İnebahtı Sancağı 1499'da kurulmuştur. Sancak önce Rumeli Eyaleti'ne bağlıyken daha sonra 1533 yılında Cezayir-i Bahr-i Sefid Eyaleti'ne bağlanmıştır. 7 Ekim 1571'de Osmanlı İmparatorluğu ile Kutsal İttifak arasında İnebahtı Deniz Muharebesi İnebahtı kıyılarında gerçekleşmiştir. Venedikliler Mora Savaşı sırasında 1687 yılında İnebahtı'yı geri alsalar da Karlofça Antlaşması'ndan sonra 1699 yılında Osmanlı'ya geri verdiler. 1821 yılında sancağın çoğu Yunan İsyanı'nın ardından bağımsızlığını ilan eden Yunanistan'a katıldı.