11 июня 1987 года в товарищеском матче против сборной Эквадора Мендоса дебютировал за сборную Колумбии. В том же году он принял участие в своем первом крупном международном турнире — Кубке Америки, на котором сборная завоевала бронзовые медали. В 1989 году Алексис во второй раз поехал на кубок Америки, на турнире он не сыграл ни одного матча.