Monet Mes Aynakin rauniot olivat sittemmin edelleen näkyvillä ja paikalliset asukkaat tunsivat niiden olemassaolon. Tieteelle kaupunkirauniot löysi ranskalainen geologinen tutkimusryhmä vuonna 1963. Arkeologit tekivät löydön jälkeen paikalla kartoitustöitä, jotka katkesivat kommunistien valtaantuloon, Saur-vallankumoukseen ja lopulta Afganistanin sotaan. Neuvostoliiton väliintulon jälkeen paikalla tehtiin joitakin kokeiluja kaivostoiminnan aloittamiseksi. Koemielessä tehtyjä tunneleita käyttivät sittemmin esimerkiksi al-Qaidain talistelijat. Uuden Afganistanin sodan myötä vuonna 2001 Yhdysvallat teki ilmaiskun kohteeseen. Vuonna 2004 paikalle tuli ranskalaisia arkeologeja, jotka totesivat luultavasti Pakistanista tulleiden ammattimaisten vanhan taiteen ryöstäjien jo puhdistaneen kohteen monista aarteistaan. Tulevina vuosina tehtiin kuitenkin useita entuudestaan tuntemattomia löytöjä. Tuhansia Mes Aynakin löytöjä on viety Afganistanin kansallismuseolle Kabulissa.