Le Plan de désengagement des territoires occupés initié par Ariel Sharon provoqua une grande controverse au sein du parti. Ariel Sharon limogea deux ministres de l'Union nationale de son cabinet afin d'obtenir une majorité approuvant le plan au sein de son gouvernement. Le PNR déclara qu'il s'opposait à ce plan et à tout retrait des Juifs vivant à Gush Katif (dans la banque de Gaza). Le parti, malgré l'aide de l'aile droite du Likoud, faillit à arrêter le plan de désengagement.