Am 19. August 1861 wurde er von Präsident Abraham Lincoln zum Generalmajor des regulären Heeres befördert. Er war Befehlshaber der Wehrbereiche Missouri und Mississippi und war damit Oberbefehlshaber für alle militärischen Aktivitäten auf dem westlichen Kriegsschauplatz. Den Höhepunkt seiner militärischen Karriere bildete die Ernennung zum Oberbefehlshaber des Heeres ("Commanding General of the United States Army") am 11. Juli 1862. Präsident Abraham Lincoln war mit dem bisherigen Inhaber des Dienstpostens McClellan wegen geringer militärischer Erfolge unzufrieden. Halleck konnte demgegenüber einige Erfolge im Westen vorzeigen, so seine Siege bei Fort Henry, Fort Donelson, Shiloh und Corinth. Lincoln befahl Halleck deshalb, sich so schnell wie möglich in die Hauptstadt zu begeben. Die Übergabe der Dienstgeschäfte verzögerte sich, so dass er das Amt erst am zum 23. Juli 1862 antreten konnte.