V červnu 2017 Sobotka prohlásil, že migrační trasa z Libye do Evropy byla otevřena svržením Muammara Kaddáfího během vojenské intervence NATO v Libyi v roce 2011. Podle Sobotky „se jednoznačně ukazuje, že zhroucení libyjského režimu, na kterém se aktivně podílela i celá řada evropských zemí, ve skutečnosti otevřelo tuto migrační trasu, která aktuálně působí Evropě největší problémy.“