L'histoire de la localité, qui tire son nom de Legio, camp d'une légion de la province romaine de Syrie-Palestine établie à cet endroit, s'étend sur quelque deux millénaires. Chef-lieu d'un sous-district sous les Abbassides, elle devint un important relais de poste à l'époque mamelouke puis, sous la domination ottomane, la capitale d'un district qui portait son nom. Après l'effondrement de l'Empire ottoman, vers la fin de la Première Guerre mondiale, Lajjun passa comme l'ensemble de la Palestine sous la tutelle britannique. Dans la Palestine mandataire, le village relevait du sous-district de Jénine. Il a perdu sa population en 1948, pendant la guerre israélo-arabe, au cours de laquelle son territoire a été annexé par Israël. La plupart de ses habitants se sont alors enfuis pour s'installer dans la ville voisine d'Umm al-Fahm.