Шереметев не участвовал в войне с Польшей 1632—1634 годов и «отставлен» даже от сбора подвод для перевоза хлебных запасов под Смоленск, вследствие тяжкой болезни, а затем кончины 28 августа 1623 года единственного сына его от второго брака, стольника Алексея Фёдоровича. Фёдор Иванович похоронил его временно в Москве, в Афанасьевском монастыре, составлявшем московское подворье Кирилло-Белозерского монастыря, намереваясь по первому пути перевезти его тело в Кирилло-Белозерский монастырь, где были уже погребены многие Шереметевы. Прошло три месяца в переписке между Шереметевым и игуменом и братией Кирилло-Белозерского монастыря. Шереметев послал туда 44 лошади во вклад по душе сына своего и просил сообщить оценку. Оказалось, что произведённая монахами оценка всех лошадей в 300 рублей, была ниже действительной стоимости, а потому Шереметев сделал свою оценку в 400 рублей, которая и была принята братией Кирилло-Белозерского монастыря. В конце ноября 1632 года Шереметев и ближайшие родственники его — Яков Черкасский и Никита Одоевский повезли тело Алексея Фёдоровича из Москвы и прибыли в Кирилло-Белозерский монастырь в половине января 1633 года. Вскоре по погребении сына, Шереметев отправился в обратный путь и 13 февраля участвовал уже в богомольном походе царя Михаила Фёдоровича в Троицкий монастырь. В течение всего 1633 года «безголовная и бесконечная беда», — как выразился о своём горе сам Шереметев в одном из писем в Кирилло-Белозерский монастырь, — по-видимому, сильно удручала его. По долгу службы он участвовал в разных придворных торжествах, как например 16 июня 1633 года, в крестинном поезде новорожденного царевича Ивана Михайловича, но мысли его постоянно обращались к месту упокоения его сына Алексея, рядом с которым он желал быть погребённым.