Inbördeskriget i Finland 1918 gjorde att han flydde utomlands och vid återkomsten förfasades han över behandlingen av de röda krigsfångarna, bland annat efter ett besök på arbetslägret på Sveaborg skrev han en artikel i Hufvudstadsbladet där han kritiserade den rådande politiken. Denna officiella protest resulterade att han stämplades som landsförrädare och fick motta flera dödshot. Det blev omöjligt för honom att kvarstanna i Finland och han sålde allt han ägde och flyttade till Sverige, där han köpte Hjularöds slott i Skåne. I Sverige hamnade han dock snart i ekonomiska svårigheter, då skattemyndigheterna började utmäta obetalda skatter, vilket resulterade att han fick sälja sitt skånska slott med stor förlust 1920. Dock hann Linder donera stora summor till välgörenhet åt behövande och skänka stora konstskatter till bland andra Finska konstföreningen, Nationalmuseum i Stockholm, samt inrätta en professur i konsthistoria vid Helsingfors universitet. Sista åren bodde han i Frankrike och Algeriet, där han hade en villa. Dock jagade även de franska myndigheterna honom och i slutet av maj 1921 lade de beslag på hans resgods i Marseille. Linder tog sitt liv på ett hotellrum den 2 juni 1921.