Am 4. Juli 2004 wurde er mit der griechischen Nationalmannschaft Europameister bei der EM in Portugal. Er wurde zum Ehrenbürger von Athen ernannt. Zur Saison 2005/06 kehrte er zur Fiorentina zurück, bei der er bereits während der Saison 2003/04 gespielt hatte. Er hielt der Mannschaft aus der Toskana bis zum Ende der Hinserie 2005/06 die Treue und wechselte dann zu Torino Calcio. Vor der Saison 2006/07 kehrte Vryzas zum Verein AO Xanthi zurück, wechselte jedoch ablösefrei in der Saison 2007/2008 zum Traditionsverein PAOK Saloniki, wo er am 6. Januar 2008 seine aktive Karriere beendete und die Stelle des Technischen Direktors übernahm. Seit dem 16. August 2010 ist er neben Fernando Santos Assistenzcoach der griechischen Nationalmannschaft und trat als Technischer Direktor bei PAOK zurück.