Ab 1519 breitete sich in der Steiermark der Protestantismus aus und entwickelte sich zur mehrheitlichen Glaubensrichtung. An dem mit missverstandenen lutherisch-religiösen Forderungen vermischten Bauernaufstand im Jahr 1525 nahmen auch die Knappen, Blähhausarbeiter und die Bürgerschaft aus Eisenerz teil. 1529, als die Türken Wien belagerten, wurde die bis dahin aus einer einfachen Mauer bestehende Wehranlage verstärkt und mit Schießscharten, Pechnasen und hölzernen Wehrgängen versehen. Im Norden wurde der Zugang zur Anlage durch eine wuchtige Barbakane und ein Innentor gesichert, das nicht verwehrte Westportal wurde zugemauert und im Süden ein neuer Zugang geschaffen. Strategisch war die Anlage vor allem gedacht, um den Zugang zum bereits damals bedeutsamen Erzberg zu verteidigen. Um der Bevölkerung ebenfalls Schutz zu bieten, stattete man die Wehranlage mit einem eigenen Brunnen und einem Aborterker aus und legte einen Verteidigungsgraben an. 1538 wird mit "Samuel Kracher" der erste lutherische Prädikant erwähnt. 1550 wurde die Kirche zur Pfarrkirche erhoben. Um die Mitte des 16. Jahrhunderts war Eisenerz mehrheitlich protestantisch. Dies geht aus Aufzeichnungen zum "Brucker Winkellandtag" im Jahr 1572 hervor, bei dem Eisenerz neben weiteren 14 Städten und Märkten öffentlich seine Zugehörigkeit zum Augsburger Bekenntnis erklärte. 1593 ließ der Radmeister "Hans Weeger" über dem Karner die Johanneskapelle erbauen; als Erinnerung wurde eine Gedenkmünze geschlagen.