ここに至ってボエモンは、皇帝アレクシオスが十字軍部隊にあまり援助していないのだから、（占領した都市はすべて皇帝に引き渡すという）誓いは無効であると主張しはじめた。ボエモンはアンティオキアを我が物にしようとしていたのである。十字軍の指導者層はボエモンの主張に紛糾したため進軍は止まった。さらに疫病（おそらくチフス）の流行が軍勢を襲い、多くの兵や馬が命を落とした。疫病の犠牲者の中には教皇使節アデマールも含まれていた。諸侯は夏の行軍を避け冬を待ったが、軍勢は統一した指揮系統を失いシリアにとどまったまま行き場を失った状態で、住民も略奪に抵抗した。1098年の末には、シリアの都市マアッラ攻略の際、十字軍兵士達が市民を鍋で煮殺し串で焼き殺すという人肉食事件が起こる（マアッラ攻囲戦）。こうした迷走に、11月には諸侯らのアンティオキアでの会議に対して、巡礼者らがエルサレム行きを求めて突き上げを行う事件も起きた。1099年1月になってようやくトゥールーズ伯レーモンを中心にして指揮系統が回復、アンティオキアの私有化を主張するボエモンを後に残して軍勢はエルサレムに向かった。ボエモンはアンティオキア公国建国を宣言、アンティオキア公ボエモン1世となる。