Les contínues actuacions irregulars van deixar a l'organisme amb un fort descrèdit. Al setembre es van constituir les Milícies de Vigilància de Rereguarda (MVR), en un intent de posar límit a les actuacions extrajudicials del CPIP. La situació va tendir a estabilitzar-se durant les següents setmanes. Enmig de la Batalla de Madrid, i després de produir-se el trasllat del Govern de la República a València, l'organisme va ser dissolt pel conseller d'ordre públic Santiago Carrillo el 12 de novembre de 1936.