Už v roce 1978 byla v této oblasti založena osada typu "Nachal" tedy kombinace vojenského a civilního osídlení. V listopadu 1988 se proměnila v ryze civilní obec. Tehdy tu žilo 30 rodin. V obci fungovalo předškolní zařízení pro děti. Osada se nikdy populačně příliš nerozvinula. Během Druhé intifády byla navíc vystavena častým útokům Palestinců a prohloubila se její izolace. 18. června 2001 byl mezi obcemi Chomeš a Šavej Šomron zastřelen ve svém automobilu jeden místní obyvatel. A hned 20. června 2001 byl palestinským útočníkem poblíž sousední palestinské vesnice Silat ad-Dhahr zabit starší muž z osady Chomeš. Počátkem 21. století byla navíc obec Chomeš ponechána vně projektované Izraelské bezpečnostní bariéry, která měla v této oblasti sice proniknout hluboko do vnitrozemí Samařska, daleko za Zelenou linii, ale tyto izolované izraelské osady měla minout. V srpnu 2005 byl realizován plán jednostranného stažení prosazovaný vládou Ariela Šarona. V jeho rámci měli být z Pásma Gazy a ze severního Samařska staženi izraelští civilní osadníci. V severním Samařsku se to týkalo obcí Ganim, Kadim, Chomeš a Sa-Nur. Plán byl skutečně proveden a všechny čtyři vesnice byly opuštěny. Izraelská armáda si ovšem podržela kontrolu nad oblastmi těchto bývalých osad. Prostor bývalé osady Chomeš se v následujících letech stal místem častých mítínků a demonstrací osadníků z okolních izraelských vesnic a měst, kteří tak vyjadřují snahu obnovit zde izraelskou přítomnost. Například na jaře 2007 pochodovalo na místo bývalé osady Chomeš několik tisíc lidí. Izraelská armáda s nimi vede opakované potyčky, protože se snaží omezit přístup do oblasti a zabránit opětovnému trvalému usídlení na místě osady Chomeš. V říjnu 2009 izraelští vojáci z praporu Šimšon protestovali před Západní zdí proti vystěhovávání židovských obyvatel z Chomeše. Při protestu rozvinuli transparent: „Prapor Šimšon neprovede vyhnání z Chomeš.“