标题：中国基督教史
唐朝
基督教传入中国最早的确切记载是唐太宗贞观九年（635年），大秦国（指波斯而非古罗马）有大德阿罗本带来经书到长安，由历史名相房玄龄迎接，获唐太宗李世民接见。此时进入中国的是聂斯托留派，来华后被称为景教。他们的主要工作有：兴建修道院、翻译圣经还有出版一些信道基要的书籍。唐太宗御赐“阿罗本”名号，意思是“神所差遣来的”。不过，此时的景教并没有给中国带来什么样的贡献或者是影响力，这是有两大原因：第一，内部的争斗，以致福音不能继续有效的传播。第二，只与社会中的高层人士往来，并未普及深入民间，而且没有建立当地的同工，以致于与民间的关系距离遥远。天宝三年，大秦国教士佶和来京行道。唐肃宗令灵武等五郡，重建教堂。唐朝会昌五年（845年）唐武宗笃信道教，下旨禁止佛教等其他宗教，至此基督教在中国第一次终止了传播。唐宣宗大中四年，大主教阿多爵统理中华、印度两国教务，派教士东来，建教堂传教无阻。
元朝
聂思脱里派获得恢复元朝开始，由于大量色目人来到中国，使中国的景教信徒回升。马可波罗和一些中世纪西方学者指出中国和蒙古有很多景教小团体存在，特别是蒙古克列惕（Kerait）、汪古惕（Ongut）两部族信奉景教。当时他们在帖八里的主教曾一度与教会正统天主教（罗马公教）传教士发生冲突。元朝的景教徒称为“也里可温”（arkagun），享受免兵役和免税的特权。据马可波罗报告，元代中国北京、山西大同、甘肃敦煌、肃州、甘州、凉州，宁夏、新疆喀什噶尔、叶尔姜、依犁，江苏扬州、杭州、镇江，浙江温州、福建泉州都有景教徒和景教寺；元代著名的景教僧人有扫马和雅八阿罗诃。根据后来在泉州出土大量景教文物，可知福建泉州是当时中国南方景教的中心。
元世宗忽必烈的母亲唆鲁禾帖尼别吉是景教徒。
天主教开拓东方1243年英诺森四世派西班牙方济各会会长柏郎嘉宾（Giovanni da Pian del Carpine）到蒙古帝国传教，于1246年抵达蒙古帝国上都哈拉和林，晋见蒙古大汗贵由（窝阔台之子），但是未能说服贵由皈依天主教，于次年返回。
1243年同年，教皇还派方济各会教士罗兰，多明我会士安息灵二位传教士到华南传教。但二人未成功到达。
1252年法王路易九世派遣方济各会修士吕柏克（鲁不鲁乞）出使蒙古，1254年1月3日吕柏克到达和林晋见蒙哥。
马可波罗与扫马1265年意大利天主教徒尼古拉·波罗和马飞奥·波罗兄弟抵达蒙古帝国首都大都（今北京），受到元世祖忽必烈的接见，派遣他们回报罗马教廷，请教廷派遣传教士来元帝国。波罗兄弟于1269年回到家乡，老教皇克莱门特四世于一年前去世。不久新教皇格里高利十世被选出，派遣两名多明我会修士伟立尔莫、尼格老跟随波罗兄弟前往元帝国。尼古拉·波罗还带上了他的15岁的儿子马可波罗。两位教士半途而返。1271年马可波罗一家三人带着教皇给元帝国皇帝的信动身，于1275年再次回到中国。此后马可波罗在元帝国任职达17年。多年之后，他所口述的《马可·波罗游记》，激起了整个西方对中国的遐想。
1287年来自元朝的景教徒扫马代表蒙古伊儿汗国出使欧洲，1288年抵达罗马，拜访教皇，并接受了教皇尼古拉四世致中国元朝皇帝忽必烈的信。1289年扫马返回伊儿汗国。扫马对教庭的访问，促成教皇尼古拉四世派遣传教士前往中国。
方济各会进入中国1289年，罗马教皇尼古拉四世派遣天主教方济各会神父意大利人孟高维诺（1247—1328）为北京的主教，隶属各省主教7人。他从伊儿汗国走海路，途径印度，1891年抵达中国泉州，于1294年进入元大都（今北京），受到元成宗铁穆尔的欢迎，获准在大都自由传教。1299年和1305年分别在大都建成2个教堂，有三万余人入教。
1303年 阿诺德冯科隆（Arnold von Koln）到达大都协助孟高维诺。
1313年，罗马教廷派遣方济各会修士日辣多（哲拉多·阿布意尼）等七人前往中国，其中1人留在途中传教，3人死于印度，到达中国只有3人。日辣多被任命为泉州教区第一任主教，斐莱格林和安德鲁留大都传教。至此天主教在中国建立了大都和泉州两个主教区。 1322年，方济各会修士鄂多立克（和徳理）从意大利抵达中国旅行。经泉州入中国，游历福州、杭州、金陵、扬州、明州、北京等地旅行，取道西藏回国。后在病榻上口述东游经历，由他人笔录成书《鄂多立克东游录》
1333年，教宗若望二十二世任命方济各会修士尼古拉为北京主教。
1338年，热那亚传教士安德鲁作为元帝国使臣出使欧洲，前往阿维侬拜见教宗本笃十二世。随后本笃十二世派遣马黎诺里（Giovanni de' Marignolli）为使臣，率领修士团五十余人来华。至正二年（1342年）抵达北京，晋见元顺帝。1345年马黎诺里返回当时的教廷阿维侬。
元末基督教被摧毁1362年，泉州第五任主教雅各伯（威廉·甘勃尼），在元末动乱中被杀害。
1368年，明朝建立，摧毁了所有外族色彩的事物，包括天主教和聂思脱里派。基督教于元朝灭亡时，再次中断。
明朝
沙勿略长眠上川岛嘉靖三十一年（1552年），受葡萄牙国王保护的天主教耶稣会的纳瓦拉（今西班牙境内）传教士方济各·沙勿略神父到达中国广东的上川岛，但得不到进入大陆的许可，带着遗憾死在了岛上。
嘉靖三十五年（1556年），多明我会葡萄牙传教士达克鲁斯( Gaspar da Cruz 1520-1570 ) 抵达中国广州。1570年他的《中国志》（Tractado emque se cōtam muito pol estéco as cous da China）在欧洲出版。
嘉靖三十六年（1557年），葡萄牙租借澳门。
登陆中国万历三年(1575年)，奥斯定会西班牙修道士马丁·德·拉达(Martín de Rada，1533年6月30日－1578年6月)在中国厦门登陆。
