Après le soulèvement du 17 juin 1953, Zaisser essaie avec le rédacteur en chef de "Neues Deutschland", Rudolf Herrnstadt de renverser le président de la commission centrale Walter Ulbricht. Ils ont de leur côté le chef du renseignement soviétique, ministre de l'Intérieur et vice-Premier ministre Lavrenty Beria qui semble après la mort de Staline être le nouvel homme fort de l'Union soviétique. Zaisser et Herrnstadt critiquent ouvertement le style bureaucratique et dictatorial de commandement d'Ulbricht et de Hermann Matern, qui alors était le président de la Commission de contrôle centrale de la discipline interne du parti. Ils les désignent comme responsables de la crise, arguant que sous leur direction, le SED ne représente plus les intérêts de la classe ouvrière. Dans la nuit du 7 au , Zaisser préconise le départ d'Ulbricht et la création d'une direction du parti collective. Le lendemain, il part pour Moscou, où, dans l'intervalle, Beria a été renversé. Nikita Khrouchtchev, le nouveau secrétaire du Comité central du PCUS, et le Premier ministre Georgi Malenkov décident de soutenir Ulbricht.