Schon ab den 1520er Jahren gab es reformatorische Bestrebungen in den Spanischen Niederlanden; Hendrik Vos und Johannes van Esschen waren 1523 in Brüssel die ersten Märtyrer der Reformation. 1544 gründete Pierre Brully evangelische Gemeinden, die sich trotz der Verfolgung durch die Behörden halten konnten. Von den südlichen Provinzen aus breitete sich die Reformation nordwärts aus. Spätestens seit der ersten gemeinsame Synode in Antwerpen 1566, bei der die Confessio Belgica von 1561 als Bekenntnisgrundlage angenommen wurde, war die Kirche calvinistisch geprägt. Die blutige Verfolgung der Protestanten durch den Herzog von Alba, Fernando Álvarez de Toledo löste 1568 den Niederländischen Aufstand aus, der in den Achtzigjährigen Krieg mündete. 1581 erklärten sich die sieben nördlichen Provinzen, in denen die Protestanten mittlerweile die Mehrheit der Bevölkerung stellten, für unabhängig. Die spanischen Truppen konnten (abgeschlossen mit der Eroberung von Antwerpen 1585) die Südprovinzen unterwerfen, scheiterten aber an dem Versuch der Eroberung der nördlichen Provinzen. Nach einem zwölfjährigen Waffenstillstand flammten 1621 die Kämpfe wieder auf und endeten erst 1648 mit der Anerkennung der Vereinigten Niederlande im Westfälischen Frieden.