La saison 2006 confirme la tendance de 2005 puisque Fisichella continue d'être nettement dominé par Alonso et que, bien qu'il ait signé une nouvelle victoire, en Malaisie, il ne parvient pas à s'immiscer dans la lutte pour le titre mondial. Le départ annoncé d'Alonso chez McLaren lui permet néanmoins de consolider sa position chez Renault avec qui il renouvelle son contrat pour 2007.