Il 31 agosto 2011, dopo l'esonero di Stefano Pioli, gli è affidata la 1ª squadra; privo del patentino di 1ª categoria, può allenare grazie alla deroga. Onofrio Barone, suo vice in Primavera rosanero, mantiene il ruolo in 1ª squadra; lo staff comprende Paolo Cozzi (collaboratore tecnico), Daniele Riganti (preparatore atletico), Mauro Bacchin (preparatore portieri). A 37 anni, è il più giovane allenatore della Serie A 2011-2012 dopo Vincenzo Montella. L'esordio sulla panchina rosanero, e contestualmente in serie A, avviene l'11 settembre in occasione della vittoria (4-3) sull'Inter. Il 4 novembre firma l'adeguamento contrattuale con scadenza il 30 giugno 2013, con ingaggio di 300.000 euro annui più bonus. Il 27 novembre 2011 festeggia le 100 panchine in campionato da professionista con la vittoria in casa 2-0 sulla alla 13ª giornata.