Rok 2006 był już lepszy dla Prémata w serii GP2. Sezon ukończył na 3. miejscu w klasyfikacji generalnej, jednak ponownie przegrał rywalizację z kolegą z zespołu, tym razem z Lewisem Hamiltonem. Doszło również do kilku spięć pomiędzy Francuzem a Brytyjczykiem, czego przykładem jest jeden z wyścigów w Hiszpanii, gdzie w walce o zwycięstwo obrócił bolid czarnoskórego kierowcy na jednym z zakrętów spowodowany nieczystym kontaktem, dzięki czemu spokojnie dojechał do mety, wygrywając wyścig. W tym sezonie był również kierowcą testowym zespołu Spyker MF1 Racing, jednak skończyło się tylko na uczestnictwie w jednym treningu przed Grand Prix Chin.