继承波希米亚王位的是鲁道夫的兄弟马提亚斯，但是由于马蒂亚斯没有孩子，当马蒂亚斯生病时，他的表弟施蒂里亚的斐迪南大公，被波西米亚国会初步接受为未来的波希米亚国王。波西米亚的新教徒不喜欢这个决定。新教徒和天主教徒（亲哈布斯堡家族）之间的紧张关系导致引发了布拉格第二次抛出窗外事件，1618年5月23日，天主教徒总督被从布拉格城堡的窗户扔出去。他们活了下来，但是新教徒取代了天主教徒总督。这次事件引起了三十年战争。当马蒂亚斯去世时，施蒂里亚的斐迪南被选为皇帝斐迪南二世，但是没有被新教徒领袖接受为波希米亚国王。加尔文派教徒腓特烈五世 (普法尔茨)被选为波希米亚国王。1620年11月8日爆发了白山战役。皇帝斐迪南二世不仅得到天主教的西班牙、波兰和巴伐利亚的帮助，还得到路德会的萨克森的帮助（他不喜欢加尔文教派）。勇士伯爵率领的新教军队，主要来自路德会的西里西亚、盧薩蒂亞和摩拉维亚。这主要是新教徒和天主教徒之间的战斗。天主教徒获胜，皇帝斐迪南二世成为波希米亚国王。他宣布捷克重新皈依天主教。1621年6月21日，27位新教领袖在布拉格的老城广场被处死，其中包括3位贵族、7位骑士和17位市民，包括布拉格大学校长博士。大部分新教领袖逃离，包括特隆伯爵，那些留下的人遭受到意料之外的严厉惩罚。新教徒被迫将天主教徒扣押的所有财产送给天主教会。除了天主教以外的任何宗教信仰都被禁止。上流社会不是迁走就是改宗天主教。德语获得与捷克语平等的权利。威斯特伐利亚和约签订后，斐迪南二世将宫廷迁往维也纳，布拉格开始逐步衰落，人口从战前的6万下降到2万。1621年6月21日，以神圣罗马帝国皇帝、罗马教皇、西班牙贵族诸侯为代表的“再造天主教运动”镇压了布拉格市民起义，并处决了起义领袖。1631年和1648年布拉格先后被撒克逊人和瑞典人占领，从此进入衰落时期。