ব্রিটিশ আমলে বকশীগঞ্জ দেওয়ানগঞ্জ থানার একটি গ্রাম ছিল। ১৯৩৭ সালে দেওয়ানগঞ্জ থানার অন্তর্ভুক্ত বকশীগঞ্জ ইউনিয়ন গঠিত হয়।মহান স্বাধীনতা যুদ্ধের সময়ে বকশীগঞ্জ থানায় উন্নীত ছিল না। এটি দেওয়ানগঞ্জ থানার অধিনে একটি ইউনিয়ন ছিল। ২৬ এপ্রিল পাকিস্তান বাহিনী এ এলাকায় প্রবেশ করে। ৪ ডিসেম্বর বকশীগঞ্জ হানাদার মুক্ত হয়। ১৯৮২ সালের ৩০ এপ্রিল বকশীগঞ্জ থানা এবং ১৯৮৩ সালের ১৪ সেপ্টেম্বর বকশীগঞ্জ উপজেলা গঠিত হয়।