La quiétude de la ville et de la communauté juive est interrompue par la guerre polono-suédoise de 1655-1656, connue sous le nom de déluge. En 1657, après avoir libéré Przedbórz des Suédois, les armées victorieuses de Stefan Czarniecki perpètrent à Przedbórz, comme dans plusieurs autres villes, dont entre autres Piotrków, des pogroms contre les Juifs, accusés de collaboration avec l'ennemi. La synagogue est détruite et les Juifs se replient alors pour prier dans de petites salles de prière.