2009 року Конеру звинуватила Федерацію шахів Індії, що та завадила їй взяти участь у 37-й шаховій олімпіаді в Турині. Її батьку, який був одночасно тренером, не дозволили виїхати з нею на турніри. Суперечка не затихла. Пізніше того ж року, Федерація шахів Індії була також у конфлікті з Гітою Нараянан Гопал.