Ngày 23 tháng 9 năm 1945, Pháp nổ súng tái chiếm Nam Bộ. Ngày 15 tháng 10 năm 1945, Chủ tịch Hồ Chí Minh ra Sắc lệnh phân chia toàn quốc thành 9 chiến khu. Tuy nhiên, do điều kiện chiến tranh, liên lạc khó khăn do chiến sự đã lan đến địa bàn khu 6, chính phủ Việt Nam Dân chủ Cộng hòa chỉ mới bổ nhiệm các nhân sự của các chiến khu 1, 2, 3, 4. Các chiến khu 5, 6 đặt dưới quyền chỉ đạo của Ủy ban kháng chiến hành chính Miền Nam Việt Nam; các chiến khu 7, 8, 9 được đặt dưới quyền chỉ đạo trực tiếp của Xứ ủy Nam Bộ và Ủy ban Kháng chiến Nam Bộ. Cùng ngày, thực dân Pháp gây hấn ở Nam Bộ, mở đầu cuộc chiến tranh xâm lược Việt Nam lần hai.