Пике провёл разочаровывающий старт сезона 2009 года и не смог ни разу пройти дальше первой части квалификации. Свою первую гонку в Австралии он завершил на 24-м круге из-за проблем с тормозами. Более удачно прошла гонка в Малайзии, где он финишировал тринадцатым, всего лишь в двух местах и семи секундах позади напарника по команде Алонсо, после того, как гонка была остановлена из-за сильного ливня. Китай стал ещё одним разочарованием, Пике часто вылетал, и ему два раза меняли носовой обтекатель. В итоге он финишировал на последнем 16-месте в двух кругах от лидера. Глава команды Флавио Бриаторе сказал: «Очень, очень плохая гонка».. Более сильный результат он показал в Бахрейне, финишировав 10-м и показав немало обгонов. На последних кругах гонки он обогнал Марка Уэббера. В Испании он провёл спокойную гонку и финишировал всего лишь 12-м.