Incendié lors des guerres hussites, le monastère est abaonndé durant plus de trente ans, puis végète pendant dplus de deux siècles. Au début du , l'abbatiale, actuelle église de l'Assomption de Sedlec, est entièrement rebâtie et les bâtiments conventuels sont reconstruits, sous la direction de l'architecte . Elle est achevée par Jan Blažej Santini-Aichel. Les fresques baroques du réfectoire sont l'œuvre de .