Natzmer kam 1762 in die Garde von Hessen-Kassel und wurde 1765 Sekondeleutnant im 1. Bataillon. Im Jahr darauf erfolgte seine Beförderung zum Premierleutnant mit dem Rang als Kapitän. 1773 nahm Natzmer seinen Abschied, trat in preußische Dienste über und wurde am 5. Mai 1773 als Kapitän und Kompaniechef im Infanterieregiment „von Lengefeld“ angestellt. Während des Bayerischen Erbfolgekrieges nahm er am Gefecht von Habelschwerdt teil. Am 22. Juni 1784 wurde er Major und am 10. Mai 1788 Kommandeur des Infanterieregiments „Graf von Schwerin“. Am 6. Juni 1791 wurde er Oberstleutnant und am 20. Februar 1793 Oberst. Während des Feldzuges in Polen nahm Natzmer an der Einnahme von Warschau sowie an der Schlacht an der Rawka teil. Am 8. Juni 1794 erhielt er den Orden Pour le Mérite. Am 28. Januar 1799 wurde er Chef des Infanterieregiments „von Mosch“. Kurz danach am 20. Mai 1799 wurde er mit Patent vom 22. Mai 1799 zum Generalmajor befördert.