Mezi listopadem 1939 a březnem 1940 bylo finsko zataženo do zimní války s SSSR. Námořní válka však byla omezena zamrzlým mořem a jediným významným úspěchem bylo sovětské vylodění v pečengském přístavu. Mír však trval jen do roku 1941, kdy vypukla pokračovací válka, trvající do roku 1944. V ní finské námořnictvo spolupracovalo s německou Kriegsmarine. Během jedné z operací přitom ztratilo obrněnec "Ilmarinen", což byla největší ztráta námořnictva během celé války. Poté, co SSSR ve válce zvítězilo, bylo námořnictvo nasazeno v krátké laponské válce mezi Finskem a Německem.