Mit Beginn des Krieges gegen Preußen wurde Waag 1866 zum Generalleutnant befördert, war während des Feldzuges Kommandant der Infanterie der 2. Division unter Wilhelm von Baden und kämpfte bei Hundheim, Werbach und Gerchsheim. Seine Leistungen fanden durch die Verleihung des Kommandeurkreuzes I. Klasse des Ordens vom Zähringer Löwen mit Eichenlaub und Schwertern seinen Ausdruck. Nach dem Friedensschluss wurde Waag am 26. April 1867 zum Gouverneur der Festung Rastatt ernannt. Im gleichen Jahr erhielt er Mitte August vom Großherzog den Auftrag, den französischen Kaiser Napoleon III. in Kehl zu empfangen. 1868 war Waag mit der Leitung der Enthüllungsfeiern der Denkmäler für die im Feldzug 1866 Gefallenen bei Hundheim und Werbach beauftragt.