L'esordio nella stagione 2012-2013 arriva l'11 agosto in occasione della sconfitta per 4-2 nella Supercoppa italiana 2012 contro la Juventus, gara in cui è autore dell'autogol del momentaneo 3-2 in favore dei bianconeri. Il 26 dello stesso mese realizza la sua prima rete in campionato in Palermo-Napoli (0-3). Il 7 ottobre 2012, dopo la sostituzione di Hamsik, indossa per la prima volta la fascia di capitano del Napoli nella sfida interna vinta per 2-1 a discapito dell'. Il 27 gennaio 2013, per il secondo anno consecutivo, viene inserito nella miglior formazione del 2012 del Gran Galà del calcio AIC. Con 35 presenze e 4 gol tra campionato e coppe è uno dei protagonisti dell'annata azzurra, conclusasi con la conquista del secondo posto e con la conseguente qualificazione diretta in Champions League.