Wirklich existenzbedrohend für das Stift wurde die Lage dann im 16. Jahrhundert. Die Lehren Luthers erreichten auch Ardagger und fanden unter manchem Chorherrn und Vikar regen Zuspruch. Dies führte sogar soweit, dass die Vikare von Stephanshart und Zeilern öffentlich heirateten. Bei der Türkenbelagerung Wiens 1529 wurde auch das Stift von den Streifscharen heimgesucht. Stift, Kirche und Häuser der Kanoniker wurden geplündert und in Brand gesteckt. Die Kirche erlitt erheblichen Schaden durch den Einsturz des Gewölbes. Die im darauffolgenden Jahr von Erzherzog Ferdinand I erhobene „Türkensteuer“ kostete dem Stift den für ihn so wichtigen Markt Ardagger, sowie aller Besitzungen jenseits der Donau. Die 1539 eingehobene Steuer zur Erneuerung der Wiener Universität belastete das bereits finanziell angeschlagene Stift weiter, sodass die Zahl der Chorherren auf zehn reduziert wurde, um den verbliebenen Chorherren ihre Präbenden zu sichern. Die schlechte soziale Lage der Bauern und die daraus resultierenden Bauernaufstände in Niederösterreich überstand das Stift dagegen relativ unbeschadet. Die Aufständischen begnügten sich mit Wein und Geld. Am 18. Februar 1597 unterzeichnete auch Stift Ardagger den Revers zu Amstetten, um eine „Friedenseinigung“ zu erzielen.