南北戦争が始まると北軍に志願し、シャイローの戦いで右腕を失うが、軍人として転戦を続けた。戦争が終わるとイリノイウェズリアン大学の地質学の教授に任じられ、イリノイ州立大学ノーマル校（Illinois State Normal University）でも講義をおこなった。イリノイ州立自然史博物館のコレクションを増やし、学芸員を務めた。アメリカ西部の探検のためにこれらの職を続けることに同意しなかった。