Het seizoen 2009 begon voor Mclaren en Kovalainen rampzalig. Zowel hij als ploeggenoot Lewis Hamilton konden hun bolide niet naar de voorste rangen loodsen. Na enkele races in Europa ging het beter met Mclaren, Hamilton behaalde een zege en een tweede plek, terwijl Kovalainen vierde werd in Hongarije, nadat hij vanaf een tweede plek was vertrokken, achter Hamilton.