Pierwszy wzmianka o Zalesiu pochodzi w 1411 roku. W czasie wojen husyckich miejscowość opustoszała i w roku 1510 była ponownie lokowana w dobrach królewskich. W drugiej połowie XVIII wieku w górnej części wsi powstało wolne sołectwo. W roku 1882 wieś została dotknięta katastrofalną ulewą i gradobiciem, w wyniku których zostały całkowicie zniszczone cztery gospodarstwa i młyn, kilkanaście innych zostało uszkodzonych, także zginęły trzy osoby. W usuwaniu zniszczeń brało udział ponad tysiąc mieszkańców okolicznych miejscowości. W 1890 w Zalesiu był młyn wodny i gorzelnia, poza tym mieszkało tu 306 osób w 50 domach. Pod koniec XIX wieku zaczął się proces wyludniania wsi. Po 1945 roku Zalesie zostało zasiedlone dość licznie, ale niedostatek gruntów uprawnych spowodował odpływ ludności w kolejnych latach. W roku 1970 było tu 17 gospodarstw rolnych. Obecnie we wsi znajduje się 16 domów i liczy ona około 40 mieszkańców.