Die Beziehungen zu seinem Vetter Ludwig VII. dem „Gebarteten“ von Bayern-Ingolstadt verschlechterten sich trotz der Freisinger Schiedssprüche vom 7. Mai 1408. Er verbündete sich mit Ludwigs Feinden in der Sittichgesellschaft und in der Konstanzer Liga. Ludwig stellte Heinrichs Herkunft in Frage und behauptete, er stamme von einem Koch ab, mit dem seine Mutter ein Verhältnis gehabt habe. Heinrich rächte sich am 17. April 1414 durch einen Überfall, als Ludwig auf dem Weg zum Konzil von Konstanz war. Von 1420 bis 1422 tobte der Bayerische Krieg zwischen Heinrich und Ludwig, ansonsten trugen die beiden ihren langwierigen Konflikt meist über Femegerichte aus. Den Ochsenkrieg 1421–1422 gegen Graf Georg III. aus dem Geschlecht der Fraunberger konnte er siegreich beenden.