終戦後、基地施設は取り壊され荒れた状態で放置されていたが、1959年（昭和34年）10月に防衛庁が小松島市に海上自衛隊の基地建設を申し入れ、1964年（昭和39年）11月20日に臨時小松島派遣隊が発足。翌1965年（昭和40年）3月25日、海上自衛隊第21航空群（司令部：館山航空基地）隷下の哨戒ヘリコプター部隊として「小松島航空隊」が開隊され、再び航空基地となった。