Một lần nữa, "Clemson" lại được cải biến, lần này thành một tàu vận chuyển cao tốc tại Xưởng hải quân Charleston và xếp lại lớp thành APD-31 vào ngày 7 tháng 3 năm 1944. Rời Charleston ngày 1 tháng 5 năm 1944, nó đi đến Trân Châu Cảng vào ngày 24 tháng 5 và đón lên tàu Đội Phá hoại dưới nước 6 (UDT 6). Nó lên đường đi về phía Tây để hoạt động như tàu mẹ của đội UDT trong việc chuẩn bị bãi đổ bộ ngay trước các cuộc chiếm đóng Saipan, Guam, Peleliu, Leyte và Luzon. Trong khi đi vào vịnh Lingayen vào ngày 5 tháng 1 năm 1945, nó đánh trả một đợt không kích của quân Nhật, rồi hộ tống các đoàn tàu vận tải đi Ulithi, Saipan và Okinawa trước khi quay trở về San Pedro, California vào ngày 6 tháng 7. Được xếp lại lớp với ký hiệu lườn DD-186 vào ngày 17 tháng 7, nó vẫn đang trong quá trình cải biến khi Thế Chiến II kết thúc. Nó được cho ngừng hoạt động vào ngày 12 tháng 10 năm 1945 và bị bán để tháo dỡ vào ngày 21 tháng 11 năm 1946. Chiếc chuông của con tàu đang được sở hữu riêng tại Clemson, South Carolina.