Von Februar 1961 bis Oktober 1962 war Pierre Boissier Leiter der IKRK-Delegation im Algerienkrieg, dem Konflikt zwischen Frankreich und der algerischen Unabhängigkeitsbewegung. Anschließend war er als Rechtsberater bei der IKRK-Abteilung für allgemeine Angelegenheiten tätig. Im Jahr 1965 wurde er Direktor des Henry-Dunant-Institutes, das im gleichen Jahr als Forschungs-, Informations- und Ausbildungszentrum vom IKRK, der Liga der Rotkreuz-Gesellschaften und dem Schweizerischen Roten Kreuz (SRK) gegründet worden war. In den folgenden Jahren absolvierte er weitere Auslandsmissionen für das IKRK in Zypern, Israel, Jordanien, dem Libanon sowie 1971 als leitender Delegierter im Konflikt zwischen Indien und Pakistan. Im Jahr 1973 wurde Pierre Boissier zum Mitglied des IKRK kooptiert.