Беатриса померла 25 жовтня 1359 року в Лісабоні, у віці 66 років. Перед смертю вона заповідала своє майно Церкві, зокрема орденам домініканців і францисканців. Королеву поховали у столичному катедральному соборі, поруч із гробниці чоловіка Афонсу, у вбранні простої черниці-францисканки, як вона того і бажала. За правління короля Жуана І обох перепоховали у головній каплиці цього ж собору. 1755 року оригінальні саркофаги Беатриси та Афонсу були зруйновані під час Лісабонського землетрусу. Їх замінили на нові наприкінці XVIII століття.