Utworzenie niepodległej Macedonii wzbudziło niechęć państw sąsiadujących. Największe niezadowolenie wyrażała Grecja, sprzeciwiająca się nazwie państwa ("Republika Macedonii") oraz umieszczeniu na fladze narodowej szesnastopromiennej, żółtej gwiazdy Werginy, pochodzącej z grobowca Filipa II Macedońskiego. 8 kwietnia 1993 roku, pomimo blokad Grecji, Macedonię przyjęto do ONZ pod nazwą "Była Jugosłowiańska Republika Macedonii". Po uznaniu, przez społeczność międzynarodową, niepodległości Macedonii, Grecja wprowadziła wobec niej blokadę gospodarczą. Stabilności wewnętrznej zagrażała również potencjalna wojna domowa z separatystami albańskimi. Podczas interwencji NATO w Kosowie do Macedonii wyemigrowało ok. 300 tys. Albańczyków. Duży napływ ludności muzułmańskiej doprowadził do wybuchu konfliktu w Tetowie. Od lutego do sierpnia 2001 roku, w Tetowie, toczył się konflikt zbrojny pomiędzy rządem macedońskim i albańską mniejszością. Ostatecznie kryzys z Grecją został zażegnany 11 stycznia 2019 roku, wraz ze zmianą nazwy kraju na "Republika Macedonii Północnej".