दुसऱ्या महायुद्धाच्या सुरुवातीस यामामोतो सरसेनापतीपदावर होता. याने पर्ल हार्बर आणि मिडवेच्या लढायांचे नियोजन केले होते. युद्धाच्या ऐनभरात अमेरिकेच्या गुप्तहेरांनी याच्या विमानाचा मार्ग अचूक हेरला व अमेरिकन वायुसेनेने हे विमान तोडून पाडले. यातच यामामोतोचा मृत्यू झाला.