En el Campeonato de España Absoluto de Invierno de 2016 logró un total de ocho medallas, de ellas cuatro individuales (un oro, una plata y dos bronces). El oro individual lo obtuvo en los 50 metros mariposa. Con el relevo del CN Sant Andreu, formado por Muñoz, Ana Alonso, Marta González y África Zamorano, logró establecer un nuevo récord de España en la prueba de 4 × 200 m libres, parando el crono en 7:51.87. Ese mismo año participó en los Campeonatos de Europa de natación disputados en Londres y finalizó en sexta plaza en el relevo 4 × 100 m libres.