Début , avec le déclenchement de la deuxième guerre d'indépendance italienne, de nouveaux désordres éclatent. Ils provoquent le départ de la famille régnante pour Mantoue. Les mazziniens constituent un gouvernement provisoire mis en échec par les militaires, qui ne les soutiennent pas. La duchesse revient alors à Parme. Le , après la victoire de Magenta, Louise-Marie quitte définitivement Parme, non sans avoir exposé sa désapprobation dans une lettre de protestation rédigée depuis Saint-Gall le .