Durante la guerra civil la Ciudad Universitaria sufrió el asedio a Madrid. Todavía pueden reconocerse impactos de bala en los bustos de los antiguos directores que se conservan en la dirección de la Escuela. Finalizada la guerra en 1939, poco quedaba del Instituto Nacional Agronómico que fuera aprovechable. Mientras la Escuela buscó refugio para reanudar sin demora las enseñanzas en la casa señorial del Marqués de Molins, en la calle del Amor de Dios. Reconstruida parte de los edificios de La Florida con lo más indispensable abrió las clases y laboratorios en el curso 1942-43. Mientras tanto, las Estaciones de Investigación y Experimentación otrora dependientes de la Escuela pasaron a formar parte del Instituto Nacional de Investigaciones Agronómicas, por Ley de 10 de febrero de 1940, y quedaba territorialmente incorporado al sector agronómico de la Ciudad Universitaria, y dependiente del Ministerio de Agricultura, Pesca y Alimentación.