À partir du Grand Prix d'Allemagne, que Button termine à la quatrième place, Honda et Button font leur retour au premier plan. Ce retour en forme se concrétise le 6 août 2006, à l'occasion du Grand Prix de Hongrie où, parti de la quatorzième place à la suite d'une pénalité aux essais due à une casse moteur, Button revient rapidement aux premières places grâce à la pluie. À l'issue de la dernière salve de ravitaillements, il se hisse à la première place de l'épreuve, qu'il remporte, obtenant sa première victoire en Grand Prix pour son , la quatrième plus longue attente de l'histoire (seuls Mark Webber avec 130 Grands Prix, son coéquipier Barrichello avec 124 et son ancien coéquipier Trulli avec 117 ont dû attendre plus longtemps). Lors des cinq dernières épreuves, il ne quitte plus les cinq premières places et termine troisième du Brésil, dernière manche de l'année. Il termine sixième du championnat du monde avec 56 points.