Raumprägend und charakteristisch für die erste Ausstattung der Kirche mit Buntglasfenstern waren in der Apsis fünf Kleeblattfenster mit fünfzehn Einzeldarstellungen, die jedoch alle bei Bombenangriffen im Jahre 1943 beschädigt oder zerstört wurden. Neue Buntglasfenster gab es bei der Renovierung im Jahre 1954 für die Querschiffe, die Öffnungen der Kleeblattfenster im Altarraum wurden zugemauert. Erst bei einer weiteren Renovierung im Jahre 1975 öffnete man sie wieder und ließ moderne Fenster durch den Künstler Hans Kock gestalten. Überreste von neun der ursprünglichen Fenster wurden im Keller der Kirche im Jahre 1994 wiederentdeckt, restauriert und unter den Seitenemporen als Vorsatzfenster angebracht. Diese Fenster blieben Bruchstücke, die durch ihre Unvollkommenheit an die Zerstörungen des Krieges erinnern sollen.