1940 war Badoglio wie Graziani, Italo Balbo und Carlo Favagrossa ein entschiedener Gegner eines italienischen Kriegseintritts an der Seite Hitlerdeutschlands. Mussolini beteiligte sich jedoch am Krieg, freilich erst nachdem sich die Niederlage Frankreichs abgezeichnet hatte. Badoglio trat im Verlauf des desaströsen italienischen Feldzugs gegen Griechenland als Generalstabschef der Streitkräfte zurück. Sein Nachfolger wurde Ugo Cavallero.