Pargev Martirosyan fu nel Karabakh durante la guerra con l'Azerbaigian, che terminò nel 1994. Le forze armene segnarono la loro prima grande vittoria l'8-9 maggio 1992, quando presero il controllo di Shushi. L'arcivescovo Pargev benedisse i soldati armeni prima dell'inizio dell'operazione. La mattina del 9 maggio 1992 l'arcivescovo Pargev con un certo numero di soldati armeni entrò nella Cattedrale di Ghazanchetsots a Shushi, dove pregarono per i soldati caduti. Era la prima volta dal pogrom del 1920 che una preghiera veniva recitata nella cattedrale. Subito dopo la cattura della città, iniziarono i lavori di restauro della cattedrale che in precedenza era stata utilizzata dagli azeri come un arsenale.