Entre los siglos XVI y XVIII la iglesia sufrió varios incendios: en 1527, 1630, 1658 y 1716. En 1577 hubo un incendio que afectó a los corredores altos del claustro principal. El terremoto de Lisboa de 1755 afectó, sobre todo al claustro, al campanario y a la capilla de los Portugueses, situada en el compás.