Am 9. April 1557 wurde Alfonso Carafa zum Erzbischof von Neapel erwählt. Da er mit erst 17 Jahren noch nicht das kanonische Alter erreicht hatte, wurde er bis zum Erreichen der Altersgrenze zum Administrator ohne bischöfliche Befugnisse ernannt. Die Diakonenweihe empfing er durch Kardinal Scipione Rebiba am 15. April 1557 zusammen mit den Kardinälen Carlo Carafa, seinem Onkel, Vitellozzo Vitelli und Giovanni Battista Consiglieri. Alfonso Carafa war 1557–1558 Legat bei König Philipp II. von Spanien und ab dem 28. November 1558 Leiter der Apostolischen Kammer. Am 16. Dezember 1558 optierte er zur Titeldiakonie "Santa Maria in Portico Octaviae" und am 6. März 1559 zur Titeldiakonie "Santa Maria in Domnica". 1559 begegnet er als Apostolischer Bibliothekar. Er war Teilnehmer des Konklave 1559, aus dem Pius IV. als Papst hervorging. Am 26. April 1560 optierte er für die Kardinalsklasse der Kardinalpriester und die Titelkirche "Santi Giovanni e Paolo".