Během století své existence byl klášter opakovaně přestavován a opravován, k nejvýraznější přestavbě došlo po zemětřesení v Lisabonu v roce 1755. Po konfiskaci církevního majetku a pozemkové reformě z roku 1837 klášter zpustl, nicméně na popud Antonína Orleánského byla v roce 1855, v roce 1856 byl vyhlášen španělskou národní památkou a roku 1882 jej navštívil i král Alfons XII. 3. srpna 1992 se v klášteře konalo zasedání španělské vlády pod vedením krále Juana Carlose I. na připomínku 500. výročí objevení Ameriky. V roce 1993 pak klášter navštívil papež Jan Pavel II., který zde korunoval sošku Panny Marie Rábidské.