Finland werd in november 1917 een onafhankelijke staat. In januari 1918 benoemde het parlement hem tot opperbevelhebber van het Finse leger. Het Finse leger bestond toen slechts uit wat kleine regimenten en Witte Gardisten die in een strijd waren verwikkeld met de communistische Rode Legers van de Finse Socialistische Radenrepubliek. Tijdens de Finse Burgeroorlog verwierf Mannerheim de rang van generaal. Vanuit zijn hoofdkwartier in Seinäjoki gaf hij bevel de nog in Finland verblijvende Russische militairen te ontwapenen en gaf hij opdracht tot de vorming van een Fins leger. Tijdens de laatste weken van de burgeroorlog bevond Mannerheim zich in het buitenland. Juist in deze weken was er sprake van een ware Witte terreur. De Finse nationalisten sloten de bolsjewieken ("De Roden") op in concentratiekampen, waar ziekten en hongersnoden uitbraken. Veel bolsjewieken werden na een 'proces' geëxecuteerd. Mannerheim was een tegenstander van de represailles van de Witten.