Оне́зька військо́ва флоти́лія — озерна військова флотилія у складі військово-морського флоту Збройних сил СРСР у 1918–1923 та у часи Німецько-радянської війни (Радянсько-фінська війна (1941—1944), яка базувалася на Онезькому, Ладозькому озерах і прилеглих водних акваторіях.