Bouteflika si è opposto all'intervento militare occidentale nella guerra civile libica del 2011, prevalentemente preoccupato dalla prospettiva di una destabilizzazione del paese vicino, e nel corso del conflitto ha dato rifugio in Algeria ai famigliari di Muʿammar Gheddafi per non meglio precisate "ragioni umanitarie". Ciò non gli ha comunque impedito di riconoscere come legittima l'autorità del Consiglio nazionale di transizione, nel settembre 2011.