3 июня 1940 года заводы компании в Ле Бурже подверглись сильной бомбардировке. Через два дня настал черёд предприятий Шербура. 10 июня Феликс Амио эвакуировал персонал (около 3000 человек) на юг Франции. От правительства, перебравшегося в Бордо, он получил 3 миллиона франков в качестве компенсации за полученные до войны заказы. По условиям перемирия он должен был вернуть людей в Париж, но их удалось оставить в свободной зоне. Конструкторское бюро оказалось в Виши, а сам Амио пытался получить остаток платежей по довоенным заказам и выбить новое финансирование. Он также создал авиационную фабрику в Марселе, привлекая к работам на ней рабочих из системы принудительного труда S.T.O.