Awalnya, kuil ini didirikan sebagai pusat meditasi, setelah Maechi Chandra dan biksu yang ditahbiskan, Luang Por Dhammajayo tidak dapat mengakomodasi peningkatan jumlah peserta dalam kegiatan Wat Paknam Bhasicharoen. Pusat itu menjadi kuil resmi pada tahun 1977. Kuil itu tumbuh secara eksponensial selama tahun 1980-an, ketika program kuil menjadi terkenal di kalangan kelas menengah perkotaan. Wat Phra Dhammakaya memperluas wilayahnya dan pembangunan stupa (pagoda) besar dimulai. Selama periode krisis finansial Asia 1997, kuil ini tunduk pada kritik luas untuk metode dan pengajaran penggalangan dana, seperti Luang Por Dhammajayo didakwa dengan penggelapan dan dikeluarkan dari kantornya sebagai kepala biara . Pada tahun 2006, dakwaan ditarik dan dia dikembalikan sebagai kepala biara . Kuil semakin berkembang dan dikenal karena banyak proyeknya di bidang pendidikan, perubahan etika, dan beasiswa. Kuil juga diterima sebagai bagian dari arus utama Thai Sangha (komunitas monastik). Setelah Kudeta Thailand 2014, kepala biara dan kuil itu berada di bawah pengawasan lagi dan Luang Por Dhammajayo dituduh menerima uang curian dari pendukung dan pencucian uang. Kuil telah disebut sebagai satu-satunya organisasi berpengaruh di Thailand yang belum ditundukkan oleh junta yang berkuasa, yang telah menutup sebagian besar oposisi sejak mengambil alih kekuasaan. Proses peradilan terhadap kepala biara dan kuil sejak tahun 1990-an telah menyebabkan banyak perdebatan mengenai prosedur dan peran negara terhadap agama, perdebatan yang telah meningkat sejak pengepungan tahun 2017 kuil oleh junta. Pada 2017, keberadaan Luang Por Dhammajayo masih belum diketahui, dan pada tahun 2018, Phrakhru Sangharak Rangsarit ditetapkan sebagai kepala biara resmi.