Im Jahr 1415 eroberten die Eidgenossen den Aargau und Boswil war nun Hauptort des gleichnamigen Amtes in den Freien Ämtern, einer Gemeinen Herrschaft. Ein Grossbrand im Jahr 1649 zerstörte einen Drittel des Dorfes. Nach dem Zweiten Villmergerkrieg von 1712 teilten die siegreichen reformierten Orte Zürich, Bern und Glarus das Freiamt in zwei Teile. Sie zogen dabei eine schnurgerade Linie von der Kirche in Oberlunkhofen zum Galgen in Fahrwangen. Diese Linie verlief genau durch Boswil und sogar mitten durch einige Häuser. Das Dorf wurde in seiner Entwicklung gehemmt, weil nun zwei verschiedene Rechtssysteme galten. Im März 1798 nahmen die Franzosen die Schweiz ein und riefen die Helvetische Republik aus. Boswil wurde wiedervereinigt und war zunächst eine Gemeinde im Distrikt Muri des kurzlebigen Kantons Baden, seit 1803 gehört sie zum Kanton Aargau.