En proclamar-se l'Imperi, Bernadotte fou nomenat un dels divuit Mariscals de França, i des de juny de 1804 fins al setembre de 1805 fou governador de l'ocupada Hannover. Durant la campanya de 1805, Bernadotte cooperà amb un cos de l'exèrcit des de Hannover en el gran moviment que portà a la victoria a la batalla d'Ulm. Com a recompensa pels seus serveis a Austerlitz (2 de desembre de 1805) fou nomenat príncep de Pontecorvo (5 de juny de 1806), però durant la campanya contra Prússia, aquell mateix any, fou durament criticat per Napoleó a causa de no haver participat amb els seus soldats a les batalles de Jena i Auerstädt malgrat trobar-se a prop d'ambdós combats. El 1808, com a governador dels pobles Hanseàtics, dirigí directament l'expedició contra Suècia a través de Dinamarca, tot i que el pla no reeixí a causa de la manca de transport i de la deserció dels soldats mercenaris espanyols (ja s'havia iniciat la Guerra del Francès). A la guerra contra Àustria, Bernadotte liderà el contingent saxó en la batalla de Wagram (6 de juliol de 1809); en aquesta ocasió publicà una ordre del dia en la qual atribuïa la victòria al valor dels saxons, ordre que Napoleó rebutjà. Poc després, i en la mateixa batalla, Bernadotte fou rellevat per haver-se retirat del combat, incomplint així les ordres directes de Napoleó.