Il regista incontrò subito difficoltà con la sceneggiatura e lo storyboard ed il suo lavoro procedette molto lentamente. Era timoroso infatti che il film non avrebbe incontrato i gusti del pubblico e non intendeva ancora, in queste fasi iniziali, rinunciare all'interesse dei più piccoli. Inoltre era la prima volta che si accostava alla creazione di una storia basata su un personaggio realmente esistito e con un arco narrativo che doveva coprire trent'anni di storia e che quindi era ben lontano dai soliti tre o quattro giorni in cui si esaurivano le vicende delle sue produzioni precedenti. Il soggetto, tra l'altro, era particolarmente delicato (la vita di un progettista di un aereo da combattimento per l'esercito imperiale) e suscitò dissensi anche all'interno dello studio, tra chi non voleva passare per apologeta della guerra; anche Miyazaki era consapevole di questo problema, visto che da sempre la sua passione per gli aeroplani militari strideva con il suo pacifismo. Il terremoto dell'11 marzo 2011, avvenuto a lavori già iniziati, pose il nuovo problema di quanto potesse essere indelicato, in quel momento, raffigurare nel film il sisma del Kantō del 1923.