Ситуация для Хусто начала меняться после завершения Чилавертом карьеры в сборной — Таварелли к тому моменту уже не показывал прежнего уровня игры и Вильяр довольно скоро стал рассматриваться в качестве основного вратаря. Однако тренеры не до конца доверяли ему. В частности, на Кубке Америки 2004 к тому моменту двукратный чемпион Парагвая чередовал матчи за сборную с Диего Баррето, сыгравшим в первом и третьем матчах группового турнира против Коста-Рики (1:0) и Бразилии (2:1). Во втором же матче против Чили (1:1) Вильяр, наконец, дебютировал на Кубке Америки. Он же сыграл и в 1/4 финала против Уругвая (1:3).