In dem diplomatisch brisanten Streit um die Reaktionen auf das Papstzitat von Regensburg zur Charakterisierung des Islam im Herbst 2006 stellte sich Bertone hinter Papst Benedikt XVI. und machte in einer schriftlichen Erklärung deutlich, dass dieser sich von dem in seinem Vortrag verwendeten Zitat klar distanziert hatte. Wenig später begleitete er den Papst auf dessen Türkei-Reise im November/Dezember 2006, die als sehr gelungen wahrgenommen wurde, und bezeichnete „den Fall Regensburg“ gegenüber Radio Vatikan anschließend als abgeschlossen. Am 31. März 2007 bestätigte Kardinal Bertone gegenüber der französischen Tageszeitung "Le Figaro" als erster Vatikanvertreter offiziös die bevorstehende Veröffentlichung des Motu proprio "Summorum pontificum", mit dem Benedikt XVI. die Feier der sogenannten „tridentinische Messe“ als außerordentliche Form des römischen Ritus wiedereinführte. Tarcisio Bertone nahm an den Generalversammlungen aller römischen Bischofssynoden von 2008 bis 2012 teil.