明复图书馆对外开放阅览，外借则限于科学社社员。抗战前每天开放时间4小时，读者均一天20人左右。抗日战争期间，南京藏书随科学社内迁重庆北碚，抗战胜利后，由于南京的中国科学社及生物研究所的建筑已毁于战火，北碚藏书全部移藏上海馆。