Ensimmäisen juutalaissodan aikana Herodion oli yksi viimeisistä seloottien hallussaan pitämistä tukikohdista. Josephus mainitsee paikan antautuneen roomalaisten piirityksen jälkeen, mutta arkeologisten löytöjen perusteella paikan tiedetään kärsineen merkittäviä tuhoja tulipalossa. Toisen juutalaissodan aikana se oli Simon bar Kokhban hallinnon piirikunnallinen keskus. Bysantin valtakunnan kaudella kukkulalle rakennettiin luostari.