Il commence son travail pastoral auprès des Hmongs du Xieng Khouang. Le royaume du Laos, associé à la France depuis 1893, est très peu christianisé. Les populations des vallées et du bassin du Mékong sont fortement bouddhistes, tandis que les ethnies minoritaires des montagnes et des forêts sont encore largement animistes. À la déclaration de guerre, il est mobilisé au Laos même. La Seconde Guerre mondiale coupe l'Indochine française de la métropole, elle-même occupée après la défaite de . Le Laos, comme le reste de l'Indochine (Tonkin, Annam, Cochinchine et Cambodge) est occupé par le Japon, mais les premières années de l'occupation se passent dans une relative autonomie et une autarcie de dénuement. Tout s'accélère après le coup de force des Japonais de : les fonctionnaires, les colons, les militaires français, etc. sont arrêtés, regroupés dans des camps et pour certains exécutés. Le Père Boissel est déporté au camp de Vinh au Tonkin. Après la capitulation japonaise, il retrouve en 1946 sa mission de Nong Ét totalement ruinée, et malgré une mauvaise santé due aux privations, il se remet à l'ouvrage: tournées de catéchisme, soins aux malades, célébrations et sacrements, travaux agricoles, etc. Fin /mi-1949, il est envoyé se reposer en métropole.