אוסטרליה וצ'כוסלובקיה כוננו יחסים דיפלומטיים בשנת 1920. במהלך מלחמת העולם השנייה לחם הגדוד ה-11 הצ'כוסלובקי במהלך המצור על טוברוק לצד הכוחות האוסטרלים. לאחר מלחמת העולם השנייה היו שני גלי הגירה עיקריים מצ'כוסלובקיה לאוסטרליה: לאחר ההשתלטות הקומוניסטית על צ'כוסלובקיה בשנת 1948 ובעקבות הכיבוש הסובייטי בשנת 1968. בשנת 1993 נפרדו צ'כיה וסלובקיה, ובעקבות כך כוננה אוסטרליה יחסים דיפלומטיים עם צ'כיה.