На фоне осложнения православно-католических отношений в начале 1990-х годов Элладская церковь заняла активную позицию. В феврале 1992 года Священный синод Элладской православной церкви обвинил католиков в использовании Восточнокатолических церквей для экспансии в православных странах, а также призвал греческое правительство разорвать дипломатические отношения с Ватиканом. В 2001 году папа Иоанн Павел II посетил Грецию. Представители общественности, иерархов, монахов и верующих Элладской православной церкви выразили протест и призвали греческое правительство отменить визит понтифика. В ходе визита предстоятель Элладской церкви Христодул отметил, что протесты части православной паствы является проверкой «очищения исторической памяти», к которой призывал папа. Иоанн Павел II попросил прощения у греческого народа за действия крестоносцев и признал «груз противоречий прошлого и настоящего», который необходимо преодолеть. По итогам визита, иерархи подписали совместную декларацию, в которой предстоятели церквей осудили «любое применение насилия, прозелитизма и фанатизма во имя религии», а также выразили беспокойство в связи с вызовами современности: социальной несправедливостью, войнами, терроризмом и насилием в мире. В 2006 году Христодул подписал вторую совместную декларацию с папой Бенедиктом XVI. В 2016 году папа Франциск посетил Грецию. В апреле 2016 года предстоятель Элладской церкви Иероним II в лагере для беженцев на Лесбосе, совместно с константинопольским патриархом Варфоломеем и папой римским Франциском, подписал очередное совместное православно-католическое заявление.