Lors de la Seconde Guerre mondiale, la Grèce est envahie par l'Italie puis par l'Allemagne nazie et la famille royale est contrainte de quitter le pays. Sophie, son frère Constantin (né en 1940) et leur mère Frederika fuient Athènes le , quelques jours avant l'entrée des Allemands dans la capitale, et s'installent successivement en Crète, en Égypte et en Afrique du Sud, où vient au monde, en 1942, sa sœur Irène. Leur père, lui, vit entre l'Angleterre et l'Égypte.