Cependant, Ferdinand, tout en essayant d'extirper le protestantisme de l'Allemagne, tente également d'imposer son pouvoir absolu, avec l'aide militaire de Wallenstein. Maximilien s'y oppose et obtient en 1630, à la diète de Ratisbonne, le renvoi de Wallenstein qui, à son sens, est beaucoup trop puissant. À partir de ce moment, celui-ci devient son ennemi juré. Après la défaite de Tilly sur la Lech en , et sa mort peu de temps après, le duc s'enfuit de Munich devant l'avancée des Suédois et Wallenstein, que l'empereur a rappelé en urgence, ne lève pas le petit doigt pour l'aider. C'est à la mort de ce dernier et à la victoire de Nördlingen en 1634 qu'il renoue avec le succès.