W 1939 r. awansował na stopień admirała i został głównym dowódcą japońskiej floty morskiej. W 1941 r. opracował zlecony mu plan wyparcia USA z regionu Pacyfiku, choć był przeciwny wojnie ze Stanami Zjednoczonymi, uważał bowiem, że przewaga amerykańskiego potencjału gospodarczego uniemożliwia Japonii zwycięstwo. W ramach tego projektu opracował plan ataku na Pearl Harbor, który wzorował na brytyjskim rajdzie na włoski port w Tarencie z 1940 roku.