Efter at have tjent 36 år som garnisonspræst blev Tommerup i 1726 forflyttet til embedet som sognepræst ved Helligåndskirken. Under Københavns brand 1728 blev kirken ødelagt. Tommerup, der ellers var den rigeste præst i byen, mistede alt, da han havde alle sine værdigenstande opbevaret i kirken. Hans pengegriskhed skal efter sigende have været stor, og der har været mange historier i omløb herom.