В 1993—1994 годах политические партии страны стали формировать собственные отряды ополченцев, набранные, в основном, из молодёжи. Также прошло формирование сил из бывших военных и добровольцев поддерживающих бывшего президента (1979—1992), полковника Дени Сассу-Нгессо. Также в 1990-х годах в вооружённых силах прошло массовое дезертирство военнослужащих, которые вливались в региональные ополчения. Противостояние между бывшим президентом и действующим президентом Паскалем Лиссубой вылилось в гражданскую войну 1997—1999 годов, которая началась 5 июня с окружения резиденции Сассу-Нгессо в Браззавиле правительственными войсками. В этот же день Сассу-Нгессо отдал приказ верным ему частям ополчения выступить против правительственных войск. Армия также раскололась: этнические выходцы с севера страны поддержали Сассу-Нгессо, а южане — Лиссубу. Именно этническая принадлежность стала одним из главных критериев определения той или иной стороны. Противостояние шло около 4 месяцев. В начале октября этого же года ангольское правительство, поддержавшее Сассу-Нгессо, ввело свои войска на территорию страны. 14 октября президент Лиссуба был вынужден бежать из столицы. В течение двух дней Сассу-Нгессо взял под контроль столицу. После падения второго по величине города страны Пуэнт-Нуар армейские формирования лояльные Лиссубе сложили оружие. Вслед за этим Сассу-Нгессо объявил себя президентом и назначил новое правительство. После войны вооружённые силы были реформированы в третий раз. В обновлённую армию вошли бывшие повстанцы и бойцы боевых формирований.