Auf einem Konsistorium am 17. September 1603 wurde Silvestro Aldobrandini von seinem Großonkel Papst Clemens VIII. zum Kardinal kreiert und am 15. November 1603 zum Kardinaldiakon von San Cesareo in Palatio berufen. Er fungierte zwischen dem 16. Juni 1604 und 1607 auch als Gouverneur von San Severino. Nach dem Tode von Papst Clemens VIII. am 3. März 1605 nahm er am Konklave teil, das am 1. April 1605 Leo XI. zum Papst wählte. Nach dem Leo XI. bereits am 27. April 1605 verstarb, nahm er auch an dem Konklave teil, welches am 16. Mai 1605 Paul V. zum Papst wählte.