Зимой 1861—1862 «армия» Джонсона действовала вместе с Джексоном «Каменная стена» на ранних этапах кампании в долине. В сражении при Макдауэлле он был тяжело ранен пулей в ногу и на долгое время выбыл из строя. Почти год он провел в Ричмонде.