Zwischen 1914 und 1923 mussten wegen der Verfolgung der Griechen im Osmanischen Reich die meisten Griechen die neue Türkei verlassen. Patriarch Konstantin VI. (1924 bis 1925) wurde von den türkischen Behörden des Landes verwiesen, obwohl der Verbleib des Patriarchats an seinem angestammten Sitz im Phanar durch den Vertrag von Lausanne (1923) zwischen den Siegermächten des Ersten Weltkriegs und der Türkei völkerrechtlich abgesichert war. Griechenland brachte die Ausweisung von Konstantin VI. durch die Türkei vor den Völkerbund und den Internationalen Gerichtshof. Der Streit wurde dadurch beigelegt, dass der Patriarch zur Abdankung bewogen werden konnte, die Türkische Republik aber das Patriarchat von Konstantinopel als religiöse Institution der auf ihrem Territorium lebenden griechischen Minderheit anerkannte.