Il primo predecessore dell'odierno Museo nazionale fu il Museo insulare di etnologia, storia naturale e commercio sotto il Dipartimento della pubblica istruzione, creato nel 1901 dalla Commissione per le Filippine. Nel 1903, il museo fu successivamente trasferito al Dipartimento degli interni delle Filippine e rinominato Ufficio di rilevazione etnologica. Questo nuovo ufficio fu responsabile della partecipazione filippina all'Esposizione internazionale della Luisiana del 1904. Dopo l'esposizione, fu abolito come ufficio separato e rinominato Museo delle Filippine.