Nach seiner Rückkehr setzte Léger sich für die Umsetzung der Konzilsbeschlüsse in seiner Diözese ein. Am 20. April 1968 legte er sein Amt als Erzbischof nieder, um sich in Westafrika als einfacher Priester um Leprakranke und Bedürftige zu kümmern. Nach der Verwirklichung diverser Projekte kehrte er August 1979 nach Montreal zurück und setzte dort seine humanitäre Arbeit fort, unter anderem durch die Unterstützung asiatischer Flüchtlinge. Er nahm an den vier Konklaven von 1958 und 1963 sowie im August 1978 und Oktober 1978 teil. Seit 1989 war er als dienstältester Kardinalpriester Kardinalprotopriester. Er starb 1991 als letzter Kardinal, der von Pius XII. kreiert wurde.