Suomen sisällissodassa Halikko ei kärsinyt vahinkoa, vaikka Vartsala oli voimakasta punakaartien aluetta. Kunta siirtyi rauhanomaisesti punaisten haltuun, kun kartanonomistajat pakenivat kunnasta. Ainoita veritekoja olivat Joensuun kartanon tilanhoitajan August Canthin murha Vaskiolla ja Perniön meijerin juustomestarin Oskari Kankareen murha Asemanseudulla. Valkoisten lähestyessä Halikkoa punaiset pakenivat Uskelan kautta itään. Vetäytyessään he räjäyttivät Halikon rautatiesillan. Sodan jälkeen Märynummella teloitettiin 50 ihmistä, joukossa myös ulkopaikkakuntalaisia.