标题：柯南四大组织
剧情背景
身为女明星的沙朗和工藤有希子一起向魔术师黑羽盗一（即Kid的父亲）学习易容术，两人因此相识。真实身份为黑衣组织杀手的沙朗杀害了一直在调查组织的FBI探员，即朱蒂的父亲，并放火烧了朱蒂的家以毁尸灭迹，只有年幼的朱蒂幸免遇难，并被她父亲的同事以“证人保护计划”保护起来。新一和小兰到纽约游玩，有希子招待他们看百老会的歌剧“黄金苹果”，在剧院门口两人遇见并认识了沙朗，但是在歌剧开演前沙朗借口有事先行离开。歌剧中发生谋杀案，新一协助破案后，有希子留下录口供，让两人先乘taxi回酒店。路上两人为找沙朗给兰的手帕而下车，兰先是遇见了正在追捕银发强盗的赤井秀一，后又在废仓库遇见受伤的，逃跑中的银发强盗。银发强盗在想将两人灭口时因栏杆断裂而从高处掉落，被兰和新一所救，事后银发强盗被发现自杀，但是可疑的是现场所有的痕迹都被抹去。（按照后来剧情的说法，当时的银发强盗其实是沙朗为让赤井秀一掉以轻心以便于刺杀而假扮的（但是好像仍没有成功，自己还挂了彩），这也是为什么现场所有的痕迹都被抹去的原因（当然真正的银发强盗早已被灭口并伪装成自杀）。正因为沙朗被两人救过命，所以日后才对两人处处维护。事后她在和有希子的电话中提到的“看来我也有自己的天使”指的应该就是兰（此后一直将兰称为天使）。另外故事最后提到赤井秀一和FBI在一起，暗示了他的身份）。 沙朗假造了自己的死亡，并以自己的女儿克丽丝·温亚德的身份继续生活下去，在组织里代号是“贝尔摩德”（即Vermouth，意为苦艾酒）（假造死亡的原因可能是身份暴露，不过她应该有过某种际遇，以至于真实的面貌也变得很年轻（可能和新一见面时候的样子已经是化妆过的了），以后我们就称她为“贝尔摩德 ”）。 工藤新一被黑衣组织攻击，并被Gin强行灌下APTX-4869而变成了柯南。于是开始了名侦探柯南的第一话。
黑暗组织
黑暗组织(又 黑の组织、黑色组织、黑衣组织），柯南称其为“乌鸦军团”，是《名侦探柯南》中的一个笼罩在神秘色彩中的犯罪组织。组织简介主角工藤新一因为看到一位黑衣人同不明人士的非法交易而遭下毒，身体缩小成为一个七岁男孩。他更名为江户川柯南，调查黑衣组织。这个组织的真实名称一直是一个谜，在片中往往以“黑衣（黑暗）组织”、“组织”代称。组织的组成结构和目的也不明显。但可以肯定的是组织的势力遍布日本和西方国家，并且有雄厚的产业。组织的成立时间不少于半个世纪（单行本19卷 FILe9 被狙击的球 TV130 竞技场无差别胁迫事件 前篇)组织的颜色是黑色（大部分的人都穿这个颜色的衣服）。组织里的人员的代号全部是酒名。组织目的和计划一直在招纳医学界和科学界有实力的年轻人入伍，以此来：
1 让时间倒流，起死回生
2 研究危害人类的电脑程序
3...(未知)
APTX4869的研究研制也是上述的计划之中的一项出场成员已经出现的比较重要的组织成员包括：Gin（多数版本译为 琴酒）Rye(赤井秀一、诸星大 ）（FBI在组织中的卧底，已暴露）、Vodka(伏特加)、皮斯克、Vermouth（贝尔摩德，莎朗·温亚德，克莉丝·温亚德）、Chianti（基安蒂）、Korn(科恩)、Calvados（卡尔瓦多斯）、Sherry（雪莉、宫野志保、灰原哀）（已背叛组织）、Kir（基尔）（CIA在组织中的卧底，水无怜奈被FBI送入医院后昏迷不醒，醒来后重新回到组织里为柯南、FBI刺探情报）、Bourbon（波本）、Irish（爱尔兰）等。[1]成员介绍卧底
本堂瑛海
代号:基尔（KIR キール）
化名：水无怜奈　
简介:27岁的本堂瑛海事实上是CIA特工，为破坏组织而打入内部。她的父亲伊森·本堂也是侦办组织的CIA特工，在女儿身份暴露后自杀，并伪造成审问基尔却反被她所杀的假象，使本堂瑛海躲过了组织的怀疑并得到BOSS的信任。她平时身份是日卖电视台的主持人。在一次暗杀政要的行动中因为事故被FBI当作组织成员擒获，并一直在医院伪装昏迷。直到她“苏醒”后FBI才知道她的真实身份，并且将她送回组织继续完成任务。但在刚回去不久时，在琴酒的要求下杀死了赤井秀一，打穿了秀一的肺部。而且貌似击中的秀一的头部。
TV：425 黑色的冲击！组织魔爪伸来的瞬间
赤井秀一
代号：黑麦威士忌（RYE ライ）
化名：诸星大
死于《红与黑的碰撞》504集
但生死有疑问
