Tras la rendición alemana el 9 de mayo de 1945, Malinovski fue transferido al Extremo Oriente Ruso, donde se le dio el mando del Frente del Transbaikal. En agosto lideró la última ofensiva soviética de la Segunda Guerra Mundial: invadió Manchuria, que estaba bajo control del poderoso Ejército Guandong japonés, formado por un millón de hombres. Confiado en la calidad de sus tropas ("véase Batalla de Manchuria"), Malinovski aplastó a los japoneses en diez días, en la que se considera el modelo de guerra mecánizada blitzkrieg y de clásico movimiento de pinza, así como el mayor éxito de la capacidad militar soviética de la Segunda Guerra Mundial (en audacia, escala, ejecución e innovación táctica). Su captura de Manchuria animó sus sentimientos nacionalistas, tras la humillante derrota en la Guerra Ruso-Japonesa de 1904-1905. Malinovski fue galardonado con los mayores honores posibles, de nuevo con la medalla de oro de Héroe de la Unión Soviética.