১৯৬৮-৬৯ খ্রিষ্টাব্দের গণঅভ্যুত্থানসহ বিভিন্ন রাজনৈতিক অস্থিরতার জন্য নটর ডেম কলেজের পাঠদান কার্যক্রম ব্যাহত হয়। ১৯৭১ খ্রিষ্টাব্দে মুক্তিযুদ্ধকালে নটর ডেম কলেজের অধ্যক্ষের দায়িত্ব পালন করছিলেন রিচার্ড উইলিয়াম টিম। যুদ্ধকালে পরিস্থিতি সম্পূর্ণ স্বাভাবিক রয়েছে বলে অন্যান্য শিক্ষা প্রতিষ্ঠানের মতো নটর ডেম কলেজেও নিয়মিত কার্যক্রম চলমান রাখার জন্য সরকার থেকে নির্দেশ দেয়া হয়। কিন্তু ছাত্র অনুপস্থিতির জন্য প্রতিষ্ঠান বন্ধ রাখা হয়। এসময় ১৯৬০ খ্রিষ্টাব্দে চালু হওয়া বি.এস.সি কোর্স বন্ধ করে দেওয়া হয়। যুদ্ধের সময় শেষ কয়েক সপ্তাহ প্রতিষ্ঠানটির প্রাঙ্গণ রেডক্রস-জাতিসংঘের সুরক্ষিত স্থান হিসেবে ব্যবহৃত হয় এবং জাতিসংঘের ৪৪জন কর্মকর্তা প্রতিষ্ঠানটিকে তাদের নিরাপদ আশ্রয়কেন্দ্র হিসেবে বেছে নেন। ১৯৭১ খ্রিষ্টাব্দে ১৪ ডিসেম্বর ঢাকা মেডিকেল কলেজ হাসপাতালের তরুণ দুইজন চিকিৎসক আজহারুল হক ও হুমায়ূন কবিরকে আল বদর বাহিনীর সদস্যরা বাড়ি থেকে তুলে নিয়ে নির্যাতন করে হত্যা করে এবং নটর ডেম কলেজের পাশে লাশ ফেলে রাখে। ১৯৫৪ থেকে ১৯৭১ খ্রিষ্টাব্দ পর্যন্ত কলেজে আই.কম বন্ধ থাকে, পরবর্তীতে তা আবার চালু করা হয়। ১৯৭২-৭৩ শিক্ষাবর্ষ থেকে বি.এস.সি কোর্সের বদলে দিবা ভাগে বি.কম কোর্স চালু হয়।