Kauden 2006 alussa Villeneuve ajoi pirteämmin kuin edellisellä kaudella ja pystyi kilpailemaan tasavertaisesti tallikaveriaan Nick Heidfeldia vastaan. Varsinkin aika-ajoissa Villeneuve esitti hyviä otteita. Niissä hän löi saksalaisen 7-5. Yllättäen Saksan GP:n jälkeen BMW kuitenkin tiedotti Villeneuven loukkaantuneen kilpailussa tapahtuneessa ulosajossa ja testikuljettaja Robert Kubican korvaavan hänet Unkarin osakilpailussa.