Ainsi, les premières missions militaires navales et aériennes américaines arrivèrent en Colombie en janvier 1939. La Colombie et le gouvernement américain commencèrent une série de consultations sur la défense du canal de Panama. Après la capitulation de la France en 1940, le besoin de coopération se fit plus urgent. En septembre, les deux pays commencèrent à négocier un traité d'alliance militaire. La Colombie accepta de prévenir toute attaque sur la canal de Panama ou sur le sol américain depuis son territoire, et si la Colombie venait à être attaquée par une puissance non-américaine, les États-Unis interviendraient en conséquence, mais uniquement à la demande de l'État colombien. Si les États-Unis soutenaient une autre république sud-américaine en temps de guerre, à la conséquence d'un traité interaméricain, la Colombie devait permettre l'utilisation de ses installations militaires.