Promosso capitano di fregata nel 1841, Rigault de Genouilly proseguì il suo servizio partecipando ad alcune campagne contro la pirateria nelle acque delle Filippine; nel clima di tensione venutosi a creare tra la Francia e l'Impero dell'Annam, il 15 aprile 1847 fu protagonista della distruzione della flotta vietnamita al largo di Tourane. Il 10 agosto dello stesso anno naufragò su un'isola al largo delle coste Coreane, perdendo due navi; l'intero equipaggio fu salvato dalla popolazione locale e rimpatriato a bordo di due imbarcazioni inglesi. Nel 1851 gli fu dato il comando del "Charlemagne", prima imbarcazione mista munita di motore a vapore destinata a fungere da modello per il rinnovamento della flotta francese. Durante l'assedio di Sebastopoli comandò i cannonieri e fucilieri della Marina sbarcati per dare man forte all'artiglieria dell'"Armée de terre". La sua condotta nella guerra di Crimea gli fece guadagnare la Legion d'onore e la promozione al grado di contrammiraglio. Nominato nel 1857 comandante della flotta francese che partecipò alla seconda guerra dell'oppio, Rigault de Genouilly comandò personalmente le operazioni di sbarco durante la battaglia di Canton; il 5 gennaio 1858 la città cadde in mano alle forze anglo-francesi.