Аполлон Жемчужников родился 22 декабря 1764 года, происходил из дворян. Воспитывался в Сухопутном кадетском корпусе, из которого выпущен 18 февраля 1785 г. поручиком в Ревельский мушкетерский (впоследствии егерский) полк. В 1792 и 1794 гг. участвовал в войне с Польшей, а 1794 — в подавлении восстания на захваченных польских землях.