Efter återkomsten till USA anställdes Morgan inledningsvis av arkitekten John Galen Howard för att 1904 grunda sin egen byrå. Ett av hennes första betydande uppdrag var rekonstruktionen av Fairmont Hotel i San Francisco som hade förstörts i 1906 års jordbävning. Detta projekt gav henne ett gott rykte och ledde till att hon snart blev eftersökt som arkitekt. Under sin verksamhetstid ritade hon sammanlagt över 700 hus, både offentliga byggnader och bostadshus. Bland hennes verk märks särskilt residenset Hearst Castle, som tog över 20 år att färdigställa.