标题：府院之争
概述
府院之争指民国五至六年(1916年至1917年)黎元洪与段祺瑞之间的权力斗争。 
1916年6月袁世凯死后，原第一任副总统黎元洪依法继任大总统，段祺瑞任国务总理，段以北洋正统  段祺瑞派首领自居，依附日本军阀，掌握军政大权，与黎元洪分庭抗礼。 
先是在国务院秘书长人选问题上，黎元洪和段祺瑞发生了争执，最后由徐世昌出面了结。一波未平一波又起，在要不要参加第一次世界大战对德国宣战这个问题上，双方斗争更趋激烈。 
为了达到主战的目的，段祺瑞将其手下的十几个督军叫到北京，组成“督军团”，对黎元洪施加压力，但未获成功；后来段祺瑞又叫人写了对德宣战书要总统盖印，黎元洪为了平息风波，勉强在文件上盖了章。即使这样，段祺瑞仍不满足，在国会开会讨论时，又大肆干涉，终于触动了众怒。 
恰在这时，段祺瑞私自向日本借款一事被揭露。1917年5月21日，黎元洪瞅准时机在这时下令撤销了他的总理职务，段祺瑞愤然离京去津，并且根据临时约法，总统无权撤销总理职务，不承认黎的免职令。因一方为总统府，一方为国务院，所以它们间的争斗被称为“府院之争”。 
之后黎元洪请督军团团长张勋于6月14日入京调解。张勋入京后，拥立宣统复辟。事件为段祺瑞所镇压，黎元洪于事后辞去总统职，总统改由冯国璋担任。府院之争告一段落。
形成原因
各省督军原本不少人反对宣战，因为他们害怕让他们派兵作战，从而损害自己的实力。 
段祺瑞明白他们的心思，于是就明确告诉他们，宣战无须出兵，中国派遣劳工去欧洲即可。
各省督军一听，心上的石头落了地，于是纷纷表示服从总理的意志。
4月25日，督军会议在京召开。
  府院之争原总统府各省督军和代表一致赞成段内阁外交政策，并在写有“赞成总理外交政策”的纸上签了名，给黎元洪施压。
5月1日，内阁举行会议，督军团居然要求参加。
有人说军人干政，傅良佐却辩解道：“军人也是国民的一员，对国事发表意见，怎能说是干政？大总统这么害怕军人的意见，难道是心中有鬼不成？”参加内阁会议的阁员可怜只有3人：海军总长程璧光、司法总长张耀曾、农商总长谷钟秀，军人倒有一大班，于是，宣战案顺利通过。
段祺瑞便想趁热打铁，利用督军团使国会和总统屈服。
黎元洪这里顺利通过了，但国会却出了问题，本来国会通过宣战案问题并不大，汤化龙、梁启超早就在议员中活动支持段祺瑞，但国会傅良佐却帮了倒忙。
5月8日，段祺瑞到国会解释对德政策并接受质询，他矢口否认中国参战背后有着中日幕后交易，声称宣战是本着正义的需要。
当两院即将讨论宣战案的时候，各地人民团体纷纷来电支持宣战，北京城中也有一些“自发”的群众的代表强烈要求对德宣战，段祺瑞闻之十分满意。
一些外地人民团体的电报实际上都是傅良佐派人从北京电报局发出的。
5月10日下午，成群的“自发公民”包围了众院大楼，他们或摇旗呐喊，或散发“请愿书”，有的甚至闯进议长办公室，要求汤化龙允许公民代表列席讨论。
“公民团”的行径引起了众议员的义愤，大家集体罢会，以示抗议，并准备离开会场，于是一场骚乱发生了。
傅良佐急于求成，结果弄巧成拙，反而使段祺瑞的宣战案中途告吹，内阁总长纷纷辞职，只剩下一个光杆总理了。
段祺瑞决定坚持下去，他一面酝酿新的阁员，一面授意滞京的部分督军和代表们，继续对国会施压，企图重开议会通过宣战案。
然而，一个毁灭性的新闻给段祺瑞致命的打击，英文《京报》披露中日秘密签订了一亿元的军事借款。
段祺瑞在国会所作关于中日之间绝无秘密外交的证词完全是一个谎言！令人意外的是，一向软弱可欺的黎元洪突然挺直了腰杆，下令免去了段祺瑞国务总理和陆军总长的职务。
5月23日，张国淦听说黎元洪要免段，刚想开口劝说，站在旁边的金水炎冲了过去，拔出手枪对准张国淦：“不许开口！开口我就打死你！”段祺瑞气得鼻子又歪了。
历史背景
