Il potere della Confederazione iniziò a calare dopo una serie di eventi accaduti nei decenni successivi. Una grande ribellione dei cosacchi ucraini nella parte sud-orientale del territorio (la rivolta di Chmel'nyc'kyj nell'odierna Ucraina) iniziò nel 1648. Ne derivò una richiesta ucraina, secondo i termini del trattato di Perejaslav, per la protezione da parte dello zar russo. L'annessione russa di parte dell'Ucraina soppiantò gradualmente l'influenza polacca. Un'altra grana per la Confederazione riguardò l'invasione svedese nel 1655, passata alla storia come diluvio, che fu sostenuta dalle truppe del duca della Transilvania Giorgio II Rákóczi e Federico Guglielmo I di Brandeburgo. I tartari del Khanato di Crimea e dell'Orda Nogai effettuarono delle incursioni per fare prigionieri schiavi quasi annualmente nei territori orientali controllati da Varsavia.