但後來1937年發生第二次中日战争，廣州遭遇空襲，使學校不能繼續正常運作，被迫要離開五仙門，老師們帶著願意跟隨學校走的學生離開，遷往肇慶暫避戰火。1938年再由肇慶遷往香港的旺角廣華街，而小學部在1940年遷入馬頭圍士他令道。1941年與培正中學在坪石合辦培聯中學。1942年香港淪陷後，遷往澳門繼續辦學，後成立澳門培道中學。1945年戰爭結束，校方一方面遷回廣州，接收東山校舍及復課，經歷史演變成為現廣州市第七中學；另一方面到香港設立分校，租用士他令道浸信會副堂作校舍之用。1946年香港分校正式命名為「香港培道女子中學」，1947年遷往九龍仔嘉林邊道校舍。1952年向香港政府申請撥地延文禮士道2至8號，由師生籌款興建校舍。1954年延文禮士道新校舍完工，敦請香港總督葛量洪爵士夫人主持啟鑰儀式。1959年擴建「七十週年紀念堂」。1984年加建培道長廊，連接延校舍與紀念堂兩座校舍。1997年，全校進行大型的維修工程。