Posteriormente, no entanto, o sucesso militar do Exército Popular de Libertação do Sudão levaria a um declínio na moral dentro do Anya Nya II e induziu as principais unidades, juntamente com seus comandantes, a desertarem para o Exército Popular de Libertação do Sudão a partir do final de 1987. Em meados de 1989, apenas uma facção do Anya Nya II permaneceu leal ao governo; prosseguindo com suas estreitas relações com o governo após o golpe militar de Bashir e manteve sua base política em Cartum.