Après un retour à Norfolk début 1846 pour ravitailler et faire réparer son navire il se voit accorder le commandement du Home Squadron, l'escadre chargée de la protection des eaux territoriales des États-Unis. Huit navires sont ajoutées à l'escadre ce qui en fait la plus grande de l'histoire des États-Unis jusque-là. Perry retourne participer à la guerre au Mexique lors du Siège de Veracruz dont Conner a établi le plan. Ce siège qui se déroule en mars 1847 représente la plus grosse opération amphibie jusqu'à la Seconde Guerre mondiale. Les navires commandés par Perry bombardent sans relâche la ville dès le 24 mars pendant deux jours. Le 27 la ville se rend et la bataille prend fin. Puis il prend les villes portuaires de Tuxpan, Coatzacoalcos, et Tabasco .