במקסיקו, יש למושג זה שימוש נוסף שהוא אף שכיח יותר ובעל עומק היסטורי משמעותי יותר. במקור, היה האינדיגניזם מרכיב של אידאולוגיה לאומנית שהפכה רבת השפעה במקסיקו לאחר התגבשות המהפכה של 1910–1920. אינדיגניזם זה שיבח והילל היבטים מסוימים במורשת התרבותית הילידית, אך בעיקר כשריד של פעם. במסגרת הנרטיב הלאומי הנרחב יותר שראה באומה המקסיקנית תוצר של תערובת גזעית אירופית ואמריקאית, היה האינדיגניזם ביטוי לחופש ולתביעה לחזרתה של הזהות אשר שובשה ונשללה מהילידים באמצעות הניסיון הספרדי לרצח עם ספרדי.