Nach der Niederschlagung der Revolution befand sich Müller aufgrund der Auflösung der Armee vom 13. August 1849 bis zum 3. März 1850 im zeitweiligen Ruhestand. Mit der Wiederaufstellung der Armee kam er anschließend zum 5. Infanterie-Bataillon und wurde am 23. Oktober 1852 als Hauptmann in das Jäger-Bataillon versetzt. Im Mai und Juni 1859 kommandierte man Müller anlässlich des Sardinischen Krieges nach Frankreich, wo er als Beobachter am Feldzug gegen Österreich teilnahm. Im Mai 1861 avancierte er zum Major und wurde am 9. November 1865 Bataillonskommandeur im 2. Linien-Infanterie-Regiment. In dieser Stellung kam Müller 1866 während des Krieges gegen Preußen in den Gefechten bei Hundheim, Werbach und Gerchsheim zum Einsatz.