Villafuerte spielte seit der Saison 1997 bei Barcelona SC Guayaquil in seiner Heimat Ecuador. 1998 gab er sein Erstligadebüt, blieb aber im Kader Torhüter Nummer 2 hinter Nationaltorhüter José Francisco Cevallos. Nach einer Verletzung von Cevallos stieg er in der Saison 2004 zum Stammtorhüter auf und wurde nach der Copa América 2004 auch Stammtorhüter der Nationalmannschaft. In der Saison 2005 hatte er es aber schwer, sich im Verein dauerhaft gegen den genesenen und zu Barcelona SC zurückgekehrten Cevallos durchzusetzen. Anfang 2006 wechselte er als Leihgabe zu Deportivo Quito, wo er in der Saison 2006 Stammtorhüter war. Zur Saison 2007 kehrte er zu Barcelona zurück. Im Februar 2007 erkrankte er an Denguefieber, konnte aber seine Karriere bald fortsetzen. Nachdem er bei Barcelona in der Saison 2007 jedoch nur Nummer 2 hinter dem Argentinier Gastón Sessa blieb, wechselte er zur Saison 2008 zu CD Olmedo nach Riobamba. Wegen einer Verletzung musste er dort fast die gesamte erste Saisonhälfte pausieren. In der Saison 2009 wechselt er zu Técnico Universitario Ambato.