Negli ultimi mesi del 1944 Ōnishi fu inviato alle Filippine e qui, il 5 ottobre, divenne assistente di stato maggiore della Flotta dell'Area Sud-occidentale; subito dopo (il 20 ottobre) fu nominato comandante in capo della 1ª Flotta aerea, con una forza teorica di circa 400 velivoli. I bombardamenti preparatori dei giorni passati e in quelli appena precedenti lo sbarco della 3ª e 7ª Forza anfibia statunitensi sull'isola di Letye avevano però distrutto, danneggiato o abbattuto quasi 350 dei suoi apparecchi: in queste circostanze avverse concepì una forma istituzionalizzata di attacco suicida condotto da velivoli. Tra il 1942 e il 1943 l'aviazione di marina e quella dell'esercito avevano visto calare la professionalità e il rendimento dei reparti aerei, rafforzati da reclute sempre meno addestrate ed equipaggiati con macchine di qualità inferiore ai velivoli avversari; perciò gli attacchi convenzionali su obiettivi militari erano divenuti sproporzionatamente dispendiosi in confronto ai magri risultati: come conseguenza si diffusero un feroce senso d'impotenza e lo scoramento. Già prima dell'ottobre 1944 si erano verificati casi di singoli piloti giapponesi che, spesso per i danni subiti dall'aereo o talvolta su decisione propria, maturata nel tempo, si erano gettati su una nave nemica: simili eventi furono però ignorati o messi da parte dagli stati maggiori. Lo stesso Ōnishi deprecò fermamente simili atti, almeno fino al giugno 1944, quando rimase profondamente colpito dall'annientamento dei gruppi aerei imbarcati durante la battaglia del Mare delle Filippine (più di 300 velivoli) senza alcuna contropartita.