Po Bitvě na Bílé hoře byl majetek Gryspeků konfiskován a Hodyně byla roku 1623 vrácena klášteru. Kaple byla za třicetileté války poškozena a vypáleny byly 3 statky. V roce 1751 byla dokončena nová barokní kaple (viz níže). Hodyně zůstala v majetku kláštera až do jeho zrušení Josefem II. v roce 1785, pak byla ve správě náboženského fondu, od které celé plaské panství koupil kancléř Metternich.