Cette évolution politique et idéologique n'est pas sans conséquences. De nombreux libertaires mettent en doute le fait que Flores Magón soit un véritable « anarchiste ». Nombreux sont également ceux qui pendant la Révolution mexicaine l’accusent de « flibusterie » et de connivence avec les États-Unis, en particulier pendant l’invasion de la Basse-Californie.