El 1 de mayo de 1994, Ayrton Senna murió durante el Gran Premio de San Marino al impactar a 211 km/h contra la "curva Tamburello" del Autodromo Enzo e Dino Ferrari. Prost era portador del féretro en el funeral del brasileño. Hablando cuatro años después de la muerte de Senna, Prost le dijo a Nigel Roebuck que «siempre se había negado a hablar de él». Cuando Senna murió, Prost declaró que «una parte de sí mismo también había muerto», porque sus carreras habían estado muy ligadas. Senna también sintió lo mismo cuando Prost se retiró a fines de , cuando admitió ante un amigo cercano que se había dado cuenta de cuánta motivación había provocado al luchar con Prost. Un par de días antes de su muerte, cuando filmaba una vuelta en Imola para el canal de televisión francés "TF1", saludó a Prost, para entonces un experto en el canal: «Un saludo especial para mi, ... para nuestro querido amigo. Alain. Todos te extrañamos, Alain». Prost dijo que estaba sorprendido y muy conmovido por el comentario.