Jouant au deuxième but pour les Giants, Scutaro y connaît une spectaculaire fin d'année. En 61 parties de saison régulière avec San Francisco, le vétéran frappe dans une moyenne au bâton de ,362 avec 88 coups sûrs, 16 doubles, 3 circuits et 44 points produits. Il termine la saison 2012 avec 32 doubles, 4 circuits, de nouveaux records personnels de coups sûrs (190) et de points produits (74) et frappe pour ,306 en 156 parties au total pour Colorado et San Francisco. Il est nommé joueur par excellence de la Série de championnat 2012 de la Ligue nationale. L'athlète de 36 ans réussit 14 coups sûrs en 28 présences au bâton dans la série contre les Cardinals de Saint-Louis. En sept matchs, il frappe 3 doubles, récolte 4 points produits et marque 5 points. Scutaro frappe au moins deux coups sûrs dans 6 des 7 parties de la série, un fait jamais accompli dans l'histoire. Il bat le record des majeures de 5 matchs de plus d'un coup sûr dans une Série de championnat auparavant détenu par Harold Baines (Athletics, 1992) Devon White (Blue Jays, 1993), Eddie Pérez (Braves, 1999), Albert Pujols (Cardinals, 2004) et Kevin Youkilis (Red Sox, 2007). Ses 14 coups sûrs égalent le record de la Ligue nationale pour une Série de championnat, établi par Albert Pujols avec les Cardinals de 2004, et le record du baseball majeur qu'il partage désormais avec Pujols, Hideki Matsui (Yankees, 2004) et Kevin Youkilis (Red Sox, 2007). Il bat aussi le record des Giants de 13 coups sûrs dans une Série de championnat, établi en seulement 5 matchs par Will Clark en 1989.