Im 18. Jahrhundert wurden die Außenwerke der Burg nach dem System des Festungsbaumeisters Sébastien Le Prestre de Vauban erweitert. Nach Bayerns Beteiligung im Österreichischen Erbfolgekrieg 1740–1748 folgten umfangreiche Umbauten, vor allem nach der Ernennung Burghausens zur Garnisonsstadt im Jahr 1763. Als Folge des Bayerischen Erbfolgekriegs 1778/1779 und dem anschließenden Frieden von Teschen wurde Burghausen durch die Abtretung des Innviertels an das Herzogtum Österreich zur Grenzstadt; zwar wurde die Grenzziehung entlang der Salzach unter Napoléon I. noch einmal kurz revidiert, das Innviertel kam aber nach dem Wiener Kongress 1814/15 endgültig an das Kaisertum Österreich. Während der napoleonischen Besatzung wurden in den Jahren 1800 und 1801 alle nördlichen Außenwerke durch französische Truppen unter Marschall Michel Ney abgerissen. Dadurch war der einzige verwundbare, ebenerdige Zugang zur Burg offengelegt. 1809 erklärte Napoléon I. die Festungsanlage für veraltet. In den Jahrzehnten danach kam es zu zahlreichen Umbauten durch die in Burghausen stationierte Garnison der Königlich Bayerischen Armee (1816–1849: 1. Jägerbataillon, 1849–1878: 2. Jägerbataillon, ab 1878: I. Bataillon des 16. Infanterieregiments), Teile der Burg wurden gleichzeitig privat veräußert. 1893 wurde die Garnison aufgelöst. Ein bereits geplanter Abriss der Burg konnte von Burghauser Bürgern gerade noch verhindert werden.