Au , le chef mongol Gengis Khan, jadis vassal des Jurchens, se souleva contre la dynastie Jin. Lors de la conquête mongole de la dynastie Jin qui s'ensuivit, les soldats du Khan évitèrent de lancer des attaques directes contre les fortifications Jin. Au lieu de cela, quand ils le pouvaient, les Mongols lançaient simplement des chevauchées qui contournaient les longs-murs. C'est ainsi qu'en 1211, les Mongols ont contourné la puissante forteresse de Zhangjiakou et infligé une terrible défaite aux armées Jin lors de la bataille de Yehuling. Les Mongols ont également profité du ressentiment persistant des Khitans contre les Jin; les défenseurs d'origine khitane des garnisons réparties le long des murs des Jin, tels que ceux de Gubeikou, préféraient souvent se rendre aux Mongols plutôt que de les combattre. Le seul engagement majeur ayant eu lieu à proximité de la Grande Muraille des Jin se déroula au col de Juyong, qui était fortement défendu. Au lieu d'en faire le siège, le général mongol Jebe attira les défenseurs dans une embuscade, avant de franchir les portes ouvertes du col fortifié. En 1215, Gengis Khan a assiégé, pris et saccagé Yanjing, la capitale des Jin. La dynastie Jin finit par s'effondrer après le siège de Caizhou en 1234. Les Xia occidentaux étant déjà tombé en 1227, les Mongols n'ont plus qu'à mettre fin à la dynastie des Song du Sud en 1279 pour achever la réunification de la Chine.