Al llegarle noticias de lo que sucedía en la península, Napoleón decidió formar un ejército para, con él a su cabeza, restablecer a su hermano en la capital y recuperar tanto España como Portugal. Se ordenaron nuevas levas y se trasladaron al sur de Francia unidades previamente desplegadas en el norte de Europa, formándose un ejército de 250000 hombres dividido en 8 cuerpos. Napoleón entró en España el 8 de noviembre e inició operaciones que forzaron el repliegue de los españoles. El 30 de noviembre ya había llegado a Somosierra, tomando el puerto con su caballería. La Junta Central se vio obligada a abandonar Aranjuez y el 3 de diciembre Napoleón atacó Madrid, que capituló el día siguiente. Las tropas francesas continuaron avanzando en La Mancha y Extremadura, y la Junta y sus tropas continuaron retrocediendo, llegando la Junta a Sevilla el 17 de diciembre. Napoleón se dirigió primero a atacar al ejército inglés que había entrado en el antiguo reino de León, haciéndole retroceder a Galicia en dirección a La Coruña donde fue evacuado por la Armada británica, rindiéndose la ciudad a los franceses el 19 de enero. Napoleón volvió a Francia tras ser informado de que Austria se estaba movilizando, y devolvió a José su reino. Los franceses derrotaron al Ejército del Centro en la batalla de Uclés, al de Cataluña en la batalla de Molins de Rey y acabaron tomando Zaragoza después de su segundo sitio.