1859/60-ban Kínába ment és részt vett a 2. ópiumháború angol–francia expedíciójában. 1860 októberében részese volt Peking ostromának. A békekötés (1860. október 24.) után beutazta az ország nagy részét. 1860-ban őrnaggyá léptették elő és 1863 áprilisában az elesett Frederick Townsend Ward tábornok helyére került a „Győzedelmes hadsereg” főparancsnokaként. Gordon 1863–64-ben jelentős mértékben hozzájárult a Tajping-felkelés leveréséhez. A győzelem után összeveszett a felettesével, Li Hung-csanggal, mert figyelmen kívül hagyták Gordon becsületszavát, melyet Szucsou bevétele után a szabad elvonulásra adott és a „Li csónakjának” ünnepén a Tajping-királyokat megölték. Li Hung-csang tagadta, hogy ő adta ki erre a parancsot, de Gordon lemondott a jutalomról meg a kitüntetésről és elhagyta Kínát. 1865-től Angliában élt. A Gravesend város környékén – a Temze védelmét biztosító – erődöket építő utászok parancsnoka volt. Apja halála után jótékonysági munkát végzett, többek közt tanítást vállalt a helyi szegények iskolájában. 1871-ben az Európai Duna Bizottság angol meghatalmazottja lett Galacban.