לאחר מכן חזר פפנהיים לגרמניה ורצה להיות דיפלומט, אולם ויתר על הרעיון משפרצה מלחמת שלושים השנים. הוא התגייס לצבא הליגה הקתולית שבראשו עמד מקסימיליאן הראשון, דוכס בוואריה. מפקדי הצבא הבחינו בכישרונו ובאומץ ליבו ונתנו לו לפקד על גדוד פרשים. פפנהיים קיבל משימה להשמיד את המרד הפרוטסטנטי באוסטריה ולחסל את הכוח המורד בפיקודו של היינריך מתיאס פון תורן שצר על וינה. הוא חבר אל הגנרל יוהאן ט'סרקלס פון טילי ויחד הם קטעו את צבאו של הרוזן ארנסט פון מנספלד שסיפק לתורן אספקה מפראג. ללא הסיוע ממנספלד פיזר תורן את צבאו. מנספלד עוד ניסה להניע את שאריות צבאו ולחבור אל הכוחות ההולנדיים אולם טילי ופפנהיים השמידו אותו. אז פלשו הכוחות הקתולים לבוהמיה עצמה ונערך קרב ההר הלבן ליד פראג. פפנהיים נפצע בקרב וטופל למחרתו בידי רופא כפרי בוהמי. פפנהיים החלים במהירות והצטרף לקרב מול הדנים שהצטרפו למלחמה.