Begin augustus 2008 speelde hij een sleutelrol bij de gebeurtenissen die leidden tot de Oorlog in Zuid-Ossetië (2008). Na enkele dagen van hevige gevechten trokken op 7 augustus 2008 Georgische troepen Zuid-Ossetië binnen bij de stad Tsinvali, de hoofdstad van de niet-erkende Republiek Zuid-Ossetië (internationaal gezien als een afvallige regio van Georgië). Op 8 augustus verplaatste Rusland troepen over de grens en trok met tanks en artillerie naar Tsinvali, onder de naam van het beschermen van Osseten die in het bezit waren van een Russisch paspoort. Saakasjvili verklaarde dat zijn land zich probeerde te verdedigen tegen Russische agressie en dat Russische troepen de burgerbevolking bombardeerden. Hij riep het Westen op tot steun aan zijn land.