In 1583 benoemde Willem hem tot buitenburgemeester van Antwerpen en werd hem opgedragen de stad te verdedigen na de Spaanse Furie. Tegen de "Spaanse" overmacht onder Alexander Farnese was dit echter een schier onmogelijke opdracht. Als magistraat en militair blonk Marnix niet uit; daartoe miste hij Willems doortastendheid. Er is dan ook enige grond om hem de val van Antwerpen (augustus 1585) te verwijten. Marnix ging in die tijd zover ervoor te pleiten de gehele Nederlandse Opstand te beëindigen, waarna hij bij Willem en de Staten-Generaal wegens "verraad" in ongenade viel.