Одарённый не столько талантами, сколько хорошими природными инстинктами, Черняев часто портил себе карьеру тем, что не умел или не хотел приспособляться к желаниям и понятиям правящих лиц. С другой стороны, необыкновенная деликатность в личных отношениях доходила у него до слабости: вполне бескорыстный и правдивый сам по себе, он терпел около себя людей сомнительной честности и предоставлял действовать от своего имени разным мелочным честолюбцам и карьеристам, что справедливо ставилось ему в укор во время командования им сербской армией и позднее, в краткий период его управления Туркестанским краем. В годы его популярности и влияния легко пристраивались к нему все желающие; податливость его относительно лиц, навязывавших ему свои услуги и свою преданность, сильно вредила его репутации, как практического деятеля. Нет сомнения, что внезапная приостановка его служебной карьеры после блестящего завоевания Туркестанской области объясняет многое в его дальнейших увлечениях и слабостях; он был выбит из колеи именно в тот момент, когда принёс наибольше услуг государству, и эта странность постигшего его удара наложила свою печать на идеи его по внутренней политике. Политические воззрения его далеко не совпадали с теориями и взглядами, проводившимися в «Русском Мире» Р. А. Фадеевым; в сущности, Черняев был проникнут более серьёзным оппозиционным духом и делал из некоторых славянофильских посылок весьма логические прямолинейные выводы, имеющие мало общего с славянофильством в собственном смысле этого слова.