Морские полки в кампании 1805 г. участвовали в десантных операциях отряда графа Толстого, занявшего потом Ганновер. После Аустерлицкого сражения часть морских полков (по одному батальону от каждого полка) была расписана на суда эскадры адмирала Сенявина, оперировавшей в 1806 г. в Средиземном море, и принимали участие в морском бою при Афонской горе и в занятии островов Тенедоса и Лемноса. Этот сводный морской полк был назван 2-м морским полком, а остававшиеся в Кронштадте два батальона 2-го морского полка были приписаны по одному к 1-му и 3-му полкам.