Бекир Халими е роден на 15 декември 1971 година в Скопие, тогава в Югославия. Присъединява се към АНО и по време на военния конфликт в Република Македония през 2001 година е заместник-командир на Муджахидинското подразделение, командвана от Ферит Селими и действаща в района на Куманово.