In Thatchers zweiter Amtszeit, ab 1983, wechselte er ins Handels- und Industrieministerium, wo er unter Cecil Parkinson Staatssekretär war. Nach dem Rücktritt Parkinsons leitete er das Ministerium für kurze Zeit kommissarisch, ehe Norman Tebbit den Ministerposten übernahm. Während sich Tebbit aufgrund seiner Verletzungen, die er sich beim Bombenanschlag auf das Grand Hotel in Brighton zugezogen hatte, für einige Monate aus der aktiven Politik zurückziehen musste, leitete Channon das Ministerium ein zweites Mal übergangsweise. Nachdem Tebbit zum Parteivorsitzenden aufstieg, erbte jedoch nicht Channon den Ministerposten, sondern Leon Brittan, und es dauerte bis zum Rücktritt Brittans 1986, bis Channon schließlich Handels- und Industrieminister wurde.