Сезон 2006 е много слаб за Уебър. Успява да запише точки едва 3 пъти, завършвайки на 6-о място в Сан Марино и Бахрейн. Завършва на 8-о място в Китай. Приключва сезона на 14-о място с едва 7 записани точки.