Em 1994, Heiko Szonn é vice-campeão do mundo júnior de perseguição por equipas. Em 1995, é campeão da Alemanha desta disciplina. Renova este título no ano seguinte, e acrescenta aquele da perseguição individual. Com a equipa da Alemanha, disputa os Jogos Olímpicos de Atlanta. Classifica-se sexto da perseguição individual e nona da perseguição por equipas com Robert Bartko, Guido Fulst e Danilo Hondo. No mês seguinte, nos campeonatos mundiais em Manchester, está medalhado de bronze em perseguição por equipas com Guido Fulst, Danilo Hondo e Thorsten Rund. Em 1999 torna-se profissional. Em 2002, está controlado positivo ao efedrina durante a Course de la Paix e suspendido um mês.