В 2004 году Кристальдо попал в заявку национальной команды на участие в Кубке Америки в Перу. 9 июля в матче против сборной Коста-Рики он дебютировал за национальную команду. Эрнесто также принял участие в поединках против команд Чили и Уругвая. В матче против чилийцев он забил свой первый гол за сборную.