拉萨的三大寺藏传佛教格鲁派有六大寺庙，分别为拉萨的甘丹寺、哲蚌寺、色拉寺三座，称为“拉萨三大寺”，加上后藏日喀则的扎什伦布寺，和青海塔尔寺以及甘肃拉卜楞寺，形成格鲁派的六大寺院。格鲁传承的大师们几乎都出自这六所寺院。
拉萨的三大寺按照建立的时间先后顺序分别为甘丹寺、哲蚌寺、色拉寺。
甘丹寺是格鲁派的祖寺，位于拉萨市达孜县境内，修建在海拔4000多米的旺古尔山的山坳及至山顶处，距拉萨五十多公里。甘丹寺全称为“卓日沃甘丹朗巴杰微林”，简称“甘丹朗杰林”。 1410年，宗喀巴大师为甘丹寺举办开光仪式，并在此长期居住传法授徒，弘法利生。宗喀巴大师圆寂后，由其弟子嘉曹杰·达玛仁钦和克珠杰·格勒白桑等先后继承他的法座，称为“赤巴”，意为法台或法座。从此产生了甘丹赤巴传承系统。甘丹赤巴是甘丹寺的最高管理者，由于继承的是宗喀巴大师的法座，从教法地位上来说，甘丹赤巴也可以称为格鲁派的教主。目前甘丹赤巴为第102任赤巴日宗仁波切。
格鲁派寺院有严密的组织制度和学经制度，一般分为寺院、扎仓、康村三级，甘丹寺有两个大扎仓，即绛孜扎仓（意即北顶僧院）、夏孜扎仓（意即东顶僧院），康村的寺院中大体僧徒来源于家乡地区划分而成的僧团单位，若干