Египет и Судан связывают давние культурные и исторические связи. С 1899 по 1956 год Судан был кондоминиумом Египта и Великобритании. В 1979 году Судан стал одной из немногих арабских стран, поддержавших решение президента Египта Анвара Садата подписать мирный договор с Израилем. Затем, президент Судана Джафар Мухаммед Нимейри сыграл ведущую роль для восстановления авторитета Египта при контактах с остальной частью Арабского мира. В 1985 году Джафар Мухаммед Нимейри находился в Египте после поездки в Соединенные Штаты Америки, когда его правительство было свергнуто. Египетский президент Хосни Мубарак предоставил политическое убежище Джафару Нимейри и отклонил последующие запросы Судана о его выдаче. Начиная с 1986 года отношения между странами постепенно улучшались, и к тому времени, когда произошел государственный переворот в Судане в 1989 году, они уже были относительно нормальными. Но с 1989 года Судан начал дистанцироваться от своих традиционных союзников: Египта и Соединенных Штатов Америки. В 1991 году отношения Судана и Египта были напряжёнными. Это было частично связано с тем, что Каир поддерживал Джафара Мухаммеда Нимейри до 1985 года.