Durante la guerra russo-finlandese (1939-1940) Valaam divenne territorio di battaglia tra sovietici e finlandesi. Nel febbraio 1940 150 monaci presero gli oggetti più sacri e preziosi del monastero e lasciarono l'arcipelago. Si spostarono più a ovest, nella piccola città di Heinävesi, dove fondarono il nuovo monastero di Valamo che, a seguito dell'evacuazione del monastero di Konevec e di quello di Pečenga, divenne l'unico complesso monastico attivo della Chiesa ortodossa finlandese. Le architetture di Valaam, sottoposte all'occupazione sovietica, furono adibite ad uso militare e, al termine della guerra di continuazione (1941-1944), l'arcipelago entrò ufficialmente a far parte dell'URSS.