In der Nachkriegszeit befand sich der Anhalter Bahnhof durch die nun erfolgte Sektorenbildung im Westteil Berlins. Von den Alliierten wurde jedoch die Grundsatzvereinbarung getroffen, dass „unbeschadet der Sektoreneinteilung im Interesse der Sicherheit und der Aufrechterhaltung des Transportwesens das gesamte Eisenbahnwesen innerhalb der […] Grenzen der Stadt Berlin der Sowjetischen Militäradministration [untersteht].“ Die sowjetischen Behörden rekonstruierten in ihrem Bereich das Eisenbahnnetz – in Berlin wurde später der Schlesische Bahnhof in "Ostbahnhof" umbenannt und zum neuen Hauptbahnhof ausgebaut –, während sich die Westalliierten auf die Einrichtung von Fluglinien verlegten. Doch „die Berliner waren fest davon überzeugt, daß der [Anhalter] Bahnhof für den Verkehr die einstmals gehabte Bedeutung wieder erlangen würde.“ Am 15. März 1948 wurde die Dachkonstruktion des Anhalter Bahnhofs gesprengt, was noch als Maßnahme für den Wiederaufbau galt. Am 16. Juni 1948 wurde der rund um die Uhr betriebene Wartesaal wieder geöffnet, doch schon am 24. Juni 1948 „verhängen die Sowjets die Blockade für die Westsektoren von Berlin. Aller Verkehr zu Lande, zu Wasser und auf der Schiene wird eingestellt. […] Vom Anhalter Bahnhof verkehrt nach Beendigung der Blockade kein Zug mehr in die westlichen Besatzungszonen. Der Verkehr wird […] sogar rückläufig. […] Die Aufbauarbeiten werden nicht wieder fortgesetzt.“