היחסים בין שתי המדינות היו ידידותיים וקרובים במשך השנים, אולם היו גם חילוקי דעות רבים, כגון במלחמת נגורנו קרבאך, במלחמת גאורגיה–רוסיה ובמעמד המשפטי של הים הכספי. אזרבייג'ן תמכה ברוסיה בסוגיית צ'צ'ניה וסגרה את נציגות נשיא המורדים הצ'צ'נים אסלאן מסחאדוב בבאקו.