Тяжёлым потрясением для Элеоноры стала война, начавшаяся после смерти её братьев, не оставивших наследников мужского пола. Во время этой войны, между императором, королём Испании и герцогом Савойи со одной стороны и королём Франции, дожем Венеции и герцогом Мантуи и Монферрато с другой стороны, имперская армия захватила и разграбила Мантую — родной город императрицы.