От 1928 до 1931 г. е преподавател по фортификация във Военното училище, а през 1931 – 1934 г. е командир на Втори инженерен полк в Пловдив. След преврата през 1934 г. е уволнен от армията и от 1937 до 1941 г. работи като началник на административния отдел в Главна дирекция на БДЖ. През септември 1944 – края на 1945 г. е началник на инженерното снабдяване при Щаба на армията. След пенсионирането си Шапкарев работи като външен сътрудник на Етнографския институт с музей при БАН, активен член е на Македонското културно-просветно дружество „Гоце Делчев“, сътрудничи в Института за български език на БАН и др.