Vuonna 1997 alkoi Kongon tasavallan sisällissota, joka johti Sassou-Nguesson nousemiseen takaisin valtaan. Yhombi-Opangon vanhemmat saivat väkivaltaisuuksissa surmansa, ja Yhombi-Opango itse pakeni Gabonin sekä Norsunluurannikon kautta Ranskaan. Yhombi-Opango sai joulukuussa 2001 poissaolevana kahdenkymmenen vuoden tuomion talousrikoksista; häntä oli syytetty erityisesti maan öljyvarojen myymisestä. Sassou-Nguesson säätämä armahduslaki kuitenkin mahdollisti Yhombi-Opangon palaamisen kotimaahansa 10. elokuuta 2007. Sittemmin hän jakoi aikansa Kongon ja Ranskan välillä.