Après une période de paix de à la fin du règne de Ladislas IV, le règne de Jean II Casimir Vasa, de 1648 à 1668, inaugure l'affaiblissement de la République, notamment durant la période dite « du Déluge ». Un premier coup est porté par la plus grande rébellion cosaque de l'histoire, dans les territoires orientaux de Kresy : le soulèvement de Khmelnitski, qui cherche l'appui du khanat de Crimée et du tsar russe en 1654. L'influence russe grandit graduellement jusqu'à supplanter l'influence polonaise en Ukraine.