1962 erhielt Siffert vom neu gegründeten Schweizer "Ecurie Filipinetti Team" die Möglichkeit, in die Formel 1 einzusteigen. Beim Grossen Preis von Belgien konnte er sich mit einem Lotus-Climax für seinen ersten Formel-1-Grand-Prix qualifizieren und das Rennen als Zehnter beenden. Die Saison 1963 begann nicht vielversprechend. Nachdem er häufig wegen technischer Pannen Rennen nicht bestreiten konnte, kam es nach dem Grossen Preis von Monaco zum Zerwürfnis mit dem Team. Er musste sich sowohl aus seinem Vertrag freikaufen als auch den Lotus 24 übernehmen. Mit diesem Rennwagen bestritt er, wieder als Fahrer seines eigenen "Siffert Racing Team", die folgenden Formel-1-Rennen und einige Bergrennen. Für die Saison 1964 kaufte er sich bei Brabham einen Formel-1-Wagen mit B.R.M.-Motor. Trotz einiger Erfolge konnte er gegen Saisonende die Teilnahme an den Überseerennen in den USA und in Mexiko nicht finanzieren. Um dennoch starten zu können, liess Siffert sich als dritter Fahrer für das "Rob Walker Racing Team" verpflichten und lackierte seinen Wagen in die Teamfarbe Blau um. Den Grossen Preis der USA konnte er hinter Graham Hill und John Surtees mit einem Podiumsplatz beenden.