Schumacher revient sur les talons du champion du monde en titre espagnol dans la deuxième partie de la saison, en alignant cinq victoires, dont la dernière de sa carrière le octobre à Shanghai, portant son record à 91 succès depuis 1992. Le tournant du championnat a lieu lors de l'avant-dernière manche, au Japon, remportée par Alonso alors que Schumacher abandonne sur casse moteur. La décision se fait lors de la course finale à Interlagos : Alonso gagne son deuxième titre consécutif en se classant deuxième derrière Felipe Massa, qui remporte par ailleurs les deux premiers Grand Prix de sa carrière en disputant sa première saison chez Ferrari. Pour son dernier Grand Prix avant son retour en 2010, « Schumi » effectue une superbe remontée après un accrochage qui le plonge en fin de classement et passe la ligne d'arrivée en quatrième position. Finalement, Alonso et Schumacher comptent chacun sept victoires.