Nascut a Mboro, va ser ordenat prevere el 21 de juliol de 1963. Va ser ordenat bisbe de Wau el 1974, i arquebisbe de Khartum el 1981. Zubeir Wako va ser proclamat cardenal prevere de "Sant'Atanasio a Via Tiburtina" pel Papa Joan Pau II el 21 d'octubre de 2003. Va ser un dels cardenals electors que van participar en el Conclave Papal de 2005 que escollí a Benet XVI.