Zu Beginn der Saison 2016/17 siegte Choi in Calgary über 1000 m und mit der Staffel und belegte zudem den zweiten Platz über 1500 m. In Salt Lake City gewann sie über 1500 m und mit der Staffel und errang über 500 m den zweiten Platz. Im Dezember 2016 triumphierte in Shanghai über 1000 m und mit der Staffel und in Gangneung über 500 m und mit der Staffel. Zudem kam sie in Shanghai auf den zweiten Platz über 500 m und in Gangneung auf den zweiten Platz über 1000 m. Bei den Shorttrack-Weltmeisterschaften 2017 in Rotterdam wurde sie mit vier-Top-Zehn-Platzierungen in den Einzelrennen, Sechste im Mehrkampf. Im Februar 2017 holte sie bei den Winter-Asienspielen in Sapporo bei allen Wettbewerben Medaillen (die Bronzemedaille über 500 m, die Silbermedaille über 1000 m und jeweils die Goldmedaille über 1500 m und mit der Staffel). Die Saison beendete sie auf dem siebten Platz im Weltcup über 1500 m, auf dem fünften Rang im Weltcup über 500 m und auf dem zweiten Platz im Weltcup über 1000 m. Zu Beginn der Saison 2017/18 gewann sie in Budapest alle Weltcuprennen (über 500 m, 1000 m, 1500 m und mit der Staffel). Es folgten vier Siege, drei zweite und einen dritten Platz und gewann damit den Weltcup über 1500 m. Im Weltcup über 500 m und über 1000 m erreichte sie jeweils den zweiten Platz. Beim Saisonhöhepunkt, den Olympischen Winterspielen 2018 in Pyeongchang, gewann sie über 1500 m und mit der Staffel jeweils die Goldmedaille. Im März 2018 holte sie bei den Weltmeisterschaften in Montreal über 500 m, 1500 m, 3000 m, im Mehrkampf und mit der Staffel jeweils die Goldmedaille.