Von 1939 bis 1940 gehörte Bertaux der französischen Armee an, zunächst als Übersetzer, dann beim Informationsministerium als Organisator deutschsprachiger Sendungen. Nach der französischen Niederlage 1940 war er in der unbesetzten Zone Südfrankreich eine der führenden Persönlichkeiten der Résistance. 1941 wurde er verhaftet und von einem Militärgericht des Vichy-Regimes in Toulon zu einer Freiheitsstrafe verurteilt. Nach seiner Entlassung ging er in den Untergrund und wurde während der "Libération" 1944 Regierungsbevollmächtigter ("Commissaire") in Toulouse. Von 1946 bis 1947 war er Kabinettsdirektor für öffentliche Arbeiten und Transportwesen, in den Jahren 1947–48 Präfekt im Département Rhône. Nach weiteren Verwaltungstätigkeiten wurde er 1949 zum Direktor der Sûreté nationale ernannt. Diesen Posten verlor er, als er 1951 vor Gericht bezeugt hatte, dass er sich auf ein Ehrenwort des Gangsters Leca (dem Dieb, der die Juwelen der Begum stahl) verlassen könne. Als Berater des S. Fischer Verlags war er zu Beginn der 1950er Jahre maßgeblich an dessen Entscheidung beteiligt, künftig auch Taschenbücher zu veröffentlichen. Von 1953 bis 1955 saß Pierre Bertaux als Senator für Französisch-Sudan, das heutige Mali, im Senat.