Brune, 1793'te Birinci Generalliğe getirildi ve Paris'te kralcı isyancılara karşı düzenlenen 13 Vendémiaire (5 Ekim 1795) savaşında yer aldı. 1796 yılında İtalyan kampanyasında Napolyon Bonapart ile birlikte savaştı ve bölgede iyi hizmet vermek üzere bölük teşvik etti. 1798 yılında İsviçre'yi işgal eden Fransız ordusuna komuta ederek Helvetia Cumhuriyetini kurdu ve ertesi yıl Anglo-Rus'ca York Dükü altında Hollanda'nın istilasına karşı Amsterdam'ı savunmak için Fransız birliklerinin komutasında bulundu. Vendée'de ve İtalyan Yarımadasında 1799-1801 yılları arasında Pozzolo Muharebesi'ni de kazanarak Fransa'ya daha iyi hizmet etti.