Podczas przesłuchań był torturowany. Kilkukrotnie odwoływał podpisane przez siebie, wymuszone torturami, zeznania. W kwietniu 1954 w procesie burżuazyjnych nacjonalistów został skazany na dożywotnie więzienie. Był jednym z niewielu oskarżonych, którzy nie przyznali się do winy. W 1960 w ramach amnestii wyszedł na wolność, zaś w 1963 doczekał się rehabilitacji i przywrócenia do partii. Podjął pracę naukową w Instytucie Państwa i Prawa Słowackiej Akademii Nauk. W sierpniu 1964 rozgłos przyniosło mu opublikowanie pamiętników z okresu działalności konspiracyjnej, w których bronił ówczesnej koncepcji i strategii KPS. Gdy władzę w Czechosłowacji objął Alexander Dubček, który rozpoczął program reform, Husak został jednym z jego współpracowników. W kwietniu 1968 objął urząd wicepremiera. Uczestniczył w planach nad opracowaniem programu reformistycznego, jednak latem 1968 był sceptycznie nastawiony do przemian Praskiej wiosny, popierając interwencję wojsk Układu Warszawskiego 20 sierpnia tegoż roku. Po inwazji na Czechosłowację wziął udział wraz z całym kierownictwem partyjno-państwowym w rozmowach w Moskwie w dniach 23-26 sierpnia 1968. W ich trakcie delegacja czechosłowacka zaakceptowała odwrót od reform Praskiej Wiosny. Gustav Husak zdobył podczas tych rozmów zaufanie Leonida Breżniewa. Istnieje pogląd, według którego Breżniew miał mu obiecać akceptację federalnego modelu Czechosłowacji przez Moskwę.