Chanoine war der Kommandeur der französischen Truppen in China während des Zweiten Opiumkrieges von 1856 bis 1860. Auf Betreiben des 14. Shōguns Tokugawa Iemochi wurde er von Napoleon III. zum Kommandeur der ersten französischen Militärmission in Japan ernannt. Unter den Offizieren der ersten französischen Militärmission befand sich auch Jules Brunet. Nach der Niederlage des Shōgunats im Boshin-Krieg musste Chanoine im Oktober 1868 zusammen mit der Mehrzahl seiner Untergebenen Japan auf Weisung des Kaisers Meiji wieder verlassen.