Zu den schwärzesten Stunden Neweys gehört der Unfall Ayrton Sennas beim Großen Preis von San Marino 1994 und die danach folgenden Gerichtsverfahren. Die Unfallursache ist bis heute nicht vollständig geklärt, eine Fehlkonstruktion von Newey bei der Lenksäule wird immer wieder als mögliche Ursache genannt. Er dachte kurzzeitig über einen Rücktritt nach, blieb der Formel 1 dann aber doch erhalten. Im April 2014 gestand er einen Konstruktionsfehler als mögliche Unfallursache ein. Die Seitenkästen des Fahrzeugs waren zu lang, was einen Strömungsabriss beim Aufsetzen des Wagens bei Bodenwellen und ein Ausbrechen des Hecks zur Folge hatte. Sennas Lenkkorrektur habe dann ein Abbiegen des Autos zur Folge gehabt. Eine Korrektur der Seitenkästen war vorgesehen, konnte aber nicht zeitgerecht für das Rennen in Imola umgesetzt werden.