Działacz Związku Komunistów Słowenii (ZKS), wchodzącego w skład Związku Komunistów Jugosławii (SKJ). W 1986 wybrany do parlamentu Socjalistycznej Republiki Słowenii, delegowano go do Rady Republik i Okręgów Autonomicznych, jednej z izb federalnego parlamentu jugosłowiańskiego. W 1989 słoweńscy komuniści zorganizowali prawybory celem wyłonienia swojego kandydata do Prezydium Jugosławii i zastąpienia Stane Dolanca. Janez Drnovšek zwyciężył w nich, pokonując partyjnego faworyta. 15 maja 1989 został przewodniczącym Prezydium Jugosławii (kolegialnej głowy państwa), pełnił te obowiązki przez rok. Od września 1989 do maja 1990 jako sekretarz generalny kierował Ruchem Państw Niezaangażowanych. Gdy w czerwcu 1991 Słowenia ogłosiła niepodległość, został usunięty z Prezydium Jugosławii. Brał aktywny udział w negocjacjach, które doprowadziły do zakończenia wojny dziesięciodniowej.