Na przestrzeni wieków Kostrzyn kilkakrotnie był niszczony przez najazdy wojsk. W 1331 roku miasto zostało spalone przez Krzyżaków. W czasie wojny trzynastoletniej Kostrzyn wystawił w 1458 roku 3 pieszych na odsiecz oblężonej polskiej załogi Zamku w Malborku. Kostrzyn został poważnie zniszczony w czasie najazdów szwedzkich w 1656 i w 1705 roku, kiedy to między innymi zrujnowane zostały obydwa kościoły. Kolejne wielkie pożary miały miejsce w 1498 roku, 1528 roku, 1580 roku. 16 września 1644 roku miasteczko zostało podpalone przez Andrzeja Przywartego. Spłonęły wówczas ratusz, mielcuch, browar, stodoły i spora część zabudowy Kostrzyna. Miasto nękane bywało również przez zarazy. Podczas jednej z epidemii w 1655 roku zmarło dwustu siedemdziesięciu mieszkańców Kostrzyna. W chwili wkroczenia do miasteczka wojsk pruskich u schyłku XVIII wieku Kostrzyn liczył 771 mieszkańców, w mieście były czynne szkoła, poczta, ratusz, dwa gościńce i cztery wiatraki.