На території Азербайджану проживає чимало біженців з Чечні, в тому числі учасників збройних дій проти російських військ. Азербайджанська територія протягом тривалого часу, за повідомленнями ЗМІ, використовувалася чеченськими сепаратистами як транзитна країна і свого роду тилова база, де, зокрема, проходили відновлення поранені бойовики. Бойовикам порівняно легко вдавалося перетинати кордон між Азербайджаном і Дагестаном. 15 вересня 2004 російські влади після теракту в Беслані закрили всі прикордонні сухопутні переходи для автотранспорту та людей і відкрили їх лише через півтора місяця після переговорів між президентами, а також затримань і видачі російським властям групи колишніх бойовиків. У Баку було закрито чеченське представництво.