I přes rozdělení univerzity na českou a německou v roce 1882 a osamostatnění přírodovědecké fakulty v roce 1920 hrála fakulta v rámci celé univerzity klíčovou roli, a to až do uzavření školy nacistickými okupanty v roce 1939, jež bylo spojeno s perzekucí učitelů a studentů. Po osvobození v roce 1945 zažila FF UK několik plodných let, která byla v roce 1948 násilně ukončena nástupem komunistického režimu, po němž prestiž školy kvůli nucenému odchodu desítek vynikajících pedagogů a zavedení marxisticko-leninských předmětů poklesla. V šedesátých letech se fakulta pomalu začala otvírat význačným osobnostem své doby, avšak reformní proces zastavila sovětská okupace v roce 1968 a následná normalizace československé společnosti. Proti pasivitě a konformitě většiny českého národa protestoval sebeupálením student této fakulty Jan Palach. Až po porážce komunistického režimu a odchodu jeho kompromitovaných exponentů v roce 1989 se fakulta znovu etablovala jako jeden z nejprestižnějších vysokoškolských ústavů v České republice. Díky své téměř sedmisetleté tradici, úspěšné vědecké a pedagogické činnosti a šíři studijních oborů má FF UK vynikající jméno i v mezinárodním měřítku.