В 1794 году Барклай участвовал в военных действиях против польских повстанцев. Отличился при штурме Вильно, разгроме отряда Грабовского, штурме Праги. Награждён орденом Св. Георгия 4-й степени, произведён в чин подполковника с переводом в Эстляндский егерский корпус, командиром 1-го батальона.