Promu au grade de général de brigade, Habert est envoyé en Espagne où il se forge une réputation sur les champs de bataille. Après avoir guerroyé dans la péninsule avec des fortunes diverses de 1808 à 1809, il passe sous les ordres du général et futur maréchal Suchet nommé au commandement des troupes stationnées en Aragon. Une série de victoires quasi-ininterrompues s'ensuit alors : bien qu'il ne soit que brigadier, Habert se voit confier le commandement de la division du corps de Suchet qu'il mène au combat à Lérida, Tortose et Tarragone. Élevé au grade supérieur, le général conduit sa division au siège de Valence ainsi qu'aux batailles de Sagonte, Castalla et Ordal. Il est surnommé l'« Ajax de l'armée de Catalogne » pour sa défense prolongée de Barcelone en 1814. Habert est rappelé pendant les Cent-Jours pour commander une division au cours des batailles de Ligny et de Wavre mais il n'est pas présent à Waterloo. Son nom est inscrit sous l'arc de triomphe de l'Étoile à Paris.