简介:FBI中厉害的搜查官，曾经在黑衣组织卧底，得到BOSS的赏识获得代号黑麦威士忌。宫野明美的男友，为进入组织曾接近明美，不过假戏真做陷入情网，后无奈与其分手，似与明美的妹妹志保有很深的关系。作为卧底在组织待过三年，逐渐崭露头角成为重要骨干成员，又因FBI安德鲁·卡迈尔的失误被迫逃离组织，之后回到纽约，追击VERMOUTH，与黑衣组织的几次交手都呈现较大的优势，多次从枪口下救出灰原、柯南、毛利、JUDY、JAMES等人，组织BOSS及GIN认为他是可以射穿黑组织心脏的银色子弹（SILVER BULLET），是一个头脑一级，身手一级，枪法一级的人。平时总戴黑色针织帽，和GIN同为左撇子。在漫画单行本57—58与组织会击，为保护水无怜奈的卧底身份不被泄漏牺牲。有诸多猜测，但赤井秀一是生是死此后都是未知数。　
伊桑·本堂（イーサン·本堂，死亡）
代号：未知 　
状况：已去世 　
身份：CIA（美国中央情报局）的间谍 　
亲人：本堂瑛佑（儿子）、本堂瑛海[水无怜奈]（女儿）、妻子在多年前去世
简介:第二代的日裔美国人，30年前加入CIA，成为谍报人员。一个不太爱说话的人，有时也被同事叫做坪内，石川。和同事一样穿黑衣服，本堂瑛佑小时候有一段时间常带儿子去大阪通天阁旁的御好烧吃饭，与老板很熟，被本堂瑛佑不小心按了快门拍了一张照片（尽管他讨厌拍照）。曾潜入组织，后来被组织怀疑身份，为了保护自己的女儿（水无怜奈）而自杀。
核心成员
那位先生
性别:不详,可能为男性
姓名:不详
年龄:不详
简介:即组织内成员对黑衣组织首领的称呼。但他的身份一直是一个谜，即使在漫画中也从未以组织首领的身份露面或者有过一个剪影。已知他所“宠爱的女人”是Vermouth。此外，在425 被组织的魔掌触碰的瞬间中曾提到，他下令Vermouth协助暗杀任务。而且，组织的首领手机号码在鸟取县（TV387 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音 尾奏曲 ）中由于Vermouth的电话被窃听，从而得知，但因其危险性，被哀劝阻，所以柯南并没有拨打此号码。据说作者青山刚昌曾经在2006年的一次访谈中指出组织的首领其实是之前的漫画中出现的人物，并得到了大部分柯南迷的支持，且由此产生了一些猜测。
登场情况:未知、存在是否已登场的疑问
琴酒
性别:男　
姓名:不详，有猜测为黑泽 阵（从222-224 人鱼失踪记 系列推测）
年龄:不详
简介:琴酒是组织中最早出现的人物，Vodka的大哥，似乎二人一直是同时出场。新一就是被他从背后打倒，再灌下了毒药APTX4869。他的年龄、国籍和真名都是一个谜。永远都是一身黑色长风衣，黑色的帽沿下披散的金色长发（更多的是银色长发的出场），和一张总是那样邪恶的脸。残酷无情，极度冷静，有着冷酷的眼神，右眼闪着寒光，杀过许多人也不在乎的样子，在组织里似乎有极高的地位，只要达到他的地位就可以见到“那位先生”，主要负责很危险的暗杀和重要交易。和雪莉似乎有很深的关系，是个智能型的罪犯，和柯南多次交手都只吃过一次亏（M13 柯南用灯罩【而这个灯罩是被直升机扫射时击中，掉在柯南身边的】把他乘坐的直升飞机打了下来）。有一辆从德国买来的黑色保时捷，50年前的老款车，型号是356A，左撇子。劲敌为 赤井秀一（已知）、工藤新一、江户川柯南 （未知，但推测可能是帮过SHERRY 的“侦探一样的家伙”）
登场情况:初登场：
漫画：Vol.1 File.1 《平成的福尔摩斯》
TV：001 云霄飞车杀人事件
剧场版：M5
苦艾酒（Vermouthベルモット )
也译贝尔摩得（贝尔摩德)
性别:女　
姓名:莎朗·温亚德（Sharon Vineyard）、克莉丝·温亚德（Chris Vineyard) 
是通过易容分别演出，与莎朗是母女　
年龄:看起来是29岁，实际年龄至少40岁　从前的职业是演员。 　
擅长易容、射击（枪法极准，光靠倒车镜就能瞄准击中）、变声 　最常说的一句话是“A secret makes a woman woman”。　
