Text písně sice v původním smyslu neodrážel aktuální situaci ze srpna 1968, protože se vztahoval spíše k celému pražskému jaru a vyjadřoval naději, víru a touhu po svobodě. Díky svému nadčasovému poselství ale mohl být chápán i jako přímá reakce na invazi vojsk do Československa. Proto již od svého prvního vysílání 23. srpna 1968 přijali „Modlitbu“ českoslovenští občané jako protestní píseň proti vojenskému vpádu, a její šíření rozhlasem a televizí i její hymnická podoba tomu napomáhaly. Skladba se zároveň stala výrazem společenského postoje Marty Kubišové, podobně jako další dvě její písně z let 1968–1969, „Tajga blues '69“ a „Hej, Jude“. „Modlitba pro Martu“ se spolu s písní „Bratříčku, zavírej vrátka“ od Karla Kryla stala symbolem odporu proti okupaci roku 1968.