Sosialistisen Jugoslavian loppuaikoina, vuodesta 1985 lähtien kansanarmeijaa alettiin muuttaa palvelemaan vain Serbian sosialistisen tasavallan (v:sta 1990 Serbian tasavalta) etuja, muiden Jugoslavian tasavaltojen sijaan. Slovenian itsenäisyyssodassa vuonna 1991 armeija yritti estää maan irtautumisen Jugoslaviasta. Kansanarmeija myös tuki kapinallisia serbijoukkoja Kroatian (1991–1995) ja Bosnia-Hertsegovinan sisällissodissa (1992–1995). Kansanarmeijan taistelukyky oli kuitenkin vain murto-osa läntisten armeijoiden taistelukyvystä, sillä kansanarmeija ja serbikapinalliset eivät kyenneet murtamaan monien piirittämiensä kaupunkien, kuten Vukovarin puolustusta.