Entre los primeros aviones en usar la pista se encontraban aparatos franceses huidos del norte de África tras el armisticio. El 30 de junio de 1940 el Ejército español abatió uno de dichos aviones, proveniente de Casablanca, que había sobrevolado las líneas españolas por error. Inicialmente los británicos respetaron las condiciones de excepcionalidad de la pista, de forma que solo se permitieron aterrizajes de emergencia. La situación cambió a partir de marzo de 1941, con la llegada del nuevo gobernador, Lord Gort, que portaba indicaciones de Winston Churchill sobre la pista de aterrizaje, afirmando que la guerra era en sí misma una "emergencia". El 25 de octubre de 1941, el gobierno británico decidió ensanchar y alargar la pista (135 y 1400 metros respectivamente). La nueva pista incluyó una sección de 410 metros que se debía construir sobre la bahía de Algeciras en terreno ganado al mar, para lo que hubo que emplear unos 300 000 metros cúbicos de material (obtenido tanto de la roca proveniente de los túneles excavados en el peñón, como de los terraplenes que se encontraban en el istmo, bajo la cara norte del peñón) y cortar la carretera a España, la cual, desde entonces sigue cruzando la pista del aeropuerto. Las obras de expansión continuaron hasta enero de 1943, cuando la pista fue terminada con una longitud final de 1620 metros. También se construyeron áreas de estacionamiento para aeronaves a ambos lados de la pista. Durante la construcción, había dado servicio a las fuerzas aéreas que participaron en la invasión del norte de África en noviembre de 1942 (operación Antorcha). En los meses previos al desembarco, más de cuatrocientos aviones llenaron cualquier espacio disponible alrededor de la pista de aterrizaje. Los aparatos habían sido embalados y enviados a Gibraltar, siendo ensamblados en el istmo.