В 1991 году нападающий сыграл первый матч за сборную Сальвадора, в отборочном турнире Кубка наций Центральной Америки против сборной Никарагуа: Сальвадор выиграл со счётом 3:2, Диас Арсе забил два гола. В ответном матче сальвадорский футболист забил ещё один гол, Сальвадор победил со счётом 2:0. В Кубке наций Центральной Америки 1991 футболист сыграл один матч и забил гол Коста-Рике. С 1993 года Рауль стал регулярно играть за сборную и сыграл шесть матчей в отборочном турнире чемпионата мира 1994. В 1996 году футболист сыграл два матча и забил два гола в Золотом кубке КОНКАКАФ, но сборная Сальвадора не вышла из группы. В отборочном турнире чемпионата мира 1998 Рауль Диас Арсе сыграл 16 матчей и забил 9 голов. В 1998 году нападающий сыграл два матча в Золотом кубке КОНКАКАФ, на котором сборная Сальвадора заняла последнее место в группе. В 2000 году Диас Арсе сыграл свой последний матч в сборной, против Гондураса. Рауль Игнасио Диас Арсе сыграл за сборную 55 матчей и забил 39 голов, что позволяет ему быть лучшим бомбардиром в истории сборной Сальвадора.