Efter at have deltaget i CONCACAF Gold Cup 2011 med Mexico, vendte Hernández tilbage til Manchester United, som trænede i New York inden deltagelsen i MLS All-Star 2011. Den 26. juli 2011 blev han kørt på hospitalet efter at have fået en bold i hovedet til træning. Dagen derpå blev han udskrevet igen, men deltog ikke i MLS-kampen. Den 28. juli 2011 rapporterede Chivas' læge, Rafael Ortega, at Hernández til tider lider af en form for nervesystemslidelser, og at han ofte fik akutte migræneanfald og hovedpine som teenager. Han deltog ikke i nogle andre af klubbens sommertour-kampe og endda heller ikke i FA Community Shield 2011, samt åbningskampen i ligaen mod West Bromwich Albion.