Analisis sekuen mtDNA COI Pari Totol Biru yang didaratkan di Tempat Pendaratan  Ikan Kota Tarakan
Syamsidar Gaffar 1 , Sumarlin* 2
1 Prodi Manajemen Sumberdaya Perikanan, FPIK Universitas Borneo Tarakan
2 Prodi Teknologi Hasil Perikanan, FPIK Universitas Borneo Tarakan
*email: sumarlin@borneo.ac.id

## ABSTRAK
Identifikasi  spesies  berbasis  sekuen  mtDNA  COI  telah  diaplikasikan  ke  berbagai  tujuan, termasuk  untuk  melindungi  biodiversitas  dan  eksploitasi  sumberdaya  ikan  yang  berlebihan. Tujuan  penelitian  ini  adalah  untuk  menganalisis  kualitas  sekuen  gen  mtDNA  COI  pari  totol biru yang  diperoleh dari  tempat  pendaratan ikan  di Kota  Tarakan.  Hasil PCR  mtDNA  sampel diperoleh 456.1  ng/µL  dengan  rasio  A 260/280 yaitu 1.93  dan  pita  tunggal  dengan  ukuran  sekitar 700  bp.  Proses  sekuensing  dilakukan  dengan  metode bi-directional  sequencing. Hasil sekuensing  tersebut  dianalisis  dengan  menggunakan  aplikasi sequence  scanner v.2.0.  dan diperoleh data persentase pure base kategori rendah (low) dan sedang (medium) melebihi 10% yang  menjelaskan  sekuen  konsensus  berkualitas  rendah.  Hasil  ini  berkorelasi  dengan  analisis BLAST  yang  menunjukkan  perolehan  parameter query  cover hanya  sebesar  23%  saja. Meskipun nilai kemiripan sekuen sampel  dengan Neotrygon kuhlii voucher BW-A2578 sebesar 98.28%,  hasil  ini  memiliki  validitas  yang  rendah  karena  tidak  didukung  dengan  nilai query cover yang memadai.
Kata Kunci: pari totol biru, Neotrygon kuhlii, sekuen mtDNA COI, query cover, BLAST

## ABSTRACT
Species identification based on mtDNA COI  sequences has been applied for various  purposes, including  protecting  biodiversity  and  over-exploitation  of  fish  resources.  This  study  aimed  to analyze the  quality  of the  mtDNA  COI gene  sequence  of blue-spotted  stingray  obtained  from fish  landing  site  in  Tarakan  City.  The  PCR  mtDNA  samples  obtained  456.1  ng/µL  with  an A 260/280 ratio of 1.93 and a single band with a size of about 700 bp. The sequencing process was carried out using the bi-directional  sequencing method, and the  results were analyzed using  the sequence  scanner  v.2.0  program.  The  pure  base  percentage  was  10%  for  low  and  medium indicators  explains  the  consensus  sequence  has  poor  quality.  This  result  correlates  with  the BLAST  analysis,  which  shows  that  the  query  cover  is  only  23%.  Although  the  sample sequence's  similarity  value  with  Neotrygon  kuhlii  voucher  BW-A2578  is  98.28%,  this  result has low validity  due to the mediocre  query cover value.
Keywords: blue-spotted stingray, Neotrygon kuhlii, mtDNA COI sequence, query cover, BLAST

