Halsbergius werd geboren in Kortrijk, bij een protestantse familie in het graafschap Vlaanderen, in de Zuidelijke Nederlanden. Zijn ouders vluchtten voor de Spaanse repressie naar Amsterdam. In Amsterdam behaalden zijn ouders het burgerschap. De jonge Halsbergius studeerde in Genève (1582-1586) en Heidelberg (1586-1588) tot protestants theoloog. De kosten van de studies werden betaald door de stad Amsterdam.