Po bezdětném Matyáši Štampachovi se v dědictví zvelebeného panství v krátkém sledu vystřídali jeho synovci, z nichž Jan Jindřich ze Štampachu se roku 1618 horlivě přidal ke stavovského povstání, hostil na svém zámku Fridricha Falckého a své poddané vypravoval do boje proti císaři. Po vítězství císařské strany byl roku 1622 odsouzen k propadnutí poloviny majetku. Již předtím mu byl Mšec zabrán a zastaven nejprve Elišce Popelové z Lobkovic a 1623 připsán hraběti Vratislavovi z Fürstenberka. Odhadní cena tohoto statku tehdy činila téměř 88 tisíc kop grošů míšeňských. Po vydání Obnoveného zřízení zemského Jan Jindřich Štampach s rodinou pro víru emigroval do saského Annabergu. Za saského vpádu se roku 1631 ještě na čas vrátil a ujal se mšeckého panství, po vyhnání Sasů mu však i zbytek jmění byl dalším rozsudkem zkonfiskován.