Nach der Niederlage der österreichischen Truppen in der Schlacht bei Austerlitz (1805) wurde Österreich verpflichtet, Tirol an Bayern abzutreten. Die bayrische Regierung gliederte das Gebiet in der Folge dem Landgericht Virgen an. Nach dem Sieg Napoleons über Österreich im Herbst 1809 fiel auch Salzburg mit dem benachbarten Matrei an Bayern. Noch im selben Jahr organisierten die Iseltaler Schützen den Widerstand gegen die französische Besatzung. Nach anfänglichen Erfolgen gegen die französischen Truppen besetzten diese im Dezember 1809 das gesamte Iseltal mit seinen Nebentälern. Prägraten wurde 1810 den neugeschaffenen drei illyrischen Provinzen zugeschlagen, jedoch bereits 1813 von der Besatzung der Franzosen befreit.