Københavns brand 1728 ødelagde det meste af resultaterne af Horrebows arbejder. Ilden sprang fra Trinitatis Kirke over på Observatoriet, der var af bindingsværk, og trængte ind i dette, så Horrebow mistede alle sine ejendele og kun reddede et skrin, indeholdende nogle af Rømers og hans egne skrifter. Slaget traf Observatoriet og Horrebow næsten lige hårdt. Horrebow, der havde sin store familie at forsørge, fik straks nogen hjælp af sin velynder overceremonimester Vincents Lerche, der også lod planetmaskinen i tårnet reparere, forærede Horrebow nogle bøger og gav ham fri adgang til sit bibliotek.