Il 25 luglio 2009 durante la seconda sessione di qualifica del Gran Premio d'Ungheria Massa, mentre viaggiava a circa 200 chilometri orari alla guida della sua monoposto, viene colpito alla testa da una molla pesante circa 800 grammi, staccatasi dalla Brawn GP del connazionale Rubens Barrichello. A causa di questo incidente, il pilota brasiliano ha riportato una commozione cerebrale con una frattura nella zona sovraorbitale sinistra e un taglio alla fronte. Trasportato in elicottero al vicino ospedale di Budapest, Felipe viene operato, e le sue condizioni definite «serie ma stabili» dai medici e comunque «non in pericolo di vita». La mattina del 26 luglio una TAC fatta al pilota dà esito negativo e non vengono evidenziate lesioni cerebrali. Nel Gran Premio d'Ungheria 2009 la Ferrari non ha schierato nessuna vettura per sostituirlo.