Vuonna 1971 Itä-Pakistanin ja Länsi-Pakistanin väliset jännitteet yltyivät sisällissodaksi, joka kehittyi Bangladeshin itsenäisyyssodaksi. Vuoden 1971 lopulla Itä-Pakistanista oli tullut Intian puolelle lähes 10 miljoonaa pakolaista Länsi-Pakistanin hyökättyä itään. Pakolaiset kuluttivat paljon Intian voimavaroja, mikä aiheutti Gandhin hallinnolle painetta puuttua asiaan. Gandhi varmisti kuitenkin Intialle Neuvostoliiton tuen, sillä Yhdysvallat ja Kiina tukivat Länsi-Pakistania. Joulukuussa 1971 viimeinen kipinä Kolmannelle Intian–Pakistanin sodalle saatiin kun Pakistanin ilmavoimat hyökkäsivät kahdeksalle intialaiselle lentokentälle. Intia julisti välittömästi sodan Pakistanille ja maan armeija ryhtyi sotatoimiin länsirajalla ja idän Bengalissa. Länsi-Pakistanin rajalla intialaiset kykenivät estämään pakistanilaisten etenemisen, idässä Intian armeija eteni ripeästi Itä-Pakistaniin ja piiritti pääkaupunki Daccan. Yhdysvallat ja Kiina uhkasivat puuttua tilanteeseen, mutta Neuvostoliiton väliintulon uhan vuoksi kumpikaan maa ei hyökännyt Intiaa vastaan. Kolmas Intian ja Pakistanin välinen sota päättyi Bengalissa olleiden pakistanilaisjoukkojen antautumiseen, joulukuussa 1971. Intia oli vallannut lähes koko Itä-Pakistanin, mutta se luovutti vallan Awamiliitolle ja Itä-Pakistan itsenäistyi Bangladeshin valtioksi, Intian tuella. Vuoden 1972 maaliskuuhun mennessä lähes kaikki 10 miljoonaa pakolaista olivat palanneet takaisin Bangladeshiin. Gandhin toiminta sotatilanteessa ja sodan jälkeen hänen vaatimuksensa siitä että pakolaisten tulee palata takaisin Bangladeshiin, nosti hänen kansansuosiotaan. Gandhin Kongressipuolue vahvisti asemaansa vuoden 1972 vaaleissa.