Em 1968, se tornou vice-premiê para Oldřich Černík. A princípio, rejeitou a Ocupação da Checoslováquia de 1968 pelas forças do Pacto de Varsóvia, mas depois tornou-se um dos representantes proeminentes do regime de Gustáv Husák. Štrougal foi primeiro-ministro da Checoslováquia de 28 de janeiro de 1970 a 12 de outubro de 1988.