Während der japanischen Besetzung Timors lehnte sich Manuel gegen die Besatzer auf, anstatt zu fliehen. Die Japaner inhaftierten ihn daher zwei Jahre in ein Gefangenenlager. Als Belohnung für den Widerstand erhielt Manuel von der portugiesischen Regierung die "Fazenda Algarve", eine Plantage im Suco Leotala, nahe Liquiçá. Hier baute er als Großgrundbesitzer Kaffee, Kautschuk und Tee an. Carrascalão wurde zum geachteten Mitglied der Gesellschaft der Kolonie.