По-късно е в щаба на 9 велешка дружина. Награден е с орден „За военна заслуга“. С влошаването на отношенията между балканските съюзници и засилването на сръбския и гръцкия терор над българското население в Македония през 1913 г. заедно със своите съратници Тодор Александров организира изпращането на чети в Македония. На 1 август 1913 година Александров праща писмо до Григор Василев и Никола Милев с инструкции от Христо Матов да агитират за Независима Македония, ако това не стане за това Македония да влезе като автономна област в Албания или поне Битолския вилает, в краен случай Костурско, Охридско, Дебърско и Тетовско. Тази дейност се засилва особено след Междусъюзническата война през 1913 г., когато в Македония избухва Охридско-Дебърското въстание, и след началния период на Първата световна война, когато България все още не се е включила в нея. С включването на България в Първата световна война през октомври 1915 година Тодор Александров е мобилизиран и служи в Щаба на Действащата армия. По това време структурите на ВМРО изцяло се вливат в състава на българската армия. Самият Александров полага немалко усилия за организирането на администрацията в освободените земи.