Darquier est commissaire général aux questions juives dans le régime de Vichy à partir de , imposé par les autorités allemandes qui jugeaient son prédécesseur Xavier Vallat trop modéré. Sa nomination est notamment due à la demande de Theodor Dannecker, responsable des questions juives pour la Gestapo à Paris. Le , il participe aux derniers préparatifs techniques de la rafle du Vel’ d'Hiv’ des et avec Theodor Dannecker, Jean Leguay, Émile Hennequin, André Tulard et Jacques Schweblin.