באולינג גרין נשארה תחת כיבוש הקונפדרציה עד פברואר 1862, כאשר גרנט נע ממיזורי, דרך קנטקי, לאורך קו הטנסי. מושל הקונפדרציה של קנטקי, ג'ונסון, נמלט מבאולינג גרין עם רשומות הקונפדרציה ונע דרומה, שם הצטרף אל כוחות הקונפדרציה בטנסי. לאחר שג'ונסון מצא את מותו כשלחם בקרב שילה, הוכרז ריצ'רד האווס כמושל קונפדרציית קנטקי. זמן קצר לאחר מכן, חדל הקונגרס הזמני של הקונפדרציה להתקיים ב-17 בפברואר 1862, ערב חניכתו של הקונגרס הקבוע. למרות זאת, מעתה והלאה שלט האיחוד במדינה וממשלת הקונפדרציה של קנטקי התקיימה רק על הנייר, החל משנת 1863, וייצוגה בקונגרס הקבוע היה מינימלי בלבד. ממשלה זו התפרקה עם סיומה של מלחמת האזרחים באביב שנת 1865.