Упркос отпору лазаронија, француске трупе, уз помоћ буржоазије, улазе у Напуљ и оснивају Партенопејску републику (јануар 1799). Фердинанд је сакупио војску на брзину и ставио је под команду кардинала Руфоа. Уз помоћ британске артиљерије, цркве и про-бурбонске аристократије, кардинал је успео да заузме Напуљ маја 1800. године, а Партенопејска република је пропала. Неколико месеци касније, Фердинанд се вратио на престо. Фердинанд није имао милости према побуњеницима. Наредио је неколико стотина погубљења. Погубљења Француза су престала тек онда када су га француски успеси приморали да пристане на споразум који је подразумевао и амнестију за припаднике француске партије у Напуљу. Када је 1805. године избио рат између Француске и Аустрије (Трећа коалиција), Фердинанд је потписао споразум о неутралности. Али, неколико дана касније, Фердинанд је, у складу са савезом са Аустријом, дозволио прикупљање англо-руских трупа на својој територији. Победа код Аустерлица (2. децембар) је омогућила Наполеону да пошаље трупе у јужну Италију. Фердинанд бежи у Палермо (23. јануар 1806.), а затим 14. фебруара Французи поново улазе у Напуљ. Наполеон је прогласио крај Бурбонске династије у Напуљу и на његов престо је поставио свога брата Јозефа као краља Напуља и Сицилије. Фердинанд је као краљ Сицилије владао под британском заштитом.