Саффорд сотрудничал в сфере криптографии с армией США по нескольким направлениям. Он обнаружил в японской дипломатической переписке признаки приближения войны, и пытался предупредить о готовящейся атаке на Пёрл-Харбор за несколько дней до неё, но получил отказ адмирала Нойеса, начальника связи ВМФ США. Организовал децентрализованную систему радиоразведки с подразделениями в Вашингтоне, на Гавайях и в Маниле. Саффорд организовал группу криптографов во главе с Д.Рочфортом для расшифровки японского военно-морского кода, куда привлёк лучших криптографов ВМФ США. Весной 1942 команда Рочфорта сумела извлечь важную информацию из перехваченых сообщений японского флота, что помогло флоту США одержать победу в битве за Мидуэй. Внутренние интриги в ВМФ США привели к отстранению Саффорда от руководства криптографической службой, и до конца войны её возглавлял Рочфорт.