Entre tanto, un pacto en Granada había repartido el Reino de Nápoles entre Francia y España. El país fue fácilmente ocupado en la Guerra de Nápoles (1501-1504) tras el desgaste acusado durante la primera guerra. Sin embargo, discrepancias posteriores desembocaron en una guerra en la que Gonzalo Fernández de Córdoba expulsó del país a los franceses en 1504 tras vencerles en batallas como Seminara y Ceriñola. Con el Tratado de Lyon, Nápoles se uniría ya definitivamente en la Corona de Aragón.