Рођен је у Хамадану на западу Ирана и студирао је на Универзитету у Техерану и Сорбони у Паризу. Иако је син ајатолаха који је подржавао пуч из 1953. године, Банисадр је подржавао идеје свргнутог премијера Мухамеда Мосадека и био је активан у антимонархистичким организацијама као што су Национални фронт и Покрет за ослобођење. Након Иранске револуције, Банисадр је 4. фебруара 1980. године као независан кандидат изабран за првог председника Ирана. Средином следеће године дошло је до унутрашњих политичких сукоба приликом којих су марксисти предвођени МЕК-ом покушали да сруше владу, а Банисадрова подршка неуспешном пучу резултовала је одузимањем председничких овлашћења од стране парламента и рахбара (Хомеинија). Банисадр је потом уз помоћ МЕК-а отишао у Француску где делује као противвладин активиста у тзв. Иранском националном већу отпора. Његов наследник на месту председника Мухамед-Али Раджаи убијен је у МЕК-овом терористичком нападу нити месец дана након преузимања функције.