Als Wunschkandidat für seine eigene Nachfolge wurde Putin von Präsident Jelzin am 9. August 1999 zum Ministerpräsidenten ernannt. Die Duma bestätigte dies eine Woche später mit knapper Mehrheit. Nach einer Bombenexplosion in einem Einkaufszentrum in der Moskauer Innenstadt und einer Serie von nie aufgeklärten Bombenanschlägen auf Moskauer Wohnhäuser, welche tschetschenischen Terroristen angelastet wurden, überschritten auf Befehl Putins am 1. Oktober 1999 russische Armeeeinheiten die Grenze zum tschetschenischen Landesteil, in den Worten Putins „zur Bekämpfung von 2000 Terroristen“. Kurz zuvor waren tschetschenische und arabische Kämpfer in Dagestan eingefallen und hatten damit den sechswöchigen Dagestankrieg ausgelöst, nach dessen Abschluss der Zweite Tschetschenienkrieg begann. Putin leitete als Politiker die militärischen Aktionen in Tschetschenien, erntete dafür gute Umfragewerte und ließ in der Folge die Macht der Moskauer Zentrale stärken. Die defekte Demokratie wurde zur gelenkten Demokratie.