В ходе экспедиции Самуэль Фалкерсон, командир 37-го Вирджинского полка, отправил в военный департамент жалобу на действия генерала Джексона, и Тальяферро подтвердил слова Фалкерсона, что привело к вмешательству военного секретаря в управление войсками, и к конфликту Джексона и секретаря, который перерос в конфликт между генералом Томасом Джексоном и Лорингом (Так называемый «Инцидент Джексона-Лоринга»). В итоге военный департамент перевёл Лоринга на юго-запад, а бригада Тальферро вошла в состав армии Джексона. Она приняла участие, в частности, в кампании в долине Шенандоа. Часть его полков была переведена в бригаду Фалкерсона, но Тальяферро но иногда принимал командование этой бригадой, а иногда сдавал командование из-за болезни. Так, 23 мая он сдал командование полковнику Фалкерсону. 9 августа он принял командование дивизией Джексона после гибели генерала Уиндера, участвовал в сражении у Кедровой горы и 30 августа был серьёзно ранен во Втором сражении при Булл-Ран. Булл-Ран стал последним сражением, где Тальяферро служил при Джексоне. Ранение вывело Тальяферро из строя до декабря 1862 года.