Boyd está casado. Conoció a su mujer Susan, antes editora y ahora guionista, cuando ambos estaban en la Universidad de Glasgow. Tienen una casa en Chelsea, Londres y una granja y un viñedo (con su propia denominación "Château Pecachard") en Bergerac, en la Dordoña, al suroeste de Francia. Fue nombrado Comandante de la Orden del Imperio británico en 2005 por sus servicios a la literatura. En agosto de 2014 Boyd fue una de las doscientas figuras públicas que firmaron una carta publicada en The Guardian oponiéndose a la independencia escocesa en la campaña del referéndum de septiembre del mismo año sobre aquel asunto.