Ateenalaisten hävittyä Aigospotamoin taistelun vuonna 405 eaa. Kyzikos vaikuttaa tulleen jälleen Spartan valtaan. Vuoden 387/386 eaa. Antalkidaan rauhassa kaupunki tuli taas Persian valtaan muiden läntisen Vähän-Aasian kreikkalaiskaupunkien tavoin. Hieman myöhemmin Kyzikos oli osa toista Ateenan liittoa. Ateenalaiset avustivat kaupunkia Timotheoksen johdolla vuonna 364 eaa., kun kaupunki oli oletettavasti persialaisten piirittämänä. Ateenan ja Kyzikoksen välit huononivat kuitenkin pian, ja Kyzikos erosi liitosta vuosien 357–355 eaa. liittolaissodan aikana. Noin 360-luvulla eaa. Kyzikos oli liitossa Khalkedonin kanssa. Sillä oli myös "isopoliteia"-sopimus emäkaupunki Miletoksen kanssa. Kyzikos löi pronssirahaa 300-luvulta eaa. lähtien.