Im Sowjetisch-Finnischen Krieg 1939–1940 kommandierte Spirin die Fernfliegerkräfte mit 140 Flugzeugen. Im September 1940 wurde er Chef der 2. Navigator-Hochschule Iwanowo. Ab Beginn des Deutsch-Sowjetischen Krieges kommandierte er die Fernfliegerkräfte mit 200 Flugzeugen zur Verteidigung Moskaus und Bombardierung des feindlichen Hinterlandes. Im März 1942 wurde er Chef der Offiziershochschule der Nachtflugbesatzungen der Fernfliegerkräfte. Unter seiner Leitung wurden während des Krieges etwa 1000 Besatzungen (4000 Personen) ausgebildet. Im Oktober 1944 wurde er Kommandeur des neuen 9. Gardebombenfliegerkorps.