Am 10. Dezember 1864 folgte Jenas Versetzung in den Generalstab der 13. Division nach Münster. In dieser Stellung nahm er 1866 während des Deutschen Krieges unter Generalleutnant Groeben an den Kämpfen bei Langensalza, Dermbach, Werbach, Hochhausen, Kissingen, Laufach, Aschaffenburg, Gerchsheim und Tauberbischofsheim sowie der Beschießung von Würzburg teil. Für sein Wirken wurde Jena mit dem Kronenorden III. Klasse mit Schwertern ausgezeichnet und am 30. Oktober 1866 zum Major befördert. In dieser Eigenschaft war er Ende des Jahres zur Erkundung der militärischen Verhältnisse nach Italien und Algier kommandiert. Am 16. April 1867 wurde Jena in das 3. Brandenburgische Infanterie-Regiment Nr. 20 versetzt und am 25. September 1867 zum Kommandeur des Füsilier-Bataillons in Treuenbrietzen ernannt.