Ydinreaktoria täytyy jäähdyttää vielä ketjureaktion pysäyttämisen jälkeenkin, koska fissiotuotteiden radioaktiivisessa hajoamisessa syntyy jälkilämpöä. Suuren reaktorin jälkilämpöteho on niin suuri, että se voi sulattaa polttoainesauvat. Ydinreaktorit varustetaan hätäjäähdytysjärjestelmillä, joilla reaktoriin voidaan pumpata lisää jäähdytysvettä, vaikka normaalit jäähdytysjärjestelmät eivät toimisi. Three Mile Islandin ja Fukushiman onnettomuudet johtuivat siitä, että reaktoreiden jäähdytys ei toiminut.