В эпоху Средневековья в Средней Азии расселились тюркские племена и распространился ислам. После распада Арабского халифата контроль за регионом перешёл к Саманидам. В XI веке сформировалось мощное Государство Хорезмшахов. В XIII веке Средняя Азия стала частью Монгольской империи (Чагатайский улус).