Το φρούριο παρέμεινε στα ελληνικά χέρια μέχρι τις 11 Μαΐου του 1825, όταν ο Ιμπραήμ Πασάς κατέλαβε εκ νέου το Νεόκαστρο και το κράτησε μέχρι και τη ήττα του στη Ναυμαχία του Ναυαρίνου (1827). Το 1825, αμέσως μόλις ο Ιμπραήμ αποβιβάζεται στην Μεθώνη συντρίβει τον ελληνικό στρατό στα Κρεμμύδια. Στη συνέχεια πολιορκεί το Νεόκαστρο, το οποίο ανάμεσα στους διάφορους αγωνιστές υπερασπίζονται και ο Μακρυγίαννης, τα αδέλφια Εμμανουήλ και Δημήτριος Καλλέργης, ο Δ. Σαχτουρης και ο Γιάννης Μαυρομιχάλης. Αρχικά ο Ιμπραήμ κυριεύει την νήσο Σφακτηρία και κατασφάζει τους 200 υπερασπιστές της και τους αρχηγούς τους Αναγνωσταρά, Αναστάση Τσαμαδό, Σαχίνη, Ζαφειρόπουλο, Κατσαρό και τον Ιταλό Φιλέλληνα Σανταρόζα, ενώ πολιορκεί έπειτα στενά το κάστρο, κόβει το νερό του υδραγωγείου και το κανονιοβολεί για 3 ημέρες. Οι Έλληνες αγωνιστές του φρουρίου αναγκάζονται την 11 Μαίου 1825 να συνθηκολογήσουν λόγω έλλειψης τροφών και πολεμοφοδίων και προοπτικής ενίσχυσης. Ο Ιμπραήμ τιμά τη συμφωνία αποχώρησης και δέχεται με τιμές τον Μακρυγιάννη και τους άλλους αρχηγούς των πολιορκημένων Ελλήνων.