На 20 октомври 1805 г. австрийските войски са разгромени от Наполеон в битката при Улм. Мария-Тереза и семейството ѝ преживяват унижението да бягат от собствената си столица Виена, в която влизат французите. Въпреки това борбата срещу Наполеон продължава. На 2 декември 1805 г. обединените австро-руски войски претърпяват съкрушителен разгром от Наполеоновата армия в битката при Аустерлиц. Тази загуба окончателно поставя империята на колене. Франц II е принуден да моли за мир, подписан в Пресбург. От короната на Хабсбургите съгласно мира отпадат обширните територии на Венеция, Истрия и Далмация. Загубата на територии, жива сила и политически позиции в Европа е толкова голяма, че Франц I-II е принуден сам да прокламира края на Свещената Рисмка империя. Под властта на Франц I остават териториите на прокламираната през 1804 г. Австрийска империя. Така от 1806 г. Мария се титулува само "императрица на Австрия", "кралица на Унгария, Бохемия и Славония".