Bragg hadtestparancsnok és törzsfőnök volt Johnston mellett az 1862. április 6-7-e között vívott shiloh-i csatában. A konföderációsok észrevétlen, meglepetést okozó felvonulása után Bragg hadtestének egy majdnem öt kilométeres részen kellett támadnia. Hamarosan azonban olyan egységek harcát kezdte irányítani, melyek a centrum körül gyülekeztek. A támadás leragadt a Hornet's Nestnek nevezett uniós ellenállási központ körül, melyet órákon keresztül sikertelenül igyekezett megtörni a részenként, kis egységekkel indított frontális támadásokkal. Miután Johnston halálos sebet kapott, P. G. T. Beauregard tábornagy vette át a parancsnokságot, és Bragget tette helyettesévé. Bragg megdöbbent, mikor Beauregard lefújta a késő délutáni rohamot az északiak utolsó, erősen védett állása ellen. Bragg szerint ekkor veszett el a győzelem utolsó esélye. A második napon az erősítéseket kapó uniósok ellentámadásba lendültek a Corinth felé visszavonuló déliekkel szemben.