จอมพลเรือ อิโซโรกุ ยามาโมโตะ เป็นผู้บัญชาการในปีแรกสำหรับการวางแผนในสงครามหลัก เช่น การโจมตีเพิร์ลฮาร์เบอร์ ยุทธนาวีที่มิดเวย์ เขาเป็นนายพลเรือหัวก้าวหน้าผู้โด่งดัง ที่สนับสนุนแนวทางพัฒนาศักยภาพกองทัพเรือโดยการพัฒนาการบิน มากกว่าการต่อเรือรบขนาดใหญ่ ยามาโมโตะไม่เห็นด้วยกับการทำสงครามกับสหรัฐและอังกฤษ จนถูกปองร้ายจากคนในกองทัพ แต่ก็เป็นผู้ที่มีส่วนร่วมสำคัญในการวางแผนการโจมตีอ่าวเพิร์ล เขายังเป็นผู้บัญชาการสูงสุดกองเรือสหพันธ์ตลอดห้วงระยะเวลารุนรานแปซิฟิกใต้ และเป็นผู้นำการรบที่ยุทธนาวีมิดเวย์จนพ่ายแพ้ยับเยิน หลังจากความพ่ายแพ้ที่มิดเวย์ และกัวดัลคะแนล ยามาโมโตะเสียชีวิตระหว่างเดินทางไปให้กำลังใจทหารที่หมู่เกาะโซโลมอน เมื่อเครื่องบินที่พลเรือเอกอิโซโรกุ ยามาโมโตะโดยสารมาถูกแกะรอยจากหน่วยข่าวกรองสหรัฐจนรู้เส้นทางการบิน และใช้ฝูงบินของเครื่องบินขับไล่ P-38 ดักสังหาร ในที่สุด