Frere havde knap indtaget embedet som højkommisær før han blev konfronteret med alvorlige problemer med indfødte i Zululand og i grænseområdet til Xhosaerne i Kapkolonien. Der var et alvorligt oprør i 1877 blandt galekaerne og gaikaerne. Det krævede en betydelig styrke af imperielle og kolonielle tropper for at bekæmpe oprøret, og krigen blev senere kendt som den niende xhosakrig. Den berømte xhosahøvding Sandili mistede livet under krigen. Efter krigen sluttede blev Transkei, eller territoriet til galekastammen, som var ledet af Kreli, annekteret af briterne. Mens krigen fremdeles foregik, gik lord Carnarvon af fra sin stilling i den britiske regering, og hans planer for konføderation blev opgivet.