1846年にはメキシコ北部軍の最高司令官として少しの間務め、アンプディアは地元のゲリラのリーダーを残忍な公開処刑にしたことで任務を解かれた。コンサバドール(メキシコの保守派閥のメンバー)として、アンプディアは、彼のライバルでリベラル派の将軍、マリアノ・アリスタに賛成し、即座に事務職の地位に左遷された。パロ・アルトの戦いでアンプディアは、彼が「容認できない戦術の大失敗」と見なしたアリスタを厳しく批評し、アリスタが一部アンプディアを非難した負け戦のレサカ・デ・ラ・パルマの戦いでも批判を続けた。