В начале Великой Отечественной войны Моргунов был назначен начальником автобронетанкового управления Юго-Западного фронта (в феврале 1942 года должность переименована в «заместитель командующего по танковым войскам Юго-Западного фронта». С 17 апреля 1942 года генерал Моргунов по совместительству временно исполнял должность заместителя Главнокомандующего войсками Юго-Западного направления по танковым войскам. Участвовал в Львовско-Черновицкой, Киевской и Сумско-Харьковской оборонительных операциях, в Барвенково-Лозовской наступательной операции и в Харьковском сражении мая 1942 года. Награждён орденом за то, что в первые месяцы войны обеспечил ремонт большого количества автомобильной и танковой техники на базе предприятий Харьковского промышленного центра, а также бесперебойную поставку запчастей в действующие войска фронта.