در بهار سال ۱۹۸۹ هیچ نشانه‌ای از سقوط جمهوری دموکراتیک افغانستان وجود نداشت. از این‌رو حامیان آمریکایی و پاکستانی گروه‌های مجاهدین نقشه‌ای را ضد دولت طرح کردند که توسط سفیر ایالات متحده در پاکستان و نخست‌وزیر وقت پاکستان بی‌نظیر بوتو برای تصرف جلال‌آباد برنامه‌ریزی شد. طرف‌های آمریکایی و پاکستانی هر دو یک پیروزی معمولی را آرزومند بودند. آمریکایی‌ها می‌خواستند که مارکسیستها را تحقیر کنند و آن‌ها را از افغانستان خارج کنند و در نتیجه انتقام سقوط ویتنام جنوبی را بگیرند. پاکستان از آن‌سو خواهان گرفتن انتقام از اتحاد جماهیر شوروی به‌دلیل حمایت از رقیب منطقه‌ای سابقش هند بود. در پی این جنگ‌ها که به جنگ جلال‌آباد مشهور است حزب اسلامی گلبدین حکمتیار و تنظیم دعوت اسلامی سیاف همراه با حدود ۱۰ هزار عرب به شهر جلال‌آباد حمله و فرودگاه آن را تسخیر کردند. نیروهای دولت مرکزی با حمله به جلال‌آباد شکست سختی به آن‌ها دادند و نیروهای ائتلاف حکمتیار بعد از دادن ده هزار کشته به کوه‌ها متواری شدند. این بزرگ‌ترین شکستی بوده که در یک جنگ در افغانستان رخ داده‌است. در طول این جنگ‌ها حدود ۳هزار نفر از افراد مجاهدین کشته شدند. همچنین بین ۱۲ تا ۱۵ هزار غیرنظامی کشته شده و بیش از ۱۰هزار نفر افغانستان را در این زمان ترک کردند. در سال ۱۹۹۱ در کودتایی در همکاری با گروه خلقی‌ها تحت رهبری شهنواز تنی وزیر دفاع وقت و محمدگلاب زوی علیه حکومت دکتر نجیب دست داشت ولی ناکام گردید. در مدت جنگ‌های داخلی وی از طرف عربستان سعودی، پاکستان و ایالات متحده کمک می‌شد. بعد از خروج ارتش سرخ از افغانستان کمک‌های خارجی قطع شد.