Jeho manželka Judita Barbora zemřela 9. dubna 1659 a 16. června byla pohřbena v dominikánském klášteře v Opavě. Podruhé se Kryštof Bernard oženil 13. dubna 1660 v Břehu s Kateřinou Apolonou Bořitovou z Budče, dcerou pobělohorského emigranta Jana Melichara Bořity z Budče.