Kun Suomi valtasi Koiviston takaisin jatkosodan alussa 1941, huomattiin kirkon sisustan kärsineen pahoja vaurioita. Venäläiset olivat tervanneet alttarin suuren lasimaalauksen, numeroineet penkit ja purkaneet urut, joiden tilalle oli asennettu konehuone. Urkujen osia löytyi sittemmin eripuolilta kauppalaa. Lisäksi takaisinvaltauksen yhteydessä neuvostoliittolainen suorasuuntaustykki tuhosi kirkon sisustusta. Jatkosodan aikana kotiseudulleen palanneet koivistolaiset korjasivat kirkkonsa, mutta 1944 kirkko oli taas jätettävä Neuvostoliitolle. Kirkon vieressä ollut vanhan kirkon kellotapuli paloi vuonna 1944.