Odmítání migračních kvót Českou republikou považuje za sobecké, odpor proti nim za zástupný problém a projev nenávisti a strachu ze ztráty identity. Ve věci migrační krize podle Halíka neselhává Evropská unie, ale národní státy. Stoupence Marine Le Pen a AfD prohlásil v rozhovoru pro ČRo 2 za „vyloženě fašistické, neofašistické skupiny“ a čeští odpůrci EU jsou dle něho produktem vymývání mozků „zejména ze strany Václava Klause“.