Током 2015. године, током европске мигрантске кризе, Словачка је пристала да прихвати 200 тражилаца азила хришћана, а одбила је да прихвати муслимане у оквиру ЕУ за расподелу миграната између држава чланица. Министарство унутрашњих послова Словачке објаснило је да је ова одлука донета због одсуства муслиманских верских објеката у Словачкоја која би наводно отежава интерграцију избеглица у словачко друштво. Одлуку је критиковала Европска унија, која је смуњала у њену законитост и изразила забринутост због своје дискриминаторне природе.