La situazione interna al team venne inoltre esacerbata dall'insofferenza di Alain Prost, il quale trovava la vettura molto lenta e difficile da guidare (lamentandosi in particolare per la fragilità degli ammortizzatori e la durezza dello sterzo), accusando inoltre la squadra di aver intavolato trattative private per portare Ayrton Senna (pilota con cui il francese non intratteneva buoni rapporti) a Maranello. Al culmine dell'esasperazione, il 20 ottobre 1991, in un'intervista concessa al termine del GP del Giappone, Prost paragonò la 643 a un camion, questo per via dello sterzo particolarmente pesante e poco reattivo. Venutane a conoscenza, la Ferrari allontanò immediatamente il pilota francese, che nella gara conclusiva della stagione venne sostituito dal collaudatore Gianni Morbidelli.