Malik er også kjent for å gi Sovjetunionen grunner til okkupasjonen av Tsjekkoslovakia i Sikkerhetsrådet i august 1968. Han la ned veto mot de 2 resolusjonene i relasjon til invasjonen (resolusjonen som ba om frigjøringen av de arresterte tsjekkoslovakiske politikerne og fjerningen av de kommunistiske hærstyrker fra Tsjekkoslovakia samt resolusjonen som krevde valg av spesialutsending til Tsjekkoslovakia).