В 1220 году, в результате нашествия монголов в Среднюю Азию во главе с Чингисханом, на шестой день осады Самарканда Джуи-Арзис был разрушен, как и многие другие объекты Афрасиаба, Самарканда и остальной части Средней Азии. Из-за этого, Афрасиаб остался без воды, и впоследствии пришёл в упадок и превратился в руины.