Fleming non combatté sul campo con la 30AU, ma selezionò gli obiettivi e diresse le operazioni dal Quartier Generale. All'atto della sua costituzione il reparto contava circa trenta uomini, ma progressivamente il numero dei militari crebbe di oltre cinque volte, rinforzato con soldati provenienti da altre unità di Commando che furono addestrati anche presso il SOE. Alla fine del 1942 il Contrammiraglio Godfrey venne sostituito come capo del Naval Intelligence e l'influenza di Fleming nell'organizzazione diminuì, anche se mantenne il controllo della 30AU. Prima dello sbarco in Normandia, la maggior parte delle operazioni della 30AU si svolse nell'area del Mediterraneo, anche se prese parte segretamente al fallito raid di Dieppe. A causa dei suoi successi in Sicilia e nel resto dell’Italia, la 30AU godeva della massima fiducia da parte del servizio segreto della Marina. Nel marzo 1944 Fleming curò la distribuzione delle informazioni alle unità della Royal Navy in vista della operazione Overlord (in seguito seguì l'unità in Germania, dopo che questa aveva individuato nel castello Tambach gli archivi navali tedeschi dal 1870). Fleming ispezionò la 30AU durante l'Operazione Overlord, soprattutto a seguito dell'attacco a Cherbourg, nel corso del quale il reparto venne erroneamente utilizzato come forza commando regolare piuttosto che come unità di raccolta intelligence. Questo spreco di competenze specialistiche degli uomini, che rischiò di compromettere le operazioni d'intelligence, portò alla revisione dell'impiego di questo tipo di unità.