Morán debütierte am 7. August 1988 in der uruguayischen A-Nationalmannschaft. Sein erstes von zwei Toren im Trikot der „Celeste“ erzielte er bei der 1:4-Niederlage am 20. Dezember 1992 im Freundschaftsspiel gegen Deutschland. Ebenfalls traf er am 17. Juli 1993 beim 3:0-Sieg gegen Peru. Insgesamt bestritt er 23 Länderspiele und erzielte zwei Tore. Er gehörte dem Aufgebot bei den Turniere um die Copa América 1991 und 1993 an. Sein letzter Nationalelfeinsatz datiert vom 15. August 1993, als er mit Uruguay unter Trainer Luis Alberto Cubilla in der WM-Qualifikation ein 1:1-Unentschieden gegen Brasilien erreichte.