Ágúst Þór Jóhannsson trainierte bis zum Jahre 2009 die Männermannschaft von Grótta und übernahm daraufhin den norwegischen Frauen-Erstligisten Levanger HK. Ab 2011 trainierte er zusätzlich die Isländische Frauen-Handballnationalmannschaft, die unter seiner Leitung den 12. Platz bei der Weltmeisterschaft sowie den 15. Platz bei der Europameisterschaft 2012 belegte. Im März 2012 wurde er von seinen Aufgaben bei Levanger HK entbunden. Ágúst Þór Jóhannsson trainierte ab Juli 2013 bis Februar 2014 den dänischen Frauen-Erstligisten SønderjyskE Håndbold. Ab 2014 trainierte er zwei Jahre Víkingur Reykjavík. Im Jahre 2016 beendete Ágúst Þór Jóhannsson seine Trainertätigkeit bei der isländischen Nationalmannschaft.