Oyunun başlangıcı, ünlü Britanya savaş kruvazörü HMS "Hood"'un Alman kuvvetlerini temsil eden karakterler tarafından kişileştirildiği Danimarka Boğazı Muharebesi'nin antropomorfik bir rekreasyonunu içermektedir. Eagle Union (Amerika Birleşik Devletleri), Royal Navy (Birleşik Krallık), Sakura İmparatorluğu (Japon İmparatorluğu) ve Iron Blood (Nazi Almanyası) gibi uluslar "Azur Lane" adlı bir askeri ittifaka sahiptir. İttifak, Iron Blood ve Sakura İmparatorluğu ile uzaylıların müdahalesi nedeniyle ikiye bölündü ve "Azur Lane" ülkelerini işgal etmek için uzaylılar tarafından sağlanan teknolojiyi kullanan "Kızıl Mihver" adlı karşıt bir fraksiyon oluşturdu. Oyunun geri kalanı, kısmen Amerika Birleşik Devletleri'nin Pasifik Cephesi'ndeki deniz angajmanlarını takip ediyor. Bölümler, Midway Muharebesi, Guadalcanal Deniz Muharebesi ve Mariana ve Palau adaları seferi dahil olmak üzere, savaşın birkaç belirleyici muharebesini temsil etmektedir.