Ensiesiintymisensä Argentiinan maajoukkueessa Heinze teki 30. huhtikuuta 2003 ystävyysottelussa Libyaa vastaan. Hän on edustanut maataan MM-kilpailuissa 2006 ja 2010, Copa Américassa 2004 ja 2007 sekä Maanosaliittojen cupissa 2005. Hän pelasi kaikkiaan 72 maaottelua ja teki niissä kolme maalia.