Kun Wallenstein murhattiin vuonna 1634, Ferdinandista tuli keisarillisen armeijan muodollinen ylipäällikkö kolmikymmenvuotisessa sodassa. Hän voitti ruotsalaiset Nördlingenin taistelussa ja karkotti siten heidät Etelä-Saksasta. Hänet valittiin viimein isänsä seuraajaksi vuonna 1636, vain muutamaa kuukautta ennen tämän kuolemaa.