グルーパーは最初の哨戒で、まずミッドウェー海戦に僚艦とともに参加。6月4日、グルーパーは炎上する日本空母2隻を目撃したが攻撃はできず、戦闘機による機銃掃射と170個以上の対潜爆雷による攻撃を受けた。翌5日には急降下爆撃機の攻撃を避けて潜航した。その後、ミッドウェー島に3日間停泊。補給後の6月12日、グルーパーは東シナ海に向かった。6月25日午前、グルーパーはの地点で特設運送船第二図南丸（日本水産、19,262トン）を発見し、魚雷を4本発射して撃破した。6月27日には氷川丸（日本郵船、11,622トン）クラスと思われる病院船を発見。その後は南西諸島および台湾近海で哨戒した。7月6日には、の地点で台湾航路の貨客船富士丸（日本郵船、9,138トン）に対して魚雷を二度にわたり6本発射し、1本が命中したと判断された。7月30日、グルーパーは56日間の行動を終えて真珠湾に帰投。艦長がロブ・ロイ・マクレガー少佐（アナポリス1929年組）に代わった。