Stephen Moore débute avec la province de Queensland et les Reds en 2003. En six saisons, il participe à 47 matchs de Super 12 et Super 14 avec les Queensland Reds (2 essais) mais son équipe ne parvient jamais à s'éloigner du fond du classement. En 2009, il rejoint l'équipe des Brumbies. Lors des saisons 2009 et 2010, il participe à 25 matchs de Super 14 (2 essais) où son équipe finit respectivement septième et sixième. Lors de la Saison 2011 de Super 15, il prend part à 12 matchs et marque 4 essais mais les Brumbies terminent à la treizième place ( de la conférence australienne).