Jakob Mörtl war verheiratet, hatte eine Tochter und zwei Enkelsöhne. Anlässlich seines Todes im Jahr 2016 würdigte Landeshauptmann Peter Kaiser Mörtls Leistungen wie „die Entwicklung eines Generalverkehrs- und Regionalplanes für Villach, die Förderung interkommunaler Beziehungen mit ausländischen Städten, die Entwicklung des Villacher Kirchtages zum größten Brauchtumsfest Kärntens, der Abschluss des Pflichtschul-Neubauprogramms oder eine Wohnbauoffensive“. Für sein politisches Engagement wurde Mörtl neben der Ehrenbürgerschaft der Stadt Villach mit zahlreichen weiteren Auszeichnungen bedacht, darunter das Silberne Ehrenzeichen der Republik Österreich, das deutsche Bundesverdienstkreuz I. Klasse, der Kärntner Landesorden in Silber, der Ehrenring der Stadt Bamberg und der Titel eines "Commendatore" der Region Friaul-Julisch Venetien für seine Hilfe nach dem Erdbeben im Friaul 1976. Die Ehrung durch die Stadt Bamberg ist das Resultat einer 1973 vereinbarten Städtepartnerschaft mit tiefem historischem Hintergrund – die Stadt Villach war von 1007 bis 1759 im Besitz des Bistums Bamberg.