Aivan vallankumouksen kynnyksellä keväällä 1789 Saint-Just julkaisi anonyymisti laitosaikanaan kirjoittamansa 20 runoa sisältäneen satiirisen runoelman "Organt", joka yhdisti poliittiset vertauskuvat häpeämättömiin eroottisiin aiheisiin. Teos ei herättänyt laajempaa huomiota, mutta viranomaisten takavarikoitua sen kesäkuussa 1789 hän päätti varmuuden vuoksi siirtyä uudelleen Pariisiin. Siellä hän todisti muun muassa Bastiljin valtausta, mutta ei itse vaikuttanut tapahtumien kulkuun. Tässä vaiheessa hän oli kansanjoukkojen katuväkivallan vastustaja, vaikka kannattikin vallankumousta. Saint-Just palasi jo heinäkuun 1789 lopussa Blérancourtiin, jossa hänestä tuli vastikään perustetun kansalliskaartin paikallisosaston upseeri. Hän osallistui komentamansa joukko-osaston kanssa heinäkuun 1790 "Fête de la Fédération" -juhlaan Pariisissa.