הפרויקט הראשון של ארכיטקטורה פורנזית היה חקירת הריגתו של המפגין הלא חמוש באסם אבו רחמה בבילעין בידי מיכל רימון גז שנורה עליו על ידי חייל צה"ל שניצב מעבר לגדר (17.4.2009). המחקר נערך לאחר שהצבא סגר את חקירת המקרה, והוא נעשה עבור עורך הדין ופעיל זכויות האדם מיכאל ספרד שיצג את הוריו של אבו רחמה ואת ארגון בצלם. החקירה בנתה מודל פנורמי תלת ממדי על סמך שלושה סרטוני וידאו שקלטו את הפגיעה באבו רחמה, אך התמקדה בעיקר בפריים בודד מתוך סרטון וידאו שצילם האמן דוד ריב. פריים זה רשם בצורת קו מטושטש את מסלול התנועה של רימון הגז שנע במסלול ישיר לעבר אבו רחמה, בניגוד לטענת הצבא, לפיה הרימון נורה לאוויר אך פגע במכשול שהסיט אותו ממסלולו. התחקיר הוצג בסופו של דבר בפני בית המשפט העליון הישראלי, אך לבסוף העתירה נדחתה. בשנת 2011, למכון לארכיטקטורה פורנזית הוענק מימון למשך ארבע שנים על ידי המועצה האירופית למחקר. באותה שנה צוות של ארכיטקטורה פורנזית החל לערוך חקירות באשר למדיניות של הרשויות הלאומיות והבינלאומיות האירופיות ביחס להגירה ברחבי הים התיכון. צוות זה, המכונה "אוקיינוגרפיה פורנזית", פרסם את הדו"ח הראשון שלו ב-2012, וחקר את מותם של 73 מהגרים שננטשו להיסחף במשך שבועיים באזור המעקב הימי של נאט"ו.