Kostel byl vybudován společně s místním klášterem augustiniánů, který byl založen v roce 1263, jako raně gotický. Konventní kostel vysvětil Jan III. z Dražic. Kostel byl v průběhu časů několikrát vypleněn. Nejdříve v roce 1421 husity a později v roce 1611. Původní vzhled kostela setřely jeho pozdější úpravy v 16., 18. a 19. století. Severní boční předsíně a schody byly pořízeny roku 1866. Nynější podoba je po jedné z přestaveb barokní. Na výzdobě oltáře se podílel Karel Škréta. V roce 2002 byl kostel postižen povodní. Poté následovala oprava, jež odkryla prvky z počátků jeho fungování.