内战爆发后，霍伊斯支持肯塔基州的武裝中立教条。1861年该州不再中立后，霍伊斯逃至弗吉尼亚州，并加入了南方邦联将军的部队。肯塔基州邦联政府在拉塞尔维尔成立时有意请霍伊斯来担任州审计员，但他拒绝了，几个月后在希洛战役中逝世，霍伊斯当选为新的邦联州长。