Уменьшение доходов от торговой и промысловой деятельности ухудшило экономическое состояние города, что привело к снижению численности населения в Пустозерске. В 1611 году в нём было больше 200 дворов, а в 1649 году — 36 посадских и 2 вдовьих двора. Через четверть века после выхода царского указа в Пустозерске осталось только 19 % населения. В конце XVI века, после покорения Казанского ханства, открылись новые, более удобные пути за Урал, и в 1704 г. указом Петра I было запрещено ездить в Сибирь древним сухопутным (Чрезкаменным) путём через Уральские горы, и Пустозерск перестал являться стратегическим опорным пунктом на торговых путях Русского государства.