2006-sesongen var full av oppturer og nedturer for Button. I Australias Grand Prix tok han pole position. Foran hjemmefansen klarte han bare å kvalifisere seg til en 19.-plass til Storbritannias Grand Prix og spant ut av løpet etter bare åtte runder på grunn av en oljelekkasje. Han sikret seg imidlertid sin aller første seier i Ungarns Grand Prix etter å ha startet som nummer 14. Løpet var preget av mye regn og vanskelige forhold, flere av favorittene måtte bryte på grunn av tekniske problemer og krasj. Button vant til slutt med 40 sekunders margin til nummer 2. Sammenlagt i sesongen endte han på en 6.-plass.