De ontwikkeling komt ten einde in de 17e en 18e eeuw. Het gebrek aan arbeidsplaatsen in 1734 brengt velen ertoe de stad te verlaten. Een situatie die zich in 1758 herhaalt, deze keer wegens de slechte toestand waarin zich de stad bevond na de grote aardbeving van 1755. De hoofdkerk was verwoest en 15 kleine kapellen in de omgeving waren ernstig beschadigd. Ook de stadsmuur had grote schade geleden, niet alleen door de aardbeving maar ook door het geweld van de grote vloedgolven die erop volgden. De beschadigde burcht Santa Catarina werd op bevel van graaf Val de Reys in 1792 en 1794 hersteld. Twintig jaar na de aardbeving wilde Marquês de Pombal Portimão tot een bisdom maken. Daartoe verleende hij Portimão de status van stad maar koningin D. Maria I was er tegen en het zou tot 1924 duren totdat Manuel Teixeira Gomes, de toenmalige president van de republiek en geboren in Portimão, de plaats officieel tot stad verhief.