Nella ricostruzione data da Piperno davanti alla sul Caso Moro, Piperno sostenne che in quegli anni si visse una piccola guerra civile, dove le parti contendenti erano, per usare il gergo marxista, il valore d'uso e il valore di scambio. In seguito al "processo 7 aprile" (1979) contro Autonomia Operaia venne accusato di essere uno dei fiancheggiatori del partito armato.