Berangkat di atas "Missouri", Laksamana Halsey memimpin Armada Ketiga ke Teluk Tokyo pada tanggal 29 Agustus 1945. Pada tanggal 2 September 1945, dokumen penyerahan Kekaisaran Jepang mengakhiri perang ditandatangani di dek "Missouri." Armada Ketiga tetap berada di perairan Jepang hingga akhir September 1945, ketika kapal-kapalnya diarahkan untuk melanjutkan ke Pantai Barat Amerika Serikat. Pada tanggal 7 Oktober 1945, Armada Ketiga ditetapkan sebagai armada cadangan dan dinonaktifkan dari status aktif.