アプトンの旅団が所属する第6軍団はポトマック軍から離れて、南軍ジュバル・アーリー中将のワシントンに対する脅威とその後の1864年のバレー方面作戦に対処するために派遣された。オペクォンの戦い（第三次ウィンチェスターの戦いとも呼ばれる）で、アプトンは第6軍団第1師団の師団長が致命傷を負ったときに師団の指揮を執った。アプトン自身もその後間もなく太腿に重傷を負ったが、戦闘が果てるまで戦場から立ち去ることを拒んだ。戦闘の間担架に乗せられながら、部隊を指揮した。アプトンはウィンチェスターの功績で2つの名誉昇進を果たし、9月19日に正規軍の大佐、10月19日に志願兵の少将となった。