W seniorskiej reprezentacji Salwadoru Flores zadebiutował za kadencji meksykańskiego selekcjonera Carlosa de los Cobosa, 19 marca 2008 w przegranym 0:1 meczu towarzyskim z Trynidadem i Tobago. W 2011 roku znalazł się w składzie na turniej Copa Centroamericana, gdzie rozegrał wszystkie pięć spotkań, zaś jego kadra zajęła ostatecznie czwarte miejsce. Kilka miesięcy później został powołany przez trenera Rubéna Israela na Złoty Puchar CONCACAF, gdzie zanotował wszystkie cztery spotkania, nie wpisując się na listę strzelców, a Salwadorczycy zakończyli swój udział w rozgrywkach na ćwierćfinale. W styczniu 2013 wziął udział w kolejnym Copa Centroamericana, na którym jednak nie wystąpił w żadnym meczu, a jego drużyna zajęła trzecią lokatę w turnieju.