В 2001 году Хангошвили присоединился к Чеченской Республике Ичкерия в ходе борьбы против России во время Второй чеченской войны. Хангошвили был полевым командиром и имел тесные связи с бывшим президентом Чечни Асланом Масхадовым. Зелимхан принимал участие в нападении на военные и полицейские силы в Ингушетии и Дагестане в июне 2004 года, в результате которого было убито 93 полицейских и гражданских лиц. Во время операции Зелимхан был ранен в ногу.