Nachdem die Parteien nach verlorenen Parlamentswahlen in die Opposition mussten und die neue, von der Awami League geführte Regierung 2010 ein Tribunal zur Aufarbeitung von Kriegsverbrechen während des Unabhängigkeitskrieges von 1971 eingesetzt hatte, wurden Mojaheed und andere führende Oppositionspolitiker vor Gericht gestellt. 2013 wurde er wegen Kriegsverbrechen zum Tode verurteilt. Ihm wurde unter anderem die Verantwortung für die Ermordung von Intellektuellen zur Last gelegt. Nachdem Präsident Abdul Hamid am 21. November 2015 sein Gnadengesuch abgelehnt hatte, wurde Mojaheed um 00:55 Uhr des 22. November 2015 zusammen mit dem Abgeordneten Salahuddin Quader Chowdhury im Zentralgefängnis der Hauptstadt Dhaka gehängt.