Mäkäräisen ensimmäiset ampumahiihdon arvokilpailut olivat Hochfilzenin MM-kilpailut 2005, jossa hän sijoittui 15 kilometrin normaalimatkalla 49:nneksi ja 7,5 kilometrin sprintissä 73:nneksi. Anterselvan MM-kisoissa 2007 Mäkäräinen oli 12,5 kilometrin yhteislähdössä seitsemäs ja 15 kilometrin normaalimatkalla kahdeksas. Östersundissa 2008 hän oli yhteislähtökilpailussa 15:s. Pyeongchangin MM-kilpailuissa 2009 Mäkäräinen oli pikakilpailussa 23:s ja takaa-ajossa neljäs.