Efter att engelsmannen Dwain Chambers erkänt att han varit dopad gick guldet på 100 meter i Europamästerskapen i friidrott 2002 i efterhand till Obikwelu, en titel han försvarade då han vann Europamästerskapen i friidrott 2006 i Göteborg på det nya mästerskapsrekordet 9,99. Obikwelu vann även 200 m i samma mästerskap på tiden 20,01 s., liktydigt med portugisiskt rekord. Obikweulu blev genom detta, tillsammans med belgiskan Kim Gevaert, den förste sedan 1978 att vinna både 100 m och 200 m vid samma europamästerskap.