En las décadas de 1960 y 1970 el ferrocarril fue en declive progresivo, exacerbados por el terremoto de Managua terremoto de 1972. El gobierno reaccionó ante esto construyendo una línea ramal en 1976 de 25,4 kilómetros entre Ceiba Mocha y Puerto Somoza, hoy en día conocido como Puerto Sandino. Esto aumentó significativamente las operaciones productivas e ingresos para los ferrocarriles, pero no llegó a revertir la tendencia a largo plazo.