Après la chute d’Anvers le , le fort resta cependant, en même temps que le fort de Liefkenshoek sur la rive opposée de l’Escaut, aux mains des États-Généraux et joua pendant quelques siècles un rôle clef dans la maîtrise de l’Escaut par la République des Provinces-Unies. Pendant la Trêve de douze ans (et encore ultérieurement), Lillo formait une sorte d’enclave protestante dans les Pays-Bas du Sud, que l’on s’appliquait alors à recatholiciser en profondeur ; des Anversois secrètement demeurés protestants s’y rendaient pour assister aux offices et pour faire baptiser leurs enfants. Les forts de Lillo et de Liefkenshoek furent attribués aux Provinces-Unies par le traité de Westphalie.