À la fin du Moyen Âge, l'abbaye subit les guerres ottomanes. En 1526, elle doit donner comme tribut de guerre la moitié de ses objets de valeur. Pendant le siège de Vienne de 1529, elle est victime de pillages. Les documents et objets de valeur les plus importants avaient déjà été portés à Melk. Pour payer un autre tribut de guerre, elle vend un quart de ses domaines et doit emprunter. Le monastère est ruiné, l'abbé Johann est menacé d'être accusé pour outrage.