Pajunen tuli Suomeen 12. tammikuuta 1918 ja liittyi valkoisten joukkoihin luutnanttina. Sisällissodassa hän toimi tykistössä patterinpäällikkönä Vilppulan ja Ruoveden rintamilla, kunnes siirtyi 20. maaliskuuta 1918 vastaperustettuihin valkoisten ilmavoimiin. Hän lensi sotalentoja sekä Tampereen että Antrean rintamilla. Sodan jälkeen hänet nimitettiin Utin lentoaseman päälliköksi, käytännössä 200 punavangin työleirin johtoon. Kenttä palautuikin pian lentokäyttöön, jossa se oli ollut jo punaisten käytössä keväällä 1918. Pajunen ylennettiin kapteeniksi 16.5.1918 ja majuriksi 6.12.1923. Hän sai jatkokoulutusta Ranskassa. Hän oli pommituseskaaderin komentajana Viipurissa, ja hänet siirrettiin Tampereen rykmenttiin vuonna 1925.