Později po vyčerpání hlavních zásob stříbra došlo k úpadku města, takže roku 1601 v Jáchymově nestálo ani 500 domů (zanikla především provizorní hornická obydlí) a počet obyvatel klesl asi na 2000. Po neúspěchu v bitvě na Bílé hoře byl Jáchym Ondřej Šlik (pravnuk zakladatele Jáchymova) popraven na Staroměstském náměstí v Praze v roce 1621. V témže roce také začala rekatolizace města, kvůli čemuž množství protestantských obyvatel a horníků odešlo do nedalekého Saska. Hrad Freudenstein (Šlikův hrádek) byl v roce 1634 při obléhání města švédským vojskem poškozen dělostřelbou a vyhořel.