Младший сын наваринского героя, адмирала графа Логина Петровича Гейдена, родился года в крепости Свеаборг (Нюландская губерния). Род его отца происходил из вестфальских дворян, в XVII веке переселившихся в Нидерланды, в 1790 году получивших графское достоинство Священной Римской империи и с 1795 года состоявших на русской службе. Мать — датчанка Анна Ивановна Аккелей (1778, Копенгаген — 1855 Ревель). Его старший брат — Логин Логинович Гейден (1806—1901), адмирал, член Государственного совета (1895).