A Santa Sé anunciou em que seria criado um cardeal em . Ele foi criado o cardeal-diácono da Nossa Senhora de Coromoto em São João de Deus . Em , Filoni se tornou membro da Congregação para a Doutrina da Fé, da Congregação para as Igrejas Orientais e da Congregação para a Educação Católica. Em , ele foi nomeado membro do Conselho Pontifício de Textos Legislativos . Filoni participou do Conclave de 2013 que elegeu o Papa Francisco, e foi considerado papabile ou possível candidato a ser eleito papa.