Marcantonio va participar novament en un conclave de 1590 el setembre de 1590, que va triar el papa Urbà VII, i, per tant de seguida, d'un segon conclave el 1590, que va triar el papa Gregori XIV. L'any següent, un nou conclave va triar el papa Innocenci XI i, finalment, el conclave de 1592 va triar el papa Climent VIII.