Eventualmente, con la decadencia de los Kiché, fueron capaces de restablecer la autonomía política, pero fue de corta duración. A principios del siglo XVI, los españoles comenzaron a avanzar por la región, conquistando a los dispersos cacicazgos poqomames. Durante el período colonial, las enfermedades europeas a las que los poqomames estuvieron expuestos y la guerra redujeron la población. La reubicación en asentamientos misioneros y las políticas guatemaltecas que prohibieron las tierras comunales forzaron al poqomam a parcelas cada vez más pequeñas.También tuvieron grandes cambios durante la época colonial e independentista tales como la reducción de población y un gran sufrimiento en la economía