标题：行政院海岸巡防署
成立沿革
台湾当局以往的海洋相关事权  行政院海岸巡防署本部，分散在警政署水上警察局、财政部关税总局、“国防部”（国军海军及警备总部）、国家安全局、农委会等单位，各单位透过警备总部（后期改为海岸巡防司令部）主导的行政院会报协调工作及情资，但仍因事权不一造成许多困扰。在1999年提出海岸巡防专责机构的构想。
2000年1月28日正式将国防部军管区司令部暨海岸巡防司令部（海巡部），改编成立海岸巡防总局；原内政部警政署水上警察局改编为海洋巡防总局，并同时纳编财政部关税总局缉私船队为直属船队；二者之上再成立行政院海岸巡防署，统筹岸、洋二总局之事务。
2010年2月3日修正行政院组织法，自2012年元旦起将更名为海洋委员会，负责区块业务为总体海洋政策、海洋资源、海域安全、海岸管理、海洋文教政策之规划、推动与协调、海岸巡防。原行政院  海巡署署徽海岸巡防署将改隶为该会所属机关。但名称未变。
海巡署署徽含义 徽章特征图案之精神象征与意涵青天白日国徽象征效忠中华民国，保护疆域之意涵。金黄色警鸽象征警戒、和平、效率。金黄色法龙象征保护疆域、沿海、维护人民安全。白色天秤象征公平。
组织概要
海巡署的人员及船只设备分别来自“财政部”关税总局、“国防部”海岸巡防司令部以及“内政部”警政署的水上警察局等。
海巡署除了幕僚及行政单位外，实际的海巡任务分有海岸巡防总局以及海洋巡防总局并且以负责区域设立分局。
海岸巡防总局以原国防部海岸巡防司令部为骨干，改制而来。
位于新北市中和区，管辖范围为台澎金马地区海岸自海水低潮线以迄高潮线起算五百米以内之岸际地区及近海沙洲（如钓鱼台列屿），分为北中南东四个地区局。管辖范围之例外情形有如接获民众报案检举或检察官调集，单位依案发地点，查缉范围可延伸至内陆或山腰。
北部地区巡防局：原军方“北区海岸巡防部队”，位于桃园县观音乡。负责宜兰和平溪至新竹青天泉间的台湾北部地区海岸以及钓鱼台列屿、马祖、龟山岛、基隆屿及彭佳屿的海岸巡防工作。 第一巡防区（宜兰县头城镇），第二巡防区（基隆市中正区），第三巡防区（桃园县观音乡），第十一巡防区（连江县南竿乡），第一海岸巡防总队（宜兰县苏澳镇），第二海岸巡防总队（基隆市中正区），第一二岸巡大队（宜兰县头城镇），第一三岸巡大队（新北市贡寮区），第二一岸巡大队（新北市万里区），第二二岸巡大队（新北市淡水区），第二三岸巡大队（桃园县大园乡），第二四岸巡大队（新竹市香山区），马祖岸巡大队（连江县南竿乡），训练大队（桃园县观音乡），宜兰机动查缉队（宜兰县壮围乡），基隆机动查缉队（基隆市信义区），台北机动查缉队（新北市瑞芳区），桃园机动查缉队（桃园县观音乡），新竹机动查缉队（新  海巡署臂章竹县新丰乡），连江机动查缉队（连江县南竿乡）。
中部地区巡防局：原军方“中区海岸巡防部队”，位于台中市清水区。负责新竹青天泉以南至嘉义八掌溪出海口以北的台湾中部地区海岸以及金门、乌丘屿的海岸巡防工作。第四巡防区（台中市清水区），第五巡防区（嘉义县朴子市），第十二巡防区（金门县金湖镇），第三海岸巡防总队（台中市清水区），第四海岸巡防总队（嘉义县朴子市），第九海岸巡防总队（金门县金湖镇），第三二岸巡大队（苗栗县后龙镇），第四一岸巡大队（彰化县鹿港镇），第四二岸巡大队（云林县麦寮乡），训练大队（台中市清水区），苗栗机动查缉队（苗栗县通霄镇），台中机动查缉队（台中市南区），彰化机动查缉队（彰化县鹿港镇），云林机动查缉队（云林县麦寮乡），嘉义机动查缉队（嘉义县朴子市），金门机动查缉队（金门县金湖镇）。 
