วันที่ 24 พฤษภาคม 2557 หลังรัฐประหาร คณะผู้ยึดอำนาจการปกครองซึ่งเรียกตนเองว่า คณะรักษาความสงบแห่งชาติ ออกคำสั่งฉบับที่ 5/2557 เพื่อให้วรเจตน์มารายงานตัว แต่ครั้งนั้นเขาไม่ไป และยังมีคำสั่งฉบับที่ 57/2557 เพื่อให้เขาไปรายงานตัวอีกครั้ง สถานีวิทยุกระจายเสียงแห่งประเทศไทย รายงานว่า วรเจตน์มอบหมายให้พัชรินทร์ ภริยา เข้ารายงานตัวแทน และให้เหตุผลว่า เขาป่วย จึงไม่สามารถเข้ารายงานตัวด้วยตนเอง