В апреле 1789 года Наполеон был отправлен как заместитель командира в Сёр на подавление голодного бунта. Французская революция, начавшаяся в июле со взятием Бастилии, заставила Наполеона выбирать между преданностью корсиканской свободе и его французской самоидентичностью. Впрочем, проблемы с питомником занимали его в то время больше, чем разворачивавшиеся политические потрясения. Хотя Наполеон участвовал в подавлении мятежей, он был одним из ранних сторонников Общества друзей конституции. В Аяччо его брат Люсьен примкнул к клубу якобинцев. В августе 1789 года, вновь получив отпуск по болезни, Буонапарте отправился на родину, где пробыл следующие восемнадцать месяцев и активно участвовал вместе со своими братьями в местной политической борьбе на стороне революционных сил. Наполеон и Саличетти, депутат Учредительного собрания, поддержали превращение Корсики в департамент Франции. Паоли, рассматривая это как упрочение власти Парижа, протестовал из эмиграции. В июле 1790 года Паоли вернулся на остров и повёл дело к отделению от Франции. Буонапарте, напротив, оставались лояльны к центральным революционным властям, одобряя непопулярную на Корсике национализацию церковного имущества.