Ko je nestrpnost med katoliki in protestanti v Nemčiji naraščala in je Maksimilijan I. Bavarski (s pristankom cesarja Rudolfa II.) z vojsko zavzel protestantsko mesto Donauwörth in ga priključil Bavarski, se je palatinski volilni knez Friderik IV. (1583-1610) leta 1608 postavil na čelo protestantske "auhausenske zveze", ki naj bi v bodoče z vojsko preprečevala takšne dogodke. Njegov sin Friderik V. (1610-23) je leta 1619 sprejel češko krono in s tem prispeval k začetku tridesetletne vojne, ki je postala za Palatinat pogubna. Friderik V. je leta 1620, po porazu protestantskih sil na Beli gori, izgubil češki prestol ter leta 1623, potem ko so katoliške čete zavzele in opustošile deželo, tudi Palatinat in volilni glas, ki sta oba pripadla Bavarski. S tem je bilo konec upanja palatinskih knezov, da bi si pridobili vlogo stalnega močnega igralca v evropski politiki.