Начало сезона-2012 прошло без особого блеска, а уже на своём втором турнире — в Сиднее — Андреа усугубила мелкую травму спины и вынуждена была пропустить четыре месяца. Вернувшись в строй в начале грунтового сезона, Петкович отыграла лишь пару турниров и вновь получила травму — на призе в Штутгарте, потянувшись за мячом, немка подвернула лодыжку и выбыла из строя до конца августа. Новое возвращение прошло более удачно с точки зрения здоровья — Андреа без травм отыграла до января следующего, чуть затормозив своё падение в рейтинге, благодаря добытому в Люксембурге полуфиналу местного турнира WTA. Новая неприятность подстерегла Петкович на Кубке Хопмана-2013, где она порвала мениск, после чего пропустила ещё три месяца.