Paus Yohanes Paulus II mengangkat Rubiano Sáenz menjadi Kardinal-Imam "Trasfigurazione di Nostro Signore Gesù Cristo" dalam konsistori 21 Februari 2001. Pada 2002, ia dipilih menjadi presiden Konferensi Episkopal Kolombia, dan ia menjadi salah satu kardinal elektor yang ikut dalam Konklaf Kepausan 2005 yang memilih Paus Benediktus XVI. Pengunduran diri Kardinal Rubiano Sáenz sebagai Uskup Agung Bogotá diterima oleh Paus Benediktus pada 8 Juli 2010. Ia menjadi administrator apostolik keuskupan agung tersebut sampai pengangkatan penerusnya, Uskup Agung Jesus Salazar Gómez, pada 13 Agustus 2010.