Après l'armistice de juin 1940, il prend le commandement du groupe de reconnaissance 2/14 à Avignon. Après l'invasion de la « Zone libre » en novembre 1942 et la dissolution de l'Armée d'armistice, Challe entre dans l'Organisation de résistance de l'Armée, où il intègre le S.R « Air », expérience déterminante quand on sait l'importance du renseignement dans toute guerre.