Sodan jälkeen liittoutuneet asettivat kasvitieteellisen puutarhan Berliinin kaupunginhallituksen alaisuuteen. Vahingoittunut puutarha avattiin osittain yleisölle jo vuoden 1945 syksyllä. Berliinin saarron aikana puutarhan maita käytettiin myös kasvisten viljelemiseen.  Yhdysvaltain taloudellisen avun turvin puutarhan jälleenrakennus aloitettiin vuonna 1949, ja ensimmäinen suuri kasvihuone ("Victoriahaus") voitiinkin avata yleisölle jo vuonna 1950. Puutarhan jälleenrakennus saatiin päätökseen vasta vuonna 1968, jolloin suuren tropiikkitalon ("Großes Tropenhaus") kunnostus valmistui. Kasvitieteellisen museon johdosta ja jälleenrakennuksesta vastasi vuodesta 1959 lähtien kasvitieteilijä Eva Potztal, joka nimitettiin myöhemmin myös museon johtajaksi. Museon jälleenrakennus saatiin päätökseen vasta vuonna 1987. Noin 40 vuodessa kasvitieteellinen puutarha ja museo saatiin kunnostettua sotaa edeltäneeseen kuntoonsa, mutta kokoelmasta menetettiin monia ainutlaatuisia materiaaleja pysyvästi.