Після Квітневої революції Наджибулла увійшов до складу вищого органу республіки — Революційної ради, очоливши Кабульський комітет партії. 28 червня 1978 року Наджибулла був відряджений послом ДРА в Іран. Однак вже у жовтні того ж року, звинувачений разом з іншими лідерами «Парчам» в антиурядовій змові, Наджиб був знятий з посту й позбавлений громадянства. Після цього він був змушений переховуватись у Москві, де перебував аж до введення Радянської армії в Афганістан.