К работе лётчиком вернулся после крушения парома «Эстония», в 1994 году, когда пограничный авиаотряд Эстонии получил из Германии в порядке гуманитарной помощи 4 вертолёта Ми-8 для проведения спасательных работ. Руководил эскадрильей из четырёх вертолётов Ми-8; к 2009 году все они выработали свой ресурс, и погранотряд получил два вертолёта Agusta Westland. Повседневной работой Евгения Писарева были дежурства, спасательные и поисковые работы, тушение лесных пожаров. В последние годы работы в основном занимался обучением молодых лётчиков.