Přílivem Němců po skončení třicetileté války ve 2. polovině 17. století získalo město německý charakter i jméno "Wegstädtl". Katolická liga během 11. listopadu 1620 vyplenila město a zabila mnoho obyvatel. V letech 1640 a 1648 udělala totéž několikrát vojska švédská, která zabila asi dvě třetiny obyvatel. Město tak zpustlo. Také v sedmileté válce došlo k rabování a přesídlování. Po invazi Prusů v roce 1778 do Čech v době bramborové války došlo k několika potyčkám mezi pruskými a rakouskými vojsky v oblasti města. Vlivem těchto válečných útrap a živelních pohrom byla ve městě bída a hlad i po napoleonských válkách. Často zde dlouhodobě přespávali vojáci z důvodu výhodného umístění. V roce 1654 tvořilo Štětí 63 usedlostí, v roce 1770 jich město mělo 114, v roce 1849 už 220 a v roce 1918 300 popisných čísel a okolo tisíce obyvatel. V té době spadalo město pod okresy Dubá a později Roudnice nad Labem (od roku 1949). Až do 50. let 20. století bylo Štětí městem převážně zemědělským s nárazovými vlnami některých řemesel. Například v roce 1832 bylo ve městě 75 mistrů cechu punčochářského. Před třicetiletou válkou mělo Štětí vlastní lázně. Až do 2. světové války město provozovalo pivovar, k jehož provozu získalo právo od Rudolfa II. a koželužnu s výrobou řemenů. Od roku 1949 vznikají na místě cukrovaru papírny, které se během 25 let staly největším papírenským závodem ve Střední Evropě. Díky tomu vzrostl počet obyvatel na 8000 a připojením devíti obcí na 9200. Roku 1960 byl roudnický okres zrušen a Štětí tak bylo připojeno k okresu Litoměřice. Toto spojení bylo poněkud nevhodné, jelikož město mělo v minulosti vazby do středních Čech k Mělníku a Praze, než do severních Čech. V roce 1998 proběhla výstavba centrálního náměstí, které alespoň částečně vylepšuje vzhled města, postižený bytovou výstavbou ve formě betonových sídlišť. Při výstavbě sídlišť, centrálního náměstí a silničního obchvatu padla za oběť velká část původních budov a stavení.