Даже после разделения университета на чешский и немецкий, а также выделения природоведческого факультета в самостоятельную организацию в 1920 году, Философский факультет играл ключевую роль в рамках всего университета, что продолжалось до его закрытия оккупантами-нацистами в 1939 году, связанного с репрессией педагогов и студентов. После освобождения Чехии в 1945 году и установления в 1948 году новой власти развитие университета проходило в новых условиях, включая введение марксистско-ленинских предметов. В 60-е годы факультет снова постепенно стал открывать свои двери незаурядным личностям того времени, однако реформаторский процесс был остановлен в 1968 году после ввода войск в Чехословакию и последовавшим за ней периодом нормализации. Эти события стали причиной политического акта самосожжения студента факультета Яна Палаха. После Бархатной революции 1989 года факультет вернул статус одного из самых престижных образовательных институтов в Чешской Республике. Благодаря поддержке и развитию своих традиций в области образования на протяжении почти семидесяти лет, успешной преподавательской и педагогической деятельности, а также широкому спектру учебных специальностей Философский факультет Карлова университета имеет значение мирового масштаба.