Durante la Guerra del Pacífico, el conjunto de San Vicente de Paul quedó destinado exclusivamente al Ejército y su sección lazareto a los variolosos. Durante ese conflicto, las salas del hospital cobijaron también a prisioneros bolivianos y peruanos. En agosto de 1891, acogieron casi 2000 heridos de las sangrientas batallas de Concón y Placilla que en la guerra civil de ese año terminaron en la derrota de los balmacedistas.