1965 yılında İsmail el-Ezheri, devlet başkanlığına eş konumdaki "Yüksek Konsey" başkanlığına getirildi. Ama toplumsal huzursuzluklar, 25 Mayıs 1969 tarihinde Sudan'da ikinci kez askerî darbe sonuçlandı. ile el-Ezheri devrierek tutuklandı. Hapisteyken sağlığı kötüleşti ve hastanede 26 Ağustos'ta hayatını yitirdi.. Daha sonra da Sudan siyaseti, adeta bir darbeler tarihi olarak 1968, 1971, 1975, 1976, 1977, 1985, 1989, 1990, 1992, 2004, 2012, 2013, 2019 yıllarında askerî darbelere sahne oldu.