Kriegerische Auseinandersetzungen, die den Unionstaat schwer erschütterten, begannen 1648 mit dem großflächigen Chmielnicki-Aufstand der ukrainischen Kosaken, die sich gegen die polnische Herrschaft in der westlichen Rus auflehnten. Im Vertrag von Perejaslaw stellten sich die Kosaken unter den Schutz des Zarentums Russland, was den Russisch-Polnischen Krieg 1654–1667 auslöste. Die Siege und das Vorrücken der Russen und der ukrainischen Kosaken unter Chmielnicki bedingten darüber hinaus den Einfall Schwedens in Polen ab 1655 (vgl. Zweiter Nordischer Krieg), der in der polnischen Geschichtsschreibung als „Blutige“- oder „Schwedische Sintflut“ bekannt wurde. Zeitweise rückten die Schweden bis nach Warschau und Krakau vor. Gegen Ende der 1650er Jahre wurde Schweden durch den Kriegseintritt weiterer Mächte so weit geschwächt und in die Defensive gedrängt, dass Polen im Frieden von Oliva 1660 den Status quo ante aushandeln konnte. Die Auseinandersetzungen mit Russland gingen jedoch weiter und mündeten schließlich in einen für Polen ungünstigen Waffenstillstandsvertrag 1667, durch den die Rzeczpospolita große Teile ihres Staatsgebiets (Smolensk, Linksufrige Ukraine mit Kiew) und Millionen von Einwohnern an das russische Zarentum verlor.