El mismo 15 de agosto de 1945, fecha en que el Emperador transmitió un mensaje para hacer oficial la rendición incondicional de Japón, Ōnishi sostuvo algunas reuniones oficiales en su cuartel. Entrada la noche del 15, decidió cometer "seppuku" y el personal de la base lo halló en la madrugada. Si bien Ōnishi hizo un corte limpio en la zona abdominal, falló en cortarse la garganta y rehusó tanto de recibir auxilio médico como de recibir el "golpe de gracia".