Nel settembre 1939, allo scoppio della seconda guerra mondiale in Europa, i Circé furono incaricati di pattugliamenti nelle acque africane, mediterranee e del Mare del Nord collaborando con la Royal Navy: nel corso di queste missioni fu perduto il "Doris", attaccato e affondato da un sommergibile tedesco al largo del Regno dei Paesi Bassi. La capitolazione francese del 22 giugno 1940 trovò il "Circé" e il "Calypso" all'ancora a Biserta, mentre il "Thétis" era a Tolone; tutti e tre ebbero ordine di rimanere in porto e, qualche mese più tardi, furono posti in disarmo. L'8 novembre 1942 gli Alleati sbarcarono in forze nell'Africa settentrionale controllata dal governo di Vichy e due giorni dopo la Germania, preoccupata della tenuta del debole stato di Vichy e della defezione di importanti personalità francesi in campo alleato, attivò l'operazione Anton per occupare militarmente tutta la Francia metropolitana; il grosso della flotta francese, fermo a Tolone, si autoaffondò in massa il 27 novembre per non cadere nelle mani dell'Asse e il "Thétis" ne seguì la sorte. In dicembre forze italo-tedesche si impossessarono anche del protettorato francese in Tunisia e i superstiti Circé furono requisiti dai tedeschi, che li cedettero alla Regia Marina. Gli italiani avevano intenzione di rimetterli in efficienza insieme a numerosi altri sommergibili catturati, ma per mancanza di tempo, materiali o modo di spostarli, il "Circé" e il "Calypso" furono lasciati a Biserta: addirittura solo il primo battello fu ufficialmente ridenominato "FR 117". Il 31 gennaio 1943 si verificò una massiccia incursione aerea degli Alleati e il "Calypso" fu colato a picco; il 6 maggio seguente gli italiani mandarono a fondo pure il "Circé" prima di abbandonare Biserta alle forze anglo-statunitensi.