עם פרוץ מלחמת שלושים השנים תמך בתחילה יוהאן פרידריך בצורה מסויגת בפרידריך החמישי, הנסיך הבוחר מפפאלץ, אולם לאחר תבוסתו בקרב ההר הלבן הכריז יוהאן פרידריך על נייטרליות. במהלך קרב וימפפן הביס צבאו של יוהאן ט'סרקלס פון טילי את צבאו של גאורג פרידריך, מרקיז באדן-דורלאך, ואחיו מגנוס, דוכס וירטמברג-נויינבורג נפצע אנושות ומת זמן קצר לאחר מכן. על אף שיוהאן פרידריך הכריז על נייטרליות, עברו הכוחות הקיסריים בחלקים הצפוניים-מערביים של הדוכסות.