El objetivo original del Acueducto Inferior era abastecer de agua a Jerusalén y al Templo de Jerusalén específicamente. Fue destruido durante la Gran Rebelión de los judíos contra Roma (66 al ). Restaurado por primera vez durante el Período Bizantino, posiblemente en el Siglo VI por Justiniano I, para abastecer de agua a la Iglesia Nea, una enorme iglesia entre cuyos restos se han encontrado grandes depósitos de agua. La Nea estaba ubicada en la zona del actual Barrio Judío, el Acueducto Inferior no fluía desde allí hacia el Monte del Templo como antes, no había necesidad puesto que el área del Templo permanecía en ruinas.