Мир между турками и венецианцами оказался непродолжительным. Началась новая турецко-венецианская война. В сентябре 1687 года Парфенон потерпел самый страшный удар: венецианцы под руководством дожа Франческо Морозини захватили укрепленный турками Акрополь. 26 сентября шведский генерал , который стоял во главе венецианской армии, отдал приказ обстрелять Акрополь из пушек на холме Филопаппа. Когда пушки выстрелили в Парфенон, который служил османам пороховым складом, тот взорвался, и часть храма моментально превратилась в руины. В предыдущие десятилетия турецкие пороховые склады неоднократно взрывались. В 1645 году в склад, обустроенный в Пропилеях акрополя, попала молния, при этом погиб дисдар и его семья. В 1687 году, когда на Афины напали венецианцы совместно с армией союзнической Священной Лиги, турки решили расположить свои боеприпасы, а также скрыть детей и женщин, в Парфеноне. Они могли рассчитывать на толщину стен и перекрытий или надеяться на то, что противник-христианин не будет обстреливать здание, которое несколько веков служило христианским храмом.