もともとのヒューストン港は現在ヒューストン大学ダウンタウン校の校舎が建つ、バッファロー・バイユーとホワイト・オーク・バイユーの合流点のあたりにあった。ヒューストンの創設者、アレン兄弟が上陸した地であることから「アレンズ・ランディング」と呼ばれるダウンタウンのそのエリアは、ヒューストン市発祥の地とされている。その当時は、メキシコ湾岸のガルベストンにこの地域のメインとなる海港があり、港町が発展していたが、1900年、テキサス州南東部を襲ったガルベストン・ハリケーンはガルベストンの町と港に壊滅的な被害を与えた。その後、内陸のより安全な場所に港湾を造る機運が高まり、1902年には大統領セオドア・ルーズベルトがヒューストン・シップ・チャネルの整備費用として100万ドル（当時）を計上、さらに1909年にはハリス郡当局が近代的な港湾の建設を認可した。こうしてヒューストン港は1914年11月10日に、大統領ウッドロウ・ウィルソンによって開港された。