Mejía gehörte dem Kader der panamaischen U-20-Auswahl an, der an der U-20-Weltmeisterschaft 2007 in Kanada und an der U-20-Weltmeisterschaft 2011 in Kolumbien teilnahm. Dort kam er in jeweils drei Turnierbegegnungen zum Einsatz. Bei der CONCACAF-U-20-Meisterschaft 2011 wurde er zweimal eingesetzt. Auch bestritt er für die U-21 Panamas bei den Zentralamerika- und Karibikspielen 2010 in Puerto Rico zwei Länderspiele. Zudem kam er 2012 in sieben Spielen der CONCACAF-Olympia-Qualifikation in der U-23 Panamas zum Einsatz. Am 7. Juni 2009 / 8. Juni 2009 debütierte er bei der 2:3-Niederlage im Freundschaftsländerspiel gegen Jamaika in der A-Nationalmannschaft Panamas. Bis Ende Februar 2013 absolvierte er vier offizielle A-Länderspiele Panamas. Beim CONCACAF Gold Cup der Jahre 2011 und 2013 wird jeweils ein Länderspieleinsatz für ihn geführt. Am 22. März 2013 und 26. März 2013 lief er in den beiden WM-Qualifikationspartien gegen Jamaika und Honduras auf. Auch beim CONCACAF Gold Cup 2015 wirkte er mit und kam dort im Spiel um Platz 3 zu seinem einzigen Turniereinsatz. Am 29. Januar 2021 war der Torhüter auch erstmals Kapitän der Auswahl Panamas beim 0:0 im Testspiel gegen Serbien.