Костёл пострадал при подавлении русской армией восстания Тадеуша Костюшко (1794) и во время войны 1812 года. В 1814 году епископ Иероним Стройновский учредил при бернардинском костёле приход, охватывающий всё Заречье. После подавления восстания 1863 года в августе 1864 года монастырь был упразднён. Храм стал приходским. При незначительных переделках орган был перенесён на балкон над входом. Во второй половине XIX века в алтари костёла были перенесены картины и реликвии из закрытого костёла тринитариев на Антоколе. Улица, проложенная в 1869—1870 годах рядом с фасадом костёла Святой Анны, перерезала бернардинский сад и разрушила внешний ансамбль двух храмов и монастыря. Вид костёла ещё сильнее изменила построенная в 1872 году (по другим сведениям в 1874 году) колокольня, имитирующая готические формы.