Atuou também nas Olimpíadas de Barcelona, em 1992, da Copa Rei Fahd no mesmo ano, além da Copa América de 1993. Embora continuasse sendo convocado regularmente para a seleção, Henderson não foi lembrado por Bora Milutinović para a Copa de 1994, realizada justamente em território norte-americano, nem para as Olimpíadas de 1996, sediadas em Atlanta. Sua última partida na década de 1990 pelo selecionado ianque foi contra a Bélgica, em amistoso preparatório para a Copa de 1998, a qual também não seria convocado.