ב-1989 החליט הפרלמנט של סלובניה על היפרדותה מיוגוסלביה, וב-1990 אושרה החלטה זו במשאל עם. ב-1991 הכריזה סלובניה על עצמאותה. הצבא העממי היוגוסלבי פלש ב-27 ביוני לשטחה, אולם בהתערבות האו"ם פסקה הלחימה כעבור עשרה ימים. המלחמה שהתנהלה במהלך הימים האלה נקראה מלחמת עשרת הימים. ב-1992 הכיר האיחוד האירופי בעצמאותה של סלובניה. באותה שנה התקיימו בה בחירות דמוקרטיות, וכנשיא המדינה נבחר מילאן קוצ'אן.