Ele assumiu o poder em 1989 quando, na patente de brigadeiro do exército sudanês, liderou um golpe de estado que derrubou o governo democraticamente eleito do primeiro-ministro Sadiq al-Mahdi após ele começar a negociar com os rebeldes do sul. Nas próximas duas décadas e meia, Bashir foi eleito três vezes como Presidente em eleições questionadas sob acusações de fraude. No meio acadêmico, jornalístico e para a comunidade internacional, Omar governava o país como um ditador. Em março de 2009, al-Bashir se tornou o primeiro presidente em exercício a ser indiciado na Corte Penal Internacional, por supostos crimes contra a humanidade (assassinatos em massa, estupros e pilhagens contra civis em Darfur). Ele permaneceu no poder até 2019, quando foi derrubado por um golpe militar.