1945年，日本在第二次世界大戰戰敗投降，中華民國國民政府接管台灣，軍隊搭乘美軍運輸艦由此處抵台。戰後將在台日本人強制遣送回國，也由這個碼頭開船。1947年，二二八事件爆發後，劉雨卿率領的國民革命軍整編第21師，分成兩支從基隆與高雄登陸，進行武力鎮壓與清鄉。北方分支部隊由此碼頭登陸。1949年，因國共內戰失利撤退來台的國軍部隊多數在此登陸。1954年，韓戰期間被俘後選擇來台的中國人民志願軍亦在此登陸。此後，西二、西三碼頭倉庫長期做為客運航廈使用，正面外牆懸有「西岸旅客碼頭」牌銜。