A milícia lutou contra os partidários do presidente Pascal Lissouba no conflito armado de 1993-1994 no Congo. Na Guerra Civil na República do Congo (1997-1999), aliaram-se às forças de Lissouba contra os partidários do ex-presidente Denis Sassou Nguesso. Após a vitória de Sassou Nguesso na Guerra Civil, os Ninjas de Ntoumi participaram de uma insurgência contra o seu governo no Departamento de Pool. O conflito em Pool escalou em uma série de confrontos violentos em 2002-2003, após os quais a liderança dos Ninjas acabou desistindo de sua luta armada. Entretanto, em 2016, um novo ciclo de violência iniciou-se.