Той е син на фрайхер Каспар фон Рогендорф († 1506) и първата му съпруга Маргарета фон Вилдхауз († 1492), дъщеря на Еразмус фон Вилдхауз и Елизабет фон Ауершперг (* ок. 1402). Брат е на Волфганг фон Рогендорф († август 1540, в битка при Буда) и полубрат на Елизабет фон Рогендорф († 1550), омъжена на 18 юни 1502 г. за граф Николаус I фон Залм–Нойбург († 1530), защитник на императорската столица Виена против турската обсада през 1529 г.