В отличие от своего предшественника, Ян из Рожмберка пользовался покровительством короля Владислава II Ягеллонского, в затем и короля Фердинанда I Габсбургского, особенно, во время нарастания османской угрозы в регионе. В своих родовых имениях Ян организовал воинские сборы для оказания военной помощи Фердинанду I в войне против турок. Во главе рожмберкских сил Ян III поставил гетмана Цинишпана из Гершлака, который и сообщил ему о военных событиях у Вены в 1529 году. Самолично Ян из Рожмберка в сражениях Фердинанда Габсбургского с турками не участвовал.