W trakcie pierwszego treningu do Grand Prix Malezji Kovalainena zastąpił Fauzy. Kwalifikacje do Grand Prix Malezji odbywały się w deszczu. Na skutek taktycznych błędów zespołów McLaren i Ferrari, czekających na polepszenie warunków, Heikki Kovalainen awansował do drugiej części kwalifikacji (Q2) i zakończył je z czasem 1:52,270, co dało mu piętnaste pole startowe. Trulli w Q1 uzyskał czas 1:52,884 i startował z osiemnastego miejsca. Na starcie wyścigu Kovalainen spadł na 21 miejsce. Na drugim okrążeniu Trulli został uderzony przez Glocka i spadł na 22 miejsce. Na 11 okrążeniu Kovalainen podjął próbę wyprzedzenia Lucasa di Grassiego, podczas której doszło do kontaktu tych kierowców. Na jego skutek w samochodzie Kovalainena pękła tylna opona, ale Fin zdołał wolno dojechać do boksów, gdzie wymieniono koła. Na 18 okrążeniu Fin ponownie zjechał do alei serwisowej, a jego samochód został zepchany do garażu. Kovalainen zdołał później powrócić do wyścigu, chociaż miał już dziewięć okrążeń straty do lidera. Ostatecznie w wyścigu był osiemnasty, ale ze względu na przejechanie mniej niż 90% dystansu wyścigu nie został sklasyfikowany. Trulli natomiast był siedemnasty, finiszując za di Grassim i kierowcami HRT. Mike Gascoyne zapewnił, że zespół nie przejmuje się słabym występem w Grand Prix Malezji.