Le conflit reprend, pour les mêmes raisons et au même endroit, en 1712 après que les habitants du Toggenbourg, réformé, se sont soulevés en 1707 contre leur maître, l'abbé de Saint-Gall. Cette fois-ci, ce sont les protestants qui l'emportent lors de la Guerre de Toggenburg et signent la paix de Baden le pour imposer plusieurs modifications politiques, en particulier sur la possession des bailliages communs (les cantons catholiques sont exclus de la gestion des bailliages de Baden et des Freie Ämter bas alors que Berne est admis dans celui des Freie Ämter haut, de la Thurgovie, du Rheintal et de Sargans) ainsi que sur le mode de décision lors des réunions de la Diète qui passe de la majorité simple (acquise aux catholiques) à la décision d'un tribunal constitué à parts égales de catholiques et de protestants. Plusieurs traditions perdurent en Suisse à la suite de cette guerre, tel que le pain de la "" préparé en Argovie le deuxième dimanche de l'année en remerciement aux femmes venues aider les soldats sur le champ de bataille ou l'obligation faite aux pasteurs vaudois, lors de la célébration d'un mariage, de vérifier que le nouvel époux soit , afin d'éviter, comme cela avait été le cas lors de la bataille, que certains soldats se retrouvent sans armes.