У ліпені 1942 года быў прызначаны на пасаду намесніка камандзіра палка, з сакавіка 1943 года — выконваючы абавязкі памочніка камандзіра палка па лётнай падрыхтоўцы і паветранаму бою. З красавіка 1943 па лістапад 1944 года камандаваў 6-м гвардзейскім Севастопальскім двойчы Чырванасцяжным знішчальным авіяцыйным палкома. Браў удзел у абароне Адэсы, Севастопаля, Каўказа, у бітвах за Новарасійск і вызваленні Таманскага паўвострава, у Крымскай, Адэскай, Яска-Кішынёўскай аперацыях. За час вайны Міхаил Аўдзееў здзейсніў больш за пяцьсот баявых вылетаў, правёў звыш 90 паветраных баёў, збіўшы асабіста 12 самалётаў праціўніка і 6 у групе.