W reprezentacji Chile Acuña zadebiutował 29 marca 1995 roku w wygranym 2:1 towarzyskim meczu z Meksykiem. W swojej karierze Acuña czterokrotnie brał udział w turniejach Copa América: w 1995 rozegrał jeden mecz w fazie grupowej, w 1997 – 3 mecze w grupie, w 1999 zajął 4. miejsce, a w 2004 zagrał w 3 grupowych meczach.