В 1513 году город включён в состав Польской Короны. В 1564 году, вместе со всеми землями бывших Освенцимского и Заторского княжеств находился в границах Короны, решением Общего Сейма, и был включён в состав Краковского воеводства в Сьлёнский повят, как центр не-городского староства. Несмотря на то, что Затор, вместе с окружающими территориями, административно подчинялся краковскому воеводе, но при этом сохранил название княжества и некоторую независимость. Являлся центр не-городского староства, местом шляхетских сеймиков, центром хозяйственной и политической жизни окружающих земель. После Люблинской унии в 1569 году княжество Освенцима и Затора стало частью Республики Обоих Народов, в составе которой оставалось до I раздела Речи Посполитой в 1772 году. Во время шведского потопа (1655—1660) город был частично разрушен и его хозяйственное значение снизилось. В XVI и XVII веках являлся центром реформации. В XV и XVI веках в Заторе был свой земский представительский суд. После инкорпорации было введено польское законодательство, на основании которого в городе должен был быть создан новый земский суд, которого ждали почти сто лет, до середины XVIII века. В 1765 году, после столетнего перерыва, суд возобновил свою деятельность, но был закрыт уже в 1784 году австрийскими завоевателями.