Hijo del teniente coronel Esteban Melgar Alvarado y de María de la Luz Sevilla, su padre murió en el Cuartel de San Pablo Meoqui el 5 de septiembre de 1831 y poco después también fallece su madre por lo que su infancia la vivió en la Ciudad de México al cuidado de su hermana Merced. Solicitó su ingreso al Heroico Colegio Militar el 4 de noviembre de 1846 y fue aceptado con fianza de su hermana a cuyo cuidado había quedado. Se le expulsó el 4 de mayo del siguiente año por faltar a una revisión. Fue reaceptado después de la Batalla de Churubusco como cadete agregado el 8 de septiembre de ese mismo año.