Como oficial del ejército, Saleh tomó parte en el golpe de Estado que llevó a Omar al-Bashir al poder y fue miembro del Consejo de Mando Revolucionario para la Salvación Nacional, que gobernó a Sudán tras el golpe. Saleh alcanzó prominentes posiciones en las agencias de seguridad sudanesas. Fue director del Servicio de Seguridad Nacional de 1990 a 1995, Ministro del Interior de 1995 a 1998, Ministro de Asuntos Presidenciales de 1998 a 2000, Ministro de Defensa de 2000 a 2005 y nuevamente Ministro de Asuntos Presidenciales de 2005 a 2013.