На початку 2000-х рр. підрозділ зазнав деяких структурних змін, ставши частиною нового підрозділу боротьби з тероризмом, так званих «Соколів», який спочатку протягом військового конфлікту у 2001 р. повинен був являти собою об'єднаний військово-поліційний орган боротьби з тероризмом, але потім його планувалося залишити тільки у складі армії. Коли було сформовано командування спеціальних підрозділів, Вовки стали його структурною ланкою. Остання структурна зміна підрозділу відбулася 2003 р., коли він став батальйоном спеціального призначення у складі полку спеціальних операцій поряд із «рейнджерським батальйоном», створеним наступного року.