La Mestaruussarja 1943-1944 fu la trentacinquesima edizione della massima serie del campionato finlandese di calcio, la quattordicesima come Mestaruussarja. Il campionato, con il formato a girone unico e composto da dieci squadre, ripartì dall'esito della Mestaruussarja 1940-1941 e venne vinto dal , dopo lo spareggio contro il TPS. Il campionato non venne concluso nel 1944 a causa della Guerra di continuazione, così le restanti partite vennero disputate nella primavera del 1945. Per la prima volta parteciparono due squadre appartenenti alla Suomen Työväen Urheiluliitto (TUL), ma entrambe (TPV e MKV) si ritirarono prima della ripresa delle partite nel 1945 e vennero così escluse dalla classifica finale.