En la XXXIX edición de la Copa América, la última del siglo XX, el combinado peruano ocupó el segundo lugar en su grupo tras vencer a Japón y Bolivia, y avanzaría a los cuartos de final, siendo eliminado por México 4:2 en tanda de penales. En las eliminatorias para la Copa Mundial de Fútbol de 2002, intentó sin éxito mejorar su rendimiento de la eliminatoria anterior, quedando en octavo lugar con 16 puntos, producto de cuatro victorias, cuatro empates y diez derrotas, quedándose a 11 puntos del cupo que daba el repechaje. En el año 2004, el Perú fue sede de la Copa América que, a la postre, ganaría Brasil. En la primera fase, el equipo local venció 3:1 a Venezuela y empató 2:2 con Bolivia y con Colombia. Finalmente la «rojiblanca» fue eliminada del torneo al caer 1:0 ante Argentina gracias a una anotación de tiro libre de Carlos Tévez. En las eliminatorias para la Copa Mundial de Fútbol de 2006, no consiguió el objetivo de clasificar al Mundial bajo la tutela de los técnicos Paulo Autuori y luego Freddy Ternero y ocupó el penúltimo lugar con tan solo 18 puntos, superando únicamente a Bolivia.