В апреле 1990 года в Словении состоялись первые в Югославии демократические выборы. В том же году Кучан был избран председателем Президиума, победив при голосовании лидера оппозиционного альянса "ДЕМОС" Йоже Пучника. Он выступал за мягкое разделение югославских республик и, увидев невозможность создания поддерживаемой им мягкой конфедерации, провозгласил 25 июня 1991 года независимость Словении, первой среди югославских республик. После Десятидневной войны было подписано Брионское соглашение, югославские войска покинули Словению и её независимость была признана. В 1992 году и 1997 году Кучан выигрывал президентские выборы как независимый кандидат, каждый раз одерживая победу в первом туре голосования благодаря своей высокой популярности.