구호기사단은 12세기 초 수도원 개혁이 한창일 때 만들어졌다. 1023년 아말피 공국이 예루살렘의 무리스탄 구역에 세례 요한에게 봉헌된 순례자들을 위한 구호소를 세웠다. 1099년 제1차 십자군으로 예루살렘이 정복된 뒤 구호소는 성지 방위를 담당하는 기사수도회 중 하나로 조직되었다. 제9차 십자군 때 성지가 이슬람 세력에게 영영 넘어가면서 구호기사들은 로도스로 옮겨가 활동했고 그 뒤 몰타로 옮겨가 스페인의 부왕령인 시칠리아의 제후국이 되었다. 17세기 중반에는 카리브 해의 섬 4개를 정복하면서 신대륙 식민화에 나선 가장 작은 세력으로 이름을 올리기도 했다. 이때 정복했던 섬들은 1660년대에 프랑스에게 빼앗긴다.