Seine nächste militärische Funktion war ab 1992 die des Kommandanten der Verteidigungszone Nr. 1 in Niamey, womit ihm praktisch sämtliche Militärkommandos in der Hauptstadt unterstanden. Zusätzlich wurde er 1995 Kommandant des 12. Gemeinsamen Bataillons. In Niger befand sich die erst 1990 wiedereingeführte Mehrparteiendemokratie in einer schweren Krise, als Staatspräsident Mahamane Ousmane (CDS-Rahama) über keine parlamentarische Mehrheit mehr verfügte und sich der Staatspräsident und die Regierung unter Premierminister Hama Amadou (MNSD-Nassara) gegenseitig blockierten. Mit der Rechtfertigung eines Befreiungsschlages putschte sich am 27. Januar 1996 das Militär unter dem Chef des Generalstabs Ibrahim Baré Maïnassara an die Macht. Die Führung des Staates übernahm der Rat des nationalen Wohls, eine zwölfköpfige Militärjunta, in die auch Moumouni Boureima berufen wurde. Kurz danach wurde Boureima zum Oberstleutnant erhoben. Die Herrschaft des Rats des nationalen Wohls endete nach den umstrittenen Präsidentschaftswahlen am 7. und 8. Juli 1996, bei denen sich Ibrahim Baré Maïnassara als Staatschef bestätigen ließ. Boureima wurde 1997 Präfekt-Präsident des Gemeindeverbunds Niamey. Baré Maïnassaras autoritärer Führungsstil führte erneut zu einem Militärputsch, bei dem der Staatschef am 9. April 1999 ums Leben kam. Moumouni Boureima unterstützte den Staatsstreich und wurde am 11. April 1999 Mitglied des Rats der nationalen Versöhnung, der Militärjunta unter der Führung von Daouda Malam Wanké. Am 19. April 1999 wurde Boureima als Minister für Inneres und Raumordnung in die Übergangsregierung berufen. In diesem Amt löste ihn am 20. Juli 1999 mit Ali Aga Dan Kaoura ein anderer Offizier ab.