1275 ist eine Kapelle erwähnt. Bis 1414 gehörte Bütschwil zum Kirchspiel Ganterschwil und wurde danach eine selbstständige Pfarrei. Die Reformation spaltete die Einwohnerschaft. Nach 1531 kehrten die meisten Reformierten zum katholischen Kultus zurück; die Kirche wurde jedoch bis 1778 paritätisch genutzt. Bütschwil war im Toggenburger Krieg 1712 Parteigängerin des Abts. Unter Integration der umliegenden Weiler wurde es 1803 zur politischen Gemeinde erhoben.