Bei Ausbruch des Sezessionskrieges bekam Echols das Kommando über das 27. Virginia Infanterie Regiment, mit dem er am 21. Juli 1861 unter dem Kommando von General Thomas Jonathan Stonewall Jackson an der Ersten Schlacht am Bull Run teilnahm. Danach wurde er zum Colonel befördert und nahm 1862, wieder unter Jackson, an dessen Shenandoah-Feldzug mit der Nord-Virginia-Armee teil in dessen Verlauf es zu mehreren Gefechten sowie Schlachten kam und Echols am 23. März 1862 mehrfach verwundet wurde. Nach seiner Genesung beförderte man ihn im April des gleichen Jahres zum Brigadegeneral.