17 января 1945 года 5-й гвардейский и 94-й стрелковый корпуса сильным ударом прорвали гумбиненский оборонительный рубеж и вошли в города Хенскишкен и Пилькаллен. Развивая успех, войска армии 19 января 1945 года овладели городом Тильзит. Далее 39-я армия дошла до реки Дейма и потребовалось несколько дней для того, чтобы первые дивизии смогли переправиться на западный берег. 25 января 1945 года, переправившись, войска армии продвинулись вперёд на 18 км. И. И. Людников получил задачу: создать ударную группу, обойти Кёнигсберг с севера, затем с запада и частью сил выйти к Балтийскому морю, отрезав от него немецкие силы. На Земландском полуострове войска армии овладели ж\д станцией Метгетен и перерезали коммуникацию из Кёнигсберга в Пиллау. С 6 по 9 апреля армия участвовала в штурме Кёнигсберга. В ходе последующей Земландской наступательной операции 16 апреля 1945 года войска армии овладели городом Фишхаузен и на этом закончили бои в Восточной Пруссии. 5 мая 1945 года Ивану Ильичу Людникову было присвоено звание генерал-полковник.