Nach dem Sieg der königlichen Partei 1265 erhielt Merton nicht wieder das Amt des Kanzlers, doch er stand weiterhin hoch in der Gunst des Königs. Nach dem Tod von Heinrich III. 1272 übernahm er aber erneut das Amt des Kanzlers und die Führung des Großsiegels, bis der Thronfolger Eduard 1274 von seinem Kreuzzug nach England zurückkehrte. Im Juli 1274 wurde Merton schließlich zum Bischof der Diözese Rochester gewählt. Wegen der relativ geringen Einkünfte der Diözese behielt er aber nach seiner Weihe am 21. Oktober 1274 zahlreiche seiner bisherigen Pfründen. Im August 1274 hatte er noch einmal neue Regeln für Merton College erlassen, und im Frühjahr und Sommer 1277 besuchte er ein letztes Mal Oxford und Durham. Vermutlich auf der Rückreise von Durham stürzte er bei der Durchquerung einer Furt vom Pferd und verletzte sich schwer. Er starb wenig später, vermutlich in Saleby in Lincolnshire. Er wurde im nördlichen Querhaus der Kathedrale von Rochester beigesetzt. Während der Reformation wurde sein Grab zerstört, doch 1598 auf Initiative von Sir Henry Savile erneuert. 1852 wurde es restauriert. 1598 war seinem Grab ein Kelch entnommen worden, der sich in Oxford befindet.