2007年にUSチッタ・ディ・パレルモに移籍金470万ユーロの3年契約で完全移籍。パレルモでの初シーズンは怪我に悩まされたが、2008-09シーズンには自己最多の14得点を記録。翌シーズンにはさらにそれを上回るリーグ3位タイの19得点を挙げ、パレルモのリーグ5位に貢献した。2011-12シーズンには2月1日のセリエA・インテルナツィオナーレ・ミラノ戦で3得点を記録し、それまでが持っていたクラブ最多得点記録を73年ぶりに塗り替えた。翌2012-13シーズンは11月24日にセリエ通算100ゴールを達成したが、8ゴールに終わりクラブも降格となった。チームでも随一の高給取りであることもあり去就に注目が集まっていたが、6月23日に恐喝未遂と不正アクセスの疑いで検察に取り調べを受けた。この中で、Kalsaというパレルモ近郊のマフィアのボスの息子との密接な繋がりが発覚したばかりか、反マフィア活動に身を捧げた島の英雄ジョヴァンニ・ファルコーネを侮辱する会話をしていたことが明らかになった。間もなくミッコリはFIGCからの調査を受け、30日には涙ながらの謝罪会見を開いたが、コルレオーネ市の名誉市民権を撤回されるなどシチリアに居られる状況ではなくなり、最終的に故郷のレッチェへ移籍した。