Το "Γιαμάτο" παραγγέλθηκε τον Μάρτιο του 1937, η ναυπήγησή του άρχισε στις 4 Νοεμβρίου 1937, καθελκύστηκε στις 8 Αυγούστου 1940 και εντάχθηκε σε υπηρεσία στις 16 Δεκεμβρίου 1941. Έκανε εκπαιδευτικές ασκήσεις μέχρι τις 27 Μαΐου 1942, όταν το πλοίο εκτιμήθηκε ως έτοιμο για επιχειρήσεις από τον Ναύαρχο Ισορόκου Γιαμαμότο. Εντάχθηκε στην 1η Μοίρα Θωρηκτών και υπηρέτησε ως ναυαρχίδα του Ιαπωνικού Μικτού Στόλου κατά την Μάχη του Μίντγουεϊ τον Ιούνιο του 1942, ωστόσο δεν ενεπλάκη με τις εχθρικές δυνάμεις κατά την διάρκεια της μάχης. Τα επόμενα δύο χρόνια το "Γιαμάτο" βρίσκονταν στις ναυτικές βάσεις στο Τρουκ και το Κούρε, ενώ το αδελφό πλοίο "Μουσάσι" το αντικατέστησε ως ναυαρχίδα του Μικτού Στόλου. Κατά την διάρκεια αυτής της περιόδου ήταν τμήμα της 1ης Μοίρας Θωρηκτών, και αναπτύχθηκε σε αρκετές περιπτώσεις για την αναχαίτιση Αμερικανικών επιδρομών με αεροπλανοφόρα σε Ιαπωνικές νησιωτικές ναυτικές βάσεις. Στις 25 Δεκεμβρίου 1943, υπέστη σοβαρές ζημιές από τορπίλη που έβαλε το αμερικανικό USS "Skate", και υποχρεώθηκε να επιστρέψει στο Κούρε για επισκευές και δομικές αναβαθμίσεις.