1941 decemberében nevezték ki admirálissá és ő lett Husband E. Kimmel tengernagy utóda a Csendes-óceáni Flotta élén. Ott volt a csendes-óceáni hadszíntér minden fontosabb ütközeténél, így a Korall-tengeri, a midwayi csatában és a Salamon-szigetek elfoglalásánál. Taktikája sokban különbözött Douglas MacArthur tábornokétól, ami miatt ellentét alakult ki közöttük. 1944. december 9-én nevezték ki az egész Csendes-óceáni Flotta parancsnokának. Ott volt 1945. szeptember 2-án a USS Missouri csatahajó fedélzetén a fegyverszünet aláírásakor. 1947-ben vonult nyugdíjba.