Während der japanischen Besatzung (1942–1945) kollaborierten Teile der arabischen Gemeinde mit den Invasoren. Nach der Wiederherstellung der portugiesischen Herrschaft zeigten einige Araber Sympathien für den neuen, mehrheitlich muslimischen Nachbarstaat Indonesien. In der Familie Alkatiri gab es mit Ende der Kolonialzeit sowohl Befürworter eines Anschlusses Osttimors an Indonesien, als auch Mitglieder der linksgerichteten FRETILIN, die einen unabhängigen Staat anstrebte. Durch indonesischen Intrigen kam es zum Bürgerkrieg in Osttimor 1975, aus dem die FRETILIN siegreich hervorging. Sie rief am 28. November 1975 die Unabhängigkeit aus, neun Tage später besetzte Indonesien das Land. 24 Jahre herrschte ein Guerillakrieg, bis Osttimor 1999 unter UN-Verwaltung kam und 2002 schließlich in die Unabhängigkeit entlassen wurde. Die Alkatiris blieben muslimischen Glaubens, auch wenn Osttimor inzwischen nahezu vollständig katholisch ist.