Однако, отношения между странами не обошлись и без конфликтов. Начиная с конца 1970-х годов, начали происходить столкновения в районе озера Чад, где обе страны надеялись начать использовать запасы нефти. Затем страны попытались ослабить эти столкновения, создав совместные патрули и комиссию по демаркации границы через озеро. Затем, в начале 1980-х годов, из-за обмельчания озера Чад появилось несколько небольших островов, что привело к дальнейшему спору о их принадлежности. Отношения также осложнены нестабильностью на севере Нигерии, порожденные ростом исламского фундаментализма. Большинство религиозных фанатиков имели местное происхождение, но нигерийская полиция арестовала несколько ливийцев, что привело к росту нигерийской поддержки Чада в его войне с Ливией.