Erstmals veranstaltet wurden die Freiwassereuropameisterschaften im Jahr 1989 in Stari Grad, Kroatien. 1995 in Wien wurden sie erstmals im Rahmen der Schwimmeuropameisterschaften ausgetragen. Bis einschließlich 2006 sowie 2010 waren sie Teil dieser Veranstaltung. 2008 wurden das erste Mal wieder eigene Meisterschaften abgehalten, obwohl im gleichen Jahr die Schwimmeuropameisterschaften in Eindhoven ausgetragen wurden. 2011 wird erstmals vom lange bestehenden Zweijahresrhythmus abgewichen und erneut eigene Titelkämpfe in Eilat, Israel abgehalten.