С 3 марта по 31 октября 1863 года Уилсон был генеральным инспектором Теннессийской армии, участвовал в новом наступлении на Виксберг, в частности, в попытке прорваться к Виксбергу через Мун-Лейк и Язу-Пасс (25 марта - 20 апреля 1863). В апреле участвовал в наступлении на Бруинсберг, 1 мая в сражении при Порт-Гибсон, а 3 мая строил мост через реку Байу-Пьер. 7 мая 1863 года он получил звание капитана регулярной армии.