As competições de esqui cross-country nos Jogos Olímpicos de Inverno da Juventude de 2016 foram disputadas no Estádio Cross-Country Birkebeineren, em Lillehammer, na Noruega, entre os dias 13 e 18 de fevereiro. Seis eventos foram realizados, sendo que a prova do cross-country cross foi disputada pela primeira vez.