Vuonna 1941 Winston Churchill nimitti Mountbattenin yhdistettyjen operaatioiden esikunnan päälliköksi. Hän suunnitteli muun muassa hävittäjä "HMS Campbeltownin" operaation Saint-Nazairen satamassa, missä se lastattiin räjähteillä ja ajettiin päin kuivatelakkaa. Mountbatten oli vastuussa myös epäonnistuneesta Dieppen maihinnoususta vuonna 1942, missä 6 000 sotilaan vahvuisesta osastosta 60 prosenttia kaatui tai haavoittui, ilman että juuri mitään saatiin vallattua.