Kostel pochází pravděpodobně z 1. pol. 13. století a je nejstarším kostelem na Táborsku. První zmínky o kostele Narození Panny Marie v Novém Kostelci pocházejí z popisu diecéze Pražské z roku 1344 až 1350, kde se kostelecká fara uvádí jako příslušící k vltavskému děkanátu. Kostel patřil k Borotínskému panství. Ke Kostelci příslušel filiální kostel v nedalekém Borotíně, který byl však roku 1386 od Kostelce oddělen a povýšen na farní. Do roku 1416 zde byli katoličtí faráři, později se však Kostelec stal husitským. Roku 1556 Kostelec připadl Bohuslavovi Malovcovi a již nepatřil pod Borotínské panství. Roku 1584 zde nechal Oldřich Malovec, syn Bohuslava Malovce, slít zvon. Po bitvě na Bílé Hoře byla kostelecká fara zrušena a byla spravována jistebnickou farou. Roku 1724 připadl Kostelec nově zavedené farnosti v Borotíně. Roku 1904 byly do kostela na Kostelci umístěny nové varhany. Po první světové válce byl kostel v dosti sešlém stavu, až v roce 1928 byl zásluhou borotínské fary opraven. Mezi lety 1943 a 1954 zde byly kvůli nebezpečí proboření stropu bohoslužby zakázány. Znovu opravován byl od roku 1946 do roku 1947, kdy se značně změnila jeho podoba. V roce 1958 byly do Kostelce převezeny dva oltáře z kostela v Horních Vltavicích, který byl zatopen vodní nádrží. Další oprava kostela proběhla v osmdesátých letech 20. století. Po roce 1989 byl kostel několikrát vykraden. V roce 2003 byl zásadně upraven v exteriéru. Ke Kostelci se váže řada místních pověstí a legend.