Режим реки муссонный, раньше в летнее время уровень воды в Сычуаньской котловине поднимался на 20 м, а на равнинных частях — до 10-15 м. Морские приливы распространяются по реке на 700 км от устья (до города Цзюцзян). Для защиты от неоднократных в прошлом опустошительных наводнений создана система дамб общей протяжённостью более 2,7 тыс. км. В определённой степени силу наводнений уменьшают озера Поянху и Дунтинху, принимающие огромные объёмы паводковых вод Янцзы. Сильные наводнения были в 1870, 1896, 1931, 1949, 1954, 1998, 2010 и 2016 годах.