Ještě v roce 1940 zastával silně protisovětské postoje a byl jedním ze dvou poslanců parlamentu, kteří hlasovali proti odstoupení území Sovětskému svazu po prohrané zimní válce. Kolem roku 1943 však pojal přesvědčení, že Finsko za válku proti Sovětskému svazu bude muset zaplatit neutralitou vychýlenou spíše ve prospěch Sovětů než západu. Toto přesvědčení pak převedl do politické praxe po válce na postu ministra zahraničí (1952–1953, 1954) a sdílel ho zejména s Juho Kusti Paasikivim, poválečným prezidentem, proto se hovoří o Paasikivi-Kekkonenově linii, často též o "finlandizaci". V letech 1948–1950 byl též předsedou parlamentu. Roku 1950 kandidoval proti Paasikivimu na prezidenta, ale prohrál. Paasikivi ho pak jmenoval premiérem a Keekonen držel tento post tři roky. Vrátil se na pozici předsedy vlády v roce 1954 a držel ji až do roku 1956, kdy se na dlouhá léta stal finským prezidentem (znovuzvolení v letech 1962, 1968 a 1978, součástí bylo i výjimečné prosloužení mandátu o tři roky). Rezignoval na úřad prezidenta sám, roku 1981, po srdečním infarktu.