标题：陕甘回民起义
社会背景
陕甘地区在历史上是汉文明发祥地之一，也是汉人传统生活聚集区（例如黄帝陵、秦始皇陵等都位于其境内），但由于气候变迁（主要是干旱），陕甘地区的自然生存环境已日趋不佳。到明清时期，干旱、水土流失以及黄河改道等自然灾害频发，而与此同时陕甘地区的人口却在持续增加。为争夺有限的自然资源，乡村之间的械斗不断发生，往往形成世仇。通常这类械斗主要以宗族或宗氏划分阵营，但在陕甘地区逐渐发展为以民族和宗教划分阵营，这为陕甘回乱增添了伏笔。 
伊斯兰教在传入中国后，为求得社会认可和进一步发展，曾主动寻求本土化，例如寺庙建筑风格等方面，在明朝甚至出现了以儒家学说解释其经文的现象，但随着明朝灭亡，清朝建立，这一发展历程被中断。随后，一些神职人员转而从中东地区引入了一些较为激进和保守教义，在18世纪，甘肃籍的穆斯林神职人员通过研究伊斯兰教重要分枝——苏菲派（该分枝源自麦加和也门），在中国西北回民中创立了虎夫耶和哲合忍耶派，称为“新教”。新教派在其宗教内部引发内斗，1781年和1783年的“新教”与“老教”爆发武装冲突，但被清政府及时平息。到同治年间，较激进的教义已得到了广泛的传播，甚至一些神职人员提出“圣战”，虽然新老教派仍分歧不断，但穆斯林和非穆斯林之间矛盾已逐步上升为主要矛盾。统治压迫清朝同治年间，西北的官僚和地主对西北人民施行沉重的田赋附加的剥削。清代的田赋附加，起于康熙六十一年，当时每正赋银一两之上加征“耗羡”二钱，以为政府办公费和官吏津贴之用。乾隆年间，加征“平余”，巧立名目，摊派重叠。到了嘉庆道光年间，正赋一两之上，“正耗”、“平余”加至一两五六钱之多，换言之，实收的田赋增加到了正规田赋的160%　陕西田亩，除了民田之外，还有元明时期留下来的“屯卫田”、“更名田”，都是官产，农民种官田者，必须缴纳“本色”、“样粮”、“土粮”、“余粮”等，仓吏收租时，巧立名目，把十多个项目摊入租赋之中。在同治年间以前，以永丰、敬录两仓道来说，每年政府收入的征粮不过十八万石，而官吏对纳粮百姓的剥削量就有二十几万之多。贫苦农民，无论回汉，已经无法生存，还有忍受附加之外的差徭。[1]　西北地区，清代一直战事不断，自从统治者发动新疆、西藏、金川、镇压白莲教等战役以来，兵差特别繁重，例如乾隆二十年，为供应索伦锡伯军队过境，陕甘八个州府供应的军需物资，派遣了一万一千九百头马骡。　鸦片战争以后，清政府对外割地赔款，对内需要准备大量军费镇压各地农民起义，因而对农民的苛捐杂税更为加重。陕西地区，在回民起义之前就爆发过两次农民运动。第一次是咸丰六年（1856年），渭南县渭河以北的农民，反抗盐课摊派而“交卸农具”，它是类似工人罢工的消极反抗办法，后来很快就被官府瓦解[1]；第二次是在咸丰十一年（1861年），临潼县李桥人杨生华号召村民起义，渭河以北几个大镇都参加了，与官兵相持数月后失败，杨生华全家被杀。[2]　 1762年，清政府颁布带有民族歧视色彩的法令，当时回民犯了盗窃和抢劫罪必须充军到云南和贵州，有时还处于终身戴枷，汉民犯同类案件时只判笞刑。在回疆地方清政府分建回汉二城，二城之间的交通受严格限制，规定回汉间不得通婚。此外，在公文书中常常“民回”连称，把回从民中分开，又常用回贼，回匪的名称，并在回字上加反犬旁。这样不仅在回民的心理上造成了伤害，而且也无意中使本有的民族矛盾更具复杂化，当然这样又加剧了清政府同以清真寺为中心的社会的矛盾。穆斯林经过几百年的力量继续，认为成立伊斯兰国家的时机已到，遂发动叛乱，所谓“国有难，回必乱。”
同治元年，渭南的回民武装与太平天国扶王陈得才结为联盟；同治五年，张宗禹、张禹爵率领捻军进入陕西；云南杜文秀领导的回民运动以及陇东董福祥领导的农民运动，都与陕甘地区有着密切联系。　矛盾由回民地主阶级和宗教上层人物领导的民族运叛乱。回族的地主阶级，如代表地主阶级的陕西大荔青池村的温氏家族，代表工商业资产阶级的大荔禹家庄的禹氏家族和咸阳茶商木士元等，还有宗教领袖阿訇这一阶层，都在回民起义中起到重要作用。回汉地主之间素有芥蒂，自唐代郭子仪率领回回征史思明后，沙苑地区被官府赏赐给回民做农牧区域，但是自明代开始，外省的汉族地主不断向沙苑东西两侧发展，回汉地主之间由于竞买土地经常发生纠纷，同时回汉商贩之间、高利贷者之间为争夺利益也经常发生冲突。沙苑本来物产丰富，商贸发达，但是被地主阶级垄断之后，地主生活逐渐富庶，农民生活逐渐窘迫，如沙苑东边的赵渡镇、西边的孝义镇、西北的八女井镇，都是汉族地主官宦的发迹之所，如山东巡抚阎敬铭、河南湖北巡抚严树森、富豪赵渭南，都是利用沙苑剥削回民致富。同治元年，清军多隆阿到大荔，军饷断绝，从汉族地主李素福银窖里一次就抢走一百万两白银[3]，可见沙苑附近是如何富庶。地主压迫回民的另一种方式，就是每遇诉讼，必然贿赂官府、串通讼棍，污民为盗，严刑强迫回民认罪，甚至在华州、大荔县的公文中，可以找到“杀一汉人，十回抵命；杀十回民，一汉抵命”的判词；在渭南，有一位讼棍，为打官司的回民农夫和汉民地主同时写了两个状词，给回民写的是“十冬腊月天，地冻如同砖，镢锨铲不下，羊蹄怎能搬？”，但同时又给汉民地主写的却是“一冻一消，松得像马勃，羊蹄一拨，连根带稍。”因此回民是打不赢官司的；在蓝田发现有“汉人从前衙进，从后衙出”的行贿；在渭南孝义镇发现污民为贼的碑文。在清军讨伐回民义军的过程中，各地汉民乡绅踊跃出资，很大程度上是想侵吞回民地产，把物产丰富的沙苑地区彻底垄断起来。[4]团练李启讷指出“团练之设，名曰弭乱。推原其由，善良者畏事，绝不与闻；刁猾者喜事，争先恐后。迨至充为团练头目，吓诈乡邻，借端索求。又有无赖游子，每日支得口粮，百十为群，抢劫成风，此风一炽，天下多事矣。如今关中回、汉相杀，虽属回民滋事，实由汉人有以激之也”。
