Vuoden 1918 sisällissodassa Kunnas taisteli punakaartin riveissä Karjalan rintamalla, ja joutui Viipurin taistelun jälkeen vankileirille. Hänet vapautettiin parin viikon kuluttua toukokuun puolivälissä, kun Ullberg ryhtyi Kunnaksen takaajaksi ja otti hänet jälleen töihin toimistoonsa. Viipurin piirustuskoulussa Kunnas kuitenkin koki joutuneensa syrjityksi punaisen taustansa vuoksi, erityisesti koulun johtajan Rurik Lindquistin taholta, ja päätti muuttaa Helsinkiin vuonna 1920.