Begin 2006 werd hij vijfde op de wereldindoorkampioenschappen en tweede op de Gemenebestspelen. Daarna liep Fasuba in Doha op de IAAF Grand Prix in mei met 9,85 s een Afrikaans record. Hij verbrak hiermee het oude record van 9,86, dat sinds 1996 in handen was van Frankie Fredericks.Ondanks dat hij dit seizoen te kampen had met blessures, prolongeerde hij zijn titel op de Afrikaanse kampioenschappen. Voor zijn prestaties werd Fasuba in 2006 verkozen tot Nigeriaans atleet van het jaar.