בעקבות נפילתה של יפן במלחמת העולם השנייה, תנועות ההתנגדות לשלטון היפני במאלאיה עברו להתנגדות לשלטון בריטניה, שפעלה במהירות כדי לכבוש בחזרה את המושבה, ולהשתמש בה כמקור לגומי ולבדיל. לוחמי הגרילה במאלאיה היו בעיקר מאלאים-סינים, ולכן ניסיונות הדיכוי של הבריטים נתמכו בידי המוסלמים במאלאיה, שהבינו שכאשר ההתקוממות תדוכא, תוענק למאלאיה עצמאות. מלחמת הגרילה שנפתחה, ונודעה כמצב החירום המלאי, החלה ב-1948, ונמשכה עד ל-1960, על אף שב-1957, הרגישו הבריטים בטוחים מספיק כדי להעניק עצמאות לפדרציה של מאלאיה, כחלק מחבר העמים הבריטי. ב-1963, הפדרציה, יחד עם סינגפור, סארוואק וצפון בורנאו התאחדו ליצירת מלזיה. אך ב-1965, סינגפור, בה היה רוב סיני, החליטה להתנתק מהאיחוד, בעקבות מתח בין הקהילה הסינית לקהילה המאלאית. ברוניי, שהפכה לשטח חסות בריטי ב-1888, סירבה להצטרף לאיחוד, והחליטה לשמור על מעמדה עד שהוענקה לה עצמאות ב-1984.