הבריכה מימי הבית השני יצאה משימוש במרד הגדול נגד הרומאים בשנת 70. על כך מעידים מספר מטבעות שנתגלו על גבי אבני הריצוף של הרחבה המרוצפת הניגשת אל הבריכה מצפון, המתוארכים כולם לימי המרד הגדול. המאוחר שבהם זמנו השנה הרביעית למרד שהיא שנת 69. בשנים שלאחר החורבן שטפו גשמי החורף את סחף הגבעות במורד הגיא ובמורד מדרונות הר ציון שממערב לבריכה, אל תוך הבריכה שהתמלאה בשכבות סחף (עד 4 מ' במקומות אחדים) עד שנתכסתה כולה.