Il 16 luglio 1941 a seguito dell'Operazione Barbarossa le truppe romene, coadiuvate da quelle tedesche, rioccuparono la città. A seguito di quest'evento gran parte della comunità ebraica cittadina, circa 10.000 persone, venne sommariamente giustiziata nelle campagne circostanti. Nell'agosto 1944 i sovietici libereranno definitivamente la città a seguito di una grande offensiva lanciata dall'Armata Rossa contro la Romania. Durante la seconda guerra mondiale, Chișinău venne quasi interamente rasa al suolo dai bombardamenti e dai combattimenti.