কলেজ যখন পুরোদমে কার্যক্রম চালিয়ে যাচ্ছে তখনই শুরু হয় স্বাধীনতা যুদ্ধ। ১৯৭১ সালে কলেজের অধ্যক্ষ এবং এডজুটেন্ট দুজনই ছিলেন পাকিস্তানি। রাজশাহী ক্যাডেট কলেজে যেখানে এডজুটেন্টই যুদ্ধে যেতে ক্যাডেটদের উৎসাহিত করেছেন সেখানে মোমেনশাহীর অবস্থা ছিল সম্পূর্ণ বিপরীত। মেজর কাইউম ছিলেন এডজুটেন্ট। এই প্রতিকূলতা সত্ত্বেও বেশ কিছু ক্যাডেট যুদ্ধে অংশগ্রহণ করে। শহীদ খোরশেদ তারই উদাহরণ। এছাড়াও আরও কয়েকজন যুদ্ধে অংশ নেন এবং তাদের মধ্যে কয়েকজন আবার যুদ্ধ শেষে কলেজে ফিরে আসেন।