Pardo debuteerde in 1996 in het Mexicaans nationaal elftal tegen de Verenigde Staten. Inmiddels is hij recordinternational met meer dan 140 interlands. Pardo won met "Los Tricolores" in 1998 en 2003 de CONCACAF Gold Cup en in 1999 de Confederations Cup. Bovendien behoorde hij tot de Mexicaanse selecties voor het WK 1998, het WK 2006, de Copa América 1997 en de Copa América 1999. Pardo vertegenwoordigde zijn vaderland eveneens op de Olympische Spelen 1996 in Atlanta, waar de Mexicaanse ploeg onder leiding van bondscoach Carlos de los Cobos in de kwartfinales werd uitgeschakeld door de latere winnaar Nigeria.