Una serie de derrotas obligaron a los paraguayos a retirarse a su país, que los aliados invadieron en abril de 1866. Durante los dos años siguientes, la campaña consistió exclusivamente en una continua lucha de posiciones en el extremo sur del país; las sangrientas batallas de Tuyutí y Curupaytí fueron seguidas de un período de inactividad, causado principalmente por una epidemia de cólera que causó miles de bajas en ambos bandos.