A nagy tengeri és légi csatákban a japán tengeralattjárók kevés szerepet játszottak. A midwayi csatában is alig vettek részt, bár a már megrongált "Yorktown" repülőgép-hordozót és az egyik segítségére siető rombolót sikerült egy japán tengeralattjárónak elsüllyesztenie. A Guadalcanalnál elsüllyesztették a "Wasp" repülőgép-hordozót és az "O’Brien" rombolót, valamint megrongálták a "North Carolina" csatahajót. Ezek az esetek azonban inkább kivételek voltak és gyakrabban vettek részt a kereskedelmi háborúban, hajtottak végre speciális küldetéseket, felderítő- és szállítói feladatokat. Bevetési területük lefedte a teljes Indiai-óceánt és a Csendes-óceánt Ausztráliától az Aleut-szigetekig. Egyes japán egységek eljutottak az Atlanti-óceánra is és a nyugat-franciaországi német bázisokról kiindulva tevékenykedtek. Érdekes, ám eredménytelen bevetéseik voltak 1942 nyarán az ausztrál Sydney és a madagaszkári Diego Suarez kikötők elleni támadások.