Le premier Ministre Jawaharlal Nehru intronisé Mukherjee dans l'Intérim du Gouvernement Central en tant que Ministre de l'Industrie et de l'Approvisionnement , le . Mukherjee a commencé à avoir des différences avec Mahasabha après l' assassinat du Mahatma Gandhi dans lequel l'organisation a été blâmé par Sardar Patel pour la création d'une atmosphère dans le pays qui a conduit à Gandhi et à son meurtre. Mukherjee a suggéré l'organisation de suspendre ses activités politiques de gauche et de l'organisation dans la même année, peu de temps après il le fait.