Finalment el SA06 va debutar en el Gran Premi d'Alemanya del 2006, bàsicament era el mateix monoplaça però amb un centre de gravetat més baix, pontons laterals més arrodonits i algun apèndix aerodinàmic extra. Els dos Super Aguri, en la gran majoria dels Grans Premis, ocupaven les dues últimes posicions de la graella. Va ser un any complicat, en el que van haver de veure passar fins i tot a tres pilots conduint el seu segon cotxe (Yuji Ide es va quedar sense superllicència per pilotar i va ser substituït per Franck Montagny, que al seu torn va ser reemplaçat per Sakon Yamamoto. Takuma Sato va ser fix). La millor posició en carrera va ser una desena posició a l'últim Gran Premi de la temporada, al Gran Premi del Brasil del 2006.