Die Truppen der Liga trugen in den ersten Phasen des Dreißigjährigen Krieges wesentlich zu den Siegen der katholisch-kaiserlichen Seite bei. So schlugen sie 1620 das Heer der böhmischen Aufständischen am Weißen Berg vernichtend. Mit Hilfe spanischer Truppen wurde anschließend die Pfalz erobert. Dann stieß das Liga-Heer nach Norddeutschland vor und schlug 1626 die Truppen des dänischen Königs Christian IV. in der Schlacht bei Lutter am Barenberge. Nachdem der Kaiser ab 1626 begann, eigene Truppen unter dem Kommando von Wallenstein aufzustellen, nahm die Bedeutung der Liga ab. Nach dem Tod Tillys wurde Johann von Aldringen 1631 sein Nachfolger. Nach dem Tod von Aldringen am 22. Juli 1634 bei der Verteidigung von Landshut wurde Otto Heinrich Fugger († 12. Oktober 1644) der Nachfolger. In dieser Phase wurde das Heer der Liga fast allein von Bayern unterhalten.