Jusqu'en 1939, il navigue en Atlantique comme navire amiral d'une flottille de douze contre-torpilleurs. À cette date, le navire est employé pour une mission secrète de transport de l'or de la Banque de Pologne, de Beyrouth à Toulon. En , il opère avec la "Home Fleet "britannique, lors de la campagne de Norvège et y est légèrement avarié par une bombe d'avion. En , il reçoit l'ordre d'évacuer une partie de l'or de la Banque de France. Il embarque d’or fin à Brest le pour Halifax, où il arrive le . Il réussit à y échapper à l'internement, alors que les Britanniques ont déjà la préoccupation de prendre le contrôle des navires de guerre français. Son commandant, le capitaine de vaisseau Battet, reçoit l'ordre de gagner la Martinique. Surveillé par le croiseur lourd , l"Émile Bertin" rejoint Fort-de-France, avec son chargement précieux le . L'or est stocké au Fort Desaix jusqu'à la fin de la guerre. Le croiseur séjourne dans la baie de Fort-de-France avec le porte-avions "Béarn" chargé de , et le croiseur lléger .