Malgré une place de titulaire assurée en début de saison 2011-2012, et un statut de capitaine de l'équipe derrière l'emblématique Ambrosini, Gattuso subit une grave paralysie du sixième nerf crânien, provoquant un dysfonctionnement critique de l'œil gauche. Il n'en se remettra qu'en fin de saison, sa place étant comblée avec plus ou moins de réussite par l'ancien interiste Muntari. Le joueur annonce alors son départ du club en fin de saison. Il met fin ainsi à 13 années passées au Milan.