V roce 2006 začal velice špatně, přestože to nebylo až tak moc jeho zaviněním, například při Grand Prix Austrálie ho vyřadil v prvním kole David Coulthard. A jelikož v prvních 9 závodech nebodoval, vypadalo to, že ho jeho kolega Ralf Schumacher drtivě porazí. Jeho reputace byla částečně napravena v Kanadě, kde startoval ze 6. místa a nakonec dojel 4. V druhém závodě za Atlantikem, v USA, dojel opět čtvrtý. Od té doby ale už bodoval jen 3×. Sedmý skončil v Německu a Itálii a v Japonsku dojel sedmý. Závod v Brazílii nezačal zle, ale potíže se zavěšením znamenaly až 12. místo. Po sezónu jej provázela smůla a tak ho Ralf opět porazil, tentokrát o 5 bodů. Trulli tak obsadil se ziskem 15 bodů, 12. místo.