Seminarium duchowne swoim początkiem sięga roku 1651, kiedy to bp Andrzej Leszczyński wydał dekret erygujący seminarium w Chełmnie. Szkoła jednak szybko upadła z powodu niewystarczającego uposażenia oraz wybuchu wojny ze Szwecją. Zostało na nowo uposażone i reaktywowane przez bpa Jana Małachowskiego w 1677 roku. Biskup ten powierzył prowadzenie seminarium Księżom Misjonarzom św. Wincentego á Paulo, którzy kierowali nim do 1822 roku. Po wydaniu przez papieża Piusa VII bulli "De salute animarum", reorganizującą struktury terytorialne Kościoła w Prusach, po wojnach napoleońskich, uczelnia w 1829 roku została przeniesiona z Chełmna do Pelplina. Została umiejscowiona w zabudowaniach pocysterskich, sąsiadujących z gotycką katedrą, w których znajduje się po dziś dzień. Biskup Mathy (1824-1832) zorganizował pelplińską szkołę i utworzył bibliotekę. W okresie Kulturkampfu w latach 1876-1887 seminarium przerwało swoją działalność. Po jedenastu latach przerwy, dzięki staraniom biskupa Rednera zaczęło znów normalnie funkcjonować.