Pada tahun 1523, George von Schellenberg terpaksa menjual Krnov kepada margraf Wangsa Hohenzollern George dari Brandenburg-Ansbach yang bergantung pada warisan Hungaria istrinya Beatrice de Frangepan, janda Matthias Corvinus. Dari 1532, margraf ini kemudian menguasai seluruh Dataran tinggi Silesia, saat ia mewarisi Kadipaten Opole dan Racibórz dari adipati Piast, Jan II. Ia membangun kembali Kastil Krnov dan memperkenalkan Reformasi Protestan di Silesia, lantas mengusir Ordo Teutonik, Fransiskan dan Konventual. Meningkatnya kekuasaan Wangsa Protestan Hohenzollern di tahta Silesia memancing kecurigaan Ferdinand I, Kaisar Romawi Suci yang menjadi raja Bohemia sejak tahun 1526. Meski demikian, Goerge beserta putranya George Frederik yang memerintah dari tahun 1543 dapat mempertahankan kekuasaan mereka. Konflik memburuk tahun 1603 saat George Frederik mangkat tanpa meninggalkan anak dan mewariskan Krnov kepada sepupunya elektor Joachim III Frederik, yang menyerahkannya kepada putranya Johann Georg von Brandenburg pada tahun 1607. Penguasa Wangsa Habsburg menganggap kadipaten tersebut sebagai fief yang dipulihkan. Setelah Pemberontakan Bohemia dan Pertempuran Gunung Putih tahun 1620, Ferdinand II, Kaisar Romawi Suci, menyita harta-benda wangsa Hohenzollern di atas wilayah kekuasaanya di Bohemia. Pendukung setia Ferdinand, Pangeran Liechtenstein Karl I yang merupakan adipati Opava sejak tahun 1613 menerima kuasa atas Krnov. Kedua kadipaten tersebut kemudian digabungkan pada tahun 1623 dan ditundukkan oleh Reformasi Katolik.