Згідно з Кампо-Формійським мирним договором 1797 року, що завершив війну першої коаліції, Франція приєднала до своїх володінь Лівобережжя Рейну. Тамтешні дворяни мали отримати від держави компенсації, здобуття яких розрослося до ухвалення Заключної постанови Імперської депутації 1803 року. Згідно з нею, всі церковні держави в складі Священної Римської імперії мали бути ліквідованими, окрім Майнцського курфюрства, Тевтонського ордену в Мергентгаймі та ордену госпітальєрів у Гайтерсгаймі. У 1805 році за Пресбурзьким миром Мергентгайм остаточно став володінням Австрії. У 1809 році місто окупувало Королівство Вюртемберг. Згодом у тому ж році в ході німецької медіатизації Наполеон Бонапарт позбавив Тевтонський орден володінь. Водночас палац Мергентгайм був пограбований, бібліотека семінарії була перевезена до Штутгарта.