Københavns brann i 1728 gikk hardt ut over Helligåndskirken. På ettermiddagen den 21. oktober nådde ilden kirken og rundt kl. 20 styrtet tårnet sammen. Hvelvingene falt ned i kirkerommet og alt brant opp. Kirkens prest på denne tiden, Knud Tommerup, anbrakte formuen sin i kirken før han selv i all hast forlot den brennende byen. Formuen gikk opp i røyk.