Dadurch wurde das Kloster sowie die Umgebung schwer in Mitleidenschaft gezogen. So musste das Kloster als Kriegssteuer 1526 die Hälfte alle Kirchenwertsachen für Kriegszwecke abliefern. Während der Ersten Wiener Türkenbelagerung im Herbst 1529 zogen einzelne Horden plündernd und gewalttätig umher, auch um eine Volksbewaffnung zu verhindern: „Am Pfinsttag nach Michaelis kam der Türk in 6000 starck gen Amstetten, machte Alles nieder, was sie antraffen; Viel Ort, Flecken und Dörffer, wurden verbrannt“ (Annales Styrenses). Dabei wurden auch in Säusenstein Menschen erschlagen, verschleppt und Häuser angezündet. Zu einer längeren Belagerung des Klosters kam es jedoch nicht, da das Stift durch Abt Johannes gut vorbereitet war. Die wichtigsten Urkunden und Wertgegenstände waren vorher schon nach Melk gebracht worden waren. Die Besitzungen des Klosters im Tullnerfeld wurden jedoch großteils zerstört.