Nadat Tasjkent in 1865 was gevallen voor de troepen van generaal Tsjernjajev, vielen binnen drie jaar de steden Choedzjand, Jizzax en Samarkand ook in handen van de Russen, daar het kanaat Kokand en het emiraat Buchara verschillende malen werden verslagen. In 1867 werd het generaal-gouvernement Turkestan (Russisch Turkestan) opgericht door generaal Von Kaufman, dat zijn bestuurspost had in het eerder genoemde Tasjkent. In 1867 leidde de Oezbeekse avonturier Jakoeb Beg een opstand waardoor Sinkiang een tijdlang zijn onafhankelijkheid kon herkrijgen als Kasjgarië, aangezien de Taiping- en Nianopstanden in het hartland van het Rijk de Chinezen ervan weerhielden om de controle over het gebied te herstellen. In plaats daarvan rukten de Russen steeds verder op en annexeerden hierbij de valleien van de Tsjoej en de Ili, alsook de stad Koeldja van het Chinese Rijk. Nadat Jakoeb Beg in 1877 was gedood bij Korla stortte zijn staat ineen, daar China het daarop terugveroverde. Na lange onderhandelingen werd Koeldja uiteindelijk teruggegeven aan Peking bij het Verdrag van Sint-Petersburg van 1881. Oost-Turkestan stond daardoor weer onder Chinees bestuur en de grens tussen China en het latere Kazachstan werd vastgelegd.