Durante su gobierno, en noviembre de 1780, se desató la Gran Rebelión, liderada por el curaca Túpac Amaru II (José Gabriel Condorcanqui). Él líder fue capturado y ajusticiado en 1781 aunque la guerra no culminó sino hasta la firma de un pacto de amnistía en 1782. Sin embargo, los realistas posteriormente apresan a toda la familia Tupac Amaru.