Intraprende quindi la carriera di allenatore e, dopo aver allenato due società basche, viene chiamato alla guida del Club Gimnàstic de Tarragona, allenando successivamente l'Espanyol per tre anni. Nel 1993 gli viene affidata la panchina della : inizia guidandola nella Copa América 1993, ma gli andini si classificano all'ultimo posto nel girone e non superano quindi il primo turno. Ottengono invece la prima storica qualificazione ad un mondiale sul campo (le terza in totale, ma le due precedenti erano avvenute su invito) grazie al secondo posto nel gruppo 2 alle spalle del ma davanti all'. Al la squadra conclude però il girone all'ultimo posto (pareggio con la , sconfitte contro e ) e l'esperienza si interrompe. Nel 1995 allena la nazionale di calcio cilena alla Copa América 1995. Il suo ultimo incarico è stato al Chivas de Guadalajara. Nel luglio 2012 viene annunciato come nuovo allenatore della Bolivia, tornando quindi sulla panchina che aveva già occupato 18 anni prima.