Vuonna 1558 Ferdinand tuli Kaarle V:n seuraajana myös keisariksi. Kun Böömi paikallisen protes­tanttisen aateliston vastus­tuksesta huolimatta tehtiin kiinteäksi osaksi Habsburgien monarkiaa, vuonna 1618 puhkesi Böömin kapina, josta myös kolmikymmenvuotinen sota sai alkunsa. Protes­tanttien tappio Valkeavuoren taistelussa vuonna 1620 teki lopun Böömin pyrki­myksistä autonomiaan.