Republikken Novgorod undgik rædslerne under Mongolernes invasion af Rus', dog ikke på grund af våbenstyrke, men fordi de mongolske lederne sandsynligvis ikke ønskede at køre fast i sumpene, som omgav byen, og vendte om 100 km fra Novgorod. Selv om republikken aldrig formelt blev erobret, begyndte republikken at betale tribut til khanerne af Den Gyldne Horde. I 1259 førte de mongolske skatteopkrævere og folketællernes ankomst til byen til politiske opstandelse, der tvang Alexander Nevskij til at straffe flere af byens embedsmænd (han skar næserne af dem) for at have trodset ham som storfyrste af Vladimir (som snart skulle blive khanens skatteopkræver i Rusland) og hans mongolske overherrer. I 1300-tallet assisterede Novgorods pirater (eller usjkujniki), der skabte frygt så langt væk som Kazan og Astrakhan, Novgorods hære i deres krige mod Moskva.