Habsburgien tuettua Ranskan kuningaskunnan palauttamista Napoleon I hyökkäsi 1796 Italiaan. Napoleon valtasi Venetsian 1797 ja suostui tämän jälkeen Campo Formion rauhassa liittämään Dalmatian Itävaltaan. Kroatialaiset toivoivat, että Dalmatia ja Slavonia yhdistettäisiin, mutta Habsburgit pitivät ne erillisinä hallintoalueina. Itävallan valtakausi Dalmatiassa kesti vain vuoteen 1805, jolloin Napoleon voitti Itävallan ja Preussin joukot Austerlitzin taistelussa. Dalmatia luovutettiin tämän jälkeen Ranskalle, jonka joukoille myös Ragusa pian antantui. Napoleon nimesi vallatetut alueet Illyrian provinssiksi. Ranskalainen hallinto oli epäsuosittu, vaikka aluetta kehitettiin tuona aikana voimakkaasti. Napoleonin valtakunnan kaaduttua epäonnistuneen Venäjän-sotaretken jälkeen Wienin kongressissa tunnustettiin Dalmatian asema osana Itävaltaa. Loppuosa Kroatiasta siirrettiin Itävallan keisarikuntaan kuuluneesen Unkariin.