Град се после тога налазио у саставу Византије, Бугарске и Епирске деспотовине, а крајем 13. века га осваја краљ Милутин (1282–1321). Душан Силни га назива "великославним градом" и у њему смешта један својих „дворова царских”. Он га 1350. године предаје на управу свом жупану Вукашину Мрњавчевићу (1366–1371), који је 1366. године проглашен за краља. После пропасти браће Мрњавчевић на Марици 1371. године Прилепски град постаје престоница Вукашиновог сина Марка који је као османлијски вазал са титулом краља управљао околином све до своје погибије у бици на Ровинама 1395. године. После његове смрти Османлије анектирају целокупну његову област и преузимају контролу над Прилепом. У самом граду нису дуго задржали своју посаду и он је наскоро био напуштен и препуштен пропадању.