Um 1156 entstand eine erste, noch hölzerne Wehranlage des Kremls, in deren Schutz sich der Marktflecken allmählich zu einer beachtlichen Ansiedlung entwickelte. Am 20. Januar 1238 wurde die Stadt im Zuge der mongolischen Invasion der Rus von Truppen der Goldenen Horde unter Batu Khan erobert und niedergebrannt. 1263 wurde das Umland zu einem Teilfürstentum im Großfürstentum Wladimir-Susdal, wenig später unter Fürst Daniel Alexandrowitsch ein eigenständiges Fürstentum. In der ersten Hälfte des 14. Jahrhunderts, als die Stadt bereits 30.000 Einwohner zählte, erkannte der tatarische Großkhan Usbek Khan den Moskauer Großfürsten Iwan Kalita als – ihm allerdings tributpflichtiges – Oberhaupt von Russland an. 1321 hatte der Metropolit der Russisch-Orthodoxen Kirche seinen Sitz von Wladimir nach Moskau verlegt, was dazu führte, dass Moskau auch die geistliche Vormachtstellung in Russland übernahm.