Sovyet güçleriyle olan savaşın sona ermesinin ardından bin Ladin Suudi Arabistan'a döndü. 2 Ağustos 1990'da Irak'ın Kuveyt'i işgal etmesiyle patlak veren Körfez Savaşı'nın başında Suudi Arabistan Kralı Fehd ve Savunma Bakanı Sultan ile görüşen bin Ladin, Amerika Birleşik Devletleri'nden askerî bir yardım alınmaması gerektiğini ve kendi kuvvetleriyle krallığı savunabileceğini belirtti. Ancak bu teklif kabul edilmedi ve Amerikan kuvvetleri Suudi Arabistan'a konuşlandırıldı. Müslüman olmayan Amerikan birliklerinin kutsal topraklara basmasını uygunsuz bulan bin Ladin, esas savaşın Irak'a karşı değil İslam'a karşı verildiğini belirtmekteydi. Suudi Arabistan hükûmeti karşıtı konuşmalara başlayan ve bu yönde konuşanları desteklemesi sebebiyle ev hapsine mahkûm edilen bin Ladin, aile üyelerinin Kral Fehd ile bağlantısını kullanarak bazı işleri halletmek amacıyla Pakistan'a gitme talebinde bulundu. Nisan 1991'de Pakistan'a varmasının ardından ailesine bir mektup göndererek ülkesine dönmeyeceğini belirtti. Burada birkaç ay geçirdikten sonra Aralık 1991'de ailesi ve çocuklarıyla birlikte, Haziran ayında İslamcı Ulusal İslami Cephenin desteğiyle askerî darbeye uğrayan Sudan'ın başkenti Hartum'daki bir eve yerleşti.