El 19 de abril de 1863 encabezó una revolución que dio inicio a una guerra civil, que él bautizó «Cruzada Libertadora». Venció a los nacionalistas uruguayos en la batalla de Coquimbo (junio de 1863) y Cañas (julio de 1863). Aceptó la ayuda militar del Imperio de Brasil en los conflictos en la campaña generados por la purga nacionalista impulsada por Berro ― y de Buenos Aires para la campaña hacia Montevideo. Flores ocupó Florida el 4 de agosto de 1864, e hizo fusilar a los defensores de la villa (hoy ciudad, capital del departamento homónimo). En enero de 1865 tomó Paysandú, sitiada por los brasileños (véase el artículo Defensa de Paysandú) y mandó fusilar a todos los oficiales. El 20 de febrero de 1865 entró en Montevideo.