Da Margrete, hendes søn og svigerdatter Anne var klar til at slutte sig til Warwick i England, havde situationen igen vendt sig til fordel for York-fraktionen, og jarlen blev besejret og dræbt af den tilbagevendende kong Edvard IV i Slaget ved Barnet den 14. april 1471. Margrete blev tvunget til at lede sin egen hær i Slaget ved Tewkesbury den 4. maj 1471, hvor Lancaster-styrkerne blev besejret og hendes 17 år gamle søn Edvard fra Westminster blev dræbt. Omstændighederne omkring Edvards død er aldrig opklaret. Det vides ikke, om han blev dræbt i kamp eller henrettet efter slaget af hertugen af Clarence. Hvis han døde i kamp, havde han været den eneste prins af Wales, der gjorde det. I de foregående ti år havde Margrete fået ry for aggression og hensynsløshed, men efter sit nederlag ved Tewkesbury og sin eneste søns død, tabte hun fuldstændig ånden. Efter at hun blev taget til fange af William Stanley i slutningen af slaget, blev hun holdt fængslet på kong Edvards ordre. Hun blev først sendt til Wallingford Castle og derefter overført til det mere sikre Tower of London. Henrik 6. sad også fængslet i Tower efter Tewkesbury, og han døde der om natten den 21. maj. Årsagen til hans død er ukendt. I 1472 kom hun i sin tidligere hofdame Alice Chaucer, hertuginde af Suffolks, varetægt, hvor hun blev, til hun blev købt fri af Ludvig 11. i 1475.