Després de 1538, la Reforma Protestant es va establir definitivament a la ciutat. En 1547, la ciutat va ser penalitzada per l'emperador per no donar suport al Sacre Imperi Romanogermànic en la lluita contra els pobles protestants de Bohèmia que estaven en rebel·lia. No obstant això, per a la fi del segle Zittau ja havia tornat a adquirir tots els territoris i privilegis perduts. Després de la derrota de les forces de Bohèmia en la Batalla de la Muntanya Blanca, molts protestants d'aquesta regió van emigrar a Zittau. Fins a mitjans del va existir una comunitat evangèlica txeca a la ciutat.