Současný jednolodní kostel Nanebevzetí Panny Marie byl vystavěn v místě staršího, dřevěného kostela s šindelovou střechou a na zděných základech, existujícího pravděpodobně již ve 13. století, ačkoli první písemná zmínka o něm je z roku 1354. Tehdejší farní kostel Nanebevzetí Panny Marie tak byl první sakrální stavbu dnešních Benátek nad Jizerou. Husitské nepokoje i dobu třicetileté války kostel přečkal relativně bez úhony, avšak zdejší fara zanikla v souvislosti s husitskými válkami a farnost s kostelem připadly pod správu novobenátecké fary. Poté byl kostel dlouhodobě zanedbáván a chátral, až do roku 1761, kdy se zřítil.