Jan Lexell är aktivt engagerad inom paralympics, det vill säga idrott för personer med en funktionsnedsättning. Han har deltagit under Paralympics i London 2012, Sotji 2014, Rio 2016 och Pyeongchang 2018 som den medicinskt ansvarige i Sveriges trupp. Lexell är också stående medlem inom den medicinska kommittén i den internationella paralympiska kommittén (IPC).