Wagramot egy 1258-as tizedjegyzékben említik először. A Deutsch ("német") melléknevet 1560 körül kapta, hogy megkülönböztessék az 1529-es török pusztítás után alapított, horvátok lakta Wagramtól (ma Wagram an der Donau Eckartsau önkormányzatában). Az óváros mérete évszázadokon át alig változott: 1258-ban 44 házból, 1595-ben 47 házból állt és 1787-ben is csak 58 házat számlált. A Rußbach gyakran kiáradt és elöntötte a települést. A helyet 1772-ben változott meg, amikor a folyót elterelték a falun kívülre; a 19. század végén pedig a folyószabályozások megoldották a problémát.