Az 1240-es tatárjárás során a kolostor valószínűleg súlyosan megrongálódott. A tatárok feldúlták a székesegyházat, eltávolították az aranylemezeket. Az elkövetkezendő két évszázadból nincs írásos adat róla. A következő adat 1496-ból származik, ekkor már Szent Mihály-kolostorként említik. (A történészek között sincs konszenzus, hogy ugyanarról az épületről van-e szó.) A 16. század során többször is restaurálták és bővítették, Ukrajna legnépszerűbb és leggazdagabb kolostorai közé lépett. 1620-ban Jov Boreckij ide tette át a kijevi metropolita székhelyét, 1633-tól Iszaja Kopinszkij volt a kolostor felügyelője. Boreckij és Kopinszkij is itt lett eltemetve.