En , Hyakutake commande la armée japonaise dont le siège est à Rabaul, dans le Pacifique du Sud-Ouest. Il s'implique en Nouvelle-Guinée, à Guadalcanal, et dans la Campagne des îles Salomon. Il commande ensuite les unités japonaises dans les îles Salomon, principalement à Bougainville. Lui et ses forces ont été piégés sur Bougainville, lorsque les Alliés ont établi un périmètre fortifié au cap Torokina. Hyakutake a été coupé de renforts et de ravitaillement. Ses attaques contre le périmètre ont échoué, et son armée a été forcé de vivre sous la terre, se cachant dans des grottes dans la jungle pour le reste de la guerre.