Il est nommé sélectionneur de l'équipe de France après la Coupe du monde. Il devient le premier sélectionneur de l'histoire du XV de France à ne jamais avoir connu ce maillot en tant que joueur. Au cours de son mandat, le XV de France remporte le Tournoi des Six Nations à quatre reprises en 2002, 2004, 2006 et 2007, réalise le Grand Chelem à deux reprises en 2002 et 2004, et termine à la quatrième place lors des Coupes du monde de 2003 et de 2007. Il reste à la tête de l'équipe de France plus longtemps que la plupart de ses prédécesseurs, alors même qu'il a obtenu dans l'ensemble de moins bons résultats : ainsi, le sélectionneur précédent, Jean-Claude Skrela, avait en quatre ans remporté le Grand Chelem à deux reprises (1997 et 1998), et mené la sélection en finale de la Coupe du monde en 1999. Cela ne l'avait pas empêché de perdre son poste à la suite de cette finale. Le , Bernard Laporte quitte définitivement son poste de sélectionneur du XV de France après une défaite contre l'Argentine (10-34) lors du match pour la troisième place de la Coupe du monde 2007. Au cours de ses deux mandats, l'équipe de France aura disputé avec un bilan de contre et nuls. Ses huit ans passés à la tête du XV de France auront été marqués par le renforcement de l'assise défensive de l'équipe, qui est devenue au fil des années difficilement franchissable en cours de jeu et qui concède un nombre limité de pénalités.