בתקופת האינתיפאדה השנייה הייתה השכונה אחד ממוקדי הלחימה בין צה"ל למחבלים. משרדו של אחמד יאסין היה ממוקם בשכונה, ובה הוא חוסל בידי צה"ל. זייתון המשיכה להיות מוקד טרור גם לאחר נסיגת ישראל מרצועת עזה בקיץ 2005. ב-20 ביולי 2018 השמיד חיל האוויר הישראלי את מפקדת גדוד זייתון של החמאס, שמוקמה בלב השכונה.