Ahora bien, si bien este poblado fue llamado «San Juan» en honor a San Juan Bautista, el topónimo «Ixcoy» se origina —de acuerdo a una leyenda local— a que los conquistadores españoles encontraron a un señor llamado "Xunic" que estaba rezando arriba de una planta «K’ox»; así pues, el término "Yich K’ox" —castellanizado a «Ixcoy»— significa «En el asiento de un Vijaw».