கருணாகரன் 1963 அக்டோபர் 1 இல் பிறந்தார். செட்டிப்பாளையம் மகா வித்தியாலயத்திலும், புனித மிக்கேல் கல்லூரி தேசியப் பாடசாலையிலும் கல்வி கற்றார். தமிழருக்கு எதிரான கறுப்பு யூலை வன்முறைகளை அடுத்து இவர் 1983 ஆகத்து மாதத்தில் பாடசாலையை விட்டு வெளியேறி, 1983 நவம்பரில் தமிழீழ விடுதலை இயக்கம் (டெலோ) என்ற ஈழப் போராட்டக் குழுவில் இணைந்தார். ஆயுதப் பயிற்சியைப் பெற்றுக் கொண்டு, 1987 சூனில் அம்பாறை-மட்டக்களப்பு மாவட்ட டெலோவில் பிராந்தியத் தலைவரானார். பின்னர் டெலோவின் பொதுச் செயலாளரானார்.