مكتب التحقيقات الفيدرالي (المحقق كونان)  مكتب التحقيقات الفيدرالي "، " ويعرف اختصاراً بال (أف.بي.آي) وهي وكالة حكومية تابعة لوزارة العدل الأمريكية وتعمل كوكالة استخبارات داخلية وقوة لتطبيق القانون في الدولة، تمنع العمليات الإجرامية مثل القتل، الابتزاز، السرقة، الاغتيال والتهريب. وهي واحدة من الأطراف الرئيسية من المانجا وسلسلة الأنيمي المحقق كونان، والتي يؤلفها الكاتب غوشو أوياما.  تنتشر مكاتب مكتب التحقيقات في الكثير من دول العالم. مكتب التحقيقات في اليابان هو المسؤول عن التحقيق في قضايا المنظمة السوداء ويقود جيمس بلاك مركز التحقيقات في طوكيو، و تحته العديد من العملاء أمثال شويتشي أكاي و جودي ستارلينغ وأندريه كاميل.  قبل عشرين سنة قام مكتب التحقيقات الفيدرالي بعمل تحقيق بشأن المنظمة السوداء. ووقع أول اشتباك بين الجانبين عندما قامت بلموت بقتل والد ووالدة جودي ستارلينغ وكانت في الثامنة آنذاك، وأحرقت منزله ودمرت ملفاته التي تدين المنظمة. قام أصدقاء والد جودي ستارلينغ بوضعها جبرًا في برنامج حماية الشهود، خاصة بعد معرفة المنظمة السوداء عنها. لكنها لم تلبث طويلا، حتى انضمت إلى FBI لاستكمال التحقيق الذي بدأه أبيها. وقبل خمس سنوات، تسلل عميل مكتب التحقيقات الفيدرالي أكاي شويتشي إلى المنظة السوداء تحت اسم مستعار "(داي موروبوشي)" ، وقام بمواعدة أكيمي ميانو، أخت آي هايبرا (شيهو ميانو) العالمة المخترعة للعقار عقار APTX4869 الذي تسبب بتقلص شينتشي كودو ليصبح كونان إيدوجاوا، من أجل استخدام نفوذها ولتسهيل إعطاء الـFBI المعلومات.  بعد أن استطاع أكاي شويتشي أن يصبح عميلاً في المنظمة السوداء وتم منحه الاسم المستعار راي ، أصبح أكاي شويتشي يعمل تحت إمرة جين مباشرة. وضع مكتب التحقيقات الفدرالي خطة بأمل القبض على جين في مستودع حيث كان من المفترض أن يعقد اجتماعًا، لكن كُشف أمره بسبب خطأ من أندريه كاميل ففشلت مهمته وخرج من المنظمة. وبعد ذلك، عندما قتل جين صديقته اعتبره أكاي عدوه الشخصي. هدف مكتب التحقيقات الحالي هو القبض على بلموت التي تعتبر من الأعضاء المقربين من زعيم المنظمة. فهي تعمل كممثلة مشهورة في أمريكا من أجل إخفاء شخصيتها. ولهذا قام فريق من مكتب التحقيقات الفيدرالي بقيادة جيمس بلاك بنقل نشاط الفريق إلى اليابان والقيام بالتحقيق سرًا عن المنظمة بعيدًا عن معرفة السلطات اليابانية.  تتوالى الأحداث ويصبح كونان في صف الـ FBI بعد أن ساعد العميلة جودي سانتيمليون في البحث عن المنظمة وفي تخليصها من فخ عضوة المنظمة السوداء بلموت. فأمسكوا بإحدى أفراد المنظمة السوداء اسمها ميزوناشي رينا ولقبها «كير»، لكن تبين لهم أنها عميلة للـ وكالة المخابرات المركزية. فتعقد اتفاقًا مع شويتشي أكاي بأن تزود الـ FBI بالمعلومات، في مقابل مساعدتها مرة أخرى في دخول المنظمة وحماية أخيها الصغير إيسوكي هوندو من خطر المنظمة بوضعه تحت برنامج حماية الشهود.  لم تعد المنظمة السوداء تثق في ميزوناشي رينا بعد أن خطفها الـ FBI، فأرادت التأكد من ولائها التام لها. فأجبر جين ميزوناشي رينا على ترتيب لقاء مع شويتشي أكاي تخبره أنها تريد أن تكشف أسرار المنظمة، وتستغل قدومه وحده لتقتله. بالفعل حدث ما خطط له جين، وتم القضاء على شويتشي أكاي. بعدها حامت الشكوك حول موت أكاي وشكت المنظمة السوداء في الأمر، فاستعانت بعميلها بوربون للتحقيق في الأمر، وبمساعدة بلموت، قام بوربون بالتنكر بشكل أكاي مع حرق في وجهه للتأكد من موته عن طريق ردة فعل زملائه وأصدقائه المقربين، كما قام بوربون بالعمل كنادل في المقهى الواقع تحت وكالة كوغورو موري للتحريات للتأكد من موت شويتشي أكاي. لكن بمساعدة كونان إيدوجاوا و الدكتور هيروشي أغاسا، تم تلفيق عملية القتل ولم يعرف بها أحد، وتنكر أكاي بشخصية سوبارو أوكيا.  هناك العديد من العملاء في اليابان، ولكن خمسة فقط الذين وردت شخصياتهم في السلسلة حتى الآن.  