Po wybuchu wojny w 1806 roku Tauentzien dowodził korpusem obserwacyjnym, składającym się z ośmiu batalionów i dziewięciu szwadronów w czasie walk pod Hof. Zbliżające się siły marszałka Nicolasa Jeana de Dieu Soulta zmusiły go do wycofania się do Schleiz, gdzie 9 października został zaatakowany przez marszałka Jeana Baptiste’a Bernadotte’a. Starcie zakończyło się klęską wojsk pruskich, zaś winą za to obarczono błędne rozkazy Tauentziena. Następnie wycofał się do Jeny, gdzie 11 października 1806 roku otrzymał dowództwo nad całością wojsk przednich korpusu księcia Fryderyka Ludwika Hohenlohego. W czasie rozpoczętej kilka dni później bitwy pod Jeną-Auerstedt wojska Tauentziena były pierwszymi, które musiały znieść atak przeciwnika. Nie mogły jednak oprzeć mu się w dłuższej perspektywie, przez co ostatecznie podzieliły los reszty sił Prus w tym starciu.