Wie die heutigen Ingolstädter Stadtteile Spitalhof, Oberbrunnenreuth und Unterbrunnenreuth südlich der Donau, entstand auch Friedrichshofen im 19. Jahrhundert als Kolonieort überwiegend protestantischer Einwanderer aus Unterfranken, Württemberg, Baden und der damals zum Königreich Bayern zählenden Rheinpfalz. Bereits seit dem Mittelalter hatten sich auf dem Gebiet des heutigen Ortes die Weiler "Altenhof, Birkenzell" und "Lungenhof" sowie das Dorf "Neidertshofen" befunden, die aber schon lange vor der Gründung der nachmaligen Kolonie aufgegeben wurden. Neidertshofen ist 1280 erstmals nachgewiesen und wurde vermutlich im Bayerischen Krieg 1420 zerstört.