„Royal Sovereign” wziął następnie udział w wojnie przeciwko Francji, gdzie nastąpiło odwrócenie sojuszy i Anglicy walczyli u boku Holendrów z Francuzami. W 1690 roku miała miejsce zwycięska dla Francuzów bitwa morska pod Beachy Head, w której brał również udział jako okręt flagowy Pierwszego Lorda Admiralicji hrabiego Torrington. W dwa lata później w decydującej bitwie morskiej pod La Houge połączone siły anglo-holenderskie zadały flocie francuskiej poważne straty. „Royal Sovereign” wchodził wówczas w skład eskadry „czerwonej”, dowodzonej przez admirała Edwarda Russela (będącego również głównodowodzącym sojuszniczej floty).