Francesco Maria Pignatelli nahm am Konklave 1799–1800 in Venedig teil, das Pius VII. als Papst wählte. Nach dem Konklave kehrte er nach Rom zurück, das nun von neapolitanischen Truppen besetzt war. Am 2. April 1800 entschied er sich zur Titelkirche "Santa Maria in Trastevere". 1801 wurde er Präfekt der Kongregation für die Regularkleriker.