První zmínka o osadě Myślenicích se objevuje roku 1253 a zmiňuje zdejší obranné opevnění. To mělo dlouhou dobu důležitý význam, neboť Myślenice se nachází na stategické pozici mezi tehdejším polským hlavním městem Krakovem a polskými hranicemi. Dalším významným rokem je rok 1342, kdy král Kazimír III. Veliký povýšil osadu na město. Město bylo vyrabováno během švédské invaze do Polska. Po trojím dělení Polska se město stalo součástí rakouského záboru. Roku 1908 zde vzniká gymnázium.