רעיונותיו של הוברט בנושא לוחמת שריון היו לא מקובלים בצבא הבריטי, וב-9 במרץ 1940 הוא נאלץ לפרוש. הוא הצטרף למשמר המולדת והוצב בעיר צ'יפינג קמפדן. לידל הארט, אשר הכיר את הוברט והיה שותף לחלק מרעיונותיו, פרסם מאמר נגד פרישתו של הוברט. המאמר הגיע לידי וינסטון צ'רצ'יל, אשר מיהר לשכנע את הוברט לחזור לשירות. הוברט הוחזר לשירות פעיל ב-14 בפברואר 1941, ומונה למפקד דיוויזיית השריון ה-11. ב-16 באוקטובר 1942 הוטל עליו התפקיד להקים ולאמן את דיוויזיית השריון ה-79. מטרת הדיוויזיה הייתה להפיק את לקחי הפשיטה על דייפ לקראת מבצע אוברלורד, ולעצב כלים משוריינים אשר יוכלו להתמודד בנחיתות אמפיביות כנגד מכשולים טבעיים או מעשה ידי אדם. הדיוויזיה כללה כמעט 7,000 כלי רכב משוריינים אשר עוצבו במיוחד לצורך נחיתה אמפיבית וכונו "Hobart's Funnies". במהלך הפלישה לנורמנדי, הדיוויזיה לא לחמה כגוף אחד וכליה פוזרו בין כוחות הצבא הבריטי. הדיוויזיה השתתפה בעוד מספר קרבות בחזית המערבית לפני שפורקה ב-20 באוגוסט 1945.