W 1608 roku odrębną prowincję polską podzielono na prowincję polską i litewską (do której włączono Warmię i Mazowsze). W połowie XVII wieku w obu tych prowincjach istniało około 40 szkół. W drugiej połowie XVII wieku kolegia jezuickie dotknął przejściowy kryzys spowodowany wojnami kozackimi, najazdem Szwedów i wojną z Rosją. Po ustaniu wojen szkolnictwo jezuickie przeżyło ponowny rozkwit.