Brannen i 1728 skapte kirkenød, men den synes ikke at å ha vært så hard ved Helligåndshuset. Kildene nevner i hvert fall ikke noe om at det skulle ha værrt foretatt større reparasjoner i den forbindelse. I starten av 1780-årene hadde en av granittsøylene forskjøvet seg og man murte inn alle søyler i en kraftig mursteinskappe. Hvelvingenes kapper og ribber fikk en påmuring slik at de passet til søylene. Forbindelsesdøren til kirken, som må ha blitt gjenåpnet da kirken begynte å bruke huset som kapell, ble murt til igjen i 1805 og på nytt gjenåpnet i 1855, nå med nye fløydører.