标题：任间
个人简历
男，32岁，博士，中山大学生命科学学院教授，博导。
中山大学生物信息学中心主任，广东省首批自然科学杰出青年基金获得者。[1]
  任间[2]1998至2002年就读于上海交通大学动力与能源工程学院，获核工程与核技术专业学士学位。2002至2007年在中国科学技术大学近代物理系攻读博士期间参与国家大科学工程项目"大天区面积多目标光纤光谱望远镜"（LAMOST），并承担其中的巡天战略系统的研发工作，在计算机算法和大型工程软件设计开发方面具有丰富的经验。2007年7月获得物理电子学工学博士学位之后进入中国科学技术大学生命科学学院温龙平研究组进行博士后研究工作,将计算机和天文学算法以及工程学思想成功运用到生物信息学领域，在蛋白质组生物信息学方面取得了显著的成果。主要包括设计出高效的GPS（Group-based Prediction System）预测算法，并基于该算法开发出十多种蛋白质翻译后修饰位点预测工具，此外还构建多个蛋白质相关数据库及辅助工具。2010 年3月获中山大学生命科学学院“百人计划”引进，2011年12月晋升教授。进入生物领域的四年时间内在包括Molecular & Cellular Proteomics, Nucleic Acids Research, Cell Research, Briefings in Bioinformatics等国际著名杂志上发表SCI 论文21 篇，其中通讯或一作16篇（7篇IF>8.0），累计影响因子110。所发布的GPS系列工具在蛋白质翻译后修饰领域受到广泛关注，推动了该领域发展，相关文章已被包括Nature、Science及Cell系列杂志在内的文章引用300余次，单篇最高他引超100次。同时担任国际杂志Dataset Papers in Biology，Frontiers in Bioinformatics and Computational Biology编委，以及Proteomics，Plos One，Plant Methods等国际杂志审稿人。主持国家自然科学基金2项，广州市珠江科技新星专项，中央高校基本科研业务费专项等。同时参加科技部重大研究计划3项（骨干2项，外协1项）和国家自然科学基金重点项目1项。发布生物信息学工具及数据库20多个，获颁软件著作权登记证书5项。
教育及工作经历
1998.09 – 2002.07 学士 上海交通大学动力与能源工程学院核工程与自动化专业
2002.09 – 2007.06 博士 中国科学技术大学近代物理系物理电子学专业
2007.07 – 2010.03 博士后 中国科学技术大学生命科学学院
2010.03 – 2011.12 副教授 中山大学生命科学学院
2011.12 – 今 教授 中山大学生命科学学院
2012.11 – 今 主任 中山大学生命科学学院生物信息学中心
承担及参与科研项目
1. 广东省自然科学杰出青年基金：蛋白质翻译后修饰相关算法及工具设计，2013.01-2015.12，100万，项目负责人[3]
2. 国家自然科学基金面上项目(31071154)：蛋白质翻译后修饰受可变剪切影响的系统生物学研究，2011.1 - 2013.12，40万，项目负责人
3. 国家自然科学基金青年基金(30900835)：蛋白质共价修饰相关序列模体的计算发现，2010.1 - 2012.12，20万，项目负责人
4. 科技部重大研究计划(2012CB911200)：端粒相关蛋白对人类重大疾病作用机制的研究，2012.01 - 2016.08，100万，学术骨干
5. 科技部重大研究计划(2006CB933300)：纳米药物载体增强药物导向性及效应的研究，2006.7 - 2010.8，30万，学术骨干
6. 广州市首批珠江科技新星（2011J2200042）：蛋白质翻译后修饰计算分析平台构建，2011.11-2014.10，30万，项目负责人
7. 中央高校基础科研业务费(11lgzd11)：中山大学青年教师重点培养，2011.1 - 2012.12，30万，项目负责人
8. 科技部重大研究计划(2013)：纳米材料调控自噬的机制、安全性及在肿瘤诊疗中的应用研究，2013.1 - 2017.8，52万，外协
论文与获奖情况
发表论文
1. Xue Y, Ren J, Gao XJ, Jin CJ, Wen LP, Yao XB. GPS 2.0, a tool to predict kinase-specific phosphorylation sites in hierarchy. Molecular & Cellular Proteomics. 2008;7(9):1598-1608. ( IF:8.834, cited by 111)
2. Ren J, Jiang CH, Gao XJ, Liu ZX, Yuan ZN, Jin CJ, Wen LP, Zhang ZL, Xue Y, Yao XB. PhosSNP for Systematic Analysis of Genetic Polymorphisms That Influence Protein Phosphorylation. Molecular & Cellular Proteomics. 2010;9(4):623-634. (IF:8.354, cited by8)
3. Ren J, Wen LP, Gao XJ, Jin CJ, Xue Y, Yao XB. DOG 1.0: illustrator of protein domain structures. Cell Research. 2009;19(2):271-273. (IF:9.417, cited by36)
4. Ren J, Liu ZX, Gao XJ, Jin CJ, Ye ML, Zou HF, Wen LP, Zhang ZL, Xue Y, Yao XB. MiCroKit 3.0: an integrated database of midbody, centrosome and kinetochore. Nucleic Acids Research. 2010;38:D155-D160. (IF:8.026, cited by 4)
5. Liu Z, Cao J, Gao X, Zhou Y, Wen L, Yang X, Yao X, Ren J*, Xue Y. CPLA 1.0: an integrated database of protein lysine acetylation. Nucleic Acids Res. 2011;39:D1029-1034. (IF:8.026, cited by 2)
