В 1929 году принимала участие в боях с китайскими милитаристами в ходе конфликта на Китайско-Восточной железной дороге. В июле 1929 года, сразу после захвата войсками Чжан Сюэляна КВЖД, начались обстрелы советских пароходов и прибрежных населённых пунктов на Амуре и его притоках. В октябре 1929 года, к началу активной фазы боевых действий, Дальневосточная военная флотилия имела в боевом составе 4 монитора во главе с «Лениным», 4 канонерские лодки, плавбазу гидроавиации, 3 бронекатера и несколько других судов. Им противостояла китайская Сунгарийская флотилия из одной мореходной канонерки, 3 речных канонерских лодок, 5 вооружённых пароходов, плавучей батареи и вооружённого транспорта. До конца октября Амурская флотилия наступала по Сунгари до города Фуцзинь. В первый и последний раз за всю историю русских и советских военных речных флотилий 12 октября 1929 года у Лахасусу (Тунцзян) в устье Сунгари произошло полномасштабное артиллерийское сражение основных сил речных флотилий, закончившееся полным разгромом противника — Сунгарийской флотилии. В бою уничтожены три канонерские лодки, два вооружённых парохода и захвачена плавучая батарея, почти все остальные китайские корабли добиты 31 октября в бою у Фудзиня. 20 мая 1930 года за отличные действия по разгрому «белокитайцев» (как их тогда называли) флотилия была награждена орденом Красного Знамени и стала называться Дальневосточной Краснознаменной военной флотилией.