Castillo ha formado parte del proceso Sub-20 con la selección hondureña. El 25 de marzo de 2011, es convocado por el entrenador Javier Padilla para representar a su país en el Campeonato Sub-20 de la Concacaf, celebrado en Guatemala. Hizo su debut el 31 de marzo en el Estadio Mateo Flores contra Jamaica. Rubilio entró de cambio al comienzo del segundo tiempo por Jorge Jesús Cardona con la dorsal «11», y el marcador terminó en victoria por 2-1. Su segunda participación se dio el 2 de abril, de nuevo como variante en el triunfo de 1-3 sobre el anfitrión Guatemala. Su combinado avanzó a la siguiente etapa con paso perfecto al sumar dos ganes en el grupo A. El 6 de abril apareció como titular en la jornada de cuartos de final frente a Panamá, en la que fue reemplazado al minuto 62' por Eddie Hernández. El combinado hondureño falló en su intento de clasificar a la Copa Mundial tras perder el duelo con cifras de 0-2.