Da krigen med England udbrød i 1807, kommanderedes han til general Johann Ewalds armékorps, der under englændernes ophold på Sjælland holdt Lolland, Falster og Møn besat, og Prangen ledede her anlægget af flere batterier til sikring af kommunikationerne. Han fulgte med armékorpset til Sjælland, men blev snart kaldt tilbage til Ingeniørkorpset. Indtil maj 1809 – han var i 1808 avanceret til virkelig ingeniørkaptajn – var han beskæftiget med rekognoscering af kyststrækningerne og bygning af kystbatterier i de forskellige danske provinser, hvorefter han ansattes ved Københavns Fæstning. Fra denne virksomhed blev han dog flere gange kaldt bort. Han anlagde således i 1810 flere kystbatterier på Jyllands østkyst, i 1811 et på Møn og forestod fra december 1813 til januar 1814 nogle forsvarsarbejder ved Lillebælt.