Les Frères ont combattu aux côtés des armées arabes lors de la guerre israélo-arabe de 1948, et, après la création de l'État d'Israël, les suites de la crise des réfugiés palestiniens ont encouragé plus de musulmans palestiniens encore à rejoindre le groupe. Après la guerre, en Cisjordanie, les activités du groupe sont principalement sociales et religieuses et non-politiques, de sorte qu'il a eu d'assez bonnes relations avec la Jordanie lors de l'occupation jordanienne de la Cisjordanie. En revanche, le groupe s'affronta souvent avec le gouvernement égyptien qui contrôlait la bande de Gaza jusqu'en 1967.