Sezon 2016 dla McLarena był zdecydowanie bardziej udany niż poprzedni, lecz już podczas pierwszego wyścigu w Australii sam Alonso poważnie rozbił swój bolid podczas kolizji z Estebanem Gutiérrezem. W zakręcie numer 3 doszło do kontaktu. Spowodował go samochód Alonso, który później uderzył w betonową barierę z prędkością 270 km/h. Fernando po tym wypadku miał zapadnięte płuco i złamane żebro. W związku z tym został zastąpiony przez Stoffela Vandoorne’a podczas rundy Grand Prix Bahrajnu. Po powrocie do ścigania w rywalizacji o Grand Prix Chin swój wyścig ukończył na 12 pozycji, miejsce przed kolegą Jensonem Buttonem. Na starcie Grand Prix Rosji Alonso zdobył swoje pierwsze punkty w tym sezonie, kończąc wyścig na 6 miejscu. To był jego drugi tak wysoki wynik dla McLarena od czasów odejścia z zespołu Ferrari. Podtrzymując wysoką formę dwa wyścigi później swoje Grand Prix Monako, ukończył na piątym miejscu. Po wakacyjnej przerwie Grand Prix Belgii Alonso oraz jego były kolega Lewis Hamilton, otrzymali karę przesunięcia o 50 miejsc na starcie, za zmianę większej ilości części silnika niż jest to dozwolone. Tym sposobem do startu ruszyli z końca stawki. Jednak Alonso i Hamilton pojechali dobry wyścig, korzystając z czerwonej flagi, która została wywołana przez Kevina Magnussena. Obaj zajęli odpowiednio 7 i 3 miejsce. W Grand Prix Malezji Alonso otrzymał karę 45 miejsc i ruszył z końca stawki, ale skończył siódmy podobnie jak w Belgii.