Los dos obispados fueron secularizados por el tratado de Lunéville de 1803 y entregados a los Habsburgo. Dos años más tarde, después de la derrota austriaca en Austerlitz, la región fue entregada al aliado de Napoleón, Baviera (Tratado de Presburgo, 1805). Los nuevos gobernantes provocaron una rebelión de campesinos, guiados por Andreas Hofer un señor de San Leonardo in Passiria, en 1809 cuando fue aplastado el mismo año; el tratado de París de febrero de 1810 dividió el territorio entre Austria y el napoleónico Reino de Italia. Después de la derrota de Napoleón, en 1815, la región regresó a Austria. Durante el control francés de la región, fue llamada oficialmente "Haut Adige" (literalmente, "Alto Adigio"; ; ) para evitar cualquier referencia al histórico Condado de Tirol.