Durante la crisi russo-georgiana dell'agosto 2008 Elia II manifestò amarezza alle autorità religiose e politiche russe per la guerra fratricida e negò l'accusa di genocidio nell'Ossezia del Sud rivolta dai russi ai georgiani. Nel dicembre dello stesso anno si recò a Mosca per partecipare ai funerali del patriarca Alessio II. Nel corso del viaggio incontrò il presidente Dmitrij Medvedev dando avvio ad una parziale distensione dei rapporti. Nel gennaio 2013 è tornato in Russia per incontrare il patriarca Cirillo e il presidente Vladimir Putin.