Juan de Vera nahm am ersten Konklave von 1503 teil, das Papst Pius III. wählte. Er war auch Teilnehmer am zweiten Konklave 1503, aus dem Julius II. als Papst hervorging. Von 1503 bis 1504 war er Kanoniker des Domkapitels von Burgos. Von 1504 bis 1505 war er Kämmerer des Heiligen Kardinalskollegiums. Am 7. August 1504 wurde er zum Prior der Stiftskirche San Pietro de Fraga in Léria ernannt.