Во время русско-японской войны «Фудзи» под командованием капитана 1-го ранга К. Мацумото входил в первый боевой отряд первой эскадры, участвовал в обстрелах и блокаде Порт-Артура. Получил два попадания во время боя у Порт-Артура 9 февраля 1904 года. Во время бомбардировки Порт-Артура 22 марта получил серьёзные повреждения (попадание 305-мм снаряда) и был вынужден отправиться на ремонт в Японию. 10 августа 1904 года участвовал в бою в Жёлтом море.