Op het eind van de 13de eeuw werd Aarau eigendom van de graven van Habsburg en van de hertogen van Oostenrijk, wier familieslot in de nabijheid was gevestigd. In 1415 werd Aarau bezet door de Berner militie. Na de slag van Kappel am Albis, waarin Zwingli sneuvelde, werd er de vrede gesloten tussen de katholieken en protestanten. Op 11 augustus 1712, na de Toggenburgeroorlog, werd tussen de katholieke en protestantse kantons een nieuw vredesverdrag ondertekend dat het overwicht van Zürich en Bern bekrachtigde.