A capela foi saqueada pelos franceses durante a ocupação de Roma após 1798, mas foi reconsagrada como capela privada do papa depois que o governo papal foi definitivamente re-estabelecido em 1815. Uma grande restauração foi realizada pelo papa Pio VII (r. 1800-1823) em 1818. O último conclave realizado ali foi o que elegeu o papa Pio IX em 1846. Quando Roma foi conquistada pelo Reino da Itália, em 1870, o "Palazzo del Quirinale" foi confiscado para servir de residência para o rei Vittorio Emanuele II. O papa Pio IX se recusou a aceitar a situação e colocou a capela sob interdito, o que implicava que uma missa não poderia ser realizada ali; de fato, a capela oficial do reino passou a ser "Santissimo Sudario di Nostro Signore Gesù Cristo", uma situação que perdurou por mais de cinquenta anos. O Tratado de Latrão de 1929 normalizou as relações entre o governo italiano e a Santa Sé e esta última finalmente abandonou suas reivindicações em relação ao palácio. Por causa disto, o interdito foi removido e a capela foi re-inaugurada como local de oração em 1930.