Μετά τον θάνατο του συζύγου της η Μαρία διετέλεσε αντιβασίλισσα για λογαριασμό του γιου τους και διαδόχου Ιακώβου Γ΄ για τρία χρόνια μέχρι τον δικό της θάνατο, έμεινε αμέτοχη στον Πόλεμο των Ρόδων που ξέσπασε στην Αγγλία την ίδια εποχή. Η Μαρία διόρισε κύριο σύμβουλο της τον Ιάκωβο Κένεντι ο οποίος υποστήριξε τον Οίκο του Λάνκαστερ ενώ η ίδια εξακολουθούσε να μένει αμέτοχη.