С 6 июля назначен ЧВС Степного округа (на этом посту Сусайков сменил Л. З. Мехлиса), а с 9 июля 1943 года ЧВС Степного фронта. В этом качестве принимал участие в ряде оборонительных и наступательных операций: оборонительной операции на Белгородско-Курском направлении с 5 по 23 июля; Белгородско-Харьковской наступательной операции 3—23 августа; освобождении Левобережной Украины с 25 августа по 30 сентября. С октября 1943 по март 1945 года — ЧВС 2-го Украинского фронта. На этой должности он принимал непосредственное участие в Кировоградской наступательной операции 14 ноября — 20 декабря. В 1944 году Сусайков продолжил активную деятельность в качестве ЧВС 2-го Украинского фронта: с 24 января по 17 апреля участвовал в разгроме противника на Правобережной Украине, Ясско-Кишиневской наступательной операции, освобождении Румынии и Болгарии с 20 августа по 27 сентября. И закончил войну, участвуя в разгроме немецких войск в Венгрии и Югославии в сентябре 1944 — феврале 1945 года.