En el Campeonato de EE. UU. de 2008, Lysacek finalizó segundo en el programa corto y ganó el programa libre. Empató con Johnny Weir en la puntuación global, pero ganó el título en el desempate, consiguiendo su segundo título nacional. Su siguiente evento fue el Campeonato de los Cuatro Continentes de 2008, donde obtuvo el segundo lugar en el programa corto y el tercero en el programa libre, y terminó tercero. Lysacek también fue seleccionado para participar en el Campeonato Mundial. Una semana antes del evento, se vio obligado a retirarse debido a una lesión sufrida mientras intentaba un triple axel: una de las cuchillas se le desprendió de la bota y se fracturó el brazo izquierdo. Al finalizar la temporada, realizó una gira con "Stars on Ice".