Clintonová podpořila referendum o samostatnosti Jižního Súdánu v roce 2011 a prohlásila, že nezávislost Jižního Súdánu je "nevyhnutelná". V roce 2014 se před referendem o nezávislosti Skotska otevřeně vyslovila proti nezávislosti Skotska na Spojeném království.