Der kroatischen Öffentlichkeit wurde Ćesić bekannt, als er am 31. März 1991 kroatische Polizeikräfte beim bewaffneten Zwischenfall bei den Plitvicer Seen fuhr. Der von ihm gesteuerte Bus geriet in einen Hinterhalt, wurde beschossen und Ćesić konnte in dieser Situation durch sein ruhiges umsichtiges Verhalten, größere Verluste vermeiden. Diese erste Konfrontation zwischen serbischen und kroatischen Polizisten bzw. paramilitärischen Kräften gilt als Beginn des Kroatienkrieges. Danach begann seine militärische Karriere als Fahrer des kroatischen Verteidigungsministers Gojko Šušak (1945–1998) mit dem er dadurch auch freundschaftlich verbunden war. In den frühen 1990er-Jahren erhielt Ćesić das Kommando über das 66. Ingenieurbau-Regiment der kroatischen Streitkräfte. Die Einheit baute Bergstraßen an der Grenze zu Bosnien und Herzegowina bzw. der Republik Serbische Krajina, die es erlaubten, diese Gebiete während der Militäroperation Oluja 1995 zu umgehen. Für seine Leistungen wurde Ćesić in den Rang eines Generals erhoben.