Dopo la resa della Francia il 22 giugno 1940, il "Colbert" rimase sotto il controllo del Governo di Vichy venendo assegnato alla Flotta d'alto mare di base a Tolone; tra l'agosto e il dicembre 1940 l'incrociatore fu sottoposto a lavori di manutenzione e ammodernamento, per poi essere assegnato alla 1ª Divisione incrociatori a partire dal gennaio 1941. La nave di fatto non prese parte ad altre operazioni belliche, rimanendo alla fonda a Tolone con il resto della flotta; il 27 novembre 1942, a seguito della minaccia tedesca di occupare Tolone, il "Colbert" partecipò all'autoaffondamento in massa della flotta francese: l'equipaggio sabotò gli apparati di bordo e appiccò il fuoco all'unità, che bruciò incontrollata fino al 7 dicembre. Lo smantellamento del relitto fu avviato già dagli occupanti italo-tedeschi nel 1943, per poi concludersi tra il 1946 e il 1947.