Væbnet konflikt i Kroatien forblev tilbagevendende og i mindre skala indtil 1995. Tidligt i august begyndte Kroatien "Operation Storm" (kroatisk "Operacija Oluja"), som var en stor kroatisk militær offensiv for at tilbagevinde store områder i det centrale Kroatien holdt af kroatienserbiske styrker. Det kroatiske angreb genvandt hurtigt de meste af områderne fra Republikken serbisk Krajina, hvilket førte til en masseflugt af den serbiske befolkning. Skønsvis 90.000-350.000 serbere flygtede. Et resultat af denne krig var Daytonaftalen, som officielt gjorde ende på Bosnien-krigen. En fredfyldt integrering af de tilbageværende serbisk-kontrollerede områder i det østlige Slavonien blev fuldført i 1998 under overopsyn af FN. Flertallet af de serbere, som flygtede fra tidligere Krajina, er ikke vendt tilbage af frygt for gengældelser.