## Analisis  sekuen mtDNA COI Pari Totol  Biru…………………………...Syamsidar  Gaffar

## PENDAHULUAN
Jumlah  spesies  yang  punah  dari alam  dalam  beberapa  dekade  terakhir mengalami  peningkatan  yang semakin mengkhawatirkan, baik pengaruh dari perubahan  iklim  global,  rusaknya  habitat, ataupun eksploitasi yang berlebihan. Tercatat,  terjadi  peningkatan  rata-rata tahunan  kepunahan  spesies  dari  satu spesies/satu  juta  hingga  1000  spesies/satu juta  dari  perkiraan  dua  juta  spesies tumbuhan  dan  hewan  yang  teridentifikasi, sementara  perkiraan  total  taksa  hewan berkisar  dari  5  sampai  50  juta,  di  luar  dari sepuluh  juta  mikroorganisme  (Hebert  et  al. 2003).  Banyaknya  spesies  yang  punah sebelum  diidentifikasi  dari  habitat  alaminya mendorong  para  peneliti  untuk terus berupaya  melestarikan  keanekaragaman spesies, salah satunya melalui pengidentifikasian  spesies secara akurat.
Spesies  perairan  yang  berkerabat dekat  banyak  yang  memiliki  kesamaan  dan karakter  morfologi  yang  saling  tumpang tindih  dan  sulit  untuk  dibedakan,  terlebih jika  identifikasi  dilakukan  oleh  bukan  ahli taksonomi. Tantangan yang biasa ditemukan  pada  Elasmobranchii,  seperti karakter  morfologi cryptic yang  tumpang tindih  dan  kompleksitas  spesies,  misal  dari pola  warna  ontogenetik  atau  variasi  yang dimiliki  bersama  di  antara  taksa  yang berkerabat  dekat  (Cerutti-Pereyra  et  al. 2012).
Kesulitan-kesulitan
tersebut menyebabkan  sering  terjadi  kesalahan identifikasi  dan  akhirnya  berimplikasi  pada konservasi  dan  pengelolaan  perikanan  yang kurang  tepat.  Oleh  karena  itu,  identifikasi spesies  berbasis  DNA  ditawarkan  sebagai solusi  akurat penyelesaian  hal tersebut.
Identifikasi secara molekuler, misalnya  menggunakan  penanda  molekuler untuk  otentikasi  spesies,  saat  ini  telah banyak  digunakan.  Awalnya,  pendekatan ini  menggunakan  penanda  protein,  tetapi sekarang  lebih  bergantung  pada  DNA mitokondria  (mtDNA).  Kevalidan  metode DNA  barcoding  menggunakan  analisis sekuen  mtDNA  COI  (Cytochrome  c Oxidase  subunit  I)  pada  spesies  pari  telah ditunjukkan  melalui  penelitian  dari  Taiwan (Chang  et  al.  2017),  Indonesia  (Madduppa et  al.  2016;  Borsa  et  al.  2018),  Australia (Ward  et  al.  2008),  India  (Bineesh  et  al. 2017),  dan  dari  lokasi  lainnya  (Cerutti- Pereyra  et  al.  2012;  Toffoli  et  al.  2008). Meskipun  penelitian  identifikasi  berbasis sekuen  mtDNA  COI  pari  totol  biru  juga telah  dilakukan  di  beberapa  perairan  di Indonesia,  hingga  saat  ini  belum  ada laporan  dari  perairan  Kalimantan  Utara (Tarakan). Padahal, terdapat lokasi pendaratan  ikan  di  Kota  Tarakan  yang masih  memperjualbelikan  pari  totol  biru secara  bebas  tanpa  diidentifikasi  secara akurat  sehingga  belum  diketahui  pasti apakah  pari  yang  diperdagangkan  tersebut masuk kategori  dilindungi  atau  masih  bebas untuk  ditangkap.

## METODOLOGI

## Waktu dan Tempat
Penelitian  ini  dilaksanakan  selama tiga  bulan, pada Mei  hingga  November 2020 di Tarakan,  Kalimantan Utara.  Lokasi pengambilan  sampel ditunjukkan pada Gambar 1.

