Poco tiempo duraría Salzburgo en manos de Fernando de Toscana. El Electorado de Salzburgo fue moneda de cambio entre Francia y Austria en la Paz de Presburgo de 1805. Salzburgo pasó a dominio austriaco como pequeña compensación por las numerosas pérdidas territoriales que Francia impuso a Austria tras derrotarla en la Batalla de Austerlitz. Fernando de Toscana obtuvo a cambio el Gran Ducado de Würzburgo.