מקינטוש נולד בטירהוט שבראג' הבריטי (כיום הודו), ב-1 ביולי 1879 וכעבור שנים מעטות חזרו הוא ואחיו לאנגליה עם אמו. הסיבה לקרע במשפחה אינה ידועה, אך הוא היה למצב קבוע. לאחר לימודים בבית ספר בבדפורדשייר, המשיך מקינטוש בדרך שבה הלך ארנסט שקלטון חמש שנים לפניו, עזב את בית הספר בגיל 16 ויצא אל הים. אחרי שירות מפרך כצוער בצי הסוחר, הצטרף לקו ספנות מסחרי ושם נשאר עד ששקלטון גייס אותו למשלחת נמרוד, שהפליגה אל אנטארקטיקה בשנת 1907. לפני צאת המשלחת גויס מקינטוש כקצין מילואים בדרגת סגן משנה לצי המלכותי.