Fernández speelde in totaal 26 interlands voor Bolivia in de periode 1997-2008. Onder leiding van de Spaanse bondscoach Antonio López maakte hij zijn debuut op 2 februari 1997 in de vriendschappelijke thuiswedstrijd tegen Slowakije in Cochabamba, die door de bezoekers met 1-0 werd gewonnen werd door een treffer van Jozef Kožlej. Fernández nam met zijn vaderland tweemaal deel aan de strijd om de Copa América: 1999 en 2004.