Forlán pelasi aluksi Uruguayn alle 20-vuotiaiden jalkapallomaajoukkueessa. Hän edusti Uruguayta nuorten MM-kisoissa vuonna 1999 pelaten neljä ottelua ja tehden niissä yhden maalin ottelussa Paraguayta vastaan. Uruguayn maajoukkueessa Forlán debytoi vuoden 2002 maaliskuussa Saudi-Arabiaa vastaan pelatussa ottelussa, jossa hän myös teki maajoukkueuransa ensimmäisen maalinsa. Hän oli mukana myös samana vuonna pelatuissa Japanin ja Korean järjestämissä MM-kisoissa, mutta pelasi vain yhdessä ottelussa Senegalia vastaan, missä Forlán teki myös maalin. Hän on saavuttanut Uruguayn maajoukkueessa pronssia vuoden 2004 Copa Américassa, jolloin hän teki yhden maalin turnauksessa. Vuoden 2007 Copa Américassa Forlán teki kolme maalia ja oli joukkueensa paras maalintekijä, kun Uruguay sijoittui neljänneksi. Forlán teki seitsemän maalia.