Hoewel Himarë uiteindelijk niet heeft kunnen standhouden, is de macht van de Ottomanen over de haast uitsluitend over zee bereikbare regio steeds vrij zwak gebleven. De sultans zagen zich na de uiteindelijke verovering genoodzaakt het enige privileges toe te kennen, zoals eigen lokaal bestuur, het recht om wapens te dragen en om onder de eigen vlag elke Ottomaanse haven binnen te varen, en vrijstelling van belastingen en dienstplicht. Toch revolteerden de inwoners van Himarë nog verschillende malen tegen de Ottomaanse machthebbers, met name tijdens de derde Ottomaans-Venetiaanse Oorlog (1537-1540), de Oorlog van de Heilige Liga (1571, deel van de vierde Ottomaans-Venetiaanse Oorlog), de Moreaanse Oorlog (1684-1699), de zevende Ottomaans-Venetiaanse Oorlog (1714-1718) en de verschillende Russisch-Turkse oorlogen in de achttiende eeuw. Ottomaanse vergeldingsacties hiervoor resulteerden in een ontvolking van de regio, en gedwongen bekeringen tot de islam drongen de christelijke bevolking tegen de achttiende eeuw terug tot Himarë zelf en zes dorpen. Afgezien van de Ottomanen vielen ook de Laben, een naburige Albanese stam, Himarë en omgeving regelmatig aan op grond van ras en religie. In 1577 vroegen de leiders van Himarë de paus om wapens en middelen, met de belofte tegen de Ottomanen te zullen vechten en hun religieuze loyaliteit naar Rome te verplaatsen, maar desalniettemin de oosters-orthodoxe liturgische gebruiken te behouden wegens de overwegend Griekse bevolking en het gebrek aan kennis van de taal van het katholicisme.