Die Provinz war bereits im Ersten Indochinakrieg eine Hochburg der gegen die Franzosen kämpfenden, überwiegend kommunistischen Befreiungsbewegung Pathet Lao. Auf der Genfer Indochinakonferenz 1954 wurde sie, zusammen mit Phongsali den Pathet Lao zugesprochen, solange diese nicht an der nationalen Regierung beteiligt waren. Im Rahmen des Abkommens von Vientiane zwischen Pathet Lao und königlicher Regierung wurden sie dann in das Königreich Laos eingegliedert und in Provinz Houaphan umbenannt. Während des Zweiten Laotischen Bürgerkriegs (1963–1973) war die Provinz wiederum überwiegend unter Kontrolle der Pathet Lao und ihrer nordvietnamesischen Verbündeten. Der kleine Ort Vieng Xai, 24 km östlich der Provinzhauptstadt Sam Neua, war das Hauptquartier der Pathet Lao. Diese nutzten hier eine Reihe von tiefen Kalksteinhöhlen, um sich vor den Bombenangriffen der US-Luftwaffe zu schützen. Nach ihrer Machtübernahme 1975 richteten die Kommunisten hier Umerziehungslager für ihre politischen Gegner ein.