Fins a aquest moment, les noranta-dues mètopes havien romàs gairebé intactes. Les dels costats est, oest i nord foren sistemàticament danyades pels cristians, que desitjaven eliminar el culte als antics déus. Només perdurà una mètopa nord, amb dues figures femenines, potser en ser interpretada com una Anunciació (la figura asseguda a la dreta representaria la Mare de Déu i la figura dempeus a l'esquerra l'arcàngel Gabriel). Les mètopes sud potser se salvaren perquè aquest costat del Partenó era massa prop de la vora de l'Acròpoli, o perquè el "Physiologus" incloïa centaures en el seu bestiari simbòlic.[20][42][43][26][19] En canvi, l'edifici no patí cap dany quan el Partenó església esdevingué mesquita al , ni durant els dos segles següents. El 1674, un artista al servei del marqués de Nointel (l'ambaixador francés davant el govern de l'Imperi Otomà), potser Jacques Carrey, dibuixà gran part de les mètopes que encara perduraven, que només n'eren les del costat sud.[42][44] La majoria de les mètopes va ser destruïda durant el setge d'Atenes pels venecians dirigits per Francesco Morosini el 26 de setembre de 1687, en l'explosió del magatzem de pólvora situat al Partenó.[20][42][45] Quan tornaren els otomans l'edifici va albergar de nou una mesquita. Els trossos de marbre dispersos al voltant de les ruïnes, entre ells els fragments de les mètopes, foren reduïts a calç o reutilitzats com a material de construcció en llocs com la muralla de l'Acròpoli. Al els viatgers occidentals, cada vegada més nombrosos, s'apropiaven de parts d'escultures a manera de record.[45][42]