7 апреля 1991 года в матче против сборной Южной Кореи Лаппер дебютировал за сборную США. За национальную команду Лаппер выступал на Кубке короля Фахда 1992, Кубке Америки 1993, а также был членом олимпийской сборной на летних играх в Барселоне. С приходом на пост главного тренера сборной Боры Милутиновича, Майк уступил место в основе Алекси Лаласу. В 1994 году Лаппер попал в заявку команды на участие в домашнем Чемпионату мира. На турнире он не сыграл ни минуты. В 1995 году Майк во второй раз сыграл на Кубке Америки.