Anche in tale logica, Barghouti partecipò all'interno della delegazione palestinese alla Conferenza di Madrid del 1992, ed ai negoziati segreti che si tennero ad Oslo nel 1993, aderendo con convinzione ai relativi accordi. Da quel momento il partito rinunciò alla lotta armata contro Israele, prediligendo i negoziati in vista di un esito pacifico del conflitto arabo israeliano.