Fece il viaggio di ritorno nelle Filippine nel dicembre 1899 appena seppe dell'omicidio di suo fratello Antonio da parte del battaglione Kawit a Cabanatuan. Fece il viaggio fino ad Hong Kong e morì là il 7 dicembre 1899 di attacco cardiaco. I suoi resti furono sepolti ad Hong Kong e nel 1920 furono esumati e conservati nella casa di Andrés Luna, per essere poi trasferiti in una nicchia della chiesa di San Agustín nelle Filippine. Cinque anni dopo, Juan sarebbe stato reintegrato come artista di fama mondiale e "Peuple et Rois", la sua ultima grande opera, fu acclamata come la migliore opera in gara nella Fiera mondiale di Saint Louis a St. Louis. Alcuni dei suoi quadri furono distrutti dal fuoco nella Seconda guerra mondiale.