1878 wurde Clery auf einer Sondermission nach Südafrika versetzt, wo er in zwei kurzen Expeditionen nach Griqualand West und Sekhukhuneland diente. 1879 nahm er am Zulukrieg teil und zeichnete sich unter anderem in den Schlachten von Isandhlwana und Ulundi aus. Er wurde mentioned in dispatches und erhielt den Brevet-Rang eines Lieutenant Colonel sowie die Kampagnenmedaille mit Spange. Später wurde Clery nach Ägypten versetzt, wo er in höheren Stabspositionen am Anglo-Ägyptischen Krieg von 1882, an der Suakin-Expedition von 1884 sowie der Gordon Relief Expedition von 1884/85 teilnahm.