Zwischenzeitlich wechselte Werner in das Entwurfsbüro für den Neubau von Stalinstadt, jetzt Eisenhüttenstadt. Nach dem Aufstand vom 17. Juni 1953 wurde dieser Betrieb jedoch aufgelöst. Im Frühjahr 1954 trat Werner daher eine Stelle als Architekt/Investbauleitung/-kontrolle beim Amt für Jugendfragen in der Regierungskanzlei an; Staatssekretariat Walter Ulbricht. Es war für ihn eine vielseitige interessante Zeit, er war fachlich anerkannt und ausgelastet. Kurze Zeit später erkrankte der Abteilungsleiter, und er übernahm für längere Zeit die Leitung. Mit Walter Ulbricht war seine Zusammenarbeit schwierig. Zum 7. Oktober überreichte dieser dem „Genossen Werner“ eine größere Prämie. Als der ihm sagte, er wäre kein "Genosse", meinte Ulbricht: "macht nichts, macht nichts" und entließ ihn huldvoll.