La révolte de Moscou de 1682 donna lieu à des scènes de carnage d'une extrême violence, qui eurent un grand impact psychologique sur le jeune Pierre. La jeune Sophie Alexeïevna écarte Natalia de la régence, qu'elle assure elle-même de 1682 à 1689. Elle signe avec l'union de Pologne-Lituanie le traité de paix éternelle de 1686, par lequel la Russie agrandit ses territoires et intègre une coalition comprenant l'Autriche, la Pologne et la république de Venise, qui mène bataille contre les Turcs. Elle ordonne aussi des expéditions contre le khanat de Crimée, et signe avec la Chine des Qing le traité de Nertchinsk (1689), qui prive la Russie de l'accès à la mer du Japon, mais lui permet d'établir des relations commerciales avec l'empire du Milieu.