Hernández também jogou pela seleção colombiana nas Copas Américas de 2001 e 2004, além da Copa Ouro e Confederações de 2003 e de atuações nas Eliminatórias da Copa do Mundo de 2002 e 2006. Foram ao total 46 partidas disputadas pela seleção principal, com destaque para a conquista da Copa América 2001, realizada na Colômbia.