Olympiakisoja varjostivat niin kansainvälispoliittiset kuin Meksikon sisäpoliittisetkin tekijät. Yleismaailmallista ilmapiiriä kiristivät jo usean vuoden ajan käyty Vietnamin sota ja Neuvostoliiton johdolla elokuussa 1968 suoritettu Tšekkoslovakian miehitys. Itse kisojen kannalta vakavin uhka oli sisäpoliittinen. Pääkaupungissa Méxicossa puhkesi vakavia opiskelijalevottomuuksia syyskuussa 1968, ja armeija miehitti kaupungin yliopiston. Mielenosoitukset päättyivät 2. lokakuuta tapahtuneeseen verilöylyyn, jossa sai surmansa 260 ja loukkaantui liki 1 200 ihmistä. Kaikesta huolimatta olympialaiset päästiin aloittamaan suunnitellusti, ja itse kisat olivat monessa suhteessa ennätykselliset. Osallistujamaita oli ensimmäisen kerran yli sata, kaikkiaan 112, ja yli 5 500 urheilijaa kilpaili 172 lajissa. Eri lajeissa syntyi 47 maailmanennätystä ja 164 olympiaennätystä.