1994 war sie Flaggschiff während der Operation Uphold Democracy vor Haiti. 1999 löste sie die "La Salle" als Kommandoschiff der 6. US-Flotte im Mittelmeer ab und wurde in Gaeta stationiert. Die "Mount Whitney" war während des Kosovokrieges sowie der Operation Iraqi Freedom ein zentrales Element der Kommandostruktur der US-Streitkräfte. 2004 übernahm das Military Sealift Command offiziell das Kommando über das Schiff, die vorher rein militärische Besatzung wurde drastisch verkleinert und zum Teil durch zivile Angestellte des MSC ersetzt. Im Februar 2005 löste sie die "La Salle" endgültig von ihrer Aufgabe als Flaggschiff der 6. Flotte im Mittelmeer ab. Nach Ende des russisch-georgischen Krieges im Südkaukasus im August 2008 wurde die "Mount Whitney" Anfang September 2008 ins Schwarze Meer entsandt, um humanitäre Hilfslieferungen nach Georgien zu bringen. Die erste derartige Lieferung, die nach Poti ging, wurde von Russland äußerst kritisch aufgenommen.