Lors de l'Armistice du 22 juin 1940, il est à Papeete. Le gouverneur Jean Chastenet de Géry prend position contre l'armistice. Dès le il télégraphie à Bordeaux . Durant l'été 1940, deux comités sont formés à Tahiti, dont un "Comité des Français d'Océanie". Alain Gerbault prend frénétiquement et maladroitement le parti du maréchal Pétain en juillet en et rejoint un petit groupe spontané, composé d’anciens combattants des Croix-de-Feu, et de partisans de l'Action française. Le , le "Comité des Français d'Océanie" publie un manifeste où l'on retrouve la signature de Gerbault. On y retrouve les principes du régime de Vichy dans le sens de la Révolution nationale. Mais le "Comité de la France libre" est nettement plus important et prend le pouvoir le . Un référendum est organisé. Celui-ci a lieu seulement à Tahiti et Moorea () ; le résultat est massivement favorable à la France libre (5560 voix contre 18). Le ralliement des Établissements français de l’Océanie à la France libre s'effectue le . Après des soubresauts liés à des partisans de Vichy, ce ralliement est définitivement établi avec l'établissement du docteur Émile de Curton comme gouverneur à partir de .