V této pozici Lýsandros přispěl rozhodující měrou k definitivní porážce athénského loďstva v bitvě u Aigospotamoi v roce 405 př. n. l., která prakticky ukončila peloponéskou válku. V Attice se poté spojil s vojskem spartských králů Ágida II. a Pausania a když se vyhladovělé Athény po několikaměsíčním obléhání konečně vzdaly, dosadil Lýsandros Athéňanům vládu třiceti mužů, kteří se stáli později známí jako třicet tyranů.