Šebrle voitti kultaa myös Wienin sisäratojen EM-kisoista 2002 ja Münchenin ulkoratojen EM-kisoista samana vuonna. Birminghamin sisäratojen MM-kilpailuissa 2003 hän oli kolmas ja samana vuonna Pariisin ulkoratojen MM-kisoissa hopealla. 2004 Budapestin halli-MM -kisoista hän voitti kultaa samoin kuin Ateenan olympialaisissa. Vuonna 2005 Helsingin MM-kilpailuissa hän oli toinen. Vuoden 2006 Moskovan MM-hallikisoissa hän saavutti pronssia. Osakan vuoden 2007 MM-kisoissa Šebrle kävi kovan kamppailun jamaikalaista Maurice Smithiä vastaan, ja voitti lopulta kullan 32 pisteen erolla.