Zé Maria za sobą występy w reprezentacji Brazylii, w której zadebiutował 12 stycznia 1996 w meczu z reprezentacją Kanady podczas Złotego Pucharu CONCACAF 1996, gdzie zajęła drugie miejsce, po porażce w finale z reprezentacją Meksyku. W tym samym roku grał na Igrzyskach Olimpijskich w Atlancie, gdzie Brazylia zdobyła brązowy medal. W 1997 roku wygrał z "canarinhos" Copa America oraz Puchar Konfederacji. W 1998 zajął trzecie miejsce w Złotym Pucharze CONCACAF 1998. W 2001 roku zagrał w reprezentacji na Pucharze Konfederacji. Mecz z reprezentacją Australii rozegrany 9 czerwca 2001 był jego 43 i zarazem ostatnim w barwach "canarinhos".