Již v roce 1241 byl vybudován základ současného kostela, kamenná kaple zasvěcená patronce řádu Panně Marii. Téhož roku se majitelem Miletína stal Řád německých rytířů, který si vystavěl v sousedství tvrze vlastní klášter. V jeho okolí  postupně vznikala osada, ze které v podstatě vychází podoba dnešního města. Nad osadníky vykonával duchovní správu sám řád, poté vznikla farnost a od roku 1270 je miletínský kostel uváděn jako farní. Za husitských válek se kláštera ujal Diviš Bořek z Miletínka, vůdce ze sousední tvrze, který zavedl duchovní správu podobojí. V tomto období se v kapli konaly kališnické pobožnosti, ty trvaly do Bitvy na Bílé hoře. V roce 1629 si církevní správu vzali na starost jezuité.