Tras la conquista definitiva de la ciudad en 1266, con la intervención de Jaime I de Aragón para sofocar la revuelta mudéjar (que según la tradición acampó en las proximidades de San Juan durante el asedio), el traslado de la población cristiana al interior de la medina supuso una relativa despoblación del arrabal, aunque no llegó a quedar abandonado, ya que hay noticias documentales sobre la iglesia de "San Juan del Real" en 1272 y 1285.