Il 23 aprile lo "Shiranui" si fermò a Kure, per ricevere riparazioni e manutenzione. Il 21 maggio, di nuovo in efficienza, l'unità partì con tutta la 2ª Squadriglia per portarsi a Saipan il 25 e prendere in carico un convoglio d'invasione per l'atollo di Midway, indicato come prossimo obiettivo dall'ammiraglio Isoroku Yamamoto: la battaglia a inizio giugno, però, fu uno scontro tra sole portaerei vinto dalla United States Navy e l'occupazione dell'atollo fu annullata. Lo "Shiranui" ebbe ordine di ripiegare a Truk con la 18ª Divisione, da dove partì il 17 giugno per scortare, con i gregari, la 7ª Divisione incrociatori (, "Suzuya") e una petroliera sino a Kure (23 giugno). Dalla città lo "Shiranui", il "Kasumi" e lo "Arare" proseguirono per Yokosuka e assunsero la difesa della nave appoggio idrovolanti , che doveva recare rifornimenti a Kiska – nelle isole Aleutine occidentali, occupata poco dopo la sconfitta a Midway. Le navi arrivarono il 4 luglio e gettarono le ancore dinanzi il porto naturale; furono così un facile bersaglio per il sommergibile , che penetrò non visto nella baia il 5 e lanciò un fascio di siluri che arrecò gravissimi danni. Lo "Shiranui" fu quasi spaccato in due poco dietro il fumaiolo anteriore, ma la struttura della nave resse e ci furono solo tre morti; fu giocoforza procedere sul posto con riparazioni sommarie prima che il cacciatorpediniere "Inazuma", il 15 agosto, lo prendesse a rimorchio per spostarlo all'isola di Shimushu. Da qui lo "Shiranui" fu trainato fino a Maizuru e lì ormeggiato il 3 settembre: era stato intanto spostato nella riserva. La ricostruzione durò più di un anno, durante il quale il comando ruotò tra diversi ufficiali.