Паходзіў са шляхецкага роду Бутаўт-Андрайковічаў герба «Грыф». Нарадзіўся ў сям’і пісара і падстарасты гродзенскага Тадэвуша Бутаўт-Андрайковіча. Бацька ўдзельнічаў у паўстанні 1794 года, падпісаў акцэс пад № 306, суддзя крымінальнага суда парадкавай камісіі Гродзенскага павета. Бацька меў 100 душаў сялянаў у Гродзенскай губерні. Ян меў братоў Міхала і Фелікса.