Auch das frühe 16. Jahrhundert war von kriegerischen Handlungen geprägt. Als 1529 die Türken vor Wien standen (Erste Wiener Türkenbelagerung), blieb auch Strebersdorf nicht verschont. Trost konnten die gläubigen Strebersdorfer nur außerhalb des Ortes in Kagran finden. Da der Weg bei Schnee und Hochwasser aber sehr beschwerlich war, wurde Strebersdorf 1541 zu Stammersdorf eingepfarrt. Auch der Dreißigjährige Krieg hatte Einfluss auf die Geschichte Strebersdorfs. Der protestantische Graf Thurn stand 1619 mit seinem Heer vor Korneuburg und verwüstete zahlreiche Orte des Marchfelds. Gegen Ende des Krieges, im Jahr 1645, verteidigte Erzherzog Leopold Wilhelm die Wolfsschanzen beim benachbarten Jedlesee gegen die heranrückenden Schweden. Auch der schwedische General Lennart Torstensson kam in diesem Jahr in die Strebersdorfer Gegend und bezog hier sein Lager. Nach einem Sieg der Schweden konnten die kaiserlichen Truppen die Wolfsschanze zurückerobern und Torstensson zum Rückzug zwingen.