John Milledge nació en Savannah, nieto de un colono de Georgia. Fue instruido privadamente y estudió derecho. Al comienzo de la guerra de Independencia de los Estados Unidos formó parte de un grupo que tomó preso al gobernador colonial Sir James Wright en 1775. También tomó parte en el asalto a la armería real de Savannah para conseguir pólvora para el ejército revolucionario. Cuando los británicos tomaron Savannah, Milledge escapó a Carolina del Sur, donde los patriotas americanos casi lo cuelgan de la horca creyéndolo espía. Participó en el Sitio de Savannah, intentando expulsar a los británicos. En 1778 sirvió como asistente del gobernador John Houstoun en una malograda campaña contra los británicos en el este de Florida. En 1781, siendo coronel del ejército de Georgia, ayudó a retomar Augusta (Georgia).