Tijdens de Slag bij Shiloh voegde Buell zijn leger bij dat van Grant en hielp hem de Zuidelijken te verslaan op 7 april 1862. Buell was van mening dat zijn komst de hoofdreden was dat Grant geen smadelijke nederlaag had geleden, en Grant ontwikkelde een aversie tegen Buell die hem de rest van zijn carrière zou achtervolgen. Buell diende daarna onder Henry Halleck in de Slag bij Corinth. In juni en juli begon Buell een kalme opmars naar Chattanooga, maar zijn bevoorradingslijnen werden afgesneden door Nathan Bedford Forrest, waardoor zijn offensief krakend tot stilstand kwam.