Dopo quattro anni in Benetton Fisichella ritorna alla Jordan per le stagioni e . Nel campionato pilota la EJ12 e il suo compagno è il giapponese Takuma Satō. Guadagna punti solo in Austria, a Monaco, in Canada e in Ungheria dove ottiene il quinto tempo in qualifica. Conclude quattro gare fuori dalla zona punti, non prende parte al Gran Premio di Francia e si ritira otto volte di cui una per incidente e sette per problemi alla vettura. Con sette punti conquistati è undicesimo nel mondiale. Il secondo anno, al volante della Jordan EJ13, viene affiancato inizialmente dall'irlandese Ralph Firman e poi dall'ungherese Zsolt Baumgartner. Dopo il ritiro nei primi due gran premi, in Australia e in Malesia per problemi meccanici, partecipa al Gran Premio del Brasile sul difficile Circuito di Interlagos. A causa di un forte temporale la partenza viene rinviata ed effettuata un quarto d'ora dopo dietro la safety car. Fisichella grazie a una buona condotta di gara riesce a non essere coinvolto in nessuna collisione, effettua i pit-stop al momento giusto e quando la direzione di gara espone la bandiera rossa per sospendere la gara per i numerosi incidenti dovuti alla pioggia torrenziale si trova in testa al Gran Premio. A causa di un errore di cronometraggio e conteggio dei giri viene dichiarato vincitore Kimi Räikkönen con Fisichella secondo. In seguito la FIA si accorge dell'errore e, con cinque giorni di ritardo, dichiara Fisichella vincitore e organizza una nuova cerimonia di premiazione in occasione del Gran Premio di San Marino, la settimana seguente. Nei rimanenti gran premi della stagione colleziona altri sette ritiri e conquista un punto al Gran Premio degli Stati Uniti a Indianapolis. Chiude la stagione al dodicesimo posto con dodici punti.