Подобно на ерцхерцогинята Кауниц разбира колко важни са реформите за засилването на Австрия. През 1760 г. той създава нова институция – Държавен съвет от шест души, начело с него. Това води до централизиране на властта в различните хабсбургски владения. Влиянието му нараства още повече, когато през 1765 г. император става Йозеф ІІ, син на Мария Терезия. Енергичен и амбициозен, той прилича на Кауниц и по целите, и по методите си. Заедно те постигат подчиняването на църквата на държавата, подобрение на образованието за долните класи, отмяната на крепостничеството, отстраняването на йезуитите. Канцлерът внушава на Йозеф враждебно отношение към свещениците, придобито от него в Париж, докато за кратко секретар му е Жан-Жак Русо. Когато през 1782 г. папата посещава Виена, Кауниц е суров с него и забранява на свещениците да го посрещнат в столицата. Във външната политика след края на Седемгодишната война Кауниц и Йозеф имат недвусмислени успехи – присъединяването на Галиция и Буковина и опитът да се анексира Бавария (виж Война за баварското наследство).