Vuodesta 66 alkaen Legio IV Scythican leiri oli Zeugmassa, Eufratjoen varrella. Samana vuonna legioonan sotilaat määrättiin yhdessä Legio VI Ferratan ja koko Legio XII Fulminatan kanssa kukistamaan juutalaisten kapinaa Juudeassa. Juutalaiset kuitenkin löivät roomalaisarmeijan. Vuoden 69 sisällissodassa IV Scythica tuki Vespasianusta, mutta sitä ei käytetty taisteluissa, koska roomalaiskomentajat pitivät legioonan taistelukykyä huonona aikaisempien tappioiden vuoksi. Vuonna 70 legioona kuitenkin kukisti juutalaisvainon Antiokiassa. Legioonalaiset rakensivat myös kanavan Seleukeia Pieriaan. Tänä aikana legioonassa palveli eräs Tiberius Julius Celsus Polemaeanus, jolle Celsuksen kirjasto Efesoksessa on omistettu.