В 1792 году Юзеф Зайончек в чине генерал-майора принял участие в русско-польской войне и защите Конституции 3 мая. Отличился в битве под Зеленцами, где командовал 3-м полком передней стражи и был награждён новым орденом Virtuti Militari. После присоединения польского короля Станислава Августа Понятовского к Тарговицкой конфедерации Юзеф Зайончек выступал за продолжение военных действий против России. Затем Ю. Зайончек подал в отставку и отправился в эмиграцию, где принял участие в подготовке и организации польского восстания.