标题：桓玄之乱
相关人物
桓玄的小名叫灵宝。晋人爱神异附会，肯定是以讹传讹的故事。但有一点是真实的——桓玄从小就姿貌端妍，聪慧不凡，桓温非常喜欢这个儿子。桓温有六子，临终遗命以桓玄袭其南郡公之爵。
桓温一年丧期满，昔日的文武属官都齐集于桓温之弟桓冲的府中拜辞。面对满府的僚属，桓冲抚摸着桓玄的头，对这个年方七岁的小孩子说：“这些人都是你家故吏啊。”桓玄虽小，听此语忆念慈父，顿时泪流满面，使得一府文武都大相叹异。
长成之后，桓玄形貌瑰奇，风神疏朗，琴棋书画，无不关涉，又写得一手好文章。由于东晋朝廷一直疑忌桓家子弟，桓玄二十三岁时始得太子洗马这样的“素官”，根本没有实权。
人物背景
孝武帝时，桓玄知道当时众议其父桓温晚年有篡夺念头，便上书皇帝指称桓温“投袂乘机，西平巴蜀，北清河洛”，有兴复的大功，不仅如此，桓温还有“废昏立明、翼戴宗庙”的不世之勋，为其父申屈明谤。失意之时，青年桓玄曾登高望远，叹息道：“父为九州伯，子为五湖长”（当时他作义兴太守的“小官”）。
凭借门第贵显以及父亲名望，桓玄在优游中纵横捭阖，文武并下，最终能在东晋的混乱政局中节节而胜，一步步清灭了殷仲堪、杨佺期、刘牢之、司马道子父子，终于掌握了东晋朝廷的最高权力。桓玄掌权后，“增班剑为六十人，剑履上殿，入朝不趋，赞奏不名”，已大有权臣跋扈的风范。同时，他又对桓氏族人大加封赏：以其兄桓伟为安西将军、荆州刺史；以堂兄桓谦（桓冲之子）为左仆射，加中军将军，领选（掌管朝中用人权），以堂兄桓石生（桓豁之子）为前将军、江州刺史；以堂兄桓修（也是桓冲之子）为右将军、徐兖二州刺史。同时，又委命自己的谋士卞范之为建武将军、丹阳尹，又命自己的姐夫殷仲文为侍中（此人还是殷仲堪堂弟）。
与前代诸权臣一样，大事安排完毕，桓玄出镇姑孰，但朝中大政皆要他点头后才可施行，“小事则决于桓谦、卞范之”。桓玄初当政，黜奸佞，擢俊贤，百姓欣然，朝臣推戴。没过多久，这位名家子弟的真面目暴露出来，“陵侮朝廷，幽摈宰辅，豪著纵欲，众务繁兴，于是朝野失望，人不安业。”不久，桓玄相继诛杀了高素、竺谦之、刘袭等昔日的刘牢之手下诸将，遇害之人，皆北府旧将，多是晋廷有功之臣。
异己清除的差不多，桓玄“讽朝廷”封自己为豫章公，食邑七千五百户。接着，他又自导自演，先上诏表示要“北伐姚兴”，又自己派人以朝命“下诏阻之”，暴露出他虚荣好大言的轻佻习性。在姑孰，桓玄又造数艘轻巧小船，遍载书画古玩奇物。有左右问其原因，桓玄说：“兵荒马乱，倘有意外，这些东西轻而易运。”大家闻之一笑，心里皆开始有轻视桓玄之意。
安帝元兴二年（公元403年）九月，桓玄亲兄桓伟病卒，桓玄想以堂兄桓修代领荆州刺史一职，为其属下所阻，说：“桓谦、桓修兄弟专据内外，权势太重”，于是，桓玄就以堂兄桓石康（桓豁之子）为荆州刺史。
史长病死，桓玄也加快了篡晋的步伐。其左右亲信卞范之、殷仲文等人都暗劝他早受晋禅，私下已经把九锡文和册命准备妥当。元兴二年阴历十月丙子，晋廷以桓玄为相国，总百揆，封十郡，为楚王，加九锡，楚国置丞相以下官。这是篡位第一步，封王、开府、置官、加九锡。
桓谦私下问来京城述职的彭城内史刘裕：“楚王（桓玄）功高德重，朝廷上下均认为将有禅让之事发生，卿以为如何？”刘裕马上表示：“楚王，桓宣公（温）之子，勋德盖世，晋室衰微，民望已移，乘运禅代，有何不可！”桓谦大喜，“卿谓之可，即可耳！”其实，早在来京之前，刘裕与高参何无忌就想在山阴起兵讨桓玄，但当地人孔靖劝他：“山阴离建康道远，举事难成。现在桓玄未篡位，不如待其篡位之后，于京口起兵纣之。”刘裕期待的，就是桓玄的篡位事成的那一天。枭雄气度，自是不与凡人相同。
十一月，桓玄又假惺惺“上表请归藩”，同时，他又派人让大傻子安帝“手诏留之”。
