Entrò in servizio attivo nel giugno 1929, scandito da allora da crociere e addestramenti; in un momento imprecisato della parte iniziale della sua carriera subì una leggera modifica: le due armi automatiche da 8 mm furono sostituite da due mitragliatrici pesanti Hotchkiss Mle 1929 da 13,2 mm, installate su un doppio affusto. Nel settembre 1939, allo scoppio della seconda guerra mondiale in Europa, il "Circé" fu incaricato di condurre pattugliamenti nel mar Mediterraneo dalla base di Biserta, collaborando inoltre con la Royal Navy. Il 22 giugno 1940 la Francia siglò l'armistizio con la trionfante Germania nazista e due giorni dopo anche con l'Italia fascista. Nei termini della resa il "Circé", che si trovava agli ormeggi nel porto tunisino con svariati altri sommergibili, dovette rimanere fermo in porto e fu posto in disarmo nel dicembre dello stesso anno. Nel novembre-dicembre 1942 l'Asse occupò il protettorato tunisino e i tedeschi si appropriarono del "Circé" e di altri battelli, che cedettero l'8 dicembre agli alleati italiani. La Regia Marina ridenominò il "Circé" come "FR 117" con l'intenzione di rimetterlo in efficienza, ma in realtà questo piano rimase sulla carta; infatti, per mancanza di mezzi o tempo di spostarlo, il battello rimase inutilizzato a Biserta e il 6 maggio 1943, prima di abbandonare la città alle truppe anglo-statunitensi, gli italiani lo mandarono a fondo.