Cuando aún continuaba la guerra con Rusia, la Mancomunidad tuvo que afrontar repentinamente el ataque de otro enemigo. En junio de 1655, los ejércitos suecos penetraron en los territorios septentrionales del país. La invasión sueca de Polonia-Lituania, parte de la Segunda Guerra del norte, se conoce en la historia polaca como «El Diluvio». Junto a su primo Bogusław Radziwiłł, Janusz entabló conversaciones con el rey sueco Carlos X Gustavo, en las que se trató la disolución de la Unión de Lublin que había creado la Mancomunidad polaco-lituana. Primero Janusz aceptó el protectorado sueco del Gran Ducado en el Tratado de Kėdainiai del 17 de agosto de 1655; luego los hermanos Radziwiłł rubricaron otro el 20 de octubre en el que se fundaba una unión sueco-lituana, y de acuerdo al cual los Radziwiłł gobernarían parte del Gran Ducado.