Во второй мировой войне Маунтбеттен командовал 5-й флотилией эсминцев. Совершил ряд важных и смелых операций на своём эсминце . Изобрёл «Маунтбеттеновский розовый» — цвет камуфляжа. Пользовался поддержкой Уинстона Черчилля. В октябре 1941 года был назначен руководителем Штаба межвойсковых операций. На этой должности добился значительных успехов, так в 1942 году были проведены успешные диверсионные рейды в немецком тылу на Ваагзе (Норвегия), и на Сен-Назер (Франция). В дальнейшем его репутация была подорвана неудачным Дьепским рейдом (1942), на осуществлении которого он настаивал. С октября 1943 года — верховный главнокомандующий союзных войск на Юго-восточноазиатском театре боевых действий. При сотрудничестве с американскими командующими Бирма была освобождена от японцев; в сентябре 1945 года принял японскую капитуляцию в Сингапуре.