Depois de retornar ao serviço, o cruzador foi designado para apoiar a Campanha das Ilhas Aleutas, onde permaneceu até setembro. O "San Francisco" depois participou de operações nas campanhas das Ilhas Gilbert e Marshall e Ilhas Marianas e Palau. Em junho a embarcação lutou na Batalha do Mar das Filipinas, porém não foi danificado. No ano seguinte envolveu-se na Campanha nas Ilhas Vulcano e Ryukyu, incluindo das batalhas de Iwo Jima e Okinawa. Depois da Rendição do Japão, o "San Francisco" navegou por portos na China e Coreia. O cruzador foi descomissionado em fevereiro de 1946 e colocado na reserva, onde permaneceu ser desmontado em setembro de 1959.