W związku z licznymi podmyciami Góry Kawalerskiej, na której stał kompleks, przez wody gruntowe, gwardian Jakub Suwaliński doprowadził do wzmocnienia w latach 1749-1752 północnej ściany świątyni przez skarpy. W 1804 Prusacy dokonali kasaty klasztoru. Zabudowania zmieniono na szpital wojskowy, a od 1805 przez seminarium nauczycielskie. W 1806 kompleks ponownie pełnił rolę szpitala wojskowego, tym razem francuskiego, a od 1809 – polskiego. Następnie ponownie zmieniono go na seminarium nauczycielskie. W 1847 zabudowania przekazano Zakładowi dla Głuchoniemych. W 1931 kościół odnowiono, pod kierownictwem Stanisława Smogulnickiego. Podczas walk w 1945 ucierpiał dach świątyni. Renowacji dokonano w latach 1959-1961. Obecnie w budynkach poklasztornych znajduje się Ośrodek Szkolno-Wychowawczy dla Dzieci Głuchych, zaś kościół należy do parafii Kościoła Polskokatolickiego.