En els anys següents va participar en la formació del nou exèrcit egipci, encarregada al militar francès Seves, conegut com a Sulayman Paixà. El 16 de gener de 1824 el sultà otomà va encomanar a Muhàmmad Alí la reconquesta de Morea que estava en mans de rebels grecs. Muhammad va enviar el seu fill Ibrahim amb forces militars organitzades segons el model francès dissenyat per Seves. El seu equipament era bo i es va apoderar fàcilment de Navarino i Tripolitsa, quedant quasi tota la península sota el seu control. El febrer del 1826 va assetjar Mesolongi, setge que va durar fins a l'abril en què la va ocupar. La Porta va refusar la intervenció de les gran potències amb el suport de Muhàmmad Alí, i llavors les flotes de Rússia, Gran Bretanya i França es van presentar al Peloponès i van destruir la flota otomana-egípcia a la batalla naval de Navarino el 20 d'octubre de 1827. L'almirall britànic Codrington es va presentar amb una flota a Alexandria i va forçar a Muhàmmad Alí a cridar al seu fill i les seves tropes. Ibrahim va desembarcar a Alexandria el 10 d'octubre de 1810.