Mientras tanto, el ejército peruano acantonado en el puerto de Iquique, que estaba al mando del general Juan Buendía, decidió avanzar hacia el interior. Buendía confiaba en la llegada de las fuerzas de Daza para romper las líneas chilenas. Pero la noticia de la deserción de Daza causó un tremendo efecto desmoralizador en las tropas peruanas, sufriendo estas una grave derrota en San Francisco, el 19 de noviembre.