Los colorados refugiados en Buenos Aires ansiaban volver a tomar el poder en el Uruguay, y la victoria de Mitre les dio la oportunidad. En abril de 1863 partió desde Buenos Aires una invasión a ese país bajo el mando del expresidente Venancio Flores, organizada, trasladada y armada con apoyo del gobierno argentino, que además promovió conflictos diplomáticos con ese país. Como el gobierno uruguayo tardara en caer en manos de los revolucionarios, un ejército del Imperio del Brasil invadió ese país; tras la destrucción de Paysandú y el bloqueo de Montevideo, finalmente el gobierno blanco entregó el país al general Flores.