Déçu par les circonstances de sa défaite au championnat, Prost hésite une bonne partie de l'hiver sur la suite à donner à sa carrière mais reste finalement chez Ferrari en 1991. Mansell parti, Prost est rejoint par son jeune compatriote Jean Alesi, auteur d'un prometteur début de carrière chez Tyrrell. Annoncée comme explosive, la cohabitation entre les deux Français se passe très bien et une amitié se crée entre les deux hommes. Côté piste, les choses sont moins brillantes et Prost n'est pas en mesure de poursuivre son duel avec Senna en raison de la faible compétitivité des voitures italiennes. Malgré les changements effectués au Grand Prix de France, la Ferrari n'est pas au niveau des McLaren Racing et des Williams F1 Team. Prost ne gagne aucune course et ne monte que cinq fois sur le podium. À la veille de l'ultime manche d'une saison désastreuse, marquée par de nombreux remous politiques internes et dû au fait que Prost ait vertement critiqué la voiture (allant même jusqu'à la comparer à un camion), il est limogé par la Scuderia et est remplacé par le pilote italien Gianni Morbidelli.