Nel 1794, Kościuszko era comandante delle truppe polacche a Varsavia e prese parte all'insurrezione di Varsavia contro la guarnigione russa che occupava la città. I Russi vennero sconfitti in due giorni e si ritirarono dalla città con gravi perdite. Durante l'insurrezione egli aveva il ruolo di comandante della città e delle Forze Nazionali del Ducato di Masovia ("komendant miasta Warszawy i Siły Zbrojnej Księstwa Mazowieckiego"). Egli fu eletto membro del Consiglio Provvisorio del ducato di Masovia (polacco: "Rada Zastępcza Tymczasowa"), ma a causa del suo criticare fu tolto dal corpo politico) Come comandante militare fu importante nella difesa di Varsavia (comandante della difesa alla battaglia di Błonie), e in Lituania, dove diresse la ritirata delle forze della Confederazione polacco-lituana verso Varsavia.Insieme al Principe Poniatowski, Michał Wielhorski "il Giovane" e il Principe Sanguszko, formò il nocciolo della fazione di "corte" tra gli insurrezionisti.