Im 17. und 18. Jahrhundert betrieben die Äbte des Klosters zunehmend eine von der Schweizerischen Eidgenossenschaft unabhängige Politik, die zum Kreuzkrieg und schliesslich zum Toggenburgerkrieg von 1712–1718 führte, der sich am Gegensatz zwischen Abtei und den reformierten Einwohnern des Toggenburgs entzündet hatte. Dennoch blühte die Abtei im 18. Jahrhundert noch einmal auf – sichtbarstes Zeichen war der Neubau der Klosteranlage zwischen 1755 und 1767 im prunkvollen Barock durch Peter Thumb bis 1761, anschliessend bis 1768 Johann Michael Beer und Johann Ferdinand Beer von 1767 bis 1769. Das Pfalzgebäude sollte den regierenden Äbten eine standesgemässe Residenz bieten. Der spätbarocke Bibliothekssaal der Stiftsbibliothek zählt heute zu den repräsentativsten und schönsten Bibliotheksbauten der Welt. Die ganze Anlage ist seit 1983 UNESCO-Weltkulturerbe.