Pierwszym kryzysem dla ekipy Breżniewa była seria liberalizujących reform w Czechosłowacji. W lipcu 1968 roku, Breżniew publicznie skrytykował czechosłowackie przywództwo jako "rewizjonistyczne" i "antyradzieckie", a w sierpniu pozwolił na interwencję Układu Warszawskiego w Czechosłowacji. Interwencja i doktryna Breżniewa wywołała protesty dysydentów w różnych krajach bloku wschodniego oraz rządu Rumunii Nicolae Ceaușescu. Archiwalne materiały potwierdzają że Breżniew był jedną z niewielu osób w radzieckim kierownictwie która była sceptycznie nastawiona do interwencji, a w czasie kryzysu była nastawiona kompromisowo do rządu Czechosłowacji. Już po interwencji, spotkał się z Bohumilem Simonem będącym jednym z liderów czechosłowackich reformistów. W rozmowie przyznał że gdyby nie głosował za "zbrojną pomocą Czechosłowacji" zostałby odwołany ze stanowiska sekretarza i obalony.