Kanapkis war Mitglied der Nationalmannschaft Uruguays. Er debütierte am 30. April 1992 unter Trainer Luis Cubilla beim 1:0-Heimsieg im Freundschaftsländerspiel gegen Brasilien mit einem Startelfeinsatz. Auch Ildo Maneiro, der später Cubilla im Amt des Nationaltrainers nachfolgte, griff auf Kanapkis' Dienste zurück. Bis zu seinem letzten Einsatz für die Celeste unter Roberto Fleitas am 13. Oktober 1993 bei der 0:5-Auswärtsniederlage gegen Deutschland in Karlsruhe absolvierte er 20 Länderspiele, bei denen er insgesamt fünfmal ins gegnerische Tor traf. 1992 kam er bei der Copa Lipton zum Einsatz. 1993 nahm er im uruguayischen Aufgebot an der Copa América in Ecuador teil.