简述：组织重要人物之一，长得相当漂亮，头脑冷静，判断力强，是组织中相当有实力的人，负责收集重要的情报。地位仅次于那位先生，还是组织BOSS所宠爱的人。曾经的公开身份是美国著名女演员，是工藤有希子的好友。习惯于单独行动。深受组织“那位先生”的宠爱。曾化装成莎朗·.温亚德的女儿克莉丝·温亚德以及小兰学校的新出医生，时而复出，时而隐退，行迹与想法都无法掌握猜度。把赤井秀一的存在视为“银色子弹”的危险，视工藤新一为贯穿组织的第二发“银色子弹”。二十年前杀死FBI探员朱蒂的父母，留下了一个带有指纹的眼镜，并因此而暴露身份。曾经帮过黑暗组织的一名成员皮斯克一回，一直在追查组织的叛徒雪莉，身手、智慧都在。种种诡异的举动总是能让人上乘。感到不寒而栗，但是对柯南和小兰又极力的保护（原因是出于在先前被兰新二人救过一命）并且已经发现柯南就是新一，灰原哀就是宫野志保，但未告知琴酒等人，似乎有叛变组织的倾向。　
出场情况:漫画：Vol.24 File.8 《漆黑的葬丧行列》TV：176—178与黑暗组织的再会
伏特加（Vodka ウォッカ）
性别:男
姓名:不详　
年龄:不详　
简介:琴酒的助手，也是早期登场的人物，GIN的贴身助手兼司机。新一当时便是目睹了他和不明男子的交易。Vodka长的非常壮，头脑简单，遇事没有主见，做事稍嫌不细密，全听琴酒的，尊称琴酒为「大哥」。有一次险些中了柯南的计而暴露组织的情况，后由琴酒发现而得以弥补。　
出场情况:漫画：Vol.1 File.1 《平成的福尔摩斯》TV：001云霄飞车杀人事件
雪莉（Sherry シェリー）
性别: 女　
姓名：宫野志保 　
化名：灰原哀 　
年龄:17或18岁（有争议）　
简介:组织科学家宫野厚司的次女。美国留学后在组织里负责开发APTX4869，曾是组织里的相当重要的人物。但在组织杀害她的姐姐宫野明美后放弃研制作为抗议。在被组织处决前服下APTX4869自杀，却变回小孩并逃出组织。已化名灰原哀住在阿笠博士家中，和柯南一起生活并躲避组织的追杀。曾经在一次哀悼会中被皮斯克认出，并在短暂变回宫野志保后被琴酒枪击。多亏得到柯南的帮助才得以逃出。　
初登场：漫画：18卷之FILE.6 《转学生》 TV ：129 来自黑暗组织的女子 
其他成员 　
龙舌兰（Tequila テキーラ，死亡）　
简介:不详
概述:组织人物之一，关西口音的大汉，在一次在和满天堂公司职员交易的时候因拿错箱子在与GIN通话时被误炸而死。曾与电脑工程师板仓卓接触过。 　
初登场：漫画：Vol.12 File.4 《突如其来的遭遇》TV：054 电玩公司杀人事件　
皮斯可（Pisco ピスコ，死亡）　
姓名：枡山宪三 　
年龄：71岁 　
职业：汽车公司董事长　
概述:组织人物之一，原名枡山宪三，身为汽车公司老板的他是经济界的巨子，同时也是为组织长年工作的老成员。他是宫野志保的父亲宫野厚司的好友，所以经常能听到一些开发中的药物的事情。与组织老大关系密切，封住有受贿嫌疑问题的政治家吞口重彦口的人。暗杀宫野志保失败。之后在哀悼会上举枪射杀另一组织成员吞口重彦时被在场记者拍到。因过多的失败，被琴酒所杀。　
初登场：漫画：Vol.24 File.8 《漆黑的葬丧行列》TV：176—178与黑暗组织的再会　
卡尔瓦多斯（Calvados カルバドス，死亡）　
简介:不详　
概述:组织人物之一，似乎是Vermouth的助手，是个枪法很准的狙击手。所持来福枪、手枪、猎枪等各种武器。最喜欢用的是霰弹枪。头次出场带着6把枪，之后就被赤井秀一夺走了他身上的数把枪，并被打断的双腿。可是他身上仍剩余一把手枪，在赤井秀一想把他带回去作线索时自杀。　
初登场：漫画：File.433 《面具下的真相》TV：345 直面黑色组织的对决！满月之夜的二元神秘事件　
基安蒂（Chianti キャンティ）
简介:不详　
概述:组织的优秀狙击手，狙击上限为650yard。因为Vermouth的行动害死了卡尔瓦多斯，所以对Vermouth非常反感。　
初登场：TV： 425 黑色的冲击！组织魔爪伸来的瞬间 　
科恩（Korn コルン）
简介:不详　
概述:组织的优秀狙击手，和基安蒂是搭档，射击能力也与她不相上下。似乎和之前死去的卡尔瓦多斯关系很好。同样反感Vermouth。　
初登场：TV：425 黑色的冲击！组织魔爪伸来的瞬间 　
波本（Bourbon バーボン）
简介:已确认为安室透　
概述:谜一样的组织成员，洞察力，搜集情报力一流。 对他的认识之少可以说仅次于那位先生。最早的“登场”来自于水无怜奈在返回组织后给FBI的一通电话中。水无怜奈提到组织为寻找雪莉而派出了强大的侦探。这名侦探很可能是组织高层人物，但是连水无怜奈也没有听说过，而他的代号就是波本（Bourbon ，一种烈性美国威士忌）。　
