Im 12. und 13. Jahrhundert wurde der Ort nach mehreren Angriffen verfeindeter Fürsten sowie während der Invasion der Goldenen Horde größtenteils zerstört und zeitweise dem Verfall preisgegeben. Ende des 12. Jahrhunderts wurden die ehemaligen Gemächer des Großfürsten zu einem neu gestifteten russisch-orthodoxen Männerkloster umfunktioniert. Als Vorort des alten Großfürsten- und Metropolitensitzes Wladimir besaß Bogoljubowo, das zudem am alten Postweg zwischen Moskau und Nischni Nowgorod lag, noch bis ins 16. Jahrhundert hinein Stadtrechte. Den nördlichen Teil des Ortes bildete ein sogenannter Possad, eine altrussische Händler- und Handwerkersiedlung.