পাকিস্তানের সরকার ও সামরিক অভিজাতরা পূর্ব পাকিস্তানের হিন্দু সংখ্যালঘুটিকে পঞ্চম কলাম হিসাবে দেখতেন। পূর্ব পাকিস্তানের অর্থনৈতিক পশ্চাদপদতার কারণ হিসেবে তারা হিন্দুদের দোষ দিতো। জয়েন্ট ইলেক্টরেট পদ্ধতিতে অনুষ্ঠিত ভোটে ১৯৭০ সালের নির্বাচনটিতেই কেবলমাত্র জাতীয় পরিষদে নির্বাচিত সংখ্যালঘু সদস্য পেয়েছিল। বাংলাদেশ মুক্তিযুদ্ধের সময় পাকিস্তান সেনাবাহিনী হিন্দুদের নির্যাতন করতো এবং বিহারীরা সেনাবাহিনীকে সমর্থন করেছিল। হিন্দুদের ব্যাংক অ্যাকাউন্টও হিমায়িত করা হয়েছিল।