Mit seinem Nationalteam nahm Murillo an der Copa América 2001 und 2004 teil. Bei beiden Turnieren kam er in allen Partien seines Landes zum Einsatz, konnte jedoch kein mal treffen. Eine weitere Turnierteilnahme konnte er beim CONCACAF Gold Cup 2003 in den Vereinigten Staaten verzeichnen. Hier machte er nur eine Partie und konnte erneut nicht treffen. Zudem war er beim Confederations Cup 2003 dabei, bei dem er zweimal auflief.