Mentre imperversava la guerra tra Francesco I di Francia e l'imperatore Carlo V del Sacro Romano Impero per la successione al trono del Monferrato (che secondo antiche convenzioni sarebbe spettato al duca di Savoia), l'11 febbraio 1536 l'esercito di Francesco I occupò l'intera Savoia oltre al Piemonte, compresi i domini di Racconigi. Il duca Carlo II di Savoia, rifugiatosi nel frattempo a Vercelli, ottenne l'aiuto del duca di Milano che gli inviò 2000 uomini, affiancati da 2000 soldati svizzeri e da altri aiuti provenienti dall'esterno. Con queste forze il duca di Savoia riuscì a riconquistare nel 1536 Pancalieri ed altre terre, che però ricaddero ben presto in mano al nemico. Ludovico II, nell'ambito di questi scontri, era rimasto lontano dalle terre di famiglia perché nominato dal duca in quello stesso 1536 alla carica di luogotenente della piazzaforte di Torino col compito di difendere la capitale dalle incursioni dei francesi. Quando l'esercito di Francesco I riuscì a superare le difese ed a penetrare in città, Ludovico II abbandonò il proprio posto il 25 marzo 1536 e da quel momento di lui non si seppe più nulla. La reggenza delle terre paterne passò in quell'anno a suo fratello minore, Filippo.