Nie jest znany przebieg służby wojskowej Rafała Zajączka podczas wojny polsko-rosyjskiej (1792), ani w czasie insurekcji kościuszkowskiej (1794), nie wiadomo też jakie były jego losy po upadku I Rzeczypospolitej (1795), aczkolwiek nie służył on w Legionach Polskich utworzonych w 1797 przez generała Jana Henryka Dąbrowskiego i walczących u boku wojsk rewolucyjnej Francji.