После окончания Советско-финской войны 1941—1944 гг. Таннер, под давлением СССР, был осуждён в 1946 году на пять с половиной лет лишения свободы, однако и в заключении оставался популярным политическим деятелем. В декабре 1948 года, отбыв половину срока, был амнистирован и выпущен на свободу.