Am 9. Oktober 2017 übernahm Heynckes zum vierten Mal die Mannschaft des FC Bayern München, die nach sieben Spieltagen mit fünf Punkten Rückstand auf Borussia Dortmund auf dem zweiten Tabellenplatz stand. Er löste damit Willy Sagnol ab, der das Team nach der Freistellung Carlo Ancelottis übergangsweise für ein Spiel trainiert hatte. Heynckes’ Vertrag lief bis zum Ende der &lt;a href="Fu%C3%9Fball-Bundesliga%202017/18"&gt;Saison 2017/18&lt;/a&gt;. Bei seiner Vorstellung äußerte er, dass es sich bei dem Engagement um kein Comeback, sondern um einen Freundschaftsdienst für Uli Hoeneß handle. Unter Heynckes spielte sich der FC Bayern zurück an die Spitze der Bundesligatabelle und sicherte sich am 29. Spieltag vorzeitig die Deutsche Meisterschaft. In der Champions League schied Heynckes mit der Mannschaft im Halbfinale gegen Real Madrid aus und verlor am 19. Mai 2018 das DFB-Pokalfinale gegen Eintracht Frankfurt. Anschließend trat er als Trainer ab. Im Juli 2018 eröffnete der FC Bayern die Sonderausstellung „Jupp Heynckes – Spieler, Trainer, Mensch“ in der „Erlebniswelt“ der Allianz Arena.