Вместе со своими сторонниками воспринял государственный переворот и свержение монархии 1973 года настороженно. После Апрельской (Саурской) революции 1978 года, были убиты его родной брат, несколько родственников и сторонников. Сам Себгатулла Моджаддеди был вынужден покинуть откровенно просоветскую Демократическую Республику Афганистан. Несколько лет жил в изгнании сначала в Дании и ФРГ, затем в Австрии, Иране и Пакистане. В иммиграции встречался с западными политиками, давал интервью западным и исламским СМИ, критиковал просоветскую ДРА и собственно Советский Союз. Также занимался глубоким изучением фикха, иджтихада, сунн, хадисов. Написал несколько книг и трактатов. В Пакистане основал Национальный фронт спасения Афганистана, который вошёл в Пешаварскую семёрку. Фронт во главе с Моджаддеди считался представителем умеренного исламистского крыла афганских моджахедов. Согласно мнению Моджаддеди, Афганистан должен был становиться абсолютно независимым во внутренней и внешней политике государством с умеренным исламским строем, противопоставляя себя ваххабитам и салафитам.