בראשית המאה ה-13 שבו הסולטאנים הערבים לבית איוב והשתלטו על מצרים וסוריה בגרשם את הטורקים. ואולם התחייה הערבית לא ארכה זמן רב. פולשים חדשים, הפרשים המונגולים, הסתערו על המזרח התיכון, כבשו את בגדאד ב-1258, את דמשק ב-1260 והתקדמו דרומה עד לגבולה של מצרים. ישנן עדויות (בעיקר ברשמים של היסטוריונים מוסלמים בני התקופה, אבל גם במכתבו של רמב"ן שביקר בירושלים בשנת 1267 - כמה שנים אחרי האירועים) על כך שיחידות כיבוש מונגוליות הגיעו לצפת, לירושלים ולחברון. יחד עם זאת, המונגולים לא עשו מאמצים מיוחדים לכונן ישות פוליטית באדמות שכבשו ומדובר היה יותר בפשיטות קצרות מועד על ידי כוח צבאי מוגבל שמטרותן הייתה לקיחת שלל, הפחדה ואיסוף מודיעין. הדבר, כנראה, נבע מהעובדה שמפקד העליון של צבא הכיבוש המונגולי הולגו (Hülegü) עזב את האזור עם רוב צבאו בתחילת 1260 אחרי שהגיעה אליו הידיעה על מותו של מונגקה חאן () - שליטה דאז של האימפריה המונגולית. את דילול הכוחות הזה ניצל הסולטאן הממלוכי של מצרים קוטוז (בערבית: الملك المظفر سيف الدين قطز) שעלה צפונה עם צבאו והביס את הכוח המונגולי בקרב עין ג'אלות בסוף שנת 1260. בהמשך להתפתחות הזאת המונגולים הסיגו את כוחותיהם ממזרח התיכון. גל חדש של הפשיטות המונגוליות באזור התרחש בשנות 1299–1300. הם שוב כבשו את דמשק וירדו גם דרומה, אבל שוב לא נשארו זמן רב ופינו את האזור מיוזמתם. אחרי נסיגתם הכוחות הממלוכיים החזירו לעצמם את השליטה בארץ ישראל ובסוריה. רק באמצע המאה ה-14 המונגולים הפסיקו סופית לאיים על האזור. לאור זאת, סולטאניה הממלוכים של מצרים כבשו את ארץ ישראל וסוריה, ואילו סולטאנים טורקים אחרים שלטו בעיראק ובאנטוליה. רק בחצי האי ערב קיימו הערבים שלטון עצמי.