После этого Жан принял предложение «Феррари» и возглавил её отделение Формулы-1 с 1993 года. В этом качестве Жан привлёк в команду Росса Брауна и Михаэля Шумахера, с которыми привел Ferrari к череде блестящих побед в чемпионатах в начале 2000-х годов. Вместе с Россом Брауном Тодт считается идеологом «командной тактики», при которой предпочтение команды отдаётся одному гонщику с целью сделать его чемпионом. Будучи успешной, эта стратегия тем не менее часто вызывала недовольство как болельщиков, так и руководителей FIA. После того как на Гран-при Австрии 2002 года Тодт отдал Рубенсу Баррикелло прямой приказ отдать победу Шумахеру, такие приказы были на несколько лет запрещены правилами.