Ač osobně nepříliš politicky schopný, sehrál tento hluboce, až fanaticky věřící katolický panovník (od svých 12 let vychovávaný v péči jezuitů) významnou roli ve střední Evropě raného novověku; byl to on, komu se povedlo definitivně upevnit vládu svého rodu v soustátí českých, rakouských a uherských zemí, zlomit stavovské monarchie v těchto zemích a položit základy absolutismu v habsburské říši. Stalo se tak především díky vítězství jeho sil nad povstalými českými stavy v první fázi Třicetileté války, po čemž následovala doba bezohledné rekatolizace Čech a Moravy, spojená s ohromnými konfiskacemi a rozkrádáním majetku velké části české šlechty a měst, jakož i masovou emigrací protestantských šlechticů a měšťanů do ciziny. Českému státu byly tak způsobeny ohromné škody a dalšími centralizačními opatřeními vážně podkopána jeho suverenita i soudržnost jednotlivých korunních zemí; česká kultura byla zatlačena do druhořadého postavení. Proto je Ferdinand v českých dějinách tradičně chápán v silně negativním světle a jeho vláda jako počátek „Temna“.