L'AICF est accusée à plusieurs reprises d'ingérence bureaucratique. En octobre 2009, la grand maître international Humpy Koneru, alors n° 2 mondial féminin, accuse la secrétaire de l'AICF, DV Sundar, de l'empêcher de participer à la d'échecs à Turin. La même année, l'AICF est aussi accusée d'avoir banni arbitrairement le grand maître GN Gopal pour ne pas avoir joué dans un championnat national. L'interdiction a été par la suite révoquée.