Das älteste Dokument über eine Bautätigkeit an Halton Castle zeigt, dass die Burg im 15. Jahrhundert und bis ins 16. Jahrhundert regelmäßig unterhalten wurde. Zwischen 1450 und 1457 wurde ein neues Torhaus errichtet. Es gibt keinen Beweis dafür, dass die Burg in den Rosenkriegen eine Rolle spielte. Dies wäre wegen ihrer relativ versteckten Lage auch unwahrscheinlich gewesen. Aber aus einem Bericht über die königlichen Paläste aus dem Jahr 1609 geht hervor, dass die Burg damals bereits verfallen war. In der Tudorzeit diente die Burg nicht mehr als Festung, sondern eher als Gefängnis, Verwaltungszentrum und Gerichtsgebäude. In den Jahren 1580 und 1581 wurde die Burg als Gefängnis für Leute ausgewiesen, die auf ihrem katholischen Bekenntnis beharrten und sich nicht der anglikanischen Kirche anschließen wollten. Es gibt aber keinen Beweis dafür, dass die Burg jemals tatsächlich in dieser Weise genutzt wurde.