Von 1995 bis 1998 war Schafhausen künstlerischer Leiter des Künstlerhauses Stuttgart. 1999 wurde er zum Direktor des Frankfurter Kunstvereins berufen, dessen künstlerische und kaufmännische Leitung er bis Dezember 2005 innehatte. Im Juni 2005 wurde er für die Dauer von zwei Jahren zum Gründungsdirektor der European Kunsthalle in Köln ernannt, einem Projekt, das Modelle einer potenziellen Institution zeitgenössischer Kunst auslotet. Von 2006 bis 2011 war er künstlerischer und kaufmännischer Direktor des Witte de With, Center for Contemporary Art in Rotterdam, Niederlande. 2007 und 2009 verantwortete er als Kommissar den deutschen Pavillon bei der 52. und 53. Biennale di Venezia. Er war Co-Kurator der 1. Brüssel Biennale 2008, Kurator des Festivals Media City Seoul 2010, Kurator für das Dutch House auf der Expo in Schanghai 2010 und hat u. a. Ausstellungen am Stedelijk Museum Amsterdam, Lenbachhaus in München, Nationalmuseum für Architektur, Kunst und Design in Oslo und CCA in Vilnius kuratiert. Seit 2011 ist Schafhausen als strategischer Direktor für die kanadische Shorefast Foundation|Fogo Island Arts tätig, die u. a. auf der neufundländischen Insel Fogo ein Resident Programm initiierte und im Dialog mit Künstlern und Wissenschaftlern Wege zur Revitalisierung des von Abwanderung bedrohten Gebietes sucht.