Em 1904, após a declaração de independência do Fronteira Colômbia-Panamá (apoiado pelos Estados Unidos), a Comissão estabeleceu a sua sede provisória em Cristóbal. Até então, os Estados Unidos haviam adquirido os activos da empresa francesa no Canal do Panamá e tinham garantido o uso e controle da zona do canal. Os ativos da Ferrovia do Panamá também caiu sob o controle da Zona do Canal do Panamá, e as suas instalações tornaram-se parte da cidade.