À partir de 1633, Pękiel est organiste à la cour royale de Ladislas IV Vasa et assistant de Marco Scacchi, le maître de chapelle royale de Varsovie. Plus tard, il obtient lui-même la charge de ce poste qu'il occupe de 1649 à 1655, année de la prise de Varsovie par les Suédois pendant la période du Déluge. Pękiel, comme tous les membres de la cour, évite de participer activement à la guerre. En exil, il aurait séjourné à Vienne, l'une des capitales musicales de l'époque, nourrie depuis des décennies par des artistes d'Italie du Nord.