El gobierno ayubí llegó a su fin con la invasión de los mongoles de Siria en 1260, y tras la derrota mongola en Ain Jalut en el mismo año, Damasco fue capital provincial del Sultanato mameluco, gobernado desde Egipto, tras la retirada mongola. La peste negra de 1348-1349 mató cerca de la mitad de la población de la ciudad.