Giovane Élber wurde 1991 mit der brasilianischen U-20-Auswahl bei der Junioren-WM in Portugal Vizeweltmeister. Er trug im Turnierverlauf mit vier Toren zum Finaleinzug bei (nur Serhij Schtscherbakow erzielte einen Treffer mehr), wo man dem Gastgeber nach Elfmeterschießen mit 2:4 unterlag. In der Zeit vom 5. Februar 1998 bis 5. September 2001 kam er für die Seleção, trotz großer Konkurrenz in Person der Stürmer Ronaldo und Rivaldo, zu 15 Einsätzen, bei denen er sieben Tore erzielte. Beim CONCACAF Gold Cup 1998, bei dem Brasilien Platz 3 belegte, absolvierte Élber vier Partien und erzielte im Spiel gegen El Salvador zwei Tore, obwohl er erst in der 80. Minute eingewechselt wurde.