Após a conquista da cidade pelas forças cristãs, o edifício foi entregue à Ordem de Avis, tendo mais tarde sido incorporado nos bens da coroa e passado a ser paço real de D. Fernando quando da sua estada na cidade que o beneficiou com obras diversas. Foi quase destruído na sequência da Crise dinástica de 1383–1385, por o capitão-mor de Évora ser um partidário de D. Leonor Teles. Após a consolidação do poder por D. João I, o edifício foi concedido a D. Nuno Álvares Pereira que o tem como morada durante cerca de 25 anos.