המצודה נכבשה על ידי השליט הממלוכי ביברס ב-8 באפריל 1271, לאחר שרימה את ההוספיטלרים ופיתה אותם להאמין שראש רוזנות טריפולי הורה למבצר להיכנע. ביברס, שהחריב מספר מבצרים צלבניים שכבש, שיפץ ומיגן את קראק דה שבלייה, ועשה בו שימוש כבסיס נגד נחלת טריפולי הצלבנית. הוא חיזק את החומה הדרומית, הקים מגדל שמירה רבוע בצד הדרומי של האתר והפך את המנזר למסגד. מאוחר יותר השתמשו הממלוכים במבצר כדי לצאת להתקפה על עכו בשנת 1291. אדוארד הראשון מלך אנגליה ראה את המבצר במהלך מסע הצלב התשיעי בשנת 1272, והשתמש בו כדוגמה בעבור הטירות שבנה בעצמו באנגליה ובוויילס. בתחילת המאה ה-14 ננטש המבצר ומצבו התדרדר, והוא שופץ רק במאה ה-20.