Herodes kuoli vuonna 4 eaa. ja Juudea liitettiin Rooman valtakuntaan vuonna 6 ajanlaskun alun jälkeen. Paikalla lienee ollut tämän jälkeen roomalainen varuskunta. Ensimmäisen juutalaissodan puhjetessa vuonna 66 jaa. Masadan valtasivat selootien tikarimiesten ("sicarii") ryhmittymä Menahemin johdolla. Jerusalemin kukistuttua vuonna 70 monet jäljelle jääneistä kapinallisista pakenivat Masadaan. Roomalainen kuvernööri Lucius Flavius Silva piiritti Masadan vuonna 73 tai 74. Linnoitus kukistui muutaman kuukauden kestäneen piirityksen jälkeen. Josephuksen mukaan linnoituksessa olleet 960 miestä, naista ja lasta tekivät juokkoitsemurhan antautumisen sijaan. Masadan roomalaiset piiritysvarustelmat kuuluvat pnykypäiviin asti parhaiten säilyneiden joukkoon. Piirityksen aikana roomalaiset rakensivat masadan ympärille piiritysmuurin ja kahdeksan leiriä piirittäville joukoille. Muurinmurtajaa varten Masadan muurille rakennettiin ramppi ("agger") maa- ja kiviaineksesta.