Muitas igrejas na Croácia foram danificadas ou destruídas durante a Guerra da Croácia (1991–95). Os bispos e sacerdotes e muitos fiéis das eparquias de Zagreb, de Karlovac, da Eslavônia e da Dalmácia tornaram-se refugiados. Os últimos três foram quase completamente abandonados após o êxodo dos sérvios da Croácia em 1995 (Operação Tempestade). A eparquia da Dalmácia também teve sua sé temporariamente transferida para Knin depois que a República Sérvia de Krajina foi estabelecida. A eparquia da Eslavônia teve sua sé transferida de Pakrac para Daruvar. Após a Operação Tempestade, dois mosteiros foram particularmente danificados, o mosteiro de Krupa construído em 1317 e o mosteiro de Krka construído em 1345.