Naide Gomes commence sa carrière sportive internationale sous les couleurs de Sao Tomé-et-Principe. Elle défile en tant que porte-drapeau lors de la cérémonie d'ouverture des Jeux olympiques d'été de 2000 à Sydney, et participe à l'épreuve du 100 mètres haies. Possédant la double nationalité, elle décide en 2001 de représenter le Portugal en compétition internationale. Elle obtient sa première médaille lors des Championnats d'Europe en salle 2002 à Vienne, en terminant deuxième du concours du Pentathlon (Seulement cinq épreuves en salle), derrière la Russe Yelena Prokhorova. Gomes obtient sa première consécration internationale en 2004 en remportant le pentathlon des Championnats du monde en salle de Budapest. Établissant un nouveau record du Portugal avec points, elle devance Sao Tomé-et-Principe et Austra Skujytė. L'année suivante, elle triomphe dans l'épreuve du saut en longueur () lors des mondiaux de Madrid. Toujours en 2005, Nadia Gomes termine à la cinquième place de la finale de la longueur lors des Championnats du monde en plein air à Helsinki. En 2006, elle obtient deux nouveaux podiums dans cette discipline, l'argent lors des Championnats du monde en salle de Moscou, et le bronze lors des Championnats d'Europe de Göteborg.