Nathan Paetsch vertrat sein Heimatland bei der World U-17 Hockey Challenge 2000 und beim "U18 Four Nations Cup". Außerdem gehörte er der U20-Nationalmannschaft Kanadas bei den Juniorenweltmeisterschaften 2002 und 2003 an, mit der er jeweils das Finale gegen Russland verlor und die Silbermedaille gewann.