Sofía nació en La Haya, donde sus padres vivían en el exilio después, de perder la Batalla de la Montaña Blanca. El reinado de Federico, su padre, terminó con la derrota de los ejércitos protestantes bohemios, por lo que Fernando II tomó el poder. Sofía y su familia fueron expulsados de los tronos de Bohemia y del Palatinado el 8 de noviembre de 1620.