Nach der mit dem Waffenstillstand vom 22. Juni 1940 anerkannten militärischen Niederlage der Dritten Französischen Republik gegen das nationalsozialistische Deutsche Reich wurde Eugène Frot Mitglied des Nationalrates des Vichy-Regimes, dem er jedoch nur kurze Zeit angehörte und dann zurücktrat. Im März 1941 weigerte er sich in die von Admiral François Darlan gebildete Regierung einzutreten. In der folgenden Zeit trat er als Vermittler zwischen Pierre Laval und Georges Mandel ein, beteiligte sich aber nicht aktiv am Widerstand der "Résistance".