С 1860 года Томас Джордан начал организовывать шпионскую сеть в Вашингтоне (округ Колумбия), которая была приведена в действие с началом гражданской войны. 22 мая 1861 года Томас Джордан покинул армию США и вступил в армию КША. Уже в июне 1861 года он стал подполковником и офицером штаба, а во время первого сражения при Булл-Ран был уже полковником и начальником штаба генерала Пьера Борегара. Затем он вместе с Борегаром отправился на Западный ТВД, организовывал передачу приказаний во время сражения при Шайло. За действия при Шайло 14 апреля 1862 года был произведён в бригадные генералы, впоследствии был начальником штаба генерала Брэкстона Брэгга во время Кентуккийской кампании. В мае 1864 года был назначен командующим 3-го военного округа в Южной Каролине.