L'Agence a été proposée par la Commission européenne le afin de renforcer Frontex, largement considéré comme étant inefficace dans le sillage des migrants durant la crise. Certains ont ainsi qualifié la « crise migratoire en Europe » comme étant en réalité une « crise de la gestion de la migration ». La proposition a notamment été soutenue par la France, l'Allemagne, la Pologne et la Hongrie ayant exprimé leur opposition liée à la perception d'une perte de souveraineté.