Paniagua speelde in totaal 25 interlands voor Bolivia in de periode 1985-1996, en scoorde vier keer voor zijn vaderland. Onder leiding van bondscoach Carlos Rodríguez maakte hij zijn debuut op 21 april 1985 in de vriendschappelijke thuiswedstrijd tegen Venezuela (4-0). Met "La Verde" nam Paniagua tweemaal deel aan de strijd om de Copa América: 1987 en 1989.