Joaquim Machado de Castro casou três vezes, tendo enviuvado das três esposas. A sua primeira esposa foi D. Isidora Teresa de Jesus, filha de Silvestre Jorge da Silva e Catarina Maria da Assunção, com quem casou a 23 de fevereiro de 1754 na Igreja de Nossa Sr.ª das Mercês, em Lisboa. Isidora faleceu no Sismo de Lisboa de 1755, em 1 de novembro. Houve geração deste casamento.