В 1794 году Станислав Мокроновский принял деятельное участие в польском восстании (инсуррекции) под предводительством Тадеуша Костюшко. Придерживался консервативных и роялистких взглядов, враждовал с представителями радикального крыла восстания (якобинцами). 25 апреля 1794 года Тадеуш Костюшко выдал Станиславу Мокроновскому патент генерал-лейтенанта и назначил его комендантом Варшавы и командующим повстанческими отрядами Мазовецкого княжества. Также он был назначен членом Временного совета снабжения, но из-за критики политики Т. Костюшко был отстранен от должности.