Prăbușirea militară a sârbilor bosniaci în iulie-august 1995 l-a propulsat pe Babić în funcția de prim-ministru al RSK, dar a fost în această funcție doar câteva săptămâni. La începutul lunii august 1995, Guvernul Croației a lansat Operațiunea Furtuna pentru a recâștiga controlul croat asupra întreagului teritoriu RSK (cu excepția unei fâșii de teren din estul Slavoniei, care a rămas sub controlul Serbiei până în 1998). Babić a fugit în Serbia împreună cu întreaga conducere a RSK și cu 200.000 de refugiați sârbi din regiune (majoritatea populației sârbe din Krajina). Se spune că s-a retras la o fermă de pui din Voivodina.