Huger luchó notablemente en 1846-48 durante la Guerra México-Americana, sirviendo como jefe de artillería en el personal del general de división Winfield Scott durante el conflicto. Huger tuvo el mando del tren de asedio durante el sitio de Veracruz, del 9 al 29 de marzo de 1847. Fue nombrado para el grado de brevet mayor por su actuación en Veracruz el 29 de marzo, y para teniente coronel por la batalla de Molino del Rey el 8 de septiembre. Huger fue nombrado coronel brevet cinco días más tarde por "conducta valiente y meritoria" durante la toma de Chapultepec.