Ab dem Jahre 1541 kam Waltrowitz mit der Genehmigung von König Ferdinand I. an Johann Kuna von Kunstadt. Von da an gehörte Waltrowitz zur Herrschaft Joslowitz. Während der Reformation ließen sich radikal-reformatorische Täufer im Ort nieder und ab dem Jahre 1570 galt der Ort als lutherisch. Sechs Jahre später bat der Abt den Gutsherrn von Joslowitz, den protestantischen Pfarrer von Waltrowitz zu entfernen, da er fürchtete, dass die umliegenden Orte ebenso vom katholischen Glauben abfallen könnten. Erst im Dreißigjährigen Krieg, nach dem Sieg der Kaiserlichen beim Weißen Berg und dem Einsetzen der Gegenreformation, wurden die Täufer im Jahre 1620 durch Kardinal Franz Seraph von Dietrichstein aus dem Ort verwiesen. Diese zogen Großteils nach Siebenbürgen weiter. Daraufhin wurde Waltrowitz wieder katholisch. Die Matriken wurden seit 1660 im Ort geführt.