La puissance de la République s'affaiblit progressivement au cours du . Un premier choc fut porté en 1648 par le soulèvement de Khmelnitski, la plus grande rébellion cosaque de l'histoire. Ils demandèrent la protection du tsar de Russie en 1654. De ce fait, l'ingérence russe grandit graduellement jusqu'à annexion d'une partie de l'Ukraine lors des partitions de la Pologne. L'autre coup fatal fut porté par l'invasion suédoise de 1655 (soutenue par les troupes du voïvode de Transylvanie et de , électeur de Brandebourg), connu dans l'histoire de la Pologne comme le Déluge.