Die jetzige Henauer Kirche ist um das 15. Jahrhundert errichtet worden. In der Reformationszeit durften die katholischen Pfarrer in Henau, nachdem die Bauern sich gegen den Zehnten wehrten, zwischen 1527 und 1541 keine Gottesdienste mehr abhalten. Anschliessend durften beide Konfessionen die Kirche bis zum Bau der eigenen reformierten Kirche in Niederuzwil im Jahre 1871 verwenden. Dennoch sind mehrere Konflikte zwischen den Katholiken und Reformierten bekannt, welche teilweise gewalttätig wurden. So gab es 1707 bei Auseinandersetzungen an einem Kirchweihabend einen Todesfall und zwei Schwerverletzte. 1709 kam der evangelische Schulmeister um, im Gegenzug wurde der katholische Pfarrer gefangen genommen, das Pfarrhaus geplündert und der katholische Schulmeister ermordet. Zwei weitere Männer verloren ihr Leben. Während des Toggenburgerkriegs 1712 wurde Henau geplündert und verbrannt.