In seguito alla naturalizzazione, debuttò in Nazionale maggiore il 1º giugno 2004, in occasione dell'incontro di La Paz con il , valido per le qualificazioni al . Nel 2004 venne incluso nella lista per la Copa América. Esordì nella competizione il 6 luglio contro il , da titolare: mantenne il suo posto anche contro (9 luglio) e (12 luglio). Durante tutta la fase di qualificazione a Germania 2006 Fernández fu la prima scelta nel suo ruolo sotto la guida di Ramiro Blacut prima e Ovidio Messa poi. Totalizzò 17 presenze con la selezione boliviana, di cui 13 nelle qualificazioni al Mondiale e 3 in Copa América.