V reakci na evropskou migrační krizi a na povinné uprchlické kvóty, které navrhla Evropská komise, Schwarzenberg v srpnu 2016 prohlásil, že bychom měli přijmout několik tisíc uprchlíků. Také uvedl, že chápe politiku německé kancléřky Angely Merkelové a Němci jsou nejlepší pomocníci a spojenci České republiky. Podle Schwarzenberga problém s uprchlíky Německo zvládlo docela dobře. NATO považuje za hlavního spojence a garanta České republiky.