In de tussenliggende periode van de FIFA WK's in 1998 tot en met 2002 wees hij diverse aanbiedingen af om het Braziliaans voetbalelftal te trainen. Eind 2000, toen Vanderlei Luxemburgo werd ontslagen, weigerde hij bondscoach te worden, omdat hij naar eigen zeggen niet opnieuw de druk om een FIFA WK te moeten winnen te willen voelen. Toen Luiz Felipe Scolari als bondscoach tijdens de CONMEBOL Copa América van 2001 wedstrijden verloor van Mexico en Honduras, werd de vraag om Parreira opnieuw groter. Dit keer stelde hij voor om Scolari te assisteren in zijn poging het FIFA WK te winnen. In januari 2003 werd hij dan toch opnieuw aangesteld als bondscoach en kwalificeerde hij zich aan de hand van assistent Mário Zagallo voor het FIFA WK van 2006 met als doel de titel te verdedigen. Tijdens dit toernooi verloor het elftal in de kwartfinales van Frankrijk. Hierop bood Parreira op 19 juli 2006 zijn ontslag aan als bondscoach van het Braziliaans voetbalelftal. In zijn derde periode van het bondscoachschap wist Parreira in 2004 wel de CONMEBOL Copa América en in 2005 de FIFA Confederations Cup te winnen.