V polovině července 1939 byl z úřadu odvolán nacista Fuchs a na jeho místo přijel do Prahy z Vídně i s veškerým svým personálem vysoký esesman Eichmann a zřídil zde Ústřednu pro židovské vystěhovalectví, která se od té chvíle stala jediným orgánem umožňujícím emigraci Židů. Mnohem větší problémy však nastaly po 1. září 1939, kdy Německá armáda napadla Polsko a započala tak druhou světovou válku. Zároveň rozjel Reinhard Heydrich plán konečného řešení židovské otázky. Většina dalších plánů pak definitivně padla v roce 1940, kdy Německo ovládlo západní státy a Itálie se rozhodla vstoupit do války s Řeckem. Tím se uprchlíkům uzavřely možné cesty na východ i na západ. Žadatelé o azyl v USA mířili za svým vysvobozením přes Rusko a Asii, zatímco Palestina se od května 1941 stala nedosažitelnou z důvodu uzavření Palestinského úřadu Gestapem.