Ko je bil star devetnajst let, mu je tržaški škof Pietro Bonomo dodelil župnijo Loka pri Zidanem mostu. Jeseni 1527 je Bonomo Trubarja napotil na študij na Dunaj. Zaradi vojske osmanskega imperija, ki se je bližala Dunaju, je bilo ogroženo in oteženo življenje v mestu. Zato se je jeseni 1529 vrnil k škofu v Trst. Tam je maševal in pridigal v minoritski cerkvi. Leta 1530 ga je škof posvetil za duhovnika in ga določil za vikarja v župniji sv. Martina v Laškem. Duhovno službo je tam opravljal v skladu s katoliškim obredom, vendar so njegove zgodnje pridige že spominjale na pridige Erazma Rotterdamskega. Prenavljal je cerkve in župnišča v Celju, Laškem in drugje.