Zemo Nikozi, Ağustos 2008'deki Rus-Gürcü Savaşı sırasında Gürcistan ve Rus kuvvetleri arasındaki şiddetli çatışmalardan etkilendi. 10 Ağustos 2008'de Rus hava saldırıları Nikozi kompleksine, özellikle yakın zamanda tamir edilen saraylara zarar verdi. Yenilenmiş çatısı, zemini ve balkonları yakılmış, orijinal güney tabanındaki taşlar yangın nedeniyle çatlamıştır. Manastır hücreleri, bir piskoposun evi ve yemekhane tamamen tahrip olmuştur.