Институт криминалистики участвовал в расследовании резонансных террористических актов и аварий: взрывы жилых домов в 1999 году, гибель подводной лодки К-141 «Курск» в 2000 году, террористический акт в Театральном центре на Дубровке в 2002 году, террористический акт в Беслане в 2004 году и другие.