Descendiente de una familia calvinista convertida al catolicismo tras la toma de Amberes, Seghers fue bautizado en la catedral de Amberes el 17 de marzo de 1591. Su formación inicial la recibió de su hermano Jan Baptista Seghers, orfebre de profesión. Algunas fuentes hablan también de un posible paso como aprendiz por los talleres de Abraham Janssens o de Hendrick van Balen, pero parece más probable que fuese Gaspar Crayer padre el verdadero responsable de su formación como pintor. Artista precoz, ya en 1608, con sólo 17 años, fue admitido como maestro pintor en el gremio de San Lucas.