פראה שיחק במשך 7 שנים ברציפות במדי הנבחרת הלאומית של . הוא זומן לראשונה ב-1987 ושיחק בטורניר הקופה אמריקה שנערך בארגנטינה באותה שנה ובו קולומביה סיימה במקום השלישי. כעבור שנתיים השתתף בטורניר הקופה אמריקה שנערך בברזיל, שם כשלה קולומביה לעבור את שלב הבתים. פראה הפך לשחקן הרכב בנבחרת ואייש את מרכז ההגנה לצידו של אנדרס אסקובר. הוא עזר לקולומביה לסיים במקום הראשון בבית מוקדמות מונדיאל 1990 ולגבור על נבחרת ישראל בפלייאוף בדרך להעפלה ראשונה של הנבחרת למונדיאל לאחר 28 שנים. במונדיאל באיטליה שיחק פראה בכל ארבעת המשחקים של קולומביה, שהודחה בשמינית הגמר על ידי 1-2 לאחר הארכה. שיחק ב-1991 בטורניר הקופה אמריקה שנערך בצ'ילה ובו שוב סיימה קולומביה את בית הגמר במקום הרביעי. ב-1993 בטורניר שנערך באקוודור, קולומביה העפילה לרבע הגמר ופיגרה מול 0-1 עד לדקה ה-88. אז קיבל פראה מסירה מלאונל אלבארס ובבעיטה מרחוק הצליח לאזן את התוצאה. בסופו של דבר הייתה זו קולומביה שניצחה בדו-קרב פנדלים 3-5 והעפילה לחצי הגמר. את הטורניר היא סיימה במקום השלישי. באותה שנה שיחקה קולומביה במוקדמות מונדיאל 1994 וגם הפעם סיימה במקום הראשון כאשר היא מביסה את ארגנטינה במחזור האחרון 0–5 באצטדיון המונומנטל ומעפילה למונדיאל שני ברציפות שלה. בטורניר הגמר בארצות הברית קולומביה איכזבה וסיימה את הבית המוקדם במקום האחרון, מה שהיה גם סיום הקריירה הבינלאומית של פראה. בסך הכל שיחק פראה 78 משחקים במדים הלאומיים וכבש שני שערים: מול אורוגוואי ובמשחק ידידות שנערך ב-1988 מול ובו ניצחה קולומביה 0–3.