Villeneuve németországi balesete után a magyar nagydíjon már nem vett részt. Helyére az újonc Kubicát helyezték, akit élete első versenyén diszkvalifikálták, mert autója 2 kilogrammal könnyebb volt a megengedettnél. A csapat ezzel egy hetedik helyet és 2 pontot veszített. Nick Heidfeld viszont harmadik lett, 6 pontot szerezve ezzel az új csapatnak. Kubica után új tesztversenyzőjük a német Sebastian Vettel lett. Vettel a török nagydíjon tesztelhetett először, a második szabadedzést pedig meg is nyerte. Az olasz nagydíjon Kubica harmadik lett. 2006-ban 15 alkalommal ért be pontszerzőként a BMW Sauber valamelyik versenyzője. A 36 ponttal a csapat az ötödik helyet szerezte meg a konstruktőr-világbajnokságban.