Στις αρχές του 1943, την περίοδο της κατοχής, μεταφέρθηκε για νοσηλεία μαζί με άλλους Ακροναυπλιώτες στο Νοσοκομείο Σωτηρία στην Αθήνα και θα τους απελευθερώσει ο ΕΛΑΣ Αθήνας την άνοιξη του 1943. Μετά την απελευθέρωσή του ο Μπαρτζιώτας εντάχθηκε στην ηγετική ομάδα του ΚΚΕ και ανέλαβε τη θέση του γραμματέα της Κομματικής Οργάνωσης Αθήνας (ΚΟΑ). Ήταν γνωστός με το ψευδώνυμο Φάνης και από τον Απρίλιο του 1943 μέχρι τον Ιούνιο του 1946 διαδραμάτισε άμεσο και πρωταγωνιστικό ρόλο στην Εθνική Αντίσταση και τα Δεκεμβριανά, ως γραμματέας της ΚΟΑ.