L'église est l'un des sites visés par les attaques terroristes du 21 avril 2019, lors du dimanche de Pâques. L’explosion s'est produite entre 8 h 45 et 9 h 30, heure locale, pendant l’événement rassemblant le plus de monde. L'attentat à la bombe a fait environ 25 victimes dans l'édifice et quelques-uns dans le secteur de l'église. Le pasteur de l'église, le révérend Roshan Mahesan, n'était pas à Batticaloa au moment des attentats, il visitait l'église Baptiste Faith Tamil dans la vallée de Grorud à Oslo, en Norvège.