Durant la Reforma protestant (1517-1648), els Habsburg catòlics van reprimir el creixent moviment protestant a Bohèmia. L'episodi conegut com la Defenestració de Praga, en el qual els txecs, furiosos, van llançar dos representants dels Habsburg per la finestra, va ser la causa immediata de la Guerra dels Trenta Anys (1618-1648). La Batalla de la Muntanya Blanca (1620) va suposar la restauració de la monarquia dels Habsburg, que va ser seguida de la implacable erradicació del protestantisme, la supressió dels privilegis nacionals i l'ús obligat de l'alemany com a llengua oficial.