Уочи битке код Аустерлица покушао је да спречи савезничке команданте да улазе у битку. Међутим био је прегласан од стране Аустријанаца, па је за битку показао јако мало интереса. Учествовао је у бици код Аустерлица 2. децембра 1805. и у бици је рањен. После те битке руски цар је склонио Кутузова од командовања армијом. Од 1806. до 1811. године био је војни губернатор Кијева и Литваније.