У 1593 владарж Петро Вок з Рожмберка продав Гельфенбурзьке панство за 20 000 коп празьких грошів Прахатіцькій громаді, яка в 1607 підтвердила і розширила міські привілеї Баворова. Місто отримало право варити в панській пивоварні ячмінне і пшеничне пиво. Після битви на Білій горі в 1620 всі прахатіцькі володіння, включаючи Гельфенбурзьке панство, були конфісковані й увійшли до складу королівського домену. Всі міські привілеї були скасовані. Наступного року панство подароване князю Еггенбергу. Для Баворова настали важкі часи: війна, пожежі, епідемії, примусові роботи.