Jatkosodassa Halsti oli ensin 12. divisioonan esikunnan operatiivisen toimiston päällikkönä Konnunsuon–Joutsenon alueella ja siirtyi sieltä suomalais-saksalaisen Divisioona J:n esikuntapäälliköksi Kiestinkiin. Marraskuussa 1941 Halsti ylennettiin everstiluutnantiksi ja hänestä tuli III armeijakunnan huoltopäällikkö. Halsti tutustui tässä vaiheessa myös Uhtualla palvelleeseen kirjailija Pentti Haanpäähän.