В 1586 году Барбоша не поверил царской грамоте, присланной на Яик, приглашавшей казаков на войну с крымскими татарами. После казни в Самаре Матвея Мещеряка и ещё четверых казаков он в отместку за это возглавил казачьи нападения на купеческие, царские и посольские суда на Волге; казаки грабили и убивали всех, кто был на царской службе. По словам царских чиновников, казаков было около четырёх сотен и такого ожесточения с их стороны до сей поры не было. Для уничтожения «воровских» казаков была снаряжена специальная экспедиция, Барбошу и его людей схватили и привезли в Москву. В 1588 году Богдан Барбоша был казнён на одной из торговых площадей Москвы.