Во время войны в Хорватии он был начальником отделения подготовки в штабе 5-й Военной области, затем командовал 4-й бригадой Территориальной обороны Сербской Краины в Вргинмосте, 80-й бригадой отдельных подразделений милиции в Войниче. В 1992 году был назначен командиром сводной краинской бригады для участия в операции «Коридор». В 1992—1994 годах возглавлял Главный штаб краинской армии. Затем Новакович выполнял функции заместителя главнокомандующего по вопросам национальной безопасности и отношений с международными организациями.