Die Kathedrale durchlebte über die Jahre verschiedene Zweckentfremdungen. Ihre Nutzung als Kirche endete nach dem Pogrom von Schuschi im März 1920. Während der sowjetischen Periode wurde sie erst als Getreidespeicher und dann als Garage genutzt. Während des Bergkarabachkonflikts ab 1989 nutzten aserbaidschanische Kräfte die Kathedrale als Lagerhaus für GRAD-Munition, und beschädigten sie bis Mai 1992, als Schuschi durch armenische Einheiten zurückgewonnen wurde.