Nach Einsätzen für isländische Nachwuchsnationalmannschaften, unter anderem für die U21, mit der er an der EM 2017 teilnahm, wurde Samúel Friðjónsson im Jahr 2018 für mehrere Freundschaftsspiele in den Kader der A-Nationalmannschaft Islands berufen. Er stand im Aufgebot für die WM 2018 in Russland, bei der Island in der Gruppenphase ausschied, wurde jedoch nicht eingesetzt. In der anschließend ausgetragenen UEFA Nations League spielte der Verteidiger mit Island in der höchsten der vier Ligen.