Přípravy na založení muzea začaly roku 1990, přičemž oficiálně bylo založeno 28. února 1991 jako součást Konfederace politických vězňů s cílem shromažďovat a zveřejňovat doklady o zločinech spáchaných československým komunistickým režimem a o odboji proti němu (tzv. třetí odboj). Zaměřuje se především na období od ustavení komunistické diktatury v únoru 1948 do okupace Československa v srpnu 1968. Období v letech 1968–1989 přitom stojí mimo hlavní zájem muzea. Jako jeho sídlo byla zvolena Příbram, neboť v blízkosti města fungovaly vězeňské pracovní tábory Vojna a Bytíz, ve kterých byla těžena uranová ruda pro Sovětský svaz.