XVII століття — це період Козацько-польських воєн 1648—1657, Московсько-польських воєн 1654—1667, Шведського потопу, воєн з Османською імперією, які вела Польща. Війни принесли велике спустошення та руйнування на Холмську землю. Внаслідок цього в реєстрах з 1661—1665 року в Черничині віднотовано лише 3 кмети та 3 загородники. В люстрації села був зазначений ще один загородник, який пильнував ліс, була також церква і корчма. Також «поп тут був, тепер уже немає, тільки церква пустою стоїть».