Der eindrucksvollste Bauteil von Flint ist der Keep, dessen Anlage als freistehender Turm außerhalb des inneren Burghofs in Großbritannien sehr ungewöhnlich ist. Er ist von einem eigenen, heute trockenen Wassergraben umgeben. Eduard I. wurde vermutlich durch den ebenfalls freistehenden Tour de Constance von Aigues-Mortes, von wo er 1270 zu seinem Kreuzzug nach Palästina in See gestochen ist, und durch Schloss Yverdon im damaligen Savoyen, wo sein Baumeister James of St. George zuvor gearbeitet hatte, zum Bau dieses Turms angeregt. Der runde Keep ähnelt keinem anderen Turm in Großbritannien, er hat einen Durchmesser von über 21 m, die am Mauerfuß bis zu 7 m dicken Mauern waren ursprünglich von außen mit glatten Stein verkleidet. Der Zugang zum Turm erfolgte von der Kernburg aus über eine Zugbrücke. Der Turm bestand aus mehreren Galerien, die um den offenen Innenraum führten. Über dem Kellergeschoss, das vermutlich Vorratsräume enthielt, enthielten die Galerien mehrere Räume wie Schlafkammern, Latrinen, eine Küche und die Kapelle. Der Turm diente vermutlich als Unterkunft für den Constable der Burg sowie für hochrangige Gäste wie Prinz Eduard. Das oberste Geschoss war aufwändig eingerichtet, besaß ein Bleidach und eine umlaufende hölzerne Plattform.