Sezon 2006 był ostatnim rokiem startów Schumachera dla Ferrari. Po trzech wyścigach Schumacher miał 11 punktów – o 17 mniej od Fernando Alonso. Niemiec wygrał jednak dwa kolejne wyścigi; jego pole position podczas Grand Prix San Marino było 66 w jego karierze, czym Schumacher pobił rekord Ayrtona Senny. Schumacherowi odebrano pole position, które zdobył w Grand Prix Monako. Ta decyzja była umotywowana tym, że Schumacher zatrzymał samochód i zablokował tor w momencie, gdy na swoim najszybszym okrążeniu kwalifikacyjnym był Alonso. W połowie sezonu Schumacher wygrał trzy wyścigi z rzędu – Grand Prix USA, Francji i Niemiec, redukując stratę do Alonso do 11 punktów. Po kolejnych zwycięstwach: w Grand Prix Włoch i Grand Prix Chin, Schumacher przy równej ilości punktów z Fernando Alonso objął po raz pierwszy w sezonie prowadzenie w mistrzostwach. Schumacher prowadził również w Grand Prix Japonii, ale na szesnaście okrążeń przed końcem, po raz pierwszy od Grand Prix Francji 2000, w samochodzie Niemca zepsuł się silnik, co wykorzystał Alonso, wygrywając ten wyścig, odskakując w klasyfikacji Schumachera o 10 punktów. W związku z tym Schumacher mógł zdobyć tytuł tylko, gdyby wygrał Grand Prix Brazylii, a Alonso nie zdobył punktów.