De volgende dag probeert het Amerikaanse leger een tegenaanval te lanceren, maar elke aanval wordt afgeslagen daar de grotere schepen een soort krachtveld bezitten en ze zelf over een vloot van kleine gevechtsschepen beschikken die ook ieder een eigen krachtveld hebben. Alleen kapitein Steven Hiller overleeft de vernietiging van zijn squadron. Hij slaagt er tevens in een van de gevechtsschepen van de buitenaardse wezens neer te laten storten door het in een kloof te lokken (hoewel het hem ook zijn eigen kist kost). Hij slaat het buitenaardse wezen in het schip bewusteloos, en gebruikt zijn parachute om het buitenaardse wezen mee te nemen. Hiller wordt opgepikt door Russell Casse, die met een groep vluchtelingen door de woestijn rijdt. Ze brengen het gevangen buitenaardse wezen naar Area 51, waar de president en zijn gevolg ook zijn. Al snel wordt duidelijk dat de wetenschappers in Area 51 al langer van deze buitenaardse wezens afwisten: bij het Roswellincident is een gevechtsschip met drie buitenaardse wezens aan boord gevonden.