Am 24. Mai 1756 wurde er Bischof von Calvi, drei Tage später empfing Giuseppe Maria Capece Zurlo in Rom die Bischofsweihe durch den früheren Erzbischof von Neapel, Kardinal Giuseppe Spinelli. Sein Bistum behielt er 26 Jahre lang, ehe er am 16. Dezember 1782 Erzbischof von Neapel wurde. Am selben Tag nahm ihn Papst Pius VI. ins Kardinalskollegium auf, im Februar des folgenden Jahres 1783 ernannte er Zurlo zum Kardinalpriester von "San Bernardo alle Terme". Capece Zurlo führte einige Reformen im Erzbistum ein. So versuchte er die Bildung des Klerus durch eine neue Verordnung zuheben, die den Seminaristen Gewissensfreiheit garantierte. Trotzdem war er größtenteils unfähig, auf die damaligen gesellschaftlichen Probleme einzugehen. 1799 stellte er sich auf die Seite der französischen Republik, indem er einen reaktionären Aufstand, der von der Bewegung "Sanfedismo" des Kardinals Fabrizio Dionigi Ruffo organisiert wurde, zu verhindern suchte. Das war der Grund, warum der greise Kardinal in der Abtei Montevergine in Neapel im Exil leben musste. So konnte Capece Zurlo auch nicht am Konklave 1799–1800 teilnehmen, das Pius VII. wählte. Er starb am letzten Tag des Jahres 1801 als fast 91-jähriger in seinem Exil, wo er zunächst auch beerdigt wurde. Erst 1806 konnten seine Gebeine in die Kathedrale überführt werden. Sein Grab befindet sich heute in der Familienkapelle in der Theatinerkirche San Paolo.