Am Mittag besuchte der Papst die Universität Regensburg. Dort hielt er eine Vorlesung zum Thema „Glaube, Vernunft und Universität – Erinnerungen und Reflexionen“. Sie enthielt Aussagen zum Verhältnis des Islam zur Gewalt und ein weltweit umstrittenes islamkritisches Zitat des byzantinischen Kaisers Manuel II. Palaiologos ("siehe auch: Papstzitat von Regensburg"). In einem abschließenden ökumenischen Vesper feierte er im Dom zusammen mit dem evangelisch-lutherischen Landesbischof von Bayern Johannes Friedrich sowie dem orthodoxen Metropoliten von Deutschland Augoustinos. Dort bekräftigte er den Willen zu einer Annäherung zwischen Protestanten und Katholiken; konkrete Schritte nannte er jedoch nicht.