1939年二戰開始，1943年7月到8月盟軍發動汉堡大轰炸，導致地鐵一度完全停止營運，之後儘管恢復營運，但直到英國軍隊於 1945 年 5 月 3 日占領漢堡之前，各種襲擊接踵而至，也造成了嚴重的破壞，地鐵營運被多次中斷。其中羅騰堡索特支線 (最初通車時的三條支線之一)，因為路線與周圍住宅區受損嚴重，戰後未被重建，成為德國唯一一條永久停運、被拆除的地鐵路線。