Le château fut mentionné pour la première fois en 1346. La ville a été conquise et dévastée pendant les croisades contre les hussites en 1426-1427. En 1502, le comte Nicolas de Salm prend possession de Marchegg ; il fut commandant des forces autrichiennes durant le siège de Vienne en 1529. La ville est dévastée par les Ottomans. À partir de 1621, les domaines, accordés par l'empereur Ferdinand II, appartiennent à la noble famille de Pálffy. Le palais de Marchegg est reconstruit en style baroque vers l'an 1715, il servait de château de chasse à l'impériatrice Marie-Thérèse d'Autriche et son mari François, ainsi qu'à leur fils Joseph II. Après que la branche des Pálffy à Marchegg s'éteint en 1947, le château restera propriété publique.