In de jaren vijftig van de twintigste eeuw had de Hervormde Kerk in Vlissingen twee kerken in gebruik: de Grote of Sint-Jacobskerk en de Nieuwe Kerk. Laatsgenoemde had echter aanzienlijke waterschade opgelopen bij de watersnoodramp van 1953. Er werd daarom besloten om die kerk buiten gebruik te stellen en een nieuwe kerk in een uitbreidingswijk van Vlissingen te plaatsen. In 1954 werd begonnen aan de bouw van de nieuwe kerk aan de Bonedijkestraat, naar een ontwerp van architect prof. Berghoef. Het was een vierkant gebouw met horizontale accenten, voorzien van een klokkengevel. Op 9 november 1955 werd de kerk als Johanneskerk in gebruik genomen. In 1959 werd een wijkgebouw aan de kerk gebouwd. Naast de zondagsdiensten werd de kerk op zaterdag gebruikt door de Zevendedagsadventisten. Door afname van het aantal kerkgangers werd de kerk na veertig jaar gesloten voor de eredienst. Het gebouw werd verkocht aan woningbouwvereniging Basco en in 1996 gesloopt. Daarna is op het terrein een woontoren geplaatst, met de naam Harlekijnflat waarvan de bouw begon in 1999.