В 1596 году, по причине ремонта Вавельского дворца, король Сигизмунд III перенёс местопребывание двора в Варшаву. В 1610 году официально Варшава стала новой столицей Польши, после чего начался постепенный упадок Кракова. Страшный урон Кракову нанесли эпидемия чёрной оспы 1651—1652 годов, от которой умерло несколько десятков тысяч человек, и наводнение 1652 года. В 1655 году город был осаждён шведами во время «шведского потопа».