La cruciale giornata del 4 giugno 1942 alle Midway, segnò invece le sorti delle portaerei giapponesi e dell'intera guerra del Pacifico. Genda, in precarie condizioni fisiche e febbricitante, non manifestò la consueta lucidità e audacia; in particolare organizzò un sistema di ricognizione aerea troppo limitato, appoggiò le richieste del tenente di vascello Tomonaga di sferrare un secondo attacco sulle Isole e soprattutto consigliò a Nagumo di ritardare l'attacco alla portaerei americana individuata e di procedere con calma e metodo a riorganizzare le sue forze, riarmarle con siluri, fare appontare la prima ondata. In questo modo confuse ancor più il già indeciso ammiraglio e complicò enormemente le operazioni aeree sulle portaerei esponendole all'efficace attacco degli aerei americani che avrebbe causato l'affondamento di tutte e quattro le navi giapponesi.