El 19 de junio de 1940 las tropas hitlerianas entraron en la ciudad, evacuada por el ejército francés el día anterior. El 22 de junio, en el armisticio de Compiègne no se incluye ninguna cláusula referente al destino de Estrasburgo como capital alsaciana, pero poco después la región es anexionada para integrarse en el "Gau" de "Elsaß-Baden" (Alsacia-Baden) y Robert Ernst, un propagandista pangermanista, es nombrado gobernador de la ciudad. A partir del 11 de julio de 1940 comienza la repatriación de los refugiados en los mismos días que se quema la sinagoga consitorial del "quai Kléber", una de las más prestigiosas de Europa pero se rechazan casi la cuarta parte de las personas por ser de ascendencia no germánica, judíos, matrimonios mixtos franco-alsacianos o sospechosos de disidencia política.