第二次世界大戦の間、この地域はソビエト連邦とフィンランドの間での戦場となった。冬戦争時には修道院は再び避難を行い、この時150人の修道士がフィンランドのヘイナヴェシ（）に移り住んだ。この共同体は現在もなお新ヴァラーム修道院としてヘイナヴェシに存在している。コネヴェツ修道院（）とペチェンガ修道院（）から避難した者も受け入れた事により、新ヴァラーム修道院は現在、フィンランド正教会唯一の修道院となっている。1941年から1944年の間の継続戦争中、古いヴァラームに修道院の建物を復興しようとする試みが行われたが、後に島はソ連軍の基地となった。