Toisen oopiumisodan aikana vuonna 1860 Napier johti divisioonaa kenraali Hope Grantin alaisuudessa tämän hyökätessä Kiinaan. Napierin joukot lamauttivat Pei Ho -joen pohjoispuolella sijainneet kiinalaisten linnakkeet ja etenivät Pekingiin, mikä johti Kiinan antautumiseen. Seuraavana vuonna Napier ylennettiin kenraalimajuriksi ja hän toimi 1861–1865 Intian varakuninkaan neuvoston sotaministerinä. Marraskuun lopussa 1863 hän oli itse 12 päivän ajan vt. varakuninkaana ja kenraalikuvernöörinä. Hänet nimitettiin 1865 Bombayn armeijan komentajaksi ja ylennettiin 1867 kenraaliluutnantiksi. Vuonna 1868 Napier johti brittien hyökkäystä Etiopiaan ja löi keisari Teodoros II:n joukot Magdalan taistelussa huhtikuussa 1868. Palkintona tästä hän sai samana vuonna paronin arvon nimellä "Napier of Magdala" sekä 2 000 punnan vuosittaisen eläkkeen, ja seuraavana vuonna Royal Societyn jäsenyyden. Hän toimi vielä 1870–1876 Intian joukkojen ylipäällikkönä, 1876–1883 Gibraltarin kuvernöörinä sekä vuodesta 1887 kuolemaansa asti Lontoon Towerin linnanvoutina. Napierista kaavailtiin myös ylipäällikköä vuonna 1878, kun sota uhkasi puhjeta Britannian ja Venäjän välille Turkin sodan seurauksena. Hänet ylennettiin 1883 sotamarsalkaksi.