Al comienzo de la Guerra civil ostentaba el rango de capitán y estaba adscrito al Grupo de Regulares n.º 3 de Ceuta. Se unió a la sublevación militar y al frente de una unidad de Regulares cruzó el estrecho de Gibraltar a bordo del destructor "Churruca", desembarcando en Cádiz y asegurando el control de la ciudad. Posteriormente se trasladó a Jerez de la Frontera, donde se puso al frente de varias columnas compuestas por derechistas y terratenientes con las que participó en varias operaciones militares en las provincias de Cádiz y Sevilla, capturando las poblaciones de Arcos de la Frontera y Olvera. Más adelante su unidad también participó en el avance hacia Madrid, atravesando Extremadura y el Valle del Tajo. Durante los duros combates sostenidos con el Ejército republicano por el control de la capital, Gómez-Zamalloa luchó en la Casa de Campo, Carabanchel o Ciempozuelos.