Casa de İndia binaları 1755 Lizbon Depremiyle beraber yıkılacaktır. Portekiz İmparatorluğunun siyasi egemenliğinin çöküşe geçmesiyle beraber kurumun etkisi azalacak ve kaybolacaktır. En son 1833 yılında kurum kapatılacak ve görevleri Gümrük Müdürlüğü tarafından yerine getirilmeye başlanacaktır.