Nach der Ausrufung der Römischen Republik (15. Februar 1798) musste auch Kardinal Borgia die päpstlichen Territorien verlassen. Er zog sich nach Padua zurück, wo er sich als stellvertretender Präfekt der eigentlich aufgelösten Propaganda-Kongregation (25. Mai 1798 – 27. September 1800) bemühte, die Organisation der Missionstätigkeit weiter aufrechtzuerhalten. Er nahm auch am Konklave in Venedig teil, das nach dem Tod Pius’ VI. tagte.