Quando Reza Pahlavi fu deposto, nel 1941, gli succedette come scià il figlio Mohammad Reza Pahlavi (1919-1980), all'epoca appena ventiduenne. Khomeyni vide diminuire l'ostracismo nei suoi confronti, tanto da essere reintegrato nella scala gerarchica religiosa, ascendendo al grado di Ayatollah. Nel 1953, dopo il colpo di Stato che rovesciò il governo democratico di Mossadeq, Mohammad Reza Pahlavi assunse i poteri assoluti e riprese l'opera di laicizzazione del paese e di contrasto, già avviato dal padre, dell'impronta religiosa che il "clero" voleva caratterizzasse non superficialmente l'Iran.