Nel settembre 1939, allo scoppio della seconda guerra mondiale in Europa, i moderni Saphir furono incaricati di pattugliamenti nelle acque mediterranee ed europee, collaborando inoltre con la Royal Navy: il "Rubis", ad esempio, fece base in Inghilterra per contribuire alla posa di campi minati nel Mare del Nord. La capitolazione francese del 22 giugno 1940 lo trovò in territorio britannico e l'equipaggio si unì alle modeste forze navali della Francia libera, con le quali conobbe un notevole servizio di guerra: le sue mine causarono l'affondamento di una quindicina tra mercantili e unità militari ausiliarie della Kriegsmarine, il che ne fece il miglior battello della sua categoria nel corso della guerra. Il "Rubis" sopravvisse alla guerra con all'attivo anche una nave silurata e fu avviato alla demolizione nella primavera 1949. Il "Saphir", il "Turquoise" e il "Nautilus" furono sorpresi dall'armistizio a Biserta, dove furono posti in disarmo; il "Perle" e il "Diamant" ebbero lo stesso trattamento a Tolone.