В июне 1943 года отозван с флота в Москву и назначен начальником лётной инспекции Управления боевой подготовки и формирования Главного управления ВВС ВМФ. В июне 1944 года возвращён на Балтику и назначен помощником командира 9-й штурмовой авиационной дивизии ВВС Балтийского флота, а с ноября 1944 года до Победы командовал этой дивизией. Воевал на истребителях Як-7, Як-9 и Як-3. Участник обороны Ленинграда, Тартуской, Таллинской, Моонзундской десантной, Восточно-Прусской, Берлинской наступательных операций. К 9 мая 1945 года полковник Я. З. Слепенков совершил 157 боевых вылетов, провёл 20 воздушных боёв, по данным наградных документов сбил 13 вражеских самолётов лично и 5 в группе (по данным исследований М. Ю. Быкова из этого числа подтверждены 11 личных побед аса). Лётчики дивизии под его командованием потопили 36 боевых кораблей и 16 транспортов противника, повредили до 40 кораблей и транспортов.