После войны Кенни стал в апреле 1946 года первым командующим свежесформированного Стратегического командования ВВС США, однако оставил тамошнюю повседневную деятельность на своего заместителя генерал-майора Клэра Стритта (заменённого в 1947 году на Клеменса Макмуллена), так как сам стал ещё и представителем США при Военно-штабном комитете ООН. Во время блокады Западного Берлина начальник штаба ВВС Хойт Ванденберг проинформировал в июне 1948 года министра обороны Форрестола о плохом состоянии стратегических ВВС, и в октябре 1948 года Стратегическое командование возглавил Кертис Лемей, а Кенни был поставлен во главе Университета ВВС США, который возглавлял вплоть до своей отставки в 1951 году.