Rut Arnfjörð Jónsdóttir bestritt bisher 94 Länderspiele für Island. Mit ihrer Nationalmannschaft qualifizierte sie sich im Jahr 2010 erstmals für die Europameisterschaften. Außerdem nahm sie zuvor mit der isländischen Juniorinnen-Nationalmannschaft an der Weltmeisterschaft 2008 in Mazedonien teil, bei der Island den 13. Platz belegte.