Manuel Murillo Toro nació en la localidad de Chaparral, Tolima el 1 de enero de 1816, durante la reconquista española de los territorios que hoy corresponden a Colombia (Provincias Unidas de Nueva Granada). Murillo se crio en un hogar de escasos recursos económicos, siendo hijo de José Joaquín Murillo y Velarde, y María Teresa Toro Nieto.Estudió su secundaria en Ibagué, en uno de los más importantes colegios, el aún llamado Colegio de San Simón.