З початком Другої світової війни Наполеон VI написав французькому прем'єр-міністру Едуару Даладьє про бажання служити у французькій армії. Його пропозиція була відхилена, і тому він взяв псевдонім Луї Бланшар і приєднався до Французького іноземного легіону, перебуваючи в Північній Африці до демобілізації в 1941 році, після другого перемир'я в Комп'єні. Потім він приєднався до французького Опору і був заарештований. Після арешту він провів деякий час у різних в'язницях. Після свого звільнення він вступив у французьку групу опору. 28 серпня 1944 року принц Луї дивом уникнув смерті, він був важко поранений, коли в аварію потрапила вантажівка, в якій знаходилося 7 осіб. Наполеон вижив, інші загинули. Після одужання він приєднався до альпійської дивізії і був пізніше нагороджений за хоробрість.