W XVII wieku miejscowość się wyludniła z powodu wojen. W 1655 Piła została zajęta i zniszczona przez wojska szwedzkie w czasie potopu. W 1660 pilscy sukiennicy otrzymali kolejne przywileje, które odnowione zostały w 1701. W 1670 nadano przywileje miejscowym Żydom. W 1688 król Polski Jan Kazimierz nadał miastu wolny wyrąb drewna oraz pastwisko w lasach żelgniewskich. W 1697 miejscowi piwowarzy otrzymali nową ordynację. W 1716 wszystkie dawne przywileje miejskie zostały potwierdzone.