В 1648 г. начались войны. Во время нашествия московских войск в 1655-62 город был полностью сожжён и опустошён, а резиденция Товарищества Иисуса прекратила свою деятельность. Новый этап развития гродненской школы иезуитов ознаменовался коренными изменениями во внешней среде. По окончании полосы войн, носящей в польской историографии название «Потопа», кончилась эпоха религиозной толерантности и наступило время супремации католицизма. В образовательном пространстве это способствовало полному доминированию иезуитской школьной системы, которая обладала внутренними механизмами для быстрого наращивания числа высоко мотивированных учительских кадров.