Faisal Husseini nació en Bagdad, hijo de Abdelkader al-Husayni, comandante de las fuerzas árabes durante el sitio de Jerusalén de 1948, nieto de Musa Kazim al-Husayni, antiguo alcalde de Jerusalén, y sobrino nieto de Amin al-Husayni, antiguo gran mufti de Jerusalén. Estudió en El Cairo, Bagdad y Damasco, y fue miembro cofundador de la Unión General de Estudiantes Palestinos (UGEP) en 1959.