A invasão japonesa materializou-se em fevereiro de 1942, tendo os Aliados e voluntários timorenses – com especial destaque para o célebre régulo Dom Aleixo –, passado a recorrer à guerra de guerrilha. Aquela que ficou conhecida como a Batalha de Timor (1942-1943) resultou num elevadíssimo número de civis timorenses mortos, calculado entre 40 e 70 mil. Na parte oriental, timorenses e militares australianos conseguiram resistir durante quase um ano às investidas japonesas. Mas, em janeiro de 1943 o Japão já controlava toda a ilha.