Für die österreichische Nationalmannschaft nahm Martin Neubauer an den Schacholympiaden 2000 in Istanbul, 2002 in Bled, 2004 in Calvià, 2006 in Turin, 2008 in Dresden, 2010 in Chanty-Mansijsk und 2012 in Istanbul teil, außerdem an allen sechs Mannschaftseuropameisterschaften von 2001 bis 2011.