El 7 de julio, Leopoldo I de Habsburgo y la familia imperial abandonaron Viena y buscaron refugió en Linz, dejando la ciudad bajo la protección del conde Ernst von de Stahremberg, que contaba con 16.000 soldados. Desde que llegó información a la corte vienesa del proyecto de invasión otomana, las autoridades imperiales empezaron a preparar las defensas de la ciudad. Las desfasadas murallas medievales se habían sustituido por un nuevo sistema de fortificaciones y bastiones, construido según el modelo italiano tras el primer asedio de Viena llevado a cabo por Solimán el Magnífico. Ante la perspectiva de un asedio turco, además, se habían derribado todas las casas particulares que se habían construido a los pies de la muralla, para que los turcos quedasen expuestos al fuego de los defensores.