Já como jogador do Wolfsburg, D'Alessandro continuou figura recorrente na seleção ao longo do ano de 2004. A primeira derrota veio naquele ano, já na 12° aparição do meia, em amistoso contra a Colômbia perdido por 2–0 e no qual também foi expulso - curiosamente, esta partida foi em Miami, mesmo local da expulsão anterior. Convocado à Copa América daquele ano, na decisão contra o Brasil, ele, juntamente com Carlos Tévez, ficou marcado por pisar na bola nos minutos finais, em lances interpretados pelos adversários como pura provocação, algo rechaçado pelo meia posteriormente: "Nãããão. O que eles iriam me dizer? Eu não teria o que explicar porque o que eu e Carlitos fazíamos era pisar na bola para que o tempo passasse, porque estávamos ganhando. Mas era só isso". O Brasil empatou e D'Alessandro foi um dos argentinos que desperdiçaram sua cobrança na subsequente decisão por pênaltis.