Beide Märkte lagen auch später innerhalb einer gemeinsamen Mauer, die 1598 errichtet wurde, weil Herzogenburg von der ersten Türkenbelagerung 1529 bis zur zweiten 1683 Kriegsgebiet war. Dabei war der Ort auch voll von den Wirren des Dreißigjährigen Krieges von 1618 bis 1648 betroffen. Im Gegensatz zu Krems, das die Schweden 1645 eroberten, und St. Andrä an der Traisen, das 1683 einem türkischen Angriff zum Opfer fiel, wurde aber Herzogenburg in dieser langen Kriegszeit nie eingenommen, wobei das Stift Herzogenburg bei der Verteidigung die entscheidende Rolle spielte.