Po invazi vojsk Varšavské smlouvy v srpnu 1968 byl spolu s dalšími vedoucími československými komunistickými politiky unesen do Moskvy, kde jako jediný člen československé delegace odmítl podepsat tzv. Moskevský protokol. Stal se pak nepřijatelným pro Sověty a již 31. srpna 1968 byl odvolán z předsednictva ÚV KSČ. Ztratil i post předsedy Národní fronty. Na podzim 1968 coby řadový poslanec hlasoval jako jeden z mála proti smlouvě o pobytu sovětských vojsk v ČSSR.