২০১০ সালে মোল্লার বিরুদ্ধে মানবতাবিরোধী অপরাধের তদন্ত শুরু হয় এবং ২০১২ সালের মে মাসে অভিযোগ গঠনের মাধ্যমে তার আনুষ্ঠানিক বিচারকাজ শুরু হয়। কাদের মোল্লাকে ১৯৭১ সালে স্বাধীনতা যুদ্ধের সময় পাকিস্তানি বাহিনীকে সক্রিয়ভাবে সহায়তা, ধর্ষণ ও ঢাকার মিরপুর এলাকায় গণহত্যার দায়ে দোষী সাব্যস্ত করা হয়। মুক্তিযুদ্ধের সময়কার আলবদর বাহিনীর সদস্য হিসেবে তার বিরুদ্ধে ৩৪৪ জন নিরীহ মানুষকে হত্যার অভিযোগ আনা হয়।