Klotilde oli burgundien kuninkaan Kilperik II:n tytär, ja vaikka useat burgundit olivat areiolaisia, kasvatettiin Klotilde katoliseksi. Kilperikin isän Gunderikin kuoltua burgundien kuningaskunta oli jaettu hänen neljän poikansa kesken. Gundobad aikoi kuitenkin olla ainoa kuningas ja raivasi yksi kerrallaan veljensä tieltään. Vuonna 486 Gundobad surmautti Klotilden vanhemmat. Klotilde ja hänen sisarensa pakenivat setänsä Godegiselin luo. Klodvig oli saanut kuulla runsaasti kehuja Klotildesta ja pyysi Gundobadilta lupaa mennä naimisiin burgundiprinsessan kanssa. Vuonna 493 Klotilde meni naimisiin Klodvigin kanssa, joka oli juuri valloittanut Gallian pohjoisosan. Naimisiin mennessään Klodvigilla oli jo Teoderik-niminen poika, ja Klotilden kanssa hän sai viisi lasta lisää. Ensimmäinen poika, Ingomer, kuoli pian syntymänsä jälkeen. Pojat Klodomir, Kildebert ja Klotar sekä tytär Klodekild saivat kuitenkin elää pidempään. Klotilde pyrki sitkeästi käännyttämään miehensä katoliseen uskoon, ja Tolbiacin taistelun jälkeen vuonna 496 Klodvig antoi vihdoin kastaa itsensä. Kun Klodvig kuoli vuonna 511, Klotildesta tuli frankkien kuningatar.