1777年、バイエルン選帝侯マクシミリアン3世ヨーゼフが死去し、バイエルン系ヴィッテルスバッハ家が断絶した。カール・テオドールがバイエルン選帝侯を継承することとなったが、彼はバイエルンに執着しなかったため、オーストリア軍のバイエルン侵入を許した上で、バイエルンとオーストリア領ネーデルラント（現在のベルギー、ルクセンブルク）を交換しようという神聖ローマ皇帝ヨーゼフ2世の提案に応じた。しかしこれには妃の甥で分家筋のツヴァイブリュッケン公カール3世アウグストが反対し、更にプロイセン王フリードリヒ2世が介入する事態となって、バイエルン継承戦争へと発展した。結局領地交換は成立せず、カール・テオドールの宮廷はミュンヘンに移ったものの、バイエルンの統治には不熱心だった。