2017年7月，拜仁宣布将独自使用安联竞技场，因为同城俱乐部慕尼黑1860因經濟問題遭到德國足總降級至第四级联赛，將和拜仁的二隊共用較小型的綠森林體育場。在2017-18赛季开始前，拜仁进行了大规模换血，相继签入金斯利·科芒、科朗坦·托利索、塞尔吉·格纳布里和尼克拉斯·聚勒等年轻球员，并从皇家马德里借入哈梅斯·罗德里格斯。与此同时，球队队长菲利普·拉姆和哈维·阿隆索退役，其它几名球员也离开了俱乐部。赛季开局阶段在歐冠德甲兩頭成绩皆不佳且失去球員支持的氛圍下，安切洛蒂遭到解雇。在威利·萨尼奥尔短暂接过主帅一职过渡后，由功勋名帅尤普·海因克斯再度出任拜仁主帅完成赛季剩余比赛。海因克斯也不負眾望完美達成了這次的救火任務，他在第7輪結束上任時拜仁還落後榜首多特蒙德5分，且主力門將諾伊爾預計會因傷錯過整個球季的情況下迅速帶領球隊進入狀況，僅用了一個月就回到榜首並一路拉開差距，最後27場比賽豪取23勝的拜仁在還剩下6輪的時候就毫無壓力的再次获得联赛冠军，該季德甲第二名的沙爾克04整季也才只拿了63分，還輸給海因克斯27場任內的70分不少。歐冠賽場上，拜仁在主場對陣直接導致安切洛蒂被開除的巴黎聖日耳曼的小組賽中完成復仇而確保了十六強席次，僅因得失分差居小組第二，並在籤運不錯的情況下連續輕鬆擊敗貝錫克塔斯和塞維利亞兩支隊伍，準決賽上遇到了海因克斯的老東家、以及前一年在滿滿爭議下擊倒拜仁的皇馬，主場先以1比2輸球，在客場因本季的主力門將烏爾賴希一次失誤送禮而錯失延長賽的機會，以3比4輸球而止步四強；而在同年的德国足协杯决赛，即海因克斯作为主教练的最后一场比赛中，他在球场上与自己的继任者相遇。最终尼科·科瓦奇率领的和睦法兰克福以3比1击败拜仁。在赛季期间，拜仁不断在公开场合敦促海因克斯续約，但这位73岁的老帅坚持将在赛季结束后退休。俱乐部开始了漫长的广泛搜索，以寻求合适的继任者，最终前拜仁球員科瓦奇被选定为候任主帅，并签署了一份为期三年的合同。