Maria Fisker est régulièrement sélectionnée dans les équipes de jeunes du Danemark. Elle termine sixième au championnat d'Europe des moins de 17 ans, remporte une médaille de bronze au championnat du monde des moins de 18 ans et finit à la du championnat d'Europe des moins de 19 ans. Elle connait sa première sélection en équipe senior le . Son premier tournoi majeur est le championnat du monde 2011 au Brésil, aux côtés d'autres débutantes de la nouvelle génération danoise que sont Sandra Toft, Stine Jørgensen et Louise Burgaard. Elle inscrit 23 buts en neuf matchs lors de cette compétition que le Danemark termine à la quatrième place. Privée du championnat d'Europe 2012 en Serbie à cause d'une blessure au coude, elle participe ensuite au championnat du monde 2013 en Serbie. Pendant le tournoi, elle marque 28 buts en neuf matchs, remporte la médaille de bronze et est élue dans l'équipe-type de la compétition. Au championnat d'Europe 2014, elle est élue dans l'équipe-type du tournoi.