На початку 1219 територія Туркменії, підпорядкована Хорезму, піддалася нищівний монгольській навалі. Міста Мерв і Ургенч була перетворені на руїни. Територія Туркменії надовго перетворюється в периферію сусідніх держав: монголо-перської держави Хулагуїдів (XIII-XIV ст.), а потім узбецьких імперій Тимуридів (XIV-XVI ст.), Бухарського і Хівінського царства. У цей період вільні туркмени повернулися до родо-племінному строю. Особливого розвитку досягло килимарство.