初登场：不明　
宫野厚司（死亡）
简介:宫野志保的父亲
概述:科学家。在科学界以“被业界驱逐的疯狂科学家”而知名。在发表会类的活动中遇到过阿笠博士，并表示过对阿笠博士的发明的兴趣，是个相当直爽的人。在组织中与妻子一起进行“使死者复活的秘密药物”的研究，在实验中因事故死亡（根据组织的报告）　
初登场：在《夕阳染红的女儿节人偶》中被灰原提到
艾莲娜·宫野（宫野エレーナ 死亡）
简介:宫野志保的母亲
概述:英国人。从英国到日本留学时遇到厚司，此后结婚。虽然跟阿笠博士见过面，但因为其寡言少语，所以留下了不知道在想些什么的印象。虽然在组织中被称为地狱的坠落天使（HELL ANGEL），但把录有自己声音的录音带委托给宫野明美交给女儿志保。录音带里反映出其对女儿志保的事情非常重视的想法。性格忧郁阴沉，与丈夫一同死亡。还有很多未可知之处，其真实身份也是个谜，但是从留给女儿的录音带中可以了解到她其实很关心小哀。　
初登场：在《金钱买不到的友情》中被阿笠博士提到
爱尔兰（Irish，死亡）
简介:不详　
概述:M13黑衣组织派去警视厅的内奸，Vermouth帮其易容成松本警视。因GIN杀害尊敬如父的匹斯可，在通过指纹对比得知柯南真实身份后并未告诉GIN,想抓住柯南去见那位先生，来扳倒GIN……最后为了救柯南死于基安蒂的狙击之下。
初登场：剧场版M13 漆黑的追踪者（1次）出场集数TV剧情　
001 云霄飞车杀人事件 　
013 奇怪的寻亲杀人事件 　
054 电玩公司杀人事件 　
128 黑暗组织10亿元抢劫事件 　
129 来自黑暗组织的女子 大学教授杀人事件 　
176 与黑暗组织的再会（灰原篇） 　
177 与黑暗组织的再会（柯南篇） 　
178 与黑暗组织的再会（解决篇） 　
230 迷一样的乘客（前篇） 　
231 迷一样的乘客（后篇） 　
272 急忙掩饰的忽略(后篇) 　
286 工藤新一纽约事件（事件篇） 　
287 工藤新一纽约事件（推理篇） 　
288 工藤新一纽约事件（解决篇） 　
289 光彦森林迷失记（前篇）（邵渊己一郎出场） 　
290 光彦森林迷失记（后篇） 　
307 没有声音的证词（前篇） 　
308 没有声音的证词（后篇） 　
309 与黑暗组织接触（交涉篇） 　
310 与黑暗组织接触（追击篇） 　
311 与黑暗组织接触（决死篇） 　
338 四辆保时捷（上） 　
339 四辆保时捷（下） 　
340 厕所隐藏的秘密（前篇） 　
341 厕所隐藏的秘密（后篇） 　
345 与黑衣组织直面对决 满月之夜的双重迷案 　
385 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音 前奏曲 　
387 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音 尾奏曲 　
425 黑色冲击！黑暗组织魔爪伸来的瞬间 　
427 充满神秘的上学之路（前篇） 　
428 充满神秘的上学之路（后篇） 　
462 黑衣组织的影子 年幼的目击者 　
463 黑衣组织的影子 奇妙的照明 　
464 黑衣组织的影子 谜样的高额报酬 　
465 黑衣组织的影子 珍珠的流星 　
484黑色照片的行踪（前篇） 　
485黑色照片的行踪（后篇） 　
491 红与黑的碰撞 开端 　
492 红与黑的碰撞 血缘 　
493 红与黑的碰撞 绝叫 　
494 红与黑的碰撞 冥土 　
495 红与黑的碰撞 昏睡 　
496 红与黑的碰撞 侵入 　
497 红与黑的碰撞 觉醒 　
498 红与黑的碰撞 搅乱 　
499 红与黑的碰撞 伪装 　
500 红与黑的碰撞 遗言 　
501 红与黑的碰撞 嫌疑 　
502 红与黑的碰撞 洁白 　
503 红与黑的碰撞 决死 　
504 红与黑的碰撞 殉职 　
509 红白黄色与侦探团 　
510 柯南VS W暗号之谜 　
511 推理对决！新一VS冲矢昴 　
542 让鱼儿消失的一角岩(前篇) 　
543 让鱼儿消失的一角岩(后篇) 　
563 侦探团VS强盗团(骚乱) 　
564 侦探团VS强盗团(沉默) 　
