A második világháborúban Lajos Ferenc az 5. Romboló Flottillához "(5th Destroyer Flotilla)" csatlakozott, és a "HMS Kelly" rombolóra osztották be. 1940 májusának elején a herceg vezette a Namsos hadjáratban részt vevő szövetséges erők evakuálását. Szintén 1940-ben találta fel Lord Mountbatten a "Mountbatten rózsaszín"t "(Mountbatten Pink)", melyet álcázó színként alkalmaztak. Első hajója, a "HMS Kelly" 1941 májusában süllyedt el a krétai csata során. 1941. augusztusában a "HMS Illustrious" kapitányának nevezték ki, ám ez időben a hajót a Virginia állambeli Norfolkban javították egy januári összecsapás következményeként. Októbert 27-én Winston Churchill jóvoltából Lajos Ferenc felváltotta Roger Keyest az "Egyesített Műveletek Főhadiszállásá"nak "(Combined Operations Headquarters)" vezéri székében. 1942. augusztus 19-én személyesen vezette a dieppe-i csatát, melynek során több ezer kanadai katona halt meg vagy tűnt el. A történészek később őt tették felelőssé a Szövetséges erők ezen vereségéért.