El manuscrito original de la "Yǒnglè Dàdiǎn" se perdió casi por completo al final de la dinastía Ming, pero el 90% del manuscrito de 1567 sobrevivió hasta la Segunda Guerra del Opio en la dinastía Qing. En 1860, la invasión anglo-francesa de Pekín provocó un gran incendio y saqueo de la ciudad, y los soldados británicos y franceses se llevaron grandes partes del manuscrito como recuerdo. En 1875 quedaban 5.000 volúmenes, menos de la mitad del original, que se redujo a 800 en 1894. Durante la Rebelión de los Bóxers y la ocupación de Pekín por la Alianza de las Ocho Naciones en 1900, los soldados aliados se llevaron cientos de volúmenes, y muchos fueron destruidos en el incendio de la Academia Hanlin. Sólo quedaron 60 volúmenes en Pekín.