Ο Εμπαπέ κλήθηκε στην αποστολή της Γαλλίας για το ευρωπαϊκό πρωτάθλημα ποδοσφαίρου του 2020, το οποίο διοργανώθηκε με ένα χρόνο καθυστέρηση. Στη φάση των 16 εναντίον της Ελβετίας, το παιχνίδι έληξε ισόπαλο 3-3- και οδηγήθηκε στα πέναλτι, όπου ο Ζόμερ απέκρουσε το πέναλτι του Εμπαπέ και έτσι προκρίθηκε η Ελβετία στα προημιτελικά. Ο ίδιος δεν σκόραρε σε κάποιο από τα τέσσερα παιχνίδια.