Successivamente, in data 31 marzo 1854, gli Stati Uniti (rappresentati dall'ambasciatore speciale in terra giapponese Matthew C. Perry) e rappresentanti del Giappone firmarono un trattato di pace e amicizia a Kanagawa, in Giappone, dando inizio ai rapporti formali tra i due Paesi. L'8 luglio 1853 il commodoro Perry trovandosi nel porto della capitale del Giappone Edo (la moderna Tokyo) consegnò una lettera del presidente Millard Fillmore con destinatario l'imperatore del Giappone annunciando l'intenzione degli Stati Uniti di istituire delle relazioni diplomatiche e commerciali con il Giappone. Tuttavia questa lettera non ebbe immediato riconoscimento formale, perciò si dovette attendere fino al trattato del 1854. Le relazioni furono rafforzate in seguito grazie all'istituzione di consolati nei rispettivi territori, ma vennero interrotte bruscamente nel 1941, durante la seconda guerra mondiale, quando gli Stati Uniti dichiararono guerra al Giappone dopo l'attacco di quest'ultimo a Pearl Harbor. Le relazioni furono ristabilite il 28 aprile 1952, dopo la resa in guerra del Giappone in seguito al bombardamento atomico di Hiroshima e Nagasaki, a cui seguì la firma del trattato di San Francisco che mise fine all'occupazione americana del territorio giapponese.