Od 1949 był członkiem Komitetu Centralnego SED, któremu powierzono kierowanie Wydziałem Agitacji i Propagandy. W czasie powstania NRD w 1949 Axen podporządkował dla potrzeb SED sieć propagandy radiowej w radzieckiej strefie okupacyjnej, m.in. obsadzając je lojalnym personelem. Po powstaniu robotniczym z 17 czerwca 1953, w ramach zmiany struktury organizacyjnej KC Axen został w sierpniu 1953 zdegradowany do funkcji II sekretarza Komitetu Powiatowego SED w Berlinie. W latach 1954–1989 był deputowanym Izby Ludowej NRD, a od 1971 przewodniczącym jej Komisji Spraw Zagranicznych. Począwszy od 1956, zostaje pełniącym obowiązki redaktora naczelnego centralnego organu SED Neues Deutschland. Następnie, w latach 1959–1966 pełni funkcję redaktora naczelnego. Po antysyjonistycznych czystkach, kiedy nie było zgody na powierzanie Żydom funkcji w Biurze Politycznym lub w Sekretariacie KC, został wybrany sekretarzem KC ds. stosunków międzynarodowych, odpowiadającym za całokształt polityki zagranicznej NRD, a w 1970 członkiem Biura Politycznego.