Чемпионат Европы 2009 года Элене проводит чрезвычайно плохо. Впервые в карьере она даже не отбирается для исполнения произвольной программы, став 25-й. После такого провала Элене вновь меняет тренера, и переходит в группу Робин Вагнер, работавшей в разное время с такими известными фигуристками как Сара Хьюз и Саша Коэн. Кроме того, чтобы поднять упавший рейтинг, Элене отправляется на чемпионат мира среди юниоров 2009, хотя последний раз была на этом турнире ещё в 2005 году (стала тогда 5-й). На чемпионате Элене выиграла короткую программу и была в числе фаворитов. Но как часто у неё случалось в последние два года, в произвольной сорвала несколько прыжков и оказалась на 11-м месте. По итоговой сумме баллов Гедеванишвили была шестой на этом турнире. На «взрослом» чемпионате мира Элене снова отлично выполняет короткую программу, а в произвольной совершает ряд мелких ошибок, однако всё же достигает своего лучшего на сегодняшний день результата — десятое место мирового первенства. Этим она завоёвывает для Грузии две путёвки в женском одиночном катании на Олимпиаду в Ванкувере (от одной из олимпийских лицензий НОК Грузии, впоследствии, отказался) и на чемпионат 2010 года.