Ioánnis Nikolaḯdis a représenté la Grèce lors de six championnats d'Europe par équipe de 1997 à 2017 et de huit olympiades (sept fois de suite entre 1994 et 2006, ainsi qu'en 2018). Lors de l'Olympiade d'échecs de 2018, Nikolaidis marqua 6 points sur 8 au quatrième échiquier, réalisant la sixième meilleure performance Elo à son échiquier ().