Vuodeksi 2001 Salo päätti ottaa vastaan haasteen ja siirtyi testaamaan uuden, lähes tyhjältä pohjalta aloittaneen Toyotan F1-tallin autoa. Vuoden testaamisen jälkeen Toyota aloitti kilpailemaan kaudella 2002. Salo nappasi uudelle tallille heti ensimmäisessä kilpailussa Australiassa yhden pisteen sijoittumalla kuudenneksi, ja hän toisti tämän sijoituksen myös kauden kolmannessa kilpailussa Brasilian GP:ssä. Vaikka jatkossa aika-ajoissa tulikin hyviä sijoituksia, kausi oli suuriin odotuksiin nähden pettymys Salolle. Kauden alun kaksi pistettä jäivät hänen ainoikseen, eikä Toyota jatkanut tiimiä kritisoineen Salon sopimusta, mikä johti hänen F1-uransa päättymiseen.