La primera mención de Amba Alagi se encuentra en la Crónica del Emperador Baeda Maryam I (1468-1478 d. C.), quien personalmente dirigió una expedición contra los Dobe'a, que vivían alrededor de Amba Alagi y asaltaban las rutas de las caravanas. En el siglo XIX, Ras Wolde Selassie controló el "amba", y el 18 de agosto de 1811 lo utilizó para encarcelar a Gebre Guro, el hermano de Sabagadis, durante 18 meses, porque se había rebelado contra los Ras. El camino construido desde la costa al sur de Magdala durante la expedición británica a Abisinia de 1868 pasaba a través de Amba Alagi. Una generación más tarde, la montaña fue el escenario de una batalla en febrero de 1889 entre Ras Alula Engida y Ras Seyoum Gebre, en la que Alula fue herido. Más tarde se libró la Segunda Batalla de Amba Alagi durante la Segunda Guerra Mundial.