Een belangrijk deel van Patiño’s oeuvre is niet alleen bij de brand van het Alcázar van Madrid in rook opgegaan, maar ook bij de vernietiging van de bibliotheek van Johan IV van Portugal na de aardbeving van 1755. Alles bij elkaar genomen is van deze componist in de eerste plaats geestelijk vocaal werk overgebleven. Al zijn motetten, hymnen, villancico’s en missen zijn door toedoen van musicoloog Lothar Siemens overgeleverd in getranscribeerde of gekopieerde vorm, in verschillende delen, in het instituut voor religieuze muziek van de deputatie van Cuenca, het "Instituto de Música Religiosa de la Diputación de Cuenca". Naast deze geestelijke werken schreef Patiño echter ook "Tonos humanos": madrigalen en liederen met wereldlijke of theatrale onderwerpen.