Hun begyndte at spille håndbold som 3-årig i Hvidovre IF og skiftede som 12-årig til BK Ydun på Frederiksberg. Line Jørgensen fik debut på det danske A-landshold den 16. oktober 2007 under GF World Cup i Aarhus. Få dage før Europamesterskaberne 2010 på hjemmebane, havde hun i alt spillet 37 kampe og scoret 103 mål for nationalmandskabet.