Nach der Abwehr des italienischen Angriffs auf Griechenland Ende 1940 folgte im April 1941 der deutsche Balkanfeldzug; die griechische Regierung flüchtete auf dem Panzerkreuzer "Georgios Averoff" (Schiffsmuseum Trokadero Marina in Paleo Faliro) nach Alexandria. Am 23. April kapitulierte Griechenland; Athen wurde am Morgen des 27. April kampflos von Truppen der 6. Panzer-Division besetzt. Das ganze Land wurde von den Achsenmächten in Besatzungszonen eingeteilt, für alle Zonen behielt sich das Dritte Reich die wirtschaftliche Ausbeutung vor und gründete die DEGRIGES, um Sach- und Vermögenswerte aus dem Land zu ziehen. Am 31. Mai 1941 riss Manolis Glezos als Zeichen des Widerstands die Hakenkreuzfahne von der Akropolis. Die große Hungersnot infolge der Ausplünderung durch die Besatzungsmacht traf die städtische Bevölkerung besonders hart: im Winter 1941/1942 und 1942–1943 starben im Athener Ballungsgebiet über 100.000 Menschen den Hungertod. Als 1944 die Deportation der Juden anstand, ordnete der Athener Erzbischof Damaskinos an, dass sämtliche Mönchs- und Nonnenklöster in Athen und der Provinz jeden Juden aufnehmen sollten, der um Schutz bitte. Er ordnete auch die Ausstellung von rückdatierten Taufbescheinigungen für Juden an. Da griechische Ausweise und Pässe die Religionszugehörigkeit angaben, ließ der Polizeipräsident Angelos Evert für 1200 Juden neue Dokumente ausstellen, die sie als Christen auswiesen. 1800 von 3500 Juden in Athen konnten vor einer Deportation gerettet werden. Am 13. Oktober 1944 rückten Einheiten der British Army in Athen ein; kurz danach kehrte die Exilregierung nach Faliron zurück.