Consecuentemente con esta prosperidad y con el aumento de la seguridad en Lisboa tras la definitiva conquista del Algarve en el siglo XIII, en 1256, Alfonso II de Portugal constata lo obvio y cambia la sede de la capital del reino a la mayor y más vigorosa ciudad de su reino, trasladando hasta allí la corte, los archivos y la tesorería (que se encontraban en Coímbra). Dionisio I de Portugal, el primer rey en presidir todo su reinado en Lisboa, creará la Universidad de Lisboa en 1290, que pasará a Coímbra en 1308 debido a los conflictos de los estudiantes con los lisboetas. En esa época la zona donde se encuentra hoy la Praça do Comércio es ganada al mar, a través de drenajes del terreno (que ya se encontraba cubierto de sedimentos). Se diseñaron nuevas calles como la "Rua Nova", y el Rossio se convierte por primera vez en el centro de la ciudad. Otras construcciones de Dionisio I fueron una muralla frente al nuevo muelle de la Ribeira para defenderse de los piratas así como la reforma del Castillo árabe, que terminaría siendo destruido por el Terremoto de Lisboa de 1755. Este monarca también impulsó la construcción de la catedral de Lisboa.