国民党和南方的地方势力是黎元洪的依托，研究系、进步党和北洋督军是段祺瑞的基础。双方在国会制宪  府院之争张作霖府等问题上分歧严重。黎元洪一派主张扩大国会权限，以抵制段祺瑞的专断独行，研究系则反对省制入宪，主张缩小国会权利，改两院为一院，以迎合皖系军阀专制的私利。由于国民党议员在国会人多势众，研究系的议案屡遭否决。在国会表决中（国会议场在今西城境内），皖系军阀首领便策动北洋各省督军，粗暴干涉国会，恣意打击国民党人。 
1917年美国参加对德作战，要求中国与之采取一致行动对德宣战，并答应借给军费，黎元洪表示同意。而日本支持段祺瑞参战，答应借巨款给段祺瑞，以扩充其势力。因日本支持段祺瑞，中国若参战必有利于日本，美国遂指使黎元洪伙同国会反对参战。段祺瑞召集亲信召开督军会议，决定参战，并要挟黎元洪和国会同意参战案，但未能得逞，于是要求黎元洪下令解散国会。黎元洪利用人们反段要求，在国会的支持和美国公使"允为后盾"的情况下，下令免去段祺瑞国务总理职务。段祺瑞被罢职后，离京赴津，以天津为基地，组织脱离北京政府的各省督军在天津成立"军务总参谋处"，扬言另组临时政府，段黎矛盾白热化。黎元洪在段祺瑞的压力下内外交困，只好同意张勋入京“调停国事”，后演为张勋率辫子军入京复辟。
府院之争
冯国璋任总统后，与国务总理段祺瑞，在西南军阀及广东护法军政府的政策上，产生了矛盾。段祺瑞主张“武力统一”，借此扩充皖系势力；冯国璋主张“和平统一”，借此讨好西南军阀，保护直系的利益。
1917年8月，段派傅良佐为湖南督军，调北洋第八、第二十两师入湖南，拉开了南北战争（护法战争）的序幕。11月，正当湖南战事扩大时，直系北洋军第八师师长王汝贤、第二十师师长范国璋突然发出通电，主张停战议和。紧接着直系长江三督和直隶督军曹锟联名发表通电，响应停战。段提出辞职。冯于11月25日下令准免，先以外交总长汪大燮代理国务过理，后又请出王士珍署理国务总理兼陆军总长。
12月2日，段策动北方十督：曹锟、张怀芝、张作霖、倪嗣冲、阎锡山、陈树藩、赵倜、杨善德、卢永祥、张敬尧等在天津举行督军团会议。12月6日，联名电请冯国璋明令讨伐西南。冯只得表示让步。又任命段为参战督办，段芝贵为陆军总长，以消解皖系的不满。此时，西南军阀陆荣廷提出恢复国会，停止湘粤进兵和拥护冯国璋继任总统，作为取消两广独立的条件。冯发出停战布告，责成南北两军停止敌对行动。
12月31日，北方十督曹锟等发表通电，坚决反对恢复旧国会，主张以皖系控制的临时参议会代行国会职权，选举正式大总统，企图“合法倒冯”。冯声称要亲自出征讨伐西南，率拱卫军一旅，乘专车沿津浦路南下，想回到直系大本营南京。不料车到蚌埠，被皖系安徽督军倪嗣冲拦截，迫使冯回京。同时，奉军入关“兵谏”。皖奉联合，冯不得已，请出段再次出任国务总理。
1918年9月4日，安福国会选举徐世昌为新任大总统。冯国璋、段祺瑞同时下野。
深远影响
“三造共和”后，段祺瑞并没有迎回落难总统黎元洪，而是力捧副总统冯国璋继任总统。而在此之前，黎元洪放下了面子，以国家大局为重，重新任命段祺瑞为国务总理，并令他挂帅讨贼。只此一点，便可看出府院之争的主要症结。 
当时，一直在努力调解府院之争的张国淦力劝段祺瑞迎黎元洪复位，他说：“相对而言，和黎元洪共事其实比较容易，因为他手中无兵，而且刚经受过挫折，会吸取教训；而冯国璋既有兵权，又是新官上任，遇事必然逞强好胜，因此更难对付。”张国淦的分析入情入理，完全是出于对段祺瑞的一片爱护之忱。如果段祺瑞能够接受，学古人将相和，也许可以开创一个双赢的新局面，可惜他对黎元洪罢免自己耿耿于怀，终于因私而废公，挟愤而忘义，拒绝了这个建议。
所谓“府院之争“，“府”即总统府，“院”指国务院，“府院之争”即总统和总理之争。北洋时期的府院之争有两次，一次是黎元洪总统和段祺瑞总理之争，另一次是冯国璋总统与段祺瑞总理之争，两次的当事人都有段祺瑞。可见段的性格缺陷是府院之争的一大动因。
