Згодом очолив піхотний полк на чолі якого воював проти української Козацької держави. В 1649 році перебував у Збаражі, обложеному військами під проводом Богдана Хмельницького, згодом брав участь в битві при Берестечком у 1651 році. З початком війни із Швецією у 1655 році повертається до Польщі. Того ж року відзначився при обороні Кракова. Після завершення шведської кампанії у 1660 році перебирається до України, де розпочалася війна Речі Посполитої проти Московської держави. У 1660 році С. Морштин бере участь у битві під Чудновим. У 1664 році стає учасником загарбницького походу Стефана Чарнецького на Правобережну Україну.