La totalitat de les descobertes portugueses del regnat de Joan II roman desconeguda. Molta informació va ser mantinguda en secret per raons polítiques i els arxius del període van ser destruïts pel Terratrèmol de 1755. Els historiadors encara en discuteixen la verdatera extensió i sospiten que alguns navegadors portuguesos podrien haver arribat a Amèrica abans que Cristòfor Colom. Per justificar aquesta hipòtesi es citen freqüentment els càlculs més precisos que els portuguesos tenien del diàmetre de la Terra. Al final del , hi havia a Portugal una escola de navegació, de cartografia i de matemàtiques d'ençà vuitanta anys. Per tant, i segons aquesta tesi, quan Colom acreditava que podia arribar a l'Índia per una ruta cap a l'oest, probablemente Joan II ja coneixia l'existència d'un continent entre Europa i les Índies Occidentals. Els viatges del capità Duarte Pacheco Pereira, cap a l'oest de Cap Verd van ser, possiblement, més importants que les interpretacions tradicionals no suposen.