Botanisk Haves historia går tillbaka till den 2 augusti 1600, då den första trädgården anlades genom ett kungligt gåvobrev vid de nuvarande Fiolstræde och Krystalgade. Den var mycket liten och användes speciellt av medicinare, innehöll inte mycket annat än de vanligaste läkeväxterna och kallades ofta "Studiegårdens hortus medicus" ("Studiegårdens medicinska trädgård"). Dess tillgångar var små och ofta tillfälliga; ett väsentligt bidrag var en gåva på 1200 kronedaler som professor Rasmus Bartholin skänkte 1696 så att räntorna kunde bidra till trädgårdens underhåll. Någon trädgårdsmästare var inte anställd och hela trädgården var bara ett bihang till en professorsbostad, där den för tillfället inlogerade professorn stod för underhållet oavsett hans intresse eller kunskaper på området. Det odlades knappast mer än sådär 200 arter och de var ordnade alfabetiskt. Efter Köpenhamns brand 1728 inskränktes trädgårdsområdet ytterligare för att ge plats till gatuutbyggnader. Denna trädgård fanns kvar till 1778, då den reducerades till en lustträdgård åt professorsbostaden.