Vers l'an 1249, le pays de part et d'autre de l'Oder a dû être cédé aux margraves Jean et Othon III de Brandebourg, de la maison d'Ascanie. Les margraves en 1253 fondèrent comme concurrence la ville de Francfort-sur-l'Oder, et le déclin de Lebus commença. La tentative du roi Ladislas de Pologne de reconquérir la « Nouvelle Marche » a échoué en 1328. Les évêques de Lebus continuaient de défendre les intérêts des souverains de Pologne; en 1276 ils ont dû temporairement déplacer leur siège épiscopal à Górzyca ("Göritz") sur la rive est de l'Oder, en 1373 à Fürstenwalde-sur-Spree après la cathédrale de Lebus fut entièrement détruit par les troupes de l'empereur Charles IV. La ville fut pillée par les hussites en 1432.