26 stycznia 1531 roku miasto zostało dotknięte przez trzęsienie ziemi, w którym zginęły tysiące jego mieszkańców. W dzień Wszystkich Świętych 1 listopada 1755 miało miejsce kolejne potężne trzęsienie ziemi (9 stopni w skali Richtera), które pochłonęło ok. 60 000 ofiar i praktycznie zrujnowało Lizbonę. Przetrwały jedynie zabudowania dzielnic Alfamy i Belém. Z inicjatywy ministra króla José I, markiza Pombala, miasto zostało odbudowane w jego dzisiejszym kształcie.