総司令部は当初サイゴンに置かれたが、南方作戦終了後はシンガポールに移転した。さらに1944年（昭和19年）3月27日に大本営によって改訂された「南方軍戦闘序列」に基づき、同年5月21日マニラに移転し、フィリピン防衛作戦を指揮した。その後、レイテ作戦が失敗し、米軍のルソン島上陸が迫った11月17日にダラットに再度移転して終戦を迎えた。