Så fulgte to sterke løp med 2.-plasser både i Tyrkia og Storbritannia, før Webber fikk sin aller første seier noensinne med å vinne Tysklands Grand Prix 2009. Ved starten av løpet, var Webber og Barrichello siden om side på vei mot første sving, da Webber slo hjulene sine inn i brasilianeren, noe som ga Webber en gjennomkjøringsstraff for senere. Mark Webber ble den første australske vinneren i Formel 1 på nesten 30 år trass i sin straff underveis i løpet. Webber fulgte opp seieren ved å havne på 3.-plass i Ungarn, noe som sendte han opp på 2.-plass sammenlagt, da lagkameraten Vettel måtte bryte.