Sonia Guillén aportó sus conocimientos forenses en las indagaciones realizadas por la Comisión de la Verdad y Reconciliación que investigó los crímenes de la época del terrorismo en el Perú. También fue una de las impulsoras de la creación del posgrado en Antropología Forense y Bioarqueología en la Pontificia Universidad Católica del Perú el 2007.