Джунгарська брама спрадавна використовувалася як транспортна дорога номадами Центральної Азії і Казахстану. Через браму проходив Великий шовковий шлях, на початку XIII століття Чингісхан використовував його для завоювання Середньої Азії. 13 серпня 1969 року в районі Джунгарської брами стався прикордонний конфлікт між радянськими прикордонниками і китайськими військовослужбовцями.