Durchmarschierende Berner Truppen plünderten am 24. Januar 1656 vor der ersten Schlacht von Villmergen das Dorf, schändeten die Kirche und brannten zahlreiche Häuser nieder. Nach dem zweiten Villmergerkrieg von 1712 verloren die katholischen Orte ihren Einfluss in den unteren Freien Ämtern und Hägglingen wurde von Zürich, Bern und Glarus aus verwaltet. Im März 1798 eroberten die Franzosen die Schweiz und riefen die Helvetische Republik aus. Am 26. April kam es auf dem Emmetfeld zum Gefecht bei Hägglingen zwischen französischen und eidgenössischen Truppen, woran ein Wegkreuz zwischen Hägglingen und Rüti erinnert. Bis Oktober 1801 gab es wiederholt Durchzüge und Einquartierungen französischer Truppen. Auf die Helvetik folgte 1803 die Mediation, die den alten Wunschtraum des Anschlusses des Freiamts an Zug verhinderte und den kurzlebigen Kanton Baden dem Kanton Aargau einverleibte.