En raison de la présence (dans l'axe de la rue de la Bléterie) d'une poterne, vestige des murailles du , le quai est baptisé « quai de la Poterne » à sa construction en 1767. Ce nom est remplacé par celui de « quai des Gardes-Françaises », puis par celui de « quai Flesselles », du nom du prévôt des marchands de Paris, Jacques de Flesselles, tué le 14 juillet 1789, une des premières victimes de la Révolution française. Les travaux de comblement du « bras de la Bourse » qui le bordait dans les années 1920-1930 ont fait du quai une « allée ».