Il 21 febbraio 2012 prende il posto di Daniele Arrigoni sulla panchina del Cesena dopo la sconfitta contro il Milan firmando un contratto fino al termine della stagione con opzione di rinnovo in caso riuscisse a salvare la squadra, in quel momento in lotta per la salvezza.. Durante la sua esperienza al Cesena, Beretta raccoglie solamente 5 punti, frutto di altrettanti pareggi e 9 sconfitte. Beretta conclude il campionato con 22 punti, non riuscendo dunque a salvare la squadra che retrocede in Serie B. Viene sostituito il 25 maggio 2012 da Nicola Campedelli.