Hernández keerde na de gewonnen CONCACAF Gold Cup 2011 in de zomer van 2011 terug bij Manchester United op een trainingskamp in de Verenigde Staten. Op 26 juli liep hij op een training een lichte hersenschudding op, waardoor hij in het voorseizoen niet in actie kwam en ook de wedstrijd om de Community Shield en het eerste competitieduel van de &lt;a href="Engels%20voetbalkampioenschap%202011/12"&gt;jaargang 2011/12&lt;/a&gt; moest missen. Hoewel United-trainer Ferguson het bij een hersenschudding hield, meldde de clubarts van CD Guadalajara dat Hernández eerder te maken had gehad met neurologische problemen en ook in Mexico had gekampt met veelvuldige migraineaanvallen. Op 22 augustus maakte hij zijn rentree in een thuiswedstrijd in de Premier League tegen Tottenham Hotspur (3–0 winst). Een week later bezorgde Hernández met zijn club Arsenal FC de grootste nederlaag in zijn clubhistorie door met 8–2 te winnen. Hij was bij geen van de doelpunten direct betrokken. In oktober tekende Chicharito een nieuw contract voor vijf jaar bij United en verbond zichzelf daarmee tot 2016 aan de club, in een periode dat hij in sportmedia in verband werd gebracht met een transfer naar Real Madrid.