Tras ser arrestado, fue enviado a El Cairo, en Egipto. Después fue trasladado a Malta, donde vivió como prisionero de guerra hasta 1921. Después de ser liberado, se unió al ejército de Mustafá Kemal Atatürk y luchó contra los ejércitos griegos y franceses que ocupaban gran parte de Anatolia. Después de la Guerra de Independencia turca, fue el embajador de Turquía en Afganistán desde 1922 hasta 1926, y en 1936 fue ascendido a Ferik (Teniente General), para después retirarse del ejército. Fahreddin Pashá murió el 22 de noviembre de 1948, después de sufrir un infarto durante un viaje a Eskişehir. Fue enterrado en Estambul.