Рота присоединилась к полку вскоре после первого сражения при Булл-Ран. 21 августа 1861 года Джонс стал подполковником. Полк Джонса числился в составе Бригады Каменной стены и весной 1862 года участвовал в кампании в долине Шенандоа. 23 марта 1862 года Джонс впервые принял участие в настоящем сражении - во время сражения при Кернстауне. В тот день он командовал всем 33-м Вирджинским, и Томас Джексон лично отметил его храбрость. Ввиду отличия при Кернстауне, общего стиля командования и, вероятно из обучения в ВВИ, Джексон решил повысить Джонса и 25 июня 1862 года присвоил ему звание бригадного генерала (не подтверждённое впоследствии Сенатом).