En 1755 tiene lugar el terremoto de Lisboa que destruye casi toda la capital. El marqués de Pombal organizó la reconstrucción de Lisboa. Debido a las intensas reformas que había realizado, al marqués de Pombal es elegido primer ministro y terminará ejerciendo las labores de regente del Reino. Al contrario del clericalismo previo, el marqués fortaleció el sistema absolutista e iinició reformas en la administración. La iglesia se opuso enseguida a estas políticas del marqués. Los jesuitas predicaban que el terremoto había sido un castigo de Dios por las reformas del marqués. Cuando en 1758 tiene lugar un atentado contra el monarca, Pombal entra el cólera. La educación se laicizó y varios opositores políticos, entre los que se encontraba el Duque de Aveiro, fueron ejecutados. Un jesuita muy conocido en el país fue quemado en la hoguera. En 1759 se expulsa a los jesuitas de Portugal y Brasil. Pombal eliminó la esclavitud en Portugal (no en Brasil) en 1761. También eliminó las discriminaciones existentes con los descendientes de los judíos (marranos) y el Estado empezó a ejercer la censura al pasar la Inquisición a depender directamente del Estado. En la Universidad se crea una facultad de ciencias naturales, se establece un sistema de escuelas públicas y se libera a los amerindios de Brasil. El Marqués quiso afianzar la presencia portuguesa en Brasil, para lo cual creó hermandades de comercio, entre la que se encontraba la Compañía de las Indias Occidentales. Tanto la agricultura como el comercio mejoraron en la época, y la economía del país creció bastante.