Ab 1998 vertrat Florian Iberer sein Heimatland bei internationalen Turnieren, zunächst in der U18- und später in der U20-Nationalmannschaft. 1999 nahm er mit der U18-Auswahl an der U18-Junioren-B-Weltmeisterschaft in Frankreich teil und gewann die Silbermedaille. 2002 gehörte er zum Kader des U20-Nationalteams, das bei der U20-Junioren-Weltmeisterschaft der Division I den zweiten Platz belegte.