В июне 2012 года отмечалось, что водохранилище было полупустым. 6—7 июля 2012 года, в результате проливных дождей (за два дня выпала более чем двухмесячная норма осадков) произошло наводнение в Краснодарском крае, от которого особенно сильно пострадал Крымский район, включая город Крымск, находящийся примерно в 20 км от водохранилища. В первое время после наводнения в городе появились слухи, что оно было вызвано аварийным или намеренным сбросом воды из Неберджаевского водохранилища. Они были подхвачены блогосферой, представителями политической партии «Яблоко» и СМИ. Вскоре эти слухи были опровергнуты как официальными лицами и специалистами в области гидротехнических сооружений, так и независимыми журналистскими расследованиями. По оценке Росгидромета, во время наводнения водохранилище сыграло положительную роль, аккумулировав свыше 4 млн м³ паводковых вод и снизив расход воды на пике наводнения в Крымске примерно на 130 м³/с. Автоматический сброс излишков воды начался позже прохождения пика наводнения в Крымске и составлял не более 80 м³/с.