Der Ort wurde am 25. März 1264 (oder 1268) das erste Mal unter dem Namen „Perun“ erwähnt. Damals schenkte König Béla IV. dem Wieselburger Bürger Leopold Ländereien bei Parndorf. Aus der Zeit davor liegen prähistorische und römerzeitliche Funde sowie keltisch-boische Silbermünzen vor. Parndorf gehörte zum Komitat Wieselburg. Im Jahre 1529 fiel der Ort wie viele andere Dörfer des Gebietes der Türkeninvasion im Zuge der ersten Wiener Türkenbelagerung zum Opfer. Danach wurde das Gebiet durch Kroaten aus dem dalmatinischen Küstengebiet neu besiedelt. Weitere Zerstörungen erfolgten im Rahmen von Türkeneinfällen 1570, 1619/20, 1683 und beim Kuruzzenaufstand 1709 sowie durch einen Brand 1945.