Au cours du , la Pologne doit faire face aux envies de puissance de ses pays voisins, la Prusse, l'Autriche et la Russie qui ont des vues sur son territoire. Le , Tadeusz Kościuszko, général américain et polonais, héros des deux pays, lance sur la Place du Marché de Cracovie une dernière tentative de sauver la souveraineté nationale. Malgré les premiers succès, l'insurrection de 1794 se solde par un échec et, en 1795, la Pologne est rayée de la carte de l'Europe. La ville de Cracovie et la région située entre Pilica et Bug sont soumises à l'Autriche et le palais royal du Wawel est transformé en caserne. Selon le recensement réalisé par les Autrichiens en 1804, la population de Cracovie est alors de dont environ 18 % sont juifs.