1945年3月，该师增设了一个迫击炮连。不久后，第59师团开始逐步撤出山东省。在此期间，焦土政策被广泛使用。日军在撤退过程中使用中国苦力清除雷区及大规模屠杀中国平民。1945年5月30日，第59师团归关东军管辖，1945年6月18日被分配至第34军。第59师团的最后几个营于1945年7月上旬抵达咸兴。在1945年8月9日苏联入侵满洲和1945年8月15日日本投降期间，第59师团和第137师团一同驻防。