До конца Средневековья университет постоянно развивался и к 1450 году насчитывал около 6 000 студентов. Осада Вены турками привела, однако, несколькими десятилетиями позже к практически полному краху университета: в некоторые годы XVI века там обучалось всего лишь около 30 студентов. Реформирование университета произошло лишь при Марии Терезии и Иосифе II в 1749 году.