La Tipo 99 entró en servicio activo en 1939 y fue empleada al lado de las viejas Tipo 11 y Tipo 96, ya que estos modelos habían sido producidos en grandes cantidades y varias tropas de primera línea todavía empleaban fusiles Tipo 38 con sus cartuchos de 6,5 mm. Todas estas armas continuaron en servicio hasta el final de la guerra.