A polgárháború folyamán Bragg kezdetben kiképzői feladatot látott el a Mexikói-öböl térségében és a keze alól kikerülő ezredek a legkiválóbbak voltak a hadseregben. Ezért a nyugati hadszíntérre rendelték kívánatosabb beosztásba, Albert Sidney Johnston tábornagy hadtestparancsnokává lépve elő. Az elvesztett shiloh-i csatában parancsnoka elesett és P. G. T. Beauregard vezette a Mississippi hadsereg visszavonulását. Corinth ostroma után azonban Beauregard-t Jefferson Davis konföderációs elnök leváltotta és Bragget nevezte ki a helyére. Bragg átnevezte erőit Tennessee hadsereg névre és Edmund Kirby Smith altábornaggyal együtt 1862 nyarának végén két irányból betörtek a már elvesztett Kentucky államba, de mivel nem találtak számottevő támogatásra a lakosság körében, a döntést nem hozó perryville-i ütközet után októberben feladták a Heartland hadjáratot és visszavonultak. Vasúton átcsoportosította erőit a kentucky betöréssel visszanyert Közép-Tennesseebe, de 1862 decemberében Bragg újabb lehetőséget hagyott ki a Stones-folyó menti csatában a tennesseebeli Murfreesboro mellett. Az újabb döntetlenül végződő ütközet után ismét visszavonult. 1863-ban ütközetek sorát vívta William S. Rosecrans vezérőrnagy Cumberland hadseregével szemben. A Tullahoma hadjáratban júniusban Rosecrans sikerrel mögé került, ezért kénytelen lett Chattanooga fontos vasúti csomópontjáig visszavonulni. Szeptemberben Chattanoogát is feladta, de a keleti hadszíntérről kapott erősítéssel a chickamaugai csatában, a nyugati hadszíntér legvéresebb ütközetében megverte Rosecranst. Azonban ekkor már nem először nem tudta kihasználni lehetőségét és döntő győzelem helyett Chattanooga hosszas ostromába bonyolódott. 1863 novemberében az uniós hadszíntér-parancsnokságot átvevő Ulysses S. Grant vezérőrnagy döntő győzelmet aratott Bragg felett a chattanooga-i csatában.