আলম সহকারী সার্জন হিসাবে সান্তাহার রেলওয়ে হাসপাতালে যোগদান করেছেন। একাত্তরের ২৫ শে মার্চ অপারেশন সার্চলাইট শুরু হওয়ার সাথে সাথে বাংলাদেশের মুক্তিযুদ্ধ শুরু হয়েছিল। সান্তাহারের বাঙালি ও অবাঙালি ( বিহারী ) বাসিন্দাদের মধ্যে সাম্প্রদায়িক দাঙ্গা শুরু হয়েছিল। আহতদের তিনি চিকিৎসা সহায়তা দিয়েছিলেন। ২৬ মার্চ ১৯৭৪১, হাসপাতালে পাকিস্তান আর্মির সঙ্গে যুদ্ধাহতদের আশ্রয় দিয়ে তিনি এবং তার পরিবার হায়সাবাড়ি, নওগাঁ ,তারপর শাহবাজপুর, রাজশাহীতে চলে আসেন। তিনি ভারতে চলে যাওয়ার লক্ষ্য নিয়ে রাজশাহী শহরে (এখন শহর) চলে আসেন। তিনি মুক্তিবাহিনীকে সহায়তা করেছিলেন বলে অভিযোগে নগরীর একটি ফার্মেসী থেকে পাকিস্তান সেনাবাহিনী তাকে গ্রেপ্তার করেছিল। তাকে নিয়ে যাওয়া হয়েছিল রাজশাহী বিশ্ববিদ্যালয়ের জোহা হলে।