Когда началась Вторая мировая война, то правительство Австралии вновь стало формировать Австралийские имперские силы, и в октябре 1939 года Аллен стал командиром 16-й бригады 6-й дивизии. В 1940 году он с войсками отправился в Северную Африку, принимал участие в сражении за Бардию и осаде Тобрука. Затем австралийцы были переброшены в Грецию, но кампания в Греции сложилась для Британского Содружества неудачно, и им пришлось срочно эвакуироваться назад в Египет. После этого он был поставлен во главе 7-й дивизии, и принял участие в оккупации Сирии и Ливана. В августе 1941 года Артур Аллен получил звание генерал-майора.