Im Zusammenhang mit den Unruhen in der islamischen Welt nach der Regensburger Rede von Papst Benedikt XVI. gehörte Chātami zu den moderaten Stimmen. Er sprach sich dafür aus, „die Rede erst einmal zu lesen, ehe man sie kritisiert“. Chātami wurde am 5. April 2007 von Benedikt XVI. unter ausdrücklicher Würdigung als „moderater Reformer“ in einer Privataudienz im Vatikan empfangen.