Il 10 giugno 1940 il Regno d'Italia entrò in guerra a fianco della Germania nazista e alla data il generale d'Havet lasciò il comando della divisione per rimanere a disposizione del capo di stato maggiore dell'esercito, generale Pietro Badoglio. Il 15 novembre fu scelto quale nuovo comandante della 47ª Divisione fanteria "Bari", destinata a operare sul fronte albanese, sotto pressione delle forze armate elleniche. La divisione sostenne duri scontri nella regione del Pindo, in condizioni ambientali sfavorevoli e con carenza di mezzi motorizzati, riuscendo a stento a frenare l'avanzata greca. Il 18 febbraio 1941 d'Havet fu richiamato in patria e servì per diversi mesi nel comando della Difesa territoriale di Milano; quindi dal 15 novembre ebbe ai suoi ordini la 206ª Divisione costiera, in Sicilia. Pose il proprio quartier generale a Ragusa ed ebbe la responsabilità della difesa della linea Pozzallo-Pachino-Noto-Cassibile-Siracusa. Il 1º gennaio 1942 fu promosso al grado di generale di divisione e fu messo nella riserva ufficiali, pur mantenendo l'incarico in qualità di richiamato temporaneo. Il 9 luglio 1943, dopo perduranti bombardamenti aerei preparatori, forze anglo-americane sbarcarono sulle coste sud-orientali della Sicilia; d'Havet tentò di opporre una resistenza coordinata e, localmente, rallentò l'avanzata nell'interno dei reparti nemici, sì che il bollettino di guerra numero 1143 del 12 luglio 1943 citava il generale e la divisione "per la magnifica resistenza nelle posizioni ad essa affidate". Quello stesso giorno, tuttavia, d'Havet cadde prigioniero con l'intero comando mentre si trovava a Modica, non lontano da Ragusa; s'incontrò con il maresciallo Bernard Law Montgomery, che gli concesse di portare la pistola anche se prigioniero di guerra.