Papst Johannes Paul II. nahm Emmanuel Wamala am 26. November 1994 als Kardinalpriester mit der Titelkirche "Sant’Ugo" in das Kardinalskollegium auf. Kardinal Wamala war Teilnehmer am Konklave 2005, in dem Benedikt XVI. gewählt wurde. Dieser nahm am 19. August 2006 Wamalas aus Altersgründen hervorgebrachtes Rücktrittsgesuch an. Am Konklave 2013 nahm er nicht teil, da er die Altersgrenze von 80 Jahren überschritten hatte.