g) Lập, điều chỉnh quy trình vận hành liên hồ chứa trên các lưu vực sông theo danh mục các hồ chứa phải xây dựng quy trình vận hành liên hồ trình Thủ tướng Chính phủ ban hành và hướng dẫn, kiểm tra việc thực hiện sau khi được ban hành; hướng dẫn việc thực hiện các quy định về quan trắc, giám sát các hoạt động khai thác, sử dụng tài nguyên nước trên các lưu vực sông; thẩm định các dự án xây dựng hồ chứa về việc đáp ứng các yêu cầu bảo vệ, khai thác, sử dụng tổng hợp, đa mục tiêu tài nguyên nước và sự phù hợp với quy hoạch tài nguyên nước, quy hoạch tổng hợp lưu vực sông, nguồn nước liên tỉnh;
h) Hướng dẫn, kiểm tra và thực hiện các biện pháp duy trì dòng chảy tối thiểu trên sông, hạ lưu các hồ chứa, đập dâng bảo đảm khai thác, sử dụng tổng hợp, hiệu quả nguồn nước trên các lưu vực sông; việc tuân thủ tiêu chuẩn, quy chuẩn kỹ thuật về an toàn, phòng, chống sụt, lún đất trong thăm dò, khai thác sử dụng nước theo quy định của pháp luật; chỉ đạo việc tổ chức thực hiện các biện pháp hạn chế sụt, lún đất (không bao gồm công trình thủy lợi, đê điều, phòng, chống thiên tai) trong thăm dò, khai thác sử dụng nước theo quy định của pháp luật;
i) Thực hiện công tác điều tra cơ bản tài nguyên nước của cả nước; tổng hợp kết quả điều tra cơ bản, tình hình khai thác, sử dụng, bảo vệ tài nguyên nước do các bộ, ngành và địa phương thực hiện; kiểm kê, đánh giá, dự báo tài nguyên nước; xây dựng, quản lý hệ thống quan trắc, giám sát tài nguyên nước, khai thác, sử dụng nước đối với các lưu vực sông liên tỉnh, nguồn nước liên tỉnh, liên quốc gia; công bố tình trạng khan hiếm nước, thiếu nước trên các lưu vực sông và các biện pháp điều tiết, phân bổ, sử dụng tiết kiệm nước phù hợp; xây dựng báo cáo tài nguyên nước quốc gia;
k) Hướng dẫn, kiểm tra và tổ chức thực hiện việc cấp, gia hạn, điều chỉnh, đình chỉ, thu hồi, cấp lại giấy phép thăm dò, khai thác, sử dụng tài nguyên nước và hành nghề khoan nước dưới đất; chấp thuận việc chuyển nhượng quyền khai thác tài nguyên nước theo quy định của pháp luật;
l) Giải quyết vướng mắc, bất đồng phát sinh trong việc khai thác, sử dụng tài nguyên nước, xả nước thải vào nguồn nước đối với các trường hợp thuộc thẩm quyền cấp giấy phép, vướng mắc khác về tài nguyên nước giữa các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương;
m) Là cơ quan đầu mối quốc gia trao đổi thông tin liên quan đến nguồn nước liên quốc gia và tham gia các tổ chức, diễn đàn quốc tế về lưu vực sông; hướng dẫn, kiểm tra việc thực hiện các công ước, điều ước, thỏa thuận quốc tế về tài nguyên nước mà nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam là thành viên;
n) Theo dõi, giám sát, tổng hợp tình hình về các nguồn nước liên quốc gia, kịp thời báo cáo, đề xuất Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ xử lý các vấn đề nhằm bảo đảm quyền và lợi ích của Việt Nam;
o) Là cơ quan Thường trực Ủy ban sông Mê Công Việt Nam, Hội đồng quốc gia về tài nguyên nước và các Ủy ban lưu vực sông;
p) Hướng dẫn, kiểm tra và tổ chức thực hiện chính sách, pháp luật về phương pháp tính, mức thu tiền cấp quyền khai thác tài nguyên nước; quyết định phê duyệt, điều chỉnh, thông báo việc truy thu, hoàn trả tiền cấp quyền khai thác tài nguyên nước đối với trường hợp khai thác, sử dụng tài nguyên nước thuộc thẩm quyền.