V 16. storočí bola Opava silne zasiahnutá reformáciou a väčšina obyvateľov patrila v predbielohorskom období k protestantom. Obyvatelia sa dostávali do ostrých konfliktov najmä s olomouckými biskupmi a na odpor narazilo aj udelenie opavského kniežatstva Karlovi z Lichtenštejna v roku 1613. V roku 1625 bol do Opavy povolaný jezuitský rád a o päť rokov neskôr tu bolo založené jezuitské gymnázium. Počas tridsaťročnej vojny bola Opava v roku 1626 bez boja vydaná žoldnierom dánskeho kráľa, niekoľkokrát bola obsadená i Švédmi. Veľkou pohromu znamenal pre mesto požiar v roku 1689. Pri gymnáziu bolo v roku 1814 založené múzeum, dnes Slezské zemské muzeum. Od roku 1853 budova slúžila sliezskemu zemskému snemu, v súčasnosti je sídlom Zemského archívu.