Nach einem weiteren dritten Platz im November 2012 gewann Shiffrin am 20. Dezember 2012 ihr erstes Weltcuprennen, den Slalom von Åre. Zwei weitere Siege folgten am 4. Januar 2013 in Zagreb und am 15. Januar in Flachau. Bei der Weltmeisterschaft 2013 in Schladming gewann sie die Goldmedaille im Slalom. Sie ist damit eine der jüngsten Weltmeisterinnen überhaupt; jünger waren nur die Liechtensteinerin Hanni Wenzel 1974 und die Britin Esmé MacKinnon im Jahr 1931. Vor dem Weltcupfinale in Lenzerheide lag Shiffrin in der Slalomwertung sieben Punkte hinter Tina Maze. Mit dem vierten Sieg der Saison zog sie an dieser vorbei und entschied die Wertung mit 33 Punkten Vorsprung für sich.