Mokhtar Tlili est alors nommé entraîneur mais les résultats ne s'améliorent pas, la Tunisie ne se qualifiant pas pour la CAN 1990 en Algérie après une lourde défaite face au Sénégal, qui précipite le départ de Tlili et le retour de Piechniczek, qui ne réussit pas à passer les éliminatoires de la coupe du monde 1990. Après une défaite au dernier tour contre le Cameroun, Mrad Mahjoub devient entraîneur. Bien qu'il n'ait pas pu se qualifier pour la CAN 1992, la Fédération tunisienne de football lui renouvelle sa confiance en raison de la performance respectable lors des éliminatoires, car l'équipe est écartée avec une différence de buts contre l'Égypte, en plus de battre la Belgique lors d'un match amical. Néanmoins, la sortie prématurée des éliminatoires de la coupe du monde 1994 contribue à son licenciement après un match nul avec le Maroc et son remplacement par l'entraîneur Youssef Zouaoui avant la CAN 1994 qui se déroule en Tunisie. L'équipe réussit donc à briser la séquence en accueillant la coupe d'Afrique des nations en remplacement du Zaïre, mais le résultat est catastrophique et inattendu, avec une défaite face au Mali (0-2), lors du match d'ouverture devant au stade olympique d'El Menzah, ce qui contribue au limogeage de Zouaoui, remplacé par Faouzi Benzarti, qui fait match nul avec le Zaïre lors du deuxième match, en terminant dernier du groupe.