Bacongo a aussi été au centre de tous les troubles ethno-politiques qu’a connus Brazzaville depuis le début des années 1990. Fief de Bernard Kolélas et des ninjas (sa milice) pendant les conflits de 1993 et de 1997, il a connu une des destructions à grande échelle, des massacres de population, et tend à une homogénéisation ethnique de sa population.