Im September 1920 wurde er während der Besetzung von Smyrna nach Smyrna gerufen, um Constantin Carathéodory bei der Organisation der Universität Smyrna zu unterstützen und die Professur für Hygiene und Mikrobiologie anzunehmen. Aufgrund der Vertreibung der Griechen im griechisch-türkischen Krieg und dem Brand von Smyrna im September 1922 kam Joachimoglu mit seiner Mutter, seiner verwitweten Schwester und deren zwei Kinder nach Berlin.