Během války byly usmrceny miliony civilistů, kteří byli zabiti během vojenských operací, při masakrech nebo pogromech. Nejrozsáhlejší etnickou čistkou, ke které došlo během války, byla genocida Arménů. Drastická opatření vůči arménské komunitě zavedly osmanské úřady po porážce u Sarikamiše na jaře roku 1915. Elity a část mužů v produktivním věku byly popraveny a zbývající arménské obyvatelstvo bylo během pochodů smrti deportováno do koncentračního tábora v Aleppu. Přeživší byli následně vedeni přes Syrskou poušť do táboru v Dajr az-Zaur. Dle odhadů bylo během genocidy usmrceno 1 000 000 až 1 500 000 Arménů. Kromě Arménů však Turci během války pronásledovali i další etnické a náboženské skupiny, které byly považovány za podezřelé a neloajální. Hovoří se rovněž o genocidě Řeků a Asyřanů a perzekuci se nevyhnuly ani další křesťanské komunity žijící na území Osmanské říše. Během války na kavkazské frontě se naopak násilností vůči muslimskému obyvatelstvu dopouštěly jednotky vzbouřených Arménů.