Musim 2006 dengan duet pembalap yang sama sampai akhir GP AS, di mana Montoya hengkang setelah bertikai dengan tim, McLaren gagal menjuarai satu lomba pun. Posisi Monty digantikan oleh Alexander Wurz dan Pedro de la Rosa. Hasil terbaiknya adalah saat de la Rosa naik podium kedua di GP Hungaria di belakang sang juara Jenson Button. Kimi sendiri gagal finish gara-gara menyeruduk Vitantonio Liuzzi. Di akhir musim, Kimi akhirnya hengkang dari tim dan pindah ke Ferrari. Posisinya di McLaren digantikan oleh Fernando Alonso.