Il ne dispute aucune compétition internationale majeure en 1989 mais établit néanmoins un nouveau record du monde en salle le à Osaka avec un saut à . Il s'incline à deux reprises face à Rodion Gataullin, qui devient d'ailleurs cette même année le premier athlète à franchir six mètres lors d'une compétition en salle. En 1990, Sergueï Bubka franchit lors du "meeting" en salle de Donetsk, mais est victime d'une blessure à la cheville. Il ne peut défendre son titre lors des Championnats d'Europe de Split et doit se contenter de la sixième place finale avec un saut à . Pour la première fois depuis 1983, il ne figure pas en tête des bilans mondiaux de fin d'année, le titre de meilleur « performeur » mondial revenant en 1990 à Rodion Gataullin ().