W 1945 roku, po kapitulacji Japonii i utworzeniu państw koreańskich, zaangażował się w politykę. Jego mentorem został Rhee Syng-man, późniejszy prezydent Korei Południowej. Dzięki niemu Yun Bo-seon został mianowany w 1948 roku burmistrzem Seulu, a rok później ministrem handlu i przemysłu. W 1954 roku został wybrany do Zgromadzenia Narodowego. Z czasem zaczął odżegnywać się od autorytarnej polityki Rhee Syng-mana, w 1955 roku stał się jednym z założycieli opozycyjnej Partii Demokratycznej.