В 1805 году Фердинанд примкнул к Третьей коалиции. После поражения русско-австрийской армии при Аустерлице и выхода Австрии из войны Фердинанд, не дожидаясь французских войск, вновь бежал на Сицилию под защиту английского флота. В 1806 году Наполеон своим декретом низложил в Неаполитанском королевстве династию Бурбонов и сделал королём Мюрата, однако власть последнего распространялась лишь на материковую часть королевства — на Сицилии продолжал править Фердинанд.