Nach der Niederlage in Ostasien richtete die russische Außenpolitik ihre Expansionsbestrebungen auf die Balkanhalbinsel und die Meerengen des Bosporus, womit Nikolaus in der Tradition seiner Vorgänger stand. Nikolaus selbst verstand sich als Schutzherr der slawisch-orthodoxen Balkanvölker und folgte damit der Ideologie des Panslawismus. Nach den Vorstellungen der Panslawisten sollten alle slawischen Völker unter russischer Vorherrschaft zusammengeführt und in einem "„Großslawischen Reich“" vereint werden. Dadurch stand Russland traditionell im Gegensatz zu Österreich-Ungarn und dem Osmanischen Reich, das die Meerengen des Bosporus beherrschte und die anhaltenden Spannungen auf dem Balkan drohten während der Bosnischen Annexionskrise 1908 kurzzeitig zu eskalieren. Der innenpolitisch durch Revolution und militärisch durch die Niederlage gegen Japan geschwächte Nikolaus sah sich nur bedingt handlungsfähig und musste die Annexion Bosniens und der Herzegowina durch Österreich-Ungarn akzeptieren.