エスピリトゥサント島での修理を終えたナッシュビルは、9月中旬からのモロタイ島の戦いで再びマッカーサー大将の旗艦となった。10月16日、ナッシュビルはマヌス島を出撃してレイテ島を目指し、10月20日からのレイテ島の戦いでフィリピン帰還を果たすまでマッカーサー大将は乗艦した。レイテでは火力支援を行い、橋頭堡構築の支援を行った後マヌス島に戻って修理を受けた。ナッシュビルは第78任務部隊（アーサー・D・ストラブル少将）の旗艦として11月28日にマヌス島を出撃し、ミンドロ島の戦いの支援に向かった。進撃途中の12月13日、ナッシュビル以下のミンドロ島攻略部隊はミンダナオ海からスールー海に至る海域を航行中に神風特攻第二金剛隊（零戦3機）および陸軍特攻一宇隊（隼1機）の攻撃を受けた。1機の特攻機がナッシュビルの後方から突入し、5インチ砲砲架付近に命中。爆弾が3メートル四方に炸裂し、ガソリンは撒き散らされて火災を発生させた。ナッシュビルは133名が戦死し190名が負傷したが、133名の戦死者の中にはストラーブル少将の参謀やミンドロ島上陸部隊参謀長、爆撃部隊司令官および海兵隊員28名が含まれていた。ナッシュビルはこの被害にもかかわらず、残る5インチ砲で対空砲火を打ち上げた。しかしストラーブル少将は将旗をナッシュビルから撤収して旗艦を変更。ナッシュビルはサンペドロ湾、真珠湾と後退し、1945年1月12日にピュージェット・サウンド海軍造船所に到着して大修理を行った。ナッシュビルは3月12日に修理が終わり、訓練の後4月15日にサンディエゴを出港した。