El 28 de diciembre de 1860 Bruno presentó su proyecto de prolongación de la calle de Santa Isabel, la segregación del ala del Niño Perdido, propuesta de fachadas, derribo del viejo Hospital de los Austrias y división en solares edificables de parte del suelo liberado. Su memoria del proyecto proporciona información del uso que tenían las dependencias del Hospital General en aquel momento. El 10 de octubre de 1843, el Real Colegio de Cirugía de San Carlos cambiaría su denominación por el de Facultad de Ciencias Médicas, instalándose en el nuevo edificio construido en el solar que ocupara el referido Hospital de la Pasión. El Real Decreto del 27 de agosto de 1875 hacía efectiva la existencia del Hospital Clínico de San Carlos fuera del régimen del Hospital General, siendo propiedad del nuevo Hospital el pabellón segregado el día 1 de enero de 1904. En 1911 siendo ministro Amalio Gimeno y Cabañas, se nombró una comisión para crear una nueva facultad de Medicina, siendo el lugar elegido los solares de la futura Ciudad Universitaria de Madrid. El Hospital Clínico de San Carlos de Atocha no llegaría a cumplir un siglo, ya que justo cuando iba a ser desplazado a la Ciudad Universitaria estalló la Guerra Civil y colocó al edificio del nuevo Clínico en la línea del frente. Al final de la contienda el Clínico estaba destrozado, y tuvo que posponerse el traslado del Hospital de Atocha.