במאי 1942 קיבל היאקוטאקה את הפיקוד על הארמייה ה-17 ונשלח למפקדתה ברבאול שבדרום מערב האוקיינוס השקט. במסגרת תפקידה נטלה הארמייה ה-17, תחת פיקודו של היאקוטאקה, חלק במערכות בגינאה החדשה, בגוודלקנל ובאיי שלמה. לאחר שמרבית הפעילות בזירה הוטלה על הארמייה השמינית, הפנה היאקוטאקה את יחידותיו לאיי שלמה בלבד, בעיקר לבוגנוויל. במהלך המערכה בבוגנוויל, נלכדו הוא ואנשיו על האי לאחר שבעלות הברית הקימו מתחם הגנה חזק בכף טורוקינה, ונותקו מקווי האספקה והתגבורת. התקפתו על המתחם נהדפה ויחידותיו נאלצו להתקיים ממה שמצאו באי ולהתחבא בג'ונגל ובמערות עד תום המלחמה.