L'11 giugno 2011 viene eletto presidente Mario Cognigni; a sancire la fine del ciclo degli anni precedenti, furono molti i calciatori che lasciarono la squadra, che nonostante un buon inizio, subì molti risultati negativi. All'undicesima giornata Mihajlović venne esonerato e sostituito da Delio Rossi, i risultati però non migliorarono, culminando con la sconfitta per 5-0 in casa con la Juventus; dopo questo risultato, la società decise di non rinnovare il contratto a Corvino. In lotta per non retrocedere, i viola riuscirono a vincere in trasferta con Milan e Roma, risollevandosi in classifica; il 2 maggio 2012, complice uno scontro fisico con Adem Ljajić, Rossi venne esonerato e sostituito da Vincenzo Guerini, che condusse il club alla salvezza con il tredicesimo posto in campionato, grazie anche alle 14 reti di Jovetić. In Coppa Italia, dopo aver superato Cittadella e Empoli, la squadra venne eliminata dalla Roma agli ottavi.