В составе сборной Аргентины Исола дебютировал 17 июля 1916 года в матче чемпионата Южной Америки с Уругваем (0:0). Также он играл ещё на двух южноамериканских первенствах. Всего за национальную команду Карлос провёл 21 матч, в которых пропустил 25 голов.