Kekkonen crebbe in una famiglia di condizioni modeste (il padre Juho era taglialegna e la madre Emilia Pylvänäinen era contadina da generazioni) nella Finlandia nord-orientale. Da giovane Kekkonen partecipò alla Guerra civile finlandese nel 1918 dalla parte dei bianchi come partigiano, lavorò come agente investigativo della polizia centrale in quanto diplomato e tirocinante in scienze giuridiche e fu anche socio del proficuo Circolo accademico careliano per l'ideale delle tribù.