Rok 1994 začal slibným čtvrtým místem v Brazílii a prvními stupni vítězů na okruhu Aida. Po prvních dvou závodech byl druhý v bodování. Ale pak přišlo osudné San Marino, a těžká nehoda Rubense, ve které málem přišel o život. O 2 dny později zemřel jeho učitel Ayrton Senna. I přes tyto tragické události se Rubens nevzdal a pokračoval dále, zajel pole position na okruhu Spa-Francorchamps. V té době byl nejmladším jezdcem, který stanul na pole position. Celkově skončil na skvělém 6. místě a porazil mnoho zvučných jmen.