1500-luvulla Kurpfalzin ruhtinassuku kääntyi ensin luterilaiseen, myöhemmin kalvinistiseen uskoon. Kolmikymmenvuotisen sodan aikoihin vaaliruhtinas Fredrik V johti evankelista unionia ja antoi kruunata itsensä vuonna 1619 Böömin kuninkaaksi. Jo vuotta myöhemmin katolisen keisarin joukot löivät hänet Valkeavuoren taistelussa ja katolinen liiga miehitti Kurpfalzin. Kun kolmikymmenvuotinen sota loppui Westfalenin rauhaan vuonna 1648, vaaliruhtinaat saivat Kurpfalzin takaisin, joskin he menettivät paljon poliittisesta vallastaan.