W czasie wojny domowej, po buncie Korpusu Czechosłowackiego i opanowaniu przez jego siły Syberii i wschodniej Rosji Europejskiej po Kazań (zajęty przez Czechów 7 lipca 1919) Smirnow został powołany na członka Rewolucyjnej Rady Wojennej utworzonego wówczas (28.VIII.1918 – 1.IV.1919) i 5 Armii Czerwonej (od 1.IV.1919 do 10.V.1920). Od 6.IX.1918 do 8.VII.1919 był równolegle członkiem . W grudniu 1918 został powołany na członka Biura Syberyjskiego KC RKP(b). Jako członek Biura miał kierować bolszewickim podziemiem zbrojnym na Uralu i Syberii i oddziałami Czerwonych Partyzantów, działającym na zapleczu wojsk Kołczaka, zwłaszcza wzdłuż jednotorowej linii Kolei Transsyberyjskiej, stanowiącej jedyną drogę zaopatrzenia i późniejszą oś odwrotu armii Białych. Po przekroczeniu przez Armię Czerwoną pasma Uralu i wkroczeniu na zachodnią Syberię w trakcie kontrofensywy przeciw wojskom Białych admirała Aleksandra Kołczaka i dalszych operacji - 24.VII.1919 zajęto Czelabińsk - Smirnow został w sierpniu 1919 mianowany na przewodniczącego Biura Syberyjskiego KC RKP(b), od 27 sierpnia 1919 równolegle na przewodniczącego utworzonego wówczas trzyosobowego .