Có được liên minh với nhà Lancaster, Bá tước Warwick trở lại Anh và đưa Quốc vương Henry VI trở lại ngai vàng vào tháng 10 năm 1470, nhưng đến tháng 3 năm 1471 thì Edward IV trở lại London, nhanh chóng đánh thắng nhiều trận và bắt được Henry VI. Trong Trận Barnet, Bá tước Warwick bị giết vào ngày 14 tháng 4 năm ấy. Sau Trận Tewkesbury, nhà York thắng hoàn toàn trước nhà Lancaster, Quốc vương Henry VI bị giam trong Tháp Luân Đôn và chết không lâu sau đó. Có nhiều cáo buộc chính em trai của nhà vua là Richard, Công tước xứ Gloucester đã theo lệnh anh trai Edward IV ra tay giết Henry. Vương hậu Margaret xứ Anjou trở lại nước Anh cùng Vương công Edward và Anne vào tháng 4 với nhiều tốp viện binh. Trong Trận Tewkesbury, Quốc vương Edward IV đã đánh tan tác đội quân này, Vương công Edwward bị giết còn Anne Neville sau đó bị bắt giam. Tiếp theo đó, Anne Neville bị đưa đến Coventry và cuối cùng là nhà của George, Công tước xứ Clarence dưới sự giám hộ của anh rể và chị ruột của bà. Mẹ bà, Anne Beauchamp, đã lánh đến Tu viện Beaulieu, về sau bà lại muốn hội ngộ cùng các con gái nhưng đều bị từ chối.