Les courses reprennent en 1946, et Farina remporte en Suisse le Grand Prix des Nations, première grande épreuve internationale de l'après-guerre. Mais peu de temps après, il se brouille avec Alfa, ce qui l'amène à prendre du recul avec le sport automobile, même s'il pilote épisodiquement pour Maserati et Ferrari (victoire au Circuit de Garde 1948): il remporte ainsi le Grand Prix de Monaco de 1948 au volant d'une Maserati privée. En 1950, le championnat du monde de Formule 1 est créé, et c'est l'occasion pour Farina de renouer ses liens avec Alfa Romeo, dont l'équipe de pilotes a été décimée lors de la saison 1948 et qui avait même mis un terme à son engagement en compétition en 1949. Malgré une année loin des circuits, les Alfa dominent le championnat, qui se résume rapidement à un duel entre Farina (qui s'impose notamment lors du Grand Prix inaugural à Silverstone) et son équipier Juan Manuel Fangio. Le dernier mot revient finalement à l'Italien, peut-être moins brillant que l'Argentin en vitesse pure, mais tout aussi constant en course. En 1951, Farina fait honneur à son titre mondial avec une victoire à Spa, mais commence à accuser le poids des ans face à la nouvelle génération incarnée par Fangio (qui prend sa revanche de 1950 et devient champion du monde) et par Alberto Ascari, le leader de la Scuderia Ferrari. Il ne termine que quatrième du classement mondial, au cours d'une saison également ponctuée par trois victoires hors championnat, une sur Maserati et deux sur Alfa.