Ерата на барока се появява в началото на XVII век. Сигизмунд III Ваза става известен патрон на изкуството. Архитект Джовани Тревано под негово ръководство работи в Краков и преработва църквата „Св. св. Петър и Павел“ в бароков стил. През онзи период Старият град е разрушен 2 пъти по време на Шведската инвазия. Към края на XVII век са построени църквите „Св. Ана“ и „Св. Казимир“ (известна с катакомбите си).