V létě 2015 se stalo nádraží v souvislosti s evropskou migrační krizí důležitou přestupní stanicí tzv. balkánské trasy. Počet jednotlivých migrantů, kteří přestupovali na nádraží Keleti pályaudvar dosahoval v červenci 2015 několika desítek za den, nicméně již na přelomu srpna a září 2015 se jednalo až o tisíce lidí. Z bezpečnostních důvodů musela proto maďarská policie budovu nádraží dne 1. září 2015 na několik hodin uzavřít, což vyvolalo protesty shromážděného davu několika tisíc uprchlíků na náměstí Baross tér i v podchodu u blízké stanice metra. Přerušení odbavování vlaků znamenalo značné potíže v maďarské železniční dopravě a vlaky musela vypravovat jiná budapešťská nádraží.