Nachdem sich die Tschechoslowakei zum 1. Januar 1993 aufgelöst hatte, startete Holubec für Tschechien. Erste internationale Meisterschaft wurden nur kurz darauf die Weltmeisterschaften 1993 in Borowetz, bei denen er im Einzel Siebter und mit Petr Garabík, Kos und Masařík als Schlussläufer der Staffel 12. wurde. Ein Jahr später startete er in Lillehammer erstmals für Tschechien bei Olympischen Spielen, wo Holubec 17. im Einzel, 29. des Sprints und mit der Staffel in Besetzung der Vorjahres-WM erneut Staffel-12. wurde. Bei den Biathlon-Weltmeisterschaften 1995 in Canmore kam er als 14. des Einzels erneut auf eine gute Platzierung, gewann zudem mit Garabík, Roman Dostál und Masařík im Mannschaftsrennen hinter Norwegen seine zweite WM-Silbermedaille. Letztmals startete der Tscheche 1996 in Ruhpolding bei einer Weltmeisterschaft. Im Einzel wurde er 45. und mit Garabík, Dostál und Masařík einmal mehr 12. mit der Staffel. Letztes Großereignis und Karriereabschluss wurden die Olympischen Winterspiele 1998 in Nagano, bei denen er 34. des Einzels und mit Garabík, Zdeněk Vítek und Masařík 14. im Staffelwettkampf wurde.