但是，府院之争的渊薮却决不止如此之浅，而是有其历史背景的。中国实行了几千年的帝制，民主共和是新鲜的舶来品，因此民国肇立之初，需要借鉴西方的政治和行政制度。而西方的共和体制大体可以分为两种：一种是美国式的总统制，另一种是法国式的内阁制。于是，有关总统制还是内阁制的争论，在政客们争权夺利的心理作用下，一时甚嚣尘上。即便以袁世凯的神武雄健，欲加强总统的权力，也一度面临着宋教仁政党内阁计划的挑战。孙中山让位给袁世凯时，革命党人同时修改了《临时约法》，将政治体制从总统制更改为内阁制，用以约束袁世凯。宋教仁更在此基础上，重组国民党，要成立政党内阁，从而在实际行动上迈进了一大步。袁世凯及其北洋派不愿放弃权力，乃卑鄙地暗杀了宋教仁，激起了国民党“二次革命”，然后再借此驱逐了国会中占大多数的国民党员。总统制与内阁制的理论之争，最终引发了流血和战争，使民国成为一个乱世。
理论先行
在社会运动中，理应有一个“理论先行”的过程，此即孙中山所谓的“知难行易”。中国的民主革命自维  袁世凯新运动失败后开始成为社会运动的主流，不出十余年就推翻了帝制，建立了民国。在这十余年中，革命者更多的是按照西方民主共和的蓝图来憧憬新政权的，至于将民主共和的理论与中国的实际情况相结合的工作，实在还做的很少。于是，进入民国后，就出现了一个“理论后行”的局面，这实际上是一个“补课”的过程。不惟总统制和内阁制发生了激烈论争，到后来竟连“共和制”和“帝制”、“世袭制”和“非承继制”等原本不成问题的问题，也被重新翻上台面。参加这些辩论的往往不是政客本身，而是声名卓著的学者，中国的比如杨度、梁启超，洋人比如古德诺、有贺长雄，不一而足。
不论总统制或内阁制，总之当时并未建立一个深入人心的政治体制模式，因此，民国的建立仅仅是根植了一个“共和”的理念，却有其名而无其实，可以对抗帝制复辟，却不足以对抗内部矛盾。如此一来，那些“共和”业务素养十分有限的政客和军阀们，主观上本就惟力是视，客观上也的确不知所措。府院之争就是这样的背景下发生的。
袁氏嘱托
1916年6月袁世凯临死前，对徐世昌、段祺瑞执手呜咽道：“按照《约法》，由黎卿（黎元洪）继任总统，你们要好好辅佐他。”可能是有感于此，当在川作战的张敬尧等将领致电表示愿推举段祺瑞为总统时，被他断然拒绝。此事被外人知晓后，举国一片赞叹之声。当时，袁世凯戕害约法，解散国会，民国已遭到严重破坏，如今有一个宽仁谨厚的黎元洪担任国家元首，有一个正直不阿的段祺瑞主持内阁，又有国民党和进步党共处国会，宪政实现已依依在望，全国上下对此表示了一致的乐观。
但是，段素来刚愎自用，又自恃为北洋勋宿，从内心深处对黎元洪抱轻视态度，和黎绝少交往；黎元洪则外柔而内刚，虽不足威慑别人，却自有不屈的意志。因此府院之间不可能有亲密的关系。再者，段祺瑞并不是一个非常勤奋的总理，大小事务多委之于秘书长徐树铮，而徐偏生是个恃才傲物的人物，他奔走于府院之间，处处越俎代庖，以前就为袁世凯所厌恶，现在更为黎元洪所不喜。有一次，徐树铮拿着一份委任状请黎元洪盖总统印，黎问起其人的履历，徐竟然回答道：“现在实行内阁制，总统您何必多问！我很忙，您还是快点盖印吧！”黎十分愤怒，对左右说：“我本来不要做什么总统，你看他们眼中哪里有我！”而段祺瑞对徐却每每纵容，有一次徐以辞职要挟黎元洪，段祺瑞竟为他说情，说他“为人耿介，不屑妄语”云云，甚至于说“凡徐所为，本人愿负其责。”黎元洪等听了，都觉寒心。因此，最初的府院之争，与徐树铮有很大关系。
对抗
