Приход в ноябре 1918 года к власти адмирала А. В. Колчака изменил ситуацию. Колчак был сторонником «единой и неделимой России». К этому времени Красная армия уже заняла территорию Татарии и значительную часть Башкирии. На сторону большевиков перешли некоторые мусульманские лидеры (в том числе бывшие сторонники Комуча). В частности, Фатих Тухватуллин, который формировал мусульманские части Комуча, стал комиссаром внутренних дел и национальностей и заместителем председателя Башкирского революционного комитета, который оказал большевикам военную помощь в разгроме колчаковцев. Армия Колчака весной 1919 года перешла в наступление и захватила Башкирию и часть Татарии, но вскоре была разбита. К концу лета 1919 года мусульманские районы Поволжья и Урала окончательно были заняты красными войсками.