Als Maria 1692 wieder die für sie sehr belastende Regentschaft für ihren abwesenden Ehemann führte, dürfte sie mehr Entscheidungen als im Vorjahr erst nach Rücksprache mit Wilhelm getroffen haben. Möglicherweise war er mit einigen ihrer früheren Beschlüsse nicht zufrieden gewesen. Ende April drohte eine französische Invasion Englands. Ein Betrüger namens Robert Young gab außerdem zu dieser Zeit an, dass angeblich ein Komplott zur Rückführung Jakobs II. auf den englischen Thron im Gange sei. Darin wäre u. a. auch der Earl of Marlborough verwickelt, der deshalb im Mai und Juni auf Marias Befehl bis zur Aufdeckung des Schwindels fünf Wochen im Tower verbringen musste. Viele Offiziere fürchteten aber nach der Verhaftung Marlboroughs, dass eine Säuberungswelle bevorstehe. Gerüchteweise plante eine Reihe von Seeoffizieren, mit ihren Mannschaften auf die Seite von Marias Vater zu wechseln. Die Königin schrieb daraufhin einen eindringlichen Brief an den Admiral Edward Russell, in dem sie ihr Vertrauen in die Pflichttreue der Seestreitkräfte betonte. Dies bewirkte eine Loyalitätsbekundung von 64 Marineoffizieren. In der Schlacht bei La Hogue () konnte die vereinigte englisch-niederländische Flotte sodann einen entscheidenden Seesieg über das von Tourville befehligte französische Geschwader erringen, woraufhin Frankreich die Invasionspläne Englands aufgeben musste. Maria machte den siegreichen Marinemannschaften ein bedeutendes Geldgeschenk und kündigte den Bau eines Spitals für verletzte Seeleute in Greenwich an. Ihre Beziehung zu ihrem Vater verschlechterte sich hingegen weiter, als dessen Beteiligung an einem Mordkomplott gegen Wilhelm entdeckt wurde.