Ab der Zeit seiner Machtübernahme bis zum Ende des Krieges hatte Franco den persönlichen Oberbefehl über alle nationalistischen Streitkräfte und plante auch die meisten ihrer militärischen Operationen. Nach dem gescheiterten Angriff auf Madrid im November 1936 beschloss Franco, den Krieg auf einem fragmentarischen Ansatz zu gewinnen anstatt mutig und risikohaft zu manövrieren. Dies äußerte sich etwa in seiner Entscheidung, die Nationalisten im belagerten Toledo zu entlasten. Auch andere Entscheidungen, wie zum Beispiel im Juni 1938, als er es vorzog, Valencia anstatt Katalonien anzugreifen, blieben aus militärischer Sicht kontrovers. Es war jedoch in Valencia, Castellon und Alicante, wo die letzten republikanischen Truppen von Franco besiegt wurden.