Хосе Гонсалес Ганоса дебютировал в составе сборной Перу 10 июля 1975 года в товарищеском матче со сборной Парагвая, завершившимся победой перуанцев со счётом 2:0. В том же году Гонсалес Ганоса был в заявке своей сборной на победном Кубке Америки, однако весь турнир ему пришлось просидеть на скамейке запасных. В 1982 году Гонсалес Ганоса попал в заявку сборной на чемпионат мира, однако, как и 7 лет назад весь турнир просидел на скамейке запасных. В 1987 году Гонсалес Ганоса принял участие в Кубке Америки, и в этот раз он был основным вратарём своей сборной. Причём матч со сборной Эквадора 4 июля стал для него последним выступлением за сборную. Всего же за сборную Хосе Гонсалес Ганоса сыграл 27 официальных матчей, в которых пропустил 32 гола. Так же в 1974 году Хосе Гонсалес Ганоса принимал участие в чемпионате Южной Америки среди молодёжных команд.