В годы Великой Отечественной войны Днестровский лиман играл большую роль в военных операциях. В период обороны Одессы в 1941 году по восточному побережью лимана оборонялись советские войска Отдельной Приморской армии. В 1944 году после Одесской операции по западному берегу лимана и по Днестру оборонялись немецко-румынские войска. В начале Ясско-Кишиневской операции лиман был успешно форсирован советскими войсками и кораблями Дунайской военной флотилии.