Albert Sarraut, ministre de l'Intérieur, le nomme sous-préfet de Vitry-le-François, dans la Marne, en . En 1939, Bousquet devient secrétaire général de la préfecture de Châlons-sur-Marne. Lors de la débâcle, il reste à son poste puis, fin , les services préfectoraux se replient à Albi. Il est préfet de la Marne, après l'armistice de juin 1940.