Когда началась гражданская война, Гири лично сформировал 147-й и 28-й пенсильванские полки и стал полковником последнего. 8 марта 1861 года он был ранен и захвачен в плен около Лисберга (Вирджиния), но сразу же отпущен по обмену и вернулся к службе. 25 апреля 1862 года он получил повышение до бригадного генерала и стал командовать бригадой в корпусе Натаниэля Бэнкса. С этой бригадой он прошёл всю кампанию в долине Шенандоа. В конце июня бригаду присоединили к Вирджинской армии Джона Поупа. 9 августа 1862 года бригада Гири приняла участие в сражении у Кедровой Горы, где он был серьёзно ранен в руку и ногу и временно выбыл из строя, сдав командование генералу Джорджу Грину. Из-за ранения он пропустил Мерилендскую кампанию и вернулся в строй только 15 октября, но уже в качестве дивизионного командира. Дивизия Гири стала частью XII корпуса генерала Генри Слокама.