Kofaktor molibdenum (foto) terdiri dari kompleks organik bebas molibdenum yang disebut molibdopterin , yang telah mengikat atom molibdenum(VI) yang teroksidasi melalui atom belerang (atau kadang-kadang selenium) yang berdekatan. Kecuali untuk nitrogenase kuno, semua enzim yang dikenal menggunakan Mo, menggunakan kofaktor ini.