Bei der Vernichtung der athenischen Flotte durch den Spartaner Lysander 405 v. Chr. in der Schlacht bei Aigospotamoi gehörte Konon zum verantwortlichen Feldherrenkollegium der Athener zusammen mit Philokles, Tydeus, Adeimantos und Menandros. Am Tag der Schlacht kommandierte Konon das Wachgeschwader der Athener und versäumte es, die am Ufer lagernde Flotte rechtzeitig zu warnen. Bei Eintreffen der Spartaner waren seine neun Schiffe deshalb als einzige seefertig und konnten sich so dem Angriff entziehen. Auf der Flucht bewies Konon allerdings seine seemännische Erfahrung und Kaltblütigkeit, indem er das verlassene Schiffslager der Spartaner beim Vorgebirge Abarnis nahe Lampsakos überfiel und ihre dort zurückgelassenen Großsegel stahl, um jegliche Verfolgung auszuschließen. Die Seemacht Athens aber wurde in der Schlacht vollständig vernichtet, die übrigen Strategen und die attischen Bürger im Heer von Lysander hingerichtet.