1940-ben, a második Compiègne-i fegyverszünet után Hitler parancsára kiutasították a hadseregből, ami azt tartalmazta, hogy minden első osztályú "„Mischling”"-nek (félig zsidó és félig árja származású ember) el kell hagynia a hadsereget. Visszatért korábbi munkahelyére, ami a nevét már Feodor Schmeider Vállalatra változtatta (A Schneller nevet el kellett hagyni). Werner egyre fontosabb szerepet játszott a vállalat életében, egyre nagyobb megrendeléseket kapott katonai uniformisok gyártására. Később a Munkaerő Tanulmányozó Bizottság előadójává vált, és előadásokat tartott egyesületeknek és vállalat igazgatóknak, egy cikke is megjelent a heti kiadású "Textilwoche" című folyóiratban.