У червні 1940 року, з початком німецького вторгнення до Франції, «Перле» перебував у складі 21-ї ескадри в Тулоні. Після вступу Італії у війну корабель вирушив до італійського узбережжя для постановки мінних полів. 13 червня він встановив 32 морські міни поблизу Бастії. 22 червня, в день капітуляції Франції нацистській Німеччині (перемир'я 22 червня 1940 р.), підводний човен знаходився в Єрі. У листопаді 1940 р. «Перле» знаходився під контролем уряду Віші у складі 5-ї групи підводних човнів у Тулоні (разом із підводними човнами «Галаті», «Сірен», «Наяде», «Аталанте» та «Діаман»), але не експлуатувався.