Il processo ai tre iniziò l'11 marzo 2008 e si concluse nel settembre 2010, con la condanna a 24 anni di reclusione per Gotovina, 18 anni per Markač e l'assoluzione per Čermak, per crimini contro l'umanità e violazione delle leggi e dei costumi di guerra; inoltre, lo condannò per aver fatto parte di un'associazione a delinquere finalizzata alla rimozione della popolazione serba in Croazia durante l'Operazione Tempesta, coordinata e diretta insieme ai più alti vertici politici di allora, tra questi Franjo Tuđman. Tale sentenza provocò in Croazia diverse manifestazioni popolari di protesta nonché pubbliche dichiarazioni di condanna verso essa da parte di esponenti di governo, compresa quella del Primo Ministro Jadranka Kosor; l'esecutivo serbo si dichiarò invece soddisfatto per il riconoscimento della pulizia etnica dei serbi in terra croata.