Under 1600-talet köptes byn av Stanisław Leszczyńskis familj, som började bygga ett nytt slott. Arbetet hindrades dock av Karl X Gustavs polska krig, då svenska trupper ockuperade området och plundrade det fullständigt. 1676 köptes den ödelagda byn av kung Johan III Sobieski. Enligt hans order byggde Tylman van Gemeren och August Locci ett slott i barockstil samt en kyrka. Slottet hette ursprungligen "Villa Nova" ("ny by") för att skilja det ifrån näraliggande "Stara Wieś" ("gammal by"). Namnet poloniserades dock snart till Wilanów, som var likt byns gamla namn Milanów.