Esordisce con la squadra torinese il 22 settembre, entrando all'inizio del secondo tempo della sfida di campionato contro il , al posto dell'infortunato Gianluigi Buffon; a causa della lontananza dai campi del portiere titolare, Manninger disputa buona parte del girone di andata della stagione 2008-2009, mettendo insieme 23 presenze tra Serie A, Coppa Italia e Champions League. Anche nell'annata successiva si trova a sostituire frequentemente Buffon, ed è chiamato in causa in 14 occasioni tra campionato e coppe. Nella stagione 2010-2011, dato l'arrivo di Marco Storari come prima riserva nel ruolo, l'austriaco viene schierato soltanto nelle partite di Europa League dove colleziona 6 presenze. Nell'ultima annata in Piemonte, con i bianconeri fuori dalle coppe europee, Manninger è relegato al ruolo di terzo portiere e non totalizza apparizioni; nonostante ciò può fregiarsi, il 6 maggio 2012, della vittoria del titolo italiano.