Vào ngày 27 tháng 8, "Iowa" cùng tàu chị em tiến vào vịnh Sagami để giám sát việc đầu hàng tại Quân khu Hải quân Yokosuka. Nó cùng lực lượng chiếm đóng tiến vào vịnh Tokyo hai ngày sau đó, nơi một số thủy thủ của "Missouri" tạm thời chuyển sang "Iowa" trong thời gian diễn ra lễ ký kết chính thức Văn kiện đầu hàng bên trên "Missouri". Sau khi phục vụ như là soái hạm cho Đô đốc Halsey trong buổi lễ vào ngày 2 tháng 9, con tàu tiếp tục hiện diện trong vịnh Tokyo trong thành phần lực lượng chiếm đóng; sau đó nó tham gia Chiến dịch Magic Carpet để giúp hồi hương những quân nhân sắp giải ngũ và những cựu tù binh chiến tranh Đồng Minh. Nó rời vịnh Tokyo vào ngày 20 tháng 9 để quay trở về Hoa Kỳ.