Mot slutten av peloponneskrigen synes det som om Samons var en av de mest lojale overfor Athen og fungerte fortsatt som base for flåtekrigen mot Peloponnes og som et midlertidig hjem for det athenske demokrati under athenske kuppet i 411 f.Kr. I de siste stadier av krigen ble øya belønnet med athensk handelsavtale. Denne vennligsinnede holdningen overfor Athen var et resultat av de politiske omkastningene som endte i etableringen av et demokrati. Etter at Athen ble beseiret, ble Samos beleiret av Lysandros, kommandant av over den spartanske flåten som slo Athen ved Aigospotamoi i 405 f.Kr.. Samos ble da plassert under et oligarki.