Новый президент переждал, однако, Наваринскую битву, обеспечившую свободу Греции, и лишь 18 января 1828 года прибыл во вверенную ему страну. Когда между державами начались переговоры о выборе короля для Греции, Каподистрия, в официальных и частных письмах настаивал на том, чтобы было спрошено мнение народа, которое выражалось в подобных случаях устами членов народных собраний, подобранных президентом; но честолюбивые замыслы Каподистрии не увенчались успехом. Принц Леопольд Саксен-Кобургский (впоследствии король бельгийский) отказался, однако, не без влияния со стороны Каподистрии, от предложенной ему короны.