В 1794 году генерал Франтишек Сапега принял активное участие в подготовке восстания под руководством Тадеуша Костюшко. От повстанческого правительства получил чин генерал-лейтенанта и стал командиром отдельной дивизии. После отказа своего дальнего родственника, князя Казимира Нестора Сапеги, возглавить восстание в Великом княжестве Литовском польский диктатор Тадеуш Костюшко 14 апреля 1794 года предложил на эту должность Франтишека Сапегу. Однако 2 мая сам Франтишек Сапега отказался от назначения по причине своей некомпетентности. 14 мая Франтишек Сапега был снят с должности командира дивизией и участвовал только в незначительных и неудачных военных операциях — был руководителем восстания в Слонимском, Волковысском поветах и в Восточном Подляшье.