Высокого уровня достигло протестантское образование. Академическая гимназия в Торуни (с 1660 года ею руководил Heinrich Schaevius) вводила в свою программу новейшие достижения натурфилософской мысли (впервые в Польше там были прочитаны лекции по физике Декарта). Эти нововведения вызвали протест городского совета, и на некоторое время вернулись к традиционным философским течениям. Получила известность академическая гимназия в Лешне, когда в первые десятилетия XVII века в городе появились чешские братья, религиозные эмигранты из Богемии и Моравии. Самым известным из них был Ян Амос Коменский, педагог, автор религиозных трактатов и учебников религии. С Лешном связано было также имя Яна Йонстона, врача и естествоиспытателя, сторонника теорий Бэкона. Его труд Naturae constantia, в котором нашли отражение философский геометрический метод и пантеизм, мог оказать влияние на Спинозу. Во время шведского потопа город Лешно пострадал от пожара, а большинство чешских братьев эмигрировало (сам Коменский переехал в Амстердам). За пределами Речи Посполитой была также известна гимназия в Ракове, центр социнианского движения, выделившегося из движения «польских братьев» (Анджей Вишоватый, Йоахим Стегманн, Самуэль Пшипковский, Йонаш Шлихтынг). С точки зрения философии существенны их рассуждения о проблеме рациональности религии, критика физики Аристотеля, а также влияние, которое оказали их работы на развитие европейской философии. Их труды были известны и находили как критиков, так и сторонников по всей Европе и повлияли на Гуго Гроция, Пьера Бейля, Готфрида Лейбница и Джона Локка.