Так как должность Командующего Центральным военным округом включает в себя военную и гражданскую ответственность за деятельность израильских органов на Западном берегу реки Иордан, Наве неоднократно приходилось заниматься вопросами еврейской поселенческой деятельности в этом регионе, исполняя директивы высшего командования и правительства в данном отношении. Помимо прочего, Наве командовал войсками во время исполнения «Плана одностороннего размежевания» в Северной Самарии. Также командовал операцией по сносу незаконных зданий в поселении Амона, вызвавшей ожесточённое противостояние между израильскими силами безопасности и еврейскими поселенцами.