Hlavní problémem však byla třicetiletá válka, která vyplnila celou vládu Jiřího Viléma. Snažil se zůstat neutrálním mezi Svatou říší římskou, ve které vládli Habsburkové, Švédskem Gustava II. Adolfa, jemuž byl dokonce švagrem, a protestantskými vladaři severního Německa. Po roce 1631, ač s nechutí, se stal spojencem Švédů. Švédský král Gustav II. Adolf však roku 1632 padl v bitvě u Lützenu a iniciativa přešla na stranu Habsburků. Roku 1633 Jiří Vilém kapituloval před vojsky Albrechta z Valdštejna, rok nato po habsburském vítězství u Nordlingenu vypověděl alianci se Švédy a následně 30. května 1635 spolupodepsal s Ferdinandem II. Pražský mír.