1790. június 11-én ismét szörnyű tűzvész tört ki a városban, melyben szinte az egész belváros leégett. Súlyos károkat szenvedett a plébániatemplom és a paplak is, a legnagyobb veszteség mégis az ősi vár pusztulása volt, melyből csak füstölgő romok maradtak, és többé már nem épült fel. Szenvedett a város a napóleoni háborúk alatt is. 1805-ben itt vonult át I. Sándor orosz cár serege útban Austerlitz felé, 1813-ban pedig 36 ezer orosz katona vonult át útban a lipcsei csatába. 1813-ban újra nagy árvíz pusztított, mely 44 lakos életét követelte. A várost közvetve sújtotta az 1866-ig königgrätzi csata is, mely után a megvert osztrák sereg maradványai érkeztek ide súlyos kolerajárványt okozva. A porosz–osztrák háborúban részt vett a „drótos regiment”nek csúfolt trencséni 71. gyalogezred is, melynek 1880-tól itt volt a székhelye. Az osztrák-magyar kiegyezés kedvezőtlenül érintette Trencsént, mely 1867-től szabad királyi városi jogait elveszítve Trencsén vármegye alárendeltségébe került.