Het oudste tot nu toe bewaarde lutherse doopregister werd echter in Middelburg in 1586 geopend, na de massale toestroom van vluchtelingen uit Antwerpen nadat de Spanjaarden het na het Beleg van Antwerpen (1584-1585) hadden overgenomen. Antwerpen was inderdaad een vroege focus van de protestantse Reformatie geweest; de allereerste martelaren van de Reformatie die in 1523 op de brandstapel stierven, kwamen er vandaan. In augustus 1585 verlieten 40.000 mensen (of wel 50% van de inwoners) de stad, omdat ze zich tot het katholicisme weigerden te bekeren. Onder hen bevonden zich Lutheranen die in 1576 na de Pacificatie van Gent in Antwerpen waren gebleven en die zich in verschillende delen van de Verenigde Provincies zouden vestigen: Middelburg, Rotterdam, Leiden, Haarlem en Amsterdam. In deze grote steden worden de lutherse gemeenschappen versterkt door de aanwezigheid van handelaars van Duitse of Scandinavische afkomst, maar de lutherse kerk bleef vrij klein.