Do końca września 1918 w Moskwie zamordowano kilkaset osób, w tym dwóch byłych carskich ministrów, w Piotrogrodzie wykonano prawie 1300 egzekucji, a w Kronsztadzie w ciągu zaledwie jednej nocy zastrzelono 400 żołnierzy i cywilów. Za zastrzelenie jednego członka brygady aprowizacyjnej rekwirującej zboże rolnikom, funkcjonariusze Czeki zabili 152 osoby. Od lutego do czerwca 1919 w Charkowie bolszewicy przeprowadzili od 2 do 3 tysięcy egzekucji, w styczniu 1920 w Rostowie nad Donem około tysiąca, w Odessie od maja do sierpnia 1919 – 2,2 tysiąca, a od lutego 1920 do lutego 1921 od 1,5 do 3 tysięcy. W Kijowie od lutego do sierpnia 1919 czekiści zabili co najmniej 3 tysiące osób, od sierpnia 1920 do lutego 1921 w Jekaterynodarze co najmniej 3 tysiące, a w Armawirze od sierpnia do października 1920 – od 2 do 3 tysięcy. Po zajęciu Krymu przez bolszewików Béla Kun i Rozalija Ziemlaczka kierowali masowymi egzekucjami białogwardzistów i ich zwolenników. Po zdławieniu chłopskiego powstania tambowskiego (1920–1921) kilkadziesiąt tysięcy osób – uczestników tego powstania oraz ich rodzin mieszkających w guberni tambowskiej – zostało straconych, uwięzionych lub deportowanych. Czeka krwawo rozprawiała się również ze strajkującymi robotnikami. Ogólna liczba ofiar śmiertelnych „czerwonego terroru” z lat 1918–1922 obliczana jest na między 50 tysięcy a 1,7 miliona.