1800 afløste han kommandørkaptajn Steen Andersen Bille som chef for den i Middelhavet stationerede konvojeringseskadre og sluttede som sådan fred med Tunis, men blev 1801 anholdt med sin tregat ("Triton") i Port Mahon under fjendtlighederne med englænderne. Under krigen med England blev Koefoed 1807 ansat som guvernør på Bornholm og Christiansø. Han døde her 11. november 1808.