Talvisodan aikana Virkki toimi ensin siirtoväen työtupa- ja kotiteollisuustarkastajana. Jatkosodan aikana hänet kutsuttiin Aunuksen piirin työtupa- ja kotiteollisuustarkastajaksi vuosiksi 1941–1944. Ompelu- ja korjaustöiden ohella kansanomaisesta käsityön tallentamisesta ja elvyttämisestä muodostui yksi työtupien keskeisimmistä tehtävistä. Sota-ajan materiaalipula raamitti työtupien toimintamahdollisuuksia, mutta toisaalta pakotti uusiin oivalluksiin ja kokeiluihin. Aunuksessa vietettämiensä vuosien aikana Virkki alkoi perehtyä syvemmin karjalaiseen käsityöperinteeseen, ja siten vuodet Aunuksessa ovat koko hänen uransa kannalta merkittävässä roolissa. Tuolta ajalta ovat peräisin myös hänen käsityökokoelmansa ensimmäiset noin 300 esinettä.