Находясь в составе незаконных вооружённых формирований, Хучбаров, с 2000 года фигурировавший в оперативных сводках ФСБ под кличкой «Полковник», входил в ближнее окружение Шамиля Басаева. Со временем тот начал привлекать Полковника как к планированию крупных боевых операций, таких как ночной налёт на Назрань в июне 2004 года, так и к организации диверсий и терактов с использованием террористов-смертников. Руслан Хучбаров стал одним из руководителей действовавшего на территории Ингушетии джамаата «Талибан», а также входил в состав Сунженского ваххабитского джамаата. Кроме того, Хучбаров был замешан в торговле оружием, которое члены его банды добывали, убивая милиционеров. Сбывать оружие Полковнику помогал его дальний родственник Иса Хучбаров, который в январе 2005 года был обвинён в пособничестве террористам, захватившим школу в Беслане.