どうにか満州進攻の足がかりを築いた日本軍であったが、戦況は想定通りに進まなかった。日本には長期戦に耐えうるだけの国家的体力はなく、適切な時期に講和を結び戦争を終結させねばならない。大本営は陸軍の現地司令部として満州軍を発足させ、同時に当初は攻略を予定していなかった旅順要塞に対する認識の見直しも行われた。依然として港外に出ない旅順艦隊に苦慮した海軍の要請により、陸軍は要塞攻略のための第三軍を編成して攻囲戦を開始する（旅順攻囲戦）。ところが、ほどなくウラジオストックへの移動を命ぜられた旅順艦隊が突如として出港し、黄海を舞台に海戦が始まった（黄海海戦 (日露戦争)）。連合艦隊は一旦は旅順艦隊を逃がすも補足に成功し、敵旗艦の艦橋を砲弾が直撃するという僥倖にも助けられ、敵艦の多くを無力化させた。さらにそれに付随する形で行われた蔚山沖の戦闘ではウラジオストック艦隊をも壊滅させ、大陸への補給を脅かしていた脅威を断ち切ることに成功する（蔚山沖海戦）。一方、陸軍は満州への北進を始め、第二軍と新たに作られた第四軍を進軍させるが、日本側を一挙に葬る機会を窺っていたロシアは南満州の一大拠点である遼陽に戦力を集中させ、北上してきた陸軍を迎え討った（遼陽会戦）。好古は自らの騎兵旅団に歩兵・砲兵・工兵を加えた秋山支隊を編成し、第二軍の遊撃部隊として奮戦する。騎兵部隊の特性をその機動力にあると考える好古はこの混成部隊を巧みに用い、ロシア軍を翻弄した。日本側は緒戦に敵の主陣地を見誤るというミスを犯したものの次第に持ち直し、やがて朝鮮から進軍してきた第一軍の横撃も功を奏して、ロシア軍は遼陽を放棄することとなる。