IUCN uznaje wodnika mikronezyjskiego za gatunek wymarły (EX – "extinct"). Prawdopodobnie wymarcie zostało spowodowane przez żołnierzy japońskich zjadających wodniki w latach 1942–1945. W 1935 na wyspie wybudowano hotel i lotnisko, które stanowiło jeden z przystanków lotu San Francisco–Hongkong. W 1941 na wyspie postawiono umocnienia w związku z możliwą wojną z Japonią. Wcześniej, w latach 1935–1941, wyspę regularnie odwiedzali pracownicy hotelu, żołnierze i turyści, robiący ptakom zdjęcia i sporządzający notatki. Japonia przypuściła atak na wyspę 8 grudnia 1941 i przejęła nad nią kontrolę 23 grudnia. Następnie oddziały japońskie okupowały ją niemal nieprzerwanie aż do kapitulacji 7 września 1945. Stacjonujący na wyspie żołnierze cierpieli z powodu głodu. Podczas japońskiej okupacji gatunek doprowadzono do wymarcia.