За основную сборную Колумбии «Чичо» Перес периодически выступал с 1987 по 1997 год. В 1987 году Перес вместе с «кафетерос» завоевал бронзовые медали на Кубке Америки. В первой игре группового этапа, в котором колумбийцы обыграли 2:0 Боливию, Перес был удалён с поля, как и его партнёр по команде Луис Карлос Переа и двое соперников, поэтому вторую игру против Парагвая (3:0) пропустил. В полуфинале сыграл против Чили (поражение 1:2), а в матче за третье место участия не принимал. Также «Чичо» играл в отборочных матчах к чемпионату мира 1990 года, но на самом турнире на поле не выходил, хотя и попал в заявку команды.