Duterten kaudella ongelman ovat muodostaneet myös ääri-islamistiset ryhmät. Moroja edustavien aseellisten järjestöjen kanssa on käyty lupaavia rauhantunnusteluja, mutta samaan aikaan on ilmestynyt myös radikaalimpia ryhmittymiä, joilla on yhteyksiä ulkomaille ja esimerkiksi Isis-järjestöön. Vuoden 2017 toukokuussa ne valtasivat Marawin kaupungin, jonka Filippiinien asevoimat valtasivat takaisin pitkän taistelun jälkeen saman vuoden lokakuussa. Taistelujen aikana Duterte julisti maahan poikkeustilan, joka herätti joissain tahoissa huolen maan luisumisesta kohti autoritärismiä, kuten oli tapahtunut Ferdinand Marcosin presidenttikaudella ja jota Duterte on joissain julkisuudessa antamissaan lausunnoissa ihaillut. Armeijan katsottiin kuitenkin sittemmin käyttäneen poikkeustilan sille tuomia oikeuksia harkitusti.