Zur &lt;a href="Fu%C3%9Fball-Bundesliga%202017/18"&gt;Saison 2017/18&lt;/a&gt; wechselte Fernandes zum Bundesligisten Eintracht Frankfurt, bei dem er einen Zweijahresvertrag unterschrieb. Im Mai 2018 gewann der Schweizer mit der Mannschaft nach einem 3:1-Finalsieg gegen den FC Bayern München den DFB-Pokal. Im Dezember desselben Jahres wurde sein Vertrag bis Juni 2020 verlängert. In der &lt;a href="Fu%C3%9Fball-Bundesliga%202018/19"&gt;Spielzeit 2018/19&lt;/a&gt; drang er mit der Eintracht bis ins Halbfinale der Europa League vor und scheiterte mit seiner Mannschaft dort im Elfmeterschießen am FC Chelsea; Fernandes wurde im Wettbewerb neunmal eingesetzt. Insgesamt stand der Schweizer für die Frankfurter in 81 Pflichtspielen auf dem Feld. Mit dem Ende der &lt;a href="Fu%C3%9Fball-Bundesliga%202019/20"&gt;Bundesliga-Spielzeit 2019/20&lt;/a&gt; beendete Fernandes seine aktive Karriere.