В 1572―1573 годах командующий флотом турок ("капудан-паша") Улуч Али построил Новую Наваринскую крепость, чтобы та могла заменить устаревший франкский замок. Старая крепость быстро потеряла своё значение: новое укрепление лучше защищало вход в бухту с юга, особенно когда северный вход был блокирован в 1571 году кораблями, затопленными после битвы при Лепанто; также на новом месте было легче организовать водоснабжение. В конце XVI века в Старой крепости находился лишь символический гарнизон, сама фортификация всё более ветшала и частично разрушилась. Во время Морейской войны османы сосредоточили свою оборону на новом замке, а старый замок с его гарнизоном их 100 человек сдался без боя венецианцам под командованием Франческо Морозини 2 июня 1686. Наряду с остальной частью Пелопоннеса, обе крепости оставались в руках венецианцев до 1715 года, когда турки вновь отбили их. Венецианцы планировали либо укрепить, либо разрушить крепость, но в конечном итоге успели лишь немного её улучшить, прежде чем она была занята турками. Турки также не провели никакой реконструкции, оставив здесь незначительный гарнизон. В апреле — июне 1770 года район временно перешёл в руки прорусских сил во время Русско-турецкой войны 1768―1774 годов и Пелопоннесского восстания в Греции.