Nel contempo la Svezia invase la Polonia. Infatti, quando la regina di Svezia Cristina I abdicò il 16 giugno 1654, Giovanni II avanzò dei diritti sul trono svedese in quanto pronipote di Gustavo I Vasa. Questo condusse ad un conflitto di successione con l'altro pretendente, Carlo Gustavo (1622-1660), cugino della ex regina, ed alla Seconda guerra del nord (1655-1660), che entrò nella storia della Polonia con il nome di "Diluvio".