L'apice della carriera politica della Lindh venne raggiunto durante il semestre di presidenza svedese del Consiglio dell'Unione europea nella prima metà del 2001, quando ebbe la responsabilità di rappresentare ufficialmente le posizioni in materia di politica estera dell'Unione Europea. Collaborò in questa veste con l'alto rappresentante per la politica estera comune dell'Unione Europea Javier Solana in Macedonia dove contribuì a scongiurare uno strisciante conflitto civile attraverso gli accordi di Ohrid.