Man mano che il governo centralizzato nizarita veniva destituito, la popolazione finiva uccisa o abbandonata al suo destino nelle vecchie roccaforti. Molti sopravvissuti emigrarono in Afghanistan, Badakhshan e Sindh. Non si sa molto sulla storia degli ismailiti in questa fase, fino ai due secoli successivi, quando ricominciarono a crescere in comunità sparse di Iran, Afghanistan, Badakhshan, Siria e India. I nizariti di Siria furono tollerati dai mamelucchi di Bahri, tanto da essergli assegnato il compito di presidiare alcune strutture difensive per conto di coloro che li ospitavano. I mamelucchi potrebbero essersi serviti dei "fedai" nizariti contro i loro stessi avversari, in particolare nel tentato assassinio del principe crociato Edoardo I d'Inghilterra nel 1271.