10 марта 1944 года С. Е. Шелковый был назначен командиром 79-го гвардейского стрелкового полка 26-й гвардейской стрелковой дивизии 8-го гвардейского стрелкового корпуса 11-й гвардейской армии. Во главе полка дошёл до Победы, успешно действуя в Белорусской операции, в форсировании Березины и освобождении посёлков Сенно, Логойск, города Молодечно, в освобождении Литвы, в форсировании реки Неман с завоеванием плацдарма, в боях на границе с Восточной Пруссией в 1944 году. В 1945 году участвовал в Восточно-Прусской наступательной операци, в том числе в освобождении городов Гумбиннен (Гусев), Инстербург (Черняховск), в в штурме Кёнигсберга (Калининград), в Земландской операции с выходом к Балтийскому морю — в 1945 году.