В XV веке в монастыре был построен новый собор. В начале XVII века для защиты от нападений монастырь был обнесён мощными стенами, превратившими Ясную Гору в крепость. Очень скоро фортификационные сооружения монастыря подвергнулись суровой проверке на прочность во время так называемого «потопа», шведского нашествия на Речь Посполитую в 1655 году. Шведское наступление развивалось стремительно, в течение нескольких месяцев были взяты Познань, Варшава и Краков; польская шляхта в массовом порядке переходила на сторону врага; король Ян Казимир бежал из страны. 18 ноября того же года шведская армия под командованием генерала Миллера подступила к стенам Ясной Горы. Несмотря на многократное превосходство шведов в живой силе (шведов было около 3 тысяч против 170 солдат, 20 дворян и 70 монахов в монастыре) настоятель Августин Кордецкий принял решение сражаться. Героическая оборона монастыря вынудила захватчиков отступить и послужила примером для всей страны, что привело к изгнанию шведов, что многими в Польше было расценено как чудо Богородицы. Вернувшийся из изгнания король Ян Казимир в ходе «львовских обетов» торжественно избрал Деву Марию покровительницей королевства.