1703 trat er in die Dienste des holländischen Militärs. Hier lernte er Luigi Ferdinando Marsigli kennen, begleitete ihn auf dessen Reisen in die Schweiz, die Niederlande und nach England und ging schließlich als dessen Sekretär nach Bologna. 1705 schrieb er für die von Marsigli gegründete Akademie (ab 1711 als Accademia Clementina bekannt) u. a. eine Abhandlung über die Schichtung der Gebirge. Scheuchzer war eng mit dem Geodät und Kartographen Johann Adam Riediger befreundet. Zusammen nahmen sie am Toggenburgerkrieg teil.