Najprawdopodobniej kościół został częściowo zniszczony podczas walk o Kraków w 1587 r. Odbudowę, związaną ze znacznymi zmianami i budową wieży, kościół zawdzięcza ksieni norbertanek Dorocie Kąckiej o czym informuje tablica z 1622 roku. Wtedy też wprowadzono w obramieniach okien formy postgotyckie. Kościół po spaleniu przez Szwedów podczas "potopu" w 1656 r., został odbudowany do 1680 r. staraniem ksieni Anny Zapolskiej. W efekcie zmian dokonywanych w XVII w., kościół został skrócony, sklepiony, dodano wieżę od zachodu, kryptę oraz barokowe wyposażenie (to ostatnie – usunięte w większości w XX w.). W 1747 roku, z inicjatywy ksieni Brygidy Otffinowskiej zamurowano boczne wejście, a w miejscu kostnicy dobudowano zakrystię. Kolejne restauracje kościół przechodził w roku 1788, w latach 30. XX wieku oraz po 1961 roku.