A diadal után felmerült a kérdés, hogy mi történjen a várossal. A vezérek korábbi esküje értelmében vissza kellett volna kerülnie Bizánchoz, de – Rajmund kivételével – valamennyien úgy vélték, hogy mivel Alexiosz (aki az ostrom alatt Kis-Ázsiába vezetett hadjáratot) nem sietett a segítségükre, elárulta őket, és az eskü érvénytelenné vált. Bohemund magának követelte a várost, de Rajmund – aki szerette volna magát látni a sereg élén – szembeszállt vele. A két vezér konfliktusát Adhemar püspök tompította, míg augusztus 1-jén a városban kitörő járvány el nem vitte. A vita megbénította a sereget, amely közben megostromolta a környező városokat és várakat, és próbáltak élelmet szerezni a további útra. November 5-én összeült a vezérek tanácsa és több napos veszekedés után eldöntötték, hogy Bohemund kapja a város háromnegyedét, de tovább kell mennie a többiekkel Jeruzsálembe. Ezután Maarrat an-Numán városának ostroma közben ismét vita tört ki a két vezér között és a korábbi megállapodást felrúgták. Közben a katonák – akiket nem érdekeltek a hatalmi harcok és mielőbb Jeruzsálembe akartak érni, valamint úgy kifogytak az élelemből, hogy már a kannibalizmusra fanyalodtak – fellázadtak. Rajmund végül 1099. január 13-án továbbindult, a többiek pedig (Bohemund és Balduin kivételével, akik Antiókhiában, illetve Edesszában maradtak) több-kevesebb késlekedéssel követték őt a Jeruzsálembe vezető úton.