לקראת סוף תקופת שושלת מינג פוצל הגן והוזנח עד לתקופת שלטונם של הקיסרים שׁוּנְגְ'ה וקָאנְגשִׂי משושלת צ'ינג, שבתקופתם נבנה הגן מחדש ונעשו שינויים נרחבים בתוכנית המקורית שלו. בתקופת הקיסר צְ'ייֵנְלוֹנְג חולקו הגנים שוב ל"גן הלימוד" (שׁוּ יְוֵּ'אן) ו"הגן המשוחזר" (פֿוּ יְוֵּ'אן). בתקופה בה השתלטו לוחמי הטאיפינג על סוג'ואו (1860 עד 1864) הוצבה מפקדתם במבנים שבגן.