Den 19 februari 1856 utnämndes Seymour till överbefälhavare över de ostindiska handelsstationerna, som innefattade Kinas kust. Han kom att leda operationerna under andra opiumkriget; han förintade den kinesiska flottan i juni 1857, intog Kanton i december, och 1858 erövrade han befästningarna vid Pei Ho, vilket tvingade kineserna att gå med på villkoren. Han tilldelades Bathordens storkors ("GCB") 1859. Emellan 1859 och 1863 var Seymour ledamot i det brittiska parlamentets underhus. 1864 erhöll han amirals grad och var överbefälhavare vid basen i Portsmouth till 1866. Han gick i pension 1870.