Ngay sau đó, Dương Bạch Mai tống giam những người Trotskyist tại Sài Gòn. Binh lính Anh tìm thấy họ đêm 22/9/1945 và giao nộp cho người Pháp. Sau khi được thả, những người Trotskyist tổ chức tấn công quân Anh, Pháp theo lời kêu gọi Nam Bộ kháng chiến của Ủy ban Kháng chiến Nam Bộ do Trần Văn Giàu đứng đầu. Trong một đợt tổng rút quân của lực lượng kháng chiến Nam Bộ giữa tháng 10/1945, Đảng Cộng sản Đông Dương đã truy lùng, bắt giữ và hành quyết một cách có hệ thống khoảng 20 lãnh đạo phe Trotskyist trong đó có Phan Văn Hùm, một lãnh đạo có uy tín của phe Trotskyist. Những thành viên Trotskyist khác phải nương tựa Hòa Hảo và các đảng phái quốc gia khác ở đồng bằng sông Cửu Long.