Sezonu 1994 zahájil v Grand Prix Brazílie 1994 jedním bodem za šesté místo. V Grand Prix San Marina 1994 skončil čtvrtý, ovšem v této velké ceně přišli o život Wendlingerův krajan Roland Ratzenberger a brazilská legenda Ayrton Senna. Poté této strašné události se šokovaný svět formule 1 přesunul do Monaka. V prvním pátečním tréninku Rakušan ztratil kontrolu nad vozem a v blízkosti slavného tunelu narazil do bariéry, měl těžká zranění hlavy a zlomené obě nohy. Lékař FIA na místě stabilizoval jeho životní funkce. Wendlinger se z kómatu probral po týdnu. Do konce sezony probíhala jeho rekonvalescence. Tým Sauber mu dal příležitost vrátit se v roce 1995, ovšem jeho výsledky byly špatné a ještě před osudovou velkou cenou Monaka Rakušana vystřídal Jean-Christophe Boullion, kterého Wendlinger opět vystřídal na poslední dvě grand prix.