标题：复杂基因
遗传标记
⑴ 第一代的DNA遗传多态性的标记是RFLP（restriction fragment length polymorphism），限制性片段长度多态性。DNA序列的改变，甚至于1个限制性内切酶切点的丢失或突变，导致酶切片段长度的变化。可以用常规的琼脂糖凝胶电泳检测出来。1880年，D.Botstein 首先提出的。1987年，H.Donis-Keller等人建立了人类第一张以RFLP为遗传标记的“全遗传图”。
多态性限制位点
DNA * DNA
Allele 1 Allele2
酶切 
4个片段 3个片段
RFLP图解，左侧DNA具有一个多态性限制位点（用*表示）
⑵ 第二代的DNA遗传标记是SSLP（simple sequence length polymorphism） 既利用STR（short tandem repeats，简短串联重复），人们把6-12个核苷酸的串联重复作为遗传标记。其最突出的两个优点是：a. 作为遗传标记“多态性”与“高频率”。b. 可采用位点两侧的特异性单拷贝序列作为定点标记，以PCR技术操作。
等位基因1 TCTGAGAGAGG
等位基因2 TCTGAGAGG
等位基因1中的GA序列重复3次，等位基因2中GA序列重复2次。图解SSLP。
⑶ 第三代的DNA遗传标记是SNP（single nucleotide polymorphism，单核苷酸多态性）。SNP于RLFP和STR不同，它是直接以序列的变异作为标记，而不是以片段长度差异作标记。1996年，美国MIT的E. Lander首先提出。人类基因组中每1000 bp就有一个SNP，它占已知多态性的80%，大约有300万以上的SNP，共分三类，一类在编码区的SNP称cSNP（coding SNP）；第二类在基因周边叫pSNP (perigenic SNP); 另一类叫插入iSNP (intergenic SNP).
等位基因1 * AGTCAGAATC
等位基因2 AGTCACAATC
检测方法
⒈寡核苷酸杂交分析（Oligonucleotide hybridization analysis），
⒉DNA chip,
⒊动态等位基因特异杂交（Dynamic allele-specific hybridization,DASH）。
原理：由于错配的杂交产物不如完全杂交的产物稳定，故在较低的温度下解链，因此可以通过提高温度来区分等位基因。利用荧光信号的强度来判定。
SNP的意义
1）. cSNP可能与人类遗传疾病有关。
2）.通过比较不同个体基因组的变异，有助于阐明非编码区的功能。
3）. 作为遗传标记，用于定位和识别具有重要功能的基因。
物理图
作为人类基因组计划内容之一的物理图，是指以一段已知DNA片段核苷酸序列标记位置为“路标”（STS,sequence tagged site），以Mb、 或kb作为图距的基因组图。
一个DNA序列要成为STS必须满足两个前提. 首先它的序列是已知的，以便用PCR方法检测.第二个要求是STS必须在待查的染色体上有唯一的定位.
物理作图的主要方法
STS作图STS 最常见的来源是1） 表达序列标签（EST),2） SSLP,3） 随机基因组序列：通过对克隆基因组DNA随机小片段进行测序而获得. 
⒉1.3.1.用于STS 作图的DNA片段群（又称作图试剂，mapping reagent）可通过两种途径获得.
A.放射杂交体： 人细胞经X线照射 染色体断裂成碎片段 与
仓鼠细胞融合 杂交细胞体（含5-10Mb人DNA片段）.
B. 克隆文库： DNA片段 克隆载体 克隆文库（含DNA片段1-2Mb) 克隆重叠群（clone conting)
C.染色体特异性文库：利用流式细胞仪（flow cytometry). 
原理： 由于染色体长度及AT和GC 组成不同，荧光染料强度不同可将染色体区分开.（见图）
⒉2. 限制酶作图： 用不同种类的限制酶切DNA片段，从所切开的片段长度可排列出它们的相互关系.
