1963年、モリソンはエセックス級航空母艦の10番艦ボノム・リシャール ("USS Bon Homme Richard, CVA-31") 艦長に着任する。1964年のトンキン湾事件時には艦隊の指揮を行った。1967年に彼は海軍少将に昇進し、1972年にはマリアナ諸島方面部隊の指揮官に任ぜられた。1975年のサイゴン陥落時にはベトナム人の避難民救助に注力した。