После начала восстания 1863 года Зыгмунт присоединился к нему в отряде Мариана Лангевича и принял участие в боях под Хробжем и Гроховиско. После распада отряда Лангевича Минейко был арестован австрийскими властями, но вскоре бежал из краковской тюрьмы и через Пруссию вернулся на родину. На Ошмянщине Зыгмунт возглавил отряд из 28 повстанцев. Однако российские войска разбили его отряд в первом же бою у деревни (ныне в Ивьевском районе Гродненской области) 15 июня 1863 года. Минейко уцелел и укрылся у лесника, но тот выдал его властям. Военный суд вынес Зыгмунту Минейко смертный приговор, приговорив его к повешению.