Un quartier général avancée du RAAF Command, connu sous le nom d' (ADRAAFCOM), est créé le à Morotai pour contrôler directement la en prévision des opérations Oboe qui doivent permettre de reprendre de Bornéo aux Japonais. La responsabilité de toutes les opérations aériennes alliées au sud des Philippines, ainsi que les unités de la Force aérienne royale néo-zélandaise (RNZAF) basées dans les îles Salomon pour soutenir la campagne de Bougainville sont affectées au RAAF Command. Bostock exprime à Kenney son désir que la continue d'être employé comme une formation offensive avancée plutôt que dans un rôle de garnison. Cependant, en , le moral des pilotes de chasse de la mécontents d'être relégués à de simples missions d'attaque au sol, se détériore à un point tel que huit officiers supérieurs tentent de démissionner de leurs fonction lors de la mutinerie de Morotai. Kenney, Jones et Bostock s'impliquent pour désamorcer la situation, et le commandant de la , le commodore Harry Cobby est limogé et remplacé par le commodore Frederick Scherger alors que les préparatifs pour l'opération "", l'invasion de Tarakan est en cours. Le RAAF Command a le contrôle des et force de l'USAAF, ainsi que de la , lors de l'opération sur Tarakan, qui débute le . À ce moment, le RAAF Command comprend . Pour l'opération, l'invasion de Labuan et de Brunei en , le RAAF Command dispose aussi des appareils basés en Australie et issus des zones de responsabilité Ouest et Nord-Ouest. Pour l'opération, l'invasion de Balikpapan en , Bostock rassemble quarante escadrons alliés. Son but, de concert avec celui de Kenney et du commandant du , le lieutenant-général Leslie Morshead, est d'effectuer le bombardement aérien le plus lourd possible contre des cibles ennemies, pour permettre aux forces d'assaut australiennes de débarquer à terre avec des pertes minimes. MacArthur qualifie par la suite l'offensive aérienne sur Labuan d'impeccable.