מלבד היותו מפקד הצי, קיבל אלכסיי גם סדרת תפקידי פיקוד סמליים. הוא היה מפקד חיל הצוערים הימי, מפקד רגימנט המשמר של מוסקבה, מפקד רגימנט הרגלים ה-37 (יקטרינבורג), מפקד רגימנט הרגלים ה-77 (טנגינסק) ורגימנט הרגלים הסיבירי ה-17. דאגתו העיקרית של אלכסיי הייתה המודרניזציה של הצי. הוא דאג לצייד את הצי בספינות חדישות רבות. הוא פיתח את הנמלים הצבאיים, הגדיר מחדש את הכישורים הנדרשים לקצינים ואת התגמולים השונים. כאשר גברה המתיחות בגבול עם האימפריה היפנית, הוא הורה על תגבור כוחות הצי הרוסיים בפורט ארתור. עם פרוץ מלחמת רוסיה–יפן ב-1904, הייתה השייטת הרוסית ה-1 של האוקיינוס השקט מסוגלת לעמוד בפני ההתקפה היפנית במהלך קרב הים הצהוב. עם זאת, השייטת נהרסה במהלך קרב פורט ארתור, והצי הבלטי שנשלח כדי לחזק אותה, הובס לחלוטין בקרב צושימה. ב-2 ביוני 1905, אלכסיי פוטר מתפקידו ופרש מהצי.