בשנת 1930 כבר מנתה הקהילה כ-6,000 בני אדם. הצורך בהרחבת בית הכנסת הפך להכרחי, ועבודות התכנון הוטלו על האדריכלים ז'רמן דברה וז'וליין הירש. בית הכנסת המחודש נחנך ב-24 אוקטובר 1937. בשנת 1943 גורשו רבה של ניי, רוברט מאיירס ואשתו סוזן (נולדה באואר) לאושוויץ. מצבת זיכרון שהונחה במקום מנציחה את הגירוש של יהודי ניי, ואת מעשי האומץ של חסידי אומות העולם בניי. לוח זיכרון נוסף ברחוב אדואר נורטייה הסמוך, מנציח את שמותיהם של 17 ילדים בני 3-11 שנים אשר שוכנו במרפאה שנוהלה על ידי נזירות, וב-25 יולי 1944 נאספו וגורשו על ידי הנאצים למחנות הריכוז.