El Terremoto de Lisboa de 1755 resquebrajó algunos muros y bóvedas, afectó a algunas esculturas y tallas, derribó varias alas de los ángeles situados en las pechinas de la cúpula, agrietó la gran cúpula y dañó la escalera monumental, lo cual permitió que los especialistas estudiaran el ingenioso juego de fuerzas que la mantiene "en el aire". Algunas señales del cataclismo permanecen en la actualidad.