Le "4th Virginia" combat le , lors de la première bataille de Bull Run (première Manassas) dans la première brigade du brigadier général Thomas J. Jackson de l'armée de la Shenandoah, bientôt connue comme la brigade de Stonewall. Paxton est blessé à un bras lors de cette bataille et cela ainsi que ses actions lui valent les éloges de ses camarades. Après avoir récupérer, Paxton est élu commandant du "27th Virginia Infantry" le , mais n'est pas réélu à ce poste le printemps suivant en raison de sa . Le , Paxton est nommé aide-de-camp à l'état-major de Jackson, et participe à la campagne de la vallée de la Shenandoah et à la bataille des sept jours, tous deux en Virginie.