Potocki participó en los preparativos de la Insurrección de Kościuszko de 1794. A principios de abril dejó Leipzig y llegó a Cracovia. Tras la desastrosa campaña, fue encarcelado el 21 de diciembre de 1794 por las autoridades zaristas rusas. Fue expropiado de todas sus tierras, terminando completamente endeudado.