In het voorjaar van 1632 heroverden Zweedse troepen Palts-Simmern, waarna Maria Eleonore en Lodewijk Filips konden terugkeren naar het vorstendom. Haar echtgenoot werd eveneens aangesteld tot regent van de Palts in naam van zijn minderjarige neef Karel I Lodewijk. Nadat de Zweden in 1634 de Slag bij Nördlingen verloren, werd het echtpaar in 1635 opnieuw uit hun gebieden verdreven. Vervolgens leefden Maria Eleonore en Lodewijk Filips verschillende jaren in ballingschap in Metz en Sedan. Pas na de Vrede van Westfalen in 1648 konden ze terugkeren naar Palts-Simmern.