Im großen Erdbeben von Lissabon 1755 wurde das Bauwerk zerstört. Die von Königin Maria veranlasste Restaurierung kam nach der Säkularisation der Mönchsorden von 1834 ins Stocken, nachdem nur ein Flügel des Klosters wieder hergerichtet war. Dort befindet sich heute das Hauptquartier der portugiesischen Nationalgarde. In den Ruinen der Klosterkirche ist das Museu Arqueológico do Carmo untergebracht. Im dachlosen Kirchenschiff werden außerdem zur Sommerzeit aufgrund der hervorragenden Akustik Konzerte veranstaltet.