Когато БАР е закупен от Хонда сезона на Бътън започва да се развива добре. Първата му победа беше за Голямата награда на Унгария през 2006 когато съперниците за титлата Фернандо Алонсо и Михаел Шумахер направиха грешки които доведоха и до така чаканата му победа. През 2007 и 2008 той и Рубенс Барикело имаха разочорован сезон с рядко влизания в точките. След края на сезон 2008 Хонда напусна Формула 1 заради основата на финансова криза. Но благодарение на бившия шеф на тима Рос Браун той закупи тима на Браун.