Maják sice přežil svou první zimu, ale byl ve špatném stavu, který vyžadoval opravu. Při opravě tak byla odstraněna horní část stavby a nahrazena novou částí, díky čemuž někteří autoři uvádí, že na Eddystonské skále nebyly postaveny postupně čtyři, ale pět majáků. Wistanleyova věž pak vydržela v upravené podobě až do doby, kdy 27. listopadu roku 1703 Velká bouře po ní vymazala téměř všechny stopy. Winstanley byl zrovna v té době na majáku, dokončujíc některé dodatečné práce na této stavbě. Nikdy se po něm nenašly žádné stopy.