Im Juniorenbereich nahm Stefán Hrafnsson für Island an der U18-D-Europameisterschaft 1998, den U18-Weltmeisterschaften der Europa-Division 2 1999 und 2000 und 2001 an der Qualifikation zur Division III der U18-Weltmeisterschaft sowie den U20-D-Weltmeisterschaften 1999 und 2000 und nach Umstellung auf das heutige Divisionensystem 2001 an der Qualifikation zur Division III der U20-Weltmeisterschaft, an der U20-Weltmeisterschaft der Division III 2002 und an der U20-Weltmeisterschaft der Division II 2003 teil.