28 lutego 2013 o godz. 20:00 czasu lokalnego w Rzymie zgodnie z decyzją zakończył swój pontyfikat, zostając emerytowanym papieżem (łac. "Pontifex Romanus emeritus"). Ustąpił z urzędu jako pierwszy papież od czasów Grzegorza XII w roku 1415. Papież senior Benedykt XVI zdecydował, że nie zamierza zmieniać swojego herbu biskupiego i chce pozostać przy obecnym. Następcą Benedykta XVI został, wybrany podczas konklawe 13 marca 2013, argentyński kardynał Jorge Mario Bergoglio, który przybrał imię Franciszek. 23 marca papież senior Benedykt XVI spotkał się w Castel Gandolfo z nowo wybranym następcą.