Durant la guerre de 1939-1940, les troupes alpines où se trouvent de nombreux Isérois apportent à la France la victoire de Narvik où les chasseurs alpins combattirent aux côtés des Anglais contre les Allemands. En Isère, à la cluse de Voreppe, l'armée des Alpes réussit à contenir les blindés du Panzer empêchant les Allemands d'entrer dans Grenoble le 25 juin 1940 malgré l'armistice signée mettant fin aux combats, et épargnant ainsi à la capitale des Alpes de connaître l'occupation allemande qu'elle ne subit qu'à partir du mois de septembre 1943. Parallèlement cette même armée des Alpes réussit à contenir les offensives italiennes lancée par Mussolini qui souhaite reconquérir la Savoie et Nice. Cependant malgré cette assez bonne résistance du département aux troupes de l'Allemagne nazie et de l'Italie fasciste, l'Isère reste un département appartenant à un pays vaincu, contraint de jurer fidélité à l'Allemagne victorieuse via le gouvernement collaborateur du maréchal Pétain. Ainsi le 8 août 1940, le gouvernement de Vichy installa Raoul Didkowski au poste de préfet de l'Isère. Ce préfet, tentera de s'opposer secrètement à la politique d'exclusion du maréchal Pétain et de son gouvernement en accusant et réprimant les étrangers, les juifs, les communistes et les francs-maçons considérés comme les responsables de l'effondrement de la France. Tous ces « ennemis de la nation » seront à de nombreuses reprises recensés et contrôlés par la section des renseignements généraux installée dans les locaux de la gare ferroviaire de Grenoble. Raoul Didkowski, sera révoqué en 1943, déporté en 1944 pour résistance et s'être opposé à la déportation des Juifs.