インド独立前の1941年にサイード・アブイ・アラ・マウドゥディによって結党された。1947年のインド・パキスタン分離独立後、マウドゥディはパキスタンに移住し、イスラム協会はパキスタンの政党として出発した。現在のバングラデシュのイスラム協会はこの政党に起源を有しており、1971年独立時に結成された。イスラム協会は、パキスタンからの独立戦争（バングラデシュ独立戦争、第三次印パ戦争）のときにパキスタンの協力者（コラボレイター）を多く出したため、今日でも親パキスタンの政治的烙印を免れていない。2013年には、独立時の幹部4人が戦争犯罪を問われ死刑や終身刑の判決を受けたほか、世俗主義を定めたバングラデシュの憲法に違反するとして政党登録を違法とする高裁判決を受けている。