Ο βομβαρδισμός του Αμβούργου στον Β΄ Παγκόσμιο Πόλεμο κατέστρεψε τον κυρίως όγκο του ναού. Μετά τον καθαρισμό των ερειπίων παρέμειναν μόνο η κρύπτη και ο πύργος του ναού, στο μεγαλύτερο μέρος του κούφιος, εκτός από το μεγάλο σύνολο από καμπάνες. Ο ναός δεν ανακατασκευάσθηκε και τέταρτη φορά στην ίδια θέση, και σήμερα αυτά τα ερείπια συνεχίζουν να αποτελούν μνημείο και σημαντικό αρχιτεκτονικό τοπόσημο: όταν οι κάτοικοι του Αμβούργου μιλούν για τη «Nikolaikirche», αναφέρονται γενικώς σε αυτόν τον ναό και όχι στον νέο "Hauptkirche", αφιερωμένο επίσης στον Άγιο Νικόλαο, που βρίσκεται στο διαμέρισμα Χαρβέστεχούντε. Ο πύργος του παλαιού ναού είναι ακόμα και σήμερα το δεύτερο υψηλότερο κτίσμα στο Αμβούργο, μετά τον Πύργο Χάινριχ Χερτς. Το 2005 εγκαταστάθηκε ένας ανελκυστήρας, που ανεβάζει μέχρι μια εξέδρα σε ύψος 75,3 μέτρα.