În regiunea orașului se află o cetate întemeiată în 1243 care este situată la vărsarea râului Volyňka în Otava. Cetatea a aparținut Cavalerilor Ioaniți, iar localitatea a apărut ulterior, fiind recunoscută ca oraș în anul 1367. În timpul războaielor husite în 1420, Jan Žižka ocupă orașul fără a reuși cucerirea cetății. În 1421 priorul ioanit din Boemia își mută rezidența în Strakonice, cetatea rămânând proprietate ioanită până în anul 1925. În Strakonice a existat o comunitate evreiască din secolul XVI, care a dispărut în perioada nazismului, existența comunității fiind atestată de cimitirul evreu al orașului. La începutul secolului al XIX-lea în Strakonice sunt produse fesuri orientale care sunt exportate în toată lumea. Prin anii 1930 a început perioada de industrializare a orașului.