הכובשים הממלוכים תפסו את השלטון בארץ ישראל לאחר שהדפו בקרב עין ג'אלות את הגייסות המונגולים שפשטו בארץ ישראל, ב-3 בספטמבר 1260. השליט הממלוכי הראשון ביברס המשיך לרדוף את הצלבנים ולגרשם מארץ ישראל. בשנת 1219 נהרסו חומות העיר העתיקה ונותרה עיר פרזות (עד הכיבוש העות'מאני), מלבד מגדל דוד שבו ישב המושל הכללי שהופקד על הסדר הציבורי ועל גביית מיסים ולצדו וחיל מצב ממלוכי; ואילו המושל הדתי, שלעזרתו גם כן עמד כוח חמוש, ישב במבנה סמוך להר הבית ואל עומריה ואחר כך ליד שער המשגיח, וחלש על מבני הציבור בשימוש דתי (ווקף). העיר השתייכה למחוז עזה ולעיתים למחוז דמשק, ואחר כך נעשתה לנפה עצמאית הכפופה לסולטאן.