Se halló presente en el cónclave de 1549-50 en que fue elegido papa Julio III, bajo cuyo pontificado llevó a cabo varias misiones diplomáticas en Francia, en el de abril de 1555 en que fue elegido Marcelo II y en el de mayo del mismo año en que lo fue Paulo IV. Durante el papado de éste último, cuya severidad no concordaba con la vida licenciosa de Capodiferro, fue destituido de su legación en Romagna y se alejó de Roma para establecerse en Padua.