De naam verwijst naar de plaats Gagra en de club had een voorganger in "Siharuli-90 Gagra" die in 1990 na het uiteenvallen van de Sovjet-Unie opgericht was nadat de club uit de stad "Dinamo Gagra" niet in de Georgische maar in de Russische competitie bleef spelen. Dinamo werd in 1991 opgeheven. Na de Oorlog in Zuid-Ossetië (2008) werd Abchazië, waarin Gagra gelegen is, door Rusland onafhankelijk verklaard en werd in Gagra ook een club onder de naam "FK Gagra" opgericht die in de Abchazische competitie speelt.