Неста начал следующий сезон с победы над своей бывшей командой «Лацио» в Суперкубке Италии 2004 года. «Милан» также дошёл до &lt;a href="%D0%A4%D0%B8%D0%BD%D0%B0%D0%BB%20%D0%9B%D0%B8%D0%B3%D0%B8%20%D1%87%D0%B5%D0%BC%D0%BF%D0%B8%D0%BE%D0%BD%D0%BE%D0%B2%20%D0%A3%D0%95%D0%A4%D0%90%202005"&gt;финала Лиги чемпионов 2004/05&lt;/a&gt;, где проиграл «Ливерпулю» по пенальти. После первого тайма «Милан» вёл со счётом 3:0, но во втором тайме англичане отыгрались, и судьбу турнира решила серия 11-метровых. О том матче Неста выразился так: «Некоторые игры я до сих пор не могу объяснить самому себе». В Серии А «Милан» финишировал на втором месте после «Ювентуса». Несмотря на то, что Неста не выиграл ни Серию А, ни Лигу чемпионов, в 2005 году он впервые в своей карьере был избран в символическую сборную мира по версии Международной федерации ассоциаций профессиональных футболистов (FIFPro).