Cmentarz znajdujący się w bezpośrednim sąsiedztwie Cytadeli poważnie ucierpiał podczas walk w 1945. Wówczas pochowano tu również część poległych żołnierzy. W 1948 postanowiono, że stary cmentarz stanie się miejscem spoczynku zasłużonych Wielkopolan. Duże zainteresowanie mieszkańców miasta i regionu sprawiło, że w 1958 powstała Społeczna Komisja Cmentarza Zasłużonych. W 1959 na cmentarz przeniesiono szczątki 79 osób z likwidowanego cmentarza parafii św. Marcina przy ul. Towarowej. W latach 1961–1963 otoczono nekropolę nowym ogrodzeniem, a w okresie 1967–1968 wytyczono nowe ścieżki, uporządkowano kolejne mogiły oraz dosadzono rośliny ozdobne w miejsce zniszczonych podczas wojny drzew. Pomimo że władzę nad nekropolą faktycznie sprawował Skarb Państwa, nominalnym właścicielem pozostawała parafia farna (wywłaszczona co prawda przez władze okupacyjne, jednak postanowienie to zostało unieważnione przez władze polskie). Aby uregulować tę sytuacje i otworzyć możliwość dalszym pracom konserwacyjnym rozpoczęto negocjacje między Skarbem Państwa a parafią. Zakończyły się one po 5 latach i 11 stycznia 1971 parafia przekazała nekropolę władzom świeckim. Mimo starań wielu osób cmentarz nadal był jednak celem ataków wandali, którzy często niweczyli prace konserwacyjne i renowacyjne. Dopiero w 1981 cmentarz uzyskał całodobowy nadzór, oświetlenie i nowe środki finansowe na odbudowę. Inicjatorem rewitalizacji był prof. Zbigniew Zakrzewski, wywierając w tym zakresie nacisk na prezydenta miasta – Andrzeja Wituskiego, który stał się gorącym orędownikiem zmian. Wybudowano m.in. pomieszczenie stróżówki, a artystom plastykom zlecono renowację najważniejszych nagrobków.