В годы гражданской войны Франкфорт некоторое время находился в руках южан. В октябре 1862 года, во время церемонии вступления в должность Ричарда Хоуса, второго конфедератского губернатора Кентукки (первый, Джордж Джонсон, погиб при Шайло), город был внезапно атакован превосходящими силами северян, вынудившими южан отступить. До конца войны Франкфорт оставался под контролем Севера. Для защиты города в 1863 году был построен Форт-Хилл.