## Gambar 1. Lokasi  Penelitian

## Alat dan Bahan
Peralatan  yang  digunakan  dalam penelitian  ini  adalah  vortex,  mikrosentrifus, Biofuge Primo R Centrifuge, heating block, forceps, mikropipet,  tip pipet, thermo  cyler , horizontal elektroforesis (Power Pac Basic™, USA),  Spektrofotometer  UV-  Vis (Pharmacia  Biotech),  kalkulator,  alat  tulis, timbangan,  alat-alat  gelas,  serta  perangkat lunak Mega X, Seq Scanner 2 dan Bio Edit.
Bahan yang digunakan dalam penelitian  adalah  sampel  jaringan  otot  ikan pari  totol  biru,  alcohol  70%,  kloroform, aseton,  kit ZR  Tissue  &  Insect  DNA miniprep TM , MyTaq HS Red Mix (Bioline), primer,  Agarosa,  buffer  Tris-EDTA  (TE) pH  8,  Tris-Borat-EDTA  (TBE)  1x,  marker 100  pb  (Invitrogen),  etidium  bromide, loading dye , serta low mass leader .
Metode

## Ekstraksi dan Amplifikasi DNA
Ekstraksi DNA berasal dari potongan  kecil  tubuh  ikan  pari  totol  biru. Proses pencucian alkohol pengawet dilakukan  dengan  merendam  sekitar  10  gr potongan  otot  dalam  etanol  70%.  Proses ekstraksi  DNA  sampel  mengikut  petunjuk ZR Tissue & Insect DNA miniprep TM (Zymo Research, D6016).  Proses  amplifikasi  PCR menggunakan  kit  MyTaq  HS  Red  Mix (Bioline)  dengan  komposisi:  ddH 2 O  9.5  µL, MyTaq  Red  Mix  2x  12.5  µL,  dan  primer masing-masing  10  µM  menggunakan  4 primer  cocktail  berdasarkan Canadian Center for DNA Barcoding (CCDB), 2006 (Tabel 1).

## Analisis  sekuen mtDNA COI Pari Totol  Biru…………………………...Syamsidar  Gaffar
Tabel 1. Primer cocktail  rekomendasi  Canadian Center for DNA Barcoding  (CCDB), 2006 Primer Sekuen Forward VF2_t1 TGTAAAACGACGGCCAGTCAACCAACCACAAAGACATTGGCAC
FishF2_t1 TGTAAAACGACGGCCAGTCGACT AATCATAAAGATATCGGCAC
Reverse
FishR2_t1 CAGGAAACAGCTATGACACTTCAGGGTGACCGAAGAATCAGAA FR1d_t1

## CAGGAAACAGCTATGACACCTCAGGGTGTCCGAARAAYCARAA
Amplifikasi mtDNA COI menggunakan mesin PCR Agilent
Surecycler 8800 dengan  pengaturan  suhu sebagai berikut: predenaturasi pada suhu  95 o C selama 1 menit, denaturasi pada suhu 95 o C  selama  15  detik  dilakukan  sebanyak  35 siklus, annealing pada suhu 52 o C selama 15 detik  dan  dilakua  sebanyak  35  siklus, elongasi  pada  suhu  72 o C  selama  45  detik sebanyak  35  siklus  dan  satu  siklus perpanjangan akhir pada suhu 72 o C selama 2  menit  kemudian  didiamkan  pada  suhu  4 o C  selama  5  menit.  Produk  PCR  dianalisis menggunakan  metode  elektroforesis  gel agarosa  1%  b/v  dengan  mengambil  3  µL sampel  hasil  PCR  dan  3  µL  DNA ladder 100  pb  dimasukkan  ke  dalam  sumur  yang terbentuk  dari  sisir  yang  dijalankan  dalam buffer  TBE  (Tris-Boric  Acid-EDTA)  1x pada tegangan 120 V selama 20 menit yang dilanjutkan dengan  visualisasi pada  alat  UV Transiluminator  (Gel  Doc)  (Sulistiowati  et al. 2020)
Penentuan urutan  sekuen dan analisis mtDNA COI sampel
Sampel yang telah diamplifikasi dengan  metode  PCR,  disekuensing  untuk memperoleh  urutan  nukleotidanya.  Proses
sekuensing  menggunakan  jasa  perusahaan genetic yaitu  1 st Singapore. Data DNA hasil sekuens  gen COI pari  dalam  bentuk kromatogram divisualisasikan menggunakan  aplikasi SeqScanner v.2.0 untuk  mengetahui  kualitas  sekuens  dan dianalisis  menggunakan  MEGA  versi  X (Tamura et  al .  2018).  Selanjutnya  sekuen konsensus yang diperoleh dianalisis BLAST  ( Basic  Local  Alignment  Search Tool ) yaitu membandingkan sekuen mtDNA  CO1  sampel  dengan  database sekuens  DNA  yang  terdapat  Bank  gen NCBI dengan mengakses
www.blast.ncbi.nlm.nih.gov Sekuen  yang  paling  mirip  dicirikan dengan  nilai Max  Score dan Total  Score sama, Query Coverage mendekati 100%, E- value mendekati  0,  dan Ident mendekati 100%  pada  setiap  database  (Tindi  et  al. 2017).

