Boyacá déclare son indépendance le 10 décembre 1813. Cependant à l'époque du Régime de terreur en 1816, la province fut récupérée par l'Empire espagnol. En 1819, le Boyacá fut le centre historique de la libération de la Grande Colombie par Bolivar, qui y a mené des batailles décisives contre l'armée espagnole, notamment celles du Pantano de Vargas et de Boyacá.