Habib Yusuf es el hijo mayor de Mohammed Yusuf, fundador de Boko Haram. A los 15 años, empezó a participar en el movimiento insurgente de Boko Haram. En ese periodo estuvo muy cerca de Abubakar Shekau, quien sucedió a Yusuf y fundó la Jamā'at Ahl as-Sunnah lid-Da'wah wa'l-Jihād JAS (Grupo Sunní para la Predicación y la Yihad).