Năm 1471, Henry Stafford qua đời khi tham gia Trận Barnet, chiến đấu cho nhà York. Và phu nhân Margaret, khi ấy 28 tuổi, lại trở thành góa phụ. Rất nhanh sau đó, vào tháng 6 năm 1472, Margaret tái hôn với Thomas Stanley, người đang là Đại Đốc quân ("Lord High Constable") và là Lãnh chúa của Đảo Man ("Ree Vannin") của nước Anh. Cuộc tái hôn cuối cùng này về cơ bản chỉ là hôn nhân ích lợi, cả hai đều nắm giữ tài sản riêng, nhóm học giả Jones &amp; Underwood chỉ ra rằng bản thân Margaret chưa bao giờ xem mình là người của họ Stanley. Cuộc tái hôn này giúp cho Margaret có thể tham dự vào triều đình của Quốc vương nhà York là Edward IV của Anh, và bà trở thành bảo mẫu cho các Công chúa nhà York, con gái của Vương hậu Elizabeth Woodville.