Miejsce, ze względu na dużą wartość strategiczną, zamieszkane było od czasów prehistorycznych. Rzymianie założyli tu kolonię "coloniae Arcensium", co odnosi się do wysoko położonej fortecy. W czasach islamskich miasto zwane było Arkos. Zostało odbite przez Alfonsa X Mądrego podczas wojny 1255-64, ze względu na strategiczne położenie pozostało w rękach króla. W 1408 r. król przekazał je w ręce Ruya Lópeza Dávalosa, co rozpoczęło największy czas prosperity w historii miasta (XV-XVII w.). W 1706 r. Filip V nadał miastu tytuł "Noble y Fidelísima" w uznaniu za wsparcie w wojnie o sukcesję. Arcos zostało dotknięte trzęsieniem ziemi w Lizbonie (1755 r.), co wymusiło poważne zmiany w strukturze miasta. W XVIII w. miasto przekroczyło mury miejskie. W XIX w. rozwój miasta poważnie wyhamował z powodu epidemii żółtej febry, wojny o niepodległość z Francją i konfiskaty Mendizabala. Koniec XIX w. i początki XX w. to czas stagnacji gospodarczej i kryzysu społecznego. Represje podczas wojny domowej wprowadziły mieszkańców miasta w stan nędzy i poważnego bezrobocia, co spowodowało emigrację ludności do większych miast. Sytuacja zmieniła się dopiero w latach sześćdziesiątych, gdy zaczęła rozwijać się turystyka. W XXI w. Arcos de la Frontera stało się bramą Szlaku Białych Miast. Obecnie jest to jedno z najbardziej cenionych miejsc turystycznych prowincji Kadyks.