С января 1937 года — вновь начальник штаба Балтийского флота. С августа 1937 года — командующий Балтийским флотом. С января 1938 по апрель 1939 года — заместитель Народного комиссара Военно-Морского Флота СССР и одновременно по совместительству в июне 1938 — сентябре 1939 года был начальником Военно-морской академии имени К. Е. Ворошилова. В феврале — мае 1939 года во главе специальной группы находился в правительственной командировке в Соединённых Штатах Америки с целью изучения судостроительной промышленности. С апреля 1939 по февраль 1946 года был первым заместителем народного комиссара ВМФ СССР. В 1939 году вёл переговоры с правительствами Эстонии и Латвии по вопросам аренды портов этих стран для базирования кораблей Балтийского флота СССР. Участвовал в советско-финской войне, оказывая помощь командующему Балтийским флотом и отвечая за взаимодействие флота с сухопутными войсками. С октября 1940 по июнь 1942 года — начальник Главного морского штаба ВМФ.