Kekaisaran Jepang menginvasi Maluku pada awal tahun 1942 sebagai bagian dari Kampanye Perang Dunia II Hindia-Belanda, mengusir Belanda dari wilayah tersebut. Halmahera menjadi situs pangkalan angkatan laut Jepang di Teluk Kao. 2 tahun kemudian, pasukan AS dan sekutu mereka melancarkan Pertempuran Morotai pada tahun 1944; membom pulau itu pada bulan Agustus dan menyerang pada bulan September. Pasukan Kekaisaran Jepang di Morotai bertahan sampai 1945 tetapi gagal mengusir Sekutu.