W drugiej połowie XVI wieku na pograniczu Naddnieprza, tzw. Dzikich Polach uformowała się społeczność wojskowa Kozaków zaporoskich, chroniąca pogranicze przed Tatarami i uczestnicząca w wojnach pierwszej połowy XVII w. w ramach wojsk Rzeczypospolitej. Kozaczyzna od końca XVI wieku była jednocześnie ośrodkiem powstań kozackich w obronie swego niezależnego statusu, a z czasem i statusu ludności ruskiej w Rzeczypospolitej. W połowie XVII wieku Ukraina była terenem powstania Chmielnickiego (1648), w jego konsekwencji długoletniej wojny polsko-rosyjskiej (1654-1667) a następnie polsko-tureckiej (1672-1676 i 1683-1699). W 1658 na mocy Unii hadziackiej całe terytorium Naddnieprza weszło w skład powołanego przez Unię Księstwa Ruskiego - trzeciego równoprawnego członu Rzeczypospolitej. Postanowienia unii nie weszły ostatecznie w życie. Traktatem Grzymułtowskiego (1686) Rzeczpospolita zrzekła się Ukrainy Lewobrzeżnej i Kijowa wraz z okręgiem na rzecz Carstwa Rosyjskiego. Pomiędzy traktatem w Buczaczu (1672) a pokojem w Karłowicach (1699) część Ukrainy znalazła się pod panowaniem Imperium Osmańskiego. Wojny, rzezie, deportacje ludności w jasyr i na terytorium Carstwa Rosyjskiego i epidemie towarzyszące wojnom doprowadziły do ruiny kraju, wyludniły go i zatrzymały jego rozwój.