З 1789 года да 1792 года камендант Каменца-Падольскага. Прыхільнік Канстытуцыі 3 мая; быў сябрам Згуртавання прыхільнікаў урадавай канстытуцыі. Падчас паўстання Касцюшкі прызнаны генерал-лейтэнантам. У чэрвені пасля адстаўкі Станіслава Макраноўскага ён быў прызначаны камендантам Варшавы і камандуючым узброеных сіл Мазавецкага княства, стаўшы адказным за арганізацыю абароны сталіцы. Удзельнічаў у прыняцці рашэнняў па правядзенні ваенных аперацый у наваколлях польскай сталіцы. Пасля паланення Тадэвуша Касцюшкі Юзаф Арлоўскі стаў членам ваеннай рады пад кіраўніцтвам Томаша Ваўжэцкага. 8 лістапада 1794 года перадаў варшаўскі гарнізон пад начальствам караля Станіслава Панятоўскага, каб палегчыць перамовы з А. Суворавым аб капітуляцыі польскай сталіцы. Пасля капітуляцыі Варшавы і здушэння паўстання Юзаф Арлоўскі ўдзельнічаў у камісіі па ліквідацыі кадэцкага корпуса. Неўзабаве пасля гэтага ён пасяліўся ў Пулавах, дзе знаходзіўся пры двары князя Адама Ежы Чартарыйскага.