Le déclenchement de la Seconde Guerre mondiale est une nouvelle épreuve pour la Grèce. Après un important succès contre les forces italiennes en 1940-1941, le pays est envahi par les armées de l’Axe en avril-. De nouveau exilé, prend la tête des forces grecques libres. Cependant, ses liens avec la dictature de Metaxas affaiblissent son image auprès de la résistance grecque, très marquée à gauche. Devant l’opposition qu’il soulève, doit accepter de ne pas rentrer en Grèce dès la Libération et de remettre le pouvoir à une régence en 1944. Les portes de son pays lui étant à nouveau fermées, le souverain, humilié et malade, envisage de s’installer définitivement au Royaume-Uni. Toutefois, le succès des monarchistes au référendum institutionnel du l’en dissuade finalement.