Po třicetileté válce se však začaly projevovat nevýhody "šlechtické anarchie". Roku 1655 byl poprvé dobyt a vypleněn Vilnius, po řádění ruské armády hořel 17 dní. Ruská okupace Litevského velkovévodství trvala až do roku 1661. Během severní války (1655–1661) bylo litevské území a hospodářství zase devastováno především švédskou armádou. Toto období je známé jako "tvanas" (potopa). Než se mohla Litva úplně zotavit, byla během velké severní války (1700–1721) znovu zpustošena Švédy. Přidal se mor a hladomor, načež zahynulo 40% populace země. Rusko stále více ovládalo vnitřní politiku, šlechtici však bránili jakýmkoli reformám. Vše měla napravit nová ústava z roku 1791. Byla navržena dle amerického vzoru, jenže pokus o modernizaci přišel pozdě. Polsko-litevská unie byla definitivně rozbita sousedními velmocemi roku 1795, během tzv. třetího dělení Polska. Většina území Litvy připadla Ruskému impériu, menší část připojilo Prusko.