Pasukan pertahanan Malta hanya kehilangan 2,500 orang tentera dan satu per tiga daripada jumlah penduduk Malta manakala Uthmaniyah pula kerugian sekurang-kurangnya 10,000 nyawa dan sesetengah sumber menganggarkan jumlah tersebut mencecah 30,000 nyawa. Knights of St. John dijulang sebagai pemenang terakhir. Kepentingan Pengepungan Malta ini tidak dapat disangkalkan lagi. Sekiranya pulau ini jatuh ke tangan Uthmaniyah, kemungkinan besar Empayar Uthmaniyah akan meluaskan kuasanya ke Itali dan lebih dalam menembusi Eropah Barat. Empayar Uthmaniyah mengalami kekalahan dalam beberapa pertempuran sebelum ini. Bahkan, kekalahan mereka dalam pertempuran di Vienna dan Eger sebelum ini semasa penghujung kempen berlangsung.