Pettus, sert sur le théâtre occidental de la guerre de Sécession. Pendant la campagne de Stones River, il est capturé par les soldats de l'Union le 29 décembre 1862, puis échangé un peu plus tard contre des soldats de l'Union. Pettus est capturé à nouveau le mai 1863, faisant partie de la garnison se rend après avoir défendu Port Gibson au Mississippi. Toutefois, il parvient à s'échapper et retourner dans ses propres lignes. Pettus est promu colonel le 28 mai, et reçoit le commandement du "20th Alabama Infantry".