Die Stadt liegt am Fluss Mekong, gegenüber von Chiang Khong in der Provinz Chiang Rai (Thailand) und ist der nördlichste Grenzübergang zwischen beiden Ländern. Die beiden waren früher nur mit einer Fähre verbunden. Im Dezember 2013 wurde die Vierte Thailändisch-Laotische Freundschaftsbrücke fertiggestellt, die den Mekong nach Thailand überquert. Houayxay hat als Grenzstadt eine lange Geschichte des Rauschgiftschmuggels und war zudem ein Aufenthaltsort US-amerikanischer Truppen während des laotischen Bürgerkriegs zu Beginn der 1960er Jahre. Houayxay ist auch der Endpunkt der Nationalstraße 3, verbindet die Volksrepublik China über die Grenze bei Boten in Yunnan und Luang Namtha mit Thailand.