Los terremotos siempre han sido un problema para Lisboa y para su catedral. Durante los siglos XIV y XVI se produjeron varios, pero el peor de todos fue el 1755, que destruyó la capilla gótica y el panteón real. El convento y varias capillas también se vieron afectadas por el terremoto y por el fuego posterior. La catedral fue reconstruida en parte y, a principios del siglo XX, se le dio el aspecto que presenta en la actualidad tras una profunda restauración. En los últimos años, diversas excavaciones han descubierto restos romanos, árabes y medievales en el entorno de la catedral.