Les primeres proves documentades sobre obres realitzades al castell de Halton mostren que durant el i XVI s'hi feien obres de manteniment de forma regular. Entre 1450 i 1457 s'hi va instal·lar un nou portal. No hi ha cap prova que el castell es veiés implicat en la Guerra de les Dues Roses, potser perquè la seva posició era poc estratègica. Tanmateix, una inspecció efectuada pels Palaus Reials l'any 1609 suggereix que ja en aquella època, el castell es trobava en mal estat. Durant l'època Tudor es va utilitzar menys com a fortalesa i més com a presó, centre administratiu i tribunal. Entre el 1580 i 1581 el castell es va designar com a presó per a catòlics, però no hi ha cap prova que mai s'utilitzés per a aquest propòsit.