太平洋戦争（大東亜戦争）開戦直後の1941年（昭和16年）12月16日に就役。1942年（昭和17年）2月12日に連合艦隊旗艦となった（司令長官山本五十六大将）。6月上旬のミッドウェー作戦が初陣となった。1943年（昭和18年）2月、司令部設備に改良が施された同型艦の武蔵がトラック島に進出し、武蔵に連合艦隊旗艦任務を移譲した。同年末、大和は輸送作戦中にアメリカの潜水艦の雷撃で小破した。