Efter nogle andre togter i 1799 og 1800 blev Harboe ved fjendtlighedernes udbrud 1801 ansat som chef for orlogsskibet "Sjælland", henhørende under den af Olfert Fischer kommanderede flydende defension på Københavns Red; han deltog med hæder i slaget 2. april, kæmpede tappert mod de to engelske linjeskibe "Defiance" og "Ganges", men måtte til sidst give tabt, efter at 180 mand var dræbt eller såret og skibet dertil yderst forskudt. Efter forgæves at have prøvet på at frelse "Sjælland" ved at kappe tovene og drive nord efter måtte han omsider stryge flaget; omtrent samtidig ophørte imidlertid slaget, og Harboe, der stadig havde haft sin vimpel vajende, nægtede da at overgive sig. I nattens løb blev de sårede bragt i land, kanonerne fornaglede og krudtet kastet over bord; da englænderne den påfølgende morgen kom tilbage for at sætte sig i besiddelse af skibet, forlod Harboe dette og bragte lykkelig hele besætningen ind til Trekroner. Ved sin kække optræden havde han i den grad vundet sit mandskabs hengivenhed, at det senere på dagen samledes uden for hans bolig og gav ham et rungende hurra. Efter på ny at have været beskæftiget nogle år ved søopmålingen udnævntes han 1810 til indrulleringschef og overlods i Slesvig, hvor hans dådrige liv endtes ved et apoplektisk anfald 29. september 1811.