První písemná zmínka o vlksické tvrzi pochází z roku 1486, není ovšem jisté, zda se tato zmínka týká budovy, jež je součástí současného objektu. Opevněné sídlo ve Vlksicích však existovalo patrně již ve 13. století, které se ale zřejmě nacházelo mimo stávájící objekt. Dochovaná renesanční tvrz Vlksice byla vystavěna v polovině 16. století, kdy Vlksice držel rod Tetourů z Tetova. Roku 1570 prodal Jan Tetour vlksickou tvrz s dvorem a přilehlou vesnicí Těmínovi z Těmic. V roce 1581 přešli do vlastnictví Jana Mičana z Klinštejna, který však pro dluhy musel vlksický statek roku 1597 prodat Přechovi z Hodějova. V roce 1610 správu Vlksic převzal Janův synovec Smil, jenž však po bitvě na Bílé Hoře emigroval z Čech a vlksická tvrz byla konfiskována. Roku 1621 ji zakoupil Pavel Michna z Vacínova. Jeho nástupce Mikuláš starší Bechyně z Lažan však Vlksice už v roce 1637 prodal Adamu Bedřichu Doudlebskému z Doudleb. Poté, co Adam Bedřich roku 1665 zemřel, Vlksice byly rozděleny na dva díly. Druhý díl, do kterého byla zahrnuta také tehdy neobydlená vlksická tvrz, zdědil Adamův syn Oldřich František, jež však byl špatným hospodářem. Mezi lety 1675 a 1676 skoupil oba díly Vlksic plukovník Jan Oldřich z Klebelsbergu, který je roku 1680 prodal opatovi strahovského kláštera Hyacintu Hochmannovi. Od této doby se vlksická tvrz začala používat jako sýpka. Hospodaření ve Vlksicích bylo řízeno z Milevska. Po druhé světové válce tvrz připadlo JZD, které ji využívalo především jako skladiště. Nyní tvrz patří Jiřímu Šámalíkovi a v prostorách tvrze jsou pořádána divadelní představení.