Zu Beginn des Zweiten Weltkriegs verteidigte Krjutschonkins 14. Kavallerie-Division während der Panzerschlacht von Dubno die Stadt Kremenez und deckte dann im Juli 1941 den Rückzug des 36. Schützenkorps nach Berditschew und Kasatin. Am 28. November 1941 wurde Krjutschonkin zum Kommandeur des 5. Kavalleriekorps ernannt, das im Rahmen der Gruppe Kostenko an der Jelezer-Operation teilnahm. Für die Erfolge in diesen Kämpfen wurde das Korps am 25. Dezember 1941 in 3. Garde-Kavallerie-Korps umbenannt. Im Juli 1942 wurde Krjutschonkin zum Kommandeur der zur Südwestfront überstellten 28. Armee ernannt. Von Mai bis Juli, nach den vergeblichen Offensiven Timoschenkos während der Schlacht bei Charkow (12.–29. Mai) und den heftigen Abwehrkämpfe in der Woronesch-Woroschilowgrader Operation (28. Juni – 24. Juli) hatte die 28. Armee schwere Verluste hinzunehmen. Vom 1. August bis 14. Oktober befehligte er kurzfristig die 4. Panzerarmee am Don-Abschnitt bei Stalingrad. Im Dezember 1942 absolvierte er in beschleunigter Zeit fehlende Führungskurse an der Woroschilow-Militärakademie. Am 22. März 1943 wurde er zum Kommandeur der 69. Armee ernannt, die an der Schlacht von Kursk teilnahm. Nach der Teilnahme an der Belgorod-Charkower Operation befand sich seine Armee ab 30. September 1943 in der Reserve des Oberkommandos. Ab 10. April 1944 war er Kommandeur der 10. Armee der Reservefront. Vom 12. April bis 7. September 1944 hatte er das Kommando der 33. Armee, deren Truppen den Dnjepr überquerten und die Befreiung der Städte Schklow und Mogilew erzwangen. Ab Dezember 1944 stand er dem Militärrat der 1. Weißrussischen Front zur Verfügung, und im Januar 1945 wurde er zum stellvertretenden Befehlshaber der 61. Armee und dann zum stellvertretenden Befehlshaber der Truppen derselben Front ernannt.