С 22 февраля по апрель 1944 года находился на лечении в госпитале, затем был зачислен слушателем в Высшую военную академию им. К. Е. Ворошилова. По окончании ее ускоренного курса в конце сентября направлен в распоряжение Военного совета 3-го Белорусского фронта. С 14 октября допущен к командованию 352-й стрелковой Оршанской дивизией 36-го стрелкового корпуса 31-й армии. Ее части в это время вели наступательные бои на гумбинненском направлении. 8 ноября 1944 года за прорыв обороны противника и выход на границу с Восточной Пруссией полковник Рутько награжден орденом Красного Знамени. С января 1945 года дивизия участвовала в Восточно-Прусской наступательной операции. 21 марта Рутько был зачислен в распоряжение Военного совета 3-го Белорусского фронта. С 19 апреля он командовал 235-й стрелковой Витебской Краснознаменной ордена Суворова дивизией и воевал с ней до конца войны. Ее части вели боевые действия в составе 54-го стрелкового корпуса 43-й армии, участвовали в Земландской наступательной операции. В конце апреля дивизия была передана 2-му Белорусскому фронту и участвовала в ликвидации группировки противника, окруженной в районе Данцига.