Ở thế kỷ 15, Chiến tranh Hussite và áp lực từ phía giáo hoàng dẫn đến căng thẳng tôn giáo giữa những người Công giáo và Hussite mới nổi và sau đó là cộng đồng Tin lành, đặc biệt là sau Sắc lệnh Wieluń (năm 1424). Phong trào Kháng Cách có được lượng tín đồ đáng kể ở Ba Lan và mặc dù Công giáo La Mã vẫn giữ được vị trí thống trị ở nhà nước, nhưng Liên minh Warszawa năm 1573 tự do đã đảm bảo lòng bao dung tôn giáo một cách rộng khắp. Nhưng Phong trào Phản Cải cách đã thành công trong việc giảm đi phạm vi bao dung tôn giáo ở cuối thế kỷ 17 và đầu thế kỷ 18 – bằng chứng là các sự kiện như Bạo động ở Thorn (Toruń) (năm 1724).