In seinem ersten Spiel der &lt;a href="Snooker-Saison%202016/17"&gt;Saison 2016/17&lt;/a&gt; gewann Chen die Qualifikation zum Riga Masters gegen Josh Boileau mit 1:4, doch er zog sich vor seiner Partie gegen Li Hang in der ersten Hauptrunde vom Turnier zurück. Es folgten zwei Niederlagen in den Qualifikationen: In der Qualifikation zu den Indian Open verlor er mit 0:4 gegen den Schotten Anthony McGill, bei den World Open mit 0:5 gegen Michael Holt. Ebenso verlor er seine Erstrundenpartie beim Paul Hunter Classic mit 2:4 gegen Chris Wakelin. Beim Shanghai Masters erreichte er die zweite Runde der Qualifikation, nachdem er Michael Wild mit 5:2 besiegt hatte, verlor er mit 3:5 gegen Jack Lisowski. Es folgten drei Auftaktniederlagen: In der Qualifikation zum European Masters mit 0:4 gegen Jimmy Robertson, in der ersten Runde der English Open mit 0:4 gegen Shaun Murphy un in der Qualifikation zum International Championship mit 4:6 gegen Ali Carter. Seine Erstrundenpartie beim Northern Ireland Open gewann er dagegen mit 4:1 gegen Ross Muir, unterlag dann aber mit 3:4 dem Waliser Michael White. Wieder folgten mehrere Niederlage in seinen Auftaktpartien. Er verlor beim UK Championship mit 4:6 gegen Mark Allen, bei den Scottish Open mit 2:4 gegen Oliver Lines, in der Qualifikation zum German Masters mit 4:5 gegen Michael White und in der ersten Runde der Welsh Open mit 2:4 gegen seinen Landsmann Tian Pengfei. Chen konnte immerhin die erste Runde des Shoot-Out gegen den ehemaligen Profi Itaro Santos gewinnen, verlor aber anschließend gegen Jimmy White. Auch seine beiden letzten Auftaktpartien bei den China Open und bei der Snookerweltmeisterschaft mit 1:5 gegen Alan McManus und mit 7:10 gegen Dechawat Poomjaeng. Zhe beendete die Saison auf Weltranglistenplatz 121.