## ANALISIS  KERAGAMAN  GENETIK PADA IKAN  KERAPU
MACAN (Epinephelus fuscoguttatus) YANG TAHAN TERHADAP  PENYAKIT YANG DISEBABKAN BAKTERI Vibrio alginolyticus
Analysis of Genetic Diversity from the Resistant Tiger Grouper (Epinephelus fuscoguttatus) to the Bacterial Vibrio alginolyticus
St. Hidayah Triana  , Mahir S. Gani dan Asmi Citra Malina
Diterima : 4 Juni 2014; Disetujui : 23 Juli 2014

## ABSTRACT
The research was purposed to analyse genetic similarity of tiger grouper (Epinephelus fuscoguttatus) in order to select grouper that was resistant to Vibrio alginolyticus.  In this study, fish were challenged with Vibrio alginolyticus and genetic similarity was examined by a PCR-RAPD method.  Eight RAPD primers were used for PCR-RAPD  analysis.    The  results  showed  that  only  three  primers  of  RAPD  primer  ( YNZ-22,  UBC-456,  dan UBC-457 ) generated high number of RAPD fragments.  The resistant group of tiger groupers generated higher polymorph RAPD fragments than the susceptible groups.  RAPD primer YNZ-22 and UBC-457 generated 82 % and  71  %  of  RAPD  polymorph  fragments  from  resistant  group  of  fish  and  71%  and  60  %  from  susceptible groups,  respectively.    Primer  YNZ-22  is  a  best  genetic  marker  to  analyse  genetic  similarity  of  tiger  groupers produced  specific  marker  ranging  from  1,2-2,0  kb.  Genetic  distances  between  the  population  of  resistant  fish and population of susceptible fish was 0.5091 and between individual of the resistant fish and susceptible fish was 0.7032.
Keywords: Genetik diversity , Epinephelus fuscoguttatus , V. alginolyticus , PCR, RAPD.

## PENDAHULUAN
Ikan kerapu macan merupakan salah satu spesies kerapu yang memiliki nilai ekonomis tinggi dan  mempunyai  prospek  yang  baik  untuk  dikembangkan  sebagai  ikan  budidaya  karena  mempunyai harga  jual  yang  cukup  tinggi.    Selain  merupakan  komoditas  perikanan  laut  yang  bernilai  tinggi  dan menjadi salah satu komoditas unggulan di Indonesia, juga mempunyai pertumbuhan yang cepat.
Usaha budidaya ikan kerapu memiliki prospek yang cerah, karena didukung adanya teknologi pembenihan  yang  kini  telah  mulai  dikuasai  oleh  para  petani  ikan  ataupun  nelayan.    Akan  tetapi budidaya  ikan  kerapu  terkendala  adanya  keterbatasan  benih  baik  dalam  kualitas,  kuantitas  maupun kontinyuitas.  Rendahnya  sintasan  ( survival  rate )  pada  pembenihan  karena  adanya  infeksi  bakteri pathogen  yang  pada  kondisi  puncak  wabah  dapat  menyebabkan  mortalitas  sampai  100%  (Murdjani, 1997).
Bakteri  yang  mampu  menyebabkan  penyakit  pada  ikan  (pathogen)  terdiri  dari Vibrio anguillarum, V. alginolyticus, V. parahaemolyticus dan V. marinus. Sedang menurut Khasonchandra (1999)  bakteri V.parahaemolyticus dan V.  alginolyticus adalah  yang  berperan  sebagai  penyebab kematian pada ikan laut hingga mencapai 80 - 90% (Wijayati dan Hamid, 1997).
Usaha  pengendalian  penyakit  bakterial  pada  kegiatan  budidaya  ikan  kerapu  dapat  dilakukan dengan  menggunakan  obat-obatan  atau  antibiotik,  pemberian  vaksin  (Kamiso et.al ,  2005)  dan imunostimulan  (Alifuddin,  1999),  juga  dengan  menghasilkan  strain  ikan  kerapu  yang  tahan  terhadap serangan penyakit seperti bakteri dalam hal ini Vibrio alginolyticus (Triana et al ., 2006).
 Korespondensi :
Jurusan BudidayaPerairan, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, Universitas Muslim Indonesia Kampus II Jalan Urip Sumohardjo Km 5 Makassar. Telp. (0411) 454550. E-mail: hidayah_triana@yahoo.co.id
Untuk  mendapatkan  ikan  kerapu  macan  yang  tahan Vibrio maka  telah  dilakukan  penelitian tentang profil DNA ikan kerapu macan yang tahan dan rentan terhadap Vibrio alginolyticus (Triana et al .,  2007),  yang  akan  dilanjutkan  dengan  pengamatan  tentang  keragaman  genetik  jenis  ikan  kerapu macan.  Hasil  yang  diharapkan  dari  penelitian  ini  yaitu  untuk  mengetahui  keragaman  genetik  ikan kerapu macan  dalam rangka proses seleksi induk ikan kerapu macan unggul (tahan terhadap serangan penyakit yang disebabkan bakteri Vibrio alginolyticus ) .

