Babiš odmítl uprchlické kvóty na rozmístění žadatelů o azyl, kteří se dostali do Evropské unie v rámci evropské migrační krize a migrační vlnu z Blízkého východu a Afriky označil za „největší ohrožení Evropy.“ Podle Babiše by tábory pro migranty „měly být založeny mimo Evropu a do Evropy by neměl přijít žádný uprchlík bez toho, aby prošel táborem v severní Africe nebo na Blízkém východě.“ Babiš přičetl vinu za útok kamionem na vánočních trzích v Berlíně v prosinci 2016 německé kancléřce Angele Merkelové, která podle Babiše svou politikou umožnila „nekontrolovanou migraci“ do Evropy. Premiér Bohuslav Sobotka tento Babišův výrok odmítl.