In seiner Schulzeit litt Kerner unter der Strenge seines Vaters und den Hänseleien seiner Mitschüler, die dem kleinwüchsigen und schwächlichen Knaben das Leben schwer machten. Kerners Widerspruchsgeist blieb aber dadurch ungebrochen, auch als der Vater Kerners seine Aufnahme in die Hohe Karlsschule in Stuttgart erwirkte. Diese vom Herzog Karl Eugen eingerichtete Eliteschule, deren Drill bereits 1782 Friedrich Schiller entflohen war, vermochte es aber nicht, den revolutionären Geist des jungen Kerner zu brechen. In einer Rede zum Namenstag des Herzogs setzte er sich für die Einrichtung einer staatlichen Armenfürsorge ein. Außerdem gründete er im gleichen Jahr in den Räumen der Schule einen politischen Klub von begeisterten Anhängern der französischen Revolutionsideen (u. a. Christoph Heinrich Pfaff, Ernst Franz Ludwig Marschall von Bieberstein, Joseph Anton Koch). Sie feierten im Geheimen den ersten Jahrestag des Sturms auf die Bastille. Diese und ähnliche Aktionen, bei denen Kerner mit seinen Freunden die Feudalgesellschaft und die von ihr hofierten französischen Emigranten mit Freiheitsparolen provozierten, ließen ein Verbleiben in Stuttgart nicht geraten erscheinen. Nachdem er mit Hilfe seiner Freunde in aller Eile sein Medizinstudium mit einer Dissertation beendet hatte, zog es Kerner dorthin, wo sich zu diesem Zeitpunkt bereits viele deutsche Freiheitsfreunde aufhielten. Er setzte seine gerade erst vollzogene Verlobung mit einer Stuttgarterin aufs Spiel und ging 1791, unter dem Vorwand, seine Medizinkenntnisse vervollkommnen zu wollen, nach Straßburg.