1989年、ヤンシャは最初期の反体制派政党の1つである"スロベニア民主連合" (SDZ) の創設に携わり、初代副党首に就任、のちに党評議会の議長となる。1990年5月に最初の自由選挙が実施され、ヤンシャはロイゼ・ペテルレ内閣で国防相に任命され、在任中の1991年にはスロベニア独立戦争が起こっている。1992年にSDZが解散すると、ヤンシャは社会民主党（のちの民主党）に入党し、1994年5月まで国防相にとどまった。この年、当時の首相ヤネス・ドルノウシェクに、ヤンシャが軍部に文民司法を妨害させたとして国防相を解任される。この疑惑についてはその後の独立調査によってヤンシャの無実が証明されている。1993年5月、ヤンシャは前党首のヨージェ・プチュニークの支持を受けて社会民主党の党首に選出され、その後1995年、1999年、2001年に再任されている。