Med sezonama in je Mugen dobavljal motorje različnim moštvom Formule 1. Prvo zmago za motorje Mugen je v sezoni 1996 dosegel Olivier Panis na Veliki nagradi Monaka. V sezoni 1998 je moštvo Jordan Grand Prix na Veliki nagradi Belgije osvojilo dvojno zmago, Damon Hill pred Ralfom Schumacherjem. V sezoni 1999 je Heinz-Harald Frentzen z Jordanom dosegel še dve zmagi na Velikih nagradah Francije in Italije, po sezoni 2000 pa se je Mugen umaknil iz Formule 1.