Noha az ideiglenes kormány a háború folyamán végig létező intézmény maradt, a valós eseményekre vajmi kevés befolyással bírt. Mikor Johnston tábornagy 1862 elején feladta Bowling Greent az átmeneti kormány követte a hadsereg visszavonulását. Johnson kormányző katonai kötelességteljesítés közben halt meg a shiloh-i ütközetben 1862 áprilisában. Továbbra is a Tennessee-hadsereggel maradva az ideiglenes kormány 1862 nyarán-őszén ismét Kentucky földjére lépett Braxton Bragg Heartland-offenzívája során. A hadjárat folyamán elfoglalták Frankfortot, és október 4-én beiktatták Richard Hawes kormányzót. Mivel azonban nem sokkal később a perryville-i ütközetet követően Bragg a visszavonulás mellett döntött, a konföderációs kormányzat ismét exiliumba kényszerült. Ezt követően a kormány jobbára csak papíron létezett, és a háborút követően feloszlott.