В 1794 году Ян Онуфрий Оссолинский принял участие в польском восстании под руководством Тадеуша Костюшко, выставив за свой счет несколько батальонов в повстанческую армию. После подавления восстания его имущество было конфисковано, а сам он вынужден был скрываться. В 1806 году присоединился к сторонникам Наполеона в Польше, затем участвовал в политической жизни Герцогства Варшавского.