完败的金门战役陆军训练司令部成立之初，原本将奉准调训全部青年军到台湾接受新军训练，后来因为内战日趋激烈，交通运输困难，迄至
1947
年底才集中了一个青年军
205
师，到台接受新军训练。
1948
年期间，又将青年军
201
师调台受训。以这样的速度和效率，实在不足以应付国内战场的急需。
掩护友军撤退
1948
年
7
月，蒋介石下令在南京、北平、西安、台湾、沈阳、迪化、汉口、徐州、广州九个地区，设立九个训练处，负责督训九个战略预备师的任务，孙立人被任命兼作南京训练处暨广州训练处处长。当时台湾的工作已经非常繁忙了，要他一身督训三个地区预备师的任务，实在分身乏术，因此他请求免去南京和广州的兼职；然而蒋介石不但不准，反而下达了手谕将台湾训练处撤销，台湾训练新军的工作归并于南京训练处。
面对这个荒唐的命令，孙将军非常不解，也非常着急，立即回电：“生死存亡，在此一举，要撤先撤南京，凤山千万不能撤。”【《孙立人上将专案追踪访谈录》，第
13
页】蒋介石之所以下这种乱命，大概是出于一时的疑神疑鬼，担心孙立人在台湾生根，以致挟美独立。见蒋总统无动于衷，孙将军于是飞往南京晋谒以陈明利害，指出台湾新军训练至关重要，如果大陆战