1752 erhielt Perez eine Einladung des portugiesischen Königs Joseph I. nach Lissabon, wo er bis zu seinem Lebensende als „Cavaliere dell’ Ordine di Cristo“, Kapellmeister und Lehrer der Prinzessinnen wirkte. Zu Beginn seiner Tätigkeit in Portugal entstanden seine Opern "Demofoonte" und "Adriano in Siria". Außerdem gab es eine Aufführung des "Siroe" mit dem Soprankastraten Gizziello und dem Tenor Anton Raaff. Perez hatte entscheidenden Einfluss auf die Entwicklung der portugiesische Oper und Kirchenmusik und etablierte die Neapolitanische Schule in Portugal. Neben den bereits genannten Opern komponierte er viele weitere Werke für die Theater der Stadt sowie "Lucio Vero" für Verona (1754) und "Ezio" für London (1755). Am 31. März 1755 wurde das Teatro dos Pacos da Ribeira (die Ópera do Tejo) mit einer Neufassung des "Alessandro" eröffnet. In dieser Aufführung, über die der zeitgenössische Musikhistoriker Charles Burney berichtete, wirkten der Soprankastrat Caffarelli und der Tenor Gregorio Babbi mit. Nach dem Erdbeben von Lissabon am 1. November 1755 war Perez gezwungen, seine Tätigkeit als Opernkomponist einzuschränken und konzentrierte sich daher mehr auf die Kirchenmusik. Außerdem komponierte er mehrere Kantaten und Serenaten für die königliche Familie.