Il projette alors de combattre les confédérés dans le Tennessee. Il doit cependant partager la direction des opérations avec le général Don Carlos Buell. Il envoie alors le brigadier général Grant prendre les forts Henry et Donelson sur les rivières Cumberland et Tennessee. En raison des conditions météorologiques qui ont transformé les routes en bourbier, il fait transporter les troupes de Grant par voie fluviale sur des canonnières. Il envoie le général John Pope se saisir de l'île numéro 10 sur le fleuve Mississippi. Bien que théoriquement supérieur de Buell, il ne parvient que difficilement à le faire converger vers Corinth, Mississippi qui est un centre de ravitaillement pour l'armée confédérée. Alors que le général Albert Sidney Johnston attaque les forces de Grant à Shiloh, qui est sauvé par l'arrivée de l'armée de l'Ohio de Buell le second jour de la bataille, Halleck sous la pression retire le commandement à Grant et prend personnellement la direction des opérations. Il concentre alors ses forces et converge vers Corinth. Mais, trop précautionneux, son avance est très lente et se fait sous une pluie torrentielle et dans la boue.