Szapolyai fontosabbnak látta a török elleni háborút, ami jogos és helyes volt, de ugyanakkor nem látta, hogy egyszerre két tűz között van, mert Ferdinánd is készült a háborúra ellene. 1527-ben meginduló viszonylag azonos létszámú, de minőségileg jobb Habsburg csapatokkal szemben alig néhány ütközet után feladta az országot Szapolyai és Lengyelországba kellett menekülnie. I. Ferenc francia királlyal Fontainebleauben kötött szövetséget Ferdinánd és V. Károly ellen, de a franciák csak kihasználni akarták Szapolyait, fegyveres támogatást sohasem kapott. A lengyel király sem támogatta, noha ellentétei voltak a Habsburgokkal, de az oroszok elleni háború miatt veszélyes lett volna lépnie. Egyetlen lehetősége Szapolyainak csak az Oszmán Birodalom maradt, amely akkor válaszolt segélykérő levelére, mikor az ország teljes területét elfoglalták az osztrákok. Szulejmán megbizonyosodhatott eddigre, hogy Magyarország már végleg vesztett és nem fog ellenállni a török terjeszkedésnek. Ettől kezdve egyedüli legfőbb ellenségének a Habsburgokat tartotta, amelyet utódai is így láttak. 1529-ben Szulejmán behatolt Magyarországra és az osztrák csapatokat gyorsan elűzte. Bár Bécs ostroma nem sikerült, a szultán gondoskodott arról, hogy Szapolyai se erősödjön meg és Ferdinánd se tudja elfoglalni teljesen az országot. Ez a megosztott állapot a három részre szakadás előzménye volt.