La Marine royale récupère les deux pavillons qui lui sont cédés le . Ceux-ci accueillent ainsi de 1783 à 1784 le conseil de guerre qui fait suite à la défaite de la Bataille des Saintes. Des ventes y sont toutefois effectuées lors de la période révolutionnaire en 1790, et en 1808 la préfecture maritime y établit son siège. L'aile est est alors utilisée pour les appartements du préfet maritime ainsi que pour les salles de réception, alors que l'aile ouest est utilisée par l'état-major et différents services de la préfecture maritime.