Laut dem Jüdischen Weltkongress warf Gyöngyösi früher Juden vor, Ungarn kolonisieren zu wollen. Am 26. November 2012 forderte Gyöngyösi im ungarischen Parlament vom Außenstaatssekretär Zsolt Németh (Fidesz), angesichts des Konflikts zwischen Israel und der Hamas in Gaza sei es an der Zeit, „Menschen mit jüdischer Abstammung, die hier leben, insbesondere im ungarischen Parlament und in der ungarischen Regierung zu zählen, die in der Tat ein nationales Sicherheitsrisiko für Ungarn darstellen“. Gyöngyösi hat sich mehrmals entschuldigt und hat mehrmals mitgeteilt, dass er falsch formuliert habe und er die Abgeordneten mit doppelter Staatsbürgerschaft gemeint habe. In einem Interview hat Gyöngyösi seine Aussage als „einen schlimmen Satz, einen nicht gut durchgedachten Satz, einen katastrophalen Satz“ bezeichnet.