W ciągu następnych stuleci ludność Zarzecza była kilkukrotnie przetrzebiana, w 1625 w wyniku pomoru, zarazy i głodu, kiedy chleb musiał być wypiekany z żołędzi, trocin i słomy, zaś po najeździe szwedzkim w tym samym roku wybuchła epidemia tyfusu, a w 1740 cholery. W 1742 przez Zarzecze wzdłuż rzeki Starej Wisły przebiegła nowa prusko-austriacka granica państwowa. W 1787 cieszyński dziekan i biskup ks. Alojzy Loehn poświęcił kamień węgielny pod budowę szkoły i kościoła pw. Matki Bożej Śnieżnej, oddanego do użytku w 1789. Kolejny pomór przyszedł w 1831 wraz z wracającymi z powstania listopadowego wojskami rosyjskimi przynoszącymi z sobą choroby tropikalne, z którymi poradziły sobie dopiero wielkie 40-stopniowe mrozy. W 1855 Zarzeczanie pracowali przy budowie kolei Kraków – Wiedeń. W 1892 miało miejsce poświęcenie nowej a obecnej Szkoły nr 1 w Zarzeczu – Dół (późniejsze centrum), a następnie w 1895 oddana do użytku została Szkoła nr 2 w dzielnicy „Górny Koniec”. W 1897 urodził się Ludwik Kobiela – prozaik, dramaturg, poeta, nauczyciel, badacz historii literatury oraz autor powieści „Żabi kraj” i ojciec znanego aktora Bogumiła Kobieli, zmarł w 1945. W 1906 miała miejsce ogromna powódź, zalanych zostało około 80 gospodarstw rolnych, zanotowano również straty w zbiorach. Trzy lata później założony został pierwszy oddział Ochotniczej Straży Pożarnej.