Nach dem Sieg der Anhänger des Königs wurde Warenne beauftragt, Kent und die Cinque Ports zu unterwerfen. Anschließend erschien er mit 200 Bogenschützen aus dem Weald in London, um die Einwohner einzuschüchtern. Zusammen mit Henry of Almain ging er dann gegen verbliebene Rebellen aus Nordengland unter dem Earl of Derby vor, dann griff er zusammen mit William de Valence Bury St Edmunds an, um East Anglia wieder unter königliche Kontrolle zu bringen. 1267 beauftragte ihn der König, zusammen mit William de Valence Gilbert de Clare, 3. Earl of Gloucester zur Teilnahme am Parlament zu drängen. 1268 erhielt er vom König eine offizielle Begnadigung, weil er während des Bürgerkriegs zeitweise die Rebellen unterstützt hatte. Auch für seinen Beitrag zum Sieg des Königs wurde er nicht besonders üppig belohnt. Ihm wurde eine einträgliche Vormundschaftsverwaltung zugesprochen, dazu erhielt er die Häuser, die der Rebell "Hugh de Neville" in London besessen hatte, kleinere Ländereien sowie 200 Mark in bar. Allerdings wurden auf seine Bitten hin einige weitere Ritter begnadigt. Im Juni 1268 legte Warenne während des Parlaments in Northampton zusammen mit Lord Eduard, William de Valence und anderen Magnaten ein Kreuzzugsgelübde ab. Dennoch nahm er nicht am Kreuzzug Lord Eduards teil, sondern blieb in England. Als Heinrich III. im November 1272 starb, schwor Warenne bei der Beisetzung des verstorbenen Königs zusammen mit anderen Magnaten dem immer noch abwesenden Eduard die Treue. Bis zur Rückkehr des neuen Königs übernahm er mit die Verwaltung des Reiches.