Eddy sbarcò su Utah Beach l'8 giugno e con la sua 9ª Divisione fanteria rilevò la mediocre 90ª Divisione fanteria, impegnata nei combattimenti nella penisola del Cotentin: nella successiva avanzata, culminata nella presa di Cherbourg, egli si dimostrò un comandante capace e preparato, in grado di usare in combinazione fanteria e artiglieria. Per il ruolo avuto nella conquista del vitale porto, caduto il 27 giugno, Eddy fu decorato con la Distinguished Service Cross. Nell'agosto 1944 ricevette inoltre la promozione a tenente generale e il comando nel XII Corpo d'armata, dipendente dalla 3ª Armata del turbolento generale George Smith Patton. In tale veste, Eddy fu in testa all'armata e ne guidò la veloce progressione verso la Germania, ai cui confini si arenò per i problemi logistici e le divergenze d'ordine strategico che dividevano i comandanti supremi alleati; nel dicembre 1944 fu coinvolto con il suo corpo d'armata nell'improvvisa offensiva delle Ardenne e mantenne una porzione del lato meridionale del profondo saliente tedesco. Con l'inizio del 1945 l'esercito tedesco era stato però ricacciato indietro e, da marzo, ebbe inizio la grande avanzata alleata in Germania: gli uomini di Eddy scoprirono, in una miniera di sale vicino a Merkers-Kieselbach, grandi quantità d'oro e centinaia di opere d'arte depredate da tutta Europa nel corso dell'occupazione; poche settimane dopo unità avanzate del generale s'imbatterono nel e liberarono il campo di concentramento di Flossenbürg, vicino al confine con la Cecoslovacchia. L'intensa attività logorò tuttavia il fisico di Eddy, cui fu diagnosticata nell'aprile 1945 una grave forma di ipertensione: il generale Patton, preoccupato, ritenne opportuno rilevarlo dal comando e rimpatriarlo. Neppure un mese dopo la Germania nazista si arrese e la guerra in Europa finì.