16. yüzyıldan beri Yahudilerin bölgedeki varlığı belgelenmiştir. Nazi Almanyası döneminde 9 Kasım 1938'de gerçekleşen Kristal Gece olaylarıyla, Almanya'nın diğer şehirlerinde olduğu gibi Göttingen'deki sinagog da yerle bir edilip yıkıldı. Yahudiler öldürülüp sağ kalanlar toplama kamplarına götürüldü. Yakın zamanda Sovyetler Birliği'nden gelen Yahudi göçmenlerle şehirdeki Yahudi cemaati tekrar canlanmaktadır.