Después de la batalla de Olmedo de 1445, La Mota quedó definitivamente en manos reales y hacia 1460 ordenó Enrique IV de Castilla la construcción de «una torre que luego fue la causa de multitud de desgracias». En 1464 entrega la tenencia de La Mota al arzobispo de Toledo, Alonso Carrillo, que poco después le traiciona y apoya al rebelde príncipe Alfonso. El rey fue entonces sobre Medina «y llegó antes de que amaneciese, donde Alonso de Vivero, que era alcaide della y tenía la Mota, que es la fortaleza, por el arzobispo de Toledo no le quiso recibir y el rey mando quedar gente de guarda sobre ella que la cercasen y por capitán" (puso) "a su contador mayor Pedrarias Dávila», que la tomó. En 1467 La Mota estaba otra vez en manos de los partidarios del príncipe don Alfonso, apoyando la villa a Enrique IV, pero finalmente toda la villa cayó en manos del príncipe. Muerto este en 1468, la rebelión la encabeza su hermana la princesa Isabel, que ese mismo año firma con el rey el acuerdo de los Toros de Guisando. En él se estipula que Isabel reciba la «villa de medina del campo e alcazar e fortalezas della e con la torre de la mota». Sin embargo, en 1470 el rey le quita Medina a su hermana Isabel para dársela a su hija, la princesa Juana. La Mota quedó entonces en manos de un partidario del rey, el arzobispo de Sevilla, Alonso Fonseca, hasta su muerte en 1473.