Viene così confermato anche per il campionato 2009. Nella prima gara in Australia, sbatte a muro e si ritira, mentre in Bahrein, è nuovamente costretto al ritiro, questa volta per un guasto tecnico. Anche a Montecarlo un incidente lo elimina dalla gara. Nel Gran Premio di Silverstone, conquista il suo miglior piazzamento in qualifica (quinto), davanti anche a Jenson Button. Una cattiva strategia lo porta fuori dalla zona dei punti. Nakajima sfiora la zona punti nel Gran Premio d'Ungheria, a soli 0,7 secondi da Jarno Trulli. Il giapponese termina poi nono a Singapore. Al Gran Premio del Brasile Nakajima è nuovamente vicino alla zona punti ma viene eliminato da una collisione con Kamui Kobayashi. Nakajima termina così la stagione con zero punti, l'unico pilota impegnato lungo l'intera stagione a non aver marcato punti iridati.