8 июля 2004 года в матче Кубка Америки против сборной Мексики, Пароди дебютировал за сборную Уругвая. Также он принял участие в ещё одном поединке турнира, против сборной Колумбии. Всего за национальную команду Хуан Мартин сыграл 3 игры и все в 2004 году.