זמן קצר לאחר כניעתה של יפן באוגוסט 1945, המליץ פיטרסון לסגור את S-50. מחוז מנהטן הורה הסגירה ב-4 בספטמבר. האורניום השש-פלואורי האחרון נשלח ל-K-25, והמפעל הפסיק לפעול ב-9 בספטמבר. S-50 נהרס לחלוטין ב-1946.