Im Jahr 1390 nahm John Beaufort am Kreuzzug gegen Mahdia des Herzogs Ludwig II. von Bourbon teil. Nach seiner Rückkehr wurde er mit verschiedenen Ämtern betraut, etwa dem des Statthalters des Königs in der Guyenne oder dem Kommando über die Cinque Ports und Calais. Nach der Krönung König Heinrichs IV. wurden ihm 1399 seine beiden Marquistitel aberkannt. Nach seinem Tod wurde er in der Kathedrale von Canterbury bestattet.