Indicata in greco anche con il nome di Naupaktos, essa era anticamente una sede metropolitana dell'Epiro. Il nome Naupacto (che significa "porto") è riportato per la prima volta in alcuni scritti di Strabone come originatosi da Eraclide. Il sito venne scelto come sede episcopale anche a causa della sua posizione strategica rilevante, su una collina attorniata da fertili pianure con molti pascoli. La città venne conquistata dagli ateniesi, i quali nel 455 a.C., Dopo la terza guerra messeniana, vi stabilirono una sede stabile per meglio controllare i nemici spartani. Dopo la Battaglia di Egospotami (404 a.C.), gli spartani presero possesso di Naupacto e successivamente la città passò agli achei, ai tebani sino a giungere a Filippo il Macedone, che la consegnò agli etoli. Naupacto resistette successivamente per due mesi ai Romani, i quali infine, sotto il comando di Marco Acilio Glabro (191 a.C.) catturarono il villaggio. La civiltà romana vi edificò un tempio a Poseidone, uno ad Artemide ed un eremo dedicato ad Afrodite, oltre ad un tempietto dedicato ad Asclepio. Durante il regno di Giustiniano, Naupacto venne interamente distrutta da un terremoto.