Джон Маккейн е роден на 29 август 1936 г. във военната база Коко Соло в Зоната на Панамския канал. Баща му Джон Маккейн младши (1911-1981 г.) е командир на подводница, награден със Сребърна и Бронзова звезда. През 1967 г. е повишен в чин четиризвезден адмирал и е назначен за командир на ВМС на НАТО в Европа. Майка му Робърта (Райт) Маккейн (1912 г.) е родом от щата Оклахома. Дядо му Джон Маккейн старши е командвал американските самолетоносачи в Тихия океан по време на Втората световна война, водейки американските сили в битката в залива Лейте и умира четири дни след края на войната. Семейството се мести в Северна Вирджиния, където Маккейн посещава училище в гр. Александрия, завършвайки средно образование през 1954 г.