В 1985 году во время Суда над хунтами он был оправдан по обвинениям в похищении людей, пытках, порабощении, сокрытии правды, узурпации власти и ложных заявлениях. В 1997 году испанский судья Бальтасар Гарсон запросил арест и экстрадицию 45 военнослужащих (включая Хорхе Анайю) аргентинской армии и одного гражданского лица преступления: геноцид, государственный терроризм и пытки, совершенные в период Грязной войны. Запрос был отклонен несколько раз демократически избранным правительством Аргентины, которое утверждало, что он не соответствует юрисдикции другой страны. 27 июля 2003 года президент Аргентины Нестор Киршнер рассматривал судебный запрос испанского судьи и уточнил критерии по которым было отказано в выдаче подозреваемых.