Mit der Schlacht bei Nördlingen am 6. September 1634 gewann die Katholische Liga wieder Oberhand. In der Folge kam es auch in Königstein wieder zu Kriegshandlungen. Im Sommer 1635 floh Graf Stolberg aus Königstein nach Frankfurt. Die Festung Königstein wurde nur noch durch eine kleine protestantische Besatzung gehalten. Am 21. September 1635 wurde die Festung Königstein den kaiserlichen Truppen übergeben. In Königstein wurde wieder ein katholischer Pfarrer eingesetzt und die Festung unter den Befehl eines kurmainzischen Obersten gestellt.