Mare parte din a doua jumătate a secolului al XV-lea a fost ocupată de Războiul Rozelor între pretendenții la tron din casele Lancaster și York. Castelul a fost din nou asediat în 1460, de această dată de o forță yorkistă. Turnul a fost avariat de artilerie, dar a capitulat doar după ce Henric al VI-lea a căzut prizonier în bătălia de la Northampton. Cu ajutorul lui Richard Neville, al XVI-lea Conte de Warwick (poreclit „făcătorul de regi”) Henric a recucerit tronul pentru scurtă vreme în 1470. Edward al IV-lea a revenit însă rapid și Henric al VI-lea a fost închis în Turnul Londrei, unde a fost probabil și omorât. În timpul războaielor, Turnul a fost fortificat pentru a rezista tunurilor și a fost dotat cu ambrazuri pentru tunuri și arme de mână: în acest scop a fost amenajată o incintă la sud de Dealul Turnului, care nu s-a păstrat până astăzi.