Junot'n palattua Ranskaan vuonna 1801 hänet nimitettiin divisioonankenraaliksi ja Pariisin kuvernööriksi. Näistä tehtävistä hänet syrjäytti itse Napoleon, ja hänet lähetettiin Arrasiin Ranskan pohjoisosiin, jonne piti perustaa uusi krenatööriarmeija. Kun Junot teki tiettäväksi tyytymättömyytensä tilanteeseen, hänet tavallaan karkotettiin maasta, kun hänet nimitettiin Ranskan suurlähettilääksi Portugaliin. Hän kuitenkin osallistui Austerlitzin taisteluun.