Další vývoj však již znamenal úpadek významu královských měst (naprosti tomu v Uhersku byla právě roku 1514 uznána svobodná královská města). Pod tlakem šlechty jim byla roku 1500 Vladislavským zřízením na čas odebrána možnost účastnit se zemských sněmů, návrat jim zaručila až Svatováclavská smlouva z roku 1517, přinášející především kompromis mezi královskými městy a šlechtou ohledně příslušnosti městských a zemských soudů. Zásadním zlomem však byla porážka stavovského povstání roku 1547, odbojným městům byly konfiskovány rozsáhlé majetky, byla zrušena řada dosavadních privilegií a do každého byl jmenován královský rychtář, jenž dohlížel na jejich činnost. Panovníkovy restrikce přišly i po bělohorské porážce v roce 1620, kdy se podmínkou členství v městské radě stala katolická víra. Tehdejší doba také znamenala postupné sjednocování městského práva, které přinesl Koldínův zákoník a jehož prostřednictvím se městské soudy nakonec podřídily nově ustavenému apelačnímu soudu (české města definitivně roku 1610, moravská v roce 1697). Ten byl už ryze byrokratickou institucí, čímž byla zrušena dávná zásada, že měšťan soudí měšťana.