Шведское господство оспаривалось Речью Посполитой в войне 1654—1660 годов и Русским царством в войне 1656—1658 годов, но Швеция сохранила свои позиции в Эстляндии до конца века. Население Эстляндии восстановилось до 400 000 человек. Немцы, потерявшие политическую власть, оставались правящим социально-экономическим классом. На территории Эстонии были созданы Эстляндское и Лифляндское губернаторства.