Botero speelde 48 interlands voor Bolivia in de periode 1999-2009 en scoorde twintig keer voor "La Verde". Onder leiding van bondscoach Héctor Veira maakte hij zijn debuut op 25 juli 1999 in de wedstrijd tegen Egypte (2-2) in Mexico-Stad bij de strijd om de FIFA Confederations Cup. Botero nam met zijn vaderland tweemaal deel aan de strijd om de Copa América: 2001 en 2004. Op 1 april 2009 scoorde hij drie keer voor Bolivia in de historische 6-1 overwinning op buurland Argentinië. Dat was tevens zijn laatste wedstrijd voor de nationale ploeg.