## HASIL DAN PEMBAHASAN
Sampel  penelitian  ini  adalah  pari totol  biru  (Gambar  2.A),  jaringan  otot diambil  dan  dihancurkan  untuk  proses ekstraksi  DNA.  Hasil  kuantifikasi  ekstrak DNA sampel ditunjukkan  pada Tabel 2.
Tabel 2. Kuantifikasi  ekstrak DNA sampel
Nama Sampel Konsentrasi (ng/µL) A 260/280 A 260/230 Ray-TB 456.1 1.93 2.26
Tingkat  kemurnian  ekstrak  DNA dapat dijelaskan dari nilai rasio A 260/280 pada rentang  1.8  –  2.0.  Tabel  2  menunjukkan bahwa  rasio  A 260/280 sampel  sebesar  1.93. Nilai ini menunjukkan bahwa  ekstrak DNA sampel  yang  diperoleh  memiliki  kemurnian yang  tinggi.  Dengan  nilai  konsentrasi ekstrak  DNA  yang  diperoleh  ≥  5ng/µL maka ekstrak DNA sampel telah memenuhi standar  untuk  reaksi  PCR  agar  dapat berlangsung  dengan baik.
Hasil  amplifikasi  PCR  gen  mtDNA COI sampel  diperoleh pita tunggal  (Gambar
2.B).  Pita  tunggal  yang  terlihat  pada  gel elektroforesis  ini  mengonfirmasi  bahwa primer  yang  digunakan  telah  spesifik menempel  pada  target  gen  mtDNA  CO1 yang  diharapkan.  Dengan  membandingkan pita  DNA  sampel  dengan  DNA  acuan (marker)  dapat  diketahui  panjang  sekuen gen  mtDNA  sampel  yang  teramplifikasi PCR  yaitu  berkisar  700  pasang  basa/base pair  (bp).  Hasil  ini  juga  pernah  dilaporkan oleh  Ward  et  al  (2008)  dan  Setiati  et  al (2018)  bahwa  produk  PCR  berkisar  600 hingga  700  bp  tergantung  pada  kombinasi primernya.
Gambar 2. Ikan Pari totol  biru  (A), dan Hasil  ampilifikasi  gen mtDNA sampel (B)
Gen mtDNA COI sampel yang telah diperbanyak dengan PCR kemudian ditentukan  urutan  nukleotida  penyusunnya dengan metode bi-directional  sequencing.
Selanjutnya,  hasil  sekuensing  dianalisis dengan  aplikasi seq  scanner v.2.0  untuk melihat  kualitas  sekuen  yang  diperoleh (Gambar  3).  Terdapat  dua  parameter  yang diperhatikan  dalam  pembacaan  aplikasi  ini; yaitu  puncak  intensitas  basa-basa  DNA
(ATGC),  dan Pure  &  mixed  base QV (Quality  Value). Pure  base QV  adalah ukuran  nilai  untuk  basa-basa  DNA  yang terbaca secara  jelas dalam  bentuk A,  T,  G, C, sedangkan mixed base QV adalah ukuran pembacaan  aplikasi  yang  tidak  dapat dibedakan  apakah    termasuk  A,  T,  G,  atau C,  sehingga  disimbolkan  sebagai  “N”. Range  QV  untuk pure dan mixed  base ditampilkan  pada Tabel 3.
Ket:
1. DNA Marker
2. Sampel Ray TB A B

