この艦隊編制改訂と同時に、連合艦隊は第二段第一期兵力部署を発令した。第五航空戦隊（翔鶴、瑞鶴）はポートモレスビー攻略に伴うMO作戦に参加のため、南洋部隊（指揮官：井上成美第四艦隊司令長官）に編入された。当初、派遣される空母は加賀だったが、南洋部隊より空母増勢の要請があり五航戦に変更となった（他に第五戦隊、第7駆逐隊、第27駆逐隊を増援）。5月上旬にポートモレスビー作戦を実施したあと、五航戦は6月のミッドウェー作戦には一航艦に戻って参加する予定だった。5月7日-8日の珊瑚海海戦において、日本側は軽空母祥鳳が沈没、翔鶴が大破、瑞鶴も航空隊の被害甚大で、翔鶴の修理と航空隊の再建には三ヶ月が必要と見込まれた。連合軍側は空母レキシントンが沈没、ヨークタウンが損傷した。機動部隊においては「一航艦の中で一番練度未熟な五航戦が、最精鋭の米空母と互角に戦って勝利を得た。一航戦・二航戦なら鎧袖一触である」という驕りが見られるようになった。