1991-re – ahol a világbajnok Alain Prost csapattársa lehetett. Legjobb eredménye ez évben három harmadik hely volt. 21 ponttal az év végén a hetedik helyen zárt. A Ferrari autói versenyképesek voltak, de nagy problémát okozott a megbízhatóság, Alesi több mint 40-szer esett ki 5 Ferraris szezonja alatt. 1993-tól Gerhard Berger lett a csapattársa, aki 1994-ben harmadik lett az egyéniben, míg a francia az ötödik. Legjobb ferraris szezonja 1995 volt, amikor megszerezte a kanadai nagydíjon élete első és egyetlen futamgyőzelmét. Érdekesség, hogy diadalát a 31-ik születésnapján ünnepelhette. Emellett 42 ponttal ismét az ötödik lett a versenyzői bajnokságban, ezúttal csapattársa előtt.