1923 ile 1927 yıllarında çalıştı. İsyanlarda ve olağanüstü hâllerde kurulmuştur. 6 Nisan 1925 tarihinde Diyarbakır'da Şeyh Said İsyanı sonrasında "Şark İstiklâl Mahkemesi" kurulmuştur bu mahkemeler hilafet ve saltanat yıkılmasına itiraz edenleri, kılık kıyafet ve şapka kanunu reddedenleri ve Cumhuriyetin ilanını eleştirenleri yargılamak için İstanbul ve Ankara'da kurulmuştur. Mustafa Kemal Paşa'ya 14 Haziran 1926 tarihinde yapılması planlanan İzmir Suikastı'nın ardından önce İzmir'de, birkaç gün sonra ise Ankara'da kurulmuştur. Ankara İstiklâl Mahkemesi isyan bölgesi İstiklâl Mahkemesi’yle birlikte 7 Mart 1927’de kapatıldı. Görev yaptığı iki yıl içinde 2436 kişiyi yargılayan mahkeme toplam 240 kişiyi idama mahkûm etti. Ancak asker kaçaklarıyla ilgili kararlar ve sıkıyönetim mahkemelerinin verdiği idam kararları bu sayıya dahil değildir (Aybars, II, 474).