W sezonie 2016, McLaren pozostawił Fernando Alonso i Jensona Buttona w składzie kierowców. Drugi rok współpracy z Hondą był bardziej obiecujący niż pierwszy, ponieważ zespół był w stanie częściej walczyć o punkty. Sezon ten rozpoczął się kolizją Alonso z Estebanem Gutiérrezem podczas Grand Prix Australii, w którym Hiszpan doznał złamania żebra i miał niewielką odmę opłucną. Po niedopuszczeniu hiszpańskiego kierowcy do udziału w Grand Prix Bahrajnu, partnerem zespołowym Brytyjczyka był na ten wyścig Stoffel Vandoorne, który zdobył dla zespołu pierwszy punkt w sezonie, zajmując dziesiąte miejsce. Zespół zdobył kolejne punkty w Rosji, gdzie Alonso i Button zajęli odpowiednio szóste i dziesiąte miejsce. Deszczowy wyścig w Monako przyniósł najlepszy wyścig w sezonie dla zespołu, gdzie Alonso zajął piąte miejsce, utrzymując za sobą przez wiele okrążeń Nico Rosberga, natomiast Button dojechał na dziewiątym miejscu. Podczas kwalifikacji do Grand Prix Austrii, Jenson Button zanotował najlepszy wynik sezonu, zajmując szóste miejsce. Po rozczarowującym występie w Grand Prix Wielkiej Brytanii, zespół zdobywał punkty w trzech następnych wyścigach. Fernando Alonso i Jenson Button zajęli w klasyfikacji kierowców odpowiednio dziesiąte i piętnaste miejsce, natomiast McLaren ukończył sezon na szóstej pozycji z 76 punktami.