Градът тежко пострадва по времето на Суецката криза (1956) и Шестдневната война (1967). Израелската окупация се отразява извънредно зле на града и населението му, тъй като той се използва често за база на терористични нападения срещу Израел. Откакто Хамас поема контрола над ивицата Газа, от Хан Юнис често са изстрелвани ракети Касам към съседния израелски град Сдерот.