Zarco comenzó la temporada 2018 consiguiendo la pole en la primera carrera de la temporada en Qatar y el podio en la segunda carrera de la temporada en Argentina, en la prueba sudamericana luchó por la victoria con Jack Miller, Álex Rins y Cal Crutchlow, terminando la carrera segundo detrás de Crutchlow. Consiguió su segundo podio de la temporada en la cuarta fecha en España, clasificó para la carrera tercero y en la carrera estaba en la quinta posición cuando se produjo el accidente que derivo en los abandonos de Jorge Lorenzo, Andrea Dovizioso y Dani Pedrosa que le permitierón terminar en la segunda posición. El 19 de mayo de 2018, Zarco consiguió la pole position en su gran premio de casa en Francia convitiéndose en el segundo francés en conseguirlo detrás de Christian Sarron quien las consiguió en las ediciones de 1987 y 1988. Consiguió su último podio de la termporada en la penúltima fecha en Malasia en donde terminó tercero detrás de Álex Rins y Marc Márquez. Terminó la termporada nuevamente en la sexta posición obteniendo el trofeo al mejor piloto independiente por segunda temporada consecutiva.