Botanisk haves historie går tilbake til 2. august 1600 da den første haven ble opprettet ved et kongelig gavebrev. Den lå ved nåværende Fiolstræde og Krystalgade, var liten og ble særlig benyttet av medisinere. Den inneholdt neppe særlig annet enn de vesentligste legeplanter, og kaltes ofte «Studiegårdens hortus medicus». Botanisk Haves midler var små og ofte tilfeldige; en vesentlig støtte var en gave på kronedaler som professor Rasmus Bartholin bidro med i 1696 slik at rentene kunne bidra til havens vedlikehold. En egen gartner var ikke ansatt og hele haven var bare et vedheng til en professorbolig hvor den tilfeldig innlosjerte professor sto for dyrkingen av haven uansett hvilke interesser eller kunnskaper han hadde på området. Det har neppe blitt dyrket mer enn cirka 200 arter og de var ordnet alfabetisk. Etter Københavns brann i 1728 ble haven ytterligere redusert da det måtte tas grunn fra den til gateutvidelser. Denne botaniske haven besto inntil 1778 da den ble redusert til lysthave til professorboligen.