En 1943, visitó Japón viajando en submarinos alemanes y japoneses. En Japón organizó el Ejército Nacional Indio (ENI) y estableció un gobierno en el exilio. Durante la guerra las islas de Andamán y Nicobar estuvieron bajo el control de este ejército. El ENI luchó contra los británicos en el norte de India, pero los indios pobremente entrenados y armados y sin real respaldo de los japoneses, fueron derrotados con millares de bajas. Los esfuerzos de este ejército cesaron con la rendición de los japoneses en 1945. Si bien no se tiene total certeza, parece ser que Subhash Chandra Bose murió en un accidente aéreo en agosto de 1945.