Dopo un soggiorno all'Ospedale Elisabeth Candi di Semarang nel 1963, a Soegijapranata fu proibito di svolgere mansioni attive. Justinus Darmojuwono, ex internato dell'esercito giapponese e vicario generale dal 1º agosto 1962, venne eletto amministratore diocesano. Il 30 maggio 1963 Soegijapranata lasciò l'Indonesia e partì per l'Europa. Papa Giovanni XXIII era ormai prossimo alla morte e monsignor Soegijapranata voleva assistere al conclave. Soegijapranata si recò quindi all'ospedale Canisius di Nimega, dove fu sottoposto a cure dal 29 giugno al 6 luglio. Queste però non ebbero successo. Morì in un convento di Steyl, nei Paesi Bassi, il 22 luglio 1963 all'età di 66 anni. Era stato colpito da un infarto poco prima della sua morte.