一方で、町内では反対運動も起きた。アメリカ合衆国でのスリーマイル島原子力発電所事故（1979年）、ソビエト連邦でのチェルノブイリ原子力発電所事故（1986年）により、町民に原子力発電への不安が高まった。本音は原発推進派でも、町長選では反対派からも集票せざるを得ない状況であった。巻町では1995年2月5日には、計画の是非を問う自主管理住民投票が行われた。これは条例に基づく町役場による実施でなく、町民有志が設立した「巻原発・住民投票を実行する会」が取りまとめたもので、原発賛成474票に対して反対9854票であった。