Con el estallido de la Gran Guerra Patria, el ferrocarril del Lejano Oriente ya contaba con una infraestructura bien desarrollada. Se puso en pie de guerra en un período muy corto de tiempo y comenzó a suministrar el frente oriental con equipos militares, municiones y provisiones. La junta directiva proporcionó ferrocarriles de primera línea con el personal, material rodante, repuestos y materiales. Asimismo, el ferrocarril del Lejano Oriente jugó un importante papel en ayudar al ejército soviético en la derrota del ejército imperial japonés y aprovechar el sur de Sajalín y las islas Kuriles.