ב-25 בינואר 2006, לאחר שנדחו מספר פעמים, נערכו בחירות למועצה המחוקקת הפלסטינית. הסוקרים הפלסטינים ושרות המודיעין הישראלי צפו ניצחון דחוק לפת"ח של אבו מאזן על פני "רשימת הרפורמה והשינוי" של תנועת החמאס בראשות אסמאעיל הנייה וסגנו מוחמד אבו טיר. ההערכות בעיתונות הישראלית והפלסטינית היו שממשלת ישראל מסייעת לפת"ח בבחירות, כדי למנוע את עליית החמאס. אף על פי כן, תנועת החמאס הפתיעה וזכתה ברוב גדול (75 מושבים בפרלמנט לעומת 43 של הפת"ח) בבחירות דמוקרטיות שקטות שפוקחו על ידי נציגות בינלאומית. בין הסיבות לעליית החמאס ניתן למנות את השחיתות והאנרכיה ברשות שמזוהה עם בכירי תנועת הפת"ח, אי האפקטיביות של מדיניות אבו מאזן כלפי גדר ההפרדה, המחסומים ונוכחות צה"ל בשטחים, תפישת הציבור הפלסטיני לגבי תרומת המאבק המזוין של החמאס למהלך ההתנתקות ותמיכת הציבור הפלסטיני בהמשך הטרור והמאבק להשמדת ישראל. התוצאות הובילו להתפטרות מיידית של ראש הממשלה הפלסטיני אבו עלא ושל שריו.