标题：中国科学院水生生物研究所
【单位概况】
中国科学院水生生物研究所是从事内陆水体生命过程、生态环境保护与生物资源利用研究的综合性学术研究机构，其前身是1930年1月在南京成立的国立中央研究院自然历史博物馆。
1934年7月改名为中央研究院动植物研究所。
1944年5月又分建成动物研究所和植物研究所，中国科学院成立以后，于1950年2月将原中央研究院动物所的主体、植物研究所和山东大学的藻类学研究部分以及北平研究院的部分研究人员合并，组建中国科学院水生生物研究所，所址上海。
1954年9月迁至武汉。
【科研领域】
水生生物研究所科学研究的总体目标是根据国家需求，针对水生态环境不断恶化和水质性缺水日趋严重这一我国和世界性重大问题，发展淡水生态学、水生生物多样性与资源保护、渔业生物技术和水环境工程研究，并通过这些研究在基础、应用基础与应用三个研究层次上的有机结合，为我国的水生态环境保护和渔业可持续发展作出基础性、战略性和前瞻性贡献，攀登科学高峰，将水生生物研究所建成代表本领域国家最高水平和国际著名的研究机构。
【科研支撑】
水生所先后拥有9位中国科学院院士。全所现有在职职工288人，其中科技人员193人，进入知识创新工程人员172人，中国科学院院士5人，研究员42人，副研究员及高级工程师59人，中级83人。拥有973首席科学家4人，国家杰出青年基金获得者8人，中国科学院“百人计划”人才13人。
目前研究所设有水生生物多样性与资源保护研究中心、淡水生态学研究中心、鱼类生物学及渔业生物技术研究中心、水环境工程研究中心、水环境与人类健康研究中心和藻类生物学及应用研究中心。拥有淡水生态与生物技术国家重点实验室、国家淡水渔业工程技术研究中心（武汉）、东湖湖泊生态系统开放试验站、中国科学院水生生物多样性与保护重点实验室、湖北省水体生态工程技术研究中心、武汉市水环境工程研究中心。建有亚洲最大的淡水鱼类博物馆，拥有白鱀豚馆以及中国最大的淡水藻种库。“淡水生态与生物技术”国家重点实验室连续三次被评为优秀；东湖生态站被纳入国家野外科学观测研究站系列。
【发展成果】
水生生物研究所自成立以来，共取得科研成果近600项；自1981以来有130多项荣获国家和省部级奖励。编著出版专著120多部，发表科学论文近4000余篇。自2001年进入中国科学院知识创新工程试点以来，水生生物研究所进入了一个新的历史发展阶段。通过凝练目标和结构调  整，承担国家重大课题的能力明显增强。近年来，本所科学家领衔主持了一大批包括973、863、重大科技攻关、自然科学基金重大和重点等国家项目，形成一批在理论上有重大突破或在应用上有广阔前景的研究成果，在国际上发表SCI论文的数量由2000年的56篇增加到2007年的194篇，且质量明显提高，出版专著和获得授权专利的数量也逐年上升。一些重要技术创新或技术集成获得成功并在应用中日臻成熟，对于我国水环境保护和渔业可持续发展起到了显著的推动作用。这些科研产出，在鱼类分子系统发育和进化，藻类生物学研究，鱼类遗传育种学，淡水生态学，水环境工程学和保护生物学等方面回答了一系列前沿科学问题，满足了国家在水污染治理和发展生态渔业方面的重大需求，产生了广泛的社会影响，取得了重大经济效益。
研究所注重发挥水生生物学科技“国家队”的作用，积极促进地方科技事业，参与经济建设，取得了一系列成绩。以国家淡水渔业工程技术研究中心武汉中心为依托，组建了企业，促进了渔业模式和环保饲料等成果转化，指导建设了一大批国家级和省级的水产原良种场。以湖北省和武汉市水环境工程技术研究中心为依托，推动了我所一批水环境治理方面的核心技术向全国辐射和转化。
【交流合作】
