После разрушения города монголо-татарскими завоевателями, он пришёл в запустение. Лишь в конце XIII века на окраине древнего города появилось небольшое сельское поселение, давшее начало современному городу. Некоторым исследователи керамики считают, что после завоевательных нашествий многие риштанские гончары в XIV веке вынуждены были переселиться в Самарканд, где участвовали в грандиозных строительных проектах Амира Тимура и его потомков.