En junio de 1943 fue destinado, como jefe de Estado Mayor, al Frente de la Estepa, que fue renombrado 2.º Frente Ucraniano en octubre de ese mismo año. Fue en este puesto donde Zajárov se probó a sí mismo como uno de los mejores comandantes militares de la Unión Soviética. Contribuyó a planificar un gran número de brillantes operaciones contra las fuerzas alemanas, primero como subordinado del mariscal Iván Kónev, y más tarde bajo mando del mariscal Rodión Malinovski, entre las operaciones que planificó destacanː la Ofensiva de Belgorod-Járkov (agosto de 1943), la Ofensiva de Kirovogrado (enero de 1944), la Ofensiva de Korsun-Shevchenkovsky (enero-febrero de 1944), la Ofensiva de Uman-Botoşani (marzo-abril de 1944), las tres últimas forman parte de la Ofensiva del Dniéper-Cárpatos, posteriormente también ayudó a planificarː la 2.ª Ofensiva de Jassy-Kishinev (agosto de 1944), la Batalla de Debrecen (octubre de 1944), la Batalla de Budapest (octubre-febrero de 1945), y la Ofensiva de Viena (abril de 1945).