Od roku 1532 až do Bitky na Bielej hore v roku 1620 patrila obec Žerotínovcom. V tejto dobe sa v Bílovicích usadili Habáni a členovia Jednoty bratskej. Habáni tu svoju kolóniu založili v roku 1545. Žerotínovci dali miestnú stredovekú tvrdzu prestavať na renesančný kaštieľ a v roku 1564 postavili kostol pre Jednotu bratskú. Pretože tunajšie Žerotínovci patrili k jedným z moravských vodcov českého stavovského povstania proti Habsburgovcom, museli po Bitke na Bielej hore emigrovať a ich majetok bol skonfiškovaný. Habáni a členovia Jednoty bratskej boli potom z Moravy vyhnaní na Slovensko.