标题：漕运总督
简介
官名。明景泰二年（公元1451年）始设，总管漕运，督促南方各省经运河输送粮食至京师。明初，置京  漕运总督部院畿都漕运司，设漕运使，不久废。永乐年间置漕运总兵官，宣德年间又遣侍郎、都御史、少卿等官督漕运。景泰二年（1451）置漕运总督兼巡抚凤、扬、庐、淮四府，徐、和、滁三州，驻淮安（今属江苏），后曾分设巡抚，嘉靖四十年（1561）又归并，改总督漕运兼提督军务，后未再分。清沿置，所属有巡视漕务、督粮道、管粮同知、通判、押运通判等官。光绪三十一年（1905），因河道废弃而裁撤。
历史起源
明清两代，国家开始设立专门漕运和河道机构，管理着天下漕运事务和大运河的畅通。在这两个朝代中，京杭大运河紧张有序地脉动了500多年的历史，完成了历史赋予它的使命，每年给中央政府和北方戍边的军队，以及整个社会，运送了大量的给养，牵引历史车轮健康地滚滚向前，为中华民族的文明和整个世界的发展，作出了重要的贡献。
历任漕运总督
明：王竑（1451）、陈泰、凌云翼、李肱、李三才（1599—1611）、史可法（1639）； 
清：蔡士英、施世纶、唐英、琦善、穆彰阿、阮元、恩铭、段祺瑞、杨殿邦、胡克家、许兆椿、铁保、袁甲三、邵灿（咸丰三年冬授漕运总督，迅即调军机大臣行走）、扬锡绂、林则徐、张之万、杨昌浚、张人骏、陈夔龙
官衔
漕运总督在清代为一、二品大员。帽饰红宝石（二品为珊瑚），蟒袍为九 蟒五爪（二品同），仙鹤补  漕运总督部院服（二品为锦鸡）。
收入并不高，岁俸银仅180两（二品155两）。年养廉银为15000两至30000两左右（二品20000两以下）。
设置原因
古代运河的一项主要功能就是政府组织转运粮食，以满足国家正常的行政开支和皇室消费，这就是通常意义上的 漕运。因此，大运河在古代又被称为漕河。明朝政府将元代改造取直后的京杭大运河进一  京杭运河步疏通，通过构筑山东境内号称“水脊”的南旺分水工程，使京杭运河具有了真正意 义上贯通南北的航运价值。
此后，京杭大运河成为明清政府经济流通和政治统治赖以维系的交通生命线。为了确保这条生命线的畅通 无阻，明清历代王朝几乎是不计成本地从政治、经济、军事等方面给以保障。
其中一个重要表现，便是对运河事务管理的渐趋规范和加强。随着京杭大运河的南北贯通，运河航道治理 维护的重要性在某种程度上比漕运本身更显重要且更加棘手。因此，明清政府改变了以前由水政部门管理或由 漕运官员兼理河务的现状，专门设置了直属中央的京杭大运河地方管理机构——漕运总督。
设置经过
漕运自古有之，管理漕运的官府、官员亦自古有之。漕务开始是不单独设官的，因为它是相关官府的本职业务范围内的正常工作，由他们按照规定去完成。即便是有特殊需要，临时设官提调，亦是即设即撤，不为常设机构。自唐以后，始设专官管理，然亦多以他官兼领之，专职官员很少。明代设立的漕运总督，则完全相反，不但设专职的漕运官员，并且以漕务官兼他官。所兼任的其他职衔，则是为了更好地完成漕运任务而兼领的。 
