В XIII—XV веках во времена монголо-татарского нашествия почти все ранние рукописи по медицине погибли. Лишь после свержения монголо-татарского ига вновь установилась связь между Русью и западноевропейскими странами. В Москве при Иване IV в 1581 году открылась первая аптека для обслуживания царского двора, работа которой строилась по западноевропейскому образцу. Тогда же, в 1581 году была открыта «Аптекарская изба», которая исповедовала исконно русскую народную медицину.