ב-14 בנובמבר 1904 הוא השתתף בהתקוממות נגד ממשלתו של הנשיא רודריגס אלווס, על רקע אבטלה, סבל נרחב וחוק החיסונים המחייב אשר נקראה "מרד החיסונים". המרידה הופלה בידי המפקד הצבאי של בית הספר הצבאי, הנשיא לימים ארמס דה פונסקה. דוטרה ועמיתיו גורשו מבית הספר ואיבדו את תפקידם בשירות גדוד הרגלים ה-24 בריו דה ז'ניירו. בשנת 1905 דוטרה קיבל חנינה מידי בית המשפט הצבאי והושב לשירות בגדוד ה-24. באותה שנה הוא חזר לבית הספר הצבאי, שהועבר באותה העת לריאלנגו. זמן רב היה בעל מוניטין ממוצע ולא התגלה כבעל פוטנציאל בקרב חוגי ממשל והנהגה עד לשנת 1932. שנתיים קודם לכך עלתה הדיקטטורה של ז'טוליו ורגאס אשר סיימה את השלטון הפוליטי של מדינות סאו פאולו ומינאס ז'ראיס. מיליציה מקומית בראשות הנשיא לשעבר, וושינגטון לואיס, התארגנה בסאו פאולו והחלה במרד מזוין להפיל את ממשל ורגאס אשר נודע בתור המהפכה החוקתית בברזיל. דוטרה התבלט כמנהיג הכוחות הפדרליים והביא תוך כמה חודשים למצור על העיר סאו פאולו ולהפלת המרידה. בשנת 1935 הוא הועלה לפיקוד דיוויזיית רגלים והוביל את ההתנגדות למפלגה הקומוניסטית בראשות לואיס קרלוס פרסטס ב-27 בנובמבר, בריו דה ז'ניירו. דיכוי הפעילות הקומוניסטית הייתה חלק מתוך מדיניות ממשל ורגאס הדיקטטורי.