В течение следующих двух столетий замок оставался во владении Хангерфордов, за исключением периодов во время Войны Алой и Белой розы, когда замок конфисковывался короной после казни 3-го барона Хангерфорда и его сына. Когда в 1642 году в Англии началась гражданская война, замок, перестроенный по моде эпохи Тюдоров и Стюартов, принадлежал сэру Эдварду Хангерфорду. Сэр Эдвард поддержал парламент, став лидером круглоголовых в Уилтшире. Фарли-Хангерфорд был захвачен роялистами в 1643 году, но ближе к концу конфликта в 1645 году силы парламента заняли замок без боя. Таким образом он избежал уничтожения после войны, в отличие от многих других замков на юго-западе Англии.