Виксбург је заузет 4. јула 1863, после 5 месеци опсаде, захваљујући тесном садејству Грантове армије и речне флотиле. У исто време адмирал Дејвид Ферегат је оперисао на доњем току Мисисипија ради ликвидирања утврђења која су у току зиме подигли сецесионисти, и ради обезбеђења пловидбе Мисисипијем. Освајањем Виксбурга и Порт Хадсона (9. јула), снаге Севера су обезбедиле превласт на целом току реке Мисисипи. Источне државе Конфедерације биле су коначно одвојене од западних и питање исхране војске Југа постало је веома тешко. Чарлстон, једна од последњих преосталих лука Конфедерације, 10. августа је опседнут с копна и блокиран са мора. Појачања која је Џеферсон Дејвис упутио у источни Тенеси извојевала су Конфедерацији 19. и 20. септембра победу на реци Чикамоги (),али је Грант, који је постао командант свих снага Севера на западу, победом код Чатануге (23-25. новембра) прикључио Унији сву област до Алигенских планина ().