Scăderea demografică a fost și rezultatul Războiului Croat de Independență. În timpul războiului, mari grupuri de populație au fost dislocate și emigrația a crescut. În 1991, în zonele predominant sârbe, peste 400.000 de croați și alți nesârbi au fost înlăturați din casele lor de către forțele sârbe sau au fugit din cauza violențelor. În ultimele zile ale războiului, în 1995, peste 120.000 de sârbi, și poate până la 200.000, au fugit din țară înainte de sosirea forțelor croate în cadrul Operațiunii Furtuna. La un deceniu după finalul războiului, doar 117.000 de refugiați sârbi s-au întors, din cei 300.000 dislocuiți în timpul războiului. Mare parte din sârbii rămași în Croația nu au trăit niciodată în zonele ocupate în timpul războiului. Sârbii au fost recolonizați mai ales în regiunile locuite de ei anterior, în vreme ce unele dintre așezările locuite anterior de sârbi au fost colonizate de refugiați croați din Bosnia și Herțegovina, mai ales din Republika Srpska.