В марте 1942 года австралийские войска были возвращены на родину в связи с началом войны с Японией. В августе 1942 года Аллен был отправлен на Новую Гвинею, где отразил японское наступление на Порт-Морсби. Несмотря на успешность его действий, Макартур и Блэми обвинили его в недостаточной энергичности, и 29 октября 1942 года Аллен был отстранён от командования операцией.