Nachdem der deutsche Gesandte Ernst Eisenlohr während der Sudetenkrise ins Auswärtige Amt berufen wurde, übernahm Hencke am 16. September 1938 dessen Funktion als deutscher Geschäftsträger, und wurde am 15. März 1939 zum Vertreter des Auswärtigen Amtes beim "Reichsprotektor für Böhmen und Mähren", Konstantin Freiherr von Neurath, ernannt. Nach eigenen Aussagen erklärte Hencke anlässlich der Zerschlagung der Tschechoslowakei seinen Mitarbeitern, dass sie „wahrscheinlich die Geburtsstunde eines neuen Weltkrieges“ miterleben würden. Trotz dieser Kritik an der Politik Adolf Hitlers verblieb er im Amt, wurde nach Abschluss des Deutsch-Sowjetischen Grenz- und Freundschaftsvertrags vom 28. September 1939 Delegationsleiter in der "Gemischten Zentralkommission des Deutschen Reichs und der UdSSR für Grenzfragen" in Moskau, und im Juni 1940, nach der Kapitulation Frankreichs, Vertreter des Auswärtigen Amtes bei der Deutschen Waffenstillstandskommission in Wiesbaden. Am 16. August 1940 wurde Hencke zum Gesandten befördert und nahm bis Ende 1942 Sonderaufträge in der "Informationsstelle III" des Auswärtigen Amtes wahr.