Омејадски калифат који је проузроковао снажан економски препород у овој области, је замењен Абасидским калифатом 750. Рамли је постао административни центар, што је и остао наредних векова, док је Тиберијада постала успешан центар исламске теологије. Од 878. Палестином је владано из Египта са полуаутономним владарима скоро читав век, почевши са Турчином по имену Ахмед Ибн Тулун. Поштовање Јерусалима се повећало током овог периода, а многи од египатских владара су одлучили да тамо буду сахрањени. Међутим, каснији период карактерише прогон хришћана, због растуће опасности од Византије. Фатимидски халифат, чију су војску највећим делом чинили Бербери, освојио је регион 970. и то је датум који обележава почетак периода непрекидног ратовања између бројних непријатеља, који су уништили Палестину и у коме је јеврејска популација значајно смањена. Између 1071-73, Палестину је заузело Селџучко царство, након чега су је повратили Фатимиди 1098, од којих су је затим преузели крсташи 1099. Њихова контрола над Краљевином Јерусалим (коју су створили) и већином Палестине трајала готово читав један век до њиховог пораза у Бици код Хатина против Саладина 1187, након чега се већина Палестине нашла под контролом Ајубида. Крње крсташке државе у северним приморским градовима преживеле су још један век, али упркос седам крсташких ратова, крсташи нису више били значајна сила у региону. Четврти крсташки рат, који није допро до Палестине, довео је до пада Византије, драматично смањујући утицај хришћанства у целом региону. Мамелучки султанат је индиректно створен у Египту као резултат Седмог крсташког рата. Монголско царство је допрло до Палестине први пут 1260, почевши од монголских упада у Палестину, достигавши врхунац Битком код Ајн Џалута, у којој је доживело пораз од Мамлука.