ג'וזף אגלסטון ג'ונסטון (באנגלית: Joseph Eggleston Johnston) היה קצין מקצועי בצבא ארצות הברית, אשר שירת בהצטיינות במלחמת ארצות הברית–מקסיקו (1846–1848), במלחמות הסמינול, וכן היה אחד הגנרלים הבכירים ביותר בצבא הקונפדרציה בזמן מלחמת האזרחים האמריקנית (1861–1865). הוא אינו קרוב משפחה של אלברט סידני ג'ונסטון, גנרל בכיר אחר בצבא הקונפדרציה אשר שירת בזירה המערבית ונהרג בקרב שילה בשנת 1862.