Thaimaan vuoden 2006 sotilasvallankaappausta tienoilta lähtien maassa muhinut poliittinen kriisi aktivoitui uudelleen marraskuussa 2013. Aktiivinen taistelu puna- ja keltapaitojen välillä oli ollut käynnissä jo vuodesta 2008 lähtien. Loppusyksystä 2013 kaduilla olivat keltapaidat, jotka osoittivat mieltään punapaitoja edustavan Yingluck Shinawatran toimitusministeristöä vastaan. Prayut vakuutti, että armeija oli puolueeton eikä aikoisi toteuttaa vallankaappausta. Kuitenkin 22. toukokuuta 2014 Thaimaan armeija kaappasi Prayutin johdolla vallan hallitukselta, lakkautti poliittisen järjestelmän toiminnan ja asetti maan NCPO-sotilasjuntan alaisuuteen. Heinäkuun lopulla 2014 hän julkisti uuden väliaikaisen perustuslain, jolla antoi itselleen suuret valtoikeudet ja armahduksen sotilasvallankaappauksen toteuttamisesta. Uusi perustuslaki loi parlamentiksi kansalliskokouksen, jonka jäsenet sotilasjuntta valitsi. Kansalliskokous valitsi yksimielisesti Prayutin maan pääministeriksi 24. elokuuta 2014.