Ramphele har studerat folkhälsa, medicin, socialantropologi och ekonomi. Under 1970-talet var hon engagerad i BCM, "Black Consciousness Movement" (sv: svart medvetanderörelse). Hon var partner till anti-apartheidaktivisten Steve Biko (1946-1977) med vilken hon fick två barn. Ramphele tog sin läkarexamen i början av 70-talet och arbetade därefter på sjukhus avsedda för svarta sydafrikaner. I efterdyningarna av Sowetoupproret 1976 blev hon fängslad under fem månader och sedan förvisad under sju år till Naphunodistriktet i norra Sydafrika där hon utvecklade ett lokalt hälsocenter. Ramphele fick en forskartjänst vid University of Cape Town 1986 vilket ledde till en examen i socialantropologi. Efter ett års studier vid Harvard University i USA blev hon 1991 prorektor vid University of Cape Town. Fem år senare blev hon universitetets rektor. Ramphele utsågs 2000 till en av de fyra verkställande cheferna för Världsbanken. Hon har haft flera ideella uppdrag och styrelseposter, bland annat i Nelsons Mandelas barnfond och gruvbolaget Goldfields. Ramphele startade 2013 partiet Agang (som betyder "bygga" på Sesothospråket) som en utmanare till det regerande ANC.