Năm 1800, Masséna quay lại Ý và chỉ huy lực lượng Pháp trong cuộc Bao vây Genoa, một trong những chiến thắng lớn nhất của ông, cho đến trước Trận Marengo (ngày 14 tháng 6 năm 1800). Sau Trận Marengo, Masséna được cử làm tổng tư lệnh quân Pháp tại Ý, nhưng nhanh chóng bị cách chức vì để cho quân sĩ cướp bóc.