בדצמבר 1860, לאחר שנבחר אברהם לינקולן לנשיאות, פרשה קרוליינה הדרומית מן האיחוד וכך הוקמה קונפדרציית המדינות של אמריקה ("הקונפדרציה"), בעיקר כדי להגן על מוסד העבדות בארצות הברית ועל מטעי הכותנה הרווחיים במדינות הדרום וכהתנגדות לשילובם של השחורים בחברה וקבלתם כאזרחים. הנשיא ג'יימס ביוקנן, שרחש אהדה לדרום, כמעט ולא נקט בשום צעד למנוע את הפרישה טרם השבעתו של לינקולן ב-4 במרץ 1861. בתחילת המלחמה באותה שנה, בריסטו, שהיה תומך אדוק של האיחוד, התגייס לצבא האיחוד וסייע בהקמת רגימנט הרגלים ה-25 של קנטקי. ב-21 בספטמבר אותה שנה הוא מונה כקצין בדרגת לוטננט קולונל ברגימנט זה. בריסטו לחם תחת פיקודו של הגנרל יוליסס סימפסון גרנט ושירת בשלושה קרבות: , וקרב שילה, בו הוא נפצע.