Neben Aktionen, Briefe schreiben und Demonstrationen in Darwin, sammelte McNaughtan Bilder zu Osttimor im Zweiten Weltkrieg und organisierte Fotoausstellungen zu dem Thema. Zurück in Sydney wurde McNaughtan Obmann der "Australian East Timor Association NSW" AETA und arbeitete weiter als Lobbyist für Osttimor. Viermal reiste er während der indonesischen Besatzungszeit nach Osttimor, meist mit seiner Filmkamera zum Dokumentieren und für Interviews. Als historisches Dokument gelten seine Aufnahmen von studentischen Aktivisten, die in Begleitung indonesischer Soldaten Einwohner Osttimors zur Teilnahme an Wahlen ermutigten. Ende August 1999 wurden er, Jude Conway und Sally-Anne Watson vom indonesischen Militär verhaftet und abgeschoben, weil sie für die Teilnahme am Unabhängigkeitsreferendum geworben hatten. Nach dem Unabhängigkeitsreferendum ging er im September 1999 wieder nach Osttimor, um nach der Vergeltungsaktion der Indonesier als Arzt zu helfen. Er war vor allem im Westteil des Landes tätig, teilweise noch bevor die INTERFET in diesen Regionen eintraf.