Um eine Zuspitzung des Machtkampfes zu verhindern, war Garwanow maßgeblich an den Verhandlungen mit Boris Sarafow für die Eingliederung der GBB in die BMARK beteiligt. Nach der Eingliederung Anfang 1900 wurde Garwanow Mitglied der Kampfgruppe von Serres (Revolutionäres Komitee von Serres der BMARK) und repräsentierte den gemäßigten Flügel der Organisation (auch „Garwanisten“ genannt). 1901 wurde er zum Vorsitzenden des Zentralkomitees der gesamten Organisation gewählt. Als solcher leitete er den Thessaloniki-Kongress von Januar 1903, der den Beschluss für den Ilinden-Preobraschenie-Aufstand fasste. Nach dem Bombenattentat von Thessaloniki im April des gleichen Jahres wurde er von der osmanischen Polizei verhaftet und auf der Insel Rhodos interniert. Dadurch konnte er nicht am Smilewo-Kongress und an dem von ihm vorbereiteten Aufstand teilnehmen.