Leta 1990 je bil na neposrednih volitvah v drugem krogu (njegov glavni protikandidat je bil Jože Pučnik) izvoljen za dveletni mandat predsednika Predsedstva Republike Slovenije. Funkcijo je opravljal med slovensko osamosvojitveno vojno. Tik pred začetkom vojne je podpisal Deklaracijo za mir 1991, katere podpisniki so se zavzemali za razorožitev Slovenije in Slovenijo brez vojske. Po osamosvojitvi je ponovno kandidiral in bil leta 1992 že v prvem krogu izvoljen za petletni mandat. Leta 1997 je še drugič (v skladu z Ustavo Republike Slovenije iz leta 1991) zmagal v prvem krogu in si zagotovil vnovičen petletni mandat.