Durant la Segona Guerra Mundial, com a Comandant en Cap de la Flota de la Mediterrània, Cunningham dirigí les forces navals britàniques en diverses batalles a la Mediterrània, entre les quals trobem l'atac sobre Tàrent el 1940, el primer atac de la història des d'un portaavions i la Batalla del Cap Matapan el 1941. Cunningham també va ser responsable de l'esforç per suplir Malta i de supervisar els diversos desembarcaments aliats al litoral mediterrani. El 1943 va ser nomenat Primer Lord del Mar, una posició que ocupà fins al seu retir el 1946. Després del seu retir, exercí diverses posicions cerimonials, incloent la de Lord Alt Majoral a la coronació de la reina Elisabet II del Regne Unit el 1953. Morí el 12 de juny de 1963.