År 1940 intogs staden av Sovjetunionen. Under de följande årens stridigheter mellan Sovjetunionen och Tyskland förstördes delar av staden, framför allt under Slaget om Tartu 1944. Av de klassiska byggnaderna finns Tartus universitets huvudbyggnad kvar och dess astronomiska observatorium, Rådhuset och Johanneskyrkan. Den senare blev svårt brandskadad under det senaste kriget, men restaurerades under 1990-talet.