Jordan estuvo asignado a la frontera occidental hasta 1846, cuando fue ascendido a primer teniente. Durante la Intervención estadounidense en México, sirvió eficientemente en las batallas de Palo Alto y Resaca de la Palma. En 1847, fue ascendido a capitán y sirvió como quartermaster. Permaneció en Vera Cruz durante un año en un cargo administrativo. Posteriormente, fue designado en varias guarniciones del Sur y en la Costa del Pacífico.