ב-2004 החל שרון לקדם תוכנית פרי יוזמתו, תוכנית ההתנתקות, שעיקרה פינוי רצועת עזה מהתנחלויות ישראליות ויציאת הצבא ממנה, וכן פינוי ארבעה יישובים בצפון השומרון. בשל התנגדות עזה נוספת מצד גורמים בתנועה החליט שרון להעמיד את התוכנית לאישור חברי הליכוד. תוצאות המשאל היו דחיית תוכנית ההתנתקות על ידי מתפקדי הליכוד, ברוב של 59.5%. חרף דחיית התוכנית הצהיר שרון שמנוי וגמור עמו לבצעה והוא הביא אותה למשאל נוסף בפני חברי מרכז הליכוד, תוך הבטחה כי תוצאות המשאל יחייבו אותו, על אף שאין למשאל זה תוקף חוקי מחייב. לאחר שהתוכנית נדחתה גם במשאל שנערך בקרב חברי המרכז אמר שרון "נכשלתי, אחשוב על תוכנית חדשה" והביא את התוכנית לאישור הממשלה, תוך שהוא מאיים כי שר שלא יתמוך בתוכנית יפוטר. התוכנית אושרה על ידי הממשלה ומאוחר יותר הובאה להצבעה בכנסת, שוב כששרון מאיים על חברי סיעת הליכוד כי ינקטו סנקציות נגד ח"כ שלא יצביע בעד ההצעה. התוכנית אושרה בכנסת בהצבעה שכונתה "ליל השפנים" וביצועה החל ב-15 באוגוסט 2005 והושלם ימים אחדים לאחר מכן. היו שאמרו כי בעקבות ההחלטה לבצע את התוכנית חל פילוג "דה-פקטו" בליכוד, כאשר שלושה-עשר מחברי-הכנסת של הסיעה, שכונו "המורדים" (על ידי נאמני שרון), הצביעו כנגד ממשלת שרון בשל הפרת החלטת משאל המתפקדים על-ידו. כשבוע לפני ביצוע התוכנית התפטר שר האוצר, בנימין נתניהו, מן הממשלה.