Klasztor w Supraślu wsparł finansowo powstanie kościuszkowskie, zaś jego drukarnia publikowała uniwersały władz powstańczych. Zaangażowanie zakonników w polskie powstanie narodowe stało się przyczyną ograniczania działalności wspólnoty przez władze zaboru pruskiego, w którym Supraśl znalazł się w wyniku III rozbioru Polski. W Prusach główna cerkiew klasztorna stała się katedrą unickiej diecezji supraskiej. W 1796 majątek wspólnoty został skonfiskowany przez władze pruskie.