La Armada luego participaría en la Emergencia Malaya, y la confrontación Indonesia-Malasia. En las últimas tres décadas la RNZN ha operado en el medio oriente en un número de ocasiones. Buques de la RNZN jugaron un rol en la Guerra Irán-Irak, ayudando a la Royal Navy a proteger a barcos neutrales en el Océano Índico. Fragatas también fueron enviadas a participar en la Guerra del Golfo, y más recientemente en la Operación Enduring Freedom La RNZN también ha jugado un importante rol en los conflictos del Pacífico. Fuerzas navales fueron utilizadas en los conflictos en Bougainville, las Islas Salomón y Timor Oriental en los años 1990. La RNZN también participa regularmente en operaciones de paz de las Naciones Unidas. La autoridad principal de la armada era el Comodoro Auckland, a partir de 1961, pero este título fue cambiado a Comandante Marítimo en marzo de 1993. Entre los Comodoros Auckland estaba el Comodoro J O'C Ross, quien más adelante escribió "The White Ensign in New Zealand", y posteriormente el Contralmirante y Jefe de las Fuerzas Navales, John McKenzie.