Von Dezember 2006 bis August 2007 war Gabrielli letzter Leiter des Nachrichtendienstes SISDE und dann bis Juni 2008 erster Leiter der Nachfolgeorganisation AISI. Im akademischen Jahr 2008/2009 war er Dozent für Kriminalanalyse am Fachbereich Psychologie der Universität L’Aquila. Nach dem Erdbeben von L’Aquila 2009 ernannte ihn die italienische Regierung zum Präfekt von L’Aquila, wo er sich um die dortige Notlage und um die Sicherheit des dort abgehaltenen G8-Gipfels kümmerte. Im folgenden Jahr wurde er Leiter des italienischen Zivilschutzes (Katastrophenschutz). Am 2. April 2015 ernannte ihn die italienische Regierung zum Präfekt von Rom, am 29. April 2016 dann zum Generaldirektor für öffentliche Sicherheit im Innenministerium und somit auch zum Chef der Staatspolizei. Von Ministerpräsident Mario Draghi wurde Franco Gabrielli im Februar 2021 zum Staatssekretär berufen; als solcher beaufsichtigt er die zivilen Nachrichtendienste Italiens.