572 妖怪仓库中的夺宝战斗(后篇)　
578 召唤危机的红色凶兆 　
579 黑与13的暗示　 　
580 逼近黑色时刻
581 红色的摇摆目标
674 侦探们的夜想曲（波本）
漫画　
01/01 001 现代的福尔摩斯 　
01/02 002 变成小孩子的名侦探 　
12/04 114 突如其来的遭遇 　
12/05 115 炸弹的下落 　
12/06 116 柯南失算了 　
18/06 176 转学生 　
18/07 177 黑衣女郎 　
18/08 178 秘密组织成员· 　
18/09 179 伪装的少女 　
18/10 180 将死 　
19/01 181 为什么？ 　
19/09 189 被狙击的球！ 　
19/10 190 5万6千名人质 　
20/01 191 远方之眼 　
24/07 238 背叛的街角 　
24/08 239 漆黑的丧葬行列 　
24/09 240 不告而别 　
24/10 241 来自过去的子弹 　
24/11 242 白色世界 　
29/03 287 看不见的恐怖 　
29/04 288 危险讯号 　
29/05 289 光天化日下的埋 　
34/11 350 金苹果（1） 　
35/01 351 金苹果（2） 　
35/02 352 金苹果（3） 　
35/03 353 金苹果（4） 　
35/04 354 金苹果（5） 　
37/05 377 黑暗的足迹（1） 　
37/06 378 黑暗的足迹（2） 　
37/07 379 黑暗的足迹（3） 　
37/08 380 白雪…黑影… 　
37/09 381 危险的相遇 　
37/10 382 顺风车 　
38/01 383 新兵器！ 　
41/10 423 到访者留下的谜 　
41/11 424 小小密室的秘密 　
42/01 425 隐藏的真相 　
42/05 429 月圆之夜和黑宴 　
42/06 430 染血的幽灵船 　
42/07 431 隐形人出现 　
42/08 432 工藤新一登场 　
42/09 433 面具下的真相 　
42/10 434 腐坏的苹果 　
48/09 499 门铃怪客 　
48/10 500 新的黑衣组织成员 　
49/01 501 追踪目标！ 　
49/02 502 新的指令！ 　
49/03 503 黑衣组织vsFBI 　
49/04 504 黑衣组织vsFBI 　
53/07 550 目击者一人 　
53/08 551 钉子与蛇 　
53/09 552 锤子的真面目 　
53/10 553 不可思议的兼职 　
54/01 554 晚餐的菜单 　
54/02 555 梦中之星 　
FILE.595 乌鸦之歌 　
FILE.596 第二条线 　 
红与黑的碰撞引
FILE.597 假患者 　
FILE.598 跟踪，然后…… 　
FILE.599 赤井的过去 　
FILE.600 孤注一掷 　
FILE.601 伪装 　
FILE.602 最终手段 　
FILE.603 任务 　
FILE.604 姐弟 　
FILE.605 意外的嫌疑人 　
FILE.606 13日又是星期五 　
FILE.607 卡迈尔的过去 　
FILE.608 魔法的咒语 　
FILE.609 钢楔 　
File.622 红白黄色 　
File.623 黑白人 　
File.624 新邻居 　
File.635 燃烧 　
File.637 噼里啪啦 　
File.638 纸飞机 　
File.639 信息 　
File.640 解救 　
File.664 一角岩 　
File.665 鲭鱼?鲤鱼?鲷鱼?鲆鱼 　
File.666 杀气 　
File.680 与危险的二人同行 　
File.691 柯南VS侦探团 　
File.700 危险地带 　
File.701 赤与13的暗示 　
File.702 炸弹犯的目的 　
File.703 暴风雪中的真相 　
File.704 寂静的战争电影　
FILE.796 相约科伦坡
FILE.797 扭曲交错的谎言与谜题
FILE.798 侦探们的夜想曲
FILE.799 孩子的好奇心和侦探的探究心
FILE.800 立体交错的思绪
FILE.818 神秘列车（发车）
FILE.819 神秘列车（隧道）
