Sang tháng 8, "Thomas E. Fraser" hoạt động tại khu vực vịnh Buckner, Okinawa, thả phao tiêu dẫn đường cho các tàu quét mìn rà quét trong biển Hoa Đông. Sau khi Nhật Bản chấp nhận đầu hàng kết thúc cuộc xung đột, nó đi lên phía bắc để gặp gỡ Đệ tam Hạm đội. Vào ngày 25 tháng 8, lực lượng đặc nhiệm tiếp cận khu vực Tokyo, và chiếc tàu khu trục rải mìn bắt đầu tuần tra tại Sagami Wan hai ngày sau đó. Vào sáng ngày 28 tháng 8, nó hỗ trợ cho và khi các tàu quét mìn dọn sạch tuyến luồng chuẩn bị cho tàu tuần dương hạng nhẹ tiến vào vịnh Tokyo. Trong thời gian còn lại của tháng 8, nó hỗ trợ các tàu quét mìn rà quét bãi mìn Okinoyama, và đã có mặt trong vịnh Tokyo vào ngày 2 tháng 9 khi văn kiện đầu hàng được chính thức ký kết trên thiết giáp hạm .