Las dos ermitas sufrieron pillaje y saqueo en los instantes previos al estallido de la Guerra Civil. Hubo desaparición de piezas de valor en su interior. La posición que tienen ambas ermitas hizo que estuvieran durante la defensa de Madrid en las cercanías del intenso frente universitario (se encuentra el Puente de los Franceses a poco más de un kilómetro de distancia). A pesar de ello no sufrieron excesivo daño causado por la artillería. Los frescos de Goya en la nueva ermita resultaron afectados en la cúpula, así como la entrada al edificio debido a la metralla rebotada del cercano frente de batalla.