С 1960 по 1996 год в Гватемале была гражданская война. В течение этого периода времени Мексика стала домом для примерно 80 000 гватемальских беженцев. После окончания гражданской войны, отношения между двумя странами значительно улучшилось: они совместно борются с незаконной миграцией, организованной преступностью и незаконным оборотом наркотиков.