Stephen Johnes wystąpił w reprezentacji Walii 104 razy. Zadebiutował w wyjazdowym meczu z Republiką Południowej Afryki 27 czerwca 1998. Pierwsze reprezentacyjne zwycięstwo odniósł 21 sierpnia 1999 w meczu z Kanadą podczas meczów przygotowawczych do Pucharu Świata w Rugby 1999. Uszestniczył w Pucharze Świata 1999, 2003, 2007 i 2011 oraz w Pucharze Sześciu Narodów 2000, 2001, 2002, 2003, 2004, 2005, 2006, 2007, 2008, 2009, 2010, 2011. Ostatnim meczem w karierze było przegrane spotkanie z Australią w ramach Pucharu Świata w Rugby 2011.