Kun Alenius SKDL:n pääsihteerinä vuonna 1965 patisti koko vasemmistoa yhteistoimintaan kahdessa puheessaan, Neuvostoliiton suurlähettiläs Andrei Kovaljov oli läksyttänyt häntä, että yhteistyö Sosiaalidemokraattisen puolueen petturien kanssa on ehdottomasti kielletty. Myös Aleniuksen johdolla SKDL tuomitsi Neuvostoliiton suorittaman Tšekkoslovakian miehityksen 1968, minkä johdosta Alenius joutui jälleen Kovaljovin puhutteluun. Kovaljov ilmoitti, että ”Neuvostohallituksen on ryhdyttävä toimenpiteisiin teitä vastaan”, ja Alenius on kertonut kokeneensa tilanteen "vähintäänkin vakavana". Miehityksen arvostelua ei kuitenkaan peruttu. Kolmas yhteenotto tuli 1975, kun Alenius oli julkaissut "Suomalaisen ratkaisun", aatefilosofisesti pohtivan teoksen sosialistisista visioista. Vapunpäivänä 1975 Kremlin sanomalehti Izvestija jyräsi kirjan tekijöineen: ei voi olla mitään vaihtoehtoista sosialismia, joka poikkeaisi marxismi-leninismin tiestä. Kotimaassa hän sai hyvin voimakkaan tuen ja muun muassa tasavallan presidentti Urho Kekkoselta onnittelusähkeen samoihin aikoihin osuneen 50-vuotispäivänsä johdosta. Syntymäpäiväjuhlasta muodostui näyttävä tuenosoitus, johon myös poliittinen eliitti otti osaa.