Након подизања оптужнице од стране Хашког трибунала и бега, ухапшен је на Канарским острвима 7. децембра 2005, а хашки процес против Готовине, као и генерала Маркача и Чермака започео је 11. марта 2008, а 15. априла 2011. године Хашки трибунал га је неправоснажно осудио на 24 године робије, због злочина почињеним над Србима у Операцији Олуја 1995. године. Међутим, 16. новембра 2012. Жалбено веће Хашког трибунала га је ослободило свих оптужби због недоказане одговорности и истог дана пуштен је на слободу.