El descenso demográfico también es resultado de la Guerra de independencia de Croacia. Durante el conflicto, gran parte de la población fue desplazada y la emigración aumentó. En 1991 en las áreas con predominio serbio, más de 400 000 croatas y de otras etnias fueron ahuyentados y expulsados de sus hogares por las fuerzas serbocroatas. Durante los últimos días de la guerra en 1995, entre 120 000 y 200 000 serbios salieron del país antes de la llegada del ejército croata durante la Operación Tormenta. Dentro de los diez años posteriores a la guerra, solo 117 000 de los serbios desplazados regresaron al país. La mayoría de los serbios que aún viven en Croacia nunca se establecieron en los territorios ocupados durante la Guerra de Independencia. Los serbios solo han repoblado parcialmente las regiones donde vivían anteriormente, mientras que otras zonas previamente ocupadas por los serbios fueron repobladas por los refugiados croatas de Bosnia-Herzegovina, en su mayor parte de la Republika Srpska. La mayor parte de la población de Croacia es croata (89.6 %), el país más étnicamente homogéneo de las seis antiguas repúblicas yugoslavas. Los grupos minoritarios incluyen a los serbios (4.5 %), bosníacos, magiares, italianos, eslovenos, alemanes, checos, romaníes y otros (5.9 %).