Nepomuceno werkte met name aan religieuze beelden en houtsnijwerken. Veel van zijn werk waren beeld van bekende heiligen. Zo nu en dan botste zijn artistieke geest met de tijd waarin hij leefde. Zo werd zijn beeld "Esperitu y Materia" van een priester die een naakt meisje omhelsde geweigerd op een regionale tenstoonstelling in 1895. Zijn belangrijkste werk "13 de Agosto" werd geweigerd op de Louisiana Purchase Exposition in 1904. Dit werk toonde een lokale vrouw die met een bolo zwaaide naar een leeuw (vermoedelijk Spanje) en een adelaar (vermoedelijk de Verenigde Staten).