El emperador Francisco José I de Austria invistió a Franz con el título nobiliario de "freiherr" en 1910. Mantuvo diferencias con el ministro de Exteriores, el conde Alois Lexa von Aehrenthal, quien se oponía a la idea de Franz de una guerra preventiva contra Italia. Durante la Crisis bosnia, fue destituido con el pretexto de mantener una aventura con quien sería su futura esposa, Virginia Reininghaus. A pesar de eso, después de que Aehrenthal renunciara en 1911 y muriera al año siguiente, el archiduque Francisco Fernando, logró que fuera readmitido como jefe del Estado Mayor durante la guerra de los Balcanes en diciembre de 1912.