Dal 1940, pur dicendosi contrario all'operazione, venne costretto a mobilitare l'opinione pubblica albanese per la partecipazione dei locali alla Campagna italiana di Grecia. Venne incaricato anche di una missione diplomatica ad Atene col compito di sondare l'opinione pubblica locale circa una possibile invasione italiana in Grecia. Quando la campagna militare ebbe inizio, ad ogni modo, le informazioni riportate positivamente all'inizio si rivelarono in realtà imprecise e quando diversi reparti albanesi iniziarono delle defezioni, il maresciallo Pietro Badoglio ritenne Francesco Jacomoni direttamente responsabile di tali comportamenti. Ad ogni modo poco tempo dopo Badoglio fu sostituito da Ugo Cavallero, suocero dello Jacomoni, che lo mantenne al suo incarico e che anzi ne rafforzò la posizione.