Fernandes ha participat, representant Portugal, en onze Olimpíades d'escacs en els anys 1980 i 2012 (cinc cops com a 1r tauler), amb un resultat de (+67 =43 –57), per un 53,0% de la puntuació. El seu millor resultat el va fer a les Olimpíada del 1992 en puntuar 7 de 9 (+5 =4 -0), amb el 77,8% de la puntuació, amb una performance de 2612, i que li significà aconseguir la medalla de bronze individual del segon tauler.