أجسام مضادة للغدة الدرقية  يمكن تقسيم الأجسام المضادة للغدة الدرقية إلى مجموعات وفقًا للمستضد المستهدف من قِبلها وهي كالتالي: تعد الأجسام المضادة لإنزيم بيروكسيديز في الغدة الدرقية خاصة بالمستضد الذاتي، وهو بروتين سكري يتكون من 105 كيلو دالتون ويحفز أكسدة اليود وتفاعلات تيروزيل الغدة الدرقية في الغدة الدرقية. على الرغم من أن الأجسام المضادة للحلقات الخطية قد شوهدت إلا أنه يتم توجيه معظم الأجسام المضادة المنتجة إلى الحاتمة الهيئية للمنطقة الطرفية للكربوكسيل المناعي لبروتين بيروكسيداز في الغدة الدرقية. الأجسام المضادة لانزيم بيروكسيداز في الغدة الدرقية هي أكثر الأجسام المضادة الذاتية للغدة الدرقية شيوعًا، وهي موجودة في حوالي 90% من مرضى التهاب الغدة الدرقية هشيموتو، و75% في داء غريفز و10-20% من المصابين بتضخم الغدة الدرقية العقدي أو سرطان الغدة الدرقية. أيضًا، يمكن أن يكون لدى 10-15% من الأفراد العاديين مستويات عالية من الأجسام المضادة لانزيم بيروكسيديز. تم العثور على أجسام مضادة مصلية عالية في المرحلة النشطة من التهاب الغدة الدرقية المناعي الذاتي المزمن وبالتالي يمكن استخدام مقياس الأجسام المضادة لتقييم نشاط المرض في المرضى الذين طوروا مثل هذه الأجسام المضادة. يتم إنتاج غالبية الأجسام المضادة لانزيم بيروكسيديز في الغدة الدرقية بواسطة الخلايا اللمفاوية التي تتسرب من الغدة الدرقية بمساهمات طفيفة من الغدد الليمفاوية ونخاع العظام. أنها تسبب تلف خلايا الغدة الدرقية من خلال تنشيط التكميل والسمية الخلوية للخلية المعتمدة على الأجسام المضادة ومع ذلك، لا يُعتقد أن الأجسام المضادة لانزيم بيروكسيديز في الغدة الدرقية تسهم في تدمير الغدة الدرقية.  ان مستقبل هرمون تنشيط الغدة الدرقية هو المستضد الجيني للأجسام المضادة لمستقبلات تنشيط هرمون الغدة الدرقية. وهو مستقبل من مستقبلات البروتين (ج) المكون من سبعة غشاء ويشارك في إشارات هرمون الغدة الدرقية. يتم تصنيف الأجسام المضادة لتحفيز الغدة الدرقية بالاعتماد على آثارها في إرسال الإشارات إلى المستقبلات من حيث تنشيط الأجسام المضادة المرتبطة بفرط نشاط الغدة الدرقية ومنع الأجسام المضادة المرتبطة بالتهاب الغدة الدرقية والأجسام المضادة المحايدة التي لا تؤثر على المستقبلات. يرتبط عادةً تنشيط الأجسام المضادة بحلقات تثبيتية في حين ترتبط الأجسام المضادة المحايدة بحلقات خطية. إن ربط الأجسام المضادة بالنهاية الأمينية لمستقبلات هرمون الغدة الدرقية يُظهر نشاطًا تحفيزيًا في حين أن الارتباط بالبقايا 261-370 أو 388-403 يعيق النشاط وتوجد أجسام مضادة لمستقبلات هرمون الغدة الدرقية في 70-100% من مرضى جريفز (85-100% لتنشيط الأجسام المضادة و75-96% لمنع الأجسام المضادة) و1-2% من الأفراد الطبيعيين. ان تنشيط الأجسام المضادة لتحفيز الغدة الدرقية هي إحدى ميزات لداء جريفز وهو فرط نشاط الغدة الدرقية المناعي الذاتي. يتم قياس الأجسام المضادة الأجسام المضادة لإنزيم بيروكسيديز في الغدة الدرقية بسهولة أكثر من قياس الأجسام المضادة لمستقبلات هرمون الغدة الدرقية، وغالبًا ما يستخدم كبديل في تشخيص داء جريفز. تقوم هذه الأجسام المضادة بتنشيط مُحَلِّقَةُ الأَدينيلاَت من خلال الارتباط بمستقبلات هرمون الغدة الدرقية وهذا يسبب إنتاج هرمونات الغدة الدرقية والنمو اللاحق والأوعية الدموية للغدة الدرقية. ان الأجسام المضادة لتحفيز هرمونات الغدة الدرقية هي مفيدة أيضًا في تشخيص عرض اعتلال العين لدى داء غريفز. فعلى الرغم من أن الآلية الدقيقة لكيفية تحفيز الأجسام المضادة لتحفيز هرمونات الغدة الدرقية في اعتلال عين جريفز غير معروفة إلا انه من المحتمل أن ترتبط الأجسام المضادة بمستقبلات هرمون الغدة الدرقية في الأنسجة المدارية الرجعية مسببة تسلل الخلايا الليمفاوية وتؤدي هذه الاستجابة الالتهابية إلى إنتاج السيتوكين الذي يسبب الخلايا الليفية لإنتاج الغليكوزامينوغليكان ، مما يؤدي إلى اعتلال العين.  