אגילאר שימש כקפטן הנבחרת הצעירה של קולומביה והוביל אותה למקום השלישי באליפות העולם עד גיל 20 של שנת שנערכה באיחוד האמירויות. מאז שנת 2004 הוא משחק בנבחרת הבוגרת של קולומביה ובקופה אמריקה 2004 הוא כבש שני שערים שעזרו לנבחרת לסיים במקום הרביעי בטורניר. במוקדמות מונדיאל 2010 שיחק 7 משחקים אך כשל עם הנבחרת להעפיל. במוקדמות מונדיאל 2014 היה חלק חשוב מהנבחרת שהעפילה כששיחק 11 משחקים ואחר כך זומן להיות חלק מסגל הנבחרת במונדיאל עצמו. הוא ערך את הופעת הבכורה שלו במפעל בניצחון של קולומביה 0-3 על יוון. במשחק של קולומביה נגד במסגרת שמינית הגמר הוא בישל את השער הראשון של חאמס רודריגס בניצחון 0-2. אגילאר החמיץ את טורניר הקופה אמריקה 2015 בגלל פציעה, ולקופה אמריקה 2016 כלל לא זומן. במוקדמות מונדיאל 2018 הוא חזר לקראת החצי השני של הטורניר, שיחק 8 משחקים וכבש שער אחד והעפיל עם הנבחרת לרוסיה. למרות כושרו הירוד, הוא נבחר על ידי המאמן פקרמן לסגל הסופי לקראת מונדיאל 2018. הוא ערך את הופעת הבכורה שלו במשחק השני של קולומביה בטורניר מול אך יצא עקב פציעה כבר במחצית הראשונה ולא שב יותר לשחק בטורניר שבו הודחה קולומביה בשלב שמינית הגמר.