Er nahm weder am ersten Konklave 1605, das Leo XI. zum Papst wählte, noch am zweiten Konklave desselben Jahres teil, aus dem Paul V. als Papst hervorging. Am 31. Juli 1606 wurde Bernard Maciejowski zum Erzbischof von Gnesen und Primas von Polen erhoben. Er war "legatus a latere" bei der Hochzeit Siegmunds III. mit Constanze von Österreich. Er war Kardinalprotektor der Jesuiten und unterstützte die Beschlüsse des Konzils von Trient.