Ve středověku zde stávala tvrz. Roku 1602 se Klení dostává do Rožmberského majetku, s nímž následně sdílí další osud celého panství Nové hrady, tj. dostává se do držení Švamberků a po Bitvě na Bílé hoře se stává jako císařský konfiskát majetkem Buquoyů. Po vysídlení Němců z Československa v roce 1945 výrazně poklesl počet obyvatel a Klení se stalo součástí Benešova nad Černou.