V roce 1990 byl oficiální název změněn na Republiku Chorvatsko. 25. června 1991 vyhlásilo Chorvatsko spolu se Slovinskem nezávislost (ta byla uznána 15. ledna 1992 Evropským společenstvím). Jugoslávská federace však samostatnost neuznala, a to rozpoutalo válečný konflikt, který se s přestávkami vlekl až do roku 1995. Po roce 2000 začalo Chorvatsko směřovat do NATO a EU. V roce 2004 se stalo kandidátskou zemí EU, která s ním zahájila přístupová jednání 3. října 2005 (v týž den jako s Tureckem). Do poslední chvíle nebylo jisté, zda přístupová jednání vůbec začnou, a to kvůli dřívější neochotě Chorvatska spolupracovat s Mezinárodním trestním tribunálem pro bývalou Jugoslávii. Krátce předtím však Chorvatsko udělalo pokrok při hledání generála Ante Gotoviny, obviněného z válečných zločinů během Operace Bouře v roce 1995, při které muselo na 200 tisíc Srbů opustit své domovy, a tím splnilo zbývající podmínku pro zahájení přístupových jednání. 1. dubna 2009 vstoupilo Chorvatsko do NATO. 1. července 2013 se Chorvatsko stalo 28. členem EU. Gotovina a další chorvatští generálové byli tribunálem v Haagu zproštěni viny, což bylo kritizováno Srbskem jako „politické rozhodnutí“.