Ajalon byl silným zastáncem plánu na jednostranné stažení, který měl za následek kompletní stažení Izraelců z Pásma Gazy. Měl rovněž významnou roli při jednání o Cestovní mapě a izraelském plánu na stažení z Gazy, včetně roli na výměně dopisů mezi prezidentem Georgem Bushem a premiérem Šaronem ze 14. dubna 2004.