Следующий сезон получился провальным, АЕК финишировал только на пятом месте. Но благодаря хорошей игре, Капсис был вызван на встречи отборочного раунда ЕВРО-2004, а именно на матчи с Испанией и Украиной. Сумев в этих встречах сдержать сначала Рауля, а потом и Андрея Шевченко, Капсис помог команде одержать исторические победы. На ЕВРО-2004, Капсис был в составе, той невероятной греческой сборной, которая победила на турнире. Михалис Капсис и дальше вызывался в сборную, но уже на матчи квалификации к Кубку Мира 2006.