2009-sesongen startet dårlig med flere brutte og poengløse løp. Nakajima kvalifiserte seg imidlertid til 5. startplass i Storbritannias Grand Prix, men endte på en 11.-plass. I Ungarns Grand Prix kom han nærmest med en 9.-plass, like bak Jarno Trulli. Foran Europas Grand Prix i Valencia, hadde japaneren fremdeles ingen poeng, i motsetning til sin lagkamerat Nico Rosberg som da lå på en 5.-plass totalt med 25,5 poeng.