V letech 1625–1629 se Zikmund Jan Myslík účastnil válečných tažení do nepřátelského Dánska a v příštích letech bojoval se Švédy. Roku 1634 se tak zúčastnil známé bitvy u Nördlingenu a účastnil se také protiakcí při Banérově vpádu do Čech. Po bitvě u Wittstocku v září 1636 se Zikmund Jan s císařskou armádou stáhnul zpět do Čech. Roku 1638 byl jmenován nejvyšším plukovníkem (něm. "„Obristem“", tedy hlavním velitelem) Starotrčkovského pluku kyrysníků. V ten čas (4. října 1639) byl povýšen i do stavu svobodných pánů (baronů). V roce 1641 velel císařským oddílům, které pronásledovaly ustupující Banérovu armádu, se kterou se 27. března střetly v bitvě u Přísečnice. Účastnil se i řady dalších válečných operací, ale nakonec na přelomu 40. a 50 let (částečně kvůli intrikám) od armády odešel a věnoval se správě svého českému majetku (panství s městem a opevněným zámkem Pacov a malému statku Jeníčkova Lhota u Tábora).