Litvinenko on väittänyt historioitsija Juri Felštinskin kanssa kirjoittamassaan kirjassa "Venäjä kuilun partaalla – turvallisuuspalvelut demokratian uhkana", että vuonna 1999 tapahtuneet yli 300 henkeä vaatineet kerrostalojen räjäytykset Venäjällä olivat todellisuudessa FSB:n järjestämiä. Venäjä perusteli räjäytyksillä oikeuttaan uuteen hyökkäykseen Tšetšeniaan. Kirjassa väitetään myös, että Venäjän salainen palvelu järjesti lukuisia salamurhia ja sieppauksia.