Após a morte de Jan Hus, em 1415, os tchecos eram em sua maioria hussitas, uma seita diversa que foi considerada herética pela Igreja Católica. As Guerras Hussitas foram travadas pela liberdade religiosa na Boêmia, quando cinco cruzadas consecutivas ordenadas pelo papa fracassaram miseravelmente. A maioria dos hussitas (os utraquistas) acabou por fazer as pazes com Roma na paz religiosa de Kutna Hora em 1485. No entanto, a Unidade dos Irmãos, fundada em 1457, manteve seu curso radical e, eventualmente, desempenhou um papel importante na Reforma Protestante, disseminando amplamente seus princípios. No final do século XVI, menos de 20% da população permaneceu católica. Após sua derrota na Batalha da Montanha Branca em 1620, a Boêmia e a Morávia foram subjugadas e reconvertidas ao catolicismo pelas autoridades imperiais, com o protestantismo praticamente derrotado. Os tchecos foram novamente majoritariamente católicos até depois da Primeira Guerra Mundial (embora muitos se ressentissem abertamente da igreja e fossem forçados a se tornar membros para evitar a perseguição, especialmente sob o comando dos Habsburgos), quando o anticatolicismo era alimentado por nacionalistas antialemães e trazendo de volta a nível nacional uma falsa percepção da Igreja como inimigo histórico, causando apostasias em massa do catolicismo.