Во время конфликта имели место случаи массовых убийств: убийство азербайджанскими исламистами трех с половиной тысяч возвращающихся с фронта русских солдат в Шамхоре, учинённая большевистско-дашнакскими силами резня мусульманского населения в Баку и других регионах, затем учинённая азербайджано-турецкими силами резня армян в Баку, Кайбаликенде и Шуше.