Das markanteste Ereignis der Stadtgeschichte fand 1532 statt: Nach der ersten Wiener Türkenbelagerung (1529) zogen in einem weiteren Vorstoß berittene, leichtbewaffnete Hilfstruppen ("Akıncı") als "Renner und Brenner" durch Niederösterreich und verwüsteten in einer Art Terrorkrieg das Land. Den 500 Bewaffneten, die Waidhofen aufbieten konnte, gelang es in drei Ausfällen, ohne wesentliche Kampfhandlungen, die Feinde in die Flucht zu schlagen. Diese mussten reiche Beute zurücklassen, so wie auch ihre Gefangenen, die aber großteils vorher von ihnen ermordet wurden: 339 Zivilisten kamen so ums Leben. Dank der Mittel durch den „Türkenschatz“ wurde der Stadtturm auf 50 m aufgestockt. In der Waidhofner Geschichtsschreibung wurde vor allem im 19. und frühen 20. Jahrhundert dieses Ereignis zur heldenhaften Bewährungsprobe Waidhofens hochstilisiert.