През 2000 година Божидар Димитров издава книгата „Десетте лъжи на македонизма“ на български и на македонска литературна норма, в която прави опит да обобщи и обори основните тези на северномакедонската историография. Книгата предизвиква широк обществен отзвук и в двете страни, а македониста Георги Радулов в отговор пише „Кой фалшифицира историята? Година след излизането на книгата на Божидар Димитров във свой труд академик Блаже Ристовски признава, че във временната управа на Крушевската република не е имало единствено македонци по националност. По повод честванията на 100 години от Илинденско-Преображенското въстание през 2003 година в Република Македония започва издаването на автентични документи и книги, недвусмислено доказващи българския произход на видни личности от Македония. Професор Иван Катарджиев издава двата тома на Освободителните борби на Македония от Христо Силянов и „Спомените на Иван Михайлов“. Зоран Тодоровски участва в издаването на съвместно издание между институциите на двете държави на „Дневника на Кръсте Мисирков“ и сборник от документи на Тодор Александров. Иван Катарджиев, Зоран Тодоровски, Антонио Милошоски частично или напълно признават българското национално самосъзнание на родени в Македония българи. Под ръководството на Блаже Ристовски през 2009 година МАНУ прави опит да издаде „Македонска енциклопедия“ в два тома. Изданието е пълно с неистини и манипулации и предизвиква негативни реакции на Балканите, във Великобритания, САЩ и в други държави, поради което е спряно от печат.