Wbrew rozkazom ze sztabu 37. Armii, nowy komendant – kpt. Takuo Takakuwa, pozostawił w ruinach obozu 288 niezdolnych do marszu jeńców, a także kilkunastu strażników pod dowództwem por. Moritake. Jeńcy koczowali praktycznie pod gołym niebem, wydawano im minimalne ilości żywności. W samym tylko czerwcu zmarło ich ponad 130. 15 czerwca (inne źródła podają 9 czerwca) z obozu wyprowadzono w kierunku Ranau kolejną grupę 75 jeńców. Wszyscy zginęli w trakcie marszu, przy czym zaledwie czterech zdołało dojść do Beluran na 67. kilometrze trasy. Tymczasem jeńcy pozostawieni w Sandakanie nadal wymierali na skutek głodu i chorób. Brytyjski oficer, który przyznał się do kradzieży świni należącej do strażników, został za karę ukrzyżowany i wypatroszony. W drugim tygodniu lipca Moritake otrzymał rozkaz od kpt. Takakuwy, nakazujący, aby ze swoimi ludźmi jak najszybciej udał się do Ranau. W tym czasie przy życiu pozostawało jeszcze 48 jeńców. Jako że dwudziestu pięciu było w tak ciężkim stanie, iż spodziewano się, że umrą w najbliższym czasie, Moritake postanowił bezzwłocznie wymordować pozostałych dwudziestu trzech. Zamordowano ich w masowej egzekucji 13 lipca. Mimo iż ostatnim jeńcom w zasadzie zaprzestano wydawać pożywienia, 1 sierpnia nadal pozostawało przy życiu dziewięciu Australijczyków i jeden Brytyjczyk. Ostatniego jeńca zamordowano 15 sierpnia, na kilka godzin przed ogłoszeniem kapitulacji Japonii.