Malet est nommé agent et consul général en Égypte le et reste en poste jusqu'en 1883, poussant en faveur de réformes administratives et financières. D'abord favorable à la requête d'Ahmed Orabi d'autoriser un gouvernement constitutionnel, son attitude aurait, selon les historiens John Galbraith et Afaf al-Sayyid-Marsot, changé après l'envoi de l'ultimatum franco-anglais au gouvernement égyptien, pour se rallier au projet d'intervention autoritaire anglais du cabinet Gladstone. Malet écrit le , En envoyant au gouvernement britannique une dépêche qui exagère l'instabilité du Khédivat d'Égypte et exhorte les autorités britanniques à produire une démonstration de force au large d'Alexandrie, il a en tous cas certainement précipité l'occupation anglaise du port d'Alexandrie (voyez Guerre anglo-égyptienne (1882)). Galbraith comme al-Sayyid-Marsot estiment qu'il a fait preuve de naïveté en s'imaginant que son gouvernement s'en tiendrait à de simples mesures d'intimidation, sans penser un seul instant qu'il y aurait occupation effective. Malet fut ensuite nommé ambassadeur en Belgique (1883–1884), et ambassadeur auprès de l'Empire allemand (1884–1895).