Opiskeluvuosistaan alkaen Nazimuddin ajoi voimakkaasti työtoverinsa Muhammad Ali Jinnahin ‎tavoin erillisen muslimivaltion perustamista Intian muslimialueille. Tämä toteutui vuonna 1947, mutta Länsi- ja Itä-Pakistan olivat hindulaisen Intian länsi- ja itäpuolilla. Pakistanin sisäiset jännitteet näkyivät Punjabin ja Bengalin väestöryhmien jännitteinä. Nazimuddinin kotimaakunta Bengali vaati kielellistä tasa-arvoa, ja mielenosoitukset kärjistyivät verenvuodatukseen helmikuussa 1952. Nazimuddin pyrki tukahduttamaan kapinoinnin. Jännite johti 1970-luvulla Bangladeshin itsenäisyyssotaan ja Itä-Pakistanin eroamiseen Pakistanista. Hänen seuraajansa kenraalikuvernöörinä oli Malik Ghulam Muhammad.