Wilhelm war ein Sohn von Kaspar von Rogendorf und Magdalena von Wildhaus. 1491 trat er in die Dienste der Habsburger und war von 1517 bis 1520 Statthalter von Friesland. In der zweiten Hälfte der 1520er Jahre war er Hofmeister Erzherzog Ferdinands. Weiter kommandierte er unter seinem Schwager Niklas Graf Salm (1459–1530) in der Türkenbelagerung von 1529 die schwere Kavallerie. Im darauf folgenden Jahr wurde er zum Obersthofmeister ernannt und zählte in den folgenden Jahren zu den einflussreichsten Politikern im Umfeld König Ferdinands I. Oft vertrat er Bernhard von Cles. 1539 gab er seine Ämter auf, wurde jedoch schon bald darauf zum Kommandeur der Streitmacht berufen, die 1541 zur Eroberung Budas () ausgesandt wurde. Während der für die Habsburger desaströsen Belagerung der türkischen Festung Buda erlitt er eine Verwundung, entkam auf die Insel Schütt, erlag aber wenige Tage später in Sommerein (Šamorín) seinen Verletzungen.