Es kam zu offenen Kämpfen und 1388/89 besetzte die Stadt die Burggrafenburg, musste sie aber in einem Vergleich wieder räumen. Die Macht der Hohenzollern auf der Burg war auf einem Tiefpunkt, als 1420 bayerische Truppen im Bayerischen Krieg die Burggrafenburg zerstörten. Danach verkaufte der letzte Burggraf Friedrich VI. die zerstörte Burg 1427 an den Rat der Stadt Nürnberg und zog sich auf die Burg in Cadolzburg zurück. Nach der Belehnung mit Brandenburg im Jahr 1415 verschoben sich die Interessen der Hohenzollern nach Norden. Obwohl die fränkischen Hohenzollern auch danach noch den Namenszusatz Burggraf zu Nürnberg in ihrem Titel führten, bedeutete dieser Verkauf das Ende der Existenz der Burggrafschaft Nürnberg. Aus ihrem Territorium gingen in der Folgezeit die beiden hohenzollernschen Markgraftümer Brandenburg-Ansbach und Brandenburg-Kulmbach hervor.