Początkowo KPG uznała II wojnę światową za konflikt imperialistyczny, sytuacja zmieniła się z chwilą wybuchu wojny grecko-włoskiej 1940–1941 KPG wezwała Greków do zgodnej obrony kraju, bez względu na różnice polityczne. W chwili wybuchu wojny około 2 tys. komunistów przebywało w więzieniach co nie ułatwiło procesu tworzenia ruchu oporu. Początkowo KPG utworzyła Narodowy Front Wyzwoleńczy którego celem miało być wyzwolenie kraju z rąk okupantów. Narodowy Front Wyzwoleńczy pozostawał wolny od kwestii przyszłego ustroju państwa, Front zapowiedział przeprowadzenie po wojnie referendum w którym obywatele zdecydują czy kraj ma być republiką czy monarchią. W okresie okupacji hitlerowskiej partia stała się głównym organizatorem i dominująca siła w greckim ruchu oporu 1941-1944. Główny animator a wiec powstała na gruncie Narodowego Frontu Wyzwoleńczego armia partyzantka - ELAS czyli Greckie Ludowe Wyzwoleńcze Wojsko - jesienią 1944 roku tj. momencie wyzwalania kraju spod okupacji hitlerowskiej stał się najliczniejszą siłą ruchu oporu. W okresie istnienia kolaboracyjnego Państwa Greckiego 1941-1944, już samo podejrzenie sprzyjania KPG karane było śmiercią, przy czym jeśli wykonawcą terroru były Bataliony Bezpieczeństwa, mordów często dokonywano w formie publicznej egzekucji. W tym okresie także KPG dysponowała oddziałami, wykonującymi wyroki śmierci na osobach oskarżanych o gorliwe wspieranie okupantów lub o czerpanie wysokich zysków ze spekulacji żywnością. W niektórych przypadkach ginęły wtedy osoby, jak się potem okazywało, niewinne zarzucanych im czynów. Prawdopodobnie z inicjatywy partii powstała także inna grupa ruchu oporu, Organizacja Ochrony Ludowych Bojowników.