ব্রিটিশ শাসনামলে এ অঞ্চল ১৭৯৭ সালে সৃষ্ট বাকেরগঞ্জ জেলার অন্তর্ভুক্ত হয়। ১৮৫৪ সালের ২রা নভেম্বর মাদারিপুর মহকুমা প্রতিষ্ঠিত হলে রাজৈর অঞ্চল সদর মহকুমাধীন ছিল। ১৮৫৯ সালে ফরিদপুর জেলা সৃষ্টি হলে মাদারিপুর মহকুমাকে বাকেরগঞ্জ জেলা থকে আলাদা করে ১৮৭৫ সালের ৮ই সেপ্টেম্বর ফরিদপুর জেলার অন্তর্ভুক্ত করা হয়। ১৮৮১ সালে রাজৈরের সেনদিয়া গ্রামের অম্বিকাচরণ মজুমদার ফরিদপুর পিপলস এসোসিয়েশন নামে পূর্ববঙ্গের প্রথম রাজনৈতিক দল প্রতিষ্ঠা করেন। ১৯১৪ সালে মাদারিপুর থানার পশ্চিমাংশের কয়েকটি ইউনিয়ন নিয়ে রাজৈর থানা প্রতিষ্ঠা করা হয়। বাংলাদেশের স্বাধীনতা যুদ্ধ শুরু হওয়ার পর ১৯৭১ সালে পাকিস্তান সেনাবাহিনী এলাকাটি দখল করে সেনদিয়া গ্রামের ৫০ জন নিরীহ গ্রামবাসীকে নির্মমভাবে হত্যা করে এবং বিভিন্ন গ্রামে ব্যাপক লুটপাট, অগ্নিসংযোগ, ধর্ষণ ও হত্যাযজ্ঞ চালায়। ১৯৭১ সালের ৪ ডিসেম্বর খালিয়া ইউনিয়নের বৌলগ্রামের যুদ্ধে পাকিস্তান সেনাবাহিনীর ১৩৫ জন সেনা আটক হয় এবং রাজৈরকে মুক্তাঞ্চল ঘোষণা করা হয়। বাংলাদেশ স্বাধীনতা লাভের পর ১৯৮৪ সালের ১লা মার্চ রাজৈর থানাকে উপজেলায় উন্নীত করা হয়।