Россия непосредственно не участвовала в опиумных войнах против Китая, и даже оставалась после недавней Крымской войны в конфликте с Англией и Францией — победителями этих войн и симпатизировала антибританскому восстанию сипаев в Индии. Однако русские дипломаты угрозой вторжения в Китай и открытия второго фронта во время христианского восстания тайпинов добились присоединения к России огромных маньчжурских территорий (Забайкалье, Хабаровский край, Приморский край, Сахалин и др.). После подписания в 1858 году Айгунского договора, серии Тяньцзиньских трактатов и Пекинского трактата 1860 года империи Цин с западными странами положение Русской Духовной Миссии изменилось. В Пекине открылись дипломатические представительства западных государств, в том числе и России. В 1861 году в Пекин прибыл первый постоянно аккредитованный российский посланник в ранге министра-резидента Л. Ф. Баллюзек, и в столице империи Цин была учреждена постоянно действующая Российская дипломатическая миссия, которой была передана от духовной миссии её дипломатическая и значительная часть образовательных функций. Духовная миссия превратилась в учреждение с исключительно религиозными (миссионерскими) функциями и перешла из ведения МИД в духовное ведомство. Штат миссии сократился.