Po invazi armád Varšavské smlouvy byl Štefan Babiš politicky rehabilitován. Několik týdnů po okupaci nastoupil do Slovenské národní rady a republikového ministerstva zahraničního obchodu. V lednu 1969 Městský výbor KSS rozhodl o vrácení členství ve straně. Štefan Babiš se následně plně držel režimem vytyčené linie.