Prost je v sezoni 1990 pri Ferrariju nadomestil Gerharda Bergerja, moštveni kolega pa je bil Nigel Mansell. Zmagati mu je uspelo na petih dirkah, Velikih nagradah Brazilije, Mehike, Francije, Velike Britanije in Španije. Na Veliki nagradi Mehike je zmagal s 13. štartnega mesta, skupaj z Veliko nagrado Španije pa sta Prost in Berger dosegla dve dvojni zmagi. Prvenstvo se je zopet odločalo za predzadnji dirki za Veliko nagrado Japonske, pred dirko je Prost zaostajal devet točk za Senno. Kot v sezoni 1989, se je za oba dirka končala po kontroverznem trčenju. V prvem ovinku prvega kroga je Senna, kot je kasneje priznal, namenoma zapeljal v Prostov dirkalnik in ga zrinil s steze, tako da je bilo prvenstvo odločeno v brazilčevo korist. »Kar je storil je odvratno,« je kometiral Prost, »Je človek brez vrednosti«. Prost je sezono končal sedem točk za Senno, Ferrari pa na drugem mestu za McLarnom.