Jüan Š´-kchaj se narodil 16. září 1859 v Siang-čchengu, v provincii Che-nan do vojenské rodiny. Během dětství mu bylo poskytnuto tradiční konfuciánské vzdělání, a ačkoliv se později snažil o nalezení své profese ve státních službách, nedokázal úspěšně složit císařské zkoušky. Tento fakt vedl k jeho rozhodnutí vstoupit do armády – konkrétně do Chuajské armády (armády, která sloužila k potlačení Tchaj-pchingského povstání). Za pomocí rodinných kontaktů byl schopen zabezpečit si místo v Čchingské brigádě v Tcheng-čou.