A autossuficiência de Trótski, mesmo após a vitória dos Vermelhos na Guerra Civil, acabou por determinar que seu prestígio público sofresse abalos importantes: o primeiro, quando da repressão brutal das revoltas de Kronstadt e de Tambov, em que teve papel importante na adoção de uma política de repressão e de rejeição de qualquer compromisso com os rebeldes. Segundo, quando, após haver proposto um abandono do comunismo de guerra e um retorno parcial ao livre mercado, pela adoção do que viria a consistir na futura NEP, no início de 1920, foi desautorizado por Lenin, propondo então, como uma alternativa, que "os métodos de guerra fossem aplicados sistematicamente", mediante um combate decidido ao desemprego decorrente da desmobilização e visando a rápida recuperação econômica da Rússia Soviética pela abolição total da independência, mesmo nominal, dos sindicatos e pela generalização do trabalho forçado através da formação de "exércitos do trabalho" que mobilizariam forçosamente trabalhadores ociosos. Somando-se à desconfiança dos veteranos bolcheviques por sua adesão tardia ao partido, estas posições lhe darão uma fama de bonapartista e ditador militar potencial, e em muito enfraquecerão sua posição diante de Stalin; Lenin, no seu Testamento Político, falará de Trótski como "o homem mais capaz do presente Comitê Central", mas deplorará suas tendências autoritárias (nas palavras de Lenin, "sua tendência a abordar as questões apenas pelo lado administrativo").