Tras las nuevas incorporaciones como la de su compatriota Toni Kroos y el colombiano James Rodríguez, Khedira inició la temporada siendo suplente. Debido a esto, tras no disputar ningún encuentro de los tres oficiales disputados por el club correspondientes a la obtención de la Supercopa de Europa y la Supercopa de España manifestó sentirse "«un poco fuera del equipo en estos momentos»". En diciembre de 2014, Khedira consiguió ganar el Mundial de Clubes disputado en Marruecos tras derrotar en la final por 2-0 a San Lorenzo de Argentina. Sin embargo, en dicho torneo solo jugó 17 minutos en la semifinal, tras reemplazar a Toni Kroos en la victoria por 0-4 sobre el equipo mexicano Cruz Azul.