Świątynia została poważnie uszkodzona podczas bitwy o Poznań w 1945 – całkowitej destrukcji uległa m.in. ściana zamykająca prezbiterium, w której do tego czasu było umieszczone duże ostrołukowe okno. Ponieważ parafia ewangelicko-augsburska nie była w stanie podjąć odbudowy, władze miejskie w 1946 r. przyznały jej kaplicę cmentarną przy ul. Grunwaldzkiej, natomiast ruiny kościoła przy Ogrodowej otrzymał Kościół Metodystyczny (obecna nazwa – Kościół Ewangelicko-Metodystyczny). Jego parafia, założona w 1922 r. nie posiadała dotąd stałego miejsca nabożeństw, odprawianych przed wojną w wynajętych lokalach, a nawet na barce zakotwiczonej na Warcie. Świątynię odbudowano w 1947 według projektu K. Nowakowskiego i poświęcono w czerwcu tegoż roku. Dzisiejszą nazwę otrzymała w okresie późniejszym. Pierwotne wyposażenie nie zachowało się. Obecnie jest to jedyny kościół protestancki w centrum Poznania i jeden z trzech w mieście (oprócz kościoła luterańskiego i kaplicy baptystów na Wildzie), nadal pełniących funkcje zgodne z pierwotnym przeznaczeniem, spośród kilkunastu kościołów i kaplic zbudowanych przed 1918 r.