לאחר החמרת המצב בצ'צ'ניה, המתקפה על דגסטאן, פיצוצי בנייני הדירות במוסקבה, בבוינקסק ובולגודונסק, ילצין הורה על פתיחת מלחמת צ'צ'ניה השנייה. הפופולריות של פוטין הלכה וגברה ובסוף 1999 החליט ילצין להתפטר ולהשאיר את פוטין כראש המדינה בפועל.