El 21 de marzo de 1862 fue ascendido a mayor general de voluntarios debido a sus servicios en Fort Donelson. En la Batalla de Shiloh mandó una división, que se hallaba en la reserva de William T. Sherman. Durante su servicio como mayor general se vio tentado por las maniobra políticas, lo que fue observado por sus colegas en el mando: buscó sustituir al general George B. McClellan en el teatro de operaciones oriental a la vez que criticaba las maniobras de Grant en el occidental.