Nach der von konservativen Muslimen als Provokation empfundenen Vorlesung Papst Benedikts XVI. an der Universität Regensburg am 12. September 2006 stellte sich Meddeb trotz inhaltlicher Kritik vor den Papst: „Er darf keinesfalls den Disput abmildern und sich einschüchtern lassen. Er hat sich bereits zu sehr entschuldigt.“ Meddeb befürwortete den Beitritt der Türkei zur Europäischen Union und war überzeugt, dass ein demokratischer Islam genauso möglich sei wie ein demokratisches Christentum.