Musim 2009 tidak berjalan seperti apa yang Massa inginkan. Beliau gagal menghabiskan 2 perlumbaan dari 4 perlumbaan pertama dan menghabiskan 2 lagi perlumbaan di luar kawasan mata. Namun di Sepanyol, beliau berjaya mendapat mata dengan menghabiskan perlumbaan di petak ke-6. Di Jerman, beliau mendapat podium pertamanya bagi musim 2009 dengan mendapat tempat ke-3. Namun di perlumbaan seterusnya, beliau mengalami kecederaan selepas serpihan dari kereta Rubens Barrichello terkena topi keledar Massa. Ini menyebabkan beliau tidak boleh berlumba pada hari keesokkannya. Massa digantikan oleh Luca Badoer bagi perlumbaan seterusnya. Massa menghabiskan musim di tempat ke-11 dan mendapat 22 mata sahaja.