Met zijn in 1855 geboren dochter reisde Kloekers naar Engeland en werd daar door de Baptist Missionary Society opnieuw naar China gezonden. De tweede periode van Kloekers in China is tussen 1860 en 1865. Hij was kort daarvoor op 12 oktober 1859 in Engeland getrouwd met Emily Page Winterbotham. Zij overleed kort na hun aankomst in Shanghai in het kraambed. Kloekers was net als meerdere in China aanwezige zendelingen gefascineerd door het "Hemelse Koninkrijk van de Volmaakte Vrede", dat als gevolg van de Taipingopstand was ontstaan. De ideologie van de beweging was voor een deel ontleend aan een interpretatie door Liang Fa van protestantse noties. Kloekers reisde naar Nanjing, de hoofdstad van de opstandelingen. Hij ontving van de leidinggevenden van de beweging een document dat hem volledige bewegingsvrijheid gaf in de door hen bezette gebieden.In 1861 was Kloekers in Peking, maar kreeg geen toestemming zich daar te vestigen. De overige jaren tot 1865 bracht hij door in Yantai in de provincie Shangdong. Een van de weinige Chinezen die hij wist te bekeren was Zhong Youren, die de eerste Chinese baptistenpredikant zou worden.