Upadek powstania czeskiego w 1620 roku i druzgocąca klęska armii czeskiej na Białej Górze spowodowały dla braci czeskich niszczycielską falę prześladowań. Działalność braci czeskich została zakazana, a przywódcy "Jednoty" z seniorem Janem Amosem Komeńskim na czele udali się na emigrację. Resztki wspólnoty zeszły do podziemia. Kościół przetrwał w Czechach jako nieformalne i tajne gminy wyznaniowe na Morawach, na Śląsku, w Kotlinie Kłodzkiej i w Sudetach, gdzie jego wyznawcy doczekali się Patentu Tolerancyjnego z 1781 roku.