Da branden rasede i København i 1728, gik det også ud over Magnússon. Heldigvis var det, som i den nyeste tid eftervist, kun meget få af hans håndskrifter, der gik tabt. Derimod brændte en del dokumenter og det meste af hans trykte bøger. Han tog sig dette tab overordentlig nær og søgte at erstatte det tabte, især brevene, ved at skaffe sig nye afskrifter, men han døde godt og vel et år efter.