W 1190 r. patronat i opiekę duszpasterską nad kościołem objęli zakonnicy ze znojemskiego klasztoru norbertanów (Loucký klášter) i pełnili ją aż do 1784 r., do czasu kasaty józefińskiej. Na początku XIII w. kościół został głównym kościołem parafialnym Znojma. Od 1569 r. do 1619 r. z kościoła korzystali wspólnie zarówno katolicy, jak i protestanci, odprawiając oddzielne nabożeństwa. Z powodu licznych konfliktów, jakie generowała ta sytuacja, zdominowana przez protestantów rada miejska przekazała świątynię protestantom. Po klęsce protestantów pod Biała Górą przywrócono zwierzchność katolików nad kościołem.