En cuanto a Copas América, los "merengues" han aportado jugadores en todas las ediciones en las que participó el elenco peruano con excepción de la edición de 1927 (debido a que el club fue admitido en la liga peruana en 1928), en la Copa América 2004 y en la Copa América 2015. La participación de futbolistas de Universitario fue especial en las ediciones de 1939, debido a la destacada participación de Teodoro Fernández, como máximo goleador del torneo, y en la de 1975 que contó con la participación de Julio Aparicio, Enrique Casaretto, Héctor Chumpitaz, Rubén Toribio Díaz, Percy Rojas y Ottorino Sartor.