Im Dezember 1944, nach dem Rückzug der deutschen Wehrmacht, wehrte sich Theodorakis mit seinen Partisanenfreunden gegen die (auch militärische) Einmischung durch die Briten in Griechenland und nahm an der Schlacht um Athen teil. Nach dem Friedensabkommen von Varkiza wurde die Volksbefreiungsarmee im Februar 1945 aufgelöst. Als kommunistischer Regimegegner wurde Theodorakis im Juli 1947 während des Griechischen Bürgerkriegs verhaftet und auf die Insel Ikaria nach Christos Raches verbannt. Mitte 1948 wurde er nach zeitweiliger Freilassung und erneuter Verhaftung wieder auf die Insel Ikaria, diesmal nach Evdilos, sodann im Dezember in das auf der Insel Makronisos eingerichtete Konzentrationslager deportiert, in dem Tausende umkamen. Theodorakis war hier schwersten Folterungen ausgesetzt, wurde zweimal lebendig begraben und war dem Tode nahe. Sein Vater Giorgos Theodorakis verkaufte seinen Besitz auf Kreta, um seinem Sohn zu Hilfe zu kommen.