С началом войны несколько самолётов были переданы в ВВС для оснащения эскадрилий дальнемагистральных самолётов SALC 1\110. После перемирия Air France было разрешено возобновить коммерческие полёты; В период с мая по июль 1941 года, во время сирийской кампании против Союзных войск ВВС Виши снова реквизировали 18 D.338 с гражданскими экипажами для усиления транспортной авиагруппы WG II/15. Они установили воздушный мост между Францией и Сирией (через занятые немцами промежуточные аэродромы в Греции и на островах Эгейского моря). 3 или 4 D.338 были уничтожены в ходе налётов Союзной авиации, а ещё три оказались в ВВС «Свободной Франции»