Pada tahun 1838, pada tahun ke-14 pemerintahan Kaisar Daoguang, karena konflik terus menerus dengan kekuasaan dan pengaruh Gereja Katolik, demi perdamaian, pemerintah Qing menetapkan pembatasan aktivitas Gereja Katolik di Tiongkok. Dalam ketetapan ini, katedral disita oleh pemerintah dan tetap seperti itu sampai akhir Perang Candu Kedua, ketika Gereja Katolik diberikan kebebasan lagi. Katedral dibuka kembali pada tahun 1860 di bawah kepemimpinan Uskup Joseph Bela diri Mouly.