W czasie Potopu Fredro pozostał wierny Janowi Kazimierzowi. Został mianowany w 1656 roku przez szlachtę ruską wodzem pospolitego ruszenia ziemi lwowskiej. W roku 1658 z polecenia szlachty ruskiej Fredro objął kierownictwo nad pracami fortyfikacyjnymi w Przemyślu, uzyskując m.in. prawo do przeprowadzania wywłaszczeń. W tym samym roku założył w Kormanicach żupę solną, funkcjonującą do 1773 roku. Po najeździe Rakoczego odbudował zamek w Kormanicach. Na sejmie w 1661 roku był jednym z tych przedstawicieli szlachty, którzy sprzeciwili się udziałowi w elekcji vivente rege, mimo że wcześniej w obliczu wojny ze Szwecją popierał ten projekt. W 1665 ufundował Kalwarię Pacławską. Pieniądze na tę i inne inwestycje czerpał z żupy solnej, która zapewniała 10 000 złotych rocznego dochodu.