У віці 22 років Елеонора Софія стала дружиною 25-річного кронпринца Ангальт-Бернбургу Крістіана, свого кузена з материнського боку. Весілля пройшло 28 лютого 1625 у Аренсбеку. Наречений мав добру фігуру та привабливі риси обличчя, дар всюди заводити друзів і, разом з тим, відзначався хоробрістю. Він отримав чудове виховання, здійснив кілька освітніх поїздок до європейських країн, цікавився мистецтвом та вів докладний щоденник. В ході Тридцятилітньої війни брав участь у битва на Білій Горі й потрапив у полон, але зміг домогтися прощення імператора Фердинанда II й невдовзі повернувся на батьківщину.