Lääkäriksi valmistuttuaan vuonna 1977 Lindén toimi terveyskeskuslääkärinä Turussa. Porin kaupungin terveyskeskuksen johtavana ylilääkärinä hän toimi vuosina 1987–1994. Porin terveyskeskuksissa otettiin tällöin käyttöön hänen kehittämänsä omalääkärimalli, joka otettiin myöhemmin käyttöön valtakunnan laajuisesti. Omalääkärimallin tarkoituksena oli taata kuntalaisille nopeampi lääkäriin pääsyn ja terveydenhoidon resurssien riittävyys. Turkuun Lindén palasi Länsi-Suomen lääninlääkäriksi vuonna 1995. Merkittävä erityistehtävä oli toimiminen vuonna 1994 sattuneen Estonian meripelastuksen johtoryhmän jäsenenä.