Nach seinem Rücktritt im März 1797 sank Buscas Einfluss. 1798 besetzte Frankreich erneut Rom und rief die Römische Republik aus. Kardinal Busca musste zunächst ins Königreich Neapel und schließlich nach Palermo fliehen, sein Bibliotheksbestand wurde nach Frankreich überführt. Nach dem Tode Pius’ VI. im August 1799 reiste er nach Venedig, um 1799 bis 1800 am Konklave teilzunehmen, in dem Pius VII. gewählt wurde. 1800 kehrte er nach Rom zurück und war maßgeblich an der Reorganisation der vatikanischen Kongregationen und am Wiederaufbau der kirchenstaatlichen Verwaltung beteiligt. Er starb drei Jahre später in Rom und wurde in seiner Titelkirche "Santa Maria degli Angeli" beigesetzt.