I conflitti armati, che scossero gravemente lo stato dell'Unione, iniziarono nel 1648 con la rivolta di Chmel'nyc'kyj dei cosacchi ucraini, ribellatisi al dominio polacco nella Rus occidentale. Nel trattato di Perejaslav i cosacchi accettarono la protezione dello Zarato di Russia, evento che innescò la guerra russo-polacca (1654-1667). Le vittorie e l'avanzata dei russi e dei cosacchi ucraini sotto Chmel'nyc'kyj spinsero la Svezia a invadere la Polonia dal 1655 generando la seconda guerra del Nord: le aggressioni degli scandinavi sono passate alla storia nei testi polacchi come diluvio. Verso la fine del 1650, quando altre potenze entrarono in guerra e anche Varsavia e Cracovia avevano subito attacchi, la Svezia non riuscì più a competere e dovette accettare, con la pace di Oliva del 1660, il ripristino dello status quo ante. Tuttavia, gli scontri con la Russia continuarono e culminarono infine in un armistizio nel 1667, risultato sfavorevole per la Polonia (trattato di Andrusovo) e che costò la perdita di milioni di abitanti, i quali preferirono spostarsi a est.