Năm 1956, các sĩ quan KGB đã tích cực tham gia đàn áp cuộc nổi dậy ở Hungary. Chủ tịch KGB Ivan Aleksandrovich Serov cùng với Phó Tổng tham mưu trưởng Lực lượng vũ trang Liên Xô Mikhail Sergeyevich Malinin đã đến Budapest cùng với các lãnh đạo Trung ương Đảng để đánh giá tình hình ở Hungary. Trong Chiến dịch Vortex, kế hoạch do Bộ Quốc phòng Liên Xô xây dựng, các sĩ quan KGB đã bắt giữ Trung tướng Pal Maleter, Bộ trưởng Bộ Quốc phòng Hungary. Điều đó đã giúp vô hiệu hóa ban lãnh đạo quân đội Hungary và đảm bảo thành lợi cho các đơn vị pháo binh, xe tăng và bộ binh Liên Xô trong việc nhanh chóng trấn áp cuộc nổi dậy và khôi phục chế độ Hungary trung thành với Liên Xô. Trong những ngày đầu tiên sau khi đàn áp cuộc nổi dậy, với sự giúp đỡ của KGB, các cơ quan đặc nhiệm của Hungary đã bắt giữ khoảng 5 nghìn người Hungary - những kẻ phản loạn, loạn binh, binh sĩ và sinh viên, trong số đó có 846 người bị đưa đến các nhà tù của Liên Xô. Theo một số ước tính, khoảng 350 người trong số những người bị bắt đã bị hành quyết sau đó, bao gồm cả Thủ tướng Hungary Imre Nadia. Vì đã tham gia hoạt động trấn áp cuộc nổi dậy, Chủ tịch KGB Serov đã được trao Huân chương Kutuzov hạng nhất. Cần lưu ý rằng Yuri Vladimirovich Andropov đã đóng một vai trò tích cực trong việc trấn áp cuộc nổi dậy trong vai trò đại sứ Liên Xô tại Hungary; Kinh nghiệm này có ích về sau, khi với tư cách là Chủ tịch KGB, ông đã lãnh đạo các hoạt động các sĩ quan an ninh nhà nước Liên Xô trong Chiến dịch Danube ở Tiệp Khắc năm 1968.