У листопаді 2006 року «Баку — Супса» призупинив прокачку нафти для ремонту і модернізації трубопровода, які тривали майже два роки. 6 червня 2008 нафтопровід відновив свою роботу. Але не надовго. 1 серпня 2008 збройне протистояння в Південній Осетії, поруч з якою проходить нитка нафтопроводу, переросло в пряму військову агресію Росії проти Грузії. Через ці події, в цілях обережності, 14 серпня робота нафтопроводу знову була припинена ще на місяць.