12 września 2006 na Uniwersytecie w Ratyzbonie, gdzie był wcześniej profesorem teologii, wygłosił wykład, nazwany później ratyzbońskim, na temat: "Wiara, rozum i uniwersytet – wspomnienia i refleksje" (niem. "Glaube, Vernunft und Universität – Erinnerungen und Reflexionen"). Papież mówił m.in. na temat stosunku chrześcijaństwa i islamu do rozumu i filozofii greckiej. Czerpiąc z prac prof. Teodora Khoury’ego, zacytował też dialog cesarza bizantyjskiego Manuela II Paleologa oraz refleksje muzułmańskiego uczonego Ibn Hazma (zm. 1069), które ukazywały, że idea islamskiego dżihadu, świętej wojny i nawracania siłą, a nie rozumem, sprzeciwia się Bogu, oraz że dla muzułmanów Bóg nie jest ograniczony nawet przez swoje Słowo i nic nie zmusi Go do objawienia nam prawdy. Jeśli taka będzie Jego wola, człowiek będzie musiał nawet czcić bożki. Wystąpienie papieskie wywołało międzynarodowe reakcje i kontrowersje w świecie muzułmańskim.