Po sovětské okupaci v roce 1968 řídil jako místopředseda (od března 1968) vládu v době, kterou premiér Oldřich Černík trávil nedobrovolně na jednáních se sovětským vedením v Moskvě. Štrougal odmítl pozici ve zrádcovské vládě, kterou se snažil sestavit Alois Indra – kabinet pod jeho vedením se naopak alespoň slovně profiloval jako odpůrce okupace.