Am 1. Oktober 1939 wurde die Schule wie alle privaten und konfessionellen Schulen der Stadt durch die Nationalsozialisten verstaatlicht. Bei den großen Luftangriffen auf Hamburg 1943 wurde die Schule schwer beschädigt und geschlossen. Erst vierzehn Jahre später konnte die Wichern-Schule 1957 neu eingeweiht werden und wurde nun auch für Mädchen zugänglich.