Андрей Шефер начал свою профессиональную карьеру в составе родной череповецкой «Северстали» в 1998 году. Уже в следующем году на драфте НХЛ он был выбран во 2 раунде под общим 43 номером клубом «Лос-Анджелес Кингз» и после этого отправился в клуб QMJHL «Галифакс Мусхедз», где провел отличный сезон, набрав 81 (34+47) очко в 82 матчах. Однако, несмотря на это, на следующий год он вернулся в Россию, где стал игроком питерского «СКА».