Музей был открыт 24 марта 1895 года как продолжение проходившей в Сан-Франциско выставки "California Midwinter International Exposition". Здание было серьёзно повреждено во время землетрясения 1906 года и музей закрывался на полтора года на ремонт. Из-за постоянного развития музея, ему потребовались новые площади, удовлетворяющие растущее число посетителей. Майкл де Янг ответил этой тенденции и спланировал новое здание, ставшее ядром музея на протяжении всего XX века. "Louis Christian Mullgardt", координатор по архитектуре Панамо-Тихоокеанской международной выставки 1915 года, придал зданию стиль платереско.