Nykyään museorakennuksessa ovat kulttuurihistoriallinen perusnäyttely "Vaasa 400" ja luonnontieteellinen perusnäyttely Terranova, joka esittelee Merenkurkun luontoa ja alueen maankohoamista. Vanhan Vaasan museo on 1700–1800-lukujen porvariskoteja esittelevä kotimuseo. Nelin-Cronströmin taidekodissa puolestaan on näytteillä Elin ja Adolf Nelinin sekä heidän Estonian onnettomuudessa hukkuneen tyttärensä Anne-Marie Cronströmin keräämää taidetta.