Le règne et l'indépendance ayyoubide prennent fin avec l'invasion mongole de la Syrie en 1260, et après la défaite mongole à Aïn Djalout la même année, Damas devint une capitale provinciale de l'empire mamelouk d'Égypte. La peste noire de 1348-1349 tua près de la moitié de la population de la ville. Les sultans et gouverneurs mamelouks réutilisèrent les palais construits à Damas par les princes ayyoubides.