Nach Ausbruch des Zweiten Weltkriegs diente er in verschiedenen Stabsabteilungen, unter anderem bei der 6. Armee. Für seine Leistungen während der vergeblichen Abwehr des Westfeldzuges wurde er nach der Niederlage Frankreichs mit der Aufnahme in die Ehrenlegion ausgezeichnet. Nach einem Aufenthalt in Marseille wurde er Anfang 1941 von den Vichy-Behörden nach Algier versetzt, wo er unter Darlan und Juin verschiedene Stabsaufgaben wahrnahm. Als am 8. November 1942 alliierte Truppen die Stadt im Rahmen der Operation Torch eroberten, kämpfte Chanson auf Vichy-Seite. Da die Vichy-Verwaltung in Nordafrika unter den Alliierten zunächst weiterbestehen blieb, behielt auch Chanson seine Position in Algier. 1944 wechselte er als Militärattaché nach Großbritannien und gelangte schließlich als Verbindungsoffizier zum alliierten Hauptquartier in Versailles, wo er sich mit Fragen der französischen Wiederbewaffnung befasste.