В 2011 году в составе молодёжной сборной Панамы Флорес принял участие в молодёжном чемпионате КОНКАКАФ в Гватемале. На турнире он сыграл в матчах против команд Мексики, Суринама, Гондураса и США. В том же году Хосуэ принял участие в молодёжном чемпионате мира в Колумбии. На турнире он сыграл в поединках против Австрии, Египта и Бразилии. В том же году Роберто выступал за юношескую сборную Панамы на юношеском чемпионате мира в Мексике. На турнире он сыграл в матчах против команд Буркина-Фасо, Эквадора, Германии и Мексики.