Вначале Наварро служил в испанском войске, участвовал в походах Гонзальва Кордуанского и других видных полководцев (1503—1512). Во время войны за Неаполь (1499—1504) впервые удачно применил пороховые мины: взорвал ими стены двух считавшихся неприступными замков близ Неаполя (Кастель-Нуово и Кастель-дель-Ово), где заперлись французы, и они были взяты штурмом. Вера в неуязвимость крепостей с тех пор значительно ослабла. Участвовал в битве при Чериньоле (28 апреля 1503).