У складі національної збірної Єгипту Хоссам Хассан дебютував у віці 19 років, 10 вересня 1985 року у матчі проти збірної Норвегії в Осло (3:0). Через рік Хассан виступив на Кубку африканських націй 1986, який став переможним для єгипетської команди. У 1990 році Хоссам взяв участь у чемпіонаті світу в Італії, де нападник провів усі матчі без замін. Збірна Єгипту зіграла в нічию 1:1 із Нідерландами, в нічию з Ірландією 0:0 і програла Англії з мінімальним рахунком 0:1, в результаті посіла 3-є місце в групі. Хассан виграв Кубок африканських націй 1998 і 2006.