Mun Szonmjong az 1940-es években változtatta meg nevét a Japán megszállás alatt lévő Koreai-félszigeten. A mai Észak-Korea területén született egy nyolcgyermekes földműves család második fiúgyermekeként. A konfucianizmust követő család Mun 10 éves kora körül vette fel a kereszténységet és csatlakozott a Presbiteriánus Egyházhoz. 1941-ben a neves japán Vaszeda Egyetemhez kapcsolódó műszaki középiskolában kezdte tanulmányait. Ebben az időszakban a koreai függetlenségi mozgalomban a kommunista párt tagjaival is együttműködött a megszálló japán birodalom ellen. 1943-ban visszatért Koreába és 1943 novemberében feleségül vette t (최선길)(más forrás 1944-et említ). 1946. április 2-án megszületett fiuk, . Mun 1946-ban családját Szöulban hagyva Észak-Koreába, Phenjanba ment, hogy hittételeit kezdje tanítani. Japán kapitulációját követően a Koreai-félsziget északi részét szovjet, déli részét amerikai csapatok szállták meg, és 1945-ben a 38. szélességi fok mentén felosztották az országot. 1948-ig a koreai kereszténység központja a 20. század elejétől „kelet Jeruzsáleme” becenéven is ismert Phenjan volt. Már 1945 után üldözni kezdték a különböző vallásokat, hamarosan 166 papot (pl. Francist) és egyéb vallási vezetőt végeztek ki vagy tüntettek el koncentrációs táborokban. A délről érkező Munt 1947-ben kémkedés vádjával öt év kényszermunkára ítélték a Hungnam munkatáborban. Három évvel később a koreai háborúban az ENSZ-csapatok felszabadították a tábort. Mun Dél-Koreába, Puszanba menekült.