El poblado originario era conocido como «Chixot», parte del señorío cakchiquel. Cuando arribaron los conquistadores españoles, los nativos de este lugar fueron sus aliados en un principio, pero se rebelaron a raíz de malos tratos recibidos y los tributos impuestos. Los sublevados se fortificaron en Iximché y luego en «Ruy‘al Xot» (español: «río de los comales»), y los tlaxcaltecas y cholultecas que habían arribado con los españoles llamaron a este lugar «Comalapa» en náhuatl. En 1529 la aldea fue trasladada y encomendada a Juan Pérez Aragón.