Bij de presidentsverkiezingen van 2009 deed Karroubi opnieuw mee, maar hij haalde nog geen één procent van de stemmen. Ook deze verkiezingen zouden uiteindelijk door Ahmadinejad worden gewonnen. Opvallend bij deze verkiezingen was dat zijn vrouw ook campagne voerde en verschillende speeches hield. Dit is niet gebruikelijk voor vrouwen in Iran.