Het enige middel dat voorhanden is om VX onschadelijk te maken is thermietplasma. Aangezien dit echter nog niet operationeel is, en ook vanwege het feit dat daardoor iedereen op Alcatraz zou omkomen (zowel de mariniers als de gijzelaars), wil men dit liever alleen gebruiken als er geen andere manier mogelijk is om de raketinstallaties te neutraliseren en de gijzelaars te bevrijden. Daarom wordt er gepland om een groep Navy SEALs onder leiding van Commandant Anderson (Michael Biehn) Alcatraz in te smokkelen. De enige manier om binnen te komen is door dezelfde weg te volgen die de enige ontsnapte ook gebruikt heeft om eruit te komen: de tunnels. Deze 'crimineel' "John Patrick Mason" (Sean Connery), die eigenlijk een Britse SAS-agent en spion was in een ver verleden, bezat een microfilm met daarop de meest gevoelige geheimen van de VS van de laatste 50 jaar (zoals het Roswellincident en de moord op John F. Kennedy). Hij werd daarom gevangen gehouden op Alcatraz. Hij kon eruit ontsnappen maar werd later opnieuw gepakt. Al die tijd bestond hij officieel niet. Hij weigerde 33 jaar lang te zeggen waar de microfilm met de geheimen is gebleven. Hij wordt nu gevraagd om deze Navy SEALs en de chemische wapenexpert van de FBI, "Stanley Goodspeed" (Nicolas Cage), naar binnen te leiden. In ruil daarvoor zal hij worden vrijgelaten en zal hij zijn leven terugkrijgen. De directeur van de FBI, "James Womack" (John Spencer) blijkt dit echter niet werkelijk van plan te zijn, uit vrees dat hij de microfilm definitief kan kwijtraken.