Los primeros pobladores que habitaron en el área fueron personas de la raza chortí; la región fue invadida por los españoles e indígenas tlaxcaltecas y cholultecas a principios del siglo , dando inicio a la época colonial. El poblado fue fundado en 1530, con lo que da inicio el proceso de colonización. Este proceso se dio en una forma lenta y tímida, dada la hostilidad de los indígenas; hasta finales del Quezaltepeque fue cabecera de curato para el clero secular, y bajo su jurisdicción estaban las parroquias de Santiago Esquipulas, San Jacinto, Los Valles de la Concepción, La Ermita, Languiatuya, San Antonio Las Cañas, Los Limones y algunas otras; aunque posteriormente los curas decidieron trasladar su residencia a Esquipulas.