Vuoden 1918 sisällissodassa Jaakkola oli kaksi viikkoa punaisten vankina Haminassa, mutta pääsi vapaaksi ja yritti rintaman läpi valkoisten puolelle. Hän jäi punaisten vangiksi Luumäellä ja surmattiin Savitaipaleella. Hänen nuorempi veljensä Einar Jaakkola oli haavoituttuaan kuollut Mikkelin lääninsairaalassa 24.2.1918.