1561 brann Bochnia ner i en brand och dess saltlager uttömdes vilket ledde till stadens nedgång. Under Karl X Gustavs polska krig hittades staden 1655 av svenskar, 1657 av transylvanier och 1662 av kosacker. Under 1660-talet fanns bara 54 hus kvar i staden. 1702 förstördes staden i det stora nordiska kriget. Bränder orsakade mer skada 1709 och 1751. Bochnia annekterades av Österrike under den första av Polens delningar 1772 och var en del av Galizien tills 1918. Österrikarna rev då ner stadshuset tillsammans med ringmuren. 1867 skapades Powiat Bocheński och då började staden att rustas upp efter de tidigare bränderna. 1886 öppnades ett bibliotek och 1913 öppnade en bio.