Από το 1805 έως το 1814, ο Μπορύ θα ακολουθήσει το μεγαλύτερο μέρος των εκστρατειών του Ναπολέοντα με τον Μεγάλο Στράτο. Συμμετείχε στις εκστρατείες της Αυστρίας (1805), της Πρωσίας και της Πολωνίας (1806-1807) και πολέμησε στις διάσημες Μάχες της Ουλμ, του Άουστερλιτς, της Ιένας και του Φρίντλαντ."" Συνέχισε να σχεδιάζει στρατιωτικούς χάρτες (της Φρανκονίας και της Σουηβίας) και κατά τις επισκέψεις του στη Βαυαρία, στη Βιέννη και στο Βερολίνο, όπου βρήκε τα έργα του μεταφρασμένα στα γερμανικά, εκμεταλλεύτηκε την ευκαιρία να συναντήσει πολλούς επιστήμονες (συμπεριλαμβανομένων των βοτανολόγων "Nikolaus Joseph von Jacquin" και "Carl Ludwig Willdenow"), οι οποίοι τον αποδέχτηκαν με ανοιχτές αγκάλες και τον γέμιζαν με πολύτιμα δώρα."" Υπηρέτησε από τον Οκτώβριο του 1808 στο επιτελείο του Στρατάρχη Νεΰ ("Michel Ney"), τον οποίο άφησε σύντομα για να συνδεθεί με τον Στρατάρχη Σουλτ, Δούκα της Δαλματίας ("Jean-de-Dieu Soult"), ως υπασπιστής, από τον Οκτώβριο του 1809."" Έχοντας προήχθη σε Ταγματάρχης, ο Μπορύ συμμετείχε κυρίως σε στρατιωτικές αναγνωρίσεις, χάρη στις ικανότητες του στην γραφική εργασία."" Από το 1809 έως το 1813, συμμετείχε στην εκστρατεία της Ισπανίας και διακρίθηκε την πολιορκία του Badajoz την άνοιξη του 1811 και στις μάχες της Quebara και της Albuera.""