Kraków blev næsten fuldstændig ødelagt under mongolernes invasion i 1241. Bygningerne blev genopbygget i gotisk stil, og i 1257 fik byen sine stadsrettigheder (Magdeburgrettigheder). Det var i den tid Kraków fik et skakbræt-mønstret byplan og sit hoved-torv, og bebyggelsen fra den gang kan fremdeles ses i den gamle by.