Inizia la stagione 2012-2013 vincendo la Supercoppa di Spagna 2012 nella doppia sfida contro il Barcellona. In seguito all'infortunio di Iker Casillas, avvenuto ad inizio anno, diventerà capitano del Real Madrid fino alla fine della stagione. Conclude la stagione al secondo posto in campionato, con 15 punti di distacco dal Barcellona vincitore. In Champions League arriva per il terzo anno consecutivo in semifinale, dove segnerà anche un goal contro il , goal che tuttavia risulterà inutile dato che ad arrivare in finale saranno i tedeschi. Il successo non riesce ad arrivare nemmeno in Coppa del Re, dove perderà contro i rivali storici dell' per 2-1 nei tempi supplementari.