Die Boioter unterstützen Sparta im Peloponnesischen Krieg (431–404 v. Chr.), zerstritten sich dann aber mit den Spartanern. In der Folge zogen sie gemeinsam mit Athen, Korinth und Argos im Korinthischen Krieg (395–387 v. Chr.) ergebnislos gegen Sparta zu Felde. Diese militärische Auseinandersetzung wurde durch den Königsfrieden 387/386 v. Chr. beendet, der die Auflösung des boiotischen Bundes bedeutete. Pelopidas eroberte 379 v. Chr. die Kadmeia von den Spartanern zurück, befreite Theben und war danach enger Mitarbeiter seines Freundes Epaminondas. Diese beiden führenden Politiker und Feldherren bauten Thebens Hegemonie im neu etablierten boiotischen Bund weiter aus; Plataiai und Orchomenos wurden zerstört. Epaminondas bezeichnete Boiotien als „Tanzplatz des Ares“, weil sich dessen weitläufigen Ebenen als hervorragend für die mit der griechischen Phalanx verbundene Art der Kriegsführung eigneten. 371 v. Chr. schlug er die Spartaner in der Schlacht bei Leuktra entscheidend und verschaffte Theben so kurzzeitig die Führungsrolle in ganz Griechenland. Der boiotische Bund stand damit am Höhepunkt seiner Macht. 362 v. Chr. fiel Epaminondas aber in der Schlacht von Mantineia, die bereits wieder das Ende der thebanischen Hegemonie über Griechenland markierte. König Philipp II. von Makedonien gewann 338 v. Chr. die Schlacht von Chaironeia gegen die verbündeten Athener und Thebaner und errang so die Vormachtstellung in Griechenland, somit auch die Hegemonie über Boiotien, dessen Bund wiederhergestellt wurde. 335 v. Chr. siegte Philipps Sohn und Nachfolger, Alexander der Große, in einer Schlacht über Theben, das sich gegen die makedonische Herrschaft erhoben hatte. Er ließ die Stadt in Trümmer legen, dagegen Plataiai und Orchemenos neu errichten. Kassander förderte 316 v. Chr. den Wiederaufbau Thebens.