Duterten kaudella ongelman ovat muodostaneet myös ääri-islamistiset ryhmät, kuten Isis. Vuoden 2017 toukokuussa islamistit valtasivat Marawin kaupungin, jonka Filippiinien asevoimat valtasivat takaisin pitkän taistelun jälkeen saman vuoden lokakuussa.