Alors que l'armée rouge approche de Vilnius fin juin 1944, la Wehrmacht se prépare à battre en retraite. Les prisonniers juifs du camp savaient (après avoir entendu des reportages de la BBC sur des postes de radio secrets) que chaque fois que l'Armée rouge libérait un camp de travaux forcés, tous les détenus sont retrouvés morts, abattus par les SS avant de partir en retraite. Ainsi, de nombreux prisonniers cherchaient à créer des cachettes (appelées Malines) ou des plans d'évasion dans les mois précédant l'été 1944. Mais ils avaient besoin de savoir quand les SS arriveraient pour les exterminer. Le samedi 1er juillet 1944, le major Plagge entra dans le camp, avec le SS Oberscharfürhrer Richter à ses côtés et prononça un discours informel alors que les prisonniers juifs du camps se rassemblaient autour de lui. Plagge annonce que lui et ses hommes avaient reçu l'ordre de se retirer à l'ouest et qu'il n'avait pas pu obtenir la permission d'emmener les travailleurs avec l'unité; cependant, il les rassura sur le fait que les prisonniers devaient être relogés par les SS le lundi 3 juillet et a déclaré qu'ils ne devraient pas s'inquiéter car ils savaient tous que les SS étaient une organisation vouée à la protection des réfugiés. Avec cet avertissement secret, plus de la moitié des prisonniers du camp se cachèrent avant l'arrivée des SS le 3 juillet 1944. Les 500 prisonniers qui se présentèrent à l'appel appelé par les SS ont été emmenés dans la forêt de Poneriai et abattus. Au cours des trois jours suivants, les SS fouillèrent le camp et ses environs et réussirent à retrouver la moitié des prisonniers disparus. Ces 250 Juifs furent abattus dans la cour du camp et derrière le bâtiment 2. Lorsque l'Armée rouge capture Vilnius quelques jours plus tard, environ 250 Juifs du camp émergent de leurs cachettes ce qui constitue le plus grand groupe de survivants juifs de la Shoah à Vilnius.