Thống đốc Johnson, dù đang có chức vụ giả định đó, tuổi già (50) và một cánh tay bị tàn tật, đã tình nguyện phục vụ dưới quyền của Breckinridge và Đại tá Robert P. Trabue trong Trận chiến Shiloh. Ngày 7 tháng 4, Johnson bị thương nặng ở đùi và bụng, phải nằm trên chiến trường cho đến ngày hôm sau. Johnson đã được người quen và đồng hội viên Tam Điểm Alexander McDowell McCook, một tướng Liên bang giúp đỡ. Tuy nhiên, Johnson chết trên con tàu bệnh viện "Hannibal" của Liên bang, và chính phủ lâm thời Kentucky không còn người lãnh đạo.