В средние века процессы миграции хорезмийцев усилились в связи с расширением империи Хорезмшахов и последующими кровавыми монгольскими завоеваниями. Сын хорезмшаха Джелал ад-Дин Мангуберды вместе с воинами хорезмийцами, канглами, продолжал борьбу с монголами в Иране и на Кавказе до 1231 года. Последним потомком рода хорезмшахов-ануштегинидов был Сайф-ад-дин Кутуз, которому ненадолго в 1259 году удалось прийти к власти в Египте. Его войска во главе с полководцем Бейбарсом смогли, наконец, остановить монголов в битве при Айн-Джалуте в 1260 году.