Wiek XVII i XVIII to okres licznych klęsk żywiołowych oraz wojen, które przyczyniły się do znacznego zubożenia klasztoru i miasta. W latach 1655–1656 w Wągrowcu stacjonowali Szwedzi. W mieście dokonali dużych spustoszeń, a na klasztor nałożyli kontrybucję. W 1708 i 1717 miasto było niszczone przez wojska moskiewskie. Mocą zawartego ze Stolicą Apostolską konkordatu wschowskiego w 1737 roku królowie Polski mieli prawo mianować tutaj opatów komendatoryjnych. Ogromne zniszczenia majątku klasztornego powstały również 1747, kiedy to z powodu zaprószenia ognia w browarze, spłonął klasztor i całe zabudowania klasztorne.