Antes de partir hacia la Península, McClellan trasladó al Ejército del Potomac a Centreville en una marcha de "chantaje". Descubrió allí cuán débiles habían sido realmente la fuerza y la posición de Johnston, y se enfrentó a crecientes críticas. El 11 de marzo, Lincoln relevó a McClellan de su cargo de general en jefe de los ejércitos de la Unión para que pudiera dedicar toda su atención a la difícil campaña que tenía por delante. Lincoln mismo, con la ayuda del Secretario de Guerra Stanton y una Junta de Guerra de oficiales, asumió el mando de los ejércitos de la Unión durante los próximos cuatro meses. El Ejército del Potomac comenzó a embarcar hacia Fort Monroe el 17 de marzo. La partida fue acompañada de una nueva sensación de preocupación. El primer combate de barcos acorazados tuvo lugar el 8 y 9 de marzo cuando el CSS Virginia y el USS Monitor lucharon en la inconclusa batalla de Hampton Roads. La preocupación del Ejército era que sus barcos de transporte fueran atacados por esta nueva arma directamente en su camino. Y la Armada de los EE. UU. no le aseguró a McClellan que podían proteger las operaciones en el James o en el York, así que su idea de envolver anfibiamente Yorktown fue abandonada, y ordenó un avance en la península para comenzar el 4 de abril. El 5 de abril, McClellan fue informado de que Lincoln había cancelado el traslado del cuerpo del general de división Irvin McDowell a Fort Monroe, tomando esta acción porque McClellan no había dejado el número de tropas previamente acordado en Washington, y porque la Campaña de Jackson's Valley estaba causando preocupación. McClellan protestó a gritos que se le estaba obligando a dirigir una gran campaña sin los recursos prometidos, pero siguió adelante de todos modos.