בורגארד פיקד גם על צבאות בזירה המערבית. הוא היה סגנו של אלברט סידני ג'ונסטון בקרב שילה, ופיקד על צבא הדרום שהיה נצור בקורינת', מיסיסיפי (בורגארד הטעה את צבא הצפון, והצליח למלט את כל החיילים מתוך העיר ללא פגע). הישגו הגדול ביותר היה הצלת העיר פיטרסבורג, וירג'יניה, ב-1864, כאשר צבא הצפון, בפיקוד יוליסס גרנט, שהיה עדיף בהרבה בכוח אדם ובציוד, ניסה לכבשה ולנתק כך את בירת הדרום, ריצ'מונד. עם זאת, השפעתו של בורגארד על האסטרטגיה של מדינות הדרום נפגמה בשל יחסיו המקצועיים הגרועים עם נשיא הקונפדרציה, ג'פרסון דייוויס, ועם פקידים וקצינים בכירים בדרום.