明初不是一开始即设漕运总督的，而是沿袭元代的办法，最初时设置京畿都漕运司。洪武元年（1368）置漕运使，仅正四品官。因为天下财富粮食多出在南方，而京城在南京，漕务不忙，故至十四年即罢废了。朱棣做了皇帝，拟迁都北京，自永乐二年（1404），始设漕运总兵官，专门负责治理漕务。当时还设有副总兵、漕运参将，与总兵官一起统领官军海运。后来海运罢废了，便专门督理内河漕运。因为漕运离不开河道，天顺元年（1457）又令漕运总兵官兼理河道管理。漕河运粮是有一整套人马的，各省设把总，天顺元年设把总12：南京2，江南直隶2，江北直隶2，中都1，浙江2，山东1，湖广1，江西1。由漕运总兵官、漕运参将统领12把总都指挥，分统各卫所漕运。这12总共 127600人，运船11700只。另有遮洋一总，有7000人，海船350只，专司漕粮海道运输。这13总统称为运军。这些把总由各卫指挥使(清代称守备)和千户担任，他们是具体押解漕船运粮的官儿。 
第一任漕运总兵官是平江伯陈瑄(1365—1433)，他负责整个漕运的全部职责，包括海运、河运和陆运。海运由海路进行，河运则循元人初道，由南运河向西北，过黄河水陆并用达北京。自永乐九年会通河成，京杭大运河修复，废止海运、陆运，单用河运。此后陈瑄在沿运各处，特别是在淮安，修建了大量的水利工程。如循宋代乔维岳故沙河故道，修通了清江浦，避免了五坝盘驳，和淮河沉溺的风险。 
在这其间，陈瑄到处奔波，基本上无固定官所。淮安是大运河的中段，是黄淮交汇的地方，是整个漕运的关键。后来，运河治理就绪，陈瑄的大部分时间都是在淮安。因此，宣德二年（1427），朝廷命漕运总兵官开府淮安，并加“镇守淮安”的职衔，所以又称镇守淮安总兵官。陈瑄总管漕运30年，为明清漕运奠定了基础，于宣德八年（1433）卒于淮安任所。接任漕运总兵官者，多为开国功臣的后裔，他们世袭侯爵或者伯爵。陈瑄一家就有4人先后担任过这一职务，他们是陈瑄自己和他的曾孙陈锐、玄孙陈熊、六代孙陈王谟。他的孙子陈豫虽未任过漕运总兵官，但曾于景泰五年（1454）与江渊抚循江北及鲁豫水灾，曾请求朝廷筑淮安月城以护常盈仓。他也是为漕运出了力的。淮安人民非常感激陈瑄，在清江浦为他立了一座陈公祠。 
宣德年间，漕运事务逐渐繁忙，而漕运又广泛牵涉到各省行政、军务，需要做大量的协调工作，不是一个武臣所能办得了的，所以朝廷经常临时派遣侍郎、都御史、少卿等文职官员参与督运。至景泰二年(1451)，朝廷认为文官的参与必须常态化，始命“素有才望”的王竑，以副都御史为漕运总督，常驻淮安，与武臣一同治理漕运，俗称“文武二院”。他们的分工是文臣负责与各省粮道，共同按规定将应征的漕粮征集起来，由武臣负责押运进京，即所谓“文督催，武督运”。
性质
漕运总督于明代开始设置，有明一代称它们为总督漕运和总督（理）河道，后世又分别称其为总漕和总河，其中漕运总督设置较早。景泰二年（1451年），因漕运不继，明政府任命副都御使王竑总督漕运，驻扎淮安 ，标志着明廷设置漕运总督一职的开始。当时全称为“总督漕运兼提督军务巡抚凤阳等处兼管河道”，其主要职能除督促涉漕各省经运河输送粮食至京师外，还有巡抚地方并兼管河道维护治理职能。成化七年（1471年）十月 ，鉴于河道淤塞，漕运时有受阻，需有专员统筹河务，朝廷便命刑部  漕运总督部院左侍郎王恕总理河道，驻扎山 东济宁，专门主持运河与黄河的治理维护，这是明代中央设置治河专官的开始，也是京杭运河事务管理中漕运 、河道分开署理的标志。不过，有明一代大部分时间里，漕运总督和河道总督只是作为皇帝的代表外出督漕或 治河，属临时差遣性质，并非固定官职。
清代对运河的管理进一步加强，漕运管理系统和河道治理系统职责上更加分明，制度上更加规范。顺治初 年，清廷设河道总督和漕运总督各一名，作为负责漕粮运输和河道治理的最高行政长官，正式将漕运总督和河道总督纳入官制，二者官秩均为正二品，兼兵部尚书或都察院右都御史衔者为从一品，与其他八大地方总督地位平等。 
