En 1574, participó en la batalla de Mook, que supuso un duro golpe para los rebeldes protestantes. En 1576 fue enviado a socorrer al castillo de Gante. Ese mismo año, los tercios se amotinaron por la falta de pagas y se hicieron fuertes en Alost. Aprovechando la situación y el vacío de poder tras la muerte del gobernador general Luis de Requesens, Guillermo de Orange organizó una revuelta generalizada, se declaró «rebeldes» a todos los españoles y a los que colaboraran con ellos. Entonces, las tropas alemanas y valonas de Amberes cambiaron de bando y dejaron entrar en la ciudad a los rebeldes holandeses, que sitiaron la ciudadela, al mando de Sancho Dávila. Ante tal situación, Juan del Águila convenció a los amotinados de Alost para que socorrieran a sus compatriotas. Así las tropas tomaron la ciudad. Tras esta acción se produjo el desafortunado Saqueo de Amberes. Ese mismo año (1577) fue nombrado capitán.