Juhana Yrjö eteni tämän jälkeen Böömiin, jonka hän tilapäisesti valtasi takaisin keisarillisilta joukoilta. Keisarin vastahyökkäys siirsi sodan vuonna 1632 takaisin Saksin alueelle. Saksilaisten ja ruotsalaisten kärsittyä murskatappion Nördlingenin taistelussa syyskuussa 1634 Juhana Yrjö aloitti rauhanneuvottelut. Lopputuloksena oli 30. toukokuuta 1635 solmittu Prahan rauha, jonka myötä hän palasi takaisin keisarin liittolaiseksi ja lupasi auttaa Ruotsin ja Ranskan armeijoiden karkottamisessa Saksan alueelta. Vastineeksi keisari lupasi peruuttaa restituutioediktin ja antaa Saksille Ylä- ja Ala-Lausitzin. Ruotsalaiset taas kostivat lähettämällä armeijansa seuraavina vuosina hävittämään erityisesti Saksia. Juhana Yrjö solmi lopulta syyskuussa 1645 Ruotsin kanssa aselevon Kötzschenbrodassa. Sodan päättäneessä vuoden 1648 Westfalenin rauhassa hän sai varmistettua Lausitzin sekä kirkollisesti hallittujen Meissenin, Merseburgin ja Naumburgin kaupunkien liittämisen Saksin vaaliruhtinaskuntaan.