Promu capitaine et affecté à l'état-major particulier du général de Gaulle où il remplace un officier blessé, Alain de Boissieu suit ensuite une formation de parachutiste et participe le à l'opération "Myrmidon", tentative ratée de débarquement à Bayonne, puis le suivant à l'opération "Jubilee" sur Dieppe. Envoyé en Afrique en décembre sous les ordres du général Legentilhomme, il sert dans les rangs du Bataillon de marche et participe aux ralliement à la France libre de Madagascar puis de Djibouti. Volontaire pour servir dans la Force "L", future DB, commandée par le général Leclerc, il y est muté en alors qu'elle se trouve en Tunisie. D'abord en poste à l'état-major de la Force "L", Boissieu prend ensuite, en , le commandement de l'escadron de protection du général Leclerc avec sous ses ordres Pierre de La Fouchardière.