В период с 1992 по 1997 годы страной правили слабые коалиционные правительства. Реформы Лиссубы достигли некоторых макроэкономических успехов, но за счёт неприемлемой социальной цены. Политическая ситуация вновь дестабилизировалась, конфликты перерастали в вооружённые столкновения. В 1997 году в преддверии новых выборов разразилась гражданская война между сторонниками Лиссубы и Сассу-Нгессо. Соседние страны приняли значительное участие в междоусобице. Решающую роль в итоговой победе Сассу-Нгессо сыграла ангольская армия.