Im Jahr 1942 wurde das meiste verbliebene japanische Marinepersonal aus den Flussstreitkräften abgezogen. Da ungefähr die Hälfte der Offiziere zu diesem Zeitpunkt noch Japaner waren, hinterließ deren Abzug große Lücken im Offizierskorps. Dies schränkte die Einsatzfähigkeit der Flussstreitkräfte stark ein. Viele Schiffe waren nicht mehr einsatzfähig und ihre Kanonen wurden demontiert und an Land geschafft. Zum Zeitpunkt der sowjetischen Invasion der Mandschurei waren die Flussstreitkräfte nicht mehr einsatzfähig und kapitulierten, ohne vorher Widerstand zu leisten.