Dal Gran Premio degli Stati Uniti, il ferrarista mise a segno una serie di vittorie consecutive che gli consentirono di riaprire la pratica mondiale, che sembrava già chiusa. In Ungheria Schumacher fu invece protagonista di un weekend complicato: difatti nelle prove libere del sabato mattina, durante il rientro ai box, superò Alonso e Kubica dopo l'esposizione della bandiera rossa, causata dalla rottura del motore di Jenson Button, e dovette partire dalla dodicesima piazza a causa della penalità di 2 secondi per ogni giro di qualifica compiuto. La gara iniziò male per lui tantoché il rivale Alonso, in testa alla gara, riuscì anche a doppiarlo. Lo spagnolo però sarà costretto al ritiro al 53º giro, dopo che due giri prima al suo pitstop una gomma era stata avvitata male. Il tedesco si involò verso un secondo posto inaspettato, grazie alla strategia Ferrari azzeccata basata su 2 soste anziché 3 come gli avversari. Ma fu proprio al suo secondo "pit stop" che la gara precipitò: Schumacher infatti decise di non sostituire le gomme intermedie, ma la scelta si rivelò sbagliata, dato che la pista si era ormai asciugata; nei giri successivi subì quindi il ritorno della McLaren di de la Rosa, al quale resistette solo per alcuni giri. Poi venne attaccato anche da Heidfeld e, nel tentativo di resistergli, ruppe il braccetto dello sterzo dovendo così rientrare ai box, per ritirarsi a soli 2 giri dalla fine. Venne comunque classificato 8º prendendo così un punto. Dopo il vittorioso Gran Premio di Monza, gara nella quale il rivale spagnolo ruppe il motore quando si trovava in terza posizione con il tedesco al comando, Schumacher aveva solo due punti di svantaggio da recuperare, e la Ferrari era in testa al campionato costruttori quando mancavano 3 gare alla fine. Dopo la vittoria in quest'ultima gara, il 10 settembre 2006 annunciò ufficialmente il suo primo ritiro dalle competizioni al termine della stagione, anche se la notizia era già nell'aria da qualche mese.