У 1981 році Алваро переїхав до столичної «Бенфіки». Перші два сезони він був запасним гравцем і нерегулярно виходив на поле, хоча і у 1983 році виграв з командою «золотий дубль», а також грав у фіналі Кубка УЄФА з «Андерлехтом» (0:1, 1:1). З наступного сезону протягом чотирьох років був основним захисником команди і виграв з командою ще два чемпіонства, три національні Кубки і один Суперкубок. Крім того у 1988 році Алвару зіграв у фіналі Кубка європейських чемпіонів з ПСВ (0:0, пен. 5:6). З наступного сезону Алвару втратив місце в основі і за подальші два сезони зіграв лише 13 ігор в чемпіонаті, хоча і виграв з командою у 1989 році ще по одному титула чемпіона країни та володаря Суперкубка. Всього у «Бенфіці» протягом 9 сезонів він зіграв 263 матчі і забив 9 голів.