В XI веке Мосул был завоёван сельджуками. После периода правления полунезависимых атабеков в 1127 году он стал центром династии Зангидов. Саладин безуспешно осаждал город в 1182 году, но в конце концов получил контроль над ним в 1186 году. В XIII веке Мосул был захвачен монголами во главе с Хулагу, но был избавлен от обычного в таких случаях разрушения, поскольку его губернатор, Бадр ад-Дин Лулу, помог хану в его последующей кампании в Сирии. После поражения монголов в битве при Айн-Джалуте против мамлюков сын Бадр ад-Дина принял сторону последних, и это привело к разрушению города, который позже восстановил определённое значение, но так и не вернул себе первоначальный блеск. Мосулом отныне правили монгольские династии Ильханидов и Джалаиридов, и город избежал разрушения Тамерланом.