Federico Sanseverino war Teilnehmer des ersten Konklave von 1503, das Papst Pius III. wählte. Auch am kurz darauf erfolgenden zweiten Konklave von 1503, das Julius II. zum Papst erwählte, nahm er teil. Er entschied sich am 1. Mai 1510 für die Titeldiakonie "Sant’Angelo in Pescheria", wobei er San Teodoro bis zum 17. Mai 1511 "in commendam" behielt. Er schloss sich der Opposition gegen Julius II. an, welcher ihm im Juni 1510 Haft in der Engelsburg androhte. Federico Sanseverino unterzeichnete das Dokument vom 16. Mai 1511, mit dem auf Betreiben Ludwigs XII. von Frankreich ein Konzil zu Pisa einberufen wurde. Im Oktober 1510 suchten er und vier weitere Kardinäle Zuflucht im Lager der Franzosen, Federico Sanseverino ging nach Mailand. Im Konsistorium vom 24. Oktober 1511 drohte ihm Julius II. mit der Exkommunikation, falls er sich nicht dem Papst unterwerfen würde. So nahm Federico Sanseverino nicht am "Conciliabulum von Pisa" teil, doch blieb er in Opposition zum Papst und wurde im Konsistorium vom 30. Januar 1512 seines Kardinalsamtes und aller Benefizien enthoben.