Hayatının son dönemlerinde Arafat, FKÖ ile İsrail arasında on yıllardır süren anlaşmazlığı sona erdirmek için İsrail hükûmeti ile bir dizi müzakereye girişti. Bunların arasında 1991 Madrid Konferansı, 1993 Oslo İlkeler Anlaşması ve 2000 Camp David Zirvesi bulunur. İslamcılar ve FKÖ'nün bazı sol kanat mensupları yozlaştığını ve İsrail hükûmetine çok fazla taviz verdiğini söyleyerek kınamış ve muhalif olmuşlardı. 1994 yılında Arafat, Oslo'da yapılan müzakerelerden ötürü İzak Rabin ve Şimon Peres ile birlikte Nobel Barış Ödülü'ne layık görüldü. Bu esnada Hamas ve diğer militan örgütler gücü eline geçirerek el-Fetih ve Arafat'ın talep ettiği otoriteyi sarstı.