При слабых наследниках Мухаммеда Али, во второй половине XIX века, Египет превратился в полуколонию европейских держав и был оккупирован британскими войсками в 1882 году. Строительство дорог, каналов, перерабатывающих предприятий, рост внешней торговли привели к наплыву из-за рубежа большого числа количества технических специалистов, торговцев и предпринимателей. Среди иммигрантов было много православных греков и сирийцев, заполнивших важные социальные ниши (бизнес, издательское дело, журналистика, образование). К началу XX века православная община (главным образом за счёт иммиграции) насчитывала уже около 100 тысяч человек (63 тысяч греков, остальные — арабы). Клир Александрийского патриархата на тот момент насчитывал (помимо Патриарха) два митрополита и 50 клириков.