В 1907 г. Шеклтон, планируя собственную южнополярную экспедицию на судне «Нимрод», приглашал Уилсона принять в ней участие. К тому времени Скотт и Шеклтон поссорились, Уилсон, из лояльности к Скотту, отказался. В это же время Уилсон активно занялся паразитологией птиц и иллюстрированием зоологических книг.