Orignalmente, los mames lo llamaban «Jigüehal», pero tras la conquista española el poblado se llamó «Santa Ana Malacatán» en honor a Santa Ana; ahora bien, debido que el municipio era confundido con los municipios de Santa Ana Huista, del departamento de Huehuetenango y Malacatán del departamento de San Marcos el nombre fue diminutizado por los españoles agregándole el término «cito» al final. «Malacatán», a su vez, proviene de los vocablos náhuatl «malacate» (español: «Hueso para hilar») y «tlan» (español: «lugar»), que quieren decir «Lugar junto a los huesos de hilar».