E foi a montadora japonesa quem comprou a equipe no final de 2005, passando a se chamar Honda Racing F1 Team. Junto com a transação, chegou à equipe Rubens Barrichello. Na temporada de 2006 a equipe parecia ter um futuro promissor, tendo conquistado inclusive 1 vitória no GP da Hungria com Jenson Button, alguns pódios, presença constante na zona de pontuação e a 4ª colocação no Mundial de Construtores. Em 2007 e 2008, porém a equipe teve temporadas altamente desastrosas, cujos resultados atingiram os patamares dos tempos de penúria de meados da década de 80. Esses fatores, aliados a forte crise econômica internacional, levaram a montadora Honda a abandonar por completo a F-1 no final de 2008, mesmo com o carro da temporada de 2009 em fase final de construção.