桓玄还到处使人散布钱塘临平湖开、江州甘露降这样的“符瑞”，宣示自己登帝位的“吉兆”。和王莽一样，才子出身的桓玄又想在国内废钱用谷帛作交换单位，恢复肉刑，“制作纷纭，志无一定，变更回复，”最终一件事也没办成。和古今大贪一样，桓玄喜好古人书法、图书、名宅腴田，只要听说别人有他喜欢的东西，必把对方请到府中，以赌博的方式取为己有。试想，和桓玄赌博，谁敢不输啊。桓玄“尤喜珠玉，未尝离手”，数世贵公子，竟然天天一把名贵首饰握在手心，把玩不已。各项工作准备就绪，公元403年阴历十一月丁丑，卞范之作“禅诏”，派临川王司马宝逼安帝照描画虎抄一遍，禅位于桓玄，“百官诣姑孰劝进”。十二月庚寅，桓玄筑坛于九井山。壬辰，即皇帝位，追尊桓温为宣武皇帝，桓温正妻南康公主为宣武皇后，封其子桓升为豫章王。
相关事迹
继位之后，当然要改元。桓玄喜欢吉利文字，就改元“建始”，诏下，右丞王悠之忙进言说“建始”是“八王之乱”中赵王司马伦篡位用过的年号；桓玄马上下令更改，改为“永始”，但这个年号又是当年大奸王莽当权时的西汉不祥年号。冥冥之中，似乎已经预示桓玄政权的崩溃结局。
接着，桓玄下诏封安帝为平固王，迁于寻阳软禁。此举还算厚道，桓玄对司马宗室及安帝兄弟均未加屠害。
改朝换代已毕，桓玄的大队仪征从姑孰出发，向建康皇宫进发。当日大风异常，所有的仪仗旗皆被吹折刮散。桓玄临登御座，大龙椅子忽然散垮，朝臣们皆仓惶错愕。幸亏殷仲文有捷思，忙在一边说：“陛下圣德深厚，地不能载。”知识分子拍马屁，就是有板有眼，恰到好处。桓玄大悦。晚上宴请群臣，桓玄内殿中坐帐以黄金为檐饰，四张雕木金龙，羽盖流苏，极尽奢华。但群臣私下相语：“此帐颇似王莽篡位时所造的‘仙盖’，金龙者，亢龙有悔也，皆不祥之兆！”
桓玄为了宣示他的仁主形象，以皇帝之尊，亲坐殿中面审罪人，罪无轻重，都一律释放，以示其“宽仁”；百姓中不少有当街拦乘舆呼冤叫贫的，桓玄时时散金银与之，行此小惠，以惑人心。同时，他本性苛细，喜欢炫耀自己的学问大，臣下奏事，连笔画之间稍有细误，都会被这位皇帝以御笔朱点而出，“必加纠挞，以示聪明”。由此，天子似吏，其臣下苦不堪言，桓玄凡事都“亲力亲为”，东插一腿，西伸一脚，自任官员，手书条令，最终导致纪纲不治，案牍山积，法令不行。
桓玄好排场，大开建康诸殿大门，重修宽广的驰道，兴造可容三千人坐的大辇，以两百人牵曳（可入吉尼斯大全）；他还爱好出外畋猎，令人制作了极其精巧的“徘徊舆”，机关众多，转动灵活，近乎现代汽车的古代版。同时，桓玄日夜笙歌，游宴无度，即使在为其兄服丧期间，也“不废音乐”。由于土木频兴，徭役繁重，督迫严促，致使百性愁苦，纷纷思乱。
说来也怪，桓玄篡位后，东晋各地守将立时起兵的人很少，只有益州刺史毛璩（东晋明将毛宝之孙）拒不受命，传檄周遭，进屯白帝，准备进军讨伐桓玄。为了拉拢朝臣镇将，桓玄对刘裕分外看重，提拔他为徐兖二州刺史，并在朝会后的盛大酒会上向他亲自敬酒。桓玄皇后刘氏有鉴人智略，对老公说：“刘裕龙行虎步，视瞻不凡，恐终不为人下，不如早除之！”桓玄不从，表示：“我正要平定中原，只有刘裕这样的人才英武可用。等到关、洛平定，我再想除他的办法。”
刘裕还京口，正所谓放虎归山。他马上与何无忌等人密谋兴复晋室，讨伐桓玄。同时参与密谋的，还有竟陵太守刘迈的弟弟刘毅。主意已定，刘裕遣人入京联系，又招兵买马，以刘穆之为主薄。公元404年春，何天忌诈称诏使，率人骗开京口城门，直冲府门，立斩桓修，占领了京口重城。
刘毅之兄刘迈怯懦，在京城接到刘裕等人密信后，惊吓过度，手持密信向桓玄“自首”。桓玄大惊，立封刘迈为重安候，斩杀与刘裕有联系的王元德、童厚之等人。第二天，桓玄想想不妥，又杀掉了刘迈。刘迈这个侯爷当得冤枉，不过十二个时辰。
眼见天下乱起，桓玄只得硬头皮加以应付。他以堂兄桓谦为征讨都督，以姐夫殷仲文代领桓修军职，派手下悍将吴甫之、皇甫敷率兵抵挡刘裕。桓谦等人要求马上齐集大军先发制人，桓玄以持重为由，不从。其左右就劝解：“刘裕乌合之众，势必无成，陛下何必如此忧虑。”桓玄此时倒有见地。“刘裕足为一世之雄；刘毅家无余储，樗蒲（一种博戏）一掷百万；何无忌酷似其舅（刘牢之）。此三人共举大事，何谓无成！”果然桓玄乌鸦嘴很灵。皇甫敷、吴甫之二将与刘裕苦战江乘（今江苏句容），均被斩首，全军覆没。而此时的刘裕，其实手下总共只有将士不满两千人。
闻听二将死讯，桓玄惊惧。他命桓谦、卡范之等人合军二万，坚守覆舟山（今南京太平门附近）。不进退守，桓玄败象已定。
