En 1988, durante la Intifada, Israel cerró el Orient House «por razones de seguridad» y prohibió que la OLP desarrollara actividades allí. Estas se reanudaron casi cuatro años más tarde, en 1991-1992, cuando Faisal Huseini la volvió a alquilar. Gracias a las aportaciones de donantes extranjeros, rehabilitó el edificio y creó servicios en Jerusalén al margen del gobierno israelí, de la red institucional islámica y de la Autoridad Palestina. Después de la Conferencia de Paz de Madrid en 1991, en el Orient House se empezaron a atender reclamaciones de palestinos a los que se les había incautado sus tierras, se les había demolido sus casas o confiscado sus documentos de identidad. Huseini intentaba crear una municipalidad palestina paralela en Jerusalén Este, que se encargaría de organizar la educación, renovar escuelas, y desarrollar infrastructuras como el suministro de agua y de electricidad.