יהדות מרוקו נפגעה פחות מן אלימות ביחס לאזורים אחרים של שלטון וישי. עם זאת, ב-15 בנובמבר 1942, זמן קצר לאחר שחרור קזבלנקה על ידי הצבא האמריקאי, נערך פוגרום ביהודי העיר בעידוד פקידים צרפתיים אנטישמים. היהודים סבלו מתקריות אלימות ספורדיות נוספות גם בערים אחרות ואף בכפרים מרוחקים. בנוסף למאורעות שחוו היהודים במרוקו עצמה, לפחות 153 יהודים ממרוקו, ששהו בצרפת בזמן גירוש היהודים מפריז ב-1942, גורשו ונרצחו באושוויץ. מנגד, אלפי פליטים יהודים מאירופה שהגיעו למרוקו בתקופת מלחמת העולם השנייה נשלחו למחנות עבודה שהוקמו בדרום-מזרח מרוקו, קרוב לגבול עם אלג'יריה. הקהילה היהודית המקומית הקימה ועדות חירום במטרה לסייע לפליטים היהודים מאירופה, הגדול שבהם קם בקזבלנקה על ידי עורכת הדין היהודיה הלן קאזס בן עטר.