Sua popularidade se elevou nos primeiros anos da guerra, enquanto as forças japonesas conquistavam uma vitória atrás da outra nos campos de batalha. No entanto, após a derrota japonesa em Midway, a maré da guerra virou e ficou tremendamente desfavorável ao Japão. Tojo passou então a enfrentar uma crescente oposição dentro do governo e entre os militares. Para reforçar a sua posição, em fevereiro de 1944, ele assumiu o cargo de Chefe do Exército Imperial Japonês. No entanto, após a queda de Saipan, ele foi forçado a renunciar ao cargo de primeiro-ministro em 22 de julho de 1944.