Nell'edizione 1993 in Ecuador, conseguentemente alla decisione di aprire il torneo anche a due squadre non affiliate alla CONMEBOL (portando così a 12 il numero delle squadre in lizza), venne introdotto un nuovo formato. Tale formula contemplava un primo turno con tre gironi all'italiana da quattro squadre ciascuno; le prime due classificate di ogni girone e le due migliori terze si qualificavano ai quarti di finale. Da qui in avanti, si avevano gare ad eliminazione diretta. In queste ultime, fino all'edizione 2007, se i tempi regolamentari si concludevano in parità, si andava direttamente ai tiri di rigore, senza disputare i tempi supplementari. Dall'edizione 2011 furono introdotti anche nella Copa América i tempi supplementari per tutti i turni ad eliminazione diretta, usati poi solo in finale dall'edizione 2015. Nonostante il successo della Copa América Centenario giocata a 16 squadre, la CONMEBOL confermò il formato a 12 partecipanti anche per le successive edizioni.