Nel dicembre 1826 Codrington venne nominato Comandante in capo della flotta del Mediterraneo e salpò il 1º febbraio 1827 dall'Inghilterra. Da quella data sino al suo richiamo in patria il 21 giugno 1828 egli venne coinvolto in ardui scontri durante la Guerra d'indipendenza greca che aveva portato all'anarchia nella Grecia occupata e nelle aree circostanti. Gli ordini erano di cercare una soluzione pacifica alla situazione in Grecia, ma Codrington era sfortunatamente conosciuto per la poca diplomazia ed il 20 ottobre 1827 egli distrusse la flotta turco-egiziana nella Battaglia di Navarino comandando una flotta combinata inglese, francese e russa.