Напрямками професійного інтересу Олени Мілашиної є теми корупції, порушення прав людини на Північному Кавказі і в Чечні зокрема, розслідування теракту в Беслані (2004), вбивства Ганни Політковської (2006) та Наталії Естемірової (2009), конфлікту в Південній Осетії (2008). У жовтні 2009 року Олена Мілашина стала лауреатом щорічної премії міжнародної правозахисної організації Human Rights Watch.