Zwischen dem 26. Juni 1938 und dem 30. Juli 1940 war Hanson Gouverneur von Amerikanisch-Samoa. Er griff kaum in die dortigen Geschehnisse ein und ließ die Einheimischen nach ihren Traditionen leben. Während des Zweiten Weltkrieges kommandierte er das Kriegsschiff USS Indianapolis, das im Pazifik eingesetzt war und später unter einem seiner Nachfolger versenkt wurde. Nach seiner Beförderung zum Konteradmiral wurde er Kommandeur des 15. Marinebezirks, der in der Panamakanalzone lag. Später kommandierte er eine Gruppe von Schlachtschiffen. Im August 1945 wurde er Kommandeur in Pearl Harbor. Sein letzter Rang in der Marine war der eines Vizeadmirals. Edward Hanson starb am 18. Oktober 1959 in San Diego.