In den folgenden Jahren verzichtete er auf die Teilnahme bei größeren Nationalmannschaftsturnieren und gehörte daher auch nicht zum Kader der Brasilianer bei der Copa América 2004 sowie beim Confederations Cup 2003 und 2005. Sein letztes großes Turnier war die WM 2006 in Deutschland. Diese verlief für Brasilien enttäuschend. Die Mannschaft wirkte überaltert, ihre Leistungsträger und Stars überspielt. So schied das Team auch nach mäßigen Leistungen im Viertelfinale gegen Frankreich aus. Besonders Ronaldo traf teilweise heftige Kritik aufgrund seiner körperlichen Verfassung. So wurde ihm vorgeworfen, zu dick und zu langsam zu sein. Selbst der brasilianische Staatschef Luiz Inácio Lula da Silva erkundigte sich beim brasilianischen Nationaltrainer Carlos Alberto Parreira nach Ronaldos Fitnesszustand. Kurioserweise erzielte Ronaldo nach enttäuschendem Auftakt trotzdem noch in vier Spielen drei Tore und wurde dadurch acht Jahre lang zum alleinigen Rekordtorschützen aller Weltmeisterschaften, bis ihn Miroslav Klose bei der WM 2014 ablöste. Das Viertelfinalspiel gegen Frankreich sollte Ronaldos letzter Auftritt im brasilianischen Nationaltrikot für über vier Jahre bleiben.