При Богданове в состав Зоологического музея вошло большое количество предметов из экспедиций в европейские регионы России, организованные совместно с археологом-любителем Н. Г. Керцелли. Добытые экспонаты сначала хранились в Зоологическом музее, а в 1883—1884 годах были перенесены в здание Исторического музея. Большая коллекция предметов поступила в музей благодаря исследованиям туркестанских земель, присоединённых к Российской империи в 1867-м. Также в это время в состав музея вошли орнитологические материалы из Крыма от Иосифа Шатилова, Леонида Сабанеева, Карла Земпера.