Musim 2006 Rubinho memperkuat tim Honda bersama Jenson Button. Sesaat sebelum berlangsungnya GP Australia, Jense setuju untuk memberikan nomor 11 pada Rubinho, di mana nomor 11 tersebut merupakan nomor kesayangan Rubinho sejak ia masih diajang karting. Walaupun tidak ada podium yang berhasil ia raih, Rubinho tampil cukup konsisten. Posisi finis tertingginya adalah di GP Monaco dan Hungaria saat ia berhasil finis keempat, di akhir musim ia berada di P7 klasemen akhir dengan raihan 30 poin. Momen unik terjadi di GP Monaco, di mana saat itu Barrichello setuju untuk menukar helmnya dengan Tony Kanaan, seorang pembalap Indy asal Brasil, di mana untuk GP Monaco Rubinho mengenakan helm Kanaan, dan sebaliknya di Indianapolis 500 Kanaan mengenakan helm Barrichello.