В 2001 году он был избран командиром Армии национального освобождения ("Ushtria Çlirimtare Kombëtare"), которая начала военные операции на севере Республики Македонии. Тогда он действовал под псевдонимом "Abaz Xhuka". После окончания военных действий и подписания Охридского соглашения Ахмети начал свою политическую деятельность. В 2002 году он основал политическую партию под названием Демократический союз за интеграцию, которая в том же году участвовала на парламентских выборах. Партия стала успешной, получив наибольшее количество голосов среди албанских партий (16 %). Ахмети получил мандат члена парламента, а его партия сформировала коалицию с Социал-демократическим союзом. В 2008 году партия Ахмети снова сформировала коалицию, на этот раз с ВМРО-ДПМНЕ. То же самое произошло после очередных парламентских выборов 2011 года, несмотря на несколько меньший процент голосов за Демократический союз за интеграцию.