Am 8. November 2011 debütierte Kownacki als 14-Jähriger für die polnische U-15-Nationalmannschaft und erzielte beim 5:3-Sieg gegen Deutschland drei Tore. In der Folge lief er auch für die U-16-, U-17- und U-19-Nationalmannschaft Polens auf. Mit der polnischen U-21-Nationalmannschaft nahm er an der U-21-Fußball-Europameisterschaft 2017 teil; bei der U-21-Europameisterschaft 2019 führte er seine Mannschaft als Kapitän an. Jeweils scheiterte er mit seiner Mannschaft jedoch in der Vorrunde. Insgesamt absolvierte er 22 U-21-Länderspiele, in denen ihm 15 Tore gelangen.