Den Januar und Anfang Februar 1942 verbrachte die "Peary" mit Patrouillen zur U-Boot-Jagd im Gebiet von Darwin. Mitte Februar sollte der weiterhin nur noch bedingt einsatzbereite Zerstörer Teil des Geleitschutzes für einen Konvoi nach Kupang werden, der dringend benötigte Verstärkung für die Verteidigung von Timor geladen hatte, unter anderem ein australisches Pionierbataillon und ein Artilleriebataillon der US Army. Der Geleitschutz war entsprechend groß, neben der "Peary" der schwere Kreuzer "Houston" und die australischen Sloops "Swan" und "Warrego". Dabei kam es am 16. Februar zu einem schweren Angriff von 54 japanischen Flugzeugen. Es gab im Konvoi zwar nur leichte Schäden durch Nahtreffer, aber aufgrund der Heftigkeit des Angriffs und da bis zum Erreichen von Kupang mit weiteren schweren Angriffen zu rechnen war, sah sich der Konvoi gezwungen, nach Darwin zurückzukehren. Von dort lief die "Peary" zusammen mit der "Houston" am Abend der 18. Februar sofort wieder aus, um sich bei Java dem Hauptverband der ABDA-Flotte unter Konteradmiral Karel Doorman zur Verteidigung von Java anzuschließen. Vor Darwin gab es jedoch einen U-Boot-Kontakt, bei dessen Verfolgung der Zerstörer so viel Treibstoff verbrauchte, dass er zum Auftanken erneut nach Darwin beordert wurde, während die "Houston" alleine weiterfuhr.