Sisällissodan alkaessa hän erosi Unionin armeijasta ja liittyi etelävaltioiden armeijaan majurina maaliskuussa 1861. Kesäkuussa hänet ylennettiin prikaatinkenraaliksi ja lokakuussa kenraalimajuriksi. Lokakuussa 1862 hänestä tuli yksi konfederaation ensimmäisistä kenraaliluutnanteista. Hänen miehensä tunsivat hänet lempinimellä "Old Reliable". Hän palveli Arkansasissa, jossa hänen piti koota prikaati Arkansasin rykmenteistä, ja sai siirron Albert Sidney Johnstonin armeijaan Shilohin taisteluun. 6. huhtikuuta 1862 hän haavoittui käteen, jonka jälkeen siirtyi miehineen Braxton Braggin Tennesseen armeijaan.