Prentiss corse per le elezioni, senza successo, per il Congresso degli Stati Uniti nel 1860. All'inizio della guerra civile americana ha difeso le linee ferroviarie nel Missouri fino all'ordine di passare sotto al comando di una divisione di Ulysses S. Grant. La sua divisione fu la prima attaccata a Shiloh e soffrì molto durante le prime ore di quella battaglia. Prentiss riformò il suo comando e rinvigorì lo spirito nella Battaglia di Shiloh.