Důvodem k tomu byl i šířící se neklid mezi teprve nedávno podrobenými galskými kmeny. Kvůli slabé úrodě v roce 54 př. n. l. povstaly proti Římanům kmeny Eburonů, Treverů a Nerviů, do jejichž čela se postavil náčelník Ambiorix. Zpočátku sice dosáhly několika menších úspěchů, nakonec byly ale definitivně zbaveny svobody. Větším nebezpečím pro římskou vládu v Galii se ukázalo být povstání Vercingetoriga, náčelníka kmene Arvernů, v roce 52 př. n. l. Tomu se jako prvnímu podařilo sjednotit všechny Galy a Caesarovi se tak v něm objevil první skutečně rovnocenný nepřítel. Jeho taktika spálené země přivodila Caesarovým legiím vážné problémy. Vercingetorix nejprve odřízl Caesara od jeho zásobovacích linií a poté ho odrazil v bitvě u Gergovie. Po tomto vítězství ale Vercingentorix nerozvážně upustil od dosavadní opatrné defenzivní taktiky a pln sebedůvěry napadl Caesarovo vojsko. Jeho nedostatečně vycvičená jízda byla poražena, načež se Vercingetorix stáhl do Alesie. Caesar začal toto oppidum bez otálení obklopovat třicet pět kilometrů dlouhou obléhací zdí, zatímco se z nitra Galie vydalo Vercingetorigovi na pomoc ohromné osvobozovací vojsko. V následné bitvě o Alesii se Římané s pomocí Germánské jízdy dokázali navzdory nesmírné převaze Galů ubránit. Po kapitulaci Vercingetoriga byl galský odpor definitivně zlomen. O šest let později v roce 46 př. n. l. byl krátce po skončení Caesarova triumfu Vercingetorix v Římě popraven.