Während des ersten Türkensturms auf Wien (1529) wurden die Dörfer auf dem Heideboden verwüstet, der größere Teil der Häuser in Zanegg wurde zerstört. Die gesunkene Bevölkerungszahl wurde durch Neuansiedler aus Bayern und Österreich ausgeglichen. Über Schäden durch den zweiten Türkensturm (1683) in Zanegg ist nichts überliefert. Die Zanegger nahmen zeitweise den lutherischen Glauben an, was sie in Konflikt mit der Herrschaft Ungarisch-Altenburg brachte. Nach 1670 beugten sich die Untertanen der Gegenreformation und wurden katholisch.