Sisällissodan yhteydessä keväällä 1918 Yrjö ja Ellen Mäkelin sekä heidän vanhin tyttärensä, tuolloin 16-vuotias Kerttu, vangittiin. Ellen sai kolmen vuoden kuritushuonetuomion ja Kerttu kahden, mutta heidät vapautettiin ehdonalaiseen jo samanana kesänä. Yrjö Mäkelin puolestaan pysyi vangittuna, ja Ellen Mäkelin otti hänen paikkansa Oulun Työväenyhdistyksessä ja vaikutti omalta osaltaan suuresti myös työväenliikkeen suosion nousuun Pohjois-Suomessa. Vuonna 1922 Ellen Mäkelin pidätettiin jälleen, ja hän sai toiminnastaan viiden vuoden vankeustuomion. Pariskunta tapasi toisensa viimeisen kerran elokuussa 1922 Oulun lääninvankilassa, jossa Ellen istui tutkintovankeudessa. Yrjö Mäkelin oli tuolloin jo vapautunut omasta tuomiostaan ja kävi hopeahääpäivänä tapaamassa puolisoaan. Hänet pidätettiin uudelleen vuonna 1923 presidentti Kyösti Kallion organisoimien kommunistipidätysten eli niin sanotun "Kallion leikkauksen" yhteydessä. Yrjö Mäkelin kuoli vangittuna syyskuussa 1923, jolloin Ellen kärsi omaa rangaistustaan Hämeenlinnan lääninvankilassa.