Die Stadt hielt sich weitgehend aus den innereidgenössischen Konflikten heraus. Sie diente aber 1656 während des Ersten Villmergerkriegs als Operationsbasis der katholischen Truppen. Während des Zweiten Villmergerkriegs kam es am 26. Mai 1712 beim Nachbardorf Fischbach zur Staudenschlacht, die rund 500 Todesopfer forderte. Am selben Tag kapitulierte Bremgarten vor den anrückenden Berner und Zürcher Truppen. Als Folge dieses Krieges verloren die katholischen Orte ihren Einfluss in der Grafschaft Baden. Nur noch die reformierten Orte Bern, Zürich und Glarus stellten den Landvogt. Die Stadt musste alle Waffen aushändigen und verlor ihre Hoheit auf militärischem Gebiet.