1805-ben kitört a harmadik koalíciós háború a franciák ellen, de Napóleon Austerlitznél legyőzte az osztrák–orosz szövetséget és utána bevonult Bécsbe. A pozsonyi békeszerződésben az osztrákok elveszítettek Dalmáciát, Velencét és Tirolt. Ausztria kimaradt a negyedik Napóleon-ellenes háborúból, de amikor a franciák 1808-ban megbuktatták a spanyol uralkodót, mégis hadat üzentek (ötödik koalíciós háború). Miután az oroszok ezúttal a franciák szövetségesei voltak, helyzetük reménytelen volt, és Napóleon hamarosan újra elfoglalta Bécset. A schönbrunni békében Ausztria elvesztette Salzburgot, lengyel területei nagy részét és Karintia és Stájerország jelentős területeit. Gyakorlatilag francia kliensállammá süllyedt, 1810-ben Ferenc lánya, Mária Lujza házasságot kötött Napóleonnal. 1811-re Ausztria gazdaságilag csődbe jutott és papírpénze gyorsan veszített értékéből.