Als 1938 die Nationalsozialisten seine 1881 errichtete Villa im Gosslerpark mieten und ein NS-Schulungsheim unterbringen wollten, ließ er sich kurzerhand von einem Unternehmen die „Abbruchreife“ des Gebäudes bescheinigen und das Haus in 12 Tagen beseitigen. Er setzte sich darüber hinaus für seine zahlreichen Freunde unter den jüdischen Kaufleuten und Bankiers in Hamburg ein. Dabei nahm er wenig Rücksicht auf die eigene Person. Beispielsweise erreichte er 1939 in direkten Verhandlungen mit Karl Wolff, dem Adjutanten Himmlers, die Freilassung von Fritz Warburg, dem Bruder von Max Warburg, der seit dem Novemberpogrom 1938 in Gestapo-Haft war. Richard Kauffmann, dem Inhaber der Firma Rée, verhalf er zur Flucht nach London. Privat lebte Cornelius Freiherr von Berenberg-Gossler zurückgezogen und drückte in seinem Tagebuch seine Ablehnung des NS-Regimes aus.