## Analisis  sekuen mtDNA COI Pari Totol  Biru…………………………...Syamsidar  Gaffar

## Tabel 3. Rentang QV basa-basa DNA
Parameter Rendah Sedang Tinggi Pure base ≤ 15 (merah muda)  15 – 19 (kuning) ≥ 20 (biru) Mixed base ≤ 5 (merah bata) 5 – 9 (cokelat) ≥ 10 (nila)
QV  berkorelasi  terhadap  peluang kesalahan  pembacaan  sekuen  (Probability error (Pe)). Semakin kecil nilai QV semakin besar  pula  nilai  Pe-nya  (City  et  al.  2008). Hubungan  antara  QV  dan  Pe  dapat diperoleh  dari persamaan:
QV = − 10 log 10 𝑃𝑒 …………………...(1)
Sehingga,  dari persamaan  (1) dapat ditentukan  untuk  Pe  sebesar  1%  memiliki nilai  QV  20,  artinya  nuleotida  hasil sekuensing  dengan QV 20 memiliki peluang kesalahan sebesar 1%. Untuk  lebih jelasnya,  hubungan  QV  dan  Pe  ditampilkan pada Tabel  4.
Tabel 4. Korelasi QV dan Pe
QV Pe QV Pe 1 79% 30 0.10% 5 31% 35 0.031% 10 10% 40 0.010% 15 3.1% 45 0.0031%
20 1% 50 0.001%
25 0.31% 60 0.0001%
Gambar 3. Sekuen mtDNA COI sampel yang ditampilkan pada aplikasi sequence scanner V.2.0
Berdasarkan  hasil  analisis  sekuen mt DNA COI sampel Ray TB diperoleh data panjang sekuen DNA yaitu 748 basa dengan jumlah pure  base yang  memiliki  QV  ≥  20
(QV20+)  sebanyak  446  basa  (60%) dicirikan  dengan  warna  biru,  112  basa (15%)  dengan  QV  15-19  dicirikan  dengan warna kuning, dan terdapat 172 basa (23%) dengan  QV  ≤  15,  dicirikan  dengan  warna
merah  muda.  Adapun mixed  base hanya terdapat  18  basa  (2.4%)  dengan  QV  ≤  5 dicirikan  dengan  warna  merah  bata  (Tabel 5)  (Applied  Biosystem,  2012).    Hasil analisis ini menjelaskan bahwa sekuen  yang diperoleh  dari  hasil  sekuensing  masih  tidak cukup  baik  karena  total  untuk  persentase pure base low dan medium melebihi  10%.
Parameter
Jumlah basa Low  Medium  High Pure base 172 112 446 Mixed base 18 - - Tabel 5. Komposisi  QV sekuen
Basa  DNA  yang  berstatus  ambigu (N)  diedit  sesuai  dengan  tendensi  basa terkuat  dengan  merujuk  kualitas  puncak kromatogram menggunakan  fitur edit  trace data from sequences pada aplikasi Mega X (Kumar  et  al  2018) .  Hasil  edit  sekuen konsensus ditampilkan pada Tabel 6. Kedua
hasil sekuen konsensus, sebelum (konsensus  A)  dan  setelah  pengeditan (konsensus B), selanjutnya dianalisis dengan  fasilitas  BLAST  untuk  menentukan kemiripan  sekuen  sampel  dengan  database Bank Gen.
Tabel. 6. Konsensus sekuen mtDNA COI yang di  edit dengan aplikasi  MegaX
Nama Sampel Konsensus Sekuens Ray-TB GTTGGTAAAGAATGGGATCTCCTCCTCCAGCTGGGTCAAAGAAAGTTGTA 50 TTAAGATTTCGGTCTGTGAGGAGTATAGTAATGCCAGCTGCTAGGACTGG 100 TAGGGATAACAGGAGAAGTACAGTTGTAACAAGAATGGATCAGACGAATA 150 ATGGGGTTTGATATTGGGAGATTGTCCTGGGGTACCTATTAATTGACCTA 200 ACTCACGTTTATTGCATTACGCTCACTGCCCGCTTTCCCCTCAACAATCC 250 TCTCGTGCCATCTGCTTTAATGAATCGGCCAACACGCGGTCAGAGGCAGT 300 TTGCGTATTGTTCACTCTTCCACTTCCTCGCTCACTGACTCACTGCTCTC 350 TTTCGTTCTGCTGCAGCGAGCACTATCAACTCACTCCATGGCTGTGATAC 400 CGTTATCCACCGAATCTCGCCATAACGCTCTAAAGAACATGTGAACTAAA 450 TGCCACCTTGAGCCCTTGATCCCTGTAAAGTCCACTTTGCTGGCGTTTTT 500 CCATAGGCTCCCCCCCCCTGACAATCATCTCTAAAATCCACCCTCAACTC 550 CCAACTTACCAAAACCCGACCAGGACTATCAACATACCCATGCCTTTTCC 600
CCCCTGGAAGCTCCCCTCATGCCCCTCTCCCTGTTCCCGACCCCTGCCCC 650
CTTACCCGGATACCCTGTCCCCCCCTTTTCTCCCCCTTCCAAGAAAACCG 700

