Кул Шариф погиб в 1552 году во время взятия Казани. Философ и историк Марджани писал, что Кул Шариф и его последователи объединились в некое военное подразделение и погибли в бою. Сам Кул Шариф поднялся на крышу мечети, где его и убили, а тело сбросили вниз.