刘裕军人早晨进食一饱，悉弃余粮，以示必死之心。进至覆舟山下，刘裕先派羸弱之兵多带旗帜登山，以为疑兵吓唬敌军。接着，又把军队分成无数小队，数道并进，布满山谷。桓玄得报，以为刘裕“军士四塞，人多无数”。桓谦所统军士，大多是北府兵旧人，以前大多受过刘裕指挥。进攻开始，刘裕、刘毅身先士卒，手下将士皆死战前冲，无不以一当百，呼声震天动地。桓谦军队一时大溃，许多先前的北府兵也不战而降。桓玄方面，在派遣桓谦等人出战的同时已经作好逃跑的准备，让殷仲文在石头城附近预留数艘大舟。接到桓谦败讯，桓玄率亲兵数千人，带着儿子桓升和侄子桓浚两个小孩，以赴战为名，从南掖门往外逃奔。
途中，桓玄昔日的下属胡藩扣马进谏，劝他率余军与刘裕决战。桓玄以手指天（大意是“天亡我也”），鞭马而走，跑至石头，他坐上船就跑。由于逃亡仓猝，众人一天都没进食。夜间，左右进献粗米饭一晚，桓玄惊惧交加，竞不能下咽。其子桓升才六岁，“抱其胸而抚之”，安慰这位悲伤的“父皇”。桓玄“悲不自胜”。
刘裕入据建康，焚桓温神主，尽诛桓氏未及逃跑的宗族。
桓玄逃至寻阳，带上废帝晋安帝等人，“迁都”江陵。一月之间，倒也威势复振，有众二万，“楼船器械甚盛”。至此，如果总结失败教训，养兵休整，桓玄还有翻盘的可能。但他却埋怨诸将无能，轻怒妄杀，使属下之人纷纷离怨。桓玄接连接到败报。桓振（桓玄堂侄）、郭铨、何澹之、郭旭等人数道皆败归。不愤之下，桓玄自率战舰二百艘，以苻宏、羊僧寿为先锋，前往峥嵘洲（今湖北鄂州江上）与刘裕军决战。
当时，桓玄兵多船坚，刘裕兵仅有几千人。但桓玄心怯，大战前即在指挥舰旁停靠了两艘便于逃跑的小船。属众知之，皆无斗志。
双方交战。刘裕军士乘风纵火，尽锐争先，不要命地冲杀而来。桓玄军大溃，烧辎重连夜逃遁。桓玄将郭铨、殷仲文相继投降。桓玄逃返江陵，其将冯该劝他出城复战。桓玄破胆，不从，欲出汉川，投奔梁州刺史桓希。混乱之间，桓玄乘马出城门时，在城门洞被左右兵卫袭击，卫士们混战一团，前后相杀，交横于道，桓玄勉强得命，逃到座船。当时，益州刺史毛璩的弟弟毛璠病亡，其孙毛佑之与毛璩参军费悦送丧回江陵，一行有二百多人。桓玄身边的屯骑校尉毛修之是毛璩侄子，眼见大势已去，很想拿桓玄当作头功的筹码，便劝诱桓玄入蜀。桓玄从之。
这桓玄也是死催。自他称帝后，首倡义旗讨伐他的就是毛璩，危急之时，竟然听信毛氏族人，自己前去送死。毛修之早已和毛佑之等人打好招呼。桓玄一行人傻乎乎大张布帆，向益州军船驶来。眼看距离不远，毛佑之令手下人放箭，迎击桓玄。毛修之趁机跳水而逃。矢下如雨，桓玄身边两太监真的很忠勇，以身蔽桓玄，皆被射得刺猬一样，登时身死。就这样，桓玄仍身中数箭，血流不止。他六岁的小儿子桓升一面哭，一面用小手拨去父亲身的羽箭。
益州护葬军士中一个叫冯迁的小头目很勇悍，第一个跳到桓玄船头，提刀直前。桓玄忍住巨痛，拨出头上价值连城的玉导，递向冯迁，喝问：“你是何人，敢杀天子！”冯迁大叫：“我来杀天子之贼耳！”一刀挥至，桓玄头落，时年三十六。同船的桓石康、桓浚均被冯迁杀死。桓升虽是小孩，气度酷肖其父其祖，眼见周围父亲、叔叔、堂兄的人头滚滚，敌人纷纷登船，仍镇静不凡，说：“我是豫章王，诸军勿见杀”。益州兵将虽暴横，见这么一个粉雕玉琢的小娃娃如此举止，均没敢动手。小孩子后来送至江陵后，也被刘裕下令斩首于市。
桓谦、桓振方面，仍有安帝兄弟掌握手中。听闻桓玄死讯，桓振提剑，闯入晋安帝的住处，怒向安帝高叫：“臣一门何负国家，而屠灭若是！”白痴皇帝晋安帝呆望桓振，口不能发一言。倒是其弟司马德文连忙向桓振施礼，说：“此事岂是我兄弟之意！”桓振稍稍怒解。
不久，听闻玉孩儿桓升又被杀于闹市，桓振怒极，又要杀安帝兄弟，为桓谦苦苦谏阻。桓振是桓温亲侄桓石虔之子。桓石虔小名镇恶，少年时诸将射虎，开玩笑让桓石虔拨箭，小英雄真的从受伤怒跳的猛虎身上亲手拨出数箭。桓温入关伐苻健，桓石虔竞以单骑冲入前秦万人军中，救出被围的叔父桓冲，“三军叹息，威振敌人”。桓振有其父风，果锐敢斗，但暴横无行。眼见桓玄、桓升已死，桓振只得与叔父桓谦重推安帝为主，自为荆州刺史。
由于桓振勇武，刘裕派去的大将鲁宗之被打得大败。不久，刘毅等人击败桓玄将领冯该，桓谦逃走，众人迎安帝反正。
