1794 war Neersen im Rahmen des Ersten Koalitionskrieges von französischen Revolutionstruppen besetzt worden. Es wurde bekannt, dass die französische Besatzungsregierung Säkularisation betrieb, das heißt viele Klöster und Kirchen auflöste und deren Besitztümer einzog. Um die Neersener Kirche zu erhalten, erwirkte der letzte Guardian des Klosters, Leopold Eggerath, dass am 18. September 1798 Neersen von der Mutterpfarre Anrath getrennt und zu einer eigenständigen Pfarre erhoben wurde. Die Klosterkirche wurde neue Pfarrkirche und Eggerath erster Pastor der neuen Pfarre. Die übrigen Ordensmitglieder konnten zunächst im Kloster verbleiben; einige von ihnen verließen nach und nach Neersen, um andernorts Seelsorgestellen zu übernehmen. Die französische Regierung löste im Rahmen der Säkularisation das Kloster 1802 offiziell auf und zog das Klostergebäude und die dazugehörigen Ländereien ein. Auch die 1654–61 erbaute und am 21. Dezember 1771 vom Erzbischof dem Orden übereignete Wallfahrtskapelle Klein-Jerusalem bei Neersen wurde eingezogen und geschlossen. Von den damals noch 11 verbliebenen Brüdern blieb neben Pastor Eggerath nur Pater Tobias Flamme als Vikar in Neersen.