Fue con motivo de la guerra con Colombia que la enseñanza francesa mostró sus deficiencias en el combate en terreno de selva. Esto llevó a reforzar la necesidad de crear una concepción táctica y estratégica de la guerra adaptada a la realidad peruana, dando impulso a la doctrina e instrucción propias, modernizando los planes de estudios y organizando cursos especiales para oficiales superiores. Los estudios también comprendieron las distintas disciplinas de ciencias sociales, el estudio de los diversos problemas nacionales (económicos, demográficos, sociológicos, políticos, etc.) y el diseño de los respectivos proyectos de desarrollo, por lo que entraron a enseñar los más destacados investigadores civiles, de diferentes tendencias ideológicas. En opinión de algunos, esto último fue una intromisión en asuntos que no correspondían a las Fuerzas Armadas, aunque por entonces estaba en boga la idea de que la defensa nacional no solo se circunscribía al campo estrictamente militar sino que abarcaba todo el ámbito político, social y económico de una nación, según la experiencia de las guerras mundiales.