В августе 1944 года полк и дивизия были переданы в состав 2-й ударной армии, в которой участвовали в Таллинской наступательной операции, освобождая Эстонию. 6 октября 1944 года полковник Афанасьев был назначен на должность командира 63-й гвардейской стрелковой дивизии. В составе 6-й гвардейской армии 2-го Прибалтийского фронта дивизия с февраля 1945 года участвовала в боях по уничтожению курляндской группировки противника.