За выдающуюся деятельность Боронок многократно получал Монаршее благоволение и 30 августа 1892 года, на восемнадцатом году службы, был произведён в генерал-майоры. Тотчас же военный министр передал Боронку повеление обревизовать некоторые учреждения и части в Туркестане. 5 октября он прибыл в Ташкент, но, едва успев приступить к ревизии, заболел кишечной болезнью, прервал свою работу и после операции, 27 октября 1892 года, Алексей Никитич Боронок скончался. Смерть его поразила всех своей неожиданностью и вызвала много толков и слухов. Ванновский узнав о его кончине, объявил в Военном совете: «"Сегодня я потерял свои глаза — Боронок умер"».