Lors de la deuxième guerre d'indépendance italienne, en 1859, Fanti commande la deuxième division, et contribue aux victoires de Palestro, Magenta et San Martino. Après la paix de Villafranca, il est envoyé à Bologne afin d'organiser l'armée de la Ligue centrale italienne (composée des gouvernements provisoire de la Toscane, Modène, Parme et de la Romagne), que Giuseppe Garibaldi a constitué. Elle comprend un corps de hommes, prêt à envahir les états pontificaux dès la manifestation du moindre soulèvement populaire.