Эдуардо Перейра был включён в состав сборной Уругвая на Кубок Америки по футболу 1987 года в Аргентине. На турнире он защищал ворота команды в полуфинале с Аргентиной и Чили в финале (Уругвай в качестве действующего чемпиона стартовал с полуфинала). Первую игру он отстоял на ноль, а в финале пропустил один гол.