El cap del Govern i ministre de la Guerra, Alejandro Lerroux va sotmetre a la signatura del president de la República el Decret de 15 de febrer de 1935 nomenant José Riquelme cap de la Segona Divisió Orgànica amb seu a la ciutat de Sevilla. Des dels primers moments de la Guerra Civil espanyola, es manté fidel al Govern republicà. Va ser nomenat cap de la Primera Divisió Orgànica, ocupant el buit de comandament que existia després del fracàs del cop d'estat del 18 de juliol de 1936. Va manar les forces que van atacar Toledo i les que van lluitar després en el Guadarrama. No obstant això, al començament de setembre les seves forces van sofrir importants derrotes a Oropesa i Talavera de la Reina que van causar el seu processament. Absolt en 1938, torna al servei com a comandant militar de Barcelona.