Pada tanggal 24 Desember 1948 Angkatan Laut Malaya "(Malayan Naval Force atau MNF)" kembali diaktifkan pada saat terjadi Kedaruratan Malaya, di mana pecah pemberontakan bersenjata yang dilancarkan oleh Partai Komunis Malaya melawan pemerintah kolonial Inggris di Semenanjung Melayu. Angkatan Laut Malaya (MNF) resmi dikukuhkan pada tanggal 4 Maret 1949 oleh pemerintah kolonial dan berpangkalan di bekas Pangkalan Radio Angkatan Udara Inggris di Woodlands, Singapura. Pada awalnya pangkalan ini dinamai "MNF Barracks", tetapi kemudian hari diubah namanya menjadi "HMS Malaya".