ב-25 בינואר 2006, לאחר שנדחו מספר פעמים, נערכו הבחירות למועצה המחוקקת הפלסטינית. הסוקרים הפלסטינים וגורמי מודיעין ישראליים צפו ניצחון דחוק לפת"ח של אבו מאזן על פני "רשימת הרפורמה והשינוי" של תנועת חמאס בראשות אסמאעיל הנייה וסגנו מוחמד אבו טיר. ההערכות בעיתונות הישראלית והפלסטינית היו שממשלת ישראל מסייעת לפת"ח בבחירות, כדי למנוע את עליית חמאס. אף על פי כן, חמאס הפתיעה וזכתה ברוב גדול (75 מושבים בפרלמנט לעומת 43 של הפת"ח) בבחירות דמוקרטיות שקטות שפוקחו על ידי נציגות בינלאומית. בין הסיבות לעליית חמאס ניתן למנות את השחיתות והאנרכיה ברשות שמזוהה עם בכירי תנועת הפת"ח, חוסר היעילות של מדיניות אבו מאזן כלפי המחסומים, נוכחות צה"ל בשטחים ובניית גדר ההפרדה בתוך תחומי הגדה, תפישת הציבור הפלסטיני לגבי תרומת המאבק המזוין של חמאס למהלך ההתנתקות ותמיכת הציבור הפלסטיני בהמשך הטרור נגד ישראל. סקרים שערכו מכונים פלסטיניים גילו שרוב המצביעים ש-40% עשו זאת בשל השחיתות ברשות, אחוז מסוים נתן קולו לתנועה בגלל התפישות הדתיות של התנועה ורק כעשרה אחוז הצביעו עבורה בשל עמדותיה המדיניות הניציות. כמה מהם הסבירו את ניצחון חמאס במכניזם של הבחירות - במסגרתו כמחצית מהצירים נבחרו באופן אישי ולא על בסיס שיוך תנועתי. בבחירות היחסיות נוצר שוויון יחסי בין פת"ח וחמאס (29% ל-חמאס לעומת 28% ל-פת"ח), בניגוד לבחירות האזוריות, שהיו על בסיס אישי.