W XVI wieku piwo bydgoskie obok czterech innych było zatwierdzone przez Sejm jako piwo eksportowe Rzeczypospolitej. Podpiętrzona w jazie miejskim Brda była źródłem energii dla napędu różnorodnych manufaktur, m.in. młynów wodnych, tartaków, garbarni. W mieście znajdowała się m.in. żupa solna (1522) i warzelnia soli (1579), mennica królewska (1594–1688) oraz papiernia (1648). Bydgoszczanie aż do końca XVII wieku posiadali monopol na handel solą na terenie Wielkopolski. Od połowy XVII wieku handel i gospodarka miejska przeżywała kryzys wskutek wojen szwedzkich, ale nawet wtedy miasto wyróżniało się pod względem spławu towarów. W życiu gospodarczym miasta ważną rolę odgrywały także targi oraz sześciokrotnie w roku jarmarki, na które mieszczanie otrzymali przywileje królewskie.