研究所对外合作与交流活动频繁。近10年来，先后派出科技人员近600人次到近30个国家和地区进行合作研究、进修或短期访问，同时接待了来自近40个国家的专家2000多人次进行学术交流、合作或进修。研究所作为核心成员加入大的国际合作研究计划，如美国的“Tree of Life”研究计划，还发起和引领多边国际合作，如淡水豚类联合调查项目、主办国际人工湿地培训班等。
研究所设有生物学博士后流动站，有水生生物学、遗传学、环境科学和海洋生物学专业4个博士学位点，有动物学、水生生物学、遗传学和环境科学和环境工程学等5个硕士学位点。具有招收、培养港、澳、台和国外研究生资格。现有在学研究生、博士后以及高访学者480余人。
【挂靠部门】
中国动物学会、海洋湖沼学会鱼类学分会；
中国动物学会原生动物学分会；
中国水产学会鱼病研究会；
中国环境科学学会环境生物学专业委员会；
湖北省海洋湖沼学会；
湖北省动物学会；
武汉市动物学会；
国际鲍鱼协会。
【所史回顾】
简介中国科学院水生生物研究所（以下简称水生所）是从事内陆水体生命过程、生态环境保护与生物资源利用研究的综合性学术研究机构。
水生所科学研究的总目标是根据国家需求，针对水生态环境不断恶化和水质性缺水日趋严重的这一我国和世界性重大问题，发展淡水生态学、水生生物多样性与资源保护、渔业生物技术和水环境工程研究，并通过这些研究在基础、应用基础与应用三个研究层次上的有机结合，为我国的水生态环境保护、渔业模式优化和水生生物资源可持续利用做出基础性、战略性和前瞻性贡献，攀登水生态环境保护和水生生物资源可持续利用研究的科学高峰，将水生所建成具有高学术地位和独特作用的、代表国家最高水平和国际著名的研究机构。
在近80年的发展历程中，原生动物学家王家楫院士、鱼类学家伍献文院士、藻类学家饶钦止筚路蓝缕，开基奠业；淡水生态学家刘建康院士、藻类学家黎尚豪院士、鱼病学家倪达书著书立说，再写华章；陈宜瑜院士、沈韫芬院士、曹文宣院士、朱作言院士、赵进东院士及众多中青年学者发展传统学科，开创新兴领域。如今，水生所已成为以水生生物为对象的生命科学、环境科学和生物技术等多学科的综合性研究机构，为水生生物学特别是中国内陆水体生物学的发展奠定了基础，并在国际学术界享有盛誉。机构沿革水生所的前身是成立于1930年的中央研究院自然历史博物馆，主任钱天鹤，馆址南京。1934年7月1日自然历史博物馆改名为动植物研究所，王家楫任所长。抗日战争爆发后，动植物研究所于1937年9月由南京开始迁往长沙，后到南岳，又迁到广西阳朔，1939年初到达四川重庆北碚。1944年5月，中央研究院评议会作出决定，动植物研究所分建为动物研究所和植物研究所。王家楫任动物研究所所长。抗日战争胜利后，动物研究所由北碚迁至上海。
中国科学院成立后，于1950年将原中央研究院动物所的主体、植物研究所的部分研究人员以及北平研究院动物研究所的部分研究人员合并组建为水生生物研究所，所址上海。1950年5月19日，中央人民政府政务院周恩来总理签署了任命王家楫、伍献文为中国科学院水生生物研究所所长、副所长的通知书。6月20日，竺可桢副院长在中国科学院第一次扩大院务会议上宣布首批15个研究机构成立，其中水生所研究有关水生生物的基本学理，以配合水生动植物生产的需要。主要任务包括水生生物资源调查，水生生物与环境的关系，养殖与育种实验。下设太湖淡水生物研究室，室址江苏无锡蠡园，主任伍献文；青岛海洋生物研究室，室址山东青岛，主任童第周。1951年2月增设厦门海洋生物研究室，主任沈嘉瑞，1953年1月撤销。农业部水产总局根据我国渔业和水产养殖业发展状况，与中国科学院会商，建议水生所从上海迁至湖北武汉。1952年11月1日，中国科学院第42次院长会议同意水生所及太湖淡水生物研究室迁武汉。1954年1月，青岛海洋生物研究室独立，更名为中国科学院海洋生物研究室。1954年9月水生所及太湖淡水生物研究室迁往湖北武汉，成为我国以淡水生态学为主的水生生物学研究中心。1970年下放湖北省，改称湖北省水生生物研究所。1978年回归中国科学院直属建制，恢复现名。历任所长是王家楫、伍献文、刘建康、潘金培、陈宜瑜、朱作言、桂建芳，现任所长赵进东。
