"John D. Henley" quay trở lại vùng biển Okinawa vào ngày 1 tháng 7 để hỗ trợ cho các hoạt động quét mìn. Nó quay trở lại vịnh Buckner vào ngày 7 tháng 8, và có mặt tại đây khi chiến tranh kết thúc vào ngày 15 tháng 8. Nó tiếp tục làm nhiệm vụ tìm kiếm giải cứu ngoài khơi Nhật Bản cho đến ngày 24 tháng 8, rồi khởi hành vào ngày 2 tháng 9, ngày Nhật Bản chính thức đầu hàng, cho hành trình dài quay trở về Hoa Kỳ. Nó về đến San Francisco, California vào ngày 24 tháng 9, được đại tu, rồi được cho xuất biên chế tại San Diego vào ngày 30 tháng 4 năm 1946. Con tàu được đưa về Hạm đội Dự bị Thái Bình Dương và neo đậu tại Bremerton, Washington.