在长年内战的同时，中国海军另有一支小规模的江防舰队担负起了对外作战的任务。1918年5月，北京政府海军部决定在哈尔滨成立江防司令部，从长江舰队中抽调若干炮舰和炮艇前往东北。江防舰队在北上途中涉及廟街事件，一度几乎与日本海军开战。此后中央政府忙于军阀混战而自顾不暇，江防舰队缺少粮饷，在内战中投靠了奉系。1929年中东路事件中，江防舰队在苏军压倒性的军事力量面前被迅速击败。冲突结束后江防舰队将损失各舰打捞修复，旋於九一八事变中落入日军之手，后交予满洲国。