Die Französische Revolution richtete sich, als Aufstand gegen das Ancien Régime, nicht zuletzt gegen den privilegierten höheren Klerus, den „ersten Stand“, und die mit König und Adel verflochtene Staatskirche. Alle Personen und Einrichtungen der Kirche und die christliche Religion selbst standen im Verdacht, konterrevolutionär und royalistisch zu sein. Für Saint-Sulpice gab es erste Repressionen anlässlich des Föderationsfests am ersten Jahrestag des Sturms auf die Bastille. Im August 1790 beschloss die Generalversammlung der Kongregation die Gründung eines Seminars in den Vereinigten Staaten (Bistum Baltimore) als Zufluchtsort. Émery und alle Sulpizianer-Priester verweigerten die Zustimmung zur Zivilverfassung des Klerus, ebenso Erzbischof Juigné. Dieser ging ins Exil, nachdem er Émery mit der kommissarischen Leitung der Diözese beauftragt hatte. 1791 wurden alle sulpizianischen Seminare geschlossen; allein das Haus in Paris bestand zunächst fort. Émery ließ das Archiv und die wichtigsten Wertgegenstände in Sicherheit bringen.