Myöhemmin vuosina 1936–1939 armeija taisteli Espanjan sisällissodassa Francon johtamien kansallismielisten puolella toisen tasavallan hallitusta vastaan. Sodassa oli mukana yhteensä noin 63 000 Afrikan-armeijan sotilasta, jotka osallistuivat muun muassa Andalusian ja Extremaduran valloitukseen sekä Madridin piiritykseen. Sisällissodan aloittaneen sotilaskapinan käynnistivät Afrikan-armeijan upseerit Marokossa heinäkuussa 1936.