Kuultuaan Suomessa käynnissä olleesta sisällissodasta Kivekäs erosi tehtävistään Ukrainassa 3. huhtikuuta 1918, mutta saksalaiset miehittäjät eivät aluksi päästäneet häntä lähtemään maasta. Suomen Berliinin-lähettiläs Edvard Hjeltin myötävaikutuksella Kivekäs ja 16 muuta Kiovassa oleskellutta suomalaista pääsivät lähtemään heinäkuussa ja hän saapui Suomeen 26. heinäkuuta, jolloin sisällissota maassa oli kuitenkin jo ehtinyt päättyä hyvän aikaa sitten. Kivekäs merkittiin kenraalimajurina Suomen armeijaan 5. elokuuta 1918 ja hänet nimitettiin aluksi vartiopataljoonien komentajaksi. Tästä tehtävästä hän siirtyi jo saman vuoden lokakuussa Suomen rannikkotykistön komentajaksi ja helmikuussa 1919 tykistön tarkastajaksi. Tämän tehtävän ohella Kivekäs sai toimia 17. kesäkuuta – 18. heinäkuuta 1919 kuukauden ajan yleisesikunnan vt. päällikkönä ja 18. heinäkuuta – 12. syyskuuta vt. ylipäällikkönä valtionhoitaja Mannerheimin luovuttua tehtävästä presidentinvaalin vuoksi. Sen jälkeen Kivekäs nimitettiin rannikkopuolustuksen päälliköksi, mutta hän säilytti myös tykistön tarkastajan tehtävät toukokuuhun 1920 saakka.