Der Widerspruch zwischen dem Recht der Öffentlichkeit auf Information und den Interessen von Privatpersonen oder Institutionen war im neuen Jahrtausend ebenfalls regelmäßiges Thema von Zensurkontroversen. Zu einer der Spiegel-Affäre vergleichbaren Affäre wuchs sich 2005 eine Durchsuchung der Redaktionsräume des konservativen Monatsmagazins Cicero aus. In einem Artikel über den jordanischen Terroristen Abu Musab az-Zarqawi hatten dessen Redakteure vertrauliches Material aus den Akten des Bundeskriminalamtes verwendet – eine Tatsache, die die Behörden, ähnlich wie bei der Spiegel-Affäre, als Landesverrat werteten. Die deutsche Presse verteidigte den gesetzlich gewährleisteten Informantenschutz und kritisierte die Durchsuchung fast durchweg als Angriff auf den unabhängigen Journalismus. Das Bundesverfassungsgericht urteilte am 27. Februar 2007, die Durchsuchung habe einen erheblichen Eingriff in die Pressefreiheit dargestellt. Konflikte zwischen Staat und unabhängigem Journalismus gab es auch anlässlich des G8-Gipfels in Heiligendamm 2007. So wurde der im Auftrag der taz arbeitenden Fotojournalistin Marily Stroux ohne Angabe von Gründen die Akkreditierung verweigert. Ähnlich ging es über 20 weiteren Journalisten. Stroux konnte sich die Akkreditierung zwar erstreiten, der selektive Zugang der Presse zu einer offiziellen politischen Großveranstaltung sorgte in der Folge jedoch für einige Kritik.