En , il prit le Commandement des forces aériennes de la Flotte (en ), à Nouméa, où il retrouve l'amiral Halsey, alors Commandant-en-Chef de la Zone du Pacifique Sud. Il regagne l'estime de l'amiral Nimitz, et reçoit, en , le Commandement des Forces aériennes des Îles Salomons (COMAIRSOLS). Sous son commandement ce sont de bombes qui ont été larguées et japonais qui ont été abattus, parmi lesquels celui de l'amiral Yamamoto (le contre-amiral Mitscher avait personnellement assisté au départ des "“P-38”" qui allaient participer à cette mission, un an, jour pour jour, après le raid de Doolittle). Dans les conditions difficiles de cette campagne de 1943, le contre-amiral Mitscher a su instiller un état d'esprit combattif à tous ses subordonnés, qu'ils appartinssent aux "U.S.A.A.F.", à l"U.S. Navy", ou à l"U.S. Marine Corps", qu'ils fussent américains ou néo-zélandais. La conduite de cette bataille aérienne fut, selon « Pete » Mitscher, sa mission la plus dure de la guerre, et pour laquelle il a reçu la "Navy Distinguished Service Medal".