קליקרטידס מונה לנאוארכוס לאחר ששנת הפיקוד של ליסנדרוס תמה. קליקרטידס היה מוכשר פחות מקודמו, מה גם שהנסיך הפרסי כורש הצעיר שתמך לפני כן בליסנדרוס סירב לתמוך בו, והוא נאלץ להיעזר בתרומות ממילטוס, והצליח להגדיל את הצי ל-140 ספינות. הוא נטש את מדיניות אי הלוחמה של ליסנדרוס, ובראשית הקיץ של שנת 406 לפנה"ס פשט על מבצר דלפיניון בכיוס משם האתונאים הטרידו לעיתים קרובות את תושבי האי. לאחר מכן פשט על לסבוס, המצביא האתונאי קונון נשלח נגדו עם 70 ספינות, הוא נתקל ב-140 הספינות של קליקרטידס והובס בקרב, הוא איבד 30 ספינות ונמלט עם ה-40 הנותרות לנמל מיטילנה שם הטיל עליו קליקרטידס מצור. קונון הצליח לשגר ספינה לאתונה שהודיעה על מצבו הקשה. האתונאים שלחו 12 ספינות לחלץ אותו, אולם קליקטרידטס תקף אותן והרס 10 מתוכן. האתונאים ציידו עוד 110 ספינות, רבים מאנשי הצוות בספינות אלו היו עבדים או מלחים לא מנוסים, אליהם הצטרפו בסאמוס עוד 40 ספינות והצי בן ה-150 ספינות יצא להציל את קונון. קליקרטידס השאיר 50 ספינות כדי לשמור שקונון לא יימלט, ויצא עם השאר לעצור את האתונאים. הציים התנגשו באיי ארגינוסאי, והקרב זכה לשם קרב ארגינוסאי. האתונאים ניצחו ניצחון מוחץ, קליקרטידס נהרג, והספרטנים איבדו 70 ספינות. אולם ניצחונו של ליסנדרוס בקרב אייגוספוטמוי החזיר את היוקרה לספרטנים.