Wziął także udział w Copa América 1989, w którym Urugwaj zdobył tytuł wicemistrza Ameryki Południowej. Perdomo zagrał w dwóch meczach grupowych z Chile i Argentyną oraz we wszystkich meczach fazy finałowej - z Paragwajem, Argentyną i Brazylią. Swoją grą zwrócił na siebie uwagę trenera włoskiego klubu Genoa CFC, Franco Scoglio. Perdomo podpisał kontrakt z klubem, a razem z nim uczynili to samo reprezentacyjni koledzy - Carlos "Pato" Aguilera i Rubén Paz.