V Alaudae sai taistelukasteensa Caesarin sodassa gallijohtaja Vercingetorixiä vastaan ja osallistui luultavasti Alesian piiritykseen vuonna 52 eaa. Legioona otti osaa myös Caesarin kansalaissotaan Pompeiusta vastaan. Vuonna 49 eaa. se osallistui Italian sotaretkeen ja pysyi jonkin aikaa Apuliassa. Talveksi 49/48 eaa. se siirrettiin Dyrrhachiumiin, mutta ei osallistunut Farsaloksen taisteluun elokuussa 48 eaa. Tämän jälkeen legioona osallistui Caesarin Afrikan sotaretkeen Metellus Scipiota ja Cato nuorempaa vastaan. Thapsuksen taistelussa 6. huhtikuuta 46 eaa. se torjui Metelluksen sotanorsujen rynnäkön, jonka jälkeen legioona ottikin norsun tunnuksekseen. V Alaudae taisteli vielä Mundassa vuonna 45 eaa.