Van 1978 tot 1985 leidde Schnittger het nationale team van Madagaskar, in een land waar de economische omstandigheden voor de meerderheid van de bevolking absoluut slecht zijn: de Duitse coach probeerde daarom ondanks de ongunstige financiële omstandigheden een impuls te geven aan de voetbalbeweging van het eiland. In 1990 nam hij de teugels over van Benin, die hij echter niet kon kwalificeren voor de Africa Cup 1990 of de Africa Cup 1992. In 1995 begon hij zijn periode als technisch commissaris van het Senegalese nationale team, na de eliminatie van de laatste van de African Cup of Nations 1994. Senegal slaagt er niet in zich te kwalificeren voor de Afrika Cup van 1996 en de Afrika Cup van 1998 en neemt deel aan de African Nations Cup 2000 met een team met een vrij lage gemiddelde leeftijd, maar de Duitse coach slaagt er toch in de kwartfinales te bereiken, waar Nigeria hun ambities vernielde met een 2-1 overwinning in de verlenging met twee doelpunten van Julius Aghahowa.