No momento do golpe de Estado de Bashir, em junho de 1989, o oeste de Darfur estava sendo usado como campo de batalha por tropas leais ao governo chadiano de Hissein Habré e rebeldes organizados por Idriss Déby, apoiados pela Líbia. Deby era do grupo étnico zagauas, que residiam em ambos os lados da fronteira Chade-Sudão, e os zagauas de Darfur lhes forneciam apoio e asilo. Centenas de zagauas do Chade também fugiram para o Sudão para buscar refúgio dos combates. O Conselho do Comando Revolucionário para a Salvação Nacional não estava preparado para um confronto com o Chade, que já estava prestando assistência ao Movimento Popular de Libertação do Sudão, e assim tendia a fazer vista grossa quando as forças chadianas cruzavam para o Darfur na perseguição dos rebeldes.