В 1998 году Вилья в составе национальной сборной поехал на Чемпионат Мира во Францию. На турнире он сыграл в матчах против команд Бельгии, Голландии и Германии. В том же году Херман во второй раз выиграл Золотой кубок КОНКАКАФ. На турнире он принял участие в матчах против сборных Тринидада и Тобаго, Ямайки и США. В 1999 году Херман выиграл Кубок Конфедераций.