לאחר שייצג את מקסיקו בגביע הקונפדרציות 1997, היה הרננדס שותף בכיר לזכייה נוספת בגביע הזהב 1998. הוא כבש פעמיים בניצחון 4-2 על בשלב הבתים, שסייע לנבחרתו לעלות לחצי הגמר. בחצי הגמר מול , כבש הרננדס בהארכה את שער הזהב בדקה ה-105, והעלה את נבחרתו לגמר הטורניר. במשחק הגמר מול כבש הרננדס שתי דקות לפני ההפסקה, שער שהעניק לנבחרתו את הגביע עם 1-0 בסיום. הרננדס היה למלך שערי הטורניר בצוותא עם פאולו ואנצ'ופה, עם ארבעה כיבושים.