Debuttò in Nazionale il 2 giugno 1983. Partecipò alla Copa América 1983 con la maglia della propria selezione, giocando da titolare la prima partita contro il ; nella seguente, partì dalla panchina, entrò al posto di Morel e venne sostituito a sua volta da Garay. Fu successivamente convocato per il ; nella competizione giocò come attaccante titolare tutte e quattro le partite del Paraguay, contro , e . In seguito, partecipò alla 1989: affiancò Ferreira nella coppia d'attacco scelta dall'argentino Manera per le prime tre partite, saltando l'ultima del girone contro il Brasile padrone di casa. Una volta guadagnato l'accesso alla fase successiva, Mendoza venne nuovamente schierato, e saltò l'altro incontro con la selezione ospitante; in totale, giocò cinque partite su sette. La sua ultima presenza internazionale risale al 1993.