Zu Beginn der Saison 2019 gewann er mit Belinda Bencic zum dritten Mal den Hopman Cup in Perth. Bei den Australian Open konnte Federer den Titel nicht verteidigen, er scheiterte im Achtelfinale an Stefanos Tsitsipas in vier engen Sätzen, damit riss auch seine Serie von 17 Siegen in Folge in Melbourne. Mit seinem achten Titel in Dubai erreichte er nach Jimmy Connors als zweiter Spieler in der Open Era hundert Turniersiege im Einzel. Im Finale besiegte er Stefanos Tsitsipas in zwei Sätzen. Beim Indian Wells Masters erreichte er zum neunten Mal das Finale, verlor es jedoch in drei Sätzen gegen Dominic Thiem, der seinen ersten Masters-Titel gewann. Am Miami Masters gewann er seinen 101. Titel mit einem Sieg in zwei Sätzen gegen John Isner. Es war sein vierter Titel in Miami sowie in seinem fünfzigsten Finale der 28. Masters-Triumph.