Au début de la guerre d'indépendance du Bangladesh et de l'arrestation de Mujib, Ahmad et d'autres dirigeants de la Ligue Awami se sont réunis à Meherpur pour former le gouvernement du Bangladesh en exil. Syed Nazrul Islam a servi en tant que président par intérim tandis que Mujib a été déclaré président, Tajuddin Ahmad a servi comme Premier ministre et Ahmad a été nommé ministre des Affaires étrangères. À ce titre, Ahmad devait renforcer le soutien international à la cause de l'indépendance du Bangladesh. Mais son rôle en tant que Ministre des affaires étrangères est devenu controversé car il voulait une solution pacifique, restant au Pakistan conformément à la Charte en six points de son dirigeant, le cheikh Mujib. Zafrullah Chowdhury allègue qu'Ahmad n'a pas agi seul à cet égard et que les dirigeants de la Ligue Awami étaient impliqués.