Im Verlauf der Revolution von 1383 und dem Versuch des erbberechtigten Kastiliens, Portugal zu vereinnahmen, fiel Bragança an den Nachbarn. Seit 1401 ist es wieder portugiesisch. 1464 wurde die bisherige "Vila" (Kleinstadt) "Cidade" (Stadt) erhoben. König Manuel I. erneuerte die Stadtrechte mit einem neuen "Foral" 1514. Im Jahr 1770 wurde Bragança zudem Bischofssitz.