Faisant partie de l'archiduché d'Autriche sous le règne des Habsbourg, Baden obtint le droit de cité en 1480. La reine Béatrice de Hongrie, l'épouse de Matthias Corvin, vint y prendre les eaux en 1488 pour soigner sa stérilité. Les invasions ottomanes, qui détruisirent Baden pendant le siège de Vienne de 1529 et le second siège en 1683, les troubles liés à la Réforme protestante et aux mésures de la Contre-Réforme, une large épidémie de peste en 1713 et un grand incendie en 1714 furent des événements marquants dans l'histoire de la ville.