Die Universität befindet sich auf zwei Hochschulgeländen: der Ciudad Universitaria im Stadtteil Moncloa, die sich die Complutense mit der Universidad Politécnica de Madrid und der Universidad Nacional de Educación a Distancia (Nationale Fernuniversität) teilt, und dem Campus in Somosaguas. Die "Ciudad Universitaria" bildete im spanischen Bürgerkrieg mehrere Monate lang die Front bei der Verteidigung bzw. Eroberung Madrids durch republikanische bzw. nationalistische Truppen (s. Belagerung von Madrid). Hierbei wurden nicht nur Gebäude zerstört, sondern auch ein bedeutender Teil wissenschaftlicher Präparate und der Bibliotheken, die zum Teil noch aus der alten "Complutense" stammten. Auch ein Großteil der Professoren stand durch Exil und Absetzung nach 1939 nicht mehr zur Verfügung.