Im August 1888 versuchte die Gesellschaft dann, die Verwaltung der sansibarischen Küstenorte entsprechend dem Küsten- und Zollvertrag mit dem Sultan auszuüben. Der Vertrag hatte unter den Einheimischen zu Unruhe geführt, da sie sich vom Sultan im Stich gelassen und verraten sahen. Die Flaggenhissung der DOAG führte in Pangani und Lindi zu offenen Protesten der Bevölkerung. In Pangani eskalierten diese – nicht zuletzt durch das herrische Auftreten des örtlichen DOAG-Agenten Emil von Zelewski – zu Gewalttätigkeiten, die der Beginn eines anhaltenden Aufstandes der Küstenbevölkerung werden sollte, in dem die Herrschaft der DOAG zusammenbrach. Die Reichsregierung griff zunächst durch Einheiten ihres Ostafrikanischen Marinegeschwaders und schließlich durch Entsendung des Reichskommissars Wissmann ein, dessen vor allem aus Sudanesen und Zulu gebildete Söldnertruppe (Wissmanntruppe) den Aufstand schließlich niederkämpfte.