Im finnischen Bürgerkrieg stand Joensuu auf Seiten der bürgerlichen „Weißen“, in der Stadt fanden aber keine Kämpfe statt. Auch vom Zweiten Weltkrieg blieb Joensuu weitgehend unberührt. Im Jahr 1954 verdoppelte sich die Einwohnerzahl der Stadt durch die Eingemeindung von Pielisensuu. In den 1990er-Jahren erlangte Joensuu zweifelhaften Ruhm als Zentrum der finnischen Skinhead-Bewegung. Auslöser dafür war die hohe Arbeitslosigkeit nach der finnischen Wirtschaftskrise und die Ansiedlung von Bürgerkriegsflüchtlingen aus Somalia. 2005 verelffachte sich die Fläche von Joensuu durch die Eingemeindung der ländlichen Gemeinden Kiihtelysvaara und Tuupovaara. Ferner wurden zum Jahresbeginn 2009 die Gemeinden Eno und Pyhäselkä in Joensuu eingemeindet.