В Смутное время укрепления Севска сильно пострадали в ходе боёв, но уже в 1620-х годах были отреставрированы и усилены, поскольку граница с Речью Посполитой в результате Деулинского перемирия пролегала в непосредственной близости. Мощные стены Севской крепости помогли немногочисленному гарнизону в полтысячи человек выстоять в ходе трёхнедельной осады Севска польско-литовским войском в марте 1634 года на заключительном этапе Смоленской войны. В дальнейшем крепость дважды выдержала нападения крымских татар.