Între timp, căpitanul Steven Hiller este chemat să ia parte la un contraatac împotriva extratereștrilor, dar rachetele lor se opresc în câmpul de forță care înconjoară navele. Escadronul este împrăștiat de navele extraterestre iar baza de unde fuseseră lansate este distrusă. Hiller scapă și chiar reușește să doboare o navă inamică, luând prizonier un extraterestru. Recuperat din deșert de un grup de refugiați din care face parte Russell Casse - un alcoolic care susține că fusese răpit de extratereștri cu zece ani în urmă - Hiller ajunge la Zona 51, destinația pentru care optase și Air Force One, odată ce sediul {[NORAD]] fusese distrus. Spre surprinderea tuturor, aici este descoperit un proiect secret care se ocupă de nava prăbușită la Roswell în 1947, astfel încât facilitățile de aici le permit să interogheze extraterestrul capturat. De la el află că invadatorii călătoresc de pe o planetă pe alta, epuizând resursele fiecăreia înainte de a merge mai departe.