Middelgrundsfortet kom til at spille en uheldig rolle i forbindelse med den tyske besættelse af Danmark den 9. april 1940. Da det tyske skib med tropperne, som skulle besætte København, om morgenen omkring kl. 4 nærmede sig Middelgrundsfortet sammen med en tysk isbryder, blev der fra fortet afgivet signal til skibene om at stoppe. Da skibene fortsatte, ville man fra fortet afgive et varselsskud, men det var ikke muligt for kanonbesætningen at lade kanonen. De tyske skibe kunne således uantastet fortsætte ind til Langelinie. Episoden har givet anledning til mange myter om sabotage og forræderi, men skyldes uden tvivl, at besætningen på fortet var helt ny i tjenesten og endnu ikke havde lært at betjene kanonen rigtigt.