В 1983 году Баэна дебютировал за сборную Венесуэлы. Сесар защищал честь национальной команды на четырёх Кубках Америки 1983, 1987, 1989 и 1997 годов. В сборную Баэна вызывался вплоть до самого завершения карьеры.