Pražské jaro 1968 a s ním spojené uvolnění poměrů umožnilo Hlouchovi návrat do Českobudějovické diecéze. 9. června 1968 se znovu ujal svého úřadu a ihned se pustil do generální opravy katedrály svatého Mikuláše. Lepší časy však neměly dlouhého trvání. Invaze vojsk Varšavské smlouvy do Československa ve středu 21. srpna 1968 způsobila návrat totalitní moci se všemi negativními dopady na život společnosti. Nové šikanování nepohodlných církevních představitelů se stalo biskupu Hlouchovi osudným.