2 сентября 2008 года был назначен на пост главы временной следственной комиссии по изучению законности поставок оружия. Комиссия, в частности, занималась изучением поставок в Грузию оружия, применявшегося грузинскими войсками во время вооружённого конфликта в августе 2008 года. В ходе расследования Коновалюк неоднократно говорил о выявленных нарушениях в экспорте оружия, обвиняя президента Виктора Ющенко в участии в незаконных сделках "осуществлявшиеся в поле личных бизнес-интересов Ющенко и Саакашвили, махинации по поставкам оружия в Грузию. По данным комиссии для продажи Грузии несколько зенитно-ракетных комплексов «Бук» были сняты с боевого дежурства.