Während des Zweiten Weltkrieges wurde beim Bombenangriff auf Peenemünde in der Nacht vom 17. zum 18. August 1943 auch die Kirche getroffen. Sie brannte völlig aus, der Turm stürzte ein und die Glocke zersprang. Nach dem Krieg sammelte ab 1945 der Karlshagener Pastor Adolf Spreemann bei volkskommissarischen Abenden Geld für die Kirche, der bescheidene Wiederaufbau erfolgte dann 1953. Der alte Turm wurde nicht wieder errichtet, die Anordnung der Fenster im Langhaus aber verändert und die Orgelempore vermauert. Sie bildet heute einen Gemeinschaftsraum im Turm, welcher bei dem Wiederaufbau in neuer Gestalt errichtet worden ist. Nach einer grundlegenden Sanierung 1991 als Saalkirche ausgebildet, kann diese heute vielfältig genutzt werden. 2009 erhielt die Kirche ein Nagelkreuz des Internationalen Zentrums für Versöhnung in Coventry.