Během rusko-gruzínské války v roce 2008, která začala invazí Gruzie do proruské separatistické republiky Jižní Osetie, podpořil ruskou intervenci i následné posílení faktické nezávislosti Abcházie a Jižní Osetie a vyslovil se za vyhoštění občanů Gruzie z Ruska. V reakci na anexi Krymu z roku 2014 řekl, že ačkoli se jedná o porušení mezinárodního práva, tak realita je taková, že Krym je nyní součástí Ruské federace a jeho navrácení Ukrajině proti vůli obyvatel Krymu je vyloučeno. Podle Navalného by se na Krymu mělo konat nové referendum, ve kterém by se obyvatelé Krymu mohli sami rozhodnout o své budoucnosti. Vyjádřil také názor, že anexe Krymu v konečném důsledku poškodila zájmy ruského lidu, protože Rusko by se mělo především zaměřovat na řešení svých domácích problémů. Navalnyj odmítl Putinovu zahraniční politiku, která podle něj vedla k protiruským náladám v Bělorusku a k nenávisti vůči Rusku na Ukrajině.