1618 májusában a forrongó cseh protestáns nemesség képviselői egy vita hevében kihajították az ablakon a katolikus követeket. Ezzel kezdetét vette a cseh felkelés és a harmincéves háború. A felkelés az osztrákok gyorsan leverték, miután 1620-ban a fehérhegyi csatában döntő győzelmet arattak és utána Csehország függetlenségét teljes mértékben felszámolták. Azonban az északnémet hercegségek, Dánia és Hollandia, valamint később Svédország belépésével a háború folytatódott. A korai katonai sikerek miatt Ferdinánd folytatta elnyomó, vallásüldöző politikáját, amely olyan incidensekhez vezetett, mint a frankenburgi kockázás és az azt követő parasztfelkelés vagy Magdeburg elpusztítása.