El resto de la década de 1980 fue de dulce y agraz, pero sin embargo destacó la temporada del peruano Juan José Oré en 1988 cuando fue máximo anotador del Torneo de Primera División con 18 goles, que le permitió a Deportes Iquique tener por primera vez un goleador en la división de honor. Luego de haber participado en una Liguilla Pre-Libertadores (también en 1988), y realizar posteriores magras campañas, finalmente en 1991, los "Dragones Celestes" perdieron la categoría, descendiendo a la Segunda División (ahora renombrada Primera B), luego de estar once años en la división de honor. Sin embargo, tras un interrumpido paso de los del Cerro Dragón en Segunda (luego de ascender a la Primera División 1993 y descender esa misma temporada, donde un año después, el equipo se reforzó con el paraguayo Julio César Franco, que participó con su selección en la Copa América Brasil 1989), en 1997, tras ganar el Torneo de Clausura manera polémica (debido a la delicada situación económica del club), el equipo logró subir, donde permaneció hasta 1999.