1620-ban II. Ferdinánd császár elzálogosította az Enns fölötti Ausztriát (mai Felső-Ausztriát) I. Miksa bajor hercegnek, cserébe a fehérhegyi csatában nyújtott támogatásáért. A többségében protestáns vidéken megkezdődött az erőszakos rekatolizáció, ami 1626-ban parasztfelkeléshez vezetett. A harmincéves háború által is sújtott város teljesen elszegényedett és elnéptelenedett, csak 1718-ban kapta vissza korábbi státuszát és privilégiumait. Vöcklebruck a napóleoni háborúkban is sokat szenvedett. Az 1809-es schönbrunni békében a Napóleonnal szövetséges Bajorországhoz csatolták, csak a francia császár bukása után, a bécsi kongresszussal került vissza Ausztriához.