Quelques jours après la signature de ce traité, le , Joseph Bonaparte est nommé à la tête de la délégation française chargée de négocier la paix avec l'Autriche à Lunéville. Depuis la victoire de Napoléon à la bataille de Marengo au mois de juin précédent, le principal enjeu des négociations réside dans la confirmation des dispositions prises trois ans plus tôt à Campo-Formio mais n'avaient jamais été appliquées. Une fois encore, Joseph Bonaparte démontre toute son habileté pour négocier avec son homologue autrichien, Louis de Cobentzel. Après plusieurs semaines de discussions stériles, les victoires militaires du général Moreau à la bataille de Hohenlinden et du général Brune à celle de Pozzolo au cours du mois de décembre dénouent la situation. Dos au mur, Cobentzel accepte de signer un traité le , un texte par lequel la France se voit confirmer sa souveraineté sur la rive gauche du Rhin et sa prépondérance en Italie du Nord, à l'exception de Venise.