随后于1942年7月16日晋升为上尉，同年10月，他被任命华莱士号的副旅長，年仅21岁的他是當時英国皇家海军最年轻的軍艦大尉級別的軍艦指揮官之一。1943年7月，在盟軍登陸西西里岛期间，他作为“华莱士号”的二把手，曾从夜间轰炸机的攻击中救出了自己的舰艇。他策畫了一个用烟雾浮筒发射木筏的作戰，成功地分散了敵人轰炸机的注意力，使舰艇在无人察觉的情况下成功地「戰略轉進」。1944年，他转到新驱逐舰「惠普号」上，在英国太平洋舰队第27驱逐舰船队中服役。在代表二次大戰終戰的日本簽訂投降協議时，他當時也在東京灣附近。1946年1月，菲利普乘「惠普号」返回英国，戰後被派往位于威尔特郡Corsham的皇家亚瑟号士官学校担任海軍教官。