Nastupoval za slovenské mládežnické reprezentace včetně U21. Se slovenskou „jedenadvacítkou“ slavil v říjnu 2016 postup na Mistrovství Evropy 2017 v Polsku. Na evropském šampionátu Slovensku těsně unikl postup ze základní skupiny A do semifinále, Škriniar se jako jediný Slovák dostal do jedenáctičlenné All-star sestavy turnaje.