Во время Чумного бунта в 1771 году в монастырь ворвалась толпа в поисках митрополита Амвросия, который запретил проведение молебнов у Боголюбской иконы Божией Матери из-за опасности распространения чумы. В результате погрома была уничтожена часть церковной утвари и разворованы погреба. Фельдмаршал П. С. Салтыков писал императрице Екатерине II: «Я нашёл Чудов монастырь в жалком состоянии».