Pérez pelasi ensimmäisen A-maaottelunsa Uruguayn joukkueessa vuoden 2001 Copa Américan avausottelussa Boliviaa vastaan. Hän pelasi neljänneksi sijoittuneen Uruguayn kaikissa kuudessa ottelussa. Copa Américassa 2004 hän pelasi Uruguayn pronssijoukkueessa neljässä ottelussa. Vuoden 2007 maanosan mestaruuskilpailuissa hän pelasi viisi ottelua Uruguayn sijoittuessa neljänneksi. Copa Américassa 2011 hän pelasi Uruguayn kultajoukkueessa viisi ottelua mukaan lukien loppuottelu Paraguayta vastaan.