Under inbördeskriget 1918 var Uksila rödgardist. Han var den sista befälhavaren för Satakundafronten som ersättare för Kustaa Salminen när denne isolerades i Tammerfors. I ett brev som skickades till Kullervo Manner och Eero Haapalainen begärde Uksila en förklaring till massmordet i Koliahti samt krävde att förövarna arresterades och bestraffades. Han uttryckte också sin oro över rödgardisternas ökande terror och plundring. Vid krigsslutet befallde Uksila att dra tillbaka de röda gardesstyrkorna i Lahtis och blev där fångad av de vita. Uksila dömdes till döden, men straffet omvandlades till livstids fängelse.