בראשית כהונתו כנשיא נקט שיראק צעד יוצא דופן, ובנאום היסטורי בשנת 1995 הכיר לראשונה באחריותו של משטר וישי לגירוש יהודי צרפת להשמדה בתקופת מלחמת העולם השנייה, בהתייחסו למצוד ולודרום ד'איבר, והתנצל על כך. בכך ניפץ את המיתוס שניסו כל קודמיו לטפח, שכביכול מרבית הצרפתים היו פעילי ותומכי רזיסטאנס שהתנגדו לנאצים, ועל הנאצים לבדם חלה האחריות לגורל יהודי צרפת. בתקופת ממשלו, ובעיקר בשנים האחרונות, התרבו התנכלויות ליהודים בצרפת על רקע אנטישמי ואנטי-ישראלי, שלא תמיד ניתן להפריד ביניהם. שיראק התחייב לא אחת לפעול בנחישות כנגד תופעת האנטישמיות, אותה גינה בחריפות, ובחודש יולי 2005 דיווחה ממשלת צרפת על ירידה חדה במספר התקריות על רקע אנטישמי.