Церква "пережила" землетруси, повені, пожежі.&lt;br&gt;У квітні 1506 року у церкві Сау Домінгуш розпочалась Лісабонська різанина.&lt;br&gt;У XVII ст. храм слугував "домом" для інквізиції — зачитані тут приговори про спалення засуджених відразу приводили в дію поруч, на площі Россіо. У церкві Сау Домінгуш винесли вирок за єресь священнику-ієзуїту італійського походження, так званому, "бразильському апостолу" Габріелю Малагріді: спочатку його було задушено гарротою, а потім спалено на вогнищі.&lt;br&gt;У 1755 році землетрус майже повністю знищив монастир та церкву при ньому, за винятком каплиці Носса Сенхора да Ескада, зведеної у 1748 році за проектом Йоганна Фрідріха Людвіга.&lt;br&gt;До створення сучасної португальської республіки (1910 рік) церемонії вінчання, хрещення та похоронних відправ королівських осіб проводились саме у церкві Сау Домінгуш.&lt;br&gt;Відновлена після землетрусів та повеней церква знову постраждала, на цей раз вже від пожежі (1959 рік) — внутрішнє оздоблення згоріло повністю, а чорний мармур, яким вона була оздоблена, придбав криваво-червоний відтінок. Храм відреставровано (спеціально було залишено фрагменти пожежі) та відкрито для відвідувачів у 1994 році.