Seehofer patří k nejostřejším domácím kritikům vstřícné azylové politiky kancléřky Angely Merkelové v současné evropské migrační krizi. V červenci 2016 po útoku v mnichovském centru Olympia a dalších útocích, které měli na svědomí žadatelé o azyl z Blízkého východu, ohlásil vytvoření nové bezpečnostní koncepce v Bavorsku, včetně modernizace vybavení bavorské policie a zavedení kvót pro přijímání dalších uprchlíků.