V září roku 2015, tedy v době kdy vrcholila Evropská migrační krize, Sobotka prohlásil, že české zpravodajské služby nemají informace, že by mezi uprchlíky procházejícími přes Česko byl někdo napojen na Islámský stát. Sobotka odmítl povinné uprchlické kvóty týkající se rozmístění žadatelů o azyl mezi členské státy EU. V roce 2016 uvedl, že „není možné uplatňovat přístup, který v loňském roce uplatnilo Německo, kdy bez jakékoliv kontroly umožnilo příliv obrovského množství lidí.“