Al Grand Prix di Mosca del 2012, Kanaeva arrivò seconda nella competizione all-around, dietro alla compagna di squadra Dar'ja Kondakova, ma vinse la medaglia d'oro al nastro, alle clavette e al cerchio. Arrivò, successivamente, prima nelle gare all-around all'International Thiais Tournament e ai mondiali stagionali di Pesaro, dove vinse le finali alle clavette, alla palla e al cerchio. Non partecipò, però, alla Penza World Cup a causa di problemi di salute. Riprese a gareggiare alla Sofia World Cup, vincendo l'oro alle finali con la palla e il cerchio, non riuscendo però a classificarsi per le finali con il nastro. Fu anche campionessa nell'all-around alla Corbeil-Essonnes Cup, davanti alle compatriote russe Dar'ja Dmitrieva e Aleksandra Merkulova. Agli europei, Kanaeva vinse il terzo titolo consecutivo nell'all-around e partecipò poi al Grand Prix Vorarlberg in Austria, ottenendo la medaglia d'oro nell'all-around e in ogni finale per attrezzo.