Goran Pandev, millî formayı ilk kez 18 yaşındayken, 2002 FIFA Dünya Kupası Elemeleri’nde stoper oyuncusu Alpay Özalan’ın attığı üç golle hatırlanan Türkiye-Makedonya maçında giydi. İlk golünü ise 21 Ağustos 2002'de Malta ile oynanan hazırlık maçında oynanan maçta atan Pandev, ilk resmi turnuva golünü ise 18 Ağustos 2004 tarihinde 2006 FIFA Dünya Kupası elemeleri maçında Ermenistan ağlarına yolladı. Ülkesinin sarı-kırmızı formasını toplamda 75 kez sırtına geçiren Pandev, İspanya ağlarına attığı 2 golün ardından Gjorgji Hristov'u geride bıraktı ve attığı 26 golle de ülkesinin en golcü oyuncusu oldu. 2009 yılında dönemin Makedonya Cumhuriyeti Başkanı Branko Crvenkovski tarafından ülke sporuna ve Makedonya’nın tanıtımına yaptığı katkılardan dolayı Makedonya Üstün Hizmet Madalyası’na layık görülen Goran Pandev, ülke tarihinin en iyi futbolcusu olarak açıklandı. 2013 yılında ise 30 yaşında gençlerin şans bulması gerektiğini ifade ederek millî takımı bıraktı. 11 Ekim 2013'te 1-0 mağlup olunan Galler maçından sonra millî takımı bırakan Pandev takımı bırakma sebebi olarak ise "Ben takım kaptanıyım. düştüğümüz durum utanç verici. Eğer kaptansanız suçu kendinizde aramanız gerekiyor. Oyuncuların suçlanmasına izin veremem. Federasyon gerekli değeri millî takıma vermiyor. Belçika ile yapacağımız maç öncesinde arkadaşlarımla Belçika taraftarıyla aynı uçağa bindik. Yan yana oturduk. Bunun yanında birçok kez seyahat masraflarını ben kendi cebimden ödedim. Ben öderim, durumum müsait. Ama bazı arkadaşlarımın bunu karşılayacak bütçesi yok. Havalimanında bazılarının valizleri kayboldu bunlara tahammül edemem. Umarım bundan sonra millî takıma gerekli önem verilir." diyerek arkadaşlarına sahip çıkmış ve millî takım kariyerine son vermiştir. Kuzey Makedonya'nın Avrupa Futbol Şampiyonasında ilk golünü Avusturya'ya karşı atmıştır.