Københavns Brand i 1728 gik hårdt ud over Helligåndskirken. Om eftermiddagen den 21. oktober nåede ilden kirken, og omkring kl. 8 styrtede tårnet sammen. Hvælvingerne faldt ned i kirkerummet, og alt udbrændte. Kirkens præst på denne tid, den pengegridske Knud Tommerup, havde anbragt sin formue i kirken, før han selv i hast forlod den brændende by. Formuen den gik op i røg.