Berhalter debuteerde op 15 augustus 1994 voor het Amerikaans voetbalelftal in een vriendschappelijke wedstrijd tegen Saoedi-Arabië. Hij maakte deel uit van de Amerikaanse selecties op de Copa América 1995 (4e), de CONCACAF Gold Cup 1998 (2e), de FIFA Confederations Cup 1999 (3e) en 2003 en het wereldkampioenschap voetbal 2002 en 2006. Hij speelde tot in 2006 in totaal 44 interlands.