En 3 de novembre de 1956, durant la Guerra del Sinaí, Israel va llançar una ofensiva contra Egipte, que en aquest moment controlava Khan Yunis i tota la Franja de Gaza; durant aquest conflicte va ser ocupada per primera vegada i va sofrir moltes baixes en els bombardeigs aeris. En 1967, durant la Guerra dels Sis Dies, Israel va ocupar de nou la localitat de Khan Yunis, fins a la retirada israeliana en 2005.