Už v roku 1988 bolo začaté projektovanie modernizácie hlavných tranzitných koridorov, na ktorých mali byť aplikované vyššie rýchlosti, ako dovtedy obvyklých /h. Práce na projekte sa pretiahli o. i. aj vďaka novembrovému prevratu v roku 1989, po ktorom bol projekt ďalej prepracovaný kvôli meniacej sa zahranično-politickej situácii, takže bol dokončený až v roku 1993. Vznikla tak sieť štyroch tzv. Tranzitných železničných koridorov, vytýčených na tratiach s dĺžkou v nadväznosti na celoeurópske dopravné koridory, stanovené v prvej polovici 90. rokov. Trate sú štátnymi nákladmi modernizované na rýchlosť až /h, čo navonok predstavuje hlavne budovanie protihlukových stien, napriamujúcich preložiek niektorých úsekov a prestavbu staníc, nástupíšť, výstavbu mimoúrovňových krížení miesto prejazdov atď. S modernizáciou týchto tratí sa začalo v roku 1993 na I. koridore v časti medzi Prahou a Českou Třebovou. Na najvýznamnejších trasách sú nasadzované súpravy Pendolíno s cestovnou rýchlosťou /h. Finančne náročnejšie preložky alebo úplne nové trate (napríklad tunelová vysokorýchlostná trať Praha – Beroun alebo takzvaný piaty koridor Praha – Liberec) sú vo fáze predbežných štúdií či úvah. Existujú aj rôzne plány na výstavbu nových regionálnych tratí, ale zatiaľ sa žiadny z týchto plánov nepribližuje realizácii.