Les éliminatoires pour la Coupe du monde 2006 en Allemagne débutent dès l'automne 2003. Après trois rencontres de préparation (face au Mexique, au Portugal et au Panama), la "", dirigée par l'ancien sélectionneur du Chili, Nelson Acosta, commence sa campagne de manière catastrophique avec quatre défaites lors des cinq premières rencontres, dont deux larges revers en Uruguay et en Argentine. Ces mauvais résultats provoquent le départ d'Acosta, remplacé par l'ancien international Ramiro Blacut. Un mois avant la Copa América 2004, les Andins battent le Paraguay avant de s'incliner à Quito face à l'Équateur. Versés dans le groupe A en compagnie de la Colombie, du Pérou et du Venezuela ils terminent pour la troisième fois consécutive une Copa América dès le premier tour. Ils accrochent tout d'abord le Pérou 2-2 (après avoir mené 2-0 à l'heure de jeu) avant de perdre face aux Colombiens et de faire match nul contre le Venezuela. Avec deux points et une place de moins bon troisième, la Bolivie quitte la compétition. Blacut et ses hommes doivent enchaîner avec la suite des éliminatoires pour le Mondial. Sur les onze matchs qu'ils disputent, ils n'en remportent que deux, face au Venezuela et au Pérou, et terminent à la dernière place de la poule sud-américaine. Entre-temps, Blacut a été remplacé par Ovidio Mezza, sans obtenir de meilleurs résultats.