Po návratu do Izraele v roce 1988 vstoupil do politiky a v říjnu téhož roku úspěšně kandidoval v parlamentních volbách za stranu Likud, s níž byla jeho rodina spjata po dvě generace. Kromě postu poslance byl jmenován náměstkem ministra zahraničí ve vládě Jicchaka Šamira. V této funkci setrval čtyři roky, během nichž došlo k intifádě, válce v Zálivu a Madridské mírové konferenci, která iniciovala přímé rozhovory mezi Izraelem a jeho sousedy. Díky Netanjahuovým dobrým komunikačním schopnostem, a zejména pak umu jednání s médii, došlo opět k lepšímu vnímání Izraele v zahraničí. V roce 1992 prohrál Likud pod Šamirovým vedením předčasné parlamentní volby, a ten proto odešel z politiky.