Pereira war er auch Mitglied der uruguayischen A-Nationalmannschaft. Er debütierte in der "Celeste" am 7. August 1988. Sein 27. und letztes Länderspiel absolvierte er am 17. Juli 1996. Pereira erzielte ein Länderspieltor. In dieser Zeit nahm er an der Fußball-Weltmeisterschaft 1990 teil, bei der er im Gruppenspiel gegen Spanien und bei der Achtelfinalniederlage gegen Italien zum Einsatz kam. Auch gehörte Pereira dem uruguayischen Aufgebot bei der Copa América 1989 an, die Uruguay als Zweitplatzierter beendete.