Halík werd een aanhanger van het rooms-katholicisme toen hij 18 jaar oud was, onder invloed van schrijvers als Gilbert Keith Chesterton en Graham Greene. Hij studeerde sociologie en filosofie aan de Karelsuniversiteit Praag. Jan Patočka was een van zijn leermeesters. Hij studeerde in 1968 korte tijd Engels aan de Universiteit van Wales in Bangor. De Russische inval in Tsjechoslowakije in augustus 1968 om een einde te maken aan de Praagse Lente kwam voor Halík als een totale verrassing.