Aan het begin van de Joodse Opstand wisten de Zeloten het fort in bezit te krijgen (66 na Chr.). Nog geruime tijd na de inname van Jeruzalem in 70 wisten de Zeloten hier stand te houden tegen de Romeinse overmacht. Toen 72 de Romeinse "legates" Lucilius Bassus, de aanvoerder van het Legio X Fretensis, na zijn verovering van Herodion het beleg om Machaerus sloeg en een van de ravijnen vulde met aarde, waardoor het fort bereikbaar werd, zagen de Zeloten zich uiteindelijk gedwongen zich alsnog over te geven. Op Bassus' bevel werd het fort Machaerus verwoest, om te voorkomen dat zich hier opnieuw opstandelingen zouden verzamelen. Alleen het fort Massada hield in de Joodse Opstand langer stand tegen de Romeinen.