Duterten kaudella ongelman ovat muodostaneet myös ääri-islamistiset ryhmät. Moroja edustavien aseellisten järjestöjen kanssa on käyty lupaavia rauhantunnusteluja, mutta samaan aikaan on ilmestynyt myös radikaalimpia ryhmittymiä, joilla on yhteyksiä ulkomaille ja esimerkiksi Isis-järjestöön. Vuoden 2017 toukokuussa ne valtasivat Marawin kaupungin, jonka Filippiinien asevoimat valtasivat takaisin pitkän taistelun jälkeen saman vuoden lokakuussa.