Après l'intégration de la flotte de Virginie à la marine confédérée, Barron reçut une commission de commandant et nommé chef du Bureau des ordres et des détails le . Barron resterait à ce poste jusqu'au , date à laquelle le secrétaire confédéré de la marine Stephen Mallory a accepté la demande de Barron d'être nommé commandant des défenses côtières de la Virginie et de la Caroline du Nord, un port important pour les corsaires confédérés de Baie de Pamlico . Arrivé à son quartier général de Fort Hatteras le , Barron commanda la défense des forts Hatteras et Clark contre l'officier du drapeau de l'Union Silas H. Stringham pendant la bataille de Hatteras Inletles 28 et . Barron a été capturé à la suite de la reddition des deux forteresses. Tenue à Fort Columbus sur Governors Island dans le port de New York, puis à Fort Warren , port de Boston, Barron a finalement été libéré lors d'un échange de prisonniers l'année suivante.