Michiko besuchte die Futaba-Grundschule in Tokio. Diese musste sie allerdings während der 4. Klasse auf Grund der immer häufiger werdenden Bombardierungen Japans während des Zweiten Weltkriegs durch die Vereinigten Staaten verlassen und besuchte anschließend Schulen in den Präfekturen Kanagawa, Gunma und Nagano. Nach der Niederlage Japans besuchte sie die Seishin-Sekundarschule in Tokio und verließ diese 1953. Danach besuchte sie die Seishin-Mädchenuniversität (, engl. "University of the Sacred Heart") in Tokio, wo sie 1957 den Bachelor of Arts in Englischer Literatur ablegte. Zudem besuchte sie sowohl die Harvard University als auch die University of Oxford.