Al comienzo de la Guerra Civil, James Hagan organizó y fue elegido capitán de una compañía de caballería para la Milicia de Alabama, los "Dragones Móviles", que sirvieron de guardia a lo largo de la Costa del Golfo. Se transfirió como Mayor) al 1er Regimiento de Caballería de Mississippi el 26 de octubre de 1861. El regimiento luchó en la Batalla de Shiloh del 6 al 7 de abril de 1862. Hagan dirigió a sus hombres en una carga montada en la Batalla de Perryville, que fue muy elogiada por su comandante de brigada, el general de brigada Joseph Wheeler.