Na Krnovsku vznikaly evangelické sbory již na počátku 16. století. Po bitvě na Bílé Hoře však evangelické obyvatelstvo vymizelo. Významnější nárůst počtu lidí, kteří se hlásili k evangelictví je zaznamenáván až od poloviny 19. stol. V této době Krnov obývalo z naprosté většiny německé obyvatelstvo. V letech 1901–1903 byl vystavěn evangelický kostel na Husově náměstí. Po druhé světové válce a odsunu německého obyvatelstva tento evangelický sbor augsburského vyznání zaniká. Český evangelický sbor zde vzniká v roce 1949. Na sbor nastupuje farář Tomáš Holeček, v roce 1961 jej střídá Jan Hroch. V roce 1962 je evangelickému sboru odebrána fara, která připadne Veřejné bezpečnosti. V roce 1968 přichází farářka Jarmila Strádalová, v roce 1971 ji střídá Bronislav Kielar. V letech 1975–1978 prošel interiér i exteriér kostela kompletní rekonstrukcí. V roce 1989 nastupuje farář Milan Moletz, postupně sbor získává charismaticko-letniční charakter, v roce 1995 dochází k rozdělení sboru, přibližně polovina dosavadního sboru odchází a zakládá Křesťanské společenství. Při povodních v roce 1997 byl kostel podmáčen a musela být zrekonsruována podlaha v celém kostele. V letech 1997–2000 je sbor neobsazen, v roce 2000 nastupuje farář Otakar Mikoláš, kterého v roce 2003 střídá Radovan Rosický. V 2018 nastoupil farář Martin Litomiský.