Nach dem Aufstand der Urabi-Bewegung unter Ahmed Urabi Pascha übernahm Muhammad Scharif Pascha nach der am 10. September 1881 erfolgten Entlassung von Premierminister Riyad Pascha am 14. September 1881 zum zweiten Mal das Amt des Premierministers. Er hatte dieses Amt nunmehr bis zu seiner Ablösung durch Mahmud Sami al-Barudi am 4. Februar 1882 inne. Nachdem es im Zuge der Niederschlagung der Urabi-Bewegung ab Mai 1882 zum Anglo-Ägyptischen Krieg kam, wurde er schließlich am 21. August 1882 als Nachfolger von Raghib Pascha zum dritten Mal Premierminister, während Urabi Pascha selbst von Juli bis zu seiner Festnahme nach der Schlacht von Tel-el-Kebir am 13. September 1882 Premierminister einer Rebellionsregierung war. In seiner dritten Regierung fungierte Muhammad Scharif Pascha von 1882 bis 1884 auch wieder als Außenminister.