Infolge des Erdbebens von Lissabon 1755 ging zumindest eines der Lissaboner Instrumente verloren. Die Orgel in Faro scheint bereits 1722 durch ein Erdbeben schwer beschädigt worden zu sein, als der Chorbogen einstürzte. Sie wurde daraufhin in den Westteil der Kirche auf eine kleine Südempore verlegt, die an die Westempore anschließt. Ein unbekannter Orgelbauer aus Tavira arbeitete 1743/1745 an dem Instrument. 1751/1752 bemalte Francisco Coreira de Silva aus Tavira Empore und Orgel mit Chinoiserien. Nach den Erdbeben von 1753 und 1755 setzte der aus Italien stammende Orgelbauer Pasquale Gaetano Oldovini aus Évora die Orgel 1767 wieder instand. Die Register des Brustwerks blieben anscheinend von den Zerstörungen verschont, während das Hauptwerk fast vollständig unter Verwendung des alten Pfeifenmaterials erneuert werden musste. Das beschädigte Hauptwerkgehäuse wurde wiederhergestellt. Die vergoldeten Schnitzereien mit durchbrochenem Rankenwerk über den Pfeifenfeldern stammen von Oldovini. Oldovini änderte die Disposition, indem er Register ersetzte und ergänzte. Er baute eine Horizontaltrompete ein und veränderte hierfür das untere Kranzgesims des Hauptwerks und erweiterte die Windlade. Das Pedal erhielt eine neue Klaviatur mit neun statt vormals 22 Tasten, ein eigenes Register auf zwei kleinen Pedalladen seitlich im Hauptwerkgehäuse und eine neue Koppel. Die Manualkoppel wird seit 1767 durch zwei Registerzüge bedient.