Trong cuộc Chiến tranh Ả Rập-Israel năm 1948 Ben-Gurion giám sát các chiến dịch quân sự của nhà nước non trẻ. Trong những tuần đầu tiên sau khi Israel tuyên bố độc lập, ông đã ra lệnh thay thế mọi tổ chức du kích bởi một quân đội quốc gia, Các lực lượng Phòng vệ Israel (IDF). Về mặt này, Ben-Gurion đã sử dụng một bàn tay sắt với Vụ việc Altalena, một chiếc tàu chở vũ khí được Irgun mua. Ông nhấn mạnh rằng mọi vũ khí phải được chuyển giao qua IDF. Khi cuộc đọ súng bùng nổ trên bãi biển Tel Aviv ông đã ra lệnh chiếm nó bằng vũ lực và nổ súng vào con tàu. Mười sáu chiến binh Irgun và ba lính IDF thiệt mạng trong vụ việc này. Sau chính sách hướng tới một lực lượng quân đội duy nhất, ông cũng ra lệnh giải tán các cơ quan chỉ huy Palmach và các đơn vị của nó được sáp nhập vào trong IDF, với sự căm tức của rất nhiều thành viên của tổ chức này.