Giới quân sự Đức sau đó chuyển sự chú ý lên phía Bắc, và đến tháng 4 năm 1940 đã tấn công Đan Mạch. "Schleswig-Holstein" nằm trong thành phần hải quân của lực lượng tấn công, và trong quá trình tác chiến đã bị mắc cạn một thời gian ngoài khơi bờ biển Đan Mạch. Sau chiến dịch, "Schleswig-Holstein" được chuyển trở lại vai trò huấn luyện như là soái hạm của Tư lệnh Đơn vị Huấn luyện. Nó tiếp tục vai trò này cho đến giữa năm 1944, khi dàn hỏa lực phòng không được tăng cường đáng kể. Con tàu được chuyển đến Gotenhafen để sử dụng như một tàu phòng không. Tuy nhiên, máy bay ném bom của Không quân Hoàng gia Anh đã đánh trúng "Schleswig-Holstein" ba lần vào ngày 18 tháng 12 năm 1944, và mặc dù nó bị chìm ở vùng nước nông, vũ khí của nó vẫn còn sử dụng được. Sau một đám cháy làm vô hiệu hóa con tàu, thủy thủ của nó được gửi lên bờ trợ giúp vào việc phòng thủ Marienburg.