Най-ранният исторически документ, в който се споменават Музаки, е на византийската принцеса Анна Комнина от 1090 г. В края на XIII и началото на XIV век родът владее района между реките Девол и Вьоса. Някои от представителите на рода са лоялни към Византийската империя, други гравитират около Шарл I Анжуйски. За кратък период сръбският цар Стефан Душан окупира Албания, включително владенията на Музаки, но след неговата смърт те си възвръщат предишните земи. След битката при Балши през 1385 г. територията на Албания е покорена от Османската империя. Така Музаки служат на султана до 1444 г., когато Теодор Корона Музаки се присъединява към бунта на Скендербег. Когато османците потушават бунта и превземат венецианските владения в Албания, много членове на рода Музаки заминават за Италия. Останалите в Османска Албания загубват своите феодални права, някои приемат исляма и са на високи постове в османската военна и административна йерархия.