Trở thành kỳ hạm của Đội đặc nhiệm 38.4, "Franklin" quay về khu vực Palau nơi nó tung ra các phi vụ tuần tra ban ngày và tiêm kích bay đêm. Vào ngày 9 tháng 10 nó gặp gỡ các đội tàu sân bay khác cùng phối hợp hỗ trợ cho cuộc chiếm đóng sắp tới lên đảo Leyte. Lúc tờ mờ sáng ngày 13 tháng 10, đội đặc nhiệm bị bốn máy bay ném bom tấn công, và "Franklin" suýt trúng phải hai quả ngư lôi. Một máy bay đối phương, báo hiệu cho cả một chiếc dịch kamikaze sắp đến, đâm xuống sàn đáp của chiếc "Franklin" ngay phía sau đảo cấu trúc thượng tầng, rồi trượt dọc theo sàn đáp trước khi bổ nhào xuống biển bên mạn phải con tàu.