Apprenant que sa ville natale, Anvers, s’était rendue à l’armée espagnole d’Alexandre Farnèse (fin du siège d’Anvers le ) Schott entre dans la Compagnie de Jésus, en accomplissement d’un vœu qu’il avait fait. Il fait son noviciat à Saragosse, en Espagne, de 1586 à 1588. Après le noviciat il complète sa formation théologique à Valence.