Im Juni 1841 übernahm Napier ein Kommando in Indien, wo er 1843 einen Feldzug zur Eroberung von Sindh führte. 1849 wurde er Oberbefehlshaber der Truppen der Britisch-Ostindischen-Handelsgesellschaft (British East India Company), kam aber nicht mehr dazu sie im Zweiten Sikh-Krieg zu führen.