בשנת 1503 פרצה מלחמה בבוואריה על רקע ירושת לנדסהוט, היא מלחמת לנדסהוט. בשנת 1777, נכחדה שושלת בוואריה. עקב כך, הייתה מלחמה נוספת, בין בוואריה לאוסטריה, היא מלחמת הירושה הבווארית, על רקע רצונה של בוואריה לקבל מעמד עצמאי, לאחר השתלטותה של אוסטריה על הקיסרות. בסופו של דבר השליטה על בוואריה עברה לשושלת הפלטינית. לאחר מכן, היו בני משפחת ויטלסבאך מלכי בוואריה, הם המשיכו למשול בה עד שהודחו בשנת 1918 במהלך המהפכה הגרמנית.