Tony Saunders signe son premier contrat professionnel avec les Marlins de la Floride en 1992. Il joue son premier match dans les majeures le pour les Marlins. À sa saison recrue, Saunders est le lanceur partant de son équipe dans 21 des 22 parties auxquelles il participe. Il mérite la victoire à quatre reprises, contre six défaites, et enregistre 102 retraits sur des prises aux dépens des frappeurs adverses en 111 manches et un tiers lancées. Il effectue deux départs en séries éliminatoires. Après une sortie efficace en Série de championnat de la Ligue nationale où il n'accorde que deux points aux Braves d'Atlanta sans être impliqué dans la décision, il amorce le quatrième match de la Série mondiale 1997 face aux Indians de Cleveland : ces derniers chassent Saunders après seulement deux manches lancées, où il a déjà accordé six points. Il est le lanceur perdant dans le revers de 10-3 des Marlins. Ces derniers enlèvent toutefois les honneurs de la série finale en sept parties, et Saunders fait partie des champions de la Série mondiale.