En 1940, con Paul Reynaud, es partidario del traslado del Gobierno a las colonias de África del Norte y se opone al armisticio. Sin embargo, siguiendo la corriente mayoritaria, se ve obligado a llamar al mariscal Philippe Pétain a la presidencia del Consejo y le pone sobre aviso, en vano, contra la nefasta influencia de Pierre Laval. Rechaza dimitir, obligando así a Pétain a desplazarlo mediante el voto de la concesión de plenos poderes, el 10 de julio de 1940, lo que le aparta del poder. Se retira a Vizille (departamento del Isère), a casa de su yerno, Jean Freysselinard. Mantenido bajo vigilancia domiciliaria por los italianos, estos últimos, al momento de abandonar la región, le aconsejan infructuosamente irse, ya que los alemanes les van a reemplazar. Es así detenido por la Gestapo y enviado a Austria entre septiembre y octubre de 1943, encontrando allí a otros muchos políticos tomados como rehenes. Tras un deterioro en su salud es devuelto a Francia. En 1945, solicita en vano ser quien transmita el poder a las nuevas autoridades, en tanto que presidente electo de la República con mandato hasta 1946, y fallece en 1950. Se organizan funerales nacionales en la catedral de Notre-Dame de Paris, siendo inhumado en el cementerio de Mercy-le-Haut.