З утвердженням династії Хафсідів і перенесенням з 1230-х років столиці Іфрикії до Тунісу, Махдія занепала і перетворилася на одну з головних баз берберських піратів. 1390 року місто взяло в облогу об'єднане військо французів і генуезців під час Берберського хрестового походу, але Махдія вистояла і у підсумку відкупилась від хрестоносців.