2020年8月20日，納瓦尼在一班自托木斯克飛往莫斯科的航班上遭人用神經性毒劑下毒，被緊急送院。他隨後獲轉移至德國柏林接受治療，並在9月22日出院&lt;ref name="reuters-02/09/20"&gt;&lt;/ref&gt;。禁止化學武器組織（）確認施襲者所使用的神經性毒劑為諾維喬克。雖然克里姆林宮否認涉及此宗下毒案，但歐盟及英國皆對該國采取了反制行動，宣佈制裁六名高級俄國官員及一家國有化學中心。納瓦尼本身則指控俄羅斯總統普丁策劃了此次下毒案，獨立調查網站“”及獨立媒體《》發佈的調查報告稱俄羅斯聯邦安全局的特務對納瓦尼下毒。