Lluís, que estaba internado en un sanatorio debido a su grave enfermedad mental. En mayo su hija Maria, junto con su marido, Hèctor Gally, habían partido hacia México. A pesar de los ruegos de su hija, Companys decidió quedarse en Francia para no perder el contacto con su hijo. Con la derrota francesa ante la Alemania nazi y la firma de la capitulación, el matrimonio Companys quedó en la zona ocupada. Tras la caída de París en manos de los alemanes (14 de junio), el embajador español en Francia, José Félix de Lequerica, solicitó a las nuevas autoridades que todas las organizaciones de exiliados españoles e instituciones políticas fueran disueltas. Con la colaboración de las autoridades alemanas, el personal de la embajada pudo incautarse de todo el patrimonio de dichas organizaciones. Tras la firma del armisticio, Ramón Serrano Suñer, ministro de la Gobernación, envió a Francia al secretario general de la Dirección General de Seguridad, con el objetivo de localizar a los dirigentes republicanos que aún estaban en Francia, conseguir su captura y entrega a España. Gracias a la documentación incautada, el 8 de agosto las autoridades de la zona de ocupación alemana recibieron una lista con 800 nombres para su detención y entrega a las autoridades franquistas. El 13 de agosto de 1940 agentes de la policía militar alemana detuvieron a Companys en una casa de La Baule-les-Pins, junto a Nantes, y lo entregaron a las autoridades franquistas el 29 de agosto de 1940.