V roce 1619 se stala ves majetkem Petra ze Švamberka, po bělohorské bitvě byla opět vrácena. V roce 1621 byly Klučenice těžce poškozeny Marradasovými vojsky, která se snažila dobýt Orlík. Další ztráty a útrapy byly způsobeny vojenskými oddíly roku 1639 a 1640. V 17. století býval ve vsi kromě řádového statku i pivovar. Další pustošící pohromou pro Klučenice byl v roce 1645 přesun švédských vojsk generála Lennarta Torstensona, který zde přešel Vltavu se svými vojsky a přesouval se dále k Jankovu. Tyto válečné útrapy měly za následek zchudnutí kraje. V roce 1646 zde bylo vedeno osm sedláků a sedm chalupníků. O rok později je převorovi zaslaná zpráva o bídě klučenických poddaných, kteří nemají z čeho platit daně. V roce 1720 oheň poškodil velkou část vesnice, včetně původního dřevěného kostela. 15. října 1744 zde opět překročila vojska vévody Lotrinského Vltavu, opět se utábořila v Klučenicích, Chrástu a Voltýřově a způsobila značné škody. Během napoleonských válek vesnice i okolní kraj také utrpěl verbováním a rekvírováním potahů a povozů. Dva z místních sedláků se svými povozy skončili jeden v Lipsku, druhý v Drážďanech.