Nie istnieją udokumentowane źródła, które wskazywałyby na ciągłość między szkołą kolegialną a kolegium jezuickim powstałym na początku XVIII w. Ojcowie jezuici przybyli do Płocka w 1611. W roku 1626 otworzyli tu uczelnię z czterema niższymi klasami, potem także była klasa piąta. Wykładano tu m.in. arytmetykę, geometrię, a w roku 1768 otworzono także szkołę architektury. Działał także, już od 1612 szkolny teatr. W latach 1633–1636 św. Andrzej Bobola kierował Sodalicją Mariańską uczniów płockiego kolegium, a w latach 1637–1638 był prefektem Kolegium Jezuitów i jego kaznodzieją. W czasie Potopu szwedzkiego w budynku szkoły nocował król szwedzki Karol X Gustaw. Wraz z opuszczaniem szkoły przez wojska szwedzkie zrabowana została biblioteka szkolna.