Após a invasão de 2001, o Aeroporto de Cabul passou a ser utilizado unicamente para as Forças Armadas dos Estados Unidos e a Força Internacional de Assistência à Segurança ("ISAF"), uma força de paz liderada pela OTAN. Após o fim das sanções das Nações Unidas ao país, no início de 2002, pôde finalmente voltar a ser usado por companhias aéreas civis. O aeroporto foi ampliado e modernizado a partir de 2005. Um novo terminal internacional foi construído e o doméstico renovado. Uma série de bases militares também foram construídas ao redor do aeroporto, que eram usadas pelas Forças Armadas dos Estados Unidos e a Missão Apoio Resoluto (e a Força Internacional de Apoio à Segurança) da OTAN. A força aérea afegã também mantinha uma base no aeroporto, enquanto a era quem fornecia segurança nas entradas principais. Antes da tomada da capital pelo Talibã, o aeroporto fornecia voos regulares de e para o Paquistão, Índia, Irã, China, Turquia, Rússia, Uzbequistão, Tajiquistão e muitos dos estados árabes do Golfo. Até junho de 2016, o destino principal dos voos que partiam eram em direção ao aeroporto de Dubai, nos Emirados Árabes Unidos, com não menos que quatro companhias aéreas de passageiros voando na rota e algumas com vários voos diários.