Po rozpadzie Jugosławii i uzyskaniu niepodległości przez Macedonię różne grupy etniczne i religijne w tym kraju starały się pozostawić piętno na krajobrazie Skopje, szczególnie po konflikcie międzyetnicznym w Tetowie z 2001 roku. W miarę zbliżania się wyborów premier Lubczo Georgiewski i jego partia WMRO-DPMNE podnieśli pomysł budowy Krzyża Milenijnego, starając się uzyskać jak największe poparcie społeczne dla tej inicjatywy. Macedoński Kościół Prawosławny poparł tę propozycję i zainicjował projekt. Budowa krzyża w 2002 roku była przedsięwzięciem wywodzącym się z proortodoksyjnej polityki Macedońskiego Kościoła Prawosławnego, wspieranej przez premiera Georgiewskiego. Projekt Krzyża Milenijnego został nazwany przez urzędników państwowych symbolem chrześcijaństwa. Na lokalizację pomnika wybrano część wzgórza na górze Wodno, w obszarze Skopje zamieszkanym głównie przez etnicznych Macedończyków, pół mili od bazy wojskowej. W sierpniu 2002 roku odbyła się ceremonia poświęcenia Krzyża Milenijnego, w której wzięło udział 70 000 osób. Budowa pomnika została zakończona w 2009 roku.