Odklon od komunistické ideologie a od marxisticko-leninského výkladu dějin a úsilí pravdivěji vyložit novodobou historii Československa v krátkém období druhé poloviny 60. let měl po vpádu vojsk Varšavského paktu v srpnu 1968 za následek nové rozsáhlé čistky v celém ústavu. Řada pracovníků včetně odborně nejschopnějších byla propuštěna a Vojenský historický ústav se opět stal ideologickou institucí.