År 1950 lämnade Shariatmadari Tabriz och flyttade till Qom, där han snart blev en lärare med stor auktoritet och anseende. Efter Ayatollah Borujerdis återkomst hade Qom snabbt blivit det viktigaste centrat för shiitisk lärdom. Shariatmadari erkände utan dröjsmål Borujerdis ledarskap bland ayatollorna. Emellertid fanns vissa skillnader i deras sätt att se på politik. År 1951, när Mohammad Mossadegh blev premiärminister i Iran uttalade ayatolla Abol-Ghasem Kashani, den främsta politiska ledaren för prästerskapet, sitt stöd för Mossadegh, och även Shariatmadari valde Mossadeghs sida. Grand Ayatollah Borudjerdi stödde däremot monarkin, som gick segrande ur maktstriden då Mossadegh störtades i en kupp 1953.