Túpac Amaru IIs opprør, også kjent som Sierra-opprøret, var det første store opprøret mot de spanske kolonistene på to hundre år. Det ble slått med, og han ble tatt til fange. Han ble dømt til å overvære henrettelsene av sin hustru, sin eldste sønn Hipólito, onkelen Francisco, svogerern Antonio Bastidas, og noen av sine kapteiner, før det skulle bli hans tur å dø. Han ble dømt til tortur og til å drepes ved å druknes og deretter slites i stykker mellom fire hester på hovedtorget i Cusco, på samme sted der hans farfars far var blitt halshugget.