Очень мало известно о действиях Гордона во время восстания под руководством Тадеуша Костюшко. Он сыграл в восстание важную роль в качестве организатора. В начале восстания он получил чин вице-бригадира, а в ноябре 1794 года стал бригадиром. 19 ноября 1794 года Фабиан Гордон капитулировал вместе со своим бывшим боевым товарищем со времен Барской конфедерации, Павлом Скоржевским, как один из последних командиров восстания.