3 січня 1458 року Маргарет вийшла заміж втретє: її обранцем став сер , другий син Хамфрі Стаффорда, 1-го герцога Бекінгема, і, як і Маргарет, нащадок Едуарда III. Наречений знову був старшим за наречену в два рази: Маргарет було близько 14-16 років, Генрі — трохи за тридцять. Дозвіл на шлюб було отримано 6 квітня 1457 року. Під час шлюбу між Маргарет і Стаффордом склалися досить тривалі і дружні відносини. Хоча пара отримувала з земель Бекінгема дохід у 400 марок, як і раніше, основним джерелом утримання сім'ї залишалися володіння Маргарет. Генрі Стаффорд спочатку був прихильником Ланкастерів, але пізніше отримав прощення нового короля і приєднався до Йорків. Борючись за Йорків в битві під Барнетом у 1471 році Стаффорд отримав смертельні поранення і незабаром помер. Маргарет знову стала вдовою, коли їй було трохи менше тридцяти років.