Nach der Schlacht am Yalu während des Russisch-Japanischen Krieges wurde die 3. Armee im August 1904 unter dem Kommando von General Nogi Maresuke aufgestellt. Ihre Aufgabe war, das russische Port Arthur zu belagern und zur Aufgabe zu zwingen, damit die dort stationierte russische Pazifikflotte neutralisiert werden konnte. General Nogi hatte Port Arthur bereits 1894 im ersten chinesisch-japanischen Krieg mit einem einzigen Regiment eingenommen, weswegen ihm zu Anfang der Operation lediglich die 9. und 11. Division unterstellt wurden. Die Russen hatten Port Arthur seit der Inbesitznahme mit starken Befestigungen versehen und so war das japanische Oberkommando gezwungen, die 3. Armee während der verlustreichen fünfmonatigen Belagerung bis auf 150.000 Mann zu verstärken. Dazu stieß im Laufe der Belagerung die 1. Division von der 2. Armee dazu. Im August 1905 stieß die in Japan neu aufgestellte 14. Division zur 3. Armee und war mit Wachaufgaben auf der Liaodong-Halbinsel zuständig.