Konin drabbades hårt av krig och epidemier under 1600-talet. Pesten 1628-1631 decimerade befolkningen betydligt. Följande års försök att återuppliva stadens näringsliv omfattande bland annat kung Vladislav IV:s rättigheter att genomföra två årliga marknader, med militärt skydd till de handelsmän som deltog, samt en licens från starostan 1652 som gav inflyttade skottar rätt att starta bryggerier. Staden ockuperades 1656 under Karl X Gustavs polska krig av svenska trupper, då stadens befästningsverk och stora delar av bebyggelsen skadades svårt. Av 127 hus före kriget återstod endast 25 år 1659. Vid krigsslutet uppgick befolkningen till under 200 personer. 1662 drabbades staden åter av pesten.