Présent aux Jeux olympiques de 1996 disputés à Atlanta, Perrot se classe vingt-troisième des séries et est donc éliminé dès le premier tour. L'année suivante, il est quinzième du 100 mètres brasse et sixième du 200 mètres brasse des Championnats d'Europe. En 1998, Perrot ainsi que Jean-Christophe Sarnin représentent la France au 200 mètres brasse des Championnats du monde. Sarnin remporte la médaille d'argent tandis que Perrot est éliminé en demi-finale. Cette élimination provoque chez lui une remise en question sous l'impulsion de Franck Esposito. Il se consacre à un renforcement musculaire et travaille désormais avec un préparateur mental. L'année suivante, Perrot remporte la médaille d'or du 200 mètres brasse des Championnats d'Europe en grand bassin puis celle des Championnats d'Europe en petit bassin.