マニラ・ベイはマヌス島での整備が終わると、11月後半にはコッソル水道に進出。12月10日、マニラ・ベイはミンドロ島の戦いに向かう輸送船団を援護する艦隊に加わってコッソル水道を出撃。艦隊は12月13日にはミンダナオ海を通過。午後遅く、ネグロス島南方のスールー海に入った頃、艦隊は神風特別攻撃隊の攻撃を受けた。上空の戦闘機は大多数を神風を撃墜したが、戦闘機をかいくぐった神風のうちの1機はマニラ・ベイの対空砲火で撃墜され、他の1機は駆逐艦 ("USS Haraden, DD-585") に命中した。