בפרוץ מלחמת איטליה–יוון ירד מספרם של בני הקהילה ל-500 נפשות. באפריל 1941 כבשה גרמניה הנאצית את יוון והממלכה חולקה ל-3 אזורי שליטה: גרמני, בולגרי ואיטלקי. העיר טריקלה נכללה באזור השליטה האיטלקי וזאת עד לכניעתה של איטליה לבעלות הברית בספטמבר 1943. כשהחלו רדיפות היהודים הצליחו 450 מיהודי טריקלה להימלט לכפרים מבודדים בהרים, או נמלטו לטורקיה ודרכה לארץ ישראל. האוכלוסייה, הכנסייה והמחתרת היווניות סייעו באופן פעיל בהמלטות והסתרת יהודי הקהילה. ב-25 במרץ 1944 הצליחו הנאצים לעצור 50 יהודים מקהילת טריקלה ולגרשם למחנה ההשמדה אושוויץ, שם נספו כולם. לאחר תום המלחמה היגרו בהדרגה ניצולי טריקלה לארצות הברית, אתונה ומדינת ישראל בה היו שותפים להקמת מושב נווה ימין. ב-1946 מנתה הקהילה 267 נפשות וב-1967 צומצם מספרה לכדי 100 נפשות. בראשית המאה ה-21 התגוררה בעיר קהילה יהודית קטנה בת 50 נפשות ולה בית כנסת אחד. בעיר קיים בית עלמין יהודי אשר חולל בשנת 2000 בידי קבוצת נאו-נאצים יוונים. בית העלמין שוקם, שופץ ומתוחזק בידי בני הקהילה.