Nel 1989 Janša collaborò alla fondazione di uno dei primi partiti d'opposizione in Slovenia, l'Unione Democratica Slovena (SDZ - "Slovenska demokratska zveza"), di cui divenne il primo vicepresidente e poi il presidente del Consiglio Interno. Dopo le prime elezioni libere nel maggio 1990 fu nominato ministro della difesa nel nuovo governo democratico. Fu ministro della difesa durante la Guerra d'indipendenza slovena, protrattasi per dieci giorni nel giugno-luglio 1991.