Moscardó wurde im Oktober 1936 zum Brigadegeneral befördert und zum Kommandeur der nationalen „Soria“ Division ernannt, die von Norden her Anteil an der Belagerung von Madrid hatte. Anfang Januar 1937 nahmen seine Truppen an der Schlacht auf der Carretera de la Coruña und im März 1937 mit den italienischen Truppen an der Schlacht von Guadalajara teil. Danach hatte er kurzfristig das Kommando der 53. Division übernommen, bevor er im September 1937 zum Befehlshaber des Aragoneser Armeekorps ernannt wurde, mit dem er im Dezember 1938 die republikanischen Linien durchbrach und die republikanischen Truppen durch Katalonien an die französische Grenze verfolgte. Kurz vor Ende des Krieges wurde er im Februar 1939 zum Divisionsgeneral ernannt.