В ходе советско-финской войны 1941—1944 годов Кякисалми был занят финскими войсками и деятельность церкви в период военного времени была восстановлена. Однако, произошедший в 1943 году пожар уничтожил большую часть городских строений, включая и церковь, а в 1944 году по условиям мирного соглашения Карельский перешеек отошёл Советскому Союзу.