McIntosh est alors remplacé au poste de commandement du département occidental de l'Armée continentale par le Colonel Daniel Brodhead le . Washington ordonne alors à McIntosh de retourner au sud pour rejoindre le Général Benjamin Lincoln à Charleston, en Caroline du Sud. Il marche vers Augusta, en Géorgie, aux commandes des troupes géorgiennes et va à Savannah, où il commande les et de Caroline du Sud pendant le Siège de Savannah.