Durante la Reconquista de la Nueva Granada, Pablo Morillo invadió Bogotá y marcó el comienzo del reinado del terror, la purga de los independentistas y sus instituciones. Morillo buscó a Tadeo, por su participación en el Congreso, en el periódico revolucionario "El anteojo", y por el hecho de que fue presidente de Cundinamarca, lo que lo convirtió en un objetivo primordial del Reinado del Terror.