В 1990 году во время визита в Москву Хусейни высказал неортодоксальную для представителя ООП точку зрения, согласно которой Иерусалим может стать столицей двух государств — Израиля и Палестины. На следующий год, в преддверии Мадридской мирной конференции, Хусейни выступал в роли связующего звена между Ясиром Арафатом и госсекретарём США Бейкером. На самой конференции он выступал в роли руководителя палестинской делегации, однако фактически продолжал выполнять роль посредника, находясь в постоянном контакте с руководством ООП.