При започването на Военния конфликт в Република Македония в 2001 година Шакири публично се отказва от депутатството и се присъединява към АНО. От начало Шакири представлява политически АНО при преговорите с властите, тъй като другите членове на Главния щаб не са родом от Република Македония. Във Витина формира група от 30-ина войници и навлиза в Община Липково.