Kościół wybudowany przypuszczalnie między 1511-1525 rokiem, konsekrowany w 1551 roku przez biskupa płockiego Andrzeja Noskowskiego (1547-1567). Główna świątynia parafialna dla Ciechanowa, miejsce sejmików szlachty mazowieckiej, podczas których często dochodziło do awantur, a nawet zabójstw. Uszkodzony w czasie wojen szwedzkich w 1657 r. oraz na początku wieku XVIII. W 1781 r. kościół częściowo wyremontowano (staraniem ks. Macieja Rydzewskiego). Na początku XIX wieku świątynia wymagała jednak ponownego remontu (uszkodzony dach), dlatego też w 1804 r. zaprzestano odprawiania w niej nabożeństw, a życie parafialne przeniosło się do pobliskiego klasztoru augustianów. W 1807 r. opuszczony kościół został zajęty przez wojska Napoleona i przekształcony w piekarnię. Zniszczeniu i spaleniu uległo wówczas całe wyposażenie wnętrz. Kolejne remonty miały miejsce w latach 1821-1827 staraniem proboszcza Rajmunda Bagińskiego przy wydatnej pomocy finansowej gen. Wincentego Krasińskiego. W tym też czasie, 20 października 1822 r., sakrament bierzmowania przyjął tutaj syn kolatora - późniejszy poeta Zygmunt Krasiński. Kolejne prace remontowe trwały w latach 1876-1878 i 1913-1920 (drugi remont według projektu arch. Stefana Szyllera, staraniem ówczesnego proboszcza Remigiusza Jankowskiego). Ostatni większy remont świątyni miał miejsce zaraz po wojnie, w latach 1946–54 .