בעת ההתקפה על פרל הארבור פיקד קונדו על הצי השני, שהשתתף בפלישות למלאיה, לפיליפינים ולאיי הודו המזרחיים. במהלך קרב מידוויי פיקד קונדו על כוח הפלישה לאי, אך הפלישה נכשלה. לאחר מכן פיקד על יחידות שונות בצי הקיסרי לכל אורך המערכה באיי שלמה.