در دوران انتخابات ریاست جمهوری سال ۱۳۸۸؛ علیجانی به موازات همکاری با شورای فعالان ملی ـ مذهبی به همراه عده‌ای دیگر در پیگیری رویکرد «مطالبه محور» با انتخابات پیش روی فعالیت نمود و در تهیه بیانیه‌های آن مشارکت داشت. در دوران پس از آخرین زندان مدت دارش؛ علاوه بر کلاس‌های زن در متون مقدس با عده‌ای از نواندیشان دینی جلساتی ادواری برای بحث و گفتگو دربارهٔ مهم‌ترین مسائل فرهنگی داشت. عده زیادی از اعضای آن جلسه هم‌اکنون در مهاجرت در خارج از کشور به سر می‌برند. یک روز پس از انتخابات ریاست جمهوری سال ۱۳۸۸ و با سرآغاز جنبش سبز، علیجانی بازداشت کوتاه مدتی را تجربه نمود. پس از آن نیز علاوه بر مشارکت در حرکت اعتراضی جنبش سبز، به همراه جریان ملی ـ مذهبی به فعالیت‌هایش ادامه داد؛ فعالیت‌هایی که هر روز مجال آن تنگ‌تر و تنگ‌تر می‌شد. در همین دوران بحث لزوم فعال شدن جریان ملی ـ مذهبی در خارج از کشور و شنیده شدن صدای آنان در زمانی که در داخل دیگر امکان فعالیت علنی زیادی برای آن‌ها باقی نمانده است در طیف نزدیک به مهندس سحابی مورد بحث و تأکید قرار گرفت. مهندس سحابی این امر را «مهاجرت» ی که در منابع دینی مورد توجه قرار گرفته تلقی می‌نمود و بالاخره در اواخر سال ۱۳۸۹ با بازداشت هدی صابر وی در معرض بازداشت جدیدی قرار گرفت. بدین ترتیب علیجانی پس از چند روز زندگی مخفی در نخستین روزهای سال ۱۳۹۰ از مرزهای غربی از کشور خارج شد و پس از اقامت کوتاهی در کردستان عراق عازم فرانسه گردید. وی از تابستان ۱۳۹۰ مقیم شهر پاریس در فرانسه گردیده و فعالیت‌های سیاسی و فکری اش را در خارج از کشور از جمله با مشارکت در تجدید سازمان سایت ملی- مذهبی و همکاری فعال با آن به مدت دو سال و نیز مشارکت در تشکیل کنشگران ملی- مذهبی خارج از کشور ادامه داده است.