Kesän 1917 kirkkomellakoiden yhteydessä Kivikoski puhui Jean Boldtin kannattajien valtaamassa Helsingin tuomiokirkossa. Hänet pidätettiin ja asetettiin syytteeseen, mutta syksyn levottomuuksien johdosta tapausta ei ehditty käsittelemään. Sisällissodan syttyessä Kivikoski oli vatsahaavan vuoksi hoidettavana Marian sairaalassa, josta päästyään hän liittyi maaliskuun alussa Helsingin punakaartiin ja toimi kansliatehtävissä Helsingin työväentalolla. Helsingin taistelun jälkeen Kivikoski joutui ilmiannon perusteella valkoisten vangitsemaksi. Kivikoski sai valtiopetoksesta 4 vuoden vankeustuomion, josta hänet kuitenkin armahdettiin. Myöhemmin 1920–1930-luvuilla Kivikoski oli mukana Suomen Rauhanliiton ja Suomen Antimilitaristisen Liiton toiminnassa.