I 2000 kom Honda tilbake igjen i Formel 1 som motorleverandør, denne gangen for Jordan og British American Racing. De avsluttet samarbeidet med Jordan etter 2003-sesongen, og i november 2004 kjøpte de 45 % av BAR. Før 2006-sesongen kjøpte de resten av laget og omdøpte det til Honda Racing F1. Dette ble det første fabrikkslaget til Honda på 38 år. Ved siden av å drive sitt eget team leverte de fortsatt motorer, da til Super Aguri. De første, og eneste, førerne til Honda var Jenson Button og Rubens Barrichello, og Button tok Honda Racings første seier under Ungarns Grand Prix 2006.