Villa speelde zeven interlands (nul doelpunten) voor Colombia in de periode 1989-1990. Onder leiding van bondscoach Francisco Maturana maakte hij zijn debuut voor de nationale ploeg op 5 juli 1989 in de Copa América-wedstrijd tegen Paraguay (0-1). Villa nam met zijn vaderland deel aan het WK voetbal 1990, en aan de strijd om de Copa América 1989.