明治33年（1900年）5月、艦政本部が開設され、燃料・需品の改良研究を推進する第二部長に任じられる。卓越した事務処理能力と艦艇装備に関する知識を買われたものだった。艦政本部の立ち上げに貢献すると、明治35年（1902年）10月、かつて航海長として日本へ連れて来た「厳島」の艦長に転ずる。さらに日露戦争臨戦編制を前に、明治36年（1903年）9月より戦艦「富士」艦長となった。開戦を前に猛訓練に臨み、全力推進運転中に急速後退運転を命じたこともある。無謀な命令を拒絶した機関長に「平時にできぬことが戦時にできるわけがない。この運転で壊れるようなら、富士はその程度の船だということだ」と一喝した。日露戦争の全期間、「富士」を操り続け、黄海海戦・日本海海戦では、他の3戦艦より一世代古い「富士」で敢闘した。