A 2006-os szezon volt Schumacher visszavonulása előtti utolsó éve a Formula–1-ben. A szezon első versenye jól sikerült, hisz Bahreinben a második helyet szerezte meg az élről rajtolva. Ezután Malajziában a hatodik helyen ért csak a célba, csapattársa, Felipe Massa megelőzve őt az ötödik lett. Az ausztrál nagydíjon kiesett. Három verseny után 11 pontja volt és 18 ponttal volt lemaradva az éllovas Alonsótól, de Schumacher nem adta fel, és megnyerte az ezt követő két futamot. Mindkét versenyen a második helyet szerezte meg Alonso, így csak 4 pontot tudott rajta hozni. Monacóban megszerte az első rajtkockát, de az utolsó körében az autója az ideális íven megállt, emiatt Alonso nem tudott használható időt autózni. A FIA szándékosnak találta Schumacher cselekedetét, ezért a rajtrács végéről kellett rajtolnia. A szűk utcai versenyen, amelyen igen nehéz előzni, parádés autózással sikerült felérnie az ötödik helyre. A kanadai nagydíj után a hátránya 25 pont volt már Alonsóval szemben. Schumacher az elkövetkező három versenyt (Indianapolis, Magny-Cours, Hockenheim) megnyerte, aminek segítségével hátrányát 11 pontra csökkentette. A francia nagydíjon indulhatott utoljára forma 1-es pályafutása során az élről. Ezután következett a magyar nagydíj. Alonso kerékcseréje véget vetett a pilóta versenyének, mivel az egyik szerelő rosszul helyezte be a kerékanyát. Schumacher gumijai már teljesen elkoptak, de nem volt hajlandó kijönni a bokszutcába. Pár körrel később kiesett a versenyből Heidfelddel való ütközése miatt, és a kilencedik helyet szerezte meg, de mivel Robert Kubica és autójának súlya kisebb volt az előírt minimumnál, őt kizárták, s így Schumachert a nyolcadik helyre rangsorolták, és ezzel egy pontot szerzett.