Cesarz Daoguang nie odnosił się sprawiedliwie do swych urzędników: wymagał często rzeczy niemożliwych i uznawał za winnych, tym którym się nie powiodło. Podobnie i w tym przypadku: w sierpniu 1840 wystosował memoriał, w którym oskarżał Lin Zexu o składanie pustych obietnic i sprowadzenie nieszczęść na Chiny. We wrześniu 1840 Lin został odwołany, a latem 1841 zesłany do Xinjiangu, do doliny Ili. Tam prowadził studia nad kulturą tamtejszych muzułmanów, w szczególności Kazachów. Jego notatki okazały się przydatne Zuo Zongtangowi w planowaniu jego operacji na północnym zachodzie. Odwołany stamtąd w 1845, przez kilka lat pełnił obowiązki gubernatorskie w kilku prowincjach. Gdy w 1850 wybuchły pierwsze walki powstania tajpingów, cesarz Xianfeng wybrał do ich stłumienia zaufanego człowieka, jakim był Lin Zexu. Ów jednak zmarł po drodze i nie zdołał wypełnić swego ostatniego zadania.