Zmena prišla na konci 90. rokov s príchodom Vladimira Putina. Ako prezident je najvyšším predstaviteľom bezpečnostných síl Ruskej federácie a ozbrojené sily sú mu priamo zodpovedné. Počas jeho vlády sa ozbrojené sily začali modernizovať. Zamerali sa predovšetkým na modernizáciu ponoriek a menších lodí, ktoré majú skôr slúžiť pre účel obrany pobrežných vôd. V roku 2008 sa najvyšší ruskí predstaviteľa rozhodli urýchliť proces modernizácie ozbrojených síl. Dôvodom boli nedostatky nielen v zastaranej technike, ale aj logistike alebo koordinácii, ktoré sa prejavili počas päťdenného konfliktu v Gruzínsku. Tieto reformy spôsobili vznik, napríklad jednotiek špeciálneho určenia Specnaz alebo vzdušno-výsadkového vojska (VDV).