Az amerikai polgárháborúban részt vett a 15. iowai önkéntes gyalogezred megszervezésében, ez a munka 1861 novemberében fejeződött be. Jó ideig vele volt barátja, Kompolti őrnagy. Az ezrednek 37 tisztje és 1113 embere volt. Polmutz 1861. december 13-án lett megválasztva ezredsegédtisztnek, 1863 április 22-én lett őrnagy, 1864. augusztus 18-án alezredes. Ebben a minőségben Sherman tábornok tennesseei hadtestében a harmadik brigád parancsnoka lett, 1864. november 23-án ezredessé léptették elő. Az iowai 15. ezred részt vett a shiloh-i csatában, itt 1862. április 7-én csípőjén súlyosan megsebesült, de a lován maradt egészen addig, amíg az le nem vetette magáról. Felépülése után további harcok részese lett, Atlanta ostrománál, mint őrnagy ő vezette rohamra az ezredet. Katonai érdemeinek elismerése volt, hogy 1865. március 13-án címzetes dandártábornokká léptették elő. A háborút követően rövid időre visszatért a Iowa-i Keokukba. 1866. február 16-án kinevezték az Egyesült Államok konzuljának Szentpétervárra. Később főkonzul lett, ebben a tisztében részese volt a polgárháború utáni első komolyabb amerikai külpolitikai lépésnek, amelynek során 1867-ben Alaszkát megvásárolták az oroszoktól. Diplomáciai szolgálatából Hayes elnök visszahívta 1878-ban, de ő nem tért haza az Egyesült Államokba, Szentpéterváron maradt és ott halt meg nagy szegénységben 1882. október 12-én.