Durch die Annexion großer Teile französischen Staatsgebietes bekam die Kriegsmarine Zugriff auf die französischen Häfen. Der nunmehrige Befehlshaber der Unterseeboote (BdU) Dönitz hatte vor Beginn der Verhandlungen einen Zug mit Torpedos, Ersatzteilen, Personal und weiterer Ausrüstung zusammen- und in Wilhelmshaven bereitstellen lassen. Er traf selbst bereits fünf Tage nach Unterzeichnung des Waffenstillstands an der nordfranzösischen Atlantikküste ein. Obwohl sich Großadmiral Erich Raeder, der Oberbefehlshaber der Kriegsmarine, für Brest als Hauptstützpunkt der Flotte ausgesprochen hatte, entschied Dönitz sich für das seiner Inaugenscheinnahme nach weniger zerstörte Lorient, das auch nach Ansicht des Marinebefehlshabers Bretagne, Lothar Arnauld de la Perière besser geeignet war. Zunächst wurde Brest als Stützpunkt für Überwasserstreitkräfte ausgebaut, dann aber ab Juni 1941 zum U-Bootstützpunkt und gleichzeitig Heimathafen der 1. U-Flottille, deren Personal die ehemalige französische Marineschule im Kriegshafen bezog. Im November 1940 hatte Fritz Todt, Leiter der Organisation Todt die französischen Atlantikhäfen besichtigt und in Absprache mit einer Delegation der Kriegsmarine die Standorte der zu bauenden U-Bootbunker festgelegt. Zunächst erfolgte die Errichtung der U-Boot-Reparaturwerft Brest, dann der Bau eines U-Boot-Bunkers an der westlichen Küste des Hafens auf dem Gelände einer ehemaligen Seefliegerstation.