Weigl kam zwischen September 2013 und Juni 2014 zu vier Kurzeinsätzen für die deutsche U19-Nationalmannschaft, bevor er in die U20-Nationalmannschaft aufrückte. Mit ihr nahm er an der U20-WM in Neuseeland teil, bei der er mit der Mannschaft im Viertelfinale an Mali scheiterte. Ab September 2015 war Weigl Teil der U21-Nationalmannschaft und bestritt mit ihr noch den ersten Teil der letztlich erfolgreichen Qualifikation zur U21-Europameisterschaft 2017.