Dans les années 1980, le Nigeria connaît des performances irrégulières. Il ne parvient toujours pas à se qualifier pour la Coupe du monde (seules deux places sont réservées aux pays africains jusqu'à l'édition 1990), mais sur le plan continental il atteint trois nouvelles fois la finale de la CAN, en 1984, 1988 et 1990, pour autant de défaites, face au Cameroun, deux fois, et à l'Algérie, pays hôte en 1990. En 1982, alors qu’ils sont tenants du titre, les Nigérians sont éliminés dès le premier tour, et en sont même pas qualifiés en 1986.