1944 இல் இவர் சேவாகிராமத்தில் ஒரு சிறு மருத்துவ மையத்தை அமைத்தார், ஆனால் அது விரைவில் வளர்ந்து ஆசிரமத்தின் அமைதியை பாதித்ததால், வார்தாவில் பிர்லாக்களால் நன்கொடையாக அளிக்கப்பட்ட ஒரு விருந்தினர் இல்லத்திற்கு மாற்றினார். 1945 ஆம் ஆண்டில் இந்த சிறு மருத்துவமனை அதிகாரப்பூர்வமாக கஸ்தூர்பா மருத்துவமனை (தற்போது மகாத்மா காந்தி மருத்துவ அறிவியல் நிறுவனம்) என்று பெயர் சூட்டப்பட்டது. இந்தக் காலகட்டமானது, மிகவும் மோசமாக இருந்தது; இந்து தீவிரவாதிகள் காந்தியைக் கொல்ல பல முயற்சிகளை மேற்கொண்டனர். இறுதியாக இதைச் செய்தவர் நாதுராம் கோட்சே ஆவார்.