Die Zweiteilung der Eidgenossenschaft entlang der Konfessionsgrenzen wurde 1602 durch ein Soldbündnis der XIII Orte ohne Zürich mit Frankreich wieder etwas gemildert. Der Schwerpunkt der europäischen Politik in Hinblick auf die Eidgenossenschaft verschob sich auf die Drei Bünde, wo seit dem Ausbruch des Dreissigjährigen Krieges 1618 Spanien und Frankreich um die Kontrolle der Alpenpässe kämpften. Dadurch wurde Graubünden während der «Bündner Wirren» 1618–1641 als einziges Land der Eidgenossenschaft durch den Dreissigjährigen Krieg verheert. Die XIII Orte verweigerten den Drei Bünden jedoch den Beistand und wurden so nicht in diesen Krieg hineingezogen, nur Bern und Zürich intervenierten 1620 kurzzeitig und erfolglos direkt in Graubünden. Die Eidgenossenschaft als ganzes blieb während des Dreissigjährigen Krieges zwar neutral (siehe Seekrieg auf dem Bodensee 1632–1648), stellte jedoch Frankreich – die katholischen Orte auch Spanien – vertragsgemäss Söldner. Hauptgründe für die Neutralität waren die veralteten militärischen Einrichtungen und die konfessionelle Spaltung. Jede Parteinahme hätte den Bürgerkrieg und damit das Ende der Eidgenossenschaft bedeutet: 1634 stand ein Bündnis Zürichs und Berns mit Schweden kurz vor dem Abschluss und die katholischen Orte verhandelten mit Spanien, allein die schwedische Niederlage bei Nördlingen verhinderte den Bürgerkrieg. Im Defensionale von Wil, der ersten eidgenössischen Wehrverfassung, beschlossen die XIII Orte 1647 die bewaffnete Neutralität. Während des ganzen Krieges bildete die Schweiz aus deutscher Sicht eine ruhige, vom Sturm umbrandete Insel des Wohlstands und des relativen Friedens. In wirtschaftlicher Hinsicht profitierten viele Gegenden der Schweiz sogar vom Krieg, da die Preise für Nahrungsmittel wegen der weitreichenden Verwüstungen in Deutschland und Italien stark stiegen.