In 2009 kende Ferrari een slecht jaar, waarin zowel Massa als Räikkönen niet goed konden presteren met de Ferrari, alhoewel Massa in de Grand Prix van Duitsland wel de derde plaats behaalde. Als zevende in het kampioenschap, met 22 punten voorsprong op zijn gedeeld elfde liggende teamgenoot, raakte Massa in de kwalificatie van de Grand Prix van Hongarije van 25 juli 2009 zwaargewond, doordat er een veer afbrak van de wagen van Barrichello en tegen zijn helm klapte. Massa reed op dat moment naar schatting zo'n 230 km/u. Hij verloor na de klap in de auto het bewustzijn en reed in de bandenstapel. Hij werd met een schedelbreuk, hersenschudding en snijwonden aan zijn voorhoofd overgebracht naar het ziekenhuis, waar hij werd geopereerd en in een kunstmatige coma gehouden. Massa revalideerde thuis in Brazilië en hij kwam in 2009 niet meer in actie. Het jaar erna zou hij echter in Bahrein zijn comeback maken. Zijn revalidatie verliep zeer voorspoedig. De lege plaats bij Ferrari werd intussen ingenomen door ex-Force India-coureur Giancarlo Fisichella. Fisichella verving op zijn beurt Luca Badoer (testrijder bij Ferrari), die aan de kant was gezet wegens tegenvallende resultaten tijdens de eerste twee races waarin voor Massa moest worden ingevallen.