Au cours de sa longue présidence de 10 ans, Prieto a élargi le pouvoir gouvernemental et a établi les bases d'une administration publique au Chili. Les premiers établissements d'enseignement comme l'Instituto Nacional ont été fondés en 1837 et les ministères de la Justice et de l'éducation nationale ont été créés. La politique étrangère de Prieto a été dominée par la Guerre de la Confédération avec le Pérou entre 1836 et 1839. L'armée chilienne dirigée par Manuel Blanco Encalada avait subi de lourdes pertes, lors du Traité de Paucarpata, Si bien que Manuel Bulnes prit la direction de l'armée et la conduite à la victoire lors de la bataille de Yungay