Restant dans la région après l’armistice de , elle est témoin du retour forcé des collections de la BNU vers l’Alsace annexée au Reich : les autorités allemandes cherchent à récupérer les livres pour doter la nouvelle bibliothèque et la nouvelle université qu’elles ont constituées à Strasbourg. Une partie du personnel reste dans le Puy-de-Dôme. À la suite de l’arrestation de ses collègues Serge Fischer, Théodore Lang puis Thérèse Kiener, Marie Kuhlmann est à son tour arrêtée à Clermont-Ferrand le lors d’une rafle de la Gestapo contre les universitaires strasbourgeois. Elle se trouve libérée semaines plus tard, le . La guerre terminée, elle retourne à Strasbourg le , après avoir clôturé les locaux de la BNU dans le Puy-de-Dôme et supervisé l’emballage des livres qui n’avaient pas été saisis.