Bei den Präsidentschaftswahlen 1996 trat er wieder an, unterlag aber mit nur 15,65 Prozent der Stimmen dem Amtsinhaber Ibrahim Baré Maïnassara. Nach dessen Ermordung und der vorübergehenden Übernahme der Macht durch eine Militärjunta fanden im Oktober und November 1999 erneut Wahlen statt. In der ersten Runde der Präsidentschaftswahlen von 1999 erhielt Tandja 32 Prozent der Stimmen. Bei der Stichwahl konnte er sich dann mit 60 Prozent der Stimmen gegen den früheren Ministerpräsidenten Mahamadou Issoufou durchsetzen.