После подписания Хуаном Австрийским Вечного эдикта Мондрагон не отправился в Италию с прочими испанцами, а, по-видимому, уехал в Лотарингию в поместья своей жены. После возвращения в Нидерланды иностранных войск Мондрагон вместе со своим бывшим подчиненным Франсиско Вердуго вернулся на службу. Участвовал во взятии Лимбурга, Далема и Маастрихта. В 1579 году Алессандро Фарнезе отправил его в Испанию с докладом королю о положении дел в Нидерландах. В 1580—1581 был членом военного совета герцога Пармского. Во главе его стоял граф фон Мансфельд, а Мондрагон был его заместителем. До 1582 года он также продолжал командовать своим валлонским полком, а затем был назначен кампмейстером старого терсио, элитного подразделения испанской пехоты, которое возглавлял до 1588 года. Участвовал в осаде Антверпена; после взятия города был назначен его шателеном и военным губернатором, после чего перестал лично командовать своим терсио. Управлял Антверпеном до своей смерти.