У 1525 пабудаваны драўляны касцёл — філіял калегіяты Св. Яна. У 1615 перабудаваны, у 1653 перададзены ордэну ксяндзоў-місіянераў і стаў цэнтральным храмам ордэна ў Польшчы. Касцёл стаў адным з галоўных храмаў паўднёвага прадмесця Варшавы, хоць напачатку нават не ўваходзіў у яе межы. Аднак ужо праз тры гады Варшава была захоплена шведскімі войскамі ў час «Патопа», а касцёл зруйнаваны. За Янам III Сабескім было вырашана ўзвесці святыню зноў. Сучасны будынак паўстаў у 1679—1696 гадах у барочным стылі паводле праекта надворнага каралеўскага архітэктара Юзафа Шымана Белота. 14 кастрычніка 1696 года прымас Міхал Стэфан Радзяёўскі асвяціў касцёл.