Baldeón, bijgenaamd "El Rayo", speelde in totaal twaalf officiële interlands voor Ecuador, en scoorde drie keer voor zijn vaderland. Onder leiding van de Colombiaanse bondscoach Hernán Darío Gómez maakte hij zijn debuut op 21 oktober 2002 in een vriendschappelijke wedstrijd in Caracas tegen Venezuela, die met 2-0 werd verloren. Baldeón trad in dat duel na 69 minuten aan als vervanger van aanvaller Nicolás Asencio. Hij nam met zijn vaderland deel aan de strijd om de Copa América 2004 in Peru.