Während der Napoleonischen Kriege 1800 bis 1813, der Schimmelmann mit seiner Finanzpolitik nicht entgegensteuerte, erhöhten sich die dänischen Staatsschulden von 10,5 Millionen Taler auf 142 Millionen, was zum 1813 dänischen Staatsbankrott führte. Die Währungsreform, die Schimmelmann daraufhin durchsetzte, führte zu einer massiven Geldabwertung und weiterem Niedergang der Wirtschaft. Auch ein Teil des Familienvermögens ging verloren. Schimmelmann verlor das Finanzministerium, blieb aber Mitglied der Regierung.