Gallimard huyó en la Segunda Guerra Mundial hacia el sur de Francia y no volvió a París hasta el armisticio de 1940. Se vio obligado a ceder la dirección de la NRF a Pierre Drieu La Rochelle, autor fascista militante. La actitud de Gallimard durante la guerra es ambigua. Acogió en sus oficinas reuniones clandestinas de "Les Lettres françaises", fundada por Jacques Decour y Jean Paulhan, pero publicó traducciones de clásicos alemanes, como Goethe, para congraciarse con los ocupantes. Rechazó con habilidad el panfleto de Lucien Rebatet "Les Décombres", pero no dudó, en su proposición de compra de Éditions Calmann-Lévy, en declarar a su editorial «aria de capital ario». El suicidio de Drieu La Rochelle y el apoyo de muchos escritores le permitieron proteger la librería Gallimard de la depuración que siguió al fin de la guerra. Cargada de todos los pecados, a la NRF se le prohibió continuar publicando.