כשצבאו של סנטה קרוז התקדם דרומה וכבש חלקים מברזיל וארגנטינה ממשלת צ'ילה הכריזה על מלחמה נגד הפדרציה, מלחמה שעתידה להיקרא "מלחמת הקונפדרציה". הממשלה הורתה על צבא צ'ילה להתאחד עם חיילים מתנגדים לקונפדרציה מפרו ויחד להקים את 'צבא השיקום' שמטרתו להשמיד את הקונפדרציה הפרו-בוליביאנית ולהדיח את סנטה קרוז. צבא השיקום פלש לשטח מדינת דרום פרו, אולם הוא נתקל בהתנגדות עזה מצד תושבים מקומיים. צבא הקונפדרציה ניצל את העיכוב של צבא צ'ילה, ומיהר לכבוש את גבעת פוקרפטה, שאותה תיאר סנטה קרוז כ'מרפסת של ארקיפה'.