Lors de la Seconde Guerre mondiale, la Grèce est occupée par les forces de l'Axe. Frederika et ses enfants trouvent alors refuge en Afrique du Sud en 1941 puis en Égypte en 1943 tandis que Paul passe la durée du conflit avec le roi Georges II, entre Londres et Le Caire. Une fois la guerre terminée, la montée du communisme en Grèce empêche un certain temps le retour de la famille royale à Athènes. Un référendum permet cependant la restauration de Georges II en 1946. Un an plus tard, Paul monte à son tour sur le trône et Frederika devient reine des Hellènes. Or, à cette époque, la Grèce est confrontée à la guerre civile (1946-1949) et la souveraine se rend à plusieurs reprises sur le front afin de montrer le soutien de la dynastie à l'armée. Frederika organise aussi l'aide aux réfugiés en créant une fondation et un réseau de « villages d'enfants », accusés par l'opposition de surtout servir les intérêts de la couronne. Une fois la paix restaurée, le couple royal sillonne le pays et effectue de nombreux voyages officiels à l'étranger, mettant ainsi en place une diplomatie parallèle. La reine tente, par ailleurs, de développer le tourisme international en invitant des représentants des familles royales européennes à parcourir la Grèce lors de la « croisière des rois » (1954). Cependant, les souverains interviennent aussi directement dans la vie politique hellène, ce qui contribue à dégrader leur image auprès de la population.