Talvi- ja jatkosodan aikana Kuusamo joutui sotatoimialueeksi. Myös siviilikohteet joutuivat kokemaan sodan kirot. mm. Oulua pommitettiin. Vuonna 1944 suomalaiset joukot joutuivat karkottamaan saksalaiset maasta. Tuolloin perääntyvät entiset aseveljet tuhosivat maakunnan pohjoisosaa ja polttivat mm. Kuusamon. Sodan päätyttyä Pohjois-Pohjanmaan alueesta jouduttiin luovuttamaan Neuvostoliitolle Paanajärven alue ja eräitä muita Kuusamon pitäjän itäisiä osia.