Venäjän–Japanin sodassa alus osallistui Port Arthurin taisteluun ja sataman sulkemiseen. Huolimatta aluksen vanhanaikaisuudesta ja pienestä koosta se osallistui Keltaisenmeren taisteluun sekä Tsushiman meritaisteluun ja japanilaisjoukkojen maihinnousuun Sahalinille, missä sen suuri nopeus oli tarpeen tärkeiden viestien kuljettamiseksi. Radiolaitteiden yleistyessä yhteysalusten tarve väheni laivastossa, ja alus siirrettiin erilaisten kattiloiden testaamiseen. "Yaeyama" poistettiin alusluettelosta 1. huhtikuuta 1911, ja se romutettiin.