Under Kościuszko-upproret 1794 var Wybicki med general Jan Henryk Dąbrowski i Storpolen, men måste efter ryssarnas stormning av Prag fly till Frankrike. Sedan hans gods blivit konfiskerade, bodde han i Breslau, tills Napoleon I efter slaget vid Jena (1806) kallade honom och Dąbrowski till sig och gav dem i uppdrag att organisera en polsk här samt en polsk förvaltning. I det nyupprättade hertigdömet Warszawa var han senator-vojvod, och av Alexander I av Ryssland som var kung av Polen utsågs han 1815 till president i överdomstolen i Warszawa. Hans efterlämnade memoarer, "Pamiętnikì", utgavs i tre band 1840–43, av greve Edward Raczyński.