Sotto la dominazione spagnola, tornarono al castello di Musso i Malacrida nel 1532, i quali ricostruirono solo in parte le mura del castello. Nel 1617 il castello venne acquistato dalla famiglia Bossi che vi rimase sino al 1838. Nel 1636, durante la Guerra di successione di Mantova tra francesi e spagnoli, venne ricostruita parte della rocca come sostegno al forte di Fuentes contro i francesi provenienti da nord. Nel 1701 quello che rimaneva della rocca venne utilizzato dagli austriaci come difesa contro gli spagnoli durante le lotte per la successione al Ducato di Milano.