アルフレッドよりかなり年上の兄オーガスタスは陸軍士官学校を卒業し、総務局長補とペンシルベニア州の給与支払担当者を務めた。その経歴が明らかにアルフレッドに影響し、兄弟共に米英戦争での父の名声のお陰で士官学校入学指名を勝ち得た。アルフレッドはウェストポイントの士官学校を1844年に卒業し、第1アメリカ竜騎兵隊（重装騎兵）の少尉に任官され、最初はアイオワ州アトキンソン砦に駐屯した。プレソントンはその配属部隊と共にミネソタ州、アイオワ州およびテキサス州で辺境任務に就いた。1846年、プレソントンは第2竜騎兵隊と共に米墨戦争で戦い、テキサス州のパロ・アルトの戦いとレサカ・デ・ラ・パルマの戦いにおける勇敢さで大尉に名誉昇進した。戦後プレソントンは連隊副官を務め1855年に大尉に昇進した。