Der FSB wird, genauso wie der Militärgeheimdienst GRU, mit zahlreichen staatsterroristischen Attentaten in Verbindung gebracht. Dazu zählen etwa die Sprengstoffanschläge auf Moskauer Wohnhäuser 1999, die Vergiftung von Alexander Litwinenko mit 210Polonium 2013 in London, sowie der Giftanschlag auf Alexei Nawalny 2020 mit dem Nervenkampfstoff Nowitschok.