По време на Гражданската война силата на римляните в Илирия е значително отслабена. Явно запазили лоши спомени за Цезар, илирийците подкрепят противника му Помпей Велики. През лятото на 48 пр.н.е. в Илирик е изпратен с два легиона Квинт Корнифиций – квестор с преториански правомощия. Той успешно действа срещу племената и отнема много планински укрепления, но не овладява провинцията. След победата на Цезар при Фарсала помпеевият флот се присъединява към борбата срещу Корнифиций и отрязва комуникациите му в Адриатика. Цезар изпраща в подкрепление Авъл Габиний с легион новобранци (15 кохорти и три хиляди конници), но този зимен поход завършва с неуспех. Страдащи от недостиг на храна, неговите войски са принудени да се снабдяват насилствено. Това води до разбунтуване на далматите и те нападат римляните, които губят две хиляди легионера, 38 центуриона и четири трибуна. Блокадата е разбита много трудно, след като от Публий Вациний събира флот в Брундизиум и частично възстановява контрола над провинцията. След убийството на Цезар племената отново отказват да се подчинят и нападат крайбрежните колонии.