Jussi Isosaaren vanhemmat olivat maanviljelijä Jaakko Isosaari ja Maria Takaneva ja puoliso vuodesta 1940 opettaja Maria Annikki Soininen. Alkujaan kierto- ja kansakoulun käynyt Isosaari valmistui kansakoulunopettajaksi 1938, tuli ylioppilaaksi 1945, valmistui filosofian kandidaatiksi 1948 ja lisensiaatiksi 1960 ja väitteli filosofian tohtoriksi 1961. Hän toimi kansakoulunopettajana 1938–1948, kansakouluntarkastajana 1948, lehtorina Raahen seminaarissa 1948–1951, Kajaanin seminaarissa 1952-54, Heinolan seminaarissa 1954–1964 ja Hämeenlinnan seminaarissa 1964–1974. Turun opettajakorkeakoulun vt. rehtori Isosaari oli 1964–1965. Hän oli Tampereen yliopiston kasvatuksen historian dosentti vuodesta 1966 ja yliopiston Hämeenlinnan opettajankoulutuslaitoksen johtaja ja kasvatustieteen apulaisprofessori 1974–1979.Talvisodan aikana sotilaskoulutuksen saanut Isosaari toimi jatkosodassa joukkueenjohtajana ja komppanianpäällikkönä. Sotilasarvoltaan hän oli reservin yliluutnantti (1968).