Joitain hallituksen politiikkaa, mm Tšetšenian sotaa arvostelleita toimittajia ja poliitikkoja on murhattu tai muuten kuollut Venäjällä eikä syyllisiä ole saatu kiinni. Esimerkiksi Galina Starovoitava murhattiin 1998, melko pian sen jälkeen kun Putin oli noussut Pietarin turvapalvelun johtajaksi. Lehtimiehistä muun muassa Igor Domnikov kuoli oudosti. Ensimmäisen Tšetšenian sodan sovitellut kenraali Aleksandr Lebed kuoli helikopterionnettomuudessa 2002, ja vuonna 2003 tapettiin Sergei Jutšenkov, joka oli ollut mukana Moskovan kerrostaloräjähdyksiä tutkivassa niin sanotussa Kovalevin komiteassa, jonka muita jäseniä myrkytettiin, mukiloitiin ja joista selvinneet menettivät paikkansa duumassa. Venäläisen Forbes-lehden pääjohtaja tutki Tšetšenian jälleenrakennusvarojen väärinkäyttöä ja murhattiin, niin kuin vastaavia asioita tutkinut Andrei Kozlovkin. Tšetšenian sotaa ja Putinin Venäjää arvostellut toimittaja Anna Politkovskaja murhattiin lokakuussa 2006.