Während des Krieges mit Frankreich kapitulierte der Kommandant der Zitadelle am 25. Oktober 1806, ohne dass er versucht hatte, sie zu verteidigen. Napoleon Bonaparte besichtigte sie am Tag darauf. Zu Beginn der Befreiungskriege explodierte im April 1813 bei der Belagerung der von französischen und polnischen Truppen besetzten Festung durch einen Artillerietreffer der Preußen das Pulvermagazin auf der Bastion Königin. Am 26. April 1813 übergab die französische Besatzung die Festung gegen freien Abzug an den preußischen General August von Thümen.