Nach dem kurzen Pontifikat von Pius III. wollte der ehrgeizige Kardinal Giuliano della Rovere Papst werden und wandte sich an Cesare, um die zwölf spanischen Kardinäle zu einer Abstimmung zu seinen Gunsten zu bewegen. Cesare vereinbarte mit ihm am 29. Oktober 1503, dass die spanischen Kardinäle im Konklave für della Rovere stimmen sollten und er selbst im Gegenzug Herrscher in der Romagna und päpstlicher Heerführer bleiben konnte. In den Tagen der Papstwahl traf sich Cesare auch mit Niccolò Machiavelli, der schon zwischen dem 7. Oktober 1502 und dem 18. Januar 1503 als florentinischer Gesandter den Hof Cesares besucht hatte. Obwohl Machiavelli in Cesare einen fähigen Heerführer und modernen Politiker sah, bewertete er den naiven Glauben an das Versprechen des neuen Papstes als fundamentalen Fehler. Er schrieb im 7. Kapitel des "Il Principe":