Nella campagna del 1800, dopo la sconfitta degli austriaci vicino a Hohenlinden, fu al comando della retroguardia di cavalleria, quindi fu posto a capo dei corpi di riserva e sconfisse il generale Lecurb. Egli comandò le forze austriache nella Battaglia di Austerlitz. Dopo la sconfitta, venne incaricato di gestire i concordati di pace con Napoleone concludendo la Pace di Presburgo (1805) e la Pace di Schönbrunn (1809). Nel 1808 divenne generale di cavalleria e nel 1809 fu promosso feldmaresciallo. Sempre al comando dei corpi d'armata, si distinse ad Aspern e Wagram e si conquistò il soprannome di "Primo soldato". Ma i trattati da lui stipulati furono molto favorevoli a Napoleone e accettati molto a malincuore dall'Austria, Giovanni I Giuseppe venne accusato di disporre di poche capacità diplomatiche e scappò dal criticismo diffusosi rassegnando le proprie dimissioni dalla carriera militare nel 1810.