Fu convocato per la prima volta in Nazionale giovanile nel 1982, in seguito alla partecipazione al "Mundialet", una competizione a cui aveva preso parte con l'Academia Tahuichi. Venne poi incluso nella lista per il Sudamericano Under-20 1983, che la Bolivia chiuse al quarto posto; nel 1985 ripeté l'esperienza nella manifestazione. Il 21 aprile 1985 fece il suo esordio in Nazionale maggiore, e prese parte alle qualificazioni al campionato mondiale di calcio 1986. Nito Veiga, commissario tecnico della Bolivia, decise di chiamare Paniagua per la Copa América 1987. Scelto come attaccante titolare a fianco di Álvaro Peña, scese in campo nei primi 78 minuti della partita di Rosario con il . Contro la , il 1º luglio, fu espulso all'86º minuto. Nel 1989 gli fu assegnato il numero 10 della Nazionale che prese parte alla Coppa America in Brasile. Il CT Jorge Habegger lo schierò solo nell'incontro dell'8 luglio contro il a Goiânia. In seguito, fu Dušan Drašković a riportarlo in Nazionale, facendogli giocare alcune partite delle qualificazioni al campionato mondiale di calcio 1998.