V roce 1965 vstoupila VŠE do mezinárodní studentské organizace AIESEC. O rok později byly obnoveny akademické tituly – absolventi VŠE získávali titul inženýr (již ne pouhé „stavovské označení“, do té doby označováni jako „promovaní ekonomové“) a poprvé byli na VŠE akademičtí funkcionáři voleni. V roce 1968 byla Fakulta politické ekonomie přejmenována na Národohospodářskou fakultu, Fakulta výrobně ekonomická a Fakulta obchodní zůstaly, Institut národohospodářského plánování získal název Fakulta řízení. Z těchto čtyř fakult se poté VŠE skládala po celá 70. a 80. léta. Někteří učitelé i studenti se účastnili reformního procesu, proběhla rehabilitace studentů vyloučených od roku 1948, nenásilný odpor proti okupaci Československa vojsky Varšavské smlouvy a listopadová stávka studentů. Řada pracovníků a posluchačů emigrovala.