Na začátku třicetileté války žacléřské panství patřilo svobodnému pánovi Albrechtu Rychnovskému z Rychnova. Po bitvě na Bílé hoře v roce 1620 mu bylo panství zkonfiskováno a bylo oceněno na 7980 kop, 3 groše a 2 denáry. V roce 1622 ho zakoupil Jan Rudolf Trčka z Lípy. V únoru 1628 v protestantském Žacléři přenocoval Jan Amos Komenský při své cestě do Lešna. Byla to jeho poslední zastávka v Čechách, než je na česko-sezské hranici u Černé Vody navždy opustil. Po smrti Jana Rudolfa Trčky z Lípy v roce 1634 panství přešlo na jeho manželku Marii Magdalénu, rozenou Popelovou z Lobkovic, a pak na jejich syna Adama Erdmana Trčku z Lípy. Po zavraždění Adama Erdmana v roce 1634 připadlo panství státu. V r. 1644 ho císař Ferdinand III. dal jezuitskému noviciátu při kostelu sv. Anny ve Vídni. Pod jejich vládou bylo obyvatelstvo rekatolizováno, v roce 1677 byl postaven nový kostel a v roce 1732 první škola. Během slezských válek procházejí městem pruská vojska. V r. 1766 město navštívil císař Josef II. Po zrušení Jezuitského řádu v r. 1773 bylo panství přiděleno náboženskému fondu, a tedy se opět stalo státním majetkem. Během války o bavorské dědictví městem opět procházela pruská vojska. Po jejím skončení v roce 1779 do města znovu zavítal Josef II. V roce 1838 bylo panství a zámek prodáno rytíři Karlu Pulpánovi z Feldštejna. Po zrušení dědičných panství je Žacléř od roku 1850 okresním městem vlastního soudního okresu patřícího do trutnovského politického okresu. Během prusko-rakouské války v roce 1866 přes Žacléř k Trutnovu pochodovaly jednotky pruského 1. sboru 2. armády. V roce 1879 byla založena porcelánka. V roce 1889 byla v Žacléři vybudována kanalizace. Na náměstí byla na místě bývalé radnice postavena nová budova okresního soudu čp. 10 (dnes sídlo pošty a muzea). V druhé polovině 20. století bylo v severní části města vystavěno síldiště Boženy Němcové.