Malaijit olivat tyytyväisiä uuden liittovaltion syntymiseen, mutta kiinalaiset kokivat itsensä syrjäytetyiksi. Etenkin Malaijan kommunistiseen puolueeseen (KPM) liittyneiden kiinalaisten tyytymättömyys kasvoi. Sodan jälkeen Singapore oli pahasti köyhtynyt ja osittain raunioina, jolloin kommunistien propaganda löysi maasta otollisen maaperän. Rauhanomaisin keinoin kommunismia ei saatu Singaporessa eikä Malaijan federaatiossa levitettyä, vaan KPM tukeutui terroriin ja sissisotaan. Kun KPM:n yksikkö murhasi kesäkuussa 1948 kolme brittien työnjohtajaa Perakissa, britit julistivat Malaijaan ja Singaporeen poikkeustilan. Britannialaiset pääsivät KPM:n terrorissa voitolle vuonna 1952 ja poikkeustila jatkui vuoteen 1959 asti.