Odnowienie biblioteki po wznowieniu działalności kolegium było możliwe dzięki darowiznom. Do najważniejszych należały księgozbiór kanonika Steisona z Dobrego Miasta ofiarowany przez niego w 1643, księgozbiór lekarza nadwornego króla duńskiego Jana de Petra Fontini, należący wcześniej do Bartłomieja Nigrinusa księgozbiór teologa królewskiego Jerzego Schönhoffa oraz księgozbiór proboszcza kapituły Wojciecha Rudnickiego. Także po potopie szwedzkim jezuici otrzymali kilka (choć już mniejszych) księgozbiorów.