Venäjän vallankumousten ja Suomen itsenäistymisvaiheiden jälkeen syttyi sisällissota, jonka kuluessa punaiset valtasivat aseman tammikuussa 1918. Rautatiehallitus joutui muuttamaan valkoisen Suomen pääkaupunkiin Vaasaan. Huhtikuussa punaiset perääntyivät Helsingistä Viipuriin, ja senaatin suostumuksella saksalaiset sotilasosastot valtasivat Helsingin. Sitten rautatiehallitus palasi takaisin Helsingin päärautatieasemalle ja junaliikenne elpyi vähitellen.