Po bitvě u Slavkova, kde rakouská vojska utrpěla těžkou porážku, bylo v Bratislavě podepsáno příměří 26. prosince 1805 ( Bratislavský mír) a Rakousko ztratilo Benátsko, Istrii a Dalmácii, ale taky Tyrolsko, které připadlo Bavorskému království. Arcivévoda Jan se pustil do reorganizace armády. V roce 1808 se angažoval ve vzniku zeměbrany "(Landeswehru)". O rok později velel VIII. a IX. sboru rakouské italské armády. Dne 16. dubna 1809 dosáhl vítězství u Sacile, avšak byl poražen u Pávie a Rábu. I přes tyto neúspěchy obdržel velkokříž tereziánského řádu. K největším bitvám však došlo u vesnic Aspern a Deutsch-Wagram. Nejprve utrpěl porážku Napoleon, ale později se situace obrátila a rakouská armáda musela ustoupit.