Παρά την κατάληψή της από τις ελληνικές δυνάμεις, εν τέλει η Μοσχόπολη συμπεριλήφθηκε στα εδάφη του νεοσύστατου αλβανικού κράτους. Στον Α΄ Παγκόσμιο Πόλεμο πέρασε αρχικά υπό ελληνογαλλικό έλεγχο. Τον Οκτώβριο του 1916, κατά τον Α' Παγκόσμιο Πόλεμο, μετά από σύντομη συμπλοκή, ομάδα Αλβανών ατάκτων υπό τον οπλαρχηγό Σαλί Μπούτκα λεηλάτησε την κωμόπολη σκοτώνοντας παράλληλα δεκάδες κατοίκους, ενώ ο υπόλοιπος πληθυσμός κατέφυγε στην Κορυτσά. Κατά τον Ελληνοϊταλικό Πόλεμο, η Μοσχόπολη πέρασε στις 30 Νοεμβρίου του 1940 εκ νέου υπό ελληνικό έλεγχο, μέχρι και την ελληνική συνθηκολόγηση μετά τη γερμανική εισβολή. Στην περίοδο της Κατοχής πυρπολήθηκε μερικώς τον Ιούλιο του 1943 από τα ιταλικά στρατεύματα, ενώ τον Ιανουάριο του 1944, ένοπλοι της δοσιλογικής οργάνωσης Μπάλι Κομπετάρ λεηλάτησαν τον οικισμό και σκότωσαν 16 άμαχους. Κατά το τελευταίο στάδιο του Ελληνικού Εμφυλίου, το νοσοκομείο της Μοσχόπολης χρησιμοποιήθηκε για την περίθαλψη τραυματιών του ΔΣΕ που κατέφευγαν εντός αλβανικού εδάφους.