W reprezentacji Ekwadoru Fernández zadebiutował 5 czerwca 1991 roku w wygranym 1:0 towarzyskim spotkaniu z Peru. W 2002 roku został powołany przez selekcjonera Hernána Darío Gómeza do kadry na Mistrzostwa Świata 2002. Był tam rezerwowym i nie wystąpił w żadnym spotkaniu. Ostatni mecz w kadrze narodowej rozegrał w 2004 roku. W 1991 roku po raz pierwszy zagrał w Copa América, a następnie był także w kadrze zespołu na Copa América 1993, Copa América 1997 i Copa América 2001. Łącznie wystąpił w 77 meczach reprezentacji Ekwadoru i zdobył 12 goli.