Som generalkvartermester var Haffner altså sammen med og næst efter generaladjudant Frantz Bülow kongens fornemste militære rådgiver under den sidste del af krigsperioden 1807-14. Hans virksomhed har dog nærmest været den rent faglige, som ligefrem fulgte af stillingen, og når undtages en større opsats, skrevet af ham i juli 1809, hvori han for prins Christian Frederik fremsætter sine tanker om landets, særlig Sjællands, forsvar, efter at den gunstige lejlighed i den forløbne vinter til at gå angrebsvis til værks var blevet forsømt, ses det ikke, at han har fundet anledning til at give sig videre af med planer til krigsførelsen, eller at han har haft nogen paaviselig indflydelse på kongen i så henseende. Stærkt beslag på hans tid i hin periode lagde det med generalkvartermesterstaben i 1810 forbundne Bureau for armeens forplejning. Som chef herfor havde han under landets fortvivlede pengeforhold et brydsomt arbejde, fornemmelig i 1813 med at proviantere fæstningen Glückstadt og end mere i 1814, da en ny krig ved Christian Frederiks vægring ved at opgive Norge stilledes i udsigt, og det var overdraget ham i forening med prins Frederik af Hessen at forberede hærens genopstilling på Fyn og i Hertugdømmerne.