1944年（昭和19年）8月4日の大本営政府連絡会議で設置が決定。その設置目的としては、戦争指導の根本方針の策定と、政府・統帥部間の連絡調整を今まで以上に強め、一元的な戦争指導を行うことであった。しかし、統帥部は政府による作戦指導への介入を拒み、一元的指導は実現されることはなかった。太平洋戦争での降伏声明発出から1週間後、1945年（昭和20年）8月22日に廃止。