Im März 1799 nahm Oudinot an der Schlacht bei Feldkirch teil, nach der er zum Divisionsgeneral (Général de division) ernannt wurde. Als solcher trug er viel zum Sieg in der Schlacht bei Zürich bei, erhielt aber dort einen Schuss in die Brust. Kaum genesen, wurde er Generalstabschef bei André Masséna und beteiligte sich mit diesem an der Verteidigung von Genua (April–Juni 1800). Während dieser kriegerischen Auseinandersetzung versuchte er zweimal auf einem kleinen Kahn durch die den Hafen blockierenden englischen Schiffe zum General Suchet, der am Var stand, zu gelangen. Dies glückte ihm auch schließlich, obschon er nahe am Untergang schien. Ebenfalls im Jahr 1800 kam er dann als Generalstabschef zu Brune, der nach der Abreise Napoleons die Armee von Italien befehligte. Er entschied im Dezember 1800 durch einen tapferen Handstreich die Schlacht am Mincio, indem er mit einigen Soldaten die gefährliche Batterie der Österreicher bei Monzambano wegnahm. Daraufhin brachte er die Nachricht vom nach Veronas Fall abgeschlossenen Waffenstand nach Paris.