Sau khi Nhật Bản chấp nhận đầu hàng, trong thành phần lực lượng chiếm đóng, "Murray" tiếp nhận sự đầu hàng của một tàu ngầm Nhật Bản. Đang khi tuần tra ngoài khơi Honshū vào ngày 27 tháng 8, máy bay thuộc Lực lượng Đặc nhhiệm 38 phát hiện một tàu ngầm Nhật đi trên mặt nước với một lá cờ đen, như một tín hiệu đầu hàng. "Murray" được phái đến để tiếp nhận đầu hàng, được lệnh chiếm và đưa con tàu quay trở về vịnh Tokyo để chiếm giữ. Đội đổ bộ lên tàu đã tiếp nhận kiếm từ các sĩ quan trên chiếc "I-14" cùng ngày hôm đó, và chiếc tàu ngầm được hộ tống đi đến vịnh Sagami. "Murray" đã có mặt trong vịnh Tokyo khi diễn ra buổi lễ ký kết đầu hàng chính thức trên thiết giáp hạm vào ngày 2 tháng 9, rồi nó lên đường ba ngày sau đó để quay trở về Hoa Kỳ. Được đại tu chuẩn bị ngừng hoạt động tại Xưởng hải quân Philadelphia, nó được cho xuất biên chế tại đây vào ngày 27 tháng 3 năm 1946 và được đưa về lực lượng dự bị tại Charleston, South Carolina.