Ruge määrättiin armeijan komentavaksi kenraaliksi Kristian Laaken tilalle Saksan hyökkäyksen toisena päivänä 10. huhtikuuta 1940, jolloin Etelä-Norjan suurimmat kaupungit olivat jo saksalaisten hallussa. Ruge kävi viivytystaisteluja vetäen samalla joukkojaan pohjoiseen. Hän sai tuekseen liittoutuneiden apujoukot, jotka nousivat 15. huhtikuuta maihin Keski-Norjassa ja 28. toukokuuta Narvikissa. Pohjois-Norjassa puolustustaistelua johti kenraali Carl Gustav Fleischer. Toukokuun alussa Ruge, maan hallitus ja kuningas Haakon VII siirtyivät Pohjois-Norjan Tromssaan ja edelleen Målselviin. Virallisesti Ruge nimettiin uuteen virkaan puolustusvoimien komentajaksi ("Forsvarssjefen") 18. toukokuuta. Liittoutuneiden apujoukkojen vetäydyttyä Norjan armeija antautui 10. kesäkuuta 1940. Ruge ei lähtenyt kuninkaan ja hallituksen mukana maanpakoon, vaan jäi saksalaisten vangiksi.