การเผชิญหน้ากับนโปเลียน โบนาปาร์ต ที่เข้ามาก้าวก่ายบรรดาพระราชวงศ์ในยุโรป ทำให้จักรพรรดิฟรันซ์ทรงกังวลและห่วงถึงอนาคตของจักรวรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิ์และพระราชวงศ์อิมพีเรียล จักรวรรดิอาจถูกล้มล้างและเปลี่ยนระบอบการปกครองใหม่ โดยเมื่อปี ค.ศ. 1805 ออสเตรียได้ส่งกองทัพไปทำสงครามกับฝรั่งเศสในสมรภูมิเอาสเทอร์ลิทซ์ เนื่องจากออสเตรียไม่พอใจที่นโปเลียนเข้ามาก้าวก่ายระบอบการปกครองและพระราชสำนัก ผลของสงครามคือฝรั่งเศสนำโดยนโปเลียนเป็นฝ่ายชนะ นโปเลียนเห็นว่าเป็นโอกาสเหมาะสมของตนจึงเปลี่ยนระบอบการปกครองและตำแหน่งองค์พระประมุขของบรรดาราชวงศ์ในยุโรป รวมทั้งพระราชวงศ์โรมันอันศักดิ์สิทธิ์ของจักรพรรดิฟรานซิสด้วย โดยนโปเลียนได้แยกจักรวรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิ์ออกจากกลุ่มสมาชิกสมาพันธรัฐแห่งไรน์ แล้วทำการยุบพระอิสริยยศจักรพรรดิแห่งโรมันอันศักดิ์สิทธิ์ออก เหลือเพียงจักรพรรดิแห่งออสเตรียและกษัตริย์แห่งฮังการี พระอิสริยยศนี้ได้ถูกใช้สำหรับองค์พระประมุขออสเตรีย-ฮังการีจนถึงปี ค.ศ. 1918 จักรวรรดิออสเตรีย-ฮังการีพ่ายแพ้ในสงครามโลกครั้งที่ 1 ตลอดเวลาที่ผ่านมาไม่ปรากฏเป็นที่แน่ชัดว่าชื่ออย่างเป็นทางการของออสเตรียคือ จักรวรรดิแห่งออสเตรีย (, )