Foote wurde im Jahre 1856 zum Commander befördert und kommandierte die USS Portsmouth im East India Squadron (Ostindien-Geschwader). Foote war damit beauftragt, die britischen Operationen gegen Kanton während des Zweiten Opiumkrieges zu beobachten, doch dies hatte zur Folge, dass er von chinesischen Küstenbatterien angegriffen wurde. Foote kommandierte daraufhin eine Vergeltungsoperation gegen die Verteidigungsforts der Chinesen. 1858 kehrte er in die Vereinigten Staaten zurück und kommandierte die Brooklyn Navy Yard in New York. Diesen Posten behielt er bis zum Ausbruch des amerikanischen Bürgerkriegs.