Во Вторую мировую войну лётчики эскадрильи Баумбаха проявили себя с самой лучшей стороны, поддерживая умелыми действиями с воздуха части вермахта в Польской кампании. Баумбах также отличился в боях, за что 28 сентября был награждён Железным крестом 2-го класса. В конце года эскадрилью Баумбаха командование перевело на побережье для борьбы с кораблями союзников в акватории Северного моря. Позднее лётчик принял участие в битве при Нарвике, за что получил памятный знак — щит «Нарвик». В той же кампании 19 апреля 1940 года пятая эскадрилья KG 30 атаковала и нанесла значительный ущерб французскому лёгкому крейсеру «Эмиль Бертэн». Действия лётчиков были отмечены командованием — пилоты получили боевые награды, в частности, сам Вернер Баумбах удостоился Железного креста 1-го класса. 8 мая того же года Баумбаху был вручён Рыцарский крест за потопление судна. Ошибка произошла из-за неверных данных абвера: в действительности немецкие самолёты лишь повредили крейсер, после чего корабль отбуксировали в Брест, где он был отремонтирован уже к концу мая 1940 года. Баумбах стал первым пилотом бомбардировочных соединений люфтваффе, награждённым Рыцарским крестом.