Участник войн Речи Посполитой против украинских казаков, Русского государства и Швеции. В 1658 году — ротмистр рейтарской хоругви. Во время (1665—1666) Стефан Чарнецкий сохранил верность польскому королю Яну II Казимиру Вазе. В 1665 году после смерти дяди стал командовал гусарским эскадроном, а в 1666 году получил под своё командование королевскую гусарскую хоругвь. Позднее в чине полковника королевского участвовал в военных действиях на Правобережной Украине.