בבחירות הדמוקרטיות הראשונות בסלובניה, שהייתה אז עדיין חלק מיוגוסלביה, באפריל 1990 נבחר יאנשה לפרלמנט הסלובני. כעבור כחודש, אף על פי שמפלגתו קיבלה בסך הכל פחות מעשרה אחוז מהקולות הוא נבחר לשר ההגנה. בתפקידו זה נטל חלק חשוב במלחמת עשרת הימים, מלחמת העצמאות הקצרה של סלובניה כנגד יוגוסלביה, ב-1991. המלחמה הסתיימה בניצחון סלובני ובעצמאות ויאנשה נשאר שר ההגנה עד שנת 1994.