КПП «Рафиах» был построен в 1967 году, как переход между Израилем и Газой, и находился под контролем израильского правительства. После заключения Египетско-израильского мирного договора в 1979 году и вывода израильских войск с Синайского полуострова в 1982 году КПП стал контролироваться совместно Израилем и Египтом. Со стороны Израиля переход находился под контролем Управления аэропортов Израиля. 11 сентября 2005 года силы Армии обороны Израиля были эвакуированы с КПП в рамках плана одностороннего ухода Израиля с территории сектора Газа.