Протягом 2001—2005 роках тренер працював у Перу. Він двічі ставав чемпіоном країни, причому з різними командами — спочатку з клубом «Альянса Ліма» (2001), а потім (після короткострокового повернення в «Ботафогу») — з клубом «Спортінг Крістал» (2002). Відзначивши високі результати з клубами, Федерація Футболу Перу попросила Аутуорі очолити національну збірну цієї країни. На домашньому Кубку Америки 2004 року перуанці вийшли в 1/4 фіналу, однак там жереб звів їх з аргентинською командою, якій у підсумку не вистачило кількох хвилин до свого п'ятнадцятого титулу чемпіонів Америки. Господарі поступилися з мінімальним рахунком, а робота Аутуорі була розцінена як успішна.