2014 року дебютував в офіційних матчах у складі збірної Демократичної Республіки Конго. У складі збірної Жонатан Болінгі став переможцем Чемпіонату африканських націй 2016року. Також футболіст у складі збірної був учасником Кубка африканських націй 2017 року у Габоні, та Кубка африканських націй з футболу 2019 року в Єгипті.