В декабре 1944 года был назначен на должность командира 103-го стрелкового корпуса, который участвовал в ходе Инстербургско-Кенигсбергской и Земландской наступательных операциях, в освобождении города Тильзит (ныне Советск), а также в ликвидации 2-й армии противника под Данцигом и Гдыней. Генерал-лейтенант Иван Ильич Миссан вёл переговоры и добился безоговорочной капитуляции войск противника, о чём вскоре вспоминал переводчик Борис Пукшанский: