С. В. Кустов служил в разведроте одной из дивизий особого назначения. Уже в 1992 году участвовал в боевых действиях в районе осетино-ингушского конфликта. Затем более года провёл в спецкомандировке в Чечне. За проявленную там отвагу был награждён медалью «За отличие в воинской службе», а в 1995 году, после тяжёлого ранения, медалью ордена «За заслуги перед Отечеством» II степени с мечами. Сергей Кустов был также обладателем «крапового берета».