20世纪后期，东欧剧变，马其顿与其诸多盟国一道于1991年底宣布从南斯拉夫独立。1991年，社会主义的马其顿共和国举行关于独立的全民公投，赞成独立占据了压倒性的优势。阿尔巴尼亚族人抵制次此公投——尽管他们确实建立了自己的政党，并积极参与政府、议会的工作。马其顿社会主义共和国宣布从南斯拉夫联邦独立，此事并未引发新的冲突。保加利亚随即于1992年2月率先正式承认马其顿共和国的独立。新的马其顿宪法于1991年11月20日生效，并据此组建了基于议会民主制度的政府。基罗·格利戈罗夫成为马其顿独立后的首任总统，继任者为鲍里斯·特拉伊科夫斯基。2001年1月初，（UÇK）与马其顿共和国的治安部门发生武装冲突。2001年8月13日，马其顿共和国和阿尔巴尼亚人代表签署，通过给予马其顿的阿尔巴尼亚人更多权利的方式，解决了一部分冲突。2002年1月，对阿尔巴尼亚游击队和叛军的大赦结束了这场冲突，而零星的叛乱持续到年底。