Obregón syntyi Francisco Obregónin ja Cenobia Salidon pojaksi Huatabampon kunnassa Sonoran osavaltiossa. Isä kuoli vuonna 1880, joten äiti kasvatti Álvaron ja muut lapsensa köyhyydessä. Obregón kuitenkin kävi koulua ja oli erilaisissa töissä, muun muassa viljelijänä. Hän oli 1910-luvulla keskeinen hahmo Meksikon vallankumouksessa. Hän puolusti Francisco I. Maderon valtaa ja taisteli sitten hänet syrjäyttäneen Victoriano Huertan joukkoja vastaan.