Aaro Pajarin isä oli Suomalaisen puolueen kansanedustaja ja opettaja Olli Pajari ja äiti Maria Helena Laatunen. Ylioppilaaksi Pajari kirjoitti vuonna 1916 Lahden yhteiskoulusta, seuraavana vuonna hän liittyi suojeluskuntaan, osallistui Suomen sisällissotaan joukkueenjohtajana ja komppanianpäällikkönä. Pajari haavoittui Oulun ja Heinolan taisteluissa. Hän suoritti vuosina 1918–1919 lyhyitä tilapäisupseerikursseja ja jäi sotilasuralle. Pajari osallistui Aunuksen retkeen, suoritti Kadettikoulun tutkinnon ulkopuolisena ja yleni kapteeniksi 1923. Pajari suoritti Sotakorkeakoulun ensimmäisen kurssin vuosina 1924–1926 ja sai yleisesikuntaupseerin arvon 1931. Hän palveli komppanianpäällikkönä eri joukko-osastoissa 1919–1926, suojeluskuntapiirin päällikkönä Pohjois-Karjalassa 1926–1930 ja Pohjois-Hämeessä 1932–1939. Välillä hän oli kaksi vuotta suojeluskuntain esikunnan koulutusosaston päällikkö.