Durante la Guerra peninsulare assunse il comando su gran parte delle forze spagnole in difesa di Madrid. Conoscendo la debolezza delle sue forze, di molto inferiori all'esercito francese (considerato la miglior forza dell'epoca) egli preparò il piano per una difesa indiretta della capitale spagnola, difendendo la strada che portava al passo di Somosierra. In quella che divenne poi nota come Battaglia di Somosierra egli perse gran parte della propria artiglieria e le sue forze rimasero disperse. San Juan stesso rimase ferito diverse volte durante la carica della cavalleria polacca.