En 1997, Alessio Boggiatto se distingue en remportant le titre des 200 et 400 m 4 nages des championnats d’Europe juniors, titres qu’il conserve les deux années suivantes pour le 400 m 4 nages et une seule année, en 1998, pour le 200 m 4 nages. En 1999, il ajoute dans son escarcelle celui du relais 4×200 m nage libre. Cette même année 1999, il obtient son national, celui du 400 m 4 nages, lors des championnats d’Italie de printemps disputés à Gênes et il honore sa dans l'équipe d’Italie senior aux Championnats d’Europe 1999 à Istanbul. Engagé dans ses deux épreuves de prédilection du 4 nages, il parvient en finale du 400 m et échoue au pied du podium mais il est éliminé lors des séries qualificatives du 200 m.