Obgleich ihm durch den Tod seines Bruders Alois I. Josef am 25. März 1805 das Fürstentum Liechtenstein zugefallen war, übernahm er als Feldmarschall-Lieutenant im Krieg mit Frankreich das Kommando eines Armeekorps und nahm mit der österreichischen Kavallerie in der Dreikaiserschlacht bei Austerlitz am 2. Dezember 1805 teil. Als Abgesandter Österreichs handelte er zunächst den Waffenstillstand, später den Frieden zu Pressburg aus. 1806 wurde er von Kaiser Franz I. zum Kommandeur der Stadt und Festung Wien ernannt. 1809 kämpfte er als Kommandeur der Kavallerie gegen Napoleons Armee bei Aspern und Essling (21./22. Mai), Wagram (5./6. Juli) und Znaim und handelte erneut den Waffenstillstand aus. Nach dem Rücktritt Erzherzogs Karl übernahm Fürst von und zu Liechtenstein am 31. Juli als Generalissimus den Oberbefehl über die Armee und schloss am 14. Oktober den Frieden von Schönbrunn ab. Da der Staat die Tributzahlung von zehn Millionen Gulden nicht aufbringen konnte, übernahm Fürst Johann Josef die Bürgschaft bei den Banken. Ab 12. September 1809 war er Feldmarschall. Im gleichen Jahr 1809 verliess er als Oberbefehlshaber die Österreichische Armee und widmete sich fortan seinem Land.