В 1803 г. Папков назначен был командиром артиллерийских понтонных рот, переименованных потом в Понтонный артиллерийский полк. С 1806 г. Папков состоял бригадным командиром 14-й артиллерийской бригады, с которой участвовал в войне с Наполеоном и был в сражениях при Гуттштадте, Гейльсберге и Фридланде, за что получил прусский орден «Pour le Mérite», а 21 декабря 1807 г. уволен был от службы с награждением чином генерал-майора.