Во время Войн Алой и Белой розы Уильям, как и его отец, действовал как последовательный сторонник Ланкастеров. Он сражался при Нортгемптоне 10 июля 1460 года, где погиб его отец (предположительно накануне битвы его посвятили в рыцари); в битве при Таутоне 29 марта 1461 года Уильям попал в плен к йоркистам. Он получил помилование, но был лишён титулов, а все его владения перешли к лорду Уильяму Гастингсу. В 1470 году Генрих VI Ланкастерский вернул себе престол и тут же восстановил Бомонта в его правах. Уже в следующем году Ланкастеры снова потерпели поражение. Сэр Уильям сражался при Барнете, а в 1473—1474 годах вместе с Джоном де Вером, 13-м графом Оксфорд, долго защищал от йоркистов гору святого Михаила в Корнуолле. После капитуляции, по одной из версий, ему удалось бежать, а по другой, он оказался в заключении в Кале. Впоследствии Бомонт присоединился к ланкастерскому претенденту на престол Генриху Ричмонду и вместе с ним высадился летом 1485 года в Милфорд-Хейвене. Он принял участие в битве при Босворте, где Йорки были окончательно разбиты. Новый король Генрих VII 7 ноября того же года провёл через парламент особый акт, по которому Бомонт получил свои титулы и земли.