À l'époque coloniale, deux agences gouvernementales, la marine du gouvernement ( Dutch : "Gouvernementsmarine" ) et l'agence de la navigation ( néerlandaise : "Dienst van Scheepvaart)," avaient été constituées pour protéger les mers et les côtes . Les deux organisations ont été brièvement dissoutes en 1942 lors de l'occupation japonaise des Indes orientales néerlandaises pendant la Seconde Guerre mondiale. Après la reddition du Japon, les deux organisations ont été recréées pour continuer à remplir leur fonction principale. En 1947, en pleine révolution nationale indonésienne, les deux agences fusionnent pour devenir le service de garde-mer et de côte ( ). Parallèlement à l'agence néerlandaise, le gouvernement indonésien, alors en guerre contre les Néerlandais, a créé sa propre organisation, qui joue le même rôle que la Garde maritime et côtière néerlandaise, appelée Service des expéditions de la République d'Indonésie ( Indonésien : "Jawatan Pelayaran Republik Indonesia" ).