Katolisten ja protestanttien välien kiristyessä Böömissä Thurn oli kiihkeästi protestanttien puolella. Hän johti Prahassa joukkoa, joka aloitti kolmikymmenvuotisen sodan heittämällä keisari Matiaksen kaksi ministeriä (Slavata ja Martinic) ikkunasta. Hän johti tapahtumasta alkanutta Böömin kapinaa (1618–1625), joka oli sodan ensimmäinen vaihe. Vuonna 1620 hän osallistui rykmentinkomentajana Valkeavuoren taisteluun Ferdinand II:ta vastaan.