Vaganian nahm an neun Schacholympiaden teil, und zwar 1978, 1984 und 1986 mit der Sowjetunion sowie 1992, 1994, 1996, 1998, 2000 und 2004 mit Armenien. Mit der Mannschaft gewann er 1984 und 1986, erreichte 1978 den zweiten sowie 1992 und 2004 den dritten Platz. In der Einzelwertung gewann er 1984 und 2004 jeweils am dritten Brett, 1984 erreichte er außerdem die zweitbeste Elo-Leistung aller Teilnehmer.