Tra il 1809 e il 1813 in Lubiana fu la capitale delle province illiriche del primo impero francese, mentre nel 1815 la città ritornò in mano austriaca e dal 1816 al 1849 fu parte del Regno d'Illiria. Durante questo periodo, la città ospitò l'omonimo congresso del 1821, che definirà la geografia europea degli anni seguenti. Successivamente, tra il 1849 e il 1857 Lubiana venne interessata dai lavori di costruzione della ferrovia meridionale che collegava Vienna a Trieste, principale porto dell'Impero. A causa del terremoto del 1895 la città vide distrutto un decimo degli edifici e per questo fu necessaria un'opera di ricostruzione. Nel 1918, con il collasso dell'Impero austro-ungarico, Lubiana venne annessa al Regno di Jugoslavia.