Nonostante la dittatura, la Grecia rimase in buoni rapporti con la Gran Bretagna e allo scoppio della Seconda guerra mondiale non si alleò con l'Asse. Il 28 ottobre 1940 l'Italia chiese alla Grecia la resa con un ultimatum, ma Metaxas si rifiutò di accettare l'ordine impostogli da Mussolini (eventi oggi commemorati in occasione del Giorno del No). Ne seguì la guerra fra Italia e Grecia, in cui le forze armate italiane furono respinte all'interno dell'Albania, rischiando anche di perdere Valona. La Grecia fece così registrare alle forze Alleate la prima vittoria nella Seconda guerra mondiale contro l'Asse. Dopo la morte di Metaxas nel gennaio 1941, l'intervento della Germania (con l'operazione Marita - 6 aprile 1941), che si voleva assicurare il fianco sud-orientale nell'imminenza dell'attacco all'URSS, fece capitolare in breve tempo le forze elleniche, ma l'occupazione nazifascista in Grecia non ebbe facile vita per via della resistenza. Più di civili greci morirono di fame durante l'inverno del 1941-42. Nel 1943 quasi l'intera comunità ebraica greca fu deportata in campi di sterminio nazisti. La Grecia soggiacque a un governo militare collaborazionista fino all'autunno del 1944, quando le forze tedesche, che dopo l'8 settembre 1943 avevano soppiantato ovunque le truppe di occupazione italiane, iniziarono a ritirarsi verso nord, per non restare tagliate fuori dalla penetrazione dell'Armata Rossa nei Balcani.