Wojny husyckie zahamowały dalszą budowę kościoła na kilkanaście lat, którą wznowiono dopiero po 1458 roku. Do 1468 roku gotowa już została główna nawa oraz wieża południowa, zwana Białą, na której murach (narożnik południowo-wschodni wieżyczki schodowej) znajduje się znak krzyża maltańskiego i data 1465. Prawdopodobnie wtedy miało miejsce wznowienie prac budowlanych po kolejnej przerwie. Budowę wieży północnej, zwanej Czarną, rozpoczęto w 1487 roku. Wysokością nie dorównywała wieży południowej, a jej budowę doprowadzono do poziomu przedostatniego gzymsu sąsiedniej, a zakończono ją przypuszczalnie ok. 1522 roku.