2006. január 1-jén a Honda átvette a BAR fennmaradó részesedését, így tehát Honda Racing F1 Team néven 1968 óta először szerepelt önálló csapatként a Formula–1-ben. 2006-ban a BAR még megmaradt fő-és névadó szponzornak, ám végül visszavonult a sportágtól. Harmincnyolc év után az első Honda-párt a BAR-Honda volt versenyzője, Jenson Button és a Ferraritól átszerződött Rubens Barrichello alkotta. A magyar nagydíjon Button megszerezte mind a Honda 2000-es visszatérése óta, mind élete első futamgyőzelmét. A csapat a szezonban igen jól szerepelt, nyolcvanhat ponttal negyedikek lettek.