Berger teki sopimuksen McLarenin kanssa kaudella 1990. Bergerin tallikaverista, Ayrton Sennasta, tuli hänelle läheinen ystävä. Berger kuitenkin jäi Sennan varjoon kilpailusuorituksissa. Sennan voittaessa kauden 1990 maailmanmestaruuden, Berger sijoittui neljänneksi saavuttamatta yhtään voittoa. Kaudella 1991 Berger voitti Japanin GP:n, kun Senna päästi hänet ohitseen viimeisellä kierroksella varmistettuaan maailmanmestaruuden Nigel Mansellin keskeytettyä. Kausi 1992 jäi Bergerin viimeiseksi McLarenilla. Hän saavutti kauden aikana kaksi voittoa, joista ensimmäinen tuli Kanadan GP:sta ja toinen kauden päätöskilpailusta Australian GP:sta.