Promosso capitano e assegnato allo stato maggiore particolare del generale de Gaulle, dove sostituisce un ufficiale ferito, Alain de Boissieu riceve in seguito una formazione da paracadutista e partecipa il 5 aprile 1942 all'operazione Myrmidon, tentativo fallito di sbarco a Bayonne, poi il 19 agosto seguente partecipa all'operazione Jubilee su Dieppe. Inviato in Africa nel dicembre, sotto gli ordini del generale Legentilhomme, egli serve nei ranghi del "Bataillon de marche n° 2" e partecipa al raggruppamento alla France libre di Madagascar e poi di Gibuti. Volontario per servire nella "Force "L"", futura "DB", comandata dal generale Leclerc, egli ne è mutato nel marzo 1943 quando questa si trova in Tunisia. Inizialmente assegnato allo stato maggiore della "Force "L"", de Boissieu prende in seguito, nel febbraio 1944, il comando dello squadrone di protezione del generale Leclerc, con ai suoi ordini Pierre de La Fouchardière.