Ein großer Teil der Bevölkerung und der Gebäude fiel dem Dreißigjährigen Krieg zum Opfer. Die größten Verluste gab es wohl im Jahr 1634, als nach der Schlacht bei Nördlingen die Schweden einen großen Teil des Dorfes niederbrannten. Mit 172 Todesopfern verlor Walheim ein Viertel der Einwohnerschaft. Auch im 17. und 18. Jahrhundert hatte Walheim unter den Auswirkungen verschiedener Kriege zu leiden.