8 марта 1882 года повышен до капитана в должности ассистента квартирмейстера со штаб-квартирой в форте , территория Нью-Мексико. В 1885 году как управляющий военными контрактами был назначен на работы по проектированию и строительству форта на окраине Атланты, штат Джорджия. Будущий форт был назван в честь генерал-майора Джеймса Макферсона, убитого во время сражения за Атланту в 1864 году. Несмотря на то, что Джейкобсу были даны лишь устные инструкции касательно общей концепции устройства форта, он на основе своего военного опыта лично разработал первоначальный план строительства, подготовил планы конкретных зданий и свои соображения по поводу их технических характеристик, а также сам составлял строительные контракты, причём вся документация без поправок утверждалась . Форт был построен в 1886—1889 годах местными подрядчиками, при том, что внимательный к деталям Джейкобс часто указывал им на недостатки в материалах или касательно качества работы. В итоге на месте леса возник небольшой, автономный город; кварталы, казармы, штаб-квартиры, больницы, пекарни, гауптвахты, конюшни, почта, площадка для парадов меж двух рядов строений. За проделанную работу Джейкобс получил благодарность от президента . Впоследствии несколько десятков зданий форта Макферсон, представляющего собой исторический район Атланты, как работа Джейкобса были занесены в Национальный реестр исторических мест США.