12 февраля 1942 года «Нагато» уступил роль флагмана новейшему линкору «Ямато». Весной 1942 года на верфи в Куре «Нагато» прошёл текущий ремонт. С мая продолжилась боевая подготовка и стрельбы. 29 мая, после пополнения боезапаса, линкор вышел в боевой поход. В сражении 4 июня линкор не участвовал. После сражения 6 июня принял экипаж с авианосца «Кага». 14 июня соединение вернулось в Японию.