Най-опасният момент в управлението на Фердинанд настъпва през 1529 г., когато той се укрива в Бохемия заради масивната, но в крайна сметка неуспешна обсада над столицата му Виена от османските войски под ръководството на Сюлейман I. Още една неуспешна атака е проведена през 1533 г. През тази година Фердинанд подписва мирен договор с Османската империя, разделяйки Кралство Унгария на две части, едната от които остава под властта на Хабсбургите, а другата остава във владение на наследниците на Заполски и впоследствие става васал на Османската империя.