С началом советско-финляндской войны несколько экипажей полка в декабре 1939 года были направлены на Балтику, где принимали участие в боевых действиях против Финляндии. Вплоть до 1940 года вторая эскадрилья полка продолжала именоваться 35-й МТАЭ.