På sin side nektet Albania å rehabilitere Koçi Xoxe. Hoxha lot seg provosere dypt over Khrusjtsjovs plan for COMECON, der Albania i all hovedsak var tiltenkt å være feriedestinasjon og råvareprodusent. Khrusjtsjov skal ha sagt under et besøk i 1959 at Albania burde konsentrere seg om å dyrke appelsiner for eksport. I 1960 sa Mehmet Shehu til Anastas Mikojan at «Stalin gjorde to feil. For det første døde han for tidlig. For det andre likviderte han ikke hele den nåværende, sovjetiske ledelsen». Året etter gikk Hoxha og Khrusjtsjov i åpen, verbal konfrontasjon på sine respektive partikongresser. Albania ble ekskludert fra COMECON og Warszawapakten. Albania brøt alle forbindelser med Warszawapakten etter invasjonen av Tsjekkoslovakia i 1968. I sine memoarer kalte Khrusjtsjov det albanske lederskapet «monstre», og gav deres «frykt for demokratisering» skylden for bruddet med Sovjetunionen. Hoxha fortsatte den tilnærmingen overfor Kina som han hadde påbegynt i 1950-årene.