Même si les autorités du Panama se sont montrées satisfaites du traité les premières années, il sera ensuite reproché à Philippe Bunau-Varilla d'avoir octroyé aux États-Unis une trop large souveraineté sur la Zone du Canal et d'avoir accepté la perpétuité de la concession, exigée par John Hay. Modifié à plusieurs reprises, le traité Hay-Bunau-Varilla sera finalement abrogé en 1977 avec la signature des traités de Torrijos-Carter, par Omar Torrijos et Jimmy Carter, qui rendent au Panama la souveraineté sur le canal et la zone américaine le .