جداسازی یهودیان در گتوها، خود راه را برای سیاست پاکسازی آن‌ها – به گفتهٔ نازی‌ها «"راه حل نهایی"» – که توسط فرماندهان ارشد نازی در کنفرانس وانزه مطرح شده بود، هموار کرد. با پیشروی آلمان در شرق، اجرای سیاست‌های ضدیهودی رادیکال شدند و تحت هماهنگی اس‌اس و با دستورالعمل‌های مستقیم از سوی رهبران ارشد حزب نازی، کشتارها نه تنها در سراسر آلمان که در اروپای تحت اشغال و نیز مناطق کنترلی نیروهای محور صورت گرفتند. جوخه‌های مرگ شبه‌نظامی به نام آینزاتس‌گروپن با همکاری ارتش آلمان و همدستان محلی میان ۱۹۴۱ تا ۱۹۴۵ نزدیک به ۱٫۳ میلیون یهودی را در شلیک‌های دسته‌جمعی و پوگروم‌ها کشتند. از میانهٔ ۱۹۴۲، قربانیان از گتوهای سراسر اروپا با قطارهای باری به اردوگاه‌های مرگ تبعید شدند؛ مکان‌هایی که در آن‌ها اگر از جابجایی نیز جان سالم به در می‌بردند، در اتاق‌های گاز یا زیر کار اجباری یا از بیماری‌های مختلف و راه‌پیمایی‌های مرگ جان می‌سپاردند. این کشتارها تا پایان جنگ جهانی دوم در مه ۱۹۴۵ ادامه پیدا کردند.