Le département est marqué par la guerre franco-prussienne avec la bataille de la Lizaine et la proximité du Siège de Belfort et de la bataille de Villersexel. Le département accueille des alsaciens fuyant l’annexion de l’Alsace-Lorraine. Le conflit entraînera également des conséquences politiques et sociales, un projet de Commune de Besançon émergeant en dans le sillage d'autres villes insurgées.