След Деветнадсетомайския преврат от 1934 година Йордан Чкатров и други дейци на разтурената ВМРО са арестувани от новата власт на Политическия кръг „Звено“. От юни до септември 1934 година Чкатров е сред арестуваните и държани в София македонски дейци. На 10 септември същата година е откаран в изолационен лагер в подземието на жандармерийските казарми в Лом, където престоява до началото на 1935 година. Въпреки че срещу него не е повдигнато обвинение, той е задържан в затвор в София до април 1936 година. След освобождаването му е поставен под полицейски надзор със задължение да се подписва ежедневно в един от полицейските участъци в София, подлаган е на обиски. През август 1937 година с решение на Министерски съвет е интерниран извън София за срок от 6 месеца – първоначално в Севлиево, а от края на ноември – в Елена. През този период, въпреки контрола от страна на полицията, продължава да поддържа контакти с македонски дейци в България и извън нея и да пише статии, посветени на македонския въпрос, в които критикува политиката на сближение с Югославия на тогавашните български правителствата. През 1938 – 1942 година живее в Белгия и Швейцария.