Johanna werd geboren te Akko als de dochter van Eduard van Engeland en diens vrouw Eleonora van Castilië terwijl haar ouders op kruistocht waren. Kort na haar geboorte vertrok het paar uit het Heilige Land en werd ze vervolgens door haar grootmoeder Johanna van Dammartin opgevoed. Op vijfjarige leeftijd werd ze door haar vader uitgehuwelijkt aan Hartman van Habsburg, een zoon van keizer Rudolf I. Hartman overleed echter voordat het tweetal elkaar had kunnen ontmoeten.