Bij de Schaakolympiade 2006 maakte Naiditsch deel uit van het Duitse team en behaalde aan bord 1 zes punten uit zes partijen. Ook bij de Schaakolympiade 2008 speelde hij aan bord 1, hij behaalde 5.5 pt. uit 10 partijen. Voorafgaand aan de Schaakolympiade 2010 uitte hij in een open brief scherpe kritiek op het functioneren van de Duitse Schaakbond en trok zijn deelname in.