Talvisotaan Hanell osallistui ylimääräisten harjoitusten (YH) aikaan Ryhmä H:n komentajana, ja myöhemmin hän oli ylipäällikön henkilökohtaisessa käytössä erikoistehtäviin. Sodan loppuvaiheessa hän sai komentajuuden Haminan torjuntaryhmästä. Välirauhan aikana hän toimi linnoitustöiden johtajana ja Päämajan Yleisesikunnan väliaikaisena päällikkönä, josta hänet lähetettiin takaisin johtamaan linnoitustöitä lähenevän sodanuhkan takia.