Pouco depois do golpe de 17 de Julho de 1936, as MAOC formaram cinco batalhões que participaram ativamente na defesa de Madrid. Um desses batalhões acabou se tornando no renomeado "Quinto Regimento" ("5º Regimento de Milícias Populares"), uma unidade militar apoiada diretamente pelo Partido Comunista de Espanha e que pretendia ser um modelo para outras unidades militares no período caótico inicial da guerra civil. Na primeira fase crítica da guerra, os Comunistas e os Socialistas lideraram a implementação de uma política que buscava substituir os bandos espontâneos e desorganizados que lutavam pela República Espanhola por unidades leais, disciplinadas e militarizadas. Assim os membros das MAOC acabaram se integrando em diferentes unidades do Exército Republicano Espanhol e a sua milícia foi extinta.