ในช่วงสงครามดอกกุหลาบตระกูลเพอร์ซีให้การสนับสนุนฝ่ายแลงคัสเตอร์และปราสาทแอนิกเป็นหนึ่งในสี่ปราสาทที่ใช้ในการป้องกันชายแดนตะวันออก (อีกสามปราสาท คือ ปราสาทแบมบะระ, ปราสาทดันสแตนบะระ และปราสาทวอร์เคิร์ธ) และใช้ในการนำเข้ากองกำลังเสริมจากสกอตแลนด์ ทว่าปราสาทแอนิกยอมจำนนต่อฝ่ายยอร์กหลังพระเจ้าเอ็ดเวิร์ดที่ 4 ได้ชัยชนะเด็ดขาดที่สมรภูมิทาวตันปี ค.ศ. 1461 แม้การต่อต้านจะยังคงหลงเหลืออยู่และปราสาทถูกเปลี่ยนมือหลายครั้ง แต่ตั้งแต่เดือนธันวาคม ค.ศ. 1461 ถึงเดือนกรกฎาคม ค.ศ. 1462, ฤดูใบไม้ร่วงของปี ค.ศ. 1462 ถึงเดือนมกราคม ค.ศ. 1463 และเดือนพฤษภาคม ค.ศ. 1463 ถึงเดือนมิถุนายน ค.ศ. 1464 ปราสาทอยู่ในการครอบครองของฝ่ายสนับสนุนแลงคัสเตอร์ ในปี ค.ศ. 1469 ปราสาทกลับมาอยู่ในการครอบครองของตระกูลเพอร์ซีอีกครั้ง