In den Jugendmannschaften Bosnien und Herzegowinas absolvierte Mihojević unter anderem Qualifikationsspiele für die U19-Europameisterschaft 2015, die U21-Europameisterschaft 2017 und die U21-Europameisterschaft 2019. In der A-Nationalmannschaft absolvierte er am 29. Januar 2018 im Rahmen eines Freundschaftsspiel gegen die Nationalmannschaft der USA seinen ersten Einsatz.