米墨戦争のとき、ベイカーは短期間政界を離れ1846年7月4日にイリノイ志願歩兵第4連隊の大佐に任官された。ベラクルス包囲戦に参戦し、セルロ・ゴードの戦いでは1個旅団を率いた。ベイカーは1847年5月29日に栄誉の除隊を遂げた。1848年にスプリングフィールドに戻ったが、またアメリカ合衆国下院議員候補の指名をリンカーンと争うことを望まず、ガリーナに移って候補指名を受け、第31期アメリカ合衆国下院議員にホイッグ党員として当選した（1849年3月4日-1851年3月3日）。1850年の選挙では再度の候補指名を受けなかった。