1945年8月15日の日本敗戦後、アメリカ軍による軍政下、元商船船員と後に初代海軍司令官である孫元一によって、同年11月11日に海防兵団として発足させ、敗戦から3年後の1948年8月15日に、大韓民国独立・建国によって、正式に正規軍（大韓民国海軍）として発足、その後勃発した朝鮮戦争においては、アメリカ合衆国（休戦後、相互防衛条約締結）をはじめとした同盟国の支援の下、北朝鮮の朝鮮人民軍海軍、中国の中国人民解放軍海軍との戦闘を経験した。保導連盟事件の際には犠牲者の遺骸を海上に運んで遺棄している。