Весной 1991 года территория парка стала местом событий, названных Плитвицкой Кровавой Пасхой, — первого вооружённого столкновения войны в Хорватии, приведшего к жертвам. В ходе Югославских войн Плитвицкие озёра не раз становились ареной боёв. К настоящему времени сам парк полностью разминирован, а туристическая инфраструктура восстановлена и интенсивно развивается, однако в окрестностях парка до сих пор иногда находят мины.