O "Fusō" deixou Truk junto com o "Nagato" em 1º de fevereiro de 1944 para evitar um ataque aéreo norte-americano, chegando em Palau três dias depois. Eles deixaram o local em 16 de fevereiro a fim escaparem de outro ataque aéreo. As embarcações chegaram na Ilha Lingga, perto de Singapura, em 21 de fevereiro e o "Fusō" foi empregado como navio de treinamento. A embarcação passou por manutenção em Singapura entre os dias 13 e 27 de abril e voltou para Lingga. Foi transferido em 11 de maio para Tawi-Tawi, proporcionando no final do mês cobertura para um comboio que tentou reforçar a Ilha Biak. O couraçado foi transferido no início de julho para Tarakan, perto de Bornéu, a fim de reabastecer e então voltou para o Japão, escapando de um ataque do submarino USS "Pomfret". O "Fusō" recebeu mais radares e canhões antiaéreos em Kure no início de agosto. Ele e o "Yamashiro" foram transferidos em 10 de setembro para a Divisão de Couraçados 2 da 2ª Frota, com o "Fusō" tornando-se no dia 23 a capitânia da divisão sob o comando do vice-almirante Shōji Nishimura. Ambos deixaram Truk em 23 de setembro para Lingga e escaparam no dia seguinte de outro ataque de submarino, desta vez vindo do USS "Plaice", porém chegaram no seu destino em 4 de outubro e Nishimura transferiu a capitânia para o "Yamashiro". Os navios depois disso seguiram para Brunei com o objetivo de reabastecerem e se prepararem para a Operação Shō-Gō, uma tentativa de destruir a frota norte-americana que estava invadindo Leyte.