১৯৭১ সালের যুদ্ধাপরাধীদের ফাঁসির দাবীতে ২০১৩ সালের ৫ ফেব্রুয়ারি শুরু হওয়া শাহবাগ আন্দোলন থেকে বাংলাদেশের স্বাধীনতার বিরোধিতাকারী সংগঠন বাংলাদেশ জামায়াতে ইসলামী ও জাতীয়তাবাদী দল-বিএনপির সাথে সংশ্লিষ্ট কিছু প্রতিষ্ঠান ও প্রচার মাধ্যমকে বন্ধ করার দাবি জানানো হয়, তার মধ্যে দৈনিক নয়া দিগন্ত অন্যতম। শাহবাগের গণজাগরণ মঞ্চ থেকে এই পত্রিকা বর্জন করার ঘোষণা দেয়া হয়। আন্দোলন চলাকালে ১২ ফেব্রুয়ারি ২০১৩ তারিখ দুপুরে ঢাকার মতিঝিলের ইনার সার্কুলার রোডে অবস্থিত দৈনিক নয়া দিগন্তের কার্যালয়ে হামলা করে নয়া দিগন্তের গাড়ি ও কাগজের রোল পুড়িয়ে দেয় এই পত্রিকার বিরোধীরা। ২২ ফেব্রুয়ারি এই পত্রিকার চট্টগ্রাম আফিসেও হামলা চালানো হয়। ২৪ ফেব্রুয়ারি ২০১৩, চট্টগ্রামে ১২টি ইসলামী সমমনা দলের ডাকা হরতাল প্রত্যাখ্যান করে শাহবাগ আন্দোলন থেকে শুরু হওয়া মিছিলে প্রতিবাদস্বরূপ অগ্নিসংযোগ করা হয় দৈনিক নয়া দিগন্ত পত্রিকায়। পত্রিকাটি সার্কুলেশনের দিক থেকে দ্বিতীয় বা তৃতীয় স্থানে অবস্থান করছে। তবে সরকারি বিজ্ঞাপন না পাওয়ার কারণে বর্তমানে পত্রিকাটি অার্থিক সংকটের মধ্যে রয়েছে।