Після Монгольської навали на Русь, фактично з грудня 1240 року річка стає частиною Монгольської імперії (з 1266 року — Золотої Орди). У 1362 року приєднується до Великого князівства Литовського. 1569 року в результаті Люблінської унії опиняється у складі Польщі. У 1648 році, під час повстання Богдана Хмельницького Стугна увійшла до складу новоствореної козацької Гетьманщини. За Андрусівським перемир'ям річка була поділена між Польщею (більший відрізок — територія басейну річки у нинішніх Фастівському, Васильківському та велика частина Обухівського району) та Росією (невеликий відрізок Обухівського району). Тобто, водна артерія стала поділена між Правобережним і Лівобережним гетьманами. Вічний мир 1686 року підтвердив цей розподіл. Після другого поділу Польщі з 1793 року вся Стугна опинилася у складі Російської імперії (так було до 1917 року).