Ağustos 2016'da uzun bir süre boyunca Almanya 21 yaş altı millî futbol takımıni yöneten Horst Hrubesch'in yerine millî takımın başına getirildi. O zaman kadar bütün maçlarını kazanmış olan Almanya U-21 ile son üç maçı da kazanıp 2017 UEFA Avrupa 21 Yaş Altı Futbol Şampiyonası'na katılma hakkı kazandı. Finale çıkan Almanya, finalde İspanya'yı 1-0 yendi. Böylece Kuntz, Almanya U-21'e tarihindeki ikinci Almanya şampiyonluğunu yaşattı.