La llegada de Ricardo Lavolpe como entrenador, significó un paulatino alejamiento e inactividad con la selección para el jugador. En los tres años que duro la etapa del argentino, solo participó en 9 partidos, todos como titular, solo tres de ellos completos y no marcó ningún gol. Su relación con el entrenador nacional había pasado por una serie de polémicas que iniciaron en 1996 cuando Lavolpe dirigió a América, suscitándose varios desencuentros por aparentes malos tratos del entrenador hacia los jugadores jóvenes. Aunado a un polémico festejo de Blanco, frente a Lavolpe, luego de un gol en la victoria 2-0 de América sobre Atlas en el Azteca durante la , el 29 de septiembre de 1999. Dichos conflictos, sumados a distintas razones que se presentaron en el transcurso de la denominada "Era Lavolpe" ocasionaron que no participara en la Copa Oro 2003 (donde se dijo no había sido llamado por ser un torneo para probar jugadores), la Copa América Perú 2004 (suspendido un año de competencias de la CONMEBOL), la Copa Confederaciones Alemania 2005, la Copa Oro 2005 y una gran parte de la eliminatoria mundialista. Finalmente en un suceso que levantó controversia en su momento, fue excluido de la lista definitiva que competiría en la Copa del Mundo Alemania 2006.