En el moment de l'atac a Pearl Harbor, Kondō comandava la 2a Flota, participant en les invasions de Malaia i de les Índies Orientals Holandeses. Durant la Batalla de Midway, comandà la Força d'Ocupació de Midway i el Grup de Cobertura. Posteriorment, les seves forces van tenir un paper destacat en l'atac de l'oceà Índic, la Batalla de Guadalcanal (participant en les batalles de les Salomó Orientals (23-25 d'agost de 1942) i de les illes Santa Cruz (26-27 d'octubre). Kondō també comandà les forces japoneses a la batalla de l'illa Savo (12-13 de novembre de 1942).