Po bitvě na Bílé hoře (1620), mu bylo jako jednomu z mála nekatolíků nabídnuto, že smí zůstat na svém panství. Po vydání Obnoveného zřízení zemského si ponechal ve svém držení jen panství Brandýs nad Orlicí a Přerov. V této době se snažil (především finančně) pomáhat obětem rekatolizace Moravy a Čech. Snažil se také podporovat Jednotu bratrskou, ve snaze ji zajistit exil v Uhersku a zejména Polsku. Především jeho zásluhou se podařilo přesunout tiskárnu Jednoty bratrské z jeho tvrze v Kralicích nad Oslavou do Lešna (polsky "Leszno") a její knihovnu do Vratislavi. Roku 1629 dobrovolně odešel do exilu, na Moravu a do Čech však dále jezdil. Od roku 1633 žil v Přerově, kde také 9. října 1636 zemřel, pohřben byl nejprve v Brandýse nad Orlicí v hrobce kostelíka na Loukoti, který nechal vybudovat jeho otec Jan st. ze Žerotína jako rodové pohřebiště, v 19. století byly jeho ostatky přeneseny do krypty Žerotínů umístěné u kostela sv. Jiří v Bludově.