En 1940, el Ejército Rojo ocupó la zona que rodeaba la ciudad, que pasó a denominarse óblast de Chernivtsí y fue asignado a la República Socialista Soviética de Ucrania. La gran intelectualidad rumana de la ciudad encontró refugio en Rumania; mientras que los alemanes fueron repatriados de acuerdo al acuerdo nazi-soviético, lo que llevó a que Rumania pasara de ser aliada de Francia y el Reino Unido a serlo de la Alemania Nazi. En julio de 1941, el Ejército rumano retomó la ciudad como parte del ataque del Eje sobre la Unión Soviética durante la Segunda Guerra Mundial. En agosto de 1941, el dictador rumano Ion Antonescu ordenó la creación de un gueto en la parte baja de la ciudad, donde fueron hacinados cincuenta mil judíos, dos tercios de los cuales fueron deportados a la gobernación de Transnistria en octubre de 1941 y a inicios de 1942, donde la mayoría pereció. El alcalde rumano de la ciudad, Traian Popovici, logró persuadir a Antonescu para elevar el número de judíos exentos de deportación de doscientos a veinte mil.