En 1879 se declaró la Guerra del Pacífico, José María del Canto formó parte de la Campaña terrestre de la Guerra del Pacífico, participa como teniente coronel del "Buin" en el Desembarco y combate de Pisagua - ocupando la playa al mando de 3 compañías del citado regimiento - Dolores y Tacna. Después de esta última, Baquedano le otorga el mando del Regimiento "Caupolicán", al mando del cual participa en las batallas de Chorrillos y Miraflores formando parte de la 3º división de Pedro Lagos. Recibió varias medallas y cartas del presidente, que aún sus descendientes poseen. Se le considera uno de los protagonistas chilenos de la Guerra del Pacífico.