W czerwcu 1940 roku „Casabianca” nadal wchodził w skład 2. dywizjonu 4. eskadry okrętów podwodnych w Breście, a jego dowódcą był kmdr ppor. R.L.B. Sacaze (okręt znajdował się w remoncie). 18 czerwca, wobec zbliżania się wojsk niemieckich do portu w Breście, „Casabianca” ewakuowała się do Casablanki (razem z okrętami podwodnymi „Méduse”, „Sfax”, „Persée”, „Poncelet”, „Ajax”, „Circé”, „Thétis”, „Calypso”, „La Sibylle”, „Amazone”, „Antiope”, „Orphée” i „Amphitrite”). Po zawarciu zawieszenia broni między Francją a Niemcami okręt znalazł się pod kontrolą rządu Vichy. W dniach 8-14 kwietnia 1941 roku jednostka – wraz z wieloma innymi francuskimi okrętami stacjonującymi w Dakarze – wzięła udział w poszukiwaniach francuskiego parowca „Fort de France” (4279 BRT), który podczas rejsu z Martyniki do Dakaru został przechwycony przez brytyjski krążownik pomocniczy HMS „Bulolo” i po obsadzeniu załogą pryzową skierowany w kierunku Gibraltaru. Statek został odnaleziony 12 kwietnia przez krążownik „Primauguet” i niszczyciel „Albatros”, po czym doprowadzony do Casablanki.