Eine mit der Kirche eng verbundene Lateinschule ist in Wil ab 1269 nachweisbar. Sie wurde im frühen 19. Jahrhundert zur Realschule umgestaltet. Zahlreiche junge Männer aus Wil absolvierten ab dem späten Mittelalter ein Universitätsstudium, im 15. und frühen 16. Jahrhundert am häufigsten in Heidelberg und Erfurt. Die Reformation wurde ab 1528 vom Zürcher Schirm- und Vierortehauptmann der Fürstabtei, Jakob Frei, gefördert und 1529/30 eingeführt, indes nach dem Zweiten Kappelerkrieg 1531 durch die Bürgerschaft von Wil, unterstützt von den katholischen Schirmorten, wieder rückgängig gemacht. Gegen Ende des Dreissigjährigen Kriegs tagte der eidgenössische Kriegsrat im Städtchen und einigte sich 1647 auf die als Defensionale von Wil bezeichnete Wehrordnung. Die Toggenburger Wirren rückten im Zweiten Villmergerkrieg erneut Wil in den Vordergrund: 1712 wurde die Stadt beschossen und zur Kapitulation gezwungen. Zürcher und Berner hielten sie bis zum Frieden von Baden im Juni 1718 besetzt. Im September konnte der alte Landesherr wieder in den Hof einziehen. Dem 1717 im Exil gewählten Fürstabt Joseph von Rudolphi, der im Frieden erfolgreich verhandelt hatte, leisteten die Stadtbürger nun erstmals den Huldigungseid.