Pierwsze bombowce Z.1007 trafiły na wyposażenie jednostek "Regia Aeronautica" w 1939 roku. W dniu przystąpienia Włoch do II wojny światowej lotnictwo włoskie dysponowało 87 samolotami w pierwszej linii, z których tylko 38 osiągnęło gotowość operacyjną. Bojowo zostały po raz pierwszy użyte przeciwko Grecji w październiku 1940 roku. Następnie jednostki wyposażone w Z.1007 walczyły nad Kretą i zwalczały żeglugę aliancką na morzu Śródziemnym.