A Gelli e alla P2 sono stati attribuiti tutti i misteri d'Italia, dal progetto di "golpe" del generale Giovanni de Lorenzo del 1964 (piano Solo) fino all'inchiesta del 1993 sui rapporti tra mafia e politica in cui fu coinvolto Giulio Andreotti. In particolare furono attribuiti alla Loggia P2 il presunto coinvolgimento nella strage dell'Italicus, il depistaggio sulla strage di Bologna, lo scandalo del Banco Ambrosiano, gli omicidi di Mino Pecorelli (a Roma) e di Roberto Calvi (a Londra), i mancati risultati delle indagini durante il rapimento di Aldo Moro, velleità golpiste (secondo alcune testimonianze nel 1973 Gelli ipotizzò la formazione di un esecutivo di centro presieduto dal procuratore generale di Roma Carmelo Spagnuolo e appoggiato dall'Arma dei Carabinieri) e alcune affiliazioni con lo scandalo di Tangentopoli (conto protezione).