1991-1995 dönemi, Hırvat Bağımsızlık Savaşı olarak adlandırıldı. Bundan önce Sırp Bilim ve Sanat Akademisi tarafından 1986 yılında yayınlanan ve Hırvat topraklarının büyük bir kısmı ile tüm Bosna-Hersek ve Makedonya'dan oluşan Büyük Sırbistan'ın kuruluşu SANU Memorandumu'ndan geldi. Bu amaçla, Sırp liderliğinin teşvik ettiği Hırvatistan'da yaşayan Sırplar, 1991-1992 yılları arasında Yugoslavya Federal Cumhuriyeti'nin desteklemesiyle Sırp kontrolündeki Yugoslav Halk Ordusu'nun kalıntıları tarafından işgal edilen ve Hırvatistan'ın tüm topraklarının üçte birini ele geçiren Krayina Sırp Cumhuriyeti'ni kurdu. Yugoslavya Federal Cumhuriyeti'nin Sırp Krajina Cumhuriyeti'ni Hırvat güçlerine karşı desteklemesinin nedeni, eski Yugoslav topraklarındaki etnik Sırpları, mevcut Yugoslav devleti içinde ya da vekil olarak hizmet eden uydu devletler olarak birleşik tutmanın statükosunu sürdürmedeki ortak çıkarlarıydı. Savaş her iki taraftan yaklaşık 20.000 kişinin ölümüne sebep oldu. Sırp güçlerinin istila ettiği Hırvatistan'ın bazı bölgelerinden tahmini 170.000 ila 250.000 Hırvat ve diğer Sırp olmayan sivil sınır dışı edildi ve yüzlerce Hırvat ve diğer Sırp olmayan sivil öldürüldü. Hırvat ordusunun Ağustos 1995'teki Fırtına Operasyonu sırasında yaklaşık 250.000 Sırp evlerinden kaçtı ve yüzlerce Sırp sivil öldürüldü.