Nachdem BAR im folgenden Jahr auf Platz sechs der Konstrukteurswertung zurückgefallen war, übernahm Honda das Team und führte es von 2006 bis 2008 unter dem Namen "Honda Racing F1" weiter. 2006 erzielte Button für Honda noch einen Sieg in Ungarn, 2007 rutschte das Team ohne Erfolge auf den achten Rang der Konstrukteurswertung ab. 2008 übertrug Honda dem britischen Ingenieur Ross Brawn, der zuvor als Technischer Direktor bei Benetton und Ferrari mit Michael Schumacher zusammengearbeitet hatte, die Leitung des Teams. Trotzdem fiel Honda in dieser Saison in der Konstrukteurswertung weiter zurück.