El Grupo Aéreo del Cuerpo de Infantería de Marina fue activado el 1 de marzo de 1942, en San Diego, California. Una semana más tarde el escalafón adelantado del grupo se encontraba en ruta hacia Samoa. Los primeros aviones del MAG-13 llegaron a Tutuila el 2 de abril de 1942 momento en cual ellos asumieron la responsabilidad por la defensa aérea de la Samoa Americana. En estos días iniciales de la guerra antes de las victorias en Midway y Guadalcanal, Samoa era considerada muy vulnerable y abierta a ser atacada por los japoneses. La mayoría de los pilotos del MAG-13 estaban subentrenados y a cada escuadrón del MAG-13 también se le ordenó organizarse como una compañía de infantería si surgía la necesidad de defender a las islas. Para el 27 de mayo parte del grupo estaba basado en Funafuti y el 15 de diciembre otro elemento se movió a Nanomea. Los escuadrones del grupo operaban desde Wallis, Nukufetau, Tarawa y Atolón de Makin antes de que todo el grupo fuera consolidado en Majuro en abril de 1944. Desde allí participaron en la campaña para neutralizar las bases japonesas dejadas de lado ubicadas en las Islas Marshall. El grupo permaneció en Majuro hasta el final de la guerra. El MAG-13 regresó a la costa occidental en octubre de 1945 y fueron desactivados poco después de eso.