Quando a Guerra Civil Espanhola irrompeu em Julho de 1936, Juan Guilloto participou do assalto ao Cuartel de la Montaña, e na Batalha de Guadarrama lutou na Cordilheira de Guadarrama. Ele foi um dos líderes do Quinto Regimento, tornando-se seu comandante a partir de Outubro de 1936 em diante. Ele lutou em Talavera de la Reina, Santa Olalla e Illescas (Setembro de 1936), na defesa de Madrid e na Segunda Batalha da Estrada da Corunha, bem como na Batalha de Jarama (Fevereiro de 1937).