Di Jakarta, Johannes diperkerjakan Jepang sebagai anggota Departemen Urusan Dalam Negeri ("Naimubu") untuk mengatur dan bertanggung jawab atas komunitas perantauan Maluku di Jawa. Johannes kembali dijebloskan ke penjara pada tahun 1944 beserta sejumlah perantauan dari Maluku lainnya karena dicurigai oleh Kempeitai sebagai mata-mata sekutu, dan juga karena Johannes memanfaatkan jabatannya untuk tujuan kemerdekaan Indonesia. Istrinya sekali lagi turun tangan dan kembali membujuk seorang komandan AL Jepang untuk melepaskan Johannes dkk. Masih pada tahun 1944, untuk yang ketiga kalinya, Johannes ditangkap dan dipenjarakan, kali ini karena ada tawanan Maluku yang melarikan diri dari penjara. Pemerintah Jepang di Indonesia masa itu memang mencurigai perantauan Ambon seusai Pertempuran Morotai dan pengeboman kota Ambon oleh sekutu tahun 1944, ditambah lagi aksi-aksi Julius Tahija sebagai mata-mata sekutu.