במלחמת העולם השנייה השתתפו לוחמי החיל בחלק ניכר מנחיתות הסער שביצעו הבריטים במלחמה, ובכלל זה הנחיתות בנורווגיה ובפלישה לנורמנדי. לוחמי החיל גם התנדבו ליחידות הקומנדו הבריטי שהוקם במלחמה והשתתפו ובפשיטות רבות ובהן הפשיטה על דייפ. במלחמה זו גם ייסד את יחידת הקומנדו הימי, שירות הסירות המיוחד, שפעלה במבצעים מיוחדים רבים בעורף האויב הגרמני והאיטלקי. בין לוחמיה המפורסמים היו הלורד ג'ורג' ג'ליקו ואנדרס לאסן שזכה בצלב ויקטוריה.