A McLaren 2016-ra mindkét pilótáját megtartotta. Alonso az ausztrál nagydíj futamán súlyos balesetet szenvedett, miután ráfutott Esteban Gutiérrez autójára. A spanyolnak több bordája is eltörött, ezért orvosi utasításra ki kellett hagynia a következő, bahreini nagydíjat. Az autó teljesítményét illetően továbbra is jelentős lemaradásban voltak az élmezőnyhöz képest, ugyanakkor a Honda javulásának köszönhetően a csapat felzárkózott a középmezőnybe, aminek köszönhetően az időmérőn a Q3-ban rendszeres résztvevőnek számítottak, a futamokon pedig rendszeres pontszerzőnek számítottak, így év végén a csapatnak 76 ponttal a konstruktőri 6. helyet sikerült megszereznie. Alonso számára a szezon legjobb eredményét két 5. hely jelentette, amit Monacóban és Austinban sikerült megszereznie.