2 Ağustos 1990'da Irak'ın Kuveyt'i işgal etmesiyle patlak veren Körfez Savaşı'nın başlarında Suudi Arabistan Kralı Fehd ve Savunma Bakanı Sultan ile görüşerek Amerika Birleşik Devletleri'nden askerî bir yardım alınmaması gerektiğini ve kendi kuvvetleriyle krallığı savunabileceğini belirtti. Ancak bu teklif kabul edilmedi ve Amerikan kuvvetleri Suudi Arabistan'a konuşlandırıldı. Müslüman olmayan Amerikan birliklerinin kutsal topraklara ayak basmasını uygunsuz bulan bin Ladin, esas savaşın Irak'a karşı değil İslam'a karşı verildiğini belirtmekteydi. Bu sıralarda bin Ladin'in Cidde yakılarındaki çiftliğine Suudi askerî birimlerince baskın yapıldı ve burada bin Ladin'e bağlı 100 kadar Afgan savaşçı silahsızlandırıldı. Yaşananların ardından bin Ladin, Suudi Arabistan hükûmeti aleyhine konuşmalar yapmaya ve konuşanları desteklemeye başladı ve bu tutumu nedeniyle ev hapsine mahkûm edildi. Ev hapsindeyken, aile üyelerinin Kral Fehd ile bağlantısını kullanarak bazı işlerini halletmek amacıyla Pakistan'a gitme talebinde bulundu. Nisan 1991'de Pakistan'a varmasının ardından ailesine bir mektup göndererek ülkesine dönmeyeceğini belirtti. Burada birkaç ay geçirdikten sonra Aralık 1991'de ailesi ve çocuklarıyla birlikte, İslamcı Ulusal İslami Cephenin desteğiyle Haziran ayında askerî darbeye uğrayan Sudan'ın başkenti Hartum'daki bir eve yerleşti.