En agosto de 1968, como consecuencia de la invasión del país por el Pacto de Varsovia, fue forzado a viajar a la Unión Soviética junto con otros políticos, donde firmaría el Protocolo de Moscú, y cuando regresó pidió al pueblo checoslovaco a cooperar con la URSS, pero prometió continuar las reformas. Después de que el secretario general del partido Alexander Dubcek fue reemplazado por Gustáv Husák en 1969, Černík públicamente se distanció de su anterior apoyo a las reformas, aunque esto no evitó que fuera forzado a renunciar a su cargo de Primer ministro en 1970. Posteriormente fue expulsado del partido. Apoyó la Revolución de Terciopelo que causó la caída del régimen comunista en 1989 e hizo intentos de volver a la política a inicios de la década de 1990. Murió en Praga el 19 de octubre de 1994 una semana antes de su cumpleaños número 73.