שתי המדינות היו חלק מיוגוסלביה בין השנים 1918–1991, למעט בתקופת מלחמת העולם השנייה, אז נכבשה המדינה על ידי גרמניה הנאצית. בשנת 1991 הכריזה סלובניה על עצמאותה, ולאחר ניצחונה במלחמת עשרת הימים היא הפכה למדינה ריבוני. קוסובו הכריזה על עצמאותה מסרביה ב-17 בפברואר 2008 וסלובניה הכירה בה ב-5 במרץ 2008. היחסים הדיפלומטיים כוננו ב-8 באפריל 2008. סלובניה מנהלת שגרירות בפרישטינה מאז ה-15 במאי 2008. השגריר הראשון של קוסובו בסלובניה היה אנטון ברישה, שמסר את תעודותיו לנשיא סלובניה בינואר 2010.