Sin embargo, los indonesios inicialmente experimentaron más libertades políticas durante la ocupación japonesa. Aunque los principales cargos permanecieron en manos oficiales nipones, la población nativa pudo acceder a otros que les habían sido vetados durante la administración europea. En abril de 1942, varios políticos indonesios reconocieron públicamente a Japón como el "protector de Asia", y las islas incluso adoptaron el calendario japonés, marcando el año 1942 como 2602. El principal líder nacionalista indonesio, Achmad Sukarno, logró convencer a los japoneses que permitiesen la fundación de una organización conocida como Pusat Tenaga Rakyat, o Putera, en marzo de 1943. Putera logró reclutar 25.000 indonesios, que fueron entrenados para servir como auxiliares al Ejército Japonés. Se creó además una fuerza paramilitar escasamente armada llamada Pembela Tanah Air, o Defensores de la Patria, compuesta por 35 mil nativos. Otras organizaciones paramilitares indonesias fueron fundadas, pero aunque llegaron a contar con un millón y medio de miembros, no recibieron armamento. Aunque estas organizaciones hicieron muy poco para evitar la reconquista europea, sí lograron establecer una estructura política que luego fue utilizada para ganar su independencia. Cuando los japoneses descubrieron que los indonesios no tenían mucho interés en la defensa de la causa japonesa, disolvieron Putera en 1944. En febrero de 1945, Peta se rebeló contra los japoneses, pero fue neutralizada rápidamente. El 17 de agosto, unos días después de la rendición incondicional japonesa, Sukarno proclamó la independencia de Indonesia. Los neerlandeses se rehusaron a reconocerla, dando inicio a la Revolución Nacional Indonesia, que terminó en 1949, cuando el Reino de los Países Bajos finalmente accedió.