С момента находки полиптиха в XIX веке не прекращаются споры о личности автора и изображённых на нём людей. Часто считается, что на третьей створке изображён принц Генрих Мореплаватель, но даже этот факт не имеет документального подтверждения и иногда ставится под сомнение. Генриха Мореплавателя впервые идентифицировал Жуакин де Вашконселуш, составивший первое описание алтаря в 1895 году и проведя аналогию с миниатюрой принца в «Хронике завоевания Гвинеи» Гомеша Эанеша де Азурары (1453, хранится в Париже в Национальной библиотеке Франции). В 1910 году как результат многолетних исследований вышла солидная монография Жозе де Фигейреду, основывавшего установление авторства на основании трактата "Da Pintura Antigua" (1548). Оланда причислил Гонсалвеша к породе «орлов» европейской живописи. Но установление авторства осложнено гибелью упоминаемого в трактате «Алтаря Сан Висенте» во время лиссабонского землетрясения 1755 года, а сохранившийся полиптих представляет другую работу мастера. Однако авторство Гонсалвеша подтверждается рядом документов и расшифровкой монограммы на одной из створок буквами "G" и "N". Утверждается, кроме того, что отец Гуго ван дер Гуса работал над одной из створок вместе с Гонсалвешем, но подтверждений этому нет.