Nel 1959 si trasferì alla Ferrari. Durante le trattative per il suo passaggio al team di Maranello, Brooks richiese di non dover correre la 24 Ore di Le Mans, in ragione dell'incidente avuto l'anno precedente, condizione che Enzo Ferrari accettò. Durante quest'annata riuscì ad imporsi al Gran Premio di Francia, corso a Reims e al Gran Premio di Germania all'AVUS. Le sue possibilità di imporsi e divenire campione del mondo andarono, però, in fumo a causa di un guasto a Monza alla frizione, che gli impedì di prendere il via della gara e per la diserzione da parte della sua squadra della corsa di casa per uno sciopero. Inoltre il Gran Premio del Belgio, che si svolgeva su una pista gradita al pilota inglese, venne cancellato dal calendario. A fine anno si classificò dunque secondo, dietro a Jack Brabham, divenendo vicecampione.