גל ההתנכלויות המשיך ביתר שאת לתוך המאה ה-20, על רקע נסיבות רבות, מגוונות ומשולבות אחת בשנייה. צמיחת הציונות והתגובות העוינות לה בעולם הערבי, צמיחת הלאומיות הערבית, הקולוניאליזם האירופי, התפוררות האימפריה העות'מאנית ותעמולה פאשיסטית שימשו כדלק נוסף להסתת הציבור הערבי כנגד הקהילות היהודיות. לאלה התווספה אנטישמיות מסורתית כלפי יהודים, שמתוארים בקוראן בתור אלה שהפנו גב למוחמד בראשית דרכו וסילפו את התנ"ך כדי להקשות על מאמינים אחרים, ולעיתים הצליחו מבחינה כלכלית יותר מהאוכלוסייה המוסלמית המקומית. בין הפרעות כנגד קהילות יהודיות באמצע המאה ה-20, בשנים שבהן החל זרם העזיבה ההמוני של מדינות ערב, ניתן למנות את הפרהוד, פרעות טריפולי, פרעות עדן, פרעות חלב (1947), פרעות אוג'דה וג'ראדה, ועוד.