Někteří členové rodu se aktivně zapojili do stavovského povstání v letech 1618–1620, což v následných konfiskacích přivodilo značné majetkové ztráty. Hynkův syn Jiří Bruntálský z Vrbna (1570–1622) se v době povstání stal moravským nejvyšším sudím a po Bílé hoře zemřel ve vězení na Špilberku. Posmrtně mu byl zabaven rozsáhlý majetek (Lipník nad Bečvou, Helfštýn). Kmenové rodové panství Bruntál tehdy vlastnil Jan mladší (1590–1642), který se v době povstání stal opavským zemským hejtmanem a jako odsouzenec pak odešel do exilu. I když v pobělohorských konfiskacích rod ztratil řadu velkých panství, jiní Bruntálští naopak na pobělohorské době profitovali a položili základy rodového bohatství až do 20. století.