Gustavo Nery pelasi koko uransa Brasiliassa lukuun ottamatta lyhyitä jaksoja saksalaisessa Werder Bremenissä ja espanjalaisessa Real Zaragozassa. Brasilian maajoukkueessa hän pelasi yhdeksän A-maaottelua vuosina 2004–2006. Hän oli voittamassa Etelä-Amerikan mestaruutta Copa Américassa 2004 ja edusti Brasiliaa myös Maanosaliittojen cupissa 2001.