Im 19. und zu Beginn des 20. Jahrhunderts war Kistanje der Hauptort der Kommune. In den 1960er Jahren wurde die Kommune aufgelöst und das Gebiet Knin zugeschlagen. Als fast ausschließlich von Serben bewohntes Gebiet wurde Kistanje von 1991 bis 1995 Teil der selbsternannten Republik Serbische Krajina. In der "Operation Sturm" war die serbische Bevölkerung Kistanjes nach Serbien geflohen. In der Gegend wurden mehrere Kriegsverbrechen begangen, wie die Ermordung von neun älteren serbischen Zivilisten durch die kroatische Armee in den Dörfern Gošić und Varivode.