I 1792 ledet han polske tropper mot den russiske invasjonen i Polen. Polakkene led nederlag mot russerne, og det kom til Polens andre deling. Kościuszko flyktet til Sachsen, men i 1794 kom han tilbake til Polen og ledet den oppstanden som ble oppkalt etter ham. Under slaget ved Maciejowice ble han skadet og kom i russisk fangenskap.