Durante el intervalo de guerras que vivió Japón desde 1930 con la invasión a China y hasta la derrota en la Segunda Guerra Mundial en 1945, el cristianismo en Japón sufrió condiciones severas, la Iglesia ortodoxa sobre todo. Después de la rendición japonesa, la ocupación Aliada tenía una actitud generosa hacia el cristianismo, considerando su composición predominantemente americana. La mayoría de los estadounidenses de origen griego y eslavo asistiría a las parroquias ortodoxas locales, con lo que la Iglesia aumentó significativamente su concurrencia. Durante la guerra, la Iglesia Ortodoxa Japonesa no tenía casi ningún contacto extranjero. Después de la guerra, en vez de la Iglesia rusa, los precursores de la Iglesia Ortodoxa en América ayudaron a revigorizar la Iglesia y varios jóvenes que estudiaron en el Seminario Teológico Ortodoxo de San Vladímir de la OCA en Nueva York, se convirtieron en líderes de la Iglesia japonesa.