Per il campionato 1968-1969, la società di Baglini cedette Enrico Albertosi e Mario Brugnera in cambio di Francesco Rizzo, affidando la panchina all'argentino Bruno Pesaola. La partenza dei viola non fu ottima, incappando nell'unica sconfitta stagionale con l'1-3 interno subito dal Bologna il 3 novembre 1968, riuscendo tuttavia a recuperare terreno nei confronti di Milan e Cagliari, lasciando però ai sardi il titolo di campione d'inverno il 26 gennaio 1969. Nel girone di ritorno la squadra toscana continuò a lottare con rossoneri e rossoblu, fino a compiere il sorpasso ai danni delle rivali il 9 marzo 1969 con la vittoria con il Lanerossi Vicenza; i viola tennero le distanze dalle avversarie grazie a un rendimento costante e l'11 maggio, con la vittoria a Torino contro la Juventus, ottennero la certezza matematica della conquista del loro secondo scudetto, terminando il campionato con 4 punti di distacco dal Milan. La formazione dei gigliati, caratterizzata dalla notevole presenza di giovani nella rosa, che portò al soprannome di "Fiorentina Ye-Ye", era: Superchi; Rogora, Mancin; Esposito, Ferrante, Brizi; Rizzo, Merlo, De Sisti, Amarildo, Maraschi, autore quest'ultimo di 15 reti, con Chiarugi usato come prima riserva. Nella coppa nazionale la Fiorentina venne eliminata nella prima fase a girone, piazzandosi dietro al , mentre nella Coppa delle Fiere fu battuta dal Vitória, dopo aver superato Dinamo Zagabria e .