In der Reformationszeit blieb Göttlesbrunn katholisch, während Arbesthal – von Trautmannsdorf aus reformiert – bis 1584 evangelisch war. Im Laufe der Ersten Wiener Türkenbelagerung 1529, vor allem aber während des Rückzuges, wurden Göttlesbrunn und Arbesthal verwüstet. Die Bewohner flüchteten, sofern möglich, in Verstecke oder in den Wald, wo sie den Rückzug abwarteten. Noch heute heißt ein solcher Waldteil aus alter Überlieferung „Zitterdörfl“. Kaum waren die Schrecken des Türkeneinbruchs überwunden, kam es 1575 zum Ausbruch der Pest. In der Folge war die Bevölkerung immer wieder Militäreinquartierungen und Requirierungen ausgesetzt.