สมเด็จพระวรราชินีบรมบพิตร ประสูติเมื่อปีกุน สัปตศก มีพระนามเดิมว่า แป้น เป็นธิดาคนหนึ่งของพระยาสุภาธิบดี (โตจ) มีพระเชษฐารับราชการในราชสำนักกัมพูชา เป็นมหาดเล็กชื่อเหม อีกคนเป็นออกญาราชเดชะ (เอก) พระยาสุภาธิบดีถวายบุตรสาวแก่สมเด็จพระหริรักษ์รามมหาอิศราธิบดี หรือนักองค์ด้วง ช่วงสยามทำสงครามกับญวนที่เมืองพนมเปญเมื่อ พ.ศ. 2376 เบื้องต้นทรงเข้ารับราชการเป็นบาทบริจาริกาในตำแหน่งพระสนมชั้นแม่นาง ตามเสด็จนักองค์ด้วงเมื่อครั้งประทับอยู่วังเจ้าเขมรในกรุงเทพมหานคร จากการที่พระองค์ตามเสด็จพระสวามีไปกรุงเทพมหานคร ทำให้พระองค์มีความเป็นอยู่อย่างชาวสยาม บางแหล่งข้อมูลระบุว่าครอบครัวของพระองค์เป็นชาวสยาม สมเด็จพระวรราชินีประสูติการพระราชโอรส-ธิดาสามพระองค์ คือ