Les deux ermitages sont pillés et saqués peu avant l'éclatement de la guerre civile. La position des ermitages les rend témoins, lors du siège de Madrid, des intenses batailles ayant eu lieu sur le front de la cité universitaire. Ils ne subissent cependant aucun dommage majeur, quoique la fresque de Goya à l'intérieur de la coupole ait été un peu endommagée, de même que l'entrée de l'édifice, qui a subi des tirs de mitraillette.