両国には東トルキスタン独立運動の問題があったが、1999年にトルコ軍の高官が訪中した際に中国政府から協力を要請され、2000年に安全保障の協定を結んで両国の情報機関はこの運動の活動家の情報収集や監視などで協力するようになった。2009年ウイグル騒乱をめぐって一時中国と緊張関係になるも、後にトルコ政府は国内の反中的な勢力とメディア報道の排除も表明した。2019年2月にトルコは国際連合人権理事会で新疆ウイグル自治区の人権状況に懸念を示した唯一のイスラム教国だったが、同年7月に訪中したエルドアンは「新疆の人々は中国で幸福に暮らしている」としてトルコは反中的な勢力に対する安全保障協力を強化すると述べた