Pierwsza wzmianka o miejscowości Brzoza, będącej własnością książąt kujawskich (później królów polskich) znajduje się w rejestrze poradlnego z Kujaw z 1489 roku. Wieś odnotowano także w 1539 roku. Wieś królewska starostwa bydgoskiego położona była w końcu XVI wieku w powiecie bydgoskim województwa inowrocławskiego. W okresie przedrozbiorowym Brzoza wraz z kompleksem Puszczy Bydgoskiej wchodziła w skład domeny monarszej należącej do starostwa bydgoskiego. Brak jej w lustracji starostwa z 1661 roku, co mogło być skutkiem jej wyludnienia jeszcze przed potopem szwedzkim lub też zniszczeń wojennych. Wieś odnotowano ponownie w 1681 roku. W Brzozie mieszkało wówczas pięciu chałupników oraz dwóch rybaków z rodzinami. Chłopi obowiązani byli odrabiać pańszczyznę 24 dni w roku we żniwa oraz dostarczać drewno oraz siano z łąk nadnoteckich na potrzeby zamku bydgoskiego. Przed wojną północną mieszkało w Brzozie 10 rodzin chłopskich, w 1712 już tylko jeden rybak, a w latach 1713 i 1717 wieś była całkowicie opuszczona. Część ludności wiejskiej pod wpływem ciężarów spowodowanych wojną ratowała się ucieczką, bądź też pozostała na miejscu, ale była tak zrujnowana, że nie mogła płacić podatków.