Naděje na rozvoj byly ukončeny srpnovou okupací. Ústředí Junáka proti ní protestovalo (26. srpna vyšla výzva k pokojnému odporu "Všem složkám Junáka"), stejně jako drtivá většina řadových skautů; provozovatelé nezávislého vysílače Svobodné Podbrdsko se hlásili ke skautingu. Při schvalování stanov ministerstvem však již byl Junák donucen k četným ústupkům. Listopadový III. sněm v pražském Obecním domě tak schválil členství v připravované federaci Sdružení organizací dětí a mládeže (SODM), ukončení činnosti duchovní rady a zrušení zvláštní kategorie křesťanských oddílů, neustavení kmene dospělých skautů a nemožnost plánovaného znovupřihlášení do mezinárodních skautských organizací. Ve stanovách bylo (v rozporu s principem apolitičnosti skautingu) zakotveno poslání Junáka ve službě "„národu a Československé socialistické republice v duchu demokracie, humanismu a socialismu“"; sněm schválil zásady programu výchovy v duchu marxismu-leninismu a přihlásil se k tehdejší politice KSČ"." Starostou byl zvolen Antonín Sum, náčelní Vlasta Macková, náčelníkem Rudolf Plajner. V prosinci byl ustaven federální Československý Junák.