Em 818, os Rabedis, um grupo muçulmano que se tinha revoltado em Córdova, no Alandalus, foram realojados em Volubilis. Embora a cidade continuasse a ser habitada por vários séculos – ainda era habitada quando Albacri escreveu sobre ela, — é provável que no final do já se encontrasse completamente deserta, provavelmente devido aos raides dos Almorávidas nesse período. O nome da cidade foi esquecido e o local passou a ser conhecido pelas gentes da região como Alcácer do Faraó ("Ksar Faraoun"), uma alusão a uma lenda segundo a qual a cidade teria sido fundado por antigos egípcios. Apesar de tudo, alguns dos seus edifícios mantiveram-se de pé, embora em ruínas, até pelo menos ao , quando durante o reinado do sultão alauita Mulei Ismail se foram buscar às ruínas muitos materiais de construção para a nova capital imperial de Mequinez. O terramoto que arrasou Lisboa em 1755 causou ainda mais destruição. O aspeto das ruínas antes disso é conhecido graças aos desenhos de John Windus, um antiquário inglês que visitou o local em 1722. No seu livro de 1725 "“A Journey to Mequinez”", Windus descreveu o local: