След влизането си в състава на флота, на 5 август 1942 година, корабът отплава за островите Чуюк, където адмирал Исороку Ямамото го назначава за флагмански кораб на Обединения флот. След като Ямамото е убит на 18 април 1943 година при специална операция на американските военновъздушни сили, по време на кампанията при Соломоновите острови, тленните му останки са върнати в Япония на борда на „Мусаши“. През май 1943 г. е включен в състава на съединението, предназначено за противодействие на Алеутската десантна операция на флота на САЩ, но японците се забавят с разгръщането на своите сили, и операцията, в крайна сметка, се налага да бъде отменена. Корабът се завръща в Чуюк на 5 август 1943 г. и остава там до 10 февруари 1944 година. Единствените му действия през това време са плаване до Маршаловите острови, при което не среща американски сили. На 29 март 1944 г., отплавайки от Чуюк „Мусаши“ успешно се отклонява от атаките на американската палубна авиация, но получава попадение от торпедо в носовата част, което е изстреляно от американската подводница „Тъни“. Корабът приема 3000 тона вода, жертвите сред екипажа са 18 души и се връща в Япония за ремонт и модернизация на противовъздушната отбрана. Ремонтът е проведен в Куре до конца април. На 19 – 23 юни „Мусаши“, заедно с „Ямато“, участва в сражението във Филипинско море, но не постига никакви резултати.