Авами Лиг получила подавляющее большинство голосов на всеобщих выборах в 1970 году. Но правительство Пакистана отменило результаты голосования. После этого в Восточном Пакистане прошли беспрецедентные акции протеста под руководством Рахмана Муджибура. Выступил одним из организаторов беспорядков 25 марта 1971 года он принял решение эмигрировать в Индию, после того как пакистанская армия начала массовые убийства бенгальского населения. Он стал премьер-министром правительства Бангладеш в изгнании, и занимал данный пост во время Войны за независимость. После того как Бангладеш получил независимость, вернулся в страну 22 декабря 1971 года и стал премьер-министром нового независимого государства. Затем данный пост занял Муджибур Рахман, а Таджуддин Ахмед стал главой министерства финансов Бангладеш. Принимал участие в разработке Конституции Бангладеш. После убийства Муджибура Рахмана 15 августа 1975 года, политическая ситуация в стране изменилась, и Таджуддин Ахмед был арестован 23 августа этого же года. 3 ноября 1975 года он был зверски убит в Центральной тюрьме Дакки, вместе с ещё тремя соратниками по партии.