研究所现有六个研究中心，即水生生物多样性与资源保护研究中心、淡水生态研究中心、渔业生物技术研究中心、水环境工程研究中心、水环境与人类健康研究中心、藻类生物学及应用研究中心；拥有淡水生态与生物技术国家重点实验室、国家淡水渔业工程技术研究中心武汉中心、国家开放台站东湖湖泊生态系统开放试验站、中国科学院水生生物多样性与保护重点实验室。建有亚洲最大的淡水鱼类博物馆，中国最大的淡水藻种库以及藻类、淡水无脊椎动物、鱼类寄生虫标本室和现代化的白鱀豚馆，主办《水生生物学报》。
中国生物多样性内陆水体分部和中国生态系统网络水体分中心挂靠在水生所。中国动物学会／中国海洋湖沼学会鱼类学分会，中国动物学会原生动物学分会，中国水产学会鱼病专业委员会，中国环境科学学会环境生物学分会，湖北省海洋湖沼学会，湖北省动物学会，武汉市动物学会，武汉白鱀豚保护基金会挂靠在水生所。百废待兴，科学跃进（1950－1966）1950年6月，中国科学院第一次扩大院务会议在北京召开，会前曾要求各研究单位开会讨论，收集意见。水生所讨论结果为：研究方针——研究水生生物之基本学理，以配合水生动植物生产上之需要。具体任务——1、水生生物之调查与研究；2、水性环境之调查与研究；3、养殖育种之试验；4、水生生物材料之供给。
郭沫若院长在第一次扩大院务会议的总结报告中说：“我们的研究是要理论与实际配合的，是要为工业、农业、国防建设服务的。在这个前提下确定了自然科学和社会科学各个研究所的中心任务”。具体到水生所的中心任务，郭沫若院长明确为：“准备调查研究水生生物及其生活环境，以期达到水产增产的目的。在青岛设立海洋生物研究室，在太湖设立淡水生物研究室，进行鱼类及其他生物的研究，并且与食品工业部门配合。”
50年代初期，水生所在研究室下分设鱼类组、浮游动物组、浮游植物组、鱼类寄生虫组、形态组、化学组。我国近代生物学的主要奠基人秉志在水生所任研究员（1950－1955年）并主持形态组的研究工作。
1950年，伍献文主持开展了江苏五里湖鱼类资源调查工作。1952年，饶钦止在《科学通报》发表《介绍一个消灭“湖靛”的有效方法》，为治理藻类水华的首次报道。1950年起，在江苏、浙江和广东省的重要养鱼地区进行鱼病调查；1953年，倪达书主持在浙江省吴兴县菱湖镇建立了中国第一个鱼病工作站，提出了用生石灰清塘消毒，混合堆肥饲养鱼苗，漂白粉在食台周围挂篓和硫酸铜挂袋等一系列简便易行、效果显著的防治鱼病方法并以短训班、讲习班等形式培训全国各地的鱼病科技工作者。
发展国民经济的第一个五年计划制定后，湖泊放养成为发展淡水渔业的主要措施之一。1953年，成立水生所湖泊调查队，饶钦止和黎尚豪分任总队长和总队副，除水生所科研人员26人外，还有湖北、湖南、江西、河南四省的水产干部及上海水产学院学生41人，在长江中下游以及淮河流域开展湖泊调查，为湖泊放养奠定了科学基础；1956年出版《湖泊调查基本知识》，是我国第一本湖泊调查的综合性参考书。
1955－1957年在长江中游开展“梁子湖鱼类生态调查”，刘建康负责，发表15篇论文，涉及鱼类个体生态学、鱼类分类学、水环境、水化学研究。1956年起，开展青藏高原鱼类生物学研究。
1959年起，伍献文组织编写《中国鲤科鱼类志》，1964年出版上卷。伍献文等编著《中国经济动物志·淡水鱼类》，1963年出版。
