Пекуринен был условно-досрочно освобождён в январе 1932 года, отсидев более двух лет в тюрьме. Он продолжил свою организационную деятельность и в 1934 году вместе с Селинхеймо основал Финскую ассоциацию сопротивленцев войне. Деятельность ассоциации прекратилась после смерти Селинхеймо в 1939 году. Когда началась Советско-финляндская война, Пекуринена снова призвали к оружию и, после отказа, приговорили к более чем двухлетнему заключению, от которого он безуспешно просил о помиловании. В 1941 году началась Советско-финская война, ему приказали работать в качестве новобранца на передовой III армейского корпуса в войсках пехотного полка JR 11. Приказ предусматривал, что Пекуринен возьмёт в руки оружие и будет им пользоваться. Пекуринен продолжал последовательно отказываться это делать. «Зря вы притащили в Карелию, чтобы убить. Убить вы могли и в Хельсинки», — сказал он во время поездки на фронт ("Turhaan toitte Vienaan korpeen tapettavaksi. Olisitte voinut tappaa Helsingissäkin"). В результате будущий кавалер Креста Маннергейма капитан Пентти Валконен приказал казнить Пекуринена. Первые два солдата, назначенные для выполнения приказа, отказались. Только третий солдат, которому было приказано казнить Пекуринена, согласился выполнить приказ. Услышав это, первые люди, которым было поручено это задание, покинули место происшествия. Казнь была совершена в Калевальском районе, занятом финскими войсками в начале ноября 1941 года.