Podczas II wojny światowej Majdan Nepryski znajdował się na terenie Generalnego Gubernatorstwa. Obszar ten był objęty powstaniem zamojskim, we wsi działała placówka AK której komendantem był Franciszek Mielniczek ps. "Jeż". W 1946 r. miał miejsce pożar wsi, w wyniku którego zniszczona została duża część zabudowań a latach 70. XX wieku powstało kółko rolnicze zlokalizowane na końcowej części wsi oraz została wybudowana tutaj nowa, duża szkoła oraz parafialny kościół polskokatolicki.