团练的肆意妄为、抢劫杀人，是激起回民反抗的重要原因。陕西的团练，是地主武装，其头目张芾在镇压太平天国运动中惨败，被革职回乡，此人以儒士自尊，歧视回民[5]。同治元年发生“圣山砍竹”事件，械斗发生之后，逃归渭南的回勇首先采取的是“赴州控诉”，即试图通过官方的渠道来讨回公道，但结果显然并不令人满意。事发地华州知州濮尧以回民越界砍竹，其错在先为由，“将砍竹者痛惩之”。随后，受害回勇又诉至户籍所在地的渭南县府，孰料渭南“邑令曹士鹤不准理，反以荷校辱之，由是回情怨沸”[2]。至此，回民企图通过官府来解决问题的尝试彻底失败．此后，汉民李发元、回民马利出而议和，乡村内部业已形成的解决类似冲突的机制开始运作。不意正在双方沟通之时，渭南团长张映兰及州属团长白祥生等人借口缉拿回民间谍，又诛杀回民17人，此事令回民“恶感愈深，而沿渭各村回族纷纷挈家北渡矣”[1]。
兹引当时华阴县绅士李启讷所记华州、华阴两县团练无赖z，足以供我们参考：“四月十九日，捻匪至渭南赤水镇，华州团练约集华阴乡团合力堵贼。迨华阴乡团齐集华州，询及华州回汉砍竹跶架之事，因而团练中有无赖者，忽起抢劫回民之念，然难以为辞。遂声言回民将作捻匪内应，必先除内患，然后再堵匪贼。二华团众，即寻至华州之秦家村，秦家村者，系华州回民居住之一所也。团众直至秦家村，声言‘回民造反，必先剿洗！’而秦家村回民自知无罪，苦口哀求，团众坚执不允，登时将秦家村放火烧毁，任意抢劫。团众此时，心满意足，饱载而归。恐回民之鸣于官而治其最也，又于各处飞递传单云‘陕西不留回民，天意灭回！必将回民歼除净尽，回房烧毁不留！’各处见传单后，助粮助兵。有不从者，仍以烧房杀戮为令。遂致回民居住不安，逃避无处，绝无生理，拼命相争。”[6]门宦之争李松茂先生说过“宗教和农民起义有密切关系。伊斯兰教和回民起义有密切关系。”[伊斯兰教和回民起义，宁夏人民出版社，1982]　门宦来源于汉族的“宦门”“门阀”一词，是中国穆斯林的特有组织。它上有教主，道堂，下有清真寺，形成一个严密的组织。教主一呼百应，教徒唯命是从。门宦之间，各自独立，相互排斥，矛盾和冲突经常发生。[4]明末清初，随着甘肃回族聚居地区农业经济的发展和回族内部矛盾的激化，甘肃伊斯兰教内部产生了三大教派（格底目，依黑瓦尼，西道堂）和四大著名门宦（虎夫耶门宦，哲赫忍耶门宦，嘎的林耶门宦和库不忍耶门宦）。　清朝乾隆时代起首先在甘肃河州一带回民中出现了政教合一的门宦组织，是维系整个回民的一种宗教组织系统。门宦制度作为新的政治力量的兴起，改变了原来的政治格局和民族关系，  派生出十分复杂的内外矛盾。清政府对门宦势力采取了严厉打击和极力压制的政策，这不仅表现在清政府自乾隆以后竭力企图取缔回民的门宦组织，而且这一政策直接演化为清王朝对整个回回民族的歧视和排斥。这种专制统治在民族问题上的野蛮政策激起了西北回民的激烈反抗，这样很自然将斗争的矛头指向清政府，使回民有了一个共同的反抗目标。[4]随着伊斯兰教的发展和苏非主义在西北回族社会中的进一步传播，甘、宁、青地区的一些回族在远赴麦加朝觐期间接受并学习了新的伊斯兰教理论，回国后便积极传播，并得到广大穆斯林群众的热烈欢迎与支持，使得具有较高组织程度的各种门宦开始出现在回族社会中。随着门宦的形成和门宦制度的发展与完善，回族社会内部又发生了巨大的变化，这个变化就是回族社会内部组织化程度的加强与提高。而这个变化过程所引发的社会整合使原有的社会关系发生了重大的改变。这种社会关系的改变在西北地区穆斯林民族的内部与外部都发生了重大的变化。而无论哪一种形式的改变，在当时的历史条件下对于清王朝腐败的统治都是一种比较严重的威胁和挑战。同时，回族门宦制度的发展是以回族社会组织化的方式来完成的，而这个方式是从宗教领域发展起来并以宗教形式来进行的。在这个过程中，回族社会内部的竞争导致了回族内部教派与门宦之间的矛盾斗争日趋激烈，从争夺教徒到争夺清真寺及其他各个方面，最终导致一系列大规模的械斗与仇杀事件。因此，清王朝对西北回族教派门宦矛盾斗争的利用、分化与打击，使西北回族社会承受了前所未有的政治压迫，导致了西北回族与清王朝之间严重的矛盾对立与惨烈的流血冲突。从清乾隆十三年开始，门宦之间的权力斗争共爆发了五次，清王朝在西北地区的各级官员并没有真正地认识和了解回族社会的实际情况，因此对于教争问题的严重性与危险性的估计不足，所以在处理教争问题上采取了错误的方式，直接促成了回族、撒拉族人民的反清起义。教争问题所暴露出来的本质问题是门宦势力与官府统治的矛盾问题：一方面，门宦组织化程度的提高加强了回族社会内部的凝聚力与实力，增加了清王朝的统治难度；另一方面，教争的矛盾与回族和清王朝统治的矛盾密切相关，教争的升级终于导致回族、撒拉族与官府矛盾的尖锐对立并以起义的方式表现出来，这种模式几乎成为清朝后期几次回民起义的一般规律。1781年，哲赫忍耶创始人马明心的弟子苏四十三领导了反清起义，但其教派争权的错误思想导致了起义迅速被清廷瓦解。1784年田五、张文庆等为首的石峰堡反清起义；1862年以马化龙为首的宁灵反清起义，正所谓“回回争教门，争来争去杀汉人"。
叛乱过程
西北回民大叛乱始于同治元年（1862），规模之大，遍及陕西、甘肃（包括宁夏、青海）以及新疆各地。[7]
1862年，回民任武曾参加咸丰七年至八年云南回民起义后回陕西，藏匿于渭南仓渡镇清真寺，秘密发动群众，制造军机旗帜，同治元年（1862）三月发动武装叛乱。同治元年四月十九日，“圣山砍竹”事件后，张芾故意将原本准备剿灭捻军和太平军的陕西团练引至回民所在的秦家村，放火抢劫杀人。同年五月，他受陕西巡抚瑛棨之命出面安抚回军，五月初七晚上的谈判中，回军方面提出条件：立即解散各地团练，保障回民生命财产安全。张拒绝回军的要求，勒令交出回军首领任武。传说当时回军于张的轿内发现“秦不留回”的传帖（事实上当时清廷疲于应付太平天国运动，全国军队多参与围剿太平天国，国库空虚，财政困窘，无力在中原腹地陕西再起战事）。五月十三日，张芾被杀。
