Ayala est connu pour être l'un des meilleurs défenseurs de sa génération. Il est l'un des joueurs les plus capés de l'équipe nationale d'Argentine avec qui il a participé à trois coupes du monde, en 1998, 2002 et 2006, ainsi qu'à quatre Copa América en 1995, 1999, 2004 et 2007. Il se distingue par sa détente rapide qui lui permet un bon jeu de tête en compensation de sa taille modeste pour son poste (1,77 m). Il était surnommé "El Ratón".