В июне 1942 года назначен начальником отдела боевой подготовки 58-й армии, находившейся во фронтовом резерве в районе города Осташков. В начале августа полевое управление армии и войска были обращены на формирование 39-й армии, а полковник Сафонов утвержден в должности начальника отдела боевой подготовки. До ноября ее войска обороняли рубеж северо-западнее Ржева, затем вели наступательные бои на ржевском направлении. В марте 1943 года вместе с армией Сафонов участвовал в Ржевско-Вяземской наступательной операции. В начале мая назначен заместителем начальника штаба по ВПУ 39-й армии Калининского фронта. В сентябре — начале октября участвовал с ней в Духовщино-Демидовской наступательной операции, в ходе которой были освобождены города Духовщина и Рудня. С 8 октября 1943 года Сафонов заместитель начальника штаба — начальник оперативного отдела штаба 39-й армии. Участвовал в Белорусской, Витебско-Оршанской, Каунасской, Прибалтийской, Мемельской наступательных операциях. С начала 1945 года принимал участие в Восточно-Прусской, Инстербургско-Кенигсбергской, Кенигсбергской и Земландской наступательных операциях.