Im Jahre 1400 wurde die Stadt von den pfälzischen Truppen teilweise eingenommen, die Altstadt und die Burg auf dem Rosenquarzfelsen widerstanden den Angriffen. Allerdings mussten die Verteidiger, der Landgraf von Leuchtenberg und seine Söhne, die gefangen genommenen Bürger der Neustadt auslösen. Während der Hussiteneinfälle wurde Pleystein dreimal zerstört. Im Dreißigjährigen Krieg fielen 1634 die Truppen des Kroaten-Obersten Marco Corpes in die Stadt ein, plünderten sie und verbrannten 48 Häuser, auch das Rathaus und das Amtshaus. Im Herbst desselben Jahres brach die Pest aus.