MacArthur hatte auch mit Carpender Probleme und ersuchte zweimal um dessen Ablösung. Im November 1943 ersetzte Admiral King Carpender durch Vizeadmiral Thomas C. Kinkaid, ohne MacArthur oder die australische Regierung vorher zu konsultieren. Damit alle Beteiligten ihr Gesicht wahren konnten, wurde eine verklausulierte offizielle Begründung herausgegeben. Für die geplante Landung auf Leyte wurde die 7. US-Flotte massiv mit Schiffen der Pazifikflotte aufgestockt. Die 3. US-Flotte unter William F. Halsey sollte die Landung decken, verblieb dabei aber unter dem Oberbefehl von Admiral Nimitz. Während der See- und Luftschlacht im Golf von Leyte sorgten das geteilte Kommando und Missverständnisse zwischen Halsey und Kinkaid beinahe für eine vernichtende Niederlage der alliierten Streitkräfte. Wie der SWPA wurden auch die alliierten Marinestreitkräfte am 2. September 1945 formell aufgelöst.