Na de Slag bij Waterloo begon weer een moeilijkere tijd voor de Kerk op het grondgebied van het huidige België: het Verenigd Koninkrijk der Nederlanden werd immers gedomineerd door de protestanten. Na de onafhankelijk van België werd in 1831 de nieuwe Grondwet van kracht; deze waarborgde in de artikelen 14 tot 16 (de huidige artikelen 19 tot 21) de vrijheid van eredienst. Ernstige spanningen tussen Kerk en Staat deden zich voor tijdens de schoolstrijd van 1878-1884 en die van 1954-1958.