Jego pierwszą siedzibą była jedna z wież zamku św. Jerzego w Lizbonie – "Torre do Tombo", zniszczona podczas trzęsienia ziemi w 1755 roku. Zbiory archiwum uratowano i przeniesiono do klasztoru São Bento da Saúde. Jeszcze w XVI wieku rozpoczęto katalogowanie zbiorów, wprowadzono rejestrację dokumentów i zaczęto prowadzić ich spisy.