Gdy wybuchła wojna secesyjna powrócił do Teksasu, gdzie został mianowany na kapitana w Armii Stanów Skonfederowanych i został ustanowiony adiutantem generalnym generała Alberta Johnstona w dniu 11 września 1861 roku. Na wiosnę przyszłego roku został szefem jego sztabu oraz był obecny przy śmierci generała podczas bitwy pod Shiloh pomiędzy 6 a 7 kwietnia 1862 roku. Następnie służył w sztabie Johna Bella Hooda, gdzie awansował do stopnia pułkownika.