A maior parte da segunda metade do século XV foi marcada pela Guerra das Rosas entre duas casas reais reivindicando o trono, Lencastre e Iorque. A Torre de Londres foi cercada novamente em 1460 pelas forças iorquistas. Ela foi danificada por tiros de artilharia, porém apenas se rendeu depois do rei Henrique VI ter sido capturado na Batalha de Northampton. Henrique recapturou o trono com a ajuda de Ricardo Neville, 16.º Conde de Warwick, por um breve período em 1470. Entretanto, Eduardo IV reconquistou o controle e Henrique VI foi aprisionado no castelo, onde provavelmente foi assassinado. A Torre foi fortificada durante os anos de guerra para suportar tiros de canhão e equipada com ameias para canhões e armas menores; um pequena muralha foi criada para esse propósito ao sul do Morro da Torre, porém ela não existe mais.