Die Gegend des heutigen Municipios wurde früher von den Apachen bewohnt. Der Hauptort Agua Prieta wurde im Jahr 1899 gegründet. Die Erhebung zum Municipio erfolgte 1916. 1920, im Zuge der Mexikanischen Revolution wurde hier der Plan von Agua Prieta verkündet. Seit 1942 gilt der Hauptort Agua Prieta als Stadt.