Les marins sont tout d'abord cantonnés au camp de Boulogne dans le cadre de l'invasion de l'Angleterre. Napoléon y voit en effet ici le rôle principal que doivent tenir les marins de la Garde : servir d'unité d'élite pour encadrer les équipages des navires de guerre souvent bien peu expérimentés. Cependant, avec la destruction de la flotte française à Trafalgar brisant tout espoir d'envahir la Grande-Bretagne, une partie des marins est engagée dans la campagne d'Autriche de 1805, où ils assistent aux batailles d'Ulm et d'Austerlitz. En 1806, 102 marins participent à la campagne de Prusse, en étant présents à Iéna et surtout au siège de Dantzig, où ils font partie du génie sous le commandement de Chasseloup-Laubat. Ils suivent la Grande Armée en Pologne, où, rejoints par les équipages restés en France, ils assistent, encore, à la bataille d'Eylau et à celle de Friedland.