1941年に太平洋戦争が始まると、1944年7月までに高等軍法会議を除く、全ての常設軍法会議は廃止され、臨時軍法会議に移行した。戦局の悪化と共に、敵中に孤立する部隊が増加し、1945年になると法務官不在でも軍法会議が開廷できるように処置された。内地の軍法会議は1945年12月に廃止され、その記録は全て地方裁判所に移管された。外地においては1947年2月まで、軍法会議は存続し、終戦後でも、敵前逃亡や上官殺傷などで審判が行われる例は少なくなかった。