III. Frigyes császár és öccse, VI. Albert főherceg konfliktusa miatt a régió instabillá vált. 1446-ban Hunyadi János katonái égették fel Perchtolsdorfot. A várat különböző rivális frakciók foglalták el, többek között 1477-1490 között Mátyás magyar király. Az ő halála után I. Miksa visszaállította a Habsburg-uralmat. A gyakori tulajdonosváltás miatt az 1450-ben megkezdett 60 méter magas torony (a város mai egyik jelképe) építése 1521-ig elhúzódott. Bécs 1529-es ostroma alatt a torony és a vár sikeresen ellenállt a törököknek, miközben a környéket teljesen elpusztították.