Juan Cortina nació en Camargo, Tamaulipas, era hijo de Estéfana Goseacochea y Trinidad Cortina, una familia ganadera acomodada. Cuando tenía 3 años, su familia se trasladó al Valle del Río Grande, ya que su madre había heredado grandes extensiones de tierra en los alrededores de Matamoros y Brownsville. En 1846, a los 22 años, ingresó en el ejército mexicano bajo las órdenes del general Mariano Arista, que había llegado a Matamoros en un intento de detener a las fuerzas de avance del general Zachary Taylor. Arista solicitó a Cortina formar una fuerza de "Vaqueros" locales que trabajaron para él y los ranchos cercanos. Este irregular regimiento de caballería (llamado "Tamaulipas") se colocó bajo su mando, la Intervención estadounidense en México había comenzado, Cortina tomó parte en las batallas de Palo Alto y la Resaca de la Palma.