Il est issu d'une famille norvégienne. Au cours du , ses ancêtres quittèrent ce pays pour s'installer en Suède puis au , ils s'installèrent en Estonie. En 1779, le père du lieutenant-général Karl Fiodorovitch Baggovout acquis un brevet de capitaine dans l'armée du margrave d'Ansbach-Bayreuth. Le jeune Baggovout commença sa carrière militaire dans l'armée impériale de Russie à l'âge de 17 ans (1778). Au grade de sous lieutenant, il fut affecté dans le régiment d'infanterie de Tobolsk. En , le jeune officier fut transféré au régiment de Dniepr et prit part à la pacification des Tatars de Crimée. En 1783, il fut promu capitaine du régiment de Grenadiers de Sibérie ("Sibirski"), à ce grade, il s'illustra au cours de la guerre russo-turque de 1787-1792, notamment lors de la bataille de Rymnik () et la capture de la forteresse de Bender (3 novembre au ). Puis son état de santé se détériora, au grade de major, il fut contraint de quitter l'armée. Toutefois, en 1792, lors de l'insurrection de Tadeusz Kościuszko, Karl Fiodorovitch Baggovout réintégra les rangs de l'armée en qualité de bénévole, mais très vite, son courage lui permirent de reprendre officiellement du service dans l'armée impériale de Russie, au grade de , il fut réaffecté au régiment des Grenadiers de Sibérie. En 1794, nuit de Pâques, les habitants de Varsovie commencèrent à tirer sur les Russes désarmés, à cette époque, Boggovout se trouvant dans cette ville, réunit autour de lui une poignée d'hommes courageux et avec eux lutta contre la foule polonaise, ensemble, ils parvinrent à fuir hors de la ville. Le , il participa à la bataille de Maciejowice.