Aguilar was aanvoerder van Colombia –17 en Colombia –20. In 2004 debuteerde hij in het Colombiaans voetbalelftal. Hij scoorde twee keer voor zijn vaderland bij de strijd om de Copa América 2004 in Peru. Aguilar maakte deel uit van de Colombiaanse selectie die in 2005 deelnam aan het wereldkampioenschap voetbal onder 20 in Nederland. Daar verloor de ploeg van bondscoach Eduardo Lara in de achtste finales van de latere kampioen Argentinië (2–1). In mei 2014 werd Aguilar door bondscoach José Pekerman opgenomen in de selectie voor het wereldkampioenschap voetbal in Brazilië.