В 1789—1792 годах Ян Непомуцен Малаховкий был полномочным послом Речи Посполитой в Дрездене. В 1792—1795 годах — референдарий великий коронный, в 1794 году принял участие в польском восстании под руководством Тадеуша Костюшко. Временное правительство назначило Яна Малаховского судьей криминального суда Мазовецкого княжества. В 1807 году был назначен директором казначества во Временном правительстве Герцогства Варшавского, затем был избран президентом апелляционного трибунала. С 1810 года исполнял функции сенатора-каштеляна в Герцогстве Варшавском, затем сенатора-воеводы в Царстве Польском.