Sin embargo, la situación cambiaría a partir de 1266, en aquel año, tras ser sofocada la revuelta mudéjar por Jaime I de Aragón, Castilla pasó a controlar la totalidad del Reino de Murcia, incluida la capital. Esto llevó a una paulatina querencia a trasladar instituciones religiosas a esa ciudad, como prueba el privilegio de Alfonso X firmado en Burgos en 1277, en el que ordenó el traslado del Monasterio de Santa María la Real (que había sido fundado por él) desde Cartagena al Alcázar de Murcia.