В начале 1862 года Брэгг был откомандирован в армию Миссисипи. После сражения при Шайло, где Брэгг командовал корпусом, он был повышен в звании и сменил Пьера Борегара на посту командующего войсками западного округа. В последний день 1862 года Брэгг возглавил блестящую атаку на позиции северян при Мерфрисборо (Кентукки), но не смог этот успех закрепить и покинул штат, отступив в Джорджию.