1499 mussten auf Verlangen des Bischofs drei Wehrtürme errichtet werden, dafür erließ er dem Ort die Steuern. Mauern wurden nicht benötigt, da die sumpfigen Wiesen und die beiden Ebracharme lange Zeit feindliche Angriffe verhinderten. So blieb Burgebrach im Hussitenkrieg und im Bauernkrieg verschont. Erst 1550 wurde es von dem berüchtigten Markgrafen Albrecht Alcibiades angegriffen und am 16. Februar 1632 im Dreißigjährigen Krieg durch die Schweden mit Plünderungen und Brandschatzungen heimgesucht. 1706 mussten an die Franzosen umfangreiche Geld- und Naturalabgaben geleistet werden.