Entre el 1520-1530 fou instal·lat a l'altar un retaule –considerat com un dels més notables conjunts d'art renaixentista a Portugal- que es troba exposat a la "Galeria de Pintura Renascentista", annexa a l'església. Durant la primera meitat del , Jorge de Lescastre, fill bastard de Joan II i Mestre de l'Orde de Sant Jaume, va donar al convent l'ample àrea davant de la façana sud, coneguda com a "Terreiro de Jesus" (Plaça de Jesús). Ell va encarregar l'elegant creu feta de bretxa (una pedra típica de la Serra da Arrabida), erigida en honor del patró del convent, Jesucrist, la qual fou col·locada prop de l'absis de l'església. El segle XIX la creu fou traslladada al centre de la plaça. L'església i el convent foren severament danyats pel gran terratrèmol del 1755. Els terratrèmols del 1531, 1858, 1909 i 1969 hi infligiren danys menors.