ב-1903 פרץ מרד אילינדן נגד השלטון העות'מאני שהובל על ידי הארגון המהפכני הפנים-מקדוני ונתמך על ידי נסיכות בולגריה ומרכזו במונסטיר. המרד פרץ בנפת מונסטיר ב-2 באוגוסט 1903 בחג "יום אילנדן" (יום אליהו הנביא). בנוסף ל-80 בני הקהילה חברי הארגון המהפכני, כ-200 משפחות מבני הקהילה תמכו בארגון אם כלכלית, או בסיוע להברחת נשק ואספקת דירות מסתור. אחד ממנהיגי הארגון המהפכני היה רפאל קמחי, בן קהילת ביטולה אשר נטל חלק בקרבות. מרבית ההתנגשויות הצבאיות היו בשטחי השדה במקדוניה מחוץ לערים הגדולות, אך מקצתן בתוכן והן גרמו לפגיעה ממשית בהן. הארגון המהפכני הפנים-מקדוני העמיד מיליציה בת 25,000 לוחמים אשר תקפו כוחות שיטור וצבא עות'מאניים, וכן פשטו על כפרים ויישובים קטנים והרגו בתושבים מוסלמים באזורי נפת ביטולה וקסטוריה. בנוסף חובלו כבלי הטלגרף בכל האזור. במונסטיר עצמה הוכרזה שביתת מסחר והחלו הפגנות. בתחילת המרד שררה אנדרלמוסיה בקרב השלטונות העות'מאניים, והם איבדו שליטה על כוחותיהם. העות'מאנים העבירו תגבורות גדולות לאזור ודיכאו את המרד בנוקשות תוך פגיעה באוכלוסייה האזרחית בכפרים ויישובים בעלי אוכלוסייה נוצרית, אשר הועלו באש ונשרפו כליל, והעניין הוביל לכ-50,000 פליטים נוצרים, יהודים ומוסלמים אשר הגיעו לערים הגדולות, רובם למונסטיר. הפליטים היוו עול כבד על העיר אשר נתונה הייתה ממילא במצב קשה בשל המרידה.