Ensimmäisenä vuosinaan Sierra Club oli suuresti vaikuttamassa Mount Rainierin (1899) ja Glacierin kansallispuistojen (1910) perustamiseen. Sierra Club koki ensimmäisen suuren haasteensa vuoden 1906 San Franciscon maanjäristyksen jälkeen. San franciscolaiset etsivät uusia vesilähteitä kaupungilleen. He halusivatkin rakentaa padon Yosemitessa sijaitsevan Tuolumnejoen Hetch Hetchyn laaksoon. Suurin osa järjestöstä vastusti padon rakentamista. Kuitenkin esimerkiksi luonnonsuojelija Gifford Pinchot tuki patohanketta. Ristiriitojen seurauksena osa patohankkeen tukijoista lähti Sierra Clubista. Järjestö taisteli padon rakentamista vastaan seitsemän vuotta, mutta presidentti Woodrow Wilson hyväksyi hankkeen vuonna 1913.