En 2016, Jeanne Collonge participe aux championnats de France longue distance à Baudreix dans les Pyrénées-Atlantiques, malgré un parcours vélo au profil montagneux qui lui convient généralement, elle est dominée par la championne en titre Charlotte Morel qui fait preuve d'une grande maitrise en maintenant des écarts suffisants pour conserver son titre. Elle est finalement disqualifiée pour une pénalité non effectuée. Au mois de juillet, elle est la première Française à remporter le triathlon longue distance de l'Alpe d'Huez. Elle franchit la ligne d'arrivée en vainqueur avec beaucoup d'émotion et dédie sa victoire à la ville de Nice, qui a subi quelques jours plus tôt un attentat terroriste qui fait de nombreuses victimes. Elle participe à l'édition 2016 de l'Embrunman, mais sous une forte chaleur elle est victime d'un malaise pendant le marathon à la suite d'une déshydratation . Quelques semaines plus tard, bien remise de sa mésaventure, elle défend avec succès son titre sur l'épreuve longue distance du triathlon de Gérardmer, qu'elle remporte pour la seconde année consécutive. Elle participe en septembre à l'Ironman Pays de Galles ou elle signe le meilleur temps vélo. Elle entame le marathon avec cinq minutes d'avances sur ses première poursuivantes mais cède la première place à quelques kilomètres de l'arrivée à l'Américaine Darbi Roberts qui la devance de deux minutes trente. Elle ajoute à la fin d'une saison de très bon niveau, une victoire à son palmarès en remportant pour sa première participation le Natureman, triathlon XL dans le sud de la France.