Практически с самого начала своего существования активисты AIM участвовали в различных протестных акциях, в том числе в захвате острова Алькатрас с ноября 1969 по июнь 1971 года и так называемом марше на Вашингтон в октябре 1972 года. Самой известной акцией движения стал захват в 1973 году посёлка Вундед-Ни, чем активисты выражали протест проводимой тогда правительством США политике в отношении индейцев. В своей протестной деятельности AIM иногда выступала в союзе с афроамериканским Движением Чёрных пантер. К середине 1970-х годов масштабы деятельности организации возросли, её члены активно требовали прекращения хозяйственного использования закреплённых за индейцами земель федеральным правительством, однако к 1978 году центральное руководство движением фактически прекратило своё существование — как из-за внутренних разногласий, так и из-за ареста многих видных его деятелей. Группы в отдельных штатах, однако, продолжили свою деятельность и продолжают её до сих пор. Одной из самых известных акций движения после 1978 года было занятие в 1981 году части Чёрных холмов в штате Южная Дакота с требованием к правительству вернуть эти земли индейцам. К 1993 году на территории США оставалось два отделения движения, в Миннеаполисе и Денвере, между которыми существуют значительные идеологические разногласия.