W reprezentacji Hiszpanii Pepín zadebiutował 30 października 1963 w wygranym 1-0 meczu eliminacji Mistrzostw Europy z Irlandią Północną w Belfaście. Drugi i ostatni raz w reprezentacji Pepín wystąpił 1 grudnia 1963 w przegranym 1-2 towarzyskim meczu z Belgią. W 1964 znajdował się wśród triumfatorów Euro 64.