Gotovina regresó a Croacia cuando esta, presidida por Tuđman, proclamó la independencia de la ex Yugoslavia en 1991 y se desató la guerra en Croacia y Bosnia-Herzegovina contra Serbia. El general comandó numerosas ofensivas contra los serbios en Bosnia y Herzegovina, entre ellas la Operación Tormenta, en la que el ejército croata reconquistó en cinco días en el mes de agosto de 1995 el territorio en el que la minoría serbia había proclamado su República Serbia de Krajina. Gotovina fue uno de los principales comandantes de aquella operación y es considerado por ello un héroe nacional por gran parte de los ciudadanos croatas. Según la acusación fiscal que llevó a su posterior condena, durante la reconquista de Krajina y bajo sus órdenes, soldados croatas asesinaron civiles, incendiaron aldeas y dispararon contra los que huían sin que el general hiciera nada por impedirlo, en un «intento premeditado de eliminar a la población serbia de Krajina».