Ju 52 blev først anvendt til militært brug under den Spanske borgerkrig, både som bombefly og som transportfly. Som bombefly deltog den i bombningen af Guernica. Det blev igen brugt som bombefly ved bombningen af Warszawa under invasion af Polen i september 1939. Luftwaffe benyttede i stor stil Ju 52 ved transport under 2. Verdenskrig, herunder til nedkastning af faldskærmsjægere. Den er kendt i forbindelse med Slaget om Kreta i maj 1941 og ved Invasionen af Danmark i 1940. Med en let bevæbning og en topfart på kun 265 km/h – var Ju 52 meget sårbar for angreb fra jagere, der fløj dobbelt så hurtigt, og det var altid nødvendigt med en eskorte, når en Ju 52 fløj ind i et kampområde. Mange Ju 52'ere blev skudt ned af antiluftskyts, mens de transporterede forsyninger, især under de desperate forsøg på at holde den omringede 6. arme forsynet i de sidste faser af Slaget om Stalingrad i 1943.