Fajardo speelde in totaal 36 interlands voor Ecuador. Onder leiding van de Uruguayaanse bondscoach Luis Grimaldi maakte hij zijn debuut op 31 maart 1987 in een vriendschappelijke thuiswedstrijd tegen Cuba (0-1). Fajardo speelde in twee opeenvolgende Copa América's voor zijn vaderland: 1987 en 1989.