2021년 UEFA U-21 축구 선수권 대회 본선에 진출한 팀들의 시드는 UEFA 계수를 기준으로 하여 배정되었다. 참가국의 계수는 2017년 UEFA U-21 축구 선수권 대회 예선과 본선 경기 결과의 20%, 2019년 UEFA U-21 축구 선수권 대회 예선과 본선 경기 결과의 40%, 2021년 UEFA U-21 축구 선수권 대회 예선 경기 결과의 40%를 반영하여 결정되었다. 본선 조 추첨식은 2020년 12월 10일에 스위스 니옹에서 열렸다.