Linię austriacką zapoczątkował Ferdynand I (1503–1564). Arcyksiążęta Ernest Habsburg i Maksymilian III Habsburg kandydowali do tronu polsko-litewskiego w pierwszych wolnych elekcjach w 1575 i 1587. W czasie panowania Ferdynanda II podczas wojny trzydziestoletniej Habsburgowie przejściowo utracili tron czeski (wybrano tam na króla Fryderyka V, elektora Palatynatu – tzw. „król zimowy” 1619/1620) i węgierski (1619–1621 wybrano królem księcia Siedmiogrodu Gabora Bethlena). Pacyfikacja Czech w 1621 (Bitwa na Białej Górze) pozwoliła cesarzowi Ferdynandowi na wprowadzenie tam monarchii dziedzicznej w 1627: odtąd Habsburgowie nie musieli już ubiegać się o zgodę sejmu szlacheckiego na dziedziczenie korony. W 1687, podczas wielkiej wojny z Turkami, Habsburgowie uzyskali także od sejmu węgierskiego gwarancję dziedziczenia. W toku tego samego konfliktu w 1690 wojska austriackie opanowały Siedmiogród, a syn cesarza Leopolda I, Józef I, został tamtejszym wielkim księciem. W 1697 zwycięstwo nad Turkami pod Zentą pozwoliło Habsburgom opanować całe Węgry.