С ноября 1992 года Данилкин занимал должность начальника войск ПВО Северо-Кавказского военного округа. В этой должности участвовал в подавлении Осетино-ингушского конфликта, в разработке и выполнении контртеррористических операций на Северном Кавказе. Являлся военным комендантом Моздокского района Чеченской Республики.