In collaborazione con il generale Tolbuchin, sferrò poi l'attacco decisivo dirigendo l'Offensiva Iași-Chișinău, aprendosi la via per la Romania e l'Ungheria. Trasferito in Estremo Oriente, Malinovskij sferrò l'offensiva contro le truppe giapponesi in Manciuria e nella penisola del Kuantung. Nel 1956 gli fu affidato il comando centrale di tutte le forze di terra dell'URSS, in sostituzione di Konev. Nell'ottobre del 1957 divenne ministro della Difesa, dopo l'allontanamento del maresciallo Žukov. Sotto la sua direzione l'esercito sovietico si arricchì delle più moderne attrezzature belliche, dai missili di ogni tipo ai sommergibili a propulsione nucleare.