Indrek Sei (s. 26. kesäkuuta 1972 Tallinna) on virolainen kilpauimari, jonka päämatka oli 100 metrin sekauinti. Hän voitti urallaan lyhyen radan EM-kilpailuista päämatkallaan kahdesti hopeaa (Gateshead 1993, Valencia 2000) ja kahdesti pronssia (Gelsenkirchen 1991, Espoo 1992).