Nach dem Abriss, der 1806 beendet war, blieb der neue Platz zunächst über 30 Jahre frei; diverse Pläne zur Errichtung eines Theaters, eines Denkmals für die Befreiungskriege oder eines zentralen Lebensmittelmarktes wurden nicht realisiert. Erst 1838–1840 errichtete Stadtbaudirektor Carl Ludwig Wimmel hier den Neubau des "Johanneums", das bis dahin im alten Johanniskloster am heutigen Rathausmarkt untergebracht war. Die klassizistische Dreiflügelanlage mit der markanten Arkadenreihe zum Speersort nahm auch die Stadtbibliothek (die heutige Staatsbibliothek) und mehrere Sammlungen auf, aus denen später verschiedene Museen hervorgingen (Naturhistorisches Museum, Völkerkundemuseum, Museum für Hamburgische Geschichte). Im Zweiten Weltkrieg wurde der Komplex durch Luftangriffe 1943 schwer beschädigt und die wiederaufbaufähigen Ruinen nach Kriegsende abgerissen, um unter anderem Platz für die neue, autogerechte "Domstraße" zu machen.