Pilotní epizoda „Děti bohů“ se odehrává rok po událostech z původního filmu a uvádí na obrazovky goa'uldského vládce soustavy a hlavního nepřítele Apophise (Peter Williams), který skrz hvězdnou bránu zaútočí na zakonzervovanou základnu SGC a unese vojáka. Velitelství Hvězdné brány je uvedeno do aktivní služby poté, co se zjistí, že hvězdná brána je částí meziplanetární sítě propojující červí dírou bezpočet planet. Pro obranu Země proti Goa'uldům, kteří disponují mezihvězdnými loděmi ve tvaru pyramid a obrovskými armádami Jaffů, dědičných otroků a lidských inkubátorů pro Goa'uldy, jsou vytvořeny tzv. SG týmy. Vlajkový tým SG-1, jehož členem je i přeběhlík a bývalý Apophisův první muž, postupně založí v galaxii několik aliancí s jinými kulturami i druhy, mezi něž patří Tok'rové, Goa'uldům podobná, ale skutečně symbiotická rasa, vyspělí lidé Tolláni, pacifističtí Noxové, laskaví Asgardi, kteří vypadají jako mimozemšťané z Roswellu, a zbylí mocní Antikové. Další mimozemská hrozba se objeví ve finální epizodě třetí řady „Nemesis“ v podobě vnímajících strojů zvaných Replikátoři. Mezitím se odpadlí agenti kontroverzní tajné služby NID opakovaně pokusí na Zemi převzít kontrolu nad hvězdnou bránou a další mimozemskou technologií. Ačkoliv Apophis zemře na začátku páté sezóny, zůstává goa'uldské impérium hlavním nepřítelem až do konce osmé řady. V posledních dvou sezónách seriálu zůstane jediným vlivným Goa'uldem v seriálu vládce soustavy Baal (Cliff Simon), který je definitivně poražen v DVD filmu "".