また、長年の懸案であった、ミンダナオ島を活動拠点とする、南部武装ムスリム勢力に対しては、MILF・モロ・イスラム解放戦線との和解交渉が成立するなどの進展が見られた。ミンダナオ島にも、アメリカなどからの直接投資も入り始めている。一方、ISILへの支持を明確化したアブ・サヤフの活動が活発化。2017年5月、フィリピン軍は、ミンダナオ島マラウィ市にてアブ・サヤフと市街戦になった。