Ferdinands "geheul" met Oostenrijk en Engeland irriteerde Napoleon Bonaparte echter. Na de Slag bij Austerlitz (2 december 1805) zond hij zijn broer Jozef Bonaparte eropuit om Napels te veroveren. Ferdinand vluchtte, waarop Napoleon Napels bij Frankrijk inlijfde. Op 30 maart 1806 verklaarde hij het onafhankelijk met Jozef als koning. Toen deze in 1808 koning van Spanje werd, installeerde de Franse keizer zijn zwager Joachim Murat op de Napolitaanse troon. Murat verwierf een zekere populariteit door het afschaffen van het feodalisme en het invoeren van een uniform wetstelsel.