ปารีสไม่ได้เป็นเมืองหลวงของประเทศฝรั่งเศสหลังจากถูกโจมตีโดยพันธมิตรของประเทศอังกฤษคือพวกบูร์กงด์ (Burgondes) ในสงครามร้อยปี แต่ก็กลับมาเป็นเมืองหลวงในปี พ.ศ. 1980 เมื่อพระเจ้าชาร์ลส์ที่ 7 ("Charles VII, le Victorieux") สามารถยึดกรุงปารีสกลับคืนมา แม้ว่ากรุงปารีสเป็นเมืองหลวงของประเทศฝรั่งเศสอีกครั้งหนึ่ง แต่พระเจ้าชาร์ลส์ที่ 7ก็ตัดสินใจที่จะประทับ ณ ปราสาทหุบเขาลัวร์ ต่อมาในช่วงสงครามศาสนาของฝรั่งเศส ("Guerres de religion") กรุงปารีสเป็นฐานกำลังหลักของพวกคริสต์นิกายคาทอลิก โดยรุนแรงสุดในเหตุการณ์โศกนาฏกรรมวันแซงต์-บาร์เตเลมี ("Massacre de la Saint-Barthélemy") ในปี พ.ศ. 2115 ต่อในปี พ.ศ. 2137 พระเจ้าอองรีที่ 4 ได้ก่อตั้งราชสำนักในกรุงปารีสอีกครั้งหนึ่งหลังจากยึดเมืองมาจากพวกคาทอลิก ระหว่างสงครามกลางเมืองฟรงด์ ("Fronde") ชาวปารีสได้ลุกฮือขึ้นประท้วงและก่อการจลาจล ซึ่งเป็นสาเหตุให้พระบรมวงศานุวงศ์ทั้งหลาย หลบหนีออกจากกรุงปารีสในปี พ.ศ. 2191 พระเจ้าหลุยส์ที่ 14 ย้ายราชสำนักอย่างถาวรไปยังแวร์ซายส์ในปี พ.ศ. 2225 ศตวรรษต่อมากรุงปารีสเป็นศูนย์กลางของการปฏิวัติฝรั่งเศส มีการทลายคุกบัสตีย์ในปี พ.ศ. 2332 และล้มระบอบกษัตริย์ในปี พ.ศ. 2335