Na een aantal succesvolle jaren in het CART-kampioenschap had Da Matta zich in het vizier van de Formule 1 gereden. Voor het jaar 2003 bemachtigde hij een contract bij het Formule 1 team van Toyota. In zijn debuutjaar kon Da Matta nog enige indruk maken. Hij reed acht keer in de top 10 en behaalde in zijn eerste seizoen 10 punten. Zijn beste startpositie was een derde plaats in Japan en in Groot-Brittannië leidde hij de race zelfs 17 ronden lang om vervolgens als zevende te eindigen. Aan het einde van het seizoen ontving hij de "Formula 1 Rookie of the Year Award". Echter, in 2004, kon hij geen potten meer breken. Hij scoorde nog een zesde plaats in Monaco, maar de Formule 1-ster van Da Matta was vallende. De relatie met het Toyota Formule 1 team verslechterde en na 10 races hield Da Matta het voor gezien in de Formule 1. Hij werd voor de laatste races van het seizoen vervangen door Ricardo Zonta.