В 1625 году замок перешёл в руки семьи Мышковских из близлежащего города Мирува. Эта семья принадлежала к роду Ястршебецких. Постепенно замок был восстановлен и превращён в загородную родовую резиденцию. Но шведское вторжение (Шведский потоп) оказалось для крепости роковым. В 1657 году вражеская армия, которой командовал генерал Бурхард Мюллер фон дер Люхнен, захватила Боболицкий замок подвергла его безжалостному разорению.