一方、こうした孤立状態での対外戦争の敗北によって国内での危機がピークに達する。フランスは挙国一致体制で戦争を戦い抜こうと試み、2月24日、国民軍への強制募兵制度30万人募兵令を発した。これが引き金となってパリに不満を持った地方が反抗を開始する。内戦が発生したのである。3月3日にはリヨンの反乱が発生、1794年10月9日の陥落まで反乱が続いた。また、一週間後の3月10日にはフランス西部のヴァンデの反乱が始まる。聖職者民事基本法への宣誓問題と、募兵令に反発した王党派農民が反革命の蜂起を起こしたのである。対外戦争中での内戦は長引き、1796年まで3年にわたって続いた。5月29日にはマルセイユで反乱が発生、反革命派による反抗は全国的な規模へとエスカレートしていった。