Mowbray gehörte spätestens ab 1214 zu den "Northerners", einer Gruppe von Baronen, die in scharfer Opposition zum König standen und unter Führung von Eustace de Vesci eine starke königliche Verwaltung ablehnten. Sie hatten alle 1214 die Teilnahme am Feldzug ins Poitou und auch die Zahlung eines Schildgeldes verweigert, da sich ihrer Ansicht nach ihre Lehnspflicht gegenüber dem König sich nicht auf Gebiete außerhalb Englands erstreckte. Ostern 1215 schloss Mowbray sich dem Heer der Adelsopposition an, das sich in Stamford gesammelt hatte. Nachdem die Rebellen dem König die Anerkennung der Magna Carta abgerungen hatten, gehörte Mowbray mit anderen Northerners 1215 zu den 25 Baronen, die die Einhaltung der Vorschriften der Magna Carta durch den König überwachen sollten. Mowbray versuchte dazu den Machtkampf für seine Zwecke auszunutzen, indem er für seine Familie die erbliche Verwaltung von York Castle beanspruchte. Der König gewährte ihm dies am 19. Juni. Als es ihm Herbst 1215 wieder zum offenen Krieg der Barone kam, wurde Mowbray als Rebell gegen den König namentlich durch Papst Innozenz III. exkommuniziert. Auch nach dem Tod von Johann im Oktober 1216 kämpfte Mowbray weiter gegen den neuen König Heinrich III., bis er im Mai 1217 in der Schlacht von Lincoln in Gefangenschaft geriet. Er kam erst nach dem Frieden von Lambeth im September 1217 wieder frei. Als Lösegeld musste er jedoch das Gut von Banstead in Surrey, das er von seiner Mutter geerbt hatte, an Hubert de Burgh übergeben und auf seine Ansprüche auf York Castle verzichten. Seine sonstigen Besitzungen, die vom König beschlagnahmt worden waren, wurden ihm im Oktober 1217 zurückgegeben. Während der Rebellion von William de Forz wurde Mowbray im Januar 1221 aufgefordert, dessen Burg Skipsea zu erobern. Er starb 1223 oder Anfang 1224.