Des del començament de la guerra a Croàcia el 1991, moltes esglésies van ser parcialment o totalment destruïdes. Els bisbes i els sacerdots de les eparquies de Karlovac, Eslavònia i Dalmàcia van esdevenir refugiats. Almenys aquestes tres darreres foren completament abandonades després de l'èxode sèrbi de Croàcia l'any 1995. L'eparquia de Dalmàcia es va traslladar temporalment a Knin després de l'establiment de la República Sèrbia de Krajina. L'eparquia d'Eslavònia es va traslladar de Pakrac a Daruvar. Després de l'Operació Tempesta, es van veure especialment afectats el monestirs de Krupa (cremat) i Krka (assaltat), ambdós del . Diverses eparquies i els seus fidels també es van veure afectades a causa de la guerra a Bòsnia i Hercegovina. L'eparquia de Dabar-Bosnia fou temporalment traslladada a Sokolac, i la seu de la de Zvornik-Tuzla a Bijeljina. Més de cent propietats d'Església a l'eparquia de Zvornik-Tuzla eren destruïdes o fetes malbé durant la guerra. Molts monasteris i esglésies a l'eparquia de Zahumlje també eren destruïts. Durant aquest període, es generà un destacat nombre de refugiats.