En los últimos días de la guerra, Hitler dejó en su testamento como heredero del Tercer Reich a Dönitz, para sorpresa del Alto Mando alemán, cargo que asumió el 30 de abril de 1945 después del suicidio de Hitler. No llegó a recibir el título de "Führer", pero sí el de "Reichspräsident" o "Jefe de Estado". El 7 de mayo de 1945 autorizó al general Jodl a firmar la capitulación alemana. El 8 de mayo finalizó la guerra en Europa tras la rendición ante franceses, estadounidenses y británicos en Reims y ante los soviéticos en Berlín. Dönitz se retiró a Flensburgo-Mürwik, cerca de la frontera con Dinamarca, y siguió celebrando reuniones con su gabinete y verificando que sus órdenes fueran cumplidas. De esta manera ordenó que se siguiera aplicando la pena de muerte a desertores y amotinados del ejército. Los Aliados nunca reconocieron a Dönitz ni a su gobierno, si bien dejaron que continuase al mando de las unidades que ya rendidas se movían por Europa.