В церкви с 1804 года находится почитающийся как чудотворный Измайловский список иконы Божией Матери «Иерусалимская» (почитание с 1771 года, в связи с событиями московской эпидемии чумы и Чумного бунта; в память об этих событиях летом отмечается второе престольное празднество храма). В 1854—1927 годах икона находилась в Покровском соборе Измайлова, ныне хранится в южном приделе храма. Сам список выполнен, по одним данным, в Оружейной палате Кремля в 1649 году, по другим — в 1670-е годы для дворцовой церкви царевича Иоасафа. В церкви имеется ряд других почитаемых икон: Владимирская с частицей мощей апостола Фомы, иконы «Благодатное Небо», «Спас Нерукотворный», «Спас Смоленский», вмч. Пантелеимон (афонского письма), иконы Иоасафа Белгородского и мученика Трифона с частицами мощей.