Nel gennaio 1918 il Senato della Finlandia, da poco indipendente, presieduto da Pehr Evind Svinhufvud, nominò Mannerheim Comandante in capo del quasi inesistente esercito finlandese, consistente in alcuni gruppi locali di Guardie Bianche. La sua missione era la difesa del governo durante la guerra civile. Accettò la posizione nonostante i suoi timori nei confronti delle influenze della Germania sul governo. Stabilì il suo quartier generale a Seinäjoki e iniziò a disarmare le guarnigioni russe presenti nel paese che contavano 42.500 uomini. Durante la guerra civile che seguì, nel marzo 1918, Mannerheim fu promosso generale di cavalleria ("Ratsuväenkenraali").