In der Folgezeit wurde das kirchliche Leben durch die Erste Wiener Türkenbelagerung 1529 und die Ausbreitung des Protestantismus geschwächt. Vor allem der hl. Petrus Canisius (Administrator von 1554 bis 1555) und Kardinal Melchior Klesl (Bischof von 1598 bis 1630) förderten die Gegenreformation.