1801'de Napolyon onu Portekiz büyükelçisi olarak görevlendirdi. Bu görevde Napolyon ile görüşleri uyuşmadığı için onu bir daha elçi yapmadı. 1804'de Fransa Mareşali oldu. Austerlitz'de büyük bir Fransız ordusunun ileri muhafızına komuta etti. 22 Mayıs 1809'da Aspern-Essling'nde bir hendek kenarına oturdu. Arkadaşı ile sohbet ederken top mermisi ile bacakları yaralandı. Ancak kan kaybından dolayı bacaklarından biri Dominique Jean Larrey tarafından iki dakika içerisinde kesildi. Lannes ve birlikleri, savaşı büyük bir cesaretle Fransa lehine çevirmişti; I. Napolyon duyduğunda yanına geldi ve sedyenin yanında diz çöktü, mareşali kucaklarken ağladı. Sekiz gün sonra, 31 Mayıs'ta şafak vaktinde yaralarına yenik düştü. Lannes ilk olarak Paris'teki Les Invalides'e gömüldü, ancak 1810'da görkemli bir törenle Panthéon'a defnedildi.