Хобейка принимал активное участие во внутренней правохристианской междоусобице. 13 июня 1978 года он участвовал в Эденской резне — убийстве командира ополчения «Марада» Тони Франжье-младшего (сына президента Ливана Сулеймана Франжье) и его семьи. 7 июля 1980 года руководил резнёй в Сафре — убийством активистов НЛП и боевиков Милиции Тигров. «Марада» понесла серьёзные потери, ополчение НЛП было включено в Ливанские силы под командованием фалангистов. Эти кровавые акции утвердили доминирование Катаиб в правохристианском лагере. Башир Жмайель стал бесспорным военно-политическим лидером правохристиан, а Ильяс Хобейка — его ближайшим сподвижником.