Thomas Ziegler a fait ses débuts en Ligue Nationale A lors de la saison 1997-1998 avec les ZSC Lions. Il a signé en 1998 un contrat avec Ambri-Piotta, club avec lequel il gagne à deux reprises la Coupe continentale. Il est repêché en 2000 en au total par le Lightning de Tampa Bay, et jouera au total 5 matchs la saison suivante en LNH, disputant cependant la majorité des matchs avec les Vipers de Détroit en LIH.