V roce 1941 mu umřel otec, což rodinnou situaci za druhé světové války ještě zkomplikovalo. Jindřich Hojer odmaturoval roku 1943 a předvolání na totální nasazení (při odklízení trosek Hamburku) se vyhnul šťastně tím, že nastoupil do Spolku pro chemickou a hutní výrobu v Rybitví. V roce 1945, po znovuotevření českých vysokých škol, mohl začít studovat během zaměstnání chemii v Praze. Období komunistického režimu považuje za „čtyřicet let ztraceného života“.