Po tym jak na stanowisku selekcjonera reprezentacji Anglii Lancastera zastąpił Eddie Jones, Vunipola został wyznaczony jako jeden zastępców kapitana drużyny Dylana Hartleya. Podczas Pucharu Sześciu Narodów 2016, kiedy Anglicy sięgnęli po Wielki Szlem, gracz Saracens kilkakrotnie był najlepszym zawodnikiem na boisku (potyczki ze Szkocją, Irlandią czy Francją). W czerwcu uczestniczył w wyjazdowej serii meczów z australijskimi „Wallabies”, która zakończyła się zwycięstwem przyjezdnych 3:0 (wiązacz zdobył jedno z przyłożeń w starciu w Sydney).