Nachdem er sich zunächst in die Engelsburg gerettet hatte, musste er sich nach langer Belagerung und der Drohung seiner Gegner in Florenz, Caterina de’ Medici zu töten, ergeben. Er wurde gefangen genommen und die Medici wurden aus Florenz vertrieben. Am 29. Juni 1529 schloss Clemens VII. mit Kaiser Karl V. den Frieden von Barcelona. Er erhielt die Herrschaft über den Kirchenstaat zurück und die Medici Florenz. Die drohende Erste Wiener Türkenbelagerung im Herbst 1529 trug dazu bei, dass der Friedensschluss zwischen Clemens VII. und Kaiser Karl V. zustande kam. Am 24. Februar 1530 schließlich krönte Clemens VII. Karl V. in Bologna zum Kaiser.