Mezník v činnosti ilegální KSČ znamenalo podepsání sovětsko-německé smlouvy o neútočení 23. srpna 1939. Válka, která vypukla v září téhož roku, byla z pohledu této smlouvy vedením Kominterny prohlášena za "oboustranně imperialistickou" (direktivy KI dokonce tvrdily, že západní mocnosti jsou větším nebezpečím než nacistické Německo) a za "válku dvou skupin kapitalistických zemí o světovládu". Direktivy od Kominterny, kterými byla ilegální KSČ zavázána plnit, požadovaly propagandistický boj proti západnímu odboji vedenému E. Benešem. Přestože se ideologové snažili mezi komunisty působit v tom smyslu, že smlouva je taktickým vítězstvím Sovětského svazu, podíl SSSR na rozbití Polska a následné napadení Finska prohlubovalo propast mezi protektorátním obyvatelstvem a komunistickou stranou. V samotné KSČ byl výsledkem propagandy Kominterny rozkol, přičemž samotné ilegální vedení KSČ si uvědomovalo škodlivost prosazovaných direktiv. Opakovanými dotazy na vedení Kominterny se snažilo brzdit požadavky Moskvy, které by mohly KSČ v očích obyvatelstva poškodit. Přes intenzivní agitaci proti Benešovi a západnímu odboji i nadále probíhala na nejnižší úrovni spolupráce s občanským odbojem.