Na začátku husitských válek v roce 1420 zastavili řeholníci Šebíkov Bohuslavovi a Hynku Krušinovi ze Švamberka. V roce 1430 se ves se dvorem vrátila nazpět do majetku kláštera. Klášter však ves znovu ztratil a v držení ji měl Hanuš z Kolovrat, později rod Gryspeků. Pravděpodobně za vlády krále Jiřího z Poděbrad Šebíkov zanikl, v urbáři kaceřovského panství z roku 1558 je uváděn jako pustý. V pobělohorských konfiskacích byl zabaven majetek Gryspeků a pustý Šebíkov, dlouho zarostlý lesem, se opět vrátil do majetku plaského kláštera.