Во время шведского вторжения в Польшу в 1655 году Ян Кароль Потоцкий вошел в состав делегации, направленной к шведскому королю Карлу X Густаву от подчинившегося ему кварцяного войска Речи Посполитой. Тем не менее, уже 29 декабря 1655 года он участвовал в создании Тышовецкой конфедерации, созданной в поддержку короля Яна Казимира Вазы и направленной против шведских оккупантов. В 1656 году Ян Кароль Потоцкий участвовал в битвах со шведами на реке Сан, под Варкой, экспедиции в Великую Польшу и в трехдневном сражении под Варшавой. В 1657 году он принимал участие в военной кампании против трансильванского князя Юрия Ракоци, которая закончилась поражением последнего в и Меджибоже. 21 июня 1658 года Ян Кароль Потоцкий был избран на сеймике во Владимире послом на вальный сейм в Варшаве.