Další vývoj je zřetelný z nálezů mincí v Kumránu – první pocházejí z období vlády Jana Hyrkána (134–103 př. n. l.), menší osídlení však v Kumránu mohlo existovat i dříve. Někdy mezi lety 39-31 však esejci Kumrán opustili. Důvod není zcela jasný – mohlo to být kvůli nájezdu Parthů anebo zemětřesení, které sídliště poničilo. V tu dobu se zřejmě těšili přízni Heroda Velikého a žili těsně u hradeb Jeruzaléma, kde se po nich dochovaly nádrže, podobné těm kumránským. Do Kumránu se esejci vrátili po Herodově smrti (4 př. n. l.) a sídliště obnovili. Během První židovské války, roku 68, však bylo nakonec kumránské sídliště zničeno římským vojskem, které zde zanechalo na několik let posádku. S Kumránem zaniklo také esejské hnutí. Některé teorie předpokládají, že dnešní Mandejci jsou pozůstatkem uprchlých zbytků Esejců.