Шведскае панаванне аспрэчвалася Рэччу Паспалітай у вайне 1654—1660 гадоў і Рускім царствам у вайне 1656—1658 гадоў, але Швецыя захавала свае пазіцыі ў Эстляндыі да канца стагоддзя. Насельніцтва Эстляндыі аднавілася да 400 000 чалавек. Немцы, якія страцілі палітычную ўладу, заставаліся кіруючым сацыяльна-эканамічным класам. На тэрыторыі Эстоніі былі створаны Эстляндская і Ліфляндская губерні.