Коммунисты составляли меньшинство среди сотрудников: партсобрания посещали от нескольких десятков до сотни человек. Партийная ячейка формально являлась демократической организацией, но практика была несколько иной: был случай, когда председатель президиума по собственному решению удалил имена двух большевиков из списка членов; во время партийной чистки 1919 года президиум был заменен по решению «сверху», а рядовые члены только проголосовали в поддержку данного изменения; во время восстания в Кронштадте президиум создал Чрезвычайную партийную тройку — с целью восстановления «товарищеской дисциплины». В поезде существовала как своя партийная школа, так и курсы ликвидации безграмотности. С началом перехода к НЭПу четыре человека были исключены из партии. Многих из тех, с кем работал Троцкий и кому он 15 июля 1924 года написал прощальное письмо в связи с демобилизацией, в конце 1920-х годов ждала та же судьба, что и советских партийных оппозиционеров, дожившие же до времён Большого террора были расстреляны.