เริ่มตั้งแต่ปลายพุทธศตวรรษที่ 21 อาณาจักรอยุธยาถูกราชวงศ์ตองอูโจมตีหลายครั้ง สงครามครั้งแรกคือ สงครามพระเจ้าตะเบ็งชเวตี้ เมื่อ พ.ศ. 2091-92 แต่ล้มเหลว การรุกรานครั้งที่สองของราชวงศ์ตองอู หรือเรียกว่า "สงครามช้างเผือก"สมัยพระมหาจักรพรรดิ เมื่อ พ.ศ. 2106 พระเจ้าบุเรงนองทรงให้สมเด็จพระมหาจักรพรรดิยอมจำนน พระบรมวงศานุวงศ์บางส่วนถูกพาไปยังกรุงหงสาวดี และสมเด็จพระมหินทราธิราช พระราชโอรสองค์โต ทรงได้รับแต่งตั้งเป็นเจ้าประเทศราช เมื่อ พ.ศ. 2112 ราชวงศ์ตองอูรุกรานอีกเป็นครั้งที่สาม และสามารถยึดกรุงศรีอยุธยาได้ในปีต่อมา หนนี้พระเจ้าบุเรงนองทรงแต่งตั้งสมเด็จพระมหาธรรมราชาธิราชเป็นเจ้าประเทศราช