La decisión política más destacada de su gobierno fue la retirada unilateral de la Franja de Gaza, llevada a cabo en agosto de 2005, que contó con una oposición minoritaria aunque activa y ruidosa dentro de Israel, y que implicó el desalojo unilateral de los colonos israelíes residentes en el área. Por otra parte, prosiguió la planificación y construcción de la Barrera de defensa israelí o "valla de separación", una barrera en su mayoría de alambrada y en un diez por ciento de muro, según los distintos tramos de su recorrido, que separa a Israel de la mayor parte de los territorios palestinos de Cisjordania. Según el gobierno de Sharón, la valla fue uno de los principales motivos de la drástica disminución de las víctimas de atentados suicidas, al dificultar la infiltración de los terroristas al territorio israelí; mientras que el Tribunal de la Haya opinó, en un dictamen no vinculante, que la edificación de la barrera en el trazado elegido es contraria al derecho internacional y recomendó desmantelar los tramos al oriente de la «Línea Verde» por considerarlos como una apropiación indebida de territorio palestino. El gobierno de Sharón continuó con la controvertida política de sus precesores de «eliminaciones selectivas» (del hebreo סִכּוּל מְמֻקַּד, "sikul memukad") de miembros de las organizaciones terroristas, incluyendo a los líderes del Hamás Ahmed Yassin y Abdel Aziz Rantisi.