También, sirvió como capitán, cartógrafo, y ayuda de campo en el Ejército de México del Norte ante el comienzo de las hostilidades entre EE. UU. y México en la primavera de 1846, bajo el comando del General (más tarde Presidente) Mariano Arista. El capitán Berlandier dibujó el primer grupo de mapas de la Batalla de Palo Alto (8 de mayo de 1846), mapas que hoy se localizan en la Biblioteca del Congreso de Estados Unidos. Sus extensos conocimientos de la región del sur de Texas y de Tamaulipas, ganados durante sus exploraciones de colecta botánica de especímenes, fueron inapreciables para el General Arista.