Pregeljs Opus zeichnet sich durch seinen ausgesprochenen Genresynkretismus und seine inhaltliche Heterogenität aus. Oft bewegt er sich mit seiner Literatur in Sphären der Phantastik; seine neueren Romane tragen eine deutlich spürbare gesellschaftskritische Note. Seine letzte Romanveröffentlichung "V Elvisovi sobi" beschreibt Kindheit und Jugend im zerfallenden Jugoslawien und die Ereignisse um die Unabhängigkeit Sloweniens. Da er in der slowenischen Literatur damit bisher gewissermaßen eine Alleinstellung innehat, fand der Roman in der Literaturöffentlichkeit großen Anklang. Seine Werke sind jedoch nicht auf den slowenischen Kontext beschränkt: "Unter einem glücklichen Stern" z. B. beschreibt das repressive und xenophobe gesellschaftliche Klima in Triest; "Mož, ki je jahal tigra" (Der Mann, der einen Tiger ritt) hingegen ereignet erzählt das Schicksal eines russischen Kosmonauten.