En 1940, le général Pellet prend le commandement de la division du Tonkin à Hanoï. Franc-maçon, il est mis à la retraite d'office par le régime de Vichy en 1941 et demeure en résidence surveillée jusqu'en février 1944. Il est réintégré dans l'armée en avril 1944, et anime alors un réseau de résistance au sud de l'Indochine. Arrêté par la Kenpeitai à Hanoï à la suite du coup de force japonais du et fait prisonnier de guerre, il est libéré après la capitulation japonaise.