Продолжая службу в том же полку, в 1805 году он принял участие в войне второй коалиции, где командовал 3-й колонной (6 пехотных полков), с которой от Оломоуца следовал Александр I. В битве при Аустерлице колонна Пржибышевского, согласно диспозиции, двинулась с Праценских высот и заняла Сокольниц. Наполеон, атаковав Працен, разрезал армию союзников и часть войск двинул в тыл Пржибышевского, на которого Даву обрушился с фронта. Окружённый со всех сторон, Пржибышевский решил пробиться со своими войсами вправо, к деревне Кобельниц. Преследуемый артиллерийским и ружейным огнём русский отряд смог пройти две версты отделяющих Сокольниц от Кобельница только к вечеру, окончательно превратившись при этом в бесформенную и плохо организованную массу. Уже на подходе к деревне, французская кавалерия врубилась в остатки войск Пржибышевского и довершила их расстройство. Сам Пржибышевский был взят в плен. Генералы, штаб- и обер-офицеры, орудия, знамена попали в руки победителей. Из окружения удалось выйти менее 1000 солдат, пробившихся поодиночке. Однако, отчаянное и продолжительное сопротивление третьей колонны облегчило отступление первых двух русских колонн.