Αρκετά κινήματα που είχαν ως στόχο τη δημιουργία μιας αυτόνομης «Ενωμένης Μακεδονίας», η οποία θα περιελάμβανε ολόκληρη την περιοχή της Μακεδονίας, άρχισαν να ανέρχονται στα τέλη του 19ου αιώνα. Μεταξύ των πρώτων οργανώσεων με αυτόν το σκοπό υπήρξαν οι αποκαλούμενες Βουλγαρικές Μακεδονικές-Αδριανουπολίτικες Επαναστατικές Επιτροπές. Συγκεκριμένα, το 1893 Μακεδόνες Βούλγαροι (Βούλγαροι που κατάγονται από την ευρύτερη περιοχή της Μακεδονίας) ίδρυσαν την τότε БМОРК ("Български Македоно-Одрински революционни комитети" – "Βουλγάρικη Επαναστατική Ένωση Μακεδονίας-Αδριανούπολης"), το μετέπειτα ΒΜΡΟ ("Вътрешна македонска революционна организация" - "Εσωτερική Μακεδονική Επαναστατική Οργάνωση") και ξεκινάει έτσι ο αγώνας για την ανεξαρτησία. Η πρώιμη οργάνωση δεν διακήρυττε καμία εθνική ταυτότητα· ήταν επίσημα ανοικτή στο να «ενώνει όλα τα απογοητευμένα στοιχεία στις περιοχές της Μακεδονίας και της Αδριανούπολης, ανεξαρτήτως εθνικότητας». Η πλειοψηφία των μελών του ωστόσο ήταν Μακεδόνες Βούλγαροι. Το 1903 το ΒΜΡΟ οργάνωσε την Εξέγερση του Ίλιντεν-Πρεομπράζχενι (προφήτη Ηλία) κατά των Οθωμανών, η οποία παρά τις αρχικές επιτυχίες, συμπεριλαμβανομένου του σχηματισμού της «Δημοκρατίας του Κρουσόβου», συνετρίβη με πολλές ανθρώπινες απώλειες. Παρά την αποτυχία της, η εξέγερση προκάλεσε παγκόσμιο ενδιαφέρον για το μακεδονικό ζήτημα.