W 1620 Bydgoszcz liczyła około 5 tysięcy mieszkańców wraz z przedmieściami. Potop szwedzki (1655–1660) przyniósł Bydgoszczy duże zniszczenia. Podczas zażartych walk (miasto kilkukrotnie przechodziło z rąk do rąk) wysadzony w powietrze został zamek oraz zginęła połowa mieszczan. 6 listopada 1657 na Starym Rynku król Jan Kazimierz i elektor Prus Książęcych Fryderyk Wilhelm Hohenzollern podpisali i zaprzysiężyli traktaty welawsko-bydgoskie, które stały się podstawą dla uniezależnienia od Polski Prus Książęcych.