Em 6 de abril, as forças Confederadas combinadas sob Beauregard e Johnston surpreenderam o despreparado Exército do Tennessee, de Grant, com um massivo assalto ao amanhecer em Pittsburg Landing, na Batalha de Shiloh. No primeiro dia da batalha, o ataque Confederado levou Grant de volta contra o rio Tennessee, mas não conseguiu derrotá-lo. Johnston foi mortalmente ferido levando uma carga de infantaria naquele dia; Ele foi considerado por Jefferson Davis para ser o general mais eficaz dos Confederados na época. No segundo dia, 7 de abril, Grant recebeu reforços de Buell e lançou um contra-ataque que expulsou os Confederados. Grant não conseguiu perseguir o inimigo em retirada e recebeu enormes críticas por isso e pela grande perda de vidas e feridos (quase 24.000) mais do que todas as batalhas americanas anteriores combinadas.