Мармадюк был ранен в сражении при Шайло, где он командовал 3-м пехотным полком Конфедерации, что вывело его из строя на несколько месяцев. В октябре 1862г, военное ведомство предоставило ему звание бригадного генерала. Его первый бой, как командир бригады был в битве Прейри Гров. В апреле 1863 года, он отправился с 5000 солдат и десятью пушками в Миссури с целью освободить свой штат. Тем не менее, он потерпел поражение в битве у мыса Жирардо и вынужден вернуться в Хелена, штат Арканзас.