しかし、このウルドゥー語国語化は大きな問題を抱えていた。最大の問題は、指導者と地元住民が異なる言語を話すようになってしまったことである。ほとんどの指導者がインド領となった地域から逃れてきており、地元住民の多くとは話が通じなかったことは、民主政治の阻害と中央集権による独裁制の台頭を促した。それでも西パキスタンではウルドゥー語公用語化は摩擦を伴いつつも受け入れられ、徐々に話者も増加していったが、この方針は東パキスタンでは激しい反対を受けた。多数の言語が存在する西に対し、東はベンガル語話者がほとんどを占めていたうえ、東ではウルドゥー語にはなじみがなく話者もほとんどいなかったためである。しかしパキスタン政府首脳は東の要望を無視してウルドゥー語のみの公用語化方針を堅持したため、東ではベンガル・ナショナリズムが激化することとなった。この問題は武力衝突を招くなど東西間の対立の焦点となり、1956年に制定されたパキスタン憲法では国語をウルドゥー語とベンガル語の二言語制にするなどの譲歩も行われたものの対立は激化していき、最終的に1971年のバングラデシュ独立戦争によって国家分裂と東パキスタン（バングラデシュ）の独立を招くこととなった。バングラデシュ独立後、ウルドゥー語はパキスタンの唯一の国語となり、公用語の英語に次ぐ地位を占めるようになった。2015年には、公用語を英語からウルドゥー語に変更するようにパキスタン最高裁判所は命じた。