Ralf podepsal s Toyotou i na rok 2006, ale v prvním závodě sezóny byla Toyota hodně vzadu. Malajsie už přinesla Ralfovi osmé místo a třetí závod v Austrálii úspěch, čímž bylo třetí místo. To bylo ale také poslední pódium. V dalších závodech Ralfova Toyota mnohokrát selhala. Čtvrté místo z Grand Prix Francie se dá brát jako velký úspěch. V Maďarsku skončil šestý a v Turecku a Japonsku sedmý. I tak ale porazil svého stájového kolegu Trulliho, na druhou stranu byla sezóna zklamáním pro něj i pro Toyotu, oproti roku 2007 to byla ale sezóna úžasná. Celkově tak Ralf skončil s 20 body na 10. místě.