Город расположен на западе страны, на южном берегу озера Манагуа, в 45 км от побережья Тихого океана. Город расположен на линиях разломов, поэтому может находиться в зоне действия землетрясений. Последним крупным землетрясением, нанесшим значительный ущерб столиц, стало землетрясение 1972 года.