Nach den schweren Luftangriffen auf Hamburg 1943 wurden Ausgebombte in der Schule untergebracht. Bis zu den Sommerferien 1944 der Schulunterrichtet noch relativ planmäßig statt. Im Januar 1945 hörte der Unterricht an der Luisenschule praktisch auf, das Gebäude wurde wegen Kohlenmangel geschlossen. Im Februar 1945 wurde in der Schule ein Notlazarett für 600 Verwundete eingerichtet, und vom 26. März bis zum 2. Oktober 1945 fiel dann der Unterricht auf Anordnung der Schulbehörde aus. Das Lazarett war weiterhin, bis zum April 1947, in einem Teil der Schule untergebracht. Auch mit Hansaschule und einer Volksschule teilte man sich zeitweilig das Gebäude, bis am 1. April 1962 die Schule allein in ihrem Hause war.