Il 6 gennaio 1945 Jōjima fu confermato al comando dell'11ª Unità aerea combinata che tenne per circa due mesi, quindi il 1º marzo fu posto a capo della 12ª Unità aerea combinata. Il 5 maggio fu ancora una volta ridislocato quale comandante della 12ª Flottiglia, ultima posizione di alta responsabilità da lui ricoperta: il 15 agosto l'Impero giapponese si arrese senza condizioni agli Alleati.