Не поддержал Тарговицкую конфедерацию, но не отказался от командования малопольской дивизией. В 1794 году был лишен чина генерал-майора. В начале восстания под руководством Тадеуша Костюшко находился в Варшаве. В июне 1794 года Николай Чапский из-за плохого здоровья и угрозы конфискации родовых имений в Королевской Пруссии, входившей в состав Пруссии, стал добиваться разрешения на выезд на лечение в Карловы Вары. В августе 1794 года покинул Варшаву и остановился во Вроцлаве на лечение.