In der Winterpause der Saison &lt;a href="Fu%C3%9Fball-Bundesliga%202007/08"&gt;2007/08&lt;/a&gt; wurde Hübner Sportdirektor beim damaligen Bundesligisten MSV Duisburg und stieg mit dem MSV in die 2. Liga ab. Nach dem Erreichen des Pokalfinales 2011 löste er im Mai 2011 seinen Vertrag in Duisburg auf, um in gleicher Funktion zu Eintracht Frankfurt, die zuvor aus der Bundesliga abgestiegen war, zu wechseln. In Frankfurt verhalf er dem Verein 2012 zum Bundesliga-Aufstieg und in der Folge zweimal zum Einzug ins Finale des DFB-Pokals, der 2018 von der Mannschaft gewonnen wurde. Darüber hinaus erzielte das Team unter Hübner dreimal die Qualifikation zur Europa League. Am 30. Juni 2021 verließ Hübner mit dem Auslaufen seines Vertrags die Eintracht, um sich seinem Privatleben zu widmen.