W zapoczątkowanej 23 maja 1618 roku rewolcie czeskich protestantów Thurnowi powierzono dowodzenie wojskami. Uczestniczył także w detronizacji Ferdynanda i wyborze na nowego króla palatyna reńskiego Fryderyka. Dowodził częścią wojsk podczas decydującej bitwy na Białej Górze w roku 1620. Kiedy po klęsce Czechów Ferdynand skazał go na wygnanie, podobnie jak innych przywódców powstania, Thurn utracił wszystkie swe posiadłości.