Años más tarde, Luján Manera condujo al seleccionado paraguayo en la Copa América de 1989. En aquella competencia continental dirigiendo al seleccionado guaraní se adjudicó el primer lugar en la primera fase del Grupo A, pero en la ronda final solo consiguió un empate, frente a Argentina, que los hizo finalizar en el cuarto lugar de la Copa. En total, ganó tres partidos, empató uno y perdió los tres restantes, Su efectividad al hacer 7 puntos sobre 14 (Recordemos que antes eran 2 puntos por partido ganado en lugar de 3) sería del 50% exactamente.