Grał w reprezentacji Urugwaju na Mistrzostwach Świata w Meksyku w 1986 oraz Mistrzostwach Świata we Włoszech w 1990. Oprócz występów na Mistrzostwach Świata ma w dorobku 3 triumfy w Copa América w 1983, 1987 i 1995 roku. W reprezentacji Urugwaju Francescoli rozegrał 74 mecze strzelając 19 bramek.