Als im Jahr 2001 in Nord- und Nordwestmazedonien der Albanische Aufstand ausbrach, wurde auch Bitola in die Wirren des Konflikts hineingezogen. Am 28. April des Jahres verübten Rebellen der UÇK das Massaker von Vejce (im Šar-Planina-Gebirge nordwestlich von Tetovo), wobei 8 mazedonische Soldaten in einen Hinterhalt gerieten und anschließend brutal ermordet wurden. Vier der Soldaten waren aus Bitola und, nachdem diese am 1. Mai 2001 in der Stadt beerdigt wurden, stürmten ethnische Mazedonier albanische Geschäfte in Bitola und setzten diese in Brand. Auch zwei Moscheen wurden beschädigt. Am 5. und 6. Juni kam es wieder zu schweren Ausschreitungen gegen Albaner in der Stadt. Infolgedessen verließen beinahe alle albanischen Bewohner Bitola, die nach dem Ende des Pogroms wieder zurückkehrten.