Kardinaal Giordano kwam in 2000 in aanraking met justitie. In 2002 werd hij tot vier maanden voorwaardelijk veroordeeld wegens financiële malversaties. In 2005 werd hij in hoger beroep vrijgesproken. In datzelfde jaar bood hij aan paus Benedictus XVI, op grond van zijn leeftijd, zijn ontslag aan als aartsbisschop van Napels. Kardinaal Giordano nam deel aan het Conclaaf van 2005. In 2007 werd hij als aartsbisschop opgevolgd door Crescenzio Sepe. Sinds 26 september 2010 was hij niet langer gerechtigd deel te nemen aan toekomstige conclaven.