I slutet av 1948 blev den första divisionen med B-36:or i Fort Worth operativ. Första övningen genomfördes 7 december 1948 (till minne av attacken mot Pearl Harbor 1941) när en B-36 flög från Fort Worth till Hawaii, släppte en bomblast på  kg och återvände till Fort Worth utan bränslepåfyllning. Flygningen sträckte sig över  km och tog 35 timmar och 30 minuter. Året efter hotades hela B-36-projektet av försvarsnedskärningar och politisk kontrovers. President Harry Truman valde att behålla B-36 och i stället skrota flottans program för ett nytt superhangarfartyg, något som ledde till skarp kritik från flottan i den så kallade amiralernas revolt som specifikt riktade in sig på B-36 som påstods vara ineffektivt. Berlinblockaden som började sommaren 1948 markerade början på kalla kriget satte stopp för vidare försvarsnedskärningar. Även om B-36 inte från början var byggd att bära kärnvapen var den fram tills att Boeing B-52 Stratofortress togs i tjänst 1955 det enda flygplan som klarade av att bära USA:s första generation vätebomber.