1944年（昭和19年）10月下旬のレイテ沖海戦で、第二水雷戦隊は旗艦「能代」と麾下駆逐艦多数を喪失する。つづいてレイテ島地上戦にともなう多号作戦（増援輸送作戦）で多数の駆逐艦が沈没し、さらに11月11日には第二水雷戦隊旗艦「島風」が沈没、二水戦司令部は再び全滅した。そこで大本営は第一水雷戦隊司令官木村昌福少将と一水戦司令部を二水戦に転用し、第二水雷戦隊を再建した。また第十戦隊の解隊により、同隊に所属していた陽炎型駆逐艦と秋月型駆逐艦が二水戦に増強された。