Il 1º febbraio fu inserito nel personale del 1º Distretto navale, con quartier generale a Yokosuka, ma poiché non si era ancora completamente ripreso rimase ancora per diversi mesi ricoverato. Solamente il 10 agosto, dopo essersi completamente ristabilito, Koyanagi poté tornare in servizio attivo come direttore della Scuola siluristi e comandante delle forze di difesa della stazione di Taura, che serviva l'arsenale di Yokosuka. Ormai la guerra era perduta e il 15 agosto l'Impero giapponese accettò le condizioni poste dagli Alleati con la dichiarazione di Potsdam.