В 1968 году подписал манифест «Две тысячи слов». После советской оккупации в августе 1968 года вся семья по воле Евы Шванкмайер эмигрировала в Австрию. Здесь он снял свой второй фильм, в австрийской студии Петра Пулужа «Пикник с Вайсманном». В 1968 году он получил премию Макса Эрнста за фильм «)» на фестивале в Оберхаузене. В 1969 году семья решила вернуться в Чехословакию. В 1970 году он встретился с Вратиславом Эффенбергом и они вместе с Евой Шванкмайер стали членами «Чешской сюрреалистической коммуны».