La guerre en Europe étant terminée, le 11 juin 1945, le "Scotsman" quitte Holy Loch pour se redéployer sur le théâtre d'opérations du Pacifique, où la guerre se poursuit contre l'Empire du Japon. Avec ses navires-jumeaux (sister-ships) HMS "Spur" et HMS "Turpin", il fait le passage de la Grande-Bretagne à Gibraltar, puis à Malte. Il continue avec le "Spur" à travers Port-Saïd, Aden et Trincomalee jusqu'à son unité basée à "Subic Bay", aux Philippines. Peu avant son arrivée, il coule une jonque sous les tirs de son artillerie à l'ouest de l'île de Bornéo. Avec la reddition du Japon et la fin de la guerre dans le Pacifique, le sous-marin revient en Grande-Bretagne à Rothesay le 7 décembre 1945, après une escale à Hong Kong.