Un importante contributo all'identità della Chiesa cattolica slovena si ebbe nel 1991 con la dichiarazione di indipendenza del Paese. Nel 1992 furono formalmente intraprese le relazioni diplomatiche tra il nuovo Stato e la Santa Sede e a gennaio 1993 istituita la conferenza episcopale nazionale. Nel 2006 papa Benedetto XVI ha elevato al rango di arcidiocesi metropolitana anche la diocesi di Maribor e istituito le nuove sedi episcopali di Novo mesto, Celje e Murska Sobota.