Rast akademije se je nadaljevala do 17. stoletja. Naslednja doba, znana kot Potop, je privedla do dramatičnega padca števila študentov, ki so maturirali in kakovosti programov. Sredi 18. stoletja so izobraževalne oblasti skušale obnoviti akademijo. Zaradi tega je Tomasz Żebrowski leta 1753 ustanovil prvo opazovalnico v Poljsko-litovski skupni državi (četrto takšno poklicno ustanovo v Evropi). Komisija za nacionalno šolstvo (poljsko "Komisja Edukacji Narodowej"), prvo ministrstvo za izobraževanje na svetu, je leta 1773 prevzela nadzor nad akademijo in jo preoblikovala v moderno univerzo. Učni jezik (kot povsod na visokošolskih zavodih države) se je iz latinščine spremenil v poljščino. Po zaslugi rektorja akademije Marcina Poczobutt-Odlanickega je akademija leta 1783 dobila status 'glavne šole' (polj. "Szkoła Główna"). Komisija, posvetna oblast, ki je akademijo upravljala po razpadu jezuitskega reda, je pripravila nov statut. Šola se je imenovala "Academia et Universitas Vilnensis".