Su primera experiencia política se dio elecciones municipales complementarias del Perú en 1991. En ellas se eligió a 12 alcaldes distritales y regidores distritales para el periodo 1991-1992 aunque, debido al autogolpe de Alberto Fujimori, el periodo se extendió hasta 1993. Ello debido a que en las elecciones de 1989 hubo distritos en los que no se pudo llevar a cabo los comicios debido a problemas relacionados con la época del terrorismo y otros donde las elecciones fueron declaradas nulas. En diciembre de 1990, el Congreso del Perú aprobó la Ley N° 25300 que dispuso la celebración de elecciones complementarias en todas aquellas circunscripciones donde no se pudo celebrar elecciones. Las elecciones se llevaron a cabo el 18 de agosto de 1991 y Rodríguez Vera logró la elección como con el 78.502% de los votos como candidato de la Izquierda Unida.. Fue reelegido para ese cargo en las elecciones municipales de 1995. Tentó también la reelección sin éxito en 1998 y 2002.