במסעה חזרה נתקלה שוקאקו בקשיי הפלגה בים הסוער, בעקבות הנזק שספגה. בנוסף, היה עליה לפלס דרכה דרך מארבי צוללות שהציב הצי האמריקני בדרכה. בסופו של דבר הגיעה שוקאקו למספנת הצי בקורה ב-17 במאי, ועלתה על מבדוק יבש ב-16 ביוני. התיקונים ארכו מספר ימים בלבד, וב-14 ביולי שבה שוקאקו לפעילות, והצטרפה לפלגת נושאות המטוסים הראשונה. למרות זאת, הנזק שספגה בקרב ים האלמוגים מנע ממנע להשתתף בקרב מידוויי.