עם הקמת מדינת ישראל היגרו מברטיסלאבה כ-4,000 יהודים ובהם הדמויות המרכזיות בחיי הקהילה, רובם עלו לישראל וקצתם היגרו למדינות אחרות. המשטר הקומוניסטי אשר קם בצ'כוסלובקיה אסר על המשך הפעילות הציונית בעיר, אולם כ-3,000 יהודים שנותרו בה בשנות ה-50 המשיכו לקיים חיי קהילה. עם זאת, הקהילה היהודית הלכה והתמעטה ובשנות ה-60 נותרו בה רק כאלף יהודים, מאות מהם היגרו מן המדינה עם הפלישה הסובייטית לצ'כוסלובקיה. רבה האחרון של הקהילה, הרב אליהו כץ עלה לישראל והיה לרב העיר באר שבע. התאוששותה של הקהילה החל רק בשנות ה-90, לאחר התפוררות הגוש הסובייטי. בתחילת המאה ה-21 מונה הקהילה היהודית בברטיסלאבה כ-1,000 איש.