Oltre al comando principale a Roma, esistevano comandi secondari nell'Africa Orientale Italiana, fino alla sua caduta, in Africa settentrionale, nei Balcani e in Russia durante la relativa campagna. In particolare il Comando Aeronautico Albania della Regia Aeronautica era basato a Tirana e venne incaricato di supportare le operazioni terrestri durante la campagna di Grecia. Superaereo restò in funzione fino al 12 settembre 1943.