19 сентября 2002 года в матче против сборной Ирана Фреди дебютировал за сборную Парагвая. В этом же матче он забил первый мяч за сборную. В 2004 году он в составе национальной команды поехал на Кубок Америки, где принял участие в четырёх матчах, против сборных Коста-Рики, Бразилии, Чили и Уругвая.