In der Saison 1998/99 gewann Jagudin elf von den dreizehn Wettbewerben, an denen er teilnahm. Darunter auch die Weltmeisterschaft der Profis vor Kurt Browning und das Grand-Prix-Finale. Vor allem aber verteidigte er beide großen Titel aus dem Vorjahr. Bei der Europameisterschaft in Prag siegte er erneut vor Pljuschtschenko, wie auch bei der Weltmeisterschaft in Helsinki.