El lento avance del proceso de paz se vio frenado en el año 2000, con la eclosión de la segunda Intifada, justo en el momento en que las posiciones negociadoras de Israel habían alcanzado su máximo histórico. En los medios israelíes predomina la versión que atribuye el comienzo de esta Intifada a la negativa del líder palestino, Yasir Arafat, de aceptar la propuesta del primer ministro israelí, Ehud Barak, que ofrecía el 95% de los territorios en disputa, aunque las fuentes palestinas y los analistas de los medios de comunicación internacionales atribuyeron el origen de la revuelta a que Ariel Sharón, junto a cientos de policías, visitase la zona exterior de la Cúpula de la Roca y la mezquita de Al-Aqsa de Jerusalén, algo que fue considerado por los palestinos como una provocación (pese a haber sido aceptada por el jefe de seguridad palestina en Cisjordania, Jibril Rajub). Una comisión internacional gestionada por la ONU y encargada por las partes, la Comisión Mitchell, determinó que «la visita de Sharón no causó la Intifada Al Aqsa». En el año 2005 el gobierno de Israel promovió la retirada de su ejército y el desalojo de ocho mil israelíes tras desmantelar todas las colonias judías de la Franja de Gaza y cuatro de Cisjordania, medida conocida como el Plan de retirada unilateral israelí y que se completó en septiembre de 2005.