Neprjajev edusti Venäjää Torinon olympiakisoissa 2006. Hän pelasi myös MM-kilpailuissa vuosina 2005 ja 2007, joista molemmat turnaukset päättyivät pronssiin. Hän pelasi myös alle 20-vuotiaiden MM-kilpailuissa vuosina 2001 ja 2002 voittaen jälkimmäisestä turnauksesta maailmanmestaruuden. Vuoden 2001 turnauksessa Neprjajev oli tehoilla 1+5=6 Venäjän paras syöttäjä ja jakoi sisäisen pistepörssin voiton Stanislav Tšistovin ja Ilja Kovaltšukin kanssa.