Кос је 1991. године учествовао у рату у Словенији, а потом се у Загребу придружио Збору народне гарде и учествовао у бици за Вуковар. По избијању рата у Босни и Херцеговини 1992. године, одлази у Мостар и придружује се Хрватском вијећу одбране. У јануару 1993. године прелази у трећи вод другог батаљона Прве тузланске бригаде Армије Републике Босне и Херцеговине. Под оптужбом да је помагао Србима да пређу на територију под контролом Војске Републике Српске, ухапсила га је војна полиција АРБиХ, те остаје у притвору 40 дана. По изласку из притвора, пребегао је Војсци Републике Српске, која га поново држи у притвору неко време.