Los colorados refugiados en Buenos Aires ansiaban volver a tomar el poder en el Uruguay, y la victoria de Mitre les dio la oportunidad. En abril de 1863 partió desde Buenos Aires una invasión a ese país bajo el mando del expresidente Venancio Flores, organizada, trasladada y armada con apoyo de los ministros de Mitre, que además promovieron conflictos diplomáticos con el gobierno del presidente Bernardo Berro. Como el gobierno uruguayo tardara en caer en manos de los revolucionarios, un ejército del Imperio del Brasil invadió ese país; tras la destrucción de Paysandú y el bloqueo de Montevideo, finalmente el gobierno blanco entregó el país al general Flores.