В 1986 году Ханан Ашрауи стала деканом факультета гуманитарных наук Бирзейтского университета и занимала этот пост до 1990 года. В ответ на периодические закрытия университета израильскими властями она основала Комитет юридической помощи Бирзейтского университета и проект защиты гражданских прав, а в 1988 году, после начала палестинской интифады, присоединилась к её Политическому совету. С начала 1990-х годов Ашрауи была официальным спикером палестинских делегаций на мирных конференциях по Ближнему Востоку. По решению Ясира Арафата она вошла в состав палестинской делегации на Мадридской конференции 1991 года. Когда Израиль потребовал исключения из делегации всех политиков, связанных с ООП, Ашрауи возглавила акции протеста, добившись восстановления в составе делегации.