1577-ben Lagos vált Algarve régió központjává és ez így is maradt egészen addig, amíg az 1755-ös földrengés el nem pusztította a város nagyobb részét, valamint a környező településeket. A part menti településeket a földrengést kísérő cunami törölte el, Faro kivételével, amit a Ria Formosa lagúna homokpadjai mentettek meg. Ezután vált ismét Algarve régió központjává.