С января 1989 года — первый заместитель Министра обороны СССР. Находясь в служебной командировке на Кавказе в апреле 1989 года и узнав там о массовой демонстрации в Тбилиси, предложил Министру обороны СССР Д. Т. Язову свою кандидатуру для помощи командованию округа. Прибыл в Тбилиси и организовал вытеснение митингующей толпы из центра города, сопровождавшееся человеческими жертвами (во время Тбилисских событий погибло 19 человек. Комиссией А. А. Собчака утверждалось, что все они были зарублены солдатами сапёрными лопатками, но впоследствии были опубликованы данные, что из 19 погибших — 18 человек погибли от сдавливания в толпе и затаптывания бегущими людьми).