W wyniku wojen husyckich franciszkanie zostali w 1430 roku wygnani z miasta przez sympatyzujące z husytami Mieszczaństwo. W 1440 roku do Bytomia przybyła obserwancka gałąź zakonu. Przed 1450 rokiem przebudowali oni kościół i klasztor, zastępując drewniane budynki murowanymi. 20 maja 1454 roku w kościele wygłosił kazanie bernardyński reformator i kaznodzieja, św. Jan z Kapistranu.