Nilo 20 évesen, 2008 szeptemberében mutatkozott be a mexikói válogatottban egy Chile elleni barátságos mérkőzésen, de legközelebb csak 2010-ben szerepelt a nemzeti csapatban. Javier Aguirre szövetségi kapitánytól behívót kapott a 2010-es világbajnokságra, de ott nem lépett pályára. A 2011-es CONCACAF-aranykupán viszont, amelyet Mexikó meg is nyert, már négy mérkőzésen is kapott lehetőséget, köztük a döntőn is becserélték. Részt vett még a 2013-as konföderációs kupán valamint több világbajnoki selejtezőn is.