1999 yılında Kosova'daki NATO müdahalesine katılarak, Kosova'dan kaçan mültecilerle ilgili olarak NATO'dan yardım aldı. Ağustos 2001'de NATO, 2001 Makedonya isyanına müdahale ederken, isyancı bir Arnavut grubu olan Ulusal Kurtuluş Ordusu hükümet güçleriyle savaştı. Zorunlu Hasat Harekatı'nda NATO birlikleri, ateşkes anlaşması sonrasında isyancı güçleri silahsızlandırmak için Makedon ordusuna katıldı.