Pada masa pemerintahannya, Daerah Otonom Bangsamoro dibentuk setelah rakyatnya menyetujui sistem tersebut dalam sebuah referendum yang digelar tahun 2019. Konflik bersenjata berlanjut di Mindanao. Setelah Marawi diduduki oleh Kelompok Maute, Duterte mendeklarasikan darurat militer di seluruh Mindanao yang kemudian diperpanjang selama dua tahun hingga 2019 untuk menjaga ketertiban di pulau itu.