Το Γκνιέζνο προσαρτήθηκε από το Βασίλειο της Πρωσίας στο δεύτερο διαμελισμό της Πολωνίας το 1793, μετονομάστηκε σε Γκνέσεν ("Gnesen") και έγινε μέρος της επαρχίας της Νότιας Πρωσίας. Κατά τη διάρκεια της Εξέγερσης του Κοστσιούσκο, ο πολωνικός στρατός, υπό τον Στρατηγό Γιαν Χένρικ Ντομπρόφσκι, απελευθέρωσε την πόλη στις 22 Αυγούστου 1794 και νίκησε έναν Πρωσικό Στρατό βόρεια του Γκνέσεν, κοντά στο Γουαμπίσιν στις 29 Σεπτεμβρίου 1794. Αλλά λόγω της ήττας του Κοστσιούσκο στη Μάχη του Ματσεϊγιοβίτσε, εγκατέλειψε το σχέδιό του για το χειμώνα στο Μπρόμπερκ (Μπίντγκοστς) και μετακόμισε στον Θορν (Τόρουν) και υποχώρησε στην κεντρική Πολωνία. Έτσι, οι Πρώσοι επανέλαβαν την επίθεση στις 7 Δεκεμβρίου 1794. Κατά τη διάρκεια των Ναπολεόντειων Πολέμων υπήρξε μια εξέγερση κατά της πρωσικής κυριαρχίας. Οι Γάλλοι εμφανίστηκαν στο Γκνέσεν τον Νοέμβριο του 1806 και μετά την εντολή του στρατηγού Γιαν Χένρικ Ντομπρόφσκι, που εκδόθηκε σε όλες τις κωμοπόλεις και τους ιδιοκτήτες ακινήτων χώρας για να παραχωρήσουν άτομα για τις πολωνικές δυνάμεις, το Γκνέσεν παρείχε αρχικά 60 άτομα που συμμετείχαν στις μάχες του 1806-07. Κατά συνέπεια, η πόλη συμπεριλήφθηκε στο Δουκάτο της Βαρσοβίας, αλλά μετά την ήττα του Ναπολέοντα στη Ρωσία το 1812 καταλήφθηκε από τον ρωσικό στρατό και επέστρεψε στην Πρωσία στο Συνέδριο της Βιέννης το 1815. Στη συνέχεια, το Γκνέσεν κυβερνήθηκε εντός του Κράις Γκνέσεν του Μεγάλου Δουκάτου του Πόζεν και της μεταγενέστερης Επαρχίας του Πόζεν. Ήταν ένα σημαντικό κέντρο της πολωνικής αντίστασης ενάντια στις πολιτικές γερμανοποίησης, καθώς εκεί υπήρχαν πολλοί πολωνικοί οργανισμοί και εκδοτικοί οίκοι.