הבנייה נעצרה בשנת 1580 עם האיחוד האיברי בין ספרד לפורטוגל, מכיוון שבניית המנזר המלכותי של סן לורנצו בספרד דרשה את כל המשאבים הכספיים, ב-1604 פיליפה הראשון עשה את המנזר לאנדרטת קבורה מלכותית, אסר על כניסה למנזר – חוץ מבני משפחת המלוכה והנזירים וחידש את הבנייה. ב-1625 נבנתה כניסה חדשה לבניין. עם חידוש עצמאותה של פורטוגל ב-1640 המנזר עלה מחדש לגדולה והפך למקום קבורה לחלק מבני המשפחה המלכותית. המנזר שרד את רעידת האדמה הגדולה של 1755 אולם ננטש על ידי הנזירים ב-1833, עבר לבעלות המדינה והפך לבית תפילה לאזרחי הרובע. ב-1860 החלו עבודות שיקום. מתחם המנזר כולל מספר בניינים, קפלה שבה נמצא קברו של ואסקו דה גאמה תחת מצבה אדירה ומעוטרת ומבנה הקפלה של סנט ג'רום.