Варвоглис преследовался за свои политические убеждения в годы диктатуры генерала Метаксаса. Трудные годы тройной, германо-итало-болгарской оккупации Греции, Варвоглис прожил в Афинах. После освобождения страны силами народно-освободительной армии, и последовавшей сразу за этим британской военной интервенции в декабре 1944 года, Варвоглис, вместе с тысячами сторонников и просто симпатизирующих левым освободительным силам греков, был заключён в британские концентрационные лагеря.