Die Pecosrivier ontspring uit die Pecos-waterval naby Santa Fe, Nieu-Meksiko, vloei in 'n suidoostelike rigting tot by Fort Sumner, waarvandaan dit in 'n suidelike rigting begin vloei. Die Pecosrivier bereik Roswell, bekend vir die Roswell-voorval. Verder suid bereik die rivier die deelstaat Texas, waar dit weer in 'n suidoostelike rigting begin vloei. Op die grens tussen die Verenigde State en Meksiko mond die Pecosrivier in die Rio Grande uit. Hier is die Rio Grande opgedam en vorm die Amistaddam.