Ketika Federasi Malaya menggantikan Uni Malaya yang berumur singkat, pemerintah federasi melalui Dewan Legislatif Federal mengusulkan sayembara desain untuk bendera baru. Tiga bendera kemudian dipublikasikan ke publik. Bendera pertama memiliki 11 bintang putih dengan dua keris Melayu di tengahnya dengan latar belakang biru. Bendera kedua terdiri dari lingkaran konsentris 11 bintang yang mengelilingi keris yang bersilangan dengan dasar biru. Desain ketiga menampilkan 11 garis merah dan putih dengan bulan sabit kuning dan bintang berujung lima dengan latar belakang biru di sudut kiri atas. Desain ketiga - rancangan Mohamed Hamzah dari Departemen Pekerjaan Umum Malaysia - terpilih sebagai pemenang melalui jajak pendapat publik yang diadakan oleh "Malay Mail". Setelah Malaya memerangi kaum komunis selama Kedaruratan Malaya, bintang bersudut lima yang identik dengan paham komunisme digantikan oleh bintang federal bersudut sebelas.