No final de 1985, houve uma redução do pessoal na Embaixada dos Estados Unidos em Cartum devido à presença de um grande contingente de terroristas líbios. Em abril de 1986, as relações com o Sudão deterioraram-se quando os Estados Unidos bombardearam a Líbia. Um funcionário da embaixada estadunidense foi baleado em 16 de abril de 1986. Imediatamente após esse incidente, todo o pessoal não-essencial e todos os dependentes partiram por seis meses. Nessa época, o Sudão era o maior destinatário do auxilio ao desenvolvimento e da assistência militar dos Estados Unidos na África Subsaariana. No entanto, a ajuda oficial estadunidense ao desenvolvimento foi suspensa em 1989, na sequência do golpe militar contra o governo eleito, que levou ao poder a Frente Islâmica Nacional liderada pelo General Omar al-Bashir.