Thi đấu cho Đội tuyển bóng đá quốc gia Argentina trong bảy năm, Saviola tham dự Giải vô địch bóng đá thế giới 2006 và Cúp bóng đá Nam Mỹ 2004, nơi Argentina lọt vào chung kết. Anh cũng giành huye chương vàng Thế vận hội Mùa hè 2004.