Tanggal 30 Januari 1933, Adolf Hitler dan Partai Nazi naik ke tampuk kekuasaan. Peraturan-peraturan yang dibuat Nazi secara efektif merusak komunitas Yahudi Berlin yang jumlahnya sekitar 160.000 orang tahun 1933 (sepertiga jumlah Yahudi di Jerman pada saat itu). Populasi orang Yahudi berkurang hingga menjadi 80.000 saja akibat migrasi tahun 1933-1939. Setelah Kristallnacht tahun 1938, ribuan orang Yahudi di kota ini dipenjara di Kamp konsentrasi Sachsenhausen dan mulai tahun 1943, dikirim ke kamp kematian seperti Kamp konsentrasi Auschwitz. Selama Perang Dunia II, sebagian besar kota ini hancur akibat Pertempuran Berlin. Ratusan ribu orang tewas akibat pertempuran ini, diperkirakan 125.000 penduduk sipil tewas. Setelah berakhirnya Perang Dunia II di Eropa tahun 1945, Berlin menerima pengungsi dalam jumlah besar dari provinsi-provinsi di sebelah timur. Blok sekutu membagi kota ini menjadi empat sektor, sama seperti sekutu yang membagi wilayah Jerman menjadi 4 sektor. Sekutu Barat (Amerika Serikat, Inggris, Prancis) membentuk Berlin Barat sedangkan sektor Soviet mendirikan Berlin Timur.