Mais au commença le déclin de la Pologne, avec une série de guerres appelée communément le Déluge, dont le soulèvement des cosaques ukrainiens mené par Bogdan Khmelnitski en 1648-1667 et l'occupation par la Suède en 1655. Quoique liée aux cosaques de Khmelnytsky par la langue et la religion, la majorité ruthène (ukrainienne) de la population de la Galicie resta loyale aux rois de Pologne, en dépit de deux campagnes menées par Khmelnitski, allié d'abord aux Tatars, et ensuite aux Moscovites. Lwów, la plus grande ville de la Galicie, résista à deux sièges russes en 1648 et en 1654. Au traité de Pereïaslav de 1654, la Pologne dut céder au tsarat de Russie la majeure partie de l'Ukraine, mais la Galicie resta polonaise. La tolérance religieuse et l'équilibre économique qui avaient prévalu jusque-là furent mis à mal par cette tourmente, et les Juifs en pâtirent, en particulier ceux qui géraient les affaires des nobles polonais ou qui tenaient des commerces, victimes des raids cosaques. Toutefois, alors que les cosaques se livrèrent à des pogroms en Ukraine russe, ils se contentèrent de piller en Galicie tant que les diverses communautés (Polonais, Ruthènes, Arméniens) restèrent solidaires.