Bei den Halleneuropameisterschaften 1988 in Budapest erreichte Pavoni erneut das Finale und belegte in 6,64 s den fünften Platz. In der Freiluftsaison qualifizierte sich Pavoni wie 1984 für die Olympischen Spiele. In Seoul erreichte er über 100 Meter das Viertelfinale, die italienische Staffel mit Ezio Madonia, Sandro Floris, Pierfrancesco Pavoni und Stefano Tilli kam ins Finale und belegte in 38,54 s den fünften Platz. 1989 startete Pavoni wie 1987 sowohl bei den Halleneuropameisterschaften als auch bei den Hallenweltmeisterschaften. In Den Haag belegte er in 6,62 s den vierten Platz bei den Europameisterschaften, zwei Wochen später war er bei den Weltmeisterschaften in Budapest bester Europäer und gewann in 6,61 s Bronze hinter dem Kubaner Andrés Simón und dem Ghanaer John Myles-Mills. Bei den Halleneuropameisterschaften 1990 in Glasgow lief Pavoni 6,59 s und gewann Silber hinter dem Briten Linford Christie. Bei den Europameisterschaften 1990 in Split schied Pavoni über 100 Meter im Vorlauf aus, in der Staffel kam er nicht zum Einsatz.