Im Rahmen von Amtshilfe unterstützte das Aufklärungsgeschwader 51 Behörden zum Beispiel bei der Suche nach vermissten Personen, Massengräbern aus dem Zweiten Weltkrieg oder als Unterstützung bei Katastrophen (wie 2002 nach der Flugzeugkollision von Überlingen und 1995 und 2006 bei den Hochwasserkatastrophen). In die Kritik geriet der Einsatz der Luftwaffe im Rahmen der Amtshilfe beim G8-Gipfel in Heiligendamm 2007.