Après avoir été emprisonné sur Johnson's Island, en Ohio, il est promu brigadier général en et dirige une brigade lors de la campagne de la vallée de 1864 d'Early, où il combat lors des batailles d'Opequon, de Fisher's Hill, et de Cedar Creek. Il est grièvement blessé lors de la bataille de Five Forks. Lors des dernières opérations au début de 1865, autour de Richmond, il commande une brigade de cavalerie sous les ordres de Fitzhugh Lee. Celle-ci comprend les 5th Virginia Cavalry, 6th Virginia Cavalry et 8th Virginia Cavalry. le Au cours de la campagne d'Appomatox, le brigade de Payne subit pont .