Semasa Darurat Tanah Melayu, ketika gerila Parti Komunis Malaya (PKM) melakukan pemberontakan terbuka, Cawangan Khas berjaya menyusup ke rangkaian atasan parti berkenaan. Dilaporkan, seorang pegawai Cawangan Khas berjaya mendapat kepercayaan yang cukup dari PKM untuk diperintahkan untuk menyusup ke Cawangan Khas. Dia pada gilirannya berjaya menyalurkan maklumat palsu kepada MCP. Juga didakwa bahawa pegawai tertinggi kedua di MCP adalah ejen Cawangan Khas, yang dihukum mati ketika dia ditemui.