В составе сборной России Андрей Заболотнев принимал участие в юниорском чемпионате мира 2000 года, на котором он вместе с командой стал серебряным призёром, в 6 матчах набрав 1 (0+1) очко, а также молодёжном чемпионате мира 2002 года, где он завоевал золотые награды, отметившись 1 (0+1) очком в 7 проведённых матчах. На взрослом уровне Андрей призывался под знамёна сборной для участия в одном из этапов Еврохоккейтура в сезоне &lt;a href="%D0%A5%D0%BE%D0%BA%D0%BA%D0%B5%D0%B9%D0%BD%D1%8B%D0%B9%20%D0%95%D0%B2%D1%80%D0%BE%D1%82%D1%83%D1%80%202005/2006"&gt;2005/06&lt;/a&gt;, где он не сумел набрать ни одного очка в 3 матчах.