En 1421, durant les guerres hussites, l'abbaye de Sedlec est mise à sac et détruite. De nombreux moines sont tués, quelques-uns arrivent à prendre la fuite. En 1454, après trente-trois ans d'absence, une petite communauté monastique se reforme à Sedlec ; mais, trop faible pour être indépendante, elle dépend alors de l'.