W reprezentacji Danii John Danielsen zadebiutował 29 czerwca 1958 w przegranym 1-2 meczu Mistrzostw Nordyckich ze Norwegią. W 1960 wystąpił w Igrzyskach Olimpijskich. Na turnieju w Rzymie Dania zdobyła srebrny medal, a Danielsen wystąpił w trzech meczach z Argentyną, Polską i Tunezją. W 1964 wystąpił w Pucharze Narodów Europy. Dania zajęła ostatnie, czwarte miejsce a Danielsen wystąpił w obu jej meczach z ZSRR i Węgrami. Ostatni raz w reprezentacji wystąpił 28 czerwca 1964 w przegranym 1-4 meczu Mistrzostw Nordyckich ze Szwecją, w którym w 65 min. zdobył honorową bramkę dla Danii. Od 1958 do 1964 roku rozegrał w kadrze narodowej 27 meczów, w których zdobył 7 bramek.