Seixas verfasste ein umfangreiches Œuvre für Cembalo und/oder Orgel; überliefert ist die Komposition von etwa 700 Sonaten, von denen aber nur (je nach Zählweise) rund 105 in Abschriften erhalten sind, die nach Seixas’ Tod entstanden. Autographe Seixas’ sind nicht erhalten, der Großteil von ihnen ist vermutlich beim Erdbeben von Lissabon (1755) verbrannt; auch wurden keine seiner Werke zu seinen Lebzeiten gedruckt.