Lam nousi 2012 Hongkongin hallinnon toiseksi vaikutusvaltaisemmalle paikalle, kun hänet valittiin hallituksen pääsihteeriksi. Pääsihteerinä Lam johti lokakuussa 2014 neuvotteluja Hongkongin mielenosoitusten johtajien takia. Neuvotteluissa ei kuitenkaan onnistuttu löytämään yhteisymmärrystä.