Em 1999, diante dos protestos de estudantes contra o fechamento de um jornal reformista, Rouhani adotou uma posição inflexível, declarando que aqueles que tinham sido presos por sabotagem e destruição de patrimônio público deveriam receber a pena de morte, caso fossem condenados. Em 2009, no entanto, apoiou os manifestantes que protestaram contra o resultado da eleição presidencial que deu vitória a Mahmoud Ahmadinejad, e criticou o governo pela repressão aos protestos. Rouhani também já teceu críticas diretas a Ahmadinejad, dizendo que suas "observações sem estudo, sem cálculo e irresponsáveis" já custaram muito ao país.