Francesco V dovette compiere la terza, e ultima, fuga da Modena, l'11 giugno 1859, sette giorni dopo Magenta, mentre l'esercito austriaco abbandonava la Lombardia per portarsi sotto le fortezze del Quadrilatero. Il duca si rifugiò, come precedentemente, a Mantova, in attesa degli eventi. Il 14 giugno l'esercito modenese, in tutto circa 3 800 uomini, lasciava il territorio dell'ormai ex-ducato. Al contrario di quanto accadde con le truppe parmensi, che furono sciolte pochi giorni prima a Gualtieri, quelle estensi vennero riorganizzate in una brigata operativa detta Estense così suddivisa: