Koiso fue casi un primer ministro nominal, pues no se le permitió participar en ninguna decisión militar. No fue popular con los ministros del Gobierno que abogaban por firmar la paz ni con aquellos que deseaban proseguir la guerra hasta el final. Durante el periodo de Koiso en el cargo, las fuerzas japonesas enfrentaron múltiples derrotas en todos los frentes a manos del Ejército de los Estados Unidos y de la Armada de los Estados Unidos. También durante su ejercicio, el 10 de noviembre de 1944, Wang Jingwei murió de una neumonía en un hospital japonés en Nagoya, lo cual significó el fin efectivo del régimen de Nanjing en China. Por un momento, Koiso consideró firmar la paz, pero no pudo encontrar una solución que calmara tanto a los militares japoneses como a los Aliados. Durante su gobierno se produjeron los duros Bombardeos americanos sobre Tokio de marzo de 1945: Los ataques en la noche del 9 al 10 de marzo destruyeron 41 km² (aproximadamente la cuarta parte de la ciudad) y se calcula que unas cien mil personas murieron como consecuencia de los mismos. Las derrotas militares frente a las Fuerzas aliadas continuaron sucediéndose en cascada, y especialmente durante la Batalla del Golfo de Leyte (1944), que se saldó con una importante derrota de la Armada Imperial Japonesa y abrió el camino a la reconquista estadounidense de las Filipinas.