II. Dünya Savaşı'nın savaş alanlarından birini oluşturan İkinci Çin-Japon Savaşı (1937-1945) kapsamında Kuomintang, HKO ile tedirgin bir ittifaka girmeye mecbur kaldı. Japon güçleri, sivillere karşı çok sayıda savaş zulmü işledi ve 20 milyona kadar Çinli sivil öldü. Kaldı ki Nankin şehrinde Japon işgalı sırasında 200.000 Çinlinin katledildiği tahmin edilmektedir. Savaş boyunca Çin; Britanya, ABD ve Sovyetler Birliği'yle beraber ortak vesayette ("güçlülerin vesayeti") bulundu ve bunlar, Birleşmiş Milletler Beyannamesi'nde "Dört Büyük" unvanıyla tanındılar. Çin, üç diğer büyük güçle beraber II. Dünya Savaşı'ndaki Müttefik Devletler'in biriydi ve Savaş'ın ana galiplerinden biri olarak sayılır. 1945'te Japonya'nın teslim oluşunun ardından Pescadores Adaları dahil olmak üzere Tayvan, Çin yönetimine geri devredildi. Çin, savaşın bir fatihi olarak çıksa da savaşın sonunda savaştan tahrip olmuş ve maddi olarak boşaltılmış durumdaydı. Kuomintang ile Komünistlerin arasında devam eden karşılıklı güvensizlik, iç savaşın yeniden başlamasına yol verdi. 1947'de anayasal yönetim kuruldu, ancak devam eden huzursuzluklar nedeniyle Çin Cumhuriyeti Anayasası'nın birçok kanuni hükmü Çin anakarasında hiçbir zaman yürürlüğe girmedi.