En 1591 dirigió los ejércitos palatinos enviados en ayuda del rey Enrique IV de Francia. Como diplomático, en 1608 Anhalt jugó un importante papel en la formación de la Unión Protestante. Con la muerte del elector, Cristián pasó a servir a su hijo y nuevo elector, Federico V, que le nombró comandante de las fuerzas protestantes con la misión de defender Bohemia del emperador Fernando II y de sus aliados, cuando los bohemios eligieron a Federico como su nuevo rey en 1619 (véase Revuelta bohemia). Cuando sus tropas fueron derrotadas en 1620 en la Batalla de la Montaña Blanca, Cristián y Federico se vieron obligados a abandonar Praga. Como respuesta a esta colaboración con los palatinos, en 1621, un bando imperial le privó de sus tierras.