Nel novembre del 1632 i cattolici vennero sconfitti nella battaglia di Lützen, ma Gustavo Adolfo perì nello scontro. Per la condotta ambigua del Wallenstein (che si concluse con il suo assassinio nel 1634) gli scontri presero una piega sfavorevole, ma le forze imperiali riuscirono comunque a prendere Ratisbona e furono vittoriose nella battaglia di Nördlingen. Le armate svedesi vennero sostanzialmente indebolite, ma rimase il terrore che Luigi XIII di Francia potesse entrare in guerra a favore dei protestanti per contrastare l'espansionismo dell'Impero (Enrico IV di Francia, padre di Luigi XIII, era stato capo degli ugonotti). Fu per questo che nel 1635 Ferdinando siglò un importante atto per l'epoca, la pace di Praga, che ad ogni modo non pose fine alla guerra. Morì nel 1637, lasciando suo figlio Ferdinando III alla guida dell'Impero.