Rientrato in servizio attivo, Taylor partecipò anche alla guerra di Black Hawk, durata dall'aprile all'agosto del 1832 e combattuta nel Midwest tra la tribù Sauk comandata dal capo Falco Nero e l'esercito regolare statunitense, appoggiato dalle milizie di Illinois e Michigan per il possesso delle terre della regione. Nella seconda guerra seminole, durata dal 1835 al 1842, il generale divenne nel maggio del 1838 governatore militare della Florida, riuscendo a debellare le ultime sacche di resistenza degli indiani Seminole, ormai privi del loro carismatico capo Osceola, catturato a tradimento l'anno precedente. In queste operazioni adoperò su larga scala utilizzò anche i cani di razza blood-hound, importati da Cuba per stanare i ribelli, che verso la fine del 1842 dovettero capitolare definitivamente.