Fin 1939, il est mobilisé à Toulouse-Francazal, puis Orly, comme capitaine de réserve. Démobilisé à Oran après l'armistice, il retourne à Saint-Malo. Il décide de poursuivre le combat et de rejoindre la France libre. Il parvient à passer en zone libre où, à Lyon, il retrouve les membres de "Paris-Soir". Il obtient ainsi un "ordre de mission" d'envoyé spécial, chargé d'effectuer un reportage en Afrique. En , Joseph Pouliquen réussit à gagner Oran, puis après de nombreuses pérégrinations, arrive jusqu'à Freetown (Sierra Leone), où le , il signe son engagement (Mle ) dans les Forces aériennes françaises libres. Le général Valin, commandant l'aviation des Forces aériennes, lui demande de se rendre à Beyrouth où il est nommé, en , commandant-adjoint du groupe de chasse Alsace.