Po zmagi demokratičnih strank, leta 1990 je bila Specialna enota ustanovljena z odločbo takratnega ministra za notranje zadeve Igorja Bavčarja, 23. avgusta istega leta. Ustanovitvi SE MNZ je sledilo obdobje neposrednih priprav na morebitni vojaški spopad z JLA. SE MNZ je aktivno sodelovala v osamosvojitveni vojni leta 1991. Tudi v obdobju umika JLA je imela SE MNZ pomembno vlogo. Zadnje dejanje v vojni za Slovenijo je predstavljalo zavarovanje odhoda JLA z ozemlja Slovenije 26. oktobra 1991.