แมกอาเธอร์ได้ถูกเรียกตัวให้เข้าปฏิบัติหน้าที่ในปี ค.ศ. 1941 ในฐานะผู้บัญชาการกองกำลังกองทัพบกสหรัฐในตะวันออกไกล ได้เกิดหายนะที่ตามมาหลายครั้ง โดยเริ่มจากกองทัพอากาศของเขาได้ถูกทำลายลงในวันที่ 8 ธันวาคม ค.ศ. 1941 และญี่ปุ่นบุกครองฟิลิปปินส์ ในไม่ช้า, กองกำลังของแมกอาเธอร์ได้ถูกบังคับให้ล่าถอยไปที่บาตาอัน ซึ่งพวกเขาติดอยู่ที่แห่งนั้นจนถึงเดือนพฤษภาคม ค.ศ. 1942 ในเดือนมีนาคม ค.ศ. 1942 แมกอาเธอร์ ครอบครัวของเขา และทหารลูกน้องของเขาได้ออกจากเกาะคอร์เรจิดอร์ด้วยเรือตอร์บิโดขนาดเล็ก และลี้ภัยไปยังออสเตรเลีย ที่ซึ่งแมกอาเธอร์ได้กลายเป็นผู้บัญชาการทหารสูงสุด ในพื้นที่แปซิฟิกตะวันตกเฉียงใต้ เมื่อเขาได้เดินทางมาถึง แมกอาเธอร์ได้กล่าวสุนทรพจน์ซึ่งเขาได้ให้คำมั่นสัญญาว่า "ข้าพเจ้าจะกลับมา" ที่ฟิลิปปินส์ ภายหลังจากการสู้รบในแปซิฟิกมายาวนานกว่าสองปี เขาก็ได้ทำตามคำมั่นสัญญานั้น สำหรับการป้องกันฟิลิปปินส์ของเขา แมกอาเธอร์ก็ได้รับเหรียญมีเดล ออฟ ฮอนเนอร์ เขาได้ยอมรับการยอมจำนนของญี่ปุ่นอย่างเป็นทางการ เมื่อวันที่ 2 กันยายน ค.ศ. 1945 บนเรือยูเอสเอส มิสซูรี ซึ่งจอดทอดสมออยู่ที่อ่าวโตเกียว และเขาได้ควบคุมดูแลการยึดครองญี่ปุ่น ตั้งแต่ปี ค.ศ. 1945 ถึง ค.ศ. 1951 ในฐานะผู้ปกครองที่มีประสิทธิภาพของญี่ปุ่น เขาได้ควบคุมดูแลการเปลี่ยนแปลงทางเศรษฐกิจ การเมือง และสังคมอย่างกว้างขวางของญี่ปุ่น เขาได้เป็นผู้นำในกองบัญชาการสหประชาชาติในสงครามเกาหลีด้วยประสบความสำเร็จครั้งแรก อย่างไรก็ตาม การบุกครองเกาหลีเหนือซึ่งเป็นที่ถกเถียงกัน ได้กระตุ้นให้เกิดการแทรกแซงของจีนและความพ่ายแพ้ครั้งใหญ่หลายต่อหลายครั้ง แมกอาเธอร์จึงถูกประธานาธิบดี แฮร์รี่ เอส ทรูแมน ปลดออกจากกองบัญชาการซึ่งเป็นที่ถกเถียงกัน เมื่อวันที่ 11 เมษายน ค.ศ. 1951 ต่อมาเขาได้กลายเป็นประธานคณะกรรมการของเรมิงตัน แรนด์