Kostel sv. Jakuba je poprvé připomínán ve zprávě středověkého letopisce Beneše Minority o nejstarším klášteře ve městě v roce 1233. Byl založen pražským biskupem Janem II. z Dražic jako klášterní kostel mnichů františkánů-minoritů. Konventní stavby s kostelem sv. Jakuba vznikly jako součást městského opevnění. Jaká byla základní dispozice kostela kostela není známo, lze se pouze domnívat, že kostel stál na jihu, zatímco konventní budovy na severu objektu. K přestavbě došlo nejpozději na konci 14. století, kdy byl kolem roku 1390 klášter bohatě obdarován Ješkem Kamenickým z Čakovic. Za husitské revoluce v roce 1421 byl objekt zdevastován a po jejím skončení znovu obnoven. Po jeho zničení během třicetileté války ležel původní kostel dlouho v ruinách. V letech 1662–1667 došlo k první pobělohorské přestavbě. Dále v roce 1714 se konvent, zničený ohněm rychle opravoval spolu s kostelem, jehož úpravy se šíří blížily zásadní přestavbě. V roce 1715 byl takřka dokončen presbytář a pokračovalo se i v pracích na lodi kostela, která měla být brzy dokončena. Došlo v té době uzavření kontraktu s nejmenovaným architektem, zřejmě Octaviem Broggiem, který projekt roku 1716 zjednodušil. Minorité se pustili do opravy kláštera a pustili se do opravy konventu. Dnešní pozdně barokní podobu, která je připisována Octaviu Broggiovi, získal kostel v letech 1730–1740. K svěcení kostela došlo však až po smrti stavitele v roce 1750; v roce 1752 byla dostavěna loď a definitivně byl dokončen roku 1758 za současného osazení oltáře sv. Anny.