Das größte Problem, mit dem die Stadt zu kämpfen hat, ist normalerweise die Versorgung mit Trinkwasser. Von den Überschwemmungen in Queensland 2011 war Toowoomba stark betroffen, weil eine plötzliche meterhohe Flutwelle aus den Bergen der Great Dividing Range in Toowoomba am 10. Januar eine Autobahn unterspülte, Autos und Häuser und Personen in der Stadt mit sich riss. Am 11. Januar wurde festgestellt, dass 59 Personen vermisst und neun Todesopfer zu beklagen waren.