През зимния семестър на 1491 – 92 г. Коперник, като „Николаус Николай де Турония“, се регистрира заедно с брат си Андрей в Краковския университет (сега Ягелонски университет). Коперник започва обучението си в катедрата по изкуства (от есента на 1491 г., вероятно до лятото или есента на 1495 г.) в разцвета на астрономическо-математическата школа в Краков, придобивайки основите на следващите си математически постижения. Коперник е ученик на Алберт Бруджевски, който тогава (от 1491 г.) е професор по аристотелска философия, но преподава астрономия частно извън университета. По време на следването на Коперник в Краков той получава базисни знания по математическа астрономия, която е преподавана в университета (аритметика, геометрия, геометрична оптика, космография, теоретична и изчислителна астрономия) и добро познаване на философските и природни науки на Аристотел и Авероес (които в бъдеще ще играят важна роля в оформянето на теорията на Коперник), стимулирайки интереса му към учене и запознаване с хуманистичната култура. Коперник разширява знанията, които е взел от университетските лекционни зали с независимо четене на книги, които придобива по време на годините, прекарани в Краков (Евклид, Хали Абенрагел, Йохан Региомонтан; от този период, вероятно, също датират най-ранните му научни бележки, запазени отчасти в университета на Упсала. В Краков Коперник започва да събира голяма библиотека по астрономия. По-късно тя ще бъде отнесена като военна плячка от шведите по време на Потопа през 1650-те години и сега се намира в Университетската библиотека на Упсала.