Pérez nahm mit der Nationalelf an den Südamerikameisterschaften 1916 (kein Einsatz), 1917 (drei Spiele, kein Tor), 1919 (vier Spiele, ein Tor) und 1920 teil. 1916, 1917 und 1920 gewann Uruguay den Titel. 1919 scheiterte sein Heimatland knapp und wurde Zweiter. Bei seiner letzten Teilnahme absolvierte er alle drei Begegnungen und wurde mit drei erzielten Treffern gleichauf mit seinem Landsmann Ángel Romano Torschützenkönig des Turniers.