Marmaduke haavoittui Shilohin taistelussa everstinä 3. konfederaation jalkaväessä, ja oli toimintakyvytön useita kuukausia. Marraskuussa 1862 sotahallinto ylensi hänet prikaatinkenraaliksi. Hänen ensimmäinen komennuksensa prikaatinkenraalina oli Prairie Groven taistelu. Huhtikuussa 1863 Marmaduke lähti Arkansasista 5 000 miehen ja kymmenen tykistöyksikön kanssa ja meni Unionin miehittämään Missouriin. Kuitenkin hän joutui perääntymään Cape Girardeaun taistelussa ja pakotettiin palaamaan Helenaan Arkansasiin.