極端な寒さに晒されると生命機能を維持するウイルスが不活性化されるため、エイリアンは最終氷期（7万年前―1万年前）の間、地球を離れなければならなくなった。地球を離れるにあたって、エイリアンは戻って来た時のことを考えてブラックオイルを地中に隠した。ブラックオイルにはエイリアンの遺伝情報が含まれており、地球にエイリアンが帰還した際にはその情報が更新される手はずになっていた。地球を離れたエイリアンたちは知的生命体を探して宇宙を飛び回り、見つけ次第それらを征服した。エイリアンたちは宇宙の支配者になろうとしていたのである。シガレット・スモーキング・マンによると、マヤ人が予言したように、エイリアンは2012年12月22日に地球に帰還する予定だった。しかし、1947年にニューメキシコ州上空を飛行していた宇宙船がその付近の岩石に含まれていた磁鉄鉱の影響で墜落してしまった。これが世にいう「ロズウェル事件」である。この事件の結果、アメリカ合衆国やソビエト連邦などの有力者の一部がエイリアンの存在とその入植計画を知ってしまった。入植を食い止めるべく、シンジケートが結成された。そのメンバーの中には、シガレット・スモーキング・マン、ウェル・マニキュアード・マン、ウィリアム・モルダー（モルダー捜査官の父親）もいた。