Короткий срок пребывания Буршье на должности лорд-канцлера совпал с началом войны Алой и Белой розы, и сначала он не был сильным приверженцем ни одной из сторон, хотя он потерял свой пост лорд-канцлера, когда Ричард, герцог Йоркский, был лишён власти в октябре 1456 года. Впоследствии, в 1458 году], он помог примирить противоборствующие сторон, но когда война возобновилась в 1459 году, он предстал как решительный йоркист; он короновал Эдуарда IV в июне 1461 года, а четырьмя годами позднее он исполнил подобную церемонию для королевы Елизаветы Вудвилл.