Во время Французской революции был закрыт и только с рождением современного бельгийского государства в 1831 году, был восстановлен — прежде в городе Мехелен, а оттуда перенесён снова в Лёвен. В 1888—1889 годах здесь при помощи кардинала Д.-Ж. Мерсье был учреждён Высший институт философии (школа Фомы Аквитанского), с 1894 года издавался журнал «Revue Neoscolastique». Во время обеих мировых войн были уничтожены большие университетские книгохранилища, утрачена часть архивов. В 1946 году под одной администрацией возникли две параллельных секции университета — франкоязычная и нидерландоязычная, а с 1970 года существуют два отдельных университета — валлонский и фламандский.