Zografákis finit par s'échapper à nouveau en Égypte. En , après la bataille de Káto Sými et les massacres de Viánnos, les Allemands arrêtent de nombreux officiers grecs. Il s'agit de représailles à la suite de la mort de soldats allemands et de leur complicité avec la résistance crétoise ainsi que pour avoir aidé le SOE. Parmi eux se trouve le frère de Kímonas, Giannis, qui est un sous-lieutenant de réserve, blessé sur le front albanais. Giannis Zografákis a été traduit en cour martiale et condamné à mort avec quatre autres officiers. Ils sont exécutés dans la prison d'Agia, près de La Canée, en Crète.