Cuando el comienzo de la Segunda Guerra Mundial interrumpió los trabajos, para entonces no se habían completado todavía todas las infraestructuras previstas en el proyecto. Los obreros fueron transferidos a Peenemünde para la construcción de la fábrica de las "Vergeltungswaffen". Durante la campaña de bombardeos aliados un número indeterminado de civiles alemanes, especialmente de Hamburgo, fueron reinstalados aquí y posteriormente también acogerían a refugiados de la Alemania oriental. Hacia 1945 los edificios eran empleados como residencia por el personal auxiliar de la "Luftwaffe". Tras el final de la guerra Prora quedó situada en la Zona de ocupación soviética, por lo que el Ejército Rojo empleó sus instalaciones como base militar. Tras la creación de la República Democrática Alemana (RDA), los edificios fueron empleados por el Ejército Popular Nacional para instalar una Escuela militar.