Nei decenni successivi, anche se prosperosa, la società cominciò a mostrare i primi sintomi delle tensioni crescenti tra i greco-romani e le popolazioni della Giudea. Nel 66, gli ebrei di Giudea insorsero in rivolta contro Roma, denominando il loro nuovo stato col nome di "Israele". Gli eventi sono stati descritti dal condottiero e storico ebreo Giuseppe Flavio, tra cui la difesa disperata di Iotapata, l'assedio di Gerusalemme (69–70) e l'eroica ultima resistenza a Masada sotto Eleazar Ben Yair, capo dei "sicarii". Gran parte della città di Gerusalemme e del Tempio giacevano in rovina. Durante la rivolta ebraica la maggior parte dei cristiani, che in questo momento rappresentavano una sub-setta dell'ebraismo, se ne andarono dalla Giudea. Il movimento rabbinico-farisaico di Jochanan Ben Zakkai, che si era opposto al sacerdozio del Tempio da parte dei Sadducei, fece pace con Roma e sopravvisse.