1936/1937 wurde das hintere Ballhaus zu einer Garagenhalle umgebaut; in den Obergeschossen einschließlich des Dachgeschosses wurden 23 Kleinwohnungen geschaffen. 1941 entstand im Flora-Garten ein Hochbunker für 700 Personen. Im Zweiten Weltkrieg, während der Luftangriffe auf Hamburg, blieb die Flora weitgehend unbeschädigt; nur die Garagenhalle wurde zerstört. Bis 1943 wurde das Theater bespielt. Danach wurde es geschlossen und für die Lagerung von Möbeln ausgebombter Hamburger genutzt. 1949 konnte sie nach einer geringfügigen Renovierung wieder eröffnen; gespielt wurde die Revue "Die lustige Witwe".