Вскоре после того ему была присуждена назначенная городским управлением Праги премия за картину «Гуситские делегаты во главе с Прокопом являются на базельский собор». Для следовавших за тем картин своих Чермак брал темы из чешской истории, главным образом из Гуситских войн (одной из известных работ является картина «Гуситы, защищающие горный перевал», 1857, Национальная галерея, Прага), впоследствии же писал преимущественно жанры и если изображал исторические сюжеты, то придавал им всё более и более жанровый характер. В 1858 году он предпринял большое путешествие через Моравию и Венгрию в Герцеговину, Далмацию и Черногорию (и в 1862 году даже участвовал в сражении с турками на стороне черногорской армии) и привёз оттуда массу этюдов южнославянских народных типов, костюмов и быта, которые служили потом материалом для его интересных как в художественном, так и в этнографическом отношении картин, каковы, например, «Черногорка с ребёнком на руках», «Вооружённая черногорка, охраняющая вход в пещеру, в которой лежит её раненый муж», «Герцеговинская девушка, похищаемая баши-бузуками» (1867; находится в Брюссельском музее), «Свидание с Ускоком», «Битва при Дуге», «Возвращение черногорцев в их деревню, опустошённую турками» (1877) и другие, многие из которых отражают тему борьбы славянских народов за независимость. Из прочих картин Чермака наиболее известны следующие: «Придворный поэт Рудольфа II Комницкий, просящий милостыню на мосту в Праге» (1854), «Объявление смертного приговора Конрадину Гогенштауфену и Фридриху Баденскому», «Битва при Белой Горе» и «Гуситы под Наумбургом». Другими темами его творчества были быт нормандских рыбаков, пейзажи, а также достигавшие большой психологической глубины портреты («Я. Э. Пуркине», 1857). С 1858 года до конца жизни Чермака постоянным его местопребыванием был Париж, где с 1874 года он жил в доме, построенном по его собственному проекту. В 1888 году его останки были перенесены в Прагу.