در سیاست خارجی، کلینتون در اکتبر ۲۰۰۲ به قطعنامه مجوز استفاده از نیروی نظامی علیه عراق در سنا رای موافق داد، رأیی که بعدتر گفت از آن «افسوس» می‌خورد. در سال ۲۰۱۲ او موافق مسلح کردن جنگجویان شورشی سوریه بود و خواهان برکناری بشار اسد از قدرت شده‌است. او حامی بمباران یوگسلاوی توسط ناتو در سال ۱۹۹۹ و مداخله نظامی به رهبری ناتو در لیبی در سال ۲۰۱۱ به منظور سرنگونی معمر قذافی رهبر لیبی بود. کلینتون موافق حفظ نفوذ آمریکا در خاورمیانه است. او به کمیته روابط عمومی آمریکا و اسرائیل گفته، «آمریکا هرگز وقتی پای امنیت و بقای اسرائیل در میان باشد بی‌طرف نخواهد بود.» کلینتون از حق اسرائیل برای دفاع از خود در جریان جنگ اسرائیل و لبنان ۲۰۰۶ و نبرد ۲۰۱۴ اسرائیل و غزه حمایت کرده‌است. او از راه حل دو دولت بین اسرائیل و فلسطینیان حمایت می‌کند. او خود را «حامی سرسخت و تزلزل ناپذیر امنیت و ایمنی اسرائیل» می‌خواند. او عدم حمایت از برخی شورشیان معتدل سوری را باعث بروز خلأ قدرت و ظهور دولت اسلامی می‌داند.