En 1255, Aybak subit une révolte d'une partie des Mamelouks et certains d'entre eux, dont Baybars, se réfugient à Damas et veulent l'entraîner à la guerre contre l'Égypte, mais le calife intervient encore en faveur de la paix, et Aybak cède même toute la Palestine musulmane à Yusuf et les deux sultans concluent une trêve de dix ans. Quatre ans plus tard, un autre danger survient : les Mongols, conduits par Hulagu, envahissent le monde musulman, prennent Bagdad, mettent fin au califat abbasside, puis envahissent la Syrie et prennent Alep ( pour la ville et pour la citadelle) puis Damas ( pour la ville et pour la citadelle). Al-Nasir Yusuf a préféré fuir les Mongols plutôt que défendre ses villes mais, au moment d'entrer en Égypte, préfère se rendre aux Mongols plutôt que de se livrer aux Mamelouks. Kitkuba, le lieutenant d'Hulagu, lui promet même de le réinstaller comme sultan de Damas quand la conquête de l'Égypte sera achevée. Mais ce sont les Mamelouks qui battent les Mongols à `Aïn Jâlût le , les repoussent et occupent la Syrie musulmane mettant définitivement fin à la dynastie ayyoubide.