早稲田大学在学中に学徒出陣で大日本帝国陸軍に入隊し、和歌山県にある橘部隊に配属される。軍隊内では（当時日常的におこなわれていた）鉄拳制裁の暴力を受けた。1945年（昭和20年）には、次姉の千鶴子が卓也の行く末を案じて、茨城県鹿島町の陸軍基地まで面会に来ている。8月の日本の敗戦により卓也は9月21日に四日市に復員し、岡田屋の復興に取り組む。それまで一度も入室したことのなかった一つの蔵に入り、手文庫を開くと父・惣一郎の早稲田大学在学中の日記や、惣一郎が16歳の時の東海道徒歩旅行記が残されていた。これらを読んで父と精神的に再会し、岡田屋再建の決意を新たにしたという。