Figlio di un domestico dei Conti Stroganov, ricevette un'educazione scolastica tale da essere ammesso all'università di Mosca; tuttavia, i suoi studi furono spesso ostacolati dalle ristrettezze economiche. Una volta completati, prese subito a scrivere trattati sulla storia della Russia, interessandosi particolarmente al Medioevo - il periodo dei Rus'. Le sue prime pubblicazioni furono aspramente criticate dal professor Michail Trofimovič Kačenovskij; tra i due nacque un'antipatia che costrinse Pogodin a rinunciare ad intraprendere la carriera accademica. Parafrasando lo storico tedesco Schlözer, scrisse: "Gli antichi russi vivevano come topi o uccelli: non avevano né denaro né libri". A far scoppiare le polemica fra i due studiosi fu però una convinta dichiarazione di Pogodin, secondo la quale la "Cronaca degli anni passati", la cronaca più antica in lingua russa all'epoca a disposizione, non sarebbe stata nient'altro che una falsificazione del periodo di dominazione mongola. Era poco più di uno studente: nessuno per azzardare questa dichiarazione; eppure, seppe rimanere a galla, diventando presto popolare tra le nuove generazioni d'influenza slavofila.