Wyspa była ośrodkiem religijnym od wczesnego średniowiecza, od czasu rzekomego pojawienia się Michała Archanioła. W tym czasie Bernard le Bec, francuski duchowny, wybudował na szczycie góry kościół. Wyspa była również przedmiotem kilku bitew i oblężeń. W r. 1193 została przejęta przez Henry’ego La Pomeray, który przebrał swych ludzi za pielgrzymów. Podczas Wojny Dwóch Róż w roku 1473, wyspa była oblężona przez 6 miesięcy. W r. 1588 wyspa była pierwszym miejscem, z którego nadano sygnał ostrzegawczy o przybyciu Armady. Podczas angielskiej wojny domowej St Michel's Mount była w posiadaniu rojalistów.