Длина чтений одномолекулярного секвенирования в реальном времени сравнима или больше, чем в методе Сэнгера, что даёт возможность секвенировать геномы "" и упрощает их сборку. Длинные чтения обеспечивают контекст, необходимый для правильного определения позиций повторов в геноме. Возможность получения длинных участков ДНК при секвенировании важна также для метагеномики: можно идентифицировать организмы в смешанных популяциях — например, в микробиоме. Поскольку для сборки генома необходимо меньшее количество прочтений одних и тех же участков, расшифровка генома таким методом требует меньших затрат. Одномолекулярное секвенирование в реальном времени было продемонстрировано на секвенировании геномов "de novo" в работах, посвящённых анализу вспышки кишечной инфекции в Германии в 2011 году и эпидемии холеры на Гаити в 2010 году.