Amaral wurde als ältester Sohn eines Liurais geboren, eines timoresischen Herrschers, der bis zur Invasion der Japaner 1942 über sein Kleinreich herrschte. Das genaue Geburtsdatum ist nicht bekannt. Zwei Jahre ging er in Dili zur Schule, wechselte dann bis zu seinem 14. Lebensjahr an das Seminar der Mission in Soibada. Sein fünftes Schuljahr absolvierte Amaral am Priesterseminar Nossa Senhora da Fatima in Dare. Ab 1956 erhielt er eine Ausbildung am "Jesuitenseminar São José" in Macau, studierte sieben Jahre lang Philosophie und Theologie und qualifizierte sich, Priester zu werden. Im Alter von 28 Jahren kehrte Amaral nach Dili zurück. Er unterrichtete zunächst an der Schule der Salesianer, gründete aber im darauffolgenden Jahr eine eigene Schule, an der er Portugiesische Literatur und Latein unterrichtete. 1963 begann Amaral beim Zollhaus in Dili zu arbeiten. Er wurde zu einem bekannten politischen Aktivisten und Intellektuellen. Zusammen mit Nicolau Lobato und José Ramos-Horta gründete Amaral am 20. Mai 1974 die "Associação Social Democrática Timorense" (ASDT), die am 11. September in FRETILIN umbenannt wurde. Im selben Jahr besuchte Amaral als Präsident der FRETILIN die FRELIMO, die Unabhängigkeitsbewegung in Mosambik.