Al estallar la guerra, se le nombró comandante del regimiento de Santiago. Tuvo una destacada participación en la batalla de Tacna, en donde se demostró su capacidad táctica. En el punto más álgido de la batalla, intuyó Lagos que los aliados empezaban a usar sus reservas, mientras la división Amunátegui se encontraba por error a 3000 metros de la línea. Pidió Lagos dejar su papel pasivo y hacerse cargo de la situación a Manuel Baquedano, quien le dio el permiso. Así apareció Lagos dirigiendo la división Amunátegui, atacando los flancos izquierdo y centro de los peruanos, que para esos momentos se encontraban debilitados.