Muschinger wurde in der 2. Hälfte des 16. Jahrhunderts als Sohn von Sylvester Muschinger vermutlich in Wien geboren. Er entstammt einem steirischen Geschlecht, das im 16. Jahrhundert in habsburgischen Diensten aufstieg, nachdem es sich während der 1. Türkenbelagerung Wiens 1529 verdient gemacht hatte. Sein Urgroßvater Sigmund Muschinger erwarb 1540 die Wiener Vorstadt Gumpendorf.