1911年11月11日辛亥革命爆发，海军各舰艇陆续起义，并调转炮口攻击清军，协助革命取得胜利。但不久全国连年军阀混战，各舰艇包括诸多炮舰在动乱中也只能不断依附各路军阀。与此同时，偏居一隅的东北江防舰队并没有卷入内战，而是靠着有限的舰艇试图守护东北的江防。1929年中东路事件中，这支不起眼的江防舰队在苏军压倒性的军事力量面前被迅速击败。冲突结束后江防舰队一度进行重建，旋於九一八事变中落入日军之手，后交予满洲国。