14 октября 1962 года Бене дебютировал в сборной Венгрии в матче против Югославии, где его команда проиграла 0:1. В составе венгерской сборной Ференц, который в клубе играл центрального нападающего, был вынужден выступать на правом краю атаки, из-за того, что место центрфорварда было отдано Флориану Альберту. В 1964 году он выиграл с национальной командой бронзовые медали чемпионата Европы, а затем одержал победу на Олимпийских играх, где забил 12 голов, из которых 6 в матче с Марокко и гол в финальной игре с Чехословакией. В 1966 году на чемпионате мира в матче с Бразилией Бене забил первый гол во встрече, которая завершилась сенсационной победой венгров 3:1; это поражение стало первым для бразильцев в финальных частях розыгрыша чемпионатов мира с 1954 года, когда они также проиграли Венгрии. На турнире команда дошла до четвертьфинала, где проиграла сборной СССР. Всего за сборную Бене провёл 76 матчей и забил 36 голов.