Von der Spätantike bis zum Beginn des 13. Jahrhunderts war Messenien Teil des Byzantinischen Reichs. Im vierten Kreuzzug eroberten Franken und Venezianer 1204 Konstantinopel. Sie gründeten das Lateinische Kaiserreich und dessen Vasallenstaaten auf der Peloponnes. Während der überwiegende Teil der Halbinsel zum Fürstentum Achaia gehörte, sicherte sich Venedig in Methone (Modon) einen strategisch wichtigen Stützpunkt. Im benachbarten Eurotastal hielt sich in Mistra ein Rest byzantinischer Herrschaft. Die Festungen von Methone/Modon, Kalamata, Koron und Pylos, die sich zum Teil bis heute erhalten haben, zeugen von den Auseinandersetzungen dieser Epoche. Im Jahr 1460 eroberten die Osmanen nahezu die gesamte Halbinsel, die damals Morea genannt wurde. Das venezianische Methone widerstand den Osmanen zunächst, wurde aber 1503 schließlich ebenfalls von ihnen erobert. Für die nächsten 300 Jahre war die Region eine eher unbedeutende Provinz im Osmanischen Reich. Ab 1821 erhoben sich die Griechen mit Unterstützung Englands, Frankreichs und Russlands und erkämpften ihre Unabhängigkeit. Der entscheidende Sieg im Griechischen Aufstand war die Schlacht von Navarino, unmittelbar vor der Küste Messeniens.