Muchos de los nombres de los municipios y poblados de Guatemala constan de dos partes: el nombre del santo católico que se venera el día en que fueron fundados y una descripción con raíz náhuatl; esto se debe a que las tropas que invadieron la región en la década de 1520 al mando de Pedro de Alvarado estaban compuestas por soldados españoles y por indígenas tlaxcaltecas y cholultecas. Alrededor de 1545, el nuevo pueblo fundado por los conquistadores recibió su nombre en honor a San Martín de Tours, mientras que el topónimo «Jilotepque» o «Xilotepeque», es de origen náhuatl, formado por las voces «xilotl» (español: «mazorca de maíz tierno»), «tepē-» «(español: cerro, montaña)» y «-k»(español: «en»), por lo que significaría «en el cerro de maíz tierno».