Франсуа М’Пеле был футболистом национальной сборной Конго с 1971 по 1978 годы. Он привёл свою сборную к победе в Кубке африканских наций 1972, который проходил в Камеруне. Франсуа М’Пеле сыграл всего 9 матчей за сборную Конго, в которых забил 2 гола.