Pendant la guerre contre le Mexique, entre 1846 et 1847, Hoffman est engagé dans la marche par Chihuahua, le siège de Vera Cruz, la bataille de Cerro Gordo, une escarmouche à Amazoque, la capture de San Antonio, la bataille de Contreras et de la bataille de Churubusco, où il est blessé. Le , Hoffman est breveté commandant pour bravoure et conduite méritoire lors des batailles de Contreras et Churubusco. Il participe également à la bataille de Molino del Rey, la bataille de Chapultepec, et l'assaut et la capture de la ville de Mexico. Il est breveté lieutenant colonel le , pour bravoure et conduite méritoire à la bataille de Molino del Rey.