Nach seiner aktiven Karriere wurde Bouthiaux, der mit der ehemaligen Biathletin Anne Briand verheiratet ist, Biathlontrainer. Seit der &lt;a href="Biathlon-Weltcup%202007/2008"&gt;Saison 2007/08&lt;/a&gt; war er in Nachfolge von Jean-Paul Giachino verantwortlicher Cheftrainer der französischen Nationalmannschaft der Männer. Der von ihm betreute Martin Fourcade gewann in dieser Zeit siebenmal den Gesamtweltcup, vier Olympia- und zehn Weltmeisterschaftstitel. Hinzu kommen die Olympiasiege von Vincent Jay 2010 und der Mixed-Staffel 2018 sowie die WM-Siege 2009 und 2016 in derselben Disziplin.