徐树铮的嚣张跋扈，使府秘书长张国淦愤而辞职。黎元洪为对抗徐树铮，乃聘请一样霸气纵横的丁佛言为府秘书长。丁佛言与黄远生、刘少少并称“报界三杰”，笔锋锐利，又素喜打抱不平，如今乃利用报纸为黎元洪张目。徐树铮则以牙还牙，创办《公言报》与之抗衡。于是府院之争，竟然成为报端的花边新闻，搞得天下皆知。而黎段二人也日渐身陷其中不能自拔，后来竟至事事必反，为争而争。以对德宣战一事为例，最初是黎元洪主张与德国绝交，段祺瑞则深信德国必胜的，到后来在张国淦的游说下，段祺瑞又变成了一个极端的反德派，极力主张对德宣战，黎元洪为了与段祺瑞相反，硬生生地转变为亲德派，竭力反对宣战。到了1917年5月，在府院之争的影响下，国会仍然在是否参战的问题上犹疑不定，段祺瑞乃组织军队和“各界人士”包围国会，并胁迫、殴打议员，企图强行通过对德宣战案。国会忍无可忍，乃呈请黎元洪免去段祺瑞的总理职务。5月23日，黎元洪签署了罢免令。段祺瑞下野后避居天津，坚持认为在责任内阁制中，总统的命令非经总理副署不能发生效力，即便任免总理也是如此，因此并不承认自己已经下野。他在天津厉兵秣马，等待时机，徐树铮则为他策划了徐州会议，直接推动了张勋复辟，再由段祺瑞“黄雀在后”。于是，才一个多月功夫，段祺瑞便暗渡陈仓，“三造共和”，赢得了第一次府院之争的胜利。
第二次府院之争是指冯国璋和段祺瑞之争。张勋复辟中，黎元洪流亡使馆区，冯国璋副总统在南京代行总统职权，与段祺瑞遥相呼应，通电讨逆，保障了共和政体的持续。随后，段祺瑞拒绝迎回黎元洪，乃致电冯国璋北上就任总统。他的电文是简单干脆的四个字：“四哥快来！”冯国璋一看之下，不禁心中一热，即令备车出发。不过，在北上之前，他以总统名义令最亲信的将领李纯接替自己的江苏督军，以坐镇自己的大后方。
就任总统
冯国璋在就任总统之初，和段祺瑞的心思是一样的。他们都出身北洋，在小站时就朝夕相处，在洪宪帝制和张勋复辟中都站在一条战线上，可说亲如手足，因此他们相信决不会再有新的府院之争了。为此，冯国璋还曾将段祺瑞、王士珍请到府中大话家常，执手温言：“我们三人不要分什么总统、总理、总长，我们是一体的，一定能把事情做好！”
武力统一
但是谈何容易！军事方面。段祺瑞要以武力统一全国，因此要整合北洋的军事，早在冯国璋北上时，他就准备以亲信入替其江苏督军之职，不料被冯先下手为强。后来段在幕后策划的天津会议，则几乎囊括了除冯系“长江三督”之外的所有北洋地方实力派，从而最终倒冯成功。政治方面。段祺瑞将第一次府院之争时的“朋党”继续扩大，组织了一个安福俱乐部，进而形成安福系，并最终组成了安福国会。所谓“安福”，指的是北京西城安福胡同内的一个四合院，段系人物常在此聚会，评论时政，商量大事，代表人物如王揖唐、曾毓隽、王印川、梁鸿志、光云锦等，显然的“朋党”无疑！段祺瑞方一复任总理，即宣布解散旧国会，代之以安福系为主的新国会，从此国会成为国务院的御用会议。段在新府院之争中占得先机。 
而第二次府院之争的要害，其实在于施政理念。段祺瑞秉持的是袁世凯的政治立场，以西南为叛逆，要以武力统一全国，由此可见他对袁世凯的反对是有限的；而冯国璋的立场与黎元洪类似，与西南暗通消息，要以和平方式统一南北，由此可见他对袁世凯的反对是较为坚决的。由于西南方面一直对黎元洪持支持和同情态度，对段祺瑞解散国会、废除约法的行为从失望而至于愤恨，段祺瑞的武力统一政策也就贯彻得尤为坚决。而西南方面的实力派如陆荣廷等频频示好于冯国璋，冯因此认为西南可以和平争取，而惟有南北统一，他的总统才更有含金量，而战争则会破坏这一切。
民主制
辛亥革命是一连串的骨牌效应：先是四川爆发保路运动，清廷征调湖北军队前往镇压；随后湖北革命党人抓住了这个空隙，首义于武昌，各省响应；接着，清廷派精锐的北洋军南下征剿，北洋军竟“不知有朝廷，惟知有项城”，军前似有倒戈的危险；于是，袁项城复出，总揽大权并养寇自重，意在逼帝去位。可见，革命军对清帝退位的作用是间接的，而袁世凯才是直接的。 
武昌起义后不久，南北之间形成一个僵局：南方革命军攻占南京，则北洋军收复汉口，在军事上务必维持均势；革命军进攻力愈强，则朝廷压力愈大，而袁世凯愈喜，在政治上呈现一边倒的趋势。袁世凯之所以要铲除欲在北方起事的吴禄贞，正是生怕其破坏这一均势。袁世凯用的是借力打力、借刀杀人之计，他的天下打得太过轻松了！也许正因如此，后来也就不甚珍惜。
