Huhtikuussa Lincoln päätti lähettää aseettoman saattueen viemään elintarviketäydennystä Etelä-Carolinassa sijaitsevaan Fort Sumterin tukikohtaan. Hän halusi näin osoittaa Etelävaltioille, että Pohjoisvaltiot eivät halunneet synnyttää aseellista konfliktia. Konfederaation presidentti Davis päätti kuitenkin vallata linnoituksen ennen täydennyksen saapumista. Kenraali Pierre G. T. Beauregardin johtamat joukot hyökkäsivät linnoitusta vastaan aamuyöllä 12. huhtikuuta, ja majuri Robert Anderson joukkoineen antautui seuraavana päivänä. Davis luuli, että Lincoln olisi halunnut taistelun jälkeen rauhaa, mutta hän erehtyi pahasti. Lincoln nimitti Unionin joukkojen komentajaksi kenraali Winfield Scottin, joka otti käyttöön niin kutsutun Anaconda-suunnitelman. Sen mukaan Unionin joukot katkaisisivat Konfederaation kahtia, piirittäisivät koko maan ja hyökkäisivät reunoilta kohti keskustaa. Samalla Konfederaatio alkoi vahvistaa rajaosavaltioiden asevoimia. Lincolnin täytyi nopeasti löytää osaavia komentajia sekä pitää puolensa kongressissa, joten hän joutui tekemään useita pelkästään poliittisia nimityksiä sodan aikana. Lincolnilla oli selvät vaatimukset: Konfederaation joukot tulisi tuhota heti tilaisuuden tullen, eikä viivyttelyyn olisi aikaa. Sen vuoksi hän joutui erottamaan kenraali George B. McClellanin komentajan tehtävästä, kun tämä oli antanut kenraali Robert E. Leen joukkojen vetäytyä Antietamin taistelun jälkeen. Lincoln löysi taktiikkaansa parhaiten sopivan kenraalin lopulta vuonna 1864, kun hän nimitti komentajaksi Ulysses S. Grantin. Grant tunnettiin miehenä, joka ei antanut armoa vihollisilleen vaan tuhosi nämä heti tilaisuuden saatuaan. Lincoln arvosti suuresti myös tämän suojattia, kenraali William Shermania, joka onnistui pitkien taistelujen jälkeen valtaamaan Atlantan.