Kusaka rimase capo di stato maggiore della Flotta combinata sino al 24 giugno 1945, affiancando per un breve periodo il ruolo di capo di stato maggiore del Quartier generale supremo della marina (25 aprile-24 giugno 1945). Fu quindi trasferito a disposizione dello stato maggiore generale della marina, che il 18 agosto lo nominò comandante della 5ª Flotta aerea in sostituzione del viceammiraglio Matome Ugaki, decollato tre giorni prima e rimasto ucciso in combattimento. L'Impero giapponese si era però già arreso agli Alleati e il 2 settembre la capitolazione incondizionata fu ufficializzata.