Jeszcze w czasie trwania Bitwy o Poznań, 20 lutego 1945 przybył na Junikowo ks. Feliks Michalski, misjonarz św. Rodziny. W 1948 został inkardynowany i stał się księdzem diecezjalnym, pełniąc funkcję junikowskiego proboszcza. Jeszcze w 1945, przy pomocy wiernych, wyremontowano zdewastowany kościół, a w 1948 podjęto budowę plebanii. W 1952 postawiono nowy ołtarz z granitu. W latach 1967-1969 dokonano natomiast zmian posoborowych. W 1970 podjęto działania mające na celu wytopienie nowych dzwonów - jeden pozostał z 1938. Poświęcił je ks. bp Antoni Baraniak 12 czerwca 1971.