1954年第2回マニラアジア大会がきっかけで、大会中の1954年5月8日に他の12か国と共にアジアサッカー連盟(AFC)を設立したが、加盟はしなかった(なお、アジアサッカー連盟(AFC)は政治的配慮から現在もなお、イスラエルをAFC創設メンバーとしては認めていない)。それから2年後の1956年にイスラエルサッカー協会はAFCに加盟した。サッカーイスラエル代表はアジア代表として1970年FIFAワールドカップ・メキシコ大会に出場した。だが、イスラエル＝アラブ紛争（パレスチナ問題及び中東戦争等）により周辺アラブ諸国との関係が悪化し、アラブ諸国（ほかにインドネシアや北朝鮮や中国）を中心としたボイコット（対戦拒否、大会参加拒否）が激化していった。それにより、AFCに所属しながらも1972年よりAFCアジアカップへの出場を辞退せざるを得なくなった。1973年10月6日に第四次中東戦争が起こると、もはや対戦不可能な状態に陥った。そして、1974年9月14日、テヘランアジア大会の開催期間中にイランの首都テヘランで開催されたAFC総会で除名された。なお、このテヘランアジア大会サッカー競技でイスラエルは決勝でイランと対戦しており、0-1で敗れた。この試合がAFCとしての最後の試合となった。AFC除名以降は、地域連盟未所属のまま活動することになった。