Vuodesta 1947 lähtien kibbutsia vastaan tehtiin jatkuvia hyökkäyksiä arabien taholta. Arabien ja juutalaisten välien konfliktin aikana Kfar Etzionin sijainti oli strateginen. Sitä tukikohtanaan käyttäen juutalaiset pystyivät häiritsemään liikennettä kohti Jerusalemia. 12. toukokuuta 1948 arabilegioona käynnisti hyökkäyksen siirtokuntaa vastaan. Kfar Etzion kukistui seuravana päivänä. Vangiksi jääneitä surmattiin Kfar Etzionin verilöylyssä. Alueen valtauksen jälkeen juutalaiset siirtokunnat tuhottiin ja niiden paikalle valmistui arabilegioonan tukikohta.