Hendrik VII had aangekondigd dat hij de rivaliserende vorstenhuizen Lancaster en York wilde verzoenen door te huwen met een dochter van koning Eduard IV en op die manier de al jaren aanslepende Rozenoorlogen te beëindigen. Zijn keuze viel op Eduards oudste dochter Elizabeth, met wie hij in 1487 huwde. Cecilia zelf huwde eind 1487 met burggraaf John Welles (overleden in 1499), een Lancaster-getrouwe die langs moeders kant verwant was aan koning Hendrik VII. Het echtpaar kreeg twee dochters: Elizabeth en Anne, die beiden jong en ongehuwd stierven. Na de dood van John Welles in februari 1499 zou Cecilia erg gerouwd hebben om haar echtgenoot. Tijdens de beginjaren van de regering van Hendrik VII speelde Cecilia ook een dragende rol in meerdere koninklijke ceremonies. Ze hield haar neefje Arthur Tudor vast bij diens doopsel, begeleidde haar zus Elizabeth bij haar kroning als koningin en droeg de sleep van Catharina van Aragon toen zij in 1501 trouwde met prins Arthur.