Il se rend au Pérou, où le vice-roi Abascal le nomme capitaine général et président de l'audience royale de Cuzco. En 1809, il assure le commandement des armées royalistes péruviennes dans le Haut-Pérou , envoyées pour réprimer les forces révolutionnaires de La Paz (actuelle Bolivie) bien que cette province appartienne à la vice-royauté du Río de la Plata. Il met en déroute les révolutionnaires et fait exécuter une douzaine de ses dirigeants en rentrant à Cuzco.