Ostatnie nabożeństwo w Nowej Synagodze odprawiono 9 września 1939 roku. 15 kwietnia 1940 z jej kopuł zdemontowano Gwiazdy Dawida i rozpoczęto, trwającą do 1941, przebudowę obiektu na pływalnię. Wszystkie przedwojenne synagogi zostały zniszczone w trakcie walk zimą 1945 roku i rozebrane w latach 1946–47. W czerwcu 1946 w Poznaniu przebywało 343 Żydów, z czego większość jeszcze w tym samym roku opuściła miasto. Wznowienie działalności gminy żydowskiej nastąpiło dopiero w 1999 roku. W odzyskanej w 2003 kamienicy zarządu gminy mieści się jedyny czynny w Poznaniu dom modlitwy, wyposażony 8 stycznia 2009 w jeden zwój Tory.