Рейтер піддав різкій критиці придушення заворушень у НДР, що відбулися в серпні 1953 року. Через кілька тижнів після цих подій Рейтер помер у віці 64 років від наслідків грипу. Після публікації інформації про смерть бургомістра багато берлінців в пам'ять про Ернста Рейтера не змовляючись поставили у вікнах запалені свічки. Ернст Рейтер похований на Целендорфському лісовому кладовищі в Ніколасзі. Проводи політика зібрали понад мільйон берлінців.