Roku 1618 byli jezuité vyhnáni, ale opět se vrátili po bělohorské bitvě. Za jejich působení získala roku 1636 vesnice status městyse. Mohlo se zde vykonávat hrdelní právo. V roce 1626 jezuité přikoupili nedaleké Borovany a roku 1691 i Dobronice. Roku 1672 zachvátil obec velký požár, při kterém lehla popelem část městečka a fara. Roku 1680 se v Bernarticích odehrála morová epidemie. Dále v roce 1713 epidemie cholery, při které zemřelo a bylo pohřbeno 700 mrtvých. Roku 1748 se na území obce odehrálo kázání pátera Koniáše, načež mezi lety 1770 a 1772 zastihl obec hladomor a další epidemie moru. Roku 1773 byl zrušen jezuitský řád a Bernartice připadly královskému státnímu panství v Opařanech. Roku 1795 se udál velký požár, při kterém shořela kromě domů i fara, kostelní věž a škola. Během požáru došlo k roztavení zvonu. Roku 1805 zde tábořila francouzská vojska. Rok poté po nich vojska bavorská.