V průběhu 15. století již přestala komenda plnit svou funkci. Po husitských válkách byla komenda opuštěna a její areál byl zabydlen řemeslníky a dalšími obyvateli města. Kostel byl přestavěn v renesančním slohu a poté se stal jádrem velkého raně barokního kostela sv. Norberta, který zde byl postaven jako součást Norbertina, premonstrátského vysokoškolského zařízení. Koncem 18. století byl kostel zbořen.