Avec le déclenchement de la guerre de Sécession, il démissionne et rejoint le 3rd Arkansas Infantry en tant que lieutenant-colonel dans l'armée confédérée. Servent en Général Robert E. Lee, Barton participe aux combats lors des batailles de Cheat Mountain et de Greenbrier River, et plus tard avec le général Thomas "Stonewall" Jackson en tant qu'ingénieur en chef lors de la campagne de la vallée en 1862.