אגינגה החל את דרכו במדי נבחרת אקוודור ב-5 במרץ 1987 במשחק ידידות מול . אגינגה כבש את שער הבכורה שלו כבר באותו המשחק, אך נבחרתו נוצחה 2-1 בסיום. מספר חודשים אחר כך זומן לסגל נבחרתו לטורניר קופה אמריקה 1987, הראשון מבין שמונה טורנירי קופה אמריקה בהם נטל חלק בקריירה. אגינגה עלה בהרכב במשחקה השני והאחרון של אקוודור בטורניר, שוויון 1-1 מול .