Da det muslimske osmanske rike (dagens Tyrkia) erobret Hellas ble Parthenon omgjort til militært hovedkvarter, og Erekhtheum ble omgjort til muslimske guvernørens private harem. Bygningene på Akropolis fikk betydelig skade under republikken Venezias beleiring i 1687 under Moreakrigen (den sjette osmansk-venetianske krigen). Parthenon ble benyttet til å lagre krutt, og ble truffet av et artilleriskudd og eksploderte, noe som førte til store skader på bygningene.