Do początku XVI wieku Dubinki razem z Mejszagołą były pod zarządem królewskich namiestników, później stały się własnością Radziwiłłów, a Jerzy Radziwiłł rozpoczął budowę murowanego zamku. Po śmierci hetmana w 1541 roku miasteczko odziedziczył jego syn Mikołaj Radziwiłł Rudy, który w 1564 roku został protestantem i przyjął wyznanie kalwińskie. Od tego czasu Dubinki były jednym z ważniejszych ośrodków reformacji na Litwie. Siostra Mikołaja Barbara Radziwiłłówna (znana z romansu z królem Zygmuntem II Augustem) mieszkała w Dubinkach pod czujną opieką brata przez kilka miesięcy (zimą 1547-1548). W czasie Potopu jako własność Bogusława Radziwiłła zostały splądrowane przez wojska lojalne królowi polskiemu, a następnie mu odebrane jako banicie. Powróciły w ręce Radziwiłłów w drugiej poł. XVII wieku. Jeszcze w 1642 roku katolicy rozpoczęli proces sądowy przeciwko dubińskim kalwinom o zabór ziemi i ruchomego majątku byłej parafii katolickiej w Dubinkach. Katolicy proces wygrali. W 1672 roku kosztem Ludwiki Karoliny Radziwiłłówny na wzgórzu koło miasteczka wzniesiono nowy drewniany kościół katolicki (taki był wyrok sądu – "Grzechy przodków mają naprawić ich potomkowie"). Dubinki nie odzyskały już jednak dawnej świetności. Przez cały wiek XVIII dobrami dubińskimi formalnie należącymi do Radziwiłłów władali dzierżawcy lub kredytorzy Radziwiłłów (M. Tyzenhauz, K. Puzyna, J. Białłozor i inni).