Prost et Alesi se plaignent du comportement sautillant de la 643 sur les bosses du tracé nippon, ce qui les oblige à utiliser beaucoup d'appui aérodynamique et conduit à perdre les bénéfices de puissance de la dernière version du moteur V12 utilisé par Ferrari depuis le Grand Prix de Hongrie. Lors des qualifications, Prost réalise le quatrième temps en , à près de deux secondes de la pole position de Gerhard Berger (McLaren) tandis qu'Alesi, gêné par des problèmes de moteur et la perte d'une dérive d'aileron arrière, est sixième en . En course, alors que le moteur de la 643 de Jean Alesi part en fumée dans le premier tour, Alain Prost se bat tout du long avec une monoplace et passe l'arrivée en quatrième position. Il déclare : Prost exige alors que Ferrari donne les pleins pouvoirs à Claudio Lombardi pour redresser l'écurie. Les observateurs, cyniques, évoquent que les mauvaises performances de Ferrari pourrait l'astreindre aux pré-qualifications en 1992.