V roku 1967 ho Jan Blaha tajne vysvätil za biskupa. V rokoch 1950-1964 bol väznený. Po prepustení začal budovať rozsiahle "podzemné" teologicko-vzdelávacie štruktúry. Pod vplyvom skoršieho komunistického teroru aj sovietskej okupácie v roku 1968 a modernej teológie obdobia Druhého vatikánskeho koncilu budoval paralelné cirkevné štruktúry a vysvätil tajných biskupov, desiatky kňazov vrátane ženatých mužov a tiež tri ženy, z ktorých je známa len Ludmila Javorová.