Im 1. Jahrhundert n. Chr. nahm stattdessen die kultische Verehrung des Bethesdawassers zu. Während biblische Befunde (s. u.) bereits für die erste Hälfte des 1. Jahrhunderts n. Chr. ein Kultheiligtum annehmen lassen, gibt es archäologische Nachweise erst aus der Zeit nach der Zerstörung Jerusalems 70 n. Chr. (Jüdischer Krieg). Aus dieser Periode sind unmittelbar östlich der Zisternenbecken Reste eines Heiligtums des Serapis/Äskulap erhalten, bei dem um ein zentrales Wasserreservoir mehrere kleine Baderäume angeordnet sind, in die das Wasser geleitet wurde. Daneben zeigen Votivgaben, dass sich tatsächlich Personen durch dieses Wasser geheilt glaubten.