1 марта 1951 года следственная тюрьма с прилегающей к ней закрытой зоной была передана властям ГДР, а затем недавно образованному министерству государственной безопасности ГДР (Штази), под руководством которого и с привлечением труда самих заключённых были отстроены наружные стены тюремного комплекса и сторожевые башни. Весь этот ареал был строго засекречен и на картах Восточного Берлина даже не был отображён. Среди заключённых преобладали лица, критически настроенные против восточногерманских властей, участники событий 17 июля 1953 года, а также граждане ГДР, пытавшиеся бежать через государственную границу на запад. Всего через тюрьму Штази в Хоэншёнхаузене прошло более 11 тыс. человек, в том числе: Георг Дертингер, Макс Фехнер, Карл Вильгельм Фрике, Вольфганг Харих, Вальтер Янка, Вальтер Линзе, Пауль Меркер, Курт Вюнше, Юрген Фукс и Вернер Теске. Поскольку советская тюрьма была уже мала и не отвечала духу времени, в 1961 году силами содержавшихся в соседнем трудовом лагере было отстроено новое тюремное здание на 200 камер и комнат для допросов. Центральный характер тюрьмы подчёркивался уже тем фактом, что она находилась под непосредственной персональной ответственностью генерального прокурора ГДР. В целом система несколько смягчилась: новые камеры были оборудованы окнами, раковинами и унитазами, были разрешены прогулки (в отгороженных глухими стенами и металлической сеткой "«тигриных клетках»"), а признаний отныне добивались скорее методами психологического воздействия. Кроме того, под тюремную больницу на 28 коек было переоборудовано соседнее здание прачечной. Однако заключённые по-прежнему должны были чувствовать себя отданными в полную власть всесильной государственной машине, и такое положение сохранялось до последних месяцев перед объединением Германии.