Sau khi Việt Nam thống nhất vào năm 1975, ông cùng các giám mục Việt Nam thành lập Hội đồng Giám mục Việt Nam thống nhất với sự đồng ý của chính phủ Việt Nam. Giám mục Trịnh Văn Căn đã đảm nhiệm cương vị Chủ tịch Hội đồng Giám mục Việt Nam từ năm 1980 đến 1990. Trong thập niên 80 của thế kỷ XX, ông là người đã đóng góp nhiều công sức trong việc xin tuyên thánh cho 117 vị tử đạo Công giáo người Việt, các nỗ lực của ông đã được toại nguyện khi Giáo hoàng Gioan Phaolô II tuyên thánh cho họ vào năm 1988.