У сезоні 1940-41 «Модена» повернулася до Серії А, але вже у наступному сезоні знов понизилася у класі. Тим не менш по завершенні Другої світової війни клуб завоював третє місце в чемпіонаті Італії, пропустивши вперед «Торіно» та «Ювентус». Однак після відставки президента та головного тренера у ході сезону 1948-49, команда знову опинилась у Серії В.