Bij de grote bosbranden in 2007, met als gevolg een groot aantal doden, kwam de regering van Karamanlis onder vuur te liggen omdat zij niet snel genoeg op zou hebben getreden. Toch werd hij bij de verkiezingen van 2007 herkozen. De geloofwaardigheid van zijn regering werd verder aangetast door een reeks financiële schandalen, waaronder een grondruil met een Grieks-orthodoxe kloosterorde waarbij de Griekse staat er voor ruim 100 miljoen euro bij in is geschoten. In december 2008 braken hevige rellen uit nadat de politie een 15-jarige jongen doodschoot. Ook daarbij kwam de regering van Karamanlis onder vuur te staan.