Кратохвил был сыном венского архивного служащего. Он закончил гимназию в Праге, изучал историю в Пражском университете, с 1929 года работал в Пражском городском архиве, с 1940-х годов — в киноиндустрии. В 1947 году Кратохвил занялся драматургией. С 1960 года он посвятил себя исключительно литературе и издал ряд исторических романов. В основном его произведения посвящены гуситским войнам, эпохам после битвы при Белой Горе и после 1848 года.