I årene etter frykt for indianske opprør, som Túpac Amaru IIs opprør i 1780-83, og under kommersielt og nasjonalistisk press fikk visekongene støtte mot Chile og Argentinas interesser. Visekongedømmet i Perú ble det siste stedet monarkistyrkene holdt i Sør-Amerika. Til slutt bukket det under for José de San Martín (1820-1823) og Simón Bolívars (1824) felttog. Mens San Martín ledet det militære landfelttoget, startet den nybygde chilenske marinen under Lord Thomas Cochrane et sjøfelttog mot den spanske marinen i Stillehavet. San Martín, som hadde fordrevet rojalistene i Chile etter slaget ved Maipú, og som hadde gått i land ved Paracas i 1820, erklærte Perús selvstendighet 28. juli 1821. Fire år senere vant Simón Bolívar en liten men moralsk viktig seier i slaget ved Junín. Senere samme år var det spanske monarkiet endelig slått etter slaget ved Ayacucho, som ofte regnes som selve slutten på uavhengighetskrigene.