Jméno ostrova je odvozeno od ugrofinského slova "valamo", což znamená vysoký, hora, země. Ve 12. století byly ostrovy součástí Novgorodské republiky. V období tzv. Smuty v 17. století byly ostrovy obsazeny Švédskými dobyvateli. Rusko je ale dobylo zpět ani ne o století později. Když na počátku 19. století vzniklo jako autonomní část Ruského carství Finské velkoknížectví, připojil car Alexandr I. Pavlovič Valaam k Finsku. V roce 1917 se stalo souostroví součástí nově vzniklého Finska. To však netrvalo dlouho, protože SSSR získal Valaam zpět v Zimní válce a následné Pokračovací válce. Během let byl ostrov navštíven cary Alexandrem I., Alexandrem II., mnoha členy carské rodiny a také například Čajkovským a Mendělejevem.