1635 wurde Jakob Johann von seinem Bruder Philipp Moritz, dem regierenden Grafen von Hanau-Münzenberg, mit der Regierung der Grafschaft beauftragt. Mit der Schlacht bei Nördlingen 1634 hatte sich die Lage im Dreißigjährigen Krieg zu Gunsten der katholischen Seite gewendet. Philipp Moritz, der sich von der kaiserlichen Sache hatte abwenden und der schwedischen zuwenden müssen, blieb nun nichts anderes als die Flucht mit seiner Familie, letztlich zur oranisch-nassauischen Verwandtschaft in Den Haag und Delft. In Hanau hinterließ er seinen jüngsten Bruder, Jakob Johann, als Regenten. Die hervorragend ausgebaute Festungsstadt Hanau war allerdings noch bis 1638 schwedisch durch General Jakob von Ramsay besetzt, der von dort aus das Umland kontrollierte.