Плаковският манастир е основан по време на Второто българско царство. Първоначално се е намирал на няколко километра от днешната обител, а на сегашното си място манастирът е издигнат през втората половина на 13 век. При завладяването на България от османските нашественици е разрушен. През 1450 г. е възстановен, а през вековете на владичеството неколкократно е опожаряван и разграбван.