Wiadomość o przystąpieniu króla do konfederacji targowickiej przyjął „z uszanowaniem”, pisząc jednak do króla, iż „to wszelkie moje przechodzi pojęcie”. Podczas wojny polsko-rosyjskiej w 1792 roku był komisarzem sejmowym przy Tadeuszu Kościuszce. Po klęsce zabiegał o zwolnienie polskich jeńców u władz pruskich. Po II rozbiorze Polski (1793) jego majątki – Kalinowa i Szczytniki znalazły się w zaborze pruskim. W 1793 r. w Szczytnikach przyjął, w otoczeniu ok. 100 miejscowej szlachty, króla pruskiego Fryderyka Wilhelma II, który wybrał się na objazd zdobyczy terytorialnych po II rozbiorze Polski. Łubieński był członkiem sprzysiężenia, przygotowującego wybuch powstania kościuszkowskiego oraz jego uczestnikiem. Wkrótce też za wstawiennictwem króla pruskiego – zamienił z Karolem von Hoymem majątki swe Kalinowa i Szczytniki na dobra guzowskie – oraz uzyskał starostwo guzowskie i przeniósł się z Kalinowej do Guzowa, gdzie ostatecznie, na stałe osiadł w 1828 r. W roku 1798 otrzymał od króla Prus, Fryderyka Wilhelma III, tytuł hrabiowski.