Talvisotaan Arajuuri osallistui 4. divisioonan komentajana Karjalankannaksella. Kyseisen divisioonan komentajana hän toimi 1. maaliskuuta 1940 alkaen, jolloin hänet nimitettiin eversti A. A. Kailan tilalle. Sodan jälkeen Arajuuri toimi Helsingin kaupungin poliisikomentajana. Jatkosodassa hän toimi Suomen miehitystä edustaneen Itä-Karjalan sotilashallinnon päällikkönä 1941–1942 ja komentajana 1942–1943, jonka jälkeen hänet komennettiin takaisin Helsingin kaupungin poliisikomentajaksi.