ญี่ปุ่นได้เขายึดครองฟิลิปปินส์เป็นเวลานานกว่าสามปีจนกระทั่งการยอมจำนนของญี่ปุ่น การรบแบบกองโจรที่มีประสิทธิภาพสูงโดยกองกำลังต่อต้านฟิลิปปินส์ที่ควบคุมประมาณหกสิบเปอร์เซ็นของเกาะ พื้นที่ส่วนใหญ่เป็นป่าและภูเขา แมกอาเธอร์ได้ให้การสนับสนุนโดยเรือดำน้ำ และส่งกำลังเสริม และเจ้าหน้าที่ ชาวฟิลิปปินส์ยังคงจงรักภักดีต่อสหรัฐอเมริกา ส่วนหนึ่งเพราะอเมริกันได้รับรองให้ความเป็นเอกราช และเนื่องจากญี่ปุ่นได้กดขี่ข่มเหงต่อชาวฟิลิปปินส์เป็นจำนวนมากในการเกณฑ์แรงงานและยังทำให้หญิงสาวชาวฟิลิปปินส์กลายเป็นโสเภณี