После боевых действий в Южной Осетии в августе 2008 года (позднее в СМИ они упоминались как «пятидневная война»), приведших к тому, что Россия признала независимость Абхазии и Южной Осетии, Гамкрелидзе стал одним из главных инициаторов досрочных президентских выборов в Грузии. Политик возложил вину за развязывание войны и её последствия лично на Саакашвили: по словам Гамкрелидзе, именно президент принимал решение о применении силы и «ответственен за то, что диалог с Сухуми и Цхинвалом стал невозможен или — в лучшем случае — отдалился на неопределённое время». В декабре 2008 года Гамкрелидзе и лидер «Республиканской партии» Давид Усупашвили официально оформили соглашение о политическом альянсе. Они подчеркнули, что главной его целью станет вывод страны из политического, экономического и военного кризиса путём «смены власти» в результате свободных и справедливых выборов. Лидеры нового альянса подтвердили свою готовность сотрудничать с другими политическими силами в рамках широкой коалиции. Весной 2009 года Гамкрелидзе принимал участие в митингах на улицах Тбилиси. Оппозиционное объединение «Альянс для Грузии» распалось летом 2010 года, просуществовав 15 месяцев.