Os aliados iniciaram uma campanha no sul do Paraguai em meados de 1866. Houve uma série de batalhas ao longo das fortificações paraguaias nas margens do Rio Paraguai, com destaque para Tuiuti e Curupaiti, culminando na tomada da fortaleza de Humaitá pelos aliados em 1868. Nesse meio tempo uma epidemia de cólera dizimou os dois exércitos, dando uma pausa na ofensiva aliada.