בפברואר 1862, הכוחות נאלצו לסגת. ברקינרידג' היה אחראי על האספקה, ולאחר מכן הצבא החליט לתקוף את כוחותיו של יוליסס סימפסון גרנט בשילה, טנסי, ב-6 באפריל 1862. כוחותיו של ברקינרידג' הצטרפו לקרב שילה וניסו להדוף את כוחותיו של גרנט. למרות מותו של המפקד, כוחות הקונפדרציה הצליחו להתקדם עד שנעצרו בידי מפקדם החלופי. למחרת היום, כוחות האיחוד הדפו את הקונפדרציה. ברקינרידג' נפצע במהלך הקרב.