בדראפט ה-NBA 2002 נבחר ג'ונס בבחירה ה-14, על ידי אינדיאנה פייסרס. בעונת זכה בתחרות ההטבעות של ה-NBA, לאחר שגבר בסיבוב הגמר על ג'ייסון ריצ'רדסון – הזוכה בשתי התחרויות הקודמות. בסיום אותה עונה סייע לפייסרס להעפיל לגמר האזור המזרחי בפלייאוף ה-NBA, כמחליפו הראשי מהספסל של רג'י מילר. בעונת ניצל את היעדרותם של שחקני הפייסרס רון ארטסט, סטיבן ג'קסון וג'רמיין אוניל, אשר הושעו בשל מעורבותם בקטטת פייסרס-פיסטונס, והציג יכולת שיא עם ממוצע של 10.6 נקודות למשחק. במשחק הראשון לאחר הקטטה, ב-20 בנובמבר 2004, פתח בחמישייה הפותחת וקלע שיא קריירה של 31 נקודות, מול אורלנדו מג'יק.