У 1526 Багемія пачала пераходзіць пад уладу аўстрыйскіх Габсбургаў. У 1618 годзе чэхі ўзнялі антыфеадальнае і антыгабсбургскае паўстанне, якое дало пачатак Трыццацігадовай вайне. У 1620 20-тысячнае паўстанцкае войска было разбіта ў Бітве на Белай Гары, пасля чаго паўстанне было жорстка задушана. У 1621 лідары паўстання былі пакараны смерцю. Габсбургі канчаткова ўключылі Багемію ў склад Аўстрыйскай імперыі, і для чэшскага народа пачаліся цёмныя часы анямечвання і акаталічвання: у сярэдзіне ХІХ стагоддзя па-чэшску размаўлялі ўсяго 15 % насельніцтва краіны (якое, дарэчы, скарацілася на траціну). З распадам Свяшчэннай Рымскай імперыі (1806) Багемія афіцыйна стала часткай Аўстрыйскай імперыі, і ў Чэхіі пачынаецца перыяд чэшскага нацыянальнага адраджэння — так званага "рамантычнага нацыяналізму". У канцы ХІХ стагоддзя — калі Аўстрыйская імперыя трансфармавалася ў Аўтра-Венгрыю — землі Багеміі і Славакіі сталі прамысловым сэрцам шматнацыянальнай дзяржавы.