Пофарбована стеля нави являє собою тромплей, який створює ілюзію циліндричного склепіння, що підтримується чотирма великими арками, вкритими волютами та іншими декоративними елементами. Між арками намальовані квадратні балкони, а над цими балконами — три величезні куполи, що підіймаються на кільцях відкритих арок і колон. Більшу частину цього між 1584 та 1586 роками було створено художником Франциско Венегаса (1578—1590), королівський художник короля Філіпа IІI. Єзуїти додали великий центральний медальйон ("Слава Хреста"), а також 8 великих картин та 12 монохромних панно із зображенням біблійних подій. Стеля біля передньої частини церкви була пошкоджена під час землетрусу 1755 року, її довелось перебудовувати та перефарбовувати. Вся стеля була відреставрована в 2001 році — фарбу очистили або відремонтували.