После возврата Эстонии под контроль Советского Союза был вынужден покинуть родину. В советской Эстонии Канта называли предателем; в вину ему, в частности, вменялась передача Эстонскому правительству в изгнании драгоценного металла из фондов Тартуского университета, расцененная как кража.