Venäjän–Japanin sodan alkaessa alus oli amiraali Tōgō Heihachirōn johtaman Japanin 1. laivaston 1. divisioonassa, jonka muut alukset olivat "Shikishima", "Fuji", "Asahi", "Yashima" ja "Kasuga". Divisioonansa mukana alus osallistui 9. helmikuuta 1904 Port Arthurin taisteluun, jossa alukseen osui kaksi kymmenen tuuman kranaattia, jotka haavoittivat seitsemää miehistön jäsentä. Keltaisenmeren taistelussa 10. elokuuta "Mikasa" johti jälleen Japanin taistelulinjaa, ja alukseen osui taistelun aikana 25 kranaattia, joista kaksi poistivat käytöstä takakannen 12-tuumaisen tykkitornin. Taistelussa 125 miehistön jäsentä sai surmansa ja haavoittui.