Ming-dynastian jälkeen Kiinaa hallitsi mantšujen perustama Qing-dynastia. Nanjing sai uuden nimen Jiangning, ja se oli sittempien Jiangxin ja Jiangsun maakunnat kattaneen hallinnollisen alueen keskus. Kaupungissa allekirjoitettiin vuonna 1842 ensimmäisen oopiumisodan päättänyt Nanjingin sopimus, ja vuonna 1853 sen valtasivat Taiping-kapinalliset. Nanjingista tuli kapinallisten Taiping Tianguon pääkaupunki. Kaupunki kärsi mittavia tuhoja Qing-dynastian joukkojen jälleenvallatessa sen vuonna 1864. Tuhoista toipuminen kesti vuosikymmenten ajan. Kaupunki avautui ulkomaalaiselle kaupalle vuonna 1899, ja vuonna 1908 avautui rautatieyhteys Shanghaihin. Xinhai-vallankumouksen sytyttyä vuonna 1911 Nanjingista tuli tasavaltalaisen väliaikaisen hallituksen pääkaupunki. Ensimmäinen presidentti Yuan Shikai siirsi pääkaupungin kuitenkin jo seuraavana vuonna Pekingiin.