Ende 1941 begann die japanische Armee damit, die indonesischen Inseln zu besetzen. Sie verbesserten damit ihre strategische Position und sicherten sich kriegswichtige Rohstoffreserven. Von Stützpunkten auf den indonesischen Inseln bombardierten sie die australischen Städte Darwin und Broome. Im März 1942 kapitulierten die Niederländer. Die Besatzung gab der antikolonialen Bewegung weiteren Auftrieb und noch unter japanischer Besatzung erklärt sich Indonesien im März 1943 von den Niederlanden unabhängig. Die meisten Indonesier hatten die Japaner als Befreier vom Joch der Europäer begrüßt; die Freude legte sich aber bald, als die Japaner ein Schreckens- und Willkürregime aufbauten. Die Herrschaft der Japaner endete am 15. August 1945 mit deren Kapitulation. Bis 1949 wurden 1038 Kriegsverbrecher in 448 Verfahren abgeurteilt.