La stagione 2015-2016 non inizia nel migliore dei modi. Gli andalusi vengono sconfitti per 5-4 dopo i tempi supplementari dal Barcellona nella gara che assegna la Supercoppa europea. In campionato la compagine di Unai Emery si classificherà settima, ma riuscirà ad ottenere nuovamente l'accesso in Champions League per la stagione successiva grazie al trionfo per 3-1 nella finale di Europa League, il 18 maggio a Basilea contro il Liverpool. Il Siviglia diviene la prima squadra capace di vincere per tre volte consecutive il trofeo. Questo tris di successi consecutivi in una competizione europea non si verificava da quarant'anni (quando il Bayern Monaco, nel 1975-1976, aveva vinto la sua terza Coppa dei Campioni consecutiva, facendo seguito all', che aveva conseguito un analogo risultato all'inizio di quel decennio). Il 22 maggio 2016 allo Stadio Vicente Calderón di Madrid il club andaluso è sconfitto per 2-0 dopo i tempi supplementari nella finale di Coppa del Re contro il Barcellona.