In 1898 werd hij door paus Leo XIII benoemd tot bisschop van Bayeux-Liseux, waarna hij door kardinaal en aartsbisschop van Rouen Guillaume-Marie-Romain Sourrieu tot bisschop werd gewijd. In 1906 nam Amette ontslag uit deze functie om coadjutor te worden van de Parijse aartsbisschop François-Marie-Benjamin Richard en tegelijkertijd werd hij benoemd tot titulair aartsbisschop van Side. In 1908 volgde Amette de overleden Richard op als aartsbisschop van Parijs en op 27 november 1911 stelde paus Pius X hem aan tot kardinaal. In die hoedanigheid nam hij deel aan het Conclaaf van 1914, waarbij Benedictus XV verkozen werd tot de nieuwe paus.