Všichni majitelé chroustovického panství byli až do období před Bílou horou utrakvisté, nebo v případě Žerotínů čeští bratři. Předposledním nekatolickým majitelem chroustovického panství byl Jiří z Gerštorfu, defenzor České konfese, jeho synovi Štěpánovi bylo chroustovické panství po porážce stavů na Bílé hoře odňato. Pobělohorská doba, zvláště třicetiletá válka, zasáhla do náboženského a společenského života a také zanechala výraznou stopu v životě obce. Celé chroustovické panství v pobělohorské době odkoupil Johan Baptist Weber, císařský úředník, mající na starosti právě rozdělování zkonfiskovaného majetku, zabaveného nekatolickým šlechticům a dalším majitelům. Panství mu patřilo po celou třicetiletou válku. Po ní v roce 1651 byl uskutečněn soupis poddaných podle víry, který měl ukázat na místa, kde jsou ještě nekatolíci a tam zaměřit misie. Stradouň v tomto soupisu byla z 65 obyvatel většinově nekatolická, katolíků bylo v obci pouze pět. V době po třicetileté válce zůstává ještě několik gruntů ve vsi volných.