באוקטובר אגילאר זומן לראשונה לסגל הנבחרת לקראת משחק הידידות נגד , אך הוא לא זכה לדקות משחק במשחק זה. ב-30 בספטמבר 2009 הוא ערך את הופעת הבכורה שלו במשחק ידידות נגד שהסתיים בהפסד 1–2, במשחק זה אף כבש את שער הבכורה שלו בנבחרת. אגילאר זומן לסגל הנבחרת לקראת מונדיאל 2010, אולם שיחק רק במשחק הבכורה נגד . בשנת 2011 אגילאר זומן לסגל הנבחרת לקראת גביע הזהב 2011 ולקראת קופה אמריקה 2011. ב-13 בנובמבר 2013 הבקיע בניצחון 1–5 נגד במסגרת פלייאוף מוקדמות מונדיאל 2014, בסיומו עלתה מקסיקו למונדיאל בו גם אגילאר לקח חלק.