Το 1794, οι στρατοί του Ταντέους Κοστσιούσκο συγκεντρώθηκαν για να υπερασπιστούν την Πολωνία ενάντια στους ξένους διαμελισμούς. Η Εξέγερση του Κοστσιούσκο τελείωσε με την ήττα τους και το 1795 η Πολωνία υπέστη τον τελικό διαμελισμό της, μετά τον οποίο η Κρακοβία έγινε μέρος της Αυστροουγγρικής Αυτοκρατορίας. Παρά τις πολιτικές αυτές εξελίξεις, η Κρακοβία κατά μία έννοια παρέμεινε σημαντική για τους Πολωνούς πατριώτες. Τα πολλά πολιτιστικά μνημεία της πόλης έγιναν εθνικά μνημεία και η μοναδική εκπροσώπηση της εθνικής ταυτότητας για τον επόμενο αιώνα.