L'histoire révèle progressivement qu'entre la série d'origine et la nouvelle, a eu lieu la dernière grande Guerre du Temps, qui a eu pour conséquences la destruction totale des Daleks et des Seigneurs du Temps - le Docteur étant à la fois le responsable de l'issue de cette guerre et le seul survivant. Au début assez sombre, ce qui effraie Rose, il se déride grâce à sa présence à ses côtés. Souvent joyeux ou plaisantin, il est aussi bien plus torturé que ses prédécesseurs, marqué à vie par cette Guerre du Temps, et n'hésite pas à devenir violent quand la situation l'exige ; il est stupéfait de découvrir, dans l'épisode "Dalek", qu'un Dalek a également survécu. Ce dernier, ayant utilisé l'ADN de Rose pour se remettre d'aplomb, se découvre alors des caractéristiques humaines, se déteste puis met fin à sa propre vie.