Villegas speelde in totaal vijftien interlands voor Bolivia in de periode 1985-1989. Onder leiding van bondscoach Carlos Rodríguez maakte hij zijn debuut op 6 februari 1985 in de vriendschappelijke wedstrijd tegen Uruguay (0-1), net als middenvelder Mario Pinedo en verdediger Miguel Ángel Noro. Villegas nam met Bolivia tweemaal deel aan de strijd om de Copa América: 1987 en 1989.