En el invierno de 1861-62, el ejército de Johnson cooperó con el mayor general Thomas J. "Stonewall" Jackson en las primeras etapas de la Campaña del Valle. Mientras Jackson marchaba con su ejército hacia las montañas del actual Panhandle oriental de Virginia Occidental para realizar incursiones en el ferrocarril Baltimore &amp; Ohio, Johnson tenía la tarea de proteger contra una invasión de la Unión en las zonas "superiores", más elevadas, del valle de Shenandoah, cerca de Staunton, Virginia. Su Ejército del Noroeste construyó una serie de pabellones y trincheras en la cima de la montaña de Shenandoah, que denominaron simplemente Fort Edward Johnson. En la batalla de McDowell, Johnson fue gravemente herido con una bala en el tobillo, que tardó en curarse. Regresó a Richmond para su convalecencia y permaneció allí durante casi un año, activo en la escena social. Aunque Johnson era un personaje corpulento, de aspecto rudo, que seguía siendo soltero a los 47 años, tenía fama de donjuán. Debido a una herida que recibió en México, tenía un ojo que parpadeaba incontrolablemente, lo que hacía que muchas mujeres creyeran que estaba coqueteando con ellas. Llamó lo suficiente la atención como para que se le mencionara en el famoso diario de Mary Chesnut.