El descubrimiento de que la Célula de Hamburgo llevó a cabo los atentados del 11 de septiembre de 2001, causó conmoción en el país. En la subsecuente Guerra de Afganistán (2001-2014), el gobierno del Canciller Gerhard Schröder respaldado las siguientes acciones militares de la OTAN, enviando tropas de la Bundeswehr a Afganistán para dirigir un programa conjunto de seguridad en el país después del derrocamiento de los talibanes. En 2009, Alemania tenía alrededor de 4.000 efectivos en Afganistán como parte de la Guerra contra el Terrorismo, el tercer mayor contingente después de Estados Unidos y el Reino Unido. Las fuerzas alemanas son en su mayoría en el norte del país.