Είκοσι χρόνια αργότερα, το 1794, μετά τον δεύτερο διαμελισμό της Πολωνίας και την Εξέγερση του Κοστσιούσκο, τα ρωσικά στρατεύματα, κατόπιν εντολής της Ρωσικής Τσαρίνας Αικατερίνης Β΄, άδειασαν τη βιβλιοθήκη και έστειλαν ολόκληρη τη συλλογή στην Αγία Πετρούπολη, όπου βιβλία σχημάτισαν τη μάζα της Αυτοκρατορικής Δημόσιας Βιβλιοθήκης για τη δημιουργία της, ένα χρόνο αργότερα. Τμήματα των συλλογών υπέστησαν ζημιές ή καταστράφηκαν καθώς υπέστησαν κακομεταχείριση ενώ απομακρύνονταν από τη βιβλιοθήκη και μεταφέρθηκαν στη Ρωσία, και πολλές από αυτές κλάπηκαν. Σύμφωνα με τον ιστορικό Γιόαχιμ Λελέβελ, τα βιβλία των αδερφών Ζαουούσκι, «θα μπορούσαν να αγοραστούν στο Γκρόντνο από το καλάθι».