Највјероватније је Цетињски манастир од 1493. године постао стециште штампарских мајстора, а предпоставља се да је у једном периоду и Штампарија Црнојевића радила у једној од зграда манастирског комплекса. Манастир је 1496. године био напуштен, када је Ђурађ Црнојевић са породицом, калуђерима и 60 коњаника напустио Цетиње и кренуо ка Будви, а касније у Млетке. Живот у Манастиру обновљен је пола века касније. Цетињски манастир је срушен 1692. године, за време Морејског рата (1684 - 1699), у експлозији коју су, напуштајући Цетиње, подметнули Млечани, како би побили турске команданте. Девет година после рушења Манастира Црнојевића, 1701. године, владика Данило Петровић је подигао нови манастир, данашњи Цетињски манастир, недалеко од старог на рушевинама дворца Ивана Црнојевића.