Der Dreißigjährige Krieg brachte in seiner ersten Hälfte dem Land Württemberg, wie auch der Stadt und Universität Tübingen nicht übermächtigen Schaden. Umso größer und furchtbarer waren aber die Verheerungen seit der Schlacht bei Nördlingen. Im Jahre 1635 wurde die Universitätsbibliothek nach München überführt. Die Zahl der Studenten nahm stark ab und durch Tod oder Flucht verwaiste Lehrstühle blieben unbesetzt, sodass der Zustand der Universität bei Kriegsende hoffnungslos schien. Dank der Fürsorge Herzog Eberhards III. erholte sie sich aber schnell und bald erreichten die theologische und juristische Fakultät, später auch die medizinische ihr altes Ansehen.