לחינוכם הדתי של הילדים נודעה חשיבות רבה במשפחת גתה הלותרנית האדוקה, ובכללו הקריאה היומית בכתבי הקודש והביקור בכנסייה מדי יום ראשון. הידיעות על רעידת האדמה בליסבון בשנת 1755 הביאו את גתה לספקות־אמונה ראשונים, משום שלדעתו "פגע האל בצדיקים ובחוטאים גם יחד, ללא הבחנה, ובכך לא הוכיח את תכונות האב שלו". שיעורי הדת שקיבל גתה אצל דודו הכומר יוהאן יאקוב שטארק, לא עוררו את סקרנותו. בפרוטסטנטיות שספג בילדותו ראה רק מוסר יבש וללא שאר רוח, שאיננו יכול להזין את הנשמה ואת הלב. רק סיפורי האבות בתנ"ך, אברהם, יצחק ויעקב, עוררו את דמיונו. יחסו לכנסייה ולדוגמות שלה נותר מרוחק ואף מסויג, גם לאחר מכן. בהיסטוריה של הכנסייה ראה "ערבובייה של טירוף ואלימות" והעקרון הנוצרי של החטא הקדמון הרחיק אותו כבר בגיל צעיר מהאורתודוקסיה הלותרנית בת ימיו.