Lawton z radością przyjął secesję Georgii i zaraz wstąpił do CSA jako pułkownik 1 Regimentu Ochotniczego Georgii. Dowodził podczas zajmowania Fortu Pułaskiego w Savannah, co było pierwszym starciem zbrojnym na południu. 13 kwietnia 1861 roku otrzymał awans na generała-brygadiera z zadaniem obrony wybrzeża, czym zajmował się do czasu skierowania na front wWirginii. Dowodził brygadą piechoty w czasie kampanii w dolinie Shenandoah Stonewalla Jacksona, w „bitwach siedmiodniowych” i w II bitwie nad Bull Run (zwanej także II bitwą pod Manassas). Po raz ostatni służył w polu podczas bitwy nad Antietam (pod Sharpsburgiem), gdzie dowodził dywizją ranionego gen-maj. Richarda Ewella. Rano 17 września 1862 roku Lawton został − na linii obrony Armii Północnej Wirginii − ciężko ranny. Zniesiony z pola bitwy do szpitala na tyłach przeżył, ale rekonwalescencja w domu trwała wiele miesięcy.