Il se classe de la Coupe UNCAF en 1997 et en 1999. À la Gold Cup 1998, il est éliminé au avec deux défaites contre le Mexique et Trinité-et-Tobago. Deux ans plus tard aux États-Unis, après deux victoires au premier tour contre la Colombie, invitée à son tour, et la Jamaïque, le Honduras est battu 5-3 par le Pérou, autre invité de la compétition, en quart de finale. En 2001, le Honduras organise à domicile la Coupe UNCAF des nations. Éliminé dès la phase de groupe, il manque la qualification pour la Gold Cup 2002.