Konflik berkepanjangan ini menguras ekonomi Venesia yang bergantung pada perdagangan dengan Utsmaniyah. Pada tahun 1660-an, walaupun terus menerima bantuan dari negara-negara Kristen lainnya, Venesia mulai merasa dilelahkan oleh perang. Di sisi lain, Utsmaniyah mampu mempertahankan pasukannya di Kreta dan memperkuatnya kembali di bawah kepemimpinan keluarga Köprülü yang cakap. Mereka melancarkan ekspedisi besar terakhir pada tahun 1666 di bawah pengawasan langsung Wazir Agung. Ekspedisi ini memulai tahap terakhir Pengepungan Candia yang berdarah dan berlangsung selama lebih dari dua tahun. Akhirnya, Benteng Candia memutuskan untuk menyerah, sehingga mengakhiri kekuasaan Venesia di pulau Kreta. Dalam perjanjian perdamaian yang ditandatangani oleh kedua belah pihak, Venesia tetap mengendalikan beberapa pulau benteng kecil yang terisolasi di lepas pantai Kreta, dan memperoleh beberapa wilayah di Dalmatia. Venesia ingin membalas kekalahan ini, sehingga 15 tahun kemudian Perang Morea yang dimenangkan oleh Venesia meletus. Namun, pulau Kreta tetap lepas dari kendali "Serenissima". Pulau ini dikendalikan oleh Utsmaniyah hingga tahun 1897, ketika Kreta menjadi negara otonom. Kreta kemudian disatukan dengan Yunani pada tahun 1913.