Adel Khoury studierte bei der Priestergemeinschaft der melkitischen Paulisten im Libanon Philosophie und Theologie sowie Orientalistik an der Université Saint-Joseph in Beirut und Philosophie in Lyon. In Lyon habilitierte er sich 1966 bei Roger Arnaldez mit einer Arbeit (Docteur d’Etat) über den byzantinischen Kaiser Manuel II. Palaiologos. Beachtung jenseits der Wissenschaft fand diese Publikation vor allem deshalb, weil Papst Benedikt XVI. aus ihr 2006 in einer Rede in Regensburg zitierte, die zu einer weltweiten, vor allem katholisch-islamischen Debatte führte.