同治元年春，在太平军扶王陈得才部联合捻军进入陕西的直接推动下，关中各地回民纷起响应，短时间内形成了十八大营，其首领是白彦虎等18人。叛乱军曾包围西安达3年之久，还曾包围了潼关，一度威胁着陕晋豫的咽喉要地和山西滨河一带的地区。在周至，则有与杜文秀及太平天国有联系的蓝大顺据守。陕西回民造反不久，即与甘肃西南部回民取得联络，于同年秋占据泰州（治所在今天水市）秦安。翌年，平凉、固原、西宁、狄道、河州、宁夏，先后为义军所占据。当同治五年（1866）捻军梁王张宗禹等部进入陕西时，原来已经退到甘肃的陕西回民造反军又纷纷东下，与捻军协同战斗，“捻回合势”曾造成西北反清革命形势的高潮。甘肃回民起义军的迅猛发展，在甘肃形成了以金积堡、河州、西宁、肃州为中心的四个反清基地，起义领袖为马化龙、马占鳌、马桂源、马文禄。
清廷先是用了大力来对付陕西的回民叛乱。从甘肃、直隶调来大量军队，特派胜保作钦差大臣，负责全省军务。胜保屡次打败仗。1862年11月，又派多隆阿代替胜保。多隆阿在攻取周至时战死，由穆图善接替了他。自同治三年至五年（1864—1866）， 战争互有胜负，叛乱军没有退出陕西。甘肃方面虽然已陆续有清军的援军开去，但都不济事。同治五年（1866）三月，兰州清军内部火并。而这时，陕甘饥民也揭竿而起。甘肃回民叛乱军，在这种情况下就更强大起来。
1866年，左宗棠接任陕甘总督，左宗棠深知回民军和捻军联合后更加难以对付，因此，他向清廷进陈方略说：“方今所患者，捻匪回逆耳。以地形论，中原为重，关陇为轻；以平贼论，剿捻宜急，剿回宜缓；以用兵次第论，欲靖西陲，必先清腹地，然后客军无后顾之忧，饷道免中梗之患。”又说：“进兵陕西，必先清关外之贼，进兵甘肃，必先清陕西之贼，驻兵兰州，必先清各路之贼，然后饷道常通，师行无梗，得以一意进剿，可免牵掣之虞。”这个方略的核心是“先捻后回”、“先秦后陇”，关键则是“不令捻回合势”。10月至11月间，西捻军和回民军取得了连克陕西安塞（今安塞南）、延川、绥德等城的胜利。左宗棠智穷力竭，不得不上奏“自请严议”。可是，由于民族和宗教信仰不同等原因，回民起义军和西捻军的联合没能得到进一步的发展，一直处于“时离时合”的松散状态，既没有统一的组织形式和集中领导，也没有共同作战的长远计划。回民起义军的领导权掌握在上层分子手里，个别首领利用一部分群众的狭隘思想，有意挑起回民军与西捻军之间的互相攻杀事件，严重地破坏了这两支起义队伍的联合，致使左宗棠“不令捻回合势”的方略得以逐步实现。同年12月中旬，西捻军为救援东捻军，由宜川东面的壶口渡过黄河进入山西，回民起义军在陕西处于孤军作战的不利地位。虽然这时左宗棠率清军主力入晋追击西捻军，陕西清军大大减少，但由于回民军股数众多，互不统属，未能对清军实行有效的打击。在清军节节进逼下，起义军转取守势，十分被动，以致鄜州、宜君、三水、绥德等地相继失陷。
太平天国革命被镇压下去后，清统治者于同治六年（1867）抽调更多军队来对付回回起义军，并任命左宗棠作钦差大臣，督办陕甘军务。左宗棠受命后，于翌年六月将捻军镇压下去，其后便制定了所谓三路平回之策。一是派刘松山由绥德取道花马池，进攻金积堡，这是北路。二是派周开锡由秦州进攻巩昌、河州、狄道，这是南路。左宗棠和刘典，亲督大军自乾州，沿陕甘大道入甘，这是中路。和这种进兵计划相配合的，是招抚活动于陕北和甘肃合水、宁州和正宁等地的董福祥起义军，并举办军民屯田，以减缩动荡的范围，安定清军后方。
1868年11月，左宗棠参加镇压西捻军以后回到西安。陕西大局已定。
同治八年（1869）二月，左宗棠移军乾州，诱逼陕境回回入甘，以集中兵力，专心来对付甘肃方面。同年八月，刘松山进兵灵州，进逼吴忠型，又分兵到峡口宁夏，对金积堡形成包围的态势。金积堡地区的起义领袖马化龙团结了本地的回回，并吸收了从陕西入甘的白彦虎等部队，在金积堡周围布置了五百七八十座堡寨，时时出奇兵攻击并截断了清军的粮运。刘松山顽强地向金积堡进攻，曾缩小了包围圈，破坏了起义军不少的堡寨。翌年正月，刘松山被白彦虎部下打伤致死。刘松山的侄儿刘锦棠继帅其众，采取严密包围的办法，长期围困。金积堡人多粮少，日子一久，便无法解决食粮问题，至十一月，马化龙恐日后堡破，人民死亡太重，决心以个人的生命来换取大众的生命，便向清军投降。马化龙父子因此受到凌迟，但不少的回回生命却得以保全，被安置到平凉。
同治十年（1871）七月，左宗棠率清军主力直接进攻河州马占鳖领导的回回义军。马占鳌占太子寺作据点，环营掘成长壕，联络数十里，凭山依水，护以长堡。并分兵断清军粮运，迫使清军不得不宰骡马为粮。又在除夕，乘清军宴飨，连夜筑起3座堡垒，阻断了清军的联络，使他们前后不能相顾。翌年正月，马占鳌发动反攻，把清军打得大败。清提督傅先宗、徐文秀，总兵郑守南、李其祥，副将卢才华、王福昌，参将吴明胜、陈东海都被打死了。起义军大获全胜，但马占鳌却乘着大胜的机会要求投降。这完全出乎左宗棠的意外。河州算是在战后没有经过屠杀和移民。西宁等地，至同治十二年（1873）才被完全镇压下来，领袖们有的投降，有的被杀，有的是被脔割而死的。
