לויה שימש מאמן שחייה בצוות המאמנים הלאומי של נבחרת ישראל למכביות (1997 ו-2001). בשנים 2002 - 2003 שימש מאמן נבחרת ישראל בוגרים סגל ב' בשחייה, בשנים 2008 - 2013 שימש מאמן ראשי לנבחרות ישראל לקדטים, לגביע קומן ולתחרות רב אומות. ב-2013 שימש כמאמן נבחרת הקדטים לפסטיבל האולימפי האירופי לנוער באוטרכט, הולנד, בשנים 2014 - 2015 מאמן נבחרת הנוער של ישראל בשחייה והשתתפות בהמשחקים האירופיים בבאקו, אזרבייג'ן ביוני 2015 ומאמן בצוות המאמנים הלאומי לאליפות אירופה בלונדון 2016.