Prva leta 21. stoletja v Formuli 1 so prinesla tudi nekaj škandalov in kontroverznosti. Na Veliki nagradi Avstrije je Rubens Barrichello, Schumacherjev moštveni kolega, ki je vodil, po naročilu iz boksov zmago prepustiti Schumacherju. Barrichello je to storil le nekaj deset metrov pred ciljem in je s tem močno vznemiril gledalce. Na podelitvi pokalov po dirki je Schumacher stopil na drugo stopničko, Barrichello pa na prvo. Schumacher je pokal za prvo mesto predal Barrichellu, nato pa sprejel pokal za drugo mesto. Barrichello, Schumacher in Ferrari so zaradi kršitve 170. člena športnih pravil FIE glede podelitve pokalov po dirki dobili denarno kazen milijon dolarjev. Kot rezultat omenjene dirke, je FIA prepovedala "moštvene ukaze". Na Veliki nagradi ZDA 2005 v Indianapolisu so dirkala le tri moštva od desetih zaradi bizarne napake Michelina, ki je svojih sedem moštev na dirko pripeljal nevarne pnevmatike, zaradi česar so se iz varnostnega razloga odločila za umik z dirke, saj je FIA vztrajala na spoštovanju pravil in ni sprejela predloga za spremembo steze z dodatno šikano na ravnini. Michelin je najavil, da ne bo več opremljevalec s pnevmatikami za sezono 2007 in tako prekinil debato o tem, katera moštva dirkajo z boljšimi pnevmatikami.