Während des Ersten Weltkrieges begann die Evakuierung der Museumsschätze am 10. August 1914. 19 Tage später verließen die Werke von Jean Fouquet, Raffael und 20 weitere Bilder, die bedeutendsten Handschriften, 300 Zeichnungen von Jean Clouet und dessen Sohn François Clouet sowie das Schmucksteinkabinett das Museum in Richtung des Musée des Augustins von Toulouse. Sie wurden in 19 Kisten zusammen mit der Sammlung des Louvre transportiert. Der Rest wurde im Keller eingelagert. Die deutschen Truppen besetzten die Säle des Schlosses vom 3. bis 4. September während der Kämpfe um Senlis. Im Jahre 1918, als während der zweiten Schlacht an der Marne die deutschen Truppen wiederum auf das Schloss vorrückten, wurde der Rest der Sammlungen und auch das Archiv in das Musée des Beaux-Arts in Dijon evakuiert, wobei die Werke mit dem Zug und mit dem LKW transportiert wurden. Am 11. November 1918 kamen die Sammlungen in das Museum zurück.