پس از تنش‌های انتخابات ریاست جمهوری دهم و مواضع علی خامنه‌ای در برابر معترضان و اصلاح طلبان مجدداً نام فرزند خامنه‌ای بعنوان یکی از حامیان جدی محمود احمدی‌نژاد مطرح شد. با این حال از آن جهت که او پست دولتی نداشته و هیچ‌گاه در رسانه‌ها ظاهر نشده‌بود اطلاعی از مواضعش موجود نبود. روزنامه گاردین در تحلیلی همزمان با اعتراضات گسترده به نتایج انتخابات ریاست جمهوری ۱۳۸۸ و اعلام پیروزی احمدی‌نژاد، نوشت که مجتبی خامنه‌ای در مجاب کردن علی خامنه‌ای به نفع احمدی‌نژاد درسال ۱۳۸۴ که شهردار تهران بود نقش داشته‌است. این روزنامه در مقالهٔ دیگری به نقل از یک «منبع بلندپایه سیاسی» در ایران گزارش داد که کنترل نیروی شبه نظامی بسیج به مجتبی خامنه‌ای، سپرده شده و او نقشی اساسی در سازمان دادن پیروزی احمدی‌نژاد در انتخابات ۲۲ خرداد بازی کرده‌است. و به نوشته روزنامه گاردین، مجتبی خامنه ای «یکی از عوامل اصلی سرکوب مردم معترض به نتیجه انتخابات است». در جریان اعتراضات پس از آن انتخابات، معترضان علی خامنه‌ای را به زمینه‌سازی برای موروثی کردن رهبری در جمهوری اسلامی و مهیا کردن زمینهٔ جانشینی مجتبی خامنه‌ای متهم کردند. در پی این مطالب، شعار «مجتبی بمیری، رهبری رو نبینی» یا «مجتبی بمیری، رهبری رو نگیری» در اعتراضات روز ۵ شنبه ۱۸ تیر ۱۳۸۸ در تهران، از سوی معترضان بیان شد. شعارهای مردم علیه فرزند خامنه‌ای در رسانه‌های بین‌المللی نیز بازتاب داشت.