Το 1936, το Γενικό Επιτελείο Στρατού αναδιοργανώθηκε. Το 1940–1941, κατά τη διάρκεια του ελληνοϊταλικού πολέμου και την επακόλουθη γερμανική εισβολή στην Ελλάδα, το Γενικό Επιτελείο Στρατού υπηρέτησε ως πυρήνας των Γενικών Αρχηγείων υπό τον πρώην Αρχηγό του Γενικού Επιτελείου Στρατού, Αντιστράτηγου Αλέξανδρου Παπάγου. Μετά την κατάληψη της Ελλάδας από τις δυνάμεις του Άξονα, οι ελληνικές ένοπλες δυνάμεις ανασυστάθηκαν στη Μέση Ανατολή από την εξόριστη ελληνική κυβέρνηση, μαζί με ένα υποτυπώδες Γενικό Επιτελείο Στρατού.