В 1805 году, при начале новой войны с французами, поставлен с дивизией в Донауверте на левом берегу Дуная, тогда как главная австрийская армия шла к Ульму. Быстрые успехи французов принудили Кинмайера отступить в Райн, а оттуда до Мюнхена, чтобы не быть отрезанным неприятелем. 12 декабря приближение баварцев и французов заставило его очистить Мюнхен. Он двинулся к Инну, навстречу русским войскам, спешившим на помощь Австрии. Из Зальцбурга Кинмайер был выбит маршалом Бернадоттом, после чего он очистил Зальцахскую долину; часть его корпуса подчинена была генералу Мерфельдту, который повёл её в Штирию, на соединение с остатками войск принца Иоганна Лихтенштейна. Кинмайер со сводным австро-русским кавалерийским корпусом составлял арьергард главной союзной армии. Во время Аустерлицкого сражения он командовал авангардом левого крыла союзников, а потом прикрывал, вместе с дивизией князя Багратиона, отступление.