Рэлігійныя хваляванні і пераследы з'явіліся ў Польшчы між іншага з-за няўхвалы Соймам, у якім пачалі пераважаць каталікі, пастанаўленняў Варшаўскай канфедэрацыі. А яе найбольш заўзятым праціўнікам быў Жыгімонт III Ваза, які трапіў пад магутны ўплыў езуітаў на чале з Пятром Скаргам. Толькі пасля Шведскага патопу, калі Рэч Паспалітая ледзь здолела пазбегнуць падзелу між некаталіцкімі суседзямі, Касцёл здолеў юрыдычна і фактычна перакрэсліць пастановы Варшаўскай канфедэрацыі. У 1658 Сойм прысудзіў польскіх братоў да выгнання, і яны перасяліліся ў асноўным у Галандыю, дзе знаходзіцца іхняя знакамітая Bibliotheca Fratrum Polonorum, а ў 1668 пад пагрозай смерці забараніў выхад з каталіцтва.