No dia 15 de Agosto de 1946 o esquadrão foi transferido para a Base aérea de Schofields, perto de Sydney. Nesta base, ficou subordinado à Asa N.º 86, juntamente com os esquadrões N.º 36 e N.º 37 (que também operavam aviões Dakota) e o Esquadrão N.º 486, que executava a manutenção aérea na asa. A partir de 22 de Janeiro de 1947, uma das principais funções do esquadrão passou a ser a execução de três missões semanais de transporte aéreo entre a Austrália e o Japão, em apoio à Força de Ocupação da Commonwealth Britânica. Estes voos representavam a maior rota aérea até então a ser executada por aviões a pistão bimotor, e cada viagem demorava vários dias a ser concluída. Esta missão continuou a ser executada até 13 de Janeiro de 1948, quando a Qantas passou a servir a Força de Ocupação com voos semelhantes. Em Agosto de 1948, cinco tripulações do Esquadrão N.º 38 foram destacadas para o Esquadrão de Transporte Aéreo de Berlim, onde participaram nos esforços internacionais de transporte aéreo de mantimentos durante o Bloqueio de Berlim. Estas tripulações permaneceram na Europa durante 12 meses, e a sua ausência interrompeu as operações do esquadrão. No total, vinte membros da Asa N.º 86 foram destacados para a Europa; esta escassez de pessoal forçou os esquadrões N.º 36 e N.º 38 a operarem como uma única unidade, tendo todas as horas de voo oficiais sido atribuídas ao Esquadrão N.º 38. Entre o dia 22 de Junho e 1 de Julho de 1949, a Asa N.º 86 foi transferida para Richmond.