Słabszym okresem w karierze van Almsick są lata 1997–2001, kiedy to zdobywała medale jedynie w sztafetach. Wielki powrót na szczyt nastąpił w 2002 na Mistrzostwach Europy w rodzinnym Berlinie, podczas których van Almsick zdobyła 5 złotych medali i poprawiła swój własny rekord świata na 200 metrów stylem dowolnym wynikiem 1:56,64. Rekord ten straciła dopiero w 2007 roku. Ostatnimi sukcesami Franziski van Almsick są brązowe medale w sztafetach 4x100 dowolnym i zmiennym z Igrzysk Olimpijskich w Atenach.