Erster Kapitän des U-Boots wurde der Zivilist Samuel Eakin. Die "Alligator" wurde von dem Schlepper "Fred Copp" nach Hampton Roads geschleppt. Als erster Einsatz sollte Eakin zur Vorbereitung des Ersten Gefechts an Drewrys Bluff Hindernisse im James River sprengen. Eakin wies jedoch darauf hin, dass die Wassertiefe nicht ausreichte, dass im untergetauchten Zustand ein Taucher das Schiff durch die Schleuse verlassen könnte.