エッセネ派は思想的に第二神殿（エルサレム神殿）の権威を否定していたと思われる。とはいっても神殿の概念そのものを否定したかったわけではなく、自身の共同体を新しい神殿とみなしていたのであろう。エッセネ派はいずれ、自分たちがサドカイ派に勝利し、エルサレム神殿における主導権を掌握することができると考えていたようである。ユダヤ戦争の結果、70年にエルサレム神殿が崩壊し、神殿を権威の根拠としていたサドカイ派とシャンマイのグループは終焉を迎えたが、エッセネ派も期待した勝利を得ることができず、結局対立グループの消滅とともに自らのアイデンティティーを消失し、ヒルレルの影響を受けたファリサイ派のグループと合流していくことで歴史から姿を消すことになる。