1939年苏芬战争爆发后，苏联在其占领的芬兰领土上成立了以芬兰共产党领袖库西宁为首的“芬兰民主共和国政府”，准备在占领芬兰后将其作为芬兰的傀儡政府，并使芬兰像波罗的海三国一样加入苏联。但是由于入侵芬兰的行动受到挫折，这个目标没有得到实现。作为替代措施，苏联在1940年3月30日将卡累利阿苏维埃社会主义自治共和国升格为“卡累利阿-芬兰苏维埃社会主义共和国”，将“芬兰”加入其国名中，试图将其作为芬兰人的“祖国”之一。在1940年苏芬两国签定和约后，苏联将夺来的维堡和北方的一些芬兰领土并入该加盟共和国。苏德战争开始后，芬兰于1941年7月进攻苏联，试图收回被占领的领土，並且在达到这个目标后并没有停留在1939年的国境上（参看继续战争）。1944年苏联发动反攻，重新占领了被芬兰夺回的领土，但是芬兰保住了独立的地位。因此卡累利阿-芬兰苏维埃社会主义共和国的存在意义已经不大。1956年7月16日，苏联最高苏维埃宣布撤消卡累利阿-芬兰苏维埃社会主义共和国，並在同年的7月30日将其并入俄罗斯苏维埃联邦社会主义共和国，并改名为卡累利阿自治共和国。