После событий 17 июня 1953 года Ганс Ендрецки, как участник группы Цайссера и Гернштадта, был освобождён от своих обязанностей. В августе 1953 года на посту первого секретаря берлинского окружкома СЕПГ его сменил Альфред Нойман. До сентября 1957 года Ендрецки работал на должности председателя окружного совета Нойбранденбурга. После XX съезда КПСС в 1956 году был реабилитирован, в феврале 1957 года вместе с Александром Абушем и Францем Далемом вошёл в состав ЦК СЕПГ. В феврале 1958 года сменил Франца Пеплински на посту заместителя министра внутренних дел и был назначен статс-секретарём по делам местных советов. С ноября 1961 по май 1963 года Ганс Ендрецки являлся министром и руководителем Центральной комиссии государственного контроля. В 1963—1965 годах Ендрецки входил в состав президиума и занимал должность секретаря правления Объединения свободных немецких профсоюзов.