В 1989 году избран депутатом Верховного Совета СССР. Получил известность тем, что 25 мая 1989 года сразу после открытия первого Съезда народных депутатов взбежал на трибуну и прокричал в микрофон: «Прежде, чем мы начнем своё заседание, я прошу почтить память погибших в Тбилиси!». Как только все встали, Толпежников закричал снова: «Депутатский запрос — назвать имена тех, кто отдал приказ об избиении мирных демонстрантов в Тбилиси 9 апреля!».