La ligne défensive de Johnston se révèle inopérante face à l'avancée d'Ulysse S. Grant. Après la capture du fort Donelson et du fort Henry, Johnston abandonne le Kentucky et une grande partie du Tennessee, se retirant sur Corinth. C'est à partir de cette ville qu'Albert S. Johnston lance une contre-offensive à Shiloh où il est mortellement blessé le . P. G. T. Beauregard prend alors le commandement du département et met en place une ligne de défense autour de Tupelo. Il refuse d'envoyer Braxton Bragg en Louisiane et Jefferson Davis le remplace par Bragg au prétexte qu'il a pris un congé maladie sans autorisation.