Door de vluchtelingencrisis in 2015 kwam de dienst steeds meer onder druk te staan. Er was sprake van een achterstand van rond 250.000 onverwerkte oude asielaanvragen en een afwijkende interpretatie van de Dublinverordening van Duitsland in vergelijking tot andere Europese landen. Voor de bekendmaking waren interne stukken van de BAMF aan de organisatie Pro Asyl toegespeeld. In deze stukken werd een gewijzigde omgang met Syrische vluchtelingen uiteengezet. Media deelden mee dat volgens een interne richtlijn van de BAMF, in strijd met de Dublinverordening, ook Syrische vluchtelingen die in Duitsland asiel hadden aangevraagd in de toekomst niet meer naar het EU-land konden worden teruggestuurd waar zij als eerst waren geregistreerd. Volgens een verklaring van het ministerie van Binnenlandse Zaken zou “ervan uit worden gegaan dat Syrische vluchtelingen er op konden vertrouwen vanaf heden vast in de Bondsrepubliek te mogen blijven”. Het ministerie zag zich uiteindelijk gedwongen om op 25 augustus 2015 in een tweet aan te kondigen dat de Dublinverordening bij Syrische staatsburgers momenteel feitelijk niet verder zou worden gevolgd. Waarnemers schreven een aanzienlijk aandeel van de stijging van het aantal vluchtelingen naar Duitsland aan dit bericht toe.