L'armée a été fondée en 1991, après la déclaration de l'indépendance de la Macédoine du Nord. Elle hérita d'une partie des infrastructures de l'Armée populaire yougoslave (JNA). Elle prit son premier grand engagement en 2001, lors du conflit ethnique commencé par des rebelles de la minorité albanaise. Ce conflit, qui menaça le pays de guerre civile, commença en janvier 2001 et fut résolu par l'adoption des accords d'Ohrid en août de la même année. Les combats restèrent toutefois mineurs et confinés le long de la frontière du Kosovo.