Героические боевые традиции ВВС СКВО переходят к 4-й воздушной Краснознаменной армии, сформированной из частей прибывших из Закавказья, Польши и Германии. Уже в 1992—1994 годах части 4-й ВА принимали участие в миротворческой операции в зоне осетино-ингушского конфликта, в 1993—1994 годах — в Абхазии. С 1993 по 1998 годы образцы мужества и профессионализма воины-авиаторы объединения проявляли, выполняя интернациональный долг в составе российских миротворческих сил в Республике Таджикистан. В период проведения специальной операции на территории Чеченской республики в 1994—1996 гг. 4-я воздушная армия выполнила 13020 боевых вылетов (налёт составил 21037 часов). Военнослужащие 4-й воздушной Краснознамённой армии принимали участие также в проведении контртеррористических операций на Северном Кавказе и в операции по принуждению Грузии к миру (2008).