С лета 2006 года до декабря 2008 года был постоянным представителем Грузии в ООН. Продолжая выступления за переговоры между Грузией и Абхазией, в мае 2008 года он лично посетил Сухуми. В августе 2008 года после российско-грузинского вооружённого конфликта, когда Россия признала независимость Абхазии и Южной Осетии, Аласания в ответ выступил за создание межгосударственной коалиции для политического противодействия России.