Le capitaine Robert Lee participe à la guerre du Mexique (1846-1848) au cours de laquelle il contribue à plusieurs victoires américaines en sachant exploiter le terrain en tant qu'officier d'état-major. Aide de camp de Winfield Scott lors de la marche de Veracruz à Mexico, Lee participe aux batailles de Contreras, de Churubusco et de Chapultepec où il est d'ailleurs blessé. Il est cité trois fois pour acte de bravoure Il est distingué à titre honorifique au rang de colonel. Pendant ce conflit, il croisera le capitaine Ulysses S. Grant, futur chef des forces nordistes.