La politica francese tendeva a favorire la Baviera e altri stati minori in funzione anti-austriaca. Non è strano, quindi, che, quando nel 1805 si formò la terza coalizione antinapoleonica, la Baviera si trovi dalla parte di Napoleone. Il 25 settembre Massimiliano Giuseppe concede all'esercito napoleonico il libero transito attraverso la Baviera e altre forme di aiuto. Il 16 ottobre ha inizio la battaglia di Ulma, poco distante dal confine occidentale della Baviera, che si conclude tre giorni dopo con la schiacciante vittoria di Napoleone. L'esercito francese avanza verso est, raggiunge Vienna e trionfa nuovamente a Austerlitz il 2 dicembre.