Hormis lors de la conquête de Hong Kong, durant laquelle il dirige les opérations navales, la participation de Koga à la "campagne de libération de la grande Asie Orientale" n'est guère notable et le , il devient préfet maritime de Yokosuka, ce qui lui permet de superviser la reconstitution de l'aéronavale japonaise, décimée à Midway et à Guadalcanal. La mort de l'amiral Yamamoto va le propulser sur le devant de la scène, puisque le général Tojo et le ministère de la Marine s'accordent pour nommer Koga à la tête de la Flotte Combinée le . L'homme, s'il n'a pas le charisme ni le génie de son prédécesseur, il n'est pas moins un pragmatique très réaliste sur la situation militaire de son pays et préfère prendre l'offensive. Koga hisse sa marque sur le cuirassé "Musashi", navire-école du "Yamato", et élabore une stratégie sur le long terme.