Trong biên chế Đệ Tam hạm đội dưới quyền Đô đốc Willam F. Halsey, "Mertz" rời vịnh San Pedro vào ngày 1 tháng 7, và đi đến khu vực phụ cận bờ biển Đông Nam Tokyo chín ngày sau đó. Việc không kích xuống các đảo chính quốc Nhật Bản bắt đầu từ khu vực Tokyo vào ngày 10 tháng 7, tiếp nối dọc bờ biển lên phía Bắc, trước khi chiếc tàu khu trục tham gia một cuộc càn quét tàu bè đối phương tại khu vực quần đảo Kuril trên đường đi sang quần đảo Aleut. Nó đi đến Adak vào ngày 14 tháng 8, một ngày trước khi Đế quốc Nhật Bản chấp nhận đầu hàng kết thúc chiến tranh.