1993-ban a Ferrari visszahívta Bergert, hogy segítsen helyreállítani a csapat régi fényét. Nagy szerepe volt Jean Todt csapatfőnök szerződtetésében, lerakva a későbbi sikerek alapjait. Az autó ismét messze volt a tökéletestől, egy dobogós hely és 12 pont csak a 8. helyre volt elég a pilóták között, ez volt Berger legrosszabb év végi eredménye, amióta 1986-ban a Benettonhoz szerződött. 1994-ben súlyosan megviselte barátja, Ayrton Senna, és honfitársa, Roland Ratzenberger halála, de a német nagydíjon győzni tudott, ami óriási eredmény volt a csapatnak, tekintve, hogy 1990 óta nem nyertek futamot. Az év végén Berger a 3. helyen zárt Schumacher és Hill mögött. Utoljára 1995-ben versenyzett a Ferrarinál, számos dobogós helyezést elérve. A kanadai nagydíjon a világbajnoki címért küzdő Hill megelőzésével bizonyságát adta, hogy még mindig remek versenyző.