В ходе войны с Францией и Шотландией, начавшейся в 1544 году, Клинтон служил во флоте. За отличие при штурме Эдинбурга Эдуард Сеймур, 1-й граф Хартфорд, посвятил его в рыцари (май 1544 года). Сэр Эдвард принимал участие в осаде Булони в сентябре 1544 года. Под командованием Джона Дадли, виконта Лайл, он сражался с французами при Спитхеде в 1545 году и был послан в качестве одного из комиссаров мира во Францию в следующем году. В августе 1547 года Клинтон отправился в Шотландию с эскадрой из двенадцати кораблей, чтобы заблокировать Сент-Андрус со стороны моря и помешать высадке французов, но прибыл слишком поздно. В дальнейшем сэр Эдвард поддержал вторжение Сеймура и обеспечил артиллерийскую поддержку в битве при Пинки 15 сентября 1547 года, когда шотландцы были наголову разгромлены. В августе 1548 года он вошел в залив Ферт-оф-Форт и рассеял французские и шотландские корабли близ Лейта, а потом высадил 500 человек, чтобы сжечь суда, стоявшие в гавани.