Nach dem Beginn des Zweiten Weltkriegs ging Exss ab dem 8. November 1939 kurzzeitig zum Kampfgeschwader 55, bevor er am 18. Dezember 1939 zum Geschwaderkommodore des Kampfgeschwaders 1 ernannt wurde. Er führte dieses Kampfgeschwader, das mit der zweimotorigen Heinkel He 111 ausgestattet war, in den am 1. Mai 1940 beginnenden Westfeldzug. Er blieb bis zum 15. Juli 1940 beim Geschwader und wechselte dann in die Waffenstillstandskommission, wo Exss im Bereich der Luftwaffe die Einhaltung des deutsch-französischen Waffenstillstands überwachte. Ab 16. Oktober war er, in dieser, Leiter der Luftwaffen-Kontrollkommission V, seit 1. April 1942 als Generalmajor. Ab 15. März 1943 stand er als Offizier z. b. V. der Luftflotte 3 zur Verfügung, bevor er am 31. Mai 1943 Fliegerhorstkommandeur auf dem niederländischen Fliegerhorst Gilze-Rijen wurde. Dort blieb er bis zum 6. Oktober 1944 und ging dann zum Luftgaukommando V. Seine letzte Funktion übernahm er am 9. Januar 1945 als Kommandant des Fliegerhorstes Verona in Italien. Hier geriet er am 2. Mai 1945 in alliierte Kriegsgefangenschaft, aus der Exss im Juli 1947 entlassen wurde.