Затем в Иллирик из Брундизия прибыл Публий Ватиний с войском и флотом. После упорной борьбы ему удалось разбить Октавия и частично восстановить римский контроль над провинцией. Когда Цезарь в 45 до н. э. вернулся в Рим и начал подготовку к походу на даков и парфян, иллирийцы испугались, что по пути он расправится и с ними, а потому просили прощения за прошлые дела, и предлагали дружбу и союз. Цезарь выставил в качестве условий уплату подати и выдачу заложников. В Иллирик был послан Ватиний с тремя легионами и отрядом конницы. После убийства Цезаря племена вновь отказались повиноваться, а когда Ватиний пытался их принудить силой, напали на римлян и уничтожили пять когорт во главе с трибуном Бебием. Наместник с оставшимся войском укрылся в Эпидамне. В 44 до н. э. наместником Македонии и Иллирика был назначен Марк Брут, и Ватиний передал ему свои легионы. В 43 до н. э. эти войска были выведены из Иллирика для участия в новой гражданской войне, и провинция была оставлена разоренной и беззащитной. Иллирийцы отложились от Рима и нападали на прибрежные колонии.