Tras un rápido reequipamiento, el "Akagi" y otros tres portaaviones de flota del "Kido Butai" participaron en la Batalla de Midway en junio de 1942. Después de bombardear las fuerzas estadounidenses estacionadas en el atolón, el "Akagi" y los otros portaaviones fueron atacados por los aviones estacionados en Midway y los de los portaaviones , y . Los bombarderos en picado del "Enterprise" dañaron gravemente al "Akagi". Cuando fue obvio que el "Akagi" no podría ser salvado fue hundido por destructores japoneses para evitar su caída en manos del enemigo. La pérdida del "Akagi" y de otros tres portaaviones de la Armada Imperial Japonesa en la batalla de Midway fue una derrota estratégica crucial para Japón y contribuyó significativamente a la victoria final de los aliados en el Pacífico.