Římská nadvláda dopadla tvrdě na Samaritány stejně jako na Židy, ale Samaritáni nebyli hlavní obětí dvou nezdařených židovských povstání – židovské války a Bar Kochbova povstání. Po povstání Bar Kochby v roce 135 dokonce obnovili svůj chrám na hoře Gerizim.