Da Söhnstetten an einer Handelsstraße lag, marschierten im Dreißigjährigen Krieg immer wieder feindliche und freundliche Truppen durch das Dorf. Für diesen Krieg galt der Grundsatz: Der Krieg ernährt den Krieg. Das bedeutet, dass Truppen von der Bevölkerung des Gebietes versorgt werden mussten. Nach der verlorenen Schlacht der evangelischen Truppen von Nördlingen 1634 plünderten Sieger und Besiegte im ganzen Gebiet. Söhnstetten brannte komplett ab. Die wenigen Überlebenden flohen größtenteils in den Nachbarort Gussenstadt. So wird in etlichen Einträgen der Kirchenbücher Gussenstadts davon berichtet: „1653, den 23. Januar, mussten die hiesigen Einwohner und die der benachbarten Orte wieder die Flucht ergreifen. Häufig verließ die ganze Einwohnerschaft das Dorf. Gussenstadt war, wenn auch von viel Trübsal heimgesucht, doch etwas besser dran. Es konnte sogar vorübergehend für viele Einwohner von Söhnstetten, Altheim und Gerstetten eine Zuflucht sein. […] Die Sterbensrate stieg damals in eine unerhörte Höhe. Räubereien, Erpressungen, Schändungen, Mord und Totschlag, Pest und sonstiges unsagbares Elend kennzeichneten die Zeit des Dreißigjährigen Krieges.“ Erst im Jahre 1657 begann die Wiederbesiedlung Söhnstettens. Vor allem aus den Nachbarorten, aber auch aus der Schweiz und aus Österreich kamen die Menschen wieder zurück.