In het najaar van 1861 plande Rosecrans een winteroffensief om het strategisch belangrijk Winchester in te nemen om zo de Zuidelijke flank bij Mansassas te keren. Hij reisde af naar Washington om zijn voorstel te laten goedkeuren door McClellan die het echter afwees. McClellan vreesde voor een Zuidelijke tegenzet die funest zou zijn voor zijn eigen plannen. Bovendien nam hij 20.000 van Rosecrans 22.000 soldaten af en stuurde die naar brigadegeneraal Frederick W. Lander waardoor Rosecrans niets meer kon uitrichten. In maart 1862 werd zijn departement opgenomen in het Mountain Departement onder leiding van de politiek benoemde generaal John C. Frémont. Rosecrans was zijn commando kwijt. Hij diende kort in Washington waar zijn visie botste met die van de nieuw aangestelde minister van oorlog Edwin M. Stanton omtrent de tactische aanpak tegen Jacksons veldtocht in de Shenandoahvallei. Stanton werd een van Rosecrans grootste critici.