Después de la muerte de Albrecht von Wallenstein en 1634, fue nombrado comandante del Ejército Imperial en la Guerra de los Treinta Años, y el mismo año, con su primo el Cardenal-Infante Fernando de Austria, derrotó a los suecos en Nördlingen. Fernando III se convirtió entonces en líder del partido de paz en el tribunal, ayudó a negociar la Paz de Praga con los Estados Protestantes, sobre todo Sajonia en 1635.