Po úspešnom absolvovaní pražskej FAMU v roku 1966 nasledovalo veľmi produktívne a doteraz najzaujímavejšie Jakubiskovo obdobie. V pribehu necelých štyroch rokov natočil tri dlhometrážne filmy. Debutoval úspešným filmom Kristove roky (1967) a pokračoval filmami Zbehovia a pútnici (1968) a Vtáčkovia, siroty a blázni (1968). Kvôli nepriaznivej politickej situácii v Česko-Slovensku nemohol po normalizácii dokončiť svoj v poradí štvrtý dlhometrážny film Dovidenia v pekle, priatelia (tento film dokončil až v roku 1990).