Alfaro hizo su debut con la Selección de fútbol de El Salvador en un abril de 1994 en la Copa Centroamericana en un partido de clasificación contra la Selección de fútbol de Nicaragua y ha ganado un total de 42 partidos, sin goles. Ha representado a su país en 12 ocasiones en clasificaciones para la Copa Mundial de la FIFA en dos campañas de la Copa Mundial. Sin embargo, ambas no tuvieron éxito, con el equipo nacional no está avanzando a la fase de grupos finales. También jugó en varias Copas UNCAF, así como en la Copa de Oro de la Concacaf 1998.