Kościół przetrwał kilka kataklizmów, w tym trzęsienie ziemi w 1531, oraz największy – kataklizm z 1755 roku. Architektem kierującym odbudową był Carlos Mardel, zaś autorem fasady i prezbiterium był Johann Friedrich Ludwig, znany w Portugalii jako João Frederico Ludovice. Kościół był wówczas jednym z głównych przykładów architektury barokowej i wzorcem dla innych wznoszonych i odbudowywanych świątyń.