Уже началась Мексиканская война, и Уилкокс вступил к полк уже в Мексике, в городе Монтеррей в 1847 году. 16 февраля 1847 года получил постоянное звание второго лейтенанта. Он стал адъютантом генерал-майора Джона Китмана и в этом качестве участвовал в сражении при Веракрусе и при Серро-Гордо. За храбрость в сражении при Чапультепеке, в бою за ворота Белен и при Мехико он 13 сентября был временно повышен до первого лейтенанта.