Vanaf 1903 voerde Misjtsjenko het bevel over de Baikal-Kozakken. In de Russisch-Japanse Oorlog van 1904-1905 vocht hij ermee in de Slag bij Shaho, de Slag bij Hsimucheng en de Slag bij Liaoyang. Voor de Slag bij Sandepu moest hij met zijn kozakken de spoorlijn aanvallen en tijdens de slag raakte hij gewond aan zijn been, waardoor hij de Slag bij Mukden miste.