Kolejne przemiany miały miejsce za panowania Zygmunta III, kiedy to, w latach 1602-1605, Giovanni Trevano nadał pałacowi szatę barokową. W latach 1642-1646 budowlę odrestaurowano. Kolejni Wazowie - Władysław IV i Jan Kazimierz również nie szczędzili środków na utrzymanie reprezentacyjnego charakteru rezydencji. Źródła historyczne wskazują, że pałac w Łobzowie budził zachwyt wśród ówczesnych. W 1655 roku rezydencja została zniszczona przez wojska szwedzkie.