Alkuvuodesta 2004 Rueda nousi Kolumbian A-maajoukkueen päävalmentajaksi ja johdatti joukkueensa Copa Américassa 2004 lohkovoittoon. Tie katkesi kuitenkin välierissä tappioon Argentiinalle ja pronssit karkasivat Uruguaylle 2–1. Seuraavana vuonna Rueda luotsasi Kolumbian välieriin CONCACAF Gold Cupissa. Hän jätti tehtävänsä Kolumbian maajoukkueessa, kun paikka MM-kisoissa 2006 jäi pisteen päähän.