Va renunciar com a primer ministre el 10 de febrer de 2012 per presentar-se a les eleccions presidencials. Va guanyar la primera volta i es va haver d'enfrontar en segona volta contra Mohamed Ialá Embaló. Abans de la segona volta es va produir un cop contra el govern civil i els militars ocuparen la capital, Bissau, enmig d'informes que anunciaven la seva mort mort. No obstant això, Gomes i el president Raimundo Pereira van ser detinguts pels militars quan començaren els trets a la capital Bissau. El President de la Unió Africana, Jean Ping, va emetre un comunicat rebutjant el cop i va exigir l'alliberament de Pereira i Gomes. El Consell de Seguretat de les Nacions Unides va emetre un comunicat dient que "condemnaven enèrgicament la presa per la força del poder".