Los primeros habitantes de Yupiltepeque fueron xincas. Los xincas hablaban tres lenguas que eran el xinca, maya y náhuatl por eso ha habido una gran confusión acerca de con qué lengua se identificaban mejor ya que los textos que dejaron estaban escritas en las tres lenguas, pero se oficializó que el xinca era el idioma más utilizado y además la forma de identificar lo que dejaron escrito. La región fue invadida por fuerzas españolas más o menos en la década de 1520 durante la conquista dirigida por Pedro de Alvarado con la ayuda de los indígenas cholutecas y cakchiqueles.