Na konci devadesátých let získal Eco, jenž stále vyslovoval své kritické názory na katolickou církev a neschopnost politiků, nejen v Itálii pozici jakési politicko-morální instance, k čemuž jen přispívala řada významných ocenění a čestných doktorátů z celého světa. V roce 2000 po dvaatřiceti letech opět zavítal do Prahy, kde v Obecním domě převzal Cenu Nadace Dagmar a Václava Havlových Vize 97. Při setkání s novináři vzpomínal na srpen 68: "„Nejvíc mi utkvěli v paměti lidé, kteří na ulicích živě diskutovali jako v Hyde Parku. A zažil jsem také, jak otáčeli značky, aby zmátli ruské tanky.“" V témže roce, kdy se mu rovněž narodila první vnučka Emanuele, publikoval svůj čtvrtý, Emanuele věnovaný román "Baudolino", jenž se odehrává za časů Fridricha Barbarossy (1122–1190). Hlavním protagonistou je asi čtrnáctiletý rošťák a lhář Baudolino z piemontské Alessandrie, jehož si na svých cestách po Itálii všiml sám císař Fridrich Barbarossa a učinil z něj svého dvořana, šaška i rádce. Baudolino vypráví svůj příběh plný výmyslů a podvodů, které sám přiznává, a toto „vymýšlení“ reality či alternativní historie je jedním z hlavních témat románu. Dalším je pak téma „otce“ – Baudolino nachází svého druhého otce v císaři, což se vztahuje i na středověkou Itálii, jejíž města jsou sice ve vzpouře proti císaři, ovšem jeho role otce kárajícího neposlušná dítka je zde nezastupitelná. Svět 12. století je v díle nahlížen a ukazován jako centrum univerza. Téma falšování potom testuje aristotelskou představu, že dějepisectví a básnictví jsou dva odlišné myšlenkové procesy.