Багато церков в Хорватії було пошкоджено або зруйновано під час хорватської війни (1991–95). Єпископи, священики та найбільш вірні єпархії Загреба, Карловаця, Славонії та Далмації стали біженцями. Останні троє міст були майже повністю покинуті після виселення сербів з Хорватії в 1995 році (операція "Буря"). Також єпархія Далмації тимчасово переїхала до Кніна після створення самопроголошеної протодержави Сербська Крайна. Єпархія Славонії переїхала з Пакраца до Дарувару. Після операції «Буря» два монастирі були особливо пошкоджені: монастир Крупа, побудований у 1317 році, та монастир Крка, побудований у 1345 році.