Trotz dieser großen Erwartungen erwies sich das Auto als ungeeignet für konstante Ergebnisse. Zwar war der EJ10 schnell und konnte um die Spitze mitfahren, jedoch verursachte insbesondere die Elektronik Probleme, was viele Ausfälle in vielversprechenden Positionen zur Folge hatte. Außerdem litt er in der ersten Saisonhälfte unter starkem Reifenverschleiß, was mit dem Evolutionsmodell EJ10B behoben wurde. Von insgesamt 34 möglichen Zielankünften erreichte Jordan nur 15, im Vorjahr erreichte der Wagen bei 32 Starts noch 20 Mal das Ziel. Beim Großen Preis von Australien und dem Großen Preis von Monaco fuhr Frentzen lange mit Aussicht auf einen Platz unter den ersten drei, fiel jedoch mit technischen Schwierigkeiten aus. Auch beim Großen Preis von Deutschland, der wenige Runden vor Schluss durch einen Wolkenbruch eine unerwartete Wendung erhielt, schied Frentzen mit Elektronikproblemen aus. Hier hätte er dem weiteren Rennverlauf folgend sogar die Führung übernehmen können. In Brasilien und in den Vereinigten Staaten erreichte Frentzen jedoch noch den dritten Platz. Das hatte zur Folge, dass Jordan nach der außergewöhnlich guten Saison 1999 in große Ernüchterung zurückkehrte, da man mit insgesamt siebzehn Punkten am Jahresende hinter die konkurrierenden Benetton, BAR und Williams-Fahrzeuge zurückgefallen war und den sechsten Platz bei den Konstrukteuren belegte. In der Fahrermeisterschaft lag Frentzen im Gegensatz zu Platz drei im Vorjahr nur noch auf Rang neun, gefolgt von Teamkollege Trulli auf Platz zehn.