第二次世界大戦勃発後の連盟は、各国代表が本国に帰還したことで規模縮小を余儀なくされたものの、一部専門家委員会の会合や予算執行などのための総会は開かれていた。また理事会は1939年12月、フィンランド侵略を理由にソ連を除名した。しかし、戦争の激化とともに総会・理事会の開催が困難となり、代替として総会議長であるユダヤ系ノルウェー人のを委員長とする管理委員会を結成し、戦時中もロンドン、リスボンなど場所を移して会合を続けた。