האירועים הבולטים במחצית השנייה של המאה ה-15 היו מלחמות השושנים בין בית לנקסטר ובין בית יורק, שטענו שניהם לזכותם על הכתר האנגלי. ב-1460 הטילו כוחות יורקיסטיים מצור על המצודה. המצודה נפגעה מאש ארטילרית, ונכנעה רק כאשר הנרי השישי נשבה בקרב נורת'המפטון. בסיועו של ריצ'רד נוויל, הרוזן השישה-עשר מוורוויק (שנודע בכינוי "ממליך המלכים"), תפס הנרי את השלטון מחדש למשך זמן קצר ב-1470. אולם, תוך זמן קצר הצליח אדוארד הרביעי לתפוס את השלטון מחדש והנרי נכלא במצודה, שבה ככל הנראה הוא נרצח. במהלך המלחמות בוצרה המצודה כך שהיא תוכל לעמוד בפני אש חיה, ודרומית לגבעת המצודה הוקם מתחם סגור שהיה מיועד לעמדות תותחים ורובאים. מתחם זה אינו קיים יותר.