איפר, כחלק מפלנדריה, עברה תהפוכות מדיניות רבות בימי הביניים. עד 1384 הייתה העיר כפופה לשלטון רוזנות פלנדריה. בין 1384 ל-1477 הייתה פלנדריה חלק מארצות השפלה הבורגונדיות. מ-1477 עד 1556 הייתה פלנדריה חלק מארצות השפלה ההבסבורגיות, ובאותה שנה ירש אותה פליפה השני, מלך ספרד. פלנדריה ומחוזות אחרות מרדו ב-1581 בשלטון הספרדי, אך חזרו לשלטון ספרד על ידי אלכסנדר פרנזה, דוכס פארמה, שצר על אנטוורפן בשנים 1584–1585. פרנזה צר גם על איפר במשך 8 חודשים, ולאחר שנכנעה בזזו חייליו את העיר והרגו תושבים רבים. פלנדריה ושאר המחוזות המורדים נודעו מאז ואילך כארצות השפלה הספרדיות או ארצות השפלה הדרומיות.