Suomen itsenäistymisen jälkeen Danielson-Kalmari jäi sivuun politiikan johdosta, mutta otti aktiivisesti kantaa tärkeiksi kokemiinsa asioihin. Vuoden 1918 valtiomuotokiistan aikana hän oli kuningas- sekä saksalaismielinen ja kiersi maata pitämässä monarkiaa puoltavia valtiotieteellisiä esitelmiä. Ahvenanmaan omistusta koskeneen kiistan aikana 1920 hän kirjoitti historiantutkimuksen, jossa ”todisti” saariryhmän kuuluvan Suomelle. Danielson-Kalmarin mielipiteitä pidettiin arvovaltaisina, joskin vanhoillisuutensa vuoksi ne myös usein sivuutettiin. Sisällissota muutti hänen maailmankuvaansa pysyvästi oikeistolaisemmaksi, ja hän esiintyi vuonna 1930 vahvasti Lapuan liikkeen kannattajana. Puolueista hän tuki kokoomusta. Jonkinlaiseksi kansakunnan ”grand old maniksi” kohotettu Danielson-Kalmari toimi myös Turun yliopiston kanslerina vuosina 1921–1926 ja oli presidentin valitsijamiehenä vuoden 1925 vaaleissa. Hänet vihittiin Turun yliopiston filosofian kunniatohtoriksi vuonna 1927. Hän kokosi vielä tutkimuksellisen elämäntyönsä 11-osaiseen teossarjaan "Suomen valtio- ja yhteiskuntaelämää 18:nnella ja 19:nnellä vuosisadalla", joka ilmestyi vuosina 1920–1933.