Báez nahm mit der uruguayischen U-20-Auswahl an der U-20-Südamerikameisterschaft 1985 in Paraguay teil. Das uruguayische Team belegte dort den vierten Rang. Im Verlaufe des Turniers wurde er von Trainer Aníbal Gutiérrez Ponce viermal (ein Tor) eingesetzt. Er debütierte am 2. Februar 1986 in der uruguayischen A-Nationalmannschaft. Sodann gehörte Báez dem Aufgebot bei der Copa América 1987 an, das den Kontinentalmeistertitel gewann. Insgesamt absolvierte er sieben Länderspiele, bei denen ihm ein persönlicher Torerfolg gelang. Sein letzter Länderspieleinsatz in der „Celeste“ datiert vom 9. November 1988.