1918 yılı Nisan ayından itibaren Kızıl Ordu Nevelsk Garnizon komutanlığına getirildi. Rus İç Savaşı sırasında Kızıl Ordu Başkomutanı konumundaki Troçki ile birlikte çalıştı. 1918-1919 yılları arasında Doğu Cephesi komutanlığı yaptı. Volga-Ural bölgesi askerî harekâtını yönlendirdi, Amiral Kolçak komutasındaki Beyaz Ordu birliklerini mağlup etti. 1919-1924 yılları arasında Vatsetis'in yerine Sovyetler Birliği Genelkurmay Başkanlığı görevini yerine getirdi. Denikin ve Wrangel ordularına karşı başarılı harekâtlar düzenledi. 1920 yılında Kızıl Bayrak Nişanına layık görüldü. Sovyet-Polonya Savaşının kurmay heyetinde yer alsa da harekât başarısız oldu. Sonraki dönemde Bolşevik iktidarına karşı Karelya, Buhara, Fergana ve Tambov ayaklanmalarının bastırılmasında görev aldı.