Како прикривене аустроугарске провокације Србије које су се тицале српског становништва у Босни и Херцеговини, званично дела Османског царства под аустроугарском окупацијом од 1878. и стварање проблема извозу робе из Србије преко Аустроугарске нису дали резултате, Аустроугарска је 1906. године почела отворени царински рат. Пашић је други пут изабран за председника владе 30. априла 1906. и остао на том положају до 20. јула 1908. године. Аустроугарска је затворила своје границе, што је у почетку изазвало тежак ударац на српску привреду, али се она касније опоравила и вратила развијенија него што је раније била, због владине брзе одлуке да се Србија преоријентише на западноевропске државе. Као један од услова нормализовања односа са Уједињеним Краљевством, Пашић је приморао неке учеснике Мајског преврата у превремену пензију, топове је куповао од Француске, склопио је трговински уговор са Бугарском и Османским царством око употребе луке Солун за извоз српске робе. У јеку Царинског рата, Аустроугарска је 1908. године званично анектирала Босну и Херцеговину, што је изазвало масовне протесте и политичку нестабилност у Србији, али је Пашић успео да смири ситуацију. У то време, Пашићев највећи савезник, Руска Империја, није била од велике помоћи пошто је била поражена од Јапана у Руско-јапанском рату и у низу револуција.