Після повної капітуляції Японської імперії та завершення війни, Г.Арнольд продовжував перебувати на службі, але через стан свого здоров'я постійно мав труднощі з виконанням своїх обов'язків. У січні 1946 року він перебував у Південній Америці, коли в нього почалася серйозна аритмія серця. Службове відрядження було скасоване, і 28 лютого 1946 року генерал армії Г.Арнольд звільнився з лав збройних сил у запас (офіційна дата його звільнення 30 червня 1946 року). Після виходу у відставку, він оселився в Сономі, в Каліфорнії, й майже повністю відійшов від справ. У січні 1948 року він отримав п'ятий інфаркт і був госпіталізований на три місяці.