Lors de la chute de Varsovie, le pape confie à l'ambassadeur de France en Pologne : . À partir de septembre 1939, les nazis éradiquent les élites polonaises en particulier religieuses (politiques, enseignants, hommes de lettres… dont et religieux et des millions de Polonais envoyés dans des camps de concentration avec 2 600 déportés dans le baraquement des prêtres à Dachau). L'encyclique "Summi Pontificatus, "dénonce ces persécutions contre les civils : Toutefois, le pape ne se joint pas à la condamnation franco-britannique de l'invasion. D'après le ministre des Affaires étrangères du Reich, il pense ainsi protéger les catholiques allemands. Au représentant de Mussolini, il déclare : . Son message de Noël 1939 réitère sa protestation : et le , après la mort de polonais, il déclare que . Il condamne parallèlement l'agression de la Finlande par l'Union soviétique le . Le gouvernement d'occupation allemand en Pologne prend prétexte de ces déclarations jugées anti-allemandes quand il durcit la répression anticatholique.