I februar 1994 ble Milan Martić valgt til president i Krajina, og han avsatte Goran Hadžić som statsminister. Et viktig stridstema var hvorvidt "Krajina" burde slå seg sammen med "Republika Srpska", dvs den serbiske staten i Bosnia. Hovedområdet av Krajina ble året etter erobret av kroatiske styrker i «Operasjon Storm», anført av den kroatiske generalen Ante Gotovina. Gotovina ble siden anklaget og dømt av Det internasjonale krigsforbrytertribunalet for det tidligere Jugoslavia, for krigsforbrytelser begått under den kroatiske invasjonen av Knin 4-6. august 1995.