Tijdens de Beeldenstorm van 1566 werd het interieur van de Onze-Lieve-Vrouwekerk beschadigd; sporen van deze vernielingen zijn nog steeds zichtbaar aan de pilaren waar de decoratie gedeeltelijk weggekapt werd. De Tachtigjarige Oorlog deed het bevolkingsaantal in het Land van Dendermonde bijna halveren. Na diverse andere epidemies, brak in 1569 de pest uit. Op 5 september 1572 werd Dendermonde veroverd door troepen van Willem van Oranje, onder leiding van kapitein Nuffel uit Mechelen, maar een maand daarna ontvluchtten zij de stad en werd Dendermonde door de Spaanse troepen ingenomen en geplunderd. Na de Spaanse Furie in Antwerpen (november 1576) slaagde François van Ryhove erin om het Spaanse garnizoen in Dendermonde af te kopen en te doen vertrekken; als beloning werd hij hoogbaljuw van Dendermonde. Op 4 augustus 1578 kwam de stad in handen van de Staten, op 12 maart 1579 vestigden radicale protestanten er de macht van de calvinistische Gentse Republiek, waarna de katholieke clerus uit de stad werd verbannen en alle geestelijke goederen werden geconﬁsceerd. Op 17 augustus 1584 moest Dendermonde capituleren voor de Spaanse troepen van Alexander Farnese, de hertog van Parma, en bleef daarmee een overwegend katholieke stad.