Morgan diseñó alrededor de 700 edificios en sus 50 años de carrera, muchos de los cuales eran casas de Arte y Oficios, particularmente en Berkeley, Oakland y Piedmont. Tenía especial prestigio entre las mujeres y le encargaron numerosos proyectos de clubes femeninos, escuelas y universidades además de residencias particulares. En 1912 diseñó la primera sede de la asociación feminista YWCA en Oakland. Al año siguiente Morgan trabajó en el primero de los 13 edificios en estilo Arts &amp; Crafts, precursor del modernismo para Asilomar, el retiro frente al mar de la YWCA cerca de Monterrey que todavía se mantiene en la actualidad como parque estatal y centro de conferencias. Morgan diseñó 28 edificios para la YWCA en California, Hawái y Utah incluido el interior de la YWCA para la Exposición Universal de San Francisco de 1915. En 1917 junto a Fay Kellogg y Katharine Cotheal Budd diseñan las Hostess Houses, un conjunto de 96 casas repartidas en las bases militares de Estados Unidos.