Durant la seconde partie du siècle l'Inquistion devient stagnante, mais la population juive continue de se réduire. En 1571, la ville est la résidence de 85 familles de conversos (400 personnes selon l'estimation de Jonathan Israel) et une synagogue clandestine aurait également existé jusqu'en 1594. Après la chute d'Anvers, la plupart des derniers conversos s'exilèrent vers Hambourg, Amsterdam, Rotterdam, mais aussi Cologne, et cela se traduira par une perte économique pour la ville. Réinstallés à Amsterdam, ils retournèrent ouvertement au judaïsme, et dominèrent les commerces du sucre, des épices et des autres denrées du Nouveau Monde. Les derniers restant dans la ville, jouèrent alors un rôle de relais entre les commerçants séfarades d'Amsterdam, d'Hambourg et de la péninsule ibérique, mais aussi un rôle important pour la récupération économique de la ville. D'autres se rendent sur la paisible île de Middelbourg (plus de la moitié des Juifs de l'île étaient de provenance scaldienne). Dans ses mémoires, Philippe II réalise que les restrictions de métiers ont en réalité contraint les commerçants marranes à se tourner vers les finances, devenant en contrepartie les rouages de l'économie du royaume. De plus, du fait de leur dispersion, ils assurent maintenant avec plus d'aisance le commerce international.