Als im weiteren Verlauf des Zweiten Schottischen Unabhängigkeitskriegs 1335 der englische König Eduard III. einen Feldzug zur Unterstützung von Balliol nach Schottland führte, übergab Duncan am 7. August Cupar Castle ohne Gegenwehr. Wenig später unterwarf sich Duncan zusammen mit anderen schottischen Baronen dem englischen König, der bis nach Perth vorgestoßen war. In den nächsten Jahren unterstützte Duncan weiter Balliol und den englischen König, weshalb seine Besitzungen von William Douglas und anderen Unterstützern von David II. geplündert wurden. Erst als David II. 1341 aus seinem französischen Exil, wohin er vor dem englischen König geflüchtet war, zurückkehrte, wechselte Duncan wieder die Seiten und unterwarf sich dem schottischen König. Am 17. Oktober 1346 geriet er zusammen mit dem König und zahlreichen anderen schottischen Adligen in der Schlacht von Neville’s Cross in englische Gefangenschaft. König Eduard III. verurteilte ihn als Verräter zum Tod, doch schließlich begnadigte er ihn und erlaubte ihm die Rückkehr nach Schottland, um das geforderte Lösegeld aufzubringen. Dieses wurde 1350 auf 1000 Mark festgesetzt.