В 2010 году был назначен мэром Нанкина, города с населением около восьми миллионов человек в районах его юрисдикции. Работал под руководством секретаря партии Ян Вайцзэ, с которым у него были непростые отношения. Как мэр административного центра провинции, Цзи Цзянье организовал большое количество масштабных проектов развития. При этом многие районы города были снесены, чтобы освободить место для строительства нового жилья. Говорят, что Цзи нравилось «делать большие дела», и он оказывал сильное давление на своих подчиненных, чтобы выполнить свои планы. Однажды он отметил, что хотя строительный бум в Нанкине нельзя сравнивать с Пекином перед Олимпиадой, количество текущих проектов было «сопоставимо с тем, что происходило в Шанхае перед Экспо-2010».