Sau một đợt đại tu tại Eniwetok, "Cowell" ra khơi vào ngày 29 tháng 8 cùng Đội đặc nhiệm 36.5 cho các cuộc không kích xuống phía Tây quần đảo Caroline, Philippines và Palau, xuống khu vực Manila và vịnh Subic, cũng như hỗ trợ cho cuộc đổ bộ lên Morotai vào ngày 15 tháng 9. Nó đi đến đảo Manus để tiếp liệu vào ngày 28 tháng 9, rồi lên đường vào ngày 2 tháng 10 hỗ trợ cho các đợt không kích xuống Okinawa, Luzon và Đài Loan nhằm chuấn bị cho cuộc đổ bộ lên Leyte. Khi các tàu tuần dương và bị trúng ngư lôi trong các cuộc không kích ác liệt của quân Nhật vào các ngày 13 và 14 tháng 10, "Cowell" đã túc trực để cung cấp điện năng, ánh sáng và phương tiện bơm trong khi các con tàu bị hư hỏng rút lui khỏi khu vực chiến sự.