Federaation ja kommunistisissien välisten jännitteiden takia alkoi Malaijan kriisi kesäkuussa 1948. Kriisi alkoi kun KPM:n terroristit murhasivat kesäkuussa 1948 kolme brittien työnjohtajaa Perakissa. Tapahtumien jälkeen britit julistivat Malaijaan ja Singaporeen poikkeustilan. KPM ei saanut levitettyä kommunismia Singaporessa eikä Malaijan federaatiossa rauhanomaisin keinoin, vaan se tukeutui terroriin ja sissisotaan. Tavoitteena oli vahingoittaa Malaijan taloutta tuhoamalla plantaaseja ja kaivoksia, ja pakottaa britit luopumaan alueen hallinnasta.