В 1942 на Тимор вторглись японские войска. Мануэл Каррашсалан был арестован оккупантами, но через четыре дня освобождён. После освобождения он, как португальский патриот, примкнул к антияпонскому вооружённому сопротивлению. Был бойцом партизанского отряда.