John Gunther Dean thi đậu kỳ thi Sở Ngoại vụ Hoa Kỳ vào năm 1954. Ông chính thức bắt đầu được bổ nhiệm làm viên chức Bộ Ngoại giao Mỹ vào mùa xuân năm 1956. Từ năm 1956-1958, là sĩ quan chính trị tại Viêng Chăn, Lào, và sau đó từ năm 1959-1960, ông cho mở lãnh sự quán Mỹ đầu tiên tại Lomé, Togo. Từ 1960-1961, ông là Đại biện lâm thời ở Bamako, Mali, và sau đó trở thành sĩ quan phụ trách các vấn đề Mali, Togo trong Bộ Ngoại giao giai đoạn 1961-1963. Năm 1963, ông là cố vấn cho phái đoàn Hoa Kỳ, kỳ họp thứ 18 của Đại hội đồng Liên Hợp Quốc, trong giai đoạn 1964-1965, đảm nhiệm vai trò nhân viên quan hệ quốc tế trong khu vực NATO của Bộ Ngoại giao. Dean sang Paris vào năm 1965 với cương vị chính trị viên và công tác ở đó cho đến năm 1969. Từ năm 1969-1970, ông là một nhà nghiên cứu tại Trung tâm Các vấn đề quốc tế của Harvard tại Cambridge, Massachusetts. Ông được phân công vào phục vụ quân đội Mỹ với cương vị Phó Tư lệnh Quân khu I Việt Nam Cộng hòa, nơi ông từng là Giám đốc khu vực cơ quan Hoạt động Dân sự và Hỗ trợ phát triển Cách mạng (CORDS) cho đến năm 1972. Trong thời gian công tác tại Đà Nẵng, miền Nam Việt Nam, ông đã giúp bảo vệ Bảo tàng Chăm nổi tiếng mà về sau được nhà chức trách Việt Nam và Pháp chính thức cảm ơn vào năm 2005. Từ năm 1972-1974, ông giữ chức Phó trưởng ban đại biện sứ mệnh/Đại biện lâm thời tại Viêng Chăn, Lào. Ông được nhiều người ca ngợi vì đã giúp thành lập một chính phủ liên minh cứu được hàng ngàn sinh mạng sau khi Sài Gòn thất thủ vào năm 1975. Dean được bổ nhiệm làm Đại sứ Campuchia vào tháng 3 năm 1974 và công tác tại đó cho đến khi Đại sứ quán đóng cửa và tất cả các nhân viên người Mỹ được sơ tán vào ngày 12 tháng 4 năm 1975 trong chiến dịch Eagle Pull, 5 ngày trước khi Khmer Đỏ tiến vào Phnôm Pênh.