Isaksson pelasi Suomen maajoukkueessa 46 maaottelua, joissa hän teki kahdeksan maalia ja sai 12 syöttöpistettä. Hän edusti Suomea kolmissa MM-kilpailuissa: Ljubljanassa 1966, Tukholmassa 1969 sekä Bernissä ja Genevessä 1971.