Nok en krig med xhosaerne, kendt som øksekrigen, brød ud i 1846, da en khoikhoieskorte, som var blevet lænket til en xhosatyv med håndjern, blev myrdet, mens han transporterede manden til Graham's Town for at blive stillet for retten efter at have stjålet en økse. Nogle xhosaer angreb og dræbte eskorten. Xhosaerne nægtede at overlevere morderen, og der blev erklæret krig i marts 1846. Ngqikaerne var den vigtigste stamme som deltog i krigen, assisteret af tambukierne. Xhosaerne blev besejret den 7. juni 1846 af general Somerset på Gwangu, nogle få kilometer fra Fort Peddie. Men krigen fortsatte til Sandili og høvdingen til ngqikaerne overgav sig. Andre høvdinger fulgte gradvist efter, og inden 1848 var xhosaerne blevet fuldstændig kuet efter 21 måneder med kampe.