Mama Fridei, Matilde Calderón y González, era o credincioasă romano-catolică înfocată, având origini amerindiene și spaniole. Părinții artistei s-au căsătorit imediat după moartea primei soții a lui Guillermo, survenită la nașterea celui de-al doilea copil. Deși căsătoria lor nu a fost tocmai fericită, Guillermo și Matilde au avut patru fiice. Frida a remarcat odată că a crescut înconjurată de femei. Toată viața a fost apropiată de tatăl său. În 1910 a izbucnit Revoluția Mexicană, moment în care artista avea trei ani. Mai târziu avea să noteze că mama sa, le-a ascuns pe fete în casă, în momentul în care au început să se audă focuri de armă prin oraș. Frida s-a îmbolnăvit de poliomielită pe când avea șase ani, în urma căreia, piciorul său drept a devenit mai subțire decât cel stâng. Mai târziu, va ascunde acest defect, îmbrăcând rochii lungi, viu colorate. S-a afirmat că s-ar fi născut cu spina bifida, un defect congenital care ar fi afectat deopotrivă măduva spinării cât și dezvoltarea piciorului. Cu toate acestea, a practicat multe sporturi, printre care și boxul. În 1922, Frida Kahlo s-a înscris la Escuela Nacional Preparatoria, una din cele mai bune școli din capitală, una din cele 35 de eleve. Aici, a intrat într-un grup de băieți și fete, îndrăgostindu-se de băiatul cu cea mai puternică personalitate, un anume Alejandro Gómez Arias. Din această perioadă, artista își amintește de violentele lupte de stradă, din timpul revoluției ce continua cu violență.