1950年、国会の選出を経て二度目の大統領に就任した。しかし1956年9月21日、レオンの「労働者の家」で開かれたPLNの選挙キャンペーン集会で、ダンス中に暗殺のために潜入した27歳の詩人に4発の銃弾を撃ち込まれた。リゴベルトはその場で射殺され、ソモサはアメリカ軍のヘリコプターでパナマ運河地帯のゴーガス病院に運ばれた。ドワイト・D・アイゼンハワー米大統領が差し回した医師団により治療を受けるも死亡した。