Una gran part de la seva obra es va perdre, probablement en el terratrèmol de Lisboa de 1755 i la resta es troba a la Biblioteca General de la Universitat de Coïmbra, a la Biblioteca Nacional de Lisboa i a la Biblioteca de Ajuda. Les vuitanta sonates que es conserven de Seixas es conserven manuscrites i han estat publicades en la seva integritat per Kastner (Portugaliae Musica, X), en cinc fascicles: un d'introducció i quatre d'edició; a més, hi ha moltes altres edicions parcials, a càrrec del mateix Kastner,