Tras la Rendición de Japón, Mutō fue arrestado por las autoridades de ocupación estadounidenses y acusado de crímenes de guerra ante el Tribunal Penal Militar Internacional para el Lejano Oriente. Fue condenado por cometer atrocidades contra civiles y prisioneros de guerra tanto en China como en Filipinas y fue ejecutado por ahorcamiento el 23 de diciembre de 1948.