1794年にコシチュシュコの蜂起が発生するとポトツキはこれに参加し、蜂起側の臨時政府である最高国民評議会の評議員となった。蜂起が失敗に終わると、ポトツキはロシア当局に捕えられて投獄された。1796年に解放されると、ポトツキはガリツィア（オーストリアに併合された共和国領南部）に移り、歴史研究に余生を捧げた。