Během sezóny 2006 získal Heidfeld pro nový tým mnoho bodů. V Malajsii jezdil dokonce druhý, nakonec ale dojel čtvrtý. Na okruhu Indianapolis měl Nick havárii, společně se Scottem Speedem, Kimi Räikkönenem a Juanem Pablem Montoyou. Heidfeldův vůz skončil v bariéře. Všichni jezdci vyvázli bez zranění. Grand Prix Maďarska znamenala první stupně vítězů pro BMW Sauber, kde Nick skončil třetí. Celkově obsadil deváté místo, když získal 23 bodů.