I 1681 vendte han tilbage til Danmark, hvor han blev udnævnt til professor i astronomi ved Københavns Universitet. Han var samtidig aktiv på universitetets observatorium, der lå på toppen af Rundetårn, hvor han bl.a. brugte instrumenter, som han selv havde opfundet eller forbedret. Desværre gik alle hans observationer og instrumenter tabt ved branden i 1728, og da han selv kun publicerede ganske få artikler, er meget af hans opsamlede viden gået tabt.