Иако рођен у Босни и Херцеговини, Прелџић је прихватио позив да заигра за репрезентацију Словеније. Са репрезентацијом Словеније до 20 година је освојио бронзану медаљу на Европском првенству 2006. у Измиру. За сениорску репрезентацију Словеније је играо током лета 2008. у квалификацијама за Олимпијске игре у Пекингу.