Ernst Linders Vater war der Politiker und Journalist Christoffer Alexander Ernst Linder, der aber schon wenige Wochen nach seiner Geburt verstarb. Linder erwarb 1887 seine Reifeprüfung und studierte anschließend von 1888 bis 1889 an der schwedischen Militärschule in Karlberg und von 1900 bis 1902 an der schwedischen Militärakademie. Von 1887 bis 1918 diente er als Offizier in der schwedischen Armee und von 1918 bis 1920 in der finnischen Armee, wo er unter anderem sich mit Carl Gustaf Emil Mannerheim anfreundete. Während des Finnischen Bürgerkriegs hatte er das Kommando über die "Satakunta-Einheit", mit der er die "Schlacht von Tammerfors" an Seite von Mannerheim am 6. April 1918 gewann. Danach wurde er zum Generalmajor ernannt und diente anschließend in der Kavallerie, schied aber 1919 aus dem aktiven Militärdienst in der finnischen Armee aus.