Tra il 1529 e il 1535 Carlo V affrontò la minaccia islamica, dapprima difendendo Vienna dall'assedio turco e poi sconfiggendo gli Ottomani in Nord Africa e conquistando Tunisi. Tuttavia, questi successi furono vanificati negli anni quaranta dalla fallimentare spedizione di Algeri e dalla perdita di Budapest. Nel frattempo, Carlo V era giunto a un accordo con papa Paolo III per dare inizio al Concilio di Trento (1545). Il rifiuto di prendervi parte della luterana Lega di Smalcalda provocò una guerra, che si concluse nel 1547 con la cattura dei principi protestanti. Quando le cose sembravano mettersi per il meglio per Carlo V, Enrico II di Francia garantì appoggio ai principi ribelli, alimentando di nuovo i dissidi luterani, e venne a patti con il sultano Solimano il Magnifico, il nemico più pericoloso di Carlo V fin dal 1520.