В августе 1941 года был назначен на должность командира 228-й стрелковой дивизии в 37-й армии Юго-Западного фронта, а в октябре того же года — на должность командира 47-й горнострелковой дивизии (38-я армия и 6-я армия). С апреля 1942 года — на должности заместителя командира 162-й стрелковой дивизии (28-я и 38-я армии Юго-Западного фронта). В августе 1942 года был назначен на должность командира 277-й стрелковой дивизии, которая тогда формировалась в составе 10-й резервной армии, в ноябре передана в 21-ю армию Донского фронта. Но в декабре 1942 года Чернов был уже второй раз за войну понижен в должности (с формулировкой «за невыполнение боевой задачи»), и тогда же был назначен на должность заместителя командира 120-й стрелковой дивизии (21-я армия). С января 1943 года — заместитель командира 51-й гвардейской стрелковой дивизии (21-я армия). Находясь на этих должностях, В. Г. Чернов принимал участие в Киевской и Сумско-Харьковской оборонительных операциях, в Барвенково-Лозовской наступательной операции, в Донбасской оборонительной операции и в Сталинградской битве.