Его полк был частью знаменитой «бригады каменной стены» генерала Томаса Джексона. Пакстон участвовал в первом сражении при Бул-Ране, был ранен в руку и после выздоровления, 14 октября 1861 года, был избран майором 27-го вирджинского полка. Однако, весной 1862 года он не был переизбран на эту должность, и 30 мая 1862 года стал адъютантом в штабе генерала Джексона. На этой должности он прошел кампанию в долине Шенандоа и Семидневную битву.