Рейтер подверг резкой критике подавление волнений в ГДР, произошедших в августе 1953 года. Спустя несколько недель после этих событий Рейтер умер в возрасте 64 лет от последствий гриппа. После публикации информации о смерти бургомистра многие берлинцы в память об Эрнсте Рейтере не сговариваясь поставили в окнах зажжённые свечи. Эрнст Рейтер похоронен на Целендорфском лесном кладбище в Николасзе. Проводы политика собрали более миллиона берлинцев.