Jones toimi toisen maailmansodan aikana Yhdysvaltojen agenttina ja suoritti salaisia tehtäviä muun muassa Berliinissä. Teoistaan hänelle myönnettiin useita kunniamitaleja. Jonesilla oli sotavuosina aikaa myös arkeologialle. Vuonna 1941 hän lähti etsimään Mooseksen sauvaa Panamasta ja vuonna 1947 hän kohtasi neuvostoliittolaisia sotilaita estäessään näitä korjaamasta Baabelin tornin raunioissa sijaitsevaa konetta. Arkeologian ja vakoilutehtävien lisäksi hän kuului asiantuntijoihin, jotka ensimmäisinä tutkivat Roswellin tapausta vuonna 1947. Joskus ennen "Indiana Jones ja kristallikallon valtakunta" -elokuvan tapahtumia Jones palasi takaisin Marshall Collegeen arkeologian opettajaksi. Vuonna 1957, etsiessään Akatorin kadonnutta kaupunkia, hän tapasi jälleen Marion Ravenwoodin ja sai tietää tämän synnyttäneen hänelle pojan, Henry Jones III:n. Jones ja Ravenwood rakastuivat toisiinsa uudelleen ja menivät naimisiin.