Najstarszą szkołą we Wrześni była katolicka szkoła parafialna, która powstała najpóźniej w XIV wieku. Celem tej szkoły było umożliwienie szerokim kręgom społecznym dostępu do kapłaństwa, przygotowanie chłopców do uświetniania obrzędów oraz wychowanie religijno-moralne. Najstarsza pisemna informacja o szkole pochodzi z "Liber beneficiorum" z 1521. Na jej utrzymanie przeznaczone były dochody ze wsi Zawodzie. Niektórzy uczniowie z Wrześni kształcili się dalej w Akademii Krakowskiej. Adam z Wrześni został dziekanem jednego z wydziałów akademii, natomiast Bartłomiej z Wrześni zdobył w 1597 tytuł bakałarza sztuk wyzwolonych i prowadził wykłady na uniwersytecie. Po wojnach szwedzkich szkoła podupadła. Jej odrodzenie nastąpiło w połowie XVIII wieku. W okresie działania Komisji Edukacji Narodowej nadzór nad szkołą sprawował prefekt gimnazjum w Trzemesznie. W latach 1790–1792 w szkole było 18 uczniów, najwięcej spośród wszystkich szkół dekanatu Świętej Trójcy. Jej kierownikiem był Franciszek Strzegocki, którego utrzymywało już miasto, a nie parafia. W 1779 powstała szkoła ewangelicka, której nauczyciel był jednocześnie kantorem zboru.