Nabyté postavení Praha na počátku novověku opět ztratila, hospodářské výhody vůči šlechtě (1517 svatováclavská smlouva) a zejména politicky po neúspěšném stavovském povstání 1547. Kulturně se však město rozvíjelo, zejména v době panování uměnímilovného Rudolfa II., kdy se opět stala hlavním městem říše. V průběhu třicetileté války a době pobělohorské Praha poklesla na úroveň provinčního města, kde panovník sídlí jen výjimečně. Současně však přichází nový, barokní sloh, který ve své vrcholné zdomácnělé podobě proměnil tvář města a obohatil jej o řadu charakteristických památek.