Während der 1. Türkenbelagerung 1529 wurde ein Großteil der Liegenschaften vernichtet. St. Georgen verfügte im Gegensatz zu St. Pölten und Wilhelmsburg, die verschont blieben, über keine Stadtmauer. Auch der Edelsitz Hart wurde teilweise zerstört, die Besitzer, die "Hacker zu Hart", wurden ausgelöscht. In der Zeit der Reformation wechselte der Großteil der St. Georgner Bevölkerung zum Protestantismus. Der Dreißigjährige Krieg revidierte diese Entwicklung, heute ist das Gebiet großteils katholisch. Gegen Ende der Bauernkriege wurde das Bauernheer im Gebiet von St. Georgen von den kaiserlichen Streitkräften vernichtend geschlagen.