Το Σεπτέμβριο του 1999, με τη λήξη των εχθροπραξιών και με μια διεθνή δύναμη στο Κοσσυφοπέδιο, ο UÇK διαλύθηκε επισήμως και χιλιάδες μέλη του εισήλθαν στο Σώμα Προστασίας του Κοσσυφοπεδίου, ένα πολιτικό όργανο προστασίας έκτακτης ανάγκης, που αντικατέστησε τον UÇK και την Αστυνομική δύναμη του Κοσσυφοπεδίου, όπως προβλεπόταν στην Απόφαση 1244 του Συμβουλίου Ασφαλείας των Ηνωμένων Εθνών. Ο τερματισμός του πολέμου στο Κοσσυφοπέδιο είχε ως αποτέλεσμα την εμφάνιση ομάδων ανταρτών και πολιτικών οργανώσεων από τον UÇK, που συνέχιζαν τις ένοπλες συγκρούσεις στη νότια Σερβία (1999-2001) και τη βορειοδυτική πΓΔΜ (2001), που κατέληξαν σε ειρηνευτικές συνομιλίες και περισσότερα δικαιώματα για τους Αλβανούς. Οι πρώην ηγέτες του UÇK εισήλθαν επίσης στην πολιτική, ορισμένοι από τους οποίους έφτασαν σε ανώτερα αξιώματα.