Zcela novou příležitost pro něj znamenala Invaze vojsk Varšavské smlouvy do Československa v srpnu 1968. Krátce poté, co okupační vojska internovala čelní představitele ČSSR a KSČ v Moskvě, se Husák stal členem oficiální československé delegace pod vedením prezidenta Ludvíka Svobody. Je pravděpodobné, že Husákova výřečnost a ráznost přesvědčily nejvyššího představitele SSSR Leonida Brežněva, že právě Husák je tím mužem, kterému by měla být dána důvěra a přednost před ostatními komunistickými politiky v Československu, zvláště před Alexandrem Dubčekem. V dubnu 1969 tak Husák nahradil Dubčeka ve funkci prvního tajemníka KSČ, v květnu 1971 se formálně stal generálním tajemníkem KSČ a v této funkci setrval až do prosince 1987. Husák se stal jedním z nejmocnějších lidí v ČSSR a symbolem politické normalizace 70. let ve všech oblastech politiky, kultury a hospodářství. V jejím rámci byly provedeny rozsáhlé personální čistky ve všech odvětvích společenského a hospodářského života, kdy vedoucí posty politiky i hospodářství mohli zastávat především ti, kdož (alespoň navenek) označili invazi v srpnu 1968 za bratrskou pomoc, odsoudili reformní snahy Pražského jara a (aspoň formálně) vyjádřili podporu normalizačnímu vedení KSČ. Husákova normalizace se projevovala navenek mj. i opětným odstraňováním pomníků prezidenta Masaryka obnovených v letech 1968–1969.