Zurückgekehrt nach Rom, wurde ihm lediglich ein unbedeutendes Amt in der Datarie zugestanden, zweifellos wegen der Feindschaft, die Kardinalstaatssekretär Ercole Consalvi während des Konklave von Venedig gegen Giuseppe Antonio Salas Bruder Domenico hegte. Er war Sekretär der Delegation, mit der Papst Pius VII. den Kardinal Di Pietro am 9. Juni 1809 betraut hatte. Er wurde sofort festgenommen und ihm drohte die Deportation nach Reims. Daraufhin fand er zunächst in Cascia, dann in der Villa Salviati in Fiesole Zuflucht und verbrachte dort mehr als vier Jahre. Dort erarbeitete er auf Ersuchen von Kardinal Di Pietro eine "Konsultation", welche die Gründe für die Abwesenheit der „schwarzen Kardinäle“ bei Napoleons zweiter Eheschließung darlegte. Ferner legte er im Februar/März 1814 in Zusammenarbeit mit seinem Bruder Domenico einen umfassenden Plan für die Reorganisation des Kirchenstaates vor, in dem die Verfasser sich für eine radikale Trennung zwischen geistlichen und weltlichen Belangen aussprachen.