En , en prévision de la guerre imminente avec l’Allemagne, des murs de sacs de sable sont érigés devant les portails et autour du pilier des anges et de la chaire. Les vitraux sont déposés et mis à l’abri dans un premier temps en Dordogne, avant d’être récupérés par les Allemands après la capitulation française et envoyés dans les mines de sel de Heilbronn. D’autres mesures de protection sont prises à mesure que la situation militaire de l’Allemagne se détériore et que la probabilité d’une attaque aérienne augmente. Le bombardement attendu survient le 11 août 1944, lorsque l’aviation américaine vise le centre-ville de Strasbourg : les bombes qui touchent la cathédrale entraînent notamment la destruction d’une partie de la coupole et de la voûte du bas-côté nord. Trois mois plus tard, le les spahis du général Leclerc, qui viennent de libérer la ville, hissent le drapeau tricolore au sommet de la flèche, accomplissant ainsi le serment de Koufra.