Lors de la saison 2012-2013, Thomas Fanara renforcé par un bon début de saison (quatrième à Sölden, septième à Val d'Isère) renoue avec les joies d'un podium en terminant notamment troisième du Géant de Alta Badia sur l'une de ses pistes fétiches. Performance d'autant plus remarquable que le Français s'élançait en seconde manche avec le pouce de la main gauche cassé et le bâton scotché au gant. Lors des Championnats du monde de ski alpin 2013 à Schladming, il abandonne lors du géant. Il termine la saison à la cinquième place au classement de la coupe du monde de géant.