Doch schon 1532 kam es unter der Leitung der Äbtissin Afra Schenk zur Wiederbesiedlung des Klosters durch eine neue Gemeinschaft. Das 16. und 17. Jahrhundert bescherten der Abtei eine regelrechte Blütezeit, die sich auch in umfangreichen Neu- und Umbauten ausdrückte. Im Toggenburgerkrieg wurde das Kloster besetzt. Im Jahr 1754 wurde die strenge Klausur eingeführt. 1798 eröffnete das Kloster eine der ältesten Elementarschulen des Kantons Sankt Gallen.