Japonya Gençler Şampiyonasında kazandığı madalya ile birlikte 2009 Japonya Ulusal Şampiyonasına davet edilen patenci burada sekizinci sırada (8) yer aldı. 2009 Şubat'ta yapılan 2009 Dünya Gençler Artistik Patinaj Şampiyonasında Hanyu, kısa programda 58.18 puan ile onbirinci (11) ve serbest programda 103.59 puan ile onüçüncü sırada yer aldı. Genel toplamda ulaştığı 161.77 puan ile yarışmayı on ikinci (12) bitirdi.