לאחר שירותו באמריקה הדרומית עבר קוקרן לאירופה ובין מרץ 1827 ודצמבר 1827 השתתף במלחמת העצמאות של יוון מעול האימפריה העות'מאנית. במערכה זו נחל קוקרן הצלחה מועטה בשל המשמעת הלקויה של החיילים והמלחים היוונים. למרות התוצאות המועטות, הצליח מתקפה של אחד מפקודיו של קוקרן, קפטן הסטינגס (Hastings), על כוחות עות'מאנים במפרץ קורינתוס, להביא להתערבותן של אנגליה, צרפת ורוסיה; התערבותן של המעצמות הובילה להשמדת הצי הטורקי-מצרי בקרב נאווארינו, ולסיום המלחמה בתיווך המעצמות האירופאיות. המערכה היוונית הייתה, ככל הנראה, הפרק החלש ביותר בקריירה הימית של קורן. בסוף המלחמה התפטר קוקרן ושב לאנגליה לתקופה של חוסר מעש.