Porfirio Díazin aikana itsenäiset koulut yhdistettiin uudelleen, ja ne muodostivat Meksikon kansallisen yliopiston. Meksikon vallankumouksen jälkeen 1920-luvulla Meksikon yliopistot asetettiin valtion alaisuuteen, mutta kansallinen yliopisto sai autonomian 1929. Samalla yliopistoa alettiin kutsua sen nykyisellä nimellään.