Der Abwehrspieler war Mitglied der Fußballnationalmannschaft Kolumbiens für die er insgesamt 47 Länderspiele absolvierte, in denen er drei persönliche Torerfolge vorweisen kann. Sein Debüt feierte er am 3. Februar 1989, das letzte Länderspiel von Pérez datiert vom 26. Juni 1994. Mit der kolumbianischen Auswahl nahm er an der Fußball-Weltmeisterschaft 1994 teil. Ebenfalls gehörte er dem kolumbianischen Aufgebot bei den Turnieren zur Copa América 1989 und 1993 an.