Après la guerre, il traduit en anglais les ouvrages de Napoléon. En 1832, Scott remplace John E. Wool en tant que commandant des troupes fédérales en Géorgie. Il fut remplacé par Edmund Meredith Shackelford en raison de sa gestion couteuse des guerres creek et séminole. Il est rappelé en 1838 et organise à la demande du président Martin Van Buren la déportation de la nation Cherokees à l'ouest du Mississipi, opération connue sous le nom de Piste des Larmes. de leur membres sont ainsi transférés dans des conditions extrêmes qui seront fatales à d'entre-eux.