בשלב זה של חייו נזקק לכיסא גלגלים. הפלישה הסובייטית לצ'כוסלובקיה הייתה המקרה הראשון שבו ביקר ברנל פעולה של ברית המועצות, כשהוא מכנה אותה "מטופשת ובלתי חוקית", אם כי האמין כי זו הייתה תגובה לפרובוקציה של הממשל האמריקני. בריאותו המשיכה להתדרדר, הוא עבר שבץ נוסף והתקף לב ואיבד לחלוטין את יכולת הדיבור.