5 lipca 2006 roku, ponownie na torze Jerez, wziął udział w testach zespołu Formuły 1 BMW Sauber. Przed Grand Prix Turcji otrzymał superlicencję i został trzecim kierowcą zespołu, a następnie wystartował w zespole BMW Sauber w dwóch piątkowych treningach tej Grand Prix. Wziął udział w treningach także podczas Grand Prix Włoch. Pomimo koncentracji na mistrzostwach Formuły 3 Euro Series Vettel wziął udział jeszcze w treningach w Grand Prix Chin, Japonii i Brazylii.