Während seiner zweiten Amtszeit als Vorsitzender der "Abteilung für die bildenden Künste" der "Akademie der Künste" von 1902 bis 1906 fungierte Werner 1904 als „Berater“ der "Allgemeinen Deutschen Kunstgenossenschaft" bei der Gestaltung der deutschen Kunstabteilung in der Weltausstellung in St. Louis. Dies war die Lösung eines reichsweiten Konfliktes um das alleinige Recht der Kunstgenossenschaft bei der Auswahl der auszustellenden Bilder. Er führte zur Gründung des Deutschen Künstlerbunds unter der Schirmherrschaft des Großherzogs von Sachsen-Weimar und dem Vorsitz des Grafen Kalckreuth und damit zur organisatorischen Spaltung der deutschen Künstlerschaft. Im Februar 1904 errangen die Gegner der Politik der Reichsregierung bei der Auswahl der Bilder für St. Louis in einer Reichstagsdebatte einen moralischen Sieg über Werner und den hinter ihm stehenden Kaiser Wilhelm II.