1945年8月15日，日本帝國投降，而盟軍東南亞戰區最高統帥路易斯·蒙巴頓則命令日軍不得將權力交給印尼任何黨派。在日本投降僅兩天後，深具影響力的印尼領導人蘇卡諾宣布印尼獨立，並出任總統職務。1945年9月29日，依據波茨坦會議決定，同盟國派出英國登陸印度尼西亞接受當地日軍的投降，而荷軍則在10月中重返印度尼西亞。然而10月28日，英軍於泗水與印尼「青年組織」發生嚴重的武裝衝突，。在1946年11月下旬，英国军隊从印度尼西亚完全撤退。在1947年1月，荷兰军攻击了东面爪哇。同年7月21日，12万的荷兰军在印度尼西亚全境进攻，宣稱其為恢復殖民地秩序的「警察行動」（Aksi Polisionil）。印度尼西亚军放弃了都市部，在农村部进行游击战。在1948年12月19日，荷兰军在印度尼西亚全境再次进攻，让临时首都日惹陷落，並逮捕蘇卡諾、哈達等共和國領袖。荷蘭當局則試圖重建政權，但面對國際壓力及譴責，且與印度尼西亞戰爭消耗了荷蘭的經濟，衝突於1949年12月結束，朱麗安娜女王宣布印度尼西亞獨立（不包括荷屬新幾內亞，該地區由於1962年的《紐約協定》及1969年《自由選擇法》而併入印度尼西亞）。