Яндекс.Новости обвинялись журналом «Эксперт» в тенденциозном подборе материалов, критикующих политику российских властей по различным вопросам, а также что структура сервиса не отражает реального баланса мнений в российских СМИ, и событий, интересных большинству граждан России; часто в ленте непропорционально представлены небольшие пропагандистские ресурсы. По версии критиков, имеет место ручное вмешательство в механизм ранжирования новостей. Обвинению подверглись освещение сервисом войны в Южной Осетии в августе 2008 года, протестного движения в России в 2011—2013 годах и политического кризиса на Украине 2013—2014 Серьёзные претензии к Яндекс. Новостям имел портал Pravda.ru, практически не представленный в их поисковой выдаче. Даже тогда, когда американский сенатор Джон Маккейн написал для портала резонансную эксклюзивную статью, поиск Яндекса приводил читателя на дубликат этой статьи, опубликованной малоизвестной татарской газетой.