En el Mundial de 2009 tuvo un desempeño pobre en comparación con sus anteriores participaciones. Sus problemas en la plataforma de tiro resurgieron y solo pudo lograr la medalla de plata como parte del relevo femenino. El resto de la temporada siguió teniendo altibajos, ya que su ejecución en la plataforma de tiro fue impredecible. Al final de la temporada obtuvo una victoria en persecución en Janti-Mansisk. A pesar de las decepciones, en vista de la temporada anterior, curiosamente Neuner se alzó con la camiseta roja de líder en la clasificación de la prueba individual, su disciplina más débil.