הקבוצה של ליט הגיעה למנילה ביולי 1945, ונפגשה עם אנשי המודיעין של כוחות הצבא הפסיפיים, שבפיקודו של גנרל דאגלס מקארתור. לאחר כניעת יפן נסעו אנשי המשימה ליפן וביקרו במוסדות מחקר שונים, ובהם אוניברסיטת טוקיו, אוניברסיטת ואסדה, המכון הטכנולוגי של טוקיו, המכון למחקר פיזיקלי-כימי, המכון לחקר חומרים, טוקיו שיבורה דנקי (טושיבה), ועוד. קארל קומפטון , נשיא המכון הטכנולוגי של מסצ'וסטס (MIT), השתתף במשימה. אנשי המשימה ראיינו יותר מ-300 מדענים יפניים והוציאו דו"חות על המחקר היפני בנושא מכ"מים, רקטות, נשק כימי, נשק ביולוגי ופיתוחים אחרים. קבוצה מהמודיעין של פרויקט מנהטן, בראשות פיליפ מוריסון , הגיעה ליפן בספטמבר 1945 ובדקה את תוכנית הנשק הגרעיני של יפן בזמן המלחמה. הקבוצה הגיעה למסקנה כי המחסור בעפרות אורניום והעדיפות הנמוכה חיסלו את המאמץ היפני בתחום זה. הם דיווחו עוד, כי בניגוד לאמונה האמריקאית, הפיזיקאים הגרעיניים ביפן היו טובים ובעלי יכולת.