Nach der französischen Niederlage geriet Althusser 1940 in Kriegsgefangenschaft, konnte das Studium nicht fortsetzen und war bis Kriegsende 1945 als Kriegsgefangener im Stalag X A bei Schleswig. Hier machte er, ihn beeindruckende, Erfahrungen mit politisch aktiven kommunistischen Arbeitern. In der Gefangenschaft erlebte er weitere gesundheitlich beeinträchtigende Phasen mit Depressionen.