FILE.820 神秘列车（一等）
FILE.821 神秘列车（交叉）
FILE.822 神秘列车（拦截）
FILE.823 神秘列车（排烟）
FILE.824 神秘列车（终点）
剧场版：
2001 剧场版5：通往天国的倒计时（天国へのカウントダウン） 
2009 剧场版13：漆黑的追迹者（漆黒の追迹者） 
真人版　　
2.工藤新一的复活 黑暗组织的对决BOSS猜想（仅供参考）
对黑衣组织首领身份的猜测，一直集中在旧剧情人物和未出现新人物两点上。工藤优作、黑羽盗一、阿笠博士、詹姆斯布莱克和毛利小五郎和另外几个怀疑对象： 
远山刑警（远山和叶的爸爸）、Mr正影（案件中提到的失踪名魔术师，可能与盗一有关）、白鸟任三郎（可能不大，因为他的初登场是在剧场版，而柯南原作者青山刚昌是不过问剧场版的剧情的，也就是说一开始青山刚昌就没想设计这个人物，他是后来随着剧情发展才跻身到配角的）、乌丸莲耶或其后人。银色子弹银色子弹这个称呼来自于贝尔摩德，贝尔摩德称他们为打穿组织心脏的银色子弹。 
第一发　
简介：赤井秀一，充满神秘感的FBI探员。他就好像是正义一方的GIN：冷峻，坚定，还有慑人的眼神。平时总喜欢戴着黑色的针织帽，枪法一流，可以在700码以外打中狙击步枪的瞄准镜(TV425 黑色冲击！黑色组织魔爪伸来的瞬间)，而且和GIN一样，都是左撇子…… 
赤井秀一原本和GIN一样是长头发，在新一变成柯南之前两年以"诸星大"的假名潜入黑暗组织。这段时间里，他和组织中的成员宫野明美（广田雅美）交往（漫画里看得出交往疑似为了某种目的），并且和她的妹妹，组织的科学家宫野志保(灰原哀)有不太清楚的关系(File 599,单行本V58，File 2 赤井秀一的过去)。赤井秀一依靠自己的能力在组织里获得了很高的地位，得到了“Rye（黑麦威士忌）”的组织代号，已经达到了仅次于GIN的地位，就要可以见到组织的BOSS。因为一个FBI探员安德雷.卡迈尔的失误，赤井秀一的身份暴露，最后成功逃出组织回到美国。在美国还侦办过Vermouth化妆纽约杀人魔的案件(TV288 工藤新一NY事件（解决篇）)。因为赤井秀一的能力实在太强了，因此被组织认为是可以威胁组织生死存亡的"银色子弹"。 
明美在秀一逃离后一直试图脱离组织与他团聚。一次任务之前，明美曾经给秀一发过短信:等脱离组织了，可以真正作为男朋友和我交往吗？不幸的是，在那次事件中，明美最后被GIN杀死灭口(TV128 黑组织10亿元抢劫事件)。赤井秀一为报复“恋人”，他剪掉了长发，不久之后便来到日本，继续侦办组织的案件。 
不过在后来的漫画中，赤井秀一死于水无怜奈（本堂瑛海）的枪下(File.608-609)。 后来出现了一个奇怪的大学生冲矢昴（File·622-624），多数人怀疑他就是赤井秀一。后死后的“秀一”再次出现在茱蒂的面前，不过已丧失记忆，脸部已有烧伤的痕迹，但在危急关头“秀一”用自己准确的枪法救了柯南，在混乱的人群中消失了（File.677-679）。关于这个“秀一”身份已明，已确定伤疤赤井是安室透乔装的（File.824中确认。“神秘列车”篇中的“伤疤赤井”为贝尔摩德假扮）。
第二发　
简介：全日本很有名的高中生侦探工藤新一，被称为“关东的名侦探”。但是因为目击黑暗组织（后称组织）的交易被发现而遭毒手，被黑暗组织精英琴酒强行灌下APTX4869（组织研发的药物）后导致身体缩小，以“江户川柯南”的身份暗中调查组织的活动。 
在身体缩小之前，侦探名声响誉全日本，帮助警方解决过很多棘手的案件，曾被誉为：“高中生名侦探”、“平成年代的福尔摩斯”、“日本警察的救世主”、“90年代的夏洛克?福尔摩斯”。 目暮警官更是对他信任有加。 
而他能有今天的成就，多归功于从小受到侦探小说家的父亲的影响，家中的侦探类藏书的数目就很可观，所以从小就喜欢玩侦探破案的游戏和看推理小说，有了丰富的推理知识，而且是个铁杆福尔摩斯迷。母亲是原著名女演员——藤峰有希子（嫁给新一的父亲后改名为"工藤有希子"）这也为新一变小后能成功的伪装，并不被识破提供了有利的学习条件。 
在2009年的第13部剧场版《漆黑的追踪者》的结局里，骑在摩托车上的Vermouth在目睹GIN的被迫坠机时说到：不愧是银色子弹，真有一手！（第104分27秒）暗指代的就是柯南 
