Il 18 aprile 1943 l'ammiraglio Yamamoto rimase ucciso in un'imboscata aerea e il comando "ad interim" della Flotta combinata fu preso da Kondō, che lo cedette il 21 al successore ufficiale, Mineichi Kōga. Il 29 del mese Kondō fu promosso ammiraglio e rimase ancora alla testa della 2ª Flotta, senza partecipare ad alcuna azione; fu poi rimpatriato e il 9 agosto nominato Consigliere navale presso lo stato maggiore generale della marina, potendo in tale veste partecipare alle sedute del Supremo Consiglio di guerra. Da allora non ebbe più importanti comandi in mare: il 1º dicembre 1943 divenne comandante in capo della Flotta dell'Area cinese, ai margini delle battaglie decisive nel Pacifico. Il 15 maggio 1945 fu richiamato al posto di Consigliere navale, dove lo colse la resa dell'Impero giapponese, il 15 agosto.