XVII wiek był okresem największego i najszybszego rozwoju miasta. Osiedlała się tu nie tylko ludność polska, ale również wielu innych narodowości. Miasto musiało się jednak zmagać z licznymi najazdami, m.in. Kozaków pod dowództwem Bohdana Chmielnickiego w 1648 r. oraz podczas potopu w 1656 r. przez wojska szwedzkie, którym podobnie jak Kozakom nie udało się zdobyć miasta. Dopiero podczas wielkiej wojny północnej Zamość został zajęty przez wojska szwedzkie i saskie.