Впоследствии служил в Буффало, Рочестере, в гарнизоне форта Адамс (Род-Айленд), в (1843 - 1845), в форте Коламбус в 1845 и в Техасе в 1845 - 1846. Во время Мексиканской войны участвовал в обороне форта Браун (3 - 9 мая 1846) и в осаде Веракруса. Во время наступления Скотта на Мехико участвовал в сражении при Серро-Гордо, в захвате Сан-Антонио, в сражении при Чурубуско и при Молино-дель-Рей. 20 августа 1847 года Элзи получил временное звание капитана за Чурубуско.