La Repubblica di Macedonia rimase in pace durante la guerra civile jugoslava nei primi anni novanta ma fu parzialmente coinvolta nella guerra del Kosovo nel 1999, quando circa 360 000 albanesi si rifugiarono dal Kosovo nel paese. I profughi ritornarono velocemente nella loro regione alla fine della guerra, ma, poco dopo, i radicali albanesi di entrambi i lati del confine presero le armi per rivendicare l'autonomia o l'indipendenza per le aree a maggioranza albanese della Repubblica. Venne combattuta una piccola guerra civile e le etnie albanesi si ribellarono, soprattutto nel nord e nell'est del paese, nel marzo/giugno del 2001. Si arrivò a una conclusione del conflitto con l'intervento di un piccolo contingente di monitoraggio della NATO e con l'impegno del governo a riconoscere culturalmente la minoranza albanese.