Bauer wurde in einer Offiziersfamilie in Husum geboren. Seine militärische Karriere begann er in der Armee des Herzogtums Mecklenburg-Strelitz, diente später in der preußischen Armee. Zu Beginn des Großen Nordischen Krieges hatte er bereits den Rang eines Hauptmanns inne. Im August 1700 wandte er sich an Otto Belling, Oberkommandant der schwedischen Armee, mit der Bitte, ihn in dieselbe aufzunehmen. Bauer hatte an einem, in der preußischen Armee verbotenen, Duell teilgenommen und wurde aus der Armee ausgestoßen. Seine Bitte wurde erhört, aber schon im September 1700 wechselte Bauer die Seiten und wurde durch Peter I. in die Russische Armee aufgenommen. Er befehligte das Dragonerregiment im Baltikum. Als Teil von zusammengesetzten Einheiten unter dem Kommando von Generalfeldmarschall Boris Petrowitsch Scheremetew beteiligte er sich mit seinem Regiment an den Kämpfen bei Hummelsdorf, Nyenschanz, Dorpat und Narwa. 1705 beteiligte sich Bauers Einheit an den Kämpfen in der Nähe der Hauptstadt von Kurland, Mitau. Im Oktober 1706 half die Einheit des Christian Felix Bauer Fürst Alexander Menschikow die schwedisch-polnische Streitkräfte des Generals Arvid Axel Mardefelt bei Kalisch zu besiegen.