UNHCR:n pääsihteerinä Sadruddin joutui käsittelemään muun muassa Bangladeshin itsenäisyyssodan seurauksena syntynyttä pakolaisvirtaa ja hutujen massapakoa Burundista Tansaniaan sekä vietnamilaisten venepakolaisten auttamista. Vuonna 1972 Ugandassa Idi Amin karkotti tuhansia aasialaisia, mikä oli yksi Aga Khanin vaikeimmista ongelmista. Sadruddin kilpaili n virasta 1981 muttei tullut valituksi.