1942年8月、第二次ソロモン海戦に参加。10月、南太平洋海戦に参加。これらソロモン方面の作戦では南雲忠一率いる空母機動部隊（第三艦隊）の前衛として展開した第二艦隊を指揮した。当時近藤は機動部隊指揮官・南雲忠一中将より先任順位が上であったため、主力部隊を率いる南雲とその支援部隊を率いる上級者の近藤との間には複雑なものがあったが、近藤は南雲の行動に一切掣肘を加えることなく、あたかも南雲の指揮下にあるかのように行動しており、戦後、第三艦隊参謀長だった草鹿龍之介は近藤の寛容に感謝の念を表明している。