Um importante contributo para a identidade da Igreja Católica Eslovena ocorreu em 1991 com a Declaração de Independência do País por meio da Guerra dos Dez Dias. Em 1992, as relações diplomáticas entre o novo estado e a Santa Sé foram oficializadas e, em janeiro de 1993, foi estabelecida a conferência episcopal nacional. Em 2006, o Papa Bento XVI elevou à categoria de arquidiocese metropolitana também a diocese de Maribor e erigiu novas dioceses em Novo Mesto, Celje e Murska Sobota.