Ihr Vater starb im Dezember 1355. Im Januar 1356 wurde die Blijde Inkomst verkündet, die die Einheit des Herzogtums festschrieb, um dessen Teilung zwischen Johanna und ihren Schwestern zu vermeiden. Johanna als älteste wurde Herzogin, während Ludwig von Male, Graf von Flandern und Ehemann der jüngeren Schwester Margarete die Entscheidung nicht akzeptierte und Brabant angriff. Mit der Unterstützung des Kaisers Karl IV., Wenzels älterem Bruder, konnte Johanna ihren Besitz bewahren. Im ersten geldrischen Erbfolgekrieg unterstützte sie ihre Nichte Mechtild von Geldern, die ein ganz ähnliches Schicksal erwartete.