Vào tháng 5 năm 1859, Áo phải chịu một thất bại quân sự trong Trận Varese và vào tháng 6 tại Magenta trước lực lượng kết hợp của Pháp và Sardinia. Hoàng đế từ chối thừa nhận mức độ nghiêm trọng của tình hình ngày càng khó khăn lớn ở quê nhà và nắm quyền chỉ huy trực tiếp quân đội dù không phải là một quân nhân chuyên nghiệp. Cuối tháng đó, một thất bại nữa trong Solférino đã đóng dấu số phận của Áo, hoàng đế thấy mình phải chấp nhận các điều khoản của Napoléon tại Villafranca. Áo đồng ý nhượng Lombardia và quyền cai trị của các bang miền trung Ý sẽ được phục hồi. Tuy nhiên, điều thứ hai đã không bao giờ xảy ra vì trong năm sau, tất cả các nước này đều sáp nhập vào Vương quốc Sardinia-Piedmont. Đến tháng 4 năm 1860, Garibaldi đã xâm lược và nhanh chóng chinh phục Sicilia và đến tháng 2 năm 1861, Vương quốc Hai Sicilia không còn tồn tại, Francesco và Maria chạy trốn sang Áo.