Джон Сидней Маккейн третий родился 29 августа 1936 года на авиабазе ВВС США «Коко Соло» недалеко от города Колон в Панаме (в то время арендованная США Зона Панамского канала). Имеет шотландские, ирландские и английские корни. Отец Маккейна, Джон Сидней «Джэк» Маккейн младший (1911—1981), был военно-морским офицером США, участником Второй мировой войны (в качестве офицера-подводника), завершившим службу в чине четырёхзвёздного адмирала. Награждён Серебряной и Бронзовой звёздами. Мать — Роберта Маккейн, урождённая Райт (1912—2020). Дед Джона Маккейна, Джон С. Маккейн, также имел чин четырёхзвёздного адмирала, являлся одним из основоположников авианосной стратегии Военно-Морского флота США, участвовал в сражениях на Тихоокеанском театре военных действий Второй мировой войны.