Vatiyye Hava Üssü, NATO'nun Libya'ya müdahalesi sırasında bombalanmış, üste bulunan savaş uçakları, mühimmatlar ve radarlar imha edilmiştir fakat üssün altyapısı zarar görmemiştir. İkinci Libya İç Savaşı sırasında Libya Ulusal Ordusu ile Ulusal Mutabakat Hükümetine bağlı Libya Silahlı Kuvvetleri arasında da bu üssü tutmak için ciddi çatışmalar yaşanmıştır. 9 Ağustos 2014'te Libya Ulusal Ordusu, hava üssünü ele geçirmiştir. 4 Nisan 2019'da Libya Ulusal Ordusu'nun Trablus'a saldırmasıyla birlikte, Trablus'a 125 kilometre uzaklıkta olan üs tekrardan Libya Hava Kuvvetlerinin hedefi hâline gelmiştir. 2020 Nisan'da Surman, Sabratha ve El Ajaylat gibi bölgeleri ele geçiren Ulusal Mutabakat Hükümetine bağlı Libya Silahlı Kuvvetleri, Vatiyye Hava Üssü'ne de saldırmış, 16 Nisan 2020'de Türk Silahlı Kuvvetlerine bağlı silahlı insansız hava araçlarının da yardımlarıyla üssü kuşatmıştır. Bir gün sonra Halife Hafter'e bağlı Libya Ulusal Ordusu Libya Silahlı Kuvvetlerinin kuşatmasını yarmak için karşı saldırı başlatmış üssün kuzeyindeki el-Aqrabiya köyü ele geçirilmiş fakat kuşatma yarılamamıştır. 5 Mayıs 2020'ye kadar çatışmalar sürmüştür, 5 Mayıs 2020'de Libya Silahlı Kuvvetlerinin nihai saldırısı başlamıştır. 18 Mayıs 2020'de saldırı başarıyla sonuçlanmıştır ve Ulusal Mutabakat Hükümetine bağlı Libya Silahlı Kuvvetleri Vatiyye Hava Üssü'nü kontrol etmiştir. Üsse giren Libya birlikleri üste bulunan Pantsir-S1 hava savunma sistemini de ele geçirmiştir.