Efter Slaget ved Mohács i 1526 blev Bøhmen gradvist indlemmet i det habsburgske monarki, der foruden Bøhmen bestod af Hertugdømmet Østrig og Kongeriget Ungarn. Den Bøhmiske Opstand (1618-20) mod de katolske habsburgere førte til Trediveårskrigen. Bøhmen tabte det afgørende slag ved Det Hvide Bjerg i 1620, hvorefter habsburgerne konsoliderede deres magt, udryddede protestantismen og genindførte katolicismen. De påbegyndte også en fortyskning af det bøhmiske samfund. Kongeriget Bøhmen blev ved det tysk-romerske riges opløsning i 1809 indlemmet i Kejserriget Østrig. I denne periode oplevede det tjekkiske sprog en opblomstring som følge af en voksende nationalromantik. De tjekkiske områder blev i løbet af det 19. århundrede kejserrigets industrielle kraftcenter. Tjekkiet udgjorde også den industrielle kerne i Republikken Tjekkoslovakiet, der blev dannet i 1918 ved Østrig-Ungarns opløsning.