1821年にはギリシャ独立戦争が本格化するが、オスマン帝国はこれを独力で鎮圧することができずエジプト軍の来援を求めた。独立阻止の目的は失敗に終わったこの戦争でエジプト軍はナヴァリノの海戦で大敗を喫するなど大きな犠牲を払ったが、ムハンマド・アリーは出兵の代償としてオスマン帝国にシリア地方の行政権を要求、これが果たされないと1831年、1839年と二度に渡ってエジプト・トルコ戦争（エジプト事件）を起こしてオスマン帝国に反旗を翻した。エジプト軍はシリアからアナトリアまで侵攻して武力でオスマン帝国にシリアの支配権を認めさせたが、エジプトの強大化を警戒するヨーロッパ列強の介入を受け、1840年のロンドン条約によってムハンマド・アリーの子孫によるエジプト総督の世襲権を認める代償としてシリアを放棄させられた。この世襲制公認を以て、ムハンマド・アリー朝が正式に成立したとみる向きもある。