КПЯ не участвовала в Международном совещании коммунистических и рабочих партий 1969 года и выступила с критикой советского вторжения в Чехословакию 1968 года как «неоправданного вмешательства во внутренние дела другой партии». В открытую конфронтацию с КПСС КПЯ вступила в 1968—1969 годах, выдвинув требования возвращения Японии Курильских островов, причём в отличие от правящей Либерально-демократической партии, не только Южных Курил, но и северных.