A 2003–04-es szezont követően Wayne Rooney, a csapat kapitánya elhagyta a Unitedet és visszaigazolt nevelőklubjába, az Evertonba. Rooney a Unitednél töltött 13 szezonja alatt megdöntötte Bobby Charlton gólrekordját és a klub történetének legeredményesebb játékosa lett. Egy évnyi kihagyást követően a csapat újra a Bajnokok Ligájában indulhatott miután megnyerte a 2016–2017-es Európa-ligát. A csoport nyerését követően a spanyol Sevilla állította meg a csapatot a nyolcaddöntőben, miután 2-1-es győzelmet arattak az Old Traffordon. Az Európa-liga győzelemnek köszönhetően a Real Madrid ellen megmérkőzhetett a csapat a 2017-es UEFA-szuperkupa-trófeáért, de a Bajnokok Ligája-győztes spanyolok 2-1-re megnyerték a találkozót. Az angol Ligakupából az ötödik fordulóban meglepetésre a Bristol City ejtette ki a csapatot.