Beauregard had het bevel over verschillende legers aan het westelijke front en voerde de Zuidelijke eenheden aan tijdens de Slag bij Shiloh in Tennessee en het Beleg van Corinth in Mississippi. Hij keerde terug naar Charleston waar hij in 1863 de haven verdedigde tegen herhaalde Noordelijke aanvallen te land vanuit de zee. Een van zijn grootste verwezenlijkingen was het vrijwaren van Petersburg, Virginia in juni 1864 toen numeriek veel sterkere Noordelijke eenheden oprukten naar de Zuidelijke hoofdstad Richmond.