7. tammikuuta 1903 Pardee nimitettiin Kalifornian osavaltion kuvernööriksi. Hänen kaudellaan osavaltion alueella riehunut hälyttävä epidemia saatiin voitettua, mutta 18. huhtikuuta 1906 San Franciscoa kohtasi uusi onnettomuus, 7,8 Richterin tuhoisa maanjäristys. Pardeen suhde "Southern Pacific Railroadiin" rakoili yhä; kiista oli syntynyt jo, kun silloinen Oaklandin pormestari oli 1890-luvun alussa aloittanut pitkäjännitteisen taistelun Oaklandin sataman omistajuudesta.