Christmas Møller opplevde det tyske angrepet på Danmark den 9. april 1940 som ydmykende. Han ble utpekt til handelsminister i de første samlingsregjeringene under okkupasjonen, men kritiserte den danske samarbeidspolitikken. Han måtte trekke seg som minister i oktober samme år, og som folketingsmann i 1941, etter trusler fra tyskerne. Christmas Møller var med på å etablere motstandsgruppen Frit Danmark, og flyktet med familien til England i 1942. Selv om han ble formann for Det danske råd i London og representant for Frihedsrådet, fikk han ikke den innflytelsen han hadde håpet på. Christmas Møllers ildfulle radiotaler fra BBC i London gjorde ham imidlertid til en nasjonalhelt og et ikon for den danske motstandsbevegelsen.