Im Zuge der Ersten Türkenbelagerung wurde das Nikolaikloster 1529 vollkommen zerstört, die Nonnen flüchteten in den Schutz der Stadtmauern Wiens. Eine Bitte um Wiederaufbau wurde 1534 vom Landesfürsten nicht gewährt, die Nonnen kamen im Stift St. Bernhard bei Horn unter. 1538 wurden die Klosterruinen abgetragen. 1540 schenkte Kaiser Ferdinand I. den öden Grund des ehemaligen Klosters der Stadt Wien, um dort einen Friedhof anzulegen.