In der Mitte des 16. Jahrhunderts wurde in der Markgrafschaft Baden-Durlach durch Markgraf Karl II. die Reformation eingeführt. Die Altstadtkirche wurde zur evangelischen Pfarrkirche; die Altäre verschwanden und wurden teilweise durch barocke Epitaphe ersetzt, die Wandmalereien wurden übertüncht (und erst 1946 wieder freigelegt). Nachdem die Kirche 1645 durch bayerische Truppen abgebrannt worden war, wurde sie vereinfacht wieder aufgebaut. 1824 wurde das Langhaus abgetragen und durch einen klassizistischen Bau ersetzt (Architekt Karl August Schwarz). Anstelle des schadhaften Turms wurde 1874 ein neugotischer Sandsteinturm mit einem fünfstimmigen Geläut errichtet. Beim Luftangriff auf Pforzheim am 23. Februar 1945 wurde die Kirche großenteils zerstört und zwischen 1949 und 1952 wieder aufgebaut.