1949 wurde Niekisch als Mitglied des Volkskongresses Abgeordneter der ersten Volkskammer der DDR. Nach der gewaltsamen Niederschlagung des Aufstandes vom 17. Juni 1953 legte er alle politischen Ämter nieder. Im Februar 1955 trat er aus der SED aus. 1963 siedelte er endgültig nach West-Berlin über, wo er seinen alten Wohnsitz im Bezirk Wilmersdorf nicht aufgegeben hatte.