Après la bataille, Canby envoie à Slough l’ordre de retourner immédiatement à Fort Union. Conscient d'avoir désobéi aux ordres en quittant Fort Union, il démissionne de sa charge. Slough se rend alors à Washington, DC, où il reçoit le commandement d'une brigade dans la vallée de Shenandoah au engagée dans la campagne de la vallée de Shenandoah de Stonewall Jackson en 1862. Ses troupes étaient postées à Harpers Ferry et ne participèrent guère aux affrontements. Il fut nommé brigadier général des volontaires le puis gouverneur militaire d'Alexandria, Virginie. Pendant le reste de la guerre, il commanda le district d'Alexandrie. En , il siégea à la cour martiale qui condamna le major général Fitz John Porter pour désobéissance et inconduite.