W reprezentacji Argentyny Zapata zadebiutował 13 marca 1991 w zremisowanym 0-0 towarzyskim meczu z Meksykiem. W 1991 uczestniczył w Copa América. Argentyna wygrała turniej a Zapata wystąpił w dwóch meczach grupowych z Paragwajem i Peru. W 1993 po raz drugi uczestniczył w Copa América. Argentyna obroniła tytuł a Zapata wystąpił we wszystkich sześciu meczach turnieju. W 1997 po raz trzeci wystąpił w Copa América. Ostatni raz w reprezentacji Zapata wystąpił 10 marca 1998 w wygranym 2-0 towarzyskim meczu z Bułgarią. Ogółem w barwach "albicelestes" wystąpił w 27 meczach.