Ferdynand urodził się w Mediolanie jako syn arcyksięcia Ferdynanda Habsburga i Marii Beatryczy d’Este, córki Ercole III d’Este. Przed rozpoczęciem kariery wojskowej w 1799, uczęszczał do Akademii Wojskowej w Wiener Neustadt. 21 lutego 1800 został mianowany na stopień generała majora, a 4 stycznia 1801 na stopień generała dywizji. Był dowódcą wojsk austriackich w czasie wojny trzeciej koalicji przeciwko Francji w 1805. 1 września 1805 został mianowany na stopień generała kawalerii. W czasie bitwy pod Ulm (8–15 października 1805) został otoczony, lecz zdołał uciec z 2000 kawalerzystów do Czech. 2 grudnia 1805 w czasie bitwy pod Austerlitz dowodził prawym skrzydłem armii rosyjsko-austriackiej.