Od poloviny 19. století se Třeboň rozvíjela jako plnohodnotné okresní město, tj. sídlo politického i soudního okresu. Roku 1960 byl ale při celostátní reorganizaci státní správy třeboňský okres zrušen a městu udělen lázeňský statut. V budově bývalého okresního úřadu s věžičkou byla zřízena základní škola Na Sadech. Roku 1960 bylo založeno třeboňské oddělení Mikrobiologického ústavu AV ČR. Ve středu 21. srpna 1968 bylo Hlavní (Masarykovo) náměstí obsazeno sovětskými okupačními tanky.