1755 року Батальський монастир постраждав від Лісабонського землетрусу. Найбільших збитків було завдано французькими військами під проводом Андре Массени в ході Піренейської війни 1810—1811 років, які пограбували й спалили обитель. 1834 року ліберальний португальський уряд заборонив діяльність католицьких чернечих орденів, внаслідок чого домініканці покинули Баталю і монастирський комплекс остаточно прийшов у занепад.