De 1980 à 2018, Fernandes a représenté le Portugal lors de dix-huit olympiades, remportant la médaille de bronze individuelle au deuxième échiquier lors de l'Olympiade d'échecs de 1992 (7 points sur 9, performance Elo de 2 612 points) et marquant 7,5 points sur 9 lors de l'Olympiade d'échecs de 2016 (performance Elo de ).