Durante la Segunda Guerra Mundial, como Comandante en jefe de la Flota del Mediterráneo, Cunningham dirigió con éxito las fuerzas navales británicas en diversas batallas en el Mediterráneo, entre las que destacan el ataque sobre Tarento en 1940, el primer ataque de la historia exclusivamente desde un portaaviones y la batalla del cabo Matapán en 1941. Cunningham también fue responsable del esfuerzo para custodiar las líneas de abastecimiento aliadas a través de Alejandría, Gibraltar y Malta, así como de supervisar los diversos desembarcos aliados en el litoral mediterráneo. En 1943 fue nombrado Primer Lord del Mar, una posición que ocupó hasta su retiro en 1946. Después de su retiro, ejerció diversas posiciones ceremoniales, incluyendo la de Lord High Steward en la coronación de la reina Isabel II del Reino Unido en 1953. Murió el 12 de junio de 1963.