Tijdens de kwalificatiewedstrijden op 31 januari 2006 voor de Gemenebestspelen 2006 verbeterde Lenton het wereldrecord 100 meter vrije slag op de langebaan tot 53,42 seconden. Daarmee was ze 0,10 seconden sneller dan het oude wereldrecord dat op naam stond van landgenote Jodie Henry. Tijdens de Gemenebestspelen in Melbourne veroverde de Australische de gouden medaille op de 50 en de 100 meter vrije slag en de zilveren medaille op de 200 meter vrije slag en de 100 meter vlinderslag, samen met Jodie Henry, Alice Mills en Shayne Reese sleepte ze de gouden medaille in de wacht op de 4x100 meter vrije slag. Op de 4x200 meter vrije slag legde ze samen met Bronte Barratt, Kelly Stubbins en Linda Mackenzie beslag op de gouden medaille, samen met Sophie Edington, Leisel Jones en Jessicah Schipper zwom ze naar het goud op de 4x100 meter wisselslag. In Shanghai nam Lenton deel aan de wereldkampioenschappen kortebaanzwemmen 2006, op dit toernooi veroverde ze de wereldtitels op de 50 en de 100 meter vrije slag en de 100 meter vlinderslag. Samen met Bronte Barratt, Jessicah Schipper en Shayne Reese sleepte ze de wereldtitel in de wacht op de 4x200 meter vrije slag, op de 4x100 meter wisselslag legde ze samen met Tayliah Zimmer, Jade Edmistone en Jessicah Schipper beslag op de gouden medaille en op de 4x100 meter vrije slag zwom ze samen met Shayne Reese, Sophie Edington en Danni Miatke naar het zilver.