Brał udział w wojnie „smoleńskiej” z Moskwą, wojnie „ukraińskiej” z Moskwą, w walkach z Kozakami i ze Szwedami. Na sejmie nadzwyczajnym 1652 roku wyznaczony z Koła Poselskiego komisarzem do zapłaty wojsku Wielkiego Księstwa Litewskiego. W czasie Potopu szwedzkiego 18 maja 1658 roku stoczył pod Szkudami nierozstrzygniętą bitwę z armią feldmarszałka Roberta Douglasa, który został zmuszony do rezygnacji z ataku na Żmudź. 19 września 1659 roku zdobył wraz z Aleksandrem Hilarym Połubińskim twierdzę Goldynga (Kuldīga) w Kurlandii. Z okazji tego sukcesu książę Bogusław Radziwiłł wydał na zamku w Grobinie ucztę, po której Samuel Komorowski zginął tragicznie uduszony przypadkowo szalem, który wkręcił się w koło kolasy.