Nach dem Waffenstillstand von Compiègne vom 22. Juni 1940 und der deutschen Besetzung Frankreichs ermächtigte die Nationalversammlung Pétain am 10. Juli 1940 zur Errichtung eines neuen Staatsgebildes, wodurch das Vichy-Regime entstand. Das bisherige Luftfahrtministerium wurde wenige Tage später, per Gesetz vom 12. Juli 1940, umgewandelt in ein ' („Staatssekretariat für Luftfahrt“). Ebenso wie die gleichzeitig aus den bisherigen entsprechenden Ministerien geschaffenen Staatssekretariate für Krieg und für die Marine kam es unter das Dach des '. Pujo, seit Juni 1940 Luftfahrtminister, blieb kurze Zeit an der Spitze des neuen Staatssekretariats; ihm folgten bis August 1944 vier weitere Generale im Amt. Das Sekretariat hatte seinen Sitz in Vichy; eine Außenstelle in Paris war mit Angelegenheiten betraut, die die von Deutschland besetzte Zone betrafen. Mit dem Waffenstillstand waren die militärischen Aktivitäten des Ministeriums praktisch zum Erliegen gekommen. Nach der Besetzung von ganz Frankreich durch die deutsche Wehrmacht im November 1942 wurden die militärischen Mitarbeiter der Behörde freigestellt und der Generalstab der Luftstreitkräfte aufgelöst. Die Luftstreitkräfte wurden zum 27. November 1942 aufgelöst und französischen Stellen jeglicher Flugbetrieb verboten. Am 26. März 1943 wurde die Behörde verschmolzen mit dem ' und umbenannt in ' („Generalsekretariat für Luftverteidigung“).