Φοίτησε στο Πειραματικό Σχολείο Πανεπιστημίου Αθηνών. Ακολούθως σπούδασε ζωγραφική και γλυπτική στην Ανωτάτη Σχολή Καλών Τεχνών της Αθήνας από την οποία και αποφοίτησε το 1948. Κατά το Β΄ Παγκόσμιο Πόλεμο εντάχθηκε στις τάξεις του ΕΑΜ-ΕΛΑΣ, και πολέμησε στα Δεκεμβριανά στον λόχο σπουδαστών «Λόρδος Βύρων». Το 1944 στην Λειβαδιά, εκπροσωπώντας τον λόχο Λόρδος Βύρων συμμετείχε στην τριμελή δικαστική έδρα (μαζί με τους Γρηγόρη Φαράκο, Πέτρο Κόκαλη) όπου καταδίκασαν σε θάνατο δια τυφεκισμού τον καθηγητή και Πρύτανη του Εθνικού Μετσόβιου Πολυτεχνείου Ιωάννη Θεοφανόπουλου δια τις εθνικές του και οχι κομμουνιστικές απόψεις του.(Πηγή, Ιστορικός συλλέκτης Βέροιας, φωτογραφίες και μαρτυρίες απο την Βέροια) Μετά τον πόλεμο εξορίστηκε στη Μακρονήσο, λόγω των αριστερών φρονημάτων του. Στα 28 του χρόνια αποφάσισε να ασχοληθεί με τον κινηματογράφο. Ξεκίνησε τη σταδιοδρομία του ως σκηνοθέτης με τη "Μαγική Πόλη" (1954), όπου συνδύασε τις επιρροές του από το νεορεαλισμό με την εικαστική του ματιά. Με το σύνθετο και πρωτοποριακό έργο "Ο Δράκος" (1956), ο Νίκος Κούνδουρος καθιερώνεται. Ακολούθησαν "Οι παράνομοι" (1958), "Το ποτάμι" (1959), "Μικρές Αφροδίτες" (1963), "Το πρόσωπο της Μέδουσας" (1967), "Τα τραγούδια της φωτιάς" (1974), "1922" (1978) κ.ά.