La légation, installée provisoirement à Macao, reste cependant itinérante. Il faudra attendre 1861 pour qu'elle soit officiellement basée à Pékin, dans un ancien palais impérial, à la suite de la Seconde guerre de l'opium, dans laquelle la France est cette fois impliquée, à la suite du meurtre du Père jésuite Chapdelaine. La communication avec le Ministère étant rendu difficile par l'éloignement, le développement des missions est peu constant. Certaines concessions françaises se développent rapidement, du fait de l'activisme de leurs consuls (Shanghai ou Hong Kong), tandis que d'autres se laissent distancer par l'Angleterre et périclitent (Hankéou). Durant le Second Empire, les diplomates ne se pressent pas pour cette destination peu prisée, aussi dangereuse qu'hostile. Après la chute de Napoléon III, la situation ne fait qu'empirer et les déboires se multiplient. Le massacre de la colonie française de Tientsin, dont le consul Henri Fontanier et les religieuses, n'arrange rien à la politique diplomatique de la France en Chine.