Skladba původně vznikla pro televizní seriál "Píseň pro Rudolfa III." a vzhledem k době jejího zveřejnění v době invaze vojsk Varšavské smlouvy do Československa se i díky nadčasovému textu stala symbolem českého odporu vůči okupaci. Píseň byla následně vydána také jako singl a v roce 1969 byla zařazena na debutové album Marty Kubišové "Songy a balady". Roku 1989, po 19 letech zákazu činnosti a veřejného vystupování, který Kubišová dostala, byla „Modlitba pro Martu“ také jedním ze symbolů sametové revoluce.