Panis nousi F1:een voitettuaan 1993 FIA:n F3000-sarjan. Hänen managerinsa osti paikan Ligierillä, joka ei enää tuolloin ollut sarjan kärkipään autoja. Panis ajoi toiseksi Saksan GP:ssä 1994 ja Australiassa 1995. Portugalin GP:ssä 1994 hänet hylättiin. Monacon Grand Prix'ssä 1996 Panis nousi 14. lähtöruudusta voittajaksi kärkikuljettajien keskeytysten ansiosta. Voitto jäi Panisin ainoaksi.