ב-17 בפברואר 2003 נבחר לכנסת ה-16 כנציג מחוז תל אביב ברשימת הליכוד. סער היה יושב ראש סיעת הליכוד ויו"ר הקואליציה בתקופת ממשלת שרון השנייה. הוא התפטר מהתפקיד פעמיים, בשל התנגדותו לתוכנית ההתנתקות, אולם חזר בו לבקשתו של ראש הממשלה שרון. היה חבר ב, ב, ב, וכממלא מקום ב. הוא נבחר גם לוועדה לבחירת היועץ המשפטי לממשלה מטעם ועדת החוקה.