Воденичаров е роден в 1870 година в Лозенград, тогава в Османската империя, днес Къркларели, Турция. Братовчед е на Стойчо Воденичаров. Получава прогимназиално образование и работи като бакалин. Влиза във ВМОРО. Става член на Лозенградския революционен комитет в 1902 година. В август 1903 година става пунктов началник на ВМОРО в село Къзъклисе (днес Момина църква), Бургаско. Към края на Преображенското въстание влиза в четата на Иван Варналиев като секретар и участва в нападението на турското село Каланджа (днес Синеморец).