Antes de iniciar sua brilhante carreira no exército austríaco, Fernando frequentou a academia militar de Viena. Em 1805, durante a Terceira Coligação contra a França, foi comandante-em-chefe das forças austríacas, tendo o general Karl Mack von Leiberich como chefe de seu estado-maior. Em outubro seu exército foi cercado na Batalha de Ulm. O general Mack acabou se rendendo, mas Fernando conseguiu escapar para a Boêmia com 2.000 homens da cavalaria. Lá, ele reassumiu o comando das tropas e reuniu a milícia local. Com um total de 9.000 homens, entrou em Iglau para dispersar a atenção dos movimentos da coalizão. Fernando conseguiu deter a divisão bávara do príncipe Karl Philipp von Wrede, impedindo sua participação na Batalha de Austerlitz.