第二次世界大戦勃発時は北アフリカのビゼルトにあった。1939年9月、レバノンからトゥーロンまで57トンの金を輸送。1940年4月19日、ノルウェーのナムソスにむかう兵員輸送船団FP1の護衛中にドイツ軍機による攻撃を受け、至近弾で損傷。5月、フランスからカナダまで金の輸送に従事。6月、再び金をハリファックスまで輸送するが、フランスとドイツの休戦によりフランス領のマルティニークへ向かった。フランスが降伏した直後、各地でイギリス軍がフランス軍艦を攻撃する事件があったが、マルティニークではフランスが軍艦を出航させない代わりにイギリスは島内に係留されている軍艦を攻撃しないという協定が結ばれた。これによりエミール・ベルタンはしばらくマルティニークに留まった。1943年中頃にマルティニークが連合国側の自由フランスに鞍替えすると、エミール・ベルタンも連合国の戦力とされ、フィラデルフィア海軍工廠に送られて近代化改修を受ける。1944年になると地中海で作戦に従事し、ドラグーン作戦（南フランス上陸）の支援や北イタリアのリグーリア海岸への対地砲撃などに参加した。