## METODE PENELITIAN

## 1.  Tempat dan Waktu
Pemeliharaan ikan kerapu dilaksanakan di Balai Riset  Budidaya Air Payau Takalar (Sul-Sel) mulai  dari  Mei  hingga  Agustus  2008  sedangkan  ekstraksi  dan  isolasi  DNA,  penggandaan  DNA, pemotongan DNA dan elektroforesis dilakukan di Laboratorium Genetika Ikan Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan IPB Bogor mulai dari  September hingga Nopember 2008.  .

## 2.  Bahan dan Alat

## 2.1.  Ikan Uji
Ikan  yang  digunakan  adalah  ikan  kerapu  macan ( Epinephelus  fuscoguttatus ) yang  diperoleh dari  Balai  Besar  Riset  Perikanan  Pantai  Gondol  (Bali).      Benih  ikan  dengan  ukuran  antara  6-8  cm terlebih dahulu diadaptasikan selama satu bulan.

## 2.2.  Pakan
Pakan  yang  digunakan  adalah  pellet  ikan  yang  diberikan  secara ad  libitum ,  frekuensi pemberian pakan dilakukan tiga kali sehari.

## 2.3.  Bakteri
Bakteri  yang  digunakan  untuk  uji  tantang  dalam  penelitian  ini  adalah  bakteri  yang  diperoleh dari Balai  Riset Budidaya  Air Payau Takalar. Perhitungan jumlah bakteri dilakukan dengan  metode cawan tuang dan dinyatakan sebagai Coloni Forming Unit (CFU), sedangkan antigen bakteri untuk uji tantang disiapkan dengan biakan bakteri umur 24 jam.

## 2.4.  Wadah Percobaan
Wadah  yang  digunakan  dalam  percobaan  ini  adalah  ember  plastik  berkapasitas  80  liter sebanyak    12  buah  yang  dilengkapi  dengan  peralatan  aerasi.  Setiap  wadah  diisi  sebanyak  10  ekor. Sebelum digunakan wadah tersebut terlebih dahulu disucihamakan.

## 3.  Perlakuan
Penelitian  ini  terdiri  dari  dua  tahap  yaitu  tahap  pertama  adalah  uji  pendahuluan  mencari lethal  dosis  50  untuk  mendapatkan  ikan  tahan  dan  rentan  terhadap  bakteri Vibrio  alginolyticus dan tahap kedua adalah uji utama untuk kajian keragaman genetik.
Tahap  pertama  meliputi  uji  pendahuluan  yang  terdiri  konsentrasi  bakteri  10 2 ,  10 3 ,  10 4 ,  10 5 dan  10 6 CFU/ml.      Dari  ke  lima  konsentrasi  tersebut  akan  diambil  tiga  lethal  konsentrasi,  untuk selanjutnya  akan    dicari  nilai  LC 50 sebagai  uji  akhir  untuk  mendapatkan  ikan  yang  tahan  dan  rentan terhadap bakteri V. alginolyticus .
Penelitian utama terdiri  dari dua perlakuan yaitu ikan yang tahan (hidup)  dan rentan (mati) terhadap  serangan  bakteri Vibrio  alginolyticus ,  setelah  terlebih  dahulu  diinfeksi  dengan  dosis  LC 50 dengan cara perendaman.

