Montazeri ha parlato contro la rielezione di Ahmadinejad anche il 16 giugno 2009, in occasione delle Elezioni presidenziali in Iran del 2009, a seguito delle proteste per presunti brogli contro Mir Hosein Musavi. Montazeri sostenne che "nessuno nella propria testa può credere" che i risultati del voto fossero stati equamente contati.