万历六年（1578年），驻澳门的耶稣会远东观察员范礼安神父认识到在文化发达的中国传教需要改变策略，于是他从印度调来了几位年轻的传教士，让他们学习中国语言，并希望他们今后传教时得到中国官员的支持。这里面就有罗明坚（Michele Ruggieri）、巴范济（Francois Pasio）和利玛窦（Matteo Ricci）。
万历七年（1579年），罗明坚到广州，后返回澳门。
万历十三年（1585年），范礼安任命葡萄牙籍教士孟三德任中国教区区长，潜入肇庆居留。
1586年，天主教马尼拉主教参与西班牙菲律宾总督主持的武力征服中国计划的制定。该计划因1588年西班牙无敌舰队被英国摧毁而放弃。
万历二十五年（1597年）耶稣会意大利籍教士郭居静来华。意大利籍龙华民（Nicholas Longobardi，1559年－1654年）来华。
万历二十七年（1599年）），利玛窦首次进京，但是未能立足，返回南方。耶稣会西班牙籍教士庞迪我来华。
利玛窦永驻京城万历二十九年（1601年），利玛窦、庞迪我携带大量礼品再次进京觐见明神宗，终于获得在京永驻的许可，在士大夫中建立良好声誉和关系，开启了日后其他传教士进入中国之门。
万历三十一年（1603年），青年徐光启在南京受洗，获教名保禄（Paul）。
1605年，耶稣会传教士鄂本笃，从印度出发，经古丝绸之路，经过四年长途跋涉，于1605年抵达中国肃州，因劳累死在那里。他的日记被利玛窦整理发表，证实马可波罗描述的契丹就是中国。
万历三十四年（1606年）耶稣会意大利籍教士熊三拔来华，协助“钦天监”修订历法。
万历三十八年（1610年），李之藻1610年在北京受洗。
万历三十八年（1610年），利玛窦去世，龙华民接任，他对利玛窦宽容中国教徒尊孔敬祖表示不满，这成为中国礼仪之争的开始。同年耶稣会比利时籍传教士金尼阁来华，抵达南京跟随高一志、郭居静学习汉语。意大利籍传教士毕方济抵达澳门。
万历三十九年（1611年），杨廷筠在杭州受洗。
万历四十一年（1613年）毕方济抵达北京。耶稣会意大利籍教士艾儒略到中国泉州传教。
万历四十一年（1613年）耶稣会葡萄牙传教士曾德昭到达中国南京，1636年返回欧洲，途上完成了《大中国志》。
南京教案万历四十四年（1616年），发生南京教案，许多天主教传教士被驱逐。
万历四十八年（1620年），耶稣会传教士邓玉函、罗雅谷、汤若望、傅泛际跟随金尼阁抵达澳门。
天启二年（1622年）耶稣会德国籍教士汤若望进入中国内地传教。耶稣会西班牙籍教士费乐德来华。明熹宗敕教士罗如望阳玛诺龙华民等制造军用铳炮。
天启三年（1623）意大利教士艾儒略、毕方济奉召至京。
天启四年（年1624年）耶稣会葡萄牙教士伏若望来华。
天启七年（1627年）汤若望被派往陕西传教。
崇祯二年（1629年）耶稣会葡萄牙教士瞿西满来华。
汤若望与《崇祯历书》崇祯三年（1630年）汤若望第二次来到北京，奉召任职历局，协助徐光启编修《崇祯历书》。
崇祯十年（1637年）耶稣会意大利教士利类思来华抵达北京，1640年应东阁大学士刘宇亮邀请赴四川成都绵竹等地传教。
崇祯十三年（1640年）耶稣会葡萄牙籍教士安文思来华，抵达杭州，1642年前往四川。
崇祯十六年（1643年）耶稣会意大利籍教士卫匡国（Martino Martini）来华。
天主教与南明皇室1622年，18岁的郑芝龙在澳门受洗加入天主教，教名Nicolas。
崇祯十三年（1640年），耶稣会德国籍教士瞿安德Fr.A.X.Koffler（1615-1651) 来华。 南明弘光元年（1645年），耶稣会波兰籍教士卜弥格（Michel Boym，1612—1659 ）来华。
南明永历二年(1648年)，瞿安德在南宁为王太后、马太后、王皇后施洗入教，后又为皇三子朱慈炫施洗，教名君士坦丁。
永历四年(1650年)十月，传教士卜弥格作为南明皇帝的使者出使罗马教廷和西欧。
清朝
罗马教廷设立中国教区顺治五年（1648年）1月15日，道明会西班牙传教士刘方济在福建福安湖山被斩首处决。
顺治七年(1650年)，顺治帝颁布容教敕书。
顺治八年（1651年）诰封汤若望为通议大夫。
顺治十三年1656年，教皇亚历山大七世下敕谕，允许中国天主教徒祭祖祭孔
顺治十四年（1657年）上赐御书堂额“通微佳境”敕悬宣武门天主堂，又御制《天主堂碑》。
顺治十五年（1658年）诰授汤若望光禄大夫，并恩赏若望祖先三代一品封典。
顺治十六年（1659年），耶稣会比利时传教士南怀仁跟随卫匡国同船来华传教。
顺治十六年（1659年），罗马教廷成立传信部(Congregation for the Propagation of the Faith)，以图替代原来的葡萄牙与西班牙分别控制的保教区（Padroado）。
1659-1660年，罗马教廷传信部分别成立了东京宗座代牧区（越南北部和老挝、中国云、黔、湖、桂、川等地）、交趾宗座代牧区（管越南南部、中国粤、闽、浙、赣等地），和南京宗座代牧区（管苏、豫、鲁、晋、陜和东北、朝鲜等地），由教皇直接任命“宗座代牧” (Vicar Apostolic)。而在此之前，前往中国的传教士都是分别从澳门（耶稣会）和马尼拉（方济各会、奥斯定会、道明会）派出的。
汤若望的历狱康熙四年（1665年），徽州府新安卫官生杨光先上书《辟缪论》，诬告德国传教士钦天监监正汤若望的《时宪历》十谬，为七年前入葬的荣亲王的入葬时间和地点“俱犯杀忌”。顾命大臣鳌拜也不满汉人及外邦人参议朝政，于是支持杨光先，把汤若望、南怀仁、利类思，安文思等人收押狱中，并株连许多在华传教士，史称“历狱”。
中国礼仪之争崇祯四年（1631年）1月2日或3日，受西班牙国王保护的多明我会的高奇神父（Ange Cocchi？－1633年）从菲律宾抵达中国福建北部的福安，正式开始对华传教。并对受葡萄牙国王保护的耶稣会宽容中国信徒祭祖尊孔表示不满。
