В 1906 году эмигрировал в Швейцарию, жил в Женеве, где встретился с В. И. Лениным. В августе 1907 года Семашко был делегатом от Женевской большевистской организации на Штутгартском конгрессе 2-го Интернационала. Арестовывался швейцарской полицией, после того, как арестованная по делу о Тифлисской экспроприации Сарра Равич отправила ему письмо из тюрьмы.