Das Flutwasser blieb für einige Wochen, was die Aufräumarbeiten stark beeinträchtigte. Die Bestattungsdienste waren schnell überlastet, so dass viele der Leichen in Massengräbern begraben werden mussten. Ungefähr 75 % der Toten waren in der Landwirtschaft beschäftigte Wanderarbeiter, was die Identifizierung der Toten und Vermissten sehr schwierig machte. Aus diesem Grund war die Zahl der Opfer nicht genau bestimmbar. Das Amerikanische Rote Kreuz schätzte die Zahl der Opfer auf 1836, was für viele Jahre der offizielle Wert des Nationalen Wetterdienstes der Vereinigten Staaten war. Ältere Quellen geben für die Gesamtzahl der Opfer, einschließlich derer in der Karibik, 3411 an. Seit dem Jahr 2003 gibt der Nationale Wetterdienst „mindestens“ 2500 Opfer an, was den Okeechobee-Hurrikan nach dem Galveston-Hurrikan (1900) zur Naturkatastrophe mit der zweithöchsten Zahl an getöteten Personen in den Vereinigten Staaten macht. Ein Massengrab auf dem Port Mayaca Cemetery östlich von Port Mayaca enthält die sterblichen Überreste von 1600 Opfern des Hurrikans.