En 1939, se convierte en una importante base naval francesa (la más importante del Mediterráneo junto con Tolón). En 1940, tras la firma del armisticio entre Francia y la Alemania nazi, el grueso de la flota francesa, el Escuadrón Atlántico (dos acorazados, dos cruceros, trece destructores, cuatro submarinos y un portahidroaviones), se encontraba anclado en el puerto de Mazalquivir (Mers el-Kébir). Ante el temor de que la flota cayese en manos de los alemanes, una flota de la Royal Navy británica, la Fuerza H, con base en Gibraltar, fue enviada a Mers el-Kébir (batalla de Mers el-Kébir). Ante la negativa de los franceses a unirse a los británicos, estos abrieron fuego y hundieron casi toda la flota. Casi 1300 marinos franceses murieron en el incidente, que enrareció enormemente las relaciones entre el Reino Unido y los franceses libres de De Gaulle y causó las iras del gobierno de la Francia ocupada del mariscal Pétain.