En 1988, il succède à Jacques Anquetil au poste de sélectionneur de l'équipe de France professionnelle. En 1989, il doit faire face à une fronde au sein de son équipe, Marc Madiot et Martial Gayant refusant de se sacrifier pour Laurent Fignon qui fait selon eux bande à part. Hinault conserve cette fonction jusqu'au Championnat du monde de 1993, son successeur est Bernard Thévenet.