Vallasta luovuttuaan H’melnytskyi ryhtyi ortodoksimunkiksi ja otti nimekseen Gedeon. Hän oli vuosina 1664–1667 puolalaisten vankina ja sen jälkeen munkkina Umanin luostarissa. Krimin tataarit sieppasivat hänet ja veivät vankina Konstantinopoliin, jossa hänet vapautettiin. Venäjän–Turkin sodan aikana hänestä tuli vuonna 1677 Osmanien valtakunnan tukema hetmani läntisessä Ukrainassa ja hän perusti pääkaupunkinsa Nemyriviin. Sortohallinto ja jatkuva sota teki hänestä hyvin epäsuositun ja vuonna 1681 turkkilaiset panivat hänet viralta. Hän julistautui vuonna 1685 vielä kerran omin päin hetmaniksi, mutta ehti tällä kertaa hallita vain puoli vuotta, kunnes turkkilaiset vangitsivat ja teloittivat hänet.