В 2002 году Мартич был передан Гаагскому трибуналу. Согласно официальному обвинению Гаагского трибунала, он способствовал организации этнических чисток, направленных против хорватов и других несербских народов Краины, где было уничтожено или депортировано практически всё несербское население — 78 тысяч человек. Первоначально обвинялся лишь в руководстве ракетным обстрелом Загреба в ответ на предпринятую Хорватией операцию «Молния». В результате обстрела погибло семь гражданских лиц. Позже Мартич выступил по Сербскому телевидению и радио и признал, что санкционировал обстрел.