Mit der sowjetischen Nationalmannschaft nahm Jussupow an den Schacholympiaden 1982, 1984, 1986, 1988 und 1990 teil und gewann diese. 1986 erreichte er außerdem das beste Einzelergebnis am vierten Brett. Mit der deutschen Mannschaft nahm er 1994, 1996, 1998, 2000 und 2006 an der Schacholympiade teil und erreichte als größten Erfolg den zweiten Platz 2000 in Istanbul. An der Mannschaftsweltmeisterschaft nahm er 1985 mit dem Sieger Sowjetunion und 2001 mit Deutschland teil. Jussupow gewann außerdem mit der Sowjetunion die Mannschaftseuropameisterschaften 1980 und 1983, mit der deutschen Mannschaft erreichte er bei der Mannschaftseuropameisterschaft 1997 den fünften und bei der Mannschafts-EM 1999 den dritten Platz.