Tijdens het Tweede Vaticaans Concilie was Lercaro een van de voorzitters en de belangrijkste kracht achter de liturgische hervormingen. Hij was bij het Conclaaf van 1963 opnieuw een van de "papabili", maar de kieskardinalen gaven de voorkeur aan Giovanni Battista Montini. In 1968 kreeg hij op grond van zijn leeftijd ontslag als aartsbisschop. Hij was in die zin een van de eerste "slachtoffers" van het in het motu proprio "Ecclesiae Sanctae" geformuleerde principe dat (aarts)bisschoppen voortaan gehouden waren om op hun vijfenzeventigste verjaardag "vrijwillig" hun ontslag aan te bieden. In het geval van Lercaro wachtte paus Paulus VI dit vrijwillige verzoek tot ontslag niet af. Lercaro las in "L'Osservatore Romano" van 12 februari 1968 dat de paus "vriendelijkerwijs het ontslag van Lercaro had aanvaard, op grond van diens leeftijd en slechte gezondheid" en dat zijn bisschop-coadjutor - Antonio Poma - nu zijn opvolger was.