Assumiu brevemente o cargo de comandante-em-chefe do Exército do Norte do México em 1846 mas foi removido do comando depois de uma brutal execução pública de um guerrilheiro nativo que ordenara pessoalmente. Como um membro da facção política conservadora, Ampudia foi preterido no cargo pelo seu rival liberal, General Mariano Arista. Na Batalha de Palo Alto, Ampudia criticou as táticas de batalha de Arista, atitude repetida na Batalha de Resaca de la Palma, culpando-o pela derrota.