Refusant l'Armistice du 22 juin 1940, Louis Béguin et les hommes de sa compagnie sous les ordres du capitaine Raphaël Folliot rallient les Forces françaises libres en Égypte et forment le Bataillon d'infanterie de marine ( BIM). Quittant Ismaïlia le , Louis Béguin et son unité rejoignent la division blindée britannique avec laquelle ils prennent part à la guerre du désert en Libye. En , Louis Béguin fait partie des tout premiers récipiendaires de la Croix de la Libération avant de participer à la campagne de Syrie. De retour en Libye, le BIM, au sein de la brigade française libre indépendante du général Kœnig, s'illustre lors de la bataille de Bir Hakeim à la suite de laquelle le BIM fusionne avec le Bataillon du Pacifique pour former le Bataillon d'infanterie de marine et du Pacifique. Au sein de cette nouvelle unité, Louis Béguin participe en à la seconde bataille d'El Alamein puis à la campagne de Tunisie. En , il est promu caporal. Débarqué en Italie en , il participe à la libération de l'Italie. Le , alors que la 1re division française libre s'apprête à lancer la bataille du Garigliano, Louis Béguin est tué par l'explosion d'une mine près du village de Sant'Ambrogio sul Garigliano. Son corps n'a pas pu être récupéré.