Montgelas je kot zunanji minister hitro prevzel nadzor nad vsem dogajanjem v državi. Avstrijske vojake in uslužbence, ki so delovali na Bavarskem pod prejšnjim volilnim knezom, mu je pomagal odplakniti val francoske vojske, ki je leta 1800 preplavil vso južno Nemčijo. Po miru v Lunévillu (1801) je nekaj časa iskal pravo pot med Francijo in Avstrijo. Poleti 1805 pa se je vse bolj kazalo, da so večje možnosti za preživetje Bavarske na francoski strani. Avgusta sta Francija in Bavarska podpisali tajno pogodbo o zavezništvu. Sledile so zmage francoske strani pri Ulmu (oktober 1805) in pri Slavkovu (december 1805). V mirovni pogodbi v Bratislavi (ob zaključku tretje koalicijske vojne) je bila Bavarska z ozemlji (Tirolska, Predarlska) poplačana za sodelovanje v vojni in za Palatinat (ki ga je izgubila leta 1801 z mirom v Lunévillu) ter bila povzdignjena v kraljevino.