Si le climat interethnique est généralement calme, il existe toutefois certaines oppositions, principalement entre les Macédoniens et les Albanais, les deux plus grands groupes. Les relations politiques entre les deux se sont améliorées après le conflit de 2001, après lequel les Albanais et les minorités en général ont obtenu plus de droits, mais les relations sociales restent toutefois souvent difficiles, notamment à cause des préjugés entretenus par chaque communauté. Ainsi, les Macédoniens sont souvent hostiles à l'Islam, religion majoritaire chez les Albanais, et expliquent la forte croissance démographique de ces derniers comme une volonté de les surpasser en nombre. En retour, les Albanais ont souvent l'impression que les Macédoniens les considèrent comme une population immigrée et ne cherchent pas à les comprendre ou à reconnaître leur culture.