Im Konsistorium vom 8. Juli 1839 nahm ihn Papst Gregor XVI. als Kardinalpriester in das Kardinalskollegium auf und übertrug ihm am 11. Juli desselben Jahres "Santa Maria della Vittoria" als Titelkirche. Zugleich wurde Ferdinando Maria Pignatelli den Kongregationen für die Bischöfe und Regularen, für die Residenz der Bischöfe, für die kirchliche Immunität und für die Ablässe zugeordnet. Als Kardinal nahm Ferdinando Maria Pignatelli am Konklave 1846 teil, das Papst Pius IX. wählte.