Byen blev grundlagt før år 100 f.Kr. på Han-dynastiets tid. I 1100-tallet blev den hovedstaden for et militærpræfektur og fik sit nuværende navn Anqing. Under Taipingoprøret mod Qing-dynastiet i 1800-tallet var Anqing et af oprørernes vigtigste støttepunkter, efter at oprørslederen Hong Xiuquan (Hung Hsiu-Ch'üan) havde indtaget byen i 1853. I 1861 blev byen generobret af Qing-styrkene.