Veränderte Mehrheitsverhältnisse in der Nationalversammlung führten zu einer gegenseitigen Blockadepolitik mit Staatspräsident Ousmane. Die politische Führung wurde daraufhin 1996 bei einem Militärputsch abgesetzt. Von Januar bis Dezember 1996 übernahm eine Militärjunta, der Rat des nationalen Wohls unter der Führung von Ibrahim Baré Maïnassara die Macht im Staat. Youssoufa Maïga war als deren stellvertretender Vorsitzender die Nummer 2 der Junta. Er behielt seinen Posten als Oberkommandant der Gendarmerie und wurde zudem zum Brigadegeneral befördert. Die Entscheidung Baré Maïnassaras, die Macht nicht wieder abzugeben, sondern selbst bei den Präsidentschaftswahlen am 7. und 8. Juli 1996 anzutreten, führte zu einer Entfremdung mit Maïga.