עם הקמת הקואליציה האנטי-צרפתית השלישית ב-1805 החליט פרננדו לצאת כנגד הצרפתים. ב-1806 בעקבות ניצחונו המוחץ של נפוליאון על צבאות הקואליציה בקרב אוסטרליץ וניצחון חילותיו של הגנרל הנפוליאוני ז'אן-לואי אבנעזר רנייה על צבאות ממלכת נאפולי בקרב קמפו טנסה, הודח פרננדו מכיסאו, ובמקומו הוכתר כמלך נאפולי ז'וזף בונפרטה, אחיו של נפוליאון. כאשר נשלח ז'וזף לספרד, שנתיים לאחר מכן, החליפה אותו על כס המלכות אחותו הצעירה של נפוליאון, קרולינה בונפרטה שהייתה נשואה למרשל ז'ואקים מירא.