Au , le prince-évêque Jules Echter von Mespelbrunn, pour servir la Contre-Réforme, procède à l'expulsion des protestants, des juifs et à de meurtrières chasses aux sorcières. Par ailleurs, il fonde en 1579 le Juliusspital et l'université de Wurtzbourg en 1582. L'évêque Philipp Adolf von Ehrenberg mène des procès en sorcellerie de 1626 à 1630 : sur 900 accusations, il fait brûler 200 personnes. Au cours de la guerre de Trente Ans, les domaines de l'évêché, un membre de la Ligue catholique ont été ravagés plusieurs fois. En 1633, le chancelier de Suède, Axel Oxenstierna, a confié à Bernard de Saxe-Weimar les évêchés de Wurtzbourg et de Bamberg en tant que « duc de Franconie » ; toutefois, le général perd la bataille décisive de Nördlingen contre les Impériaux.