肃州马文禄领导的起义军，成为陕甘回回义军最后汇合的堡垒。同治十一年（1872），左宗棠派徐占彪进军肃州，后又加派队伍。肃州周围100多个堡垒尽被破坏，肃州被围困起来。清军日夜用炮轰城，城随坍随垒。清军掘隧道，马文禄则从城内截断。清军整整攻了18个月，肃州仍未攻下。翌年八月，左宗棠亲自到肃州督战，刘锦棠也从西宁率军前来。在其他根据地尽皆覆灭的情况下，肃州是处在清军优势兵力的包围之下，其孤立无援、压力之大，可想而知。八月间，马文禄被迫放弃了战斗，向左宗棠请罪。结果，他和另外8名领袖被磔，城内居住的回回，除土着者不准移动外，从甘州、关外、西宁、河州、循化及陕西来的回回，共1573人全被屠杀。夜间清军又进城放火，把城内回回 5400余人也全部屠杀。起义军唯一逃脱血腥屠杀的，只有白彦虎所率领的队伍。
以白彦虎为首的陕西回族在河州战役结束后，同当地回族、撒拉族结成联军，为了民族的生存，恃险拼死抵抗，给进犯清军以不断的打击。由同治十一年（1872）九月下旬至十一月底，前后两月有余，大小50余战。十一月十九日，刘锦棠进驻西宁后，白彦虎深知左宗棠的残忍刁诈，誓不投降，率领眷属及党羽约2000余人，于翌年二月下旬由大通经永安冒着冰雪严寒向河西奔去。三月初，白彦虎率部通过仅容单车行走又有5营清军防守的扁都口，经山丹、东乐至甘州城外，三至四月中进至高台，肃州回民曾多次出城配合白彦虎部迎击清军，但由于清军截击，白彦虎不愿进驻肃州，而是率部经文殊山进军嘉峪关外，由敦煌奔向哈密。[8]后在左宗棠的追击下，白彦虎部又由新疆转道至今吉尔吉斯坦共和国境内，他们的后人至今仍生活在那里，称东干族。　仇杀19世纪中叶的满清民族关系，回民列在汉民之前，所谓"满、蒙、回、汉"，汉民最受歧视。回民常习武，手狠心齐，不抽大烟、多做小买卖，比汉民富裕。回汉之间经常有械斗，多数是汉民吃亏。1851年起，陆续爆发太平军、捻军、云南回民起义，清朝军队调往南方，以至关中防务成了真空。
同治元年（1862）的陕西，一些回民首领乘机报仇，发动了"传帖杀人"，然后想要杀光陕西汉人，在黄河以西建立一个纯粹的穆斯林国家。回民起事前，秘请铁匠打制刀具，再杀掉铁匠以防泄秘，然后尽购街上的竹竿以充刀杆。惊奇的官府称为“买竹”事件。临潼知县通报情况后，紧急关城才保住了一些人。而渭河两岸的全县村庄，30万汉人全被杀光。当时西安城里的陕西巡抚提出的政策是安抚回民，对城里回民未杀一人；紧闭城门以防城外回民进城杀人，也阻城内回民出城。再派陕西团练使张芾前去安抚。回民起事的大首领任武，杀了曾经血洗秦家村的张芾，再杀自己全家的老母、妻子和孩子，以示自己已没有任何顾忌，血战到底。另一位首领白彦虎，立志掘掉黄帝陵。穆斯林民兵30万人号称“陕回十八营”，几个月内在陕西先杀团练和地主，后来干脆杀掉80%的与其抵抗的汉民。一年时间关中26个县长被回军杀害。只有一些县城内和逃入骊山的人口幸免。
西北回民对汉民的屠杀，以及汉民对回民的报复式屠杀，可见甘肃各县的县志。据《中国人口史》第五卷统计，回民屠城前镇原县人口26.9万，战争损失23.4万，损失比例为87%。据镇原县志：”四乡堡寨攻陷无遗，而县城独全，盖四乡之人逃出虎口者，生后入城避难。是月初九日……（回民军入城）……，全城糜烂，死者不知其数。”据宣统《甘肃新通志》卷47，同治二年（1863年）八月，回民军队”陷平凉城府官……员死节者百余，士民死者十数万。”据宣统《甘肃新通志》卷47，同治二年，回民军队”陷宁夏府城，汉民十余万被屠殆尽”。同年马化隆又陷灵州，”城中民人死者二万余”。《华州乡土志》记载：“当年五月庚寅（初九日），渭北回民军渡渭攻华州，焚杀一空。八月，据赤水镇，清军胜保西行，战于赤水镇，败绩。回军势力大振，在高塘等原〔州西南五十里）战争甚烈。”《华阴县续志》记载：“同治元年九月，回匪扰乱同朝杨村、羌白等处。回屡渡河而南。戕杀人民，烧毁房舍。十六日又焚华岳庙之颖灵殿及五风楼”《大荔县续志》记载：“六年（1887）正月十五，庚午黎明，回贼突至八女井，烧毁多公祠，杀伤乡民颇多，随至潘驿镇”《临潼县续志》记载：“新丰东北姚家堡，地势迁曲，民多被难其中，贼围七昼夜不克。会城陷，男妇闻变堕岸投井死者千佘人，无一生降者。”《续修蓝田县志》记载：“五月，同、华回匪起。九月，回匪大股犯县境。境内西寨、大梁、黑沟、草坪、嘴头等村回民一时并叛。贼纵飘忽，来往无常，烧毁各乡房屋殆尽。乡民老弱妇稚，杀害无算，惨不可言。”《三原县新志》记载：“虽孤城无虞，而县旧隶五百余村，俱遭残破，仅存东里、菜王二堡。乡城及难民共被害二万六千三百八名”《重修泾阳县志》记载：“十二月初四日，风霾四塞，赤黄修目。五更时，闻喊杀声，贼已由城东北角麻虎巷攀城而登。绅民男妇死者七万余人。初十日，焚衙署屋舍，光彻数里。贼昼来夜去，城中空无一人。”《续修礼泉县志稿》“回思壬戌七月七日，蹂躏晏村铺后来城西驰者无应日。葵亥五月二十三日攻城始，九月十一日宵遁，计一百零九日。居乡之人，令其存者十无一二焉，而在城者，以有城独存。” 当事人的回忆录、笔记比较著名的有刘东野所著《壬戌华州回变记》，临潼知县谢恩诰所著《再生记》，何明皋所著《述同治壬戌之乱》、《述野峪焚杀之惨》等“诸回蜂起，各据州县一隅为巢穴（若高陵之仓头镇、泾原之李家塔、咸长之苏家沟、野鹊嘴等处，其余鹜远，不暇悉知）。日肆屠戮，黄耆赤婴，不留噍类，我汉民亦劫数临身、望风披靡，杀虏之惨，不可阐述。”“总计自五月初九日以后，原下各里惟梁家老堡坚守经年，贼百计进攻，崇墉屹然。南沙涧以降贼得免。原上惟清凝、广秀二里贼踪未至，此外村堡庙宇，焚毁几尽。男妇被难有籍可稽者两万八千三百五十二人。”“平复后，检封谷口散骨，除房屋焚烧，狼犬食失外，计头颅一万九千有奇，掘墓四家。三月二十五日，远近男妇老弱，焚化纸钱，哀声震野，孝衣如林，予不禁感伤前事，遂吟一绝云： 会年今日屠城中，烈焰血光相映红；　到此翻成一片白，纸钱麻孝哭东风。
