Jones repräsentierte deutsche Auswahlteams auf Nachwuchsebene und bestritt auch drei Partien für die A-Nationalelf, bevor er 2009 seinen Wechsel zum US-amerikanischen Verband bekannt gab. Mit dem US-amerikanischen Nationalteam nahm er an der Weltmeisterschaft 2014 sowie der Copa América 2016 und dem CONCACAF Gold Cup 2011 teil, insgesamt bestritt er zwischen 2010 und 2017 69 Länderspiele (4 Tore) für die USA.