Fletcher komensi amerikkalaisia joukkoja kahdessa tunnetussa voitokkaassa meritaistelussa, toukokuun 1942 Korallimeren taistelussa ja kesäkuun 1942 Midwayn taistelussa. Midwayssa hän tosin joutui luovuttamaan kesken taistelun tosiasiallisen johdon kontra-amiraali Raymond A. Spruancelle kun hänen lippulaivansa "USS Yorktown" sai torpedo-osuman. Fletcher ylennettiin pian Midwayn voiton jälkeen vara-amiraaliksi. Hän johti myös amerikkalaisten hyökkäystä Guadalcanalille elokuussa 1942 yhdessä kontra-amiraali Richmond K. Turnerin kanssa, jolloin he ajautuivat erimielisyyksiin. Fletcheriä moitittiin myöhemmin päätöksestään vetää lentotukialuksensa pois japanilaisten lähestyessä, koska tämä asetti maihinnousujoukkojen huollon alttiiksi hyökkäyksille. Fletcher oli johdossa myös myöhemmin samassa kuussa käydyssä Itäisten Salomonsaarten taistelussa, jossa hän haavoittui itse lievästi lippulaivansa "USS Saratogan" saatua osuman. Tämän jälkeen hänet siirrettiin lomalle.