Под руководством Уйбы ФМБА разрослось, по его собственному определению, в «суперминистерство», которое объединило больше 300 научных и лечебных учреждений. Бюджет организации достигал 80 млрд рублей в год. В частности, ведомство отвечает за медицинскую часть российской космической программы и здоровье космонавтов, донорство крови, разработку и производство вакцин, медицинскую составляющую спорта высоких достижений. ФМБА участвовало в гуманитарной миссии во время грузино-осетинского конфликта в Южной Осетии в 2008 году.