L'Amirauté britannique a demandé le concours de sous-marins français pour l'escorte des convois d'Amérique. La de sous-marins composée de quatre unités est désignée. Elle fera route avec le "Quercy". L'ensemble appareille de Brest le à 17 heures et arrive à Halifax en Nouvelle-Écosse, le 25 au matin. Le "Quercy" patrouille alors dans la zone Caraïbe ; il effectue de nombreux arraisonnements et des visites de bâtiments. En décembre, il conduit l'amiral Robert, Haut Commissaire aux Antilles et Guyane françaises à Cayenne, où il séjourne du 24 au 27, puis le ramène à Fort-de-France le 30 après une courte escale à la Barbade. Après un séjour à Dakar pour réparations du au , le "Quercy" rejoint Fort-de-France, pour transporter des personnalités à Paramaribo, Cayenne et Saint-Laurent-du-Maroni. Après l'armistice du 22 juin, le "Quercy" est immobilisé à Fort-de-France, comme le porte-avions "Béarn", les croiseurs "Émile Bertin" et "Jeanne d'Arc", le croiseur auxiliaire "Barfleur" et de nombreux bâtiments de commerce.