Nijboer ha participat, representant els Països Baixos, en sis Olimpíades d'escacs entre els anys 1996 i 2006, amb un resultat de (+18 =21 –14), per un 53,8% de la puntuació. El seu millor resultat el va fer a les Olimpíada del 2006 en puntuar 5½ de 9 (+5 =1 -3), amb el 61,1% de la puntuació, amb una performance de 2623, i que li significà aconseguir la medalla d'or individual del segon tauler de reserva.