Yamamoton strategiset suunnitelmansa olivat epäsovinnaisia ja joskus laajojakin. Hän oli opiskellut Yhdysvalloissa eikä halunnut sotaa maailman suurinta taloutta vastaan. Sodan tultua väistämättömäksi hän suunnitteli Tyynenmeren sodan hyökkäysvaiheen. Hän osasi delegoida tehtäviä alaisilleen kuten Minoru Gendalle, joka oli hänen ilmailuasiantuntijansa. Hyökkäysvaiheen kulminoiduttua Midwayn ja Guadalcanalin taisteluihin ei hän kyennyt palauttamaan japanilaisten voittokulkua.