Az Ohiói adminisztrációs hivatal Lincoln 3. számú hadparancsa alapján 1862. március 11-én beleolvadt a Mississippi adminisztrációs hivatalba, melynek élére az elnök Henry W. Halleck vezérőrnagyot helyezte. Buell ilymódon az ő parancsnoksága alá került, és azt az utasítást kapta, hogy induljon Savannahba, a Tennessee-i hadsereggel és a Mississippi hadsereggel való egyesülésre. Buell hadserege a Duck Riveren (Kacsa-folyó) átkelés után ütemesen nyomult előre. A legelöl haladó dandár már 1862. április 6-án délután elérte a Shiloh templom melletti csatateret és részt vett az utolsó roham visszaverésében. Összesen három hadosztály kelt át a Cumberland-folyón és vett részt a második napi harcban, de Thomas hadosztálya a hadsereg utóvédjében volt és már csak a harc elülte után érkezett meg.