8 июля 2004 года Майкон дебютировал в составе первой сборной Бразилии в матче Кубка Америки против команды Перу, в которой бразильцы победили 1:0. Всего на турнире Майкон провёл 5 матчей, а бразильцы выиграла соревнование. В 2005 году Майкон провёл в составе сборной только 2 игры, обе — на Кубке конфедераций, где бразильцы одержали победу. Майкон провёл 2 матча на турнире из-за Сисиньо, который выигрывал конкуренцию на правом фланге защиты команды. В 2006 году Майкон был одним из кандидатов на поезду на чемпионат мира, но на сам турнир не попал, проиграв конкуренцию Сисиньо и Кафу.