Ο Ελληνοϊταλικός Πόλεμος τον βρήκε στην Αθήνα συνδεδεμένο με άλλα στελέχη του ΚΚΕ που είχαν υπογράψει δήλωση κατά τη διάρκεια της μεταξικής δικτατορίας, αλλά δεν είχαν προσχωρήσει στο καθεστώς και παρέμεναν κομμουνιστές. Κατά τη διάρκεια της Κατοχής ο Οικονομίδης εντάχθηκε στο ΕΑΜ.