Na de afscheuring van North Carolina van de Unie werden de verdedigingswerken daar sterk verwaarloosd. Het War Departement onder leiding van Leroy P. Walker en later onder Judah P. Benjamin stuurden steeds meer troepen naar de campagnes in Virginia. Dit was voor hen het belangrijkste strijdtoneel. Na de Slag bij Hatteras Inlet Batteries in augustus 1861 bleven slechts 6 regimenten over om de volledige kustlijn te verdedigen. De kustlijn werd ingedeeld in verschillende sectoren om de bevelstructuur gemakkelijker te maken. Het noordelijke deel, van Cape Lookout tot de grens met Virginia, stond onder het bevel van brigadegeneraal Daniel H. Hill. Hij bouwde de verdediging rond New Bern verder uit. Hij verwachtte dat het garnizoen aldaar op termijn zou uitgebreid worden. Hill werd echter overgeplaatst naar Virginia. Brigadegeneraal Lawrence O'B. Branch nam het bevel over. De sectoren werden nogmaals gesplitst. Branch' commando werd beperkt tot de strook tussen Cape Lookout en Pamlico Sound. Het gebied tot aan de grens met Virginia kwam onder bevel van brigadegeneraal Benjamin Huger. Huger moest Norfolk en omgeving beveiligen.