Vid krigsslutet 1944 befann sig hälften av kanalen bortom Finlands nya gräns mot Sovjetunionen och fram till 1963 var endast den finländska delen i bruk med ringa trafik. Att kanalen stängdes blev ett hårt slag mot sydöstra Finland och Norra Karelen. En del av slussarna hade skadats under kriget och Sovjetunionen var inte intresserade av att sköta kanalen. 1962 ingick Finland ett avtal med Sovjetunionen om att på 50 år arrendera Saima kanal inklusive en 30 meter bred kanalzon. Hösten 1963 påbörjades kanalens iståndsättning och modernisering, vilket i praktiken innebar att en helt ny kanal byggdes. Den nya Saima kanalen invigdes 5 augusti 1968. Kanalprojektet var ett led i president Urho Kekkonens strävanden att åstadkomma ett sovjetiskt återlämnande av områden som förlorats genom andra världskriget och därmed från dennes sida ett rent politiskt företag, vilket dock misslyckades.