Административным центром Восточной Флориды был Сент-Огастин, а Западной Флориды — Пенсакола, но в качестве столицы нового административного образования был избран находящийся на полпути между ними Таллахасси. Во Флориде начало развиваться сельское хозяйство по тем же принципам, что и на других землях юга США, однако проблемой стали индейцы-семинолы, дающие приют беглым рабам. Поселенцы начали давить на федеральное правительство, требуя выселения индейцев на запад. 28 мая 1830 года Конгресс США принял Закон о переселении индейцев, а 9 мая 1832 года в Пэйнс-Лэндинг на реке Оклаваха был подписан договор между Соединёнными Штатами и вождями ряда семинольских племён, в соответствии с которым семинолы должны были в течение трёх лет переселиться на западный берег реки Миссисипи. Однако часть семинолов отказалась признавать это соглашение, следствием чего стала начавшаяся в 1835 году Вторая Семинольская война, продлившаяся до 1842 года.