Im Jahr 1800 musste man noch widerwillig an Österreichs Seite gegen Frankreich kämpfen, doch als 1805 Österreich zum dritten Mal innerhalb von 100 Jahren Bayern überfiel, stand ihm dort eine schlagkräftige Armee gegenüber. Sie wich nur zurück, um sich mit der heranrückenden Armee Napoleons zu verbinden und sodann zum Gegenschlag auszuholen. Dieser erfolgte schnell, methodisch und gründlich. 30.000 Bayern nahmen an der erfolgreichen Belagerung Ulms und der anschließenden Befreiung Bayerns teil. In der Schlacht von Austerlitz sicherten sie die Flanken und Nachschubwege Napoleons. 1806/07 zwangen sie mehrere preußische Festungen zur Kapitulation. Die zum Teil mit österreichischer Unterstützung ausgebrochenen Unruhen in der von Napoleon an Bayern zugeteilten Provinz Tirol entwickelten sich aber 1809 zum regelrechten Volksaufstand, der nur mit französischer Hilfe niedergeworfen werden konnte. Als Österreich Bayern 1809 abermals überfiel, war Frankreichs Armee überwiegend in Spanien gebunden, sodass Napoleons erneuter Feldzug gegen die Habsburger anfangs nur mit überwiegend bayerischem Militär geführt wurde. In der Schlacht bei Wagram war der Einsatz der bayerischen Armee schlachtentscheidend.