Nach seiner Rückkehr erhielt Goÿs den Befehl über eine Ausbildungsgruppe, bei der er sich mit der neuen Breguet 14 vertraut machte. Ab April 1918 befehligte er die "Groupe de bombardement no 4", ab Juni die aus einem Bombergeschwader und einem Jagdgeschwader bestehende "Fliegerbrigade 1". Letztere kam unter anderem im Juli 1918 in der Zweiten Marneschlacht und in der anschließenden Hunderttageoffensive zum Einsatz. Nach dem Waffenstillstand wurde Goÿs zum Lieutenant-colonel befördert. 1919 unternahm er eine weitere Reise in die Türkei, um Hilfe beim Aufbau eines Flughafens zu leisten. 1921 wurde er Militärattaché im Königreich Rumänien. 1923 wurde er nach Frankreich zurückgerufen, um als Kabinettschef beim Staatssekretär für die Luftfahrt Laurent Eynac zu dienen. Anfang 1925 nahm er an einem Transsaharaflug, dem "Raid Paris-Tchad", teil. Er war auch an der Einrichtung einer Wasserflugzeuglinie von Berre-l’Étang in Südfrankreich nach Antananarivo auf Madagaskar beteiligt.