১৯৭২ সালে স্বাধীনতার পর এই হাসপাতালটি প্রতিষ্ঠিত হয়। প্রথমে ঢাকা শিশু হাসপাতালের  অবস্থান ছিল ধানমন্ডি ৩২ নম্বর সড়কে। পরবর্তীতে ১৯৭৬ সালে এটি বর্তমান অবস্থানে স্থানান্তরিত হয়। এই হাসপাতালটি একটি সরকারি হাসপাতাল।