Місто засноване у XVI столітті як фортеця на історичній території Слобідської України. В тогочасній українській літературі назва міста вимовлялося як Білгород, а писалася як Бѣлгородъ. Із посиланням на літописи в описі міських поселень Російської імперії вказано, що воєводи князі Михайло Ноздреватий та Андрій Волконський, за вказівкою царя Федора Іоановича, 1593 року поставили города Бєлгород, Оскол, Валуйки та інші, що, поза сумнівом, свідчило про побудову нових та відновлення існуючих укріплень в тогочасних населених пунктах. Цілком вірогідно, що якась невеличка фортеця на місці сучасного Бєлгорода існувала і до 1593-го року, та неодноразово спалювалася при набігах татаро-монголів, і через це за указом царя Федора Івановича була відбудована заново. Із цього часу Бєлгород став головним містом 800-кілометрової оборонної лінії, яка захищала Московську державу від набігів кримських татар та українських козаків. Під час Смоленської війни підрозділ Якова Острянина знищив острог та випалив передмістя. На початку XVIII століття, після створення Малоросійського приказу, була побудована нова оборонна лінія і стратегічне значення Бєлгорода значно зменшилося. Незабаром після завоювання Криму в 1785 році місто було виключене з числа діючих фортець.