Papst Alexander VI. erhob ihn am 20. September 1493 zum Kardinal. Am 23. September desselben Jahres nahm Giovanni Antonio Sangiorgio als Kardinalpriester die Titelkirche "Santi Nereo ed Achilleo" in Besitz. Da er das Bistum Alessandria bis zu seinem Tode innehatte, wurde er häufig als "Cardinalis Alexandrinus" bezeichnet. Am 6. September 1499 wurde er zum Bischof von Parma ernannt. Im September 1503, bei seiner Teilnahme am Konklave mit der Papstwahl von Pius III., wie auch beim Konklave Oktober 1503, aus dem Julius II. als Papst hervorging, wird er als Lateinischer Patriarch von Jerusalem bezeichnet, möglicherweise hatte er dieses Amt zwischen 1498 und 1503 inne.