Nepočítáme-li několik jednotlivých zmínek, vstoupilo Estonsko do historických pramenů na přelomu 12. a 13. století v souvislosti s dobýváním převážně pohanského Pobaltí křesťanskými mocnostmi. Území Estonska bylo dobyvateli začleněno do nově vyhlášené Mariiny země ("Terra Mariana"), která obsáhla celé Estonsko, roku 1227, když Řád mečových bratří ovládl ostrov Saaremaa a sever Estonska byl po bitvě u Lyndanisse dobyt dánskými křižáky v čele s králem Valdemarem II. V rámci "Terry Mariany" byly části Estonska poddány Řádu mečových bratří (posléze Livonskému řádu), Dánsku a pobaltským biskupstvím. Další expanzi na východ zastavil roku 1242 ruský kníže Alexandr Něvský v bitvě na Čudském jezeře.