אף על פי שהשיג רוב, הליגה לא הוזמנה על ידי החונטה הצבאית השלטת להקים ממשלה. עם התפרצות מרי אזרחי ברחבי מזרח פקיסטן, מוג'יבור הודיע בעקיפין על עצמאות בנגלדש במהלך נאום ב-7 במרץ 1971. ב־26 במרץ 1971, הגיב צבא פקיסטן להפגנות ההמוניות במבצע "חיפוש אורות", במסגרתו נעצר ראש הממשלה הנבחר מוג'יבור הוטס לבידוד במערב פקיסטן ואילו אזרחים בנגלים, סטודנטים, אינטלקטואלים, פוליטיקאים ועריקים צבאיים נרצחו במסגרת רצח העם הבנגלי בשנת 1971. במהלך היעדרותו של מוג'יבור, בנגלים רבים הצטרפו למוחטי בהייני והביסו את הכוחות המזוינים הפקיסטניים במהלך מלחמת השחרור של בנגלדש. לאחר עצמאות בנגלדש, מוג'יבור שוחרר ממעצר פקיסטני בגלל לחץ בינלאומי וחזר לדאקה בינואר 1972 לאחר ביקור קצר בבריטניה והודו.