التركيب الجيني H5N1  التركيب الجيني هو التركيب الجزيئي للحمض النووي الريبي لفيروس H5N1.  H5N1 هو نوع فرعي من فيروس الإنفلونزا أ. يعتقد الخبراء أنه قد يتحول إلى شكل ينتقل بسهولة من شخص لآخر. إذا حدثت مثل هذه الطفرة، فقد تظل من النوع الفرعي H5N1 أو يمكن أن تغير الأنواع الفرعية كما حدث في H2N2 عندما تطورت إلى سلالة H3N2 من إنفلونزا هونج كونج.  تحور H5N1 خلال انجراف المستضدات إلى عشرة أصناف شديدة الإمراض، ولكن جميعها تنتمي حاليًا إلى النمط الجيني Z لفيروس إنفلونزا الطيور H5N1. ظهر النمط الجيني Z من خلال إعادة التصنيف في عام 2002 من الأنماط الجينية المسببة للأمراض الشديدة H5N1 التي ظهرت لأول مرة في الصين في عام 1996 في الطيور وفي هونغ كونغ في عام 1997 في البشر. «تم عزل فيروسات H5N1 المسببة للعدوى البشرية المرتبطة ارتباطًا وثيقًا بفيروسات الطيور في عامي 2004 و 2005 إلى نمط جيني واحد، يشار إليه غالبًا باسم النمط الجيني Z».  هذه العدوى على البشر تزامنت مع الوبائية (و باء في غير البشر) من أنفلونزا H5N1 في عدد السكان الدواجن في هونغ كونغ. تم إيقاف تفشي هذا المرض (المرض الذي يصيب الحيوانات من العديد من الأنواع خاصة على مساحة واسعة) من خلال قتل جميع الدواجن المحلية داخل الإقليم. يشير الاسم "H5N1" إلى الأنواع الفرعية للمستضدات السطحية الموجودة على الفيروس:   النمط الجيني Z لـ H5N1 هو الآن النمط الجيني المهيمن لـ H5N1. النمط الجيني Z مستوطن في الطيور في جنوب شرق آسيا ويمثل تهديدًا وبائيًا طويل المدى.  تحتوي فيروسات الإنفلونزا A على 11 جينًا في ثمانية جزيئات منفصلة من الرنا:   اثنان من أهم جزيئات RNA هما HA و PB1. يخلق HA مستضد سطحي مهم بشكل خاص في قابلية الانتقال. يخلق PB1 جزيء بوليميراز فيروسي مهم بشكل خاص في الضراوة.  يحتوي جزيء HA RNA على جين HA، الذي يرمز لـ hemagglutinin ، وهو بروتين سكري مستضدي موجود على سطح فيروسات الإنفلونزا وهو مسؤول عن ربط الفيروس بالخلية المصابة. يشكل Hemagglutinin طفرات على سطح فيروسات الإنفلونزا التي تعمل على التصاق الفيروسات بالخلايا. هذا المرفق مطلوب من أجل النقل الفعال لجينات فيروس الإنفلونزا إلى الخلايا، وهي عملية يمكن أن تسدها الأجسام المضادة التي ترتبط ببروتينات الهيماجلوتينين.  أحد العوامل الوراثية في التمييز بين فيروسات الإنفلونزا البشرية وفيروسات إنفلونزا الطيور هو أن أنفلونزا الطيور HA تربط مستقبلات حمض ألفا 2-3 في حين أن أنفلونزا HA البشرية تربط مستقبلات حمض ألفا 2-6. فيروسات إنفلونزا الخنازير لديها القدرة على ربط نوعي مستقبلات حمض السياليك. لدى البشر مستقبلات من نوع الطيور بكثافات منخفضة للغاية ولدى الدجاج مستقبلات من النوع البشري بكثافات منخفضة للغاية. وقد لوحظ أن بعض العينات المعزولة المأخوذة من إنسان مصاب بفيروس H5N1 بها طفرات HA في المواضع 182، 192، 223، 226 أو 228 وقد ثبت أن هذه الطفرات تؤثر على الارتباط الانتقائي للفيروس إلى أولئك الذين سبق ذكرهم من حمض السياليك و / أو مستقبلات سطح الخلية البشرية. هذه هي أنواع الطفرات التي يمكن أن تحول فيروس إنفلونزا الطيور إلى جائحة إنفلونزا.  