I samband med Tysklands delning kom universitetet att befinna sig i den sovjetiska ockupationssektorn i Östberlin. Undervisningen började åter i januari 1946, nu underställd den sovjetiska militärförvaltningen av Östberlin. Fram till 1948 kom universitetet gradvis att anpassas till officiell sovjetisk doktrin, och ideologiska föreläsningar organiserade av kommunistpartiet SED gjordes till en obligatorisk del av undervisningen. Studentprotester under åren 1946-1948 ledde till att flera studenter tillhörande CDU och Junge Union dömdes till långa fängelsestraff i arbetsläger, och enstaka medlemmar av proteströrelsen avrättades i Sovjetunionen. Som en reaktion på dessa händelser och SED-ledningens vägran att anta studenter som ansågs politiskt oppositionella, grundades på studentoppositionens begäran Freie Universität Berlin 1948, med understöd av Västberlins regerande borgmästare Ernst Reuter och den amerikanska ockupationsmakten. Freie Universität förlade sin verksamhet till förorten Dahlem i Västberlin. Samma år inleddes Berlinblockaden och förbindelserna mellan Östberlin och Västberlin skars av.