В июле 1944 года погиб командир 13-го гвардейского стрелкового корпуса гвардии генерал-майор К. А. Цаликов, и А. И. Лопатин по его личной просьбе был назначен командиром корпуса, хотя это было явным понижением по службе. Во главе корпуса в составе 1-го Прибалтийского и 3-го Белорусского фронтов участвовал в Прибалтийской и в Восточно-Прусской операциях, в штурме Кёнигсберга и ликвидации земландской группировки противника.