Botanisk Haves historie går tilbage til 2. august 1600, da den første have blev oprettet ved et kongeligt gavebrev ved de nuværende Fiolstræde og Krystalgade. Den var kun lille og anvendtes især af medicinere, indeholdt næppe meget andet de væsentligste lægeplanter og kaldtes ofte "Studiegårdens hortus medicus". Dens midler var ringe og ofte tilfældige; en væsentlig støtte var en gave af 1200 kronedalere, som professor Rasmus Bartholin i 1696 skænkede så renterne kunne bidrage til havens vedligeholdelse. En egen gartner var ikke ansat, og hele haven var kun et vedhæng til en professorbolig, hvor den tilfældigt indlogerede professor stod for havens dyrkning, uanset hvilke interesser eller kundskaber han havde i den retning. Der har næppe været dyrket mere end cirka 200 arter, og de var ordnet alfabetisk. Efter Københavns brand i 1728 blev haven yderligere indskrænket, da der måtte tages grund fra den til gadeudvidelser. Denne botaniske have bestod indtil 1778, hvor den blev reduceret til lysthave til professorboligen.