Druhá obnova Junáka proběhla v období pražského jara mezi lety 1968–1970. Již na začátku roku 1968 se začaly živelně obnovovat skautské oddíly napříč Českem, 29. března pak byl obnoven Junák. Rozvoj organizace však rychle zastavila srpnová okupace; III. sněm v listopadu 1968 tak byl nucen se přihlásit k výchově v socialistickém duchu, opět v rozporu s apolitičností skautingu. Starostou byl zvolen Antonín Sum, náčelní Vlasta Macková, náčelníkem Rudolf Plajner. V roce 1969 měl Junák 65 tisíc členů. Činnost oddílů Junáka pokračovala víceméně nerušeně až do roku 1970, ale řídící úrovně organizace postupně ovládli (skrze několik rozhodnutí v rozporu se stanovami) skauti-komunisté. Ústřední rada Junáka pak rozhodla o zrušení Junáka k 15. září 1970 ve prospěch jednotné Pionýrské organizace Socialistického svazu mládeže; řada oddílů do ní ovšem odmítla vstoupit.