Il 12 gennaio 2011 si trasferisce a titolo definitivo all'Atalanta per 4,7 milioni di euro, firmando un contratto fino al 2015. Esordisce con la nuova maglia tre giorni dopo, partendo da titolare nell'incontro disputato dall'Atalanta contro il Vicenza e pareggiato per 1-1. Segna il suo primo gol in nerazzurro il 5 febbraio nella vittoria contro il per 1-0. Chiude la stagione siglando la seconda marcatura in nerazzurro contro il alla sua sedicesima presenza con la squadra di Bergamo. Con l'Atalanta vince per il secondo anno di fila il campionato cadetto. Nel successivo campionato di Serie A mette a segno la sua prima doppietta nel match casalingo contro il (risultato finale 4-1). Nella partita contro l' del 18 marzo 2012 si infortuna al ginocchio, chiudendo anticipatamente la stagione, in cui ha realizzato 4 gol in 18 presenze. Il successivo 7 ottobre torna in campo dopo l'infortunio nella partita contro la . Il 28 novembre si infortuna nuovamente al ginocchio destro durante la partita di Coppa Italia contro il .