Les anciennes fortifications de Črnomelj remontent au début du ; après le siège de Vienne en 1529, la ville a servi de base aux attaques contre les envahisseurs ottomans. Néanmoins, l'importance militaire a reculé après que la nouvelle forteresse de Karlovac, qui se situe tout près au sud-est, a été fondée en 1579. Jusqu'à la dissolution de la monarchie austro-hongroise, Črnomelj fut une municipalité autonome, le chef-lieu du district de "Tschernembl" au sein du duché de Carniole. Sous les dispositions du traité de Saint-Germain signé en 1919, elle doit être cédée au royaume des Serbes, Croates et Slovènes.