Under andre verdenskrig ble partiets aktiviteter utenfor Mandsjukuo stadig redusert. Partiet ble særlig sterkt begrenset etter at Japan inngikk en nøytralitetspakt med Sovjetunionen i 1941. Partiet ble offisielt lagt ned 1. juli 1943. De gjenværende delene av partiet ble ødelagt av Den røde armé under den sovjetiske innvasjonen av Mandsjukuo. Partiets generalsekretær Rodzaevsky ble tatt til fange og henrettet ett år senere.