Conforme crecía, su padre le aconsejaba que asistiera a la Universidad de Princeton para continuar sus estudios una vez que llegara a su mayoría de edad. Poco antes de ingresar a la universidad, en 1916 (a sus 16 años), Indiana es raptado por revolucionarios en México durante una travesía en tren junto con un primo, la cual había comenzado en Columbus, Nuevo México durante el período vacacional de ese año. Forzado a participar en la Revolución mexicana por Pancho Villa, Henry Jones se encuentra brevemente con George Patton durante esta experiencia. Aquí también conoce a su amigo Remi, un belga, con quien deja México para viajar a África a comienzos de la Primera Guerra Mundial. Durante su estancia en el continente africano, se unieron al ejército belga, en donde Indy fue comisionado como teniente. La inhabilidad de Jones para leer mapas correctamente provocó que su unidad se perdiera, e incluso combatió en diferentes misiones junto a un grupo de hombres mayores. Entre sus aventuras bélicas, destaca una en que el equipo destruyó un gran cañón y secuestró al militar alemán Paul von Lettow-Vorbeck en un globo aerostático, aunque posteriormente sería obligado a liberarlo.