Während der Ersten Türkenbelagerung quartierten sich Söldner im Schottenstift ein und plünderten Kirche, Bibliothek und Archiv. Die Zeit der Reformation war auch für die Schotten keine leichte; trotzdem blieb das Schottenkloster durchgehend bestehen und führte auch weiterhin eine Schule. In der zweiten Hälfte des 16. Jahrhunderts wurden sogar einige Schottenpatres als Äbte in andere Klöster postuliert. Besondere Bedeutung erlangten in dieser Zeit die verschiedenen an der Schottenkirche beheimateten Bruderschaften, unter denen die "Sebastianibruderschaft" die wichtigste war.