Nach den Kriegszerstörungen von 1943 und dem weitgehenden Abriss im Jahre 1951 sind heute neben dem Turm noch ein Teil der südlichen Außenmauer und die Wände des Chors erhalten. Für eine Gedenkstätte wurden auf dem offenen Platz des ehemaligen Kirchenraums sowie in der unmittelbaren Umgebung Kunstwerke und Denkmale aufgestellt. In den Kellerräumen der Ruine richtete der 1987 gegründete Förderkreis "Rettet die Nikolaikirche e. V." (inzwischen umbenannt in Förderkreis Mahnmal St. Nikolai) ein Dokumentationszentrum mit einer Dauerausstellung ein. Das Museum des Mahnmals wurde 2012/2013 aufwendig umgebaut und erweitert. Seit September 2013 ist hier die Dauerausstellung „Gomorrha 1943 – Die Zerstörung Hamburgs im Luftkrieg“ zu sehen.