תקופת הזוהר של מקנס החלה במאה ה-15, כאשר אסמאעיל מלך מרוקו עשה אותה לבירת מרוקו ב-1672. בתקופה זו שנמשכה עד מותו ב-1727 הוקמו בעיר רוב מבניה המונומנטאליים והעיר הקיסרית ובה הארמון המלכותי נוסדו מדרום לרובע המדינה. רובע חדש זה נבנה בסגנון ספרדי-מורי, והוקמו בו אורוות, מאגרי מים, מזרקות ומבנים נוספים. אסמאעיל הקיף את העיר בחומות באורך של 40 ק"מ וקבע בהן כעשרים שערים מפוארים. עם מותו של אסמאעיל ירדה העיר מגדולתה, ומאוחר יותר הועברה הבירה אל מרקש. רעידת האדמה שהחריבה את ליסבון ב-1755 פגעה גם במקנס, ואוצרותיה, כולל עיטורי מבנים, נלקחו ממנה ונקבעו בערים אחרות. ב-1912 קבעו הצרפתים את מפקדתם הצבאית במרוקו. רק בעשורים האחרונים, ולאור הפוטנציאל התיירותי הגלום באתרי העיר, החלו נערכות בה עבודות שיפוץ מקיפות במבניה החשובים.