Während des Zweiten Villmergerkriegs im Jahr 1712 suchten die Mönche erneut in Luzern Zuflucht. Auch Klosterschatz, Archiv und Bibliothek überführte man vorübergehend dorthin. Das Kloster blieb unbehelligt, doch Kriegssteuern, Beschlagnahmungen und Schäden in den Kollaturen verursachten Verluste von rund 100'000 Gulden. Muri, das mittlerweile als reichste Abtei der Schweiz galt, konnte diese bald wettmachen. Ab 1712 war auch Bern an der Landesherrschaft in den Freien Ämtern beteiligt. Um 1750 zählte der Konvent über 50 Mitglieder. Fürstabt Gerold Meyer erteilte 1788 den Auftrag zum Bau eines neuen Ost- und Südflügels. Er reagierte auf den zunehmenden Druck aufklärerischer Kreise, die Klosterschule breiteren Bevölkerungsschichten zu öffnen. Das monumentale Gebäude sollte genügend Platz für Schule und Bibliothek bieten, ausserdem war die Gründung eines Priesterseminars geplant. 1798 waren die Gebäude im Rohbau fertiggestellt. Der ebenfalls geplante Neubau des Westflügels und der Kirchtürme gelangte nicht mehr zur Ausführung, da sich die politischen Ereignisse überschlugen.