Am 23. Juni 1987 debütierte Pereira in der uruguayischen Nationalmannschaft und absolvierte bis zum 22. Mai 1990 insgesamt zehn Länderspiele, in denen er sieben Gegentore hinnehmen musste. Mit der „Celeste“ gewann er die Copa América 1987. Bei der Fußball-Weltmeisterschaft 1990 gehörte er ebenfalls dem uruguayischen Kader an.