Klášter byl v 80. letech 13. století benediktiny obnoven, další přestavby následovaly v období vrcholné gotiky za císaře Karla IV., zejména rozšíření baziliky o pravoúhlý chór. Archeologické výzkumy dokládají další vydrancování (roku 1381), v roce 1403 požár a během husitských válek, v roce 1420 byl klášter opět vydrancován a zapálen, došlo ke zřícení zvonice. Jako zázrakem se však zachránil zvon "Matka Boží" z roku 1404. Po čtvrt století, v roce 1444 se pak propadla chrámová klenba. Poslední komunita mnichů odešla do někdejšího proboštství ke Svatému Janu pod Skalou roku 1517 a nadále jednotlivé stavby využívali jen poustevníci. Mniši s sebou vzali také zmíněný zvon, který je v klášteře Sv. Jana pod Skalou dodnes a patří mezi nejstarší zvony v Čechách (2017).