13 марта 1862 года Армия Долины вошла в состав Северовирджинской армии генерала Джозефа Джонстона. Джексон и его бригада действовали в долине Шенандоа, обеспечивая левый фланг армии Джонстона. Во время кампании в долине случилось первое и последнее поражение Джексона за ту войну — первое сражение при Кернстауне 25 марта 1862 года.