Spre deosebire de portavioanele britanice, care cărau combustibilul pentru avioane în butelii separate sau în recipiente asemănătoare înconjurate de apă de mare, toate portavioanele japoneze aveau combustibilul pentru avioane păstrat în rezervoare integrate în corpul navei, iar "Shōkaku" nu era o excepție. Pericolul reprezentat de rezervoarele integrate în corpul navei a devenit evident în condiții de război, când s-a dovedit că aceste depozite se fisurau, iar combustibilul se scurgea din ele, din cauza șocurilor produse de loviturile încasate de navă și a stresului la care structura navei era supusă în timpul luptei. Șocurile se transferau asupra tancurilor de combustibil și era absorbit de acestea. Urmare a dezastrului din Bătălia de la Midway, spațiul gol din jurul depozitului de combustibil de pe "Shōkaku", care în mod normal era umplut cu un gaz inert (dioxid de carbon), a fost umplut cu beton într-o încercare de a proteja depozitul de alte avarii. Dar nici această încercare nu a reușit să împiedice răspândirea de vapori către hangarele de pe punte în cazul avarierii navei, iar acest fapt a fost demonstrat când submarinul "Cavalla" a lovit portavionul cu o torpilă și l-a scufundat. "Shōkaku" avea în mod normal o cantitate de 150.000 de galoane (aproximativ 550.000 de litri) de kerosen pentru operațiunile cu avioane.