Il secondo libro interessava le dinastie XII–XVIII nella prima edizione, raggruppando nella XVIII dinastia anche i faraoni della XIX. Tale libro discuteva la caduta del Medio Regno, il Secondo periodo intermedio, l'invasione degli Hyksos e la loro successiva cacciata dalla valle del Nilo da parte del fondatore del Nuovo Regno, re Ahmose I (circa 1549–1524 a.C.) della XVIII dinastia. Tale dinastia, nella prima edizione degli "Aegyptiaca", avrebbe avuto fine con "Thouoris" (in egizio: T3-wsr.t, Tausert, morta nel 1189 a.C., ultima sovrana della XIX dinastia), che l'autore confondeva erroneamente con un sovrano maschile e con un re tebano di nome Polibo, menzionato da Omero e durante il regno del quale, continua l'autore, sarebbe caduta Troia.