In die zweite Saisonhälfte startete er beim German Masters 2019 mit einem Sieg gegen Matthew Stevens (5:3), durch den er zum dritten Mal in dieser Spielzeit in die Runde der letzten 16 einzog. Wie bei den ersten beiden Achtelfinalspielen traf er erneut auf Judd Trump, dem er sich nun mit 1:5 geschlagen geben musste. Als einer der 32 besten Spieler der bisherigen Saison wurde Yan zum World Grand Prix 2019 eingeladen, bei dem er jedoch sein Auftaktspiel gegen David Gilbert verlor (0:4). Anschließend musste er auch bei den Welsh Open (2:4 gegen Alexander Ursenbacher) und beim Snooker Shoot-Out Erstrundenniederlagen hinnehmen. Bei den Indian Open 2019 unterlag er in der Runde der letzten 32 seinem Landsmann Lu Ning (0:4). Bei den Gibraltar Open 2019 erreichte er sein viertes und letztes Achtelfinale der Saison. Er traf dort auf seinen Landsmann Tian Pengfei, dem er sich mit 3:4 geschlagen geben musste. Bei den China Open verlor er in der Runde der letzten 64 mit 2:6 gegen Peter Ebdon. Trotz des frühen Ausscheidens verbesserte sich Yan in der Weltrangliste auf den 20. Platz. In der WM-Qualifikation setzte sich Yan Bingtao gegen Lukas Kleckers (10:3) und Mei Xiwen (10:8) durch, bevor er in der entscheidenden dritten Qualifikationsrunde an Michael Georgiou (8:10) scheiterte.