Der erste Einsatz erfolgte durch die Royal Air Force während der Operation Iraqi Freedom im Jahr 2003. Gemäß britischen Angaben haben alle der 27 abgefeuerten Marschflugkörper ihre Ziele getroffen und vernichtet. Im Verlauf der Durchsetzung einer Flugverbotszone während des Bürgerkrieges in Libyen 2011 setzen die Royal Air Force, die Armée de l’air und die Aeronautica Militare Marschflugkörper vom Typ "Storm Shadow" ein. Im Zuge des Anti-Terroreinsatzes gegen die Terrororganisation "Islamischer Staat" setzt die Armée de l’air unter anderem Marschflugkörper vom Typ SCALP ein. Am 27. Juni 2016 gab das britische Verteidigungsministerium an, dass am Tag zuvor Kampfflugzeuge vom Typ Tornado GR.4 erstmals Storm-Shadow-Marschflugkörper im Kampf gegen den IS eingesetzt hatten. Die Ziele waren hierbei Bunker des IS, alle vier eingesetzten Storm Shadows trafen ihr Ziel. Im August 2016 setzte auch die Armée de l’air Storm Shadow-Marschflugkörper in Syrien ein. Am 21. August starteten elf Mirage 2000D je einen Storm Shadow gegen Ziele in Ar-Raqqa. Seit dem Beginn der französischen Luftangriffe gegen die Terrororganisation IS ("Opération Chammal") setzten französischen Flugzeuge 50 Storm Shadow ein.