בשנים 1992-1991 פרשו מן הפדרציה ארבע מתוך שש המדינות שהרכיבו אותה והפכו למדינות עצמאיות: ראשונות פרשו סלובניה וקרואטיה, אשר הכריזו על עצמאותן ומצאו עצמן במלחמות עצמאות - סלובניה נאלצה להתמודד עם פלישה קצרת ימים של צבא יוגוסלביה לשטחה במלחמת עשרת הימים, וקרואטיה נכנסה למלחמת עצמאות ממושכת נגד צבא יוגוסלביה וכוחות סרביים מקומיים; מקדוניה פרשה מהפדרציה בסוף שנת 1991 ללא עימותים אלימים; ובוסניה והרצגובינה, שפרשה אחרונה באפריל 1992, נקלעה למלחמה ארוכה שבמרכזה עימות פנים-מדיני בין קבוצות אתניות.