Nach den Jugoslawienkriegen erlebte der Islam in Nordmazedonien regelrecht eine Blüte. Es entstanden und entstehen noch heute neue große Moscheen, gleichzeitig jedoch werden vor allem in ihrer Nähe mazedonisch-orthodoxe Kirchen oder illuminierte Kreuze errichtet. Dieser ethnisch-religiöse Konflikt stellte sich schon früh in der Geschichte der jungen Republik Mazedonien. Beim albanischen Aufstand 2001 eskalierte der Konflikt schließlich zwischen den christlichen Mazedoniern und den muslimischen Albanern. Seitdem hat sich die Lage deutlich beruhigt, dennoch kommt es fast jährlich zu Übergriffen auf Moscheen und Kirchen, nicht nur auf neuere, sondern auch auf ältere, kulturhistorisch und architektonisch bedeutende Bauwerke.