Το 1897 με αφορμή το Κρητικό Ζήτημα Έλληνες άτακτοι εισέβαλαν στη Μακεδονία, αλλά ο ελληνοτουρκικός πόλεμος που ακολούθησε σύντομα κατέληξε σε συντριπτική ήττα της Ελλάδας και στην επιβολή στη χώρα διεθνούς οικονομικού ελέγχου. Στον απόηχο της αποτυχημένης εξέγερσης του Ίλιντεν της αυτονομιστικής ΕΜΕΟ το 1903, η ελληνική κυβέρνηση, επιδιώκοντας να συντρίψει τις ομάδες των κομιτατζήδων και να αποσπάσει τους σλαβόφωνους της Μακεδονίας από τη βουλγαρική επιρροή, οργάνωσε στην τουρκοκρατούμενη περιοχή αντάρτικες επιχειρήσεις υπό την ηγεσία Ελλήνων αξιωματικών, που έγιναν γνωστές με την ονομασία Μακεδονικός Αγώνας και διήρκεσαν ως την Επανάσταση των Νεοτούρκων το 1908.