Durante l'occupazione francese, la colonna di Traiano rischiò di essere oggetto delle spoliazioni napoleoniche. Si deve solo ricordare le intenzioni del capo militare a Roma di Napoleone, il generale François René Jean de Pommereul, il quale cercava un modo per rimuovere la "Colonna Traiana" e spedirla in Francia. L'assistente di Pommereul, Daunon, scriveva tal proposito il 15 Aprile 1798: "Spediremo un obelisco", in tal modo riferendosi alla colonna di Traiano. Questo proposito irrazionale venne soltanto bloccato dagli elevatissimi costi di trasporto e dagli enormi ostacoli amministrativi pontifici che ne rallentarono il processo. I francesi quindi innalzarono la Colonna Vendôme, eretta nel 1810 a Parigi da Napoleone I dopo la Battaglia di Austerlitz a imitazione di «quella innalzata a Roma, in onore di Traiano». L'area con il basamento in vista venne ancora sistemata e ripulita a più riprese fino ai primi scavi degli inizi del XIX secolo.