Ketika terjadi invasi Swedia atas Polandia yang terkenal pula dengan sebutan "Air Bah Swedia", Yohanes bergabung dengan resimen-resimen Polandia Besar yang dipimpin oleh Krzysztof Opaliński, Voivoda Poznań. Bala tentara Polandia Besar dipaksa menyerah di Ujście, dan bersumpah setia pada Raja Swedia, Karl Gustav. Meskipun demikian, sekitar akhir bulan Maret 1656, Yohanes meninggalkan bala tentara Polandia Besar dan menyeberang ke kubu Raja Polandia, Jan Kazimierz Waza, untuk bergabung dengan bala tentara yang dipimpin oleh Hetman Stefan Czarniecki dan Hetman Jerzy Sebastian Lubomirski.