Après être entrée en équipe nationale, Stephanie Rice dispute pour la première fois les championnats nationaux en petit bassin en 2003 à Hobart. En 2004, la toute jeune nageuse, dans sa seizième année, apparaît pour la première fois dans une compétition continentale, les championnats d'Océanie disputés aux Fidji. Par la suite, elle participe aux sélections olympiques à Sydney mais ne parvient pas à se qualifier pour les Jeux olympiques d'été de 2004 malgré une quatrième place sur 400 m 4 nages. Fin 2004, la nageuse décroche un premier podium aux championnats d'Australie en petit bassin de Brisbane en terminant troisième sur 400 m 4 nages. Rice connaît une première sélection internationale à l'occasion des Jeux du Commonwealth de 2006 organisés à Melbourne. L’Australienne y remporte deux médailles d'or sur 200 et 400 m 4 nages. Confrontée aux Américaines, elle obtient deux médailles de bronze sur les mêmes épreuves lors des championnats pan-pacifiques.