Delo Vojaškega vikariata na področju duhovne oskrbe sega v čas osamosvojitvene vojne. V sestavo Teritorialne obrambe je bil vpoklican tudi takratni ljubljanski stolni kaplan Jože Plut. Štiri projektne skupine so pripravljale pravne in praktične podlage za začetek rednega zagotavljanja duhovne oskrbe v Slovenski vojski. Na podlagi Ustave Republike Slovenije in mednarodno sprejetih splošnih človekovih pravic sta bila podpisana sporazuma med Vlado Republike Slovenije in Slovensko škofovsko konferenco za Rimskokatoliško cerkev ter posebej z Evangeličansko cerkvijo. Urejata gmotno oskrbo in kadre. Tako kot v vojskah zahodnih držav in članicah Nata je bila tudi na Slovenskem sprejeta odločitev, da je treba vojaku ponuditi oporo na vseh področjih njegovega življenja. Uvedba redne duhovne oskrbe je dobila pravno podlago tudi v Zakonu o obrambi, Zakonu o službi v Slovenski vojski in v Pravilih službe.