Lorsque le VIe corps est réorganisé au cours de l'hiver 1863-1864, Neill est maintenu à la tête de sa brigade ; mais Howe est replacé par le brigadier général George W. Getty. Getty est blessé lors de la bataille de la Wilderness, et Neill commande alors sa division pendant la plupart du temps de la campagne de l'Overland d'Ulysse S. Grant. Getty revient au début du siège de Petersburg, et Neill devient officier d'état-major dans le XVIIIe corps de l'armée de la James. Il sert comme de l'état-major du major général Philip Sheridan lors des campagnes de la vallée de la Shenandoah. Il n'y a pas d'archive concernant son service au cours de la guerre de Sécession après . Il obtient un brevet de major général des volontaires et un brevet de brigadier général de l'armée régulière pour son service au cours de la guerre le .