la carriera di Ma Yunwen inizia nel 2000, tra le file del settore giovanile dello Shanghai Sheng Paiqiu Dui. Nel 2003 viene promossa in prima squadra; nel 2005 debutta in nazionale, vincendo la medaglia di bronzo al World Grand Prix, la medaglia d'oro al campionato asiatico e oceaniano e la medaglia di bronzo alla Grand Champions Cup. Nel 2007 vince la medaglia d'argento al World Grand Prix e al campionato asiatico e oceaniano. Nel 2008 vince prima la medaglia di bronzo ai Giochi della XXIX Olimpiade e poi quella d'oro alla Coppa asiatica. Un anno dopo vince la seconda medaglia d'argento consecutiva al campionato asiatico e oceaniano. Nel 2010 vince la medaglia d'oro sia alla Coppa asiatica che ai XVI Giochi asiatici, mentre nel 2011 vince l'oro al campionato asiatico e oceaniano e il bronzo alla Coppa del Mondo ed alla Coppa asiatica 2012. Nel 2013 si aggiudica la medaglia d'argento al World Grand Prix.