Vuonna 1970 massiivinen sykloni tuhosi Itä-Pakistanin rannikkoa, ja keskushallitus vastasi alueen hätään huonosti. Bengaliväestön viha kasvoi, kun Mujibur Rahmania ("Mujib"), jonka johtama awamiliitto voitti enemmistön vuoden 1970 parlamenttivaaleissa, estettiin astumasta virkaansa. Lavastettuaan neuvottelut Mujibin kanssa presidentti Yahya Khan pidätti hänet 25. marraskuuta 1971, ja käynnisti operaatio Searchlightin, pitkitetyn sotilaallisen hyökkäyksen Itä-Pakistaniin. Yahyan keinot olivat verisiä, ja sodan väkivalta johti lukuisiin siviiliuhreihin. Väkivallan tärkeimmät kohteet olivat alueen älymystö ja hindulainen väestö. Noin kymmenen miljoonaa ihmistä pakeni naapurimaahan Intiaan. Arviot uhrien kokonaismäärästä vaihtelevat kolmensadan tuhannen ja kolmen miljoonan välillä. Suurin osa awamiliiton johtajista pakeni maasta ja perusti pakolaishallituksen Kolkataan, Intiaan. Bangladeshin itsenäisyyssota kesti yhdeksän kuukauden ajan. Sissiliike Mukti Bahini sai lopulta tukea Intian armeijalta joulukuussa 1971, ja Jagjit Singh Auroran komennossa armeija sai voiton Pakistanista 16. joulukuuta ottaen yli 90 000 sotavankia Intian-Pakistanin sodassa.