Thời đại Baroque bắt đầu vào thế kỷ 17. Ở Ba Lan, Sigismund III Vasa trở thành người bảo trợ nghệ thuật tiêu biểu. Dưới sự chỉ đạo của ông, kiến trúc sư Giovanni Battista Trevano đã đến Kraków và thiết kế lại Nhà thờ Thánh Phêrô và Phaolô theo phong cách kiến trúc Baroque. Thời kỳ này, thị trấn cổ đã bị phá hủy hai lần khi Thụy Điển xâm lược. Đến cuối thế kỷ 17, Nhà thờ Thánh Anne được xây dựng cùng với Nhà thờ Thánh Casimir, nổi tiếng với những hầm mộ.