שני זוגות תותחיה העיקריים, שהוצבו בצריחים משוריינים על קו האמצע של האונייה, איפשרו להגן באופן שווה על שאר האונייה עם לוחות הפלדה מתוצרת קרופ. הודות לעיצוב המבנה של "מיקאסה", היא יכלה לספוג מספר רב של פגיעות ישירות: האונייה ספגה כ-20 פגיעות במהלך קרב הים הצהוב ב-10 באוגוסט 1904, וכ-30 במהלך קרב צושימה, ולמרות זאת ניזוקה בצורה מוגבלת בלבד. עוצמת האש וטווח הירי של תותחיה נוצלו גם הם במלואם על ידי התותחנים היפניים המיומנים.