La ubicació de St Michael's Mount la feia fortalesa ideal. Durant el , mentre el rei Ricard era a en una croada a Terra Santa, la muntanya va ser conquerida i es va usar com a fortalesa pels partidaris del seu germà Joan. Posteriorment els edificis varen tornar al seu ús monàstic, però es varen tornar a emprar com a fortaleses en la Guerra de les Dues Roses i la Rebel·lió de Cornualla contra Eduardo VI. L'última ocasió en que St Michael's Mount es va utilitzar en un paper militar va ser en 1646 durant la Guerra Civil Anglesa. St Michael's Mount va ser ocupat durant un temps pels partidaris realistes, però es va veure obligat a capitular davant els parlamentaris en 1646. St Michael's Mount va ser comprat per Sir John St Aubyn el 1660.