A tatárjárás borzalmaitól Novgorod megmenekült. A tatárok a várostól mintegy száz kilométerre visszafordultak, valószínűleg, mert a parancsnokok tartottak a várost körülvevő mocsarak közti manőverezéstől. Bár a mongolok soha nem hódították meg, a köztársaság a többi orosz vidékhez hasonlóan adót fizetett az Arany Hordának. 1259-ben politikai felforduláshoz vezetett, amikor mongol adószedők érkeztek Novgorodba. Alekszandr Nyevszkij vlagyimiri fejedelem Novgorod korábbi fejedelme, hadseregével kényszerítette Novgorodot a kán iránti engedelmességre, és több városi hivatalnoknak még az orrát is levágatta. A 14. században a vikingekhez haosnló életmódot folytató novgorodi kalózok (uskujnyikok) egészen Kazanyig és Sztrahanygig tartották rettegésben az embereket. A Moszkva elleni háborúkban segítették Novgorodot.