Le traité Hay-Bunau-Varilla est cependant contesté dans les décennies suivantes, le Panama souhaitant reprendre le contrôle de la zone du canal. Le général Omar Torrijos, au pouvoir depuis 1968, se lance dans un combat contre les États-Unis pour obtenir la souveraineté du Panama. En 1973, devant l'absence de progrès dans les négociations avec Washington, il tente de faire intervenir l'ONU : « Nous n'avons jamais été, ne sommes pas et ne serons jamais un État associé, une colonie ou un protectorat, et nous n'entendons pas ajouter une étoile au drapeau des États-Unis ». Mis en minorité, Washington appose son véto à la résolution adoptée. Finalement, en 1977, Torrijos réussit à renégocier l’accord sur la zone du canal (Traités Torrijos-Carter) et celle-ci elle est rétrocédée au Panama vingt ans plus tard, en 1999. Le , le président américain Jimmy Carter et le dirigeant panaméen Omar Torrijos signent le traité de Torrijos-Carter qui restitue au Panama le contrôle complet du canal le . Le risque de violation de la neutralité du canal par le Panama a été un des motifs de l’invasion du Panama par les États-Unis fin 1989.