1997年6月，香港回归前夕，中華民國政府发表《對「九七」香港情勢的立場與政策說帖》，重申对香港的主权。中華民國總統李登輝认同中华民国拥有香港主权的主张。到1999年7月时，他提出“两国论”。他指1991、1992年中华民国修宪后，中华民国领土范围已限定于台澎金马。当年12月，澳门回归前夕，行政院大陆委员会在《稳定与互惠─中华民国对「九九」澳门情势的立场》一文中指出，中华民国政府对葡萄牙政府结束在澳门的统治表示欣慰，“但对於澳门回到中国大陆专制政权手中，我们则感到遗憾。”