V roce 1794, po potlačení Kościuszkova povstání, byly sbírky knihovny na příkaz carevny Kateřiny II. Veliké konfiskovány ruskou armádou a převezeny do Petrohradu, kde byly z počátku začleněny do carské soukromé knihovny a rok později se staly základem pro nově zřízenou Carskou veřejnou knihovnu. Část sbírky byla poškozena, zničena nebo odcizena v důsledku nesprávného zacházení během přepravy knih do Ruska.