Das Reformwerk Marillacs fiel jedoch bald einer maßgeblich von Richelieu vorangetrieben Kursänderung in der Politik des Ancien Régime zum Opfer. Ähnliches kann über Marillac selbst gesagt werden, zumal dieser sich Ende der 1620er Jahre gegen Pläne des Ersten Ministers wandte, im Kontext des Mantuanischen Erbfolgekrieges militärisch in die oberitalienischen Verhältnisse einzugreifen. Besiegelt wurde das politische Schicksal Marillacs 1630 in Zusammenhang mit der journée des dupes. In dem Machtkampf zwischen Richelieu und der Königinmutter, den Ludwig XIII. zugunsten seines Ersten Ministers entschied, sah letzterer Marillac als zentralen Widersacher. Marillac wurde daher entmachtet und anschließend zunächst nach Caen und Lisieux, später dann nach Châteaudun gebracht. Während er sich hier zuerst hatte frei bewegen dürfen, veranlasste der Ausbruch der Königinmutter aus dem Schloss von Compiègne Richelieu zur Einsperrung Marillacs. In Châteaudun starb Marillac, während er an einer Übersetzung des biblischen Buches Hiob arbeitete.