La Contre-Réforme de la fin du siècle change cet état de grâce et déséquilibre ce grand ensemble. En effet, au cours du siècle la religion catholique devient, à côté de la langue, un facteur primordial pour la distinction de l'identité nationale polonaise par rapport aux nations voisines pratiquant l'orthodoxie (à l'est), l'islam (à l'est et au sud) et le protestantisme (à l'ouest et au nord). Cela prend d'autant plus d'importance que le siècle est un siècle des guerres aux frontières qui se succèdent sans répit : contre la Turquie, contre la Moscovie, contre la Suède. C'est également l'époque d'un affrontement avec le Brandebourg et la Prusse. Il s'agit donc des guerres contre les orthodoxes, les musulmans et les protestants et la Pologne devient une sorte de rempart du catholicisme. C'est à cette époque et notamment après l'invasion suédoise de 1655, vécue comme une véritable croisade contre les catholiques, que l'on commence à identifier la polonité avec le catholicisme.