Von den Auswirkungen des Toggenburgerkriegs war Aadorf 1712 insbesondere durch die längere Einquartierung von Zürcher Soldaten betroffen. In der Anfangsphase der Napoleonischen Kriege lieferten sich Österreicher und Franzosen am 14. Mai 1799 nahe Aadorf Vorpostengefechte. Auch litt der Ort damals unter Plünderungen. In der ersten Hälfte des 19. Jahrhunderts entwickelte sich in Aadorf eine erste Industrialisierung, und eine Baumwollspinnerei, eine Rotfärberei und eine Papiermühle entstanden. 1827 zerstörte ein verheerender Brand die Mühle und 14 weitere Häuser längs der Hauptstrasse. 1842 ordnete die Zürcher Regierung an, dass das von einigen Familien bewohnte sog. "Aadorfer Feld" ab nun zur Gemeinde Elgg gehören sollte. Diese Massnahme hatte später zur Folge, dass es infolge der Industrialisierung der Lützelmurg 1861–69 zum Konflikt um dieses Gebiet kam, der zugunsten Elggs entschieden wurde. Der 1855 erfolgte Anschluss von Aadorf an das Eisenbahnnetz, infolgedessen der Ort Station an der Bahnlinie Winterthur-Wil wurde, begünstigte die weitere Entwicklung von Aadorf. Seit 1849 gab es in der Gemeinde ein eidgenössisches Postbüro, von 1864 bis 1897 eine Telegrafenstation, ab 1894 ein telefonisches Ortsnetz sowie ab 1905 elektrische Beleuchtung. Der Konkurs der Leih- und Sparkasse Aadorf 1910 schädigte die Bürgergemeinde stark. Der Textilindustrie folgten Betriebe der Metall- und Maschinenbranche, so 1882 die Rollladenfabrik Griesser, später auch Elektrotechnik und Elektronik.