Počátky města sahají do poloviny 12. století, kdy v místě vznikl dvorec a poté osada. Kolem roku 1280 je připomínán farní kostel v Třeboni ("Witingenowe"). Statut města Třeboň získala v roce 1341 a v letech 1376 a 1378 tzv. právo měst královských a výsadu na dovoz soli. Původně byla v držení Vítkovců (Vítek z Prčic), v roce 1366 přešla pod záštitu bratrů z Rožmberka a získala svůj český název. V roce 1367 čtyři rožmberští bratři založili v Třeboni augustiniánský klášter, který se stal střediskem vzdělanosti celé oblasti (zrušil jej až císař Josef II. k roku 1785, klášterní prostory pak připadly třeboňskému vikariátu). Knížecí pivovar v Třeboni byl založen roku 1379. Ke konci 14. století bylo kolem města postaveno opevnění hradbami a příkopem, které se osvědčilo v husitských válkách, a proměnilo Třeboň v nedobytnou pevnost, schopnou odolat mnohým útokům.