Después de su regreso a Bruselas en 1568, se convirtió en pintor de la corte de Alejandro Farnesio, duque de Parma, entonces de los Países Bajos españoles. Durante su estancia en Bruselas creó una serie de composiciones religiosas. Se casó con Catharina van der Borcht, que era miembro de la familia de pintores van der Borcht. Su hijo Jeremias van Winghe también se convirtió en pintor más tarde. Dejó su país de origen con su familia en 1584 después de la caída de Amberes y fue sustituido como pintor de la corte por Otto van Veen. El hecho de que dejara Flandes después de la caída de Amberes indica que era protestante. Una alegoría pintada que representa una personificación encadenada de Bélgica, es decir, los Países Bajos, respalda la opinión de que emigró por motivos políticos.