El sustituto del retablo gótico fue un altar barroco del escultor Joaquín Benito Churriguera, de efímera vida, puesto que sufrió daños por el terremoto que el 1 de noviembre de 1755 arrasó Lisboa y a consecuencia de ello fue desmontado en 1758, siendo malvendido al año siguiente, desapareciendo con ello la que según los datos que se conocen constituyó la obra cumbre de su autor. Lo sustituyó el actual, de mármoles y bronce dorado, diseñado en estilo neoclásico por Ventura Rodríguez.