בתחילת המאה ה־16 אימצו חלק מתושבי העיר את הדת הפרוטסטנטית, דבר שהביא למלחמות דת. בקרב נורדלינגן שנערך בשנת 1634, כבשו הכוחות הקיסריים־קתוליים של האימפריה הרומית הקדושה את רגנסבורג, ובמשך כ־150 שנים נותרה מעוז קתולי חשוב.