Curând după deschiderea acestui muzeu a izbucnit al Doilea Război Mondial. În timpul bombardamentelor anglo-americane din primăvara anului 1944 a fost atins și stadionul Giulești, inclusiv muzeul, ocazie cu care au fost distruse o mare parte din exponate. Ceea ce mai rămăsese din colecția muzeului distrus, a fost depozitat într-o sală de la parterul Palatului administrativ C.F.R.