Il fait ses études au pretigieux Collegium Nobilium, fondé en 1740 et dirigé par des moines Piaristes (il s'est ensuite fondu dans l'Université de Varsovie, établie en 1816 et fermée par les Russes après le soulèvement de ). Jan Krysiński entre dans l’armée en 1791 dans le corps des ingénieurs de la Couronne. En 1792, il participe à la guerre pour la défense de la Constitution contre l’intervention russe qui aboutit au deuxième partage de la Pologne.