Nach dem Niederschlagen des Kościuszko-Aufstands 1794 wurde Polen im folgenden Jahr ein drittes Mal geteilt. Zwoleń kam an die Monarchie der Habsburger und erhielt wegen der Nähe zu Südpreußen eine Militärgarnison. Im Jahr 1800 brach ein heftiges Feuer aus, das Rathaus und die Kirche der Heiligen Anna zerstörte. Im Juni 1809 nahm Fürst Józef Poniatowski die Stadt ein. Sechs Jahre später begann die einhundertjährige Herrschaft der Russen.