1961 betraute ihn der Papst mit der Leitung des Erzbistums Santiago de Chile, am 19. März 1962 nahm er ihn als Kardinalpriester mit der Titelkirche "San Bernardo alle Terme" in das Kardinalskollegium auf. Raúl Kardinal Silva Henríquez wurde im Oktober 1962 Präsident des Internationalen Caritasverbandes. Im selben Jahr nahm er am Zweiten Vatikanischen Konzil teil (bis 1965). Er nahm am Konklave des Jahres 1963 teil und vertrat in der Folgezeit den Papst bei zahlreichen Feierlichkeiten als päpstlicher Legat. Raúl Kardinal Silva Henríquez erhielt im Jahre 1971 den Menschenrechtspreis des Lateinamerikanischen Jüdischen Kongresses. Während der Militärdiktatur in Chile engagierte er sich für die Wahrung der Menschenrechte. 1978 erhielt er den Menschenrechtspreis der Vereinten Nationen, 1979 wurde ihm der Bruno Kreisky Preis für Verdienste um die Menschenrechte verliehen. Nach dem Tod von Papst Paul VI. nahm er an den beiden Konklaven des Jahres 1978 teil. 1983 legte Raúl Kardinal Silva Henríquez die Leitung des Erzbistums Santiago de Chile nieder. 1992 nahm er an der vierten Generalkonferenz des Lateinamerikanischen Episkopates in Santo Domingo teil. Er starb am 9. April 1999 in Santiago de Chile und wurde in der dortigen Metropolitankathedrale bestattet.