Además, el historiador Humberto Baquero Moreno señaló que Fernando Alfonso de Valencia se encontraba en la Corte portuguesa el día 6 de diciembre de 1383, cuando se produjo el asesinato del conde Juan Fernández de Andeiro, y en el capítulo X de la "Chronica de El-Rei D. João I" se menciona que Fernando Alfonso estuvo presente en el momento de la muerte del conde junto con otros personajes como el conde Álvar Pérez de Castro y el conde de Barcelos, Juan Alfonso Tello. Y en 1384, durante la guerra entre Juan I de Portugal y Juan I de Castilla, y mientras las tropas castellanas asediaban Lisboa, Fernando Alfonso saqueó y devastó la comarca de Entre Douro e Minho acompañado por 80 caballeros y numerosos infantes, aunque en algunas ocasiones aparentaban ser partidarios del monarca castellano y en otras de Juan I de Portugal, según las poblaciones fueran leales a uno u otro. Y en mayo de 1384, poco antes de que comenzara el asedio de Lisboa, Fernando Alfonso de Valencia reclamó los bienes del conde Alvar Pérez de Castro, que acababa de fallecer, aunque su demanda no tuvo éxito y fueron a parar a manos de Juan Rodrigues Pereira, que era hijo del célebre Nuno Álvares Pereira, condestable de Portugal.