Он участвовал в Семинольских войнах (1839-1842), служил в гарнизоне в Новом Орлеане, а после присоединения Техаса участвовал в военной оккупации Техаса. Когда в марте 1846 года генерал Закари Тейлор построил на реке Рио-Гранде форт Браун, он выделил для него 500 человек 7-го пехотного, в числе которых оказался и Холмс. 3-9 мая Холмс участвовал в обороне форта Браун от мексиканской армии. В сентябре он участвовал в сражении при Монтеррей, а затем 7-й пехотный был переброшен к Веракрусу для участия в наступлении генерала Скотта на Мехико. В марте 1847 года Холмс участвовал в осаде Веракруса. За храбрость при Монтеррей он получил звание майора, датированное 23 сентября.