Det udløste i 1918 en kort og meget bitter borgerkrig, som prægede landet i årene derefter. Krigen blev officielt indledt 27. januar ved to uafhængige begivenheder. Regeringen påbegyndte en afvæbning af de russiske styrker i Österbotten, og samtidig forsøgte socialdemokraterne at gennemføre et regeringskup. I begge tilfælde blev der affyret skud, og ved kupforsøget lykkedes det socialdemokraterne at få kontrol over det sydlige Finland og Helsingfors, men den hidtidige højrefløjsregering (de hvide) fortsatte med at holde gang i et parlament i eksil fra Vaasa. Denne situation satte gang i borgerkrigen, hvorunder de hvide med støtte fra det tyske kejserrige sejrede over de røde. Efter krigen blev titusinder af røde og mistænkte sympatisører internerede i lejre, hvor tusinder døde ved henrettelse eller som følge af underernæring eller sygdom. Et indædt social og politisk fjendskab blev herved skabt mellem de røde og de hvide og vedblev at herske helt til efter vinterkrigen. Borgerkrigen samt aktivistiske ekspeditioner til Sovjetunionen betød desuden øgede spændinger i relation til den store nabo mod øst.