Культ Ходжи Абди возник в Самарканде ещё на рубеже IX—X веков. Предположительно в первой половине XII века мазар Абди Бирун был обустроен по распоряжению султана Санджара. Однако в 1220 году во время монгольского нашествия Самарканд и его окрестности были превращены в руины. Восстановление мазара началось только в XVII веке. В 1633 году влиятельный сановник бухарского хана Надир диван-беги установил над могилой Абди Бируна дахму, вокруг которой была построена кирпичная стена. Рядом с дахмой вскоре были возведены ханака и летняя мечеть. В последующем территория вокруг сложившегося ансамбля была обнесена каменным забором с привратным сооружением — дарвазаханой, а напротив ханаки был вырыт бассейн-хауз квадратной формы.