有机认证问题制约我国有机市场扩大中商情报网发布的《中国有机食品行业市场现状分析》显示，目前国内对有机食品关注度较高的地区主要是北上广等一线城市。2011年，国家认证认可监督管理委员会修订了《有机产品认证实施规则》，并制定了《有机产品认证目录》。新规要求所有的有机食品上市时，在最小的独立包装上，除了贴有机认证标签、认证单位等外，还要贴有机追溯码。同时，我国有机产品认证机构由原先的36家减少到了23家，保证了产品检测水平。
近两年，农业电商的兴起再次为有机食品行业注入活力。中投顾问食品行业研究员周思然认为，京东商城开卖自种有机米，意味着有机食品已经超越了此前有机零售店、高档食品超市等终端销售渠道，拓宽了销售渠道，有利于有机食品未来的推广和发展。有机食品的供不应求，催生了行业灰色利益链，导致有机食品行业频频出现价格标识混乱、认证不严谨等问题。
2013年春节前夕，贵州茅台酿酒核心原料被曝“假有机”；2011年年底，山东济南一些大超市高价售卖的有机蔬菜被曝在生产过程中使用化学农药、化肥。在有机食品行业发展初期，类似现象导致了消费者对于有机食品的不信任，影响了整个有机食品行业的信誉，制约着有机食品市场的扩大。