Stefan Mutter bestritt mit 15 Jahren sein erstes Rennen, damals noch für den Velo und Moto Club Birsfelden. In den folgenden Jahren fuhr er etliche Erfolge ein. Dabei er war sowohl als Einzelkämpfer erfolgreich als im Sprint oder bei Bergankünften. Mit der Mannschaft hatte er ebenso Erfolge vorzuweisen. Einer seiner großen Erfolge als Amateur waren die beiden Bronzemedaillen an der UCI-Straßen-Weltmeisterschaften 1978 im Einzel und mit der Mannschaft.