Zawirowania i prześladowania religijne w Polsce wynikły m.in. z nieuchwalenia przez sejm, w którym przeważać zaczęli katolicy, przepisów wykonawczych do postanowień konfederacji warszawskiej, a jej najbardziej zdecydowanym przeciwnikiem był Zygmunt III Waza, pozostający pod silnym wpływem jezuitów, z Piotrem Skargą na czele. Dopiero po potopie szwedzkim, gdy Rzeczpospolita z trudnością uniknęła podziału między niekatolickich sąsiadów, Kościołowi udało się prawnie i faktycznie przekreślić postanowienia konfederacji warszawskiej. W 1658 sejm skazał braci polskich na banicję – ci uciekli głównie do Holandii, gdzie znajduje się ich słynna Bibliotheca Fratrum Polonorum, a w 1668 zabronił, pod karą śmierci, odstępstwa od katolicyzmu.