После установления диктатуры генерала Метаксаса и восстановления монархии в 1936 году, Гонатас был арестован в 1938 году и был сослан, первоначально на остров Миконос, а затем, в 1939 году, на остров Сирос, где оставался до начала греко-итальянской войны в 1940 году.