בינתיים, התאוששו האתונאים והצליחו להדביר את המרידות בערים החשובות בברית האטית דלית ואף זכו במספר ניצחונות חשובים כמו קרב קיזיקוס (410 לפנה"ס) וקרב ארגינוסאי (406 לפנה"ס). עם זאת, בקרב ארגינוסאי ספגו האתונאים אבדות כבדות בשל טביעתם של מלחים רבים בים. האתונאים זעמו על המצביאים שלא עשו די להצלת הנפשות והוציאו אותם להורג. ההוצאה להורג הייתה מהלומה קשה למאמץ המלחמתי והתבוסה לא איחרה לבוא. יתרה מכך, האירועים גרמו לחזרתו של ליסנדרוס הפעלתן לעמדת בכורה. בעזרת תושייתו ניצחו הספרטנים בקרב אייגוספוטמוי (404 לפנה"ס). הצי האתונאי הושמד והאתונאים, שהיו נתונים במצור נאלצו להיכנע.