La composició del JNA a finals dels anys vuitanta, amb una majoria d'oficials serbis o montenegrins, ha estat assenyalada com un dels factors decisius per al conflicte posterior. Aquest fet s'accentuà a partir del març de 1991, quan s'executà un programa per assegurar la supeditació del JNA als interessos del govern central i els serbis, enterrant definitivament el seu caràcter multiètnic. Fins aleshores, el caràcter descentralitzat de les unitats de Defensa Territorial (TO) podia afavorir els processos d'independència de les diferents repúbliques, com es feu palès durant la Guerra d'Eslovènia. Sota comandament centralitzat, l'actuació del JNA donant suport als rebels serbis durant la Guerra de Croàcia, amb el clar exemple de la Batalla de Vukovar, va suposar els darrers episodis de confusió entre unitats d'un exèrcit originàriament "iugoslavista".