2005 год для Твиддл был не столь удачным: травма не позволила ей успешно выступить на чемпионате Европы 2005 года, хотя она успешно прошла квалификацию во всех видах соревнований. На чемпионате мира 2005 года последствия травмы продолжили сказываться: она стала только 4-й в вольных упражнениях, а на брусьях завоевала «бронзу». Из-за травмы Элизабет снялась с дальнейших соревнований и вынуждена была пропустить Игры Содружества 2006. Впрочем, в 2006 году она после восстановления одержала победу на брусьях в рамках чемпионата Европы и стала первой британкой-чемпионкой Европы.