Milagrosamente, el monasterio no sufrió grandes daños durante el terremoto de 1755 de Lisboa: únicamente la balaustrada y parte del coro superior sufrieron grandes daños, aunque fueron subsanados rápidamente. El 28 de diciembre de 1833, el monasterio de los Jerónimos fue secularizado por decreto estatal y su propiedad fue transferida a la Real Casa Pía de Lisboa para servir como iglesia parroquial para la nueva freguesia civil de Santa María de Belém. Durante este periodo de desamortización, muchas de las obras de arte y tesoros se transfirieron a la Corona o se perdieron. Su uso quedó relegado a un segundo plano y el edificio comenzó a deteriorarse.