1997'de bir kez daha Meksika millî takımının teknik direktörlüğüne getirildi. 1997 FIFA Konfederasyonlar Kupası'nda mücadele etmesinin ardından, 1998 CONCACAF Altın Kupa'da şampiyon oldu. Aynı yıl Dünya Kupası'nda mücadele etti. 1999 Copa América'yı üçüncü sırada tamamlayan takım, 1999 FIFA Konfederasyonlar Kupası'nı şampiyonlukla tamamlarken 2000 CONCACAF Altın Kupa'ya çeyrek finalde veda etti. 2000 yılında Lapuente'nin görevi sona erdi. 2001'de ikinci kez Atlante, 2001-2003 yılları arasında América, 2006'da ikinci kez América, 2008'de ikinci kez Tigres UANL, 2010-2011 yıllarında üçüncü kez América ve son olarak 2013'te bir dönem daha Puebla teknik direktörü olarak görev yaptı. América ile 2006 CONCACAF Şampiyonlar Kupası'nda şampiyonluk yaşadı.