Im August 2010 geriet Muñoz in die Schlagzeilen, weil er innerhalb von 9 Monaten drei Dopingtests verpasste. Dies wird nach den Regularien des Schwimmverbandes FINA mit einer Sperre von 2 Monaten bis zwei Jahren geahndet, womit seine Teilnahme an den Schwimmeuropameisterschaften 2010 nicht möglich gewesen wäre. Der Verband akzeptierte jedoch die Entschuldigung, er sei nur wegen seines "psychischen Zustands" nicht zu den Tests erschienen. Nachdem er bei den Europameisterschaften dann Gold über 50 Meter Schmetterling holte, erhielt der Fall noch größere Aufmerksamkeit. Während die FINA ihr Vorgehen rechtfertigte, kündigte die Weltdopingagentur WADA an, den Fall noch untersuchen zu wollen, und forderte Einsicht in die Unterlagen.