Во время польского восстания под руководством Тадеуша Костюшко Томаш Вавжецкий получил чин генерал-лейтенантом (16 октября 1794). После боя под Мацеёвицами, где Тадеуш Костюшко был тяжело ранен и взят в плен, Томаш Вавжецкий был назначен главнокомандующим польских повстанческих сил (10 октября — 16 ноября 1794).