Teniendo en cuenta la importancia del castillo para Moravia, los Estados Moravos lo compraron en el año 1560 e inmediatamente lo revendieron a la ciudad de Brno. Fue propiedad de la ciudad hasta 1621, año en que le fue incautado a la ciudad por su participación en una revuelta contra los habsburgos, de manera que el castillo pasó a ser nuevamente propiedad de los Estados. En 1620, tras la derrota el 8 de noviembre en la Batalla de la Montaña Blanca, los líderes moravos de la insurrección anti-Habsburgo fueron encarcelados en Špilberk por varios años.