Podczas najazdu szwedzkiego założenie klasztorne zamieniono na koszary. Potem zniszczenia dopełnił pożar miasta w 1863. W czasie restauracji w 1894 kaplica nakryta została dachem siodłowym, zamkniętym szczytami z wnękami. Projekt architektoniczny restauracji kaplicy, jak i kościoła, wykonał krakowski architekt Sławomir Odrzywolski-Nałęcz.