El ejército alemán entonces fijó su atención más hacia el oeste e invadió Dinamarca. El Schleswig-Holstein fue asignado al componente naval de la fuerza de invasión, durante la cual el acorazado estuvo brevemente basado en la costa danesa. Tras esta operación fue devuelto a tareas de entrenamiento como buque insignia del Jefe de las Unidades de Entrenamiento. Continuó en esta labor hasta mediados de 1944, cuando su armamento antiaéreo fue significativamente reforzado y se trasladó a Gotenhafen para servir como barco antiaéreo. Sin embargo, allí el acorazado recibió tres impactos de bombas lanzadas por aviones bombarderos de la RAF británica el 18 de diciembre de 1944. Aunque quedó parcialmente hundido en aguas poco profundas, sus armas todavía estaban en uso. Después de que un incendio las deshabilitara permanentemente, su tripulación fue enviada a tierra para ayudar en la defensa de Marienburg.