标题：美国航空11号班机
劫机者
有5名劫机者登上11号班机
Muhammad `Ata as-Sayyid（埃及人）：机师及领袖，坐于8D号座位上 Waleed al-Shehri（沙特阿拉伯人）：座于2B号座位 Wail al-Shehri（沙特阿拉伯人）：座于2A号座位，于Waleed旁 Abdulaziz al-Omari（沙特阿拉伯人）：座于8G号座位，之前和Atta坐飞机从缅因州的波特兰到波士顿罗根国际机场 Satam al-Suqami（沙特阿拉伯人）：在该天支付现金，座于10B号座位。他也刺伤了一位想要抵抗的旅客。 当中4名劫机者被电脑辅助乘客扫瞄仪系统（CAPPS）额外检查袋中是否有爆炸物。Atta于波特兰国际机场办理登机手续时被检查，而其余三人（Satam al-Suqami、Wail al-Shehri及Waleed al-Shehri ）则选择由波士顿出发。除Waleed没有被测出有携带袋外，其余三人均有携带袋。 CAPPS竟没有在旅客保安检查点加强监察。
航机
根据航空公司的班次表，客机原定于上午7时45分起飞，但因为登机程序落后进度（在预订起飞的时间，劫机者Mohamed Atta及bdulaziz Alomari仍然正在办理登机手续。）而需要延迟。匆忙之间，Atta的行李并没有被放上飞机。
客机从26号登机闸门出发，并于上午7时59分使用04R（Right）跑道起飞，较原定时间延迟14分钟。上午8时13分29秒，当客机在麻萨诸塞州中部爬升至26,000呎的时候，机员按照波士顿航空交通管制中心的指示，将客机航向右转20度。18秒后，波士顿航管中心指示航机继续爬升至35,000呎，但航机没有回复指示和依照指示飞行。上午8时16分，客机于29,000呎停止爬升。
劫机
九一一调查委员会估计劫机人士在8时14分开始行动。 John Ogonowski（机长）及Thomas McGuinness（副机长）在飞机被持劫前操控飞机。一段短时间后，飞机开始脱离原定的航道。波士顿航空控制中心多次与航机联络，但客机均没有回应。上午8时21分，航机中止传送C模式询答机讯号。
上午8时23分38秒，Atta尝试向乘客发布消息，他却按错按钮送到波士顿中心。航空管理局听到了Atta的发言：“我们劫持了一些飞机，你们只要安静就不会有事。我们现在正在返回机场。”8时24分56秒，他说：“大家都不要动，不要动就会没事。如果你动的话，你将危及整架飞机。保持安静就好。” Atta还是以为他只有在跟乘客讲话。当时，他的声音已被塔台录下来。上午8点26分, 飞机大约位于纽约Voorheesville的时候，做了一个100度的大转弯向纽约前进。上午8时33分59秒，Atta说：“请大家都不要动，我们正在返回机场，请不要做任何蠢事。”8时37分08秒，联合航空175号班机的机组人员确认AA11的位置和方向。上午8点37分，飞机开始由29,000英尺以3,200英尺/分的时速下降，并在8点43分做了最后一个转弯向曼哈顿前进
电话通话
机舱服务员Madeline Amy Sweeney和Betty Ong提供事发的详细资料。据她们忆述，有3个人被劫机者用刀刺伤或割伤喉咙，其中两人是机舱服务员，另一人是乘客。该名乘客是Daniel M. Lewin，是一名互联网企业家，曾服于以色列防卫队。据FAA在2002年中的memo中提及，Lewin有可能在阻止劫机发生时被Satam al-Suqami杀害。显然地，坐于9B座位Lewin是被坐于其后方（即10B座位）的al-Suqami袭击。Betty Ong也有在4分钟向美国航空控制中心的电话通话中，提供的资料包括有：与驾驶舱无法联系、无法进入驾驶舱及有乘客受伤。此外，她亦有向控制中心提供劫机者的座位位置，以便核实他们的身份。
撞机
9月11日上午8时46分40秒，11号班机故意撞向世界贸易中心北座大楼正面。飞机当时正以大约466英哩（750公里）撞上第93层至99层，机上大约还有10,000加仑的可燃性航空用油
这是911恐怖袭击中第一宗事件。机上所有人员死亡，包括了11名机员，76名乘客及5名劫机者。目击证人包括行人及司机。
传媒首次报道爆炸的消息是在上午8时49分，CNN插播广告，标题为World Trade Center Disaster。Carol Lin是第一个报道此事件的主播，她说：
