Il punto di svolta della carriera di Eberharter fu legato a un fatto estraneo alle gare: nell'agosto 2001 Maier fu coinvolto in un grave incidente in motocicletta e la sua momentanea uscita di scena permise a Eberharter di imporsi al vertice dello sci alpino. Nella stagione 2001-2002 in Coppa del Mondo salì diciassette volte sul podio, vincendo dieci gare tra le quali diverse classiche dello sci alpino: la discesa libera della Saslong in Val Gardena il 15 dicembre, quella della Lauberhorn di Wengen il 12 gennaio, le due prove veloci di Kitzbühel (il supergigante della Streifalm e la discesa libera della Streif) il 18 e il 19 gennaio e il supergigante della Kandahar di Garmisch-Partenkirchen il 27 gennaio; a fine stagione si aggiudicò le sue prime coppe di cristallo, quella generale (con 606 punti di vantaggio sul norvegese Kjetil André Aamodt) e quelle di discesa libera (superando il connazionale Fritz Strobl di 290 punti) e di supergigante (con 44 punti in più dello svizzero Didier Cuche), mentre nella classifica di slalom gigante fu 3º. Il 2002 fu anche l'anno del congedo olimpico dell'atleta austriaco e ai XIX Giochi olimpici invernali di conquistò una medaglia in ognuna delle tre gare cui prese parte: l'oro nello slalom gigante, l'argento nel supergigante e il bronzo nella discesa libera.