Subito dopo l'attacco di Pearl Harbor, Tsukahara coordinò gli attacchi dell'11ª Flotta aerea in tutto il Sud-est asiatico; i suoi piloti annientarono l'aviazione statunitense nelle Filippine in un paio di giorni e affondarono le corazzate britanniche HMS "Prince of Wales" e HMS "Repulse". Dopo la disfatta a Midway, l'11ª Flotta aerea fu trasferita nel Pacifico sud-occidentale per coordinarsi con l'8ª Flotta e respingere gli americani, sbarcati il 7 agosto 1942 su Guadalcanal. Tsukahara fu dunque uno dei comandanti nipponici protagonisti delle varie offensive aeronavali giapponesi tra agosto e novembre; a dicembre fu rimpatriato per urgenti cure mediche, poiché aveva contratto la malaria. Tsukahara non ebbe più, da allora, alcun comando operativo.