28 марта 1988 года верующие устроили «демонстрацию горящий свечей» за свободу церкви. В ноябре 1989 года в Праге произошла Бархатная революция. В 1990 году федеративное государство получило название Чехословацкая Федеративная Республика. В июне 1991 года советские войска покинули Чехословакию. В это время получил распространение лозунг «возврат в Европу». Новыми целями государства стало присоединение к Европейскому сообществу и блоку НАТО. В 1990—1993 годах Словакия погрузилась в тяжёлый экономический кризис. Промышленное производство в 1993 году по сравнению с 1989 годом сократилось почти в 1,5 раза, железнодорожные перевозки по сравнению с докризисным уровнем — в 2 раза. В 1993 году безработица достигла 368 095 человек. Имущество, национализированное или конфискованное после 1948 года, подлежало реституции. В 1991—1992 годах большая часть мелких предприятий были приватизированы. В 1992—1994 годах проходила приватизация крупных предприятий, включая фабрики, гостиницы, универсальные магазины. На выборах в парламент коммунисты Словакии получили всего 13,3 % голосов. Закон о люстрации 1991 года запретил бывшим членам КПЧ в течение пяти лет занимать высокопоставленные должности в государстве. На выборах 1992 года победу одержала партия Движение за демократическую Словакию, набравшая 37,7 % голосов.