רעידות אדמה היוו מאז ומתמיד בעיה לליסבון ולקתדרלה בפרט. במאה ה-14 וה-16 מספר פעמים, אך רעידת האדמה הקשה ביותר הייתה הרעידה של 1755, שבה נהרסה כליל הקפלה הראשית שהוסבה לפנתאון. הקליוסטרים וקפלות נוספות נחרבו גם הן בעקבות רעידת האדמה והשריפה שאחריה. הקתדרלה נבנתה מחדש באופן חלקי בתחילת המאה ה-20, והוענק לה המראה הנוכחי שלה כיום. בשנים האחרונות החצר המרכזית של הקלויסטר כבר נחפרה והיא מראה סימנים של התקופות הרומיות, הערביות וימי הביניים.