Em Abril de 1862, na Batalha de Shiloh ocorreu uma das atuações mais polêmicas do General Grant, que deixou o seu Exército do Tenesse ser pego de surpresa, sem defesas preparadas. O Exército do Mississippi, sob o general confederado Albert Sidney Johnston, levou as tropas federais a beira da aniquilação. A oportuna chegada do Exército Federal de Ohio, sob o comando do Gal. Buell, aliada ao sangue frio de Grant, inverteu a situação, e a União acabou vencedora. Não obstante, em função do desastroso primeiro dia da batalha, a opinião pública pressionava pela sua remoção. Mas Lincoln, farto de comandantes hesitantes, resolveu manter o agressivo Grant no cargo. Por alguns meses, o Gal. Halleck, desconfiado do suposto alcoolismo de Grant, tomou o comando pessoal das operações no oeste.