一个真实的新疆在北方各政权在河西地区大张鞑伐之时，自称柔然的强大民族在蒙古高原兴起。柔然曾是鲜卑族的一支，受拓跋部的统领。
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年，柔然首领社仑自称可汗，势力逐渐控制焉耆以北的地区。在北魏逐渐统一北方之后，北魏即试图统一西域。在北魏征伐西域的过程中，北凉后裔在柔然的威逼利诱之下把持鄯善，阻隔中西交通多年。
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年，北魏大将万度归率兵西征鄯善，鄯善王自缚投降。北魏任命韩拔为领护西戎校尉，设置鄯善、焉耆两军镇，“赋役其民，比之郡县”。
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年，万度归大败龟兹王，迫其归附北魏。游牧在龟兹以北的悦般国（北匈奴的一支，史籍中也记为“悦盘”）主动要求与北魏结盟，共同抗击北方的柔然。柔然问询自知难以对抗北魏，便撤离了西域地区。北魏顺利地统一了西域。
在西域众多的势力中，除了上述之外，吐谷浑也不可小视。吐谷浑本是鲜卑族一支，最早生活在辽东地区，后来向西迁徙。到了
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世纪中叶，在青海、甘肃一带建立政权，以首领的名字为称呼本部族。
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年，在北魏进攻下吐谷浑被迫迁往且末，杀于阗王，占据了阿尔金山和昆仑山北麓的大片地方。知道
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年，隋朝军队打败吐谷浑，在那里设立了鄯善、且末等四个郡，扼制丝路要道的河西走廊重