Petite-fille de l'empereur du Saint-Empire Léopold II, régnant jadis sur les Pays-Bas autrichiens (dont faisait partie la Belgique devenue indépendante en 1830), l'archiduchesse Marie-Henriette Anne d'Autriche est née à Pest le . Elle est le dernier enfant de l'archiduc Joseph, palatin de Hongrie, et de la princesse Marie-Dorothée de Wurtemberg, une cousine des tsars Alexandre et Nicolas. Son père, qui porte habituellement le costume magyar, et sa mère cultivent l'amour de la Hongrie. Son prénom rend hommage à sa grand-mère maternelle, née Henriette de Nassau-Weilbourg.