Alemán proseguì con la via anticlericale intrapresa dalla politica messicana fin dalla Rivoluzione, ma sotto la sua presidenza ci furono delle aperture alle funzioni religiose. Aperture molto timide ed informali in quanto (a differenza di altri ambiti), il presidente non modificò gli articoli restrittivi della Costituzione. I culti rimasero in gran parte limitati alle mura domestiche.