En 2006, sa voiture est plus performante, et le samedi , en réalisant le meilleur temps des essais qualificatifs lors du Grand Prix de Saint-Marin, Michael Schumacher s'adjuge la soixante-sixième pole position de sa carrière et dépasse donc le record — mythique et paraissant à l'époque inaccessible — du nombre de pole positions (65) détenu jusque-là par le Brésilien Ayrton Senna, qu'il avait égalé lors du Grand Prix de Bahreïn pour l'ouverture de la saison. Il lui aura fallu 238 Grands Prix contre seulement 161 au pilote brésilien pour réaliser cette performance. Cette saison, la lutte pour le titre est acharnée avec le jeune champion du monde espagnol Fernando Alonso. Bien mieux parti que le septuple champion du monde, Alonso mène largement le championnat à mi-saison avec six victoires et neuf podiums. Ferrari et Schumacher se ressaisissent à partir du Grand Prix des États-Unis et réduisent peu à peu leur retard sur les Renault. Le , il annonce sa retraite pour la fin de la saison, après avoir remporté le Grand Prix d'Italie à Monza.