Navnet Wagram kommer af det tyske ord Wogengrenze, der betyder en bølget grænse (modsat en lige grænse) (wac = Woge = bølge, ram/rain = Grenze = grænse). Der hentydes til landskabets form, der i retning mod syd løb langs en nu forsvundet Donauarm. Den første skriftlige kilde til navnet findes i en tiendefortegnelse fra 1258. Tilføjelsen "Deutsch" (tysk) fik Wagram omkring 1560 for at adskille navnet fra det enslydende Kroatisch-Wagram, som opstod efter osmannernes indtog i 1529, hvor de grundlagde byen, der i dag kaldes Wagram an der Donau.