抗日战争爆发后，黄河水利委员会于民国二十七年（1938年）先后迁至洛阳、西安。同年6月国民政府为阻日军策划了花园口决堤事件，后黄河水利委员会与河南省政府组建了防泛新堤工赈委员会以修筑防泛西堤。民国二十九年（1940年）先后成立了黄河水利委员会林垦设计委员会、豫省河防特工临时工程处、上游工程处（曾改称上游修防林垦工程处）。民年10月，委员会改为直属于全国水利委员会。民国三十四年（1945年），成立宁夏工程总队（后改为宁绥工程总队）。