Im Rahmen der Jugoslawienkriege zeigten sich zudem die Schwächen der fragmentierten EU-Außenpolitik. Die EU befand sich zu dieser Zeit in einem Prozess der institutionellen Neustrukturierung. Die Erfahrungen des Jugoslawienkriegs führten jedoch auch verstärkt die Notwendigkeit einer konsolidierten EU-Außenpolitik bzw. einer neuen Strategie gegenüber den südöstlichen Nachbarstaaten vor Augen. Die zögerliche Haltung gegenüber den Staaten Südosteuropas verzögerte jedoch die Aufnahme von Beitrittsverhandlungen mit Kroatien. Lediglich Slowenien, das abgesehen vom 10-Tage-Krieg von den Kriegsfolgen verschont blieb, konnte im Rahmen des "Big Bang", der großen Erweiterungswelle im Jahre 2004, seine EU-Beitrittsbestrebungen finalisieren. Nach dieser umfassenden Erweiterung setzte innerhalb der EU zunehmend eine gewisse Erweiterungs-Apathie ein, was sich auf Kroatiens EU-Ambitionen negativ auswirkte.