Desde el 4 de enero de 1991 hasta agosto de 1995, Martić ocupó varios cargos de responsabilidad -presidente, ministro de Defensa, ministro del Interior- en las oficinas no reconocidas de la Región Autónoma Serbia (SAO) de Krajina y en la República Serbia de Krajina (RSK). Martić se presentó por el Partido Socialista Serbio a las elecciones presidenciales de 1993 en la Krajina Serbia, con el apoyo de Slobodan Milošević. En la segunda vuelta de estas elecciones, en 1994, fue elegido presidente y permaneció en el poder hasta la caída de la Krajina Serbia durante la Operación Tormenta de 1995.