25 августа 1944 года в ходе Тартуской операции войск 3-го Прибалтийского фронта Красной армии город был освобождён советскими войсками. Во время войны Тарту сильно пострадал от бомбёжек: были уничтожены Каменный мост ("Kivisild") через реку Эмайыги, здание театра «Ванемуйне», Эстонского народного музея, церкви Святого Иоанна и Святой Марии.