1. maja 1994 se je Ayrton Senna smrtno ponesrečil na Veliki nagradi San Marina. Prost je bil pogrebnik na brazilčevem pogrebu. Štiri leta po smrti Senne je Prost povedal Nigelu Roebucku, da ni »nikoli želel govoriti o njem.« Ko je Senna umrl, je Prost povedal, da je umrl tudi del njega, ker sta bili njuni karieri tako prepleteni.