In der Zeit des Zweiten Weltkrieges gehörte Bourg nach der Kapitulation der Streitkräfte Frankreichs zunächst zur "Zone libre", die unter Verwaltung des Vichy-Regimes stand. Im November 1942 wurde die Stadt im Rahmen des Unternehmens Anton von deutschen Truppen für fast zwei Jahre besetzt; am 4. September 1944 wurde Bourg-en-Bresse von der amerikanischen Armee befreit.