Hanyu, 2008-2009 sezonunda gençlerde yarışmayı başlamış ve İtalya'da yapılan 2008-2009 ISU Junior Grand Prix yarışmasına katılmıştır. Kısa programda altıncı (6), serbest programda dördüncü (4) olarak genel toplamda yarışmasyı beşinci bitirmiştir.2009 Japonya Gençler Şampiyonasında kısa programı 57.25 puan ile dördüncü (4), serbest programı 124.92 puan ile birinci (1) bitirmiş ve genel toplamda altın madalyayı 182.17 puan ile kazanmıştır. Bu yarışma hem büyükler düzeyinde 2009 Japonya Şampiyonasına hem de 2009 Dünya Gençler Artistik Patinaj Şampiyonasına katılacakları belirlemek için kullanılmaktaydı. Hanyu, iki yarışmaya da katılma hakkı kazanmıştır.