Původní objekt na místě Malého Buquoyského paláce nechal roku 1598 v pozdně renesančním slohu vybudovat maltézský řádový kancléř Melchior Gniesen z Kobachu. Původně se zde nacházela zahrada. Pak byl majetkem stavovského předáka Kryštofa z Redernu, kterému byl po bitvě na Bílé Hoře zkonfiskován a zakoupil ho hrabě Černín z Chudenic. Ten ho musel postoupit převorovi maltézských rytířů a objekt v letech 1621–1721 sloužil jako alumnát řádu.