В июле 1941 года, вследствие оккупации Эстонии в ходе войны между Германией и СССР, последовало включение её в Рейхскомиссариат Остланд Германской империи. Митрополит Александр сразу же объявил о выходе из вынужденного подчинения Московскому патриархату по «каноническим и религиозным соображениям» и о восстановлении ЭАПЦ, получив 19 сентября 1941 года регистрацию германских властей как предстоятель ЭАПЦ. К концу года православие в Эстонии окончательно размежевалось — русские приходы подчинялись Павлу (Дмитровскому), сохранившему общение с РПЦ, а этнически эстонские — митрополиту Александру. Такое положение сохранялось недолго: в сентябре 1944 года Эстония была освобождена от оккупации немецких войск. Митрополит Александр и 23 священника эмигрировали.