24 mars 1794-16 november 1795 ledde han Kościuszko-upproret med stort deltagande av illa beväpnade bondebataljoner (med bland annat de legendariska omgjorda liarna som vapen). Upproret misslyckades vilket slutligen ledde till Polens "tredje delning" 1795 . Polen upphörde som oberoende nation och blev självständigt igen först 1918. Kościuszko blev fängslad, men frigiven av ryssarna 1796.