Baidukow wurde im Sowjetisch-Finnischen Krieg1939/40 Kommandeur eines Fliegerregimentes und blieb dem Militär in den nächsten Jahren treu. Nach Beginn des Großen Vaterländischen Krieges wurde er im November 1941 Stellvertreter und kurz darauf Kommandeur der 31. Fliegerdivision, danach der 211. Fliegerdivision. Später übernahm Baidukow die 212. Schlachtfliegerdivision. Im Dezember 1943 wurde er Kommandeur des 4. Schlachtfliegerkorps. Nach Kriegsende nahm er von 1947 bis 1949 eine leitende Funktion bei der Zivilluftflotte wahr und studierte anschließend an der Generalstabsakademie, die er 1951 abschloss. 1952 begann er mit seiner Arbeit im Verteidigungsministerium. Im Jahre 1961 wurde er Generaloberst der sowjetischen Luftstreitkräfte.