Beim Sturm auf Wien eroberten und verwüsteten die Türken 1529 die Stadt. In weiterer Folge wurden Kroaten zur Besiedlung der zerstörten Orte und zur Bestellung der Felder angesiedelt. Das Kroatentor zeugt heute noch davon. 1554 brannte die Stadt bis auf wenige Häuser ab und wurde von Wölfen heimgesucht. Im Dreißigjährigen Krieg plünderten, brandschatzten und besetzten schwedische Reiter den Ort. Im 17. Jahrhundert folgten noch weitere Katastrophen: 1679 wütete die Pest (ein eigener Pestfriedhof wird außerhalb der Stadt errichtet) und 1683 verwüsten die Türken abermals Stadt und Umgebung. 1803 wurde das Hochstift Freising säkularisiert, Enzersdorf wurde habsburgisch. 1850 wurde Groß-Enzersdorf Sitz einer Bezirksverwaltung, die 1897 nach Floridsdorf verlegt wurde.