Allerdings wurden im Laufe der Jahrhunderte etliche Handschriften von hochrangigen Würdenträgern weg gebracht. Die bedeutendsten Verluste erlitt die Bibliothek im Toggenburgerkrieg 1712, als die siegreichen Zürcher und Berner Truppen das Kloster besetzten und zahlreiche Handschriften und Drucke nach Zürich und Bern führten. Der daraus entstandene «Kulturgüterstreit» zwischen St. Gallen und Zürich konnte 2006 mit einem Vermittlungsverfahren durch den Bundesrat beigelegt werden. Die im Rahmen dieser Einigung hergestellte Kopie des St. Galler Globus ist seit 2009 in der Stiftsbibliothek ausgestellt. Ausserdem gab die Zentralbibliothek Zürich der Stiftsbibliothek 40 Handschriften zurück. Gleichzeitig schenkte die Zürcher Regierung der Stiftsbibliothek das vor der Mitte des 9. Jahrhunderts entstandene Fragment der ältesten erhaltenen Lebensbeschreibung von Gallus, die sogenannte "Vita Vetustissima".