Pronto surgieron las desavenencias entre los aliados por la posesión de la franja geográfica que separaba sus respectivos territorios —las provincias de Capitanata, Basilicata y Principado—, dando paso a los enfrentamientos armados en los que, a lo largo de 1502 y 1503, los ejércitos de Gonzalo Fernández de Córdoba derrotaron a las tropas francesas en las batallas de Ruvo, Seminara, Ceriñola y Garellano. En enero de 1504, Luis XII se vio obligado a ceder el reino de Nápoles a Aragón mediante la firma del tratado de Lyon.