Myöhäiskeskiajalla Cheshire sai osittain autonomisen aseman kruunun alaisuudessa. Kreivikunta oli osallisena Harry Hotspurin johtamassa kapinassa vuonna 1403 ja tuki Lancasterin sukua ruusujen sodassa. 1600–1700-luvuilla Northwichin, Middlewichin ja Nantwichin kaupungit saivat vaurautensa suolakaivoksista.