Năm 1788, chúa Nguyễn Ánh tái chiếm Sài Gòn, lấy nơi đây làm cơ sở để chống lại Tây Sơn. Năm 1790, với sự giúp đỡ của hai sĩ quan công binh người Pháp là kỹ sư Theodore Lebrun và Victor Olivier de Puymanel (1768–1799), Chúa Nguyễn Ánh cho xây dựng Thành Bát Quái làm trụ sở của chính quyền mới. "Gia Định thành" khi đó được đổi thành "Gia Định kinh". Năm 1802, sau khi chiến thắng Tây Sơn, vua Gia Long lên ngôi và đẩy mạnh công cuộc khai khẩn miền Nam. Miền Nam được chia thành 5 trấn, gọi là "Gia Định ngũ trấn". Các công trình kênh đào Rạch Giá – Hà Tiên, Vĩnh Tế... được thực hiện. Qua 300 năm, các trung tâm nông nghiệp phát triển bao quanh những đô thị sầm uất được hình thành. Sáu năm sau, 1808, "Gia Định trấn" lại được đổi thành "Gia Định thành". Trong khoảng thời gian 1833 đến 1835, Lê Văn Khôi khởi binh chống lại nhà Nguyễn, Thành Bát Quái trở thành địa điểm căn cứ. Sau khi trấn áp cuộc nổi dậy, năm 1835, vua Minh Mạng cho phá Thành Bát Quái, xây dựng Phụng Thành thay thế.