Сеффорд співпрацював у сфері криптографії з армією США за кількома напрямками. Він виявив в японському дипломатичному листуванні ознаки наближення війни, і намагався попередити про підготовку атаки на Перл-Гарбор за кілька днів до неї, але отримав відмову адмірала Нойєса, начальника зв'язку ВМФ США. Організував децентралізовану систему радіорозвідки з підрозділами у Вашингтоні, на Гаваях і в Манілі. Сеффорд організував групу криптографів на чолі з Д. Рочфортом для розшифровки японського військово-морського коду, куди залучив найкращих криптографів ВМФ США. Навесні 1942 команда Рочфорта зуміла отримати важливу інформацію з перехоплених повідомлень японського флоту, що допомогло флоту США здобути перемогу в битві за Мідвей. Внутрішні інтриги в ВМФ США призвели до усунення Сеффорда від керівництва криптографічною службою, і до кінця війни її очолював Рочфорт.