2 kwietnia 1947 roku sprawa Palestyny została poddana pod obrady Zgromadzenia Ogólnego Organizacji Narodów Zjednoczonych, które przyjęło 29 listopada 1947 roku rezolucję nr 181 w sprawie rozwiązania konfliktu arabsko-żydowskiego w Palestynie, poprzez utworzenie dwóch państw: arabskiego i żydowskiego. Strona żydowska zaakceptowała postanowienia rezolucji, jednak Arabowie zdecydowanie ją odrzucili i dzień później rozpoczęli wojnę domową w Mandacie Palestyny. W okresie tym Cunningham miał za zadanie likwidację brytyjskiej administracji mandatowej i organizację ewakuacji sił wojskowych. W maju 1948 roku nie wykonał wszystkich rozkazów dowództwa, uniemożliwiając Arabom przejęcie pełnej kontroli nad Jerozolimą. 14 maja 1948 roku Cunningham zakończył swoją działalność jako wysoki komisarz Palestyny, i opuścił Palestynę.