Während der Luftangriffe auf Hamburg im Zweiten Weltkrieg wurde die Kirche in der Nacht vom 24. auf den 25. Juli 1943 weitgehend zerstört. Da Turmhelm und Kirchenschiff Holzkonstruktionen waren, brannte die Kirche vollständig aus. Nachdem 1944 auch die zweite Kirche der Gemeinde, die Bethlehem-Kirche in der Gärtnerstraße, zerstört wurde, fanden die Gottesdienste für die folgenden sechs Jahre in der methodistischen Eben-Ezer-Kirche statt. Seit dieser Zeit hat sich zwischen beiden Gemeinden eine gute Kooperation erhalten.