Poco dopo il conclave che elesse Bergoglio come papa, si trasferì nella Domus Sanctae Marthae, l'hotel vaticano dove vive il Papa. Iniziò a collaborare part-time con papa Francesco, mantenendo il posto di sottosegretario presso la Congregazione per i vescovi. Era ufficialmente il secondo segretario, il primo segretario era Alfred Xuereb sebbene i media suggerissero che in realtà era il più vicino aiutante di Francesco. È diventato il primo segretario nel marzo 2014 quando mons. Xuereb fu promosso segretario generale della Segreteria per l'economia. Yoannis Lahzi Gaid è stato quindi nominato come nuovo sottosegretario.