Kusaka mantenne per poco la doppia occupazione, poiché il 15 novembre 1939 fu nominato direttore dell'Ufficio istruzione presso il Ministero della marina. Il 15 novembre 1940 fu inoltre promosso al grado di viceammiraglio e il 4 aprile 1941 fu scelto quale nuovo direttore dell'Accademia navale di Etajima. Questa posizione prestigiosa e pivotale significò che Kusaka non partecipò alla prima fase della guerra sul fronte del Pacifico, terminata con le sconfitte del Mar dei Coralli (maggio 1942) e di Midway (giugno). Il 1º ottobre 1942 ebbe l'ordine di trasferimento per Rabaul in Nuova Britannia, base giapponese nel Pacifico sud-occidentale, per prendere il comando dell'11ª Flotta aerea: il viceammiraglio Nishizō Tsukahara, ufficiale a capo dell'unità, era infatti sofferente di malaria e altri disturbi che lo costrinsero a tornare in patria. Giunto a Rabaul, Kusaka diresse l'11ª Flotta aerea nella seconda parte della campagna di Guadalcanal: per la battaglia delle isole Santa Cruz (26 ottobre) furono schierati sugli aeroporti di Rabaul e dell'isola di Buka, all'estremo nord di Bougainville, i circa 220 velivoli di cui disponeva, ma lo scontro si svolse troppo a est delle isole Salomone. Il mese successivo partecipò marginalmente alla battaglia navale di Guadalcanal, con un totale di 215 apparecchi suddivisi tra la 25ª e la 26ª Flottiglia aerea; non conseguì comunque risultati di rilievo.