Алехандро Бедойя впервые сыграл за сборную США 24 января 2010 года в товарищеском матче с Гондурасом. В 2011 году полузащитник попал в заявку сборной на Золотой кубок КОНКАКАФ и дебютировал на турнире в матче группового этапа с командой Панамы. В дальнейшем Бедойя сыграл ещё в 4 матчах турнира, в том числе — в финале против мексиканцев