I april 1861 ansattes han som kommandant på Als, fik kort efter befalingen over 3. bataljon, blev ved mobiliseringen 1863 kommandør for 2. infanteribrigade og avancerede nogen tid efter til generalmajor. Det var hans brigade, som førte kampen ved Mysunde, og her udmærkede han sig ved roligt og besindigt mod, hvilke egenskaber han ligeledes lagde for dagen ved forsvaret i Dybbølstillingen, hvor han fra 9. marts førte befalingen over 1. infanteridivision og som sådan skiftevis med general Glode du Plat førte kommandoen i Sundeved. For sin virksomhed her benådedes han med Kommandørkorset af Dannebrog af 1. grad. Den 15. april overtog general Peter Frederik Steinmann atter befalingen over sin division, og Vogt blev da kommandør for 5. brigade, men fik efter general du Plats fald kommandoen over 2. division. I maj måned stilledes han til disposition og erholdt derefter ved hærreduktionen efter fredslutningen sin afsked fra krigstjenesten. Han henlevede sine sidste år i København og døde 10. maj 1877. Han var en sjælden elskværdig personlighed og overlod også sine underordnede den fornødne selvstændighed, hvorimod han selv erkendte ikke at have de fornødne egenskaber til at føre en større troppestyrke.