Sezony 2001/2002, 2002/2003 i 2003/2004 były jednymi z najlepszych w jego karierze, a jego Arsenal w 2004 roku wygrał ligę nie przegrywając żadnego meczu. Dopiero w 2004 roku Edu zadebiutował w reprezentacji w meczu z Chile i został powołany na Copa America 2004.