1529 szeptemberében a török támadás hírére a vár zsoldos őrsége elmenekült és a vár egy rövid időre a törökök kezére került. A város (melynek lakói Szapolyai hívei voltak) bírája sikertelenül próbált közvetíteni a törökök és a várparancsnok között. A szultán azonban tovább vonult Bécs ostromára és még az ősz folyamán elhagyta Komáromot, így visszatért az osztrák őrség. 1531-ben Esztergom ismét osztrák kézre került, de mivel a katonák és a sajkások fizetést nem kaptak, így felprédálták az egész környéket. 1532-ben folyami csatára került sor az osztrák csapatok és Szapolyai hajóhada közt, utóbbi győzelmével. Katonai jelentősége azonban egyik fél számára sem volt, mivel Szapolyainak nem voltak mezei hadai Komárom és Esztergom ostromára, míg a Bécs védelmére összegyűlt keresztény sereg nem ment át ellentámadásba. 1538-ban I. Ferdinand Almást, Neszmélyt és Füzitőt a naszádosok kapitányának és vajdáinak elzálogosítja 6293 forintnyi követelésük fejében, ami a naszádos legénység helyi állandó megtelepedését eredményezte.