Pada 1991, Batistuta dipilih untuk bermain bersama Argentina pada kejohanan Copa América 1991 di Chile. Beliau menjadi penjaring terbanyak dengan menjaringkan enam gol dan pasukannya menjuarai kejuaraan itu. Pada 1993, Batistuta bermain untuk Copa América keduanya dan kali ini di Ecuador. Argentina menjuarai kejuaraan ini dan Batistuta menjaringkan dua gol menentang Mexico pada perlawanan akhir, Argentina menang 2-1.