Apesar da rendição oficial, houve um movimento de resistência local significativo contra a ocupação japonesa. Os elementos do exército filipino continuaram sua atividade e puderam libertar todos, exceto 12 das então 50 Províncias das Filipinas, enquanto outros grupos, como o Hukbalahap, também estavam envolvidos. Enquanto no exílio, o Presidente Manuel Quezón continuou a representar as Filipinas até sua morte por tuberculose em 1944. As forças americanas sob o comando do general MacArthur retornaram em outubro de 1944, começando com o desembarque anfíbio em Leyte.