Během své juniorské kariéry reprezentoval Bouwmeester třikrát Kanadu na Juniorském mistrovství světa. V roce 2000 se stal nejmladším hráčem, který kdy hrál za tým Kanady do 20 let. Bylo mu tehdy šestnáct let. Kanada získala bronz, v zápase o bronzové medaile porazila tým Spojených států na penalty. Bouwmeester pak získal bronz s kanadským týmem opět v roce 2001, Kanada porazila Švédsko. Po dvou bronzových medailích se Bouwmeester s kanadským týmem dočkal zápasu o zlato v roce 2002 proti Rusku. I když vedla ve třetí třetině 3:1, prohrála Kanada nakonec s Ruskem 4:5.