Politikkens skyer var imidlertid begyndt at trække sammen over Danmark; i begyndelsen af året 1801 hjemkaldtes styrken fra Middelhavet; allerede forinden "Havfruens" hjemkomst indtraf slaget på Reden, hvorved Danmark blev tvunget ud af den bevæbnede neutralitets forbund. I de nærmeste år derefter havde Marinen ingen vigtigere opgaver at løse, og van Dockum var derfor kun udkommanderet på mindre øvelsesrejser. Ved den engelske flådes ankomst i Øresund 1807 og det påfølgende bombardement af hovedstaden kommanderede han batteriet Prøvesten, der dog ikke kom til at spille nogen større rolle. I de påfølgende års kampe med kanonbådene mod den engelske overmagt var det mest de yngre officerer, der kom i virksomhed, van Dockum, der i 1802 var avanceret til kommandørkaptajn, kom dog forholdsvis hurtig i aktiv tjeneste på ny; 1809 sendtes nemlig nogle danske skibsbesætninger til Schelden for at gøre tjeneste på den franske flåde; en af disse betroedes van Dockum, der ved sin ankomst overtog kommandoen over linjeskibet "Pultusk" under viceadmiral Édouard Jacques Burgues de Missiessy.