Nach dem Zweiten Villmergerkrieg im Jahr 1712, der durch die Zweite Schlacht von Villmergen entschieden wurde, teilten die siegreichen reformierten Orte im Frieden von Aarau das Freiamt in zwei Hälften. Die schnurgerade Trennlinie führte von der Kirche in Oberlunkhofen zum Galgen in Fahrwangen und verlief mitten durch Boswil. In den oberen Ämtern durften die katholischen Orte zwar noch mitbestimmen, doch in den unteren Ämtern regierten nur noch die reformierten Orte Bern, Zürich und Glarus im Verhältnis 7:7:2. Ausserdem wurde das reformierte Bern auch in die Mitherrschaft in den oberen Ämtern aufgenommen. Die strategisch wichtigen Flussübergänge in Mellingen und Bremgarten standen wie das untere Freiamt ausschliesslich unter Bern, Zürich und Glarus.