Jatkosodan aikana Käkönen toimi muun muassa VI Armeijakunnan tiedustelu-upseerina ja Päämajan tiedusteluosaston tiedustelutoimiston (Tied.1) päällikkönä. Jatkosodan jälkeen everstiluutnantti Käkönen oli järjestämässä Neuvostoliittoon kohdistunutta salaista radiotiedustelua ja puhelinkuuntelua yhdessä Reino Hallamaan ja Hannes Vehniäisen kanssa.