Vor dem Hintergrund der Berliner Blockade stimmte der Magistrat von Groß-Berlin der Errichtung einer freien Universität zu und wünschte die Aufnahme des Lehrbetriebs zum Wintersemester 1948/1949, die Stadtverordnetenversammlung genehmigte die Satzung der neuen Universität am 4. November 1948. Gegen die Errichtung der Freien Universität protestierten die Studentenräte in der sowjetischen Besatzungszone, die DDR bezeichnete sie in offiziellen Dokumenten bis zum Fall der Berliner Mauer 1989 stets als "sogenannte Freie Universität". Die Gründung der "Freien Universität" trug mit dazu bei, dass einem anderen hochschulpolitischen und hochschulreformerischen Projekt allmählich die Arbeitsgrundlage entzogen wurde: der Deutschen Forschungshochschule, in der die in Berlin verbliebenen Institute der Kaiser-Wilhelm-Gesellschaft ein neues Modell von Forschung und Ausbildung in Anlehnung an die US-amerikanischen "Schools of Advanced Studies" entwickeln sollten.