Abe continuò a comandare le forze della marina imperiale nelle isole Marshall per quasi tutto il 1943, poi fu rimpatriato e dal 29 novembre rimase a disposizione dello stato maggiore generale. Il 27 dicembre esso lo assegnò per la seconda volta alla direzione della Scuola d'artiglieria di Tateyama, incarico che gli fu riconfermato il 29 settembre 1944. Nel corso di questo periodo Abe fu promosso viceammiraglio il 1º maggio 1944 e servì un mese e mezzo circa come assistente presso lo stato maggiore della Flotta Combinata. Il 25 aprile 1945 fu spostato al 3º Distretto navale (Sasebo), dove dal 1º maggio fu comandante del Corpo marinai e della Forza di guardia aventi lì base. A questi due ruoli affiancò infine, dal 10 luglio, il comando della locale Forza combinata speciale da sbarco. Un mese dopo il Giappone si arrese e la seconda guerra mondiale ebbe termine.