Revenu à Jérusalem, après le début des hostilités en 66, il est nommé commandant militaire de Galilée par les autorités du début de la révolte contre les Romains. Il prend une part active à la Première guerre judéo-romaine au cours de laquelle son commandement a du mal à s'imposer, en concurrence avec d'autres responsables régionaux de la révolte tels Jean de Gischala et Juste de Tibériade. Selon la version de la "Vita" c'est parce qu'il est mû par « la jalousie » que Jean de Gischala cherche à le faire destituer par les autorités de Jérusalem, alors que dans la Guerre des Juifs Jean le soupçonnait de jouer double-jeu et faisait courir le bruit qu'il était en train de trahir. Il parvient à obtenir sa destitution, mais selon ses dires Josèphe, en faisant jouer d'autres influences à Jérusalem, se maintient quand même à son poste.