Después del triunfo de la Revolución de Saur en 1978, se convirtió en miembro del Consejo Revolucionario de la República Democrática de Afganistán. Pero como resultado de las luchas internas del partido, en junio fue enviado como embajador a Irán, cargo en que duró poco; en octubre fue acusado junto con otros líderes de "Parcham" de conspiración contra el gobierno, por lo que fue destituido de su cargo y privado de la ciudadanía afgana. Najibulá se vio obligado a refugiarse en Moscú, donde permaneció hasta la entrada del Ejército Soviético en la guerra de Afganistán.