Ma la Serie A, tanto sudata e faticosamente acquisita, rimase nella città della torre soltanto un anno. La squadra, non particolarmente rinnovata, non ottenne i risultati sperati e dopo la stagione 1968-1969 caratterizzata da 6 vittorie, 8 pareggi e 16 sconfitte (26 gol fatti e 44 subiti), il Pisa tornò nella serie cadetta. Sul fronte delle statistiche da segnalare che il primo punto del Pisa in Serie A arrivò alla quarta giornata, 1-1 in casa contro il Varese, cui fece immediato seguito la prima vittoria, Pisa-Atalanta 1-0 alla quinta.