McGee travaille ensuite comme anthropologue au bureau de l'ethnologie américaine (1893 à 1903), dont il devient responsable en 1894. En 1895, il explore l'Île Tiburón, dans le Golfe de Californie, lieu d'origine du peuple seri. Il démissionne de cette fonction en 1903, et est responsable, en 1903-1904, de l'organisation des Journées anthropologiques pendant les Jeux olympiques de 1904 et la Louisiana purchase Exposition de 1904. Il est ensuite nommé directeur du musée de Saint-Louis en 1905, puis, en 1907, il est nommé membre d'une commission sur les voies navigables intérieures par le président américain Theodore Roosevelt. Il est également président par intérim de l'Association américaine pour l'avancement des sciences (1897-1898), président de l'American Anthropological Association (1902-1912) et président de la National Geographic Society (1904-1905) et rédacteur du National Geographic Magazine durant plusieurs années.