Johnston blieb durch das langsame Vorgehen Zeit, seine Großverbände zu verschieben und McClellan über die tatsächliche Stärke der Nord-Virginia-Armee zu täuschen. Da Johnston immer weiter in Richtung Richmond auswich, geriet er immer wieder mit Präsident Jefferson Davis aneinander. Ende Mai sah Johnston erstmals die Möglichkeit, Teile der überlegenen Potomac-Armee zu vernichten. In der Schlacht von Seven Pines gelang es McClellan jedoch, diesen Angriff abzuwehren. General Johnston erlitt in der Schlacht eine schwere Verwundung und ihm folgte General Robert E. Lee als Oberbefehlshaber der Nord-Virginia-Armee nach.