1997 року в Конго спалахнула громадянська війна, в якій Йомбі-Опанго підтримував президента Ліссубу. Кількох близьких родичів Йомбі-Опанго було вбито бойовиками Сассу-Нгессо з ополчення «Кобри». Після поразки Ліссуби від військ Сассу-Нгессо, які підтримувала ангольська інтервенція, Йомбі-Опанго був змушений емігрувати в Габон, потім у Кот-д'Івуар і до Франції.