Un elemento diferencial importante derivado de las diferentes posiciones sociales de ambos líderes, fue que si Túpac Amaru II ejerció un control vertical sobre su movimiento a través de su política de cambiar caciques y alcaldes indígenas en las provincias que llegó a controlar, Túpac Katari no pudo imponer verticalmente su autoridad, dejando que los caciques fueran propuestos por las comunidades indígenas. Tal diferencia se debería a que Túpac Amaru II era parcialmente reconocido como integrante de la nobleza indígena y tenía la posibilidad de pedir apoyo económico y político a los caciques vecinos, mientras que Túpac Katari carecía de ese privilegio, necesitando recurrir a las comunidades locales para garantizar el control de la rebelión aimara. Ello también explicaría la violenta reacción de Túpac Katari frente a los privilegios y la colaboración con los españoles de algunos caciques, llegando a ejecutar a alguno de ellos.