עם כניעתה של יפן, מינה טרומן את הגנרל דאגלס מקארתור למפקד העליון של כוחות הברית, לצורך פיקוח על הכיבוש היפני. ב-28 באוגוסט טסו 150 אמריקאים לאצוגי שבמחוז קנאגווה, והיו לכוחות בעלות הברית הראשונים על אדמת יפן. כוחות רבים החלו לזרום ליפן, ועד סוף שנת 1945 היו מוצבים בה יותר מ־350,000 חיילים אמריקאים. בשנת 1949 החלה ארצות הברית לשנות את סמכויות שלטון הכיבוש והגדילה את כוחם של המנהיגים המקומיים, ועם העברת תשומת לבו של טרומן למלחמת קוריאה, החל הכיבוש להתקרב לסיומו. חוזה סן פרנסיסקו, שנחתם ב-8 בספטמבר 1951, ציין את סופו של כיבוש בעלות הברית, וב-28 באפריל 1952, עם כניסתו לתוקף, הייתה יפן שוב למדינה עצמאית. עם זאת, אלפי אנשי צבא אמריקאים נותרו ביפן בעשורים הבאים, ושתי המדינות נותרו בנות ברית קרובות.