标题：Erko Stackebrandt
学术事业
由于Stackebrandt父亲于1930年修读医学时获得显微镜，因此自小他即伴着微显镜成长。但于孩提时期，却对显微镜没有任何特别的兴趣，仅是用来做过几次池溏水及草汁的观察，大多数时候只是拿来秀给小朋友看的。在学时期，他想成为建筑师比成为一位自然现象观察者大多了。但是，由于慕尼黑大学建筑学系入学考试的失利，他成为建筑师的梦想瞬间幻灭；接下来，体育和生物学是他的第二及第三志愿，但由于慕尼黑的Ludwing-Maximilians大学在体育方面的入学要求中有滑雪这个考试项目，在德国平原长大的Stackebrandt是从来未接触过的，只好在这个大学中读生物学了，由于他并没有把生物学视为未来的事业，所以他并不知道有没有其它更好的大学来学生物学。 
然而，在接下来的两年中，Stackebrandt开始显露出对动物学及植物学的兴趣，而为了弥补在生物学学习上的不足，他将所有课余的时间全部用来致力于厥类植物及昆虫的收集，持续追赶上同学的步伐，大多数同学在十年前就开始这些活动了。于数个季节后，他即拥有超过两千种丰富的甲虫收藏，主要来自巴伐利亚（Bovaria）、奥地利及南提洛尔（Southern Tirol）等处。虽然比较晚才知道，关于严谨收集这个性状在 Stackebrandt基因池(gene pool)里其实是有着母亲的遗传的。他认为昆虫学是可以发展的事业，直至1960年代末期，由于随着大学新导入微生物学教授和微生物学学门，令他的生涯产生了不可预知的扭转。 
慕尼黑大学微生学系系主任奥图‧坎德勒(Otto Kandler)是一位昆虫学及微生物学家，从事于革兰氏阳性菌在生理与分类学上的研究。这个学系是世界上研究细胞壁化学成分分析的重心，利用砒碇甲酸(picolinic acid)、啶(pyridine)等溶剂进行一维性氯化氢水解实验方式，藉以分析细胞壁化学组成肽聚糖(peptidoglycan)的研究，所有微生物学系的毕业生对这些方法都无有不识的。而奥图‧坎德勒及它的研究伙伴们，如：华德‧韩斯(Walter Hammes)、法兰斯‧费德勒(Franz Fiedler)、卡尔-汉兹‧史利佛(Karl-Heinz Schleifer)等人，领导了整个科学研究的风气；而由于他们能重现细菌学上的自然全貌，这使得许多的学生着迷及印像深刻；同等重要的是，实验室的指导者的名字出现在很多他们的发表上。大家就在这样的气氛中养成：唯有勤劳和投入才是科学工作成功的基石。有许许多多的学长们在学业完成后，往往在卓越的学术机构和研究单位中得到很好的位置；因此，他们知道成功的事业还得依赖选择好的团队，自己选择或者依靠机运。 
在1972年间在做相当于硕士学位（diploma）的论文时，不同于其它同学们全神贯注于细胞壁研究上，而他着重于另一个分类的课题上，分析代谢终产物在棒状菌（coryneform bacteria）分类学上的重要性。由于在先前的肽聚糖分析研究中指出：依据典型的形态特征及化学特性所进行的分类分析，发现了显著的差异，当然下一步就必需探索其它特征作为分类依据的可能性，例如：酒精(ethanol)、乙酸(acetate)、乳酸(lactic acid) 形成的定性及定量分析，以及糖解作用(glycolytic pathway) 及五碳糖 (pentose phosphate pathway)等代谢路径的重建，而这些实验的结果对已知的棒状菌菌种之间的关连没有甚么重大的影响。然而，对Stackebrandt而言，它却导引出一个分子分类及系统学的世界；在这段时期中，他开始从事细菌分类群之间关系的研究，并引用多元的方法在分类学上。化学分类学（chemotaxonomy）是辨识自然界中相近物种族群的重要步骤（当时最喜爱的教材是国际细菌系统学期刊的20卷第4期）。然而，它是已被注意到的是化学分类局限于应用一些非基因性特质在细菌的分群上，因此在利用化学性分类无法显示细菌分类的阶级结构（hierarchic structure）。 
1973年时，由于Stackebrandt在革兰氏阳性杆状好气性菌上的研究，他是被任命成为德国菌种中心（现今世界上最大的微生物种源中心之一）中棒状细菌的主任。由于兴趣及工业、学术界上都极需纯菌的关系，于1969年即开始收集相关的菌株；而收集到的这些菌株则是被分散保存于慕尼黑几位科学家手中，总部设在哥丁根（Gottingen），每位科学家手上的菌株不多，因此有充足的时间应用与发展新的分类方法。 
