Nach dem Beginn des deutschen Krieges gegen die Sowjetunion am 22. Juni 1941 wurde Merezkow zum Vertreter des Oberkommandos (Stawka) und Berater beim Hauptquartier berufen. Doch nur kurz darauf verhaftete ihn das NKWD und unterzog ihn schwerer Folter. Anfang September wurde Merezkow freigelassen und mit dem Befehl über die 7. selbständige Armee betraut. Diese stand den finnischen Truppen gegenüber, die an der Seite des Deutschen Reiches gegen die Sowjetunion kämpften (→ "Fortsetzungskrieg") und bis zum Swir vorgerückt waren. Während Merezkow seinen Frontabschnitt erfolgreich verteidigte, brach an der linken Flanke die sowjetische 4. Armee des Generals Jakowlew zusammen und zog sich ungeordnet zurück. Damit ergab sich die Gefahr, dass die 7. selbständige Armee durch die deutsche Heeresgruppe Nord im Rücken gefasst werden konnte. Nachdem am 8. November 1941 Tichwin gefallen war, ernannte die Stawka Merezkow auch zum Befehlshaber der 4. Armee. Bis zum 9. Dezember gelang ihm die Rückeroberung des Verkehrsknotenpunktes. Am 17. Dezember formierte die Stawka aus der 4., 52., 26. und der in Aufstellung befindlichen 59. Armee die Wolchow-Front und unterstellte sie Merezkow. Ihre Aufgabe war die Zerschlagung der deutschen Heeresgruppe Nord und die Wiederherstellung der Verbindung zum belagerten Leningrad. Auf Grund fehlender Kräfte konnte sie dies jedoch nicht umsetzen.