Після звільнення у 1967 році Мустафа Джемілєв встановив тісні контакти з правозахисниками Москви та інших регіонів СРСР, організував інформування світової громадськості про стан кримськотатарського народу та його боротьбу за відновлення своїх прав. Він послідовно виступав на захист інших народів СРСР; відкрито виступив проти окупації радянськими військами Чехословаччини у 1968 році. У 1969 році (за іншими даними, 1968 року) Мустафа став одним із засновників Ініціативної групи із захисту прав людини в СРСР; серед інших засновників цієї громадської організації були Петро Якір та , а також московські правозахисники — Тетяна Великанова, Наталя Горбаневська, Сергій Ковальов, , , Юрій Мальцев, , Тетяна Ходорович та , ленінградець — Володимир Борисов, а також українці — Генріх Алтунян та Леонід Плющ. Майже усі члени цієї ініціативної групи були репресовані — 11 з 15 членів були арештовані та засуджені, а сім були вимушені виїхати закордон. У вересні 1969 року Джемілєв був знову заарештований та звинувачений у "«поширенні завідомо неправдивих вигадок, що ганьблять радянський державний та суспільний лад»". Окрім Джемілєва за цією справою також було заарештовано генерал-майора Петра Григоренка та поета . Григоренка у ході процесу було відправлено до психіатричної спецлікарні, а Габай разом із Мустафою вимагав від суду перевірки фактів, заперечуючи брехливість документів. І якщо Габая захищала відома радянська адвокатка Діна Камінська, то Мустафа захищався сам. Ташкентський міський суд виніс вирок кримськотатарському борцю за права людини — три роки позбавлення волі, у зв'язку з чим Мустафа провів 30-денне політичне голодування у Ташкентському слідчому ізоляторі на знак протесту проти грубого порушення прав людини в СРСР. Згодом його відправили до Москви, у Лефортовську в'язницю. Після 4-х місяців слідства справу було припинено, а Джемілєв залишився відбувати термін ув'язнення у таборах Узбекистану.