Memasuki musim 2009, Alonso kembali dikecewakan oleh handling mobil Renault yang buruk, yang telah ia rasakan sejak tes musim dingin. Alonso juga kecewa dengan sistem KERS di mobilnya yang tampak kurang mampu bersaing dengan KERS dari tim-tim pesaingnya. Poin pertama Alonso di musim 2009 di cetak di Bahrain saat ia finish di posisi 8. Selanjutnya di beberapa balapan lain, Alonso tampil buruk dikarenakan mobil Renault yang terlalu mudah untuk disalip tim-tim lawan. Balapan paling memalukan bagi tim Renault adalah di GP Hungaria. Saat itu Alonso berhasil meraih pole, tetapi ketika balapan tim Renault berulah konyol karena salah memasang baut penambat ban dan akibatnya salah satu ban Alonso lepas di trek. Steward kemudian menghukum tim Renault larangan satu kali balapan, namun akhirnya batal diberikan setelah tim mengajukan banding.