Dzięki staraniom starosty nowodworskiego Wojciecha Konstantyna z Goraja Brezy 15 września 1660 roku biskup Wojciech Tholibowski odłączył Skrzatusz od Wałcza i erygował samodzielną parafię. Pierwszym proboszczem parafii został ksiądz Jakub Krueński. W związku z powstaniem parafii, za przykładem króla Jana III Sobieskiego, w latach 1683–1694 Wojciech Breza zafundował w Skrzatuszu nową murowaną świątynię, która została obdarzona wezwaniem Wniebowzięcia NMP. Konsekracji kościoła dokonał w niedzielę „Laetare” 6 marca 1701 roku, biskup pomocniczy poznański, Hieronim Wierzbowski. Po zwycięskiej wojnie przeciw Turkom i Tatarom Jan III Sobieski 20 września 1690 roku specjalnym przywilejem powiększył dochody skrzatuskiego kościoła. Parafia została zrównana w swoich prawach z wielkimi parafiami miejskimi.