Franc Kos je 1991 sodeloval v slovenski osamosvojitveni vojni. Po vojni za Slovenijo se je pridružil gardistom v Zagrebu in se sprva boril na hrvaški strani v Vukovarju, pozneje pa je v Mostarju vstopil v Hrvaški obrambni svet (hrvaško Hrvatsko vijeće obrane; kratica HVO). Januarja 1993 se je pridružil Vojski Republike Bosne in Hercegovine (Vojska RBiH, bošnjaško Armija BiH), kot vojak 3. voda, 2. bataljona Tuzlanske brigade, zveste takratnemu bošnjaškemu voditelju Aliji Izetbegoviću. V začetku 1993 ga je aretirala vojna policija Vojske RBiH, ker je pomagal Srbom, da so lahko prehajali bojne linije na teritorij Republike Srbske. Po prestani štiridesetdnevni zaporni kazni je Kos pobegnil na srbsko stran, kjer je bil ponovno aretiran in zaprt v taborišču Batković.