Nach der Niederlage Frankreichs 1940 verbot Robert Menzies die CPA, allerdings verließ Stalin die Allianz mit Hitler, als dieser die Sowjetunion angriff. Da die Sowjetunion die Hauptlast während des Zweiten Weltkriegs trug, verlor die CPA ihr anfängliches Kriegsstigma. Ihre Mitgliedschaft stieg auf 20.000 an und sie übernahm die Führung bedeutender australischer Gewerkschaften und der kommunistische Wahlkandidat Fred Paterson wurde 1940 ins "Queensland Legislative Assembly" gewählt. Paterson war das einzige Mitglied der CPA, dem es in der Geschichte Australiens gelang, in ein Landesparlament gewählt zu werden. Aber die CPA blieb weiterhin in der australischen Politik unbedeutend und die Australian Labor Party war weiterhin in der australischen Arbeiterklasse führend, aber sie spaltete sich in den 1950er Jahren, weil einige Mitglieder den Einfluss der CPA in der Gewerkschaftsbewegung befürchteten.