В 1752 году костёл перешёл в ведение сестёр конгрегации жития Марии (мариавиток). С позволения папы римского Климента XII ещё в 1737 году на участке лазарета была построена обитель сестёр мариавиток (деятельность которых заключалась преимущественно в обращении в христианство евреек). Его учредителем и фундатором был настоятель костёла священник Стефан Турчинович (ум. 1773). В 1739 году виленский епископ Михал Ян Зенкевич утвердил устав конгрегации, подготовленный Турчиновичем. Папа Бенедикт XIV, желая поощрить религиозное усердие монахинь, прислал им в 1752 году особое бреве, подтверждающую устав. За первых тридцать лет деятельности мариавиток в Вильне было обращено свыше 400 неофиток, главным образом девочек из еврейских семей. При монастыре действовала школа для девочек из неимущих семей. Монастырь со временем опустел, поскольку монашки переселились в Белоруссию, и был упразднён. Однако в 1770 году Ангела Потёмкинова с ещё тремя сестрами в Риме получила благословение папы римского на возобновление в Вильне монастыря. Виленский епископ Игнацы Якуб Масальский подтвердил устав сестёр мариавиток и монастырь в 1788 году был возобновлён. Здания костёла и монастыря значительно пострадали от пожара и разрушений при обстреле Вильны российской артиллерией во время восстания 1794 года. Восстановлением занимались мариавитки. Восстановительные работы ускорил дар царя Петра I, во время пребывания в Вильне пожертвовавшего 3000 серебряных рублей.