V roce 1967 navštívil prof. Kopal Prahu u příležitosti XIII. sjezdu Mezinárodní astronomické unie (IAU) (mimo jiné zde v katedrále svatého Víta provdal svou dceru Zdeňku) a zúčastnil se slavnostního zprovoznění dvoumetrového dalekohledu v astronomické observatoři Ondřejov, o jehož výstavbu se zasazoval. Po sovětské invazi v roce 1968 se mu však dveře do vlasti uzavřely. I nadále se věnoval výchově studentů z celého světa (ovlivnil např. prof. Miroslava Plavce a prof. Petra Harmance). V roce 1981 odešel formálně do důchodu – začal sepisovat své paměti a po sametové revoluci opět navštěvoval rodnou zemi (naposledy navštívil Prahu v roce 1992). Profesor Kopal zemřel 23. června 1993 ve Wilmslow nedaleko Manchesteru. Je pohřben na pražském Vyšehradském hřbitově po boku ostatních českých velikánů vědy a umění. V souladu s poslední vůlí byl odborný archiv prof. Kopala (včetně např. snímků Měsíce z přípravy letu Apollo) uložen v městském archivu v Litomyšli.