Důležitým mezníkem ve vládě Bohemunda VI. se stal jeho příklon k arménskému království, kde vládl jeho tchán Hethum. Ten již od roku 1247 vyjednával s Mongoly o spojenectví a na jeho popud roku 1260 i Bohemund VI. složil některému chánovi těchto stepních nomádů a bojovníků vazalský slib. Obojí mělo vést k ochraně před muslimskými nepřáteli a zároveň zabránit invazi Mongolů do křesťanských států. Stejného roku se proto oba (Hethum i Bohemund VI.) zúčastnili dobývání Aleppa a Damašku. Ale dosavadní nesporné úspěchy Mongolů skončily v září téhož roku v bitvě u Ajn Džálútu, kdy velitel egyptských mamlúků i spojeneckých muslimů Bajbars zabránil Mongolům v invazi do Egypta. Tím však muslimský velitel neskončil, toužil dát křesťanům, kteří se spolčili s jeho nepřáteli, lekci. Veškeré vyjednávání s oběma panovníky odmítl a roku 1266 drtivě porazil arménskou armádu a zpustošil jejich království. Stalo se to i proto, že Mongolové byli k volání pomoci od svých vazalů vlažni a jejich dlouhodobý spojenec chán Hülegü zemřel v únoru 1265. I když si Bohemund VI. vyplatil mír na muslimských velitelích, Bajbarse tím spíš popudil a ten se počátkem května 1268 objevil před dobře chráněným Tripolisem. Pokračoval tedy dál na sever do Antiochie a 18. května, po pouhých čtyřech dnech obléhání, město dobyl, obyvatelstvo bylo zmasakrováno nebo prodáno do otroctví. Tímto dnem skončila pro Bohemunda VI. faktická vláda nad Antiochií, nyní byl jen tripolský hrabě. Tripolis se stalo cílem Bajbarse roku 1271 a přes počáteční odmítání nabídky míru či příměří od Bohemunda nakonec svolil, snad pro blížící se vojsko anglického prince Edwarda. Tento nakonec na jaře 1272 dojednal s Bajbarsem desetileté příměří, které zahrnovalo i křesťanské státy, včetně Tripolského hrabství. Bohemund VI. skonal roku 1275.