З 2014 року залучався до складу молодіжної збірної Португалії. У 2014 році в складі молодіжної збірної Португалії Фернандеш зіграв на Турнірі в Тулоні. У 2017 році в складі молодіжної збірної Португалії Фернандеш взяв участь у молодіжному чемпіонаті Європи у Польщі. На турнірі він зіграв у матчах проти команд Сербії та Іспанії. У поєдинку проти сербів Бруну забив гол. Всього на молодіжному рівні зіграв у 13 офіційних матчах, забив 3 голи.