En 1746, La Jonquière a déjà servi dans la marine française. Il a fait ses premières armes sous . Il s'y est révélé bon marin. En 1744 la guerre reprend avec l'Angleterre (guerre de Succession d'Autriche). Il participe en 1746 à l'expédition du duc d'Anville et ramène les survivants, victimes des tempêtes et des épidémies. En 1747, il est nommé gouverneur du Canada et prend la tête d'une force navale de six vaisseaux et de transport pour faire la reconquête de Louisbourg. Il est cependant capturé au large des côtes espagnoles lors de la bataille du cap Ortégal. Sur le "Sérieux", qu'il commande, il est grièvement blessé et ne se rend qu'après un combat acharné. Il arrive finalement à Québec en 1749, après la conclusion du traité de paix et y remplace La Galisonnière.