Setelah nyaris tidak bisa berlaga di awal musim 2009 akibat kecelakaan saat bersepeda gunung, Webber tampil impresif di Australia saat babak latihan bebas. Sayang saat balapan nasibnya kurang beruntung karena ia terlibat insiden dengan Rubens Barrichello dan Heikki Kovalainen. Webber lantas berhasil finis keempat di Malaysia, tetapi dalam investigasi FIA karena hujan deras, posisi Webber turun ke urutan enam. Di China, ia berhasil mengawal Sebastian Vettel di urutan dua untuk mengantarkan RBR finis 1-2 untuk pertama kalinya. Posisi podium ketiga juga berhasil Webber raih di GP Spanyol.