À la suite de la guerre israélo-arabe de 1947-48, la ligne verte sépare Jérusalem en un secteur occidental sous contrôle israélien et un secteur oriental sous contrôle jordanien. Les locaux du consulat se retrouvent à Jérusalem-Ouest tandis que la majorité des établissements catholiques française se retrouvent de l'autre côté de la ligne de démarcation. Il est donc décidé d'ouvrir une annexe à Jérusalem-Est, d'abord dans l'église Sainte-Anne, qui fait partie du domaine national français en Terre sainte, puis dans le quartier de Cheikh Jarrah.