בשנת 2004 הועלה לדרגת סא"ל ומונה למפקד גדוד שקד, ושימש בתפקיד עד שנת 2006. הוא פיקד על הגדוד במבצעים מורכבים כנגד תשתיות הטרור הפלסטיני במהלך האינתיפאדה השנייה. ב-16 בנובמבר 2004, החליט הרמטכ"ל, משה יעלון, על הערה פיקודית ללוי, בגין תפקודו באירוע חדירת מחבלים למוצב "מורג" בספטמבר 2004. ‬בהמשך הוביל את הגדוד במהלך הנסיגה מהרצועה במסגרת תוכנית ההתנתקות. בשנת 2006 מונה למפקד בא"ח גבעתי, ושימש בתפקיד עד שנת 2008. לאחר מכן מונה לסגן מפקד חטיבת גבעתי בין השנים 2008–2009, ושירת בתפקיד בין היתר במהלך מבצע עופרת יצוקה.