Cixis entré som Kinas viktigst maktfigur kom i en tid preget av indre kaos og ytre farer og utfordringer. Følgene av annen opiumskrig hvilte tungt over landet, og Taipingopprøret raste fortsatt med stadig nye tilbakeslag for Qing-styret. Byråkratiet, både det sentrale og det regionale, var sterkt preget av korrupsjon. 1861 var et år da embedsverket skulle fremsende sine politiske rapporter over de siste tre års virke. Cixi bestemte at tiden var moden for en overhaling av byråkratiet, og innkalte alle embedsmenn over en viss rang til å avlegge sine rapporter til henne personlig. Cixi tiltok seg dermed tildels den rolle som vanligvis tilfalt "Avdelingen for byråkratiske anliggender" (吏部). Cixi fikk også henrettet to embedsmenn og dermed statuert et eksempel: Qingying, en militær kommandant som hadde forsøkt å bestikke seg ut av en degradering, og He Guiqing, generalguvernør (visekonge) av Liangjiang, som hadde flyktet fra Changzhou i stedet for å ha prøvd å organisere et forsvar mot de fremrykkende Taiping-opprørerne.