Au début de la guerre  de Sécession, Hays reprend du service en tant que colonel du 63rd Pennsylvania Infantry, ayant aussi le grade de capitaine dans le 16th U.S. Infantry dans l'armée régulière à la date du . Ses hommes le connaissent comme « "courageux comme un lion" ». Lors de la campagne de la Péninsule, il est affecté avec son régiment à la première brigade de la division de Kearny du corps d'Heintzelman. Il combat lors des batailles de Yorktown, Williamsburg, Sept Pines, Savage's Station, et Malvern Hill. À la fin de la bataille de sept jours, il est nommé lieutenant-colonel breveté dans l'armée régulière, pour acte de bravoure au combat, car Hays a mené une charge à la baïonnette avec son régiment contre les lignes ennemies afin de couvrir la retraite de sa brigade. Hays est brièvement en congé de maladie, un mois plus tard, souffrant d'une cécité partielle et d'une paralysie de son bras gauche, des blessures subies lors de la bataille.