Harinordoquy gab sein Debüt für Frankreich gegen Wales im Jahr 2002. Zuvor war er der Kapitän der U21-Auswahl gewesen. Zu dieser Zeit spielte er noch für die Section Paloise, bevor er zur Saison 2004/05 zu Biarritz wechselte. Er erreichte mit Frankreich bei seinen ersten Six Nations den Grand Slam. Dabei erzielte er einen Versuch gegen England.