ב-24 במרץ 1989 עלתה מכלית הנפט אקסון ואלדז על שרטון במפרץ הנסיך ויליאם (Prince William Sound) שמדרום לפארק, התבקעה וגרמה לזיהום נרחב של קו החוף של הפארק הלאומי הפיורדים של קינאי. בתחילת אפריל הקימו עובדי הפארק מחסומים צפים לרוחב שפך הנהרות שבהם חיים דגי הסלמון וערכו ספירת מלאי מקדימה של צמחים ובעלי חיים שעלולים להיפגע מהנפט. כתם הנפט הגיע לאזור הפארק לראשונה ב-10 באפריל. בסך הכול הנפט זיהם כ-30 קילומטרים של קו החוף. הכפים היו האזורים שנפגעו בצורה הקשה ביותר. הנפט לא הגיע לפיורדים בשל זרמי המים החזקים שבהם, שמקורם מהפשרת השלגים באביב, שדחקו את הנפט. הניקוי היה קשה במיוחד כיוון שהנפט הפך לתחליב של זפת שלא ניתן היה לקפות אותו, והיה צריך לבצע דלייה. העבודה בעונה הראשונה הופסקה בספטמבר. העבודה התחדשה שנה אחר-כך, והמשיכה גם ב-1991. באותה שנה הגיע חברת אקסון מוביל להסכם פשרה עם הממשל הפדרלי וממשלת אלסקה, ובמסגרתו העבירה 870 מיליון דולרים לקרן שיקום, שחלק ממנו יועד לאזור הפיורדים של קינאי.