Дальнейшее неблагоприятное для России развитие ситуации в ходе Боснийского кризиса, завершившееся в конечном счёте «дипломатической Цусимой» министра иностранных дел, привело к тому, что с начала 1909 года деятельность министерства иностранных дел была практически поставлена под контроль Председателя Совета министров. Но и тем дело не ограничилось. Тяжёлое поражение "«политики г-на Извольского»" (по выражению П. Н. Милюкова) привело к постепенной замене всех руководителей министерства. Уже в мае 1909 года близкое доверенное лицо и товарищ министра Николай Чарыков был назначен на пост посла в Константинополе, а на его место пришёл Сергей Сазонов, человек, исключительно близкий к Столыпину и даже его родственник. После удаления Николая Чарыкова деятельность Министерства иностранных дел была фактически поставлена под контроль председателя Совета министров. А ещё через полтора года Сазонов, несмотря на очевидный недостаток аппаратного и дипломатического опыта, при активном содействии Столыпина и вовсе сменил на посту министра "самого Извольского" (отправленного послом в Париж).