Последней проведённой под командованием Бобетко стала операция «Молния» () с 1 по 3 мая 1995 года. 15 июля 1995 года, менее, чем за месяц до начала операции «Буря» (), президент Туджман отправил Янко Бобетко в отставку. Новым начальником Генерального штаба Вооружённых сил Хорватии был назначен генерал Звонимир Червенко.