Po klęsce Wielkopolan Czapski wrócił do Francji, gdzie przez jakiś czas pracował jako zecer w drukarni polskiej w Paryżu. W roku 1861 otrzymał posadę wykładowcy taktyki kawalerii w Polskiej Szkole Wojskowej w Cuneo i Genui, gdzie zaprzyjaźnił się z Marianem Langiewiczem, wykładowcą taktyki artylerii. Po wybuchu powstania styczniowego Czapski udał się do Polski, ale zatrzymała go we Wrocławiu choroba, tak że nie mógł objąć przewidzianego dla niego przez Komitet Centralny Narodowy stanowiska naczelnika wojennego województw krakowskiego i lubelskiego. Do kwatery Langiewicza zgłosił się dopiero w marcu 1863 r. i zajął się ćwiczeniem kawalerii. Mianowany wkrótce generałem brygady i naczelnym dowódcą kawalerii w oddziałach Langiewicza, brał udział m.in. w potyczkach – w bitwie pod Chrobrzem i bitwie pod Grochowiskami. Uwięziony pod koniec powstania w Brodach, uciekł z aresztu i przedostał się do Szwajcarii i dalej do Francji.