Da campione d'Europa, il Manchester United è impegnato nella Coppa Intercontinentale 1968: nel doppio confronto con l'Estudiantes, gli argentini hanno la meglio, vincendo per 2-1. In Coppa Campioni, i "Red Devils" cadono in semifinale contro il (2-1), futuro campione del torneo. A stagione finita Busby decide di diventare direttore generale, dimettendosi dall'incarico di allenatore il 14 gennaio 1969 e il suo posto è rilevato da Wilf McGuinness.