Zvolením Ferdinanda I. českým králem v roce 1526 se Koruna česká připojila k územím ovládaným rodem Habsburků, čímž byl položen základ budoucí Habsburské monarchie. V letech 1619–1620 povstalé stavy vyhlásily na korunním území Českou konfederaci, v níž už Čechy neměly hrát prim, jako doposud, ale všechny země si měly být postaveny naroveň a panovník měl být důsledně volen. Bělohorská porážka však tento pokus o vytvoření pevnějšího, soudržnějšího státu nadobro zmařila; vítězní Habsburkové neměli zájem na rozvoji a utužení Koruny, naopak cíleně postupně soustátí dezintegrovali a nakonec sloučili jednotlivé země se zeměmi rakouskými. Územně už Koruna nadále pouze ztrácela: ještě během třicetileté války (1635) postoupil císař Ferdinand II. obě Lužice Sasku; další ztráta přišla v letech 1742–44, kdy byla Marie Terezie nucena vzdát se ve prospěch Pruska většiny (téměř 9/10) území Slezska, které tehdy bylo hospodářsky nejvyspělejší částí habsburského soustátí. Všechna zahraniční léna Koruny pak byla z korunního svazku uvolněna nejpozději na Vídeňském kongresu (1815).