Quando il politologo neocon Daniel Pipes fu cooptato nel 2003 nell'Istituto americano per la pace (un organismo nato nel 1986 per iniziativa del Congresso allo scopo di trattare «la prevenzione, la gestione e la pacifica risoluzione dei conflitti internazionali»), Hitchens, in un suo fondo su "Slate", si dichiarò «sconcertato» per tale nomina effettuata su consiglio del presidente Bush: egli sostenne infatti che «[Pipes], lungi dall'essere un uomo di pace, sfrutta la paura e l'insicurezza generate dall'estremismo islamico per offendere e mettere in cattiva luce coloro che non la pensano come lui», e che ciò contrasta con lo spirito di un'istituzione «sostanzialmente moderata … e dedita alla risoluzione pacifica dei conflitti». Hitchens aggiunse inoltre che «Pipes confonde “istruzione” con “propaganda”» e che «[Pipes] insegue ripicche personali con poco rispetto per l'obbiettività». Daniel Pipes contestava infatti le soluzioni pacifiche alla guerra in Vietnam, e in seguito ha sostenuto (come lo stesso Hitchens) l'intervento statunitense contro l'Iraq nel 2003, giustificandolo per la minaccia rappresentata dal supposto arsenale di armi di distruzione di massa posseduto dal regime iracheno; si è anche detto contrario al ritiro dei coloni israeliani da Gaza nel 2005. Lo stesso anno Pipes si dimetterà dall'Istituto.