De verdere geschiedenis van Kapellen is gekenmerkt door periodes van bloei en van armoede. Ten tijde van het Beleg van Antwerpen door de Spanjaarden heeft Kapellen zwaar te lijden gehad. Alle belangrijke gebouwen en 90% van de huizen waren vernietigd. Tijdens het Twaalfjarig Bestand was er een korte heropleving van de gemeente tot in 1623 de pest zwaar huis hield. De echte heropbouw moest op zich laten wachten tot 1674 wanneer de kerk werd heropgebouwd.