בעת מלחמת העולם השנייה תפקדה החברה עבור כוחות הכיבוש של גרמניה הנאצית בצרפת הכבושה ובצרפת של וישי, כולל גירוש היהודים מפריז ב-1942. לפיכך היו רכבותיה ותחנות הרכבת שלה יעד לפעולות מחתרת הרזיסטאנס. דו"ח אקדמי מפורט על ההיסטוריה של החברה בשנות המלחמה הוגש להנהלתה ב-1992. ב-2014 שילמה החברה פיצויים לניצולי השואה בארצות הברית בסך 60 מיליון דולר.