Od roku 1532 až do Bitvy na Bílé hoře v roce 1620 patřila obec Žerotínům. V této době se v Bílovicích usadili Habáni a členové Jednoty bratrské. Habáni zde svou kolonii založili v roce 1545. Žerotínové dali místní středověkou tvrz přestavět na renesanční zámeček a v roce 1564 postavili kostel pro Jednotu bratrskou. Protože zdejší Žerotínové patřili k jedněm z vůdců českého stavovského povstání proti Habsburkům, museli po Bitvě na Bílé hoře emigrovat a jejich majetek byl zkonfiskován. Habáni a členové Jednoty bratrské byli poté z Moravy vyhnáni na Slovensko.