В 1940 году многие игроки были призваны на фронт войны против Италии. В бою погиб Мимис Пиерракос, чьи останки были захоронены в Греции только в 1950-е годы. С 1941 по 1944 годы в оккупированной немцами Греции действовала Единая всегреческая организация молодёжи, куда вошли многие игроки «Панатинаикоса». Михалис Папазоглу играл важную роль в партизанском отряде, ведомом . После войны следующий чемпионат Греции «Панатинаикос» выиграл в &lt;a href="%D0%A7%D0%B5%D0%BC%D0%BF%D0%B8%D0%BE%D0%BD%D0%B0%D1%82%20%D0%93%D1%80%D0%B5%D1%86%D0%B8%D0%B8%20%D0%BF%D0%BE%20%D1%84%D1%83%D1%82%D0%B1%D0%BE%D0%BB%D1%83%201948/1949"&gt;сезоне 1948/1949&lt;/a&gt; под руководством австрийца Йоханна Стрнада, а в том же году клуб пополнился такими игроками, как Вангелис Панакис и . В &lt;a href="%D0%A7%D0%B5%D0%BC%D0%BF%D0%B8%D0%BE%D0%BD%D0%B0%D1%82%20%D0%93%D1%80%D0%B5%D1%86%D0%B8%D0%B8%20%D0%BF%D0%BE%20%D1%84%D1%83%D1%82%D0%B1%D0%BE%D0%BB%D1%83%201952/1953"&gt;сезоне 1952/1953&lt;/a&gt; «Панатинаикос» снова завоевал чемпионство, итого к 1958 году выиграв семь из восьми розыгрышей чемпионата Афин; в том же 1958 году Мимис Домазос, будущий капитан команды, дебютировал в составе «зелёных» и вместе с клубом выиграл первый чемпионат Греции, проведённый в новом формате и носивший название «Альфа Этники».