1986 trat er für das aus der Übernahme von Toleman entstandene Benetton-Team an. Auch hier spielte BMW als Motorenpartner eine Rolle bei der Vertragsunterzeichnung. Berger etablierte sich in dieser Saison in den vorderen Rängen und gewann beim Großen Preis von Mexiko zum ersten Mal in der Formel 1. Enzo Ferrari verpflichtete Berger für die Saison 1987.