Il 2006 in vasca lunga tuttavia fu un anno privo di successi internazionali in cui Pellegrini lamentò dei problemi fisici e acconsentì a un cambio tecnico. Agli europei di Budapest, infatti, non partecipò ai 100 m stile libero e si ritirò nei 200 m poiché consapevole del proprio stato di forma precario causato da un problema alla spalla.