วันที่ 5 พฤษภาคม 2560 พลเอก ประยุทธ์ จันทร์โอชา หัวหน้าคณะรักษาความสงบแห่งชาติและนายกรัฐมนตรี กล่าวเกี่ยวกับกรณีที่เนติวิทย์ได้รับเลือกตั้งให้เป็นประธานสภานิสิตจุฬาฯ ว่า "เสียดายและเป็นห่วง เพราะเสียชื่อสถาบัน มหาวิทยาลัยนี้คงไม่มีปัญหาความคิดสุดโต่งใช่หรือไม่ ตนขี้เกียจรบกับเด็ก" เนติวิทย์จึงถามกลับว่า ใครคือความอับอายของชาติ ประยุทธ์ทำให้ชื่อเสียงของประเทศเสื่อมเสียจากรัฐประหารเมื่อปี 2557 ไม่เคารพกติกาของบ้านเมือง ทำรัฐประหาร ยึดอำนาจ และลิดรอนสิทธิมนุษยชนของคนไทยมา 3 ปีแล้ว