W reprezentacji Kolumbii Pérez zadebiutował 3 lutego 1989 roku w wygranym 1:0 towarzyskim meczu z Peru. W tym samym roku był członkiem kadry na Copa América 1989, na którym Kolumbia nie wyszła z grupy. W 1993 roku zaliczył swój drugi turniej Copa América 1993, a z Kolumbią zajął 3. miejsce.