پاکپور در سالهای نخست پس از وقوع انقلاب ۱۳۵۷، در هنگام شکل‌گیری غائله کردستان، به همراه گروهی به کردستان رفت. در طول جنگ ایران و عراق، فرماندهی یگان زرهی سپاه پاسداران را برعهده داشت و در طول جنگ، مجروح گردید. عمده مسئولیت‌های او شامل ۵ سال معاونت عملیات سپاه پاسداران، فرماندهی لشکر ۸ نجف، فرماندهی لشکر ۳۱ عاشورا، فرماندهی قرارگاه شمال و فرماندهی قرارگاه نصرت بوده‌است. وی فرماندهی یگان تکاور صابرین در خلال حملات ۱۳۹۶ تهران در محل مجلس شورای اسلامی را به عهده داشت.