Podczas kampanii wrześniowej na terenie Roztocza wojska niemieckie rozbiły liczne oddziały polskie, zmierzające w stronę Lwowa (Bitwa pod Tomaszowem Lubelskim). Kraina ponownie została podzielona przez granicę, tym razem niemiecko-sowiecką (powstała tzw. Linia Mołotowa). W czasie okupacji Roztocze było terenem działania polskich oddziałów partyzanckich, toczących boje z Niemcami (Powstanie zamojskie) oraz ukraińskimi nacjonalistami (Partyzanckie walki polsko-ukraińskie w latach 1944–1945). Ostatecznie Roztocze podzielono między Polskę a ZSRR. W latach 1944–1947 usunięto z polskiej części ludność ukraińską (przesiedlenia do ZSRR, później Akcja „Wisła”), a polską z ukraińskiej (Wysiedlenie Polaków ze Lwowa).