Втрата 86 літаків та більшості льотних екіпажів зробила неможливим участь корабля в битві за Мідвей. 14 липня «Сьокаку» разом з легким авіаносцем «Дзуйхо» увійшов до оновленої 1-ї дивізії авіаносців. В битві біля східних Соломонових островів їм вдалось завдати пошкоджень авіаносцю «Ентерпрайз», але при цьому вони втратили багато літаків та їх екіпажів. 26 жовтня «Сьокаку» був сильно пошкоджений ударом пікіруючих бомбардувальників з «Хорнета».