4. července 1946 se Manila stala hlavním městem nově vzniknuvší nezávislé Filipínské republiky. V roce 1948 se hlavním městem oficiálně stala součást Manily vzdálená od jejího centra pouhých 16 km severovýchodním směrem, Quezon City. V roce 1976 se hlavním městem stala opět Manila. V roce 1995 se v Manile uskutečnily Světové dny mládeže.