Im Zuge der Besetzung Ägyptens 1882 durch britische Truppen, unter General Wolseley, während des Urabi-Aufstandes, wurde die ägyptische Armee in der Schlacht von Tel-el-Kebir zerschlagen. Sie wurde anschließend unter dem Kommando eines britischen Oberbefehlshabers, des Sirdars neu aufgebaut. Auch Baker wurde ein Kommando in dieser Armee angeboten. Bei seinem Eintreffen in Kairo war die angebotene Position aber, vermutlich wegen des vor sieben Jahren gegen ihn gefällten Urteils, nicht mehr verfügbar. Deshalb wurde er mit dem Aufbau der Gendarmerie beauftragt.