I mitten av 2015 eskalerade ytterligare en kris – flyktingkrisen – när över en miljon asylsökande tog sig till unionen för att söka skydd. Krisen ledde till spänningar mellan medlemsstaterna i synen på asylmottagandet och flera medlemsstater införde tillfälliga inre gränskontroller inom Schengenområdet. Ett förslag till reformerad asylpolitik presenterades av Europeiska kommissionen under första halvan av 2016, men medlemsstaterna kunde inte enas om förslaget i Europeiska unionens råd.