Isabel nasceu em Westminster, como filha primogénita da casal real. Os pais de Isabel haviam se casado secretamente em Grafton Manor, logo após a ascensão de seu pai ao trono. Sua mãe, Isabel Woodville, era filha de Sir Ricardo Woodville, e Jacquetta de Luxemburgo, a viúva de João, Duque de Bedford (irmão de Henrique V) Eduardo IV conheceu a mãe de Isabel, a viúva de Sir João Grey, Um cavaleiro de Lancaster que foi morto em St. Albans em 1461, quando ela lhe veio pedir o regresso das propriedades do marido. Eduardo queria que ela fosse sua amante, mas ela resistiu ao casamento. Após a morte de seu pai e a usurpação de Ricardo III, Isabel e seus irmãos, incluindo Eduardo V e Ricardo, Duque de Iorque, os chamados Príncipes da Torre, foram declarados ilegítimos pelo . Seus jovens irmãos desapareceram dentro da Torre de Londres em meio a rumores de que eles haviam sido assassinados, como a própria Isabel reagiu à sua morte não foi registrada, ela tinha na época se refugiado com sua mãe na Abadia de Westminster, Isabel Woodville apostou na sua filha mais velha para salvaguardar posição da família. Aparentemente, o primeiro noivo de Isabel foi o próprio tio, o rei Ricardo III, então casado com Ana Neville, sem interesse político e de saúde frágil. Depois da derrota de Ricardo III e do fim da Guerra das Rosas a favor de Henrique Tudor (um Lencastre, fundador da Casa de Tudor), Isabel foi prometida ao novo rei, como herdeira da Casa de Iorque. A união iria reunir as duas famílias e trazer paz à Inglaterra. Isabel "foi uma das belezas de seu tempo", com a aparência clássica da Rosa inglesa cabelos loiros, olhos azuis e pele clara a beleza inglesa quintessencial do período. Ela também era aparentemente bastante atraente em seu caráter.