En el Perú es considerado un héroe nacional, por haber luchado en todas las batallas importantes de la guerra del Pacífico (San Francisco, Tarapacá, Tacna, San Juan y Miraflores) y por haber liderado la resistencia en la sierra central contra la ocupación chilena, la llamada Campaña de la Breña (1881-1883). Dominaba el quechua, por lo que tuvo gran influencia sobre la población indígena de su país, a base de la cual formó un ejército regular, apoyado por guerrillas o montoneras. Fue conocido por sus soldados como «Taita Cáceres», mientras que los chilenos le apodaron «El Brujo de los Andes», debido a que solía evadir las maniobras envolventes planeadas con mucho celo por los generales chilenos, y porque actuaba con tanta fluidez que parecía estar presente en todas partes. En dicha campaña obtuvo el triple triunfo de Pucará, Marcavalle y Concepción, y aunque fue derrotado en Huamachuco, no se rindió y continuó organizando la resistencia. Los guerrilleros pro-cáceristas también alentaban al general a continuar su lucha con enfrentamientos con el ejército chileno. Ante el constante acoso guerrillero y la falta de aprovisionamiento las tropas chilenas tuvieron que replegarse a Lima, en diciembre de 1883, hasta la desocupación total en agosto de 1884, que es cuando Cáceres dio por consumada la guerra y el reconocimiento del Tratado de Ancón.