Nach seiner Beförderung zum Konteradmiral am 17. Juni 1899 wurde Kataoka Shichirō Kommandeur der Flottenverbände des Marinedistrikts Kure sowie anschließend am 20. Mai 1900 Chef des Schiffsbüros dieses Marinedistrikts. Im Anschluss fungierte er vom 26. Juli 1902 bis zum 28. Dezember 1903 Kommandant des Wachbezirks "(Keibi-fu)" Takeshiki auf der Insel Tsushima. In dieser Verwendung erfolgte am 5. September 1903 auch seine Beförderung zum Vizeadmiral. Am 28. Dezember 1903 übernahm er den Posten als Oberkommandierender der 3. Flotte und bekleidete diesen auch während des Russisch-Japanischen Krieges (8. Februar 1904 bis 5. September 1905). Er nahm mit dieser Flotte an der Seeschlacht im Gelben Meer (10. August 1904), der Seeschlacht bei Tsushima (27. Mai bis 28. Mai 1905) sowie an der Besetzung Sachalins (7. Juli bis 31. Juli 1905) teil. Nach Kriegsende wurde er am 20. Dezember 1905 Oberkommandierender der 1. Flotte und verblieb auf diesem Kommando bis zum 22. Dezember 1906. Anschließend fungierte er zwischen dem 22. November 1906 und dem 28. August 1908 als Direktor des Schiffsbaukommandos "(Kaigun Kansei Honbu)" sowie als Mitglied des Admiralitätsausschusses "(Kaigun Shokan Kaigi)".