漕运总督以下之设官有巡漕御使、督粮道、管粮同知等，所辖军队称“漕标”。河道总督所属机构，乾隆 以后定为道、厅、汛三级，分段管理。属官有河库道、河道、管河同知、通判等，所辖军队称为“河标”。但 漕运总督和河道总督衙门内均不设属官，只设书吏二十人，办理衙门内一应文牍事宜。 
清代漕运总督衙门仍驻淮安，管辖山东、河南、江苏、安徽、江西、浙江、湖北、湖南八省漕政，具体负责漕运、检选运弁、漕船修造、查验回空、督催漕欠等事务。从漕粮收缴、起运，到漕船北上过淮、抵达通州，漕督都要亲自稽核督查，运输过程中出现的重要情况均需随时向皇帝报告。康熙二十一 年（1682年）规定，粮船过淮后，总漕应随船北上，率所属员弁视察运道情况，调度全漕。粮船过津后，总漕即入京觐见述职，而后回淮办理下年之征收起运诸事。
头衔和职责
明代的漕运总督的全衔一般情况下是“都察院囗都御史、总督漕运、兼提督军务、巡抚凤阳等处地方”。第一个头衔是“都察院囗都御史”他们多数是带“右”字都御史，因为一般情况下都是左都御史在京主持都察院正常事务，所以“左”字是不能给他们作加衔的。有时是佥都御史，佥都御史则级别低一些，大约是新任者资历浅的缘故。都御史这个职衔虽有点虚，不能参与都察院正常事务，但他可以像其他都御史那样，弹劾惩治他所辖范围内的文武百官。因为漕运总督是个跨省跨行的官，这个职衔对他来说是非常重要的。 第二个头衔是“总督漕运”这是他的核心本职。漕运总督驻节山阳，总督天下漕运事务。凡湖广、江西、浙江、南直隶(清代称江南)各省设立粮道，由漕运总督节制，负责征集应征调的漕粮。这些省之粮艘衔尾至淮安，悉经漕运总督查验，方能由运河北上。山东、河南两省的粮船虽不经此地，但亦必须按漕督的统一要求，由其下属官员督查，准时办好漕粮差事。 第三个头衔“提督军务”这就是说他和其他各省总督一样，拥有一定的兵权。明代漕运总督统领颍州兵备道、徐州兵备道、淮扬海防道，中都留守司之凤阳等7个卫，洪塘守御所，南直隶之庐州卫、扬州卫、高邮卫、仪真卫、滁州卫、徐州卫、淮安卫、大河卫、邳州卫、沂州卫、泗州卫、寿州卫、宿州卫，海州中守御所。所以漕运总督人称为帅、大帅、漕帅，他设有军门，有中军，左营、右营、城守营。他所在的淮安城的守卫，不须地方政府如山阳县、淮安府的来管，而是由漕运总督署城守营负责，地方官府只是协助而已。有战事还可调动所辖范围内的军队，如扬州营、徐州营等。有时，朝廷还因需要而扩大其军权，《明世实录》卷21记载，嘉靖元年（1522）12月丙戌，因为山东农民起义，皇帝命令总督漕运都御史俞谏，“不妨原务，与总兵官都督鲁纲，一同提督山东、河南、北直隶等处军务，以便宜节制镇巡等官，设法抚剿，选团营惯战官军三百人，人给银二两，随纲听征。”请注意：一是未“脱产”，要“不妨原务”，二是他的手已伸到了河南、山东、北直隶，阔多了！ 第四个头衔是“巡抚凤阳等处地方”也就是说他兼任一个巡抚，像一个普通巡抚那样管理一块地方。是因为在明代凤阳是皇帝的老家，虽然明明开府淮安，却不称淮安而称凤阳。但是，有时人们还是称他为“淮抚”，而不称“凤抚”。“等处”是指哪些“处”呢？是：淮安府、扬州府、凤阳府、庐州府，和州、滁州、徐州，总称四府三州。