Джонсон участвовал в мексиканской войне, в сражениях при Пало-Альто, Ресака-де-ла-Пальма. «Некоторые люди рождаются неудачниками, — писал Питер Коззенс, — некоторые становятся ими из-за своего выбора... Джонсон был и тем и другим». Его проблемы начались уже на мексиканской войне: он участвовал в четырёх сражениях, не заслужив даже временного повышения. Перед началом Мексиканской кампании Скотта он стал снабженцем и не смог принимать участия в сражениях. Война прошла без его участия, и на момент заключения мира он остался в звании лейтенанта, а так же подцепил жёлтую лихорадку.