1941年6月22日に枢軸軍のバルバロッサ作戦が開始されると、キシナウは空襲を受けた。その後、ルーマニア軍に占領され、再びルーマニアに併合される。8月18日には、ルーマニア王ミハイとヨン・アントネスク将軍がキシナウを視察に訪れた。1944年8月24日、ソ連軍がヤッシー＝キシニョフ攻勢の反攻によりキシナウを再び占領、同所を含む地方地域はモルダビア・ソビエトへと戻された。