Параллельно с И. З. Бондаревским Макогонов разработал и ввел в широкую практику систему защиты, впервые примененную С. Г. Тартаковером против чемпиона мира Х. Р. Капабланки в лондонском турнире 1922 г. На протяжении более чем десяти лет система применялась в основном своим автором и не имела большой популярности (даже несмотря на победу Тартаковера над чемпионом мира А. А. Алехиным на V шахматной олимпиаде в 1933 г.). Именно анализы Макогонова и Бондаревского, а также регулярное применение этой системы на практике сделали продолжение 1. d4 d5 2. c4 e6 3. Кc3 Кf6 4. Сg5 Сe7 5. e3 0—0 6. Кf3 h6 7. Сh4 b6 одним из главных возражений черных на ферзевый гамбит. Долгое время вызывало вопросы наименование данной системы. В иноязычной традиции закрепилось название «система Тартаковера», а заслуги Макогонова и Бондаревского только упоминались в предисловиях к аналитической части. В русскоязычных книгах продолжение получило название «система Макогонова — Бондаревского», а о том, что изобретателем системы является Тартаковер, говорилось во вводных комментариях. Позже отмечались колебания в названиях (оба названия употреблялись на равных правах или комбинировались). В настоящее время за данным разветвлением ферзевого гамбита утвердилось название система Тартаковера — Макогонова — Бондаревского (или сокращенно ТМБ).