Баварія відігравала основну роль в контрреформації, а баварські герцоги в результаті Тридцятилітньої війни змогли приєднати до своїх володінь додаткові території та здобули титул курфюрста. В 1620 р. війська Католицької Ліги під проводом баварського полководця Тіллі здобули важливу перемогу над протестантами в битві на Білій Горі під Прагою. В результаті цього війська під проводом Тіллі окупували Пфальц. Як подяку за участь баварських військ на боці Католицької Ліги герцог Максиміліан І отримав в 1623 р. титул курфюрста, а в 1628 р. право приєднати до свого герцогства окупований ним Пфальц як контрибуцію. Баварія часів абсолютизму була два рази за короткий час окупована Австрією під час іспанської та австрійської династійних війн в результаті великодержавної політики Максиміліана ІІ та його сина Карла Альбрехта.