Beauregard comandou exércitos no teatro ocidental da Guerra Civil Americana, incluindo a Batalha de Shiloh em Tennessee, e o Cerco de Corinto no norte do Mississippi. Ele retornou a Charleston e defendeu-a de repetidos ataques navais e terrestres em 1863. Sua maior conquista foi sem dúvida, salvar a cidade de São Petersburgo, Virginia, e assim também a capital confederada de Richmond, Virginia, de assaltos por forças esmagadoramente maiores das Forças Armadas da União, em Junho de 1864. No entanto, sua influência sobre a estratégia da Confederação foi marcada pelo seu mau relacionamento profissional com o Presidente dos Estados Confederados Jefferson Davis e outros generais e oficiais. Em abril de 1865, Beauregard e seu comandante, o general Joseph E. Johnston, convenceram Davis e os membros do gabinete restante que a guerra necessitava caminhar para o fim. Johnston rendeu a maior parte das tropas remanescentes da Confederação para o general William T. Sherman, incluindo Beauregard e seus homens.