Während der Zeit des Nationalsozialismus wurde die Stiftung 1942 Teil der Reichsvereinigung der Juden und zum „Judenhaus“ ernannt. Die meisten Gemeindemitglieder wurden in der Folgezeit in die KZ Auschwitz und Theresienstadt deportiert. Während der Luftangriffe auf Hamburg während des Zweiten Weltkriegs blieb das Gebäude unbeschädigt. Als nach Kriegsende die ersten Gemeindemitglieder nach Hamburg zurückkamen, nutzten sie die Synagoge wieder. 1960 eröffnete eine neue Synagoge an der Hohen Weide. Die Jüdische Gemeinde veräußerte daraufhin die Gebäude der Stiftung Oppenheimers an der Kielerortallee. Die neuen Eigentümer richteten darin Eigentumswohnungen ein. An die ehemalige Synagoge erinnert heute die Apsis, die an der Rückseite weiterhin zu sehen ist.