За сборную Арельяно выступал с 1995 по 2006 год. За это время он принял участие в 9 турнирах. Первыми стали Олимпийские игры 1996: там Хесус провёл 2 матча. Через два года он отправился во Францию на чемпионат мира. Сыграл там 4 матча, голов не забил. В 1999 году победил на Кубке конфедераций. В 2000 выступал на золотом кубке КОНКАКАФ. В 2001 году стал серебряным призёром Кубка Америки: в финале мексиканцы уступили Колумбии 0:1. В 2002 году на чемпионате мира сыграл три матча. Тогда Мексика вышла из группы, но в 1/16 финала уступила США. В 2003 году стал победителем золотого кубка КОНКАКАФ: на турнире он сыграл 5 матчей и был признан самым ценным игроком. Позже принимал участие в Кубке Америки 2004 и чемпионате мира 2006.