Pelo alvinegro italiano, Danilo garantiu a titularidade rapidamente e fez mais de 280 jogos em sete temporadas. Na temporada 2011–12, temporada em que a Udinese ficou em terceiro no Campeonato Italiano, o zagueiro foi o jogador de linha que mais atuou no campeonato e ajudou a equipe a ter a terceira defesa menos vazada. Foi escolhido como o vice-capitão da equipe atrás do ídolo Antonio Di Natale.