Early blev forfremmet til brigadegeneral efter det Første slag ved Bull Run i juli 1861. Under slaget udviste han tapperhed ved Blackburn's Ford og gjorde indtryk på General P.G.T. Beauregard. Han deltog i de fleste store slag i det østlige operationsområde i borgerkrigen, herunder Syv dages slaget, Andet slag ved Bull Run, Slaget ved Antietam, Slaget ved Fredericksburg, Slaget ved Chancellorsville, Slaget ved Gettysburg og adskillige slag i Shenandoah-kampagnen. Under Gettysburg kampagnen okkuperede Early's division York i Pennsylvania, som var den største by, der blev erobret af oprørerne under krigen.