Z počátku byl činný v Německu, kde ho poznal při svém pobělohorském exilu český malíř Karel Škréta Šotnovský ze Závořic. Ten poté co se vrátil do Čech a konvertoval na katolickou víru, zřejmě časem přivedl do Prahy i Jana Bartoloměje Klosse (uváděn též jako Klose, Klos, Glos, Gloss). Ten se v Praze 29. ledna 1668 oženil s jistou Helenou Prudencií Strakotovou, s níž měl později pět dětí. Svědkem na svatbě mu byl právě Karel Škréta, který mu byl zároveň ručitelem při jeho přijetí za měšťana Starého Města pražského dne 11. března 1669. V roce 1670 byl přijat za člena "cechu pražských staroměstských malířů" a pravděpodobně byl členem Škrétovy malířské dílny. Pro pražský kostel Panny Marie Na louži vytvořil obraz "Ukřižovaný". Podle jeho kreseb ryli a zhotovovali rytiny Wolfgang Kilian a J. Somma. Jeho žákem byl Martin Tepper. Kromě náboženských motivů maloval i portréty, krajiny a zátiší. Zemřel v srpnu 1679 a dne 27. srpna 1679 byl pochován v kostele svatého Havla, kde je rovněž pohřben Karel Škréta. Klosseho nejstarší dcera Františka Helena se v roce 1693 stala manželkou malíře Petra Brandla.