Вондра выступал за размещение радара системы противоракетной обороны США на территории Чехии, но настаивал на том, чтобы это было сделано после переговоров с Россией и приглашал её к сотрудничеству по ПРО. Вондра занимал осторожную позицию по войне в Южной Осетии в августе 2008 года: он заявлял, что Грузия совершила ошибку, начав военную операцию в Южной Осетии, назвав поводом для этой ошибки стала эскалацию конфликта со стороны России. От лица политсовета ГДП он обвинил Россию в демонстрации силы на Кавказе и призвал Грузию и Украину подать заявку на вступление в НАТО, отметив, что принятие Грузии в альянс будет сопряжено с риском возможной конфронтации России и Североатлантического альянса