В сентябре 1942 года Сидни Ровелл был отстранён от командования войсками на Новой Гвинее за нарушение субординации, и Блэми заменил его сначала на Херринга, затем на Аллена, и в итоге на Вэсея. 27 октября 1942 года Вэсей вылетел на Новую Гвинею. Под его командованием 7-я дивизия 2 ноября вернула Кокоду и начала наступление к северному побережью острова, где разгромила японцев при Буне и Гоне, после чего была возвращена в Австралию. Вэсей вернулся с войсками, и был вынужден лечь в госпиталь для лечения малярии. Осенью 1943 года он с войсками вновь прибыл на Новую Гвинею, где продолжил постепенно продвигаться вдоль северного побережья на запад. В феврале 1944 года он был вновь госпитализирован на Новой Гвинее из-за кожного заболевания, а в марте 1943 года направлен в госпиталь в Австралию для лечения лёгочной инфекции. В июне 1944 года он вновь заболел малярией, и в некоторые моменты у врачей даже были сомнения в том, что он выживет.