В ходе Мадридской конференции 1991 года Нусейбе, вышедший к тому моменту из тюрьмы, был членом так называемого палестинского координационного комитета, служившего передаточным звеном между иордано-палестинской делегацией на переговорах, официально возглавляемой доктором Хайдаром Абдель-Шафии, и руководством ООП в Тунисе. После формирования Палестинской национальной администрации он стал членом Палестинского национального совета, а в октябре 2001 года после смерти Фейсала Хуссейни был назначен Арафатом на должность комиссара ООП по делам Иерусалима; в первые же дни пребывания в новой должности он выступил с заявлениями о необходимости прекращения недавно начавшейся интифады Аль-Аксы и отказа от права на возвращение на территорию Израиля для палестинских беженцев, что вызвало яростные протесты даже в его собственной партии. В то же время в 2002 году в американском журнале "FrontPage Magazine" были размещены переведенные на английский цитаты из выступления Нусейбе в передаче канала Аль-Джазира, в которых он с похвалой отзывается об Умм-Нидаль, палестинской матери, трое из сыновей которой стали террористами-смертниками. В этой же статье приводится высказывание Нусейбе, подчёркивающее, что коммюнике, выпущенное за несколько дней до этого, содержит не осуждение террористов-смертников, а лишь призыв «братьев к братьям» заново оценить пользу и вред от атак против гражданского населения Израиля.