Tras la decepción ocurrida en el Mundial, Marcelo Bielsa fue ratificado a cargo de la selección de Argentina para las Eliminatorias al Mundial de Alemania 2006, donde Samuel nuevamente inició de titular en la defensa. En junio de 2004 originalmente iba a ser parte del plantel que disputaría la Copa América en Perú, pero fue liberado de la convocatoria para poder cerrar los detalles de su transferencia al Real Madrid.