7 июля 2012 года станица сильно пострадала от наводнения: река Баканка, вышедшая из берегов, частично повредила бетонный мост, частично разрушила несколько домов и временно подтопила домохозяйства, расположенные вдоль реки. Одной из причин образования волны мог стать перелив через дамбу водохранилища в посёлке Жемчужный на реке Чубукова Щель, влившийся в Баканку и соединившийся в Нижнебаканской с потоком реки Барабашка (подробнее см.: Наводнение в Краснодарском крае (2012)).