Im Vorfeld des Sezessionskrieges stand Steuart den Südstaaten loyal gegenüber und trat für eine Sezession seines Heimatstaates Maryland ein. Anfang 1861 verließ er als Hauptmann das US-Heer und trat in das konföderierte Heer ein, wo er zum Oberstleutnant befördert und stellvertretender Kommandeur des 1. Maryland-Infanterieregiments wurde. Er nahm an der Ersten Schlacht von Manassas teil und wurde kurz darauf Regimentskommandeur. Anfang 1862 wurde er zum Brigadegeneral befördert und kommandierte eine Brigade in der Division Richard S. Ewells, die er während Jacksons Shenandoah-Feldzug 1862 führte. In der Schlacht bei Cross Keys wurde er schwer an der Schulter verwundet und war bis Mai 1863 dienstunfähig.