En 1596, le roi Zygmunt Vasa transfère la résidence royale à Varsovie. Bien que la ville de Cracovie demeure le lieu de couronnement et de sépulture des rois de Pologne, elle voit son influence diminuer et perd de son importance d'autant plus qu'elle est affaiblie par la peste qui en 1652 fait et les pillages lors des invasions suédoises lors de la première guerre du Nord (1655-1660), connue en Pologne sous le nom de "Déluge", et la grande guerre du Nord (1700-1721). En 1702, l'armée du roi de Suède emporte le trésor et incendie le château royal du Wawel.