Er gab sein Patent 1861 zurück und wurde Oberst im konföderierten Heer. Zum Brigadegeneral befördert, war er an der ersten Schlacht am Bull Run beteiligt, allerdings an einem eher ruhigen Frontabschnitt. Anfang 1862 wurde er zum Generalmajor befördert und war einer von "Stonewall" Jacksons wichtigsten Untergebenen während des Shenandoah-Feldzuges 1862. Ewell diente auch auf der Halbinsel unter Jackson, bevor er in der Eröffnungsphase der zweiten Schlacht am Bull Run schwer verwundet wurde. Er verlor ein Bein, und es dauerte fast ein Jahr, bis er wieder ein Kommando übernahm.