6. Song CX, Ye ML, Jiang XN, Han GH, Songyang Z, Tan YX, Wang HY, Ren J*, Xue Y & Zou HF. Systematic analysis of protein phosphorylation networks from phosphoproteomic data. Molecular & Cellular Proteomics. 2012;11(10):1070-1083. (IF:8.354)
7. Liu Z, Ren J, Cao J, He J, Yang Q, Ma Q, Gao X, Yao X, Jin C, Xue Y.Systematic analysis of the Plk-mediated phosphoregulation in eukaryotes.Briefings in Bioinformatics. 2012 (In press, IF:9.283)
8. Ren J, Wen LP, Gao XJ, Jin CJ, Xue Y, Yao XB. CSS-Palm 2.0: an updated software for palmitoylation sites prediction. Protein Eng Des Sel. 2008;21(11):639-644. (IF:3.023, cited by72)
9. Ren J, Gao XJ, Jin CJ, Zhu M, Wang XW, Shaw A, Wen LP, Yao XB, Xue Y. Systematic study of protein sumoylation: Development of a site-specific predictor of SUMOsp 2.0. Proteomics. 2009;9(12):3409-3412. (IF:4.815, cited by46)
10. Xue Y, Liu ZX, Gao XJ, Jin CJ, Wen LP, Yao XB, Ren J*. GPS-SNO: Computational Prediction of Protein S-Nitrosylation Sites with a Modified GPS Algorithm. Plos One. 2010;5(6): e11290. (IF:4.411, cited by16)
11. Xue Y, Liu Z, Cao J, Ma Q, Gao X, Wang Q, Jin C, Zhou Y, Wen L, Ren J*. GPS 2.1: enhanced prediction of kinase-specific phosphorylation sites with an algorithm of motif length selection. Protein Eng Des Sel. 2011;24(3):255-260. (IF:3.023, cited by 8)
12. Liu Z, Gao X, Ma Q, Cao J, Ren J*, Xue Y. GPS-CCD: A novel computational program for prediction of calpain cleavage sites. Plos One.2011;6(4):e19001. (IF:4.411, cited by 4)
13. Liu Z, Cao J, Ma Q, Gao X, Ren J*, Xue Y. GPS-YNO2: computational prediction of tyrosine nitration sites in proteins. Mol Biosyst. 2011; 7(4):1197-1204. (IF:3.825, cited by 4)
14. Liu Z, Ma Q, Cao J, Gao X, Ren J*, Xue Y. GPS-PUP: computational prediction of pupylation sites in prokaryotic proteins. Mol Biosyst. 2011;7(10):2737-2740. (IF:3.825, cited by 2)
15. Xue Y, Gao XJ, Cao J, Liu ZX, Jin CJ, Wen LP, Yao XB, Ren J*. A Summary of Computational Resources for Protein Phosphorylation. Current Protein & Peptide Science. 2010;11(6):485-496. (IF:3.83, cited by 8)
16. Ren J, Gao XJ, Liu ZX, Cao J, Ma Q, Xue Y. Computational Analysis of Phosphoproteomics: Progresses and Perspectives. Current Protein & Peptide Science. 2011;7(12)(IF:3.83)
17. Xue Y, Liu Z, Cao J,Ren J.(2011) Systems and Computational Biology - Molecular and Cellular Experimental Systems. InTech. ISBN 978-953-307-280-7(Book Chapter)
18. Han GH, Ye ML, Jiang XN, Chen R, Ren J, Xue Y, Wang FJ, Song CX, Yao XB, Zou HF. Comprehensive and Reliable Phosphorylation Site Mapping of Individual Phosphoproteins by Combination of Multiple Stage Mass Spectrometric Analysis with a Target-Decoy Database Search. Analytical Chemistry. 2009;81(14):5794-5805. (IF:5.712, cited by 10).
