1861 war er maßgeblich am Wiederaufbau der Historischen Gesellschaft von Louisiana beteiligt, deren Präsident er wurde. Am 1. Mai 1861 wurde er zum Oberstleutnant befördert und zum stellvertretenden Kommandeur des 4. Louisiana-Infanterie-Regiments ernannt. Bevor er mit Pierre Gustave Toutant Beauregard nach Tennessee versetzt wurde, wurde er zum Oberst befördert. 1862 übernahm er das Kommando über das 4. Louisiana-Infanterie-Regiment und kämpfte bei der Schlacht von Shiloh am 6. und 7. April 1862, wobei er durch eine Kugel an der Wange verwundet wurde. Am 5. August kommandierte er eine Brigade bei der Schlacht von Baton Rouge und wurde mehrfach an beiden Beinen verwundet. Für den Felddienst untauglich diente er als Kommandeur des Militärbezirks Jackson, Mississippi.