Magruder sirvió en la Segunda Guerra Seminola en Florida, y luego a las órdenes de Winfield Scott en el Ejército de Ocupación en México. Fue nombrado Mayor con honores por "conducta valiente y meritoria" en la Batalla de Cerro Gordo, y teniente coronel por su valentía en el asalto de Chapultepec. Estuvo en servicio fronterizo en California y en el Fuerte Leavenworth en el Territorio de Kansas.