Nachdem der Träger auf Saipan erneut gebunkert hatte, lief er als Teil der Task Group 38.1 nach Yap, wo vom 3. bis zum 6. September Luftangriffe gegen japanische Stellungen geflogen wurden. Am 15. September lieferten Flugzeuge der "Franklin" Luftnahunterstützung für die landenden Truppen während der Schlacht um Peleliu. Auf dem Weg nach Palau wurde auf Manus gebunkert. Die "Franklin", nun Flaggschiff der Task Group 38.4, begann am 9. Oktober zusammen mit anderen Flugzeugträgern die Luftangriffe für die Vorbereitung der Landung auf Leyte. Am 13. Oktober wurde sie nur knapp von zwei Torpedos und einem japanischen Kamikazeflugzeug verfehlt. Am folgenden Tag wurden die Angriffe auf japanische Stellungen auf den Philippinen verstärkt. Am 16. Oktober traf eine Bombe eines japanischen Bombers den äußeren Aufzug der "Franklin" und tötete drei Besatzungsmitglieder. Am 19. Oktober griffen die Flugzeuge des Trägers rund um die Manilabucht an. Am folgenden Tag, während der ersten amphibischen Landungen auf Leyte, operierten die Trägerflugzeuge gegen japanische Flugplätze rund um die Landezone.