4月6日、ボーリガードとジョンストンの下に集結した南軍はグラントの準備ができていない西テネシー軍に対しピッツバーグ・ランディングで明け方の総攻撃で急襲した（シャイローの戦い）。この戦闘の初日、南軍の猛攻でグラント軍を後退させたが、打ち破ることはできなかった。ジョンストンがこの日に戦死した。アメリカ連合国の大統領ジェファーソン・デイヴィスは当時、ジョンストンのことを南軍で最も有能な将軍と考えていた。2日目の4月7日、グラントはビューエルの応援を得て反撃し南軍を後退させた。この時、グラントは撤退する敵軍の追撃に失敗したために大きな非難を受けることになった。しかもこれまでの全戦闘を合わせたよりも大きな両軍併せて約24,000名という損失を出していた。