Erstmals spielte der Verteidiger bei der U20-Junioren-Weltmeisterschaft 2000, bei der er mit dem Team die Bronzemedaille gewann. Mit einem Alter von 16 Jahren und drei Monaten wurde er der jüngste Akteur seines Heimatlandes aller Zeiten, der bis dato bei einer U20-Junioren-Weltmeisterschaft aufgelaufen war. Lediglich Wayne Gretzky, Mario Lemieux und Jason Spezza hatten ebenfalls als 16-Jährige an den Junioren-Welttitelkämpfen für Kanada teilgenommen. Den Gewinn der Bronzemedaille wiederholte Bouwmeester ein Jahr später bei der U20-Junioren-Weltmeisterschaft 2001. Das Ergebnis wurde ein weiteres Jahr später verbessert, als die Kanadier Silber errangen. Der Abwehrspieler kam bei sämtlichen Turnieren in allen sieben Spielen zum Einsatz. Bei den U20-Junioren-Weltmeisterschaften 2001 und 2002 verbuchte er jeweils zwei Torvorlagen. Bei letzterem Turnier wies der Verteidiger außerdem mit einem Wert von +11 die beste &lt;a href="Plus/Minus"&gt;Plus/Minus&lt;/a&gt;-Bilanz des Wettbewerbs auf.