Margaret blev født på Farleigh Hungerford Castle i Somerset, som den eneste overlevende datter af Georg Plantagenet, 1. hertug af Clarence, og hans hustru Isabel Neville, som var den ældste datter af Richard Neville, 16. jarl af Warwick, og hans hustru Anne de Beauchamp, 16. grevinde af Warwick. Hendes morfar blev dræbt i kamp mod hendes onkel, Edvard 4., i Slaget ved Barnet. Hendes far, allerede hertug af Clarence, blev derefter ophøjet til jarl af Salisbury og Warwick. Edvard 4. erklærede, at Margarets yngre bror Edvard skulle være kendt som jarlen af Warwick som en titel i gunst, men der blev aldrig skabt nogen adelrang til ham. Margaret ville have haft krav på Jarldømmet Warwick, men jarldømmet blev nedlagt efter, at hendes bror Edvard var blevet frataget sin ære, liv og gods.