Le , les habitants des communes en avant de la ligne Maginot sont évacués, les habitants de Hœnheim, Bischheim et Schiltigheim sont dirigés vers la vallée de la Bruche pour rejoindre le centre de regroupement de Niederhaslach. Seul un secrétaire de mairie et quelques pompiers restent sur place. Ce même jour, les troupes allemandes entrent dans le village et installent une batterie d'artillerie. Après la déclaration de guerre par le Royaume-Uni, l'Australie, la Nouvelle-Zélande et la France à l'Allemagne, un deuxième voyage attend les habitants évacués, le 9 septembre les habitants prennent la direction du Sud de la France dans des trains de marchandises. À leur arrivée, le 10 septembre, les habitants de Hœnheim sont ainsi répartis dans de Haute-Vienne (Saint-Victurnien, Saint-Auvent, Saint-Cyr, Sainte-Marie-de-Vaux et Cognac-le-Froid). En juin 1940, le 3 ponts au-dessus du canal sont détruits pour retarder les troupes allemandes, endommageant sérieusement les maisons alentours et les fours des « Émaillerie alsacienne ». En août 1940, après l'Armistice les habitants de Hoenheim quittent la Haute-Vienne pour retourner en Alsace annexée de fait par les Allemands.