С началом войны Шевченко принимал участие в боевых действиях в ходе оборонительной операции в Молдавии, Тернопольско-Мелитопольской и Донбасской оборонительных операциях, в последней из которых попал в окружение, в ходе выхода из которого получил контузию. После излечения принимал участие в ходе в Ростовской и Барвенково-Лозовской наступательных операциях. Временно исполнял должность начальника ВВС 37-й армии (Юго-Западный фронт).