В 2002 году кардиналу Мартини исполнилось 75 лет, возраст принудительной отставки в Церкви. Его преемником на посту архиепископа Милана стал кардинал Диониджи Теттаманци. Во время Папского Конклава 2005 года Мартини было 78 лет, и, следовательно, он имел право голосовать за нового понтифика. В течение многих лет часть католиков считала, что именно кардинал Мартини может быть избран папой. Однако после смерти Иоанна Павла II, большинство специалистов сошлись во мнении, что его избрание маловероятно, принимая во внимание его либеральную репутацию и то, что он страдает от болезни Паркинсона. Тем не менее, если верить газете "La Stampa", Мартини в ходе первого голосования на Конклаве получил большее количество голосов, чем кардинал Йозеф Ратцингер, будущий папа римский Бенедикт XVI (40 против 38). Правда есть и другие описания Конклава: например, анонимный кардинальский дневник сообщает, что Мартини никогда не набирал более дюжины голосов, в отличие от другого кардинала-иезуита, Хорхе Марио Бергольо из Буэнос-Айреса, и именно поэтому быстро отозвал свою кандидатуру.