В 1805 году, когда началась Война третьей коалиции, Фердинанд Карл был назначен главнокомандующим австрийскими силами с генералом Карлом Маком в качестве квартирмейстера. В октябре армия была окружена под Ульмом. Генерал Мак капитулировал, однако Фердинанд Карл сумел прорваться в Богемию с 2 тысячами кавалеристов. Там он принял командование местными войсками и организовал ландштурм. Со своими силами он сумел сковать баварскую дивизию Карла-Филиппа фон Вреде под Иглау, и не дать ей принять участие в сражении под Аустерлицем.