O presidente Yahya Khan e os militares então lançaram um ataque militar sustentado no Paquistão Oriental, quando prenderam Mujibur Rahman na madrugada de 26 de março de 1971. Os métodos de Yahya foram extremamente sangrentos e a violência da guerra resultou em muitas mortes de civis. Os principais alvos de Yahya eram intelectuais e hindus, sendo que cerca de um milhão de refugiados fugiram para a vizinha Índia. As estimativas dos massacrados em toda a guerra de independência variam entre 30 mil e 3 milhões de pessoas. Mujibur Rahman foi finalmente solto em 8 de janeiro de 1972, como resultado da intervenção direta dos Estados Unidos.