Kabil Üniversitesi'nde matematik ve fizik öğrenimi gördü. Amerika Birleşik Devletleri'ndeki doktora eğitimini tamamlamadan, Afganistan'a geri döndü. Döndükten sonra Afganistan Demokratik Halk Partisi'ne (ADHP) katıldı. 1978'deki darbeden sonra Nur Muhammed Teraki devlet başkanlığına, Hafızullah Amin ise Babrak Karmal ile beraber başbakan yardımcılığına getirildi. Mart 1979'da Babrak Karmal'ın üyesi olduğu perşem (bayrak) kanadını parti yönetiminden uzaklaştırarak başbakanlığı üstlendi. 14 Eylül 1979 tarihinde düzenlenen darbe sırasında, Terakki ve Amin yanlıları arasındaki bir çatışmada devlet başkanı ve ADHP genel sekreteri Teraki öldürüldü. Yerine geçen Hafızullah Amin hem Sovyetler'e bağlılığını bildirdi, hem de İslami düşüncenin desteklenmesi için gerekli bütün önlemlerin alınacağını açıkladı. Amin, Pakistan'dan ve Amerika Birleşik Devletleri'nden güvenlik desteği kazanmaya çalışırken, 24 Aralık 1979 tarihinde Sovyet birlikleri Afganistan'a girdi. Amin devrildi ve Spetsnaz birlikleri tarafından öldürüldü. Yerine sürgüne gönderdiği Babrak Karmal getirildi.