Der erste größere Einsatz fand im Frühjahr 1940 in der Schlacht um Narvik statt. Abgesehen von altgedienten Kadern kamen Deutsche und Österreicher nicht in Frankreich zum Einsatz. Nach der Niederlage vom Juni 1940 schlug sich ein Teil der Legion, darunter die "13. Halbbrigade" (13e DBLE), auf die Seite des Freien Frankreich von Charles de Gaulle, während der größte Teil in Nordafrika verblieb, das dem Vichy-Regime Philippe Pétains unterstand, bzw. in der Levante (Syrien/Libanon), wo es 1941 zu Kämpfen gegen die Briten kam. Das 5. Regiment war infolge der Besetzung der Kolonie durch Japan ab 1940/41 in Indochina isoliert. Nach der angloamerikanischen Landung in Nordafrika Ende 1942 kämpften freifranzösische Legionseinheiten im Tunesienfeldzug, in Italien und bei der Befreiung Westeuropas ab 1944 bis Kriegsende 1945 (Normandie und im Rahmen der 1. Armee).