Hamilton og Vodafone McLaren Mercedes startet Formel 1-sesongen 2009 svært dårlig ved først å bli diskvalifisert i Australia, for å så følge opp med en 7.-plass i Malaysia, en 4.-plass i Bahrain, før tre poengløse løp i Spania, Monaco og Tyrkia fulgte. Hamilton måtte finne seg i å stille i skyggen av det nye suksesslaget Brawn GP og deres to førere Jenson Button og Rubens Barrichello. Etter ni runder (Tyrkia) hadde Hamilton bare 9 poeng og var 52 poeng bak ledende Button. På hjemmebane i Storbritannia fortsatte nedturen og han endte på en 16.-plass. Dette ble etterfulgt av en tilsvarende miserabel 18.-plass i Tysklands Grand Prix der han etter en god start misset i første sving, punkterte et hjul og endte langt bak i feltet uten poeng.