L'instrument de prédilection de John Lennon est la guitare, à laquelle il est initié dans sa jeunesse par sa mère Julia, qui lui enseigne tout d'abord le banjo, ainsi que le piano. Sur la plupart des titres des Beatles, il tient ainsi la guitare rythmique, tandis que George Harrison est guitariste soliste. S'il utilise une guitare acoustique avec les Quarrymen, il utilise majoritairement des guitares électriques avec les Beatles. L'une d'entre elles, sa Rickenbacker 325, est devenue emblématique, et a été reproduite comme contrôleur de jeu pour "", sorti en 2009. Il a aussi rendu célèbre un autre modèle de guitare, l'Epiphone Casino, notamment utilisée dans les clips de "Hey Jude" et "Revolution" en 1968, ainsi que lors du concert sur le toit d'Apple en 1969. Lennon joue de très rares fois de la basse, notamment sur les titres "Helter Skelter", "Let It Be" et "The Long and Winding Road", dans les cas où Paul McCartney est au piano ou à la guitare électrique. Il est aussi amené à jouer de l'orgue, comme dans la séquence de "The Night Before" du film "Help!", ou lors du concert au Shea Stadium de New York en 1965 pour l'interprétation de "I'm Down".