Με αφορμή τις καταστροφικές δασικές πυρκαγιές στην Ελλάδα το καλοκαίρι του 2007, ο Β. Πολύδωρας δέχθηκε έντονη κριτική για τις δηλώσεις του, αναφέροντας αρχικά ότι πρόκειται για θεομηνία και πως η Ελλάδα οφείλει να το σεβαστεί, ενώ λίγους μήνες αργότερα έκανε λόγο για προσπάθεια ανατροπής του Κ. Καραμανλή και συνωμοσίες τούρκικων συμφερόντων, που σχετίζονται με τις πυρκαγιές