Teiras o insucesso é transladado a Valência, onde toma o comando da Terceira Divisão Orgânica. No fim de outubro volta para Madrid como chefe da Primeira Divisão Orgânica. Em novembro de 1936, ao evacuar o governo a capital frente da iminente chegada das tropas franquistas, foi designado presidente da Junta de Defesa de Madrid. Com o tenente-coronel Rojo como Chefe de Estado-Maior, logra deter o inimigo no rio Manzanares após feroces combates na Cidade Universitária, atingindo grande popularidade entre o povo madrilenho. Sem Miaja não se impediria a entrada de Franco em Madrid.