Hardee was commandant van een legerkorps tijdens de slagen bij Shiloh (1862), Perryville (1863), Stones River (1863) en bij het Beleg van Atlanta (1864). Hij verzocht om overplaatsing nadat John Bell Hood Joseph E. Johnston had vervangen als commandant van het Army of Tennessee in juli 1864, waarop hij commandant van het Departement van South Carolina, Georgia en Florida. In die hoedanigheid probeerde hij Sherman's Mars naar de Zee tegen te houden, zonder succes. In 1865 nam hij deel aan een laatste poging om Sherman bij Grant vandaan te houden, de Slag bij Bentonville, North Carolina, waarin zijn enige zoon sneuvelde tijdens een cavalerie-charge.