Op de Wereldkampioenschappen zwemmen 2001 in Fukuoka, Japan veroverde Boggiatto de wereldtitel op de 400 meter wisselslag, op de 200 meter wisselslag eindigde hij als zevende en op de 200 meter vlinderslag strandde hij in de series. Op de EK kortebaan 2001 in Antwerpen, België wist de Italiaan met succes zijn Europese titel op de 400 meter wisselslag te verdedigen, daarnaast sleepte hij de bronzen medaille in de wacht op de halve afstand. Tijdens de Europese kampioenschappen zwemmen 2002 in Berlijn, Duitsland veroverde Boggiato de Europese titel op de 400 meter wisselslag en de zilveren medaille op de 200 meter wisselslag. In Riesa, Duitsland nam de Italiaan deel aan de EK kortebaan 2002, op dit toernooi legde hij voor de derde keer in successie beslag op de Europese titel op de 400 meter wisselslag en eindigde hij als vijfde op de 200 meter wisselslag. Tijdens de Wereldkampioenschappen zwemmen 2003 in Barcelona, Spanje eindigde de Italiaan als achtste op de 400 meter wisselslag en werd hij uitgeschakeld in de series van de 200 meter wisselslag. Op de EK kortebaan 2003 in Dublin, Ierland eindigde Boggiatto als vierde op de 400 meter wisselslag en als zevende op de 200 meter wisselslag, op de 200 meter schoolslag en de 200 meter vlinderslag strandde hij in de series. In Madrid, Spanje nam de Italiaan deel aan de Europese kampioenschappen zwemmen 2004, op dit toernooi veroverde hij de bronzen medaille op de 400 meter wisselslag en eindigde hij als vierde op de 200 meter wisselslag. Tijdens de Olympische Zomerspelen van 2004 in Athene, Griekenland eindigde Boggiatto als vierde op de 400 meter wisselslag, op de halve afstand werd hij uitgeschakeld in de halve finales.