Mit der Nationalmannschaft konnte Chussainow seinen größten Erfolg bei der Fußball-Europameisterschaft 1964 feiern, als er mit der Mannschaft das Finale erreichte, letztlich aber gegen Spanien mit 2:1 unterlag. Chussainow schoss dabei das Tor für die sowjetische Mannschaft und erreichte damit den zwischenzeitlichen Ausgleich. Bei der Fußball-Weltmeisterschaft 1966 konnte Chussainow mit der Nationalmannschaft den vierten Platz erreichen.