Durant la saison 2008, Nakajima, septième du Grand Prix d'Australie à Melbourne, se classe finalement sixième après le déclassement de la Honda de Rubens Barrichello. Il termine également septième en Espagne puis à Monaco et inscrit le point de la huitième place à Silverstone et à Singapour où il s'est qualifié avec le dixième temps. En 18 courses, il n'abandonne qu'à deux reprises (après un accrochage avec la Force India de Giancarlo Fisichella au départ du Grand Prix de Turquie, et après un accident au Canada). Il est confirmé pour 2009 après sa huitième place à Singapour. Il se classe quinzième du championnat avec neuf points.