Koncom 17. storočia bolo mesto postihnuté veľkou epidémiou moru, ktorá si vyžiadala takmer 800 obetí. Znojmo zasiahli aj napoleonské vojny, prvýkrát v roku 1805, kedy tadiaľ prešli Rusi aj Francúzi pred bitkou pri Slavkove, a druhýkrát v roku 1809, kedy sa v blízkosti Znojma odohrala bitka medzi rakúskymi a francúzskymi vojskami, známa ako bitka pri Znojme. Znojemský hrad stratil po porážke Turkov pri Viedni v roku 1683 svoj strategický význam a v spustnutom stave ho cisár Jozef I. predal Maxmiliánovi Františkovi z Deblín a jeho bratovi, ktorí jeho západnú časť prestavali na zámok a vo východnej časti zriadili pivovar. Od roku 1784 bol zámok využívaný ako kasárne a špitál a od roku 1921 slúži Juhomoravskému múzeu. Z pôvodného hradu sa zachovala len románska rotunda sv. Kataríny a do roku 1892 stála pri vstupe z predhradia takzvaná Lúpežnická veža.