しかし終盤に近付くにつれ調子を上げ、第13戦ポルトガルGP・第14戦スペインGPでは共にリタイヤとなったものの、予選では連続でセナを破っていた。第15戦日本GPでも、予選で1分34秒700のコース・レコードを叩き出し、スペインGPに続いてPPを獲得（このタイムは、最終シケインの改修でコース距離が短くなった2001年にミハエル・シューマッハによって破られるまで、10年あまり鈴鹿サーキットのコースレコードだった）。決勝では、終盤エキゾーストパイプが割れるトラブルが発生したがポールトゥーウィンを飾り、ようやくマクラーレン・ホンダ移籍後の初勝利を挙げる。ただし、これはレース序盤のマンセルのリタイヤによってワールドチャンピオンが決まっていたセナが、最終ラップの最終コーナーでスローダウンしトップの座を露骨に譲るという行為によるものであり、譲られたベルガーは不快感を示したとされ、後に「（セナの急激なペースダウンを見て）トラブルが発生したのかと思ったが、最後にこちらに譲ろうとしていると分かっていたら、自分もアクセルを踏むのをやめていただろう」と語ったこともある。マクラーレンのドライバーの間では通例としてレース前に「序盤にトップに立った者が優勝を得る」という約束が取り交わされており、このレースで当初トップに立っていたベルガーをセナが抜いて一度突き放し、最後に再び前に出した経緯が、問題を複雑化させる結果となった。この年もランキングは前年と同じ4位となった。