Perdomo urodził się w Salto. Karierę piłkarską rozpoczął w 1983 roku w klubie Peñarol Montevideo. Grając w Peñarolu zdobył mistrzostwo Urugwaju w 1985 i 1986 oraz dotarł do półfinału Copa Libertadores 1985 i wygrał Copa Libertadores 1987. Wraz z reprezentacją Urugwaju wziął udział w turnieju Copa América 1987, gdzie Urugwaj obronił tytuł mistrza Ameryki Południowej. Perdomo zagrał we wszystkich dwóch meczach - półfinałowym z Argentyną i finałowym z Chile.