Après la rafle du Vel d'Hiv en les groupes s'engagent un peu plus dans l'action. Pourchassés sans relâche par la Brigade spéciale (BS2) des Renseignements généraux, presque tous les combattants de la MOI sont repérés à la fin de l'été 1943. À l'automne 1943 la police française les arrête tous. Toutefois, la MOI restera active dans le Sud -Est (Grenoble, Lyon, Marseille) jusqu'à la Libération de la France.