Am 1. September 2016 debütierte Merino beim 6:0-Sieg gegen San Marino in der U21-Nationalmannschaft. Sein erstes Tor erzielte er am 23. März 2017 beim 3:1-Sieg gegen Dänemark. Im Juni 2017 nahm er mit der Mannschaft an der U21-Europameisterschaft in Polen teil und wurde nach dem gegen Deutschland Vizeeuropameister. Zwei Jahre später gewann er bei der U21-Europameisterschaft 2019 in Italien und San Marino mit seiner Mannschaft den Titel.