Grants Army of the Tennessee blev angrebet den 6. april i Slaget ved Shiloh, men kunne med forstærkning fra Buell kaste angrebet fra sydstatshæren under general Albert Sidney Johnston og P.G.T. Beauregard tilbage. Slaget kostede store tab, og det offentlige ramaskrig over nedslagtningen ved Shiloh fik Halleck til at udnævne Grant til sin næstkommanderende, en position uden egentligt ansvar, mens han selv tog kommandoen over sin store hær. Han udførte operationer mod Beauregards hær i Corinth, kaldet belejringen af Corinth, fordi Hallecks hær, der var dobbelt så stor som Beauregards, bevægede sig så forsigtigt, og hver dag gjorde holdt for at bygge omhyggelige feltbefæstninger. Til sidst opgav Beauregard Corinth uden kamp.