Vid EM 2002 i München deltog Aruhn på 400 meter individuellt men slogs ut i försöken. Hon var också med i de svenska stafettlagen på 4x100 och 4x400 meter. I korta stafetten, som hon sprang ihop med Jenny Kallur, Susanna Kallur och Emma Rienas, blev man utslagna i försöken. Det långa stafettlaget (övriga var Beatrice Dahlgren, Ellinor Stuhrmann och Nadja Petersen) tog sig vidare till final där det kom sjua. Vid EM inomhus 2005 i Madrid blev Lena Aruhn utslagen i försöken på 400 meter med tiden 53,61. Lena Aruhn deltog 2006 vid EM i Göteborg men slogs ut i försöken både på 200 och 400 meter och, tillsammans med Beatrice Dahlgren, Erica Mårtensson och Emma Björkman, i det svenska långa stafettlaget.