Невдовзі після вводу в експлуатацію «Дзюнйо» взяв участь в битві за Мідвей. Його авіагрупа могла би зіграти вирішальну роль в битві, але в той час авіаносець брав участь в операції в районі Алеутських островів. Його літаки бомбили Датч-Харбор та забезпечували висадку десанту на острови Атту та Кіска. Ці операції не принесли значного результату.