Efter 1939 blev Ciano i stigende grad desillusioneret over Nazityskland og forløbet af 2. Verdenskrig. Da Italien gik ind i den ukloge "parallelkrig" med Tyskland, var han en forholdsvis overbevist støtte, også under den dårligt organiserede invasion af Grækenland og de efterfølgende tilbageslag. Efter Aksemagternes nederlag i Nordafrika i foråret 1943, store tilbageslag på Østfronten og et britisk-amerikansk angreb på Sicilien forude, skiftede Ciano holdning og gik imod en fortsættelse af den udsigtsløse krig og pressede aktivt på for at Italien skulle trække sig ud af krigen. Han blev bragt til stilhed ved at blive fjernet fra sin post og tildelt posten som ambassadør ved Den Hellige Stol. I denne funktion kunne han blive i Rom under tæt overvågning af Mussolini. Regeringens stilling var blevet mere prekær i løbet af sommeren, og kredse ved hoffet havde allerede taget kontakt til de allierede for at indgå en eller anden form for aftale.