In der Zeit zwischen dem Beginn des Zweiten Weltkrieges am 1. September 1939 und dem deutsch-französischen Waffenstillstand am 22. Juni 1940 wurden die U-Boote überwiegend im Mittelmeer eingesetzt und patrouillierten vor der französischen und nordafrikanischen Küste. In dieser Zeit ging die "Morse" verloren, als das Boot vor Sfax in eine französische Minensperre fuhr und auf eine Seemine lief.