In der Weimarer Republik leitete Schubert, ab 1921 Ministerialdirektor, zunächst die England-Amerika-Abteilung im Auswärtigen Amt. Seine pro-britische Arbeitshaltung in dieser Position brachte ihm unter anderem Anfeindungen durch Karl Radek ein, der Schubert einen „vulgären Anglophilen“ nannte. 1924 wurde Schubert schließlich vom damaligen Außenminister Gustav Stresemann als sein Staatssekretär ausgewählt. Er folgte auf diesem Posten seinem Freund Ago von Maltzan nach, der wie er selbst 1906 ins Amt eingetreten war. In der Funktion des Staatssekretärs war Schubert bis zu Stresemanns Tod 1929 einer von dessen engsten Vertrauten und ein maßgeblicher Mitträger von dessen Außenpolitik. Neben Friedrich Gaus war er der wichtigste Ratgeber Stresemanns. In den fünf Jahren ihrer Zusammenarbeit nahm Schubert an zahlreichen internationalen Konferenzen, so an der Konferenz von Locarno, teil und gehörte er – neben Stresemann und Gaus – zu der dreiköpfigen deutschen Delegation beim Völkerbund in Genf. Als Hauptemissär der deutschen Regierung wirkte er 1929 in Chabarowsk maßgeblich an dem Zustandekommen des Waffenstillstandsabkommen im Sowjetisch-chinesischen Grenzkrieg mit. Stresemanns Nachfolger Julius Curtius ersetzte Schubert im Juni 1930 als Staatssekretär durch Bernhard Wilhelm von Bülow. Im selben Monat wurde Schubert von der Regierung Brüning als deutscher Botschafter beim Quirinal (italienische Regierung) in Rom entsandt. Im Jahr 1932 wurde er in den Ruhestand versetzt.