Naast al deze activiteiten bleef Kagawa evangeliseren onder de armen van Japan. Ook was hij kritisch op het op expansie gerichte buitenlandse beleid van Japan. In 1940 bood hij zijn excuses aan richting de Republiek China voor de Japanse bezetting van China. Dit leidde tot een nieuwe arrestatie door de Japanse autoriteiten. Na zijn vrijlating reisde hij naar de Verenigde Staten in een poging om een oorlog met Japan te voorkomen. Na de Japanse overgave in augustus 1945 was hij adviseur van de overgangsregering.