Ordu 1938'de Uzak Doğu Sovyeti'ndeki Habarovsk'ta 2. Ordu olarak kuruldu. Uzak Doğu Cephesi aynı o yılın Eylül ayında bölündükten sonra 2. Bağımsız Kızıl Bayrak Ordusu adını aldı. Cephe Haziran 1940'ta yeniden düzenlendiğinde Blagoveşçensk bölgesinde konuşlandırılan ordu 2. Kızıl Bayrak Ordusu adıyla yeniden tasarlandı. Bazı durumlarda Doğu Cephesi'ne destek göndermesi dışında, II. Dünya Savaşı'nın büyük bölümünü o bölgedeki sınırı koruyarak geçirdi. Ağustos 1945'te Mançurya Operasyonu'na katıldı ve Japon İmparatorluk Ordusu'na bağlı birliklerin denetiminde olan Sovyet sınırına bitişik Aigun ve Sunwu'yu ele geçirdi, ardından Qiqihar tarafına Mançurya içlerine doğru ilerledi. Ordu, savaşın sona ermesiyle birlikte Aralık 1945'te dağıldı.