5 июня 1991 года в товарищеском матче против сборной Перу Фернандес дебютировал за сборную Эквадора. 4 июля 1992 года в поединке против Уругвая он забил свой первый гол за национальную команду. Кубок Америки 1993 года стал первым его крупным соревнованием. На турнире он принял участие в матчах против сборных Мексики, Венесуэлы, США, Уругвая, Парагвая и Колумбии. Во встрече против венесуэльцев Анхель отметился «дублем». В 1997 году Фернандес во второй раз защищал честь страны на Кубке Америки, но принял участие всего в одной встрече против сборной Мексики.