Weltweites Aufsehen und zum Teil militante Proteste von Muslimen rief das Papstzitat von Regensburg hervor, als Papst Benedikt XVI. am 12. September 2006 in einer Vorlesung an der Universität Regensburg zur Rolle der Gewalt im Islam folgende fundamentale Islamkritik des oben erwähnten Kaisers Manuel II. zitierte: „Zeig mir doch, was Mohammed Neues gebracht hat, und da wirst du nur Schlechtes und Inhumanes finden wie dies, daß er vorgeschrieben hat, den Glauben, den er predigte, durch das Schwert zu verbreiten.“ Von Seiten des Heiligen Stuhls wurde als Reaktion auf die Kritik und Proteste betont, dass Benedikt XVI. sich das Zitat von Manuel II. nicht zu eigen machen wollte, sondern auf den wesentlichen Zusammenhang zwischen Glaube und Vernunft hinführen wollte und Ehrfurcht gegenüber dem Koran empfindet.