Laughton war der Sohn eines Kapitäns. Er studierte an der Universität Cambridge (Gonville and Caius College), an der er Wrangler bei den Tripos-Prüfungen in Mathematik wurde. Danach ging er zur Royal Navy, diente im Krimkrieg und Opiumkrieg und war ab 1866 am Royal Naval College in Portsmouth. Dort schrieb er Lehrbücher über Wetterkunde und Nautik und wurde 1873 Leiter der Abteilung Meteorologie am Royal Naval College in Greenwich (London). Ab 1876 unterrichtete er auch Marinegeschichte. 1885 wurde er Professor für Modern History am King’s College London.