Da stridighederne med England udbrød i foråret 1801, ansattes han som adjudant hos den kommanderende general i Fyn, hvilken stilling han med forskellige afbrydelser beholdt til begyndelsen af 1808. Han var tillige ingeniør ved Nyborg Fæstning 1801-04 og anlagde i førstnævnte år Knudshoved Batteri. I 1803 udnævntes han til virkelig ingeniørkaptajn, fungerede samme år som generalkvartermester-løjtnant ved troppesamlingen i Rendsborg, i 1804 i kort tid som ingeniør ved Glückstadt fæstning og i 1805-06 på ny som generalkvartermester-løjtnant ved tropperne i Holsten. 1807 fik han karakter som major af infanteriet, og han blev i begyndelsen af 1808 generalkvartermester-løjtnant ved den nyoprettede generalkvartermesterstab med karakter som oberstløjtnant af infanteriet. Han overtog 1809 stillingen som kommandør for det danske ingeniørdetachement, senere kaldt den danske ingeniørbrigade. Ingeniørkorpset var dengang delt i et dansk, et norsk og et holstensk detachement (brigade).