Po smrti Cornara, se rozhořela prudká debata ohledně kandidáta na nového dóžete, neboť příznivci Cornara ani Zena nebyli schopní se shodnout, což vedlo k mnoha kolům volby. Contarini se nakonec ukázal být vhodným kompromisním kandidátem a dne 18. ledna 1630 byl zvolen novým dóžetem. Období jeho panování začalo několika neúspěchy: benátské jednotky byly v květnu 1630 poraženy v rozhodující bitvě válek o mantovské dědictví u Valeggia a následně byl přijat neuspokojivý Řezenský mír v říjnu téhož roku. Navíc v červnu téhož roku byly Benátky zasaženy první vlnou morové epidemie. Ačkoli vláda jednala rychle, uvalila karanténu na morové oběti a nařídila kremaci mrtvých těl, nedokázala zabránit tisícům obětí. V říjnu roku 1630, na žádost městské signorie, Contarini slíbil vybudování kostela na počest Blahoslavené Panny Marie, jakmile mor skončí.