In der Saison 1959 fuhr Moss wieder für Cooper, das gerade mit dem Mittelmotorkonzept die Formel 1 revolutionierte. Er konnte zwar nicht ganz mit seinem Teamkollegen Jack Brabham mithalten, zwei Siege (Portugal, Italien) reichten für Platz drei der Weltmeisterschaft. In den Saisons 1960 und 1961 fuhr er hauptsächlich für das Lotus-Privatteam von Rob Walker. Beide Jahre schloss er mit dem dritten Platz in der Weltmeisterschaft ab. Der Lotus war den Coopers und Ferraris noch unterlegen, die Klasse von Moss zeigte sich bei „Fahrerstrecken“, wo es weniger auf einen starken Motor als auf fahrerische Qualitäten ankam. Monaco 1960 und 1961 sowie der Nürburgring 1961 zählten zu den großen Erfolgen des Briten. Daneben versuchte er sich aber auch mit neuen Fahrzeugen: mit dem allradgetriebenen Ferguson siegte er bei einem nicht zur WM zählenden Rennen in Oulton Park. Moss wurde 1961 zum Sportler des Jahres in Großbritannien gewählt.