W przeciwieństwie do swoich poprzedników Franciszek był zadeklarowanym konserwatystą. Z niepokojem obserwował rewolucyjne wydarzenia we Francji. 20 kwietnia 1792, jeszcze przed przyjęciem koronacji Franciszka na króla Węgier i Czech (koronacje nastąpiły w czerwcu i sierpniu) Francja wypowiedziała wojnę Ludwikowi jako "królowi Węgier i Czech". Powstała I koalicja antyfrancuska w skład której weszła Austria, Prusy, Wielka Brytania, Hiszpania, Portugalia, Sardynia i Neapol. Jednak letnia kampania 1792 nie przyniosła sukcesów. Ofensywa prusko-austriacka została powstrzymana 20 września pod Valmy. Porażką zakończyło się również austriackie oblężenie Lille, a Francuzi odnieśli sukcesy w Alzacji. W kolejnych latach Francuzi odnosili kolejne sukcesy. W latach 1794–1795 zajęli austriackie Niderlandy. Austriacy odnosili również porażki na froncie włoskim, gdzie dowodził generał Napoleon Bonaparte. Na mocy pokoju w Campo Formio z 1797 Austriacy utracili Mediolan. Uzyskali natomiast część obalonej Republiki Weneckiej – Dalmację, Istrię i samą Wenecję.