1526. године на чешки трон дефинитивно ступа династија Хабзбурговаца, која је земљу припојила Хабзбуршкој монархији. Масовни устанци су подизани 1547. и 1618. године. Када су у мају 1618. године царски гувернери избачени са прозора у прашком Храду (догађај који се у чешкој историји означава сликовитим називом "дефенестрација"), то је означило увод у Тридесетогодишњи рат. Године 1621. Чеси су поражени у бици на Белој гори и 27 племића је тада погубљено на тргу у Прагу. Ускоро се почело са насилном рекатолизацијом чешких протестаната. Реформе Јосипа II 1781. године донеле су крај вазалства и почетак верске толеранције. Од краја 18. века, у чешким земљама се формира народни покрет за обнову чешке културе и језика, а касније се истиче и захтев за политичком аутономијом.