然而，当玛格丽特携儿子和儿媳（安妮）返回英格兰时，形势已经倒向约克派，沃里克已于1471年4月14日的巴内特战役中被回国的爱德华四世所杀。5月4日，玛格丽特被迫率军参加蒂克斯伯里战役，战败，她17岁的独子爱德华被杀。爱德华身亡的具体情况不明，不知是战死还是在战役结束后被克拉伦斯公爵乔治所杀。虽然她在过去10年曾赢得“侵略性、冷酷”的称誉，但此时随着战败和儿子的身亡，她已意志消沉。在战役的尾声，她被威廉·斯坦利俘虏，被爱德华四世下令囚禁在沃林福德城堡，后转移到更安全的伦敦塔。亨利六世也在蒂克斯伯里战役后被囚禁于伦敦塔并在5月21日夜去世，死因不明，被怀疑遇弑。1472年，玛格丽特被前侍女萨福克公爵夫人爱丽丝·乔叟监管，直至1475年被路易十一赎回。