В составе сборной СССР Хусаинов дебютировал 17 августа 1960 года в матче с командой ГДР, в которой советские футболисты победили 1:0. Свой первый гол в составе сборной Хусаинов забил в финале чемпионата Европы 1964, в которой СССР проиграла Испании. Всего в составе национальной команды Хусаинов провёл 33 матча и забил 4 гола.