1860년 제2차 아편 전쟁으로 서태후는 함풍제, 황후 뇨후루씨와 함께 열하로 피난을 갔다. 영국과 프랑스에 거액의 배상금을 지불하고 영토를 할양하게 된 함풍제는 북쪽 지방을 러시아에 점령당하자 병을 얻어 세상을 떠났다. 함풍제는 그녀의 야심을 알고 있었기에 그녀가 조정을 어지럽히면 처형하라는 유언을 남겼다. 동치제가 즉위하자 서태후는 황후 뇨후루씨와 함께 태후가 되었고 그녀는 자희단우황태후(慈禧端佑皇太后, )라는 휘호를 받았다. 1861년 서태후는 자신의 수렴청정을 반대한 수슌 등의 대신들을 숙청하였고 연호를 기상(祺祥)에서 동치(同治)로 고치고 동태후와 함께 섭정에 나섰다(신유정변). 두 태후의 섭정 외에도 동치제의 숙부인 공친왕마저 정치 일선에 나서서 당시 정국에는 혼란이 가중되었다. 그 과정에서 정권을 계속 유지하려는 생모 서태후와 친정을 하고 싶어하는 동치제 간에는 알력이 생겼다. 동치제는 20세의 나이에 급사했다. 관례상 차기 황제는 동치제의 다음 항렬에서 간택해야 했지만 그 경우 황태후의 자격으로 섭정을 할 수 있는 것은 동치제의 황후인 효철의황후가 되기 때문에 서태후는 권력을 유지하기 위하여 동치제와 같은 항렬 가운데 가장 어린 황족을 고르기로 했다. 그리하여 서태후는 순현친왕과 자신의 여동생 사이에서 태어난 조카 자이탼(광서제)을 황제로 삼고, 수렴청정이라는 명분 하에 다시 정권을 장악했다. 서태후는 광서제를 엄격히 교육하는 한편, 사소한 부분까지 직접 신경쓰며 돈독한 모자관계를 유지하려 애썼다. 광서제가 스승 옹동화에게 학문을 배울 때에는 수업을 참관하기도 했으며, 수업을 마친 광서제는 가장 먼저 서태후 앞에서 그날 공부한 내용을 암기했다. 또한 자신의 기반을 공고히 하고 황제의 결혼에 간섭하기 위하여 자신의 또다른 조카인 정분을 광서제의 황후로 간택했으며, 두 후궁인 근비와 진비도 직접 골랐다. 이처럼 서태후는 여러가지 방법으로 광서제와 좋은 관계를 유지하려 하였으나 서태후가 사사건건 정무에 간섭하고 권력을 완전히 넘겨주지 않자 광서제는 점차 그녀에게 반감을 느끼게 되었다.