Im Königreich Böhmen kam es ebenfalls zu einem Wandel. Dort war nur noch eine Minderheit von etwa 10–15 Prozent katholisch. Bereits unter Ferdinand I. wurde den Jesuiten die Niederlassung erlaubt. Diese gründeten eine zweite Universität zur Ausbildung einer katholischen Elite. Unter dem Adel gewann die Rekatholisierung Anhänger. Diese sorgten dafür, dass auch ihre Untertanen den Glauben wechselten. Außerdem besetzten sie hohe Staatsämter. Rudolf II. wandte sich unter dem Druck des päpstlichen Nuntius insbesondere seit den 1590er Jahren einer verstärkten Rekatholisierungspolitik zu, stieß damit aber auf Widerstand. Der Majestätsbrief von 1609 unterbrach diese Entwicklung. Auch danach versuchten einige geistliche Fürsten, wie der Fürstbischof von Breslau Karl von Österreich, ihre Gebiete zu rekatholisieren. Diese Maßnahmen trugen zum Prager Fenstersturz und dem böhmischen Aufstand bei. Nach dem Sieg am Weißen Berg im Jahr 1620 wurden die in Innerösterreich und anderen Gebieten erprobten Maßnahmen auch in Böhmen und den zugehörigen Gebieten angewandt. Abgesehen von Schlesien, wo es auf Druck des sächsischen Kurfürsten Sonderbedingungen gab, wurde die Rekatholisierung in Böhmen, Mähren und der Grafschaft Glatz durchgesetzt. Wie anderswo wurden die protestantischen Beamten durch Katholiken ersetzt. Der protestantische Adel verlor weitgehend seinen Besitz und musste das Land verlassen. Die katholische Kirche wurde zur einzigen zugelassenen Konfession erklärt. Während Bürgern und Adeligen noch die Möglichkeit der Emigration blieb, wurde Bauern die Auswanderung verboten.