За два дня до начала Польской кампании в Европе, назначение на пост командующего Объединённым флотом получил вице-адмирал Исороку Ямамото, занимавший этот пост до своей гибели в апреле 1943 года. Перед началом войны на Тихом океане, ознаменовавшейся нападением на Пёрл-Харбор авианосного ударного подразделения Кидо Бутай, Объединенный флот стал почти синонимом Императорского флота. Он включал в себя линкоры, авианосцы, морскую авиацию и остальные ведущие боевые силы японского флота. Силы Объединённого флота были сконцентрированы к битве за Мидуэй, но катастрофы в этой битве и в кампании на Соломоновых островах убедили японский штаб в том, что целесообразнее разделить оставшиеся корабли по флотам, отвечающим за конкретные географические зоны; с этого момента Объединённый флот представлял из себя скорее административную единицу. В связи с продолжавшим ухудшаться на всех морях положением, осенью 1944 года японцы сделали попытку снова объединить силы для генерального сражения в заливе Лейте. Новый разгром заставил остатки флота отступить к Окинаве, дальше флот предпринимал только локальные операции вроде самоубийственного похода «Ямато». Формально Объединённый флот был окончательно распущен 10 октября 1945 года