Tras las invasiones de los mongoles ocurridas principalmente en el siglo XIII y la Peste Negra en el siglo XIV, el estado de Rutenia se desintegra en principados como el Principado de Vladímir-Súzdal o la República de Nóvgorod que caen bajo la influencia del Imperio mongol. Más tarde Moscovia se hizo predominante en la zona tomando el control de la mayor parte de los principados del norte de Rus, comenzando a utilizarse de nuevo este término para denominar al nuevo estado. Al ser Moscú un principado cristiano ortodoxo, tuvo escasos contactos con el papado y con la cultura latina, por lo que el término "Rutenia" fue poco utilizado. Los nativos utilizaron otras formas del término "Rus" para denominar su país y algunas de esas formas fueron llegando al mundo europeo de la época.