アカデミーは17世紀まで発展を続けた。しかし、後に大洪水時代と呼ばれることとなる17世紀後半には、入学が許可された学生の数は劇的に減少し、教育の質も落ちた。18世紀半ばになると、アカデミー当局はアカデミーを復活させようと努めた。例えば、1753年には Tomasz Żebrowski によって、ポーランド・リトアニア共和国で最初の天文台が作られている。これはヨーロッパでも4番目に古い専門施設である。イエズス会の制度が衰退し1773年にはイエズス会が廃止されたため、その年には世界で最初の文部省とも言える国民教育委員会（）がアカデミーを監督するようになり、その結果アカデミーは近代的な大学へと変革していった。 Marcin Odlanicki Poczobutt 学長の尽力により、1783年、アカデミーに「」（）の地位が与えられ、リトアニア大公国（）と名称変更された。