En 1620, à l'assemblée de La Rochelle, les protestants décident de se rebeller contre le roi. Les protestants de Monflanquin décident de ne pas suivre le duc de La Force, gouverneur de la ville, et de rester fidèle au roi à la différence de Clairac. Si Clairac est reprise par l'armée royale, Montauban réussit à résister en 1621. En 1622, Henri Nompar de Caumont, marquis de Castelnau, investit la ville par une brèche. Le roi Louis XIII demande la démolition des remparts de la ville. Ces rébellions se sont terminées avec la prise de La Rochelle en 1628, la prise d'Alès en 1629 et la signature de la paix d'Alès par le roi.