In 1796, onder de Franse bezetting, werden de augustijnen verjaagd en werd hun kerk een kliniek. In 1815 werden de gewonden van de slag bij Waterloo er verzorgd. Onder het Verenigd Koninkrijk der Nederlanden werd de kerk heropend als tempel van de Protestantse Kerk van Brussel. De latere koning Willem III der Nederlanden werd er in 1817 gedoopt. De laatste eredienst was op 21 augustus 1830 waarna het gebouw, een symbool van koninklijke macht, door Belgische opstandelingen werd ingenomen. Het Voorlopig Bewind richtte er een concertzaal in waar onder meer Hector Berlioz kwam optreden (1842). Nadien werd het gebouw gebruikt als centraal postkantoor (1875).