La disfatta navale nelle Filippine segnò la fine delle grandi operazioni della provata Marina imperiale, che infatti si concentrò nei porti di Singapore e nazionali. Kimura seguì la 2ª Flotta nelle acque delle ex Indie orientali olandesi e il 15 novembre lasciò come da ordini il comando della 10ª Squadriglia; fu rimpatriato e rimase a disposizione dello stato maggiore generale, che il 19 dicembre lo nominò direttore della Scuola di navigazione. Il 1º maggio 1945, in concomitanza con la nomina a viceammiraglio, divenne Direttore del Comando idrografico navale, posizione nella quale lo trovò la fine della guerra. Il 29 novembre 1945 Kimura diede le dimissioni e si ritirò a vita privata: visse in disparte sino alla morte, avvenuta il 16 marzo 1980 all'età di 88 anni.