Die Neptun konnte mit bis zu 18 Kanonen und Steinmörsern ausgerüstet werden. Zwei Zweipfünderkanonen aus dem Jahr 1692, der «Hecht» und der «Karpf» werden heute im Landesmuseum aufbewahrt. Die Besatzung bestand aus 25 mit Gewehr und Bajonett bewaffneten Ruderknechten und 12 Kanonieren. Für den Kriegsfall war Platz für zusätzliche 32 Seesoldaten. Die Inschrift auf dem Segel lautet «Deo Duce» («mit Gott als Führer»). Schiffsoffizier auf der Neptun war Johann Obrist von Zollikon. Am 8. September 1783 nahm die Neptun mit zahlreichen anderen Schiffen an einem Übungsmanöver zu einer Seeschlacht auf dem Zürichsee teil. Im Toggenburgerkrieg diente die Neptun für den Transport von Truppen nach dem Toggenburg.