Ojciec Marii zmarł w 1612, gdy Maria miała zaledwie trzy lata, a następcami na tronie Mantui zostali jego dwaj bracia, którzy nie mieli potomstwa. Sprawiło to, że w 1627 Maria wraz z mężem Karolem II odziedziczyli oba księstwa. Maria była już księżną Montferratu od 1612. Doprowadziło to do wojny o sukcesję mantuańską, w wyniku której po śmierci Karola II w 1631 księciem Mantui został ojciec Karola – Karol I Gonzaga.