Under tredje del av kvalifiseringen for Monaco mistet Pérez kontrollen over bilen like etter han kom ut av tunnelen, dreide mot høyre og traff autovernet, før han skled videre over sjikanen og traff TecPro-barrieren sidelengs med stor kraft. Man kunne se at Pérez holdt hendene rundt hodet for å beskytte det like før det siste sammenstøtet. Kvalifiseringen ble stoppet og banemannskaper og medisinsk personell fikk frigjort Pérez fra bilen. En talsmann for Sauber bekreftet at Pérez var ved bevissthet og i stand til å snakke etter ulykken, og var kjørt til banens medisinske senter. Han pådro seg en forstuvning i hofta og en hjernerystelse, og deltok derfor ikke i løpet dagen etter. To uker senere, til Canadas Grand Prix, kjørte Pérez den første delen av fritreningen på fredag, men følte seg ikke frisk nok og bestemte seg for å ikke delta videre, og ble erstattet av Pedro de la Rosa. Pérez var tilbake i Valencia for Europas Grand Prix, og kom i mål som nummer 11 etter å ha forsøkt å kjøre løpet på en enstopp-strategi. I Storbritannias Grand Prix kom Pérez på 7.-plass, hans beste F1-plassering til da, og i Tyskland kom han i mål som nummer 11. I Ungarn kvalifiserte han seg som nummer 10, men etter et skuffende løp og en gjennomkjøringsstraff for forbikjøring under gult flagg kom han i mål på 15.-plass.