ルドルフ2世の跡を継ぎボヘミア王に就いたフェルディナント2世が、プロテスタントを弾圧したことに端を発し、1618年に始まる三十年戦争で事態は一転する。1620年の白山の戦いでプロテスタント側は屈辱的な敗北を帰し、多くの音楽家達も亡命を余儀なくされた。フス派の打撃はもちろん大きかった。兄弟団同盟の流れをくむ福音派の僧 (1592 - 1637) は、亡命先のスロヴァキアでフス派の音楽を継承したカンツィオナール集「キタラ・サンクトルム」（1636年）を出版したと伝えられている。また、フス派のカンツィオナール作者と合唱団との結びつきが弱体化することで、兄弟団の歌の中に外国の歌の影響が見られるようにもなった。これとは逆に、民衆の支持を集めていたフス派の音楽をカトリック教会が取り込む動きも見られるようになる。たとえば、1793年に出版されたヨゼフ・フェルディナンド・ゼゲル (1716 - 1782) の「8つのトッカータとフーガ」には15世紀のカンツィオナールの旋律に極めて類似した旋律が用いられている。