תפקיד פלגה 916 הוא הגנה על מרכז המדינה אך מירב משאביה מופנים אל רצועת עזה. הלכה למעשה חיל הים היא הזרוע היחידה שלא ביצעה התנתקות בשנת 2005 ונשארה ברצועה. על אף שבימי שגרה היחידה אמונה על הביטחון הימי השוטף, אין זה יעודה הבלעדי. היחידה מבצעת פעילות הרתעתית התקפית בים ומהים לאורך כל השנה וכוחותיה לוקחים חלק פעיל בכל פעילות מבצעית במרחב הימי שמטרתה סיכול פעילות ארגוני טרור, פגיעה בתשתיותיהם ובגורמים המסייעים להם. על פעילותה זכתה הפלגה בפרס הרמטכ"ל ליחידות מצטיינות לוחמות בשנת 2008.