Trong thời kỳ Đại hồng thủy, nhà thờ bằng gỗ đã bị lực lượng Thụy Điển phá hủy, nhưng được xây dựng lại ngay sau đó. Năm 1695, phó tế của Warsaw Reverend Mikołaj Popławski thành lập một nhà thờ mới ở vị trí của nó, với số tiền được tặng bởi nữ hoàng Marie Casimire Louise de La Grange d' Tuy nhiên, sau khi vua John III Sobieski qua đời, tiền đã được rút lại và mãi đến năm 1755, công trình xây dựng mới hoàn thành. Tòa nhà được thiết kế bởi Joachim Daniel Jauch. Sau khi chết, các tác phẩm được giám sát bởi Johann Friedrich Knöbel. Trong cuộc bao vây Warsaw (1794), khu vực xung quanh nhà thờ đã được chuyển đổi thành một thành lũy cho lực lượng Ba Lan và nhà thờ bị tàn phá nặng nề. Được xây dựng lại vào năm 1807, một lần nữa nó được tái xác nhận vào năm 1811. Tuy nhiên, trong cuộc bao vây Warsaw của Nga vào năm 1831, khu vực này lại được chuyển thành pháo đài và nhà thờ lại bị tàn phá nặng nề.