Vuonna 1947 Qawuqjista tuli Arabien vapautusarmeijan komentaja. Vapautusarmeijan tarkoituksena oli osallistua taas alkaneisiin taisteluihin Palestiinassa. Toisaalta sen tarkoitus oli myös ajaa Syyrian intressejä al-Husseinia ja Jordaniaa vastaan. Sen noin 7 500 jäsentä koulutettiin Etelä-Syyriassa ja se siirtyi Palestiinan puolelle vuoden 1948 alussa. Yksikkö ei saavuttanut mainittavampaa menestystä. Qawuqjia syytettiin jopa miestensä tarkoituksellisesta pitämisestä pois taisteluista ja al-Husseinille tarkoitettujen tarvikkeiden anastamisesta. Qawuqji itse kielsi syytökset. Tilanne kehittyi lopulta Israelin itsenäisyyssodaksi muiden arabivaltioiden sekaantuessa nyt suoraan taisteluihin. Qawuqji vetäytyi Palestiinasta joukkoineen marraskuussa 1948. Tappiostaan turhautunut Qawuqji jätti sotilasuransa ja vetäytyi kokonaan julkisuudesta. Vuonna 1975 hän julkaisi vielä muistelmansa. Joulukuussa 1976 hän kuoli Libanonin pääkaupunki Beirutissa.