בדצמבר 1941 התמנה טרנר לסגנו של מפקד הצי האמריקני, אדמירל ארנסט קינג, תפקיד אותו מילא עד יוני 1942. מעט לפני קרב גוודלקנל קיבל טרנר את הפיקוד על הכוח האמפיבי בדרום האוקיינוס השקט, ובמסגרתו היה אחראי על ההיבט האמפיבי של המערכה באיי שלמה ושל המשך הלחימה באסיה ובאוקיינוס השקט בשנים הבאות, ואף היה אחראי על ההיבט האמפיבי של הפלישה המתוכננת ליפן, אך זו בוטלה לאחר כניעת יפן באוגוסט 1945.