Unter der Ersten Türkenbelagerung litt das Kloster stark. Die Kirche musste als Steinbruch adaptiert werden, um die anliegenden schwachen Befestigungsmauern zu stärken. Erst im Jahre 1631 wurde mit dem Bau einer neuen Klosterkirche begonnen, die in den folgenden Jahren prunkvoll im Stile des Barock ausgestaltet wurde. Ebenfalls im 17. Jahrhundert erhielt der Konvent seine heutige Form. In den Jahren 1996 bis 1998 wurden zahlreiche mittelalterliche Baufragmente restauriert, die man im Kreuzgang entdeckt hatte.