Bourdieu studeerde aan de maritieme school van Angoulême. Tijdens de Franse interventie in Spanje zou hij deelnemen aan het bombardement de Cadix in 1823. In 1827 was hij betrokken bij de Zeeslag bij Navarino, waarbij hij door een kanonskogel werd getroffen in zijn dijbeen. In hetzelfde jaar werd hij luitenant, om in 1831 fregatkapitein te worden.