Nach dem verlorenen Krieg und der durch die Niederlage folgenden Zweiten Teilung Polens im Jahr 1793 ging Poniatowski ins Exil nach Wien und Brüssel, kehrte jedoch 1794 nach Polen zurück, um am nationalen Aufstand von General Tadeusz Kościuszko teilzunehmen, wo er an den Kämpfen um Warschau teilnahm. Dem Scheitern des Aufstandes folgte die Dritte Teilung Polens, die die Existenz des polnischen Staates 1795 beendete. Als 1798 sein Onkel, der entmachtete polnische König Stanislaus II. August, in Russland starb, reiste Poniatowski nach Sankt Petersburg und wurde vom neuen russischen Zaren Paul I. empfangen. 1802 reiste er nach Berlin und knüpfte durch Vermittlung seines Freundes Fürst Anton Radziwiłł Beziehungen zum preußischen Hof. Im Ergebnis dessen wurde ihm ein Teil seiner konfiszierten Güter wieder zurückgegeben. Gleichzeitig erhielt er von König Friedrich Wilhelm III. die Ritterwürde des Schwarzen und des Roten Adlerordens.