במחצית השנייה של המאה ה-16 אירופה הייתה מחולקת לקתולים ולפרוטסטנטים, והכנסייה הקתולית החריפה את פעולותיה כנגד תנועות רפורמה שסטו מהדוגמה הקתולית. בית הבסבורג הפך לחיל החלוץ של הקונטרה-רפורמציה, ולכן שליטי בית הבסבורג נלחמו בתנועה ההוסיטית. ההוסיטים השיבו מלחמה. ב-1618 ההוסיטים השליכו מבניין העירייה בפראג שני מושלים מבית הבסבורג. התגובה לא איחרה לבוא, ובשנת 1620 בית הבסבורג יצא לדכא את המרד בבוהמיה ומורביה. לאחר קרב ההר הלבן, בו הובסו המורדים, סולק מלך החורף והחבלים עברו קתוליזציה-מחדש. התנועה ההוסיטית כמעט ונמחקה, חלק גדול ממעמד האצולה איבד את אדמותיו ונאלץ לגלות, והשפה הצ'כית הפכה שוב לשפתם של האיכרים והכפריים וחדלה להתפתח. שילוב של הפקעת מוסדות החינוך ורדיפות אלימות השיבו את האוכלוסייה אל הדת הרומית. התנועה הלאומית הצ'כית, שקמה במאה ה-19, הפכה את ההוסיטים לגיבוריה. ב-1920, לאחר הקמת צ'כוסלובקיה העצמאית, עודדו השלטונות את הקמתה של "הכנסייה ההוסיטית הצ'כוסלובקית", שנועדה להפוך לדת דומיננטית שתלכד את האומה. היא סחפה רק כמה מאות אלפי מאמינים, וכיום היא גוף קטן. לממשיכי ההוסיטים הייתה הצלחה רבה יותר מחוץ לארצם: כנסיית האחווה המוראבית, שהוקמה על ידי גולים בסקסוניה בראשית המאה ה-18, שיחקה תפקיד מרכזי בפייטיזם ובהתעוררות האוונגליקלית.