ב-1455 נכבש האזור על ידי צבאותיו של מהמט השני, סולטאן האימפריה העות'מאנית וב-1461 הוקם היישוב כעיר שוק, אשר נכללה בהמשך בשטחי סנג'ק בוסניה של העות'מאנים. העיר שכנה על נתיב הסחר לראגוזה וזכתה לשגשוג כלכלי. לאחר המלחמה העות'מאנית-רוסית (1877–1878) בה הובסו העות'מאנים השתלטה האימפריה האוסטרו-הונגרית דה פקטו על נובי פאזאר, יחד עם שאר אזור סנג'ק. על פי הסכם בין הצדדים ממאי 1879, השלטון בעיר כבכל אזור סנג'ק נשאר בידי העות'מאנים, אך האוסטרים הורשו להחזיק צבא בעיר. ב-1908 הסיגו האוסטרים את צבאם מהעיר תמורת הסכמה בשתיקה של העות'מאנים לסיפוח בוסניה הרצגובינה במסגרת משבר בוסניה. במלחמת הבלקן הראשונה, נכבשה העיר על ידי ממלכת סרביה, אשר מיד הנהיגה במקום שלטון סרבי. בתחילת 1913 הכריזה סרביה על הקמת בית משפט סרבי בעיר. בנובמבר 1915 נכבשה העיר בידי גדודים גרמנים וכוחות בולגרים. בעיר נלקחו שלל חמישים תותחים גדולים.