Nuno da Cunha e Ataíde starb am 3. Dezember (oder am 15. Dezember, das Datum wird unterschiedlich angegeben) 1750 in Lissabon. Aufgebahrt und bestattet wurden seine sterblichen Überreste in der Dominikanerkirche in Lissabon, die beim Erdbeben von 1755 stark zerstört wurde.