Participó en los dos cónclaves de 1503: el de septiembre en que fue elegido papa Pío III y el de octubre en que lo fue Julio II. En ambos cónclaves el cardenal Vera fue "papable", pero Francia y España no le apoyaron. En 1504 fue nombrado prior de la Iglesia Colegiata de San Pedro de Fraga, Leria y en Zaragoza y en 1505 administrador apostólico del obispado de León. Fue gobernador de las regiones de Piceno y Emilia, en Italia.