Im Zweiten Weltkrieg war Smidt Kommandant mehrerer Schiffe (1939–1940 Zerstörer "Erich Giese", überlebte den Untergang vor Narvik; 1941–1942 "Z 27"). 1942 wurde er Fregattenkapitän. Er war ein wichtiger Zeuge für den Briten vorgeworfene Verletzungen des Kriegsrechts bei der Seeschlacht vor Narvik. 1940–1941 war er Admiralstabsoffizier in Paris, dann 1942 bis Kriegsende Leiter der Offizierspersonalabteilung des Marineoberkommandos Nord in Wilhelmshaven. Er wurde 1943 zum Kapitän zur See befördert.