Als Justiciar war Basset auch Sheriff von vier Grafschaften sowie Constable von mindestens fünf Burgen geworden. Montforts Regierung beließ ihn in diesen Ämtern, doch Basset arbeitete zunehmend gegen die Regierung der Barone. Als es Anfang 1264 zum offenen Krieg der Barone gegen den König kam, wurden die Besitzungen Bassets geplündert und verwüstet. Er gehörte dem königlichen Heer an, dass am 5. April 1264 Northampton eroberte und zahlreiche Rebellen gefangen nehmen konnte. Am 14. Mai geriet er jedoch in der Schlacht von Lewes verwundet in die Gefangenschaft der Adelsopposition. Er wurde letztlich in Dover gefangen gehalten, bis er nach dem Sieg der königlichen Partei in der Schlacht von Evesham im August 1265 wieder frei kam. Trotz seiner langen Gefangenschaft verfolgte er nun eine eher nachsichtige Politik gegenüber den verbliebenen Rebellen, den sogenannten "Enterbten", und versuchte, den König zu mäßigen, der sich an seinen Gegnern rächen wollte. Basset war an der Formulierung des im Oktober 1266 erlassenen Dictum of Kenilworth beteiligt, das den Enterbten die Rückerwerbung ihrer beschlagnahmten Güter ermöglichte. Als Anfang 1267 der Earl of Gloucester für die Enterbten Partei ergriff und im April mit einem Heer London besetzte, gelang es Basset, zusammen mit Richard von Cornwall zwischen Gloucester und dem König zu vermitteln und so eine Fortsetzung des Bürgerkriegs zu verhindern. Basset genoss nun sowohl bei Parteigängern des Königs wie auch bei den ehemaligen Rebellen hohes Ansehen und war bis zu seinem Tod wieder häufig am Königshof. Als der Thronfolger Eduard im August 1270 zu seinem Kreuzzug ins Heilige Land aufbrach, gehörte Basset zu den fünf Räten, die den kränklichen König bei der Regierung von England unterstützen sollten. Er wurde in Stanley in Wiltshire begraben.