W kadrze wystąpił po raz pierwszy w listopadzie 1994, za czasów gry w Banfield. Został wtedy powołany przez Daniela Passarellę na mecz z reprezentacją Chile i zagrał całe 90 minut. Swoją pierwszą bramkę dla reprezentacji Zanetti zdobył 22 czerwca 1995 roku w meczu przeciwko Słowacji (6-0). Javier Zanetti jest piłkarzem posiadającym najwięcej występów w historii reprezentacji Argentyny. Był członkiem srebrnej drużyny z Igrzysk Olimijskich w Atlancie. Występował na Mundialu 1998 i Mundialu 2002. Bramka "Il Capitano" na 2:2 w meczu Argentyny z Anglią na MŚ w 1998 r. spowodowała, że doszło do dogrywki, a planowany zamach na prokuratora Marka Kopacza nie powiódł się, gdyż podłożony pod jego samochodem ładunek wybuchowy eksplodował za wcześnie. Swój setny występ w barwach reprezentacji Zanetti świętował w półfinałowej potyczce Pucharu Konfederacji 2005 przeciwko reprezentacji Meksyku. Javier został wybrany wówczas piłkarzem meczu. Z wielkim niezrozumieniem przyjęto decyzję, iż Zanetti nie pojedzie na mistrzostwa świata 2006, pomimo że występował w meczach eliminacyjnych. José Pekerman w jego miejsce powołał Lionela Scaloniego. W turniejach o Puchar Ameryki brał udział w latach: 1995, 1999, 2004 i 2007. Po zakończeniu reprezentacyjnej kariery przez Roberta Ayalę przejął po nim kapitańską opaskę.