V roce 1610 ho koupil Jáchym Ondřej Šlik a věnoval jej německým evangelíkům pro stavbu kostela a školy, stavitelem byl Johann Bartholomeus zu Christoffen. Škola byla po porážce na Bílé hoře zabavena a předána do užívání pavlánům (darovací listina je datována k roku 1626), kteří pokračovali ve stavebních pracích a v roce 1684 dokoupili ještě jeden dům na náměstí. Poté byl konvent stavebně sjednocen a vznikla dnešní fasáda, další drobné zásahy ale pokračovaly v následujících sto letech až do roku 1784, kdy byl klášter zrušen a v roce 1796 budovy i kostel přešly k mincovnímu úřadu. V roce 1863 koupili kostel čeští evangelíci, dnes ho využívá farní sbor Českobratrské církve evangelické v Praze 1 – Staré Město, konvent koupila obec Praha v roce 1897.