Mikkeli is met name bekend om zijn militaire geschiedenis. Al in de 17e eeuw was in het dorp een garnizoen gelegerd. In 1789 vond een grote veldslag tussen Russische en Zweeds-Finse troepen plaats bij de landengte Porrassalmi. Mikkeli werd in de Winter- en Vervolgoorlog door maarschalk Mannerheim als hoofdkwartier van de Finse strijdkrachten gekozen. De stad werd hierdoor zwaar gebombardeerd. Op de plek van het voormalige hoofdkwartier staat nu een museum.