Bragg komensi miliisiväkeä New Orleansin ympäristössä 16. huhtikuuta saakka, kunnes siirtyi etelävaltioiden armeijaan prikaatinkenraaliksi 7. maaliskuuta. Hän komensi etelävaltioiden Floridan Pensacolassa olevia joukkoja ja ylennettiin kenraalimajuriksi 12. syyskuuta samana vuonna. Hän vei joukkonsa Alabamaan ja Mississippiin, missä sai huomautuksen joukkojensa kurittomuudesta. Hän otti osaa myös Shilohin taisteluun ja siellä Hornet´s Nestin valtaukseen. Huhtikuun kuudentena 1862 hänet ylennettiin kenraaliksi, kahdeksantena etelävaltioiden armeijassa. Kesäkuussa hän oli koko Tennesseen armeijan komentaja.