Напередодні війни в Перській затоці американська адміністрація чинила шалений тиск на ізраїльській уряд не відповідати на можливі обстріл Іраком території Ізраїлю, побоюючись розвалу антисадамівської коаліції. Разом з цим, США поставила Ізраїлю зенітно-ракетні комплекси" Петріот, що обслуговуються американськими солдатами. Після закінчення війни американо-ізраїльські відносини пережили ще одну хвилю охолодження, викликану триваючим будівництвом єврейських поселень. При кожному відвідуванні Ізраїлю держсекретарем Бейкером будувалося одне поселення. Пік кризи припав на 12 вересня 1991 року, коли президент Буш-старший у своїй промові прямо звинуватив прем'єр-міністра Іцхака Шаміра підтримки будівництва поселень, а керівників ЭЙПАК в лобіюванні ізраїльських інтересів на шкоду американським. На цьому тлі у жовтні 1991 року пройшла Мадридська мирна конференція, яка не привела до зсуву в арабо-ізраїльському конфлікті і ще більше ускладнила американо-ізраїльські відносини. Тільки при новому прем'єр-міністрові Ізраїлю Ицхаке Рабине відносини між країнами почали поліпшуватися.