כאשר סלובניה הכריזה על עצמאותה במהלך מלחמות יוגוסלביה ב-1991, כוחות ההגנה הטריטוריאלית הסלובנים וכוחות משטרת סלובניה היוו את מרבית הכוחות שפעלו כנגד הצבא העממי היוגוסלבי במהלך מלחמת עשרת הימים. הכוחות המזוינים של סלובניה הוקמו רשמית ב-1993 כחלק מרה-ארגון של כוחות ההגנה הטריטוריאלית הסלובנים.