Le 10 mai 1940, la Belgique est envahie. Le gouvernement s'exile en France afin de mener le combat mais Léopold III préfère rester en Belgique contre l'avis de ses ministres; cette rupture entre le gouvernement et le Roi pose les bases de la future Question royale. Léopold III finit par capituler le 27 mai ; Pierlot déclare aussitôt le Roi est en "incapacité de régner", incapacité qui ne sera levée qu'une décennie plus tard. Le 22 juin, la France elle-même capitule et la Troisième République s'effondre. Le gouvernement belge se disloque. Il ne se reformera à Londres qu'en automne.