Izazovi novog univerziteta bili su uglavnom politički, zbog tekuće revolucije u Meksiku i činjenice da je savezna vlada imala direktnu kontrolu nad smernicama i nastavnim planovima univerziteta; neki su se odupirali njegovom uspostavljanju na filozofskim osnovama. Ova opozicija dovela je do poremećaja u radu univerziteta kada je politička nestabilnost primorala ostavke u vladi, uključujući i predsednika Dijaza. Interno, prvi štrajk učenika dogodio se 1912. godine u znak protesta protiv metoda ispitivanja koje je uveo direktor Pravne škole, Luis Kabrera. Do jula te godine, većina studenata prava odlučila je napustiti univerzitet i da se pridruži novoosnovanoj Slobodnoj pravnoj školi.