1930年代には世界的なファシズムの波が覆う一方で、ファシズムに反対する運動も活発化していた。国吉も自らを育んだ民主主義を守るべく、1936年にに参加して全米執行委員・展覧会委員長に就任し、反ファシズム運動に身を投じた。国吉はアメリカ美術会議にて反戦・反ファシズムや文化振興といったテーマの展覧会を開催した。しかし後にソ連がドイツと接近した事、特にソ連のフィンランド侵攻に対する評価をめぐってアメリカ美術家会議内では対立が顕在化し、国吉は1940年にアメリカ美術家会議を脱退した。