Στα χρόνια της κατοχής, κατέφυγε από την Αθήνα στη Ζάκυνθο για να αποφύγει το μεγάλο λιμό του χειμώνα του 1941-42. Η φιλολογική σχολή του Πανεπιστημίου της Ρώμης τον ανακήρυξε καθηγητή Νεοελληνικής Λογοτεχνίας αλλά ο Σιγούρος δεν πήγε στη Ρώμη για να αναλάβει την έδρα του. Όταν του προτάθηκε η θέση του δημάρχου Ζακύνθου από την Ιταλική διοίκηση αρνήθηκε να τη δεχτεί. Στα Δεκεμβριανά, φοβούμενος ότι θα συλληφθεί όμηρος είχε εγκαταλείψει το σπίτι του και κατέφυγε στην οικία του Ξενόπουλου στου Ψυρρή. Κατάφεραν να διαφύγουν από αυτήν εν μέσω των συγκρούσεων προτού καταστραφεί από δυνάμεις του ΕΛΑΣ. Το 1947 του ανατέθηκε ειδική αποστολή στην Πρεσβεία στη Ρώμη για να αναγνωριστεί το δικαίωμα του ελληνικού κράτους να ρυθμίζει τις υποθέσεις Ελλήνων υπηκόων στη Βενετία. Έτσι επετεύχθη ο στόχος του να ιδρυθεί Ινστιτούτο Βυζαντινών και Μεταβυζαντινών Σπουδών.