En esclatar el cop d'estat del general Francisco Franco al juliol de 1936 les MAOC es van conformar en cinc batallons de milícies que van participar activament en la defensa de Madrid. Un d'aquests batallons posteriorment es va constituir de forma autònoma com el 5è Regiment de Milícies Populars, formació militar model afavorida i sostinguda pel Partit Comunista d'Espanya. La invocació de comunistes i socialistes per substituir a les milícies espontànies per forces disciplinades i militaritzades va significar l'extinció de les MAOC, els membres de les quals es van integrar en diverses unitats de l'Exèrcit Popular Republicà. El seu principal comandant fou Juan Modesto Guilloto León.