Hendri mewakili Singapura pada Pesta Olahraga Persemakmuran 2006 di Melbourne, Australia, dimana ia berkompetisi dalam nomor ganda campuran. Bermain bersama Li Yujia, ia mengalahkan pemain Kenya Victor Odera dan Irene Kerimah, Pemain Kanada Mike Beres dan Valerie Loker, serta pemain Australia Travis Denney dan Kate Wilson-Smith pada babak penyisihan, sebelum akhirnya kalah pada pertandingan semi-final oleh pasangan dari Inggris Nathan Robertson dan Gail Emms, dengan skor 21–19, 14–21, dan 17–21. Meskipun kalah di semifinal, Saputra dan Li berhasil mengalahkan duo dari negara tetangganya Malaysia, Koo Kien Keat dan Wong Pei Tty untuk perebutan medali perunggu, dengan skor tiga set 21-14, 21 –23, dan 21–6.