MacArthur ne s'entend pas non plus avec Carpender, en particulier après l'opération Cartwheel, et par deux fois, demande qu'il soit remplacé. En , King remplace Carpender par le vice-amiral Thomas C. Kinkaid, mais sans en informer MacArthur ou demander l'approbation du gouvernement australien ; pour sauver la face, on convient d'une réorganisation. Lors de l'invasion de Leyte, en , la flotte est massivement renforcée par les navires de la Flotte du Pacifique. La couverture est fournie par la flotte de l'amiral William F. Halsey, qui est demeurée sous le commandement de Nimitz. Seulement, lors de la bataille du golfe de Leyte, la division du commandement a mené les Alliés à bord de la catastrophe en particulier lorsque des malentendus ont surgi entre Kinkaid et Halsey. Les forces navales alliées sont supprimées avec la SWPA, le .