La victoria militar sobre Galdan no puso fin, sin embargo, a la rivalidad con los mongoles orientales, que mantenían su independencia en las regiones del noroeste. Un nuevo enfrentamiento tendría lugar en el Tíbet, en el marco de las disputas por la sucesión del Dalái Lama, el líder espiritual del budismo tibetano, religión profesada también por los mongoles, quienes llegarían a imponer a un nuevo Dalai Lama hostil al Imperio Qing. El emperador Kangxi ordenó un ataque contra el Tíbet en dos frentes. Mientras una columna avanzaba por la región del lago Kokonor, actual Qinghai, en el norte, otra se adentraba en el Tíbet desde el sur, partiendo de la meseta de Sichuan. Las tropas manchúes ocuparon Lhasa, la capital tibetana, en el otoño de 1720, instalando a un Dalai Lama afín a la corte de Pekín.