Refusant de rejoindre l'équipe de taekwondo des États-Unis, Christian Nkombengnondo retrouve l'équipe du Gabon de taekwondo dont il devient le capitaine. Avec l’équipe du Gabon de taekwondo, Christian Nkombegnondo obtient la médaille d'or à l'Open de Rio en 2002 mais est éliminé en quart de finale face au troisième mondial aux jeux africains d’Abuja en 2003. Il quitte l'équipe du Gabon de taekwondo en 2004 pour marquer son désaccord avec la gestion de l’équipe.