মুক্তিযুদ্ধে তিনি ১১ নম্বর সেক্টরে যুদ্ধ করেছেন। ১৯৭০ এর নির্বাচন পরবর্তী সময়ে তিনি ঢাকা বিশ্ববিদ্যালয়ের সাংবাদিকতা বিভাগের মাস্টার্স শেষবর্ষের ছাত্র ছিলেন। স্বাধীনতার দাবিতে সমগ্র জাতি তখন মরিয়া। হারুন হাবীব অন্যান্য ছাত্র নেতা এবং স্বাধীনতা কর্মীদের সঙ্গে বিভিন্ন মিছিল-মিটিং নিয়ে ঢাকার রাজপথে তীব্র আন্দোলন শুরু করেন। বঙ্গবন্ধুর ৭ই মার্চের ভাষণ এবং পরবর্তীতে বঙ্গবন্ধুর নির্দেশ অনুযায়ী নিজ জেলা জামালপুর এবং ময়মনসিংহ এলাকাতে চলে আসেন। উদ্দেশ্য ছিল মুক্তিযুদ্ধের প্রস্তুতি এবং তরুন-যুবকদের সংগঠিত করা। ১৬ই মার্চ নিজ জন্মস্থান দেওয়ানগঞ্জ উপজেলাতে চলে আসেন এবং স্থানীয় জনগণকে সংগঠিত করা শুরু করেন। দেওয়ানগঞ্জের বেলতলী বাজার নামক স্থানে তিনি এবং তার বন্ধু আনোয়ারুল আজিম ছানা সহ স্থানীয় জনতা ২০ই মার্চ বাংলাদেশের পতাকা উত্তোলন করেন। এই খবর পাক বাহিনীর কাছে পৌঁছালে আনোয়ারুল আজিম ছানা কে বন্দী করে হত্যা করা হয়। হারুন হাবীব অন্যান্য তরুণ মুক্তিযোদ্ধাদের সংগঠিত করে ভারতের মহেন্দ্রগঞ্জ ক্যাম্পে অবস্থান করেন। পরবর্তীতে তিনি বিখ্যাত কামালপুরের যুদ্ধ, বাহাদুরাবাদ ঘাট মুক্ত করার যুদ্ধ, জামালপুর মুক্ত করা সহ বিভিন্ন গুরুত্বপূর্ণ স্থানে সম্মুখ সমরে অংশগ্রহণ করেন।