Nel 1940 venne promosso brigadier generale, e con lo scoppio del conflitto mondiale venne nominato comandante dell'Alaska Defense Command. Nell'agosto 1941 venne promosso maggior generale, ma quando scoppiarono le ostilità tra gli Stati Uniti d'America e l'Impero giapponese fu uno dei protagonisti della riconquista americana delle isole Aleutine che i giapponesi avevano invaso e occupato a sorpresa nel giugno 1942. La campagna delle isole Aleutine si concluse nell'agosto 1943 con uno sbarco statunitense a Kiska, e nello stesso anno Buckner venne promosso tenente generale.