L'església de Lomisa culmina un alt pas muntanyós al municipi de Dusheti, a uns 7 km al sud del llogaret de Kvemo Mleta i a 18 km al nord-oest de la petita ciutat de Pasanauri en línia recta. El bosc Lomisi o Alevi, en què es troba l'església, domina la vall d'Aragvi al districte històric de Mtiulètia, que ara forma part administrativament de la regió de Mtskheta-Mtianeti de Geòrgia, al nord, i una part de la vall de Ksani al sud, que va quedar sota el control de l'Ossètia del Sud escindida durant la guerra ruso-georgiana d'agost de 2008.