Jannequin jest przede wszystkim autorem trzy-, cztero- i pięciogłosowych chansons (sam nazywał je "inventiones"), o tematyce zarówno religijnej, jak i świeckiej (do tekstów m.in. C. Marota, M. de Saint-Gelais, P. de Ronsarda). Większość chansons to pieśni ilustracyjno-programowe – przedstawiają sceny wojenne (np. zdobycie Boulogne, bitwę pod Renty, oblężenie Metzu), polowania i inne sceny z życia codziennego, lub przyrodę (szczególnie ptaki). Najbardziej znana jest 4-głosowa "La guerre ou bataille de Marignano", której transkrypcję pt. "Bellum francigenum" zawierają tabulatury organowe: Jana z Lublina (1540) i klasztoru Św. Ducha (1548). Przykładami frywolnego humoru i mistrzowskiej charakterystyki muzycznej są "Le caquet des femmes", "La jalousie", "Les cris de Paris" (wykrzykniki ulicznych przekupniów), obrazki przyrody: "Le chant des oiseaux", "La rossignol" ("Słowik"), "L'alouette" (jej transkrypcja również znalazła się w tabulaturze Jana z Lublina). Chansons Jannequina były wielokrotnie wydawane w latach 1520–78 w Wenecji (przez A. Gardano), oraz Paryżu (m.in. P. Attaignant, N. du Chemin, J. Moderne).