W sezonie 2008/2009 Hanyū przeszedł do grona juniorów i zadebiutował w junior Grand Prix. W swoich pierwszych zawodach serii we włoskim Merano zajął 5. miejsce. Po swoim juniorskim debiucie w cyklu Grand Prix, Hanyū wywalczył złoty medal na mistrzostwach Japonii juniorów. Występ ten zagwarantował mu udział w mistrzostwach świata juniorów, jak również zaproszenie do udziału w mistrzostwach Japonii w kategorii seniorów, gdzie zajął 8. miejsce. Mistrzostwa świata juniorów w 2009 Hanyū ukończył na 12. pozycji.