В 1998 году Мора попал в заявку на участие в Золотом кубке КОНКАКАФ. 7 февраля в матче группового этапа против сборной Гондураса он дебютировал за сборную Мексики, также Эмилио принял участие в поединке против Ямайки и стал победителем турнира.