Poté následovaly 2 výpadky, v Kanadě (kolize s Klienem) a v USA (problém s olejem) a také 9. místo ve Francii. 8. místo ve Velké Británii znamenalo další bod do sbírky, ale sezóna zatím bodově zaostávala za tou minulou, Webber měl na kontě zatím jen 4 body, oproti 12 z minulého roku. V té době nahradil bývalý kolega Webbera Antonio Pizzonia zraněného Ralfa Schumachera v kokpitu Williamsu a po svém návratu obvinil Jaguar, že Webber dostával nové součástky jeden nebo dva závody dříve než Pizzonia. To bylo kategoricky zamítnuto šéfem Jaguaru, Davidem Pitchforthem. Webber se k situaci nechtěl vyjádřit a raději se soustředil na závodění, v Německu dosáhl nejlepšího umístění v sezóně, když vybojoval 6. místo. A jelikož Jaguar stále nevěděl, jestli bude v roce 2005 závodit, podepsal Mark 28. července smlouvu s Williamsem na sezónu 2005. Na konci sezóny už Webber nebyl schopen dojet na bodech, i když jim byl velmi blízko v několika závodech. 13. místo v poháru jezdců tak už nevylepšil. Derniéra v Jaguaru nedopadla vůbec dobře, Mark kolidoval s Klienem a ze závodu odstoupil. Zbytek závodu sledoval z trávy za zatáčkou číslo 1.