Als nach dem Tod von Alexander III. 1286 die schottische Thronfolge ungeklärt und es schließlich zum Krieg mit England kam, kam es auch zwischen den Madougalls aus Argyll, den MacDonalds auf Islay und den MacRuairis aus Garmoran zu neuen Kämpfen. Die Versuche des schottischen Königs John Balliol und nach dessen Niederlage die des englischen Königs Eduard I., mit Hilfe der Macdonalds von Islay die Kontrolle über die westschottischen Inseln zu gewinnen, steigerte nur die Fehden zwischen den Clans. Weder der englische König noch seine schottischen Gegner hatten nach 1296 die westschottischen Inseln unter ihrer Kontrolle. 1299 fiel Alexander Macdonald of Islay im Kampf gegen seine überlegenen Gegner. Erst nach 1308 konnte der schottische König Robert I. die Inseln unter seine Kontrolle bringen. Er unterwarf den Nordwesten Schottland auch einer administrativen Reform, so dass auch die Inseln Teil eines schottischen "sheriffdoms" wurden, außerdem wurden Teile der Inseln und Argyll als Lehen neu vergeben. Nach seinem Tod kam es aber infolge des Zweiten Schottischen Unabhängigkeitskriegs ab 1332 zu neuen Kämpfen. John Macdonald of Islay konnte die Vorherrschaft gewinnen und nannte sich ab 1336 Lord of the Isles. König David II. musste 1343 seine Stellung anerkennen. Die Nachkommen von John Macdonald herrschten bis ins 15. Jahrhundert als Lord of the Isles über die Inseln.