En 1839, fue nombrado comandante en jefe de Tamaulipas; donde pasó muchos años. Se le ordenó marchar a la recuperación de Texas, pero fue retirado del frente, después de reiterados y extraños fracasos. En 1846, quizás por su amplio conocimiento militar, fue nombrado comandante del Ejército del Norte durante la invasión estadounidense. El 8 de mayo perdió la Batalla de Palo Alto, cerca de Matamoros, donde sus tropas sufrieron grandes pérdidas en un enfrentamiento con los estadounidenses. Arista retiró sus fuerzas armadas para sufrir otra derrota al día siguiente en la Batalla de la Resaca de Guerrero, donde ni siquiera salió de su tienda de campaña. Sus tropas perdieron todas sus municiones y artillería, y los enemigos pudieron tomar la ciudad de Matamoros fácilmente. Es destituido del mando y es reemplazado por el general Francisco Mejía.