Après deux années à San Diego, Fernandez est échangé aux Mets de New York en . ll amorce 1993 avec sa nouvelle équipe mais le 11 juin suivant, les Blue Jays rapatrient leur ancien joueur d'arrêt-court, cédant en retour aux Mets le voltigeur Darrin Jackson. Connaissant jusque-là une saison 1993 difficile, Fernandez élève son jeu à son retour au Canada et il frappe pour ,306 en 94 parties pour Toronto. Il a comme partenaire de double jeu au deuxième but le futur membre du Temple de la renommée du baseball, Roberto Alomar. Déjà champions de la Série mondiale 1992, les Blue Jays répètent leur exploit à l'automne 1993. Fernandez frappe pour ,318 avec sept coups sûrs en six matchs face aux White Sox de Chicago en Série de championnat de la Ligue américaine, puis ajoute sept coups sûrs et neuf points produits tout en frappant pour ,333 lors de la Série mondiale 1993 que les Jays remportent sur les Phillies de Philadelphie.