Va estar molt implicat en la posterior guerra de Croàcia contra l'autoproclamada República Sèrbia de Krajina. Va participar en diverses operacions militars. Va estar en l'operació Maslenica quan era el cap de la secció d'artilleria de Velebit, entre gener i febrer de 1993; en l'Operació Butxaca de Medak prop de Gospić, en la qual va ser ferit, i en l'Operació Tempesta l'agost de 1995 que va ocupar la major part del territori de Krajina. Posteriorment, va continuar avançant com a cap de les forces croates a la República de Bòsnia i Hercegovina lluitant a l'oest de Bòsnia contra les forces de la República Sèrbia en l'Operació Mistral. Després de la guerra, es va reformar l'Exèrcit Croat i el president Franjo Tuđman va nomenar Çeku comandant de la Cinquena Regió Districte a Rijeka. El 1998 va presentar la sol·licitud de retir, que es va concedir el 1999, per unir-se a l'Exèrcit d'Alliberament de Kosovo amb el qual mantenia vincles.