В 1999 году, с обострением конфликта в Косове, в Республику Македония бежало огромное количество беженцев. К 2001 году в стране начался кризис, связанный с противоречиями на этнической почве среди населения. События 1999—2001 нанесли большой ущерб экономике. Прежде всего пострадала экология, а также резко упал уровень иностранного инвестирования в развитие Республики Македонии.