На 12 февруари 1942 г. „Нагато“ отстъпва ролята на флагман на най-новия линкор – „Ямато“. През пролетта на 1942 г. в Куре „Нагато“ преминава текущ ремонт. От май продължава бойната подготовка и стрелбите. На 29 май, след попълване на боезапаса, линкорът излиза в боен поход. В сражението от 4 юни линкорът не участва. След битката, на 6 юни, приема на борда си екипаж от самолетоносача „Кага“. На 14 юни съединението се връща в Япония.