29 декабря 1837 г. Богданов был переведён в корпус инженеров морской строительной части и исполнял обязанности сначала начальника 1-го отделения строительного департамента морского министерства, потом члена хозяйственного комитета южного округа и, наконец, командира Николаевской инженерной команды. Занимая эту должность, он за отличие по службе получил чин полковника; 12 февраля 1842 года был переведён в полевые (ныне военные) инженеры, где, находясь в должности помощника командира Санкт-Петербургского инженерного округа, а с 15 ноября 1849 года — в должности управляющего этим округом, был произведён 6 декабря 1850 года, за отличие по службе, в генерал-майоры, с назначением командиром Оренбургского инженерного округа и начальником инженеров отдельного Оренбургского корпуса. В последней должности Богданов, состоя до декабря 1855 года под началом И. Ф. Бларамберга, и находился до 1 апреля 1857 года, после чего был зачислен по инженерному корпусу и назначен членом общего присутствия инженерного департамента по искусственной части. Во время службы в Оренбурге неоднократно бывал в степных походах.