26 stycznia 1945 roku z kolei Halsey i McCain przeszli do prac sztabowych, a Spruance i Mitscher wrócili na poprzednie stanowiska (oczywiście 3 Flota stała się 5 Flotą, a "TF 38" zmieniła nazwę na "TF 58"). Obaj dowodzili działaniami floty w bitwach o Iwo Jimę i Okinawę bezustannie mając do czynienia ze startującymi z lotnisk na lądzie samolotami "kamikaze". Nawet gdy walki o Okinawę trwały już drugi miesiąc obecność lotniskowców − jako wsparcie żołnierzy na wyspie − była niezbędna, bowiem nie mogły ich jeszcze zastąpić siły lotnicze Armii, które nie były tak wprawne w szybkim uruchamianiu lotnisk lądowych jak piechota morska. Pod koniec kwietnia adm. Nimitz postanowił osobiście zapoznać się z sytuacją. Zauważył, że po dwóch miesiącach operacji wspierania wojsk lądowych walczących na Okinawie, dowództwo "Fast Carrier Task Force" jest wyczerpane psychicznie z powodu konieczności nieustannego odpierania samobójczych ataków z powietrza. Po powrocie do Pearl Harbor powiadomił Halseya, że musi w ciągu trzydziestu dni przejąć dowodzenie od Spruance’a, niezależnie od tego, czy operacja będzie jeszcze trwała czy też zostanie zakończona. 28 maja Halsey przybył na swym nowym flagowym "Missouri" i zastąpił Spruance’a, a równocześnie McCain zastąpił Mitschera. Spruance i Mitscher wrócili do Pearl Harbor, 5 Flota raz jeszcze stała się 3 Flotą, a "Task Force 58" ponownie "Task Force 38". Halsey dowodził aż do kończącej wojnę kapitulacji Japonii, co nastąpiło 2 września 1945 roku.