أنتجت دراسة عن حدة الجرثوم في عام 2008 في أحد المختبرات تزاوجت فيروس إنفلونزا الطيور H5N1 الذي تم تداوله في تايلاند عام 2004 وفيروس إنفلونزا H3N2 المكتشف في وايومنغ عام 2003، أنتجت 63 فيروسًا تمثل مجموعات مختلفة محتملة من جينات فيروس إنفلونزا الطيور والبشر. كان واحد من كل خمسة مميتًا للفئران بجرعات منخفضة. كان الفيروس الذي كان أقرب ما يكون إلى فيروس H5N1 من حيث الضراوة هو الذي يحتوي على hemagglutinin (HA)، وneuraminidase (NA) وجزيئات RNA لفيروس إنفلونزا الطيور PB1 مع جيناتها مقترنة بجزيئات RNA الخمسة المتبقية (PB2 ، PA ، NP ، M ، و NS) مع جيناتهم من فيروس الإنفلونزا البشرية. تحمل كل من فيروسات جائحة 1957 و1968 وباء إنفلونزا الطيور جين PB1. يقترح المؤلفون أن التقاط جين PB1 لفيروس إنفلونزا الطيور قد يكون خطوة في فيروس الإنفلونزا المحتملة الناشئة عن إعادة تشكل الفيروس."  رموز PB1 لبروتين PB1 وبروتين PB1-F2. بروتين PB1 هو مكون حاسم من البلمرة الفيروسية. يتم تشفير بروتين PB1-F2 بواسطة إطار قراءة مفتوح بديل للجزء PB1 RNA و «يتفاعل مع مكونين من مسام نفاذية الميتوكوندريا ANT3 و VDCA1، [تحس] الخلايا إلى موت الخلايا. يساهم PB1-F2 على الأرجح في الإمراضية الفيروسية وقد يكون له دور مهم في تحديد شدة جائحة الأنفلونزا.» تم اكتشاف هذا من قبل "Chen "et al"""." وذكرت في مجلة الطبيعة. «بعد مقارنة الفيروسات من فاشية H5N1 بهونج كونج 1997، تم العثور على تغير واحد في الأحماض الأمينية (N66S) في تسلسل PB1-F2 في الموضع 66 والذي ارتبط بالإمراض. تم العثور على نفس هذا التغيير في الأحماض الأمينية (N66S) أيضًا في بروتين PB1-F2 لفيروس A / Brevig Mission / 18 الوبائي لعام 1918».  تتكون عائلة فيروس الإنفلونزا "Orthomyxoviridae" من 5 أجناس: فيروس إنفلونزا أ، فيروس إنفلونزا ب، فيروس إنفلونزا ج، فقر الدم السلمون المعدية وفيروس الغدة الدرقية.  تتضمن «فيروسات RNA» «فيروسات sRRNA السلبية» التي تتضمن عائلة "Orthomyxoviridae" التي تحتوي على خمسة أجناس، مصنفة حسب التباينات في مستضدات البروتين النووي (NP و M). أحد هذه الأنواع هو فيروس "Influenzavirus A" الذي يتكون من نوع واحد يسمى «فيروس إنفلونزا أ»؛ أحد أنواعه الفرعية هو H5N1.  H5N1 (مثل فيروسات إنفلونزا الطيور الأخرى) لديها سلالات تسمى «شديدة الإمراض» (HP) و «منخفضة الإمراض» (LP). إن فيروسات إنفلونزا الطيور التي تسبب أنفلونزا الطيور عالية الإمراض شديدة الضراوة، ومعدلات الوفيات في قطعان الطيور المصابة تقترب من 100٪. عادة ما تكون فيروسات LPAI أقل ضراوة، ولكن يمكن أن تكون هذه الفيروسات بمثابة أسلاف لفيروسات HPAI. السلالة الحالية من فيروس H5N1 المسؤول عن نفوق الطيور الداجنة في آسيا هي سلالة HPAI؛ سلالات أخرى من H5N1 تحدث في أماكن أخرى من العالم أقل ضراوة، وبالتالي، تصنف على أنها سلالات LPAI. جميع سلالات HPAI التي تم تحديدها حتى الآن اشتملت على أنواع فرعية H5 و H7. التمييز يتعلق بالإمراض في الدواجن، وليس البشر. عادة ما يكون فيروس الطيور شديد الإمراض ليس شديد الإمراض للبشر أو الطيور غير الداجنة. هذه السلالة الحالية من H5N1 غير عادية في كونها مميتة للعديد من الأنواع.  يمكن استخدام كل من «الإنفلونزا» (التي تعني الإنفلونزا) و «أ» (أي النوع «أ») كصفات لـ «فيروس» الذي ينتج عنه الاسم «فيروس الإنفلونزا أ»؛ الذي عندما يتم تكبيره هو الاسم المناسب لفيروس إنفلونزا أ وهو اسم النوع الذي تشير إليه عبارة الاسم "أيضًا".  