Im Oktober 2003 wurde Schirin Ebadi mit dem Friedensnobelpreis ausgezeichnet. Am 26. Dezember 2003 um 1:56 UTC kam es zu einem der verheerendsten Erdbeben in der Neuzeit des Iran; über 43.000 Menschen starben und 30.000 wurden verletzt. Das Epizentrum des Bebens lag in der Nähe der südiranischen Stadt Bam, die zum Großteil zerstört wurde. Nachdem bei der Wahl vom 20. Februar 2004 tausende von liberalen Kandidaten ausgeschlossen waren und andere reformorientierte Politiker ihre Kandidatur zurückgezogen hatten, war die Wahlbeteiligung nach offiziellen Angaben des Innenministeriums mit nur 50,57 % die bis dahin niedrigste seit Bestehen der Islamischen Republik. Nach der Wahl kam es zu Straßenschlachten mit den Sicherheitskräften in mehreren Städten, bei denen acht Menschen starben. Im November des Jahres gab der Iran bekannt, das Land wolle keine Atomwaffen entwickeln; die USA und auch europäische Regierungen betrachteten dieses Statement weiter mit einem gewissen Misstrauen. Im Konflikt um das Atomprogramm des Iran kam es 2005 unter dem Druck der USA und Großbritanniens zu Verhandlungen zwischen Iran und den EU-3, Großbritannien, Frankreich und Deutschland. Im selben Jahr wurde Mahmud Ahmadineschad zum Präsidenten gewählt. Durch die Wahl des erzkonservativen Ahmadineschad und seine konfrontative Außen- sowie repressive Innenpolitik nahm die internationale Isolation des Iran erneut zu. Insbesondere seine Wiederwahl im Juni 2009, die von zahlreichen Manipulationsvorwürfen begleitet wurde, führte zu massiven Protesten, die trotz gewaltsamer Niederschlagung auch friedlicher Demonstrationen vor allem gegen Ende 2009 weiter zunahmen.