甘肃、陕西当地很多家族都有家谱或家族史，反映出同治年间人丁的变化情况，很多人都是死于这一时期。同治后十室九空，有很多外地人移民到陕西，以山东、河南、湖北人居多。至今一些地方的口音还和陕西人不同。三原县当时人口损失大半，因为县太爷是山东人，所以山东移民很多。这从侧面证明了，当地人大部分死于战争。大荔县石肇基家留下了当年祖先逃难的“苦节图”，用图画记录了当时的情景。甘肃、陕西很多地方都有相关的故事流传，甚至当地的很多风俗习惯的形成都是由此而来。解放前，陕西小孩哭，大人就说：‘不要叫，回回来了！’大荔县八女井村因为当年正月十五被任武率领的回民屠村，很多妇女回娘家避难，曾流传下来每年正月十五妇女回娘家的习俗。
汉族民众和地方团练武装对屠杀进行了抵抗，并在最大程度上予以报复。同治二年（1863年）元月，清廷命多隆阿为钦差大臣，督办陕西军务。多隆阿入陕后，不断的向大荔、渭南、化州、华阴的回民军发起攻势，攻陷王阁村、仓头镇、乔店、孝义镇等回民据点，屠洗回民。“尸山积、血流成川”（《平回志》卷一）。回族巨堡羌白镇被攻破时“堡中老弱妇女哭声震天，尽屠杀无遗。” [杨毓秀：《平回志》卷1。《回民战争》Ⅲ，第68页]　《史学月刊》2008年第10期，黄正林，《同治回民事变后黄河上游区域的人口与社会经济》中记载：　在清军镇压回民的过程中，成百上千乃至数万回民被杀戮，在《平回志》、《西征纪略》、《平定关陇纪略》及《左文襄公奏稿》等文献中多有记载，仅举数例说明之。同治三年四月辛卯，清军“于平凉近城米家沟，复追至太和沟、纸坊沟，共毙贼七八千，生擒百二三十人”；八月，清军“攻克张家川贼巢，毙贼万余”[白寿彝．回民事变Ⅲ，上海人民出版社，2000](p113、114）；同治八年，左宗棠攻击回民集结在甘肃董志原的十八大营，回民军及家属死亡数万人。二十二日至二十五日“追杀悍回实一万数千名……由白马铺越蔡店，追杀至庆阳府，沿途贼尸枕籍，人马之坠崖倒毙，粮尽饿死者不可数计’’[左宗棠，左文襄公奏稿]（卷31，《追剿逆回荡平董志原贼巢果军叛勇戕害统将业经歼除大略情形折》同治八年三月初一日）；二十六日至二十九日又进行追杀。两次大规模追杀，“杀毙、饿毙之贼及坠崖而死者，实不止二三万人”[左宗棠，左文襄公奏稿]（卷31，《追剿逆回大胜荡平泾董志原庆各属一律肃清折》同治八年四月初一日）。同治九年，在平远县“自夏徂秋，攻土回堡寨殆尽。虽穷乡僻壤，如篦如剃，杀戮尤掺。土回之凋敝以此”[光绪，平远县志．陈日新纂修]（卷10）。同治十年，清军在宁夏王家疃“歼毙逆酋多名，悍贼八九千名”[左宗棠，左文襄公奏稿]（卷38，《上谕》同治十年正月初二日）。清军不仅在战场上杀戮回民，对放下武器的回民士兵和回族平民也进行了残酷的屠杀。在宁夏金积堡回族首领马化龙乞降后，清军将领刘锦棠以在金积堡内搜获“洋枪洋炮千二百余杆”为口实，不仅杀了马化龙本人，其亲族、党友八十余人，部众一千八百余名“盖予骈诛，无一漏网”[左宗棠，左文襄公奏稿]（卷38，《平毁金积各巢首要各逆伏诛宁灵肃清折》同治十年正月二十五日）。清军攻占肃州城后，回军首领马四“亲诣左宗棠大营，泥首乞命”。左宗棠要求马四“宜缴马械，造土客各回户口清册，听候审辨安插，并令各将悍目赴大营听谕。马四唯唯听命。于是陆续款营，呈缴枪炮刀矛二千有奇，战马大半饿死，或宰充食粮，仅缴七十余匹。于是点验各回，于附近废堡安置”。也就是说回民已经投降了。但夜晚有数十名回民从北门逃跑，于是清军“将各凶悍客回千五百七十三人悉数骈诛。城中土回，拨出老弱妇女九百余人，其壮丁五千四百余人，夜中诸军入城纵火，枪轰矛刺，剿除尽净，肃州遂平。其老幼男女递解兰州设局留养，俟择地安插”[白寿彝．回民事变Ⅲ，上海人民出版社，2000](p193），清军一次就屠杀放下武器的回民士兵和平民达七千人。这种屠城式的杀戮和在战争中的残杀，是回民人口减少的主要原因。
多隆阿的军队到达陕西大荔县之后，与回军交战，在羌白镇大败回军，屠尽堡内所有回民。当地汉民曾排演戏曲《打羌白》，描绘当时战事：　第一出，多隆阿上台，道白四句，表明身份，指挥士卒在八里店驻扎；　第二出，回军头目马盛和四名将军登台，马盛道白是“家住沙窝在马家，地畔相争动杀伐”，令四将云“多家娃子统兵前来，众兄弟围定，莫叫走脱”；　第三出，两军交战，回军勇猛，多隆阿抵挡不住，便抬出大炮，回军败退，多隆阿命“追过洛河”，最后交战于羌白镇，清军用炮轰城，回军败退。在各出前后，穿插了回民逃难和清军淫杀的故事。多军追回民，追到男的便杀，追到女的便强暴。有的男女不堪凌辱，投井自尽。回民一孕妇逃难，遭遇清兵，不得已藏匿在古坟墓中，清兵入内非礼，后用刀割破其腹，取出胎儿摔死，惨不忍睹。整出戏剧中充斥很多污言秽语。解放后，此剧被当地文化部门禁演。起义性质马汝珩先生在《试谈清咸同年间回民反清运动性质与领袖人物评价问题》一文中指出 “当然，我们说咸同年间回民反清运动的性质带有浓厚民族斗争的色彩，并不意味着对这次运动阶级斗争意义的全部否定，因为“民族斗争，说到底，是一个阶级斗争问题”。尽管这次运动以反抗清政府民族压迫为其主要目标，然而在运动实际进程中，群众的自发势力不能不给满汉官僚地主阶级以一定的打击。”“因此，从阶级斗争意义来说咸同年间的回民反清运动，也应属于中国近代史上各族人民反封建斗争的范畴，具有一定反封建剥削斗争的意义。“ 
霍维洮先生在其《同治年间甘肃回族反清运动性质再认识》一文中认为“长期以来，史学界把同治年间甘肃回族反清斗争视为以太平天国为主体的清末农民战争的一部分，认为它是一次反封建的运动。又因为这次运动明显的民族特征，而说它同时具有反民族压迫的性质。这些研究无疑是富有成绩的。但由于直接资料的缺乏等原因，人们对当时回族的社会状况和回族反清斗争内容的认识还很不充分，而对其斗争性质的论证主要是从清政府封建统治这一外部因素来进行的。笔者认为，回族反清运动、在不同地区，其性质各不相同，需要分别研究不可一概而论。就甘肃回族反清斗争而言，反封建之说尚有商榷之余地反民族压迫的具体内容亦有待于进一步分析”。
