Fu quindi confermato dalla Minardi per il 1993, al fianco di Fabrizio Barbazza. A causa della precaria situazione finanziaria della squadra, la nuova monoposto era priva dei di dispositivi elettronici, come le sospensioni attive o il controllo di trazione, utilizzati dalla concorrenza, ma aveva il pregio di essere guidabile e facile da assettare. La stagione iniziò in maniera sorprendente per il pilota brasiliano, con un quarto posto nel Gran Premio inaugurale in Sudafrica; Fittipaldi conquistò anche un quinto posto nel Gran Premio di Monaco, ma nel resto della stagione pagò la mancanza di sviluppi e non fu più in grado di raggiungere la zona punti. Nella gara di Monza fu inoltre protagonista di uno spettacolare incidente: sulla linea del traguardo, nel corso dell'ultimo giro, Fittipaldi tamponò il collega Martini sollevandosi in aria e compiendo una piroetta completa, prima di atterrare sul circuito; fortunatamente il brasiliano non riportò alcuna conseguenza e risultò illeso. A due gare dal termine del mondiale, la Minardi, in crisi di fondi, lo licenziò per sostituirlo con il pagante Jean-Marc Gounon. Concluse quindi il campionato con cinque punti ottenuti al tredicesimo posto.