Durante a Segunda Guerra Mundial, Kuala Lumpur foi capturada pelo exército japonês a 11 de Janeiro de 1942. Eles permaneceram em ocupação até 15 de Agosto de 1945, quando o comandante-chefe do Exército Japonês da Sétima Região, em Singapura e na Federação Malaia, Seishirō Itagaki, entregou à administração britânica na sequência dos Bombardeamentos de Hiroshima e Nagasaki. Kuala Lumpur continuou a crescer durante a guerra, a borracha e o estanho "caíram" e a Emergência Malaia, durante a qual, a Malásia preocupou-se com o Comunismo. Em 1957, a Federação na Malásia ganhou a independência do Reino Unido Kuala Lumpur tornou-se a capital do país, com a sua formação a 16 de setembro de 1963. A 13 de Maio de 1969, teve lugar um dos piores motins ocorridos na Malásia, este aconteceu em Kuala Lumpur. O Incidente de 13 de Maio , foi um motim entre os Malásios e os Malásios Chineses, que estavam descontentes com a situação sócio-política da altura. O motim resultou na morte de 196 pessoas, e fez com que houvesse uma grande reforma na política económica do país.