Шэй убивает Смита и Уордропа и завладевает артефактами. С помощью Бенджамина Франклина и его громоотводов Шэй и его напарница Хоуп Дженсен узнают, что шкатулка — это карта, на которой отображено местоположение храма Предтеч в Лиссабоне. По приказу Ахиллеса ассасин отправляется в Лиссабон, чтобы забрать Частицу Эдема, но артефакт рассыпается прямо в руках Кормака, после чего следует мощное землетрясение, уничтожившее почти весь Лиссабон. Ошеломлённый Шэй, чудом выбравшийся из разрушающегося города, возвращается в поместье.