Toukokuussa 1849 Haynau kutsuttiin "feldzeugmeisterina" johtamaan Unkarin vallankumousta kukistamaan lähetettyjä Itävallan joukkoja. Haynau löi Unkarin armeijan 5. elokuuta Szöregin ja 9. elokuuta Temesvárin taistelussa. Hän sai arvostusta sotilaallisilla kyvyillään, mutta häntä myös yleisesti inhottiin, sillä hän kohteli hävinneitä niin ankarasti. Kuuluisin esimerkki tästä oli unkarilaisten kapinajohtajien teloitus Aradissa 6. lokakuuta. Haynau nimitettiin Unkarin valtionhoitajaksi ja ylipäälliköksi, ja hän hallitsi maata käytännössä sotilasdiktaattorina kunnes hänet Itävallan hallituksen kanssa syntyneiden erimielisyyksien vuoksi yllättäen erotettiin tehtävistään 6. heinäkuuta 1850.