Больша́я часть города была разрушена во время Первой османской осады в 1529 году. С конца XV и особенно в XVI веке в Мёдлинге вступает в силу Возрождение. Это первый, если не считать средневековых церквей, период, архитектура которого заметна и сегодня: в старых фасадных ансамблях, домах зарождающейся буржуазии или в башенке, в 1548 году добавленной к зданию Старой ратуши. В 1580 году население Мёдлинга на 90 % было протестанским, что несколько выше, чем в среднем по Нижней Австрии. В 1597 было подавлено восстание местных виноградарей против низкой заработной платы. С начала XVII века Мёдлинг вышел из-под власти замка и, таким образом, де-факто, а с 1607 года и де-юре стал местом заседания земельного суда (). Для рекатолизации местечка в 1631 году был создан капуцинский монастырь на месте сегодняшнего музея Мёдлинга, который просуществовал до конца иосифизма в 1785.