Lors de son arrivée en Chine, Perry se voit confronté à la Révolte des Taiping contre la dynastie Qing qui dure déjà depuis 1851. Dans un premier temps le commodore de la marine américaine ne veut pas être impliqué à cet événement de politique intérieure chinoise. Cependant, en tant que commandant de l’escadre des Indes orientales, des marchands américains établis à Canton et Shanghai lui demandent de les protéger. De plus, le gouvernement chinois lui-même est à la recherche d’aide étrangère pour mettre fin à la révolte. Toutefois, Perry ne semble pas fondamentalement opposé à cette révolution en laquelle il voit une sorte d’intervention divine et le début d’une nouvelle ère face à un gouvernement despotique. Ainsi, une fois reçu par le gouverneur à Shanghai, Perry décline la demande d’aide du gouvernement sous prétexte que l’envoyé du gouvernement américain, Humphrey Marshall, n’a toujours pas été reçu formellement. Ce dernier demande par la suite le soutien de la flotte pour les affaires chinoises, à l’encontre des intérêts de l'expédition au Japon. Perry est donc contraint de laisser derrière lui le "Plymouth" avant de partir pour Okinawa. Ce navire rejoint ensuite l’escadre en juin.