Il fait partie de l'équipe brésilienne quand elle remporte la Copa América au Pérou en 2004, mais il rentre à peine sur le terrain. Toutefois, dans la configuration d'équipe du nouveau sélectionneur Dunga, Vagner et ses coéquipiers Daniel Carvalho et Dudu, sont plus régulièrement convoqués dans l'équipe. Lors de son quatrième match en équipe nationale, contre le Pays de Galles, il marque son premier but à la (victoire 2 à 0).