В него бързо започва да се оформя чешката идентичност, а заедно с нея и реформаторски дух. През 1403 година ректор на университета става Ян Хус. Неговото антипапско, антийерархично разбиране за християнството спечелва поддръжници сред чехите в университета, но германците и прогерманският крал Вацлав IV (1378 – 1419) му се противопоставят. Изгарянето на Хус на клада през 1419 довежда до Първата пражка дефенестрация и началото на Хуситските войни, завършили с разбиването на таборитите (радикални хусити) край Липан през 1434. За крал на Бохемия е провъзгласен Сигизмунд Люксембургски, но той умира четири години по-късно без мъжки наследник. Следва поредица от кратко управлявали монарси, която приключва през 1458 с избирането на умерения хусит–каликстинец Иржи Подебрадски от чешките съсловия. Кралят успява да обедини остатъците от таборитите и реформираната чешка католическа църква, но управлението му така и не е признато от папата.