إن منع الغدة الدرقية من تحفيز هرمون مستقبلات الأجسام المضادة (المعروف أيضًا باسم الغلوبولين المناعي المثبط) يقوم تنافسيًا بمنع نشاط هرمون الغدة الدرقية على المستقبلات مما يمكن أن يسبب قصور الغدة الدرقية عن طريق الحد من التأثيرات الانشطارية للهرمون المحفز الغدة الدرقية. تم العثور على هذه المثبطات في مرض هاشيموتو للغدة الدرقية وداء جريفز وقد تسببت في تقلب وظيفة الغدة الدرقية في مرض جريفز وأثناء علاج هذا المرض قد تصبح المثبطات أيضًا هي الجسم المضاد السائد، وهذا يمكن أن يسبب قصور الغدة الدرقية. تبقى الأهمية السريرية والفسيولوجية للأجسام المضادة المحايدة غير واضحة. ومع ذلك فقد تشارك في إطالة عمر نصف هرمونات الغدة الدرقية المحفزة.  تعتبر الأجسام المضادة للهرمون الدرقي خاصة بالهرمون الدرقي، وهو عبارة عن بروتين منبت بقوة 660 كيلو دالتون ويشارك في عملية إنتاج هرمون الغدة الدرقية. تم العثور على هذه الأجسام في 70% من مرضى التهاب الغدة الدرقية هاشيموتو و60% من مرضى قصور الغدة الدرقية مجهول السبب و30% من مرضى غريفز ونسبة صغيرة من سرطان الغدة الدرقية و3% من الأفراد الطبيعيين. توجد أجسام مضادة لإنزيم بروكسيديز للغدة الدرقية في 99% من الحالات التي توجد فيها أجسام مضادة للغدة الدرقية، ومع ذلك فإن 35% فقط من الحالات للأجسام المضادة لإنزيم بروكسيديز للغدة الدرقية تظهر أيضًا أجسام مضادة للغدة الدرقية.  تعتبر الأجسام المضادة للصوديوم اكتشافًا حديثا للأجسام المضادة للغدة الدرقية المحتملة، ودورها في مرض الغدة الدرقية لا يزال غير مؤكد. ولكنها موجودة في حوالي 20% من مرضى غريفز و24% من مرضى التهاب الغدة الدرقية هاشيموتو.  من المعتقد أن إنتاج الأجسام المضادة في مرض جريفز ينشأ عن طريق تنشيط خلايا خلية تي مساعدة (CD4 + T-)، تليها تجنيد الخلايا البائية (B-) في الغدة الدرقية حيث تنتج هذه الخلايا أجسامًا مضادة خاصة بمستضدات الغدة الدرقية. أما في التهاب الغدة الدرقية هاشيموتو، تنتج خلايا CD4 + T المنشَّطة مضادا للفيروسات مما يتسبب في عرض خلايا الغدة الدرقية لجزيئات MHC من الدرجة الثانية وهذا يوسع ذخيرة الخلايا التائية ذاتي الامتداد ويطيل الاستجابة الالتهابية. في حين ان الأجسام المضادة للغدة الدرقية تستخدم لتتبع وجود التهاب الغدة الدرقية المناعي الذاتي، إلا أنها لا تعتبر عمومًا مساهمة مباشرة في تدمير الغدة الدرقية.  يرتبط وجود الأجسام المضادة للغدة الدرقية بزيادة خطر الإصابة بخصوبة غير مفسرة (نسبة الأرجحية 1.5 ونسبة الثقة 95% من 1.1 إلى 2.0) والإجهاض (نسبة الأرجحية 3.73 وفاصل الثقة 95% 1.8-7.6)، والإجهاض المتكرر (نسبة الأرجحية المتكررة 2.3، فاصل الثقة 95% 1.5-3.5)، الولادة المبكرة (نسبة الأرجحية 1.9، فاصل الثقة 95% 1.1-3.5) والتهاب الغدة الدرقية بعد الولادة الأم (نسبة الأرجحية 11.5، فاصل الثقة 95% 5.6-24).  في عام 1912، وصف هاكارو هاشيموتو قصور الغدة الدرقية والغدة الدرقية المرتبطة بتسلل الغدد الليمفاوية الدرقية. وفي عام 1956 تم اكتشاف الأجسام المضادة لها في حالات مماثلة مما يوضح سبب المناعة الذاتية لهذه الخصائص. وفي وقت لاحق من نفس العام تم اكتشاف تنشيط الأجسام المضادة لهرمون تنشيط هرمون الغدة الدرقية وتم اكتشاف الأجسام المضادة الدقيقة للغدة الدرقية في عام 1964 والتي أعيدت تسميتها لاحقًا بالأجسام المضادة لإنزيم بروكسيدز في الغدة الدرقية بسبب تحديد مستضدها الذاتي.