Bajo la dirección del exentrenador nacional Manuel Lapuente, Palencia fue convocado para la Copa Oro de la Concacaf 1998 en febrero, donde siguió luciendo la camiseta número 17. Jugó el segundo partido de la fase de grupos ante Trinidad y Tobago, anotando el tercero del 4-2 final a favor de México. Volvió a ver actividad en el torneo hasta la semifinal ante Jamaica iniciando de titular y saliendo de cambio al 70'. El partido se resolvería con un gol de Luis Hernández al 105' con lo que el tricolor se instalaba en la final que posteriormente ganaría ante Estados Unidos nuevamente con un solitario gol de Hernández. Palencia fue llamado para la Copa Mundial de Fútbol de 1998. Jugó dos partidos en el certamen: uno frente a Bélgica y otro en los octavos de final frente a . En ambos juegos fue sustituido en el segundo tiempo por Jesús Arellano. Todavía bajo el mando de Lapuente, el delantero participó en la Copa América 1999, anotándole un gol a la selección de Chile. En 1999 fue parte del histórico México que se coronó campeón de la Copa FIFA Confederaciones 1999 celebrada en su país. Marcó un gol en el certamen frente a Bolivia, dándole el triunfo a su equipo 1-0. En la final alineó como titular en la victoria 4-3 ante la , saliendo de cambio al minuto 70'.