Frans begyndte sin regeringstid, mens de franske revolutionskrige og Napoleonskrigene stod på. Som leder for en stor og multietnisk nation følte han sig truet af Napoleons retorik om frihed og lighed i Europa og gik ind i revolutionskrigene mod Frankrig. Østrig blev slået af Napoleon, og ved Traktaten i Campo Formio måtte Frans afstå området vest for Rhinen til Frankrig i bytte for Republikken Venedig og Dalmatien. Han kæmpede igen mod Frankrig under den tredje koalition, men efter at være blevet slået i Slaget ved Austerlitz i 1805, måtte han indgå Freden i Pressburg, som opløste det Tysk-romerske rige efter godt tusind års eksistens, svækkede hans kronland Østrig og decentraliserede Tyskland.