La saison 2008-2009 est celle de la révélation pour l'Allemand qui remporte ses premières récompenses mondiales. Christoph Stephan signe sa première et unique victoire dans l'élite mondiale le à Antholz sur la mass-start. Auteur d'un 19 sur 20 au tir, l'Allemand devance au sprint l'Autrichien Dominik Landertinger et le Russe Ivan Tcherezov. Ce succès intervient juste avant les Championnats du monde 2009 organisés en Corée du Sud où Stephan confirme alors ses récentes performances pour ses premiers mondiaux. L'Allemand y décroche en effet deux médailles. La première, en argent, est enlevée à l'issue de l'individuel remporté par le Norvégien Ole Einar Bjørndalen ; la seconde, en bronze, est gagnée au sein du relais allemand qui termine troisième derrière la Norvège et l'Autriche. Cela intervient juste après la mort de son père.