Wepener participe à plusieurs des guerres de frontières (dites aussi « guerres cafres » ou « guerres xhosas », 1834–1853) en tant qu'officier d'active (cornette). Il se rend à la ferme De Nek à Aliwal North en 1850, où il prend part à la huitième guerre xhosa (1850–1853) et il est promu commandant grâce à son exceptionnelle compétence au commandement. Il émigre ensuite vers l'État libre d'Orange, où il achète deux fermes, Constantia et Moordernaarspoort, dans le district de Bethulie. Lorsqu'il arrive dans l'État libre, il obtient le grade d"Acting Commandant". Il participe aux guerres sotho, qui opposent le roi et l'État libre d'Orange, qui permettent à ce dernier d'obtenir de vastes territoires aux dépens des Sotho. Dans ce contexte, il mène une première attaque contre Thaba Bosiu, bastion des Sotho, qui échoue le ; il essaie de nouveau le . Il parvient à progresser dans le col de Khubelu, mais il est abattu par une balle en pleine tête et meurt sur place. Onze de ses soldats sont en outre tués et une trentaine blessés.