En 1940, durante la batalla de Francia y la crisis política que provocó la derrota ante la "Wehrmacht" alemana, Mendès France era uno de los que pensaban que era imprescindible mantener una resistencia a ultranza, sin firmar ningún armisticio, refugiándose si era preciso en las colonias francesa para proseguir la lucha contra el enemigo. Fue uno de los diputados franceses que embarcaron en el paquebote "Massilia" para dirigirse a la colonia francesa de Marruecos en junio de 1940 con idea de esperar al Gobierno francés que debía reunirse allí con ellos, encontrándose a su llegada con que fueron arrestados por el general Charles Noguès, jefe de la Administración francesa colonial ("Alto Residente de Francia en Marruecos"), bajo la acusación de deserción, aunque en realidad se detuvo a parlamentarios que eran contrarios a las tesis que había logrado imponer el mariscal Philippe Pétain y que desembocaron en la firma del Armisticio del 22 de junio de 1940 con los alemanes y en la creación de la Francia de Vichy, colaboracionista con el Tercer Reich. Fue juzgado por dichos cargos y encarcelado.