In 1805, tijdens de Derde Coalitieoorlog, kreeg hij het bevel over het Oostenrijkse 3e Corps. Na de nederlaag tegen de Fransen in de Slag bij Ulm in oktober wist Ferdinand te ontsnappen naar Bohemen. Hier bracht hij 9.000 troepen op de been, waarmee hij naar Iglau marcheerde en de Beierse troepen van Carl Philipp von Wrede staande hield, zodat ze het slagveld van Austerlitz niet konden bereiken.