Am 26. November 1994 nahm ihn Papst Johannes Paul II. als Kardinalpriester mit der Titelkirche "Sacro Cuore Immacolato di Maria ai Parioli" in das Kardinalskollegium auf, seit 1996 ist er Erzbischof von Jakarta. Er nahm am Konklave 2005 teil. Am 7. Januar 2006 gab der Kardinal das Amt des indonesischen Militärbischofs aus Altersgründen an den Erzbischof von Semarang, Ignatius Suharyo Hardjoatmodjo weiter. Am 28. Juni 2010 nahm Papst Benedikt XVI. das von Julius Riyadi Darmaatmadja aus Altersgründen vorgebrachte Rücktrittsgesuch vom Amt des Erzbischofs von Jakarta an.