Изабелла умерла в 1630 году в монастыре святого Петра в Боццоло, который принадлежал монахиням-августинкам, и где она жила на покое. Её смерть пришлась на время армией императора Фердинанда II во время войны за Мантуанское наследство, и как следствие эпидемии чумы.