2015年に起こった2015年欧州難民危機においては紛争や政情が不安定などの理由で北アフリカや中東などから大量の難民が地中海やヨーロッパ南東部を経由してEUへと押し寄せた。当初EU政府はイタリアが単独で行っていた移民船救助作戦（Operation Mare Nostrum）への財政的支出を拒んでいたが、2015年4月の難民を乗せた5隻の船が地中海に沈み1200名の犠牲を出した事で世論が変わり対応を迫られた。大量の難民が財政が厳しいギリシャやマケドニア、イタリアなどに劣悪な環境で滞留するなどし、ドイツはEUの指導的立場にある国としてこの未曾有の人道的危機への対応を迫られた。これに対してメルケルはEU諸国への「必須の連帯メカニズム」として他の危機的な状況に陥っているEU諸国から他の国へ難民を移動させる解決策を支持し、ドイツは110万人近くの難民の受け入れを行った。これらの対応についてドイツ国内では当初歓迎する雰囲気があったがすぐに雰囲気も消えた。メルケルも同年の年末には難民がEUへやってこないようにトルコと交渉に入り、2016年3月にはEUとトルコとの間で移民の流入抑制について合意した。なお日本国内ではこれらの事情とは別に反移民を主張する側からメルケルへの批判が起こり、難民の子供を揶揄したコンテンツがBBCで批判される事態にも陥った。