Während des Sechstagekrieges 1967 nahm die Grenzpolizei an der Seite des IDF an den Kämpfen teil. Nach dem Krieg wurde er im Westjordanland und im Gazastreifen eingesetzt und als Teil der Militärverwaltung mit der Aufrechterhaltung von Recht und Ordnung beauftragt. Seitdem war ein erheblicher Teil der Grenzpolizei in diesen Gebieten tätig, insbesondere während der Jahre der Ersten Intifada und der als "Al-Aqsa-Intifada" bekannten Zweiten Intifada, die schlussendlich darin endete, dass sich 2005, initiiert durch Ariel Scharons Abkoppelungsplan, die Israelis komplett aus Gaza zurückzogen.