В главном нефе находится шесть двухэтажных готических окон. В двух из них сохранились старейшие витражи в Праге — это картина Святого Карла Великого с гербом чешской королевы Анны де Фуа, жены Владислава II. Именно он поручил отреставрировать храм по окончанию Гуситских войн. Сейчас на месте оригинальных витражей находятся копии, подлинные же картины находятся в Пражском городском музее.