Jedną z koncepcji politycznych, przypisywanych Piattolemu była opcja sojuszu z republikańską Francją. Miało to polegać na abdykacji Stanisława Augusta, spłacie jego długów i dożywotniej pensji zapewnionej przez Francję, przyjęciu przez Polskę konstytucji republikańskiej wzorowanej na francuskiej, wynegocjowaniu przez Francję odstąpienia Prus i Austrii od rozbiorów Polski, ewentualnie wspólnej wojnie francusko-tureckiej z Rosją. Piattoli zamierzał także uzyskać we Francji wsparcie finansowe dla powstania; plany nie zostały zrealizowane, ale Piattoli miał swój udział w przygotowaniach powstańczych, podobno przygotował dla Kościuszki plan strategiczny na wojnę z Prusami. W tym czasie przeniósł się z Drezna do Lipska, gdzie obok działań politycznych zajmował się kształceniem córki Ignacego Potockiego Krystyny. Już po wybuchu powstania został zmuszony do opuszczenia Saksonii, a w lipcu 1794 w Karlsbadzie władze austriackie zatrzymały go w charakterze zakładnika; była to odpowiedź na uwięzienie w Warszawie dyplomatów rosyjskich. Następne sześć lat spędził w więzieniu; początkowo przetrzymywany w czeskiej twierdzy Josephstadt, potem w Pradze. Prowadzono szerokie śledztwo, próbując wykazać związki Piattolego z Francją; bez powodzenia interweniowali w sprawie jego uwolnienia Stanisław August, książę Józef Poniatowski, Napoleon. W więzieniu pracował nad „powszechną bibliografią wiedzy ludzkiej” oraz przygotowywał nowe wizje polityczne. Został ostatecznie uwolniony wiosną 1800 dzięki wpływom Adama Jerzego Czartoryskiego oraz księżnej kurlandzkiej Doroty (żony Piotra Birona), z którą utrzymywał kontakt jeszcze od czasu działań nad rozwiązaniem kwestii lenna kurlandzkiego w 1792.