La ciudad de Yenín quedó asignada al estado árabe de Palestina en la resolución 181 de las Naciones Unidas, que establecía la partición del Mandato Británico de Palestina en un estado árabe y otro judío. La no aceptación de dicha resolución por parte de la mayoría de la población palestina y de los estados árabes circundantes desembocó en la Guerra Árabe-Israelí de 1948, en la que tropas del ejército iraquí defendieron la ciudad de los ataques israelíes. Aunque fue tomada brevemente por la Brigada Carmel del ejército israelí durante la "Ofensiva de los Diez Días" que siguió a la cancelación del primer alto el fuego, dicha ofensiva fue en realidad un señuelo para distraer tropas árabes del sitio de Jerusalén, y los avances en el sector de Yenín se abandonaron rápidamente cuando llegaron los refuerzos árabes. Al final de la guerra se construyó un cementerio a las afueras de Yenín en el que fueron enterrados los cuerpos de los soldados iraquíes y los combatientes locales que habían participado en la defensa de la ciudad. El campamento de refugiados de Yenín se creó en 1953 para alojar a los refugiados palestinos que habían sido expulsados o habían tenido que huir de sus casas ante el avance de las tropas israelíes en lo que se conoció como la Nakba. Durante 19 años, entre 1948 y 1967, la ciudad de Yenín estuvo bajo un régimen de ocupación jordana.