Alla fine del 2016 la squadra colombiana divenne la prima compagine non europea ad aggiudicarsi il titolo di "Squadra mondiale dell'anno IFFHS" ma complici anche delle cessioni importanti&lt;ref name="Transfermarkt.it/atletico-nacional"&gt;&lt;/ref&gt;, non riuscì a ben figurare alla Coppa del mondo per club FIFA 2016, cui ebbe accesso in qualità di campione del Sudamerica in carica. Il 14 dicembre 2016 l'Atlético Nacional debuttò nel torneo affrontando in semifinale al Suita City Football Stadium i giapponesi del Kashima Antlers, che vinsero per 3-0. Il 18 dicembre i colombiani ottennero il terzo posto nella competizione battendo ai tiri di rigore all'International Stadium Yokohama i messicani del Club América (2-2 dopo 120 minuti di gioco).