En 2006, la MP4-21 est plus fiable que son ainée mais moins performante. Il n'y a pas de victoire pour la première fois depuis 1996, et Montoya est renvoyé après une première moitié de saison décevante et un accrochage avec Räikkönen au départ à Indianapolis. Pedro de la Rosa, qui avait déjà roulé pour McLaren à l'occasion du Grand Prix de Bahreïn 2005, assure l'intérim jusqu'à la fin de la saison, terminant notamment deuxième en Hongrie.