Jalkapallon Mestaruussarjan kausi 1939 oli vuonna 1930 perustetun Mestaruussarjan kymmenes kausi. Kaudella 1939 Mestaruussarja pelattiin kahdeksan joukkueen kaksinkertaisena sarjana. Sarja jouduttiin kuitenkin keskeyttämään, kun talvisotaa edeltäneet ylimääräiset kertausharjoitukset alkoivat 10. lokakuuta 1939. Palloliitto ilmoitti 12. lokakuuta keskeyttävänsä kaikki jalkapallosarjat.