Sau khi Kiev rơi vào tay Andrey Bogolyubsky của Vladimir-Suzdal vào năm 1169 và sau đó là Mông Cổ vào năm 1240 thì nhà thờ rơi vào tình trạng hư hỏng. Nó cũng bị hư hại rất nhiều vào thế kỷ 16 khi Ba Lan và Ukraina đang cố gắng hợp nhất các nhà thờ Công giáo và Chính thống. Vào thời kỳ này, nhà thờ gần như bị hủy hoại khi mái bị hư hỏng nặng và rất nhiều các bức tranh tường bị biến mất. Sau Liên minh Brest 1595-96 thì nhà thờ thuộc về Giáo hội Công giáo Hy Lạp Ukraina cho đến khi nó được tiếp quản bởi giám mục đô thành chính thống Đông phương Moldavia là Peter Mogila vào năm 1633. Mogila ủy thác công việc sửa chữa lại và phần trên của nhà thờ được xây dựng lại hoàn toàn, theo mô hình của kiến ​​trúc sư người Ý Octaviano Mancini theo phong cách kiến trúc Baroque Ukraina, trong khi vẫn giữ nguyên nội thất theo phong cách Byzantine. Công việc tiếp tục dưới thời Hetman Cossack là Ivan Mazepa cho đến năm 1767. Trong thời gian này, một tháp chuông, căng tin tu viện, lò bánh, nhà của tổng giám mục, cổng Zborovsky ở phía tây, cư xá tu viện, khuôn viên và một chủng viện được xây dựng. Các công trình này cùng với nhà thờ sau khi được xây dựng lại đều là những công trình đặc sắc của kiến trúc Baroque Ukraina.