クリーンはケント州チャタムの海軍基地で通常任務に戻り、1904年には"ペンブローク"に乗り組み、その後"バーノン"の魚雷学校に転籍となった。クリーンは、ディスカバリー遠征での態度や働きぶりでスコット大佐の注目を集めていたので、1906年、スコットがクリーンに"ビクトリアス"乗務を要請した。その後の数年間、クリーンは"アルベマール"、"エセックス"、"ブルワーク"とスコットに付いて回った。1907年までにスコットは次の南極遠征の計画を立てていた。一方アーネスト・シャクルトンの1907年から1909年のイギリス南極遠征は、新たに最南端南緯88度23分を打ち立てたものの、南極点にまでは達しなかった。スコットは、シャクルトンが南極点にもう少しまで行ったという知らせが公表されたときにクリーンと共にあり、スコットがクリーンに向かって「私は次の一発になった方が良いと思う」と言ったことが記録されている。