Po wybuchu insurekcji Kościuszki Rautenstrauch zgłosił akces do powstania i brał udział w obronie Warszawy przeciw szturmowi wojsk rosyjskich i pruskich, z Prusakami walczył m.in. pod Powązkami, a z Rosjanami na przedpolach Pragi. 10 września 1794 Kościuszko mianował go sztabskapitanem i swym przybocznym adiutantem.