1932 yılında Bağırov Azerbaycan SSC Halk komiseri oldu sonra 1933 ile 1953 yılları arası Azerbaycan Komünist Partisi Birinci Sekreterliği yaptı. 1953 yılında Politbüro, Bağırov'u Azerbaycan SSC Bakanlar Kurulu başkanı olarak atadı. Mart 1953 tarihinde Stalin'in ölümünden sonra Bağırov, destalinizasyon politikalarına karşı çıkmak yoluyla baskı yapmak ile suçlandı ve 1954 yılında tutuklandı. Sovyetler Birliği Askeri mahkeme tarafından ölüm cezasına çarptırıldı. 1956 Gürcistan protestolarındaki talepler arasında kendisinin hapisten çıkarılması da vardı. Mahkemede yaptığı son 17 dakikalık konuşmada, af dilemek yerine cezayı tercih ettiğini söyledi. Bağırov, 1956 yılında kurşuna dizerek infaz edildi.