Ngày 13 tháng 3 năm 2013, ông được bầu làm Giáo hoàng trong cuộc Mật nghị Hồng y sau khi Giáo hoàng Biển Đức XVI thoái vị trước đó vào ngày 28 tháng 2, thánh lễ "Khai mạc sứ vụ Mục tử toàn thể Hội Thánh" (lễ nhậm chức) được cử hành vào ngày 19 tháng 3 năm 2013, trùng vào lễ kính Thánh Giuse. Vì ông sinh tại Argentina nên ông là vị Giáo hoàng đầu tiên đến từ Châu Mỹ Latinh, đồng thời cũng là vị Giáo hoàng đầu tiên không phải từ châu Âu kể từ hơn 1200 năm qua (tính từ Giáo hoàng Grêgôriô III); và là tu sĩ Dòng Tên đầu tiên làm người kế vị Thánh Phêrô. Tông hiệu của ông, Phanxicô, cũng là tông hiệu lần đầu tiên được một Giáo hoàng dùng và nó được lấy từ tên của thánh Phanxicô thành Assisi.