Trojel var desuden i mange år landvæsens- og forligskommissær og i krigens tid en virksom chef for kystmilitsen. Trojel havde 1784 udgivet 2 mindre landøkonomiske afhandlinger, der blev prisbelønnede af det kongelige Landhusholdningsselskab; senere skrev han jævnlig i flere tidsskrifter om samme emne og var 1817-19 medudgiver af "Den økonomiske Korrespondent". 1809 tog han sin afsked og døde i København 1819. 1782 havde han ægtet Christine Margrethe Hansen (født på Anneberggaard 1. maj 1763, død i København 29. april 1816), datter af kammerråd, kongelig godsforvalter i Ods Herred Jacob Hansen.