Ο σεισμός του 1755, που κατέστρεψε σχεδόν όλη τη Λισαβόνα, προκάλεσε πολύ μεγάλες καταστροφές και στον Καθεδρικό της πόλης. Το κύριο παρεκκλήσι με το βασιλικό πάνθεον καθώς και τα περισσότερα παρεκκλήσια και το περιστύλιο καταστράφηκαν από το σεισμό και τη φωτιά που επακολούθησε. Αργότερα ο ναός ξαναχτίστηκε εν μέρει και στις αρχές του 20ου αιώνα απέκτησε την σημερινή του μορφή μετά από μια εκ βάθρων ανακαίνιση.