У складі збірної був учасником розіграшу Кубку Америки 1991 року у Чилі, здобувши того року титул континентального чемпіона (на турнірі зіграв у двох поєдинках групового етапу — проти Парагваю та Перу), розіграшу Кубку Америки 1993 року в Еквадорі, здобувши того року титул континентального чемпіона (Сапата зіграв у всіх матчах аргентинської збірної на турнірі), розіграшу Кубку Америки 1997 року у Болівії.