Efter Wallensteins död 1634 intog Horn flera platser i Schwaben, men råkade åter i tvist med hertig Bernhard av Weimar. De två tvingades dock att samarbeta för att rädda Regensburg och Nördlingen, men den 27 augusti 1634 förlorades ändå slaget vid Nördlingen mot den spansk-kejserliga armén. Nederlaget kom att skyllas på att han lät sig påverkas av hertig Bernhards iver. Gustaf Horn blev krigsfånge och fick i många år försmäkta i tyskt fängelse. Först 1642 blev han utväxlad mot tre kejserliga generaler. Han återvände till Sverige och gifte sig i Stockholm den 9 juli 1643 med Sigrid Bielke. Familjen medföljde på hans många resor i rikets tjänst och olika krigsuppdrag. Under kriget mot Danmark 1644 anföll Gustaf Horn Skåne och erövrade hela landskapet förutom Malmö och Kristianstad. År 1645 påbörjades en belägring av Malmö, som dock avbröts genom freden i Brömsebro. Detta krigsföretag har kommit att kallas "Horns krig". År 1644 blev han lagman i Söderfinne lagsaga. År 1652 blev Horn generalguvernör i Livland och 1653 utnämndes han till riksmarsk, generalfältherre, samt till vice president i Krigskollegium. I början av polska kriget 1655 fick Horn i uppdrag av Karl X Gustav att leda svenska försvaret.