Tijdens de wereldkampioenschappen kortebaanzwemmen 2006 in Shanghai legde Skvortsov beslag op de bronzen medaille op de 200 meter vlinderslag. Op de 100 meter vlinderslag werd hij in de halve finales uitgeschakeld en op de 50 meter vlinderslag in de series. In Boedapest nam de Rus deel aan de Europese kampioenschappen zwemmen 2006, in Hongarije sleepte hij de bronzen medaille in de wacht op de 100 en de 200 meter vlinderslag, op de 50 meter vlinderslag strandde hij in de series. Met zijn ploeggenoten Arkadi Vjatsjanin, Roman Sloednov en Andrej Kapralov veroverde hij de Europese titel op de 4x100 meter wisselslag. Op de Europese kampioenschappen kortebaanzwemmen 2006 in Helsinki legde Skvortsov beslag op de bronzen medaille op de zowel de 100 als de 200 meter vlinderslag, op de 50 meter vlinderslag werd hij in de halve finales uitgeschakeld.