В декабре 2008 года Ахалая был назначен первым заместителем министра обороны Давида (Васила) Сихарулидзе. Предшественник Сихарулидзе Давид Кезерашвили и ряд других министров были отправлены в отставку после неудачи в «пятидневной войне» — военных действиях на территории непризнанной республики Южная Осетия, зоне присутствия российских миротворцев. На новом посту Ахалая занимался строительством военных укреплений вокруг Тбилиси и контролем за боеспособностью вооружённых сил страны.