L'11 agosto 2009, dopo quasi 10 anni dall'ultimo Gran Premio disputato, a Badoer viene affidata la guida della Ferrari di Massa, infortunatosi nel corso delle qualifiche del Gran Premio di Ungheria, a partire dal Gran Premio d'Europa a Valencia. Inizialmente il posto di Massa era stato affidato a Schumacher, resosi disponibile per il rientro in Formula 1 dopo oltre due anni di assenza, ma questi ha dovuto rinunciare a causa di problemi al collo. Gli eventi hanno segnato così dopo 15 anni il ritorno di un italiano alla guida della Rossa. Il giorno del rientro in gara al Gran Premio d'Europa 2009 è stato multato per tre volte nelle prove libere per € 600,00, € 1.800,00 (seconda infrazione) e € 3.000,00 (terza infrazione) per un totale di € 5.400,00 a causa del superamento del limite di velocità in corsia box.