In der Formel-1-Saison 1998 rüstete Mugen das britische Team Jordan, wo 1998 in Spa-Francorchamps ein Doppelsieg mit Damon Hill und Ralf Schumacher gelang – allerdings profitierten beide Fahrer dabei von zahlreichen durch äußerst schlechte Wetterverhältnisse bedingten Ausfällen im Feld. 1999 konnte Heinz-Harald Frentzen im Jordan-Mugen zwei Rennen für sich entscheiden und hatte noch bis zum vorletzten Rennen Chancen auf den Weltmeistertitel; letztlich wurden er und sein Team Dritter in der jeweiligen Wertung. Ende der Saison gab Honda bekannt, im folgenden Jahr wieder mit eigenen Motoren und dem B.A.R.-Team in die Formel 1 einzusteigen, nachdem vorherige Pläne eines komplett neuen eigenen Teams aufgrund des überraschenden Todes von Chefingenieur Harvey Postlethwaite im April des Jahres aufgegeben worden waren. In der Saison 2000 erhielt Jordan nochmals japanische Zehnzylinder von Mugen, danach zog sich das Unternehmen aus der Formel 1 zurück. Jordan konnte jedoch nicht an die guten Leistungen aus der Vorsaison anknüpfen und fiel ins Mittelfeld zurück. Ab der Saison 2001 erhielt das Team dann seine Triebwerke direkt von Honda.