С началом Великой Отечественной войны, в июле 1941 года С. А. Краснопевцев стал командующим артиллерией Лужской оперативной группы, с июля 1941 года — начальник штаба артиллерии Северного фронта, с сентября 1941 года — начальник штаба артиллерии Ленинградского фронта, с ноября 1941 года — командующий артиллерией 8-й армии, участвовал в Ленинградской стратегической оборонительной операции. С апреля 1942 года — командующий артиллерией Северо-Кавказского направления (с мая 1942 года — Северо-Кавказского фронта), участвовал в Битве за Кавказ. С ноября 1942 года — командующий артиллерией 2-й гвардейской армии Южного фронта, участвовал в Сталинградской битве. С марта 1943 года — командующий артиллерией Южного фронта (с 20 октября 1943 года — 4-й Украинский фронт), участвовал в Донбасской операции, Битве за Днепр, Никопольско-Криворожской наступательной операции, Крымской операции. С мая 1944 года — командующий артиллерией 3-го Прибалтийского фронта, участвовал в Тартуской и Прибалтийской операциях. С. С. Бирюзов вспоминал: Я знал его ещё в то время, когда учился в академии. Он преподавал нам курс артиллерии и по праву считался большим мастером своего дела.&lt;br&gt;В период совместной службы на Южном фронте мне довелось ещё раз убедиться в этом, а также в изумительной храбрости Семена Александровича. Но не любил он по-настоящему заниматься штабными делами, вникать в документы. Помнится, спрашиваю я его однажды:&lt;br&gt;