หลังจากเว้นว่างจากการมีเจ้าเมืองพระตะบองนาน 7 ปี เป็นเวลาที่ไทยทำสงครามกับญวนครั้งที่ 2 เจ้าพระยาบดินทรเดชาเป็นแม่ทัพในการบัญชาทัพ ท่านเดินทางไปยังเมืองพระตะบองเพื่อติดต่อสั่งราชการที่เมืองพระตะบอง ท่านตั้งให้พระพิทักษ์บดินทร์ (โสม) รั้งราชการเป็นเจ้าเมืองพระตะบอง และให้พระนิรนทรโยธานำกองทัพออกไปทำสงครามกับญวนในเขมร เมื่อสงครามจบลง พระพิทักษ์บดินทร์ (โสม) ก็ถึงแก่อสัญกรรม จึงได้ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ แต่งตั้งพระนิรนทรโยธา เป็นเจ้าเมืองพระตะบองคนที่ 6 ต่อมาท่านปกครองเมืองพระตะบองโดยปรับปรุงเมืองที่ทรุดโทรมให้เจริญขึ้น สภาพความเป็นอยู่ของราษฎรดีขึ้น พระยาอภัยภูเบศร (นอง) ว่าราชการได้ 12 ปี ถึงแก่อนิจกรรมเมื่อ พ.ศ. 2403