La scelta del ramo d'Austria Interiore era stata frutto della mente del cardinale Melchior Khlesl, consigliere politico e religioso dell'imperatore Mattia e capo del suo Concilio Segreto: l'ecclesiastico da tempo cercava una riconciliazione tra i cattolici e i protestanti d'Austria, che con la loro opposizione confessionale paralizzavano le istituzioni imperiali e mettevano a rischio persino il principio della comune difesa contro la "minaccia ottomana", arrivata nel 1529 ad assediare la stessa Vienna e che da quasi un secolo teneva impegnata l'Austria sui confini orientali e meridionali. Nel tentativo di sbloccare la situazione, Khlesl, al momento della decisione dell'erede, optò per un cambio di rotta, favorendo il cattolicissimo figlio di Carlo II, educato dai gesuiti secondo dettami controriformisti e protagonista nei domini paterni di una fiera opposizione all'estendersi della Riforma protestante.