Lorsque le candidat du parti National Bernardo Prudencio Berro arriva au pouvoir en 1860 et que celui-ci voulut dépasser les tensions entre les deux partis politiques et initia la politique de fusion, Flores qui était alors général pensa à le renverser, ce qu'il commença le en lançant une nouvelle guerre civile en un lieu nommé « Le coin des poules » ("Rincón de las gallinas") à l'endroit même où les Trente-Trois Orientaux gagnèrent une bataille importante quelques années plus tôt. Ses premières victoires furent celle de Coquimbo le 2 juin et celle de Cañas le 25 juillet de cette année, nous pouvons noter que Lorenzo Latorre était dans les rangs de cette armée. Il investit la ville de Florida le et entra à Montevideo le 21 décembre de la même année. Nous pouvons aussi noter qu'il participa dans le camp offensif à la Défense de Paysandú (dans la ville du même nom) et que ses troupes aidées par celles brésiliennes (formant une armée d'environ 15 000 hommes) massacrèrent les 1 000 hommes fidèles au président.