В 2002 році Мартич був переданий Гаазькому трибуналу. Згідно з офіційним обвинуваченням Гаазького трибуналу, він сприяв організації етнічних чисток, спрямованих проти хорватів та інших несербських народів Країни, де було знищено або депортовано практично все несербське населення — 78 тисяч осіб. Спочатку звинувачувався лише в керівництві ракетним обстрілом Загреба у відповідь на зроблену Хорватією операцію «Блискавка». У результаті обстрілу загинуло семеро цивільних осіб. Пізніше Мартич виступив на телебаченні й радіо Сербії та визнав, що санкціонував обстріл.