Nach Beginn des Zweiten Weltkrieges wurden die V1 und V2 als Transporter eingesetzt, so auch bei der Besetzung Norwegens. Die dritte Maschine erhielt einen verlängerten, gläsernen Bug sowie vergrößerte Höhenleitwerke und wurde unter der Bezeichnung Ha 139 V3/U1 oder Ha 139 B/217 als Aufklärer, später als Minensuchflugzeug mit so genanntem „Mausi-Ring“ unter anderem mit dem Kennzeichen P5+GH verwendet. Die landgestützte Weiterentwicklung der Ha 139 wurde 1938 entwickelt und als BV 142 bezeichnet.