Під час російсько-грузинської війни 2008 року 9 серпня потрапив до полону неподалік від Цхінвалі та до кінця року вважався зниклим безвісти. У грудні 2008 року Південна Осетія передала кілька понівечених тіл грузинських військовослужбовців до Грузії, де за аналізом ДНК була встановлена належність одного з тіл зниклому Георгію Анцухелідзе. Тіло Анцухелідзе було поховано у братській могилі на Мухатгвердському цвинтарі у Тбілісі. По смерті у Георгія залишилася дружина і двоє дітей.