El poder de la Mancomunidad decayó en las décadas siguientes a la evacuación de Moscú. El primer contratiempo fue la rebelión cosaca, apoyada por el Kanato de Crimea, en los territorios surorientales; los rebeldes pidieron la protección del zar. En 1651, debido a la creciente amenaza de sus aliados tártaros, el atamán cosaco Bogdán Jmelnitski solicitó al zar Alejo I de Rusia que incorporase Ucrania a Rusia como ducado autónomo (1654). La anexión parcial rusa facilitó la sustitución de la influencia polaca por la rusa en esa región. El segundo infortunio para la mancomunidad fue la invasión sueca de 1655, en la que participaron también Transilvania y Brandeburgo, y que se conoce como «El Diluvio».