L'agost, el rei de Prússia Frederic Guillem III de Prússia va prendre la decisió d'anar a la guerra independentment de les altres grans potències. El curs dels esdeveniments més assenyat hagués estat declarar la guerra l'any anterior i unir-se a Àustria i Rússia. Això podria haver contingut a Napoleó i previngut el desastre aliat a la Batalla d'Austerlitz. L'exèrcit rus, un aliat de Prússia, es trobava bastant lluny quan el rei prussià va fer la seva declaració de guerra. Al setembre, Napoleó va llançar a totes les forces franceses sobre el Rin. Eren al voltant de 160.000 homes, xifra que va augmentar a mesura que la campanya es desenvolupava, contra Prússia, i es van moure amb tal velocitat que virtualment van anihilar l'exèrcit prussià d'uns 250.000 homes. Prússia va haver de suportar la mort de 25.000 d'ells, 150.000 van ser fets presoners i els francesos es van apropiar d'unes 4.000 peces d'artilleria i 100.000 mosquets, que van ser emmagatzemats a Berlín. L'exèrcit prussià va ser definitivament vençut per Napoleó a la Batalla de Jena, i pel mariscal Davout a la Batalla d'Auerstädt (14 d'octubre de 1806). Aquesta darrera batalla va enfrontar un simple cos de l'exèrcit francès que va derrotar el gruix de l'exèrcit prussià. A Jena, Napoleó únicament va lluitar contra un destacament. L'emperador francès va entrar a Berlín el dia 27, i va visitar la tomba de Frederic II de Prússia, ordenant als seus mariscals llevar-se el barret i dir: "Si ell estigués viu, nosaltres no estaríem aquí avui". En total, Napoleó havia trigat només 19 dies des del començament del seu atac sobre Prússia fins al final de la guerra amb la caiguda de Berlín i la destrucció dels seus principals exèrcits a Jena i Auerstädt. Com contrast, Prússia havia lluitat durant tres anys a la guerra de la Primera Coalició.