太平洋戦争緒戦では、第四駆逐隊司令として近藤信竹海軍中将指揮する南遣艦隊に所属し、マレー作戦を支援した。12月8日朝、野分に命じてノルウェー船を拿捕する。日本軍のシンガポール占領の後、ジャワ海に進出した。3月1日、有賀指揮下の嵐と野分は商船3隻（4000t、3000t、3000t）、油槽船2隻（1500t）を撃沈し、商船ビントエーハン号（1000t）を拿捕。さらにイギリスの駆逐艦ストロングホールド、アメリカの砲艦アッシュビル を沈めた。3月4日、重巡洋艦愛宕と共同で豪州護衛艦ヤーライ、油槽船1隻を撃沈し、オランダ商船チャーシローアを拿捕した。一連の戦闘を「チラチャップ沖海戦」という。ミッドウェー海戦に参加。ミッドウェー海戦では、大破炎上した航空母艦赤城を指揮下の駆逐艦野分、嵐の魚雷によって沈没処分するという悲劇を味わった。有賀は初めて撃った魚雷が赤城に対するものだったことを嘆き続けた。その後ソロモン方面の諸海戦に参加。10月26日の南太平洋海戦では被弾した翔鶴から南雲忠一長官を迎え、一時的に中将旗を掲げた。1943年3月1日、重巡洋艦鳥海の艦長となり、南方に進出する。アメリカ軍機から10回近く襲撃されたが、高射砲長との息のあった連携で鳥海は被弾しなかった。1944年4月21日、デング熱に罹患し内地へ帰還。水雷学校（横須賀）教頭を拝命する。しかし実戦畑を歩いてきた有賀にとっては机上の学問を教授しなければならない教頭の職は本意ではなかったらしい。