Jordbävningen i Lissabon 1755 orsakade inte någon större skada på klostret, men delar av sakristian och några mindre byggnader blev förstörda. Större skador orsakade däremot e invaderande franska trupperna under Spanska självständighetskriget i början av 1800-talet. Förutom att roffa åt sig i biblioteket, plundrade de gravar samt stal och brände delar av kyrkans inre dekorationer. 1834, då klostren upplöstes i Portugal, tvingades de sista munkarna lämna klostret.