"Boston" sau đó quay trở về Hoa Kỳ để đại tu, đi đến Long Beach, California vào ngày 25 tháng 3 năm 1945. Quay trở lại khu vực Tây Thái Bình Dương ngang qua Trân Châu Cảng và Eniwetok, nó gia nhập Lực lượng Đặc nhiệm 38 để tiến hành không kích lên các đảo chính quốc Nhật Bản từ ngày 20 tháng 7 đến ngày 15 tháng 8, bao gồm việc ném bom Kamaishi, Honshū ngày 9 tháng 8. Sau khi Nhật Bản đầu hàng, "Boston" tiếp tục ở lại khu vực Viễn Đông trong vai trò hỗ trợ lực lượng chiếm đóng cho đến ngày 28 tháng 2 năm 1946. Sau đó nó quay trở về Hoa Kỳ và được đưa về lực lượng dự bị tại Xưởng hải quân Puget Sound vào ngày 12 tháng 3 năm 1946; nó được cho xuất biên chế vào ngày 29 tháng 10 năm 1946.