У 1759 році єзуїти — причетні до заколоту дворянства проти короля Жозе I та його прем'єр-міністра, маркіза Помбала (1699—1782) — були вислані з португальської території Помбалом, а Церква Святого Роха була конфіскована разом із прибудовами та резиденціями. Через дев'ять років Королівською хартією від 8 лютого 1768 року власність була передана Лісабонському Святому Дому Милосердя, оригінальна церква та адміністративні будівлі були зруйновані землетрусом 1755 року.