Sous l'abbé Pius (1630-1674), on y construit une imprimerie. En 1712, le prince-abbé de St-Gall est au cœur du problème menant à la Guerre de Toggenburg, le site est pillé par des Suisses et la plus grande partie des livres est emportée à Zurich et à Berne. La paix revenue, Saint-Gall devient la résidence de l'évêque et abrite les bureaux du canton ainsi que ce qui reste de la bibliothèque.