Rebelo schrieb hauptsächlich geistliche Musik. Sein Stil ist mehrheitlich der Polyphonie der Spätrenaissance verbunden. Er schrieb Messen zu 4, 5 und 6 Stimmen und andere Chorwerke zu 10, 12, 13, 14, 16, 17 und 20 Stimmen. Seine Vokalwerke fallen durch Harmonik und Vielstimmigkeit auf. Seine bekanntesten Werke sind Lauda Jerusalem à 16, ein Magnificat à 13 und die Lamentationes Jeremiae. Vermutlich nicht wenige seiner Werke gingen im Erdbeben von Lissabon am 1. November 1755 verloren.