Vor der Präsidentschaftswahl 2009 warnte Rafsandschāni in einem Brief an Revolutionsführer Seyyed Ali Chamene'i vor Wahlfälschungen und ließ wissen: „Morgen kann es dich treffen.“ In der mit Spannung erwarteten Freitagspredigt vom 17. Juli 2009 nannte Rafsandschāni die Empörung im Volk legitim und forderte die Freilassung der Gefangenen. Die Proteste nach der Präsidentschaftswahl 2009 bezeichnete er als Staatskrise. Die eine Richtung würde einfach weitermachen wie bisher, als sei nichts geschehen, aber eine „große Gruppe kluger Leute“ würde an dem Wahlergebnis zweifeln. „Wenn Menschen nicht mehr zu sehen sind und ihre Stimmen nicht da sind, dann ist diese Regierung nicht islamisch“, so Rafsandschāni. Die regierungsnahe Zeitung "Kayhan" bezichtigte in ihrer Ausgabe vom 18. Juli 2009 Rafsandschāni der „öffentlichen Unterstützung von Verbrechern“. Die von Rafsandschāni beschriebene Staatskrise wäre eine Verschwörung.