Γεννήθηκε και μεγάλωσε στην Αθήνα, στη Γούβα (Άγιος Αρτέμιος). Μαθητής ακόμα, σε ηλικία 16 ετών, το 1973, εντάχθηκε στην ακροδεξιά οργάνωση του Κωνσταντίνου Πλεύρη «4η Αυγούστου», στην οποία δραστηριοποιήθηκε και κατά τη διάρκεια των φοιτητικών του χρόνων, στο τμήμα Μαθηματικών του Εθνικού και Καποδιστριακού Πανεπιστημίου Αθηνών. Σε ομιλία του 2012 σε μέλη της ΧΑ για τα γεγονότα του Πολυτεχνείου ο Μιχαλολιάκος είπε ότι «εκείνη την εποχή ήμουν ήδη πολιτικά ενεργός καίτοι δεν είχα συμπληρώσει ακόμη τα 16 μου έτη». Σύμφωνα με το Γιάννη Περδικάρη, συνεργάτη του Μιχαλολιάκου και μελλοντικού συνιδρυτή της Χρυσής Αυγής, το Νοέμβριο του 1973 μια ομάδα περίπου 100 νεολαίων του Κόμματος 4ης Αυγούστου, μεταξύ των οποίων και ο Μιχαλολιάκος, αποφάσισαν να εισβάλλουν στο κτήριο του Πολυτεχνείου, που είχαν καταλάβει φοιτητές που είχαν εξεγερθεί εναντίον της στρατιωτικής δικτατορίας. Ελλείψει σχεδιασμού και ηγεσίας εγκατέλειψαν το εγχείρημα και περιορίστηκαν «στην παρεμπόδιση και αποτροπή της τροφοδοσίας των εγκλείστων από τις εξωτερικές ομάδες περιφρούρησης».