Os sequanos então pediram ajuda a César, que expulsou os germânicos (), mas, ao mesmo tempo, obrigou que os sequanos lhe cedessem todo o território que haviam conquistado dos éduos. A exigência exasperou-os de tal forma que eles se juntaram à revolta de Vercingetórix () e estavam presentes na derrota na Batalha de Alésia. Sob Augusto, o distrito conhecido como Sequânia era parte da Bélgica. Depois da morte de Vitélio (69), os habitantes da região não apoiaram a revolta gaulesa contra Roma instigada por Caio Júlio Civil e Júlio Sabino, expulsando este último quando ele invadiu a Sequânia. Um arco triunfal em Vesôncio (Besançon), que foi transformada em colônia pela lealdade, possivelmente comemora esta vitória.