Andra världskriget var en svår tid för flygbolaget eftersom Helsingfors och andra finländska städer blev mål för lufträder. Halva flygflottan övertogs av det finska flygvapnet under kriget och det har uppskattats att under Vinterkriget åren 1939 och 1940 utgjordes hälften av flygbolagets passagerare av barn som evakuerades till Sverige.