Během Berlínské blokády byla v roce 1948 s podporou Spojených států založena Svobodná univerzita Berlín coby de facto nástupce Berlínské univerzity v Západním Berlíně. Podržela si přitom tradice a učitelský sbor staré Univerzity Fridricha Viléma. Název Svobodná univerzita je odkazem na status Západního Berlína jako součásti svobodného západního světa v protikladu s nesvobodným světem komunismu jako takovým a zejména pak s nesvobodnou, komunisty ovládanou univerzitou ve Východním Berlíně. Berlínská univerzita se tak v období studené války prakticky rozdělila na dvě svébytné vysoké školy.