"Saratoga" rời vịnh Puget Sound ngày 22 tháng 5 để đi đến San Diego. Nó đến đó ngày 25 tháng 5, và nó đang huấn luyện các phi đội khi tin tức tình báo cho biết về dự định tấn công đảo Midway của quân Nhật. Do nhu cầu phải nhận thêm máy bay và tiếp liệu cũng như tập hợp lực lượng tàu hộ tống, chiếc tàu sân bay không thể khởi hành trước ngày 1 tháng 6 và đi đến Trân Châu Cảng vào ngày 6 sau khi Trận chiến Midway đã kết thúc. Nó rời Trân Châu Cảng vào ngày 7 tháng 6 sau khi tiếp nhiên liệu, và đến ngày 11 tháng 6, nó chuyển giao 34 máy bay cho chiếc "Hornet" và chiếc "Enterprise" để bổ sung những tổn thất trong chiến đấu của các phi đoàn. Ba chiếc tàu sân bay sau đó chuyển hướng lên phía Bắc để đối phó các hoạt động của quân Nhật tại quần đảo Aleut, nhưng nhiệm vụ bị hủy bỏ và "Saratoga" trở về Trân Châu Cảng vào ngày 13 tháng 6.