Наибольшую известность дипломат Николай Чарыков получил в ходе так называемого Боснийского кризиса 1908—1909 годов, когда занимал должность товарища министра (фактически, первого заместителя). Находясь действительно в товарищеских и доверительных отношениях с министром иностранных дел А. П. Извольским, Чарыков оказался чуть ли не единственным человеком, участвовавшим в разработке плана будущих соглашений и посвящённым в существо личных переговоров и секретной встречи Извольского с министром иностранных дел Австро-Венгрии Эренталем в замке Бухлау 1908 года.