Johannes Fried nació en Hamburgo, ciudad que fue bombardeada y destruida muy poco tiempo después de que cumpliera un año de vida. Su padre, era un pastor evangélico que provenía de Múnich y su madre había nacido en Leipzig. Tras la destrucción de Hamburgo, la familia se trasladó a Heidelberg, donde Johannes Fried creció y asistió a la escuela. A partir de 1964, Fried estudió historia, germanística y ciencias políticas en la Universidad de Heidelberg y obtuvo allí su grado de doctor en 1970 y en 1977 su habilitación. Entre 1980 y 1982 fue profesor de la Universidad de Colonia y a contar de 1982, se desempeñó como profesor de la Universidad Goethe de Fráncfort oficialmente hasta 2009, más tarde como profesor emérito de esa casa de estudios. Entre 1990 y 1991 fue becario del "Historisches Kolleg" de Múnich. También fue vocero del centro de investigación colaborativa "Wissenskultur und gesellschaftlicher Wandel" donde entre 1999 y 2009 dirigió varios proyectos de investigación en historia medieval.