Dopo la crociera di messa a punto, la "Yamato" fu scelta il 12 febbraio 1942 come nave ammiraglia della Flotta Combinata, imbarcando l'ammiraglio Isoroku Yamamoto e lo stato maggiore; il 27 maggio fu considerata pronta a sostenere azioni di guerra e in effetti schierata per la vasta operazione Midway. Era incaricata, con le altre corazzate della 1ª Flotta, di finire le forze di superficie della United States Pacific Fleet già indebolite dalla 1ª Flotta aerea; la battaglia, invece, terminò con la distruzione di quattro portaerei giapponesi e la "Yamato" ripiegò col resto delle forze nipponiche. In agosto fece rotta per la base di Truk nelle isole Caroline e lì rimase ormeggiata per mesi, senza partecipare alla campagna di Guadalcanal, tanto da guadagnarsi l'ironico nomignolo di "Hotel Yamato" che si spiegava, anche, con i moderni e confortevoli alloggi per gli ufficiali. Nel frattempo la "Musashi" era entrata in servizio e, dopo l'addestramento e la preparazione, il 18 gennaio 1943 salpò dal Giappone e arrivò a Truk il 22: qui le due unità poterono effettivamente formare la 1ª Divisione corazzate e la "Musashi" divenne nuova ammiraglia, ma lo stato di inattività si protrasse.