1940年5月，阿科纳号在斯维内明德改装成为一个浮动的高射炮台。由于其轮机装置已经失效，故而被全数拆除。舰只需要被拖曳至阵位并锚定在那里。作为防空武器，阿科纳号的排水量为，吃水深度仅5米。它此时的武器装备是由一门、四门10.5厘米38年式高射炮、两门以及四门20毫米炮所组成。随后，舰只被转移至威廉港编入第223海军防空旅，在战争后期又改为在布伦斯比特尔驻防。欧洲战事结束的前几天，阿科纳号的船员于1945年5月3日自行凿沉了舰只，以防止被盟军强占。尽管如此，在德国投降后，英国皇家海军还是在5月7日接管了布伦斯比特尔的海军装备。阿科纳号成为被扣押的德国军舰之一，其余还包括四艘U型潜艇和受损严重的驱逐舰。它们的德国船员卸下弹药，并在英国人的监督下将武器从舰上移除。阿科纳号随后于1948－1949年间拆解报废。