Het vonnis tegen Horáková werd nietig verklaard in juni 1968 tijdens de Praagse Lente, maar vanwege de inval door de landen van het Warschaupact die daarop volgde kon Horáková's reputatie niet volledig worden gerehabiliteerd tot na de Fluwelen Revolutie in 1989 door president Václav Havel. Een belangrijke hoofdweg, in het gemeentelijke district Praag 7, nabij de heuvel Letná in de wijk Bubeneč, is in 1990 naar haar vernoemd; "Ulice Milady Horákové". In 1991 werd haar postuum de Orde van Tomáš Garrigue Masaryk (1e klasse) toegekend. Tevens werd in 1991 besloten dat 27 juni, de dag waarop Horáková is geëxecuteerd, de "Herdenkingsdag voor de Slachtoffers van het Communistische Regime" zal zijn in Tsjechië.