Năm 1454, Vua Henry VI ngã bệnh, Richard tự mình tuyên bố trở thành nhiếp chính. Đây là khởi đầu cho Chiến tranh Hoa Hồng, cuộc xung đột giữa nhà York do Richard đứng đầu, với nhà Lancaster do Edmund Beaufort, Công tước xứ Somerset thứ 2 lãnh đạo. Trong thời gian này, Cecily trú tại nhà của họ ở Lâu đài Ludlow, dù Richard sau đó phải lánh qua Ireland và lục địa Châu Âu. Vào tháng 11 năm 1459, khi Nghị viện xét xử Richard, Cecily đã tự mình đến London để biện hộ cho chồng, học giả đương thời đã thuật lại rằng Cecily đã thỏa thuận với nhà vua (chủ yếu là Margaret xứ Anjou), nếu trong vòng 8 ngày Richard xuất hiện tại Nghị viện, thì sẽ có đặc xá. Nhưng Richard không quy phục, đất đai của Công tước bị tịch thu, nhưng Cecily vẫn nhận được số tiền trợ cấp £600 cho gia đình của mình.