Celková stagnace byla prolomena závěrem 60. let, především v době pražského jara, kdy se zvýšil nákup západní odborné literatury, uskutečnila se řada zahraničních stáží a na univerzitě se obnovoval vědecký výzkum. Začaly vznikat studentské spolky, nejvíce aktivní byli studenti na filosofické fakultě, a napravovaly se největší křivdy z 50. let. Paradoxem doby bylo, že baštou těchto reformních snah byla celouniverzitní katedra marxismu-leninismu. Ovšem po sovětské okupaci a nástupu normalizace se opět vrátil formalismus, pasivita a oportunismus. Proběhly i prověrky, které z funkcí odstranily aktivní příznivce „demokratického socialismu“, ale vzhledem k brněnským provinčním poměrům a osobním vazbám byly tyto restrikce znovu mnohem mírnější než v Praze. V roce 1969 také došlo na připravovanou obnovu právnické fakulty, byla zahájena stavba druhé brněnské fakultní nemocnice (tou první byla nemocnice u sv. Anny) a podařilo se alespoň částečně řešit doposud zanedbávanou otázku ubytování studentů, když byly koncem 60. let zprovozněny koleje v dnešní Kounicově ulici (tehdy Leninova) a koncem 70. let celý areál kolejí ve Vinařské ulici. Během 80. let byl již celkem znatelný úpadek režimu, ideologický tlak polevil a začaly např. vycházet polonezávislé studentské časopisy, z nichž nejodvážnější byla "Revue 88". Univerzita byla roku 1988 také zařazena do experimentálního modelu financování, díky kterému mohla sama určovat své investice, což ji dobře připravilo na léta následující.