Todo el territorio del Metropolitanato fue severamente afectado durante la Guerra de Morea, y en 1692 el antiguo Monasterio de Cetinje fue devastado. En 1697, fue elegido el nuevo metropolitano Danilo Petrović-Njegoš, el primero de entre varios miembros importantes de la familia Petrović-Njegoš, que ocuparían el mismo cargo sucesivamente hasta 1851. El metropolitano Danilo (1697-1735) fue muy respetado, no solo como líder espiritual, sino también como líder del pueblo. Mantuvo en sus manos tanto el poder espiritual como el secular, estableciendo así una forma de "jerocracia". Se convirtió en el primer príncipe-obispo del Antiguo Montenegro y continuó oponiéndose al Imperio otomano, manteniendo sus lazos tradicionales con la República de Venecia. También estableció vínculos directos con el Imperio ruso, buscando y recibiendo ayuda financiera y protección política.