Po manželovej smrti v roku 1460 sa Mária stala regentkou za svojho syna Jakuba. Bola zapletená do vojny ruží, ktorá v tom čase zúrila v Anglicku. Jej hlavným radcom bol biskup Kennedy a ich spojenectvo vraj fungovalo dobre, hoci biskup bol pre spojenectvo s Lancasterovcami, zatiaľ čo Mária bola skôr preto ďalej štvať znepriatelené strany proti sebe.