루이16세의 처형 이후 그는 지롱드파가 몰락하면서 급진파인 자코뱅파로 180도 돌아섰다. 그는 지방을 다스리는 파견의원으로 선출되어 자신의 선거구인 낭트를 비롯해 느베르 물랭에서 반혁명세력을 진압하고 부자들을 떨게하고 교회를 약탈해 악명을 얻었다. 그가 이런 과업을 수행하기 얼마 전 리옹에서 대규모 반란이 터졌다(리옹 반란). 공안위원회는 조르주 쿠통을 파견해 반란을 진압했다. 국민공회는 이 도시의 완전한 파괴를 명령했으나 쿠통은 형식적으로 집 몇채의 지붕을 부수는 것으로 끝냈다.