Zmobilizowany do armii 24 sierpnia 1939 brał udział w wojnie obronnej jako podporucznik rezerwy i dowódca plutonu w 1 Kompanii Strzeleckiej 36 Pułku Piechoty Legii Akademickiej. Do niewoli niemieckiej dostał się 22 września 1939 na przedpolach Modlina i cały okres II wojny światowej spędził w oficerskich obozach jenieckich. Przebywał m.in. w obozach XVIII A w Lienzu, II C Woldenberg (Dobiegniew), II B w Arnswalde (Choszczno), II D w Gross-Born (Borne Sulinowo) i w VI B w Dössel. W oflagach prowadził szeroką działalność oświatową, artystyczną, publicystyczną i polityczną o charakterze antyhitlerowskim i lewicowym. Organizował tzw. koła zagadnień społecznych i pisywał w legalnych i tajnych gazetkach obozowych. W Woldenbergu należał do grona założycieli koła ekonomistów, a w Arnswalde do założycieli grupującego komunistów, socjalistów i ludowców koła zagadnień wiejskich, które z czasem rozszerzyło działalność na ogół oficerów. Na podstawie prasy niemieckiej opracowywał tygodniowe przeglądy zdarzeń i przekazywał je współwięźniom. Był przewodniczącym koła literackiego. Pisywał recenzje teatralne do pisma obozowego „Za Drutami”, wygłaszał odczyty o literaturze włoskiej i uczył języka włoskiego, a sam pobierał lekcje języka rosyjskiego. Z inicjatywy Rapackiego zorganizowano w 1942 kurs urbanistyki i historii sztuki na poziomie średnim z udziałem ok. 280 osób. Po zlikwidowaniu legalnego pisma był redaktorem naczelnym tajnego tygodnika mówionego „Zadrucie”. W obozie w Dössel wygłaszał wykłady z prawa i ekonomii i redagował tygodnik „Siedem Kresek w Kalendarzu”.