Эта бригада была включена в состав дивизии Сайласа Кейси в IV корпуса Потомакской армии. Бригада Негли участвовала в сражении при Севен-Пайнс, где попала под атаку и была вынуждена отступить. Под Негли была убита лошадь и сам он получил четыре пулевых ранения. Впоследствии, в отчётах и письмах, Негли сильно преувеличил свою роль в сражении, чем вызвал много критики в свой адрес. В том же году он командовал бригадой и дивизией в Северной Каролине и участвовал в захвате Вашингтона. В 1863 году он командовал VII корпусом и Дистриктом Вирджиния. В 1864 году Негли уволился из армии и вернулся в Сан-Хосе, к работе банкиром и виноделом. В том году он был активным участником предвыборной кампании Джорджа Макклеллана.