První písemná zmínka o obci je činěna roku 1294 ("Rudgerschlag" odvozené od osobního jména "Rudger"/"Rüdiger"/"Lodhéř"), jako majetek Oldřicha II. z Hradce, pána na Jindřichově Hradci a Telči. Lodhéřov byl farní vsí a kostel sv. Petra a Pavla se připomíná již v roce 1297. Podací právo ke kostelu držela jindřichohradecká komenda Řádu německých rytířů, kteří byli, z pověření pánů z Hradce, kolonizátory okolí Jindřichova Hradce a pravděpodobně i zakladateli vsi. Němečtí rytíři se v husitských válkách odtud vystěhovali.