Under Besættelsen opholdt Mærsk Mc-Kinney Møller sig i New York for at søge at befragte de skibe, som den 9. april 1940 var uden for dansk farvand. Den 24. maj 1940 blev Mærsk Mc-Kinney Møller optaget som partner i Firmaet A.P. Møller, men det mislykkedes at nå til enighed med de amerikanske myndigheder om brug af skibene, der blev taget til krigsformål. I stedet påbegyndte han at forberede rederiets fremtid efter 2. verdenskrigs ophør. I disse år forestod Møller et frasalg af store dele af tankflåden. Efter krigen satsede man på trampfart og gik ind i containerfragt i 1971.