Als Edward Balliol 1332 mit Unterstützung der sogenannten "Enterbten" in Schottland einfiel, befehligte Dunbar die schottische Armee, die eine Landung der Enterbten südlich des Forth abwehren sollte. Nachdem die Enterbten jedoch am Nordufer des Firth of Forth gelandet waren, verfolgte er sie, konnte aber nicht verhindern, dass die Enterbten die zweite schottische Armee am Nordufer des Forth in der Schlacht von Dupplin Moor schlugen. Zusammen mit den Resten dieser Armee unter Sir Archibald Douglas belagerte er dann Balliol und die Enterbten in Perth. Aus Mangel an Vorräten mussten sie die Belagerung abbrechen, worauf Dunbar mit anderen schottischen Magnaten nach Galloway zog, um dort eine Rebellion zugunsten von Balliol niederzuschlagen. Nach Angaben aus dem 16. Jahrhundert soll er zu dieser Zeit zusammen mit dem Earl of Mar als Guardian of Scotland fungiert und die Verwaltung von Schottland südlich des Forth übernommen haben, was jedoch unbelegt ist. In der Folge schlossen weder er noch der neue Guardian Archibald Douglas Frieden mit Edward Balliol, der nach der Aufhebung der Belagerung von Perth zum König von Schottland gekrönt worden war. Nach den Angaben eines Chronisten soll er nach der Gefangennahme des Guardian im November 1332 einen bis Februar 1333 befristeten Waffenstillstand mit Balliol geschlossen haben, der durch die Niederlage Balliols bei Annan im Dezember 1333 und seiner anschließenden Flucht dann gegenstandslos wurde. Anfang 1333 übernahm Dunbar das Kommando über das strategisch wichtige Berwick Castle, das er rasch instand setzen ließ, bevor es ab März 1333 von Balliol belagert wurde. Nach der schottischen Niederlage in der Schlacht bei Halidon Hill übergab er am 20. Juli die Burg. Danach wechselte er auf die englische Seite.