В 2004 году Переа был внесен в заявку сборной Колумбии на Кубок Америки. 10 июля в первом матче группового этапа против сборной Боливии Эдиксон дебютировал за национальную команду, а также забил единственный гол в матче. Он сыграл в оставшихся четырёх встречах против сборных Перу., Коста-Рики., Аргентины. и Уругвая и завоевал четвёртое место.