לפני השרפה הגדולה של 1863 תועדו בעיר 3,000 יהודים, וב-1895 נמנו 6,500. בראשית המאה ה-20 הגיעה הקהילה לשיא גודלה. להערכת ז'מילה קולונומוס מנתה לפחות 10,000 נפשות ולפי הערכות נוספות כ-11,000 נפשות. חוסר היציבות האזורי שהחל במרד אילינדן, נמשך במלחמת הבלקן הראשונה והשנייה ועד לחורבן העיר במלחמת העולם הראשונה, הוביל להגירה המונית מהעיר ולקיטון משמעותי במספר בני הקהילה. ב-1919 התגוררו בביטולה 3,500 יהודים וב-1921 2,640. בפרוץ מלחמת העולם השנייה התגוררו בעיר 3,246 יהודים. בראשית אפריל 1941, לאחר הכיבוש הגרמני התגוררו בביטולה 3,351 יהודים. כאמור, הקהילה חרבה בשואה. ב-1945 התגוררו בביטולה 57 יהודים. חלקם היגרו לסקופיה וחלקם עלו לישראל לאחר הקמתה. ב-1952 התגוררו בעיר 2 יהודים, ד"ר חיים אברבנאל מנהל בית החולים הממשלתי ורעייתו.