Quando l'Albania venne conquistata dagli ottomani, vittoriosi nella Battaglia dei Campi Sauriani (1385), i Muzaka iniziarono a servire in qualità di feudatari i conquistatori. Nel 1444, Teodoro III Musachi si schierò al fianco di Giorgio Castriota Scanderbeg e si ribellò ai turchi. Quando la resistenza albanese cade nell 1478, diversi membri della dinastia si rifugiarono in Italia mentre quelli che restarono in Albania persero i loro diritti feudali. Alcuni membri dei Muzaka si convertirono all'Islam e servirono come ufficiali gli ottomani raggiungendo anche alte cariche.