Проте, смертельного удару Священній Римській імперії завдав не акт заснування Австрійської імперії, а війна третьої коаліції 1805 р. Армія Франца II була розгромлена в битві під Аустерліцом, а Відень захоплений французами. На стороні Наполеона в цій війні билися війська Бадена, Баварії і Вюртемберга, що не викликало жодної негативної реакції в імперії. Франц II був вимушений укласти з Францією Пресбургський мир, згідно з яким імператор не лише відмовлявся на користь Наполеона і його сателітів від володінь в Італії, Тіроля, Форарльбергу і Передньої Австрії, але і визнавав за правителями Баварії і Вюртемберга титули королів, що юридично виводило ці держави з-під влади імператора і надавало їм майже повний суверенітет. Австрія остаточно була відтиснена на периферію Німеччини, а імперія перетворилася на фікцію. Як підкреслював Наполеон в листі до Талейрана після Пресбургського договору: