במלחמת העצמאות התחיל כמדריך גדנ"ע. הוא עזב את תפקידו על דעת עצמו והצטרף לחטיבת אלכסנדרוני, שם התבלט והפך למ"מ ללא קורס קצינים שירת כמ"מ מוביל ונפצע בקרב לטרון הראשון. שרון שרד את הפציעה רק בקושי, בעזרתו של חייל בשם יעקב בוגין שגרר אותו לכיוון נקודת האיסוף בחולדה, וכן בעזרת יצחק מודעי, ולימים נטען שלפציעה ולקרב הייתה השפעה מעצבת על חייו. לאחר החלמתו המשיך להילחם והשתתף בין היתר במבצע דני ובקרבות כיס פלוג'ה.