Nach seiner aktiven Karriere schloss Nielsen 1999 seine Ausbildung bei der Polizei ab und arbeitet seitdem als Polizist. Zudem engagierte er sich beim Danmarks Idrætsforbund. Von 1997 bis 2005 übernahm er dort diverse Funktionen. Von 2001 bis 2005 gehörte er dem Vorstand des Verbandes an. Zuvor hatte er vier Jahre den Spitzensport-Ausschuss geleitet und sich in der Schulsport-Abteilung engagiert. In seiner Freizeit ist er als Schwimmtrainer aktiv und betreut Profi- wie auch Nachwuchsschwimmer. Bei den Schwimmeuropameisterschaften 2014 war er als Berater für seinen Landsmann Viktor Bromer aktiv.