Efter Rømers død i 1710 fortsatte en af hans elever Lauritz Th. Schiwe som professor i astronomi observationerne fra observatoriet, men han døde allerede i peståret 1711. Uden vedligeholdelse forfaldt observatoriet, og ca. 1716-17 blev instrumenterne flyttet til observatoriet i Rundetårn, hvor de gik op i flammer ved branden i 1728 sammen med alle kendte notater fra Observatorium Tusculanum (mindst tre foliobind ) bortset fra "Triduum-observationerne" ("De tre dages observationer" fra 20. oktober kl. 16 -23. oktober kl. 18 1706).