Verdenscupen i skiskyting 2008/09 ble innledet i Östersund (Sverige) den 3. desember 2008 og avsluttet i Khanty-Mansijsk (Russland) den 29. mars 2009. Skiskyttere fra 37 land konkurrerte i ti stevner med totalt 26 individuelle øvelser, seks stafetter og én mix-stafett. Verdensmesterskapet i Pyeongchang (Sør-Korea) i februar inngikk også i verdenscupen. Helena Jonsson (Sverige) og Ole Einar Bjørndalen (Norge) vant verdenscupen sammenlagt, sistnevnte for sjette gang.