Во время российско-грузинской войны в августе 2008 года Земо-Никози был ареной ожесточённых боёв между грузинскими и российскими войсками. В результате российских авианалётов 10 августа 2008 года был значительно повреждён никозский комплекс, особенно недавно отремонтированный епископский дворец. Его крыша, пол и балконы были сожжены, а оригинальные камни южного этажа треснули из-за высоких температур. Монастырские кельи, архиерейский дом и трапезная были полностью разрушены.