Sousa zeichnete nach dem Erdbeben von Lissabon 1755 für den Neu- und Wiederaufbau zahlreicher Paläste und Kirchen verantwortlich, darunter der Palácio Nacional da Ajuda, der Palácio dos Duques de Palmela, die Igreja da Encarnação, die Igreja de São Domingos und die königliche Kapelle im Palácio da Bemposta. 1771 schuf er die Bibliothek im Palácio Nacional de Mafra.