En 1801, désormais alliée de la France républicaine, l’Espagne envahit l’Alentejo avec l’appui du corps expéditionnaire français du général Leclerc. L'intervention a surtout pour objectif d‘obliger Lisbonne à rompre ses liens privilégiés avec le Royaume-Uni. Après avoir subi les défaites d’ et de Campo-Maior, le Portugal est contraint de demander la paix le . Cette guerre est appelée la « guerre des Oranges » parce que l’avant-garde espagnole victorieuse a offert à son chef, le Premier ministre et généralissime Manuel Godoy, deux branches d’orangers cueillies dans les jardins de la place d’Elvas demeurée au pouvoir des Portugais jusqu’à la fin du conflit. Par la paix de Badajoz, le , le Portugal est contraint de se fermer aux Britanniques, de payer une indemnité aux Français, d'importer leurs tissus au détriment des tissus britanniques, et de céder aux Espagnols le district d’Olivença (qu’il ne récupérera jamais, même après les traités de 1815 qui prévoyaient pourtant sa rétrocession par l’Espagne). Mais le prince Jean VI de Portugal fait trainer l'application du traité en longueur, et refuse de rompre l'alliance avec le Royaume-Uni. En 1804, Napoléon envoie à Lisbonne comme ambassadeur le général Andoche Junot, futur duc d’Abrantès, qui est davantage un homme de guerre qu’un diplomate et qui abandonne son poste dès 1805 pour aller servir dans la Grande Armée victorieuse à Austerlitz.