Aux mondiaux 2009 à Pyeongchang, Neuner est en difficulté en raison d'un rhume et d'un grand nombre de fautes au tir. Elle finit huitième du sprint durant lequel elle chute dans une descente, et termine onzième de la poursuite. Elle ne prend pas part à l'individuel ni au relais mixte en raison de son rhume. Le , Neuner remporte son unique médaille lors du relais féminin : une médaille d'argent obtenue en compagnie de Martina Beck, Andrea Henkel et Kati Wilhelm. Enfin, elle termine septième du départ groupé.