Enquanto Obama retirou tropas no Iraque, ele aumentou a presença militar dos EUA no Afeganistão no início de sua presidência. Em 2009, Obama anunciou que a presença militar dos EUA no Afeganistão seria reforçada em 17 mil novos soldados até o verão daquele ano. Os secretários Robert Gates e Hillary Clinton, além do chefe do Estado-Maior Michael Mullen, defenderam mais tropas, e Obama despachou soldados adicionais após um longo processo de revisão. O número de soldados norte-americanos no Afeganistão chegou ao seu ápice de 100 mil em 2010. Em 2012, os EUA e o Afeganistão assinaram um acordo de parceria estratégica em que a principal operação de combate foi entregue às forças afegãs. Em 2014, Obama anunciou que a maioria das tropas deixaria o Afeganistão até o final de 2016, com uma pequena força remanescente na embaixada dos EUA. No início de 2015, o exército dos EUA terminou a Operação Liberdade Duradoura e começou a Missão Apoio Resoluto, em que passaram a desempenhar mais um papel de treinamento, embora algumas operações de combate continuaram. Em outubro de 2015, Obama anunciou que soldados permaneceriam indefinidamente no Afeganistão para apoiar o governo afegão na guerra civil contra o Talibã, a Al-Qaeda e o Estado Islâmico. Em julho de 2016, Obama informou que 8,4 mil soldados permaneceriam no Afeganistão até o final de seu mandato.