Truppen der AIF wurden noch in den ersten Kriegswochen nach Niederländisch-Indien verlegt. Aufgefrischte Bataillone der "23rd Brigade" verlegten nach Kupang in Westtimor und auf die Insel Ambon, um diese Gebiete gegen japanische Angriffe zu verteidigen. Eine unabhängige Kompanie besetzte unter Verletzung der portugiesischen Neutralität Dili, die Hauptstadt Portugiesisch-Timors. Ambon fiel am 3. Februar 1942 an japanische Truppen, die am 30. Januar gelandet waren. Im Verlauf des Februars wurden über 300 gefangene Australier von den Japanern in mehreren Wellen hingerichtet. Die Truppen in Kupang kapitulierten am 20. Februar, im ebenfalls von den Japanern besetzten portugiesischen Teil Timors entwickelte sich ein Guerillakrieg, da sich alliierte Truppen in den Dschungel schlugen und den Eroberern bis Februar 1943 Widerstand leisteten. Die HMAS "Voyager" und HMAS "Armidale" gingen im September und Dezember 1942 verloren, als sie Unterstützungseinsätze für die Kommandoeinheiten auf Timor fuhren.