Ved krigens udbrud i 1807 var han ansat i hovedkvarteret i Holsten, men sendtes efter katastrofen ved Køge til Joachim Castenschiolds korps som stabschef, blev 1808 major og overkvartermester i generalstaben og attacheredes marskal Bernadotte samt udnævntes i 1810 til chef for toldlinjen på Holstens grænse og tillige til kommandant i Altona. Haffners evner forslog ikke til bestridelsen af denne post, der ved Hamborgs indlemmelse i det franske kejserrige var blevet af vigtighed, og hvis betydning i betænkelig grad forøgedes, da vor autokratiske styrelse ikke skyede at lade postens indehaver være direkte mellemmand mellem sig og de fremmede statsmyndigheder på grænsen. Det var ikke på flid, det skortede. De omfangsrige brevskaber, egenhændig skrevne i hans knudrede, ubehjælpsomme stil, som han næsten hver postdag afsendte til København, bærer noksom vidne om det utrolige slid, han pålagde sig, men han savnede overblik, forstod ikke at begrænse sig og synes tværtimod at have fundet et vist forfængeligt behag i at spille en rolle og at blande sig i sager, der kunne have været ham uvedkommende. Så længe den franske magtstilling var uantastet, gik det dog nogenlunde, men da i begyndelsen af 1813 de russiske og svenske hære nærmede sig Nedreelben, og pendulen i den danske regerings politik begyndte at svinge mellem forbund, neutralitet og fjendskab med Frankrig, tabte han fodfæstet. Gentagne gange kom han til at handle stik imod kongens ønsker og til på det alvorligste at krydse regeringens planer, og i slutningen af maj blev han afsat fra sin post og kaldt til København. Han fik her valget mellem at stilles for en krigsret eller tage imod straf efter kongens afgørelse, foretrak det sidste, og idømtes en kortvarig fæstningsarrest.