Torres, 2013-14 sezonunun ilk maçında yeni teknik direktör José Mourinho tarafından ilk 11'e seçildi ve beşinci dakika da penaltı vuruşu kazandı. Sezonun ilk golünü Bayern Münih'e karşı 2013 UEFA Süper Kupası'nda attı. 28 Eylül 2013'te Chelsea'nin Premier League maçında White Hart Lane'de karşılaştığı Tottenham Hotspur maçında iki sarı kart gördü ve oyun dışı kaldı.