Taipingupproret pågick fortfarande i södra Kina, och Cixi tog hjälp av officerare från Storbritannien och Frankrike för att slå ner upproret. Hon befordrade även hankineser på ett sätt som Qingdynastin inte gjort tidigare. Ett exempel var Zeng Guofan som blev befordrad till markis, och det var just Zeng Guofans arme som slutligen slog ner Taipingupproret 1864 i Nanjing. Bekämpandet av upproret i kombination med stora tullintäkter efter öppnandet av handel med omvärlden gjorde att Kinas ekonomi snabbt förbättrades och gav Cixi stor auktoritet som ledare. Hon tillsatte även britten Robert Hart som generalinspektör för sjötullen, och Harts arbete med modernisering och korruptionsbekämpning bidrog i hög grad till Kinas ekonomiska utveckling.