Tại Cúp cờ vua thế giới 2009, Gelfand là hạt giống số 1. Sau khi đánh bại Judit Polgár, đương kim vô địch trẻ thế giới Maxime Vachier-Lagrave, Dmitry Jakovenko và Sergey Karjakin, ông lọt vào chung kết. Tại chung kết Gelfand đối mặt với cựu vô địch thế giới FIDE Ruslan Ponomariov. Sau các loạt cờ tiêu chuẩn, cờ nhanh đều hoà, Gelfand chỉ thắng được Ponomariov ở 2 ván cờ chớp cuối cùng và kết thúc trận đấu với tỉ số 7-5 . Nhờ đó, ông có được suất tham dự vòng chọn ứng cử viên cho trận tranh ngôi vô địch thế giới năm 2012.