Lokakuussa 1939 siirrettiin Turun maakunta-arkistosta aineistoa Laitilaan, Hämeenlinnasta Lepaan kartanoon ja Oulusta Muhokselle. Sodan sytyttyä 30. marraskuuta 1939 aineistojen evakuointi jatkui ja muuta toimintaa pyrittiin pitämään yllä mahdollisuuksien mukaan. Valtionarkistonhoitaja Kaarlo Blomstedt siirtyi 1. joulukuuta Vaasaan, jonne tuotiin myös Helsingistä evakuoituja arkistoja. Vaasan ajateltiin olevan tarpeeksi kaukana rajalta, jotta sinne ei kohdistettaisi ilmapommituksia. Kaupunkia pommitettiin kuitenkin jo joulukuussa 1939, ja arkistorakennus kärsi vaurioita 29. ja 31. joulukuuta. Talon lähelle pudonneet pommit rikkoivat ikkunat ja vaurioittivat vesiputkia, mikä nosti veden rakennuksen kellaritiloihin. Lisäksi sirpaleet vaurioittivat joitakin asiakirjoista. Myös Oulun arkistorakennukseen osui 21. tammikuuta 1940 palopommeja sekä miinapommi. Arkistotilojen yläpuolinen museo tuhoutui ja arkisto kärsi huomattavia vesivahinkoja, rakennukseen tuli halkeamia ja sen sähkö- ja vesijohdot vioittuivat.