2020年1月7日、スポーツ専門サイト「ジ・アスレチック」がワールドシリーズを制した2018年のレギュラーシーズンで映像機器を使ってサイン盗みをしていたと伝えた。1月14日に2017年にアストロズのコーチを務め、サイン盗みに主導的役割を担っていた疑惑が持ち上がったアレックス・コーラ監督を解任したことを発表。球団は17年にもニューヨーク・ヤンキースに対してサインを盗むため電子機器を使っていたとして罰金を科せられ、MLBに再発防止を確約したにも関わらず疑惑が浮上したため、事実なら厳罰が与えられると考えられていた。しかしながら、MLBは4月22日に15ページに及ぶ調査結果を報告し、サイン盗みを事実と断定したが、処分はビデオ判定システム担当者・ワトキンスの今季の業務停止と来季の同職禁止、20年のドラフト２巡目指名権剥奪のみに終わった。今年のドラフトは規模が縮小される可能性が高く、コミッショナーのロブ・マンフレッドは指名権を1つ剥奪するだけでも十分な効果があるとしている。MLBの声明発表直後に、球団社長名義で謝罪声明を出した。また、前監督のアレックス・コーラにも1年間の職務停止処分が科されたが、これは2017年のアストロズの不正なサイン盗みにベンチコーチとして関わっていたことに対する処分である。同日にサイン盗みに関する処分が発表されるまで暫定監督となっていたロン・レニキーが正式に第48代監督に就任したことを発表した。