Talvisotaan Kärnä osallistui Erillinen Pataljoona 21:n komentajana ja oli mukana taisteluissa Uuraassa, Viipurinlahdella ja Tervajoella. Jatkosotaan hän osallistui III Armeijakunnan esikunnassa toimistopäällikkönä ja komendanttina ja oli mukana taisteluissa Taivalkoskella.