Bécs 1529-es oszmán ostroma idején Anna a gyermekeivel, a hároméves Erzsébettel, a kétéves Miksával, az egyéves Annával és a június 14-én még Linzben született kis Ferdinánddal, valamint sógornőjével, özvegy Mária királynéval Linzből hajóval Passauba menekültek. Ferdinánd a feleségét és gyermekeit Innsbruckba kívánta tovább küldeni, ami viszont élelmezés tekintetében nem lett volna szerencsés, Mária királyné ezért is szeretett volna inkább Csehországba menni, ahol az özvegység címén neki járó királynéi birtokain kedvezőbb lett volna az ellátás, ezért Mária futárt küldött Ferdinándhoz, de közben megérkezett annak a híre, hogy az oszmán sereg sikertelenül ostromolta Bécset, ezért október 16-án visszavonultak Bécs alól. Ekkor Anna a gyermekeivel és Máriával újra visszatért Linzbe. Ferdinánd közben Passauba utazott, de ott már nem találta a családját, ezután utánuk ment Linzbe. Ferdinánd ekkor Anna királynénak és a gyermekeiknek a már korábban meghatározott Innsbruckot jelölte ki tartózkodási helynek, míg Máriának a bátyja utasítására Linzben kellett maradnia. Mária csak 1530. április végén utazott Innsbruckba, ahol május 8-án találkozott az Innsbruck és Hall között elterülő mezőn a két bátyjával, Károllyal és Ferdinánddal, valamint a sógornőjével, Annával.