Sota Maximilià II del Sacre Imperi Romanogermànic, l'assemblea de Bohèmia promulgà la Confessio Bohemica, acceptada per luterans, reformats i Germans Bohemis, que constituí el començament del final del moviment hussita. Després de la Batalla de la Muntanya Blanca (8 de novembre de 1620), l'Església Catòlica Romana es restablí amb força a Bohèmia i Moràvia, canviant-hi les condicions religioses. Els líders i membres de la Unitas Fratrum van haver d'escollir entre l'exili o continuar practicant la seva fe en secret. Molts, com Jan Amós Comenius, marxaren a estats del nord-oest d'Europa, com els Països Baixos, o a estats alemanys on podien continuar practicant-la: la comunitat establerta a Herrhut (Alemanya) donà origen en 1727 a l'Església Morava. De les comunitats que restaren, la més gran fou la de Lissa (Leszno, Polònia) i alguns grups aïllats a Moràvia.