A folyamat nem állt meg itt. Napóleon 1805-ös austerlitzi győzelme, a francia protektorátus alatti Rajnai Szövetség létrehozása, majd a poroszok jénai és auerstedti vereségei és Napóleon bevonulása Berlinbe egy új korszak eljöttét jelezték a német történelemben. A Rajnai Szövetség létrejöttével a Német-római Birodalom felbomlott és II. Ferenc formálisan is lemondott. A föderációs államban (melynek kül- és katonapolitikáját a francia császár határozta meg) politikai reformokat hajtottak végre, eltörölték a feudalizmust, bevezették a francia mintájú polgárjogot. A tilsiti béke után Poroszország majdnem felére zsugorodott, elvesztette az Elbától nyugatra fekvő, és a Lengyelország felosztásában nyert területeit. A vereség azonban olyan reformokra kényszerítette az országot, amely révén modernizálhatta államigazgatását, hadseregét (Scharnhorst és Gneisenau reformjai), gazdaságát és oktatását (Wilhelm von Humboldt).