Die 1980er Jahre brachten einen touristischen Boom mit sich. Mit Beginn der 1990er Jahre kam es jedoch erneut zu einer Zäsur in der Geschichte des Nationalparks. Serbische Aufständische begannen im Frühjahr 1991 ihrem Unmut gegenüber der Gründung eines unabhängigen kroatischen Staates freien Lauf zu lassen. Dabei kam es zu Ostern 1991 inmitten des Nationalparks zu blutigen Auseinandersetzungen zwischen serbischen Aufständischen und kroatischen Spezialeinheiten. Diese Auseinandersetzungen werden von Historikern als Beginn des Kroatien-Krieges markiert. Es entstand die sogenannte Republika Srpska Krajina, eine international nicht anerkannte Serbenrepublik unter der militärischen Unterstützung der jugoslawischen Volksarmee.