Die Kombinierte Flotte wurde am 18. Juli 1894, eine Woche vor dem Ausbruch des Ersten Japanisch-Chinesischen Krieges gegründet und einige Monate nach dessen Ende im April 1895 wieder aufgelöst. 1903, kurz vor dem Russisch-Japanischen Krieg (1904–1905), unter Admiral Tōgō Heihachirō als Oberbefehlshaber neu aufgestellt kam sie dort erfolgreich zum Einsatz. 1937 wurde sie dem Kaiserlichen Hauptquartier unterstellt. Yamamoto Isoroku war wesentlich am Ausbau der Flotte beteiligt. Am 10. Oktober 1945, kurz nach Ende des Krieges, musste die Flotte sich durch die Kapitulationsbedingungen auflösen.