V roku 1805 podnikol Napoleon Bonaparte ťaženie priamo na rakúske územie, kde zvíťazil v bitke pri Slavkove. Ďalší vývoj napoleonských vojen viedol k zániku Svätej ríše rímskej a takmer k finančnému bankrotu Rakúska. Rakúsko muselo navyše poskytnúť svojich vojakov pri Napoleonovom ťažení do Ruska v roku 1812. V roku 1813 bol Napoleon konečne koalíciou porazený a Viedenský kongres v roku 1814 pridelil Rakúsku veľkú časť Salzburska, Ternopiľsko, Ilýriu a Benátsko, zároveň však Rakúske cisárstvo stratilo Predné Rakúsko. Rakúske cisárstvo získalo tiež aj vodcovskú rolu v novo založenom Nemeckom spolku.