По повратку у земљу, Новаковић је постао један од обновитеља Напредне странке, која је добила име Српска напредна странка. У време Анексионе кризе, Новаковић је 1909. године поново изабран, упркос малом утицају своје странке, за председника концентрационе владе. Влада је трајала само до окончања Анексионе кризе, али је Новаковић остао један од најугледнијих политичара све до своје смрти 17. фебруара (4. фебруара по јулијанском календару) 1915. у јеку Првог светског рата.