Negli anni trenta servì a lungo in seno allo stato maggiore generale della marina: Capo della Sezione 1, Ufficio N1 dal 1930 al 1932 e Capo del medesimo Ufficio dalla fine del 1935 alla fine del 1937. Inframmezzato a tali ruoli ebbe, inoltre, il comando dell'incrociatore da battaglia . Divenuto contrammiraglio nel 1935 e viceammiraglio nel 1937, fu posto a capo della 5ª Flotta nel 1938 e della 2ª Flotta nel settembre 1941, quando l'Impero giapponese decise per un'espansione nell'Oceano Pacifico. Kondō diresse la flotta nelle vittoriose campagna della Malesia, campagna delle Indie orientali olandesi, incursione nell'Oceano Indiano. Nel maggio 1942 fu incaricato di proteggere la flotta d'invasione destinata all'atollo di Midway, partecipando alla decisiva battaglia (4-6 giugno); egli rivestì un ruolo secondario e perse anzi l'incrociatore pesante "Mikuma". Ebbe una parte importante, invece, nel corso della sfibrante campagna di Guadalcanal come comandante superiore in mare durante la battaglia delle Salomone Orientali (23-25 agosto), la battaglia delle isole Santa Cruz (26 ottobre) e la battaglia navale di Guadalcanal (12-15 novembre). Nel corso dei combattimenti non dimostrò particolari qualità come condottiero e perse due navi da battaglia solo nell'ultimo confronto.