Siboldi war auch Mitglied der A-Nationalmannschaft seines Heimatlandes. Von seinem Debüt am 21. Juni 1992 bis zu seinem letzten Einsatz am 10. September 1997 absolvierte er 34 Länderspiele. An der Copa América 1993 als auch an der Copa América 1997 nahm er mit Uruguay teil. Während der beiden Turniere war er Stammtorhüter der Celeste.