Vuosina 1827–1838 Palacký toimitti "Časopis českého museum" (tšekkiläisen museon vuosikirja) -nimistä lehteä ja julkaisi siinä estetiikkaa ja tšekin kieltä käsitelleitä artikkeleita. Böömin säätyjen toivottua jatkoa Pubičkalta kesken jääneelle Böömin historialle Palacký nimettiin 1829 Böömin historiankirjoittajaksi. Kolme vuotta myöhemmin hän aloitti suurtyönsä, Tšekin (Böömin ja Määrin) historian vuoteen 1526, joka ilmestyi vuosina 1836–1867 viidessä osassa nimellä "Geschichte von Böhmen" ja 1848–1876 tšekiksi nimellä "Dějiny národu českého v Čechách a v Moravě". Palacký toi teoksessa esiin käsityksensä Tšekin historiasta tšekkien kamppailuna heidän alistamiseensa pyrkiviä vieraita voimia vastaan ja hän korosti varsinkin hussilaissotien aikaa kansallisen kamppailun kautena. Palacký laati myös muita kotimaansa historiaa käsitelleitä tutkimuksia ja toimitti useita laajoja lähdejulkaisuja, jotka sisälsivät Böömin historiaan liittyviä asiakirjoja. Hän julkaisi 1833 myös Josef Dobrovskýn elämäkerran. Palacký kirjoitti sekä tšekiksi että saksaksi. Hän oli yksi aloitteentekijöistä kansallisen Matice česká -kustantamon perustamisessa vuonna 1830.