В октябре 1949 года была образована Германская Демократическая Республика, и политическая карьера Эриха Хонеккера резко устремилась вверх. Как председатель ССНМ, он с 1950 года организовал три фестиваля молодёжи Германии в Берлине и спустя месяц после первого мероприятия был избран кандидатом в члены Политбюро ЦК СЕПГ. Хонеккер являлся ярым противником церковного движения среди молодёжи. После событий 17 июня 1953 года Хонеккер вместе с Германом Матерном открыто поддержал во внутрипартийной дискуссии сторону Вальтера Ульбрихта, в то время как большинство членов Политбюро с Рудольфом Гернштадтом во главе пытались добиться его отставки. 27 мая 1955 года Эрих Хонеккер передал свои полномочия лидера ССНМ Карлу Намокелю. В 1955—1957 годах Эрих Хонеккер находился на учёбе в Высшей партийной школе при ЦК КПСС в Москве, присутствовал на XX съезде КПСС и слушал доклад Н. С. Хрущёва, обличавший культ личности И. В. Сталина. По возвращении в ГДР Эрих Хонеккер в 1958 году был принят в члены Политбюро ЦК СЕПГ и отвечал за вопросы безопасности. В 1960 году Хонеккер вошёл в состав Национального совета обороны. Как секретарь по безопасности ЦК СЕПГ, Хонеккер стал одним из основных организаторов строительства Берлинской стены в августе 1961 года.