ב-1618 התרחשה בפראג "ההשלכה השנייה מהחלון", אשר כתוצאה ממנה ניצתה מלחמת שלושים השנים. פרדיננד השני, קיסר האימפריה הרומית הקדושה מבית הבסבורג הודח ואת מקומו כמלך בוהמיה תפס פרידריך החמישי, הנסיך הבוחר מפפאלץ מ-Pfalz. ברם, הצבא הבוהמי הובס בקרב ההר הלבן (1620) לא רחוק מפראג, וכתוצאה מכך סבלה העיר קשות מחוסר סובלנות דתית תחת האנטי-רפורמה הקתולית. העיר סבלה קשות גם מהכיבוש הסקסוני 1631 והשוודי (1648). יתרה מכך, אחרי שלום וסטפליה, פרדיננד העביר את חצרו לווינה ומעמדה של פראג ירד וגם אוכלוסייתה קטנה מ-60,000 לפני המלחמה ל-20,000 אחריה. ב-1689 פרצה שרפה שהרסה חלקים ניכרים מהעיר.