Con la morte di Tito e la grave crisi economica degli anni '80, la Lega dei Comunisti di Jugoslavia affrontò gravi disaccordi interni, con le delegazioni croate e slovene che rivendicavano maggiore autonomia e quella serba, guidata da Slobodan Milošević, di orientamento contrario. I delegati croati e sloveni abbandonarono il XIV congresso del partito nel gennaio del 1990 e nel 1991 Slovenia e Croazia (guidata da Franjo Tudjman) si proclamarono indipendenti. Nonostante il riconoscimento internazionale, anticipato da Islanda, Vaticano, Austria e Germania, la Croazia combatté la propria guerra d'indipendenza contro l'esercito jugoslavo a guida serba tra il 1991 e il 1995, con episodi quali la battaglia di Vukovar nel 1991 e l'Operazione Tempesta nel 1995 per la riconquista della Krajina, che portò all'esodo e alla pulizia etnica della popolazione serba di Croazia. Negli stessi anni, la Croazia operò a sostegno dei separatisti croato-bosniaci durante la guerra in Bosnia ed Erzegovina. Questi conflitti jugoslavi si conclusero con gli Accordi di Dayton del 1995 e gli accordi di Erdut per la reintegrazione della Slavonia orientale (cf. UNTAES). Tudjman governò la Croazia con un regime autoritario fino alla democratizzazione dopo la sua morte nel 2000.