I hans siste sesong med Alianza Lima i 2004, scoret Farfán til sammen 14 mål. Etter denne sesongen ble han kjøpt opp av den nederlandske fotball-klubben PSV Eindhoven etter å ha blitt speidet av Guus Hiddink. Den 5. juni 2008 ble det rapportert at PSV Eindshoven hadde inngått en avtale med den tyske klubben Schalke 04 angående en overføring av Farfán for 10 millioner euro. Den 10. juni samme år gikk Schalke 04 ut og offisielt bekreftet overføringen av Farfán for en periode på fire år. Farfán var også en viktig spiller for det peruanske landslaget i deres kamper mot andre land. Farfán fikk sin debut for det peruanske landslaget i februar 2003. Han deltok også i Copa América 2004.