С 1892 по 1901 год проходил службу в Финском драгунском полку. В 1900 году ему было присвоено звание капитана. После упразднения вооружённых сил Великого княжества Финляндского Ханнес Игнатиус занимался бизнесом с 1901 по 1917 год. Во время Первой мировой войны был видным членом Военного комитета, стремившегося к независимости Финляндии. Ханнесу Игнатиусу сначала присвоили звание полковника, а затем в 1918 году генерал-майора. Во время гражданской войны в Финляндии воевал на стороне Белофиннов. С 18 февраля до 6 мая 1918 года занимал должность генерал-квартирмейстера, а с мая 1918 по июнь 1918 года служил в качестве начальника штаба. Во время Советско-финской войны (1939—1940) Ханнес Игнатиус вновь занимал пост начальника штаба вооружённых сил Финляндии.