A sua obra prima para a catedral de Lisboa foi destruída no terramoto de 1755, e a sua outra obra com o tema de São Vicente, o santo patrono de Lisboa e da casa real de Portugal, esteve desaparecida até 1882, quando foi descoberta no convento de São Vicente. Não foi senão em 1931, quando sua obra foi exposta em Paris, que Gonçalves recebeu o reconhecimento internacional que merecia. O "Políptico de São Vicente" (hoje no Museu Nacional de Arte Antiga, Lisboa) consiste em seis painéis, dois largos e quatro mais estreitos, dominado pela figura de São Vicente.