Dopo lo scoppio della seconda guerra mondiale nel settembre 1939, il "Marseillaise" rimase distaccato nel Mediterraneo facendo da scorta ai convogli di truppe in partenza dalle colonie francesi in Nordafrica, ma non fu impegnato in azioni belliche nemmeno dopo l'entrata in guerra del Regno d'Italia nel giugno 1940; dopo la firma dell'armistizio di Compiègne il 22 giugno 1940, il "Marseillaise" rimase fedele al nuovo governo di Vichy e, dopo la distruzione della flotta francese a Mers-el-Kébir ad opera dei britannici, si trasferì dalla base di Algeri a quella di Tolone dove fu assegnato alla "Forces de Haute Mer", la formazione che raccoglieva le più moderne unità navali da guerra rimaste sotto il controllo di Vichy. L'incrociatore rimase alla fonda a Tolone, compiendo un'unica sortita tra il 4 e il 7 novembre 1942 di scorta all'incrociatore "Strasbourg".