În timpul invaziei mongole din 1240, se crede că mănăstirea a fost avariată serios. Mongolii au distrus catedrala și au eliminat domurile aurite. Arcada a ajuns într-o stare proastă și nu există date documentare despre ea în următoarele două secole și jumătate. Din 1496, mănăstirea a fost reînviată, iar numele i-a fost schimbat din Mănăstirea Sf. Dumitru în Sf. Mihail, după numele bisericii catedrale construite de Sviatopolk II. După numeroase restaurări și lărgiri din timpul secolului 16, a devenit treptat una dintre cele mai populare și bogate mănăstiri din Ucraina. În 1620, Iov Borețki a făcut-o reședință a mitropolitului ortodox al Kievului, iar în 1633, Isaia Kopinski wa fost numit supraveghetor al mănăstirii.