До Польщі Костюшко повернувся в 1784 році, однак через опозицію до короля і зв'язок з родиною князів Чорторийських він не зміг повернутися до військової служби. Упродовж 5 років Тадеуш жив у злиднях у невеликій заміській садибі. Тільки після проведення ліберальних реформ за підтримки місцевої шляхти знову потрапив до армії та отримав звання генерал-майора. 1792 року чинив опір російським військам, боровся проти Торговицької конфедерації. В березні 1794 року генерал організував і очолив національно-визвольне повстання. Завдяки вдалій стратегії та військовому таланту польські війська завдали низку поразок російській армії. Втім, у битві під Мацеєвичами головні сили повстанців були розбиті, а поранений Костюшко потрапив у полон. Залишившись без лідера, повстання зійшло нанівець, а Річ Посполита внаслідок третього поділу припинила власне існування. У 1796 році, після смерті російської імператриці Катерини II, Костюшка помилував її наступник Павло I, який дозволив йому знову емігрувати до США. У 1798 році Тадеуш повернувся до Європи, довгий час жив у Франції, а після Віденського конгресу і аж до своєї смерті в 1817 році — в Швейцарії. Спершу його поховали в Золотурні, згодом тіло національного героя доставили до Кракова й перепоховали в базиліці святих Станіслава і Вацлава.