В Войне Алой и Белой розы Фицалан первоначально был на стороне Ланкастеров и в 1459 году за поддержку Генриха VI получил должность хранителя лесов к югу от Трента. В 1460 году он перешёл на сторону Йорков, поддержав своих родичей Невиллов. Граф Арундел сражался во второй битве при Сент-Олбансе 12 февраля 1461 года, где Йорками командовал его шурин, а также в битве при Таутоне 29 марта 1461 года. В 1471 году король Эдуард IV сделал его кавалером Ордена Подвязки. Дважды (в 1471 и 1488 годах) Фицалан становился смотрителем Пяти Портов.