Al poco tiempo de iniciado este segundo tramo, solicitó licencia para efectuar un viaje a Europa, separándose temporalmente de su encargo en abril de 1906. Lo sustituyó interinamente, por nombramiento del congreso local, Enrique Muñoz Arístegui. En diciembre del mismo año de 1906, al retornar de Europa, recibió la invitación del presidente Porfirio Díaz para integrarse a su gabinete como secretario de Fomento, Colonización e Industria, cargo que aceptó, trasladándose a la Ciudad de México para desempeñarlo del 20 de mayo de 1907 al 25 de marzo de 1911, víspera de la caída del presidente Díaz, con la que dio inicio el proceso revolucionario que habría de trastocar el poder público en México y transformar cualitativamente las estructuras de la sociedad mexicana.