עם פרוץ המערכה באסיה ובאוקיינוס השקט, השתתף הצי האווירי ה-11 במערכה בפיליפינים (1941–1942), ולאחר מכן סייע לכוחות הצבא היפני הקיסרי במהלך המערכה באיי שלמה והמערכה בגינאה החדשה. לאחר שבעלות הברית נחתו בגוודלקנל וכבשו את טולאגי ב-8 באוגוסט 1942, העביר צוקהארה את מפקד הצי האווירי ה-11 לבסיס הצי היפני הגדול ברבאול שבבריטניה החדשה, ופיקד משם על הפעילות האווירית בזירה. בספטמבר 1942 הוא חלה ונאלץ לעזוב את הצי האווירי ה-11. תת-אדמירל ג'ינאיצ'י קוסאקה החליפו בתפקיד.