В свой первый бой вступил в апреле 1498 года. Это было сражение под Монтечельо, в котором Колонна дрались против Орсини. В июле 1501 года попал в плен во время разграбления Капуи. В августе того же года римский папа Александр VI отлучил его от церкви за то, что он выступил на стороне правителей Неаполитанского королевства из против королей Франции и Испании. В ноябре 1502 года Маркантонио с отрядом всадников покинул Папское государство и поступил на службу в армию Неаполитанского королевства под командованием Гонсало де Кордовы. Участвовал на стороне испанцев в военных действиях против французов в Апулии. В феврале 1503 года отличился во время битвы при Руво, в апреле того же года — в битве при Чериньоле, в декабре — в битве при Гарильяно.