Durant l'any 2005, el comandament del sud, va estar implicat en el plà de desconnexió unilateral de la Franja de Gaza, iniciat per l'aleshores Primer ministre d'Israel Ariel Sharon (2001-2006), que implicava la retirada i demolició de tots els assentaments israelians a la Franja de Gaza, i la tornada de les forces israelianes a la Línia verda. El comandament es va situar al nord de la tanca de Gaza, mentre que el control de la Ruta Filadèlfia va ser entregat a Egipte, que tanmateix no va impedir el moviment dels palestins entre la Franja de Gaza i el Sinaí a través de la ciutat de Rafah. En l'any 2006, aturar els intents d'entrar a Israel per tal de dur a terme atemptats suicides, i el llançament de coets Qassam, especialment per part de la Gihad islàmica palestina, i els Comitès de Resistència Popular, son les principals tasques del Comandament del Sud.