Koncem 17. století bylo město postiženo velkou epidemií moru, která si vyžádala téměř 800 obětí. Později zasáhly Znojmo i napoleonské války, poprvé v roce 1805, kdy tudy prošli Rusové i Francouzi před bitvou u Slavkova, a podruhé roku 1809, kdy se v blízkosti Znojma odehrála bitva mezi rakouskými a francouzskými vojsky, známá jako bitva u Znojma. Znojemský hrad ztratil po porážce Turků u Vídně roku 1683 svůj strategický význam a ve zpustlém stavu jej císař Josef I. rozdělil: vnitřní hrad udělil jako léno Koruny české Maxmiliánovi Františkovi z Deblína a jeho bratrovi, kteří na troskách paláce vystavěli barokní zámek. Vnější hrad byl předán městu Znojmu, které zde založilo pivovar. Po vymření Deblínů roku 1784 připadl zámek zpět koruně české. Císař Josef II. zde roku 1787 umístil vojenskou nemocnici. Po roce 1865 tu byla vojenská kasárna, až v roce 1910 začalo stavbu využívat znojemské městské muzeum (dnes Jihomoravské muzeum ve Znojmě). Z původního hradu se zachovala pouze románská rotunda sv. Kateřiny, mocná obvodní hradba a gotické sklepení vnitřního hradu. Do roku 1892 stála u vstupu do vnějšího hradu z předhradí takzvaná "Loupežnická věž".