Le monastère est fondé par Ivan le Terrible le après la prise de la ville. Il est construit à l'emplacement du campement et de la chapelle de campagne d'Ivan le Terrible et à l'endroit où furent enterrés les combattants russes, morts sous les remparts de la ville. En 1559, la Volga déborde, détruisant les murs du monastère, si bien que celui-ci est reconstruit plus haut, au sommet de la colline. Il est entouré d'un mur d'enceinte. Son nom non officiel est , d'après le nom de la colline où demeurait selon la légende le mythique Zilant (serpent ailé, emblème de la ville).