Men etter at Aleksander I av Russland ble tsar fikk Bennigsen atter keiserembetets gunst. Han rivaliserte med Mikhail Kutuzov og Buxhövden om å ha kontrollen over de militære operasjonene mot Napoléon Bonaparte. Han overtok som øverstkommanderende for den russiske hæren etter nederlaget i Austerlitz i 1805 og bygget opp den russiske hæren på nytt.