En 2006, avec le retour des changements de pneus, Bridgestone et Ferrari retrouvent des couleurs. Le jeune Brésilien Felipe Massa épaule désormais Michael Schumacher, Barrichello étant parti chez Honda. La première partie de saison est dominée par Alonso et Renault et il faut attendre la mi-saison pour voir les Ferrari, aidées par les nets progrès de Bridgestone et par l'interdiction faite à Renault d'utiliser son système d'absorbeur de vibrations, le mass damper, de retour au premier plan. Intraitable tout au long de l'été, Schumacher reprend à Alonso la tête du championnat à l'issue du Grand Prix de Chine. Alors que les titres mondiaux leur tendent les bras, les hommes de la Scuderia chutent dans la dernière ligne droite (casse moteur de Schumacher à Suzuka et ennuis à répétition au Brésil) et échouent de peu derrière Alonso et Renault.