Au matin du , les troupes de Mussolini envahissent la Grèce par la frontière avec l'Albanie. C'est la mobilisation générale : Elýtis est rattaché, avec le grade de sous-lieutenant, à l'état-major du Corps d'Armée, puis incorporé au Régiment d'Infanterie. Il est transféré sur la zone des combats le , au moment où un froid sibérien s'abat sur l'ensemble du front albanais. Sous le feu des batteries d'artillerie italiennes qui pilonnent les lignes grecques, Elýtis reste cloué au sol pendant deux heures, blessé au dos par des éclats d'obus. Puis, dans les conditions d'hygiène déplorables qui prévalent dans cette guerre, il est victime d'un cas sévère de typhus. Évacué sur l'hôpital de Ioannina le , il lutte pendant plus d'un mois contre la mort ; il a témoigné lui-même de cet épisode dramatique : « Faute d'antibiotiques à cette époque, la seule chance de salut contre le typhus résidait dans la résistance de l'organisme. Il fallait patienter, immobile, avec de la glace sur le ventre et quelques cuillerées de lait ou de jus d'orange pour toute nourriture, pendant les jours interminables où durait une fièvre de 40° qui ne baissait pas. » Après une phase d'inconscience et de délire, où les médecins l'ont cru perdu, Elýtis se rétablit.