V průběhu 17. století, v době kolem Bílé hory a v období následujícím, pak Uničov zvolna o své češství přicházel. Katolická církev posilovala své pozice, ve druhé polovině století již již byla zcela zřejmá převaha Němců. Přesto se česká správa ve městě udržela až do počátku 18. století. Na regermanizaci města měla svůj velký podíl i třicetiletá válka, v jejímž důsledku se město vylidnilo a začali se v něm objevovat Němci z horských oblastí Moravy a Slezska. Poslední česká listina pro Uničov byla vydána císařem Leopoldem I. roku 1702. Poněmčení bylo v podstatě dokončeno německými školami v době Marie Terezie. Národnostní poměry ve městě se stabilizovaly; podíl Čechů v Uničově na konci 18. století a v průběhu 19. století se odhaduje na 5-8 %.