Villa brał udział także w takich turniejach jak: Copa América 1997 (3. miejsce), Puchar Konfederacji 1997 (runda grupowa), Złoty Puchar CONCACAF 1998 (mistrzostwo) Puchar Konfederacji (mistrzostwo) i Puchar Konfederacji 2001 (faza grupowa). Karierę reprezentacyjną zakończył po Mundialu w 2002 roku. W kadrze narodowej wystąpił w 66 meczach i nie zdobył gola.