مرض معدي ناشئ  الأمراض المعدية الناشئة (اختصارًا )، هي أمراض معدية ارتفعت معدلات الإصابة بها خلال العشرين عامًا الماضية، وقد يزداد انتشارها أكثر في المستقبل القريب. تمثل العدوى الناشئة 12% على الأقل من جميع مسببات الأمراض البشرية. تنجم تلك الأمراض عن أنواع أو سلالات تم تحديدها حديثًا (مثل متلازمة ضيق التنفس الحاد وفيروس نقص المناعة البشرية أو الإيدز) والتي قد تكون تطورت من عدوى معروفة (مثل الأنفلونزا) أو انتشرت إلى مجموعة سكانية جديدة (مثل حمى غرب النيل) أو إلى منطقة تمر باختلاف بيئي (مثل مرض لايم)، أو أن تقوم بالظهور مجددًا مثل السل المقاوم للأدوية. تنتشر أيضًا العدوى المكتسبة من المستشفيات مثل العنقوديات الذهبية المقاومة للمثسلين (methicillin-resistant Staphylococcus aureus)، وهي مشكلة كبيرة للغاية حيث أنها تقاوم العديد من المضادات الحيوية. ومما يثير القلق المتزايد، التفاعلات التآزرية السلبية بين الأمراض الناشئة وغيرها من الأمراض المعدية وغير المعدية والتي تؤدي إلى تطور متلازمات وأمراض جديدة. العديد من الأمراض الناشئة هي حيوانية المصدر، حيث يحتضن الحيوان العدوى، ويقوم بنقله بين البشر من حين لآخر.  تنشر المراكز الأمريكية لمكافحة الأمراض والوقاية منها (CDC) مجلة عن الأمراض المعدية الناشئة والتي حددت بأن العوامل التالية تساهم في ظهور الأمراض المعدية الناشئة:   اعترف المعهد الوطني الأمريكي للحساسية والأمراض المعدية (NIAID) بالأمراض الناشئة والتي تعاود الظهور مجددًا اعتبارًا من عام 2004.  المعترف به حديثًا (منذ 1980):   التي تظهر مجددًا:   الأمراض المحتملة الناتجة عن الإرهاب البيولوجي (الأكثر خطورة) مجموعة A:   الأمراض المحتملة الناتجة عن الإرهاب البيولوجي مجموعة B:   الأمراض المحتملة الناتجة عن الإرهاب البيولوجي (الأقل خطورة) مجموعة C:   يراقب معهد NIAID أيضًا مقاومة الأمراض للمضادات الحيوية، والتي يمكن أن تصبح تهديدًا خطيرًا.  تطورت العنقوديات الذهبية المقاومة للمثسلين (MRSA) من العنقوديات الذهبية الحساسة للمثسلين (MSSA). أغلب الأشخاص يحملون العنقوديات الذهبية، دون أن يتأثروا بها بأي شكل من الأشكال. العنقوديات الذهبية الحساسة للمثسلين كانت قابلة للعلاج باستخدام المضاد الحيوي (المثسلين) لحين اكتسبت الجين المضاد للمضادات الحيوية. على الرغم من الخرائط الوراثية لمختلف سلالات العنقوديات الذهبية المقاومة للمثسلين، فقد اكتشف العلماء أن العنقوديات الذهبية الحساسة للمثسلين اكتسبت جين mecA في الستينيات، وهو المسئول عن إمراضه للكائنات الحية، لكن قبل هذا كان في الغالب لديه علاقة متعايشة مع البشر بدون مخاطر. من الناحية النظرية أنه عندما تم إدخال سلالة العنقوديات الذهبية هذه التي اكتسبت جين mecA إلى المستشفيات،  فقد تلامست مع بكتيريا المستشفيات الأخرى التي تعرضت بالفعل لمستويات عالية من المضادات الحيوية. عندما تعرضت لمستويات عالية من المضادات الحيوية، وجدت بكتيريا المستشفيات نفسها فجأة في بيئة تتمتع بمستوى عالي من الانتقاء لمقاومة المضادات الحيوية، وبالتالي مقاومة المضادات الحيوية المتعددة التي تم أخدها بواسطة مرضى المستشفيات. عندما تلامست تلك العنقوديات الذهبية مع مرضى المستشفيات، جعلت من المستحيل تقريبًا إمكانية السيطرة عليها بواسطة المضادات الحيوية، من المعتقد أن العنقوديات الذهبية المقاومة للمثسلين قد اكتسب جين المقاومة عن طريق نقل الجينات الأفقي، وهي طريقة يمكن من خلالها نقل المعلومات الوراثية إلى جيل كامل، وانتشرت بسرعة كما موضح في دراسات متعددة. نقل الجينات الأفقي يسرع من عملية النقل الجيني لأنه ليست هناك الحاجة لانتظار عمر جيل بأكمله لتمرير الجينات. نظرًا لأن معظم المضادات الحيوية لا تعمل على هذه الباكتيريا، يتوجب على الأطباء اللجوء إلى طرق بديلة قائمة في الطب لوجود علاج فعال يستطيع القضاء عليها. لكن الوقاية هي الطريقة المفضلة لتفادي مقاومة المضادات الحيوية. عن طريق الحد من استخدام المضادات الحيوية غير الضرورية في البشر والحيوانات، أيضًا يمكن إبطاء مقاومة المضادات الحيوية.