El número de cosacos se vio incrementado con la inmigración de campesinos provenientes de la Mancomunidad Polaco-Lituana. Los intentos de la "szlachta" (pequeña nobleza polaca) para convertir a los cosacos de Zaporozhia en siervos erosionaron la lealtad cosaca hacia la Mancomunidad, hasta entonces muy fuerte. Las ambiciones cosacas de ser reconocidos como iguales a la "szlachta" era desechadas constantemente y los planes de transformar la Mancomunidad binacional en tres naciones (con los cosacos y el pueblo ruteno ) se limitaron a una pequeña minoría. La decreciente lealtad de los cosacos y la arrogancia de la "szlachta" hacia ellos dieron como resultado varias sublevaciones cosacas contra la Mancomunidad a principios del siglo XVII. La mayor y más exitosa de dichas sublevaciones fue la Rebelión de Bohdán Jmelnytsky, que, como parte de una serie de sucesos conocidos como "el Diluvio", condujo a la desintegración de la Mancomunidad Polaco-Lituana. Esta sublevación liberó a los cosacos de la esfera de influencia polaca, que se aliaron entonces con el Imperio Ruso mediante la firma del Tratado de Pereyáslav. El último e infructuoso intento de reconstruir la alianza polaco-cosaca y de crear la Mancomunidad de Polonia-Lituania-Rutenia fue el Tratado de Hádiach de 1658.