Den von der Awami-Liga im März 1971 ausgerufenen Staat Bangladesch lehnte die Jamaat als eine weitere Aufspaltung der südasiatischen muslimischen Gemeinschaft mit großer Entschiedenheit ab. Während des Unabhängigkeitskriegs unterstützte die Jamaat die pakistanische Armee bei ihrem Völkermord an den Bengalen. Ghulam Azam stellte sich auf die Seite der Zentralregierung und half bei der Organisation paramilitärischer Verbände, der sogenannten Badr-Brigaden. Sie nahmen während und nach dem Krieg an der gezielten Ermordung bengalischer Intellektueller teil. Nach dem Krieg bemühte sich die Jamaat, die durch die Armee begangenen Gräueltaten zu verschleiern.