Не участва в Битката за Коралово море, но още през юни същата година заедно със самолетоносача Йорктаун (CV-5), води тежки сражения край атола Мидуей. Самолети на "„Ентърпрайз“" потопяват в тези сражения японските самолетоносачи "„Кага“" и "„Акаги“". Пикиращи бомбардировачи от неговото авиокрило, заедно с такива, прехвърлени от повредения „Йорктаун“, участват в потопяването на "„Хирю“".