У роки між світовими війнами Петсері, як тепер його називали в Естонії, були центром Печорського повіту — одного з одинадцятьох округів, які складали Естонську Республіку. За естонської влади населення міста зросло більш ніж удвічі, переважно за рахунок притоку етнічних естонців. У травні 1925 уряд Естонії конфіскував більшість землі, що була у володінні Псково-Печерського монастиря. 1926 року було збудовано лютеранську церкву Святого Петра. Після анексії Естонії Радянським Союзом у 1940 році місто, як і раніше, залишалося у складі Естонської РСР. Під час Німецько-радянської війни Печори 10 липня 1941 окупували німецькі війська. З 5 грудня 1941 до 11 серпня 1944 місто входило в Генеральну округу Естонія, після чого його окупували радянські війська в ході Тартуської операції.