869 omnämndes orten på nytt som "Padun", som då var säte för en karolingisk pfalz. Baden fick stadsrättigheter år 1480. Staden försvagades av de osmanska krigen när den härjades i samband med belägringarna av Wien 1529 och 1683, reformationens och motreformationens virrvarr, pestutbrottet 1713 och den stora branden 1714.