1855 kommandierte er im Krimkrieg das Schiff "HMS St. Jean d'Acre", mit dem er zunächst in der Ostsee bei der Eroberung der Festung Bomarsund und später im Schwarzen Meer eingesetzt war. Während der Belagerung von Sewastopol kommandierte er die Marinebrigade. 1856 führte er als Konteradmiral ein Geschwader im Zweiten Opiumkrieg gegen China an. Sein Flaggschiff in dieser Zeit war die "HMS Royal Adelaide". 1857 wurde er als Knight Commander des Order of the Bath (KCB) geadelt. Zwischen 1860 und 1867 war er in afrikanischen, dann in den chinesischen und japanischen Gewässern stationiert. Henry Keppel wurde 1869 zum Admiral ernannt, und 1877 zum "Admiral of the Fleet" und hatte damit den höchsten Offiziersrang in der Royal Navy. 1871 wurde er zum Knight Grand Cross des Order of the Bath (GCB) erhoben.