Unter dem Einfluss seiner Ehefrau Helene Zrínyi beteiligte sich Sophias Sohn Franz I. Rákóczi im Jahr 1666 an der missglückten Magnatenverschwörung gegen das Haus Habsburg („Wesselényi'sche Magnatenverschwörung“). Ungarische Hochadelige waren mit dem Friedensschluss zwischen Kaiser Leopold I. und dem osmanischen Sultan nach der siegreichen Schlacht von Mogersdorf (ung. Szentgotthárdi csata) am 1. August 1664 unzufrieden gewesen, da den Türken trotz ihrer Niederlage weite Teile Ungarns und Kroatiens überlassen worden waren. Die Verschwörung scheiterte und deren Anführer wurden hingerichtet. Franz I., der letztlich auch zum Kreis dieser Anführer gehörte, blieb dieses schreckliche Schicksal erspart. Seine Mutter Sophia konnte dank ihrer guten Kontakte zu den Jesuiten sein Leben retten. Wie aus einem Übereinkommen mit Kaiser Leopold I. vom 21. Februar 1671 hervorgeht, zahlte sie ein sagenhaftes Lösegeld von 400 000 (!) Goldgulden an das Kaiserhaus. Franz I. musste seiner Mutter versprechen, nicht mehr zu politisieren; er zog sich daraufhin auf seine Burg Zborov (ung. Zboró, auch „Makovica“ genannt) in der heutigen Ostslowakei zurück, wo er 1676 starb.