При жизни Кхэдуп Гьяцо шли войны за Ладакх, ослабившие власть лам над Тибетским плато. Однако опиумные войны и восстание тайпинов одновременно ослабили влияние Китая на Тибет. В последние годы его правления непальцы вторглись в Тибет, но потерпели поражение в 1855—1856 гг.