Papst Clemens VIII. kreierte ihn im Konsistorium vom 5. Juni 1596 zum Kardinaldiakon. Den roten Hut erhielt Andrea Baroni Peretti am 8. Juni desselben Jahres, und am 21. Juni 1596 wurde ihm "Santa Maria in Domnica" als Titeldiakonie zuerkannt. Er optierte am 15. März 1600 zur Titeldiakonie "Sant’Angelo in Pescheria". Andrea Baroni Peretti war Teilnehmer des ersten Konklave von 1605, das Papst Leo XI. wählte. Kurz darauf nahm er auch am zweiten Konklave von 1605 teil, aus dem Paul V. als Papst hervorging. Am 13. November 1617 optierte er zur römischen Diakonie "Sant’Eustachio". 1621 wurde er Kardinalprotodiakon und optierte am 11. Januar desselben Jahres zur Diakonie "Santa Maria in Via Lata". Andrea Baroni Peretti war Teilnehmer des Konklave 1621, das Gregor XV. zum Papst erwählte und den Kardinal Andrea Baroni Peretti krönte. Am 5. Mai 1621 optierte er zur Kardinalsklasse der Kardinalpriester, seine Titelkirche wurde "Sant’Agnese in Agone". Bereits am 24. Oktober desselben Jahres wechselte er zur Titelkirche "San Lorenzo in Lucina" und wurde Kardinalprotopriester. Er nahm am Konklave 1623 zwar teil, musste das Konklave aber am 3. August vorzeitig verlassen und war daher nicht an der Wahl von Urban VIII. drei Tage später beteiligt.