W seniorskiej reprezentacji Meksyku Hernández debiutował jeszcze jako zawodnik Necaxy – w 1987 roku. Cztery lata później został powołany przez selekcjonera Manuela Lapuente na Złoty Puchar CONCACAF, gdzie zajął ze swoją kadrą narodową trzecie miejsce. W 1993 roku wziął za to udział w turnieju Copa América. Meksykanie debiutowali wówczas w tych rozgrywkach i z Hernándezem w składzie doszli aż do finału, przegrywając w nim 1:2 z Argentyną.