Farkas verbrachte zwischen 1996 und 2000 eine überaus erfolgreiche Zeit am Boston College, mit deren Eishockeyteam er in der Hockey East, einer Division der National Collegiate Athletic Association, aktiv war. Neben zwei Meisterschaften in den Jahren 1998 und 1999 wurde der Mittelstürmer in zahlreiche Auswahlteams berufen. Im NHL Entry Draft 1997 war er in der dritten Runde an 57. Stelle von den Toronto Maple Leafs aus der National Hockey League ausgewählt worden.