Hussilaissotien aikaan katolinen Brno asettui tukemaan kuningas Sigismund Luxemburgilaista, ja hussilaiset epäonnistuivat toistuvasti yrittäessään valloittaa kaupunkia vuosina 1428 ja 1430. Myöhemmin samalla vuosisadalla Brno kannatti Böömin kuninkaaksi Unkarin kuningas Matias Corvinusta hussilaisen Yrjö Poděbradylaisen sijaan. Myöhemmin 1500-luvulla Brno kääntyi hiljalleen protestantismin suuntaan. Vuonna 1619 se liittyi epäonnistuneeseen kapinaan Habsburgeja vastaan, mutta tätä seuranneessa kolmikymmenvuotisessa sodassa se onnistui puolustautumaan Ruotsia vastaan 1643–45.