В 1955 году США окончательно вытеснили французов из Южного Вьетнама. Профранцузский глава государства Бао Дай был смещён проамериканским премьер-министром Нго Динь Зьемом — впоследствии президентом Республики Южный Вьетнам. Каодай утратил ту поддержку и автономию, которой пользовался в рамках колониальной системы. Лидер каодаистов Фам Конг Так создал оппозиционный «Объединённый фронт националистических сил», куда вошли также представители секты хоахао. Франция вела поставки оружия движению в попытке вернуть влияние в регионе. Но новому режиму удалось расколоть Фронт путём подкупа отдельных лидеров и полевых командиров. В том же году каодаистская армия была разгромлена правительственными войсками, движение утратило светскую власть и контроль над территориями. Фам Конг Так снова вынужден был отправиться в изгнание. К 1956 году были убиты все полевые командиры сект, независимо от того, чью сторону они заняли в противостоянии 1955 года. Так, генерал Чинь Минь Тхе (1922—1955), отколовшийся со своей группировкой от Каодай ещё в 1951 году и сыгравший значительную роль в триумфе проамериканских сил, уже через несколько месяцев был застрелен снайпером у своей машины в Сайгоне. Убеждённый католик Зьем конфликтовал с местными религиями, в том числе буддизмом, что вызвало Буддистский кризис и в конце концов привело к его свержению и убийству. В его правление Каодай оказался в оппозиции и подвергался преследованиям, хотя формально запрещён не был.