Toujours selon Carrère, Klebnikov considérait également, tout comme l'oligarque Boris Bérézovski, ou encore l'ancien agent du FSB Alexandre Litvinenko, les attentats de 1999 en Russie comme l'oeuvre des services secrets russes, le FSB : il s'agirait d'un coup monté destiné à justifier devant l'opinion la Seconde guerre de Tchétchénie.