Al desatarse la Guerra contra la Confederación Perú-Boliviana y al ser inminente la llegada al Perú del segundo Ejército Unido Restaurador (conformado por tropas peruanas y chilenas), empezaron las deserciones en el seno Estado Nor-Peruano en desmedro de la Confederación. El descontento contra Santa Cruz se hizo general y uno de sus adalides era el prefecto de Trujillo, el general Domingo Nieto. Orbegoso no se decidía a pronunciarse abiertamente y fueron sus generales los que lo hicieron, en Lima, el 30 de julio de 1838, declarando la separación de Estado Nor Peruano y la disolución de la Confederación. Orbegoso se resignó a los hechos consumados, asumiendo la dirección de la rebelión.