В 1996 году Бени Элон был избран в кнессет от партии «Моледет», входил в законодательную комиссию, комиссию по внутренним делам и экологии и комиссию по правам женщин и гендерному равноправию. В 1999 году вновь избран в кнессет, на сей раз от блока «Ихуд леуми»; в новом составе кнессета, среди прочего, входил в состав комиссии по иностранным делам и обороне и законодательной комиссии. После убийства лидера движения Рехавама Зеэви в 2001 году Элон получил занимаемый тем пост министра туризма в правительственном кабинете Ариэля Шарона, однако уже в марте 2002 года подал в отставку. Этот шаг был сделан из-за отступления премьер-министра от ряда требований в переговорах с палестинцами, в том числе от требования семи дней без насилия как условия возобновления переговоров, а также из-за принятия ключевых решений не полным составом правительства, а «внутренним кабинетом», состоящим из трёх министров. Через год Элон вернулся на должность министра туризма и занимал её до середины 2004 года. Выступая в качестве представителя правого сионистского лагеря, он в 2003 году представил план урегулирования арабо-израильского конфликта, отвечающий позициям этого политического сектора. План включал роспуск Палестинской национальной администрации, установление израильского суверенитета на Западном берегу реки Иордан и в секторе Газа, признание Иордании национальным государством палестинцев и выплату крупных компенсаций палестинским беженцам за отказ от права на возвращение. В 2004 году Элон был уволен с министерского поста премьер-министром Шароном в связи с его противодействием плану одностороннего отступления из сектора Газа.