27 июля 1800 года Багговут был отставлен от службы с чином генерал-майора, но по восшествии на престол Александра I снова принят на службу (5 ноября 1800) и назначен шефом 4-го егерского полка (это звание он сохранил до самой смерти). 26 ноября 1804 года был награждён орденом Св. Георгия 4-й степени за беспорочную выслугу 25 лет в офицерских чинах. Во время 2-й войны императора Александра с Наполеоном, Багговут стал известен, как один из храбрейших генералов русской армии и за сражение под Пултуском (14 декабря 1806) награждён орденом Св. Георгия 3-й ст.