O dalším osudu budov a kláštera víme jen tolik, že kostel Na Slupi byl i na dále pod správou kostela na Karlově, v době Matyáše se hovoří dokonce o jeho darování správě karlovského kostela. Servité měli ovšem u vídeňského dvora značný vliv, kterého po bitvě Na Bílé Hoře využili k získání prostředků pro obnovu kláštera v Praze a jeho navrácení řádu, což se splnilo roku 1626. Ve zpustlém klášteře se usídlili tři mniši a byl podřízen novému a většímu servitskému klášteru při kostele sv. Michala na Starém Městě. Význam kostela Na Slupi byl až do zrušení řádu druhořadý.