Obwohl er von den Ereignissen in den Niederlanden stark in Anspruch genommen war, vernachlässigte Johann auch das Straubinger Ländchen nicht. Im Bayerischen Krieg ab 1420 verhielt sich Johann neutral. Bayern-Straubing wurde aber seit 1420 immer wieder von den Hussitenkriegen in Mitleidenschaft gezogen. Johann musste sich Geld von seinem Viztum leihen. Er verkaufte 1421 Hilgartsberg und Hofkirchen für 10.193 Gulden und verpfändete 1423 die Herrschaft Wörth für 10.700 Gulden an Heinrich Nothaft. Es kam dem Herzog deshalb nicht ungelegen, dass sich 1424 die Straubinger Landstände bei ihm über den Viztum beschwerten. Johann machte sich die Vorwürfe der Landstände zu eigen und setzte Nothaft ab.