Después de participar en la Copa de Oro de la Concacaf 2011 con México, Hernández regresó al Manchester United para comenzar los entrenamientos de pretemporada en Nueva York para el Juego de Estrellas de la Major League Soccer 2011. Fue hospitalizado el 26 de julio de 2011 previo a dicho partido, aún que fue dado de alta al día siguientese perdió el resto de la pretemporada y la primera jornada de la temporada. El 28 de julio de 2011, Rafael Ortega, el médico de Chivas, informó al Manchester United que Hernández sufría de una enfermedad neurológica preexistente. Ortega también explicó que Hernández había sufrido de "migrañas agudas" y dolores de cabeza cuando era adolescente.