凤阳府、庐州府、和州、滁州在今安徽，庐州府即今之合肥。它包括了长江以北整个淮河中下游地区。虽然辖地与南直隶交叉着，但他仍然要对他所辖范围内的事务负责，明末张献忠烧了凤阳，漕督杨一鹏不就因此掉了脑袋了吗？所以淮安俨然是一个行省，漕运总督不光是一个专业官员，也是一个方面大吏，而淮安则是一个准省级城市。漕运总督要像其他督抚那样，总理全省军政事务，包括督理钱粮、操练兵马、修理城池、抚安军民、禁革奸弊等事项。如有战事发生，可以选将调兵，组织备战。对于才能不济或是不听命令的官员，文职五品以下，武职四品以下，都可以参究、拿问乃至以军法从事。至于上书弹劾，致某一下级官员被贬被杀，更是小菜一碟了。 
其实，淮安有巡抚在前，有漕运总督在后。也就是说，在未漕运总督时，淮安就曾有巡抚了。《明史纪事本末》卷24“河漕转运”载：耿九畴，景泰元年（1450）10月由刑部右侍郎任巡抚凤阳。敕曰：“往者命尔巡治盐法，今特命尔兼巡抚凤阳、淮安、扬州、庐州四府，滁、徐、和三州，抚安兵民。”其范围与后来漕运总督所兼巡抚的范围一样。 
漕运总督的事务本来就够已忙的了，还要巡抚这么大一块地方，经常忙不过来，所以经常单独另设一巡抚。如成化八年分设过，第二年就裁并了，正德十三年又分，十六年又合。嘉靖三十六年因倭寇骚扰，又单设巡抚，以李遂充任。倭寇平息后，四十年又裁并。崇祯十四年又分设，直至明亡。 
还一些曾经有过的或者时不时兼任的头衔： 兼管河道明初刚设漕运总督时，还“兼管河道”，即兼管运河、黄河等河道的治理。后来有了专管河道的总督，就不再兼了，但是遇到河漕有了争执，还是经常由漕督兼管河道。清代也是这样，凡河道总督缺裁时，常由漕运总督兼任。兼理海防这个职衔在明代，大约始于杨一鹏。崇祯六年（1633）他任漕运总督时，头衔最后就是多了“兼理海防”四个字。八年（1635），他被逮治后，继任者朱大典亦有之。十七年（1644），田仰任漕运总督时也有这一职衔。但是在清代，已成为一个固定的职责了。 
在清代，漕运总督的职责情况有所不同。顺治元年（1644），仅设漕运御史，次年5月年即设漕运总督，仍驻淮安，但不兼凤阳巡抚了。顺治六年（1647），仍仿照明朝办法，由漕运总督兼凤庐巡抚事。十六年复单设江北巡抚，漕运总督则专管漕运，不再兼巡抚职。后又裁省江北巡抚，仍由漕运总督兼任，但不名“凤阳”、“江北”，而曰“淮扬”，提督军务如故，外加兼理海防、粮饷职衔。咸丰十年（1860），因为太平天国革命，形势紧张，又授权漕运总督节制江北镇、道各官。光绪三十年（1904），即改设为江北巡抚，正式成立一个新的行省，曰江淮省，但第二年即撤销了。 
清初虽仿明制设立漕运总督，因为用的是汉臣，鼎革之际，新统治者实在有点不放心，因而又于顺治三年（1646），添设理漕部堂。由满洲侍郎一员出任总理，与漕运总督同督漕运，名为“襄治漕务”。实际上是一个监督漕运总督的机构，权势煊赫，远过漕抚。据吴玉搢《山阳志遗》记载，初莅是官者为库礼，“初入中国，言语不通，性情各异，不治吏事，事皆其妻主之。有梁通事者，剽悍残忍，勾结内外，从中阴阳其说，以残贼良民。”因为此是一个多余的机构，且做了许多不得人心的事，顺治八年（1651）即裁省。十三年（1656）复置，十八年（1661）永裁其缺，漕务仍专归漕督管理。漕运部堂的衙门在淮安新城。明末刘泽清封东平伯，利用大河卫官衙改建为藩府。明亡，刘泽清被腰斩，遂以藩府为部堂公署。漕运部堂是在一个特殊时期的特殊产物，只存在了十几年时间。
