Після звільнення Лісабона від маврів в Алфама почали селитися ремісники й торговці. З XVI століття Алфама відчуває занепад, заможні громадяни починають переселятися в інші райони, в результаті чого Алфама стає кварталом бідноти. Завдяки скельному ґрунту Алфама краще за інших районів міста пережила катастрофічний Лісабонський землетрус 1755 року. Тут на відміну від інших історичних районів Лісабона збереглася середньовічна хаотичне планування вулиць.