W 1899 Szczęsnowicz został dowódcą nowo zbudowanego w Filadelfii pancernika "Retwizan". Nosił wówczas stopień kapitana 1. rangi (komandor). Przybył na nim do Rosji, a następnie w październiku 1902 wypłynął do nowej bazy Port Artur na Oceanie Spokojnym, gdzie wszedł w skład Eskadry Pacyfiku (późniejszej I Eskadry Pacyfiku). Dowodził "Retwizanem" w walkach wokół Port Artur podczas wojny rosyjsko-japońskiej. W otwierającym wojnę niespodziewanym ataku japońskich torpedowców 8 lutego 1904 "Retwizan" został uszkodzony i osadzony na mieliźnie, skąd w ciągu następnego miesiąca odpierał kolejne ataki japońskie. Za odparcie ataku niszczycieli i statków mających zablokować wejście do portu został 14 marca 1904 odznaczony z rozkazu cara Orderem św. Jerzego IV klasy, jako pierwszy z oficerów eskadry z Port Artur. Był zwolennikiem aktywnego wykorzystania eskadry portarturskiej. Po naprawie pancernika Szczęsnowicz aktywnie nim dowodził, przede wszystkim 10 sierpnia 1904 w bitwie na Morzu Żółtym, w toku której zwrócił się pancernikiem w stronę okrętów japońskich, pozorując zamiar taranowania i odciągając uwagę od uszkodzonych okrętów eskadry; sam Szczęsnowicz został w tej bitwie lekko ranny w brzuch. Po porażce w bitwie, w obliczu ogólnego upadku morale obrońców, także i Szczęsnowicz poparł dalsze używanie eskadry tylko do wsparcia wojsk lądowych. Według oficjalnego wykazu brał udział w 11 starciach z flotą japońską. Po kapitulacji Port Artur dostał się do niewoli japońskiej, lecz w kwietniu 1905 otrzymał awans na kontradmirała. Sporządził później obszerny raport o przebiegu obrony i błędach popełnionych w organizacji i dowodzeniu eskadrą ("Pławanije eskadriennogo bronienosca Rietwizan 1902–1904 gg").