En août, il subit la première défaite de sa carrière sur en grande compétition. À l’occasion des championnats d’Europe d’Istanbul, il se fait en effet prendre son titre par le Néerlandais Pieter van den Hoogenband. Ensuite, il n’atteint que la troisième place sur en , derrière Lorenzo Vismara () et le vainqueur van den Hoogenband () ; le Néerlandais réalise une grosse performance lors de ces championnats en remportant six médailles d’or. Les relais russes perdent aussi leurs titres sur libre (médaille d'argent) et 4 nages (médaille de bronze). Ceci met fin à l’hégémonie de Popov et de son équipe aux championnats d’Europe, qui durait depuis 1991. Popov veut vite oublier ces championnats et cette saison, ayant vécu une baisse de motivation depuis le début de l’année. En 1999, trois autres nageurs ont franchi la barre des sur libre : Pieter van den Hoogenband, Fernando Scherer et Michael Klim.