Родился в Санта-Фе-де-Богота (вице-королевство Новая Гранада). 18 марта 1816 года стал исполняющим обязанности провинции Кундинамарка, однако вскоре после этого в Новой Гранаде была восстановлена королевская власть, и Вергара остался не у дел.