Sin embargo, sus logros quedaron ensombrecidos por su legado. Para finales de su reinado, los temas centrales de los muchos problemas del gobierno de China durante el declive de la dinastía Qing en el siglo XIX se habían empezado a hacer patentes. La expansión territorial de Qianlong había llevado al límite la capacidad del imperio Qing para administrar y pacificar un territorio multiétnico sometido a grandes tensiones. El ejército era poco profesional y estaba anclado en estructuras tribales. La sociedad civil era conservadora y apegada a las costumbres confucianas. La explosión demográfica había llevado a un exceso de población, sometida a continuas hambrunas y a un empobrecimiento generalizado. La administración era autoritaria, centralista, y corrupta, incapaz de ofrecer respuesta a los numerosos problemas diarios de los súbditos chinos. La corte, sometida a la manchucificación promovida por Qianlong, era distante y estaba aislada étnica y socialmente del resto del país. El país entero estaba cerrado a las influencias externas y desconfiaba de los extranjeros. Los defectos estructurales en la organización de la administración, y la estructura impositiva inadecuada abocarían al agotamiento de los recursos del estado para principios del siglo XIX. Todos estos problemas llevarían a China a una serie de crisis internas y externas que finalmente acabarían con la dinastía Qing en 1912. El reinado de Qianlong fue el auge previo a que estallara la burbuja de los Qing.