Zudem sah sich der junge Staat von Anfang an vor eine innere Zerreißprobe gestellt. Die große Entfernung zwischen den beiden Landesteilen West- und Ostpakistan erschwerte nicht nur die staatliche und wirtschaftliche Organisation, sondern auch die Entstehung einer gemeinsamen nationalen Identität. Trotz der Betonung der religiösen Zusammengehörigkeit, die sich in der Verfassung von 1956 äußerte, die Pakistan zur ersten islamischen Republik der Welt machte, blieben die bengalische Sprache und Kultur ein wesentlicher Bestandteil der Identität Ostpakistans. Dazu kam die ungleiche Verteilung der wirtschaftlichen Ressourcen und der politischen Macht. Die Regierung im westpakistanischen Karatschi, ab 1958 in Islamabad – der eigens für den neuen Staat gegründeten Hauptstadt – benachteiligte das entfernte Ostpakistan sowohl bei der Verteilung staatlicher Gelder als auch bei der Vergabe führender Stellen in Verwaltung und Streitkräften. Als die separatistische Awami-Liga, die schon 1954 die Muslimliga als stärkste politische Kraft Ostpakistans abgelöst hatte, zum Teil beeinflusst durch die Auswirkungen des Zyklons im November 1970 bei den Wahlen im Dezember 1970 fast alle ostpakistanischen Wahlkreise und damit die absolute Mehrheit im gesamtpakistanischen Parlament gewann, erklärte Präsident Muhammad Yahya Khan die Wahl für ungültig, verbot die Awami-Liga und nahm deren Führer gefangen. In der Folge kam es zu Ausschreitungen, die im Völkermord in Ostpakistan und im ostpakistanischen Unabhängigkeitskrieg gipfelten. Im Dezember 1971 erklärte sich Ostpakistan als Bangladesch für unabhängig.