Musonda od samego początku swojej kariery był wyróżniającym się graczem ligi zambijskiej. W reprezentacji Zambii zadebiutował jeszcze w 1985 roku. W sumie dla drużyny narodowej wystąpił 48 razy i zdobył 4 bramki. Zagrał na Igrzyskach Olimpijskich w Seulu oraz w Pucharze Narodów Afryki 1986. Charly Musonda miał być na pokładzie samolotu, który 27 kwietnia 1993 rozbił się u wybrzeży Gabonu. Zginęli wówczas wszyscy znajdujący się na pokładzie członkowie załogi oraz pasażerowie, którymi byli piłkarze i sztab reprezentacji Zambii. Musonda przebywał tego feralnego dnia w Belgii lecząc kolejną kontuzję kolana.