Korte osallistui talvisotaan aluksi nostomiehenä toisen silmän sokeuden vuoksi ja myöhemmin ryhmänjohtajana Erillinen pataljoona 2:ssa. Hän haavoittui 23. joulukuuta 1939 Muolaassa ja toisen kerran 20. helmikuuta Ilveksessä. Jatkosodassa Toivo Korte toimi joukkueen varajohtaja ja johtajana Jääkärirykmentti 12:ssa. Hän haavoittui kolmannen ja neljännen kerran 10. helmikuuta ja 3. heinäkuuta 1944 Rauesaaressa sekä 3.7. ja viidennen kerran 25. heinäkuuta 1944 Ihantalassa.