Jogou no Santos entre 1994 e 1999, defendeu o Coritiba em 1997, o Guarani em 2000 e o São Paulo de 2000 até 2004. No ano de 2001, foi chamado pelo treinador Nelsinho Baptista de "laranja podre" do elenco são-paulino, juntamente com o zagueiro Rogério Pinheiro e ao meio-campista Carlos Miguel, em um episódio onde os três foram afastados na ocasião pelo técnico por deficiência técnica. No entanto, Nery deu a volta por cima no próprio São Paulo, e seus bons desempenhos na Copa Libertadores da América e no Campeonato Brasileiro de 2004 o credenciaram a disputar e vencer a Copa América pela Seleção Brasileira.