Nizarilerin merkezi hükümeti kaldırılırken, Nizariler ya öldürüldü ya da geleneksel kalelerini terk etti. Birçoğu Afganistan, Badakhshan ve Sindh'e göç etti. İsmaililerin İran, Afganistan, Badakhshan, Suriye ve Hindistan'da bölgesel "dai'ler" altında dağınık topluluklar olarak yeniden büyümeye başladıkları iki yüzyıl sonrasına kadar, bu aşamadaki tarihi hakkında çok az şey biliniyor. Suriye'nin Nizarileri, Bahri Memlükleri tarafından hoş görüldü ve Memluk hükümdarlığı altında birkaç kale tuttu. Memlukler, Nizari "fedai'lerini", özellikle de 1271'de İngiltere'nin Haçlı Prensi Edward'a suikast girişiminde bulunarak kendi düşmanlarına karşı kullanmış olabilirler.