I egenskap av tillförordnad brittisk konsul i Guangzhou hävdade Parkes samma år energiskt Englands fördragsrättigheter i den så kallade "Arrow-affären," vilken omsider ledde till Englands och Frankrikes krig med Kina 1857-58. Vid erövringen av Guangzhou (jan. 1858) uppspårade och tillfångatog Parkes den kinesiske vicekungen Ye Mingchen, och han var sedan som medlem av en engelsk-fransk förvaltningskommission till hösten 1861 den oroliga millionstadens verklige styresman.