Malgrat haver estat danyada pel sisme de 1755, es convertí en l'església parroquial de Llacs perquè la de Santa Maria da Graça quedà totalment destruïda.(2) Es reconstruí després del terratrèmol. El procés de transferència fou descrit per Domingos de Mello en la seua obra "Memòria sobre la decadència i ruïna a què es troba reduïda la ciutat de Lagos, i mitjà de remeiar-la", escrita el 1821 i copiada per l'investigador Joaquim Negrão: «El terratrèmol de 1755, que tirà a terra quasi tot Lagos, va arruïnar i ensorrà totalment la parròquia i "freguesia" de Santa Maria, i per aquest desastrós accident, s'incorporà la "freguesia" a l'església de la Misericòrdia, que n'ha ocupat les funcions: en aquestes circumstàncies, i feta la transferència de l'Hospital de la Misericòrdia, pot l'església d'aquest nom continuar servint, com ja ho és, de "freguesia".». L'autor proposa igualment que l'hospital de la Misericòrdia es transferís al Convent de Nossa Senhora do Carmo, llavors en procés de tancament, l'església del qual també podria ser transferida a la Misericòrdia: «Subdividir el convent en parts proporcionades: 1. "Per a Hospital militar: 2 Per a Hospital de la Misericòrdia; i 3. Per a una Casa d'Instrucció i Educació pública. L'església de les religioses pot servir de Misericòrdia, en lloc de la que resta com a "freguesia».(5)