20 maja 1913 roku, na holu okrętu-bazy USS „Castine” i węglowca USS „Mars”, C-5 rozpoczął rejs na Kubę. Od 29 maja do 7 grudnia 1913 roku okręt operował z Zatoki Guantánamo, przeprowadzając często ćwiczenia torpedowe, a następnie przebazowano go do Cristóbal w Panamie. W sierpniu 1917 roku C-5 wraz z dwoma innymi okrętami podwodnymi poszukiwał w Panamie miejsc mogących stać się w przyszłości bazami sił podwodnych oraz patrolował strefę Kanału Panamskiego.