Rosnąca presja ze strony Habsburgów spowodowała, że syn księcia – Adam Wacław w 1610 powrócił do rzymskiego katolicyzmu. Nastała epoka rekatolicyzacji państwa, przerwana w czasie wojny trzydziestoletniej, kiedy Księstwo wielokrotnie było zajmowane przez wojska protestanckie. Po klęsce protestantów czeskich w bitwie na Białej Górze sytuacja protestantów na Śląsku stała się dramatyczna; w 1629 księżna cieszyńska Elżbieta Lukrecja pozbawiła innowierców w mieście Cieszynie wszelkich praw, jednak to rozporządzenie nie było przestrzegane. Tym niemniej, zaczęto usuwać pastorów (m.in. Jerzy Trzanowski musiał wyjechać z Bielska). W 1652 w rękach katolików znajdowały się kościoły w miastach książęcych w Cieszynie, Jabłonkowie, Skoczowie i Strumieniu, ponadto właśnie odebrano kościoły protestantom w Bielsku i Frysztacie. Pośród kościołów wiejskich do katolików należały świątynie miejscowościach książęcych: Puńcowie, Bielowicku, Lipowcu, Grodźcu, Orłowej, kaplica w Pierśćcu; a z miejscowości szlacheckich w Czechowicach i Piotrowicach. Katolicy dominowali i posiadali kościoły we frydeckim państwie stanowym: Frydku, Dobrej, Skalicy, Bruzowicach i Siedliszczu. W rękach protestantów pozostawały niemal wszystkie pozostałe świątynie we wsiach szlacheckich.