Im Vorfeld des Großereignisses geriet Zátopek erstmals mit der tschechoslowakischen Staatsführung in Konflikt, als er erfuhr, dass sein Landsmann Stanislav Jungwirth von den Spielen ausgeschlossen werden sollte, weil dessen Vater wegen des Verteilens von regimekritischen Flugblättern verhaftet worden war. Daraufhin drohte der außerordentlich populäre Zátopek mit seinem Startverzicht und erzwang so wegen erwarteter Medaillengewinne und aus Furcht vor Prestigeverlust Jungwirths Teilnahme. Dass derartige gewagte Schritte zu Nachteilen führen konnten, hatte 1950 – zwei Jahre zuvor – die Verhaftung eines Großteils der tschechoslowakischen Eishockeynationalmannschaft (Weltmeister 1947) gezeigt: Die „staatsgefährdender Hetze“ Beschuldigten waren zu langjährigen Haft- und Arbeitsstrafen verurteilt worden. Unbehelligt blieb Zátopek nicht. Nach den Spielen lud ihn General Václav Kratochvíl (1903–1988) zu einer Anhörung ins Innenministerium, dem ein Schreiben vorlag, in dem Zátopek der Insubordination beschuldigt wurde. Schlussendlich wurde wegen Zátopeks sportlichen Erfolgen die Anschuldigung fallengelassen.