1890'ların sonlarında, şimdiye dek çoğu zaman bir kültür ve propaganda savaşıyla sınırlı olan Makedonya düşmanlığı, 1893'te kurulan Bulgar yanlısı İç Makedon Devrimci Örgütü, Osmanlılara karşı silahlı bir gerilla kampanyası başlatmasıyla yeni bir döneme girdi. İlinden Ayaklanması'nın ardından, Bulgar girişimleri Yunanistan’da "Makedonya Mücadelesi" olarak bilinen ve Sırp ve Yunan silahlı gruplar tarafından karşılandı. Bu silahlı gruplar, diğer şeylerin yanı sıra, kırsal nüfusun, okulların ve yetimhanelerin finansmanı için yoğun bir kültürel asimilasyon kampanyası yürüten ulusal komitelerin askeri kanadı olarak işlev gördü. Bulgar komitacıları, Yunan "andartes" ile Osmanlı jandarmaları arasında aralıklı mücadeleler yaşandı. Her iki taraf da diğer taraftarları korkutmaya çalıştığı için yağmalama, kundaklama ve suikastlar yaygındı. Çatışmalar, yalnızca tüm Osmanlı tebaasına eşitlik sözü veren, 1908'de Jön Türk Devrimi'nin ortaya çıkmasıyla sona erdi.