盟国となった（デロス同盟を参照）。しばらく自治は続いたが、紀元前387年のアンタルキダスの和平により、他のアジアのギリシア人都市同様、イオニアは再びペルシアの支配下に置かれた。もっともそれは名目上で、実際にはかなりの自由を保持していた。しかし、それもアレキサンダー大王の小アジア侵攻の時までだった。グラニコス川の戦いで、イオニアのほとんどの都市が征服されてしまった。ミレトスは単独で持ちこたえたが、長きにわたる包囲攻撃に、陥落してしまった（紀元前334年）。この時からイオニアはマケドニア王国の領土となった。しかし、ミレトスを除く都市は、アンティゴノス朝やその次のローマの支配下でも、なお繁栄を続けたのだった。