אגינגה ערך ארבע הופעות במוקדמות מונדיאל 2006, וזומן לסגל לטורניר האחרון בקריירה שלו, קופה אמריקה 2004. אגינגה פתח בהרכב כקפטן בשני משחקיה האחרונים של אקוודור בבית. משחקו האחרון בקריירה הבינלאומית היה ההפסד 2-1 למקסיקו בסיום שלב הבתים.