In 1802 kocht medebroeder Ignatius Carleer de abdij terug en in 1803 werd de parochie Averbode opgericht, met de abdijkerk als parochiekerk en een medebroeder als pastoor. Vanaf 1826 verkocht Carleer verschillende materialen en kunstvoorwerpen uit de abdij. Na de onafhankelijkheid van België, met name in 1834, werd het kloosterleven in Averbode officieel hervat. Dat jaar stelde paus Gregorius XVI een apostolisch visitator aan voor de kloosterorden. Deze stelde als voorwaarde om de abdij opnieuw op te richten dat er zes kloosterlingen dienden te wonen, wat in Averbode het geval was. Onder de twaalf overlevenden werd Norbertus Dierckx als overste gekozen.