Kanapkis speelde in totaal 20 interlands voor zijn vaderland Uruguay, en scoorde vijf keer voor de "Celeste". Hij maakte zijn debuut voor de nationale ploeg op 30 april 1992 in de vriendschappelijke thuiswedstrijd tegen Brazilië (1-0), net als Luis Barbat (Liverpool FC), Luis Carlos Sánchez (CA Peñarol), Walter Peletti (CA Huracán), Hugo Guerra (Club Gimnasia y Esgrima) en doelpuntenmaker Adrián Paz (CA Peñarol). Kanapkis vormde in dat duel een verdediging met Leonardo Ramos, Cecilio de los Santos en Nelson Cabrera. Hij nam met zijn vaderland in 1993 deel aan de strijd om de Copa América in Ecuador, waar de ploeg in de kwartfinales werd uitgeschakeld door Colombia na strafschoppen.