Fry continuou na equipe após a Honda comprar a mesma e transformá-la na Honda Racing F1 Team para disputar a temporada de Fórmula 1 de 2006. Ele conseguiu sua primeira vitória como gerente/chefe executivo de uma equipe de Fórmula 1 quando Jenson Button recebeu a bandeira quadriculada no Grande Prêmio da Hungria de 2006.