Am 2. März 1634 geriet Mercy in einem Gefecht bei Thann gegen den Rheingrafen Otto Ludwig von Salm-Kyrburg-Mörchingen für kurze Zeit in feindliche Gefangenschaft. Bald darauf wurde er ausgetauscht und konnte von April an monatelang die Stadt Rheinfelden gegen ein schwedisches Heer unter dem Befehl des Rheingrafen halten. Mercy übergab die Stadt erst am 29. August gegen freien Abzug der Garnison dem Feind, nachdem seinen Verteidigern der letzte Proviant ausgegangen und eine Hungersnot ausgebrochen war. Durch seine lange Verteidigung Rheinfeldens und das folgende zögernde Aufbrechen des Rheingrafen kam dieser zu spät in Nördlingen an, um die dortige Niederlage noch abzuwenden.