Després de servir breument com a intèrpret a la 2a Divisió de les forces aliades al nord de la Xina durant la Segona Guerra de l'Opi, sota el comandament del Major Garnet Wolseley i, posteriorment, del Comandant en Cap Sir Hope Grant el 1860, Swinhoe va ser nomenat primer funcionari consular britànic a Formosa. Va viatjar a Formosa a bord del canoner Cockchafer i va arribar a Takao amb un assistent, George Braun, i un seguici de funcionaris xinesos a principis de 1861. A continuació va viatjar per terra fins a Taiwanfoo, on hi va instal·lar un consolat provisional al temple de Funshin, fora de les muralles de la ciutat. Encara que Swinhoe era només vicecònsol, es va conferir a si mateix el títol de "cònsol en funcions" amb la finalitat d'obtenir el respecte de l'intendent local i aconseguir una casa dins de les muralles de la ciutat. El 10 de juliol de 1861 es va inaugurar oficialment el consolat. A finals de 1861, va traslladar el consolat a Tamsui amb la finalitat de fomentar el comerç. Poc després, el 10 de maig de 1862, Swinhoe va emmalaltir i va tornar a Anglaterra amb una llicència especial per malaltia.