Ai primi del secolo successivo risale l'intervento di rimaneggiamento operato nella parte centrale della cripta di Sant'Emidio, voluto dal Consiglio dei Cento e della Pace cittadino, per onorare il Santo Patrono della città, che aveva risparmiato la città dai sismi del 1703, che ebbero come effetto anche un ulteriore sviluppo del culto in suo onore in innumerevoli città italiane ed europee, che richiesero le reliquie del Santo alla città. In sostituzione delle colonne antiche in travertino colloca colonne binate e quadruplicate in marmo rosso di Verona, in allusione al sangue del martire Emidio, sorreggenti volte più alte rispetto a quelle romaniche, in previsione della collocazione di un gruppo scultoreo realizzato dal figlio Lazzaro quasi trent'anni dopo.