A Benettonnál a második futamán a San Marinói Nagydíjon megszerezte első világbajnoki pontjait, majd az esős Angol Nagydíjon elért 3. helyével az első dobogóját is, így az év végén 12 pontjával a bajnokság 10. helyén végzett, majd a következő szezonban a Japán Nagydíjon Ayrton Senna kizárását követően az első futamgyőzelem is megérkezett, aminek köszönhetően a bajnokság 6. helyén fejezte be az évet. A német nagydíjon nagyszerűen küzdött és Senna csak a verseny végén tudta megelőzni. A magyar nagydíjat csak azért vesztette el, mert a futam utolsó szakaszában Senna kiszorította a pályáról. A következő szezonban úgy tűnt, hogy a háromszoros világbajnok, Nelson Piquet személyében új csapattársat kapó Nannini végre révbe ért. A veterán Piquet-t egyre jobban elhomályosító olaszra állítólag a Scuderia Ferrari is szemet vetett, de a Spanyol Nagydíj után egy helikopter baleset, amelyben elvesztette a jobb alsó karját, véget vetett a Formula–1-es álmoknak.