Ivanović aloitti kauden 2013 Hopman Cupilla, jossa hän pääsi Novak Đokovićin kanssa loppuotteluun. He hävisivät kuitenkin Espanjalle. Australian avoimissa Ivanović hävisi neljännellä kierroksella Agnieszka Radwańskalle. Seuraavaksi hän pelasi ykköseksi sijoitettuna Pattayan turnauksessa, mutta hävisi heti ensimmäisellä kierroksella Ayumi Moritalle. Dohan turnauksessa hän hävisi kolmannella kierroksella Radwańskalle. Indian Wellsissä Ivanović hävisi kolmannella kierroksella Mona Barthelille. Miamin turnauksessa Ivanović hävisi neljännellä kierroksella Sara Erranille. Huhtikuussa hän eteni puolivälieriin Stuttgartin massakentällä pelattavassa turnauksessa, jossa hän hävisi kolmessa erässä ykköseksi sijoitetulle Marija Šarapovalle. Toukokuussa pelatussa Madridin turnauksessa Ivanović pääsi välieriin, jossa hän hävisi jälleen Marija Šarapovalle. Tämä oli Šarapovan kuuden peräkkäinen voitto Ivanovićista. Seuraavalla viikolla Roomassa Ivanović hävisi ensimmäisen kierroksen ottelunsa Urszula Radwańskaa vastaan. Ranskan avoimissa Ivanović pääsi neljännelle kierrokselle, jossa hän hävisi Agnieszka Radwańskalle. Tämä oli Ivanovićin seitsemäs peräkkäinen tappio Radwańskaa vastaan. Wimbledonissa Ivanović hävisi toisella kierroksella Eugenie Bouchardille. Carlsbadin turnauksessa Ivanović pääsi välieriin, jossa hän hävisi Viktoryja Azarenkalle. Yhdysvaltain avoimissa hän eteni neljännellä kierrokselle asti, jossa tuli tappio jälleen Azarenkaa vastaan. Lokakuussa Ivanović eteni loppuotteluun Linzin turnauksessa, mutta hävisi sen Angelique Kerberille. Hän päätti kautensa Sofian turnaukseen, jossa eteni välieriin saakka.