Wahrscheinlich im Jahr 1404 wurde erstmals eine Kirche in der damals selbständigen rechtselbischen Stadt Altendresden, aus der die Neustadt hervorging, errichtet. Dieses gotische Gebäude bestand aus einem flachgedeckten Langhaus, das von zwei spitzen Dachreitern bekrönt wurde, und befand sich etwa 200 m südlich des heutigen Standortes und damit deutlich näher am Neustädter Markt, dem damaligen Zentrum Altendresdens. Benannt war sie nach ihrem Altarbild als "Zu den Heiligen Drei Königen". Ihre erstmalige Erwähnung datiert von 1421, als das Lehn- und Patronatsrecht über die Dreikönigskirche nach dem Tod des Pfarrers Johann Stüblinger dem Augustinerkloster Altendresden übergeben wurde, das bis dahin seine Gottesdienste in der Erasmikapelle am Weißen Tor gehalten hatte. Bereits 1429 vernichteten Hussiten die erste Dreikönigskirche, doch schon bald darauf erfolgte der Wiederaufbau sowie zwischen 1514 und 1520 ein Umbau zu einer dreischiffigen gotischen Hallenkirche mit Chor.