Під час збройного конфлікту 2001 року, в якому албанці атакували сили безпеки країни, Джафері був старшим офіцером ЗСМ, командував у військовій частині в Тетово. 28 квітня, у день бійні у Вейце, він був черговим командиром у частині. Кілька днів потому він дезертував і приєднався до Національної визвольної армії (НВА), повстанської групи албанців, і став командиром її 116-ї бригади з позивним «командир Форино», на честь його місця народження. Після укладення Охридської угоди був амністований.