Dopo l'esperienza con la selezione olimpica tornò, nel 1989, a disputare un incontro tra Nazionali "A": il 15 marzo contro l', nell'ambito di un'amichevole di preparazione alla Coppa America. Convocato per la Coppa America 1989, Bebeto esordì nella competizione il 1º luglio contro il , e al secondo minuto della gara segnò la rete dell'1-0 (il Brasile vinse poi per 3-1). Formando la coppia d'attacco con Romário, Bebeto fu titolare per tutto il torneo: il 9 luglio, contro il Paraguay, segnò una doppietta, decisiva per il 2-0 finale. Nella fase finale realizzò altre 3 reti: una contro l' (12 luglio) e due contro il Paraguay (14 luglio): conclusa la competizione il Brasile vinse la Coppa, e Bebeto fu il miglior marcatore della competizione con 6 gol. Queste prestazioni in Nazionale, unitamente a quanto fatto con le squadre di club, gli valsero l'elezione quale Calciatore sudamericano dell'anno per il 1989.