Le , il fit sa jonction avec une petite flotte grecque (dont des brûlots), et attaqua, le 16, le port d'Alexandrie où Méhémet Ali assemblait une flotte qu'il devait envoyer en Grèce soutenir son fils Ibrahim Pacha. L'expédition fut un échec alors qu'il avait espéré renouveler ses exploits de Valdivia, Callao ou Salvador de Bahia : seuls deux des huit brûlots obéirent à l'ordre d'attaquer, détruisant un navire égyptien, et selon lui, seul Kanaris se montra courageux ; la flotte fut ensuite immobilisée par le manque de vent, et les navires grecs insuffisamment approvisionnés se dispersèrent les jours suivants sans engager la flotte égyptienne, l'équipage de son propre navire refusant lui-même le combat. Pendant les trois mois qui suivirent, il patrouilla avec l"Hellas", arraisonnant quelques navires mais échouant régulièrement dans ses opérations terrestres. Il n'eut par ailleurs rien à voir avec la grande bataille navale qui décida quasiment de l'issue du conflit, celle de Navarin du , alors qu'il se trouvait à Poros. Il y préparait l'expédition de reconquête de Chios. Devant l'île, le , il reçut une lettre de l'amiral britannique Edward Codrington lui rappelant les termes du traité de Londres de 1827 obligeant les belligérants à l'armistice. Si la flotte grecque entreprenait une opération militaire, elle risquait le même sort que la flotte ottomane à Navarin. Cochrane était réduit à l'inaction, mais pas ses marins qui se remirent à la piraterie.