К Зимней войне Малов стал начальником Северного центрального управления речного флота Наркомата Речного флота СССР в звании капитан-лейтенанта речного флота, что сделало его фактическим руководителем всех речных пароходств Северо-западного водного бассейна СССР. В ходе боевых действий он, силами Северо-западного пароходства, обеспечивал транспортировку войск, раненых и грузов по Ладоге, суда пароходства совместно с Ладожской военной флотилией обеспечивали высадку десантов на вражеской территории.