28  Mart 1912 tarihinde Zmiev'de doğdu. 1929'da Saratov'da mezun olduktan sonra, 1930'da Leningrad'a geldi. Krasnaya Zarya fabrikasında fabrika gazetesinde işçi ve çömlekçi olarak çalıştı. 1934'te Leningrad Tarih, Felsefe ve Dilbilim Enstitüsü'ne girdi, 1939'da Leningrad Devlet Üniversitesi Filoloji Fakültesi'nde Rus bölümünü bitirdi. Makogonenko öğrenci yıllarında 18. yüzyılda Rusya'nın edebi ve sosyal gelişiminin kilit noktaları hakkında derinlemesine bir çalışma başlattı. Radishchev ile ilgili çalışması 1930'ların sonlarında zaten fark edildi. Bunların arasında ilk Puşkin çalışmaları olan "Puşkin ve Radishchev" (1939) makalesi vardır. 1939-1940'ta Sovyet-Finlandiya Savaşı'na ve ardından Büyük Vatanseverlik Savaşı'na katıldı, 1941-1942'de Leningrad Radyo Komitesi Edebiyat Bölümü'nde editör ve başkanlık yaptı. Eylül 1944'te Leningrad Devlet Üniversitesi yüksek lisans okuluna girdi ve Ocak 1946'da "“Nikolai Novikov’un faaliyeti Moskova dönemi”" adlı tezini savundu. Ocak 1946'dan 1983'e kadar Leningrad Devlet Üniversitesi Filoloji Fakültesi'nde çalıştı, önce yardımcı doçent, 1957'den itibaren Rus edebiyatı bölümünde profesör oldu. 1965-1982 yılları arasında bölüm başkanlığına seçildi. 1949'dan 1962'ye kadar (3 Ekim 1961'de boşandığını açıkladı) Olga Berggolts ile evliydi. 1955'te doktora tezini "Radishchev ve zamanı" savundu. 1953-1956 yıllarında "Şair Kütüphanesi" kitap serisinin yayın kurulunda yer aldı. Mart 1959'dan beri Puşkin Çalışmaları Bölümü'nde kıdemli araştırmacı olarak Puşkin Evi'nde çalıştı ve Kasım 1969'dan beri 18. yüzyıl Rus Edebiyatı İnceleme Grubu'nun başkanlığını yaptı.