Debido a que se trata de una construcción de una etapa muy inicial del gótico presenta también importantes problemas estructurales desde un primer momento de construcción, tales como la falta de altura en las naves laterales para contrarrestar el empuje de las bóvedas de la nave central, falta de sección en las columnas centrales para resistir las presiones de las bóvedas o deficiente cimentación por no haberse llegado al firme en casi la totalidad de los muros, problemas que tradicionalmente se habían achacado al Terremoto de Lisboa (1755), pero que en realidad son estructurales. En especial, todas estas deficiencias han hecho que se haya visto afectada por el giro de las hojas del muro sur hacia el exterior, pudiéndose observar actualmente su inclinación a simple vista. Para solucionarlo, se reforzaron los seis pilares centrales, octogonales, formados por columnas adosadas y capiteles figurados, actualmente ocultos por el refuerzo.