Nachdem Ligiers Teamchef de Rouvre im Dezember 1993 in Frankreich verhaftet worden war, hatte der Rennstall keine effektive Leitung. Medienberichte beschrieben das Team als „herrenlos“. In der Zeit vor dem Saisonbeginn fehlte das Geld, um ein neues Auto zu entwickeln. Das Team fuhr daher in der Saison 1994 mit dem JS39, der nun als B-Version bezeichnet war. Im Mai 1994 kaufte Flavio Briatore den Rennstall, der Frank Dernie erneut zum technischen Direktor ernannte und Tom Walkinshaw zum Teamchef machte. Walkinshaw hielt in diesem Jahr 15 Prozent der Anteile an Ligier. Fahrerseitig konzentrierte sich Ligier wieder auf französische Piloten: neben dem Routinier Éric Bernard verpflichtete das Team den Debütanten Olivier Panis. Panis kam, abgesehen von seinem Heimrennen, bei jedem Großen Preis ins Ziel. Beim Großen Preis von Deutschland erreichte er mit dem zweiten Platz die beste Positionierung eines Ligier seit 1986. Bernard wurde beim Großen Preis von Deutschland Dritter, stand im Laufe der Saison aber zumeist im Schatten seines Teamkollegen. Vor dem drittletzten Rennen des Jahres wurde Bernard entlassen; sein Cockpit übernahm Johnny Herbert, der allerdings nur ein Rennen für Ligier bestritt und als Achter beendete, bevor er zu Benetton wechselte. Die letzten zwei Rennen fuhr Franck Lagorce für Ligier, der einmal ausfiel und einmal Elfter wurde. Mit 13 Punkten lag Ligier 1994 auf Platz sechs der Konstrukteurswertung.