Im Jahr 1860 wurde er in das territoriale Parlament gewählt, legte sein Mandat jedoch 1861 nieder, um aktiv im Bürgerkrieg zu kämpfen. Er stellte ein 1000 Mann starkes Regiment mit Soldaten aus Nebraska auf (1st Nebraska Infantry), das er selbst als Colonel kommandierte. Des Weiteren kämpfte er um Fort Donelson und in Shiloh und wurde am 4. Oktober 1862 zum Brigadegeneral befördert. Als solcher unterstand ihm die Erste Division des XV. Corps der Unionsarmee bei der Schlacht um Vicksburg im Jahr 1863. In der Folge wurde er zur Kavallerie nach Fort Smith, Arkansas und gegen Ende des Krieges nach St. Charles, Arkansas abkommandiert, bevor man ihm 1865 nach Kriegsende den Brevet-Rang des Generalmajors verlieh.