In Berlijn nam de Fransman deel aan de Europese kampioenschappen zwemsporten 2014. Op dit toernooi werd hij Europees kampioen op zowel de 50 als de 100 meter vrije slag en op de 50 meter vlinderslag. Op de 4x100 meter vrije slag behaalde hij samen met Mehdy Metella, Fabien Gilot en Jérémy Stravius de Europese titel. Tijdens de wereldkampioenschappen kortebaanzwemmen 2014 in Doha behaalde Manaudou zes medailles. In de inviduele nummers werd hij wereldkampioen op de 50 meter vrije slag en de 50 meter rugslag. In de finale van de 100 meter vrije slag moest hij tevreden zijn met zilver, achter César Cielo. Samen met Clément Mignon, Mehdy Metella en Fabien Gilot werd hij ook nog wereldkampioen op de 4x100 meter vrije slag. Op de 4x50 meter wisselslag legde hij samen met Benjamin Stasiulis, Giacomo Perez Dortona en Mehdy Metella beslag op de zilveren medaille. Samen met Giacomo Perez Dortona, Mehdy Metella en Clément Mignon sleepte hij de bronzen medaille in de wacht op de 4x100 meter wisselslag.