Dopo il suo pensionamento, la carica di comandante in capo dell'esercito venne affidata al generale Prayut Chan-o-cha, il quale fu a capo del Consiglio nazionale per la pace e per l'ordine (CNPO) che mise in atto il colpo di Stato del 2014. Anupong era membro del CNPO e nell'agosto 2014 fu nominato ministro degli Interni nel governo golpista di Prayut. La carica gli venne confermata nel secondo governo di Prayut dopo le contestate elezioni del 2019.