На той час у Німеччнині наростає хаос. У травні 1618 р. у Празі збунтувалися дворяни-протестанти, що стало початком Тридцятилітньої війни. Наступного року помер кайзер Матіас. Чеські протестанти запросили на трон до Праги Фрідріха V Пфальцського і коронували його як короля Чехії. У відповідь католики на чолі з кайзером Фердинандом II змобілізували сили і розгромили чехів під Білою Горою. Фрідріх Пфальцський емігрував до Голландії в Гаагу. У Німеччині розгорілася нищівна війна між католиками і протестантами, в її полум'ї було зруйновано чудовий палац у Гейдельберзі. У Європі перемагає Контрреформація. Розенкрейцери змушені повертатися в підпілля, вони покидають Німеччину і перебираються до кальвіністської Голландії. Таємні товариства розенкрейцерів виникають у Гаазі (1622 - Братство Розенкрейцерів), Амстердамі (Академія Алхіміків), Гарлемі, а звідти поширюються по Європі. У 1622 р. у Парижі на центральній міській площі з'явилися 2 афіші: «Ми, депутати Вищої колегії Рози-Хреста, дійсно перебуваємо, явно і незримо, у цьому місті. Ми сповіщаємо людей без допомоги книги записів мовами тих країн, де вирішили зупинитися, аби врятувати собі подібних від смертельно небезпечних помилок» і друга: «Той, хто хоче дізнатися про нас із простої цікавості, ніколи не зможе пізнати нас. Але той, хто щиро прагне увійти до нашого братства, від нас, здатних пізнати людські думки, отримає докази істинності наших обіцянок. Ми не відкриємо місця нашого перебування в цьому місті, але думки того, хто читає ці рядки, поєднані з волею, дозволять йому пізнати нас, а нам його». Ці повідомлення викликали справжню сенсацію і страх у церкви. Католицькі кола мобілізувалися, і у Франції перемогла Контрреформація. Тут розенкрейцери теж не досягли успіху. Декарт, у творах якого присутні розенкрейцерські ідеї і про якого говорили, що є членом Братства, 1628 р. емігрував із Франції до Голландії; там його ученицею стала Єлизавета, дочка Фрідріха Пфальцського.