En 1589 una gran tormenta (o terremoto) causó daños en el antiguo minarete, que se estaba usando como campanario, por lo que se decidió remodelarlo y reforzar la torre. Se eligió un diseño de Hernán Ruiz III, hijo de Hernán Ruiz el Joven, que encajaba la estructura original del minarete en un nuevo campanario renacentista. Algunas de las secciones septentrionales del minarete se demolieron durante el proceso. La construcción comenzó en 1593, aunque finalmente se interrumpió debido a los recursos invertidos en la construcción del nuevo transepto de la catedral al mismo tiempo. Hernán Ruiz III murió en 1606 y no pudo ver su obra concluida; mientras que la obra prosiguió con el arquitecto Juan Sequero de Matilla en 1616 y se concluyó un año después. Sin embargo, la nueva torre tenía imperfecciones y se tuvieron que realizar reparaciones unas décadas después a mediados del por el arquitecto Gaspar de la Peña, quien reforzó la torre y modificó el diseño inicial de la puerta del Perdón, ubicada bajo la torre. En 1664 Gaspar añadió una nueva cúpula en la cima del campanario donde situó una estatua del arcángel Rafael realizada por los escultores Pedro de la Paz y Bernabé Gómez del Río. En 1727 la torre se dañó debido a otra tormenta y, asimismo, algunas ornamentaciones se dañaron durante el Terremoto de Lisboa de 1755. Baltasar Dreveton, un arquitecto francés, fue el encargado de restaurar y reparar la estructura durante más de ocho años.