Trinitatis kirke ble ikke spart for Københavns brann i 1728, selv om den ikke ble så hardt rammet som andre kirker i byen. Takkonstruksjonen tok fyr og rytterspiret styrtet ned i biblioteket og slo hull på noen av hvelvingene i kirkerommet, noe som gjorde at ilden fikk tak i inventaret, og alt ble ødelagt, unntatt metalldelene, inklusive kirkesølvet. Kirkens murer og hvelvinger motsto ilden og de etterfølgende reparasjonene endret ikke nevneverdig på kirkens utseende.