В 1620 г. Андреэ стал городским священником и суперинтендентом в Кальве, где испытал тяготы и потрясения Тридцатилетней войны: монетный кризис, голод, эпидемию чумы. Погибли многие его родные и близкие, в том числе дети. Однажды Иоганн Валентин был даже вынужден спасаться, прячась в лесу, а в другой раз в результате нападения грабителей у него было сломано ребро. Когда в сентябре 1634 года Кальв был разграблен и сожжён, дом Андреэ также был разрушен, пострадали рукописи, ценные картины (в том числе Дюрера, Гольбейна и Кранаха) и личная библиотека. Но невзгоды не сломили его стремления выполнять свой долг. Он активно занимался благотворительной деятельностью — организовал систему помощи ткачам, поскольку текстильное производство получило преимущественное развитие в Кальве, а также беднякам и их детям, всем пострадавшим от войны: бесплатные обеды, приюты, возможность получить образование. Была отремонтирована больничная часовня и городская церковь. Приходилось бороться и с падением нравов, вызванным военными невзгодами, в частности, симонией в церкви. Иоганн Валентин оказывал помощь Тюбингенской богословской семинарии, а также Эберхарду III, герцогу Вюртембюргскому, бежавшему в Штутгарт после поражения шведов при Нёрдлингене. Тот не забыл его благодеяний и после своего возвращения в 1638 г., в 1639 г. пригласил его в Штутгарт, поручив восстановление церковной организации в герцогстве, и так Андреэ стал придворным проповедником и консисториальным советником. За 10 лет на этой должности он прочитал более 1000 проповедей. Он потратил много сил, чтобы вновь открыть Тюбингенский университет и гимназию в Штутгарте.