Jej debiutanckim filmem są "Lilie wodne". Scenariusz do niego napisała jako pracę dyplomową na studiach. Za namową Xaviera Beauvois, ówczesnego przewodniczącego komisji, Sciamma zaczęła go kręcić w swoim rodzinnym mieście. Produkcja miała swoją premierę na 60. MFF w Cannes, gdzie prezentowano ją w sekcji "Un Certain Regard". Film również otrzymał trzy nominacje do Cezarów w 2008 roku: za najlepszy pierwszy film oraz nadziei kina dla aktorek Adèle Haenel oraz Louise Blachère.