Po vypuknutí zimní války se Sověty roku 1940 byl jmenován ministrem zahraničí ve vládě Risto Rytiho. Oponoval Stalinovu tlaku a vyjednal dosti kruté příměří, které vyplývalo z nulové mezinárodní podpory, která nepřišla ani od Němců, již měli v té době spojeneckou smlouvu se Sověty (pakt Molotov–Ribbentrop). Když však Němci Sovětský svaz napadli a spojenecká smlouva tím padla, vycítila většina finských politiků šanci na obnovení bojů se Sověty díky spojenectví s nacistickým Německem. Tuto strategii podpořil i Tanner a byl jednou z klíčových postav skupiny, která vedla Finsko během tzv. pokračovací války. Jako na sociálního demokrata se na něj také zaměřovala sovětská válečná propaganda a jeho úlohu ještě zveličovala, když hovořila o tom, že Finsko ovládá „Mannerheim-tannerovská liga“.