Il 29 marzo, Napoleone lo incaricò di presiedere la commissione incaricata di porre a mezza paga gli ufficiali ed il 7 giugno ottenne il comando dell'11ª divisione di fanteria. Combatté a Ligny il 16 giugno, dove il suo cavallo gli venne ucciso sotto la sella, e dopo che Habert venne pesantemente ferito nella Wavre prese il comando della sua divisione. Riuscì a respingere con le sue forze otto battaglioni prussiani dalle alture di Bierges. Il 20 giugno, Dominique Vandamme lo pose al comando di ulteriori due divisioni e lo pregò di resistere per dar tempo al maresciallo Grouchy di prendere posizione a Dinant. Questo fatto portò ad uno scontro tra le mura di Namur dove Berthezène si trovò nuovamente col cavallo ucciso sotto la sella.