W sezonie 2005 przeszedł do zespołu Toyoty. W pierwszych 12 wyścigach występował gorzej od drugiego kierowcy zespołu Jarno Trulliego, ale już w Spa walczył z czołówką kończąc wyścig z najszybszym okrążeniem. Po wprowadzeniu specyfikacji "b" bolidu TF106 na ostatnie trzy wyścigi sezonu, Schumacher zdobył pole position w Grand Prix Japonii, a tydzień później zajął trzecią pozycję w Grand Prix Chin. W zmodyfikowanej wersji samochodu zdobył 6 punktów, kończąc sezon z przewagą dwóch punktów nad Trullim. Współpracę z japońskim zespołem kontynuował w sezonach 2006 oraz 2007.