Το 1456 η πόλη κατακτήθηκε από τους Τούρκους και περιήλθε στην Οθωμανική Αυτοκρατορία. Ο Μωάμεθ ο Πορθητής επισκέφτηκε την πόλη και έμεινε γοητευμένος από αυτήν, ειδικά από την Ακρόπολη. Ο Παρθενώνας έγινε τζαμί και έδωσε πολλά προνόμια στους Αθηναίους. Η Αθήνα ήταν η τέταρτη μεγαλύτερη πόλη των Βαλκανίων με 20.000 κατοίκους και οι Χριστιανοί και Μουσουλμάνοι ζούσαν αρμονικά. Το 17ο αιώνα, κατά τη διάρκεια των επιχειρήσεων του ΣΤ΄ Βενετοτουρκικού Πολέμου πολιορκήθηκε από τους Βενετούς και υπέστη μεγάλες ζημιές, συμπεριλαμβανομένης της ανατίναξης του Παρθενώνα από το στρατηγό Φραντσέσκο Μοροζίνι.