Kedua negara memiliki hubungan institusional dan perseorangan yang telah berjalan pangang dibandingkan negara Asia lainnya. Hubungan antara Australia dan Malaysia dapat dilacak hingga abad ke-18, Suku Melayu berpartisipasi dalam industri mutiara di pesisir utara Australia pada 19th century, hingga kini termasuk dalam masyarakat multikultural Darwin. Selama Perang Dunia II, tentara Australia terlibat dalam Pertempuran Malaya hingga banyak yang tertangkap oleh Tentara Kekaisaran Jepang dan dikirim ke Kalimantan di Kamp Batu Lintang and Kamp Sandakan. Mereka dipaksa untuk berpawai, yang berakibat pada kematian tahanan perang Australia dengan enam orang yang bertahan hingga akhir perang dan pembebasan Pulau Kalimantan oleh pasukan Australia. Sejak itu, tentara Australia terlibat pula dalam Perang Malaya melawan Komunis, terutama Kedaruratan Malaya dan Kedaruratan Malaya Kedua, juga dalam operasi Malaysia melawan Pemberontakan Komunis Sarawak dan infiltrasi militer Indonesia terhadap wilayahnya sebelum pembentukan federasi yang memasukkan Jajahan Mahkota Borneo Utara dan Sarawak. Hubungan formal kedua negara modern dimulai pada tahun 1955.