Arkaainen kausi oli saaren ensimmäistä kukoistuskautta. Theralaiset perustivat Kyrenen siirtokunnan nykyisen Libyan alueelle vuonna 631 eaa. saatuaan tähän kehotuksen Delfoin oraakkelilta. Peloponnesolaissodan alussa 431/430 eaa. Thera oli Ateenan liittolainen. Ateenan hävittyä Aigospotamoin taistelun vuonna 405 eaa. kaupunki ja saari päätyivät Spartan alaisuuteen. Vuodesta 376/375 eaa. Thera oli jälleen Ateenan liittolainen Makedoniaa vastaan, mikä päättyi Khaironeian taisteluun vuonna 338 eaa.