Suuretsinnöistä huolimatta Isotalo ei koskaan jäänyt kiinni. Hän siirtyi Pohjois-Suomesta jälleen Ruotsin puolelle tammikuussa 1917. Venäläisviranomaisten pyynnöstä jääkäreitä alettiin jahdata poliittisina terroristeina myös Ruotsissa. Haaparannalla pidätys oli lähellä tammikuun lopulla, mutta Isotalo pääsi taas pakenemaan: tällä kertaa hän eksytti jahtaajansa juoksemalla lumiseen metsään sukkasillaan. Helmikuussa hän palasi Saksaan. Suoritettuaan täydentävää sotakoulutusta Lockstedtissa ja Liepājassa (tuolloisessa Libaussa) hän osallistui muun muassa Palangan räjäytyskomennukselle syksyllä 1917 ja sai "hilfsgruppenführerin" eli ryhmän varajohtajan arvon. Hän astui sisällissotaa käyvän Suomen tasavallan joukkojen (valkoisten) palvelukseen helmikuussa 1918 varavääpeliksi ylennettynä ja pari päivää myöhemmin toimi lippualiupseerina jääkärien vannoessa sotilasvalansa Suomen valtiolle Liepājassa ennen lähettämistä Suomeen.