Kaudelle 2006 Schumacher lähti numero viisi autossaan. Aiempina kausina saksalaisen tallitoverina toiminut Rubens Barrichello oli saanut tarpeekseen kakkoskuskin roolista ja vaihtoi kaudeksi 2006 Hondalle. Barrichellon korvasi Sauberilta siirtynyt brasilialainen Felipe Massa, jolla oli jo ennestään läheisiä kontakteja Ferrarin johtoon. Alkukauden kilpailuista Schumacher voitti ainoastaan San Marinon (rikkoi aika-ajoissa Ayrton Sennan paalupaikkaennätyksen 66. paalupaikallaan) ja Euroopan GP:t. Seuraavan kerran hän voitti loppukaudesta Yhdysvalloissa, Ranskassa (hän otti siellä ennätyksellisen kahdeksannen voiton samalla radalla) ja Saksassa. Italiassa Schumacher voitti ja samalla ilmoitti lopettavansa uransa kuluvan kauden jälkeen. Kiinassa Schumacher nousi voiton jälkeen käytännössä MM-sarjan johtoon, koska tasapistetilanteessa hänellä oli seitsemän voittoa Alonson kuutta vastaan. Japanin Grand Prix 2006 muutti taiston aivan toisenlaiseksi. Schumacher johti kisaa selkeästi, ennen Renault'n Fernando Alonsoa, mutta ennen maalia Ferrarin moottori hajosi ja Schumacher joutui keskeyttämään. Taistelu MM-tittelistä muuttui radikaalisti, sillä Alonso ajoi kisan voittoon ja keräsi 10 lisäpistettä. Ero oli Schumacheriin jo 10 pistettä, mikä merkitsi että Schumacherin olisi pitänyt voittaa viimeinen kilpailu ja Alonson jäädä pisteittä. Kauden viimeisessä kilpailussa polttoaineenpaineen katoaminen pilasi Schumacherin aika-ajon ja lähtöruutu kisaan oli vasta kymmenes. Kun kilpailua oli ajettu seitsemän kierrosta, Schumacherin takarengas hajosi hänen juuri ohitettuaan Renault'n Fisichellan. Schumacher joutui aloittamaan takaa-ajon kohti kärkeä kisan häntäpäästä, ja onnistui nousemaan aina neljänneksi asti tallikaveri Felipe Massan voittaessa kilpailun. Lehdistössä Schumacherin loppukisojen esityksiä katsottiin hyvin suopeasti, vaikka tekniset ja muut ongelmat veivät lopulta mahdollisuuden mestaruuteen.