През XVII век градът е тежко засегнат от Шведския потоп (нашествие) и епидемия от чума. През втората половина на XVIII век е изцяло реконструиран с ново модерно градоустройство по инициатива на Антони Тизенхауз. След Третата подялба на Полша през 1795 година Шауляй попада в Руската империя. През XIX век се появяват първите промишлени предприятия, а през 1871 година до града достига железопътната линия от Лиепая на Балтийско море, която след това е продължена на юг към Украйна. През 1897 година населението достига 16 хиляди души, към 1909 година 56 % от жителите са евреи. По онова време градът е известен със своята кожарска промишленост.