Nel maggio 66, l'imperatore Nerone nominò Alessandro Prefetto d'Egitto, uno dei due più prestigiosi incarichi raggiungibile da un appartenente all'ordine equestre assieme a quello di Prefetto del pretorio. Per questa nomina Alessandro potrebbe aver beneficiato delle tendenze filelleniche nelle nomine equestri sotto Nerone, ma la sua esperienza in Egitto lo rendeva certamente raccomandabile per l'incarico. Malgrado ciò, ogni speranza che Alessandro fosse in grado di sedare i conflitti tra la popolazione greca e quella ebraica all'interno della sua provincia si spense rapidamente. L'anno in cui assunse l'incarico vide lo scoppio della Prima guerra giudaica in Giudea, un incendio che inevitabilmente si appiccò anche alla grande comunità ebraica di Alessandria d'Egitto. Uno scoppio di violenza etnica durante un'assemblea greca salì d'intensità quando i Greci presero dei prigionieri, atto che spinse gli Ebrei a bruciare i Greci raccolti in assemblea. Alessandro inviò dei mediatori per calmare gli Ebrei, avvisandoli che in caso contrario avrebbe dovuto utilizzare le legioni romane. La minaccia non ebbe effetto e Alessandro scatenò contro i ribelli i legionari a sua disposizione; malgrado gli Ebrei combattessero con vigore, i Romani ebbero il sopravvento e iniziarono un massacro che non risparmiava neppure donne e bambini e che ebbe fine solo quanto Alessandro, ricevute le preghiere degli Ebrei, ordinò ai soldati di ritirarsi.