Böömin kruunu siirtyi vuonna 1526 vuosisatojen ajaksi Habsburg-suvulle ja alueesta tuli jälleen kiinteämmin osa Pyhää saksalais-roomalaista keisarikuntaa. Böömin aateliston ja Habsburg-keisarien välinen kamppailu vallasta johti lopulta yhteenottoon vuonna 1618, josta käynnistyi koko Keski-Eurooppaa riepotellut kolmikymmenvuotinen sota. Tšekkien oikeuksien kannalta lopputulos oli katastrofi: Valkeavuoren taistelun jälkeen (1620) alakynteen jääneet protestanttiset aateliset menettivät pitkälti valtansa ja vastedes myös ”Böömin kruunun maiden” asioista päätettiin Wienissä. Tšekin kirjakielen käyttö tyrehdytettiin, ja uudelleen kieltä alettiin kehittää vasta 1700- ja 1800-lukujen taitteessa, jolloin alkanut kansallinen herääminen johti 1800-luvun mittaan nykyaikaisen tšekkiläisen kansakunnan syntyyn. Kansallismielisen liikkeen keskeisiä hahmoja olivat František Palacký ja Johan Amos Comenius. Vuoden 1848 jälkeen Hapsburgien valtakunta jakaantui Itävalta-Unkarin kaksoismonarkiaksi, ja Tšekki ja Slovakia alkoivat erkaantua toisistaan. Slovakia oli osa Unkaria, kun taas Tšekkiä hallittiin Wienistä. Böömi oli Itävalta-Unkarin teollistuneimpia alueita, ja vähitellen tšekkiläinen enemmistö syrjäytti saksankielistä vähemmistöä taloudellisista valta-asemista.