Etter tilbakekomsten til Finland i 1918 deltok Wallenius på de hvites (borgerlige) side i borgerkrigen. Han deltok i kampene i Tervola og Torneå. Med kapteins grad førte han våren 1918 befal ved Lappland-fronten. Han ble sjef for "skyddskåren" i Nord-Finland, samt sjef for det nordlige avsnittet på nordøstfronten. Han ble senere samme år forfremmet til major.