Revenu à Jérusalem, après le début des hostilités en 66, il est nommé commandant militaire de Galilée par les autorités du début de la révolte contre les Romains. Il prend une part active à la Première guerre judéo-romaine au cours de laquelle son commandement a du mal à s'imposer, en concurrence avec d'autres responsables régionaux de la révolte tels Jean de Gischala et Juste de Tibériade. Ceux-ci, ainsi que Jésus fils de Sapphias, le soupçonnent de jouer double-jeu et l'accusent de trahison. Ils parviennent à obtenir sa destitution. Mais Josèphe, en faisant jouer d'autres influences à Jérusalem, se maintient quand même à son poste.