Bythesea osallistui Krimin sodan jälkeen myös toiseen oopiumisotaan Kiinaa vastaan. Hänen sotilasuransa päättyi käytännössä maaliskuussa 1872, jolloin hänen komentamansa "HMS Lord Clyde" ajoi maihin Maltalla ja sen sisaraluksen "HMS Lord Wardenin" oli hinattava se irti. Bythesea ja hänen navigaatioupseerinsa joutuivat sotaoikeuteen, eikä hän saanut enää yhtäkään komentajuutta ennen kuin jäi eläkkeelle laivaston palveluksesta 5. elokuuta 1877. Hänet ylennettiin 17 päivää eläkkeelle jäämisensä jälkeen lippueamiraaliksi.