Emmanuel Kundé dispute ensuite la Coupe d'Afrique des nations 1990 organisée en Algérie. Cette fois, c'est un véritable échec : le Cameroun ne passe même pas le premier tour de la compétition. Arrive quelques mois plus tard la Coupe du monde 1990 qui se tient en Italie. Le Cameroun atteint le stade des quarts de finale, en s'inclinant après prolongation face à l'Angleterre. Lors de cette rencontre, Emmanuel Kundé inscrit un pénalty permettant au Cameroun de revenir au stade de un but partout, ce qui sera malheureusement insuffisant pour se qualifier en demi.