Одночасно з занепадом Речі Посполитої розпочався занепад Кракова. Військові руйнування сильно підірвали позиції міста і загальмували його розвиток. Перший раз Краків був знищений іноземними військами у 1655 році, під час «шведського потопу» (передмістя сильно потерпіли ще у 1587 році, під час спроби здобуття міста Максиміліаном Габсбургом). У XVIII ст. Краків було захоплено пруськими, шведськими, австрійськими й російськими військами. 24 березня 1794 року на краківському ринку склав присягу народові провідник Тадеуш Костюшко, тим самим розпочав повстання.