Par la suite, en raison des complots de Pausanias avec les Perses et de la réticence des Spartiates à faire campagne trop loin de chez eux, Sparte retourna à un isolement relatif, laissant Athènes monter en puissance et prendre les rênes de l'effort de guerre continué contre les Perses. Cette tendance isolationniste a encore été renforcée par les révoltes de certains de ses alliés et un grand tremblement de terre en 464 , qui fut suivi par une révolte à grande échelle des Hilotes de Messénie. En parallèle l'émergence d'Athènes en tant que puissance majeure en Grèce conduisit inévitablement à des frictions avec Sparte et à deux conflits de grande ampleur (les Première et Deuxième guerres du Péloponnèse) qui ravagèrent la Grèce. Sparte subit plusieurs revers au cours de ces guerres, y compris, pour la première fois, la reddition d'une unité entière de Spartiates à la Bataille de Sphactérie en 425 , mais elle sortit finalement vainqueur, principalement grâce à l'aide reçue par les Perses. Sous le commandement de Lysandre, la flotte spartiate, construite grâce aux fonds perses, s'empara des cités de l'alliance athénienne, et la victoire navale décisive à l'issue de la Bataille d'Aigos Potamos entraîna la capitulation d'Athènes. La défaite athénienne donna à Sparte un pouvoir incontesté sur la Grèce.