Pääministerikautensa alussa Putin sai vaativan tehtävän: Šamil Basajevin joukot olivat hyökänneet Tšetšeniasta naapuritasavallan puolelle Dagestaniin ja julistaneet sinne islamistisen valtion. Putin pyysi ja sai Jeltsiniltä ehdottoman vallan ohjata kaikkien turvallisuusministeriöiden toimintaa ja johtaa sotilasoperaatioita. Heti pääministeriksi nimittämistään seuranneena päivänä Putin antoi Venäjän sotilaskomentajille kaksi viikkoa aikaa palauttaa Dagestan valvontaansa. Venäjä aloitti hyökkäyksen muutaman päivän kuluessa. Virallisesti duuma nimitti Putinin pääministeriksi niukalla ääntenenemmistöllä 16. elokuuta. Viikkoa myöhemmin Basajevin taistelijat vetäytyivät. Seuraavina viikkoina Venäjällä tehtiin sarja kerrostalopommi-iskuja, joissa kuoli satoja ihmisiä.