Nikola Kirov wurde in der fast ausschließlich von Christen bewohnten Stadt Kruševo im damaligen Vilâyet Manastır des Osmanischen Reiches geboren und identifizierte sich selbst als Mitglied der bulgarischen Bevölkerungsgruppe. Seine Familie stammte aus Sviništa bei Ohrid. Er war ein Cousin von Nikola Karev, der während des Ilinden-Preobraschenie-Aufstands im August 1903 Präsident der nur zehn Tage bestehenden Republik Kruševo war. Manchmal wird er irrtümlich mit diesem gleichgesetzt.