В начале июня 1962 года вместе с А. И. Микояном был направлен Н. С. Хрущёвым в г. Новочеркасск Ростовской области, где недовольство рабочих электровозостроительного завода повышением цен на мясомолочные продукты и снижением расценок на заводе (что было сделано за несколько месяцев до событий), подстрекаемых и руководимых уголовными элементами, приняло экстремистские формы и переросло в массовые беспорядки. Н. С. Хрущёв, ввиду того, что события в городе приняли опасный и неконтролируемый характер, принял решение о жёстком силовом подавлении всех проявлений недовольства населения с применением оружия и проведением арестов наиболее активных участников волнений, хотя Ф. Р. Козлов предлагал пути мирного разрешения критической ситуации. (См.: Новочеркасский расстрел). В мемуарах Семичастного, Микояна и сына Хрущёва Сергея Никитича вся ответственность за силовые действия в Новочеркасске возлагается на Ф. Р. Козлова, однако это не соответствует исторической правде.