All'inizio della guerra, la JNA tentò di mantenere con la forza la Croazia nella Jugoslavia, occupandola. Dopo aver fallito in questo piano, le forze serbe proclamarono, all'interno della Croazia, la Repubblica Serba di Krajina (RSK) . Per la fine del 1991, la maggior parte del Paese fu gravemente coinvolto nel conflitto, con diverse città e villaggi pesantemente danneggiati nel corso dei combattimenti, mentre l'intera popolazione fu costretta a fronteggiare l'impatto creato da centinaia di migliaia di rifugiati. Dopo il cessate-il-fuoco del gennaio 1992 e il riconoscimento internazionale della Repubblica di Croazia come stato sovrano, venne stabilita una linea del fronte di tipo fortificato in mezzo alla quale venne schierata una forza di interposizione ONU dal nome "United Nations Protection Force" - UNPROFOR, Forza di protezione delle Nazioni Unite, riducendo, negli anni successivi le due fazioni a combattimenti intermittenti. All'inizio di questa fase, la Repubblica Serba di Krajina si estendeva per 13.913 km² corrispondenti a più di un quarto del territorio Croato. Nel 1995, la Croazia lanciò due offensive principali dal nome Operazione "Flash" (Operazione Lampo) e Operazione Tempesta, offensive che avrebbero cambiato l'esito del conflitto in suo favore. La rimanente zona sotto il controllo della "United Nations Transitional Authority for Eastern Slavonia, Baranja and Western Sirmium" - UNTAES (Autorità provvisoria delle Nazioni Unite per la Slavonia orientale, Baranja e Sirmia occidentale) fu riannessa nel 1998 alla Croazia. La guerra terminò con una vittoria totale della Croazia, in quanto questa ottenne i risultati che aveva dichiarato di volere fin dall'inizio del conflitto: l'indipendenza e il mantenimento dei confini.