Die erste Erwähnung der Pfarre "Merbotonis villa" erfolgte 1352 in den päpstlichen Zehntregistern. Das Dorf war zur Herrschaft Scharfenstein untertänig. 1530 wurde Mertendorf nach der Reformation evangelischer Pfarrort. Im Zuge der Rekatholisierung erlosch die Pfarre 1624 und das Dorf wurde nach Algersdorf eingepfarrt. Die berní rula von 1654 weist für Mertendorf 20 Bauern, sieben Beisassen und zwei Gärtner aus. Der Ort war Sitz eines Erbrichters. Zwischen 1708 und 1709 erfolgte der Bau der neuen Kirche der hl. Katharina. 1713 bestand das Dorf aus 113 Häusern. Während des Kartoffelkrieges zog das Preußische Heer 1778 auf seinem Rückzug aus Böhmen sechs Tage lang durch Mertendorf und zerstörte seine Proviant- und Munitionswagen. 1787 wurde in Mertendorf eine Filiale der Algersdorfer Kirche eingerichtet. 1833 lebten in den 179 Häusern von Mertendorf 948 Menschen. Diese lebten vornehmlich von der Land- und Forstwirtschaft. Außerdem wurden Musikinstrumente gefertigt, renommiertester Instrumentenbauer war Stephan Storch.