La stagione 2012-2013 inizia con la vittoria della Supercoppa italiana allo Stadio Nazionale di Pechino, grazie al punteggio di 4-2 sul Napoli. Il 5 maggio 2013, a seguito della vittoria interna della Juventus sul Palermo per 1-0, vince il secondo campionato consecutivo. Il trionfo in Serie A è replicato il 4 maggio 2014, quando per Storari arriva il terzo scudetto della carriera. In entrambe le stagioni, contribuisce al titolo con 6 presenze.