У Првом светском рату је био командант Моравске дивизије првог позива (у биткама на Церу и Колубари) а 1915. године је био командант Тимочке војске, која је успешно бранила границе Србије од напада 1. бугарске армије, а истакла се у борбама код Качаника. Након повлачења, због болести пребачен је на лечење у Француску. У повратку из Француске на солунски фронт брод је торпедован у близини Сицилије. Пошто је Гојковић одбио да се преда, убијен је у чамцу за спасавање и потонуо у Јонском мору.