В августе 1941 года был назначен помощником начальника оперативного отделения штаба 332-й Ивановской стрелковой дивизии им. М. В. Фрунзе, формировавшейся в городе Иваново. В октябре вступил в командование 1119-м стрелковым полком этой же дивизии. С 10 по 24 октября дивизия была передислоцирована под Москву, где, войдя в состав Московской зоны обороны, заняла оборонительный рубеж Красное, Чертаново, Царицыно, Братеево. В короткий срок ее части проделали большую работу по инженерному оборудованию полосы обороны. 7 ноября дивизия участвовала в параде на Красной площади в Москве. В конце декабря, после совершения комбинированного марша, она сосредоточилась в районе города Осташков и вошла в 4-ю ударную армию Северо-Западного фронта. В январе — марте 1942 года в составе Северо-Западного, а с 22 января — Калининского фронтов участвовала в Торопецко-Холмской и Демянской наступательных операциях. В мае Гнедин был переведен помощником начальника оперативного отдела штаба 39-й армии Калининского фронта. 16 августа 1942 года он назначается командиром 1172-го стрелкового полка 348-й стрелковой дивизии. В ноябре — декабре полк активно действовал в наступательных боях на ржевском направлении, в марте 1943 года участвовал в Ржевско-Вяземской наступательной операции.