Одиннадцать лет А. А. Жемчужников прослужил в Средне-Азиатских владениях, и в течение всего этого времени полем его деятельности была преимущественно Киргизская степь. Здесь он производил расследования, технические и топографические работы; принимал участие в закладке Константиновского и Николаевского укреплений и устройстве главного складочного пункта для Хивинской экспедиции 1839 года; производил съемку пространства между Орской, Уртазымской и Каракульской крепостями и между верхними притоками р. Эмбы, песками Большие Барсуки, Аральским морем, долиною Мони и р. Четырле, а также главных путей от реки Эмбы по долинам рек: Сайца, Уила, Киила, Джангирлау, Хобды и Ора.