L'església va estar sotmesa a una història molt turbulenta. Un terratrèmol que va afectar a Pequín el 1720 va danyar l'edifici. Aproximadament noranta anys més tard, l'edifici de l'església va ser arrasat per un incendi i les restes que van sobreviure van ser destruïts com a resultat dels sentiments antioccidentals i polítics del govern. L'indret va romandre estèril fins a 1860, quan les forces britàniques i franceses van envair Pequín com a part de la Segona Guerra de l'Opi, a partir d'aleshores, als missioners estrangers, se'ls va permetre una vegada més, a la capital, reconstruir l'església de Sant Josep. Tanmateix, el sentiment antiestranger mai no es va esvair i va ressorgir una vegada més amb el canvi de segle, que va culminar amb la rebel·lió dels boxers. Amb motiu de l'aixecament el 1900, l'edifici de l'església va ser «cremat i arrasat a terra».