ソフィアの摂政政府はヴァシーリー・ゴリツィン公がストレリツィの蜂起で実権を握っており、進歩的な政策を行い内政・外交ともにおおむね良好に統治していた。だが、露土戦争の一環としてオスマン帝国の従属国のクリミア・ハン国に対して1687年と1689年に行われたクリミア遠征の失敗により不満が高まり、ピョートルが成長するとナルイシキン家などの支持派は彼の親政を望み、ソフィアの摂政政府と対立した。ピョートルは一時は至聖三者聖セルギイ大修道院への避難を余儀なくされた。1689年8月のネルチンスク条約締結によってソフィアは官僚、軍人、教会の支持を失い、9月にはピョートルへ政府を明け渡した。ゴリツィンは流罪となり、ソフィアはノヴォデヴィチ女子修道院に幽閉された。