Talvisodassa opiston rakennukset tulivat armeijan käyttöön. Opetus keskeytyi välirauhan ja jatkosodankin ajaksi, jolloin opisto toimi saksalaisten joukkojen sairaalana. Vuonna 1944 perääntyvät saksalaiset polttivat Kuusamon kirkonkylän opistorakennuksineen.