Ben-Gurion, İsrail'i İsrail Bağımsızlık Savaşında yönetti. Mısır'la ateşkesin ilan edildiği tarih olan 25 Şubat 1949 yılında Başbakan oldu. 1954 ve 1955 yıllarında 2 sene dışında Başbakanlık görevinde 1953 yılına kadar kaldı. Başbakan olarak ülkenin önemli kurumlarının kurulmasına başkanlık etti. Ülkenin gelişimini hedefleyen önemli projeleri yönetti. Yahudilerin Arap ülkelerinden helikopterlerle alınması olarak bilinen Operation Magic Carpet, National Water Carrier, kırsal yörelerin kalkınmasını amaçlayan projeler ve yeni kasaba ve şehirlerin kurulması gibi önemli projeler onun zamanında gerçekleşti. Özellikle ülkenin sınır kesimlerinde bilhassa Negev'de yerleşimlerin yapılması için öncülük etti.