Der Rat wurde an Pfingsten des Jahres 1964 durch Papst Paul VI. als "Sekretariat für Nicht-Christen" errichtet. Durch die von Johannes Paul II. erlassene Apostolische Konstitution "Pastor Bonus" vom 28. Juni 1988 erhielt das Sekretariat seinen heutigen Namen und wurde ein festes Dikasterium der römischen Kurie. Papst Benedikt XVI. gliederte 2006 den Rat in den Päpstlichen Rat für Kultur ein. Infolge der Regensburg Rede von Papst Benedikt XVI. vom 12. September 2006 errichtete er den Rat für den Interreligiösen Dialog 2007 wieder als eigenständiges Dikasterium. Dem Rat ist die Päpstliche Kommission für religiöse Beziehungen zu den Muslimen angeschlossen.