После начала Гражданской войны в США Хэйес был сторонником доктрины «вооружённого нейтралитета» для Кентукки. Когда нейтралитет Содружества Кентукки был в сентябре 1861 года нарушен, Хэйес бежал в Вирджинию и получил должность бригадного комиссара под командованием генерала Конфедерации Хэмфри Маршалла. Когда в Расселлвилле было образовано конфедеративное правительство Кентукки, Хэйес был приглашён на должность аудитора штата в нём, но отказался. Несколько месяцев спустя он был избран в качестве губернатора Содружества Кентукки, входящего в Конфедерацию, после гибели Джорджа Джонсона в сражении при Шайло.