Durante las rebeliones indígenas coloniales algunos líderes se autoproclamaron Sapa Inca. Juan Santos, descendiente de Atahualpa, se proclamaba "Atahualpa Apu Inca" en 1742, catorce años después huye a la selva. José Condorcanqui, descendiente del último hijo de Manco Inca Yupanqui, se proclamó "Túpac Amaru II" en 1780 y fue ejecutado en 1781, durante su rebelión.