In het Kabinet-Drees II en III was Algera minister van Verkeer en Waterstaat. Gedurende zijn ambtsperiode als minister vond in februari 1953 de Watersnood plaats en was Algera betrokken bij de totstandkoming van de Deltawet in 1958. Het eerstvoltooide deltawerk, de Algerabrug over de Hollandse IJssel, werd naar hem vernoemd. Ook is er een straat naar hem vernoemd, de Jacob Algerasingel in zijn geboortedorp Wirdum in Friesland. Vanwege zijn gezondheid trad hij - na het aanvaarden van de Deltawet - in 1958 af. In dat jaar werd hij benoemd tot lid van de Raad van State. Van 1961 tot 1965 was hij bestuurder van de Vrije Universiteit te Amsterdam.