В 1792 году во время русско-польской войны Юзеф Гуттен-Чапский входил в состав генерального штаба польской армии. После победы Тарговицкой конфедерации проживал в Буковце, в прусских владениях. В 1794 году на короткое время присоединился к восстанию под руководством Т. Костюшко, но затем укрылся в Быдгоще. Его полк понес большие потери в битве под Мацеёвицами и во время штурма Варшавы.