Большой урон епархии нанесён в 1995 году в ходе операции хорватских войск «Буря», в результате которой уничтожено 26 и сильно повреждено 68 храмов, пострадало более 30 других церковных объектов. В Ливно был взорван склеп-памятник с останками жертв хорватских усташей во время Второй мировой войны. На начало 2000 года большинство священников епархии находилось в изгнании. Епископ Бихачско-Петровацкий Хризостом смог возвратился в свой кафедральный город лишь осенью 2002 года.