一方、7月にはヴァンデ地方ではで反乱軍の指導者カトリノーを打ち破り、国内の敵を撃退しつつあった。10月にはリヨンの反乱も鎮圧され、その後大規模な報復がおこなわれた。このとき反乱分子の処罰のために派遣されたジョゼフ・フーシェ、コロー・デルボワは、国民公会の命令書に従って町の家屋や教会などの建築物の破壊をおこない、銃殺や大砲の砲撃によって1800人に及ぶ大量処刑を実行した。両人は反乱分子の根絶をはかるため全権を与えられていたのだが、妹シャルロットによると、このときロベスピエールはリヨンの虐殺に胸を痛め、二人の行為に激怒していたという。虐殺後フーシェがロベスピエールのもとを訪ねて釈明を試みようした際、ロベスピエールはフーシェに軽蔑に満ちた態度を取っていたと、バラスも回想している。