Marrufo és àrbitre de la MLS dels EUA des de 2002. EL 2007 va entrar al comitè estatunidenc de la CONCACAF i de la FIFA. Ha arbitrat partits de la Copa de Nacions de l'OFC, dels Jocs Olímpics de 2008, de la Copa del Món de futbol sub17 (2009 i 2013), de la Copa d'Or de la CONCACAF (2009, 2011, 2013, 2015 i 2017), de la Copa América Centenario i de la Copa del Món de 2018.