Es folgten zwei Jahre mit mäßiger Ausbeute. Beim Großen Preis von Belgien 1966 ereilte ihn ein Schlüsselerlebnis, das seine Einstellung zum Rennsport änderte. Bei strömendem Regen kam sein Wagen von der Strecke ab und überschlug sich. Stewart war im Cockpit eingeklemmt, während das Benzin aus dem 200 Liter fassenden Tank in die Sitzmulde auslief, was Stewarts Haut verätzte. Die Brandgefahr war akut, und jeder Funke, der bei den Bemühungen der unzureichend ausgerüsteten Helfer am verbogenen Metall entstand, hätte eine Katastrophe auslösen können. Der hilflose Fahrer wurde erst durch den Einsatz seines Teamkollegen Graham Hill sowie Bob Bondurant befreit. Auch der Transport ins Krankenhaus erwies sich als langwierige Odyssee über holprige Straßen. Seither kämpfte Jackie Stewart unermüdlich für mehr Sicherheit auf der Rennstrecke. Ein abnehmbares Lenkrad und ein Hauptschalter für die Elektrik, der sowohl die Benzinpumpe abschaltet als auch alle möglichen Quellen von Funken, gehören spätestens seit diesem Vorfall zum Standard. Zudem brachte Stewart fortan seinen eigenen Arzt zum Rennen mit und sein Team B.R.M. einen speziell ausgerüsteten Krankenwagen, der auch anderen zur Verfügung stand.