Los estados se dividen internamente en municipios —o alcaldías, en el caso de Ciudad de México—. Cada municipio goza de autonomía en su capacidad para elegir a su propio ayuntamiento, el cual es responsable, en la mayoría de los casos, de proveer todos los servicios públicos que requiera su población. A este concepto, que surgiría de la Revolución mexicana se le conoce como "municipio libre". El ayuntamiento es encabezado por un presidente municipal, elegido cada tres años. Cada municipio posee un cabildo integrado por regidores en función de su tamaño poblacional y sindicos de acuerdo al número que establezca la ley estatal. En total en México hay 2466 municipios; el estado con el mayor número de municipios es Oaxaca, con 570, y los estados con el menor número son Baja California y Baja California Sur, con solo 5.