Mehr als Durchzüge muslimischer Kämpfer (türkische Angriffe auf Österreich und Wien im 16. Jahrhundert) erlebte das tschechische Kernland im Gegensatz zur besetzten Slowakei nie. Im Winter 1600/1601, 1605 und 1609 weilten Delegationen persischer Muslime in Prag, um ein gegen die Osmanen gerichtetes Bündnis zwischen Habsburgern und Safawiden auszuhandeln. Im Dreißigjährigen Krieg dann eilte der ungarisch-siebenbürgische Fürst Gábor Bethlen mit türkisch-tatarischen Hilfstruppen den tschechischen Protestanten zu Hilfe, kam aber nur bis Mikulov. Nochmals drangen türkische Truppen auf ihrem Feldzug nach Wien und Imre Thökölys Kuruzen 1680–83 bis nach Mähren vor. Zuletzt durchzogen im 18. Jahrhundert während der Schlesischen Kriege und des Bayerischen Erbfolgekrieges auch „Tatarenregimenter“ (z. B. Volontaires de Saxe) und „bosniakische“ Lanzenreiter, die sowohl auf Seiten der Preußen als auch seiner Gegner kämpften, Böhmen und Schlesien. Bosniaken waren auch die ersten Muslime, die sich dauerhaft in Tschechien und der Slowakei niederließen, nachdem Österreich-Ungarn 1878 Bosnien-Herzegowina okkupiert und es 1908 auch annektiert hatte. 1912 war in Österreich (Böhmen und Mähren) und 1916 in Ungarn (Slowakei) der Islam als Religionsgemeinschaft staatlicherseits anerkannt worden und nach der Unabhängigkeit der Tschechoslowakei kamen in den 1920ern mit russisch-tatarischen Bürgerkriegsflüchtlingen weitere Muslime ins Land.