制式採用後、1943年（昭和18年）に5機、1944年（昭和19年）に2機の量産機が製作された時点で生産は中止された。総生産機数は、試作機、増加試作機を含めて15機に終わった。当初は17機量産予定だったといわれる。量産打ち切りの原因については、実用試験の成績不良のためとする説がある一方、実際は戦局の緊迫による方針変更が原因であるとする説もあり、後者の説によれば搭載予定の軽巡大淀から紫雲用の長大なカタパルトが既に撤去されていたことにそれが窺え、改良型の計画がなかったのもそのためであるという。しかし、ミッドウェーでの敗戦ののち大淀を空母に改造する案が出た際に、大淀に搭載する機体数18機のうち、戦闘機9機、紫雲を改造した高速艦上偵察機9機とする案が出ている。