Vuoden 2005 konklaavissa paavi Johannes Paavali II:n seuraajaksi valittiin Benedictus XVI. Navarro-Valls erosi tiedottajan virasta 11. heinäkuuta 2006, minkä jälkeen uusi paavi nimitti hänet Università Campus Bio-Medico -oppilaitoksen johtohenkilöstöön.