El comienzo del juego presenta una recreación antropomórfica de la Batalla del Estrecho de Dinamarca, donde la personificación del famoso crucero de batalla británico HMS "Hood" es hundida por personajes que representan a las fuerzas alemanas. El juego presenta una alianza militar epónima, "Azur Lane", formada por las naciones de Eagle Union (Estados Unidos), Royal Navy (Reino Unido), Sakura Empire (Imperio del Japón) y Iron Blood (Alemania nazi). La alianza se dividió en dos debido a la intervención alienígena con Iron Blood y Sakura Empire formando una facción opuesta, "Crimson Axis", utilizando tecnología proporcionada por los alienígenas para invadir los países de "Azur Lane". El resto de la trama principal del juego sigue parcialmente los compromisos navales de Estados Unidos en la Guerra del Pacífico. Los capítulos representan varias batallas decisivas de la guerra, incluida la Batalla de Midway, la Batalla naval de Guadalcanal y la campaña de las Islas Marianas y Palaos.