Im April und Mai 1415 eroberten die Eidgenossen den Aargau mit dem Amt Rohrdorf von den Habsburgern. Remetschwil war nun Teil der Grafschaft Baden, einer gemeinen Herrschaft. Der alle zwei Jahre wechselnde, in Baden residierende eidgenössische Landvogt übte die Landesherrschaft und die Blutgerichtsbarkeit aus. In Busslingen war er zusätzlich im Besitz der niederen Gerichtsbarkeit, während in Remetschwil das Kloster Oetenbach diese Aufgabe innehatte. Die Offnung, die das Verhältnis zwischen Niedergerichtsherr und Dorfbevölkerung regelte, reicht bis 1475 zurück und ist in einer Fassung von 1645 erhalten geblieben. Unter der Führung von Pfarrer Heinrich Buchmann, dem Bruder von Theodor Bibliander, trat die Pfarrei Rohrdorf im Jahr 1529 zur Reformation über. Zwei Jahre später, nachdem die reformierten Orte im Zweiten Kappelerkrieg unterlegen waren, musste die Bevölkerung wieder die katholische Konfession annehmen. Gegen Ende des Bauernkrieges von 1653 war der Rohrdorferberg Aufmarschgebiet der Zürcher Truppen auf dem Weg zur Entscheidungsschlacht bei Wohlenschwil. Während des Zweiten Villmergerkriegs von 1712 besetzten die katholischen Innerschweizer Orte am 12. Mai den Hügelzug zwischen Reuss- und Limmattal. Wiederholt kam es zu Raubzügen; unter anderem überfielen Bewohner des Rohrdorferbergs die Mühle von Spreitenbach. Rund 5'000 Zürcher rückten am 21. Mai gegen Mellingen vor. Während Ober- und Niederrohrdorf von den Truppen schwer geplündert wurden, blieb Remetschwil verschont, da die Stadt Zürich als Rechtsnachfolgerin des aufgelösten Klosters Oetenbach Inhaberin der dortigen Niedergerichtsbarkeit war.