W 1657 roku miasto zostało spalone przez Szwedów. Dalszych zniszczeń i rabunków Szwedzi dopuszczali się w latach 1704–1705, natomiast w roku 1707 i 1769 Włocławek pustoszyły wojska rosyjskie. W 1789 roku miasto liczyło 1325 mieszkańców, "de facto" około 2 125, licząc także osoby zamieszkujące przedmieścia i tereny katedralne.