Andrea Petkovic commence la saison 2013 en disputant la Hopman Cup avec Tommy Haas. Cependant, durant son premier match dans la compétition joué contre l'Australienne Ashleigh Barty, Petkovic abandonne à la fin du premier set qu'elle a remporté 6 jeux à 4 en raison d'une blessure au genou droit et est remplacée dans la suite de l'épreuve par Tatjana Malek. Opérée d'une déchirure du ménisque, son absence est estimée à deux mois. L'Allemande déclare forfait pour l'Open d'Australie et le premier tour de la Fed Cup. Descendue à la mondiale, elle reprend la compétition en mars à Indian Wells où elle est battue en qualifications. Invitée ensuite à Miami, l'Allemande domine Bojana Jovanovski puis Marion Bartoli, tête de série numéro 10, sur abandon, avant de perdre contre Ajla Tomljanović. À Charleston, Petkovic remporte ses deux premiers matchs avant d'être contrainte de déclarer forfait en huitième de finale où elle devait affronter la Danoise Caroline Wozniacki. Gênée par une douleur au mollet droit, l'Allemande préfère ne pas prendre le risque d'aggraver sa blessure comme elle a pu le faire par le passé. De retour en compétition à Stuttgart trois semaines plus tard, elle est battue en simple au premier tour par Ana Ivanović. En double, associée à Angelique Kerber, les deux Allemandes sont battues en demi-finale par la paire Bethanie Mattek-Sands/Sania Mirza. N'ayant pas le classement suffisant pour intégrer le tableau final de Roland-Garros, Petkovic, mondiale au moment où commence le tournoi parisien, doit passer par les qualifications où elle est battue au deuxième tour par Zhou Yi-Miao en trois sets. Cette défaite l'amène à penser à arrêter sa carrière, ce qu'elle ne fait finalement pas.