Potop szwedzki (1655–1660) zakończył okres dobrobytu. O tym, że ludność potrafiła przeciwstawić się różnowiercom ze Szwecji i stanąć po stronie króla Jana Kazimierza, świadczy fakt jego trasy, która omijała Jasło, a przebiegała z Biecza przez Nowy Żmigród do Dukli i Krosna. W pierwszych dniach stycznia 1656 roku król Jan Kazimierz przybywa do Nowego Żmigrodu owacyjnie witany przez mieszkańców. Wiele zniszczeń przyniósł też najazd księcia Siedmiogrodu Jerzego II Rakoczego w 1657 roku na Nowy Żmigród.