Parafia w Goniądzu powstała z fundacji wielkiego księcia litewskiego Witolda przed rokiem 1430. Pierwszy kościół został wzniesiony pod wezwaniem Wniebowzięcia NMP, św. Jana Chrzciciela i św. Agnieszki. W czasie potopu szwedzkiego świątynia ta została bardzo zniszczona. W 1520 r. w Goniądzu został zbudowany drugi kościół, który ufundował wojewoda wileński Mikołaj Radziwiłł jako prepozytura szpitalna pw. Ducha Świętego. Świątynia ta pod koniec XVIII wieku popadła w ruinę i na początku XIX wieku zbudowano w tym miejscu kaplicę cmentarną.