Kolonel Moores 1st Missouri Home Guards en kolonel Humphrey Woodyards 2nd Missouri Home Guards hielden de druk op de ketel zodat de vijand zich niet kon herstellen. Op 31 december 1861 weren de twee eenheden samengevoegd tot de 21st Missouri Volunteer Infantry Regiment. In maart kreeg het regiment versterkingen uit Iowa en Illinois. De eenheid werd toegevoegd aan het leger van generaal Ulysses S. Grant. Op 5 april 1862 raakte Moore gewond tijdens de eerste uren van de Slag bij Shiloh. Hij werd geraakt door drie kogels. Zijn rechterbeen tot aan zijn knie diende hierdoor geamputeerd te worden. Na drie maanden keerde hij terug naar zijn eenheid. De volgende maand was er een halfhartige poging tot muiterij. Moore reageerde snel, liet zes aanstokers arresteren en voor de krijgsraad brengen.