Trong năm 2011-12, Atalanta bị trừ sáu điểm trong bảng xếp hạng do kết quả của một vụ bê bối bóng đá Ý. Tuy nhiên, câu lạc bộ đã cố gắng đảm bảo một năm nữa ở Serie A bằng cách giành được 52 điểm sau 38 trận. Năm sau, vì những lý do tương tự, câu lạc bộ đã bị trừ hai điểm trong giải đấu nhưng thoát suất xuống hạng nhờ đạt vị trí thứ 15. Tại mùa giải 2013-14, Atalanta kết thúc ở vị trí thứ 11.