Dne 25. února 1948 převzala skupina kolem Aloise Petra a Josefa Plojhara za pomoci bezpečnostních složek a komunistů moc ve straně. Alois Petr a Josef Plojhar také usedli ve druhé vládě Klementa Gottwalda. Utvořením akčního výboru Národní Fronty ČSL začala nová etapa strany. Podle komunistů se měla ČSL stát spolkem pod patronací KSČ a Národní fronty - prostředníkem mezi státem a církví, který by pomohl u věřícího obyvatelstva s přijetím nového režimu. V jejím čele stál nejprve Alois Petr a po jeho smrti v roce 1951 sedmnáct let Josef Plojhar, který byl za neuposlechnutí výzvy nekandidovat do parlamentu v květnu 1948 církví za tento přečin suspendován. Zlomit členskou základnu se podařilo jen zčásti, do obrovské komunistické kampaně proti církevní hierarchii se řadoví členové nezapojili. V roce 1968 sice bylo vedení strany odvoláno a na okamžik to vypadalo, že se podaří stranu osvobodit, ale srpnová invaze znamenala konec všech nadějí a uvrhla ČSL zpět do pevného područí KSČ.