Peña speelde in totaal 43 interlands voor Bolivia in de periode 1987-1996 en scoorde vier keer voor "La Verde". Onder leiding van bondscoach Osvaldo Veiga maakte hij zijn debuut op 23 juni 1987 in de vriendschappelijke uitwedstrijd tegen Uruguay (2-1) in Montevideo. Peña nam met zijn vaderland viermaal deel aan de strijd om de Copa América: 1989, 1991, 1993 en 1995. Tevens maakte hij deel uit van de selectie die deelnam aan het WK voetbal 1994 in de Verenigde Staten.