Il monastero cominciò nel tempo a decadere versando in condizioni di povertà, tant'è che papa Eugenio IV unificò la chiesa con quella di Santa Scolastica di Subiaco, con i monaci sublacensi che intentarono cause per riuscire ad accaparrarsi tutti i beni del monastero. Non riuscendo nella loro impresa, il monastero venne definitivamente abbandonato, subendo un declino accentuato dal terremoto del 1703. Nel XVIII secolo il complesso monastico venne parzialmente ristrutturato ed utilizzato per tenimento agricolo.