С началом Второй мировой войны бывший начальник Генерального штаба армии был вновь возвращён на действительную службу. Макнотона направили в Великобританию, где он принял под своё командование контингент канадских войск — на тот момент в статусе 1-й канадской дивизии. В 1940 году соединение под его началом было преобразовано в Канадский корпус (с присвоением Макнотону звания генерал-лейтенанта), а в 1942 году в . Все эти годы Макнотон провёл в борьбе за целостность канадских войск, не дав разбросать канадских военнослужащих по британским армиям и готовя их к решающему вторжению во Францию. Когда канадское правительство приняло в 1943 году решение о разделении армии и отправке одного из её корпусов для участия в Итальянской кампании, Макнотон, понимая, что бессилен противостоять политическим соображениям, подал в отставку с поста командующего. Ещё одной причиной отставки Макнотона были его принципиальные разногласия с тогдашним министром национальной обороны . Ралстон был сторонником проведения воинского призыва для пополнения рядов вооружённых сил (в том числе европейского контингента), в то время как Макнотон выступал за сохранение добровольческого характера армии и сосредоточение усилий на её лучшем оснащении и подготовке. Среди прочих причин отставки были усложнившиеся отношения с британским военным руководством, представители которого полагали Макнотона недостаточно компетентным в силу его роли в катастрофического рейда на Дьеп в 1942 году, а затем провального командования в ходе совместных учений «Спартан» в марте 1943 года; и проблемы со здоровьем.