Дирк ван Хогендорп родился 3 октября 1761 года в Геенвлите. В 1773 году, когда его родители переехали в Ост-Индию, где его отец был назначен губернатором Явы, Хогендорп вместе со своим братом Гейсбертом Карелом (будущим министром иностранных дел Нидерландов) был отправлен на обучение в Берлинский кадетский корпус. В 1777 году он находился в Кёнигсберге на практических занятиях, а в 1778 году в сражениях с австрийцами получил свой первый боевой опыт.