Nikolajevsk-na-Amure kuului alun perin Kiinalle ja sen paikalla oli Miàojiē -niminen kaupunki. Kiinan hävittyä toisen oopiumsodan alue siirtyi Venäjälle Aigunin sopimuksella vuonna 1858 ja uudelleen Pekingin sopimuksella vuonna 1860.