Nach Platz drei mit der Staffel in Calgary und Rang zwei über 1500 m in Salt Lake City zu Beginn der Saison 2016/17, triumphierte Lee in Shanghai und in Gangneung über 1500 m und erreichte zum Saisonende den zweiten Platz im Weltcup über 1500 m. Zudem wurde er in Shanghai Dritter mit der Staffel. Bei den Winter-Asienspielen 2017 in Sapporo gewann er die Bronzemedaille über 1500 m und die Silbermedaille mit der Staffel. Sein bestes Ergebnis bei den Weltmeisterschaften 2017 in Rotterdam war der achte Platz mit der Staffel und über 1000 m.