Melgar disputó 55 partidos internacionales con la Selección de fútbol de Guatemala y anotó solamente 1 gol. Incluso participó con su selección guatemaltéca, en la Copa Centroamericana 2003, donde su selección logró el subcampeonato y en 2 ediciones de la Copa de Oro de la Concacaf (la primera fue en la edición de 2005, cuando su selección quedó eliminado en la fase de grupos y la segunda fue en el 2007, cuando su selección avanzó a los cuartos de final, siendo eliminado en esa fase, por su similar de Canadá). Estuvo implicado en problemas de amaños de partidos con su selección.