W październiku 1861 roku Jefferson Davis, prezydent Stanów Skonfederowanych Ameryki, mianował go generałem brygady. Wiosną 1862 roku uczestniczył w kampanii w dolinie Shenandoah, a 9 czerwca w bitwie pod Port Republic. 25 lipca 1862 roku otrzymał stopień generała majora. W kwietniu 1863 roku stoczył z Unią bitwę pod Fort Bisland, w czerwcu pod Brashear City, a w listopadzie pod Bayou Bourbeau. Wiosną 1864 roku brał udział w walkach z dowodzonymi przez gen. Nathaniela Banksa wojskami Unii prowadzącymi kampanię na Red River. W styczniu 1865 roku objął dowództwo nad Armią Tennessee, a 4 maja poddał się armii Unii.