Itsenäistymistä seurannut sisällissota vuonna 1918 häiritsi arkiston toimintaa niin, että se pidettiin kiinni tammikuun 26. päivästä huhtikuun 22. päivään, ja vasta vuoden 1918 lopulla toiminta alkoi kunnolla vakiintua. Vaikka aukioloaikoja oli pidennetty tutkijasaliin syksyllä 1917 saadun sähkövalon ansiosta, tutkijoiden määrä oli vähentynyt neljänneksellä. Heti sisällissodan taisteluiden päätyttyä arkistonhoitaja Kaarlo Blomsted teki aloitteen sisällissodan ajan asiakirjojen ja muistelmien kokoamiseksi ja järjestämiseksi. Arkistoon saatiin hankkeen puitteissa yksityishenkilöiden muistelmia sekä viranomaisten arkistoja, ja valtioneuvoston päätöksellä väliaikainen lennätinhallitus ja rautatiehallitus määrättiin luovuttamaan arkistolle hallussaan olleet sähkösanomat marraskuun 1917 ja kesän 1918 väliseltä ajalta. Kerättyä aineistoa käytti vuonna 1918 asetettu Vapaussodan historian komitea, joka keräsi myös tahollaan tietoa ja aineistoa sisällissodan tapahtumista. Komitean työn tuloksena julkaistiin sodan kuusiosainen historiikki "Suomen vapaussota vuonna 1918".