Но ван дер Кемп не хотел оставаться в Кейптауне, он задумал основать первую миссию среди коса за пределами восточной границы Капской колонии. В сентябре 1799 года он достиг резиденции правителя коса Нгкики. Нгкика, заинтересованный в хороших отношениях с Капской колонией, разрешил ван дер Кемпу остаться у него на некоторое время. Ван дер Кемп первым делом стал знакомится со страной коса, путешествовал и усердно изучал их язык. От коса он получил прозвище Янк' ханна («плешивый»), так как тому моменту потерял уже значительную часть своих волос. Находясь при краале Нгкики, ван дер Кемп приложил все свои усилия для того, чтобы предотвратить примирение Нгкики со своим дядей Ндламбе. Ван дер Кемп убедил Нгкику, что его будущее в союзе с Великобританией. Так ван дер Кемп стремился усилить влияние европейской цивилизации и христианства среди африканцев, искренне считая это благом для них. Однако вскоре ван дер Кемпу пришлось оставить пределы земель коса — началась очередная так называемая «кафрская война». В 1801 году он вернулся в колонию и с этих пор работал уже лишь в её пределах среди кой-кой. В 1803 году он основал миссию Бетелсдорп, но при этом встретил яростное сопротивление со стороны бурских фермеров, которые обвиняли миссионера в том, что он укрывает бездельников и преступников. Ван дер Кемп же, со своей стороны, стал обвинять фермеров в жестоком обращении со своими слугами из числа африканцев. Он обратился к властям с требованием расследовать случаи жестокого обращения со слугами кой-кой, но начавшееся расследование проводилось преимущественно чиновниками-голландцами, симпатизировавшими фермерам. В результате все случаи жестокого обращения были признаны недоказанными.