Scoppiata la seconda guerra mondiale, Ballerini fu inviato con le truppe di occupazione in Grecia ed Jugoslavia 1940/1943, fu rimpatriato nel giugno 1943 per dolori reumatici causati dai disagi patiti nel fronte di guerra, in Iugoslava si distingue per aver avvertito le popolazioni civili di allontanarsi dalle zone di operazioni belliche: la notte di nascosto usciva dal campo ed avvertiva i villaggi che il giorno dopo sarebbero stati colpiti dall'artiglieria italiana, permettendo ad uomini, donne e bambini di trovare rifugio in luoghi più sicuri; qui prese contatto con i partigiani titini. La Divisione "Venezia" dopo l'8 settembre si inquadrò nelle Brigate partigiane Garibaldi che in Iugoslavia combatterono al fianco dei partigiani. Dopo l'armistizio, nell'autunno 1943 Lanciotto si recò sul Monte Morello, ove organizzò e diresse una delle prime formazioni partigiane che si costituirono in Toscana. Questa formazione comprendeva non solo partigiani italiani ma anche altri provenienti da tutta l'Europa (uno scozzese, un serbo, un croato, un ucraino ed un russo).