W okresie najazdu Szwedów porzucił służbę w kompucie i w połowie października 1655 r. przybył do Krakowa, gdzie uczestniczył w podpisaniu aktu poddania południowych województw Rzeczypospolitej Karolowi X Gustawowi. Po przybyciu Jana II Kazimierza z końcem roku nastąpiło odebranie Potockiemu jako arianinowi i adherentowi szwedzkiemu dóbr Łużna i Staszkówka na rzecz Jana Pieniążka, jednak z racji wcześniejszego przekazania Łużnej przez Jana bratu Wacławowi i solidarności rodzin ariańskich, pozostała ona w dzierżawie Potockich.