W Pucharze Hopmana, nieoficjalnych mistrzostwach drużyn mieszanych rozgrywanych na początku każdego sezonu, Federer trzykrotnie odnosił zwycięstwo. Pierwszy triumf miał miejsce w 2001 roku wspólnie z Martiną Hingis. Z fazy grupowej szwajcarska para awansowała z pierwszego miejsca, po wyeliminowaniu zespołów RPA, Australii oraz Tajlandii. W rundzie finałowej Federer i Hingis zmierzyli się z Monicą Seles i Janem-Michaelem Gambillem reprezentującymi USA. Pierwszy mecz Hingis wygrała z Seles, a następnie Federer pokonał Gambilla 6:4, 6:3 zapewniając Szwajcarii triumf w zawodach. Rozegrano również pojedynek mikstowy, który szwajcarska para przegrała. W 2018 i 2019 roku Federer występował w parze z Belindą Bencic – w tych latach zawodnik wygrał wszystkie mecze singlowe i siedem z ośmiu meczów mikstowych. Zarówno w 2018, jak i w 2019 roku finałowymi rywalami miksta szwajcarskiego była niemiecka para Angelique Kerber–Alexander Zverev. Federer i Bencic to pierwsza para w historii, której udało się obronić trofeum.