Ercole Gonzaga setzte sich wiederholt zugunsten Morones ein und drängte auf das Vorgehen der Habsburger, die Fristverlängerungen erwirkten. Paul IV. starb im August 1559 vor dem Ende des Prozesses. Im folgenden Konklave hatte Kardinal Gonzaga eine führende Rolle, da er auf die Unterstützung einiger italienischer Fürsten zählen konnte, wie die Herzöge von Florenz, Ferrara und Urbino sowie von Mantua. Herzog Guglielmo von Mantua war 1559 volljährig geworden, wodurch Ercoles Regentschaft endete. Bereits im Sommer 1558 hatte er die Haltung der Farnese ihm gegenüber sondiert und Ende August 1559 wurde seiner Kandidatur französische Unterstützung zugesagt, falls es nicht möglich wäre, die eigenen Kandidaten, die Kardinäle Ippolito d’Este oder Jean de Tournon zu wählen.