Під час другого перебування в Швеції (1598 рік) Сигізмунд відштовхнув від себе багатьох прихильників. Після битви біля Стонгебру він був остаточно усунений від престолу (1599 рік), а його дядько оголошений королем Швеції на сеймі в Норрчепінгу, в 1604 році, під ім'ям Карла IX. Сигізмунд не хотів відмовлятися від своїх прав на шведський престол та втягнув Річ Посполиту в невдалі для неї війни зі Швецією, які тривали понад 60 років та завершились так званим «Шведським потопом».