Als der Konflikt zwischen dem Haus Lancaster und dem Haus York zu den Rosenkriegen eskalierte, entschied sich Vaughan vermutlich im Juli 1459, beeinflusst durch Freunde, für die Seite des Hauses York. In der Folge wurde er zu einem ihrer wichtigsten Unterstützer in Wales. Er kämpfte im Oktober 1459 in der Schlacht von Ludlow, in der die Yorkisten geschlagen wurden, und wurde als Gefolgsmann von Richard von York Ende 1459 durch das Parlament in Coventry enteignet, worauf er mit anderen Yorkisten nach Calais floh. Nach dem Sieg von Richard von York in der Schlacht von Northampton, in der König Heinrich VI. gefangen genommen wurde, kehrte Vaughan am 14. August 1460 nach London zurück. Er wurde wieder Verwalter der königlichen Waffen und der königlichen Garderobe. Kurz danach, vor dem 28. November 1460 heiratete er Eleanor, eine Tochter von Sir "Thomas Arundel" von Betchworth und Witwe von Sir "Thomas Browne", der am 28. Juli 1460 als Lancastrianer hingerichtet worden war. Gegen eine Gebühr von £ 1000 erhielt Vaughan auch Browns beschlagnahmte Besitzungen in Südostengland zugesprochen, so dass er nun ein reicher Grundbesitzer in Südostengland war.