Watanjar spielte eine wichtige Rolle bei der Saurrevolution im Jahr 1978. Später war er Mitglied des Politbüros der Demokratischen Volksrepublik Afghanistan. Er war ethnischer Paschtune aus dem Stamm der Ghilzai aus Zurmat in Paktia. Nach seinem Abschluss an der Militärakademie in Kabul wurde er Panzeroffizier. 1973 war er am Sturz des König Zahir Schah und der Ausrufung der Republik Afghanistan beteiligt. Während der Saurrevolution war Oberst Watanjar Oberbefehlshaber der Bodentruppen. Watanjar war auch verantwortlich für die Radio-Durchsage über Kabul, in der Sprache Paschtu, in der er verkündete, dass ein Revolutionsrat der Streitkräfte gegründet worden war, mit Oberst Abdul Qadir Dagarwal an der Spitze. Nach dem Putsch wurde Watanjar stellvertretender Ministerpräsident und Minister für Kommunikation. Später war er nacheinander als Minister des Inneren und der Verteidigung tätig.