O poznání náročnější byla situace v Chorvatsku, Srbsku a Bosně. V Chorvatsku se moci chopil Franjo Tudjman se sklony k autoritativní vládě a snahami o rehabilitaci režimu ustašovců. Problémem Chorvatska byla výrazná srbská menšina, která se v novém státě cítila ohrožena. Její secesistické sklony mohutně podporoval i srbský politik a hlava Jugoslávské federace Slobodan Miloševič. V létě 1991 se rozhořel etnický konflikt, který trval až do roku 1995, kdy Západem vybavená chorvatská armáda Operací Bouře obnovila územní celistvost státu. Toto vítězství ale znamenalo odchod více než 200 000 Srbů.