Au Mexique, il est victime d'un accrochage avec Marcus Ericsson et abandonne dès le premier tour. Sous la pluie du Brésil, il est de nouveau en difficulté et chute au classement alors que les points étaient à sa portée. Il termine quinzième et Ocon manque les points de peu, terminant douzième. Felipe Nasr termine lui neuvième et marque 2 points, ce qui permet à son écurie Sauber de passer devant Manor au championnat des constructeurs, à la dixième place. Seules les dix premières écurie du championnat ont le droit de bénéficier des revenus de la FOM, ce qui empêcherait Manor de toucher l'argent. Lors du dernier Grand Prix à Yas Marina, Wehrlein finit quatorzième après une légère friction avec Ocon, qui termine treizième. Grâce à son point inscrit en Autriche, il se classe dix-neuvième du championnat, et est élu meilleur débutant en fin d'année. Il est un temps favori pour aller chez Mercedes à la suite de la retraite surprise du champion sortant Nico Rosberg, mais semble en fin d'année 2016 plus proche d'un contrat avec Sauber pour 2017.