2. heinäkuuta tunnistamaton avaruusalus, jonka koko on noin neljännes Kuusta, ilmestyy Maan kiertoradalle ja lähettää pienempiä aluksia Maan suurkaupunkien ylle. Tämä jakaa ihmisten mielipiteitä: osa ottaa alukset ilomielin vastaan ja osa pysyy kodeissaan. Kehittynyttä teknologiaa käyttäen alukset tuhoavat suurkaupungit tappaen samalla miljoonia ihmisiä. Kapteeni Steven Hiller (Will Smith) ja hänen joukkueensa komennetaan hyökkäämään yhtä alusta vastaan Los Angelesin raunioissa. Hävittäjien ohjukset ja konetykit eivät läpäise aluksen suojakenttiä ja se lähettää omia hävittäjiään Hillerin riesaksi. Suuri osa Yhdysvaltain hävittäjistä tuhoutuu ja armeijan komentajat käskevät radioitse Hilleriä vetäytymään. Hiller ei tottele, ja pudottaa yhden hävittäjän alas iskeytyen itsekin aavikolle. Hän tyrmää muukalaispilotin, kietoo sen laskuvarjoonsa ja alkaa raahata sitä mukanaan. Hän törmää pakolaisiin, jotka antavat hänelle kyydin Area 51:lle, jossa muukalainen tutkitaan. Muukalaisten koodin selvittänyt David Levinson (Jeff Goldblum) matkaa presidentin seurueen kanssa Area 51:lle turvaan tuhoutuneesta Washingtonista. Yhdysvaltain presidentti Thomas J. Whitmore (Bill Pullman), entinen Persianlahden sodan veteraanilentäjä, johtaa yhdysvaltalaisten vastarintataistelua avaruusolentoja vastaan Area 51:stä, jonne Yhdysvaltain asevoimat aikoinaan kätkivät Roswelliin vuonna 1947 pudonneen muukalaisaluksen.