Quay trở lại khu vực Leyte, "Burke" làm nhiệm vụ vận chuyển lực lượng chiếm đóng đi sang Nhật Bản, và đã tiến vào vịnh Tokyo vào ngày 2 tháng 9 khi lễ ký kết chính thức văn kiện đầu hàng diễn ra trên thiết giáp hạm . "Burke" tiếp tục hộ tống các đoàn tàu vận chuyển lực lượng chiếm đóng cho đến ngày 26 tháng 10, khi nó lên đường đi Manila. Tại khu vực Philippines, nó đảm nhiệm vận chuyển nhân sự và thiết bị giữa các đảo thuộc quần đảo Philippine cho đến khi đón lên tàu những cựu chiến binh để giúp họ hồi hương. Sau khi về đến San Diego và tiễn số hành khách rời tàu, nó tiếp tục hành trình đi sang vùng bờ Đông Hoa Kỳ.