Nongqawuse werd geboren bij de Gxarharivier aan de grens van Brits-Kaffrarië, een kolonie in de hedendaagse Oost-Kaap van Zuid-Afrika. Na de dood van haar ouders werd ze opgevoed door haar oom Mhlakaza, een medium. De Xhosa hadden onlangs de Achtste Grensoorlog verloren en hun vee leed onder een longziekte.