Během krátké války ve Slovinsku a v počátečních fázích válek v Chorvatsku a v menší části i v Bosně se JNA výrazně angažovala, ale pod tlakem Západu (sankce, potenciální hrozba vojenské intervence) se zčásti stáhla, zčásti přešly struktury armády a zbraně do rukou místních Srbů. Srbsko-černohorská Jugoslávie podporovala Srby ve válce v odtržených státech pouze nepřímo a Slobodan Milošević postupně ztrácel vliv na události v Chorvatsku a v Bosně.