V lednu 2017 odešel ze Slavie na hostování do polského prvoligového klubu Cracovia z Krakova. V jarní části sezóny 2016/17 polské Ekstraklasy odehrál 10 zápasů a vstřelil jeden gól. Vedení klubu nemělo původně v úmyslu využít opce na přestup. Situace se změnila po evropském šampionátu hráčů do 21 let v Polsku, kde se hráč i celý slovenský tým dobře prezentoval. Cracovia tedy využila opci a Mihalík se stal v létě 2017 hráčem krakovského klubu.