Trong hòa ước Lunéville 1801 Kurpfalzbayern cũng như các nước Đức khác phải từ bỏ các phần lãnh thổ bên trái sông Rhein. Như vậy họ mất phần bên trái sông Rhein của Kurpfalz và công quốc Jülich. Để đền bù cho sự mất mát này theo luật bồi thường đã ký kết giữ Áo và Pháp, 1803 Bayern đã mở rộng được lãnh thổ nhờ được một số các vùng đất như các thành phố tự do mà từ đây bị mất quyền này cũng như của nhà thờ qua việc thế tục hóa. Tuy nhiên 1803 họ mất luôn phần bên phải sông Rhein của Kurpfalz về tay Baden. 1805 Bayern qua hiệp ước Bogenhausen lại liên hiệp với Napoleon. Áo thua Trận Austerlitz dẫn tới hòa ước Pressburg, mà theo đó Áo mất Tirol và Vorarlberg vào tay Bayern. 1806 để cảm ơn Napoleon đã phong Bayern lên thành vương quốc. Sau đó Bayern do áp lực của Napoleon đã nhập vào Liên bang Rhein, đưa đến việc Franz II từ bỏ ngôi hoàng đế và tuyên bố là đế quốc La Mã Thần thánh đã chấm dứt từ đó. Vào tháng 3 năm 1806 Bayern đã đổi công quốc Berg bên phải của sông Rhein cho Napoleon để lấy công quốc Ansbach.