После занятия советскими войсками Маньчжурии был арестован 15 сентября 1945 года органами СМЕРШ в Дайрене. Провёл 10 лет в лагерях. В 1955 году находился в местной тюрьме в Ухте в Коми АССР. После освобождения жил в Орске (Оренбургская область) у сыновей, в Казахстане, умер в Джамбуле. Был похоронен в городе Джамбул (ныне Тараз) на старом кладбище в 5-м микрорайоне. В 2017 году прах М. В. Ханжина перезахоронен внучкой Мариной Ханжиной на Хованском кладбище (участок 11) в Москве.