Da Zürich die Schutzmacht der reformierten Gläubigen in der Schweiz war, entstanden immer wieder Konflikte mit den katholischen Orten. Als Schwyz 1655 alle reformierten Familien aus Arth vertrieb, intervenierte Zürich erneut militärisch im Ersten Villmergerkrieg gegen die katholischen Orte der Innerschweiz, erhielt von reformierter Seite allerdings nur Unterstützung von Bern. Dies und die unglückliche Kriegsführung führten zu einer neuerlichen Niederlage Zürichs. Die Vormacht der katholischen Orte schien bestätigt. Etwas mehr als fünfzig Jahre später intervenierte Zürich 1712 wiederum zusammen mit Bern zugunsten reformierter Untertanen unter katholischer Herrschaft, diesmal im Toggenburg. Der Zweite Villmergerkrieg ging jedoch zugunsten der reformierten Städte aus und brachte das Ende der katholischen Vormacht in der Alten Eidgenossenschaft.