שתי המדינות כוננו יחסים דיפלומטיים ב-28 באוגוסט 1992, לאחר פרישתה של סלובניה מיוגוסלביה. שתי המדינות הן חברות מלאות ב ובנאט"ו. בשנת 2007 פתחה סלובניה את שגרירותה בבוקרשט.