MILFとMNLFは、平和へのコミットメントと47年間に渡る反乱を最終的に終わらせることを表明している。一方、アブ・サヤフや他の分離グループに対する攻撃は続いており、ホロ島、バシラン州、ミンダナオ州の他の地域で小規模な衝突が起きている。2016年9月にダバオ市で爆破事件が発生し15人が死亡し、2017年5月23日にはマウテ・グループがマラウィを攻撃した。ロドリゴ・ドゥテルテ大統領は宣言216号を発令してミンダナオ島全体を戒厳令下に置き、ヘイビアス・コーパスの権利を停止した。イスラム過激派がフィリピン政府軍と戦ったマラウィの戦いは2017年10月まで続いたが、その間に過激派グループによるキリスト教徒の違法殺害が行われるなど暴力行為は激しく、政府軍はアブ・サヤフとマウテの位置に砲撃と空爆を行った。2018年には、アブ・サヤフとBIFFが関与する2つの爆破事件（一件目はバシラン州ラミタン市で一回、二件目はスルタン・クダラット州のイスランで複数回発生）が起きている。