Nach ihrer Rückkehr nach Kambodscha heirateten Khieu Ponnary und Pol Pot am 14. Juli 1956 in der Hauptstadt. Den Hochzeitstag hatten sie bewusst auf den Jahrestag des Sturms auf die Bastille gelegt. Ungeachtet der revolutionären Ziele, die das Paar inzwischen verfolgte, verlangte Pol Pot von seiner Frau, dass sie sich, der Tradition folgend, bei der Hochzeit vor seinem Vater niederwarf. Khieu Ponnary gründete das Frauenmagazin "Neary" und arbeitete in den folgenden Jahren am "Lycée Preah Sisowath" als Lehrerin. Pol Pot unterrichtete zu dieser Zeit an einer anderen Schule. In der zweiten Hälfte der 1950er-Jahre erkrankte Khieu Ponnary an Gebärmutterkrebs. Sie wurde erfolgreich operiert, wurde aber unfruchtbar. Das belastete die Beziehung zu Pol Pot.