Nykyisen Nagalandin varhaisesta historiasta ei ole juurikaan kirjallisia lähteitä. Joitakin mainintoja Nagalandin nagaheimoista tekivät Assamin aluetta hallinneet ahomit keskiajalla. Nagat tunnettiin sotaisuudestaan ja vuoriltaan he tekivät sotaretkiä tasangoilla sijainneille alueille. Burmalaiset levittäytyivät alueelle vuonna 1816, ja koko alue oli burmalaisten hallussa vuoteen 1819 mennessä. Burmalaiset joutuivat kuitenkin vetäytymään brittien saatua Assamin hallintaansa ensimmäisen anglo–burmalaisen sodan jälkeen vuonna 1826. 1840-luvulta lähtien Nagalandin alueella alkoi toimia kristittyjä lähetyssaarnaajia, joiden työn seurauksena monet nagaheimot kääntyivät kristinuskoon. Brittihallinto perusti vuonna 1881 Naga Hillsin piirikunnan, jonka hallinnollinen keskus oli Kohima. Brittihallinto lopetti alueella perinteisesti harjoitetun pääkallonmetsästyksen ja eri heimojen kylien välillä tehdyt sotaretket. Toisen maailmansodan aikana vuonna 1944 kohti Intiaa edenneet japanilaiset voitettiin Kohiman taistelussa. Vuonna 1945 nagat perustivat "Naga Hills District Tribal Council"-nimisen järjestön, josta vuotta myöhemmin tuli Naga National Council eli NNC. NNC alkoi julkaista lehteä "Naga Nation", jonka artikkeleissa vaadittiin Nagalandin itsenäisyyttä.