Unmittelbar nach dem deutsch-französischen Waffenstillstand begab sich Karl Dönitz noch im Juni an die westfranzösische Atlantikküste, um die Küstenorte nach möglicher Eignung für U-Bootstützpunkte zu inspizieren. Er wählte Brest, Lorient, Bordeaux, La Pallice und Saint-Nazaire aus. Im September 1940 wurde der Verband entsprechend nach Saint-Nazaire verlegt, wo die Wehrmacht zudem größere Mengen an Treibstoff für eine anfängliche Brennstoffversorgung der U-Boote sichergestellt hatte. Zudem wurde in hier die 6. U-Flottille stationiert. Den beiden Flottillen unterstanden insgesamt mehr als 1800 Soldaten. Zunächst wurde das Personal in beschlagnahmten städtischen Wohnheimen und in einer Schule untergebracht. Später wurden Hotels und Häuser im zehn Kilometer entfernten Seebad La Baule requiriert. Als erstes Boot erreichte am 21. September 1940 "U 46" unter dem Kommando von Oberleutnant zur See Engelbert Endrass den neuen Einsatzhafen.