O período de crescimento da Academia durou até o século XVII. O período seguinte, conhecido como O Dilúvio, levou a uma dramática redução, tanto no seu número de estudantes matriculados quanto na qualidade de seus programas. Na metade do século XVIII, as autoridades educacionais tentaram recuperar a Academia. Isto levou a construção do primeiro observatório na República das Duas Nações, (o quarto na Europa), em 1753, por Tomasz Żebrowski. A Comissão de Educação Nacional tomou a direção da Academia em 1773 e a transformou em uma moderna universidade. Graças ao Reitor da Academia, Marcin Poczobutt-Odlanicki, foi-lhe conferida a posição de "Escola Principal" ("Szkoła Główna") em 1783. A Comissão de Educação Nacional, a autoridade secular que dirigiu a instituição após a dissolução da Companhia de Jesus, deu-lhe um novo estatuto.