Mackintosh werd geboren in Bihar, dat destijds bij Brits-India hoorde. Van 1907 tot 1909 maakte hij deel uit van de Nimrod-expeditie onder leiding van Ernest Shackleton. Vanaf 1914 was hij opnieuw in Antarctica voor de Endurance-expeditie. Hij had de leiding over de Ross Sea Party, een onderdeel van de Endurance-expeditie. De Ross Sea Party moest de weg onderzoeken die Shackleton ging ondernemen om het continent over te steken.