第二次世界大战结束后，拉贝因曾是纳粹党员而被先後蘇聯和英國逮捕。在面见了蘇聯朱可夫元帅并证实他沒有犯错之后，他在1946年六月被同盟國無罪釋放，生活拮据。宋美龄很快就找到了拉贝一家的下落，希望拉贝能在东京审判中作为南京大屠杀的证人出席，但被拉贝婉言拒绝。鉴于在南京时的功绩，他因而得到南京市民的捐助及國民政府每月金錢和糧食接濟，全家得以度过战后物质匮乏的难关，包括苏联封锁西柏林的艰难日子。这种接济一直持续到中华民国政府撤离南京为止。1950年1月5日拉貝于西柏林中风逝世，日记资料由他的家人保存。1996年年底拉贝日记重见天日后，拉贝才重新为世人所知。1997年他的墓碑由柏林搬到南京大屠杀遇难同胞纪念馆保存。