Der 1,85 m große Marten Eikelboom bestritt 177 Länderspiele für die niederländische Nationalmannschaft Der Angriffsspieler debütierte 1993 in der Nationalmannschaft. Bei der Weltmeisterschaft 1994 in Sydney trafen die Niederländer im Finale auf die Mannschaft Pakistans. Beim Stand von 1:1 ging das Spiel in die Verlängerung, die Pakistaner gewannen im Siebenmeterschießen mit 4:3. Marten Eikelboom wurde in zwei Spielen der Vorrunde eingewechselt. Im Jahr darauf gewann er mit der niederländischen Mannschaft die Silbermedaille bei der Europameisterschaft in Dublin.