В 1794 году Юзеф Зайончек принял активное участие в польском восстании под руководством Тадеуша Костюшко. Участвовал в битвах под Рацлавицами (после чего он был произведен в генерал-лейтенанты), Хелмом и Голькувом. После пленения Т. Костюшко Ю. Зайончек короткое время исполнял обязанности главнокомандующего повстанческими силами. Он был членом Наивысшей Национальной рады, где выражал якобинские взгляды. Также являлся членом Военного суда и руководителем обороны Варшавы.