Zarówno Verstappen, jak i Sainz pozostali w składzie kierowców Toro Rosso na sezon 2016. Do wyścigu w Australii zakwalifikował się na szóstym miejscu, jednak w wyścigu wyraził w komunikatach radiowych swoje niezadowolenie z decyzji o wcześniejszym zjeździe Sainza do alei serwisowej, później domagał się, aby Sainz otrzymał polecenie, by przepuścić Holendra – Hiszpan nie przepuścił Verstappena, który ostatecznie zakończył rywalizację na dziesiątej pozycji. W kolejnych dwóch wyścigach, w Bahrajnie i Chinach zdobywał punkty, zajmując odpowiednio szóste i ósme miejsce. Wyścigu w Rosji nie ukończył ze względu na awarię jednostki napędowej.