1888 versuchte die Deutsch-Ostafrikanische Gesellschaft die Kontrolle über den bisher sansibarischen Küstenstreifen und damit auch Kilwa zu übernehmen, was in Kilwa am 16. August zunächst auch gelang. Der daraufhin von Pangani ausgehende Aufstand der ostafrikanischen Küstenbevölkerung (der sog. „Araberaufstand“) breitete sich im Dezember schließlich auch nach Kilwa aus. Die beiden deutschen Angestellten der Gesellschaft wurden am 22. September 1888 angegriffen und wurden gemeinsam mit zehn Askaris getötet. In der Zeit des Aufstands waren die Sklavenhändler in dieser Gegend besonders tätig. Anfang Mai 1890 wurde Kilwa Kivinje von der „Wissmanntruppe“ (einer deutschen Kolonialtruppe unter Hermann von Wissmann) eingenommen. Hier wurde später eine Bezirkshauptstelle für die gesamte südliche Region der Kolonie Deutsch-Ostafrika, dem Bezirk Kilwa, eingerichtet.