עם פרוץ מלחמת העצמאות עוד עבד בקיבוץ, עד שגויס בינואר להיות מדריך בקורס מ"מים. זה היה קורס המ"מים האחרון של ההגנה במעבר לצה"ל והוא נערך תחת פיקודו של חיים לסקוב במחנה דורה בנתניה. סגל הפיקוד של הקורס, היווה עם הכרזת המדינה, חלק מחטיבה 7, אשר הוקמה זה עתה, ובה פיקד אילת על פלוגה ד' בגדוד 72. את הפלוגה הוביל בקרבות לטרון הראשונים, מבצעי בן נון א' ו-ב'. לאחר התקופה בחטיבה 7 חזר לאגף ההדרכה לתקופה קצרה ומשם, בעת ההפוגה השנייה, שב לפלמ"ח כסגן מפקד הגדוד השלישי בחטיבת יפתח. כעבור שבועות ספורים התמנה למפקד הגדוד במקום משה קלמן ופיקד עליו במבצע יואב בנגב המערבי. תפקיד הגדוד היה לנתק את קווי הצבא המצרי באזור בית חאנון, כשהמאמץ הצה"לי הכללי הביא לשחרור הנגב הצפוני וכיבוש באר שבע. ואכן, גם אם הניתוק לא היה שלם, עצם האיום הביא בימים הבאים לנסיגת הכוחות המצריים אשר היו ערוכים מצפון לבית חאנון, דרומה (ובעצם, קבע את גבול ישראל עם רצועת עזה באותו אזור). מספר שבועות לאחר מכן, עלה הגדוד השלישי, ובראשו גדעון, צפונה, יחד עם כל החטיבה, וסיים בעצם את פרק הלחימה במלחמת העצמאות.