Lorsqu'il prend la tête de la SNCF, Pierre-Eugène Fournier possède déjà une bonne connaissance du réseau ferré français à la suite de son rapport effectué dans les années 1930, qui préfigura la création de la SNCF. Cependant, le successeur de Pierre Guinand va devoir affronter de graves problèmes, particulièrement face à l'application de l'article 13 de la Convention d'Armistice. L'occupant refusait tout droit à la SNCF sur les territoires d'Alsace-Lorraine considérés comme parties intégrantes du Reich, certaines lignes du Nord de la France étaient sous la responsabilité de l'EBO de Bruxelles et enfin la ligne de démarcation coupait la France en deux.