Das von Bowring im Oktober 1856 ohne Kriegserklärung verhängte Bombardement von Kanton im Rahmen des Zweiten Opiumkrieges (1856–1860) führte zu seiner Abberufung. Auf der Rückreise nach England besuchte er die Philippinen, die er in dem Buch "Visit to the Philippine Islands" (London 1860) schilderte, und zog sich schließlich aus dem Staatsdienst zurück. Dennoch erhielt er 1861 den Auftrag, einen Handelsvertrag mit Italien auszuhandeln. Später schloss er als diplomatischer Vertreter der Regierungen von Siam und Hawaii eine Reihe von Verträgen dieser Länder mit Belgien, Holland, Spanien, Schweden, Italien und der Schweiz ab.