Politische Probleme rund um den Französisch-Spanischen Krieg machten dem Mailänder Erzbischof schwer zu schaffen. Er übergab die Regelungen der Beziehungen zwischen lombardischen Katholiken und Protestanten schließlich an die Schweizer Kantone. Cesare Monti gehörte zu den Teilnehmern des Konklaves von 1644, aus dem Giovanni Battista Pamphilj als Papst Innozenz X. hervorging.