Après un passage au sein du cabinet d’Ariel Sharon et à la suite de l’annonce du plan de désengagement de la Bande de Gaza, il démissionne de ses fonctions ministérielles et tente de provoquer l’abandon de ce projet en mobilisant une partie du Likoud, en vain. À la suite de l’annonce d’élections anticipées pour 2006 et de la création par Ariel Sharon de Kadima, formation centriste qui réunit d’anciens membres du Parti travailliste et du Likoud, Benyamin Netanyahou est élu chef du Likoud le , avec 43,1 % des voix contre 37,4 % à Silvan Shalom.