Les origines du Silence sont révélées dans "L'Heure du Docteur". Ils sont des prêtres génétiquement modifiés appartenant à l'Église du "Papal Mainframe" ; leur but initial était de forcer les pénitents à confesser leurs péchés avant qu'ils puissent oublier leurs aveux immédiatement après avoir détourné le regard (le but de leur pouvoir électrique n'a jamais été expliqué). Pendant des centaines d'années d’impasse au-dessus de la planète Trenzalore, où le Docteur a refusé de donner son "véritable" nom, de peur de libérer les horreurs d'une nouvelle Guerre du Temps sur l'univers, le "Papal Mainframe" est devenu l'Église du Silence, faisant de sa mission primaire le maintien du silence du Docteur. Les actions de ce groupe dissident conduisent finalement à l'apparition de fissures dans l'univers qui ont amené l'Église à Trenzalore en premier lieu. Lorsque l'impasse se termine, Trenzalore est alors plongé dans la bataille, le Silence reste (encore fidèle à la "Papal Mainframe") et lutte aux côtés du Docteur pour protéger les habitants de la planète contre les Daleks.