In september 1892 vertrok hij naar Baden bei Wien en hij werd vanaf 26 april 1893 kapelmeester van het kuurorkest aldaar. Hij kreeg een contract voor twee jaar en hem werd toegestaan tijdens de winter voor zijn militaire muziekkapel te dirigeren. In 1896 heeft hij zijn militaire dienst beëindigd. In deze tijd schreef hij ook zijn bekendste werk, de wals "Badner Madln", op. 257. Onder zijn leiding groeide het kuurorkest van Baden tot een nieuwe hoogte en maakte in 1903 een concertreis naar Warschau en in 1904 naar de Louisiana Purchase Exposition, ofwel de St. Louis World's Fair. Komzák was daarmee op het hoogtepunt van zijn carrière gekomen. Bij het publiek was hij buitengewoon geliefd, omdat hij een sympathieke uitstraling bezat en een vriendelijke mens was.