Od 17 października 1912 roku do 20 stycznia 1913 roku wraz z innymi okrętami operował na Morzu Karaibskim, a w kwietniu 1914 roku wspierał siły amerykańskie uczestniczące w interwencji w Veracruz. Okręt powrócił do swojej flotylli w Norfolk 16 czerwca 1914 roku. Podczas I wojny światowej D-3 służył jako jednostka szkoleniowa w Newport i New London, a 21 września 1917 roku został jednostkę flagową 2. Dywizjonu Okrętów Podwodnych. D-3 trafił do rezerwy 5 września 1919 roku. 17 lipca 1920 roku okręt otrzymał numer identyfikacyjny SS-19.