Суђење је одржано октобра 1914. Рудолф је утврдио озбиљне мањкавости и упитност начела легитимитета судске пресуде оптуженицима. Своју одбрану је започео тврдњом да оптужени нису извршили дело велеиздаје, с обзиром на државно-правни статус Босне и Херцеговине. Позивао се на одлуку Берлинског конгреса из 1878, по којој је Аустроугарска добила мандат да окупира ову територију, док је анексија представљала узурпацију тог права и кршење одлуке Берлинског конгреса. Босна и Херцеговина није могла бити саставни део Аустроугарске монархије, јер је суверенитет над њом и даље имао турски султан, па се атентаторима није ни могла приписати намера њеног „отргнућа” из Монархије. Самим тим, тај чин није представља велеиздају, нити кажњиво дело. Говорио је да се оптуженима не може судити за „убиство престолонаследника”, већ за „убиство”, с обзиром да према закону, повреда престолонаследника не познаје посебну заштиту. Оваквим ставовима је покушао да обори оптужницу, бранећи истовремено свих 25 оптужених.