Bij zijn internationale debuut, op de Europese kampioenschappen zwemmen 1999 in Istanboel, Turkije, eindigde Boggiatto als vierde op de 400 meter wisselslag en strandde hij in de series van de 200 meter wisselslag. Op de EK kortebaan 1999 in Lissabon, Portugal eindigde de Italiaan als zesde op de 1500 meter vrije slag en als achtste op de 400 meter wisselslag. In Helsinki, Finland nam Boggiatto deel aan de EK zwemmen 2000, op dit toernooi eindigde hij als vijfde op de 400 meter wisselslag. Tijdens de Olympische Zomerspelen van 2000 in Sydney, Australië eindigde de Italiaan als vierde op de 400 meter wisselslag. Op de EK kortebaan 2000 in Valencia, Spanje veroverde Boggiatto de Europese titel op de 400 meter wisselslag, op de 200 meter vlinderslag werd hij uitgeschakeld in de series.