Au début de la saison 1962, Colin Chapman frappe un grand coup en présentant la Lotus 25, première F1 à châssis monocoque, ce qui constitue une rupture avec les traditionnels châssis tubulaires dans un souci de recherche d'une plus grande rigidité et donc d'une meilleure tenue de route. Aux mains de Clark, la Lotus 25 ne tarde pas à s'affirmer comme la voiture la plus performante du plateau, mais souffre d'un manque de fiabilité qui empêche le pilote écossais de concrétiser ses dominations. Clark s'impose tout de même en Belgique, en Grande-Bretagne et aux États-Unis, ce qui lui permet d'aborder la finale du championnat en Afrique du Sud sur le circuit d'East London sur les talons de Graham Hill (BRM). Clark domine l'épreuve sud-africaine, et se retrouve donc en position virtuelle de champion du monde, jusqu'à ce qu'un boulon mal serré sur son moteur Climax ne le contraigne à l'abandon à une vingtaine de tours de l'arrivée. Clark et Lotus prendront leur revanche l'année suivante de la plus éclatante des façons : avec 7 victoires en 10 courses, Lotus décroche facilement les deux titres mondiaux. Également, le Team Lotus participe durant le mois de mai aux prestigieux 500 miles d'Indianapolis. Sur une petite voiture à moteur arrière qui fait figure de jouet aux côtés des volumineux et puissants roadsters américains, Clark passe proche de l'exploit mais doit se contenter de la deuxième place finale derrière Parnelli Jones dont le moteur qui aspergeait la piste d'huile en fin de course aurait dû lui valoir une disqualification.