У 1996 році Хуан Мануель Фунес увійшов до складу збірної для участі в Золотому кубку КОНКАКАФ 1996 року. У складі збірної Фунес зайняв на цьому турнірі 4-те місце, що стало найвищим місцем гватемальської збірної в турнірах континентального рангу. Надалі Хуан Мануель Фунес грав у складі збірної Гватемали на Золотому кубку КОНКАКАФ 1998 року та Золотому кубку КОНКАКАФ 2000 року, й у 2000 році завершив виступи у складі збірної. Усього вскладі збірної зіграв 66 матчів, у яких відзначився 15 забитими м'ячами.