Nachdem Charles-Gustave Hanote am 21. Oktober 1938 zunächst in den Ruhestand getreten war, wurde er nach Beginn des Zweiten Weltkrieges am 2. September 1939 in den aktiven Militärdienst zurückberufen. Er wurde daraufhin zum Befehlshaber der 16. Militärregion in Montpellier berufen und hatte diese Funktion bis zum 1. Juli 1940, kurz nach dem Waffenstillstand von Compiègne am 22. Juni 1940. Er schied daraufhin erneut aus dem aktiven Militärdienst aus und schloss sich im weiteren Kriegsverlauf der Widerstandsbewegung "Résistance" an. Am 15. März 1946 trat er endgültig in den Ruhestand. Für seine langjährigen Verdienste wurde ihm schließlich am 14. Mai 1956 auch das Großkreuz der Ehrenlegion verliehen.