У 1794 Францішак Сапега ўдзельнічаў у падрыхтоўцы паўстання пад кіраўніцтвам Тадэуша Касцюшкі. Атрымаў чын генерал-лейтэнанта, камандаваў дывізіяй. Пасля адмовы свайго далёкага кузена князя Казіміра Нестара Сапегі (1757—1798) узначаліць паўстанне ў ВКЛ князю Францішку Сапегу была прапанавана тая функцыя ў касцюшкаўскім лісце ад 14 красавіка 1794. Аднак Францішак Сапега адмовіўся па прычыне сваёй некампетэнтнасці, папрасіў аб зняцці з пасады генерала дывізіі і ваяваў толькі ў нязначных і няўдалых ваенных аперацыях — быў кіраўніком паўстання ў Слонімскім, Ваўкавыскім паветах і на ўсходнім Падляшшы. Пасля задушэння паўстання прысягнуў расійскай імператрыцы Кацярыне II і пазбег секвестра сваіх шматлікіх маёнткаў расійскімі ўладамі, у тым ліку дзякуючы сувязям з расійскім князем Мікалаем Рапніным (1734—1801).