Le , le district de la Vallée est incorporé dans l'armée de Virginie du Nord, sous les ordres du général Joseph E. Johnston. Jackson et la brigade de Stonewall opèrent dans la vallée comme une partie de l'aile gauche de l'armée de Johnston. Au cours de la campagne de la vallée de Jackson, la seule défaite de Jackson lors de la guerre de Sécession se produit lors de la première bataille de Kernstown le . Après avoir reçu de mauvais renseignements, la brigade reçoit l'ordre d'attaquer une force de l'Union beaucoup plus grande. À court de munitions et presque encerclée par la force supérieure, Garnett ordonne une retraite. Jackson est indigné par cette décision, prise sans sa permission explicite, et Garnett est relevé de son commandement et envoyé en cour martiale (Garnett est tué plus tard au cours de la charge de Pickett lors de la bataille de Gettysburg, tentant de restaurer son honneur militaire).