Nikolaus von Flüe besuchte das Gymnasium in Sarnen und in Mailand. Anschliessend schlug er die militärische Laufbahn ein und war ab 1787 als Leutnant in der Kompanie von Flüe, Regiment Salis Samaden in Frankreich. Als 1789 die Französische Revolution ausbrach und die Bastille gestürmt wurde, befand er sich im Lager Champ de Mars in Paris. Sein Cousin Ludwig von Flüe war der kommandierende Offizier der Schweizergarde bei der Verteidigung der Bastille.