Murska Sobota kuului vuoteen 1918 saakka Unkarin kuningaskuntaan ja oli osa Vasin lääniä. Sen jälkeen Murska Sobota kuului Jugoslaviaan, jonka pohjoisin kaupunki se oli. Unkarilaiset miehittivät kaupunkia uudelleen vuosina 1941–1945. Natsi-Saksa tuhosi Murska Sobotan laajan unkarinjuutalaisen yhteisön. Slovenian kymmenen päivän sodassa 1991 kaupunkia pommitettiin ilmasta, mutta ilman kuolonuhreja tai merkittäviä vahinkoja.