Der Zweite Weltkrieg verschaffte Hoppegarten ein renommiertes Rennen mehr. Nach den Luftangriffen auf Hamburg im Jahr 1943 wurde das Derby hierher verlegt. Selbst 1944 fanden noch Pferderennen statt – allerdings mit wenig Besuchern und ohne den Totalisator und mit dementsprechend wenigen Einnahmen. Im Spätherbst 1944 wurde schließlich die Haupttribüne zu einer Rüstungsfabrik umfunktioniert. Im März 1945 begann der „große Treck“: Über 100 Vollblutpferde wurden von Jockeys innerhalb von drei Wochen nach Schleswig-Holstein geritten. Nahezu alle Pferde erreichten sicher das Ziel, viele wurden dann von der britischen Armee in Besitz genommen. Die in Hoppegarten verbliebenen Rennpferde wurden nach Kriegsende von den sowjetischen Truppen beschlagnahmt oder von der hungernden Bevölkerung geschlachtet.