Después del año 1621 la iglesia pertenecía de nuevo a los católicos y los símbolos del utraquismo se eliminaron. Y en 1626, después de la Batalla de la Montaña Blanca, las esculturas de Jorge de Podiebrady y el cáliz se retiraron y se sustituyeron por una escultura de la Virgen María, con un halo gigante. En el año 1679 hubo un incendio causado por un rayo, por lo que la bóveda de la nave principal y la del presbiterio tuvieron que ser reconstruidas con una bóveda barroca. En el año 1662 se trajeron las esculturas de Calvaria, y se pusieron en el altar del norte de la nave lateral. A mediados del siglo XIX se hicieron algunos cambios y se eliminó el encalado, quedando la iglesia tal como la conocemos actualmente, con la piedra a la vista.