Konflikti Ateenan kanssa jatkui persialaissotien jälkeen. Ateena kukisti Aiginan alaisuutensa lopulta sodissa vuosina 459–456 eaa. voittamalla Aiginan ja Korintin yhdistyneen laivaston. Seurauksena saari pakotettiin mukaan Ateenan johtamaan Deloksen meriliittoon. Peloponnesolaissodan alettua vuonna 431 eaa. Ateena hääti varmuuden vuoksi aikaisemman väestön kokonaan ja asutti saaren omilla kansalaisillaan. Spartalaiset asuttivat aiginalaiset uudelleen Thyreaan. Aigospotamoin taistelun vuonna 404 eaa. jälkeen he saivat palata takaisin kotisaarelleen. Aigina ei kuitenkaan koskaan saanut takaisin aiempaa kukoistustaan, vaikka menestyikin jälleen jossain määrin Pergamonin suuruuden kaudella noin vuodesta 210 eaa.