Подробных сведений о деятельности Эрнеста Джойса в составе первой Британской антарктической экспедиции нет. Джойс лишь мельком упоминается в отчетах Скотта, в дневниках Эдварда Уилсона не упоминается вовсе. Из наиболее значимых упоминаний о Джойсе стало получение последним сильного обморожения во время попытки подняться на вулкан Эребус вместе с Артуром Пилби () и Фрэнком Уайлдом. В экспедиции Джойс приобрёл полярный опыт и познакомился с такими, ставшими впоследствии легендарными, полярниками, как Том Крин, Эдгар Эванс и Эрнест Шеклтон, с которым поучаствовал в нескольких санных походах и произвел на него впечатление человека компетентного и надежного. На Скотта Джойс произвел впечатление человека "«здравомыслящего, прямого, лояльного и интеллигентного»", и тот по итогам экспедиции рекомендовал его к продвижению по службе и получению следующего воинского звания. Тем не менее, после экспедиции в 1905 году Джойс оставил службу во флоте, в 1906 году восстанавился на флоте, сочтя жизнь на берегу скучной, а ещё через год присоединился к первой экспедиции Шеклтона.