VMRO perustettiin Kreikan Thessalonikissa vuonna 1893. Järjestön perustajiin kuuluivat muun muassa Damjan Gruev, Gotse Deltšev ja Jane Sandanski. He olivat makedonialaisia, jotka pitivät itseään kansallisuudeltaan bulgaareina, ja halusivat saada tuolloin Ottomaanien valtakuntaan kuuluneelle Makedonialle itsehallinnon. Saavutettuaan jonkinasteista kannatusta Makedonian kristityn väestön parissa VMRO käynnisti vuonna 1903 Ilindenin kansannousun, jonka turkkilaiset kuitenkin kukistivat. Tämän jälkeen järjestö hajosi kahtia: Makedoniasta käsin toiminut vasemmistolaisempi siipi ajoi edelleen Makedonian itsenäisyyttä ja Sofiaan asettunut oikeistolaisempi siipi kannatti Makedonian liittämistä Bulgariaan sekä ryhtyi yleisemminkin edistämään Bulgarian sotilaallisia etuja. Varsinkin jälkimmäinen ryhmä omaksui myöhemmin terrori- ja salamurhataktiikan vastustajiaan vastaan.