Seit Errichtung des Raketenwerkes 1936 wurde die Kapelle, die nun im militärischen Sperrgebiet stand, vernachlässigt und war über Jahrzehnte dem Verfall preisgegeben. Den 50. Jahrestages des ersten Bombenangriffs auf Peenemünde in der Nacht vom 17. zum 18. August 1943 nahm die Kirchgemeinde 1993 zum Anlass, die Kapelle wieder aufzubauen. Diese war so stark beschädigt, dass sie in historisierender Form neu aufgebaut wurde. Der Innenraum wurde neu gestaltet. Die Kapelle soll heute auch als Gedenkstätte an die Opfer von Peenemünde dienen. Die Einweihung erfolgte am Gedenktag, am 18. August 1993.