Na de nederlaag in de Slag om Frankrijk en de oprichting van het Vichy-regime werd Auphan benoemd tot chef-staf van de zeemacht en werd kabinetschef van de minister van Marine François Darlan. Auphan maakte deel uit van de anti-Duitse tendens in Vichy-Frankrijk. Na het aftreden van Darlan werd Auphan zelf minister van Marine. Na Operatie Toorts legde admiraal Jean de Laborde hem een plan voor om naar Noord-Afrika te varen en daar de geallieerden aan te vallen. Auphin ontsloeg daarop De Laborde.