Masyaf est à son tour assiégée et prise par les Mongols en 1260. La même année le mamelouk Baybars prend le pouvoir en Égypte. À la fin de l’année, après la bataille d’Aïn Djalout à laquelle les Nizârites participent à ses côtés, Baybars reprend Masyaf aux Mongols. Les Nizârites récupèrent ainsi quatre forteresses perdues devant les Mongols. Finalement Baybars incorpore Masyaf à l’État mamelouk en 1270. La dernière place forte nizârite est la forteresse voisine d’Al-Kahf qui tombe aux mains de Baybars en 1273. Les Nizârites n’ont plus de place forte, l’influence des Alaouites ou Nusayrîs s’accroît dans la région.