征剿武昌
当时奉命征剿武昌革命军的北洋军，乘火车抵达孝感前线后开始盘桓不进，总指挥官荫昌莫如之何。朝廷闻讯大惊，摄政王明白，湖北到北京不过两三日的车程，如果北洋军反扑京城，则是亡国之祸。于是，10月27日，摄政王逊退，袁世凯复出，总揽军政大权，且直接赴湖北督战，不曾入京叩谢。果然，北洋军突然声威大振，一日之内收复汉口。前军主帅冯国璋战到酣处，把政治因素浑然忘却，一意要直捣武昌，创立曾国藩那样的赫赫功勋。袁世凯十分不满，乃临阵换将，以段祺瑞替换冯国璋为第一军总统，并署理湖广总督，主持前线军事。
其实袁世凯刚复出时，对冯国璋并无偏见，因此，他最初只是把段祺瑞从江北提督调任第二军总统，折往山西镇压党人起义。但一个月后，袁世凯便无法容忍冯国璋的迟钝，乃以段祺瑞代之，驻湖北前线与革命军对垒。冯国璋曾纵容第一军在汉口纵火烧屋，破坏严重，民愤极大。袁世凯以段代冯，不仅支开了冯，也保护了冯，且可给冯总结自省的时间，为日后收服禁卫军埋下了伏笔；而将段从革命军的另一个主攻方向江苏调开，坐镇革命军已被严重削弱的湖北，这样就既保护了段，又给段以机会。一进一退之间，形势即大有改观，袁世凯用人的高明之处即在于此。
避祸林田
内容不久前，袁世凯避祸林田的时候，冯国璋和段祺瑞都与他联系密切，一样的幕后密语，段祺瑞却显然更得要领。果然，他一到汉口，即下令停战，大谈和平。之后，又秘密派亲信廖宇春到上海与革命党代表顾忠琛、俞仲达谈判并达成协议，约定若确定共和政体，则先推翻清室者为大总统。这正是袁世凯朝思暮想而口不能言者，幸有“政治觉悟”如此之高的段祺瑞，日后才得以心想事成呵！致内阁原文次年元月26日，段祺瑞领衔姜桂题、张勋、何宗莲、段芝贵、倪嗣冲、王占元、曹锟、陈光远、吴鼎元、李纯、潘矩楹、孟恩远、马金叙、谢宝胜、靳云鹏、吴光新、曾毓隽、陶云鹤、徐树铮、蒋廷梓、朱泮藻、王金镜、鲍贵卿、卢永祥、陈文运、李厚基、何丰林、张树元、马继增、周符麟、萧广传、聂汝清、张锡元、张士钰、袁乃宽、王汝贤、洪自成、高文贵、刘金标、赵倜、仇俊恺、周德启、刘洪顺、柴得贵、施从滨、萧安国等47名高级将领，发出致内阁代奏电，原文如下：
  黎元洪“内阁军咨陆军并各王大臣钧鉴：为痛陈利害，恳请立定共和政体，以巩皇位而奠大局，谨请代奏事。窃维停战以来，议和两月，传闻官廷俯鉴舆情，已定议立改共和政体，其皇室尊荣及满、蒙、回、藏生计权限各条件，曰大清皇帝永传不废；曰优定大清皇帝岁俸，不得少于四百万两；曰筹定八旗生计，蠲除满、蒙、回、藏一切限制；曰满、蒙、回、藏，与汉人一律平等；曰王公世爵，概仍其旧；曰保护一切私产，民军代表伍廷芳承认，列于正式公文，交万国平和会立案云云。电驰报纸，海宇闻风，率土臣民，罔不额手称庆，以为事机至顺，皇位从此永保，结果之良，轶越古今，真国家无疆之休也。想望懿旨，不遑朝夜，乃闻为辅国公载泽、恭亲王溥伟等一二亲贵所尼，事遂中沮，政体仍待国会公决，祺瑞自应力修战备，静候新政之成。惟念事变以来，累次懿旨，莫不轸念民依，惟国利民福是求，惟涂炭生灵是惧；既颁十九信条，誓之太庙，又允召集国会，政体付之公决；又见民为国本，宫廷洞鉴，具征民视民听之所在，决不难降心相从。兹既一再停战，民军仍坚持不下，恐决难待国会之集，姑无论牵延数月，有兵溃民乱、盗贼蜂起之忧，寰宇糜烂，必无完土。瓜分惨祸，迫在目前。即此停战两月间，民军筹饷增兵，布满各境，我军皆无后援，力太单弱，加以兼顾数路，势益孤危。彼则到处勾结土匪，勒捐助饷，四出煽扰，散布诱惑。且于山东之烟台，安徽之颍、寿境界，江北之徐州以南，河南之光山、商城、固始，湖北之宜城、襄、樊、枣阳等处，均已分兵前逼。而我皆困守一隅，寸筹莫展，彼进一步，则我之东皖、豫即不自保。