Шведське панування оскарживолось Річчю Посполитою у війні 1654-1660 років і Московським царством у війні 1656-1658 років, але Швеція зберегла свої позиції в Естляндії до кінця століття. Населення Естляндії відновилося до 400 000 чоловік. Німці, що втратили політичну владу, залишалися правлячим соціально-економічним класом. На території Естонії були створені Естляндська і Ліфляндська губернії.