V předčasných volbách v únoru 2001 se stal novým premiérem Ariel Šaron. Během své vlády prosadil plán na jednostranné stažení z Pásma Gazy a plán na výstavbu bezpečnostní bariéry kolem Západního břehu. V roce 2006 utrpěl mozkovou mrtvici, po níž upadl do kómatu. Premiérský post pak převzal vicepremiér Ehud Olmert. V červenci téhož roku začala druhá libanonská válka, která znamenala vytrvalé bombardování libanonských cílů izraelskou armádou a ostřelování severu Izraele libanonskou ší'itskou milicí Hizballáh. Konflikt trval několik týdnů a příměří bylo uzavřeno 14. srpna. Po válce v Izraeli zaznívaly silné hlasy kritizující premiéra Ehuda Olmerta a tehdejšího ministra obrany Amira Perece.