De herkatholisering tijdens de Dertigjarige Oorlog leidde ertoe dat Praag verdedigd moest worden door studenten van zowel het Carolinum als het Clementium. Het verlies van de Slag op de Witte Berg in 1620 leidde ertoe dat de nieuwe koning in Bohemen, Ferdinand II, alle hussieten en niet-katholieken uit de stad verdreef. Tot aan de Eerste Wereldoorlog zou de hussitische beweging en Tsjechische identiteit gedomineerd worden door katholieke en Duitse invloeden. Het Carolinum werd vanzelfsprekend ook katholiek gemaakt. In 1621 werden 27 protestantse studenten en docenten geëxecuteerd, waaronder de toenmalige rector Jan Jesenius.