Бернт Балхен родился в городе Твейт, коммуна Кристиансанн на юге Норвегии. Его отец Лаурит Балхен (1869—1912) был местным врачом, мать — Дагни Дитрихсон (1879—1954). Благодаря отцу Бернт был приучен с детства любви к природе и проводил много времени в туристических походах, занимался охотой, рыбалкой и катанием на лыжах. Во время Первой мировой войны он нёс службу сперва в составе Французского Иностранного легиона, в после и в норвежской армии. В 1918 году отправился добровольцем в Финляндию, где разразилась гражданская война. Сражаясь против «красной гвардии» он был серьёзно ранен.