Maar het conflict ging verder en escaleerde toen Ferdinand II de bepalingen van de majesteitsbrief openlijk schond. De tweede defenestratie van Praag, waarbij protestantse edelen twee keizerlijke gezanten uit het raam wierpen, luidde de Boheemse opstand tegen de Habsburgers in, die in 1618 uitmondde in de Dertigjarige Oorlog. De protestanten zetten eerst Ferdinand in 1619 af en kozen de "Winterkoning" Frederik V van de Palts tot vorst. Tevergeefs, want in de Slag op de Witte Berg herwon Ferdinand II alle macht. Hij vervolgde opstandelingen, wees hun leiders het land uit en legde het katholicisme met geweld de bevolking op. De hoge Tsjechische adel schikte zich in de nieuwe verhoudingen om haar macht en bezit te kunnen behouden. (Zie Boheemse adel.)