En el mismo año, después de que Estados Unidos apoyara los diferentes esfuerzos diplomáticos para una pronta reconciliacióm entre croatas y bosnios, Šušak dirigió una ofensiva contra numerosos serbios en Croacia y Bosnia en 1995. Luego, Šušak ayudó a Tuđman en la organización y puesta en marcha de la Operación Flash y la Operación Tormenta, los dos fueron unos sendos ataques militares contra los rebeldes serbios en Croacia. Los serbios de Bosnia por su parte, sufrieron una serie de derrotas, las que les obligaron a iniciar las negociaciones de paz, luego de las que produjeron los Acuerdos de Dayton, donde Šušak fue uno de los principales negociadores por parte de Croacia en Dayton.