Muchos de los nombres de los municipios y poblados de Guatemala constan de dos partes: el nombre del santo católico que se venera el día en que fueron fundados y una descripción con raíz náhuatl; esto se debe a que las tropas que invadieron la región en la década de 1520 al mando de Pedro de Alvarado estaban compuestas por soldados españoles y por indígenas tlaxcaltecas y cholultecas. Específicamente, en lo que se refiere al topónimo «San Miguel Chicaj» el nombre de San Miguel se originó porque los pobladores aseguran que San Miguel Arcángel descendió del cielo en persona sobre el territorio; ahora bien, el topónimo Chicaj no es de origen náhuatl, sino ach'i y se deriva de los términos «Chi» (español:«en») y «caj» (español: «cielo»).