Maria was een dochter van burggraaf Jan van Mortagne († 1279), pair van Vlaanderen, en Maria van Conflans. Als enig overlevend kind erfde ze bij de dood van haar vader de kasselrij Doornik en de heerlijkheid Mortagne in Vlaanderen. Bij haar meerderjarigheid in 1291 begon ze zelf op te treden in oorkonden, maar ze bleef onder de voogdij van haar moeder en van haar ooms en leenmannen Willem en Thomas van Mortagne. Haar bezittingen en titels wekten de interesse van twee rivalen die weldra de Frans-Vlaamse Oorlog zouden beginnen, de Franse koning Filips de Schone en zijn vazal Gwijde van Dampierre. Hun doel was voor Maria een echtgenoot te vinden die hen was toegewijd. De Vlaamse graaf leek het te halen door zijn zoon Gwijde van Namen naar voren te schuiven, maar het huwelijksplan werd in 1295 met een vergoeding verbroken. In plaats daarvan nam Filips de Schone Maria in 1297 onder zijn "bescherming", op zodanige wijze dat ze toezegde haar land niet van de Vlaamse graaf maar van de koning zelf te houden. Ook trouwde Maria van Mortagne in 1297 met Jan van Vierzon (1281–1302), zoon van Godfried van Brabant en Jeanne Isabelle van Vierzon († 1296). Godfried was een Brabander met nauwe connecties aan het Franse hof. Door het huwelijk werd Jan van Vierzon iure uxoris burggraaf van Doornik en maakte hij nog hetzelfde jaar zijn intrede in de stad. Met zijn vader streed hij in 1302 aan Franse zijde tijdens de Guldensporenslag, waar hij sneuvelde. Maria van Mortagne rouwde om haar echtgenoot, die haar geen kinderen had nagelaten en wiens lijk door de Vlamingen in een massagraf zal zijn gelaten.