Nejvyšší zemský podkomoří se vyvinul z úřadu podkomořího, který patřil k nejstarším, původně královským úřadům. Nejstarší zmínka je už z roku 1185. V Čechách i na Moravě se častěji připomíná v první polovině 13. století, ale až v 2. polovině lze postihnout jeho činnost. Název úřadu pochází z výrazu "sub camera regis", tedy "pod panovnickou komorou". Podkomoří měl na starosti královská města a kláštery založené členy panovnického rodu. Vybíral hotové peníze z komorního zboží, tedy z dominia speciale, kde nebyl král omezován tlakem šlechty. Potvrzoval městskou radu při výročních soudech, rozhodoval o odvolání z městského soudnictví a vyhlašoval příkazy a žádosti panovníka. V husitské době se funkce podkomořího změnila, z úředníka nad městy se stal úředník ve službách měst. V pohusitské době zůstal úřad vyhrazen městskému stavu, konkrétně Starému Městu pražskému. V roce 1486 vytlačili měšťany rytíři. Měl-li však měšťan Starého Města pražského erb, mohl nastoupit do úřadu místo rytíře (fakticky to byl ovšem zase jen rytíř, který žil a vlastnil nemovitost na Starém Městě pražském). To bylo potvrzeno v konečné dohodě roku 1497. Na začátku vlády Ferdinanda I. Habsburského v roce 1527 byla funkce podkomořího podřízena české komoře, která postupně převzala všechny finanční záležitosti. V předbělohorském období byl jmenován na doživotí, po roce 1627 pouze na pět let. Před Bílou horou přísahal králi a stavům, po Bílé hoře pouze králi a jeho dědicům. Do zániku místodržitelského kolegia v roce 1748 byl jedním z jeho jedenácti řádných členů. Od doby Josefa II. (králem 1780–1790) byl úřad fakticky čestnou funkcí.