Franz II tiếp tục vai trò lãnh đạo hàng đầu trong các liên minh chống lại Đệ Nhất Đế chế Pháp của Napoleon I trong Chiến tranh Napoléon và gánh chịu một số thất bại sau Trận Austerlitz. Ngày 10/03/1810, con gái ông là Công chúa Marie Louise đã thành hôn với Hoàng đế Napoleon, và đây được xem là thất bại nặng nề nhất của Franz II. Sau khi Napoleon thoái vị sau Chiến tranh Liên minh thứ Sáu, Đế quốc Áo của ông đã tham gia Liên minh Thần thánh tại Đại hội Viên, chủ yếu được điều phối dưới quyền của nhà ngoại giao Klemens von Metternich, cận thần của Franz II. Một bản đồ châu Âu mới được vẽ ra, trong đó phần lớn quyền thống trị của Franz được khôi phục trên các lãnh thổ trước đây mà Quân chủ Habsburg. Chính những thoả thuận liên quan đến "Concert of Europe" đã giúp các cường quốc chống lại khuynh hướng chủ nghĩa dân tộc, điều này khiến Franz bị xem là một nhân vật phản động trong suốt triều đại của mình sau đó.