中国人はこの川を使い流域民族（ほか、アムール河口の対岸の樺太に住むアイヌ人など）と、毛皮などと中国産品を交換する取引(山丹交易)を行っていたが、次第に東へ進出してきたロシア人と取引や領土をめぐり争いが起こった。17世紀には、ヴァシーリー・ポヤルコフやエロフェイ・ハバロフなどロシア人の探検隊がアムール川流域に侵入し、中国の清と南下するロシア帝国との間の紛争（清露国境紛争、、、）が起こった。ロシア人はアムール川上流にアルバジンの要塞を築いたが、清軍により何度も包囲され破壊された。ロシア側は和議を求め、1689年のネルチンスク条約において、上流の西側以外の流域が清国領土と定められた。