תהליך קריסת האימפריה העות'מאנית הוביל למלחמות אזוריות, פגיעה בביטחון האישי והכלכלי ופגיעה בתשתיות ובתושבי ביטולה. ב-1908 התחוללה מהפכת הטורקים הצעירים אשר תפסו את השלטון באימפריה והנהיגו גיוס חובה בקרב נתיני האימפריה ובכלל זאת בקרב הקהילות היהודיות, והעניין הוביל להגירת יהודים אל מחוץ לשטחי האימפריה. תוצאותיהן ההרסניות של מלחמות הבלקן ומלחמת העולם הראשונה האיצו את המגמה. החל משלהי העשור הראשון של המאה ה-20 החלה תנועת הגירה משמעותית של בני הקהילה. רובם היגרו לארץ ישראל, ארצות הברית, יוון וצ'ילה ומקצתם לאלבניה ולצרפת. מתקופת מרד אילינדן ועד לאחר מלחמת הבלקן השנייה, היגרו למעלה מ-3,000 יהודים ממונסטיר.