Issoufou poprvé kandidoval do prezidentských voleb v roce 1993, ale byl poražen hned v prvním kole Mamadou Tandjou a později i vítězem voleb Mahamanem Ousmanem. Když byl zvolen prezident, byl 17. dubna 1993 jmenován Ousmanem předsedou vlády. Tento post zastával až do 28. září 1994, kdy byl nahrazen Souleyem Abdoulayem. Během prezidentování Ousmaneho byl v letech 1995 až 1996 prezidentem Národního shromáždění.