L'importance de l'Institut d'histoire du Parti moldave découle notamment de la polémique qui oppose, pendant plusieurs décennies, communistes roumaines et soviétiques autour de la question moldave. La rupture survenue en 1964 entre Roumains et Soviétiques mêle à la fois désaccords sur la planification économique au sein du CAEM et conflits de nature politique et historique. Les Roumains rappellent ainsi aux Soviétiques la disparition de l'or de la Banque nationale de Roumanie en 1917-1918 et évoquent surtout la question de Bessarabie, occupée par les Soviétiques à la fin de juin 1940 . Dès lors, la défense de la spécificité moldave contre le nationalisme roumain devient un des objectifs des institutions de la RSS moldave, à commencer par l'Institut d'histoire du Parti et l'Académie des sciences.