Le 24 mars 2016, Miguel Silva figure pour la première fois sur le banc des remplaçants de l'équipe du Portugal espoirs, mais sans entrer en jeu, lors d'une rencontre face au Liechtenstein. Ce match gagné 4-0 rentre dans le cadre des éliminatoires de l'Euro espoirs 2017. Le 6 octobre 2016, il joue finalement son premier match avec les espoirs, face à la Hongrie, lors d'une rencontre entrant de nouveau dans le cadre des éliminatoires du championnat d'Europe. Il est titulaire ce jour-là, et les deux équipes se séparent sur un match nul (3-3). L'année suivante, il participe au championnat d'Europe espoirs 2017 organisée en Pologne. Lors de cette compétition, il officie comme gardien remplaçant et ne joue aucun match. Malgré un bilan honorable de deux victoires et une seule défaite, le Portugal ne parvient pas à s'extirper de la phase de poule.