Meksikon-Yhdysvaltain sodassa hän palveli kenraali Zachary Taylorin alaisena Palo Alton ja Resaca de la Palman taisteluissa. Hän palveli myöhemmin kenraali Winfield Scottin alaisena ja sai ylennyksen 1. luutnantiksi Cerro Gordoon ja kapteeniksi Contrerasiin ja Churubuscoon. Hänen vanhempi veljensä Ephraim Kirby Smith, vakinaisen armeijan kapteeni, palveli hänen kanssaan 5. USA:n jalkaväessä molemmissa kampanjoissa Taylorin ja Scottin kanssa, kunnes hän kuoli haavoihinsa. joista oli kärsinyt Molino del Reyn taistelusta 1847. Sodan jälkeen hän palveli kapteenina 2. ratsuväessä, pääasiassa Teksasissa, mutta hän opetti myös matematiikkaa West Pointissa ja haavoittui 1859 taistellessaan intiaaneja vastaan Nescutunga Valleyssä Teksasissa. Kun Teksas erosi Unionista, Smith, nyt majuri, kieltäytyi antamasta komentoaan Camp Coloradossa, mikä nykyisin on Coleman Teksasissa, Teksasin osavaltion joukoille Benjamin McCullochin alaisina, ja ilmaisi olevansa valmis taistelemaan pitääkseen sen.