La stagione 2012-13 inizia con la vittoria, l'11 agosto a Pechino, della Supercoppa di Lega, grazie al 4-2 ai supplementari sul ; è la seconda vittoria nella manifestazione per Lichtsteiner, dopo quella del 2009 raggiunta con la Lazio. Il 9 dicembre successivo risulta decisivo segnando la rete del definitivo 1-0 in casa del . Il 5 maggio 2013, esattamente a un girone di distanza, dopo la vittoria della Juventus sulla squadra rosanero nuovamente per 1-0, vince il secondo tricolore di fila.