Mimo tych sukcesów nie został powołany do kadry olimpijskiej Nigerii na igrzyska w Sydney w 2000. Obikwelu przyjął w tej sytuacji obywatelstwo Portugalii, zdobył w nowych barwach narodowych wicemistrzostwo Europy na 200 m (Monachium, 2002), wicemistrzostwo olimpijskie na 100 m (Ateny, 2004) oraz mistrzostwo Europy na 100 i 200 m (Göteborg, 2006). Od 2004 jest rekordzistą Europy na 100 m (9,86 s).W 2006 roku został wybrany lekkoatletą roku w Europie.