Pada Perang Dunia Kedua, tentera Jepun menyerang lalu menduduki Tanah Melayu, Sabah, Sarawak, dan Singapura selama tiga tahun lebih. Sewaktu ini, hubungan antara etnik semakin tegang dan semangat nasionalisme semakin mekar. Setelah wilayah Malaysia ditakluki semula oleh Pihak Berikat, masyarakat tempatan semakin menyambut baik perjuangan demi kemerdekaan. Rancangan pascaperang British untuk menyatukan pentadbiran Tanah Melayu menjadi jajahan tunggal iaitu Malayan Union ditentang hebat oleh orang Melayu yang membantah perbuatan melemahkan kuasa raja-raja Melayu serta pemberian kewarganegaraan kepada kaum China. Pada tahun 1946, Malayan Union terbentuk daripada semua taklukan British di Tanah Melayu kecuali Singapura, kemudian dibubarkan pada tahun 1948 untuk memberi laluan kepada Persekutuan Tanah Melayu yang memulihkan autonomi raja-raja Melayu di bawah naungan British. Pada masa yang sama, pejuang pemberontak pimpinan Parti Komunis Malaya melancarkan kegiatan gerila untuk mengusir British dari Tanah Melayu, sehingga mencetuskan darurat dari tahun 1948 hingga 1960, yang melibatkan kempen antipemberontak berpanjangan oleh tentera Komanwel di Tanah Melayu.