Về cuối đời, Friedrich lại đánh Áo trong Chiến tranh Kế vị Bayern (1778 – 1779), chống lại âm mưu chiếm đóng xứ Bayern của Joseph II. Ông liên minh với tuyển hầu tước Sachsen và quận công Karl xứ Zweibrük. Ngày 3 tháng 7 năm 1778, Friedrich tự làm tướng đánh Bohemia, đến sông Elbe gặp quân Áo bố phòng cẩn mật, nên Friedrich không dám đánh lớn. Tuy nhiên, quân Phổ thường chia nhau cướp phá đất Áo, chở từng xe đầy khoai tây cướp được mang về nước và thế là sinh ra cái tên "cuộc chiến tranh khoai tây". Maria Theresia sợ, van nài Friedrich rút quân. Friedrich hứa sẽ không gây tính mạng của Joseph II. Cuối cùng thì Friedrich rút lui khỏi xứ Bohemia.