Em 1466, com a derrota da Ordem Teutônica na Guerra dos Treze Anos, a Pomerélia se tornou novamente sujeita à Coroa do Reino da Polônia e formou a voivodia da Pomerânia, dentro da província da Prússia Real. Enquanto a população alemã do ducado da Pomerânia adotou a Reforma Protestante em 1534, a população polonesa (junto com os cassubianos) continuou com a Igreja Católica. A Guerra dos Trinta Anos assolou e diminuiu a população da Pomerânia; alguns anos depois, o mesmo aconteceu à Pomerélia (O Dilúvio (história polonesa)). Com a extinção da casa de Grifo nessa época, o ducado da Pomerânia foi dividido entre o Império Sueco e Brandemburgo-Prússia em 1648, enquanto a Pomerélia continuou com a coroa polonesa.