La ville particulièrement exposée présentait une surface vulnérable aux envahisseurs ; elle était dévastée durant les deux sièges ottomans de Vienne en 1529 et en 1683. Au début du , l'empereur Charles VI a commencé d'agrandir l'abbaye sur le modèle de l'Escurial ; les travaux se sont cependant enlisés après sa mort en 1740. Pendant la guerre de la Troisième Coalition et la campagne d'Allemagne de 1805, le , Napoléon se trouve à Klosterneuburg.