El general va comandar nombroses ofensives contra els serbis a Bòsnia, entre elles l'Operació Tempesta, en la qual l'exèrcit croat va reconquerir el 1995 el territori en el que la minoria sèrbia havia proclamat la seva República Sèrbia de Krajina. Gotovina va ser un dels principals comandants d'aquella operació i és considerat per això un heroi nacional per gran part dels ciutadans del seu país. Com a contraofensiva del derrotat govern de Belgrad, segons el Tribunal Penal, sota la seva influència, "va planificar, va instigar i va ordenar la persecució de persones, el saqueig de béns públics i privats, la destrucció de béns, deportacions, assassinats, desplaçaments i la destrucció de ciutats, pobles i llogarrets sense motiu".