次のヨハン・ゲオルク1世（在位：1611年 - 1656年）の長い治世に、ドイツでは三十年戦争が勃発した。ヨハン・ゲオルク1世は当初、中立を維持してスウェーデン王グスタフ2世アドルフの参戦の打診にも応じなかったが、皇帝軍の指導者ティリー伯爵がザクセン領内に進軍すると、プロテスタント側に立って戦うことになった。しかし1632年にグスタフ2世アドルフが戦死、1634年のネルトリンゲンの戦いの後、1635年に結ばれたプラハ条約で、ヨハン・ゲオルク1世は皇帝側と和解した。この条約により、ザクセン選帝侯はボヘミア王の封土という形で上下のラウジッツ辺境伯領を与えられることになった。しかしスウェーデン軍はザクセンを裏切り者と見なし、10年の間ザクセン選帝侯領で掠奪を行った。1648年のヴェストファーレン条約では、ザクセン選帝侯はその支配領域をエルベ川下流域より先に拡大することを永久に禁止され、ライバル関係にあったブランデンブルク＝プロイセンの優位を認めることを余儀なくされた。