Während des Bayerischen Erbfolgekrieges, der seine Tätigkeit als Direktor der Herrschaft Wiesenberg beendete, stellte Stettenhofen 1778 aus eigenen Mitteln ein Jäger-Freikorps mit 400 Mann auf, das er im Rang eines Hauptmanns kommandierte. Dadurch lernte er den Feldmarschall Albert von Teschen kennen, der ihn seiner Schwiegermutter, der böhmischen Königin Maria Theresia vorstellte. Diese erhob ihn am 8. Mai 1779 in den erbländischen Ritterstand und bot ihm eine Stellung im k. k. Militärdienst oder Ökonomiefach an. Stettenhofen entschied sich gegen eine militärische Laufbahn und wurde im April 1780 zum Kameralinspektor der eingezogenen Güter des Jesuitenordens in Mähren und Schlesien ernannt. Er unterstand dem Staatsgüter-Administrator Anton Valentin Kaschnitz von Weinberg. Zwischen 1783 und 1785 gründete Stettenhofen auf den Fluren aufgehobener Klosterhöfe ca. 40 Dominikalsiedlungen. Als Kameralinspektor führte Joachim von Stettenhofen die Robotabolition in den Herrschaften und Gütern Alt-Brünn, Althart, Bochtitz, Brzezowitz, Brenditz, Chirlitz, Chwalkowitz, Czellechowitz, Diwak, Dollein, Daubrowitz, Freiwaldau, Gurein, Gewitsch, Hradisch, Hradisko, Hödnitz, Jessenetz, Keltsch, Konitz, Kozuschan, Kremsier, Laškau, Meltsch, Mülfraun, Mokrolasetz, Morzitz, Mürau, Nezamislitz, Mährisch-Neustadt, Neutitschein, Olbersdorf, Oslawan, Ptin, Roketnitz, Neu-Rothwasser, Rzeczkowitz, Schebetau, Sucholasetz, Sternberg, Tainitschek, Tischnowitz, Trschitz, Wiesenberg, Welehrad, Zdaunek, Zittow, Zuckmantel und Zuckerhandl sowie den Städten Littau, Teschen und Troppau durch. Im Jahre 1788 pachtete Stettenhofen die Herrschaft Chudwein mit Lautschan für jährlich 7000 Gulden von Philipp von Andlern-Witten.