Under rustningerne i 1801 for at skærme landet mod englænderne indtrådte Juel i Hærens rækker som chef for fynske landeværnsregiment med obersts karakter. Denne udnævnelse kom efter hans eget sigende uventet for ham, men det var ikke ualmindeligt, at overbefalingsmændene ved landeværnet og kystmilitsen valgtes af godsejerklassen, og kronprinsen har måske også taget hans erhvervede krigserfaring i betragtning. Han stilledes meget frit i sin kommandopost og bemyndigedes til at korrespondere direkte med kronprinsen om regimentets organisation. Han roses senere på året for den fortrinlige fremgang, hans officerer og underofficerer har gjort i eksercits og kommandoføring, og nød i det hele vedvarende Frederik VI's velvilje. 22. maj 1803 udnævntes han til hvid ridder (symbolum: "Potius esse quam videri"), 1809 til generalmajor, 28. januar 1812 til Dannebrogsmand, 1815 til generalløjtnant. I 1807 førte han kommandoen over et kombineret troppekorps på Fyns østkyst, og i 1812, da den kommanderende general, prins Christian af Hessen, kaldtes til Sjælland, fik han overbefalingen på Fyn, hvilken stilling han også beklædte størstedelen af det følgende år. Efter krigen ophørte hans praktiske tjeneste i Hæren, men han vedblev at stå i dens rækker indtil sin død, der indtraf 15. marts 1827.