Al setembre de 2005, Honda compra el 55% que li faltava de l'equip per tenir un equip propi a la competició. Arriben a un acord i la British American Tobacco, fins llavors propietària de l'equip segueix patrocinat l'equip. Finalment es decideix que l'equip s'anomeni Honda Racing F1 Team. A la Temporada 2006 de Fórmula 1, els seus resultats no van ser gaire bons, tot i que al Gran Premi d'Hongria del 2006 aconsegueixen una nova victòria en mans de Jenson Button, en un gran premi ple d'incidents. El 5 de desembre de 2008, Honda va anunciar la seva retirada de la Fórmula 1 a causa de la crisi econòmica mundial i el 6 de març de 2009, l'equip es va vendre a diversos membres de l'equip, inclòs el director tècnic Ross Brawn i altres quatre membres de l'equip (Nick Fry, Nigel Kerr, Caroline McGrory i John Marsden) i reanomenat Brawn GP Formula One Team.