虽祺瑞等公贞自励，死生敢保无他，而饷源告匮，兵气动摇，大势所趋，将心不固，一旦决裂，何所恃以为战？深恐丧师之后，宗社随倾，彼时皇室尊荣，宗藩生计，必均难求满志。即拟南北分立，勉强支持，而以人心论，则西北骚动，形既内溃；以地理论，则江海尽失，势成坐亡。祺瑞等治军无状，一死何惜，特捐躯自效，徒殉愚忠，而君国永沦，追悔何及？甚非所以报知遇之恩也。况召集国会之后，所公决者尚不知为何项政体？而默察人心趋向，恐仍不免出于共和之一途，彼时万难反汗，是徒以数月水火之患，贻害民生，何如预行裁定，示天下以至公？使食毛践土之伦，歌舞圣明，零涕感激，咸谓唐虞至治，今古同揆，不亦伟哉！祺瑞受国厚恩，何敢不以大局为念？故敢比较利害，冒死陈言，恳请涣汗大号，明降谕旨，宣示中外，立定共和政体，以现在内阁及国务大臣等，暂时代表政府，担任条约国债及交涉未完各事项，再行召集国会，组织共和政府，俾中外人民，咸与维新，以期妥奠群生，速复地方秩序，然后振刷民气，力图自强，中国前途，实维幸甚，不胜激切待命之至，谨请代奏！”太后读后的反应这篇电文将隆裕太后吓得面如土色，从此食不甘味。她念念不忘的不过是“大清皇帝永传不废”、“皇帝岁俸不得少于四百万两”、“王公世爵概仍其旧”等条款，早把什么老祖宗“退保关内”的走为上之计忘在九霄云外了。但是，许多朝廷亲贵并不相信这么多人会一同造反，坚持认为电文是伪造的。局势虽然越来越明朗，太后却仍然不知所措，无奈何处，干脆装聋作哑，捱得一天是一天。再次发出代奏电不料段祺瑞已等不下去，2月5日，又领衔第一军八名协统再次发出代奏电，原文如下： 
“共和国体，原以致君于尧、舜，拯民于水火，乃因二三王公，迭次阻挠，以至恩旨不颁，万民受困。现在全局危迫，四面楚歌，颍州则沦陷于革军，徐州则小胜而大败，革舰由奉天中立地登岸，日人则许之，  中华民国国旗登州、黄县独立之影响，蔓延于全鲁，而且京、津两地，暗杀之党林立，稍疏防范，祸变即生。是陷九庙两宫于危险之地，此皆二三王公之咎也。三年以来，皇族之败坏大局，罪难发数，事至今日，乃并皇太后皇上欲求一安富尊荣之典，四万万人欲求一生活之路，而不见允，祖宗有知，能不恫乎？盖国体一日不决，则百姓之困兵燹冻饿，死于非命者，日何啻数万。瑞等不忍宇内有此败类也，岂敢坐视乘舆之危而不救乎？谨率全军将士入京，与王公痛陈利害，祖宗神明，实式凭之。挥泪登车，昧死上达。请代奏。”太后下诏退位他威胁“率全军将士入京”，便是毫不客气的逼宫了；所谓“败坏大局，罪难发数”，对皇族也不再有丝毫客气。他明指“二三王公”，实批“太后皇上”，如此电文，犹胜十万貔貅，应该是二十世纪最重要的电文之一了。果然，2月12日，隆裕太后再也捱不下去，乃以宣统皇帝名义下诏退位，去安享其400万两“岁俸”去了。一造共和《三国演义》中，曹爽胸无大志，想做“富家翁”，结果造成曹氏被司马氏夷灭的惨剧。如今，隆裕太后妇人之见，甘愿领“遣散费”，结果造成清朝政权迅速瓦解的笑剧。两者的性质是一样的，然而清室却能保住身家性命，算是不幸中的万幸，也正是革命不彻底的表现。实际上，满清入关之初，就对统治中国很不自信，因此一直留有“退保关外”的后路。清帝退位时的东三省总督赵尔巽，即后来《清史稿》的主编，是个死忠的保皇派，他帐下的张作霖等将领，也是不折不扣的保守派。因此，如果隆裕有慈禧一半的手段，他庶几可以退出关外，依仗日本和东北地方的力量，维持一个小王国的。当然，这显然是逆历史潮流的。清帝没有退出关外，而是和平交出政权，避免了别生枝节，对中国而言是一件幸事。而段祺瑞在此重要时刻中，立场坚定，终至一锤定音，不仅为袁世凯立下头功，对民国的建立也可谓功勋卓著，这便是他的“一造共和”。袁世凯任临时大总统15日，袁世凯任临时大总统，以段祺瑞为陆军总长，从此他在这一职务上连任七届。陆军总长的实权，仅在总统、总理之下，因此，段祺瑞一入民国，便成为二人之下、万人之上的实权派了。事实上，他还在民国二年（1913年），暂代过两个月的国务总理，而更早些的总统选举，他与孙中山得票数相同，仅排在袁世凯、黎元洪、伍廷芳之下。
