In 66 waren Domitianus' moeder en zuster reeds gestorven. Zijn vader en broer waren in deze periode continu actief in het Romeinse leger, waar zij legers in respectievelijk Germania en Judea aanvoerden. Zijn broer Titus deed militaire ervaring op tijdens de Joodse Oorlog (66-70). Voor Domitianus betekende dit dat hij een aanzienlijk deel van zijn puberteit zonder nauwe verwanten doorbracht. Tijdens de Joods-Romeinse oorlogen stond hij waarschijnlijk onder bescherming van zijn oom Titus Flavius Sabinus II, die op dat moment dienstdeed als stadsprefect van Rome, of misschien zelfs van Marcus Coccejus Nerva, een trouwe vriend van zijn vader en de latere opvolger van Domitianus zelf.