Sau khi Việt Nam Cộng hòa sụp đổ thì cơ cấu tổ chức của Giáo hội bị thu hẹp nên tính đến năm 2008 thì Giáo hội chỉ còn văn phòng điều hành ở các tỉnh sau đây: Quảng Trị, Thừa Thiên – Huế, Quảng Nam – Đà Nẵng, Bình Định, Phú Yên, Lâm Đồng, Đồng Nai, Bà Rịa – Vũng Tàu, Tiền Giang.