Kreikan vapaussodan aikana syksyllä 1821 Kytheran saarella sijaitsevan Karaváksen kylän asukkaat surmasivat 50 osmania, jonka jälkeen he lähtivät turvaan Elafónisokselle ja asettuivat sinne myös asumaan. Andréas Vókos Miaoúlis vastaanotti Kreikan merivoimien komentajuuden 11. helmikuuta 1822 Elafónisoksella. Saaresta tuli merivoimien tukikohta vapaussodan aikana, ja merivoimien laivasto vieraili saarella usein. Hydran saarelta lähtenyt merivoimien alus "Nireus" räjähti 12. kesäkuuta 1825 saaren edustalla ja surmasi 50 henkilöä laivalla. Britannian laivaston amiraali Edward Codrington, Venäjän keisarikunnan laivaston kontra-amiraali Lodewijk van Heiden ja Ranskan laivaston kontra-amiraali Henri de Rigny kokoontuivat Elafónisoksen Sarakínikonlahdella "Asia"-nimisen laivan kannella varhain aamulla 8. lokakuuta 1827 päättämään, että Egyptin kuninkaan pojan Ibrahim Pashan tuli lopettaa kaikki sotilaalliset toimet Kreikassa tai muuten liittoutuneet eli edellä mainitut laivastot hyökkäisivät hänen joukkojensa kimppuun, kuten tapahtuikin myöhemmin Navarinon taistelussa.