Sa'ar es nombrado secretario del gobierno en 1999, cargo que conserva tras la victoria de Ariel Sharón en las Elecciones generales de Israel de 2001. En 2003 es elegido diputado del Knéset en las listas del Likud en las elecciones legislativas. Sa'ar fue nombrado presidente del grupo parlamentario del Likud. Entre otras medidas, se opuso al Plan de retirada unilateral israelí de los territorios ocupados e intentó aprobar una proposición de ley que exigiera un referéndum sobre este plan.