Pada 2004 Webber mendapatkan rekan setim baru, Christian Klien asal Austria. Ketangguhan Webber kembali terlihat saat ia mengalahkan rekan setimnya tersebut dengan telak sepanjang 2004. Webber bahkan sempat mencetak posisi start kedua di GP Malaysia sebelum akhirnya kalah saat balapan akibat stall saat menjelang start dan terlibat insiden dengan Ralf Schumacher. Kemudian di Kanada saat isu Jaguar Racing akan dijual menghangat, Webber dihajar rekan setimnya sendiri sesaat setelah start. Dua Jaguar ini kemudian membawa David Coulthard sebagai korban berikutnya. Di balapan selanjutnya di AS Webber harus menyerah akibat kebocoran oli. Menjelang akhir musim, Webber mendapat kabar bahwa mantan rekan setimnya Antonio Pizzonia akan kembali membalap di F1 bersama tim Williams menggantikan Ralf Schumacher. Di akhir musim, saat Webber resmi pindah ke Williams setelah Jaguar resmi undur diri dari F1, Antonio Pizzonia berkomentar keras, bahwa ia tidak mau dipasangkan lagi dengan Webber seandainya ia diminta Sir Frank Williams mendampingi Webber. Akhirnya terpilihlah Nick Heidfeld sebagai mitra Webber untuk musim 2005.