Han kritiserede organisationen og rejste i 2000 til Storbritannien, hvor han skrev to bøger, der var kritiske mod Vladimir Putins regering. Litvinenko er medforfatter til bogen, der på engelsk hedder "Blowing up Russia : Terror from Within", hvori FSB beskyldes for at stå bag bombesprængningen af boligblokke i Volgodonsk, Bujnaksk og Moskva i 1999, hvor mere end 300 mennesker omkom. Ifølge bogen skulle denne aktion tjene til at legitimere genoptagelsen af krigen mod tjetjenske separatister, som også fra officiel side fik tillagt skylden.