L’OTAN et l’Union européenne coopèrent dans différents domaines tels que l'alignement de leurs stratégies via des consultations politiques à tous niveaux, le développement de compétences et de moyens touchant des thèmes nouveaux comme la cyberdéfense, la complémentarité et l'interopérabilité des capacités, ou bien encore les approches et les procédures en matière de gestion de crise. Les deux organisations sont intervenues à plusieurs reprises depuis 2003 de manière complémentaire et coordonnée sur une même situation de crise, comme en Méditerranée où l’UE et l’OTAN coopèrent pour faire face à la crise migratoire depuis 2015.