此外，也有另一種理論認爲日之丸是受到源平合戰結果的影響；在平安時代，代表皇室及天皇本人的旗幟是锦之御旗，這同時也是日本朝廷的象徵物。該面旗幟底色是红色，旗帜上绣有金色的太阳和银色的月亮图案。而當時在事實上統治日本并以平氏為代表武家政府則使用紅旗；與之對立的另一氏族——源氏則使用白旗作爲象徵物。源氏于之後的合戰中勝出并建立幕府后，歷代征夷大將軍均稱自己是源氏的繼承者，象徵國家統一的“白地赤丸圖”便被傳承下來。關於這點，可能有點類似英國玫瑰戰爭結束後，象徵約克與蘭開斯特兩家合并后的都鐸玫瑰。在日本，紅白兩色被視爲“喜慶的傳統顔色”（如紅白歌唱賽就源自該意）。