In der 1963 beginnenden Phase des Bürgerkriegs, als es "de facto" zwei Regierungen gab, zum einen die amerikanisch geförderte „königliche“ Koalition in Vientiane und die der kommunistischen "Pathet Lao" (PL) in Sam Neua, welche von den Nordvietnamesen unterstützt wurde, wurde Kong Le, inzwischen General, zu einem rechten Neutralisten. Im November 1962 hatten sich seine neutralistischen Truppen gespalten. Oberst Deuan Sounnarath bildete die „Patriotischen Neutralisten“ und lief zum Pathet Lao über. Im Februar 1963 wurde Kong Les rechte Hand, der Oberst Ketsana Vongsouvanh von einem linken Neutralisten ermordet, was die Trennung der beiden Lager endgültig machte. Die ihm persönlich loyalen Truppen blieben um Xiang Khouang, teilweise kooperierten sie nun mit den Hmong. Er erhielt amerikanische Waffenhilfe. Bereits im April 1963 griffen nordvietnamesische Kämpfer diese Stellungen an. Zugleich liefen zahlreiche Einheiten der „regulären“ Armee Phoumi Nosavans zu Kong Le über. Im April 1964 sah er sich aber gezwungen, sich den Rechten anzupassen und seine Einheiten letztendlich wieder in die offizielle Königlich-Laotische Armee einzugliedern. In der Folgezeit gab es mehrfach Verschwörungen und Attentatsversuche seiner rechten Rivalen gegen ihn.