Po husitských válkách v 15. století získali Lanškroun Kostkové z Postupic. Od roku 1507 městu vládli Pernštejnové s výjimkou třinácti let, kdy město spravovali páni z Boskovic. Za vlády pánů z Postupic a poté Pernštejnů získal Lanškroun řadu významných privilegií. Dalšími vlastníky města a panství byli Hrzánové z Harasova a po bitvě na Bílé Hoře (roku 1620) připadl Lanškroun Lichtenštejnům (od roku 1622). V době třicetileté války bylo město poničeno švédskými i císařskými vojsky. Po ní do Lanškrouna přicházeli němečtí osadníci, kteří prosadili německou správu, od roku 1683 je městská kniha psána německy. V polovině 17. století vrcholí vědecká činnost nejvýznamnějšího lanškrounského rodáka, fyzika, matematika, astronoma, lékaře a filozofa, rektora Karlovy univerzity a zakladatele spektroskopie Jana Marka Marciho (1595–1667), po němž je pojmenováno nejen hlavní náměstí Lanškrouna, ale i kráter na odvrácené straně Měsíce. Koncem 18. století bylo město vyhlášeno městem municipálním. V polovině 19. století se stal Lanškroun sídlem okresního hejtmanství a okresního soudu a až do roku 1960 zůstal okresním městem.