Vznik kostela je datován v druhé polovině 13. století. Přesnější určení stavebních prací neexistuje. V roce 1278 ke kostelu prezentoval kněze Přemysl Otakar II. a v roce 1280 proběhlo Patrocinium, tedy zasvěcení. Kostel patřil do doudlebského děkanátu, který spadal pod bechyňské arcijáhenství. Pozdně gotickou přestavbou prošel ve druhé polovině 15. století, což dokládá kamenná deska nad jižním portálem. Na desce je znak a latinský nápis, v překladu: „Pečeť obce Svinů léta Páně tisícího čtyřstého osmdesátého pátého“. Dnes je tato deska nahrazena kopií. Ve městě se nacházel i hrad, jenž byl při husitských taženích obsazen a při opětovném navrácení do rukou majitelů města ponechán osudu kvůli svému zchátralému stavu. Do roku 1480 byl tento hrad zcela rozebrán. Stavební materiál z něj byl použit na stavbu mnoha domů místních obyvatel, ale také zejména na přestavbu kostela. V roce 1481 bylo přiděleno Vladislavem Jagellonským městu právo trhů a právo várečné, čímž vznikl název Trhové Sviny. Za celou historii město postihlo velké množství požárů. Kostel byl nejvíce poničen v 19. století. Ke kostelu patřila již od roku 1355 kaple, která stála na místě, kde dnes lze nalézt kamenný kříž. V roce 1828 byla kvůli velkému požáru naprosto zničena. V roce 1850 musela být nahrazena po požáru báň Jižní věže.