Han overtok tronen i 1750 da han var 36 år gammel, og bortimot umiddelbart la han den effektive styringen av landet i hendene på Sebastião José de Carvalho e Melo, bedre kjent som markien av Pombal. Den faktiske historien om Josefs kongedømme er historien om marki Pombal. Hans tid sammenfalt også med det store jordskjelvet i Lisboa den 1. november 1755 som la Portugals hovedstad i grus og drepte kanskje nær opp til 100 000 mennesker. Jordskjelvet gjorde kongen psykisk syk og utviklet en alvorlig form for klaustrofobi og klarte aldri å bo innenfor en bygning igjen. Det kongelige hoff ble flyttet til et komplekst sett av telt i høydene av Ajuda i nærheten av Lisboa.