Los primeros combates directos aire-aire entre el "F-104" y el "MiG-21" tuvieron lugar durante la Guerra Indo-paquistaní de 1971. Los nuevos MiG volados por la IAF derribaron a cuatro "Starfighter" de la PAF sin sufrir ninguna pérdida. La primera pérdida ocurrió el 12 de diciembre de 1971, cuando los "MiG-21FL" del Escuadrón No. 47 de la IAF derribaron un "F-104A" volado por el Comandante de Ala Mervyn Middlecoat sobre el Golfo de Kutch. Los siguientes tres "F-104A" de la PAF fueron derribados cinco días después, el 17 de diciembre, dos por "MiG-21FL" de la IAF del Escuadrón No. 29 sobre Uttarlai, Rajasthan, y el tercero por otro "MiG-21FL" del mismo escuadrón, más tarde el mismo día. La única victoria que los "F-104" consiguieron, fue el derribo de un Su-7 indio, con AIM-9, siendo el último éxito operativo que tuvo el "F-104" en el servicio pakistaní.