Za zakladatele Černomořského loďstva je považován kníže Grigorij Potěmkin, který inicioval vznik floty dne 13. května 1783 a založil také její hlavní základnu, město a přístav Sevastopol. Významné loděnice se nacházely v Nikolajevě (dnes patří Ukrajině). Během expanze na jih na konci 18. století Rusko dlouho bojovalo se svým hlavním protivníkem v oblasti, s Osmanskou říší, přičemž jeho největším soupeřem na Černém moři bylo Osmanské námořnictvo. Černomořské loďstvo porazilo Turky v roce 1790, účastnilo se bojů s Osmanskou říší během první světové války, Rumunskem během druhé světové války a Gruzií v roce 2008 v rámci války v Jižní Osetii. Rozdělením plavidel bývalé Černomořské floty sovětského námořnictva v roce 1997 získalo ukrajinské námořnictvo většinu svých válečných lodí. Část z nich se vrátila do rukou Ruské federace během odtržení Krymu a Sevastopolu od Ukrajiny a jejich spojení s Ruskem v březnu 2014.