Wraz ze schyłkiem Rzeczypospolitej szlacheckiej w XVII i XVIII wieku następował powolny upadek Nowego Targu. Przyczyniały się do tego liczne nieszczęścia spadające na miasto. Pierwszy wielki pożar zdarzył się w 1601, niszcząc stare akta miejskie i większość budynków, w tym kościół parafialny, szpital, ratusz i dwór. W 1656 do Nowego Targu dotarli Szwedzi, który złupili i spalili, a wielu mieszkańców wymordowali. Kolejne pożary zdarzały się w latach 1673, 1696, 1710 i 1719, za każdym razem niszcząc przynajmniej połowę zabudowań, z czego ten ostatni ponownie zniszczył kościół. W roku 1710 w Nowym Targu wybuchła epidemia dżumy, w roku 1740 miasto złupiła drużyna zbójnicka Jakuba Surovca, natomiast w czasie konfederacji barskiej Rosjanie. Ostatni wielki pożar zdarzył się w 1784 i zniszczył ponad 380 budynków, kościół i dwór. W 2. połowie XVIII wieku miasto zaczęło podnosić się ze zniszczeń. W 1761 rozpoczęto renowację kościoła, a w 1767 wybudowano drewniany ratusz, istniejący do 2. połowy XIX wieku. Miał dwa piętra, a w jego podziemiach znajdowało się więzienie i skład wina.