Em 1939, liderou o exército canadense durante a Segunda Guerra Mundial e foi cotado para ser o comandante geral das forças expedicionárias aliadas, até que o presidente Roosevelt colocou o general Dwight David Eisenhower nesse posto, sem consultar os Aliados. Apesar de sua formação acadêmica, ele é o culpado pelo desastroso desembarque de Dieppe em 1942. Os generais britânicos muitas vezes criticaram seu apoio à inscrição voluntária, em vez de recrutamento, o que criou um conflito com James Ralston, então ministro da Defesa Nacional. McNaughton renunciou em 1943.