De Dertien Factorijen verloren aan belang na de Eerste Opiumoorlog (1839-1842), waarin China werd verslagen door Groot-Brittannië. De Britten dwongen China bij het Verdrag van Nanking (1842) om vijf havens open te stellen voor handel. De Dertien Factorijen waren vanaf dat moment niet meer de enige plaats in China waar buitenlanders handel konden drijven. In 1856, tijdens de Tweede Opiumoorlog, werden de factorijen verwoest door branden en de westerse handelaren vertrokken naar pakhuizen op de tegenoverliggende oever van de Parelrivier, totdat de Britten in 1859 het eiland Shamian opeisten en aldaar een buitenlandse enclave stichtten.