Lorsqu'il revient chez Ferrari, la Scuderia est au fond du gouffre et sort d'une des plus mauvaises saisons de son histoire, terminant seulement quatrième en 1992. À partir de , l'arrivée de Jean Todt permet à l'équipe d'entamer un lent redressement. Très affecté par les accidents mortels de ses amis Roland Ratzenberger et Ayrton Senna lors du Grand Prix de Saint-Marin 1994, Berger s'engage fortement au sein du "Grand Prix Drivers' Association". En , sur le circuit d'Hockenheim en Allemagne, il offre à Ferrari son premier succès depuis près de quatre ans et se classe, tout comme Ferrari, à la troisième place du championnat, son meilleur classement en Formule 1.