L'11 d'octubre de 1968 els comandaments mitjans de la Guàrdia Nacional de Panamà, encapçalats pel major Boris Martínez i els tinents coronels Omar Torrijos Herrera i Jose H. Ramos Bustamante van dirigir un cop d'estat militar. Arias es refugia a la Zona del Canal de Panamà i marxa a l'exili, novament als Estats Units.