Na veldwerk in Ivoorkust (1953-1954) en wetenschappelijke promotie aan de toenmalige Gemeenteuniversiteit van Amsterdam werd André Köbben in 1955 hoogleraar culturele antropologie aan diezelfde universiteit als opvolger van J.J. Fahrenfort. Ruim twintig jaar later, in een tijd van verregaande universitaire democratisering en na eerdere conflicten rond de communistische hoogleraar in de niet-westerse sociologie W.F. Wertheim, nam hij in 1976 ontslag om als hoogleraar aan de Rijksuniversiteit Leiden het Centrum voor Onderzoek van Maatschappelijke Tegenstellingen (COMT) op te zetten. In deze tijd raakte hij sterk beleidsmatig geëngageerd, eerst - tussen de twee 'Molukse' treinkapingen bij De Punt in 1975 en Wijster in 1977 - in de commissie 'Overleg Nederlanders-Zuid-Molukkers' (de zogenaamde commissie Köbben/Mantouw) en daarna in 1978 in de nieuw ingestelde Adviescommissie Onderzoek Minderheden (ACOM), die grote invloed kreeg op de programmering van sociaal-wetenschappelijk onderzoek. In 1980 bekleedde Köbben aan de Universiteit Leiden de Cleveringa-leerstoel. Zijn oratie "Het heilig vuur" was een pleidooi voor intensieve 'participerende observatie' onder minderheden als basis voor beleid. Na zijn emeritaat (1991) is hij door tal van essays over actuele kwesties aanwezig gebleven in het openbare debat.