בספטמבר 1944 הוחלפה הארמייה בשדות הקרב בהם פעלה על ידי הארמייה השמינית. ב-20 באוקטובר 1944 נחתו שני קורפוסים של הארמייה השישית באי לייטה שבפיליפינים, במהלך הפתיחה של המערכה האמריקנית לשחרור הפיליפינים. בדצמבר 1944 שוב החליפו יחידות הארמייה השמינית את אלו של הארמייה השישית בקרב לייטה. ב-9 בינואר 1945 נחתו חיילי הארמייה השישית באי לוזון שבפיליפינים וכיתרו ושחררו את בירת הפיליפינים מנילה בשיתוף פעולה עם כוחות הארמייה השמינית. בהמשך ועד סיום המלחמה באוקיינוס השקט לחמו יחידות הארמייה השישית לטיהור צפון הפיליפינים מן הכוחות היפניים. בסך הכל השתתפו יחידות הארמייה במהלך המלחמה ב-22 פעולות לוחמה אמפיבית.