הוא מונה לקפטן בצי האמריקני ב־7 ביוני 1798. במלחמה הבלתי רשמית עם צרפת פיקד על הפריגטה (28 תותחים) "אדמס", ותפס בשבי כמה אוניות צרפתיות. עם צמצום הצי לאחר המלחמה שוחרר מוריס מן השירות והוחזק בעתודה. ב־1802, כשפרצה המלחמה הברברית הראשונה, נקרא לעמוד בראש שייטת בת שבע אוניות, שמשימתה לשים קץ להתקפות הקורסארים הברברים מטריפוליטניה ואלג'יריה על אוניות סוחר אמריקניות. מוריס, שהניף את דגל מפקד השייטת (קומודור) על הפריגטה "צ'סאפיק" (38 תותחים), הטיל עם אוניותיו הסגר מן הים על טריפולי. ההסגר נכשל והאוניות עשו את רוב זמנן בנמל גיברלטר. מוריס שוחרר מתפקידו, והפיקוד על השייטת הועבר לידי אדוארד פרבל. הוא נקרא לשוב לארצות הברית, עמד בפני ועדת חקירה והודח מן הצי ב־14 במאי 1804.