Seit 2002 betreut Johnson die Frauenmannschaft der University of Wisconsin-Madison, mit der er in den Jahren 2006 und 2007 jeweils Meister der WCHA und der NCAA wurde. In diesem Zeitraum wurde er zudem jeweils als Trainer des Jahres der WCHA ernannt. Die Frauennationalmannschaft der USA führte er parallel bei der Weltmeisterschaft 2007 und den Olympischen Winterspielen 2010 in Vancouver zum Gewinn der Silbermedaille. Darüber hinaus war er für USA Hockey als Trainer diverser Frauen-Juniorennationalmannschaften tätig.