⒋9 Kb
EcoR1 BamH1 EcoR1+BamH1
⒈5 0.7 1.0 0.2 0.5 1.0
+ 
⒊4 2.0 1.2 1.2 2.0 
B E B B B E B B
⒈2 2.0 or 2.0 1.2
物理图是以DNA克隆片段和相互重叠连接起的相连片段群。
⒉3.FISH-荧光原位杂交
在FISH中，标记物是一段DNA序列，通过用荧光探针杂交获得在染色体上的定位（见图）
转录图即cDNA图，它是以EST（expressed sequence tag）表达顺序标签为路标。转录图的优点是在基因组中仅有1%-5%的序列编码蛋白质。只要先得到一段 cDNA，即EST就可筛选出全长转录本。至1996年底，至少已有60多万个，总长度至少在200Mb以上，经比较、组合、删除相同序列， 现已有3万多个各不相同的独立单位，可能代表了30%-50%基因的大部分信息。
序列图也就是分子水平的最高层次的、最详尽的物理图。测定总长度约为1米，由30亿个核苷酸组成的序列图，是人类基因组计划中最为明确、最为艰巨的定量、定性的任务。
研究方法
1． 收集样本
2． 提取DNA、RNA
3． 限制性内切酶酶切
4． 克隆 YAC库（yeast antificial chromosome）， 片段巨大
（0.5-2Mb). BAC (bacterial antificial chromosome)(0.1-0.4Mb) P1噬菌体库（0.1-0.4Mb). and Cosmid克隆库）
5． 测序
6． 杂交（Fish 杂交、染色体定位）
成果
2001年2月15日在”Nature”上发表了人类基因组成果
1． 人类基因组共有2.91Gbp，大约有3-4万个蛋白质编码区，只有2%的基因编码蛋白质，98% 起其他的功能
2． 人类基因组基因分布不均匀，部分基因密集，如19号染色体；部分区域基因贫瘠，如13号染色体。
3． 人类基因组中35.3% 包含重复顺序，其功能尚待研究。
4． 人类基因99.8% 是相同的。0.2%有差异，种族之间无明显差异。
5． 男、女差别。男性基因突变率是女性2倍，大部分遗传疾病基因在Y染色体上。
6． 插入基因约有200多个是来至于细菌的基因，可能是在人类的免疫系统建立之前，寄生于人类身体中的细菌与人类基因交换的结果。
7． 蛋白质组的复杂性，人类的进化不仅靠产生的蛋白质，更重要靠重排已有的蛋白质，实现蛋白质的种类和功能的多样性。
中国的研究重点
中国人类基因组的研究在1994年开始启动，以“中国人类遗传多样性”的研究作为重点，中国占世界人口的22%，有56个民族和许多遗传隔离群，这对中国和世界都是一个重要的贡献。
中国是农业大国，以粮为纲，中国以水稻基因组为研究的重点。
1999年9月中国参与了世界人类基因组大会，接受了完成第3号染色体短臂的序列分析。2001年8月26日通过了人类基因组验收，完成了3000万bp的测序工作，准确率99.99%，共测了12次。
HGP研究的意义
1． 在人类历史上，100多年前Henry Gray绘制了完整的人体解剖图，奠定了现代医学的基础，HGP从分子水平上给人类画了第二张解剖图，揭开了人类生、老、病、死的遗传信息，奠定了现代生物学、现代医学飞速发展的基础。美国NIH研究主任Francis Collins说：“这是人类生命之书第一次展现在我们面前”。此工作可以与阿波罗登月、曼哈顿原子弹计划相比美，美国人类基因组计划领导人之一，Eric Lander评论说：“我们处于这样一个历史时刻，我们爬到了喜马拉雅山的山顶，我们第一次看到了人类基因组的全貌。”
2． 在医学领域，推动了医学的发展，对疾病的发生、发展、诊断、预防提出了全新的概念。
3． 推动了生物界的革命，随着人类基因组的破译，许多生物的基因组相继被揭开，如果蝇、水稻、小鼠、大鼠等。
4． 将生物技术推向新的高峰，如生物信息学等多学科有了新的发展。
5． 产业化革命，生物制药、物种改良。美国2025年基因工程产品产值将达到20%，许多大的公司如杜邦公司、摩托罗拉公司都将投入大批资金。
21世纪是生命科学的世纪，由基因时代创造的基因经济将成为人类社会的主导经济，生物技术与信息技术的结合将是继信息经济（20世纪50年代起）之后的生物信息经济。基因时代这个革命将与工业革命（18世纪60年代，英国率先），信息革命（20世纪50年代，美国率先）一样载入史册。
HGP的负面影响
1． 基因歧视
2． 基因战争，生物武器
3． 基因重组造成生态不平衡
4． 基因对伦理道德的挑战