In Athene gaf de oligarchische regering die had geregeerd sinds 411 v.Chr. de macht over aan een democratische regering enkele maanden na de slag. Een expeditieleger onder Thrasyllus werd klaargemaakt om zich bij de legers in de Hellespont te voegen. Dit leger vertrok echter niet voor het jaar na de slag, en hoewel de Atheners Byzantium hadden heroverd, gebruikten ze nooit het voordeel dat Cyzicus hen had gegeven. Dit was het resultaat van te weinig geld in de schatkist. Zelfs na de overwinning was deze nog bijna volledig leeg. Athene zou nog slechts één overwinning op zee boeken, bij Arginusae, en hun nederlaag bij Aegospotamoi in 405 v.Chr. zou de oorlog beëindigen. Hoewel Cyzicus een grote overwinning was voor de Atheners, konden de Spartanen terug op sterkte komen en zo de oorlog in hun voordeel beslissen, met de overgave van Athene en haar bondgenoten 6 jaar later.