1942年（昭和17年）1月、第22航空戦隊司令部付戦闘機隊に着任。4月、鹿屋空に配属。哨戒任務が続いたが、シンガポール上空で本田を含む零戦9機とイギリス空軍のバッファロー戦闘機9機が交戦。本田とって実戦における最初の空戦となる。この空戦で本田は弾丸が無くなるまで発射し続け、なおも追尾を続けたところ、敵機はジャングルに突っ込み炎上、これが本田の初撃墜となる。同年9月ラバウル進出。11月、鹿屋空が第二五三海軍航空隊に改名される。ニューギニア沖、ソロモン諸島での航空戦に従事。本田によれば、カビエンの病院で盲腸の手術を受け、抜糸が終えた直後にB-17を迎撃して撃墜したが、空戦のGで傷口が破れ、腸が飛び出したこともあったという。1943年5月、大分空着任。