В связи с оккупацией Петрозаводска и части территории Карело-Финской ССР в годы советско-финской войны (1941—1944), аппарат ЦК КП(б) сначала был эвакуирован в Медвежьегорск, затем работал в Беломорске. ЦК КП(б) руководил деятельностью райкомов партии на неоккупированной территории республики и подпольными партийными организациями на оккупированной территории.