La città sostenne un attacco da parte degli Hussiti nel 1433 durante le guerre hussite. Durante il Rinascimento, all'inizio del XV secolo la città fiorì, ma la maggioranza della popolazione morì per le epidemie di peste nel XVI e XVII secolo. Königsberg aveva numerose chiese: la chiesa del monastero agostiniano, la chiesa ospedaliera degli agostiniani dello Spirito Santo e le chiese della Vergine Maria, di San Nicola, San Giorgio e Santa Gertrude. La città si convertì gradualmente al luteranesimo dal 1539 al 1553, durante la riforma protestante, che ebbe come effetto la dissoluzione nel 1536 del monastero, i cui edifici furono utilizzati come ospedale e scuola. Durante la guerra dei trent'anni Königsberg fu occupata a più riprese dalle truppe imperiali di Albrecht von Wallenstein e dalle truppe svedesi del re Gustavo Adolfo: nel corso di queste occupazioni, il 52% della città fu distrutto. Dopo la distruzione della Chiesa di Santa Maria, la cui torre fu incendiata nel 1682, la ricostruzione iniziò nel 1692.