Pendant l'Occupation, il ne cesse de peindre. Ses proches lui recommandent de partir en zone libre, mais son désespoir l’en empêche. Le , lors de la rafle du Vél' d'Hiv', Fasini est arrêté avec Rosa, sa femme, par la police française ; ses œuvres sont détruites dans son atelier. Tous deux sont internés à Drancy. Le , par le convoi , ils sont déportés à Auschwitz, où ils meurent assassinés.