En 1968 se convirtió en Viceprimer ministro del entonces Primer ministro Oldřich Černík. Inicialmente se opuso a la invasión de Checoslovaquia por las fuerzas del Pacto de Varsovia, Que acabó con la Primavera de Praga, pero posteriormente se convirtió en uno de los prominentes representantes del régimen del presidente Gustáv Husák. Štrougal se desempeñó como Primer ministro del país desde el 28 de enero de 1970 al 12 de octubre de 1988.