Ο Ανανίας παρά το γεγονός ότι έχασε το αρχιερατικό αξίωμα διατήρησε την επιρροή του στους ιερατικούς κύκλους. Λίγα χρόνια αργότερα το 66, αφού ο πόλεμος με την Ρώμη είχε ξεσπάσει, εκλέχθηκε ξανά αρχιερέας ύστερα από την δολοφονία του προκατόχου του εκπροσωπώντας την παράταξη των μετριοπαθών που, παρά τον επαναστατικό ζήλο που έδειχναν, ήθελαν την συνδιαλλαγή με τους Ρωμαίους. Ο Ανανίας απέτυχε στην αποστολή του και έπεσε θύμα μιας εμφύλιας διαμάχης που ξέσπασε μεταξύ της παράταξης των μετριοπαθών και εκείνης των φιλοπόλεμων Ζηλωτών που είχαν ηγέτες τον Ελεάζαρο του Σίμωνα και τον Ιωάννη από τα Γίσχαλα(68).