ממאי 1986 ממאי 1988 היה סטון סגן מזכיר הצבא לניהול פיננסי. במקביל, הוא היה תת-מזכיר הצבא בפועל מפברואר ועד מאי 1988. לאחר מכן ועד אוגוסט 1989 הוא תת-מזכיר הצבא במינוי קבוע ומנהל הרכש של הצבא. במקביל לתפקידו כתת-מזכיר הצבא הוא מילא את תפקידו של תת-מזכיר ההגנה לרכש ממאי ועד אוגוסט 1989. לאחר מכן ועד ינואר 1993 הוא כיהן כמזכיר הצבא. במקביל, בין השנים 1990- 1993 הוא היה יושב ראש מועצת המנהלים של ועדת אזור תעלת פנמה.