Am 7. Oktober 1936 wurde Kekkonen zum Justizminister berufen. In den folgenden 20 Jahren übernahm er Ministerposten in zahlreichen Kabinetten (Justiz 1936–37 und 1944–46, Inneres 1937–39 und 1950–51, Äußeres 1952–53 und 1954). Nach dem deutschen Überfall auf die Sowjetunion im Juni 1941 sprach sich Kekkonen gegen den Kriegseintritt Finnlands aus. 1950 unterlag Kekkonen in der Präsidentschaftswahl, wurde aber von Präsident Juho Kusti Paasikivi zum Ministerpräsidenten berufen. Er führte die Regierung bis 1953 und erneut von 1954 bis 1956. Im Kabinett betonte er sein Ziel, ein freundschaftliches Verhältnis zur Sowjetunion zu schaffen. Eine solche nachgiebige politische Linie gegenüber der Sowjetunion brachte während des Kalten Krieges im Westen das negativ konnotierte Schlagwort Finnlandisierung hervor. Der KGB-Überläufer Oleg Antonowitsch Gordijewski deckte schließlich Kekkonen als jahrelang tätigen KGB-Agenten auf.