23 августа 1951 года Виснер сменил Аллена В. Даллеса на посту директора Департамента планирования ЦРУ, под прикрытием которого стало действовать Управление специальных операций. Ричард Хелмс был его руководителем. В этой должности он сыграл важную роль в поддержке проамериканских сил, которые свергли премьер-министра Мохаммеда Моссадыка в Иране в 1953 году, и президента Хакобо Арбенса Гусмана в Гватемале в 1954 году.