D. Miguel parece ter sofrido horrivelmente de reumatismo nos últimos anos da sua vida, tendo de ser amparado para qualquer deslocação. No entanto, participou nos dois Conclaves de 1555: o de Abril, que elegeu o Papa Marcelo II e o de Maio, que elegeu o Papa Paulo IV. Acabou por falecer na sua residência de São Calixto a 5 de Junho de 1556. Jaz no pórtico da Igreja de Santa Maria in Trastevere.