През Междусъюзническата война е в Сборната партизанска рота. През септември 1913 година Христов е един от основните организатори и ръководители на българо-албанското Охридско-Дебърско въстание. На 12 септември 1913 година неговата чета заедно с четата на Петър Чаулев влизат тържествено в освободения Охрид. Павел Христов влиза в ръководното тяло на временното българско управление. След погрома на въстанието Христов се оттегля в Албания, където се свързва с албанските революционери за ново сътрудничество.