Al comenzar la Guerra Civil Mahou ocupaba el cuarto lugar en la producción española, el segundo en la capital. El estallido del conflicto encuentra a la familia de vacaciones en un balneario de San Sebastián y pronto la fábrica es requisada. A pesar de la virulencia de la defensa de Madrid y de la cercanía de la factoría de Amaniel del frente, se mantiene la producción pero en mínimos. Terminada la guerra con la victoria del ejército de Franco, llega la posguerra, años 40, cuando la empresa pasa por dificultades, por configurarse en España la autarquía como forma de administración de recursos. La escasez de materias básicas, la malta y el lúpulo, reducen y hasta detienen la producción. Alfredo Mahou de la Fuente, hijo de Casimiro, lleva la dirección de la compañía durante en esos momentos de intervencionismo, nacionalizaciones y bajo consumo de cerveza. En los años cincuenta se reduce la dependencia de las importaciones de lúpulo cuando empieza su cultivo en los campos de la provincia de León, que se descubren idóneos para su cultivo.