2008-ban továbbra is a Red Bull versenyzője maradt. A hazai nyitó futamon kiesett, Malajziában és Bahreinben a 7. helyen végzett. A spanyol nagydíjon a 7. rajthelyén két pozíciót javítva, ötödikként ért célba. Az egyéni világbajnokságban a 8. helyre lépett fel, csapata a Renault elé került, a 6. helyre. Törökországban folytatódott pontszerző sorozata: a 7. helyen végzett. A monacói nagydíjon időmérő edzésén mindkét Red Bull bejutott az utolsó szakaszba, ami jó eredményt vetített előre a vasárnapi versenyre. Az esős futamon Webber végig harcban volt a pontszerző helyekért, és amikor nem sokkal a verseny vége előtt Räikkönen kilökte Sutilt, a 4. helyre lépett fel. Zsinórban ötödik pontszerző helyével az egyéni világbajnokságban beérte a McLaren versenyzőjét, Heikki Kovalainent. Kanadában technikai problémák miatt az időmérőn tizedik lett, a versenyen a 12. helyen végzett, s megszakadt a pontszerző sorozata. A francia nagydíjon a 6. helyre kvalifikálta magát, és ugyanebben a pozícióban is ért célba. A brit nagydíjon a 2. rajtkockát szerezte meg, a rajtnál visszaesett a 4. helyre, és még ugyanabban a körben megpördült, és így visszaesett a mezőny végére, ahonnan a 10. helyre küzdötte fel magát. Németországban a 8. helyről indult, de a versenyen kiesett. A Hungaroringen és Valenciában 9., majd 12. lett, míg újra pontot szerzett. Belgiumban és Olaszországban egyaránt 8. lett. Szingapúrban váltóhiba miatt kiállni kényszerült. A kínai nagydíj időmérő edzésén a 6. helyet szerezte meg, de motorcsere miatt tízhelyes rajtbüntetést kapott. A versenyen csak a 14. helyre tudott felzárkózni. Az évad zárófutamán, Brazíliában búcsúzott a sportágtól a csapattársa, David Coulthard. Webber két hellyel előrébből, a 12. rajthelyről indult, ezért elkerülte azt az ütközést, ami miatt Coulthard kiesett. Az esős versenyen a 9. helyen futott be.