Ещё один трагический период в истории города начался в 1991 году. Книн был провозглашён столицей Республики Сербская Краина, объявившей о независимости от Хорватии, которая, в свою очередь, отделилась от Югославии. Город был занят хорватской армией 5 августа 1995 года в ходе операции «Буря», это сопровождалось жертвами среди гражданских сербов и массовым исходом сербского населения. Уже после операции близ Книна произошла казнь оставшихся сербов. В ознаменование победы 5 августа ежегодно празднуется в Хорватии как День победы и благодарности отчизне. 6 августа первый президент Хорватии Франьо Туджман провозгласил в Книне восстановление территориальной целостности страны, а над древней книнской крепостью был поднят хорватский флаг. В ходе военных действий город сильно пострадал, большое количество зданий было разрушено.