le 14 Juin 1940 Darlan refuse d'envoyer la Flotte de Toulon a Bordeaux, pour l' évacuation d'unités militaires constitués pour l'Afrique du Nord, malgré les instructions de Paul Reynaud Président du Conseil. Le , Darlan refuse dans un premier temps l'appel à cesser le combat diffusé la veille par Pétain. La marine poursuit la guerre, ce qui permettra notamment à trois navires de quitter Brest avec d'or de la Banque de France, qui seront mis en sécurité au Sénégal. Une fois la défaite consommée, il soutient la demande d'armistice. Par la suite, révolté par l'agression britannique de Mers el-Kébir, il s'estime trahi par ses anciens compagnons d'armes britanniques, et voudrait que la France déclare la guerre à la Grande-Bretagne oubliant les multiples demandes britanniques depuis le 11 Juin 1940 et le Traité d'alliance du 28 Mars 1940 qui n 'a pas été respecté. Pétain le calme en lui déclarant "«" Une défaite suffit », et Darlan n'obtient que , le Conseil des ministres se prononçant pour une rupture des relations diplomatiques, malgré les réticences du Président de la République Albert Lebrun.