Во время Гуситский войн и Войны за ландсхутское наследство 1503—1505 годов монастырь был разграблен. Во время Крестьянской войны в Германии, в мае 1525 года, на подвластных монастырю территориях произошло восстание: после бегства аббата Николауса Зебера в Эгер, монастырь подвергся штурму и разграблению со стороны восставших крестьян. В 1537 году войска курфюрста Пфальца Фридриха II захватили и временно оккупировали монастырь; император Карл V назначил светских администраторов для управления монастырским имуществом. В 1569 году монастырь Вальдсассен стал лютеранским, оставаясь таким на протяжении трех последующих поколений. В 1617 году монастырские здания ненадолго стали резиденцией для курфюрста Пфальца Фридриха V — во время его путешествия через Эгер в Прагу для коронации в качестве короля Богемии. Частичные продажи земли, практиковавшиеся в тот период, уменьшили обширную собственность обители.