Kaudelle 2006 Schumacher lähti n:o 5 autossaan. Kyseisellä kaudella hän voitti San Marinossa, Euroopan GP:n, Yhdysvalloissa, Ranskassa (hän otti siellä ennätyksellisen kahdeksannen voiton samalla radalla), Saksassa, Italiassa, jossa hän samalla ilmoitti lopettavansa uransa kuluvan kauden jälkeen sekä Kiinassa. Kiinan voiton jälkeen Schumacher nousi MM-sarjan johtoon, vaikka hänellä oli yhtä paljon pisteitä kuin MM-sarjaa kauden ensimmäisestä kilpailusta alkaen johtaneella Fernando Alonsolla, koska hänellä oli seitsemän voittoa Alonson kuutta vastaan. Japanin Grand Prix 2006 muutti taiston aivan toisenlaiseksi. Schumacher johti kisaa selkeästi, ennen Renault'n Fernando Alonsoa, mutta vähän ennen maalia pamahti Ferrarin moottori ja Schumacher joutui keskeyttämään. Monet ihmettelivät tapausta, sillä Schumacherin auton moottori oli virallisesti hajonnut viimeksi noin 6 vuotta sitten. Taistelu MM-tittelistä muuttui radikaalisti, sillä Alonso ajoi kisan voittoon ja nappasti 10 lisäpistettä. Ero oli Schumacheriin jo 10 pistettä, joka tarkoitti sitä että Schumacherin olisi pitänyt voittaa viimeinen kilpailu, ja Alonson jäädä pisteittä. Kauden viimeisessä kilpailussa polttoaineenpaineen katoaminen pilasi Schumacherin aika-ajon, ja lähtöruutu kisaan oli vasta kymmenes. Kun kilpailua oli ajettu seitsemän kierrosta, räjähti Schumacherin autosta takarengas hänen juuri ohitettuaan Renault'n Giancarlo Fisichellan. Schumacher joutui aloittamaan raivaamisen kohti kärkeä kisan hänniltä, ja onnistui nousemaan aina neljänneksi asti. Kilpailun voitti Schumacherin tallikaveri Felipe Massa. Lehdistössä Schumacherin loppukisojen esityksiä katsottiin hyvin suopeasti, vaikka tekniset ja muut ongelmat veivät lopulta mahdollisuuden mestaruuteen.