Mientras, Alejandro Farnesio proseguía con la recuperación de las provincias rebeldes. Se apodera de las ciudades de Tournai, concluye el asedio de Maastricht en julio de 1579, en 1583 reconquista los puertos más importantes de la costa flamenca, Dunkerque y Nieuwpoort. En 1584 se centra en las ciudades del interior, ocupa Brujas y Gante, y coincidiendo con la muerte del duque de Anjou y el asesinato de Guillermo de Orange, en julio de 1584 pone sitio a la ciudad de Amberes. Este asedio, que mantuvo en vilo a toda Europa a la espera del vencedor, representó un derroche de medios e ingenio por ambas partes durante los trece meses que fueron necesarios para forzar la rendición de la que probablemente era la ciudad más rica y más populosa de Europa y cuya toma representaba la determinación de la corona española en recuperar los territorios perdidos y en el mantenimiento de la iglesia católica.