John Amdisen nåede ni A-landskampe, seks B-landskampe (anfører tre gange), fem U-21 landskampe og en enkelt U-19 landskampe (hvor han scorede sit eneste landsholdsmål). I 1964 var han med i Danmarks trup, der blev nr. fire ved EM-slutrunden i Spanien, dog uden at komme i kamp.