Intifada Kedua pecah pada bulan September 2000, ditandai dengan terjadinya berbagai gelombang protes, kerusuhan sipil, dan pengeboman terhadap militer Israel dan warga sipil, kebanyakan dilakukan oleh pembom bunuh diri, peluncuran roket dan bom ke daerah perbatasan Israel oleh gerilyawan Palestina dari Jalur Gaza, terutama oleh gerakan Hamas dan Jihad Islam. Pada bulan Februari 2005, pemerintah Israel memutuskan untuk menerapkan rencana penarikan diri sepihak dari Jalur Gaza. Rencana ini mulai diterapkan pada tanggal 15 Agustus 2005, dan selesai pada tanggal 12 September 2005. Berdasarkan rencana tersebut, semua permukiman dan pangkalan militer Israel di Jalur Gaza (empat di Tepi Barat) dan Zona Industri Bersama Israel-Palestina dibongkar. Pada tanggal 12 September 2005, kabinet Israel secara resmi menyatakan bahwa Israel secara resmi mengakhiri pendudukan militernya di Jalur Gaza. Israel juga menarik diri dari Rute Philadelphi, jalur sempit yang berdekatan dengan jalur perbatasan dengan Mesir. Namun, Israel tetap mempertahankan kontrolnya atas jalur perlintasan masuk dan keluar dari Gaza. Perlintasan Rafah antara Mesir dan Gaza dipantau oleh tentara Israel melalui kamera pengawasan khusus.