Pandangan di kalangan akademisi, yang mana hampir secara universal dipegang hingga tahun 1990-an, adalah hipotesis "Qumran–Eseni" yang awalnya dikemukakan oleh Roland de Vaux dan Józef Milik, meskipun secara independen baik Eleazar Sukenik maupun Butrus Sowmy dari Biara St. Markus telah mengaitkan naskah-naskah tersebut dengan kaum Eseni sebelum diadakan penggalian di Qumran. Teori Qumran–Eseni menyatakan bahwa naskah-naskah tersebut ditulis oleh kaum Eseni, atau oleh kelompok sektarian Yahudi lainnya, yang menetap di "Khirbet Qumran". Mereka menyusun naskah-naskah ini dan kemudian menyembunyikannya dalam gua-gua di dekat kediaman mereka selama Pemberontakan Yahudi, pada suatu waktu antara tahun 66 dan 68 M. Situs Qumran itu kemudian dihancurkan dan naskah-naskah tersebut tidak pernah ditemukan. Sejumlah argumen digunakan untuk mendukung teori ini.