Развить успех в 2009 году не удалось. Новая машина, Renault R29, оказалась слабее предшественницы. Тем не менее, на квалификации Гран-при Венгрии Алонсо, впервые с Гран-при Италии 2007 года, заработал поул, но в гонке сошёл из-за потери плохо закреплённого колеса. Команда «Renault» была дисквалифицирована за эту оплошность на одну гонку, однако позже Апелляционный суд ФИА удовлетворил апелляцию команды и заменил наказание на более мягкое. Концовка сезона прошла под знаком , в результате которой Флавио Бриаторе был отправлен в отставку, а затем пожизненно дисквалифицирован. Свой подиум на Гран-при Сингапура Алонсо посвятил уходящему Флавио.