В 1794 войсковой атаман Захарий Чепега был отправлен с полком казаков на подавление польского восстания. Головатый остался первым лицом в войске. Он занимался строительством военной гавани для казачьей флотилии в Кизилташском лимане (впрочем потом гавань была признана непригодной), и помогал регулярной российской армии в строительстве Фанагорийской крепости. 1795 год прошёл, в основном, в осмотре всех войсковых земель и в хлопотах по их благоустройству. После получения от синода разрешения на строительство православных церквей и монастыря и необходимостью строительства войсковых зданий в столице и школы для «казачат», Головатый озаботился привлечением из Украины профессиональных строителей, ремесленников, иконописцев, учителей, медиков и аптекарей.