Amikor a következő őszön sikerült az uralkodót megbuktatni, Oxford az angliai csapatok parancsnoka lett. Pozícióját kihasználva vérpadra küldte elődjét, a York-párti John Tiptoftot, Worcester grófját, aki korábban halálra ítélte apját és bátyját. Oxford részt vett az 1471 áprilisi barneti csatában, majd miután IV. Eduárd visszaszerezte trónját, Franciaországba menekült. 1473 szeptemberében partra szállt Cornwallban, és megostromolta, majd elfoglalta a St. Michael's Mountot, egy tengeri szigeten álló várat, amelyet csak két hónapnyi ostrom után adott fel. A parlament 1475-ben elítélte, és a Calais-i erődbe zárták, ahonnan Sir James Blount, a kormányzó segítségével 1484-ben megszökött.