З початком війни за незалежність Бангладеш Рахман підтримав пакистанські сили й засудив бенгальських націоналістів. У листопаді 1971 року він очолив пакистанську делегацію на засіданні ради ООН, де заперечив факт геноциду бенгальського народу з боку армії Пакистану. Після поразки Пакистану у війні в результаті вступу до неї індійських військ Рахман залишився в Пакистані. У повоєнний період було встановлено, що пакистанські військовики знищили у Бангладеш понад мільйон чоловік. Проте Рахман продовжував додержуватись власної точки зору.