1712 schlugen die reformierten Truppen vor der Zweiten Schlacht von Villmergen ihr Lager in Wohlen auf. Daraufhin konnten sie im Zweiten Villmergerkrieg eine Entscheidung zu ihren Gunsten erzwingen. Die unterlegenen katholischen Orte waren nun von der Verwaltung der nördlichen Freien Ämter ausgeschlossen. Die Herrschaft ging an Zürich und an das bisher nicht beteiligte Bern über, nur das neutral gebliebene Glarus durfte seinen früheren Anteil (ein Siebtel) behalten. Die neue reformierte Obrigkeit hatte für Wohlen kaum Auswirkungen. Die bisherigen Gesetze galten weiterhin und der konfessionelle Status blieb gewahrt. Hingegen verzichteten die neuen Herren auf ihr Recht, Truppen zu rekrutieren, da sie keine Katholiken in ihren Reihen wünschten.