Talvisotaan Fallenius osallistui Viestipataljoona 3:n komentajana, osallistuen taisteluihin Laatokan koillispuolella. Jatkosotaan hän osallistui Viestikoulutuskeskuksen päällikkönä ja samassa tehtävässä Viestikoulutuskeskus 2:ssa aina sodan loppuun asti. Jatkosodan jälkeen hän osallistui Pohjois-Uudenmaan suojeluskuntapiirin edustajana aseiden hajasijoituksen avustajana Riihimäellä, minkä vuoksi hänet pidätettiin kolmeksi kuukaudeksi, mutta hän ei saanut tuomiota.