A estreia de Pérez com a camisa da Seleção Colombiana aconteceu em maio de 1989, em um jogo contra o Peru. Foi convocado para a Copa América do mesmo ano, mas terminaria preterido nas convocações para a Copa de 1990 e da Copa América de 1991. Voltaria a disputar uma competição de seleções em 1993, disputando sua segunda Copa América.