Vuonna 1801 Napoleon lähetti hänet suurlähettilääksi Portugaliin. Hänestä tehtiin Ranskan marsalkka Napoleonin kruunatessa itsensä keisariksi vuonna 1804. Austerlitzin taistelun jälkeen Lannesin joukot erosivat "Grand Armé"esta, minkä jälkeen Saalfieldin taistelussa Lannesin komppania löi ja surmasi Preussin prinssi Louis Ferdinandin. Lannes osallistui myös Jenan ja Friedlandin taisteluihin, missä hänen johtamistaitonsa olivat äärimmäisen tärkeitä. Tämän jälkeen Napoleon lähetti Lannesin Espanjaan, jossa Lannes löi Castañosin Tudelan taistelussa 22. marraskuuta 1808. Tammikuussa 1809 hän osallistui Saragosan ankaraan piiritystaisteluun. Lannes sanoi palattuaan viimeiseltä Espanjan sotaretkeltä: "Tämä kirottu Bonaparte tapattaa meidät kaikki." Napoleon antoi hänelle Montebellon herttuan arvonimen. Mutta pian sen jälkeen Aspern-Esslingin taistelussa Napoleon koki suuren tappion, joka maksoi Lannesin hengen. Tällöin Itävalta voitti Napoleonin arkkiherttua Kaarlen johdolla.