З сакавіка 1944 года — камандзір 29-га стралковага корпуса, на гэтай пасадзе ён удзельнічаў у Адэскай наступальнай аперацыі. 19 сакавіка 1944 года С. А. Бабруку было прысвоена чарговае званне генерал-маёр. З мая 1944 года С. А. Бабрук — камандзір 31-га гвардзейскага стралковага корпуса ў складзе 46-й, затым 4-й гвардзейскай армій 3-га Украінскага фронту. На гэтай пасадзе ён праявіў сябе ініцыятыўным камандзірам пры арганізацыі і вядзенні баявых дзеянняў часткамі корпуса ў Яска-Кішынёўскай, Дэбрацанскай, Будапешцкай наступальных, Балатонскай абарончай, Венскай наступальнай аперацыях. Корпус удзельнічаў у вызваленні гарадоў Кагул, Галац, Магілёў-Падольскі, Рушчук, Пакш, Секешфехервар, Будапешт, Капувар, Шопран, Вена. За ўзорнае выкананне заданняў камандавання ў баях з супернікам, пры авалоданні горадам Вена 31-s гвардзейскі стралковы корпус быў узнагароджаны Ордэнам Суворава 2-й ступені.