Zwei Monate nach dem deutschen Überfall auf die Sowjetunion wurde Charms am 23. August 1941 zum zweiten Mal verhaftet. Dieses Mal wurde ihm die Verbreitung defätistischer Propaganda vorgeworfen. Im rechtsmedizinischen Gutachten vom gleichen Tag heißt es: „Er ist orientierungsfähig. Er hat fixe Ideen, die Wahrnehmung ist gemindert. Er gibt absonderliche Vorstellungen von sich.“ Diagnostiziert wird „Psychose (Schizophrenie?)“. In weiteren Vernehmungen bestritt Charms, Verbrechen gegenüber der Sowjetunion ausgeübt zu haben. Am 2. September wurde er in die benachbarte Gefängnispsychiatrie überstellt und dort am 10. September erneut für geisteskrank erklärt. Dieser Befund stützt sich auf das Gutachten vom Herbst 1939, als Charms eine Schizophrenie simulierte, um vom Dienst im Sowjetisch-Finnischen Krieg befreit zu werden. Damit hätte Charms entlassen werden müssen, am 26. November 1941 belastete ihn jedoch eine NKWD-Agentin schwer. Die Anklage am 7. Dezember lautete: