Во время атаки на Перл-Харбор Кимура командовал крейсером «Судзуя». Во время битвы за Мидуэей «Судзуя» принял участие в спасении экипажа потопленного американской авиацией крейсера «Микума». 1 ноября 1942 года Кимура был повышен до контр-адмирала. В дальнейшем занимал ряд штабных должностей, затем командовал 3-й эскадрой эсминцев. Получил задание сопровождать конвой из восьми транспортов, перевозивших 6000 солдат 51-й армейской дивизии и 400 морских пехотинцев из Рабаула в Лаэ. Во время битвы в море Бисмарка 3—4 марта 1943 года, американская и британская палубная авиация нанесла большой урон японскому конвою, потопив все транспорты и четыре эсминца. Кимура был ранен пулемётным огнём в живот и плечо, его флагманский корабль, «Сираюки» оказался в числе четырёх потопленных эсминцев. Вместе с большей частью команды контр-адмирал был спасён эсминцем «».