Op het WK van 2004 werd hij tweede, achter Pljoesjtsjenko. Deze prestatie herhaalde hij op de WK´s van 2006 en 2008. In het tussen liggende jaar, 2007, werd hij wereldkampioen. Ook hier was hij de derde Fransman die deze titel behaalde en ook hier gingen Giletti (1960) en Calmat (1965) hem voor. Op het WK van 2009 stond Joubert na de korte kür nog eerste, hij zag zijn kansen op een tweede wereldtitel door een val in vrije lange kür in rook opgaan. Desondanks eindigde hij op plaats drie, op het WK van 2010 evenaarde hij deze prestatie.