Im Dezember 1854 wurde Rigault de Genouilly zum Konteradmiral befördert und befehligte im Krimkrieg bei der Belagerung von Sewastopol einen Teil des vor der Stadt operierenden Geschwaders. Am 2. Oktober 1855 wurde er zum Großoffizier der Ehrenlegion ernannt. 1856 trat er an die Spitze der französischen Seestreitkräfte im Indochinesischen Meer und kooperierte während des Zweiten Opiumkriegs im Dezember 1857 mit den Engländern bei der Einnahme von Kanton. Den Rang eines Vizeadmirals bekam er am 9. August 1858 verliehen. Auf Befehl Napoleons III. führte er eine französisch-spanische Strafexpedition gegen Vietnam, griff wieder Tourane an und eroberte die Stadt im September 1858. Derjenige Teil der alliierten Truppen, der als Garnison in der Stadt zurückblieb, wurde dann aber selbst eineinhalb Jahre von einer vietnamesischen Armee belagert. Rigault de Genouilly wandte sich derweilen, da er nicht über den seichten Fluss landeinwärts gegen die Hauptstadt Huế vordringen konnte, mit seinen Hauptstreitkräften gegen Saigon und erstürmte es am 17. Februar 1859. Dann kehrte er nach Tourane zurück, konnte aber den vietnamesischen Belagerungsring um diese Stadt nicht durchbrechen. Seine Soldaten hatten außerdem mit Krankheiten und dem Klima zu kämpfen. Im Oktober 1859 bat er um seine Abberufung.