בראשית שנות התשעים היו שתי המדינות מעורבות במלחמות יוגוסלביה, סכסוכים חמושים שבאו בעקבות התפרקות יוגוסלביה לחמש מדינות ריבוניות: בוסניה והרצגובינה, קרואטיה, הרפובליקה של מקדוניה, סלובניה והרפובליקה הפדרלית של יוגוסלביה (שהפכה בשנת 2003 לסרביה ומונטנגרו, והתפרקה בשנת 2006). בסלובניה המלחמה הייתה קצרה, ואילו בבוסניה והרצגובינה הקרואטים, הבוסנים והסרבים (כולל הקרואטים-בוסנים והבוסנים-סרבים) נלחמו זה בזה בבריתות לא יציבות בסדרת קונפליקטים. מרבית המלחמות אירעו בשטחה של בוסניה והרצגובינה, שם הקימו הקרואטים את הרפובליקה הקרואטית של הרצג-בוסניה. כתוצאה מהסכם דייטון, בוסניה והרצגובינה חולקה לשתי ישויות על בסיס שלושת העמים: רפובליקה סרפסקה (לסרבים) והפדרציה של בוסניה והרצגובינה (לבוסנים והקרואטים).