15 сентября 1944 года американские войска высадились на остров Моротай (Молуккские острова) с целью создания опорной базы. С построенных на острове аэродромов, авиация американской начала нанесение ударов по японским объектам на Филиппинах. В начале ноября 1944 года, из-за нехватки бомбардировщиков, часть Ki-45 21 сентай были переброшены с Суматры на острова Амбон и Хальмахера, для участия в попытке уничтожить американские самолеты на аэродромах.