W reprezentacji Meksyku Flores zadebiutował 29 listopada 1983 roku w zremisowanym 4:4 towarzyskim meczu z Martyniką. W 1986 roku został powołany do kadry narodowej na Mistrzostwa Świata. Zagrał na nich w pojedynkach z Belgią (2:1), Paragwajem (1:1) oraz Irakiem (1:0). W meczu z Paragwajem strzelił także gola. Z tamtego turnieju Meksyk odpadł w ćwierćfinale. W 1993 roku Flores wziął udział w Copa América, który Meksyk zakończył na 2. miejscu. W latach 1983–1993 w drużynie narodowej rozegrał w sumie 58 spotkań i zdobył 25 bramek.