Жуан дебютировал в составе сборной Бразилии 15 июля 2001 года в матче Кубка Америки с Перу. В 2002 году он был кандидатом на поездку на чемпионат мира, но в заявку команды не попал. Он участвовал в Кубке Конфедераций 2003, где бразильцы не вышли из группы и Кубке Америки 2004 и Кубок конфедераций 2005, где бразильцы стали победителями.