Navarro nasce in California da James Raul "Mike" Navarro e Constance Colleen Hopkins. Il nonno paterno di Navarro era un immigrato messicano che divenne orfano dopo la Guerra Civile Messicana. Sua madre Constance lavorò come modella, apparendo nella show televisivo, "Let's Make A Deal". Navarro fu l'unica persona della famiglia paterna a non parlare spagnolo, dal momento che James e Constance divorziarono quando aveva 7 anni e Dave passò la maggior parte del suo tempo con sua madre, che era anglofona. Constance fu uccisa otto anni dopo, nel marzo del 1983, dal suo compagno, il quale fu poi arrestato molti anni più tardi grazie all'aiuto di uno spettatore della trasmissione "America's Most Wanted". Dave Navarro ha da parte di suo padre due fratellastri, Gabe e Henry. Dave è stato sposato tre volte: nel 1990 ha sposato Tanja con un rito pagano, nel 1994 ha poi sposato Rhian con rito civile. L'ultima moglie è stata Carmen Electra, modella e attrice, con cui si è sposato il 22 novembre 2003 e da cui si è separato a luglio del 2006.