29 августа 1803 года Маргарон получил повышение до бригадного генерала. 11 декабря 1803 года он стал членом ордена Почётного легиона, а 14 июня 1804 года его командором. Сначала он был направлен в кавалерийский лагерь в Сент-Омере, а затем в 4-й корпус под командованием маршала Жана де Дьё Сульта. Он принимал участие в Войне третьей коалиции, которая закончилась битвой под Аустерлицем 2 декабря 1805 года. В Аустерлице он командовал лёгкой кавалерийской бригадой 4-го корпуса, которая насчитывала 12 эскадронов из 8-го гусарского и 11-го и 26-го шассёрского полков. Во время кампании 1805 года Маргарон получил два огнестрельных ранения. После возвращения во Францию 11 апреля 1806 года он был помещён в запас, но 28 июля был призван на действительную службу.