Los túneles fueron reabiertos y reutilizados militarmente durante la Revolución de 1910-1920. El cronista de la ciudad de Oaxaca, Rubén Vasconcelos, asegura que en ellos se encontraron cuerpos decapitados y con indicios de fusilamiento presuntamente de la época revolucionaria, cuando los conventos eran cuarteles militares.