В 1794 году во время восстания под руководством Тадеуша Костюшко Антоний Коссаковский был арестован в своём имении Марцинишках повстанческим отрядом под командованием князя Ромуальда Гедройца. Был обвинен в государственной измене и должен был предстать перед судом, но по личному распоряжению самого Тадеуша Костюшко был освобожден. Двое его братьев были повешены повстанцами.