12 лютого 1942 року «Наґато» поступився роллю флагмана новітньому лінкору «Ямато». Навесні 1942 року на верфі в Куре «Наґато» пройшов поточний ремонт. З травня продовжилася бойова підготовка та стрільби. 29 травня, після поповнення боєзапасу, лінкор виходить в бойовий похід. Участь у битві за Мідвей лінкор не брав. Після битви 6 червня прийняв екіпаж з авіаносця «Каґа». 14 червня з'єднання повернулося в Японію. 12 липня 1942 року лінкор «Наґато» увійшов в 2-у дивізію лінійних кораблів Японського Імператорського флоту. До кінця 1942 року лінкор виконував функції навчального корабля, займаючись бойовою підготовкою.