Nach dem Ende seiner aktiven Radsport-Laufbahn engagierte sich Bremer als Funktionär im Radsport. Er war Sportlicher Leiter der Rheinland-Pfalz-Rundfahrt und der Regio-Tour sowie als Kommissär des Bundes Deutscher Radfahrer (BDR) und des Weltradsportverbands UCI tätig. Zwischen 1987 und 1991 war er Vorsitzender des BDR-Sportgerichts, 1997 wurde Bremer Nachfolger von Fritz Ramseier als Bundessportwart. Aus diesem Ehrenamt wurde der hauptamtliche Posten des Leistungssportdirektors, den Bremer ab 2001 innehatte. In diesen Funktionen organisierte er einen Lauf des Bahnrad-Weltcups 1998 sowie die UCI-Bahn-Weltmeisterschaften 1999, beide Veranstaltungen im Berliner Velodrom, und initiierte eine weitere Bewerbung des BDR um die UCI-Bahn-Weltmeisterschaften 2012 in Berlin, die allerdings erfolglos blieb.