Narodil se v rodině amerického důstojníka Johna S. McCaina, Jr. (1911–1981) v roce 1936 na americké vojenské základně v Panamském průplavovém pásmu, které v té době bylo výsostným územím USA. Jeho otec i dědeček byli oba čtyřhvězdičkovými admirály válečného námořnictva USA. Také jeho starší sestra Sandy a mladší bratr Joe působili na různých postech válečného námořnictva.