南部地区巡防局：原军方“南区海岸巡防部队”，位于高雄市茄萣区。负责自嘉义八掌溪（含）以南迄塔瓦溪（含）以南的台湾南部地区海岸，以及东沙群岛、南沙群岛及澎湖群岛的海岸巡防工作。第六巡防区（台南市北门区），第七巡防区（高雄市鼓山区），第八巡防区（屏东县枋山乡），第十三巡防区（澎湖县马公市），第五海岸巡防总队（高雄市鼓山区），第六海岸巡防总队（高雄市林园区），第七海岸巡防总队（澎湖县马公市），第五一岸巡大队（台南市北门区），第五二岸巡大队（高雄市茄萣区），第六二岸巡大队（屏东县枋山乡），第六三岸巡大队（屏东县恒春镇），第七二岸巡大队（澎湖县白沙乡），训练大队（高雄市冈山区），台南第一机动查缉队（台南市南区），台南第二机动查缉队（台南市北门区），高雄第一机动查缉队（高雄市苓雅区），高雄第二机动查缉队（高雄市凤山区），屏东查缉队（屏东县枋山乡），澎湖查缉队（澎湖县马公市），东沙指挥部（东沙岛），南沙指挥部（南沙太平岛）。 
东部地区巡防局：原“军方东区海岸巡防部队”，位于台东县台东市。负责屏东、台东交界塔瓦溪以北至宜兰和平溪以南的台湾东部海岸以及绿岛、兰屿两离岛的海岸巡防工作。第九巡防区（花莲县新城乡），第十巡防区（台东县台东市），第八一岸巡大队（台东县台东市），第八二岸巡大队（花莲县丰滨乡），第八三岸巡大队（花莲县新城乡），台东查缉队（台东县台东市），花莲查缉队（花莲县吉安乡）。 
各地区局下分设总、大队，总（大）队下则设安检所，性质类似于警察机关的“派出所”，其人员组成为有海巡署借调自“国防部”之志愿役官兵，及选自“中华民国”陆军及海军、陆战队等之义务役官兵，具有部分司法警察身份的军人（如宪兵）。另外，也会有部分经过预官考试的少尉军官会因专长或抽签分发，至海巡单位服务。
早期计划在渔港设立安检所，专门受理渔船进出港及娱乐业渔船进出港（例如赏鲸船），于商船则与其他相关机构设立联合办事处，处理进出港报关手续；于一般岸边则设置机动巡逻站及雷达站。
海洋巡防总局原“内政部”警政署的水上警察局（原为保安警察第  停泊于新北市淡水区的快艇(pp-601)系列七总队，俗称“保七”），位于新北市淡水区。分成北中南东四个机动海巡队及16个海巡队1个直属船队：第一海巡队（基隆市中正区），第二海巡队（新北市淡水区），第三海巡队（台中市清水区），第四海巡队（台南市南区），第五海巡队（高雄市旗津区），第六海巡队（花莲县花莲市），第七海巡队（宜兰县苏澳镇），第八海巡队（澎湖县马公市），第九海巡队（金门县金湖镇），第十海巡队（连江县南竿乡），第十一（特勤）海巡队（新北市淡水区），第十二海巡队（新竹市北区），第十三海巡队（嘉义县布袋镇），第十四海巡队（屏东县恒春镇），第十五海巡队（台东县台东市），第十六海巡队（新北市贡寮区），北部地区机动海巡队（基隆市仁爱区），中部地区机动海巡队（台中市清水区），南部地区机动海巡队（高雄市鼓山区），东部地区机动海巡队（花莲县花莲市），直属船队（高雄市旗津区）。 
