Erst 2003 gab ihm der damalige Trainer Carlos Alberto Parreira im Vorfeld des Confederations Cup eine erneute Chance. Schließlich wurde der Innenverteidiger in den Folgejahren regelmäßig berufen und verpasste keine großen Wettbewerbe mehr. 2004 gewann er die Copa América, im Folgejahr den Confederations Cup in Deutschland. Während Juan 2004 noch Stammkraft war, musste er beim Confed-Cup den Platz für seinen damaligen Klubkameraden Roque Júnior räumen. 2007 konnte Juan mit Brasilien die Copa América verteidigen, in der Neuauflage des Endspiels von 2004 gegen Argentinien führte er das Team als Kapitän an, in Vertretung des gesperrten Gilberto Silva.