Bei den Luftangriffen auf Hamburg im Zweiten Weltkrieg wurde das Bw nur gering beschädigt. Allerdings wurden die beiden Wassertürme getroffen; der östliche der beiden Türme, 1893 errichtet, wurde mit einer Holzkonstruktion provisorisch als Behelfswasserturm instand gesetzt, der westliche von 1895 konnte mit geringem Aufwand wieder betriebsbereit gemacht werden. Beide Türme standen zwischen dem großen Rundschuppen und dem Bogen zur Verbindungsbahn, waren bis zur Inbetriebnahme des neuen Wasserturms im Jahr 1955 in Nutzung und wurden dann abgerissen. Der Triebwagenschuppen wurde 1943 vollständig zerstört.