יחסה של עומאן לישראל שונה בהשוואה לשאר מדינות האזור וגרם לא פעם למתח ביניהן. עומאן תמכה בהסכם השלום בין ישראל למצרים ולא ניתקה את יחסיה עם מצרים. בדצמבר 1994 אירח קאבוס בן סיד את יצחק רבין במסקט, בירת הסולטנות. היה זה ביקור פומבי ראשון של מנהיג ישראל במדינת מפרץ. לאחר רצח יצחק רבין נשלח נציג בכיר של הסולטנות להשתתף בהלוויה. בשנת 1994 אירחה עומאן את קבוצת העבודה האזורית בנושא מים, שהוקמה לאחר ועידת מדריד (1991) וב-1996 הסכימה לארח נציגות מסחרית ישראלית בתחומה. הופיעו בעיתונות גם דיווחים כי עומאן קבלה סיוע צבאי ממדינת ישראל. אולם עם תחילת האינתיפאדה השנייה סגרה עומאן את הנציגות הישראלית במסקט. עומאן הכריזה פעמים רבות כי היא מוכנה לנורמליזציה מלאה עם ישראל ברגע שייחתם הסכם שלום עם הפלסטינים.