Tras el armisticio y capitulación del ejército francés el 22 de junio de 1940, la región es anexionada al territorio del III Reich. Bajo la administración del imperio nacionalsocialista, el proceso consecuente de germanización impidió el retorno de mucha de la población previamente evacuada y provocó el exilio de miles más, que abandonan la región especialmente hacia el sur francés. La prohibición del francés, incluso de sus palabras asimiladas al dialecto, del uso de símbolos culturales franceses (la "boina") o la incorporación al "Reichsarbeitsdienst" (trabajo social del Estado) son algunas de las medidas impuestas hacia la población. Aquellos que se oponían a la germanización fueron encarcelados en el campo de reeducación de Schirmeck. En 1941 se abrió el campo de concentración de Struthof-Natzweiler. Otra medida de especial relevancia fue el reclutamiento forzoso desde 1942 a la "Wehrmacht" de unos 130 000 alsacianos, conocidos como los Malgré Nous (lit. "A nuestro pesar").