A 2006-os év jobban sikerült Giancarlo számára, az év elején nyerni tudott Malajziában, és ezt követően is jó teljesítményt nyújtott, nem ért célba pontszerző helyen kívül és csak kétszer esett ki az egész szezonban, Bahreinben és a magyar nagydíjon. Szereplése így is háttérbe szorult csapattársa, Fernando Alonso mögött, aki egész évben harcolt a világbajnoki címért Michael Schumacherrel, amit végül meg is szerzett. Fisichella összesen 72 pontot gyűjtött a szezonban, és ezzel a 4. helyen végzett. Legjobb eredménye a malajziai győzelem volt, emellett négyszer állhatott dobogóra, a spanyol, az amerikai, a kínai és a japán nagydíjon. Mindannyiszor 3. lett.