Le 4 septembre 2015, il reçoit sa première sélection avec les espoirs, face à Malte. Ce match gagné 4-1 rentre dans le cadre des éliminatoires de l'Euro espoirs 2017. Marek Havlík se met de suite en évidence en délivrant une passe décisive. Il inscrit son premier but avec les espoirs le 13 octobre de la même année, face au Monténégro (3-3, éliminatoires de l'Euro). Le 5 juin 2017, il marque son deuxième but avec les espoirs, en amical face à l'Azerbaïdjan (large victoire 5-0). Il participe dans la foulée à la phase finale du championnat d'Europe espoirs organisé en Pologne. Lors de cette compétition, il joue deux matchs. Havlík s'illustre en inscrivant un but face à l'Italie. Toutefois, avec un bilan d'une seule victoire et deux défaites, la Tchéquie ne dépasse pas le premier tour du tournoi.