En juin 2009, Ali Khamenei soutient le président sortant Mahmoud Ahmadinejad, réélu dans des conditions contestées par une partie de la société iranienne. En tant que responsable des systèmes judiciaire et policier, il est accusé publiquement par certains réformateurs d'être responsable de la répression contre les opposants à Ahmadinejad. Quelques semaines plus tard, Khamenei adopte cependant une position plus modérée, affirmant n'avoir reçu aucune preuve que l'opposition soit manipulée par des puissances étrangères (comme le dénonce les conservateurs de l'entourage d'Ahmadinejad) et demandant à la justice de juger sur des preuves solides et non sur des rumeurs.