Henrik Ruse est le fils du prêtre de la paroisse de Ruinen, dans la province de Drenthe. Il se destine à une carrière militaire et combat dans l'armée française pendant la guerre de Trente Ans lors des batailles de Fribourg (1644) et d'Alerheim (1645). En 1646, il passe au service de la République de Venise où il combat les Ottomans lors de la guerre de Candie jusqu'en 1651. Il retourne alors aux Provinces-Unies et est nommé ingénieur des défenses d'Amsterdam grâce à sa connaissance des systèmes de fortifications.