Bei den Olympischen Spielen 2000 in Sydney gewann Šapić mit der Nationalmannschaft Serbien-Montenegros eine Bronzemedaille, bei den Olympischen Spielen 2004 in Athen eine Silbermedaille und wurde dort auch jeweils Torschützenkönig. Die Goldmedaille gewann Šapić mit dieser Mannschaft bei der Weltmeisterschaft 2005 in Montreal und bei der Weltliga 2005 in Belgrad. Am 10. September 2006 holte er mit der serbischen Nationalmannschaft die Europameisterschaft in Belgrad, den ersten Titel unter dem neuen Namen. Bei den Olympischen Spielen 2008 gewann er wiederum die Bronzemedaille. Er beendete seine Nationalmannschaftskarriere im Jahr 2009 nach 385 Spielen und 981 Toren.