במלחמות הפלופונסיות, שהחלו בשנת 431 לפנה"ס והתחוללו בין אתונה ובעלות בריתה לבין ספרטה ובעלות בריתה, תפסו התלת-חתריות מקום חשוב. למרות קרבות יבשה רבים שהתחוללו, הובסה אתונה לבסוף לאחר הרס הצי שלה במתקפה על סיציליה ולבסוף בקרב אייגוספוטמוי, שבו הובס הצי האתונאי תבוסה מוחצת בידי הצי של ספרטה.