בשנת 1940 התגייס לצבא הבריטי כדי להילחם בנאצים, עבר קורס קצינים וקיבל דרגת Second lieutenant (סגן-מִשְנֶה). בשנת 1941 נפל בשבי הגרמנים בסופה של מלחמת איטליה–יוון. הוחזק יחד עם לוחמים נוספים מארץ ישראל בשבי הגרמני עד לשנת 1945. רוב השבויים הארץ ישראלים הוחזקו ב"סטלג 8B", בלמסדורף שבשלזיה (כיום חלק מפולין), אך בן-אהרן ושני קצינים יהודים נוספים, סרן נתן גרשוני וסגן שמעון הכהן, הוחזקו בדרום גרמניה במחנה שבויים מיוחד לקצינים.