In Niger kam es Anfang der 1990er Jahre nach Jahrzehnten der Einparteien- und Militärherrschaft zu einem demokratischen Umbruch. Eine von Juli bis September 1991 tagende Nationalkonferenz, der diverse Vertreter der Zivilgesellschaft angehörten, übernahm die Macht im Staat, um den Übergang zu einer freien Mehrparteiendemokratie vorzubereiten. Amadou Cheiffou gehörte der Nationalkonferenz als Ersatzmann der Delegierten der Auslandsnigrer an. Am 26. Oktober 1991 wählte ihn die Nationalkonferenz zum Premierminister einer Übergangsregierung bis zu den Parlamentswahlen von 1993 und zum Oberbefehlshaber der Nigrischen Streitkräfte. Cheiffou setzte sich klar gegen Oumarou Sidikou, den Favoriten des Regierungslagers, und fünf weitere Kandidaten durch. Ausschlaggebend für seine Wahl war seine politische Unbefangenheit, da er dem vorangegangenen Regime unter Seyni Kountché und Ali Saibou in keiner Weise verbunden war. Zu seinen zentralen Aufgaben als Regierungschef gehörte es, die Parlaments- und die Präsidentschaftswahlen von 1993 vorzubereiten. Bei letzteren durfte er nicht kandidieren, da den bisherigen Staats- und Regierungschefs die Teilnahme untersagt war. Seine Amtszeit als Premierminister endete am 17. April 1993, als nach den Wahlen Mahamadou Issoufou zum Premierminister ernannt wurde.