V prvních fázích druhé světové války královské námořnictvo provedlo například úspěšnou evakuaci expedičních sil z Dunkerque či neúspěšný pokus o odvrácení německé invaze do Norska. Intenzivní boje probíhaly též ve Středomoří. Například při útoku na Taranto Britové úspěšně provedli první čistě letecký útok na nepřátelské loďstvo v historii. V této době však rovněž utrpěli vážné ztráty, a to včetně letadlových lodí HMS "Courageous", HMS "Glorious" a HMS "Ark Royal", bitevních lodí HMS "Hood", HMS "Repulse", HMS "Prince of Wales", HMS "Royal Oak" a HMS "Barham". Královské námořnictvo chránilo britské obchodní trasy a dokázalo, s pomocí svých spojenců, porazit Třetí říši i v druhé bitvě o Atlantik. Provedlo navíc řadu výsadkových operací – u Dieppe, v Severní Africe, na Sicílii, do Itálie či do Normandie. Po vítězství v Evropě bylo na Dálný východ vysláno silné loďstvo, které se podílelo na závěrečných bojích s Japonskem.