しかし、劣勢な武漢国民政府は数カ月後の1927年8月19日には南京国民政府に合流することになり、結果、南京国民政府を主導する蔣介石の権力はより一層強固なものとなった。1928年4月8日に北伐が再開される。北伐に押され、北京から撤退した北方軍閥の張作霖が、6月4日に日本軍（関東軍）によって爆殺された後（張作霖爆殺事件）、1928年6月9日には国民党軍の北京入城によって北伐完了が宣布され、同年10月10日、蔣介石は訓政の実施を発布し南京を首都とする国民政府が正式に成立した。一方で、満州ではソ連に挑んだもののソ連軍に圧倒された（中ソ紛争）。さらに同年12月29日には東北の張学良が易幟を行ない国民政府に帰順する。ここにおいて、中華民国は各地の軍閥や共産党勢力といった反抗勢力を抱えつつも、南京国民政府によって一応の全国統一をみたのである。