Po husitských válkách byl zchudlý klášter nucen dvůr zastavit – roku 1445 jej do zástavy získal Jan z Bratronic a od něj jej později převzal Beneš z Kolovrat na Libštejně. Benešův vnuk Jaroslav vrátil roku 1497 dvůr zpět cisterciákům, pravděpodobně neudržovaný. Klášter nejspíše neměl prostředky na jeho opravu, protože při převodu do majetku kaceřovského panství Floriána Gryspeka v letech 1542–1544 byl označen jako pustý. Podle kaceřovského urbáře z roku 1558 měli pole a louky patřící k Čečínu v pronájmu poddaní z Kočína, o les se staral místní hajný. V pobělohorských konfiskacích se roku 1623 pozemky zaniklého Čečína vrátily zpět do majetku kláštera.