Nel giugno del 1979 accetta la proposta dei Radicali e si candida sia al Parlamento europeo sia alla Camera. Eletto in entrambe le sedi istituzionali resta a Strasburgo solo due mesi e poi opta per Montecitorio, dove rimarrà deputato fino al 1983 occupandosi dei lavori della Commissione parlamentare d'inchiesta sulla strage di via Fani, sul sequestro e l'assassinio di Aldo Moro (con una forte critica rivolta alla cosiddetta "linea della fermezza", difatti Sciascia si era prodigato perché si trattasse con le Brigate Rosse per liberare Moro) e sul terrorismo in Italia. Da una parte si trova in lui il rifiuto della violenza, dall'altra una costante critica del potere costituito e dei suoi segreti inconfessabili. È inoltre membro della commissione agricoltura e della bicamerale antimafia.