בשנת 2005 החליטה ממשלת ישראל, ביוזמת ראש הממשלה אריאל שרון, לפנות את כל האזרחים והחיילים הישראלים מרצועת עזה, וכן להרוס את כל היישובים הישראלים והמתקנים הצבאיים ברצועה, במסגרת תוכנית ההתנתקות. באותה שנה נחנך ביישוב בית הכנסת הגדול בתכנונו של דן מרצבך. עקב סירובם של התושבים להתפנות, פונה כפר דרום בכוח ביום י"ג באב תשס"ה, 18 באוגוסט 2005, ובתיו נהרסו בידי צה"ל מאוחר יותר.