コブラ台風発生時、米艦隊は12月15日に行われたミンドロ島上陸作戦の掩護のため14日～16日にかけてルソン島空襲を行ったばかりで、19日に予定されていた次のルソン島攻撃のため、17日・18日にはフィリピン東方沖に一時後退して消耗した弾薬や燃料を補給する予定だった。しかし17日昼頃から天候が悪化し、小型艦への給油に困難を伴う状況になっていた。戦艦ニュージャージーに座乗するハルゼー大将以下第38任務部隊司令部もこの天候悪化を認識し気象情報の収集を行ったが、この時期としては普通の熱帯低気圧であり、さらに17日中に北へ進路を変えて艦隊から離れるだろうとの予報が有力だった。