Двадесет години по-късно, през 1794 г., след втората подялба на Полша и въстанието на Косцюшко, руските войски, по заповед на императрица Екатерина II, изпразнили библиотеката и изпратили цялата колекция в Санкт Петербург, където тя става част от Императорска публична библиотека при създаването ѝ година по-късно. Части от колекцията са увредени или разрушени по време на изнасянето от библиотека Залуски и транспорта им до Русия, много от тях са откраднати.