No final da década de 1990, Israel, sob a liderança de Benjamin Netanyahu, desistiu de Hebrom, assinando o Memorando de Wye River, dando maior controle da região para a Autoridade Nacional Palestina. Ehud Barak, eleito primeiro-ministro em 1999, começou por retirar forças israelenses do sul do Líbano, realizando negociações com a Autoridade Palestina Yasser Arafat e o então Presidente dos Estados Unidos, Bill Clinton, durante a Cúpula de Camp David de 2000. Durante esta cimeira, Barak ofereceu um plano para o estabelecimento de um Estado palestino na Faixa de Gaza e 91% da Cisjordânia, retendo porém o controlo sobre todas as fronteiras e principais cursos de água, e anexando definitivamente 12% do Vale do Jordão, a região mais fértil da Cisjordânia, a favor de Israel, reservando-se ainda o direito de permanecer entre 12 a 30 anos em outros 10% dessa região. Yasser Arafat rejeitou o acordo, exigindo como pré-condição para as negociações a retirada de Israel para as fronteiras de Junho de 1967. Após o colapso das negociações, começou a Segunda Intifada. Ariel Sharon foi escolhido como novo primeiro-ministro em 2001 durante uma eleição especial. Durante seu mandato, Sharon realizou seu plano de retirada unilateral da Faixa de Gaza e também liderou a construção da barreira israelense da Cisjordânia. Em janeiro de 2006, depois de sofrer um grave acidente vascular cerebral que o deixou em coma, Ariel Sharon deixou o cargo e suas competências foram transferidas para o gabinete de Ehud Olmert.