Pour tenter de freiner l'avancée allemande, le pont d'Esvres est détruit le en fin de nuit par les troupes du Génie. Après l'armistice du, allemands prennent leurs quartiers au château de Vaugrignon. Esvres se trouve en zone occupée mais à quelques kilomètres seulement de la ligne de démarcation. Cette situation favorise les tentatives de passages clandestins de cette ligne. Des passeurs esvriens viennent en aide aux clandestins ; parmi eux, l'abbé Georges Lhermitte qui est arrêté, relâché, arrêté à nouveau puis déporté à Buchenwald où il meurt en 1944. Le maire Auguste Noyant est arrêté par la Gestapo, probablement le ; il est déporté au camp de Buchenwald du jusqu'au ; il meurt le au cours de son transfert vers Cham. À la mi-juillet 1944, des mouvements de Résistance cachent dans les caves du château de Vaux des armes parachutées. Après une dénonciation, la Gestapo procède à du au au château, à Esvres et dans les environs ; quatre personnes sont fusillées sur l'aérodrome de Saint-Symphorien, les autres sont déportées et dix-huit meurent dans les camps de concentration nazis. Parmi ces victimes figure l'instituteur Joseph Bourreau, mort le à Ravensbrück. Fin , pour couvrir leur retraite, les troupes allemandes détruisent à leur tour le pont sur l'Indre. La guerre de 1939-1945 fait au total dans la population communale, six d'entre elles mourant dans les camps de concentration.