В 1580 году умирает король Энрике, и португальский трон переходит в руки испанского короля Филиппа II Габсбурга. До 1640 года Португалия была в личной унии с Испанией. В начале XVIII в.она участвовала в войне за испанское наследство. Подписанные в ходе войны Лиссабонский договор и Метуэнский договор 1703 года привели к экономической и политической зависимости Португалии от Великобритании. В 1755 году в Португалии произошло сильное землетрясение, которое повлекло большие разрушения и множество жертв. В 1807 году в Португалию вторглись войска Наполеона I, которые были изгнаны в 1808 году английскими войсками при поддержке португальских патриотов. XIX в. был отмечен в Португалии революциями (Португальская революция 1820 года, Сентябрьская революция 1836 года), гражданскими войнами (мигелистские войны, война Марии да Фонте), острой борьбой между сторонниками и противниками конституции. Со 2-й половины XIX в. в Португалии развивается республиканское и социалистическое движение.