1958年开展“长江鱼类生态调查”工作，刘建康负责，分别在长江上游的重庆木洞、中游的湖北宜昌、下游的上海崇明设立工作点。1960年参加了长江流域规划办公室为三峡水利枢纽建设而组织的家鱼产卵场调查大协作，取得了关于产漂流性卵鱼类的胚胎发育和鱼苗资源的资料，证明了长江中草鱼、青鱼、鲢、鳙四大家鱼天然产卵场的分布除了宜昌外，在中下游也有不同大小规模的产卵场分布，为葛洲坝水利枢纽不建过鱼设施提供了科学依据。1961－1964年在江西湖口设站进行了连续4年的长江中游经济鱼类的生物学和渔业资源调查工作。
1959年，在国家科学技术委员会水产组和水产部联合召开的全国水产科学技术与教育会议上，水生所提出有关单位协作总结我国淡水养鱼经验的倡议得到响应，决定由水生所主持编写工作，于1961年出版《中国淡水鱼类养殖学》。王家楫1960年出版《中国淡水轮虫志》。
1961年，适应学科发展和国民经济发展需要，组建鱼类学、鱼病学、淡水生态学、藻类学4个研究室。
1955年，王家楫、伍献文选聘为中国科学院学部委员（院士）。
1956年起，水生所开始招收研究生，至1965年共培养水生生物学专业研究生20人。1958年，水生所创立武汉水产大学，王家楫任校长，90名学生由各水产大省的水产技术人员和应届高中毕业生组成，学制3年，为湖北、广西、广东、江苏、山东等省培养了一批水产专业干部，部分毕业生留水生所工作。
这个时期国际合作与交流主要有：王家楫1960年代表中国赴越南规划设立中央水产研究所；伍献文、饶钦止1956年赴芬兰赫尔辛基出席国际湖沼会议；1957年与苏联合作开展黑龙江鱼类资源调查；王家楫、伍献文1962年代表中国赴苏联列宁格勒出席太平洋西部渔业委员会；以及选派青年科研人员赴苏联留学等。十年曲折，艰难前行（1966－1976）1966年，“文化大革命”爆发，水生所的科学研究工作受到极大冲击。1969年，进驻水生所的工宣队军宣队负责人凭空捏造罪名，制造冤案，将所领导、科研人员等108人打成国民党军统、中统特务，关押起来，进行批斗。
1971年，一批科研人员被下放到湖北省南漳县劳动，实际是歧视知识分子、片面强调体力劳动。
众多科研人员尽管受到不公正待遇，但依然心系国家，心系科学事业。1971年，被错误关押的科研人员从“牛棚”里解放出来。伍献文提出的第一个要求就是：“请允许我拿起笔，我要将《中国鲤科鱼类志》写完。”刘建康接受了去武汉钢铁公司解决工业冷却水管道被淡水壳菜堵塞问题的任务，并开始组织东湖渔业增产和稳产高产试验。
1973年，出版《中国淡水鱼类养殖学》（第二版），同年还出版《湖北省鱼病病原区系图志》，1976年出版《长江鱼类》。
我国历史上的稻田养鱼主要是利用稻田水体饲养少量食用鱼。1972年，倪达书带着稻田养鱼的新设想，到武汉市东西湖养殖场农业队进行为期三年的试验研究，每亩养鱼稻田增产稻谷8%－43.7%，实现了稻田养鱼，以鱼促稻增产的设想。
针对我国农田普遍氮肥不足的状况，黎尚豪提出在稻田放养固氮蓝藻为晚稻补充肥料的设想，通过从稻田选育优良藻种、切实可行的生理调控和大量培养技术的研究和反复实践，终于在晚稻田放养固氮蓝藻获得成功，达到使晚稻田增肥、提高产量的目的，提高稻产量可达15%。
随着大规模淡水鱼类人工养殖的兴起，对养殖品种的迫切需求促使水生所于1972年新设立鱼类遗传育种学研究室。通过引种驯化，取得了团头鲂人工养殖和细鳞斜颌鲴养殖等成果。
1972年第一次国际环保大会和1973年第一届全国环境保护会议的召开，促使水生所于1973年新设立水污染生物学研究室。开展了湖北鸭儿湖地区农药污染调查研究、北京官厅水库水源保护研究、金沙江至长江口污染调查等工作，开始氧化塘工程方案的研究。拨乱反正，科学春天（1976－1998）1976年“文化大革命”结束，科学研究逐步走上正轨。水生所的科研发展在这段时期从4个学科领域分述。
系统进化与资源生物学研究
