Переселившись до Вільно, Кнакфус деякий час працював у єпископа Ігнатія Масальского. Став капітаном війська ВКЛ. У 1773—1775 роках викладав у Віленському університеті. У 1782—1794 роках був архітектором Головної віленської школи. Брав участь у повстанні 1794 року.