Pius XII, antic nunci apostòlic a Alemanya, es va convertir en Papa en vigílies de la guerra. El seu llegat és impugnat. Com a secretari d'estat del Vaticà, va advocar per la distensió a través del Concordat del Reich, amb l'esperança de construir confiança i respecte dins del govern de Hitler, i va ajudar a redactar el ban antinazi "Mit brennender Sorge". La seva primera encíclica, "Summi Pontificatus", va anomenar la invasió de Polònia una "hora de foscor". Va afirmar la política de neutralitat del Vaticà, però va mantenir vincles amb la Resistència alemanya. La controvèrsia que envolta les seves reticències a parlar públicament en termes explícits sobre els crims nazis continua. Va utilitzar la diplomàcia per ajudar les víctimes de la guerra, va pressionar per la pau, va compartir intel·ligència amb els aliats i va emprar la Ràdio Vaticana i altres mitjans per a parlar contra atrocitats com assassinats de raça. En "Mystici corporis Christi" (1943) va denunciar l'assassinat dels minusvàlids. Va seguir una denúncia dels bisbes alemanys de l'assassinat dels "innocents i indefensos", inclosos «"persones d'una raça o descendència estrangera"». Mentre l'antisemitisme nazi abraçava els principis racials pseudocientífics moderns, les antipaties antigues entre el cristianisme i el judaisme contribuïen a l'antisemitisme europeu. Sota Pius XII, l'Església va rescatar milers de jueus emetent documents falsos, pressionant els oficials de l'Eix, amagant-los en monestirs, convents, escoles i altres llocs; incloent-hi el Vaticà i Castel Gandolfo.