На початку нового сезону 2020/21 Мусіала виграв з командою ще два трофеї, спочатку Суперкубок УЄФА, але на поле не виходив, а за тиждень і Суперкубок Німеччини, вийшовши на заміну на 84 хвилині замість Хаві Мартінеса. У першій грі Бундесліги проти «Шальке 04» він забив гол, зробивши рахунок 8:0 і у віці 17 років і 205 днів став наймолодшим бомбардиром Бундесліги в історії «Баварії», обійшовши Роке Санта-Круса, який забив свій перший гол у Мюнхені у Бундеслізі у серпні 1999 року у віці 18 років і 12 днів. 3 листопада Мусіала дебютував у Лізі чемпіонів, вийшовши на заміну Томасу Мюллеру у виїзній грі проти австрійського «Ред Булла» (6:2). Станом на 5 лютого 2021 року відіграв за мюнхенський клуб 16 матчів в національному чемпіонаті.