Luego de las elecciones generales de 1990, De Soto ingresó al equipo económico de Alberto Fujimori y fue responsable, junto con Carlos Rodríguez Pastor, del diseño del «shock económico», un conjunto de medidas definidas como neoliberales que redujo la hiperinflación, introdujo medidas de austeridad y aseguró, a pesar de un balance social mixto, una estabilidad macroeconómica que permitió dejar atrás la llamada «Década perdida». En su gobierno, De Soto fue asesor presidencial y las políticas promovidas por el ILD tuvieron, según fuentes afines, un rol importante en la lucha contra el terrorismo en el Perú, al otorgar títulos a los pequeños cultivadores de coca. Tras el autogolpe de Estado de 1992, De Soto asesoró al presidente Fujimori para la convocatoria de un Congreso Constituyente Democrático, el cual se encargó de la elaboración de la Constitución peruana de 1993.