Jan J. Hinlopen nació como hijo del comerciante Jacob J. Hinlopen (1582–1629), quien comerciaba con especias y adornos navales. Los orígenes de la familia estaban en Brabant, la cual paso posteriormente al sur de los Países Bajos. Después de que Amberes fuera ocupada por los españoles, se ordenó a los protestantes que no quisieran convertirse al catolicismo que vendieran sus casas y posesiones inmobiliarias, y que se fueran. En cuatro años, muchas ciudades flamencas perdieron la mitad de su población al emigrar hacia el norte. Es posible que la familia se haya mudado en una etapa anterior al norte, y en 1572, escapó a Naarden, donde todos los habitantes fueron asesinados en una masacre. De todos modos, los nuevos inmigrantes vivían en una casa de Nieuwendijk, nombrada "Hinlopen" y muy cerca del puerto. El nombre de la casa tiene que ver con Hindelopen, el cual era un pequeño pueblo del norte que produce muchos patrones y marineros.