W tym samym roku do monasteru wkroczyła armia austro-węgierska, która zajęła budynki na swoją kwaterę, pozostawiając na miejscu jedynie 80-letniego archimandrytę, zaś pozostałych mnichów zmuszając do wyprowadzki. Żołnierze zdewastowali zabudowania monasteru, równocześnie doprowadzając do niego wodę bieżącą oraz elektryczność. Po ofensywie Brusiłowa wspólnota mnisza mogła wrócić do Poczajowa. Powroty mnichów trwały w 1918, kiedy monaster znajdował się w granicach Ukraińskiej Republiki Ludowej. Zakonnicy otrzymali zgodę władz na uprawianie należących do nich majątków, jednak 8 stycznia 1919 stracili ją, gdy wydany został dekret o nacjonalizacji ziemi.