În timpul Insurecției lui Kościuszko, l-a însoțit ca adjutant pe Kościuszko în Bătălia de la Maciejowice (10 octombrie 1794), unde a fost rănit de o sabie în partea dreapta și apoi a fost luat prizonier. Maiorul Fiszer a fost transportat împreună cu Kościuszko și Julian Ursyn Niemcewicz la Sankt Petersburg și încarcerat în Fortăreața Petru și Pavel. A fost singurul prizonier de război care a refuzat să depună mărturie și, din acest motiv, a fost considerat dușman al statului și transportat pe un ger cumplit cu o căruță la Nijni Novgorod. S-a îmbolnăvit în această călătorie și nu și-a recăpătat niciodată sănătatea completă a picioarelor. A fost încarcerat timp de doi ani la Novgorod.