Od roku 1991, kdy se galerie znovu osamostatnila a přešla pod správu Ministerstva kultury, později, od roku 2001 pod správu Plzeňského kraje, je její součástí také "Galerie U Bílého jednorožce" v Klatovech, která sídlí v rekonstruovaném historickém domě čp. 149 na náměstí v Klatovech. Jde o jednu z nejstarších renesančních budov v Klatovech, v jejímž přízemí je barokní lékárna U Bílého jednorožce (zal. 1639). Do roku 1989 byla v budově expozice Okresního muzea v Klatovech "Pokrokové tradice a revoluční boje dělnické třídy na Klatovsku" (1986), ale po pádu komunistického režimu zde byly instalovány výstavy fotografií z listopadových demonstrací a z okupace roku 1968, na které navázaly výstavy umění. První polistopadovou ředitelkou Galerie Klatovy / Klenová se stala Marcela Flašarová..