L'invasion de la France par la Wehrmacht en mai- laisse la princesse désemparée. Réfugiée avec son époux à Bénodet, en Bretagne, elle n'assiste pas à l'entrée des Allemands dans Paris, contrairement à son amant, le Jean Troisier, avec lequel ses relations se sont apaisées. De retour à Saint-Cloud une fois l'armistice signé, Marie retrouve sa propriété pillée par l'occupant. Par la suite, le couple princier rejoint Eugénie, Dominique et Tatiana Radziwill à Saint-Tropez, où Marie a acquis, en 1930, une propriété mitoyenne de celle de Geneviève Ollivier-Troisier, le "Lys de mer".