Em 2004, Felipe estava em boa fase no Flamengo e Carlos Alberto Parreira, então treinador brasileiro, deu uma nova chance ao jogador na Seleção Brasileira. Felipe foi convocado para a disputa da Copa América de 2004, chegando a jogar na fase de grupos contra a Seleção Paraguaia e na final frente a Seleção Argentina, entrando no lugar de Alex. A Seleção Brasileira venceu a competição na disputa por pênaltis. Esta foi a sua última participação em jogos pela Seleção.