Se le vuelve a destinar a Italia, donde sufre una severa derrota frente a los austriacos en Génova. Con el frente sur en peligro, Napoleón, ya Cónsul, se traslada al frente y encarga a Masséna el centro del Ejército en la Batalla de Marengo, (14 de junio de 1800), que tras una jornada de gran incertidumbre se convierte en una aplastante victoria francesa.