Le "Lynx" rejoint ensuite la base navale algérienne de Mers el-Kébir où il arrive le , et il est encore sur place le peu après la signature de l'armistice du 22 juin qui entérine la défaite de la France face à l'Allemagne. Il réussit à s'échapper de la rade lors de l'attaque britannique sur Mers el-Kébir le et, avec le "Tigre", engage brièvement le destroyer HMS "Wrestler". Les deux navires grenadent ensuite le sous-marin britannique HMS "Proteus" mais sans résultat. Ils font route sur Toulon qu'ils rejoignent sans dommage le jour suivant.