Das Kaiserreich Trapezunt überlebte das (1261 wiederhergestellte) Byzantinische Reich um nur acht Jahre, denn am 26. Oktober 1461 eroberten die osmanischen Türken unter Sultan Mehmet II. mit Trapezunt den letzten verbliebenen griechischen Staat in Anatolien. In den Jahrzehnten nach der Eroberung bauten die Muslime keine Moscheen in der Stadt, stattdessen wandelten sie die meisten Kirchen in Moscheen um. Dies hängt möglicherweise damit zusammen, dass mehrere tausend orthodoxe Griechen aus der Stadt vertrieben worden waren. Mit der "Çarşı Camii" aus dem Jahr 1839 blieb im alten Marktviertel der erste Moscheebau erhalten. Ab der Mitte des 19. Jahrhunderts wurden auch wieder neue Kirchen errichtet, keine jedoch von besonderer architektonischer Bedeutung, einige entstanden über abgerissenen älteren Kirchenbauten. Gottesdienste gab es bis zur Vertreibung der Pontos-Griechen 1923.