Kort efter opdagelsen af dødsfaldet overførte Indenrigsministeriet efterforskningen fra kriminal- til sikkerhedspolitiet, hvis undersøgelse fastslog, at der var tale om selvmord. Efterforskningen blev genåbnet ved foråret i Prag i 1968, men den nåede ikke at blive afsluttet, før Warszawapagtens invasion af Tjekkoslovakiet igen standsede den. Efter Fløjlsrevolutionen blev nye undersøgelser påbegyndt i 1993, og bøger om dødsfaldet har peget på den sovjetiske sikkerhedstjeneste KGB som skyldige. En ny politiundersøgelse konkluderede i 2004, at der var tale om et mord. Mange ikke-kommunistiske tjekker betragtede allerede i samtiden defenestrationen af Masaryk som et mord, hvilket kom til udtryk i talemåden "Jan Masaryk var et så ordentligt menneske, at han lukkede vinduet bag sig, da han hoppede ud."