Во время наполеоновских войн Попон возглавил 39-й полк VI-го корпуса маршала Мишеля Нея в Эльхингене в 1805 году и в Йене, Магдебурге, Чарново и Прейсиш-Эйлау в кампании 1806—1807 гг. Получив звание генерала, он командовал бригадой в Фридланде в 1807 году. С 1808 по 1811 год он командовал бригадой в Гальегосе, Тамамесе, Альба-де-Тормесе, Сьюдад-Родриго, Алмейде, Бусаку, Казаль-Ново и Фуэнтес-де-Оньоро в Испании.