Во время польско-шведской войны (1655—1660) воевода мальборкский Якуб Вейхер, в отличие от большинства польских магнатов-военачальников, сохранил верность королю Яну II Казимиру Вазе и отказался переходить на сторону шведского короля Карла Х Густава. В 1655 году оборонял от шведов крепость Пуцк. В 1656 году Якуб Вейхер руководил обороной Мальборка, осажденного шведской армией. После вынужденной капитуляции он получил от шведского командования безопасный проход для своих солдат и право сохранить оружие. Вскоре Якуб Вейхер присоединился к польскому королю Яну Казимиру на юге и продолжил борьбу против шведских захватчиков. В 1655 году был назначен генералом земли Прусской.