בתאריכים 1–2 בספטמבר 1942, החל גירוש יהודי צרפת על ידי הגרמנים והצרפתים הנאצים, למרות מחאותיו ז'יל-ז'רו. תנועת הצופים היהודיים בצרפת שהיו פעילים במחתרת, חיפשו מקומות מסתור ליהודים. הם פעלו באופן מחתרתי בתקופת שואת יהודי צרפת וארגנו את המחתרת ששמה היה "השישית" - la sixième. ממטרות המחתרת לארגן מסתור לילדים יהודים, בין היתר במנזרים. שם הוסתרו הילדים ואף בני נוער ומבוגרים יהודים במסווה של תלמידים, פרחי כמורה או אנשי צוות. ז'יל-ז'רו הפעיל את הנזירות במסדר שלו על מנת שתעזורנה לתנועת הצופים. ז'יל-ז'רו גינה בפומבי את מדיניותו האנטישמית של משטר וישי ואת רדיפות היהודים. רוב הילדים שהוסתרו במנזרים הוברחו ממחנות הריכוז בצרפת, בהם גירס, סטפון וריווזאלט לפני גירושם מצרפת למחנות ריכוז והשמדה במזרח. שוטרים צרפתים ואנשי השלטון הנאצי ביצעו מדי פעם חיפושים אחר ילדים יהודים, אך הילדים היהודים שהוסתרו במנזרים לא נתפסו ושרדו את השואה.