イギリスとの交渉が決裂する2日前の8月6日、これ以上出兵を引き延ばせないと判断したムハンマド・アリーはアレクサンドリアから海軍を出撃させた。これに対しイギリス・フランス海軍も休戦を求め示威行動を開始し、10月13日にはロシアの艦隊も合流した。10月20日、ナヴァリノ湾においてオスマン帝国海軍が発砲したのをきっかけに戦闘となり、オスマン帝国およびエジプト海軍は艦船の4分の3を失う大敗を喫した（ナヴァリノの海戦）。この戦いでエジプト海軍は壊滅し、さらにその後行われた海上封鎖により補給路を断たれたことで陸軍の半分を飢餓で失った。ギリシャ独立戦争参戦はエジプトに多大な社会的、経済的損失をもたらすこととなった。