Con la Nazionale cubana Márquez ha giocato le partite delle qualificazioni ai Mondiali del 2002, 2006 e 2010, la fase finale della CONCACAF Gold Cup nel 2002, 2003, 2005, 2007 e 2011 e la Coppa dei Caraibi nel 2001, 2005, 2007, 2008 e 2010.