تصنيف الفطريات  يهتم علماء الفطور بتركيب الأعضاء التناسلية في الفطور والطريقة التي يتم بها تكاثرها لأن هذه الخواص تشكل الأساس في تصنيف وتسمية الفطور. يتم حديثاً تقسيم مملكة الفطور إلى أربع مجموعات تدعى الشعب و ذلك على أساس الاختلافات في تراكيبها التناسلية كما يلي:  تضم تحت مملكة الفطريات الأصيصية ما يقارب 100 جنس و 1000 نوع ولكن لا يعتبر أي منها ممرض للإنسان. تعيش معظم هذه الأنواع في بيئة مائية. يحدث نتيجة اندماج أنوية متماثلة. و من ثم يحدث الانقسام الاختزالي و تنتج أبواغ لها القدرة على الحركة في الماء تدعى Zoospores.  تتألف هذه الشعبة من حوالي 175 جنس و 1000 نوع. يكون القسم المعاشي Vegetative body أو الجدران Thallus غير مقسمة بحواجز. تدعى الأبواغ اللاجنسية Sporangiospores. تكون غير متحركة و تنتج داخل كيس مغلق يدعى Sporangium و من خلال تمزق جدار هذا الكيس تتحرر الأبواغ. يحدث التكاثر الجنسي للأبواغ من خلال اندماج أنوية من مستعمرات متناغمة و ذلك بعد تشكل Zygospore مفردة ، وحيدة، و ذات جدار ثخين. و من ثم يحدث الانقسام المختزل على الانتاش Germination و تتشكل مشيمة فطرية mycelium أحادية الصيغة الجنسية Haploid. تحوي هذه الشعبة على رتبتين Order ذاتا أهمية طبية و هما:   الفطريات الزقية أو الكيسية تضم هذه الشعبة أكثر من 3200 جنس و حوالي 32,000 نوع. تكون جدرانها مقسمة بحواجز.  يتم التكاثر اللاجنسي من خلال تشكيل أبواغ تدعى conidia من خلايا إنتاجية أو منتجة للأبواغ Condidiogenous. هنالك العديد من الأنواع الفطرية و التي تكون فيها الخلايا المنتجة للأبواغ غير مختلفة عن المشيمة الفطرية. بينما في أنواع أخرى تكون هذه الخلايا متواجدة في تراكيب خاصة من الخيوط الفطرية تدعى Conidiophore.  يحدث التكاثر الجنسي من اندماج أنوية مستعمرات متناسقة جنسياً. تنتج الأبواغ أحادية الصيغة الوراثية بعد انقسام مختزل و تدعى Ascospores و تكون في تراكيب تشبه الأكياس تدعى ascus. تشهد هذه الشعبة تحولاً تدريجياً من الأشكل البدائية التي تنتج بوغ مفرد single asci إلى الأنواع التي يتنتج تراكيب كبيرة تدعى ascocarps تتضمن العديد من الأبواغ asci.  تتضمن هذه الشعبة الأجناس التالية:  يتألف هذا القسم من حوالي 22,000 نوع. و تكون مقسمة الجدارن. يكون التكاثر اللاجنسي متغاير بين الأنواع و هو يتراوح من إنتاج أبواغ شبيه للتي يتم إنتاجها في شعبة أسكومايكوتا، و لكن العديد منها لايعرف لها أي إنتاج للأبواغ. أما التكاثر الجنسي فيتم باندماج أنوية من مستعمرات متناسقة و من ثم يتم الانقسام المختزل و من ثم تنتج أبواغ basidiospores على الجانب الخارجي للخلايا المنتجة و التي تدعى basidium.　 و هذه الأخيرة تنتج بتراكيب يمكن رؤيتها بالعين المجردة و تدعى basidiocarps و يتم طرح الأبواغ منها عادة نتيجة للضغط عليها.  فقط بعض أفراد هذه الشعبة ذو أهمية طبية و على رأسها:  يكون الطور الجنسي للفطور ذات الطور اللاجنسي إما غير ظاهراً أو غير مكتشف. و لذلك فقد افترض بأن أغلب هذه الفطور تملك طوراً جنسياً يتنمي لشعبة أسكومايكوتا و بعضها لشعبة باسيديومايكوتا. و بالرغم من غياب الطور الجنسي لها فإنه أصبح بالإمكان تصنيف هذه الفطور اللاجنسية إما على أساس بنيتها المجهرية الدقيقة أو على الخواص الجينية.  مع العلم بأنه فيما مضى فقد صنفت هذه الفطور ضمن ما يسمى الفطور الغير كاملة Fungi Imperfecti و قد كانت مقسمة إلى ثلاثة صفوف اصطناعية تبعاً لطريقة نموها أو إنتاج التراكيب التناسلية الغير جنسية. كما أن العديد من علماء الفطور ما يزالون يتبعون هذا التصنيف في الوقت الحالي:  تكون المشيمة الفطرية مقسمة و تتم إنتاج الأبواغ مباشرة من الخيوط الفطرية أو من خلال تفرعات خاصة من هذه الخيوط الفطرية و تدعى conidiophores. يحوي هذا الصف على عدد كبير من الفطور ذات الأهمية الطبية و تتضمن Aspergillus, Cladophialophora, Fusarium, Microsporum, Phialophora, Scedosporium,Trichophyton. تكون المشيمة الفطرية مقسمة. أما الأبواغ فتنتج من تراكيب تكون كروية مع فتحة قمية و تدعى pycnidia أو من تراكيب مسطحة أو كأسية الشكل و تدعى acervuli .  أعداد قليلة من هذا الصف ذو أهمية طبية و هي تتضمن كل من الجنسين التالينن Lasiodiplodia و Pyrendochaeta. يتألف الجدارن من خلايا متبرعم و حيدة أو من مشيمة فطرية كاذبة pseudomycelium. و يتم تمييز هذه الفطور اعتماداً على خواصها الفيزيولوجية أكثر من الخواص الشكلية. يضم هذا الصف جنس ال Candida ذو الطور اللاجنسي. أغلب الخمائر السوداء تكون قادرة على إنتاج مشيمة فطرية حقيقة و لذلك فيتم تصنيفها تحت صف هايفومايسيتس. الفطريات