Al inicio de la guerra ruso-japonesa en 1904, Keller se hizo voluntario para un comandamiento de combate, uno de los pocos oficiales séniors rusos en hacerlo. Su petición fue aprobada y fue puesto a disposición del Ministro de Guerra, el General Kuropatkin. Keller inicialmente sirvió como Oficial de Inteligencia en el personal de Kuropatkin en Manchuria. Tras la derrota rusa en la batalla del río Yalu el 1 de mayo de 1904, el General Kuropatkin decidió que Keller remmplazaría al Teniente General Mijaíl Zasulich como comandante del Destacamento Oriental del 2º Cuerpo Siberiano.