Tvrz, která zámku předcházela, nechal na přelomu 13. a 14. století postavit tehdejší majitele vsi Dobeš z Bechyně. Další majitelé jsou známi až z doby okolo roku 1360, kdy se uvádí Hynek a Matěj z Vlašimi. V roce 1373 se dostala do majetku Čeňka Krušiny z Lichtenburka a v roce 1387 Hynka Krušiny. Někdy okolo 1411 získali panství Leskovcové z Leskovce, o jejichž vlastnictví Cerekve je první zmínka právě k roku 1411, kdy je připomenut Jan Leskovec. Ten roku 1424 umírá v bitvě u Želiva. Někdy kolem roku 1505 smrtí Albrechta Leskovce vymírá tato větev rodu a roku 1514 přechází Cerekev do majetku druhé rodové větve, resp. Kryštofa a Mikuláše, synů Bohuslava Leskovce. Leskovcové v této době vlastnili rozsáhlé majetky na Pelhřimovsku, v jejich vlastnictví byl např. Nový Rychnov či Červená Řečice. Kryštofův syn Jan nechal tvrz přestavět v duchu renesance a přidal si ji do predikátu ("na Nové Cerekvi"). V následujících letech se majitelé z rodu střídali. V roce 1619 Albrecht Šebestián Leskovec o Cerekev přišel, neboť byl straníkem Ferdinanda II. a stavovský sněm jej vyhostil. Po Bílé hoře se však vrátil.