Zwar versuchte Bernstorff trotzdem an der Neutralität festzuhalten, doch als 1807 britische Kriegsschiffe Kopenhagen bombardierten und die neuerbaute dänische Flotte beschlagnahmten, ging Dänemark am 31. Oktober 1807 die Allianz mit Frankreich ein und erklärte dem Vereinigten Königreich im Glückstädter Wasmer-Palais den Krieg. Am 13. März 1808 starb der geisteskranke König Christian VII. Am nächsten Tag erklärte Dänemark Schweden den Krieg, der vor allem um die norwegischen Gebiete geführt wurde, die Schweden im Frieden von Brömsebro 1645 zugesprochen bekommen hatte und die Dänemark nun zurückerobern wollte. 1809 endete dieser Krieg unter dem Druck der britischen Handelssperre gegen Dänemark mit dem Frieden von Jönköping, der den Status quo bestätigte. 1810 musste Dänemark auf Druck von Schweden und dem Vereinigten Königreich der Koalition gegen Napoleon beitreten. Die enormen Kosten des Krieges führten 1813 zum Staatsbankrott. Durch eine Währungsreform wurden Guthaben auf ein Sechstel des bisherigen Werts abgewertet.