Šiškovski spielte zwischen 2010 und 2011 für die mazedonische U-17-Auswahl. Von 2012 bis 2013 kam er im U-19-Team zum Einsatz. Im August 2014 debütierte er gegen Israel in der U-21-Mannschaft. Mit dieser nahm er 2017 – erstmals in der Geschichte des Landes – auch an der U-21-EM teil. Während des Turniers fungierte er als Ersatztorwart hinter Igor Aleksovski und kam zu einem Einsatz im letzten Gruppenspiel. Mit den Mazedoniern schied er als Letzter der Gruppe B in der Vorrunde aus.