Після гуситських війн факультет вільних мистецтв протягом двох століть займав положення головного в цілому університеті. З XVII століття факультет офіційно став називатися Філософським і до середини XIX століття надавав можливість отримати підготовчe вищу освіту майбутнім студентам інших факультетів. Крім філософії тут вивчалися естетичні науки, педагогіка, математика, астрономія, природничі науки, технічні науки, економіка та історія. У XIX столітті починають розвиватися орієнталістика, археологія і релігіоністика, а також філологічні спеціальності, зокрема, чеська мова, італійська мова, французька мова, англійська мова та єврейська мова. Після лібералізації навчання у другій половині XIX століття, в 1897 році, навчальні спеціальності Філософського факультету стали доступні й жінкам.