A partire dal 1999, Botero venne convocato regolarmente per la , partecipando a competizioni come FIFA Confederations Cup 1999, Copa América 2001 e Copa América 2004. Il 1º aprile 2009 Botero segnò una tripletta nella storica partita vinta per 6-1 dalla Bolivia in casa contro l', ma il 15 maggio dello stesso anno comunicò il proprio ritiro dalla nazionale, causato dalla mancanza di stimoli e motivazione. Con 48 presenze e 20 reti, è il secondo migliore marcatore della storia della nazionale boliviana, dopo Marcelo Moreno.