Talvisodassa Ahonen toimi esikuntapäällikkönä 9. divisioonassa, Lapin Ryhmässä, rannikkoryhmässä sekä 11. divisioonassa. Välirauhan aikana ja jatkosodan alussa hän komensi Petsamon erillisosastoa 1940-1941. Vuosina 1942–1943 Ahonen johti Sissipataljoona 3:a. Tämän jälkeen hän komensi pataljoonaa 15. prikaatissa vuonna 1943. Sodan jälkeen Ahonen oli toimistopäällikkönä pääesikunnassa 1945–1946. Hän toimi pääesikunnan sotatalousosaston päällikkönä 1947–1955 ja erikoistehtävissä 1955–1957. Ahonen oli myös eduskunnan puolustusasiainvaliokunnan sihteeri 1945–1947.