Мълчанков е роден в 1873, 1875 или 1887 година в неврокопското село Скребатно. Първоначално образование получава в родното си село. В 1898 година завършва с тринадесетия випуск Солунската българска мъжка гимназия. В гимназията става член на ВМОРО. След завършването си, учителства в родното си Неврокопско, като развива и широка революционна дейност. По време на Илинденско-Пребораженското въстание е войвода на чета, която участва в няколко сражения с османските войски - боя при оброчището „Света Троица“, боя при Обидим и боя в местността Харамибунар, заедно с Никола Груйчин, Михаил Чаков и Иван Апостолов.