Дальнейшие исследования Аральского моря проходили одновременно с боевыми действиями по присоединению среднеазиатских государств, и Аральская флотилия принимала в них участие. В 1853 году «Перовский» участвовал во взятии кокандской крепости Ак-Мечеть. Осенью 1854 года аральская верфь была перенесена в Казалинск, в 1855 году было составлено подробное описание реки Сырдарьи на выше Ак-Мечети. Аральская военная флотилия охраняла судоходство, обеспечивала воинские перевозки, производила гидрографические работы, все пароходы и вспомогательные суда имели артиллерийское вооружение. В июне 1858 года на пароходе «Перовский» Бутаков поднялся по Аму-Дарье вверх до Кунграда. Здесь он оказывал содействие российскому посольству в Хиве, в 1859 году с десантом в Бутаков участвовал в военных действиях у Кунграда, было проведено обследование и опись Амударьи вплоть до Нукуса.