פירוט ההסדרים להפעלת ארצות הברית והגנה על התעלה במסגרת אמנת תעלת פנמה מוצגים בהסכמי יישום נפרדים. אזור התעלה וממשלתו חדלו להתקיים עם כניסת האמנות לתוקף ופנמה קיבלה סמכות שיפוט מוחלטת בשטחים ותפקידי אזור התעלה, תהליך שהושלם ב-31 בדצמבר 1999.