תקופה זו של חוסר ודאות עמדה בעינה עד להופעתו הפתאומית של שקלטון באיי פוקלנד, בראשית חודש יוני. עכשיו, כשמשימת חילוץ יחידה עמדה לפניהם, הסכימו ממשלות בריטניה, אוסטרליה וניו זילנד לממן במשותף את משלחת החילוץ לים רוס, וב-28 ביוני החלה העבודה על "אורורה". סטנהאוז הניח עדיין, שכרב חובל בפועל של האונייה יהיה זה הוא שינהיג את קבוצת החילוץ, אבל התברר, שהוועדה שמונתה לפקח על שיפוץ ה"אורורה" והחזרתה לפעולה מתחה ביקורת על שקלטון כמי שארגן את משלחת ים רוס מלכתחילה. הוועדה רצתה למנות מפקד מטעמה על משלחת החילוץ וסטנהאוז, כאיש אמונו של שקלטון, לא היה מקובל עליה. התעורר גם ספק בשאלה, אם סטנהאוז מנוסה דיו לפקד על משלחת, לאור בחירתו האומללה במעגן חורף. לאחר חודשים של חוסר ודאות נודע לסטנהאוז, באמצעות ידיעה בעיתון מיום 4 באוקטובר, שג'ון קינג דייוויס מונה לרב החובל החדש של "אורורה". לדייוויס היה ניסיון רב באנטארקטיקה, כמי שהיה קצין ראשון ובהמשך רב-חובל של "נמרוד" במשלחת של 1907–1909 ורב החובל של "אורורה" במהלך המשלחת האוסטרלו-אסייתית לאנטארקטיקה. בהמרצתו של שקלטון, שלא לשתף פעולה עם החלטה זו, דחה סטנהאוז את ההצעה להצטרף להפלגה כקצין ראשון ושוחרר מתפקידו, יחד עם תומסון, דונלי והוק. שקלטון הגיע לניו זילנד מאוחר מכדי להשפיע על מהלך העניינים, מעבר לארגון מינויו הוא לקצין מחוץ למניין על "אורורה" לפני הפלגתה לכף אוונס ב-20 בדצמבר 1916. ב-1920 העניק המלך ג'ורג' החמישי תואר אבירות לג'וזף סטנהאוז לאות הוקרה לשירותו על ה"אורורה".