En 1999 fue contratado para dirigir la Selección de Ecuador con la cual logró obtener por primera vez su clasificación a un mundial de fútbol en el año 2002. En el año 2001 sufrió un atentado en la ciudad de Guayaquil, pero el respaldo de la afición general por sus buenos resultados le permitió continuar en su cargo. Estuvo al frente de Ecuador hasta la Copa América 2004 completando 64 partidos internacionales.