Jaakko Häkli avioitui vuonna 1877 Lopista kotoisin olleen Alina Sofie Långin (s. 1853) kanssa. Pariskunnalle syntyi myöhemmin yksi tytär. Häkli kuoli Saksan Hessenissä sijaitsevassa Bad Nauheimin kylpyläkaupungissa 53-vuotiaana ja hänet haudattiin Viipuriin Sorvalin hautausmaalle. Kuvanveistäjä Eemil Halosen veistämä hautamuistomerkki löydettiin jatkosodasta lähtien hylättynä olleelta hautausmaalta vuonna 2007 ja pystytettiin uudelleen Häklin hautapaikalle.