Nach Kriegsende trat Scheele erneut in die SPD ein. Fechner wünschte sich ihn als persönlichen Mitarbeiter bzw. Referenten und erklärte gegenüber der SPD Scheeles NSDAP-Beitritt als taktischen Schritt, der mit ihm verabredet war, woraufhin die SPD ihn rehabilitierte. Scheele unterstützte Fechner, der Mitarbeiter im Zentralausschuss der SPD war, publizistisch bei der Bekämpfung innerparteilicher Gegner der Verschmelzung mit der KPD, zu der es 1946 in Form einer Zwangsvereinigung kam. Fechner wurde Mitglied des Parteivorstandes bzw. Zentralkomitees der SED. Scheele blieb Fechners persönlicher Referent auch nach dessen Amtsantritt als Justizminister der DDR im Jahr 1949. Ab 1950 hielt er parallel dazu Vorlesungen zum Marxismus-Leninismus an der Juristischen Fakultät der Universität Berlin, wo er 1951 zum Professor mit Lehrauftrag ernannt wurde. Die im Juni 1953 erhaltene Beförderung zum Professor mit vollem Lehrauftrag im Fach "Grundlagen des Marxismus-Leninismus" konnte Scheele nicht mehr ausfüllen, weil noch im selben Monat der Volksaufstand vom 17. Juni die Verhaftung und Absetzung Fechners zur Folge hatte. Das Ministerium für Staatssicherheit ließ Scheele in geheimer Weise in seinem zentralen Untersuchungsgefängnis in Berlin-Hohenschönhausen verschwinden, um ihn zu verhören. Nach seiner Entlassung im August 1953 war er zunächst Dozent, später Professor und von 1956 bis 1965 Rektor an der Pädagogischen Hochschule Potsdam. Von 1965 bis zu seiner Emeritierung im Jahr 1971 war Scheele Direktor der dortigen Sektion für Marxismus-Leninismus.