1521年、マクシミリアン1世の遺領分割で、兄カール5世の叡慮によりオーストリアを相続し、リンツでアンナと結婚した。1526年、モハーチの戦いで義弟ラヨシュ2世が戦死したため、ボヘミア王位とハンガリー王位が空位となると、フェルディナントはこの2か国の王位を継承し、ハプスブルク帝国成立の礎を築いた。しかし、オスマン帝国の後ろ盾でトランシルヴァニア領主サポヤイ・ヤーノシュがハンガリー王（対立王）に即位し、崩御後はその子ヤーノシュ・ジグモンドが即位したため、ハンガリー全土を実効支配することは出来なかった。また、1529年にはいわゆる第一次ウィーン包囲も受けている。この時はルター派諸侯の力を借りている。