Im Zuge der Besetzung Ägyptens 1882 durch britische Truppen, unter General Wolseley, während des Urabi-Aufstandes, wurde die ägyptische Armee in der Schlacht von Tel-el-Kebir zerschlagen. Sie wurde anschließend unter dem Kommando eines britischen Oberbefehlshabers, des Sirdars Evelyn Wood neu aufgebaut. Ab 1885 diente Hector Archibald MacDonald unter Wood und bildete Truppen der ägyptischen Armee aus. Er nahm teil an der Gordon Relief Expedition, zur Rettung von Gordon Pascha und zum Entsatz von Khartum von den Mahdisten in Sudan. 1891 kämpfte er gegen die Mahdisten in der Schlacht von Toski und 1891 bei Tokar gegen Osman Digna. Dafür wurde er zum Major befördert.