Магдалена Кармен Фріда Кало-і-Кальдерон народилася 6 липня 1907 року в Койоакані, тоді селі на околиці Мехіко (згодом змінила рік свого народження на 1910 — рік Мексиканської революції). Сама вона стверджувала, що народилась у своєму родинному домі «Ля Каса Асуль» («Блакитний будинок»), але, згідно з офіційними реєстраційними документами про народження, це сталось у сусідньому будинку, який належав її бабусі по материнській лінії. Батьками Кало були фотограф Гільєрмо Кало (1871—1941) і Матільда Кальдерон-і-Гонсалес (1876—1932). Гільєрмо походив із Німеччини й емігрував до Мексики 1891 року, після того як епілепсія, спричинена нещасливим випадком, завадила йому навчатися в університеті. Хоча Кало стверджувала, що її батько був єврей, та насправді він належав до лютеран. Матільда народилася в штаті Оахака від батька-індіанця та матері іспанського походження. Фріда стала третьою дитиною в сім'ї. Були ще сестри Матільда ("бл." 1898—1951), Адріана ("бл." 1902—1968) і Крістіна ("бл." 1908—1964). Вона також мала двох зведених сестер від батькового першого шлюбу — Марію Луїзу й Маргариту, які виховувались у монастирі.