En 1937 comandó el Distrito Militar de Moscú, y durante la Guerra de Invierno contra Finlandia dirigió en el frente a las fuerzas soviéticas, con desastrosos resultados debido a la escasa previsión de Budionni en cuanto a transportes y aprovisionamiento de las tropas en una campaña invernal. A pesar de este nuevo fracaso, Stalin evitó castigarlo y a fines de 1940 fue nombrado Viceministro de Defensa, un puesto carente de mando efectivo con el que no se sintió satisfecho.