Im Vorfeld der Präsidentschaftswahlen 2009 hatte Chamenei eine Wahlempfehlung für Amtsinhaber Mahmud Ahmadineschād ausgesprochen. Am Wahlabend, noch vor dem amtlichen Endergebnis, erkannte er den Wahlsieg an. Am 13. Juni 2009 gratulierte er im iranischen Fernsehen Ahmadinedschad zu seinem Sieg: