Arkeologisten löydösten perusteella Hebronin alueella on ollut ihmisasutusta jo vuonna 3200 eaa. ja mahdollisesti aikaisemminkin. Muinainen foinikialainen kaupunki sijaitsi nykyisin Jebal ar-Rumaydana tunnetulla tellillä ja paikalla lienee ollut jonkinlainen uskonnollinen merkitys kulttipaikkana. Lähellä telliä sijaitsee Makpelan luola, jonne Abraham on tarinan mukaan haudattu. Mooses mainitsee Hebronin Vanha testamentissa yhtenä kaupunkina, josta israelilaiset saisivat turvapaikan sen vallattuaan ja israelilaiset kukistivat ja surmasivat Hebronin foinikialaisen kuningas Hohamin Joosuan johdolla. Myöhemmin Daavid johti ensin Juudaa ja myöhemmin yhdistynyttä Israelin kuningaskuntaa Hebronista käsin, mutta maan pääkaupunki siirrettiin sittemmin Jerusalemiin. Hebron tuhoutui Juudas Makkabin johtamassa makkabilaiskapinassa vuonna 164 eaa. ja sen jälleenrakennutti Juudean kuningas Herodes, mutta se tuhoutui jälleen ensimmäisessä juutalaissodassa Rooman keisari Vespasianuksen joukkojen käsissä ensimmäisellä vuosisadalla jaa. Josephuksen mukaan vuonna 76 jaa. Abrahamin haudalla oli tuolloin rakennus ja että sen lähellä kasvanut tammi houkutteli paikalle pyhiinvaeltajia. Ensimmäisen vuosisadan loppuun mennessä kaupunkiin oli muodostunut kristitty yhteisö ja pyhiinvaeltajat jatkoivat matkoja kaupunkiin Bysantin valtakunnan alaisuudessa.