L'undicesima edizione del Festival BergamoScienza si è tenuta dal 4 al 20 ottobre 2013, con un bacino di 147.000 partecipanti, secondo gli organizzatori. Tema dell'anno è il cibo, in anticipazione di EXPO Milano 2015. Il Festival si apre con "Planetario", uno spettacolo astronomico-musicale a cura di Deproducers. Anche nel 2013 Bergamoscienza ospita tre premi Nobel: il premio Nobel per la Medicina 2009, Jack W. Szostak, con una conferenza sull’invecchiamento cellulare, il premio Nobel per la Fisica 1997, Claude Cohen-Tannoudji, che ha parlato della sua scoperta sulle tecniche per raffreddare e intrappolare atomi con luce laser e il premio Nobel per la Fisica 2004 Frank Wilczek, per i suoi studi sulla cromodinamica quantistica. Da segnalare la presenza della fisica Fabiola Gianotti, all'epoca coordinatrice dell'esperimento ATLAS presso il CERN, che nel 2012 ha osservato per la prima volta il Bosone di Higgs. Eventi non strettamente scientifici vengono racchiusi nella sezione "Contaminazioni Contemporanee" che propone concerti con artisti: il pianista Michael Nyman, la compositrice Meredith Monk e la voce di Elina Duni. L'edizione termina domenica 20 ottobre 2013 con "Nutriamoci di Scienza", giornata dedicata al cibo e all’alimentazione. A seguito dell'edizione 2013 viene creato il Comitato Giovani BergamoScienza, gruppo di ragazzi under-30 che si prefigge l'obiettivo di proporre attività durante il Festival su tematiche di maggior interesse per un pubblico scolare e universitario.