Hughes, het vierde kind uit een gezin van zes, werd geboren op 2 mei 1985. Haar vier jaar jongere zus Emily was ook een talentvol kunstschaatsster en nam in 2006 deel aan de Olympische Winterspelen in Turijn. Op driejarige leeftijd begon Hughes met schaatsen. In januari 1998 werd ze Amerikaans nationaal kampioene bij de junioren, waarna ze het seizoen daarna deelnam aan de ISU Junior Grand Prix-wedstrijden. Ze won vervolgens de zilveren medaille bij zowel de Junior Grand Prix-finale als bij de WK junioren 1999. Ondanks dat ze in februari 1999 op de vierde plaats eindigde bij de nationale kampioenschappen voor de senioren, werd ze toch afgevaardigd naar de WK 1999. Zilverenmedaillewinnares Naomi Nari Nam, toen dertien, voldeed nog niet aan de leeftijdseisen. Leeftijdgenote Hughes deed dat ook niet, maar er werd toentertijd een uitzondering gemaakt voor kunstschaatsers die op dat moment al een medaille hadden gewonnen op de WK junioren. Ze werd bij de WK zevende.