המפעל המרכזי והחשוב ביותר של רבי יהודה הנשיא והסנהדרין בא בדמות עריכת התורה שבע"פ – המשנה – וחתימתה כקודקס אחד, שלם וסופי. היה זה מפעל שהחל לאחר חורבן הבית השני, וריכז בתוכו תחומי עניין שונים. נוצר צורך, הן בשל ריבוי המחלוקות, הן בשל נחיצות השעה (לעיתים ימי חירום וזעם) והן בשל החשש שנושאים חשובים וההידיינות עליהם יאבדו, לרכז את החומר, לסדרו, לערכו ולחותמו. המשנה היא אוסף מסודר של הדיונים שנערכו בסנהדרין בתחומי עניין שונים והפסיקה הסופית בהם, אם כי לעיתים נותרו ויכוחים בסיכום "פתוח", בלתי מוכרע. המשנה משקפת את מערכת החשיבה של חברי הסנהדרין לדורותיהם, כאשר המפתח העיקרי להתנסחות ההלכות הוא הניסיון לגשר בין הוראות קדומות, חלקן תנ"כיות, לבין נסיבות השעה המשתנות. היינו, התאמת ההלכה למציאות.