В ходе судебных разбирательств Перишич был осуждён за убийства, бесчеловечные деяния, преследование по политическим, расовым или религиозным мотивам, уничтожение, нападения на мирных жителей и за бездействия во время осады Сараева, ракетного обстрела Загреба и резни в Сребренице. 28 февраля 2013 года Апелляционная палата МТБЮ оправдала Момчило Перишича и распорядилась освободить его из-под стражи. Судья заявил об «юридической ошибке» и о том, что Перишич не может быть ответственным за действия армии Республики Сербской.