La , l'artillerie légère de Staunton, avec ses quatre canons en bronze de et et hommes, entre en service dans l'armée des États Confédérés. Imboden commande l'unité lors de la capture d'Harpers Ferry. Alors qu'il commande sa batterie d'artillerie lors de la première bataille de Bull Run, Imboden a son tympan gauche perforé en tirant avec une pièce d'artillerie, ce qui cause la surdité ultérieure de cette oreille. Le , Imboden quitte l'artillerie pour recruter un bataillon de rangers partisans et est promu colonel du 62nd Virginia Mounted Infantry (1st Partisan Rangers). Il combat avec le major général Thomas J. « Stonewall » Jackson lors de la campagne de la vallée à Cross Keys et Port Republic. Il est promu au rang de brigadier général le .