Předchůdcem Severního loďstva byla Severní vojenská flotila zformovaná 1. června 1933 se základnou v Murmansku, později v Polarném. Flotila byla 11. května 1937 reorganizována v Severní loďstvo. Za druhé světové války se loďstvo účastnilo bojových operací. Bojovalo v zimní válce v letech 1939–1940 a ve velké vlastenecké válce v letech 1941–1945. V kontrastu k ostatním sovětským loďstvům během války znatelně vzrostlo, zatímco v polovině roku 1941 mělo 15 ponorek, 8 torpédoborců, 7 strážních a jiných lodí, 116 letadel. Roku 1945 loďstvo disponovalo bitevní lodí, křižníkem, 17 torpédoborci, 51 strážních kutrů, 45 protiponorkových lodí, 43 minolovek, 56 torpédovek, 42 ponorek, 718 letadel, 256 děl pobřežního dělostřelectva a 25 tisíc příslušníků námořní pěchoty. Ke dvacátému výročí konce války bylo, 7. května 1965, loďstvo za bojové zásluhy vyznamenáno Řádem rudého praporu.