Les premières communautés luthériennes des Pays-Bas ont été fondées au , à la suite de l'arrivée massive de réfugiés venus d'Anvers après sa chute aux mains des Espagnols en 1585. Anvers avait en effet été très tôt un foyer de la Réforme ; les tout premiers martyrs de la Réforme morts sur le bûcher en 1523 en sont originaires, mais, en , des de la ville,refusant de se convertir au catholicisme, émigrent pendant les 10 jours qui leur sont accordés. Parmi eux des luthériens qui s'étaient maintenus à Anvers après la pacification de Gand en 1576 et qui vont s'établir en différents points des Provinces Unies : Middelbourg, Rotterdam, Leyde, Haarlem et Amsterdam. Dans ces grandes villes, les communautés luthériennes sont renforcées par les descendants de commerçants allemands ou scandinaves mais l'église luthérienne reste numériquement assez faible. La ville d'Amsterdam a été, et est toujours, le centre du luthéranisme néerlandais.