27 октября 2004 года в товарищеском матче против сборной Эквадора, Муньос дебютировал в сборную Мексики. На Кубке Америки 2004 и Кубке Конфедераций 2005, Мойсес ездил в качестве второго вратаря. Первым турниром в котором он принял участие в качестве основного вратаря стал Золотой Кубок КОНКАКАФ в 2005 году. На турнире Мойсес сыграл в матчах против сборных сборных Гватемалы, Ямайки и Колумбии. В 2006 году Муньос попал в расширенный список кандидатов на поездку в Германию на Чемпионат Мира 2006, но в окончательную заявку включён не был.