Neben Karl Liebknecht (bis 1916 Reichstagsabgeordneter der SPD) war Erzberger der einzige bekannte deutsche Politiker, der sich darum bemüht hat, den Völkermord an den Armeniern, die Verfolgung der Griechen und den Völkermord an den Aramäern im Osmanischen Reich zu stoppen. Er reiste unter anderem aus diesem Grund im Februar 1916 nach Konstantinopel zu Verhandlungen mit den mit Deutschland verbündeten jungtürkischen Machthabern, traf am 10. Februar 1916 Enver Pascha und Talât Pascha und fertigte auf deren Wunsch eine "Denkschrift über die Maßnahmen zu Gunsten der Christen in der Türkei" an. Sie bezog sich ausdrücklich nur auf die „katholischen Armenier“ und wurde von der osmanischen Regierung nie beantwortet oder berücksichtigt. Ein weiteres Anliegen Erzbergers war die Freigabe des Vermögens der beschlagnahmten französischen Missionsanstalten und von sonstigem katholischen Eigentum. Er konnte jedoch lediglich erreichen, dass deutsche und österreichische Katholiken für die Arbeit in den Schulen und Krankenhäusern zugelassen wurden. Erzberger versuchte zudem, den Jungtürken den Erwerb des Coenaculum in Jerusalem durch deutsche Katholiken schmackhaft zu machen. Das Anliegen hatte seinerzeit christliche Kreise seit Jahrzehnten beschäftigt, Erzberger investierte erfolglos viel Energie auf diese Frage, die nicht nur von den Türken abgelehnt, sondern auch vom Vatikan mehr als skeptisch gesehen wurde. Das allgemeine Scheitern seiner Mission in der Türkei erfüllte Erzberger mit Entrüstung und Enttäuschung.