Als Parteivorsitzender der von ihm 1989 gegründeten Kroatischen Demokratischen Union wurde er 1990 nach den ersten freien demokratischen Mehrparteienwahlen zum Staatspräsident Kroatiens gewählt. Unter seiner Regierung erklärte Kroatien nach einem Referendum im Mai 1991 die staatliche Unabhängigkeit von Jugoslawien. Als Staatspräsident und Oberbefehlshaber der kroatischen Streitkräfte führte er das Land während des 1991 ausgebrochenen Kroatienkrieges und dem 1992 beginnenden Bosnienkrieg. Im Jahr 1995 endeten beide Kriege mit der Operation Oluja bzw. dem von Tuđman, Slobodan Milošević und Alija Izetbegović unterzeichneten Abkommen von Dayton. Von vielen Kroaten wurde Tuđman als „Pater patriae“ verehrt sowie 1992 und 1997 durch Wiederwahl als Staatspräsident bestätigt.