In 1950 waren Piero Taruffi en Franco Passoni hoofdverantwoordelijk voor de ontwikkeling van de 500 cc Gilera. Pagani reed uitsluitend nog in de 500cc-klasse, maar moest het hoofd buigen voor zijn nieuwe teamgenoot Umberto Masetti. Die won de Grand Prix van België en de TT van Assen, waarbij Pagani steeds tweede werd. Pagani scoorde daarna geen punten meer (10e in Zwitserland, 7e in de Ulster Grand Prix en uitgevallen in Monza) en werd slechts vierde in het wereldkampioenschap 500 cc. In dit jaar reed hij ook zijn enige race in de Formule 1: Hij reed de Grand Prix van Zwitserland in 1950 voor het team Maserati, maar scoorde hierin geen punten.