Malgré ces deux départs, le club arrive à maintenir un niveau similaire lors de la saison 2011-2012 en accrochant la troisième place, synonyme d'accession en barrages de la Ligue des champions. Principal artisan de cette réussite, le buteur Antonio Di Natale n'arrive cependant pas à accrocher le titre de Capocannoniere pour la troisième fois consécutive, malgré ses 23 buts. Il est devancé par Zlatan Ibrahimović (AC Milan, 28 buts), Diego Milito (Inter Milan, 24 buts) et Edinson Cavani (SSC Naples, 23 buts mais moins de cartons jaunes).