Helsinki blev hovedstad i det selvstændige Finland efter selvstændighedsaftalen af 6. december 1917. Den finske borgerkrig mellem socialistiske partier, de røde, og det konservative styre, de hvide, begyndte allerede næste måned, den 27. januar 1918, da en rød lygte tændtes i arbejderhusets tårn i Hakaniemi. De røde overtog hurtigt byen, og regeringen flyttede til Vaasa. Den 8. april flyttede den røde ledelse til Vyborg, og den 12. – 13. april erobrede tyske tropper, der støttede regeringen, Helsinki. Den af Carl Gustaf Mannerheim ledede finske armé kom til byen den 16. april. Efter borgerkrigen fungerede Suomenlinna som fangelejr for røde fanger.