Dopo la sconfitta giapponese nella Battaglia delle Midway, (4 - 6 giugno 1942) che segnò la svolta delle sorti del conflitto in favore degli Alleati, Tōjō dovette invece scontrarsi con la crescente opposizione anche all'interno del proprio governo e dell'esercito. Per rafforzare la propria posizione, nel febbraio del 1944 Tōjō assunse anche l'incarico di Capo di Stato Maggiore dell'Esercito Imperiale Giapponese. Nei mesi successivi, la posizione delle forze armate giapponesi divenne sempre più precaria e, con la Caduta di Saipan del 9 luglio 1944, fu costretto a dimettersi il successivo 18 luglio.