Přestože tato funkce existovala už za Lucemburků a hlavně za Jagellonců, kteří téměř trvale sídlili v Budíně (Vladislav II. Jagellonský (králem 1471–1516) v roce 1508 vymezil pravomoci pro zemské úředníky jakožto pro zástupnou vládu), poprvé se titul místodržící objevil v roce 1547. Tehdy po potlačeném prvním stavovském protihabsburském povstání Ferdinand I. (králem 1526–1564) jmenoval svého mladšího syna arciknížete Ferdinanda II. Tyrolského (1529–1595) zemským správcem (1547–1566) pro Čechy i vedlejší země Koruny české. Po jeho odchodu vedli správu země někteří z nejvyšších zemských úředníků, kteří získali titul místodržící. Císař Rudolf II. (českým králem 1576–1611) pro ně v roce 1577 vydal první přesnější instrukci ("Unsere Statthalter, Regenten und Räte unseres Königreichs Böhmen"). Místodržících bylo deset, měli samostatnou místodržitelskou kancelář a disponovali pečetí. Měli pravomoc politickou a policejní včetně dohledu nad apelačním soudem. Protože zastupovali panovníka v jeho nepřítomnosti, jejich úřad zanikl v roce 1583, kdy Rudolf II. přenesl svůj dvůr nastálo do Prahy. Po jeho smrti v roce 1612 byl sbor místodržících opět obnoven a fungoval až do Bílé hory. Jmenoval je osobně panovník, vybíral si je z oddaných osob. Katoličtí místodržící byli symbolem nenáviděné císařské moci, proto byli dva z nich Vilém Slavata z Chlumu a Košumberka (1572–1652) a Jaroslav Bořita z Martinic (1582–1649) v květnu 1618 vyhozeni z okna Pražského hradu (druhá pražská defenestrace, počátek stavovského povstání).