Sebelum pemilu legislatif Israel 1988, Netanyahu kembali ke Israel dan bergabung dengan partai Likud. Dalam pemilihan internal, Likud pimpinan Netanyahu Likud menjadapat daftar tempat kelima. Kemudian, ia terpilih sebagai anggota Knesset dari Knesset ke-12, dan yang ditunjuk sebagai wakil menteri luar negeri adalah Moshe Arens dan kemudian David Levy. Netanyahu dan Levy tidak bekerja sama karena terjadi persaingan di antara keduanya. Selama Konferensi Madrid 1991, antara Netanyahu dan anggota delegasi Israel yang dipimpin oleh Perdana Menteri Yitzhak Shamir. Setelah Konferensi Madrid, Netanyahu diangkat sebagai Deputi Perdana Menteri pada Kantor Menteri Israel.