În timpul Războiului Bosniac, Šušak a sprijinit în mod activ Republica Croată Herțeg-Bosnia, uneori în detrimentul intereselor potențialilor aliați. În 1995, sub conducerea sa, Armata Croată, în timpul operațiunilor Blitz și Furtuna a lichidat autoproclamata Republica Sârbă Krajina.