כמו יישובים רבים בנגב המערבי והעיר שדרות, סובלת המכללה משנת 2003 מאיום מתמשך של רקטות המשוגרות על ידי ארגוני טרור מרצועת עזה הסמוכה. במהלך השנים נפלו בסביבות המכללה למעלה מ-2,000 רקטות, כ-40 נפלו בתוך שטח הקמפוס, חלקן בפגיעות ישירות במבנים. רקטת קסאם שנורתה ביולי 2007 גרמה לפציעת סטודנטית ובפברואר 2008 נהרג סטודנט מפגיעת רקטה והלימודים הופסקו ליום אחד. עקב התקפות הרקטות הושבתו הלימודים במכללה מספר פעמים גם בשנת הלימודים תשס"ז. במהלך מבצעי "עמוד ענן" ו"צוק איתן" הופסקה הפעילות במכללה.