L'inchiesta sul calcioscommesse condanna l'Atalanta a partire con 6 punti di penalizzazione nel campionato di Serie A 2011-2012. La stagione parte con sconfitta in casa col col risultato di 3-4 al terzo turno di Coppa Italia. Dopo tre giornate di campionato l'Atalanta azzera i 6 punti di penalizzazione. Il 12 febbraio 2012 firma il rinnovo di contratto che lo legherà con la società bergamasca fino al 2014. L'Atalanta termina il campionato al 12º posto con 46 punti, che sarebbero 52 (che all'epoca avrebbero costituito il record di punti in Serie A per i bergamaschi) senza penalizzazione. Nel corso della stagione, l'Atalanta ha subito 4 sconfitte in casa, da parte di Juventus, Milan, Lazio (2-0 in tutti i casi), (2-1), ed ha vinto 9 partite su 15 in casa, conquistando 33 dei suoi 52 punti sul terreno di casa; ha inoltre vinto per 3-1 al San Paolo col (non accadeva dal settembre 1997).