En 1998, Alesi rejoint l'écurie suisse Sauber, une équipe de milieu de grille, pour deux saisons, avec des résultats moyens et quelques coups d'éclat (quatre arrivées dans les points). Il obtient, sous le déluge, son trente-deuxième et dernier podium en Formule 1 à Spa. Il finit onzième du championnat avec 9 points, son coéquipier Johnny Herbert se classant quinzième avec 1 point.