Nasce nei pressi di Río de la Plata. Trascorre gran parte della carriera calcistica con la casacca dell'Estudiantes, club con il quale è artefice di molti successi: nel 1967 vince il campionato argentino, segue una prima vittoria in Copa Libertadores nel 1968, quindi Flores si rende protagonista del successo nell'Interamericana dello stesso anno contro il segnando sia nella finale di ritorno, persa 2-1, sia nello spareggio vinto 3-0 che assegna la coppa agli argentini. Non è convocato per l'Intercontinentale 1968 vinta col . Il 15 maggio 1969, l'attaccante firma l'unico gol nella finale d'andata di Libertadores contro il , andando a rete anche nella sfida di ritorno, vinta 2-0: con questi successi, l'Estudiantes ottiene la sua seconda vittoria di fila nella competizione internazionale. Nell'ottobre seguente, gioca e perde l'Intercontinentale del 1969. Nel 1970 vince la sua terza Libertadores consecutiva, perdendo nuovamente in Coppa Intercontinentale. Nel 1971 si trasferisce in Francia, dove chiude la carriera qualche anno dopo.