Til tross for den erklærte nøytraliteten og en ikke-angrepspakt med Tyskland, ble Danmark okkupert av tyske tropper den 9. april 1940. Ettersom okkupasjonen angivelig skulle beskytte landet, valgte regjeringen og administrasjonen å fortsette. Denne samarbeidspolitikken holdt landet fritt for tysk rettslovgivning, men den kostet på den andre side regjeringen moralsk og politisk velvilje i befolkningen. Etter streikebølgen i august 1943 trådte regjeringen tilbake og okkupasjonsmakten overtok styret. Den sivile administrasjonen fungerte videre som Departementsjefstyret, men i krigens siste år vant motstandsbevegelsen mer og mer velvilje i befolkningen. Derfor innledet politikerne et samarbeid med motstandsbevegelsen, representert ved Frihedsrådet, slik at de to grupperingene kunne danne en felles overgangsregjering ved krigens slutt den 5. mai 1945.