Los turcos comenzaron a almacenar pólvora y explosivos en el Partenón y en la Propilea. En 1640, cayó un rayo en el Propileo, causando su destrucción. En 1687, durante la Guerra de Morea, la Acrópolis fue asediada por los venecianos bajo el mando de Francesco Morosini, y el templo de Atenea Nike fue desmantelado por los otomanos para fortalecer el Partenón. Un disparo durante el bombardeo de la Acrópolis causó la explosión de un polvorín en el Partenón (26 de septiembre), y el edificio resultó gravemente dañado, dejándole según le vemos hoy. La ocupación de la Acrópolis continuó durante seis meses y tanto los venecianos como los otomanos participaron en el saqueo del Partenón. Se retiró uno de sus frontones occidentales, lo que causó aún más daño a la estructura. Los venecianos ocuparon la ciudad, convirtiendo sus dos mezquitas en iglesias católicas y protestantes, pero el 9 de abril de 1688 los abandonaron de nuevo a los otomanos.