"Bataan" var det första fartyget att mobiliseras omedelbart efter 11 september-attackerna 2001. Fartyget beordrades att infinna sig i New Yorks hamn för att fungera som flytande fältsjukhus. När det visade sig att relativt få överlevande attacken återvände fartyget till Norfolk, Virginia för att ilasta en Marine Expeditionary Unit. Trupperna skeppades sedan till Pakistan med målet att invadera Afghanistan. I mars 2003 deltog hon i inledningen av Irakkriget och landsatte trupper och deras utrustning. Efter det tjänstgjorde hon och systerfartyget som hangarfartyg för de "Harrier II"-flygplan som understödde markoperationerna. Under september 2005 fick "Bataan" agera testplattform för utvärderingen av V-22 "Osprey". År 2009 blev hon också det första fartyg som fick en division V-22 baserade ombord. Under våren 2010 deltog hon i humanitära insatser efter Jordbävningen i Haiti. I mars 2011 hjälpte hon till att upprätthålla flygförbudet över Libyen under den internationella militärinsatsen. Under 2014 deltog "Harrier II"-flygplan från "Bataan" i spaningsuppdrag och flyganfall mot Islamiska staten.