桓振收拾溃军，复袭江陵，败中取胜，竟能大败东晋宗室司马休之（谯王司马尚之弟）。最后，桓振身边仅剩数十人，仍与晋将索邈大战于沙桥。“（桓）振虽兵少，左右皆力战，每一合，（桓）振辄瞋目奋击，众莫敢当。”估计是内心深知日暮途穷，桓振数战之后，以酒当水，痛饮完毕，又乘醉突阵。晋军齐放箭矢，桓振身中数创，仍前冲不畏。最后，这位桓家勇将也战死于沙场。桓谦闻桓振败亡，奔于后秦。后来，他又入蜀，与谯纵等人反晋，为晋将所杀。
桓氏亲族中，只有桓冲之孙桓胤被特赦，徒于新安软禁。但殷仲文等人日后“谋反”，想推立桓胤为桓玄之嗣。事发，桓胤也为晋廷所杀。桓氏一家，烟消云散。经历桓玄之乱，东晋的国祚，也马上要走到尽头了。
桓玄介绍
桓玄（369—404）字敬道，一名灵宝，东晋大司马桓温少子，深受桓温钟爱。桓温临终，命为继嗣，袭爵南郡公，时年五岁。 
桓玄七岁时，守丧三年期满，原桓温属下的文武佐吏都来向桓玄叔父，荆州刺史桓冲告别，桓冲抚摸着桓玄的头告诉他：“这些人都是你家的故吏！”玄应声痛哭，哀动左右，众人无不惊异。数年之后，桓玄长成了一表人才，容貌不凡，风神疏朗，博综艺术，又善作文。他自恃门第高贵，才华出众，常常以英雄豪杰自居，令人望而生畏，朝廷也有所疑虑而不加擢用。 
直到二十三岁，桓玄才被拜为太子洗马。时人纷纷议论桓温晚年有不臣之迹，桓玄兄弟因此遭到排抑。朝廷只让他们作些无权的闲散官。有一次，桓玄去拜见琅邪王司马道子，正值饮宴，宾客满座。司马道子突然睁着两只醉醺醺的大眼对众人说：“桓温晚年想造反，是不是？”桓玄吓得汗流浃背，拜伏在地，不敢起身。琅邪王骠骑长史谢重举起手板回答说：“已故宣武公（桓温）废昏立明，功过伊尹、霍光，人们的种种议论，应当有所识别。”道子点头，桓玄这才爬了起来。从此，桓玄的心中更加惴惴不安，对司马道子恨得咬牙切齿。 
后来，桓玄出补义兴太守，郁郁不得志，曾登高眺望震泽，愤懑叹息说：“父为九州伯，儿为五湖长！”便弃官回到了自己的封国。桓玄向来不甘屈居人下，他为自己出身元勋之门却负谤于世而愤愤不平，乃上书晋孝武帝。疏中说： 
先臣蒙国殊遇，姻娅皇极，常欲以身报德，投袂乘机，西平巴蜀，北清伊洛，使窃号之寇系颈北阙，园陵修复，大耻载雪，饮马灞浐，悬旌赵魏，勤王之师，功非一捷。…… 
先臣勤王艰难之劳，匡复克平之勋，朝廷若其遗之，臣亦不复计也。至于先帝龙飞九五，陛下之所以继明南面，请问谈者，谁之由邪？谁之德邪？岂惟晋室永安，祖宗血食，于陛下一门，实奇功也。 
自顷权门日盛，丑政实繁，咸称述时旨，互相扇附，以臣之兄弟皆晋之罪人，臣等复何理可以苟存圣世？何颜可以尸飨封禄！若陛下忘先臣大造之功，信贝锦萋菲之说，臣等自当奉还三封，受戮市朝，然后下从先臣，归先帝于玄宫耳。若陛下述遵先旨，追录旧勋，窃望少垂恺悌覆盖之恩。奏书送到朝廷桓玄闲居江陵，优游无事。荆州是桓氏发迹之地，桓温、桓豁、桓冲等兄弟子侄先后任荆州刺史数十年，故吏宾客遍布荆楚各地，根深叶茂，人多势众。桓玄甚为骄横，江陵士民怕他比怕荆州刺史殷仲堪还厉害。而殷仲堪是一个玄学名士，资望不深，对桓玄也甚为敬畏。有一回，桓玄到刺史厅前跑马，手持马矟在殷仲堪面前比比划划，摆出一副要刺杀的架势。殷中堪的中兵参军刘迈看不下去，讥刺说：“你的马矟之技有余，只是精通义理则不足。”桓玄满脸不高兴，殷仲堪见势不妙，大惊失色。桓玄离去，殷仲堪指责刘迈说：“卿是狂人！桓玄晚上派人刺杀你，我岂能相救？”他让刘迈回建康躲避。桓玄果然派人来追杀，刘迈勉强逃脱。征虏将军胡藩路经江陵，对殷仲堪说：“桓玄志趣不同于常人，一副怏怏不得志之态，将军过分优崇他，恐怕于将来不利。”殷仲堪听了很不高兴。吞并殷、杨太元二十一年（396）九月，晋孝武帝醉卧内殿，被张贵人杀死，太子司马德宗即位，是为安帝。安帝不辨寒暑饥饱，是个著名的白痴皇帝。太傅、琅邪王司马道子专制朝政。司马道子嗜酒如命，一天到晚喝得昏头昏脑，不问政事，尚书左仆射王国宝与从弟王绪专权用事，威震内外。当时，青、兖二州刺史王恭，荆州刺史殷仲堪士马强盛，王国宝、王绪劝司马道子削弱方镇兵权，加强中央实力。消息传出，内外骚动。