Lors de la saison 2012-2013, c'est dans le slalom qu'il se démarque principalement avec 4 victoires et 3 podiums en autant de courses. Il remporte son premier city event à Moscou. Ajoutées à cela des performances dans les autres disciplines, notamment une victoire au géant de Val d'Isère, Marcel Hirscher parvient à accrocher la première place de la coupe du monde avant l'ouverture des Championnats du monde de ski alpin 2013 à Schladming. Il y décroche la médaille d'argent de géant derrière Ted Ligety puis s'impose en slalom le dernier jour devant spectateurs entièrement acquis à sa cause.