Произошедшее в середине XIX века Восстание тайпинов стало первым из антиманьчжурских выступлений, угрожавших стабильности империи. Хун Сюцюань, неудавшийся чиновник, проваливший имперский экзамен, возглавил восстание тайпинов, сопровождавшееся многочисленными беспорядками и голодом. В 1851 он с сообщниками начал выступление в провинции Гуйчжоу и создал Небесное царство тайпинов с собой самим в роли короля. Он утверждал, что часто получает от бога видения и что Иисус Христос — его брат. Рабство, конкубинат, договорные браки, курение опиума, бинтование ног, судебные пытки и поклонение идолам были запрещены. Однако повстанцы столкнулись с коррупцией, феодализмом и перебежчиками. Вдобавок британцы и французы, имевшие современное оружие, пришли на помощь армии империи Цин. Однако, восстание было подавлено лишь к 1864 году. Китайскими войсками при его подавлении командовал Цзэн Гофань. Восстание не только представляло серьёзную угрозу империи; это была ещё и «самая кровавая гражданская война всех времён». За 14 лет противостояния с 1850 по 1864 погибло от 20 до 30 миллионов человек. После провала этого восстания произошли другие: китайские мусульмане и Мяо выступили против властей, также случилось Дунганское восстание на северо-востоке и Пантайское восстание (1856—1873) в провинции Юньнань.