Palestinské útoky i izraelské odvetné zásahy vedly k častému odstavování hraničního přechodu z provozu. Situace se dále zkomplikovala po provedení jednostranného stažení Izraele z Gazy v létě roku 2005, po kterém pásmo Gazy postupně bylo ovládnuto hnutím Hamás. Další prohloubení blokády a izolace nastalo poté, co palestinští ozbrojenci zajali v červnu 2006 při výpadu z pásma Gazy izraelského vojáka Gilada Šalita. Například od září 2006 byl přechod dle zpráv z prosince 2006 prakticky trvale uzavřen. Uzavírka přechodu pak prohlubovala ekonomické potíže v pásmu Gazy, protože k jeho plynulému zásobování bylo zapotřebí stovek kontejnerů zboží a pouze přechod Karni měl kapacitu takový obrat materiálu odbavit. Zatímco před rokem 2006 zde bývalo odbaveno v průměru 10000 kamionů nákladu, například v dubnu 2010 to bylo pouze 693 vozů. Hraniční přechod je zároveň místem častých pokojných demonstrací a protestů, a to jak izraelského mírového tábora na izraelské straně, tak Palestinců na gazské straně přechodu. Po izraelském zásahu na konvoji do pásma Gazy, ke kterému došlo v květnu 2010, Izrael souhlasil, že část zásilky zboží přiváženého na lodním konvoji vpustí do pásma Gazy přes přechod Karni. Šlo o 128 nákladních vozů, jejichž obsah ale prošel izraelskou kontrolou a selekcí.