"Yamato" poistui ensimmäisen kerran Seton sisämereltä osallistuakseen toukokuussa 1942 Midwayn operaatioon. Alus muodosti taistelulaivojen "Nagaton" ja "Mutsun" sekä lentotukialus "Hōshōn", kevyt risteilijä "Sendain", yhdeksän hävittäjän ja neljän huoltolaivan kanssa 1. laivaston keskimmäisen osaston. Varsinaiseen taisteluun osasto ei kuitenkaan ottanut osaa.