Durch einen Militärputsch unter der Führung von Ibrahim Baré Maïnassara im Januar 1996 übernahm der Rat des nationalen Wohls die Macht im Staat, eine zwölfköpfige Militärjunta, der auch Nouhou Bako angehörte. In der Republikanischen Garde, die 1997 in die Nationalen Interventions- und Sicherheitskräfte umgewandelt wurde, übernahm Bako von 1996 bis 1999 das Oberkommando. Der Rat des nationalen Wohls wurde bereits Ende 1996 aufgelöst, doch Ibrahim Baré Maïnassara blieb durch die manipulierten Präsidentschaftswahlen von 1996 Staatschef. Baré Maïnassara hatte nicht nur in weiten Teilen der nigrischen Parteienlandschaft keinen Rückhalt, er war auch in den Reihen der Streitkräfte umstritten. Tatsächlich war Nouhou Bako einer der wenigen militärischen Führer, die ihm bedingungslos loyal ergeben waren.