Dès lors, Mohamed Khodja doit réformer la marine tunisienne et reconvertir les corsaires et leurs navires. Néanmoins, la faiblesse des moyens et des ressources résultant en partie de la disparition des larges bénéfices que procurait la course, empêche une évolution de la marine tunisienne vers une marine moderne. En effet, les matériaux, la fabrication et les compétences sont particulièrement coûteuses dans l'industrie navale, pour peu que l'on maîtrise les techniques et le savoir-faire. Le rôle de Khodja reste, après ces événements, de sécuriser les côtes et les ports tout en contrôlant les douanes du pays. Mais la zone d'influence de la marine se rétrécie progressivement face à la suprématie européenne, surtout au lendemain de la défaite navale ottomane de Navarin en 1827 où une grande partie de la flotte tunisienne, répondant à son devoir d'assistance à l'Empire ottoman, est coulée. L'amiral tunisien Mohamed Sghaïer y perd trois grandes frégates de cinquante canons construites sur des modèles modernes parmi d'autres navires de guerre plus petits.