Na zijn periode bij de Orde van Malta stapte hij over naar de vloot van het koninkrijk Frankrijk (1672). Zoals zijn broers en zijn oom, de Tourville, vocht hij in zeeslagen van koning Lodewijk XIV. Zijn oom de Tourville was zijn mentor en Joubert volgde hem tijdens diens expedities. Zo nam Joubert deel aan de zeeslag bij Beachy Head (bij de winnende partij) en aan de zeeslagen bij Barfleur en La Hougue (bij de verliezers). Deze zeeslagen maakten deel uit van de Negenjarige Oorlog (1688-1697). Joubert ontving van koning Lodewijk XIV de Orde van de Heilige Lodewijk (1693). De oorlog werd besloten met de Vrede van Rijswijck (1697), waarbij de Fransen het westelijk deel van het eiland Saint-Domingue annexeerden, het latere Haïti. Een jaar later besliste de koning tot de oprichting van de Compagnie de Saint-Domingue. Deze compagnie ontwikkelde suikerrietplantages, wat gepaard ging met slaventransport naar het eiland en suikertransport naar Frankrijk. Saint-Louis-du-Sud werd het zwaartepunt van de Compagnie, omwille van de vele opslagplaatsen.