Tijdens de Vlaamse Opstand (1297-1305) werd Rijsel op korte tijd drie keer belegerd. In 1297 werd de stad veroverd door het Franse leger, na verwoede gevechten waarbij de inwoners, volgens de overlevering, een kudde varkens inzetten om een Franse aanval af te slaan. In de nasleep van de Guldensporenslag nam een Vlaams leger de stad vrij eenvoudig terug. Rijsel opende de poorten op 15 augustus 1302 nadat militaire steun door de koning was uitgebleven. Na de slag bij Pevelenberg in 1304 werd Rijsel opnieuw door de Fransen belegerd. Een ontzettingsleger onder Jan I van Namen kwam ter plaatse maar ging niet in de aanval en sloot een wapenstilstand in de abdij van Marquette. Dit voorakkoord werd gevolgd door het Verdrag van Athis-sur-Orge, dat drie Frans-Vlaamse kasselrijen overhevelde naar het Franse kroondomein, met daarin Rijsel. In 1369 werd Rijsel weer losgemaakt uit het kroondomein toen de afgestane streek als huwelijksgeschenk aan Filips de Stoute werd geschonken.