Mais tarde na vida, Rockefeller se interessou por OVNIs. Em 1993, junto com sua sobrinha, Anne Bartley, enteada de Winthrop Rockefeller e então presidente do "Rockefeller Family Fund", ele estabeleceu a "Iniciativa de Divulgação de OVNIs para a Casa Branca de Clinton". Eles pediram que todas as informações sobre OVNIs mantidas pelo governo, inclusive da CIA e da Força Aérea dos EUA, fossem desclassificadas e divulgadas ao público. O primeiro e mais importante caso de teste em que a desclassificação teve que ser aplicada, de acordo com Rockefeller, foi o incidente de OVNI de Roswell. Em setembro de 1994, a Força Aérea negou categoricamente que o incidente estivesse relacionado a OVNIs. Rockefeller informou Clinton sobre os resultados de sua iniciativa em 1995. Clinton produziu uma Ordem Executiva no final de 1994 para desclassificar numerosos documentos nos Arquivos Nacionais, mas isso não se referia especificamente a arquivos relacionados a OVNIs.