Las costosas guerras contra Venecia y el devastador impacto de la peste negra redujeron en gran medida la fuerza de la armada genovesa. El surgimiento de los estados nacionales más grandes también minó la capacidad de la ciudad-estado relativamente pequeña para competir militarmente. Génova (con apoyo francés) lanzó una cruzada contra Túnez en 1390, con la intención de proteger a las colonias comerciales genovesas de los piratas musulmanes. Durante la guerra, la armada genovesa proporcionó barcos, mientras que los caballeros franceses sitiaron la fortaleza de Mahdi. La guerra fue un éxito para las fuerzas cristianas, pero también resultó en la influencia política de los franceses en Génova, que fue presionada para declararse feudo francés en 1396. La armada quedó bajo el control francés, y el 7 de octubre de 1403 fue decisivamente derrotada por Venecia en la Batalla de Modona después de que la flota genovesa atacara las colonias comerciales venecianas. La República se independizó de Francia en 1409, pero el prestigio de los militares había sido severamente dañado y la ciudad seguía siendo de vital interés tanto para Francia como para Aragón. En 1435 una flota genovesa fue enviada a pedido de Milán a la ciudad de Gaeta, que fue asediada por Aragón. En ese momento, el duque de Milán y el rey de Aragón estaban luchando sobre quién controlaría el Reino de Sicilia. La flota genovesa llegó a Gaeta y derrotó a la flota aragonesa numéricamente superior en la Batalla de Ponza. El buque insignia aragonés se vio obligado a rendirse y el Rey Alfonso V de Aragón fue capturado. A pesar de este revés, Aragón prevaleció en el conflicto y Sicilia quedó bajo control aragonés, dificultando el paso por el estrecho de Mesina e interrumpiendo aún más las actividades navales genovesas.