Dieser Integrationsleistung stehen die weiter bestehenden und oft blutig ausgetragenen Konflikte gegenüber. Die Kaschmir-Frage und ein unklarer Grenzverlauf im Gebiet des Rann von Kachchh waren im Jahr 1965 Anlass für den Zweiten Indisch-Pakistanischen Krieg. Die seit 1966 regierende Indira Gandhi, die Tochter Nehrus, griff 1971 in die Auseinandersetzungen zwischen der pakistanischen Regierung und dem nach Unabhängigkeit strebenden Ostpakistan ein, sodass es erneut zum Krieg zwischen Pakistan und Indien kam, der damit endete, dass Ostpakistan als Bangladesch mit indischer Hilfe die Selbständigkeit erlangte. Während es in der Folge gelang, den muslimisch-hinduistischen Gegensatz weitgehend friedlich zu halten, kam es zunehmend zu Konflikten zwischen Sikhs und Hindus, die im Sturm auf den Goldenen Tempel von Amritsar und in der Ermordung Indira Gandhis 1984 gipfelten.