На турніры Мастэрс Мёрфі, выйграўшы два матчы ў Рыкі Уолдэна (6:4) і Джона Хігінса (6:5), саступіў на стадыі паўфіналаў Нілу Робертсану з лікам 2:6. Яму ж Шон саступіў і ў чвэрцьфінале наступнага рэйтынгавага турніру — German Masters — з лікам 4:5. На адкрытым чэмпіянаце Уэльса Мёрфі прайграў першы ж матч індыйскаму снукерысту Панкаю Адвані, а на World Open, выйграўшы першы матч у Марціна Гоўлда (5:4), саступіў валійцу Мэцью Стывенсу з лікам 3:5. На апошнім турніры перад чэмпіянатам свету — адкрытым чэмпіянаце Кітая — Шон дайшоў да паўфіналу, дзе саступіў Марку Сэлбі — 2:6. Такім чынам, Мёрфі заняў чацвёрты радок рэйтынгу і пяты нумар пасеву на ЧС-2013.