Dne 17. června 1943 se Charlotte Salomon provdala za německého židovského uprchlíka, Alexandra Naglera, který byl správcem vily Ottilie Moore. V červenci 1943 došlo v rámci kampaně „Rafle du Vélodrome d'Hiver“ k přísnějšímu vyhledávání osob židovské národnosti v celé Francii. Dne 23. září 1943 byli Charlotte Salomon i Alexandr Nagler zatčeni, odvlečeni z domu v NIce a dopraveni železničním transportem do nacistického soustřeďovacího střediska v Drancy u Paříže. Charlotte Salomon byla tehdy pět měsíců těhotná. Dne 7. října 1943 byla odeslána transportem do koncentračního tábora Auschwitz v Osvětimi, kde byla pravděpodobně v den svého příjezdu (10. října 1943) zavražděna v plynové komoře.