S Hondo je odlično vozil kvalifikacije, vendar se je zaradi nevajenosti dirkalnika spuščal v povprečja. Prva priložnost za stopničke je bila v Monaku, kjer je bil nekaj časa tretji, vendar je zaradi kazni dirko končal mesto nižje, kar je bil takrat najboljši rezultat nekega japonskega moštva na tej znameniti dirki. Dirka v Monaku je leta 2006 potekala isti dan kot najznamenitejša dirka severnoameriških formul Indianapolis 500, zaradi česar je Barrichello nastopil s čelado rojaka in prijatelja Tonyja Kanaana, ki pa je v Indianapolisu dirkal z Barrichellovo čelado na glavi. Še eno četrto mesto je dosegel na Madžarskem, medtem ko je v Šanghaju štartal s tretjega mesta in dirko končal kot šesti. Na koncu sezone se je s 30 osvojenimi točkami uvrstil na sedmo mesto skupnega seštevka svetovnega prvenstva, v 18 dirkah pa je imel le tri odstope. Button je sicer zbral 26 točk več, na Madžarskem pa je Hondi pripeljal edino zmago.