Niewiele wiadomo o dalszych przodkach Šafárika, najprawdopodobniej rodzina wywodziła się od któregoś z emigrantów czeskich, należących do Braci czeskich, zmuszonych do opuszczenia Czech po klęsce na Białej Górze i rozproszenia się po różnych krajach (głównie w Polsce). Na Węgrzech uchodźcy ci po 1647 r. połączyli się z kalwinistami, zachowując jednak łączność z tradycjami husyckimi.