Rutherford sloeg het indoorseizoen 2006 grotendeels over, maar kwam bij het outdoorseizoen al vroeg in actie tijdens de Gemenebestspelen van Melbourne. Hij kwam daar in de finale tot 7,85, waarmee hij achtste werd. In juli 2006 won Rutherford de nationale selectiewedstrijden, die tevens dienden als AAA-kampioenschappen met een persoonlijk record van 8,26. Ook succesvol was hij bij de Europese kampioenschappen in Göteburg. Hij sprong daar 8,13, waarmee hij achter de Italiaan Andrew Howe tweede werd.