Az 1620-as fehér-hegyi csata elvesztése után, a Habsburg-ellenesek morva vezetőit a Špilberk börtönben tartották fogva több éven át. Brno város vásárolta meg a várat 1560-ban és kormányzati erőddé tette meg. A Špilberk vár falai és bástyái segítettek Brnónak a svéd támadások elleni védekezésben a harmincéves háború során, majd a sikeres védekezés további megerősítéshez és a vár katonai funkciójának megszilárdulásához vezetett.