En 2009, après la mort de Mohamed Yusuf, Shekau prend la tête du Groupe sunnite pour la prédication et le djihad, dit « Boko Haram » et relance l'insurrection djihadiste dans le nord-est du Nigeria. En 2014, son groupe s'empare de plusieurs villes et prend le contrôle d'une large partie de l'État de Borno, avant d'être finalement repoussé et de retourner à la guérilla en 2015 à la suite d'une contre-offensive de l'armée nigériane et d'une intervention militaire de l'armée tchadienne. Lors de cette période, Boko Haram commet des massacres de grande ampleur et commet des attentats aveugles qui provoquent la mort de milliers de victimes civiles.