Il cardinal Mattei viene citato dal Dizionario Biografico degli Italiani come un noto "filogesuita"; in verità non era esattamente di sentimenti unitari e filosabaudi, come del resto la maggior parte dei Curiali del suo tempo, e durante il Conclave del 1846 (l'unico cui poté partecipare) ricevette un unico voto. Il cardinal Mattei si rifugiò nel Regno delle Due Sicilie al momento dei tumulti romani del novembre 1848 (durante i quali lo stesso pontefice Pio IX trovò scampo a Gaeta). Non potendo alloggiare tutti i prelati profughi da Roma (dove intanto era stata proclamata la Repubblica), re Ferdinando II li dislocò in varie località del suo esteso reame: il Mattei - come si legge nell'ampia e documentata biografia del Martina in 4 volumi su Pio IX - trovò alloggio a Sessa, poi rientrò a Roma in attesa del rientro stesso del pontefice. Nel 1841 egli aveva accompagnato Gregorio XVI lungo il viaggio che questo Papa aveva compiuto nei propri Stati, ma nel 1857 non fece la stessa cosa con Pio IX, che fu scortato nelle Marche e in Romagna da altro personale. Il Cardinal Mattei tuttavia, tra il 1869 ed il 1870, partecipò alle prime sedute del Concilio Vaticano I.