Talvisotaan Isotalo ei osallistunut vatsahaavan vuoksi, paitsi kotirintamalla Seinäjoen varuskunnan komendanttina. Sodan lopulla hän toimi hetken aikaa jääkäritoverinsa everstiluutnantti Matti Laurilan rykmentin esikunnassa. Jatkosodassa hän oli luutnanttina Neuvostoliiton Karjalassa yhdysupseerina heimosotureista kootussa Osasto K:ssa ja myöhemmin Suomen asettaman miehityshallinnon aluepäällikkönä Oulangassa. Kesäkuussa 1942 Isotalo ”kotiutettiin iän perusteella” 47-vuotiaana.