V době husitského plenění byl jako jeden z mála českých klášterů ušetřen, ale ani po skončení husitských válek nebyla ekonomická situace příliš dobrá. Řád byl po návratu do objektu nucen část budov pronajmout či prodat. Dalšího stavebního rozvoje a renesančních úprav se klášter dočkal až na konci 16. století.