Toukokuussa 1993 kolmannessa puoluekongressissa Pučnik kannatti seuraajakseen Slovenian itsenäisyyssodan aikaista puolustusministeriä Janez Janšaa. Pučnik jäi kunniapuheenjohtajaksi kuolemaansa 2003 saakka. Janša jäi ainoaksi SDS:n ministeriksi hallitukseen maaliskuuhun 1994 asti, jolloin pääministeri erotti hänet syyttäen häntä puuttumisesta armeijan avulla oikeuden kulkuun.