Gran part de la segona meitat del va estar ocupada per les Guerra de les Dues Roses entre els aspirants al tron, les cases de Casa de Lancaster i Casa de York. El castell va ser assetjat de nou en 1460, aquesta vegada per les forces Yorkistas. Es va danyar la torre amb foc d'artilleria, però només es va rendir quan Enric VI d'Anglaterra va ser capturat a la batalla de Northampton. Amb l'ajuda de Richard Neville, setzè comte de Warwick i conegut com el «creador de reis», ("The Kingmaker"), Enric va recuperar el tron per un breu període en 1470. No obstant això, Eduard IV aviat va reprendre el control i Enric VI d'Anglaterra va ser empresonat a la Torre de Londres, on probablement va ser assassinat. Durant les guerres, es va fortificar la torre per suportar les bales del canó, i se li va proveir de llacunes per als canons i les armes de foc. Es va crear un recinte amb aquesta finalitat al sud de Tower Hill, que no ha perdurat.