Kekkonen nam actief deel aan de Finse Burgeroorlog (1918). Hij vocht aan de zijde van het Witte Leger tegen het Rode Leger. Kekkonen heeft later toegegeven tijdens een oorlogshandeling een Rode Gardist te hebben gedood. Zijn eenheid heeft later deelgenomen aan een massa-executie. Kekkonen heeft altijd ontkend dat hij daar iets mee te maken heeft gehad. Oude foto's tonen echter aan dat Kekkonen bij de executie aanwezig was. Of hij ook daadwerkelijk heeft deelgenomen aan de massa-executies blijft een open vraag.