Zájem o dějiny českého dějepisectví jej vedl i k zájmu o filozofii dějin. Ta podle jeho názoru vychází jak z historického poznání, tak ze zájmu o dnešek a zítřek. Jejím úkolem je konstrukce dějinného vývoje, tj. použití obecných pojmů k vystižení závažných momentů a faktorů, poznání jejich souvislosti a významu pro další vývoj. Za hlavními problémy české filozofie dějin považoval Werstadt husitství, Bílou horu, národní obrození, vztah ke slovanství a k Rusku a vznik ČSR. Ve sporu o smysl českých dějin stál na straně Masaryka proti Pekařovi. Masarykovy názory ale poupravuje s poukazem na význam renesanční (katolické) vědy a kultury pro vznik moderní Evropy. Přestože Werstadt s Pekařem polemizoval, vystoupil na jeho obranu proti pokusu nacistické historiografie zneužít jeho postoje.