Mujib julisti että Länsi-Pakistan on jälleen kerran pettänyt Bengalin ja kehotti itäpakistanilaisia ryhtymään yleislakkoon, kunnes länsi suostuu kunnioittamaan vaalitulosta. Tilanne kehittyi väkivaltaisuuksiksi ja bengalilaiset hyökkäsivät kaikkia ei-bengalilaisia vastaan. Osapuolet kävivät viimeisen kriisin ratkaisuun tähtäävän neuvottelun maaliskuun lopulla 1971. Samanaikaisesti Pakistanin Itä-Pakistanin joukko-osastoa komentanut kenraali Tikka Khan valmisteli jo sotilastoimia tilanteen rauhoittamiseksi. Neuvottelut katkesivat 25. maaliskuuta, mikä jälkeen pakkotoimet otettiin käyttöön. Pakistanin armeija hyökkäsi Itä-Pakistaniin surmaten järjestelmällisesti bengalilaisväestöä. Väkivaltaisuuksien kohteena oli etenkin Dhakan yliopisto. Väkivallantekojen levitessä tilanne alkoi muuttua sisällissodaksi. Mujib vangittiin ja lennätettiin Länsi-Pakistaniin. Yahya Khan julisti Awamiliiton laittomaksi ja poliittinen toiminta kiellettiin. Lehdistösensuurin vuoksi länsipakistanilaiset olivat tietämättömiä Bengalin tapahtumista. Mujibin ollessa maanpaossa bengalilainen sotilasjohtaja Ziaur Rahman julisti Bengalin irtautuneen Pakistanista ja itsenäisen Bangladeshin valtion perustetuksi. Bangladeshin hallitus perustettiin maanpaossa Kalkutassa.