Původní kostel byl vystavěn v polovině 14. století za branami města na "Horním předměstí", později nazvaném "Nové Město". Původně byl zasvěcen sv. Janu Křtitelovi. Tento původní kostel sloužil jako farní a obklopoval ho hřbitov. Duchovní správu vykonávali johanité, kteří zde měli i svou komendu, a to až začátku do husitských válek, kdy v roce 1421 komenda zanikla. Po skončení husitské revoluce se kostel již filiálním k mladoboleslavskému kostelu Kostel Nanebevzetí Panny Marie. V letech 1590-1623 sloužil kostel rozrůstající se německé luteránské obci. Po bitvě na Bílého Hoře se vrátil opět katolíkům. Za třicetileté války byl kostel poškozen a proto byl v roce 1727 zbarokizován a přestavěn do současné podoby. V letech 1787-1812 sloužil jako kostel pro místní vojenskou posádku, a poté byl v roce 1812 pro zchátralost uzavřen a vyklizen. Hlavní oltář byl přenesen do kostela sv. Havla a kostel se stal skladištěm pro potřeby města. Roku 1816 byly obnoveny bohoslužby a kostel získal nové zasvěcení sv. Janu Nepomuckému. V letech 1902-1904 byla provedena novobarokní úprava fasády s nikami do nichž byly umístěny původní barokní sochy sv. Josefa z roku 1791 a sv. Jana Nepomuckého z 18. století. V letech 1988-2002 proběhla generální rekonstrukce kostela.