Després del derrocament de Frederic III, els Colonna van entrar al servei de Ferran II d'Aragó, participant en la guerra contra els francesos sota les ordres de Gonzalo Fernández de Còrdova; en aquest nou conflicte Fabrizio va participar en les batalles de Ruvo i Cerignola, va combatre a les forces d'Yves d'Allegre als Abruços juntament amb Diego García de Paredes i també va participar en la decisiva batalla de Garellano.