На Западе Макферсон участвовал в сражениях за форт-Генри и форт-Донельсон, получив в это время звание подполковника и должность главного инженера в армии Улисса Гранта. Во время сражения при Шайло он находился при штабе Гранта в звании полковника, а после сражения был повышен до бригадного генерала. 8 октября 1862 года его повысили до генерал-майора и вскоре поручили командовать XVII корпусом в Теннессийской армии Гранта. После того, как командир Теннессийской армии, Уильям Шерман стал главнокомандующим армиями на Западе,а Макферсон занял его место. Армия Макферсона стала правым крылом армии Шермана, в которую входили еще Огайская и Камберлендская армии. На тот момент армия насчитывала 25 000 человек и состояла из XV корпуса Джона Логана, XVI корпуса Гренвилля Доджа и 2-й дивизии из XVII корпуса, которым после Макферсона командовал генерал Блэр.