1798/99 wurde erneut am gleichen Standort (zwischen Gerbergasse 18 und Spitzem Turm) die fünfte Synagoge erbaut. Es handelte sich um ein relativ schmuckloses Bauwerk. Bis 1938 wurden in der Synagoge Gottesdienste abgehalten. Da viele Juden die Stadt verlassen hatten, verkaufte die jüdische Gemeinde das Gebäude im Spätsommer 1938 an die Stadt. Dadurch konnte eine Einäscherung beim Novemberpogrom 1938 verhindert werden. Die Inneneinrichtung wurde jedoch verwüstet. Nur die Torarollen und einige weitere Kulturgegenstände wurden ins Rathaus gebracht und lagerten dort bis nach dem Zweiten Weltkrieg. Nach Kriegsende erhielt die jüdische Vermögensverwaltung das Gebäude und verkaufte es 1949 an die Stadt Wertheim. Beim Ausbau der Rechten Tauberstraße wurde das Gebäude Ende Februar 1961 abgerissen. Seit 1976 erinnert eine Gedenktafel an die ehemalige Synagoge.