После смерти Рануччо регентом при несовершеннолетнем наследнике был младший брат покойного герцога — кардинал Одоардо. Самому герцогу Одоардо в то время было десять лет. После смерти кардинала в феврале 1626 года регентом при сыне стала вдовствующая герцогиня, правившая в этом статусе два года. Период её регентства пришёлся на Тридцатилетную войну. Маргарите удалось сохранить стабильность в герцогстве, соблюдая нейтралитет. В войне за мантуанское наследство она оказала поддержку Карлу I, герцогу Невера, который стал следующим герцогом Мантуи и Монферрато.