W reprezentacji Meksyku Mercado zadebiutował 7 lutego 1998 roku w wygranym 2:0 meczu Złotego Pucharu CONCACAF z Hondurasem. W 2002 został powołany przez Javiera Aguirre do kadry na Mistrzostwa Świata 2002. Wystąpił tam najpierw we dwóch meczach grupowych: z Chorwacją (1:0) i z Ekwadorem, a następnie w 1/8 finału z USA (0:2). Ostatni mecz w kadrze narodowej rozegrał w tym samym roku, a łącznie wystąpił w niej 21 razy.