מונגוליה השתתפה לראשונה במשחקים הפאראלימפיים באולימפיאדת הנכים סידני (2000), כששלחה למשחקים שני ספורטאים, ומאז משתתפת במשחקים דרך קבע. במשחקי החורף השתתפה מונגוליה לראשונה באולימפיאדת הנכים טורינו (2006).