Находясь при штабе Томаса Джексона, он участвовал в кампании в долине Шенандоа, в Семидневной битве, во Втором сражении при Бул-Ране, при Фредериксберге и Чанселорсвилле. В мае 1863 года Джонс был повышен до бригадного генерала и направлен в дивизию Эдварда Джонсона, на замену генерала Джона Джонса (не родственника). В составе этой дивизии Джонс участвовал в битве при Геттисберге. Его бригада имела следующий вид: