第二次鸦片战争后，俄国援引1860年中俄《北京条约》有关条款，于1861年直接由俄国政府外交部派公使进驻北京，无须再以东正教北京传道团充任公使之职能，并且将东正教北京传道团划归俄罗斯东正教最高宗务会议直接领导，并将东正教北京传道团所驻的东江米巷南馆改成了俄国驻华公使馆，令东正教北京传道团迁回北馆居住。从1861年到1889年，东正教北京传道团管辖的机构，包括圣索菲亚教堂（北馆），奉献节教堂（南馆），以及安定门外东安定村的圣伊尔库茨基·英诺肯提乙教堂。同时还辅有修道院，以及教会办的男女学校等。