W lutym 2001 r. Jan Paweł II wyniósł go do godności kardynalskiej, nadając tytuł prezbitera San Roberto Bellarmino. Podczas konklawe w kwietniu 2005 r. kardynał Bergoglio był wymieniany w gronie "papabile", potencjalnych faworytów do następstwa po zmarłym Janie Pawle II. Mógł być też wspierany przez Carlo Marię Martiniego. Z informacji, jakie udało się zebrać włoskiemu watykaniście Lucio Brunelli, Bergoglio w trakcie konklawe 2005 był najpoważniejszym kontrkandydatem dla Ratzingera.