Преимущества, которые предоставляло правительственным силам обладание и применение авиации ФНОФМ ощутил уже в начальный период войны, несмотря на относительную слабость ВВС Сальвадора (небольшое количество боевых машин и не слишком высокий уровень подготовки пилотов). Авиация вела авиаразведку, наносила штурмовые и бомбовые удары, повышала мобильность правительственных сил, обеспечивала их снабжение, пополнение и эвакуацию. В дальнейшем, в связи с интенсивными поставками авиатехники из США и обучением лётного состава ВВС Сальвадора в зоне Панамского канала (в "Межамериканской академии ВВС") мощь и эффективность действий авиации и аэромобильных войск стала стремительно расти. В связи с этим, в 1985 году ФНОФМ был вынужден отказаться от ведения боевых действий в составе крупных соединений (численностью до батальона) и перейти к войне силами мелких тактических групп (30-100 бойцов).