Lobotka byl členem mládežnických reprezentačních výběrů Slovenska včetně U21. Se slovenskou „jedenadvacítkou“ slavil v říjnu 2016 postup z kvalifikace na Mistrovství Evropy 2017 v Polsku. Trenér Pavel Hapal jej zařadil v červnu 2017 do 23členné nominace na šampionát v Polsku. Na turnaji podal výborné výkony, dvakrát byl vyhlášen hráčem utkání. Slovensku těsně unikl postup ze základní skupiny A do semifinále.