Toen er in de jaren '50 een stroom Tibetaanse vluchtelingen naar Nepal ontstond als gevolg van de onderwerping van Tibet door het Chinese Volksbevrijdingsleger in 1951 en het neerslaan van de Tibetaanse opstand van 1959, gebruikte Hagen zijn invloed bij de Nepalese koning om de opname van deze vluchtelingen in Nepal mogelijk te maken. In 1960 en 1961 was hij de belangrijkste vertegenwoordiger van het Internationale Rode Kruis voor de vestiging van Tibetaanse vluchtelingen in Nepal. Ook in zijn moederland Zwitserland zette hij zich in voor de opname van Tibetaanse vluchtelingen daar. Hij was verantwoordelijk voor de opname van tussen de 1000 en 1500 Tibetaanse vluchtelingen in Zwitserland. Met zijn werk won hij de vriendschap van de veertiende Dalai Lama, de hoogste geestelijke leider van Tibet, die in 1959 naar India gevlucht was.