Après la défaite française, Belfort fait partie de la zone occupée et subit l'occupation allemande. Le secteur de la gare, nœud de communication ferroviaire, est régulièrement bombardé par l'aviation américaine engendrant des dégâts collatéraux, le quartier de la Pépinière sera presque entièrement détruit. Le ravitaillement est relativement assuré pendant l'occupation, cependant la stagnation du front en septembre 1944 complique la situation. À la fin du mois d'août, le gouvernement de Vichy se réfugie dans le Territoire, le maréchal Philippe Pétain s'installe à Morvillars et Pierre Laval, son premier ministre, à Belfort même. Les miliciens et collaborateurs, qui les accompagnent, commettent des exécutions sommaires et autres actes mafieux au mois de septembre. La Gestapo s'installe faubourg des Ancêtres, arrête, torture et exécute le résistant Henri Veit. Les Alliés sont stationnés depuis le 16 septembre sur la ligne de front Ronchamp-Pont-de-Roide-Vermondans.