Toen Frederik V in 1619 werd verkozen tot koning van Bohemen, raadde Johan Albrecht hem af om deze eer te aanvaarden. Keizer Matthias had twee jaar eerder Ferdinand, de zoon van aartshertog Karel II van Oostenrijk, aangewezen als koning van Bohemen. De hussitische Boheemse adel accepteerde de streng katholieke Ferdinand niet als hun koning en verkoos tijdens de Boheemse Opstand de protestantse Frederik V in zijn plaats als hun koning. Als ervaren staatsman voorzag Johan Albrecht grote problemen, maar Frederik V sloeg zijn advies in de wind. Hij volgde de keurvorst naar Praag voor diens kroning op 4 november 1619 in de Sint-Vituskathedraal en zou tot zijn dood trouw diens verdere lot delen. De Boheemse opstand deed de Dertigjarige Oorlog uitbreken. Bohemen bleek echter geen partij tegen de troepen van de keizer en tijdens de Slag op de Witte Berg op 8 november 1620 werd het Boheemse leger vernietigend verslagen.