Branden, der i 1728 lagde kirken øde, synes ikke at have have været så hård ved Helligåndshuset. Kilderne nævner i hvert fald ikke noget om, at der skulle være foretaget større reparationer i den forbindelse. I starten af 1780'erne havde en af granitsøjlerne forskubbet sig, og man indmurede alle søjler i en kraftig murstenskappe. Hvælvingernes kapper og ribber fik en påmuring, så de passede til søjlerne. Forbindelsesdøren til kirken, som må være blevet genåbnet, da kirken begyndte at bruge huset som kapel, blev muret til igen i 1805 og atter genåbnet i 1855, nu med nye fløjdøre.