Selepas Jepun meninggalkan negara ini dalam tahun 1945, sekolah ini mengalami perubahan. Bangunan sekolah dibahagi dua. Bangunan lama dijadikan Sekolah Perempuan Lubok Merbau dengan Guru Besar pertamanya iaitu Puan Hajjah Saerah binti Alang Redan. Manakala bangunan yang agak baru mula dijadikan Sekolah Laki-Laki Lubok Merbau dengan Guru Besarnya Encik Harun bin Anjang Taksin.