Вярнуўшыся ў 1784 годзе на радзіму, Касцюшка далучыўся да арміі Рэчы Паспалітай у званні генерал-маёра ў 1789 годзе. Праз два гады пасля вайны Расіі з Рэччу Паспалітай, якая прывяла да другога падзелу, ён арганізаваў паўстанне ў сакавіку 1794 года і ўзначаліў яго. Паранены трапіў у расійскі палон ў бітве пад Мацяёвіцамі ў кастрычніку 1794 года. Паражэнне паўстання Касцюшкі ў лістападзе 1794 года прывяло да трэцяга падзелу Рэчы Паспалітай, які ліквідаваў незалежныя Польскага Каралеўства і Вялікага Княства Літоўскага. У 1796 годзе, пасля смерці расійскай імператрыцы Кацярыны Вялікай, Касцюшка памілаваны яе пераемнікам Паўлам I і эміграваў у ЗША. У 1798 годзе Касцюшка напісаў тастамент, які пакінуў свайму блізкаму сябру Томасу Джэферсану, які раздзяляў яго ідэалы правоў чалавека. Паводле тастамента ён пакідаў усе свае амерыканскія актывы на вызваленне і адукацыю амерыканскіх рабоў. Урэшце ён вярнуўся ў Еўропу і жыў у Швейцарыі да смерці ў 1817 годзе. Пазней выканаць яго апошнюю волю аказалася цяжка, і яго сродкі не былі выкарыстаны на тое, для чаго яны прызначаліся.