1941年12月17日，盟軍為了避免日軍攻佔葡屬帝汶而將其佔領，之後英國和葡萄牙協議將葡屬帝汶歸還葡萄牙，但在葡軍到來之前日軍旋即於1942年2月發動帝汶戰役佔領了帝汶島，在持續的反抗戰事中，帝汶總人口之13%，即6萬人死亡。1945年，第二次世界大戰後，葡萄牙恢復對東帝汶的殖民統治。1951年，東帝汶名義上改成葡萄牙海外的一個省。1960年，聯合國大會通過決議，宣佈東帝汶島及附屬地是葡萄牙管理的領土。1974年4月，葡萄牙國內發生康乃馨革命之政變，葡萄牙駐東帝汶總督允許東帝汶人民成立政黨並自行決定其前途。