Après l'armistice du 22 juin 1940, le bataillon se reconstitue à Chambéry sous l'autorité du gouvernement de Vichy. Il appartient alors à la DBCA. En le 13 est dissout à la suite de l'invasion de la Zone libre par les Allemands. De nombreux cadres et chasseurs du bataillon rejoignent alors les maquis de Savoie et de Maurienne à partir desquels sera recréé le 13 à la libération.