Die Französische Revolution und die nachfolgenden Ereignisse machten sich auch in Bremgarten bemerkbar. Von Juni 1794 bis Februar 1795 lebte der spätere französische König Louis-Philippe unter dem Pseudonym "Corby" im Haus Antonigasse 14 im Exil, seine Schwester Adélaïde fand im Klarakloster Unterschlupf. Im März 1798 eroberten die Franzosen die Schweiz und riefen die Helvetische Republik aus; Bremgarten wurde Distriktshauptort im kurzlebigen Kanton Baden. Wenige Tage vor der Eroberung hatte die Stadt auf sämtliche Herrschaftsrechte im Keller- und Niederamt verzichtet. Im selben Jahr lösten die helvetischen Behörden das Klarakloster auf. Der französische Marschall André Masséna hatte im Juni 1799 in Bremgarten sein Hauptquartier, bevor seine Truppen in der Zweiten Schlacht von Zürich die Armeen der Russen und Österreicher schlugen.