Durante la Primera Intifada (1987-91) cuadrillas del FPLP lucharon contra Israel en las ciudades de Cisjordania y la Franja de Gaza de lado de grupos similares que eran afiliados con Fatah y el movimiento de la resistencia islámica o Hamás. El FPLP no envió ninguno dirigente ni siquiera representantes por la Conferencia de Paz de Madrid en 1991, y también en 1993 George Habash dirigió rechazar participarse en los Acuerdos de Oslo. Pero en 1999 el grupo acordó haltar la resistencia armada. En el consejo de la dirección de FPLP en 2000, Habash quedó su puesto como secretario-general del FPLP. El nuevo jefe del grupo, Abu Ali Mustafa, regresó a la Autoridad Nacional Palestina, y estableció ramas zonales de la organización en las ciudades de Cisjordania y la Franja de Gaza. Pero la FPLP no reconoció el derecho de existir de Israel. Aunque el FPLP acordó negociar con Israel como miembros del gobierno palestino de Yasser Arafat y la OLP, el ala militar del FPLP no se disolvió. Pero aquel situación fue común en la ANP. Fatah, el grupo que negoció los acuerdos de Oslo con Israel formaba una milicia (Tanzim) aunque la existencia de grupos militantes fuera de la policía era una violación de los acuerdos.