Bij de terugkeer van Napoleon tijdens de Honderd Dagen reisde Vandamme onmiddellijk af naar Parijs om zijn steun aan de keizer te betuigen. Napoleon benoemde hem tot pair van Frankrijk en gaf hem het bevel over het 3e Korps. Vandamme speelde een belangrijke rol in de Slag bij Ligny, Napoleons laatste overwinning. Vandamme probeerde maarschalk Grouchy ervan te overtuigen om zich bij de Slag bij Waterloo te voegen, maar Grouchy koos ervoor om Napoleons bevelen op te volgen en de Pruisen bij de Slag bij Waver te verslaan.