Im Juni 1940 besiegte die Wehrmacht Frankreich, zum Zeitpunkt des Waffenstillstands befanden sich die deutschen Soldaten bereits unweit der Stadt. Der Stadtrat erkannte umgehend die Autorität des Vichy-Regimes an und betrieb die Ablösung des republikanisch eingestellten Präfekten. Im "Hôtel d’Angleterre" wurde nach dem Waffenstillstand eine italienische Beobachterkommission einquartiert. Mit der Kriegsveteranenorganisation Légion française des combattants, aus der 1943 die rechtsextreme Milice française hervorging, etablierte sich auch in Annecy eine paramilitärische Truppe der Vichy-Regierung, die später mit der Besatzungsmacht kollaborierte. Am 23. September 1941 weilte der Staatschef des „État français“ (unbesetzte Zone) Philippe Pétain in der Stadt.