26 września 1791 roku został kreowany kardynałem in pectore. Jego nominacja na kardynała diakona została ogłoszona na konsystorzu 21 lutego 1794 roku, a następnie nadano mu diakonię Sant'Angelo in Pescheria. Wkrótce potem opuścił Rzym, by wstąpić na neapolski dwór Ferdynanda IV i objąć administrację nad sferą Caserty. W 1799 roku towarzyszył królowi podczas wygnania w Palermo, a gdy proklamowano Republikę Partenopejską, został jej wikariuszem generalnym. Zainicjował powstanie antyfrancuskiego ruchu Sanfedismo, przeciwko armii dowodzonej przez generała Jeana Championneta, a także wzniecił powstania w Apulii i Kalabrii. W 1799 roku udało mu się odbić Neapol, a następnie udał się do Wenecji na konklawe. Po przywróceniu władzy papieskiej, zrezygnował z funkcji w Królestwie Neapolu i poparł rządy Józefa Bonapartego.