Am 24. September 1688 übernahm er das Kommando über die "HMS Firedrake" und nahm am 1. Mai 1689 an der Schlacht von Bantry Bay teil, wo es ihm gelang das französische Linienschiff Schiff Diamant in Brand zu setzen. Zwei Tage nach der Schlacht wurde ihm das Kommando über die Dartmouth (40 Kanonen) übertragen, mit der er am 28. Juli 1689 an der Beseitigung einer Schwimmsperre teilnahm die die Versorgung des belagerten Derry verhinderte. Erneut wurde Leake das Kommando über ein größeres Schiff übergeben, die Oxford (54 Kanonen). Bald darauf wechselte er auf die "HMS Eagle" (70 Kanonen), mit der er unter Admiral Edward Russell am 19. Mai 1692 an der Seeschlacht bei Barfleur teilnahm.