En 1886 Alcérreca fue designado edecán del presidente de la República José Manuel Balmaceda, y en enero de 1891, al estallar la rebelión de la Armada, fue nombrado Intendente de Santiago de Chile. Intervino en la Batalla de Concón como comandante en jefe de la división Valparaíso, que sufrió una importante derrota. En los meses siguientes, organizó la represión de los opositores al presidente Balmaceda en la capital, ganándose el odio de gran parte de la aristocracia santiaguina.