23 октября 1942 года он назначен командиром 191-й стрелковой дивизии, которая в это время находилась на доукомплектовании в районе Большой Вишеры. 10 декабря она была переброшена на синявинское направление и включена в состав 2-й ударной армии Волховского фронта. В 1942 году Потапов вступил в ВКП(б). С 14 января 1943 года дивизия принимала участие в боях по прорыву блокады Ленинграда. Ее части прорвали оборону противника, перерезали дорогу Гонтовая Липка — Синявино и отбросили противника в юго-западном направлении. 20 января 1943 года полковник П. А. Потапов сдал командование 191-й стрелковой дивизией и с 19 февраля вступил в командование 128-й стрелковой дивизией, находившейся в обороне в составе 2-й ударной армии. С 16 июля она была передана 67-й армии Ленинградского фронта и приняла участие в Мгинской наступательной операции, по завершении которой занимала оборону в районе Синявино. 15 января 1944 года командованием фронта Потапов переведен на должность командира 189-й стрелковой дивизии. Ее части в составе 109-го стрелкового корпуса 2-й ударной армии успешно действовали в Красносельско-Ропшинской наступательной операции. Затем дивизия была передана в состав 122-го стрелкового корпуса 59-й армии Волховского фронта и участвовала в завершающем этапе Новгородско-Лужской наступательной операции. С марта 1944 года дивизия вела бои в составе 122-го стрелкового корпуса 8-й армии. До июня ее части занимали оборону на Нарвском плацдарме, затем участвовали в нарвской наступательной операции. В июле она в составе корпуса вновь была передана 2-й ударной армии, а с августа действовала в 67-й армии 3-го Прибалтийского фронта. Участвовала в Тартуской и Рижской наступательных операциях. В ходе последней 24 сентября 1944 года в районе городе Эльва генерал-майор Потапов погиб. Похоронен в городе Тарту (Эстония), а в октябре 1944 года перезахоронен на Преображенском кладбище в городе Москва.