Chowdhury nasceu no distrito de Chandpur, no atual Bangladesh. Na faculdade, esteve envolvido na política estudantil. Em 1962, foi eleito para o Parlamento do Paquistão, país o qual Bangladesh então fazia parte, como membro da Liga Awami. Quando Sheikh Mujibur Rahman e outros líderes da Liga Awami foram presos em 1966, Chowdhury, juntamente com Amena Begum atuou como secretário-geral interino do partido até sua prisão em 1967. Após a sua libertação, foi ativo durante a Guerra de Independência de Bangladesh em 1971. Após a independência de Bangladesh, foi membro de longa data do Parlamento. Ele se tornou ministro da Informação no gabinete de Mujibur Rahman em 1973, e na sequência do assassinato de Mujubur em 1975, deixou essa posição e liderou uma facção da Liga Awami.