Samojlowytsch nahm im Verlauf des Russisch-Türkischen Kriegs 1686–1700 am ersten Krimfeldzug teil und wurde vom russischen Fürsten Wassili Golizyn für dessen Scheitern verantwortlich gemacht. Da auch sein Despotismus auf Widerstand unter den Kosaken traf, klagte man ihn der Willkür und Korruption sowie verräterischer Kontakte zum Krim-Khanat an, und er wurde mit Unterstützung aus Moskau abgesetzt. Sein Vermögen wurde daraufhin beschlagnahmt und er wurde nach Tobolsk verbannt, wo er 1690 starb.