Zwitserland kreeg de al lang bereikte autonomie volkenrechtelijk bevestigd in de Vrede van Westfalen op 24 oktober 1648, die ook een einde maakte aan de Tachtigjarige Oorlog en de Dertigjarige Oorlog. Nog twee keer zou het in Zwitserland tot korte godsdienstoorlogen komen: de Eerste Villmergeroorlog (1656), die de katholieke dominantie bevestigde, en de Toggenburgeroorlog oftewel Tweede Villmergeroorlog (1712), die de protestantse kantons dominant maakte. De verhoudingen tussen de kantons was zeer ongelijkwaardig: er waren de "Dreizehn Alte Orte", 13 volwaardige kantons (Appenzell, Basel, Bern, Fribourg, Glarus, Luzern, Schaffhausen, Schwyz, Solothurn, Unterwalden, Uri, Zug en Zürich) die macht uitoefenden over veroverde gebieden ("Untertanenländer" zoals Aargau, Thurgau en Vaud), (gezamenlijk) beheerde gebieden ("Vogteie") of bondgenoten (zoals Neuchâtel, Wallis en Graubünden).