Seit 1993 wurde der Flughafen von der Luftwaffe der Bundeswehr als Fliegerhorst und von der Flughafen Neubrandenburg-Trollenhagen GmbH als ziviler Regionalflughafen genutzt. Das zivile Abfertigungsterminal wurde im Jahr 1995 eingeweiht. Als 2007 der Flughafen Rostock-Laage zum G8-Gipfel gesperrt war, wurden alle Flüge hierhin umgeleitet. Auch dient der Landeplatz für Hubschrauber von Polizei, Bundespolizei und Heer. 2006 wurde das seit mehreren Jahren von der heimischen "Regio Air" dreimal wöchentlich bediente Ziel München eingestellt. 2007 wurde Griechenland mit Einzelflügen angeflogen. Ab Mai 2009 verband die bulgarische Fluggesellschaft Hemus Air den Flughafen einmal wöchentlich mit Warna. Auf Grund geringer Auslastung wurden diese Flüge vorzeitig im gleichen Jahr eingestellt.