Operacje w Morei wyróżniały się szczególnym okrucieństwem. Grecy nie mogli sprostać zmodernizowanej armii egipsko-tureckiej, toteż w trakcie drugiego oblężenia twierdzy Missolungi (Messolongion) doszło do złamania jej oporu, 24 kwietnia 1826. Na murach wywieszono trzy tysiące ściętych głów – mężczyzn, kobiet i dzieci, część obrońców zdołała jednak przebić się ku wolności. Zdobyto też Ateny. Grecy przeszli do partyzantki, dalej nękając okupantów. Najeźdźcy wyludniali kraj, wysyłając tysiące Greków do Egiptu, jako niewolników. Rozmiary represji wciąż rosły, wywołując wielkie oburzenie w Europie, aż pod presją opinii publicznych wysłano do Grecji eskadry okrętów Wielkiej Brytanii, Francji i Rosji. Pierwsza zaatakowała je flota turecka. Bitwa pod Navarino 20 października 1827 skutkowała rozgromieniem Turków. Rok później Ibrahim Pasza wycofał się z Morei.