С апреля 1942 года полковник Ничушкин занимал должность заместителя начальника штаба и начальника оперативного отдела штаба 53-й армии, а с февраля 1943 года 1-ой ударной армии. В этой должности он принимал участие в Ленинградско-Новгородской, Псковско-Островской, Тартуской и Рижской наступательных операциях. С октября 1944 года был начальником штаба этой же 1-й ударной армии, войска которой в составе 2-го Прибалтийского фронта к 16 октябрю 1944 года блокировали Курляндскую группировку войск.