Am 6. Juni 2004 gab er sein Länderspieldebüt in der WM-Qualifikation gegen Paraguay. Nach der Copa América gelang es ihm überraschend Pablo Cavallero aus dem Tor der "Selección" zu verdrängen, da dieser im Elfmeterschießen des Finales der Copa América versagt hatte und Abbondanzieri als guter Torhüter auf der Linie galt.