W reprezentacji Jugosławii Skoblar debiutował 7 maja 1961 roku w rozegranym w Belgradzie towarzyskim meczu z reprezentacją Węgier, przegranym przez Jugosłowian 2:4. Łącznie w reprezentacji narodowej Skoblar zagrał 32 razy i zdobył 11 bramek. Pierwszym poważnym turniejem były Mistrzostwa Europy w 1964. Jugosławia awansowała do 1/8 finału, gdzie przegrała ze Szwecją. Skoblar błysnął w 1/16 finału w meczu z Belgią. W pierwszym meczu z Belgradzie wygrała 3:2, Skoblar strzelił wtedy 2 bramki, w rewanżu także wygrali Jugosłowianie (1:0) i przeszli dalej.