1631年12月4日にベルリンの近郊ケルン（Cölln）において、プファルツ選帝侯フリードリヒ5世の弟ルートヴィヒ・フィリップと結婚した。夫は三十年戦争で家族とともに故国を追われ、長く亡命生活を送っていた。翌1632年にスウェーデン軍がプファルツ選帝侯領を一時的に皇帝軍から解放した際、エレオノーレは選帝侯領の摂政に任命された夫に従ってプファルツへ移った。ところが1634年にネルトリンゲンの戦いの後、皇帝軍が再びプファルツを占拠したため、夫妻はスダンへの亡命を余儀なくされた。夫妻は三十年戦争の終結とともに帰国した。