במשך תקופה ארוכה התנדנדה המלחמה ללא הכרעה, עד שהמצביא הספרטני ליסנדרוס הנחיל לצי האתונאי תבוסה מוחצת בקרב אייגוספוטמוי, ובמרץ 404 לפנה"ס נכנעה אתונה לאחר מצור קצר. הספרטנים לא שעו לתחנוניהם של חלק מבעלי בריתם להחריב את אתונה כליל, והסתפקו בתנאי שלום נוקשים שנועדו להבטיח שאתונה לא תוכל עוד לתקוף ערים אחרות. אתונה ויתרה על כל האימפריה שלה פרט לאטיקה וסלמיס, הצי האתונאי פורק, וכל האזרחים שהוגלו מהעיר הוחזרו אליה. לאחר שקיבלו האתונאים את תנאי הכניעה באפריל 404 לפנה"ס, נכנס הצי של ליסנדרוס לפיראוס, והחומות הארוכות נותצו לצלילי חלילים. ליסנדרוס ביטל את הדמוקרטיה האתונאית, וייסד במקומה משטר פרו-ספרטני (שלטון השלושים).