Mirandola venne assediata nel giugno 1502 dai fratelli Ludovico e Francesco II Pico, aiutati da Ercole I d'Este e Francesco Gonzaga, che con uno stratagemma riuscirono ad entrare nel castello dei Pico e ad imprigionare Gianfranesco II, il quale venne liberato solo dopo le suppliche della moglie a patto che uscisse dalla Mirandola, cosa che avvenne il 6 agosto quando si ritirò poi nelle castello dei Pio a Novi e poi a Roma. Dopo l'assedio della Mirandola del 1510-1511 da parte di papa Giulio II, la signoria fu restituita a Gianfrancesco II per poco tempo (a giugno venne di nuovo esiliato dai Trivulzio). Nell'agosto 1514 si trovò finalmente un accordo con Francesca Trivulzio, cosicché Granfrancesco II e Giovanna Carafa poterono rientrare nel possesso della Mirandola.