Podczas bitwy na Morzu Żółtym w sierpniu 1904 roku „Fuji” nie został uszkodzony, bo rosyjskie okręty skupiły swój ogień na flagowcu Tōgō, pancerniku „Mikasa”, który płynął na czele kolumny. W maju następnego roku, w boju w cieśninie cuszimskiej, „Fuji” otrzymał 12 trafień, z których najpoważniejsze przebiło dach rufowej barbety, powodując zapłon złożonych tam ładunków miotających, zabijając ośmiu ludzi i raniąc dziewięciu. Po ugaszeniu pożaru amunicji, lewe działo wieży podjęło ostrzał i najprawdopodobniej zadało "coup de grâce", który zatopił pancernik „Borodino”.