В 1793 году был записан вахмистром в кавалерию. Явился в строй накануне выступления русских войск в Австрию против французов и был зачислен прапорщиком в 8-й егерский полк. В рядах этого полка он принял участие в сражении при Аустерлице, в котором был ранен; за отличие произведён в поручики. Затем Губерти принимал участие в сражениях с французами в Восточной Пруссии и 22 мая 1807 года был награждён орденом Св. Георгия 4-й степени (№ 771 по кавалерскому списку Судравского и № 1785 по списку Григоровича — Степанова)