相对于应用化学分类法的同时，有少数的团队，例如：John Johnson、Don Brenner及Josef De Ley等人所领导着，则进行发展能进一步确定相近菌种分子关连性的相关技术。此时，不同的DNA-DNA杂合技术的应用，此种技术的结果显示相近的菌种的DNA呈现高度的相似性。接着，这个技术持续的使用在数百种菌株上，这个方法很优异地分辨基因同构型高或者歧异性大的菌株，着实令人印象深刻。虽然，这样的DNA杂合方法只能显现近期的演化结果，对于更古早的菌种 历史却没有甚么帮助，虽然这不影响在已知菌属（genus）中菌种鉴定的应用，身为科学家，Stackebrandt对于细菌的发生起源的好奇是无法满足的。 
回顾以往，这些年的训练让他了解到这些分类上所应用的方法，就如同拼图一样，尚未完整地拼成，每一种分类方法仅能有效的适用在原先发展的目的上，比如说：集中在细胞中的某些事物都拥有它本身的特性价值及重要性，但是却无法综览整个原核生物界。稍后，当他发现动物学家Theodor Dobszanki曾说过这样的一句话：「缺乏演化的思维，生物学中任何事物都没有意义。」 (nothing makes sense in biology-except in the light of evolution)，他知道要追寻什么，但当时尚无法表达出来。 
随着引用rRNA序列来鉴定系统学上相关性出现后，Stackebrandt随即引用来鉴定更原始的关连性，其结果比DNA-DNA杂合技术更具威力，而藉分析个rRNA演化上保留序列及它们的遗传密码的相似程度，微生物学家可以更进一步了解同科(family)中物种之间的相似程度。因此这个方法可用来协助DNA相似度鉴定用了解原核生物的演化系统。 
显然Stackebrandt并不孤单，在1977年时，他看到一篇来Carl Woese和同僚在1974年发表的论文，其论文指出16S rDNA序列内在特性不仅允许在「种」层级中相近物种间关连性的调查，在遥远至不同界（kingdom）物种之间亦有意义，所有的数据可以储存累积于一个可搜寻的数据库中。因此，他即刻停止DNA-rRNA关连性的研究工作，并在德国国科会的资助下，于1978年一月起，至位于美国伊利州大学的Carl Woese实验室中，进行博士后的研究工作。毫不夸张的说，在美国伊利州大学香槟分校的十二个月中，改变了他对于科学的态度，那是因为Carl Woese和他在微生物学演化发掘上的专注，分类的关联性不是天上掉下来的，对百年来细菌的分类应该常抱持着怀疑的态度。当然这也和16S RNA有关，16S rRNA属于核糖体的一部分， Carl Woese曾经在黑板上写道：「核糖体是旷世难逢的机器」，在数个月中，他们已将细菌中主要的分类群粗略性的建立起来。在返回德国后，Stackebrandt仍继续rRNA的研究工作，开始在的Max Planck 研究院生化所，然后在慕尼黑的科技大学，在Kiel大学、Brisbane大学至德国菌种中心等单位中，仍持续着这方面的研究工作。 
假定没有古典微生物分类法上的背景知识，Stackebrandt可能仅是一个依靠序列走江湖的分类学家， 16S rRNA序列分析在分类上极为重要的影响性吸引着他转形。系统学的研究随着方法的发展而快速地兹长，如：rRNA分组（cataloguing）方法先后被反转录酶方法(reverse transcriptase method)和聚合素连锁反应(polymerase chain reaction)所取代；凡是rRNA/ rDNA分析能够进行的物种，其演化树（phylogenetic tree）统统都可建立，包括的物种如自营性的、共生的、寄生的、极端微生物、胞器、真核性微生物及其它具高等发展形态的菌体。先前以表现型为主的分类学上，大部分属（genus）以上的分类群或者是属以内各种之间的关联性，如果依照系统分类（phylogenetic）上的观点而言，都是不正确的。前人依照当时所能引用的方法，并依照这些结果发展他们在分类上的观点，纵然在系统分类法有些错误，但是人们也不必责难。 
