Als die Linke den Widerstand nach dem Abzug der Deutschen auch gegen die neue britische Besatzung fortsetzte, nahm Florakis an den „Dekembriana“, der blutigen Schlacht um Athen, teil. Im nach dem Abkommen von Varkiza neu aufgenommene Bürgerkrieg kommandierte er die 1. Division der Demokratischen Armee Griechenlands und war gegen Ende des Krieges Generalmajor. Nach der Niederlage der Kommunisten 1949, wurde Florakis ins Zentralkomitee der Partei gewählt, die sich im Exil im Ostblock befand. In Griechenland wurde er jedoch verhaftet und erlitt insgesamt 12 Jahre Haft im Gefängnis und 6 Jahre auf den Verbannungsinseln.