תקופת כהונתו של ג'ונסון כמזכיר ההגנה עמדה גם בסימן התרחשותם של אירועים בינלאומיים רבי חשיבות שהצריכו החלטות ביטחוניות לאומיות מורכבות. הסגר על ברלין הסתיים במאי 1949, כאשר הרוסים הסירו אותו. ג'ונסון הצביע על הרכבת האווירית לברלין כניצחון טכנולוגי חשוב לעתיד תעבורת המטענים האווירית וכדוגמה לפירות שהניב תהליך ההאחדה. שבוע לאחר שנכנס ג'ונסון לתפקידו, חתמו ארצות הברית ו-11 מדינות נוספות על הסכם ההקמה של נאט"ו, שיצר ארגון אזורי שהפך ללב מערכת ההגנה המקיפה הקולקטיבית. לאחר כמה הסתייגויות ראשוניות, הביע ג'ונסון את תמיכתו בברית החדשה ובתוכנית לסיוע צבאי הדדי בין ארצות הברית ובין שאר חברות הברית.