W czasie bombardowania Warszawy cmentarz prawosławny nie poniósł strat, chociaż znajdował się na nim punkt opatrunkowy. Był natomiast areną masowych egzekucji ludności cywilnej w czasie rzezi Woli. Na cmentarzu miało miejsce rozstrzelanie 60 mieszkańców okolic ulicy Wolskiej oraz mord na ponad setce dzieci zamieszkujących przytułek św. Jana przy prawosławnej parafii św. Jana Klimaka. Zginął również personel przytułku oraz kapłani pracujący w cerkwi razem z rodzinami.