Door zijn goede prestaties dwong Rooney een plek af in de selectie van de Gemenebestspelen van 2006, die reeds eind maart in Melbourne plaatsvonden. Hier stelde hij niet teleur. Hij verbeterde zijn persoonlijk record op de 400 m van 45,99 tot 45,69, om vervolgens in de halve finale het Britse jeugdrecord te verbeterden tot 45,35. In de finale werd hij als achttienjarige vijfde in deze grote atletiekwedstrijd. Later dat jaar nam hij deel aan de wereldkampioenschappen voor junioren in Peking, waar hij twee bronzen medailles aan overhield. Eerst werd hij derde op de individuele 400 m in 45,87, om vervolgens als lid van het Britse estafetteteam op de 4 x 400 m een tweede bronzen plak te veroveren. Het jaar erop moest hij bij de WK in Osaka op de 400 m genoegen nemen met een zesde plaats.