1944年12月下旬，雷伊泰島戰役（又译莱特岛战役）已经接近尾声，盟军开始在呂宋島附近活动，筹备发起呂宋島戰役。1945年1月3日，西南方面舰队根据情报判定盟军已经在吕宋岛南岸集结了大批兵力，同时在台湾岛一带还有至少3艘正规航母、3艘战列舰的可观兵力逡巡。日军针对此种情势，进行调动并改组编制。6日軍令部指示十三航舰自西南方面舰队独立，首长不再由西南方面舰队司令长官兼任；舰队统括菲律宾、以及除北澳大利亚以外西南方面舰队旗下所有航空部队。随着战局的迅速恶化，西南方面舰队的指挥陷入了困难，日军考虑进行进一步的改组工作。2月5日开始实行新的编制，第23航空战队（此时归一航艦所属）划入十三航舰；十三航舰归入第十方面艦隊。此后十三航舰一直留在第十方面舰队内。