Nel febbraio 1703 il Consiglio dei Cento e della Pace cittadino, per onorare il Santo Patrono della città, che aveva risparmiato la città dai sismi del 1703, commissionò a Giuseppe Giosafatti il rimaneggiamento della parte centrale della cripta. I suddetti terremoti ebbero come effetto anche un ulteriore sviluppo del culto in suo onore in innumerevoli città italiane ed europee, che richiesero le reliquie del Santo alla città. In sostituzione delle colonne antiche in travertino furono collocate 28 colonne binate e quadruplicate in marmo rosso di Verona, in allusione al sangue del martire Emidio, sorreggenti volte più alte rispetto a quelle romaniche, contestualmente fu anche rialzato il soffitto in previsione della collocazione di una scultura che onorasse il Santo. La rinnovata decorazione fu completata da Tommaso Nardini che dipinse le pareti e le volte, solo parzialmente giunte sino ai giorni nostri.