من المعروف أن كل من مكتب التحقيقات الفيدرالي والمنظمة السوداء أعداء لمدة لا تقل عن عشرين عاماً، عندما قتلت بلموت والدي جودي ستارلينغ عميل مكتب التحقيقات الفيدرالي. أما سبب نشوء هذه العدواه والصراع بينهم، غير معروف تماماً، لكن يغترض أن بداية الصراع كان بسبب عمليات قامت بها المنظمة في الولايات المتحدة الأمريكية. وقد أدت الاشتباكات المتكررة بين الطرفين إلى نشوء صراعات شخصية بين الأفراد المنظمتين، مثل جودي ستارلينغ و بلموت، وبين جين وأكاي شويتشي. على الرغم من تلك الصراعات الشخصية، يبقى هناك نوع من الاحترام السائد بين الخصوم بسبب اعجاب الطرف بمناورات وتحركات الطرف الأخر. يذكر أن عميل مكتب التحقيقات الفيدرالي أكاي شويتشي قد انضم للمنظمة كعميل مزدوج تحت الاسم الرمزي راي، وقد كان قريباً جداً من الإمساك بجين، لولا خطاً ساذج من العميل أندريه كاميل، مما تسبب في خروج أكاي شويتشي بدون تحقيق أهدافه. تطلق المنظمة السوداء على أكاي شويتشي الذي تخشاه ويخشاه زعيمهم لقب الرصاصة الفضية، حيث يأمنون بقدرته على الإطاحة بالمنظمة السوداء.  على الرغم من كون يعملان من أجل هدف واحد، فإن كل مكتب التحقيقات الفيدرالي ووكالة المخابرات المركزية لديها مهمات سرية منفصلة تتعلق بالمنظمة السوداء. عدم وجود اتصال بين المؤسستين تسبب في كارثة المؤسفة عندما أراد مكتب التحقيقات الفيدرالي الإيقاع بعضوة المنظمة السوداء بلموت، لكن حدث ما لم يكن في الحسبان عندما تسببوا بإصابة هيديمي هوندو عميلة وكالة المخابرات المركزية التي تتجسس على المنظمة السوداء والتي تعرف باسم كير.  في بادئ الأمر اعتقد مكتب التحقيقات الفيدرالي أنه تمكن من القبض على عضو من أعضاء المنظمة السوداء، لكن بعد عليات تحري وبحث مكثف من قبل كونان إيدوغاوا وعضو مكتب التحقيقات الفيدرالي أكاي شويتشي، عُرقت حقيقة كير، وأنها ما هي إلا عميلة مندسة من قبل وكالة المخابرات المركزية. نجحت هيديمي هوندو من الرجوع للمنظمة السوداء، بعدما توصل الطرفان باتفاق يقضي بحماية هوندو ايسوكي أخو هيديمي هوندو من خطر المنظمة بوضعه تحت برنامج حماية الشهود، في المقابل تقوم هيديمي هوندو بتزويد مكتب التحقيقات الفيدرالي بالمعلومات عن المنظمة و تحركاتها. ونجحت الخطة نجاهاً كبيراً، لكن ثقة المنظمة قد اهتزت جرآء الحادثة. لذلك ومن أجل استعادة هيديمي هوندو لثقة المنظمة، طلب جين من كير (هيديمي هوندو) بالاتصال بعميل مكتب التحقيقات الفيدرالي أكاي شويتشي، واقناعه انها تريد الهروب من المنظمة السوداء، وتقوم بقتله عندما تلتقي به. لكن بفعل الخطة التي وضعها كونان إيدوغاوا و اختراعات الدكتور هيروشي أغاسا، اتقن أكاي شويتشي دوره ببراعه وأوهم المنظمة بموته برصاصة أُطلقت على الرأس من قبل هيديمي هوندو، وبعدها تنكر أكاي شويتشي بشخصية سوبارو أوكيا ليواصل هدفه نحو القضاء على المنظمة السوداء.  في بادئ الأمر أرادت الشرطة السرية القبض على أعضاء مكتب التحقيقات الفيدرالي بعد أن قاموا بالعمل بشكل غير قانوني في اليابان. حيث وصل ري فورويا عضو الشرطة السرية (يعمل جاسوساً في المنظمة السوداء تحت الاسم الرمزي بوربون) إلى حقيقة سوبارو أوكيا و أنه بالأصل أكاي شويتشي عميل مكتب التحقيقات الفيدرالي، لكن بمساعدة كونان إدوغاوا، تم إيهام ري فورويا أن سوبارو أوكيا لا علاقة له بأكاي شويتشي. في تلك اللحظات كانت جموع من الشرطة السرية تلاحق جودي سانتيميليون و أندريه كاميل عضوا مكتب التحقيقات الفيدرالي، ظهر أكاي شويتشي و انقذهم من الموقف المحرج، وتحدث مع ري فورويا عبر الهاتف، وأخبره أنه بأنه آسف بشأن ذلك الشخص، قاصداً بذلك سكوتش عميل الشرطة السرية الذي قتل من قبل المنظمة السوداء بعد معرفتهم بتجسسه على المنظمة. بعدها صرح أكاي شويتشي بضرورة نسيان الخلافات وتوحيد الجهود من أجل الوصول للهدف المشترك وهو القضاء على المنظمة السوداء.  لم توافق السلطات اليابانية على عمل مكتب التحقيقات في اليابان، لذلك فهم يعملون دون إذن منهم مما يمنعهم من بعض الامتيازات المهمة مثل التحقق من بيانات المجرمين الموجودة لدى السلطات اليابانية. تلاقت العميلة جودي سانتيمليون وغيرها من العملاء أكثر من مرة مع أفراد الشرطة اليابانية، وعند علمهم بكونهم عملاء للـ FBI كانوا يلجؤون لكذبة أنهم في عطلة بعد الفشل في إحدى المهمات في الولايات المتحدة.