În 1933, Adolf Hitler și Partidul Nazist au venit la putere. Sub conducerea NSDAP, a fost distrusă efectiv comunitatea evreiască din Berlin, care număra 160,000 și reprezenta o treime din totalul evreilor din țară. Comunitatea evreiască berlineză a scăzut de la 80,000 în urma emigrației dintre 1933 și 1939. După Noaptea de cristal din 1938, mii de grupuri persecutate din oraș au fost închise în apropierea lagărului de concentrare Sachsenhausen sau, începând cu începutul anului 1943, erau trimiși în lagăre ale morții, precum Auschwitz. În timpul celui de-Al Doilea Război Mondial, părți mari din Berlin au fost distruse de raidurile aeriene din 1943–45 și în timpul Bătăliei Berlinului. În jur de 125,000 de civili au fost omorâți. După sfârșitul războiului în Europa în 1945, Berlinul a primit mari numere de refugiați din provinciile estice. Puterile victorioase au împărțit orașul în patru sectoare, analog cu zonele de ocupație în care Germania a fost împărțită. Sectoarele aliaților occidentali (Statele Unite, Regatul Unit și Franța) au format Berlinul de Vest, iar sectorul sovietic a format Berlinul de Est.