En el incendio de 1595 se quemó la parte noreste del castillo. El rey Segismundo III Vasa lo reconstruyó, aunque en la actualidad solo quedan de sus esfuerzos las escaleras de los Senadores y la chimenea del Salón de los Pájaros. En 1609, Segismundo trasladó la capital a Varsovia, y comenzaron tiempos duros para Wawel. Se abandonó el castillo y otros edificios a pesar de la preocupación de los gobernadores locales. Las invasiones suecas de 1655–1657 y 1702 contribuyeron al deterioro del castillo.