Уволенный в отставку по домашним обстоятельствам в январе 1794 года, Эмме уже в марте вернулся в строй и перевёлся в Тобольский пехотный полк, а в мае под командой генерал-майора Обрезкова участвовал в усмирении восставших поляков и литовцев под Жегерами и Шрупденом.