Am 29. August 1941 wurde er zum Oberbefehlshaber in Nordafrika ernannt, da die Streitkräfte in den Überseegebieten nach dem Waffenstillstand bei der französischen Vichy-Regierung bestehen blieben. Huntzigers Flugzeug stürzte auf der Rückreise von einer Inspektion der französischen Nordafrikakolonien ab. Sein Grab befindet sich auf dem Friedhof von Passy in Paris. Seine Witwe war die erste Trägerin des "Ordens der Francisque", der eine besondere Wertschätzung des Marschalls Pétain ausdrücken sollte, da sie sich um französische Kriegsgefangene in Deutschland kümmerte. Sie verbrachte jeden Spätsommer in Berlin.