Свій перший матч за збірну Швейцарії Андрес зіграв на чемпіонаті світу U-18 в 2001 році. У наступні два роки він грав за молодіжну збірну Швейцарії на чемпіонатах світу у 2002 та 2003 роках. З 2004 року він регулярно виступає в складі національної збірної. З того часу він постійно виступає на чемпіонатах світу (2004, 2005, 2006, 2007, 2008, 2009, 2010, 2011 і 2012) в складі збірної. Амбюхл брав участь в кваліфікаційному Олімпійському турнірі у 2005 році, а також на Зимових Олімпійських іграх 2006 року в Турині та 2010 року в Ванкувері.