No , Viena esteve sob a ameaça do Império Mongol, que se estendeu por grande parte da Rússia e China atuais. No entanto, devido à morte de seu líder, Oguedai Cã, os exércitos mongóis recuaram da fronteira europeia e não retornaram. Durante a Idade Média, Viena foi a sede da Casa de Babemberga, e em 1440 tornou-se a cidade de residência da Dinastia Habsburgo. A cidade viria a se tornar a capital do Sacro Império Romano e um centro cultural de artes e ciência, música e gastronomia. Foi ocupada pela Hungria, entre 1485-1490. Nos séculos XVI e XVII, o exércitos otomanos foram barrados duas vezes fora de Viena (ver Cerco de Viena de 1529 e Batalha de Viena, de 1683). Em 1679, a peste bubônica atingiu a cidade, matando cerca de um terço de sua população.