Im September 1908, bei den Geheim-Verhandlungen im Vorfeld der Bosnischen Annexionskrise, schloss er im Auftrag des Zaren mit Alois Lexa von Aehrenthal ein Geheimabkommen, dass zum einen die Anerkennung der Oberherrschaft Österreich-Ungarns über Bosnien, zum anderen die Unterstützung der k.u.k. Doppelmonarchie bei der Durchsetzung eines erweiterten Durchfahrtsrechts russischer Kriegsschiffe durch die Dardanellen festlegte (Abkommen von Buchlau). Nach den Protesten russischer Nationalisten und der Ablehnung Großbritanniens dementierte Iswolski die Einigung und behauptete, von Aehrenthal hinters Licht geführt worden zu sein. Christopher Clark ist der Auffassung, dass Iswolski gelogen habe, um seinen Posten zu retten, nachdem er seine Fehleinschätzung der öffentlichen Meinung und bei seinem Besuch in London seine Fehleinschätzung der Reaktion Großbritanniens erkannt hatte.