Na de Tweede Opiumoorlog (1856-1860) werd de haven opengesteld voor de internationale handel. In 1863 werd een douanekantoor geopend. China's nederlaag in de Eerste Chinees-Japanse Oorlog leidde tot de overdracht van Taiwan aan Japan in 1895. Taiwan werd een Japanse kolonie. Japan besteedde veel aandacht aan het verhogen van de landbouwproductie, maar ook aan de verbetering van de infrastructuur. Spoorwegen, wegen en havens, waaronder die van Kaohsiung, werden aangelegd en verbeterd. De haven werd stapsgewijs vergroot om het toenemende ladingaanbod te verwerken. In 1937 brak de Tweede Chinees-Japanse Oorlog uit en werd de haven ook door het leger intensief gebruikt. Er werd in die periode rond de 3 miljoen ton aan vracht per jaar overgeslagen.