Када је Наполеон преузео власт, Ламарк је служио у Наполеоновој војсци. Борио се у бици код Аустерлица, затим је следио маршала Масену како би подржао Жозефа Бонапарту у Италији и учествовао је у опсади Гаете. Жозеф Бонапарта је именовао Ламарка за свог начелника штаба 1807. године, у чину генерал-мајора. Када је Жоашен Мира преузео команду од Жозефа Бонапарте, Ламарк је послат да учврсти своју позицију заузевши Капри од Британаца којима је командовао Хадсон Лоув. У храбром нападу, Ламарк је изненадио Британце и, након тешке борбе, успео да заузме острво.