Wraz z wybuchem II wojny światowej Biblioteka Raczyńskich przestała być dostępna dla Polaków. W październiku 1939 roku dyrektorem (dzięki własnym staraniom) został Józef Raczyński, który pochodził z kurlandzkiej linii rodu Raczyńskich. Udało mu się uchronić zbiory biblioteki przed spaleniem przez władze niemieckie, umożliwiał też dostęp do nich Polakom w godzinach zamknięcia instytucji. W 1941 został wysłany na front wschodni, a jego miejsce jako dyrektora biblioteki zajął Paul Sattler. Raczyński został ciężko ranny podczas służby, a w 1943 roku powrócił do Biblioteki Raczyńskich, ale już nie na stanowisko dyrektora. Udało mu się wywieźć najcenniejsze zbiory do Obrzycka (około 17 tysięcy sztuk), dzięki czemu nie zostały zniszczone wraz z całym budynkiem podczas walk o Poznań w styczniu 1945 roku. Spłonęło wtedy około 180 tysięcy woluminów, co stanowiło 90% zbiorów biblioteki. Pod koniec 1994 roku liczył on 252 tysiące woluminów zgromadzonych również w filiach.