Elle était la ville la plus au nord de la Yougoslavie quand elle y appartenait et tout au long de son histoire, elle était une zone de circulation entre les Slovènes, les Yougoslaves et les Hongrois. Les Hongrois représentaient d'ailleurs une minorité de 3 000 habitants au sein de la ville. Durant le régime nazi allemand, l'importante communauté hongroise juive de la ville fut assassinée au camp d'extermination d'Auschwitz. En 1991, durant la guerre slovène de dix jours contre l'armée fédérale yougoslave, Murska Sabota fut victime de bombardements aériens, sans victimes ou dégâts visibles cependant. Aujourd'hui, il s'agit d'une ville calme qui vit d'une faible industrie lourde, du commerce et du tourisme grâce, notamment à ses stations thermales. En avril 2006, la ville devient le siège du nouveau diocèse de l'Église catholique romaine et est le suffragant de l'archevêque de Maribor.