16. ledna 1918 senát čerstvě nezávislého Finska vedený Pehrem Evindem Svinhufvudem jmenoval Mannerheima vrchním velitelem prakticky neexistující Finské armády, kterou v té době tvořilo jen několik místních jednotek bílých gard. Jeho posláním bylo ubránit vládu a její síly v průběhu občanské války (nebo „války za svobodu“, jak ji nazývali bílí), která právě ve Finsku vypukla a byla inspirována Říjnovou revolucí v Rusku. Přijal tento úkol, přestože měl pochybnosti ohledně vládního proněmeckého postoje. Ve Vaase si zřídil velitelství a začal odzbrojovat ruské posádky, které v té době čítaly ještě 42500 mužů. V březnu 1918 byl také jmenován generálem jezdectva.