Tijdens de Slag bij Shiloh raakte Marmaduke gewond toen hij kolonel was van het 3rd Confederate Infantry. Hij had verschillende maanden nodig om te herstellen. In november 1862 werd Marmaduke bevorderd tot brigadegeneraal. Zijn eerste gevecht als aanvoerder van een brigade was de Slag bij Prairie Grove. In april 1863 vertrok Marmaduke met 5.000 soldaten en tien kanonnen vanuit Arkansas naar het Noordelijke Missouri. Hij werd verslagen in de Slag bij Girardeau en diende zich terug te trekken.