Nach dem Abschluss von der Generalstabsakademie wurde Bodin, seit dem 4. Juni 1940 Generalmajor, zum Stabschef des Militärbezirkes Odessa ernannt. Aus diesem wurde im Juni 1941 die zunächst selbständige 9. Armee unter Generaloberst J.T. Tscherewitschenko gebildet, deren Generalstabschef Bodin nun wurde. Die Armee wurde bald der Südfront unterstellt. Sie wich in schweren Kämpfen vom Pruth über den Dnestr bis zum Dnepr zurück. Im September 1941 geriet Bodin in Konflikt mit Generalleutnant D.I. Rjabyschew, dem Oberbefehlshaber der Südfront. Der neue Frontoberbefehlshaber hatte befohlen, den deutschen Brückenkopf bei Kachowka am Dnepr im Gegenangriff zu beseitigen. Als dies der 9. Armee nicht gelang und die deutschen Truppen am 9. September ihrerseits erfolgreich durch die sowjetischen Linien brachen, betrieben Rjabyschew und sein Stab die Ablösung der Führung der Armee, die von der Stawka VGK schließlich auch genehmigt wurde. Allerdings wurde Rjabyschew einige Wochen später selbst wegen seiner Niederlage in der Schlacht am Asowschen Meer abgesetzt, während Bodin am 15. Oktober 1941 zum neuen Chef des Generalstabes der Südwestfront unter Marschall S.K. Timoschenko ernannt wurde. In dieser Funktion trug er viel Verantwortung, da diese Befehlsstelle auch als Oberkommando der Südwestrichtung fungierte und daher mehrere Fronten zu koordinieren hatte. Dies war vor allem während der Schlacht um Rostow der Fall, dem ersten operativen Sieg der Roten Armee im Krieg gegen das Deutsche Reich, sowie bei der anschließenden Gegenoffensive (→ "Barwenkowo-Losowajaer Operation") im Winter. In den 1970er Jahren hielt die »Sowjetische Militärenzyklopädie« dazu fest: „B.[odin] organisierte geschickt die Gefechtsführung und Abstimmung der Truppen. Ihm gebührt das große Verdienst, die Organisation der sowjetischen Truppen während der Zerschlagung der Panzergruppe Kleist und beim Angriff der Südwestfront im Winter 1941/42 durchgeführt zu haben.“