Nhà thờ trải qua một lịch sử vô cùng hỗn loạn. Năm 1720, một trận động đất xảy ra ở Bắc Kinh đã làm thiệt hại nhà thờ. Khoảng chín mươi năm sau, tòa nhà tiếp tục bị lửa thiêu rụi và tàn dư còn sót lại đã bị phá hủy nốt do chính sách chống phương Tây của chính quyền phong kiến Trung Hoa. Địa điểm này biến thành một vùng cằn cỗi cho đến năm 1860, khi các lực lượng của Anh và Pháp xâm chiếm Bắc Kinh (một phần của Chiến tranh nha phiến lần thứ hai). Sau đó, các nhà truyền giáo nước ngoài một lần nữa được phép vào kinh thành và tái thiết lại tòa dinh thự. Tuy nhiên, tinh thần chống ngoại bang không hề lụi tàn mà một lần nữa trỗi dậy vào đầu thế kỷ, đỉnh cao là Phong trào Nghĩa Hòa Đoàn. Vào thời kỳ nổi dậy này, năm 1900, tòa nhà tiếp tục chìm trong khói lửa.