Tornò in Formula 1 nel 1993, come collaudatore per la Ligier, grazie alla Elf. Il 14 Aprile del 1993 fece il suo primo test con la Ligier JS39, testando le sospensioni attive a Magny Cours Sempre nello stesso anno e in quello successivo partecipa alla Elf Masters Karting svoltasi a Parigi. Un anno dopo, la squadra francese lo promosse a pilota titolare, al fianco del debuttante Olivier Panis. La stagione cominciò con varie difficoltà, anche a seguito dell'arresto del titolare del team Cyril de Rouvre e di una disponibilità di fondi ridotta da parte della casa francese. Inoltre, Bernard faticò a riprendere il ritmo gara e Panis riuscì a batterlo costantemente, anche perché dal Gran Premio di Monaco Bernard non ha avuto più aggiornamenti alla sua auto a differenza di Oliver Panis. Bernard ottenne comunque il terzo posto al Gran Premio di Germania, il suo miglior risultato della sua carriera in Formula 1 che gli permise di conservare il suo posto in Ligier, dato che si riteneva che JJ Lehto potesse sostituirlo. Alla vigilia del Gran Premio d'Europa, la Ligier decise di sostituirlo con il pilota britannico Johnny Herbert, mentre Bernard si trasferì alla Lotus, compiendo il percorso inverso. Dopo una gara, venne sostituito dal finlandese Mika Salo e questo causò di fatto la fine della sua carriera in Formula 1.