Jepang secara resmi menyerah pada 15 Agustus 1945, dan Indonesia mendeklarasikan kemerdekaannya dua hari kemudian. Pada pagi hari tanggal 23 Agustus 1945, Adnan Kapau Gani mengadakan rapat untuk membahas pemerintahan pasca kemerdekaan Sumatera Selatan. Mohamad Isa yang hadir dalam pertemuan tersebut menjabat sebagai Kepala Dinas Perminyakan dan Pertambangan di Sumatera Selatan. Dalam kapasitasnya sebagai kepala urusan perminyakan dan pertambangan, Mohamad Isa diangkat sebagai Direktur Utama PERMIRI (Perusahaan Minyak Republik Indonesia). PERMIRI adalah perusahaan minyak pertama di Indonesia yang dikelola oleh orang Indonesia. PERMIRI didirikan oleh Adnan Kapau Gani dan mengoperasikan kilang minyak sisa di Sumatera Selatan, yang sebelumnya dimiliki oleh NIAM ("Nederlansch Indie Aardolie Maatschappij") dan BPM ("Bataafsche Petroleum Maatschappij"), keduanya merupakan perusahaan minyak era Hindia Belanda. Tugas utama Mohamad Isa sebagai CEO adalah memperbaiki kilang minyak di Plaju (sebelumnya dimiliki oleh BPM) dan Sungai Gerong (sebelumnya dimiliki oleh NIAM). Kedua kilang tersebut mengalami kerusakan berat akibat kampanye pengeboman yang dilakukan oleh Sekutu pada tahun 1944.