Ein am Walbrook in der Nähe eines römischen Mithraeums gelegener erster Kirchenbau war in angelsächsischer Zeit entstanden. 1429 erwarb der Kaufmann und zeitweilige Lord Mayor von London, Robert Chichele, ein gegenüberliegendes Grundstück für den spätgotischen Neubau der Pfarrkirche, die am 30. April 1439 geweiht werden konnte. Wie alle anderen Pfarrkirchen der Stadt wurde diese 1666 beim Großen Brand von London zerstört. Nach Vereinigung der Pfarrei von St Stephen mit einer Nachbargemeinde, deren Kirche aufgelassen wurde, errichtete Christopher Wren in den Jahren 1672 bis 1679 den bestehenden Kirchenneubau, dessen Baukosten sich auf £ 7692 beliefen.