Mafra wurde nun zum Denkmal für die königliche Macht, obwohl es niemals Sitz eines Königs werden würde, sondern eher als Vergnügungspalast fungierte. Johann ließ zahlreiche Opern, Komödien und Serenaden im Palast mit großem Pomp feiern, und sein riesiger Besitz wurde für die kommenden Jahrhunderte zum bevorzugten Jagdrevier der königlichen Familie. Der König begann auch ab 1732, seinen Geburtstag jährlich in Mafra zu feiern. Johann beherbergte eine der größten und prächtigsten Bibliotheken Europas mit über 36.000 Bänden aus dem 14. bis 18. Jahrhundert im Palast. Die Arbeiten in Mafra wurden bis 1755 fortgesetzt, als die Verwüstung durch das große Erdbeben von Lissabon so viele Arbeiter wie möglich für den Wiederaufbau der Stadt benötigte.