נימיץ התנגד להוצאתו לפועל של מבצע קריסה מחשש למרחץ דמים שלא נראה כמותו קודם לכן עבור הכוחות האמריקאים. לאחק הקרב על אוקינאווה החל הצבא היפני בטיפוח של מיליציה אזרחית בת 28 מיליון איש. הנשיא החדש, הארי טרומן, תמך בהטלת פצצות האטום על הירושימה ועל נגסאקי במטרה להביא לסיום המלחמה בלי פלישה רגלית לתוך יפן. לנוכח הטלת פצצות האטום, הפצצות אוויריות לא נפסקות על ערים יפניות גדולות ופלישה סובייטית למנצ'וריה וקוריאה, הירוהיטו, קיסר יפן יצא בהצהרה רשמית על כניעתה של יפן אשר הובילה לניסיון התנקשות בחייו. ב-2 בספטמבר 1945 קיבל הגנרל דאגלס מקארתור את כניעתה של יפן בתור המפקד העליון של כוחות הברית, על סיפון אוניית המערכה מיזורי (BB-63), שעגנה במפרץ טוקיו. לאחר מכן חתם נימיץ בשם ארצות הברית על כתב כניעתה של יפן, ואחריו נציגי יתר בעלות הברית.