Borgetti on edustanut Meksikoa vuosien 2001 ja 2004 Copa Américassa, vuoden 2002 ja vuoden 2006 MM-kisoissa sekä vuoden 2005 Maanosaliittojen Cupissa. Hän pelasi kaikkiaan 89 maaottelua ja teki niissä 46 maalia. Hänen maaliennätyksensä rikkoi 2010-luvun lopulla Javier Hernández.