Bailly valittiin Pariisin edustajana vuoden 1789 säätyjen yleiskokoukseen, joka pani vallankumouksen alkuun. Hänet valittiin 5. toukokuuta 1789 kolmannen säädyn puhemieheksi, ja kolmannen säädyn julistautuessa 17. kesäkuuta perustuslakia säätäväksi kansalliskokoukseksi hänestä tuli sen ensimmäinen puhemies. Hän johti 20. kesäkuuta kuuluisan Pallohuoneen valan vannomista, mutta jätti puhemiehen tehtävän jo 3. heinäkuuta. Bailly julistettiin Bastiljin valtauksen jälkeisenä päivänä 15. heinäkuuta 1789 Pariisin ensimmäiseksi määriksi eli pormestariksi, ja hän vastaanotti kuningas Ludvig XVI:n Pariisin kaupungintalolla kaksi päivää myöhemmin. Hänet valittiin jatkokaudelle pormestarina elokuussa 1790.