В годы гражданской войны Эдгар Овалье Мальдонадо служил в вооружённых сил Гватемалы и активно участвовал в подавлении прокоммунистического партизанского движения. В 1981-1982 годах Овалье Мальдонадо в звании полковника возглавлял оперативное управление в регионе проживания индейской народности иксиль. Руководил контрповстанческими операциями и репрессиями, осуществлял оперативную связь правительства и военного командования с армейскими подразделениями на местах. Считался «искусным оперативником».