Hood blev chef för en brigad från Texas vid fronten i Virginia. Efter att ha utmärkt sig under striderna våren 1862 blev han divisionschef i James Longstreets armékår. Han sårades svårt under slaget vid Gettysburg 1863 och hans vänstra arm förlamades. Som armékårchef under slaget vid Chickamauga 1863 sårades han igen och fick sitt högre ben amputerat. Åter i tjänst konstituerades han till general och chef för den armé som försvarade Atlanta 1864 sedan president Jefferson Davis entledigat den tidigare arméchefen general Joseph E. Johnston. Där förödde han sin armé genom en serie av frontalanfall och tvingades överge staden. När Sherman inledde sin marsch mot havet i slutet av 1864 ledde Hood sin armé norrut för att skära av Shermans underhållslinjer i hopp om att denne skulle överge sin marsch och förfölja honom. När detta misslyckades fortsatte han med sin armé genom Alabama till Tennessee. Där led han flera blodiga nederlag och blev på egen begäran entledigad från sitt befäl, varvid han återgick till sin grad som generallöjtnant.