崇祯六年（1633年），多明我会传教士黎玉范(P.Juan B.Morales)和方济会传教士利安当(Antonio de Santa Maria Caballero，OFM，1602-1669)到福安。
顺治二年（1645年），接替高奇神父的黎玉范神父（Juan Bautista Morales 或 Jean—Baptiste Moralès1597-1664）特意赶到罗马向教廷报告耶稣会的行为，将旷日持久的中国礼仪之争公开化。
顺治七年(1650年)，耶稣会中国传教团委派卫匡国赴罗马教廷，陈述耶稣会关于中国礼仪之争的见解。获得教皇亚历山大七世的理解。1656年，教皇亚历山大七世下敕谕，允许中国天主教徒祭祖祭孔
1667年，因“历狱”而被羁押在广州的包括耶稣会、多明我会、方济各会会士共23人召开了一场长达四十天的会议，讨论在华传教的方针，最后通过的决议之一，是遵守1656年教皇的裁定。
康熙九年（1670年），方济各会西班牙籍教士利安定来华。
康熙十五年（1676年），教皇克雷芒十世任命中国籍传教士罗文藻担任南京宗座代牧区代牧。他是历史上第一位中国籍主教，也是1926年以前惟一的一位中国籍主教。
康熙二十七年（1688年），法国国王路易十四派遣法国耶稣会传教士白晋、张诚、洪若翰、刘应、李明等五人来华。在北京建立法国耶稣会。该会成员大多反对所谓“利玛窦规矩”。
康熙二十八年（1689年），中俄签订《尼布楚条约》时，传教士徐日升、张诚被任用为译员。
康熙三十一年（1692年），在索额图和传教士张诚、徐日升等人的游说下，康熙连下两道谕旨，礼部即奉旨依议：“……西洋人并无违法之事，反行禁止，实属不宜。相应将各处天主堂俱照旧存留；凡进香供奉之人仍许照常行走，不必禁止。俟命下之日，通行直隶各省。”明确表示传教士可以在中国百姓中传播天主教教义，中国老百姓也可以领洗成为天主教徒这被传教士称之为“基督教宽容敕令”。
康熙三十二年（1693年），巴黎外方传教会的颜珰宗座代牧在他所管辖的福建代牧区内，发布了禁止中国教徒实行中国礼仪的禁令，引发天主教罗马教廷与中国清王朝的对抗。
康熙三十二年（1693年），康熙派遣白晋为使臣出使法国。
康熙三十四年（1695年），耶稣会法国传教士艾若瑟到中国澳门传教，1699年至1701年到河南开封、山西太原接管教务。
康熙四十三年（1704年11月20日），教皇克雷芒十一世（Pope Clement XI， 1700年－1721年在位）发出禁约，正式禁绝中国礼仪。 康熙四十六年（1707年），教皇代表铎罗来华发布南京教令，禁止中国教徒敬拜祖先，再度引发中国礼仪之争，康熙帝为澄清真相，派遣艾若瑟出使罗马教廷，中国教徒樊守义随行。
康熙四十六年（1707年），罗马教廷将福建传教区交给反对中国传统礼仪的多明我会，耶稣会撤离福州。
康熙四十七年（1708年），传教士白晋、杜德美、雷孝思等人主持测量绘制全国地图，历时11年，绘成《皇舆全览图》。
康熙五十四年（1715年），教皇克雷芒十一世颁布“自即日起”通谕，重申1704年禁令。
康熙五十九年（1720年），罗马教廷为中国礼仪之争事，派嘉乐（Jean Ambrose Charles Mezzabarba）主教来华，重新禁令。康熙帝在二十九天之内，召见嘉乐六次，详为解说供牌及称天为上帝意义，并说 “朕原视中外一家，不分彼此”。
雍正元年（1723年），闽浙总督满保上疏请将各省西人除晓通技艺者外，余俱送往澳门安置，改天主堂为公廨，严禁入教，获准。天主教正式被禁。
天主教进入西藏康熙四十六年（1707年）至乾隆十年（1745年），天主教嘉布遣会（Capuchin）修士定居拉萨，后被驱逐。
康熙五十五年（1716年），耶稣会意大利传教士伊波利托·德西德里从印度进入拉萨。1721年他被嘉布遣会修士排挤出西藏。
雍乾嘉禁教与早期天主教殉道者康熙十七年（1678年），道明会西班牙传教士刘方济（嘉彼辣），因仇教风波，在福建被差役斩首。他是明末天主教重返中国以来的第一个殉道者。
雍正元年十二月（1724年），礼部奏请在全国禁止传习天主教获准，除在京为宫廷服务的侍士照旧供职，允许进行内部宗教活动以外，其余传教士皆被勒令回国。
乾隆十一年（1746年），乾隆下达禁教令。
乾隆十二年(1747年5月26日)，多明我会西班牙传教士白多禄(Pedro Sanz)因禁教期间潜入福建传教，被斩首于福州西门外。
乾隆四十九年（1784年），因湖北、陕西地方官分别查获前往该地传教的传教士数人，乾隆再度下禁教令。
嘉庆十年（1805年），嘉庆皇帝因川楚教乱起事，下令禁止天主教。
嘉庆十九年(1814年)，第一位中国天主教教徒殉道者吴国盛在贵阳被处决。
嘉庆二十年(1815年)，法国巴黎外方传教会传教士徐德新在成都被处决。
俄国东正教在中国康熙三十四年(1695年)，东正教会俄国托博尔斯克教区主教托来华。
康熙五十六年（1717年），第一届俄国东正教北京传道团抵达北京。1712年康熙派内阁侍读图理琛等人经西伯利亚前往伏尔加河下游，慰问那里土尔扈特蒙古部落，作为同意借道俄国境内为交换条件，彼得大帝提出派传教士团来华。经康熙表示同意，俄国派出东正教驻北京传教士团便于1717年首次来到北京。
雍正五年（1727年），中俄签订《布连斯奇条约》，中方正式允许俄国派东正教教士到中国传教。
1847年7月，沙皇政府授权第十二届东正教北京传道团修士大司祭佟正笏（波里卡尔普），首次要求清政府允许俄商到新疆塔尔巴哈台（今塔城）、伊犁和喀什噶尔（今喀什）“三处通商”。
1858年，大司祭固利乙（Gurii）率领第十四届传道团前来北京换班。10月10日俄国外交部官员彼罗夫斯基从东西伯利亚总督任地伊尔库茨克直接到达北京，表面任传道团监护，实际上则是俄国驻华代表。12月，彼罗夫斯基向清政府声明是俄罗斯驻华全权公使，要求与清政府谈判《中俄天津条约》、《中俄瑷珲条约》的换约。虽然这违反清朝的外国使臣不驻京的规定，但是咸丰皇帝还是派理藩院肃顺、瑞常与彼罗夫斯基谈判。1859年7月俄国派遣伊格那季耶夫来华，替代彼罗夫斯基。
