ভারতীয় উপমহাদেশ বিভক্ত হওয়ার পরে ১৯৫৩ সালে পাকিস্তান বিজ্ঞান একাডেমি প্রতিষ্ঠিত হয়েছিল। বাংলাদেশ স্বাধীন হওয়ার পরে (তৎকালীন পূর্ব পাকিস্তানি) একাডেমির ১২ জন বাংলাদেশী ফেলো ১৯৭৩ সালে বাংলাদেশ বিজ্ঞান একাডেমি গঠন করেন। মুহম্মদ কুদরাত-এ-খুদা ১৯৭৬ সাল পর্যন্ত প্রতিষ্ঠাতা সভাপতির দায়িত্ব পালন পালন করেছেন।