Vesnice Ganim byla založena v roce 1983 skupinou aktivistů napojených na organizaci Betar jako pokus o posílení izraelských demografických pozic v severním výběžku Samařska. V obci fungovalo předškolní zařízení pro děti. Osada se nikdy populačně příliš nerozvinula. Ještě v roce 2000 tu sice byla zahájena výstavba 9 nových domů. Během Druhé intifády byla ovšem obec vystavena častým útokům Palestinců a prohloubila se její izolace. 28. června 2001 byla nedaleko Džanínu zastřelena místní obyvatelka Jekatěrina Weintraubová, když na její automobil vystřelil palestinský útočník. Počátkem 21. století byla navíc obec Ganim ponechána vně Izraelské bezpečnostní bariéry, která v této oblasti vyrostla mnohem blíže k Zelené linii. V srpnu 2005 byl realizován plán jednostranného stažení prosazovaný vládou Ariela Šarona. V jeho rámci měli být z Pásma Gazy a ze severního Samařska staženi izraelští civilní osadníci. V severním Samařsku se to týkalo obcí Ganim, Kadim, Chomeš a Sa-Nur. Plán byl skutečně proveden a všechny čtyři vesnice byly opuštěny. Izraelská armáda si ovšem podržela kontrolu nad oblastmi těchto bývalých osad. Už před evakuací osad vyklidila ale armáda malou základnu, která se nacházela u silnice číslo 6010 mezi osadami Ganim a Kadim.