В цей час посилилася загроза для Близького Сходу з боку монголсььких військ на чолі із Хулагу. 1260 року Боемунд VI вирішив визнати зверхність останнього, сподіваючись використати монголів проти Мамлюкського султанату. Того ж року володар Антіохії-Триполі брав участь у захопленні Алеппо й Дамаску. Натомість отримав міста Габалу, Лаодікею, фортеці Кафартаб і Даркуш. Водночас вимушений був підтвердити права православного Антіохійського патріарха Євфімія, що викликало невдоволення католиків, відбулося повстання в Акке, а Жак Панталеон, латинський Єрусалимський патріар відличив Боемунда VI від церкви. 1260 року мамлюки завдали поразки монголам в битві при Айн-Джалуті.