In den Jahren 1533 bis 1535 und 1549 bis 1551 amtierte als Obervogt der auch als Chronist berühmt gewordene Aegidius Tschudi. 1579/80 wurde auf der Ostseite ein runder Treppenturm angebaut. Unter heftigen Protesten Zürichs, aber mit Billigung der katholischen Orte, entstanden 1690–1692, im Zuge des Ausbaus der städtischen Befestigungsanlagen, unmittelbar beim Schloss an den Zufahrtsstrassen nach Ehrendingen und Wettingen Bastionen mit Fallbrücken. Nach dem Zweiten Villmergerkrieg von 1712 teilten sich nur noch Zürich, Bern und Glarus die Herrschaft. Der Landvogt und sein Personal waren damals die einzigen reformierten Einwohner Badens. Die Bastionen wurden wieder abgerissen. 1733/34 entstand auf der Nordostseite ein weiterer Flügeltrakt.