Mais tarde, ele levou a Áustria às Guerras Revolucionárias Francesas. Ele brevemente comandou as forças aliadas durante a campanha de Flandres de 1794 antes de entregar o comando a seu irmão Carlos, Duque de Teschen. Mais tarde ele foi derrotado por Napoleão. Pelo Tratado de Campoformio, ele cedeu a margem esquerda do Reno à França em troca de Veneza e da Dalmácia. Mais uma vez lutou contra a França durante a Segunda e Terceira Coligação, quando depois de conhecer uma derrota esmagadora em Austerlitz, ele teve de concordar com o Tratado de Pressburg, enfraquecendo o Império Austríaco e reorganizando Alemanha sob a Confederação do Reno, chefiada por Napoleão.