Krátce po své korunovaci v roce 1203 se Přemysl Otakar I. snažil přesvědčit papeže Inocence III. o povýšení pražského biskupství na arcibiskupství a prohlášení Prokopa za svatého. Zatímco povýšení biskupství nebylo vyslyšeno, kanonizace svatého Prokopa proběhla v roce 1204. Počátkem 14. století za opata Matyáše byl rozestavěn nový kostel i klášter v gotickém slohu, stavba však byla přerušena husitskými válkami, kdy byli mniši dočasně vyhnáni (1420–1437) a část klášterního majetku přešla do rukou šlechty. Ke konsolidaci majetku a postavení kláštera došlo až v době rekatolizace Čech v 17. století. Za opatů J. P. Mannera a D. I. Nigrina proběhly stavební úpravy, které vyvrcholily v době Václava Košína. Během 17. a 18. století byl presbytář kostela přestavěn na nový barokní kostel a barokně přestavěny i klášterní budovy. Klášter byl zrušen roku 1785, kostel se stal farním a budovy kláštera proměněny na zámek, upravený do roku 1870 novorenesančně. Dnes se zde nachází expozice historie kláštera.&lt;br&gt;