Talvisodan päättäneessä Moskovan rauhassa 1940 Viipuri kuului Suomen Neuvostoliitolle luovuttamiin alueisiin ja evakkoon siirtyneen Kaupunginteatterin oli muodollisestikin muutettava Suomen uuden kaakkoisrajan sisäpuolelle. Leppäsen seuraajiksi teatterin johdossa tulivat näyttelijät Antero Suonio ja Uno Wikström. Jatkosodan sytyttyä kesällä 1941 suomalaisjoukot valtasivat suuren osan luovutetuista alueista, kuten Viipurinkin kesällä 1941. Väliaikainen Viipurin Sotateatteri toimi alkuvuodesta 1942 Punaisenlähteentorin vanhassa kirjastossa ja luovutti näyttämön Kaupunginteatterin käyttöön alkukesästä 1942. Viipurin-Petroskoin operaation myötä kesällä 1944 suomalaisjoukot joutuivat perääntymään muun muassa Karjalankannaksella ja teatteri siirrettiin Kotkaan toimien lyhyen aikaa kiertueteatterina, jonka johtajana 1944–1945 oli Helge Ranin. Viipurin Kaupunginteatterin viimeinen kausi oli 1945-1946, johtajanaan Aku Käyhkö. Lakkautetun karjalaisteatterin näyttelijöistä useat haluttiin Suomen Kansallisteatteriin ja Helsingin Kansanteatteriin.