Les tensions entre catholiques et protestants qui renaissent en Bohême plongent l'Europe dans la Guerre de Trente Ans. Les armées suédoises viennent prêter main-forte aux princes allemands protestants et pénètrent en Alsace pendant l'été 1632. Les villes alsaciennes sous autorité des Habsbourg tombent une à une. Belfort capitule sans combattre le . La ville est tantôt sous le contrôle suédois, tantôt français et tantôt du Saint Empire. En 1633, un chevalier lorrain libère Belfort au nom de l'Empire. En 1634, les suédois siègent de nouveau devant Belfort, qui se rend après une longue résistance. À la suite de la défaite suédoise à Nördlingen, la Suède ne peut plus tenir ses positions en Haute-Alsace. Le Traité de Paris, signé le , place les villes alsaciennes, sauf Belfort restant une possession de l'Archiduché d'Autriche, sous la protection de la France. Louis II de Champagne, comte de la Suze, a été nommé par Richelieu gouverneur dans la ville voisine de Montbéliard. Rapidement il prend conscience de l'intérêt stratégique de Belfort ; il en fait le siège et s'en empare dans la nuit du 27 au . Gaspard de Champagne, un de ses fils, devient comte de la Suze à la mort de son père en septembre 1636 et hérite de Belfort alors ruinée par la guerre. La population a été divisée par deux et ne dépasse pas les .