Nachdem das grenznahe Borba bereits während der Revolution ab 1383 Schauplatz einiger Gefechte zur Sicherung der Unabhängigkeit des Königreich Portugals war, wurde der Ort auch im Verlauf der weiteren Geschichte mehrmals in kriegerische Handlungen verwickelt. So eroberte im Sommer 1662 der habsburgisch-spanische General Juan de Austria während des Restaurationskrieges Borba, und er ließ hier eine Anzahl Soldaten und Offizieren hängen, darunter den Garnisonsbefehlshaber Rodrigo da Cunha Ferreira. Darüber hinaus ließ er das Rathaus und die städtischen Register anzünden, so dass heute alle historischen Manuskripte der Stadtgeschichte verloren sind. 1665 wurde Borba erneut Schauplatz von Zerstörungen, mit der "Batalha de Montes Claros" genannten Schlacht am 17. Juni bei Montes Claros, Gemeinde Rio de Moinhos. Ein Gedenkstein erinnert heute an das Datum. 1711 erlebte Borba eine neuerliche Besetzung, als der spanische General Domingos de Ceo den Ort einnahm und ihm hohe Kriegssteuern auferlegte. Auch während der Napoleonischen Invasionen erlitt der Ort Zerstörungen, im Zusammenhang mit den Verteidigungsgefechten von Évora am 29. Juni 1808. Von 1808 bis 1811 war danach in Borba eine schottische Brigade der britisch-portugiesischen Verteidigungsarmee unter General Beresford stationiert.