Επί των ημερών τού Νικόλαου Λεγάκι, το Σχολείο έζησε τον πυρετό τού Ελληνοϊταλικού πολέμου αλλά και την τραγωδία της Γερμανικής Κατοχής. Σε αυτήν έχασε μαθητές του λόγω της πείνας και των κακουχιών ενώ ένας απόφοιτός του, ο Δημήτρης Λόης, εκτελέστηκε για τη συμμετοχή του στο πρώτο μεγάλο αντιστασιακό σαμποτάζ στην Ευρώπη, την ανατίναξη των γραφείων της φιλοναζιστικής οργάνωσης ΕΣΠΟ, στις 20 Σεπτεμβρίου 1942. Ανάμεσα στους δασκάλους και τους καθηγητές εκείνης της εποχής, ξεχωρίζουν ο φιλόλογος Νικόλαος Σκιαδόπουλος, που δολοφονήθηκε από Έλληνες συνεργάτες των ναζί, ο Κομνηνός Πυρομάγλου,υψηλόβαθμος αντιστασιακός, και η δασκάλα Αλεξάνδρα Μάνου, που έκανε ραδιοφωνικά μαθήματα για τα παιδιά τής Αθήνας, καθώς τα σχολεία της πόλης υπολειτουργούσαν. Μέλος τής Σχολικής Εφορείας υπήρξε ο παράτολμος κινηματογραφιστής τής κατεχόμενης Αθήνας Άγγελος Παπαναστασίου. Οι δυνάμεις Κατοχής όχι μόνο επέταξαν το Σχολείο, που μετέφερε τα μαθήματά του στο ναό του Αγίου Διονυσίου, σε γειτονικά σπίτια και αλλού, αλλά φεύγοντας κατέστρεψαν ή άρπαξαν  μέρος του εξοπλισμού του και ανατίναξαν το αμφιθέατρό του.