Under Rosekrigene fulgte Percy sin far på Huset Lancasters side mod Huset York. Jarlen selv døde i det der generelt bliver set som borgerkrigens første slag i St Albans den 22. maj 1455, og Poynings blev ophøjet til den 3. jarl af Northumberland, uden at have måtte betalt kongen, fordi hans far var faldet i kongens tjeneste. På sin side" svor han at forsvare Lancaster-dynastiet". Selv om en forsoning mellem rigets ledende stormand blev forsøgt i oktober 1458 i London, ankom han med en så stor hærstyrke (ment til at være på omkring 1.500) at byen nægtede ham indgang. Den nye jarl og hans bror Egremont var forpligtet over 4.000 £ hver for at holde freden.