Le kibboutz a été fondé en 1966 et a pris le nom d'Yitzhak Dubno (surnommé "Yoav") qui avait été tué pendant la Guerre israélo-arabe de 1948-1949 en défendant le kibboutz voisin de Negba. Près de Sde Yoav, il y avait un village arabe nommé "Iraq Suwaydan" qui été abandonné en 1948. En 2006, la population du kibboutz s'élevait à 210.