耶稣会重返中国乾隆三十八年(1773年7月21日)，教皇克雷芒十四世发出敕令 Dominus ac Redemptor “吾主救世主”，解散耶稣会。1775年耶稣会中国省被迫解散，起在华传教事务由，于1782年起，由味增爵会受命接管。
1814年，耶稣会被教皇庇护七世重新恢复。
1842年7月11日，三位法国籍的耶稣会士南格禄(Fr. Claude Gotteland S.J.)、李秀芳(Benjamin Brueyre, S.J.)与艾方济(Francois Esteve S.J.)重返中国，1847年在上海郊区徐家汇正式建立传教中心，徐家汇圣依纳爵堂至今留存。
基督教新教传入中国嘉庆十二年（1807年），第一位新教传教士，新教英国伦敦会的马礼逊来华传教，并任职于广州英国东印度公司。七年之后，第一个中国新教徒蔡高受洗。
道光三年（1823年），马礼逊按立第一位中国新教牧师梁发。
道光十年（1830年），裨治文裨治文抵达广州，他是新教第一位来华的美国传教士。
道光十五年（1835年），美国公理会传教士伯驾医生抵达广州，在广州十三行内新豆栏街成立了广州眼科医局，免费为病人治病，同时传教。
道光十八年（1838年），由于反天主教势力与天主教摩擦不断，清政府取缔了天主教在华的一切活动，许多天主教堂被政府没收，直到第二次鸦片战争结束后才将教堂发还，因传教纠纷、欺压传统宗教等，引发许多教案。
第一次鸦片战争与禁教令松弛嘉庆十五年（1811年），清政府颁布《西洋人传教治罪专条》，对违反者处以“绞决”。
嘉庆二十一年（1816年），方济会意大利传教士蓝月旺在监禁五年后，在长沙受绞刑。
嘉庆二十五年（1820年）2月18日，遣使会法国传教士刘格来在武昌被绞死。
道光二十年（1840年），遣使会法国传教士董文学在武昌被绞死。
道光二十年（1840年），爆发第一次鸦片战争，汉福会传教士郭实腊充当随军翻译和占领军定海知县。
道光二十二年（1842年），中英签订《南京条约》，英方四个翻译都是传教士，他们是郭实腊、马儒翰、李太郭和麦华陀。同年，美国归正会传教士雅裨理，美国圣公会传教士文惠廉进入厦门传教。这是新教在中国进入的第二个城市。第一个是广州。
1842年，英国圣公会在香港成立维多利亚教区，负责开拓香港、中国、日本、朝鲜、马来亚等地传教站。
道光二十三年（1843年），英国伦敦会传教士 麦都思、艾约瑟来上海创立墨海书馆。
道光二十三年（1843年5月25日），法国遣使会传教士古伯察从西湾子出发，历经内蒙古、宁夏、甘肃、青海，长途跋涉18个月，于1846年1月29日到达拉萨。1852年出版《鞑靼西藏旅行记》。
道光二十三年（1843年11月11日），美北浸礼会的玛高温医生(D、J、Mac Gowan)到达宁波。
道光二十四年（1844年），中美签订《中美望厦条约》，美国传教士裨治文和伯驾任美方的翻译。该条约允许美国人可以在五个条约港口购买地产来建教堂、医院和墓地。
道光二十四年（1844年），在法国传教士的力促下，法国政府派遣使臣拉萼尼（Théodore de Lagrené）率领兵船七艘、轮船一艘来到广州沿海，于1844年10月24日强迫清政府在停泊于黄埔的一艘法国兵舰上签订了《中法黄埔条约》。法国除取得中英、中美条约中规定的全部特权外，还在第二十二款中规定法国人可在五口建造教堂，“倘有中国人将佛兰西礼拜堂、坟地触犯毁坏，地方官照例严拘重惩。”
道光二十五年（1845年），法国特使拉萼尼用炮舰相威胁，坚持必须由大清皇帝正式颁布命令，对天主教驰禁。清政府被迫让步。道光二十六年正月二十五日（1846年2月20日），道光皇帝发布上谕：“天主教既系劝人为善，与别项邪教迥不相同，业已准免查禁。”“各省地方官如滥行查拿，即予以应得处分”。还要求“所有康熙年间，各省所建之天主堂，除改为庙宇民居……准其还与该处奉教之人。”
道光二十七年（1847年），英国伦敦会传教士麦都思在上海重新组织翻译《圣经》。1850年《新约》翻译完毕，1853年，《旧约》翻译完毕。这部新译的《新约》被称为“代表译本”《圣经》。代表译本被英国圣经会采纳为海外标准本，成为当时中国最广为流行的圣经译本
咸丰四年（1854年），英国传教士戴德生受中国传教会（福汉会）派遣，第一次来华，抵达上海，与宾惠廉一起共同传教。
基督教与太平天国1834年，洪秀全在广州参加科举考试的时候，在广州龙藏街遇见传教士，并从其手中得到宣传基督教中文传道书《劝世良言》（梁发著，马礼逊代辑付印）的叙述。这条龙藏街就是提督学政署前边的一条街道，现在仍沿用此名。
1843年，洪秀全科举落地，大病，在家研读《劝世良言》。
1847年，洪秀全第三次科举失败，和族弟洪仁玕在广州拜浸礼会美国传教士罗孝全为师，申请受洗。罗认为洪对基督教理解不对，没有同意。之后，洪秀全模仿基督教使徒，与好友冯云山，走出家乡到广西传教。加入明室后代朱九畴所创立的上帝会。朱九畴死，洪秀全被推为教主。遭清政府通缉，逃至香港，跟福汉会普鲁士传教士郭实腊继续学习。1848年回广西，与冯云山、杨秀清、萧朝贵、韦昌辉、石达开结拜。1850年，洪秀全在广西金田起义。
1853年3月，太平天国定都南京。
1853年，小刀会占据上海县城，美南浸信会传教士晏玛太坚守邻近战区的教堂，并戏剧性地营救驻扎上海的清朝最高官员——苏松太兵备道吴健彰，帮助其从城墙上逃脱。
1854年5月，美部会传教士裨治文随美国驻华公使麦莲从上海进入太平天国辖区考察，回上海后发表《调查报告》，否定太平天国。
1854年，洪仁玕当时作为基督徒在上海英国伦敦会的墨海书馆学习天文历算，为时半年，后离开上海回到香港。1859年洪仁玕辗转抵达南京，成为太平天国重要领导人。
1857年9月，伦敦会传教士杨格非进入太平天国辖区考察。
