La Asamblea participó de nuevo en las legislativas de 2004, sin éxito reseñable. Y, tras la presidencial de 2005, Mehdí Karrubí se separó de la Asamblea para formar su propio partido (Confianza Nacional), quejándose del escaso apoyo obtenido como candidato en la cita electoral. Tras la retirada de Karrubí, fueron designados como presidente del consejo de orientación política el expresidente Mohammad Jatamí y, como secretario general, Mohammad Musaví Joeinihá. La ACC, con una línea ya centrada en la limitación del poder político del clero y el desarrollo de las libertades individuales (aunque no hasta el punto de «conducir al secularismo o al liberalismo»), apoyó en la elección de 2009 la candidatura de Mir Hosein Musaví y, en las horas siguientes al anuncio de los resultados, acusó a la administración saliente de acusaciones de fraude y reclamó la anulación de los resultados, lo que provocó peticiones de que se revocara el permiso de actividad política de la Asamblea y acusaciones de «actuar como los sionistas» y de «haberse unido a los antirrevolucionarios» por parte de la agencia de noticias Fars. En agosto de 2010, la Asamblea eligió como nuevo secretario general a Alí Akbar Mohtashamipur.