В июле 1945 г. корпус был перебазирован на Дальний Восток. В ходе советско-японской войны 1945 г. с 9 августа 6-й бомбардировочный авиационный корпус в составе 12-й Воздушной армии Забайкальского фронта, а с 28 августа — 9-й Воздушной армии 1-го Дальневосточного фронта участвовал в Маньчжурской стратегической наступательной операции.