В 17 лет Генри поступил юнгой на корабль и попал в Новый Орлеан. В Новом Орлеане юноша нашёл место в одном из торговых предприятий Генри Стэнли, купца с «мягким сердцем и твёрдым черепом», который отнёсся к нему как к сыну. Почерк Джона понравился купцу, и тот принял его в свою лавку. У Стэнли Джон прослужил три года. За это время он так понравился хозяину своей расторопностью, сообразительностью и трудолюбием, что тот произвёл его из «мальчиков» в старшие приказчики, а затем и усыновил его, благодаря чему Джон стал Генри Мортоном Стэнли. В период гражданской войны в США он записался волонтёром в армию Южных штатов. Генри М. Стэнли участвовал во всех походах армии генерала Эдварда Джонсона. В сражении при Шайло (1862) он попал в плен и вскоре вступил в армию Севера.