Lee kemudian merangkul tiga kejuaraan dari enam pusingan akhirnya pada tahun 2006. Beliau menjuarai Terbuk Switzerland, Kejohanan Badminton Asia dan (untuk kali ketiga) Terbuka Malaysia, di samping juga mencapai peringkat akhir Terbuka Cina Taipei, Terbuka Makau dan Terbuka Hong Kong. Lee membantu skuad Malaysia menggondol dua butir pingat emas di acara badminton perseorangan lelaki dan pasukan campuran di temasya Sukan Komanwel 2006 di Melbourne pada bulan Mac. Lee mencapai kedudukan teratas sebanyak dua kali di ranking dunia Persekutuan Badminton Dunia pada tahun 2006, lalu menyertai Kejohanan Dunia sebagai pemain pilihan pertama, tetapi dikejutkan oleh Bao Chunlai dari China di pusingan suku akhir dalam perlawanan yang dicemari oleh dua panggilan talian berkontroversi yang tidak menyebelahi Lee.