Будівництво Богородицької фортеці було викликане необхідністю зміцнити тилову базу московсько-козацьких військ у їх боротьбі проти Кримського ханства під час московсько-турецької війни, що тривала у 1686—1700 роках, а водночас посилити контроль уряду над Запорозькою Січчю.