En avril 1939 il épouse Constance Hart-Faure, de nationalité américaine comme sa première épouse. Le couple n'aura pas d'enfant. Réserviste dans la Royal Air Force avec le grade de "flight lieutenant", le baron Auckland est posté à Paris en 1940 comme assistant auprès de l'attaché de l'air à l'ambassade britannique, jusqu'à la reddition de la France en juin. Frederick Eden est tué par un bombardement allemand sur Londres dans la nuit du 16 avril 1941, durant le Blitz. Il est inhumé au cimetière militaire de Brookwood, et est l'un des cinquante-six parlementaires britanniques morts à la Seconde Guerre mondiale et commémorés par un vitrail au palais de Westminster. Son cousin Geoffrey, vétéran des deux guerres mondiales, hérite de son titre de baron.