Rodríguez teki ensiesiintymisensä Uruguayn maajoukkueessa jo 18-vuotiaana ystävyysottelussa Meksikoa vastaan lokakuussa 2003. Copa Américassa 2004 hän pelasi kaikki muut ottelut paitsi voitokkaan pronssiottelun. Esnimmäisen maaottelumaalinsa hän teki Argentiinaa saman vuoden lokakuussa. Copa Américassa 2007 hän pelasi kaikissa kuudessa ottelussa Uruguayn sijoittuessa neljänneksi. Uruguayn voittaessa Copa Américan 2011 hän pelasi kahdessa alkulohkon ottelussa. Hän pelasi Uruguayn kaikki neljä ottelua MM-kilpailuissa 2014 ja Copa Américassa 2015. MM-kilpailuissa 2018 hän pelasi Uruguayn kaikissa viidessä ottelussa, tosin vain kerran avauskokoonpanossa.