בשנת 1989, עבר לעיתון "הארץ", שם פרסם זמן קצר לאחר מכן את פרשת השחיתות של תא"ל רמי דותן מחיל האוויר. בן עבד בעיתון במגוון תפקידים, בהם עורך לילה, כתב תחקירים, ראש מערכת החדשות וכתב לענייני ביטחון. משנת 1993 עד תחילת 1997 היה כתב מדיני, אז התמנה לראש מערכת החדשות, ושב לתפקיד כתב מדיני ביוני 1999, תפקיד אותו מילא עד סוף שנת 2007. ככתב מדיני סיקר שישה ראשי ממשלה, את תהליכי השלום עם הפלסטינים, סוריה וירדן, האינתיפדה השנייה, ההתנתקות מעזה, מלחמת לבנון השנייה ותוכנית השלום של אהוד אולמרט. בן צפה את כישלון פסגת קמפ-דייוויד בטור שפרסם ביולי 2000 ערב פתיחתה, אך הודה בטעותו על שלא זיהה את התפנית בעמדתו של אריאל שרון לפני שהודיע על תוכנית ההתנתקות.