Ekholm sijoittui Pyeongchangin MM-kilpailuissa 2009 normaalimatkalla viidenneksi. Hän ampui yhden sakkominuutin toisella ampumapaikalla ja hävisi kultaa voittaneelle Ole Einar Bjørndalenille 26,3 sekuntia. Tätä ennen hän oli ollut maailmancupin osakilpailussa parhaimmillaan neljästoista Anterselvan pikakilpailussa aiemmin samalla kaudella. Pyeongchangin MM-kilpailujen sekaviestissä Ekholm hiihti kolmannen osuuden Ruotsin joukkueessa, joka sai hopeaa 6,2 sekuntia Ranskalle hävinneenä.