義勇與團練於川楚教乱後逐渐成為清朝武装力量之一，由於清軍不善游击战，所以鼓勵地方建立義勇與團練協助清軍鎮壓，1799年清廷正式同意组建團練。太平天國之亂與捻亂時，由於清廷的正规军腐敗無能，且不善游击战，地方官员曾国藩整合江忠源、胡林翼與罗泽南義勇，成立湘軍。湘軍作戰能力強，屢次擊敗太平軍。監視太平天國天京的江南大营被攻破后，湘軍成為清廷唯一抵禦太平軍的力量。1860年曾国藩的门生李鸿章于安徽一带建立淮军。平定捻亂时，僧格林沁率領的八旗軍中捻軍埋伏全滅，後來有賴淮军才平定之。當時如豫军、东军、滇军、川军等義勇也陸續建立起来。這些地方軍成為清朝晚期平定內亂、抵禦外侮的主要力量。然而不管是湘軍或淮軍皆以「兵隨將轉，兵為將有」為方針，與後來的北洋軍形成聽命於個人的軍閥勢力，這個作風深刻影響著民國軍事。