Το Σώμα έλαβε μέρος στον Ελληνοϊταλικό πόλεμο του 1940-41 από την αρχή, και διήρκεσε μέχρι την ήττα και τη διάλυση του Ελληνικού Στρατού, μετά τη γερμανική εισβολή στην Ελλάδα τον Απρίλιο του 1941. Μετά την απελευθέρωση από τη γερμανική κατοχή, το Β΄ Σώμα Στρατού επανιδρύθηκε το 1946 στη Λάρισα και πήρε μέρος στον Ελληνικό Εμφύλιο Πόλεμο. Μετά το τέλος του Εμφυλίου Πολέμου το 1949, το Σώμα μεταφέρθηκε στην Κοζάνη, όπου παρέμεινε μέχρι τον Ιούλιο του 1962, όταν μετακόμισε στην Βέροια, την τελική έδρα του. Κατά τη διάρκεια αυτής της περιόδου, το Σώμα αποτέλεσε το μεγαλύτερο μέρος του ελληνικού εκστρατευτικού σώματος στην Κορέα.