下设机构
常盈仓为了适应兑运的需求，永乐年间开始，在运河沿线建立若干仓库，便于随时储存和转运漕粮，这主要是淮安、徐州、德州、临清四大水次仓。由户部每年派出主事4人，分驻上述4仓。在淮者名常盈仓，永乐十三年（1415）建于清江浦。莅是官者多为文人，常聚结一班墨客骚人吟咏唱和。其中有个叫林洙的，就与吴承恩有过诗文交往。仓内还建有一座寄寄亭，程敏政作过一篇《寄寄亭记》，抒发他人生如寄的感慨。吴汝奇等还编过一本《常盈仓志》。万历《淮安府志》卷3载，当年有官厅3间，仓房6间，经历厅3间，天字等厫百余间，周遭墙围，岁储70万余石。后以漕粮停止兑运，俱用军丁长运，而转运之制遂罢，常盈仓遂岁久倾圮。《明穆宗实录》卷64载，隆庆五年（1571）12月，漕运总督王宗沐建议复行海漕，将淮安府属州县漕粮储于常盈仓，来年由淮安出海运京，因命官重建常盈仓仓厫80余间。然海运实行年余即停，仓又空置无用，仓官无事可做。万历八年（1580），朝廷将淮安府四税银并商税银交由该仓征收，于是管仓开始兼管抽税。康熙九年（1670），征税业务全部归并淮关，常盈仓遂彻底废止。 
抽分厂。明初于清江浦设清江、卫河二厂，督造运船，差工部都水司一员督理。当时用于运河漕运的船只，船厂大都设在淮安府的山阳县，船厂鳞次栉比，每年造船560多只，花费白银5万两。当时船厂附近有很多经营钉、铁、油、麻等造船物资的商店，以淮安河下为最多。河下的粉章巷、竹巷、绳巷、打铜巷、钉铁巷等到，也因此而得名。造船厂的隶属关系是经常变化的。开始时，永乐皇帝命令陈瑄直接管理。后来，分设南京、山东、凤阳、直隶四个总厂各总厂分厂由各卫所官吏负责，上面统管于工部的都水郎中。嘉靖年间，撤销卫河提举司，全部工程均由清江提举司负责。清江提举司就设在板闸与移凤闸之间。嗣后，又将此权交给漕运总督，由他选择有能力的卫所指挥二人公理船政，并以千户、百户、镇抚等卫所官为各厂头目。万历四十年（1612），漕运总督陈荐建议设立东河、西河两船政厅，由这两个船政厅管理全部船厂事务。东河船政厅由淮安府的一名同知负责，西河厅则由扬州府的一名同知负责。(《国榷》卷82记此事在万历四十一年3月乙酉)　东河厅管理南京、山东二总厂，西河厅管理凤阳、直隶二总厂。这两个船政厅都设在清江浦。到了清朝，情况又有变化。顺治二年（1645）南京厂改为江宁厂，直隶厂改为江南厂。江宁厂的造船业务转给龙江造船厂，剩下的船厂时设时停。康熙七年（1668），又将西河厅并入东河厅。到了雍正二年（1724），清政府彻底关闭了这里的所有船厂，终止了这里近300年的官办造船业。但它的船坞码头大概存在了很长时间，乾隆皇帝下江南过淮时，他的龙舟就多驻泊在直隶厂。当年这个工部厂还兼收税，凡造船用的竹木等物，应于船料者，三十税一。视货物之多寡为盈缩，初无定额，每岁约12000两为准。后来抽及货物，其有涉漕造者，为抽分，为余羡，为船钞。有兼济河工者，为由闸，为石价，为梁头，为扣利，为折夫诸名色，共抽分银51225.1两。康熙九年（1670），该厂归并淮关后即废止。 管河二人，由工部郎中二人，一驻安平镇，分理济宁以北，一驻高邮，分理济宁以南。济宁是个分界点，后来设置河道总督，开始时即驻节于此。 管洪由工部派出主事二人，一驻徐州洪，一驻吕梁洪。徐、吕二洪是河漕的咽喉，陈瑄凿石疏渠而成。虽正统间曾有令“总督漕运官不得委武弁分管闸坝”，漕运总兵、参将每年押粮北上，也还是经常关注此二淮洪的维修的管理。漕运参将汤节以二洪流速过快，极易损坏漕舟，於上流筑堰，逼水归月河，河南建闸以蓄水势。并以大石筑两堤，锢以铁锭，以资牵挽。 管闸由工部派出主事二人，一驻沛县，一驻济宁。 管泉由工部派出主事一人，驻宁阳。后来有了河道总督，以上这些管厂、管洪、管闸、管泉的河务官员，就逐步划归河道总督管辖了。 
