獨立宣言後，南斯拉夫人民軍及塞族的準軍事部隊與克國部隊的武裝衝突逐漸升級，最終在1991年末引爆了克羅地亞的獨立戰爭，戰爭爆發後，克羅地亞當局控制的實際領土僅原有的三分之二。1992年1月15日，克國的獨立得到欧洲经济共同体的承認，隨後聯合國也於1992年5月22日接納克國為成員國。在聯合國調停介入下，克國境內的戰事逐漸平息，但克羅地亞政府與塞族獨立政權的問題一直無法解決。為了鞏固獨立成果與結束戰爭，克軍動員10萬大軍於1995年8月發動「風暴作戰」，迅速瓦解了「塞爾維亞克拉伊納共和國」政權，結束其境內的軍事對抗。1995年11月，克國與塞族政權簽訂《》，年底又簽訂《代頓協議》結束與聯邦軍在原南斯拉夫其他地區的戰事，收復大部分的失地。1998年1月15日，聯合國駐克羅地亞行政當局將權力正式移交克國政府，克羅地亞正式完成了全國統一。