Jafa an-Naserija navazuje na židovské město "Jafija" (יפיע) z biblických dob, které zmiňuje například Kniha Jozue 19,12 V době První židovské války bylo toto město jedním z center židovského protiřímského odporu. V obci byly nalezeny pozůstatky synagogy z pozdního římského období.