בתחילת שנת 1969 עשה מקרטני ניסיון נוסף לאחד את הלהקה לפרויקט משותף - צילומים לסרט בעת הקלטת אלבום חדש בשם "Get Back". בצילומי הסרט, שיצא שנה מאוחר יותר בשם "Let It Be", ניכרת המתיחות הרבה בין חברי הלהקה. הסרט כולל את הופעת הביטלס על גג אולפן ההקלטות שלהם, באופן מפתיע ומבלי להודיע לאיש. הייתה זו הופעתה האחרונה של הלהקה, והיא הופסקה על ידי המשטרה בטענה כי הם מפריעים למנוחת השכנים. הקלידן בילי פרסטון ליווה את הביטלס בהופעה זו ובשירים שהוקלטו באותה התקופה. ההקלטות נמסרו בשנת 1970 למפיק פיל ספקטור, שיצר מהן את האלבום "Let It Be". חלק מחברי הלהקה (בעיקר מקרטני), לא היו מרוצים מהתוצאה שכללה תזמור מנופח ומקהלות של קולות רקע, ובשנת 2003 יצאה גרסה שונה של אותו התקליט, ללא התזמור והמקהלות, שנקראה "Let It Be... Naked".