Ferdinand I von Portugal starb 1383 ohne einen Erben und Johann I von Kastilien beanspruchte den Thron von Portugal für sich, weil er verheiratet war mit der einzigen Tochter des Königs, Beatrix von Portugal. Allerdings beanspruchte der Meister des Ordens von Avis, der Halbbruder Ferdinands, Johann von Avis, auch den Thron und Kastilien erklärte daraufhin ihm den Krieg, was zur 1383–1385 Krise führte. In diesem neuen Feldzug führte Sánchez de Tovar die kastilische Flotte wieder gegen die Portugiesen und beteiligte sich an der Belagerung von Lissabon, bei der er 1384 wegen der Pest in seinem Flaggschiff, die San Juan de Arenas, starb. Sein Leichnam wurde dann nach Sevilla gebracht und in der Kapelle San Clemente der Kathedrale Santa Maria begraben. Wegen der Pest scheiterte die Belagerung und das trug auch zur Niederlage Kastiliens in dem Krieg bei. Sein Nachfolger in der kastilischen Flotte wurde sein Sohn Juan Fernández de Tovar.