水生所从20世纪30年代起，就开始建立鱼类、水生无脊椎动物、藻类3个标本馆。经过几代科学工作者的努力，如今鱼类标本馆已收藏了30余万号标本，近1000种中国淡水鱼类，其中模式标本230余种，还有600余种国外鱼类标本，成为亚洲最大的鱼类标本馆。水生无脊椎动物标本馆收藏了原生动物、线虫、轮虫、环节动物、软体动物、节肢动物等1万余号，其中模式标本近100种。藻类标本馆收藏了我国各种不同生态环境不同时期的淡水藻类标本3万余号，成为我国最大的淡水藻类标本馆。50年代起，又陆续建立了鱼病病原体、寄生虫标本馆、淡水鲸类标本馆、淡水藻种库和中国水生生物及内陆水体数据库。
在对大量丰富的馆藏标本的整理研究基础上，《中国鲤科鱼类志（上、下）》、《中国鞘藻类目专志》、《中国淡水轮虫志》、《长江鱼类》、《中国鱼类系统检索》、《中国淡水鱼类原色图集（1－3）》、《西藏水生无脊椎动物》等数十部研究专著陆续出版。其中伍献文等《中国鲤科鱼类志（上、下）》系统地记述了分布于中国水域的鲤科鱼类113属、412种，为鱼类系统演化、动物地理的研究、掌握和利用淡水鱼类资源、引种驯化、杂交育种、淡水鱼类的发展提供了宝贵的基础资料。它不仅是研究中国淡水鱼类的必备文献，也是研究全世界鲤科鱼类的重要资料，1982年获得国家自然科学奖二等奖。饶钦止《中国鞘藻类目专志》详细描述了中国产的鞘藻属和毛鞘藻属的种类共301种、81变种和33变型，其中149种是产于中国的新种。该著作在国际上影响很大，成为我国藻类志编研的范本，1982年获得国家自然科学奖二等奖。
水生所20多位学者参与了“中国生物志”的编研工作。已出版的有《中国动物志·硬骨鱼纲·鲤形目》中卷、下卷；《中国淡水藻志》8个卷册；《中国动物志·环节动物门·蛭纲》。
伍献文、陈宜瑜在国内较早使用分支系统学理论对淡水鱼类中的重要类群——鲤形目和鲤科进行了深入研究，得到了国际鱼类学界瞩目的成果。曹文宣、陈宜瑜通过对青藏高原特有的裂腹鱼类生物学特点及其与高原环境变化适应性关系的研究，创新性地从裂腹鱼类的起源、演化和分布的角度，论证了青藏高原的地质发展历史。
在生物多样性研究方面，成立了BRIM内陆水体分中心，开展淡水生物多样性的保护和研究，参与制订中国濒危动物红皮书，为我国淡水鱼类的保护提供了重要依据。在白鱀豚的保护生物学研究中作出了非常有国际影响的工作，白鱀豚是仅生活于我国长江的珍稀水生哺乳动物，也是世界现存鲸类动物中最濒危的一种。水生所从1978年开始对白鱀豚进行了系统、全面的科学研究，并提出了利用长江故道建立半自然性质的保护区，在白鱀豚活动较多的江段建立自然保护区和在人工饲养条件下饲养和繁殖白鱀豚的三大保护措施。1980年被渔民在长江洞庭湖口捕到的雄性白鱀豚“淇淇”在水生所人工饲养成功，长江江豚也在水生所饲养成功。白鱀豚研究组1985年从鱼类学研究室独立出来，成为水生所直属研究组，1992年成立白鱀豚研究室。
刘永定主持的藻类在外层空间环境的适应与功能研究项目曾5次成功搭载我国返地式卫星、1次成功搭载神舟飞船遨游太空；在藻类资源研究中，螺旋藻及其提取产物已在医疗和保健上广泛利用；天然色素（螺旋藻藻蓝蛋白、红球藻的虾青素）的提取和生产已达到中试生产规模。脂肪酸资源和珍稀水产品的开口饵料的选育、保种和批量生产等已有较好的研究积累，水华藻类和赤潮藻类形成的原因和规律，有害藻类的监测和生物控制以及藻毒素资源的再利用研究得到了国家的肯定。
淡水生态学研究
水生所是国内率先开展淡水生态学研究的科研机构，刘建康主持的以武汉东湖为基地的淡水生态学研究已持续了55年。通过对东湖生态系统进行的各学科、各专业的定位观测和系统实验，深入探讨了东湖生态系统结构、功能及演变规律，不仅创建和发展了我国的淡水生态学，也是世界上首次对亚热带地区浅水湖泊生态系统进行的综合性和系统性研究，填补了有关滤食性鱼类对湖泊生态系统的下行效应方面的研究空白，有关的论文和专著已成为我国水域生态系统和渔业研究的指导性文献。1989年《世界湖沼资料》评价说，“中国科学院水生生物研究所的科学活动，使东湖成为世界湖沼学家最熟悉的中国湖泊之一”。“东湖生态学研究”1995年获得国家自然科学奖三等奖。
