Bereits kurz darauf mussten sich die Schweden im Laufe des Großen Nordischen Kriegs aus Marienburg zurückziehen. Russische Truppen unter Generalfeldmarschall Boris Petrowitsch Scheremetew eroberten im August 1702 die Stadt. Marthas Gatte fiel wohl bei der Verteidigung Marienburgs. Ernst Glück, seine Familie und Martha Skawronska durften sich wie andere Zivilisten vor der Sprengung der Festung durch den schwedischen Kommandanten in Sicherheit bringen und gerieten in russische Gefangenschaft. Während Glück sich als Dolmetscher nach Moskau begab, blieb Martha im russischen Lager und arbeitete im Haushalt Scheremetews, der mit ihr ein Verhältnis unterhalten haben soll. Später wurde sie Fürst Alexander Menschikow, dem besten Freund Peters des Großen, übergeben; ob sie seine Geliebte wurde, ist umstritten. Als Peter im Herbst 1703 bei seinem Freund Menschikow zu Besuch war, begegnete er der als körperlich sehr attraktiv beschriebenen Martha, als diese das Essen servierte. Bald machte der Zar, der sich nach dem zweiten Strelitzenaufstand 1698 von seiner ersten Ehefrau Jewdokija Lopuchina getrennt und sie verbannt hatte, Martha zu seiner Geliebten, wobei Menschikow die Anbahnung dieser Liaison förderte. Peter schickte Martha nun in ein abgelegenes Haus in Moskau, in dem sie durch eine adlige Dame in der Hofetikette unterrichtet wurde.