När Kroatien förklarade sig självständigt från Jugoslavien på 1990-talet följde det Kroatiska självständighetskriget. Serberna tog kontroll över Krajina och etablerade Serbiska republiken Krajina med hjälp av den jugoslaviska armén (JNA) som varade till 1995. Serberna utförde etnisk rensning och den kroatiska och ickeserbiska befolkningen fördrevs. Uppskattningsvis 80 000-150 000 kroater och ickeserber fördrevs av de serbiska rebellerna . De flesta kroater flydde till regeringskontrollerade områden. Stridigheterna var dock inte begränsade till Krajina. Serberna angrep även städer utanför Krajina som hade en kroatisk befolkningsmajoritet. Bland annat angreps civila mål i samband med raketattackerna mot Zagreb med flera dödoffer som följd. Likaså angreps och belägrades Dubrovnik i sydligaste Kroatien. Historiska och kulturella mål bombandes och attackerna krävde åtskilliga civila offer. Striderna var intensivast i staden Vukovar vid gränsen till Serbien där hundratals civila kroater mördades. Den 12 mars 2009 dömde en serbisk domstol 13 serber för krigsförbrytelser i samband med massakern Ovčara utanför Vukovar då serbiska styrkor torterade och mördade drygt 200 kroater. Sedan parterna misslyckats med att uppnå fred genomförde Kroatien under 1995 militära operationer för att återta Krajina. En stor del av den serbiska befolkningen flydde under Operation Blixt och Operation Storm, då Kroatien övertog det serbhållna området. Uppskattningsvis flydde 250 000 till Serbien, Republika Srpska och andra delar av världen. År 1991 levde det enligt folkräkningen 580 000 serber i Kroatien. Idag uppgår den serbiska minoriteten till knappt 200 000 personer.