বন্দী শিক্ষকদের প্রাণ রক্ষার জন্য প্রতিষ্ঠানের অবাঙালি অধ্যক্ষ লে. কর্নেল আমিলকে অনেক অনুরোধ করা সত্ত্বেও তিনি কোন পদক্ষেপ নেননি। মুক্তিযুদ্ধের পুরো সময়টা জুড়ে প্রতিষ্ঠানটি পাকিস্তানি বাহিনীর বন্দিশিবির হিসেবে ব্যবহৃত হতো। সেনানিবাসের বাঙালি সেনা কর্মকর্তা-কর্মচারীদের এবং প্রতিষ্ঠানের শিক্ষকদের স্ত্রী-আত্মীয়সন্তান মিলিয়ে প্রায় ৮০০-৯০০ মহিলাকে বিদ্যালয় ভবনে বন্দি রাখা হয়। ১৯৭১ এর জুনে দখলদার বাহিনী পুনরায় বিদ্যালয় চালু করার চেষ্টা করলেও তাদের প্রচেষ্টা ব্যর্থ হয়।