В 1943 году Иида вернулся в Японию и стал служить в Главном командовании обороны, с 1944 года стал командующим Армией центрального района. В 1944 году он вышел в отставку, однако в 1945 был вновь призван на военную службу, приняв командование над размещённой в Маньчжоу-го 30-й армией как раз перед началом Маньчжурской операции Советской армии. В 1945—1950 годах Сёдзиро Иида находился в советском плену.