После того, как Новая Гранада восстала против испанской власти, он получил 30 мая 1813 года титул «высшего политического правителя» () Новой Гранады (по Конституции 1812 года титул «вице-короля» был упразднён) и сделал своей базой остававшуюся в руках роялистов Санта-Марту, куда прибыл 2 июня 1813 года на бриге «Эль Борха». В 1815 году был произведён в генерал-лейтенанты. После того, как высадившийся в Санта-Марте экспедиционный корпус под командованием Пабло Морильо восстановил испанскую власть в Новой Гранаде, 16 апреля 1816 года Франсиско Хосе Монтальво получил титул вице-короля Новой Гранады (восстановленный в результате реставрации абсолютистского правления).