18 июня 1989 года было объявлено о раскрытии антиправительственного заговора, связанного, по заявлениям властей, с деятельностью египетских спецслужб. Вслед за этим десятки офицеров высшего и среднего состава были арестованы. Совсем скоро, 30 июня, военные во главе с бригадным генералом Омаром аль-Баширом осуществили очередной военный переворот. Высшим государственным органом стал Совет командования революцией национального спасения (СКРНС), состоящий из 15 высших армейских офицеров. Председателем СКРНС, премьер-министром и министром обороны стал Омар аль-Башир, который после переворота был произведён в чин генерал-лейтенанта. Позднее аль-Башир, объясняя причину захвата власти, заявил: "«Демократия, которая не может прокормить свой народ, недостойна того, чтобы продолжать своё существование»". Придя к власти, генерал аль-Башир распустил парламент, запретил политические партии, ликвидировал оппозиционную прессу.