2008 Yılbaşı tatilinden sonra Weir, bir şov için gittiği Güney Kore'de virüs kaptı ve hastalandı. Hastaneye kaldırılan Weir kilo kaybetti. Ocak 2009'da yapılan 2009 ABD Artistik Patinaj Şampiyonasına kadar tam olarak antremanlara başlaması ve sağlığına kavuşması mümkün olmadı. Yarışmada hem kısa hem de serbest programda planladığı üçlü axel atlayışlarını tekli geçti. Serbest programda ayrıca üçlü lutzda düştü ve yarışmayı 5. bitirdi. Bu 2003 yılından bu yana Ulusal şampiyonada podyumda olamadığı ilk seneydi. Weir bu şampiyona sonucunda ABD'nin Dünya şampiyonası takımına giremedi.