25 июня 1991 года Сабор Республики Хорватии объявил независимость Хорватии и провозгласил Загреб её столицей. За этим последовала война с Югославией, ставшая тяжёлым испытанием для Загреба. В 1991 году ВВС Югославской народной армии нанесли по резиденции президента в Загребе авиаудар. В мае 1995 года Загреб подвергся ракетному обстрелу со стороны армии самопровозглашённой Республики Сербская Краина, в результате чего погибло семь и было ранено как минимум 175 человек.