En 1990, à Blois, Stéphane Diagana décroche à 21 ans son premier titre de champion de France senior sur 400 m haies. Il participe à sa première compétition internationale senior, les championnats d'Europe de Split, et se classe cinquième de la finale du 400 m haies en , améliorant de 2/100 de seconde le record de France de Jean-Claude Nallet datant de 1974. Il termine par ailleurs septième de la finale du relais 4 × 400 m. Sélectionné dans l'équipe du 4 × 400 m lors des championnats du monde de 1991 à Tokyo, l'équipe de France est contrainte à l'abandon dès les séries.