鉴于国家大力发展水产业的需要，水生所于20世纪70年代提出大水面渔业的概念，发展了以传统养殖鲤科鱼类（鲢、鳙、草鱼、鲤鱼等）放养为主的渔业模式，获得了很高的产量，并成为我国中小型湖泊的主要渔业模式。其中在渔业生态学理论上的重要进展是建立了从饵料生物估算主要放养鱼类渔产潜力的理论。80年代中，通过围栏养殖和在大湖中放流、调整鱼类种群结构，提出了生态渔业——即以湖泊生态系统结构功能特点为基础，结合人工生物操纵，实现环境效益、渔业效益同步发展的技术，应作为今后湖泊渔业管理的主攻方向。90年代以来，将生物操纵理论用于大水面渔业，开展集约化养殖的理论和相关技术研究，推动了我国淡水养殖业从粗放式向技术密集的集约式和效益型方向发展。
刘建康、何碧梧主编的《中国淡水鱼类养殖学》第三版1992年出版，被列为农业领域的当代科技重要著作之一。
1980年，倪达书在中国科学院长沙农业现代化研究所桃源试验站进行“稻田养草鱼种及其生态功能的研究”。这项成果提出了稻鱼共生理论，阐述了稻田养草鱼种的生态功能。通过农渔结合的研究，制定了稻田养鱼的技术操作规程，确定了稻鱼配套的几种形式，并进行了农渔结合试点，解决了稻鱼矛盾，妥善地将水稻种植业和水产养殖业有机地结合起来。1990年出版《稻田养鱼的理论与实践》专著。
促进水产业健康发展的关键措施之一是病害防治。水生所首次发现并分离提纯引起草鱼出血病的呼肠孤病毒，完成草鱼出血病病原的研究和大黄、乌柏叶对粘细菌性血病治疗及其药理研究，研究范围从寄生虫鱼病发展到细菌性鱼病，使近100种鱼病大部分在池塘能得到控制。进入20世纪80年代末期，我国水产病害的研究呈现多元化趋势。最引人注目的大概是对虾病毒和淡水鱼类爆发病的研究。水生所在对虾病毒性病原的分类鉴定、快速诊断等方面取得了实质性成果；在淡水鱼类爆发性传染病的研究方面，发现了嗜水气单胞菌、鲁克耶尔森菌和弧菌三种病原微生物，并认识了它们的发生规律，为该病的防治打下了坚实的基础。此外，还开展了鳗鲡疾病的研究，并在中华鳖的病毒病、鳜鱼的寄生虫病、细菌病和病毒病、美国青蛙病毒病等方面取得了国内领先的研究进展。
水生所在开展“葛洲坝水利枢纽工程对长江鱼类资源影响评价和救鱼措施研究”中，论证了救护中华鲟的可行措施是人工繁殖放流，而为其修建过鱼设施很难实现救护目的。国家有关部门据此作出了不建过鱼设施的决策，仅基建投资就节约人民币5300万元。在中科院重大项目“洪湖水体生物生产力综合开发及湖泊生态环境优化研究”和“长江中下游浅水湖泊生态渔业研究”中，针对湖泊在资源利用和生态环境上存在的问题，通过围圈饲养草食性鱼类、半堤半网式拦养模式养鱼、野菰的开发利用以及提高湖泊冬季水位等措施，从而减缓了湖泊的沼泽化进程，缓解了湖泊调蓄与渔业生产以及农业生产与水产生产的矛盾，大幅度提高了鱼产量，为我国大型湖泊的综合开发和生态治理探索出一条有效途径。
1991年起，李植生等5人5次参加南极科考队，开展对南极淡水生态系统的考察研究。
淡水生态学研究室1972年设立水库组，后发展为水库渔业研究室。水生所受水利部钱正英部长委托，于1987年将水库渔业研究室划出，成立水利部、中国科学院水库渔业研究所。淡水生态学研究室地理组1985年划分到中国科学院地球物理与测量研究所，成为该所国土资源研究室的主体。淡水生态学研究室湖泊组1992年分出，以研究室建制成立东湖生态试验站。国际合作与交流水生所与德国环境与健康研究中心（GSF）生态化学所开展合作，1994年成立中德生态毒理学联合实验室，从事环境化学品环境分析，环境行为和生态毒理学研究；1996年获得德国著名财团大众汽车（VW）科学基金会78.3万马克的资助，建立了我国第一个二恶英类化合物研究专用实验室，并于2001年成为卫生部首家认定的二恶英检测实验室。
