আয়েশা বেদোরা চৌধুরীর সর্বপ্রথম চাকরি করেন ভারতের আসামের গুয়াহাটির একটি সরকারি হাসপাতালে। তারপর তিনি দেশত্যাগ করে পূর্ব পাকিস্তানের ঢাকায় চলে যান এবং ঢাকা মেডিকেল কলেজ ও হাসপাতালে যোগ দেন। তিনি স্টেট ব্যাংক অব পাকিস্তানে মেডিকেল অফিসার হিসেবেও কাজ করেন। ১৯৭১ সালের ২৫ মার্চের পর বাংলাদেশের স্বাধীনতা যুদ্ধ শুরু হলে, তিনি মুক্তিযোদ্ধাদের চিকিৎসা প্রদান করতেন এবং তাদের আশ্রয় দিতেন।