В 1730 году при короле Жуане V, церковь была реконструирована и расширена. В 1755 году катастрофическое Лиссабонское землетрясение, стеревшее с лица земли большую часть города, разрушило и церковь Святого Антония. Двумя годами позже началось строительство нового здания церкви, законченное в 1767 году. Храм был построен в стиле барокко по проекту архитектора Матеуша Висенте де Оливейра.