In den folgenden Jahrhunderten verloren die Räte der Stadt stark an Bedeutung, da 1503 nach dem Ende des Bayerischen Erbfolgekriegs München alleinige Residenzstadt der Bayerischen Herzöge und später der Kurfürsten geworden war. Der Einfluss der Landesherren wurde so immer größer. Dies zeigt sich u. a. daran, dass der Kurfürst 1672 erstmals ein erbliches Patriziatsdiplom verlieh. Die Aufnahme in den Inneren Rat war demnach Sache des Landesherrn und nicht der Stadt.