Kiedy w 1258 w Syrii pojawili się Mongołowie, wspierał ich przeciwko mamelukom, co miało zaważyċ na przyszłości Antiochii. Po tym jak Mongołowie przegrali bitwę pod Ajn Dżalut w 1260, mamelucy zaczęli zagrażać Antiochii i ostatecznie sułtan Bajbars zdobył ją 18 kwietnia 1268, kończąc tym samym 170-letnią historię księstwa Antiochii. Boemundowi pozostało jedynie Hrabstwo Trypolisu.