Бабиш је такође одбио мигрантске квоте Европске Уније и изјавио је, након напада у Берлину 2016. године, да је отворена политика Ангеле Меркел у вези миграната довела до овог чина, и да је она одговорна за неконтролисани улазак миграната без икаквих папира у Немачку и Европу генерално.