Свобода остава безучастен по отношение на реформите на новото партийно ръководство до интервенцията на Варшавския договор в Чехословакия през август 1968 г. Все още спомнящ си за събитията от две световни войни, той подписва заповед, забраняваща на армията на страната да се противопоставя на войските на Варшавския договор. След това заминава за Москва, за да договори освобождаването на Дубчек и други реформисти, които са били отвлечени от нахлулите войски. Когато Свобода пристига, обаче, Леонид Брежнев поисква от него да назначи „правителство от селски работници“, за да се оправдае версията, че крайни елементи от комунистическата партия са поискали нахлуването. Свобода отказва и настоява Дубчек и реформистите да бъдат освободени.