Перша згадка про скельний чоловічий монастир зафіксована в київській Книзі 1362 року, де той згадується як «давно існуючий». За Іпатіївським літописом, в 1255 році містом заволоділи монголо-татари. У 1258 році татари зруйновали Бакотський замок.