Ông cũng được thăng làm tư lệnh của Sư đoàn số 10, và không bao lâu sau ông được chuyển sang chỉ huy Sư đoàn số 13 vào tháng 10 năm 1865, với cấp bậc Trung tướng. Lữ đoàn bộ binh do ông chỉ huy trước đó là một phần thuộc Sư đoàn này. Điều đáng chú ý là trong khi những tướng lĩnh có tên tuổi khác của Phổ như Vogel von Falckenstein, Herwarth von Bittenfeld và Karl Friedrich von Steinmetz phải trải qua 47 năm trước khi được phong hàm Trung tướng, Goeben chỉ leo lên được chức vụ này sau 23 năm. Đến cả viên tướng được ưa chuộng Edwin von Manteuffel cũng chỉ trở thành Trung tướng sau gần 35 năm phục vụ trong quân ngũ. Ông đã tham chiến trong cuộc Chiến tranh Áo-Phổ năm 1866, và trên cương vị là chỉ huy của Sư đoàn số 13, Goeben một lần nữa chứng tỏ năng lực của mình như là một chỉ huy quân sự kỳ cựu cũng như là một nhà chiến thuật điêu luyện. Ban đầu, ông tham gia chiến dịch tại Hanover, và sau đó ông đã trở thành viên tướng dưới quyền đắc lực nhất của Vogel von Falckenstein – Tổng tư lệnh "Tập đoàn quân Main" trong chiến dịch trên con sông cùng tên. Tướng Falckenstein thấu hiểu cách tận dụng đầy đủ tài dụng binh của Goeben. Goeben đã dẫn đầu các lực lượng của mình trong các trận thắng tại Dermbach, Kissingen, Laufach, Aschaffenburg, Werbach, Gerchsheim, Tauberbischofsheim và Würzburg.