Il déménage à Vienne en 1544. Il travaille pour la ville, la cour, et divers Viennois. La ville l'emploie en 1547 à développer des conceptions de bastions, de créer des vues gravées de Vienne, et à produire un plan pour la ville à la suite du siège de Vienne. Ces vues ont été les premières à être faites à l'échelle ; le plan circulaire de la ville est le premier à avoir été fait par triangulation, un système de topographie que Hirschvogel a développé. Le Conseil de Vienne l'envoie expliquer son travail à Ferdinand I à Prague et à l'empereur Charles Quint à Augsbourg ; Ferdinand lui accorde à cette occasion une pension de 100 florins ("Florin austro-hongrois") pour cela.