理刑主事。由刑部派出，一人，驻淮安，正德《淮安府志》卷6记载，“在府治西南隅。正堂3间，后堂3间，厢房东西共6间，茶房3间，书房3间，卷库3间，碑亭一座，在大门内东。神祠3间，在大门内西。仪门3间，大门3间，照壁一座。”淮安城内过去有一条刑部街，大约就是其所在。淮安今无此街名，其地大约在今大鱼市西街西端，当年此地接近运河边，出入方便。漕运方面的案件，别的部门是无权过问的，都得由此衙门来处理。 
提举二人，一驻清江浦，一驻临清。清江提举司设于正统元年9月，其地在移风闸以后，督造运船。 
以上由户部、工部或者刑部派出的官员，基本上是一年一轮换，也有三年一轮换的。他们仍属于原来的部门，并由原来的部门任命和罢免，但同时归漕运总督管理节制，协助漕运总督处理各有关事务，就类似今之临时综合治理工作组、办公室一样。 
淮徐道，正德六年设，有时在淮安，有时驻徐州。 
淮扬道、淮海道等，其公署原为明漕运总兵府，见后漕运总兵府一节。 
漕储道参政，隆庆末实行海运，将热衷海运的山东布政使王宗沐升任漕运总督，隆庆六年（1572）正月，复从王宗沐言，运务烦重，宜添设一官专理。于是将山东参政潘允端移驻淮安，专理漕务，负责协理漕储、催趱重运。此为第一任漕储道参政。此缺于康熙初裁，前后共有49人任过此职。此次变革的同时，奏准裁革了漕运协同参将。此举为文官单独督漕向前迈进了一步，也为后来撤销淮安漕运总兵官打下了基础。（《明穆宗实录》卷65）漕储道署在府治以南，山阳县学以北，隆庆六年建。（万历《淮安府志》卷3） 
淮海兵备道，天启二年（1622）设。分管山阳、清河、桃源、海州、赣榆、盐城8州县营卫钱粮，驻扎淮安府城。（光绪《淮安府志》卷10）兵备道署在府治西南，山阳县学西百步许。（万历《淮安府志》卷3） 
武臣退出，漕运总督独立管漕 
镇守淮安漕运总兵官级别特高，多是由明代开国勋爵大臣的后裔担任的，他们承袭了父祖的勋爵，为伯为侯。《清史稿》称之为“超品”，即在九品十八级之上，远远高于同理漕政的文臣。他们的工作与漕运总督虽互不隶属，只是相互协调配合，但在会议与互相拜见时，武臣一直处于文臣之上。这与他们的职级、政治地位有关，另外漕政是先由武臣管理的，可能也有一定的关系，先进山门为大嘛！ 
明清时代的督抚品级问题，不是一两句话能说清楚的，而且两朝有相同之处，也有不一样的地方。相同之处，是管一省或数省军政司法，或者某一专项事务的省部官员。不同之处，明代督抚是中央派出的官员，虽在地方工作，但仍算是都察院的官员。《明史·职官志》说，“在外加都御史或副、佥都御史衔者，有总督，有提督，有巡抚，有总督兼巡抚，提督兼巡抚”，这明显是承认督抚的“都察院都御史”的职衔为加衔，但督抚一职的性质、职责范围，仍是与都察院其他属官一样，放在“都察院”一节里叙述的。《清史稿·职官志》则不一样，督抚是以“外官”来叙述的。《明史》没有单独讲督抚的品级，只讲了都御史及副、佥都御史的品级，是正二品到从三品。