Im Krieg gegen Preußen war Lyncker vom 6. Juli bis zum 12. August 1866 im Hauptquartier des VIII. Armee-Korps und nahm an den Gefechten bei Tauberbischofsheim und Gerchsheim teil. Später leitete er die Verhandlungen, die zum Abschluss des Waffenstillstandes zwischen Preußen und Hessen führte. Der Großherzog würdigte sein Wirken durch die Verleihung des Kommandeurkreuzes II. Klasse des Ludwigsordens.