In 1995 werd Berkhout benoemd als pastoor van de parochie van de Sint-Vincentiuskerk te Volendam. In 2001 verleende hij pastorale zorg aan de slachtoffers en nabestaanden van de cafébrand in Volendam. Zo ging hij voor in de uitvaarten van de dodelijke slachtoffers en bezocht hij gewonde slachtoffers en hun familie. Dit pastoraal werk trok op hem een zware wissel, hij kreeg een burn-out en was hij daardoor een halfjaar ziek. De pastoor schreef een boek over de brand en pleitte voor het opnemen van de kerk in rampenplannen.