Дебют Переса в сборной Колумбии состоялся 28 января 1994 года в товарищеском матче против венесуэльцев. В 1994 году вошёл в состав колумбийской команды на чемпионат мира в США, где полностью провёл три матча группового этапа, отметившись одной голевой передачей. Также Перес участвовал в Кубке Америки 1989 и 1993 годов.