Затем по состоянию здоровья был вынужден оставить службу с чином премьер-майора, однако, уже в 1792 году, узнав о начале военных действий в Польше, снова поступил в войска, в качестве волонтёра, но вскоре, за оказанные им в разных делах храбрость и распорядительность, был снова принят в Сибирский гренадерский полк. В 1794 году, в Великий четверг, когда варшавские жители восстали и стали убивать безоружных русских (т. н. «Варшавская заутреня»), Багговут, находившийся в то время в городе, собрал около себя людей и с ними пробился сквозь толпы поляков; затем имел несколько удачных дел с конфедератами; участвовал в сражении при Мацеёвицах и в штурме Праги.