Pomimo że przygotowania do akcji zakończono pod koniec maja 1943 roku, działania podjęto dopiero w czerwcu, po ściągnięciu dodatkowych jednostek Wehrmachtu pod dowództwem Odilo Globocnika. Wzmocnienie sił niemieckich wiązało się z połowicznymi sukcesami poprzednich akcji pacyfikacyjnych, którym stawili opór polscy partyzanci w tzw. powstaniu zamojskim. Akcja Werwolf rozpoczęła się w nocy z 23 na 24 czerwca 1943 roku silnym uderzeniem jednostek Wehrmachtu i policji na miejscowości leżące w gminie Aleksandrów. Żołnierze niemieccy łapali ludność cywilną, podpalali gospodarstwa oraz mordowali mężczyzn, którzy nie zdążyli zbiec do lasów. Ujęte kobiety i dzieci transportowano do obozów przejściowych w Zamościu, Zwierzyńcu i Budzyniu, gdzie po przeprowadzeniu selekcji rasowej transportowano je dalej zgodnie z grupą kwalifikacyjną do obozów koncentracyjnych, bądź deportowano do pracy przymusowej w III Rzeszy. Dzieci uznane za aryjskie trafiały do niemieckich rodzin adopcyjnych, gdzie miały zostać poddane germanizacji.