在两个半小时特别篇《黑衣组织满月对决》里由Vermouth在最后提及--赤井秀一和工藤新一就是可以“两发毁灭组织”的银色子弹！
FBI
组织简介FBI的任务是调查违反联邦犯罪法，支持法律。保护美国调查来自于外国的情报和恐怖活动，在领导阶层和法律执行方面对联邦、州、当地和国际机构提供帮助，同时在响应公众需要和忠实于美国宪法前提下履行职责。
在柯南中，调查并对抗黑暗组织和实行“证人保护计划”是FBI的重点任务。
到了《名侦探柯南》TV版425集（黑暗冲击！组织魔爪伸来的瞬间）中出现了最主要的三位FBI成员终于亮出全部身份，打消了之前所有对他们的怀疑和猜测。在红与黑的系列中，搜查官安德鲁·卡梅尔登场，并进一步揭开了FBI的任务。
FBI的成员自称自己的组织为“事务所”。主要成员茱蒂·圣提米利翁最早出现的FBI探员。帝丹高中二年级B班（也就是兰新所在班级班）新来的英语老师，美国人。对于电动非常着迷、是个游戏高手，枪法精准。真名：茱蒂·斯泰琳（参加FBI的证人保护计划，改变过改变姓名地址）。真实身份是FBI情报员。
赤井秀一
化名：诸星大 　
身份：充满神秘感的FBI探员，胆识过人，车技一流。曾以诸星大的化名混入组织，获得很高的地位，得到Rye的代号。（VERMOUTH称赤井秀一和工藤新一是可以穿透组织的两颗银色子弹。） 后身份被组织识破，女友身亡，被KIR击中两枪，现生死不明。　
初登场：TV230 谜一样的乘客(前篇) 
詹姆斯·布莱克
表面上是一个慈祥的老人，出生于英国贝克街（就是福尔摩斯住所的所在街道），而在美国芝加哥成长。跟赤井秀一是旧识，是赤井秀一、卡迈尔和朱蒂的上司。FBI的BOSS。
安德鲁·卡梅尔 
又译：安德鲁·卡迈尔 FBI搜查员，拥有极好的驾驶技术，曾成功处理了寄到FBI的炸弹，立下大功。但也曾因小小失误泄露赤井的卧底身份。TV出场记录226 战斗游戏的陷阱（前篇）（朱蒂老师玩电子游戏）
227 战斗游戏的陷阱（后篇） 　
230 迷一样的乘客（前篇）
231 迷一样的乘客（后篇）
254本厅刑事恋爱物语4 后篇 （赤井出现在佐藤和白鸟相亲的地方，兰想起似乎在哪见过此人）
258 来自芝加哥的男子（上集） 　（BOSS登场）　
259 来自芝加哥的男子（下集） 
270 犯罪的遗物 后篇 （片尾曲后出现赤井）
271 急忙掩饰的忽略（上集） 　
272 急忙掩饰的忽略（下集） 　
277 英语教师VS西部名侦探（上） 　
278 英语教师VS西部名侦探（下）
284 中华街 雨中的似曾相识（前篇）（开头处看到雨的兰想起了赤井秀一）
288 工藤新一纽约事件(解决篇) (遇见兰)
308 无声的证据 后篇 (在片尾曲后出现，与小兰重逢在下雪的街头
309《与黑组织的接触 交涉篇 (赤井在开头出现，延续上一集末尾)
311 与黑衣组织的接触 决死篇 （赤井在片尾曲后又出现，灰原惊慌的回头，赤井秀一已经消失）
336 东都显影所的秘密 后篇（赤井在事件中派人全程监视跟踪柯南灰原等人的行动)
338 4台保时捷（前篇） 　
339 4台保时捷（后篇） 　
343 便利店的陷阱（前篇） 　
344 便利店的陷阱（后篇） 　
345 与黑衣组织直面对决 满月之夜的双重迷案　 　
346 寻找P股上的印记（前篇） 　
347 寻找P股上的印记（后篇） 　
361 帝丹高中的学校怪谈（前篇） 　
362 帝丹高中的学校怪谈（后篇） 　
425 Black impact ! 被组织的魔掌触碰的瞬间 　
462 黑衣组织的魅影 年幼的目击者 （詹姆斯、赤井和朱蒂进行关于水无怜奈的对话）　
491 红与黑的碰撞 开始 　 
FBI 成员们引
492 红与黑的碰撞 血缘 　
493 红与黑的碰撞 绝叫 　
494 红与黑的碰撞 冥土 　
495 红与黑的碰撞 昏睡 　
496 红与黑的碰撞 侵入 　
497 红与黑的碰撞 觉醒 　
498 红与黑的碰撞 搅乱 　
499 红与黑的碰撞 伪装 　
500 红与黑的碰撞 遗言 　
501 红与黑的碰撞 嫌疑 　
502 红与黑的碰撞 洁白 　
503 红与黑的碰撞 决死 　
504 红与黑的碰撞 殉职 
508 KTV包房的死角（后篇）（柯南说FBI没事）
509 红白黄色与侦探团 　
563 侦探团VS强盗团(骚乱) 　
564 侦探团VS强盗团(沉默) （疑似秀一的人在劫持柯南的劫匪肩头开了一枪，救了柯南）
