Када је након сарајевског атентата, крајем јула 1914. године избио Први светски рат, Ђуро као инвалид није био мобилисан у Аустроугарску војску, али је крајем лета био радно мобилисан и упућен на копање ровова и вршење других послова за војску. Након сарајевског атентата, а посебно након аустроугарских пораза у биткама на Церу и Колубари, у лето и јесен 1914. године, у Босни и Херцеговини је расло антисрпско расположење. Ђуро Ђаковић је тада отворено устао у одбрану Срба. Када је добио налог да сакупља раднике за послове војске, он је углавном узимао Србе, како би их заштитио од погрома и шиканирања. На једном скупу у предграђу Сарајева, почетком 1915. године, Ђуро је иступио против рата, због чега је био ухапшен и изведен пред војни суд, који га је као „велеиздајника” осудио на смрт. Пред само извршење смртне казне био је изручен цивилном суду који га је амнестирао и осудио на принудни рад. До новембра 1915. године био је на принудном раду у Араду и Коморану, а потом је био премештен у сарајевску Творницу дувана, где је радио на паковању цигарета.