Weniger glimpflich ging vor allem für den Abt der Zweite Villmergerkrieg aus, der 1712 im Toggenburg ausgebrochen war, nachdem der Fürstabt seinen Untertanen althergebrachte Rechte auf Selbstbestimmung verweigerte. Die Zürcher und Berner Truppen rückten gegen die Stadt an und besetzten das Kloster und plünderten seine Schätze. Viele der Schätze, die damals geraubt wurden, haben niemals den Weg zurück nach St. Gallen gefunden. Unter anderem über dem St. Galler Globus entbrannte der Kulturgüterstreit Ende des 20. Jahrhunderts noch einmal. Erst 2006 wurde der Streit zwischen St. Gallen und Zürich durch Vermittlung des Bundesrates beigelegt.