Dans le domaine des opérations secrètes, la CIA a le plus souvent comme objectif de soutenir l'arrivée au pouvoir d'un gouvernement favorable à la politique des États-Unis. Dans les années 1950, la CIA parvient en 1953 en Iran à renverser Mossadegh et à installer Reza Pahlavi (opération "Ajax") ; en 1954 son opération "PBSUCCESS" réussit à renverser le président du Guatemala, Jacobo Árbenz Guzmán ; en revanche, elle échoue dans sa tentative de coup d'état militaire en Indonésie en 1958. Dans les années 1960, la CIA intensifie ses actions contre les États dont les gouvernements sont aux yeux des États-Unis trop proches des communistes, et notamment au Congo, à Cuba, en République dominicaine, au Viêt Nam du Sud, en Bolivie, au Brésil et au Ghana. Au Congo, la CIA complote en 1960 et 1961 pour renverser Patrice Lumumba, chef du gouvernement de la République démocratique du Congo, qui meurt assassiné.