Ferdinand werd in Hongarije niet unaniem verkozen. Een deel van de Hongaarse adel en de Slavonische landdag verkoos de Hongaarse gouverneur van Transsylvanië, Jan Zápolya, als koning boven een 'buitenlander'. Ferdinand wist Zápolya te verslaan en naar Transsylvanië terug te dringen. Hiervandaan riep Zápolya de Turken te hulp. Sultan Süleyman de Prachtlievende viel in 1529 Hongarije binnen en na een succesvolle campagne stond zijn leger voor de poorten van Wenen. De Turkse legers konden de stad niet veroveren, en trokken zich terug. Van 1529 tot 1541 vielen de Turkse legers herhaaldelijk Hongarije en de Erflanden binnen waar ze grote verwoestingen aanrichtten. Na 1541 werd Hongarije verdeeld in een Turks, een Habsburgs en een Zevenburgs deel. De Habsburgers probeerden tijdens de Vijftienjarige Oorlog (1591-1606) Hongarije zonder succes te veroveren.