Az előzmények ellenére is Button úgy érezte, a csapat mögötte áll, és optimista volt. A 2005-ös év azonban nem indult jól, ráadásul a San Marinó-i nagydíj botrányos végkifejletbe torkollott: Button harmadik lett, csakhogy a futam után kiderült, hogy a BAR autóiban volt egy második üzemanyagtartály is, és ha mindkettőt leeresztették, az 5,4 kg-mal kevesebbet nyomott a minimálisnál. A versenyfelügyelők nem találták ezt szabálytalannak, de az FIA fellebbezett. A Fellebbviteli Tanács aztán kimondta, hogy ugyan azt nem lehetett bizonyítani, hogy a BAR szándékosan csalt, de mindkét versenyzőjüket megfosztották a futamon elért eredménytől, és a következő két versenyre eltiltották őket. Button azonban nem adta fel, visszatérésük után Montrealban megszerezte második pole-pozícióját. Magán a versenyen nem ment ilyen jól, a 46. körben összetörte az autót, így a harmadik helyről kiesett. Mint Michelin-abroncsos csapat, kihagyták az USA-nagydíjat a többiekkel együtt. Az év második feléig kellett várnia, hogy megszerezze első vb-pontjait, onnan azonban egyre jobban ment a csapatnak. Magny-Coursban a negyedik lett, hazai pályán, Silverstoneban a második helyről indulhatott, de a versenyen visszaesett, végül csak 5. lett. Hockenheimban hagyományosan jól szerepelt, ez az év sem volt kivétel, a második rajtkockáról rajtolva harmadik lett, a szezonban először állhatott dobogóra. Az év második felében, a francia nagydíjtól kezdve Button minden versenyen pontot szerzett. 37 ponttal kilencedik lett.