В 1807 году он снова стал участником Наполеоновских войнах, на этот раз на стороне Наполеона, когда Великобритания напала на Данию. Швеция принимала участие в войне против Дании и Норвегии. Фредрик Кристиан Август был одной из главных фигур в этой войне, одержав ряд побед и изгнав шведские войска из Норвегии. В 1808 году он был назначен фельдмаршалом, а в 1809 году стал генерал-губернатором Норвегии.