אקוודור אירחה את טורניר קופה אמריקה 1993, והציגה טורניר מעורר כבוד אותו סיימה במקום הרביעי. אגינגה פתח בכל ששת משחקיה של אקוודור בטורניר. את שלב הבתים פתח אגינגה עם השער שקבע את תוצאת המשחק, 6-1 מול . הוא היה שותף לניצחון 2-0 על , וכבש את שער הניצחון שלוש דקות לסיום המשחק בו גברה אקוודור 2-1 על אורוגוואי. אגינגה ואקוודור הדיחו את ברבע הגמר עם ניצחון 3-0 חלק, את סיימה את דרכה בטורניר עם הפסד 2-0 ל בחצי הגמר. אגינגה לא הצליח לעזור לקבוצתו גם במשחק על המקום השלישי, בו נוצחה 1-0 על ידי קולומביה. שנתיים אחר כך, בקופה אמריקה 1995, אכזבה אקוודור כשלא עברה את שלב הבתים. אגינגה פתח בהרכבה בכל שלושת משחקיה בטורניר. בטורניר קופה אמריקה 1999, השישי שלו בנבחרת, כשלה אקוודור כאשר לא השיגה נקודות כלל בשלב הבתים. במשחק הראשון עלה אגינגה מהספסל לאחר כשעה בהפסדה של אקוודור 3-1 לארגנטינה. הוא עלה בהרכב בשני המשחקים הנותרים, בהם נוצחה אקוודור על ידי אורוגוואי וקולומביה.