Оставаясь членом Адмиралтейств-совета, Иван Михайлович исполнял обязанности морского министра в его отсутствие и председательствовал в комиссии по пересмотру положения о морском цензе. В 1905 году назначен председателем комиссии для всестороннего расследования морских боев 28 июля 1904 года и 14 мая 1905 года. 6 декабря 1905 года Иван Михайлович был произведен в чин адмирала, а 14 января следующего года пожалован генерал-адъютантом с оставлением в занимаемой должности. 29 декабря 1906 года адмирал Диков был назначен постоянным членом Совета государственной обороны с оставлением в занимаемых должностях.