Срби у СР Хрватској су почели да организују сопствену аутономију — Српску аутономну област Крајину, као одговор на брисање Срба као конститутивног народа из Устава Хрватске, које је извршио Туђманов режим децембра 1990. 31. марта 1991. десио се први оружани сукоб полиције Хрватске против САО Крајине и њене милиције у коме је било погинулих. Сукоби су се повремено понављали и у лето 1991. године прерасли у рат у који се убрзо укључила и ЈНА. За време овог рата, који је трајао до августа 1995. године и завршно са Операцијом Олуја, иако није учествовао у сукобима, Милошевићев режим је активно помагао властима Републике Српске Крајине.