En 1568, les Hollandais se soulèvent contre Philippe II d'Espagne menant à la guerre de Quatre-Vingts Ans. La guerre entre l'Espagne et l'Angleterre éclate également. En 1580, Philippe II devient roi du Portugal et l'union ibérique ainsi créée devient l'État le plus puissant d'Europe. Les troupes de Philippe envahissent les importantes cités commerciales de Bruges et de Gand. Anvers, alors le port le plus important du monde tombe en 1585. La population protestante reçut l'ordre de quitter la ville et la plupart émigra à Amsterdam. Celle-ci était composée d'artisans expérimentés, de riches marchands et de réfugiés fuyant les persécutions religieuses comme les Juifs séfarades chassés d'Espagne et du Portugal puis plus tard les huguenots français. Les Pères pèlerins passèrent également du temps dans la ville avant de partir pour le Nouveau Monde. Cette intense immigration fut l'un des facteurs de l'expansion de la ville, d'un petit port en 1585, Amsterdam devint rapidement l'un des pôles financier et économique les plus importants au monde. Après la destruction de l'Invincible Armada en 1588, le commerce maritime connut une expansion fulgurante.