Au cœur de l'hiver, Ligier est racheté par l'ancien champion du monde Alain Prost sans que cela ne remette en cause l'engagement de Nakano, qui débute donc en course à l'occasion du GP d'Australie 1997 au volant de la Prost-Mungen-Honda. Les débuts sont difficiles et il casse beaucoup de voitures. Rapidement, de vives tensions apparaissent autour de Nakano, dont les performances sont loin de celles de son coéquipier Olivier Panis. Pour stigmatiser le manque de compétitivité de son pilote, Prost n'hésite pas à parler de « "voiture morte" » et ne cache pas son désir de le remplacer par un pilote plus performant (le nom d'Emmanuel Collard est alors régulièrement cité). Mais Mugen Honda refuse le moindre compromis avec Prost (déjà engagé avec Peugeot pour les saisons suivantes) et obtient le maintien de son pilote. Au GP du Canada, Nakano marque son premier point (en raison de l'accident de Panis, ce résultat est obtenu dans l'indifférence générale) et récidive de manière probante lors du GP de Hongrie, où il termine devant Jarno Trulli, l'autre pilote Prost GP.