Na pokładzie „Highflyera”, dowodzonego przez komandora Charlesa Shadwella, John Fisher spędził niemal pięć lat, poznając dzięki swemu wykształconemu dowódcy zasady astronawigacji i w 1859 roku zostając jego adiutantem. 25 czerwca 1859 tegoż roku obaj wzięli udział w nieudanym ataku na forty Dagu podczas II wojny opiumowej. Dowodzący desantem komandor Shadwell został ranny w stopę, zaś Brytyjczycy zmuszeni do odwrotu, mając 89 zabitych i 345 rannych. Wtedy młody Fisher po raz pierwszy bezpośrednio zetknął się ze śmiercią w wojnie. Po tej akcji, na skutek niezaleczonej rany, komandor Shadwell musiał zdać w styczniu 1860 roku dowództwo okrętu i powrócić do Wielkiej Brytanii (w rok później został członkiem Royal Society), zaś John Fisher po zdaniu egzaminów został awansowany do stopnia porucznika marynarki ("Sub-Lieutenant") i przeniesiony jako porucznik flagowy na parową fregatę „Chesapeake”. Wtedy również po raz pierwszy miał okazję dowodzić samodzielnie jednostką floty: admiralskim jachtem „Coromandel” w kilkudniowym rejsie z Hongkongu do Kantonu. Jeszcze w tym samym roku otrzymał promocję do stopnia kapitana marynarki ("Lieutenant") i kolejny przydział, na parową fregatę bocznokołową „Furious”. Na tym okręcie, wiozącym dary cesarza Japonii Kōmei dla królowej Wiktorii powrócił do Wielkiej Brytanii w sierpniu 1861 roku.