В 1769 году короткое время состоял главным полевым доктором в армии и в том же году был перемещен старшим доктором в московский Генеральный госпиталь, где его застала чума 1770-1772 года. Шафонский первым распознал её и должен был бороться не только с эпидемией, но и с невежественным отношением к ней многих московских врачей.