Juan won met het Braziliaanse team de Copa América 2004 en Copa América 2007 en zowel de FIFA Confederations Cup 2005 als die van 2009. Hij speelde zowel het WK 2006 onder bondscoach Carlos Alberto Parreira en het WK 2010 onder bondscoach Dunga. Op beide wereldkampioenschappen was de kwartfinale het eindpunt voor Brazilië.