Theo đúng giao hẹn, Margaret cùng con trai và Anne lên thuyền trở về Anh, dự định đem quân gia nhập đoàn quân của Bá tước Warwick. Nhưng trong Trận Barnet ngày 14 tháng 4 năm 1471 thì Bá tước Warwick thua trận, khiến Edward IV phục vị. Vương hậu Margaret lúc này đã đến Anh, bèn không thể tránh khỏi việc dấy binh chống lại quân nhà York, đã dẫn đến Trận Tewkesbury ngày 4 tháng 5 cùng năm. Trận chiến này là đại bại của nhà Lancaster, Vương tử Edward bị tử trận, hoàn toàn đánh vỡ niềm hi vọng của Margaret. Bà bị William Stanley bắt sống trong cuối trận chiến, và bị Edward IV hạ lệnh giam cầm trong Lâu đài Wallingford tại Wallingford, Oxfordshire. Không lâu sau, bà bị chuyển đến Tháp London - nơi mà chồng bà, Vua Henry VI, cũng bị giam giữ và chết một cách bí ẩn không lâu sau đó.