Большое количество церковных зданий было разрушено советскими бомбардировками во времена Советско-финской войны 1939—1940 годов и Великой Отечественной войны. Так, в результате бомбардировки был повреждён крупнейший храм Выборга — Новый кафедральный собор, разобранный позже, в 1950-х годах. Самым большим храмом средневекового города был старый кафедральный собор, возведённый в камне в конце XV века; от него сохранились только стены и колокольня — Часовая башня. Также не сохранились: лютеранская церковь Святого Михаила в Таликкала; методистская церковь Вефиль; православные церкви: Николаевская церковь в Хави, Успенская церковь на Сорвальском кладбище, церковь Всех Святых на кладбище Ристимяки, госпитальная Петропавловская церковь, полковая церковь Тихвинской иконы Божией Матери на Папуле, а также Выборгская синагога.