Hasta mediados del siglo XIX, gran parte de la Patagonia y las Pampas permanecieron bajo el control de diferentes pueblos indígenas: principalmente, chonks y luego también los mapuches en la Patagonia y ranqueles en la llanura pampeana hasta el último cuarto del siglo XIX. Asimismo, los territorios de gran parte de la región chaqueña no fueron colonizados por los europeos, sino que permanecieron habitados por pueblos autóctonos como los qoms, moqoits (mocovís o, mocovíes), pilagás y wichis hasta principios del siglo XX. La población indígena sedentaria fue sometida a relaciones de dependencia permanente respecto de la población española. Aunque con el paso de las generaciones fue absorbida dentro una población étnicamente identificable como «criolla», este proceso de mestización no fue total, como lo demuestra la participación de poblaciones del Noroeste del actual territorio argentino en el gran levantamiento indígena de 1780 con epicentro en el Cuzco, dirigido por el inca Túpac Amaru II.