京都府京都市出身。建築家清水仁兵衛の二男として生まれ、同志社で学んだ。建築工学を学び、京都武徳殿の建築に参加した。宮内省・農商務省の委嘱を受け、1900年（明治33年）のパリ万国博覧会では日本建築・庭園模型を出品した。1902年（明治35年）、岩崎男爵家の設計技師となり、邸宅の設計を担当した。1910年（明治43年）の日英博覧会の際には、再び宮内省・農商務省の委嘱を受け日本庭園の設計を担当した。1911年（明治44年）、岩崎家の建築事務閉鎖に伴って独立し、清水建築工務所を開いた。1915年（大正4年）のサンフランシスコ万国博覧会では評議員を務めた。