עם זאת, פקיסטן נותרה גבוהה בתוכנית הסיוע לפיתוח היפנית (ODA) וקיבלה כ-18 אחוז מהסיוע שנשלם במהלך 1961–1971. יפן סיפקה סיוע למזרח פקיסטן ולפליטים שברחו לקולקטה בהודו, ובכך נוצרו הבדלים בין פקיסטן ליפן. יפן ראתה את המשבר במזרח פקיסטן על בסיס לאומיות בנגלית ותמכה בו. מצד שני, יפן לא תמכה בהגדרה עצמית וייטנאמית. שלא כמו פקיסטן שכינתה זאת "סכסוך קשמיר", יפן לא אימצה נייטרליות מוחלטת כלפי סוגיית מזרח פקיסטן. מפלגות פוליטיות יפניות וקבוצות חברתיות נתנו תמיכה למען הקמת בנגלדש. מלחמת השחרור של בנגלדש פרצה עד מהרה במזרח פקיסטן; יפן סגרה את הקונסוליה הכללית שלה בדאקה וניתקה את הסיוע לפקיסטן. יפן הכירה בבנגלדש בתוך חודשיים ב-10 בפברואר 1972, וגרמה בכך לביקורת נוספת של פקיסטן. מחצית מההלוואות של יפן נצרכו במזרח פקיסטן, ופקיסטן סירבה לכבד ולהחזיר את ההלוואות הללו, מכיוון שיפן הכירה בבנגלדש לפני שקיבלה פקיסטן כל החלטה.