Carlo Francesco di Auersperg, come secondogenito, decise di intraprendere la carriera militare e raggiunse il grado di capitano dell'esercito imperiale a soli 20 anni. Dopo l'Assedio di Vienna del 1683, fu lui a portare la notizia che la capitale era stata salvata all'imperatore Leopoldo I. All'assedio di Bihać, ebbe una disputa con un superiore della dinastia ungherese dei Batthyány che portò al suo temporaneo ritiro dalle truppe del principe Eugenio di Savoia. Portò ad un ulteriore fallimento disattendendo un ordine dello stesso principe Eugenio nel corso della Battaglia di Luzzara nella campagna italiana della guerra di successione spagnola del 1702.