4 августа хорватская армия начала операцию «Буря» (), целью которой было восстановление контроля практически над всеми территориями, контролируемыми краинскими сербами. В этой крупнейшей наземной операции в Европе после Второй мировой войны хорватская армия задействовала более 100 000 военнослужащих. Наступление было завершено 9 августа и полностью достигло своих целей. В ходе захвата Сербской Краины хорватскими войсками многие сербские мирные жители бежали из занимаемых хорватами территорий. Однако хорватская сторона заявила, что это было не следствием действий хорватской армии, а из-за приказов штаба гражданской обороны РСК, Верховного совета обороны РСК (опубликованных Ковачевичем, Секуличем и Врцелем) об эвакуации гражданского населения. По данным международной неправительственной организации «Международная амнистия», в ходе наступления хорватской армии до 200 000 сербов стали беженцами и были вынуждены покинуть свои дома. В ходе судебных разбирательств в Международном трибунале по бывшей Югославии было доказано, что только 20 000 сербов были насильно депортированы. После ликвидации Сербской Краины хорватам, бежавшим из этих мест в 1991 году, было разрешено возвращаться в свои дома. Только в 1996 году около 85 000 перемещённых хорватов вернулись в Краину и Западную Славонию. В ходе операции «Буря» хорватские войска потеряли от 174 до 196 человек убитыми и 1430 ранеными. Сербская сторона потеряла от 500 до 742 военнослужащих убитыми, 2500 было ранено и около 5000 солдат и офицеров попали в плен. Также от 324 до 677 гражданских лиц погибли в ходе боевых действий и военных преступлений. По данным сербской неправительственной организации «Веритас», в ходе операции «Буря» было убито и пропало без вести 1042 сербских гражданских лица.