Dans la foulée des sélections, Popov participe aux championnats d’Europe à Helsinki, sans les avoir spécialement préparés. Il y réalise le sans faute : il domine Pieter van den Hoogenband sur 50 et libre, dans des temps respectivement de et . Il gagne aussi le nage libre et le 4 nages avec les relais russes. Toutefois, Gennadi Touretski n’est pas satisfait : une nouvelle fois, il considère que Popov aurait pu profiter de sa forme pour battre son record du monde du ; au cours de la demi-finale, il a nagé en en étant facile. Les doutes sur sa capacité à gérer un se ravivent dans l’esprit du nageur, mais il n’en dit rien à son entraîneur. Neuf semaines le séparant des Jeux olympiques, Popov en profite pour intégrer à son entraînement des séances de rééducation pour se redresser le dos, ayant les épaules légèrement voûtées, sous la direction de l’ex-gymnaste Andreï Kravtsov.