Agama bisa saja dikutip sebagai motivasi tindakan terorisme dalam konflik-konflik yang memiliki beragam penyebab, seperti permasalahan etnis, ekonomis, dan politis, contohnya adalah konflik Bosnia. Pada kasus yang serupa dengan Lord's Resistance Army atau Pemberontakan Taiping, kepercayaan para pendirinya sangat berbeda dengan kepercayaan Kristen pada umumnya. Dalam kasus-kasus seperti yang disebut di atas, pemakaian istilah terorisme Kristen adalah problematik, meskipun terdapat klaim dari pelaku bahwa mereka termotivasi oleh kepercayaan agamanya.