Член Комуністичної партії Югославії з 1959 року. У 1984 р. він очолив партійну організацію столиці, а через два роки став лідером сербських комуністів. У 1986—1989 роках був головою Союзу комуністів Югославії. У 1989 році Мілошевича обрано на президента республіки Сербія. Він одразу почав урізати автономію Косово, що спричинило хвилю протесту. Тоді до Косово були введені війська. У 1991 році після оголошення незалежності Словенією та Хорватією спрямував туди частини федеральної югославської (але вже по суті — сербської армії). Словенський конфлікт був майже безкровний, на відміну від Хорватського, де при обстрілі одного міста Дубровник загинуло 114 осіб і зруйновано багато історичних пам'яток.