Talvisotaan Ahonius osallistui Erillinen Pataljoona 25:n komentajana. Hän osallistui taisteluihin Joutsijärvi–Märkäjärvi–Saija-suunnalla. Välirauhan aikana hän toimi pataljoonan komentajana Lapin Ryhmässä ja Jalkaväkirykmentti 32:ssa sekä Pohjolan suojeluskuntapiirin 1. ja 2. alueen aluepäällikkönä. Hän osallistui myös ennen jatkosodan syttymistä panssarintorjunta-aselajin kertausharjoituksiin. Jatkosotaan hän osallistui tykkikomppanian päällikkönä Jalkaväkirykmentti 33:ssa (toimi myös vs. rykmentin ja pataljoonan komentajana). Tykkikomppanian päällikkönä hän osallistui taisteluihin Sallan suunnalla. Vuonna 1943 hänet siirrettiin 6. divisioonan 23. tykkikomppanian päälliköksi, ja vuonna 1943 Kemijärven komendantiksi, missä tehtävässä olikin sodan päättymiseen saakka.