Сезон 2008/2009 стал для Нойнер не таким успешным, как предыдущие. Несмотря на то, что она по итогам сезона завоевала очередной для себя Малый хрустальный глобус (на сей раз — в индивидуальных гонках), ей не удалось завоевать ни одной личной награды на пхёнчханском чемпионате мира, равно как и добиться значимых успехов в Кубке мира — по итогам сезона осталась за чертой призёров общего зачёта.