Em 1998 Alesi deixou a Benetton e foi para a Sauber onde foi companheiro de Johnny Herbert seu melhor resultado foi um terceiro lugar no GP da Bélgica de 1998 que foi seu último pódio na categoria, Alesi terminou a temporada na décima primeira colocação com 9 pontos, em 1999 Alesi continuou na Sauber desta vez sendo companheiro do brasileiro Pedro Diniz os resultados pioraram e Alesi terminou a temporada com apenas 2 pontos na décima quinta colocação.