Under den tyske invasjonen av Danmark og Norge i april 1940 oppholdt Meitner seg i København, mens Bohr samtidig var i Oslo for å holde et foredrag om atomfysikk. Til tross for den tyske invasjonen klarte Meitner noen dager etter å komme seg i sikkerhet, tilbake til Sverige. Noen uker tidligere i England hadde Otto Frisch sammen med den emigrerte, tyske fysiker Rudolf Peierls skrevet et memorandum hvor de ved beregninger for første gang viste at byggingen av en atombombe var teknisk mulig. Alt som hadde med denne type kjernefysikk å gjøre, var fra da av hemmelig.