Los problemas étnicos y políticos desembocaron en la Guerra Croata de Independencia, donde el Ejército Popular Yugoslavo y varios grupos paramilitares serbios atacaron la nación. Para finales de 1991, una guerra intensa redujo el control croata a menos de una tercera parte de su territorio. El 15 de enero de 1992 Croacia obtuvo el reconocimiento diplomático de la Comunidad Económica Europea, y poco después de la ONU. La guerra terminó de forma definitiva en agosto de 1995 con una victoria decisiva para Croacia y provocando la expulsión de unos 250 000 serbios que habitaban en Croacia. El resto de las regiones ocupadas regresaron a su dominio conforme a lo establecido en el Convenio de Erdut de noviembre de 1995, aunque el proceso no finalizó hasta enero de 1998.