Fugger begann seine Laufbahn in spanischen Kriegsdiensten vermutlich im Jahr 1617, als er am Feldzug des österreichisch-spanischen Heeres gegen Venedig unter dem spanischen Statthalter von Mailand Don Pedro de Toledo teilnahm und bei der Belagerung von Vercelli zum Obersten ernannt wurde. Als dann der Krieg in Böhmen losbrach, warb er in seiner Heimat Schwaben Truppen für den Kaiser, focht unter Boucquoi in der Schlacht am Weißen Berg bei Prag und folgte ihm nach Mähren und Ungarn. Nachdem Fugger nach Boucquois Tod unter Caraffas Kommando stand, befehligte er 1623 unter Collalto eine Truppe gegen die Ungarn. Im folgenden Jahr wurde er mit den Hilfstruppen in die Niederlande geschickt, um Marchese Spinola bei der Belagerung von Breda 1624/25 zu unterstützen. Nach dem Fall dieser Festung wurden Collaltos Truppen zu Wallenstein abberufen. Fugger kämpft dann für ihn in Niedersachsen. In den Jahren 1629 bis 1631 befand er sich bei den wegen des Mantuanischer Erbfolgekriegs Karl Gonzaga aufgebotenen kaiserlichen Truppen in Oberitalien; nach dem Friedensschluss trat er aus kaiserlichen in bayerische Dienste über. Er errichtete für die Liga neue Regimenter, an deren Spitze er als bayerischer Generalwachtmeister nach Hessen zog, um den Landgrafen Wilhelm von der Union zu trennen. Es gelang ihm auch, den Hessen das Stift Fulda abzunehmen. Als er im Begriff war, auch im Stift Hersfeld vorzugehen, wurde er zu Tilly abkommandiert, um ihn nach dessen verlorener Schlacht bei Breitenfeld (1631) zu verstärken. Er traf den Feldherren bei Fritzlar.