Hasta ese momento, las noventa y dos metopas habían permanecido casi intactas. Las de los lados este, oeste y norte fueron sistemáticamente dañadas por los cristianos, que deseaban eliminar el culto a los antiguos dioses. Solo perduró una metopa norte, con dos figuras femeninas, quizás al ser interpretada como una Anunciación (la figura sentada a la derecha representaría a la Virgen María y la figura de pie a la izquierda al arcángel Gabriel). Las metopas sur se salvaron tal vez porque este lado del Partenón estaba demasiado cerca del borde de la Acrópolis, o porque el "Physiologus" incluía a los centauros en su bestiario simbólico. En cambio, el edificio no sufrió ningún daño cuando el Partenón-iglesia se transformó en mezquita en el siglo XV, ni durante los dos siglos siguientes. En 1674, un artista al servicio del marqués de Nointel (el embajador francés ante el gobierno del Imperio Otomano), quizás Jacques Carrey, dibujó gran parte de las metopas que aún perduraban, que lamentablemente solo eran las del lado sur. La mayoría de las metopas fue destruida durante el asedio de Atenas por los venecianos dirigidos por Francesco Morosini el 26 de septiembre de 1687, durante la explosión del almacén de pólvora ubicado en el Partenón. Tras la partida de los venecianos en 1688 y la vuelta de los otomanos el edificio albergó de nuevo una mezquita. Los trozos de mármol dispersos alrededor de las ruinas, entre ellos los fragmentos de las metopas, fueron reducidos a cal o reutilizados como material de construcción en lugares como la muralla de la Acrópolis. En el siglo XVIII los viajeros occidentales, cada vez más numerosos, se apropiaban de partes de esculturas a modo de recuerdo.