Chalifman nahm mit der russischen Nationalmannschaft an vier Schacholympiaden zwischen 1992 und 2004 teil und gewann diese 1992, 2000 und 2002. Außerdem nahm er an den Mannschaftsweltmeisterschaften 1993 und 1997 teil und gewann den Wettbewerb 1997, ferner gewann er die Mannschaftseuropameisterschaft bei seiner einzigen Teilnahme 2003. Im Jahr 2017 wurde er Erster mit Sankt Petersburg bei der Mannschaftsweltmeisterschaft der Senioren (über 50 Jahre) in Limenas Chersonisou.