Si bien el convento continuó perteneciendo a la "orden dieguina" durante los primeros años del siglo XIX y aún a pesar de la inestabilidad política en que se encontraba el país, fue finalmente que durante la Intervención estadounidense en México, hacia el año de 1847, los frailes de la orden se vieron obligados a desalojar su convento, ya que a los fuertes y resistentes muros del edificio fueron destinados como cuartel del ejército mexicano, lugar de sitio de resistencia, así como de defensa de la ciudad en contra el invasor estadounidense, cuya posición estratégica tenía el fin de cortar el avance a éstas tropas hacia la capital. Los hechos acontecieron el 20 de agosto de 1847, y a este episodio de la guerra se le conoce como la Batalla de Churubusco, en donde las tropas mexicanas junto con el Batallón de San Patricio (formado por desertores del ejército estadounidense, así como de origen irlandés) pelearon con el objetivo de detener el avance del enemigo hacia la Ciudad de México, intentado cortar el paso de éste hacia la Calzada de Tlalpan a través del Río Churubusco. Fue en este lugar en donde una vez terminado el combate ante la falta de municiones por parte del ejército mexicano, y tomada la plaza por las tropas estadounidenses, el General Pedro María Anaya formula la histórica frase realizada ante el General invasor David Twiggs: "Si hubiera parque, no estaría usted aquí..".