1526 übernahm das Haus Habsburg die Herrschaft über das Königreich und seine Kronländer und gliederte es in die Habsburgermonarchie ein. Böhmen konnte dennoch eine gewisse Autonomie aufrechterhalten. 1618 kam es zum Aufstand des weitgehend protestantischen böhmischen Adels gegen das katholische Herrscherhaus. Böhmen sagte sich daraufhin 1619 mit seinen Ländern vom Habsburgerreich los. Die neu gewonnene Unabhängigkeit hielt aber nur kurz. Bereits mit der Niederlage Böhmens in der Schlacht am Weißen Berg 1620 wurde das Königreich wieder ins Reich eingegliedert. Ferdinand II., 1617 zum König gekrönt, und seine Nachfolger unterdrückten rigoros jeglichen Widerstand in der Bevölkerung. Insbesondere im Dreißigjährigen Krieg sahen sich die Einwohner Böhmens zunehmender Repression ausgesetzt. Der Krieg verwüstete Teile des Landes schwer und führte zu einem kontinuierlichen Bevölkerungsrückgang. Einzig das Herzogtum Friedland des Feldherrn Wallenstein blieb vom Krieg weitgehend verschont und nahm einen wirtschaftlichen Aufschwung.