Jacob Petersen var søn af købmand Nikolaj Petersen, og han lærte navigation og stod i sin ungdom til søs. I 1795 blev han gift med Engeburg (Ingeborg) Hee (ca. 1776 - 1842) og i årene fra omkring 1798 til 1804 var han skibsfører og sejlede på Østersøen og Middelhavet. Han begyndte også at male billeder af skibe - det tidligst kendte værk er fra 1795 - men produktionen var i første omgang begrænset. Da Englandskrigene brød ud i 1807 var det slut med udlandsfarten, og han begyndte for alvor at dyrke maleriet. Jacob Petersens billeder var typiske skibsportrætter, hvor det handlede om, at skibet skulle ligne, og hvor omgivelserne var knapt så vigtige.