Aufgrund der ungewohnten Schwäche in den technischen Disziplinen (in jener Saison bis zu diesem Zeitpunkt keine Platzierung im Slalom und ein 21. Platz als bestes Ergebnis im Riesenslalom) legte sie eine mehrwöchige Pause ein und ging erst Mitte Januar 2013 bei den Speed-Rennen in St. Anton wieder an den Start. Nach dem Sieg in der Abfahrt von Cortina d’Ampezzo siegte sie – angesichts des bisherigen Saisonverlaufs etwas überraschend – auch im Riesenslalom von Maribor. Am 5. Februar 2013 stürzte sie bei der Weltmeisterschaft in Schladming im Super-G schwer und zog sich einen Kreuzbandriss und einen Innenbandriss im rechten Knie zu. Damit war für sie die Saison vorzeitig beendet. Ein zunächst befürchteter Bruch des Schienbeinkopfes erwies sich bei einer zweiten Untersuchung als Haarriss. Obwohl sie an keinem Rennen mehr teilnehmen konnte, gewann sie den Abfahrtsweltcup mit einem Punkt Vorsprung auf Tina Maze. Vonn ist damit die erste Skirennläuferin überhaupt, die sechsmal in Folge dieselbe Disziplinwertung für sich entscheiden konnte.