После возвращения на родину Якуб Вейхер с 1632 года служил в чине полковника в коронной армии и участвовал в русско-польской войне за Смоленск в 1632—1634 годах. Около 1635 года по распоряжению польского короля Владислава IV Вазы руководил строительством польских портов Владыславово и Казимирово. В 1643 году получил должности каштеляна хелминского и воеводы мальборкского. В 1651 году участвовал в битве с восставшими казаками под Берестечком.