หลังปราบชาวออสเตรียได้ที่เอาสเทอร์ลิทซ์ นโปเลียนส่งโฌแซ็ฟ น้องชายของตนไปพิชิตราชอาณาจักรของพระเจ้าเฟร์นันโดซึ่งตอนแรกนโปเลียนได้ผนวกเข้ากับราชอาณาจักรฝรั่งเศส แต่ต่อมาในวันที่ 30 มีนาคม ค.ศ. 1806 ได้ประกาศให้เป็นเอกราชโดยมีโฌแซ็ฟเป็นกษัตริย์ เมื่อโฌแซ็ฟถูกย้ายไปสเปนในปี ค.ศ. 1808 นโปเลียนยกนาโปลีให้ฌออากีม มูว์รา ซึ่งเป็นน้องเขย ภายใต้การปกครองของชาวฝรั่งเศสนาโปลีถูกทำให้เป็นสมัยใหม่มากขึ้นด้วยการล้มเลิกระบอบศักดินาและนำกฏข้อบัญญัติต่าง ๆ มาใช้ มูว์ราเป็นกษัตริย์ที่ได้รับความนิยมพอสมควร พระเจ้าเฟร์นันโดที่ 4 (ต่อมาคือพระเจ้าเฟร์นันโดที่ 1 แห่งซิซิลีทั้งสอง) ถูกบีบให้หนีไปซิซิลีสองครั้ง ที่นั่นทรงได้รับการช่วยเหลือจากชาวบริเตน