In 1656 brak de Eerste Villmergeroorlog uit, na een mislukte poging van protestantse zijde onder leiding van Zürich de confederatie te herstructureren. Deze slag werd door de katholieken gewonnen. De tweede slag van Villmergen in 1712 (bij Toggenburg) werd echter gewonnen door de protestanten, die vanaf toen de confederatie overheersten. Een volledige herstructurering bleek echter niet mogelijk, doordat de individuele belangen van de dertien kantons te ver uit elkaar lagen en de kantonnale besturen alle pogingen tot centralisatie van het gezag en de doorvoer van een modernere bureaucratie tegenhielden.