Po zajęciu Mandżurii przez Armię Czerwoną odmówił przyjęcia obywatelstwa ZSRR. W swoich publicznych wystąpieniach i kazaniach wielokrotnie dokonywał zdecydowanej krytyki ustroju Związku Radzieckiego i prześladowań Cerkwi Rosyjskiej przez władze. Pozostawał w kontakcie korespondencyjnym z metropolitą Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego poza granicami Rosji Anastazym. Ostatecznie pod długich staraniach Synod Biskupów tegoż Kościoła uzyskał dla niego możliwość wyjazdu do Hongkongu, skąd w 1962 archimandryta Filaret zdołał wyjechać do Brisbane. W roku następnym został biskupem pomocniczym eparchii Sydney, Australii i Nowej Zelandii z tytułem biskupa Brisbane. Dwa lata później został biskupem ordynariuszem nowo powstałej eparchii wschodnioamerykańskiej i nowojorskiej. Wkrótce potem Sobór Biskupów Kościoła wybrał go Pierwszym Hierarchą Kościoła, na miejsce metropolity Anastazego odchodzącego w stan spoczynku.