Promu contre-amiral en juin, Sprague commande la division de porte-avions qui couvre l'assaut de Guam de juillet-août et de Morotai en septembre. En tant que commandant du groupe opérationnel (Task Group) 77.4 et de l'unité opérationnelle (Task Unit) 77.4.1 ("Taffy 1") pendant la bataille du golfe de Leyte du 24 au , Sprague commande brièvement des porte-avions d'entraînement du Pacifique, relevant de la division de porte-avions. Il dirige ensuite la division de porte-avions lors de la bataille d'Okinawa d'avril à , puis la Task Force 38.1 lors des dernières opérations aériennes contre le Japon avant la fin de la guerre.