Dès son arrivée, Seiji Maehara adopte un ton dur à l'égard de Pékin. Dans sa première conférence de presse en tant que chef de la diplomatie japonaise, le , il est notamment revenu, en des termes plus modérés, sur ses propos de 2005 concernant la militarisation chinoise, se disant « inquiet des raisons de l'augmentation des dépenses militaires de la Chine ». Il affirme également vouloir « adopter une position ferme et résolue en réponse à toute menace sur la souveraineté du Japon ». Il gère toutefois le dossier par la suite de manière plutôt pragmatique face à des événements qui prennent le risque d'atteindre le paroxysme des mouvements anti-japonais de 2005. Ainsi il a salué l'attitude de Pékin face aux manifestations anti-japonaises du 18 septembre et tenté de minimiser l'incident du chalutier qu'il a qualifié, le 19 septembre, de « concours de circonstances malheureuses ». Le même jour, à la suite de la prolongation de dix jours de la détention du capitaine, la Chine annonce la suspension de tous ses contacts à haut niveau avec le Japon : . Des réunions de haut niveau sont alors annulées, ainsi que des voyages touristiques chinois au Japon et japonais en Chine, et les concerts du groupe japonais SMAP en octobre à l'Exposition universelle de 2010 à Shanghai. Le 21 septembre, puis de nouveau la semaine suivante, Seiji Maehara réaffirme la souveraineté japonaise sur les îles Senkaku, précisant qu'il n'y a « aucune question territoriale » avec la Chine dans cette zone, et estime « normale » l'arrestation du capitaine chinois désormais libéré. Le 22, des activistes chinois tentent de nouveau de se rendre sur les îles, sans succès. Le 23, quatre Japonais sont arrêtés en Chine, accusés d'avoir filmé des installations militaires dans la province du Hebei.