Il secondo anno inizia bene per l'allenatore catalano, che ottiene il suo primo trofeo stagionale il 23 agosto 2009 conquista la Supercoppa di Spagna contro l'Athletic Bilbao e il secondo, la Supercoppa europea il 28 agosto, battendo lo , detentore della Europa League, allo Stadio Louis II di Montecarlo. Il 19 dicembre conquista il sesto trofeo su sei alla guida del Barça (mai successo prima nella storia) battendo gli argentini dell' nella finale del Mondiale per club. A gennaio 2010 vince il premio come miglior allenatore dell'anno del 2009 dall'IFFHS, piazzandosi davanti a Sir Alex Ferguson e a José Mourinho. Il 13 gennaio viene eliminato agli ottavi di finale della Coppa del Re dal . Il 28 aprile viene eliminato in semifinale di Champions League dall' di José Mourinho. Il 16 maggio rivince il campionato.