Kiedy w 1960 zmarł prezydent NRD Wilhelm Pieck, zniesiono urząd prezydenta i powołano w jego miejsce Radę Państwa, na której czele stanął Ulbricht. Został w ten sposób formalnie głową państwa. W 1961 nakazał wzniesienie muru, który przedzielił Berlin. Miał on uniemożliwić mieszkańcom NRD ucieczki na Zachód. Na VI Kongresie partii w 1963 przedstawił nowy plan reform gospodarczych, które miały zapewnić dynamikę rozwojowi gospodarczemu kraju. Nowa polityka złamała podwaliny starego systemu stalinowskiego, a nawet wprowadziła pewne elementy kapitalizmu. Był otwartym przeciwnikiem reform liberalizacyjnych kierownictwa Komunistycznej Partii Czechosłowacji z Aleksandrem Dubčekiem i rządu Czechosłowacji w okresie praskiej wiosny. W konsekwencji NRD uczestniczyła w interwencji wojsk Układu Warszawskiego w tym kraju.