În timpul Războiului Ruso-Georgian din august 2008, Ilia al II-lea a făcut apel la conducerea politică rusească și la conducătorii Bisericii Ortodoxe Ruse, exprimându-și îngrijorarea că „ortodocșii ruși îi bombardau pe ortodocșii georgieni” și respingând acuzațiile rusești de „genocid” georgian în Osetia de Sud ca o „pură minciună”. El a făcut, de asemenea, o vizită pastorală, aducând hrană și ajutoare în orașul central georgian ocupat de ruși Gori și în satele din jur, care se aflau în pragul catastrofei umanitare. El a contribuit, de asemenea, la restituirea corpurilor soldaților și civililor georgieni decedați. Ilia al II-lea a binecuvântat, de asemenea, demonstrațiile „Opriți Rusia” din 1 septembrie 2008, în care zeci de mii de persoane au organizat lanțuri umane în Georgia.