Cupa Intertoto a fost ideea lui Ernst B. Thommen, mai târziu vice-președinte FIFA și fondator al Cupei târgurilor inter-orașe, și a antrenorului austriac Karl Rappan, care a antrenat echipa națională a Elveției la Campionatul Mondial 1938 și echipa națională a Austriei la Campionatul Mondial 1954. "Cupa pentru cei fără cupe" a fost de asemenea intens promovată de ziarul elvețian "Sport". Și-a derivat numele de la "Toto", termenul german pentru pariuri sportive.