Sonia Pertlova a lutté plusieurs années contre un cancer. De vraies alertes sont survenues lors d'un tournoi en 2008. Elle a dû annuler le tournoi en raison de douleurs insupportables. Les médecins lui ont décelé une forme rare et très dangereuse de cancer. Sonia Pertlova décide alors de lutter contre la maladie. Avec l'aide de puissants médicaments, elle peut jouer lors l'Olympiade d'échecs de 2008 à Dresde, et commence une chimiothérapie juste après. Après un an de soins médicaux intensifs, elle semble remise et recommence la compétition. Elle obtient le meilleur résultat individuel des joueuses tchèques lors du championnat d'Europe par équipe en atteignant une première norme de grand maître féminin. Mais le cancer revient. En septembre 2010, elle est paralysée pendant le tournoi de Rijeka. Les médecins ne lui donnaient plus beaucoup d'espoir. Elle mourra le 8 mai 2011 des suites de sa maladie.