De retour en Angleterre en 1642, il sert pendant quelque temps dans l'armée parlementaire, où il commande la troupe de cavalerie de son père malade. En , après la mort de son père, il rejoint le roi à Oxford et rejoint les Cavaliers et participe aux batailles de Bristol, Gloucester et Newbury en 1643. À Newbury (), il est blessé au bras et à la cuisse et son cheval est blessé par balle. Commandant d'un régiment levé à ses propres frais, il sert dans l'ouest à l'été suivant, à Cropredy Bridge et à Lostwithiel en 1644. Il est en France au cours des dernières phases de la lutte. En 1646, il retourne en Angleterre. Une entrevue privée avec Charles alors qu'il traverse Ampthill pour se rendre à Hampton Court, au cours de l'été 1647, le pousse à faire un dernier effort pour le compte du roi. En , il rejoint George Villiers et Henry Rich sous l'étendard royal à Dorking. Le plan est de s'emparer de Reigate, mais les insurgés sont repoussés à Kingston et finalement dispersés dans le quartier de Harrow par les forces parlementaires (). Mordaunt est grièvement blessé mais s'enfuit à Anvers. L'année suivante, il rentre en Angleterre et récupère ses biens () .