标题：何亚文
个人简历
  1992年毕业于华中师范大学生物系；1995年于中国科学院华南植物研究所获植物生理学硕士学位；1995-1997年在中国科学院华南植物研究所工作，任助理研究员；1997年9月赴新加坡国立大学(National University of Singapore, NUS) 留学，1999年9月获植物学硕士学位；1999年12月加入新加坡分子农业生物学院 (Institute of Molecular Agrobiology)， 任Assistant Research Officer； 2002年并入新加坡分子与细胞生物研究院 (Institute of Molecular and Cell Biology, IMCB)，任Junior Research Fellow，主要研究野油菜黄单胞菌和水稻白叶枯菌(Xanthomonas)群体感应 (Quorum sensing) 机理；2006年获NUS-IMCB联合培养理学博士学位（研究型）；2007年任分子与细胞生物研究院Research Fellow，主持黄单胞菌群体感应和低氧感应分子机理研究。2010年始任上海交通大学生命科学院特别研究员。
研究方向
1. 病原微生物菌群感应、基因表达调控网络及代谢工程；
2. 微生物源绿色农药研制与应用；
3. 水稻--黄单胞菌相互作用系统生物学。
发表论文
Wu DQ, Ye J, Ou HY, Wei X, Huang X, He YW* and Xu Y* (2011) Genomic analysis and temperature-dependent transcriptome profiles of the rhizosphere originating strain Pseudomonas aeruginosa M18. BMC Genomics (*corresponding authors) (in press).
Zhou L, Vorholter FJ, He YQ, Jiang BL, Tang JL, Xu Y, Puhler A, He YW* (2011) Gene discovery by genome-wide CDS re-prediction and microarray-based transcriptional analysis in phytopathogen Xanthomonas campestris. BMC Genomics,12(1):359（* corresponding authors).
He YW*, Wu J, Zhou L, Yang F, Jiang BL, Tang JL, Bai L, Xu Y, Deng Z, Zhang LH* (2011) Xanthomonas campestris diffusible factor is 3-hydroxybenzoic acid and associated with xanthomonadin biosynthesis, cell viability, antioxidant activity and systemic invasion. Mol Plant Microbe Interact. 24(8):948-57（*corresponding authors).
He YW*, Wu JE, Cha JS, Zhang LH* (2010) Rice bacterial blight pathogen Xanthomonas oryzae pv. oryzae produces multiple DSF-family signals in regulation of virulence factor production. BMC Microbiology,10:187 (* corresponding authors).
Cheng Z&, He YW&, Lim SC&, Qamra R&, Walsh MA, Zhang LH, Song H (2010) Structural Basis of the Sensor-Synthase Interaction in Autoinduction of the Quorum Sensing Signal DSF Biosynthesis. Structure,18(9):1199-1209 (& equal contributors).
Tao F, He YW, Wu DH, Swarup S, Zhang LH (2010) The cyclic nucleotide monophosphate domain of Xanthomonas campestris global regulator Clp defines a new class of cyclic di-GMP effectors. The Journal of Bacteriology, 192(4):1020-9.
HE YW, Boon C, Zhou L, Zhang LH (2009) Co-regulation of Xanthomonas campestris virulence by quorum sensing and a novel two-component regulatory system RavS/RavR. Molecular Microbiology, 71(6):1464-1476.
He YW, Zhang LH (2008) Quorum Sensing and Virulence Regulation in Xanthomonas campestris. FEMS Microbiology Reviews, 32: 842-857.
Boon C, Deng Y, Wang LH, He YW, Xu JL, Fan Y, Pan SQ, Zhang LH (2008) A novel DSF-like signal from Burkholderia cenocepacia interferes with Candida albicans morphological transition. International Society of Microbial Ecology Journal (ISMEJ), 2(1):27-36.
