1986 nahm Guerra mit der uruguayischen Auswahl an den Südamerikaspielen 1986 in Chile teil. Er war auch Mitglied der A-Nationalmannschaft seines Heimatlandes. Von seinem Debüt am 30. April 1992 bis zu seinem letzten Einsatz am 26. Juni 1993 absolvierte er acht Länderspiele, in denen er insgesamt einen Treffer erzielte. Bei der Copa América 1993 war er Teil des uruguayischen Aufgebots und wurde im Verlauf des Turniers dreimal eingesetzt.