So wechselte Brooks für die Formel-1-Saison 1959 zu Ferrari, wo man große Stücke auf ihn hielt. Wieder gewann er mit den Grands Prix von Frankreich und Deutschland zweimal, doch in diesem Jahr zeigte sich deutlich, dass die Ära der Frontmotoren ihrem Ende zuging. Buchstäblich ausgebremst wurden sie dabei vom Heckmotor-Prinzip des wendigen Cooper, den Jack Brabham zum Championat führte. Denn ausgerechnet Brooks Lieblingsstrecke Spa-Francorchamps war aus dem Kalender gestrichen worden und der Start in Aintree wurde durch einen Streik in Italien verhindert. Der Vize-Weltmeistertitel war so gesehen für Brooks sicher eine Enttäuschung, die er selbst aber verwinden konnte, zumal er vor Moss rangierte. Er überraschte die Italiener, als er das Team zum Saisonende wieder verließ.