Perdomo war auch Mitglied der uruguayischen A-Nationalmannschaft. Er debütierte in der "Celeste" am 19. Juni 1987. Sein 27. und letztes Länderspiel absolvierte er am 25. Juni 1990. Insgesamt erzielte er drei Länderspieltore. In dieser Zeit nahm Perdomo an der Weltmeisterschaft 1990 teil, bei der er in allen drei Gruppenspielen und bei der Achtelfinalniederlage gegen Italien zum Einsatz kam. 1987 wurde er mit der Nationalelf Südamerikameister bei der Copa América in Argentinien. Auch gehörte er dem uruguayischen Aufgebot bei der Copa América 1989 an, die Uruguay als Zweitplatzierter beendete.