D'autres missionnaires arrivent en 1836-37, dont Jacob Ludwig Döhne, qui fonde les missions de Béthel et Itemba au Cap-Oriental dans le pays des Xhosa, une zone appelée péjorativement « cafrerie » à l'époque. D'autres implantations sont réalisées mais les guerres de frontières sévissent. Durant la guerre des frontières de 1846-1847, ces missions sont abandonnées et les missionnaires trouvent refuge dans la colonie britannique voisine du Natal. Karl Wilhelm Posselt et Wilhelm Güldenpfennig fondent la première implantation de la SMB au Natal, qu'ils nomment Emmaüs, en allusion au village biblique. D'autres missions suivent, telles celle de Christianenberg et celle de Hermannsburg.