En l'any 2016, Carlos fet un millor començament de temporada que l'any passat, anotant 9 de les 11 curses, amb la majoria de curses entre el vuitè i el novè lloc. Al seu retorn de vacances, Sainz va anotar ponts en dues curses. (Austin i Interlagos), i tenir-las com el millor resultat de la temporada, arribant a la 6a posició. Al final de la temporada, Sainz va arribar al 12è lloc amb 46 punts.