В ходе гуситских войн многие монастыри доминиканского ордена прекратили своё существование, но монастырю Святой Екатерины удалось выстоять. Несколько раз в монастыре случались пожары. Особенно сильно он пострадал во время тридцатилетней войны и во время городского пожара в 1709 году.