С марта 2007 года по сентябрь 2008 года, Наирашвили командовал грузинскими ВВС, которые в августе 2008 года участвовали в вооружённом конфликте в Южной Осетии. В апреле 2009 года он был награждён высшей военной наградой Грузии — Святого Георгия-Победоносца — за его поведение во время войны.