Mlýn byl založen johanity za vlády krále Vladislava I. při vzniku malostranské komendy a kostela Matky Boží pod řetězem. Po husitských bouřích se pozdější majitelé podíleli na jeho stavebních úpravách a obnovení. Roku 1598 došlo k přestavbě do dnešní renesanční podoby při dodržení tehdejších práv a povinností.