ערי בירה נמוכות הסמוכות לחופי ימים גדולים, או שעובר בהן נהר גדול עמדו בפני סכנות של הצפה ושיטפונות כתוצאה מגאות. כך למשל בשיטפון הים הצפוני ב-1959, נפגעו ערים כדוגמת לונדון ואנטוורפן. תחזיות עתידיות העוסקות בשינויי האקלים כגון כאלו המבוססות על תיאוריה של התחממות כדור הארץ, מדברות על עלייה משמעותית בגובה פני הים לאורך המאה הקרובה. מה שמעמיד בסיכון ערים בהן ערי בירה סמוכות לחופים. לפי תיאוריות אלו נמצאות בסיכון למשל ערי בירה במדינות האיים כמו ג'קרטה באינדונזיה, טוקיו ביפן וגם ביבשות כגון בואנוס איירס בארגנטינה, קהיר במצרים ועוד. ג'קרטה הסובלת כבר בשנים אלה משיטפונות קשים, היא דוגמה לבירה שבשל פגעי הטבע על בסיס גובהה הנמוך וקרבתה לים, הוחלט להעבירה. כפי שהודיע ראש ממשלת אינדונזיה ב-2019 על החלטה להעביר את עיר הבירה לאי אחר.