Из-за боевых действий почти весь 1918 год провёл в Киеве, только в октябре смог добраться до Литвы. Был комендантом Волковышского уезда, организовал отряд самообороны. В феврале 1919 года добровольцем вступил в недавно созданную Литовскую армию. В годы Гражданской войны и войны за независимость Литвы воевал против формирований П. Р. Бермондт-Авалова, против РККА и против польских войск. Сначала был назначен военным комендантом города Расейняй. Однако в том же 1919 году был захвачен в плен и расстрелян его брат Юозас Виткаускас, служивший в Красной Армии. После этого Винцас Виткаускас был снят с должности, в январе 1920 года назначен командиром пулемётной роты в 7-й пехотный полк, в июле — командиром батальона. Отличился в сражении на Немане в сентябре 1920 года, был ранен. В январе 1921 года опять назначен командиром роты 7-го пехотного полка.