Вслед за тем, Баллюзек имел случай несколько раз посетить Китай и Японию: в 1857 году участвуя в дипломатической миссии графа Е. В. Путятина, сопровождая его на пароходо-корвете «Америка» и в 1858 году при подписании Тяньцзиньских трактатов. В 1860 году находился в китайских водах на борту фрегата «Светлана», 15 августа отправился в Тяньцзинь для подготовки резиденции русского посланника в Китае генерал-майора Н. П. Игнатьева. После подписания в 1860 году Пекинского трактата и убытия Н. П. Игнатьева в Санкт-Петербург, остался в Китае. Был свидетелем Тайпинских событий.