L’éclatement de la Guerre civile en 1936 bouleverse toutefois profondément la vie du prince et de sa famille. Dès les premiers mois du conflit, plusieurs de ses enfants (Hélène, Henri et Alphonse de Bourbon) et petits-enfants (Joseph-Louis et Jacques de Bourbon ainsi que María Luisa González-Conde) sont alors fusillés par les républicains. Dans ce contexte très difficile et alors que Madrid est bientôt encerclée par les forces nationalistes, le prince doit trouver refuge à l’ambassade chilienne avec son épouse.