El 13 de julio de 2011 se anunció que Jonathan dejaría a Santos para entrenar con el Inter de Milán de la Serie A, en espera de la finalización de la transferencia. Dos días más tarde, el 15 de julio, se convirtió oficialmente en jugador del Inter, firmando un contrato de cuatro años. Jonathan hizo su debut del Inter el 11 de septiembre de 2011 en la segunda jornada de la Serie A 2011-12, jugando el partido completo en una derrota por 4–3 ante Palermo. Tres días después Jonathan hizo su debut en la Liga de Campeones, jugando todo el partido en la primera jornada contra el Trabzonspor de Turquía en una derrota por 0–1 en San Siro.