Manuel Machado compose plusieurs œuvres sacrées, mais il est mieux connu pour ses "cantigas" et romances profanes à 3 et 4 voix de style maniériste. Malheureusement, très peu de ses œuvres ont survécu (la plupart d'entre elles ont été détruites lors du tremblement de terre de Lisbonne en 1755).