Na de aanslagen in Parijs in 2015 schreef Gilles Kepel dat ook de derde fase van het jihadisme haar doel niet zou bereiken omdat er slachtoffers vielen bij de bevolking waar ze onder rekruteerden. Na de aanslag in Nice in 2016 leek hij het jihadisme van de derde generatie - „het uitputten van de veiligheidstroepen en ervoor zorgen dat de samenleving, die totaal van slag is, zich voorbereidt op de logica van een burgeroorlog tussen enclaves van verschillende religies” - toch weer krediet te geven. Sinds 2017 staat hij onder bewaking wegens doodsbedreigingen uit islamistische hoek. Hij noemt ondertussen het "Islamo-gauchisme" mede schuldig.