11 marca 1862 roku dowództwo Hallecka objęło stany Ohio i Kansas oraz "Armię Ohio" Buella, przy czym zostało przemianowane na Departament Mississippi. "Armia Tennessee" Granta została zmuszona 6 kwietnia do przyjęcia bitwy pod Shiloh. Z pomocą Buella Grantowi udało się odeprzeć konfederacką armię generała Johnstona i Beauregarda, ale przy wysokich stratach własnych. Wkrótce potem, stosownie do wcześniejszego planu, Halleck przybył by po raz pierwszy objąć osobiście dowodzenie nad tą wielką armią. Wobec tego, że Grant był ostro krytykowany za dopuszczenie do „masakry pod Shiloh”, Halleck przeniósł go ze stanowiska dowódcy polowego do sztabu jako swego zastępcę, którą to pracę Grant uznał za próbę kontrolowania go i odmianę aresztu. Halleck prowadził operacje przeciwko armii Beauregarda stacjonującej w miejscowości Corinth (Missisipi), co otrzymało miano oblężenia Corinthu, ponieważ armia Hallecka, dwukrotnie większa od sił Beauregarda, posuwała się nadzwyczaj ostrożnie i zatrzymywała codziennie dla wzniesienia skomplikowanych fortyfikacji; Beauregard ostatecznie wymknął się z Corinthu bez walki.