Nadat deze problemen waren opgelost ontstonden er nieuwe. De haast onweerstaanbare opmars van de Mongolen werd in de Kruisvaardersstaten met gemengde gevoelens gevolgd. Omdat sommige aanvoerders van de Mongolen nestoriaans waren, verwachtten vele kruisvaarders steun van hen tegen de moslims. Bohemond onderwierp zich als vazal aan de Mongolen, maar de Mammeluk Baibars wist de Mongolen verpletterend te verslaan bij Ain Jalut in 1260 en Baibars werd daarna sultan van Egypte. De Mammelukken wisten in de volgende jaren steeds meer van de kruisvaardersstaat in handen te krijgen en in 1268 veroverden ze de hoofdstad na het Beleg van Antiochië (1268). Bohemund was nu genoodzaakt om zich zuidelijker terug te trekken en moest zijn verdediging voeren vanuit het Graafschap Tripoli. Bohemund overleed in 1275, zonder Antiochië heroverd te hebben. Zijn zoon Bohemund VII volgde hem op.