W 1629 miasto liczyło już 784 mieszkańców. Rodzina Zebrzydowskich, chcąc uaktywnić Sępólno pod względem handlowym ,w 1644 wydała zezwolenie na osadzanie się w mieście Żydów. W 1655 podczas wojny polsko-szwedzkiej zwanej "potopem" miasto dostało się pod władzę Szwedów. Rok później zostało wyzwolone przez Stefana Czarnieckiego, po czym w tym samym roku w mieście wybuchła zaraza, która pochłonęła ponad 1000 ofiar śmiertelnych. W 1674 odnowiony został przywilej lokacyjny, który miał stanowić podstawę odrodzenia miasta. W tym czasie Sępólno liczyło 540 mieszkańców.