Mobilisé dans l'infanterie en 1939, il devient ensuite observateur embarqué dans l'armée de l'air à Versailles puis sur la base de Francazal. Promu aspirant le , il est de ceux qui refusent l'armistice annoncé par le maréchal Pétain. Entendant l'appel du général de Gaulle, il embarque le à bord d'un Caudron C.440 en compagnie de Didier Béguin, Raymond Roques et Jacques-Henri Schloesing. Parvenu en Angleterre le , Casparius s'engage avec ses camarades dans les forces aériennes françaises libres. Sur les bases de puis d', il est dans un premier temps professeur d'anglais pour les élèves-pilotes français puis suit lui-même un entraînement de pilote avant de rejoindre en les rangs du Squadron et de prendre les commandes d'un Bristol Beaufighter. Promu lieutenant en mars puis capitaine en octobre, il s'illustre durant toute l'année 1942 dans les missions qui lui sont confiées, remportant trois victoires aériennes. Le , alors qu'il effectue une mission de repérage de sous-marins au large de Brest, René Casparius et son navigateur sont portés disparus. L'épave de leur appareil et leurs corps n'ont jamais été retrouvés.