Однако после начала Иудейской войны в 66 году, Анан занял снова руководящее положение. Вместе с Иосифом бен-Горионом он подготовил защиту Иерусалима против римлян («Иудейская война», II, 20, § 3; 22, §§ 1, 2), но тотчас же выступил против зелотов и их вождя Симона бар-Гиоры.