Märta Afzelius var också en av de konstnärer som ritade nya mönster till vadstenaspetsar. Modernisering av vadstenaspetsarna, både till utseende och till användningsområde, hade initierats av systern Ellen Tiselius, landshövdingefru i Linköping. Som målare skapade Märta Afzelius berättande bilder, som temperamålningen "Flykten från verkligheten", 1940, och dramatiska gouacher inspirerade av Armasjärviolyckan och finska vinterkriget. Hennes vanligaste motiv var blommor och landskap. Märta Afzelius var också verksam som illustratör och tecknare. Hon gjorde illustrationer till vinjetter i böcker, till telegram och skolplanscher, till exempel "Det heliga landet", 1947, och hennes teckningar köptes bland annat in till kung Gustav VI Adolfs samling.