Después de la muerte de Ho en 1969, Duan asumió formalmente el liderazgo del gobierno de Vietnam del Norte. Tras la adquisición comunista de Vietnam del Sur el 30 de abril de 1975 (con la Caída de Saigón) se convirtió en el líder de un estado vietnamita unificado. Después de convertirse en líder Duan instituyó una purga de aliados survietnamitas-estadounidenses, con unos 40,000 personas consignadas a campos de prisión. Tras la Masacre de Ba Chúc perpetrada por los Jemeres rojos en suelo vietnamita, aprobó la invasión vietnamita de la Kampuchea Democrática en 1978, logrando derrocar al Régimen de Pol Pot en una ofensiva relámpago. Esto causó una ruptura de relaciones diplomáticas entre Vietnam y China, y el primero respondió deportando a los residentes de la etnia china del país y cultivó una estrecha alianza con la URSS. En respuesta China lanzó la invasión de Vietnam en febrero de 1979, más conocida como el Conflicto Sino-Vietnamita.