אגינגה החל את דרכו בקבוצת הנוער של דפורטיבו קיטו. במהלך עונת בליגת העל האקוודורית שיחק אגינגה לראשונה במדי הקבוצה הבוגרת, כשהיה בן 16 בלבד. עונה אחר כך כבר היה לחלק משמעותי בהרכב של המאמן קרלוס סביליה, עם 33 הופעות ליגה ושני שערים בדרך לסגנות בתום העונה. בעונת קבע שיא קריירה אישי של 12 שערי ליגה ב-36 הופעות, מאזן השערים הדו-ספרתי היחיד בקריירה שלו. לאחר טורניר קופה אמריקה 1989, בו הפגין יכולת גבוהה, צד אגינגה את עינו של פאביו קאפלו, עוזר המאמן של מילאן באותו הזמן, שרצה להחתימו במועדון ואף הצהיר כי לטובת ההעברה הקצתה הקבוצה סכום של כשלושה מיליון דולר. עם זאת, עד שהגיעה הפנייה ממילאן, אגינגה כבר נמכר תמורת סכום של כ-200 אלף דולר לנקקסה המקסיקנית. אגינגה סיים את דרכו בקבוצת נעוריו עם 38 שערי ליגה ב-147 הופעות.