Seine gesamte Regierungszeit war vom Laotischen Bürgerkrieg geprägt, der bereits in den Jahren zuvor geschwelt hatte und im Juli 1959 wirklich ausgebrochen war. Es standen sich drei verfeindete Gruppen gegenüber: Die pro-kommunistische Pathet Lao mit dem prominentesten Vertreter Prinz Souphanouvong (linker Widerstand), die Neutralisten von Prinz Souvanna Phouma und eine rechtsgerichtete Bewegung des Fürsten Boun Oum von Champasak. Dieser rechte Flügel tendierte zu Thailand und später zu den USA. Auch König Savang Vatthana war entschieden antikommunistisch und pro-amerikanisch. Dennoch befürwortete er den Genfer Vertrag von 1962, der die Neutralität von Laos festschrieb und sprach der anschließend amtierenden Koalitionsregierung unter dem neutralistischen Prinzen Souvanna Phouma seine Unterstützung aus. Die beiden rechten Putschversuche 1964 und 1965 wies er zurück.