Auf Wagners Initiative hin wurden im August 1942 mit der „Verordnung über die Staatsangehörigkeit im Elsaß, in Lothringen und in Luxemburg vom 23. August 1942“ (RGBl. I. S. 533) auch elsässische Männer, die nach den Bedingungen des Waffenstillstands von Compiègne nach wie vor französische Staatsbürger waren, zu deutschen Staatsangehörigen erklärt. Dies war die legalistische Basis für deren völkerrechtswidrige Zwangsrekrutierung (Malgré-nous). Viele junge Elsässer der Jahrgänge 1908 bis 1910 wurden anstatt zur Wehrmacht zur Waffen-SS eingezogen. Im Januar 1944 vereinbarte Wagner mit Himmler – die Wehrmacht unter Keitel hatte sich insoweit geweigert –, die ehemaligen französischen Reserveoffiziere zur Waffen-SS einzuberufen. 42 Offiziere, die sich auch durch Druck nicht beeinflussen ließen, ließ er in das KZ Neuengamme einliefern; 22 der 42 starben dort.