Setelah Perang Dunia II dan pendudukan Jepang yang menyertainya, koloni itu berada di bawah kendali Portugis lagi pada tahun 1945. Tak lama kemudian, Indonesia memperjuangkan kemerdekaan dari Belanda. Timor Barat Belanda menjadi bagian dari Indonesia. Pada tahun 1951, Timor Portugis menerima status provinsi seberang laut. Pada tahun 1962 Indonesia mencoba menduduki Irian Barat untuk mencegah kemerdekaannya, dan pada tahun 1963 penyerahan kepada Indonesia akhirnya disepakati. Diplomat Indonesia mengatakan kepada Perserikatan Bangsa-Bangsa bahwa negara mereka tidak tertarik pada daerah di luar bekas Hindia Belanda memiliki. Timor Portugis secara eksplisit disebutkan di sini. Alasannya adalah pengikatan pasukan Indonesia di bagian barat New Guinea, di mana upaya dilakukan untuk mendapatkan kendali. Keraguan tentang pernyataan itu tetap ada karena polemik anti-kolonial dari pemerintah Indonesia.