Kapetanidis wurde im September 1921 in Amasya von den türkischen Nationalisten unter Mustafa Kemal Pascha während der Griechenverfolgungen im Osmanischen Reich 1914–1923 vom Unabhängigkeitsgericht hingerichtet. Er war einer von mehreren Persönlichkeiten der örtlich-griechischen Gemeinde, die dort getötet wurden.