וארלה ערך את הופעת הבכורה בנבחרת אורוגוואי בשנת 2000, והשתתף עמה במונדיאל 2002, בו שיחק את מלוא הדקות בטורניר בו הודחה אורוגוואי בשלב הבתים עם שתי נקודות, ובקופה אמריקה 2004, אותה סיימה אורוגוואי במקום השלישי. בשנת 2006 ערך וארלה את הופעתו ה-26 והאחרונה במדים הלאומיים.