Auch unter Ludwig XIII. behielt François de Bonne seinen Einfluss, er wurde zum Generalissimus ernannt. Im Krieg gegen die Hugenotten befehligte er 1621 die Belagerung von Saint-Jean-d’Angély und die Belagerung von Montauban, schwor 1622 in Grenoble auch dem Calvinismus ab und wurde dafür von Ludwig XIII. zum Connétable erhoben und zum Chevalier du Saint-Esprit ernannt. Von 1601 bis 1621 war er Besitzer von Schloss Coppet und begann einen grundlegenden Ausbau des Gebäudes.