Мануэль Лапуэнте выиграл со сборной Мексики два крупных турнира, среди которых победа в Золотом кубке КОНКАКАФ 1998 и Кубке конфедераций ФИФА 1999. На Кубке конфедераций 1999, мексиканцы в финале одолели сборную Бразилии со счётом 4:3.