In der Saison 2007/08 gewann Joubert erstmals bei Skate Canada, musste aber bei der Trophée Eric Bompard aufgrund einer Erkrankung aufgeben. Bei der Europameisterschaft gewann er die Bronzemedaille und bei der Weltmeisterschaft die Silbermedaille hinter Jeffrey Buttle. 2008/09 hatte er sich für das Grand-Prix-Finale qualifiziert, musste aber wegen einer Rückenverletzung zurückziehen. Auch bei den nationalen Meisterschaften konnte er nicht antreten. Außerdem ersetzte er sein Kürprogramm durch ein Neues inmitten der Saison. Trotz alldem wurde er in Helsinki zum dritten Mal in seiner Karriere Europameister. Bei der Weltmeisterschaft führte er nach dem Kurzprogramm, machte aber Fehler in seiner Kür und fiel auf den Bronzerang zurück. Nach diesem für ihn enttäuschenden Ergebnis trennte er sich von Jean-Christophe Simond und trainierte fortan wieder mit seinem ehemaligen Trainer Laurent Depouilly, der im Mai 2010 jedoch seinen Trainerjob aufgab. Er heuerte dann erneut Véronique Guyon als Trainerin an.