Während des Laotischen Bürgerkriegs hielt Rattikone engste Verbindungen zum amerikanischen Botschafter William H. Sullivan und dem CIA-"station chief" Ted Shackley. Mit deren Unterstützung rebellierte er im April 1964 gegen Phoumi Nosavan. Endgültig wurde dieser im Februar 1965 ins Exil nach Thailand gezwungen. In den Jahren 1965–69 war Rattikone Oberkommandierender der Streitkräfte und fungierte in der nördliche Militärregion als eine Art Warlord. Er war ein Verbündeter des ebenfalls von der CIA unterstützten Hmong-Generals Vang Pao.