1862. március 11-én Halleck parancsnoksága alá került Ohio és Kansas, valamint Buell Ohio hadserege a Mississippi katonai körzet név alatt. Grant Tennessee hadseregét április 6-án a Tennesse állambeli Pittsburg Landing mellett támadás érte. A kibontakozó Shiloh-i ütközetben Buell erősítéseinek köszönhetően április 7-én Grantnek sikerült visszavernie a veszélyes konföderációs támadást, de igen magas veszteségek mellett. Már korábban lefektetett tervének értelmében Halleck megérkezett, hogy első ízben személyesen vegye át a két egyesített sereg fölötti parancsnokságot. Grantet a nyilvánosság előtt megalázó támadások érték a Shiloh-i mészárlás miatt, és Halleck hadtestparancsnokság helyett a fősre duzzadt hadsereg második számú emberének szerepkörére kárhoztatta, melyet Grant rabsághoz hasonlatosnak tekintett. Halleck folytatta a Beauregard hadserege elleni műveleteit Corinth elfoglalásának céljával, melyet Corinth ostromának neveztek, mivel Halleck kétszeres létszámfölényben levő hadserege felettébb óvatosan araszolt célja felé és mindennap akkurátusan megállt és védműveket létesített. Beauregard végül mindenféle harc nélkül feladta Corinth-ot.