"McGowan" sau đó đi về phía Nam đến đảo Manus, nơi lực lượng được tập trung cho cuộc đổ bộ tiếp theo lên vịnh Leyte. Nó lên đường vào ngày 11 tháng 10, hộ tống các tàu đổ bộ LST và LCI thuộc Đệ Thất hạm đội đi Leyte, và trong cuộc tấn công lên Dulag vào ngày 20 tháng 10, nó đã phục vụ như tàu dẫn đường máy bay chiến đấu để hỗ trợ cho cuộc đổ bộ. Chiếc tàu khu trục tiếp tục tham gia Trận chiến eo biển Surigao, khi vào những giờ đầu tiên của ngày 25 tháng 10 đã tham gia cuộc tấn công bằng ngư lôi của Hải đội Khu trục 54 nhắm vào hàng chiến trận Nhật Bản, làm suy yếu lực lượng đối phương khi chúng tiến qua eo biển Surigao trước khi trở thành mục tiêu của các thiết giáp hạm và tàu tuần dương hạng nặng dưới quyền Chuẩn đô đốc Jesse B. Oldendorf.