Die Eidgenossen eroberten 1415 den Aargau und beendeten die Herrschaft der Habsburger. Rietheim gehörte nun zum Amt Zurzach der Grafschaft Baden, einer Gemeinen Herrschaft. 1529 traten die Einwohner der Kirchgemeinde Zurzach (die auch Rietheim umfasste) zur Reformation über. Nach dem Zweiten Kappelerkrieg von 1531 mussten die Reformierten in der Grafschaft Baden grosse Benachteiligungen hinnehmen. In Rietheim blieb trotzdem eine Mehrheit bei der evangelischen Konfession. Der Sieg der reformierten Stände im Zweiten Villmergerkrieg von 1712 brachte dann die Gleichberechtigung der Konfessionen in den Gemeinen Herrschaften.