Ferdinand nebyl zvolen, pouze přijat za příštího panovníka. Nekatolická opozice ho sice nechtěla, protože Ferdinand prosazoval násilnou rekatolizaci, ale Ferdinand byl bez větších problémů přijat ve vedlejších zemích Koruny české i v Uhrách, což se nekatolíkům vůbec nelíbilo a v březnu roku 1618 byl svolán sjezd nekatolických stavů, který vedl až ke květnové pražské defenestraci. Tímto odbojem začala třicetiletá válka. 24. května byla svržena královská moc a sjezd zvolil zemskou vládu třiceti direktorů. V čele této vlády stál Václav Vilém z Roupova a vrchním velitelem vojsk se stal Jindřich Matyáš Thurn. S českým povstáním souhlasilo Slezsko i obě Lužice, ale Morava zůstala neutrální, protože byla pod vedením Karla staršího ze Žerotína, který se bál otevřeného konfliktu. Karel byl roku 1619 odsunut a jeho nástupce Ladislav Velen ze Žerotína se k povstalcům přidal. Ve stejném roce také zemřel Matyáš a Ferdinand II. se ujal vlády. V červenci se v Praze shromáždil generální sněm stavů zemí Koruny české. Ferdinand II. byl sesazen a sněm zvolil kalvína Fridricha Falckého. Ten byl zvolen i z toho důvodu, že měl za manželku dceru anglického krále Jakuba I., Alžbětu, a stavové věřili, že takto získají na svou stranu mocnou ostrovní říši. Fridrich, přezdívaný Zimní král, byl ale slabý a neúspěšný a po prohrané bitvě na Bílé Hoře, která se odehrála 8. listopadu 1620, utekl a císařská vojska obsadila Čechy i Prahu. Ferdinand Štýrský se opět stal českým králem. Brzy sestavil exekuční komisi, která měla za úkol potrestat stavovský odboj. Nejznámější částí trestu je poprava 27 pánů na Staroměstském náměstí. Původně mělo být 51 popravených, ale po různých přímluvách a intrikách jich zbylo jen 27. Poprava se odehrála 21. června 1621, trvala 4 hodiny a popraveni byli např. Václav Budovec z Budova, Kryštof Harant z Polžic a Bezdružic, Jáchym Ondřej Šlik, Jan Jesenius a další. Dvanáct hlav pak bylo až do roku 1631 pro výstrahu umístěno na Mostecké věži.