Während das Schiff in der weiteren Umgebung von Hawaii operierte, wurde es am 11. Januar 1942 von einem japanischen U-Boot mit Torpedos angegriffen. Ein schwerer Treffer beschädigte die "Saratoga" so stark, dass sie mehrere Monate in Pearl Harbor zur Reparatur lag. Während der Zeit wurden auch ihre Waffen ausgetauscht. Kurz nach der Schlacht um Midway konnte sie wieder an Kampfhandlungen teilnehmen.