In den Jahren 1994 und 2000 gewann Jekaterina Kowalewskaja jeweils in Elista die russische Fraueneinzelmeisterschaft. Im Jahr 2000 wurde sie in Batumi hinter Natalja Schukowa Zweite der Europameisterschaft der Frauen und erreichte in Neu-Delhi das Halbfinale der Frauenweltmeisterschaft, wo sie gegen Xie Jun ausschied, die später in diesem Turnier Weltmeisterin wurde. In der folgenden Fraueneuropameisterschaft 2002 in Warschau wurde sie erneut Zweite, diesmal hinter Almira Scripcenco. Bei der Schachweltmeisterschaft der Frauen 2004 in Elista wurde sie Zweite hinter Antoaneta Stefanowa und erhielt dafür den Titel Internationaler Meister (IM) mit gleichzeitiger Großmeister-Norm (GM). Ihr Sekundant bei der Schachweltmeisterschaft der Frauen 2006 in Jekaterinburg, bei der sie erst im Viertelfinale gegen Xu Yuhua ausschied, war Alexander Galkin.