I 63 f.Kr. gjorde den romerske hærføreren Pompeius Judea til en del av Romerriket. Bet-Sjean ble grunnlagt på nytt og gjenoppbygd av Aulus Gabinius. Byens senter endret seg fra toppen av høyden til dens skråninger. Skytopolis blomstret og ble den ledende byen i Dekapolis, en løs sammenslutning av ti byer som var sentre i de gresk-romerske kulturen, en hendelse så betydningsfull at byen baserte sin kalender på dette året. Byen blomstret under "Pax Romana", den romerske freden, noe som bevitnet av den avanserte byplanleggingen og omfattende konstruksjonene, inkludert det best bevarte romerske teateret i antikkens Samaria, foruten også en hippodrom, cardo, og andre landemerker innenfor romersk innflytelse. Gilboafjellet, 7 km unna, ga mørk basaltstein foruten også vann via en akvedukt. Byen skal også ha stilt seg på romersk side under det jødiske opprøret i 66 e.Kr. De arkeologiske undersøkelsene har fokusert mindre på ruinene fra romersk periode, slik at kunnskapen om denne tiden er mindre. De amerikanske utgravningene av den nordlige gravlunden har imidlertid avdekket betydelige funn. Gravene fra romersk tid er av type "loculus": en rektangulær kammer hogd ut av berget med mindre kamre ("loculi") kuttet ut ved dens side. De døde ble plassert i "loculi" eller på innsiden av sarkofagen som ble plassert i "loculi". En sarkofag med en inskripsjon har identifisert den døde som en greker ved navn "Antiokos, sønn av Fallion", hvilket har ført til spekulasjonen om det var fetteren til Herodes den store. En av de mest interessante gravfunnene var en skovl for røykelse gjort av bronse med et håndtak formet som et dyrepote eller hov. Det er i dag i museet til Universitetet i Pennsylvania.