Na Majstrovstvách sveta 2009 v Phjongčhangu sa 14. februára umiestnil v šprinte mužov na 10 km na 14. mieste. O deň neskôr skončil v stíhacích pretekoch na 25. mieste. 16. februára získal bronzovú medailu vo vytrvalostných pretekoch na 20 km. Bola to prvá medaila pre Chorvátsko z Majstrovstiev sveta v biatlone. Po týchto pretekoch sa vyjadril tréner slovinskej biatlonovej reprezentácie Uroš Velepec, že Jakov Fak je najväčší talent medzi súčasnými biatlonistami. Podľa neho má výbornú streľbu, ale musí sa zlepšiť v lyžiarskej oblasti.