La frontera va ser confirmada en un tractat entre els països el 1972, després d'haver estat definit per una sèrie d'acords entre l'Imperi Austríac i el Regne de Baviera al . El 1938 aambdós països es van fusionar a través de l'Anschluss. Això va ser revertit el 1955 pel Tractat de l'Estat Austríac, que va restablir Àustria com a estat sobirà. Lazona Schengen va eliminar els controls fronterers a la frontera el 1997. Els controls temporals de les fronteres es van tornar a instal·lar el 2015 en resposta a la Crisi dels refugiats a Europa. Aquests controls fronterers temporals són programats per ser eliminats l'11 de novembre de 2018, tot i que podrien ampliar-se en períodes de sis mesos.