Als die Türken unter dem Sultan Süleyman I. im Jahre 1529 Wien belagerten und Österreich verheerten, wurde auch das Stift angezündet und geplündert, so wie alle Besitzungen desselben in Ungarn und in Österreich, Viertel unter dem Wienerwald verwüstet. Nebstdem mussten beträchtliche Kriegssteuern geleistet werden. Abt Johann Hartmann (1528–1536) war daher genötigt, viele Stiftsgüter zu veräußern. Ein späterer Nachfolger, Abt Ulrich Müller (1558–1584) hatte zwar anfangs großen Geldmangel, aber er strebte unermüdlich das Wohl des Stiftes zu befördern, er ließ mehrere Stiftsgebäude wiederherstellen und er erwarb die früher veräußerte Mühle bei Wilfleinsdorf, weiters die Freihöfe zu Baden und Pfaffstätten.