Quatre années passent ainsi dans un climat de paix extrêmement fragile. Les hostilités reprennent en septembre 1459. Le 12 octobre, Henri VI défait à Ludford Bridge la puissante armée du duc d'York. York s'enfuit en Irlande tandis que Salisbury, Warwick et le fils aîné d'York et de Cécile, Édouard s'exilent à Calais. Conduite à Coventry avec ses fils George et Richard et sa fille Marguerite, Cécile plaide pour son mari, qui est cependant déchu de ses droits civiques par le Parlement le 20 novembre. Cécile est confiée à la garde du duc de Buckingham.