Tegen Japan stonden cryptologen voor een andere uitdaging, namelijk het breken van de Japanse JN-25-code. In tegenstelling tot de Duitse code was de Japanse code niet gebaseerd op technologische hulpmiddelen. Hierdoor gingen de geallieerde cryptologen aan de slag met hun eigen gezond verstand. Door de ontcijfering van de JN-25-code waren de geallieerde troepen in staat om Japanse troepen te misleiden. Een voorbeeld hiervan is de hinderlaag van admiraal Chester Nimitz tijdens de slag om de Midway-eilanden. Een van de grootste cryptologische successen tegen Japan werd gehaald op 13 april 1943. Onderscheppingsposten onderschepten een bericht met de reisplannen van de Japanse admiraal Isoroku Yamamoto, de architect van de aanval op Pearl Harbor. Door deze kennis waren de Amerikanen in staat om het vliegtuig van deze admiraal neer te halen.