Als Oberst kommandierte er vom 6. April 1865 bis zum 10. Juni 1866 das 3. Infanterie-Regiment. Während des Krieges gegen Preußen wurde Fischer anschließend unter Beförderung zum Generalmajor zum Kommandanten der 2. Infanterie-Brigade ernannt. Im Verbund mit dem VIII. Armee-Korps des Deutschen Bundes nahm er im Mainfeldzug an den Gefechten bei Tauberbischofsheim und Gerchsheim teil.