Sequeira spielte für verschiedenen costa-ricanische Jugendnationalmannschaften. 2004 gab er sein Debüt in der A-Nationalmannschaft. Seither vertrat er sein Land bei der Copa América 2004 in Peru, beim CONCACAF Gold Cup 2005 in den USA und bei der erfolgreichen Qualifikation für die Fußball-Weltmeisterschaft 2006 in Deutschland.