Sur , la plupart de gares étaient inutiles. Celle de Saint-Médard, par exemple, n’enregistra aucune marchandise et aucun voyageur ne se présenta pendant de longs mois. Il n’en fallait pas moins payer le personnel de la gare. Le choix du site de la gare de Ségur a nécessité la construction d’un viaduc de pour rattraper la déclivité entre Pessac et La Médoquine. De plus la construction était de mauvaise qualité et en 1846 la compagnie dut engager de lourds travaux de consolidation. Au surplus, en 1847 il faut reconstruire complètement le pont sur la Leyre. Enfin les journées révolutionnaires de février 1848 font chuter le nombre de voyageurs et le trafic est suspendu. Au mois d’avril 1848, alors que la question du rachat des chemins de fer est d’actualité, la compagnie demande à figurer parmi celles à en bénéficier en contrepartie d’une indemnité de aux actionnaires. À défaut, elle demande un secours pour couvrir les frais d’exploitation et la dette.