"ディスカバリー"遠征のときに、民間の主要寄付者からの推薦で、シャクルトンをディスカバリーの三等航海士指名に合意した。シャクルトンが健康を害して早期に帰還すると、それに同情し支持を与えた。またシャクルトンのイギリス海軍任官が出来なかったときも支援した。後にシャクルトンが独自の遠征隊を率いて行く意図を表明したとき、マーカムは寛大な推薦状を提供し、シャクルトンのことを「事業の困難さや危険を含め、その任に当たるに適した人物」であり、「極地探検の指導者に立派に適応している」と表現していた。シャクルトンが行った1907年から1909年のニムロド遠征に強い支持を表明し、「私の心から貴方の成功を願っていることだけでなく、それなりの期待を持っている」と言っていた。この遠征隊が新たな最南端記録南緯88度23分を打ち立てたという知らせが届くと、マーカムはシャクルトンに王立地理学会の庇護者メダルを贈る意図があることを公言した。