13 июля 2001 года в матче Кубка Америки против сборной Боливии, Бисера дебютировал в сборной Уругвая. В 2002 году Джо попал в заявку национальной команды на чемпионат мира в Японии и Корее, но на турнире не принял участие ни в одном поединке. В 2004 году защитник в составе национальной сборной во второй раз отправился на Кубок Америки, где выиграл бронзовые медали.