## 4.  Pemeriksaan Parameter
Parameter yang diamati meliputi  ekstraksi dan pengukuran konsentrasi DNA, analisa PCR- RAPD dan elektroforesis.

## 4.1.  Ekstraksi dan pengukuran konsentrasi DNA genom
Sirip  ekor  dari  masing-masing  7  ekor  ikan  yang  hidup  dan  yang  mati  setelah  diuji  tantang dengan bakteri patogen Vibrio alginolyticus dipotong untuk ekstraksi DNA genom, menggunakan Kit (Puregene,  Minneapolis,  USA)  sesuai  dengan  prosedur  yang  ada  (metode  modifikasi  yang  dilakukan oleh  Laboratorium  Genetika  Ikan  Fakultas  Perikanan  dan  Ilmu  Kelautan  IPB.  Konsentrasi  DNA diukur  menggunakan  mesin  kuantifikasi  DNA/RNA.    Sebanyak  1  l  hasil  reaksi  dielektroforesis menggunakan gel agarose 0,7%, DNA divisualisasi dengan etidium bromida yang disinari dengan UV.

## 4.2.  Analisa PCR-RAPD
Pada tahap awal,  8  jenis  primer  diuji  dalam  proses  PCR  untuk  mengetahui  primer  yang  bisa digunakan untuk mengamplifikasi DNA ikan kerapu macan, terdiri dari primer -A, -B, dan -C, YNZ- 22,  UBC-122,  -158,  -456,  dan  -457.    Tahap  selanjutnya  dipilih  tiga  primer  yang  menghasilkan  pola pita  terbaik  dan  paling  jelas  yaitu YNZ-22,  UBC-456  dan  UBC-457 .    Amplifikasi  PCR  dilakukan dengan  volume  reaksi  15  l  yang  mengandung  1x Ex  Taq Buffer,  200  M  dNTP  mix, Ex  Taq polymerase  (Takara  Bio,  Shiga,  Japan)  0,125U,    1  l  DNA  dan  1,5  l  primer.  Hasil  amplifikasi kemudian  dielektroforesis  menggunakan  gel  agarose  0,7%,  DNA  divisualisasi  dengan  etidium bromida yang disinari dengan UV.

## 5.  Analisis Data
Perhitungan  penentuan  Lethal  Dosis  (LC50)  menggunakan  analisis  probit  berdasarkan Bushine-Nash  (Koestoni,1985).  Ukuran  penanda  spesifik  diduga  berdasarkan  pada  ukuran  penanda DNA  (1  kb  DNA  Ladder)  (Hannum et  al .,  2003).    Untuk  analisis  polimorfisme  DNA  dilakukan dengan  analisis  rata-rata  dari  masing-masing  kelompok  ikan  yang  tahan  (T)  dan  yang  rentan  (M). Penentuan  pola  pita  RAPD  sebagai  polimorfik  atau  monomorfik  berdasarkan  Purba  dan  Martanti (2008).  Analisis  keragaman  genetik  menggunakan  program Tools  for  Population  Genetic  Analysis (TFPGA)  versi 1.3. (Miller, 2000)  Jarak genetik  disajikan  dalam bentuk  dendogram  dengan analisis Unweighted Pair Group Method of Aritmethic (UPGMA).  Adapun analisis kualitas airnya dilakukan secara deskriptif.

## HASIL DAN PEMBAHASAN

## 1.  Penentuan Lethal Concentration 50 (LC 50 )
Uji  pendahuluan  untuk  mendapatkan  LC 50 digunakan  konsentrasi  10 2 ,  10 3 ,  10 4 ,  10 5 dan  10 6 CFU/ml.    Dari  uji  pendahuluan  ini  didapatkan  tiga  konsentrasi  bakteri V.alginolyticus yang menyebabkan kematian mendekati 50 %  yaitu 10 3 , 10 4 dan 10 5 CFU/ml.  Selanjutnya dari hasil  uji ke tiga  konsentrasi  diperoleh  data  pada  Tabel  1.  Hasil  analisis  probit  dari  data  tersebut  diperoleh  nilai LC 50 adalah 3,5 x 10 4 CFU/ml.
Tabel 1.  Rata-rata Respon Ikan Kerapu Macan yang Tahan (Hidup) dan Rentan (Mati)
Kepadatan Bakteri (CFU/ml) Respon Ratio % Kematian Mati Hidup 10 5 4 2 4/6 66,67 10 4 2 4 2/6 33,33 10 3 1 5 1/6 16,67

