V tomto období byl jednou z nejzajímavějších osobností mezi děkany karlštejnskými Vavřinec Ratzinger z Hartenštejna (1618–1651). Hned na počátku své činnosti se nastěhoval zpět na hrad, čímž sice vyplňoval smysl zakládací listiny, ale popudil si tím nekatolické správce hradu. Ti ho brzy po zahájení protihabsburského povstání z hradu vyhnali a vrátil se sem až po bitvě na Bílé hoře. Ratzinger musel znovu budovat alespoň malé panství karlštejnského děkana z naprostých trosek, zůstalo mu jen několik vesnic, z nichž mu poddaní odmítali platit desátky.