Jusqu'en 1815, et Waterloo, Coignet participe à toutes les campagnes du Consulat et de l'Empire. Il assista notamment aux batailles ou combats suivants : Montebello, où il obtient un fusil d'honneur, Marengo (1800) ; Ulm, Austerlitz (1805) ; Iena, Eylau, Friedland, prise de Berlin (1806-1807) ; Somosierra, prise de Madrid (1808) ; Eckmühl, Essling, Wagram (1809) ; Smolensk, Moskowa (1812) ; Lützen, Bautzen, Dresde, Hanau (1813) ; campagne de France (1814) (14 combats ou batailles) et Waterloo (1815). Jean-Roch Coignet termine sa carrière militaire comme capitaine de la Garde impériale et officier de la Légion d'honneur. Ayant participé à seize campagnes et quarante-huit batailles, il n'a curieusement jamais été blessé. Chevalier de la Légion d'honneur depuis le , promu officier de l'ordre durant les Cent-Jours, il ne fut officiellement autorisé à porter cette dernière décoration qu'en 1847, en référence à une ordonnance de 1831 sur les décorations accordées pendant les Cent-Jours.