En 2000, il fait équipe avec Jarno Trulli au volant de la Jordan EJ10, toujours équipée du V10 Mugen-Honda mais les résultats ne sont pas au rendez-vous. Jordan est dépassée par Williams, Benetton et BAR. Frentzen obtient deux podiums, au Brésil en début de saison et aux États-Unis en fin d'année ; il finit également sixième à trois reprises et se classe à la neuvième place du championnat, avec 11 points.