Im Zweiten Weltkrieg wurde der Friedhof im Zuge der Operation Gomorrha schwer beschädigt und die alte Kirche restlos zerstört. In den ersten Nachkriegsjahren wurde auf dem Gelände eine hölzerne Notkirche errichtet. Im Zuge des Neubaus der heutigen Dreifaltigkeitskirche (1956/57) wurden mehrere Grabstellen verlegt und der Friedhof zum Teil neu gestaltet. Zeitgleich wurden auch mehrere Grabmale der beiden aufgelassenen Friedhöfe in Eilbek (Jacobi-Friedhof und Neuer Hammer Friedhof) hierher überführt, darunter die Gräber von Anna Lühring und Elise Averdieck.