Así, en 1441 se desplegó una intensa actividad debido a la férrea oposición que algunos nobles concitaron contra el Condestable don Álvaro de Luna. Ese mismo año, según la Crónica de Juan II, Pedro de Acuña participó en la entrevista que el monarca castellano tuvo con la reina de Portugal en Gómez-Naharro y luchó junto a otros hombres preclaros del reino, como su propio hermano Gómez Carrillo, en el enfrentamiento que tuvo lugar entre Juan II y el monarca navarro en Medina del Campo el 2 de junio cuando ambos intentaban buscar la paz y concordia entre ambos reinos. Incluso, al año siguiente, en 1442, se nos describe también cómo llegó a ser prendido por Enrique y Pedro de Mendoza, hermano y sobrino respectivamente del Almirante de Castilla Fadrique Enríquez de Mendoza, que pertenecían al bando de nobles que se oponían al Condestable don Álvaro de Luna. Estos le llevaron al castillo de Urueña (Valladolid), donde pasó unos días encerrado, por saberse que se hallaba en algunos tratos en defensa del Condestable. En la misma crónica, se le presenta junto con otros importantes nobles castellanos como su propio hermano Alonso Carrillo, por aquel entonces todavía obispo de Sigüenza, luchando junto al famoso privado Álvaro de Luna en la primera batalla de Olmedo en 1445. Por último, ya en 1451, participará también en el sitio de la villa de Palenzuela (Palencia), donde se encontraba Alonso Enríquez, hijo del Almirante don Fadrique, opuesto al Condestable.