През периода 2003 – 05 г. три страни-членки на ОНД сменят правителствата си след серия от цветни революции. Едуард Шеварднадзе е свален от власт в Грузия, Виктор Юшченко е избран в Украйна и Аскар Акаев e свален от власт в Киргизстан. През февруари 2006 г. Грузия официално се оттегля от Съвета на министрите на отбраната, с изявлението, че „Грузия започва курс за приемане в НАТО и не може да бъде едновременно в две военни организации“, но остава пълноправен член на ОНД до август 2009 г., когато напуска в резултат на Руско-грузинската война. През март 2007 г. Игор Иванов, секретар на Съвета за сигурност на Русия, изразява своите съмнения относно полезността на ОНД, подчертавайки, че Евразийската икономическа общност става все по-компетентна организация за обединението на големите страни в ОНД. След оттеглянето на Грузия президентите на Узбекистан, Таджикистан и Туркменистан пропускат срещата на ОНД през октомври 2009.