W 1521 r. Ferdynand został samodzielnym władcą, kiedy jego brat, cesarz Karol V, nadał mu we władanie austriackie posiadłości Habsburgów. 25 maja tego samego roku w Linzu pojął za żonę Annę Jagiellonkę, córkę króla Czech i Węgier Władysława II. Po bitwie pod Mohaczem (sierpień 1526 r.) i śmierci szwagra, Ludwika II, stał się najpoważniejszym kandydatem do tronu obu królestw. 24 października został uznany królem przez sejm czeski, jednak na Węgrzech niechętne Habsburgom stronnictwo tamtejszej średniej szlachty powołało na tron wojewodę siedmiogrodzkiego Jana Zápolyę. Jeszcze w 1526 r. Ferdynand odniósł nad Zápolyą zwycięstwo w bitwie pod Tokajem, po czym 16 grudnia w Preszburgu został wybrany przez większość węgierskich elit arystokratycznych królem Węgier. Koronował się 24 lutego 1527 roku w Czechach i 3 listopada tego samego roku na Węgrzech. Wcześniej, 1 stycznia, sejm chorwacki w Cetin ogłosił go królem Chorwacji. W marcu 1528 odniósł kolejne zwycięstwo w bitwie pod Sziną. Ponieważ jednak Zápolya nie wycofał się z walki i uznał się wasalem sułtana Sulejmana Wspaniałego, Habsburgowie zostali uwikłani w wojnę z Turkami Osmańskimi, którzy niebawem ponownie uderzyli na Węgry, a następnie Austrię. W 1529 r. Ferdynand I, z pomocą hiszpańskich i niemieckich wojsk Karola V, zmusił Turków do odstąpienia od oblężenia Wiednia. Rozpoczęła się epoka panowania Habsburgów w Czechach i na Węgrzech, ale także zmagań między nimi a książętami Siedmiogrodu o koronę Świętego Stefana.