Tussen 1987 en 1991 was hij voorzitter van de Sloveense afdeling van International PEN, waarmee hij ook bijdroeg aan de Sloveense onafhankelijkheid. Daarnaast was hij een van de auteurs van "Bijdragen aan het Sloveense nationale programma" ("Prispevki za slovenski nacionalni program"), een manifest dat om een democratisch, pluralistisch en onafhankelijk Slovenië vroeg. Dit manifest werd in 1987 in het tijdschrift "Nova Revija" gepubliceerd. In 1988 was hij een van de medeorganisatoren van het eerste politieke protest in Ljubljana sinds 1945. Dit protest was gericht tegen de Joegoslavische overheid die via een ondemocratisch verlopen proces de auteurs van enkele kritische uitlatingen de mond had gesnoerd door hen een gevangenisstraf op te leggen. Tijdens de Tiendaagse Oorlog zocht Jančar samen met enkele andere schrijvers naar internationale steun voor Slovenië.