Έχοντας άδεια για ταξίδια σε χώρες του Ανατολικού Μπλοκ, το 1966 ήταν μέρος μιας αντιπροσωπείας που επισκέφθηκε την Ανατολική Γερμανία, ενώ το 1969 και το 1974 επισκέφθηκε τη Βουλγαρία. Τον Αύγουστο του 1968 η Σοβιετική Ένωση ηγήθηκε εισβολής στην Τσεχοσλοβακία για να βάλει τέλος στην Άνοιξη της Πράγας, σε μια περίοδο πολιτικής απελευθέρωσης στην Μαρξιστική–Λενινιστική χώρα. Αν και ο Γκορμπατσόφ αργότερα δήλωσε ότι είχε ανησυχίες σχετικά με την εισβολή, την υποστήριξε δημοσίως. Τον Σεπτέμβριο του 1969 ήταν μέρος της Σοβιετικής αντιπροσωπείας που εστάλη στην Τσεχοσλοβακία, όπου βρήκε τους Τσεχοσλοβάκους σε μεγάλο βαθμό αφιλόξενους. Εκείνο το έτος, οι Σοβιετικές αρχές τον διέταξαν να τιμωρήσει τον Φάγκιεν Β. Σαντίκοφ, γεωπόνος με έδρα τη Σταυρούπολη, του οποίου οι ιδέες θεωρούνταν κριτική από τη Σοβιετική γεωργική πολιτική. Ωστόσο αγνόησε τις εκκλήσεις για την επιβολή της πιο σκληρής τιμωρίας. Ο Γκορμπατσόφ αργότερα δήλωσε ότι "επηρεάστηκε βαθιά" από το συμβάν, δηλώνοντας επίσης ότι "η συνείδησή μου με βασάνιζε" για την επίβλεψη του διωγμού του Σαντίκοφ.