Ozbrojená vzpoura, která ve městě a jeho okolí vypukla při násilném zavádění rekatolizace (1625) dokazuje, že zde byl do bitvy na Bílé Hoře hojně zastoupen evangelický živel. Ačkoli mnoho zastánců předbělohorských pořádků zapálilo před příchodem císařské armády (1628) své domy a uprchlo ze země, přesto byli tajní evangelíci v Lysé odhalováni až do vydání tolerančního patentu (1781). Bezprostřední reakcí na náboženskou toleranci byl vznik sboru Evangelické církve helvétského vyznání (tj. reformované – kalvínské) roku 1783. Ten zde existuje (od roku 1918 jako sbor Českobratrské církve evangelické) ve svých historických budovách dodnes. Jeho areál tvoří jednu z kulturních památek města. Velká většina evangelického obyvatelstva Polabí opustila a založila 25 km východně od německého Halle obec Lissa.