Den 25 mars 1971 utbröt Bangladeshs befrielsekrig, ett gerillakrig mellan bengaler och pakistaner. Rahman fängslades i Västpakistan, men utropades av den proklamerade staten Bengla Desh som president av en exilregering. I samband med detta blev Rahman betraktad som en martyr för bengalernas sak. Genom Indira Gandhi och Indiens uppbackning, var Bangladesh en självständig stat, och i januari 1972 återvände Rahman, hyllad som en hjälte. 13 januari 1972 utsågs han till premiärminister. Några år efter kriget utsågs han den 25 januari 1975 till president. Den senare posten innehade han endast drygt ett halvt år innan han och hans familj mördades.