Nel settembre 1939, allo scoppio della seconda guerra mondiale in Europa, il "Turquoise" fu incaricato di condurre pattugliamenti e posa di ordigni nel mar Mediterraneo dalla base di Biserta, collaborando inoltre con la Royal Navy. Il 22 giugno 1940 la Francia siglò l'armistizio con la trionfante Germania nazista e due giorni dopo anche con l'Italia fascista. Nei termini della resa il "Turquoise", che si trovava agli ormeggi nel porto tunisino con svariati altri sommergibili, dovette rimanere fermo in porto e fu posto in disarmo in un momento successivo, ma imprecisato. Nel novembre-dicembre 1942 l'Asse occupò il protettorato tunisino e i tedeschi si appropriarono del "Turquoise" e di altri battelli, che cedettero l'8 dicembre agli alleati italiani. La Regia Marina ridenominò il "Turquoise" come "FR 116", con l'intenzione di rimetterlo in efficienza, ma in realtà questo piano rimase sulla carta. Il battello non fu spostato da Biserta e il 6 maggio 1943, prima di abbandonare la città alle truppe anglo-statunitensi, gli italiani lo mandarono a fondo.