La Expedición Nimrod, 1907-1909, fue la primera de las tres expediciones antárticas dirigidas por Ernest Shackleton. El objetivo de la expedición era, según lo declarado por Shackleton, "avanzar por el cuadrante de Ross en la Antártida con el fin de alcanzar el Polo Sur geográfico y el Polo Sur magnético". No hay constancia de cómo ni donde se encontraron por primera vez Shackleton y Mackintosh ni tampoco de la manera como fue pactado el nombramiento de Mackintosh como segundo oficial del "Nimrod". Sin embargo, parece ser que Mackintosh se ganó muy pronto la confianza de Shackleton, impresionando también al resto de expedicionarios con algunas de sus cualidades, como su voluntad y determinación. Mientras el "Nimrod" estaba aun en Nueva Zelanda antes de partir hacia el sur, Shackleton destinó a Mackintosh al equipo de tierra.