Egyptin strateginen tilanne oli tukala. Sota mongoleja vastaan saattaisi jättää Egyptin haavoittuvaksi mereltä ja mereltä maata uhkasivat mahdolliset ristiretkeläiset. Toisaalta egyptiläiset eivät voineet antaa mongolien vakiinnuttaa asemaansa Syyriassa. Qutuz ilmoitti lopulta tilanteen olevan liian vaativa alaikäiselle hallitsijalle. Ensimmäisenä mamelukeista hän syrjäytti maan hallitsijan julistaen itsensä sulttaaniksi. Egyptin emiireille hän lupasi kuitenkin astuvansa jälleen syrjään mongolien uhan kadottua. Egyptissä alettiin valmistella mongolien vastaista sotaretkeä esimerkiksi yhden dinaarin ylimääräisellä verolla. Mongolien Egyptiin lähettämät lähettiläät surmattiin ja Qutuz julisti jihadin mongoleja vastaan vuonna 1260. Qutuz ja Baibars johtivat egyptiläisen armeijan Palestiinaan, jossa he kohtasivat mongolien armeijan Ain Jalutin taistelussa. Mongoliarmeija voitettiin ja heidän rippeensä ajettiin pakoon. Mongolien tappion jälkeen mamelukit täyttivät nopeasti myös aijubidien tuthoutumisen jättämän valtatyhjiön Syyriassa. Qutuz nimitti uusien alueiden hallitsijoiksi omia emiirejään ja joitakin entisen aijubidivaltakunnan virkailijoita.