La Royal Air Force británica operó un avión de patrulla marítima llamado Avro 696 Shackleton, mientras que la British Antarctic Survey (Investigación Antártica Británica) ha bautizado uno de sus barcos de investigación como RRS "Ernest Shackleton". Asimismo, en el polo sur de la Luna existe un cráter de impacto llamado Shackleton en honor al explorador y en la Antártida se nombró en 1961 un sector de la costa del mar de Ross como costa Shackleton. El asteroide (289586) Shackleton también lleva este nombre en su memoria. En 2002 el Channel 4 británico produjo una serie de televisión titulada "Shackleton", que recreaba la Expedición Imperial Transantártica con el actor Kenneth Branagh en el papel del explorador y consiguió ganar dos premios Emmy. El 15 de febrero de 2011 el 137 aniversario del nacimiento de Shackleton fue celebrado con un Google Doodle en el famoso buscador de internet. Ese mismo año la casa de subastas Christie's vendió por 1250 libras una galleta que Shackleton ofreció a un «compañero de viaje hambriento», Frank Wild, durante la Expedición Nimrod (1907-1909).