Thời kỳ thịnh vượng của Lipnica kết thúc vào những năm 1650, khi, trong cuộc xâm lược thảm khốc của Thụy Điển ở Ba Lan, thị trấn đã bị người Thụy Điển và Transilvani chiếm giữ và đốt cháy. Lipnica chưa bao giờ hồi phục sau sự hủy diệt, và dần mất đi tầm quan trọng của nó. Sau phân vùng đầu tiên của Ba Lan (1772), Lipnica bị Đế chế Habsburg thôn tính và ở lại Galicia của Áo cho đến năm 1918. Trong thời kỳ cai trị của Áo, Lipnica tiếp tục từ chối và người dân sống trong cảnh nghèo đói lan rộng.