Майже відразу після німецько-радянського Договору про межі та дружбу Ради тиснули на литовців щодо підписання радянсько-литовського Договору про взаємну допомогу. Згідно з цим договором Литва отримала близько території у Вільнюському регіоні (включаючи Вільнюс, історичну столицю Литви) в обмін на п'ять радянських військових баз у Литві (загалом 20 000 військовослужбовців). Території, які Литва отримала від Радянського Союзу, були колишніми територіями Другої Польської Республіки, суперечки між Польщею та Литвою ще з часів польсько-литовської війни 1920 р. Та окуповані Радянським Союзом після вторгнення СРСР у Польщу у вересні 1939 р.. "The New York Times" описував радянсько-литовський договір як "віртуальну жертву незалежности". Подібні пакти були запропоновані Латвії, Естонії та Фінляндії. Фінляндія була єдиною державою, яка відмовилася від такого договору, що спричинило зимову війну. Ця війна затримала окупацію Литви: Ради не втручалися у внутрішні справи Литви а російські солдати добре поводились у своїх базах. Оскільки в березні закінчилася Зимова війна, а Німеччина швидко прогресувала у битві за Францію, Ради посилили антилитовську риторику та звинуватили литовців у викраденні радянських солдатів з їхніх баз. Незважаючи на спроби Литви провести переговори та вирішити питання, СРСР 14 червня 1940 р. Поставив ультиматум Литовці прийняли ультиматум, а радянські військові взяли під контроль великі міста до 15 червня. Наступного дня ідентичні ультиматуми були висунуті Латвії та Естонії. Для легітимізації окупації Ради влаштували вибори до так званого Народного сейму, який тоді проголосив створення Литовської Радянської Соціалістичної Республіки. Це дозволило радянській пропаганді стверджувати, що Литва добровільно вступила до Радянського Союзу.