Tras la muerte de Yaroslav, comenzó una época dificultosa para la Iglesia de Kiev. Durante varios años la ciudad sufrió invasiones mongoles y musulmanas que provocaron la caída de la Rus de Kiev. Luego de la devastadora invasión mongola de la Rus y el saqueo de Kiev en 1240, el metropolitano se mudó a la ciudad de Vladímir en 1299. En 1245 el metropolitano de Kiev Pedro Akeróvich participó en el Concilio de Lyon I. A mediados del siglo XIII, el metropolitanato de Kiev tenía 15 diócesis: Pereyáslav, Cherníhiv, Volodímir-Volinski, Vérjniy Túriv, Pólatsk, Nóvgorod, Smolensk, Ryazán, Przemyśl, Galitzia, Vladímir del Klyazma, Rostov, Bélgorod, Tartu, Uhrovska (Chełm).