בתוכנית ההתנתקות שנערכה ב-2005 השתתף מג"ב והפעיל כוחות גדולים לשם פינוי גוש קטיף, לרבות כוחות מילואים. שוטרי מג"ב השתתפו גם באירועי עמונה ובעוד כמה פינויי יישובים.