Pembalap pesaing besar terakhir untuk Schumi adalah Fernando Alonso yang sering dianggap sebagai penerus tahta juara. Bukan tanpa alasan karena Alonso-lah yang berhasil menghentikan dominasi Schumi di musim . Selain itu Alonso juga berada dibawah pimpinan Flavio Briatore yang juga sempat menjadi bos Schumi saat masih bergabung di tim Benetton (yang kemudian berubah nama menjadi tim Renault pada 2002). Beberapa lomba yang melibatkan persaingan kedua pembalap adalah di Prancis 2004 saat Schumi mengalahkan Alonso lewat strategi nekat empat kali pitstop dan di San Marino 2005 yang menjadi sinyal bahwa telah terjadi regenerasi di ajang F1. Titik balik persaingan mereka terjadi di Jepang saat Alonso menang dan mengambil alih puncak klasemen dengan satu lomba tersisa usai Schumi tersingkir akibat masalah mesin. Pada lomba GP Brasil 2006 yang menjadi lomba terakhir Schumi bersama Ferrari, Schumi dengan sportif mengakui kekalahannya di musim pada Alonso.