L'année scolaire se termine au Prytanée quand survient l'attaque allemande en mai 1940. Le 14 juin, la direction de l'établissement annonce le repli du Prytanée vers la commune de Billom, située dans le Puy-de-Dôme. L'évacuation commence le 16 juin avec le départ des élèves et des professeurs à bord d'un train en gare de La Flèche. L'avancée des Allemands retarde le convoi, qui n'arrive à destination qu'après deux semaines de voyage : le 19 juin, la présence de l'armée d'occupation à Billom fait envisager un repli sur Tulle. Le convoi reprend sa route et atteint Bordeaux le 20, puis Biarritz le 22, où le Prytanée s'installe provisoirement, les élèves étant accueillis dans les locaux d'une colonie de vacances, tandis que les professeurs sont logés dans un hôtel. L’armistice est signé le jour même. Les Brutions séjournent à Biarritz pendant quatre jours avant de connaître leur destination définitive. Le train repart le 27 juin en direction de Toulouse puis vers la mer Méditerranée. Le convoi atteint finalement Billom le 30 juin, date à laquelle débute l'installation du Prytanée dans les locaux de l'école militaire de la ville.