В дальнейшем Яннакис, расставшись со сборной, начал тренировать греческие баскетбольные клубы. Проведя один сезон с «Паниониосом», в декабре 2002 года он подписал контракт с клубом «Марусси», который в дальнейшем вывел в финал &lt;a href="%D0%9A%D1%83%D0%B1%D0%BE%D0%BA%20%D0%B2%D1%8B%D0%B7%D0%BE%D0%B2%D0%B0%20%D0%A4%D0%98%D0%91%D0%90%202003/2004"&gt;Евролиги ФИБА 2003/4&lt;/a&gt;, где команда проиграла в Казани местному «УНИКСу». Всего через месяц после этого он вторично возглавил сборную Греции в качестве тренера (сменив на этом посту ушедшего в парламент Янниса Иоаннидиса) и в следующие два года добился с ней значительных успехов. Вначале он выиграл с национальной командой чемпионат Европы 2005 года, став первым баскетболистом в истории, кому удалось это сделать и в качестве игрока, и в качестве тренера (на клубном уровне этого же добился ранее Светислав Пешич с «Босной» и «Барселоной»). Через год на чемпионате мира Яннакис привёл греческую команду к сенсационной победе в полуфинале над американцами и первым в её истории медалям мирового первенства. Он продолжал тренировать национальную сборную до 2008 года, когда в четвертьфинале олимпийского турнира в Пекине греки проиграли будущим бронзовым призёрам — аргентинцам.