En 1588 las tropas de François, duque de Lesdiguières entraron en la ciudad y prendieron fuego a la iglesia y al convento durante su campaña contra el duque de Saboya. En 1600, después del Tratado de Vervins, volvió el conflicto entre Enrique IV de Francia y la casa de Saboya, y Lesdiguières retomó Barcelonnette hasta la conclusión con el Tratado de Lyon el 17 de enero del año siguiente. En 1628, durante la Guerra de Sucesión de Mantua, Barcelonnette y los otros pueblos del Valle Ubaye fueron saqueados y quemados por Jacques du Blé d'Uxelles y sus tropas, mientras atravesaban hacia Italia en ayuda del Ducado de Mantua. La ciudad fue recuperada por el duque de Saboya en 1630; y en 1691 fue capturada de nuevo por las tropas del marqués de Vins durante la Guerra de la Liga de Augsburgo.