1994 verließ Morbidelli Ferrari und wechselte zu Footwork. Er erhielt ein Formel-1-Stammcockpit an der Seite von Christian Fittipaldi. Ein fünfter Platz beim Großen Preis von Deutschland war sein bestes Ergebnis und er schloss die Saison auf dem 22. Platz in der Weltmeisterschaft ab. Morbidelli kam nur bei vier Rennen ins Ziel, dreimal davon in den Top-10. Mit drei zu sechs Punkten unterlag er intern Fittipaldi. 1995 blieb Morbidelli bei Footwork in der Formel 1. Bei sieben Rennen kam Massimiliano Papis anstelle von Morbidelli zum Einsatz. Morbidelli erreichte beim Saisonfinale in Australien mit einem dritten Platz seine einzige Formel-1-Podest-Platzierung. Er beendete die Saison auf dem 14. Gesamtrang. Sowohl Morbidellis Vertretung Papis, als auch sein Teamkollege Taki Inoue blieben ohne Punkte. Darüber hinaus fuhr Morbidelli 1995 für BMW Italia in der italienischen Superturismo-Meisterschaft und wurde mit zwei Siegen Gesamtfünfter.