Københavns store brande (1728 og 1795) gik uden om Holmens Kirke, og bombardementerne i hhv. 1658 og 1807 tilføjede kun bygningen mindre skade, så kirkens grundlæggende form er i dag den samme, som da den blev bygget. Der sidder dog en kanonkugle indlejret i soklen på korets nordside, som angiveligt stammer fra svenskernes bombardement i 1658.