杨永福、杨红伟两位先生在《试论同治年间甘肃回民起义前后的回汉民族关系》一文中指出“由于诸多复杂深刻的原因，甘肃回民起义前夕的回汉民族关系日趋紧张。起义发生后这种紧张关系进一步发展，尤其在初期比较普遍地存在互相仇杀的现象。同时，回民军领导人在主观上有改善回汉关系的愿望，并在实践中采取了一些措施，但未能根本改变民族关系的逆向发展。回汉民族关系对起义的结局产生了较大的影响，加速了起义的失败。
回民暴行
人口损失回民起义对汉族的大屠杀，开始于同治元年（1862年）的陕西，在陕西杀了约500万人。1863年，陕西回民在被清军镇压退到甘肃后，对甘肃汉人进行疯狂大屠杀。虽然也有甘肃回民参加，但最残暴的是陕西回民，杀人最狠。据《中国人口史》一书的统计，回民起义前咸丰十一年（1861年）甘肃人口1945．9万人，战后光绪六年（1880年）人口仅存495．5万人，人口损失1455．5万人，损失比例为74．5%。在甘肃，回民一次杀10万以上汉人的大屠杀有很多次，许多县的汉人被杀光。回民起义杀掉陕甘两省的总人口大约2000万人．这是世界近代史上最残暴的种族灭绝大屠杀。这次大屠杀比希特勒屠杀犹太人手段更残酷。不分男女老幼，全部用刀砍死，用火烧死，进行种族灭绝大屠杀。史料记载以下是甘肃部分县大屠杀的情况。
据镇原县志：”四乡堡寨攻陷无遗，而县城独全，盖四乡之人逃出虎口者，生后入城避难。是月初九日……（回民军入城）……，全城糜烂，死者不知其数。”据《中国人口史》，回民屠城前全县人口26．9万，战争损失23．4万，损失比例为87%．
据《中国人口史》，泾州四县咸丰十一年（1861年）有人口92．8万，战争中人口死亡82．2万，损失88．6%．
平凉。据宣统《甘肃新通志》卷47，同治二年（1863年）八月，回民军队”陷平凉城府官……员死节者百余，士民死者十数万。”据《中国人口史》一书推算，同治年间平凉府（包括华亭，隆德，平远，海城，固原）人口损失249．1万，占战前人口的88．6%。一次被杀十万人以上的例子很多．
在华亭县，据记载，“同治二年十一月，陕回入境，焚杀极惨。初土回叛变，尚爱乡土，不甚残毒。及陕回入境，无所顾惜，焚杀惨于土回十倍。华亭从此丘墟。“”乡镇民屋焚杀殆尽，遗民数百悉逃莲花台。“平回后招安遗民，归城者仅七十余人，男女老幼死亡数万。据《中国人口史》，华亭县咸丰十一年（1861年）人口约17．1万，战争中人口损失约达94%．也即基本上被杀完了．
隆德县。据载：”同治四年县破城，从此官逃庄浪，城空无主者五年．人民杀毙饿死十有八九，老弱逃尽，全县无二三十人家。全县村村焦土，十室九空．”人口死亡比例高达90%．而今这个县的人口，基本上均是战后移民．
固原县。回民军队与清军争夺的重点。同治二年一份奏报称，固原突被回军攻破，”民殆尽”宣统《甘肃新通志》卷47称：”固原回叛……城内官民男妇共死者二十余万人。”
据中国人口史，庆阳府战争中损失128．7万，占战前人口的91．3%．汉民基本被杀光．
宁夏府。据宣统《甘肃新通志》卷47，同治二年，回民军队”陷宁夏府城，汉民十余万被屠殆尽”。同年马化隆又陷灵州，”城中民人死者二万余”。整个宁夏府人口损失多达150万，战后仅存10多万．当时有一篇祭文有如下描述：“……同时赴义，数十万人，尽罹锋镝，天降鞠凶……“
花马池（现为宁夏盐池），原有10万人，战后只留下5947人．人口损失94．1%．汉人基本上被杀完。
陕回入甘经渭源、狄道至河州，屠杀甚惨。由于当时农村杀得很惨，能逃的则涌入县城，借城墙保命。然而城破之后，则被血洗。如渭源城破后，“屠毒生灵以数万计，满城官员皆死之。“另一记载：“残杀一日，辄死人民数万，血流成渠，尸积如山，伤心惨目。”渭源人口损失90%，人民基本被杀光。十年后才设官府，招民种田，原有住户只余十余家。
狄道。宣统甘肃新通志卷47记载，同治二年八月，回民陷狄道州城，居民十余万被屠。
靖远。同治五年，“陕回陷靖远县城，陕回结靖远回为内应，攻陷其城，靖民逃出者十之一二。《甘宁青史略》正编卷21则称，靖远破，“汉人死者男妇约十余万”。
损失最惨的是临潼县，人基本被杀完。
临潼县。据复旦大学史地所路伟东研究，临潼县1861年人口是26万。临潼县志载, “1862--1869七年，临潼县死亡人口30余万.。渭河南北烧杀之灾无一村一人而幸免.。”也就是说，不仅杀光了原来的人口，也杀光了这七年新生的孩子。《中国人口史》一书，列出了很多县的死亡情况，唯独对死亡最惨的临潼县没有提说。
泾阳县。据《中国人口史》一书，战前一年的1861年人口17，7万，战后6。7万，战争中损失11万。
兴平县。战前1861年18。4万，战争三年人口损失7。9万。
户县。战前16。2万，战争中人口损失比例超过三分之二。高陵县战前8万，损失4。8万。
富平县，战前31。8万，损失20。3万。　
三原县，咸丰十一年（1861）三原县人口21。6万人，损失12。3万。据三原县志记载，回民起义两年间（1862─1863），“县旧隶五百余村俱残破，仅存东里、蔡王二堡”。　
高陵县。回民起义前的1861年高陵县人口8万人。高陵县志记载，“同治三年（1864），县内人口锐减至32192人。”损失4。8万。
大荔县（旧制），战前22。4万，三年后仅余72679人。损失67%。
合阳县，战前29。9万，战后余14。6万，损失57%。
澄城县，战前20。6万，损失60%。
蒲城县，战前32万，损失64%。
华州（现华县），战前17。8万，战后不到9万。
