V nadcházející době napoleonských válek se Šternberk kvůli své strategicky významné poloze nedaleko Olomouce a zejména na důležité cestě do Slezska stal opět, stejně jako v dobách třicetileté války, důležitým místem přesunů a táboření armád. Jako první protáhla městem v prosinci 1798 část ruské armády generála Kutuzova následovaná v létě příštího roku ruským sborem generála Rimského-Korsakova a jeho spojenců z řad francouzských emigrantů pod velením prince de Condé. Těsně po nich se objevil ve Šternberku císařský pluk arcivévody Karla. V prosinci roku 1800 byla ve Šternberku zřízena zemská legie, jež však neměla dlouhého trvání a byla záhy po svém ustavení rozpuštěna. V roce 1805 prošel městem konvoj asi 30 000 vojáků a těsně před bitvou u Slavkova se přímo ve městě setkali ruský car Alexandr I. společně s rakouským císařem Františkem I. Po prohrané slavkovské bitvě procházelo Šternberkem nazpět mnoho zesláblých a nemohoucích vojáků. Ti také do města zavlekli epidemii tyfu, které podlehlo ve městě a nejbližším okolí na 2 400 osob. V roce 1809 došlo k veliké povodni na říčce Sitce, která podél svého toku způsobila poměrně velké hospodářské škody.