## TCAGCCGCCTTTTCTTCATTAGTCCTCCACCCCCTTATTAAGTGTTAT 748
Berdasarkan  hasil  analisis  BLAST sampel  dengan  3  data  teratas  pada  Bank Gen  (Tabel  7)  diperoleh  kemiripan  98.28% dengan Neotrygon  kuhlii untuk  konsensus
A dan pada konsensus B tersisa 1 data yang tidak mirip dengan Neotrygon kuhlii namun mirip dengan Neotrygon caeruleopunctata .
Pengambilan  keputusan  dalam  menentukan tingkat  kesesuaian  sampel query dengan hasil  BLAST  dilihat  dari  3  aspek  yaitu Query cover(coverage), e(expected)-value, dan ident(identitiy) .  Hasil  paling  mirip dicirikan  apabila  nilai Query  Coverage mendekati 100%, e-value mendekati 0,  dan
Ident mendekati 100% pada setiap database. Query  cover memberikan  arti  tingkat keselarasan  (persentasi  kesamaan)  antara panjang  nukleotida query (sampel)  dengan database  pada  Bank  Gen. Ident adalah tingkat  kecocokan  sekuen query yang disejajarkan  dengan  sekuen  database  Bank Gen.  sedangkan e-value memberikan indikasi  signifikansi  statistik  hasil pairwise alignment dan menunjukkan ukuran database  sistem scoring yang  digunakan. Semakin  rendah  angka e-value ,  semakin signifikan  hasil  perhitungannya  (Madden 2013;  Kasi  et  al.  2019).  Berdasarkan  hasil

