В 1459 году напряжённая ситуация в Англии привела к открытой гражданской войне между двумя феодальными группировками: сторонниками короля (Ланкастерами) и герцога Йоркского (Йорками). Отец Томаса, граф Солсбери, поддержал герцога Йоркского. В сентябре он выступил из своего в Ладлоу, где собирался присоединиться к герцогу, его сопровождала армия в 5 тысяч человек, в числе которых был и Томас. 23 сентября они столкнулись с большим королевским отрядом около Блор-Хифа, который был разбит, а его командир, Джеймс Туше, 5-й барон Одли, был убит. На следующий день Томас и его младший брат Джон каким-то образом попали в плен около . Майкл Хикс предположил, что в битве накануне они получили раны и были отправлены домой; в то же время полагает, что они слишком далеко отошли от своей армии, преследуя бегущих ланкастерцев. «», заседавший в следующем месяце в Ковентри, который находился под полным контролем Ланкастеров, объявил Томаса и Джона Невиллов преступниками, они были подвергнуты заключению в , в котором пробыли до победы в битве у Нортгемптона, одержанной их братом, графом Невиллом, 10 июля 1460 года.