W tym czasie zaangażował się w politykę, stając po stronie czeskich protestantów przeciwko cesarzowi Ferdynandowi II Habsburgowi. M.in. w 1618 r. przybył do Preszburga (ówczesna Bratysława) z misją uniemożliwienia wyboru Ferdynanda II na króla Węgier. Misja ta nie powiodła się, a Jessenius spędził kilka miesięcy w więzieniu. Po klęsce Czechów na Białej Górze w grudniu 1620 r., Jessenius został znów uwięziony i w czerwcu 1621 r. stracony wraz z 26 innymi oskarżonymi na Rynku Starego Miasta w Pradze. Jego głowa, przez kilka tygodni wystawiona na postrach prażanom, została w końcu pochowana pod posadzką praskiego Kościoła Marii Panny przed Tynem.