Van Houten was de oprichter van het historisch museum der Koninklijke Marechaussee. Eind oktober 1936, kort na zijn pensionering, werd dit museum in Apeldoorn geopend met als basis zijn privécollectie. Eind 1938 overleed generaal F.A. Hoefer die directeur was van het in Kasteel Doorwerth gevestigde Nederlandsch Legermuseum. Na diens overlijden was enige tijd J.W. Wijn waarnemend directeur waarna in 1939 Van Houten directeur werd van dat museum. Vanwege problemen met het gebouw werd besloten het legermuseum te verplaatsen naar Leiden wat vanwege de Tweede Wereldoorlog vertraging opliep. Omdat aan het eind van die oorlog kasteel Doorwerth in de frontlinie kwam te liggen verloor het museum tijdens de Slag om Arnhem een belangrijk deel van de collectie voor zover dat nog niet verplaatst was naar Leiden. In 1946 werd hij voorzitter van het "Genootschap voor Militaire Traditie en Uniformkunde". In de zomer van 1949 werd uiteindelijk het legermuseum aan de Pesthuislaan in Leiden heropend. Ongeveer een week na de watersnoodramp van 1953 overleed Van Houten op 73-jarige leeftijd. C.A. Hartmans, tot dan onderdirecteur, werd zijn opvolger als directeur van het legermuseum.