Vor der Machtübernahme der Nationalsozialisten 1933 hatte Pfeiffer dem Zentrum angehört, zum 1. Dezember 1940 trat er der NSDAP (Mitgliedsnummer 8.128.186) bei. Von 1934 bis 1938 war er Gesandtschaftsrat in Paris, danach in Rom. Im seit 1939 italienisch besetzten Tirana wurde er im November 1940 Generalkonsul und begleitete diplomatisch den italienischen Überfall auf Griechenland. In der Planung der deutschen Besetzung der Sowjetunion war Pfeiffer als Gesandter für die Dienststelle Moskau vorgesehen. Zunächst wurde er aber nach der griechischen Kapitulation in die französische Kolonie Algerien entsandt, wo er im Oktober 1941 das Generalkonsulat wiedererrichtete. Dort geriet er im November 1942 nach der Alliierten Eroberung Algeriens in US-amerikanische Internierung, zuletzt in Staunton (Virginia). Pfeiffer konnte und wollte im Rahmen eines Diplomatenaustausches im März 1944 ins Großdeutsche Reich zurückkehren und wurde dort wieder in der Pariser Botschaft und, nach der Invasion der Alliierten, in Berlin in der politischen Abteilung des Auswärtigen Amts eingesetzt.