Nach dem erreichten Klassenerhalt in der Relegation wurde der Kader zu Beginn der &lt;a href="Fu%C3%9Fball-Bundesliga%202016/17"&gt;Saison 2016/17&lt;/a&gt; mit zahlreichen Reservespielern und Talenten europäischer Topclubs verstärkt (u. a. dem jamaikanischen Nationalspieler Michael Hector vom FC Chelsea, Guillermo Varela von Manchester United und Jesús Vallejo von Real Madrid), die allerdings nur für ein Jahr auf Leihbasis verpflichtet wurden. Nach holprigem Saisonauftakt mit einem 4:3 nach Elfmeterschießen (1:1 nach Verlängerung) beim 1. FC Magdeburg in der ersten Runde des DFB-Pokals spielte die Mannschaft eine sehr gute Bundesliga-Hinserie mit Siegen u. a. gegen Schalke, Leverkusen und Dortmund. Mit Position 3 am 19. Spieltag erreichte sie die beste Platzierung der Spielzeit. Danach konnte sie bis zum letzten Spieltag nur noch zwei Ligaspiele gewinnen, kassierte 10 Niederlagen, davon 7 ohne selbst ein Tor erzielt zu haben, und beendete die Ligasaison auf Platz 11. Durch Siege gegen Ingolstadt (4:1 n. E. noch in der Hinrunde), in Hannover (2:1), gegen Bielefeld (1:0) und in Mönchengladbach (8:7 n. E.) gelang der Mannschaft immerhin der Einzug ins Endspiel um den DFB-Pokal, das sie aber gegen Borussia Dortmund mit 1:2 verlor. Ein emotionaler Höhepunkt der Frankfurter Pokalsaison war die Einwechslung von Marco Russ in der 2. Halbzeit der Partie gegen Bielefeld. Russ hatte wegen einer Krebstherapie in der ersten Saisonhälfte pausieren müssen.