Sobtšak johti Tbilisin huhtikuun 9. päivän 1989 tapahtumia tutkinutta parlamentin komissiota. Hän kuului myös Gorbatšovin presidentin neuvoa-antavaan neuvostoon. Hänet muistetaan vuonna 1990 televisioidusta pääministeri Nikolai Ryžkovin kovistelusta asevoimien varojen väärinkäytöstä. Sobtšak tuki Jeltsiniä ja Minskin sopimusta, jolla Neuvostoliitto hajotettiin. Hän tuki aluksi Jegor Gaidarin radikaaleja talousuudistuksia, mutta nähtyään niiden tulokset hän alkoi arvostella niitä.