Eggendorf térsége a magyar honfoglalástól kezdődően évszázadokig a magyar-osztrák határvidék gyepűjéhez tartozott, így lakatlan volt. Csak a 13. században kezdték el betelepíteni a régiót, ekkor alapították Bécsújhelyet is. Eggendorfot a források először 1292-ben említik. A 15. század végén Mátyás magyar király hadai tartották megszállva, 1529-ben a Bécset ostromló törökök fosztották ki, 1604-ben Bocskai István hajdúi égették fel a falut és templomát. 1594-ben a pestis szedett áldozatokat. 1650-ben Jakob von Berchtold báró papírmalmot alapított.