1991年6月25日のクロアチア・スロベニア両国同時の独立宣言により6月27日にスロベニアにて十日間戦争が勃発し所謂ユーゴスラビア紛争が始まる、この影響により1992年からNATOはアドリア海での監視作戦を開始する。ここではドイツの艦艇と航空機が含まれた。アドリア海に初めて展開した艦艇は駆逐艦「D183 バイエルン」であった。各国それぞれ異なる活動をしていたが国際連合の禁輸措置によって派生した各種監視活動はシャープガード作戦の発動をもって集約される。この作戦に対するドイツの参加は連邦憲法裁判所での訴訟手続対象の一つとなっていた。連邦憲法裁判所の判断で1994年の間に限りドイツ海軍は完全な範囲でアドリア海での活動に参加することができた。作戦については一応の体裁としては旧ユーゴスラビア全域を対象とした武器流入禁止を目的に活動したが、他方ではユーゴスラビア連邦主体、すなわちセルビア人勢力に対して禁輸措置が押し通され、ボスニア・ヘルツェゴビナでの紛争解決に寄与するとされた。1995年6月30日に、連邦政府はボスニアでの国際連合保護軍（UNPROFOR）部隊に全軍種を参加させることを決定し、いくつかの部隊はデリバリット・フォース作戦に参加する。海軍の担当については必要に応じて、ブレゲー アトランティック哨戒機2機と掃海艇および高速艇1隻をアドリア海に派遣した。これらのうち実際に活動したのは哨戒機2機だけであった。1996年にシャープガード作戦の運用は終了するが、海軍はNATOの一角として引き続いてアドリア海上にて存在を保持した。この後の1997年3月にはアルバニアの政情不安に伴い在留邦人および外国人救出のためにトンボ作戦が発動し、海軍はアドリア海に出動する。またコソボ紛争中にもアドリア海で哨戒任務に就き、紛争後の1999年にドイツ海軍はアドリア海に遺棄された弾薬の回収作業を実施する。