Nel 1826, van Heiden ottenne il comando della flotta russa nel Mediterraneo (assieme a Mikhail Lazarev). Il 27 ottobre 1827 divenne comandante di uno squadrone russo alla Battaglia di Navarino contro i turchi nell'ambito della Guerra d'indipendenza greca - una delle più importanti battaglie navali all'interno di quella guerra. Lo scontro si concluse con la sconfitta della flotta turco-egiziana e la distruzione della fortezza di Navarino. Van Heinden riuscì a sfuggire alla morte in questo scontro quando il ponte della nave sul quale stava ad osservare lo scontro venne colpito da una palla di cannone. La vittoria della battaglia lo portò alla promozione a Vice Ammiraglio ed all'aggiunta di nuove decorazioni. Il suo prestigio internazionale nel frattempo cresceva sempre più: i greci lo considerarono un salvatore dall'oppressione turca e ad Atene ancora oggi vi è la via van Heiden nel centralissimo quartiere di Victoria Square dove venne eretta una statua in suo onore. Il governo greco nel 1927, in occasione del centenario della guerra d'indipendenza, gli ha dedicato anche un francobollo.