Zu Beginn der Neuzeit scheint der Steig verödet und verfallen zu sein, wohl durch den drastischen Rückgang des Verkehrs aufgrund von Grenzstreitigkeiten und Hussitenstürmen. Um 1560 richteten daraufhin die Bürgermeister von Vilshofen und Grafenau ein Gesuch an Herzog Albrecht V. von Baiern, die alte Straße wiederherzustellen. Die Verhandlungen waren zäh. Und erst 1591 erhielt Vilshofen eine erste Brücke über die Donau. Als in der Mitte des 16. Jahrhunderts der Salztransport immer mehr von den Hauptwegen des Goldenen Steiges auf die Nebensteige abgelenkt wurde und 1568 der Herzog von Baiern beim alten Augustinerstift St. Nikola vor den Toren Passaus einen eigenen Salzstadel errichtete, um das Hochstift Passau zu umgehen, kam es zu Konflikten mit Passau. Durch einen geheimen Vertrag mit dem Salzburger Erzbischof erhielt Herzog Wilhelm V. von Baiern 1594 das Handelsmonopol für Salz aus Hallein und verdoppelte hierauf nach und nach die Preise für Salz, das er in großen Mengen auf der Gulden Straß nach Böhmen transportierte. Die Passauer versuchten sich vor dem Reichskammergericht dagegen zu wehren und nahmen auch allen durchs Abteiland ziehenden Säumern das bayerische Salz mitsamt Pferden ab. Letztlich einigte man sich am 27. Oktober 1608 mit dem Münchner Vertrag dahingehend, dass Bayern nun zu einem festen Preis das Salz an Passau lieferte, während Passau garantierte, nur von Bayern zu kaufen. Die Gulden Straß musste aufgegeben werden und wurde so eine für Salzsäumer „verbottne Straß“.