1953. június 13-án még kioktathatta a pártküldöttség élén Moszkvába rendelt Rákosi Mátyást, és kifejezetten a mindenki számára váratlanul odarendelt Nagy Imrét neveztette ki miniszterelnöknek. Berija a vita során nem titkolta, hogy Nagy Imre mellett szól, hogy nem zsidó, s erős hangon odaszólt Rákosinak, hogy „Magyarországnak még nem volt zsidó királya”. Azonban június végére ő lett a hatalmi harc első áldozata. A kelet-berlini felkelés hatására legfőbb szövetségese, Malenkov miniszterelnök is elpártolt mellőle, így az SZKP KB 1953. június 26-ai plénumán „kapitalista ügynök”-nek titulálták, megfosztották tisztségeitől, és Georgij Zsukov marsall, honvédelmi miniszter más főtisztek segítségével azonnal letartóztatta. Berija elfogását a Pravda csak 1953. július 10-én jelentette be.