Небольшая купольная церковь находится в селе Земо-Никози — «верхней» части исторического поселения Никози — на правом берегу реки Большая Лиахви, на старом кладбище, около 100 метров к югу от Никозского собора. Располагавшаяся в непосредственной близости от зоны конфликта в Южной Осетии, церковь святых Архангелов не получила существенных повреждений в ходе российско-грузинской войны августа 2008 года, в отличие от сильно пострадавшего Никозского собора.