Krytykowała politykę następcy Chatamiego, Mahmuda Ahmadineżada; od 2007 prowadziła blog, w którym z pozycji irańskich reformistów pisała m.in. o ochronie środowiska i prawach kobiet. W 2009 odwiedziła kilka rodzin manifestantów zabitych podczas protestów przeciwko wynikom wyborów prezydenckich w Iranie. W kampanii prezydenckiej w 2013 wspierała Hasana Rouhaniego, który po zwycięstwie ponownie mianował ją wiceprezydentem i dyrektorem Agencji Ochrony Środowiska. Poparła porozumienie w sprawie irańskiego programu nuklearnego i wezwała do dopuszczenia Iranu do wspólnego rozwiązywania problemów międzynarodowych, w tym do wypracowania pokojowego rozwiązania konfliktów w Syrii i Jemenie. Po reelekcji Rouhaniego na urząd prezydenta Iranu Masume Ebtekar została ponownie nominowana na jednego z dwunastu wiceprezydentów, jako wiceprezydent ds. kobiet i rodziny.