Тойода наследява Коширо Оикава като началник на Генералния щаб на Императорския военноморски флот на 29 май 1945 г., след като последният подава оставка, и е последният командир на тази позиция преди премахването ѝ след края на войната. Участва в множество императорски конференции, касаещи капитулацията на страната. Тойода се обявява за приключването на войната, но настоява правителството да се бори за по-благоприятни условия. След атомните бомбардировки над Хирошима и Нагасаки, обаче, позицията му става по-крайна. Той започва да твърди, че японците трябва да защитават родината си до последния човек.