Manaudou saavutti Barcelonan MM-kilpailuissa 2013 kultaa 4 × 50 metrin vapaauintiviestissä. Hän sijoittui lisäksi viidenneksi 50 metrin vapaauinnissa ja kahdeksanneksi 50 metrin perhosuinnissa. Hän voitti Berliinissä 2014 pitkän radan Euroopan-mestaruuden 50 metrin vapaauinnissa ajalla 21,32, 100 metrin vapaauinnissa ajalla 47,98, 50 metrin perhosuinnissa ajalla 23,00 ja 4 × 100 metrin vapaauintiviestissä. Saman vuoden Dohan lyhyen radan MM-kilpailuissa hän voitti kultaa 50 metrin vapaauinnissa maailmanennätysajalla 20,26, 50 metrin selkäuinnissa niin ikään ME-ajalla 22,22 ja 4 × 100 metrin vapaauintiviestissä, hopeaa 100 metrin vapaauinnissa ja 4 × 50 metrin sekauintiviestissä sekä pronssia 4 × 100 metrin sekauintiviestissä.