Během studené války zaujala PU ofenzivní postoj vůči socialistickým státům střední a východní Evropy a podporovala tamější opoziční hnutí. Vytvořily se podskupiny Panevropské unie, které v zemích východního bloku napomáhaly zhroucení komunistického systému. Tak byla například založena ještě před sametovou revolucí Panevropská unie Čechy a Morava (Paneuropa-Union Böhmen und Mähren) jejím dnešním předsedou Rudolfem Kučerou. Světovou pozornost vzbudilo také zorganizování panevropského pikniku u Šoproně, který 19. srpna 1989 umožnil 661 občanům tehdejší NDR vycestování přes maďarsko-rakouské hranice.