La Guerra contra Samos fue el último evento militar significativo antes de la Guerra del Peloponeso. Después del ostracismo de Tucídides, Pericles se encontró en una situación en la que era reelegido anualmente para el puesto de "strategos" (general), único cargo que llegó a ocupar oficialmente. Sin embargo, su influencia política era tal que le convertía en el gobernante de hecho del Estado. En el año 440 a. C. la isla de Samos se encontraba en guerra con Mileto por el control de Priene, una antigua ciudad de Jonia en el pie de las colinas de Mícala. Mileto estaba perdiendo la guerra, y acudió a Atenas para que les ayudasen en su conflicto con Samos. Cuando Atenas ordenó a ambas partes detener las hostilidades y someter el caso al arbitraje de Atenas, Samos se negó. En respuesta, Pericles hizo promulgar un decreto enviando una expedición a Samos, «alegando ante su gente que, si bien había sido conminados a detener su guerra contra Mileto, no estaban cumpliendo». En una batalla naval la flota ateniense dirigida por Pericles y otros nueve generales derrotó a las fuerzas de Samos e impuso en la isla una administración de su agrado. Cuando Samos se levantó contra el gobierno ateniense, Pericles obligó a los rebeldes a rendirse tras un duro asedio de ocho meses que acabó provocando un descontento bastante importante de los marinos atenienses. Pericles entonces terminó con una revuelta en Bizancio y, cuando volvió a Atenas, pronunció un discurso fúnebre en honor a los soldados que habían muerto en la expedición.