Vid vinterkrigets start utropades Terijokiregeringen under Otto Ville Kuusinens styre den 1 december 1939. Medan han arbetade som minister för karelska ärenden var Paavo Prokkonen den enda karelska ministern och den enda som fötts utanför Storfurstendömet Finland i den så kallade Terijokiregeringen. När vinterkriget slutat och folkrepubliken smält samman med Karelsk-finska SSR utnämndes Paavo Prokkonen till den nya sovjetrepublikens första statsminister som ordförande för folkkommissariernas råd. Han besteg samma post åter år 1950, då titeln hade ändrats till ordförande i ministerrådet. Han arbetade där fram till år 1956, då den Karelsk-finska sovjetrepubliken degraderades till autonom sovjetrepublik. Då blev han befordrad till huvudman för den autonoma socialistiska republiken, ordförande för den högsta sovjetens presidium. Han innehade posten fram till sin död år 1979.