Im April und Mai 1415 eroberten die Eidgenossen den Aargau und das Amt Rohrdorf von den Habsburgern. Oberrohrdorf war nun Teil der Grafschaft Baden, einer gemeinen Herrschaft. Der alle zwei Jahre wechselnde, in Baden residierende eidgenössische Landvogt übte die Landesherrschaft und die Blutgerichtsbarkeit aus. In Oberrohrdorf war er zusätzlich im Besitz der niederen Gerichtsbarkeit, während in Staretschwil das Kloster Wettingen diese Aufgabe innehatte. Die Staretschwiler Offnung, die das Verhältnis zwischen Niedergerichtsherr und Dorfbevölkerung regelte, entstand um 1420. Das entsprechende Originaldokument für Oberrohrdorf ging 1596 bei einem Brand verloren. Unter der Führung von Pfarrer Heinrich Buchmann, dem Bruder von Theodor Bibliander, trat die Pfarrei Rohrdorf im Jahr 1529 zur Reformation über. Zwei Jahre später, nachdem die reformierten Orte im Zweiten Kappelerkrieg unterlegen waren, musste die Bevölkerung wieder die katholische Konfession annehmen. Gegen Ende des Bauernkrieges von 1653 war der Rohrdorferberg Aufmarschgebiet der Zürcher Truppen auf dem Weg zur Entscheidungsschlacht bei Wohlenschwil. Während des Zweiten Villmergerkriegs von 1712 besetzten die katholischen Innerschweizer Orte am 12. Mai den Hügelzug zwischen Reuss- und Limmattal. Wiederholt kam es zu Raubzügen; unter anderem überfielen Bewohner des Rohrdorferbergs die Mühle von Spreitenbach. Rund 5'000 Zürcher rückten am 21. Mai über den Heitersberg gegen Mellingen vor. Oberrohrdorf wurde von den Truppen schwer geplündert, ein Teil des Pfarrarchivs ging dabei verloren.