В 1160-х возникла угроза Египту со стороны крестоносцев. Арабов на борьбу против них сплотил курдский полководец Салах ад-Дин. Нанеся поражение крестоносцам у границ Египта, он в 1187 году отвоевал Иерусалим. После смерти фатимидского халифа в 1171 году Салах ад-Дин стал правителем Египта, основав династию Айюбидов (Эйюбидов). При его правлении Египет вернулся к исламу суннитского толка. На военную службу приходило все больше тюркских рабов из Турции. Войско поддерживала система "икта" — сбор налогов с земли, которую воинам выдавали за военную службу. Со временем мамлюки образовали прослойку очень мощной земельной аристократии. В 1250 году они свергли династию Айюбидов и основали свою собственную. Самых могущественных из мамлюков называли "амирами". Мамлюки удерживали власть в Египте на протяжении 250 лет. За это время они расширили подвластную территорию на Палестину, победили крестоносцев и остановили монгольское нашествие в битве при Айн-Джалуте в 1260 году. Мамлюкский Египет стал защитником ислама и его священных городов Медина и Мекка.