ラバウルの包囲網構築は1944年に入っても続き、1944年2月23日にはグリーン諸島の攻略戦を指揮。第5艦隊に代わって第3艦隊が中部太平洋方面で作戦すると、ウィルキンソンはターナーの部隊をそっくり引継ぎ、ペリリューの戦い、アンガウルの戦いおよびウルシー環礁の無血占領を進めた。ペリリューとアンガウルの功績で、ウィルキンソンは殊勲章に代わる金星章を受章した。フィリピンの戦いでは、第3両用戦部隊がトーマス・C・キンケイド中将（アナポリス1908年組）の第7艦隊に貸し出されていたため、ウィルキンソンも第7艦隊の指揮下で行動する。1944年10月1日から1945年1月18日の間、第3両用戦部隊改め第79任務部隊を率いたウィルキンソンは、レイテ島の戦いに始まりリンガエン湾上陸作戦までのフィリピン方面の攻略戦を指揮し続けた。なお、ウィルキンソンは1944年に中将に昇進する。