Sebastian Bogner war Mitglied des B-Kaders der deutschen Nationalmannschaft. Im Juli 2006 holte er, am dritten Brett spielend, mit der deutschen Mannschaft die Bronzemedaille bei der U18-Europameisterschaft in Balatonlelle, am Südostufer des Balatons. Auch beim Mitropa Cup in Szeged im Mai 2007 holte die deutsche Mannschaft die Bronzemedaille. Diesmal wirkte er am ersten Reservebrett mit. Bei der Schacholympiade 2008 in Dresden spielte er am vierten Brett der zweiten deutschen Mannschaft, bei der Schacholympiade 2010 in Chanty-Mansijsk (in Abwesenheit der nominell stärksten Nationalspieler) an Brett 2 der deutschen Vertretung.