Durante la seconda guerra mondiale Flensburgo fu una delle pochissime città tedesche a non essere cadute sotto gli alleati e la città praticamente non subì danni. Il presidente del Reich grandammiraglio Karl Dönitz e il governo tedesco vi ripararono nel maggio del 1945 per sfuggire alle truppe alleate (passando alla storia come Governo di Flensburg, ma proprio qui vennero catturati dopo la resa dell'8 maggio. Lo scioglimento del governo (e dell'intera Germania nazista) venne formalizzato dagli Alleati il 23 maggio.