ב-17 באוקטובר 1939, לאחר פרוץ מלחמת העולם השנייה, חזר מק'נוטון והתגייס לצבא בדרגת מייג'ור גנרל, ומונה למפקד הדיוויזיה ה-1, שלחמה במסגרת המערכה על צרפת ועל ארצות השפלה. בעקבות פלישת גרמניה לנורווגיה נתבקש על ידי צ'רצ'יל לשלוח את הצבא הקנדי לנורווגיה, אך סירב. ביולי 1940 הועלה לדרגת לוטננט גנרל ומונה למפקד הקורפוס ה-7 של צבא בריטניה. הקורפוס פורק בדצמבר של אותה שנה ועל בסיסו הוקם הקורפוס הקנדי. הוא פיקד על הקורפוס הקנדי עד דצמבר 1941, ובמקביל פיקד על הקורפוס ה-1 עד 5 באפריל 1942. לאחר מכן מונה למפקד הארמייה הראשונה של צבא קנדה – הכוח הקנדי הגדול ביותר שהוקם בהיסטוריה. שמו אף עלה כמועמד למפקד כוחות בעלות הברית במערב אירופה. תחת פיקודו של מק'נוטון הארמייה לא השתתפה בקרבות, אולם הדיוויזיה ה-2 אשר הייתה חלק ממנה ספגה אבדות כבדות במהלך הפשיטה על דייפ. בדצמבר 1943 הוא התפטר מתפקידו בשל בעיות בריאותיות.