En 1986, Francesco Panetta remporte la médaille d'argent du 3 000 m steeple lors des Championnats d'Europe de Stuttgart, terminant à 20 centièmes de seconde d'Hagen Melzer. Il obtient sa revanche sur l'Est-allemand dès l'année suivante en s'imposant lors des Championnats du monde 1987 de Rome. Avec le temps de 8 min 08 s 57, l'Italien établit la meilleure performance de sa carrière et signe un nouveau record des championnats. Il décroche à Rome une seconde médaille en terminant deuxième de la finale du 10 000 mètres, derrière le Kényan Paul Kipkoech. Neuvième de la finale des Jeux olympiques de Séoul, Panetta remporte en 1990 à Split le titre de champion d'Europe du 3 000 m steeple, devançant notamment le Britannique Mark Rowland et l'autre Italien Alessandro Lambruschini.