L'any 2002 Yabari va passar a ser el cap operatiu de la militància de Hamàs. Des d'aquesta posició va adquirir lideratge dins l'organigrama de Hamàs i també va fundar l'associació Nur amb l'objectiu d'ajudar als màrtirs i presoners. El 14 de novembre de 2012 les Forces de Defensa d'Israel van matar-lo en un atac aeri de l'Operació Columna de Núvol.