Nimeä Pohjois-Epeiros käytettiin ensimmäistä kertaa vuonna 1886 kuvaamaan Janinan (nyk. Ioánnina) vilayetin pohjoisosaa. Kreikkalaiset alkoivat käyttää nimeä vuonna 1913 kun Albania itsenäistyi. Kreikkalaisten pitivät aluetta maantieteellisesti, historiallisesti, kulttuurillisesti ja etnisesti osana Kreikan Epeirosta. Keväällä 1914 kreikkalaiset perustivat Pohjois-Epeiroksen autonomisen tasavallan. Alue oli Kreikan hallussa vuodesta 1914 vuoteen 1916. Maaliskuussa 1916 kreikka yritti valloittaa alueen uudestaan tuloksetta. Italia, jonka hallussa oli suuri osa Albaniaa, hääti kreikkalaisjoukot alueelta vuonna 1917. Kreikka sai alueen vuoden 1919 Pariisin rauhankonferenssissa. Alue palasi Albanian haltuun Kreikan–Turkin sodan jälkeen. Italian–Kreikan sodan aikana Kreikka miehitti Pohjois-Epeirosta kuuden kuukauden ajan Kreikan taisteluun asti.