W roku 1290 wieś została podarowana przez księcia pomorskiego Mściwoja II arcybiskupom gnieźnieńskim. Miejscowa parafia św. Jana Chrzciciela należy do najstarszych na Pomorzu, a pierwszy kościół powstał w XIII wieku. Do połowy XVII wieku Gruczno było jedną z największych wsi na Pomorzu. Po spaleniu przez Szwedów i wymordowaniu ludności nie osiągnęło już dawnej świetności. Istniejący neogotycki kościół został wybudowany pod koniec XVIII w., a w latach 1873-1876 gruntownie przebudowany. Zabytkowy młyn pochodzi z roku 1888 i był kiedyś napędzany wodą, a ostatnio silnikiem elektrycznym. Młyn zakończył działalność w roku 1998, a obecnie jest siedzibą Towarzystwa Przyjaciół Dolnej Wisły i jest udostępniony dla zwiedzających.