En los años siguientes, la población musulmana nativa, conocida ahora como mudéjar, comenzó una constante emigración hacia el reino nazarí de Granada o el Magreb, al tiempo que el aporte demográfico cristiano no despegaba debido a la inseguridad producida por la exposición ante la piratería berberisca desde el mar y las razias granadinas desde tierra. En 1264 estalló en Cartagena una insurrección mudéjar simultánea a las del resto del reino, controladas dos años después por tropas aragonesas y castellanas, que significaría el éxodo definitivo de los hispanoárabes de la ciudad.