Situé en contrebas du village, le domaine viticole de Flavigny est très ancien. Il était déjà renommé en 741 et sa superficie atteignait 480 hectares en 1820, mais le phylloxera et différents facteurs économiques le font disparaître à la fin du XIXe siècle. A partir de 1994, le vignoble est replanté et les bâtiments d'une ancienne dépendance monastique sont transformés en conséquence. Celui-ci prend le nom de Flavigny-Alésia, pour valoriser la proximité du site présumé de la bataille d'Alésia, à Alise-Sainte-Reine. Plusieurs cépages sont actuellement utilisés pour produire les vins du domaine : aligoté, chardonnay et auxerrois pour les cépages blancs ; pinot noir et césar pour les cépages noirs et pinot beurot pour les cépages rosés. La commune est classée en indication géographique protégée "Coteaux de l'Auxois".