Como unidad de infantería, los San Patricios continuaron sirviendo con distinción en la Batalla de Churubusco (20 de agosto de 1847). Las maltrechas fuerzas mexicanas se establecieron en el convento de Santa María de Churubusco, y las fuerzas armadas estadounidenses se prepararon para atacarlas. Aunque el convento no era más alto que sus alrededores, sus bardas de piedra constituían una buena defensa. Además, los estadounidenses tendrían que cruzar un río para llegar allá, lo cual daría tiempo al ejército mexicano para preparar, a medias, trincheras y encarar otro enfrentamiento. Los defensores mexicanos sumaban 1300 efectivos y pertenecían a los batallones Independencia, Bravos y San Patricio. La lucha fue constante y desfavorable para los mexicanos, esta vez bien mandados y motivados por los generales Manuel Rincón y Pedro María Anaya. Tras algunas horas de combate, las fuerzas mexicanas se quedaron sin municiones y una bomba provocó una explosión en la reserva de pólvora, que los dejó sin posibilidades de seguir defendiéndose; a pesar de lo cual y una vez que se izó una bandera blanca en señal de rendición, el capitán Patrick Dalton la abatió para seguir resistiendo, pero ya era inútil, el convento quedó en silencio. Cuando el general Twiggs entró al patio del convento, exigiendo a los soldados mexicanos que entregaran las armas, la pólvora y el parque, el General Anaya se le enfrentó, diciendo: ""Si hubiera parque, no estaría usted aquí"."