I starten så det ud som om de bøhmiske stænder ville få held med deres opstand. Den bøhmiske hær under Heinrich Matthias von Thurn trængte habsburgerne tilbage til deres østrigske stamlande og stod den 6. juni 1619 ved Wien. Ikke mindst den med bøhmerne allierede fyrste fra Siebenbürgen, Bethlen Gábor, gav kejseren problemer. Først da kejseren ved aftalen i München den 8. oktober 1619 fik støtte fra Maximilian 1. af Bayern og da den protestantiske kurfyrste af Sachsen Johann Georg 1., stillede sig bag kejseren, samt da Den Protestantiske Union ikke i tilstrækkelig grad kom Friedrich 5. til undsætning, ændrede krigslykken sig. I Slaget ved Det Hvide Bjerg blev den bøhmiske hær, under Christian 1., Fürst von Anhalt-Bernburg, alvorligt slået af kejserlige tropper under Tilly og Karl Bonaventura Graf von Buquoy. Efter slaget flygtede Friedrich fra Bøhmen og han blev dømt fredløs. De fleste af de oprørske bøhmiske adelige blev henrettet den 21. juni 1621. Allerede inden da var Den Protestantiske Union blevet opløst.