Toisessa maailmansodassa Hampuri oli yksi liittoutuneiden keskeisistä ilmapommituskohteista. Kaupunki joutui kohteeksi sarjalle tuhoisia ilmahyökkäyksiä (Operaatio Gomorrah, 24. heinäkuuta – 2. elokuuta 1943). 28. heinäkuuta vastaisena yönä pommitukset johtivat yhtenäiseen tulimyrskyyn, jossa sai surmansa noin 42 000 siviiliä. Hampurin kantakaupungissa ei ole juuri säilynyt rakennuksia toista maailmansotaa edeltävältä ajalta. Vain noin viidesosa Hampurin 564 000:sta asunnosta säilyi vahingoittumattomana sodasta. Vanhan St. Nikolain kirkon raunioiden mustunut torni Hopfenmarkt-torin laidalla on jätetty sodan tuhojen muistomerkiksi.