Повернувшись в Ліон після перемир'я 22 червня 1940 року, він відмовився від посади міністра охорони здоров'я, яку запропонував йому голова Ради міністрів Франції, Філіп Петен. Він, правда, прийняв президенський Національний Ордена Лікаря, створений в жовтні 1940 року в режимі Віші, який посилив державне контроль організації медичної служби, підтримував numerus clausus  (обмеження частки представників якоїсь групи населення в загальній кількості студентів навчальних закладів. Такі обмеження можуть мати расове, національне чи релігійне підґрунтя) в медичній сфері, та зіграв важливу роль у виключенні єврейських лікарів, шляхами доносів і особливо за рахунок процесу спустошуючих «вільних» практик. Через кілька років після війни, він сказав, що він пішов, тому що він не згоден з директивою держави. Він виправдовував своє ставлення, заявивши, як і інші захисники, що режим служив щитом проти окупантів. Як і багато людей, які співпрацювали з Віші, він був сильно стурбований і мінімізував свою участь.