Edmund avled då Margaret bara var tretton och gravid. Födseln var besvärlig och ledde till att hon inte kunde få fler barn. Trots detta gifte hon snart om sig med sir Henry Stafford, son till Humphrey Stafford, hertig av Buckingham. Då han dog 1471, avlade hon ett kyskhetslöfte, något som dock inte hindrade henne att gifta sig med Thomas, lord Stanley, någon gång mellan 1473 och 1482. Stanley, som hade bytt sida flera gånger under Rosornas krig, valde att lura kung Rikard på slagfältet under slaget vid Bosworth Field 1485, och därigenom skänka segern till Margarets son Henrik Tudor. Stanley blev senare earl av Derby, vilket gjorde Margaret till grevinna av Derby, och hon var fortfarande änkegrevinna av Richmond. Hon var känd för sin bildning och fromhet, och hennes son sägs ha varit mycket fäst vid henne.