1. listopadu 1755 postihlo Lisabon zemětřesení a celý klášter, včetně kostela, ve kterém právě probíhala mše, se zřítil a pohřbil mnoho věřících. Za vlády Marie I. sice začala rekonstrukce jednoho z klášterních křídel v novogotickém stylu, ale roku 1834 byly práce na klášteru zastaveny poté, co došlo k vyhnání církevních řádů z Portugalska. Rekonstrukce se tak dočkaly pouze pilíře a oblouky chrámových lodí. V 19. století přišel romantismus a s ním zájem o ruiny, a tak bylo rozhodnuto, že stavba zůstane nedokončena.