Juan rutinos tagja volt a brazil keretnek, azonban a 2010-es világbajnokság óta még nem kapott meghívót. Meghatározó tagja volt a 2004-es ill. a 2007-es Copa América tornáján szereplő csapatnak, továbbá a 2009-es konföderációs kupán szereplő válogatottban is szerepelt. A 2010-es világbajnokságon szintén kint volt, a nyolcaddöntőben Chile ellen ő szerezte az első gólt.