За време сукоба са Хабсбуршком монархијом, Бернадот је учествовао 1805. године у бици код Аустерлица, али његове јединице су имале споредну улогу. Следеће године, Наполеон га је именовао "кнезом од Понтекорва", да би 1807. године Бернадот био именован гувернером окупираних градова Ханзшке лиге и северне Немачке. Године 1809. учествовао је у бици код Ваграма у којој су Французи победили Аустријанце, али је Бернадот изгубио 1/3 своје јединице, због чега је пао у немилост и вратио се у Париз. Упркос тога што је био у Наполеоновој немилости, водио је успешну одбрану Француске током продора Енглеза у Холандију. Међутим, ни то није смањило неповерење француских политичара према њему.