Negli anni seguenti l'attività agonistica di Kipketer fu più volte interrotta dagli infortuni. Pur non riuscendo a gareggiare con continuità, ottenne ancora risultati di spicco quali il titolo di campione europeo a Monaco di Baviera nel 2002, l'argento ai Mondiali indoor di Birmingham nel 2003) e il bronzo ai Giochi olimpici di Atene nel 2004.