В 1634 году Яков Тимофеевич Хитрово, получивший ранение в боях под Смоленском, получил в награду за службу поместный оклад 400 четвертей и 10 рублей деньгами. Находился на воеводствах в Ефремове (1645), Инсаре (1648) и Карпове (1652). В 1653 году Я. Т. Хитрово был в числе дворян, сопровождавших в Польшу «великих послов» князя Бориса Александровича Репнина и Богдана Матвеевича Хитрово. В 1654—1655 годах участвовал в походах царя Алексея Михайловича на Великое княжество Литовское, во время которых был вторично ранен. В 1656 году был городовым воеводой Змиева, в котором согласно указу царя Алексея Михайловича, начал строительство крепости. В 1659 году Яков Тимофеевич Хитрово был отправлен вместе с окольничим князем Дмитрием Алексеевичем Долгоруковым был назначен на воеводство в Казань, где находился до 1661 года.