Bei den indonesischen Präsidentschaftswahlen 2004 erhielten Megawati Sukarnoputri und Hasyim Muzadi 26,2 % der Stimmen, verloren aber in der zweiten Runde gegen Susilo Bambang Yudhoyono und Jusuf Kalla. 2006 gehörte er zu den Unterzeichnern eines offenen Briefs islamischer Gelehrter an Papst Benedikt XVI. nach dessen Regensburger Rede.