Comandându-se în mod oficial la o săptămână după atacul de la Pearl Harbor la sfârșitul anului 1941, Yamato a fost conceput pentru a contracara numeric superioara și vasta flotă de cuirasate din Statele Unite, principalul rival al Japoniei din Pacific. De-a lungul anului 1942 ea a servit drept navă amiral a Flotei Combinate Japoneze, și în iunie 1942 amiralul Isoroku Yamamoto îndepărtă flota de la conducerea ei în timpul dezastruoasei Bătălii de la Midway. Musashi a preluat funcția de navă amiral a Flotei Combinate la începutul anului 1943, și Yamato și-a petrecut restul de ani și o mare parte din 1944 circulând către bazele navale majore japoneze din Truk și Kure, ca răspuns la amenințările americane. Deși ea a fost prezentă la Bătălia din Marea Filipinelor în iunie 1944, Yamato nu a jucat nici-un rol în luptă. Singura dată când ea a tras cu tunurile ei principale în țintele teritoriului inamic a fost în octombrie 1944, când a fost trimisă să atace forțele americane invadatoare Filipine în timpul Bătăliei din Golful Leyte.