Во время нашествия Чингисхана (1219—1220 гг.) для осады города было направлено 25-тысячное войско с 50 тыс. среднеазиатских пленников. Героическая оборона Худжандской крепости и расположенного недалеко от него острова на Сырдарье под руководством Тимурмалика составляет одну из ярких страниц в истории освободительной борьбы таджикского народа. В результате монгольского нашествия Худжандская крепость была разрушена. По сообщению историка Хофиза Абру, в начале XV века крепость лежала в руинах. По сведениям Захириддина Бабура уже в конце XV века крепость была восстановлена и являлясь резиденцией местного правителя.