Durante il regno di Venceslao IV (1378-1419) Jan Hus, un teologo e lettore dell'università, tenne le proprie prediche e sermoni a Praga. Dal 1402 si riunì con i suoi seguaci nella Cappella di Betlemme, parlando in ceco per aumentare il più possibile la diffusione delle sue idee sul rinnovamento della chiesa. Essendo diventato troppo pericoloso per lo status quo politico e religioso Hus venne bruciato sul rogo a Costanza nel 1415. Quattro anni dopo Praga fu testimone della prima defenestrazione, quando la gente si ribellò sotto il comando del prete Jan Želivský e scaraventò dalla finestra del Consiglio della Città Nuova i tre consiglieri della città. La morte di Hus aveva dato inizio alle cosiddette "guerre hussite". Nel 1420 i contadini ribelli, guidati dal famoso generale Jan Žižka, insieme alle truppe ussite di Praga, sconfissero il re boemo Sigismondo, nella Battaglia della "Collina di Vítkov".