Зимой Вейр вместе с корейской фигуристкой Ким Ён А участвовал в благотворительном ледовом шоу в Корее. Вследствие желудочно-кишечной инфекции он попал в больницу и несколько дней провел под капельницей, поэтому подготовка к чемпионату США оказалась сорвана. На соревновании Вейр только единожды смог исполнить тройной аксель, упал с тройного флипа в произвольной программе и занял лишь пятое место — самое низкое с 2002 года. Таким образом, он не попал в сборную США на чемпионат мира 2009 года, хотя надеялся, что национальная федерация сделает для него исключение как для призёра прошлого чемпионата. Спортсмен всё же посетил турнир в качестве болельщика, так как решил, что наблюдение за соперниками со стороны поможет ему в следующем сезоне. Кроме того, по приглашению NBC он комментировал женскую короткую программу.