Larijani est un critique du président de la république Islamique Mohammad Khatami et de ses réformes. En il publie un article dans le quotidien "Sobh" critiquant l'appel de Khatami en faveur d'une société civile islamique et de la théorie politique d'Abdolkarim Soroush défendant un système politique qui serait neutre en matière religieuse. Il y affirme"Nous défendons une société basée sur l'esprit de l'Islam et la foi religieuse, au sein de laquelle les valeurs religieuses et islamique sont diffusées, où les injonctions coraniques et les enseignements du prophète de l'Islam et des Imams sont appliqués. Ce sera une société dans laquelle le sentiment de soumission à Dieu Tout Puissant sera visible partout, et où le peuple n'exigera pas de droits de Dieu, mais sera conscient de ses obligations envers Dieu"En 2009, il condamne les manifestants et ceux qui expriment des doutes sur les résultats de l'élection présidentielle de 2009, qualifiant le mouvements d'"illégal" et les doutes "sans fondement".