איגואראן גם נחשב לאחד השחקנים הטובים ביותר ששיחקו במדי נבחרת קולומביה, בה הוא החזיק בתואר מלך השערים בכל הזמנים עד שנת 2015, אז שיאו נשבר בידי רדאמל פלקאו. איגואראן היה מלך השערים של קופה אמריקה 1987 בו כבש 4 שערים כולל שלושער בניצחון 0–3 על פרגוואי. אחד הניצחונות הזכורים ביותר שהיו לו איתה היה ה-0–2 על ברזיל בקופה אמריקה 1991. אנטוני דה אבילה כבש באותו המשחק את הראשון, ואילו השני נכבש בידי ה"אל גוג'ירו" איגואראן בעצמו כשעשה זאת בדקה ה-66' למשחק. הוא היה שותף גם למשחקי קולומביה במונדיאל 1990 ובסך הכל כבש 25 שערים ב-68 הופעות במדיה.