1959年9月1日，新西伯利亚国立大学正式开学。建校时，学校共有学生310人，仅设自然科学系，有10个专业。学校借用第25中学的教学楼、图书馆、体育馆，此外还使用地质研究所、流体力学研究所的实验室。新西伯利亚国立大学自己的教学楼于1962年建成，主楼则在1963年建成。1963年，首批60名学生毕业，获得专家学位。经过数年的建设、发展，1965年时学校设6个系、46个专业，30名苏联科学院院士、通讯院士在校任教，学校的教员共有40名博士、教授和200名副博士、副教授，就读的本科生有3652名，研究生有94名。建校20年时，大学已向西伯利亚分院各研究所输送了约两千名毕业生，分院约500名研究人员在学校授课，大学与科学院的融合取得了成功。1982年的一项评比中，新西伯利亚国立大学排名苏联第二。苏联时代，新西伯利亚国立大学的政治氛围较其他地方宽松，学生们曾抗议華約入侵捷克斯洛伐克、声援。