Президентство Лиссубы ознаменовалось не только реформами, но и серьёзной политической дестабилизацией, вылившейся в гражданскую войну 1997 года. Расстановка политических сил к тому времени изменилась: Сассу-Нгессо, опираясь на партийную милицию КПТ «Кобры», выступил против Лиссубы, а Колелас поддержал президента.