Bei Beginn des Zweiten Weltkrieges 1939 wurde Fonck reaktiviert und Inspekteur der Jagdflieger der Armée de l’air. Nach der Niederlage vom Juni 1940 bot Marschall Pétain, der „Held von Verdun“, dem Oberst der Luftwaffe an, ohne offizielle Funktion in den Dienst des Vichy-Regimes zu treten. Fonck, der als Kriegsveteran und Jagdflieger bereits aus Vorkriegszeiten die Bekanntschaft Hermann Görings gemacht hatte, sollte, wie Ministerpräsident Pierre Laval sogar angeboten haben soll, ein Geschwader von 200 Piloten zum Angriff auf Großbritannien anführen.