En Krajina los serbocroatas celebraron un referéndum en 1990 que fue declarado ilegal por Zagreb. En 1991 se celebró un referéndum -que no fue reconocido por Croacia- con la pregunta: "¿Está a favor de que la SAO Krajina se anexione a la República de Serbia y permanezca en Yugoslavia con Serbia, Montenegro y otros que desean preservar Yugoslavia?". De acuerdo con la comisión encargada del referéndum los votos a favor fueron el 99.80% de los votantes. En 1993 Croacia volvió a prohibirles un referéndum, esta vez para unirse a los serbobosnios. En aquella época Mesic fue presidente del Parlamento croata (1992-1994), uno de los cargos constitucionales más importantes de Croacia. Respecto al deseo de realizar un referendum por los serbocroatas declaró que "desde un punto de vista legal, la decisión de los serbios de Krajina no tiene ningún valor" y pidió "una política más agresiva". Finalmente en agosto de 1995 las fuerzas croatas llevaron a cabo la Operación Tormenta, anexionando la Krajina y provocando la expulsión de unos 250 000 serbios que habitaban en Croacia. Se estima que en todo el conflicto murieron alrededor de 25 000 personas de forma violenta.