Leonard Chodźko, originar dintr-o veche familie nobiliară din Marele Ducat al Lituaniei, s-a născut într-un sat din Palatinatul Wilno (acum Vilnius), unul dintre teritoriile poloneze anexate de Rusia în urma celei de-a treia împărțiri a Poloniei (1795). Era fiul lui Ludwik Chodźko (1769-1843), deputat în dieta din Grodno și participant la Insurecția lui Kościuszko, și văr primar al orientalistului Aleksander Chodźko (1804-1891), al poetului Michał Chodźko (1808-1879) și al cartografului Józef Chodźko (1800-1881).