Den Winter über lag der Einsatzschwerpunkt über Zentralspanien, neben der Belagerung von Madrid auch zum Beispiel in der Schlacht von Guadalajara, verlagerte er sich im Frühjahr 1937 nach Norden. Der Haupteinsatzplatz dort war der Flughafen Burgos. In dieser Zeit erfolgte am 26. April dann zusammen mit Bombern der italienischen Aviazione Legionaria der berüchtigte Luftangriff auf Gernika, der in der Weltöffentlichkeit zum Fanal des Krieges wurde. Ende April liefen der 3.K/88 auch die ersten modernen Heinkel He 111 zu, die Ju-52/3m bildeten jedoch noch für einige Monate das Rückgrat der Gruppe.