Wojna przyniosła Dąbrówce ogromne straty; 11 jej uczennic zginęło z rąk Niemców. Jeszcze przed upadkiem Cytadeli grupa nauczycielek podniosła u formujących się władz polskich kwestię odtworzenia szkoły; w kilka dni potem wskutek toczonych walk budynki przy Młyńskiej uległy jednak niemal całkowitemu zniszczeniu. Próba przejęcia pałacyku, stojącego na dawnej ludwicjańskiej posesji, nie powiodła się. Po krótkim okresie funkcjonowania wspólnie z liceum Potockiej i formalnej decyzji o odtworzeniu szkoły rekrutację prowadzono w budynku Izby Przemysłowo-Handlowej na Mickiewicza 30; pomimo obietnic gmach przypadł innym instytucjom. W roku 1945/46 uczono w budynku Państwowego Liceum Pedagogicznego na Mylnej 5 i potem w Liceum gen. Zamoyskiej na Placu Matejki 56, a w kolejnych dwu latach szkolnych w dawnym Colegium Marianum na Różanej 17, które ostatecznie przypadło jednak szkole podstawowej. Rok 1948/49 Dąbrówka rozpoczęła w budynkach na Placu Bernardyńskim po zlikwidowanej w ramach politycznych represji Marynce; rozegranie jednej prestiżowej szkoły przeciw drugiej było propagandowym majstersztykiem władz. W tym samym okresie wyremontowano częściowo ocalały budynek poprzeczny na Młyńskiej; otworzono tam bursę, którą Dąbrówka dzieliła z innymi szkołami.