После провала Радикальной партии на парламентских выборах 1958 года, где она выступала единым списком с Республиканской партией, Паннелла в 1959 году призвал к объединению всех левых сил для формирования нового правительства, в том числе и с участием коммунистов. В 1965 году он возглавил движение за легализацию разводов в Италии, которое неожиданно для многих завершилось триумфальным успехом. В 1968 году был арестован в Софии за участие в акции протеста против ввода войск Варшавского договора в Чехословакию, в том же году впервые провёл голодовку протеста. С 8 сентября 1973 года по 28 марта 1974 года Паннелла издавал ежедневную газету Liberazione, в тот же период Радикальная партия начала борьбу за легализацию абортов и лёгких наркотиков, но долгая борьба за разрешение абортов привела к референдуму 17 мая 1981 года, на котором 67,9 % избирателей высказались против. В разные годы Паннелла возглавлял XIII округ Рима, входил в коммунальные советы нескольких городов (в том числе Рима и родного Терамо), в региональные советы Лацио и Абруццо.