Il periodo di splendore della città venne interrotto dal cosiddetto Diluvio ("Potop Szwedzki" , o "Diluvio svedese"), ossia dalle invasioni che caratterizzarono la Guerra del Nord (1655-1660). La città venne saccheggiata e in parte distrutta. Sotto il re Giovanni III Sobieski, Varsavia tornò a rifiorire. In questo periodo venne costruita la residenza reale di Wilanów, uno dei tesori artistici della città.