Nel 1993 realizzò un'altra accoppiata Giro-Tour. Nella gara italiana vinse due delle tre cronometro in programma, si limitò perlopiù a controllare e a resistere agli attacchi del lettone Pëtr Ugrjumov, battuto alla fine per meno di un minuto. Nella "Grande Boucle", ove fu maglia gialla per quattordici tappe, nessun avversario mise invece realmente in discussione il suo primato: Indurain si aggiudicò il prologo e la cronometro di Lac de Madine (59 km), e in classifica finale precedette Tony Rominger di quasi cinque minuti e Zenon Jaskuła di quasi sei. A fine anno, dopo la medaglia d'argento in linea ai campionati del mondo di Oslo (vinti da Lance Armstrong), poté festeggiare di nuovo il primato nella classifica mondiale professionisti, stilata a partire da quella stagione dall'Unione Ciclistica Internazionale.