Alphons Mayr von Baldegg wurde am 15. Juni 1789 als Sohn des Landvogts und Gerichtspräsidenten Karl Mayr von Baldegg und der Elisabeth (geborene Schwytzer von Buonas) in Luzern geboren. Nach dem Besuch des Gymnasiums in Luzern wurde Mayr von Baldegg als Solddienstoffizier in französische Dienste übernommen. In dieser Funktion nahm er von 1803 bis 1814 und 1823 an den Feldzügen nach Spanien teil. Mayr von Baldegg wurde 1812 zum Generalstabsoffizier beziehungsweise 1845 zum Général de brigade befördert. Als Kommandant leitete er von 1848 bis 1851 die Kriegsschule von La Flèche sowie von 1848 bis 1851 die Generalstabsschule in Paris.