Dzięki porozumieniu biskupa z Karolem Starszym z Žerotína Morawy nie przyłączyły się w 1618 do powstania stanów czeskich. Po zwycięstwie powstańców został początkowo internowany w swoim pałacu w Brnie, a następnie wygnany z Moraw. Wyjechał początkowo do Mikulova, a następnie do Wiednia. Po klęsce powstańców w bitwie na Białej Górze zabiegał o niskie kary dla buntowników. W styczniu 1621 cesarz Ferdynand II mianował go gubernatorem Moraw. W 1622 doprowadził do ułaskawienia wszystkich skazanych na śmierć na Morawach. Równocześnie powiększył swój majątek wykupując skonfiskowane dobra powstańców. 26 marca 1624 Franz von Dietrichstein został podniesiony do stanu książęcego z prawem adopcji. Kardynał w 1631 przeniósł godność książęcą na swojego bratanka Maksymiliana. W roku 1635 otrzymał tytuł "Protector Germaniae".