Направлениями профессионального интереса Елены Милашиной являются темы коррупции, нарушения прав человека на Северном Кавказе и в Чечне в частности, расследование теракта в Беслане (2004), убийств Анны Политковской (2006) и Натальи Эстемировой (2009), конфликта в Южной Осетии (2008). В октябре 2009 года Елена Милашина стала лауреатом ежегодной премии международной правозащитной организации Human Rights Watch.