עם פרוץ מלחמת העולם השנייה מונה פאפאגוס ב-28 באוקטובר 1940 למפקד הכוחות היווניים, ובאותו היום התקיפו האיטלקים את יוון מכיוון אלבניה. הצבא היווני לחם בעקשנות, הדף את האיטלקים וכבש כמעט שליש מאלבניה. כאשר יוון נלחמה בפעם הראשונה נגד כוחות גרמנים ממרץ 1941 פאפאגוס תמך בהחלטה אסטרטגית זו, אם כי הוא גם העריך את הסיכויים הצבאיים נגד גרמניה כנמוכים מאוד.