En la primavera de 1944, la flotilla militar de Azov se reorganizó en la flotilla militar del Danubio. Durante la 2.ª Ofensiva de Jassy-Kishinev, la flotilla ayudó con éxito a las tropas del 3er Frente Ucraniano a cruzar el estuario del Dniéster y aseguró un gran avance en las líneas de defensa alemanas. En septiembre-noviembre de 1944, la flotilla brindó asistencia a las tropas del segundo y tercer frentes ucranianos durante la Liberación de Belgrado y el Sitio de Budapest.