Αν και το μικρό Ελληνικό κρατίδιο κατόρθωσε να ορθοποδήσει και να εξασφαλίσει μια ομαλή σχετικά πορεία προς το μέλλον έπεσε τελικά θύμα των τότε ρωσικών διαβουλεύσεων οι οποίες εξ άλλου και το είχαν δημιουργήσει. Μετά τις νίκες του Ναπολέοντα στο Αούστερλιτς και στο Φρίντλαντ και την σύναψη της συνθήκης του Τιλσίτ στις 8 Ιουλίου 1807, τα Επτάνησα παραχωρήθηκαν και πάλι στην Γαλλία. Οι Γάλλοι αυτοκρατορικοί άρχισαν να χάνουν τα Επτάνησα σταδιακά από το 1809 με την κατάληψη της Ζακύνθου από τον Αγγλικό στόλο. Στη συνέχεια οι Άγγλοι κατέκτησαν την Κεφαλονιά, Ιθάκη, Λευκάδα, και Κύθηρα το 1810 και τέλος την Κέρκυρα το 1814.