Während des Zweiten Villmergerkrieges von 1712 war das Dorf von Zürcher und Berner Truppen besetzt, die vom Wettingerfeld aus die Badener Festung Stein beschossen. Im März 1798 nahmen die Franzosen die Schweiz ein und riefen die Helvetische Republik aus. Wettingen war zunächst eine Gemeinde im kurzlebigen Kanton Baden. In diesem und im nachfolgenden Jahr zogen nacheinander französische, österreichische und russische Truppen durch das Dorf und hielten sich auf Kosten der Bewohner schadlos. Seit 1803 gehört die Gemeinde zum Kanton Aargau.