Au début de la domination ottomane au Maghreb central (Algérie), les Aït Betroun, comme les autres tribus des Zouaoua, faisaient partie du Royaume de Koukou dont la famille royale, les Aït Ou el-Kadi, étaient originaires de la tribu des Aït Ghobri. Ils ont aussi participé dans les batailles aux côtés du Royaume de Koukou, notamment contre le Royaume des Aït Abbas au . Durant la guerre de succession des Iboukhtouchen (fraction des Aït Ou el-Kadi) peu avant 1596, les Aït Betroun ont été divisés en deux : les Aït Ouacif et les Aït Bou"-"Akkach rejoignerent le ç"off oufella" (parti d'en haut) et prennent la partie de Ourkho. Mais les Aït Yenni et les Aït Boudrar rejoignent le "çoff bouadda" (parti d'en bas) et prennent la partie d'Ali, frère d'Ourkho. Après l'effondrement du Royaume de Koukou au , les Aït Betroun ont gardé leur indépendance jusqu'à la conquête française en 1857.