1990-lukua leimasivat aseistetut etniset konfliktit Pohjois-Kaukasuksella. Konflikteissa oli kyse islamistien kapinasta federaation valtaa vastaan (etenkin Tšetšeniassa) tai paikallisten ryhmien välisistä etnisistä tai klaanien kahinoista (kuten Pohjois-Ossetia-Alaniassa osseettien ja inguušien välillä tai eri klaanien välillä Tšetšeniassa). 1990-luvun alussa tšetšeeniseparatistit julistivat maan itsenäiseksi, jonka jälkeen alueella on käyty katkottaista sissisotaa (Ensimmäinen Tšetšenian sota, Toinen Tšetšenian sota) tšetšeenien kapinallisryhmien sekä Venäjän armeijan välillä. Separatistien terroristihyökkäykset siviileitä vastaan, kuten Venäjän kerrostalopommit, Moskovan teatterikaappaus ja Beslanin koulukaappaus tappoivat satoja ihmisiä ja aiheuttivat huomiota maailmalla. Tšetšenian sodissa kuoli joidenkin arvioiden mukaan pari sataatuhatta ihmistä ja niihin liittyi paljon siviileitä vastaan kohdistettuja julmuuksia ja muita sotarikoksia.