Nachdem die BNP nach verlorenen Parlamentswahlen in die Opposition musste und die neue Regierung 2010 ein Tribunal zur Aufarbeitung von Kriegsverbrechen während des Unabhängigkeitskrieges von 1971 eingesetzt hatte, wurden Chowdhury und andere führende Oppositionspolitiker vor Gericht gestellt. 2013 wurde er wegen Völkermords, Folter und Vergewaltigung zum Tode verurteilt. Nachdem Präsident Abdul Hamid am 21. November 2015 sein Gnadengesuch abgelehnt hatte, wurde Chowdhury um 00:55 Uhr des 22. November 2015 zusammen mit dem früheren Minister Ali Ahsan Mohammad Mojaheed im Zentralgefängnis der Hauptstadt Dhaka gehängt. Westliche Beobachter des Gerichtsverfahrens kritisierten scharf, dass elementare rechtsstaatliche Grundsätze nicht eingehalten worden seien. Stephen Rapp, der Beauftragte für Kriegsverbrechensfragen im Außenministerium der Vereinigten Staaten nannte es „verstörend“ ("„disturbing“"), dass es Chowdhury nicht erlaubt worden war, Entlastungszeugen – darunter einen ehemaligen US-Botschafter – hinzuzuziehen, die bezeugen sollten, dass er zum Zeitpunkt zumindest einiger der fraglichen Kriegsverbrechen gar nicht in Bangladesch gewesen war.