Von 2002 bis 2005 war der pensionierte General Ephraim „Effi“ Eitam Parteivorsitzender, der die Palästinenser mit israelischer Staatsbürgerschaft als „Krebsgeschwür am Volkskörper“ („סרטן בגוף האומה“) bezeichnete. In Scharons zweiter Regierung war die Mafdal von 2003 bis 2004 mit zwei Ministern vertreten. Angesichts Scharons Abkoppelungsplan zur Räumung der israelischen Siedlungen im Gazastreifen spalteten sich die Nationalreligiösen. Zwar lehnte die Partei den Plan insgesamt ab, während Eitam und Jitzchak Levy das Regierungslager jedoch bereits im Juni 2004 verließen, wollten die übrigen Mafdal-Abgeordneten, angeführt von Sebulon Orlew, zunächst Teil der Regierung bleiben, um Scharon zu einem Abrücken oder zu einem Referendum über den Räumungsplan zu bewegen. Da dies keinen Erfolg hatte, schied auch Orlew im November 2004 aus der Regierung aus. Eitam und Levy hatten sich jedoch bereits so weit mit der übrigen Partei überworfen, dass sie im März 2005 eine eigene Partei namens Achi gründeten, die sich dem Bündnis Nationale Union aus Tkuma und Moledet anschloss. Zur Knessetwahl 2006 bildete die Mafdal eine gemeinsame Liste mit der Nationalen Union, über die drei Abgeordnete der Nationalreligiösen Partei in die Knesset einzogen. Damit war die Partei so schwach wie nie zuvor in ihrer Geschichte.