Pencerobohan Jepun ketika Perang Dunia Kedua mengakhiri penguasaan British di Tanah Melayu setelah pentadbiran British di Singapura menyerah kalah secara rasmi terhadap Jepun. Pendudukan Jepun di Tanah Melayu, Borneo Utara dan Sarawak dari tahun 1942 hingga 1945 memekarkan lagi semangat nasionalisme dalam kalangan penduduk tempatan. Setelah Jepun berundur dari Tanah Melayu selepas dikalahkan oleh pihak Pihak Berikat, Malayan Union ditubuhkan pada tahun 1946 oleh pentadbiran British tetapi ekoran daripada penentangan oleh orang Melayu, penubuhan itu disusun semula sebagai Persekutuan Tanah Melayu pada tahun 1948 sebagai sebuah protektorat hingga tahun 1957. Di Semenanjung Tanah Melayu, Parti Komunis Malaya melancarkan pemberontakan bersenjata untuk menentang British dan ketegangan ini menyebabkan pengisytiharan darurat selama 12 tahun dari 1948 hingga 1960. Tindak balas ketenteraan yang serius terhadap pemberontakan komunis sepanjang tempoh darurat serta Rundingan Baling pada tahun 1955 membawa kepada kemerdekaan di Tanah Melayu pada 31 Ogos 1957 yang dicapai secara diplomatik melalui rundingan dengan British. Tunku Abdul Rahman menyandang jawatan sebagai Perdana Menteri Malaysia yang pertama ketika itu. Pada tahun 1960, darurat ditamatkan setelah ancaman komunis semakin berkurangan dan pengunduran mereka ke sempadan di antara Tanah Melayu dengan Thailand.