Po wkroczeniu wojsk niemieckich i austro-węgierskich na ziemie ukraińskie, po podpisaniu traktatu brzeskiego, tworzył oddziały partyzanckie do walki z nimi, a następnie także z popieranym przez Niemców rządem Pawła Skoropadskiego. Jesienią 1918 r. został dowódcą sformowanego w Unieczy Pułku Taraszczańskiego, który wszedł do 1 Ukraińskiej Dywizji Radzieckiej i brał razem z nią udział w interwencji radzieckiej na Ukrainie. Siły dowodzone przez Bożenkę brały udział w marszu na Kijów, zakończonym wkroczeniem bolszewickiej armii do niebronionego miasta (rząd Symona Petlury opuścił je, nie dysponując siłami niezbędnymi do obrony, i udał się do Winnicy). 5 lutego 1919 r. za udział w operacji kijowskiej Pułk Taraszczański został odznaczony Honorowym Czerwonym Sztandarem, a Bożenko - złotą bronią osobistą.