在5世纪，帝国西部被日耳曼部落入侵占领。然而意大利大区被新的东哥特王国保留，在法理上东哥特王国仍是帝国的一部分，东哥特国王狄奥多里克大帝甚至在6世纪10年代征服的一小部分高卢土地上重建了高卢大区。之后在533-534年汪达尔战争后，东帝国光复了北非，这些新的省份被查士丁尼一世划归到新的阿非利加大区，后来又改组为阿非利加总督区。哥特战争后意大利大区也被重新设立，之后也发展成了总督区。在东部，大区持续运作到7世纪中叶，在东部被穆斯林和在巴尔干被斯拉夫部落占领大量省份后促使军区制创立。与此同时，在希拉克略改革下，大区总长下属的财政机构被分割出来，建立了由书记官管辖的独立部门。东部帝国最后一次证明大区总长留存的是来自629年的法律。然而根据部分学者的说法，到9世纪初期仍有一些大区机构留存的痕迹：塞萨洛尼基的行政管理体系上得以留存，基于利奥六世所著的《战术》一书的证据和参考文献，记录了在军区制度下，早期省份的文职行政工作。直到9世纪40年代，君士坦丁堡的总长可能还具有监管的职权。