A második csecsen háború kitörését követően Groznij védelmében segédkezett, 2000 elején azonban súlyosan megsebesült és katonái - a szintén sebesült Zakajevvel együtt - külföldre vitték orvosi kezelésre. Felépülése után a grúziai Pankiszi-szorosban vállalta el egy 150 fős csecsen fegyveres szervezet irányítását, majd 2002-ben titokban visszatért Csecsenföldre, ahol a "Délnyugati Front" parancsnoka lett, közel 1000 fegyveresnek parancsolva. Fegyveres parancsnokként szorosan együttműködött Samil Baszajevvel, akivel együtt egyes feltételezések szerint részt vett a beszláni túszejtésben, mely 385 ember (többségében gyermekek) halálával végződött.