Il 6 agosto 2011 ha vinto la Supercoppa italiana con il Milan battendo l'Inter a Pechino per 2-1, gara nella quale tuttavia Yepes, presente in panchina, non è sceso in campo. Il 23 ottobre 2011 ha segnato il suo primo gol in maglia rossonera, rete che ha consentito al Milan di vincere in rimonta per 4-3 la gara esterna di campionato contro il Lecce. L'11 dicembre 2011, nella gara valida per la quindicesima giornata di Serie A contro il Bologna, ha riportato un trauma distorsivo alla caviglia destra con lesione del legamento mediale, infortunio che lo ha costretto a circa 2 mesi e mezzo di stop.