南方陸軍はアメリカ合衆国の租借地であるパナマ運河地帯の太平洋側にラテンアメリカ最大規模の軍人及び民間従業員を擁し駐屯し、パナマ侵攻にも参加した。パナマ運河条約の改定に伴い、運河地帯がパナマに返還されることとなり、1997年9月26日までに兵力を撤収、司令部はマイアミに移動した。これ以降、南方軍は地域別統合軍のうち、担当地域内に司令部を置かない3つのうちの1つとなった（もう2つは、フロリダ州タンパに司令部を置く中央軍と、ドイツのシュトゥットガルトに司令部を置くアフリカ軍である）。