L'Italien conserve son volant pour la saison 2007 mais une série de mauvais résultats et d'accidents lors de la première partie du championnat fragilise sa position et aboutit comme pressenti de longue date à l'annonce de son remplacement par le Français Sébastien Bourdais à compter de la saison suivante. Paradoxalement, il semble hausser son niveau de pilotage une fois prise la décision de Toro Rosso (qui correspond également à l'éviction de son coéquipier Scott Speed et à son remplacement par Sebastian Vettel). Auteur d'une belle onzième place en qualifications lors du Grand Prix de Chine, il termine la course à la sixième place, soit le meilleur résultat de sa carrière.