Novotný on edustanut Tšekin maajoukkueita. Hän pelasi kahdesti alle 18-vuotiaiden MM-kilpailuissa vuosina 2000 ja 2001 sekä kahdesti nuorten MM-kilpailuissa vuosina 2002 ja 2003. Novotný oli mukana MM-kilpailuissa vuosina 2007 ja 2008. Hän oli voittamassa kultaa vuoden 2010 MM-kilpailuissa.