ครั้นในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัวโปรดเกล้าฯ ให้ขุดคลองแสนแสบต่อคลองมหานาคบริเวณวัดบรมนิวาสออกไปทางบางกะปิทะลุออกเมืองฉะเชิงเทราสำหรับขนส่งกำลังคนและเสบียงในช่วงอานัมสยามยุทธ และในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวทรงโปรดเกล้าให้ขุดมาบรรจบกับคลองผดุงกรุงเกษม นอกจากนี้ยังมีคลองจุลนาคที่ขุดเชื่อมคลองมหานาคกับคลองเปรมประชากรด้วย ทำให้ผู้คนสัญจรทางน้ำได้อย่างสะดวก