فعالیت‌های علمی وی در سازمان حج، دبیر خانه انقلاب فرهنگی، دبیر خانه مجمع تشخیص مصلحت نظام و ارگان‌های دیگر کشور باعث نزدیکی او با مسائل جاری کشور بوده‌است. عابدی جعفری پس از اتفاقات انتخابات ریاست جمهوری دهم، در سال ۱۳۸۹ در دوره ریاست فرهاد رهبر، همراه با برخی دیگر از اساتید از دانشگاه تهران بازنشسته شد. وی در رابطه با فساد ساختاری، در همایش مبارزه با فساد در ایران اظهار داشته‌است:...نکته کلیدی در مبارزه با فساد این است که نهادهای قدرت و ثروت در جامعه فی الذاته مستعد فساد هستند. متاسفانه این تجربه ای تاریخی است و مربوط به سرزمینی خاص نیست. بنابراین هر جا که قدرت یا ثروت انباشته ای پدید آمده، فساد ایجاد شده است... اینکه توقع داشته باشیم که این دو نهاد خود را اصلاح کند، اشتباه است.لذا باید نهاد سومی وجود داشته باشد تا این دو نهاد را اصلاح کند که آن علم است. فراموش نکنیم که در مبارزه هم صدمه زدن هست، هم صدمه دیدن. بنابراین نهاد علم باید زیرساخت ها و چارچوب های نظری لازم را برای مبارزه با فساد فراهم کند. بی تردید مبارزه با فساد بدون داشتن علم، خود فساد است و این مهلک ترین اشتباهی است که در مبارزه با فساد با آن مواجهیم.عابدی جعفری در ارتباط با ادغام وزارت بازرگانی در وزارت صنایع و معادن و تشکیل وزارت صنعت، معدن و تجارت گفته‌است: ما با ادغام وزارتخانه‌ها، گوشت قربانی درست کردیم و هر مسوولیتی را به یک دستگاه دادیم.