Хосе Чамот дебютировал в сборной в 1993 году. Через год он поехал с командой на чемпионат мира в США. Там Хосе сыграл 4 матча. Ещё через год он принял участие в Кубке короля Фахда. На турнире он провёл 3 матча, и в финале был удалён за две жёлтые карточки. В том же году Чамот был участником Кубка Америки. В 1996 году участвовал в Олимпийских играх, где Аргентина дошла до финала, но уступила сборной Нигерии. На следующем чемпионате мира Хосе сыграл 4 матча и также не забил голов. На ЧМ 2002 года Чамот сыграл один матч, и после окончания турнира завершил карьеру в сборной. За 9 лет в составе «альбиселесты» он сыграл 43 матча и забил 2 гола.