На почетку Одбрамбено-отаџбинског рата Бероња се придружио Војсци Републике Српске. Обављао је дужност начелника штаба Тактичке групе 1 током операције "Коридор-92". Након завршетка операције Миле Бероња је преузео дужност команданта Друге посавске бригаде ВРС и ову дужност обављао је од августа 1992. до 1994. године, када је именован на дужност начелника оклопно-механизованих јединица Источно-босанског корпуса ВРС и на овој дужности је остао до краја рата. Рат је завршио у чину пуковника.