В мае 1942 года был назначен на должность командира 288-й стрелковой дивизии 4-й армии Волховского фронта. С сентября 1942 года — командир 6-го гвардейского стрелкового корпуса 2-й ударной армии Волховского фронта. В октябре-декабре 1942 года корпус был передислоцирован на юг и вошёл в состав 1-й гвардейской армии Юго-Западного фронта. Под командованием Алфёрова принимал участие в Сталинградской битве. Особенно отличился в Среднедонской операции в декабре 1942 года, в которой участвовал в нанесении жестокого поражения 8-й итальянской армии (только пленных было взято свыше 15 000 человек). Затем участвовал Ворошиловградской, Изюм-Барвенковской и Донбасской наступательных операциях, в ходе которых освободил города Богучар, Миллерово, Горское и Днепродзержинск. В декабре 1943 года сдал командование корпусом и вызван в Москву.