Após iniciar boa fase no Boca Juniors em 1991, recebeu suas primeiras convocações para defender a "Albiceleste". Naquele ano, disputou a Copa América, sagrando-se artilheiro da competição, com seis gols, um deles sobre o Brasil, no quadrangular final que decidiu o torneio. Um ano depois, Batistuta ganha com os albicelestes a Copa das Confederações, marcando 2 gols no torneio. Em 1993, participa com Argentina da Copa Artemio Franchi contra a Dinamarca, campea europeia vigente, e ganaha mais um título com Argentina. Nesse mesmo ano 93, na Copa América de 1993, foi novamente campeão, embora marcou apenas 3 vezes, dois desses gols foram decisivos: foram os dois na vitória por 2 x 1 sobre o México, na final, dando o 14º título continental à Argentina - que ficava isolada como a maior vencedora.