Το 1867 τα νησιά αγοράστηκαν όπως και η υπόλοιπη Αλάσκα από τις ΗΠΑ. Κατά τον Δεύτερο Παγκόσμιο Πόλεμο οι Αλεούτιες έγιναν η μόνη περιοχή των ΗΠΑ που καταλήφθηκε από αντίπαλα στρατεύματα. Οι Ιάπωνες έξι μήνες αφότου επιτέθηκαν στο Περλ Χάρμπορ, επιτέθηκαν και στις Αλεούτιες. Στις 6 και 7 Ιουνίου 1942 η Ουναλάσκα έγινε η δεύτερη πόλη μετά το Περλ Χάρμπορ που βομβαρδίστηκε από τα Ιαπωνικά στρατεύματα, και συγκεκριμένα το Ντατς Χάρμπορ το οποίο ήταν βάση δύο αμερικανικών βάσεων. Παράλληλα κατέλαβαν τα νησιά Κίσκα και Αττού στις 6 και 7 Ιουλίου 1942 αντίστοιχα. Οι ιστορικοί διαφωνούν για πιο λόγο έγινε η κατάληψη αυτών των δύο άγονων νησιών, τα οποία διαθέτουν πολύ λίγους πόρους και ακραίες καιρικές συνθήκες. Σύμφωνα με μία θεωρία είχαν ως στόχο να προκαλέσουν την αποδυνάμωση της ναυτικής δύναμης των ΗΠΑ αναγκάζοντάς τες να στείλουν δυνάμεις στις Αλεούτιες και έτσι να καταφέρουν να νικήσουν στη Ναυμαχία του Μίντγουεϊ. Σύμφωνα με μια άλλη άποψη οι Ιάπωνες τοποθέτησαν εκεί στρατεύματα ώστε να αναχαιτήσουν μια αμερικανική αντεπίθεση μέσω των Αλεούτιων. Η κατάληψη προκάλεσε πανικό και θυμό στις ΗΠΑ, όμως πέρα από περιστασιακούς βομβαρδισμούς των δύο νησιών και την ίδρυση μιας ναυτικής βάσης στο Έιντακ, δεν ανέλαβαν κάποια δράση μέσα στο 1942. Στις 27 Μαρτίου 1943, κατά τη διάρκεια της τροφοδοσίας των ιαπωνικών στρατευμάτων, τα ιαπωνικά πλοία μετά από πολύωρη μάχη αναχαιτίστηκαν και επιτεύχθηκε ο ναυτικός αποκλεισμός των Ιαπώνων. Το Άττου τελικά ανακτήθηκε απο τους Αμερικανούς με την επιχείρηση Λάντγκραμπ, στη μοναδική μάχη που δόθηκε κατά τον Β' Παγκόσμιο Πόλεμο σε αμερικανικό έδαφος, στις 30 Μαΐου 1943. Για την ανάκτηση του Κίσκα, οργανώθηκε η επιχείρηση Κότατζ, η οποία ξεκίνησε τις 15 Αυγούστου 1943, αλλά τελικά διαπιστώθηκε ότι οι Ιάπωνες είχαν εγκαταλείψει το νησί εβδομάδες νωρίτερα. Στις 24 Αυγούστου ο στρατός των ΗΠΑ ανακοίνωσε ότι το νησί ήταν «καθαρό» και τελείωσε επίσημα η Μάχη των Αλεούτιων.