Die Französische Revolution setzte dieser Entwicklung ein abruptes Ende. Nachdem – gewissermaßen als lokales Pendant zur Bastille – das Château de la Trompette gestürmt worden war, ging die Macht in die Hände der Revolutionäre über. 1790 wurde Bordeaux Hauptstadt des neu geschaffenen Départements Gironde. In der Nationalversammlung stellten die bürgerlich-liberalen Abgeordneten, die Girondisten genannt wurden, eine bedeutende Gruppe, die zunächst erheblichen Einfluss ausübte und maßgeblich an der Erklärung der Menschen- und Bürgerrechte und der neuen Verfassung mitwirkte. Bereits 1793/94 verloren die Girondisten mit der Terrorherrschaft der Jakobiner um Robespierre wieder ihren Einfluss und wurden verfolgt, nach Paris verbracht und dort hingerichtet. Auch 300 Bordelais wurden öffentlich guillotiniert. Obwohl viele der Prachtbauten in Bordeaux zu Scheunen, Ställen und Magazinen degradiert wurden, konnte sich der internationale Handel trotz einiger willkürlicher Verhaftungen weiter entwickeln.