Việc cai trị của ông đã góp công lớn giúp ổn định và phát triển khu vực Nam kỳ, khiến cho vùng này từ một khu vực chịu ảnh hưởng nặng nề của chiến tranh thành một khu vực bình yên và giàu có. Thêm vào đó, Lê Văn Duyệt phản đối việc nối ngôi của Minh Mạng đồng thời bảo vệ các tín đồ Công giáo khỏi chính sách bế quan tỏa cảng và trọng Nho giáo của nhà vua. Những việc này đã khiến ông thường xuyên xung đột với nhà vua và dẫn đến việc triều đình đã hạch tội và cho phá mộ sau khi Lê Văn Duyệt mất. Vì việc này, người con nuôi của ông là Lê Văn Khôi đã nổi dậy chống lại triều đình. Sau khi cuộc nổi dậy bị dập tắt, Lê Văn Duyệt tiếp tục bị truy tội đến mãi đời Thiệu Trị thì vụ án mới được xét lại, và ông mới được phục hồi danh dự.