V roce 1730 byl za vlády krále Jana V. kostel přestavěn. Při zemětřesení v Lisabonu v roce 1755 byl kostel Santo António zničen a zůstala stát pouze hlavní kaple. Po roce 1767 byl zcela přestavěn podle barokně rokokového návrhu architekta Mateuse Vicente de Oliveira, architekta baziliky Estrela. Jednolodní chrám je bohatě zdoben mramorem. V interiéru kostela vyniká několik soch a obrazů zobrazujících zázraky svatého Antonína.