19 мая 1993 года Рафаэль Дудамель дебютировал за сборную Венесуэлы, в гостевом товарищеском матче против сборной Колумбии, закончившемся вничью 1:1. Рафаэль Дудамель защищал ворота национальный команды на четырёх Кубках Америки: 1993, 1995, 1997 и 2001 годов. В рамках отборочного турнира чемпионата мира 1998 года 9 октября 1996 года в домашнем поединке против сборной Аргентины Дудамель забил свой единственный мяч за Венесуэлу ударом со штрафного на 87-й минуте.