Al año siguiente, las selecciones de Chile y Perú disputaron una nueva versión de la Copa del Pacífico. En el encuentro de ida disputado en la ciudad de Arica los locales obtuvieron la victoria por 2:0, mientras que en el encuentro de vuelta sellaron un empate a un gol. En febrero de 1989, participó en la Copa Centenario de Armenia, donde el primer encuentro fue ante Chile y obtuvo un empate 0:0, en el segundo ante Colombia fueron derrotados por 1:0, mientras que en el último encuentro consiguió un empate 1:1 ante la selección sub-19 de Colombia. Ese mismo año también participó en la Copa Marlboro, en cuyas semifinales venció 2:1 al América de Cali, mientras que en la final fue derrotada 3:0 por los Estados Unidos. En la Copa América 1989, nuevamente fue eliminada en la primera fase tras conseguir tres empates (0:0 ante Brasil, 1:1 ante Venezuela y 1:1 ante Colombia) y una derrota (5:2 ante Paraguay). En las clasificatorias para la Copa Mundial de Fútbol de 1990, integró el grupo 1 junto con Bolivia y Uruguay, disputó 4 encuentros y finalizó en el último lugar de su grupo tras no haber conseguido ningún punto, solo anotando dos goles y recibiendo ocho en contra.