Konflikten har sedan dess skärpts ytterligare, med dödligt våld och instabilitet som konsekvens. Polisen dödade 2007 18 personer som misstänktes vara terrorister. Året därefter dödades 16 poliser i ett attentat i Kashgar, ett dåd som extremistiska separatister anklagades för att ha organiserat. I Xinjiangs regionhuvudstad Ürümqi bröt i juli 2009 större våldsamheter ut mellan uigurer och hankineser. Upptrappningen var en händelse i sydöstra Kina där två uigurer hade dödats vid en fabrik, vilket ledde till omfattande protester från uigurerna i Xinjiang. Medan protesterna pågick dödades 200 personer, 1 700 skadades och 1 400 personer greps av polisen. Centralregeringen i Pekings respons till händelserna var att skärpa övervakningen ytterligare.