Dacă Sparta se baza îndeosebi pe armata sa terestră compusă din redutabilii hopliți, puterea Atenei și a aliaților săi se datora flotei militare, triremele jucând pe atunci rolul navelor de linie din epoca modernă. Cu toate succesele spartanilor în luptele duse pe uscat, aceștia și-au dat seama că nu pot cuceri Atena, foarte bine protejată de zidurile sale. Nici o strategie de asediu pe termen lung nu avea sorți de izbândă, atâta vreme cât Atena rămânea „stăpâna mării”, iar prin dublele ziduri („zidurile lungi”) care o legau de portul Pireu avea acces neîngrădit spre căile navigabile care o uneau cu aliații ei. Însă, după ce Sparta a reușit să atragă Imperiul Persan ca aliat, a avut fondurile necesare pentru a construi noi escadre de nave de luptă necesare pentru a combate flota ateniană. Bătăliile navale în care au luptat escadre de trireme au fost esențiale în echilibrul de putere dintre Atena și Sparta. Atena a fost învinsă în cele din urmă din cauza dezastruoasei expediții din Sicilia, când a pierdut atât o mare parte din hopliții săi cât și cea mai mare parte din flota de trireme. Bătălia finală a fost cea de Aegos Potamos, Sparta și aliații ei impunând condiții dure Atenei învinse.