En 2006, estaba compitiendo por el equipo Recycling.co.uk-SIS y obtuvo el tercer lugar en el Campeonato del Reino Unido en Ruta. En marzo, representó a Gales en los Campeonato de los Juegos de la Mancomunidad y ganó la medalla de bronce en la carrera por puntos. Con el equipo británico en pista, también compitió compite en los campeonatos del mundo en pista en Burdeos. Ganó la medalla de plata en la Persecución por Equipos, con Steve Cummings, Paul Manning y Rob Hayles, siendo derrotado en la final por los australianos. Unos meses más tarde, Thomas gana con Andrew Tennant, Ian Stannard y Edward Clancy, el Campeonato de Europa que espera de esta disciplina. Con el equipo británico en la carretera, ganó en mayo la South Arrow, carrera por etapas celebrada en Luxemburgo y participa en el Tour de Gran Bretaña. Al final del año, se unió al equipo Saunier Duval-Prodir como aprendiz.