Seit 1970 berichtete er als Auslandskorrespondent aus Islamabad/Pakistan. In zahlreichen Reportagen schrieb Pfeffer in den Jahren 1970/71 detailliert über die tödlichen Übergriffe und eklatanten Menschenrechts-Verletzungen der pakistanischen Armee gegenüber der Zivilbevölkerung im damaligen Ostpakistan. Pfeffers Hauptaugenmerk galt dem indisch-pakistanischen Krieg 1971. Kritisch geißelte er das diktatorische Gebaren von Premierminister Zulfikar Ali Bhutto in den Jahren 1972/73. Als Reaktion wies ihn dessen Regierung 1973 außer Landes. Pfeffer kehrte ins Auslands-Ressort des Nachrichtenmagazins „Der Spiegel“ nach Hamburg zurück.