Narodil se jako mladší syn Přemka III. (Přemyslava) ze Žerotína (1629–1673) a jeho manželky Alžběty Juliány z Oppersdorfu (1632/1633–1669). Osiřel, když mu bylo šest let. Proto jej a jeho bratra Maxmiliána Františka (1662–1706) vychovávala teta z otcovy strany hraběnka Angelina Sibyla z Galle (po 1620–1695). V této době probíhaly na velkolosinském panství smutně proslulé čarodějnické procesy, které v našich zemích neměly obdoby. Teprve rok po její smrti byly z iniciativy Jana Jáchyma procesy zastaveny, neboť poškozovaly hospodářské zájmy panství.