1838年（道光18年）、反カトリック勢力とカトリック教会の摩擦が絶えず、問題を解決して人々を安心させるために、清政府は天主教の中国での全ての活動を取り締まり、宣武門天主堂は政府に没収され、第二次アヘン戦争終結後になってやっと教会は返還された。1860年に南堂は司教ムリー（Joseph Martian Mouly, C.M.中国名：孟振生）の司式で再度開堂した。