Am 30. November 2002 gab Johannes Paul II. dem altersbedingten Rücktrittsgesuch von Bernardin Gantin vom Amt des Kardinaldekans statt. Er kehrte zurück in den Benin und nahm wegen Überschreitung der Altersgrenze nicht am Konklave 2005 teil. Gantin starb im Alter von 86 Jahren im Hôpital Européen Georges Pompidou in Paris. Er wurde im beninischen Ouidah beigesetzt.