Kepa wurde mit der spanischen U19-Nationalmannschaft bei der U19-Europameisterschaft 2012 in Estland U19-Europameister. Er kam dabei in vier Spielen zum Einsatz. Ab Februar 2013 war Kepa in der U21-Auswahl aktiv. Mit ihr nahm er an der U21-Europameisterschaft 2017 in Polen teil. Er kam in 4 von 5 Spielen zum Einsatz; lediglich im bedeutungslosen letzten Gruppenspiel erhielt Pau López den Vorzug. Im Finale musste sich die Mannschaft der deutschen Auswahl geschlagen geben. Insgesamt kam Kepa in knapp viereinhalb Jahren 22-mal für die U21 zum Einsatz.