Zo glansrijk als zijn clubcarrière, werd zijn interlandloopbaan niet. Élber maakte slechts op één toernooi deel uit van het Braziliaanse elftal, tijdens de Gold Cup in 1998. Daar speelde hij elke wedstrijd en kwam hij in groepswedstrijd tegen El Salvador tweemaal tot scoren. Daarnaast speelde hij nog enkele vriendschappelijke wedstrijden en kwalificatieduels voor het WK voetbal 2002. Hij ondervond veel concurrentie in de spitsenpositie van onder anderen Rivaldo, Romário en Ronaldo. Zijn interlandcarrière begon op 5 februari 1998 en eindigde op 5 september 2001.