После начала Войны роз Сесилия осела в замке Ладлоу, в то время, как Ричард бежал сначала в Ирландию, а затем в континентальную Европу. В то же время Сесилия тайно работала над делом Йорков. Когда парламент начал дебаты о судьбе герцога Йоркского и его сторонников в 1459 году, Сесилия отправилась в Лондон, чтобы просить за мужа. По некоторым данным, она убедила короля простить Ричарда, при условии, что он явится в парламент в течение восьми дней. Ричард не приехал и его земли были конфискованы, однако Сесилии удалось выбить для себя и детей субсидию в размере £600.