Точний рік появи Конотопу й досі невідомий. Низка істориків вважає, що місто існувало ще до ординської навали. Так, конотопський краєзнавець Іван Лисий припускав, що пізніше на місці Конотопу існувало літописне місто Липовицьк, що було центром однойменного князівства. Крім того, археологічні дослідження 1997—1998 років допускають можливість існування тут поселення доби Чернігівського князівства.