Vuonna 1940 Italia ei Badoglion mielestä ollut valmis liittymään toiseen maailmansotaan, mutta Mussolini oli eri mieltä. Badoglio erosi yleisesikunnan päällikkyydestä 4. joulukuuta 1940 katastrofaalisen Kreikan-valloitusyrityksen aikana ja pesi kätensä Mussolinin sotapolitiikasta. Kun Fasistien suuri neuvosto syrjäytti Mussolinin 25. heinäkuuta 1943, Badoglio nimitettiin uuden hallituksen johtoon. Badoglion hallitus teki sotilaallisesti toivottomassa tilanteessa aselevon liittoutuneiden kanssa 3. syyskuuta ja ilmoitti viisi päivää myöhemmin antautuvansa ehdoitta. Kansallinen fasistipuolue lakkautettiin ja 13. lokakuuta Italia julisti sodan entiselle liittolaiselleen Saksalle. Saksan miehitettyä pääosan maasta Badoglion hallitus joutui pakenemaan Etelä-Italiaan liittoutuneiden turviin.