Ο Μοτζαντεντί σπούδασε Ισλαμικό Δίκαιο και Νομολογία στο Πανεπιστήμιο Αλ Αζχάρ στο Κάιρο. Το 1952 επέστρεψε στο Αφγανιστάν και δίδαξε σε γυμνάσια και στο πανεπιστήμιο της Καμπούλ, όπου έγινε γνωστός ως υποστηρικτής της ανεξαρτησίας του Αφγανιστάν. Το 1959 ο Μοντζαντεντί κατηγορήθηκε ότι συνωμοτούσε κατά του τότε Σοβιετικού πρωθυπουργού Νικίτα Χρουστσόφ και φυλακίστηκε μέχρι το 1964. Το 1973 αναγκάστηκε να εξοριστεί για τα σχόλια του σχετικά με τη σοβιετική επιρροή στο Αφγανιστάν. Μετά την Εξέγερση του Σαούρ το 1978, η νέα κομμουνιστική κυβέρνηση σκότωσε τον αδελφό του Μοτζαντεντί και αρκετούς από τους συγγενείς του. Κατά την περίοδο εξορίας του πέρασε από αρκετές χώρες όπως η Δανία και το Πακιστάν προτού επανέλθει στο Αφγανιστάν και συμμετάσχει στην αφγανική πολιτική.