12 марта 1792 года Макаров был переведён в Корпус морской артиллерии «цехмейстером капитанского чина» и в 1794 году, находясь в отряде гребных судов капитана 2-го ранга Д. Н. Сенявина, крейсировал в Балтийском море и участвовал «в перехвате мятежных шаек и транспортов с оружием у берегов Курляндии и Самогитии и взятии десантом Полангена с мятежным гарнизоном».