Da allora, Abbondanzieri è stato il portiere titolare fisso del Boca, venendo nominato Portiere sudamericano dell'anno nel 2003. Nel giugno 2004 diventò portiere della Nazionale argentina, rappresentando il suo paese nella Copa América 2004, nella FIFA Confederations Cup 2005 e nelle qualificazioni sudamericane per i Mondiali. Fece parte della squadra argentina anche nella fase finale dei Mondiali del 2006, disputando 5 partite prima dell'infortunio nel quarto di finale contro la Germania, partita poi persa ai rigori.