El 1 de septiembre de 1945, Zinsser fue arrestado por el Ejército Rojo en la provincia de Changchun en Manchukuo después de la Operación Tormenta de Agosto, tiempo antes de la rendición de Japón y final de la Segunda Guerra Mundial. En su estadía en la Unión Soviética junto a otros prisioneros de guerra origen alemán y japonés, Zinsser fue juzgado por las autoridades debido a su simpatía por el nacional socialismo y su colaboración y actividad en el Gobierno Nacionalista de Nankín y Manchukuo los cuales eran estados títeres de Japón, después de esto fue sentenciado a 25 años de trabajo en el Gulag el 28 de octubre de 1945. El 1 de agosto de 1953, casi cumpliendo ocho años como prisionero Zinsser fue trasladado al Campo 10 donde permanecería otros dos años más.