Bahagian awal musim 2006 terbukti amat sukar bagi Button. Pada perlumbaan pembuka tirai, beliau mendapat lima mata dengan mendapat tempat keempat, dan menamatkan perlumbaan di atas podium di Malaysia. Di Australia, beliau mendapat petak pertama, tetapi dipintas oleh Fernando Alonso dan Kimi Räikkönen pada selekoh pertama. Selepas tempoh kereta keselamatan, Button berada di tempat kelima sebelum enjin keretanya meledak pada selekoh terakhir pada pusingan terakhir. Beliau berhenti beberapa meter sebelum garisan penamat untuk mengelakkan dirinya dikenakan penalti enjin. Pada perlumbaan tuan rumahnya di Silverstone, beliau memulakan perlumbaan di tempat ke-19. Beliau terbabas pada pusingan kelapan disebabkan oleh kebocoran minyak enjin.