Il periodo di forma mostrato ai mondiali è proseguito ai campionati europei di Budapest dello stesso anno: oro nei 400 misti con la prima prestazione mondiale del 2006 e quarta prestazione mondiale di sempre. La Filippi è stata la prima donna italiana a vincere l'oro in un campionato europeo in vasca lunga. Ha vinto anche il bronzo (con primato italiano) nei 200 m misti e nuotato in finale sia nei 400 m stile libero, giungendo a 30 centesimi dal podio, che con la 4×200 m. A fine anno ha rivinto il titolo dei 400 m misti agli europei in vasca corta di Helsinki, dove è stata anche finalista nella 4×50 e nei 400 m stile libero.