O'Brien inizialmente contestò le accuse. Secondo la BBC, una fonte interna alla Chiesa disse che O'Brien "non sa chi sono i suoi accusatori e non sa di cosa lo accusano". Il 24 febbraio 2013 non partecipò a un servizio speciale per celebrare gli otto anni di pontificato di papa Benedetto XVI nella cattedrale di Nostra Signora dell'Assunzione a Edimburgo. Fu ampiamente riferito che aveva chiesto un parere legale ed era stato invitato a non partecipare. Il 25 febbraio 2013 vennero accettate le dimissioni precedentemente presentate da O'Brien come arcivescovo. Le stesse ebbero effetto immediato e al suo posto venne nominato un amministratore apostolico temporaneo. O'Brien disse che non avrebbe partecipato al conclave di marzo, sebbene avesse ancora il diritto di farlo. Inoltre non fece ulteriori apparizioni pubbliche fino all'inizio di maggio del 2013.