Linna siirtyi omistajalta toiselle 1400-luvun lopun jälkeen, ja tilapäiset omistajat eivät yleensä piitanneet linnan kunnosta. Määrin säädyt tunnistivat kuitenkin linnan merkityksen Määrille ja sen pääkaupungille Brnolle. Säädyt ostivat linnan tiluksineen vuonna 1560, jotta se ei päätyisi ulkomaalaisille, ja myivät sen Brnon kaupungille. Linna oli kaupungin omistuksessa vuoteen 1620, jolloin Valkeavuoren taistelun jälkeen Pyhän saksalais-roomaisen keisarikunnan keisari Ferdinand II takavarikoi linnan kruunun omistukseen. Kolmikymmenvuotisen sodan aikana linna jäi jälleen unohduksiin, ja se oli noin 40 miehen varuskuntana. Tilanne kuitenkin muuttui 1640-luvulla, kun ruotsalaiset valtasivat osittain Määrin ja uhkasivat Brnota. Vuonna 1645 Špilberk kesti ruotsalaisten kolme kuukautta kestäneen piirityksen.