Старобрненский монастырь и монастырский костёл были повреждены и опустошены во время гуситских в 1429 году и чешско-венгерских войн в 1467 году. В последнем случае костёл был разграблен войсками князя Викторина из Подебрад. После проведённого восстановления костёл Вознесения Девы Марии был заново освящён в 1483 году вместе со старым храмом Святой Анны и капеллой Святого Прокопа. Значительный ущерб зданию костёла, как и другим монастырским строениям, был нанесён в 1645 году при осаде Брно шведскими войсками. Во время последующего ремонта готического костёла функции монастырского храма выполнял старый романский храм Святой Анны.