Michal Krčmář startete zu Beginn seiner Karriere für "Spartak OEZ Letohrad", später für "SKP Kornspitz Jablonec". 2009 startete er in Canmore erstmals bei Biathlon-Juniorenweltmeisterschaften und wurde 13. des Einzels, 38. des Sprints, 34. der Verfolgung und mit Lukáš Kristejn, Vlastimil Vávra und Ondřej Exler Elfter im Staffelrennen. Ein Jahr später wurde er in Torsby 20. des Einzels, 29. des Sprints, 23. der Verfolgung und Siebter mit der Staffel. In Otepää nahm er zudem bei den Juniorenrennen der Europameisterschaften 2010 teil, wo er 30. des Einzels, 25. des Sprints, 31. der Verfolgung und Neunter mit der Mixed-Staffel wurde. Im weiteren Jahresverlauf startete er bei den Juniorenrennen des IBU-Sommercups 2010 in Nové Město, wurde Dritter im Sprint und musste sich in der Verfolgung einzig Tomáš Hasilla geschlagen geben. 2011 wurde Krčmář bei der Heim-Junioren-WM in Nové Město na Moravě 23. des Einzels, 20. des Sprints, 45. der Verfolgung und Achter mit der tschechischen Staffel. Bei den Juniorenrennen der Europameisterschaften 2011 in Ridnaun war er sehr erfolgreich und gewann in Sprint und Verfolgung die Bronzemedaillen. Zudem wurde der Tscheche Sechster des Einzels und Achter mit der Mixed-Staffel. Bei den Juniorenrennen der Weltmeisterschaften 2011 in Nové Město wurde er Siebter des Einzels, Achter des Sprints und mit Eva Puskarčíková, Kristýna Černá und Vlastimil Vávra Fünfter mit der Mixed-Staffel. Weniger gut wurden die Resultate bei den Europameisterschaften 2012 Osrblie. Krčmář belegte die Plätze 26 im Einzel, 16 im Sprint, elf in der Verfolgung und sechs mit der Mixed-Staffel. Bei den Juniorenweltmeisterschaften 2012 in Kontiolahti gewann er an der Seite von Vlastimil Vávra, Matěj Krupčík und Michal Żak hinter der Vertretung Norwegens und vor Russland die Silbermedaille. Zudem wurde er 51. des Einzels sowie 17. in Sprint und Verfolgung.