L'Alta Slesia fu colpita dalle guerre hussite e nel 1469 fu conquistata dal re Mattia Corvino d'Ungheria, mentre i ducati di Oświęcim e Zator ritornavano alla corona polacca. Alla morte del re Luigi II Jagellone nel 1526, le terre della corona di Boemia furono ereditate dalla casa austriaca degli Asburgo. Nel XVI secolo gran parte della Slesia era diventata protestante, grazie a riformatori come Kaspar Schwenckfeld. Dopo la Battaglia della Montagna Bianca del 1620, gli imperatori cattolici della dinastia degli Asburgo reintrodussero con la forza il cattolicesimo, aiutati in questo dai gesuiti.