Потім Омаліус д'Аллуа змушений був більшою мірою присвятити себе державній службі. В 1815 р. він був призначений губернатором Намюра і займав цю посаду аж до революції 1830 року. В 1848 р. він був обраний до Сенату Бельгії, в 1851 р. зайняв пост його віце-президента. В 1850 р. Омаліус д'Аллуа став президентом Брюссельської Академії наук. Разом з тим всі ці роки він не залишав власне наукової діяльності, опублікувавши, зокрема, «Геологічний опис Нідерландів» (; 1828), «Основи геології» (; 1831), «Вступ до геології» (; 1833), «Побіжний погляд на геологію Бельгії»(; 1842) і ряд інших робіт. У 1840-х рр. Омаліус д'Аллуа зацікавився також проблемами етнології та расової теорії і опублікував кілька творів на цю тему.