W odróżnieniu od większości partii w należących do Europejskiej Partii Zielonych w irlandzkich Zielonych istniało silne skrzydło eurosceptyczne. Podczas referendum w sprawie ratyfikacji Traktatu Lizbońskiego w 2008, partia nie zajęła oficjalnego stanowiska, ponieważ na specjalnej konwencji poświęconej tej kwestii za traktatem opowiedziało się 63,5% delegatów, czyli mniej niż wymagane przez statut 2/3. Jednak w ponownym referendum Zieloni opowiedzieli za przyjęciem przez Irlandię Traktatu Lizbońskiego. Na specjalnym kongresie 18 lipca 2009 za poparciem dla traktatu opowiedziało się dokładnie 2/3 delegatów (214 za, 107 przeciw).