Наприкінці липня 1941 р. Панютине пережило перші бомбардування. В жовтні селище без бою зайняли німецькі війська. Окрім німців тут також стояли румунські підрозділи. Вагоноремонтний завод продовжував працювати в евакуації у місті Боготол (повернувся у 1946 р.). У січні 1942 року в ході Барвінково-Лозівської операції Панютине було взято радянськими військами, які в травні були оточені і розгромлені вермахтом.