Vuonna 1939 Capablanca osallistui myös shakkiolympialaisiin. Hän pelasi kisoihin ensi kertaa osallistuvan Kuuban kärkipöytää. Kuuba onnistui Capablancan johdolla pääsemään täpärästi finaaliin, jossa Capablanca jätti pelin väliin, koska olisi joutunut pelaamaan Alehinin kanssa. Kuuba sijoittui lopulta yhdenneksitoista. Capablanca voitti kisoista henkilökohtaisen kultamitalin kärkipöydältä tuloksella 11½/16. Esiintyminen olympialaisissa jäi samalla hänen viimeiseksi kilpailukseen.