Als im Herbst 1848 der Zweite Sikh-Krieg ausbrach, befehligte Gough am 22. November die Schlacht von Ramnagar, für die er in die Kritik geriet. Es folgte am 13. Januar 1849 die blutige Schlacht von Chillianwala, in der die Briten das Schlachtfeld nur mit Mühe behaupteten. Die Direktion der Britischen Ostindienkompanie beschloss, ihm das Kommando zu nehmen und es General Napier zu übertragen. Doch hatte Gough am 21. Februar die Sikhs bei Gujrat erneut angegriffen und sie nach hartnäckiger Gegenwehr fast aufgerieben. Von allen Seiten umzingelt, legte der Rest ihres Heeres am 14. März die Waffen nieder.