До 2 лютого 1944 року блокаді Ленінграда було покладено край і радянські війська вийшли на кордон з Естонією. Не зумівши прорватися, радянські війська 10 серпня розгорнули Тартуську операцію, а 14 вересня розпочали Прибалтійську операцію загальною чисельністю військ 1 500 000 осіб. 16 вересня Верховне командування німецької армії оголосило операцію «Астер», при цьому естонські підрозділи прикривали би відступ німецьких військ. Невдовзі після повторної радянської окупації столиці Естонії Таллінна першим завданням НКВС було зупиняти всіх, хто тікав із країни. Однак багато біженців втекли у Швецію або Фінляндію, здебільшого з числа естонських шведів, які жили у прибережній Естонії з часів данської і шведської Естляндії. Діяльність НКВС також була націлена на членів Національного комітету Естонії. Естонські «лісові брати», що діяли з 1941 року, на початку повторної радянської окупації зайняли вичікувальну позицію. День Перемоги в Європі не приніс відновлення незалежності Естонії, і «лісові брати» поновили свою визвольну боротьбу, вбиваючи вищих радянських офіцерів і співробітників НКВС.