1991年6月25日，斯洛維尼亞與克羅埃西亞同時宣佈了獨立，成為一連串南斯拉夫內戰的導火線。斯洛文尼亚立即佔領了其與週邊國家的海關與過境通道、破壞了斯境內的聯邦軍水電供應設備，而南联邦立即宣稱其為非法而無效的獨立行動，並於27日派兵進入斯洛文尼亚。對於當時全歐洲正處於「非共化」的政治改革時期，南联邦的動亂被歐洲共同體視為重建新秩序的障礙，故積極調停戰事。7月7日，交戰雙方簽訂停火協定，結束此「十日戰爭」，斯洛維尼亞已獲得了實質的獨立地位。由於斯洛維尼亞基本上是一個單一民族國家，境內的塞族並不多，並無與塞爾維亞欲統一民族的意圖牴觸，故米洛舍維奇對於斯國獨立的既定事實也予以承認。然而在克罗地亚方面，米洛舍維奇毫無妥協，雙方關係變得極為緊張，克境內的塞族人因為擔憂受到克族人的迫害，宣佈建立了「塞爾維亞克拉伊納共和國」，成了克羅埃西亞的國中國。7月25日，「克羅埃西亞戰爭」爆發。與斯洛文尼亚情況不同的是，克境內有為數不少的塞族人，與塞國界相交地區人數更多，這變成大塞爾維亞主義的一項焦點，塞尔维亚欲將塞族人集結起來、驅逐該地的克族人，而克族人亦有著大克羅埃西亞主義，欲將國境內的塞族人加以驅逐，變成一場奪取領土和「淨化民族」的殘酷戰爭，最終由克羅埃西亞獲得了勝利，克罗地亚人隨即驅逐了境內的塞爾維亞人，成為單一民族國家。