לאחר שפרש מהצבא בשנת 1880, הוא נשלח לשרת את השלטון המצרי מטעם האימפריה הבריטית מיד לאחר המלחמה האנגלו-מצרית בשנת 1882 וחיזוק השליטה הבריטית. במצרים שימש היקס יועץ צבאי והוא קיבל את תואר הכבוד פאשה. בשנת 1883 נשלח היקס לח'רטום בסודאן כדי לעמוד בראש הכוח המצרי שם כנגד המורדים המהדיסטים שאיימו להשתלט על סודאן כולה.