Její otec zemřel ve 26 letech v roce 1612, když jí byly teprve tři roky, a jeho následníky se stali jeho dva bratři, kteří neměli potomky. To udělalo z Marie a jejího manžela Karla z Nevers v roce 1627 dědice dvou vévodství. Marie už byla od roku 1612 vévodkyní z Montferratu. To vedlo k válce o dědictví mantovské.