Para 1810 Boyen llegó a ser Director de Gabinete del Ejército. En la reconstitución del ejército prusiano trabajó como el colaborador más diligente de Scharnhorst, pero después de la conclusión de la alianza entre Prusia y Francia en 1812 abandonó la comisión como coronel y visitó Viena y San Petersburgo. Los hechos de 1813 lo reclamaron al servicio prusiano: como coronel acompañó al ejército ruso desde su base en Kalisz hasta Sajonia. Tras la Batalla de Lützen (2 de mayo de 1813) tenía a su cargo la guardia de frontera y en último término la defensa de Berlín. Pero durante la tregua el rey Federico Guillermo III lo nombró Jefe del Estado Mayor del 3º Cuerpo de Ejército. Como tal, Boyen participó en las batallas y en las escaramuzas de 1813 y 1814 y alcanzó el grado de mayor-general.