Летом 44 года до н. э., когда убийцы Цезаря поняли, что не получат в Риме ожидаемой поддержки, Гней Домиций уехал из города вместе с Брутом и Кассием. В Кампании они погрузились на суда, и Кассий отправился в Азию, а Брут и Агенобарб — в Македонию; началось формирование армии для новой гражданской войны. Известно, что в конце того же года Гней перехватил 500 всадников, которых цезарианец Луций Корнелий Цинна вёл к проконсулу Сирии Публию Корнелию Долабелле, и добился перехода этого отряда на сторону республиканцев. В 43 году до н. э. Агенобарб претендовал из Македонии на освободившееся место в жреческой коллегии понтификов, но потерпел поражение. А осенью того же года в Риме был принят "закон Педия", который лишил воды и огня за бессудную расправу над высшим должностным лицом Республики всех убийц Цезаря; в их числе оказался и Гней Домиций.