Командовал мексиканской артиллерией во время осады Аламо, участвовал в битве при Сан-Хасинто (1836 год). Во время Американо-мексиканской войны был в 1846 году назначен главнокомандующим мексиканской армией Севера. Был уволен с этого поста за ужасную казнь партизанского вождя. Главнокомандующим стал Мариано Ариста. После поражения войск Аристы в сражении при Пало-Альто критиковал Аристу за «неприемлемые тактические промахи». Он продолжил критику после поражения мексиканцев в битве при Ресак-де-ла-Пальма. При отступлении был вновь назначен главнокомандующим мексиканской армии Севера. Руководил мексиканской обороной в битве при Монтеррее 21—24 сентября 1846 года. Был вынужден подписать перемирие и сдать Монтеррей войскам США, но отступил, сохранив вооружение своих войск. Дальнейшая карьера Педро де Ампудья была административной, но он также руководил частью мексиканских войск в битве при Буэна-Виста (1847 год).