En 1999, la SDSM présente l'ancien président de l'Assemblée Tito Petkovski à l'élection présidentielle, mais celui-ci est battu au second tour, avec 47 % des voix, par le candidat conservateur Boris Trajkovski. Les sociaux-démocrates rejoignent deux ans plus tard le gouvernement d'union nationale que forme Georgievski en , en réaction à l'insurrection albanaise, Crvenkovski ne rejoignant pas lui-même le cabinet. La SDSM en sort au bout de six mois.