Як флагман Об'єднаного флоту «Ямато» формально брав участь в битві біля атола Мідвей 4-6 червня 1942 року, але фактично не мав зіткнень з противником, оскільки знаходився на 300 миль позаду японських авіаносців. 28 травня 1942 «Ямато» перебазувався до острова Трук, де провів близько року, виконуючи роль плавучого штабу Об'єднаного флоту. 25 грудня 1943 північніше від острова Трук «Ямато» отримав влучення торпедою (маса заряду 270 кг) з американського ПЧ «Скейт» ("Skate") і отримав в пробоїну близько 3000 тонн води. Боєздатність корабля серйозно постраждала через затоплення погрібу кормової башти головного калібру. У січні — квітні 1944 року «Ямато» пройшов ремонт і модернізацію в Куре.