כמה שבועות אחר-כך קיבל פאוול הוראה להסיע את פלוגת הארטילריה לאתר ליד נהר הטנסי סמוך למזח בשם פיטסבורג לנדינג (Pittsburg Landing). ב-6 באפריל 1862, במהלך קרב שילה, כאשר פאוול עמד לתת הוראה לתותחניו לירות פגע בפרק כף ידו הימנית כדור רובה מסוג מיני ועבר דרך זרועו. הפצע היה כה חמור שהיה צריכים לקטוע את ידו מתחת למרפק. קצות העצבים החשופים בזרועו עתידים היו לגרום לו לכאב מתמשך לשארית חייו.