В апреле 1945 года был назначен на должность командира 16-го гвардейского стрелкового корпуса, который принимал участие в боевых действиях в ходе Земландской наступательной операции, а также в освобождении Пиллау (Балтийск). После форсирования пролива южнее Пиллау корпус провёл операцию по очищению северной части косы Фрише-Нерунг. За отличие в этих боях генерал-лейтенант Иван Иосифович Семёнов был награждён орденом Кутузова 1 степени