Jalkapallon Mestaruussarjan kausi 1940–41 oli vuonna 1930 perustetun Mestaruussarjan 11. kausi. Kaudella 1940–41 Mestaruussarja pelattiin kahdeksan joukkueen kaksinkertaisena sarjana. Sarjan aloittaminen talvisodan jälkeisissä olosuhteissa keväällä 1940 oli epävarmaa, ja Palloliitto päättikin edustajakokouksessaan 28. huhtikuuta 1940 siirtää sarjan alkua toukokuulta elokuulle. Samalla sarjan päätös siirtyi keväälle 1941 ja ennen sarjojen alkua päätettiin järjestää ylimääräinen cup-kilpailu. Mestaruussarja jouduttiin kuitenkin keskeyttämään edelliskauden tapaan, kun jatkosotaa edeltäneet ylimääräiset kertausharjoitukset alkoivat 18. kesäkuuta 1941.