A háború hamarosan két színtérre vált szét: keletire és nyugatira. Nyugaton az Unió került fölénybe, a jelentősebb csatákat (mint a perryville-i vagy a shilohi) megnyerte, a hajózható folyószakaszokat pedig ellenőrzése alatt tartotta. Keleten az első nagyobb ütközetet elveszítették az északiak. Az új főparancsnok, George B. McClellan megszervezte a Potomac hadsereget, de az ún. Virginia-félszigeti hadjáratban nem tudta elfoglalni a déliek fővárosát, Richmondot; ezután pedig a hétnapos csatában a Robert E. Lee tábornok által vezetett Észak-Virginiai hadsereg visszavonulásra kényszerítette. 1861 végén és 1862 elején mindkét fél erőt gyűjtött, és az Unió hozzálátott, hogy kiűznie a délieket a határállamokból. 1862 őszén a déliek marylandi hadjárata az antietami vereség után kudarccal zárult. Lee tábornok 1862 végén a fredericksburgi, 1863 májusában pedig a chancellorsville-i diadallal ismét a déliek felé billentette a mérleget, bár legjobb parancsnoka, Stonewall Jackson belehalt a saját katonái által véletlenül okozott sebesülésébe. Lee Pennsylvania, az Unió szíve felé indult, de 1863. július 1-3-án a gettysburgi csatában nem sikerült megsemmisítenie az északi erőket és seregével nehézségek árán tudott visszavonulni Virginiába. Történészek egy csoportja ezt a pillanatot tekinti a polgárháború fordulópontjának, mások ettől az értelmezéstől mereven elzárkóznak.