В апреле 1918 года добровольно вступил в РККА, работал старшим делопроизводителем Всероглавштаба. В сентябре 1918 года назначен помощником начальника штаба 1-й армии Восточного фронта (с 15 августа 1919 года — Туркестанского фронта), с 28 ноября 1918 года по 9 сентября 1920 года — начальник штаба 1-й армии. В 1918 году Ф. П. Шафалович участвовал в боях против белогвардейской армии КОМУЧа и Чехословацкого корпуса в Поволжье, в сентябре-октябре 1918 года — в Симбирской и Сызрань-Самарской операциях наступления Восточного фронта 1918—1919 годов, весной 1919 года — в обороне от наступавших армий Колчака на стерлитамакском и оренбургском направлениях, в апреле-июне 1919 года — в Бугурусланской и Белебейской операциях контрнаступления Восточного фронта, в августе-сентябре 1919 года — в Актюбинской операции Туркестанского фронта. В сентябре-октябре 1919 года участвовал в боях с Уральской армией и Добровольческой армией Деникина, в ноябре 1919 года—январе 1920 года — в Уральско-Гурьевской операции, с января 1920 года — в Хивинской операции, в августе 1920 года — в Бухарской операции.