Quando, nel tardo XX secolo, il comunismo cadde ovunque nell'Europa orientale, la Macedonia seguì il destino di altri stati della federazione, dichiarando la sua indipendenza dalla Jugoslavia nel tardo 1991. In quest'anno, la (allora socialista) Repubblica di Macedonia indisse un referendum sull'indipendenza che produsse una schiacciante maggioranza a favore di quest'ultima. Il referendum venne boicottato dagli albanesi etnici, nonostante creassero partiti politici etnici contribuendo attivamente al governo macedone, al parlamento, ecc. La repubblica si separò pacificamente dalla federazione jugoslava, dichiarando la sua indipendenza come Repubblica Socialista di Macedonia. La Bulgaria fu di conseguenza la prima nazione a riconoscere ufficialmente l'indipendenza della Repubblica di Macedonia - nel febbraio del 1992, seguita poi anche da altre nazioni. La nuova costituzione macedone ebbe effetto il 20 novembre 1991 richiedendo un sistema di governo basato su una democrazia parlamentare. Kiro Gligorov divenne il primo presidente del nuovo stato indipendente, al quale succedette Boris Trajkovski. All'inizio del gennaio del 2001 un conflitto armato ebbe luogo tra il gruppo militante dell'esercito di liberazione nazionale albanese etnico (UÇK) e le forze di sicurezza della Repubblica di Macedonia. Il conflitto terminò parzialmente con la sottoscrizione dell'Accordo di Ohrid da parte del governo della Repubblica di Macedonia e i rappresentanti albanesi, il 13 agosto del 2001, fornendo maggiori diritti riguardo alla popolazione albanese macedone. Nel gennaio del 2002, il conflitto macedone terminò quando venne annunciata l'amnistia per gli albanesi irregolari e i ribelli. L'inquietudine continuò di tanto in tanto per tutto il 2002.