Han kommanderede også hære i Det vestlige Operationsområde i borgerkrigen herunder Slaget ved Shiloh i Tennessee og Belejringen af Corinth i det nordlige Mississippi. Hans formentlig største bedrift var formentlig at forsvare Petersburg, og dermed Sydstaternes hovedstad Richmond mod en meget større unionsstyrke i juni 1864. Desværre blev hans indflydelse på Sydstaternes strategi begrænset af hans dårlige forhold til sydstaternes præsident Jefferson Davis og andre højtstående generaler og embedsmænd.