Muslimit valloittivat 1300-lukuun mennessä kaikki Bysantin hallitsemat alueet idässä, ja kristinusko väistyi islamin tieltä Vähä-Aasiasta ja Lähi-idästä. Bysantin johto suostui antamaan periksi itäisen ja läntisen kirkon jakaneessa riidassa, jos se saisi läntiseltä kristikunnalta sotilaallista tukea osmaneja vastaan. Firenzen kirkolliskokouksessa 1439 osapuolten välillä tehtiin sopimus, jossa kreikkalaiset tunnustivat paavin johtoaseman mutta saivat säilyttää entisen liturgiansa ja muut käytäntönsä. Paavi ei kuitenkaan pystynyt toimittamaan luvattua apua, koska lännen hallitsijat eivät olleet avun antamisesta kiinnostuneita. Bysantin valtakunta lakkasi olemasta vuonna 1453 kun osmanit valloittivat Konstantinopolin. Muslimit yrittivät seuraavien vuosikymmenien aikana alistaa koko Euroopan islamin valtaan, mutta saksalaiset pysäyttivät heiden etenemisensä Wienin piirityksessä 1529. Toisella puolen Eurooppaa kristityt olivat menestyneet paremmin, ja 1300-luvulle tultaessa Espanjan takaisinvalloitus eli reconquista oli saatu päätökseen vaikka Granandan emiraatti jäi yhä olemaan vasallivaltiona. Kristitty Eurooppa ohitti 1500-luvulla kaikissa tieteissä islamilaisen maailman, eikä islam enää kyennyt vaikuttamaan kristilliseen maailmaan ja kristinuskoon.