Baltrusch begann für DDR-Verhältnisse erst spät, in der dritten Klasse, mit dem Leistungssport bei "Einheit Pädagogik Magdeburg", nachdem er auch erst ein Jahr zuvor schwimmen gelernt hatte. Schon ein Jahr später wurde er an die Kinder- und Jugendsportschule (KJS) delegiert. Seit 1981 war er der beste DDR-Athlet auf der 200 Meter Rückenstrecke. International kam er jedoch nie über den zweiten Rang hinaus. Bei der Europameisterschaft 1981 in Split belegte der für den SC Magdeburg startende Sportler, der von Christel Seedorf und Ulf Schramme trainiert wurde, den vierten Platz.