Após sua independência em 1956, o Sudão havia sofrido numerosos conflitos internos por questões políticas, étnicas e religiosas. Em 1983, revolucionários e separatistas do sul, na maioria cristãos-animistas do país, se uniram e lançaram uma insurgência contra o governo, tradicionalmente dominado pelas elites muçulmanas do norte. Os rebeldes se organizaram como o "Exército Popular de Libertação do Sudão" (EPLS), sob a liderança de John Garang, e a insurgência acabou se transformando em uma guerra civil que também afetou o leste e o oeste do Sudão. As negociações entre o governo e o EPLS quase resultaram em uma solução pacífica do conflito, mas terminaram após o golpe de Estado de 1989 que trouxe a Frente Islâmica Nacional sob Omar al-Bashir ao poder. O novo regime era militantemente contrário a qualquer compromisso e estava determinado a esmagar completamente o EPLS e todos os outros grupos da oposição. Uma escalada de violência se seguiu.