Nykyinen Essaouira tunnettiin aikaisemmin nimellä "Mogador"; nimitystä käytettiin jo ainakin 1300-luvun kartoissa. Portugalin kuningas Emanuel I rakennutti vuonna 1506 Mogadoriin linnoituksen suojaamaan Portugalin valloitusretkien kannalta merkittävää välisatamaa. Linnoitus sai nimen ”Castelo Real de Mogador”, mutta se hylättiin jo vuonna 1510. Portugalilaisten lähdettyä Mogador jäi paikallisten asukkaiden hallintaan. Muun muassa Espanja, Hollanti, Britannia ja Ranska yrittivät 1500-luvun aikana valloittaa Mogadorin, mutta kaikki yritykset epäonnistuivat. Saadien hallitsijasukuun kuuluva sulttaani Ahmad al-Mansur rakennutti Ida Ou Gourdiin, 20 kilometrin päähän Mogadorista, sokeritehtaan, joka oli toiminnassa vuosina 1578–1603. Lissabonin maanjäristys ja sitä seurannut tsunami tuhosivat osia Mogadorista ja muista Marokon rannikkokaupungeista vuonna 1755.