Na de Franse overwinning van de Slag bij Austerlitz van 2 december kon Napoleon een leger naar Zuid-Italië zenden. Ferdinand vluchtte op 23 januari 1806 overhaast naar Palermo, snel gevolgd door zijn vrouw en zoon, en op 14 februari vielen de Fransen opnieuw Napels binnen. Napoleon verklaarde dat de Napolitaanse kroon het huis van Bourbon was afgenomen en maakte zijn broer Jozef Bonaparte koning van Napels en Sicilië. Ferdinand bleef echter onder Britse bescherming regeren over Sicilië. Het eiland werd al sinds lang op feodale wijze geregeerd en Lord William Bentinck stond erop dat de grondwet werd hervormd naar Frans en Engels voorbeeld. De koning deed inderdaad afstand van zijn macht en wees zijn zoon Frans aan als regent. De koningin werd verbannen naar Oostenrijk, waar ze in 1814 stierf.