W listopadzie 1997 w Ghom publicznie poparł ruch reformatorski kierowany przez Mohammada Chatamiego. Wezwał jego przeciwników, by nie sprzeciwiali się reformom, a do nowo obranego prezydenta zaapelował, by zrezygnował z urzędu, gdyby Najwyższy Przywódca Ali Chamenei blokował jego polityczne projekty. Wzywał do tworzenia partii politycznych i wycofania się duchowieństwa z kierowania polityką kraju, by nowe organizacje mogły lepiej wyrażać życzenia wyborców. Zaatakował również samego Chameneiego, sugerując, że nie był on prawdziwym wielkim ajatollahem. Po tym wydarzeniu został osadzony w areszcie domowym (już wcześniej jego działania były obserwowane przez irańskie służby). Mógł natomiast okazjonalnie wypowiadać się na bieżące tematy polityczne, wzywał m.in. do wznowienia relacji dyplomatycznych ze Stanami Zjednoczonymi. Po wyborach prezydenckich w Iranie w 2009 stwierdził, że państwo nie było republiką islamską, a wojskową. W tym samym roku ajatollah zmarł; na jego pogrzebie doszło do antyrządowych protestów i zamieszek.