Pada 1 Mei 1994, Ayrton Senna meninggal dunia dalam Grand Prix San Marino. Prost menjadi salah seorang pengusung jenazah Senna. Prost kemudian berbicara empat tahun setelah kematian Senna. Prost memberitahu Nigel Roebuck, seorang jurnalis Inggris, bahwa ia "selalu menolak untuk berbicara mengenai dirinya." Ketika Senna meninggal, Prost menyatakan bahwa "sebuah bagian dari dirinya juga telah mati", karena karier mereka telah begitu terikat dengan Senna. Senna juga merasakan perasaan yang sama ketika Prost pensiun pada akhir musim 1993, ketika dia mengakui seorang sahabat dekatnya, bahwa dia menyadari begitu besar motivasi dirinya, datang dari pertarungan dengan Prost. Hanya beberapa hari sebelum kematiannya, ketika pengambilan film sebuah putaran di Imola untuk televisi Prancis TF1, dia disambut Prost, kemudian kepada seorang cendikiawan di saluran televisi tersebut, ia menyatakan, "Aku ingin menyabut kembali temanku Alain - kami semua merindukanmu...". Prost menyatakan bahwa dia sangat tersentuh oleh hal itu.