Nachdem die Japaner 1942 Niederländisch-Indien im Zweiten Weltkrieg besetzt hatten, wurde Blommestein interniert. Nach kurzer Zeit konnte er jedoch unter der japanischen Besatzung in seinem Arbeitsgebiet weiter wirken. Nach der Kapitulation von Japan wurde er 1946 zum Leiter der Abteilung Bewässerung und Drainage des Departements von Wasserbau und Wiederaufbau ernannt.