Ponomariov va guanyar el Zonal de Donetsk el 1998, empatà al primer lloc amb 7½/9 a Torshavn 2000, va fer 8½/11 per Ucraïna a l'Olimpíada d'escacs de 2000 a Istanbul, guanyant la medalla d'or a la millor actuació al segon tauler, i guanyà, amb 7/10 la "Governor's Cup" a Kramatorsk, el 2001. El mateix any, fou subcampió d'Europa individual, rere Emil Sutovsky, a Ohrid, Macedònia. També el 2001, formà part de l'equip ucraïnès que guanyà la medalla d'or al Campionat del món per equips el 2001, a Erevan.