Nach seiner Beförderung zum Generalleutnant im Oktober 1943 wurde er nach Singapur verlegt und dort zum Stellvertretenden Stabschef der Südarmee. Nachdem diese Anfang 1944 in die Siebte Regionalarmee umgegliedert worden war, erhielt Ayabe den Posten als Stabschef. Nach einer schweren Verwundung bei einem Flugzeugabsturz im Februar 1944 wurde er nach Tokio zurückbeordert und diente dort bis zur Kapitulation Japans im Generalstab.