当時のGMであるセオ・エプスタインは当初反対したが、パペルボンの意思が固いことを知り、エプスタインはテリー・フランコーナと相談し、「3連投はしない」「球数が多かったときや1イニング以上投げたときは、翌日投げさせない」というルールを作り、も抑えとしてシーズンを迎えた。37セーブ（リーグ6位）・防御率1.85（10セーブ以上挙げた投手ではリーグ2位）を記録。オールスターには2年連続で選出され、リーグチャンピオンシップシリーズ、ワールドシリーズではともに最終戦の勝利の瞬間はマウンドにいたが、両方とも勝った瞬間はグローブを高々と空にあげて喜びを爆発させていた。また、ファン投票の年間最優秀救援投手にも選ばれた。