W 2003 roku Fernández wystąpił z młodzieżową reprezentacją Argentyny U-20 na mistrzostwach świata U-20 w ZEA. Wraz z rodakami zajął tam 4. miejsce. W 2004 roku został powołany na listę rezerwową do reprezentacji olimpijskiej na igrzyska olimpijskie w Atenach. W tym samym roku został powołany na Copa América 2004, jednak nie zdołał zaliczyć debiutu w pierwszej reprezentacji i cały turniej przesiedział na ławce rezerwowych, a Argentyna wywalczyła wicemistrzostwo kontynentu.