Il 7 giugno 2003 Zanetti indossò per la prima volta la fascia da capitano della nazionale in una partita di Coppa Kirin contro il Giappone, in cui segnò anche una rete. L'anno successivo fu convocato per la Coppa America 2004 in Perù. La nazionale celeste perse la competizione in finale contro il Brasile, ai tiri di rigore (4-2 il finale). Zanetti prese parte anche alla Confederations Cup 2005, in cui Argentina e Brasile si affrontarono nuovamente in finale; il Brasile prevalse 4-1.