Хайме Морено дебютировал в сборной Боливии 11 июля 1991 года на Кубке Америки в возрасте 17-ти лет в матче против Колумбии, завершившемся вничью 0:0. За время выступлений в сборной Морено принял участие в пяти розыгрышах Кубка Америки (1991, 1993, 1997, 1999, 2007). Самым успешным из них для боливийцев оказался турнир 1997 года, тогда они, сенсационно выиграв пять матчей подряд, дошли до финала, где уступили бразильцам 1:3. На турнир 2007 года Морено был вызван после шестилетнего перерыва в играх за национальную сборную. Также Морено участвовал в чемпионате мира 1994 года, вышел на замену в двух матчах из трёх проведённых боливийцами на турнире, в обоих его команда проиграла, а ещё в одном матче сыграла вничью, заняв последнее место в группе. В октябре 2008 года Морено объявил о завершении выступлений за сборную, проведя 22 октября свой последний матч — товарищеский против Сальвадора, который боливийцы проиграли со счётом 0:2.