Na Guerra Civil dos Libertadores entre 43-, ficou ao lado do Segundo Triunvirato formado por Otaviano, Marco Antônio e Lépido. Após um encontro em Tarso, em , a rainha teve um caso com Antônio. Ele realizou a execução de Arsínoe a pedido dela e tornou-se cada vez mais dependente dela para financiamento e ajuda militar durante suas invasões do Império Parta e do Reino da Armênia. As Doações de Alexandria declararam seus filhos Alexandre Hélio, Cleópatra Selene II e Ptolemeu Filadelfo, governantes de vários territórios antigos, sob sua autoridade triunviral. Esse evento, seu casamento e o divórcio de Marco Antônio da irmã de Otaviano, Otávia, a Jovem, levaram à Última Guerra Civil da República Romana. Otaviano se engajou numa guerra de propaganda, forçou os aliados de Antônio no Senado a fugir de Roma em e declarou guerra a Cleópatra. Depois de derrotar a frota naval da ambos na Batalha de Áccio, em , as forças de Otaviano invadiram o Egito em e derrotaram Antônio, o levando ao suicídio. Quando a rainha soube que o governante romano planejava levá-la à sua procissão triunfal, cometeu suicídio por envenenamento. A crença popular diz que foi mordida por uma víbora.