Zittau kuului vuodesta 1346 kuuden ylälausitzilaisen kaupungin muodostamaan liittoon. Liittoon kuului Zittaun lisäksi Bautzen, Görlitz, Kamenz, Lauban ja Löbau. 1300-luvun toisella puoliskolla ja 1400-luvulla kaupunkia runtelivat useat tulipalot. Rutto puolestaan surmasi sen asukkaita vuonna 1555 sekä myöhemmin 1500- ja 1600-lukujen vaihteessa. Katolisen liigan ja böömiläisten yhteenoton Valkeavuoren taistelun vuonna 1620 jälkeen Zittauhun muutti huomattava joukko böömiläisiä protestantteja, joiden ansiosta kaupungissa toimi 1800-luvun keskivaiheille saakka tšekinkielinen evankelinen seurakunta.