В третьем сезоне (2007) новой спутницей Доктора становится Марта Джонс в исполнении Фримы Аджимен. Вместе с ней в серии «Пробка» он вновь встречает загадочное Лицо Бо, с которым уже виделся в 1-ом и 2-ом сезонах. Лицо Бо перед смертью оставляет пророчество, звучащее как «Ты не один». В трёхсерийнике, начинающемся с серии «Утопия», Доктор воссоединяется с Джеком Харкнессом; Доктор, Марта и Джек Харкнесс обнаруживают старого врага Доктора и по совместительству его друга детства — Повелителя Времени Мастера, пережившего Войну Времени, скрываясь в далёком будущем и превратив себя в человека, и Доктор осознаёт значение пророчества Лица Бо; Мастер в исполнении Джона Симма угоняет ТАРДИС Доктора и отправляется в Великобританию 2000-х годов, где становится премьер-министром, позднее — правителем Земли, и на один год берёт Доктора в плен. По истечении года Доктор посредством сети «Архангел» и человеческих мыслей побеждает Мастера, и время «отматывается» назад на один год, благодаря чему правление Мастера не происходит; смертельно раненый Мастер отказывается регенерировать и, как представляется Доктору, умирает на его руках. Доктор вновь становится последним выжившим Повелителем Времени.