Suas posições nacionalistas e separatistas o levou à presidência da Croácia e a independência desse país. Parou habilmente o exército iugoslavo (JNA), na Croácia, que era muito superior em armas, com a combinação de armistício e de defesa do território do país. Depois que as forças internacionais da UNPROFOR finalmente interpuseram-se entre o Estado auto-proclamado sérvio na Croácia e as forças da Croácia, Franjo Tudjman decidiu organizar e armar o Exército Croata (HV), preparando-se para as operações "Bljesak y Oluja" de 1995, com a qual recuperou a integridade territorial do país. Foi investigado por crimes contra a humanidade pelo Tribunal Penal Internacional para a ex-Jugoslávia acusado de limpeza étnica contra a população sérvia da Krajina.