Après l'Armistice de juin 1940, Air France est placée sous la tutelle de l'État français. Son siège est transféré en zone libre, à Marseille, choisie en raison de sa proximité de l'importante base d'hydravions sur l'étang de Berre. Tout service avec l'étranger est alors interrompu. En 1941, Air France prend le contrôle d'Air Bleu, d'Air Afrique et d'Air France Transatlantique. Après l'invasion de la zone libre en , toutes les liaisons vers l'Afrique sont suspendues. En Afrique du nord et en Afrique centrale, la compagnie continue son activité, sous l'autorité de sa direction locale située à Alger. Après l'arrivée du général de Gaulle, elle est dissoute et remplacée, le , par les Réseaux aériens militaires français (RAMF), sous la direction de Lionel de Marmier. Le , elle prend le nom de Transports aériens militaires (TAM). Enfin, le , elle est réunifiée lors de sa réquisition, en vertu de divers textes sur la militarisation de l'aéronautique civile en temps de guerre.