У 1991 році Пенья дебютував за збірну Болівії у віці 18 років, потрапивши в заявку національної команди на Кубку Америки у Чилі. Через два роки Хуан поїхав і на наступну континентальну першість в Еквадорі, втім на обох його збірна займала останнє місце у групі.