Έτσι, το 1903 η οργάνωση ΕΜΕΟ οργάνωσε την αντιοθωμανική ένοπλη Εξέγερση του Ίλιντεν, με το σύνθημα «Η Μακεδονία στους Μακεδόνες» και βασικό στόχο την αυτονομία της Μακεδονίας. Σύμφωνα με πληροφόρηση του Ίωνα Δραγούμη προς τον πατέρα του «[ά]παντες οί σλαυόφωνοι πληθυσμοί ήκολούθησαν τό Κομιτάτον, ορθόδοξοι καί σχισματικοί καί οί πλείστοι εκουσίως». Η επανάσταση ξεκίνησε στις 2 Αυγούστου 1903 (ημέρα της εορτής του προφήτη Ηλία) και τελικώς απέτυχε, αφού κατεστάλη σταδιακά και με ωμή βία από τους Οθωμανούς.