Без практически опит във военното командване, през 986 г. императорът търпи голямо поражение от българите в битката при Траянови врата. Това подкопава авторитета му и провокира ново въстание на Склир в Месопотамия. Изпратен отново срещу бунтовника, този път Фока се обявява сам за император, повежда войските си през Мала Азия към Константинопол и достига Босфора и Дарданелите. С руска помощ Василий II удържа победа в решителната битка при Абидос през април 989 г. и до края на същата година усмирява разбунтувалите се области.