La Constitution de 1956 est abrogée le 7 octobre 1958 à la suite d'un coup d'État mené conjointement par le président Iskander Mirza et le chef de l'armée Muhammad Ayub Khan, le second s'emparant de la totalité du pouvoir dès le 27 octobre, en s'appuyant sur l'instabilité politique. Le principal héritage de l'Assemblée constituante reste l"'Objectives Resolution" qui sera reprise en guise de préambule dans les constitutions suivantes. Le 1 mars 1962, le régime militaire fait adopter une nouvelle constitution de type présidentiel avec un suffrage indirect. Celle-ci sera de nouveau abrogée par la loi martiale le 25 mars 1969, ce qui n'empêche pas la tenue des premières élections directes et libres en 1970. L'Assemblée nationale qui en découle se réunit en 1972, peu après la sécession du Pakistan oriental qui devient le Bangladesh. La chambre se verra dotée de pouvoirs constituants sous le président Zulfikar Ali Bhutto, ce qui aboutira à la Constitution de 1973, toujours en vigueur depuis lors.