Jeho kariéra pak skončila po invazi vojsk Varšavské smlouvy do Československa. Vysočanský sjezd KSČ ho sice ještě hned po okupaci v srpnu 1968 zvolil za člena Ústředního výboru Komunistické strany Československa. 31. srpna pak byl do této funkce oficiálně kooptován. Během srpna 1968 byl zároveň členem předsednictva ÚV KSČ. Z ÚV KSČ byl ovšem vyloučen v září 1969. Po provedení federalizace Československa usedl také v lednu 1969 do Sněmovny národů Federálního shromáždění. Do federálního parlamentu ho nominovala Česká národní rada, v níž rovněž zasedal. Ve FS setrval jen do prosince 1969, kdy rezignoval. Předtím byl v listopadu 1969 zbaven rozhodnutím Národní fronty mandátu v ČNR. V hlasování se všichni přítomní poslanci vyjádřili pro vyloučení Milana Hübla z ČNR, nikdo nebyl proti a nikdo se nezdržel hlasování. Ústřední výbor Komunistické strany Československa ho tehdy zařadil na seznam „představitelů a exponentů pravice“.