Die Kirche der Heiligen Muttergottes wurde 1840 an der Stelle der ehemaligen Surp-Asdvadzadzin-Kirche wiedererrichtet, die wiederum im 13. Jahrhundert während der Zeit des Kilikischen Königreichs Armenien errichtet worden war. 1890 feierten unter der Leitung des Erzbischofs von Adana, Mgrditsch Vehabedian, die Armenier von Adana den 50. Jahrestag der Wiedererrichtung der Kirche. Sie wurde damals „Obere Kirche“ genannt, da sie sich auf einem Hügel befand. Als „Untere Kirche“ galt die St.-Stefanos-Kirche in der Ebene. In den frühen 1900er Jahren wurden im Auftrag von Erzbischof Muşeğ Seropyan Erweiterungsarbeiten an der Kirche durchgeführt. Er wurde dabei von Bahri Pascha unterstützt, dem muslimischen "Vali" (Gouverneur) des Vilâyet Adana. In dieser Zeit wurde die Kirche in den Status einer Kathedrale erhoben, sie wurde damit Sitz des Erzbischofs. Die Höhere Aramian-Schule wurde ebenfalls in dieser Zeit errichtet. Beim Massaker von Adana 1909 blieb die Kirche noch intakt. Nach der Deportation der Armenier Adanas während des Großen Völkermords wurde das Kirchengebäude als Militärdepot genutzt. Während der Zeit Französisch-Kilikiens unter der armenischen Legion ab 1918 konnte das Gebäude seine Ursprungsfunktion wieder erfüllen. Nach drei Jahren jedoch wurden mit dem Rückzug der Franzosen auch alle Christen aus Kilikien vertrieben.