År 1784 återvände Kościuszko till Polen där det politiska tillståndet blev allvarligt. När 1788-1792 den polska sejmen beslutade om återuppbyggnad av den polska republiken och att öka de militära styrkorna till 100 000 man från 10 000 som avtalet vid första delningen påbjöd, blev Kościuszko utnämnd till generalmajor. Under det följande polsk-ryska kriget (1792) vann polackerna några slag, men slutligen förlorade kriget, vilket resulterade i Polens "andra delning". Kościuszko gick då i landsflykt till Leipzig, Paris och Dresden.