Zaraz po wyborze na papieża Innocenty IX mianował swojego podopiecznego referendarzem Trybunału Sygnatury Apostolskiej oraz kardynałem diakonem. Po rychłej śmierci papieża Facchinetti sprawował funkcję generała oddziału strażników pilnujących bezpieczeństwa konklawe. W 1605 roku jako kardynał uczestniczył zarówno w pierwszym jak i w drugim konklawe. W marcu 1592 roku otrzymał kościół tytularny Santi Quattri Coronati; jednocześnie papież udzielił mu dyspensy w związku z brakiem wymaganego wieku kanonicznego. W 1606 roku Facchinetti został obdarzony tytułem protonotariusza apostolskiego oraz objął urząd audytora przy Świętej Consulcie.