太平洋戦争開戦後も第12軍隷下にあり山西省に駐屯していたが、1944年（昭和19年）4月にフィリピン南部ミンダナオ島に駐屯することになり、第14軍に編入された。しかし、間もなく派遣先はハルマヘラ島に変更になった。竹一船団によって輸送されたが、途中で輸送船が潜水艦によって沈められ、多数の兵員が海没するなどの損害を受けた。5月中旬にハルマヘラ島に上陸し、第2軍隷下、連合国軍の上陸に備えた。隣接するモロタイ島での戦闘が起きると一部を逆上陸部隊として派遣した。ハルマヘラ島には上陸が無かったため、師団主力はハルマヘラ島の守備を固めつつ終戦を迎えた。