Затем Омалиус д’Аллуа вынужден был в большей степени посвятить себя государственной службе. В 1815 г. он был назначен губернатором Намюра и занимал эту должность вплоть до революции 1830 года. В 1848 г. он был избран в Сенат Бельгии, в 1851 г. занял пост его вице-президента. В 1850, 1858 и в 1872 г. Омалиус д’Аллуа был президентом Брюссельской Академии наук. Вместе с тем все эти годы он не оставлял собственно научной деятельности, опубликовав, в частности, «Геологическое описание Нидерландов» (; 1828), «Основы геологии» (; 1831), «Введение в геологию» (; 1833), «Беглый взгляд на геологию Бельгии» (; 1842) и ряд других работ. В 1840-х гг. Омалиус д’Аллуа заинтересовался также проблемами этнологии и расовой теории и опубликовал несколько сочинений на эту тему.