Merle Frohms durchlief seit 2010 die Nachwuchsmannschaften des DFB. Bei der U17-Europameisterschaft 2012 parierte sie im Finale gegen Frankreich im Elfmeterschießen zwei Elfmeter der Französinnen und hatte so maßgeblichen Anteil am Gewinn des EM-Titels. Ebenfalls 2012 nahm sie an der U17-Weltmeisterschaft teil und erreichte mit ihrer Mannschaft das Halbfinale, das allerdings 1:2 gegen Nordkorea verloren wurde. 2013 qualifizierte sich Frohms mit der U19-Nationalmannschaft für die Europameisterschaft in Wales, wo sie zu zwei Turniereinsätzen kam und mit der Mannschaft das Halbfinale erreichte.