Sobresalió en la primera batalla de Bull Run de 1861 (donde recibió su famoso sobrenombre de Stonewall, "muralla de piedra", a raíz de una arenga pronunciada por un oficial sudista, El general Barnard Elliott Bee (posteriormente muerto en esa misma batalla), que exclamó para animar a sus hombres "¡ahí está Jackson como una muralla de piedra! ¡Agrúpense detrás de los virginianos"!), tras la cual fue promovido a general el 7 de octubre de ese mismo año y se le dio el mando del distrito del Valle, con cuartel general en Winchester (Virginia), donde venció a las tropas de la Unión, muy superiores a las suyas en lo que es hoy conocido como campaña del Valle.