1500 wurde die landesfürstliche Patronatskirche mit Errichtung des Kaiserlichen Waldamtes im Schloss Purkersdorf von diesem betreut. 1529 fiel sie der Verwüstung durch die Türken zum Opfer und stand 41 Jahre für den Gottesdienst unbrauchbar in der öden Gegend. 1570 ließ Kaiser Maximilian die Kirche für die neuen Ansiedler aus Schwaben wiederherstellen und ausbauen. 1571 musste der damalige Pfarrer Karl Weinmann die Ortschaft verlassen, da er seinen Lebensunterhalt nicht bestreiten konnte. 1621 bestellte Ferdinand II. für Purkersdorf wieder einen Pfarrer mit standesgemäßen Einkünften. Nach der Zerstörung 1683 bei der Zweiten Wiener Türkenbelagerung erfolgte der Wiederaufbau im barocken Stil.