Amerikan İç Savaşı patlak verdiğinde Kentucky'nin Silahlı tarafsızlık öğretisini desteklemiştir. Eylül 1861 tarihinde Commonwealth tarafsızlığı ihlal edince Hawes, Virginia'ya ve Konfederasyon Komutanı Humphrey Marshall'a bağlı tugay komiseri olarak askere yazılmıştır. Kentucky'nin Konfederasyonu Russelville'de kurulunca Hawes'e Eyalet denetçiliği teklif edilmiştir. Fakat o bu teklifi reddetmiştir. Aylar sonra Geogre W. Johnson'ın Shiloh Muharebesi'nde vefat etmesinin ardından Commonwealth'in Konfederasyon Valisi seçilmiştir.