در مارس ۱۹۳۹، اندکی پس از الحاق چکسلواکی به آلمان، سیت دستگیر و از دانشگاه اخراج شد. وی مدت کوتاهی در پراگ زندانی شد و سپس به اردوگاه کار اجباری داچائو منتقل شد. سپس، وی و همسرش به جرم «فعالیت سیاسی» در سپتامبر ۱۹۳۹ به بوخنوالد منتقل شدند. اگرچه سیت یهودی نبود، ولی همسرش به آیین یهود باور داشت. در اوایل سال ۱۹۴۲، فعالیت خود را در اردوگاه کار اجباری به عنوان معاون آغاز کرد. در دورهٔ زندان، ورگر و سیت دوره‌های آموزشی در زمینه‌های پزشکی و بیولوژی برای سایر زندانیان علاقه‌مند فراهم کردند. با نزدیک شدن پایان جنگ، در ۱۱ آوریل ۱۹۴۵ سیت و همسرش در میان کسانی بودند که توسط ارتش ایالات متحده از اردوگاه کار اجباری بوخنوالد آزاد شدند.