Во время последних баталий Крымской войны Уилсон принял участие в Сражении у Кинбурна в октябре 1855 года. В сентябре 1856 года его перевели служить на линейный корабль 4 ранга "HMS Raleigh", который нёс службу на Дальнем Востоке в составе британского подразделения, называвшегося Ост-Индская и Китайская станция. Командиром "HMS Raleigh" был родственник Уилсона . "HMS Raleigh" потерпел крушение у берегов Гонконга, и Уилсон был переведён на линейный корабль 2 ранга "". На этом корабле он принимал участие во Второй опиумной войне — в декабре 1857 года, и затем в Битве за форты Дагу в мае 1858 года. В это время Уилсон был корабельным командиром артиллерии.