แนแกร์ถูกเรียกตัวกลับมาดำรงตำแหน่งมุขมนตรีแห่งรัฐ () และขุนคลังเอก () ในปี ค.ศ. 1788 ในห้วงเวลาที่วิกฤติทางการเมืองและสังคมกำลังก่อตัวในสังคมฝรั่งเศส เขาถูกมองว่าจะเป็นผู้ช่วยฝรั่งเศสให้พ้นภัย แต่ความพยายามต่าง ๆ ของเขาก็ไม่สามารถหยุดยั้งการปฏิวัติฝรั่งเศสไว้ได้ เขาถูปลดจากตำแหน่งในวันที่ 11 กรกฎาคม ค.ศ. 1789 แต่หลังจากนั้นสามวันก็เกิดการทลายคุกบัสตีย์ขึ้นในวันที่ 14 กรกฎาคม ค.ศ. 1789 ทำให้พระเจ้าหลุยส์ที่ 16 ทรงเรียกตัวเขากลับมาเป็นมุขมนตรี