Em 14 de Novembro de 1791, Pétion é eleito prefeito de Paris, disputando contra La Fayette, obtendo 6.708 votos dos 10.632 possíveis e com o apoio da Corte, opositora de La Fayette, segundo alguns. Durante a Jornada de 20 de Junho de 1792, tenta impedir a invasão do Palácio das Tulherias e dos apartamentos reais, mas é acusado pelo rei e o diretório do departamento de ter favorecido a revolta e facilitado, com sua falta de reação, a invasão do palácio. Em 6 de Julho, é suspenso de suas funções pelo departamento e substituído por Philibert Borie, mas esta medida aumenta sua popularidade ; as secções armam-se para reclamar sua volta e ele é o herói das celebrações pelos três anos da Queda da Bastilha, em 14 de Julho de 1792. A Assembleia Legislativa decide então recolocá-lo em suas funções. Em 3 de Agosto, à frente da municipalidade de Paris, exige a deposição do rei. Em compensação, não participa da Jornada de 10 de Agosto de 1792.