Fue incorporado a las unidades navales del nuevo gobernador Luis de Requesens, quien, a diferencia de su antecesor, intentó llevar una política de pacificación. A pesar de los esfuerzos de Requesens, Bertendona hubo de participar en el socorro de Middelburg durante 1574, al haberse rebelado de nuevo la mayoría de las provincias flamencas. En el período comprendido entre la Unión de Utrecht de 1579 y la capitulación de Amberes de 1585, Martín de Bertendona asciende rápidamente por su valía y conocimientos náuticos, siendo nombrado entonces General de la Armada.