Niskanen osallistui sisällissodassa sotamiehenä Tampereen valtaukseen hallituksen joukoissa. Myös talvisotaan ja jatkosotaan hän lähti vapaaehtoisena sotamieheksi, vaikka kansanedustajat oli vapautettu palveluksesta. Muut saman tehneet kansanedustajat olivat Väinö Havas ja Paavo Susitaival.