Die Besetzung von Regensburg erfolgte ausschließlich durch kaiserliche Truppen, was den bayerischen Kurfürsten Maximilian I. stark verärgerte und später jahrelange wirtschaftliche Sanktionen zur Folge hatte. Für Erzherzog Ferdinand war der Sieg bei Regensburg der erste militärische Erfolg, dem mit der nachfolgenden Schlacht bei Nördlingen ein noch größerer Sieg folgte. Nach diesen militärischen Leistungsnachweisen wurde Erzherzog Ferdinand 1636 auf dem Regensburger Kurfürstentag zum Römisch-deutschen König gewählt. 1637 wurde er als Kaiser Ferdinand III. Nachfolger seines Vaters und berief für 1641 einen Kurfürstentag nach Regensburg ein, auf dem Möglichkeiten eines Friedensschlusses erörtert, jedoch nicht beschlossen wurden. Ein schwedisches Heer nutzte die Anwesenheit des Kaisers für einen überfallartigen Angriff auf die Stadt mit einer heftigen Kanonade, musste jedoch ohne Erfolg wieder abziehen.