La frontera fue confirmada en un tratado entre los países en 1972, después de haber sido definido por una serie de acuerdos entre el Imperio Austríaco y el Reino de Baviera en el siglo XIX. En 1938 ambos países se fusionaron a través del Anschluss. Esto fue revertido en 1955 por el tratado de Estado austriaco, que restableció Austria como estado soberano. La zona Schengen eliminó los controles fronterizos en la frontera en 1997. Los controles temporales de las fronteras se volvieron a instalar en 2015 en respuesta a la crisis de los refugiados en Europa. Estos controles fronterizos temporales son programados para ser eliminados el 11 de noviembre de 2018, aunque podrían ampliarse en periodos de seis meses.