Papst Gregor XVI. kreierte ihn im Konsistorium vom 19. Januar 1846, dem letzten vor seinem Tod, zum Kardinalpriester. Das rote Birett empfing er am 22. Februar desselben Jahres durch König Louis-Philippe in der Kapelle der Tuilerien. Joseph Bernet war jedoch von Krankheiten derart geschwächt, dass er am Sonntag, den 5. Juli 1846 um 13:45 Uhr starb, ohne den roten Hut und eine Titelkirche erhalten zu haben. Auch am Konklave 1846, aus dem Pius IX. als Papst hervorging, konnte er nicht mehr teilnehmen. Beigesetzt wurde er in der Kathedrale von Aix-en-Provence.