Under Københavns brand 20. oktober 1728 udbrændte kirken igen i en sådan grad, at den måtte erstattes af en ny bygning. Dens gotiske kirketårn knuste i sit fald ikke blot kirketaget og alt inventar, men også kisterne under kirkegulvet blev smadret. Men byggeriet gik hurtigt, og allerede i 1738 kunne man indvi den nye kirkebygning, med tårnet på Vor Frue Kirke der var 120 meter højt (det nuværende tårn er kun 58,5 meter højt) og kunne ses halvvejs til Roskilde. Men denne kirke fik den korteste levetid af dem alle, da det blev nedskudt under englændernes bombardement i 1807 og medførte kirkens totale nedbrænding.