עם פרוץ המלחמה הפטריוטית הגדולה, כבר הייתה ברכבת המזרח הרחוק תשתית מפותחת. תשתית זו הועמדה לצורך המלחמה תוך זמן קצר מאוד והחלה לספק לחזית המזרחית ציוד צבאי, תחמושת ואספקה. הנהלת הרכבת סיפקה צוותים, מלאי, חלפים וחומרים למסילות הרכבת הקדמיות. כמו כן, הרכבת במזרח הרחוק מילאה תפקיד חשוב בסיוע לצבא הסובייטי בהבסת הצבא היפני הקיסרי וכיבוש דרום סחלין והאיים הקוריליים.