Pada tahun 2006, Trulli mengalami musim dengan buruk. Pada putaran pertama di Australia, ia mengalami insiden dengan David Coulthard. Trulli sendiri tampak mulai dikalahkan oleh Ralf Schumacher, tetapi ia mulai bangkit saat finish ke-6 di Kanada yang disusul dengan P4 di AS. Dari sini ia kemudian hanya tampil tiga kali meraih angka, yaitu finish P7 di Jerman dan Italia, dan juga P6 di Jepang. Pada balapan penutup musim di Brasil, Trulli gagal finish setelah berlomba sebanyak 10 lap. Trulli mengakhiri musim dengan berada di P12 klasemen akhir.