Sau động đất lớn tại Nhật Bản năm 2011, chính quyền và tổ chức dân sự Đài Loan nhanh chóng có phản ứng, phái đoàn cứu nạn sang Nhật Bản hỗ trợ, tổng số tiền quyên góp đứng đầu toàn cầu, vượt quá 7 tỷ Đài tệ. Tuy nhiên, Thủ tướng Naoto Kan lạnh nhạt trước đóng góp lớn của Đài Loan. Tháng 9 và tháng 11 năm 2011, Đài Loan và Nhật Bản lần lượt ký kết hiệp định đầu tư và hiệp định bầu trời mở. Từ ngày 9 tháng 7 năm 2012 trở đi, chính phủ Nhật Bản thực thi chế độ quản lý mới với người ngoại quốc cư trú tại Nhật Bản, cột ghi quốc tịch của người Đài Loan tại Nhật ghi là "Đài Loan" thay vì "Trung Quốc". Hai cựu thủ tướng Abe Shinzō và Asō Tarō đề xướng ngoại giao giá trị quan và vòng cung tự do và phồn vinh, sau khi thôi chức họ sang thăm Đài Loan và biểu thị Nhật Bản và Đài Loan là bạn bè có chung các giá trị về tự do dân chủ, nhân quyền cơ bản và xã hội pháp trị, hình thành quan hệ Đài-Nhật mật thiết như hiện tại.