Mussawi kündigte Anfang März 2009 an, im Juni 2009 bei den Präsidentschaftswahlen im Iran anzutreten. Er gilt als Gegner Mahmud Ahmadineschāds, den er bei seiner Kandidatur mit den Worten: „Wir müssen damit aufhören, unsere Ressourcen für kurzfristige Interessen und wertlose politische Ziele zu vergeuden“, kritisierte. „Ich werde die Korruption ausrotten“, versprach er gleich bei seinem ersten öffentlichen Auftritt. In der Frage des Holocaust distanzierte sich Mussawi sehr deutlich vom Amtsinhaber Ahmadineschād, „er stellte klar, dass er den Völkermord an den Juden in Nazi-Deutschland verurteilt“. Hinsichtlich des Streits um das iranische Atomprogramm bemerkte Mussawi am 14. April 2009: Niemand im Iran würde die Aussetzung der Urananreicherung billigen, der „Iran werde jedoch nachweisen, dass es nur zivile Zwecke mit seinem Atomprogramm verfolge“. Die als Sammelbecken der Reformer geltende Partei Partizipationsfront des islamischen Iran hat sich am 28. April zur Wahlempfehlung für Mir Hossein Mussawi ausgesprochen.