Keïta stelde zich wederom kandidaat voor de presidentsverkiezingen in 2012, maar de burgeroorlog en staatsgreep dat jaar staken een stokje voor de stembusgang. President Touré was afgezet, zijn plaats ingenomen door legerofficier Amadou Sanogo. Die droeg de macht na onderhandelingen over aan interim-president Dioncounda Traoré en bij de presidentsverkiezingen die uiteindelijk in de zomer van 2013 doorgingen werd Keïta tot president gekozen.