Ямамото обіймав кілька важливих посад у флоті Японської імперії, і здійснив у ньому ряд змін і реорганізацій, особливо в розвитку військово-морської авіації. Був головнокомандувачем під час перших, доволі успішних для Японії, років війни в Тихому океані, провів такі битви, як Напад на Перл-Гарбор і Битву за Мідвей. Загинув під час інспекційного вильоту на фронтові позиції на Соломонових островах, коли його літак був збитий американськими винищувачами Локхід P-38 «Лайтнінг». Його смерть була величезним ударом по бойовому духу японських військ у Другій світовій війні.