Als es nach der Befreiung Griechenlands zur Schlacht um Athen zwischen der kommunistischen Guerilla ELAS und britischen Truppen gekommen war, hatte Damaskinos den Vorsitz der anschließenden Konferenz mit Vertretern verschiedener politischer Gruppen inne. Daraufhin ernannte der exilierte griechische König Georg II. auf Anraten Winston Churchills den Erzbischof am 30. Dezember 1944 zum Regenten. Damaskinos versuchte das Land während der ersten Phase des Griechischen Bürgerkriegs zu führen, bis der König nach einem Volksentscheid im September 1946 zurückkehrte.