Nel 1577 divenne cattedrale della diocesi di Algarve (oggi diocesi di Faro), ma nel 1596 fu saccheggiata e incendiata dalle truppe inglesi del Conte di Essex. Fu in seguito ricostruita e i terremoti del 1722 e del 1755 richiederanno altri interventi, per i quali fu chiamato l'architetto bolognese Francesco Saverio Fabri. Il campanile non terminato segnala tuttora la vita tribolata dell'edificio.