## 2.  Keanekaragaman Genetik

## M   R1  R2  R3  R4  R5  R6 R7   M    T1  T2  T3  T4  T5  T6  T7
Gambar 1.  Elektroforesis DNA  yang diekstraksi  dari sirip ekor ikan kerapu macan yang rentan (R1- R7)  dan  yang  tahan  (T1-T7).  M  :  penanda  dengan  panjang  DNA  ditunjukkan  di  sebelah kiri gambar dalam unit kilobase (kb).
Hasil  ekstraksi  DNA  ikan  kerapu  macan  yang  tahan  dan  yang  rentan  setelah  uji  tantang masing  –  masing  7  ekor,  ditunjukkan  pada  Gambar  1.  Visualisasi  DNA  pada  gel  agarose memperlihatkan  bentuk  dan  ukuran  DNA  pada  perlakuan  ikan  yang  tahan  (kolom  TI-T7)  dan  rentan (kolom R1-R7) hampir sama.
Pada tahap awal, sampel DNA ikan kerapu yang tahan (hidup) dan rentan (mati) diuji dengan menggunakan 8 jenis primer yang terdiri dari primer A, B, C, UBC-122, 158, 456, 457, dan YNZ-22 untuk  mengetahui  jenis  primer  yang  menghasilkan  jumlah  fragmen  DNA  yang  banyak  dan  jelas terlihat  (Gambar  2).  Seperti  ditunjukkan  pada  Gambar  2  bahwa  tidak  semua  primer  tersebut  dapat melekat  atau annealing ke  DNA  genom  sehingga  tidak  semua  proses  PCR  menghasilkan  fragmen DNA. Hal ini dapat disebabkan  karena antara primer-primer tersebut dengan DNA cetakan (template DNA)  tidak  terdapat  kesamaan  urutan  basa  diantara  keduanya,  karena  apabila  terdapat  kesamaan urutan  basa  diantara  ke  duanya  maka  primer  akan  menempel  pada  ke  dua  utas  DNA  cetakan  di  dua situs  (sites)  yang  berbeda.  Kalau  ke  dua  situs  penempelan  primer  berada  dalam  jarak  yang  dapat diamplifikasi maka akan diperoleh produk PCR berupa fragmen DNA (Tingey et al ., 1992; Sambrook et  al .,  1989).  Didukung  oleh  pernyataan  Tingey et  al .  (1992)  bahwa  keberhasilan  suatu  primer mengamplifikasi  DNA  cetakan  ditentukan  oleh  ada  tidaknya  homologi  sekuens  nukleotida  primer dengan  DNA  cetakan.  Selain  itu,  pada  kolom  yang  memiliki  fragmen  DNA  yang  jelas  terlihat menunjukkan  pola  yang  bervariasi  antar  primer,  mengindikasikan  spesifitas  sekuen  DNA  tempat masing-masing  primer  tersebut  melekat.  Adapun  sekuen  daripada  primer-primer  tersebut  dan  jumlah fragmennya masing-masing dapat dilihat pada Tabel 2.
Pada proses PCR selanjutnya untuk semua sampel digunakan primer  YNZ-22, UBC-456  dan UBC-457 karena ke tiga primer inilah  yang  menghasilkan pola fragmen  yang sangat jelas dan paling banyak.  Pada  primer  YNZ-22,  untuk  ikan  yang  tahan  mempunyai  6  fragmen  dan  rentan  9  fragmen, primer UBC-456 untuk ikan yang tahan 4 fragmen dan rentan 6 fragmen sedangkan primer UBC-457 untuk ikan yang tahan 1 fragmen dan rentan 5 fragmen, ditunjukkan pada Gambar 2.
Kb 10 3.0 2.0 1.2 1.0
Tabel 2.  Sekuen DNA Primer yang Menghasilkan Pola Fragmen DNA
