Lors du conflit de 2001, les choses s'aggravent dangereusement et l'opposition entre Macédoniens et Albanais menace de plonger le pays dans la guerre civile. L'Armée de libération du Kosovo, dissoute et interdite dans son pays, semble alors renaître en Macédoine du Nord et des combats ont lieu avec l'armée au début de l'année. En mai, les groupes rebelles Albanais sont sommés de rendre les armes par l'ONU. La Macédoine du Nord est alors en « état de guerre » lorsque, sous l'égide de l'ONU et de l'OTAN, un accord de cessez-le-feu est signé le . Les groupes rebelles albanais sont ensuite désarmés par l'OTAN. Finalement, le , les accords d'Ohrid sont signés entre partis albanais et macédoniens. Ces accords permettent aux Albanais d'enseigner et de pratiquer officiellement leur langue dans les municipalités où ils forment plus de 20 % de la population, d'accroître leur présence dans la fonction publique (ainsi auparavant, seulement 3 % des policiers étaient albanais), de faciliter l'enseignement en Albanais jusqu'à l'université, de parler albanais au parlement et de garantir une séparation entre l’Église orthodoxe macédonienne et l'État.