10月以降のフィリピンの戦い生起時の南西方面艦隊司令部（第三南遣艦隊司令部兼任）はルソン島のマニラに司令部を置いており、レイテ沖海戦・レイテ島の戦い・ミンドロ島の戦い・礼号作戦等に参加・指揮した。またレイテ島増援作戦中多号作戦の11月1日に、司令長官交替（三川中将から大川内傳七中将）という事態になった。11月中旬には第二航空艦隊、12月初旬に第五艦隊を編入した。