ברגוליו הואשם באי-נקיטת עמדה ובהימנעות מעיסוק במצב הפוליטי בתקופת החונטה הצבאית והמלחמה המלוכלכת, כשהשלטונות עצרו והעלימו אלפי מתנגדים. העיתונאי הוראסיו ורביצקי אף האשים אותו כי הסיר את הגנתו משני ישועים, אורלנדו ז'וריו ופרנסיסקו חליקס, שהיו ידועים כבעלי דעות פרוגרסיביות. השניים נעצרו למשך חמישה חודשים ועונו. כמה ממתנגדיו אף טענו שתמך ישירות במשטר, ועורכי דין לזכויות אדם תקפו אותו כשסירב פעמיים להופיע בבית המשפט בדיונים שעסקו בעינוים וברציחתם של עצירים, לפני שהסכים לבסוף ב-2010. ברגוליו טען כנגדם כי פעמים רבות הסתיר אנשים שנרדפו בבניינים שהיו שייכים לכנסייה. כיום, הקונצנזוס אצל כל החוקרים שבחנו את הביוגרפיה של ברגוליו הוא שההאשמות נגדו לא היו נכונות.