Když si však později císař zřídil veliké vlastní vojsko pod vedením Albrechta z Valdštejna a mínil ho použít k rozmnožení své moci ve Svaté říši, postavil se tomu Maxmilián rozhodně na odpor a na kurfiřtském sněmu v Řezně roku 1630 vymohl propuštění Valdštejnovo. Za války švédské musil po porážce Tillyho v bitvě u Rainu nad Lechem (1632) z Mnichova prchnout. Valdštejn ho ze msty nepodporoval. Po vítězství u Nördlingenu (1634) se účastnil Maximilián s celou mocí boje proti Francouzům i Švédům. Ale později jeho země příliš trpěla od nepřátel, pročež Maxmilián učinil roku 1647 u Ulmu s nepřítelem separátní příměří. Ve vestfálském míru si podržel Horní Falc i kurfiřtství.