Han reorganiserte øyeblikkelig det militære hovedkvarteret i St. Michel, hvor han tilbrakte det meste av tiden, både under vinterkrigen og fortsettelseskrigen, foruten en rekke besøk ved fronten. Også i tidsrommet mellom disse to krigene oppholdt han seg hovedsakelig i hovedkvarteret og fortsatte som øverstkommanderende, til tross for at denne posisjonen egentlig skulle ha gått tilbake til presidenten etter freden i Moskva 1940. Før fortsettelseskrigen brøt ut, ble han av tyskerne tilbudt å overta kommandoen over de tyske soldatene som stod i Finland, noe han avslo for ikke å bli knyttet enda sterkere til Tysklands krigsmål. Han hadde så nære bånd til den tyske krigsmakten som situasjonen krevde, men avslo forslaget om å inngå en formell allianse. Videre avslo han å stille finske tropper til disposisjon ved beleiringen av Leningrad.