В начале войны в той же должности. С 25 июня 1941 года части укрепленного района в составе этой 9-й армии Южного фронта участвовали в приграничном сражении, отражали наступление немецко-фашистских и румынских войск, затем отходили в направлении Николаева. В начале августа полковник Яцун был назначен начальником штаба 302-й горнострелковой дивизии СКВО в городе Кропоткин, с ноября вступил в командование 15-й отдельной курсантской стрелковой бригадой этого округа. В конце декабря командирован на учебу в Академию Генштаба РККА им. К. Е. Ворошилова в городе Уфа. По окончании ее ускоренного курса в июне 1942 года он был назначен комендантом 118-го укрепленного района, входившего в состав Юго-Западного, Сталинградского и Донского фронтов. В боевых действиях в Сталинградской битве укрепленный район активного участий не принимал, находился в обороне. По окончании боев под Сталинградом он входил в состав Сталинградской группы войск резерва Ставки ВГК, затем с апреля — Московской зоны обороны. Летом 1943 года 118-й укрепленный район был переброшен на Калининский фронт и в конце июля вошел в 3-ю ударную армию. В ее составе в начале октября участвовал в Невельской наступательной операции. С октября того же года полковник Яцун вступил в командование 235-й стрелковой дивизией, входившей в состав 83-го стрелкового корпуса 4-й ударной армии 1-го Прибалтийского фронта. Дивизия под его командованием участвовала в Городокской наступательной операции, в боях на витебском направлении. С января по июнь 1944 года находился в госпитале по болезни в Москве, затем направлен в распоряжение Военного совета КВО. В августе того же года он был назначен заместителем наркома просвещения УССР по военному обучению.