יפן השתתפה במשחקי החורף האולימפיים לנוער החל מראשיתם באולימפיאדת הנוער אינסברוק. המשלחת כללה 33 ספורטאים שהתחרו ב-13 ענפי ספורט. המשלחת דורגה במקום השמיני לאחר שזכתה ב-16 מדליות, מהן שתי מדליות זהב.