南軍ストーンウォール・ジャクソンのバレー方面作戦に対して、軍団（当時の名称はポトマック軍第5軍団）は激しい戦闘を経験した。シールズの師団は第一次カーンズタウンの戦い（1862年3月23日）でジャクソンに勝利を収め、またウィリアムズの師団は5月25日の第一次ウィンチェスターの戦いにおいて、数に上回る敵に善戦したものの、バンクスは軍団を撤退させた。8月9日のシーダー山の戦いでは、ほぼ第12軍団（このときの名称はバージニア軍第2軍団）のみで戦い、数で上回る南軍に敗北はしたものの、南北戦争の歴史に残る戦いぶりをみせている。師団長はウィリアムズとクリストファー・オウガー（）であり、戦闘に参加した6,000人に対して、戦死302人、戦傷1,302人、行方不明594人の合計2,216人の損害を出した。中でもサミュエル・クロウフォードの旅団は、1679人中867人という大損害を受けた。