In den enteigneten ostdeutschen Unternehmensteilen wurde Müller 1952 Leiter des „VEB Silikon-Chemie“ in Nünchritz und 1953 wissenschaftlicher Leiter des Gesamtbetriebs. Darüber hinaus war er als Leiter des „Instituts für Silikon- und Fluorcarbonchemie“ tätig. 1951 erhielt Müller den Nationalpreis der DDR. Am 17. Juni 1953 machte er sich zum Wortführer der Arbeiterproteste im "VEB Chemische Fabrik v. Heyden".