2008-ban továbbra is a Honda versenyzője volt, a sikertelen csapathoz Ross Brawn érkezett. Az idénynyitó ausztrál nagydíjon rajtbaleset áldozata lett, A maláj nagydíjon tizedikként ért célba. Bahreinben is ütközés miatt kényszerült feladni a versenyt: David Coultharddal akadt össze az egyik szűk visszafordító kanyarban. A spanyol nagydíjon, köszönhetően a Honda új fejlesztéseinek és a sok kiesésnek, a 6. helyen ért be és megszerezte maga és a csapat első 3 pontját. Törökországban a 11. helyen, körhátrányban ért célba. Az esős monacói nagydíjon a 11. helyről indulhatott és ugyanebben a pozícióban is ért célba. Kanadában a boxból rajtolva a 11. lett. A francia nagydíjon csak a 16. helyről rajtolhatott. A futam közben kicsúszott, megsérült az autója, ezért beállt a boxba, így ő lett a verseny egyetlen kiesője. A hazai futamának időmérőjén megint nem mentek jól: Button csak a 17. helyről rajtolt. A futamon esett az eső, és amikor nagyon rákezdett, a csapat kihívta Buttont csapattársával együtt extrém esőgumiért, hogy gyorsak tudjanak lenni. Button gyors is volt, de a 4. helyen autózva kicsúszott és a falnak ment, míg Barrichello harmadik lett. Németországban a 14. helyet szerezte meg az időmérőn, de csak az utolsó helyen ért célba. A soron következő, Magyar-, Európai-, Belga- és Olasz Nagydíjakon rendre távol maradt a pontszerző zónától: 12., 13., valamint kétszer 15. lett. A pontszerzéshez Szingapúrban került a legközelebb, ahol a kaotikus versenyen 9. lett. Az idény további három versenyén is célba ért, de messze volt az első nyolctól. 2008-ban a spanyol nagydíjon szerzett 3 pontjával 18. helyen végzett az összetettben. Ennek ellenére optimista maradt, mivel tudta, hogy már a jövő évre koncentrál a csapat. 2008. december 5-én azonban a Honda bejelentette, hogy a gazdasági válság miatt azonnali hatállyal leállítja Formula–1-es tevékenységét és csapatát eladásra kínálja. Button versenyzői állása így veszélybe került.