第二次世界大战期间，汉堡火车总站于1941年获得了一个彩绘木结构样式的伪装罩，这使得来袭的盟军轰炸机编队难以测定方位。尽管采取了这种措施，它还是在1941年11月和1943年7月（蛾摩拉行动）的大轰炸中遭到严重破坏，所以当1945年战争结束后，甚至出现了拆除和新建的讨论。然而，当局还是决定保留旧建筑，并在初期进行一些临时修复。修复工作于之后完成。至1970年代，该建筑终于得到全面修缮。