В октябре 1940 года в Грецию вторглись войска Италии, но войска под командованием Метаксаса смогли нанести им поражение. Однако в январе 1941 года Метаксас умер, а в апреле того же года покончил жизнь самоубийством его преемник — Александрос Коризис. После этого Георг принял на себя обязанности премьер-министра. Из-за того, что германская агрессия в отношении Греции становилась всё более вероятной, Георг стал просить о помощи Великобританию, после чего на юге страны началась высадка британских экспедиционных сил. 6 апреля 1941 года в Грецию вторглись войска Германии, а 24 апреля против Греции выступила Болгария. Греческая армия была разбита, а 23 апреля командующие Эпирской и Македонской армии, не поставив верховное командование в известность, капитулировали. Георг II укрылся сначала на Крите, а после его захвата Германией в мае 1941 года — в Каире, где возглавил греческое правительство в изгнании. Однако вскоре он, оставив правительство, уехал в Лондон.