19. Gao XJ, Jin CJ, Ren J, Yao XB, Xue Y. Proteome-wide prediction of PKA phosphorylation sites in eukaryotic kingdom. Genomics. 2008;92(6):457-463. (IF:3.613, cited by 6).
20. Liu ZX, Yuan F, Ren J, Cao J, Zhou YH, Yang Q, Xue Y. GPS-ARM: Computational Analysis of the APC/C Recognition Motif by Predicting D-Boxes and KEN-Boxes. Plos One. 2012; 7(3):e34370
21. Cai R, Liu Z, Ren J, Ma C, Gao T, Zhou Y, Yang Q, Xue Y. GPS-MBA: computational analysis of MHC class II epitopes in type 1 diabetes. PloS one. 2012; 7(3):e33884.
(*通讯一作)
获奖情况：
1. 广东自然科学杰出青年基金（首批16人）
2. 广州珠江科技新星专项（首批）
3. 2012年获国际遗传工程机器设计竞赛（iGEM）软件组亚洲区金奖
4. 2012年于MIT的iGEM世界总决赛上获得Best Clotho App与Best Genome Compiler Based Design两个单项大奖。
5. 2012年获国际遗传工程机器设计竞赛（iGEM）亚洲区银奖
6. 2011年获国际遗传工程机器设计竞赛（iGEM）亚洲区铜奖
科研成果
已发布生物信息学工具：
1. 蛋白质磷酸化位点预测工具： GPS 2.1
2. 蛋白质磷酸化相关SNP数据库： PhosSNP 1.0
3. 中体、中心体及动粒蛋白质数据库： MiCroKit 3.0
4. 蛋白质乙酰化数据库： CPLA 1.0
5. 蛋白质功能结构域示意图绘制软件： DOG 1.0
6. 蛋白质SUMO化位点预测工具： SUMOsp 2.0
7. 蛋白质棕榈酰化位点预测工具： CSS-Palm 2.0
8. 钙蛋白酶切位点预测工具： GPS-CCD 1.0
9. 蛋白质巯基亚硝基化位点预测工具： GPS-SNO 1.0
10. 蛋白质翻译后修饰肽段扫描工具： PPS 1.0
11. 蛋白质酪氨酸硝化位点预测工具： GPS-YNO2 1.0
12. 蛋白质SUMO化结合模体预测工具： GPS-SBM 1.0
13. 磷酸化网络构建工具： iGPS 1.0
14. 细胞死亡相关蛋白质数据库： THANATOS
其中GPS、CSS-Palm和SUMOsp已被著名蛋白质组学门户网站ExPASy收录
访问量超过5000人/月。
包括美国BMS（百时美施贵宝）、法国Hybrigenics和日本Eisai在内的多家国际著名制药公司已购买GPS系列软件的商业版授权。
获颁计算机软件著作权登记证书
1. 蛋白质翻译后修饰棕榈酰化位点预测工具(登记号：2009SR022423)
2. 蛋白质翻译后修饰磷酸化位点预测工具(登记号：2009SR023467)
3. 蛋白质翻译后修饰SUMO化位点预测工具(登记号：2009SR022424)
4. LAMOST巡天观测战略系统(登记号：2009SR027003)
5. 蛋白质功能结构域示意图绘制工具(登记号：2009SR054172)