Nach der deutschen Wiedervereinigung 1990 führte die Umstrukturierung und Privatisierung der Betriebe zu einem Zusammenbruch der gesamten Industrie. Durch die Öffnung der Wirtschaft zum Weltmarkt bestand besonders für die Schuh-Großindustrie der ehemaligen DDR kaum eine Überlebenschance, bedingt durch die große Konkurrenz in den Billiglohnländern. Dies führte zu einer sprunghaft ansteigenden Arbeitslosenrate, verstärkt durch die massive Reduzierung der benötigten Arbeitskräfte in der chemischen Industrie in den benachbarten Leunawerken. Andere Bereiche, wie die Lebensmittelindustrie, blieben erhalten und erhielten damit Arbeitsplätze vor Ort. In diesem Zusammenhang siedelte sich 1990 die Tönnies GmbH an, die heute noch einer der größten Arbeitgeber in der Region ist. Seit 2010 ist, vorrangig durch dieses Unternehmen, ein saisonbedingter Zuzug von osteuropäischen Migranten zu beobachten. Nachdem bei der ersten Kreisgebietsreform im 1990 neu gebildeten Land Sachsen-Anhalt der Landkreis Weißenfels zunächst vergrößert worden war, verlor Weißenfels 2007 mit der zweiten Kreisgebietsreform und der damit verbundenen Zusammenlegung des Landkreises Weißenfels mit dem Burgenlandkreis nach fast 200 Jahren seinen Status als Kreissitz. Zur Zeit der Flüchtlingskrise 2015 nahm Weißenfels 600 Asylsuchende auf. Dies entspricht zwei Prozent aller Geflüchteten des Landes Sachsen-Anhalt.