Markoski debuterte for Makedonia U-21 i 2013 og fikk tilsammen 16 kamper og seks skåringer frem til 2017. Han deltok blant annet under U21-EM i fotball for menn 2017 i Polen. Han fikk sin a-landslagsdebut for i en vennskapskamp borte mot den 18. juni 2014 (2–0). Hans første landslagsmål kom i en vennskapskamp hjemme mot den 11. november 2017 (2–0).