他对袁世凯忠诚不贰。1913年2月，宋教仁遇刺，总理赵秉钧涉案辞职，段祺瑞代理总理，面对众议院国务委员的质询，傲然不答，显示了对国民党的轻视。不久，国民党人发起“二次革命”，他也参与了镇压。后来，他又以陆军总长兼署湖广都督，将黎元洪挤出湖北，为袁世凯除一大患。继之，他又兼任河南都督，参与镇压白朗起义。然而，他虽然参加了许多军事行动，但他在军事上并无太大建树，即便对白朗军这样装备简单的流民起义，也莫如之何。不过，由于他身居要职，且兼署较多，在北洋军中的势力却得以日益扩大，再加上他刚愎自用的性格，最终遭到了袁世凯的猜忌和不满。袁世凯另外编练模范军后，想让袁克定来负责，征求他的意见，被他一口拒绝。袁世凯很生气地说：“那么我自己来兼如何？”他才不好再说什么。由此可见他们的关系已不似当初那么亲密了。
任何独裁者都要独掌兵权，袁世凯对段祺瑞的忌惮是可以理解的。不久，袁世凯组建陆军大元帅统率办事处，将陆军总长段祺瑞、海军总长刘冠雄、海军司令萨镇冰、参谋次长陈宦、侍从武官荫昌和王士珍平列为高级办事员，轮流值班，而大事决于总统。这样一来，段祺瑞在军中的优势面临被褫夺的危险。他自知形势微妙，乃将陆军部的大小事务交与部秘书长徐树铮处理，自己则称病不出，颇似当年袁世凯归隐林田的样子。
袁世凯既是过来人，岂不知其用意！随着袁称帝的步伐日渐促迫，他们的分歧也越来越大。当筹安会活动猖獗，全国上下纷纷劝进时，段祺瑞表达了完全相反的声音。他说：“项城帝制自为的迹象，已渐显露。我当年曾发出采取共和之电，如果又拥项城登基，将何以面对国人？恐怕二十四史中，找不出这样的人物吧！所以论公，我即使死也不会参与；论私，我从此只有退休，决不多言。”他不愿做出尔反尔的小人，不愿遗臭于青史，这份气节犹如鹤立鸡群，是十分可贵的。在整个洪宪帝制中，他与黎元洪、冯国璋、徐世昌的态度相仿佛，事后证明，这四个人的成就也是北洋系中最可称道的。
他还曾亲自试探袁世凯的口风，被袁一口否认，这与冯国璋的情况相同。到了最后帝制已箭在弦上时，他还要跑去向袁世凯剀切陈情：“此事危及国家安危和袁家的身家性命，万不可做，万不能做！”袁世凯一开始还虚与委蛇，最终勃然变色道：“这都是杨皙子和克定等人讨论的，赞同的人多而反对的人少，你何必如此大惊小怪？”他傲然答道：“我受大总统数十年恩遇，不能不直言奉上。此时悬崖勒马尚来得及，时机稍纵即逝，届时悔之晚矣。”后来他又两次去晋见袁，袁均称病不见。二造共和不久袁世凯称帝，他对袁世凯抱有知遇之恩，做不到象蔡锷那样潜出京城高张义帜。但是，他与蔡锷、陈宦等人都曾暗通消息，蔡、陈潜出京城前，都曾到段宅拜访过。因此，他在护国运动中的角色，与冯国璋有相似之处，都属于不便站到前台的幕后人物。而其既然身在京城，处境自然比冯更为艰难。据说，袁世凯曾收买他的干儿子罗凤阁做刺客，但罗下不了手，反向段坦陈其事。而洪宪分封的诸臣中，黎元洪、冯国璋、曹锟等都赫然在目，徐世昌名列“嵩山四友”，却惟独没有段祺瑞，这是他拥名“二造共和”的一大关键。洪宪帝制取消1916年3月21日，洪宪帝制取消。4月22日，段祺瑞复出担任国务卿，5月8日复称国务总理。可见，他不是不忠于袁世凯，但先决条件是在共和体制下；袁世凯也不是不倚重段祺瑞，前提条件也是在共和体制下。6月6日，袁世凯逝世，在金匮中预留了嘉禾金简，上列三个接班人，依次为：黎元洪、徐世昌、段祺瑞，足见他对段祺瑞的重视，至少在冯国璋、王士珍、曹锟等人之上。段祺瑞则不惜对抗民意，为业已身败名裂的袁世凯主持国葬，并亲自执绋扶柩，全了这一段君臣之谊。此即段祺瑞的“二造共和”。
