Gregorio IX si dimostrò intransigente con l'imperatore e nemmeno il pericolo mongolo, che a quel tempo stava affacciandosi, lo indusse a riappacificarsi con Federico II. Lo stesso impero era in pericolo, ma Federico II non poteva lasciare l'Italia, mémore degli eventi accaduti durante la Sesta crociata. La rottura definitiva dei negoziati con l'imperatore causò anche l'allontanamento dalla curia del cardinale Giovanni Colonna che aveva preso le redini della fazione filo-imperiale subendone dure conseguenze.