Finalizada la Segunda Guerra Mundial, huyó a Sudamérica y vivió en Argentina desde 1944 a 1960, año en el que retornó a su Italia natal, tiempo en que entabló una profunda amistad con el entonces presidente de Argentina, el político y militar Juan Domingo Perón y el político José López Rega, amistad que décadas después profundizarían en los setenta cuando colaboró en el retorno de Perón y luego ocupando cargos políticos dentro de su tercera presidencia. Dentro de la investigación de la Comisión Parlamentaria Italiana sobre la P2 su presidente Tina Anselmi indicó en una anotación que Gelli habría sido el artífice del golpe militar que derrocó al presidente Frondizi en 1962.