几个月后，他在国务总理任上，与总统黎元洪发生了激烈的府院之争。1917年5月23日，矛盾终于不可调和，黎元洪下令免去他的总理职务。他于是退往天津，寄寓在段芝贵的私宅，决心武力倒黎。在朝总统和下野总理依旧剑拔弩张，京津之间局势紧张。这时，对清朝死忠的辫帅张勋在督军团的怂恿下，决意以进京调停为名，复辟清朝。黎元洪完全没有考虑到这一点，他把张勋当做了救星，结果6月14日张勋进京，黎差点被其俘虏，最终依托洋人的力量才得以逃出北京。
张勋复辟是袁世凯称帝之后的又一政治丑剧。袁世凯之称帝尚有杨度和古德诺的理论先行，张勋复辟则完全是军人强奸民意。全国舆论一时大哗，纷纷要求讨逆。黎元洪在离开京城之前，在国家大局的面前，终于放下了府院之争的面子，重新任命段祺瑞为国务总理，并令他出师讨贼。
当初，张勋在徐州几次召集督军团会议，段祺瑞曾派曾毓隽告诫张勋道：“如果议及复辟，则必尽力扑灭之，届时不要说没有预先告知。”张勋率辫子军北上路过天津时，曾专门下车拜访段祺瑞。段祺瑞郑重地告诉他：“你若复辟，我一定打你！”又说：“保清帝复位的事，即使勉强办了，就算北方答应，南方也决不会答应，因此至少应该缓办。”但张勋未加理睬。当然，从客观上来说，张勋进京可以驱逐黎元洪，这正是段祺瑞求之不得的，因此，说张勋为段祺瑞做了嫁衣裳，也是一点不错的。拥清帝复位7月1日，张勋拥清帝复位。3日，段祺瑞即在马厂誓师，正式通电复任国务总理，并以讨逆军总司令名义讨伐叛逆，檄文为“笔端带有魅力“的梁启超所拟，文末写道：
“……查该逆张勋，此次倡逆，既类疯狂，又同儿戏，彼昌言事前与各省各军均已接洽，试问我同胞僚友，果有曾预逆谋者乎？彼又言已得外交团同意，而使馆中人见其中风狂走之态，群来相诘。言财政则国库无一钱之蓄，而蛮兵独优其饷，且给现银。言军纪则辫兵横行部门，而国军与之杂居，日受凌轹。数其阁僚，则老朽顽旧，几榻烟霞，问其主谋，则巧语花言，一群鹦鹉。似此而能济大事，天下古今，宁有是理？即微义师，亦当自毙，所不忍者，则京国之民，倒悬待解。所可惧者，则友邦疑骇，将起责言。祺瑞用是履及剑及，率先涌进，以为国民除此蟊贼。区区愚忠，当蒙共谅。该逆发难，本乘国民之所猝未及防，都中军警各界，突然莫审所由来，在势力无从应付，且当逆焰熏天之际，为保持市面秩序，不能不投鼠忌器，隐忍未讨，理亦宜然，本军伐罪吊民，除逆贼张勋外，一无所问。凡我旧侣，勿用以胁从自疑。其有志切同仇，宜诣本总司令部商受方略，事定后酬庸之典，国有成规。若其有意附逆，敢抗义旗，常刑所悬，亦难曲庇。至于清室逊让之德，久而弥彰，今兹构衅，祸由张逆，冲帝既未与闻，师保尤明大义，所有皇室优待条件，仍当永勒成宪，世世不渝，以著我国民念旧酬功，全始全终之美。祺瑞一俟大难戡定之后，即当迅解兵柄，复归田里，敬候政府重事建设，迅集立法机关，刷新政治现象，则多难兴邦，国家其永赖之。谨此布告天下，咸使闻知。”
以段芝贵、曹锟为东西两路司令、吴佩孚为先锋的讨逆军，12日即光复北京，复辟丑剧上演12天后即告收场。段祺瑞拥兵入京，迎“四哥”冯国璋继任总统，将黎元洪晾在一旁。此即“三造共和”，也是唯一一次真刀真枪打出来的，但是却带有更多的权力斗争意味。其名为“讨逆”，却对王士珍等“从逆”的老朋友网开一面，除张勋外皆不问罪。因此，梁启超在檄文中说张勋的“既类疯狂，又同儿戏”，讨逆者又何尝不是如此！ 
但是，段祺瑞对“共和”这一原则是十分坚定的。马厂誓师前，他曾分析过形势，认为若不迅速出兵并速战速决，复辟派就有可能控制人心和扩大影响，届时局面就不可收拾了，毕竟当时中国的保皇观念还比较流行。他的这一分析是理智而正确的，在这一点上他展现了一个统帅的政治素质。他之所以能始终赞同共和而反对帝制，只怕与其留德的经历不无关系。德国虽是君主国，但西方民主观念深入人心，他眼界既开，势必会受到熏陶。当然，这些脱胎于旧时代的武人，是不能真正理解“共和”的含义的。