В октябре—ноябре 1805 года Мерль некоторое время исполнял обязанности губернатора Браунау. 2 декабря он достойно сражался при Аустерлице (во время атаки под ним одна за другой были убиты две лошади). Дождь наград, пролившийся на головы солдат и офицеров Великой армии после победы в «Битве трёх императоров», не обошёл стороной и Мерля. Двадцать четвёртого декабря ему было присвоено звание дивизионного генерала.