Rota war von 1899 bis 1918 Teil der deutschen Kolonie Deutsch-Neuguinea. Am 21. Oktober 1914 wurde Rota von japanischen Truppen besetzt. Im Pazifikkrieg wurde Rota im Rahmen der Strategie des Inselspringens anders als die Nachbarinseln Guam und Tinian nicht von den amerikanischen Streitkräften besetzt, sodass die Garnison, die aus ca. 2.000 Angehörigen der Kaiserlich Japanischen Armee und Marine bestand, bis zur Kapitulation am 2. September 1945 auf der Insel verblieb.