С началом Адриатической экспедиции в 1804 году в звании генерал-майора направлен командовать русскими войсками на Ионических островах. Руководил действиями Кюринского и Витебского мушкетёрских полков, 13-й егерского и 6-го артиллерийского полков, а также корпуса под командой А. Х. Бенкендорфа. На нём лежали также вопросы взаимодействия с местной администрацией и обеспечение госпиталей медикаментами. Его ходатайство о предоставлении отпуска в связи с ухудшением состояния здоровья (февраль 1805) не было удовлетворено. а во главе 12-тысячной группировки прибыл в Неаполь под командование генерала Б. П. Ласси для совместных с неаполитанцами и англичанами действий против французов. Вследствие поражения под Аустерлицем (2.12.1805) боевые действия в Италии не открылись, и в 1806 году Р. К. Анреп был отозван в Петербург; предполагалось, что в сентябре того же года он вернётся на Ионические острова.