Svenske troppers belejring og efterfølgende ødelæggelse af byen i årene 1655–1657 samt et pestudbrud, bidrog til at redusere folketallet. I det 18. århundrede blev byen indtaget af preussiske, svenske, østrigske og russiske styrker. 24. marts 1794 aflagde Tadeusz Kościuszko ed på torvet i Kraków, og med det samme begyndte Kościuszko-opstanden (1794), som skulle befri Polen fra russisk indflydelse.