Zanim Möngke wyruszył do Chin, pozostawił w Karakorum swojego najmłodszego brata, Aryka Bögego (zm. 1266), który rozpoczął przygotowania do przejęcia władzy. Na wieść o tym Kubiłaj pospiesznie zorganizował kurułtaj w pobliżu ośrodka swoich posiadłości w Chinach, Kaiping, gdzie 5 maja 1260 roku ogłoszono go Wielkim Chanem. Aryk Böge nie uznał tego odbytego pod nieobecność większości Czyngisydów kurułtaju za legalny i wkrótce jego zwolennicy proklamowali go Wielkim Chanem w Karakorum. W ten sposób rozpoczęła się wojna pomiędzy braćmi. Aryk Böge był popierany przez nowego chana ułusu Dżocziego, Berke (1257–1266), podczas gdy regentka ułusu Czagataja, Organa-katun, próbowała zachować neutralność. Obaj bracia próbowali zagarnąć dla siebie zasoby Czagataidów – Kubiłaj wysłał w tym celu wnuka Czagataja Abiszkę, jednak Aryk Böge zabił go i wysłał na zachód własnego protegowanego, Ałgu (1261–1266). Zamieszanie panujące w Azji Środkowej pogłębiał bunt wnuka Ugedeja, Kajdu (1271 – 1301), który już w roku 1256 aresztował wysłannika Möngkego, teraz zaś zmierzał do zaognienia konfliktu pomiędzy potomkami Tołuja, mając nadzieję na zniszczenie potęgi ich rodu. Oprócz tego istniały także napięcia pomiędzy Berke a Hulagu. Za czasów Batu Iran, a w szczególności Azerbejdżan, był uważany za część ułusu Dżocziego, wysłany zaś na te tereny przez Möngkego Hulagu zaczął podporządkowywać miejscową administrację sobie. Ponadto Berke był muzułmaninem i miał protestować przeciwko atakowaniu, a następnie zabiciu kalifa. W rezultacie zagrożony Hulagu czuł się zmuszony do wycofania wraz z większością swych sił z Syrii, gdzie prowadził kampanię przeciwko Ajjubidom i Mamelukom. Pozostawiony na czele pomniejszonej armii dowódca Hulagu, Kitboga, został pokonany przez Mameluków w bitwie pod Ajn Dżalut 3 września 1260 roku i „był to koniec panowania Mongołów w Syrii i Egipt uwolnił się od groźby mongolskiego najazdu”.