À l'hiver 1861, il s'installe à Washington lors de l'investiture du président Abraham Lincoln. Il est nommé chef de cabinet du général Irvin McDowell dans l'armée du Potomac dans un premier temps puis, dans un second temps, du général Don Carlos Buell dans l'Armée du Cumberland. Il prend part aux batailles de Bull Run, de Shiloh et de Corinthe.