Ещё до аннулирования первого брака Маргарет Генрих VI избрал девочку в качестве невесты Эдмунда Тюдора — старшего из братьев короля от тайного брака его матери с Оуэном Тюдором. Брак Маргарет с Эдмундом был заключён 1 ноября 1455 года; Маргарет к тому моменту было 12—14 лет, Эдмунду — 24 года. Только что разразилась Война Алой и Белой розы; Эдмунд, принадлежавший к дому Ланкастеров, был взят в плен Йорками менее, чем через год. Он умер в плену от чумы в Кармартене в ноябре 1456 года, оставив Маргарет молодой вдовой на седьмом месяце беременности. Будучи переданной на попечение Джаспера Тюдора, в замке Пембрук 28 января 1457 года Маргарет родила сына Генри. Роды были особенно сложными: из-за юного возраста и телосложения Маргарет и мать и ребёнок были близки к смерти. Эти роды стали первыми и последними в жизни Маргарет.