19世纪末和20世纪初西伯利亚舰队还只有很少船只。由于俄罗斯与日本的关系日益恶化俄罗斯政府设立一个特殊造船项目来对付东亚的情况。由于这个项目的速度不高，因此1904年波羅的海艦隊的船只被调到太平洋。1904年、1905年日俄战争爆发时俄罗斯在远东的海军势力包括驻扎在旅顺口的第一太平洋支队（七艘战列舰、八艘巡洋舰、13艘鱼雷艇和两艘炮艇）以及驻扎在海參崴的西伯利亚区舰队（包括两艘巡洋舰、两艘水雷巡洋舰、12艘鱼雷艇和五艘炮艇）。在日俄战争中俄罗斯太平洋舰队的大多数船只在黄海海战和旅順會戰中被日本摧毁或者俘获。这段时间里舰队的指挥官为斯捷潘·馬卡羅夫和威廉·維特捷夫特。