Du au le "Santa Fe" intègre un groupe aéronaval formé autour de l' ; celui-ci frappe Peleliu puis Mindanao en septembre avant de rejoindre les Palaos. Le mois suivant, le groupe participe à une série d'attaques visant à neutraliser les forces aériennes japonaises dans le cadre de la campagne des Philippines ; le 13, les USS "Santa Fe", et remorquent les croiseurs et , endommagés par des torpilles lors de la bataille aérienne de Formose, avant de rejoindre le groupe le 17 pour apporter un appui-feu au débarquement sur Leyte. Durant celui-ci, plusieurs escarmouches avec la flotte japonaise ont lieu ; durant l'un d'eux, les quatre croiseurs de la "CruDiv13" coulent le porte-avions "Chiyoda" et le destroyer "Hatsuzuki". Le , le groupe arrive à Ulithi ; il attaque Manille les 5 et et reste dans la zone, portant plusieurs autres attaques dans les Philippines entre les 11 et , avant de retourner à Ulithi le 17. Le 20, le navire-citerne USS "Mississinewa" est coulé par des Kaitens japonais ; les hydravions du "Santa Fe" récupèrent plusieurs des survivants du naufrage. Les opérations dans les Philippines reprennent ensuite, avant que le groupe ne se dirige vers Mindoro pour prendre part au débarquement américain. En janvier, le groupe bombarde les aérodromes japonais sur Formose, Okinawa et Luçon afin de neutraliser l'aviation ennemie et mène plusieurs raids en mer de Chine méridionale sur les côtes chinoises et indochinoises ; il est de retour à Ulithi le 26.