De Freie Universität is opgericht in 1948 als reactie op de inperking van de academische vrijheden op de traditionele universiteit van Berlijn, de Humboldt-Universiteit. Deze was in het oostelijke deel van Berlijn gevestigd, in de Sovjet-sector. De communisten oefenden een toenemende invloed uit aan de Humboldt-Universiteit hetgeen leidde tot protesten van professoren en studenten. Dit protest leidde tot arrestaties door de geheime dienst van de Sovjet-Unie, de MVD. De arrestanten werden door een militair tribunaal veroordeeld tot 25 jaar dwangarbeid. Tegen de achtergrond van de Blokkade van Berlijn besloot de magistraat van Berlijn, die inmiddels in West-Berlijn gevestigd was, tot de oprichting van een "Vrije Universiteit".