1799-1801 var Schifter udkommanderet med fregatten "Najaden" i Middelhavet under krigen med barbarerne. Under denne tjeneste blev han i maj 1800 i Tunis overfaldet af korsarer, blev hårdt såret af et sabelhug i hovedet, og under nogle forhandlinger, han ledede med Bejen af Tunis, blev han af denne arresteret og holdt fanget i 3 måneder. Ved hans tilbagekomst bestemtes han tillige med 3 andre officerer til studering af skibsbyggeri, men ved sine ualmindelige evner distancerede han hurtigt sine kammerater. 1803 gik fabrikmester Frantz Hohlenberg af, og da Schifters studier imidlertid endnu ikke var tilendebragt, forblev embedet foreløbig ubesat, men reserveredes for Schifter, som blev auskultant i Konstruktionskommissionen (1805). Denne foretog 1807 en studierejse, der begyndte i Sverige; her overraskede krigens udbrud ham, hvorfor han måtte flygte til Norge, hvor han dog straks på Frederiksværns værft kom i travl virksomhed med bygning af kanonbåde og andre forsvarsforanstaltninger. Oktober samme år blev han sendt til Holsten for at få produceret kanonbåde og december vendte han tilbage til Orlogsværftet i København. 1808-09 var han om bord i linjeskibet "Pultusk" i Scheldeflåden, hvilket var en tjeneste, der var ham i høj grad utilfredsstillende. Efter endt hverv fortsatte Schifter sin rejse til Holland, Frankrig og Italien; først 1814 vendte han tilbage og ansattes nu som fabrikmester samt medlem af Konstruktionskommissionen.