В 2016 году дипломатические отношения между двумя странами ухудшились, когда Бангладеш осудил последовательные просьбы Турции освободить нескольких лидеров «Джамаат-и ислами Бангладеш», которые были осуждены Международным трибуналом по преступлениям в Бангладеш за военные преступления во время Освободительной войны и в конечном итоге казнены. После казни лидера группировки Мотиура Рахмана Низами Турция отозвала своего посла в Бангладеш. Однако после осуждения Бангладеш попытки государственного переворота в Турции, направленного на свержение правительства Реджепа Эрдогана, отношения начали улучшаться. По этому поводу Анкара отправила нового посла в Дакку. По прибытии новый посол Турции заявил: «Бангладеш помог Турции, выразив свою поддержку правительству Эрдогана после неудавшейся попытки государственного переворота». Он отметил, что отношения между двумя странами нормализовались и также выразил готовность Турции помочь Бангладеш контролировать боевиков в стране.