Nachdem er, zu seiner Enttäuschung, nicht am Anglo-Ägyptischen Krieg teilnehmen durfte begab er sich, ohne Freistellung, am 10. Januar 1884 in den Sudan, wo 1881 der Mahdi-Aufstand ausgebrochen war. Da alle verfügbaren ägyptischen Armeeeinheiten in der Schlacht von Scheikan zerstört wurden und die britische Regierung nicht bereit war, sich zu engagieren wurde die ägyptische Gendarmerie unter General Valentine Baker nach Sawakin am Roten Meer entsandt. Burnaby nahm als Geheimdienstoffizier Bakers an diesem Feldzug teil. In der Ersten Schlacht von El Teb wurde er verwundet.