בנובמבר 2012 היה ממפקדי מבצע הסיכול הממוקד בו חוסל אחמד ג'עברי, המפקד בפועל של גדודי עז-א-דין אל קסאם, שהיווה את מהלך הפתיחה במבצע עמוד ענן. בניגוד לעמדתו של קודמו בתפקיד, יובל דיסקין, תמך כהן בעסקת שליט וסבר שהשב"כ ומערכת הביטחון יוכלו להתמודד עם איומי טרור אפשריים שיופנו אל ישראל לאחר שחרור המחבלים. גם שנים לאחר העסקה וכשכבר היה ידוע כי רבים מהמשוחררים חזרו לטרור ואף רצחו בפועל אזרחים ישראלים הוא שב והביע את תמיכתו בה.