В 2001 году с результатом 4,40 м Исинбаева снова стала первой, на этот раз на чемпионате Европы среди юниоров. В том же году Елена приняла участие в Международном фестивале в Берлине (ISTAF). Там спортсменке покорилась высота 4,46 м — новый мировой рекорд среди юниоров, превзойти который только в 2005 году смогла немецкая спортсменка Сильке Шпигельбург, улучшив достижение Исинбаевой на 2 сантиметра. На чемпионате Европы 2002 года в Мюнхене Елена была второй с результатом 4,55 м, уступив другой россиянке Светлане Феофановой.