Il est ensuite affecté à l’armée d'Italie (1794-1797). Il y devient officier géographe et cartographe officiel de l’armée d'Italie en raison de ses talents artistiques. Il participe à la première campagne d’Italie sous les ordres de Napoléon Bonaparte. Il combat notamment à la bataille d'Arcole. Bonaparte le choisit comme dessinateur et peintre afin de populariser ses victoires auprès des Français. Bacler d'Albe réalise à cette occasion à Milan en l’An V l’un des premiers portraits de Napoléon Bonaparte. Nommé par Bonaparte chef du Dépôt de la Guerre de la République cisalpine, il cartographie l'Italie entre 1797 et 1799, alors que Bonaparte est revenu en France.