Evropská migrační krize se podle Drahoše nevyřeší „zadrátováním hranic,“ ale měla by se řešit na místě, kde vzniká. Jelikož do Evropy přichází řada migrantů z čistě ekonomických důvodů, musíme se prostě smířit s tím, že rozumné řešení bude stát hodně peněz. V červnu 2017 Drahoš uvedl k otázce uprchlických kvót pro členské země EU, že „Přijmout tady nějakých 2 600 z bezpečnostního hlediska prověřených uprchlíků nebo migrantů by neměl být žádný problém.“