Pojemajoča lojalnost kozakov in aroganca šlahte sta na začetku 17. stoletja pozvzročili več uporov kozakov proti poljsko-litovski državi. Kraljevo nepopustljivo zavračanje zahtev kozakov po povečanju njihovega registra, je sprožilo največji in najuspešnejši upor pod vodstvom Bogdana Hmelnickega, ki se je začel leta 1648. Upor je postal prvi v nizu katastrofičnih dogodkov, znanih kot potop, ki so znatno oslabili Republiko obeh narodov in vzpostavili stanje, ki se je končalo s prvo delitvijo Poljske sto let kasneje. Poljaki so imeli takrat verjetno najboljšo huzarsko konjenico v Evropi, njihova pehota pa je bila v zelo slabem stanju. Ukrajinski kozaki so imeli sredi 17. stoletja najboljšo pehoto. Ker so Poljaki večino svoje pehote novačili v Ukajini, je po osvoboditvi Ukrajine poljsko-litovska pehota utrpela veliko škodo.