Ο Γιάνε Σαντάνσκι συμμετείχε στο επαναστατικό κίνημα στη Μακεδονία και στη Θράκη και έγινε ένας από τους ηγέτες του. Από το ξεκίνημα της επαναστατικής του δραστηριότητας κέρδισε τη δημοφιλία γιατί προστάτευε τους ντόπιους χωρικούς στη σημερινή νοτιοδυτική Βουλγαρία από την τυραννία των Οθωμανών, οργανώνοντας δικαστήρια και διδάσκοντας την αυτοάμυνα. Ο Σαντάνσκι έζησε και πολέμησε στην περιοχή του Πιρίν και γι' αυτό του έδωσαν το προσωνύμιο «Τσάρος του Πιρίν» (Πιρίνσκι Τσαρ). Μετά τη δολοφονία του Εμμανουήλ Μάνου, του ιερέα της Μονής Ροζινού και του διακόνου της, ήταν ένας από τους οργανωτές της απαγωγής της Μις Στόουν - της πρώτης σύγχρονης κρίσης ομηρίας της Αμερικής. Στις 3 Σεπτεμβρίου 1901 μια Διαμαρτυρόμενη ιεραπόστολος, ονόματι Ελεν Στόουν, ταξίδευε έφιππη στην ορεινή ενδοχώρα της Μακεδονίας και έπεσε σε ενέδρα ομάδας ένοπλων επαναστατών μαζί με την κυοφορούσα Στεφάνοβα Τσίλκα (Βασιλική), για την απόλυση της οποίας εισέπραξε ως λύτρα αρκετές χιλιάδες χρυσές τουρικές λίρες. Η Μις Στόουν δημοσίευσε τις εντυπώσεις της από την αιχμαλωσία με τον τίτλο «Έξι μήνες μεταξύ των Κομιτών». Ο Σαντάνσκι δραστηριοποιήθηκε επίσης στην Εξέγερση του Ίλιντεν κατά των Οθωμανών. Οι πολιτοφυλακές που δρούσαν στην περιοχή των Σερρών υπό τον Γιάνε Σαντάνσκι και ένα αντάρτικο απόσπασμα της «Ανώτερης Μακεδονικής Επιτροπής» αναχαίτισαν μια μεγάλη τουρκική δύναμη. Στις ενέργειες αυτές δεν συμμετείχε τόσο ο ντόπιος πληθυσμός όσο σε άλλες περιοχές, όπως στα ανατολικά του Μοναστηρίου και στα δυτικά της Θράκης.