Duycker was vervolgens werkzaam als compagniescommandant en werd in 1829, op voorspraak van Prins Frederik, benoemd tot ridder in de Orde van de Nederlandse Leeuw. Tijdens de Belgische Opstand bevond hij zich in de Citadel van Luik en in de jaren 1830-34 behoorde hij tot het garnizoen van de vesting Maastricht, die toen door het opperbevel van generaal Dibbets en van de plaatselijke commandant, generaal Brade, behouden bleef. Duycker vervulde hier zijn functie als leider van de zogenaamde mobiele colonne, die als zodanig was belast met de dagelijkse veldontdekkingen en onder meer optrad bij de gevechten van Castert en Smeermaas, of die tot de voorhoede behoorde bij de demonstraties, die het garnizoen van Maastricht in de eerste dagen van 1831 tegen een gedeelte van het Belgische Maasleger in de richting van Tongeren en Hasselt verrichtte. In 1881 verkreeg Duycker, onder meer voor genoemde verrichtingen, de Militaire Willemsorde derde klasse toegekend. Aan het eind van 1858 werd hij benoemd tot luitenant-generaal en in 1866 vroeg en verkreeg hij zijn eervol ontslag uit de militaire dienst. Duycker was ridder der Militaire Willems-Orde derde klasse, commandeur in de Orde van de Nederlandse Leeuw, grootkruis van de Eikenkroon en commandeur van het Legioen van Eer.