Reeds in 1586 kan er gesproken worden van een lutherse gemeente in Middelburg toen het eerste doopboek werd samengesteld. Alhoewel er waarschijnlijk voor 1586 al een klein aantal Lutheranen in Middelburg woonde, nam hun aantal snel toe nadat de stad Antwerpen viel in 1585 en vele protestanten de stad ontvluchten naar de Noordelijke Nederlanden. Het Middelburgse stadsbestuur stond toe dat de Lutheranen in Middelburg verbleven maar door wantrouwen van de Gereformeerden jegens de Lutheranen werd hen niet toegestaan om een eigen kerkgebouw in gebruik te nemen. Enkele jaren later, in 1589, werden samenkomsten in particuliere huizen ook verboden, maar vonden desalniettemin nog wel plaats. Op 11 augustus 1590 werd op voorlopige basis Johan Kersseler aangesteld als eerste predikant. De gemeente groeide snel, wat tot zorgen leidde bij de Gereformeerden.