Die Division wurde während des Russisch-Japanischen Krieges 1904–1905 unter dem Befehl von Generalleutnant Inoue Hikaru der 1. Armee zugeteilt, die unter ihrem Oberbefehlshaber General Kuroki Tamemoto am 8. Februar 1904 bei Tschemulpo landete. Von dort ging es auf die mandschurische Grenze zu, wo es am Fluss Yalu zur Schlacht am Yalu kam. Nach dem Rückzug der Russen folgte die 1. Armee dem Feind Richtung Motien-Pass, wo es im Juli 1904 den wichtigen Pass gegen die russischen Angriffe verteidigte. In den Folgemonaten nahm die 12. Division an den Schlachten von Liaoyang, Shaho, Sandepu und Mukden teil.