Les Incas se rebelleront tout de même plusieurs fois, notamment en 1536 sous le commandement de Manco Inca. La ville de Vilcabamba devient le centre d'un noyau de résistance inca qui y subsistera jusqu'en 1572. La résistance aura un sursaut aux ; le plus important épisode sera celui de Túpac Amaru II en 1780, toujours avec l’objectif avorté de restaurer l’empire inca.