A mediados de mayo de 1824 comenzó la invasión de Creta. A continuación las tropas desembarcaron en Morea. Ante el avance egipcio, los griegos huyeron a las montañas, donde comenzaron una guerra de guerrillas contra el invasor. El 15 de abril de 1825 el ejército turco-egipcio comenzó el sitio de Missolonghi, que se rindió tras un largo asedio el 24 de abril de 1826. El 20 de octubre de 1827, la flota egipcia, combinada con la turca, sufrió una gran derrota en Navarino frente a la coalición formada por Reino Unido, Francia y Rusia, que luchaban a favor de los griegos para proteger sus intereses en el Mediterráneo. Las potencias europeas obligaron entonces al Imperio otomano a reconocer la independencia griega. En 1828 los últimos soldados egipcios abandonaron Grecia.