Ngày 23 tháng 9 năm 1945 Nam Bộ kháng chiến bắt đầu, quân Pháp dần dần chiếm lại được các tỉnh thành ở Nam Kỳ và thiết lập lại hệ thống chính quyền cũ. Sau đó các đảng phái quốc gia thỏa hiệp với Pháp thành lập các chính quyền Cộng hòa Tự trị Nam Kỳ và sau đó là Quốc gia Việt Nam do Cựu hoàng Bảo Đại làm Quốc trưởng. Chính vì vậy, trong giai đoạn 1945-1954 do có sự tồn tại song song của hai chính quyền là Việt Nam Dân chủ Cộng hòa và chính quyền hợp tác với Pháp, cho nên sự phân chia sắp xếp hành chính ở khu vực này cũng khác nhau theo hai chính quyền đối lập như trên.