在运河的建造过程中，哥伦比亚、法国和美国先后控制了运河周边的区域。美国之后一直控制着运河和其周边的巴拿马运河区，直到1977年签署《巴拿马运河条约》後，美国才着手将控制权移交给巴拿马。美国和巴拿马共同管理運河一段时期后，最終在1999年將运河完全移交给巴拿马政府，并由其所属的巴拿马运河管理局管理至今。