El 29 de juliol de 2021 va ser nomenat ministre de Relacions Exteriors del Perú. Després de dues setmanes en el càrrec, es van difondre unes polèmiques declaracions realitzades el novembre de 2020, en les quals acusava la Marina de Guerra i a la Agència Central d'Intel·ligència dels Estats Units d'Amèrica (CIA) d'haver generat el que es coneix com l'«època del terrorisme al Perú». Concretament va manifestar: «Estic convençut de dues coses, (tot i que) no puc demostrar-ho. La primera, Sender (Lluminós) ha estat en gran part obra de la CIA i dels serveis d'intel·ligència. I dos, gran part de les operacions de divisió de l'esquerra tenen alguna cosa a veure amb els serveis d'intel·ligència enemics». Després d'un comunicat per part de la Marina on rebutjaven rotundament les declaracions de Béjar, el ministre va presentar la seva renúncia irrevocable el 17 d'agost de 2021, després de només 19 dies en el càrrec.