Po Grand Prix San Marina 1994, při které zemřeli Roland Ratzenberger a Ayrton Senna, byla zřízena Komise FIA pro bezpečnost (FIA Expert Advisory Safety Committee) a Watkins se stal jejím předsedou. Watkins stál v roce 2003 rovněž za vznikem výzkumných skupin týkajících se motokár a rally. Tyto tři skupiny byly v roce 2004 sloučeny do Institutu FIA pro bezpečnost motorsportu (FIA Institute for Motor Sport Safety) s Watkinsem jako prezidentem.