Début 2016, il participe à la Hopman Cup aux côtés de Daria Gavrilova. Lors de la phase de groupe, ils remportent leurs trois confrontations, Kyrgios s'imposant face à Alexander Zverev (4-6, 6-1, 6-4), puis face au 2 mondial Andy Murray (6-4, 7-6) et enfin contre Kenny de Schepper (6-4, 6-4). Ils rencontrent en finale les Ukrainiens Alexandr Dolgopolov et Elina Svitolina contre qui ils s'imposent tous les deux en simple pour remporter le titre. À l'Open d'Australie, il atteint le où il est battu par Tomáš Berdych en quatre manche (3-6, 4-6, 6-1, 4-6).