1941年7月，因日美關係惡化，麥克阿瑟被召回現役，擔任司令。同年12月，太平洋戰爭爆發，菲律賓的美軍先是12月8日空中武力被毀，之後日軍大舉登陸菲律賓，麥克阿瑟只得撤至巴丹半島堅守。1942年3月，麥克阿瑟與其家人和幕僚搭乘科雷希多岛的PT艇逃到澳洲，於當地被任命為盟軍司令，麥克阿瑟同時對外宣誓「我會回來」，自己將重回菲律賓。兩年多後，麥克阿瑟領兵收復菲律賓，實踐這一承諾，也因此被授予榮譽勳章。1945年9月2日，麥克阿瑟作為美軍代表於停泊在日本東京灣「密蘇里號」戰艦上接受日本代表的投降。之後在1945年至1951年期間，麥克阿瑟負責對日本的佔領和社會改造工作，其職權範圍包括監督其經濟、政治和社會的全面發展。