В 1939 году Ф. А. Шаманину было присвоено воинское звание дивизионного комиссара, а в сентябре того же года он был назначен начальником политуправления 7-й армии, которая была сформирована в Ленинградском военном округе и вскоре приняла активное участие в Советско-финляндской войне. В декабре 1939 года был переведён на должность заместителя начальника армейского политуправления, но уже в январе 1940 года стал замначальника политуправления Северо-Западного фронта.