Fabián on pelannut Meksikon alle 20- ja 23-vuotiaiden maajoukkueissa. Alle 23-vuotiaiden maajoukkueessa hän on kaikkien aikojen paras maalintekijä 15 osumallaan. Hän pääsi Meksikon jalkapallomaajoukkueeseen vuoden 2011 Gold Cupiin viiden pelaajan kärähdettyä klenbuterolista, mutta ei pelannut turnauksessa minuuttiakaan. Meksiko voitti noissa kisoissa kultaa. Fabián pelasi myös Meksikon olympiajoukkueessa vuoden 2012 olympialaisissa Lontoossa. Hän oli avauksessa jokaisessa pelissä ja teki yhden maalin. Meksiko voitti olympialaisissa kultaa kaadettuaan finaalissa Brasilian 2-1. Maajoukkueen päävalmentaja Miguel Herrera valitsi Fabiánin mukaan 2014 MM-kisoihin, jossa tämä esiintyi vaihtopelaajana parissa ottelussa.