З 1031—1033 гг. Будышын ізноў пад уладай імперыі, спачатку ў складзе маркграфства Майсен, затым герцагства Багемія. Каля 1213 (паводле іншых звестак, у 1240) атрымаў гарадскія правы. У 1253 адышоў да маркграфства Брандэнбург. У 1319 уключаны ў склад каралеўства Багемія, разам з якім у 1526 увайшоў ва ўладанні Габсбургскай манархіі. З 1346 адыгрываў вядучую ролю ў лужыцкім саюзе шасці гарадоў. Цяжка пацярпеў у перыяд Гусіцкіх войнаў 1419—1437 гадоў і Трыццацігадовай вайны 1618—1648 гадоў. У 1523—1524 гадах у Будышыне была праведзена Рэфармацыя. У 1635 годзе увайшоў у склад курфюрства Саксонія (у 1806—1918 каралеўства).