Alex Brasilian maajoukkueeseen ensimmäisen kerran 1998. Hän voitti muun muassa Copa Américan 1999 ja 2004, joista jälkimmäisessä hän toimi maajoukkueen kapteenina. Hän edusti Brasiliaa myös Maanosaliittojen cupissa 1999 ja 2003. Kaikkiaan Alex pelasi vuosina 1998–2005 yhteensä 48 maaottelua, joissa hän teki 12 maalia.