Nach dem verheerenden Erdbeben von Lissabon 1755 entwickelte sich Portugal unter König Joseph dann zunehmend aufgeklärt-absolutistisch. Vor allem der einflussreiche Premierminister Sebastião José de Carvalho e Mello (ab 1769 als Marquês de Pombal) modernisierte das Land im Geiste der Aufklärung. Portugal geriet damit erneut in Konflikt mit der Kirche, so dass zwischen 1760 und 1770 die diplomatischen Beziehungen ausgesetzt wurden.