שנתיים אחר כך, בטורניר קופה אמריקה 1989, כבר היה אגינגה בן ה-21 לאחד משחקניה הבולטים של נבחרתו, ועלה בהרכב בכל ארבעת משחקיה בשלב הבתים. אקוודור פתחה עם הפתעה בדמות ניצחון 1-0 על האלופה המכהנת ושוויון 0-0 מול . במשחקיה הנותרים איבדה אקוודור נקודות חשובות עם שוויון 0-0 מול והפסד 2-1 ל, שסיים את דרכה בטורניר. בטורניר קופה אמריקה 1991 שוב עלה אגינגה בהרכב נבחרתו בכל ארבעת משחקיה. אקוודור פתחה עם הפסד 1-0 ל, המשיכה עם שוויון 1-1 מול אורוגוואי בו כבש אגינגה את שער היתרון של נבחרתו, הביסה 4-0 את בוליביה כאשר אגינגה שוב כובש את השער הראשון במשחק, ונוצחה 3-1 על ידי . פעם נוספת, כשלה אקוודור לעבור את שלב הבתים.