大约是督抚可以参照的意思。《清史稿》则讲“总督从一品”，与中央六部尚书同级；巡抚则未明言。其实这些品级都只是一个相似的规定。实际上不是固定的，不一定当上总督或巡抚就是这个级别了。还要看资历深浅，主要是看他提任前的职级，原来是几品就是几品，以后逐渐再提升级别。因此，明清时代漕运总督，高的可到从一品，低的是二品、三品，甚至从三品。大体上来说，一般与六部侍郎相当，有的漕运总督则带有工部或兵部侍郎头衔。但他们与六部尚书文移及会见，则处于同一地位。 
文臣虽然比武臣品级低，但他们的政治管理和协调能力的优先，而且后来漕运事务基本都是漕运总督负责的，武臣作用逐渐减弱。特别是设立漕储道以后，押运事务也由文臣与把总直接负责，使得武臣显得可有可无，因而政治地位下降，必然要逐渐退出历史舞台。 
万历年间有一位漕运总督叫李三才，在明清漕运总督中是任职最长的人，自明万历二十七年至三十九年任漕运总督长达12年之久。他办事治尚威严，雷厉风行，打击了陈增等矿监税使的威风，实行了不少恤民的惠政，深得百姓的拥护，名声渐渐远扬，职衔则擢至户部尚书。他是当时思想激进知识分子的代表，被誉为“言足以犯当世之忌而无其险，功足以为端人正士之伟而无其奇，风足以廉顽直懦流映千载而无其高”，因而成为地方官吏中声名最响，是入阁为相呼声最高的人。当时的漕运总兵官是王守仁的孙子王承勋，虽是万历二十年（1592）8月就充漕运总兵官镇守淮安，但资历浅，才力懦，李三才“以气凌驾之”，王不敢与之抗礼，只好“移坐其下”，改变了文卑武尊的传统。(乾隆《淮安府志·历代漕运》)。不久，因为海运已停，河运的事文臣都可完成，武臣督运实属多余。万历四十年（1612），王承勋请告回家，朝廷便撤销了漕运总兵官一缺，不再派官。（增辑本万历《淮安府志》卷7“兵卫志”）崇祯末，曾派抚宁侯朱国弼来淮安镇守，那主要是出于对付农民赴义军而设的，与漕运无关。从那以后，便结束了文武两院的局面，漕运总督成了完全意义上的漕运总督。
产生原因
可能是有了漕运总督以后，漕运总督的官衙就建在总兵府西侧。大约因为总督府扩张需地或者其他什么原因，总兵府就被挤出去了，此地逐渐成为漕运总督府的一统天下。新的府署的位置，在淮安府署所在的东门大街东端，后改为淮扬道署，清代又改为孚佑帝君庙，俗称吕祖社，解放后又被改为工厂，今已无遗迹可寻了。乾隆《淮安府志》卷11云：“淮扬道署，先为总兵府，后驻海运道，改驻淮海道，今为淮扬道公署。乾隆十二年重修。鼓亭2座，仪门大门3间，大堂3间，穿堂3间，后厅7间，寝堂7间，宝敕堂5间，厅堂厢房各6间，七星楼7间，宾馆3间。” 
陈瑄为漕运总兵官时，他住在原总兵府西侧。正德五年漕运总兵陈熊得罪了刘瑾，这座宅院被籍没充公，以14400两的价格拍卖掉了。陈瑄以后的总兵官的住宅就不在这里了。因为那座房子即使不被抄没，也是陈氏私第，当然得另找地方住了。正德《淮安府志》卷6称：“总兵宅，在府东四望亭”。四望亭今不知所在，有人说新总兵府就是明漕运总兵官的官宅。则今之淮扬道署遗址当为四望亭的所在了。 
漕运参将的官署在何处，只有增辑本万历淮安府志卷7有一条记载：“漕运参将府在郡城中察院西。隆庆六年革止。”隆庆六年以前淮安城内察院只有一处，即漕运总督府。在此之西，当在今察院街的西端。正德《淮安府志》卷6也有一条，说“参将宅，旧在揆文坊，正德十一年改□馆为之。”参将宅与参将府是否在一起，揆文坊是否就在察院西以街，现已无法查考了。 
