Le roi Louis XIII intervient au en 1620 pour imposer le rétablissement de l'Église catholique et rattacher le Béarn et la Navarre au royaume de France. Le , une assemblée générale protestante décide de se rebeller en créant un quasi-État protestant. Les consuls de Montauban décident de remettre en état les fortifications de la ville. En les consuls se rendent au Château-Neuf. Ils décident de fermer toutes les ouvertures des salles médiévales. Une partie des voûtes sont rompues pour combler une partie des salles. La plateforme commencée en 1568 est terminée. Elle est bordée du côté du Tarn par un parapet crénelé et protégé par trois fortes échauguettes. La ville résiste à Louis XIII à un siège entre août et novembre 1621.