Durante el Gran Levantamiento Indígena de 1781, la iglesia fue profanada, pero el "camarín", como se le llamaba a la capilla, permaneció intacto. Copacabana es escenario de celebraciones indígenas a menudo muy ruidosas. Los urinsayas aceptaron el establecimiento de la cofradía de la Virgen María, pero no aceptaron el tallado de Francisco Tito y decidieron venderla. En La Paz, la imagen llegó al cura de Copacabana quien decidió llevar la imagen a la gente. El 2 de febrero de 1583 se llevó a la zona la imagen de la Virgen María. Desde entonces, una serie de milagros atribuidos al icono lo convirtieron en uno de los santuarios marianos más antiguos de América. Los días 2 de febrero y 6 de agosto se celebran las fiestas de la Iglesia con bailes indígenas.