Die Stadt mit eigenem Markt, aber außerhalb der Krakauer Stadtmauer, wurde oft von Bränden (1476, 1528, 1755) oder Angriffen (1587 Österreichern, 1655 Schweden, 1768 Russen) zerstört und wurde zu einer verarmten Vorstadt. 1792 wurde Kleparz vom Vierjährigen Sejm nach Krakau eingemeindet, zwei Jahre später verlor der Ort das Stadtrecht. Der Städtebau von Kleparz änderte sich erst in der zweiten Hälfte des 19. Jahrhunderts, z. B. wurde in den Jahren 1879 bis 1880 das große Gebäude der Akademie der Bildenden Künste Krakau errichtet. 1910 wurde das Grunwalddenkmal feierlich vor ca. 150.000 Besuchern eingeweiht.