1944年（昭和19年）に入ると、南シナ海航路でも通商破壊が本格化し、それに対応すべく編制・制度が頻繁に変化した。海上護衛総司令部の指揮下、第一海上護衛隊と大鷹型航空母艦はヒ船団やミ船団などの重要な資源船団の護衛を担当することになった。同年10月にフィリピンの地上戦が始まると、東航路は途絶する。西航路の死守と護衛兵力の建制化目的に、12月10日附で第一護衛艦隊へ昇格した。第一護衛艦隊はひきつづき海上護衛総司令部の麾下にあった。