En 2002, Rui Silva remporte son deuxième titre continental indoor en s'imposant lors des Championnats d'Europe en salle de Vienne, en Autriche, devant l'Espagnol Juan Carlos Higuero. Il se classe troisième des Championnats d'Europe 2002 de Munich et établit cette même saison à Monaco la meilleure performance de sa carrière sur 1 500 m en 3 min 30 s 07.