Suomen itsenäistyminen katkaisi siteet Venäjän kirkkoon ja ortodoksinen kirkko kansallistettiin. Tässä yhteydessä venäläiset koulut suljettiin. Ensimmäinen maailmansota, Venäjän vallankumous ja Suomen vuoden 1918 sisällissota vaikeuttivat Lintulan toimintaa ja aiheuttivat ajoittain jopa nälänhätää. Luostarissa oli sisariston lisäksi orpokoti. Ongelmia aiheutti nunnien kansalaisuus. Lähes kaikilla oli Venäjän kansalaisuus. Heidän piti saada lupa opetusministeriöltä luostarissa oleskeluun. Koulun jälkeen myös orpokoti lakkautettiin ja rakennus muutettiin matkailumajaksi.