El 1940 Johnson va fer una operació per restablir la seva clavícula i va començar a volar regularment. Va participar en les escomeses ofensives per l'Europa ocupada pels alemanys del 1941 al 1944, gairebé sense descans. Johnson va estar involucrat en forts combats aeris durant aquest període. La seva gira de combat va incloure la participació en el Raid de Dieppe, l'ofensiva combinada de bombarders, la batalla de Normandia, l'operació Market Garden, la batalla de les Ardenes i la Invasió aliada occidental d'Alemanya. Johnson va assolir el rang de capità de grup al final de la guerra.