Nach dem Tod des Jan Rudolf Trčka von Lípa 1635 wurde Schatzlar vom Kaiser Ferdinand II. konfisziert und 1636 den Wiener Jesuiten von St. Anna übertragen. Unter ihrer Herrschaft wurde die Bevölkerung rekatholisiert und 1677 ein neues Gotteshaus sowie 1732 ein erstes Schulgebäude errichtet. Die Dreifaltigkeitskirche, die zuerst von dem Freiherrn von Zetritz erbaut worden war, wurde 1732 durch die Jesuiten ganz neu aus Stein errichtet. Im Ersten Schlesischen Krieg und im Siebenjährigen Krieg musste die Bevölkerung militärische Kämpfe und Durchzüge sowie Einquartierungen erdulden. 1766 besuchte Kaiser Josef II. Schatzlar. Nach der Auflösung des Jesuitenordens gelangte Schatzlar 1773 an den Religionsfonds. 1776 wurde die Leibeigenschaft aufgehoben. Während des Bayerischen Erbfolgekriegs wurde das Schloss Schatzlar am 26. Juli 1778 ausgeplündert und verwüstet. 1779 schlugen Husaren des österreichischen Infanterieregiments ein Lager in Schatzlar auf, das am 12. September des Jahres Kaiser Joseph II. besuchte. 1782 vernichtete ein Feuer weite Teile der Stadt. 1838 verkaufte die königliche Veräußerungskommission Schloss und Herrschaft Schatzlar dem Karl Pulpan, Ritter von Feldstein. Nach der Aufhebung der Patrimonialherrschaften bildete Schatzlar ab 1850 einen eigenen Gerichtsbezirk (Gerichtsbezirk Schatzlar) und gehörte zum Bezirk Trautenau.