No entanto, depois que Omar al-Bashir lançou um golpe de Estado em 1989, as relações logo se tornariam tensas. O Sudão foi acusado pela Arábia Saudita de ser um Estado cliente do Irã e envolveu-se, em um nível limitado, em sanções contra o Sudão; além de respaldar os rebeldes de Darfur, o governo saudita também defendeu a separação do Sudão do Sul, que finalmente foi alcançada em 2011. A Arábia Saudita também acusou o governante sudanês al-Bashir pelo "genocídio" em Darfur, embora a Arábia Saudita também se comprometesse a financiar a reconstrução de Darfur. Assim, as relações entre a Arábia Saudita e o Sudão foram significativamente amargas.