Après le retour au pouvoir de Denis Sassou-Nguesso pendant la guerre civile de juin à , ce dernier nomme Pierre Moussa ministre de l'Aménagement du territoire et du Développement régional le . Lors des élections législatives de 2002, il est élu à l'Assemblée nationale en tant que candidat du PCT dans la première circonscription d'Owando; récoltant 54,53 % des voix dès le premier tour. À la suite des élections, son portefeuille est modifié et il est nommé ministre de la Planification, de l'Aménagement du territoire et de l'Intégration économique le . Il est ensuite promu au rang de ministre d'État à la Planification, à l'Aménagement du territoire, à l'Intégration économique et au NEPAD le .