Po okupaci Československa v srpnu 1968 byl postupně ze všech funkcí odvolán. Po zveřejnění článku "Všechnu moc dělnickým radám" (20. 2. 1969), který byl protestem proti okupaci a vyvolal reakci Moskvy, měl opět zakázáno publikovat. Naposled směl vycestovat v roce 1969 jako porotce Mezinárodní výstavy moderního umění v Paříži. Pod záminkou rekonstrukce byla roku 1970 uzavřena Galerie Václava Špály. V roce 1970 Chalupecký uskutečnil ještě dvě výstavy s názvem Konfrontace v náhradním prostoru "Galerie Nova" ve Voršilské ulici. Druhá výstava byla den po zahájení ukončena pod záminkou opravy topení a poté definitivně odešel do důchodu. Počátkem 70. let mohl cestovat do Moskvy, kde sledoval aktivity tamějších avantgardních umělců (Kabakov, Pivovarov, Bulatov, Steinberg aj.).