Ippolito mantenne il governo della diocesi di Pavia, partecipò a Roma nel settembre del 1590 al conclave che portò alla nomina di Urbano VII, Gian Battista Castagna, il cui pontificato durò solo 13 giorni, presenziando poi al successivo conclave che portò all'elezione di Gregorio XIV, al secolo Niccolò Sfrondati.