В 1816 году положение в новом независимом государстве резко ухудшилось: испанский экспедиционный корпус быстро завоёвывал Новую Гранаду. 14 марта 1816 года президент Камило Торрес Тенорио подал в отставку, и Конгресс Соединённых Провинций предложил занять этот пост Хосе Фернандесу Мадриду. Тот поначалу отказался, полагая, что он не сможет справиться с таким грузом проблем, но давление на него продолжалось, и он согласился. Однако, как он и предполагал, справиться с испанским вторжением ему не удалось. 6 мая испанцы взяли Боготу, и 22 июня 1816 года Хосе Фернандес Мадрид заявил в Попаяне Постоянному Законодательному Комитету о своей отставке с поста президента.