За часів Шведського потопу, польсько-російської війни 1654–1667 рр. та Великої Північної війни 1700–1721 рр. Мяркінє сильно постраждало від нападів російської та шведської армій та втратило своє колишнє значення. У 1707 та 1708 роках Мяркінє відвідував Петро І. У 1676 році гетьман Михайло Казимир Пац заснував у Мяркінє єзуїтську місію, яку у 1755 році перетворив на резиденцію. З 1696 року при єзуїтському монастирі діяла школа. У 1742—1746 роках єзуїти збудували дерев'яний костел Святого Хреста.