Altri conflitti per i privilegi di commercio misero in contrasto Lubecca e la Lega Anseatica contro la Danimarca, scontri che videro in un primo momento il predominio della città anseatica, che poi dovette cedere di fronte al crescente potere danese. Lubecca aderì anche alla Lega di Smalcalda, ma ormai il suo potere era in declino e decise di rimanere neutrale nel corso della Guerra dei Trent'anni, anche se le devastazioni dei paesi circostanti e il peggioramento della loro attività commerciale fecero sì che la Lega Anseatica e con essa Lubecca tracollassero, perdendo importanza. Con lo scioglimento della Lega Anseatica nel 1669, Lubecca rimase un porto del mar Baltico di discreta importanza.