В управлението си Байбарс се стреми да подражава на Саладин и насочва усилията си срещу кръстоносците, като е основен военен противник на Осмия и Деветия кръстоносен поход. Започва да укрепва завоеванията си като преустройва всички крепости в Сирия, разрушени от монголите и създава нови арсенали, строи военни и товарни кораби. За да консолидира мюсюлманските сили, обединява Сирия и Египет. Завладява няколкото останали града в Сирия, управлявани от аюбидски принцове.