Dekretem królewskim z 12 sierpnia 1887 roku powstała Museo-Biblioteca de Philipinas"." Jej zbiory zostały jednak zniszczone podczas wojny filipińsko-amerykańskiej. Pozostałości włączono w 1901 roku do biblioteki utworzonej przez Stowarzyszenie Bibliotek Amerykańskich. Kolekcja licząca około 10 000 książek zawierała jednak głównie powieści w języku angielskim i miała służyć stacjonującym w Manili żołnierzom amerykańskim. Ponieważ Stowarzyszenie nie było w stanie utrzymać biblioteki 5 marca 1901 roku przekazano ją rządowi amerykańskiemu. W maju 1904 roku zbiory przeniesiono do hotelu Oriente, a w 1906 roku rząd przeniósł je do Wydziału Oświaty. 3 czerwca 1908 roku uchwalono ustawę na której mocy powstała Filipińska Biblioteka Publiczna, której nazwę rok później zmieniono na Biblioteka Filipińska. Ustawa z 31 stycznia 1918 roku połączyła bibliotekę z Wydziałem Archiwów, Patentów, Praw Autorskich i Znaków Towarowych Biura Wykonawczego oraz Biblioteką Prawniczą Zgromadzenia Filipin. Przy tej okazji zmieniono jej nazwę na Biblioteka i Muzeum Filipin. Zgodnie z ustawą nr 3477 z 7 grudnia 1928 roku rozdzielono obie instytucje tworząc Muzeum Narodowe i Bibliotekę Narodową.