Wpływy reformacji w Grudziądzu, nasilające się od 1524 roku, doprowadziły do odejścia od katolicyzmu większości mieszkańców i zorganizowania parafii ewangelickiej (luterańskiej) w roku 1563, co zatwierdził przywilej króla Zygmunta Augusta w 1569 roku. Protestanci uzyskali prawo odprawiania nabożeństw w farze, którą wkrótce przejęli do wyłącznego użytkowania, w kościele szpitalnym Św. Ducha i w kaplicy św. Jerzego za murami. Już w 1598 r. musieli zwrócić oba kościoły katolikom. Przez kilka lat nabożeństwa były odprawiane w kaplicy zamkowej, potem w Lwim Spichrzu i znowu w kościele Św. Ducha (w międzyczasie kaplica na przedmieściu uległa zniszczeniu). Od 1624 r. do XVIII w. nabożeństwa odprawiano w sali w ratuszu, który w 1632 r. otrzymał wieżę (ale używanie dzwonów do celów religijnych zostało zakazane przez biskupa chełmińskiego, podobnie samo odprawianie nabożeństw również natrafiało na przeszkody), obok którego mieściła się też szkoła miejska. Podczas Potopu szwedzkiego w latach 1656–1659 ewangelicy ponownie zajęli pozbawiony duchownych kościół farny św. Mikołaja. Po spaleniu ratusza podczas odbijania miasta z rąk Szwedów, gmach został odbudowany i kaplica zyskała bogaty wystrój wewnętrzny, wykonany z fundacji wiernych.