Nazi-Sovyet Sınır ve Dostluk Antlaşması'ndan hemen sonra Sovyetler Litvanyalılara Sovyet-Litvanya Karşılıklı Yardım Anlaşmasını imzalamaları için baskı yaptı. Bu antlaşmaya göre, Litvanya'daki beş Sovyet askeri üssü (toplam 20.000 asker) karşılığında Vilnius Bölgesi'ndeki (Litvanya'nın tarihi başkenti Vilnius dahil topraklar. Litvanya'nın Sovyetler Birliği'nden aldığı bölgeler, Polonya ve Litvanya'nın 1920 Polonya-Litvanya Savaşı zamanından beri Polonya ile Litvanya arasında tartışılan ve Sovyetler Birliği tarafından Eylül 1939'da Polonya'nın Sovyet işgali sonrasında işgal edilen İkinci Polonya Cumhuriyeti'nin eski bölgeleriydi. Sovyet-Litvanya Antlaşması, "New York Times" tarafından "sanal bağımsızlık kurbanı" olarak tanımlandı. Benzer paktlar Letonya, Estonya ve Finlandiya'ya da önerildi. Finlandiya, böyle bir antlaşmayı reddeden tek devletti ve bu da Kış Savaşı'nı ateşledi. Bu savaş Litvanya'nın işgalini erteledi: Sovyetler Litvanya'nın içişlerine karışamadı ve Rus askerleri üslerinde problemlere sebebiyet veremedi. Kış Savaşı Mart ayında sona erdiğinde ve Nazi Almanyası Fransa Muharebesi'nde hızla ilerlerken, Sovyetler Litvanya karşıtı söylemini artırdı ve Litvanyalıları Sovyet askerlerini üslerinden kaçırmakla suçladı. Litvanya'nın meseleleri müzakere etme ve çözme çabalarına rağmen, Sovyetler Birliği 14 Haziran 1940'ta bir ültimatom yayınladı. Litvanyalılar ültimatomu kabul ettiler ve Sovyet ordusu 15 Haziran'a kadar büyük şehirlerin kontrolünü ele geçirdi. Ertesi gün Letonya ve Estonya'ya aynı ültimatomlar verildi. İşgali meşrulaştırmak için Sovyetler Halk Seimas'ı seçtiler ve daha sonra Litvanya Sovyet Sosyalist Cumhuriyeti'nin kurulmasını ilan ettiler. Bu, Sovyet propagandasının Litvanya'nın gönüllü olarak Sovyetler Birliği'ne katıldığını iddia etmesi ile devam etti.