2008–2009 ISU Grand Prix serisinde 2008 Skate Canada International'da Joannie Rochette ve Fumie Suguri'nin ardında bronz madalya aldı. 2009 ABD Artistik Patinaj Şampiyonasını Rachael Flatt ve Caroline Zhang'ın önünde ilk sırada tamamlayan Czisny, kariyerinin ilk ABD şampiyonluğuna ulaştı. Bu madalya ile ABD'de yapılan ve ev sahibi olarak katılacağı 2009 Dünya Artistik Patinaj Şampiyonasına katılma hakkı elde eden sporcu yarışmayı 11. sırada bitirdi.