Ōnishi commet le suicide rituel ("seppuku") dans ses quartiers le à la suite de la capitulation inconditionnelle du Japon à la fin de la Seconde Guerre mondiale. Dans sa note de suicide, il présente ses excuses auprès des quelque pilotes qu'il a envoyés à la mort et exhorte tous les jeunes civils qui ont survécu à la guerre à travailler à la reconstruction du Japon et à la paix entre les nations. Il déclare également qu'il offre sa mort comme pénitence aux pilotes "kamikaze" et à leurs familles. En conséquence, il n'a pas recours à un "kaishakunin" (second) et meurt au bout de 15 heures des blessures qu'il s'est infligées.