Yamamoto het verskeie belangrike poste in die Keiserlike Vloot beklee en het baie van sy veranderings en reorganisasies onderneem, veral die ontwikkeling van lugvaart. Hy was die opperbevelhebber gedurende die vroeë jare van die Stille Oseaan-oorlog en was in bevel van groot gevegskontakte, waaronder die aanval op Pearl Harbor op 7 Desember 1941 en die Slag van Midway.