Ook na de dood van Karel IV in 1378 bleef er in hoog tempo gebouwd worden in de vier steden. In 1400 hield dit echter op, toen Wenceslaus IV werd afgezet. Dit gaf een aanzienlijke terugslag in de ontwikkeling van Praag. Vooral toen in 1419 de Hussietische revolutie uitbrak en de stad, evenals vele andere steden tot ver in de Duitse landen, verwoestingen moest ondergaan ten gevolge van de strooptochten van de Hussieten, de volgelingen van de revolutionaire hervormer Johannes Hus. In wezen ging het in Praag en andere steden om een opstand van de Tsjechische lagere volksklasse tegen het Duitstalige patriciaat. De Hussieten namen met geweld de kerken in, en verdreven een groot deel van de Duitstaligen, met name ook aan de universiteit. Hun vertrek verarmde de wetenschap in Praag en verrijkte die aan de omliggende universiteiten in Saksen en Beieren, met name die van Erfurt en Leipzig. Maar de Tsjechen kregen er dan wel een nationale universiteit voor terug. Toch verdween het Duitstalige element niet geheel. In de raadscolleges namen zij voor de revolutie de helft van de zetels in, verdwenen zij in de tijd van de revolutie maar later in de 15de eeuw liep hun aantal weer op tot eenderde.