Tras el estallido de la Guerra Civil, ascendió y se hizo cargo de la Brigada de Crímenes "Sociales". En octubre de 1936 fue nombrado Subdirector general de Seguridad, en sustitución del dimitido Carlos de Juan Rodríguez. Cuando comenzó la Batalla de Madrid su superior jerárquico, Manuel Muñoz Martínez, se marchó a Valencia junto al resto del gobierno republicano; esto le dejó prácticamente al frente de la DGS en Madrid. Pero en medio de la evacuación del gobierno las funciones de seguridad fueron asumidas por la Delegación de Orden público de la Junta de Defensa de Madrid, dirigida por Segundo Serrano Poncela, a cuyas órdenes quedó Girauta. No obstante, sería Girauta el que firmó muchas de las órdenes de evacuación de presos de las cárceles de Madrid que, sin embargo, acabarían siendo ejecutados en Paracuellos.