En 2006, lors des championnats de France qualificatifs pour les Euros de Budapest disputés à Tours, Gilot termine tout d'abord du nage libre en 22 s 82 loin de Frédérick Bousquet et d'Alain Bernard 22 s 30 et 22 s 32. Le jour suivant, il se qualifie pour sa première épreuve de niveau continental individuelle en terminant d'un nage libre dominé par le prometteur Amaury Leveaux en 49 s 18. Il établit lors de cette course son record personnel sur la distance en 49 s 57. Sur nage libre, il est encore dominé par Leveaux qui bat le record de France en 1 min 48 s 10. Gilot qui ne réalise pas les minima européens se contente de son record personnel en 1 min 49 s 50.