2002 verknüpfte er das „Projekt 18“ der FDP mit den bis dahin bekannten 18 Opfern des Erfurter Amoklaufes: „Das ist nicht die Art, wie wir uns das Projekt 18 vorstellen.“ Witzel entschuldigte sich in einer Pressemitteilung: "Meine eigentliche Sprachlosigkeit und Trauer angesichts des schrecklichen Ereignisses haben ein gänzlich falsches Ventil gefunden."