La comunidad experimentaría un importante resurgimiento durante la dinastía Yuan. Marco Polo, durante el siglo XIII, y otros importantes escritores medievales (como el sacerdote católico italiano Pian del Carpine) señalaron la existencia de algunas comunidades cristianas nestorianas en el Medio Oriente, en la costa sudoeste de la India (el Malabar), en el Asia Central, en China y Mongolia. Rabban Bar Sauma, un viajero nestoriano originario de Shang-du (el "Xanadu" de los poemas de Coleridge, actualmente en Mongolia), llevó a un diplomático mongol del Khanato de Persia hasta las cortes de Constantinopla y Roma para discutir una posible alianza Franco-Mongola frente al avance musulmán de aquel entonces. Nuevamente debieron de soportar tiempos difíciles con la caída del poder mongol y finalmente desaparecerían de China en los tiempos de la dinastía Ming. Actualmente, el legado de los misioneros puede apreciarse en la arquitectura de antiguas iglesias levantadas en territorio de los actuales Irak, Irán e India. En 1260 un ejército cristiano (cuando aún gran parte de los turcos y mongoles se adherían al cristianismo "nestoriano") túrquico-mongol liderado por el líder cristiano nestoriano Kitbuqa o Quitbuka trató de recuperar la "Tierra Santa" para la cristiandad pero Kitbuqa fue derrotado por los musulmanes en la Batalla de Ain Yalut y luego de ser apresado fue ejecutado (según varias fuentes fue trucidado), es decir, puesto su cuerpo entre dos planchas de madera y luego aserrado por los musulmanes.