Zkouška ohněm čekala Mesiće v září 2000, kdy dvanáct chorvatských generálů – Janko Bobetko, Davor Domazet-Lošo, Ivan Čermak, Ivan Basarac, Krešimir Čosić, Ante Gotovina, Damir Krstičević, Ivan Kapular, Mirko Norac, Milenko Filipović, Ivan Korade, Nojko Marinović – signovalo otevřený dopis, ve kterém protestovali proti tomu, že vláda Ivici Račana považuje bojovníky za svobodu z Vlastenecké války za zločince. Mesić sedm vzpurných generálů penzionoval, Račan ale prohlásil, že činnost armády v rámci operací Blesk a Bouře nemůže být předmětem obvinění v Haagu.