Het fort werd in 1579 gebouwd tegenover het fort Lillo aan de rechteroever, waarschijnlijk in opdracht van de magistraat van Antwerpen. In juli 1584 viel het in handen van het Spaanse leger, maar in april 1585 kregen de Antwerpenaren het weer in handen. Na de Val van Antwerpen op 15 augustus 1585 bleef het fort Liefkenshoek, samen met fort Lillo, in handen van de opstandelingen van de Noordelijke Nederlanden. In 1614 werd het fort geheel vernieuwd op basis van een bestek van de vestingbouwer David van Orliens. Bij de Vrede van Munster in 1648 werd het officieel erkend als een vesting van de Republiek der Zeven Verenigde Nederlanden. De Republiek beheerste dus de Schelde tot vlak voor de stad Antwerpen.