Aunque fue diseñado para operar desde portaaviones, para cuando el "Myrt" entró en servicio, la Marina Japonesa ya había perdido sus últimos portaaviones de primera línea, razón por la cual el avión tuvo que operar desde bases en tierra. Asimismo se tenía previsto construir una versión de torpedero designada C6N1B que debía llevar 2 torpedos bajo la panza y debía reemplazar a los B7A y B6N como torpedero estándar de la Marina Imperial. No obstante, cuando los últimos portaaviones japoneses se hundieron, esta versión se volvió innecesaria y por ello Nakajima no la construyó; también se estaba desarrollando una versión de caza nocturno C6N1S la cual estaba armada con 2 cañones Shrage-Musik de 20 mm. Esta versión de caza nocturno fue quizá el mejor de todos los C6N, pues era bastante rápido. A pesar de sus excelentes prestaciones no iba a funcionar: en abril de 1945, una formación de B-29 incursionó las fábricas de Nakajima y destruyó 120 C6N en tierra, de los cuales 20 correspondían a la versión de caza nocturno C6N1S. Más aún, a las 8 noche del 14 de agosto de 1945, un C6N1 se convirtió en el último avión de la guerra en ser derribado, al ser destruido por un P-61 Black Widow apodado "Lady in the Dark". Exactamente trece horas después de la Rendición de Japón la guerra terminó y todos los aviones japoneses quedaron inmovilizados en tierra.