Sezóna 2000 opět začala pro Fisichellu velice slibně. Opět dokázal vystoupat na stupně vítězů: byl druhý v Brazílii a třetí v Kanadě a v Monaku. Druhá polovina ale už jako tradičně znamenala úpadek ve výkonu Benettonu a Fisichella už nezískal ani bod. Giancarlo ale zastínil týmového kolegu Alexandera Wurze, který tým po sezóně opustil. Nahradil ho mladý Brit Jenson Button. Dodavatel motorů Renault se opět vrátil k Benettonu, ale vše bylo dohodnuto asi příliš pozdě a tým bojoval v celé sezóně se slabými týmy Minardi a Prost. Fisichella bodoval jen třikrát, ale vystoupil na stupně vítězů ve velké ceně Belgie. To už byl u týmu Mike Gascoyne. Jeho výsledky ale moc Benetton neuspokojily a tak přešel Giancarlo na rok 2002 do týmu Jordan.