Po válce F. Pitor vstoupil do československé armády. Mezitím došlo k únorovému převratu a ustavení komunistické diktatury. V létě 1948 byl F. Pitor souzen za zběhnutí a propuštěn z armády. V prosinci 1948 se po svatbě s Libuši Kraftovou usadil v Plzni. Na konci roku 1949 se F. Pitor připojil k protikomunistické skupině, které se podařilo do zahraničí předat různé zpravodajské informace, včetně vzorku uranové rudy. Po odhalení skupiny následovalo zatýkání a v listopadu 1950 soudní proces. F. Pitor byl odsouzen k trestu smrti, následně změněném na 25 let odnětí svobody. Uvězněni byli i jeho manželka (na 10 let, amnestována 1955), sestra a bratr. O devítiměsíčního syna F. Pitra se musela postarat rodina. V následujících deseti letech prošel několika věznicemi a pracovními tábory. V květnu 1960 byl propuštěn na amnestii. V roce 1968 se F. Pitor podílel na založení muklovské organizace K 231. Ta však po několika měsících zanikla ve změněné situaci po invazi vojsk Varšavské smlouvy. Již po propuštění i později se o něj zajímala Státní bezpečnost.