博覧会の終了後、サンフランシスコで料理店を一時経営していた日本人移民の萩原真(1857-1925)は、ゴールデン・ゲート・パークの設計者・運営者であるジョン・マクラーレンに対し、この庭園を恒久的な公園の一部にするよう提案した。当時アメリカでは異国情緒あふれる日本庭園に料亭や茶店を加えた施設が好評を得ていたため、萩原もそうした事業展開を考えてのことであり、庭園内の茶屋で煎茶と瓦煎餅を提供した（前年のシカゴ万博で日本館の敷地に茶店がいくつか立ち、萩原はそこで働いていたとも言われる）。1895年から1925年まで、萩原は庭園の公的な管理人（）を務め、庭園を運営した。萩原は庭園のために、今日庭園の名物となっている金魚や、1000本以上の桜をはじめとするさまざまな動植物を日本から取り寄せた。萩原のもと、庭師たちは庭園の拡充・整備に取り組み、現在の景観をつくり上げていった。園内にある五重塔は、1915年のサンフランシスコ万国博覧会（パナマ太平洋国際博覧会）において、日本から送られた資材で建設された展示物を移築したものである。