1260 übernahm Alexander III. selbst die Regierung, worauf der Regentschaftsrat aufgelöst wurde. Im November 1260 reisten Alexander und die schwangere Margarete erneut nach England. Aufgrund von erneuten Spannungen zwischen schottischen Adligen reiste Alexander im Dezember überhastet nach Schottland zurück, während Margarete Weihnachten bei ihren Eltern in Windsor Castle feierte. Dort erfolgte im Februar 1261 auch die Geburt ihres ersten Kindes. Anfang 1267 trafen Margarete und ihr Mann erneut den englischen Thronfolger Eduard in Roxburgh. 1268 reisten sie wieder zu Margaretes Vater. Nach der "Lanercost Chronicle" war Margarete in großer Sorge um Eduard, als dieser 1270 zu einem Kreuzzug ins Heilige Land aufbrach, und in tiefer Trauer, als ihr Vater 1272 starb. Damit wurde ihr Bruder Eduard englischer König. Nach seiner Rückkehr vom Kreuzzug wurde er am 19. August 1274 gekrönt. An der Zeremonie in Westminster Abbey nahmen Margarete und Alexander teil.