Jesu bror Jakob overtog formentlig lederskabet af den kristne menighed i Jerusalem i 44; denne menighed havde den største autoritet inden for kristendommen i denne periode. Jakob kom til at stå for en linje, hvor bevægelsen i så høj grad som muligt blev tilpasset de dominerende jødiske grupperinger for at undgå konflikter. Den voksende nationalisme i det jødiske samfund og deraf øgede fokus på de religiøse traditioner gjorde imidlertidig situationen farligere for de kristne, og konflikter brød efterhånden ud alligevel, fx blev Jakob sammen med flere andre kristne henrettet i 62 på ordre af ypperstepræsten Ananus. Den spændte situation tog til efter det jødiske oprør (66-70); templet i Jerusalem var nu ødelagt og den jødiske offerpraksis var ikke længere mulig. Den farisæiske skriftfokuserede tradition oplevede nu på denne baggrund en voldsom vækst, der bl.a. medførte at afvigende grupper, som fx de kristne, blev marginaliserede og i flere tilfælde udstødt fra synagogefællesskabet.