Pese a no integrar su jurisdicción, Abascal, temeroso de que el movimiento revolucionario que alcanzaba sus fronteras se propagase a las provincias de Puno, Arequipa y Cuzco, donde aún se recordaba el levantamiento de Túpac Amaru II, resolvió no esperar una definición de Buenos Aires e iniciar de inmediato el levantamiento de un ejército y la represión de la rebelión. A ese efecto nombró al presidente de la Real Audiencia del Cuzco, José Manuel de Goyeneche como general en jefe del ejército expedicionario, ordenando al coronel Juan Ramírez, gobernador de Puno, que se pusiese a sus órdenes con las tropas de su mando, disponiendo otro tanto respecto de las de Arequipa. Mientras disponía la movilización, para cubrir las formalidades de lo que era en los hechos la invasión de otra jurisdicción sin atribuciones algunas, ordenaba a Goyeneche ofrecer sus tropas al nuevo virrey del Río de la Plata Baltasar Hidalgo de Cisneros, quien las aceptó el 21 de septiembre.