Перес выступает за сборную Уругвая с 2001 года и на данный момент является одним из самых опытных игроков в составе «"Селесте"». Играл на четырёх Кубках Америки — 2001 (когда состоялся его дебют в футболке национальной сборной), 2004, 2007 и 2011 годов. В 2010 году Перес помог команде Уругвая дойти до полуфинала чемпионата мира, на котором успешно действовал в опорной зоне в связке с Эхидио Аревало Риосом.