Les projets d'acquisition de Spitfires et de Lysanders en Grande-Bretagne sont contrecarrés lorsque du déclenchement de la Seconde Guerre mondiale en 1939 force la Grande-Bretagne à annuler toutes les commandes d'exportation. Après la défaite de la Pologne, l'Estonie est contrainte d'accepter un avec l'Union soviétique, signé le 28 septembre 1939. Cela permet aux Russes d'établir des bases militaires en Estonie, qui sont ensuite utilisées pendant la guerre d'hiver contre la Finlande. Le 17 juin 1940, les trois États baltes sont envahis par les forces soviétiques. Lors de l'invasion de juin 1940, la défense aérienne ne prend aucune mesure et les avions restent enfermés dans leurs hangars. L'armée de l'air devient l'escadron d'aviation du corps territorial de l'armée soviétique à l'été 1940.