Dopo il colpo di Stato del 22 maggio 2014, la giunta militare chiamata Consiglio nazionale per la pace e per l'ordine guidata da Prayut nominò Anupong membro del suo "comitato consultivo" che si occupava di questioni di sicurezza. Tre mesi dopo, il 30 agosto, fu nominato ministro degli Interni nel governo dominato dai militari del generale Prayut. Le contestate elezioni del 2019 furono manovrate dalla giunta e garantirono ai militari di restare al potere con la coalizione guidata dal neonato Partito Palang Pracharath, formazione politica gestita dagli stessi militari. Il 10 luglio 2019 fu riconfermato primo ministro Prayut, che nel frattempo era andato in pensione, il CNPO fu disciolto e anche alla carica di ministro dell'Interno fu riconfermato Anupong.