Angesichts der drohenden Türkenbelagerung Wiens 1529 flüchteten die Klarissen in das Kloster ihres Ordens in Judenburg und das vor dem Kärntner Tor gelegene mittelalterliche Bürgerspital, das aus strategischen Gründen abgerissen werden musste, wurde in das Kloster übersiedelt. 1530, nach erfolgreich überstandener Belagerung, überließ Ferdinand I. der Stadt Wien das Nonnenkloster, während die Nonnen zunächst provisorisch, dann 1540 endgültig in das Pilgrimhaus zu St. Anna verlegt wurden, wo der Konvent noch bis 1570 existierte. Die noch erhaltenen Bauten des Klarissenklosters selbst wurden nach Verlegung des Bürgerspitals 1790 zu einem Zinshaus umgebaut und schließlich 1873 abgerissen.