Seit 1937 Colonel, wurde Béthouart 1940 nach dem deutschen Angriff auf Norwegen mit dem französischen Expeditionskorps nach Norwegen geschickt, wo seine Einheiten die Briten bei Namsos und Narvik unterstützten. Nach der französischen Niederlage von 1940 diente er bei den Truppen des Vichy-Regimes von General Philippe Pétain in Marokko, schloss sich aber nach der Landung der Alliierten in Nordafrika im November 1942 General Charles de Gaulles freifranzösischen Truppen an, deren Generalstab er ab 1944 leitete.