Quan Tony Blair va esdevenir primer ministre el 1997, Dewar va esdevenir secretari d'Estat per a Escòcia (ministre). Aquest mateix any es va organitzar un referèndum sobre l'establiment d'un Parlament i un poder executiu escocès, que Dewar va impulsar activament. El resultat de la consulta va ser positiu i el 1999 es van celebrar les primeres eleccions parlamentàries. El Partit Laborista escocès va resultar victoriós i Dewar va ser escollit primer ministre pel nou Parlament. Entre les seves accions com a primer ministre van destacar el projecte de llei per millorar els estàndards de qualitat de les escoles públiques escoceses, el de protecció dels drets i interessos dels adults incapacitats i el de la creació de parcs nacionals, així com l'abolició de la llei de tinença feudal i de l'article 28, 2A, una controvertida llei de Thatcher de 1988 que prohibia la «promoció de l'homosexualitat com una variant normal de vida familiar» pels poders públics.