Muchos de los nombres de los municipios y poblados de Guatemala constan de dos partes: el nombre del santo católico que se venera el día en que fueron fundados y una descripción con raíz náhuatl; esto se debe a que las tropas que invadieron la región en la década de 1520 al mando de Pedro de Alvarado estaban compuestas por soldados españoles y por indígenas tlaxcaltecas y cholultecas. En este caso, el topónimo «Masagua» proviene de las raíces «maza» (español: «venado»), «hua» (español: posesivo calificativo de paraje) y «co», por lo que significaría «paraje de venado».