Nos cem anos que se seguem, irrompem conflitos devidos às invasões francesas e lutas liberais. Em 20 de março de 1809 a cidade é palco da Batalha do Carvalho d'Este e vítima de vários saques realizados pelas tropas napoleónicas. A cidade viria a ser reocupada a 5 de abril pelo general José António Botelho de Sousa, comandante das forças portuguesas no Minho. Em 1834, com o fim das lutas liberais, são expulsas várias ordens religiosas de Braga, deixando o seu espólio para a cidade. Em consequência da Revolta da Maria da Fonte na Póvoa de Lanhoso, área sob jurisdição do quartel militar bracarense, a cidade é palco de importantes confrontos entre o povo e as autoridades. No final do , o centro da cidade deixa a área da Sé de Braga e passa para a Avenida Central. Em 1875, é inaugurado pelo rei D. Luís a linha e estação dos comboios de Braga.