Узнав, что царь жив, пелопоннесцы и афиняне немедленно прекратили враждебные действия; остались только Фивы, которые не хотели сдаваться. В сентябре 335 года до н. э. Александр, получивший поддержку остальных полисов Беотии, осадил этот город. Комбинированным ударом снаружи и из Кадмеи фиванцы были разгромлены, а на улицах произошла настоящая резня, в которой погибли 6 тысяч горожан. Решать судьбу города Александр предоставил своим греческим союзникам. Те постановили разрушить Фивы, оставив только Кадмею, земли разделить между соседями, а население обратить в рабство. Всего было продано 30 тысяч человек; на вырученные деньги (примерно 440 талантов) Александр полностью или частично покрыл долги македонской казны. Больше никто не сопротивлялся Македонии. Греки, поражённые быстрой победой царя и судьбой древнего города, в ряде случаев сами привлекали к суду политиков, призывавших к восстанию. Александр ограничился требованием к афинянам изгнать одного оратора и вернулся в Македонию, где начал готовиться к походу в Азию.