Enzerdsdorf 1396-ban városi jogot kapott és magas városfal építését kezdték el, ami 1399-re készült el. A fal szinte teljes egészében látható ma is. A fal ellenére Mátyás magyar király 1483-ban elfoglalta és kifosztotta a várost, csakúgy mint a Bécset ostromló törökök 1529-ben. A lakosság pótlására horvátokat telepítettek be. 1554-ben néhány ház kivételével a város tűzvész áldozata lett. A harmincéves háborúban a svédek foglalták el és gyújtották fel Enzersdorfot. 1679-ben pestis dúlt a vidéken, röviddel később pedig a törökök, amikor 1683-ban másodszor is megostromolták Bécset.