Pada 1991 saat berlangsungnya Perang kemerdekaan Kroasia ia kembali ke Republik Serbia Krajina yang baru saja dibentuk, sebagai seorang relawan. Di sana ia membentuk pasukan khusus di bawah Departemen Dalam Negeri dari Republik Serbia Krajina. Satuan khusus ini dinamai "Knindže" sesuai dengan nama ibu kota Krajina Knin dan pasukan ninja. Pasukan ini berdisiplin tinggi dan memenangi sejumlah aksi komando melawan paramiliter Kroasia. Selama perang, ia mendirikan Dana Kapetan Dragan yang dimaksudkan untuk menolong para korban perang. Pada 1995 "Krajina" dibubarkan ketika pasukan-pasukan Kroasia merebut wilayah Serbia dalam Operasi Badai. Setelah kekalahan itu, Vasiljković kembali ke Perth, Australia Barat. Ia juga menjadi calon presiden Serbia pada 1991, menerbangkan sebuah pesawat terbang bermesin tunggal PA32 (N3507W) melintasi Samudra Atlantik pada 1990, berlayar keliling dunia (SY THYNDERCHILD - cutter rig) dan seorang pegolf dengan "handicap" satu digit. Dragan juga menolong mengamankan stasiun radio Studio B dan B92 di Beograd ketika terjadi pemberontakan rakyat menentang Slobodan Milošević.