Raadi flygbas byggdes på godsets marker, och utvidgades av Sovjetunionen under andra världskriget från 1940. Manbyggnaden, museets huvudbyggnad, förstördes 1944 under Slaget om Tartu. Flygfältet blev efter kriget en betydelsefull sovjetisk bombflygbas och museet flyttade till en tidigare domstolsbyggnad i Tartu. Museets föremål fick huvudsakligen lagras i kyrkor och andra utrymmen runt om i staden.