Berija satte straks i gang et omfattende amnesti for de 2,5 millionene som var blitt satt i arbeidsleirer i Stalin-tiden. Samtidig gikk han inn for at politiet skulle bruke mer humane metoder mot mistenkte forbrytere. Reformene, i kombinasjon med hans fremtredende rolle under Stalin, gjorde at han var mislikt av de andre sovjetlederne. I forbindelse med oppstanden i Berlin den 17. juni 1953 ble Berija sendt til Tyskland. Mens han var borte klarte Khrusjtsjov å vinne Malenkov over på sin side, og den 26. juni ble Berija arrestert. Han ble så anklaget for blant annet høyforræderi, terrorisme og kontrarevolusjonær virksomhet, og den offisielle historien er at Berija ble dømt til døden og henrettet i desember 1953. Andre kilder hevder imidlertid at Berija ble skutt så snart han var arrestert.