Sostituisce Conte nella direzione tecnica degli incontri della squadra durante la fase iniziale della stagione 2012-2013, a causa delle squalifiche inflitte a quest'ultimo e al suo vice Angelo Alessio a seguito delle sentenze sullo scandalo calcioscommesse. Esordisce sulla panchina della prima squadra il 4 agosto 2012 nell'amichevole di Salerno col , mentre Conte e Alessio sono in attesa di giudizio; in seguito alle sentenze di squalifica dei due, è confermato allenatore "ad interim" della prima squadra a partire dal primo incontro ufficiale della stagione, la finale di Supercoppa italiana disputata l'11 agosto 2012 a Pechino contro il : la squadra bianconera s'impone 4-2 ai tempi supplementari e Carrera conquista il suo primo trofeo da tecnico. Il 25 agosto successivo colleziona la prima panchina in Serie A, mentre il 17 settembre 2012, dopo che la squalifica di Conte è estesa anche alle competizioni internazionali, esordisce da allenatore in Champions League. Colleziona la sua ultima panchina bianconera il successivo 7 ottobre contro il , lasciando il posto ad Alessio dopo 7 vittorie e 3 pareggi, chiudendo da imbattuto.