Ο Παπαπαντολέων έλαβε μέρος στον Ελληνοαλβανικό πόλεμο του 1940 και κατά την διάρκεια της Κατοχής εντάχθηκε στον ΕΔΕΣ και ήταν πρόεδρος της Διοικούσας Επιτροπής ΕΔΕΣ, επαρχίας Τριχωνίδος. Συνελήφθη 4 φορές από τις Ιταλογερμανικές κατοχικές αρχές και φυλακίστηκε στις φυλακές Αβέρωφ από όπου και απελευθερώθηκε κατά την αποχώρηση των Γερμανών τον Οκτώβριο του 1944. Το 1944 έλαβε μέρος στα Δεκεμβριανά.