À l'âge de dix-huit ans, alors que l'Allemagne se réunifie, Sven Fischer subit une sérieuse blessure au genou et à son retour à la compétition, il trouve une rude concurrence à son encontre. Mais l'entraîneur Frank Ullrich croît en son potentiel et l'amène à la Coupe d'Europe, où Fischer remporte une course en . Dans les semaines qui suivent, il est appelé dans le groupe de la Coupe du monde. En 1992-1993, il est intégré dans l'équipe cadre et effectue sa première saison "complète". Aux Championnats du monde à Borovetz, il remporte sa première médaille d'or sur la course par équipes. Au niveau individuel, il figure déjà parmi les meilleurs, montant sur son premier podium à Oslo, avant de s'imposer au sprint de Kontiolahti, avec plus de quarante secondes d'avance sur ses plus proches concurrents. Il est finalement sixième du classement général de la Coupe du monde. En 1994, il améliore ce classement et prend la deuxième place au classement général, grâce à deux victoires à Antholz et Hinton. C'est aussi l'année de sa première participation à des Jeux olympiques, auxquels il décroche deux médailles : le bronze à l'individuel et la médaille d'or au relais avec des champions que sont Ricco Groß, Frank Luck et Mark Kirchner.