分界海域同海岸巡防总局，负责的是海岸之外的海域。其人员组成则多为警察出身，具有司法警察身份，亦有自关税总局或农委会调任者。
海巡特勤队成  海巡特勤队臂章立于2004年，实地参与多次重大治安维护案件，破获渔船盗油和人蛇集团，具有司法警察身份；人员素质和武器装备不逊于先进国家特种部队。由海岸巡防总局在辖下北、中、南、东4个地区局200多名志愿役士官中，遴选体能战技优秀者，送海军陆战队寿山基地，由海军陆战队两栖侦蒐大队进行为期3个月的代训，包括体能耐力及射击、特勤基础训练；之后则由宪兵特勤队代训，着重近身格斗、巷战、狙击射击精进训练。 海巡特勤队的另一任务是海上及陆上反恐行动，队员还要进行直升机滞空垂降、武装游泳、船艇攀爬、船舱战斗搜索、爆裂物识别处理、高楼攀降和城市巷战小组攻坚等训练，个个要具备“水底往上攻、空中往下攻”的立体作战技能。　
署本部人事处
会计处
政风处
企划处
巡防处
情报处
后勤处
通电资讯处
秘书室
勤务指挥中心
历任署长
姚高桥（2000年1月28日 - 2000年5月21日） 
王郡（2000年5月21日 - 2004年5月20日） 
许惠祐（2004年5月20日 - 2006年1月25日） 
王进旺（2006年1月25日 - 2011年12月31日）
海巡阶级
海巡署因融合军人、警察、文职公务员等三类人员，故不使用军阶，阶级标志独立于军方，而使用类似警阶的海巡阶  海巡署阶级章级。
官等职务类别阶级章图示特任官特任官（署长）金底3星简任十四职等中将（副署长）金底2星简任十三职等中将（总局长） 警监一阶 关务监一阶金底1行简任十二职等少将 警监二阶 关务监二阶3线4星简任十一职等少将 警监三阶 关务监三阶3线3星简任十职等上校 警监四阶 关务监四阶3线2星荐任九职等中校 警正一阶 关务正一阶3线1星荐任八职等中校 警正二阶 关务正二阶 高级技术员一阶2线4星荐任七职等少校 警正三阶 高级关务员二阶 高级技术员二阶2线3星荐任六职等上尉 警正四阶 高级关务员三阶 高级技术员三阶2线2星委任五职等中尉 警佐一阶 关务员一阶 技术员一阶2线1星委任四职等少尉 士官长 警佐二阶 关务员二阶 技术员二阶1线4星委任三职等上士 警佐三阶 关务员三阶 技术佐一阶1线3星委任二职等中士 警佐四阶 关务佐二阶 技术佐二阶1线2星委任一职等下士 关务佐三阶 技术佐三阶1线1星​上等兵2粗折杠3细折杠​一等兵2粗折杠2细折杠​二等兵2粗折杠1细折杠
主要武器
机炮T-75 20毫米机炮 
T-92 40毫米快炮 
51式106毫米无后座力炮（东  波佛斯40公厘高射炮沙指挥部、南沙指挥部） 
波佛斯40公厘高射炮（东沙指挥部、南沙指挥部） 
T-75 81公厘迫击炮（东沙指挥部、南沙指挥部） 
MK19式40公厘自动榴弹枪（东沙指挥部、南沙指挥部） 
63式120毫米迫击炮（南沙指挥部）机枪T75班用机枪 
乌兹冲锋枪 
T77冲锋枪（特勤队） 
MP5冲锋枪（特勤队） 
伯奈利M4 Super 90半自动散弹枪（特勤队） 
PSG-1狙击步枪（特勤队）步枪T65K2步枪  M4卡宾枪T91步枪（特勤队） 
M4卡宾枪（特勤队）手枪SIG P226（特勤队） 
T75手枪