La priorité pour la Marine Impériale japonaise était la construction de nouveaux porte-avions, et la formation de nouveaux pilotes, sous l'autorité de l'amiral Koga, alors commandant en chef du Distict Naval de Yokosuka, pour remplacer les pertes subies à Midway et à la bataille des îles Santa Cruz. La Flotte n'a donc pas été engagée à fond, au cours de la première bataille de Guadalcanal, alors que l', qui avait été endommagé aux îles Santa Cruz, a été rapidement réparé et a pu contribuer le à la destruction du cuirassé rapide et le lendemain à celle du croiseur lourd "Kinugasa". La Flotte a cependant participé à la couverture de l'évacuation des forces japonaises de Guadalcanal, en . En , sur ordre de l'amiral Yamamoto, commandant en chef de la Flotte Combinée, de nombreux appareils de la Flotte ont été momentanément transférés à terre, pour participer à des bombardements depuis Rabaul, Bougainville et les îles Shortland (Opération I-Go), sur Guadalcanal, Port Moresby, la baie d'Oro (devant Buna) et la baie de Milne. Les pertes y ont été sévères pour l'aviation embarquée japonaise face à l'aviation de chasse américaine.