Основное здание музея было разрушено в Тартуской операции во время Второй мировой войны. В 2005 году Министерство культуры Эстонии и Союз эстонских архитекторов объявили вместе с музеем конкурс на создание нового здания Эстонского национального музея. Победил проект международной ассоциации архитекторов с работой "Поле памяти".