Seit 1991 ist Skopje die Hauptstadt der unabhängigen Republik Mazedonien, ab 2019 Nordmazedonien. Während des Kosovokriegs nahmen die Stadtbehörden Tausende von Flüchtlingen aus dem benachbarten Kosovo auf. Nur einige Kilometer nordöstlich von Skopje bei Aračinovo fanden während des albanischen Aufstands 2001 blutige Kämpfe zwischen der mazedonischen UÇK und der staatlichen Polizei statt. Anfang 2016 kam es zu einem Konflikt um die Errichtung eines überdimensionalen Kreuzes.