Густаво Ли происходил из среднего класса Чили. В 1940 поступил в Военную академию имени Бернардо О’Хиггинса, затем в училище военной авиации. В 1943 проходил американский инструктаж по курсу ПВО в зоне Панамского канала. В 1944 окончил обучение в чине лейтенанта. В 1952—1953 стажировался в школе ВВС США в штате Вайоминг. По военной специальности — пилот бомбардировочной авиации.