В августе 2008 года Чуркин вошёл в жёсткий клинч с представителями западных стран, отстаивая позицию России на заседаниях СБ ООН в период военного обострения российско-грузинского конфликта из-за Южной Осетии и Абхазии. Он назвал «этнической чисткой» ситуацию, в которой «из 120-тысячного населения больше четверти стали беженцами» и «погибли 2 тысячи человек мирного населения», заявив, что Южная Осетия «обратилась к России, потому что такова миссия России — заботиться о безопасности народов Кавказа». На заседании 8 августа по поводу заявлений представителей руководства Грузии о решении территориальных вопросов военным путём Чуркин отметил, что «грузинские политики иногда проговариваются», добавив, что в результате таких действий «полностью подорван кредит доверия к грузинскому руководству как ответственному участнику переговорного процесса и в целом международного общения, соответствующего принципам Устава Организации Объединенных Наций». На следующий день он отметил, что действия президента Грузии Михаила Саакашвили ставят «под большой вопрос состоятельность Грузии как государства и как ответственного члена мирового сообщества». На заседании 10 августа Чуркин сказал, что Россия «не отказывается» от «международных усилий» в связи с урегулированием конфликта и «наш министр иностранных дел просто не отходит от телефона — все время разговаривает с государственным секретарём США». В свою очередь представитель США в ООН Залмай Халилзад отметил, что «во время этого разговора министр иностранных дел Лавров сказал государственному секретарю Соединённых Штатов Райс, что демократически избранный президент Грузии — я цитирую — „должен уйти“. Привожу эту цитату ещё раз: „Саакашвили должен уйти“». Ввиду этого Халилзад задал Чуркину вопрос — «цель Вашего правительства состоит в смене режима в Грузии, в свержении демократически избранного правительства Грузии?», на который получил следующий ответ: