We wrześniu 1939 roku Stanisław Radwan (major rezerwy) został powołany do wojska. Był w czasie kampanii wrześniowej komendantem szpitali wojskowych w Zamościu i Złoczowie. W latach 1940–1944 przebywał w okupowanej Warszawie, pracując w Szpitalu Dzieciątka Jezus (1940–1941), a następnie kierując sanatorium dziecięcym w Otwocku (1941–1943) i pediatryczną polikliniką w Warszawie. W czasie powstania warszawskiego przebywał na Mokotowie, gdzie pełnił funkcję chirurga i komendanta szpitala powstańczego.