Le conflit ethnique entre les Macédoniens et la minorité albanaise de 2001 a lui aussi des conséquences économiques. 2001 est pour la Macédoine une année de récession : le PIB baisse ainsi de 5 % et les investisseurs étrangers évitent le pays. Après les accords d'Ohrid qui met fin aux hostilités, l'économie s'améliore lentement, le PIB augmente de 0,3 % en 2002 et les investissements étrangers reprennent en 2003. Les accords d'Ohrid ont par ailleurs permis la stabilisation politique nécessaire au développement économique du pays.