Cuando Tony Blair se convirtió en primer ministro en 1997, Dewar pasó a ocupar el puesto de secretario de Estado para Escocia (ministro) en su gabinete. Ese mismo año se organizó un referéndum sobre el establecimiento de un Parlamento y un poder ejecutivo escocés, que Dewar impulsó activamente. El resultado de la consulta fue positivo y en 1999 se celebraron las primeras elecciones parlamentarias. El Partido Laborista escocés resultó victorioso y Dewar fue elegido por el nuevo Parlamento como ministro principal. Entre sus acciones como ministro principal destacaron el proyecto de ley para mejorar los estándares de calidad de las escuelas públicas escocesas, el de protección de los derechos e intereses de los adultos incapacitados y el de la creación de parques nacionales, así como la abolición de la ley de tenencia feudal y del artículo 28.