W czasie wojny domowej w Kongu, którą rozpoczął Denis Sassou-Nguesso, pozostający przez pięć lat w opozycji, Yhombi-Opango stanął po stronie obalonego w październiku 1997, prezydenta Lissouby. Przed rozpoczęciem działań wojennych, Sassou-Nguesso spotkał się z Yhombi-Opangą w maju 1997 w Owando, by poparł działania generała na rzecz obalenia prezydenta Lissouby. Po objęciu rządów przez generała Sassou-Nguesso, Yhombi-Opango zmuszony był do emigracji. Udał się do Wybrzeża Kości Słoniowej, następnie do Francji. Wraz z przebywającym na emigracji Lissoubą i Kolélasem, wezwał do bojkotu referendum konstytucyjnego z 2002 roku.