Les huguenots se réunissent à La Rochelle le . Lors de cette assemblée générale huguenote à La Rochelle, la décision a été prise de résister par la force à la menace royale et d'établir un « État dans l'État ». La République protestante fut partagée en 8 cercles ayant chacun son conseil provincial, ses finances, son armée et son chef militaire, sous la direction du duc de Rohan. Quelques provinces refusèrent leur concours et il y eut d'importantes défections parmi les grands seigneurs. La Trémoille ne voulut pas soulever l'Angoumois, Lesdiguières maintint le Dauphiné hors du conflit tout comme Guise avec la Provence et Gaspard de Coligny qui se cantonne à Aigues-Mortes. Mais la rébellion trouve des partisans exaltés comme à Montauban, Bergerac, Nîmes, Uzès et La Rochelle "la Genêve française". Les Protestants reprennent donc la lutte aux côtés de leurs coreligionnaires, affaiblis et uniquement dans tout le Sud-Ouest, défendant Montauban contre Louis XIII.