Pada 1997 Whitmarsh dipromosikan lagi menjadi Managing Director di mana ia kemudian menangangi langsung operasional tim F1 bersama partner dan sponsornya. Jabatan ini menjadikannya asisten langsung Ron Dennis baik di dalam maupun di luar trek. Pada April 2004 Martin sekali lagi dipromosikan, kali ini menjadi CEO untuk bidang operasional F1 McLaren Groups. Dan dengan pensiunnya Ron Dennis dari jabatan Team Principal, terhitung 1 Maret 2009, Martin Whitmarsh resmi memegang posisi sebagai Team Principal McLaren F1. Kemenangan pertama Whitmarsh sebagai Team Principal ia raih saat Lewis Hamilton menang di GP Hungaria 2009.