Malofeev est appelé pour la première au sein de la sélection soviétique par Konstantin Beskov le 22 septembre 1963 à l'occasion d'un match amical contre la Hongrie. Il est par la suite retenu dans le cadre de l'Euro 1964 mais ne joue pas le moindre match tandis que les Soviétiques atteignent la finale de la compétition où ils sont vaincus par l'Espagne.