Le musée à Suomenlinna a été fermé en automne 1939, juste avant la Guerre d’Hiver, le personnel a été transféré aux tâches militaires et les objets ont été entreposés ailleurs en Finlande. Les locaux du musée ont dû être transférés hors d’Helsinki à cause des bombardements de 1944. Pendant la Guerre d’Hiver et la Guerre de Continuation, le musée organisa pourtant des expositions dans le hall d’exposition à Helsinki, la première étant celle de prises de guerre en 1940, suivie d'expositions de souvenirs de guerre, ainsi que des expositions itinérantes à travers la Finlande en 1941-1943 et aussi en Suède en 1942-1943. Outre montrer les objets militaires, ces expositions avaient aussi pour but de recueillir des fonds pour les invalides de guerre et de renforcer le moral de l'arrière pendant les combats contre l'Union soviétique. En 1944 naît l’Association Patrimoine de guerre, plus tard renommée Association de l’histoire militaire de la Finlande.