Im Feldzug gegen Österreich von 1805 erhielt Lannes den Befehl über die Vorhut der Grande Armée und lieferte der russischen Armee am 16. November das Treffen bei Hollabrunn. Bei Austerlitz trug er an der Spitze des linken Flügels viel zum Sieg bei. Am 14. Oktober 1806 befehligte er in der Schlacht bei Jena mit seinem 20.900 Mann starken 5. Korps die Schlüsselposition im Zentrum. Am 26. Dezember des gleichen Jahres wurde Lannes im Kampf gegen russische Truppen in Pultusk schwer verwundet. Im Mai 1807 übernahm der wiedergenesene Marschall das Kommando über das Reservekorps und nahm an der Schlacht bei Heilsberg und dem entscheidenden Treffen bei Friedland in Ostpreußen teil.