Nach der Kriegserklärung im September 1939 wurde Alain zum Kriegsdienst einberufen und fiel am 20. Juni 1940 in einem Gefecht bei Saumur, zwei Tage bevor der Waffenstillstand in Compiègne geschlossen wurde. Er hinterließ seine Frau Madeleine Payan (1912–1975), die er 1935 geheiratet hatte, und drei Kinder (Lisa, Agnès und Denis).