У XV столітті в монастирі був збудований новий собор. На початку XVII століття для захисту від нападів навколо монастиря були зведені міцні стіни, перетворивши Ясну Гору на фортецю. Дуже скоро фортифікаційні споруди монастиря мали витримати суворе випробування на міцність під час так званого «потопу», шведського наступ на Річ Посполиту в 1655 році. Шведський наступ розвивався стрімко, протягом кількох місяців були взяті Познань, Варшава і Краків; польська шляхта масово переходила на бік ворога; король Ян Казимир втік з країни. 18 листопада того ж року шведська армія під командуванням генерала Міллера підступила до стін Ясної Гори. Незважаючи на чисельну перевагу шведів у живій силі (шведів було близько 3 тисяч проти 170 солдат, 20 дворян і 70 монахів в монастирі) настоятель Августин Кордецький вирішив чинити опір завойовникам. Героїчна оборона монастиря примусила шведів відступити і слугувала прикладом для всієї країни. Врешті це призвело до вигнання шведів, що багатьма в Польщі було сприйнято як чудо Богородиці. Повернувшись з вигнання, король Ян Казимир у Латинському кафедральному соборі у Львові виголосив обітницю, в якій урочисто передав Польське королівство, а також Литовське, Руське, Мазовецьке, Жмудське, Інфляндське і Чернігівське князівства під опіку Діви Марії. Натомість, обіцяв звільнити селян від «гноблення і несправедливих обтяжень», чим сподівався заохотити їх до боротьби зі шведами та московитами.