Bij zijn internationale debuut, op de Europese kampioenschappen zwemmen 2006 in Boedapest, strandde Muñoz in de halve finales van de 50 meter vlinderslag. Op de 4x100 meter wisselslag werd hij samen met Aschwin Wildeboer, Borja Iradier en Eduard Lorente uitgeschakeld in de series. Tijdens de Europese kampioenschappen kortebaanzwemmen 2006 in Helsinki werd de Spanjaard uitgeschakeld in de halve finales van de 50 meter vlinderslag en de series van de 100 meter vlinderslag.