Honda palasi takaisin F1-sarjaan vuonna 2000, valmistamalla moottorit BAR:lle. Muutaman raskaan vuoden jälkeen he saavuttivat kaudella 2004 valmistajien MM-sarjassa toisen sijan. Vuoden 2005 lopussa Honda osti BAR-tallin, ja vuodesta 2006 alkaen Honda kilpaili jälleen Formula 1:ssä omalla tallillaan. Kaudella 2006 Jenson Button voitti Unkarin GP:n, mutta joulukuun alussa 2008 Honda ilmoitti jättävänsä Formula 1:set maailman taloustilanteen heikkenemisen takia.