Im Sommer 1996 diagnostizierten Ärzte bei Stone zwei geschwächte Bandscheiben und legten ihr sogar ein Karriereende nahe. Doch die 25-Jährige trainierte weiter und setzte ihre sportliche Laufbahn fort. Nach zwei Wintern, in denen sie nicht an vorherige Erfolge anknüpfen konnte, feierte sie 1997/98 die stärkste Saison ihrer Karriere. Wie drei Jahre zuvor gelangen ihr vier Weltcupsiege, die ihr neben dem Gewinn der Disziplinenwertung auch einen Sieg im Freestyle-Gesamtweltcup einbrachten. Zum Höhepunkt wurde für sie das olympische Finale von Nagano, wo sie sich mit 193 von möglichen 200 Punkten aus zwei Sprüngen durchsetzte und Gold gewann. Ihr erster Sprung, ein Triple-Twisting-Double-Somersault, wurde dabei mit der Tageshöchstnote von 98.15 bewertet. In der folgenden Saison nahm sie nur an vier Weltcup-Springen teil, belegte aber dennoch zweite Ränge im Gesamtweltcup und in der Disziplinenwertung. Im März 1999 gewann sie bei ihren letzten Weltmeisterschaften in Meiringen-Hasliberg noch eine Bronzemedaille.