Полишивши ГВК, на початку січня, очолив Гайдамацький кіш Слобідської України (ГКСУ). У Києві гайдамаки стали широковідомі ще після вбивства "«головного більшовика міста»" Леоніда Пятакова. Бойове хрещення формації відбулося на Полтавщині в боях за Гребінку. Згодом ГКСУ взяв активну участь у придушенні січневого повстання проти Центральної Ради. Петлюра особисто керував штурмом «Арсеналу» та боями за Київ. Гайдамаки першими ввійшли до міста, після звільнення столиці від більшовиків, улаштувавши 1 березня дефіляду на честь перемоги. Соціалісти, які домінували в уряді, зважили на вплив і популярність отамана в армії та знову приписали Симонові Петлюрі "«військову змову з метою встановлення правої диктатури»". Як наслідок, 12 березня 1918 року його усунуто від командування Гайдамацьким кошем.