Nel 1619 Federico V, capo dell'Unione evangelica, fu incoronato Re di Boemia. Non ottenne però aiuto dal suocero, re di Inghilterra e, abbandonato anche dall'Unione evangelica, l'anno dopo fu sconfitto alla Montagna Bianca; perse non solo la corona di Boemia, ma perfino il Palatinato con il titolo di Elettore Palatino. Scultetus, che spinto Federico ad accettare la corona di Boemia per diffondere il protestantesimo, lo aveva seguito in Boemia, lo seguì pure nell'esilio ritirandosi a Emden dove fece il predicatore per il resto della vita. Scultetus viene ricordato per la sua lotta contro reliquie e immagini che lo spinse a far distruggere il famoso altare con la Madonna di Lucas Cranach il Giovane nella cattedrale di Praga.