Na początku 1999 roku został trenerem reprezentacji Ekwadoru, którą – jako pierwszy szkoleniowiec w historii – wprowadził do finałów mistrzostw świata. W 2002 roku, na boiskach Korei i Japonii Ekwadorczycy zdobyli tylko trzy punkty i zajęli ostatnie miejsce w grupie. Po dwóch porażkach (z Włochami 0:2 i Meksykiem 1:2) w ostatnim meczu potrafili jednak wygrać z Chorwatami 1:0, pozbawiając ich awansu do drugiej rundy. Gómez podał się do dymisji dwa lata później po nieudanych mistrzostwach Ameryki Południowej.