Po bitvě na Bílé hoře se stal českým místokrálem a byla mu svěřena správa Čech s úkolem potrestat účastníky odboje, vojensky zemi okupovat a rekatolizovat. Jako místodržitel se stal faktickým pánem Čech a při výkonu své moci se značně obohatil nejen finančními transakcemi, ale i levným nákupem zkonfiskovaných panství, která připojil k lichtenštejnskému dominiu. To se již dříve rozšířilo jeho sňatkem s Annou Marií z Boskovic i sňatkem jeho bratra Maxmiliána s její sestrou Kateřinou o Boskovice, Černou Horu, Bučovice, Plumlov a Prostějov.