Sovyetler Birliği'nin cumhuriyetlerinin dağılması ise daha kanlı olmuştur. 1988'de Azerbaycan Sovyet Sosyalist Cumhuriyeti'ne bağlı Dağlık Karabağ Özerk Oblastı'nın Ermenistan Sovyet Sosyalist Cumhuriyeti'ne bağlanmasını isteyen Ermeniler ile bunu kabul etmeyen Azeriler arasında Karabağ Savaşı çıktı. 1991'de Sovyetler Birliği resmen dağılıp yerine Bağımsız Devletler Topluluğu kurulmasının hemen ardından Azerbaycan ile Ermenistan arasındaki savaş sıcak çatışmaya dönüştü. Savaş öncesinde ve etnik çatışmaların sıcak savaşa dönüşmesi yüzünden Sumqayıt Pogromu, Kirovabad Pogromu, Bakü Pogromu gibi pogromlar, Hocalı Katliamı ve Maragha Katliamı gibi katliamlar yaşanmıştır. 1992'de Dağlık Karabağ Cumhuriyeti bağımsızlığını ilan etti. Ermenistan ve Dağlık Karabağ Cumhuriyeti savaştan galip çıktı. Mayıs 1994'te Azerbaycan ve Ermenistan arasında ateşkes sağlandı, hemen ardından Karabağ sorunu'nun çözümü için AGİT Minsk Grubu kuruldu. Bu sorun günümüzde de devam etmektedir. 1990'da Transdinyester ve Gagavuzya bağımsızlıklarını ilan ettiler. 1992'de Moldova'da Transdinyester Savaşı çıktı. 1994'te Gagavuzlara özerklik verildi. Bu da eski SSCB'de çözülen tek etnik sorundur. 1992 sonlarına doğru Oset-İnguş Çatışması çıktı. 1994-1996 arasında Birinci Çeçen Savaşı ve 1999'da İkinci Çeçen Savaşı yaşandı.