Vom Beginn des Zweiten Weltkriegs im September 1939 bis zum 5. Juni 1940 kommandierte er die 2. Armee, dann die 4. Armeegruppe "(groupe d'armées n° 4)" in den Ardennen, zu der die 2. und 4. Armee zusammengefasst wurden. Der neue Regierungschef Marschall Philippe Pétain übertrug ihm die Waffenstillstandsverhandlungen und schließlich die Unterzeichnung der Vereinbarungen mit Deutschland und Italien. Diese faktische Kapitulation erfolgte am 22. Juni 1940 zwischen den Generalen Wilhelm Keitel und Huntziger in dem historischen Waggon von 1918 auf der Lichtung von Rethondes im Wald von Compiègne und am 24. Juni 1940 in Rom gegenüber den italienischen Streitkräften. Danach wurde er Leiter der französischen Vertretung bei der deutschen Waffenstillstandskommission in Wiesbaden.