O couraçado participou da Guerra Russo-Japonesa como a capitânia do almirante Tōgō Heihachirō, estando presente na Batalha de Port Arthur em fevereiro de 1904 logo nos primeiros dias da guerra. O "Mikasa" depois lutou na Batalha do Mar Amarelo em agosto e na Batalha de Tsushima em maio de 1905. A guerra terminou em setembro e uma semana depois o navio foi afundado por uma explosão acidental em um de seus depósitos de munição. Foi levantado do mar e seus consertos demoraram dois anos para serem finalizados, com ele retornando ao serviço em agosto de 1908.