1861年のその後、バトラーはアメリカ海軍と協働してノースカロライナ州ハッテラス砦とクラーク砦を占領する遠征隊を指揮した（ハッテラス入り江砲台の戦い）。1862年5月、ニューオーリンズを海軍が占領した後でそこを占領する軍隊を指揮した。この町の統治では断固たる態度と厳格さを示した。バトラーの統治下でのニューオーリンズは異常なくらい健全で秩序が保たれた。しかし、その行動の多くは非常に攻撃的であり、例えばオランダ領事館に保存されていた80万ドルを捕獲し、フランスのシャンパン業者であり「シャンパン・チャーリー」として有名だったシャルル・エドシックをスパイとして投獄した。最も悪名高いのは、幾つかの挑発を行った後に発行した5月16日のバトラーの将軍命令第28号であり、もし女性がアメリカ合衆国の士官または兵卒を侮辱したり侮蔑を示した場合には、「町で職業を営む女」すなわち売春婦と見なされそのように待遇されるというものだった。この命令には北部でも南部でも、さらには海外の特にイギリスやフランスで抗議の声が上がり、疑いも無く12月17日にメキシコ湾方面軍指揮官から外される原因になった。「けだものバトラー」とか「スプーン」と渾名をつけられたが、この後の方は彼が滞在する南部の家庭で銀器をくすねる癖によるものだとされている。