Eckartsaut először 1180-ban említik (mint "Ekkeharteshovve"-t). A 12. századtól a Sonnberg-Hainburg-Rötelsteiner nemzetséghez tartozó Eckartsau család uralta, akik közül Rudmar és Heinrich hercegi miniszteriálisok ismertek. A család utolsó férfitagja Wilhelm von Eckartsau volt, aki 1507-ben halt meg; a birtokot lánya, Apollonia von Volkensdorf örökölte. Az 1529-es és 1532-es török hadjárat során a falu elpusztult, az elmenekült lakosság helyére több mint 1000 horvátot telepítettek. 1571-ben a lutheránus Georg von Teuffel vásárolta meg a birtokot, amelynek tulajdonosai a 17. században gyakran cserélődtek.