Sarawak tetap menjadi sebahagian daripada Empayar Jepun selama tiga tahun dan lapan bulan. Pada masa ini ia dibahagikan kepada tiga wilayah - Kuching-shu, Sibu-shu, dan Miri-shu - masing-masing di bawah Gabenor masing-masing. Orang Jepun memelihara struktur pentadbiran Brooke dan melantik orang Jepun ke jawatan penting kerajaan. Angkatan Berikat kemudian menjalankan Operasi Semut untuk mensabotaj operasi Jepun di Sarawak. Semasa pertempuran Borneo Utara, pasukan Australia mendarat di kawasan Lutong-Miri pada 20 Jun 1945 dan menembusi sejauh Marudi dan Limbang sebelum menghentikan operasi mereka di Sarawak. Selepas Penyerahan kalah Jepun, orang Jepun menyerah diri kepada pasukan Australia di Labuan pada 10 September 1945. Sarawak segera ditempatkan di bawah Pentadbiran Tentera British dan dikendalikan oleh Pasukan Imperial Australia (AIF) sehingga April 1946.