La formación o constitución hidrográfica de la Laguna de Tiscapa es de origen piroclasto estratificado; formada tras una explosión volcánica que cortó la parte más alta del Volcán Tiscapa o a menudo llamado loma y la falla del mismo nombre que lo atraviesa, seguido de un hundimiento brusco, lo cual dio origen a la formación de una fosa de agua, dando origen a lo que es hoy la laguna. El cráter de la laguna ha sufrido repetidos movimiento de la falla cruzante a lo largo de su historia, hasta alcanzar grandes desplazamientos verticales y horizontales que van entre los 15 a los 50 metros de altura. Entre sus reactivaciones más recientes se han observado durante el terremoto de Managua de 1931 y el terremoto de 1972. A pesar de que la laguna no tiene ningún afluente natural como ríos, si es abastecía de las precipitaciones directas que llegan a la laguna durante la época lluviosa, más el agua pluvial proveniente del cauce interceptor Tiscapa y la alimentación del flujo subterráneo que fluye hacia ella. Hoy en día forma parte del corazón de Managua, con numerosos monumentos a los alrededores de la laguna, como el Mirador Tiscapa, y el Canopy Tour.