Nel settembre 1939, allo scoppio della seconda guerra mondiale in Europa, il "Saphir" fu incaricato di condurre pattugliamenti e posa di ordigni nel mar Mediterraneo dalla base di Biserta, collaborando inoltre con la Royal Navy. Il 22 giugno 1940 la Francia siglò l'armistizio con la trionfante Germania nazista e due giorni dopo anche con l'Italia fascista. Nei termini della resa il "Saphir", che si trovava agli ormeggi nel porto tunisino con svariati altri sommergibili, dovette rimanere fermo in porto e fu posto in disarmo in un momento successivo, ma imprecisato. Tuttavia, il 26 giugno 1940, una sua mina fece saltare in aria il mercantile italiano "Alicantino", da tonnellate, al largo di Cagliari. Nel novembre-dicembre 1942 l'Asse occupò il protettorato tunisino e i tedeschi si appropriarono del "Saphir" e di altri battelli, che cedettero l'8 dicembre agli alleati italiani. La Regia Marina ridenominò il "Saphir" come "FR 112" e cercò di rimetterlo in efficienza per poi trasformarlo in sommergibile da trasporto; ma le fonti non concordano sull'arsenale: quasi sicuramente si trattava di Napoli, ma per un'altra era Genova. In ogni caso il sommergibile fu dichiarato inutilizzabile il 21 aprile 1943. Il successivo 8 settembre fu reso pubblico l'armistizio di Cassibile e le maestranze ordinarono di autoaffondare diverse unità, compreso il "Saphir"; per motivi non specificati dalle fonti ciò non fu fatto e i tedeschi se ne impossessarono per la seconda volta. Tuttavia non ritennero opportuno riutilizzarlo e, il 15 settembre 1943, lo fecero saltare in aria in porto oppure lo fecero affondare.