Våren 1942 skulle Vichyregimen tillsätta en ny chef för "Kommissariatet för judiska frågor" efter att Xavier Vallat avskedats. Valet föll på Darquier, vilket även var vad de tyska myndigheterna i Frankrike önskade. Under Darquiers ledning deltog kommissariatet i organiserandet av Vélodrome d'Hiver-räden och andra massarresteringar av judar samt i konfiskeringen av judisk egendom.