Kennans innflytelse minsket betydelig etter at Dean Acheson ble utnevnt til Trumans nye utenriksminister etter Marshall i 1949. Acheson anså ikke at den sovjetiske trusselen først og fremst var politisk, og de største eksemplene på det mente han var i ly av Berlinblokaden i perioden 1948 til 1949, Sovjetunionens første kjernevåpentest i august 1949, samt den kommunistiske maktovertakelsen i Kina én måned senere. Dessuten ble Acheson gjennom avsettelsen av Chiang Kai-shek i Kina rammet hardt av den såkalte «Kinalobbyen» (tilhengere av Kai-shek) og republikanere i kongressen som anklaget Trumanadministrasjonen for å ha «mistet Kina». Kennan var også motstander av forlengelsen av USAs kjernevåpenprogram (utviklingen av hydrogenbomben) og grunnleggelsen av Vest-Tyskland som en separat stat. Acheson avviste blant annet hans forslag om en tysk gjenforening. Kennan bestemte seg derfor å avgå som sjef for Policy Planning Staff i desember 1949, men han fortsatte å arbeide der som rådgiver. Acheson utnevnte Paul Nitze som ny sjef, som i større grad enn Kennan delte Achesons syn.