Возвратившись в Россию, он был назначен в 1863 году сперва исполняющим должность главного доктора, а затем, в 1867 году, старшим ординатором Николаевского морского госпиталя в Кронштадте. Филиппович участвовал в качестве военного врача войне Черногории с Турцией.