Cena, 2008 yılının başında düzenlenen Royal Rumble maçında sürpriz bir şekilde geri döndü ve son olarak Triple H'i eleyip maçı kazandı. Cena, böylece WrestleMania'da ana kemer maçında yer almaya hak kazandı. Fakat Cena, bu hakkını No Way Out izle ve öde programında kullanmak istedi ve bu programda WWE Şampiyonu olan Randy Orton ile karşı karşıya geldi, fakat maç; Orton'ın hakeme bilerek tokat atması sonucunda diskalifiye ile bitti ve kemer Orton'da kaldı. Cena, buna rağmen WrestleMania XXIV programındaki üç kişilik maçta da yer aldı ve diğer rakibi bu sefer Triple H idi. Cena, Orton tarafından tuş oldu ve yine kemeri kazanmayı başaramadı. Backlash'teki "dört kişilik elemeli" maçta ise Cena, John "Bradshaw" Layfield'ı eledi ama bunun hemen ardından Orton tarafından elendi, maçın sonunda kemer Triple H'e gitti ve yeni şampiyon Triple H oldu. Cena, 2005 yılından beri ilk kez JBL ile rekabete girdi ve Cena, önce; Judgment Day programında, ardından One Night Stand programındaki First Blood maçında rakibini yendi. Temmuz'da düzenlenen The Great American Bash programındaki "Parking Lot Brawl" türü maçın galibi bu sefer JBL oldu.