ב-26 בינואר 1531 נהרסה העיר ברעידת אדמה ונהרגו אלפים מתושביה. עם זאת, המאה ה-16 הייתה תור הזהב של האימפריה הפורטוגזית, וליסבון שגשגה, בהיותה שער לסחורות מהמזרח הרחוק, ולזהב שיובא מברזיל. ב-1 בנובמבר 1755 פקדה את העיר רעידת אדמה נוספת, בה נהרגו כ-90,000 בני אדם וכ-85% מהמבנים בעיר נהרסו. לאחר רעידת האדמה נבנתה העיר מחדש לפי תוכניותיו של ראש הממשלה סבשטיאאו דה מלו, המרקיז מפומבל.