El convento fue desamortizado en 1836, y los monjes fueron exclaustrados; no obstante, se conservó la iglesia, convertida en 1910 en parroquia agregada a la vecina de san Luis Obispo de la calle de la Montera, aunque modificados algunos de sus elementos. Más tarde el Carmen pasó a ser parroquia independiente. Durante la Batalla de Madrid el templo fue profanado, se violaron las sepulturas y se destruyeron las imágenes con excepción de la Virgen titular que se hallaba a gran altura.