Rok 2006 opět začal dobře. Fisichella vyhrál v Grand Prix Malajsie 2006, kde startoval z pole position. Ale pak se mu už zase tolik nedařilo, ve dvou kvalifikacích po sobě, skončil až za první desítkou. V Monaku dostal dokonce penalizaci, za blokování Davida Coultharda. To všechno znamenalo, že byl opět zastíněn mladším Fernandem Alonsem. Ale dobré výsledky v druhé polovině sezóny, včetně druhého místa za Alonsem v Grand Prix USA znamenaly, že pro Fisichellu byl rok 2006 nejlepší v F1: skončil čtvrtý v poháru jezdců, s 72 body, jedním vítězstvím a pěti pódiovými umístěními.