Von Darwin aus wurde die Sloop hauptsächlich zur U-Boot-Jagd und als Geleitschutz für Konvois eingesetzt, die Nachschub für die alliierten ABDA-Streitkräfte transportierten, die den japanischen Vormarsch in Südostasien aufhalten sollten. Ihre erste Feindberührung hatte die "Warrego" als Teil des Geleitschutzes für einen Konvoi nach Kupang, der dringend benötigte Verstärkung für die Verteidigung von Timor geladen hatte, unter anderem ein australisches Pionierbataillon und ein Artilleriebataillon der US Army. Der Geleitschutz war entsprechend groß, neben der "Warrego" der schwere Kreuzer "USS Houston", der Zerstörer "USS Peary" und die Sloop "HMAS Swan", ein Schwesterschiff der "Warrego". Der Konvoi wurde am 16. Februar von 54 japanischen Flugzeugen angegriffen. Es gab im Konvoi zwar nur leichte Schäden durch Nahtreffer, aber aufgrund der Heftigkeit des Angriffs und da bis zum Erreichen von Kupang mit weiteren schweren Angriffen zu rechnen war, sah sich der Konvoi gezwungen, nach Darwin zurückzukehren. Drei Tage später lag die "Warrego" daher im Hafen von Darwin, als die Maschinen von vier Flugzeugträgern des Kidō Butai die Stadt am 19. Februar angriffen. Bei dem Luftangriff auf Darwin entstand schwerer Schaden in der Stadt, zahlreiche Schiffe wurden versenkt oder beschädigt, darunter auch die vier Transporter des Konvois und die "Peary", die nach fünf Treffern sank. Die "Warrego" selbst hatte Glück und wurde nicht beschädigt. Sie lief danach Sydney an, wo sie bis Ende Mai 1942 neu ausgerüstet wurde.