L'impegno della Honda sembra essere quello di vincere il primo Gran Premio di Formula 1 sotto la nuova gestione (obiettivo mai riuscito alla BAR), ma nonostante l'impegno economico la stagione 2006 si rivela estremamente avara di risultati per i piloti Jenson Button e Rubens Barrichello. La mancanza di competitività ha portato a metà stagione alla sostituzione del responsabile tecnico Geoff Willis, presente nel "team" dal 2002, con il giapponese Shūhei Nakamoto, proveniente dalla Honda Racing Development. Nonostante ciò, il primo (e unico) successo arriva proprio nel 2006, grazie a Button che vince un caotico Gran Premio d'Ungheria. La scuderia termina la stagione 2006 al 4º posto con 86 punti, un bottino piuttosto amaro dati gli enormi investimenti durante tutto l'anno. La stagione 2007 si rivela poi ancora più disastrosa per la scuderia anglo-nipponica, spesso battuta dalla piccola Super Aguri (equipaggiata con le vetture Honda del 2006), con un deludente ottavo posto finale, marcando solo sei punti. Nel 2008 la Honda continua a faticare, pur con un piccolo miglioramento rispetto alla stagione precedente. Button chiude 6º in Spagna, mentre Barrichello giunge 6º a Monaco, 7º in Canada e riesce a ottenere l'unico podio della stagione a Silverstone, giungendo 3º. A fine campionato la squadra conquista soli 14 punti e rimane in fondo alla classifica costruttori.