Під час Тридцятирічної війни Карл виступає на боці Католицької ліги. Він бере участь у придушенні Богемського повстання, в арештах і стратах уцілілих учасників битви на Білій Горі. У подяку за це, у 1622 році імператор Фердинанд II призначає Карла на посаду губернатора і віце-регента Богемії та робить кавалером Ордена Золотого Руна. У тому ж році Карл приєднує до своїх володінь герцогство Егерндорф і ряд володінь, конфіскованих у заколотників.