Vor dem G8-Gipfel in Heiligendamm 2007 wurde das Gebäude im Rahmen eines Ermittlungsverfahrens wegen des Verdachts der Bildung einer terroristischen Vereinigung (§ 129a StGB) am 9. Mai 2007 durch die Bundesanwaltschaft durchsucht. Beamte des Bundeskriminalamtes, der Bundesanwaltschaft und des Hamburger LKA durchsuchten vier Stunden lang Räume des Gebäudes; sie stellten Computer, Drucker, Faxgeräte und zahlreiche Dokumente sicher. Am gleichen Abend kam es zu einer Demonstration gegen die Durchsuchungsaktion und danach zu Auseinandersetzungen mit der Polizei. Das Nutzerplenum der Roten Flora bezeichnete in einer Presseerklärung die Durchsuchung als Versuch, Proteste gegen den G8-Gipfel in Heiligendamm zu kriminalisieren. Der 3. Senat des Bundesgerichtshofs erklärte später die Durchsuchung und die Beschlagnahme von Gegenständen in der Roten Flora für rechtswidrig. Das der Durchsuchungsaktion zugrunde liegende Ermittlungsverfahren wurde im September 2008 gegen alle Beschuldigten mangels Vorliegen eines Tatverdachts von der zuletzt zuständigen Staatsanwaltschaft Hamburg eingestellt.