Die Wirren des Dreißigjährigen Krieges, insbesondere die Nördlinger Schlacht von 1634, zwangen ihn, Weikersheim zu verlassen; er ging nach Frankfurt am Main und übernahm dort das Amt des Musikdirektors von Johann Andreas Herbst auf dessen besondere Empfehlung, welcher 1636 einem Ruf als Kapellmeister an die Nürnberger Frauenkirche gefolgt war. Jeep hatte in diesem Amt jedoch keine glückliche Hand; der Rat der Stadt Frankfurt hielt schon 1639 hinter seinem Rücken nach einem Nachfolger Ausschau. Nach erfolgter Kündigung seitens des Rats wurde die Stelle neu besetzt. Der enttäuschte Jeep war im Sommer 1640 auf dem Rückweg nach Weikersheim, blieb jedoch in Hanau, wo er vermutlich im Schuldienst wirkte; im Jahr 1642 fand er eine Stellung als Kapellmeister am Hof des Grafen von Hanau-Münzenberg, wo er auch als Organist der Marienkirche wirkte. Seine erfolgreichen Jahre als Komponist waren jedoch vorbei.