Como parte de las actividades emprendidas por el SERE, en mayo de 1939, Méndez Aspe y Negrín se encontraban en México para recibir al primer embarque colectivo financiado por el SERE y esclarecer el estado de los bienes existentes en dicho país. Entre septiembre y octubre, tanto Azcarate como Aspe fueron confinados por las autoridades francesas (Aspe en Lot y Garona), prueba de la beligeracia del ministerio de Justicia francés contra el SERE, debido a las presiones franquistas y al afán anticomunista del gobierno francés en guerra. Por ello, se impuso la opción de liquidación del SERE en Francia. La policía francesa intervino las oficinas del SERE y los domicilios particulares de sus directivos. Méndez Aspe aún fue citado por la polícía francesa en mayo. Pilar Lubián, secretaria y amante de Méndez Aspe, siguió, junto con Mariano Ansó, las operaciones del SERE en Marsella tras la capitulación francesa en junio de 1940. A petición de las autoridades españolas, sufrió persecución y estuvo a punto de ser extraditada, siendo finalmente detenida en Marsella por los alemanes y deportada al campo de concentración de Ravensbrück en 1944.