Kościelna struktura organizacyjna w Czechach jest starsza od siostrzanej struktury w Polsce. Pierwszym biskupstwem w Czechach była utworzona w roku 973 diecezja praska, odnowiona morawska struktura kościelna. Kościół czeski zaczął przeżywać ogromny kryzys swej tożsamości w czasach husyckich w XV w. Nastąpiło wówczas osłabienie środowiska katolickiego. Ruch husycki odbierany był jako narodowy. By ograniczyć wpływ husytów w latach 1419–1436 król Zygmunt Luksemburski przy wsparciu papiestwa organizował kolejne krucjaty antyhusyckie. Kolejny cios strukturze kościelnej zadał okres reformacji i walk międzywyznaniowych. Wówczas liczba katolików spadła do 10%.