Boetto foi um dos cardeais eleitores que participaram do Conclave de 1939, que selecionou o Papa Pio XII. Durante a Segunda Guerra Mundial, ele foi um firme defensor de Gênova e seus cidadãos. Ele protestou contra o bombardeio da cidade por navios de guerra britânicos , alegando que Deus asseguraria o triunfo da Itália. Em 8 de dezembro de 1945, Gênova concedeu seu Cardeal com cidadania depois que ele pediu que todas as forças do Eixo perto da cidade se rendessem.