Antes de la elección legislativa israelí de 1988, Netanyahu regresó a Israel y se unió al partido Likud. En las elecciones internas del Likud, Netanyahu se colocó en quinto lugar en la lista del partido. Más tarde fue elegido como miembro de la Knéset en la 12ª Knéset, y fue designado como viceministro del ministro de Relaciones Exteriores Moshe Arens, y más tarde David Levy. Netanyahu y Levy no cooperaron y la rivalidad entre los dos solo se intensificó posteriormente. Durante la conferencia de Madrid de 1991, Netanyahu fue uno de los miembros de la delegación israelí encabezada por el primer ministro Yitzhak Shamir. Después de la conferencia, Netanyahu fue nombrado designado como viceministro en la Oficina del Primer ministro de Israel.