Jego kolekcja w sporej części spłonęła w pożarze Kopenhagi, który wybuchł wieczorem 20 października 1728 roku. Gdy Árni Magnússon dowiedział się rankiem 21 października o zagrożeniu jego biblioteki, próbował ratować ją wraz ze sługami i dwoma Islandczykami, Jónem Ólafssonem i późniejszym biskupem Finnurem Jónssonem. Książki i meble załadowane na wozy usiłowali wyprowadzić przez zatłoczone ulice do domu Hansa Beckera.