Seimul de la Grodno, care și-a ținut ședințele în toamna anului 1793, l-a nominalizat ca membru într-o comisie militară; această nominalizare l-a făcut să fie privit cu suspiciune de majoritatea militarilor nemulțumiți, așa că el nu a fost inclus în acțiunile de pregătire a viitoarei insurecții. Astfel, Dąbrowski a fost luat prin surprindere atunci când a izbucnit Insurecția lui Kościuszko, iar militarii brigăzii sale s-au răzvrătit. El și-a declarat sprijinul pentru insurgenți abia după eliberarea Varșoviei, iar începând de atunci a participat în mod activ la insurecție, apărând Varșovia și conducând un corp de armată în sprijinul revoltei din Polonia Mare. Curajul său a fost lăudat chiar de Tadeusz Kościuszko, comandantul suprem al Forțelor Armate Naționale, care l-a avansat la gradul de general.