O scădere semnificativă a populației a rezultat în urma invaziei mongole din 1241 și foametei ulterioare. Cu toate acestea, în perioada medievală, zona Slovaciei actuale era caracterizată prin imigrație germană și evreiască, orașe înfloritoare, construcția numeroaselor castele de piatră și cultivarea artelor. În 1465, regele Matia Corvin a fondat a treia universitate a Regatului Ungariei, la Pressburg (Bratislava, Pozsony), dar ea a fost închisă în 1490 după moartea sa. Husiții s-au stabilit și in regiune dupa războaiele husite.