1958 genomfördes den första av en rad militärkupper i landet då presidenten Iskander Mirza upphävde konstitutionen för att kort därefter själv störtas av general Ayub Khan. Under kalla kriget fick Pakistan nära relationer med Folkrepubliken Kina med grund i deras gemensamma motstånd mot Indien. Då Indien stod nära Sovjetunionen fick Pakistan även stöd av USA, och när USA och Kina förbättrade sina relationer 1972 spelade Pakistan en roll som medlare. Den geografiskt avskilda provinsen Östpakistan bröt sig efter 1971 års befrielsekrig loss och bildade den nya staten Bangladesh. Under 1980-talet var landet en religiöst konservativ militärdiktatur under general Zia-ul-Haq och fick stort stöd av USA under Ronald Reagan för att hjälpa mujaheddingerillan i angränsande Afghanistan bekämpa det landets regering efter Sovjetunionens intervention 1979. När Pakistan testade kärnvapen 1999 lät Clintonadministrationen dock införa vissa sanktioner vilket försämrade de bilaterala relationerna.