A instabilidade política e as tentativas frustradas de obter um acordo de paz com o ELPS levaram o general de brigada Omar Hassan Ahmad al-Bashir, em junho de 1989, a depôr o primeiro-ministro Sadique Almadi, declarar estado de emergência e nomear um Conselho de Estado. O novo governo, que baniu todos os partidos políticos, foi fortemente influenciado pelo fundamentalismo islâmico e pouco se esforçou para apaziguar os rebeldes do sul do país.