C января 2016 года Филатов является старшим тренером мужской сборной России по шахматам. В сентябре 2016 года сборная завоевала бронзовую награду на Всемирной шахматной олимпиаде в Баку, в июне 2017 года – серебро на командном чемпионате мира в Ханты-Мансийске, в октябре 2018 - бронзу на Всемирной шахматной олимпиаде в Батуми, в 2019 году - золото на командном чемпионате мира в Астане.