接下来汉纳谢绝新总统的内阁职位邀约，在舍曼辞职出任国务卿之际获州议会委派继任联邦参议员席位，再于1898年赢得连任。担任参议员期间，汉纳曾提议在中美洲其他国家修建运河，但在1901年麦金莱遇刺后改为建议在巴拿马修筑。1904年2月26日，马库斯·阿朗佐·“马克”·汉纳因伤寒在首都哥伦比亚特区辞世，终年66岁。插画家霍默·达文波特在许多漫画中把汉纳刻画成麦金莱背后的政治推手，受此影响，汉纳也以他在麦金莱竞选总统期间发挥的重要作用为后人铭记。