I formell forstand var Muhammed Ali underlagt Høyporten, den osmanske sentralregjeringen i Istanbul, men i praksis fungerte han mer og mer selvstendig, og i årenes løp viste han at hans hensikt var å gjøre sitt rike uavhengig av Det osmanske rike og sultanens overherredømme. Av denne grunn fikk han sterk støtte fra Frankrike der han ble framstilt som en slags «Østens Napoleon». Muhammad Alis umiddelbare gevinst ble herredømmet over Kreta, men hans sønn Ibrahim greide ikke å vinne over grekerne på Peloponnes til tross for at han gikk fram med stor hensynsløshet. I sjøslaget ved Navarino i 1827 ble det egyptiske flåten hardt skadelidende.