Woinovich, der Sohn eines Militärbaudirektors, dessen Familie aus dem Ort Belobreska im Komitat Krasso, Monarchie Österreich-Ungarn, stammte, besuchte von 1866 bis 1870 die Theresianische Militärakademie in Wiener Neustadt, aus welcher er als Leutnant zum Infanterieregiment Nr. 25 ausgemustert wurde. Nach dem Besuch der Kriegsschule 1873 bis 1875 dem Generalstab zugeteilt, wurde er 1879 als Hauptmann in das Korps übernommen und kam zum Einsatz bei der Bekämpfung des Aufstands in Bosnien und der Herzegowina, später als Bosnische Annexionskrise bezeichnet. Nach einjähriger Verwendung bei der Militärmappierung kam Emil Woinovich 1883 in das Reichskriegsministerium. 1887 wurde er zum Generalstabschef der 18. Infanterie-Truppen-Division designiert, aber bereits im Herbst 1888 als Lehrer für "Strategie und Kriegsgeschichte" an die Kriegsschule berufen.