С 1996 по 2009 год Салопек работал обозревателем в Chicago Tribune. В частности, среди его работ для издания был проект «Разнообразие генома человека», направленный на определение генетической взаимосвязи между всеми людьми. В 1998 году он был отмечен первой Пулитцеровской премией за мастерство. Через два года журналист переориентировался на международную повестку и отправился в путешествие по Африке. Так, он освещал Гражданскую войну в Анголе, войну в Конго, войну между Эфиопией и Эритреей, расследовал незаконную торговлю алмазами, маслом и другими природными ресурсами. Он также предпринял пятинедельное путешествие вниз по реке Конго, чтобы осветить ситуацию в контролируемых повстанцами регионах. В 2001 году жюри Пулитцеровской премии отметило его работы за «репортажи о политических беспорядках и эпидемиях, опустошивших Африку». Кроме того, журналист вёл репортажи с Балканского полуострова и из Центральной Азии, сообщал о событиях в охваченных войной Афганистане и Ираке, а также некоторое время возглавлял бюро Chicago Tribune в Йоханнесбурге.