Doordat de oorlogshandelingen in de beginjaren van de Tweede Wereldoorlog voornamelijk buiten Duitsland plaatsvonden, werd de exploitatie van de S-Bahn niet beïnvloed. Het nazibestuur van de stad plande een omvangrijke uitbreiding van de S-Bahn. Nadat Hamburg vanaf 1943 werd gebombardeerd door geallieerde, verdwenen de plannen in de ijskast. Een grootdeel van het materieel raakte door de aanval beschadigd, bij het einde van de oorlog waren er 55 van de 145 van de wisselstroomtreinen verwoest, de rest raakte zwaar beschadigd. Van de 47 gelijkstroomtreinen werden er maar 4 zwaar beschadigd, drie daarvan konden hersteld worden.