Parti en exil à la suite de la guerre civile de 1997, il revient au Congo en 2014. Opposé au référendum constitutionnel de 2015, il est arrêté pour avoir organisé une manifestation non-déclarée, et est condamné à 2 ans de prison ferme en 2016 pour « incitation aux troubles à l'ordre public ». Soupçonné plus tard de « complicité d'évasion », son emprisonnement est rallongé de plusieurs mois. Amnesty International, notamment, dénonce l'emprisonnement de Paulin Makaya, le considérant comme un « prisonnier d'opinion ». Il est finalement libéré en , après 3 ans d'emprisonnement.