סבאיה זומן לראשונה לנבחרת ספרד במהלך מוקדמות יורו 1964. את הופעת הבכורה, שהייתה למעשה הופעתו היחידה בנבחרת, עשה ברבע גמר הטורניר, במשחק מול בדבלין ב-8 באפריל 1964. סבאיה הבקיע צמד ועזר לנבחרתו להעפיל לטורניר הגמר עם ניצחון מצטבר של 7-1. הוא נכלל בסגל הנבחרת גם בחצי הגמר ובגמר, בהם ניצחה ספרד וזכתה בתואר לראשונה בתולדותיה, אך הוא לא שותף במשחקים.