El 1939 es converteix en una important base naval francesa (la més important del mar Mediterrani juntament amb Toló). El 1940, després de la signatura de l'armistici del 22 de juny de 1940 entre França i l'Alemanya nazi, el gruix de la flota francesa, l'esquadró Atlàntic (dos cuirassats, dos creuers, tretze destructors, quatre submarins i un portahidroavions) es trobava ancorat en el port de Mers el-Kebir. Davant el temor que la flota caigués en mans dels alemanys, una flota de laRoyal Navy britànica, la Força H, amb base a Gibraltar, va ser enviada a Mers el-Kebir (batalla de Mers el-Kebir). Davant la negativa dels francesos d'unir-se als britànics, aquests van obrir foc i van enfonsar gairebé tota la flota. Gairebé 1.300 mariners francesos van morir en l'incident, que va enrarir enormement les relacions entre el Regne Unit i els francesos lliures de De Gaulle i va causar les ires del govern de la França ocupada del mariscal Petain.