Hij studeerde aan het Conservatorium van Brussel, waar hij in 1858 prijzen behaalde voor piano, orgel, harmonie en kamermuziek; in 1859 volgde een eerste prijs voor compositie. In 1865 won hij de prestigieuze Prix de Rome met zijn cantate "La fille de Jephté", nadat hij twee jaar voordien, in 1863, een tweede prijs had behaald. Dankzij deze prijs kon hij drie jaar lang doorheen Italië en Duitsland reizen. Tijdens zijn loopbaan ging Huberti aan de slag als componist, muziekcriticus, pedagoog en inspecteur van de muziekeducatie van de stedelijke scholen van Antwerpen. Ook was hij directeur van de muziekacademies van Bergen en Sint-Joost-ten-Node en gaf hij harmonieleer aan het Brusselse Conservatorium. Hij dirigeerde eveneens het Grisar-koor en maakte deel uit van de muzikale organisatie van de Wereldtentoonstelling van 1885.