Quando a guerra civil americana eclodiu em 1861, muitos professores das universidades do sul se demitiram para aderirem aos Estados Confederados da América. Gildersleeve aceitou uma posição pessoal no verão de 1861, e ele retornava ao exército a cada primavera com conclusão das aulas. Durante um conflito de guerra no Vale Shenandoah em setembro de 1864, Gildersleeve estava entregando pedidos no front quando um tiro atingiu a sua perna. O próprio Gildersleeve resumiu seu comentário, dizendo: "Eu perdi minha carteira Homer, eu perdi minha pistola, eu perdi um de meus cavalos e, finalmente, eu quase acabei perdendo a minha vida". Como resultado desta ferida, ele ia coxear pelo resto da sua vida.