Les prises de position les plus remarquées de Miloš Zeman concernent l'islam, qu'il présente comme une religion difficilement compatible avec la civilisation européenne. Lors de la crise migratoire, alors que l'Union européenne suggère la répartition des réfugiés par quotas attribués aux pays membres, il se déclare opposé à l'accueil de réfugiés syriens sur le territoire tchèque, estimant qu'ils comptent des terroristes à la solde de l'État islamique.