Po třech letech na ministerstvu energetiky se přesunul na post ministra financí, kde rovněž zaváděl programy na odstraňování korupce a zamezení netransparentních procesů. Ve vládě prosazoval zavedení reformy daňové legislativy s cílem zjednodušit ji a zamezit dvojímu zdanění. Tento nový daňový zákon dokončil i kvůli válečným událostem až v roce 2009, aby vytvořil spravedlivé prostředí pro podnikatele a zahraniční investory. Na začátku rou 2009 také snížil daň z příjmu z 20 na 15 %, tedy provedl přesný opak toho, co prováděli ministři financí v druhých zemích kvůli světové finanční krizi. Díky tomu byla gruzínská ekonomika schopna se celkem rychle vzpamatovat z recese, ale účinek nebyl okamžitý a Michail Saakašvili musel požádat spřátelené země o finanční pomoc.