După izbucnirea Războiului celor Două Roze, Cecily a rămas în casa lor, Castelul Ludlow, chiar și când Richard a plecat în Irlanda șu Europa Continentală. În același timp ea a lucrat pe ascuns pentru cauza Casei de York. În noiembrie 1459 atunci când în parlament a început să se dezbată soarta Ducelui de York și a susținătorii săi, Cecily a călătorit la Londra pentru a pleda în favoarea soțului ei. Un comentator modern a declarat că ea l-a convins pe rege să promită iertarea dacă ducele ar apărea în parlament în opt zile. Acest lucru a eșuat și teritoriile lui Richard au fost confiscate, dar Cecily a reușit să câștige o subvenție anuală de 600 de lire sterline pentru ea și copiii ei.