5月18日、ガジョンは3回目の哨戒でミッドウェー島西方に向かった。ガジョンはミッドウェー島に接近する日本艦隊とこれを迎え撃つアメリカ艦隊の間に立って、他の潜水艦とともに哨戒線を構成した。ガジョンは海戦で350年ぶりに負ける日本艦隊の姿を見ることも出来ただろうが、戦闘の混乱と誤爆の危険性から逃れるべく攻勢には出なかった。6月14日、ガジョンは20日間の行動を終えて真珠湾に帰投。艦長がウィリアム・S・ストローヴァル・ジュニア少佐（アナポリス1929年組）に代わった。