Als Vorsitzender des Osmanischen Militärgerichtes (seit seiner Gründung im Februar 1919), das daher auch „Kriegstribunal des Nemrut Mustafa“ genannt wurde, verurteilte er den späteren türkischen Staatsgründer Mustafa Kemal Atatürk und alle mit ihm verbundenen Personen in Abwesenheit zu Tode. Er verurteilte auch Talât, Enver und Dschemal wegen ihrer Rolle im Völkermord an den Armeniern und an den Assyrern sowie bei den Massakern an den Pontosgriechen zum Tode. Nemrud Mustafa Pascha war bemüht, Verbrechen und Korruptionsskandale des Osmanischen Reiches während des Ersten Weltkrieges aufzudecken: Seine Haftbefehle wurden von Ali Kemal Bey, Damat Ferid und dem Sultan unterzeichnet. Er verurteilte auch Ebubekir Hazim (Tepeyran), den Innenminister, wegen seiner Unterstützung der Kemalisten. Mithilfe des Richters Artin Boşgezenyan wurde der "Kaymakam" von Boğazlıyan, Mehmed Kemâl, zum Tode verurteilt. Yamolki wurde von seinem Amt im Juni entlassen.