Während der deutschen Besetzung Polens war die Stadt Teil des „Generalgouvernements“. Im Vorfeld hatte die polnische Regierung beschlossen, dass im Falle eines Krieges Lublin vorübergehender Sitz des Präsidenten wird. Der erste Luftangriff auf die Stadt erfolgte am 2. September 1939. Wenig später wurde die Stadt besetzt und Teile der polnischen Intelligenz erschossen. Auf der Burg wurde ein Gestapo-Gefängnis eingerichtet. Die Stadt wurde Hauptquartier für die Aktion Reinhardt, deren Ziel die Ermordung aller Juden und Roma im Generalgouvernement war. Die jüdische Bevölkerung der Stadt Lublin wurde in ein Ghetto gezwungen, in dem zeitweise 26.000 Menschen lebten. Ein Großteil der Bevölkerung wurde deportiert und ermordet.