Tymczasem sytuacja w Sandakanie gwałtownie się pogarszała. Między styczniem a majem 1945 roku zmarło ponad tysiąc jeńców, większość na skutek niedożywienia i chorób. 29 maja Japończycy przystąpili do ostatecznej ewakuacji obozu. 536 jeńców pod eskortą poprowadzono do Ranau. Wielu było tak osłabionych głodem i chorobami, że nie byli w stanie pokonać więcej niż kilka kilometrów. Tych, którzy opadli z sił i nie byli w stanie iść dalej – mordowano. Gdy 26 czerwca marsz dotarł do Ranau, doliczono się tylko 183 jeńców. Na różnych etapach zbiegło co najmniej jedenastu, lecz zaledwie dwóch Australijczyków doczekało wyzwolenia. W ruinach obozu w Sandakanie pozostawiono 288 niezdolnych do marszu jeńców. Koczowali praktycznie pod gołym niebem, wydawano im minimalne ilości żywności. 15 czerwca (inne źródła podają 9 czerwca) wyprowadzono w kierunku Ranau kolejną grupę 75 jeńców. Wszyscy zginęli w trakcie marszu, nie zdoławszy przejść więcej niż kilkadziesiąt kilometrów. Tymczasem jeńcy pozostawieni w Sandakanie nadal wymierali na skutek głodu i chorób. Brytyjski oficer, który przyznał się do kradzieży świni należącej do strażników, został za karę ukrzyżowany i wypatroszony. 13 lipca strażnicy zamordowali w masowej egzekucji 23 jeńców. Ostatniego zamordowano 15 sierpnia, na kilka godzin przed ogłoszeniem kapitulacji Japonii.