Sebbene nel XVI secolo avesse raggiunto un relativo benessere, nel secolo successivo, Šiauliai venne prima devastata nel corso del Diluvio e poi fu afflitta da epidemie di peste. A causa della disastrosa situazione in cui versava l'area, i contadini locali si ribellarono, ed a quel punto Antoni Tyzenhaus elaborò una serie di progetti che portarono Šiauliai al suo antico splendore. Decise infatti di riorganizzare la città secondo i più moderni canoni urbanistici. Essa divenne un importante centro culturale e scolastico e, dopo le spartizioni della Polonia, passò sotto il controllo dell'Impero russo e fu ribattezzata dai russi Шавли ("Šavli") o Шавель ("Šavel"').