第二次世界大戦では枢軸国と敵対し、ナチス・ドイツおよびイタリア、ブルガリアの侵攻にあい（ギリシャ・イタリア戦争）、戦いの最中にメタクサスが病死、王室と政府はイギリスに亡命した。1941年4月のギリシャの戦いに敗れ、ギリシャ本土はドイツ・イタリア・ブルガリアの3国による分割占領状態におかれ、傀儡国家ギリシャ国（1941年 - 1944年）体制になった。大戦中、占領軍に対するレジスタンス運動を主導した共産主義左派ギリシャ共産党（KKE）に支援された（ELAS）、対立する反共共和主義者のパルチザン（EDES）の三つ巴の戦いとなった。さらにナチスによるロマニオットやセファルディムに対するホロコーストが行われた。