Am 9. August 1883 wurde Giuseppe Francica-Nava Weihbischof im Bistum Caltanissetta. Die Bischofsweihe spendete ihm am 21. Oktober desselben Jahres sein Onkel Giovanni Battista Guttadauro, der inzwischen Bischof von Caltanissetta war. Mitkonsekratoren waren die Bischöfe Giovanni und Gaetano Blandini. Sechs Jahre später wurde er Apostolischer Nuntius in Belgien, ehe ihn der Papst im März 1895 zum Erzbischof seiner Heimatstadt ernannte. 1896 war er Nuntius in Spanien. Am 19. Juni 1899 nahm Leo XIII. ihn als Kardinalpriester der Titelkirche "Santi Giovanni e Paolo" ins Kardinalskollegium auf. Vier Jahre später, nach Leos Tod, nahm Kardinal Francica-Nava am Konklave des Jahres 1903 teil. Er nahm auch an den Konklaven von 1914 und 1922 teil. 1918 hielt er in Catania eine größere Synode ab, auf der 38 Dekrete verabschiedet wurden. 1924 wurde er als dienstältester Kardinalpriester Kardinalprotopriester.