Reprimió, exilió y encarceló a muchos de sus adversarios políticos. Cuando la oposición se movilizó como reacción a la represión del gobierno y en contra de los intereses oligárquicos del molinismo y se gestó la rebelión de Valladolid (Plan de Dzelkoop), Muñoz Arísteguí reaccionó aún más violentamente en contra de los rebeldes. Al generalizarse las acciones de rebeldía en varios sectores de la población y en la mayor parte del estado, el presidente Porfirio Díaz decidió enviar a un general con experiencia en asuntos de guerra para asegurar el control de la situación. En esas circunstancias el gobernador Enrique Muñoz Arístegui fue relevado del poder público, el 11 de marzo de 1911, por el general Luis del Carmen Curiel. Inmediatamente se fue a radicar a la Ciudad de México de donde retornó una vez generalizado el proceso revolucionario mexicano.