Am 2. April 1815 wurde Schmalensee Kommandeur des 3. Neumärkischen Landwehr-Regiments und in dieser Stellung am 3. Oktober 1815 zum Oberstleutnant befördert. Daran schloss sich ab dem 27. Februar 1816 eine Verwendung als Kommandeur des 1. Kurmärkischen Landwehr-Infanterie-Regiments an. Am 8. März 1820 schied er mit einem Inaktiven Gehalt aus. Dennoch wurde Schmalensee am 3. April 1820 Oberst und am 21. Juli 1820 zum Kommandeur des 5. Landwehr-Regiments ernannt. In gleicher Eigenschaft war er vom 29. Mai 1821 bis zum 8. Dezember 1830 im 15. Infanterie-Regiments tätig. Anschließend zum Kommandeur der 13. Infanterie-Brigade in Münster ernannt, erhielt Schmalensee am 8. Januar 1831 die Erlaubnis zum Tragen seiner bisherigen Uniform und wurde dem 15. Infanterie-Regiment aggregiert. Am 30. März 1831 erhielt er die Beförderung zum Generalmajor. Während der Belgischen Revolution wurde Schmalensee 1832 zum Observationskorps an die Maas kommandiert und am 12. August 1832 anlässlich seines 50-jährigen Dienstjubiläums mit dem Roten Adlerorden II. Klasse mit Eichenlaub ausgezeichnet. Am 10. März 1833 bekam er seinen Abschied als Generalleutnant mit einer Pension von 2250 Talern.