במאה ה-12 עלה במצרים שלטון הממלוכים ששלטו בה עד המאה ה-16. הסולטנות הממלוכית הנשלטה על ידי עבדים שרובם היו ממלוכים (עבדים-לוחמים שהתאסלמו). מרכז הסולטנות היה בקהיר, והיא השתרעה במשך מרבית זמן קיומה גם על ארץ ישראל ועל סוריה. ראשית השלטון הממלוכי ב-1250, כאשר גדוד ממלוכי בשירות השושלת האיובית הביס את הצלבנים בקרב מנצורה ועצר את מסע הצלב השביעי. כשהבינו הקצינים הממלוכים שאין בכוונת הסולטאן האיובי החדש אלמלך אלמועט'ם תוראן שאה להעניק לממלוכים פרס על כך שהביסו את הצלבנים, חיסלו קוטוז וביברס את הסולטאן וייסדו למעשה את השושלת הבחרית. סגנו של קוטוז, קצין בשם אייבכ נשא לאשה את פילגשו של הסולטאן אל-מלכ אל-צאלח איוב, שג'ר אל-דור והפך לסולטאן הממלוכי הראשון. בני הזוג שלטו יחדיו, עד שבהתקף זעם רצחה שג'ר אל-דור את אייבכ. לאחר ששג'ר א-דור רצחה את אייבכ, תפס קוטוז את המלוכה. ב-1260 יצא הסולטאן קוטוז עם צבאו לבלום את פלישתו של מונגקה חאן המונגולי. קוטוז הצליח להביס את הצבא המונגולי בקרב עין ג'אלות (מעיין גוליית – הוא מעיין חרוד). זמן קצר אחרי הקרב, רצח ביברס את קוטוז ועלה לשלטון. ביברס היה המחוקק שקבע את דמותה של ממלכת הממלוכים עד אחריתה, כ-250 שנה מאוחר יותר. במשך 17 שנות שלטונו קיצץ אט-אט במה שנותר מממלכת ירושלים הצלבנית. בשנים 1347–1382 סבלה האימפריה הממלוכית, כמו יתר העולם מן המגפה השחורה והשלכותיה. אין מספר מדויק למתים, אך לפחות מאות-אלפים מתו במרחב המזרח התיכון. גם מקורות גיוס העבדים התדלדלו באופן חמור. הממלוכים פנו לרכישת ילדים-עבדים מן הבלקן ובעיקר מן העמים הצ'רקסים של הקווקז. בשנת 1382 עלה לשלטון הסולטאן הצ'רקסי הראשון - ברקוק, אשר ייסד את השלטון הממלוכי הבורג'י (כיוון שמרכזה היה בבורג' - מצודת קהיר). ברקוק שלט שמונה שנים וממותו ואילך, במשך 125 שנה, התחלפו בשלטון סולטאנים צ'רקסים בתדירות גבוהה. בשנת 1453 עלה הסולטאן אל-אשרף לשלטון, אל-אשרף כונן יחסים חמים עם האימפריה העות'מאנית שכבשה באותן שנים את קונסטנטינופול, כיבוש אשר גרם לעושר רב במצרים. עם זאת, עם מינויו של חשק'דם כסולטאן ב-1463 התגלעה מחלוקת בין מצרים לאימפריה העות'מאנית ושני הצדדים ניהלו קרבות מדי פעם. שלטונם של הממלוכים במצרים הסתיים בשנת 1517 לאחר שזו נכבשה על ידי האימפריה העות'מאנית.