Maria wuchs in einer Zeit auf, in der die Regierung ihres Vaters vollständig vom ersten Marquês de Pombal dominiert wurde. Ihr Vater zog sich dabei oft in den Palast von Queluz zurück, der später Maria und ihrem Ehemann übergeben wurde. Der Marquês übernahm am 1. November 1755 die Kontrolle über die Regierung nach dem schrecklichen Erdbeben in Lissabon, bei dem rund 100.000 Menschen ums Leben kamen. Der Palast, in dem Maria geboren wurde, wurde ebenfalls bei der Katastrophe zerstört.