Bedoya debytoi Yhdysvaltain jalkapallomaajoukkueessa tammikuussa 2010 Hondurasia vastaan. Hän ei kuitenkaan kuulunut päävalmentaja Bob Bradleyn miehistöön saman vuoden MM-kisoissa. Hän oli mukana sekä vuoden 2011 Gold Cupissa, josta tuli hopeaa, että mestaruuteen päättyneessä vuoden 2013 Gold Cupissa. Avausmaalinsa maajoukkueessa Bedoya teki heinäkuussa 2013 Guatemalan verkkoon. Hän kuului päävalmentaja Jürgen Klinsmannin miehistöön myös vuoden 2014 MM-kisoissa, joissa Bedoya pelasi jokaisessa Yhdysvaltain neljästä pelistä, kun joukkue selviytyi 16 parhaan joukkoon. Vuoden 2015 Gold Cupissa Bedoya pelasi kolmessa ottelussa. Hän on pelannut kaikkiaan 66 maaottelua ja tehnyt niissä kaksi maalia.