Після повернення у Шеклтона зі Скоттом виникли суперечності, і у 1907 році Шеклтон, планує свою власну першу полярну антарктичну експедицію на судні «Німрод», запросивши Вілсона взяти в ній участь, але Вілсон, із лояльності до Скотта, відмовився. В цей же час він активно зайнявся паразитологією птахів і ілюструванням зоологічних книг.