5 января 2012 года в одном из эпизодов матча против «Наполи» Ибрагимович ударил по лицу защитника неаполитанцев Сальваторе Ароники, за что был удалён с поля, а позже вновь получил трёхматчевую дисквалификацию. 15 февраля в матче плей-офф Лиги чемпионов против «Арсенала» (4:0) стал лучшим игроком встречи, забив один гол и отдав две голевые передачи. 3 в выездном матче против «Палермо» (4:0) Ибрагимович сделал свой единственный хет-трик за «Милан». По итогам сезона стал лучшим бомбардиром чемпионата Италии, отличившись 28 раз (из них 10 — с пенальти) в 32 играх чемпионата. Всего за сезон Ибрагимович забил 35 голов (28 — в чемпионате, 5 — в Лиге чемпионов УЕФА, 1 — в Кубке и Суперкубке Италии).