В 1653 году А. Цетнер был назначен одним из комиссаров для определения вреда имениям князя Дмитрия Ежи Вишневецкого во время осады Збаража. В 1653 году он участвовал в боях под Жванцем. В 1654—1655 годах Александр Цетнер принимал участие в боях в начале Русско-польской войны (1654—1667 гг.). Был одним из немногим польских командиров, чьи подразделения (командовал полком) не покидали поле боя. В начале Шведского потопа (1655) находился вместе с королём Яном Казимиром Вазой в Ланьцуте. В 1658 году он был наказан баницией за нападение с князем Дмитрием Ежи Вишневецким на его брата Доминика Константина (после примирения получил охранную грамоту от короля).