Основные годы нахождения Алкио у руководства партией приходятся на переходный период 1917—1919 гг., когда Финляндия стала независимой. Весной 1917 года он примкнул к политическому фронту, который выступал за независимость Финляндию и её отсоединение от России. Во время внутриполитического кризиса осени 1917 г. Алкио предпринимал попытки к примирению разногласий между левыми и буржуазными партиями, однако это не предотвратило обострение ситуации. Страна была втянута в Гражданскую войну. Во время войны Алкио скрывался в Хельсинки. Боль за происходящее нашла отражение в его дневниках. Хотя восстание социалистов глубоко потрясло его, к жаждущим мести он не относился. Он считал, что ответственность за восстание несли революционно настроенные предводители рабочих, но осуждать всё рабочее движение за это было нельзя. Причиной восстания он видел, прежде всего, «штормовые волны» революции, агитацию руководителей-социалистов и промедление в проведении социальных реформ. Во время мрачной развязки войны весной 1918 он принадлежал к тем политикам победившей стороны, которые стали публично призывать к гражданскому согласию. Кроме того, он считал необходимым отстаивать демократию и республику, а также проводить социальные преобразования.