Ferrari mulai memperbaiki diri di musim 2006. Schumi pun mendapat rekan setim yang baru, yaitu Felipe Massa. Regulasi ban pun berubah, dengan kembali mengikuti format di musim 2004 dan sebelumnya, dan ini memberi peluang Bridgestone untuk membuat ban yang lebih bagus. Pada Grand Prix San Marino, Schumi meraih pole position untuk ke-66 kalinya dan memecahkan rekor peraih pole terbanyak yang sebelumnya dipegang oleh Ayrton Senna. Schumi berhasil meraih pole lainnya di Monako tetapi kemudian pole tersebut dibatalkan setelah Schumi diketahui melakukan pelanggaran yang disengaja dengan menghentikan mobilnya secara mendadak di area sirkuit yang terisolir dan disaat yang bersamaan Fernando Alonso sedang mencatatkan waktu tercepatnya. Sebagai konsekuensinya, Schumi dihukum start dari posisi belakang. Saat lomba ia berhasil bangkit untuk kemudian finis kelima di sirkuit jalan raya yang terkenal sulit ini. Setelah lomba Grand Prix Kanada, Schumi tertinggal 25 poin dari Alonso. Memasuki pertengahan musim Schumi berhasil bangkit dengan memenangi tiga lomba dan berhasil memotong jarak selisih poin menjadi hanya 11 angka saja. Setelah berhasil menang di Italia dan di sisi lain Alonso tersingkir karena masalah mesin, Schumi kemudian mengumumkan bahwa ia akan pensiun dari arena F1 di akhir 2006, dan Kimi Raikkonen akan menggantikan posisinya mulai musim 2007.