19 октября 1943 года был назначен на должность командира 88-й стрелковой дивизией. До 23 июня 1944 года дивизия находилась в обороне, затем участвовала в Белорусской, Витебско-Оршанской, Минской, Вильнюсской и Каунасской наступательных операциях. Ее части 27 июня овладели городом Орша, 1 июля форсировали реку Березина и вышли на магистраль Москва — Минск. 14 июля они на плечах отступающего противника ворвались в г. Друскининкай и к исходу дня полностью овладели им. На следующий день дивизия форсировала р. Неман и в дальнейшем вела бои за удержание и расширение захваченного плацдарма. С 8 августа она перешла к обороне, а 31 августа была выведена в резерв 31-й армии. За отличия в боях при прорыве Витебского УРа противника южнее города Витебск и на оршанском направлении приказом ВГК от 2 июля 1944 года дивизии было присвоено наименование «Витебская», а за освобождение Минска она награждена орденом Красного Знамени (23.7.1944). В октябре дивизия успешно действовала в Гумбиненской наступательной операции, в ходе которой 18 октября вторглась в пределы Восточной Пруссии. Указом ПВС СССР от 14 ноября 1944 года она была награждена орденом Суворова 2-й ст. В ходе этой операции 27 октября полковник Ковтунов был ранен. С 22 декабря 1944 года по 29 января 1945 года находился на лечении в госпитале, затем зачислен слушателем в Высшую военную академию им. К. Е. Ворошилова.