En el año 1936 la ermita fue asaltada por grupos anticlericales y se perdieron los retablos originales. Durante la Guerra Civil, la ermita y sus edificios anejos quedan muy dañados por encontrarse en las inmediaciones de un frente de batalla que existió durante casi dos años y medio. Al finalizar la contienda el edificio estaba tan deteriorado por el efecto de los proyectiles que sólo mostraba en pie sus muros maestros de fábrica y la cúpula ochavada. Los chapiteles de pizarra quedaron agujereados por el bombardeo artillero; los paramentos exteriores derribados. La talla de la virgen quedó destrozada y la nueva se encargó al escultor Víctor González Gil. Finalmente fue declarada Monumento Nacional en 1945, año en el que comenzó su completa reconstrucción. Del encargo se hizo cargo al ingeniero Carlos Mendoza (autor de la canalización del Manzanares). La reconstruida nueva ermita fue inaugurada de nuevo en 1951. La reconstrucción fue mencionada en el NO-DO, se confirió una condecoración al párroco de Santa María de la Cabeza y se efectuó una romería a la misma ermita. Con posterioridad se volvió a restaurar, eliminando el revoco de las fachadas y dejando al aire los ladrillos y la sillería de sus paramentos. En esta restauración se volvieron a poner las pizarras en su cubierta, retirando las planchas de cinc que había desde 1789. Entrado el siglo XXI el conjunto del paseo y la ermita se incluyeron en el entorno de Madrid Río.