1948年12月24日，马来亚紧急状态期间马来亚海军又恢复运作。1949年3月1日，马来亚海军部队（）条例正式由殖民政府颁布，并以新加坡兀兰为基地。这一时期，马来亚海军部队的主要任务是进行海岸巡逻，防止马共游击队从海外获得补给。此外，马来亚海军部队也负责新加坡等港口防务。1952年8月，为表彰马来亚海军部队在紧急状态期间的表现，英女王伊丽莎白二世正式授予马来亚皇家海军（）的名号。