El emperador Matías murió en Viena en marzo de 1619. Tal y como se había acordado con anterioridad, Fernando le sucedió en el trono. Apoyado por la Liga Católica, también conocida como Santa Liga Alemana, entre las que se incluían los gobernantes de Polonia, España y Baviera, Fernando buscó reclamar sus posesiones en Bohemia y acabar con la rebelión protestante, reunida en la Liga de la Unión Evangélica. El 8 de noviembre de 1620, las fuerzas católicas se enfrentaron con las del protestante Federico, que había sido elegido rey de Bohemia en 1618, en la Batalla de la Montaña Blanca. Tras solo dos horas de lucha los católicos salieron victoriosos. El ahora depuesto Federico huyó a los Países Bajos, y el duque Maximiliano I de Baviera, líder de la Liga Católica, procedió a tomar y confiscar sus tierras en el Palatinado (margen derecha del Rin) a repartir con España (que se quedó con las tierras de la margen izquierda del Rin). Fernando fortaleció a la Iglesia Católica de Bohemia, redujo la autoridad de la Dieta y convirtió por la fuerza a los protestantes austriacos, bohemios y húngaros.