Un conflict a avut loc între guvern și insurgenții etnici albanezi, mai ales în partea de nord și de vest a țării, între lunile februarie și august 2001. Războiul s-a încheiat cu intervenția unei forțe NATO de monitorizare a armistițiului. În conformitate cu termenii Acordului de la Ohrid, guvernul a fost de acord să transfere din puterea politică și să acorde drepturi culturale minorității albaneze. Partea albaneză a fost de acord să renunțe la cererile separatiste și să recunoască toate instituțiile statului macedonean. În plus, în conformitate cu acest acord, NLA s-a dezarmat și a predat armele unei forțe NATO.