Etter den andre verdenskrig begynte Skvorecky å studere ved Det medisinske fakultet ved Karlsuniversitetet i Praha. Han tok sin doktorgrad i filosofi i 1951. Mellom 1952 og 1954 hadde han militærtjeneste i den tsjekkoslovakiske hæren. Skvorecky arbeidet i en kortere periode som lærer, oversetter og redaktør på 1950-tallet. Etter den sovjetiske invasjonen av Tsjekkoslovakia i 1968 flyttet Škvorecký og hans kone, sammen med forfatter og skuespiller Zdena Salivarová, til Canada. De fleste av hans romaner er tilgjengelig på engelsk. Skvorecky døde av kreft i januar 2012 i Toronto i Canada. Blant hans mange litterære utmerkelser er Neustadt International Prize for Literature (1980). Skvorecky ble nominert til Nobels fredspris i 1982, og i 1992 ble han medlem av Order of Canada.