Први помен Сципиона Емилијана у изворима односи се на 168. годину п. н. е. када је приликом битке код Пидне учествовао у победи свог рођеног оца Луција Емилија над македонским краљем Персејем. У Риму је упознао хеленског историчара Полибија који се ту нашао, после сукоба код Пидне, као један од грчких талаца. Полибије ће се у свом делу "Историје" врло повољно изразити о младом Публију, представљајући га као благог и умереног младића. Војну службу наставио је у поприлично немирној Хиспанији. Ућествоваће и у Трећем пунском рату, где ће римске снаге под његовим заповедништвом 146. п. н. е. заузети Картагину. Дејствујући на захтев сената, град је након похаре разорио и анатемисао. Његова војна делатност доживела је врхунац у Хиспанији, где је буктао устанак месних племена са средиштем у граду Нуманцији. У релативно кратком року преуредио је растројене и малодушне римске трупе, на чијем је челу устанак угушио а Нуманцију освојио 133. п. н. е.