Po Mistrovství Evropy hráčů do 21 let 2017 v Polsku, na němž Lobotka zazářil, přestoupil v červenci 2017 z dánského FC Nordsjælland do španělského prvoligového klubu Celta de Vigo, kde podepsal smlouvu na 5 let. Zájem o něj projevil oficiálně mj. i tým SK Slavia Praha.