בשנת 1526 נהרג לאיוש השני, מלך בוהמיה והונגריה בקרב מוהאץ', ובעקבות כך סופח שטחה של ממלכת בוהמיה לשלטון בית הבסבורג. בין השנים 1583-1611 הייתה פראג בירת האימפריה. בשנת 1618 מרדו הבוהמים בבית הבסבורג, לאחר שעלה לשלטון פרדיננד משטיריה, ובכך פרצה מלחמת שלושים השנים. בשנת 1620 נחלו הבוהמים תבוסה בקרב ההר הלבן, ובעקבות כך הודח פרידריך, מלך בוהמיה. התבוסה הייתה מכה ניצחת לגורמים הפרוטסטנטיים באזור. שרידי המרד הבוהמי דוכאו, והחרמות רכוש ודיכוי האצולה הבוהמית היו לנורמה. כמו כן השפה הגרמנית נהייתה השפה הרשמית, ובוהמיה איבדה את חירותה הדתית. במהלך המאה ה-19 התעוררה הלאומיות הצ'כית, ובעקבות כך נוצרו מתחים בין הגרמנים לצ'כים במדינה.