ב-1948 מרגלוב סיים את לימודיו באקדמיה הצבאית של המטה הכללי של ברית המועצות ובחודש אפריל מונה למפקד אוגדת המשמר המוטסת ה-76 בפסקוב. בין השנים 1950 ו-1954, הוא היה המפקד כוח המשמר המוטס ה-37 של הצבא האדום. במאי 1954 מונה למפקד הכוחות המוטסים של הצבא. בשנת 1959, לאחר תקרית שאירעה בשעת פיקודו על הכוחות המוטסים, הודח מתפקידו. את התקרית תיאר ההיסטוריון סקופילד כמעמד שבו עודד חייל בדרגת סמל להיאבק בדוב במהלך מסיבת יום הולדת. לאחר ההדחה מרגלוב מונה לסגן מפקד הכוחות המוטסים. ביולי 1961, הוא שב לתפקיד מפקד הכוחות המוטסים. בתקופת פיקודו מרגלוב יזם ייצור המוני של מערכות מצנח לכוחות והכניס לשרות הכוחות המוטסים מטוסי אנטונוב An-22 ואיליושין Il-76. במהלך פיקודו על הכוחות המוטסים פותחה מערכת מצנח PP-127 המאפשרת הצנחת רכב אמפיבי משוריין מסוג BMD-1. ב-28 באוקטובר 1967 הועלה מרגלוב לדרגת גנרל של ארמייה. הוא היה אחראי על הפעולות המוטסות במהלך הפלישה הסובייטית לצ'כוסלובקיה. החל מינואר 1979 הוא שימש כמפקח במשרד ההגנה של ברית המועצות. לאחר פרישתו, גר במוסקבה. הוא נפטר ב-4 במרץ ב-1990, בגיל 82, ונקבר בבית העלמין נובודוויצ'יה.