В отличие от первой войны шотландской независимости, в которой принял участие клан Макруаири, неизвестно принимал ли Рагналл и его семья во второй войне за независимость Шотландии (1332—1341). В 1337 году Рагналл помогал своему троюродному брату, Джону Макдональду, лорду Островов, который пытался получить папское разрешение на брак с Эми (Айне), сестрой Рагналла. В то время, Рагналл Макруаири и Джон Макдональд, видимо, были сторонниками Эдуарда Баллиола претендента на шотландским трон, который держался у власти в 1332—1336 годах. Но к июню 1343 года и Рагналл Макруаири, и Джон Макдональд примирились с вернувшимся в Шотландию, Давидом II Брюсом, и сам Рагналл был утвержден королем во главе клана Макруаири.