2000-ben Trulli a Jordan-Mugen-Hondához szerződött, amely csapat az 1999-es szezon legnagyobb meglepetése volt: Heinz-Harald Frentzen akkor a világbajnoki pontverseny harmadik helyén végzett Mika Häkkinen (McLaren-Mercedes) és Eddie Irvine (Ferrari) mögött. 2000-ben azonban az ír csapat nem tudta megismételni a bravúrt: Frentzen 11 ponttal kilencedik, Trulli 6 ponttal tizedik lett a világbajnokságban. Az olasz versenyző legjobb helyezése egy negyedik pozíció volt Interlagosban.