De troebelen van de opstand tegen Spanje hebben de stad grote schade berokkend. In 1576 werd de stad geplunderd door muitende Spaanse huursoldaten, die in de Spaanse Furie 7000 burgers vermoordden. De stad sloot zich vervolgens aan bij de Pacificatie van Gent en was gedurende de komende negen jaar min of meer de hoofdstad van de anti-Spaanse opstand. In 1585 werd Antwerpen door de Spaanse stadhouder Alexander Farnese veroverd na een beleg dat meer dan een jaar had geduurd. Na die verovering ontstond een migratiestroom uit Antwerpen en is ongeveer de helft van de bevolking naar Middelburg en Holland vertrokken. Het bevolkingscijfer daalde van ongeveer 80.000 tot 42.000. Hollandse en Zeeuwse schepen versperden de Scheldemonding en sloten zo de in Spaans bezit zijnde stad af van de overzeese handel. De bloei van Antwerpen in handel, kunsten en wetenschappen verplaatste zich en werd verder in de Gouden Eeuw in de noordelijke Nederlanden ontwikkeld.