Den första stora operation hon deltog i var Attacken mot Pearl Harbor 7 december 1941, där hon tillsammans med hangarfartyget Hōshō och sex slagskepp täckte den anfallande styrkan, bestående av bland annat sex hangarfartyg, på deras väg tillbaka. Efter att ha transporterat ett antal Mitsubishi A6M Zero till Davao, Filippinerna, tillbringade hon sin tid i japanska vatten fram till Slaget vid Midway. Hennes uppgift var att eskortera och täcka landningen av de japanska invasionsstyrkorna på Midwayöarna, men eftersom första hangarfartygsflottan tillintetgjordes av de amerikanska styrkorna, skedde aldrig invasionen, och Zuihō retirerade tillsammans övriga japanska styrkor. Hösten 1942 placerades hon i Första Hangarfartygsdivisionen tillsammans med Shōkaku och Zuikaku, de mest betydelsefulla hangarfartygen kvar i tjänst vid denna tid. Efter att ha täckt landstigningen av japanska trupper vid Guadalcanal, deltog de i slaget vid Santa Cruzöarna. Under slaget attackerade nio st Mitsubishi A6M Zero från Zuihō flygplan från det amerikanska hangarfartyget USS Enterprise, de sköt ner fem och skadade två, men förlorade fyra av sina egna. Senare i slaget träffades Zuihō av 230 kg bomber släppta av två Douglas SBD Dauntless från Enterprise, och hon blev tvungen att retirera till tillsammans med den skadade Shōkaku.