Оскільки Мала Страна являла собою стратегічно важливе місце для захисту граду, під час Гуситських війн її декілька разів спустошували. Ворожі табори навмисно знищували будівлі, аби неприятель не міг виявити в них схованки. Мала Страна, а за нею Празький град вщент вигоріли під час великої пожежі 2 червня 1541 року.