Uczestniczył w kampanii wrześniowej w 1939 r. (obrona twierdzy Modlin), po której dostał się do niewoli niemieckiej i do końca wojny przebywał w oflagu Murnau. W obozie samodzielnie starał się kontynuować przerwane studia muzykologiczne (wspierany korespondencyjnie przez prof. L. Bronarskiego z Fryburga), a także prowadził odczyty z historii muzyki i redagował muzyczna gazetkę obozową.