Большая часть территории национального памятника (340 000 км2) входила в состав Заповедника экосистемы кораллового рифа Северо-западных Гавайских островов, который был учреждён в 2000 году. Помимо этого, в структуру Папаханаумокуакеа вошли Национальный заповедник дикой природы атолла Мидуэй (2 392 км2) и Национальный мемориал в память битвы за Мидуэй, Заказник морских птиц атолла Куре, Государственный морской заповедник Северо-западных Гавайских островов и Национальный заповедник дикой природы Гавайских островов. Последний находится (как и до образования национального памятника) под управлением FWS, тогда как океаническая часть управляется преимущественно NOAA.