Dňa 9. augusta 1999 bol Vladimir Putin zvolený na post prvého námestníka predsedu vlády, čo mu umožnilo aby bol neskôr toho istého dňa vymenovaný za predsedu novej vlády, pretože predošlý premiér Sergej Stepašin bol Jeľcinom odvolaný. V roku 1999 mali sa konať parlamentné voľby a v roku 2000 mali sa konať prezidentské voľby. Jeľcinovi odporcovia, moskovský starosta Jurij Lužkov a bývalý premiér Evgenij Primakov, mali dobré hodnotenia a sľúbili, že po vitazstvu vo voľbach začnú trestné konania proti oligarchom spojeným s Jeľcinom. Na jeseň 1999 došlo v Rusku k sérii teroristických útokov, bombových útokov na obytné domy. V dôsledku paniky si Putin rýchlo získal obľubu u voličov. Opozícia obvinila FSB, jeho materskú organizáciu, z organizovania výbuchov domov na tento účel. Jeľcin 31. decembra toho istého roku odstúpil a prenechal právomoci Vladimirovi Putinovi. V marci 2000 Putin vyhral prezidentské voľby už po prvom kole a začal neúprosný boj proti slobody prejavu. Za mreže sa dostal mediálny magnát Vladimir Gusinskij, na slobodu sa dostal až po predaji opozičnej televízii NTV štátu. Po katastrofe ponorky Kursk a následnej kritike Putina na televíznom kanále ORT, jeho majiteľ, bývalý spojenec Putinovi Boris Berezovskij musel oddať televízny kanál oligarchu Romanovi Abramovičovi a odísť do exilu.