Während Regensburg Freie Reichsstadt wurde, blieb "Stat am Hoff" ununterbrochen im Herzogtum bzw. Kurfürstentum Bayern. 1322 erließ Kaiser Ludwig der Bayer den Bewohnern für ein Jahr alle Steuern, damit der Ort erstmals mit einer Stadtmauer befestigt werden konnte. Die Maßnahme richtete sich auch gegen die Freie Reichsstadt Regensburg, denn da der Ort am strategisch wichtigen nördlichen Ende der Steinernen Brücke liegt, gab es seitens der Stadt Regensburg seit jeher Versuche, den Vorort einzuverleiben. Schon 50 Jahre später ließ Regensburg im Städtekrieg 1387–1389 Stadtamhof völlig zerstören, um die Festsetzung von potentiellen Feinden zu verhindern. Von 1409 bis 1486 war der Markt an Regensburg verpfändet. In diese Zeit fielen weitere Abbruchmaßnahme im Bereich des Katharinenspitals, denn dort sollte in Vorbereitung auf erwartete Angriffe der Hussiten der nördliche Wehrturm der Steinernen Brücke mit Mauer und Graben umgeben und zu einem schwer einnehmbaren Brückenkopf ausgebaut werden.