Nach dem Volksaufstand des 17. Juni 1953 geriet er erneut in das Visier der Sicherheitsbehörden. Stasi, Betriebsparteisekretär und Kreisparteikontrollkommission suchten nach Hinweisen für eine feindliche Gesinnung. Es ergaben sich aber lediglich geringfügige Verfehlungen: So hatte er z. B. eine Woche lang kein Parteiabzeichen getragen und das Wort "Vopo" (für Volkspolizist) verwendet, was als RIAS-Sprache bewertet wurde. Zudem gehörte Paul Wessel zum Bekanntenkreis des ehemaligen Landtagspräsidenten Bruno Böttge. Nach dessen Verhaftung riet das Ministerium für Staatssicherheit, auch Wessel zu verhaften. Ein Kompetenzstreit zwischen der Stasi Magdeburg und Halle bewahrte ihn vor diesem Schicksal. Er blieb jedoch weiterhin unter Beobachtung der Stasi.