În 1557, Myślenice a intrat sub jurisdicția castelanilor din Cracovia, care au fost mult mai preocupați cu orașul lor. Orașul a început să decadă și a fost distrus de invazia suedeză. În 1772 (a se vedea partițiile Poloniei), Myślenice a fost anexată la Austria, și până în 1918, a aparținut provinciei Galiția. După Primul Război Mondial, orașul a devenit parte din a Doua Republică Poloneză.