1948'e kadar hemen hemen aralıksız devam eden Yafa-Kudüs seferleri patlak veren 1948 Arap-İsrail Savaşı nedeniyle durduruldu. Savaş sonunda Beit Safafa ve Kudüs'ün güneydoğusundaki Arap muhiti Ürdün Arap lejyonunun eline geçti. Kudüs'e erzak götürülebilmesi amacıyla 1949 Ateşkes Antlaşması ile Ürdün'ün bu bölgelerdeki demiryolları kontrolünü İsrail Demiryolları'na bırakmasına karar verildi. Sonuç olarak Kudüs'te rayların güneyindeki topraklar Ürdün'de kaldı ve demiryoluyla rayların kuzeyindeki küçük bir bölüm ise İsrail'in kontrolüne bırakıldı. 7 Ağustos 1949'da tren seferleri tekrar başladı.