Pohjaväre osallistui punaisten kapinaan. Hän pakeni vuoden 1918 kansalaissodan loppuvaiheissa Neuvosto-Venäjälle, eikä hänen vaiheistaan sen jälkeen ole paljon tietoa. Kuitenkin hänen tiedetään luennoineen ja opettaneen Kontupohjassa ja Petroskoissa. Ruoveden kihlakunnanoikeuden päätöksellä Emanuel Pohjaväre julistettiin kuolleeksi 29.1.1962. Neuvostoliitosta tulleen tiedon mukaan Pohjaväre olisi kuollut 31.12.1949 Petroskoissa.