Det som i hovedsak var kinesiske opprørere under ledelse av Det malayiske kommunistpartiet, begynte å utføre geriljaangrep for å tvinge britene ut av Malaya. Kampene ble kjent som Malayakrisen, og varte fra 1948 til 1960. Britiske tropper lyktes der for første gang i moderne tid å beseire en geriljabevegelse fullstendig militært. En medvirkende årsak til dette var at man fordrev nær en halv million mennesker fra den kinesiske minoriteten i landet. I 1957 ble Malaya et selvstendig medlem av Samveldet. Det ble lagt en plan for å forene Malaya med kronkoloniene Nord-Borneo (nå Sabah), Sarawak og Singapore, noe som skulle fullbyrdes i 1963, til motstand fra Indonesias president Sukarno og politiske krefter i Sarawak.