Ob die Pfarre Mitterkirchen ursprünglich zur Altpfarre Naarn oder Saxen gehörte, ist unklar. Die Kirche in Mitterkirchen wurde 1147 von Otto von Machland zur Stiftung des Klosters Säbnich bzw. Waldhausen gewidmet und die Pfarre wurde 1256 dem Kloster Waldhausen einverleibt und verblieb dort bis zur Aufhebung des Klosters im Jahr 1785. Die Pfarrkirche wurde 1482 erbaut, nachdem sie zuvor wahrscheinlich durch die Hussiten einmal oder mehrmals zerstört worden war. 1586 wurde die Pfarre Mitterkirchen durch das Kloster Baumgartenberg betreut. 1606 bis 1626 gehörte Mitterkirchen wie zahlreiche andere Pfarren der Region zur Pfarre Naarn, während gleichzeitig protestantische Priester vor Ort waren. Geschätzt 75 % der Stadt- und Marktbewohner und rund 50 % der Landbevölkerung dürften evangelisch gewesen sein. Seit 1785 gehört die Pfarre Mitterkirchen zur Diözese Linz.