それでも九九艦爆の運用は続けられたが、米軍においては新鋭戦闘機F6Fの大量投入や近接信管（VT信管）の開発がなされ、反攻体制が整いだしたソロモン諸島の戦いからは、低速で防弾装甲も貧弱な本機は多大な消耗を重ねてパイロットの犠牲者は膨大な数に及んだ。エンジン出力と速度を改良した二二型も十分な性能とは言えず、その生存性の低さから「九九式棺箱(かんばこ)」「窮窮式艦爆」というあだ名もつけられている。