Faisant l'impasse sur la saison en petit bassin de , Sébastien Rouault refait son apparition en 2006 dans les compétitions universitaires américaines. Et se distingue en remportant le titre NCAA sur fin mars devant deux des meilleurs nageurs américains de demi-fond, Larsen Jensen et Peter Vanderkaay et le futur Champion Olympique Oussama Mellouli une victoire vécue telle un déclic. Cette performance, agrémentée d'un temps de , lui permet de viser, outre l'objectif chronométrique de descendre sous les 15 minutes en bassin de 50 mètres, un podium lors des Championnats d'Europe qu'organise Budapest durant l'été. Triple vice-champion de France auparavant, à chaque fois battu par Rostoucher, il valide sa qualification pour la compétition hongroise mais également pour les Championnats du monde prévus en tout début d'année 2007 à Melbourne. À Budapest, sur , Sébastien Rouault s'illustre en décrochant la médaille d'argent en s'intercalant entre le Russe Iouri Priloukov et son compatriote Nicolas Rostoucher. Relégué à quatre secondes du vainqueur, il devient le premier Français à effacer la barrière des 15 minutes sur l'épreuve en , nouveau record national, quatorze secondes de moins que son ancien temps de référence.