У 1946-1948 МакДональд був генерал-губернатором британських володінь у Південносхідній Азії, а 1948 року обійняв новостворений пост генерального комісара британських територій. Він був одним з організаторів боротьби проти комуністів у Малайї. Паралельно він розробляв план федералізації Британського Борнео за аналогією федерацій на Близькому Сході, в Західній Малайзії, Африці тощо. Але на заваді цьому плану стояв брунейський султан.