Im Jahr 2001 war Vaksince einer der Schauplätze des Albanischen Aufstandes in Mazedonien. Der Ort erlangte über die Grenzen der Republik Mazedonien hinaus Bekanntheit, weil hier im Mai des Jahres starke bewaffneten Auseinandersetzungen zwischen den albanischen Aufständischen, die der UÇK angehörten, und der mazedonischen Armee stattfanden. Albanische Kämpfer töteten zwei mazedonische Soldaten und nahmen einen dritten in der Nähe des Dorfes gefangen. Die mazedonische Armee griff daraufhin Vaksince mit Kampfhubschraubern und Artilleriefeuer an. Den mazedonischen Truppen gelang es, den Kommandanten der albanischen Aufständischen, Fadil Nimani, zu erschießen. Danach wurde der Beschuss des Ortes eingestellt.