Το 1940 η Ελλάδα εισέρχεται στον Β΄ Παγκόσμιο Πόλεμο και σταματά προς στιγμή κάθε αθλητική δραστηριότητα. Μερικά φιλικά παίζονται κατά την διάρκεια της κατοχής, ενώ το 1943 διοργανώνεται και Κύπελλο Πατρών. Με την λήξη του πολέμου ξαναρχίζει το τοπικό πρωτάθλημα. Κατά τον Ελληνοϊταλικό πόλεμο έπεσαν στο μέτωπο οι εξής αθλητές της Παναχαϊκής: Καπάτος Φώτης, Νιάρος Δημήτρης, Πολυμέρης Νίκος, Τσίρος Φίλιππας, Μαυρομάτης. Κατά τη διάρκεια της περιόδου αυτής η Παναχαϊκή συμμετέχει στο πρωτάθλημα της Πάτρας δίνοντας κάποιες χρόνιες προκριματικούς αγώνες στο Πανελλήνιο Πρωτάθλημα, χωρίς επιτυχία.