1858年年底，伦敦会传教士伟烈亚力作为伊利近勋爵派出的三人代表团成员之一，到南京会见太平天国官员。
1860年8月，伦敦会传教士艾约瑟、杨格非等应忠王李秀成之邀，到苏州会见李秀成和干王洪仁玕，然后进入南京，获得在太平天国境内自由传教的权利。
1860年10月，罗孝全从广州经上海、苏州，抵达南京，拜见洪秀全。被授予管理外事的职务。但很快与太平天国不和，1862年1月到停泊在南京长江边的英国船寻求庇护，离开太平天国。
马神甫事件与第二次鸦片战争咸丰六年（1856年），巴黎外方传教会法国教士马赖在广西被杀，成为法国参加第二次鸦片战争的借口。
咸丰七年（1857年），英法联军攻陷广州，俘虏总督叶名琛。1858年英法联军北上，5月攻占大沽炮台，兵临天津，威胁北京。6月23日清政府与英、法、美三国分别签订了《天津条约》，内容有传教自由一条。
咸丰十年（1860年），清政府与英、法、俄，分别签订《北京条约》，全面开禁西方在华传教。
咸丰十年（1860年），美国公理会传教士卫三畏任美国驻华公使馆（北京）临时代办。
深入内地与教案冲突同治五年（1866年），戴德生以基督教新教内地会名义率领一批传教士来华，抵达上海。
同治元年正月十五日(1862年2月13日)，发生贵阳教案，法国巴黎外方传教会传教士文乃尔被凌迟处决。 同治七年（1868年8月22日），发生扬州教案。
同治八年（1869年），美北长老会传教士丁韪良出任京师同文馆总教习。
同治九年（1870年），发生涉及法国天主教的天津教案，清大臣崇厚出使法国谢罪。
同治九年（1870年），大英浸信会传教士李提摩太抵达中国，第一站是上海，随后从山东登陆，进入山西内地传教。
同治十年（1871年），加拿大长老会传教士马偕医生抵达香港，辗转经过广州，汕头等地之后到达台湾进行“医疗宣教”
同治十二年（1873年），美南浸信会女传教士慕拉第来中国，在山东乡村传教，长达四十年。 光绪十一年1885年，剑桥七杰加入内地会。
1890年，在上海召开基督教全国代表大会上，李提摩太呼吁关注中国政府传播的对基督教的敌意，建议就此事向皇帝上书。并组成了一个七人上书委员会，成员有林乐知、阿什莫尔、布劳格特、约翰、穆尔、沃瑞，李提摩太。
基督教与洋务运动同治元年（1862年），清朝同文馆成立，英国圣公会传教士包尔腾任英文教师，1864年美国美北长老会传教士丁韪良也到同文馆工作。1869年，他被聘为同文馆总教习，对同文馆进行了全面的改造。
同治七年（1868年），上海江南制造局成立翻译社，这是中国最早的介绍西方科技的翻译出版机构，传教士韦烈亚力、傅兰雅、林乐知、金楷理（Carl Traugott Kreyer）等先后担任外方翻译。
基督教与戊戌变法1848年，王韬应传教士麦都思的聘请，到上海墨海书馆工作。
1868年9月5日，美南监理会传教士林乐知在上海创办《万国公报》（原名《教会新报》（CHURCH NEWS））。
1874年，王韬在香港创办《循环日报》。
光绪五年（1879年），美国圣公会上海主教施约瑟（S. J. Sekoresehewsky）在上海成立圣约翰学院，1905年改名为圣约翰大学。这是中国最早的教会大学。
光绪九年（1883年），香港美国公理会传教士喜嘉理为孙中山、陆皓东等人行洗礼。
光绪十三年（1887年），英国伦敦会传教士韦廉臣（Alexander Williamson, 1829-1890）发起成立广学会。这是中国近代第一个全面介绍西方科学文化的出版机构。康有为、梁启超主要通过《万国公报》和光学会出版的书刊了解西学。
光绪十六年（1890年），王韬被聘为《万国公报》特约写稿人。 1894年10月，《万国公报》发表孙中山《上李鸿章书》。
光绪二十一年（1895年），梁启超担任英国传教士李提摩太的中文秘书。美国公理会传教士丁家立（Tenney Charles Daniel）出任天津北洋西学学堂总教习。
光绪二十四年（1898年），美北长老会传教士丁韪良出任京师大学堂西文总教习。
曹州教案与德国占领胶州湾光绪二十三年（1897年），发生涉及德国天主教的曹州教案，成为德国占领胶州湾的借口。
义和团事件与庚子赔款光绪二十六年（1900年），在山东、天津、北京、山西、内蒙等中国北方主要省份，发生大规模迫害屠杀天主教和新教的义和团运动，成为八国联军入侵北京的借口。
光绪二十八年（1902年），英国浸信会传教士李提摩太（Timothy Richard）建议将庚子晋省教案赔款白银50万两就地兴办中西大学堂。经中英双方议定，合办山西大学堂。
光绪三十二年（1906年），美国公理会传教士明恩溥（A．H．Smith）回美国宣传“退款办学”，并求见总统西奥多·罗斯福，建议用清政府的“庚子赔款”在中国办教育，和资助中国学生来美国留学。
基督教与辛亥革命光绪九年（1883年），香港美国公理会传教士喜嘉理为孙中山、陆皓东等人行洗礼。
光绪二十八年(1902年)，宋教仁被武昌美国圣公会文华书院录取为学生。
1904年10月，黄兴在湖南长沙策动反清起义事泄遭清政府追捕，在基督教圣公会教士黄吉亭掩护下，黄兴从长沙逃往上海，最后逃去日本。
光绪三十二年（1906年），在武昌美国圣公会牧师胡兰亭支持下，该会教会阅报室“日知会”司理、基督徒刘静庵组织日知会，宣传反清革命主张。
1910年，中华基督教青年会干事同盟会会员王正廷，秘密参加宋教仁同盟会中部总会活动。
1911年，中华基督教青年会干事王正廷出任武昌起义中华民国军政府湖北都督府外交次长。后人南京临时参议院副议长。
中国内地会的兴起中国内地会创办人，戴德生（1832~1905），出生英国，十七岁得救，回应神呼召，来到中国传教。
