Pod wpływem reformacji duża część szlachty przyjęła wyznania protestanckie (luteranizm, kalwinizm i arianizm). W okresie zawiązywania unii lubelskiej pojawiały się nawet propozycje utworzenia kościoła narodowego. Wprawdzie w efekcie kontrreformacji większość szlachty powróciła do Kościoła katolickiego, ale proces ten przebiegał pokojowo, głównie poprzez propagandę i szkolnictwo jezuickie. Dopiero po potopie szwedzkim doszło do prześladowań braci polskich i ich wygnania z kraju.