الفيروس  الفيروس هو أحد أنواع الطفيليات المجهرية التي تصيب الخلايا في الكائنات الحية.  Orthomyxoviridae  Orthomyxoviridae هي عائلة من فيروسات RNA التي تصيب الفقاريات. ويشمل تلك الفيروسات التي تسبب الأنفلونزا. تحتوي فيروسات هذه العائلة على 7 إلى 8 أجزاء من الحمض النووي الريبي الخطي ذي الحزم السلبية الأحادية.  فيروس الإنفلونزا  يشير «فيروس الإنفلونزا» إلى مجموعة فرعية من Orthomyxoviridae التي تخلق الأنفلونزا. لا تعتمد هذه الفئة التصنيفية على علم الوراثة.  فيروس الإنفلونزا أ  تحتوي فيروسات الإنفلونزا A على 10 جينات في ثمانية جزيئات RNA منفصلة، والتي، للأسباب المذكورة أعلاه، تسمى PB2 و PB1 و PA و HA و NP و NA و M و NS. تحدد HA و NA و M بنية البروتينات الأكثر صلة من الناحية الطبية كأهداف للعقاقير المضادة للفيروسات والأجسام المضادة. (الجين الحادي عشر المكتشف مؤخرًا يسمى PB1-F2 ينتج أحيانًا بروتينًا ولكنه غائب عن بعض عزلات فيروس الإنفلونزا.) هذا التقسيم لجينوم الإنفلونزا يسهل إعادة التركيب الجيني عن طريق إعادة ترتيب المقطع في العوائل المصابة بفيروسين مختلفين للأنفلونزا في نفس الوقت. فيروس الإنفلونزا هو النوع الوحيد في الأنفلونزا A جنس من عائلة فيروسات مخاطية قويمة وهي بالمعنى السلبي، واحد الذين تقطعت بهم السبل، مجزأة فيروسات RNA.  «إن فيروس الأنفلونزا RNA polymerase هو مركب متعدد الوظائف يتكون من البروتينات الفيروسية الثلاثة PB1 و PB2 و PA، والتي تشكل، مع البروتين النووي الفيروسي NP، الحد الأدنى من المكمل المطلوب لتوليف mRNA الفيروسي وتكراره.»       تتميز فيروسات الإنفلونزا بمعدل تحور مرتفع نسبيًا يميز فيروسات الرنا. إن تجزيء جينوم الإنفلونزا يسهل إعادة التركيب الجيني عن طريق إعادة ترتيب المقطع في العوائل المصابة بفيروسين مختلفين للأنفلونزا في نفس الوقت. يمكن لفيروسات H5N1 إعادة تصنيف الجينات مع سلالات أخرى تشارك في إصابة كائن مضيف، مثل الخنازير أو الطيور أو الإنسان، وتتحول إلى شكل يمكن أن ينتقل بسهولة بين البشر. هذا هو واحد من العديد من المسارات الممكنة للوباء.  تعود قدرة سلالات الإنفلونزا المختلفة على إظهار انتقائية الأنواع إلى حد كبير إلى الاختلاف في جينات هيماجلوتينين. يمكن أن تؤدي الطفرات الجينية في جين hemagglutinin الذي يسبب استبدال الأحماض الأمينية المفردة إلى تغيير قدرة بروتينات hemagglutinin الفيروسية بشكل كبير على الارتباط بالمستقبلات على سطح الخلايا المضيفة. يمكن لهذه الطفرات في فيروسات إنفلونزا الطيور H5N1 أن تغير سلالات الفيروس من كونها غير فعالة في إصابة الخلايا البشرية إلى أن تكون فعالة في التسبب في العدوى البشرية مثل أنواع فيروسات الإنفلونزا البشرية الأكثر شيوعًا. هذا لا يعني أن إحلال الأحماض الأمينية يمكن أن يسبب جائحة، ولكنه يعني أن إحلال الأحماض الأمينية يمكن أن يتسبب في أن يصبح فيروس إنفلونزا الطيور غير الممرض لدى البشر ممرضًا لدى البشر.  H3N2 («إنفلونزا الخنازير») متوطن في الخنازير في الصين، وقد تم اكتشافه في الخنازير في فيتنام، مما يزيد من المخاوف من ظهور سلالات جديدة. كانت السلالة السائدة لفيروس الإنفلونزا السنوي في يناير 2006 هي H3N2، وهي الآن مقاومة للأدوية القياسية المضادة للفيروسات أمانتادين وريمانتادين. إن إمكانية تبادل الجينات H5N1 و H3N2 من خلال إعادة التصنيف هي مصدر قلق كبير. في حالة حدوث إعادة فرز في H5N1 ، فقد تظل نوعًا فرعيًا H5N1، أو يمكن أن تغير الأنواع الفرعية، كما حدث H2N2 عندما تطورت إلى سلالة H3N2 من إنفلونزا هونج كونج.  