Entre 1993 e 2003, ele disputou 66 partidas e marcou 15 gols pela Seleção Colombiana, sendo também um dos maiores artilheiros da seleção de seu país. Ele foi reserva na Copa do Mundo de 1994, mas não foi utilizado, porém participou de três jogos na Copa do Mundo de 1998. Também disputou a Copa América nas edições de 1993, 1995 e 2001, onde a Colômbia sagrou-se campeã, as Eliminatórias da Copa do Mundo de 2002, a Copa das Confederações de 2003 e as Eliminatórias para a Copa do Mundo de 2006, onde durante um jogo contra a Seleção Brasileira, Aristizábal anunciou oficialmente sua aposentadoria da Seleção Colombiana.