Es folgten Attacken auf dem Palau-Archipel, um die dort für Mitte September geplanten Landungen auf Peleliu und Angaur vorzubereiten. Nach Angriffen auf strategische Stellungen auf den Philippinen-Inseln Mindanao, Visayas, Cebu und Negros folgten Luftangriffe auf die zu den Molukken gehörende Insel Morotai, wo sie die am 15. September beginnende Invasion unterstützte. Danach attackierte der Verband ab dem 20. September Ziele auf Luzon und japanische Schiffe in der Bucht von Manila sowie die Flugplätze Nichols Field und Clark Field. Nach der Ergänzung der Treibstoff- und Proviantvorräte auf Manus widmete sich die Flotte ab dem 10. Oktober den Ryūkyū-Inseln und Formosa (heutiges Taiwan), wo sie auf Flugplätzen und in den Häfen schwere Schäden verursachte. Als die beiden Kreuzer USS "Canberra" (CA-70) und USS "Houston" (CL-81) durch eine Reihe japanischer Gegenangriffe schwer beschädigt wurden, betraute Admiral McCain die "Cowpens" und ihr Schwesterschiff USS "Cabot" (CVL-28) damit, den in der Task Unit 30.3.1, auch bekannt als „Crippled Division 1“, zusammengefassten beschädigten Schiffen auf ihrem Rückzug Fliegerschutz zu gewähren.