## Analisis  sekuen mtDNA COI Pari Totol  Biru…………………………...Syamsidar  Gaffar
BLAST diperoleh kemiripan tertinggi kedua  sekuen  konsensus  sebesar  98.28% dengan  sekuen Neotrygon  kuhlii voucher BW-A2578.  Namun,  disisi  lain  nilai query cover sangat  rendah  yaitu  hanya  sebesar 23%  saja.  Perolehan  nilai query  cover ini sejalan  dengan  hasil  sekuensing  yang
kurang baik.  Hal  ini sangat berbeda  dengan apa  yang  diperoleh  dari  penelitian  Tindi  et al  (2017)  pada barcoding  Atrina  vexillum dan    Sulistiowati  et  al  (2020)  pada barcoding Scatophagus  argus dimana query cover sekuen yang  dianalisis masing- masing  sebesar 93% dan 95%.
Tabel 7. Hasil  analisis  BLAST dari kedua  konsensus sekuen
Konsensus sekuen Deskripsi Max score Total score Query Cover E- value Ident Accession A Neotrygon kuhlii voucher BW-A2578 309 309 23% 2e-79  98.28% EU398738.1 Neotrygon  kuhlii isolate  gr45 307 307 23% 7e-79  98.28%  MH085753.1 Neotrygon  kuhlii isolate KNS- WSS5-30 307 307 23% 7e-79  98.28%  KU498017.1
B
Neotrygon kuhlii voucher BW-A2578 307 307 23% 7e-79  98.28% EU398738.1 Neotrygon  kuhlii isolate  gr45 305 305 23% 2e-78  98.28%  MH085753.1 Neotrygon caeruleopunctata voucher USNM:444104 305 305 23% 2e-78  98.28%  MH235682.1

## KESIMPULAN DAN SARAN

## Kesimpulan
Berdasarkan hasil sekuensing diperoleh  panjang  sekuen  mtDNA  sampel 748  bp  dengan  dengan  jumlah pure  base yang memiliki QV  ≥ 20 (QV20+)  sebanyak
446  basa.  Hasil  analisis  ini  menunjukkan bahwa  sekuen  yang  diperoleh  dari  hasil sekuensing  masih  tidak  cukup  baik  karena total  untuk  persentase pure  base low  dan medium melebihi  10%.  Hasil  ini  berkorelasi dengan  analisis  BLAST  yang  mendapatkan nilai query cover sangat rendah yaitu hanya sebesar  23%.  Meskipun  nilai  kemiripan sekuen  sampel  dengan Neotrygon  kuhlii voucher  BW-A2578  sebesar  98.28%,  hasil ini  memiliki  validitas  yang  rendah  karena tidak  didukung  dengan  nilai query  cover yang memadai.

## Saran
Biodiversitas  sumberdaya  pari  di perairan  Kalimantan  Utara  masih  belum banyak  diungkap  dari  sisi  molekulernya, padahal  pari  sudah  banyak  diperdagangkan ke  berbagai  daerah,  termasuk  diekspor  ke negara tetangga. Oleh karena itu, pengidentifikasian  secara  molekuler  perlu ditingkatkan  sehingga  spesies  pari  yang diperjualbelikan  tersebut  dapat  diketahui secara  pasti  sebelum  jumlahnya  semakin berkurang  di alam.

## Ucapan Terimakasih
Terima  kasih  diucapkan  kepada  M. Gandri  Haryono,  M.Si.  dan  Dr.  Firdaus, M.Si.  atas  diskusinya  mengenai  lokasi pendaratan  pari  di  Kota  Tarakan,  Aswar
Amiruddin,  M.T.  atas  bantuan  pembuatan peta,  dan  Universitas  Borneo  Tarakan  atas bantuannya  melalui  bantuan  dana  penelitian DIPA universitas.

