Über das weitere Leben von Johanna ist nur wenig bekannt. Der 1328 mit England geschlossene Frieden endete bereits 1332, als mit Billigung von Eduard III. eine Gruppe englischer Adliger in Schottland einfiel. Sie unterstützten den Thronanspruch von Edward Balliol, womit der zweite schottische Unabhängigkeitskrieg begann. Balliol erklärte 1332, dass er Johanna heiraten würde, wenn ihre Ehe mit David wegen Nichtvollziehung annulliert würde. Im Krieg gegen die Enterbten und dann auch gegen England erlitten die Schotten mehrere schwere Niederlagen. Um die Sicherheit des Königs zu gewährleisten, wurden David II. und Johanna 1334 von Dumbarton Castle aus nach Frankreich gebracht. Dort gewährte ihnen der französische König Philipp VI. Zuflucht. Er wies ihnen und ihrem kleinen Gefolge Château Gaillard in der Normandie als Wohnsitz zu. Edward Balliol konnte sich aber trotz der Unterstützung durch den englischen König nicht dauerhaft als König in Schottland behaupten. Unter großem Jubel ihrer Anhänger konnten David II. und Johanna am 2. Juni 1341 in Inverbervie landen und damit nach Schottland zurückkehren.