W seniorskiej reprezentacji Meksyku Alfaro zadebiutował 8 czerwca 1996 w wygranym 1:0 meczu towarzyskim z Boliwią. Pierwszą bramkę w kadrze narodowej zdobył natomiast 12 października 1997 w zremisowanym 2:2 spotkaniu z Kanadą, wchodzącym w skład eliminacji do Mistrzostw Świata 1998. Meksykanie ostatecznie zakwalifikowali się na ten światowy czempionat, a Alfaro rozegrał ogółem pięć meczów eliminacyjnych. W 1998 roku Alfaro został powołany przez selekcjonera Manuela Lapuente na Złoty Puchar CONCACAF, gdzie wywalczył ze swoją reprezentacją mistrzostwo, występując w trzech konfrontacjach. Bilans w seniorskiej kadrze narodowej zamknął na dwóch golach w dwudziestu spotkaniach.