Паргев Мартиросян находился в Карабахе на протяжении всей войны с Азербайджаном, которая закончилась в 1994 году. Армянские силы отметили свою первую крупную победу 8–9 мая 1992 года, когда они заняли Шушу, исторический центр региона. Архиепископ Паргев благословил армянских солдат перед началом операции. Утром 9 мая 1992 года архиепископ Паргев с несколькими солдатами-армянами вошел в собор Газанчецоц в Шуше, где они помолились за павших солдат. Впервые после резни в Шуше в 1920 году в соборе была услышана молитва. Вскоре после захвата города начались реставрационные работы в Газанчецоце, который азербайджанцы использовали в качестве арсенала.