В ноябре 2006 года «Баку — Супса» приостановил прокачку нефти для ремонта и модернизации трубопровода, которые длились почти два года. 6 июня 2008 нефтепровод возобновил свою работу. Но не надолго. 1 августа 2008 из за вооружённого конфликта в Южной Осетии, рядом с которой проходит нитка нефтепровода, в целях предосторожности, 14 августа работа нефтепровода вновь была приостановлена ещё на месяц.