Kebanyakan komponen-komponen Mansyū Ki-98 masih dalam tahap pengerjaan dan komponen-komponen tersebut masih belum bisa dirakit pada saat Invasi Uni Soviet terhadap Manchuria pada bulan Agustus 1945, dan akhirnya Komando pasukan tertinggi di Manchuria memerintahkan untuk membakar dan menghancurkan dokumen dan material Mansyū Ki-98 agar tidak jatuh ke tangan Uni Soviet.