17 Kasım 1973'te Atina Politeknik Üniversitesi öğrencilerinin askerî cuntaya karşı başlattıkları ayaklanmadan sonra İoannidis, Papadopulos liderliğinin liberalleştirici eğilimlerine karşı çıkarak ESA güçlerini kullanarak Papadopulos'u devirmek için bir komplo kurdu. 25 Kasım 1973 tarihinde Başbakan Papadopulos'a karşı kansız ve başarılı bir darbe yaparak görevden aldı. Bu, demokrasiyi ortadan kaldıran Nisan 1967 darbesinin ardından İoannidis'in ikinci başarılı darbesi oldu. Papadopulos, Doğu Attika'daki sahil kasabası Lagonissi'de İoannidis'in adamları tarafından tutuklandı. Arkadaşı ve yoldaşı Phaedon Gizikis'i Yunanistan cumhurbaşkanı olarak görevlendirdi. İoannidis, yüksek askeri hiyerarşiyi tamamen kontrol etmedi, ancak "küçük cunta" lakaplı alt rütbelerin desteğiyle iradesini arka planda dayatmayı sürdürdü. Baskıcı ve otoriter politikaları yüzünden "Yunanistan'ın Kaddafisi olarak nitelendirildi.