Jej pieseň "Modlitba pro Martu" sa stala pri okupácii vojskami Varšavskej zmluvy v roku 1968 symbolom národného odporu. 1. novembra 1968 vzniklo populárne trio Golden Kids (Marta Kubišová, Václav Neckář, Helena Vondráčková). V roku 1969 vyhrala svojho druhého Zlatého slávika (za rok 1968) a vydala sa za režiséra Jana Němca. O rok neskôr opäť vyhrala Zlatého slávika, avšak cenu musela prevziať v ústraní redakcie časopisu Mladý svět kvôli začínajúcej normalizácii. Posledné vystúpenie Golden Kids sa konalo 27. januára 1970 v Ostrave, od februára mala zakázanú umeleckú činnosť. V ôsmom mesiaci nasledujúci rok potratila a prežila klinickú smrť. Po manželovej emigrácii do USA sa druhý raz vydala za režiséra Jana Moravca. Podpisom Charty 77, ktorej bola v rokoch 197778 aj hovorkyňou, sa jej sledovanie ŠtB ešte zhoršilo. 1. júna 1979 sa jej narodila dcéra Kateřina.