A Frota Combinada ficou sob o comando direto do Quartel General Imperial em 1937. Com o início da Guerra do Pacífico com o ataque a Pearl Harbor realizado por "Kido Butai" (1ª Frota Aérea) da Frota Combinada, a Frota Combinada tornou-se quase sinônimo de Marinha Imperial Japonesa. Ele compreendia os encouraçados, porta-aviões, aeronaves e os componentes que constituíam a principal força de combate do MIJ. Foi inicialmente mobilizado como um todo para a Batalha de Midway. Após as perdas devastadoras de transportadores em Midway e na campanha das Ilhas Salomão, a marinha foi reorganizada em uma série de "Frotas de Área" para controle operacional local de várias zonas geográficas. A Frota Combinada então evoluiu para uma organização mais administrativa.