המועדון נוסד לראשונה בשנת 1936 בשם מועדון הכדורגל צחינוואלי כמועדון הכדורגל של העיר צחינוואלי. בשנת 1987 הקבוצה זכתה בגביע הגאורגי. בעונת 2005/06, בעקבות המצב הפוליטי בדרום אוסטיה ומלחמת גאורגיה–רוסיה (2008), הקבוצה לא משחקת בצחינוואלי ושיחקה בגורי הסמוכה. בסוף העונה פרשה הקבוצה. אולם בשנת 2007 נוסדה מחדש בשם ספרטקי צחינוואלי, והיא שיחקה בטביליסי וכיום באצטדיון כַּארְתְּלִי שבגורי. בשנת 2015 שינתה הקבוצה את שמה למועדון הכדורגל צחינוואלי.