Toutes les chansons de "Let It Be... Naked" datent de janvier 1969 et du projet Get Back, qui s'acheva par un concert « privé » à la fin du mois sur le toit des bureaux d'Apple, l'entreprise fondée par les Beatles. Certains passages de ce concert — où Billy Preston est au piano électrique — sont d'ailleurs présents sur "Let It Be... Naked". Ils en finissent avec ces enregistrements le lendemain de la représentation, le , dans leur studio de fortune quelques étages plus bas.