En 1857, il est nommé commandant d'une expédition en Chine, projetée depuis plusieurs années, mais retardée par les événements de Crimée. Son action, concertée avec les Britanniques, va se borner à quelques coups de force périphériques, faute de moyens suffisants. Les canonnières de l'expédition franco-britannique forcèrent l'entrée défendue par les forts de Taku et remontèrent la Hai He (appelé Pei-Ho par les Européens) jusqu'à Tianjin. Après l'entrée des alliés à Tianjin, un traité de paix est finalement signé, le 27 juin 1858, sans toutefois régler véritablement la question. Pourtant, le 8 août 1858, Rigault de Genouilly est promu vice-amiral, et nommé commandant en chef du corps expéditionnaire dans les mers de Chine. Il décide alors de se porter vers l'Annam. Henri Rieunier, futur amiral et ministre de la marine, fut l'un des plus proches et des plus fidèles de ses officiers au cours des campagnes de Crimée, Chine, Cochinchine et lors de la guerre franco-prussienne.