Van der Vaart gab sein Debüt für die "Oranje" am 6. Oktober 2001 gegen Andorra. Er nahm mit der niederländischen Nationalmannschaft an der EURO 2004 in Portugal und der WM 2006 in Deutschland teil. Obwohl er bei der EURO 2004 (unter Dick Advocaat) und bei der WM 2006 (unter Marco van Basten) nicht erste Wahl war, kam er zu drei Einsätzen bei der Europameisterschaft und drei bei der Weltmeisterschaft.