Ende 1946 kehrte Reuter nach Berlin zurück und amtierte als Stadtrat für Verkehr und Versorgungsbetriebe. Im Nachkriegsberlin entwickelte er sich rasch zum wichtigsten sozialdemokratischen Politiker. Seine Wahl zum Oberbürgermeister durch die Berliner Stadtverordnetenversammlung im Juni 1947 erkannte die sowjetische Besatzungsmacht nicht an. Während der Berliner Blockade stieg Reuter zum international bekannten Repräsentanten Berlins auf. Nach der Spaltung der Stadt übte er sein Amt als "Regierender Bürgermeister" nur in den Westsektoren aus. Er setzte sich für die Gründung eines westdeutschen Staates ein und sorgte für eine enge Verknüpfung West-Berlins mit der Bundesrepublik.