Roku 1365 byla založena Vídeňská univerzita, třetí nejstarší univerzita severně od Alp. V roce 1438 se Vídeň na dlouhou dobu – s přestávkou za Rudolfa II. – opět stala rezidenčním městem císařů. Nedlouho poté byla zřízena Vídeňská arcidiecéze (1469). Ve dvacátých letech 16. století se Vídeň stala centrem podunajského soustátí, které zahrnovalo rakouské, české a uherské země a s krátkými přestávkami jím zůstala až do roku 1918. V letech 1529 a 1683 byla u Vídně odražena turecká vojska, která do té doby úspěšně postupovala přes celý Balkán.