Gilot se distingue lors des championnats de France disputés en avril à Saint-Raphaël en terminant du nage libre en 21 s 97 derrière Frédérick Bousquet (21 s 71) et surtout en remportant son premier titre national individuel sur nage libre avec le chrono de 48 s 52 devançant Alain Bernard (49 s 04) et William Meynard (49 s 18). Malgré ce titre national, Gilot n'ayant pas réalisé pour cinq centièmes les minima chronométriques imposés par la fédération lors des séries n'obtient pas sa qualification individuelle sur la distance pour les Championnats d'Europe de natation 2010 de Budapest (Hongrie). Face à de nombreuses voix s'élevant contre ce qui pourrait s'apparenter à une injustice, Christian Donzé le directeur technique national se justifie arguant le fait que si un nageur est capable de nager si vite en finale, il est certainement aussi capable de nager suffisamment vite en série. Gilot bien que déçu entend respecter cette décision « J'ai fait une erreur en série. J'ai trop joué avec le feu. C'est dommage pour le de cet été. Il y a deux qualifiés et il y a des règles, je ne sais pas si la Fédération dérogera aux règles mais je n'y crois pas trop. C'est compliqué, je ne vois pas pourquoi elle dérogerait pour Fabien Gilot et pas pour d'autres ». Gilot quitte cependant Saint--Raphaël qualifié pour les relais ainsi que pour le nage libre des championnats d'Europe