Während der Zeit Ostpakistans (1947 bis 1971) beteiligte sich Jamaat-e-Islami zeitweilig an der Demokratiebewegung in Ostpakistan und ging in diesem Zusammenhang auch vorübergehende Allianzen mit nicht-islamistischen Parteien ein. Letztlich war die Partei aber an den zentralen Themen der ostpakistanischen Autonomiebewegung, die vor allem von der Awami-Liga vertreten wurden, nämlich die weitestgehende Autonomie oder sogar Unabhängigkeit, sowie die vollständige Gleichberechtigung der bengalischen Sprache, nicht interessiert bzw. bekämpfte diese, da sie eine pan-islamische Solidarität und Einheit als ihr Ideal sah. Während des bangladeschischen Unabhängigkeitskrieges von 1971 unterstützte Jamaat-e-Islami die Seite Pakistans und kämpfte zusammen mit der pakistanischen Armee gegen die Unabhängigkeit Bangladeschs. Milizen der Partei waren unmittelbar am Genozid in Bangladesch, dem Massenmord an 3 Millionen politischen Gegnern, religiösen Minderheiten und bengalischen Intellektuellen, der Vergewaltigung von 250.000 Frauen und der Vertreibung von 10 Millionen Menschen involviert.