Entre otras actuaciones en la provincia, fue el encargado de edificar para Rodrigo Messia Carrillo, señor de La Guardia de Jaén, el convento de Santo Domingo, también conocido como de Santa María Magdalena; el proyecto de la iglesia de Santa María de Cazorla, actualmente en ruinas. En Baeza, probablemente queriendo replicar el modelo de Francisco de los Cobos, Diego Valencia de Benavides, noble local, encargó a Vandelvira la construcción de una capilla funeraria en la iglesia de San Francisco en 1558, conocida como capilla de los Benavides, por desgracia perdida en parte tras el terremoto de 1755.