Po okupácii Česko-Slovenska v roku 1968 sa aj v Pohraničnej stráži prejavilo uvoľnenie režimu ochrany hraníc. Protisovietske nálady, ktorými vtedy Česko-Slovensko žilo, sa nevyhli ani príslušníkom Pohraničnej stráže. Aj z veliteľských miest dochádzalo k pokynom prepustiť za hranice exponované osoby tzv. Pražskej jari. Osoby zadržané pri pokuse o prechod cez hranice neboli odovzdávané do rúk príslušníkov Zboru národnej bezpečnosti, ale boli vrátené do vnútrozemia bez postihu. Skresľovali sa údaje o úspešných či neúspešných pokusoch o nelegálny prechod cez hranice. Pripravovali sa prechodové kanály pre utečencov, došlo k ukrývaniu utečencov v objektoch Pohraničnej stráže, či dokonca sami príslušníci Pohraničnej stráže prevádzali utečencov cez hranice. Narástol počet dezercií príslušníkov PS – od 21. 8. 1968 do 28. 2. 1969 utieklo zo zostavy Pohraničnej stráže do zahraničia 28 ľudí, z toho 2 dôstojníci, 2 práporčíci, 1 občiansky zamestnanec a 23 pohraničníkov základnej služby.