Quan esclatà la Gran Guerra del Nord després de la coronació de Carles XII, Schlippenbach comandà un regiment de dragons a Livònia, del qual va esdevenir coronel. Quan Carles va aixecar el seu campament d'hivern a Dorpat (actualment Tartu) i es dirigí cap a Riga a principis de 1701, Schlippenbach es va quedar enrere per defensar la frontera de Livònia. Guanyà la batalla de Rauge el 5 de setembre de 1701 per la qual fou promogut a General Major, però va ser derrotat per una força superior russa a les ordres de Boris Sheremetev a Erastfer, el 30 de desembre, i a les batalles de Sagnitz i Hummelshof. El 1703 hagué de transferir bona part de les seves forces per reforçar Lewenhaupt a Curlàndia. Debilitat, no pogué impedir que Narva i Dorpat caiguessin en mans russes el 1704, el mateix any fou nomenat Governador General a Reval (actualment Tallinn).