Talvisota (30.11.1939 – 13.3.1940) ja jatkosota (25.6.1941 – 19.9.1944) hankaloittivat kilpailutoimintaa. 1940-luku alkoi epävirallisella SM-cup-kilpailulla, jossa KuPS hävisi heti ensimmäisellä kierroksella 16.6.1940 Helsingin Tovereille 1-2. Saman vuoden juhannuksena kariutui nousu Mestaruussarjaan, kun Sudet voitti siirtyneen nousukarsinnan toisenkin osaottelun. Sarjapelaamisessa siirryttiin syys-kevät –rytmiin kaudella 1940/41. Vuoden 1942 SM ratkaistiin taas cup-muotoisesti. Kuopiolaiset osallistuivat kilpailuun eri seuroista koottujen pelaajien yhdistetyllä joukkueella, joka on jäänyt aikakirjoihin KuPS-nimisenä. Joukkue voitti ensimmäisellä kierroksella helsinkiläisen Pallo-Pojat, mutta hävisi toisella kierroksella Susille. 1943/44-kaudella KuPS luopui kokonaan sarjapelaamisesta (pelaajia tarvittiin sotarintamilla).