Retornó a Norfolk para realizar reparaciones el 1 de enero de 1847, posteriormente arribó a Veracruz el 21 de marzo con Perry a bordo para tomar el mando de la flota estadounidense que participó en operaciones de desembarco durante el cerco de Veracruz, proporcionando fuego artillero y parte de su tripulación para el desembarco, que logró la rendición de la ciudad tras cuatro días de asedio. Durante el resto de la contienda, el "Mississippi" contribuyó con su artillería, parte de su tripulación y sus embarcaciones menores durante una serie de ataques contra la costa este de México y tomó parte en la captura de Tabasco en junio.