Nach dem Zweiten Weltkrieg und der damit einhergehenden japanischen Besetzung kam die Kolonie 1945 wieder unter portugiesische Kontrolle. Kurz darauf erkämpfte sich Indonesien die Unabhängigkeit von den Niederlanden. Das niederländische Westtimor wurde Teil Indonesiens. 1951 erhielt Portugiesisch-Timor den Status einer Überseeprovinz. 1962 versuchte Indonesien Westneuguinea zu besetzen, um seine Unabhängigkeit zu verhindern, und letztendlich wurde 1963 eine Übergabe an Indonesien vereinbart. Indonesische Diplomaten erklärten vor den Vereinten Nationen, dass ihr Land kein Interesse an Gebieten außerhalb des ehemaligen Niederländisch-Ostindien habe. Portugiesisch-Timor wurde hier explizit genannt. Grund dafür war auch die Bindung indonesischer Kräfte in Westneuguinea, wo man versuchte, die Kontrolle zu gewinnen. Zweifel an der Aussage blieben aber aufgrund der antikolonialen Polemik der Regierung Indonesiens.