Disputó 20 encuentros con la Selección de fútbol de Bolivia. Su debut se produjo en un encuentro amistosos ante Estados Unidos el 24 de enero de 1999; el encuentro finalizó 0-0 y Arana fue dispuesto como titular por el entrenador Héctor Veira. Su primer torneo oficial con la selección fue la Copa FIFA Confederaciones 1999, disputada en México; en ella jugó los tres partidos de su equipo, quedando eliminado en primera ronda. Estuvo presente en los tres partidos de Bolivia por la Copa América 2004 de Perú; también participó en las eliminatorias para los mundiales de Corea-Japón 2002 y Alemania 2006, no logrando la clasificación. Su último encuentro como futbolista del elenco nacional boliviano fue el 28 de marzo de 2007 frente a Sudáfrica, en un encuentro amistoso disputado en el estadio Ellis Park de Johannesburgo y que finalizó con victoria de su equipo 1-0. Arana ingresó al minuto 71 en reemplazo de Juan Manuel Peña.