Una stretta porta conduce alla cosiddetta chiesa della Beata Rita, ossia la vecchia chiesa, inglobata nella nuova, che ha custodito il corpo della santa dal 1577 al 1947 ed utilizzata per le preghiere delle monache del vicino convento; danneggiata da un terremoto nel 1703, tanto che la salma fu custodita per quattro anni in un magazzino nell'orto del monastero, fu poi in parte demolita per realizzare il nuovo tempio: rimangono il portale d'ingresso ed alcuni altari, completamente restaurati nel 1994. All'interno sono custodite diverse opere come le tele raffiguranti "Santa Rita che riceve la stigmata", di Tito Troja del 1889, l"'Addolorata con in braccio il Cristo morto", opera Salvo Castellucci del 1625, la "Resurrezione di Cristo" di Benedetto Nucci del 1588 ed una tela, caratterizzata da un crocifisso in legno e personaggi dipinti, tra cui la Madonna, santa Caterina d'Alessandria e sant'Agostino, del 1610 realizzata da Virgilio Nucci; del 1629 è la cornice in marmo che circondava precedentemente l'urna di santa Rita. Originariamente la basilica disponeva anche di una cripta, in seguito trasformata in una nuova chiesa, chiamata Basilica inferiore.