Pedersen absolvierte acht Partien für die dänische U18-Nationalmannschaft, 13 für die U19 und drei für die U20-Auswahl. Am 20. Januar 2016 spielte er beim torlosen Unentschieden in einem Testspiel im türkischen Belek gegen die Ukraine zum ersten Mal für die dänische U21-Nationalmannschaft. Im Sommer 2017 wurde Pedersen von Trainer Niels Frederiksen in den dänischen Kader für die U21-EM in Polen nominiert und in zwei Partien eingesetzt. Dabei schied die dänische Elf nach der Gruppenphase aus.