In Antwerpen teruggekeerd stond Perrenot op slechte voet met de commandant van de citadel Sancho d'Avila. Toen deze zich aansloot bij de muiters, probeerde Perrenot de stad Antwerpen tegen de muiters te verdedigen tijdens de Spaanse Furie. Antwerpen viel echter en Perrenot wist zich ternauwernood te redden op de schepen in de Schelde die Oranje naar Antwerpen had gezonden. Perrenot vond onderdak bij Oranje, en trok zodoende naar Staatse zijde ondanks het feit dat hij de katholieke godsdienst bleef uitoefenen en Filips II als zijn meester bleef zien.