Im Juni 1931 wurde Saundby ins "Directorate of Operations and Intelligence" des Air Staff versetzt. 1933 absolvierte er den Kurs am Imperial Defence College und kam anschließend in den Aufsichtsrat des RAF Staff College. Er wurde im Januar 1937 "Deputy Director of Operations" und ein Jahr später "Deputy Director of Operational Requirements". Als "Director of Operational Requirements" (seit Dezember 1938) begann er den Zweiten Weltkrieg. Im April 1940 wurde er "Assistant Chief of the Air Staff (Operational Requirements and Tactics)" und im November desselben Jahres "Senior Air Staff Officer" des Bomber Command, das zu dieser Zeit von Richard Peirse befehligt wurde. Ab Februar 1942 war Arthur Harris sein Vorgesetzter, dessen Flächenangriffskonzept er vorbehaltlos unterstützte. Saundby, zuständig für die Planung der Bomberoperationen gegen Deutschland, führte eine Liste bzw. Kartei von Städten im Deutschen Reich, in der er die Angriffsziele mit Fischnamen ("fish codes") bezeichnete. So stand "Grayling" („Äsche“) für Nürnberg, "Trout" („Forelle“) für Köln und "Dace" („Weißfisch“) für Hamburg. Im Juli 1943, während der „Schlacht um Hamburg“, wurde er Stellvertreter von Harris als Deputy AOC-in-C des Bomber Command. Im Februar 1944 stieg er zum Air Marshal auf.