Během stavovského povstání zůstal katolík Heřman Černín věrný císaři a musel proto odejít z Čech. Zpět se vrátil v řadách vítězného císařského vojska roku 1620. Zúčastnil se bitvy na Bílé hoře. Jako císařský hejtman Starého Města pražského dohlížel v roce 1621 na popravu českých pánů na Staroměstském náměstí, kdy se mezi popravenými ocitl jak jeho bratr Diviš Černín z Chudenic, jako jediný odsouzený katolík, tak i bývalý švagr a druh na cestách Kryštof Harant z Polžic a Bezdružic. Při popravě bratra však opustil tribunu. Po roce 1621 začal Heřman Černín výhodně skupovat konfiskovaný majetek zabavený protestantské šlechtě a také jeho další kariéra u dvora se vyvíjela víc než slibně. Císař na svého věrného poddaného nezapomněl a roku 1623 ho povýšil nejprve do stavu říšských svobodných pánů a roku 1627 jemu a bratrovi Humprechtovi udělil titul hraběte. Dal mu také svolení patřičně upravit rodový erb. Heřman se stal navíc přísedícím zemského soudu a od roku 1625 velitelem polní zásobárny císařského vojska, vedeného Albrechtem z Valdštejna, s nímž se velmi sblížil. Heřman Černín zatím dále postupoval po žebříčku vytoužených hodností a velkou přízeň mu prokazoval jak císař Ferdinand II. tak i jeho nástupce Ferdinand III., což byl již čtvrtý císař, kterému Heřman Černín věrně sloužil.