Скорее всего, при нашествии монголов Кидекша пострадала, но уже в 1239 году здание церкви Бориса и Глеба было отремонтировано и освящено, и в нём, вероятно, было устроено белокаменное седалище и резная алтарная преграда. Но вскоре сам городок захирел, и его жители переселились в соседний Суздаль. В «Списке русских городов дальних и ближних» (XIV—XV века) Кидекша не значится.