I 1471 var Thomas tilbage til søs for Lancaster-fraktionen og tjente under Warwick til forsvar af Henrik 6.'s styre, der havde genvundet tronen med Neville-familiens hjælp i 1470. Han blev bedt om at patruljere Den Engelske Kanal mellem Dover og Calais for at afskære Edvard 4., som var flygtet til Burgund. Edvard undgik Lancaster-flåden og landede ved Ravenspur i Yorkshire. Warwick beordrede Bastarden til at vende tilbage fra havet og samle tropper i amtet Kent, hvor Warwick nød stor popularitet hos de utilfredse indbyggere. Men før disse forstærkninger kunne gribe ind, besatte Edvard London og tog Henrik 6. til fange og besejrede og dræbte Warwick i Slaget ved Barnet den 14. april.