Како би се спречили будући пољско-литвански напади, цар Борис Годунов је утврдио град. Смоленски Кремљ изграђен између 1597. и 1602. од камена био је највећи у тадашњој Русији. Али, пољско-литванске чете су ипак после двадесетомесечне опсаде успеле 1611. године да освоје Смоленск. Московска Русија није успела да поврати град током Смолеснког рата 1632. године; ипак 1654. град је прешао под контролу Русије, што су Пољаци и Литванци признали миром из Андрузова 1667. године.