Nach seiner Wahl suchte der neue Abt sogleich Frieden herbeizuführen und so begannen anfangs Mai 1718, sechs Jahre nach Beendigung des Toggenburgerkriegs, die Verhandlungen in Baden. Das 84 Punkte umfassende Friedensinstrument konnte am 15. Juni 1718 unterzeichnet werden. Der vom Abt ratifizierte Vertrag wurde am 6. August 1718 nach Zürich und Bern überbracht, um dort ebenfalls ratifiziert zu werden. Clemens XI. verwarf jedoch den Vertrag und es kam zu Ausschreitungen. Abt von Rudolphi kehrte am 7. September 1718 aus dem Exil nach Rorschach zurück. Er begann im Toggenburg die Huldigung entgegenzunehmen. Am 11. Oktober zog er in St. Gallen ein und am 15. Oktober konnten Tischlesungen und Silentium, am folgenden Tag die Mitternachtsmette wieder eingeführt werden. Erst am 23. März 1719 konnte der Abt einen grossen Teil der zu Beginn des Krieges nach Zürich gebrachten Bibliothek in Empfang nehmen. Weitere Gegenstände aus der Beute der Berner, so unter anderem acht Glocken und sieben Feuerspritzen, trafen am 5. Mai 1721 in St. Gallen ein.