O conflito estendeu-se à totalidade dos Países Checos, (Boêmia, Silésia, Lusácia e Morávia). A fraqueza de Fernando II levou-o a pedir ajuda Filipe III da Espanha. Em 1619, Fernando II é deposto pelos estados protestantes da Boêmia e ofereceram a coroa Frederico V, membro influente da União Protestante, uma organização fundada por seu pai para a proteção do Protestantismo no império. A primeira grande batalha deste período foi a da Montanha Branca (em checo: "Bílá hora") em 1620 próxima a cidade de Praga. Esse conflito fez parte da Guerra dos Trinta Anos e na Boêmia estendeu-se até 1624 o que acabou dizimando absolutamente o país que passou de três milhões de habitantes a oitocentos mil. Isso tudo fez com que Praga deixasse de ser a capital do Império e a administração passa para Viena. Na intitulada constituição de 1627, a língua alemã foi estabelecida como a segunda língua oficial, porém o alemão começou a dominar a região e a língua checa ficou mais restrita aos campos.