Молдавия после провозглашения независимости от Советского Союза в 1991 году на Паралимпийских играх дебютировала в 1996 году в Атланте, куда была направлена делегация из пяти человек для участия в соревнованиях по легкой атлетике, пауэрлифтингу и настольному теннису. Позднее представители Молдавии участвовали в каждых следующих летних Паралимпиадах. Спортсмены этой страны никогда не принимали участие в зимних Паралимпийских играх.