В сентябре южане попытались нанести контрудар силами, которыми командовал генерал Ли. Победа США при Карнифекс-Ферри в сентябре 1861 года помешала армии конфедератов разделить федеральные армии. В сражении при Чит-Маунтин генерал Ли пытался вернуть потерянные территории, однако из-за неверных разведданных и плохой связи между частями армии Юга сражение окончилось неудачно для армии КША. К зиме 1861-62 годов большая часть военной деятельности в Западной Виргинии заключалась в партизанской войне. В 1862 и 1863 годах было несколько рейдов армии Конфедерации на территорию, контролируемую Соединенными Штатами. В 1862 году территория была затронута кампанией конфедератов в долине Шенандоа. В январе военная экспедиция армии Конфедеративных Штатов Америки к городу Ромни привела к повреждению железной дороги Балтимор-Огайо, однако, из-за тяжёлых погодных условий войска КША оставили город. Самыми крупными битвами на современной территории Западной Виргинии были сражения при Харперс-Ферри и при Шепардстауне в сентябре 1862 года в ходе Мерилендской кампании. Первое сражение закончилось крупной капитуляцией федеральных сил и захватом боеприпасов и продовольствия. Во втором сражении были одни из самых крупных потерь у армий среди битв, произошедших на территории Западной Виргинии. Это убедило командование обеих армий в окончании Мерилендской компании генерала Ли — в результате сражения он отменил повторное вторжение в Мэриленд. Одной из последних битв на территории была битва при Дроп-Маунтин 6 ноября 1863 года, после победы в которой союзные войска получили контроль над большей частью территории нового штата Западная Виргиния.