Uszkodzona w czasie wojen szwedzkich świątynia, została przebudowana i odnowiona w II połowie XVII w. Podczas rozbudowy w latach 1648–1686 m.in. podwyższono szczyt zachodni kościoła. Z kolei w 1677 r. kompleks otrzymał kwadratową wieżę (zachowaną do dzisiaj). W latach 1682-1685 na pamiątkę zwycięstwa pod Wiedniem Jan Piniński na dziedzińcu przed frontem kościoła ufundował kaplicę z domkiem loretańskim na wzór sanktuarium w Loreto.