Hậu chiến, người Anh tiến hành các nỗ lực nhằm hợp nhất việc cai quản Malaya trong một thuộc địa vương thất duy nhất gọi là Liên hiệp Malaya (Malayan Union), tuy nhiên điều này bị người Mã Lai phản đối mạnh, người Mã Lai phản đối việc địa vị của các quân chủ Mã Lai suy yếu và việc trao quyền công dân cho người gốc Hoa. Liên hiệp Malaya được thành lập vào năm 1946 và bao gồm toàn bộ các thuộc địa của Anh Quốc tại khu vực bán đảo Mã Lai, ngoại trừ Singapore, song chính thể này nhanh chóng bị giải thể và thay thế bởi Liên bang Malaya (Federation of Malaya), chính thể này khôi phục quyền tự trị cho các quân chủ của các quốc gia Mã Lai dưới sự bảo hộ của người Anh. Trong thời kỳ này, dưới sự lãnh đạo của Đảng Cộng sản Malaya, quân nổi dậy mà hầu hết là người gốc Hoa tiến hành các hoạt động du kích với mục đích đánh đuổi người Anh ra khỏi Malaya. Tình trạng khẩn cấp Malaya kéo dài từ năm 1948 đến năm 1960, và liên quan đến một chiến dịch chống nổi loạn kéo dài của quân Thịnh vương chung tại Malaya. Sau đó, người ta đưa ra một kế hoạch nhằm Liên hiệp Malaya với các thuộc địa vương thất Bắc Borneo (gia nhập với tên Sabah), Sarawak, và Singapore. Ngày đề xuất hợp thành liên bang là 31 tháng 8 năm 1963, tuy nhiên, thời điểm bị trì hoãn cho đến ngày 16 tháng 9 năm 1963 do phản đối của Indonesia dưới quyền Tổng thống Sukarno và Đảng Nhân dân Liên hiệp Sarawak.