היחסים הדיפלומטיים הרשמיים בין מלזיה לניו זילנד כוננו ב-25 בספטמבר 1957, כאשר מלזיה נותרה אחת השותפות הוותיקות ביותר של ניו זילנד בדרום-מזרח אסיה. כוח ההגנה הניו זילנדי (NZDF) שמר על נוכחותו מאז שנות ה-50 למאבק לצד בעלות בריתו מפני איום הקומוניזם במצב החירום המלאי, החירום המלאי השני ובמרד הקומוניסטי בסרוואק. בעקבות הקמתה של הפדרציה המלזית, הגנה ה-NZDF גם על מלאיה הבריטית ועל בורנאו מפני ההסתננות הצבאית האינדונזית.