Во времена монгольского нашествия на Русь и последующих монгольских и ордынских походов Новгороду удалось избежать разорения благодаря удалённому расположению. Но юго-восточные города новгородских владений (Торжок, Волок, Бежецк) были разграблены и опустошены. В 1259 году Новгородская земля при содействии Александра Невского была вовлечена в данническую зависимость от Орды. В 1236—1240 и 1241—1252 годах в Новгороде княжил Александр Невский, в 1328—1337 годах — Иван Калита. До 1478 года новгородский княжеский стол занимали преимущественно суздальские и владимирские князья, иногда — литовские князья.