Amadou Cheiffou kehrte noch im April 1993 ins Management der International Civil Aviation Organization nach Dakar zurück. In Niger wurde er Mitglied der Demokratischen und sozialen Versammlung (CDS-Rahama), der Partei des Staatspräsidenten Mahamane Ousmane. Als die CDS-Rahama ihren Kandidaten für die Präsidentschaftswahlen von 1996 wählte, ließ sich Cheiffou als Gegenkandidat zu Ousmane aufstellen und musste sich diesem geschlagen geben. Er arbeitete daraufhin als Ousmanes Wahlkampfleiter. Die als manipuliert geltenden Präsidentschaftswahlen wurden von Ibrahim Baré Maïnassara gewonnen. Beim Parteikongress der CDS-Rahama im August 1999 versuchte Cheiffou erfolglos sich gegen Ousmane als Kandidat für die Präsidentschaftswahlen von 1999 durchsetzen, wurde aber zum stellvertretenden Parteivorsitzenden gewählt.