2011年，在潘基文第一任期的最后一年，利比亚内战爆发。潘基文从始至终一直为和平解决危机游说，多次指出反对对利比亚动武，认为外交手段是解决利比亚危机更好的方法。但他也承认如果卡扎菲拒绝停火协议，那联合国部队别无选择只能武装介入以保护利比亚人民人权。卡扎菲政权最终被推翻，卡扎菲本人也在战争中被击毙。