San Basilio fue construida entre 1555 y 1561 por orden de Iván el Terrible y conmemora la captura de Kazán (1552) y de Astracán, que supuso la derrota final final de los tártaros del kanato de Kazán. Fue el edificio más alto de la ciudad hasta la finalización del campanario de Iván el Grande en 1600. El edificio original, conocido como la iglesia de la Trinidad y más tarde como catedral de la Trinidad, tenía ocho iglesias dispuestas alrededor de la novena iglesia central de la Intercesión; la décima iglesia fue erigida en 1588 sobre la tumba del venerado santo local Vasili (Basilio). En los siglos XVI y XVII, la iglesia, percibida como el símbolo terrenal de la ciudad celestial, como sucede con todas las iglesias en la Cristiandad bizantina, se la conocía popularmente como la "Jerusalén" y servía como alegoría del Templo de Jerusalén en la procesión anual del Domingo de Ramos a la que asistían el Patriarca de Moscú y el zar.