Talvi- ja jatkosota viivästyttivät Raision-myllyn rakentamista. Suomi menetti Neuvostoliitolle myllykapasiteettiaan, jolloin tarve uudelle myllylaitokselle kasvoi. Mylly käynnistettiin ja tuotanto alkoi alkuvuodesta 1942. Tuotannon alkutaipaleella viljatuotteita säännösteltiin tiukasti, ja kansanhuoltoministeriö hoiti tuotteiden jakelun. Sodan loputtua myllylaitosta laajennettiin hankkimalla uusia kuivureita ja siiloja sekä tehokkaampia myllykoneita. Tuotantoa myös laajennettiin uusiin tuotteisiin. Mallastuksen aloittamiseen tarvittu koneisto kerättiin kasaan ja koottiin omin toimin Suomen metalliteollisuuden Neuvostoliitolle luovuttamien sotakorvausten sekalaisista ylijäämäosista. Ensimmäiset olutmaltaat Raisiolta valmistuivat vuonna 1950. Rehuseoksia alettiin valmistaa myllyn sivutuotteista vuonna 1948. Lisäksi alettiin jalostaa riisiä.