Estava em serviço em Timor Português quando em 1939 se desencadeou a Segunda Guerra Mundial na Europa, a que se seguiu em 1941 o ataque aéreo do Japão a Pearl Harbour e o desencadear a Guerra do Pacífico. Por razões estratégicas, os governos da Austrália e dos Países Baixos, esta última ao tempo a Potência administrante do território da actual Indonésia, uniram-se na ocupação de Timor Português por forças australianas e neerlandesas. Seguiu-se a Batalha de Timor e a ocupação da ilha pelas forças japonesas em Fevereiro de 1942. Artur do Canto Resende foi um dos poucos técnicos superiores da administração portuguesa que permaneceu no território.