En 1794, le général Sapiega participe activement à la préparation de l'Insurrection de Kościuszko. Il reçoit reçu le titre de lieutenant général et reçoit le commandement d'une division, mais refuse de prendre la tête de la révolte sur le grand-duché, aussi perd-il son poste de chef de division d'insurrection et il doit se contenter d'opérations militaires de moindre importance. Dans la même année, il finit par faire allégeance à Catherine II, évitant ainsi la confisquation d'une grande partie de ses domaines.