Po wojnie Ogród Botaniczny został włączony przez aliantów pod administrację miejską i już jesienią 1945 był do dyspozycji gości. Po tym jak tereny otwarte używano do końca blokady Berlina do uprawy warzyw, w 1949 przy pomocy amerykańskiego finansowania można było zacząć odbudowę. Jako pierwszą spośród dużych szklarń w 1950 otworzono szklarnię z wiktoriami (niem. "Victoriahaus"). W 1968 odbudowa ogrodu została zakończona otworzeniem wielkiej szklarni z roślinami tropikalnymi. Odbudowa muzeum ciągnęła się do roku 1987. W ciągu 40 lat możliwe było naprawienie zniszczeń budynków, strata unikatowego materiału pozostaje jednak trwała.