Bei den Luftangriffen auf Hamburg während des Zweiten Weltkriegs diente der Turm der Nikolaikirche als Zielmarkierung der britischen und amerikanischen Luftstreitkräfte. Am 28. Juli 1943 wurde die Kirche durch Fliegerbomben im Rahmen der „Operation Gomorrha“ schwer beschädigt. Das Dach stürzte ein und verwüstete den Innenraum. Die Wände bekamen Risse, blieben aber weitgehend stehen, ebenso der Turm. Die Einschläge der Bombensplitter sind noch heute zu erkennen.