12 октября 1879 года сдав вступительные экзамены был зачислен в Николаевскую академию Генерального штаба. Однако через год он не смог сдать переходный экзамен на второй курс и был отчислен из академии. После неудачной попытки прикомандироваться к Главному штабу для подготовки к повторному поступлению в академию, Эксан Хан подал рапорт о прикомандировании его в распоряжение Временно командующего войсками, действующими в Закаспийском крае, генерал-адъютанта М. Д. Скобелева, для участия в предстоящей Ахал-Текинской экспедиции. 13 ноября 1880 года было получено на это высочайшее соизволение и получив прогонные деньги Хан Нахичеванский немедленно выехал в Тифлис в штаб Кавказского военного округа, а оттуда к месту нового назначения. Прибыв к месту службы, 28 ноября 1880 года приказом генерала Скобелева был прикомандирован к 81-му Апшеронскому пехотному полку и назначен командующим 3-м и 4-м сводными батальонами. Отличился при взятии крепости Геок-Тепе. 12 января 1881 года был ранен во время штурма. По завершении экспедиции остался в Апшеронском полку. С 15 февраля 1884 года продолжил службу в 16-м Мингрельском гренадерском полку. 6 мая того же года произведён в подполковники. В 1887 году произведён в полковники и уволен от службы.