ในรัชสมัยของพระเจ้าฌูเซฟได้เกิดมหันตภัยร้ายแรงคือ แผ่นดินไหวในลิสบอน ค.ศ. 1755 ในวันที่ 1 พฤศจิกายน ค.ศ. 1755 ส่งผลให้มีผู้เสียชีวิตกว่า 100,000 คน แผ่นดินไหวครั้งนี้ส่งผลกระทบต่อพระองค์ทำให้ประชวรด้วยโรคกลัวที่ปิดทึบ(Claustrophobia) ไม่สามารถประทับใกล้ผนังอาคารได้ หลังจากพระราชวังริเบย์ราถูกทำลายจากแผ่นดินไหว พระองค์ได้แปรพระราชฐานไปยังเมืองอาจูดา และทรงสร้างพระตำหนักเล็ก ๆ ที่อาจูดา ทางเมืองหลวงได้รับการฟื้นฟูและพระบรมราชานุสาวรีย์ของพระองค์ไม่พังทลาย ยังคงอยู่ที่จัตุรัสกลางกรุงลิสบอน