Ebenthalt a 12. században alapították. Korai birtokosa az osztrák herceg hűbérese, a von Ebenthal nemzetség volt. 1337-ben a Zelkingeké lett, majd visszakerült hercegi tulajdonba. Egyházközsége 1429-től a mauerbachi apátság alá tartozott. Bécs 1529-es ostromakor a törökök Ebenthalig is eljutottak. 1621-ben az császár elkobozta akkori birtokosától, a Landau családtól, majd a kamara 1622-ben eladta Rudolf von Teuffenbachnak, a közeli Zistersdorf és Dürnkrut földesurának. A harmincéves háború végére a falu házainak a fele elpusztult. Ezt követően pestis, majd Bécs második ostromakor a török pusztították a térséget. 1713-ban újabb – az utolsó – pestisjárvány dúlt Ebenthalban. Az 1730-as években a Koháry grófi család vásárolta meg a falut. 1773-ban Ebenthalt már mint mezővárost említik. A Koháryak férfiága 1826-ban kihalt és Ebenthal házasság révén a Sachsen-Coburg-Gotha családhoz került.