桓玄备受朝廷排抑，早已心怀不满，见有机可乘，乃游说殷仲堪，挑唆说：“王国宝一向与诸君作对，唯恐不能早点对你们动手。现今既掌大权，与王绪互为表里，他们想撤谁换谁，无不如意。孝伯（王恭字孝伯）贵为皇上太舅，为朝野所重，他们一时不敢轻动，唯有先拿你开刀。你是先帝提拔的，破格居方面重任，但人们未必认为合适，都说你虽有思想意趣，却不是作方伯的人选。倘若朝廷下诏征你作中书令，用殷?为荆州刺史，你该怎么办？”殷仲堪回答说：“这件事我担心很久了，不知足下有何高见？”桓玄又说：“王国宝奸诈凶狠，天下所知；王孝伯疾恶如仇，有过人之处。你赶紧秘密派人游说王恭起兵，以匡正朝廷，对他说你将率全荆士众顺流而下，推举他为盟主。我等亦当奋起追随，如此天下莫不响应。此事若能实现，乃是齐桓公、晋文公那样的勋业啊！”殷仲堪仍犹豫不决。不几天，王恭派使者送信到江陵，邀殷仲堪与桓玄共同匡正朝廷，殷仲堪表示应允。 
安帝隆安元年（397）四月，王恭以诛王国宝为名，起兵京口。司马道子惊慌失措，杀王国宝、王绪以释众怒，王恭遂罢兵回到京口。殷仲堪直到得知朝廷诛王国宝后才派兵进据巴陵，旋亦退兵。事后，桓玄趁机提出要作广州刺史。司马道子惧怕桓玄，又不愿让他久居荆楚，便任命他为假节、建威将军、平越中郎将、督交广二州诸军事，兼广州刺史。桓玄受命，但并不赴任，仍然留居江陵，以等待时机。 
第二年，王恭联合豫州刺史庾楷，以讨伐江州刺史王愉及谯王司马尚之兄弟为名，再次起兵京口。桓玄、殷仲堪一齐响应，共推王恭为盟主。司马道子不知所措，慌忙把军权交给十六岁的儿子司马元显，自己只顾酗酒。殷仲堪拨出五千军马交给桓玄，命南郡相杨佺期与桓玄同为先锋，自己率兵二万殿后，挥兵沿江东下，直达湓口。王愉毫无戒备，仓惶逃奔临川，为桓玄偏将所擒。桓、杨乘胜直驱建康，桓玄大败台军于白石，又与杨佺期进军横江。这时，北府兵名将刘牢之被司马元显所收买，刘牢之倒戈，王恭兵败被杀；庾楷也兵败，投奔桓玄。刘牢之率北府兵抵御荆州军，桓玄、杨佺期只得回军蔡洲。为了分化荆州军，司马道子采纳桓冲之子桓修的建议，任命桓玄为江州刺史，杨佺期为雍州刺史，桓修为荆州刺史，而贬黜殷仲堪为广州刺史。殷仲堪一听诏命，大为恼怒，催促桓玄、杨佺期进兵。桓玄、杨佺期得到好处，不想出兵。殷仲堪一气之下遽然回军荆州，遣使告谕蔡洲兵众说：“你们如不各自散归，我到江陵便杀尽你们的家人。”于是，杨佺期部将刘系立即带领二千人西上，桓玄等大惧，都赶快撤退，至寻阳才赶上殷仲堪。桓玄由于兵力有限，羽毛未丰，需要殷仲堪相助；殷仲堪丢掉了荆州刺史，也需依仗桓玄的声望。三人便在寻阳重新结盟，桓玄被推为盟主，大家共同约定，不接受朝廷诏命；又联名上书朝廷，为王恭伸冤，要求处死司马尚之，刘牢之等人。司马道子被迫让步，宣布恢复殷仲堪的荆州刺史。这次起兵，桓玄取得江州，得到最大的实惠。他被推为盟主后，更加骄矜，每以寒士裁抑杨佺期。而杨佺期为人骄悍，自以为出自北方高门弘农杨氏，最恨别人瞧不起，在盟誓坛上就想发难袭击桓玄，但被殷仲堪制止了。桓玄觉察到杨佺期有异谋，暗中有了吞并他的打算。 
不久，殷仲堪等人的矛盾渐渐激化起来。殷仲堪担心桓玄跋扈，遂与杨佺期结为婚姻，相互支援；桓玄敌不过殷、杨二人，害怕被击灭，于是上书朝廷，要求扩大都督区，壮大实力。司马道子、司马元显也想借机挑起矛盾，让他们互相残杀，以达到坐收渔翁之利的目的，遂下令分杨佺期所督长沙、衡阳、湘东、零陵四郡归桓玄管辖，又以玄兄桓伟取代杨佺期之兄杨广为南蛮校尉。杨佺期受到损害，火冒三丈，即刻调集人马，声称援救洛阳，暗中想联合殷仲堪共击桓玄。殷仲堪顾虑重重，既畏惧杨佺期兄弟骁勇，难以对付；又担心桓玄一旦被击灭，杨氏兄弟得势，自己反而受害，故极力予以阻止。杨佺期孤掌难鸣，只好忍气吞声，偃旗息鼓。 
隆安三年（399），荆州发大水，平地水深三尺，殷仲堪赈恤饥民，仓库空竭。桓玄早想火并殷、杨，见时机已到，率军乘机西上。首先袭取了屯积粮草的巴陵，继而进兵杨口，败殷仲堪之侄殷道护，随后占领距江陵二十里的零口。殷仲堪见大势不妙，急召杨佺期相救，终因粮草奇缺而惨败，双双为桓玄所杀。 
