Aunque habitado desde el período Epipaleolítico (16.000AC al 8.300AC), el Ein Dor actual fue fundado en 1948 por miembros del movimiento juvenil Hashomer Hatzair. Históricamente han existido varios Ein Dor: el mencionado en la Biblia, situado en una colina a 5 km del actual, un pueblo romano y luego bizantino, y otro pueblo árabe (Safsafa-صفصافا) construido sobre el anterior, que fue abandonado a consecuencia de la guerra de independencia de Israel en 1948, y que se encontraba al lado del oleoducto Irak-Mediterráneo a 2 kilómetros al Suroeste del actual kibutz. Cerca de este y al norte del antiguo poblado árabe y romano se encuentra la colina de Tel Zafzafot o 'colina de álamos', lugar del pueblo bíblico, y a medio kilómetro de éste la fuente que dio lugar a la localidad. Hoy en día el kibutz adoptó el nombre del antiguo asentamiento, aunque está localizado a varios kilómetros al oeste de aquel, y sus habitantes son judíos israelíes.