公元5世纪时，贡比涅因其附近的狩猎活动而逐渐形成村镇，6世纪后，贡比涅成为法兰克王国的一部分，当地出现了皇家狩猎场和一处行宫。法兰克国王克洛泰尔一世于561年在此逝世。876年，秃头查理批准在贡比涅境内修建圣玛丽教堂（），后成为，路易二世和路易五世均埋葬于此。1380年查理五世下令在当地建造一座要塞。1207年，腓力二世为贡比涅颁布市镇宪章，当地逐渐成为一座商业码头。英法百年战争期间，贡比涅被勃艮第人占领，1430年，圣女贞德在此与英格兰-勃艮第联军展开围城战但未能成功，随后被逮捕，成为百年战争的一个转折点。1624年，法国和荷兰在贡比涅签订《》，法国由此获得48万塔勒的赔款。1751年至1788年间，路易十五在贡比涅造了一座古典主義宫殿。19世纪初，拿破仑·波拿巴下令维修该宫殿，拿破仑三世则常常把它用作秋宫，1870年帝国结束后它被改为一座博物馆。第一次世界大战期间，贡比涅所处区域是重要的战场，从1917年4月至1918年3月同盟国的总部设立在贡比涅，这里还有一个大型的战地医院。1918年11月11日，法国元帅费迪南·福煦和德国政治家马蒂亚斯·埃茨贝格尔在贡比涅森林的一辆中签署了《康边停战协定》，宣布第一次世界大战结束。1940年6月22日，纳粹德国将军威廉·凱特爾与法国将军夏尔·安齐热签署了第二次贡比涅停战协定，宣布法国投降。从1941年6月至1944年8月纳粹在贡比涅设立了，1942年7月6日第一批政治犯被运往奥斯威辛集中营，彼时，贡比涅市内有大型的抵抗运动团体——。二战后，贡比涅逐渐发展成为一座区域性的工商业城市，大量来自北非及中东地区的移民驻扎于此，当地形成了多处穆斯林街区。1972年，贡比涅技术大学成立；1975年，贡比涅公交成为法国首个免费城市公共交通系统。