Um das Jahr 2000 kam es in Mazedonien zu Spannungen, da sich die albanische Minderheit durch den mazedonischen Staat nicht repräsentiert sah und nach mehr Autonomie strebte. Dieser wiederum betrachtete seit der Unabhängigkeit die gesamte Bevölkerung Mazedoniens als "Mazedonier". Die Albaner, die etwa ein Drittel der Bevölkerung ausmachen (die Volkszählung von 2002 ergab um die 25 Prozent, wird aber teilweise angezweifelt), wünschen mehr Autonomie, die ihnen die slawisch-mazedonische Mehrheit nur schwer zugestehen möchte. Dies führte zu bürgerkriegsähnlichen Kampfhandlungen im Westen des Landes durch die Nationale Befreiungsarmee (, UÇK), die teilweise auf die Hauptstadt übergriffen und erst durch internationale Vermittlung beendet werden konnten. Mazedonien wurden in dem Konflikt von Bulgarien mit militärischer Ausrüstung, darunter 104 Panzer und gepanzerte Fahrzeuge, sowie diplomatisch unterstützt. Ein Bürgerkrieg konnte durch ausländische Truppenpräsenz (Operation Amber Fox) und das durch internationale Vermittlung 2001 geschlossene Rahmenabkommen von Ohrid verhindert werden. Dieses Abkommen kam vor allem durch die Haltung von Präsident Boris Trajkovski zustande, der auch die Annäherung an die Europäische Union in Bewegung brachte. Die albanische Seite wirft der Regierung in Skopje allerdings vor, das Rahmenabkommen nicht vollständig einzuhalten.