De Borja wechselte am 11. August 1506 auf die Titelkirche "Santi Nereo ed Achilleo". Von Januar 1503 bis 1504 war er Kämmerer des Heiligen Kardinalskollegiums. Francisco de Borja war Teilnehmer des ersten Konklave von 1503, das Pius III. zum Papst wählte. Er nahm auch am zweiten Konklave von 1503 teil, aus dem Julius II. als Papst hervorging. Am 11. August 1506 optierte er zur Titelkirche "Santi Nereo ed Achilleo". Er verzichtete er am 5. Juni 1508 zugunsten seines Neffen Francisco de Borja auf das Bistum Teano. Im Januar 1511 wurde er Kardinalprotopriester.