1945年日本投降后，马共开始转为进行反殖民活动，进行罢工、罢课，与英殖民政府关系日益紧张。1948年6月，霹雳和丰有三名欧洲籍的园丘主管被杀害，英殖民政府宣布马共等多个左冀政党为非法组织并展开取缔。面对英殖民政府的鎮压，马共决定进行武装并展开森林游击战，六·二〇战争爆发，全马进入紧急状态。1949年，马来亚民族解放军（后改名马来亚人民军）成立，半岛的游击战一直持續到1960年代。之后马共为了繼續武装斗争而被迫转移到马泰边境并分别在勿洞、苏基琳、邦朗和也哈建立革命根据地。此外，马共不时会派遣突击队南下搜寻粮食，并伏击马来西亚政府武装部队。