Osa eserristä taisteli Venäjän sisällissodassa vihreän armeijan joukoissa menševikkien kanssa. Elokuussa 1918 vasemmistoeserrä Faina Kaplan yritti murhata Leninin, koska piti häntä ”vallankumouksen petturina”. Murhat johtivat terroriin, jossa bolševikkien vastustajat puhdistettiin neuvostoista ja noin 800 ihmistä teloitettiin. Talonpojista koostunutta Tambovin kapinaa bolsevikkejä vastaan johti myös eserrä, Aleksandr Antonov.