Η Σερβία, επιδιώκοντας να εκμεταλλευτεί την εμπόλεμη κατάσταση, ζήτησε από την Υψηλή Πύλη την εγκατάσταση του του μητροπολίτη Σκοπίων με Σέρβο επίσκοπο, την αναγνώριση της σερβικής εθνότητας της Αυτοκρατορίας και την έγκριση του αιτήματος για ίδρυση σερβικών σχολείων στο βιλαέτι της Θεσσαλονίκης. Η Υψηλή Πύλη αποδέχθηκε τα σερβικά αιτήματα και δεν ανεγνώρισε τον Αμβρόσιο ως μητροπολίτη Σκοπίων. Ο σερβικός παράγοντας επιδίωκε να τοποθετηθεί στη θέση του Αμβροσίου, ο αρχιμανδρίτης Φιρμιλιανός, κοσμήτορας της "Θεολογικής Σχολής του Βελιγραδίου", ο οποίος βρισκόταν ήδη στην Πόλη την ίδια περίοδο με τον Αμβρόσιο. Το Πατριαρχείο Κωνσταντινουπόλεως για να προλάβει οποιαδήποτε εκτροπή, αντιπρότεινε να τοποθετηθεί ο Σέρβος αρχιμανδρίτης ως πρωτοσύγκελλος στη Μητρόπολη. Ο Φιρμιλιανός προήχθη τελικώς ως πρωτοσύγκελλο στα Σκόπια. Έπειτα από διάφορες περιπέτειες, ο Φιρμιλιανός εξελέγη τον Οκτώβριο του 1899 μητροπολίτης Σκοπίων και ο Αμβρόσιος μεταφέρθηκε στη Μητρόπολη Πελαγονίας με έδρα το Μοναστήρι. Το ίδιο έτος, διετέλεσε διευθυντής του «"εν τοις Πατριαρχίοις Μουσικού Συλλόγου"». Στο Μοναστήρι, εργάσθηκε για την προώθηση της ελληνικής παιδείας στις κωμοπόλεις και στα χωριά της αρχιερατικής του περιφέρειας, εγκαινιάζοντας μεταξύ άλλων και το ελληνικό σχολείο της Νιζόπολης. Συνεργάσθηκε με τις ελληνικές προξενικές για την αντιμετώπιση της βουλγαρικής προπαγάνδας στη Μακεδονία. Κατά την Εξέγερση του Ίλιντεν και λόγω της απουσίας του μητροπολίτη Πρεσπών και Αχρίδος Ανθίμου Αναστασιάδη, μετέβη στο Κρούσοβο και αφού διαπίστωσε την κατάσταση, ειδοποίησε σχετικά το Οικουμενικό Πατριαρχείο και εκείνο στη συνέχεια του τις οθωμανικές αρχές.