В национальной сборной Испании Хуанфран дебютировал 29 марта 2000 год в товарищеском матче против сборной Италии. В 2002 году Хуан был включён в состав сборной на чемпионат мира 2002, который проходил в Японии и Южной Кореи. На чемпионате мира Хуанфран сыграл три матча, а его сборная дошла до 1/4 финала, в котором уступила сборной Южной Кореи в серии пенальти со счётом 3:5. Всего Хунфран провёл 13 матчей и забил 1 гол за сборную. Свой последний матч за сборную Хуан провёл 11 июня 2003 года в отборочном матче к чемпионату Европы 2004 против сборной Северной Ирландии, который завершился со счётом 0:0