В 2001 году Моралес дебютировал в сборной Уругвая и принял участие в Кубке Америки того года. 15 ноября он забил гол в ворота сборной Австралии в рамках стыковых игр к ЧМ-2002, этот гол вывел уругвайцев в финальную стадию Мундиаля. На самом же турнире Моралес отметился голом в ворота сборной Сенегала в драматичном матче, завершившемся со счётом 3:3. В 2004 году занял со сборной Уругвая 3-е место на Кубке Америки.