האב הרוחני של הודג'קין, ג'ון דזמונד ברנל, השפיע רבות גם על חייה המדעיים וגם על השקפתה הפוליטית. הוא היה אישיות נודעת בקהילה המדעית, חבר המפלגה הקומוניסטית של בריטניה, ותומך נאמן של המשטר הקומוניסטי עד לפלישה הסובייטית לצ'כוסלובקיה. כשהודג'קין התייחסה אליו היא קראה לו תמיד בכינויו Sage ("מלומד"), העריכה ואף העריצה אותו. הם היו נאהבים לסירוגין, בשעה שחיי הנישואין הנפרדים שלהם לא התנהלו על מי מנוחות. ב-1937 נישאה דורותי לתומאס ליונל הודג'קין, שגם הוא היה חבר במפלגה הקומוניסטית, אדם אינטליגנטי, רב-קסם ואנרגטי, ומחזר אימפולסיבי. היא אהבה אותו, ותמיד התייעצה בו בבעיות והחלטות משמעותיות. דורותי נשאה בשקט את הקשיים שנלוו לחיים עם בעלה. בהמשך הוא עבד כמורה בבית-ספר, כמורה לעובדים, כהיסטוריון וככלכלן. ב-1961 מונה ליועץ של קוואמה נקרומה, נשיא גאנה, ושם נשאר לתקופות ארוכות, שבמהלכן הייתה דורותי מבקרת אותו לעיתים. לזוג נולדו שלושה ילדים.