60. léta byla ve znamení jistého uvolnění a návratem osobností jako byl Jan Patočka, Karel Krejčí či Václav Černý na fakultní půdu. Rychlé změny nastupující normalizace však tento trend ukončily. Dne 16. ledna 1969 se upálil student filozofické fakulty Jan Palach na protest proti pasivitě československé společnosti následkem okupace 21. srpna 1968. Změnám, které přinesly nové čistky a ústup akademických pracovníků do „vnitřního exilu“ ale nezabránil.