Han tjenestegjorde under andre verdenskrig og kommanderte den britiske slagkrysserskvadronen i 1939. Han var sterkt involvert i handlingene som fant sted til sjøs utenfor kysten av Norge i 1940. Hans flåtestyrke konfronterte de tyske slagskipene «Scharnhorst» og «Gneisenau» på invasjonsdagen 9. april, i det som er kjent som slaget ved Lofoten. Fra flaggskipet HMS «Warspite», et slagskip fra første verdenskrig, ledet Whitworth Royal Navy til seier i det andre sjøslaget om Narvik 13. april. Sommeren 1940 vendte han tilbake til slagkrysserskvadronen. Han ble forfremmet til "Second Sea Lord and Chief of Naval Personnel" i 1941 og "Commander-in-chief, Rosyth" (flaggoffiser) i 1944. Whitworth pensjonerte seg fra Royal Navy i 1946. For sin innsats under andre verdenskrig ble han belønnet med kommandørridder av Order of the Bath og Distinguished Service Order.