A fehérhegyi csatával (1620. november 8.) és az azt követő csehországi katolizációval a Betlehem-kápolna sorsa is megváltozott. 1622-ben II. Ferdinánd döntésével a jezsuita rend birtokába került, amely 1638 és 1661 között az egész prágai egyetemet igazgatta. 1661-ben a jezsuiták két közeli kollégium épületével együtt 3200 aranyért megvásárolták, majd katolikus templommá alakították át az épületet. A jezsuita rend 1773-as feloszlatása után a Betlehem-kápolna a közeli Szent Egyed-templom filiájaként működött, de 1786-ban rossz állapota miatt jórészt lebontották, többé-kevésbé csak a külső támfalak torzói maradtak meg. Az üres telek több évtizede faanyag raktárként szolgált.