Di musim 2006, Jenson tampil sedikit lebih baik ketimbang di musim 2005. Kali ini nama tim B.A.R-Honda berubah menjadi Honda Racing F1 Team. Di GP Malaysia, Button berhasil meraih podium ketiga. Namun nasib sial menghinggapinya di Australia, setelah kehilangan posisi podium hanya beberapa meter saja menjelang finis akibat mesin Honda-nya meledak. Padahal sehari sebelumnya, ia sukses menempatkan Honda di posisi pole position.