În 1648, revolta cazacilor, care s-a dezvoltat într-un adevărat război de independență, care a fost semnalul a ceea ce istoriografia poloneză numește „Potopul”, în fapt începutul declinului uniunii polono-lituaniene. Tânărul stat al cazacilor, care poate fi considerat precursorul statului ucrainean contemporan, (Armata Zaporijiană) era prins între trei dușmani potențiali: în sud, Imperiul Otoman și aliatul lor Hanatul Crimeii, în vest, Rzeczpospolita și în răsărit, Rusia, (care se înscrisese pe o traiectorie ascendentă, de transformare într-o mare putere europeană). Tânărul stat ucrainean, după un război sângeros cu Polonia, a căutat să se pună sub protecția Rusiei prin semnarea unui tratat în 1654, Tratatul de la Pereiaslav, prin care cazacilor le era recunoscută autonomia internă. Polonezii au încercat să ajungă la un compromis cu ucrainenii prin semnarea Tratatului de la Hadiaci în 1658, dar după o perioadă de aproape trei decenii de războaie, prevederile acestei înțelegeri au fost suspendate de Tratatul de la Andrusovo, care împărțea teritoriul ucrainean între Polonia și Rusia. La început, cazacii au reușit să-și păstreze statutul de autonomie în cadrul Hetmanatului. De asemenea, ei au reușit să mențină o formă statal semi-independentă – Zaporijia – și o colonie la frontiera Rusiei, Slobidska Ukraina.