SKP tuomitsi Varsovan liiton elokuussa 1968 toteuttaman Tšekkoslovakian miehityksen. Puolue ei ollut aiemmin esittänyt mitään vastaavaa kritiikkiä. Liikkeen enemmistön lojaalisuus Neuvostoliittoa kohtaan alkoi tapauksen myötä murtua. Puolueoppositio sen sijaan antoi täyden tukensa Brežnevin opille ja saavutti siten neuvostoliittolaisten suosion. Tšekkoslovakia kärjisti puolueriitaa, mutta etenkin hallituskuvioiden takia NKP ei halunnut SKP:n hajoavan ja se painosti osapuolet sopimukseen, jonka voimasuhteet suosivat vähemmistöä. Selkkauksen suhteisiin aiheuttamasta säröstä huolimatta SKP seurasi esimerkiksi NKP:n ulkopoliittisia linjauksia jatkossakin varsin uskollisesti. 1980-luvun alussa suhteet viilenivät ja tilanne paheni 20. edustajakokouksen jälkeen. Aiemmasta poiketen erimielisyyksiä käsiteltiin avoimesti ja kärjekkäästi myös julkisuudessa. Välit eivät kuitenkaan täysin katkenneet. Gorbatsovin kaudella NKP:llä oli suhteet sekä SKP:hen että SKPy:hyn.