漕运总督在淮安城内，先后有三处遗址。第一个总督府便设在总兵府的西侧，与总兵府并排面南。据说漕运总督署与漕运总兵署“两署中通，一堂治事，统称帅府”。其地原是陈瑄的旧居。因为漕运总督有都察院都御史的头衔，所以漕运总督府一称都察院，所以称这条街为察院街。后来漕运总督府迁走了，这里仍为察院，是巡按御史、提学御史、学政来淮时驻节的地方。因为北面有新建的漕运总督府亦称察院，这儿便称为南察院。清代在这里增设考棚，考童生、秀才的县试府试和院试，都在这里举行。 
嘉靖十六年，漕运总督周金，将总督府迁到城隍庙东，其地为今楚州广电局。此为漕运总督府的第二个遗址。
废止
由于涉及运河的分段治理，清代河道总督的设职情况要比漕运总督复杂得多。顺治元年只设河道总督一人，掌管黄河、京杭大运河及永定河堤防、疏浚等事，治所在山东济宁。随着江南河工兴举日多、  漕运总督公署修守事务渐趋繁巨,康熙十六年（1677年），河道总督衙门不得不由济宁迁至江苏清江浦（淮安市）。这样一 来，河南武陟、中牟一带堤工若有险情，驻扎淮安的河道总督往往鞭长莫及，清廷便于雍正二年（1724年）设 立副总河一职，驻河南武陟，负责河南河务。
雍正七年（1729年）改总河为总督江南河道提督军务（简称江南河道总督或南 河总督），副总河为总督河南、山东河道提督军务（简称河东河道总督或东河总督），分别管理南北两大河段 河道事务。遇有两处共涉之事，两位河督协商处置。雍正八年（1730年），清廷又设直隶河道水利总督，管辖 海河水系各河及运河防治事务。至此，清代河道总督一分为三，而就河工任务及对漕运的影响来看，三总河中 地位最关紧要的是南河总督。乾隆十四年（1749年），直隶河务渐趋正轨，北河总督一职遂被裁撤，其职能由直隶总 督兼任。 
有清一代，黄河夺淮已有四五百年的历史，泥沙淤积导致的河患频发，使运河治 理面临死结性难题，特别是南河黄淮运交汇处的清口一带，河工任务特别艰巨。这一局面使漕运总督与河道总 督的社会角色发生了一些微妙变化。一是清廷对河道总督的重视远胜明代，总河地位渐渐凌驾于总漕之上。明代总漕常常 代理河务，总河一职时设时废，清代总河一职从未空而不设，而且总河代理总漕事务者很多，总漕兼理河务的 现象却很少。二是总河面临的仕途危险性比总漕大得多。面对当时情况下难以根治的河患，河道总督（特别是 南河总督）往往如履薄冰，突发的河患常常会给他们带来丢官获罪的仕宦结局。 
漕运总督与河道总督虽事有专责，但共同目标都是为了保障漕运畅通，因此，双方必须做到分工不分家。 但是，漕运总督与河道总督毕竟是两个独立的行政系统，双方具体任务有别，所关注  漕运总督机构的重点各异，而且面对的 是同一条运河，在很多地方很多事务中往往会遇到权利重叠，产生利益冲突。因此，总漕与总河之间往往会矛盾重重，有 时甚至闹得不可开交，以至朝廷不得不加以干预。像康熙年间的河督靳辅和漕督慕天颜，均为康熙所倚重的漕 河干将，但二人分别站在河、漕二督的立场上相互攻讦，结果均被削官。 
随着黄河于咸丰五年（1855年）北移至山东境内夺大清河入海，京杭运河航道受阻 ，内河漕运意义不大，漕运总督和河道总督也失去了存在的意义。江南河道总督在黄河改道后第三年（1858年 ）即被裁撤，东河总督和漕运总督也分别于光绪二十八年（1902年）和光绪三十一年（1905年）被裁撤。