Během národního povstání pod vedením Tadeusze Kosciuszka proti druhému dělení Polska roku 1794 sloužil Dąbrowski jako jeden z předních polských důstojníků. Podařilo se mu obsadit 2. října 1794 Bydhošť, jako následek vítězné bitvy u Brombergu. Pak byl 18. listopadu 1794 povýšen do hodnosti generálporučíka. Po zhroucení povstání se stáhl do Velkopolska, ale pokus o průlom se zbytky jeho armády s cílem dosažení Francie selhal. Roku 1795 se přidal k politickému sjednocujícímu hnutí Agencja a o rok později na výzvu Józefa Wibického odjel do Francie, aby tam od r. 1797 organizoval polské dobrovolnické jednotky.