Durante l'occupazione della Grecia da parte dell'Asse (1941-1944), Lambrakis partecipò attivamente alla Resistenza greca . Nel 1943 fondò "l'Unione degli atleti greci" ("Ένωση των Ελλήνων Αθλητών") e organizzò regolari competizioni, usando le entrate derivanti da questi giochi per finanziare punti di distribuzione di derrate alimentari alla popolazione affamata.