En 2002 Harinordoquy fue seleccionado por primera vez con Selección de rugby de Francia para formar parte del equipo que jugaría el Torneo de las Seis Naciones 2002. Jugó su primer partido ante Selección de rugby de Gales donde "Les Bleus" ganaron por 37-33, Harinordoquy colaboró para que Francia se llevara el torneo con Grand Slam (rugby) incluido. Harinordoquy va siendo conocido en el mundo del rugby no solo por sus condiciones técnicas y físicas sino también por su carácter lo que le lleva a ser nombrado como el vice-capitán no oficial del equipo nacional y es convocado para la Copa Mundial de Rugby de 2003 donde llegaron a semifinales, donde pierden ante Inglaterra por 24-7. En 2005 se vuelve a ganar otro grand slam en el Torneo de las Seis Naciones.