Lors des championnats d'Europe de natation de Berlin en où le nageur décide de se concentrer sur le 200 et 400 m nage libre, la question de sa forme physique se pose très rapidement, à l'issue de son élimination en séries du 400 m nage libre dès le premier jour. Une question qui prendra de l'ampleur le jour suivant au terme de performances délicates sur les séries et demi-finales du 200 m nage libre qui est pourtant sa discipline favorite. En effet le Français, champion olympique et du monde en titre sur la distance, ne se qualifie en finale qu'avec le . Le lendemain, lors de la finale, Agnel parvient cependant à obtenir la médaille de bronze avec un chrono de 1 min 46 s 65 derrière le Serbe Velimir Stjepanović (1 min 45 s 78) et son rival allemand Paul Biedermann (1 min 45 s 80). Deux jours plus tard, Agnel termine sa compétition par une quatrième place au titre du relais 4 × 200 m nage libre avec ses équipiers Lorys Bourelly, Jérémy Stravius et Clément Mignon.