После получения образования в Германии с 1979 года играет в футбол за резервный состав клуба «Унион Магдалена», однако вскоре заканчивает карьеру игрока. Начинает тренерскую карьеру в 1984 году, возглавив тренерский штаб клуба «Мильонариос» на родине в Колумбии, где проработал один год. На протяжении следующих десяти лет сменил порядка десяти клубов из Колумбии, Перу и Коста-Рики, с которыми высоких результатов добиться не смог, исключением является выигранное им в 1997 году чемпионство в Перу с клубом «Альянса Лима». В 2004 году возглавил сборную Коста-Рики, которой руководил на Кубке Америки в Перу, где костариканцы дошли до четвертьфинала. Однако уже в следующем году Хорхе освободили от занимаемой должности и он вернулся в Колумбию, где руководил местным клубом «Кукута Депортиво», именно с этим клубом Хорхе впервые в своей карьере выиграл чемпионат страны. Вскоре его назначили главным тренером родной национальной сборной Колумбии, где он снова проявил себя не с лучшей стороны по причине того, что не смог со сборной преодолеть групповой этап Кубка Америки 2007 года в Венесуэле. После этого, под руководством Пинто, сборная Колумбии провалила выступление в отборочном цикле к чемпионату мира 2010 года, команда не отобралась в финальную стадию, в связи с чем тренера вскоре отправили в отставку. После этого Пинто сначала тренировал колумбийский клуб «Кукута Депортиво», затем эквадорский «Эль Насьональ» и венесуэльский «Депортиво Тачира». В сентябре 2011 года возглавил тренерский штаб сборной Коста-Рики, с которой в 2013 году выиграл Центральноамериканский кубок и дошёл до четвертьфинала Золотого кубка КОНКАКАФ. В конце того же года вывел сборную на чемпионат мира 2014 года в Бразилии.