Margareta var dotter till den engelska prinsen Rikard Plantagenet, hertig av York, och Cecily Neville. Hennes bror blev kung 1461. År 1465 blev Karl, arvingen till Burgund, änkling. Han ville gärna ingå allians med England och det beslöts att Margareta skulle giftas bort med honom. Efter en del politiska förvecklingar förmäldes de 1468. Margaret behöll sin arvsrätt till den engelska tronen och fick städerna Mechelen, Oudenaarde och Dendermonde i morgongåva. Bröllopet firades med ovanlig pompa och hon kom väl överens med makens familj och blev populär i Burgund. Hon stödde york-fraktionen i Rosornas krig och brodern levde hos henne i exil 1471.