Альфаро дебютировал за Сальвадор в апреле 1991 года на отборочном матче Центральноамериканского кубка против Никарагуа и сыграл в общей сложности 42 матча, ни разу не забив. Он представлял свою страну в 12 отборочных матчах на чемпионат мира по футболу двух кампаний Кубка мира. Однако обе были неудачными, команда была не в состоянии выйти в заключительный этап турнира. Кроме того, он играл на нескольких Центральноамериканских кубках, а также на Золотом кубке КОНКАКАФ 1998 года.