El 15 de febrer de 1992, va ser assassinada a Lima als 33 anys, per un comando d'anihilament del grup terrorista Sendero Luminoso. En moments en què el país es trobava assetjat pel terrorisme, Moyano es va alçar contra el terror de Sendero Luminoso (PCP-SL), per la lluita contra la pobresa i per la defensa dels drets humans. María Elena Moyano també va ser una de les més actives defensores dels drets de la dona i de la població peruana en general.