În 1968, Sekaninová-Čakrtová a început treptat să fie deziluzionată de ideologia și de politica comunistă. După invazia sovietică din Cehoslovacia în august 1968, ea a fost unul dintre cei patru membri ai Adunării Naționale care au votat împotriva acordului privind șederea temporară a trupelor sovietice în Cehoslovacia și a sugerat retragerea completă de pe teritoriul cehoslovac (ceilalți trei deputați au fost František Kriegel, František Vodsloň și Božena Fuková). Din cauza acestor atitudini, a fost, alături de alți membri rebeli ai Adunării Naționale, lipsită de mandatul său și expulzată din rândurile Partidului Comunist.