Il 24 ottobre 1636 venne ammesso nell'Ordine di Calatrava e nel 1637 venne nominato ambasciatore del re di Spagna presso la Repubblica di Genova; qui rimase fino 1641 quando passò provvisoriamente alla carica di governatore del Ducato di Milano durante l'assenza del marchese de Leganés, impegnato nei conflitti della Guerra dei Trent'anni. Rimase in carica sino al 1643 quando il marchese fece ritorno a Milano e partì quindi alla volta di Roma ove fu ambasciatore del re di Spagna con l'anno successivo. Influì nel conclave che in quell'anno elesse papa Innocenzo X il quale era stato in precedenza nunzio apostolico presso il Regno di Spagna. Nel 1645 Juan concluse la propria ambasciata a Roma e fece ritorno in Spagna ove si dedicò alle lettere ed in particolare alla poesia, arte nella quale eccelleva.