Die Kirche war zugehörig zum benachbarten Convento de Jesus des franziskanischen Dritten Ordens. Ein erster Kirchenbau wurde zwischen 1615 und 1623 am Largo de Jesus errichtet. Er wurde beim Erdbeben von 1755 schwer beschädigt. Die heutige Kirche stammt aus dem dritten Viertel des 18. Jahrhunderts und wurde nach Plänen des Architekten Joaquim de Oliveira im Stil des Barock errichtet.