Il est tête de liste FN pour les élections régionales de 2015 en Alsace-Champagne-Ardenne-Lorraine. Il fait principalement campagne sur la crise migratoire, la fermeture des frontières et la sécurité. Dans le même temps, il tente de placer deux de ses proches sur les listes conduites par Wallerand de Saint-Just en Île-de-France, mais est éconduit par Marine Le Pen. La liste qu'il conduit arrive en tête au premier tour, avec 36,07 % des voix, dix points devant la liste de droite conduite par Philippe Richert et vingt points devant la liste socialiste menée par Jean-Pierre Masseret. Au second tour, après que le PS a retiré son investiture à Jean-Pierre Masseret et appelé à voter pour la droite, la liste de Philippe Richert l'emporte avec 48,40 % des voix alors que la liste de Florian Philippot obtient un score identique à celui du premier tour (36,08 %). Élu conseiller régional, il prend la présidence du groupe Les Patriotes - Front national le 4 janvier 2016.