В ходе работы в правительстве Гайдару приходилось принимать участие в разрешении межнациональных конфликтов. В своих воспоминаниях он рассказывает, что решал вопрос с переброской подкрепления внутренним войскам в Кабардино-Балкарии, где летом 1992 года произошло обострение ситуации; занимался усилением российской 201-й дивизии в Таджикистане во время начала там гражданской войны. Во время Осетино-ингушского конфликта Гайдар посещает Назрань и Владикавказ, где ведёт переговоры с местными лидерами. В частности, он подписывает соглашение с представителями Чечни об отводе федеральных войск от границ республики.