В период Великой Отечественной войны войска под командованием И. И. Федюнинского участвовали в боях на Западном, Ленинградском, Волховском, Брянском и 2-м Белорусском фронтах, в обороне Ленинграда и прорыве блокады, в Тихвинских оборонительной и наступательной операциях, 1-й Ржевско-Сычёвской наступательной операции, Курской битве, Брянской, Гомельско-Речицкой, Красносельско-Ропшинской, Нарвской, Таллинской, Восточно-Прусской и Берлинской операциях. За успешные боевые действия руководимые им войска 25 раз отмечались в приказах Верховного Главнокомандующего.