El sistema político de la República de Sudán fue reorganizado tras el Golpe de Estado en Sudán de 1989, cuando Omar al-Bashir, por aquel entonces un general de brigada en las Fuerzas Armadas de Sudán, comandó un grupo de oficiales y derrocó al gobierno del primer ministro Sadiq al-Mahdi. Durante el liderazgo de al-Bashir, el nuevo gobierno militar ilegalizó los partidos políticos e introdujo un código legal islámico a nivel nacional. Se convirtió en el jefe del Consejo de Mando Revolucionario para la Salvación Nacional, y asumió los cargos de jefe de Estado, primer ministro, jefe de las fuerzas armadas y ministro de Defensa. Posteriormente, tras dar mayor peso a la sharía en el norte del país con Hassan al-Turabi, al-Bashir llevó a cabo purgas y ejecuciones en los rangos superiores del ejército, prohibió asociaciones, partidos políticos, así como periódicos independientes. Además, hubo presos políticos y periodistas encarcelados. En 1993, Sudán pasó a ser una república islámica de partido único, ya que al-Bashir eliminó el Consejo de Mando Revolucionario para la Salvación Nacional y creó el Frente Islámico Nacional, con un nuevo parlamento y gobierno conformado únicamente por miembros de esa asociación. Se autoproclamó Presidente de Sudán. Debido a esto, la Segunda Guerra Civil Sudanesa con el Ejército de Liberación del Pueblo de Sudán iría a más en los años posteriores.