Quando l'unico figlio di Ladislao, Luigi venne ucciso nella Battaglia di Mohács nel 1526 ponendo così fine al governo degli Jagelloni in Boemia, venne siglata una convenzione tra i nobili boemi e suo cognato, l'arciduca asburgico Ferdinando I d'Austria che venne eletto quale nuovo sovrano delle terre boeme. Assieme all'Arciducato d'Austria e al regno ungherese, le terre della corona boema andarono a costituire la Monarchia Asburgica che seguì quindi le sorte dell'Impero nei successivi secoli di storia. Nel periodo della riforma protestante vennero fatti dei tentativi di costituire una confederazione autonoma rispetto all'Impero in Boemia ma questi vennero a sfumare nel 1620 con la sconfitta dei protestanti e dei ribelli nella Battaglia della Montagna Bianca, fatto che consentì a Vienna di centralizzare ulteriormente l'amministrazione dello stato. Successivamente, gli Asburgo persero la Lusazia a favore dell'Elettorato di Sassonia nel 1635 con la firma della Pace di Praga, e gran parte della Slesia con Kladsko a favore di re Federico II di Prussia nel 1742 col Trattato di Breslau.