Hecker volvió a servir en el Ejército en la Guerra hispano-estadounidense, donde estuvo a cargo del transporte de prisioneros españoles. Este servicio lo llamó la atención del presidente Theodore Roosevelt, quien en 1904 lo nombró para la Comisión del Canal de Panamá. Hecker también se desempeñó como Comisionado de Policía de Detroit, organizó varios bancos en el medio oeste y formó parte de las juntas directivas de Detroit Copper and Brass Rolling Mills, Míchigan Fire and Marine Insurance Company y Detroit Lumber Company.