У 1998 році Мора потрапив в заявку на участь в Золотому кубку КОНКАКАФ. 7 лютого в матчі групового етапу проти збірної Гондурасу він дебютував за збірну Мексики, також Еміліо взяв участь у поєдинку проти Ямайки і став переможцем турніру.