Nelson Mandela overtalte henne til å returnere til Sør-Afrika i 1990. Hun ble i 1992 med i filmen Sarafina, om Soweto-opprøret i 1976. Makeba spilte "Angelina", Sarafinas mor. I 2002 var hun med i dokumentaren "Amandla!: A Revolution in Four-Part Harmony", en film om musikkens betydning i kampen mot apartheid.