Unter der osmanischen Besatzung kam es mehrfach zu Aufständen der griechisch-orthodoxen Bevölkerung der Insel, die durch das Osmanische Reich niedergeschlagen wurden, der größte 1770 unter Daskalogiannis. Im Jahr 1821, dem Jahr des Beginns der Griechischen Revolution, wurden in "Hanya" viele Christen getötet und der Bischof von Kissamos, Melhisethek Thespotakis, in "Splantzia" gehängt. Der Aufstand Griechenlands schien schon gescheitert, als der Vizekönig von Ägypten, Muhammad Ali Pascha, den osmanischen Sultan Mahmud II. 1824 bis 1827 bei der Niederschlagung der Revolution unterstützte. Durch das Eingreifen der Großmächte Großbritannien, Frankreich und Russland, die die ägyptische Flotte in der Schlacht von Navarino vernichteten, wurde der osmanische Herrscher jedoch gezwungen, das Londoner Protokoll vom 3. Februar 1830 zu unterzeichnen, durch das der griechische Staat, wenn auch nur auf kleiner Fläche, neu entstand. Danach war es das Bestreben der griechischen Bevölkerung Kretas, eine Vereinigung mit dem Mutterland herbeizuführen. Bis 1840 unterstand die Insel allerdings dem ägyptischen Vizekönig, der sie dann einschließlich Syriens und Palästinas nach Intervention von Großbritannien, Russland, Preußen und Österreich an die Osmanen zurückgeben musste.