2009 első versenyén pályán szerzett harmadik helyét először elvették tőle a biztonsági autó bentléte alatti előzésért, később azonban az esetet újratárgyalták, visszakapta a helyezését, Hamiltont pedig, aki szándékosan lassított be Trulli előtt, kizárták. A következő maláj nagydíjat viszontagságos körülmények miatt a versenyt félbeszakították. Így minden pontszerző pilóta fél pontokat kapott, Trulli ezen a versenyek egy 4. helyezést ért el. Az esős kínai nagydíjon Robert Kubica felugratott Trulli autójának hátsó részére és azt összetörve Trulli kénytelen volt feladni a verseny. Bahreinben egy 3. helyezést ért el. Spanyolországban ismét kiesett. Ebben az évben a legjobb helyezését, egy 2. helyet Japánban szerezte meg. A Brazil nagydíjon ütközött Adrian Sutil – Force Indiájával, mind ketten feladták a futamot. 2009 év végén a Toyota bejelenti, hogy elhagyja a Forma 1-et. Trulli a 2009-es szezonban 32,5 egységgel a 8. helyezést érte el a világbajnokságban.