ロシアはこれに反発した。ロシアは東欧ミサイル防衛構想を「自国を対象としたもの」とし、「もし、ポーランド（もしくはリトアニア）にミサイル防衛設備が配備されれば、ミサイルの射程を欧州に向けざるを得ない」「脅威には脅威で応える」とアメリカに強く反発している（NATOの東方拡大もロシアの強硬な反発の一因になっている）。ロシアは、アゼルバイジャンのレーダーサイトの共同利用を代替案として提示したが拒否された。以降、2008年のグルジア紛争もあり、米ロ関係は「新冷戦」と呼ばれるまでに悪化した。