Ele supervisionou uma unidade de elite de operações especiais da polícia macedônia na sua qualidade de Ministro dos Assuntos Internos. Boškoski viria a ser acusado de "responsabilidade superior" pelo Tribunal Penal Internacional para a antiga Iugoslávia por crimes de guerra durante o Conflito na Macedônia de 2001, mas foi absolvido de todas as acusações. Após o seu regresso à Macedônia, Boškoski e seus apoiadores se separaram do VMRO-DPMNE para formar o Unidos para a Macedônia, que foi considerado um sério concorrente nas eleições parlamentares de 2011, mas não obteve nenhum assento no parlamento.