Philippe Bunau-Varilla obtient alors d'être nommé ministre plénipotentiaire de la république du Panama, et prend en charge la négociation à Washington en novembre 1903 du traité Hay-Bunau-Varilla, qui accorde aux États-Unis la concession du Canal de Panama ainsi que d'une "zone américaine", en plein centre du nouveau pays, à perpétuité. Ce traité, négocié en quinze jours, permet la protection de la République du Panama par l'armée et la marine des États-Unis, l'élection de Theodore Roosevelt en 1904, et l'achèvement du Canal de Panama en 1914.