Город был основан испанцами в 1671 году. В 1898 году, во время Филиппинской революции, Бакоор некоторое время являлся местом пребывания революционного правительства Филиппин, возглавляемого генералом Эмилио Агинальдо. 13 июня 1899 года вблизи города произошла , являющаяся одним из эпизодов Филиппино-американской войны. В период с 1942 года по январь 1945 год Бакоор был оккупирован силами Японской императорской армии. При этом город и его окрестности стали ареной действия партизанских отрядов. В 1945 году Бакоор был освобождён в ходе совместной операции американских войск и филиппинских вооружённых формирований.