## DAFTAR PUSTAKA
Bineesh, K.K.  et  al. 2017.  DNA  barcoding reveals  species  composition  of  sharks and  rays  in  the  Indian  commercial fishery. Mitochondrial  DNA  Part  A: DNA  Mapping,  Sequencing,  and Analysis 28(4): p.458–472.
Borsa,  P.,  Arlyza,  I.,  Borsa,  P.,  & Phylogeography, I.A. 2018.
Phylogeography  and  taxonomy  of  the blue-spotted  maskray  (  ex-Neotrygon kuhlii ;  ikan  pari  totol  biru  ) :  the intricate story of a widespread  species complex  .  Seminar  ,  LIPI  Research Center on Oceanography , Ancol on 19 October  2018.  2018.  ird-01916984v2f.
Cerutti-Pereyra, F. et al. 2012. Identification  of  rays  through  DNA barcoding: An application for ecologists. PLoS ONE 7(6).
Chang, C.H. et al. 2017. DNA barcodes  of the native ray-finned fishes in  Taiwan. Molecular Ecology  Resources 17(4): p.796–805.
City,  F.,  Data,  R.U.S.A.,  Examiner,  P.,  & Clow, L.A. 2008.  ( 12  ) United  States Patent. 9(12): p.868–877.
Hebert, P.D.N., Cywinska, A., Ball, S.L., & DeWaard, J.R. 2003. Biological identifications through  DNA  barcodes. Proceedings of the Royal Society  B: Biological Sciences 270(1512): p.313– 321.
Kasi,  P.D.,  Ariandi,  &  Tenriawaru,  E.P. 2019. Identifikasi Bakteri Asam Laktat dari  Limbah  Cair  Sagu  dengan  Gen 16S  rRNA. Majalah  Ilmiah  Biologi Biosfera 36(1): p.35–40.
Kumar  S,  Stecher  G,  Li  M,  Knyaz  C,  and
Tamura K (2018) MEGA X:
Molecular Evolutionary Genetics Analysis across computing platforms. Molecular  Biology  and
Evolution 35 :1547-1549.
Madden, T. 2013. NCBI_blast information.pdf. The NCBI Handbook : p.1–15.
Madduppa,  H.,  Ayuningtyas,  R.U.,  Subhan, B., Arafat,  D., &  . P.  2016.  Exploited but  Unevaluated:  DNA  Barcoding Reveals Skates and Stingrays
(Chordata,  Chondrichthyes)  Species Landed in the Indonesian Fish Market. ILMU KELAUTAN: Indonesian Journal  of  Marine  Sciences 21(2): p.77.
Setiati,  N.,  Peniati,  E.,  &  Maharani,  R.I. 2018.  Status  Konservasi  Jenis  Ikan Pari  Yang  Diperdagangkan  di  TPI  Di Kota  Semarang  Berdasarkan  Gen  Coi Mitokondria. Seminar Nasional
Biologi  dan  Pendidikan  Biologi UKSW :  p.233–239. Available at: https://repository.uksw.edu/handle/12 3456789/15329.
Sulistiowati,  S.,  &  Madduppa,  H.  2020. Identifikasi  Scatophagus  argus  yang dipasarkan  di  Jakarta  berdasarkan Analisis Morfologi dan DNA
Barcoding. Jurnal  Kelautan  Tropis 23(3):  p.373–380.
Tindi,  M.  et  al.  2017.  The  DNA  Barcode and  molecular  phylogenetic  analysis several  Bivalve  species  from  North Sulawesi  Waters  based  on  COI  gene. Jurnal Pesisir  dan  Laut  Tropis 1(2): p.32–38. Available at: www.qiagen.com.
Toffoli,  D.  et  al.  2008.  A  test  of  the  utility of  DNA  barcoding  in  the  radiation  of the freshwater stingray genus Potamotrygon (Potamotrygonidae, Myliobatiformes). Genetics and Molecular  Biology 31(1  SUPPL.  1):
p.324–336.
Analisis  sekuen mtDNA COI Pari Totol  Biru…………………………...Syamsidar  Gaffar
Ward, R.D., Holmes, B.H., White, W.T., &
Last,  P.R.  2008.  DNA  barcoding Australasian  chondrichthyans:  Results and  potential  uses  in  conservation. Marine  and  Freshwater  Research 59(1): p.57-71.