Harikrishna wurde 2000 erstmals in die indische Nationalmannschaft berufen und hat seitdem an den Schacholympiaden 2000, 2002, 2004, 2006, 2008, 2010, 2012, 2016 und 2018 teilgenommen. Außerdem nahm er teil an den Mannschaftsweltmeisterschaften 2010, 2011 und 2015 (wobei er 2010 mit der Mannschaft den dritten Platz belegte), den asiatischen Mannschaftsmeisterschaften 2003, 2009 und 2012 (die er 2009 mit Indien gewann, während er 2003 und 2012 jeweils den zweiten Platz belegte), an den Schachwettbewerben der Asienspiele 2006 und 2010 sowie am Schachwettbewerb der Hallen-Asienspiele 2009.