El 9 de agosto de 1999, asumió la jefatura del Gobierno —primero como interino y luego, el 16, como titular— y lanzó la segunda guerra chechena. El motivo para la nueva operación militar, que llevó a la conquista de Grozni al año siguiente, fue la invasión de los guerrilleros chechenos a Daguestán en agosto-septiembre y las explosiones en edificios de vivienda en Buinaksk, Moscú y Volgodonsk.