Villeneuve bermitra dengan pembalap Afrika Selatan Jody Scheckter pada tahun 1979 setelah Carlos Reutemann pindah ke Team Lotus. Kali ini Gilles berhasil mengawali start dengan baik saat ia memenangi dua balapan di awal musim yaitu di Grand Prix Afrika Selatan dan Grand Prix Amerika Serikat Barat. Momen balapan terbaik Gilles di musim 1979 datang di Prancis saat ia berduel sengit dengan pembalap tuan rumah Rene Arnoux. Kedua pembalap saling mempertunjukan skill keahliannya dalam mengemudi dan bahkan keduanya sempat saling bersenggolan sebelum akhirnya Arnoux finish ketiga dan Gilles kedua. Usai lomba Gilles menyelamati Arnoux dan berkata bahwa itulah duel yang paling berkesan yang pernah dirinya alami.