En 1502 surgieron las hostilidades entre ambos ocupantes por la posesión de los territorios intermedios, llegando al enfrentamiento armado. En un principio las fuerzas francesas hicieron retroceder a las españolas reduciéndolas a unas pocas plazas del sur italiano, pero a lo largo de 1503 los españoles derrotaron a los franceses en las batallas de Seminara, Ceriñola y Garellano, acosándolos en Gaeta. El 1 de enero de 1504 la guarnición francesa de Gaeta presentó su capitulación ante Fernández de Córdoba y abandonó Nápoles. La República de Florencia, Siena y Génova se pusieron bajo la protección de España; la república de Venecia (hasta entonces neutral) y Austria se alinearon con el bando español.