В июне 1940 году, после разгрома французской армии и капитуляции Франции, Эстева как и многие другие адмиралы поддержал режим Виши. Будучи видным сторонником маршала Петена, он получил назначение во Французский протекторат Тунис. 26 июля 1940 году Эстева вступил в должность генерала-резидента. Поначалу выступал против размещения авиабаз Люфтваффе на территории французского Туниса, но подчинился приказам премьер-министра Пьера Лаваля и передал французские базы для развертывания немецких сил в Северной Африке, начавшегося в ноябре 1942 года. При этом адмирал Каннингем после войны утверждал, что Эстева был настоящим патриотом, он симпатизировал Союзникам и ненавидел немцев.