Die Makkabäer bzw. Hasmonäer eroberten den Ort während ihrer Revolte der Jahre 167–161 v. d. Z. Danach nahmen die Römer den Ort ein. Sie bauten mit Hilfe demobilisierter Veteranen die Hafenstadt Caesarea Maritima an ihrer Via Maris, wodurch Joppe an Bedeutung verlor. In der Herrschaftszeit von Julius Caesar wurde die Stadt 47 v. d. Z. unter jüdische Verwaltung gestellt. Bei der Niederschlagung des Zelotenaufstands der Jahre 66–70 wurde Jaffa unter Titus Flavius Vespasian zerstört. Der Ort Javne südlich von Jaffa wurde mit dem dort begründeten Sanhedrin zur Keimzelle des Rabbinischen Judentums. Von 132–135 wurde das Gebiet vom jüdischen Bar-Kochba-Aufstand gegen die Römer erschüttert. Jaffa unterstand dem römischen Prokurator der Provinz Judäa. Unter Konstantin dem Großen wurde die Stadt Bischofssitz.