Когда в 1771 году в Москве началась эпидемия чумы, Собакин, в августе этого года назначенный помощником руководителя борьбой с эпидемией П. Д. Еропкина, не предпринял никаких мер, закрывшись в собственном доме. После чумного бунта, во время которого был убит архиепископ Амвросий, императрица Екатерина II обвинила во всём случившемся Собакина, отстранила его 1 января 1772 года от службы и предала опале. От всего произошедшего здоровье поэта пошатнулось, и спустя год он скончался.