La loro nomina è statutoriamente temporanea. Ciò tuttavia risulta spesso aggirato tramite proroga o tramite limiti fittizi ("fino a fine intervento"). La mancanza di un termine all'azione dei commissari straordinari ha causato l'apertura di una procedura di infrazione da parte dell'Unione europea verso l'Italia, che ha portato al divieto di proroga. Non esiste limite al numero di incarichi di commissario straordinario cumulabili dalla stessa persona. Guido Bertolaso, il più noto dei Commissari straordinari italiani, è stato allo stesso tempo Commissario straordinario per le emergenze di: terremoto, vulcani nelle Eolie, rifiuti in Campania, aree marittime di Lampedusa, bonifica del relitto della "Haven", rischio bionucleare, mondiali di ciclismo, presidenza del G8 del 2009. L'istituzionalizzazione dei commissari straordinari conduce alla creazione di una "amministrazione parallela", svincolata dai controlli che subisce la PA, ma che ne replica i difetti: "Le strutture commissariali, pur avendo centomila deroghe, operano sostanzialmente come delle normalissime pubbliche amministrazioni, con tutte le lentezze delle pubbliche amministrazioni" (Silvia Coscienza – ex subcommissario tutela corpi idrici della Regione Siciliana).