2 вересня 2008 був призначений на посаду голови тимчасової слідчої комісії з вивчення законності поставок зброї. Комісія, зокрема, займалася вивченням поставок до Грузії зброї, що застосовувався грузинськими військами під час збройного конфлікту в серпні 2008 року. В ході розслідування В. Коновалюк неодноразово говорив про виявлені порушення в експорті зброї, звинувачуючи президента Віктора Ющенка в участі в незаконних оборудках. За даними комісії для продажу Грузії кілька зенітно-ракетних комплексів «Бук» були зняті з бойового чергування.