Spartan lain mukaan kukaan ei saanut olla navarkkina kuin korkeintaan vuoden. Siksi Lysandroksen oli palattava Spartaan virkakautensa päätyttyä. Vuonna 405 eaa. hänet lähetettiin kuitenkin uudestaan johtamaan laivastoa, tällä kertaa nimellisesti vain sen varakomentajana, mutta käytännössä hän oli laivaston todellinen komentaja. Aigospotamoin taistelussa Lysandros kukisti ateenalaiset perusteellisesti ja tuhosi heidän laivastonsa. Ateena antautui sen jälkeen vuonna 404 eaa.