A crítica do cristianismo tornou-se cada vez mais frequente nos séculos XVII e XVIII, principalmente depois do Sismo de Lisboa de 1755, e em especialmente na França e na Inglaterra, onde parece ter existido um mal-estar religioso, de acordo com fontes contemporâneas. Alguns pensadores protestantes, como Thomas Hobbes, defendiam uma filosofia materialista e um ceticismo em relação às ocorrências sobrenaturais, enquanto que o filósofo judeu holandês Baruch Spinoza rejeitava a providência divina em favor de um naturalismo panenteísta. No final do , o deísmo passou a ser abertamente defendido por intelectuais como John Toland, que cunhou o termo "panteísta". Apesar de ridicularizarem o cristianismo, muitos deístas desprezavam o ateísmo. O primeiro ateu que se sabe ter jogado fora o manto do deísmo, negando de modo contundente a existência de deuses, foi Jean Meslier, um padre francês que viveu no início do . Ele foi seguido por outros pensadores abertamente ateus, como o Barão d'Holbach e Jacques-André Naigeon. O filósofo David Hume desenvolveu uma epistemologia cética fundamentada no empirismo, enfraquecendo a base metafísica da teologia natural. Outros ateus que se destacaram no Iluminismo foram Denis Diderot e Jean le Rond d'Alembert, autores do Encyclopédie, documento que reunia todos os conhecimentos de até então.