1879 wurde José Sebastião Neto zum Bischof von Angola und Kongo gewählt. Die Bischofsweihe spendete ihm am 11. April 1880 der Apostolische Nuntius in Portugal, Gaetano Aloisi Masella. Danach wurde er Patriarch von Lissabon (1883–1907). Am 24. März 1884 erhob Papst Leo XIII. den gerade erst 43-jährigen Patriarchen zum Kardinalat und ernannte ihn im Juni 1886 zum Kardinalpriester von "Santi XII Apostoli". 1903 nahm Neto am Konklave zur Wahl von Papst Pius X. und 1914 am Konklave zur Wahl von Papst Benedikt XV. teil.