Durch dieses Ereignis wiederholte sich, was beim Regierungsantritt seines Vaters geschah: das Land wurde geteilt. Nur war Ludovico damals der positive Umstand zuteilgeworden, dass seine Brüder ohne Erben starben und dadurch das gesamte Land wieder in seine Hände fiel. Die Teilung, die Federico mit seinen Brüdern vornahm, sollte die Geschichte des Gonzaga-Staates dauerhaft prägen und für das kleine Land endgültig sein. Die Gebiete, die er an seine Brüder Gianfrancesco und Rodolfo abtrat, gingen Mantua für immer verloren. Die Hauptlinie erlosch mit Vincenzo II. Gonzaga bereits im Jahr 1627 und dies mündete in einen Erbfolgekrieg der die Eigenständigkeit Mantuas selbst bedrohte.