Der wirtschaftliche Aufschwung in den Städten liess den militärischen Vorteil der Länderorte schwinden, weshalb 1712 im Zweiten Villmergerkrieg, der durch religiöse Spannungen in der Fürstabtei St. Gallen ausgelöst wurde, die reformierten Städte die Oberhand behielten. In dem nach der Zweiten Schlacht von Villmergen geschlossenen Frieden von Aarau verloren die katholischen Orte ihren Einfluss in den Gemeinen Herrschaften Baden, Freie Ämter, Rapperswil und mussten Bern in die Verwaltung der Herrschaften Thurgau, Rheintal und Sargans aufnehmen. Das Prinzip der Parität, also der Gleichberechtigung beider Konfessionen in den Gemeinen Herrschaften, beendete die katholische Vormachtstellung in der Eidgenossenschaft.