Beim Renndebüt des Lotus 25 in Zandvoort fiel Clark nach einem langen Zweikampf mit Graham Hill an zweiter Stelle liegend durch einen Kupplungsdefekt aus. Das Rennen zum Großen Preis von Belgien gewann Clark vor Graham- und Phil Hill. Den zweiten Sieg auf einem Lotus 25 holte sich Clark beim Großen Preis von Großbritannien. Sein dritter Sieg folgte beim Großen Preis der USA in Watkins Glen. Am Saisonende wurde Clark mit 30 Punkten hinter Graham Hill Vizeweltmeister und Lotus hinter B.R.M. ebenfalls Zweiter in der Konstrukteursweltmeisterschaft.