W połowie XVII wieku w Arsenale przechowywano ok. 100 dział oraz broń ręczną. We wrześniu 1655 budynek został zdobyty przez Szwedów. W 1702 został częściowo zniszczony wskutek wybuchu prochu wywołanego uderzeniem pioruna. Zniszczeniu uległo skrzydło od strony ul. Nalewki. W 1808 roku książę Józef Poniatowski zorganizował w warszawskim Arsenale Królewskim Szkołę Artylerii oraz Saperów Księstwa Warszawskiego.