Triple champion du monde junior dont une fois sur l'individuel en 1988 en tant que représentant de la RDA, Mark Kirchner commence sa carrière internationale sénior au sein d'une équipe est-allemande qui vit ses dernières heures durant la saison 1989-1990, alors l'Allemagne se trouve engagé dans le processus de la réunification. Il monte déjà sur ses premiers podiums en individuel et en relais à Walchsee, ce qui lui vaut d'être sélectionné pour les Championnats du monde de Minsk. Il gagne ses premiers titres sur les deux épreuves finalement disputées à Oslo en raison du manque de neige à Minsk : le sprint et la course par équipes, avec Raik Dittrich, Birk Anders et Frank Luck. Courant désormais pour l'Allemagne, il confirme ces résultats en 1991, remportant les titres mondiaux sur le sprint, l'individuel et le relais. Après une nouvelle victoire à Holmenkollen, il se hisse au deuxième rang de la Coupe du monde. Lors de la saison suivante, il se concentre sur les Jeux olympiques à Albertville, où il remporte la médaille d'or sur le sprint devant son compatriote Ricco Groß, ainsi que sur le relais et gagne aussi une médaille d'argent sur l'individuel. En 1992-1993, il connaît un nouvel hiver riche en résultats, puisqu'il ajoute trois victoires à son palmarès dont un troisième titre mondial de sprint à Borovets. En 1994, il échoue pour la première fois à monter sur un podium individuel en Coupe du monde, mais conserve le titre olympique du relais à Lillehammer, où il est le porte-drapeau de la délégation allemande. Jusqu'en 1997 et l'individuel de Nagano, il remporte seulement le titre mondial du relais en 1995, son septième et dernier titre. En 1998, il n'obtient pas de résultats suffisants pour pouvoir se qualifier pour les Jeux olympiques et s'essaie sur le ski de fond, sans obtenir de grand succès, participant seulement aux Championnats du monde 1999.