וייצזקר הואשם בסיוע לגירוש יהודי צרפת לאושוויץ, כפשע נגד האנושות (האישום בפשע נגד השלום בוטל לאחר ערעור). וייצזקר, בסיוע בנו ריכרד שהיה סטודנט למשפטים באותה עת והופיע כעוזר לסנגורו, טען כי לא ידע מהי המטרה האמיתית שלשמה הוקם מחנה אושוויץ, והאמין כי היהודים יסתכנו פחות אם יגורשו למזרח.