Michele Colli nacque a Vigevano nel 1738, quando la Lombardia apparteneva da oltre un trentennio all'impero asburgico. Suo padre Giuseppe Colli era un funzionario civile della monarchia austriaca che per i suoi meriti nel 1764 era stato nominato barone. Michelangelo si arruolò nell'Esercito imperiale all'età di diciotto anni. Nella prima parte della sua carriera militare fu ufficiale nel reggimento di fanteria «Pallavicini» (IR 15); prese parte alla Guerra dei sette anni e raggiunse il grado di capitano. Fu promosso tenente colonnello nel 1768 e posto al comando di un battaglione di fanteria durante la Guerra di successione bavarese (1778-1779). Nel 1779 fu nominato colonnello e raggiunse il grado di maggior generale durante la Guerra Austro-turca del 1787-1791 nella quale ebbe una parte importante nell'assedio di Belgrado (1789-1791).