O Papa João Paulo II foi um dos alvos da Al-Qaeda, que financiou a operação Bojinka, durante uma visita as Filipinas em 1995. Outro objetivo do plano também era explodir 12 aviões e matar milhares de cidadãos dos Estados Unidos. Os idealizadores da operação foram Khalid Sheikh Mohammed e Ramzi Yousef, que já haviam participados de outros ataques terroristas, como o Atentado de 1993 ao World Trade Center e os Ataques de 11 de setembro de 2001. O primeiro plano era matar o Papa João Paulo II quando visitou as Filipinas, durante as celebrações da Jornada Mundial da Juventude de 1995. Em 15 de janeiro de 1995, um homem-bomba iria vestir-se como um sacerdote, enquanto João Paulo II passasse na carreata. O assassino planejava chegar perto do Papa e detonar a bomba. O assassinato planejado do Papa tinha a intenção de desviar a atenção da próxima fase da operação. Entretanto, um incêndio acidental chamou a atenção da polícia, e eles foram presos quase uma semana antes da visita do Papa.