Die Kirche wurde als Teil eines Klosters zwischen 1389 und 1423 auf Veranlassung des Feldherrn Nuno Álvares Pereira (2009 heiliggesprochen) errichtet, der maßgeblich zum Sieg in der Schlacht von Aljubarrota beigetragen hatte. Im Jahre 1385 wurden die Kastilier vernichtend geschlagen und damit die Unabhängigkeit Portugals gesichert. Das Erdbeben von Lissabon 1755 zerstörte Kirche und Kloster. Die von Königin Maria in Auftrag gegebene Renovierung konnte nicht vollendet werden. Die Ruine wurde im Jahre 1864 der königlichen Vereinigung der Architekten und Archäologen übergeben, die hier ein Museum einrichteten.