Pada awal 1942, beberapa anggota KNIL melarikan diri ke Australia. Beberapa anggota pribumi diasingkan di Australia karena dicurigai bersimpati dengan Jepang. Sisanya memulai proses pengelompokan ulang yang panjang. Pada akhir tahun 1942, sebuah usaha yang gagal untuk mendarat di Timor Leste, untuk memperkuat pasukan komando Australia yang melakukan perang gerilya, berakhir dengan hilangnya 60 personel Belanda. Empat skuadron "Hindia Belanda" (skuadron RAAF-NEI) dibentuk dari personel ML-KNIL, di bawah naungan Angkatan Udara Kerajaan Australia, dengan staf lapangan Australia.