1942年6月、ミッドウェー海戦に参加。ミッドウェー海戦は、ミッドウェー島攻略を目的にしたミッドウェー作戦の前哨戦であった。準備期間は一か月もなく、時期尚早と一航艦司令部から反対があった。作戦事前研究会で山口多聞少将と源田実中佐が連合艦隊司令部に反対と食いついたが、連合艦隊司令部は決定済みとして取り合わなかった。ミッドウェー島占領後、基地航空隊の司令となる予定の森田大佐、飛行隊長、整備員達が赤城に乗り込み、士官室は手狭になった。淵田美津雄中佐(赤城飛行隊長)や村田重治少佐(雷撃隊隊長)ら飛行搭乗員達は、山本連合艦隊長官と戦艦の大和が南雲機動部隊の300浬後方をついてくることに「戦争見物でもするつもりか」と怒りを隠さなかった。5月27日の海軍記念日に赤城以下南雲機動部隊は日本から出撃する。6月4日、艦橋の周辺にハンモックを丸めたマントレットを装着した。また珊瑚海海戦の戦訓から敵味方識別のため、日本空母の飛行甲板前部には巨大な日の丸が描かれていたが、これはアメリカ軍急降下爆撃隊にとって絶好の的となった。