Хосе Пердомо был включён в состав сборной Уругвая на Кубок Америки по футболу 1987 года в Аргентине. На турнире Пердомо сыграл в полуфинале с Аргентиной и Чили в финале (Уругвай в качестве действующего чемпиона стартовал с полуфинала). В решающем поединке Пердомо был удалён на 88-й минуте, что не помешало его команде довести дело до победы.