Kurz danach verließ Brentel mit seiner Frau Lauingen in Richtung Nördlingen. Diese Stadt wählte er höchstwahrscheinlich wegen seiner Beziehungen zum Nördlinger Rektor M. Simon Retter, der zuvor am Lauinger Gymnasium unterrichtete. In Nördlingen wurde er bereits am 29. August des gleichen Jahres als Bürger aufgenommen. Von Lauingen verabschiedete er sich endgültig am 6. Dezember 1621, indem er dort die fällige Vermögenssteuer in Höhe von 40 fl bezahlte, wobei ihm ein weiterer Restbetrag in Höhe von 21 fl als Anerkennung erlassen wurde. Zwar bezeichnete sich Brentel in Nördlingen nach wie vor als Maler, doch wurde er in den Steuerbüchern als Stadtbaumeister (1624–26 und 1633–34), sowie als Hospitalmeister (1627–29) geführt. Über diese Tätigkeiten ist aber nichts weiter bekannt. Zur wissenschaftlichen Tätigkeit kehrte er jedoch nicht mehr zurück. Nach dem Tod seiner ersten Frau am 3. Oktober 1628 heiratete er 1629 Regina Adam, eine Tochter des Nördlinger Handelsmannes Balthasar Adam. Seine zweite Frau verstarb bereits am 20. Juli 1634 im Alter von 30 Jahren. Die Leichenrede auf sie, die von M. Tobias Fabricius gehalten und auch abgedruckt wurde, ist ein Zeugnis dafür, dass Brentel auch in der neuen Heimat viele Freunde gewann. Brentel selbst starb im November gleichen Jahres als eines der zahlreichen Opfer der Belagerung und Eroberung der Stadt durch die kaiserlichen Truppen im August 1634. Da seine beiden Ehen kinderlos blieben, nahm die Nördlinger Obrigkeit seinen Nachlass am 26. November auf. Es ist zwar die Inventarliste erhalten, von den Gegenständen fehlt aber jede Spur. Nach der Inventarliste gab es unter seinem Nachlass – neben viel Schmuck – neun gemalte Tafeln und ein gemaltes Altarchen.