林清凉於1931年1月22日出生在日治台灣的高雄州岡山郡岡山街。小時候，林清凉的父親希望她長大後能當律師，為臺灣人辯護。她也曾有當外科醫師的願望，但林清凉的母親認為她的個性並不適合擔任此職業，因而作罷。1944年3月，林清凉考上高雄第二高等女子學校，然而入秋後便遭逢美軍轟炸臺灣，開始了躲防空洞的生活。該年11月，林清凉攜同母親以及父親好友之女至石案潭避難，居於其舅舅的朋友-{沈}-吉龍之住處，直至隔年8月15日日本宣布投降後才搬回岡山。在石案潭期間，為了照料被日軍動員勞役的弟弟，林清凉一個月會至少回岡山兩次，和他一起住幾天並煮給他吃。當時美軍的B-29超級堡壘轟炸機固定在日間於岡山上空盤旋（除了三餐時間之外），只要有人被它發現，就會被以機關槍彈掃射，由於受過急救、防空襲等自保訓練，林清凉被兄長委託帶領故鄉老弱婦孺避難的任務，其兄長們同時讓她看日軍屠殺中國人的圖片，待林清凉年紀稍長才知道他們曾經抗日（日治時代，台灣知識青年抗日者眾）；近代中國歷史的悲劇，從小即烙印在林清凉的腦海中。而林清凉也在這段期間失去了兩位哥哥。