Adını eski bir Japon bölgesi olan Yamato'dan alan gemi Pearl Harbor Saldırısı'ndan 1 hafta sonra hizmete girmiştir. 1942 yılı boyunca Japon Deniz Filosu'nun bayrak gemisi olarak görev yapmıştır. 1942 yılı Haziran ayında gerçekleşen Midway Muharebesi'ni Amiral Isoroku Yamamoto bu geminin kaptan köşkünden yönetmiştir.