二海护负责的海域广大，航线漫长，但成立之初仅有一个航运统制班以及三艘特设舰艇（航速13节的能代丸、11节的長運丸以及14节的），战力仅相当于一个战队左右。大本营海军部一度发布指示，航速低于13节的船舶应独自航行，而且因为不可能全程护航，护航只能在某些地区、见机而行。三艘特设舰艇因此重点在塞班——特鲁克——拉包尔间巡逻。然而5月4日，金城山丸就在特鲁克西北方向被美军潜艇击沉，距离二海护创立仅一个月不到，战力就只剩下两艘特设舰艇了。第四舰队只好把第6水雷战队调来协助护航，6月中旬又从第四舰队抽调一批驱潜艇。7月10日，六水战解散，原所属舰艇全部编入二海护，二海护终于有了自己的反潜战力。但二海护即使加入了原六水战的兵力，面对辽阔的海域依然只是杯水车薪，需要从各镇守府及联合舰队抽调舰艇，协助进行护航。随着日军在索羅門群島戰役陷入长期消耗战，前线驱逐舰严重不足，二海护麾下较新型的驱逐舰逐渐调往前线，取而代之的是鱼雷艇和新型海防舰。