Talvisodassa Viipuri joutui ankarien ilmapommitusten kohteeksi. Tuomiokirkon alttarinpuoleinen pää sai osuman 3. helmikuuta 1940. Moskovan rauhassa Viipuri luovutettiin Neuvostoliitolle. Jatkosodassa Suomi valloitti Viipurin takaisin vuonna 1941. Suomalaiset saivat huomata venäläisten purkaneen kirkon tornin, katon ja seinien yläosan. Myös kirkon kolme kelloa, urut, kattokruunut ja alttaritaulu olivat kadonneet. Samoin sankaripatsas ja sankarivainajien hautakivet oli viety pois. Agricolan patsaan jalusta oli vielä paikallaan, koska ilmeisesti venäläiset olivat aikoneet sijoittaa sen paikalle jonkin muun patsaan; suunnitelma jäi toteutumatta ja jatkosodan jälkeen jalustakin vietiin pois.