Der größte Erfolg in ihrer Laufbahn gelang Jelena Perepelkina dann bei der Europameisterschaft 2006 in Moskau. Sie holte sich dort in der Gewichtsklasse bis 67 kg KG mit Siegen über Agnieszka Wieszczek aus Polen, Teresa Mendez und Kristine Odrina aus Lettland in überlegener Manier den Europameistertitel. Bei der Weltmeisterschaft des gleichen Jahres in Guangzhou wurde sie in der Gewichtsklasse bis 72 kg KG eingesetzt. Sie verlor dort ihren ersten Kampf gegen Stanka Slatewa, kam aber mit Siegen über Maria Luiza Vryoni aus Griechenland und Wassilissa Marsaljuk aus Weißrussland noch auf den 3. Platz und gewann damit ihre zweite WM-Medaille bei den Aktiven.