Bis 1504 gehörte Scheffau politisch zum Herzogtum Bayern. Erst nach Ende des bayerischen Erbfolgekrieges wurde das Gemeindegebiet mit den Gerichten Kufstein, Rattenberg und Kitzbühel mit Tirol vereinigt. Anfang des 19. Jahrhunderts erfolgte die Bildung einer politischen Gemeinde unter bayerischer Verwaltung. 1865 wurde die Gemeinde Scheffau schließlich selbständig.