Волна антиармянской резни на контролируемых Азербайджаном территориях началась в 1918 году и продолжалась до 1920 года, когда и Армения, и Азербайджан присоединились к Советскому Союзу. Первого сентября 1918 года в Баку произошла резня армян, в результате которой погибло от 10 000 до 30 000 этнических армян в ответ на мартовские события. Позднее события были названы сентябрьскими. 5-7 июня 1919 г. произошла очередная резня армян в Кайбаликенде в Нагорном Карабахе. До 700 армян были убиты в результате резни, организованной генерал-губернатором Карабаха Хосров беком Султановым и возглавляемой его братом Султан беком Султановым. В марте 1920 года произошел погром шушинских армян в ответ на Новрузское нападение, совершенное армянами против местных азербайджанцев, а также против азербайджанской армии. Оценки числа пострадавших неопределенны и варьируются от нескольких сотен до 20 000-30 000 жертв. До и во время русской революции 1917 года армянофобия была основой азербайджанского национализма, и при советском режиме армян провозглашали козлами отпущения, на которых складывали ответственность за государственные, социальные и экономические недостатки Азербайджана. В советское время правительство СССР пыталось способствовать мирному сосуществованию двух этнических групп, но многие азербайджанцы возмущались высоким социальным статусом армян в Азербайджане, поскольку многие армяне считались частью азербайджанской интеллигенции. Однако когда разразился чреватый злодеяниями конфликт из-за Нагорного Карабаха, общественное мнение в обеих странах по отношению к другой ожесточилось.