Na území Moldávie, zejména však v Podněstří, žije třicetiprocentní menšina etnických Rusů. V roce 1990 se Podněstří fakticky odtrhlo od Moldávie (západní státy však tuto separaci neuznaly), mj. z obavy ze spojení země s Rumunskem. V roce 1992 byla svedena krátká válka mezi Podněstřím a Moldávií se 700 oběťmi na životech. Ve válce pomáhaly na straně Podněstří ruské jednotky, které v zemi zůstávají doposud. V roce 2008 tam bylo asi 1200 ruských vojáků. Tehdejší prezident Ruska Dmitrij Medveděv se v srpnu 2008 krátce po válečných událostech v Gruzii setkal s moldavským prezidentem Vladimirem Voroninem a sdělil mu, že jeho země si má na Podněstří nechat zajít chuť a že toto varování se týká i dalších Gruzii podobných případů. Prohlásil také, že „Rusko se nebojí perspektivy studené války, ale nechce ji,“ a že Rusko nehodlá vojensky zasahovat v dalších konfliktech bývalého sovětského prostoru. Už tehdy se ale s obavami ozvala například Ukrajina. Společným rysem obou dvou konfliktů – moldavského a ukrajinského – je či byla snaha obou zemí začlenit se do NATO. Pozice moldavské vlády v této otázce je však v současné době nejasná.