In occasione della Seconda Intifada, nel 2002, chiede il bombardamento delle stazioni di rifornimento, delle banche e dei centri commerciali palestinesi. Nel febbraio del 2003, diventa ministro dei Trasporti. Poi si oppone al Piano di disimpegno dai Territori Occupati e propone nel maggio del 2004 un piano alternativo nel quale egli prevede una separazione tra ebrei e arabi «per creare due Stati "etnicamente" omogenei». A suo parere solo gli Arabi che sentano profondamente un legame con Israele e provino un sentimento di lealtà verso lo Stato ebraico dovrebbero essere accettati e autorizzati a rimanervi, gli altri dovrebbero esserne invece espulsi, e se due Stati dovranno essere creati, allora le frontiere dovranno essere modificate affinché la maggioranza degli Arabi israeliani vada allora a vivere in Palestina. Tale punto di vista è stato condannato da Ariel Sharon. Il 4 giugno 2004, mentre la tensione cresce sul piano di disimpegno dalla Striscia di Gaza, Sharon allontana Lieberman dal suo Gabinetto.&lt;br&gt;