10 lutego 1943 roku Iwabuchi wrócił do Yokosuki, a 1 maja awansował na kontradmirała. Cztery dni później otrzymał przydział do Wydziału Spraw Osobowych i Rekrutacji okręgu marynarki w Maizuru. W warunkach pokojowych byłby to prawdopodobnie ostatni szczebel jego kariery, jednakże coraz trudniejsza sytuacja wojenna Japonii dała Iwabuchi'emu jeszcze jedną szansę. 1 listopada 1944 roku został dowódcą "3 Południowej Floty Ekspedycyjnej", a 17 listopada także jej sił lądowych, po czym wysłany został na Filipiny, gdzie zaczynała się bitwą o Leyte inwazja aliancka. Admirał Denshichi Okochi, dowódca marynarki wojennej w obrębie Filipin polecił mu zorganizować "Morskie Siły Obronne" i przygotować je do obrony stolicy kraju, Manili.