Potocki est condamné à mort en Pologne en 1794, pendant le soulèvement de Kościuszko et son effigie est brûlée en place de Varsovie; il sera finalement gracié. En 1795, la Pologne cesse d'exister comme État souverain. Potocki est nommé général d'infanterie de l'armée russe. Il prend sa retraite en 1798 et se retire dans son château de Tulczyn.