Após a ascensão do marido ao trono, Luísa criou muitos laços com ministros experientes e tornou-se numa figura poderosa do governo, uma vez que inspirava respeito e afecto universais. A rainha saía muitas vezes do seu papel para ficar informada dos desenvolvimentos da corte e desde o princípio do reinado, o novo rei consultou sempre Luísa sobre assuntos de estado. Frederico Guilherme era hesitante e cuidadoso, afirmando em 1798: "Abomino a guerra e (...) não conheço nada melhor no mundo do que a preservação da paz e da tranquilidade como o único sistema para a felicidade da espécie humana.". Seguindo a política estrangeira do seu falecido pai, Frederico Guilherme fez os possíveis para permanecer neutro durante os primeiros anos do conflito com a revolucionária Primeira República Francesa, que cresceu para se tornar nas invasões napoleónicas (1803-15); recusou as pressões de vários países para escolher um lado na Guerra da Segunda Coligação. Luísa apoiava esta visão, avisando que se a Prússia escolhesse ficar do lado da coligação de poderes da Áustria, Grã-Bretanha e da Rússia, acabaria por ficar dependente desta última para apoio militar. Previu que a Prússia era, de longe, o poder mais fraco desta coligação e que nunca seria beneficiada em tal aliança. Os ataques franceses fizeram com que o rei considerasse entrar na guerra, mas a sua indecisão impedia-o de escolher um lado, quer com a França ou com os poderes da coligação. Consultou Luísa e vários ministros e eventualmente sentiu-se tentado a uma aliança com Napoleão que tinha vencido recentemente a Batalha de Austerlitz (1805).