Am 8. Februar 2009 erklärte Chātami seine erneute Kandidatur zur Wahl des iranischen Staatspräsidenten im Juni des Jahres. Durch das Ansinnen seiner Anhänger aus dem Reformlager gedrängt, soll er geantwortet haben: „Man kann doch schlecht Nein sagen, wenn alle ein Ja wollen.“ Am 16. März 2009 gab er bekannt, dass er doch nicht als Kandidat antreten werde, dafür den gemäßigten Kandidaten Mir Hossein Mussawi unterstützen wolle, um eine „Spaltung der Wählerschaft zu vermeiden“.