Pero el apoyo a rusa por parte de la Confederación de Targowica obligó a Malachowski a huir hacia el extranjero. No tomó parte en la Insurrección de Kościuszko en 1794. En 1799 fue detenido en Varsovia y encarcelado durante un año en Cracovia como prisionero del Estado. Después de la fundación de la Gran Ducado de Varsovia en 1807, tomó parte en ciertos asuntos del gobierno provisional y pronto se convirtió en Presidente del Senado. Murió el 29 de diciembre de 1809 en Varsovia, y su tumba se encuentra en la Iglesia de la Santa Cruz de la misma ciudad.