Selepas menjadi jurulatih senjata seketika, beliau dinaikkan pangkat ke leftenan komander (1950) dan komander (1954). Pada 1956 beliau diberikan "command" pertama iaitu HMAS "Warramunga" dan berkhidmat di Tanah Melayu ketika Darurat. Kemudian beliau menjadi pegawai memerintah pembinasa HMS "Vampire" berpangkat kepten. Dari 1960 hingga 1962, Sir Anthony dan "Vampire" menjalankan beberapa operasi di sekitar perairan Tanah Melayu dan Asia Tenggara. Pada 1962 beliau dilantik menjadi Panglima Tentera Laut Diraja Malaysia yang ketiga dan dinaikkan ke pangkat komodor. Beliau telah membantu perkembangan TLDM di awal kewujudannya dan meneguhkan tradisi yang diwarisi daripada "Royal Navy". Jasa beliau sepanjang berkhidmat di Tanah Melayu/Malaysia dibalas dengan penganugerahan darjah Johan Mangku Negara oleh kerajaan persekutuan. Malangnya keuzuran dan akhirnya pemergian isteri beliau, Virginia Synnot memaksa beliau kembali ke Australia.