L'attacco iniziò il 26 maggio e le varie squadre indipendenti fecero rotta sull'atollo; la 6ª Flotta, in virtù del suo ruolo di picchetto, si era già dispiegata a metà mese da Kwajalein, dove si trovava Komatsu a bordo della sua ammiraglia : il piano prevedeva il posizionamento di tredici battelli ("I-168", "I-169", "I-171", "I-174", "I-175" del 3º Squadrone, "I-156", "I-157", "I-158", "I-159", "I-162" del 5º Squadrone, "I-121", "I-122", "I-123" del 13º Squadrone), ma si verificò un imprevisto. L'usura di alcuni dei sommergibili – nel dettaglio appartenenti al 5º Squadrone – costrinse a riparazioni d'emergenza negli arsenali giapponesi e quindi lo schermo a est di Midway rimase incompleto sino al 4 giugno, quando ormai aveva perso gran parte della sua utilità. Le Task force 16 e 17 passarono così inosservate e, grazie al lavoro di decrittazione compiuto dai servizi della marina statunitense, si posizionarono a nord di Midway e tra il 4 e il 6 giugno inflissero una grave sconfitta alla 1ª Flotta aerea del viceammiraglio Chūichi Nagumo, dopo la quale tutte le altre squadre giapponesi ripiegarono. Tuttavia il 6 giugno l"'I-168" si avvicinò alla danneggiata portaerei e la centrò con due siluri, facendola affondare il giorno seguente: questa contropartita e la sua parentela furono molto probabilmente gli unici fattori che risparmiarono a Komatsu una destituzione immediata come capro espiatorio della disfatta.