Maria Teresian aviomiehen, Pyhän saksalais-roomalaisen keisari Frans I:n kuolema lisäsi entuudestaan Kaunitzin vaikutusvaltaa Itävallan johdossa. Kaunitz oli mukana Puolan ensimmäisestä jaosta sovittaessa vuonna 1772, ja pyrki nyt liennyttämään Itävallan suhteita Preussiin. Maat joutuivat kuitenkin uudelleen vastakkain Baijerin perimyssodassa vuosina 1778–1779. Itävalta ei saanut koskaan takaisin Preussille menettämäänsä Sleesiaa, mutta Kaunitzin aikana se sai hankittua korvaukseksi Galitsian, Bukovinan ja Innviertelin. Maria Teresian kuoltua valtaan nousi vuonna 1780 hänen poikansa Joosef II, minkä seurauksena Kaunitz menetti pääosan vaikutusvallastaan ja joutui päätöksenteossa taka-alalle. Hänen luomansa kansainvälinen liittojärjestelmä hajosi Ranskan vallankumouksen takia, ja uusi keisari Leopold II pyrki tässä tilanteessa lähentymään Preussia. Ikääntynyt Kaunitz erosi tehtävistään 19. elokuuta 1792.