En 3 de noviembre de 1956, durante la Guerra del Sinaí, Israel lanzó una ofensiva contra Egipto, que en ese momento controlaba Jan Yunis y toda la Franja de Gaza; durante este conflicto fue ocupada por primera vez y sufrió muchas bajas en los bombardeos aéreos. En 1967, durante la Guerra de los Seis Días, Israel ocupó de nuevo la localidad de Jan Yunis, hasta la retirada israelí en 2005.