При нашествии войск Алексея Михайловича в 1655 году деревянные постройки монастыря и храма были сожжены. В 1664 году Ян Райский возвёл каменную часовню. В 1778 году она была перестроена по проекту Мартина Кнакфуса в стиле классицизма. Во время восстания 1794 года здание пострадало и стараниями отца Августина Стодольника было отстроено в 1823—1824 годах по проекту архитектора Кароля Подчашинского, по определению Юлиуша Клосса, в духе «довольно наивного классицизма», а по мнению Владаса Дремы — в эклектичном стиле. В 1881 году (по другим сведениям в 1882 году) была построена колокольня по проекту архитектора Аполлинария Микульского. В таком виде костёл сохранился до наших дней.