В 1827 году Никифоров был в эскадре контр-адмирала графа Гейдена на корабле «Азов» и участвовал в сражении при Наварине, где был контужен в грудь и за отличие был награждён орденом Св. Владимира 4-й степени с бантом и греческим орденом Спасителя 4-й степени с короной. Возвратясь на родину, он был переименован из штурманов 8-го класса в капитаны корпуса флотских штурманов и продолжал принимать ежегодно участие в морских кампаниях.