После битвы под Каневом Наконечников оставался в Москве и после прибытия генерала Ю. Галлера, по его приказу, действовал с 14 июня совместно с Мечиславом Биренбаумом по вопросам формирования новых польских частей в России и доформирования II корпуса. 15 июня Галлер подписал с Польским Советом межпартийное соглашение, вследствие чего формирование новых частей было приостановлено, а Наконечников вошёл в состав новообразованной Польской военной комиссии. Стал членом Мобилизационного комитета этой комиссии. Вместе с Биренбаумом принял участие в конференции Польской военной организации в Киеве 26—28 июня 1918 года. 7 июля 1918 года повышен в звании до майора медслужбы. 9 августа Мобилизационный комитет был переведен из Москвы в Киев, где вместо него была организована Вербовочно-Агитационная Организация. Наконечников был назначен главой отдела этой организации в Москве. Подал просьбу о переводе в Варшаву. Прибыл в столицу 23 ноября 1918 года и 1 декабря обратился в Министерство военных дел с просьбой о принятии его в состав Войска Польского. Приписан к VII отделу Генерального Штаба. С 1 января 1919 года Наконечников — офицер по особым поручениям в Генеральной адъютантуре Верховного Главнокомандующего. 23 февраля делегирован во Францию, где 6 марта стал членом руководства медицинской службой Польской армии генерала Галлера. С 16 мая по 1 августа 1919 года был заместителем начальника этой службы. Затем — санитарный начальник III пехотной дивизии.