เมื่อพระองค์ได้ทรงขึ้นครองราชย์เป็นองค์พระประมุขแห่งจักรวรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิ์แล้ว วิกฤติแรกในเข้ามาคือ คำขู่จากนโปเลียน โบนาปาร์ต หรือจักรพรรดินโปเลียนที่ 1 แห่งจักรวรรดิฝรั่งเศส ที่ได้เข้ามาก้าวก่ายการเมืองการปกครองและระบอบต่างในราชสำนักหลายประเทศในทวีปยุโรป รวมทั้งจักรวรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิ์ด้วย โดยพระองค์ทรงตระหนักถึงภาวะตึงเครียดเรื่องความสัมพันธ์ระหว่างจักรวรรดิโรมันกับจักรวรรดิฝรั่งเศส เพราะว่าราชปิตุจฉาของพระองค์ ราชินีมารี อังตัวเนตแห่งฝรั่งเศส ทรงถูกประหารด้วยเครื่องกิโยตินในการปฏิวัติฝรั่งเศส พ.ศ. 2336 โดยที่พระองค์ไม่ทรงสนพระทัยใยดีและทรงเฉยเมยต่อชะตากรรมของราชปิตุจฉา เพราะเนื่องจากราชินีมารี อังตัวเนตไม่ทรงสนิทสนมกับพระราชบิดาของพระองค์เท่าใดนัก ทั้งที่เป็นพระเชษฐภัคินีแท้ ๆ ของพระองค์ และทรงเป็นปิตุจฉาของจักรพรรดิฟรันทซ์เสียด้วยซ้ำ ถึงแม้พระองค์จะทรงไม่เคยเห็น จอร์ช แดนตัน ประธานองคมนตรีและสมุหนายก ได้มีการเจรจากับพระองค์ให้ทรงเข้าช่วยเหลือปล่อยราชปิตุจฉาจากที่คุมขัง แต่จักรพรรดิทรงเมินเฉย โดยต่อมา พระองค์ทรงนำกองทัพเข้าร่วมรบในสงครามปฏิวัติฝรั่งเศส โดยกองทัพของพระองค์ถูกโจมตีจากกองทัพของนโปเลียน โดยในสมรภูมิแคมโป ฟอร์มีโอ พระองค์ทรงยอมจำนน ยกไรน์ให้กับฝรั่งเศส เพื่อแลกเปลี่ยนกับเวนิสและแดลเมเชีย แต่ต่อมา พระองค์ทรงนำกองทัพจู่โจมฝรั่งเศสในสมรภูมิเอาสเทอร์ลิทซ์ แต่ได้รับความพ่ายแพ้ไป โดยมีการทำสนธิสัญญาเพรสบูร์กขึ้น ซึ่งเป็นยุบระบอบการปกครองของจักรวรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิ์ลง และก่อตั้งจักรวรรดิออสเตรียเป็นจักรวรรดิใหม่