После путешествия по Тибету, в мае 1962 года, он встретился с Чжоу Эньлаем, чтобы обсудить его петицию с критикой ситуации в Тибете. Петиция была объёмистым документом в 70000 иероглифов. Она была посвящена жестокому подавлению тибетского народа во время и после китайского вторжения в Тибет. Первая реакция была позитивной, но в октябре 1962 года власти КНР начали критиковать заявление Панчен-ламы. Председатель Мао называл петицию: «… отравленной стрелой, выпущенной в партию реакционными феодальными владыками». В 1964 году Панчен-лама был публично унижен на заседании Политбюро ЦК КПК, смещён со всех постов, объявлен «врагом тибетского народа». Его дневник для записи сновидений был конфискован и использован против него, после этого Панчен-лама был заключён в тюрьму. В тот момент ему было 26 лет. Когда началась культурная революция, положение Панчен-ламы ещё более ухудшилось. В марте 1979 года китайский диссидент и бывший хунвейбин опубликовал под собственным именем письмо (написанное в действительности каким-то другим анонимным автором) с осуждением условий содержания в тюрьме Циньчэн, где долгое время был в заключении Панчен-лама. В октябре 1977 года Панчен-лама был освобождён, но круг его общения был сильно ограничен.