Развитие Чернигова было прервано монголо-татарским нашествием на русские земли. В октябре 1239 года монгольская орда под предводительством чингизида Мункэ напала на Чернигов. На помощь городу пришло войско во главе с Мстиславом Глебовичем, под стенами города развернулась жестокая битва, но монголы победили. 12 октября окружённый город пал. Воскресенская летопись сообщает: «и множество от вой [воинов] его избиено бысть и град взяша и запалиша огнём». После монгольского разорения значение центра чернигово-северских земель перешло к Брянску.