El 28 de agosto de 2012, tras rumores que lo relacionaban con el Málaga español o el Feyenoord de Róterdam neerlandés, se confirmó la cesión por una temporada de Bojan al Milan debido a que el club "rossonero" necesitaba un refuerzo en la zona ofensiva, luego de que la estrella y máximo anotador de la liga italiana pasada, Zlatan Ibrahimović, se marchara al París Saint-Germain de la Ligue 1 francesa. A Bojan se le asignó el dorsal 22.