Το 369 π.Χ. μετά την ήττα των Αθηναίων στους Αιγός ποταμούς (405 π.Χ.), οι Μεσσήνιοι εγκαταλείπουν την πόλη και αναχωρούν για τη Σικελία. Η Ναύπακτος περνά ξανά στον έλεγχο των Λοκρών. Οι Αχαιοί κυριεύουν την πόλη, αλλά τελικά τους διώχνει ο Θηβαίος στρατηγός Επαμεινώνδας, το 361 π.Χ.