Václav Hájek z Libočan vo svojej "Kronike českej" (1541) rozlišuje dvoch Jánov, Jána Nepomuckého a doktora Jána z Pomuku. Obaja podľa neho boli utopení, jeden však v roku 1383, druhý v roku 1393. Tento názor z veľmi populárnej kroniky svojej doby nakoniec prevládol, i keď pravdepodobne šlo o omyl zo strany kronikára. V roku 1599 však zaraďuje Jiří Barthold Pontanus z Breitenberka "Jána Spovedníka" medzi patrónov českých zemí. To potvrdzuje domnienku J. Pekařa, že kult sv. Jána by sa v Čechách najskôr presadil, i keby nebolo Bielej hory.