Peña nahm mit der uruguayischen Junioren-Nationalmannschaft an der Junioren-Fußballweltmeisterschaft 1981 teil. Im Turnierverlauf wurde er in vier Spielen (kein Tor) eingesetzt. Er debütierte am 29. März 1987 bei der 0:1-Auswärtsniederlage im Freundschaftsländerspiel gegen das brasilianische Nationalteam in der uruguayischen A-Nationalmannschaft. In den beiden Freundschaftsländerspielen gegen Ecuador und Bolivien am 19. Juni 1987 bzw. 23. Juni 1987 lief er ebenfalls auf. Er gehörte sodann dem Aufgebot bei der Copa América 1987 an, das den Kontinentalmeistertitel gewann. Dazu trug er mit zwei Turniereinsätzen bei. Insgesamt absolvierte er fünf Länderspiele, bei denen ihm ein persönlicher Torerfolg aber nicht gelang. Sein letzter Länderspieleinsatz in der „Celeste“ datiert vom 12. Juli 1987 beim 1:0-Finalsieg gegen Chile in der vorerwähnten Kontinentalmeisterschaft. Überdies steht für ihn am 24. April 1987 auch sein Mitwirken in der Qualifikationspartie der uruguayischen Olympiaauswahlmannschaft gegen das Team Brasiliens zu Buche.