Cette mission continue jusqu'au début de l'année 1809, qui marque son retour en Grande-Bretagne. Celle-ci est alors fortement impliquée dans la mer Baltique afin d'assurer la protection de ses voies commerciales. Une expédition de John James Gambier en avait capturé l'essentiel de la marine danoise à la bataille de Copenhague, de peur qu'elle ne tombe dans les mains de , mais cela avait précipité une guerre avec les Danois. Le capitaine Hamilton quitte le navire et est remplacé par le capitaine Edward Sneyd Clay. Le "Temeraire" devient navire amiral du contre-amiral Manley Dixon avec ordre d'aller en mer Baltique afin de renforcer la flotte qui y est stationnée sous le commandement de James Saumarez. Le "Temeraire" y arrive en et est envoyé à Karlskrona pour participer au blocus de la côte suédoise.