Durante la primera Intifada, librada en los pueblos y ciudades árabes de Cisjordania y la Franja de Gaza entre pequeños grupos palestinos de resistencia y la policía y ejército israelíes, el FDLP sufrió más deserciones . Fatah, el FPLP y los grupos islámicos Hamás y la Yihad Islámica tenían gran apoyo dentro de los territorios ocupados, mientras que el FDLP carecía de presencia en ellos . De esta forma, el apoyo a Hamas y Fatah crecía en tanto que el del FDLP disminuía. En 1991 el FDLP se vio aún más mermado cuando el sector más moderado, dirigido por Yasser Abed Rabbo, se escindió para apoyar la Conferencia de Paz de Madrid. El nuevo grupo, la "Asamblea Democrática Palestina" (FIDA), nació sin tener un ala militar y fue uno de los primeros grupos palestinos en exhortar a negociar con Israel . No llegó a obtener apoyos porque en 1993 la OLP y Israel firmaron los Acuerdos de Oslo.