בזמן ההתנתקות שהה הרב אליהו בגוש קטיף והביע בפומבי את התנגדותו לתוכנית. למרות זאת, נפגש עם אישים פוליטיים שתמכו בהתנתקות ובהם השרה ציפי לבני. הביע את דעתו כי אין היתר הלכתי לפינוי יהודים מבתיהם. כששאלו אותו על עצומת רבנים המתנגדת לסירוב פקודה אמר: "ראיתי שם שתי דמויות רציניות – הרב ליכטנשטיין והרב עמיטל. שאר הרבנים שהזכרת במכתבך – עם כל הכבוד – אינם בערך כלשהו לחלוק על הרב שפירא".