En junio de 2004, antes del Campeonato de Europa de 2004, Seitaridis firmó por el entonces ganador de la Liga de Campeones de la UEFA, el FC Porto, por 3 millones de €. Poco después de unirse a los "Dragões", ganó la Copa Intercontinental. Hubo constantes rumores sobre un posible fichaje por el Real Madrid, tras su éxito en la Eurocopa 2004, pero el acuerdo fracasó, y el 23 de mayo de 2005, fue vendido al Dynamo de Moscú ruso por 10.000.000 €, tras los pasos de sus ex-compañeros de equipo Derlei, Costinha y Maniche.