A líbiai polgárháború kitörése után Mutasszimot a Kadhafi-rezsim több magas rangú tagjával együtt az ENSZ-szankciókkal sújtotta, zárolták bankszámláit és utazási tilalmat léptettek életbe vele szemben. A háború során Szajf al-Iszlámmal szemben mindinkább háttérbe szorult, elvesztette befolyását. A harcok alatt egységével a keleti frontvonalon, Brega környékén tevékenykedett, majd Tripoli eleste után Szurt város védelmét irányította. Mikor a város több mint egy hónapos ostrom után október 20-án elesett, Mutasszim a lázadók fogságába esett. Habár a fogságba ejtése utáni videófelvételeken még életben volt, pár óra múlva már holttestéről készültek felvételek, Miszrátában. Halálának körülményei máig ismeretlenek.