1943年（昭和18年）6月、東京湾要塞司令官に異動。1944年（昭和19年）6月、第102師団長となり、同年10月に師団とともにレイテ島に渡ってレイテ決戦に参加する。第102師団はビサヤ諸島警備旅団を再編した部隊で、訓練や装備にも乏しく、福栄は本来の任務ではないレイテ戦には積極的ではなかった。日本軍の敗勢が決定的となった12月下旬、師団に同行していた上級組織の第35軍の後方参謀に師団参謀長からの私信でセブ島に帰還する旨を一方的に通告する。話を知った第35軍司令官の鈴木宗作中将は、師団司令部のセブ島帰還を命じる文書を出して独断行動とならない形とした。だが、師団側はこの命令に対して連絡将校すら派遣せずに参謀長の私信で応じたのみならず、文書には記載のない護衛大隊を付けて、年が明けた1945年（昭和20年）1月5日に「バンカー」と呼ばれる丸木舟に分乗する形で師団司令部はセブ島への渡航を決行した。渡航は容易ではなく、福栄はゲリラからの銃撃で負傷し、セブ島に上陸できたのは3日後で、全10隻のうち到着できたのは福栄の乗船のほかに1隻だけだった。一方、鈴木中将は無断で護衛部隊を使ったりした師団の行動に激怒し、福栄の指揮権を停止して待機させる命令を下した後、遡及する形で「重謹慎30日」を与えてから指揮権を復帰させた（鈴木は方面軍や大本営に処分を仰いだものの返事がなく、自分の判断で処置した）。この経緯について大岡昇平は「惨憺たる敗戦にも拘らず、軍司令官と兵団長との間で、インパールのような決裂が起っていないのは、鈴木司令官の、俊敏さはなくても、穏健な統制の結果といえるのである」と記している。その後はセブ島駐留のまま終戦を迎えた。