В июле 2003 года Харель был назначен Командующим Южным военным округом армии, сменив на посту генерал-майора Дорона Альмога и став таким образом первым в истории Армии обороны Израиля офицером-артиллеристом, назначенным Командующим округом. В этой должности руководил исполнением «Плана одностороннего размежевания» в секторе Газа, включавшего вывод израильских войск из сектора Газа и эвакуацию находившихся там израильских поселений. Вследствие успешного и отлаженного исполнения поставленных перед округом задач Харель был назван «Человеком года» израильской газетой «Маарив».