Một trong những vấn đề chính mà Thanou-Christophilou phải đối mặt với tư cách Thủ tướng là cuộc khủng hoảng di cư ở châu Âu. Trong một cuộc họp, bà nói, "vấn đề người di cư và tị nạn gần đây đã được mở rộng đáng kể và diễn ra cùng thời điểm với nhiệm kỳ của chính phủ lâm thời." Trong nhiệm kỳ của mình, bà đã có buổi tiếp xúc với Dimitris Avramopoulos, Ủy viên Hội đồng Di trú và Nội vụ Châu Âu để thảo luận về cuộc khủng hoảng. Nhiệm kỳ của bà kết thúc vào ngày 21 tháng 9, sau khi Tsipras tái đắc cử Thủ tướng Hy Lạp. Bà đã tham dự lễ tuyên thệ của quốc hội Hy Lạp mới vào ngày 3 tháng 10 năm 2015 cùng với các quan chức khác.