Pada bulan Mac 1962, PKI bergabung dengan pemerintah. Para pemimpin PKI, Aidit dan Njoto, diangkat menjadi menteri penasihat. Pada bulan April 1962, PKI menyelenggarakan kongres partainya. Pada 1963, pemerintah Malaysia, Indonesia dan Filipina terlibat dalam pembahasan tentang pertikaian wilayah dan kemungkinan tentang pembentukan sebuah gagasan "Maphilindo" yang dikemukakan oleh Presiden Filipina, Diosdado Macapagal - idea ini ditolak keras PKI sepertimana yang ditindakkan terhadap persekutuan Malaysia. Para anggota PKI yang militan menyeberang masuk ke Semenanjung Melayu terlibat dalam pertempuran Darurat dengan pasukan-pasukan tentera British dan Australia, Namun kebanyakan dari mereka ditangkap begitu tiba. Sebagian satuan tempur PKI aktif di wilayah perbatasan Kalimantan.