Als Papst Pius VI. am 29. August 1799 in Frankreich starb, begab Kardinal Gerdil sich nach Venedig und nahm dort am Konklave 1799–1800 teil, aus dem Pius VII. als Papst hervorging; während des Konklaves hatte Kardinal Franziskus Herzan von Harras der Ablehnung einer Wahl Gerdils durch Kaiser Franz II. Ausdruck verliehen. Am 23. August 1800 brach er mit dem neugewählten Papst nach Rom auf, das sie am 12. September 1800 erreichten.