Pred sezono 2006 se je ponovno vrnila menjava pnevmatik na dirki, Barichella pa je zamenjal rojak Felipe Massa. Kljub temu je lanski prvak Alonso izkoristil premoč Renaulta v prvi polovici sezone in si nabral že 25 točk prednosti pred Schumacherjem. Toda nato sta se Schuamcher in predvsem Ferrari prebudila in zabeležila tri zaporedne zmage na Velikih nagradah ZDA, Francije in Nemčije. Na Veliki nagradi Madžarske so Schumacherja zaostabile nekonkurenčne Bridgestonove dežne pnevmatike, na Veliki nagradi Turčije pa mu je taktiko porušil varnostni avto, ki je zmago prinesel Massi. Toda nato sta sledili še dve zaporedni zmagi na Velikih nagradah Italije, kjer je Schumacher napovedal upokojitev po koncu sezone, in Kitajske in Schumacher je prešel v vodstvo v prvestvu dirkačev, Ferrari pa v prvesntvu konstruktorjev. Toda nato je Schumacher po vodstvu v zadnjem delu Velike nagrade Japonske razneslo motor, tako da je na zadnjo dirki za Veliko nagrado Brazilije potoval le še s teoretičnimi možnostmi za naslov, tam pa je kljub odličnem dirkanju po okvari v kvalifikacijah in počeni pnevmatiki med dirko dosegel četrto mesto. Zmagal pa je Massa in postal prvi Brazilec, ki mu je uspelo zmagati doma po Ayrtonu Senni v sezoni 1993.