Die 1420er Jahre brachten dann zwei größere territoriale Veränderungen für Bayern-Ingolstadt. Zunächst musste Ludwig VII. im Bayerischen Krieg (1420–1422) umfangreiche Gebietsverluste hinnehmen: Große Teile des „Landes vorm Gebirg“ von Markt Schwaben bis Wildenwart im Chiemgau fielen an Bayern-München und Bayern-Landshut und auch die Besitzungen auf dem Nordgau gingen bis auf Hersbruck und Hilpoltstein verloren. Johann von Pfalz-Neumarkt und Friedrich von Brandenburg-Ansbach übernahmen gemeinsam Lauf, Parkstein, Weiden, Floß und Vohenstrauß sowie die Grafschaft Graisbach, Johann sicherte sich zudem Sulzbach, Freystadt und Holnstein. Die von ihm kontrollierten Burgen im Münchner Gebiet musste Ludwig abgeben, und auch Donauwörth entzog sich nun seiner Herrschaft. Im Preßburger Schiedsspruch von 1429 konnte er seinen Herrschaftsbereich dagegen wieder ausweiten: Er erhielt Kirchberg, Geiselhöring und Dingolfing im Süden des Straubinger Ländchens, die Anwartschaft auf das verpfändete Waldmünchen sowie das Gebiet um Schärding und Königstein östlich des Inns. Zudem gaben die Münchner Herzöge das von ihnen im Bayerischen Krieg eroberte Markt Schwaben zurück.