Ma na koncie sześć tytułów mistrza świata w jedynkach, wywalczonych na MŚ w Lillehammer (1995), MŚ w Königssee (1999), MŚ w Calgary (2001), MŚ w Siguldzie (2003), MŚ w Park City (2005) oraz MŚ w Cesanie (2011). Zdobył również pięć medali srebrnych: w drużynie na MŚ w Lillehammer (1995), jedynkach na MŚ w Sankt Moritz (2000), jedynkach i drużynie na MŚ w Innsbrucku (2007) oraz jedynkach na MŚ w Park City (2009) i pięć brązowych: w drużynie na MŚ w Altenbergu (1996), MŚ w Innsbrucku (1997), MŚ w Nagano (2004) i MŚ w Park City (2005) oraz w jedynkach na MŚ w Altenbergu (2012). Zöggeler jest również wielokrotnym medalistą mistrzostw Europy, przy czym zwyciężał w drużynie na ME w Königssee (1994) oraz jedynkach na ME w Oberhofie (2004), ME w Cesanie (2008) i ME w Siguldzie (2014).