Він був призначений до 2-го полку регулярної піхоти і служив там в ході Семінольської війни і американо-мексиканської війни. Він був підвищений до старшого лейтенанта за «хоробрість в захопленні ворожої артилерії» у битві за Мехіко і отримав патент на чин капітана після битв при Контрерас і Чірубуско. Потім він ніс службу на кордоні, де він брав участь у різанині корінних американців в Клірлейк, Каліфорнія в 1850. Після того, переведений в Форт Райлі, штат Канзас, Лайон був стійким противником рабства. Він не підтримував радикалізм аболіціоністів, і підтримував Республіканську партію під час служби на кордоні.