Også sydstaternes hær havde deres problemer med ledelsen af hæren før og under slaget ved Gettysburg, om end det ikke var på højeste niveau, hvor Robert E. Lee, med stor succes havde kommanderet Army of Northern Virginia, som var sydstaterne hovedstyrke siden juni 1862, hvor han i praksis afløste general Joseph E. Johnston, der blev såret i Slaget ved Seven Pines. Efter sejren i slaget ved Chancellorsville i begyndelsen af maj 1863, mente Lee, at han med fordel ville kunne foretage en invasion i nordstaterne, og han sendte hele sin hær nordpå. Generalløjtnant Thomas J. Jackson, der havde ledet sydstaternes "2. Armekorps", blev såret ved Chancellorsville og døde kort efter, og Lee benyttede anledningen til at reorganisere hæren i tre armékorps i stedet for de tidligere to, og det betød, at han udnævnte to nye korpskommandanter. Generalløjtnant Richard S. Ewell overtog Jacksons 2. Armékorps, og Generalløjtnant A. P. Hill blev udnævnt til chef for det nye 3. Armékorps. Generalløjtnant James Longstreet bevarede kommandoen over 1. Armékorps.