Sudan'a döndüğünde, Sudan Halk Özgürlüğü Ordusu'nda görev aldı. 1980'lerde general olurken, el-Beşir 1989 yılında demokratik yollarla seçilen devlet başkanı Sadiq al-Mahdi 'yi devirecek olan askerî darbede yer aldı. Ardından tüm siyasi partileri kapadı, basını sansürledi ve parlamentoyu feshetti. Devrimci Hareket Konseyi'nde (yasamaya ilişkin ve ülkenin üzerinde yürütmeyle ilgili güçle yeni kurulan bir organ) kürsü başkanı oldu.