由于大量rRNA序列被成功应用的故事，随后发展其它演化上保留的序列分子用在建构分类的组织阶级架构，这可是符合Dobszanki的说法，演化让事情变得有意义。随着这方面信息及数据的大量累积，分类学家就必须抉择采用哪些数据到自己所认知的系统学中。这些系统学家中，大概可分为三群：第一群对于接受16S rRNA序列的分子数据相当犹豫，对他们而言，这些结果是革命性的，与Bergey的分类手册（Bergey’s Manual of Determinative Bacteriology）是很不相同的，使得他们会对16S rDNA序列分析实验的正确性及效力感到怀疑，然而，渐渐的这类学者已不再存在了；第二群学者由于对这些分子资料深具信心，因此，则偏爱利用这种方式去定义所有的分类；而Dobszanki和其它许多人一样属于第三类的分群，主张理应结合分子资料及表现型特质来作为分类的依据。 
由于rRNA序列分子在结构上极度保留性，以至于在同种菌株之间，无法反应基因体的异质性，且无法回答所有生命起源的所有问题；且由于表现型及16S rDNA基因型的演化速率上无法达到一个同步化的情况，因此有些16S rDNA序列高度相似的分类群可能有不同的表现型，和DNA杂合关连性实验的结果也不一定有关。 
在分类群定义的过程中，所采用到的客观数据，如核酸序列、脂质化学组成、肽聚糖、奎宁（isoprenoid quinones）和其它相似的糖代谢终产物及其它相关的表现型特征，所有这些客观的数据都是被主观所采用的，所以愈多客观的数据，这样才可能比较选择到契合真正演化分类的样式。另外一方面，在系统学上分类物种时，选择由许多基因所影响的表现型特征作为参照，在系统分类上将有助于指出数学演算（mathematical algorithms）上的错误。Rita Colwell最先提出多元性分类法，事后被证实是成功的，科学社群也接受应用多元的方法于各种分类群中。对于高等的分类层级，特别在界、门、纲、目、科或以上的层级中，由于其成员中表现型特征可以比照分析的不多，因此，序列的组成及特殊卷标性质的（signature）核酸片段的存在就提供了最重要的分类准则。 
将分子序列导入系统学及其后提供稳定的原核生物分类结果，引起了来自于不同细菌领域科学家们的兴趣，生化学家、生理学家、形态学家、生态学家、医用微生物学家及地质化学家都发现微生物系统分类的重要性，这些兴趣促成许多跨领用的专家们的合作，涵盖不同细菌的研究群和其它领域其它主题的工作者，因为他们的所探讨的对象在系统分类上可能不预期地非常接近。微生物分类学不再被称为微生物学中充满无趣课题的丑小鸭，在过去这十年中，分类学已经发展成为一个高度刺激的学门。 
为何对分类学与系统学的兴趣瞬间提升，可以解释为rDNA序列分析在二个微生物学领域中产生极大的影响：医用微生物学及微生物生态学。来自于聚合素连锁反应技术发展的诱导与催化，临床诊断方法的发展开始改变自然检体中细菌的鉴定方式；多核苷探针(oligo nucleotide probing)及聚合素连锁反应分析也持续提升了制药公司的兴趣，有些是和Stackebrandt有关联的，他们自1986年起即发展rDNA探针及快速rDNA筛选模式。 
在致病菌的侦测上，DNA分子技术与免疫学方法互补性的结合，广泛性的应用在自然检体中的辨识与差异性的分析，微生物学家知道细菌和古细菌这两大原核生物中，仅粗略性的概括约四千种，这是低估了的。藉由精致监测方法的发展，可以帮助我们培养那些目前培养不起来的细菌，纵然我们仅想象这些菌数目只是多了百倍，菌种的描述将着重于更多的分子方法而且更省时，到时，像今日这样少数的分类学者将无法应付可雪崩般涌至的大量新菌种，因此，微生物菌种中心的数目与保存策略应加以改良，以应付大量增加的物种储存；并且确实提升品管与正确性，增加生物多样性大会里的论文数目。 
Stackebrandt主要的科学研究动力是来自于下列三领域中的张力：菌种保存（微生物菌种中心）、人为的物种鉴定工作，及物种在生态学上的重要性。换句话来说，使从休息状态跃至清醒的科学家行列的主要力量来自于：真正细菌天然物种以及它的遗传定性、环境因子在物种衍生上的角色，及相将这些关信息转形为「种」的观念。 
明日的系统学学者必需不是「纯分子」或者是「纯表现型」的科学家，他们必需要联合和在生物信息学下进行整合。在过去的二十年中，我们认识到原核生物的角色及重要性有了重大的改变；而系统学家们也将受益于分子技术的发展，身为分类学家是很让人兴奋的事，因为，他们的努力正解开原核生物真正天然的面貌。