2012 wurde Houvenaghel britische Meisterin im Zeitfahren und gewann das Rennen Chrono Champenois – Trophée Européen ein weiteres Mal. Bei den UCI-Bahn-Weltmeisterschaften 2012 belegte sie Rang zwei in der Einerverfolgung. Trotz dieser guten Ergebnisse wurde sie nicht für die Olympischen Sommerspiele 2012 in London nominiert, und sie beendete ihr Radsportlaufbahn.