14 марта 1862 года Боуэн был повышен до бригадного генерала и направлен в Резервный Корпус генерала Брекинриджа в составе Миссисипской армии. Он хорошо проявил себя в сражении при Шайло, где был тяжело ранен осколком снаряда. После выздоровления он стал командовать бригадой в дивизии Мэнсфилда Ловелла в составе Западнотеннессийской армии, и участвовал во втором сражении при Коринфе. В первый день сражения его бригада удачно атаковала позиции федеральной армии, но Ловелл отказался повторить атаки. На второй день его атака была менее успешной, и Ловелл приказал не повторять атак. Во время отступления от Коринфа его бригада шла в арьергарде и целый день удерживала федеральную армию на рубеже реки Таскумбия. Когда армия отступила в Риплей, Боуэн обвинил командира армии, Эрла ван Дорна в плохой организации марша, отсутствии рекогносцировки перед боем и пренебрежении нуждами раненых. Однако, трибунал снял с Ван Дорна все обвинения.