Brał udział w bitwie pod Kurskiem, forsowaniu Dniepru, walkach w rejonie na północ od Kijowa, walkach na Ukrainie Prawobrzeżnej i walkach w Karpatach, m.in. w operacji żytomiersko-berdyczowskiej, rówieńsko-łuckiej, proskurowsko-czerniowieckiej, lwowsko-sandomierskiej, wschodniokarpackiej, karpacko-użhorodzkiej i budapesztańskiej. Dowodzony przez niego korpus wyróżnił się w walkach o Budapeszt w styczniu 1945. 24 stycznia 1945 I. Afonin został ciężko ranny, 24 marca 1945 wrócił na front i ponownie objął dowództwo korpusu (w składzie 46 Armii 2 Frontu Ukraińskiego), brał udział w operacji bratysławsko-brnowskiej i praskiej, przeprawił się przez Dunaj i Morawę, zajął Brno i wziął udział w zajmowaniu Pragi. Od 31 marca 1943 miał stopień generała majora, a od 29 maja 1945 generała porucznika.