Du point de vue des Coupes nationales, en Allemagne, ses années de défaite et victoires en finale de Coupe d'Allemagne sont identiques à celles en championnat, réussissant le doublé à chaque occasion, ou le manquant en 2002. Lúcio remporte aussi à deux reprises la Coupe de la Ligue d'Allemagne, en 2004 et 2007, la dernière édition. Dans le pays transalpin, il manque le quatrième doublé coupe-championnat de sa carrière, ne disputant pas la finale victorieuse de la Coupe d'Italie 2009-2010, puis gagne la Supercoupe d'Italie 2010 avant d'être sacré en Coupe lors de la saison 2010-2011. À son arrivée à la Juventus Turin, le défenseur remporte sa seconde Supercoupe avec l'édition 2012.