Nel frattempo, tra i cristiani scoppiò un'epidemia di peste che uccise molti crociati, compreso il legato apostolico Ademaro di Monteil che spirò il 1º agosto. I crociati avevano a disposizione ancora meno cavalli che in precedenza e, ancora peggio, i contadini musulmani della zona rifiutarono di rifornirli di cibo. Così, nel mese di dicembre, dopo che la città araba di Ma'arrat al-Nu'man venne conquistata dopo un assedio, vennero riportate le prime accuse di cannibalismo tra i crociati. Rodolfo di Caen scrisse: "A Ma'arrat le nostre truppe bollirono gli adulti infedeli nei vasi da cucina, impalarono i bambini in spiedi e li divorarono". Al tempo stesso, i cavalieri e i soldati si dimostrarono sempre più inquieti tanto da minacciare i loro nobili condottieri di proseguire verso Gerusalemme senza di loro. Finalmente, all'inizio del 1099, la marcia riprese, lasciando Boemondo presso la città come primo principe di Antiochia.