En 1864, pendant la guerre de Sécession, Reno participe aux batailles de Haw's Shop, Cold Harbor, Trevilian Station, Darbytown Road, Opequon, Kearneysville, Smithfield Crossing et Cedar Creek. Pour son comportement lors de cette dernière bataille, il est breveté lieutenant-colonel. En , il devient colonel du de cavalerie volontaire de Pennsylvanie puis prend le commandement d'une brigade chargée de lutter contre la guérilla de John Mosby. Reno reçoit une nomination pour le grade de colonel breveté dans l'armée régulière des États-Unis, à compter du , pour ses . Le , il est proposé par le président Andrew Johnson pour le brevet de brigadier général de volontaires, décision qui est confirmée par le Sénat le suivant.