La militarización de las milicias confederales se llevó a cabo en contra de la voluntad de muchos de sus integrantes desde el otoño de 1936 -con el gobierno de Largo Caballero y su "Decreto de militarización de las Milicias Populares", y la aprobación de los miembros de la CNT con carteras gubernamentales-, hasta entrado 1937, periodo en el que no faltaron numerosos conflictos en torno al asunto. Un conocido ejemplo fue el del fundador de la Columna de Hierro, José Pellicer, el cual se opuso a los cenetistas que habían decidido colaborar con el gobierno que decretaba la militarización. Y es que los sucesivos decretos del Gobierno restauraron obligatoriamente la disciplina castrense propia del antiguo Ejército, al tiempo que establecieron organizaciones de logística y suministros bajo criterios militarizados y centralistas. Finalmente, tras la Batalla de Madrid de noviembre de 1936, el Gobierno negaba los servicios de intendencia y municiones a las milicias que se resistieran a la militarización.