No ano seguinte, Grande Prêmio do Barém, em 14 de março de 2010 conseguiu a segunda colocação. Na corrida seguinte, o Grande Prêmio da Austrália, Felipe conseguiu mais um pódio chegando na terceira colocação e chegou a assumir a liderança do mundial após completar na sétima colocação o Grande Prêmio da Malásia. Entretanto, Felipe teve uma série de resultados negativos a partir dessa corrida. Chegando inclusive a envolver em duas polêmicas: a primeira quanto a uma manobra de Fernando Alonso na entrada dos boxes do Grande Prêmio da China. Na ocasião, durante a vigésima terceira volta, quando o "safety car" entrou na pista após um acidente, Massa ia à frente para o boxe, mas o espanhol o ultrapassou na entrada dos pits e levou vantagem sobre o brasileiro gerando críticas e um clima tenso na equipe. A segunda polêmica foi quanto a um suposto jogo de equipe durante o Grande Prêmio da Alemanha e, novamente, envolvia Fernando Alonso. Massa tinha assumido a ponta na largada e liderado a maior parte da prova, entretanto a equipe julgou que o piloto espanhol era mais rápido e pediu a Felipe que cedesse a posição. Felipe o fez e Alonso venceu a prova. O ocorrido gerou muitas críticas, já que o regulamento proíbe "ordens de equipe que interfiram no resultado da corrida", e a Ferrari foi multada em US$ 100 mil, além de o caso ter sido encaminhado ao Conselho Mundial da FIA onde será julgado e os acusados poderão sofrer outras penas.