由于受黄河南泛侵扰，涡河上游河道屡有变迁。1938年花园口决口后，涡河于今河南省开封县西姜寨乡郭厂村接贾鲁河黄泛之水，而贾鲁河主流于郭厂西北改道向南。花园口复堤后，涡河于郭厂处是无水之源。20世纪50年代系统治理黄泛区理顺水系后即确定以郭厂为涡河之源。涡河东南流经通许县、太康县、柘城县和鹿邑县后进入安徽省，在安徽省亳州市西北的二河口左汇涡河最大支流惠济河，继续东南流经亳州市区、涡阳县、蒙城县，最后于怀远县县城注入淮河。亳州市以下可通航。河南省鹿邑县涡河通航工作尚处于准备阶段。