Pian Muhammad Alin oli autettava osmanisulttaania myös muilla suunnilla. Vanhoililliset janissaarit syrjäyttivät uudistusmielisen sulttaani Selim III:n vuonna 1807. Armeijan uudistuksien puutteet tulivat esille Kreikan vapaussodan yhteydessä, jonka kukistamiseksi uusi sulttaani Mahmud II kutsui jälleen apuun Egyptin kuvernöörinsä. Tilanne oli hyvin vaarallinen, sillä Kreikassa kapinointiin sekaantuivat myös Euroopan suurvallat. Muhammad Ali pyrki aluksi osallistumaan kapinoinnin kukistamiseen vain rajallisesti vallaten Kreetan ja Kyproksen vältellen mantereen tilannetta. Lopulta sulttaani taivutteli kuitenkin hänet kiinteämmin mukaan lupauksilla uusista maa-alueista. Sodan kulku näytti muuttuvan Muhammad Alin noustessa maihin Kreikassa helmikuussa 1825 17 000:n miehen sotajoukon kanssa. Ateena vallattiin vuonna 1827, mutta saman vuoden elokuussa ranskalaisten, venäläisten ja brittien laivasto tuhosi osmanien ja egyptiläisten laivaston kokonaan Navarinon taistelussa.