Hans son, Albrekt Fredrik (1568–1618), var omyndig när fadern dog och förföll till följd av sin uppfostran i dysterhet och psykisk ohälsa. Hans närmaste arvinge var hans kusin Georg Fredrik av Brandenburg-Ansbach, som övertog förmyndarskapet för den sinnessjuke regenten. Då Georg Fredrik dog (1603) övergick arvsrätten och 1605 också förmyndarskapet till Albrekt Fredriks måg, den brandenburgske kurfursten Johan Sigismund, som efter svärfaderns död (1618) förenade landet med Brandenburg. Dennes sonson, Fredrik Vilhelm (1640–1688), som under den svenske kungen Karl X Gustavs krig mot Polen intog en tvetydig ställning, blev genom traktaten i Königsberg 7 januari 1656 tvungen att ställa Östpreussen under svensk överhöghet, men befriades redan genom traktaten i Labiau 10 november samma år från denna förbindelse.