Bei der Amtseinführung von J. M. de Wet (Mitglied des Afrikaner Broederbond, zuvor Professor an der Potchefstroom-Universität) in der Nachfolge von Rektor J.J. Ross (Mitarbeiter von SABRA) kam es 1968 erneut zu studentischen Protestreaktionen. In dieser Zeit wurden akademische Stellen in Fort Hare vorzugsweise mit Personen aus dem Kreis der Afrikaaner besetzt, wobei eine Einflussnahme durch das Department of Bantu Education ausgeübt worden ist. Weitere studentische Proteste gegen die Apartheidpolitik folgten in den 1970er Jahren. Im Zuge des Aufstands in Soweto stellte die Universität 1976 für einige Monate ihren Betrieb ein.