Per il 2000 Alesi si trasferì alla Prost, con un contratto biennale e un ingaggio di 18 miliardi di Lire. Nonostante un elevato budget a disposizione del team la vettura era totalmente inaffidabile ed estremamente lenta, la stagione fu ricca di delusioni: le prime tre gare furono caratterizzate da tre ritiri, inoltre durante le qualifiche del Gran Premio del Brasile Alesi fu colpito da un cartellone pubblicitario, causando quindi un incidente, da cui, fortunatamente, uscì illeso. La prima corsa conclusa fu solamente la quarta, in Gran Bretagna, con un decimo posto, mentre a Monaco nonostante la scarsa competitività della vettura (la peggiore delle partecipanti al campionato di Formula 1 2000 con la Minardi) Alesi riuscì a qualificarsi settimo in griglia, ma in gara, una volta di più, fu costretto al ritiro.