Am 19. September 2006 veröffentlichte Redeker in der Tageszeitung Le Figaro den islamkritischen Artikel "Face aux intimidations islamistes, que doit faire le monde libre ?" (dt.: "Was soll die freie Welt angesichts der islamistischen Einschüchterungsversuche tun?"), ein Beitrag zur Debatte um das Papstzitat von Regensburg. Durch einen Kommentar von Yusuf al-Qaradawi im Fernsehsender al-Dschasira fand der Artikel Verbreitung in der islamischen Welt. In Ägypten und Tunesien wurde am Folgetag der Vertrieb der Tageszeitung unterbunden, dem Autor wurde nach dieser Publikation von islamistischer Seite mehrfach mit dem Tod gedroht. Daraufhin wurden ihm seine Dozentenstellen gekündigt; er war gezwungen, sein Haus zu verkaufen, um fortan unter Polizeischutz an verschiedenen geheim gehaltenen Orten in Südfrankreich zu leben. In der Tageszeitung Le Monde veröffentlichte am 3. Oktober 2006 eine Reihe bekannter französischer Intellektueller einen "appel en faveur de Robert Redeker", darunter Elisabeth Badinter, Alain Finkielkraut, André Glucksmann, Claude Lanzmann (samt Redaktion von "Les Temps Modernes") und Bernard-Henri Lévy.