Le truppe austriache abbandonarono Bologna la mattina del 12 giugno 1859, a seguito della sconfitta di Magenta. Lasciò Bologna anche l'ultimo Cardinale Legato, Giuseppe Milesi Pironi Ferretti. La neo-insediata giunta provvisoria di Governo, composta da liberali moderati, deliberò l'annessione di Bologna alla monarchia costituzionale del regno di Sardegna, confermata con il referendum del 1860: si aprì così una nuova stagione politica ed economica per Bologna. Nel 1861 fu terminata la ferrovia Bologna-Ancona e nel 1864 il collegamento con Pistoia. La città divenne un importantissimo nodo ferroviario italiano e di conseguenza un notevole centro di importazioni ed esportazioni commerciali.