El 21 de octubre de 1948, como parte de la Operación Yoav en la guerra de independencia de Israel, el ejército israelí capturó Beerseba al ejército egipcio y expulsó a todos sus habitantes árabes hacia la Franja de Gaza. Los refugiados que intentaron volver en noviembre fueron detenidos y expulsados de nuevo. Según el historiador israelí Benny Morris, el entonces primer ministro israelí David Ben Gurion ordenó la "conquista de Beerseba, la ocupación de puestos avanzados a su alrededor y la demolición de la mayor parte de la ciudad". El objetivo de la toma de la ciudad era romper el bloqueo que el ejército egipcio llevaba a cabo sobre los suministros destinados al Néguev. El ataque cogió por sorpresa a las tropas egipcias, que huyeron en masa. Alrededor de 120 soldados egipcios fueron capturados e internados en campos de prisioneros, mientras que los pocos civiles que quedaban en la ciudad, unos 200 hombres y 150 mujeres y niños, fueron llevados a un fuerte de la policía. Poco después, las mujeres, los niños, los enfermos y los ancianos fueron deportados en camiones hasta la frontera con la Franja de Gaza. A algunos hombres se les puso a trabajar en labores de limpieza, pero al descubrirse que suministraban información a las fuerzas egipcias fueron también deportados. Se estableció una zona de exclusión de diez kilómetros a la redonda a la que los beduinos tenían prohibido acceder. Los acuerdos de armisticio de 1949 cedieron Beerseba al naciente Estado de Israel.