Bowling Green było okupowane przez konfederatów do lutego 1862, kiedy to generał Grant ruszył z Missouri przez Kentucky wzdłuż granicy tego stanu z Tennessee. Konfederacki gubernator Johnson uciekł z Bowling Green na południe i dołączył do sił konfederackich w Tennessee. Po jego śmierci w bitwie pod Shiloh nowym konfederackim gubernatorem mianowany został Richard Hawes. Jednak wobec tego, że wojska Unii okupowały prawie cały stan, konfederacki rząd Kentucky istniał tylko na papierze, a jego obecność w Kongresie była śladowa. Został rozwiązany wraz z końcem wojny wiosną 1865 roku.