La saison 2012-2013 est la plus prolifique dans la carrière de Neuer puisqu'il réalise le triplé en remportant la Bundesliga, la Coupe d'Allemagne et surtout la Ligue des champions où il avait échoué en finale l'année précédente, face à Dortmund (2-1). L'intersaison voit l'arrivée du nouvel entraîneur du Bayern Munich : Pep Guardiola. La saison 2013-2014 commence de la meilleure des façons puisque Neuer remporte la Supercoupe d'Europe face à Chelsea où il multiplie les arrêts, avant de glaner un nouveau trophée, la Coupe du monde des clubs au Maroc. Il est nominé logiquement pour le Ballon d'or 2013. Unique gardien parmi les 23 joueurs sélectionnés, il termine dernier ne récoltant que 0,08 % des voix. Cependant, ces performances individuelles et collectives lui valent d'être élu, le , meilleur gardien de l'année 2013 par l'IFFHS loin devant Gianluigi Buffon et Petr Čech (211 votes contre 78 et 64). Il met un terme à une série de cinq titres consécutifs d'Iker Casillas (2008 à 2012). Neuer ponctue sa saison par un doublé Coupe-Championnat mais est arrêté en demi-finale de Ligue des champions par le Real Madrid sur une défaite 4-0 à domicile. Selon ses propres dires, l'arrivée de Guardiola a fait progresser Manuel Neuer lui demandant de plus participer au jeu et de sortir loin de ses cages.