Janša war 1989 an der Gründung der ersten namhaften slowenischen Oppositionspartei, der Slowenischen Demokratischen Union (SDZ), beteiligt und danach stellvertretender Vorsitzender dieser Partei. Nach dem Wahlsieg der Wahlplattform DEMOS bei den ersten freien Wahlen 1990 wurde Janša Verteidigungsminister und war in dieser Funktion Befehlshaber der slowenischen Armee während des Slowenischen Unabhängigkeitskrieges 1991. Nachdem die Koalition DEMOS zerfallen war (1992), blieb Janša Verteidigungsminister und schloss sich 1992 der Sozialdemokratischen Partei Sloweniens (SDS) Jože Pučniks an. Er musste 1994 wegen der Depala-vas-Affäre, in der er seine Ministerialbefugnisse missbraucht haben soll, zurücktreten.