Ab der &lt;a href="Biathlon-Weltcup%202007/08"&gt;Weltcupsaison 2007/08&lt;/a&gt; zählte Eder dauerhaft zur österreichischen Weltcupmannschaft und etablierte sich in dieser als einer der stärksten Athleten: 2008 war er nach mehreren Top-Ten-Ergebnissen Achtzehnter der Weltcup-Gesamtwertung und somit hinter Friedrich Pinter zweitbester Österreicher. Im Folgejahr reihte er sich auf dem zwölften Rang ein und lief mehrmals auf das Podest in Einzelrennen. Das gelang ihm zum ersten Mal in der Verfolgung von Antholz im Jänner 2009, bei der er sich mit einem fehlerfreien Schießen vom 19. Rang im Sprint auf Platz zwei hinter Björn Ferry verbesserte. Kurz nachdem er bei den Weltmeisterschaften 2009 mit der Staffel die Silbermedaille gewonnen hatte, belegte er im März in Trondheim an einem Rennwochenende einen dritten sowie zwei zweite Plätze (jeweils hinter Ole Einar Bjørndalen). Beim Saisonabschluss in Chanty-Mansijsk blieb Eder im Massenstart als einziger der 30 Teilnehmer ohne Fehlschuss und entschied vor seinem Teamkollegen Dominik Landertinger erstmals ein Weltcuprennen für sich.