Ev sahibi olduğu 2001 Copa América'da şampiyonluk elde eden Kolombiya, o yıl bu başarıyı ilk kez gösterdi. Bu başarısı dolayısıyla katıldığı 2003 FIFA Konfederasyonlar Kupası yarı finalinde Kamerun'a yenildikleri maçta Marc-Vivien Foe saha içinde yere yığılarak hayatını kaybetmişti. Üçüncülük maçını Türkiye ile oynayan Kolombiya, maçı 2-1 kaybederek turnuvayı 4. sırada tamamladı. 2002 FIFA Dünya Kupası elemelerinde Güney Amerika grubunda play-off oynayacak 5.'liği aynı puanda olmasına rağmen averajla Uruguay'a kaptıran Kolombiya, 6. sırada kalarak kupaya gidemedi. Bu elemelerin ardından oynanan 2004 Copa América'da ise yarı finalde Arjantin'e, üçüncülük maçında ise Uruguay'a kaybeden Kolombiya, bu turnuvayı da 4. sırada tamamladı. 2006 FIFA Dünya Kupası elemelerinde de 1 puan farkla Uruguay'ın gerisinde kalarak 6. oldu ve bir kez daha kupaya katılmak için play-off maçı oynama hakkını elde edemedi.