Untuk musim , Vettel gagal mencatatkan satu kemenangan lomba selama musim berjalan. Hal ini terkait dengan penampilan mobil Ferrari yang kurang bagus selama musim berjalan. Beberapa catatan Vettel di musim 2016 diantaranya saat ia bertabrakan dengan rekan setimnya sendiri Kimi Raikkonen di Tiongkok meski pada akhirnya ia bisa bangkit dan finis di posisi kedua. Setelah lomba Vettel sempat beradu argumen dengan Daniil Kvyat yang ia tuduh sembrono serta berniat melakukan tindakan bunuh diri dengan manuvernya saat akan menyalip Raikkonen yang kemudian turut menyeret Vettel. Belakangan keduanya mencoba merevisi adu argumen tersebut dengan menyebut kejadian yang terjadi saat lomba hanyalah insiden balap biasa. Pada lomba di Rusia, Vettel tersundul selepas start oleh Kvyat yang terlihat tampil terlalu bersemangat di depan publiknya sendiri. Sebagai efek dari insiden ini, Vettel tersingkir dari perlombaan sementara Kvyat terkena penalti stop-go 10 detik serta tiga poin penalti. Vettel mencatat finis podium di posisi kedua lainnya di Kanada dan Eropa. Di Meksiko, Vettel tertangkap mengumpat via radio kepada direktur FIA Charlie Whiting dan kepada Max Verstappen ketika ia kesulitan untuk menyalip pembalap tim Red Bull Racing tersebut sebelum kemudian setelah lomba Vettel meminta maaf atas aksinya tersebut. Vettel finis di urutan empat klasemen pembalap musim 2016 dengan 212 poin.