В июле 1510 года Маркантонио был отправлен во главе папских вооружённых сил в Генуэзскую республику, где шла ожесточённая борьба между партиями гвельфов во главе с семьёй Фрегозо и гибеллинов во главе с семьёй Адорно. Римский папа, желая вытеснить союзников французов из Генуи, поддержал дожа Оттавиано Фрегозо. На кораблях флота Венецианской республики папская армия вышла в Лигурийское море. Однако надежды понтифика на быструю победу не оправдались. Попытка взять Геную провалилась. Маркантонио, командуя семьюстами пехотинцами, высадился в Кьявари, занял Ла-Специю и остановился в Рапалло. После неудачной попытки занять Портофино, ему пришлось спешно отступить под натиском французов на кораблях венецианцев. Высадившись в Популонии, он прибыл в Витербо на встречу с римским папой, который отправил его в Романью против феррарского герцога Альфонсо I д’Эсте и других союзников Французского королевства. В сентябре 1510 года Маркантонио переболел лихорадкой в окрестностях Пизы, после чего снова встретился с понтификом в Чезене. На этот раз Юлий II направил его в Болонью. В октябре того же года Маркантонио занял Сассуоло и Рубьеру, в декабре — Модену. Участвовал в осаде и взятии Мирандолы.