Scott's hær bevægede sig længere ind i landet fra Puebla uden at mode modstand, og angreb Mexico City sydfra. Under denne kampagne i 1847 kom Hancock første gang i kamp i Slaget ved Contreras og Slaget ved Churubusco. Han blev midlertidigt forfremmet til premierløjtnant for modig og meriterende indsats i disse slag. Hancock blev såret I knæer ved Churubusco og fik feber. Selv om han var rask nok til at lede sit regiment I Slaget ved Molino del Rey, holdt feberen han væk fra det endelige gennembrud ved Mexico City, noget han beklagede i resten af sit liv. Efter den endelige sejr blev Hancock i Mexico med 6. infanteriregiment indtil fredstraktaten blev underskrevet i 1848.