Каля горада размешчана вядомая позднепалеалітычная Глынянская стаянка. У старажытнасці мясцовыя жыхары аддавалі перавагу жытлу з гліны — ад гэтага паходзіць назва мястэчка. Упершыню яно згадана ў дакументах ад 1379 г., калі Глыняны перайшлі ва ўласнасць караля польскага, хоць паселішча існавала і раней. Магдэбургскае права атрымана ў 1397 г. з рук караля Ягайла. Ён жа перадаў глынянскія ўладанні роду Крушэльніцкіх. 21 мая 1497 г. пад Глинянами было склікана паспалітае рушанне шляхты. У падатковым рэестры 1515 г. у горадзе дакументуецца адсутнасць папа (такім чынам, можна меркаваць, што праваслаўная царква на той час ужо была), існуе гарадскі млын. 31 ліпеня 1572 г. у Глынянах адбылася канфедэрацыя ваяводстваў Рускага і Падольскага. У 1578 г. мястэчка атрымала права на правядзенне трох кірмашоў на год. Паколькі горад стаяў на скрыжаванні гандлёвых шляхоў, справы ў мясцовых гандляроў і рамеснікаў ішлі нядрэнна. Але і ардынцы рухаліся ўсё тымі ж шляхамі. Таму ў Глынянах у 1603 г. выбудавалі драўляна-земляны замак, акружаны глыбокім ровам. Цэнтр бралі ў шчыльнае кальцо прадмесці: Войтаўства, Задвор'е, Далішняя, Застаўя, Підзамчэ, Мельнікі. Горад быў месцам збору кароннага войска (дзясяткі тысяч салдат і шляхцічаў збіраліся ў Глынянах, чакаючы паход). У 1830 г. горад меў свой магістрат, ўваходзіла ў склад Золачыўскай акругі (крайсу) Аўстрыі. У 1866 г. у горадзе адкрылі школу ткачоў. Габрэйскае насельніцтва горада ў 1910 г. складала 2 418 чалавек. У 1940-1961 гг., за выключэннем перыяду нямецкай акупацыі, горад быў цэнтрам Глынянскага раёна УССР. У 1964 г. тут быў знойдзена вялікі скарб. У ім знаходзіцца каля 1500 манет (датуюцца паміж 1558 і 1647 гг.), розныя рэчы з срэбра і інш.