Rinaldo d’Este brał udział w konklawe 1689 roku i w konklawe 1691 roku. Po 1687 roku kardynał d’Este był de facto przedstawicielem króla Jakuba II Stuarta, a po jego wygnaniu reprezentował interesy jakobickie. Jego usługi stały się zbyteczne po 1689 roku, gdyż nowy papież Aleksander VIII, który nie darzył kardynała sympatią, nie chciał mieć z nim nic wspólnego. Mimo to Aleksander VIII mianował go członkiem Kongregacji ds. Soboru Trydenckiego, Kongregacji Rozkrzewiania Wiary i Kongregacji ds. Obrzędów oraz protektorem benedyktyńskiej kongregacji oliwetanów. Za pontyfikatu Innocentego XII został także członkiem Kongregacji Inkwizycji Rzymskiej i Powszechnej.