Hij kreeg versterking in de vorm van een grote divisie onder leiding van generaal-majoor Richard S. Ewell en de kleine divisie van generaal-majoor Edward "Allegheny" Johnson. Zijn leger telde nu ongeveer 17.000 soldaten. Zijn strijdmacht bleef sterk in de minderheid maar kon stelselmatig overwinningen boeken door kleine delen van het vijandelijke leger te verslaan. Bij McDowell versloeg hij zowel Robert H. Milroy als Robert C. Schenck. Bij Front Royal en Winchester werd Banks verslagen waardoor Banks uit de vallei verjaagd werd. Lincoln maakte de vernietiging van Jacksons strijdmacht tot de hoogste prioriteit. Hij gaf het bevel aan Irvin McDowell om met 20.000 soldaten naar Front Royal op te rukken en liet generaal-majoor John C. Frémont naar Harrisonburg, Virginia op rukken. Indien ze hun legers bij Strasburg konden samenvoegen was de ontsnappingsroute van Jackson door de vallei afgesneden. Na een reeks van manoeuvres en tegen-manoeuvres versloeg Jackson Frémont bij Cross Keys en brigadegeneraal James Shields bij Port Republic op 8 en 9 juni. De Noordelijken trokken zich opnieuw terug uit de vallei.