El viaducto sufrió numerosos desperfectos durante la defensa de Madrid, la cercanía con el frente de batalla hace que impacten numerosos proyectiles de artillería. En 1942 hubo de ser reconstruido ante el estado de deterioro que mostraba por los daños sufridos. Ya en el periodo de posguerra el nuevo viaducto tuvo que ser restaurado, y se inauguró el 28 de marzo de 1942. El tráfico rodado a través de su tablero era muy intenso, la calle Bailén es un eje viario de gran importancia en los años cincuenta y sesenta. El uso intensivo del tráfico hizo que a los veinticinco años comenzaran a aparecer algunas grietas preocupantes en la estructura. El diseño del viaducto se había calculado para la circulación de los tranvías de ejes de trece toneladas idóneos en los años veinte, la demanda y carga estructural de comienzos de los años setenta sobre viaducto eran mucho mayores que los calculados en los años veinte.