12. ledna 2005 byl tedy nakonec zvolen prezidentem Abcházie s podporou 91,5 % obyvatel a o měsíc později byl slavnostně inaugurován. Jeho vláda byla po toto funkční období charakteristická stabilitou na personálním poli s minimem změn ve vládě. Ale vztahy s Gruzií vřely, neboť docházelo k provokacím z gruzínské strany (kvůli údajnému prodeji lukrativního majetku, jenž původně patřil Gruzíncům vyhnaným z Abcházie), hlavně k průnikům jejích pohraničníků do okresu Tkvarčeli a Gali, kde docházelo k přestřelkám s abchazskými vojáky s několika mrtvými, takže Bagapš nařídil po zasedání bezpečnostní rady přesunout část abchazské armády k hranicím s Gruzií. V roce 2008 se jeho vláda zapojila do rusko-gruzínského konfliktu o Jižní Osetii, když označil gruzínský útok za genocidu osetinského národa. Abcházie se od Ruska a dalších zemí konečně dočkala částečně mezinárodního uznání, ovšem mezinárodní společenství stále uznávalo Abcházii jako nedílnou součást Gruzie, proti čemuž Bagapš v dubnu 2009 kontroval prohlášením, že by si zejména Evropská unie měla uvědomit, že je nezávislost Abcházie vyřešena jednou provždy, ale okamžité uznání od ostatních států světa žádat nebude a připomněl případ mezinárodního uznání Kosova. Bezpečnostní situace byla po válce o Jižní Osetii stále napjatá a kvůli pokračujícím provokacím z konce října 2008 ze strany Gruzie vydal Bagapš příkaz, aby bezpečnostní složky adekvátně zasáhly, přičemž prohlásil, že Gruzie rozpoutala teroristické akce na území Abcházie a obvinil Evropskou unii z tendenčního přístupu k vyhodnocování situace a z nespravedlivého hodnocení činů gruzínské vlády, jež podle jeho názoru pozvedla terorismus na úroveň státní politiky.