そのため息子のフリードリヒ5世はボヘミアの等族（有力貴族）によって1619年に国王に推戴され、これが三十年戦争の始まりとなる。かねてよりプファルツ家がプロテスタントの盟主として帝国内で幅を利かせていたことを苦々しく思っていた、狂信的なカトリック教徒であるハプスブルク家の皇帝フェルディナンド2世はこれを機に、プファルツ家並びにプロテスタントを壊滅させることにした。これに協力したのが、同じくカトリック教徒かつカトリック同盟の盟主でもあるバイエルン家のバイエルン公マクシミリアン1世であり、1620年の白山の戦いでフリードリヒ5世率いるプロテスタント軍を撃破している。これによりフリードリヒ5世は、ボヘミア（短期間で王位を追われたため「冬王」と呼ばれた）のみならずプファルツをも喪失して亡命することを余儀なくされ、空位となったプファルツ選帝侯位並びにその領地はマクシミリアン1世に褒賞として与えられた。しかし、これは明らかに金印勅書に反するものであり、1630年にスウェーデン国王グスタフ2世アドルフの介入を招くなど、結果的には三十年戦争を長期化させる事態にまでなった。