In 1846 ondertekende hij een petitie voor het Conclaaf om een liberale paus te verkiezen. Nadat de nieuwe paus, de liberaal Pius IX gekroond werd, werd Minghetti benoemd tot lid van de Staatsraad die belast werd met het voorbereiden van een grondwet voor de Kerkelijke Staat. Samen met Antonio Montanan en Rodolfo Audinot richtte hij in Bologna de krant "Il Felsineo" op. In de eerste constitutionele regering van de Kerkelijke Staat, onder leiding van kardinaal Giacomo Antonelli, werd hij minister van Openbare Werken. Nadat Pius IX zich in het openbaar had uitgesproken tegen een Italiaanse eenmaking, nam Minghetti echter ontslagen als minister en trad hij toe tot de generale staf van het leger van Piëmont-Sardinië.