Guardiola, takımın başındaki ikinci senesinde €46 million ve Samuel Eto'o karşılığında Inter Milan'dan Zlatan Ibrahimović'i transfer etti. Eiður Guðjohnsen, Monaco'a satıldı. Sylvinho ve Albert Jorquera'in kontratları bitti. Alexander Hleb, VfB Stuttgart'a, Martín Cáceres Juventus'a, Alberto Botía Real Sporting de Gijón'a ve Victor Sanchez Xerez'a kiralandı. Takım, Supercopa de España'de Athletic Bilbao'u yendi ve sezona kupa ile başladı. Daha sonra 2009 UEFA Süper Kupası maçında Shakhtar Donetsk'ı yenerek, kupayı kazandı. 19 Aralık günü oynanan 2009 FIFA Kulüpler Dünya Kupası Final maçında Arjantin takımını Estudiantes'i 2-1 yenerek kupayı kazandı. Böylece Barcelona, tarihinde FIFA Kulüpler Dünya Kupası'nı ilk kez kazanmış oldu.