Gleich darauf bewarb sich Dunajewski um eine Lehrkanzel für Politische Wissenschaft an der Krakauer Universität – und wurde vom Auswahlkollegium auch auf den ersten Platz gereiht. Doch die Berufung unterblieb – aus politischen Gründen, da er den österreichischen Behörden als zu „polnisch-national“ galt. 1855 wurde er außerordentlicher und 1856 ordentlicher Professor für Verwaltungs- und Strafrecht an der Rechtsakademie in Pressburg. 1860 erhielt er eine Professur für Verwaltungsrecht und Volkswirtschaftslehre in Lemberg. Als nach den Niederlagen der Habsburger bei Magenta und Solferino Agenor Goluchowski Staatsminister wurde, förderte dieser seinen Landsmann Dunajewski, der so mit kaiserlicher Entschließung vom 23. Juli 1860 schließlich zum Professor in Krakau berufen wurde. Von Oktober 1861 bis Juni 1880 wurde Dunajewski nun an der Krakauer Universität Professor für Politische Wissenschaften, Statistik und Verwaltungsrecht.