Sesongen 2009 startet med en svak 12.-plass i Australia, før de første poengene ble tatt med en 6.-plass i Malaysia. Under Kinas Grand Prix fullførte løpet som nr. 2 etter lagkamerat Sebastian Vettel som vant, men foran Jenson Button. Senere fikk han så en 3.-plass i Spanias Grand Prix, denne gangen foran lagkamerat Vettel. I klassiske Monacos Grand Prix måtte Webber nøye seg med en 5.-plass.