A su muerte, el cadáver de Violante Manuel recibió sepultura en el desaparecido convento de Santo Domingo de Lisboa, destruido a causa del Terremoto de Lisboa de 1755. En el mismo convento también recibió sepultura el cadáver de su esposo, el infante Alfonso de Portugal, cuyos restos descansaban en un sepulcro situado junto a la puerta del coro.