W efekcie Fryderyk opowiedział się w wojnie trzydziestoletniej po stronie króla szwedzkiego Gustawa II Adolfa i dzięki obecności jego wojsk na powrót opanował swoje księstwo. Jednak już w 1632 r. do Badenii-Durlach wkroczyły wojska cesarskie i oddały ją w okupację katolickiemu i prohabsburskiemu kuzynowi Fryderyka, Wilhelmowi z Baden-Baden. Z kolei w 1633 r. kanclerz szwedzki Axel Oxenstierna spełnił prośbę Fryderyka i nadał mu nie tylko władzę w Baden-Baden, ale także habsburskie posiadłości w Badenii i dowództwo nad oddziałami protestanckimi w Bryzgowii. Jeszcze w tym roku Fryderyk zdołał opanować przyznane mu ziemie, ale wojna trwała nadal ze zmiennym szczęściem, a księstwo Fryderyka było pustoszone przez oddziały cesarskie. Po szwedzkiej klęsce w bitwie pod Nördlingen we wrześniu 1634 r. cała Badenia została zajęta przez Habsburgów. Fryderyk musiał uciekać do Bazylei, a cesarz dużą część jego księstwa oddał Wilhelmowi z Baden-Baden, sam zaś zajął Durlach.