Po śmierci męża Małgorzata powierzyła opiekę nad synem swojemu szwagrowi Jasperowi. Ona sama poślubiła ok. 1460 r. sir Henry'ego Stafforda (ok. 1447 – 4 października 1471), młodszego syna Humphreya Stafforda, 1. księcia Buckingham, i Anne Neville, córki 1. hrabiego Westmorland. Małżeństwo to pozostało bezdzietne. Staffordowie należeli do stronników Lancasterów w toczącej się wojnie dwóch róż. Tryumf domu Yorków w 1461 r. sprawił, że Małgorzata z mężem została odsunięta na boczny tor. Powróciła na dwór królewski w latach 1470–1471, kiedy to przejściowo przywrócono władzę Henrykowi VI.