1914 zog das Johanneum in den heutigen, von Fritz Schumacher entworfenen Gebäudekomplex in der Maria-Louisen-Straße, während das alte Gebäude nun ganz von der Staats- und Universitätsbibliothek Hamburg genutzt wurde. Der Altbau wurde 1943 bei den Bombenangriffen auf Hamburg größtenteils zerstört, die Reste (u. a. Arkadengang) wurden 1955 für Straßenverbreiterungen beseitigt (2005 wurden die Fundamente bei archäologischen Grabungen auf dem Domplatz wieder freigelegt). Die Gesamtanlage des Johanneums in der Maria-Louisen-Straße mit den Schumacher-Bauten steht seit 1979 unter Denkmalschutz. Das von Engelbert Peiffer geschaffene Bugenhagen-Denkmal im Hof steht schon seit 1958 unter Denkmalschutz.