Mart 1921'de Mihail Tuhaçevski komutasındaki birliklerle Kronstadt Ayaklanmasının bastırılmasında yer alır. Ayrıca bu dönemde çıkan Tambov Ayaklanması'nın bastırılmasında da görev yapar. Başarılarından dolayı Kızıl Bayrak Nişanı ile üç kez ödüllendirilir. Dıbenko devrim öncesinde ve sırasında yaşadıklarına dair çok sayıda eser yazar. Kitaplarındaki yüksek kalite onun gibi eğitim seviyesi düşük birisinin gerçek yazar olmadığına dair şüphelere yol açmıştır. 1922 yılında Genelkurmay Askerî Akademisini bitirir. Bu dönemde Kollontay ile ayrılacaklardır. Dıbenko ayrılık yüzünden intihara kalkışır, Kollontay ise ondan uzaklaşabilmek için yurtdışı elçilik görevi talep ederek ülke dışına çıkar. Dıbenko, Kollontay'dan sonra iki kez daha evlenecektir. Dıbenko Akademiden mezun olduktan sonra yeniden komutanlık görevi alır ve partiye yeniden kabul edilir. 1925 – 1928 yılları arasında Kızılordu Genelkurmay Başkanlığı Topçu ve İstihkam Komutanlığında görev alır. 1928 yılından sonra Orta Asya'da görevlendirilir. Burada sınır birliklerine komuta eder. 1930 yılında görevli olarak diğer subaylarla beraber Almanya'ya gönderilir.