Históricamente los pigmeos siempre han sido considerados inferiores por las autoridades coloniales y los pueblos bantúes que viven en las ciudades. Esto ha producido una discriminación atroz. Un ejemplo temprano se produjo cuando las autoridades coloniales belgas capturaron a niños pigmeos y los enviaron a parques zoológicos de toda Europa, e incluso a la exposición internacional de Estados Unidos en 1904. Muchas veces los pigmeos son expulsados y hacen los trabajos peor pagados. Muchos estados africanos no consideran a los pigmeos como ciudadanos y les niegan carnés de identidad, títulos de propiedad, asistencia sanitaria y educación adecuada. La política de los gobiernos y las corporaciones multinacionales involucradas en la deforestación masiva han agravado este problema, porque han expulsado a los pigmeos de su tierra ancestral y muchas veces los han trasladado a pueblos y ciudades donde muchas veces son marginalizados, empobrecidos y brutalizados. Allí trabajan en empleos ocasionales o en granjas comerciales. Una de las consecuencias más dramáticas de esta migración a las ciudades ha sido el incremento de la tasa de VIH/SIDA entre los pigmeos. Estudios realizados en Camerún y la República Democrática del Congo durante los años 1980 y 1990 mostraron una preponderancia más baja de HIV/SIDA entre poblaciones pigmeas que entre poblaciones vecinas, pero últimamente ha aumentado. Un estudio averiguó que la preponderancia de HIV entre los pigmeos baka en el este de Camerún ha aumentado de un 0,7 % en 1993 a un 4 % en 2003.