האתגר הראשון לפופולריות של פוטין הגיע באוגוסט 2000 כאשר נמתחה ביקורת על תפקודו בפרשת טביעת הצוללת הרוסית קורסק. בעוד שגורלם של מלחי הקורסק אינו ידוע, ובני משפחותיהם החרדים מופיעים באולפני הטלוויזיה, צולם פוטין כשהוא נופש במסיבת יום הולדת בווילה לחוף הים השחור. פוטין דחה את ההצעות ממדינות זרות לסיוע בחילוץ המלחים הלכודים, אך לא הצליח לחלצם באמצעות הצי הרוסי. סקרים שנערכו לאחר האסון, שתואר כ"אסון של יחסי ציבור", העניקו לפוטין 60% תמיכה, שיעור נמוך יחסית, אליו חזר רק לאחר משברים כמשבר בני הערובה בבסלאן, כאשר לרוב נהנה פוטין משיעור תמיכה גבוה בהרבה.