Em maio de 66, Nero nomeou Alexandre como prefeito do Egito, um dos postos mais prestigiosos disponíveis para um equestre juntamente com o prefeito da Guarda pretoriana. Ele pode ter se beneficiado de uma tendência filo-helênica nas nomeações equestres na época de Nero, mas sua experiência sobre o Egito deve ter ajudado. Porém, qualquer esperança de que ele seria capaz de acabar com os recorrentes conflitos na província entre gregos e judeus se mostrou vã. No ano em que assumiu o cargo irrompeu a Primeira guerra judaico-romana na Judeia e a violência inevitavelmente se espalhou para a grande comunidade judaica de Alexandria. Um episódio de violência étnica durante uma manifestação grega escalou quando os gregos fizeram prisioneiros e obrigaram as lideranças judaicas a ameaçarem queimar os gregos reunidos vivos. Alexandre enviou emissários para tentar acalmar os judeus, alertando-os que ele envolveria suas legiões se a violência continuasse. A ameaça não surtiu efeito nenhum e Josefo descreve o resultado: