Serbian ohjaama Jugoslavian kansanarmeija tuki Kroatian ja Bosnian serbiaktivistien kapinaa alkamalla aseistaa näitä kesällä-syksyllä 1990. Kesällä 1991 Milosevicista tuli käytännössä Jugoslavian armeijan komentaja. Milosevic ei halunnut Sloveniaa osaksi Jugoslaviaa ja sota siellä oli lyhyt. Vuosina 1991 ja 1992 serbiseparatistit ja Jugoslavian kansanarmeija taistelivat Kroatian hallituksen joukkoja vastaan. Serbit tekivät siellä paljon sotarikoksia. Kroatian serbien johtaja Milan Babić piti Miloševićia vastuullisena tästä, kun taas hänen seuraajansa Goran Hadžić julkisesti kehuskeli kuinka hän ”pidensi Miloševićin kättä.”