Die "Jun’yō" gehörte gleich nach Indienststellung zur Ablenkungsgruppe (Kakuta), die zu Beginn der Schlacht um Midway einen Vorstoß gegen die Aleuten unternahm. Sie trug bei diesem Einsatz keine Torpedobomber und ihre D3A- und A6M-Flugzeuge griffen am 3. und 4. Juni 1942 Dutch Harbor an.