Au-delà de la date de l'écriture des documents retrouvés se pose la question de la date de leur mise à l'abri. L'hypothèse la plus fréquemment émise opte pour une dissimulation pendant la Grande révolte juive, avant le contrôle de la région par l'armée romaine (68-70). Pour Daniel Stoekl Ben Ezra, historien des religions et chargé de recherche au CNRS, « l'analyse des deux tiers des manuscrits nous a permis de constater que des documents plus récents et d'autres plus anciens d'environ cinquante à soixante-dix ans ont été retrouvés ensemble, dans les mêmes grottes. […] Il est communément admis que l'ensemble des documents a été caché dans les grottes aux alentours de 68, […] au moment de la première révolte juive contre les Romains. […] Il va falloir désormais tenir compte de l'existence de […] deux bibliothèques qui, de surcroît, ont peut-être été cachées à deux moments différents. Non seulement en 68 […], mais aussi environ soixante-dix ans plus tôt ! »