המלחמה העות'מאנית-רוסית (1877–1878) שינתה את פניו המדיניים של הבלקן. אזור מקדוניה נותר השטח האירופי היחיד שנותר בידיים עות'מאניות, ואליו זרמו תושבים רבים ממוצא טורקי. במקביל, סיכומי קונגרס ברלין הביאו לדריסת רגל של המעצמות בשטחים אלו ולמונסטיר הגיעו נציגים דיפלומטיים, פקידים ומהנדסים אירופיים. ב-1897 עלו באש הקורטיז'וס, ככל הנראה כתוצאה מהצתה יזומה על ידי השלטונות או מי מטעמם. אנשי הברון הירש טיפלו בנפגעי השרפה ועשרות מהם עלו לארץ ישראל והתיישבו בירושלים. בשלהי המאה ה-19 וראשית המאה ה-20 היה גל הגירה של סוחרים יהודים ובני משפחותיהם לעיר, וב-1902 הגיע הקהילה לשיא גודלה. ב-1903 פרץ מרד אילינדן נגד האימפריה העות'מאנית, בהמשך, ב-1910 פרץ מרד אלבני ושנתיים מאוחר יותר התחוללו מלחמת הבלקן הראשונה והשנייה אשר בסיומן עברה העיר לחזקת הסרבים לאחר יותר מ-500 שנות שלטון עות'מאני. במהלך מלחמת העולם הראשונה הייתה העיר בתוך קו החזית המקדונית וחרבה מהפצצות והפגזות בלתי פוסקות. בעקבות המצב הביטחוני, היגרו יהודי ביטולה בהמוניהם. חלקם למדינות סמוכות כגון יוון, או בהגירה פנימית בתוך ממלכת יוגוסלביה, חלקם לארץ ישראל המנדטורית, ורבים מעבר לים לארצות הברית וצ'ילה. עד ראשית שנות ה-30 היגרו מהעיר למעלה מ-6,000 מיהודי ביטולה. הקהילה שנותרה הייתה במצב כלכלי קשה. תקופה זו לוותה בפעילות משמעותית של התנועה הציונית שהובלה על ידי ראש הקהילה ליאון קמחי.