V roce 1498 bylo město vypáleno při valašském nájezdu a v roce 1524 se jej snažila dobýt jedna z jednotek Krymských Tatarů, ta však byla v bitvě odražena. Pruchnik zůstal malým městem, dvakrát vyhořel (1635, 1720). Celkově byl ale zničen v roce 1657, kdy byl do základu vypálen transylvánskými vojsky Jiřího Rákócziho v rámci švédské invaze. V 17. století zde žilo asi 600 obyvatel a působilo několik řemeslnických cechů.