Scott ordenou que Pierce permanecesse na retaguarda para a iminente Batalha de Churubusco. Ele respondeu dizendo "Pelo amor de Deus, general, esta é a última grande batalha e eu preciso liderar minha brigada". Scott cedeu e Pierce entrou no combate amarrado em sua sela, porém a dor na sua perna tornou-se tão grande que ele desmaiou no campo. Os norte-americanos venceram a batalha e Pierce ajudou a negociar um armistício. Em seguida ele retornou para o comando e liderou sua brigada pelo resto da campanha, eventualmente participando da Batalha da Cidade do México em setembro, mas sua brigada permaneceu na reserva durante grande parte do engajamento. Pierce passou a maior parte da batalha na tenda médica sofrendo de uma forte diarreia. Ele continuou no comando de sua brigada ao longo dos três meses de ocupação da cidade, ficando frustrado com a paralisação das negociações de paz e tentando se distanciar do constante conflito entre Scott e os outros generais.