Dwukrotnie sprawował urząd ministra obrony – w latach 1990–1994 (w tym w okresie wojny o niepodległość), a także ponownie od czerwca do listopada 2000 w krótkotrwałym gabinecie Andreja Bajuka. W 2004, po zwycięstwie w wyborach krajowych, kierowana przez niego SDS utworzyła (wraz z Nową Słowenią, Słoweńską Partią Ludową i partią emerytów) centroprawicową koalicję rządową. Janez Janša objął stanowisko premiera słoweńskiego rządu, które zajmował przez pełną czteroletnią kadencję.