احتوت سلالات جائحة H2N2 وH3N2 على أجزاء من الحمض النووي الريبي لفيروس إنفلونزا الطيور. «في حين أن فيروسات الإنفلونزا البشرية الوبائية لعام 1957 (H2N2) و 1968 (H3N2) نشأت بوضوح من خلال إعادة التصنيف بين فيروسات الإنسان وفيروس الطيور، يبدو أن فيروس الإنفلونزا الذي تسبب في» الإنفلونزا الإسبانية «في عام 1918 مشتق بالكامل من مصدر الطيور».  في يوليو 2004، باحثون بقيادة H.Deng من معهد Harbin للأبحاث البيطرية، Harbin، الصين والأستاذ روبرت G. Webster من مستشفى سانت جود لأبحاث الأطفال، ممفيس، تينيسي، أبلغوا عن نتائج التجارب التي تعرضت فيها الفئران تم الحصول على 21 عزلة من سلالات H5N1 المؤكدة من البط في الصين بين عامي 1999 و 2002. ووجدوا «نمطًا زمنيًا واضحًا لزيادة الإمراض تدريجيًا». النتائج التي أبلغ عنها دكتور ويبستر في يوليو 2005 تكشف عن مزيد من التقدم نحو المسببة للأمراض في الفئران وسفك الفيروس الأطول من البط.  سلالة آسيوية ينقسم إنفلونزا الطيور (H5N1) في اثنين من المستضدات. "يتضمن Clade 1 عزلة بشرية وطيور من فيتنام وتايلاند وكمبوديا وعزلات طيور من لاوس وماليزيا. تم تحديد فيروسات Clade 2 لأول مرة في عزلات الطيور من الصين وإندونيسيا واليابان وكوريا الجنوبية قبل انتشارها غربًا إلى الشرق الأوسط وأوروبا وأفريقيا. ووفقاً لمنظمة الصحة العالمية، كانت فيروسات Clade 2 مسؤولة بشكل أساسي عن عدوى H5N1 البشرية التي حدثت خلال أواخر 2005 و 2006. حدد التحليل الوراثي ستة تفرعات فرعية من Clade 2، ثلاثة منها لها توزيع جغرافي متميز وتورطت في إصابات بشرية: الخريطة   وقد ألقت دراسة عام 2007 التي ركزت على الكود الفرعي EMA مزيدًا من الضوء على طفرات EMA. «العزلات الجديدة الـ 36 المبلغ عنها هنا تزيد بشكل كبير من كمية بيانات تسلسل الجينوم الكامل المتاحة من عزلات إنفلونزا الطيور الأخيرة (H5N1). قبل مشروعنا، احتوى GenBank على 5 جينومات كاملة أخرى من أوروبا للفترة 2004-2006، ولم يكن يحتوي على جينومات كاملة من الشرق الأوسط أو شمال إفريقيا. أظهر تحليلنا عدة نتائج جديدة. أولاً، تقع جميع العينات الأوروبية والشرق أوسطية والأفريقية في كليد متميز عن الكتل الآسيوية المعاصرة الأخرى، وجميعها تشترك في أصل مشترك مع سلالة هونغ كونغ الأصلية لعام 1997. تُظهر أشجار السلالة المبنية على كل من الأجزاء الثمانية صورة متسقة لثلاث سلالات، كما هو موضح في شجرة HA الموضحة في الشكل 1. يحتوي اثنان من الكتل على فيروسات فيتنامية معزولة؛ الأصغر منها، مع 5 فيروسات معزولة، نسمي V1؛ أما الجزء الأكبر، مع 9 فيروسات معزولة، فهو V2. تقع الفيروسات المعزولة الـ 22 المتبقية في طبقة ثالثة مميزة بشكل واضح، تسمى EMA، والتي تضم عينات من أوروبا والشرق الأوسط وأفريقيا. تعرض الأشجار للقطاعات السبعة الأخرى طوبولوجيا متشابهة، مع فصل Clades V1 و V2 و EMA بوضوح في كل حالة. وضعت التحليلات لجميع جينومات الأنفلونزا الكاملة (H5N1) و 589 تسلسل HA Clade EMA متميزًا عن الكتل الرئيسية المتداولة في جمهورية الصين الشعبية وإندونيسيا وجنوب شرق آسيا.»