Zwischen 1998 und 2004 bestritt Mora insgesamt zwölf Länderspiele für die mexikanische Nationalmannschaft. Seine beiden ersten Einsätze absolvierte er beim CONCACAF Gold Cup 1998 gegen Honduras (2:0) und Jamaika (1:0). Seinen einzigen Länderspieltreffer erzielte er beim CONCACAF Gold Cup 2000 gegen Guatemala (1:1) und seinen letzten Einsatz für „El Tri“ bestritt Mora in einem am 28. April 2004 ausgetragenen Testspiel gegen die USA, das 0:1 verloren wurde.