Vuonna 2000 Güneş nousi Turkin maajoukkueen päävalmentajaksi. Hänen johdollaan Turkki selvisi MM-kisoihin 2002 ensi kerran sitten vuoden 1954. Turkki eteni turnauksessa lopulta pronssiotteluun, jossa se kaatoi toisen isäntämaan Korean tasavallan ja juhli historiansa ensimmäisiä MM-mitaleita. Menestyksen johdosta Güneş sai jatkaa tehtävissään, kunnes Turkki karsiutui EM-kisoista 2004, ja hän sai potkut maaliskuussa 2004.