11. července 2006 přebral místo závodního jezdce po Montoyovi, který odešel závodit do série NASCAR. Dlouho nebylo jasné, jestli Pedro dojede celou sezónu, ale nakonec se tak opravdu stalo. Při Grand Prix Maďarska 2006 dokončil dokonce závod na 2. místě, což bylo jeho nejlepší umístění v kariéře. A tak na konci sezóny, ze které odjel jen slabou polovinu, se mohl radovat ze své nejlepší sezóny v kariéře, když získal 19 bodů a byl celkově na 11. místě.