Mzcheta-Mtianeti umfasst fünf Munizipalitäten "(munizipaliteti);" vier davon sind nach ihren Verwaltungssitzen Achalgori, Duscheti, Mzcheta und Tianeti benannt, während die Stepanzminda Sitz der Munizipalität Qasbegi (der Ort trug von 1921 bis 2006 ebenfalls den Namen "Qasbegi") ist. Die Stadt Mzcheta als Regionshauptstadt wurde 2014 aus ihrer Munizipalität herausgelöst und steht nun gleichrangig neben den Munizipalitäten. Das Territorium der Munizipalität Achalgori untersteht seit Beginn des südossetisch-georgischen Konfliktes 1991 teilweise und seit dem Kaukasuskrieg 2008 in ganzer Ausdehnung nicht der georgischen Zentralregierung, sondern der de facto unabhängigen, nur von einigen Staaten anerkannten Republik Südossetien, die das Gebiet als ihren "Rajon Leningor" verwaltet.