Jamamoto számos fontos tisztséget töltött be a Japán Császári Haditengerészetben. Rengeteg változtatásba fogott bele, főként a tengerészeti repülés terén. A második világháború első éveiben, haláláig az Egyesített Flotta főparancsnokaként a legfontosabb japán haditengerészeti vezető, annak ellenére is, hogy az egész Japán Császári Haditengerészet élén hivatalosan ekkor nem ő, hanem Nagano Oszami (1880 – 1947) tengernagy állt. Jamamoto olyan csatákban irányította a japán haderőket, mint Pearl Harbor vagy Midway. Egy ellenőrző körút során halt meg a Salamon-szigetek felett, amikor az amerikaiak lelőtték repülőgépét. Halála hatalmas csapás volt a japán katonai morálra a világháború során.