У березні 1940 року, після закінчення Радянсько-фінської війни, СРСР значно посилив політичний тиск на Литву. Раштікіса запросили повернутися до армії, проте він 7 червня лише погодився очолити військову академію. Вже через тиждень його покликали на надзвичайне урядове засідання для обговорення Радянського ультиматуму Литві. На засідання військовик висловив думку, що починати збройне протистояння, в той час як радянські війська вже присутні в країні, неможливо. Згідно з вимогами СРСР про формування нового прорадянського уряду, кандидатура Раштікіса була висунута на посаду прем'єр-міністра, проте була відхилена в Москві.