Václav Hájek z Libočan ve své "Kronice české" (1541) rozlišuje dva Jany, Jana Nepomuckého a doktora Jana z Pomuku. Oba podle něj byli utopeni, jeden však roku 1383, druhý roku 1393. Tento názor u velmi populární kroniky své doby nakonec v obecném mínění převládl. Roku 1599 však zařazuje Jiří Barthold Pontanus z Breitenberka „Jana Zpovědníka“ mezi české zemské patrony. To potvrzuje domněnku Pekařovu, že kult sv. Jana by se v Čechách nejspíše prosadil, i kdyby nebylo Bílé hory.