W reprezentacji Meksyku Pardo zadebiutował 16 czerwca 1996 roku w zremisowanym 2:2 meczu z USA. W 1997 roku wziął udział w Pucharze Konfederacji, ale z Meksykiem nie wyszedł z grupy. Natomiast na początku 1998 roku wygrał z Meksykiem Złoty Puchar CONCACAF (1:0 w finale z USA). W tym samym roku wystąpił także w Mistrzostwach Świata we Francji. Zagrał w grupowych meczach z Koreą Południową (3:1) i z Belgią (2:2), w którym to otrzymał czerwoną kartkę. Do gry wrócił w 1/8 finału, ale Meksyk przegrał 1:2 z Niemcami.