Le territoire est rapidement colonisé par l'Espagne qui lui donne le nom de Nouvelle-Grenade. De nombreuses villes sont fondées dont Santafe de Bogota (l'actuelle capitale de la Colombie) en 1538. Les Amérindiens sont massacrés ou soumis au régime de l’"encomienda". Des Africains sont amenés pour servir de main-d'œuvre servile, notamment dans les mines d'or du Chocó. Devenue une partie de la vice-royauté de Nouvelle-Grenade en 1717, le pays connaît d'importants soulèvements à partir de 1810 à la faveur de l'affaiblissement de la métropole lors de la Guerre d'indépendance espagnole. Grâce à la guerre menée par le "" Simón Bolívar ces révoltes aboutissent à l'indépendance de la totalité de la vice-royauté en 1819, malgré une reconquête temporaire par la métropole.