В 1995 году, под его руководством, хорватская армия, в ходе операций «Молния» и «Буря», ликвидирует самопровозглашённую Сербскую Краину, со столицей в городе Книн. Вскоре война в Хорватии завершается. В 1995 году Шушак входил в состав хорватской делегации на подписании Дейтонских соглашений. В 1997 году Международный трибунал по бывшей Югославии вызвал его как свидетеля. На этих судебных разбирательствах его представлял будущий президент Хорватии Иво Йосипович. Гойко Шушак скончался в Загребе 3 мая 1998 года от рака пищевода.