Zřejmě nejvýznamnější usnesení vycházela ze sněmu v předbělohorské době. Roku 1608 se moravští stavové připojují k rakouským a uherským protějškům a volí za markraběte bratra Rudolfa II., Matyáše. Tím se Morava na krátkou dobu opět ocitla mimo státní svazek s Čechami. Po 3. pražské defenestraci se na moravském zemském sněmu vytrvale projevovala autorita Karla staršího ze Žerotína, který v rozhodujících chvílích prozřetelně držel svoji zemi v tzv. prohabsburské neutralitě. Až s českou intervencí v květnu 1619 sněm ovládli radikálové v čele s Ladislavem Velenem ze Žerotína a Morava se připojila k povstání. Na sněmu ztrácí vliv prelátský stav a církev nebyla samozřejmě přizvána ani do třicetičlenného direktoria. Po Bitvě na Bílé hoře následovala decimace všech zemských svobod, pod taktovkou Ferdinanda II. a jeho Obnoveného zřízení zemského z roku 1628. Od této chvíle sněm již prakticky nemá zákonodárnou pravomoc a hlavní slovo má v zemi panovník, respektive jeho instituce. Habsburský rod byl pro Moravu vyhlášen dědičným, čímž se i schvalování panovníka stalo irelevantní otázkou. Snad posledním významným (byť čistě formálním) usnesením moravského zemského sněmu bylo uznání pragmatické sankce moravskými stavy v roce 1720.