Nach dem Waffenstillstand zwischen Frankreich und Deutschland im Juni 1940 und der deutschen Besetzung Frankreichs wurde eine Zivilverwaltung für das Elsass eingerichtet. Der Chef der Zivilverwaltung im Elsass, Robert Wagner, der zugleich auch als Reichsstatthalter für Baden agierte, ließ schon ab Juli 1940 Entwürfe und Planungen zur Gründung einer Universität in Straßburg erstellen, für die er die Zivilverwaltung im Elsass als eigen- und alleinverantwortliche Instanz betrachtete, nachdem diese direkt der Verantwortung Hitlers unterstellt worden war. In dieser Sache beanspruchten jedoch auch andere Stellen und Ministerien die Kompetenz und Verantwortung, besonders das Reichswissenschaftsministerium, dem im Kompetenzstreit mit Wagner im April 1941 die Zuständigkeit für die werdende Reichsuniversität zugesprochen wurde und welches ab diesem Zeitpunkt auch die Finanzierung übernahm.