לפי עדויות ארכאולוגיות, המקום יושב לראשונה במאה ה-9 לפנה"ס, בימי ממלכת ישראל. מעריכים כי שטח זה היה שייך לבית חשמונאי, כחלק מרשת צפופה של יישובים שבקרבתם עברו דרכים ראשיות מחוף הים מזרחה. אולם בית שערים עצמה לא הייתה מקום מעבר חשוב. בית שערים נזכרת בכתב בפעם הראשונה אצל ההיסטוריון יוסף בן מתתיהו מהתקופה שלפני המרד הגדול ברומאים. בספרו "קדמות היהודים (נגד אפיון) חיי יוסף" היא מתוארת כמרכז אחוזותיה של הנסיכה ברניקי, בתו של אגריפס הראשון מבית הורדוס - "כי לברניקי אחות המלך שבר רב באסמיה אשר בבית שערים, שאספה מן הכפרים אשר מסביב" (יוסף בן מתתיהו, חיי יוסף, פרק עשרים וארבעה, "מסדה" עמ' קלב). השרידים הארכאולוגיים הראשונים של בית שערים הם מתקופה זו, והם מאופיינים בעיקר באבני גזית קטנות שבאמצען זיזים גסים ובולטים.