W połowie XVI wieku chorągwie oglądał heraldyk Bartosz Paprocki, który umieścił ich opisy w swoim herbarzu. Pod koniec XVI wieku Joachim Bielski zanotował, że chorągwie wprawdzie wiszą w katedrze, lecz są pokryte kurzem, spod którego niewiele już widać. Później wymienia je jeszcze przewodnik po kościołach krakowskich z 1603. Dalsze szczegółowe losy chorągwi trudne są już do ustalenia. Można np. spotkać się z poglądem, iż kres ich istnieniu, a przynajmniej większości z nich, położył najazd szwedzki. Istnieje też wzmianka z końca XVIII wieku, z której wynika, iż kilka chorągwi miał odnaleźć rewizor skarbca katedralnego Tadeusz Czacki i wystawić na zamku wawelskim w roku 1789 wraz z klejnotami i insygniami koronnymi, przechowywanymi w Skarbcu Koronnym. Prawdopodobnie to te właśnie chorągwie („jakieś chorągwie krzyżackie”) miały zostać przewiezione w 1797 do Muzeum Wojskowego w Wiedniu.