La Confederació fou debilitada, en gran manera, per una sèrie de guerres, començant el 1648 amb l'revolta dels cosacs de Khmelnytsky. Durant les Guerres del Nord (1655-1661), el territori i l'economia lituanes foren devastades per l'exèrcit suec. Abans que es pogués recuperar plenament, Lituània fou destruïda altre cop durant la Gran Guerra del Nord (1700-1721). La guerra, les plagues, i la fam ocasionaren la pèrdua d'aproximadament un 40% dels habitants del país. Les potències estrangeres, especialment Rússia, es convertiren en actors dominants en els assumptes de política interna de la Confederació. Les nombroses faccions de la noblesa utilitzaren la seva "Llibertat daurada per evitar algunes reformes.