O sítio para a construção foi seleccionado pelo Presidente por se situar na baixa da cidade (o centro financeiro e de negócios), num elegante parque, fronteiro ao maior edifício da cidade. A construção foi iniciada em 1 de Outubro de 1904 e estava planeada para terminar em 1908, o que não veio a acontecer devido a atrasos relacionados com o terreno e com a instabilidade política do país. O solo da zona de construção era demasiado lamacento e a construção, com o seu massivo peso, começou a afundar-se durante a construção (o edifício ainda continua a afundar-se alguns centímetros por ano actualmente) causando atrasos significativos. As coisas complicaram-se em 1910, com o início da Revolução Mexicana. O arquitecto Boari deixou o México em 1916 e a construção parou quase por completo até 1932, quando os trabalhos foram retomados sob a direcção do arquitecto mexicano Federico Mariscal. O edifício seria acabado apenas em 1934, sendo que os jardins com as estátuas de Pégaso, concebidos por Boari, só seriam terminados em 1994.