Au festival de Cannes 1994, le film remporte le Prix du Jury et l'actrice Virna Lisi se voit décerner le prix d'interprétation féminine pour son rôle de Catherine de Médicis. Nommé douze fois lors de la 20 cérémonie des César du cinéma, "La Reine Margot" reçoit cinq Césars, dont celui de la meilleure actrice pour Isabelle Adjani. Ce film d'époque est nommé à l'Oscar des meilleurs costumes en 1995.