У 1407 році костел знову постраждав від пожежі. Відновлювальні роботи затягнулися через гуситські війни і закінчилися лише в 1463 році. В цей час храм набув вигляду псевдобазіліки. У 1424 році в храмі Святого Духа був похований чеський полководець і національний герой Ян Жижка. За легендою, останки Яна Жижки були поміщені в одному з чотирьох склепів, які розташовані нижній частині собору. Після гуситських війн собору було потрібно відновлення, яке завершили в 1463 році. Нова пожежа, вже трапилася в 1484 році, істотно пошкодила вежі храму, які при ремонті було надбудовано в висоту і отримали нові дзвони (старі розплавилися під час пожежі). Дзвони ці збереглися до наших днів і навіть мають імена: дзвони на північній башті називаються Орел (або Міхаель) і Домінік (або Леопольд), а дзвони на південній вежі — Жебрак і Клемент. Найстаріший з чотирьох дзвонів собору, званий Леопольд (або Домінік) датується 1485 роком. Найбільший з дзвонів собору, званий Міхаель (або Орел), датується 1496 роком, він важить 3847 кг, в діаметрі досягає 176 см, а у висоту 132 см.