W związku z pogarszającą się sytuacją rządu Kołczaka w 1919 r. - po kontrofensywie Armii Czerwonej w maju-czerwcu tego roku, a następnie utracie Permu, Jekaterynburga i Czelabińska - w październiku 1919 r. Piepielajew zaczął rozważać możliwość dokooptowania do Rządu Rosyjskiego przedstawicieli umiarkowanego skrzydła eserowców. Jednak na nieoficjalnym spotkaniu z eserowcem Jewgienijem Kołosowem usłyszał od niego, że Partia Socjalistów-Rewolucjonistów oczekiwała nie tylko demontażu kołczakowskiej dyktatury wojskowej, ale też stworzenia zupełnie nowych struktur rządowych, bez udziału ludzi najbliższych Kołczakowi, w tym w pierwszej kolejności samego Piepielajewa. 10 listopada 1919 r., na godziny przed zdobyciem Omska przez nacierającą od zachodu Armię Czerwoną Piepielajew opuścił miasto, podobnie jak inni ministrowie rząd Kołczaka i on sam. 23 listopada 1919 r. oficjalnie objął obowiązki nowego premiera Rządu Rosyjskiego, zastępując Piotra Wołogodskiego. Rekonstrukcja rządu miała przekonać obecne na Syberii ugrupowania socjalistyczne wrogie bolszewikom do współpracy z białymi. Piepielajew sądził również, że adm. Kołczak powinien zrzec się tytułu wielkorządcy i opuścić Syberię, gdyż w przeciwnym razie nowy rząd nie uzyska społecznego poparcia. W rozmowie z Kołczakiem nie zasugerował mu jednak takiego rozwiązania.