La carriera di Logan Tom inizia nel 1999, tra le file della Stanford University. Nei quattro anni trascorsi a Stanford disputa tre finali della NCAA Division I, vincendone una nel 2001 e venendo anche eletta Most Outstanding Player della finale. Nel 2000 viene convocata in nazionale a soli 19 anni, per i Giochi della XXVII Olimpiade, diventando la più giovane giocatrice di pallavolo a partecipare ad un'Olimpiade. Un anno dopo, vince la medaglia d'oro al campionato nordamericano e al World Grand Prix. Nel 2002 vince la medaglia d'argento al campionato mondiale, perdendo in finale con l'Italia.