Depuis , Filatov est l’entraîneur principal de l'équipe nationale masculine d'échecs de la Russie. L'équipe a remporté une médaille de bronze l'Olympiade d'échecs 2016 à Bakou en , une médaille d'argent au championnat par équipe à Khanty-Mansiysk en juin 2017, une médaille de bronze à l'Olympiade mondiale d’échecs à Batoumi en , et une médaille d'or aux Championnats du monde par équipe à Astana en .