Mit der dritten Landesteilung im November 1392 entsteht das Herzogtum Bayern-München unter der Herrschaft von Stephans Bruder Johann II. Mit Hilfe seiner Söhne hatte Johann die Stadt München und einen Teil der Landstände auf seine Seite ziehen können, die wohl einen Krieg zwischen den Brüdern befürchteten, und so hatte er schließlich mit seinem langgehegten Teilungsbegehren Erfolg. Friedrich erhielt Bayern-Landshut und Stephan Bayern-Ingolstadt, die Frage nach einer gerechten Aufteilung führte in der Folgezeit zu Konflikten zwischen der Münchner und der Ingolstädter Linie. 1397 kam es dann zu weiteren Aufständen der Handwerkszünfte gegen die Patrizier und die zerstrittenen Wittelsbacher Herzöge. Der Bürgermeister Jörg Kazmair wird abgesetzt und die Handwerkszünfte üben die alleinige Macht aus. Im November 1400 wurden drei Ratsherren am Schrannenplatz wegen „Fürstentreue“ geköpft. Während der Unruhen verließen die Herzöge die Stadt, so residierte Herzog Ernst vom 24. Dezember 1397 bis Juni 1403 in Wolfratshausen. 1403 wurde dann der Aufstand von Truppen der Wittelsbacher zwar blutig beendet, jedoch wurde den Zünften ein politisches Mitspracherecht zugebilligt. 1422 scheiterte die Belagerung Münchens durch den Herzog von Bayern-Ingolstadt Ludwig VII. im Zuge des Bayerischen Krieges. Schon 1421 war die Burg Baierbrunn im Zuge der Ingolstädter Fehde durch die Münchner Bürgerwehr eingenommen und anschließend innerhalb von nur 14 Tagen abgebrochen worden.