Nel 1991, Slovenia e Croazia si dichiararono indipendenti. Dal 26 giugno al 7 luglio venne combattuta una guerra tra l'esercito jugoslavo e l'armata territoriale slovena, che vide la resa dell'esercito federale. Dal 1991 al 1995 durò il conflitto tra l'esercito croato e la popolazione serba della Croazia, appoggiata dall'esercito jugoslavo, che si concluse con la vittoria croata. Nel 1992 anche la Bosnia-Erzegovina si dichiarò indipendente, e fino al 1995 la repubblica fu sconvolta da diversi conflitti che videro opposti musulmani e croati contro i serbi di Bosnia e musulmani contro croati di Bosnia, conclusisi con l'accordo di Dayton che sancì la creazione di una repubblica indipendente su base federale.