Karol był przeciwnikiem równouprawnienia dysydentów. W załączniku do depeszy z 2 października 1767 roku do prezydenta Kolegium Spraw Zagranicznych Imperium Rosyjskiego Nikity Panina, poseł rosyjski Nikołaj Repnin określił go jako posła wątpliwego dla realizacji rosyjskich planów na sejmie 1767 roku, poseł powiatu grodzieńskiego na sejm 1767 roku. Kiedy Repnin uwięził i wywiózł głównych opozycjonistów sprawy dysydenckiej: biskupa krakowskiego Kajetana Sołtyka, biskupa kijowskiego Józefa Andrzeja Załuskiego oraz hetmana Wacława Rzewuskiego z synem Sewerynem, Karol Chreptowicz protestując przeciw temu napisał i aktykował swój manifest: "Wolność nad fortuny i życie poświęcający, a wiarę [świętą] katolicką nad wolność i wszelakie względy doczesne wiernych Kościołowi Chrystusowemu i Ojczyźnie Patriotów obyczajem przekładający, na podpisie ręki własnej niżej wyrażony z prowincji WKL, z prześwietnego powiatu grodzieńskiego obrany na sejm ekstraordynaryjny za uniwersałami JKM r. 1767 (...) w mieście stołecznym Warszawie poseł". Oprócz tego przyjął do akt grodzieńskich manifest Sołtyka, co doprowadziło do tego, że musiał uciekać za granicę. Zawiózł papieżowi skargi Polaków. W kwietniu 1768 bawił w Wiedniu, a w sierpniu tego roku był już w Mołdawii w Nielipowcach, wśród konfederatów barskich.