В 2006 году команду вернула себе название «Спартак», однако в 2007 году один сезон выступала под названием ФК «Цхинвал», после чего, в 2008 году, вновь переименовалась в «Спартак». 23 августа 2008 года «Спартак» сыграл на своём поле товарищеский матч с владикавказской «Аланией», посвящённый памяти погибших в вооружённом конфликте в Южной Осетии.