Tο 41 μ.Χ., όταν ο Αγρίππας A',  έλαβε τον τίτλο του "Βασιλιά των Ιουδαίων",  συνέχισε τις διώξεις κατά τις οποίες ο Απόστολος Ιάκωβος έχασε τη ζωή του, ο Πέτρος μόλις κατάφερε να γλυτώσει και οι υπόλοιποι των αποστόλων διασκορπίστηκαν. Μετά το θάνατο του Αγρίππα, ακολούθησε  ρωμαϊκή διοίκηση και τηρήθηκε μια ουδετερότητα, έως ότου ο έπαρχος (προκουράτωρ)  Festus πέθανε και ο αρχιερέας Άννας II εκμεταλλεύτηκε το κενό εξουσίας για να επιτεθεί στην Εκκλησία και να εκτελεστεί ο Ιάκωβος ο Αδελφόθεος, τότε ηγέτης των Χριστιανών της Ιερουσαλήμ. Η Καινή Διαθήκη αναφέρει ότι Απόστολος Παύλος φυλακίστηκε επανειλημμένα από τις Ρωμαϊκές αρχές, λιθοβολήθηκε από τους Φαρισαίους και αφέθηκε ημιθανής σε μία περίπτωση, και τελικά οδηγήθηκε ως κρατούμενος στη Ρώμη. Ο Απόστολος Πέτρος και άλλοι πρώτοι Χριστιανοί  επίσης, φυλακίστηκαν, ξυλοκοπήθηκαν και κακοποιήθηκαν. Η μεγάλη Εβραϊκή εξέγερση, με αφορμή τη θανάτωση 3.000 Εβραίων από τους Ρωμαίους, οδήγησε στην καταστροφή της Ιερουσαλήμ το 70 μ.Χ., στο τέλος του Δεύτερου Ναού και την  αποδυνάμωση των Εβραίων διωκτών. Σύμφωνα με μια παλιά παράδοση της Εκκλησίας, η οποία  επί το πλείστον αμφισβητείται από τους ιστορικούς, η πρώτη Χριστιανική κοινότητα είχε προηγουμένως φύγει από την Ιερουσαλήμ προς την ήδη ειρηνική περιοχή της Πέλλας της Δεκαπόλεως.