Nach dem Giftanschlag auf Alexei Nawalny im August 2020 äußerte Gysi, es könne auch „ein einzelner Mann vom Geheimdienst“ gewesen sein, „der durchgedreht ist“, es könne jedoch „auch sein, dass es ein Gegner der Erdgasleitung nach Deutschland war“. Er glaube nicht, dass Putin es angeordnet habe, da dieser kein Interesse an einer Verschlechterung der Beziehungen zum Westen haben könne.