Imperij je bil ukinjen 6. avgusta 1806, ko je zadnji svetorimski cesar Franc II. (od 1804, cesar Franc I. Avstrijski) abdiciral, po vojaškem porazu s Francozi pod Napoleonom v bitki pri Austerlitzu (glej Bratislavski mir). Napoleon je reorganiziral veliko cesarstvo v Rensko konfederacijo kot francoski satelit. Francova habsburško-lotarinska dinastija je preživela zaton cesarstva, še naprej je vladal kot cesar Avstrije in kraljev Madžarske, do končnega razpada Habsburške monarhije leta 1918, zaradi posledic prve svetovne vojne.