필리핀-미국 전쟁 기간 동안 긴장 상태가 계속되었다. 아기날도는 미군에 저항하기 위해 사실상의 수도였던 말롤로스에서 철수하여, 루손 섬 북부의 산악 지대에서 저항하며 게릴라 전쟁을 벌였다. 1901년 4월 1일 아기날도가 미국에 대한 충성을 맹세하면서 공식적으로 필리핀 제1공화국이 소멸되었고, 필리핀이 미국의 지배 하에 있음을 인정했다.