Antunes foi também responsável pelos projetos para a Igreja de Saint Elói (construída depois de 1694, destruída no terramoto de 1755) e a Igreja do Menino Deus (1711-1737), em Lisboa. Essas igrejas tinham a forma de um retângulo com bordas angulares, assumindo a forma de um octógono irregular. Possivelmente influências do arquiteto italiano Guarino Guarini, presente também noutras igrejas em Portugal e no Brasil colonial. Todas essas igrejas eram decoradas com painéis de mármore de influência italiana, do século XVIII.