D'altro canto, è incontrovertibile che mise diversi membri dell'ormai minoritaria frangia moderata nella marina in posizioni di vasta responsabilità: ad esempio, Yamamoto divenne il capo della Flotta Combinata e Inoue il comandante della 4ª Flotta. Quali che fossero le reali motivazioni dell'ammiraglio, Nagano autorizzò l'attacco a Pearl Harbor e la riuscita dell'operazione gli dette una grande reputazione nella marina imperiale, rafforzata dalle successive, rapide vittorie sul fronte del Pacifico. Mesi dopo, nel maggio 1942, visionò i piani stesi da Yamamoto per conquistare l'atollo di Midway e schiacciare la flotta statunitense, approvandoli il 5 maggio mediante l'ordine di operazione generale n. 18. Malgrado l'impensabile sconfitta sofferta al largo di Midway a giugno, la costosa campagna di Guadalcanal iniziata ad agosto e l'evacuazione finale dell'isola nel febbraio 1943, il Giappone controllava pur sempre quasi tutte le conquiste effettuate e quindi Nagano godeva ancora di notevole prestigio nella marina nipponica: il 21 giugno 1943 fu insignito della carica di ammiraglio della flotta.