Fonda engagierte sich auch immer wieder politisch und für Umweltschutz, so produzierte er gemeinsam mit dem Filmemacher Tim Robbins die Dokumentation "The Big Fix". Diese thematisiert die Rolle des Ölkonzerns BP bei der Ölpest im Golf von Mexiko 2010 und kritisiert auch das Handeln des damaligen US-Präsidenten Barack Obama, den Fonda dafür als „Verräter“ bezeichnete. Auf Twitter kritisierte Fonda auch die Politik von Donald Trump, geriet allerdings auch selbst in die Kritik, als er – in Anspielung auf die Asylpolitik von Donald Trump und das Trennen von mexikanischen Kindern von ihren Eltern – schrieb, man solle Trumps jüngsten Sohn Barron (* 2006) seiner Mutter entreißen und in einen „Käfig voller Pädophiler“ stecken. Später entschuldigte sich Fonda für den Tweet.