În 1520 cel mai celebru clopot bisericesc din Polonia, poreclit "Clopotul Sigismund" după Sigismund I al Poloniei, a fost turnat de Hans Behem. La acea vreme, Hans Dürer, fratele mai tânăr al artistului și gânditorului Albrecht Dürer, era pictorul de curte al lui Sigismund. Hans von Kulmbach a realizat altarele mai multor biserici. În 1553, consiliul local al Kazimierzului a acordat cahalului evreiesc dreptul de a construi după cum doresc ziduri interioare în secțiunea vestică a fortificațiilor deja existente. Zidurile au fost extinse din nou în 1608 datorită creșterii comunității și influxului de evrei din Boemia. În 1572 regele Sigismund al II-lea, ultimul Jagiellon, a murit fără să lase urmași. Tronul Poloniei a trecut atunci la Henric al III-lea al Franței și apoi la alți monarhi străini ce s-au succedat rapid, ceea ce a produs un declin al importanței orașului, declin înrăutățit de jafurile din timpul invaziei suedeze și de o epidemie de ciumă bubonică ce a ucis 20.000 de locuitori ai capitalei. În 1596, Sigismund al III-lea din dinastia suedeză Vasa a mutat capitala administrativă a Uniunii Polono-Lituaniene de la Cracovia la Varșovia.