Il n’y a pas de consensus sur l’identité du « Maître de Justice » ni sur les dates de son existence. Son véritable nom n’est peut-être pas mentionné dans les sources anciennes, ce qui rendrait impossible son identification. La faiblesse des informations disponibles sur cette importante figure du mouvement a donné lieu à des nombreuses conjectures pour le situer au sein de la période du Second Temple. L'archéologie et les données textuelles indiquent une période d'environ 250 ans, de 180 av. J.-C. à 70 ap. J.-C., dans laquelle il faut cherche le contexte des manuscrits. L'archéologie plaide pour des manuscrits ayant été caché au . Le Premier et le Deuxième livre des Maccabées, ainsi que les œuvres de Flavius Josèphe, fournissent une trame historique de cette période. Les identifications proposées vont du grand prêtre Onias III, déposé en 175 av. J.-C., au rebelle Menahem, pendant la Première guerre judéo-romaine en 66-70. La mention dans les manuscrits de personnages historiquement attestés, de Jonathan au questeur romain Marcus Aemilius Scaurus, ainsi que l'analyse paléographique des manuscrits fixent cependant un cadre chronologique pour l'activité du Maître de Justice. Celui-ci s'étend du . Les identifications les plus tardives, postérieures au milieu du sont à écarter.