В 1993 году Феррейра дебютировал за сборную Парагвая. В 1993 году Виргилио впервые поехал на Кубок Америки. В 2001 году он во второй раз принял участие в Кубке Америки. На турнире он сыграл в поединках против сборных Перу, Мексики и Бразилии. В поединке против перуанцев Феррейра сделал дубль за национальную команду.