После переворота 19 мая 1934 года все политические партии и профсоюзы в Болгарии были официально запрещены и БЗНС до 9 сентября 1944 года действовал полулегально. Активно действовали только руководящие органы Союза. В данный период партия (и её эмигрантские ячейки по всей Европе) в основном занималась правозащитной деятельностью, требуя амнистии политзаключённым, которым были предъявлены обвинения за участие в восстании, рабочем и профсоюзном движении. При содействии партии была организована поддержка болгарских политических эмигрантов в Югославии. Активно в этом участвовали члены Земледельческого союза Александр Обов и Коста Тодоров.