Con la BMW Sauber ebbe un inizio di campionato discreto e portò alla scuderia i primi punti in Formula 1, giungendo settimo in Malesia. Nelle successive quattro gare riuscì a giungere tra i primi otto in tre occasioni, marcando come miglior risultato un sesto posto al Gran Premio d'Australia. Villeneuve, però, pagò anche alcuni ritiri che gli tolsero punti importanti: in Canada, occupava l'ottava posizione a nove giri dal termine, ma durante il doppiaggio di Ralf Schumacher, a causa delle turbolenze generate dalla Toyota, si ritrovò improvvisamente senza carico sull'anteriore e questo lo fece andare largo, costringendolo a un impatto contro le barriere.