Per il 1998 Prost apportò diversi cambiamenti all'interno del proprio team: firmò un accordo con la Peugeot per la fornitura dei motori, assumendo poi il giovane Trulli al posto di Nakano. Tuttavia la nuova AP01 si rivelò una monoposto estremamente problematica, con problemi di affidabilità soprattutto al cambio. Panis inoltre continuava a risentire dell'incidente dell'anno prima che condizionò il suo rendimento per tutto l'anno e, per la prima volta nella sua carriera, chiuse la stagione senza conquistare neanche un punto, venendo inoltre spesso battuto in qualifica dal meno esperto compagno di squadra Trulli, che ottenne l'unico punto della stagione per la squadra nel rocambolesco Gran Premio del Belgio.