У січні 1943 року Вальтер Крюгер був призначений командувачем 6-ї армії, яка тільки-но формувалася на Тихоокеанському театрі війни і її штаб базувався в Австралії. Він залишався в командуванні 6-ю армією — яка включала в різні часи I, X, XIV і XXIV корпуси — протягом усієї війни на Тихому океані. Під його керівництвом здійснювалися напади на японські позиції на острова Кірівіна та Вудларк (липень 1943 року) у ході операції «Кронікл»; кампанії на островах Нова Британія (грудень 1943-лютий 1944); на островах Адміралтейства (лютий-травень 1944); на Новій Гвінеї (липень-серпень 1944); Моротай (Нідерландська Ост-Індія, вересень-жовтень 1944 року); битви на Лейте і Міндоро (Філіппіни, жовтень-грудень 1944); та Лусоні (січень-лютий 1945).