Svenske troppers beleiring og påfølgende rasering av byen i årene 1655–1657 samt et pestutbrudd, bidrog til å redusere folketallet. I det 18. århundre ble byen inntatt av prøyssiske, svenske, østerrikske og russiske styrker. 24. mars 1794 avla Tadeusz Kościuszko ed på torget i Kraków, og med det samme begynte Kościuszko-oppstanden, som skulle befri Polen fra russisk innflytelse.