זמן קצר לאחר שייצג את מקסיקו בטורניר הכדורגל של אולימפיאדת אטלנטה, החל פארדו את דרכו במדי נבחרת מקסיקו הבוגרת. הוא ערך את הופעת הבכורה שלו ב-31 באוגוסט 1996, תחת המאמן בורה מילוטינוביץ', במשחק ידידות מול שהסתיים בהפסדה של מקסיקו בתוצאה 2-0. הוא ייצג את מקסיקו במשחקי מוקדמות מונדיאל 1998, והטורניר הרשמי הראשון שלו במדיה היה קופה אמריקה 1997 בבוליביה, בו סיימה מקסיקו במקום השלישי, ובסוף אותה שנה היה שותף גם בגביע הקונפדרציות 1997. מספר חודשים אחר כך זכה פארדו עם מקסיקו בגביע הזהב 1998, תוארו הבינלאומי הראשון עם הנבחרת.