Zurück in den Vereinigten Staaten ließ sich Allen mit einem eigenen Atelier in Boston nieder. Er wurde Mitglied der "American Society of Artists", der "Copley Society of Boston" und der "Boston Society of Watercolor Painters", die unter seinem Vorsitz reorganisiert und 1892 in "New England Watercolor Society" umbenannt wurde. 1884 nahm ihn die National Academy of Design in New York City als "associate member" auf. 1893 saß er im "International Board of Judges", eine Jury, die die Kunstausstellung der World’s Columbian Exposition in Chicago begutachtete. Außerdem war er Vorsitzender der Gemäldejury zur Saint Louis World’s Fair 1904, Vizepräsident des "Boston Art Club", Vorsitzender der "Art Commission of Boston", Vorsitzender der "Boston Museum School of Drawing and Painting" und bei seinem Tod im Jahr 1924 Vorsitzender des Stiftungsrats des Museum of Fine Arts, Boston. Sein Grab findet sich auf dem "Woodlawn Cemetery" in Princeton, Worcester County, Massachusetts.