Ketika Perang Dunia Kedua, Kuala Lumpur ditawan oleh tentera Jepun pada 11 Januari 1942 dan menguasainya bersama seluruh Tanah Melayu sehingga 15 Oktober 1945, apabila panglima besar Tentera Kawasan Ketujuh Jepun di Singapura dan Tanah Melayu, Seishirō Itagaki, menyerah kalah kepada pentadbir British selepas pengeboman atom Hiroshima dan Nagasaki. Kuala Lumpur meredah zaman peperangan, kejatuhan nilai getah dan timah dan zaman darurat ketika Tanah Melayu berdepan dengan pemberontakan komunis. Pada tahun 1957, Persekutuan Tanah Melayu merdeka dari pemerintahan British. Kuala Lumpur kekal sebagai ibu negara selepas pembentukan Malaysia pada 16 September 1963.