共和国の勢威は、1648年以後に受けた2度の衝撃によって衰えを見せ始めた。最初の衝撃とは、歴史的に最も大規模だったウクライナ・コサックによる反乱である。東部国境のクレスィで起きたこのフメリニツキーの反乱は、クリミア・ハン国の援護を受けたものであった。さらに反乱者が1654年にはロシアのツァーリに支援を求める事態に至り（ペレヤスラフ条約）、ポーランドはウクライナに対する影響力をモスクワ・ロシアに奪われることになった。もう一つの衝撃は、1655年のスウェーデンによる侵略「大洪水」（トランシルヴァニアの支配者ラーコーツィ・ジェルジ2世、ブランデンブルク選帝侯フリードリヒ・ヴィルヘルムの軍事的支援を受けていた）である。この侵略はヴァザ家出身の選挙王たちが続けていた、スウェーデンへの敵対政策が引き起こしたものだった。1667年に共和国は侵攻国を撃退することに成功したが、東のロシア、北のスウェーデンの影響力が増していった。共和国は、北西のプロシア公領及び北東のを共和国版図から正式に喪失した。前年の1660年にはプロイセン公国が漁夫の利を得て、スウェーデン王国との対ポーランド枢軸を図らないという条件でポーランド王国からの独立をポーランド王から承認されている。のちにこの新興独立国家はプロイセン王国を経て、現代欧州最強の軍事独裁国家「ドイツ帝国」となっていくのである。さらには主権下にあったウクライナのヘーチマン国家が独立し、のちにモスクワに吸収されてしまう。