В 2004 году Эррера дебютировал за сборную Колумбии. 6 июня в матче отборочного турнира Чемпионата мира 2006 против сборной Уругвая он забил свой первый гол за национальную команду. В том же году Серхио был внесен в заявку сборной на Кубок Америки. 24 июля в поединке группового этапа против сборной Уругвая Эррера забил гол. Он также сыграл в оставшихся встречах против сборных Венесуэлы, Коста-Рики, Боливии и завоевал четвёртое место.