При слабких спадкоємців Мухаммеда Алі, в другій половині XIX століття, Єгипет перетворився на напівколонію європейських держав і був окупований британськими військами в 1882 році. Будівництво доріг, каналів, переробних підприємств, зростання зовнішньої торгівлі привели до напливу з-за кордону великого числа кількости технічних фахівців, торговців і підприємців. Серед іммігрантів було багато православних греків і сирійців, які заповнили важливі соціальні ніші (бізнес, видавнича справа, журналістика, освіта). До початку XX століття православна громада (головним чином за рахунок імміграції) налічувала вже близько 100 тисяч чоловік (63 тисяч греків, решта — араби). Клір Александрійського патріархату на той момент нараховував (крім Патріарха) два митрополита і 50 кліриків.