В 1240-е годы Берестейская земля, по-прежнему представлявшая собой предмет соперничества между галицко-волынскими и польскими князьями, была под угрозой покорения монголо-татарами. В январе 1241 года вблизи города произошла битва Берестяного полка с отрядом войск хана Батыя, в результате чего защитники города и многие жители были перебиты монголами, тела убитых лежали не упокоенными 4 месяца до момента, пока весной 1241 года не вернулись Романовичи. Летопись сообщает: «Данилови же со братом пришедшоу ко Берестью. И не возмогаста ити в поле, смрада ради и множьства избиенных». Во второй половине XIII века Берестьем владел волынский князь Владимир Василькович, при котором на территории замка в 1276—1288 годах была построена каменная башня-донжон, возведена каменная церковь святого Петра. Башня впоследствии помогала горожанам выдерживать жестокие осады. В 1319 году великий князь литовский Гедимин «без особого сопротивления» присоединил Берестейскую землю к Великому княжеству Литовскому, но уже в 1320 году владимир-волынский князь Андрей I возвращает обратно Берестье в состав своего княжества. Однако в 1321 году Гедимин на реке Ирпень разбивает русское войско, убивает последнего русского владимир-волынского князя из рода Романовичей Андрея I, берёт города Владимир, Луцк, идёт в Берестье на зимовку и окончательно присоединяет его к Великому княжеству Литовскому. В 1379 году Берестье сожгли тевтонские рыцари.