Dopo la resa della Francia il 22 giugno 1940, il "Mogador" fu dislocato nella base di Mers-el-Kébir in Algeria, e fu presente quando, il 3 luglio, la flotta britannica attaccò le navi francesi qui ancorate: il "Mogador" stesso fu raggiunto da un proiettile perforante da 381 mm verso poppa, il quale pur non esplodendo fece detonare le bombe di profondità pronte all'uso qui ammassate; l'esplosione distrusse parte della poppa, ma miracolosamente non fece detonare il magazzino delle munizioni. Uno degli alberi motori rimase intatto mentre l'altro albero come pure le due turbine continuarono a funzionare benché danneggiate. Il cacciatorpediniere fu portato a Orano per le prime riparazioni: messa in bacino di carenaggio il 17 luglio, la nave fu privata nella torretta numero 4 di poppa e le paratie furono riparate e rinforzate per consentirle di affrontare il mare aperto. Il "Mogador" salpò quindi il 1º dicembre alla volta di Tolone, dove fu ancora una volta messo in bacino per completare le riparazioni.