A su muerte, el cadáver del infante Alfonso de Portugal recibió sepultura en el desaparecido monasterio de Santo Domingo en Lisboa, destruido a causa del Terremoto de Lisboa de 1755 donde también reposaban los restos de su esposa Violante Manuel Y los restos mortales del infante Alfonso descansaban en un sepulcro situado junto a la puerta del coro de la iglesia del mencionado monasterio.