17 января 2001 года в товарищеском матче против сборной Узбекистана Гонсалес дебютировал за сборную Чили. В этом же поединке он забил свой первый гол за национальную команду. В 2004 году Себастьян принял участие в розыгрыше Кубка Америки в Перу. На турнире он сыграл в матчах против сборной Бразилии, Парагвая и Коста-Рики. В поединке против парагвайцев Гонсалес забил гол.