1963年至1966年，马来西亚与印尼交恶，旋即爆发军事冲突，史称「印马对抗」。1965年8月9日，由于联邦政府和新加坡州政府之间的政治分歧日益严重，致使新加坡被迫选择独立，从而离开马来西亚。虽然马来西亚政府后来克服这两个危机，但因其产生的内部矛盾仍旧导致1969年间五一三事件的发生。马来西亚为此进入紧急状态，政治生活和国民自由受到限制。从1970年开始，巫统（）在华人和印度人领袖的协助下组成国民阵线，执政至2018年马来西亚大选。