Nach der Eroberung von Lan Na konnte der birmanische König Bayinnaung im Jahr 1564 erneut Ayutthaya angreifen und einnehmen. Er nahm Chakkraphat und seine Familie gefangen und setzte stattdessen dessen Sohn Mahin als seinen Vasallenkönig in Ayutthaya ein. Nachdem Chakkraphat die Rückkehr nach Ayutthaya gewährt wurde, eigentlich um sich dort zum Mönch weihen zu lassen, kehrte er auf den Thron zurück. Sein Schwiegersohn und mächtigster Verbündeter, Vizekönig Maha Thammaracha, hatte sich inzwischen von ihm abgewandt und stattdessen dem mächtigeren Bayinnaung angeschlossen. 1568 versuchte Chakkraphat, die nördlichen Provinzen zurückzuerobern, war aber nur teilweise erfolgreich und musste sich nach Ayutthaya zurückziehen. Am Ende des gleichen Jahres begannen die Birmanen einen erneuten Feldzug, diesmal von Norden kommend. Mit einer enormen Armee, verstärkt durch Krieger der Mon, der Shan, Lü, Lao und aus Lan Na sowie den Truppen des Maha Thammaracha von Phitsanulok, gelang es König Bayinnaung schließlich, die siamesische Hauptstadt Ayutthaya zu erobern. König Chakkraphat, alt und entmutigt, wurde schwer krank und starb noch während der Belagerung im Januar 1569. Als neuer König folgte ihm sein Sohn Mahin auf den Thron.