Poche ore dopo l'avvio dell'operazione Just Cause, in una cerimonia che ebbe luogo all'interno della base militare statunitense nella precedente Zona del Canale di Panama, Guillermo Endara (vincitore nelle elezioni del maggio 1989) prestò giuramento come nuovo Presidente di Panama. Dieci anni dopo l'invasione, l'amministrazione del Canale tornò sotto il controllo panamense, in accordo con la tempistica stabilita nei Trattati Torrijos-Carter. Dopo l'invasione, Noriega trovò asilo presso la missione diplomatica della Santa Sede, rappresentata a Panama da mons. José S. Laboa. Noriega si arrese ai militari americani dopo che erano state diffuse voci che la folla era pronta ad assaltare la nunziatura apostolica e a linciarlo. Condotto in Florida, ne fu richiesta formalmente l'estradizione e fu processato. Potrebbe essere rilasciato sulla parola a settembre del 2007, ma i Panamensi ne hanno chiesto il trasferimento in patria per processarlo per omicidio.