Buteflíka elnöksége alatt zárult le az algériai polgárháború. Két, népszavazással megerősített amnesztiával (1999, 2005) elérte, hogy a korábban a kormány és a hadsereg ellen harcoló iszlamista csoportok (FIS, GIA) letegyék a fegyvert. 2002-re "Antar Zuabri" GIA-vezér likvidálása után véget ért az országban a polgárháborús helyzet. A GIA-ról leszakadt GSPC "(Szalafista Csoport az Imádságért és a Harcért)" folytatta a harcot. Ebből a marginális csoportból alakul ki később az Al-Káida észak-afrikai ága (2014-től az ISIL-hez tartozik). A terrortámadások száma csökkent, de nem szűntek meg teljesen. 2011 januárjában országszerte tömegtüntetések kezdődtek, melyek követeléseit Buteflíka kormányzata részben teljesítette és február 24-én megszüntette az 1992 óta tartó szükségállapotot az országban. A szociális probléma kezelhető maradt a szénhidrogénexportból származó bevételek révén, Algériának sikerült elkerülnie az erőszak és káosz újbóli eszkalálódását az országban.