Zu seinen ersten Werken gehörte das Lied "Hartino to Fengaraki (Papiermond)" aus Tennessee Williams' "Endstation Sehnsucht". Hadjidakis schrieb die Musik zu diesem Stück für das Athener Kunsttheater des Regisseurs Karolos Koun, mit dem er insgesamt 15 Jahre zusammenarbeitete. Sein erstes Klavierstück "Gia Mia Mikri Lefki Ahivada (Für eine kleine weiße Muschel)" entstand 1947. 1948 erschütterte Hadjidakis das musikalische Establishment mit seiner legendären Vorlesung über die Rembetika, die städtischen Volkslieder, die nach 1922 in den griechischen Städten, besonders in Piräus unter dem Einfluss kleinasiatischer Flüchtlinge entstanden und die bis dahin als verpönt galten. Hadjidakis betonte die Ausdrucksstärke, die stark traditionellen Wurzeln und die Ursprünglichkeit der Gefühle, die in den Rembetika zum Ausdruck kamen, und pries Komponisten wie Markos Vamvakaris und Vassilis Tsitsanis. Als praktische Anwendung seiner diesbezüglichen Gedanken bearbeitete er 1951 klassische Rembetika in seinem Klavierwerk Έξι λαϊκές ζωγραφιές "(Sechs volkstümliche Gemälde)", das später auch als Ballett aufgeführt wurde.