О детстве девочки известно мало. В 1453—1454 годах во время болезни короля Генриха VI отец Маргариты был регентом Англии; в этот же период рассматривалась возможность брака между наследником бургундского герцога Карлом Смелым и одной из дочерей герцога Йоркского, младшей из которых была восьмилетняя Маргарита. Однако переговоры о браке были прекращены, когда по настоянию королевы Маргариты Ричард Плантагенет был изгнан из королевского совета и, таким образом, лишён власти. Когда в 1455 году разразилась Война Роз, герцог Йоркский бежал в Ирландию, а затем и на континент, а его жена Сесилия с детьми (среди которых, вероятно, была и Маргарита) осталась в замке Ладлоу. После победы Йорков в битве при Нортгемптоне в 1460 году Сесилия Невилл вместе с детьми отправилась в Лондон, чтобы приветствовать мужа-триумфатора. В Лондоне Маргариту с матерью и братьями Джорджем и Ричардом поселили в Саутуарке в доме покойного сэра Джона Фальстофа, который был близок как с королём Генрихом VI, так и с Ричардом Плантагенетом.