Dell'edificio originario non rimane tuttavia che l'assetto spaziale poiché la chiesa e l'intero quartiere vennero profondamenti modificati da alcune operazioni architettoniche ed urbanistiche compiute tra il XVI secolo e il XVIII secolo che portarono anche all'ampliamento della fontana delle 99 cannelle: nel 1599 con l'insediamento dei Fatebenefratelli vengono realizzati il convento e l'ospedale adiacenti alla chiesa che, un secolo più tardi, viene completamente distrutta dal terremoto del 1703.