Иванков дебютировал за сборную Болгарии в 1998 году и провёл за неё 64 матча. Он вошёл в состав команды на Чемпионат Европы 2004 года в Португалии, но не сыграл ни одного матча на турнире, так как опытный Здравко Здравков находился в прекрасной форме и был выбран первым вратарём сборной. Уже после этого чемпионата Иванков стал основным голкипером болгар. 3 марта 2010 года он провёл свой последний матч за национальную команду, товарищескую игру со сборной Польши.