A keresztény felekezetek között konfliktus alakult ki. Rudolf 1609-ben garantálta a nem katolikus rendeknek is a vallás szabad gyakorlását. 1618-ban bekövetkezett a prágai defenesztráció. Ez volt a cseh protestánsok felkelésének kezdete a katolikus Habsburgok ellen, és ezt tartják a harmincéves háború kiváltó okának. 1620-ban került sor a fehérhegyi csatára, amelyből a cseh rendek vesztesként kerültek ki. Röviddel ezután kifosztották a prágai gettót. I. Károly liechtensteini herceg lett az új kormányzó, és 1627-ben a Habsburgok új alkotmányt adtak ki. A lázadás következtében a cseh nép minden jogát és szabadságát elvesztette. A zsidók I. Károly alatt több jogot kaptak. 1623 és 1627 között megengedték, hogy házakat vásároljanak a gettón kívül, és kiterjesztették a kereskedelem szabadságát. Tíz évvel később azonban a megemelkedett adók, a pestisjárvány és a különböző csaták miatt szinte minden zsidó közösség elszegényedett.