Kreikkalaistaustaisten Egyptin Ptolemaiosten hallitsijasuvun kaudella Jaffassa vallitsi hellenismi ja kaupunki tunnettiin ehkä tullen jumalattaren mukaan nimellä "Ioppe". Makkabealaiset valtasivat kaupungin makkabealaiskapinan aikana ja vuonna 37 eaa. se päätyi Juudean kuningas Herodesille. Kaupungin taloudellinen merkitys väheni selvästi, kun samoihin aikoihin perustettiin Caesarean kaupunki Jaffasta pohjoiseen. Uuden testamentin kirjassa Apostolien teot Jaffa ("Joppe") on paikka, jossa Pietari tekee monet ihmeistään. Kaupungin juutalaiset osallistuivat kapinaan Rooman valtakuntaa vastaan ja keisari Vespasianuksen joukot valtasivat sen kahdesti vuoden 68 eaa. paikkeilla. Kaupunki jälleenrakennettiin sodan jälkeen ja se sai uuden nimen "Flavia Ioppa". Uudet asukkaat olivat siirtolaisia muualta. Kaupunki oli kuitenkin edelleen merkittävämmän Caesarean varjossa.