Сезон 1961 года ознаменовал 1,5-литровую эру в Формуле-1. Джим Кларк получил возможность принять участие во всех Гран-при сезона. Дважды за сезон Джим приехал на подиум, а внезачётная гонка в По была им выиграна. На Гран-при Италии 1961 года Джим Кларк столкнулся с Вольфгангом фон Трипсом. Машина Трипса вылетела в толпу зрителей, и Вольфганг, а также 15 наблюдавших за гонкой, погибли. Кларк же оказался в шоковом состоянии, но не был травмирован и смог принять участие в американском Гран-при. В общем зачёте Джим Кларк стал седьмым. После этого он выиграл три внезачётные гонки в Южной Африке.B году Колин Чепмен построил Lotus 25 — одну из лучших машин в истории Формулы-1. На этой машине Джим Кларк провёл полный сезон. Он был одним из претендентов на титул, выиграл три гонки, но сход при старте с поула на Гран-при Южной Африки лишил Кларка шансов титул: чемпионом стал Грэм Хилл («BRM»). Но уже в Джим Кларк выиграл семь гонок из десяти и стал чемпионом мира. Никто другой просто не был претендентом на титул: даже занявший второе место Грэм Хилл отстал от Джима на 27 очков. Кроме чемпионата мира, Джим Кларк выиграл пять внезачётных гонок, а также гонку в «ChampCar», посвящённую памяти Тони Беттенхаузена, погибшего в Индианаполисе в 1961. В гонке «500 миль Индианаполиса», прошедшей до этого, Кларк стал вторым.