Molina speelde negentien officiële interlands (één doelpunt) voor het Colombiaans voetbalelftal in de periode 1983-1987. Onder leiding van bondscoach Efraín Sánchez maakte hij zijn debuut op 14 juli 1983 in de vriendschappelijke thuiswedstrijd tegen Chili (2-2). Molina nam met zijn vaderland onder meer deel aan de strijd om de Copa América 1987 in Argentinië, waar Colombia eindigde op de derde plaats.