KGB-vakooja Putin oli alkujaan kutsuttu presidentinhallintoon Tshubaisin, Jumashevin ja Kudrinin pyynnöstä Pavel Borodinin varamieheksi ja myös hoitaa presidentinhallinnon ulkomaista omaisuutta ja oikeudellista osastoa. 1990-luvun lopulla turvallisuuspalvelun ote Kremlissä voimistui, ja on väitetty, että toisen Tšetšenian sodan aloitus olisi ollut turvallisuuspalvelun junailema. Moskovassa tapahtui merkillisiä kerrostalojen räjähdyksiä, joiden tekijää ei ole saatu selville. Niistä syytettiin tšetšeenejä, mutta toiset sanovat tekijöiden olleen turvallisuuspalvelun miehiä tai muita isänmaallisia, jotka halusivat vierittää syyn terrori-iskuista tšetšeenien niskoille. Maaliskuussa 1994 Jeltsinin turvallisuusjohtajaksi nimitettiin Sergei Stepashin, joka muutti valtion turvallisuuspalvelun FSB:ksi.