Das Städtchen entstand in der Mitte des 13. Jahrhunderts als unbefestigter Marktflecken an der Stelle einer älteren Siedlung. Es gehörte zur Herrschaft des Zisterzienser-Ordenshauses Kloster Hradiště im benachbarten Klášter Hradiště nad Jizerou. Die erste Erwähnung stammt aus dem Jahre 1279. Das Kloster wurde im Frühjahr 1420 von den Orebiten zerstört und nie wieder aufgebaut. Die Besitzungen gingen an den katholischen Adligen Johann von Wartemberg über. Um 1440 gelangte der Hussitenführer Jan Čapek ze Sán in den Besitz der Stadt und der umliegenden Güter mit den Einnahmen aus erbuntertänigen Ortschaften. Nachfolgend wurde Mnichovo Hradiště mehrfach verpfändet. Die Böhmische Kammer verkaufte die Herrschaft 1556 an die Adligen Jiří von Labouň und Jindřich Žibřid. Die Nachkommen Žibřids veräußerten Stadt und Herrschaft 1582 an Christoph Budovec z Budova, dessen Sohn Václav Budovec z Budova im Ort einen Herrensitz erbauen ließ. Er wurde als einer der Anführer des Ständeaufstands in Böhmen (1618) nach der Schlacht am Weißen Berg am 21. Juni 1621 am Altstädter Ring in Prag hingerichtet.