Instabilidade política, influências comunistas, rivalidades tribais e ódio de estrangeiros estavam entre os principais problemas enfrentados pela missão após a declaração de independência de 15 de agosto de 1960. Em 1965, todas as escolas católicas que não tinham o propósito de treinamento exclusivo na fé tornaram-se propriedade do Estado. Nos anos 80, sob um forte governo marxista, a vida política se estabilizou e os laços com a França permaneceram estabelecidos. No entanto, em 1990, foi alcançado um acordo para estabelecer um governo multipartidário. Indicativo da estima em que os líderes da Igreja eram mantidos na sociedade em geral e no âmbito político, foi quando o bispo OwandoErnest Kombo foi convidado a supervisionar as eleições parlamentares de 1992. Já as eleições de 1993 tiveram seus resultados contestados, e houve violência entre facções políticas concorrentes, que resultou num golpe militar. Durante esse período, os bispos congoleses emitiram repetidos apelos à paz e negaram acusações de que haviam ajudado os esforços para derrubar o novo presidente.