Po příchodu Němců okamžitě vstupil do Obrany národa a stal se okrskovým velitelem v Jičíně, kde úspěšně budoval síť spolupracovníků. 19. února byl zatčen Gestapem, na několika místech tvrdě vyslýchán, ale organizaci neprozradil. Ta mohla po doplnění pokračovat v činnosti. Za přípravu velezrady byl odsouzen ke čtyřem a půl letům vězení a umístěn do Golnova na Štětínsku, kde těžce pracoval v lomu. Po vypršení trestu nebyl propuštěn, ale přemístěn do Hamburku k odklízení trosek po bombardování města. Závěr války trávil v terezínské Malé pevnosti. Po osvobození opět vstoupil do armády a byl povýšen do hodnosti podplukovníka. Útrapy z věznění si ale vyžádaly svou daň a Josef Wurm onemocněl zánětem srdečního svalu, selhalo mu srdce a 3. února 1946 v Těchoníně zemřel.