Die Rahmenbedingungen in der frühen Neuzeit waren auch gekennzeichnet von den Italienischen Kriegen bis 1559 und dem weiteren französisch-habsburgischen Machtkampf, der bis ins 18. Jahrhundert auch in Italien ausgetragen wurde, sowie von den Türkenkriegen, in denen insbesondere die Republik Venedig ihre Besitzungen im östlichen Mittelmeerraum schrittweise aufgeben musste. Der große Seesieg der Heiligen Liga bei Lepanto im Jahr 1571 und andere vorübergehende Erfolge konnten den Niedergang der verbliebenen Seerepubliken Genua und Venedig nicht mehr aufhalten, deren Geschichte 1797 mit dem Italienfeldzug Napoleons endete. Im Mittelmeer spielten die Flotten der italienischen Staaten mangels nationaler Einheit gegenüber denen der neuen europäischen Seemächte nur eine untergeordnete Rolle. Verdienste erwarben sich die italienischen Marinen bis Mitte des 19. Jahrhunderts beim langen Kampf gegen die Korsaren der nordafrikanischen Barbareskenstaaten.