El estado actual de la iglesia de San Nicolás es el resultado de bombardeos aéreos durante la Segunda Guerra Mundial (véase Operación Gomorra), seguido por la demolición de 1951 y los trabajos de restauración en la década de 1990. La fundación "Rettet die Nikolaikirche e.V." (Rescate de la iglesia de San Nicolás) es responsable de la restauración de la iglesia. El trabajo realizado por la fundación está subvencionado por la ciudad de Hamburgo, la congregación de la iglesia de San Nicolás y varias empresas patrocinadoras y donantes privados. La organización tiene a su cargo el mantenimiento de la estructura existente del edificio, restauración, organización de eventos y exposiciones en la iglesia, y dirigir un centro de información hospedado en la cripta de esta.