Точных данных о времени строительства часовни Санту Амару не сохранилось. Вероятно она была построена в XIV веке. Исследователь Марио Кардо выдвинул теорию, что часовня существовала уже в 1325 году. В 1448 году она фигурирует в списке храмов Лагуша, а в 1617 году здание часовни было нанесено на карте города, авторства . Часовни Санту Амару была одно из немногих уцелевших зданий в Лагуше после Лиссабонского землетрясения 1755 года. Так как это был единственный сохранившийся в городе храмом, сюда временно была перенесена резиденция прихода Сан-Себастьян. В наше время здание часовни разрушено.