Sau khi xung đột tại Thái Bình Dương kết thúc, "Pasadena" thực hiện những nhiệm vụ chiếm đóng. Vào ngày 23 tháng 8 nó trở thành soái hạm của Đội đặc nhiệm 35.1, và đến ngày 27 tháng 8 nó thả neo tại Sagami Wan, rồi vào ngày 1 tháng 9 được chuyển đến vịnh Tokyo nơi nó chứng kiến buổi lễ ký kết đầu hàng chính thức vào ngày hôm sau diễn ra trên thiết giáp hạm "Missouri". Từ đó cho đến giữa tháng 1 năm 1946, nó tiếp tục ở lại vịnh Tokyo hỗ trợ cho lực lượng chiếm đóng. Vào ngày 19 tháng 1, nó lên đường đi San Pedro, California cho một đợt đại tu đã bị trì hoãn. Công việc huấn luyện cùng các hoạt động tại chỗ được tiếp nối, và đến tháng 9 nó lại hướng sang phía Tây.