Em 2016, a relação diplomática entre os dois países tornou-se mais complexa quando Bangladesh denunciou as demandas consecutivas da Turquia para libertar vários líderes do Jamaat-e-Islami de Bangladesh que foram condenados por crimes de guerra durante a Guerra de Libertação. Bangladesh pelo Tribunal Penal Internacional em Bangladesh e, finalmente, executado. Após a execução do líder do Jamaat, Motiur Rahman Nizami, a Turquia retirou seu embaixador em Bangladesh. No entanto, depois que Bangladesh condenou a tentativa de golpe para derrubar o governo Erdogan, as relações começaram a melhorar. Como resultado, Ancara enviou um novo embaixador a Daca. Após sua chegada, o novo embaixador turco disse:O embaixador comentou que as relações entre os dois países tornaram-se normais. Ele também expressou a disposição da Turquia em ajudar Bangladesh a controlar a militância no país.