Selon l'historien Clarence A. Bacote, . Les Afro-Américains virent le déclenchement de la guerre de 1898 comme une opportunité pour démontrer leur patriotisme et les soldats noirs se battirent courageusement à El Caney et San Juan. Sous la pression des meneurs noirs, McKinley demanda au département de la Guerre de nommer des officiers afro-américains à des grades supérieurs à celui de lieutenant. L'héroïsme de ces soldats n'apaisa pas les tensions raciales dans le Sud et la seconde moitié de l'année 1898 fut marquée par plusieurs épisodes de violences raciales : 11 Afro-américains furent tués lors d'émeutes à Wilmington en Caroline du Nord. McKinley visita le Sud à la fin de l'année 1898 pour apaiser les sentiments séparatistes. Outre une visite au Tuskegee Institute et une rencontre avec le militant Booker T. Washington, il fit un discours à la législature de Géorgie et visita les mémoriaux confédérés. Il ne mentionna cependant pas les tensions ou les violences raciales. Si le président fut ovationné par les Blancs du Sud, de nombreux Afro-américains, exclus des cérémonies, se sentirent oubliés dans les actes et les paroles de McKinley.