Der Protestantismus wurde in Freistadt auf Grund der Handelsbeziehungen rasch angenommen und mehr als die Hälfte der Bevölkerung bekannte sich um 1610 zu dieser Glaubensrichtung. Auch die radikal-reformatorische Täuferbewegung verfügte über eine Gemeinde in der Stadt, die wahrscheinlich von Hans Schlaffer begründet wurde. Im Zuge der Gegenreformation nach dem Zweiten Oberösterreichischen Bauernkrieg und dem Sieg von Kaiser Ferdinand II. über die Protestanten wurden 1627 alle Protestanten ausgewiesen; über deren spätere Wohnorte ist nichts Genaues bekannt. Diesen großen Substanzverlust konnte die Stadt lange Zeit nicht überwinden.