През 1994 г. ВМРО-ДПМНЕ минава в опозиция, на 6 – 7 май 1995 г. се провежда Вторият конгрес на ВМРО-ДПМНЕ в Кичево. През 1998 г. отново печели изборите. Партията сформира четвърто поред правителство на Република Македония в коалиция с Демократическата партия на албанците и Демократическата алтернатива, като за министър-председател е избран Люпчо Георгиевски. На президентските избори през 1999 г., побеждава кандидатът на ВМРО-ДПМНЕ Борис Трайковски, който загива трагично в самолетна катастрофа през 2004 г. През 2002 г. ВМРО-ДПМНЕ губи парламентарните избори, главно заради нестабилността на страната след военния конфликт в Република Македония от 2001 г.