Obregón wurde auf der "Hacienda de Siquisiva" in Navojoa als jüngstes von achtzehn Kindern einer irisch-mexikanischen Viehzüchter-Familie geboren. Er wuchs als Halbwaise unter schwierigen materiellen Verhältnissen auf und erhielt nur eine unzureichende Schulausbildung. In seiner Jugend übte Álvaro Obregón verschiedene Berufe aus und eignete sich dadurch umfangreiche, vorwiegend technische Fähigkeiten an. So arbeitete er als Verwalter einer kleinen Getreidemühle, als Angestellter in einer Zuckerfabrik und als Handelsvertreter für Schuhe. Er ließ sich um die Jahrhundertwende in Huatabampo, im fruchtbaren Mayogebiet, nieder und wurde dort selbstständiger Landwirt. Álvaro Obregón konnte seinen Landwirtschaftsbetrieb bis zum Ausbruch der Mexikanischen Revolution auf mehrere hundert Hektar ausdehnen und zählte zu den wirtschaftlich erfolgreichen Rancheros im Bundesstaat Sonora. Zu Beginn der Revolution nahm er eine unentschlossene und abwartende Haltung ein und folgte noch nicht der Bewegung Francisco Maderos.