Nykyinen Kreikan merivoimat syntyi maavoimien tavoin käytännössä Kreikan vapaussodan alettua vuonna 1821. Kreikkalaisten kapinallisten laivoilla oli merkittävä osa osmanivallan vastaisessa kansannousussa ja vapaussodan taisteluissa, joista merkittävimpiä oli Navarinon meritaistelu vuonna 1827. Monet varakkaat kreikkalaiset laivanvarustajat antoivat laivansa vapaustaistelun käyttöön.