十七世紀中葉聯邦國力衰退，再次與沙俄爆發大規模衝突，1655年中聯邦敗於沙俄，立陶宛首都維爾紐斯被沙俄佔領，為歷史上該城首次被外國軍隊攻佔，俄軍在城中大肆搶掠破壞，直至1661年聯邦才收復維爾紐斯，立陶宛許多文物與國家檔案均在戰爭中佚失。同時期的第二次北方戰爭中聯邦全境一度被瑞典軍隊攻佔，經濟受到嚴重破壞，是為波立聯邦的「大洪水时代」。不久後聯邦國力未能恢復前又爆發了大北方戰爭，同時爆發與，聯邦失去了近40%人口。