Gómez stand bereits als 20-Jähriger bei der Copa América 1993 im Kader Paraguays, debütierte jedoch erst 2005 mit 32 Jahren für die Nationalmannschaft. 2006 nahm er als dritter Torwart Paraguays an der Fußball-Weltmeisterschaft in Deutschland teil. Insgesamt absolvierte er bis 2008 sieben Länderspiele.