Случившееся во время чумы 1771 года убийство архиепископа Московского Амвросия и отсутствие епископа в соседней Крутицкой епархии вызвали 24 сентября 1771 года перемещение епископа Самуила на Крутицкую епархию и назначение его присутствующим в Московской синодальной конторе. Императрица просила Самуила поспешить приездом, и в октябре 1771 года он прибыл в Москву.