Am 28. September 2017 wurde Trainer Carlo Ancelotti entlassen. Vorausgegangen waren eine 0:3-Niederlage in der Champions-League-Gruppenphase bei Paris Saint-Germain, ein insgesamt unbefriedigender Saisonauftakt und Spannungen zwischen Ancelotti und seiner Mannschaft. Nach einer zehntägigen Interimslösung mit dem bisherigen Co-Trainer Willy Sagnol wurde bis Saisonende erneut Jupp Heynckes Cheftrainer des FC Bayern, insgesamt zum vierten Mal. Am 29. Spieltag stand die sechste Meisterschaft in Folge fest, in der Champions League scheiterte die Mannschaft wie im Vorjahr an Titelverteidiger Real Madrid, diesmal im Halbfinale. Die Saison beendete man mit 84 Punkten mit 21 Punkten Vorsprung vor dem FC Schalke 04. Im letzten Spiel unter Heynckes verlor der FC Bayern das DFB-Pokal-Finale mit 1:3 gegen Eintracht Frankfurt.