Ju Wenjun teilte den 2.–4. Platz bei der Frauenmeisterschaft Asiens in Beirut (2004) und wurde Zweite beim Turnier "Chinese Chess Queen" in Jinzhou (2009). Für China spielte sie bei den Schacholympiaden der Frauen in den Jahren 2008, 2010, 2012, 2014, 2016 und 2018. Bei der Schacholympiade 2010 übererfüllte sie mit ihrem Ergebnis von 9,5 Punkten aus 11 Partien eine Großmeister-Norm um zwei Punkte. Mit der Mannschaft siegte Ju Wenjun 2016 und 2018 und erreichte 2010, 2012 und 2014 jeweils den zweiten Platz. In der Einzelwertung erreichte sie 2018 das beste Ergebnis am Spitzenbrett, 2010 und 2016 jeweils das zweitbeste Ergebnis am zweiten Brett und 2014 das drittbeste Ergebnis am zweiten Brett. Ju Wenjun nahm an den Mannschaftsweltmeisterschaften der Frauen 2009, 2011, 2013, 2015 und 2017 der Frauen teil. 2009 und 2011 gewann sie den Mannschaftstitel, 2011 erreichte sie außerdem das beste Einzelergebnis am vierten Brett, während sie 2013 sowohl das beste Einzelergebnis am Spitzenbrett als die beste Elo-Leistung aller Teilnehmerinnen erzielte. Die asiatische Mannschaftsmeisterschaft der Frauen gewann sie 2012, 2014 und 2016, dabei gewann sie 2012 am zweiten und 2016 am ersten Brett jeweils die Einzelwertung.