Die Missstände der ethnischen Minderheiten vergrößerten sich kontinuierlich. Im Februar 2001 eskalierten schließlich die offenen Feindseligkeiten in bürgerkriegsähnliche Zustände. Der Aufstand wurde durch die Nationale Befreiungsarmee (, kurz "UÇK") im Nordwesten und Norden des Landes an der Grenze zu Kosovo bzw. Serbien geführt. Unter internationaler Vermittlung wurde im Juli 2001 ein Waffenstillstand vereinbart. Das Rahmenabkommen von Ohrid sollte eine angemessene Repräsentation der albanischen Minderheit in Politik und Verwaltung sichern sowie die Nationale Befreiungsarmee entwaffnen. Ein integraler Bestandteil des Abkommens ist zum Beispiel eine Gleichsetzung der albanischen mit der mazedonischen Sprache in Gemeinden, wo Albaner über 20 Prozent der Bevölkerung ausmachen.