以上回民起义死亡人数的资料均有据可查，主要是《中国人口史》（第五卷，清史部分）。另外，《同治年间陕西回民起义调查》一书，记录了很多大屠杀的过程。
宗教民族
同治三年十月初三日（1864年11月1日），河州被围十一个月后，马占鳌指挥起义军一举攻克了河州城。城破以后，马占鳌下令没有杀清朝的文武官员，除“千总魏智勇、崔永禄等开城逃遁”外，其余文武官员均被马占鳌派人“护送出城”[丁焕章主编；《甘肃近现代史》第67页]。马占鳌为了使汉民在战乱中不被滥杀，命令凡愿投诚随为回民的挂出白旗，头戴白号冒，一律免杀。这样大多数汉民为了自保，头戴白号冒，随了回民，称为“随教”。
另有记载说：冬十月“贼陷河州城，自赵必达[知县]失利，河州援绝粮尽，人相食，至是城陷，众犹力战，死者逾万，官吏将弁俱殉难，惟总兵丁希凤、知州喻祥、都司马映宗逸去。”[《甘肃通志稿》纪事六]关于城破后“死者逾万”的事，吴万善先生研究说：“有的记载说马占鳌攻破河州后，大肆屠杀，死者一万余人。这无疑是夸大其词。在河州一带，盲目仇杀的现象是存在的，起义首领往往难以约束。但更多的汉民，在当时的情况下或出于得到保护，‘随教’者很多。马占鳌采取这种办法保护了一些汉民，应当说是事实。”[《清代西北回民起义研究》，兰州大学出版社，1991年6月第1版，第101页]河州攻克后，因一些人不听军令，擅自杀害北塬汉民，马占鳌曾一度辞去大帅之职返家。民间传言马占鳌曾在同治六年烟囱山一役中屠杀随教汉民，迄今找不到任何历史证据。
影响争议
这场战乱被视作冷兵器时代最后一次超大规模的种族屠杀，并极大地改变了陕甘两省的民族分布。据《中国人口史》一书的统计，回民暴动前的咸丰十一年（1861年），甘肃（此时的甘肃包括今宁夏回族自治区和青海省西宁市海东地区）人口为1945.9万人，战后的光绪六年（1880年）人口仅存495.5万人，人口损失达1455.5万人，比例达74.5%[9]。陕西人口在咸丰十一年（1861年）有1394万，从同治元年（1862年）到光绪五年（1879年）的17年间锐减至772余万，人口损失总数高达622万，大约占战前人口总数的44.6%。17年中，因战争原因造成的人口损失约有520.8万，在全部损失人口中所占的比例高达83.7%，而灾荒期间损失的人口不过101.2余万，占全部损失人口的比例仅有16.3%[10]。
战争的残酷屠杀，可见甘肃各县的县志。甘肃镇原县志记载：“四乡堡寨攻陷无遗，而县城独全，盖四乡之人逃出虎口者，生后入城避难。是月初九日……，全城糜烂，死者不知其数。”据《中国人口史》第五卷统计，战前前镇原县人口26.9万，战争损失23.4万，损失比例为87%。宣统《甘肃新通志》卷47记载同治二年（1863年）八月，回民“陷平凉城府官……员死节者百余，士民死者十数万。”《中国人口史》记载，甘肃泾州四县，在咸丰十一年（1861年）时有人口92.8万，战争中人口逃亡和死亡82.2万，损失88.6%。据该书推算，同治年间平凉府（包括华亭，隆德，平远，海城，固原）人口逃亡和死亡249.1万，占战前人口的88.6%。左宗棠入甘肃时，形容“远近城邑寨堡，惨遭杀掠，民靡孑遗。平、庆、泾、固间 ，千里荒芜，弥望白骨黄茅，炊烟断绝，被祸之惨，实为天下所无”[11]。
在战乱期间，西北回民与世代相邻并且是回民血统主要来源的西北汉人相互大规模屠杀。马长寿《同治年间陕西回民起义调查记录》中记录，当时回军攻破村寨之后，四处寻人杀人，有躲入地窖中，军人就用辣椒面燃熏，窖中老少熏死大半。这种残忍的手段使得陕西人口锐减，田地、灌溉渠等基础设施被破坏，乱后关中不少地区千里赤地，一片残破景象。直到光绪年间，“长安、咸宁、华阴等县多狼，三五成群，路人多有戒心，且鼠害尤甚，一猫贵至千钱”。其次，曾经闻名天下的秦商就此一蹶不振，例如大荔县，严、赵两家都是“盖省的财东”，不仅广置田产，拥有大量土地，而且兼营商业，在陕西、山西、四川等省都有商号，赵渡镇属朝邑县，该镇阎家是闻名全国的大财东，阎家出了户部尚书、军机大臣，东阁大学士阎敬铭。这些秦省的精英阶层损失严重，例如大荔县的赵权中在村堡被攻破后，被回民杀害。西安六村堡在遭受回民围攻时，曾向外大量撒放金银元宝等物以求解围，然而回民不为所动，六村堡终于被攻破，居民遭受屠戮，财货亦为所掠。泾阳县号为西北汉口，本为关中经济之重心，商路之枢纽，后被回民先后攻破两次，从此一蹶不振。但至今，部分回民后代仍认为是汉民挑起冲突，对汉人的屠杀是合理自卫，并嫁祸于清政府。
此次战乱对回民也损失惨重。战前陕西省有回民170万人，在该省人口中占有相当比重，而且绝大部分分布在关中地区。1880年陕西回民人口谷底数不会超过15万，战乱中损失的回民在160万口左右，人口损失率高达91.4%。战后只有西安城内未参加作乱的3万回民得以幸存，少部分逃亡，其余人均已死亡。甘肃省回民在战争中的死亡率也相当高，但仍在该省居民中占有一定比例。一部分回民为逃避报复，随白彦虎逃至俄国，演变为今天的东干族。
此外，当时的新疆局势也深受这场战争影响。同治三年底，浩罕国军官阿古柏占领新疆的大片领土，同治六年六月左宗棠进入陕西，阿古柏则在此之前已经在新疆建立了“哲德沙尔国”。而陕甘回乱恰恰阻挡了内地向新疆派送兵力和物资的道路，致使新疆孤悬，幸左宗棠平定陕甘战乱，进而及时进军新疆，平定叛乱，否则中国又经分裂之祸。
回民安置
