Po bitvě na Bílé hoře byl kostel uzavřen a na přímluvu Dominika à Jesu Maria jej získal řád bosých karmelitánů, který jej roku 1625 na přání císaře Ferdinanda II. zasvětil Panně Marii Vítězné a sv. Antonínu Paduánskému. Mariánské patrocinium bylo zvoleno s ohledem na milostný obraz Panny Marie Vítězné ze Štěnovic, jehož zázračné moci bylo připisováno vítězství katolického vojska v bělohorské bitvě. Jeho barokní kopie se dodnes nachází ve vrcholovém oblouku hlavního oltáře. Spolupatrocinium sv. Antonína bylo císařovým osobním holdem k jeho osobnímu patronu a jmenovci.