בבית הרוחב יש 4 קפלות צידיות: קפלת רוזארי, קפלת הצלב, קפלת הבישוף וקפלת הטבילה (בפטיסטריום). קפלות אלה יוצרות מעין ספינות משניות, ומאחר שהן באותו גובה כמו הספינות המשניות הן יוצרות את הרושם כאילו גם בית הרוחב בנוי כמו ספינה בת 3 אגפים בדומה לספינה הראשית. כל קפלה מציגה על עמודי הקיר 4 פסלים של קדושים. מזבח אנטוורפן הפוליכרומי המפורסם, הבנוי בסגנון גותי מאוחר מסביבות 1530, היה בקפלת רוזארי עד 1986 אך כיום נמצא במוזיאון. הסרקופאג מהרנסאנס של ניקולס גרף פון זאלם שהגן על וינה בעת המצור הטורקי על וינה מ-1529, נמצא בקפלת הטבילה. הוא הוצב שם כאות תודה בידי פרדיננד הראשון, קיסר האימפריה הרומית הקדושה.