Etcheverry odehrál v dresu Bolívie 71 zápasů, ve kterých vstřelil 13 gólů. Čtyři gól vstřelil v kvalifikaci na MS 1994, čímž pomohl Bolívii k první účasti na Mistrovství světa od šampionátu v roce 1950. Hned v prvním utkání na MS 1994 proti Německu byl vyloučen za faul na Lothara Matthäuse, dostal dvouzápasový distanc a na šampionátu si už nezahrál, Bolívie skončila s jedním bodem poslední ve skupině a byla vyřazena. Dvakrát skóroval v Copa América 1997, kde s Bolívií získal překvapivě stříbrné medaile.