Han fik sin debut for Mexicos landshold i september 2009 i en kamp mod Colombia. Siden repræsenterede han Mexico ved VM 2010 og CONCACAF Gold Cup 2011. Han blev topscorer med syv mål i Gold Cup-turneringen, og han blev kåret som turneringens bedste spiller. Hernandez er blandt dem, der har scoret tredjeflest mål for Mexicos landshold.