Berger palasi Ferrarin rattiin kaudeksi 1993. Talli palkkasi tutut kuljettajat yrittäessään saavuttaa kadonnutta menestystä takaisin. Lisäksi Jean Todt palkattiin tallipäälliköksi, joka takasi perustukset myöhemmin alkaneelle menestykselle. Bergerin menestys jäi kaudella vähäiseksi, hän onnistui saavuttamaan ainoastaan yhden palkintosijan sijoittumalla kolmanneksi Unkarin GP:ssa. Kaudella 1994 Berger järkyttyi suuresti, kun Imolassa kuoli ensin aika-ajoissa hänen maanmiehensä Roland Ratzenberger ja seuraavana päivänä kilpailussa ystävä Ayrton Senna. Berger voitti Saksan GP:n, joka oli Ferrarin ensimmäinen voitto sitten kauden 1990. Kuljettajien MM-sarjassa Berger sivusi uransa parasta sijoitusta olemalla kolmas, mutta hänellä oli kakkos- ja ykkössijalle 40 pistettä eroa. Viimeisellä kaudellaan Ferrarilla 1995 Berger saavutti kuusi kolmatta sijaa ja kuudennen sijan kuljettajien MM-sarjassa.