Il fait ses débuts en séries éliminatoires par une présence de quatre manches comme releveur face aux Giants de San Francisco dans la Série de divisions gagnée par le club de Floride. Hernandez remporte le titre de joueur par excellence de la Série de championnat pour ses performances en finale de la Ligue nationale. Il est crédité de deux des quatre victoires des Marlins sur les Braves d'Atlanta et ne donne qu'un point à ces derniers, pour une moyenne de points mérités de seulement 0,84 en 10 manches et deux tiers lancées. Il n'accorde que 5 coups sûrs aux Braves et retire 16 adversaires sur des prises. Amené en relève dans la Braves-Marlins, il est le partant du et lance une partie complète dans la victoire de 2-1 de son équipe.