Firma SIAI prosadila předání prvního prototypu k bojovým testům na základnu Comiso na Sicílii, odkud operovala 96. skupina se stroji Junkers Ju 87B. Dne 15. září 1940 vzlétl tovární pilot Scarpini za doprovodu dvanácti Ju 87B a uskutečnil s nimi nálet na letiště Hal Far na Maltě. V říjnu 1940 se jednotka včetně SM.86W přesunula na letiště v Lecce, odkud měla působit proti Řecku. Scarpini s letounem podnikl nálet na řecké cíle 4. listopadu 1940 společně se čtveřicí Ju 87B. Později však zahynul v sestřeleném Junkersu a SM.86W tak zůstal bez pilota. V srpnu 1941 byl stroj zrušen.