Beim Aufstand in Nowotscherkassk von 1962 weigerte sich Schaposchnikow, wie vom Befehlshaber des Militärbezirks General Plijew befohlen, mit Panzern gegen die Aufständischen vorzugehen. 1966 wurde Schaposchnikow in die Reserve entlassen. 1967 erfolgte der Ausschluss aus der KPdSU. Im selben Jahr wurde gegen ihn Anklage wegen „antisowjetischer Propaganda“ erhoben – er hatte Briefe zu den Ereignissen von Nowotscherkassk unter anderem an mehrere Literaten gesendet – diese aber in Anbetracht seiner Kriegsverdienste wieder fallengelassen. 1988 wurde Schaposchnikow rehabilitiert und wieder in die Partei aufgenommen.