17. stoletje je prineslo številne ovire. Skupnost je bila vpletena v vrsto vojn, skupno poznanih kot "Potop". Med rusko-poljsko vojno (1654–1667) so Vilno zasedle ruske sile, mesto porušile in požgale, prebivalstvo pa je bilo poklano. Med veliko severno vojno jo je opustošila švedska vojska. Izbruh bubonske kuge leta 1710 je pobil okoli 35.000 prebivalcev; uničujoči požari so se zgodili v letih 1715, 1737, 1741, 1748 in 1749. Rast mesta je več let izgubljala zagon, vendar kljub vsemu Vilna s 56.000 prebivalci konec 18. stoletja in pred Napoleonskimi vojnami vstopila v Ruski imperij kot 3. največje mesto.