De leiding over beide vloten werd veranderd na de de slag bij Notium. Wegens de termijnlimieten op de functie als navarch werd Lysander vervangen door Callicratidas. Aan de Atheense zijde bracht de val van Alcibiades ook de val van zijn vrienden Thrasybulus en Theramenes teweeg, en de leiding werd overgedragen aan Conon. Het volgende jaar raakten de twee vloten twee keer slaags, de eerste keer kon Callicratidas met twee keer zoveel schepen als de Atheners deze in de val lokken bij Mytilene, maar een Atheense ontzettingsmacht kwam en versloeg en doodde Callicratidas bij Arginusae. Deze Atheense overwinning bleek echter nutteloos, omdat Lysander terugkeerde in 405 v.Chr. en hij vernietigde de Atheense vloot bij Aegospotamoi, waarmee hij de Peloponnesische Oorlog beëindigde.