Depuis la saison 2015-2016, il est l'entraîneur en chef du Stade toulousain, succédant ainsi à Guy Novès. Il partage ce rôle avec Régis Sonnes en 2018-2019, saison ponctuée de nombreux records sportifs au terme de laquelle le club décroche le titre de champion de France. En 2021, il mène l'équipe au deuxième doublé de son histoire en remportant la Coupe d'Europe et le Championnat de France.