Tentara Mongol lalu menaklukkan Samaria, membantai sebagian besar garnisun Ayyubiyah di Nablus, dan kemudian bergerak ke arah selatan hingga ke Gaza tanpa menghadapi perlawanan yang berarti. An-Nasir Yusuf kemudian ditangkap oleh pasukan Mongol dan dimanfaatkan untuk meyakinkan garnisun di Ajlun untuk menyerah. Sesudah itu, seorang gubernur Ayyubiyah yang bernama Banyas bersekutu dengan Mongol. Maka Mongol telah menguasai sebagian besar wilayah Syam dan al-Jazira, sehingga mengakhiri kekuasaan Ayyubiyah di wilayah tersebut. Pada tanggal 3 September 1260, pasukan Mamluk yang berpusat di Mesir pimpinan Qutuz dan Baibars berani menantang bangsa Mongol dan berhasil mengalahkan pasukan Mongol dalam Pertempuran Ain Jalut. Lima hari kemudian, pasukan Mamluk merebut kota Damaskus. Dalam waktu sebulan, sebagian besar wilayah Syam berhasil dikuasai oleh Bahri Mamluk. Sementara itu, an-Nasir Yusuf dibunuh saat masih ditawan oleh bangsa Mongol.