Die erste schriftliche Erwähnung stammt aus dem Jahre 1228. Die Anfang des 13. Jahrhunderts gebaute romanische Kirche, die vor allem Kolonisten aus Deutschland und Flandern zur Feier ihrer Gottesdienste diente, wurde in den Jahren 1510–1511 unter Beteiligung von Anton Pilgram durch einen dreischiffigen Hallenbau ersetzt und im Jahre 1592 als Stadtkirche vollendet. Die östliche Chorseite wurde noch vor dem Ausbruch der hussitischen Kriege von der Pilgram-Bauhütte mit einem Netzgewölbe überdeckt. Der Kirchturm von Antonio Gabri ragt 92 m in die Höhe und wurde im Jahr 1592 überdacht. 1750–1766 wurde das Innere der Kirche barockisiert. Zwischen 1871 und 1879 wurde das Innere nach Plänen des Wiener Architekten Heinrich von Ferstel im neugotischen Stil umgestaltet. In den 1960er Jahren erfolgten Veränderungen nach dem Vorschlag von Bohuslav Fuchs. Im Jahre 1995 wurde die Kirche zum Nationalen Kulturdenkmal erklärt.