Met de dood van Macedonicus kwam de voorspoed van de Aemilii Paulii tot een einde. De successen in zijn politieke en militaire loopbaan werden niet vergezeld door een gelukkig gezinsleven. Hij was getrouwd met Papiria Masonis, van wie hij volgens Plutarchus zonder duidelijke reden scheidde. Uit dit huwelijk werden vier kinderen geboren: twee jongens en twee Aemilia’s. Een van deze trouwde met de zoon van Cato maior, een ander met Aelius Tubero, een rijke plebejer. Macedonicus trouwde hierna voor een tweede keer en kreeg nog twee zoons. Aangezien hij niet in staat was vier zoons de cursus honorum te laten doorlopen, gaf hij de oudste zoons, uit zijn huwelijk met Papiria, op ter adoptie. De een werd geadopteerd door Quintus Fabius Maximus Cunctator en werd Quintus Fabius Maximus Aemilianus. De ander werd door Publius Cornelius Scipio II, zoon van Scipio Africanus, geadopteerd en werd bekend als Scipio Africanus minor na zijn verovering van Carthago in 146 v.Chr., aan het eind van de Derde Punische Oorlog.