Після 2-ї опіумної війни уряд нарешті зміг зосередитися на боротьбі з повстанцями. У березні 1863 року під Чжіхецзьом була розгромлена найбільша армія няньцзюнів під командуванням Чжан Лосіна. У цьому бою було вбито більше 20 тисяч повстанців, сам Чжан Лосін потрапив в полон і був страчений. Після смерті Чжан Лосіна війська няньцзюнів очолили Чжан Цзун'юй (племінник Чжан Лосіна) і Чень Дасі. У квітні 1864 року їхня армія об'єдналася з угрупованням тайпінів, якою командували Чень Деца і Лай Ваньгуан, і спробувала пробитися до обложеного урядовими військами Нанкіну. У листопаді 1864 року цінські війська на чолі з монголом Сенгерінченом завдали їм великої поразки під Хошанем. Після самогубства Чень Децая, сили, які залишилися були очолені Лай Веньгуаном і Чжан Цзун'юєм. Протягом півроку вони вели успішну маневрену війну в п'яти провінціях на північ від Янцзи, раптовими ударами вимотуючи ворога. У травні 1865 повстанці вщент розгромили цінські війська під Цзяочжоу в провінції Шаньдун; в цьому бою був убитий генерал Сенгерінчен. На боротьбу з тайпінсько-няньцзюньською армією був посланий Цзен Ґофань, але в зв'язку з явними невдачами він незабаром був замінений Лі Хунчжаном.