Постепенно, политический климат в стране стал улучшаться и в 1968 году произошла т. н. «Пражская весна» — активное движение к расширению прав и свобод граждан, продвигаемое новоизбранным первым секретарём ЦК КПЧ Александром Дубчеком. Это движение было жестоко подавлено вводом войск в Чехословакию 21 августа 1968 год. В знак выражения несогласия с действиями советский войск студент философского факультета Карлова университета Ян Палах 16 января 1969 года совершил самосожжение на Вацлавской площади у подножия здания музея. Спустя несколько дней студент скончался от полученных травм. На прощание с Яном Палахом 25 января вышло огромное количество людей самых разных сословий.