След като Вардарска Македония заедно с Дебър и Дебърско попада в Сърбия след Междусъюзническата война в 1913 година Наум Бояджиев е сред водачите на българо-албанското Охридско-Дебърско въстание и е избран за член на временното правителство. По време на българското управление на Вардарска Македония през Първата световна война Наум Бояджиев е кмет на родния си град от 1915 до 1918 година.