Августа 2008. године, након избијања рата између Грузије и Јужне Осетије, Багапш је био врховни заповедник снага Абхазије. Абхазија се током рата сврстала на страну Јужне Осетије и на тај начин растеретила свог савезника; сада су грузијске снаге морале да се боре на два фронта. Након интервенције против грузијске војске у корист Абхазије и Јужне Осетије, Грузија више није имала икакав надзор над двема покрајинама. Абхаска влада је 21. августа председнику Медведеву, Савету Федерације и Думи упутила молбу за признање, што су ови једногласно прихватили 25. августа.