He YW, Ng YJ, Xu M, Lin K and Zhang LH (2007) Xanthomonas campestris cell-cell communication involves a nucleotide receptor protein Clp and a hierarchical signaling network. Molecular Microbiology, 64(2):281-292.
He YW, Wang C, Zhou L, Song H, Dow JM, Zhang LH (2006) Dual signaling functions of the hybrid sensor kinase RpfC of Xanthomonas campestris involve either phosphorelay or receiver domain-protein interaction. The Journal of Biological Chemistry, 281:33414 – 33421.
Ryan RP, Fouhy Y, Lucey JF, Crossman LC, Spiro S, He YW, Zhang LH, Heeb S, Camara M, Williams P, Dow JM (2006) Cell-cell signaling in Xanthomonas campestris involves an HD-GYP domain protein that functions in cyclic di-GMP turnover. Proceedings of National Academy of Science of USA, 103(17):6712-6717.
He YW, Xu M, Lin K, Ng YJ, Wen CM, Wang LH, Liu ZD, Zhang HB, Dong YH, Dow JM and Zhang LH (2006) Genome scale analysis of diffusible signal factor regulon in Xanthomonas campestris pv. campestris: identification of novel cell-cell communication-dependent genes and functions. Molecular Microbiology, 59(2):610-622.
Wang LH, He YW, Gao YF, Wu JE, Dong YH, Wang RB, He CZ, Wang SX, Weng LX, Xu JL, Tay L, Fang RX, Zhang LH (2004) A bacterial cell-cell communication signal with cross-kingdom structural analogs. Molecular Microbiology, 51(3):903-12.
Lo J&, Lee S&, Xu M&, Liu F&, Ruan H&, Eun A&, He YW&, Ma W&, Wang W, Wen Z, Peng J (2003) 15,000 unique zebrafish est clusters and their future use in microarray for profiling gene expression patterns during embryogenesis. Genome Research,13:455-466. (&equal contributors). 
Lee S, Cheng H, King KE, Wang W, He YW, Hussain A, Lo J, Harberd NP, Peng J (2002) Gibberellin regulates Arabidopsis seed germination via RGL2, a GAI/RGA-like gene whose expression is up-regulated following imbibition. Genes and Development, 16:646-658. 
He YW and Loh CS (2002) Induction of early bolting in Arabidopsis thaliana by triacontanol, cerium and lanthanum is correlated with increased endogenous concentration of isopentenyl adenosine (iPAdos). Journal of Experimental Botany, 53 (368):505-512. 
