Lorsque les libéraux reprennent le pouvoir en 1880, Childers est nommé secrétaire à la Guerre, poste qu'il accepte à contrecœur. Il doit donc assumer la responsabilité de la réduction des dépenses d’armement, politique qui suscite la controverse lorsque la Grande-Bretagne commence à se battre; d'abord contre les Boers en Afrique du Sud en 1880 puis avec l'invasion de l'Égypte en 1882. Childers est également très impopulaire auprès des Horse Guards pour le renforcement et l'expansion des réformes Cardwell. Le 1er mai 1881, il adopte l'Ordonnance générale 41, qui décrit une série d'améliorations connues sous le nom de réformes Childers.