Más tarde, sufrió dos reveses militares en la campaña terrestre. El primero fue en Pisagua (2 de noviembre de 1879), puerto en el que se encontraba de visita, donde con escasas fuerzas tuvo que enfrentar el desembarco de 10 000 chilenos quienes establecieron una cabeza de playa. El segundo ocurrió en San Francisco o Dolores (18 de noviembre) donde la indisciplina, la noticia de la retirada de los refuerzos del presidente boliviano Hilarión Daza y la nula calidad de abastecimiento ocasionaron la abrupta deserción boliviana y con ello el desbande del ejército aliado proporcionando un inesperado triunfo al ejército chileno.