С началом Второй мировой войны итальянцы возложили большие надежды на многоцелевые самолёты, однако, практика боев в Греции и Северной Африке показала их малую эффективность. CR.25 не удался ни как бомбардировщик, ни тем более как эскортный истребитель для сопровождения бомбардировщиков. Британские «Харрикейны», отличавшиеся высокой маневренностью, без особого труда справлялись с «ФИАТами». Поэтому CR.25 перевели в морские разведчики на базу под Палермо. Оттуда самолёты совершали разведывательные полёты к берегам Египта и Гибралтара. С 1942 года их начали постепенно заменять на Caproni Ca.311. Оставшиеся несколько машин продолжали патрулировать Средиземноморье, однако дефицит запчастей стал сказываться на их дальнейшей эксплуатации. Последний раз CR.25 использовались для сопровождения бомбардировщиков BR.20 при атаках на союзников высадившихся на Сицилии в июле 1943 года.