Roku 1968 podepsal manifest Dva tisíce slov. Po sovětské okupaci v srpnu 1968 celá rodina na popud Evy Švankmajerové emigrovala do Rakouska. Zde natočil svůj druhý film v rakouské produkci ve studiu Petra Puluje ("Picknick mit Weissmann"). V roce 1968 obdržel na festivalu v Oberhausenu cenu Maxe Ernsta za film "Historia naturae". Roku 1969 se rodina rozhodla vrátit do Československa. V roce 1970 se setkal s Vratislavem Effenbergerem a spolu s Evou Švankmajerovou se stali členy Surrealistické skupiny v Československu.