Yeah. This just in. You are looking at obviously a very disturbing live shot there. That is the World Trade Center, and we have unconfirmed reports this morning that a plane has crashed into one of the towers of the World Trade Center. CNN Centerright now is just beginning to work on this story, obviously calling our sources and trying to figure out exactly what happened, but clearly something relatively devastating happening this morning there on the south end of the island of Manhattan. That is once again, a picture of one of the towers of the World Trade Center. （译：各位，大家好。您们刚看到一个令您极度不安的现场直播片段。该处是世界贸易中心，我们今早已作未经确定的报道，指一架飞机撞进了世贸中心其中一幢大厦。CNN新闻中心现正开始就此事件展出报道，透过我们所发放的来源去了解究竟发生了什么事，但已清楚看到曼哈顿岛的南端今早发生了相对破坏性极大的事。再重复一次，这是世贸中心其中一幢大厦的图。）
不久，CNN财务副主席Sean Murtagh在一个电话录音节目中说到，从他的办公室（纽约CNN科）看见一架大型喷射客机直撞世贸中心。终于，其他所有电视网络均中断原本的广播，改为播放撞飞机的最新消息。起初，新闻报道推测这次撞机是恐怖袭击，直到17分钟后，联合航空175号班机撞上世界贸易中心南座大楼。
Jules Naudet，一位法国籍的摄影师，和Pavel Hlava，一位捷克籍的移民者，两个人都拍摄到飞机撞上北座大楼的一幕。 一个由Wolfgang Staehle在Brooklyn的美术博物馆安装的摄影机，在最尾的4秒钟拍摄一张Lower Manhattan的照片， 刚好拍到了美国航空11号班机撞上北座大楼。
死难者
飞机撞进北大楼所带来的冲击力，彻底破坏北大楼电梯槽及3条楼梯，令撞击区以上的人无法逃生。而撞进南大楼的飞机，由于是从侧面撞击，因此仍有一条楼梯未被破坏，故生还者较北大楼多。事发时，共有1366人在飞机冲撞的楼层或之上。根据报告所指，数百人在飞机撞击时立即死亡，剩余的被困在高层，不是从大楼上跳下来，就是烧死和因结构倒塌而死亡。
Cantor Fitzgerald L.P.，一个位于世贸大厦北座101到105楼的投资银行，共有658名员工死亡，比任何一个雇主都多。亦有救援人员（两座大楼加起来为400人，多数是来自纽约市消防局(FDNY)）在于大楼倒塌之时丧生。
死者中包括了部份著名乘客：
David Angell，美国电视节目制作人（1946年出生） Berry Berenson，美国演员及摄影师（1948年出生） Carolyn Beug音乐视像制作人（1953年出生） Charles Edward Jones，太空军事家（1952年出生） Daniel Lewin，Akamai创办人之一（1970年出生） 此外，动画节目《居家男人》创作人塞思·麦克法兰，原定乘坐此航班，因为误会而错过乘坐航班。他登记的旅行社告诉他航班在8时15分出发，但实际上是7:45分出发，他到达的时候航班已经完成登机程序。
报称坐于9D座位的乘客Mohammad Atta，已证实事发时并没有登上本航班；根据Boston Globe于两天后（即2001年9月13日）发表报告指，真正坐于9D座位的乘客，其实是Daniel M. Lewin。
飞机冲击造成大规模的伤害。该场是一场长久的火灾，飞机燃油的燃烧，令北大楼的结构严重受损。据世贸中心地盘建筑经理Frank A. Demartini指出，世贸中心南、北大楼是采用钢兴建，其支撑点设于大楼中间，设计上是可以抵御飞机撞击。很多方面也推测到，劫机者利用满载燃油的广体客机撞向大楼，从而造成重大伤亡。及后，拉登就是次袭击发表录影讲话，片段中承认袭击是由他策动的，但并没有预计到世贸中心会倒塌。
北美空防司令部的反应
自美国航空11号班机在洛根国际机场起飞的一刻，联邦航空局位于波士顿的航空管制中心一直都有监察著其动态。航空管制员重覆与该飞机联络，稍后从机内传出一句“我们还有其他飞机”，便知发生了劫机事件。该名管制员随即向主管提出此警报，指该飞机正向纽约市领空飞去。上午8时32分，FAA位于维珍尼亚州Herndon市的指挥中心向FAA总部发出通知。
上午8时37分，波士顿控制中心直接与纽约罗马的北美空防司令部（NORAD）东北空防部队联络。东北空防部队随即派出停泊于麻萨诸塞州法尔茅斯奥的斯空军基地的两架F-15战机前往拦截11号班机，并于上午8时46分从奥的斯基地起飞。但在这时，11号班机已撞向世界贸易中心。
由于11号班机的识别系统已被关掉，因此美国空军机师无法得悉应飞往哪一方向才能会合11号班机。之后，东北空防部队花了数分钟时间留意他们的雷达屏幕，期望雷达系统能与11号班机重新联络上。再之后9分钟，NORAD已确定出4架被骑劫客机的位置。