Mengawali musim , Alonso terlibat kecelakaan besar dengan Esteban Gutierrez di Australia dengan mobil McLaren MP4-31 Alonso yang terhempas ke tembok pembatas. Setelah dinyatakan kurang fit untuk ikut lomba di Bahrain, posisi Alonso digantikan oleh pembalap tes Stoffel Vandoorne. Alonso sendiri kembali membalap di Tiongkok dan finis di urutan 12. Masalah mesin Honda yang tidak kompetitif masih jadi masalah yang utama untuk McLaren di musim 2016. Posisi finis paling tinggi yang diraih Alonso di musim tersebut adalah finis kelima masing-masing di Monako dan Amerika Serikat. Sebuah penalti memalukan sempat diterima McLaren di GP Belgia salah satunya yang menimpa Alonso dengan penalti turun posisi grid 50 posisi. Saat lomba berjalan Alonso sukses bangkit dan finis di posisi tujuh. McLaren bersama Honda baru memulai tren positifnya di dua lomba terakhir musim dengan Alonso yang bisa finis di urutan 10 di Brasil dan Abu Dhabi.