El club debe su nombre a una eminencia topológica denominado Cerro Porteño, conocido antiguamente como Cerro Mba'e o Rombado, situado en la ciudad de Paraguarí, Departamento de Paraguarí. Desde el 19 de enero de 1811, pasó a llamarse como tal debido a la Batalla de Cerro Porteño producida entre una Expedición Militar al mando del General Belgrano y las milicias del Paraguay, a raíz que la Provincia del Paraguay se negaba a reconocer como máxima autoridad a la Junta Gubernativa de Buenos Aires.