Nato a Maastricht e cresciuto a Geldrop, Pieter van den Hoogenband nuotò per il ; suo padre era un medico della squadra di calcio della medesima società. Nel 1993 ci furono i suoi primi successi alle "giornate olimpiche giovanili europee". La notorietà internazionale arrivò due anni dopo: all'età di 17 anni partecipò ai campionati europei di Vienna, in cui raggiunse la finale dei 100 m e dei 200 m stile libero, arrivando rispettivamente sesto e settimo. Migliorò le proprie prestazioni ai Giochi olimpici di in cui aggiunse anche la distanza dei 50 metri, vincendo la finale "B" in 22"67; sui 100 e 200 m stile libero mancò il podio principale in entrambe le competizioni per 11 centesimi, arrivando quarto sia sui 100 (49"13), sia sui 200 metri (1'48"36). Nuotò anche tutte le tre staffette in programma, centrando la finale della 4x100 m e 4x200 m stile libero, in cui i Paesi Bassi chiusero rispettivamente in 5ª e 7ª posizione.