Moody ei voinut omantunnonsyistä värväytyä liittoarmeijaan sisällissodassa, myöhemmin hän selittää olleensa kveekari. Sisällissodan puhjettua hän osallistui Yhdysvaltojen kristillisen järjestön YMCAn toimintaan. Hän suoritti yhdeksän matkaa rintamalle puhuaakseen Yhdysvaltojen sotilaille. Nämä tapahtuivat Shilohin taistelun ja Stones Riverin taistelun jälkeen. Päätepisteenä vierailuille oli kenraali Grantin joukko-osasto Virginian Richmondissa.