7 февраля 1998 года в матче Золотого кубка КОНКАКАФ против сборной Гондураса Меркадо дебютировал за сборную Мексики. В 2001 году Сихифредо принял участие в Кубке Америки. На турнире он сыграл в поединках против сборных Бразилии, Парагвая, Перу, Чили, Уругвая и Колумбии. В 2002 году Габриэль был включен в заявку национальной команды на участие в чемпионате мира в Японии и Южной Кореи. На турнире он сыграл в матчах против Эквадора, США и Хорватии. Сразу после окончания первенства Меркадо завершил карьеру в сборной.