Naděje katolíků v další zlepšování situace ovšem zmařila invaze vojsk Varšavské smlouvy v srpnu 1968. Záhy došlo obnovení kněžského prorežimního „mírového hnutí“, tentokrát pod názvem Sdružení katolických duchovních Pacem in terris (SKD PIT), jehož čelními představiteli se stali Štefan Onderko, Josef Vrana nebo Václav Medek. Členy hnutí se stal 726 českých kněží (přibližně třetina) a 350 slovenských kněží (čtvrtina). Vedení ČSL se opět obměnilo a počet členů se stranickými čistkami redukoval na 40 tisíc.