首先是对回民强制迁徙。马化龙被杀后，左宗棠把一万多陕西老弱回民，强行安置在平凉与华亭交界的化平川、圣女川等地，稍后又把三千多甘肃回民押解到这一带的荒凉之地；迁徙的回族或因饥饿困累于途中，或因疾病死于旁。如迁徙金积堡老弱妇女于平凉、隆德、海原等偏远山区途中，时值隆冬，天寒地冻，许多妇女由于缠脚，步履艰难、冻饿交加，途中1500余名老弱小孩冻饿而死。马占鳌降清后，左宗棠分两次将三万多陕西回民从关中迁移到平凉、清水、秦安、安定等偏远地区；肃州破城之后，城内回民被悉数迁走。所有被强制迁离家园的回族群众，家资田产全部充公，八百余清真寺俱焚于火。结果造成河西“自是甘、凉、安、肃一带无回族聚处”的布局大调整，但这种整合出来的民族关系,只会在强权下保持暂时的平静，被强压下去的民族情绪和宗教情绪，仍会寻找合适的时机爆发。
其次，在“善后”过程中，还牵涉到在回民  左宗棠大起义中流离失所的汉族群众的安置问题，同样是安插，左宗棠却采取了不同的标准。汉民可以在近城、近路等生活方便之地安家，回民则“近城驿非所宜，近汉庄非所宜，并聚一处非所宜”，必须要分散安置，以达到“涣其群”、“孤其势”、“散其党”、“收其权”的久远之图。但凡回民居住地基本上都是自然条件较差的荒僻、偏远地区，这些地方多半属于甘肃中部干旱地区，甚至是干旱地区中条件最恶劣的半山半川区，气候干燥，土地贫瘠，水源匮乏。已经一贫如洗的回族群众来到这里，只能在山坡上挖窑洞栖身。左宗棠的“善后”措施，直接造成了善于经营著称的西北回民，近百年来在经济文化上得不到发展，而他们传统的手工业和传统的在丝绸之路上的经商特点几乎被扼杀，长期处于贫穷落后的境地，这也是西北回民至今对这位在洋务运动中独领风骚的“中兴名臣”耿耿于怀的原因。
最后，左宗棠的“善后”还包括在西北寻找清王朝的代理人，即“简彼族良善者，使自相什伍”目标的达成。从左宗棠给马占鳌下的“能明大义，才堪选用”的八字评语看，马占鳌就是他这次用兵西北过程中慧眼识珠发现的人才。自从马占鳌接受朝廷招抚后，不仅协助左宗棠扑灭了西宁、肃州两处的回民义军，而且在左宗棠离甘后，忠实地站在清政府一边，履行代理人的责任,利用军权夺取了河州各门宦的教权，从事变前一个年轻的阿訇，摇身一变成为集军权、教权于一身的举足轻重的人物。[12]
历史评价
1862年，回民任武曾参加咸丰七年至八年云南回民起义后回陕西，藏匿于渭南仓渡镇清真寺，秘密发动群众，制造军机旗帜，同治元年（1862）三月发动武装起义。同年五月，张芾受陕西巡抚瑛棨之命出面安抚回军，五月初七晚上的谈判中，回军方面提出条件：立即解散各地团练，保障回民生命财产安全。张拒绝回军的要求，勒令交出回军首领任武。回军随后又说在张的轿内发现镇压起义的传帖（事实上当时清廷疲于应付太平天国运动，全国军队多参与围剿太平天国，国库空虚，财政困窘，根本无力在中原腹地陕西再起战事）。五月十三日，张芾被杀。回民起义对于反抗清廷压迫以及地方政府处理汉回事物过于偏袒汉族一方具有一定正义性，但是回民起义军在起义后错误的把矛头指向一般汉族，满族等百姓，占领城池后采取屠城的粗暴方式，回军迅速丧失民心，导致各地汉民抵死反抗。逐渐演变成一场祸及西北诸省的战乱。 
1862年7月初起义军攻克了六村堡，回民军挥师猛攻西安，陕西提督孔广顺等部约7000人死守。1863年1月中旬，多隆阿部开始与陕西回民起义军作战。 
1866年，左宗棠接任陕甘总督，左宗棠深知回民军和捻军联合后更加难以对付，因此，他向清廷进陈方略说：“方今所患者，捻匪回逆耳。以地形论，中原为重，关陇为轻；以平贼论，剿捻宜急，剿回宜缓；以用兵次第论，欲靖西陲，必先清腹地，然后客军无后顾之忧，饷道免中梗之患。”又说：“进兵陕西，必先清关外之贼，进兵甘肃，必先清陕西之贼，驻兵兰州，必先清各路之贼，然后饷道常通，师行无梗，得以一意进剿，可免牵掣之虞。”这个方略的核心是“先捻后回”、“先秦后陇”，关键则是“不令捻回合势”。10月至11月间，西捻军和回民军取得了连克陕西安塞（今安塞南）、延川、绥德等城的胜利。左宗棠智穷力竭，不得不上奏“自请严议”。可是，由于民族和宗教信仰不同等原因，回民起义军和西捻军的联合没能得到进一步的发展，一直处于“时离时合”的松散状态，既没有统一的组织形式和集中领导，也没有共同作战的长远计划。回民起义军的领导权掌握在上层分子手里，个别回民军首领利用一部分群众的狭隘民族主义思想，有意挑起回民军与西捻军之间的互相攻杀事件，严重地破坏了这两支起义队伍的联合，致使左宗棠“不令捻回合势”的方略得以逐步实现。同年12月中旬，西捻军为救援东捻军，由宜川东面的壶口渡过黄河进入山西，回民起义军在陕西处于孤军作战的不利地位。虽然这时左宗棠率清军主力入晋追击西捻军，陕西清军大大减少，但由于回民军股数众多，互不统属，未能对清军实行有效的打击。在清军节节进逼下，起义军转取守势，十分被动，以致鄜州、宜君、三水、绥德等地相继失陷。1868年11月，左宗棠参加镇压西捻军以后回到西安。陕西大局已定。1871年左宗棠进驻甘肃，当地回军领袖马占鳌投降，被左宗棠编入清军。1872年以白彦虎为首的回军被迫退出青海。1873年退到新疆，最后逃往俄罗斯得脱。陕甘回变由此告终。 
回民军的某些做法，如强迫汉民随教，也影响了回汉民族关系。在民族矛盾紧张而又长期化的情况下，改随伊斯兰教确实使相当的汉族群众免遭杀害。在宁夏、灵州、河州等地，许多材料说明了这种现象的普遍性，但这毕竟不是出于自愿，因而严重地伤害了汉族群众的民族感情。而且，对于随教的汉族群众而言，有时也会飞来横祸。史学家马培清曾在《马占鳌的反清和降清》一书中提，[13]同治六年（1867）陕回杨文治、马士彦等从董志原败退河州。马占鳌令分驻四乡，叫随教汉人供给粮食。陕回因无家可归， 起了夺取随教汉人产业的思想。那年冬天，马悟真的弟弟人称三师父的，到北原上开会，表面 上说要陕回和随教汉人和平共处，却暗令陕回杀死了数十名汉人，夺取了财产。四乡随教的 汉人听到消息，相率逃亡，结集到烟囱山，准备逃向藏区。马占鳌得悉这种情形，纠集回军四 万多人，围困烟囱山，把数万随教汉人完全杀尽[14]。