Suas duas obras mais importantes são "A Guerra dos Judeus" (c. 75) e "Antiguidades Judaicas" (c. 94). O primeiro é fonte primária para o estudo da revolta judaica contra Roma (66-70), enquanto o segundo conta a história do mundo sob uma perspectiva judaica. Estas obras fornecem informações valiosas sobre a sociedade judaica da época, bem como sobre o período que viu a separação definitiva do cristianismo do judaísmo e as origens da dinastia flaviana, que reinou de 69 a 96.