ในวันที่ 14 พฤษภาคม พ.ศ. 2557 จากการชุมนุมในครั้งนี้ ศาลอาญาอนุมัติหมายจับแกนนำ กปปส. รวม 43 คน ผู้ต้องหาคดีกบฏ และความผิดอื่น รวม 8 ข้อหา เพื่อติดตามตัวมาดำเนินกระบวนการตามกฎหมาย โดย รศ.ดร.เสรี มีชื่อเป็นผู้ต้องหาหมายเลขที่ 26 ซึ่งต่อมาในวันที่ 21 พฤษภาคม ปีเดียวกัน ก่อนการรัฐประหารเพียงวันเดียว รศ.ดร.เสรีถูกจับที่สนามบินสุวรรณภูมิ ขณะเดินทางกลับจากต่างประเทศ แต่ต่อมาก็ได้รับการประกันตัวด้วยหลักทรัพย์สมุดบัญชีเงินฝาก 600,000 บาท