Tijdens de Duitse aanval op Nederland in 1940 voer de TM 51 onder commandant Johannes van Staveren de Waalhaven in, waar alles nog rustig was. Ze kwamen alleen enkele lege rubber bootjes tegen. Vandaar voer zij richting Rotterdam. Bij Boompjes werd zij beschoten door Hollandse soldaten. De TM 51 meerde aan om uit te zoeken wat er gaande was. De commandant kreeg te horen dat de Willemsbrug door de Duitsers bezet was. De TM 51 vervolgde haar weg om de mariniers bij de gevechten om de brug te ondersteunen. Tijdens deze gevechten raakte het schip beschadigd, onder andere bootsman Jan Vlas en sergeant-telegrafist Piet Cijsouw raakten gewond en Van Vegten had een diepe hoofdwond opgelopen en overleed ter plekke. De TM 51 moest naar scheepswerf Gusto terug voor reparaties. De TM 51 zou in eerste instantie vernietigd worden, maar op verzoek van ingenieur Colenbrander, directeur van de werf, werd op 14 mei 1940 onder zijn leiding toch een poging ondernomen om met de TM 51 naar het Verenigd Koninkrijk te vluchten. Bij Hoek van Holland werd afgemeerd. Daar kreeg men te horen dat Nederland had gecapituleerd en dat hun opdracht om de TM 51 naar het Verenigd Koninkrijk te varen niet was gewijzigd. Overste Van Leeuwen kwam aan boord en onder zijn commando vertrok het schip. Buitengaats bracht een Britse torpedojager hun brood en cornedbeef. Op 15 mei om 04:00 uur arriveerde de TM 51 veilig bij de Downs.