Vuosina 1918 ja 1919 saarilla toimi suuri sisällissodan jälkeinen vankileiri. Suomenlinnan vankileirin 10 000:sta punavangista yli 1 000 kuoli nälkään ja tauteihin. Teloitettuja oli 80. Myöhemmin linnoitus toimi suomalaisena varuskuntana. Suomen sisällissodan jälkeen Suomenlinnaan perustettiin 7. toukokuuta 1918 Suomenlinnan Linnoitustykistö, minkä nimisenä joukkoyksikön toiminta päättyi 15. syyskuuta 1918. Organisaatiouudistuksesta johtuen sen toimintaa jatkoi Suomenlinnan Rannikkotykistopataljoona 16. syyskuuta 1918 – 13. toukokuuta 1919. Rannikkotykistörykmentti 1 perustettiin 14. toukokuuta 1919, mikä toimi 15. syyskuuta 1939 saakka.