Även under tredje koalitionskriget var Preussen neutralt, men då Napoleon I lät en del av sina trupper tåga genom preussiskt område, kände sig konungen så djupt kränkt, att han, eggad av drottning Luise och ryske kejsaren Alexander I, beslöt att bryta med Napoleon. Haugwitz sändes 14 november 1805 till denne för att fordra en allmän fred, men lät tiden förgå, till dess Napoleon segrat vid Austerlitz (2 december samma år). Därefter lät Haugwitz, långt ifrån att framföra sitt ärende, förmå sig att avsluta ett nytt förbund med Napoleon, varigenom denne gav Preussen Hannover mot avträdelse av Ansbach, halva Neuchâtel och Kleve. Fredrik Vilhelm var nog svag att godkänna sin ministers verk, men ådrog sig därigenom från England en krigsförklaring, som medförde förlusten av en stor del av preussiska handelsflottan. Men då Napoleon icke dess mindre erbjöd England att återfå Hannover, om det ville sluta fred, förgick slutligen konungens tålamod; han riktade 29 september till Napoleon ett ultimatum, som blev avvisat, varpå han förklarade Frankrike krig 9 oktober 1806. Napoleon, som förutsett detta och därför efter freden 1805 låtit sin armé stanna kvar i södra Tyskland, inryckte strax med omkring 200 000 man i Preussen. Redan 10 oktober stod förpoststriden vid Saalfeld, och 14 oktober levererades dubbelslaget vid Jena och Auerstedt. Vid Auerstedt sårades den preussiske överbefälhavaren Ferdinand av Braunschweig dödligt av ett klusterskott.