Ai Campionati Europei di Istanbul nel 1999 vinse sei medaglie d'oro nei 50 m, 100 m, 200 m stile libero, nei 50 m farfalla, nelle staffette 4x100 m sl e 4x100 m mista. Fu costretto a rinunciare a un'altra medaglia d'oro a causa della squalifica del quartetto olandese nella 4x200 m sl, in seguito alla falsa partenza del primo frazionista; in quell'edizione van den Hoogenband interruppe l'imbattibilità del plurimedagliato Aleksandr Popov sui 100 m sl, sconfiggendolo con il terzo miglior tempo della storia. Dopo gli europei fu soprannominato l'Olandese Volante o, dalla stampa, con le iniziali del suo cognome VdH. La rivista "Swimming World Magazine" lo premiò come nuotatore europeo dell'anno.