Durante la Crociata Hussita, gli Asburgo persero il controllo della Boemia e della Moravia, e le due terre vennero temporaneamente divise. L'hussita Giorgio di Podebrady venne eletto re di Boemia nel 1458. Nel 1466 papa Paolo II scomunicò Giorgio e vietò a tutti i cattolici di continuare a servirlo, e nel 1469, Mattia Corvino, re d'Ungheria, conquistò la Moravia. Questa venne riunita alla Boemia nel 1490, quando Vladislao Jagellone, che era succeduto a Giorgio come re di Boemia nel 1471, succedette anche a Matteo come re d'Ungheria. nel 1526, il figlio di Vladislao, Luigi, morì in battaglia e Ferdinando I d'Asburgo venne eletto re di Boemia. La Moravia rimase assieme alla Boemia come possedimento asburgico fino al termine della Prima guerra mondiale.