ב-1918, עם פלישת הצבא הגרמני וחתימת חוזה ברסט-ליטובסק, נאלצה השייטת לעזוב להלסינקי תחת חסותה של הרפובליקה הפינית. התערבות הצבא הגרמני במלחמת האזרחים הפינית ונחיתתם של 10,000 חיילים גרמנים בהאנקו, אילצו את צוותי השייטת להטביע את 8 הצוללות שנותרו לאחר המלחמה ואת 3 אוניות הסיוע מחוץ לנמל הלסינקי.