1866年：创立内地会：其策略为“凭信心过生活、工作”，这样的生活观念，带给中国信徒有很重要的影响。基地在浙江。 1867年：进入江苏。 1875年：进入河南。 1876年：分派传教士前往山西、甘肃、四川、贵州等地。因为事工的需要量越来越多，人手经济上都需要增添，因此，他们开始去到各个国家当中传递异象，鼓励更多的青年人加入在这宣教的行列。除此之外，还有其他的差会也加入内地会的系统，一起在内地福音事工上服事，此时的内地会便成为了中国最大的差会团体。 1885年：剑桥七杰加入内地会，轰动一时。 由于内地会不兴办学，没有设立任何一所学校，虽然内地会以布道、传福音、建教会为首要工作，不过牧养的工作仍旧是由西方宣教士来担任，没有培植当地华人为传道人。
经济文化交流嘉靖三十九年（1566年），多明我会葡萄牙传教士达克鲁斯在一封信中介绍了中国茶叶。 明朝末年，传教士将土豆引入中国，当时土豆被叫做荷兰薯。（日本的土豆是荷兰人于1598年带至长崎港）。
万历二十九年(1601年)，利玛窦在北京与李之藻合作，翻译绘制《坤舆万国全图》，并刻版刊行。 万历四十八年（1620年），耶稣会传教士邓玉函把天文望远镜带入中国。
天启三年(1623年)，艾儒略根据庞迪我、熊三拔所著的底本编译成《职方外记》，介绍世界地理。
1687年，耶稣会传教士利玛窦翻译的《论语》拉丁文本，在法国巴黎出版。这是孔子首次被介绍到西方。以后《论语》被转译成法文、英文等。
1698年，耶稣会传教士巴多明(Dominique PARRENIN)来华，后来他的介绍中国文化的书信，影响了法国启蒙运动学者伏尔泰。
康熙四十七年（1708年），传教士白晋、杜德美、雷孝思等人主持测量绘制全国地图，历时11年，绘成《皇舆全览图》。
康熙五十一年（1712年），在景德镇传教七年的耶稣会法国传教士殷弘绪，写长信给法国，详细地介绍了景德镇瓷器的制作工艺，使中国瓷器制造工艺的秘密被公开。
道光十五年（1835年），美国公理会传教士伯驾医生抵达广州，在广州十三行内新豆栏街成立了广州眼科医局，免费为病人治病，同时传教。
道光十七年（1837年），英国东印度公司医生郭雷枢Thomas Richardson Colledge在澳门成立医学传教组织中国博医会（Medical Missionary Society of China）。
道光二十三年（1843年），美北浸礼会传教士玛高温医生在宁波创办“浸礼老医局”，后改名为“华美医院”。
道光二十四年（1844年），英国女传教士艾迪绥将一所女子学校从爪哇苏腊巴亚迁到中国宁波，称为“宁波女塾”，这是中国第一所教会女子学校。
咸丰八年十一月十五日（1858年12月19日），美北浸礼教会传教士玛高温在宁波创办《中外新报》。初为半月刊，不久改为月刊，出至十一期而中止。
同治七年（1868年 ），上海江南制造局成立翻译社，这是中国最早的介绍西方科技的翻译出版机构，传教士韦烈亚力、傅兰雅、林乐知、金楷理（Carl Traugott Kreyer）等先后担任外方翻译。
1869年，以法国传教土吉恩·皮埃尔·阿尔芒·戴维川西，在四川雅安的宝兴县，看到了大熊猫，并首次收集了标本。
1871年，美国圣公会在武昌创办文华书院。
1892年，法国传教士田氏从越南携带咖啡树苗，进入云南宾川县平川镇朱苦拉村种植，这是中国栽种咖啡树的开端。
1897年2月11日，上海美北长老会牧师费启鸿帮助由原美北长老会美华书馆（American Presbyterian Mission Press）工人夏瑞芳、鲍咸恩、鲍咸昌、高凤池四人，成立商务印书馆，是为中国第一家现代出版机构。
1906年盛夏，江西大余县基督教信义会德国传教士邬利亨，避暑旅游，进入西华山，在山里他发现许多乌黑发亮的石头，用手掂量感觉很重，他意识到这可能是一种矿石，于是拾了一些带回教堂。第二年邬利亨带回一些回国，找德国矿物专家鉴定，这些石头竟然是宝贵的钨矿石。
早期新教传教士  罗伯特·马礼逊马礼逊，1807年来华。
郭实腊
裨治文
伯驾（第一位医疗传教士）
麦都思
薛承恩
戴德生
李提摩太
第一位殉道的中国新教徒是广东博罗的Che Kam Kong ( Chea Kunkong)，他1865年去香港，1866年成为基督徒。5年中带领博罗一百余人信教。长辈不满他抛弃传统，警告他停止传教，但被他拒绝。1871年被捕，被强迫放弃信仰。他说，"你能杀我的肉身，不能杀我的灵魂"，随后被推出城门杀害；尸体被扔进附近的河里。
《圣经》在上海的传播1853年7月，伦敦大学国王学院中国语言文学专业詹姆斯·萨默斯教授出版了译著《约翰福音书》(The Gospel of Saint John in the Chinese Language, According to the Dialect of Shanghai） ，使用罗马字母将《圣经》翻译成上海方言。在圣经翻译研究中，这是最早出版的上海土白罗马字本《圣经》单篇。该书出版目的主要有两个：一是为方便来华传教士同上海本地人进行交流，二是为帮助不识汉字的中国上海人学习教义。[1]“前言”指出了汉字作为表意文字的缺点和使用罗马字母拼写上海话的好处。“绪论”长达12页，对上海方言语音、语法和词汇的特点作了简要介绍，包括表音系统、声调、构词法、名词和动词、代词（人称代词、指示代词、不定代词）、数词、虚词（particle）、介词和连词等。附录为汉英对照上海方言词汇表，相当于一个简易上海方言词典。该书曾用作国王学院的临时中文教材，出版时间为1853年，早于《汉语手册》1863。在宗教史、翻译史、汉语方言学及汉语教学研究史上都产生了深远的影响 。[1]
中华民国
宗教自由直到民国成立以后，中华民国临时宪法中保障了宗教自由，加上当时很多革命人士以及支持革命的人也是新教徒（例如： 孙中山 、宋教仁、廖德山，以至后期的蒋介石和张学良等），因而在民国以后新教的发展比清朝时好，直到1949年中共成立中华人民共和国成立为止。至中华人民共和国成立前夕，基督徒人数近70万人。
