Čeprav je bil Maksimilijan nezadovoljen s habsburško politiko, je ob smrti cesarja Matije leta 1619 ocenil, da njegova kandidatura za cesarja ne bi bila uspešna, in je podprl Ferdinanda II. Ni pa želel ponovno ustanoviti katoliške lige in cesarju pomagati proti upornim Čehom, dokler ta v münchenski pogodbi iz 8. oktobra 1619 ni obljubil, da bo Maksimilijanu dal v fevd osvojena ozemlja in tudi knežji volilni glas Palatinata (ki so si ga münchenski Wittelsbachi že tako dolgo želeli). Maksimilijan je z vojsko lige (30.000 mož) zavzel Zgornjo Avstrijo, katere protestantski knezi so se povezali z upornimi Čehi, in skupaj s cesarsko vojsko premagal upornike v bitki na Beli gori (8. november 1620); hitro je zavzel še Zgornji Palatinat in s pomočjo Špancev tudi Palatinat. Dragoceno heidelberško knjižnico je poklonil papežu Gregorju XV. v zahvalo za diplomatsko in finančno podporo. Na regensburškem knežjem zboru, 25. februarja 1623, je od cesarja prejel obljubljeno plačilo, volilni glas zaenkrat le osebno, za čas življenja.