Nach Kriegsausbruch nahm er seine erneute Wiederwahl in den Kongress nicht mehr an und stellte stattdessen die sogenannte „Hindman's Legion“ auf, deren Kommandeur er auch war. Er kämpfte während des Krieges bei Shiloh (verwundet) und Prairie Grove, am Chickamauga (verwundet), bei Chattanooga und am Kennesaw Mountain (verwundet). Am 28. September 1861 wurde er zum Brigadegeneral und am 28. April 1862 zum Generalmajor befördert.