Az ókori alapítású várost a 8. században az arabok foglalták el. Hátrahagyott erődeiket a késő középkorban kibővítették. A 15. századi felfedezések, amelyeket Tengerész Henrik vezetett, Lagost fontos kikötővé varázsolták. Ekkor kezdődött a történelem egyik sötét korszaka is, amikor Henrik felfedezője, Nuno Tristao 1441-ben meghozta az első rabszolgaszállítmányt Afrikából. Az első európai rabszolgapiac helyét a Rua da Graca árkádjai alatt ma tábla jelzi. Lagos 1576-1756 között Algarve fővárosa volt. Az 1755-ös földrengés alapos pusztítása miatt ma csak utána épült építményeket láthatunk.