Il mène ensuite sa carrière durant le régime de Franco, d'abord en tant que gouverneur civil, en León en 1944, à Tenerife en 1951, en Navarre en 1954, puis comme directeur général de la "Seguridad", l'organe répressif du franquisme à partir de 1957. Son zèle s'y illustre une fois de plus, puisque c'est sous sa direction que la "Seguridad" arrêtera l'opposant communiste Julián Grimau, qui sera condamné à mort et fusillé. En 1965, il devient maire de Madrid et le demeure jusqu'en juin 1973, date à laquelle il est nommé ministre de l'Intérieur. Enfin, en décembre suivant, après l'assassinat de l'amiral Luis Carrero Blanco, président du gouvernement, Franco le nomme à ce poste.