31 października 1908 z administratora stał się biskupem ordynariuszem diecezji Adria e Rovigo. Konsekracja miała miejsce 22 listopada, a dokonał jej kardynał Sekretarz Stanu Stolicy Apostolskiej Rafael Merry del Val. Jego zadaniem było przeniesienie siedziby biskupa z Adrii do Rovigo. Sytuacja była dramatyczna, gdyż mieszkańcy Adrii nie chcieli się na to zgodzić i w wyniku protestów Boggiani został nawet trafiony kamieniem, za co diecezja została obłożona interdyktem. Niespełna dwa miesiące później został delegatem apostolskim do Meksyku i jednocześnie podniesiony do rangi arcybiskupa tytularnego Edessa in Osrhoene. 7 marca 1914 objął funkcję administratora apostolskiego archidiecezji Genua, która targana była konfliktem po niedopuszczeniu przez rząd włoski do objęcia katedry przez nowego arcybiskupa Andrea Carona. Był też asesorem Kongregacji Konsystorialnej i sekretarzem Świętego Kolegium Kardynalskiego. Pełnił funkcję sekretarza Konklawe 1914.