Bragg marcheerde zijn troepen naar Corinth, Mississippi, waar hij deelnam aan het beleg van Corinth en de Slag bij Shiloh. Nadat de Zuidelijke commandant, Generaal Albert Sidney Johnston, was gesneuveld bij Shiloh nam Generaal P.G.T. Beauregard het commando over. Diezelfde dag, 6 april 1862 werd Bragg gepromoveerd tot volledig (vier-sterren) generaal, een van acht mannen met die hoogste rang in de geschiedenis van de Confederatie, en kreeg hij het commando over het Army of the Mississippi. Beauregard verdween spoedig van het toneel door ziekte, en Bragg werd aangesteld als zijn opvolger als commandant van het Army of Tennessee in juni 1862.