Au cours de campagne de la vallée de Jackson de 1862, la carrière militaire de Garnett prend une pente descendante lors de la première bataille de Kernstown en mars. Jackson met en marche son armée sur () pour intercepter une partie de l'armée de l'Union commandée par le major général Nathaniel P. Banks. Le , la commandant de la cavalerie de Jackson, le colonel Turner Ashby, apporte de mauvais renseignements indiquant la division de l'Union du brigadier général James Shields a quatre régiments à l'arrière à l'extérieur de Winchester, en Virginie. Comme cette force est de taille comparable à celle de Jackson, il ordonne à Garnett et à la brigade de Stonewall d'attaquer. Malheureusement, Shields a une division d'infanterie entière à portée, près de , deux fois la taille de la force de Jackson. L'attaque se passe mal et Garnett, retrouvant sa brigade en manque de munitions et encerclée par des forces attaquant des trois côtés, ordonne un repli. Jackson est furieux et accuse Garnett de désobéissance aux ordres, ce qui signifie qu'il ne devait pas avoir reculé sans avoir obtenu l'autorisation préalable de Jackson. Jackson, bien connu pour être un , arrête Garnett pour le et le relève de son commandement. La cour martiale de Garnett commence en , avec les seuls témoignages de Jackson et de son aide de camp. Cependant, le procès est suspendu en raison du commencement de la campagne de Virginie Septentrionale du Général Robert E. Lee et de la seconde bataille de Bull Run en septembre.