במהלך ההתקוממות בלוב (2011) הציגה רייס קו תוקפני ולוחמני נגד משטרו של מועמר קדאפי, יחד עם מזכירת החוץ הילרי קלינטון ויועצת הנשיא סמנתה פאוור, הובילו לקבלת החלטות באו"ם על אזור אסור לטיסה ועל התקיפה הצבאית הבינלאומית בלוב. בעקבות תקיפת בניין הקונסוליה האמריקאית בבנגזי ב-11 בספטמבר 2012, במהלכה נרצחו שגריר ארצות הברית בלוב, כריסטופר סטיבנס ושלושה אמריקאים נוספים, מסרה רייס כי מדובר ככל הנראה במעשה ספונטני על רקע פרסומו של סרט המציג באופן שלילי את מוחמד, על כך ספגה ביקורת כשהתברר שמדובר בפעולת טרור מתוכננת מראש לרגל ציון יום השנה לפיגועי 11 בספטמבר. פיטר קינג, יושב ראש הוועדה להגנת המולדת בבית הנבחרים של ארצות הברית, אף קרא לרייס להתפטר.