29 июля 1944 года Степан Михайлович Буньков был назначен на должность командира 12-го гвардейского стрелкового корпуса, который участвовал в Тартуской и Рижской наступательных операциях, в ходе которых были освобождены города Валга, Валка и Валмиера. Вскоре корпус участвовал в ходе Варшавско-Познанской, Восточно-Померанской и Берлинской наступательных операциях, за что Буньков был награждён орденами Красного Знамени, Ленина и Богдана Хмельницкого 2 степени.