De regreso al Congo, Mondjo sirvió como oficial del ejército, y fue Director de Lecciones y Estudios en la Academia Militar Marien Ngouabi de 1987 a 1993. Se alineó con el líder rebelde Denis Sassou-Nguesso, durante la Guerra Civil de la República del Congo; la guerra terminó con la caída del Gobierno del Presidente Pascal Lissouba y la asunción del poder por parte de Sassou-Nguesso. En diciembre de 1997, Mondjo fue nombrado Comandante en la Zona Militar 1, que incluía a la capital económica del país, Pointe-Noire; permaneció en aquel puesto por 5 años. Fue nombrado como Jefe del Estado Mayor de las Fuerzas Armadas del Congo el 20 de diciembre de 2002 y fue ascendido al rango de general de división.