Le pape dans un discours prononcé à Ratisbonne en sur le thème de la foi et de la raison, cite, sans se les approprier, des paroles de Paléologue à un érudit persan : « Montre-moi ce que Mahomet a apporté de nouveau et tu ne trouveras que des choses mauvaises et inhumaines, comme son ordre de diffuser par l'épée la foi qu'il prêchait... (Parce que) Dieu ne saurait se plaire dans le sang, et (que) ne pas agir raisonnablement est étranger à Dieu ». C'est le départ d'une controverse, certains commentateurs avançant que le pape s'est livré à une critique du jihad.