Cho đến tháng 5, "Eaton" tiếp tục hoạt động nhằm giải phóng hoàn toàn Philippines, tham gia cuộc đổ bộ lên vịnh Mangarin thuộc Mindoro, Panay và lên Mindanao. Khởi hành từ vịnh Subic vào ngày 7 tháng 6, nó đã hỗ trợ cho Chiến dịch Oboe Six, cuộc đổ bộ lên vịnh Brunei, Borneo vào ngày 10 tháng 6, hỗ trợ các hoạt động quét mìn và bắn pháo hỗ trợ cho hoạt động của các đội phá hoại dưới nước cũng như của binh lính Australia. Nó tiếp tục tham gia cuộc tấn công lên Balikpapan, một trung tâm lọc dầu quan trọng trong các ngày 1 và 2 tháng 7, trước khi quay trở về vịnh San Pedro vào ngày 5 tháng 7, căn cứ hoạt động chính của nó cho đến khi xung đột kết thúc.