Trong vị trí chỉ huy mới, Murat tham chiến tại Áo và giành được những thắng lợi ban đầu. Tại Trận Austerlitz, ông là người chỉ huy cánh trái của quân đội Pháp và góp phần rất lớn vào một trong những chiến thắng lớn nhất của Napoléon. Sau khi Hiệp ước Presbourg được ký ngày 27 tháng 12 năm 1805, Joachim Murat trở thành Đại công tước Berg và Clèves.