Незабаром його призначили головним тренером рідної національної збірної Колумбії, де він знову проявив себе не з найкращого боку через те, що не зміг зі збірною подолати груповий етап Кубка Америки 2004 року в Венесуелі. Після цього Пінто провалив виступ команди у відборі до чемпіонату світу 2010 року. Це не дозволило команді пробратися на мундіаль, у зв'язку з чим тренера незабаром відправили у відставку.