La dieta boema elesse Ferdinando, fratello minore dell'imperatore Carlo V, quale nuovo successore di Luigi in Boemia, atto che inaugurò il secolare dominio degli Asburgo nell'area della Boemia. Nel 1558 Ferdinando succedette al fratello anche come imperatore del Sacro Romano Impero ed incorporò definitivamente il territorio della Boemia alla corona asburgica, seppur contro la resistenza della nobiltà locale di fede protestante che nel 1618 si vendicò apertamente con la Defenestrazione di Praga che fu l'atto iniziale della sanguinosa Guerra dei Trent'anni. La sconfitta dei protestanti boemi nella Battaglia della Montagna Bianca nel 1620 pose fine al movimento autonomista boemo.