In der Pogromnacht des 9. November 1938 gehörte er zu jenen 28 Bad Kissinger Juden, die in „Schutzhaft“ genommen wurden. Zunächst wurde er nach Würzburg, später ins KZ Dachau verbracht. Noch in Würzburg hatte er sich am 14. November 1938 im Gestapo-Verhör verpflichten müssen, schnellstmöglich in die USA auszuwandern. Bis dahin wollte er die Leitung eines israelitischen Altersheimes in Frankfurt am Main übernehmen. Erst vier Wochen später, am 10. Dezember 1938, wurde Sally Mayer wie alle Inhaber des Frontkämpferkreuzes aufgrund eines Göring-Erlasses aus dem KZ Dachau entlassen. Ihm wurde zur Auflage gemacht, bis zu seiner Auswanderung, die jüdischen Kranken in und um Bad Kissingen zu betreuen. Doch Mayers Bemühungen um Emigration zu einem Vetter in den USA blieben ohne Erfolg: Die im Februar 1939 beantragten Reisepässe für sich und seine Ehefrau blieben aus.