Dopo gli esordi in patria, dove ha vinto un campionato nazionale con la maglia dell', ha giocato prevalentemente nel campionato spagnolo, legandosi in modo particolare all'. Negli otto anni di militanza nella società madrilena Rafael Rato ha vinto 15 trofei, tra i quali 5 campionati spagnoli e due Coppe UEFA. Con la Nazionale di calcio a 5 del Brasile ha partecipato a due edizioni della Coppa del Mondo, contribuendo a vincere quella del 2012.