Após a libertação da Coreia, Choe foi trazido para a política da Coreia do Norte como parte da facção Guerrilha, um grupo de cerca de 200 ex-guerrilheiros. Há evidências de que os principais guerrilheiros, incluindo Kim Il-sung, Kim Chaek, Kim Il, Choe Yong-gon e o próprio Choe Hyon, concordaram entre si em promover Kim Il-sung como o líder do futuro país apenas antes de retornarem a Coreia em setembro de 1945. Isso estava em desacordo com o fato de que Kim Chaek e Choe Hyon eram membros de alto escalão no CPC. Decidiu-se, entretanto, que Kim Il-sung tinha a melhor reputação e habilidades. Consequentemente, Choe perdeu a liderança suprema do país, mas tornou-se parte de sua elite central. Decidiu-se, entretanto, que Kim Il-sung tinha a melhor reputação e habilidades. Consequentemente, Choe perdeu a liderança suprema do país, mas tornou-se parte de sua elite central.