בדצמבר 1939, עם ראשית מלחמת החורף, פונתה קוסאמו מיושביה, מחשש לפלישה רוסית. בהסכם מוסקבה שנחתם בין רוסיה לפינלנד ב-12 במרץ 1940 נאלצה פינלנד לוותר על שטחים שונים, ובין היתר על שטח שכלל מספר כפרים באזור קוסאמו. 2,100 תושביהם של כפרים אלה שוכנו מחדש בקוסאמו. במהלך מלחמת ההמשך שימשה העיר כבסיס לצבא פינלנד ולוורמאכט. עם נסיגתו של הוורמאכט לקראת הגעתו של הצבא האדום, נקטו הגרמנים מדיניות של אדמה חרוכה, והחריבו את העיר עד היסוד.