Como se detalla más abajo, el 12 de septiembre de 2006 se vio envuelto en una controversia al citar al emperador bizantino Manuel II Paleólogo con la frase: «Muéstrame también aquello que Mahoma ha traído de nuevo, y encontrarás solamente cosas malvadas e inhumanas, como su directiva de difundir por medio de la espada la fe que él predicaba». El asunto provocó disturbios y protestas airadas y violentas de musulmanes en numerosos países, que el papa trató de aplacar explicando que había habido una «malinterpretación» de las palabras; posteriormente el asunto perdió importancia sin ocasionar más incidentes.