Dále jsou udáváni zde jako kazatel Jan Novokolínský roku 1609, roku 1624 pak Jakub Petroselius, syn pastora třebíčského. Ještě v době po Bitvě na Bílé hoře však na čas byla fara nekatolickou. Tehdy obsluhovali farníci z Červené Lhoty i fary v Beneticích a Chlumu. Po vydání Obnoveného zřízení zemského však byli nekatolíci v celé monarchii stíháni a i z Červené Lhoty byly nekatolíci vyhnáni, pokud nepřešli na víru katolickou. Fara byla následně zrušena a vesnice přifařena k Třebíči. Kaplan tehdy měl dojíždět z Třebíče do vesnice jednou za dva týdny v neděli. V roce 1670 pak byla fara přidělena do Kamenice a roku 1673 opět přifařena k Třebíči. Pod třebíčskou správou zůstala až do roku 1785, kdy byla po předchozí přestávce opět obnovena, farářem se tehdy stal P. Josef Scheiner. Téhož roku byly založeny také obecní matriky.