He YW and Loh CS (2000) Cerium and lanthanum promote floral initiation and reproductive growth of Arabidopsis thaliana. Plant Science, 159:117-1
研究成果
1.黄单胞菌（Xanthomonas）群体感应（Quorum sensing）和低氧感应机理
黄单胞菌属细菌能侵染400多种植物品种，包括许多有重大经济价值的农作物，如水稻、棉花、大豆、油菜、香蕉、柑橘、木薯和所有十字花科蔬菜等。黄单胞菌的一个重要特征是在生长后期产生大量的致病因子，包括胞外酶(cellulase,pectinase, protease,amylase and lipase)和胞外多糖(EPS)。研究表明这些致病因子的表达受一个小分子信号DSF（Diffusible Signaling Factor）控制。黄单胞菌产生和释放DSF到胞外， DSF信号在胞外的浓度随着细菌群体密度的增加而升高，当DSF 浓度达到某一阈值时，可以被RpfC/RpfG双组分系统感应，影响细胞内二级信号c-di-GMP的浓度和分布，进而通过全局性转录因子Clp直接或间接启动一系列致病基因的表达。此外，通过基因敲除、点突变、CO-IP和蛋白复合体的三维结构分析我们揭示了一种新型DSF生物合成自我诱导机制。目前，我们正进一步研究DSF生物合成途径、RpfC怎样感受DSF信号以及Clp怎样调控致病基因的表达。
黄单胞菌是一种好氧性病原菌。当它侵入植物体内，并在维管束内大量繁殖时， 氧气供应非常有限。 黄单胞菌可以通过RavS/RavR双组分系统感受低氧状态，并通过c-di-GMP 和Clp信号系统促进致病因子表达，降解植物细胞壁，转移动有氧环境。RavS怎样感受低氧信号以及群体感应和低氧感应信号途径之间的关系是我们下一步的研究重点。
2.黄单胞菌色素Xanthomonadin生物合成的信号调控机理
黄单胞菌的另一个重要特征是产生一种附着在细胞膜上的黄色色素Xanthomonadin。 Xanthomonadin的一个重要功能是保护细菌免受光氧化引起的伤害，协助细菌在环境中生存。 美国Poplawsky教授实验室发现黄单胞菌色素的生物合成是受一个信号分子DF (Diffusible Factor)调控。最近，我们实验室从野油菜黄单胞菌的提取物中分离和纯化了DF，鉴定了它的化学结构，并发现DF调控许多新的功能。目前正在研究DF生物合成途径、DF怎样调控色素合成、色素合成的机制和不同黄单胞菌之间色素化学结构的差异性。
3.水稻-黄单胞菌相互作用的系统生物学
黄单胞菌与其寄主之间的相互作用是一场复杂的“攻防战”。 我们的研究重点是阐明化学信号和次生代谢物在农作物和黄单胞菌相互“攻防”过程中的作用。一方面，研究细菌产生的信号分子和次生代谢物怎样影响植物的生长和发育；另一方面，研究植物源的信号小分子和次生代谢物怎样影响黄单胞菌致病因子的表达。 在此基础上，通过转基因技术实施农作物定向遗传改造，干扰黄单胞菌间的通讯联络或与农作物的相互作用，培育抗病新品种。
4. 绿色农药申嗪霉素生物合成调控机理和新型产品研发
在现代农业生产中，为防治病虫害大量使用化学农药，农药残留对环境和人类健康造成严重威胁。开发安全、高效、对环境友好的新一代“绿色”农药已成为全球范围的研究热点。许煜泉教授课题组从上海市郊甜瓜根际分离到一个生防菌株假单胞菌M18，其次生代谢产物吩嗪-1-羧酸（PCA）能有效抑制一系列农作物病原菌的生长,具有安全、高效、对环境友好等特点，是一种新型微生物源绿色农药,定名为申嗪霉素。经过15年潜心研究，已经完成了申嗪霉素生物合成基因簇分析和鉴定，初步查明了其生物合成调控网络，对M18菌株进行了4代遗传改造，申嗪霉素产量提高了25倍，达到每升5克以上水平，生产成本接近目前的主导农药。申嗪霉素制剂已广泛用于甜椒疫病和西瓜枯萎病防治，并获颁2007年度上海市科技进步一等奖。2008～2009两年内，由农业部全国农技推广中心牵头,在全国10省市植保站先后完成了申嗪霉素防治水稻纹枯病示范点试验，结果表明申嗪霉素能有效防治水稻纹枯病。2011年3月申嗪霉素原药和制剂分别获得我国新农药登记证（PD20110314, PD20110315）。申嗪霉素并被全国农业技术推广服务中心列为2011-2015年推广产品。目前正在全国主要水稻种植区开展集成示范试验。我们将从以下几个方面继续深入研究：一、通过全基因组测序、转录组学分析和全基因组随机突变等方法进一步查明申嗪霉素生物合成全局性调控网络； 二、深入研究申嗪霉素合成基因簇表达调控机理。在此基础上，进一步遗传改造工程菌株，提高申嗪霉素产量至8克/升，降低生产成本。三、研究申嗪霉素防病机理，改造剂型，提高防病效率，降低使用成本。四、继续研究申嗪霉素防治其他重要农作物病原菌的方案，力争申嗪霉素成为新一代广谱、高效、安全的绿色农药。[1]