Puhuessaan säätykokouksen avajaisistunnossa Versailles’ssa 5. toukokuuta 1789 Necker ei esittänyt selvää poliittista ja taloudellista uudistusohjelmaa, mikä jätti kokousedustajat tyytymättömiksi. Kolmannen säädyn edustajien julistauduttua kansalliskokoukseksi hän laati kompromissiehdotukseksi liberaalin uudistusohjelman, mutta vanhoillisen hovin yllytyksestä kuningas Ludvig XVI käski toimittamaan säädyille 23. kesäkuuta vain Neckerin ohjelman rajusti typistetyn version ja vaati edustajia palaamaan takaisin perinteiseen työskentelyjärjestykseen. Valmistautuessaan kansalliskokouksen hajottamiseen Ludvig XVI ilmoitti 11. heinäkuuta 1789 erottavansa Neckerin ja nimitti samalla Louis de Breteuilin johtaman taantumuksellisen hallituksen. Tieto uudistusmielisen Neckerin erottamisesta lietsoi Pariisissa vallankumouksellista liikehdintää ja johti välittömästi Bastiljin valtaukseen kolme päivää myöhemmin. Necker oli jo ehtinyt lähteä takaisin Sveitsiin, kun kuningas 20. heinäkuuta palautti hänet virkaansa.