Zunächst gehörte Lenzburg kirchlich zur Pfarrei Staufen. Die Pfarrei war seit 1415 Teil des Berner Aargaus. Als Bern im Jahre 1528 die Reformation einführte, sollte auch die Pfarrei Staufen reformiert werden, was zunächst auf Widerstand in der Bevölkerung stiess. Deshalb konnte erst ein Jahr später die Reformation in Lenzburg durchgesetzt werden. Die Stadt löste sich 1565 von der Mutterpfarrei Staufen. Schon im 15. Jahrhundert war die Kapelle des Städtchens zur Kirche ausgebaut worden und 1667 erfolgte der Umbau zu einer Saalkirche, die bis heute erhalten ist. Aus diesem Jahr ist auch die Wappenmalerei beim Südausgang. Die Rokoko-Stukkaturen an den breiten Hohlkehlen und der Flachdecke, die Johann Jakob Moosbrugger 1760 geschaffen hatte, blieben beim Umbau erhalten. Die Kirche wurde zur letzten Ruhestätte von im Zweiten Villmergerkrieg von 1712 gefallenen bernischen Offizieren.