Zur Parlamentswahl 1999 bildete Moledet mit den ebenfalls radikal-nationalistischen Parteien Cherut – HaTnu’a HaLeumit und Tkuma eine gemeinsame Liste namens Nationale Union. Ihre vier Abgeordneten bildeten anschließend auch eine gleichnamige Fraktionsgemeinschaft, darunter waren zwei Mitglieder der Moledet (Rechaw’am Ze’ewi und Benjamin Elon). Ab 2001 war Moledet an der „Regierung der nationalen Einheit“ unter Ariel Scharon beteiligt und stellte mit ihrem langjährigen Vorsitzenden Rechaw’am Ze’ewi den Tourismusminister. Dieser wurde im Oktober 2001 von einem Mitglied der Volksfront zur Befreiung Palästinas (PFLP) ermordet. Zu seinem Nachfolger als Parteivorsitzender wurde der Rabbiner Benjamin Elon gewählt, der auch das Amt des Tourismusministers übernahm. Auch in Scharons zweitem Kabinett war Moledet ab 2003 mit Elon als Tourismusminister vertreten, er verließ jedoch im Juni 2004 die Regierung (wie die Nationale Union insgesamt), um gegen den Abzug der israelischen Armee und die Auflösung des Gusch Katif (israelischer Siedlungsblock im Gazastreifen) im Rahmen von Scharons Abkoppelungsplan zu protestieren. In der 17. Knesset (2006–2009), war Moledet mit zwei Abgeordneten im israelischen Parlament vertreten: Elon und Arieh Eldad.