Toujours chez Lotus en 1959, Hill pilote toute la saison la Lotus 16 (fortement inspirée de la Vanwall championne du monde, dont le créateur n'était autre que Chapman lui-même), plus performante que la 12 de ses débuts, même si elle ne s'est pas engouffrée dans l'inévitable voie du moteur arrière initiée par Cooper. Mais ces performances à la hausse sont gâchées par une fiabilité plus qu'aléatoire, à tel point qu'au soir du Grand Prix d'Italie, marqué par un énième abandon et un compteur de point désespérément vierge, il claque la porte de Lotus. En novembre il participe à la toute première compétition de karting organisée en Grande-Bretagne par le RAC: le Grand Prix Lakenheath.