2011-12 sezonunun ilk Serie A maçında Milito, 4-3 yendikleri Palermo'ya iki gol attı. Daha sonra 24 Eylül'de Bologna'ya bir gol atan futbolcu, 2 Kasım'da Lille'i 2-1 yendikleri Şampiyonlar Ligi maçında kulübünün 200. golünü attı.