Thomas soutient ensuite la rébellion de Warwick contre Édouard en 1470, qui aboutit à la restauration d'Henri VI. Durant l'hiver 1470-1471, il patrouille dans la Manche mais Édouard IV parvient à contourner sa flotte et débarque à Ravenspurn le . Il défait et tue Warwick à Barnet le , puis anéantit l'armée de la reine Marguerite d'Anjou à Tewkesbury le .