Током боравка у Риму толико су га фасцинирали римска култура и обичаји да је постао романофил. У Првом јеврејском устанку против Римљана, који је 66. букнуо у Јудеји, убрзо по његовом повратку из Рима у родни Јерусалим, био је у прилично неопредељен између домољубља и романофилства. Настојао је да се устанак против римских окупатора што пре стиша уз што мање жртава. Кад му је била поверена одбрана Галилеје извршио је своју грађанску дужност и на крају се предао римском војсковођи Веспазијану. Прорекао му је да ће ускоро постати римски цар, што се заиста и обистинило две године касније. У знак признања за то пророчанство Веспазијан је видовитог Јосифа, који је био његов роб, прогласио слободним грађанином, а Јосиф је у знак захвалности узео родно име свог заштитника - Флавије - па се отада назива Јосиф Флавије. Настанио се у Риму где на грчком пише "Рат Јевреја", "Стара историја Јудејства" и "Против Апиона".