Сотрудничество с К. А. Раухфусом на несколько лет было прервано. В апреле 1877 года началась Русско-турецкая война . Вскоре усилиями лютеранских общин города при Евангелическом женском госпитале, располагавшемся рядом с больницей принца Петра Ольденбургского на Лиговской улице в доме 4, был сформирован Евангелический полевой госпиталь для оказания помощи раненым. Он был укомплектован персоналом лютеранского вероисповедания, и Ю. П. Серк оказался одним из приглашённых туда ординаторов. Уже в июне 1877 года госпиталь в составе армии генерала М. Д. Скобелева принял боевое крещение, оказывая медицинскую помощь в кровопролитных боях возле Систолова (Болгария). До последнего дня госпиталь находился в гуще основных событий этой войны. Через руки его врачей, среди которых Ю. П. Серк занимал одно из ведущих мест, прошли тысячи раненых русских солдат и офицеров.