1784 kehrte Kościuszko an den Familiensitz in Siechnowicze in der damaligen Woiwodschaft Brześć Litewski zurück. Nach dem Eintritt in die königliche Armee wurde er 1789 vom polnischen König Stanisław Antoni Poniatowski zum Generalmajor ernannt. Kościuszko begrüßte die republikanische Bewegung, die von 1788 bis 1792 durchgeführten Reformen und die am 3. Mai 1791 verabschiedete Verfassung sehr. Bereits früh beteiligte er sich an der Seite Józef Poniatowskis an Plänen für eine Intervention gegen die Teilungsmächte Russland und Preußen. 1792 war er schließlich einer der Anführer der polnischen Truppen gegen die russische Invasion in Polen, die sich gegen den liberalen Kurs des polnischen Parlaments richtete und zum Ausbruch des Russisch-Polnischen Krieges von 1792 führte. Polen unterlag den kaiserlichen Truppen und der Niederlage folgte die zweite Teilung Polens durch Russland und Preußen. Danach floh Kościuszko nach Kursachsen. Bei der Ankunft in Leipzig zum Jahreswechsel 1792/1793 überreichte ihm ein französischer Diplomat die Urkunde des Ehrenbürgerrechts Frankreichs, das ihm die französische Nationalversammlung im August 1792 zusammen mit George Washington, dem schweizerischen Pädagogen Johann Heinrich Pestalozzi und anderen Persönlichkeiten verliehen hatte. Kościuszko reiste noch im Januar 1793 nach Paris in der Hoffnung, französische Unterstützung für Polen zu erhalten, und traf gerade zur Zeit der Hinrichtung Ludwigs XVI. dort ein. Während seines Aufenthaltes traf er sich mit führenden Revolutionären Frankreichs, unter anderem auch mit Robespierre. Nach monatelangen Verhandlungen kam Kościuszko aber zum Schluss, dass die Revolutionäre nur an einer Schwächung Preußens im Ersten Koalitionskrieg durch eine Ablenkung in Polen interessiert waren, und reiste mit leeren Händen ab.