Le parti reste dans la coalition électorale au pouvoir, participant au gouvernement d'Ariel Sharon. Quand celui-ci décide en 2004-2005 de démanteler toutes les colonies israéliennes de la Bande de Gaza ainsi que 4 colonies de Cisjordanie, l'Union nationale s'oppose fermement à son projet, et finie par devoir quitter la coalition gouvernementale, dont elle représente une des oppositions de droite.