グラントのビックスバーグ方面作戦では、ジェイムズ・マクファーソンの第17軍団で第3師団を指揮し、1863年にビックスバーグ市中に入った最初の師団となり、占領後は軍政府長官となった。ビックスバーグ方面作戦での功績で名誉勲章を授けられた。1863年11月、ウィリアム・シャーマンの後を継いで第15軍団指揮官となった。さらにマクファーソンの戦死後、アトランタの戦い（1864年7月22日）ではテネンシー軍を指揮したが、その後でオリヴァー・O・ハワード少将が引き継いだ。1864年の選挙のためにイリノイ州に戻ったが、その後軍隊に戻り、カロライナ方面作戦ではその第15軍団を指揮した。