Muzeum zlokalizowane jest w pozostałościach Fortu Winiary z XIX wieku, wchodzącego w skład umocnień Twierdzy Poznań, zniszczonego częściowo w 1945 w czasie zdobywania miasta przez oddziały Armii Czerwonej i mieszkańców miasta. Muzeum założone zostało w latach 60. XX wieku w dawnym laboratorium artyleryjskim ("Spezial-Kriegs-Laboratorium") i nosiło kolejno nazwy: od 1967 roku Muzeum Wyzwolenia Miasta Poznania, od 1991 – Muzeum Cytadeli Poznańskiej i od 1998 jako Muzeum Uzbrojenia. W 1985 zostało zmodernizowane i wyposażone w dwa monitory, na których można było oglądać filmy z przebiegu walk o Poznań prezentowane w technice video.