Cuando la rama principal de la familia se extinguió en 1559, el Electorado pasó a Federico III de Simmern, un firme calvinista, y el Palatinado se convirtió en uno de los principales centros del calvinismo en Europa, apoyando a las rebeliones calvinistas tanto en los Países Bajos como en Francia. El nieto de Federico III, Federico IV, y su consejero, Cristián de Anhalt, fundaron la Unión Evangélica de estados protestantes en 1608, y en 1619 el Elector Federico V (en yerno del rey Jacobo I de Inglaterra) aceptó el trono de Bohemia de los rebeldes nobles protestantes. Pronto fue derrotado por las fuerzas del emperador Fernando II en la Batalla de la Montaña Blanca en 1620, y las tropas españolas y bávaras pronto ocuparon el propio Palatinado. En 1623, Federico fue puesto bajo interdicción del Imperio, y sus territorios y la dignidad electoral se entregaron al duque (ahora elector) de Baviera, Maximiliano I.