Ein wichtiges Anliegen für den überzeugten Calvinisten Hooftman war die Unterstützung religiöser Gruppen. So verkaufte er beispielsweise im Jahr 1566 zunächst etwa 200 hebräische Bibeln an die jüdische Gemeinde in Marokko und ließ weitere 400 bei dem Antwerpener Drucker Christoffel Plantijn in Auftrag geben. Als überzeugter Anhänger der protestantischen Reformen setzte er sich auf seine spezielle Art und Weise sowohl für den Freiheitskampf der Geusen gegen die Truppen des Herzogs von Alba als auch für Wilhelm von Oranien, den Führer im niederländischen Unabhängigkeitskrieg gegen Spanien, ein. Sowohl Gillis als auch sein Bruder Heinrich wurden daraufhin 1566 als staatsfeindliche Protestanten denunziert, doch während Heinrich emigrierte und sich anschließend seine Spur verlor, entschloss sich Gillis Hooftman den Anfeindungen standzuhalten. Nach außen hin leistete er dem spanischen König den Treueeid, ging auch regelmäßig zur Messe und zur Beichte und berücksichtigte die fleischlosen Tage. Ebenso belieferte er noch 1569 mit seiner Schiffsflotte Häfen in Spanien mit Waren und Gütern aus Antwerpen. Intern jedoch stattete er im Jahr 1572 mit Hilfe seiner Handelsschiffe die Bürger der Stadt Vlissingen mit Waffen und Munition aus und beabsichtigte auch, den Hafen der niederländischen Stadt Brielle nach der Eroberung durch die Wassergeusen zu einer stark befestigten Anlage auszubauen. Nach einem zerstörerischen Angriff der Spanier auf Antwerpen im Jahr 1576, auch Spanische Furie genannt und der anschließenden „Genter Pazifikation“, die von den Generalstaaten in Antwerpen unterschrieben worden war, gehörte Hooftman zu dem Gremium, das sich maßgeblich für den Wiederaufbau der Stadt einsetzte. Offenheit und Toleranz gegenüber unterschiedlichen Glaubensrichtungen zeigte sich in seinem Testament, in dem er verfügte, dass nach seinem Tod 50.000 Dukaten gleichmäßig unter den Armen der Stadt unabhängig von ihrer Konfession zu verteilen seien.