Завершить образование удалось уже после окончания войны. 6 ноября 1945 года Мартти Карвонен окончил университет, получив диплом военного врача. Там же, в Хельсинкском университете, на кафедре физиологии он начал свою академическую карьеру. Будучи ассистентом, он изучал клиническую физиологию.