В июне 1942 года Баград Исаакович Арушанян был арестован органами НКВД. Поводом к аресту стало его нахождение в окружении в 1941 году. По окончании следствия в июле 1943 года Арушанян был освобождён и направлен на учёбу на ускоренный курс при Высшей военной академии имени К. Е. Ворошилова. По окончании академии в декабре 1943 года был назначен на должность заместителя командующего 4-й ударной армией (1-й Прибалтийский фронт), участвовавшей в ходе Невельской, Полоцкой и Режицко-Двинской наступательных операций. С 10 по 23 августа 1944 года командовал 14-м стрелковым корпусом, участвовавшим в ходе на завершающем этапе Белорусской наступательной операции и освобождении города Виесите.