Schon kurz vor dem Ende seines Studiums erhielt Schütte 1897 eine Anstellung beim Norddeutschen Lloyd (NDL). Nachdem er 1899 nachgewiesen hatte, dass der gerade gelieferte Schnelldampfer "Kaiser Friedrich" aufgrund seiner ungünstigen Hinterschiffsform die vertraglich vereinbarte Geschwindigkeit nicht erreichen konnte, beauftragte ihn der NDL mit der Errichtung einer Schleppmodell-Versuchsstation in Bremerhaven. Diese Einrichtung hatte die Aufgabe, die hydrodynamisch günstigsten Formen für die Hochseeschiffe des NDL zu ermitteln. Das Laboratorium konnte Dank des Engagements Schüttes schon 1900 als "Abteilung für Schiffbautechnische Versuche" eingeweiht werden. Seine wissenschaftlichen Forschungen, die er als Leiter dieser damals im Deutschen Reich einzigartigen Einrichtung durchführen konnte, machten Johann Schütte schnell zur auch international anerkannten wissenschaftlichen Autorität in Fragen des Widerstandes und der Geschwindigkeit im Schiffbau. Neben seiner Tätigkeit beim NDL war er an führender Stelle an der Konstruktion und am Bau der ersten deutschen Kabelleger beteiligt. Schütte avancierte in dieser Zeit außerdem zum schiffbautechnischen Berater des Großherzogs von Oldenburg, Friedrich August. In dieser Eigenschaft baute er unter anderem 1903 dessen Dampfyacht "Lensahn" um. Daneben erfand er einen Pallografen zur Messung von Schiffsschwingungen und den sogenannten Schütte-Kessel, einen speziellen Kessel für kleinere Schiffe und Boote, für den er auf der Weltausstellung St. Louis 1904 eine Goldmedaille verliehen bekam.