ระหว่างสงครามโลกครั้งที่สอง เมเรตสคอฟ กลับไปบัญชาการกองทัพที่ 7 และแนวรบวอลฮอฟ ในช่วง การล้อมเลนินกราด เมเรตสคอฟบัญชาการแนวรบคาเรเลีย ในเดือนกุมภาพันธ์ 1944 เมเรตสคอฟสร้างผลงานอย่างโดดเด่นในช่วงการรุกเพ็ตซาโม–คิร์เคเนส และในเดือน เมษายน 1945 เมเรตสคอฟยังไปประจำการที่ตะวันออกไกล โดยบัญชาการแนวรบในช่วงระหว่างที่ สหภาพโซเวียตบุกครองแมนจูเรีย ระหว่างสงครามเมเรตสคอฟได้รับการเลื่อนยศเป็นจอมพลแห่งสหภาพโซเวียต