隆安四年（400）三月，桓玄一举夺得荆、雍二州，随即上表朝廷，求领荆、江二州刺史，朝廷授以都督荆、司、雍、秦、梁、益、宁七州，后将军，荆州刺史，假节，以桓修为江州刺史。桓玄不满意，上疏坚持领江州，朝廷不得已，加桓玄都督江州及扬豫八郡，并领江州刺史。桓玄得寸进尺，又提出以兄伟为冠军将军，雍州刺史，以侄子桓振为淮南太守，朝廷都不敢不从。这时，浙东一带的农民起义正风起云涌，势不可挡，朝廷忙于派兵镇压，无暇西顾。司马元显代父执掌朝政后，继续用佞臣，树亲党，聚敛无度，朝纲紊乱。加之桓氏子弟布列朝野，势力强大，故桓玄的种种非分之求，朝廷都有求必应。 
桓玄独霸荆楚，兵强马壮，乃广树腹心，安插亲信。以兄伟为江州刺史，镇夏口；以司马刁畅为辅国将军，督八郡，镇襄阳；派遣桓振、皇甫敷、冯该戍湓口，控扼寻阳。迁沮、漳蛮人两千户于江南，设立武宁郡；招集流民，立绥安郡。又在各郡置郡丞。朝廷下诏征广州刺史刁逵、豫章太守郭昶之入朝，都被桓玄擅留不遣。桓玄踌躇满志，自以为东晋天下三分有其二，而司马氏气数已尽，故多次指使人替自己上祯祥、献符瑞。篡晋称帝隆安五年（401）末，桓玄写信指斥执政说：“今日朝廷显贵心腹，谁是时流清望？岂能说没有佳胜者，只是不能信任罢了。因为住昔朝政的失误，才酿成今日之祸患。朝廷上的君子，怎能没有看法，但因有身家性命之虑，故不敢说话。我忝任在外，所以能揭露事实。”司马元显读后大为恐慌，准备征讨桓玄。桓玄部下、武昌太守庾楷则担心桓玄结怨朝廷，一旦失败而祸及自己，暗中派人与司马元显联系，答应作为内应，司马元显大喜。桓玄派人切断长江航运，致使建康漕运不佳，公私匮乏，官军士兵不得不以谷皮、橡子充饥，给司马元显造成严重困难。 
元兴元年（402）一月，司马元显以镇北将军刘牢之为前锋都督，以前将军谯王司马尚之为后部，称诏举兵伐玄。官军将要出发，桓玄堂兄桓石生时为太傅长史，及时送来了紧急秘密报告。桓玄原以为扬州一带闹饥荒，农民起义尚未剿灭，朝廷顾不上讨伐自己，正可待机积蓄力量，观衅而动。及接到桓石生的报告，得知司马元显兴师问罪，心中不免恐惧起来，打算固守江陵。长史卞范之献计说：“公威名远扬，谋略震动天下，司马元显乳臭未干，刘牢之不得人心，如果兵临京畿，恩威并施，则土崩瓦解之势可翘足而待，哪有延敌入境而自己削弱自己的道理？”桓玄闻言大悦，当即留下桓伟守江陵，上表朝廷，率师沿江东下。兵抵寻阳，发布檄文，列举司马元显的种种罪行。檄文传到京都，司马元显吓得不敢下令开船。桓玄兴师甚失人心，自觉以下犯上，惟恐将士不为所用，常怀返旆之计。及至兵过寻阳，不见台军踪影，不禁大喜过望，将士们也个个精神振奋，沿路如入无人之境。兵抵姑孰，击败谯王司马尚之，襄城太守司马休之弃城而逃。当时，刘牢之兵屯冽洲，桓玄遣使劝降，刘牢之即敛手归降。桓玄挥兵直驱建康城外的新亭，司马元显不战自溃，弃船逃回京城，与其父司马道子在相府相对而泣，终被桓玄所擒。 
桓玄攻入建康后，矫诏自命为总百揆，加侍中、都督中外诸军事、丞相、录尚书事、扬州牧，领徐州刺史；又加假黄钺、羽葆鼓吹、班剑二十人等，署置丞相府的大小僚属。奏请杀司马元显、谯王司马尚之、尚之之弟恢之、允之及庾楷父子等人；流放司马道子到安成郡，未发而毒杀之；解除刘牢之的兵权，用为会稽内史。继而布置亲信占据要津，任命桓伟为安西将军、荆州刺史，领南蛮校尉；堂兄桓谦为左仆射、加中军将军，典掌选举；桓修为右将军、徐兖二州刺史；桓石生为前将军、江州刺史；心腹卞范之为丹阳尹，王谧为中书令、领军将军。改年号为大亨。不久又辞去丞相，自署太尉，领平西将军、豫州刺史，并给自己加以剑履上殿，入朝不趋，赞奏不名的殊礼。 
同年四月，桓玄出镇姑孰，姑孰当长江重要渡口，既是豫州治所，又是建康的西南门户，战略地位十分重要。镇姑孰既可以控制朝廷，又可以掌握军事上的主动权，可谓一举两得。桓玄虽出居外镇，但朝中大事都要向他请示报告，小事则由桓谦、卞范之处理。 
