Im Jahr 1462 fand eine Schlacht zwischen Kaiser Friedrich III. und dem Ritter Fronauer in Paudorf statt (Frohnauer Fehde). Dabei wurden vor allem die Ortsteile Krustetten und Höbenbach stark beschädigt. Im Jahr 1481 eroberte der ungarische König Matthias Corvinus das Schloss Meidling. Erst im 16. Jahrhundert konnten die ungarischen Truppen zurückgeschlagen werden. Die nächste Schlacht ereignete sich im Jahr 1529, als die Osmanen im Zuge der Ersten Belagerung Wiens auch Paudorf angriffen und die Umgebung verwüsteten. Im Jahr 1645 plünderten im Dreißigjährigen Krieg kaiserliche Truppen zahlreiche Dörfer, darunter auch Paudorf, nachdem die Schlacht bei Jankau verloren gegangen war. Im Jahr 1683 kamen die Osmanen noch einmal im Zuge der Zweiten Belagerung Wiens nach Paudorf und verwüsteten den Ort und die Umgebung.