Das katholische Mellingen war der wichtigste Brückenkopf zwischen den reformierten Städten Bern und Zürich. Es war deshalb Schauplatz zahlreicher konfessionell motivierter Kampfhandlungen. Zwischen 1528 und 1712 wurde das Städtchen nicht weniger als zwölf Mal durch Truppen besetzt, so zum Beispiel vor der Entscheidungsschlacht im Schweizer Bauernkrieg von 1653. Die aufständischen Bauern kapitulierten bei Wohlenschwil vor den Toren der Stadt und mussten im Mellinger Frieden harte Bedingungen akzeptieren. Nach dem Zweiten Villmergerkrieg von 1712 kam Mellingen unter die Herrschaft der reformierten Orte Zürich, Bern und Glarus.