I 1902 overtog Tomas Estrada Palma officielt regeringen som Cubas første præsident. I 1903 sluttedes en handelstraktat med USA, hvorved der tilstodes store gensidige toldnedsættelser. Forholdene i landet var imidlertid kaotiske, idet er foregik omfattende partikampe mellem magtlystne grupperinger, og regeringspartiet tillod omfattende valgsvindel ved valgene, hvilket fik oppositionen til at true med revolution. I 1906 udbrød imidlertid et åbent oprør, og da den cubanske regering ikke kunne dæmpe det, måtte præsidenten Estrada Palma overdrage styrelsen til USA. Den amerikanske præsidenten Theodore Roosevelt sendte de amerikanske kabinetsministre William Howard Taft og Bacon for at mægle en fred. Snart tilkaldte de militære styrker, Estrada Palma måtte træde tilbage, og den 29. september overtog Taft som provisorisk regent Cubas ledelse for den tid, som kunne kræves for at genoprette ro og orden samt almindelig tillid. Oprørerne nedlagde omgående deres våben, og allerede i oktober kunne Taft vende tilbage til USA efter at have overdraget ledelsen af den provisoriske styrelse til Charles E. Magoon, der var tidligere guvernør over Panamakanalzonen. Den provisoriske regering gennemførte en række tiltag for at komplementere loven om præcisering af præsidentens rettigheder, reformering af provinsforvaltning og domstolsvæsenet med mere. Da ordnede forhold blev ansete for fuldt genoprettede, blev udråbt nyvalg til præsident og kongres, og den 28. januar 1909 blev Cubas styrelse atter overdraget til indenlandske myndigheder, lige som de amerikanske tropper forlod øen.