Στο Παγκόσμιο Κύπελλο του 2002 η Γαλλία αποκλείστηκε στη φάση των ομίλων. Ο Ζιντάν έχασε τα πρώτα δύο παιχνίδια λόγω τραυματισμού και δεν κατάφερε να προσφέρει κάτι σημαντικό στο επόμενο. Στο Ευρωπαϊκό Πρωτάθλημα 2004 ο Ζιντάν ήταν ο αρχηγός της εθνικής. Η Γαλλία αποκλείστηκε στα προημιτελικά από την Ελλάδα. Τότε δήλωσε ότι αποχωρεί από την εθνική και αρχικά δεν μετείχε στους αγώνες για τα προκριματικά του Παγκοσμίου Κυπέλλου του 2006. Στη συνέχεια όμως επανήλθε, πάλι ως αρχηγός, και βοήθησε τη Γαλλία να προκριθεί.