ความสัมพันธ์ระหว่างเชื้อชาติของชาวญี่ปุ่น (ผู้ตั้งถิ่นฐานและเจ้าหน้าที่รัฐ) กับชาวไมโครนีเซียเป็นไปอย่างเป็นมิตรและการสมรสต่างพวกระหว่างชาวญี่ปุ่นกับชาวไมโครนีเซียได้รับการสนับสนุน แม้ว่าความสัมพันธ์จะเริ่มแย่ลงเมื่อรัฐบาลอาณานิคมญี่ปุ่นออกนโยบายที่ให้ประโยชน์แก่ชาวญี่ปุ่นมากกว่า รวมถึงแสดงการไม่ให้ความสำคัญต่อบรรทัดฐานแบบไมโครนีเซีย หลังจากการยอมจำนนของญี่ปุ่นใน ค.ศ. 1945 ชาวญี่ปุ่นทุกคนถูกส่งกลับญี่ปุ่น ขณะที่ประชากรเชื้อสายญี่ปุ่น-ไมโครนีเซียได้รับอนุญาตให้อยู่ต่อไป ซึ่งโดยส่วนมากเลือกอยู่ต่อ พวกเขาเหล่านั้นจำนวนมากได้รับตำแหน่งสำคัญทางการเมือง ภาครัฐ และภาคธุรกิจหลังสงครามโลกครั้งที่สอง ประชากรกลุ่มนี้นับได้ว่าเป็นประชากรกลุ่มน้อยที่มีจำนวนมากในสหพันธรัฐไมโครนีเซีย ประเทศไมโครนีเซียเริ่มมีความสัมพันธ์กับญี่ปุ่นด้านการค้าและวัฒนธรรมนับตั้งแต่คริสต์ทศวรรษ 1970 และได้สถาปนาความสัมพันธ์ทางการทูตใน ค.ศ. 1988 อันเป็นระยะเวลาสองปีหลังจากที่ประเทศไมโครนีเซียได้รับเอกราช