Dalam waktu kurang dari sebulan, Jepang memperbaiki jalan layang tersebut dan dapat dengan mudah memasuki pulau Singapura. Seusai perang pada 1946, kota tersebut menjadi pusat pergerakan nasionalisme Melayu. Onn Jaafar, seorang politikus Melayu yang kemudian menjadi Menteri Besar Johor, membentuk partai United Malay National Organisation pada 11 Mei 1946 setelah orang-orang Melayu menyatakan rasa ketidakpuasan mereka terhadap tindakan pemerintah Inggris yang juga memberlakukan hukum kewarganegaraan kepada orang-orang non-Melayu di Malaya. Kesepakatan terkait dengan kebijakan tersebut kemudian tercapai di Johor Bahru: orang-orang Melayu akan membiarkan dominasi ekonomi oleh orang non-Melayu, tetapi orang Melayu akan menguasai urusan politik. Namun, konflik antara orang Melayu dan non-Melayu (khususnya orang Tionghoa) terus menerus dihasut semenjak terjadinya Kedaruratan Malaya.