Marco Fu est l'auteur d'une saison 2016-2017 de très haut vol. Son premier fait d'arme intervient au championnat du Royaume-Uni où il joue la demi-finale, dans laquelle il est battu dans la manche décisive par Ronnie O'Sullivan (6-5), malgré qu'il ait mené 5-4. La semaine qui suit, il dispute la demi-finale à l'Open d'Écosse, qu'il remporte cette fois-ci. Fu parvient ensuite à renverser la finale qui l'opposait au local écossais John Higgins. Pourtant mené par 4 manches à 1 à l'issue de la première « session », Fu réalise une seconde session parfaite, il ne concède pas la moindre manche à son adversaire, s'imposant par 9 manches à 4. Cette victoire marque le troisième titre classé de la carrière de Marco Fu, et le dernier en date. Il réussit onze centuries tout au long du tournoi. Il commence l'année 2017 par une demi-finale au Masters. Pour en arriver jusque là, il se défait de Judd Trump (6 manches à 5) et de Mark Allen (6 manches à 2). Comme au championnat du Royaume-Uni, il est arrêté par Ronnie O'Sullivan, qui le bat sur le score de 6 manches à 4. Fu perd une nouvelle demi-finale cette saison durant le Grand Prix mondial, face à Ryan Day. Le 12 mars 2017, il s'incline en finale du championnat des joueurs, battu par Judd Trump, par 10 manches à 8. Enfin, Fu termine au championnat du monde, où il se qualifie pour les quarts de finale. Au premier tour, il revient de loin face au Belge Luca Brecel : mené 7 à 2, il réussit à l'emporter 10 à 9. Son match du deuxième tour est tout aussi compliqué face à Neil Robertson, qu'il bat 13 manches à 11, au terme d'une rencontre accrochée. Fu est ensuite lourdement battu par le tenant du titre, Mark Selby 13 manches à 3. Cette saison exceptionnelle lui vaut d'atteindre son meilleur classement en carrière, celui de 6 mondial.