První písemná zmínka pochází z roku 1283, kdy Lhenice patřily klášteru Zlatá Koruna. Roku 1420 uchvátil pro sebe Lhenice Oldřich II. z Rožmberka. Císař Zikmund Lhenice roku 1437 zastavil obci Táborské. V roce 1544 povýšil Lhenice císař Ferdinand I. na městečko. Táborské obci byly Lhenice královskou komorou zabrány a prodány opět Rožmberkům, kteří potvrdili městečku svobody. Roku 1600 daroval Lhenice Petr Vok z Rožmberka Martinovi Grejnarovi z Veveří. Ten zde vystavěl zámeček a po krátkém držení odevzdal Lhenice opět Petrovi. Po bělohorské bitvě dostaly se Lhenice v roce 1622 pánům z Eggenberka a roku 1719 Schwarzenberkům.