В составе сборной Чехии Филип Новак принимал участие в юниорском чемпионате мира 1999 года, чемпионате мира среди молодёжи 2002 года, а также в золотом для чехов чемпионате мира в Германии в 2010 году. Также Филип регулярно призывался под знамёна сборной для участия в этапах Еврохоккейтура. Всего за сборную Чехии провел 27 игр, набрал 3 (0+3) очка.