26 и 27 января 1904 года участвовал в боях с японским флотом, за что 22 марта того же года награждён мечами к ордену Св. Владимира 3-й степени. В июне Зацаренный временно сдал командование броненосцем из-за заболевания тропической лихорадкой. 28 июля он командовал броненосцем во время боя в Жёлтом море. После сдачи Порт-Артура находился в японском плену, из которого вернулся на родину 23 мая 1905 года.