Zanardi on kilpaillut myös käsipyöräilyssä. Hän on muun muassa voittanut sarjansa New Yorkin maratonilla. Lontoon paralympialaisissa 2012 hän voitti käsipyöräilyn H4-luokassa kultaa sekä aika-ajossa että maantieajossa. ja saavutti viestissä hopeaa Italian joukkueessa. Rion paralympialaisissa 2016 hän voitti H5-luokassa kultaa aika-ajossa ja viestissä sekä sai hopeaa maantieajossa Vuoden 2018 Italian Ironman -kestävyyskisojen triathlonissa Zanardi teki paraurheilijoiden uuden maailmanennätyksen ajalla kahdeksan tuntia, kaksikymmentäkuusi minuuttia ja kuusi sekuntia. Vuonna 2020 Zanardi ajautui käsipyöräkilpailussa rekan alle, minkä jälkeen hänet vietiin sairaalaan missä hänet vaivutettiin koomaan. Hänellä on vakava päävamma.