À cette situation de déclin spirituel, se traduisant notamment par une pénurie de vocations, s’ajouta le désarroi financier, aggravé par l’action de la municipalité brugeoise libérale. À l’échelon national, l’État libéral qui s’était mis en place en 1830 n’était pas enclin à restituer leurs biens aux béguinages. Le parti libéral, aux affaires de 1848 à 1884, mena une politique résolument anticléricale. Les béguines avaient donc perdu pour de bon leurs biens et leurs revenus. Là où les béguines en étaient réduites à payer un loyer auprès des pouvoirs publics pour occuper leur maison et leur béguinage, l’institution dépérissait immanquablement pour finir par s’éteindre tout à fait.