Mackay studeerde geneeskunde in Edinburgh. In 1907 werd hij door poolreiziger Ernest Shackleton uitgenodigd om deel te nemen aan de Nimrod-expeditie op Antarctica. In 1908 was hij een van de eerste personen ooit op de top van de Mount Erebus. Op 15 januari 1909 bereikte hij samen met Douglas Mawson en Edgeworth David als eerste personen ooit de magnetische zuidpool. Op de terugweg werd David ernstig ziek. Hij werd verzorgd door Mackay.