В мае 1906 года наряду с Главным морским штабом был организован Морской генеральный штаб, взявший на себя функции оперативного органа управления. В том же году начала разрабатываться и активно обсуждаться новая программа военного кораблестроения, известная как «Малая судостроительная программа», которая была утверждена императором Николаем II 6 июня 1907 года, но впоследствии размер ассигнований был сокращён, а сама программа получила название «Распределение ассигнований на судостроение» (до 1911 года планировалось достроить уже начатые суда и заложить для Балтийского флота 4 броненосца и 3 подводные лодки, а также построить новый военный порт; а для Черноморского флота — 14 эскадренных миноносцев и 3 подводные лодки) и была частично утверждена Государственной думой весной 1908 года. Боснийский кризис в 1909 году вновь поднял вопрос о расширении флота и новые линейные корабли, крейсера и миноносцы (теперь в основном эсминцы) были заказаны для Балтийского флота. По личному повелению императора Николая II были заложены новые линейные корабли, ассигнование на которые были ранее отклонены Государственной думой.