In Bangladesch, bis zum Befreiungskrieg von 1971 Ostpakistan, wird Jinnah von einigen negativ gesehen, weil er nach ihrer Ansicht die Macht bei den westpakistanischen (= nichtbengalischen) punjabischen Industriellen und Militäroffizieren konzentrierte. Die muslimische Bevölkerung in Bengalen war nicht einverstanden damit, dass in der Führung der Muslimliga bengalische Politiker unterrepräsentiert waren. Dieses Ungleichgewicht trug dazu bei, dass sich Ostpakistan später von Pakistan abspaltete und als Bangladesch unabhängig wurde.