25 декабря 1993 года вступила в силу принятая на всенародном голосовании Конституция Российской Федерации, которая упразднила пост вице-президента (само голосование было проведено не на основании Закона РСФСР «О референдуме РСФСР», а на основании указа Ельцина). 26 февраля 1994 года освобождён из-под стражи в связи с постановлением об «амнистии», принятом Государственной Думой (хотя суд над ним так и не состоялся), но при этом Руцкой не ставил свою подпись, что согласен с амнистией, поскольку он не признал своей вины. Ельцин требовал не допустить проведения амнистии. В докладе комиссии Госдумы по дополнительному изучению и анализу событий 21 сентября — 5 октября 1993 года, со ссылкой на бывшего члена президентского совета Алексея Казанника (который на следующий день после штурма Белого дома был назначен Ельциным на пост Генерального прокурора), утверждается, что Ельцин и его окружение предлагали Казаннику судить Руцкого и других лиц, выступивших против разгона Съезда и Верховного Совета, по статье 102 УК РСФСР (умышленное убийство при отягчающих обстоятельствах), которая предусматривала смертную казнь. Казанник в ответ сказал Ельцину, что нет юридических оснований для применения данной статьи. Данный факт подтверждает в своих воспоминаниях Руцкой.