Nel 1618 la famosa defenestrazione di Praga provocò la guerra dei trent'anni. Ferdinando II di Asburgo venne deposto, ed il suo posto di Re di Boemia venne preso da Federico V del Palatinato. Ma l'esercito ceco venne pesantemente sconfitto nella Battaglia della Montagna Bianca (1620), non lontano dalla città, ed in seguito Praga e la Boemia vissero un duro periodo in cui la tolleranza religiosa venne abolita e la Controriforma cattolica divenne dominante in ogni aspetto della vita comune. Nel 1621 ci fu un'esecuzione di 27 nobili cechi (coinvolti nella battaglia della Montagna Bianca) nella Piazza della Città Vecchia. La città soffrì anche dell'occupazione sassone (1631) e svedese (1648). Inoltre, dopo la Pace di Vestfalia dell'anno successivo, Ferdinando spostò la corte a Vienna, e Praga iniziò un lento declino che ridusse la popolazione dai 60.000 dell'anteguerra a 20.000.