En el año 1966 se sumó como refuerzo del Alianza Fútbol Club (El Salvador) para un partido contra el Santos FC de Brasil, en el que jugaba Pelé. El equipo salvadoreño ganó 2 a 1 con un gol de Verón. A partir del año 1967, Verón fue pieza clave del equipo argentino más exitoso de la década de 1960, el Estudiantes de La Plata de Osvaldo Zubeldía que ganó tres Copas Libertadores en forma consecutiva, una Copa Interamericana y una Copa Intercontinental. En esos campeonatos internacionales, Verón tuvo grandes actuaciones, particularmente en partidos importantes como la final de la Copa Libertadores 1968 contra Palmeiras, en la que marcó tres goles, o en la Copa Intercontinental 1968, en la que marcó un gol en el partido de vuelta ante el Manchester United.