In 1917 werd hij voor het eerst minister van Landbouw onder de sociaaldemocraat Oskari Tokoi. Hij bleef minister van Landbouw onder Pehr Evind Svinhufvud en Juho Kusti Paasikivi. In januari 1918 brak de Finse Burgeroorlog uit en Kallio dook onder in Helsinki, het bolwerk van de Finse Socialistische Radenrepubliek. Met behulp van een Duits expeditieleger en het Witte Leger onder generaal Mannerheim werd het Rode Leger van de radenrepubliek verslagen.