Avant son départ de la présidence, Eisenhower fit à Kennedy un état des lieux de la situation en Asie du Sud-Est, et notamment de la menace communiste qu'il estimait préoccupante. Eisenhower considérait le Laos comme car il pensait que l'installation d'un régime communiste au Laos entraînerait rapidement l'arrivée au pouvoir de régimes similaires dans les autres pays d'Asie du Sud-Est. Les chefs d'état-major interarmées proposèrent l'envoi d'un contingent de soldats afin de soutenir le gouvernement pro-américain en place, mais Kennedy, rebuté par l'échec du débarquement de la baie des Cochons, rejeta cette solution et se montra favorable à la négociation d'un arrangement entre le gouvernement et les insurgés de gauche soutenus par le Nord-Viêt Nam et l'Union soviétique. Au début de l'année 1962, Eisenhower et d'autres membres de l'administration se montrèrent de nouveau partisans d'une intervention militaire américaine dans le but de dissuader les forces communistes, mais Kennedy souhaitait n'envoyer qu'une force symbolique en Thaïlande. À la fin de l'année, le conseiller Harriman aida à la signature de l'accord international sur la neutralité du Laos, qui mit temporairement fin à la crise mais pas à la guerre civile. Bien qu'opposé à une intervention américaine de grande ampleur au Laos, Kennedy approuva les activités que la CIA menait dans ce pays pour vaincre les forces communistes via des bombardements aériens et l'enrôlement du peuple Hmong.