В июле 1943 года Гончаров переводится заместителем начальника штаба по ВПУ 43-й армии Калининского фронта, а 21 августа назначается начальником штаба 91-го стрелкового корпуса. С 12 октября части корпуса занимали оборону северо-восточнее города Демидов. В феврале 1944 Гончаров был допущен к командованию 158-й стрелковой Лиозненской дивизией, которая в составе 39-й армии Западного, а с 24 апреля — 3-го Белорусского фронтов занимала оборону на подступах к Витебску. В июне она в составе 84-го стрелкового корпуса перешла в наступление и совместно с другими соединениями овладела городом Витебск. За образцовое выполнение заданий командования в боях по прорыву Витебского укрепрайона и овладение г. Витебск дивизия была награждена орденом Красного Знамени. В дальнейшем Гончаров успешно руководил дивизией в ходе Вильнюсской и Каунасской наступательных операций. За овладение городом Каунас дивизия была награждена орденом Суворова 2-й ст. (12.08.1944). 9 августа ее части овладели городом Расейняй. Встретив упорное сопротивление противника, они вынуждены были перейти к обороне. С 15 сентября по декабрь Гончаров по ранению находился в госпитале, затем вернулся на прежнюю должность. До февраля 1945 года дивизия в составе 4-й ударной и 6-й гвардейской армий 1-го Прибалтийского фронта занимала оборону восточнее города Мажейкяй, затем была выведена в резерв 2-го Прибалтийского фронта. С 4 по 13 марта дивизия совершила марш в район Ислауж (южнее Каунаса) и находилась в резерве Ставки ВГК. В конце апреля она была переброшена в район Фалькенберг (северо-восточнее Штеттина), затем совершила марш под Эггезин и с 4 марта несла сторожевую охрану побережья Штеттинской гавани.