V roce 1554 byl úmyslně zapálený dvůr, ovčín a stodola i s uskladněnou úrodou. Žhářem byl člověk z nedalekého Nosetína, který byl již jednou uvězněný pro loupežnou vraždu a na přímluvu byl propuštěný. Po jeho opakovaném dopadení byl popravený v Táboře. Po smrti pana Bohuslava si jeho synové Jan a Karel v roce 1567 rozdělili majetek. Jan převzal ves a tvrz Vlksice, Dobřemilice, Voděrady, Kvašťov, Růženou, Číčovice, Větrov, Vratišov. Jan Tetour později koupil i díl, který připadl jeho bratrovi. Jan Tetour prodal v roku 1570 Jiříku Těmínovi z Těmic vlksickou tvrz s dvorem a s pivovarem. V držení jejich rodu byla ves do roku 1581, kdy Vlksice zakoupil Jan Mičan z Klinštejna, který však byl nucen pro dluhy prodat vlksický statek v roce 1597 hejtmanu vltavského kraje Přechovi z Hodějova. V roce 1610 zdědil Vlksice jeho synovec Smil z Hodějova. Jeho majetek byl ale zabaven, protože po Bílé hoře ujel s králem Fridrichem Falckým z Čech. Byl dán do klatby a jeho jméno bylo přibito na šibenici. V roce 1621 koupil Vlksice Pavel Michna z Vacínova, který statek, tvrz, pivovar, ves Branišovice, Hněvanice, Záluží, zanedlouho roku 1628 prodal.