În 1805, în Războiul celei de-a Treia Coaliții împotriva Franței, Ferdinand era comandant al forțelor austriece, cu generalul Karl Freiherr Mack von Leiberich, în calitate de comandant. În octombrie, armata lui era înconjurată la Ulm. Generalul Mack s-a predat. Ferdinand a reușit să scape împreună cu 2000 de cavaleri în Boemia, a preluat conducerea trupelor armate austriece și a ridicat miliția locală. Cu un total de 9.000 de oameni, el a pornit spre Jihlava pentru a distrage atenția de la mișcările Coaliției. El a reușit să rețină diviziunea bavareză a prințului Karl Philipp von Wrede în Jihlava, astfel împiedicând participarea în Bătălia de la Austerlitz.