Le forze di Johnston vennero costrette a ritirarsi da Bowling Green nel febbraio del 1862. Durante la ritirata, Breckinridge venne incaricato della gestione dei corpi di riserva di Johnston. Johnston decise di attaccar le forze di Ulysses S. Grant a Shiloh, nel Tennessee, il 6 aprile 1862 avanzando a nord dalla sua base di Corinth, nel Mississippi. Le riserve di Breckinridge ben presto aderirono alla Battaglia di Shiloh quando Johnston tentò di costringere le truppe di Grant verso il fiume. Malgrado lo stesso Johnston rimanesse ucciso nei combattimenti, i Confederati continuarono a battagliare contro le truppe di Grant sino a quando P. G. T. Beauregard – il quale aveva assunto il comando alla morte di Johnston – non ordinò ai suoi generali di interrompere i combattimenti alle 18.00. Il giorno successivo, le forze dell'unione si raggrupparono e respinsero i Confederati. Dei 7000 uomini al comando di Breckinridge in battaglia, 386 rimasero uccisi e 1628 vennero feriti, e tra questi anche Breckinridge.