Vuonna 1850 alkoi sarja kansannousuja, jotka olivat vähällä tuhota dynastian. Taiping-kapina alkoi joulukuussa 1850, jolloin Hung Hsiu-tšuan, hakkalainen synkretistisen kristillisen lahkon johtaja, voitti paikalliset sotavoimat, jotka oli lähetetty hajottamaan hänen seuraajansa. Hong julisti perustetuksi Taipingin taivaallisen kuningas­kunnan, ja kapina levisi hyvin nopeasti moniin maakuntiin. Seuraavana vuonna Pohjois-Kiinassa alkoi Nien-kapina. Toisin kuin kristityillä Taipingeilla, Nien-kapinallisilla ei ollut selvää poliittista ohjelmaa, mutta ratsuväkeen perustuvien sotajoukkojensa suuren liikkuvuuden vuoksi heistä tuli vakava uhka Pekingille. Jouduttuaan kahden voimakkaan kapinallis­ryhmän väliin Qing-dynastia kärsi toistuvia tappioita. Myös miaot nousivat vuonna 1854 kapinaan kiinalais­valtaa vastaan ja saivat asuin­seuduillaan aikaan hävitystä, kunnes heidän kapinansa vuonna 1873 lopullisesti kukistettiin. Vuonna 1856 Qing-dynastian yritys vallata Nanking takaisin epäonnistui, ja Yunnanissa alkoi Panthay-kapina.