В березні 1943 року брала участь в Ржевсько-Вяземській наступальній операції. В Духовщинсько-Демидівській операції брала участь у визволені міста Духовщина. З 20 жовтня армія входила в 1-й Прибалтійський, з 20 січня 1944 року — у Західний, а з 24 квітня — в 3-й Білоруський фронти. Взимку та навесні 1945 року 39-та армія вела бої у Східній Пруссії в ході Інстербурзько-Кенігсберзької і Кенігсберзької операції. Бойові дії на радянсько-німецькому фронті армія завершила участю в Земландській наступальній операції.