Después de dejar el cargo como Primer Ministro, Bongho-Nouarra volvió a actuar como coordinador de los partidos pro-Lissouba en la campaña para las elecciones parlamentarias de mayo – junio de 1993. También continuó ocupando cargos de alto nivel durante la presidencia de Lissouba, sirviendo como Asesor Especial del Presidente de la República, con el rango de Ministro de Estado, como Presidente del Comité Sociocultural, y luego como Ministro de Defensa Nacional. Dejó Congo-Brazzaville en el momento de la Guerra Civil de 1997, pero regresó temporalmente para un diálogo nacional en 1998. Mientras estaba en el exilio, respaldó a un grupo en el exilio, el Frente Patriótico para el Diálogo y la Reconciliación Nacional (FPDRN), que pidió la paz y la reconciliación y no desafió la legitimidad del presidente Denis Sassou-Nguesso. Este grupo fue fundado en París en octubre de 2000. Bongho-Nouarra vivió en Bruselas, Bélgica, con mala salud durante varios años antes de morir allí el 7 de octubre de 2007. El 8 de octubre, Sassou Nguesso calificó su muerte como "una gran pérdida". El cuerpo de Bongho-Nouarra fue devuelto a Congo-Brazzaville el 22 de octubre y fue enterrado en un cementerio en Brazzaville el 23 de octubre.