Pada 8 Jun 2006, Yamamoto menyertai pasukan Super Aguri F1 sebagai pemandu ujian dan pemandu ketiga mereka. Yamamoto mengantikan Franck Montagny di Grand Prix Jerman di Hockenheim. Yamamoto gagal menamatkan perlumbaan tersebut selepas mengalami kegagalan mekanikal dengan keretanya. Beliau kemudiannya bersara di Grand Prix ketiganya di Turki, selepas memulakan perlumbaan di hadapan rakan sepasukan, Takuma Sato.