Tijdens de Slag bij Midway begeleidde de "Nagara" de vloot van admiraal Nagumo met de vliegdekschepen "Akagi", "Kaga", "Soryu" en "Hiryu", de kruisers "Tone", "Chikuma", en de slagschepen "Haruna" en "Kirishima". Op 4 juni 1942 voerde de "Nagara" een onsuccesvolle tegenaanval op de duikboot "USS Nautilus (SS-168)" uit, nadat die de "Kirishima" trachtte te torpederen. Nadat de "Akagi" brandde na bombardement door Amerikaanse duikbommenwerpers van de "USS Enterprise (CV-6)", verplaatste admiraal Nagumo zijn vlag naar de torpedobootjager "Nowaki" en dan op de "Nagara". De "Nagara" keerde zonder schade naar Japan terug op 13 juni 1942.