Patton foi nomeado governador militar da Baviera, onde liderou o Terceiro Exército nos esforços de desnazificação. Ele ficou particularmente frustrado ao saber sobre o fim da guerra contra o Japão, escrevendo em seu diário que "Outra guerra chegou ao fim, e com ela minha utilidade para o mundo". Seu comportamento e afirmações começaram a ficar cada vez mais erráticas, infeliz com sua posição e deprimido por acreditar que nunca lutaria outra vez. Várias explicações além de suas decepções foram propostas para o comportamento de Patton nesse período. Carlo D'Este sugere que "parece virtualmente inevitável... que Patton passou por algum tipo de dano cerebral de suas várias lesões na cabeça" vindos de acidentes de carro e cavalo, especialmente um sofrido em 1936 enquanto jogava polo. Sua sobrinha apareceu novamente; eles passaram um tempo juntos em Londres em 1944 e novamente na Baviera em 1945. Jean Gordon estava apaixonada por um jovem capitão casado que a deixou abatida quando ele foi para casa ficar com a esposa. Patton frequentemente gabava-se de seu sucesso sexual com Gordon, porém seus biógrafos são céticos. Stanley Hirshson diz que a relação era casual. Dennis Showalter acredita que o general estava sob enorme estresse psicológico e físico, fazendo as afirmações para provar sua virilidade. D'Este concorda, escrevendo que "Seu comportamento sugere que, tanto em 1936 [no Havaí] quanto em 1944–45, a presença da jovem e atraente Jean era um meio amenizar as ansiedades de um homem na meia idade preocupado com sua virilidade e temendo envelhecer".