Au début de l'année 1954, Bernard Gauthier se classe du Grand Prix de l'Écho d'Alger derrière Raoul Rémy puis remporte le Grand Prix Catox à Marseille avant de prendre part au triplé des coureurs de la formation Mercier sur le Critérium national en se classant derrière Roger Hassenforder et Raoul Rémy. Plus discret lors des épreuves suivantes, il renoue avec le succès sur le Critérium du Dauphiné libéré en gagnant en solitaire la première étape. Cette victoire sonne comme une revanche pour le coureur qui vient en effet d'écoper d'une suspension d'un mois pour voie de fait à l'encontre d'un commissaire de course lors de la dernière étape du Tour du Sud-Est. Cette sanction, après l'appel de Bernard Gauthier, ne sera exécutée qu'en novembre, ce qui ne sera finalement d'aucun préjudice pour lui sur le plan sportif. Il remporte un autre succès sur la dernière étape du Dauphiné en battant au sprint René Rotta, tandis que la victoire finale sur l'épreuve revient à son coéquipier et ami Nello Lauredi. Malgré ses bons résultats, Marcel Bidot l'écarte de l'équipe de France pour le Tour 1954 et Bernard Gauthier, vexé, décide de ne pas y participer au sein d'une autre équipe. Il court le Tour de l'Ouest, dont il se classe , puis participe au championnat du monde, disputé cette année-là à Solingen, sans peser sur la course.