Luisa nació en La Haya, donde sus padres vivían en el exilio después de que su padre perdió la Batalla de la Montaña Blanca y fue expulsado de los tronos de Bohemia y del Palatinado. Sexta hija del príncipe elector Federico V del Palatinado y de su esposa Isabel de Inglaterra. Su padre, un calvinista, murió el 29 de noviembre de 1632, cuando Luisa tenía diez años. Hermana del elector Carlos I Luis del Palatinado y del conde Eduardo del Palatinado.