Formel 1-sesongen 2009 startet ikke så bra for Kovalainen med to brutte løp. De første poengene kom med en 5.-plass i Kinas, men flere svake og brutte løp fulgte. Ikke før i Tysklands Grand Prix og Ungarns Grand Prix med henholdsvis en 8. og en 5.-plass, klarte Kovalainen å skaffe seg flere poeng. I kvalifiseringen til Europas Grand Prix i Valencia, lå finnen lenge an til å ta pole position, men en førerfeil like før innspurten, gjorde at han tapte plassen til lagkamerat og regjerende mester, Lewis Hamilton.