Кшиштоф Жегоцкий участвовал в битвах против восставших украинских казаков и крымских татар. С 1652 года — ротмистр королевский. В период, когда он являлся старостой бабимостским, в 1655 году начался «Шведский потоп» (война между Швецией и Речью Посполитой). Шведы репрессировали польских крестьян и ремесленников, и особенно католическое духовенство. После капитуляции великопольского ополчения под Уйсце (1655) Кшиштоф Жегоцкий бежал в Зелёна-Гуру, и вскоре принял на себя командование одними из партизанских отрядов, которые были организованы в Великой Польше воеводой подляшским Яном Петром Опалинским. Он был организатором и командиром партизанского отряда, действовавшего с 1655 по 1659 год в окрестностях Бабимоста против шведских войск. Первоначально он руководил партизанами из села Забур, расположенного в окрестностях Зелёны-Гуры. 4 октября 1655 года Кшиштоф Жегоцкий захватил у шведов город Косьцян, затем разбил отряд ландграфа Фридриха Гессенского, родственника шведского короля Карла Густава, и отступил в Силезию.