1986年10月，由国际自然保护联盟（IUCN）鲸类专家小组主席佩林建议，中国国家环境保护局、中国科学院和国际自然保护联盟共同主持，水生所主办了“淡水豚类生物学和物种保护国际学术讨论会”。会议结束后，国际自然保护联盟立即将白鱀豚由“情况不明种”改列入保护级别最高的“濒危种”。1992年新白鱀豚馆建设中日本国际协力事业团（JICA）援助了滤水设备、冷却设备和消毒设备等。
1992 年，由加拿大国际发展研究中心（IDRC）资助，特邀沈韫芬赴韩国，与韩国科学家合作，运用PFU法在韩国汉江监测水污染获得成功。
1992年，英国阿伯丁大学分子和细胞生物学系与动物学系在世界范围招聘一名鱼类生物技术教学和研究专家，朱作言成功应聘，为阿伯丁大学建立起一座鱼类基因工程实验室。
“国际河流与湖泊环境会议”是亚洲湖沼学研究的主要学术交流会议，由于水生所在湖沼学研究领域取得的卓越成绩，于1996年、1998年作为东道主主持召开了第八届、第九届国际河流与湖泊环境会议。
“热带与亚热带区域水质改善、回用与水生态系重建的生物工艺学研究”是欧洲联盟第四个框架（五年）计划中与发展中国家科技合作项目，由水生所发起并组织，1997年启动，已获得多项研究成果，并在德国、奥地利和中国武汉、深圳等地推广应用。知识创新，再攀高峰（1998－）中国科学院1998年启动的知识创新工程是国家创新体系建设的一部分。
水生所淡水生态与生物技术国家重点实验室及7个青年科学家小组共20人先期进入院知识创新工程试点。2001年7月，水生所《全面推进阶段创新工程试点工作方案》顺利通过院党组评审表决，成为中科院知识创新工程全面推进阶段首批试点单位。
重点学科领域、主要研究方向的调整目标是：围绕实现健康的水生态环境这一重大国家需求，构建生态学技术和分子生物学技术两个技术平台，解决水生态环境保护、渔业模式优化和水生生物资源可持续利用三个关键而又相互关联的科学问题，重点发展淡水生态学、水生生物多样性与资源保护、渔业生物技术和水环境工程四个研究方向，为维护和改善内陆水体的生态环境、保护淡水资源、发展淡水渔业提供理论依据和技术支撑。
在淡水生态学领域，主要发展和丰富淡水生态学理论，建立水生植被的恢复技术，揭示湖泊富营养化的生物学机制及其防治对策，为淡水生态系统管理提供理论和方法，并为淡水生态环境保护和水生生物资源可持续利用的国家宏观决策提供科学依据。在水生生物多样性与资源保护领域，为评估全球变化对水生生物的影响提供历史证据，为特有、珍稀和濒危水生动物的保护提供理论基础和对策，为实现水生生物资源的利用与保护的协调发展提供理论依据。在渔业生物技术领域，着重研究水生经济动物遗传育种和病害控制的发育和遗传基础，建立相应的理论和技术，努力发展无公害优质高效渔业模式，并建立与我国经济发展水平相适应的集约化养殖新工艺。在水环境工程领域，发展水污染的监测技术，建立水环境监测与评估的理论和方法，研究开发污染物的高效实用处理技术和环境生态工程技术，结合计算机及地理信息系统技术，建立污染管理与控制网络系统，为环境污染控制决策提供科学依据。
为实现科技目标，重新整合研究力量，成立四个研究中心：水生生物多样性与资源保护研究中心、淡水生态研究中心、渔业生物技术研究中心、水环境工程研究中心。之后，2006年成立水环境与人类健康研究中心，2009年成立藻类生物学及应用研究中心。2009年7月，中国科学院水生生物多样性与保护重点实验室揭牌。[1]