Em 18 de setembro de 2009 renovou seu contrato com o Barcelona, agora com duração até 2016, uma cláusula de rescisão de 250 milhões de euros, e cerca 9 milhões e 500 mil euros anuais de salário. Meses depois, em 1 de dezembro, venceu o prêmio Ballon d'Or, entregue pela revista francesa "France Football" ao melhor jogador da última temporada. Em 19 de dezembro, o Barcelona disputou a final da Copa do Mundo de Clubes da FIFA contra o Estudiantes, da Argentina, os catalães venceram na prorrogação com um dos gols marcados por Messi aos cinco minutos do segundo tempo, o jogo terminou com o placar de 2–1, dando pela primeira vez o título mundial de clubes à equipe. Após a partida, Messi foi eleito não só o Homem do Jogo, mas também recebeu a Bola de Ouro, entregue ao melhor jogador do torneio. Dois dias depois, em 21 de dezembro, Messi foi eleito pela primeira vez o Melhor jogador do mundo pela FIFA, à frente do português Cristiano Ronaldo, do brasileiro Kaká e dos espanhóis Xavi e Iniesta. Finalizou o ano de 2009 com um total de seis títulos pelo Barcelona (Copa do Rei, La Liga, Liga dos Campeões da UEFA, Supercopa da Espanha, Supercopa da UEFA e Copa do Mundo de Clubes da FIFA) e os prêmios Ballon d'Or e de Melhor jogador do mundo pela FIFA. Era até então o melhor ano de sua carreira, mas anos ainda melhores estariam por vir.