Der Konflikt mit Bürgerschaft und Geistlichkeit gipfelte im Mai 1789 darin, dass die Zunft/Bürgerschaft bei Kaiser Joseph II. in Wien eine Klageschrift gegen Böhmer einreichte, in der sie ihm "„freigeisterische Gesinnungen, unverdaute Aufklärungsgrillen und höhnische Verachtung allen Glaubens“" vorwarf. Angesichts seiner aufklärerischen Haltung ist es nicht verwunderlich, dass Böhmer mit großem Interesse und Sympathie die revolutionäre Bewegung in Frankreich verfolgte und die mit der Erstürmung der Bastille am 14. Juli 1789 beginnende Französische Revolution begrüßte. Als 1792 französische Revolutionstruppen das linksrheinische Gebiet um Worms und Speyer besetzten, signalisierte er dem nach Speyer vorgerückten General der französischen Truppen Adam-Philippe de Custine, dass er nach der Einnahme von Speyer auch in Worms die „Ketten der Knechtschaft“ brechen möge. Damit begünstigte er die Einnahme der Stadt am 4. Oktober 1792 durch Custine. Böhmer wurde als persönlicher Sekretär in dessen Dienste gestellt und stand auch beim Weitermarsch der französischen Truppen nach Mainz an seiner Seite. In Mainz erfüllte Böhmer für Custine Verwaltungs- und Dolmetscheraufgaben, versuchte die Mainzer Bevölkerung von der französischen Verfassung zu überzeugen, führte in der Mainzer Zeitung seine Aufsatzserie „Magazin der Theologie“ weiter, übernahm weiterhin am 22. Oktober 1792 die Redaktion dieser Zeitung und war schließlich tags darauf im Mainzer Schloss Mitbegründer des ersten Mainzer Jakobinerklubs.