Montseny es va fer càrrec del nou Ministeri de Sanitat i Assistència Social entre el 4 de novembre de 1936 i el 17 de maig de 1937, i esdevingué la primera dona nomenada ministra a l'estat. Abans d'aquella data, Sanitat havia estat una Direcció General sota el Ministeri de Governació, fet que li restava poder polític al govern. El nomenament es va produir a l'inici de la Batalla de Madrid i la fugida del govern a València. Montseny va romandre a Madrid, seguint les consignes confederals de no abandonar la ciutat.