5 февраля 2013 года в первый день чемпионата мира в австрийском Шладминге на трассе супергиганта Вонн в результате падения получила разрыв крестообразных связок колена и была эвакуирована с трассы в госпиталь на вертолёте. Сезон для Линдси был закончен, она перенесла операцию по удалению передней крестообразной связки. Вернулась на трассы Кубка мира в начале декабря 2013 года. В конце декабря 2013 года вновь повредила правое колено, и в начале января 2014 года была вынуждена заявить, что пропустит Олимпийские игры в Сочи. Вернуться на трассы Вонн планировала к чемпионату мира в феврале 2015 года в Колорадо. Сезон 2013/14 стал первым из последних 10, в котором Вонн не одержала ни одной победы на этапах Кубка мира.