Cavagnari illustrò a Mussolini già nel marzo 1940 le scarse probabilità di vittoria della Regia Marina nell'ingresso dell'Italia nella seconda guerra mondiale, sottolineando la prospettiva di dovere mantenere un atteggiamento difensivo in una guerra sul mare. In seguito ai primi insuccessi della Marina nei primi mesi di guerra nella battaglia di Punta Stilo e soprattutto col'attacco britannico alla base navale di Taranto, conosciuto come Notte di Taranto, l'ammiraglio Cavagnari fu dimissionato già il 7 dicembre 1940. Il suo successore a Supermarina fu l'ammiraglio Arturo Riccardi.