W 1793 roku ponownie dokonano podziału na Komisję Koronną i Litewską. Podczas Insurekcji w wojsku funkcje administracyjno-skarbowe i sądowe sprawował Komisariat Wojenny oraz Wydział Potrzeb Wojskowych w Radzie Najwyższej Narodowej. Do końca Rzeczypospolitej siedziba komisji mieściła się w Pałacu Krasińskich, tamże znajdowało się także Archiwum Wojskowe Koronne.