Sein Buch "El silencio: de Paulo VI a Bergoglio: las relaciones secretas de la Iglesia con la ESMA" (erschienen 2005) behandelt das Verhältnis der katholischen Kirche Argentiniens zur Militärdiktatur. Darin warf Verbitsky Jorge Mario Bergoglio (seit 2013 Papst Franziskus) vor, 1976 als damaliger Leiter der Jesuiten Argentiniens habe er einige der ihm unterstellten Priester an die Junta ausgeliefert und sich nicht für ihre Freilassung eingesetzt. Das Buch erschien kurz vor dem Konklave 2005, bei dem Bergoglio, der seit 2001 Kardinal war, erstmals für das Papstamt kandidierte. Verbitsky wiederholte und bekräftigte seine Vorwürfe gegen Bergoglio im März 2013, als dieser zum neuen Papst gewählt wurde. Er gilt als Hauptkritiker des neuen Papstes.