Seit Januar 2015 besteht eine Kooperation mit dem Kreuzfahrtunternehmen Costa Crociere. Diese beinhaltet Zubringerflüge für das Kreuzfahrtterminal in Warnemünde. Dadurch konnten deutliche Steigerungen bei den Passagierzahlen erzielt werden. Die Kooperation entwickelte sich positiv, daher gaben die beteiligten Unternehmen im November 2015 bekannt, mehr Flüge über den Flughafen abwickeln zu wollen. Mit der Reederei Pullmantur Cruises kam im Januar 2016 ein weiterer Partner für Kreuzfahrtzubringerflüge hinzu. Die Flüge werden von Wamos Air durchgeführt, sodass der Flughafen am 20. Juni 2016 erstmals von einer regulären Boeing 747 angeflogen wurde, nachdem im Jahr 2007 bereits eine VC-25A als Air Force One im Rahmen eines G8-Gipfels gelandet war. Zuletzt kam im April 2016 eine Kooperation mit einem weiteren Kreuzfahrtunternehmen, der MSC Cruises, zustande. Diese beinhaltet Zubringerflüge für die MSC Opera, die Rostock in der Sommersaison 2016 anlaufen wird.