Daha sonra Berthier, Napolyon'un Mısır Seferi'ne katıldı. 18 Brumaire Darbesinde Napolyon'a yardım etti, ardından Savaş Bakanı oldu. Marengo Muharebesi sırasında ihtiyat birliklerinin komutanı olmasına rağmen orduya eşlik edip çarpışmaya katıldı, kolundan vurulup yaralandı.