Jeremy Maartens begann seine Karriere 2001 beim Team HSBC. In seinem ersten Jahr dort gewann er eine Etappe beim FBD Insurance Rás und den "Liberty Ride for Sight". 2003 gewann er eine Etappe bei der Tour de la Manche, er wurde südafrikanischer Meister in Einzelzeitfahren und gewann die Goldmedaille im Straßenrennen der Afrikaspiele. Im Jahr 2004 fuhr er ohne Profiteam, gewann jedoch die Gesamtwertung der Tour du Maroc, eine Etappe und die Gesamtwertung der Tunesien-Rundfahrt, eine Etappe der Tour of Qinghai Lake und die Knysna Tour. 2005 wechselte Maartens zu Barloworld, und ab 2008 fuhr er für das Team Neotel. 2011 beendete er seine Radsportlaufbahn.