Undergången av färjan Estonia hösten 1994 ledde till 852 människors död och det har allt sedan dess förekommit olika teorier kring orsaken bakom olyckan. En av teorierna har lanserats av Anders Jallai (ledare för sökprojektet efter den försvunna DC-3:an och författare) som säger sig ha källor från bland annat SÄPO, MUST och IB som påstår att Estonia transporterade militärt materiel och kanske även radioaktivt material, vilket enligt Jallai skulle förklara varför man har motsatt sig att bärga skeppet. Han menar dessutom att västmakterna smugglade ryskt krigsmateriel åren 1992–1994. Att skeppet transporterat militärt material framfördes i Uppdrag Granskning och Aftonbladet 2004. Den tyska journalisten Jutta Rabe hävdar att Estonia sprängdes av en rysk organisation som ville förhindra att krigsmateriel från Baltikum skulle nå USA via Sverige. Skeppsbyggnadsingenjör Anders Björck hävdar att Estonia sjönk efter kollision med en amerikansk ubåt. Den tidigare riksdagsmannen Lars Ångström menar att en grupp har varit inne i vraket och hämtat en hemlig last som fanns ombord.