Паралельно Франсіско очолював і збірну Колумбії, з якою став бронзовим призером розіграшу Кубка Америки 1987 року в Аргентині, та вивів в фінальну стадію чемпіонату світу 1990 року в Італії (вперше за 28 років), дійшовши до 1/8 фіналу. Єдиним невдалим епізодом стала участь в Кубку Америки 1989 року у Бразилії, де колумбійці не змогли подолати груповий етап.