Російська анексія також включала дискримінаційну політику російського режиму щодо Греко-католицької церкви, Римо-католицької церкви та місцевої Православної церкви. Натомість владою насаджувалася структура Російської Православної Церкви Московського патріархату, що була повністю відсутня в тодішній Речі Посполитій. В навчальних закладах та в урядових структурах насувалося тотальне насаджування російської мови. Пізніші покоління порівнюючи життя в своїй державі з існуванням під Росією, підняло населення проти російської окупації. Але тенденційно нав'язувалося російською історіографією уявлення лише як про «польські повстання» (повстання Костюшка 1794 р., участь у війні 1812 р. проти Росії, Листопадове повстання 1830—1831, Січневе повстання 1863 тощо).