Море з доісторичних часів було обжите людством, годувало й поєднувало східно-азійські народи. Довгий час Південно-Китайське море слугувало перехрестям китайської й індійської цивілізацій, що принесли сюди засади державності, індуїзм, буддизм, а пізніше, з арабами сюди прийшов іслам. Першими європейцями, що з'явились тут в 1521 році були іспанці навколосвітньої експедиції Фернана Магеллана. Вже в 1553 році португальці отримали право на якірну стоянку і морську торгівлю у півострова Макао, подолавши китайську імператорську заборону XIV сторіччя на торгівлю з іноземцями. З часом Макао перетворився на португальську колонію. У 1589 році на карті світу фламандського картографа Абрахама Ортелія (1527—1598) з'являється деталізована карта моря. У 1806 році тут на шлюпах «Нева» і «Надія» побували Іван Федорович Крузенштерн (1770—1846) і Юрій Федорович Лисянський (1773—1837), учасники першої російської навколосвітньої подорожі. У 1840—1842 і 1856—1860 роках море стало ареною Другої опіумної війни Франції і Британії проти Китаю, у результаті яких останній відійшов півострів Цзюлун з Гонконгом. У 1939 році острова Південно-Китайського моря були окуповані японцями, створені військові комунікації, станції стеження, попереднього виявлення об'єктів і оповіщення, порт для гідролітаків, база підводних човнів, злітно-посадкова смуга. Проте вже 1945 року були вибиті звідти союзними військами. За часів воєнного конфлікту тут розквітло піратство під проводом Вонга Кунгкіта, справу якого після смерті продовжила його дружина, легендарна мадам Вонг (1920-?). Під час В'єтнамської війни море було важливою військовою ареною. Незважаючи на те, що усі приморські країни, за виключенням КНР і Китайської Республіки, на початок XXI століття входять до військово-економічного альянсу АСЕАН, море залишається ареною суперництва за його ресурси, на острови Спратлі претендує 6 держав (В'єтнам, Китай, Тайвань, Малайзія, Філіппіни, Бруней).