Ян-Хризостом-Антоній Богомолець був категоричним противником насильства. Саме тому він не підтримав повстання Тадеуша Костюшка (12 березня 1794 року). В результаті від нього відвернулися багато прихожан. Район Камьонек, де була парафія Яна Богомольця, був майже повністю знищений під час захоплення Варшави російськими військами фельдмаршала Олександра Суворова, а його жителі вирізані. Переживши сильний психічний розлад, Ян-Хризостом-Антоній Богомолець помер 17 лютого 1795 року в Варшаві. Похований в Катакомбах Повонзковського кладовища в Варшаві.