Ранние погребения русских производились в XVII веке под стенами острога: в этом месте было обнаружено 379 захоронений в гробах и колодах, выдолбленных их целого дерева, более половины усопших — дети. До эпидемии чумы и указа «О мерах к прекращению эпидемий и устройству кладбищ» от 1771 года умерших хоронили в основном при церквях. Сохранилось несколько могил в ограде Знаменского монастыря, среди которых и могила Григория Шелихова. Русское нецерковное кладбище было открыто в конце XVIII века на горе, впоследствии получившей название Иерусалимской. Иерусалимское кладбище долгое время было основным в городе, действовало до 1920-х годов. Всего на кладбище насчитывается около 100 тысяч могил. В пределах кладбища были выделены участки для католиков и евреев. В 1932 году было принято решение разместить на месте кладбища городской парк культуры и отдыха, открытие которого состоялось в 1957 году. С XVIII века у Крестовоздвиженской церкви существовало лютеранское кладбище, на котором был похоронен первый иркутский губернатор К. Фрауендорф. Погребения производились на Старо-Глазковском, Ново-Ленино скитском, военном в Рабочем предместье, Знаменском и Ремесленно-Слободском кладбищах на Знаменской горе. Все они до 1940-х годов прекратили существование. Сохранилась братская могила белочехов на Старо-Глазковском кладбище, могилы декабристов В. А. Бечаснова, А. З. Муравьёва, П. А. Муханова, Н. А. Панова, И. В. Поджио, А. П. Юшневского, жены декабриста Е. И. Трубецкой. В пределах города обнаружены древние захоронения Глазковского, Лисихинского и Гороховского некрополей, возраст которых датируется 7 тысячами лет.