El 1999 va ser contractat per a dirigir la selecció de l'Equador amb la qual va aconseguir per primera vegada la classificació per a una Copa del Món de futbol l'any 2002. L'any 2001 va patir un atemptat a Guayaquil, però el recolzament de l'afició general pels seus bons resultats li va permetre continuar en el seu càrrec. Va estar al capdavant de l'Equador fins a la Copa Amèrica 2004 dirigint 64 partits internacionals.