Nigers Staatspräsident Mahamane Ousmane und die Regierung von Premierminister Hama Amadou wurden am 27. Januar 1996 durch einen Militärputsch unter der Führung von Ibrahim Baré Maïnassara abgesetzt. Baré Maïnassara ließ sich bei den manipulierten Präsidentschaftswahlen am 7. und 8. Juli 1996 zum Staatspräsidenten wählen. Ousmane Issoufou Oubandawaki wurde als Verteidigungsminister in die Regierung vom 23. August 1996 unter Premierminister Boukary Adji berufen. Als 1997 meuternde Soldaten der Streitkräfte Nigers den Armeekommandanten Ahmed Mohamed und den Präfekten von Agadez als Geiseln nahmen, verhandelte Oubandawaki erfolgreich deren Freilassung. In Baré Maïnassaras Regierung vom 1. Dezember 1997, mit Ibrahim Hassane Mayaki als Premierminister, wechselte Oubandawaki das Ressort und wurde Verkehrsminister. Die Regierung wurde bei einem Militärputsch am 9. April 1999 gestürzt, bei dem Staatspräsident Baré Maïnassara ums Leben kam. Ousmane Issoufou Oubandawaki kehrte im selben Jahr zur ASECNA in Dakar als deren Generaldirektor zurück. Diese Funktion übte er bis 2004 aus.