El segle XV Lagos es converteix en un punt estratègic de noves rutes marítimes cap a les costes africanes. El 1444 s'hi va obrir el primer mercat d'esclaus d'Europa, i prosperà el comerç d'ivori, or i plata portats d'Àfrica. Noves muralles, construïdes al , s'uneixen a l'expansió urbana de la ciutat que, des de 1573, és seu del bisbat i residència dels governadors de l'Algarve. Aquestes defenses són reforçades, al , amb la construcció de fortaleses en punts estratègics. El terratrèmol de 1755 i el sisme submarí posterior van destruir gran part de la ciutat que, només a partir de mitjans del , amb la indústria de conserves de peix i el comerç, inicià la seva recuperació.