En 1808, il était nommé capitaine de vaisseau et pourvu du commandement de l"'Auguste", de 80 canons. Lors du siège et du bombardement d'Anvers (), l'amiral Missiessy, qui connaissait l'activité de Collet, le chargea du commandement des batteries des deux fronts d'attaque, dont la plupart avaient été construites et armées sous ses ordres par des marins de l'escadre, et il en dirigea le feu avec une habileté remarquable, l’"Auguste" ayant été désigné pour faire partie des vaisseaux de l'escadre de l'Escaut, qui devait rester à la Hollande, Collet passa au commandement de l’"Illustre", puis de la . Il était sur ce dernier bâtiment, en mission dans la Méditerranée, au mois d' (pendant les Cent-Jours), lorsqu'il se vit chassé et joint, dans le golfe de Naples, par le HMS "Rivoli". Le capitaine de ce vaisseau le somma de rendre sa frégate aux armes de Sa Majesté britannique. Collet, plus militaire que politique, ne pouvant voir qu'un ennemi dans un bâtiment de guerre étranger se présentant à lui d'une manière hostile, répondit à cette sommation par des coups de canon. Le combat qui s'engagea dura environ une heure, et ce ne fut que démâtée et coulant bas qu'il rendit la "Melpomène". Conduit prisonnier en Angleterre, il y demeura six mois, et resta près de quatre ans sans commandement. Enfin, en 1819, on lui confia la "Galatée", avec laquelle il fit successivement plusieurs campagnes dans les mers du Levant, au Brésil, aux Antilles et aux États-Unis. La guerre que la France entreprit en 1823, pour rétablir Ferdinand VII sur le trône d'Espagne, procura au capitaine Collet une nouvelle occasion de se distinguer. Il commandait le vaisseau le "Triton", employé au blocus de Cadix, et il participa à la prise du fort Santi-Petri. En récompense de sa belle conduite pendant cette campagne, le roi Louis XVIII lui donna la croix de commandeur de la Légion d'honneur, et le roi d'Espagne lui conféra celle de Saint-Ferdinand.