Opta inizialmente per le Nazionali giovanili svedesi, mentre giocava in Inghilterra, e disputa nel 2010 3 gare con l'Under-17 nelle qualificazioni all'Europeo di categoria 2011. Tra 2012 e 2013 gioca 7 volte in Under-19, di cui 3 nelle qualificazioni all'Europeo 2013. Nel 2014 opta per la Macedonia e debutta con l'Under-21, prima in amichevole e poi l'11 giugno 2015 in gara ufficiale, nelle qualificazioni all'Europeo Under-21, in trasferta a Reykjavík contro l'Islanda, una sconfitta per 3-0 in cui gioca titolare e viene sostituito al 79'. La Macedonia riuscirà a qualificarsi per la fase finale del torneo, in Polonia, per la prima volta nella storia dell'ex repubblica jugoslava, e Pivkovski verrà inserito nella lista dei 23 convocati, scegliendo il numero 23.