Von Herbst 1936 an wurden mit dem Fährschiff Baumaterialien zur Heeresversuchsanstalt Peenemünde transportiert. Von Sassnitz aus wurden geheime Transporte von Technik und Anlagen durchgeführt. Auch die Raketenversuchsanlagen auf der Greifswalder Oie wurden durch die "Stralsund" mit Material versorgt. Die Bombardierung Peenemündes in der Nacht zum 18. August 1943 überstand das Schiff ohne Schäden.