Gelegentlich wurde Stöcken abkommandiert, 1699 war er Kommandeur eines Geschwaders in der Ostsee und im Großen Nordischen Krieg befehligte er ein Geschwader der Flotte von Generaladmiral Gyldenløve. Im Herbst 1709 wurde Stöcken mit einem Geschwader ins Kattegat geschickt um den Hafen Göteborg zu blockieren. In der der Seeschlacht in der Køgebucht führte er ein Geschwader. Stöckens Flaggschiff war die "Fredericus Quartus", mit 110 Kanonen das größte jemals gebaute dänische Linienschiff.