1755年里斯本大地震并未显著地损坏修道院，只有一些较小的建筑被毁。1800年代入侵葡萄牙的法国军队造成了巨大的破坏。他们不仅劫掠图书馆，还毁坏陵墓，偷盗并烧毁了教堂部分内部装饰。1834年，葡萄牙解散修道院，最后一批修士被迫离开修道院。