桓玄当权之初，还能有所作为，政治颇有起色。他大力整肃朝纲，黜凡庸之辈，远奸佞之臣，选用贤才，时局有所好转，京城内一时欢欣鼓舞。为了革除岭南贪污奢靡的弊政，他选派良吏吴隐之出任广州刺史。吴隐之以身作则，廉洁奉公，短期内使岭南风气为之一变。为此，他大加赞赏，称道吴隐之“处可欲之地，而能不改其操”，“革奢务啬，南域改观”，①提拔吴隐之为前将军，赐钱五十万，谷千斛。他曾试图革除豪强兼并，强弱相凌，百姓流离的劣政，但因阻力重重，加之政令繁密而无法实行。针对晋末佛教开始盛行、伤政害民的弊端，桓玄还提出沙汰僧尼，打击寺院经济的主张，并亲自下达了淘汰僧尼的命令，命令中说： 
佛所责无为，殷勤在于绝欲。而比者陵迟，遂失斯道。京师竞其奢淫，荣观纷于朝市。天府以之倾匮，名器为之秽黩。避役踵于百里，逋逃盈于寺庙，乃至一县数千，猥成屯落。邑聚游食之群，境积不羁之众，其所以伤治害政，尘宰佛教，固已彼此俱敝，实污风轨矣！ 
他规定，除了那些精通佛理、恪守戒律的佛教徒外，其他僧尼一律淘汰，还俗为民，“严为之制，速申下之”。 
然而这一切不过是昙花一现，奢豪之态不久复萌，政令无常，朋党互起。这时三吴发生大饥馑，饿殍遍地，户口减半，会稽郡人口只剩三、四成，临海、永嘉郡死亡殆尽，殷实人家也竟身穿罗纨，怀抱金玉，闭门相守而饿死。在这种情况下，他加紧篡权的步伐，首先大杀北府旧将以绝后患。吴兴太守高素、将军竺谦之、竺朗之、刘袭、刘季式、冠军将军孙无终等人皆无幸免。刘轨、刘敬宣、高雅之、袁虔之、刘寿、高长庆、郭恭等被迫北逃，分别投奔南燕和后秦。接着，他让朝廷以平元显之功，封自己为豫章公，又以平殷仲堪、杨佺期之功，封桂阳郡公，然后改赐子侄。又让发诏避其父桓温讳，有姓名同者一律更改，赠其父马氏豫章公太夫人。 
元兴二年（403）二月，桓玄为提高威望，上表请率领诸军扫平河、洛，然后指使朝廷下诏制止，便称“奉诏故止”。九月，使朝廷拜自己为楚王，封十郡，加相国，总百揆，备九锡，楚国置丞相以下官属。为制造舆论，他上表请求返回藩镇，然后自作诏挽留，再上表固请，逼天子出手诏坚留。他还暗中指使人献祯祥，呈符瑞，诡称钱塘江边的临平湖多年淤塞，现已湖开水清。又称江州百姓王成基家的竹子上降有甘露，命百官大加庆贺。历代都有隐士，偏偏此时没有，桓玄觉得不光彩，赶紧派人找来了西晋著名隐士皇甫谧的六世孙皇甫希之，先让希之隐居山林，提供各种费用，再征为著作郎，然后又指使希之故意推辞不接受，称之为高士。时人觉得很可笑，戏称这种隐士为“充隐”。 
桓玄性贪鄙，喜爱奇珍异宝，终日珠玉不离手。别人有好字画及佳园美宅，都千方百计地据为己有。不好意思当面抢夺，就以赌博为手段，变着法儿夺取。甚至不惜派遣臣僚四出，到处掘果移竹，连数千里外的佳果美竹都被挖得干干净净。又喜欢阿谀奉承，厌恶臣下进直言。法令无常，随心所欲，一会儿想废钱币而用谷帛，一会儿又想恢复肉刑，结果事事无成，致使朝野失望，人不安业。 
正当桓玄得意之际，一连串的打击接踵而至。其兄荆州刺史桓伟突然病死，桓伟最受桓玄信赖，被视为左膀右臂，桓伟一死，桓玄顿感孤危。不久，殷仲堪的余党、新野人庾仄合众七千，起兵襄阳，赶走了守将冯该；南蛮校尉庾彬等人谋为内应，江陵震动。桓玄之侄桓亮也以讨伐庾仄为名，乘乱起兵罗县，自称平南将军、湘州刺史。这两次事件虽很快被平定下去，但却给桓玄以巨大的精神压力。与此同时，北府兵的中级将领刘裕、何无忌等人又正在酝酿起兵，无疑给桓氏政权造成了最严重的威胁。形势在逆转，如不赶快禅代，皇帝梦难免成为泡影，桓玄急不可待。但北府兵的将士们是否答应？桓玄不放心。堂兄桓谦秉承桓玄旨意赶赴彭城，试探地问刘裕：“楚王功高德重，朝廷的意思是想禅让，你们以为如何？”刘裕诡谲地回答，“楚王，宣武之子，勋德盖世，晋王室衰微，早失民望，趁机禅代，有什么不可以！”桓谦乐滋滋地说：“你说可以就可以了。”桓玄得到报告，便放心地称起皇帝来。 
