מסתיו 1940, השתתף ה-SM.79 במלחמת איטליה–יוון ובפלישה ליוגוסלביה, תוך שהם מאוימים על ידי מטוסי חיל האוויר המלכותי, כמו גם תנאי מזג אוויר קשים. בזירת הים התיכון שימש ה-SM.79 כמטוס לאיסוף מודיעין וכמפציץ טורפדו.