ג'ונסטון ריכז את כוחותיו מכל זירת המערב, וב-6 באפריל החל בהתקפה על צבאו של גרנט, במה שנודע כקרב שילה. ג'ונסטון הצליח להשיג הפתעה מלאה, ובשלב הראשון של הקרב הצליחו חיילי הדרום להדוף לאחור את חיילי הצפון. ג'ונסטון היה בכל מקום לאורך הקו, כשהוא מנהיג אישית את ההתקפה, מעודד ומלהיב את חייליו. בערך בשעה 14:30, כאשר הוביל אחת מהתקפות אלה, נפצע ג'ונסטון מכדור שפגע מאחורי הברך. הוא לא חשב שזוהי פציעה רצינית, ושלח את רופאו האישי לטפל בכמה חיילים פצועים מצבא הצפון. למעשה, הכדור פגע בעורק בית הברך (popliteal artery), ודם החל למלא את מגפו. תוך דקות ספורות הבחינו אנשי מטהו של ג'ונסטון כי הוא נוטה להתעלף ועומד ליפול מעל סוסו. ייתכן ופציעתו בדו-קרב ב-1837 גרמה לנזק עצבי, ולכן לא חש בכאב שגרמה לו פציעתו. ג'ונסטון נלקח לערוץ קטן, בו דימם למוות תוך מספר דקות. מסתבר שהכדור הקטלני נורה על ידי אחד מחיילי הדרום. הכדור פגע בג'ונסטון מאחור, ולא היו חיילי אויב מאחוריו; לעומת זאת, הוא רכב קדימה והקדים את חייליו שירו באותה שעה אל קווי הצפון.