В журналистском расследовании изданий Bellingcat (автор — Христо Грозев) и The Insider при участии Der Spiegel, CNN и ФБК в 2020 году утверждается, что сотрудники Института работают с боевыми отравляющими веществами, в частности, с веществом «Новичок». Те же журналисты считают, что под прикрытием Института действовала группа оперативников ФСБ, члены которой осуществили покушение на А. Навального в Томске в 2020 году и два покушения на российского политика и журналиста В. В. Кара-Мурзу в 2015 и 2017 годах, и что эта группа действовала под руководством заместителя начальника Института криминалистики ФСБ по науке Станислава Макшакова, которого журналисты считают руководителем программы ФСБ по отравлениям. Согласно выводам журналистов, отравления Навального и Кара-Мурзы курировал представитель другого подразделения ФСБ — Второй службы ФСБ — старший офицер этой службы Роман Михайлович Мезенцев.