По време на хуситските войни, част от гражданите поддържа хуситите, особено по време на похода на Ян Жижка към Златокорунския манастир и Прахатице през 1420 г. По това време Прахатице е търговски конкурент на Нетолице и има монопол над търговията със сол. През 1468 г. крал Иржи от Подебради дарява града с правото на провеждание на ежегоден панаир на деня на Свети Вацлав, което става четвъртото право за ежегоден панаир, притежавано от града. През същата година градът е зает от военачалника Индржих Роубик от Хлаватце, поддръжник на Рожемберките, противоставящи се на краля; който установява тук своята военна база.