יממוטו מילא מספר תפקידים בכירים בצי הקיסרי היפני, והיה אחראי על מספר רב של שינויים וארגונים מחדש בצי, בעיקר בתחום התעופה הימית. בראשית המערכה באסיה ובאוקיינוס השקט היה המפקד העליון של הצי המשולב וככזה עמד מאחורי קרבות גדולים, בהם ההתקפה על פרל הארבור וקרב מידוויי. הוא נהרג בעת טיסת סיור במוצבים היפניים הקדמיים באיי שלמה כשהמטוס בו טס נפל למארב ויורט על ידי מטוסי P-38 לייטנינג אמריקאיים. מותו היווה מכה קשה למורל הכוחות היפניים במהלך מלחמת העולם השנייה.