El balonmano es otra de las disciplinas más practicadas del país, ya que la selección nacional es asidua en las fases finales de los europeos y los mundiales. Skopie ha sido sede del Campeonato Europeo de Balonmano Femenino 2008, cuya final tuvo lugar en el Pabellón Boris Trajkovski, y su equipo más importante, el RK Vardar, se proclamó campeón de la Liga de Campeones de la EHF de 2017 y de 2019.