Orașul Brno a cumpărat castelul în 1560 și l-a transformat într-o fortăreață municipală. În anul 1620, după ce au fost înfrânți în Bătălia de la Muntele Alb în data de 8 noiembrie, conducătorii moravi ai insurecției antihabsburgice au fost închiși în castelul Špilberk timp de mai mulți ani. Fortificațiile și bastioanele castelului Špilberk au contribuit la apărarea orașului Brno împotriva incursiunilor suedeze din cursul Războiului de Treizeci de Ani, iar ulterior castelul a fost întărit și mai mult, dobândind o funcție militară decisivă.