Основні роки перебування Алкіо в керівництві партією припадають на перехідний період 1917—1919 рр., коли Фінляндія стала незалежною. Навесні 1917 він приєднався до політичного фронту, який виступав за незалежність Фінляндії і її від'єднання від Російської імперії. Під час внутрішньополітичної кризи восени 1917 Алкіо робив спроби до примирення розбіжностей між лівими і правими партіями, однак це не запобігло загостренню ситуації. Країна була втягнута в громадянську війну. Під час війни Алкіо переховувався в Гельсінкі. Біль за те, що відбувалося, знайшов відображення в його щоденниках. Хоча повстання соціалістів глибоко вразило його, до спраглих помсти він не відносився. Сантері вважав, що відповідальність за повстання несли революційно налаштовані ватажки робітників, але засуджувати весь робочий рух за це не можна було. Причиною повстання він бачив, перш за все, «штормові хвилі» революції, агітацію керівників-соціалістів і зволікання в проведенні соціальних реформ. Під час похмурої розв'язки війни навесні 1918 він належав до тих політиків переможної сторони, які стали публічно закликати до громадянської згоди. Крім того, він вважав за необхідне відстоювати демократію і республіку, а також проводити соціальні перетворення.