Будущее Виленского края вызвало трения между политическими и военными лидерами в Литве. Поскольку первые советские войска двинулись в Литву 14 ноября, правительство, включавшее четырех генералов, подало в отставку. Новый гражданский кабинет, возглавляемый противоречивой фигурой Антанаса Меркиса, был сформирован 21 ноября. Литовцы тщательно следили за соблюдением буквы договора и не давали повода обвинить их в нарушениях договора. Однако в целом политика Литвы была недружественной: в период советско-финляндской войны 1939—1940 годов правительство содействовало отправке добровольцев и сбору средств в поддержку финляндской армии. В прессе велась антисоветская пропаганда, с призывами «сбросить советские гарнизоны в море». Однако противовеса советскому влиянию Литва не имела: ее собственные силы были небольшими, Германия была фактически союзником СССР, Польша пала, Франция и Великобритания уже были охвачены войной. После падения Франции Советский Союз обратил свое внимание на страны Балтии.