След въстанието Пушкаров се връща в България и се посвещава на научна работа. Жени се за Славка Чакърова-Пушкарова от Струга. През 1911 г. по предложение на Пушкаров се създава "Почвен отдел" към Министерството на земеделието и той става началник на секцията. До 1914 г. провежда редица проучвания и пише обстойни научни трудове. Същата година е изпратен в Германия със задачата да специализира почвознание. През 1919 г., вече завърнал се в България, е назначен за директор на "Земеделската опитна станция". След Първата световна война е деец на Временното представителство на бившата ВМОРО. Занимава се е с проучване на почвените типове и торопотребността им, създава "първата почвена карта на България" през 1931 г. Пушкаров води научна полемика с двама учени специалисти агрономи, единият от които е проф. Янаки Моллов, който по-късно става министър на земеделието и уволнява Пушкаров. През 1926 г. е върнат на работа в "Земеделския изпитателен институт". След преврата през 1934 г. е повторно отстранен по политически причини. Така преждевременно пенсиониран, той се отдава на научните си занимания в домашния си кабинет.