Au début de la Seconde Guerre mondiale, Louis Lecoin publie le tract « Paix immédiate ! », ce qui lui vaut des poursuites judiciaires. Figurant parmi les signataires, le couple Alexandre est lui aussi inquiété. La guerre conduit provisoirement les lycées où Michel et Jeanne Alexandre enseignent (Louis-le-Grand et Versailles) à se replier à Clermont-Ferrand, où ils travaillent donc jusqu'à l'armistice de 1940. Durant l'Occupation, ils cessent toute activité militante. Ils reviennent à Paris en automne et, en décembre, Michel Alexandre est interdit d'enseigner du fait de ses origines juives. Il est ensuite interné au camp de Royallieu. Le couple parvient à gagner Limoges, en zone libre, en janvier 1942 ; Jeanne Alexandre y avait été nommée professeure. Ils reviennent à Paris à la fin de la guerre mais se tiennent désormais à l'écart de la politique. Michel Alexandre meurt en 1952 et sa veuve s'emploie alors à publier ses anciens cours, afin de faire perdurer sa mémoire. Elle est aussi secrétaire de l'association des Amis d'Alain. Retraitée de l'enseignement depuis 1955, elle meurt en 1980.