Visitant régulièrement son diocèse, il prend conscience de la nécessité de réformes politiques et sociales profondes, mais ne prend jamais publiquement position dès lors que le conflit éclate et se développe en Oranie. Il donne au clergé la consigne de rester au-dessus des passions partisanes ; pourtant le clergé et les congrégations religieuses furent presque tous considérés comme sympathisants de l'Algérie française, et même, plus tard, soupçonnés d'apporter de l'aide active à l'OAS. Il en résulte dans les premiers mois de 1962 des fouilles systématiques par les forces de l'ordre dans les établissements religieux (églises, maisons des Jésuites, des Pères de Timon David, etc.), et l'évêque lui-même sera l'objet de la goguenardise de quelques agents de la force publique : en tournée de confirmation. Le , il est arrêté par des gendarmes qui lui indiquent que pour poursuivre sa route, il devra passer par la « Ville nouvelle », tenue par le FLN, ce qu'il fait sans hésitation, et sans incident.