2 grudnia 1861 gen. bryg. Thomas został mianowany dowódcą 1. Dywizji w Armii Ohio gen. mjr. Don Carlosa Buella. Pod Shiloh zjawił się 7 kwietnia pod wieczór, gdy walki już ustały. Zwycięski w tej bitwie gen. mjr Ulysses S. Grant znalazł się w ogniu głośnej krytyki za niepotrzebne narażanie życia żołnierzy (a co za tym idzie znaczne straty), w związku z czym jego przełożony, gen. mjr Henry W. Halleck przeprowadził reorganizację w Wydziale Wojskowym Missisipi, odsuwając Granta od bezpośredniego dowodzenia w polu. Trzy armie departamentu zostały podzielone i przeformowane w trzy „skrzydła”. Thomas, awansowany 25 kwietnia do stopnia generała majora, otrzymał dowodzenie prawego skrzydła składającego się z czterech dywizji byłej Armii Tennessee Granta i jednej z Armii Ohio. Thomas z powodzeniem dowodził swoim skrzydłem podczas oblężenia Corinthu. 10 czerwca Grant ponownie otrzymał dowództwo Armii Tennessee.