Haniyeh nació en el Al-Shati, campo de refugiados en la Franja de Gaza ocupada por Egipto. Sus padres se convirtieron en refugiados, después de haber sido expulsados de sus hogares en Majdal (Ashkelon, Israel) durante la guerra árabe-israelí de 1948 por las milicias judías. En 1987, se graduó en la Universidad Islámica de Gaza con un título en literatura árabe. En 1989, fue encarcelado durante tres años por las autoridades israelíes por participar en la Primera Intifada y la pertenencia a Hamás. Tras su liberación en 1992, se exilió en el Líbano con Ahmed Yassin, Ábdel Aziz ar-Rantisi- y otros altos políticos de Hamás. Un año más tarde, regresó a Gaza y fue nombrado decano de la Universidad Islámica.