Ascendido al grado de general del Aire, en 2008 fue elegido por la ministra de Defensa Carme Chacón para el puesto de jefe de Estado Mayor de la Defensa (JEMAD). Se convirtió también en consejero OTAN del Consejo de Estado de España. Durante su período como JEMAD, gestionó la retirada del contingente español de la KFOR de Kosovo, la intervención militar en Libia, la crisis de la piratería en Somalia, así como la permanencia de las tropas españolas en Afganistán.