La controvèrsia sobre "Banglapedia va" esclatar fins i tot abans de la publicació, quan el grup Inqilab, una gran editorial de periòdics de Bangla Desh, va fer-se amb algunes entrades sobre temes de religió i temes relacionats. També hi ha hagut queixes sobre una omissió de les activitats de Jamaat-e-Islami durant la Guerra d'Alliberament de Bangla Desh. Un estudi de Bdnews24.com, un portal de notícies, va afirmar que "Banglapedia" està esbiaixada i inexacta sobre la població indígena de Bangla Desh. Es diu que l'enciclopèdia també ha utilitzat monedes despectives com "Mogh" per a Marma i Rakhine, "Tipra" per a Tripuri i "Murang" per a Mros, així com "upajati" (literalment "sub-nació", solia significar "tribal") per definir-les totes. Els líders de la comunitat indígena, inclosos els membres del Consell Comarcal de Chittagong Hill Tracts i el líder de Parbattya Chattagram Jana Sanghati Samiti, Rupayan Dewan, i el secretari general del Fòrum Adivasi, Sanjib Drong, han donat suport a les conclusions de l'estudi. L'editor en cap Islam va reconèixer la queixa i es va comprometre a modificar la segona edició en conseqüència.