En 1880 se encargó de la organización del Segundo Ejército del Sur, en su ciudad natal, hipotecando sus propios bienes a fin de adquirir vestuario para la tropa. Triunfante la revolución de Piérola, y considerado de poca confianza por sus antecedentes políticos y simpatías a Prado, fue arrestado por los mandos pierolistas. Deshecho el primer Ejército del Sur en la Batalla del Alto de la Alianza y ocupada por el invasor la plaza de Arica, consciente que la próxima campaña sería en Lima, optó por retornar a la Capital. Aquí permaneció varios meses fuera de servicio y, a pesar de su experiencia militar, fue destinado al frente de batalla como ayudante del Coronel Pedro Correa, jefe de la II división de Reserva. Participó en la Batalla de San Juan y fue herido nuevamente; cayó prisionero en la desesperada defensa de Chorrillos. Fue atendido por una ambulancia enemiga; tras la Ocupación de Lima, se le permitió trasladarse a su casa a fin de curar sus heridas.