Lokakuussa 1940 syttyneessä Italian–Kreikan sodassa hän palveli kapteenina. Tässä sodassa hän haavoittui, mutta oli mukana Kreikan armeijan puolustautuessa Saksan hyökättyä Jugoslaviaan ja edelleen Kreikkaan huhtikuussa 1941. Zoitákis haavoittui toistamiseen tässä sodassa. Saksan miehittäessä Kreikkaa Zoitákis asui kotiseudullaan Náfpaktoksessa. Kotiseudulla ollessaan hän oli mukana salaisessa vastarintajärjestössä, joka liittyi Napoléon Zérvasin tasavaltaiseen vastarintaliikkeeseen EDES. Kesällä 1944 kilpailevan kommunistisen vastarintaliikkeen ELASin vallan kasvaessa Kreikassa ELAS vangitsi Zoitákisin elokuusta lokakuuhun 1944, mutta vapautti Casertassa brittien johdolla tehdyn Kreikan vastarintaliikkeiden yhteistyösopimuksen nojalla. ELAS oli tappanut jo aiemmin syksyllä 1943 hänen isänsä Konstantínoksen vuonna 1943 vastarintaliikkeiden välisissä taisteluissa. Kuningasvalta palautettiin syksyllä 1946. Sisällissota kuningaskunnan ja kommunistisen ELASin välillä kiihtyi tällöin. Zoitákis toimi Kreikan sisällissodan aikana 1940-luvun lopulla majurin arvoisena kuninkaallisen armeijan joukoissa.