মুক্তিযুদ্ধকালীন তিনি পাকিস্তানের পক্ষে সরাসরি অবস্থান নেন এবং বংলাদেশের স্বাধীনতার বিরোধিতা করেন। মুক্তিযুদ্ধকালীন সময় পশ্চিম পাকিস্তানি শাসকদের উদ্যোগে ১৯৭১ সালের ৩ সেপ্টেম্বার ডাঃ আবদুল মুতালিব মালেককে গভর্নর নিয়োগ করা হয় এবং তার অধীনে তৎকালীন পূর্ব পাকিস্তানে ১৭ সেপ্টেম্বার একটি প্রাদেশিক সরকার গঠন করা হয় যেখানে আব্বাস আলী খান 'শিক্ষামন্ত্রী' হিসাবে নিযুক্ত হন এবং তা গ্রহণ করেন। যুদ্ধ-অব্যাহতির পর মুক্তিযুদ্ধে বাংলাদেশ বিরোধী কর্মকাণ্ডের জন্য তিনি "দালাল আইন, ১৯৭২"-এর অধীনে দোষী-সাব্যস্ত হয়ে যাবজ্জীবন কারাদন্ডে দন্ডিত হন। পরবর্তীতে রাষ্ট্রপতি শেখ মুজিবর রহমানের 'সাধারণ ক্ষমা' ঘোষণার পর সুনির্দিষ্ট গুরুতর অভিযোগের অভাবে তাকে মুক্তি দেওয়া হয়।