Întregul proces de construcție a intrat într-un impas odată cu începerea Războaielor Husite în prima jumătate a secolului al XV-lea. Războiul a pus capăt atelierului de lucru care a lucrat în mod constant timp de aproape un secol, iar mobilier din catedrală, zeci de tablouri și sculpturi, au suferit extrem de mult de pe urma iconoclasmului husit. Ca și cum nu era suficient, un incendiu mare a deteriorat în mod considerabil catedrala în anul 1541.