Während des Krieges war Klophaus 1942/43 vorübergehend im besetzten Lothringen tätig, wo er für das Wiederaufbauamt mit der Beseitigung von Kriegsschäden befasst war. Im September 1943 wurde er jedoch nach den schweren Luftangriffen auf Hamburg wieder in die Hansestadt zurückbeordert und dort bis Kriegsende mit dem Bau von Behelfswohnungen betraut. Nach Kriegsende wurde Klophaus im Zuge der Entnazifizierung zunächst als „minderbelastet“ eingestuft und durfte vorübergehend nicht als Architekt arbeiten. Im Berufungsverfahren gelang ihm 1948 jedoch die Einstufung als „Mitläufer“, so dass er seine Tätigkeit wieder aufnehmen konnte. In der Folgezeit war er vorwiegend im Neu- und Wiederaufbau von Wohnungen beschäftigt, realisierte aber auch mehrere Theater sowie Bank- und Geschäftshäuser. Sein markantestes Werk jener Jahre sind die City-Hof-Hochhäuser am Klosterwall, die er ab 1952 anstelle des abgerissenen Hochbahnhauses errichtete.