Sau khi được sửa chữa tại Eniwetok, "Conner" ra khơi cùng một đội đặc nhiệm tàu sân bay từ ngày 29 tháng 8 đến ngày 28 tháng 9, bảo vệ cho các tàu sân bay khi chúng tiến hành không kích Palaus, Yap, Ulithi, Mindanao và Visayas; bảo vệ cho cuộc đổ bộ lên Morotai; rồi quay lại bảo vệ cho cuộc tấn công lên Luzon và Visayas một lần nữa. Vào ngày 2 tháng 10, nó khởi hành từ Manus bảo vệ cho các tàu sân bay khi chúng vô hiệu hóa các căn cứ Nhật Bản tại Okinawa, phía Bắc Luzon và Đài Loan như những biện pháp chuẩn bị sau cùng cho cuộc đổ bộ lên Leyte. Vào ngày 13 tháng 10, trong một cuộc không kích phản công, ngư lôi phóng từ máy bay đã đánh trúng , và "Conner" đã bảo vệ cho chiếc tàu tuần dương hạng nặng bị hư hại rút lui, đánh đuổi nhiều máy bay đối phương cố tiếp tục tấn công vào "Canberra". "Conner" gia nhập trở lại các tàu sân bay cho các cuộc không kích lên Luzon và Yap, rồi hộ tống cho chúng trong Trận chiến eo biển Surigao vào các ngày 25 và 26 tháng 10, khi chúng tung ra các đợt tấn công vào lực lượng Nhật Bản rút lui sau Trận chiến vịnh Leyte.