Kostel se poměrně záhy přiklonil na proreformní stranu Husových přívrženců. Po vypuknutí husitských bouří patří v Praze mezi přední kostely strany podobojí a tím zůstává až do Bělohorské bitvy. Na týnské faře působily některé významné osobnosti utrakvismu v roli faráře, např. Jan Rokycana volený ale nikdy nepotvrzený pražský arcibiskup. Roku 1621 se farnost stává opět katolickou, kterou zůstala kromě krátké přestávky roku 1632, až dodnes.