Дальнейшие исследования Аральского моря проходили одновременно с боевыми действиями по присоединению среднеазиатских государств, и Аральская флотилия принимала в них участие. Осенью 1854 года аральская верфь была перенесена из Раима в Казалинск. Аральская военная флотилия охраняла судоходство, обеспечивала воинские перевозки, производила гидрографические работы, все пароходы и вспомогательные суда имели артиллерийское вооружение. В 1862 году новые пароходы «Арал» и «Сырдарья» были спущены на воду в Казалинске.