À la fin 1861, Rosecrans planifie une campagne hivernale pour capturer la ville stratégique de Winchester en Virginie, contournant le flanc confédéré à Manassas. Il part pour Washington pour obtenir l'approbation de McClellan. McClellan refuse, néanmoins, disant à Rosecrans que mettre de l'Union dans Winchester serait contrer par les confédérés qui déplaceraient un nombre égal d'hommes à proximité. Il transfère aussi des de Rosecrans pour servir sous les ordres du brigadier général Frederick W. Lander, laissant Rosecrans avec des ressources insuffisantes pour faire n'importe quelle campagne. En , le département de Rosecrans est transformé en département de la montagne, qui est donné au général politique John Charles Frémont, laissant Rosecrans sans commandement. Il sert brièvement à Washington, où ses opinions s'opposent à celles du nouvellement nommé secrétaire à la Guerre Edwin M. Stanton sur les tactiques et l'organisation du commandement de l'Union pour la campagne de la vallée de Shenandoah contre Thomas Jonathan Jackson. Stanton devient l'un des plus grands détracteurs de Rosecrans. L'une des attributions pour Rosecrans donnée par Stanton est d'agir comme guide pour la division du brigadier général Louis Blenker (département de Frémont) dans la vallée, et Rosecrans est intiment impliqué dans la confusion politique et de commandement durant la campagne contre Jackson dans la vallée.