Layton est resté au sein de l'état-major de la flotte du Pacifique jusqu'en février 1945, suivi d'une mission de trois ans en tant que commandant du "" à Tiburon, en Californie. Dans le même temps, l'amiral Chester Nimitz, reconnaissant les contributions de Layton, l'invita à la baie de Tokyo lorsque les Japonais se capitulent officiellement le 2 septembre 1945.