Sébastiani anslöt sig tidigt till Napoleon Bonaparte och deltog i Brumairekuppen 1799. Han utmärkte sig i slaget vid Marengo 1800 och deltog som divisionsgeneral i slagen vid Ulm och Austerlitz 1805. Han var fransk ambassadör i Konstantinopel 1806-1807 och organiserade där turkarnas segerrika motstånd mot engelska flottan. Därefter deltog han i Napoleons krig i Spanien 1809-1811 och i det ryska fälttåget 1812. Efter att ha anslutit sig till bourbonerna under den första restaurationen 1814-1815 övergick han under de hundra dagarna till Napoleon. När denne åter förlorade vid Waterloo flydde Sébastiani till England, men återvände redan 1816 till Frankrike.