Fujita rimase ai margini del conflitto, che si chiuse il 15 agosto 1945 con l'accettazione dell'ultimatum di Potsdam da parte dell'Impero giapponese. Il 29 agosto una parte della British Pacific Fleet, guidata dal contrammiraglio Cecil Harcourt, si presentò dinanzi Hong Kong e completò lo sminamento delle acque circostanti, senza nessuna reazione nipponica. Si ebbe però un incidente quando, attorno alle 12:00 del 30 agosto, un sottufficiale di uno dei tre squadroni di battelli Shinyo salpò con tre dei natanti per informare il viceammiraglio Fujita che, come da disposizioni, tutte le testate di guerra era stato disattivate e/o rimosse. Harcourt, che era penetrato nell'ancoraggio angusto dell'isola, credette fosse in corso una disperata azione giapponese e fece decollare alcuni aerei: un battello fu distrutto e un secondo s'incagliò. Chiarito l'equivoco, il 16 settembre si poté procedere con la cerimonia di resa, svoltasi nella vecchia residenza del Governatore a Hong Kong: Harcourt lesse il documento alla presenza di ufficiali statunitensi, canadesi e cinesi, quindi Fujita e il suo omologo dell'esercito, maggior generale Umekichi Okada, apposero la propria firma sedendo a un piccolo tavolo. Consegnarono dunque le rispettive "katana", si inchinarono seccamente e tornarono ai loro comandi, mentre la squadra britannica sparava salve in saluto all'avvenimento. Fujita fu trattenuto per vari mesi dalle autorità britanniche e rientrò in Giappone nel 1946, dove il 7 agosto passò nella riserva ufficiali della Marina imperiale, ancora attiva per aiutare gli Alleati nella smobilitazione. Ruitarō Fujita morì il 15 aprile 1947, all'età di 59 anni, a causa di insufficienza renale cronica che lo aveva colpito da tempo. Non poté dunque essere processato per il crimine di guerra commesso in Nuova Guinea.