Do czasu potopu szwedzkiego świątynię dwukrotnie niszczyły pożary i dwukrotnie była odbudowywana. W czasie wojny ze Szwecją, kościół został spalony po raz kolejny (pożary pochłonęły wiele krakowskich kościołów) a po jej zakończeniu wykorzystano zachowane gotyckie mury do budowy nowej, barokowej świątyni. Decyzją szlachty województwa krakowskiego z dnia 30 czerwca 1658 roku został on odbudowany.