Im Oktober 1941 verlor Keyes seinen Posten nach einem internen Machtkampf mit den Chiefs of Staff. Sein Nachfolger wurde Commodore Lord Louis Mountbatten (zunächst nur als Advisor, später als "Chief of Combined Operations"), dessen Name vor allem mit dem desaströsen Raid gegen Dieppe im August 1942 verbunden ist. Als Mountbatten im Oktober 1943 als Oberbefehlshaber nach Südostasien versetzt wurde, wurde Major-General Robert Laycock sein Nachfolger.