Во время Чумного бунта 1771 года Пётр Еропкин остался в Москве и руководил усмирением толпы. Массовые волнения были вызваны решением митрополита Амвросия убрать из часовни у Варварских ворот высокочтимую икону Боголюбской Божией Матери. Он пытался замедлить распространение эпидемии, сократив массовое паломничество. Разгневанная толпа ворвалась в Кремль на территорию Чудова Монастыря и убила священнослужителя. После гибели митрополита для усмирения бунта в Москву командировали генерал-фельдцейхмейстера Григория Орлова, штаб которого расположился в доме Еропкина. Согласно источникам, бунтовщики пришли за Еропкиным в особняк, считая его соучастником Амвросия, но не нашли его там.