1 kwietnia 2008 premier Matti Vanhanen ogłosił mianowanie Alexandra Stubba nowym ministrem spraw zagranicznych w swoim gabinecie. Zmiana szefa dyplomacji nastąpiła po skandalu związanym z poprzednikiem Ilkką Kanervą. 4 kwietnia 2008 został oficjalnie zaprzysiężony na stanowisku, rezygnując jednocześnie z mandatu w PE. Alexander Stubb jako przedstawiciel OBWE udał się 11 sierpnia 2008 razem z francuskim ministrem spraw zagranicznych Bernardem Kouchnerem z misją mediacyjną do Gruzji w czasie konfliktu gruzińsko-rosyjskiego.