Під час монгольської навали в 1240-х роках монастир зазнав відчутних втрат. Монголи пошкодили собор та зняли його позолочені бані. 1496 року монастир відроджено і перейменовано з монастиря св. Димитрія на монастир св. Михаїла, відповідно до назви церкви, збудованої Святополком. Після численних відбудов та розширень впродовж XVI ст. монастир став одним з найбільших та найбагатших монастирів України.