기원전에 게르만족 부족 바바리족(Bavarii)이 들어와서 지명의 기원이 되었고, 이후 바이에른은 오랫동안 독자적인 역사를 형성해 왔다. 788년 프랑크 왕국에 점령되었고, 1180년 비텔스바흐 왕조가 시작되었다. 1255년부터는 각 제후들이 할거하다가, 1505년에 재통일되어 선제후국이 되었다. 이후 종교개혁에 반대하고, 반종교개혁 운동의 선봉에 서서 바이에른은 가톨릭 세력이 강하게 남게 되었다. 1618년 30년 전쟁 때 막시밀리안 1세는 합스부르크 편에 서서 싸워 영토를 넓히고 1623년 그는 선제후가 되었다. 18세기에 오스트리아·스페인의 왕위계승전쟁에 휘말리는 수모를 받다가 1777년] 팔츠의 카를 테오도어가 바이에른의 군주가 되면서 팔츠와 바이에른은 통합되었다. 이로 인하여 바이에른 왕위 계승 전쟁이 일어나 오스트리아와 합병되는 것을 막았다. 18세기 ~ 19세기 초 여러 전쟁에 휘말렸으나, 프랑스 편에 가담하여 영토를 확장하였고, 1806년 바이에른 왕국으로 격상하여 막시밀리안 1세가 왕위에 올랐다.