„Ямато“ става флагмански кораб на адмирал Исороку Ямамото от 12 февруари 1942 година, заменяйки „Нагато“. Отплава заедно с „Нагато“, „Муцу“, „Хошо“, „Сендай“, девет разрушителя и четири спомагателни кораба, като основна бойна група на Ямамото при нападението на атола Мидуей през юни 1942 година, но не взима действително участие в битката при Мидуей. Остава флагмански кораб за 364 дни до 11 февруари 1943 година, когато флагът е прехвърлен на сестринския му кораб „Мусаши“. От 29 август 1942 до 8 май 1943 година, прекарва цялото време в Чуюк, като за цялото това време е на път за 1 ден. През май 1943 година се връща в Куре, където двете 155 mm флангови артилерийски кули са заменени с 25 mm картечници, прибавени са и повърхностни радари Тип-22. Завръща се в Чуюк на 25 декември 1943 година. По пътя е ударен от торпедо от американската подводница „Скейт“ и е поправен едва след април 1944 година. По време на поправките са инсталирани допълнителни 127 mm противовъздушни оръдия.