За це того ж 1990 року його визнали найкращим тренером року в Південній Америці та призначають тренером національної збірної Уругваю для роботи на Кубку Америки 1991 року в Чилі. На турнірі уругвайці хоч і не програли жодного матчу і набрали стільки ж очок як і перші дві збірні, проте так і не змогли вийти з групи. Через два роки Кубілья очолював збірну на Кубку Америки 1993 року в Еквадорі, де Уругвай дійшов до чвертьфіналу, де програв в серії пенальті майбутнім бронзовим призерам турніру колумбійцям.