Vuonna 1976 syttyivät Soweton mellakat, kun hallitus suunnitteli lisäävänsä afrikaansin käyttöä mustissa kouluissa. Tapahtuma kehittyi massiiviseksi kapinaksi rotuerottelua vastaan. Siitä lähtien Tutu tuki maansa taloudellista boikotointia. Hän oli Lesothon piispa vuodesta 1976 vuoteen 1978, jolloin hänestä tuli Etelä-Afrikan kirkkojen neuvoston pääsihteeri. Tässä asemassa hän pystyi jatkamaan työtään rotuerottelua vastaan lähes kaikkien kirkkojen luvalla. Tutu puolusti johdonmukaisesti sovintoa kaikkien asianosaisten välillä kaikissa kirjoituksissaan ja luennoissansa kotimaassa ja ulkomailla. Tutu sai 1984 Nobelin rauhapalkinnon. Nobel-komitea mainitsi hänen roolinsa ”yhdistävänä johtohahmona kampanjassa apartheid-ongelman ratkaisemiseksi Etelä-Afrikassa”. Tutusta tuli 7. syyskuuta 1986 ensimmäinen Etelä-Afrikassa anglikaanikirkkoa johtanut musta henkilö.