После ухода из Формулы-1 «Рено» в конце 1997 года Алези покинул Benetton. Следующие два сезона он провёл в команде-середняке чемпионата — «Заубере», где за два сезона смог набрать одиннадцать очков (пришёл на подиум в Гран-при Бельгии 1998 года). Переход же в -м году в команду своего бывшего партнёра по «Феррари» Алена Проста стал катастрофой. Партнёром Жана был дебютант чемпионата — чемпион Формулы-3000 Ник Хайдфельд. Несмотря на пару талантливых гонщиков, команда завершила чемпионат на последнем месте вместе с «Минарди» — обе команды не смогли набрать ни одного очка за весь сезон. Самым ужасным в сезоне стало Гран-при Австрии, когда пилоты не поняли друг друга и столкнулись, выбыв из гонки. Следующий сезон оказался несколько лучше — технических сходов не было совсем, а в Монако, Монреале и Хоккенхайме Алези даже смог набрать очки. Тем не менее, этого было мало и перед гонкой в Будапеште Жан поссорился с Простом и покинул французскую команду, перейдя до конца сезона в команду старого друга — в Jordan на место уволенного Френтцена. До конца года он смог ещё единожды финишировать в очках (6-м в Спа). В последовавшем межсезонье проводил тесты резины для команды «Макларен», будучи единственным гонщиком, в боевых условиях использовавшим шины как Michelin, так и Bridgestone, после чего закончил формульную карьеру.