Après l'armistice, il prend le commandement du district militaire de Grasse au sein de l'Armée d'Armistice où il mit tous ses appuis locaux au profit de la Résistance. Pendant plus de deux ans, le colonel Vautrin va organiser la Résistance dans la région du Sud-Est en constituant les premiers réseaux. Il établit des chaînes de passage par l'Espagne et crée le poste d'émission "Radio-Patrie". Il organise des sabotages, des parachutages, des départs par mer, guide Londres pour les atterrissages et établit les bases pour le débarquement de 1944.