Die 16-jährige Liz Parker wird während ihrer Arbeit als Kellnerin im „Crashdown Café“, das ihrem Vater gehört, infolge eines Streits zwischen zwei Kunden mit einer Waffe angeschossen und tödlich getroffen. Ihr Mitschüler Max Evans eilt herbei und rettet ihr durch bloßes Handauflegen das Leben. Wie Liz kurz darauf feststellen muss, sind Max und dessen Schwester Isabel sowie ihr gemeinsamer Freund Michael Guerin Außerirdische, die während des berühmten Roswell-Zwischenfalls von 1947 mit ihrem Raumschiff auf der Erde abgestürzt sind. Obwohl sie Max schwört, sein Geheimnis für sich zu behalten, erzählt Liz ihrer besten Freundin Maria DeLuca davon. Der wenig überzeugende Versuch der Jugendlichen, die wahren Ereignisse im „Crashdown Café“ zu vertuschen, erregt die volle Aufmerksamkeit des übereifrigen Sheriffs Valenti. Er heftet sich fortan an ihre Fersen, mit dem Ziel, um jeden Preis herauszufinden, was bei dem Vorfall wirklich passiert ist. Das FBI entsendet zudem diverse Agenten nach Roswell, die in der Sache ebenfalls ermitteln. Das Problem der Geheimniswahrung wird somit zu einem wichtigen Thema der ersten Staffel und nimmt großen Einfluss auf die Entwicklung der Beziehungen der Protagonisten untereinander. Zwischen Liz und Max entwickelt sich eine zarte Romanze, während Michael und Maria sich in einer leidenschaftlichen, und oft explosiven, Beziehung wiederfinden.