Джордан получил временное звание второго лейтенанта, и был направлен в 5-й пехотный полк, но уже 1 декабря 1840 года был переведен в 3-й пехотный полк. Он служил в Форт-Шеллинге, штат Миннесота, принимал участие во второй Семинольской войне, был среди тех, кто пленил вождя «Тигровый хвост» возле Седар-Кис в ноябре 1842 года. Затем служил на Западном фронтире, в 1846 году получил звание первого лейтенанта. Во время американо-мексиканской войны принимал участие в битве при Пало-Альто и битве у русла де-ла-Пальмы. В 1847 году получил звание капитана и стал служить квартирмейстером; по окончании войны ещё в течение года оставался в Веракрусе на административной должности.