После восстановления Карфагена и перенесения туда столицы провинции начался упадок Утики. В III веке здесь засвидетельствовано существование христианской общины. В 439 году римский город был разграблен вандалами, а в 534 году вошёл в состав Африканского экзархата Византии. Постепенное заиление гавани и изменение береговой линии лишило Утику её значения в торговле, а после арабского завоевания в 698 году незначительное уже поселение окончательно исчезло.