Epoca barocă a apărut la începutul secolului al XVII-lea. În Polonia Sigismund al III-lea Vasa a devenit un patron proeminent al artelor. Sub conducerea sa, arhitectul Giovanni Trevano lucrat în Cracovia și a reproiectat Biserica Sf. Petru și Pavel în stil baroc. În această perioadă, orașul vechi a fost distrus de două ori în timpul unei invazii suedeze. Spre sfârșitul secolului al XVII-lea, Biserica Sf. Ana, Cracovia a fost construită ca și Biserica Sf. Cazimir Prințul, cunoscut pentru catacombele sale.