Under kvalifiseringen til Ungarns Grand Prix 2009 ble Massa skadet da hjelmen hans ble truffet av en gjenstand og han skled av banen og inn i en dekkbarriere i ca. 130 km/t. Massa ble sendt til sykehus etter ulykken, og kvalifiseringen ble utsatt. Rubens Barrichello meldte at han merket at noe falt av bilen hans, like før ulykken. Senere ble det klart at Massa hadde pådratt seg et kutt i pannen, en bruddskade på hodeskallen og hjernerystelse. Han måtte derfor opereres, og måtte stå over løpet. Det ble først bestemt at Michael Schumacher skulle erstattet Massa som sjåfør til Europas Grand Prix, men siden en skade etterhvert forhindret han fra å kjøre, ble Ferraris testsjåfør Luca Badoer satt inn istedenfor, som igjen ble byttet ut til fordel for Giancarlo Fisichella før Italias Grand Prix.