Vihdoin kaudella 2000 Schumacher voitti ensimmäisen mestaruutensa Ferrarin riveissä ja saavutti kauden aikana yhdeksän voittoa. Mestaruuskamppailu Mika Häkkisen kanssa ratkesi vahvaan loppukauteen: Schumacher voitti kauden viimeiset neljä kilpailua ja hän varmisti mestaruutensa jo ennen kauden päättävää osakilpailua. Kaudella 2001 Schumacher oli ylivoimainen Ferrari F2001 -autollaan, kun hän voitti mestaruuden jo kauden viidenneksi viimeisessä kilpailussa Unkarin GP:ssä. Kausi 2002 oli Schumacherille vieläkin huikeampi: mestaruus ratkesi jo kauden seitsemänneksi viimeisessä kilpailussa Ranskan GP:ssä, ja Schumacher voitti peräti 11 kauden 17 kilpailusta (Itävallan GP:stä saatu voitto tallimääräyksellä sai FIA:n pohtimaan niiden kieltämistä). Viides mestaruus tiesi samalla sitä, että hän siirtyi Juan Manuel Fangion rinnalle eniten mestaruuksia voittaneena kuljettajana.