Kesällä 1941 Saksan aloitettua sodan Neuvostoliittoa vastaan ja edettyä nopeasti Balttiassa tilanne Neuvosto-Virossakin muuttui. Virolaiset nuoret miehet joutuivat tällöin puna-armeijaan. Näin kävi myös Karklinille. Saksan joukkojen lähestyessä Tallinnaa Karklin monien muiden joukossa evakuoitiin laivakuljetuksella kohti Leningradia. Karklin matkusti "Eestirand"-aluksessa, mutta laiva joutui Saksan ilmavoimien pommituksen kohteeksi. Laiva vaurioitui niin, että ajoi upotessaan Pranglin saaren tuntumaan. Näin Karklin pääsi palaamaan takaisin Viroon, jonka saksalaiset olivat miehittäneet. Sotavuosien aikana hän toimi paikallisessa poliisissa. Vuoden 1943 lopussa hän pakeni Suomeen ja sieltä edelleen Ruotsiin. Vaimo Maria jäi Viroon. Sodan jälkeen Nikolai Karklin muutti Ruotsista Englannin kautta Kanadaan, josta tuli hänen loppuelämänsä asuinpaikka.