En 1991, Moustafa Barghouti fut l'un des délégués à la conférence de Madrid, qui avait pour objectif la fin du conflit israélo-palestinien et de la première Intifada. En 1996, il se présenta avec succès comme candidat au Parlement durant les premières élections de l'Autorité palestinienne. En 2002, il quitte le Palestinian People's Party. En , Moustafa Barghouti, Haider Abdel Shafi, Ibrahim Dakkak et Edward Saïd créent l'Initiative nationale palestinienne ("al-Mubadara al-Wataniyya al-Filistiniyya"), afin de créer une alternative réformiste globale à la fois à l'Organisation de libération de la Palestine et au groupes militants islamiques tels que le Hamas. Moustafa Barghouti est actuellement le secrétaire général de cette initiative.