578 召唤危机的红色预兆 　
579 黑与13的暗示 　
580 逼近黑色时刻
581 红色的摇摆目标
651 柯南VS平次 东西侦探推理对决
特辑 　　
与黑衣组织的对决历史 BLACK HISTORY
CIA
组织概况　CIA中央情报局是美国政府的情报、间谍和反间谍机构，主要职责是收集和分析全球政治、经济、文化、军事、科技等方面的情报，协调美国国内情报机构的活动，并把情报上报美国政府各部门。它也负责维持在美国境外的军事设备。中情局的根本目的，是透过情报工作维护美国的国家利益和国家安全。
在柯南主线剧情中CIA成员 以本堂一家为代表。父亲伊桑·本堂 ，姐姐本堂瑛海，弟弟本堂瑛佑（508集透露即将加入CIA）。
CIA的成员自称自己的组织为“COMPANY”。主要成员伊桑·本堂第二代的日裔美国人，30年前加入CIA，成为谍报人员。被CIA派到日本调查组织的卧底。一个不太爱说话的人，有时也被同事叫做坪内，石川。和同事一样穿黑衣服，本堂瑛佑小时候有一段时间常带儿子去大阪通天阁旁的御好烧吃饭，与老板很熟，被本堂瑛佑不小心按了快门拍了一张照片（尽管他讨厌拍照）。四年前为了保护自己的女儿而自杀身亡。从他对水无的举动上来看，他是一个考虑很全、思维相当周密的父亲。
本堂瑛海
长相非常的漂亮（435 集注目于侦探团的采访里元太他们都说希望是美女主播是水无怜奈，这可以看出她的长相是非常漂亮的，跟自己弟弟和去世的母亲非常像。 ）　作为黑暗组织的高层成员（实际为卧底），组织代号为基尔（KIR）。其真实身份是CIA（美国中央情报局）谍报员 （同其父亲） 在TV500集说出真相，并答应赤井秀一和柯南（工藤新一）帮助FBI获取情报。 后透露了黑暗组织派出了高手——侦探波本（代号：Bourbon) ，来追查雪莉，即灰原哀的下落，让FBI和柯南等早做准备。
本堂瑛祐（预备成员）
长相酷似姐姐本堂瑛海，头脑聪明但反应迟钝。现以转校生，就读于帝丹高中2年B班。暂住在父亲的熟人处。
喜欢过毛利兰（后因知道新一暴露自己身份而放弃追兰），决心像父亲和姐姐那样加入CIA。TV登场425 黑色的冲击！被组织的魔掌触碰的瞬间 429 再也回不来的二人（前篇） 
430 再也回不来的二人（后篇） 
446 被封印的西式窗户（前篇） 
447 被封印的西式窗户（后篇） 
462 黑暗组织的影子 年幼的目击者 
463 黑暗组织的影子 奇妙的照明 
464 黑暗组织的影子 谜样的高额报酬 
465 黑组织之星 珍珠流星 
479 和服部平次在一起的三天（柯南委托平次调查她）
484 黑色照片的行踪（前篇） 
485 黑色照片的行踪（后篇） 
485 黑色照片的去向（后篇）
491 红与黑的碰撞 开始 
492 红与黑的碰撞 血缘 
493 红与黑的碰撞 绝叫 
494 红与黑的碰撞 冥土 
495 红与黑的碰撞 昏睡 
496 红与黑的碰撞 侵入 
497 红与黑的碰撞 觉醒 
498 红与黑的碰撞 搅乱 
499 红与黑的碰撞 伪装 
500 红与黑的碰撞 遗言 
501 红与黑的碰撞 嫌疑 
502 红与黑的碰撞 洁白 
503 红与黑的碰撞 决死 
504 红与黑的碰撞 殉职 
507 KTV包房的死角（前篇） 
508 KTV包房的死角（后篇）(本堂瑛祐揭穿柯南就是新一的真相.) 
509 红白黄色与侦探团 
563 侦探团VS强盗团(骚乱) 
579 黑色13的暗示
580 逼近黑色时刻 
581 红色的摇摆目标
神秘组织
与《名侦探柯南》中的一大主角怪盗基德有关的一个组织，据说暗杀了因为偷窃珠宝卷入神秘组织中的第一代怪盗KID。组织的目的是与寻找的“潘多拉”宝石有关。第一代怪盗KID真实身份是黑羽盗一，著名的魔术师，但在多年前死于魔术意外（有疑点）。他的儿子高中生黑羽快斗，是个热爱魔术的少年，因为发现父亲留下的密室，并知道了父亲是被人杀害的，为了查明真相，他继承父亲怪盗的身份，以吸引杀父仇人的注意，从此化身为怪盗基德第二代，专门偷盗珠宝（但偷来的宝物不是半途丢弃，就是原封不动偷偷送回）。
目前柯南中未有明确情节透露（仅以基德每次还回宝物时说的“这不是我想要的宝石”为唯一参考）
他的对手是《魔术快斗》中的神秘组织。神秘组织的目标是名为潘多拉的宝石以求长生，但不确定是否此组织与黑衣组织相同。