Bei den folgenden Schwimmweltmeisterschaften 2013 in Barcelona gelangte Manaudou über 50-Meter-Freistil und 50-Meter-Schmetterling in die Endläufe, konnte aber an die vorangegangenen Einzelerfolge nicht anknüpfen. Beim Sieg des Brasilianers César Cielo (21,32 s) im Freistilrennen belegte er in 21,64 Sekunden nur den fünften Platz. Über die Schmetterlingsstrecke erreichte er in 23,35 Sekunden erneut beim Sieg Cielos (23,01 s) nur Platz acht. Mit der französischen 4×100-Meter-Freistilstaffel (gemeinsam mit Yannick Agnel, Fabien Gilot und Jérémy Stravius) gewann Manaudou dann aber seine erste Goldmedaille auf der Langbahn in 3:11,18 Minuten vor den Staffeln aus den Vereinigten Staaten und Russland. 2014 avancierte Manaudou bei den Schwimmeuropameisterschaften in Berlin mit vier gewonnenen Titeln zum erfolgreichsten Beckenschwimmer. Über 50-Meter-Freistil unterbot er seine Bestzeit von den Olympischen Spielen um 0,02 Sekunden (21,32 s) und stellte einen neuen Meisterschaftsrekord auf, über 100-Meter-Freistil stellte er mit 47,98 Sekunden ebenfalls eine persönliche Bestzeit auf. Über 50-Meter-Schmetterling teilte sich Manaudou den Titel in 23,00 Sekunden gemeinsam mit dem zeitgleichen Weißrussen Jauhen Zurkin. Außerdem gewann er Gold mit der französischen 100-Meter-Freistilstaffel (gemeinsam mit Mehdy Metella, Fabien Gilot und Jérémy Stravius) mit 3:11,64 Minuten ebenfalls mit einem Meisterschaftsrekord. Nach den EM-Erfolgen gab Manaudou an, sich fortan auf die 100-Meter-Distanz zu konzentrieren, sowie den Weltrekord über 50-Meter-Freistil anzuvisieren.