Op de Gemenebestspelen 2006 in Melbourne eindigde Pine als vijfde op de 100 meter vlinderslag. Op de 4x100 meter wisselslag vormde hij samen met Andrew Lauterstein, Christian Sprenger en Kenrick Monk een team in de series, in de finale veroverden Matt Welsh, Brenton Rickard, Michael Klim en Eamon Sullivan de gouden medaille. Voor zijn inspanningen in de series ontving Pine de gouden medaille. Tijdens de wereldkampioenschappen kortebaanzwemmen 2006 in Sjanghai eindigde de Australiër als vijfde op de 50 en de 100 meter vlinderslag. Samen met Matt Welsh, Brenton Rickard en Ashley Callus veroverde hij de wereldtitel op de 4x100 meter wisselslag, op de 4x100 meter vrije slag eindigde hij samen met Eamon Sullivan, Andrew Mewing en Ethan Rolff als zevende.