Der Abwehrspieler Fernández gewann mit der uruguayischen Fußballnationalmannschaft bei den Olympischen Spielen 1928 die Goldmedaille, die Fußball-Weltmeisterschaft 1930 im eigenen Land sowie 1926 und 1935 das Campeonato Sudamericano. Auch 1927 und 1929 nahm er an den Südamerikameisterschaften teil. Er bestritt vom 18. Juli 1925 bis zum 27. Januar 1935 31 Länderspiele, in denen er vier Tore erzielte.