Неудачное начало сезона-2006 было связано с трудностями, вызванными привыканием к новой машине. Рубенс в первых четырёх гонках с трудом набрал 2 очка, однако ближе к концу чемпионата набирал очки регулярно. Свой первый сезон в «Хонда» Баррикелло закончил на седьмом месте, почти вдвое уступив Баттону по количеству набранных очков. Лучшим достижением стали четвёртые места в Монако и Венгрии. После ухода Монтойи этого оказалось достаточно, чтобы занять седьмое место по итогам сезона.