10 февраля 1862 года получил звание бригадного генерала и направлен на Западный Театр, где в апреле командовал бригадой в сражении при Шайло. Летом и осенью 1862 года участвовал в Кентуккийской кампании, командовал дивизией (4 бригады) в составе корпуса Уильяма Харди. В октябре эта дивизия активно участвовала в сражении при Перривилле, а затем при Стоун-Ривер, при Чикамоге и Чаттануге, и 17 февраля 1864 года Андерсон был повышен до генерал-майора.