Nel 2005, in cui gli fu diagnosticata un'ernia del disco, VdH non prese parte a nessuna grande competizione; tornò a gareggiare a livello internazionale ai campionati europei di Budapest nel 2006, dove vinse la medaglia d'oro nei 200 m stile libero in 1'45"65, oltre che il bronzo nei 100 m stile libero in 48"94, dietro a Filippo Magnini e a Stefan Nystrand. L'anno seguente partecipò alla sua quarta edizione dei campionati mondiali a Melbourne, nei 200 m stile libero vinse la sua decima medaglia mondiale in 1'46"28, dietro a Michael Phelps che batté di 20 centesimi il record del mondo. Con otto medaglie d'argento e due di bronzo i campionati mondiali furono l'unica competizione internazionale in cui non ottenne alcuna vittoria, in una carriera alla quale non mancarono successi olimpici ed europei, oltre che record mondiali. Sui 100 m stile libero rimediò la sesta posizione in 48"63, a 2 decimi dall'oro.