A Missão foi acusada de agir com violência desproporcional e cometer sérios abusos contra a população civil, destacando-se a invasão de Cité Soleil em 2005, quando cerca de 60 pessoas foram mortas por integrantes da MINUSTAH. Foi também acusada de colaborar com a repressão política e de causar a epidemia de cólera de 2010, quando as águas do rio Artibonite foram contaminadas por esgotos provenientes de uma base nepalesa da MINUSTAH - cujos soldados seriam portadores de cólera. A doença havia sido erradicada do Haiti desde o século XIX. A ONU afirmou que não indenizaria as vítimas.