Der Name geht vermutlich auf das arabische "Buadtharque" zurück. Es war vor der Unabhängigkeit als "Bulharcos" bekannt, doch in den Nachlässen von König Dom Afonso Henriques († 1185) war es bereits als "Buarcos" vermerkt. Seine ersten Stadtrechte ("foral") erhielt Buarcos von König Dom Afonso IV im Jahr 1342. 1516 erneuerte König Dom Manuel I. die Stadtrechte. Im Laufe des 16. und 17. Jahrhunderts wurde Buarcos immer wieder Opfer von Piraterie, so dass zum Schutz der Ort in Richtung Atlantischer Ozean befestigt wurde. Beim Erdbeben von Lissabon 1755 am 1. November 1755 hatte auch Buarcos viele Todesopfer und materielle Schäden zu beklagen.