A seção cartório se refere documentação relacionada ao patrimônio da Santa Casa da Misericórdia de Lisboa. A parte denominada documentos de direitos patrimoniais estão os registros de direito aos bens doados ou deixados como herança a SCML. A partir da análise desse material, especialistas descobriram que a instituição fazia muitos empréstimos, principalmente para a nobreza falida. Após o Sismo de 1755 as dívidas da SCML cresceram muito. Isso resultou em uma cobrança da Santa Casa para a nobreza que havia feito os empréstimos, por isso muitos documentos já estudados são intimações dela para nobres que fugiam dos pagamentos. No geral, os documentos relacionados a seção cartório estão muito desorganizados, porém já começaram a ser digitalizados.