Nach 25 Friedensjahren glänzte Günther 1794 im Preußisch-Polnischen Krieg als „rascher und kühner Reitergeneral“ vom Schlage Zietens. Die Angriffe von Antoni Madaliński auf Südpreußen wurden abgewehrt, die Aufständischen unter General Tadeusz Kościuszko vernichtend geschlagen. Der Niederlage folgte 1795 die Dritte Teilung Polens. Obwohl der organisatorisch begabte Günther erst der drittälteste General des Korps war, ernannte Friedrich Wilhelm ihn zum Befehlshaber aller auf dem linken Weichselufer stehenden Truppen. Mit dem russischen General Alexander Wassiljewitsch Suworow sollte er Warschau besetzen und als Herd des Aufstands ausschalten. Als Praga sich ohne sein Zutun Suworow ergeben hatte, kehrte er mit seinen Bosniaken in die Garnisonen zurück.