Za obléhání Plzně husity došlo k částečnému poboření kostela a tak v následujícím období byly realizovány opravy tak, aby roku 1460 mohl být kostel biskupem Mikulášem Molenotským posvěcen. V pramenech jsou v letech 1495 až 1521 zaznamenány další odkazy ke kostelu. V 16. století došlo k renesančnímu zaklenutí presbytáře (dříve snad plochostropý), přičemž dle dochovaného nápisu na severní stěně lodi došlo k jejímu zaklenutí roku 1590. V roce 1554 bylo výrazně upraveno okolí kostela z důvodu zlepšení obrany nedaleké Plzně. Patrně až na konci 16. století došlo k vestavbě kruchty a na přelomu 16. a 17. století k vymalování stěn náboženskými motivy a nápisy. V roce 1618 i v kostele zřídili Mansfeldovi vojáci ovčinec.