В результате Липсию пришлось воспользоваться амнистией и вернуться в Брабант. Несмотря на утверждения в «Автобиографии» о тоске по родине, в действительности Юст Липсий рассчитывал или получить место, соответствующее его способностям, или жить на средства жены. В начале 1575 года он переехал в родовой дом в Оверейсе, однако вскоре перебрался в Лувен из-за страха перед разбойниками и дезертирами. В январе 1576 года он, наконец, удостоился магистерской степени и получил должность приват-доцента, преподавателя истории. Однако события «Испанской ярости» в ноябре 1576 года поставили карьеру Липсия под вопрос. В одном из писем он прямо писал, что «кораблю Белгики грозит крушение». По-видимому, он думал вернуться в Йену и возобновил переписку с Эллингером, ставшим к тому времени наставником наследника престола. Вскоре была опубликована антикатолическая речь в честь покойного герцога, причём с согласия самого Липсия. В апреле 1577 года в его переписке впервые появляется идея перебраться в протестантскую Голландию. 5 сентября 1577 года Янус Дауса, первый куратор Лейденского университета, официально пригласил Липсия.