Nel 1655 iniziò il cosiddetto Diluvio Svedese, ossia l'occupazione di quasi tutta il Regno di Polonia da parte dell'Impero svedese, durante la Seconda guerra del nord, scoppiata fra la Polonia da un lato e la Svezia alleata con la Impero russo dall'altro: a Isidoro fu commissionata da parte del re Giovanni II Casimiro di Polonia la fortificazione della città di Cracovia, che però cadde in mano agli svedesi. Isidoro si ritirò con le truppe polacche, per poi far ritorno nella capitale due anni dopo, quando Cracovia venne riconquistata. Nel 1658 progettò l'assedio di Toruń e la guerra contro gli svedesi volse verso una vittoria polacca: Isidoro tornò in Valsolda dopo quasi dieci anni di assenza. Nel 1660 si distinse nella battaglia di Cudnow durante la guerra contro la Russia. Il suo ultimo soggiorno in Valsolda avvenne fra il 1665 e il 1666. Tornato quindi in Polonia, Isidoro iniziò a lavorare febbrilmente come architetto, cosa che fece fino alla sua morte, avvenuta nel 1684 circa a Varsavia.