Nella stagione 1968-1969 dopo aver conquistato la promozione nell'annata precedente, il Pisa disputa il suo primo campionato di Serie A a girone unico. Con 20 punti in classifica si piazza in quindicesima posizione e retrocede in Serie B con il Varese e l'Atalanta. Lo scudetto lo conquista la Fiorentina con 45 punti, davanti alla coppia formata dal Cagliari e dal Milan seconde con 41 punti.