Μετά την Απελευθέρωση ο Στέφανος Σαράφης προήχθη σε υποστράτηγο. Πριν το ξέσπασμα των Δεκεμβριανών, μαζί με τον Άρη Βελουχιώτη και τον επιτελάρχη του ΕΛΑΣ Θεόδωρο Μακρίδη, ως ηγέτες του Γενικού Στρατηγείου του ΕΛΑΣ, βρίσκονταν στη Λαμία και ήταν όλοι υπέρμαχοι της σύγκρουσης με τους Άγγλους. Κατά τα Δεκεμβριανά, δεν θα τους επιτραπεί να λάβουν μέρος στις συγκρούσεις της Αθήνας, και στα τέλη του Δεκεμβρίου η ηγεσία του ΕΑΜ-ΚΚΕ θα τους στείλει στην Ήπειρο να διαλύσουν τις εκεί δυνάμεις του ΕΔΕΣ, πράγμα που θα καταφέρουν σε ελάχιστες μέρες. Προηγούμενα (15 Δεκεμβρίου 1944) και σύμφωνα με τα επίσημα αρχεία του Γ.Ε.Σ. (1998), ο Σαράφης υπέγραψε μία ανακοίνωση που εξέδωσε το Γενικό Στρατηγείο του ΕΛΑΣ και η οποία απευθυνόταν "προς τους Δημοκρατικούς αξιωματικούς και αντάρτες του ΕΔΕΣ", με την οποία οι τελευταίοι καλούνταν να προσχωρήσουν στις τάξεις του ΕΛΑΣ. Το έγγραφο, πλην του Σαράφη, υπέγραψαν 15 ακόμη ανώτεροι δημοκρατικοί αξιωματικοί του ΕΛΑΣ. Μετά την ήττα των Δεκεμβριανών, ο Σαράφης μετέσχε στην αντιπροσωπία του ΕΑΜ-ΚΚΕ ως στρατιωτικός σύμβουλος στη Συμφωνία της Βάρκιζας.