Wegen ihrer Bedeutung als Eisenbahnknoten und Industriestadt war die Stadt im Zweiten Weltkrieg Primärziel, aber auch Sekundärziel für Bomben, die nicht über Hamburg abgeworfen werden konnten. Bei einem britischen Bombenangriff wurden am 3. August 1943 62 Menschen getötet und 150 verletzt, als wegen starker Wolkenbildung über Hamburg die Bomben über Elmshorn abgeworfen wurden. 250 Gebäude wurden zerstört, 220 schwer beschädigt. Eine britische Quelle bemerkt dazu: „A sizeable raid developed on the small town of Elmshorn, 12 miles from Hamburg. It is believed that a flash of lightning set a house on fire here and bomber crews saw this through a gap in the storm clouds and started to bomb the fire“ "(Es kam zu einem umfangreichen Angriff auf Elmshorn, eine kleine Stadt, die etwa zwölf Meilen von Hamburg entfernt ist. Es wird angenommen, dass ein Gebäude aufgrund eines Blitzeinschlags in Flammen stand und die Flugzeugbesatzung dies durch eine Lücke in der Bewölkung bemerkt und auf das Feuer gezielt hat)".