През 1989 г. Янша е сред основателите на опозиционната партия Словенски демократичен съюз. През 1990 – 1994 г. е министър на отбраната, включително по време на Десетдневната война. През 1992 г. преминава към Социалдемократическата партия на Словения, от 1993 г. до днес е неин председател. Партията еволюира надясно, като през 2000 г. става член на Европейската народна партия, а през 2003 г. приема името Словенската демократическа партия.