W 2009 roku Zelaya wziął udział w Złotym Pucharze CONCACAF, lecz jego zespół nie wyszedł z grupy, zajmując w niej ostatnie miejsce. Dwa lata później z czterema trafieniami na koncie wywalczył tytuł wicekróla strzelców Złotego Pucharu CONCACAF i został wybrany do najlepszej jedenastki turnieju, natomiast jego bramka w spotkaniu z Kostaryką została wybrana przez CONCACAF piątym najładniejszym golem rozgrywek. Mimo tych indywidualnych wyróżnień Zelaya odpadł z Salwadorem już w ćwierćfinale.