Marburgin kokouksen aikaan Suleiman Suuri ja hänen ottomaanien armeijansa piiritti Wieniä. Luther ei ollut hyväksynyt turkkilaisten vastustamista vuoden 1518 95 teesin selitysteoksessaan, jonka vuoksi häntä syytettiin antautumismielialasta. Hän piti turkkilaisia Jumalan kristityille lähettämänä rangaistuksena, raamatullisen maailmanlopun lähetteinä, jotka tuhoaisivat antikristuksen, jonka Luther uskoi olevan Paavi. Hän vastusti jatkuvasti ajatusta Pyhästä sodasta ”ikään kuin kansamme olisi kristittyjen armeija turkkilaisia vastaan, jotka olivat Kristuksen vihollisia. Tämä on täysin ristiriidassa Kristuksen opetuksia ja nimeä vastaan.” Toisaalta Kahden regimentin opissaan Luther tuki ei-uskonnollista sotaa turkkilaisia vastaan. Vuonna 1526 Luther kirjoitti teoksessa "Ob Kriegsleute auch in seligem Stande sein können" (suom. "Voivatko sotilaatkin kuulua autuaalliseen säätyyn?"), että kansakunnan puolustaminen käy syyksi oikeutettuun sotaan. Vuonna 1529 "Vom Kriege wider die Türken" -teoksessaan Luther kehotti toistuvasti keisari Kaarle V:tä ja saksalaisia taistelemaan maallisessa sodassa turkkilaisia vastaan. Hän teki selväksi, että henkinen sota vierasta uskoa vastaan oli erillään maallisesta ja se tuli käydä rukouksen ja katumuksen kautta. Wienin piirityksen aikaan Luther kirjoitti rukouksen, turkkilaisten kansalliseksi pelastukseksi, jossa hän pyysi Jumalaa ”antamaan keisarille ikuisen voiton vihollisista”.