Im Frühjahr 1941 traf Johnson erstmals im Luftkampf auf Gegner der deutschen Luftwaffe. Neben Routineeinsätzen über dem Ärmelkanal, Frankreich und Belgien nahm „Johnnie“ Johnson u. a. auch an Einsätzen wie dem Landeunternehmen „Operation Jubilee“ bei Dieppe teil. Als Pilot flog er seine 516 Einsätze überwiegend auf einer Supermarine Spitfire und nahm an 70 Luftkämpfen teil. Einen letzten Sondereinsatz leitete Johnson unmittelbar vor Kriegsende, als er eine britische Begleitschutzgruppe nach Berlin führte, um hier ein in Ostpreußen gestartetes sowjetisches Bombergeschwader zu schützen.