Die Priesterweihe empfing er 1777. Er wurde nach seiner Promotion Professor der Theologie am Seminar in Lugo. In dieser Funktion lernte er den seinerzeitigen Bischof von Imola Gregorio Barnaba Chiaramonti OSBCas kennen, der später als Pius VII. Papst werden sollte, dieser ernannte Bertazzoli zu seinem Haustheologen. Im Jahr 1796 versuchte Francesco Bertazzoli, beim Aufstand der Bevölkerung von Imola gegen die französische Armee zu vermitteln; 1799, nach der Besetzung durch österreichische Truppen, wurde er Mitglied im Regierungsrat der Stadt. Er lieh Kardinal Chiaramonti die notwendige Geldsumme, damit dieser zum Konklave 1799–1800 nach Venedig reisen konnte, wo er zum Papst gewählt wurde. Pius VII. bot Bertazzoli den Bischofssitz von Montalto an, doch er lehnte ab. Am 10. April 1802, einen Tag nach dem Tod von Gregorio Bandi, dem Hauskaplan Papst Pius’ VI., wurde Francesco Bertazzoli nach Rom berufen, wo er in den Dienst der Kurie trat. Noch vor dem 1. Mai 1802 wurde er zum Hausprälat Seiner Heiligkeit und zum Kanonikus von Santa Maria Maggiore berufen.