Након тога, 20. новембра 1992. године постаје начелник Главног штаба Оружаних снага РХ и на том месту замењује генерала Антона Туса. Након деблокаде Дубровника и околине Јанко Бобетко води операције Масленица и Медачки џеп. Председник Туђман 15. јула 1995. године разрешио га је дужности Начелника штаба непосредно пре операције Олуја. У чин стожерног генерала (еквивалент генерала армије) унапређен 24. маја 1995. а пензионисан 15. септембра исте године. Од тада, па до 1999. године био је заступник ХДЗ-а у Хрватском сабору.