In campionato, in casa la squadra ottiene 18 vittorie e un pareggio (1-1 contro la Sampdoria), con risultati meno buoni in trasferta. Con questo rendimento nelle partite interne eguaglia il record stabilito dal Grande Torino nel 1948-1949, con 18 vittorie e un pareggio in 19 partite. Nel girone d'andata, dopo aver inflitto ai bianconeri la loro prima e unica sconfitta in campionato (3-1 a San Siro il 29 ottobre 2005), i rossoneri perdono il derby: non accadeva dal marzo 2002. Nel girone di ritorno, con 16 vittorie in 19 gare, il Milan riduce da 14 a 3 i punti di svantaggio sulla squadra piemontese, chiudendo il campionato a 88 punti, quota che rappresenta un record per i rossoneri, da quando è stato introdotto il girone unico. In seguito alle sentenze relative allo scandalo del calcio italiano questo scudetto verrà poi revocato ai bianconeri e assegnato, a differenza dell'anno precedente, all'Inter a tavolino, terza classificata dopo i risultati del campo, mentre il Milan sarà penalizzato di 30 punti e declassato quindi dalla seconda posizione alla terza a 58 punti per delibera della CAF per responsabilità oggettiva. con questa classifica il Milan si qualifica per i preliminari di Champions League 2006-2007.