Bei den Luftangriffen auf Hamburg im Sommer 1943 wurde auch das Südseehaus schwer beschädigt. 1944 gab es nur noch vier Mieter, von denen einer der Polizeipräsident war, für die Nutzung der Keller für den Luftschutz. Die Fassaden mit den charakteristischen vier Giebeln blieben jedoch erhalten, und die Dächer wurden in den ersten Nachkriegsjahren wieder abgedichtet. 1949 zog ein neuer Mieter ein, das Modegeschäft Peek &amp; Cloppenburg, das sich allmählich immer weiter im Haus ausbreitete. 1958 wurde das Haus dann durch den Hamburger Architekten Titus Felixmüller grundlegend saniert und modernisiert. Die Giebel wurden abgetragen und durch zwei Staffelgeschosse ersetzt, von denen das obere mit Kupfer verkleidet und mit einer Pergola versehen wurde.