Auch nach dem Tod von Bonheur arbeitete Klumpke weiter erfolgreich als Malerin. Bei der Weltausstellung in St. Louis erhielt sie 1904 eine Bronzemedaille und 1924 wurde sie zum Ritter der französischen Ehrenlegion ernannt. 1932 ging sie zurück nach San Francisco und schrieb ihre Lebenserinnerungen, die 1940 als "Memoirs of an Artist" bei Wright and Potter in Boston erschienen. Eine ihrer letzten Ausstellungsbeteiligungen war die Teilnahme an der Golden Gate International Exposition 1939/1940 in San Francisco. Anna Elisabeth Klumpke starb 1942 im Alter von 85 Jahren in ihrer Heimatstadt. Ihre Urne wurde im San Francisco Columbarium bestattet.