台灣聖公會發展始於日治時期，由日本本土的日本聖公會輾轉傳入台灣，在台灣從事牧養和宣教的工作，並分別在台北和台南設立教會。但作為殖民者的階層意識，日本聖公會的工作對象是以日本人為主。當時，僅有極少數台灣本地人是聖公會教友。1945年日本人戰敗以後，日本聖公會也從台灣撤退。