Начало сезона 2008/2009 складывается для спортсменки не так удачно: за первые 2 этапа Кайса попадает в очковую зону лишь дважды, занимая 35 и 34 места в эстерсундском спринте и преследовании. Однако последующие старты складываются успешнее: уже в начале третьего этапа Кайса показывает свой лучший результат в индивидуальных гонках, седьмое место. В спринте Кайса показывает 3-й ход по дистанции и с одним промахом занимает четвёртое место. Успешные выступления продолжаются ещё 3 этапа, и к чемпионату мира Мякяряйнен подходит с двумя подиумами: 2-е место в гонке преследования и 2-е место в масс-старте шестого этапа.