Με την κήρυξη του Ελληνοϊταλικού Πολέμου, το 1940, ο Μπακιρτζής επέστρεψε στην Ελλάδα και παρουσιάστηκε στο Στρατολογικό Γραφείο Θεσσαλονίκης για να ενταχθεί στο στρατό με το βαθμό του απλού στρατιώτη, κάτι που όμως δεν έγινε δεκτό από την κυβέρνηση του Ιωάννη Μεταξά.