Papst Pius VI. kreierte Aurelio Roverella im Konsistorium vom 21. Februar 1794 zum Kardinalpriester. Den roten Hut erhielt er am 27. Februar und die Titelkirche "Santi Giovanni e Paolo" am 12. September desselben Jahres. Er war unter anderem tätig im Heiligen Offizium, in der Kongregation für das Tridentinum und als Examinator der Bischöfe im Kanonischen Recht. Am 27. Februar 1795 wurde er Pro-Datar Seiner Heiligkeit. Vom 27. Juni 1796 bis zum 24. Juli 1797 war Aurelio Roverella Kämmerer des Heiligen Kardinalskollegiums. Als Papst Pius VI. 1797 erkrankte, gewährte er Kardinal Roverella umfassende Vollmachten, ebenso am 20. Februar 1798, als der Papst von den Franzosen gefangen genommen und nach Frankreich gebracht wurde. Als nach Ausrufung der Römischen Republik der Kirchenstaat von französischen Truppen besetzt wurde, verließ Aurelio Roverella Rom. Er nahm in Venedig am Konklave 1799–1800 teil, aus dem Pius VII. als Papst hervorging. Dieser bestätigte am 29. März 1800 Kardinal Roverella in seinem Amt als Pro-Datar Seiner Heiligkeit, das er bis zu seinem Tode innehatte. Am 23. Mai 1800 war er einer der drei Kardinallegaten, denen bis zur Rückkehr des Papstes die Regierungsgeschäfte in Rom übertragen wurden. 1808 wurde er von den Franzosen der Stadt Rom verwiesen und zog sich nach Ferrara zurück.