V roku 1420 sa Žižka opäť prejavil ako geniálny veliteľ. Jeho vynikajúca stratégia prispela k úspešnej obrane Prahy a k porážke prvej krížovej výpravy v bitke na Vítkove 14. júla 1420. V roku 1421 sa podieľal na likvidácii sektárov v Tábore, v júni bol zvolený čáslavským snemom do dvadsaťčlennej dočasnej vlády. Pri dobývaní hradu Rábí v roku 1421 utrpel ťažké zranenie pravého oka.