フアン・コルティナは 1824年5月16日、メキシコのタマウリパス州カマルゴで牧場を営んでいた両親（母エステファナ・ホセアコチェアと父トリニダッド・コルティナ）の間に生まれた。3 歳の時、テキサスのリオグランデ谷下流の町マタモロスとブラウンズビルにまたがる広大な土地を母親が相続することになり家族で引越す。1846年、彼が 22 歳の時、ザカリー・テイラー将軍率いるアメリカ合衆国陸軍は、当時メキシコが主張していた米墨国境であるヌエセス川を越境してメキシコ領内に侵入した。この進軍を阻止するためにマタモロスに派遣されたマリアーノ・アリスタ将軍配下のメキシコ軍にコルティナは参加する。アリスタ将軍はコルティナに対し、近在の牧夫らを集めて軍隊を組織するよう命じた。この非正規軍である騎兵連隊（「タマウリパス (Tamauripas) と呼ばれた」）をコルティナが指揮し、米墨戦争の発端となったパロ・アルトの戦いやレサカ・デラ・パルマの戦いなどに参戦した。