طباطبایی در همه‌پرسی جمهوری اسلامی شرکت نکرد. طباطبایی بر خلاف رویه رایج در حوزه علمیه، درس فلسفه نیز یاد می‌داد. او و خمینی از جمله روحانیونی بودند که در کنار تدریس فقه، به فلسفه نیز اهتمام داشتند. اما گفته می‌شود که کلاس‌های طباطبایی پررونق تر از کلاس‌های خمینی بودند. حتی پیش از انقلاب نیز طباطبایی و خمینی روابط گرمی با یکدیگر نداشتند. طباطبایی مستأجر خمینی بود و اجاره‌اش چند ماه به تأخیر افتاده بود. اما پسندیده برادر خمینی حاضر نشد مهلت تمدید را بپذیرد و طباطبایی مجبور شد خانه را تخلیه کند. نجمه سادات طباطبایی، دختر طباطبایی و همسر علی قدوسی، ضمن تأیید اصل این موضوع، روایت دیگری دارد. او می‌گوید: خمینی به طباطبایی پیغام داده اگر تمایل دارد می‌تواند در خانه زندگی کند و اجاره‌اش را «از سهم امام» پرداخت کند، اما طباطبایی از وجوهات استفاده {شخصی} نمی‌کرده و خانه را تخلیه کرده‌است.