Авамі Ліг отримала переважну більшість голосів на загальних виборах 1970 року. Проте уряд Пакистану скасував результати голосування. Після цього у Східному Пакистані пройшли безпрецедентні акції протесту під керівництвом Муджибура Рахмана. Таджуддін Ахмед був одним з організаторів заворушень. 25 березня 1971 року він прийняв рішення емігрувати до Індії, після того як пакистанська армія почала масові убивства бенгальського населення. Він став прем'єр-міністром уряду Бангладеш у вигнанні, і займав цей пост під час Війни за незалежність. Після того як Бангладеш здобув незалежність, Ахмед повернувся до країни 22 грудня 1971 року і став прем'єр-міністром нової незалежної держави. Потім цей пост посів Муджибур Рахман, а Таджуддін Ахмед став главою Міністерства фінансів Бангладеш. Брав участь у розробці Конституції Бангладеш. Після убивства Муджибура Рахмана 15 серпня 1975 року політична ситуація в країні змінилась, і Таджуддін Ахмед був заарештований 23 серпня цього ж року. 3 листопада 1975 року його було вбито у центральній в'язниці Даки разом із трьома соратниками по партії.