В августе 1943 года назначен на должность командира 64-й гвардейской стрелковой дивизии, а 6 декабря того же года — на должность командира 117-го стрелкового корпуса, который вскоре принимал участие в ходе Красносельско-Ропшинской, Новгородско-Лужской и Нарвской наступательных операций, а также в освобождении городов Красногвардейск, Луга и Нарва, а с сентября 1944 года — в Таллинской наступательной операции и освобождении городов Тапа и Таллин. В ноябре корпус под командованием Трубачёва был передислоцирован на Сандомирский плацдарм, после чего принимал участие в ходе Сандомирско-Силезской, Нижнесилезской, Верхне-Силезской и Пражской наступательных операций, а также в освобождении городов Оппельн, Штейнау (Сицинава Мала), Нейсе и Штригау.