Во время второго раздела Речи Посполитой в 1793 году город был аннексирован Пруссией. С 1807 года он входил в состав просуществовавшего недолго польского Варшавского герцогства, а в 1815 году вошёл в состав Царства Польского, впоследствии полностью аннексированного Российской империей. В 1831 году в плоцкой ратуше состоялось последнее собрание сейма Царства Польского. Плоцк оставался резиденцией провинциального правительства и активным торговым центром; его экономика была тесно связана с крупной торговлей зерном. В начале XIX века был принят новый план города, поскольку новые жители продолжали прибывать в город. Многие из самых выдающихся зданий города в неоклассическом стиле были построены в этот период. В 1820 году было основано Плоцкое научное общество, а в конце XIX века в городе начала активно проводиться индустриализация. В 1863 году местные поляки участвовали в Январском восстании против России. Зыгмунт Падлевский, лидер восстания в района Плоцка, был казнён русскими в Плоцке в мае 1863 года. В 1905 году в Плоцке прошли крупные демонстрации польской молодёжи и рабочих.