Som Makedoniens största stad har Skopje ett flertal sportanläggningar. Staden har tre stora simbassänger, varav två med olympiska mått. I staden finns också många fotbollsarenor. Den största arenan, nationalarenan "Fillip II", har plats för 32 580 besökare och uppfyller FIFA:s standard. Sportcentrumet "Boris Trajkovski" invigdes 2008 och är en modern och funktionell idrottsanläggning för bland annat handboll, basket och ishockey. Sportcentrumet har stått värd för många konserter. Skopje var värd för Europamästerskapet i handboll för damer 2008, tillsammans med staden Ohrid.