Chociaż Portugalia pozostawała oficjalnie neutralna, to jednak brytyjsko-portugalskie przymierze pozwoliło aliantom w czasie II wojny światowej ustanowić bazę na Azorach. Portugalia protestowała przeciwko okupacji Timoru przez sprzymierzonych w 1942 roku, ale nie podjęła w tej sprawie żadnych działań. Kolonia później została zajęta przez Japonię. Timorscy i portugalscy cywile wspierali alianckich komandosów w stawianiu silnego oporu Japończykom. Podczas wojny inna portugalska kolonia, Makau, także została zajęta przez Japonię.