Seleccionado chileno desde 1986, participó en el sudamericano sub 16 en Perú, saliendo en el equipo ideal de la FIFA junto a Marco Antonio Etcheverry y otras figuras de ese sudamericano, además jugó en la Copa América 1991 de Chile y en la Copa América 1993 de Ecuador. Además, estuvo en el plantel chileno que viajó al Mundial de Francia 1998, en donde jugó solamente medio tiempo ante Brasil, de hecho el descuento chileno de Marcelo Salas fue tras pase de Vega y posterior pivoteo de Iván Zamorano, pero no tuvo mayor actuación debido a que llegó al mundial lesionado. Jugó 30 veces por la Selección Chilena entre 1991 y 1998, marcando 1 gol.