Le SNP se démarque également par ses positions singulières sur les questions de défense, et notamment sa volonté affichée de renoncer au feu nucléaire, considéré comme inhumain par sa capacité à tuer sans discrimination. De plus le SNP critique régulièrement le poids financier de la dissuasion nucléaire, proposant, à la faveur d'une renonciation, de réinvestir les fonds libérés dans l'éducation ou le développement économique. Cette controverse, ainsi que la volonté de affichée du SNP de retirer l'Écosse de l'OTAN fut un élément de friction très important lors de la campagne référendaire : en effet, le site militaire de Faslane (lieu de stockage des sous-marins nucléaires britanniques) emploie près de , et ce chiffre devrait atteindre le 8000 à l'horizon 2020. l'enjeu était donc une forte perte d'emploi en plus de poser la question de leur futur emplacement : aucun site ni en Angleterre ni au Pays de Galles n'a les atouts de l'actuel site. Le SNP a immédiatement exclu la possibilité pour le gouvernement britannique de louer l'emplacement à une possible Écosse indépendante.