כארגון המקושר למפלגת האיחוד הסוציאליסטי של גרמניה ולממשלה, הנוער הגרמני החופשי נהיה מטרה למפגינים אשר הובילו את המרד המזרח-גרמני. בגלל אי נוחות ששררה באותה תקופה בגרמניה המזרחית, גרמה לכך שהרבה חניכים של התנועה ברחו למערב. ב-1953, הנוער הגרמני החופשי היה על סף מהפכה מכיוון שהרבה מחניכיו הצטרפו לשביתות ולהפגנות.