Jugoslávská armáda podpořila Srby žijící v Chorvatsku, začala válka. Objevil se však ještě další spor, a tím byla Bosna a Hercegovina, která se již také postupně oddělovala od umírajícího státu. Jako kompromis Srbové předložili plán přestavby země v konfederaci, na to bylo ale již příliš pozdě – země chtěly nezávislost. Do roku 1992 získali Srbové kontrolu nad jednou třetinou území Chorvatska, poškozena již byla města Vukovar a Dubrovník. Přestože v roce 1994 obě strany souhlasily se zastavením palby, rozhovory mezi nimi ztroskotaly. Boje nebylo schopné zastavit ani NATO, OSN či EU. Během roku 1995 provedla chorvatská armáda Operaci Bouře (chorvatsky "Operacija Oluja"), během níž se její síly rychle zmocnily západní části Slavonie, bylo vyhnáno na 200 000 Srbů a několik tisíc zabito. Armáda byla schopná se přesunout dále do východní Slavonie, tento přesun, který by donutil opustit domovy podstatně více Srbů, však byl pod nátlakem USA zrušen. Území Východní Slavonie bylo předáno pod správu OSN po tři roky, na začátku roku 1998 byla oblast opět předána Chorvatské vládě a zbývající Srbové, kteří zde žili, se stali chorvatskými občany.