16 снежня 1515 г. Афонсу ды Албукеркі памёр падчас вяртання з Армуза ў Гоа. Ён быў пахаваны ў пабудаваным ім касцёле Носа-Сеньёра-дэ-Сэра. У 1566 г. яго цела было перапраўлена ў Лісабон і перапахавана ў касцёле Носа-Сеньёра-дэ-Граса, які быў разбураны падчас землятрусу 1755 г. (у нашы дні існуе ва ўзноўленым выглядзе).