2009 est plus difficile : alors que son coéquipier Rosberg inscrit 34,5 points et termine souvent dans les points, le Japonais n'inscrit aucun point malgré de bonnes performances en qualifications (cinquième à Silverstone, neuvième à Budapest et Interlagos). Il abandonne également à six reprises en 17 Grands Prix, souvent sur des accidents, et se classe vingtième du championnat. À la fin de la saison, le retrait de Toyota, qui fournissait Williams en moteurs et lui assurait un volant dans l'écurie britannique, le force à quitter la Formule 1 après le projet avorté de l'écurie Stefan GP.