De 1942 à 1945, le commandement de la South West Pacific Area mène des opérations de bombardement sur les positions japonaises à Bornéo, y compris des attaques dévastatrices sur Brunei, Sandakan, Jesselton et Labuan. Des Consolidated B-24 Liberator de la RAAF effectuent également des raids en 1943 sur les champs de pétrole dans le sud de Balikpapan. Avec la reprise de Morotai en , les bombardiers alliés peuvent atteindre le nord de Bornéo. Le , des Consolidated PBY Catalina commencent à harceler les navires dans les mers au nord-est de Bornéo. Avec l'invasion des Philippines, des bases aériennes sont établies plus près de Bornéo. Les Alliés commencent à attaquer les aérodromes de Bornéo à partir d'. La base navale de la baie de Brunei est frappée à partir de fin novembre par des B-24 Liberator depuis Morotai. Ces raids sur des cibles militaires et industrielles s'intensifient encore en novembre et décembre. Avec la reprise de Palawan, au large de la pointe nord-est de Bornéo en , les Alliés disposent de bases à moins de 100 milles du nord de Bornéo et opèrent des raids quasi-continus jusqu'à l'invasion en .