El PCT estuvo en la oposición desde 1992 hasta 1997, durante la presidencia de Pascal Lissouba. Aunque la ideología marxista-leninista fue abandonada, el partido permaneció leal a Sassou Nguesso y continuó dominado por figuras clave de la era de un solo partido. Sassou Nguesso finalmente regresó al poder en la guerra civil de octubre de 1997.