该学院于1882年分为捷克和德国两部分。1920年，自然科学学院于从该学院独立。1939年，纳粹德国关闭了学校，并对教师和学生进行了残酷迫害。1945年二战胜利后，文学院再次兴盛。然而1948年的二月政变迫使马克思列宁主义的引入和一些教师的离职。1960年代，学院重新成为思想家的学术交流中心。1968年发生的布拉格之春民主革命与最终华约组织的武装入侵事件，让学院成为政治斗争的主要受害者之一。1969年1月，哲学系学生揚·帕拉赫在广场自焚。此后，许多教师遭到当局清查。1989年天鵝絨革命后，共产党政权结束了专制统治，文学院开始走向复兴，重新成为捷克共和国最负盛名的高等教育机构之一。