元兴二年（403）十二月三日，桓玄即皇帝位于姑孰，改年号为永始。迁晋安帝于寻阳，封为平固王；追尊其父桓温为宣武皇帝，庙号太祖；立其妻刘氏为皇后，大封桓氏兄弟子侄为王，文武加官进爵。随后迁居建康宫，修缮宫室，大兴土木，催促严急，上下疲于奔命，朝野不得安宁。为显示皇帝的尊严，特命工匠制作一辆特号大车，车内可坐三十人，用二百人推着走；为炫耀自己的聪明，百官奏事或一字写得不合体，或语句有些毛病，都要挑出来指摘一番，甚至贬官降职。事必亲躬，或亲自安排值日官，或自选令史一类的小官，诏令一道接一道，主管官员应接不暇。而朝纲大事不抓，法度不立，奏案堆积如山。性喜游猎，常常夜以继日，性情又急躁，呼召严厉，刻不容缓，宫禁内一片喧哗，不成体统。百姓疲累，朝野劳瘁，怨怒思乱者十室有八九。短命而亡次年二月，刘裕经过周密部署后，联络北府兵将领刘毅、何无忌、刘昶、刘道规、诸葛长民等人正式起兵。首先占领京口，斩徐州刺史桓修；进攻广陵，杀青州刺史桓弘，随后率兵直扑建康，沿途又杀死前来抵抗的著名猛将吴甫之、皇甫敷。桓玄得知二将被杀，吓得魂不附体，急忙召来一些方士对刘裕等人施行巫术。并问众臣僚：“朕会失败吗？”曹靖之回答说：“神怒人怨，臣实在害怕。”桓玄又急又气，命桓谦、卞范之率兵二万出城御敌。刘裕率众奋击，桓谦诸军顷刻溃散。桓玄闻报，匆匆携带儿子桓升、侄子桓浚，在几千亲信的护卫下，从南掖门仓惶出逃。路遇参军胡藩，胡藩劝他组织抵抗，桓玄一言不发，只顾用马鞭指天，意思是说“天亡我也！”然后策马疾驰，直奔石头城，乘船浮江西去。沿途忍饥挨饿，有时整天吃不上一顿饭，左右弄来一些粗粮，咽不下去，几岁的小儿子桓升在他胸前背后使劲按摩，桓玄悲不自胜。 
桓玄一行逃到寻阳，江州刺史郭昶之提供器用、兵马，这才松了一口气。于是挟安帝继续西逃，途中自己作起居注，叙述如何抵御刘裕事，自吹算无遗策，只因诸将违背节度，以致造成败局，并非用兵的过错云云。桓玄只顾覃思著述，却把御敌大事抛到了九霄之外。起居注写成后，派人宣示远近。 
四月，桓玄一行逃到江陵，荆州刺史桓石康迎入帐内。喘息未定，即忙着派人在城南搭造帐篷作为临时宫室，重新署置百官，以卞范之为尚书仆射。又大兴刑罚，借以在大败之余重树个人威权，震慑百官将士。大臣殷仲文力谏，桓玄怒气冲冲地说：“汉高祖、魏武帝用兵多次战败，那只是诸将的过失。现今天文对我不利，所以把都城迁回荆楚。而小人愚昧，妄生是非，乱发议论，正应该凶猛一点，哪能施行宽政？”荆州各郡的郡太守们得知桓玄流亡，有人赶紧献媚取宠，派人上表敬问起居，桓玄一概不接受，命令重新上表，庆贺迁徙新都。荆楚毕竟是桓玄的老巢，不出一月，桓玄收集兵众二万和大批的楼船、器械，又开始得意起来，自负地对左右说：“你们都是从清显的仕途上跟随我的，京都那帮窃权盗位的人将要谢罪军门，到时看着你们凯旋进入石头城，这与神仙相比，又有什么不同！”就在桓玄得意时，刘裕派遣刘毅、何无忌、刘道规率兵追至湓口，桑落洲一战，大败江州刺史郭昶之、游击将军何澹之、江夏太守桓道恭等人，进军寻阳。寻阳上控荆楚，下制建康，是长江中游的战略要地，势在必争。五月，桓玄自江陵急率舟师东下，双方大战于武昌附近的峥嵘州。桓玄所率将士数万，对方不满万人，但却担心吃败仗，常常在座舰旁边停着几艘快船，以备败走，全军毫无斗志。刘毅紧紧抓住战机，乘风纵火，率军奋勇出击，大获全胜。桓玄命人烧毁辎重，连夜狼狈逃去。 
桓玄再次逃回江陵城，众人见大势已去，人心惶惶，虽令不行，城内一片混乱。桓玄走投无路，打算逃往汉中投奔梁州刺史桓希。一天深夜，收拾停当，遂率亲近心腹数百人骑马出城西走，刚刚到达城门，左右于黑暗中挥刀向桓玄砍去，没有砍中，秩序顿时大乱，左右心腹互相砍杀，死尸交横于路。桓玄心惊胆颤，勉强逃到船上。恰在这时，益州刺史毛璩派从孙毛佑之。参军费恬率领二百人护送弟弟毛璠的灵柩来江陵安葬，毛璩之侄毛修之时为桓玄屯骑校尉，趁机骗诱桓玄入蜀，桓玄无计可施，只好同意。船行至江陵城西的枚回洲，毛佑之、费恬突然向桓玄开弓放箭，矢如雨下，幸臣丁仙期、万盖等人急忙用身子挡住，都被射死，桓玄受了轻伤。益州都护冯迁随着抽刀砍来，桓玄从头上拔下一枚玉导送给他，心惊肉跳地质问：“你是什么人？敢杀天子！”冯迁回答说：“我杀天子的贼罢了！”说完，手起刀落，人头坠地。同时被杀的还有桓石康、桓修等人，桓升被执，斩于江陵城。 
桓玄篡晋，是东晋门阀政治的尾声。这个短命政权终于被刘裕推翻。桓玄从称帝到兵败出逃，共经八十天；从称帝到被杀，前后不到半年，死时年三十六。桓玄死后，堂兄桓谦、桓石绥等人仍坚持抗争达五、六年之久，直至晋安帝义熙六年（410）才宣告全部失败，桓氏家族彻底覆灭。