Durante los Juegos Olímpicos de Sídney 2000, quedó segundo en los 100 metros estilo libre y sexto en 50 metros estilo libre, rompiéndose así el sueño de ganar en tres Juegos Olímpicos consecutivos la medalla de oro en 50 y 100 metros. En el relevo 4 x 100 estilo libre fueron descalificados. Al año siguiente no participó en el Mundial de 2001 en Fukuoka, durante ese año publicó su autobiografía "Nager dans le vrai", escrita en francés. En abril, en el Campeonato Europeo de Natación en Piscina Corta de 2002 celebrado en Moscú fue bronce en los 50 metros libres y en el relevo 4 x 100 metros libres. Ese mismo año, en julio, disputó también el Campeonato Europeo de Natación de 2002 donde fue plata en los 100 metros libres tras van den Hoogenband y medalla de oro en los relevos 4 x 100 metros estilos.