Für Tschechien nahm Vondrka im Juniorenbereich ausschließlich an der U20-Junioren-Weltmeisterschaft 2002 teil. Im Seniorenbereich stand er im Aufgebot seines Landes bei der Weltmeisterschaft 2012, bei der er mit seiner Mannschaft die Bronzemedaille gewann, sowie 2014. Zudem trat er für Tschechien in den Jahren 2009, 2011 und 2012 bei der Euro Hockey Tour an.