След Деветнадесетомайския преврат в 1934 година и удара срещу ВМРО Атанасов е интерниран в Ловеч. След Деветосептемврийския преврат в 1944 година Атанасов се укрива в село Заграде. Обкръжен от милицията, Атанасов оказва съпротива и е тежко ранен в гръбнака. Съден е на носилка от така наречения Народен съд в 1945 година. Убит е с кирки в двора на Неврокопския затвор.