Yhteistyö Matran kanssa loppui vuonna 1979 ja Ligier rakensi Cosworth-moottorilla toimivan Ligier JS11 -auton. Kauden toisena uudistuksena Ligier siirtyi ajattamaan kahta kuljettajaa kun talliin palkattiin Jacques Laffiten aisapariksi Patrick Depailler. JS11:llä voitettiin kauden kaksi ensimmäistä kilpailua. Taas kuljettajana oli Laffite. Auto kuitenkin kohtasi vakavasti otettavia kilpailijoita, kun Williams- ja Ferrari-tallit esittelivät uudet aerodynaamisesti hyvin suunnitellut autonsa. Huono onni kohtasi Ligieriä kun Depailler loukkaantui ennen tallin kotikilpailua Ranskan GP:tä. Ligier hankki Depaillerin tilalle Jacky Ickxin. Kauden loppuosa ei ollut tallille yhtä hyvä kuin sen alku ja etenkin Ickx kärsi keskeytyksistä. Kauden kolme viimeistä kilpailua olivat tallille huonoja, sillä Ligierin molemmat autot keskeyttivät kaikissa kolmessa kilpailussa.