Im September 2006 unterstützte er den Papst in der Kontroverse über seine Bemerkungen über den Islam und erklärte, "„es wird keine wesentlichen materiellen und wirtschaftlichen Fortschritte [in muslimischen Gemeinschaften] geben, bis der muslimische Geist es erlaubt, den Status quo der muslimischen Konventionen und sogar ihre gehegten Gepflogenheiten zu ändern.“" Seine Bemerkungen brachten jedoch viel weniger Aufmerksamkeit und Interesse als die des Papstes. Im November 2006 wurde er für den Vortrag der "Church Mission Society" in der Kathedrale von Bangor durch den Dekan von Bangor gesperrt, welcher Carey bezichtigte "„ein Faktor der Uneinigkeit und der Illoyalität zu Rowan Williams, eine entzweiende Kraft“" geworden zu sein.