Er wurde von Papst Pius V. im Konsistorium vom 17. Mai 1570 zum Kardinal erhoben und behielt zunächst auch das Amt des Generalmagisters bei, bis 1570 das Generalkapitel des Ordens einen Nachfolger wählte. Der Papst verlieh ihm am 26. Januar 1571 den Kardinalshut und ernannte ihn zum Kardinalpriester mit der Titelkirche "San Nicola fra le Immagini". Als Kardinal nahm Giustiniani am Konklave 1572 teil, aus dem Gregor XIII. als Papst hervorging. 1579 wechselte er zur Titelkirche "Santa Sabina". Er wurde Abt von San Sirio in Genua. Er unterstützte und besuchte den Erzbischof von Toledo Bartolomé Carranza de Miranda OP, als dieser von der Spanischen Inquisition der Häresie beschuldigt und in der Engelsburg gefangen gehalten wurde.