Скончался кардинал Жуан да Мотта-э-Силва 4 октября 1747 года, в Лиссабоне. Тело было выставлено для прощания и похоронено в церкви Санта-Мария-ду-Монте-Кармелу в Лиссабоне. Эта церковь была почти полностью разрушена в результате землетрясения 1755 года и никогда не была восстановлена.