С началом Русско-японской войны «Бдительный» принял участие в боевых действиях, неся сторожевую службу на внешнем рейде и совершая разведывательные походы. За первый месяц войны миноносец выходил в море с различными боевыми заданиями 5 раз. 9 марта 1904 года совместно с «Грозовым» отражал атаку японских миноносцев на рейде Порт-Артура. 2 мая во время возвращения из очередного похода на миноносце лопнуло несколько котельных трубок. 2 июля на «Бдительном» смонтировали приспособление для постановки мин и впоследствии корабль участвовал в нескольких минных постановках. Из-за неисправности котлов, во время попытки прорыва эскадры из Порт-Артура миноносец оставался на ремонте в крепости. После исправления повреждений «Бдительный» неоднократно участвовал в обстрелах занятого противником побережья.