В 2011 году в составе молодёжной сборной Коста-Рики Бустос принял участие в молодёжном чемпионате КОНКАКАФ в Гватемале. На турнире он сыграл в матчах против команд Гваделупе, Канады, Кубы, Гватемалы и Мексики. В поединке против канадцев Хуан забил гол.