Uniwersytet został założony w 1817 roku przez króla Niderlandów Wilhelma I. Po rewolucji z 1830 roku został przejęty przez nowo powstałe państwo belgijskie. Francuski był językiem akademickim do 1930, kiedy to uniwersytet jako pierwsza uczelnia w Belgii wprowadził zajęcia w języku holenderskim. W 1991 roku uczelnia uzyskała znaczną autonomię i zmieniła nazwę z Państwowego Uniwersytetu w Gandawie (holenderski: Gent Rijksuniversiteit, w skrócie "RUG") na obecnie obowiązującą.