Nach Beginn des Zweiten Weltkrieges war Touchon zwischen dem 2. September und dem 27. November 1939 zunächst Kommandant des XIV. Korps sowie im Anschluss vom 27. November 1939 bis zum 13. Februar 1940 Kommandierender General des XXIII. Korps. Am 13. Februar 1940 wurde er General "(Général d’armée)" und übernahm daraufhin bis zum 1. Juli 1940 den Posten als Oberkommandierender der im Aufbau befindlichen 6. Armee. Nach Beginn des Westfeldzuges sollte die 6. Armee die Verbindung zwischen der 9. Armee unter General André Georges Corap und der 2. Armee unter General Charles Huntziger herstellen. Mitte Mai 1940 bildete General Alphonse Georges eine Frontlinie entlang der Aisne und dem Crozat-Kanal, vereinigte die noch unvollständige 6. Armee von Touchon mit der noch fiktiven 7. Armee und befahl der 9. Armee, an deren Existenz er immer noch glaubte, die kanalisierte Sambre und den Sambre-Oise-Kanal zu halten. In der Folgezeit nahm er mit der 6. Armee an der Schlacht an der Aisne im Juni 1940 teil. Nach dem Waffenstillstand von Compiègne am 22. Juni 1940 fungierte er vorübergehend zwischen dem 1. Juli und dem 20. August 1940 erneut als Kommandierender General der 14. Militärregion und trat anschließend in den Ruhestand.