Tenté par la littérature, il démissionne en 1825 de son poste et part pour Paris. Ses premiers textes paraissent dans deux petits journaux : "La Nouveauté" et "Le Kaléidoscope". Mais il revient assez vite à son premier métier et s'embarque en 1826 sur la corvette le "Rhône", à destination des mers du sud, comme chirurgien de la marine (chirurgien auxiliaire de classe). Pendant trois ans, il occupe ce poste en mer, passant d'un navire militaire à l'autre (le "Foudroyant", le "Breslaw"), allant des Antilles à la Méditerranée orientale. En octobre 1827, en Grèce, il participe comme chirurgien auxiliaire de classe à la bataille navale de Navarin et assiste à la destruction de la flotte turco-égyptienne par une coalition regroupant la France, l'Angleterre et la Russie. Il en fait le récit plus tard, en 1842. En 1828, de retour aux Antilles, il est gravement atteint par la fièvre jaune mais s'en sort notamment grâce aux soins d'une femme noire dont il s'est épris. Sue se servira de cette expérience riche en couleur et en drames pour écrire ses romans maritimes.