Von Februar 1946 bis nach einigen Quellen zum 25. April 1974 verbrachte Araújo eine Haftstrafe, weil er mit den Japanern während der Besatzung zwischen 1942 und 1945 kollaboriert hatte. Andere Quellen geben an, Araújo sei Führer der timoresischen "Colunas Negras" ("die schwarzen Säulen") gewesen, die auf Seiten der Japaner gegen alliierte Soldaten kämpften und dabei auch Timoresen und Portugiesen töteten. Außerdem soll er in dieser Zeit ein "catequista" gewesen sein, ein religiöser Lehrer. Nach neun Jahren Exil auf Atauro, sei er als Lehrer nach Dili zurückgekehrt und besaß später eine große Rinderherde in Zumalai an der Südküste der Insel. José Ramos-Horta gibt in seinem Buch an, dass Araújo der einzige Timorese gewesen sei, der für Kriegsverbrechen im Zweiten Weltkrieg eine Haftstrafe bekam.