Peloponnesolaissodan loppuvuosina Konon lähetettiin estämään Lysandroksen laivastoa, joka oli matkalla Hellespontokselle. Konon oli yksi kuudesta ateenalaisesta kenraalista jotka johtivat Ateenan laivastoa ratkaisevassa Aigospotamoin taistelussa. Ateenan laivasto kärsi taistelussa murskatappion ja ainoastaan Kononin johtamat yhdeksän laivaa selvisivät. Konon pakeni taistelun jälkeen Kyprokselle Salamiin kuninkaan Euagoraan luokse, koska hän uskoi ateenalaisten tuomitsevan hänet kuolemaan taistelun menetyksen johdosta.