In den letzten Kriegstagen des Zweiten Weltkrieges wurde die S-Bahn-Brücke der Friedhofsbahn über den Teltowkanal nördlich des Südwestkirchhofs von Soldaten der Wehrmacht gesprengt. Der Zugverkehr war unterbrochen; der Wiederaufbau der Bahnverbindung erfolgte erst drei Jahre später. Ab 1949 lag der Friedhof infolge der Teilung Deutschlands auf dem Gebiet der DDR; nach den Ereignissen vom 17. Juni 1953 war es Besuchern aus West-Berlin nur noch mit einem besonderen Passierschein möglich, den Südwestfriedhof und den Wilmersdorfer Waldfriedhof zu besuchen. Die endgültige Isolation des Kirchhofs wurde mit dem Mauerbau am 13. August 1961 besiegelt. Der Betrieb der Friedhofsbahn wurde von da an endgültig eingestellt, die Gleise wurden abgebaut; das ehemalige Bahnhofsgebäude verfiel mit der Zeit und wurde schließlich 1976 gesprengt. Wenngleich der Friedhof zu DDR-Zeiten weiterhin für Bestattungen geöffnet war, verlor er seine vorherige Bedeutung als großstädtische, zentrale Begräbnisstätte, da er von seinem ursprünglichen Einzugsgebiet, das nunmehr zu West-Berlin gehörte, endgültig abgeschnitten war. Auch wenn der Kirchhof im Jahr 1982 unter Denkmalschutz gestellt wurde, blieben viele – auch kunsthistorisch wertvolle – Grabmäler ihrem natürlichen Verfall überlassen.