Po przeprowadzeniu badań geologicznych dna morskiego pod wrakiem w celu zapewnienia jego bezpieczeństwa podczas podnoszenia, po 136 latach spoczywania na dnie, dzięki współpracy marynarki wojenną Stanów Zjednoczonych, straży wybrzeża oraz stanu Karolina Południowa, 8 sierpnia 2000 roku okręt wydobyto. Po wydobyciu „H.L. Hunley” poddano badaniom archeologicznym i pracom konserwacyjnym w Warren Lasch Conservation Center. Powołano do tego międzynarodową grupę ekspertów archeologii morskiej, wspartą ekspertami medycyny sądowej, w tym z zakresu osteologii. Badania szczątków ludzkich pozwoliły na ustalenie przybliżonego wieku poszczególnych członków załogi, regionu ich pochodzenia oraz stylu życia. Wykorzystując analizy DNA udało się także imiennie zidentyfikować poszczególnych członków załogi. Badaniom podlegały również zachowane rzeczy osobiste, w tym złota dwudziestodolarowa moneta należąca do dowodzącego jednostką porucznika George’a Dixona, która według legendy uratowała mu życie podczas bitwy pod Shiloh. Na odnalezionej monecie istotnie widoczny jest wyraźny ślad po trafieniu pociskiem.