10 marca 1637 r., w czasie wojny trzydziestoletniej zmarł w Szczecinie Bogusław XIV, ostatni książę pomorski z dynastii Gryfitów. Wygaśnięcie dynastii oznaczało upadek niepodległego Księstwa Pomorskiego. Według zawartej w 1529 umowy dynastycznej Pomorze odziedziczyć mieli Hohenzollernowie. Jednak rzeczywistymi panami byli Szwedzi, których wojska zajęły Pomorze Zachodnie w trakcie wojny. W roku 1654, w traktacie zawartym po zakończeniu wojny trzydziestoletniej, Pomorze Zachodnie zostało podzielone między Brandenburgię a Szwecję – część Pomorza ze Szczecinem (w tym m.in. wyspy Uznam i Wolin) przypadła Szwecji, co umożliwiło Szwecji dokonanie rok później tzw. Potopu szwedzkiego – najazdu na Polskę. Działania wojenne podczas potopu szwedzkiego przyczyniły się do upadku gospodarczego miasta.