Al producirse la Gran Rebelión, la Junta de Guerra formada en el Cuzco lo nombró capitán de una compañía formada para defender la ciudad contra las huestes del Inca. Estuvo entre los vecinos notables que acudieron al cerro Picchu para estimular a los defensores se quedó de guarnición con su compañía. Pasados los días del asedio, fue comisionado para procesar de modo sumario a los prisioneros tomados, aplicando penas intimidatorias.