Palestiinan mandaattialueen sisällissodan aikana huhtikuussa 1948 kibbutsi joutui Arabien vapautusarmeijan hyökkäyksen kohteeksi. Arabit yrittivät vallata kibbutsin, joka sijaitsi tiellä Jeninistä kohti Haifaa. Puolustajat torjuivat hyökkääjät käydyssä taistelussa ja hävittivät itse sen jälkeen ympäröiviä arabikyliä. Mishmar HaEmekin rakennukset kärsivät merkittäviä tuhoja taistelun aikana, mutta sen siviilien tappiot jäivät vähäiseksi.