Fra 1789 stod Staffeldt i spidsen for korpset, først som dets kommandør til 1803 og siden som chef til 1814. Efter at han havde deltaget i felttoget i Bohuslen 1788, ofrede han sig i de følgende fredsår med stor nidkærhed og fortrinlig dygtighed for sit korpses såvel teoretiske som praktiske uddannelse. Under ophold i Holsten 1790 og 1792 satte han sig fuldstændig ind i datidens jægertjeneste. Han fik ved norske jægerkorps oprettet den første underofficersskole i Norge, der blev mønstret for de skoler, som senere oprettedes ved regimenterne. 1793 blev Staffeldt udnævnt til kammerherre, 1796 fik han oberstløjtnants karakter. Under krigstilstanden 1801 kommanderede Staffeldt den brigade, der var sammendraget for at dække Frederiksværn med omegn mod engelsk landgang. Siden forlagdes Jægerkorpset til Kongsvinger, og Staffeldt blev interimskommandant på denne fæstning samt fik kommandoen over ullensakerske lette infanteribataillon og søndenfjeldske skiløberbataillon. 1803 blev han oberst og virkelig chef for Jægerkorpset og de dette annekterede bataljoner.