由于新教（反对教）教义强调只能信上帝，不能拜其他偶像，因此与"祭奠祖先"等很多中国传统习俗产生了很大抵触，使得基督教之前在中国一直没有得到很好的传播和发展，直到后来来中国传教的刚恒毅（1876年－1958年）与雷鸣远神父解释中国人祭祖敬孔礼并不违背教会的信仰，中国人这么地做是为了向已亡的父母和祖先表达尊敬。教宗碧岳十二世因而在1939年12月8日删除了祭祖敬孔的禁令，才解决了这一问题。然而，新教一直也不接受中国人拜祖先。
基督教青年会1912年，在上海成立中华基督教青年会，当时的名称是“中华基督教青年会全国组合”(The National Committee of the Y.M.C.A. in China)，首任总干事为美国南部美以会教士巴乐满(Fletcher Sims Brockman 1867 ~ 1944 )，副总干事为中国王正廷。青年毛泽东曾作为义务教员参与过青年会智育部晏阳初在长沙进行的平民教育运动。
1922年，第一次直奉战争中，奉天基督教青年会总干事普莱德(Joseph Platt)会同奉天施医院院长英国人雍维林，与天津基督教青年会总干事罗伯·克来克，在停泊在秦皇岛外的英国巡洋舰"麦尔迪"号上会谈，促成直奉双方于6月17日达成停战协议。
非基督教运动1919年巴黎和会对中国的不公，引发五四运动，之后也引发了一场从1922年到1927年间的“非基督教运动”。这场运动与义和团运动不同的是，许多知识青年也参加进来。
1923年6月14日，天主教意大利人梅占春神父被湖北应山县农民武装首领雷么扣为人质。中国政府迅速营救。湖北督军萧耀南派军队围剿雷么，梅神父被救出，但在交火中受伤，9月4日身亡(一说梅神父被雷么枪决)。事后萧耀南等湖北名流集资在汉口建立梅神父纪念医院。
本土自立教会的形成“非基督教运动”的反帝国主义行动，促进了中国人独立教会“自治、自养、自传”的实践。倪柝声创办的地方教会，就诞生在这个时代。
传教士与共产革命中共认为传教士是帝国主义，因此在苏区驱逐或者逮捕外国传教士。1932年5月，中华苏维埃共和国临时政府由瑞金致电南京国民政府，以释放苏区所有帝国主义传教士作为条件，要求释放共产国际特工牛兰夫妇。可证明苏区关押着外国传教士。
1934年12月8日，红军方志敏部队在皖南旌德县绑架内地会美国传教士师达能夫妇，提出2万巨额赎款释放条件，被拒绝后，将师达能夫妇撕票。
1935年，红军长征路上曾逮捕内地会瑞士籍英国传教士薄巳作为人质长达一年，勃沙特获释后回国发表《神灵之手》，第一次向世界介绍红军。
1949年，天主教神甫雷震远离开中国，回国写作《内在的敌人》一书（THE ENEMY WITHIN: An Eyewitness Account of the Communist Conquest of China ），回忆他在中国的经历，表示对中共暴力革命的强烈不满。
抗战时期侵华日军宣传他们要把中国人从西方人的奴役下解放出来，因此对欧美背景的基督教也极力压制和打击。抗日战争中，沦陷地区的欧美背景的基督教教会活动基本上停止，教堂被摧毁或者占用，未撤走的西方传教士被逮捕拘押。少数中国自立基督教教会勉强保持低调活动，例如北京王明道的“基督徒会堂聚会”。日伪还于1942年18日成立由日本控制的华北基教联合促进会。一部分日本基督教牧师也随军进入中国。
1930年，英国独立女传教士艾伟德来到山西内地，创立了八福客栈，一边传教，一边收养孤儿。抗日战争爆发后，她带领90多名儿童，长途跋涉，转移到西安。书籍The Small Woman和电影Inn of the Sixth Happiness讲述的是传教士艾伟德的故事。
天主教遣使会神父雷鸣远于中日战争初期，组织救济团队，救治中国各地平民。
因为战争，男性都参军去，外国传教士被抓进集中营去，为了延续教会事奉，中华圣公会决定在香港按立一位女性（李添嫒女士）成为牧师，然后派往澳门赴任，成为全世界第一位被按立的女性牧师。中华圣公会的决定引起当时全世界教会的反弹，因为过去女性从来没有担任过教会内任何重要职位。在普世圣公宗其他教省要求之下，该位女牧师被逼辞去牧师之职位；另一方面，中华圣公会努力斡旋，陈明当时中国形势的险峻。最后，中华圣公会的决定终于得到普世圣公宗其他教省得认同。
别了，司徒雷登！“别了，司徒雷登！”是中国共产党领袖毛泽东于1949年写的一篇文章的题目，评论美国驻中国大使司徒雷登无奈离开共产党新中国的事情。司徒雷登首先是美南长老会传教士，其次是教育家，创办了燕京大学，最后才是外交家。司徒雷登的经历十分典型，代表了基督教在民国时代的经历和结局。
近代基督教在华之贡献
民国成立以后，中国政府一再表示对各宗派一视同仁，基督教在中国传布，成效惊人。而教派除了传道事工之外，并致力于各种社会事业，如建设大学、医院、书局、救济院、孤儿院等。另一方面，中国自治教会，也逐渐增多，遍及中国各地，远及海外，为中国基督教展开一新的局面。 光绪二十六年（1900年），新教教团数目计有六十一个团体、信徒数九万五千九百四十三人；但到了光绪三十二年（1906年），教团数以增至八十二、宣教师数目亦增至三千八百三十三人。民国成立以后，教士、教徒数目均激增。根据民国二年（1913年）的统计：宣教师有五千三百九十四人，而信徒数亦增至二十四万五千九百五十九人。到了民国三年（1914年），教团数以增至一百七十，宣教师亦增为五千九百七十八人，且信徒数以致二十五万三千二百十人。据抗战前（民国二十四年）的统计，全国新教教会数有七千二百八十一、信徒数为五十一万三千、民国二十四年（1935年）一年当中，就曾为四万三千人改宗者施行浸礼。据称：如包括尚未洗礼的慕道者在内，信徒总数以达百万人之数。
