Als Chmelnyzkyj erkannte, dass er nicht mehr in der Lage war die Situation zu kontrollieren, dankte er zu Beginn des Jahres 1663 ab und wurde unter dem Namen Gedeon Mönch im Verklärungs-Kloster von Mhar bei Lubny. Die Teilung des Hetmanats in die nach Russland orientierte Linksufrige und die nach Polen orientierte Rechtsufrige Ukraine manifestierte sich. 1664 wurde Chmelnyzkyj von der polnischen Regierung des Verrats beschuldigt, vom Hetman der rechtsufrigen Ukraine Pawlo Teterja gefangen genommen und bis 1667 in Lwiw festgehalten. Nach seiner Freilassung trat er bei Uman in ein Kloster ein, wo er 1670 (nach anderen Quellen 1673) von den Krimtataren gefangen und nach Konstantinopel verschleppt wurde. Nachdem er dort aus der Haft entlassen wurde, wurde er Archimandrit eines griechisch-orthodoxen Klosters. 1677 konnte er in die Ukraine zurückkehren, da die Türken ihn im Russisch-Türkischen Krieg von 1676 bis 1681 zur Konsolidierung ihrer Ansprüche über die Rechtsufrige Ukraine nutzen wollten. 1677 erklärte er sich zum Hetman der Rechtsufrigen Ukraine und versuchte 1678/79, mit Unterstützung tatarischer und osmanischer Truppen die Linksufrige Ukraine zu erobern. Nachdem ihm dies, trotz großer Brutalität, nicht gelang wurde er Anfang Juni 1681 als Hetman abgesetzt und in Folge seiner erfolglosen Regierung vom Sultan in die Türkei zurückgerufen.