Vuoden 1918 sisällissodan aikana varuskunta oli aluksi Riihimäen punakaartin hallussa, jonka jälkeen se siirtyi saksalaisten hallintaan huhtikuun lopulla. Ennen lähtöään varuskunnasta punaiset teloittivat yhdeksän vankinaan pitämää valkoista. Tämän jälkeen valkoiset ampuivat paikkakunnalla yli 140 punaista, joista suurimman osan varuskunnan alueella.