Църквата понася значителни щети по време на военния конфликт през 2001 година. Армията за национално освобождение контролира почти цяла Северозападна Македония и води престрелки с македонските правителствени сили. Македонското население в смесените райони започва да се изтегля от зоните в обсега на АНО. В тази напрегната обстановка албански екстремисти поставят експлозиви в главната църква на манастирския комплекс до село Лешок и на 21 август 2001 година взривяват до основи църквата. След подписването на Охридското споразумение обстановката в страната се нормализира и това дава възможност да се започне работата по възстановяването на църквата. С проектът по възстановяването на църквата в Лешок се заема Институтът за опазването на паметниците в Република Македония. Към този проект се включва и Европейския съюз, който отпуска 430 000 евро. С тези пари се осъществи възстановяването на църквата със същите камъни, които са използвани при първоначалния ѝ строеж. Всички те са номерирани и сортирани от Македонския институт за паметниците, който осъществи проекта. С парични средства се отзовава и Норвегия. Европейската агенция за възстановяване отпуска допълнителни средства на Македонския институт в размер на 150 000 евро, с които ше бъдат реставрирани и консервирани 392 m2 стенописи в църквата. След четири години, на 23 юли 2005 година, църквата „Свети Атанасий“ е преосветена и отново открита за богослужения.