Il n'en dirige pas moins la poursuite française et assiste aux côtés de l'Empereur à la bataille de Somosierra le , où les chevau-légers polonais de la Garde enlèvent un défilé gardée par une armée espagnole et seize pièces d'artillerie. Les défenseurs sont refoulés sur Madrid que Bessières, arrivé sur place le avec la cavalerie de la Garde et les divisions de dragons La Houssaye et Latour-Maubourg, fait sommer de se rendre une première fois. Son offre est repoussée mais la capitale espagnole doit finalement capituler le devant l'Empereur en personne. Bessières concourt ensuite à la destruction des forces du général Castaños qu'il harcèle jusqu'aux portes de l'Andalousie. À cette date, il est rappelé par Napoléon à Madrid pour prendre part à la poursuite de l'armée anglaise du général Moore, qui se replie dans le nord de l'Espagne. Il conduit la cavalerie jusqu'à Villafranca del Bierzo avant de regagner Valladolid avec Napoléon qui a décidé de rentrer en France pour faire face à une guerre imminente avec l'Autriche. Le , Bessières est nommé gouverneur des provinces du nord de la péninsule et rentre en France le .