Prinsesse Margrethe blev født den 16. april 1940 på Amalienborg Slot i København som datter af kronprins Frederik og kronprinsesse Ingrid af Danmark. Hun er opkaldt efter sin mormor Margareta og har også arvet Margaretas kælenavn "Daisy". Hendes far var ældste søn af kong Christian 10. og dronning Alexandrine af Danmark. Hendes mor var eneste datter af kronprins Gustav Adolf (senere kong Gustaf 6. Adolf) og kronprinsesse Margareta af Sverige. Hendes fødsel fandt sted en uge efter Nazi-Tysklands invasion af Danmark i 1940.