Từ năm 2003 đến năm 2005, ba quốc gia thành viên SNG trải qua thay đổi chính phủ trong một loạt cách mạng sắc màu: Eduard Shevardnadze bị lật đổ tại Gruzia; Viktor Yushchenko đắc cử tại Ukraina; và Askar Akayev bị lật đổ tại Kyrgyzstan. Trong tháng 2 năm 2006, Gruzia rút khỏi Hội đồng Bộ trưởng Quốc phòng, với tuyên bố rằng "Gruzia đi theo hướng gia nhập NATO và không thể đồng thời là bộ phận của hai cấu trúc quân sự", song quốc gia này duy trì là một thành viên đầy đủ của SNG cho đến tháng 8 năm 2009, tức một năm sau khi chính thức rút ra ngay sau Chiến tranh Nga-Gruzia. Đến tháng 3 năm 2007, Tổng thư ký Hội đồng An ninh Nga Igor Ivanov bày tỏ nghi ngờ của mình về tính hữu ích của SNG, nhấn mạnh rằng Cộng đồng Kinh tế Á Âu đang trở thành một tổ chức có khả năng hơn nhằm thống nhất các quốc gia lớn nhất trong SNG. Sau khi Gruzia rút ra, các tổng thống của Uzbekistan, Tajikistan, và Turkmenistan bỏ hội nghị tháng 10 năm 2009 của SNG, đều vì các vấn đề nội bộ và bất đồng với Liên bang Nga.