Második járőrútján részt vett a midwayi csatában. A "Plungerrel" és a "Triggerrel" Midwaytől keletre cserkészett. Harmadik útján a Kuril-szigetek környékén vadászott japán hajókra: augusztus 1-jén elsüllyesztette a 2921 tonnás "Meiva Marut". A szigetek közelében egy japán gép bombatámadást intézett ellene. Augusztus 8-án a tengeralattjáró megtorpedózta a 2559 tonnás "Bifitku Marut". Augusztus 14-én a "Narwhal" három japán romboló közelében emelkedett periszkópmélységig. A japánok mélységi bombákkal támadtak, és a búvárhajó enyhén megsérült, ezért másnap visszaindult Pearl Harborba. Szeptember 8-án a Mare-szigeti haditengerészeti dokkba indult javításra, ahova szeptember 15-én érkezett meg.