В 1992 году молодой Аристисабаль принял участие в летних Олимпийских играх в Барселоне, в 1994 году он был включён в заявку основной сборной на чемпионат мира в США, однако на поле не появлялся. В 1998 году во Франции он уже был основным нападающим колумбийцев. Аристисабаль был участником четырёх Кубков Америки (1993, 1995, 1997, 2001), причём на турнире 2001 года, который Колумбия выиграла у себя дома не пропустив ни одного мяча в свои ворота, Аристисабаль стал лучшим бомбардиром. Последним турниром для Аристисабаля стал Кубок конфедераций 2003, где колумбийцы заняли третье место. В рамках отборочных игр к чемпионату мира 2006 Виктор объявил о завершении карьеры в сборной.