Poza schizmą Kościołem katolickim wstrząsały spory teologiczne. Niektóre z poglądów prezentowanych w tych sporach zostały przez Kościół uznane za herezje. John Wycliffe (zm. 1384), angielski teolog, został potępiony jako heretyk w 1415 za nauczanie, że ludzie świeccy powinni mieć dostęp do tekstu Biblii poprzez przekłady na języki narodowe, jak również za odmienne od nauczania Kościoła poglądy na temat Eucharystii. Nauczanie Wycliffe’a wpłynęło na dwa główne ruchy heretyckie późnego średniowiecza – ruch lollardów w Anglii i husytyzm w Czechach. Jan Hus został spalony na stosie jako heretyk w 1415, po potępieniu jego nauk przez sobór w Konstancji. Zapoczątkowany jego działalnością ruch husycki przetrwał poza okres średniowiecza, pomimo organizowanych przeciwko niemu krucjat. W 1416 los Husa podzielił Hieronim z Pragi. Oskarżenia o herezję były stosowane również w innych przypadkach, jak np. przeciwko zakonowi rycerskiemu templariuszy, co spowodowało jego rozwiązanie w 1312 i podział jego majątku pomiędzy króla Francji Filipa IV Pięknego (1285–1314) i zakon rycerski joannitów.