Barbanégre begann seine militärische Laufbahn bei der Marine, aber 1793 ging er zur Armee und wurde 1794 Hauptmann in einem Bataillon aus den Pyrenäen. Er kämpfte in der Schlacht bei Marengo und wurde 1804 Befehlshaber eines Jägerbataillons in der Garde der Konsuln. 1805 wurde er Colonel des 48. Infanterie-Regiments mit dem er an den Schlachten bei Austerlitz, Jena und Eylau teilnahm. Bei Austerlitz nahm er den Russen die Höhe von Sokolnitz ab und hielt diese Stellung, wofür er von Napoleon den Kommandeursorden der Ehrenlegion erhielt.