La caleta donde se sitúa Puerto Navarino presentaba el topónimo "Leuaia" —al parecer de origen yámana—, con un antiguo historial de uso. El nombre «Puerto Navarino» la ha hecho desaparecer de la cartografía moderna. Navarino hace referencia a un antiguo puerto griego, hoy llamado Pilos, en el cual se desarrolló en 1827 la Batalla de Navarino.