Zu Beginn der Saison 2012/13 gelang Gisin eine deutliche Leistungssteigerung, als sie in ihrer mittlerweile stärksten Disziplin Slalom drei FIS-Rennen gewann und im Europacup erstmals unter die besten zehn fuhr. Aufgrund dieser Entwicklung erhielt sie die Gelegenheit, auch im Weltcup zu starten. Bei ihrer Weltcup-Premiere am 29. Dezember 2012 beim Slalom von Semmering qualifizierte sie sich sogleich für den zweiten Durchgang, schied aber kurz vor dem Ziel aus. Ihre ersten Weltcuppunkte holte sie am 15. Januar 2013 mit dem 9. Platz im Slalom von Flachau, mit bester Laufzeit im zweiten Durchgang. Sie nahm an der Weltmeisterschaft 2013 in Schladming teil und gewann bei der Juniorenweltmeisterschaft 2013 die Silbermedaille im Slalom. Am 10. Januar 2014 gelang ihr der erste Europacupsieg, als sie den Slalom von Melchsee-Frutt für sich entschied. Mit drei Siegen und drei weiteren Podestplätzen sicherte sie sich den ersten Platz sowohl in der Europacup-Gesamtwertung als auch in der Slalom-Disziplinenwertung. Beim Saisonfinale in St. Moritz gewann sie am 18. März 2016 im Schweizer Team den Mannschaftsbewerb vor Deutschland und Schweden.