Flåten ble del av den sovjetiske marine etter oktoberrevolusjonen, og fikk i 1935 hedersnavnet "Den baltiske røde banner-flåte". I april 1939 ble Vladimir Tributs (Влади́мир Три́буц) dens øverstkommanderende, en stilling han hadde frem til 1947. I Vinterkrigen mot Finland 1939-1940 var den baltiske flåten preget av forsyningsproblemer, tekniske utilstrekkeligheter, svakt utdannelsesnivå og manglende etterretning, og den fikk derfor ingen innflytelse på kamphandlingenes forløp. Flåtens fly slapp rundt 64,5 tonn bomber på øyer i Finskebukta, men finnene hadde i det alt overveiende evakuert øyene. Det eneste finske kystbatteriet på øyene ble ikke slått ut under angrepene. I slutten av desember var flåten ute av spill på grunn av pakkis i farvannene.