W 1795 roku miasto znalazło się w zaborze austriackim. Małogoszcz zapisał się następnie w polskich walkach narodowowyzwoleńczych. W czerwcu 1794 zatrzymał się w nim z armią naczelnik generał Tadeusz Kościuszko po bitwie pod Szczekocinami. Kwaterował na plebanii, która pełniła też funkcję lazaretu (wśród rannych był Bartosz Głowacki). Tu też zmarli od ran odniesionych w bitwie pod Szczekocinami generałowie Insurekcji Kościuszkowskiej Jan Grochowski i Józef Wodzicki. W nieistniejącym kościele św. Krzyża (Betanii) przy ulicy Warszawskiej, w 1794 roku mieścił się powstańczy lazaret (obecnie znajduje się tam szkoła).