Vanwege zijn strategische ligging en rol als verbinding tussen Brussel en Antwerpen werd het kanaal meermaals een strijdtoneel. De oude monding aan de Rupel in Klein-Willebroek werd zo in 1576 voorzien van een versterkte omwalling, de zogenaamde Rupelschans. In 1579 speelde deze een rol tijdens de periode van de Spaanse Furie; in Klein-Willebroek en omgeving kwam het tot een veldslag tussen Staatse en Spaanse troepen. Twee jaar eerder, in 1577 werd de Verbrande Brug (ten noorden van Vilvoorde) in brand gestoken door de Spaanse troepen.