Vid utbrottet av det amerikanska inbördeskriget så kapitulerade befälhavaren 31 mars 1861 till Sydstatsarmén som dock året därefter övergav fortet då trupper kom marscherande från Kalifornien. Under 1870-talet levererades förnödenheter oregelbundet med diligens längs med Santa Fe Trail. Utbrott av Dysenteri och malaria under 1877 gjorde att fortet övergavs under ett års tid. Mellan 1891 och 1892 ritade kapten John Ruhlen de äldsta kvarvarande byggnaderna på den nuvarande platsen för Fort Bliss. John J. Pershing kom till Fort Bliss 1914 då Mexikanska revolutionen pågick och året därefter ledde han den misslyckade straffexpeditionen efter Pancho Villa.