W roku 407 p.n.e., w końcowej fazie wojny peloponeskiej został "nauarchą" – naczelnym wodzem floty spartańskiej. Wówczas to dzięki dobrym układom z Cyrusem Młodszym rozbudował i zapewnił finansowanie floty Związku Peloponeskiego z perskich środków. Zimą 407/406 p.n.e. pokonał ateńską flotę Alkibiadesa (nieobecnego w czasie samej bitwy) w bitwie pod Notion. W następnym roku zakończyła się jego kadencja dowódcy floty i został nim niechętny Persom Kallikratidas, który jednak poniósł klęskę i zginął w bitwie z Ateńczykami pod Arginuzami. W 405 p.n.e. Lizander został formalnie zastępcą nowego nauarchy Arakosa, lecz faktycznie to on był dowódcą. W ciągu lata, dzięki funduszom od Cyrusa, rozbudował flotę peloponeską do 180 jednostek. Później ruszył w rejon Hellespontu, gdzie zdobył Lampsakos i w bitwie u ujścia Ajgospotamoj rozbił flotę ateńską. Po tym zwycięstwie popłynął na Morze Egejskie, gdzie usuwał ateńskie garnizony i instalował spartańskich zarządców, a następnie skierował swoją flotę do ateńskiego portu w Pireusie. Tam po długich negocjacjach z Theramenesem przyjął kapitulację Aten. Z Pireusu popłynął na Samos i zmusił wyspę do kapitulacji, kończąc tym samym wojnę peloponeską.