Pierwotną, drewnianą budowlę z fundacji braci Prokopa i Feliksa Sieprskich, wzniesiono po epidemii w 1483 r., w miejscu objawienia się Najświętszej Panny Marii klerykowi Andrzejowi z Sierpca. Już w 1513 r. budynek uległ spaleniu. Na jego miejscu postawiony został kościół murowany – gotycki. W 1620 r. staraniem Zofii Potulickiej ze Zbąskich, właścicielki części Sierpca, sprowadzono 6 benedyktynek z Chełmna, dla których wybudowano obok kościoła klasztor. W 1655 r. oddział szwedzki obrabował kościół i klasztor. W 1794 r. w pożarze kościół stracił dach i wyposażenie wnętrza - obecne pochodzi z XIX wieku. W latach 1965-1975 przeprowadzono gruntowny remont kościoła.