Skema ini menggambarkan tanaman dan mikrobiota yang terkait dengan tanaman yang mengolonisasi berbagai ceruk di dalam jaringan tanaman. Semua bagian tanaman di atas tanah, yang dikenal sebagai filosfer , adalah habitat yang terus berkembang karena pengaruh radiasi ultraviolet ( UV ) dan perubahan kondisi iklim. Filosfer ini terutama terdiri dari daun. Bagian tanaman di bawah tanah, terutama akar, dipengaruhi oleh sifat-sifat tanah. Interaksi merugikan dapat mempengaruhi pertumbuhan tanaman melalui aktivitas patogen dari beberapa anggota mikrobiota (sisi kiri). Sebaliknya, interaksi mikroba yang bermanfaat mendukung pertumbuhan tanaman (sisi kanan).