Toen de oorlog met Frankrijk uitbrak was De la Cuesta al 67 jaar oud. Zijn leger was slecht getraind en niet goed uitgerust voor de oorlog. Snel rekruteerde Cuesta nog 5.000 soldaten voor zijn leger. Tijdens zijn eerste wapenfeit tijdens deze oorlog bij Cabezón verloor hij van de Grande Armée. Uiteindelijk wist hij zijn leger te combineren met dat van Joaquin Blake, maar ook gezamenlijk gingen ze ten onder tegen de Fransen. Na de dramatisch verlopen Slag bij Somosierra herkreeg Napoleon de macht op het Iberische schiereiland. Na de interventie van de Britten op het schiereiland schaarde Cuesta zich aan hun kant. Tijdens een gevecht in 1810 raakte Cuesta erg verwond en overleed daaraan een jaar later. Hij ligt begraven in de Kathedraal van La Palma de Mallorca.