Slovenia julistautui itsenäiseksi vuonna 1991, jolloin Ljubljanasta tuli uuden valtion pääkaupunki. Itsenäistymistä seurasi lyhyt Slovenian sota, mutta kaupunki säästyi sodan vaikutuksilta. Ljubljanan läheinen lentokenttä oli yksi taistelupaikka ja sodan aikana Ljubljanan yläpuolella ammuttiin alas kaksi helikopteria. Kyseessä oli sodan ensimmäiset uhrit.