Нашествията на османските войски през 1529 ("Обсада на Виена") и 1683 ("Битка при Виена") оставят града в руини. През 1713 чумата достига Баден и покосява голяма част от населението, а година по-късно части от града са изпепелени до основи от голям пожар. Между 1796 и 1834 император Франц II прекарва всяко лято в Баден, превръщайки го в своя постоянна лятна резиденция. След големият пожар от 1812 Баден е построен наново по план на архитекта Йозеф Корнхойзел. През 1850 в състава на града влизат селцата Лездорф и Гутенбрун, а през 1912 Вайкерсдорф става част от Баден.