Pendant plusieurs années, il exerce comme pilote d'avions de chasse. En 1993, il quitte l'aviation militaire libyenne et monte une firme commerciale. À la suite de la révolution libyenne de 2011, Fathi Bashagha devient le directeur du département chargé de l’Information du Comité Judiciaire Suprême, une instance instaurée pour articuler le nouveau système national libyen.