Ruusujen sodassa Lancaster-suvulle uskollinen Harlech jäi piiritetyksi Yorkien hallitsemalle alueelle Lancasterien kärsittyä tappion Towtonin taistelussa. Piiritystä kesti kaikkiaan seitsemän vuotta, kunnes linnan puolustajat antautuivat vuonna 1468 Lancasterien linnoituksista viimeisenä. Poikkeuksellisen pitkän piirityksen mahdollisti linnan yhteyteen rakennettu muurien suojaama väylä jyrkänteen alaiseen rantaan, mitä kautta linnan puolustajia oli mahdollista huoltaa meriteitse.