A confiança japonesa em sua capacidade de obter uma vitória rápida significava que eles negligenciavam os estaleiros de reparos da Marinha em Pearl Harbor, as fazendas de tanques de combustível, base submarina e o antigo prédio da sede. Todos esses alvos foram omitidos da lista de Minoru Genda, mas se mostraram mais importantes do que qualquer navio de guerra para o esforço de guerra americano no Pacífico. A sobrevivência das estaleiros de reparos e depósitos de combustível permitiu a Pearl Harbor manter apoio logístico às operações da Marinha dos Estados Unidos, como o Ataque Doolittle e as batalhas do Mar de Coral e Midway. Foram os submarinos que imobilizaram os navios pesados da Marinha Imperial Japonesa e paralisaram a economia do Japão, impedindo a importação de petróleo e matérias-primas: até o final de 1942, a quantidade de matérias-primas trazidas foi reduzida pela metade "para 10 milhões de toneladas desastrosas", enquanto o petróleo "foi quase completamente parado". Por fim, o porão do Antigo Edifício Administrativo foi o lar da unidade criptoanalítica que contribuiu significativamente para a emboscada em Midway e o sucesso da Força Submarina.