Навіть після поділу університету на чеський і німецький, а також виділення природничого факультету в самостійну організацію в 1920 році, філософський факультет грав ключову роль в рамках всього університету, що тривало до його закриття окупантами-німцями в 1939 році, пов'язаного з репресією педагогів і студентів. Після звільнення Чехії в 1945 році і встановлення в 1948 році нової влади розвиток університету проходив у нових умовах, зокрема, було введено марксистсько-ленінські предмети. У 60-ті роки факультет знову поступово став відкривати свої двері непересічним особистостям того часу, однак реформаторський процес було зупинено в 1968 році після вводу військ до Чехословаччини і подальшого періоду нормалізації. Ці події стали причиною політичного акту самоспалення студента факультету Яна Палаха. Після Оксамитової революції 1989 року факультет повернув статус одного з найпрестижніших освітніх інститутів у Чеській Республіці. Завдяки підтримці і розвитку своїх традицій у галузі освіти протягом майже сімдесяти років, успішній викладацькій та педагогічній діяльності, а також широкому спектру навчальних спеціальностей Філософський факультет Карлового університету має значення світового масштабу.