Lienz sempat diduduki oleh pasukan Prancis pada tahun 1797 selama Perang Revolusi Prancis. Setelah Austria dikalahkan oleh Prancis dalam Pertempuran Austerlitz, Lienz dan wilayah Tirol secara keseluruhan diserahkan kepada Elektorat Bayern seperti yang diatur oleh Perdamaian Pressburg pada tahun 1805. Pada tahun 1809, kota ini menjadi pusat administratif sebuah distrik di Provinsi-Provinsi Iliria Kekaisaran Prancis Pertama, tetapi pada akhirnya ditaklukan kembali oleh pasukan Austria pada tahun 1813. Kota ini kembali menjadi wilayah Kekaisaran Austria hingga tahun 1918.