Το 1893 η Εσωτερική Μακεδονική Επαναστατική Οργάνωση ιδρύθηκε στη Θεσσαλονίκη από ένα μικρό όμιλο αντι-Οθωμανών Μακεδονο-Βούλγαρων επαναστατών, που θεωρούσαν τη Μακεδονία ως χώρα αδιαίρετη και όλους τους κατοίκους της «Μακεδόνες», ανεξάρτητα από τη θρησκεία ή την εθνικότητά τους. Τα Σκόπια ήταν ένα από τα πέντε κύρια κέντρα της Εσωτερικής Μακεδονικής Επαναστατικής Οργάνωσης όταν οργάνωσε την Εξέγερση του Ίλιντεν το 1903. Το επαναστατικό της δικτύου στην περιοχή των Σκοπίων δεν ήταν καλά αναπτυγμένο και η έλλειψη όπλων ήταν ένα σοβαρό πρόβλημα. Με το ξέσπασμα της εξέγερσης οι δυνάμεις των επαναστατών εκτροχίασαν ένα στρατιωτικό τρένο. Στις 3 και 5 Αυγούστου αντίστοιχα επιτέθηκαν σε μια Τουρκική μονάδα που φρουρούσε τη γέφυρα στον Αξιό ποταμό και έδωσαν μια μάχη στο μοναστήρι του Αγίου Ιωάννη. Τις επόμενες ημέρες, η ομάδα τους καταδιώχθηκε από Βασιβουζούκους (Τούρκους ατάκτους) και κατέφυγε στη Βουλγαρία.