В 2008 году Вернер стал первым чешским одиночником выигравшим чемпионат Европы (Пётр Барна, победитель 1992 года, выступал за Чехословакию). На чемпионате мира 2008 года Томаш был четвёртым после короткой программы, но после невыполнения нескольких прыжков в произвольной программе, стал только 15-м.