אבנרי הוקיע את "תוכנית ההתנתקות", וטען כי היא תוכנית ימנית-קיצונית שנועדה להקפיא את תהליך השלום בין ישראל לפלסטינים, להוריד את רעיון המדינה הפלסטינית מהפרק לתמיד, ולהטעות את הציבור בארץ ובעולם. לדעתו היא נבעה משיקולים טקטיים גרידא, במסגרתם היה מוכן אריאל שרון לוותר על רצועת עזה שהיא 1.3% משטח הארץ, תוך ניתוקה מהעולם בים, ביבשה ובאוויר, כדי להשתלט סופית על הגדה המערבית, הגדולה ממנה פי 16, להרחיב את ההתנחלויות בה, וליצור 7–8 מובלעות פלסטיניות דומות לרצועת עזה שיהיו מוקפות בחומת ההפרדה, כדי לקבוע גבולות לסיפוח עתידי וחד-צדדי של ה"גושים" ולמנוע אפשרות שאי פעם תוכל לקום מדינה פלסטינית בת קיימא. כמו כן, ביקר את "שלום עכשיו" על תמיכתה בתוכנית, ואת מפלגת העבודה ומרצ-יחד על שהודיעו שיצביעו בעד התוכנית כאשר יביא אותה שרון לכנסת.