Ebenfalls 1803 erwarb Montgelas einen Landsitz in Bogenhausen, den er als Sommerresidenz nutzte. Er veranlasste dort mit der "Bogenhausener Brücke" den Bau der zweiten Münchener Brücke über die Isar am Ort der späteren Max-Joseph-Brücke. Im September 1805 floh der Hof mit Montgelas erneut – diesmal vor den österreichischen Truppen, die in Bayern einmarschierten – und zwar nach Würzburg. Er kehrte im Dezember 1805 nach München zurück, als Bayerns Bündnis mit Frankreich öffentlich geworden war und Napoleon gegen Österreich und Russland gesiegt hatte.