De Kapucijnenkerk werd ingrijpend gerestaureerd in de periode 1958-1962. De oorspronkelijk laatgotische stijl werd toen sterk aangepast. Remi Denoo (1910-1991) was op dat moment rector. Het kerkje was broodnodig aan een opknapbeurt toe, onder andere door de schade opgelopen in de Tweede Wereldoorlog en tijdens de overstroming van februari 1953. Vooral deze overstroming had grote schade aangericht, aangezien het binnenstromend zeewater tot een meter boven de grond kwam.