Na přelomu let 2017 a 2018 se rozhodla, že kvůli tréninkovému manku i kvůli odpočinku pro bolavá záda vynechá lednové Mistrovství Evropy 2018. Absolvovala však následný poslední předolympijský podnik SP v Erfurtu. I díky podstatně zlepšenému zdravotnímu stavu se na patnáctistovce umístila osmá a na tříkilometrové trati třetí. Jíž na konci ledna odletěla spolu s týmem do jihokorejského Pchjongčchangu, dějiště Zimních olympijských her 2018. V úvodním olympijském startu na 3000 m skončila o půl sekundy za medailovou pozicí na čtvrtém místě; rychlejší byla trojice Nizozemek. Po závodě vyjádřila velké zklamání, protože pocitově šlo o její nejlepší „trojku“ sezóny. Na trati 1500 m se sice do olympijského závodu kvalifikovala, start však vynechala, protože se chtěla soustředit na nejdelší distanci 5000 m. Na ní startovala v poslední rozjížďce s Ruskou Nataljí Voroninovou a v polovině tratě útočila na dosud nejrychlejší čas Nizozemky Esmee Visserové, za níž nakonec zaostala za o 1,62 sekundy a získala stříbrnou medaili, svůj šestý olympijský cenný kov. Celkovým počtem medailí z OH se tak vyrovnala Kateřině Neumannové a překonala Emila Zátopka. Vzhledem ke zdravotním potížím v sezóně a faktu, že v určitém období nemohla ani trénovat, považovala tuto stříbrnou medaili za „neuvěřitelnou“ a „obrovskou satisfakci“. O několik dní později bylo českému týmu nabídnuto druhé místo v závodě s hromadným startem, kde by mohla pomoct Nikole Zdráhalové. Vzhledem k obnovené bolesti zad ale Martina Sáblíková start odmítla.