Lokakuussa 2005 Honda osti BAR:n osakkeet ja ilmoitti kilpailevansa MM-sarjassa kaudella omalla nimellään. Uuden auton nimeksi tuli RA106. Hondan ensimmäinen kausi alkoi loistavasti, sillä Jenson Button ajoi neljänneksi avauskilpailussa Bahrainin GP:ssä ja kauden toisessa kilpailussa, Malesian GP:ssä talli otti jo uuden paluunsa ensimmäisen palkintopallisijoituksen kun Button sijoittui kolmanneksi. Kauden kolmannessa kisassa Australian GP:ssä Button ajoi paalupaikalle. Sen jälkeen keskikaudella sijoitukset alkoivat olla epätasaisia, mutta kausi kääntyi Buttonin Unkarin GP:n voittoon. Unkarista lähtien viimeisissä kuudessa kisassa Button keräsi enemmän pisteitä kuin kukaan muu kuljettaja ja Honda keräsi kolmanneksi eniten valmistajien pisteitä. Myös tallin toinen kuljettaja, Rubens Barrichello, keräsi pisteitä tasaisesti. Kausi päättyi palkintosijaan Brasilian GP:ssä ja talli sijoittui valmistajien MM-sarjassa neljänneksi.