Ziel der "Air Force One" ist die Geheimbasis "Area 51", die zur Überraschung des Präsidenten tatsächlich existiert. Hier treffen bald noch einige weitere Akteure ein: Steven Hiller, ein kaltschnäuziger Pilot des United States Marine Corps, der beim Luftkampf mit ausschwärmenden Jagdschiffen der Aliens abgeschossen wurde und dabei aber einen von deren Piloten gefangen nehmen konnte, seine Freundin und ihr Sohn, die bei ihrer Flucht aus L.A. die First Lady gefunden haben, sowie Russell Casse, ein traumatisierter und alkoholabhängiger Vietnamveteran der U.S. Air Force, der mit seinen Stiefkindern gerade noch rechtzeitig der Katastrophe entkommen ist. Er hat mit den Aliens eine Rechnung offen, da er nach eigenen Angaben zehn Jahre zuvor von ihnen für Experimente entführt worden ist. In "Area 51" rüsten nun Wissenschaftler und Militärs unter der Führung Whitmores zum Gegenschlag. Es stellt sich heraus, dass beim Roswell-Zwischenfall vor knapp 50 Jahren ein abgestürztes Jagdschiff der Angreifer geborgen wurde, das zwischenzeitlich erforscht worden ist, ohne den Wissenschaftlern unter Leitung von Dr. Okun seine Geheimnisse preiszugeben; erst beim Eintreffen des Mutterschiffes setzte sich dessen Energieversorgung wieder in Gang. Der Präsident sieht sich den gefangenen Alien an, der mit ihm per Gedankenübertragung kommuniziert. Dabei erfährt Whitmore, dass die Invasoren vorhaben, die Menschheit zu vernichten und anschließend die Ressourcen des Planeten auszubeuten, so wie sie es bereits vielfach nach Art der Wanderheuschrecken mit anderen Planeten durchgeführt haben. Als der Außerirdische Dr. Okun ausschaltet und versucht, den Präsidenten geistig zu übernehmen, wird er erschossen.