Во время Второй англо-сикхской войны Нейпир руководил осадой Мултана в 1848 году. В сентябре того же года он был ранен в атаке, но смог присутствовать при успешном штурме Мултана 23 января 1849 года и капитуляции крепости Чиниот. После присоединения сэра Хью Гофа, Нейпир принял участие в битве при Гуджарате в феврале 1849 года и сопровождал сэра Уолтера Гилберта в преследовании сикхов. Присутствовал при форсировании Джелама и сдаче армии неприятеля. За свои заслуги он был в очередной раз упомянут в приказе и получил временное повышение до звания лейтенант-полковника. В конце войны Нейпир был назначен как строительный инженер в Совет администрации провинции Пенджаб, и во время своего пребывания в этой должности смог осуществить много значимых общественных работ.