עיקר מחקריו דנים בבעיות הגאואסטרטגיות של ישראל, כמו דמוגרפיה, מים, יחסי יהודים-ערבים, פיתוח הפריפריה, איכות הסביבה, לוחמה בשטח בנוי ועוד. סופר נודע כמקורב למנהיגים הפוליטיים בישראל מכל הזרמים ולפיכך היה שותף בכמה מהתהליכים המדיניים של ישראל ובין היתר חבר במשלחת הצבאית בשיחות אוסלו ובנושאי המים מול סוריה ולבנון. עוד נודע בזכות אזהרותיו מפני הדמוגרפיה הערבית ועל רקע זה כיוזם תוכנית ההתנתקות מרצועת עזה אותה ביצע שרון בקיץ 2005. קודם לכן (2001) סייע לשרון לתחם את קווי ההפרדה ביו"ש שהיו בעצם קווים דמוגרפים.