Après la signature de l'armistice, le , les Chapellois sont pratiquement tous rentrés chez eux. Les troupes allemandes se sont installées dans certaines maisons inoccupées. La commune fait partie de la zone occupée. Il faut donc s'habituer à vivre avec l'envahisseur. En septembre, un habitant aide Michel Debré, officier de cavalerie arrêté peu avant à Artenay à s'évader. sont retenus en captivité en Allemagne. De nombreuses habitations, les écoles, la salle des fêtes sont réquisitionnées par les troupes d'occupation. La Kommandantur s'installe au de l'allée des "Tilleuls". Une trentaine de ballons captifs sont installés et maintenus dans les airs par des câbles, en bord de Loire au sud-ouest de la commune, afin d'empêcher tout survol aérien et protéger le transformateur électrique du hameau de "Fourneaux" (sur la commune de Chaingy). Celui-ci sera bombardé à deux reprises par l'aviation alliée: la fois le à la suite duquel il sera partiellement détruit puis le où il sera presque anéanti. Les chevaux sont régulièrement réquisitionnés par les troupes d'occupation. Au petit séminaire, sanatorium depuis 1920, puis hôpital militaire juste avant la déclaration de guerre, on soigne les soldats allemands mais aussi les prisonniers français. Jusqu'à la fin de l'occupation, les productions des cultivateurs sont réquisitionnées par les Allemands. Le , "Sophie Davidson" et son fils "Gérard", deux résidents chapellois de confession juive, sont arrêtés par la police française à Orléans. Ils sont transférés au camp de Pithiviers puis presque immédiatement déportés par le Convoi n° 6 du 17 juillet 1942 vers le camp de concentration d'Auschwitz en Pologne où ils mourront un mois plus tard. À partir de l'année 1943, de nombreux jeunes Chapellois sont envoyés en Allemagne par le service du travail obligatoire (STO). En , le président de la coopérative agricole est arrêté par la Gestapo et déporté vers le camp de Buchenwald.