Należał do otwartych krytyków tendencji autorytarnych w administracjach Borysa Jelcyna i Władimira Putina. W roku 1996 zrezygnował ze stanowiska w prezydenckiej komisji B. Jelcyna. W 2002 zorganizował społeczną komisję dla zbadania okoliczności zamachów bombowych z 1999 roku ("Komisja Kowalowa"), której prace zostały sparaliżowane po tym, gdy skrytobójczo zamordowano jednego z jej członków, Jurija Szczekoczikina, śmierci innego – Siergieja Juszenkowa, który został otruty talem, oraz aresztowaniu Michaiła Trepaszkina – zajmującego się kwestiami prawnymi organizacji. W kwietniu 2014 roku, w związku z kryzysem krymskim, zaapelował w liście otwartym do społeczności międzynarodowej o powstrzymanie rosyjskiej ekspansji na Ukrainie.