לאחר מותו של הורדוס החלה תקופת הנציבות, שבה שלטו נציבים רומאים בארץ ישראל, אך לא היה זה מספיק כדי לשלוט ללא עוררין בארץ ישראל ומשום כך במהלך התקופה הראשונה רוב הנציבים העדיפו שלא להתנגש עם היישוב היהודי ולתת לו לנהל את ענייניו (יוצא דופן הוא פונטיוס פילאטוס שהיה אכזרי ביותר). בתקופת הנציבים השנייה היו הנציבים מעורבים הרבה יותר ביישוב היהודי. התסיסה של התקופה הזו בשילוב עם פילוג ביישוב היהודי (הקנאים ובהמשך הפרושים הצדוקים והאיסיים) הובילה לבסוף לכך שבשנת 66 לספירה החל המרד הראשון של היישוב היהודי בארץ ישראל נגד השלטון הרומאי. האירועים מתוארים בפירוט רב בספר מלחמת היהודים מאת ההיסטוריון היהודי יוספוס פלאוויוס, בו פלאוויוס תיאר את המלחמה על היישוב יודפת, המצור על ירושלים (69 - 70 לספירה), הקרב ההירואי בגמלא שבו אלפי יהודים נטבחו, בעוד אחרים בחרו לקפוץ אל מותם מראש הצוק של העיר (בסך הכל נהרגו בקרב זה בסביבות 9,000 יהודים), ואת המצור על מצדה (בשנת 72–73 לספירה) שבסופו, המורדים היהודים העלו באש את כל המבנים ולאחר מכן בסביבות 900 יהודים ביצעו התאבדות המונית שכן שהעדיפו לעשות זאת על נפילה בשבי או תבוסה ודאית. המרד הראשון של היישוב היהודי נגד השלטון הרומאי דוכא לבסוף על ידי הקיסרים הרומאיים אספסיאנוס וטיטוס. הרומאים הרסו את רוב בית המקדש בירושלים ולקחו עימם חזרה לרומא את מנורת בית המקדש ואת אוצרות בית המקדש. יוספוס פלאוויוס ציין בכתביו כי בסביבות 1,100,000 יהודים נספו במהלך המרד, וכי 97,000 יהודים נלקחו בשבי.