Но испытания, выпавшие на долю Михеля, на этом далеко не закончились. 3 июля 1906 года его ждал новый удар судьбы — во время строительных работ возник пожар — полностью выгорела и обрушилась башня, от церкви остались одни стены. Целый ряд архитекторов и влиятельных граждан Гамбурга высказались против восстановления Большого Михеля. Они предлагали поставить на том же месте новую церковь — воздвигнутую в соответствии с духом XX века. Однако простые жители Гамбурга, любившие и гордившиеся своей достопримечательностью, решили восстанавливать храм. К 1912 году третья церковь Святого Михаила была возведена по прежним чертежам, но при этом использовались самые современные материалы и технологии. Именно железобетонная конструкция помогла третьей церкви выстоять во время Второй мировой войны, когда Гамбург, как один из промышленных центров и основных портов Германии, подвергался массированным бомбардировкам.