El origen de Nazaret mantiene cierta controversia, porque no es mencionada por historiadores o geógrafos del primer siglo de la era común. Frank Zindler, antiguo presidente de la organización Ateos de América, escribió que Nazaret no se menciona en el Antiguo Testamento, ni en las epístolas de Pablo de Tarso, ni en el Talmud —donde se citan otras 63 ciudades de Galilea—, ni en la obra de Flavio Josefo. Entre los años 66-73 de la era común, el historiador judeorromano Flavio Josefo, en el contexto de la Primera guerra judeo-romana, hizo referencias a la Galilea del siglo I (una región de unos 4000 kilómetros cuadrados), la región donde actualmente se encuentra Nazaret. En ellos, Josefo menciona 45 ciudades y aldeas, pero Nazaret no está incluida. La ciudad que menciona más cercana a la localización actual de la ciudad es «Japha», totalmente destruida en el año 67 por los romanos debido a la guerra. Según Josefo, las víctimas de aquella destrucción, que ascenderían a 15 000, posiblemente fueron sepultadas en el lugar de la actual Nazaret. Excavaciones hechas en esa ciudad muestran la existencia de una necrópolis. Según John P. Meier, Nazaret era «un lugar insignificante situado en los montes de la Baja Galilea, un pueblo tan oscuro que nunca lo mencionan el Antiguo Testamento, Josefo, Filón, ni la literatura temprana de los rabinos, ni los "pseudepigrapha" del Antiguo Testamento». Según Gregory Jenks, esta falta de mención no demuestra que Nazaret no existiera en el siglo I, o incluso que fuera desconocida para Josefo. Sin embargo, sugiere que Nazaret no participó en la primera guerra judeo-romana, y que era un lugar tan insignificante que Josefo no tenía razones para mencionarla.