Василий Альтфатер окончил Морской кадетский корпус в 1902 году. Служил вахтенным начальником на броненосце «Император Александр II», на миноносцах «Выносливый», «Внимательный». В 1902 году зачислен в Квантунский флотский экипаж. С 1903 года служил вахтенным начальником и младшим штурманским офицером на крейсере «Аскольд», переданном в состав Первой Тихоокеанской эскадры и вскоре ушёл на крейсере в Порт-Артур. Во время русско-японской войны принимал участие в обороне Порт-Артура. Во время войны Василий Альтфатер отличился при спасении экипажа эскадренного броненосца «Петропавловск» и в морском бою в Жёлтом море 28 июля 1904 года. После последнего боя с крейсером интернирован в Шанхае.