"Hjóbušó" ( ~ vojenské ministerstvo) ji založilo v roce 1869 v Cukidži (čtvrť v Čúó, Tokio) jako "Kaigun sórendžo" ( ~ námořní výcvikové středisko) na základě staršího výcvikového centra z dob šógunátu. Dne 28. září 1876 bylo "Kaigun sórendžo" přejmenováno na "Kaigun heigakkó" a roku 1888 byla akademie přesunuta na ostrov Etadžima, nedaleko Kure. V říjnu 1945 byla "Kaigun heigakkó" spojeneckými okupačními jednotkami uzavřena. 74 ročníků ( "ki") absolvovalo 12 433 kadetů: první ročník promoval v roce 1873 (ze 114 kadetů jej dokončili pouze dva), poslední 30. března 1945. Ročníky 75 až 78 (dalších více než 10 000 studentů) byly předčasně ukončeny japonskou kapitulací a zrušením "Kaigun heigakkó".