2010年4月、財団法人（のちに一般財団法人に移行）の高度情報科学技術研究機構にて会長に就任した。2011年3月11日の東北地方太平洋沖地震（東日本大震災）は茨城県ひたちなか市の自宅で迎えた。東京電力福島第一原子力発電所が津波により冷却に必要な電源を喪失していることをラジオで知り「大変なことになる」と直感したとおり、福島第一原子力発電所事故が進行していた。事故対応に忙殺される現役の原子力関係者に代わり、同月14日に天皇・皇后への事態のご進講を要請され、夜中に自家用車を走らせて上京し、15日に、スリーマイル島原子力発電所事故より深刻であると想像される旨を説明した。同時に、原子力学会会長も務めた身として安全神話への驕りがあったことも痛感し。同年4月1日には、原発推進の学者16人連名で「原子力の平和利用を先頭だって進めてきた者として、今回の事故を極めて遺憾に思うと同時に国民に深く陳謝する」「状況はかなり深刻で、広範な放射能汚染の可能性を排除できない。」として、原子力災害対策特別措置法に基づき、国と自治体、産業界、研究機関が一体となって緊急事態に対処することを求める異例の緊急提言を発表した。同年4月11日より、文部科学省の原子力損害賠償紛争審査会にて委員を務める。同年5月には、福島県内の除染が開始された。高度情報科学技術研究機構の会長を退き、2012年4月に顧問に就任した。自らも仲間とともに、福島県飯館村長泥地区に入って、（放射性降下物が付着しやすい）民家の屋根や雨樋を洗浄したり表土や草を剥ぎ取ったりする作業に従事したが、汚染地域は広大で「なかなかむつかしい」と日記で述懐している。