Khandker a été affecté à la base aérienne pakistanaise de Dacca en tant que commandant en second lorsque la guerre de libération a commencé en 1971. Le , il a fait défection avec sept officiers bengalis et quelques aviateurs de la base de Dacca de l'armée de l'air pakistanaise à Tripura pour s'engager dans la guerre de libération et a atteint Matin Nagar, Tripura le . Le gouvernement bangladais de Mujibnagar l'a nommé chef d'état-major adjoint des forces armées bangladaises et lui a confié la responsabilité des opérations ainsi que la formation des combattants de la liberté. Il a étroitement collaboré avec les hauts responsables du Commandement de l'Est de l'Inde situé à Fort William, à Calcutta, au sujet des stratégies d'entraînement des combattants de la liberté ainsi que de l'ensemble des opérations. Il a mis sur pied la toute première force aérienne du Bangladesh à Dimapur, au Nagaland, pendant la guerre. L'armée de l'air du Bangladesh, dont les effectifs et les ressources sont limités à neuf officiers, cinquante-sept aviateurs et trois avions, a mené un nombre important d'opérations contre les envahisseurs pakistanais. Il a représenté le Bangladesh lors de la cérémonie de reddition des forces pakistanaises aux forces alliées, le , sur un champ de course. Il a reçu le prix de bravoure de en 1972 pour son rôle dans la guerre de libération.