Toisessa maailmansodassa Japani valloitti Timorin saaren Timorin taistelun jälkeen ja saari oli japanilaisten hallussa vuosina 1942–1945. Sodan jälkeen Portugali julisti Itä-Timorin merentakaiseksi maakunnakseen. Portugalilaiset eivät kuitenkaan kehittäneet Timorin siirtomaa-aluettaan, ja se säilyi portugalilaisten laiminlyötynä siirtomaaslummina aina vuoteen 1975 asti. Itä-Timorissa harjoitettiin vielä 1970-luvulla omavaraistaloutta ja yli 90 prosenttia alueen 650 000 asukkaasta oli luku- ja kirjoitustaidottomia.