Между тем, члены Союза боялись, что Джонстон поможет подобному заговору, и передали свои опасения Вашингтону с просьбой о его замене. Бригадный Генерал Эдвин Восе Самнер вскоре был отправлен на запад через Панаму, чтобы заменить Джонстона в марте 1861 года. Джонстон подал в отставку 9 апреля, а после прибытия Самнера 25 апреля передал свое командование и переехал с семьей в Лос-Анджелес. Вскоре он отправился с другими южанами через территорию Нью-Мексико в Техас и стал командующим западными армиями Конфедерации. Он умер в битве при Шайло.