Palackého snahy o posílení kolektivního českého vědomí začala záhy narušovat mladá generace českých liberálů, která nehodlala Palackého názory nekriticky přejímat, což si Palacký bral velmi osobně. Rodící se mladočeská frakce nesouhlasila zejména s odporem Palackého vůči polskému povstání roku 1863 a demokratizaci volebního práva. Když Palacký nemohl prosadit své vize uspořádání státu ani na říšské, ani na zemské úrovni, sepsal je alespoň roku 1865 v pojednání "Idea státu rakouského", obsahující i proslulou větu "„Byli jsme před Rakouskem, budeme i po něm!“" Rakousko-uherskému vyrovnání roku 1867 ovšem čeští politici s Palackým a Riegerem v čele nedokázali zabránit, neboť nedokázali získat účinnou podporu ani v Rakousku, ani ve Francii, ani v Rusku, kam česká delegace vykonala „pouť“. V reakci na rakousko-uherské vyrovnání pak 81 poslanců zemského sněmu v čele s Palackým a Riegerem vydalo 22. srpna 1868 české státoprávní prohlášení (státoprávní deklarace českých poslanců).