Begin jaren zeventig was Kommandeur nauw betrokken bij de Vrije Studierichting Chemie die beoogde een brug naar de maatschappij te vormen. Begin jaren tachtig werd de Vrije Chemie ondergebracht in het Instituut voor Energie en Milieu. Kernenergie vormde een van de topics van het instituut. Bij de Nederlandse uitgave van het Kemeny-rapport over het ongeluk in de kerncentrale van Harrisburg schreef Kommandeur het voorwoord.