1580 starb das Haus Avis aus, Portugal fiel aus dynastischen Gründen an die spanischen Habsburger (Iberische Union). Bis 1640 herrschten die Spanier; Portugal verlor seine Unabhängigkeit, sank zur spanischen Provinz herab und verlor Teile seines Kolonialreiches. 1640 führte der Herzog von Braganza eine Adelsrevolte gegen die spanische Herrschaft an und rief sich als Johann IV. zum König aus. Er gründete die vorletzte portugiesische Dynastie, das Haus Braganza. Außen- und wirtschaftspolitisch geriet das Land in immer größere Abhängigkeit von England (Methuenvertrag, 1703). 1755 vernichtete ein Erdbeben große Teile der Hauptstadt Lissabon. Unter dem Ersten Minister und Reformer Marquês de Pombal wurde die Stadt wieder aufgebaut und das Land mit zum Teil drastischen Methoden zu einem aufgeklärt absolutistischen Staat umgeformt. 1761 kam es zu einem Angriff Spaniens und Frankreichs auf das Land, Pombal trug Wilhelm Graf zu Schaumburg-Lippe den Oberbefehl über die vereinigten portugiesischen und britischen Truppen an. Wilhelm wehrte die Angriffe ab und sicherte damit die Unabhängigkeit Portugals. In den folgenden Jahren reformierte er das portugiesische Heer tiefgreifend und ließ die Festung Elvas an der spanischen Grenze errichten. 1807 besetzten napoleonische Truppen das Land; die königliche Familie floh nach Brasilien. Nachdem die Franzosen mit britischer Hilfe vertrieben worden waren, kam es zur liberalen Revolution, das Land erhielt zum ersten Mal in seiner Geschichte eine Verfassung (1821). Der anschließende Kampf zwischen Anhängern des Absolutismus und Befürwortern einer konstitutionellen Monarchie wurde erst durch den Sieg Letzterer im Miguelistenkrieg entschieden. Am 7. September 1822 erlangte Brasilien unter Kaiser Pedro I. seine Unabhängigkeit.