W 1570 biskup Adam Konarski sprowadził do Poznania jezuitów, oddając im kościół pw. św. Stanisława Biskupa. W 1651 rozpoczęto budowę nowego kościoła, którego plany przysłano przypuszczalnie z Rzymu (tradycyjnie za autora projektu podaje się Bartłomieja Nataniela Wąsowskiego - rektora Kolegium Jezuickiego w Poznaniu i teoretyka architektury). Początkowymi pracami (do 1652) kierował Tomasz Poncino. Szwedzka okupacja (1655-1660) przerwała prace. Po wznowieniu prac budową kierowali Bartłomiej Nataniel Wąsowski, Wojciech Przybyłkowicz i Jan Poradowski. W latach 1696-1701 przy budowie nawy głównej i fasady współpracował z nimi Jan Catenazzi. W 1705 kościół został konsekrowany przez biskupa Hieronima Wierzbowskiego, choć był jeszcze nieukończony. W latach 1727-1732 Pompeo Ferrari zbudował ołtarz główny i główny portal.