En 2013, elle enquête sur l’assassinat au Mali des journalistes de RFI Ghislaine Dupont et Claude Verlon. Agnès Callamard a été Rapporteur spécial sur les exécutions extrajudiciaires, sommaires ou arbitraires, nommée à cette "procédure spéciale" par la résolution A/HRC/RES/35/15 du Conseil des droits de l'homme du pour un mandat de trois ans. En 2019, elle dirige l'enquête sur l'assassinat du journaliste saoudien Jamal Khashoggi. Son rapport et ses conclusions (A/HRC/41/CRP.1) sont présentées au Conseil des droits de l'homme des Nations unies en .