В 1821 году Катакази вернулся в Петербург и поступил на должность личного секретаря графа Каподистрия. За службу в миссии он получил орден Св. Анны 2 ст. и жалование в размере 8 тыс. рублей ассигнациями. В ноябре 1826 года был определён в комиссию, учрежденную для рассмотрения требований России к Османской империи. Как представитель от Министерства иностранных дел, 8 октября 1827 года Катакази был назначен на флот советником адмирала Гейдена по греческим делам. В этой должности он находился на линейном корабле «Азов» в сражении при Наварине 8 ноября 1827 года. В 1830 году был назначен в комиссию статс-секретаря Д. В. Дашкова, учрежденной для управления делами Молдавии и Валахии, с производством в действительные статские советники.