Lajjun fut finalement pris par la brigade Golani le 30 mai 1948, au cours de l’, pendant la première phase de la guerre israélo-arabe proprement dite ; c'est cette date que retient l'historien Benny Morris pour la dépopulation du village. Lajjun revêtait une importance particulière pour les Israéliens en raison de son emplacement stratégique à l'entrée du Wadi Ara : sa prise rapprochait leurs forces de Jénine. Lors de la deuxième trêve entre Israël et la coalition arabe, début septembre, le tracé de la ligne de cessez-le-feu fixé par un responsable de l'ONU passait dans la région par Lajjun. Une bande de fut établie des deux côtés de la ligne, dans laquelle les Arabes et les Juifs étaient autorisés à faire leurs récoltes. Les forces israéliennes utilisèrent Lajjun comme lieu de transit pour transférer , enfants et personnes âgées arabes d'Ijzim, ensuite envoyés à pied à Jénine.