Lyhyen huollon jälkeen "Akagi" osallistui kolmen muun lentotukialuksen kanssa Midwayn taisteluun kesäkuussa 1942. Alusten koneiden pommitettua atollilla olleita yhdysvaltalaisjoukkoja, alukset joutuivat Midwayltä ja Yhdysvaltain laivaston lentotukialuksilta nousseiden lentokoneiden maaliksi. "Akagi" vaurioitui pahoin syösypommittajien hyökkäyksessä, ja aluksen pelastamisen osoittauduttua mahdottomaksi, määrättiin keisarillisen Japanin laivaston hävittäjät upottamaan alus.