Franz (von) Rottenburg wurde als Sohn von Franz Gottfried Rottenburg, einem wohlhabenden Danziger Kaufmann und Gutsbesitzer schweiz-deutscher Herkunft geboren. Die Herkunft des von ihm geführten Adelstitels ist nicht bekannt. Über seine Jugend weiß man wenig, doch erlaubte es das Vermögen seines Vaters ihm zweifellos, eine gute Bildung zu erwerben. Sie ermöglichte es ihm, 1782 mit dem Rang eines Vizeleutnants in die französische Armee einzutreten. 1785 wurde er Leutnant, quittierte aber im September 1791 den Dienst und kehrte nach Polen zurück, wo er sich bei Warschau an Tadeusz Kościuszkos erfolglosem Aufstand gegen die Teilungen Polens beteiligte. Er kommandierte ein Infanteriebataillon und wurde 1794 in der Schlacht bei Praga verwundet.