Er ist Nachfolger von Admiral Thomas H. Collins als "Commandant of the Coast Guard", dessen Amt er im Jahr 2006 übernahm. Sein Nachfolger ist sein bisheriger Stellvertreter, Vice Admiral Robert J. Papp. Am 1. Mai 2010 wurde Allen zum persönlichen Katastrophen-Beauftragten des Präsidenten für die Ölpest im Golf von Mexiko "(National Incident Commander for the Deepwater Horizon oil spill in the Gulf of Mexico)" ernannt; dieses Amt bekleidet er weiterhin.