במרץ 1940 חזר ליס לבריטניה, והיה אמור לקבל פיקוד על חטיבה בבריטניה, אולם בעקבות הפלישה הגרמנית לצרפת, נשלח לצרפת כקצין מטה במטהו של ג'ון גורט, ולאחר מכן הוטל עליו להקים את החטיבה ה-29. בדצמבר 1940 מונה ליס למפקד דיוויזיית מחוז מערב ססקס והועלה לדרגת מייג'ור גנרל, ובינואר 1941 מונה למפקד הדיוויזיה ה-15 (הסקוטית). ביוני אותה שנה מונה למפקד הדיוויזיה המשוריינת של המשמר, ובספטמבר 1942 מונה למפקד הקורפוס ה-30, עמו לחם בקרב אל-עלמיין השני ובקרבות בתוניסיה, בסיציליה ואיטליה. ב-29 בדצמבר 1943 מונה ליס למפקד הארמייה השמינית במקומו של ברנרד מונטגומרי שחזר לבריטניה לתכנן את מבצע אוברלורד, ופיקד עליה על אוקטובר 1944, ובכלל זה בקרב על מונטה קאסינו. בנובמבר אותה שנה מונה ליס למפקד קבוצת הארמיות ה-11, ופיקד עליה במהלך הקרבות בבורמה.