中国现代教育天主教和新教都在中国建立了一大批教育机构，从幼稚园一直到大学。一些中国著名大学起源于教会学校。比较著名的新教中学早期有烟台中学，后期有培正中学、培道中学（在一二三事件之前）等，大学则有燕京大学、岭南大学、上海圣约翰大学、湘雅医学院、华中大学等。而天主教部分有震旦大学、辅仁大学和静宜大学等。这些学校都为中国培养了大量吸收了西方教育的知识份子。
基督教在华所成立的学校、有幼稚园、小学、中学、大学及各种弱势机构、老幼院（如：盲哑学院、养老院、孤儿院等）等各种。据民国二十六年的统计：男子中学有一百间、女子中学有九十五间、男女合校的中学有五十四间。中学数计二百五十九，学生数约有五万。大学计有十三间，有：济南的济鲁大学、福州的福建协和大学、南京的金陵女子理学院、上海的圣约翰大学、沪江大学、苏州的东吴大学、成都的华西协和大学、杭州的文江文理学院、武昌的华中大学、福州的华男女子学院、广东的领东大学、南京的金陵大学、北京的燕京大学等。（据民国二十六年的统计，上述十三所大学的学生数计有六千四百二十三人），至于教会所兴办的小学，据民国十一年（1922年）的统计：高小九百五十六所，学生三万二千八百九十九名。初小五千六百三十七所，学生十五万一千五百八十二名。 出版事业方面，教会所创办的杂志刊物，在民国二十五年（1936年）时，计有中文杂志二百十一种，英文杂志二十七种，合计总数为二百三十八种。民国二十四年所出版的基督教丛书计有四千种之多，由六十九所基督教印刷厂分别承印，并有一百三十家专售基督教丛书的教会书局。
医疗除宣教团队的医师对贫民免费看诊及赠药外，并在各传道据点建立医院或诊所，其中亦不乏医术高明的宣教医生。在中国基督教的医学协会，早在一八三八年（道光十八年）就有中国博医会（Medical Missionary Society of China）的成立。该会由一群外籍宣教师所组成，其主要目的为提供义诊，并先后资助在澳大利亚、广州、上海、香港、宁波、厦门等地医院。该会又出版中文医疗书籍，及主办医疗人之教育等事工。
另一个规模较大的医疗协会：中国医疗传道协会于一八0九年（光绪十六年）首次的集会，其第二次大会于一九0五年（光绪三十一年）在上海召开，系由基督教医师所组成的全国性团体。此后，该会又在一九0七年（光绪三十三年）、一九一0年（宣统二年）、一九一三年（民国二年）、一九一五年（民国四年）、先后开过几次会议。该会曾经发行医学定期刊物，及出版数种医学丛书，其中重要的有中、英对照的医学辞典。
一九一五年（民国四年），由欧、美回国的中国医学生，在上海成立了：中国医学会。隔年（一九一六年），该会与中国医疗传道协会在广州开会，决议协助中华基督教青年会成立全国公共卫生联合委员会。在此时期，该会对各种流行病（如：天花、鼠疫、霍乱、结核病等）的防治，曾贡献不少。
教会创办的中国医疗传道协会，为求全国医疗工作的扩展，于一九二五年（民国十四年），自动要求合并于中国医学会。中国医学会，最初称为：“中华民国医药协会”，一九二七年（民国十六年）迁移上海后，改称为“中国医药会总会”，并在全国各地设立了分会。
改善社会风气基督教曾在中国成立各种组织来帮助当地的百姓，以破除迷信、戒烟禁赌、辅导妓女从良等。而重要的组织有以下几个团体：
（一）万国改良会分会：成立于一八0八年（光绪三十四年），初任干事为丁义华，劝人戒除烟酒嫖赌。该会对鸦片的禁绝，主张尤力。该会的经费，最初倚赖美国总会的供应，当欧战发生时，改名为“中国万国改良总会”，并宣布经济的独立。 
（二）中华国民拒毒会：成立一九二四年（民国十三年）八月，设总会于上海，发行拒毒月刊。该会系由中华全国基督教协进会，联合基督教青年会及中国医学会等团体共同发起的。该会曾在各地举办演讲，印发拒毒图画。该会的工作，到七七事变发生后，因战乱而告停顿。
（三）中国妇女节制会：成立于一九0七年（光绪三十三年），总会设于上海，由“万国节制会分会”，相助成立。初任的会长，为上海长老会的范女士，后由九江美以会的石美玉医师继任，会务很有进展。该会的主旨，亦为反对烟酒、娼妓，并谋求妇女权益者。另一方面，万国节制会仍继续在华工作，一九0九年（宣统元年）北京公理会的美籍女教士富轲慕慈夫人担任干事。到处演讲，组织支会，计成立支会四十七处。该会在华曾创办一“节制女子家事学校”于江湾，八一三事变以后，迁往上海租界，改名为“新女子职业中学”。
（四）道德会：一九一八年（民国七年），由上海基督教教士公会及基督教妇女禁酒会等十七个团体，组成一个“风俗改良会”，到一九二0年（民国九年）更名为“道德会”。该会设立有“妇女教养所”，收容沿街拉客的妓女，辅导他们有一谋生的技能，在“妇女教养所”中设立有各种技能训练班。该会并建议政府，逐年减少妓院的数目，每年按照抽签，减少百分之二十，并提倡严格取缔未领执政的私娼。该会发行进德报，并在学校提倡性教育及卫生。
基督教与侵略
1840年代鸦片战争后，中国被炮火打开国门，清政府被迫签订一系列不平等条约，基督教的传教活动亦被列入条约，传教士以此为护身符进入内地传教，基督教也随之进入中国。大批西方传教士以沿海通商口岸为基地迅速扩展基督教，建立教堂，同时也办立学校、医院、孤儿院等机构等进行传教，基督教开始在中国获得了很多信徒。但部分中国人因为对基督教协助西方列强售卖鸦片的不满与对侵略者的仇恨，认为基督教是西方殖民主义者殖民统治的工具，认为基督教传教是文化、宗教的侵略，同时对基督教利用清政府压制中国人而发生连串教案从而引起他们强烈的不满，把仇恨转化成暴力行为。终于在1900年发生了义和团运动，多名传教士和基督徒遭到杀害。
1919年巴黎和会对中国的不公，引发五四运动，之后也引发了一场从1922年到1927年间的“非基督教运动”。这场运动与义和团运动不同的是，主要参加者是知识青年，也包括了当时主流的知识界人士，如在北京大学便有陈独秀、李大钊、蔡元培、胡适等人。
来自美国和英国的新教传教士在介绍中国方面的作用超过任何人。英国和美国宗派，如英国循道会，继续派遣传教士直到中华人民共和国成立后驱逐传教士