Un incendio ocurrido en 1930, así como las revueltas políticas de ese período (la Revolución de 1930 y la Revolución Constitucionalista de 1932) obligaron al museo a hacer las veces de cuartel improvisado, causando el cierre de la Pinacoteca por dos años. Su reapertura se dio en la sede de la Prensa Oficial del Estado de São Paulo, donde permaneció hasta 1947, año en el que retornó a su antigua sede. A su vez, el Liceo de Artes y Oficios, que había sido mudado a un edificio en la Avenida Tiradentes a causa de los motines, ya nunca más volvería al edificio del "Jardim da Luz".