Здание кирхи получило большие повреждения во время Советско-финляндской войны (1939—1940) и Великой Отечественной войны. После начала Советско-финляндской войны зимой 1939 года от бомбардировки советской авиации пострадала апсида собора. В 1940 году после передачи города СССР ленинградская комиссия по охране памятников отнесла собор к списку ценных архитектурных объектов, но восстановлен он не был. Ещё больший ущерб нанесли зданию авиационные бомбёжки в ходе Великой Отечественной войны. В октябре 1941 года архитектором Уно Ульбергом был разработан план восстановления Выборга, согласно которому предполагалась разборка здания храма до уровня фундамента со строительством новой кирхи в современном стиле. Финскими властями этот проект не был претворён в жизнь, но в послевоенное время, уже при советской власти, стены храма были взорваны в 1953 году под предлогом строительства нового здания Выборгского театра, которое, однако, так и не началось. Участи разрушенного храма избежал приходской дом, переданный под размещение учреждений культуры.