第二次世界大战期间，纳粹德国海军于1940年8月重新接管了美杜莎号，并将其改造为浮动的防空炮台。它在当时的武器装备是由一门、四门10.5厘米38年式高射炮、两门以及四门20毫米炮所组成。随后，舰只被编入第222海军防空旅，并于战争期间驻扎在威廉港的港口。由于推进装置已无法使用，舰只必须随时被拖曳至发射地点。在盟军于1945年4月19日发动的空袭中，美杜莎号遭严重破坏并丧失使用能力。袭击共造成舰上22人死亡及41人受伤。此后，舰只被拖至附近，并于欧洲战事结束前的1945年5月3日，当波兰陆军第一装甲师入侵时，由美杜莎号的船员自行凿沉。其残骸最终于1948－1950年被打捞上岸，并拆解报废。