Selepas huru-hara dinasti sebelumnya, satu siri pemerintahan yang lebih lama oleh raja-raja yang telah dibuktikan memerintah sekitar lima puluh hingga lapan puluh tahun. Raja terkuat dalam tempoh ini, Neferhotep I, memerintah selama sebelas tahun dan mengekalkan kawalan yang berkesan di Mesir Hulu, Nubia, dan Delta, dengan kemungkinan pengecualian Xois dan Avaris. Neferhotep I bahkan diiktiraf dipertuan penguasa Byblos, yang menunjukkan bahawa Dinasti Ketiga Belas mampu mengekalkan banyak kuasa Dinasti Kedua Belas, sekurang-kurangnya sehingga pemerintahannya. Pada satu ketika semasa Dinasti ke-13, Xois dan Avaris mulai memerintah sendiri, penguasa-penguasa Xois adalah Dinasti Keempat Belas, dan penguasa-penguasa Asia Avaris menjadi Hyksos dari Dinasti Kelima Belas. Menurut Manetho, pemberontakan terakhir ini terjadi semasa pemerintahan pengganti Neferhotep, Sobekhotep IV, walaupun tidak ada bukti arkeologi. Sobekhotep IV digantikan oleh pemerintahan pendek Sobekhotep V, yang diikuti oleh Wahibre Ibiau, kemudian Merneferre Ai. Wahibre Ibiau memerintah sepuluh tahun, dan Merneferre Ai memerintah selama dua puluh tiga tahun, paling lama dari mana-mana Raja Dinasti Keiga Belas, tetapi kedua-dua raja ini meninggalkan banyak bukti seperti sama ada Neferhotep atau Sobekhotep IV. Walaupun demikian, kedua-duanya nampaknya telah menguasai sekurang-kurangnya sebahagian Mesir Hilir. Selepas Merneferre Ai, bagaimanapun, tidak ada raja meninggalkan namanya pada sebarang objek yang terdapat di luar kawasan selatan. Ini memulakan bahagian akhir dari Dinasti Ketiga Belas, ketika raja-raja selatan terus memerintah di Mesir Hulu. Tetapi apabila perpaduan Mesir sepenuhnya hancur, Kerajaan Pertengahan memberi jalan kepada Tempoh Perantaraan Kedua.