1493 entstand ein Neubau, von dem das Sakramentshäuschen erhalten geblieben ist. Im Jahr 1600 wurde die Kirche umgebaut und vergrössert. Ein Baumeister namens Rinderli erhöhte 1628 den Kirchturm um zwei Stockwerke, zehn Jahre später musste er nach Blitzschlag repariert werden. Während des Zweiten Villmergerkriegs kam es am 20. Juli 1712 zum Gefecht von Sins: Zurückweichende Truppen aus dem reformierten Bern zogen sich hinter die Mauern des Kirchhügels zurück und verteidigten sich gegen die katholischen Innerschweizer. Zuletzt verschanzten sich zahlreiche Berner in der Kirche, bis sie überwältigt wurden. Das Gefecht forderte 100 Tote auf Berner und 400 Tote auf Innerschweizer Seite.