Утримавшись від боротьби за владу, Мікоян приєднався до Микити Хрущова тільки після арешту Лаврентія Берії. Активно підтримуючи курс на реабілітацію «ворогів народу» і засудження «культу особи Сталіна», Мікоян проте закликав дотримуватися обережності і помірність в критиці. У 1956 році Мікоян разом з Михайлом Сусловим і Георгієм Жуковим ухвалив рішення про придушення повстання в Угорщині, направленого проти сталінської моделі соціалізму. Один із організаторів розстрілу робітників у Новочеркаську (1962).