Он сыграл большую роль в победе сборной Греции на чемпионате Европы 2004 года и был назван лучшим игроком турнира. 17 ноября 2004 года он провел свой 100-й матч за национальную команду, а в своей 101-й игре открыл счёт голам за сборную. Загоракису принадлежит рекорд Греции по числу игр за сборную и по количеству игр подряд (он не пропустил ни одного матча национальной команды в течение 12 лет). 22 августа 2007 года он сыграл последнюю игру за сборную в матче против сборной Испании.