1942年（昭和17年）4月頃からは、新たに軍人の指揮する特設設営隊が編成された。工作学校卒の技術士官に加え、文官の技師からの技術士官採用が進んでいる。ただし、陸海軍の兵力量問題から技術下士官・兵の整備ができず、設営隊の主力は依然として軍属であった。ミッドウェー島攻略作戦などに参加し、占領後に直ちに飛行場などの整備を行うことが計画された。ガダルカナル島の戦い以後、連合軍の反抗が本格化すると、飛行場建築のほか工兵に近い防御陣地築城を任務とした設営隊が次々と増設されて、南方各地へ送られた。