Suomen sisällissodan alettua punaiset pidättivät Helsingissä Mikkolan hänen asunnostaan 31. tammikuuta 1918 ja veivät hänet miliisiasemalle, jossa hän joutui selliin toisen nuorsuomalaisten kansanedustajan Pekka Paavolaisen kanssa. Myöhemmin samana iltana noin kello 21 aikaan asemalle tuli joukko aseistautuneita punakaartilaisia, jotka veivät Mikkolan mukanaan ja ampuivat hänet 1. helmikuuta Töölönlahden rannalla. Mikkolan murha herätti suurta julkista huomiota, mutta siihen syyllistyneitä ei koskaan rangaistu. Mikkola haudattiin Turun hautausmaalle 16. toukokuuta 1918. Hänen tilalleen kansanedustajaksi tuli nuorsuomalaisten Helena Brander. Mikkolan haudalla paljastettiin 1923 kansalaiskeräyksellä rahoitettu muistomerkki, johon Emil Wikström veisti oikeuden jumalatarta esittävän reliefin. Perussuomalaisten kansanedustaja Ville Tavio on ehdottanut, että eduskuntataloon asetettaisiin muistomerkki Mikkolan kunniaksi.