Der Ort wurde 1756, ein Jahr nach dem Erdbeben von Lissabon, von katalanischen Fischern gegründet und zunächst La Higuerita genannt. 1802 wurde er eine unabhängige Gemeinde und 1834 in Isla Cristina (zu Ehren der spanischen Königin) umbenannt. Heute ist sie die drittgrößte Stadt der Provinz Huelva.