Nach der Besetzung des Landes und der Errichtung des Protektorats Böhmen und Mähren im März 1939 knüpfte Janoušek Kontakte zu der Widerstandsorganisation Obrana národa und flüchtete am 15. November 1939 über die „Balkanroute“ (Slowakei, Ungarn, Jugoslawien, Griechenland, Mittlerer Osten) nach Frankreich, wo die tschechoslowakische Exilarmee formiert wurde; hier wurde er zum Befehlshaber der sich ebenfalls formierenden Luftstreitkräfte, die aus mehreren Tausend geflüchteter Piloten und sonstigem Personal bestanden. Nach der Kapitulation Frankreichs wurde die tschechoslowakische Exilarmee im Juni 1940 nach Großbritannien evakuiert. Noch vor der Anerkennung der neuen tschechoslowakischen Exilregierung durch Großbritannien am 21. Juli 1940 nahm Janoušek Verhandlungen mit britischen Stellen auf und erreichte, dass tschechoslowakische Piloten umgehend zuerst in den Verbänden der RAF und später in eigenen Einheiten in die Kampfhandlungen eingreifen konnten – die 310. Staffel wurde am 10. Juli 1940 als erster Verband der tschechoslowakischen Luftwaffenverbände in der RAF errichtet und wie die übrigen späteren Staffeln der RAF unterstellt; vertraglich wurde dies mit Großbritannien etwa drei Monate später am 15. Oktober 1940 geregelt.