1997年7月1日，香港主權移交給中華人民共和國，澳門也將於1999年12月20日主權移交給中華人民共和國。中華人民共和國的一國兩制宣傳主張對台灣的壓力益增，美國又不斷有人主張兩岸應签订中程協議，故李登輝指示成立「強化中華民國主權國家地位專案小組」研究對策。1999年5月，該小組研議以「特殊的國與國關係」為兩岸關係定位。