Zasadnicza fala migracyjna Czechów na ziemie polskie przypadła jednak na późniejszy czas i związana była z ostateczną klęską wojsk pod Białą Górą w 1620. Represje władz wobec niekatolików spowodowały, iż z Czech i Moraw wyemigrowało do krajów protestanckich i Polski około 120 tysięcy osób – protestantów o silnie czeskiej tożsamości. Czeska inteligencja emigrowała głównie do Wielkopolski i na Pomorze. Największym skupiskiem czeskiego wychodźstwa w Rzeczypospolitej stało się od 1628 Leszno, gdzie osiadło około tysiąca Czechów, w tym wybitny uczony Jan Ámos Komenský. Oprócz Leszna znaczna liczba Czechów osiedliła się także w Ostrorogu i Toruniu.