D'abord populaire, Ayub Khan est affaibli par la deuxième guerre indo-pakistanaise de 1965 puis la montée de l'opposition. Sous la pression d'un mouvement populaire, il quitte le pouvoir en 1969 mais le cède à un autre militaire, Yahya Khan. Ce dernier concède cependant les premières élections libres en 1970, remportées par deux formations de l'opposition de gauche. Largement en tête, la Ligue Awami réclame le pouvoir et l'autonomie du Pakistan oriental, ce que les militaires refusent. En 1971, la situation dégénère en une guerre de sécession, et cette partie orientale du pays se déclare indépendante et devient le Bangladesh grâce à l'intervention militaire de l'Inde.