Cuộc chiến với đế quốc Ottoman diễn ra tại Hungari và Địa Trung Hải. Sau khi chiếm được phần lớn phía đông và miền trung Hungari vào năm 1526, bước tiến của người Thổ đã bị dừng lại tại cuộc vây hãm thành Viên năm 1529. Một cuộc chiến tranh tàn khốc, tiếp tục bởi Ferdinand (người đã được bầu làm vua Hungary) trong suốt phần còn lại của triều đại của Karl. Tại Địa Trung Hải, dù đã dành một số thành công, Karl vẫn không thể ngăn chặn sự thống trị của hải quân Ottoman ngày càng mạnh và những hoạt động cướp biển của cướp biển Berber. Karl là một người chống lại Phong trào Kháng cách và ở Đức, ông đối lập với những Vương hầu người Đức của Liên minh Schmalkaldic, những người chống lại ông vì động cơ tôn giáo cũng như động cơ quyền lực. Ông đã không thể ngăn cản sự lan rộng của đạo Tin Lành dù ông giành chiến thắng quyết định trước các Vương hầu Tin lành tại trận Mühlberg. Năm 1547, cuối cùng ông buộc phải chấp nhận Hoà ước Augsburg năm 1555, chia rẽ nước Đức ra nhiều giáo phái khác nhau.