Špilberkin linnan rakennutti Böömin kuningas Ottokar II Přemysl, jonka tarkoituksena oli tehdä siitä Määrin hallitsijoiden hallintapaikka. Ensimmäiset kirjalliset maininnat linnasta ovat vuosilta 1277–1279. Siitä tuli 1300-luvun puolivälissä määriläisten rajakreivien asuinpaikka, kun Jan Jindřich ja hänen poikansa Jošt Jindřich asettuivat linnaan. Jindřichien jälkeen linnan merkitys asuinkäytössä pieneni ja siitä tuli sotilaallinen keskus hussilaissotien aikana 1400-luvulla. Böömin hallitsijan Yrjö Podebradyn poika Viktorin piti linnassa omaa päämajaansa. Vuonna 1469 Unkarin kuningas Matias Corvinus valtasi linnan usean kuukauden piirityksen jälkeen ja valloitti näin Määrin.