مواقع ربط الحمض النووي  توجد مواقع الربط على جزئ الحمض النووي DNA binding site حيث ترتبط عليها العديد من الجزيئات.تختلف مواقع الربط الحمض النووي عن غيرها من المواقع حيث:  1.انها جزء من تسلسل الحمض النووي «على سبيل المثال الجينوم»   2.انها ترتبط عن طريق روابط الحمض النووي البروتيني.  ترتبط مواقع ربط الحمض النووي في كثير من الاحيان مع بروتينات متخصصة المعروفة باسم عوامل النسخ والتي ترتبط بالتنظيم النسخي.ويشار إلى مجموع مواقع ربط الحمض النووي لعامل النسخ ب "cestrome". وتشمل مواقع ربط الحمض النووي اهداف البروتينات الأخرى مثل انزيمات التقييد ومواقع الدمج الخاصة وناقلة الميثيل-دنا.  ويمكن بالتالي تعريف مواقع ربط الحمض النووي بأنها متواليات قصيرة للحمض النووي (عاده ما تكون من 4 إلى 30 زوجا من الأزواج الاساسيه، ولكن حتى 200 bp لمواقع أعاده الدمج) التي ترتبط تحديدا بواحد أو أكثر من البروتينات أو البروتينات المرتبطة بالحمض النووي. وقد ذكر ان بعض المواقع الملزمة لديها امكانيه الخضوع لتغيير تطوري سريع.  ويمكن تصنيف مواقع ربط الحمض النووي وفقا لوظيفتها البيولوجية. وبالتالي، يمكننا التمييز بين مواقع ربط عامل النسخ، ومواقع التقييد ومواقع الدمج. واقترح بعض المؤلفين ان تصنف المواقع الربط أيضا وفقا لطريقه تمثيلها الأكثر ملاءمة. وبشكل اخر فان مواقع التقييد تتمثل بتوافقية التسلسل. هذا لانهم يستهدفون في الأغلب سلاسل متماثلة فتنخفض كفاءة مواقع التقييد مع السلاسل غير المتماثلة. , تختلف مواقع الربط باختلاف عامل النسخ، وتنوع اختلاف قدرة عامل النسخ باختلاف أنواع مواقع الربط. وهذا يجعل من الصعب تمثيل مواقع ربط عامل النسخ بدقه باستخدام تسلسل توافق الآراء، وعاده ما يتم تمثيلها باستخدام مصفوفات ترددات محدده للموقف (psfm)، والتي غالبا ما يتم تصويرها بيانيا باستخدام شعارات التسلسل. غير ان هذه الحجة تعسفية جزئيا. يقيد انزيمات، مثل عوامل النسخ، تدرج الكميات. وايضا، فان الريكومبيناسيس الخاصة بالموقع تظهر أيضا مجموعه متنوعة من الروابط للمواقع المستهدفة المختلفة.   اشتبه بوجود شيء قريب من مواقع ربط الحمض النووي من خلال تجربة في الاحياء على جراثيم لمداوتنظيم "E-coli lac operon", ومواقع ربط الحمض النووي اكدت من كلا النظاميين، مع ظهور تقنية سلاسل الحمض النووي، ومنذ ذلك الحين، تم اكتشاف مواقع ربط الحمض النووي للعديد من عوامل النسخ، والانزيمات المقيدة والريكومبيناسيس الخاصة بالموقع باستخدام وفره من الأساليب التجريبية. تاريخيا، كانت التقنيات التجريبية للاختيار لاكتشاف وتحليل مواقع ربط الحمض النووي الاختبار الطباعة dnase وكهربي التنقل الفحص التحول (emsa). ومع ذلك، فقد ادى تطوير ميكرو الحمض النووي وتقنيات التسلسل السريع إلى أساليب جديده متوازية علي نطاق واسع لتحديد مواقع الربط في الجسم الحي، مثل رقاقه تشيب ورقاقه-Seq. لقياس التقارب ملزمه من البروتينات وغيرها جزيئات إلى محدده الحمض النووي التصاق موقعات الطريقة فيزيائي احيائي [ميكروسكل] [ثرموهورسيس]  ويمكن ان تمثل مجموعه من مواقع ربط الحمض النووي، التي يشار اليها عاده بالحمض النووي الملزم، بتسلسل توافقي. ولهذا التمثيل ميزه الاتفاق، ولكن علي حساب تجاهل قدر كبير من المعلومات. والطريقة الأكثر دقه لتمثيل المواقع الملزمة هي من خلال مصفوفات الترددات المحددة للموقف (psfm). وتقدم هذه المصفوفات معلومات عن تواتر كل قاعده في كل موضع من الفكرة الملزمة للحمض النووي. (psfm) عاده تصورت مع الافتراض ضمنية من استقلال موضعيه (موقعات مختلفه في الحمض النووي. التصاق موقعه يسهم بشكل مستقل إلى الموقعة عمل، رغم ان هذا افتراض يتلقى تنازعت لبعض الاحمض النووي. يقود إلى تمثيله بيانيه كتسلسل علامة تجارية.   Halford E.S; Marko J.F (2004). "How do site-specific DNA-binding proteins find their targets?". Nucleic Acids Research. 32 (10): 3040–3052. doi:10.1093/nar/gkh624. PMC 434431. PMID 15178741.