Al in februari 1789 begon Marat met het sturen van brieven naar de Franse Staten-Generaal. Op 1 juli publiceerde Marat zijn pamflet "Mededeling aan het volk of de ministers ontmaskerd". Na de Bestorming van de Bastille verzette hij zich tegen de feestvreugde. In september stelde hij het levensmiddelencomité verantwoordelijk voor de schaarste. Al spoedig raakte hij in de clinch met burgemeester Jean Sylvain Bailly en de commandant van de burgerwacht Markies de LaFayette. In november 1789 viel hij het kiesrecht aan en spoorde het volk aan tot verzet. Ook Jacques Necker moest het ontgelden. Marat kocht drukpersen, die hij in zijn eigen huis opstelde, toen drukkers in moeilijkheden kwamen en zijn opdrachten weigerden. Zijn tijdschrift verscheen soms twee keer op een dag. Op 12 december kwamen twintig man aan zijn huis om hem te arresteren. De tenlastelegging klopte niet en justitie moest hem vrijlaten. Op 22 januari werd een nieuwe poging gedaan hem te arresteren. Aan beide zijden was de straat afgesloten met honderden agenten. Mogelijk waren er in totaal 12.000 agenten in de weer om de wijk af te zetten. Marat week tijdelijk uit naar London; daarmee was de weg vrij voor Georges Danton om op de voorgrond te treden. In mei keerde hij terug naar Parijs, waar een hongersnood dreigde. Marat hield zich schuil in de kelders van Cordeliers of in de riolen van Parijs. Marat maakte zich sterk voor de afschaffing van de monarchie en ging te keer tegen eenieder die gematigder opvattingen had dan hij. In juli 1790 schreef hij: