Doubleday assumiu funções administrativas nas defesas de Washington, D.C., onde foi responsável por cortes marciais, que lhe deram experiência legal, e lhe foi muito útil depois da guerra. Ele apenas voltou a combater quando dirigia uma parte das defesas contra o ataque do tenente-general confederado Jubal Anderson Early, nas Campanhas do Vale de 1864. Ainda em Washington, Doubleday testemunhou contra George Meade, no Comitê Misto do Congresso dos Estados Unidos sobre a Conduta da Guerra, criticando duramente a sua conduta na Batalha de Gettysburg. Enquanto em Washington, Doubleday permaneceu um leal republicano e defensor ferrenho do Presidente Abraham Lincoln. Doubleday estava com Lincoln no trem para Gettysburg onde este faria um discurso e o Sr. e Sra. Doubleday participavam de eventos com o Sr. e a Sra. Lincoln, em Washington.