Forte de cette saison au plus haut niveau, Anna Fenninger obtient des nouvelles places d'honneur lors de la saison 2012-2013, aussi bien en géant, qu'en super G et en descente. Elle remporte surtout une seconde épreuve de Coupe du monde lors du géant de Semmering. Elle dispute par la suite les Championnats du monde, chez elle à Schladming, avec le statut de favorite autrichienne du fait de ses bons résultats. Malheureusement elle ne répond pas à l'attente immense du public en passant au travers de cette compétition, n'accrochant qu'une médaille de bronze en géant. Néanmoins sa fin de saison est un succès puisqu'elle remporte en Allemagne son premier super G, à Garmish et un nouveau géant à Ofterschwang. Ces résultats lui permettent de finir à la du général de la Coupe du monde, ainsi qu'à la du super G et la en géant.