トライコフスキ大統領時代は、マケドニアの多数民族であるスラヴ系のマケドニア人と、マイノリティであるアルバニア人との間の激しい対立が起こった時代であった。1999年のコソボ紛争でセルビア領コソボ自治州のアルバニア系住民の自治権が拡大されたことに触発されて起こったマケドニア領内北西部のアルバニア系武装勢力・民族解放軍の決起は、2001年に政府軍との本格的な戦闘（マケドニア紛争）に発展した。マケドニアにおいては大統領職は形式的な元首であり行政上の権限は制限されていたが、トライコフスキ大統領はNATOの仲介による停戦と和平に尽力し、同年7月5日に停戦合意、8月13日にアルバニア系の地位向上に関する合意にこぎつけ、アルバニア系の権利向上に賛成したことから世界から民族間対話の推進者として賞賛を受けた。