Джон был сыном Лайонела Уэллса, 6-го барона Уэллса, и Маргарет Бошан из Блетсо, которая, в свою очередь, была бабкой Генриха VII Тюдора. В Войне Роз семья Джона выступала на стороне Ланкастеров, хотя сам он смог добиться расположения короля Эдуарда IV из династии Йорков в конце его жизни. В правление Ричарда III, ещё одного короля из династии Йорков, Джон переметнулся на сторону своего племянника — будущего короля Генриха VII Тюдора, являвшегося наследником притязаний Ланкастеров на английский трон. Благодаря своей службе и родственным связям Джон оказался в фаворе у молодого короля из династии Тюдоров, который сразу по восшествии на престол назначил дядю констеблем двух важных замков, а позднее вернул ему титул и владения баронов Уэллс, конфискованных Эдуардом IV. Помимо этого, Уэллсу был дарован титул виконта.