Finalement, l’ordre public est maintenu et la loi respectée, mais les idées antisémites persistent, parfois de manière larvée. Si le processus d’obtention de l’égalité des droits est lent, l’évolution des mentalités l’est également. L'abattage rituel, soit le fait d’égorger et de saigner les animaux sans les étourdir au préalable, est interdit en Suisse en 1893. Cette initiative soulève de vifs débats et les arguments de la protection des animaux peuvent être perçus comme antisémites. Alors que les cantons latins refusent l’initiative, la ville de La Chaux-de-Fonds accepte l’interdiction de l’abattage rituel, à l’instar de la Suisse germanophone, influencée par la poussée antisémite que connaît l’Europe du Nord au début des années 1890. Les ripostes aux manifestations hostiles aux juifs prennent diverses formes impulsées par l'. Sous la présidence de Paul-Maurice Blum (1892-1934), le comité l’Action est créé entre 1933 et 1934 à La Chaux-de-Fonds afin de lutter contre l’antisémitisme. Durant l’entre-deux guerres et la Seconde Guerre mondiale, la politique suisse vise à limiter la surpopulation étrangère et l’"enjuivement" du pays. En 1941, des tracts antisémites circulent en ville. Des prises de position inverses provenant de personnalités de divers horizons se manifestent à l'exemple d’Ernest-Paul Graber, directeur du journal socialiste La Sentinelle. Il sera même remis à l’ordre et son journal censuré après avoir évoqué la rafle du Vel’d’Hiv en été 1942. L’accueil des réfugiés juifs pendant la Seconde Guerre mondiale incombe aux communautés juives et celle de La Chaux-de-Fonds y contribue largement.