Im Jahre 2000 trat Kathy Watt vom aktiven Radsport zurück, um drei Jahre später erfolglos zu versuchen, sich für die Olympischen Spiele in Athen zu qualifizieren. Bei ihrem zweiten Comeback gewann sie bei den Commonwealth Games im März 2006 mit 41 Jahren die Silbermedaille im Einzelzeitfahren (und damit ihre vierte Medaille seit 1990) und qualifizierte sich damit erneut für die Weltmeisterschaften in Salzburg im September 2006. Dort belegte sie im Einzelzeitfahren Platz 28.