Na jego pontyfikat przypadł bardzo trudny okres w historii Czech spowodowany wybuchem wojny trzydziestoletniej. W jej trakcie dokonano likwidacji wielu klasztorów i zniszczenia wielu kościołów przez protestantów. Podczas powstania czeskiego (1618–1622) Jan Lohelius uciekł z Pragi do Wiednia, skąd powrócił dopiero po klęsce rebeliantów na Białej Górze.