З початоком Другої світової війни Галлімар виїхав з Парижа на південь Франції та після Комп'єнського перемир'я 1940 року повернувся до столиці. Керівництво La Nouvelle Revue française він передав Дріє ла Рошелю, що мав відверто пронацистські погляди. Видавництво Галлімара, на догоду німецькій окупаційній владі, публікувало твори німецьких класиків та сучасних німецьких авторів, зокрема Ернста Юнгера. Водночас Гастон Галлімар дозволяв проводити в приміщенні видавництва зібрання підпільної газети «Lettres françaises», заснованої Жаком Декуром та Жаном Поланом.