1712 flohen die Nonnen während des Zweiten Villmergerkriegs vorübergehend nach Luzern. Unter der Helvetischen Republik musste das Kloster auf den Bezug der Gefälle und die Ausübung der niederen Gerichtsbarkeit verzichten. Als Reaktion auf bewaffnete Aufstände nach der Verhaftung des Bünzer Komitees hob der Grosse Rat das Kloster am 13. Januar 1841 auf. Im Zuge des Aargauer Klosterstreits machte er diesen Schritt zwei Jahre später nach einem Beschluss der Tagsatzung wieder rückgängig. Während des Kulturkampfs wurde das Kloster im Jahr 1876 erneut aufgehoben und in ein Kinderheim umgewandelt, ein Jahr später das Klostergut versteigert.