Kudüs'ün kuzeydoğusunda kalan okul ve okula servis yapan konvoylar 1948 Arap-İsrail Savaşı sırasında saldırılara maruz kaldı. Bölgeyi ele geçiren Ürdün 1949 Ateşkes Anlaşmasına uymayıp İsraillilerin bölgeye dolayısıyla üniversiteye girmesini engelledi. Üniversite, İsrail topraklarında bulunan batı Kudüs'te yapımı 1953'te biten yeni bir kampüs daha açmak zorunda kaldı.