Nell'ottobre 1805 si formò la Terza Coalizione Antinapoleonica e Napoleone richiamò le sue truppe dal Regno delle Due Sicilie per impiegarle sul fronte austriaco. Ferdinando di Borbone colse l'occasione per aderire alla coalizione prescrivendo l'arruolamento in ogni comune (anche Modugno partecipò). Napoleone sconfisse i suoi nemici a Ulma e ad Austerlitz e Ferdinando fu costretto a fuggire in Sicilia.