Dopo l'inaspettato colpo a San Jose, Kimura riuscì a fare ritorno a Cam Rahn e il 3 gennaio 1945 cedette il comando della squadriglia al contrammiraglio Keizō Komura per rimanere a disposizione dello stato maggiore generale. Arrivò in Giappone pochi giorni dopo ed ebbe accordato un periodo di tregua dopo il prolungato e logorante servizio al fronte. Il 18 febbraio prese il posto di assistente allo stato maggiore della Flotta Combinata, al quale affiancò un analogo ruolo nello stato maggiore della Marina. Il 1º giugno, però, abbandonò entrambi gli incarichi per assumere la direzione della Scuola di lotta antisommergibile. L'istituto fu chiuso il 15 luglio successivo e Kimura fu ancora una volta trasferito, questa volta all'Accademia navale di Etajima con la qualifica di capo istruttore; quello stesso giorno fu scelto pure come direttore della Scuola di comunicazione navale sita a Hōfu, nella vicina prefettura di Yamaguchi. Qui Kimura fu raggiunto dalla notizia della resa dell'Impero giapponese il 15 agosto 1945: in seguito, quindi, alla formale cerimonia del 2 settembre, supervisionò la smobilitazione delle unità sottoposte e il 1º ottobre, con la soppressione della Scuola di comunicazione, fu assegnato d'ufficio al Distretto navale di Yokosuka. Esattamente un mese più tardi fu promosso a viceammiraglio (la Marina imperiale sarebbe stata sciolta nel 1947) e il 10 novembre transitò nella lista degli ufficiali a riposo. Conclusa la carriera militare, si stabilì proprio a Hōfu, dove morì il 14 febbraio 1960 all'età di 68 anni.