Zelf schilderde Guerrero werken van religieuze aard en alledaagse taferelen en gebeurtenissen. Daarvan zijn er niet veel bewaard gebleven. Voorbeelden van schilderijen uit het religieuze genre zijn "Nuestra Señora de Guia", "Dolorosa", "Santa Veronica de Julianus", "Saint John de Baptist" (1886) en "San Felix de Cantalicio". Voorbeelden van schilderijen van niet-religieuze aard zijn "Chinese Vendor of Tsin-Tsao", "River's bend" en "Scene at a Brook", die alle drie te zien waren op de Louisiana Purchase Exposition in 1904 in de Amerikaanse plaats Saint Louis. Andere werken van zijn hand zijn "The Bride" en "Bodegon" (1877), dat ooit te zien was in de National Gallery. Guerrero tekende ook 35 van de 253 illustraties in "Flora de Filipinas" van frater Manuel Blanco.