כשנשיא ברית המועצות מיכאיל גורבצ'וב יזם את מדיניות הגלזנוסט, החל גמסחורדיה בארגון עצרות המונים שקראו לעצמאות גאורגיה, בין השנים 1987 ל-1990. לאחר שחרורו מהכלא של קוסטבה, בשנת 1987 ייסד עמו את אגודת איליה הקדוש הצדיק, שילוב של אגודה דתית ומפלגה פוליטית, ששימשה כבסיס לפעילותם. באפריל 1989 אירעה "הטרגדיה של 9 באפריל", טבח במפגינים כנגד המשטר הסובייטי, שהפך לאירוע מכונן בלאומיות הגאורגית החדשה, לקראת עצמאות המדינה. התקדמות הרפורמות הדמוקרטיות הואצה, והובילה לבחירות הדמוקרטיות הראשונות שנערכו בגאורגיה ב-28 באוקטובר 1990. מפלגתו של גמסחורדיה הצטרפה לארגוני אופוזיציה שונים ליצירת קואליציה בכינוי "שולחן עגול - גאורגיה החופשית". קואליציה זו זכתה ל-64% מהקולות, לעומת 29.6% להם זכתה המפלגה הקומוניסטית של גאורגיה. ב-14 בנובמבר 1990 נבחר ברוב קולות הפרלמנט להיות ליושב ראש של המועצה העליונה של הרפובליקה של גאורגיה, הפרלמנט הלאומי הראשון של גאורגיה בעידן הפוסט-סובייטי.