В июле 1942 года был назначен на должность заместителя начальника оперативного отдела штаба, а в декабре 1943 года — на должность начальника штаба 116-го стрелкового корпуса. С 24 февраля по 15 марта 1944 года исполнял должность командира корпуса, который в составе 67-й армии Ленинградского фронта принимал участие в Ленинградско-Новгородской операции, ликвидации мгинской и лужской группировок противника, а также при освобождении пгт Мга (Ленинградская область). В мае 1944 года вновь был назначен на должность начальника штаба 116-го стрелкового корпуса. Бадерко участвовал в разработке и проведении Псковско-Островской и Тартуской операций, в ходе которых были освобождены города Остров, Выру и Тарту. С декабря 1944 года проходил лечение в госпитале в связи с болезнью. После выздоровления с марта 1945 года исполнял должность начальника штаба 3-й ударной армии (1-й Белорусский фронт), а в апреле 1945 года был назначен на должность заместителя начальника Оперативного управления штаба этого же фронта.