Det lykkedes Charlotte Amalie ved sin religiøse fasthed at få kongen til i 1685 at udfærdige officielle privilegier for de reformerte. I 1688-89 blev opført en reformert kirke i København, og Charlotte Amalie stod for en væsentlig del af finansieringen. Det var entreprenørerne Frederik og Nikolai Müller, der lavede tegningen og gjorde overslag, men stenhuggeren Henrik Brockam, der blev den egentlige arkitekt. Grundplanen var rektangulær med hovedindgang i tværaksen mod nord. De tre andre sider er uden dekoration og kun afbrudt af høje, rundbuede vinduer med oval blænding under. Bygningen var i hollandsk barok med de for tiden typiske pilastre. Kirken led under Københavns brand i 1728 men blev rekonstrueret i 1731.