1829年にインドネシアから多くの植物標本を持ち帰った、カール・ルートヴィヒ・ブルームを所長としてブリュセルに設立された。1830年にベルギー独立革命が始まったため、ライデン大学に移され、シーボルトの採集された標本類も収納された。ライデン大学の標本館はオランダでの研究機関としての評価は低い時期があったが、1933年に東南アジアで多くの標本を採取したヘルマン・ラム（）が館長になり、その後、ファン・ステーニス(Cornelis van Steenis)が館長になり、400万点の植物標本を有する、オランダ最大の標本館となった。