Во время Гражданской войны (1861—1865) долина являлась местом расположения лагеря конфедератов, возглавляемых генералом Томасом Джексоном «Каменная Стена», который был родом из этих мест. Здесь произошёл ряд сражений, известных как «Кампания в долине Шенандоа 1862 года» и «Кампания в долине Шенандоа 1864 года». После нескольких серьёзных поражений, понесенных армией Конфедерации в долине в 1862 году, опасаясь возобновления там боевых действий, генерал армии северян Филип Шеридан 26 сентября 1864 года приказал своей кавалерии сжечь всё что может пригодиться врагам: посевы, мельницы, фермы, скот и жилища.