Одмах по завршетку рата против Бугарске, Мишић је по други пут пензионисан. Као повод за ово друго Мишићево пензионисање искоришћена је Албанска побуна и упад албанске нерегуларне војске на српску територију у септембру 1913. године. У ишчекивању завршетка обележавања међународне границе са новонасталом албанском државом, српска војска је оставила три пука на левој обали Дрима, са око 3.000 људи. Међутим Аустроугарска је саботирала напоре међународне комисије да обележи границу, а у исто време слала оружје и официре, коју су обучавали Албанце за напад на српску територију. То је рађено како би се спречила мирна консолидација српске управе на новоослобођеним територијама и да се на штету Србије и Црне Горе, реализовао план грофа Берхтолда о великој Албанији. Српска влада је била обавештена о тим припремама, док је Врховна команда сматрала да према Албанији треба поставити 50.000 војника. Министар финансија Лазар Пачу је изјавио да држава нема довољно новца за издржавање толике војске. Док су се они договарали, Албанци предвођени аустроугарским и бугарским официрима, 7. септембра, извршили су препад на српске снаге и начинили страшан масакр. Србија је затим брзо мобилисала три дивизије, разбила албанску нерегуларну војску и поново запосела старе положаје. Епилог је имао тешке последице – погибија 1.000, а рањавање 2.500 војника. За овај инцидент је требало наћи кривца.