Die Gautinger Frauenkirche wurde an einer ehemaligen Römerstraße an der Stelle einer romanischen Vorgängerkirche erbaut. 1402 wurde die Kirche erstmals schriftlich erwähnt. Die heutige Kirche wurde bis 1489 fertiggestellt, wie das Steinmetzzeichen des Baumeisters Silvester Schöttl aus Holzkirchen im Bogen des östlichen Chorfensters und die Jahreszahl 1489 belegen. Der untere Teil des Turms stammt noch aus dem im 12. bis 14. Jahrhundert errichteten Vorgängerbau, der 1422 während des Bayerischen Krieges ("Milchkrieg") durch Herzog Ludwig VII. zerstört wurde.