清初则先后于光孝寺、广东布政使司署和明代总兵府旧址举行乡试，至康熙二十三年（1684）由广东巡抚李士桢主持重建贡院于城东南隅承恩里，此后经历了两次重建（道光二十一年（1841）毁于第一次鸦片战争，次年重建，咸丰七年（1857）毁于第二次鸦片战争，十一年（1861）重建）和四次扩建（道光元年（1821）、二十二年（1842）、同治二年（1858）、同治六年（1862）四次扩大号舍规模）。此外嘉庆十七年（1812）将广州城墙东南角上的四方楼改建为魁星楼，因其靠近贡院，攸关文风。清代贡院附近同样留下了拾桂坊、龙腾里等与贡院科举相关的地名。