En 2001, les tensions entre Albanais et Macédoniens atteignent des proportions dangereuses et des anciens combattants de la guerre du Kosovo lancent une guérilla dans le nord-ouest du pays. Ils forment l'Armée de libération nationale (UÇK-M), une organisation qui souhaite annexer les régions albanaises de Macédoine au Kosovo. Les rebelles attaquent l'armée et la police le long de la frontière kosovare et reçoivent le soutien de la population albanaise locale. Ils bénéficient par ailleurs d'importants moyens financiers. Au début de l'été, la situation est tendue, mais le conflit est finalement désamorcé en juillet grâce à une médiation internationale. Les accords d'Ohrid, signés par les deux parties en août, octroient de nouveaux droits aux Albanais, notamment dans le système éducatif.