W pierwszej połowie XV wieku w miejscu starego kościoła wzniesiono nowy, który w 1441 roku na synodzie w Łęczycy otrzymał rangę kolegiaty, a kilkadziesiąt lat później dostawiono nowe zabudowania klasztorne. Budynek klasztorny pełnił funkcję mieszkalno-sakralne, szkoły parafialnej, szpitala, studium dla kandydatów na księży oraz skryptorium. Biblioteka klasztorna liczyła 3000 ksiąg. Budynki klasztorne wielokrotnie przebudowywano, m.in. na początku XVII wieku fortyfikacje zastąpiono nowymi, kamienno-ceglanymi, które jednak nie obroniły klasztoru w 1655 roku przed Szwedami, którzy po kilkudniowym oblężeniu spalili miasto i klasztor, mordując połowę ludności.