Gitte Aaen fikk sin debut på det danske landslaget den 14. juni 2003. Hennes første sluttspill var i EM i 2008 i Makedonia. Få dager før EM i 2010 på hjemmebane hadde hun i alt spilt 36 kamper og scoret 101 mål for landslaget. Aaen ble ikke tatt ut til mesterskapet, da Ann Grete Nørgaard ble foretrukket som venstre kantspiller av landslagstrener Jan Pytlick. Landslagstreneren tok senere ut Gitte Aaen og 2 andre spillere, som skulle stå klar til å supplere troppen ved eventuelle skader. Dette ble 16. desember en realitet for Gitte Aaen, da Mie Augustesen ble skadet og Aaen ble innkalt som hennes erstatning.