En dépit de sa reconnaissance internationale, il est l'objet de critiques du fait de sa proximité avec le président russe Vladimir Poutine, notamment pour le concert de Palmyre (la Russie soutenant le régime de Bachar el-Assad) ou celui organisé une décennie plus tôt à Tskhinvali (Ossétie du Sud), alors en ruines après la guerre. On lui reproche également d'avoir justifié l'annexion de la Crimée par la Russie. Il est membre honoraire du Slekdom, le comité d'enquête de la fédération de Russie, qui instruit des procès pour tout crime relevant de l'ordre public ou de la sécurité de l'État, et est soupçonné de violations des droits de l'homme. Le 14 juillet 2017, il dirige le traditionnel concert qui se déroule sur le Champ-de-Mars, le "Huffington Post" jugeant le choix de ce chef , ajoutant qu'il a . À ses critiques, Valeri Guerguiev répond : .