1658 überwarf sich Alexei mit dem Patriarchen Nikon über die von diesem eingeleiteten kirchlichen Reformen, der Sitz des Patriarchen blieb danach für acht Jahre unbesetzt. Der Konflikt führte 1666 zur Spaltung der russisch-orthodoxen Kirche. Die sogenannten Altgläubigen weigerten sich, den neuen Ritus anzunehmen und wurden daraufhin vom Staat verfolgt, so dass es zu einer erheblichen Auswanderungswelle ins Baltikum, ins Donau-Delta und über den Ural kam. Währenddessen hatte sich 1662 die Moskauer Bevölkerung erneut zum Aufstand erhoben. Der Kampf der unterdrückten Bauern entlud sich schließlich im Rasinschen Aufstand unter Stepan Rasin von 1670/71, der allerdings rasch niedergeworfen wurde. 1676 konnte zusammen mit den Ukrainern eine massive türkische Aggression abgewehrt werden. Das internationale Ansehen in seiner Regierungszeit war beträchtlich gestiegen.