W latach 2015–2016 Mistakidis występował w młodzieżowej reprezentacji Grecji U-21. W tym czasie wystąpił w pięciu meczach eliminacyjnych do Mistrzostw Europy, których gospodarzem była Polska. Mistakidis zadebiutował w kadrze prowadzonej przez selekcjonera Michaila Iordanidisa przeciwko reprezentacji Liechtensteinu (0:2, 7 września 2015 roku). Ponadto zagrał przeciwko Albanii (2:1, 2 września 2016 roku), Izraelowi (0:4, 6 października 2016 roku) oraz dwukrotnie Portugalii (0:4, 13 października 2015 oraz 1:0, 6 września 2016 roku). Reprezentacja Grecji zajęła w grupie 4 trzecie miejsce i nie zakwalifikowała się do turnieju głównego.