A Frontexet 2004-ben hozták létre, Külső Határok Operatív Együttműködési Igazgatásért Felelős Európai Ügynökségként és elsősorban a határellenőrzés koordinációja volt a feladata. A 2015-2016-os Európai migrációs válságra az Európai Bizottság 2015. december 15-én javaslatot tett a Frontex megbízatásának kiterjesztésére Európai Határ- és Partvédelmi Ügynökség néven. 2015 december 18-án az Európai Tanács támogatja a javaslatot. Az Európai Parlament megszavazta és hivatalosan 2016 október 6-án a bolgár török határnál megkezdi működését.