Efter fire års fred brød borgerkrigen atter ud i september 1459, da York-jarlen af Salisbury besejrede et kongeligt baghold i Slaget ved Blore Heath. Salisbury vandt slaget, men blev snart besejret sammen med hertugen af York i slaget ved Ludford. York-lederne flygtede i eksil. Mowbray havde ikke støttet nogen af siderne, men med York-lederne i eksil deltog Mowbray, da et parlament blev indkaldt i Coventry. Her fik York-lederne frataget deres ære, liv og gods, og den 11. december 1459 svor Mowbray en loyalitetsed om at bevare Henrik 6. på tronen. Han modtog adskillige kongelige kommissioner i de sidste måneder af Lancaster-styret.