В марте 1942 года Иван Семёнович Юдинцев был назначен на должность командира 33-й стрелковой дивизии в составе 3-й ударной армии. В августе того же года назначен начальником штаба 3-й ударной армии. Руководил штабом при подготовке и проведении Великолукской наступательной операции. В марте 1943 года назначен на должность заместителя командующего 3-й ударной армии, а в сентябре — командира 92-го стрелкового корпуса. Корпус принимал участие в Духовщинско-Демидовской, Невельской, Полоцкой, Витебско-Оршанской операциях. За умелое руководство, смелость и решительность действий и проявленные при этом доблесть и мужество Иван Семёнович Юдинцев был награждён орденом Красного Знамени.