Während des Zweiten Weltkrieges errichtete die Wehrmacht auf dem Ruden für 40.000 Reichsmark einen Flugbeobachtungsturm mit einem Kinetheodoliten, von dem aus die Flugbahnen der in der nahe gelegenen Heeresversuchsanstalt Peenemünde und von der Greifswalder Oie abgeschossenen Raketen wie die Fieseler Fi 103 oder die Fritz X beobachtet und vermessen wurden. Er konnte am 20. August 1941 in Betrieb genommen werden. Nach den Luftangriffen auf Peenemünde wurde auf dem Ruden die 6. Batterie der schweren Flakabteilung 337 stationiert. Sie schossen nach Angaben von Augenzeugen in der Zeit zwischen dem 19. Mai und dem September 1944 insgesamt zehn Boeing B-17 mit Hilfe ihrer 8,8-cm-FlaK 41 ab. Von den Kampfhandlungen zeugt noch die Flakstellung am Südende der Insel vor der Mole. Ab September 1943 wurde neben der Insel der antriebslose Flugabwehrkreuzer „Undine“, ein requiriertes niederländisches Schiff, verankert. Dieser Kreuzer (4400 BRT) war mit 8 großen und 21 kleineren Flakgeschützen bestückt und wurde im November 1944 nach Pölitz bei Stettin zum Flakschutz bei den dortigen Hydrierwerken (Produzent von kriegswichtigem künstlichem Benzin) verholt. Zu Zeiten der DDR nutzten Grenzsicherungs-Einheiten der 6. Grenzbrigade Küste (DDR-Volksmarine) den Turm als "Funkmessstation" zur Verhinderung von Fluchten aus der DDR. 1972 wurde die Lotsenstation geschlossen. Ab diesem Zeitpunkt bis zur Schließung der Grenzstation 1990 waren etwa 20 Grenzsoldaten in der noch vorhandenen Kaserne dauerhaft auf Ruden stationiert, die zudem den Grenzübergang vom Greifswalder Bodden zur freien Ostsee und umgekehrt visuell und technisch überwachten.