2004 року Агілар був включений в заявку національної збірної Колумбії на участь у Кубку Америки в Перу. На турнірі Абель забив два голи. У матчі групового етапу проти господарів першості збірної Перу і 1/4 фіналу проти Коста-Рики, а його збірна на турнірі посіла 4 місце.