Le cyclone du , puis celui de 1903 occasionnent d'importants dégâts en emportant la toiture ainsi que l'une des tours et d'importants travaux de rénovation sont réalisés. C'est ensuite le cyclone Dean qui, en , emporte un quart de la toiture et arrache une bonne partie de la charpente, suivi trois mois plus tard par un tremblement de terre qui occasionne plusieurs fractures sur la façade, dont l'une spectaculaire au centre et plusieurs petites autour. La charpente est alors renforcée avec un espacement réduit de moitié entre les pannes pour renforcer l'ouvrage et une deuxième peau rigide est installée sur la façade intérieure afin de la renforcer tout en conservant l'esthétique de la façade extérieure. Enfin, de la résine sous pression est injectée à l'intérieur des poteaux fissurés de la nef pour colmater leurs fissures. Après deux ans de travaux, l'église rouvre ses portes aux paroissiens de Sainte-Marie le .