Tu-22M byly „naostro“ vojensky užity ve válce v Afghánistánu v letech 1987–1989. Od roku 1987 působilo v Afghánistánu 18 bombardérů Tu-22M2, které bombardovaly přístupové komunikace, základny a sklady mudžahedínů. V roce 1988 je nahradilo 16 modernějších Tu 22M3, které sehrály důležitou roli hlavně při ústupu sovětských vojsk. K likvidaci pozemních cílů v Afghánistánu se používaly pumy FAB-500, FAB- 1500 a FAB-3000. Další bojové nasazení si odbyly bombardéry Tu-22M v roce 1995 v Čečensku, když podnikaly nálety na pozemní cíle v blízkosti města Groznyj. V roce 2008 během bojů v Jižní Osetii ztratilo ruské letectvo jeden bombardér Tu-22M, který právě plnil průzkumné úkoly. Gruzínské protivzdušné obraně se podařilo sestřelit ruské letadlo pravděpodobně za použití raketového systému Buk-M1.