5月12日、臨時旗艦「ニューメキシコ」にも特攻機が命中し、戦死54名・負傷119名が出た。ニミッツ元帥は司令部は限界に達していると判断、攻略作戦途中でハルゼー提督と交代という非常手段を取った。5月28日、ハルゼー提督が戦艦「ミズーリ」（BB-63）で沖縄西海岸沖に到着し、指揮権を交代すると、修理が完了していた「ニューメキシコ」でグアム島に帰還した。6月に陸上に司令部に移すと程なくしてアメリカ本土に休暇で帰国、1週間ほどモンロビアで過ごすとすぐにグアム島に戻った。8月14日にニミッツから正式に日本占領計画が発令され、旗艦を戦艦「ニュージャージー」に定め、準備に取り掛かった。8月15日の日本降伏のニュースはグアム島で聞いた。その時満足げな顔はしたが、特に何の感情も示さなかったと息子エドワードは回想している。