Carafa nahm am Konklave von 1572 teil, das Papst Gregor XIII. wählte, ebenso am Konklave von 1585, aus dem Sixtus V. als Papst hervorging, am Konklave September 1590, das Papst Urban VII. bestimmte, und schließlich am Konklave Dezember 1590, das Gregor XIV. zum Papst erkor. Während des Pontifikates von Sixtus V. (1585–1590) ließ Carafa die römische Kirche Santi Giovanni e Paolo auf eigene Kosten restaurieren.