По време на балканските войни Охрид е превзет от сръбската войска на 29 ноември 1912 година. Така се прекратява близо 500-годишната османска власт. През септември 1913 година в региона избухва Охридско-Дебърското въстание. То е организирано от Вътрешната македоно-одринска революционна организация и в него българи и албанци въстават срещу новата сръбска власт. След четиридневни сражения с редовна сръбска войска въстанието е жестоко потушено. В Охридска околия са изгорени до основи 80 села. В Охрид са убити осем свещеници, петима учители и около 150 български жители. Избити са и около 500 турци и албанци. Къщите в цели квартали са разрушени като принадлежащи на бунтовници. Стотици охридчани са хвърлени в затворите. За да спасят живота си, над 30 000 души българи от тази част на Македония по различни пътища бягат към България. Албанските бежанци са около 20 000 и намират подслон в съседна Албания. По-късно „Света София“ е преустроена отново в църква. През Първата световна война Охрид влиза в границите на Българското царство и се управлява от ВМРО. След войната градът попада в състава на Кралство на сърби, хървати и словенци.