Akciu Neptún pripravilo nové oddelenie česko-slovenskej rozviedky, tzv. odbor aktívnych opatrení. Tento odbor sa zaoberal dezinformáciami, propagandou a politickými provokáciami voči Západu. Akcia bola inšpirovaná nálezom množstva falošných anglických libier pochádzajúcich z nacistickej falšovateľskej dielne, ktoré sa našli na dne jazera Toplitsee v roku 1963. Príležitosť na zinscenovanie senzačného nálezu sa naskytla, keď sa redaktori obľúbeného televízneho magazínu "Zvedavá kamera" chystali preskúmať Čertovo a Černé jazero v šumavských lesoch. Jeden z potápačov Zväzarmu, ktorých si televízia najala, bol totiž Ladislav Bittman – zástupca náčelníka dezinformačného oddelenia (ktorý sa neskôr po okupácii Česko-Slovenska stal jedným z najznámejších defektorov, keď utiekol do USA, kde spolupracoval s americkou tajnou službou, prednášal a publikoval, a odhalil pravé pozadie celej akcie Neptún).