Questo insieme di fatti portò ad uno dei momenti più pericolosi nella carriera di Ferdinando, dal momento che nel 1529 Solimano rispose positivamente alle richieste del voivoda transilvano e mosse un pesante assalto alla capitale di Ferdinando: l'Assedio di Vienna costrinse Ferdinando a cercare rifugio in Boemia. Una seconda invasione ottomana venne respinta nel 1533. In quell'anno Ferdinando siglò una pace con gli ottomani dividendo l'Ungheria in due settori, l'uno sotto l'influenza degli Asburgo (ad ovest) e l'altro sotto il governo di Giovanni Zápolya (ad est), parte quest'ultima che di fatti divenne uno Stato vassallo dell'Impero ottomano.