Las Haciendas comenzaron a vivir un nuevo periodo de inestabilidad al acentuarse las tensiones entre liberales y conservadores, que desembocarían en la guerra civil de 1858 a 1861. La división entre los habitantes de San Juan del Río se empeoró al expedirse la Ley Lerdo, con la cual varias fincas pasaron de manos de la Iglesia a particulares.