Vuoden 1634 Nördlingenin taistelun jälkeen protestanttiset armeijat ajettiin pois Baijerista. Maksimilian I tiivisti liittoaan Habsburgien kanssa naimalla vuonna 1635 pian leskeksi tultuaan Ferdinand II:n tyttären Maria Annan. Saksan protestanttien puolelle siirtynyt Ranska keskitti voimansa Baijeria vastaan, ja vuoden 1645 Allerheimin taistelussa kärsityn tappion jälkeen Baijeri joutui uudelleen vihollisarmeijoiden hävittämäksi. Maksimilian solmi maaliskuussa 1647 aselevon Ranskan kanssa, mutta rikkoi sen puoli vuotta myöhemmin. Tämän seurauksena yhtyneet ranskalaiset ja ruotsalaiset joukot käytännössä tuhosivat Baijerin armeijan Zusmarshausenin taistelussa toukokuussa 1648. Maksimilian joutui jälleen lähtemään maanpakoon, mutta samana vuonna solmittu Westfalenin rauha pelasti hänet, sillä hän sai rauhankongressissa Ranskan tukemaan omia vaatimuksiaan. Hän sai takaisin valtakuntansa ja sai myös pitää sodan alussa hänelle luvatut vaaliruhtinaan arvon ja Oberpfalzin alueen. Baijeri oli kuitenkin kärsinyt valtavasti pitkästä sodasta eikä ehtinyt nousta entiselleen Maksimilianin viimeisten elinvuosien aikana.