Während des Zweiten Weltkrieges gab es im Sperrgebiet mehrere Zwangsarbeiterlager. Das waren im Wesentlichen in der Peenestraße in Karlshagen ein „Polenlager“, ein Kriegsgefangenenlager für sowjetische und zeitweise französische Gefangene und ein Ostarbeiterlager sowie zwischen Karlshagen und Trassenheide das "Gemeinschaftslager Trassenheide", in dem neben deutschen, italienischen und niederländischen Vertragsarbeitern auch hunderte Ukrainer und Polen („Polenlager II“) untergebracht waren. Im eigentlichen Heeresgutsbezirk Peenemünde befanden sich ab 1943 zudem zwei Außenlager des KZ Ravensbrück mit KZ-Häftlingen. Viele von ihnen starben beim Bombenangriff auf Peenemünde und Karlshagen im August 1943 (Operation Hydra). Die Bombenangriffe auf Karlshagen hatten eigentlich das Ziel, die Elite der HVA auszuschalten. Insgesamt starben bei den Angriffen mehr als 720 Menschen, darunter 213 Zwangsarbeiter. Nach den Bombenangriffen wurden die überlebenden Gefangenen sofort zu Aufräumungs- und Wiederaufbauarbeiten eingesetzt.