Le 14 mai 1948, David Ben Gourion proclame l'indépendance de l'État d'Israël. Les Britanniques quittent la Palestine, et les activités de l'aéroport cessent presque totalement. Les soldats de l'unité "Zippora" quittent aussi l'aéroport, et s'en vont en guerre. Seuls quelques forces arabes restent dans les environs; et les légions jordaniennes. Le trafic a été déplacé vers l'aérodrome d'Ein Shemer. Peu de jours après, la jeune Tsahal arrive à l'aéroport quasiment désert (une des missions de l'Opération Dani), et en donne la direction au Ministère des Transports.