Từ năm 1947 đến năm 1956, Pakistan là một lãnh thổ tự trị bên trong Khối thịnh vượng chung. Nó trở thành một nhà nước Cộng hoà năm 1956, nhưng quyền cai trị dân sự đã bị ngừng lại sau một cuộc đảo chính của Tướng Ayub Khan, người nắm chức tổng thống trong giai đoạn 1958–69, một giai đoạn bất ổn bên trong và một cuộc chiến tranh thứ hai với Ấn Độ năm 1965. Người kế nhiệm ông, Yahya Khan (1969–71) phải giải đương đầu với một trận bão có sức tàn phá mạnh — làm 500.000 người chết ở Đông Pakistan— và cũng phải đối mặt với một cuộc nội chiến năm 1971. Những sự bất bình về kinh tế và bất đồng về chính trị ở Đông Pakistan dẫn tới một tình trạng căng thẳng chính trị và bạo lực và sự đàn áp quân sự leo thang trở thành một cuộc nội chiến. Sau chín tháng chiến tranh du kích giữa Quân đội Pakistan và quân du kích Belgan Mukti Bahini được Ấn Độ ủng hộ, sau này sự can thiệp của Ấn Độ leo thang thành cuộc Chiến tranh Ấn Độ-Pakistani năm 1971, và cuối cùng là sự ly khai của Đông Pakistan trở thành nhà nước Bangladesh độc lập.