Sa rivalité avec le duc de Saxe-Weimar qui lui disputait le commandement de l'armée suédoise sur le territoire du Saint Empire fut une des causes de leur défaite commune, à la bataille décisive de Nördlingen le , qui vit la victoire des troupes catholiques alliées de l'Empire et de l'Espagne et marqua la fin de l'invincibilité suédoise en Allemagne. Horn, quant à lui, avait marqué avec force son opposition à engager le combat. Il fut fait prisonnier pendant cette confrontation, et ne fut libéré qu'en 1642, en échange du comte de Werth, après quoi il retourna en Suède.