Op de wereldkampioenschappen kortebaanzwemmen 2006 in Shanghai eindigde Lagoenov als zevende op de 100 meter vrije slag, maar werd hij uitgeschakeld in de series van de 200 meter vrije slag. Op de 4x100 meter vrije slag eindigde hij samen met Andrej Gretsjin, Andrej Kapralov en Arkadi Vjatsjanin net naast het podium, als vierde. Op de 4x100 meter wisselslag werd hij wederom vierde, ditmaal waren Arkadi Vjatsjanin, Dmitri Komornikov en Jevgeni Korotysjkin zijn ploeggenoten. Tijdens de Europese kampioenschappen zwemmen 2006 in Boedapest eindigde Lagoenov als zevende op de 100 meter vrije slag en als achtste op de 50 meter vrije slag. Op de 4x100 meter vrije slag sleepte hij samen met Andrej Gretsjin, Ivan Oesov en Andrej Kapralov de zilveren medaille in de wacht en op de 4x200 meter vrije slag eindigde hij als vijfde, ditmaal waren Nikita Lobintsev, Andrej Kapralov en Joeri Priloekov zijn ploeggenoten. Op de 4x100 meter wisselslag zwom de Rus alleen in de series. In Helsinki, op de Europese kampioenschappen kortebaanzwemmen 2006, strandde hij in de series van de 50, 100 en 200 meter vrije slag. Op de 4x50 meter vrije slag eindigde hij samen met Andrej Gretsjin, Jevgeni Korotysjkin en Arkadi Vjatsjanin als zevende en op de 4x50 meter wisselslag bereikte hij de vijfde plaats, Arkadi Vjatsjanin, Sergej Gejbel en Jevgeni Korotysjkin waren de ploeggenoten van Lagoenov.