Ba năm sau đó, ngày 26 tháng 6 năm 1967, Giáo hoàng Phaolô VI quyết định vinh thăng Tổng giám mục Justinus Darmojuwono tước vị Hồng y Đẳng Linh mục nhà thờ Santissimi Nome di Gesù e Maria in Via Lata. Trên cương vị Hồng y, ông đã tham dự hai mật nghị hồng y, là các mật nghị: Mật nghị Hồng y tháng 8 năm 1978 và Mật nghị Hồng y tháng 10 năm 1978, lần lượt chọn Giáo hoàng Gioan Phaolô I và Giáo hoàng Gioan Phaolô II.