A partir de 1979, en cumplimiento de los Tratados Torrijos-Carter de 1977, la Zona del Canal fue abolida y el control de Estados Unidos sobre el Canal de Panamá y la Zona del Canal comenzó a ser transferido a la República de Panamá. Muchas zonas de Cristóbal estuvieron entre las primeros en ser trasladadas, como fue el Ferrocarril de Panamá que dejó de operar a mediados de la década de 1980 debido a la falta de mantenimiento. Su población en 1990 era de 15 178; su población en 2000 era de 37 426.