1998 tourne rapidement au désastre car la Prost AP01 s'avère aussi peu fiable que performante ; Trulli n'inscrit qu'un point, sous le déluge en Belgique. Il se console en constatant qu'il prend progressivement l'ascendant sur Panis. Des rumeurs, rapidement démenties par le fait qu'il est sous contrat avec Alain Prost pour 1999, l'imaginent rejoindre la Scuderia Ferrari en remplacement d'Eddie Irvine. Il termine la saison à la seizième place.