Lo primero a destacar en estos años es la designación de Joaquín como "Capitán de Milicias", por parte del mismo Artigas, al incorporarse a la revolución, y participar con dicho rango en la Batalla de las Piedras. Este nombramiento se debe a lo reconocido que era Suárez y la influencia que tenía sobre esta parte sur de la Banda Oriental, así como el conocimiento de su geografía, característica que compartía con Artigas. Su relación con Artigas puede atribuírsele, entre otros antecedentes, a la designación realizada por los hacendados a Artigas como Guarda General de la Campaña en 1804.