יחסו של וייצזקר למדיניות הנאצים כנגד היהודים התאפיינה בפעולות מנוגדות. הוא התנגד לכליאתם של יהודים אזרחי מדינות צפון אמריקה ודרומה מחשש לפעולות תגמול נגד גרמניה, אך לא התנגד למאסר יהודים בשטחים הכבושים. בהזדמנות אחר ציין וייצזקר שמשרד החוץ תמיד מעדיף את החלופה היותר רחמנית בכל הנוגע ליהודים. כאשר נשאל משרד החוץ על ידי האס אס, אם יש לו התנגדויות כל שהן לגבי גירוש יהודים צרפתים לאושוויץ, שינה וייצזקר את נוסח התשובה, והשיב שמשרד החוץ "לא העלה כל התנגדות", במקום הנוסח המקורי "לא הייתה כל התנגדות". על פסקה זו הוא עמד למשפט אחרי המלחמה. ביוני 1942 ביקש ראש ממשלת סלובקיה וויטך טוקה שגרמניה תגביר את לחצה על ממשלתו כדי לסייע לו להימנע מהביקורת הפנימית בסלובקיה נגד גירוש היהודים, שינה וייצזקר את התשובה וכתב שהפסקת הגירושים "תגרום הפתעה", במקום "תותיר רושם שלילי" בגרמניה.