Hồng y Mẫn tham dự Mật nghị Hồng y 2013 của Giáo hội Công giáo Rôma để bầu Giáo hoàng mới vào tháng 3 năm 2013, sau khi Giáo hoàng Biển Đức XVI từ chức ngày 28 tháng 2. Trong lần tổ chức mật nghị này, ông là vị Hồng y đến tham dự cuối cùng. Nhận xét về việc từ chức của Giáo hoàng, Phạm Minh Mẫn nhận định: "Việc từ chức của Đức giáo hoàng gây chấn động cả thế giới, và tôi cảm thấy dư chấn kéo dài liên tục trong hơn 10 ngày qua khắp các nơi mà tôi đến thăm Tết, trong Thành phố cũng như khắp đồng bằng sông Cửu Long. Chấn động và những dư chấn đó đánh thức đời sống đức tin, làm cho ánh sáng của hồng ân đức tin lan tỏa trong xã hội hôm nay". Tại Hội nghị trước Mật nghị Hồng y, Hồng y Phạm Minh Mẫn được mời phát biểu ba lần.