W 1564 r. księstwo oświęcimskie i zatorskie wcielono do Korony Królestwa Polskiego, równocześnie przyłączono je do województwa krakowskiego, jako powiat śląski, którego Kęty były największym miastem, liczącym ponad 1000 mieszkańców. XVI wiek był dla Kęt okresem rozwoju – powstawały kolejne cechy rzemieślnicze – kuśnierzy, piekarzy, kowali i wiele innych, założono łaźnie, szpital, młyny, folusz i tartak. Pod koniec wieku jednak miasto nawiedziła seria nieszczęść. W 1585 r. miała miejsce epidemia nieznanej choroby, od której zmarło 947 osób (liczba ta obejmuje przypuszczalnie również okoliczne wsie i miejscowości). 7 września 1652 r. przy ul. Czanieckiej (obecna Kościuszki) wybuchł pożar, który zniszczył kilkanaście domów. W 1655 r. miasto padło łupem Szwedów najeżdżających Rzeczpospolitą – wojska szwedzkie złupiły je i poważnie zniszczyły. 25 listopada 1657 r. wybuchł kolejny pożar, tym razem większy, w wyniku którego zniszczone zostały domy przy Rynku i kościół parafialny. W wyniku tych klęsk szlachecki sejmik zatorski prosił króla o zwolnienie mieszczan kęckich z podatków w celu umożliwienia odbudowy, którą rozpoczęto zaraz po ostatnim pożarze.