Auch verdeckte Operationen von Geheimdiensten oder des Militärs werden teilweise unter falscher Flagge durchgeführt, etwa um unbeteiligte Dritte zu diskreditieren, Bedrohungen durch Terroristen vorzutäuschen oder einen Vorwand für militärische Interventionen zu schaffen. Als Beispiele für inszenierte Regimewechsel gelten die Operation Ajax 1953 (Sturz des iranischen Präsidenten Mohammed Mossadeq durch CIA und MI6) und die Operation PBSUCCESS 1954, die zum Sturz des guatemaltekischen Präsidenten Jacobo Arbenz Guzmán führte.