V rané fázi profesionální kariéry se jako člen švýcarského družstva dvakrát zúčastnil Hopmanova poháru, oficiálního mistrovství smíšených družstev ITF. Poprvé, v roce 2001, spolu s Martinou Hingisovou tento turnaj vyhráli. Do západoaustralského Perthu pak následujícího roku 2002 přijížděl titul obhajovat po boku Miroslavy Vavrinecové, s níž navázal partnerský vztah na konci Letní olympiády v Sydney. Po dvou porážkách v základní fázi Švýcaři obsadili třetí místo skupiny A. S Belindou Bencicovou, třetí spoluhráčkou slovenského původu, odehrál Hopman Cup 2017, na kterém obsadili druhou příčku základní skupiny. Následující sezónu se do Perthu dvojice vrátila na jubilejní XXX. ročník, který bez porážky vyhráli a Federer si z Hopmanova poháru odvezl druhou trofej.