Samme år som sim udnævnelse (1728) brændte hans hus og alt hans indbo ved den store ildebrand i København, hvorfor han fik tilladelse til midlertidig at bo på Akademiet. Under sin virksomhed som kadetchef opnåede han, at sø- og landkadetterne, der begge var indlogerede i det tidligere Operahus, blev adskilt fra hinanden, selv om de fortsatte var i samme bygning. Endvidere indførtes udsendelse af et særlig kadetskib hvert år, hvilket dog mere skyldtes Frederik Danneskiold-Samsøe end de Fontenay. Han gjorde sig i dette tidsrum desuden bemærket ved at udgive et fra fransk oversat værk om søtaktik (1743), ligesom han også reviderede den i flåden brugte signalbog.