Zwischen 1425 und 1428 wurden Ortschaft und Kloster mehrfach von den Hussiten verwüstet. In den nachfolgenden zwei Jahrhunderten wurde die Entwicklung des Klosters und damit auch des Stiftslandes gehemmt. Ursächlich hierfür waren nach den Hussitenkriegen die Bedrückungen durch den einheimischen Adel und den böhmischen Landesherrn, im 16. Jahrhundert die nachteiligen Auswirkungen durch die Reformation und 1618 bis 1648 durch den Dreißigjährigen Krieg. Nach Kriegsende lag das verwüstete Stiftsland wirtschaftlich darnieder. Nur ein Drittel der Bevölkerung von Kamenz überlebte die Kriegswirren und die 1633 wütende Pest.