Sus posturas nacionalistas y secesionistas le llevaron hacía la presidencia de Croacia y la independencia de ese país. Frenó hábilmente al Ejército Yugoslavo (JNA) en Croacia, por entonces muy superior en armas, con la combinación de armisticios y defensa del territorio del país. Después de que las fuerzas internacionales de UNPROFOR finalmente se interpusieran entre el autoproclamado estado serbio dentro de Croacia y las fuerzas croatas, Tuđman decidió organizar y armar el Ejército croata (HV), preparando para 1995 las operaciones «Bljesak» y «Oluja», con las que recuperó la integridad territorial del país. Acusado de limpieza étnica contra la población serbia de la región de la Krajina, estuvo investigado por crímenes contra la humanidad por el Tribunal Penal Internacional para la ex Yugoslavia, y algunos medios señalaron que habría sido imputado por el mismo de no haber fallecido.