Robert Bacher estava na Ice House em Los Alamos, quando recebeu a notícia de que os japoneses tinham iniciado as negociações de rendição. Groves ordenou a suspensão dos embarques. Em 11 de agosto, ele telefonou para Warren com ordens para organizar uma equipe de pesquisa para informar sobre os danos e a radioatividade em Hiroshima e Nagasaki. As equipes equipadas com contadores Geiger portáteis chegaram a Hiroshima em 8 de setembro, lideradas por Farrell e Warren, com o contra-almirante japonês Masao Tsuzuki, que atuou como tradutor. Eles permaneceram em Hiroshima até 14 de setembro e, em seguida, foram para Nagasaki, de 19 de setembro a 8 de outubro. Esta e outras missões científicas para o Japão iriam fornecer dados científicos e históricos valiosos.