Huber war ein begeisterter Anhänger der Französischen Revolution und liess sich in seinen Fingerring den Denkspruch eingravieren «Frei leben oder sterben». Ab Januar 1798 war er Mitinitiant der Basler Revolution sowie Präsident der ersten Basler Nationalversammlung. Kurz darauf erfolgte seine Wahl ins Regierungskomitee, dann ins «Konstitutionskomitee»; auch die Saal-Inspektion musste Huber präsidieren. Ab April 1798 war Huber Mitglied des helvetischen Grossen Rats. Als das Direktorium die Räte einlud, die Erstürmung der Bastille am 14. Juli mit einer Feier zu ehren, ging Huber noch weiter und verlangte, dass dieser Tag in Helvetien allgemein gefeiert werde.