После присоединения Эстонии к СССР в 1940 году город первоначально оставался в пределах административных границ Эстонской ССР. 10 июля 1941 года Печоры были оккупированы нацистской Германией, и с декабря 1941 года в качестве окружного центра были включены в состав генерального комиссариата Эстония Рейхскомиссариата Остланд. Город был освобождён 11 августа 1944 года войсками 291-й стрелковой дивизии 116-го стрелкового корпуса 67-й армии 3-го Прибалтийского фронта в ходе Тартуской операции.