ഇന്ത്യയുടെ മറ്റൊരു അയൽരാജ്യമായ ശ്രീലങ്കയുമായി തുടക്കകാലത്ത് നല്ല ബന്ധം ഇന്ദിര കാത്തു സൂക്ഷിച്ചിരുന്നു എങ്കിലും പിൽക്കാലത്ത് ഈ ബന്ധം തീരെ വഷളാവുകയായിരുന്നു. ശ്രീലങ്കൻ പ്രധാനമന്ത്രിയായിരുന്ന സിരിമാവോ ഭണ്ഡാരനായകയെ സഹായിക്കാനായി ഇന്ദിര കച്ചത്തീവ് എന്ന ചെറു ദ്വീപ് ശ്രീലങ്കക്കായി വിട്ടുകൊടുക്കാൻ പോലും തയ്യാറായി. എന്നാൽ സിരിമാവോക്കു ശേഷം ജൂനിയസ് ജയവർദ്ധനെയുടെ കാലത്ത് ഇന്ത്യയുമായുള്ള ബന്ധം ഉലയാൻ തുടങ്ങി. ജയവർദ്ധനക്കെതിരേയുള്ള സമ്മർദ്ദ തന്ത്രം എന്ന രീതിയിൽ തമിഴ് തീവ്രവാദിസംഘടനയായ എൽ.ടി.ടി.ഇയെ ഇന്ത്യാ സർക്കാർ സഹായിക്കാൻ തുടങ്ങി. തമിഴ് സമൂഹത്തിനു നേരെയുള്ള യാതൊരു കൈയ്യേറ്റവും കൈയും കെട്ടി നോക്കിയിരിക്കാനാവില്ല എന്ന് ഇന്ദിര ഉറക്കെ പ്രഖ്യാപിച്ചു. എന്നിരിക്കിലും, 1983 ൽ തമിഴ് ന്യൂനപക്ഷത്തിനെതിരേ നടന്ന കലാപമായ ബ്ലാക്ക് ജൂലൈക്കുശേഷവും, ശ്രീലങ്കൻ വിഷയത്തിൽ ഇടപെടാൻ ഇന്ദിര തയ്യാറായിരുന്നില്ല.