Theodor Ritter von Zeynek besuchte die Theresianische Militärakademie, die er als Klassenbester abschloss. Anlässlich seiner Ausmusterung am 18. August 1894 wurde er zum Infanterie-Regiment 3 versetzt und zum Leutnant befördert. Nach drei Jahren Truppendienst bewarb sich von Zeynek an der k.u.k. Kriegsschule, wurde am 1. Oktober 1897 aufgenommen und schloss sie am 31. Oktober 1899 erfolgreich ab. Es erfolgte die Einteilung als Ordonnanzoffizier bei Feldzeugmeister Freiherr von Beck und später die Verwendungen beim Infanterie-Regiment 95 in Lemberg. Im November 1903 erhielt er den Versetzungsbefehl nach Prag in den Generalstab der 9. Infanterietruppendivision. Hier lernte er seine spätere Frau Alice von Zdekauer kennen. Mit dem 8. Februar 1906 wurde er ins Operationsbüro des Generalstabes versetzt. Aufgabe war die Erarbeitung verschiedener Kriegsszenarien, zum Beispiel gegen Italien, Russland und sogar gegen das Deutsche Reich. Von Zeynek erwähnt in seinen Memoiren auch einen Aufmarschplan gegen die ungarische Reichshälfte, den das Operationsbüro unter strengster Geheimhaltung ausgearbeitet hatte. Unter dem, zum Chef des Generalstabes ernannten Conrad von Hötzendorf, arbeitete er als Gruppenleiter der Balkangruppe 1908, in der Bosnische Annexionskrise, den Kriegsfall B (Balkan) aus. Es folgten weitere Truppendienste und am 1. November die Beförderung zum Major. Am 1. Mai ernannte man von Zeynek zum Generalstabschef der 8. Infanterietruppendivision, der im November 1913 ein weiterer Truppendienst beim 2. Tiroler Kaiserjäger-Regiment folgte.