Jenis Primer Sekuen DNA Sumber Pustaka Jumlah Fragmen yang Dihasilkan T R A TG(C/T)AA(G/A)GT(A/C/G/ T)TT(C/T)AA T. Knittel dan D. Picard (2008) 3 3 B (T/C)TG(G/A)TA(G/A)AA(T/ G/C/A)C(G/T)(T/C)TGCCA T. Knittel dan D. Picard (2008) 3 - UBC-122 GTA GAC GAG C Khetpu et al ., (2005) - 2 UBC-456 GCG GAG GTC C Diaz et al ., (2007) 4 6 UBC-457 CGA CGC CCT G Diaz et al ., (2007) 1 5 YNZ-22 CTC TGG GTG TCG TGC Diaz et al ., (2007) 6 9 1    2     3   4    5   6    7   8   M      9  10   11  12  13  14  15 16
Gambar 2.   Elektroforesis  DNA  produk  PCR-RAPD  ikan  kerapu  macan  yang  rentan  (1-8)  dan  yang tahan (9-16) dengan 8 jenis primer  berbeda (primer A, B, C, UBC-122, UBC-1-58, UBC- 456, UBC457, YNZ-22)
Hasil elektroforesis produk PCR menggunakan primer YNZ-22, UBC-456 dan UBC-457 untuk semua sampel  ditunjukkan  pada  Gambar  3,  4,  dan  5.      Dari  ke  tiga  primer  yang  digunakan  terlihat  bahwa primer  YNZ-22  memiliki  jumlah  fragmen  yang  lebih  beragam  (Gambar  3)  dibandingkan  dengan  ke dua primer lainnya UBC-456 (Gambar 4) dan UBC-457 (Gambar 5). Hal ini terbukti dengan rata-rata jumlah  fragmen  YNZ-22  untuk  ikan  yang  tahan  lebih  banyak  (9,3  buah  fragmen)  dibandingkan dengan UBC-456 (6 buah fragmen) dan UBC-457 (6,7 buah   fragmen)    (Tabel 3).   Sedangkan untuk ikan  yang  rentan  dengan    menggunakan  primer  YNZ-22  menghasilkan  (6,4  buah  fragmen),  primer UBC-456  (6  buah  fragmen)  dan  primer  UBC-457  (4  buah  fragmen).  Hasil  ini  menunjukkan  bahwa primer  YNZ-22  merupakan genetic  marker yang  terbaik  untuk  menganalisa  keragaman  genetik  ikan kerapu  macan,  karena  primer  inilah  yang  dapat  membedakan  antara  ikan  yang  tahan  dan  rentan  dan diperoleh marker spesifik untuk ikan tahan yaitu pada ukuran 1,2 - 2,0 kb.
M  R1 R2  R3  R4  R5  R6  R7  M  T1  T2  T3  T4  T5  T6  T7
Gambar 3.  Elektroforesis  DNA  produk  PCR-RAPD  ikan  kerapu  macan  yang  rentan      (R1-R7)  dan yang tahan (T1-T7) dengan  menggunakan primer  YNZ-22. M : penanda dengan panjang fragmen DNA ditunjukkan di sebelah kiri gambar dalam unit kilobase (kb)

## M   R1   R2  R3  R4  R5   R6   R7   T1  T2   T3   T4  T5   T6  T7   M
Gambar 4.  Elektroforesis  DNA  produk  PCR-RAPD  ikan  kerapu  macan  yang  rentan  (R1-R7)  dan yang tahan (T1-T7) dengan menggunakan primer UBC-456. M : penanda dengan panjang fragmen DNA ditunjukkan di sebelah kiri gambar dalam unit kilobase (kb)
M   R1  R2  R3  R4  R5  R6   R7  M   T1   T2   T3  T4  T5   T6  T7
Gambar 5.  Elektroforesis DNA produk PCR-RAPD ikan kerapu macan yang rentan (R1-R7) dan yang tahan (T1-T7) dengan menggunakan primer UBC-457 M : penanda dengan panjang fragmen DNA ditunjukkan disebelah kiri gambar dalam unit kilobase (kb).
Jumlah  fragmen  DNA  ikan  kerapu  macan  yang  tahan  dan  rentan  dapat  dilihat  pada  Tabel  4. Dari tabel tersebut terlihat bahwa rata-rata jumlah fragmen DNA ikan yang tahan lebih besar (9,3 buah fragmen) dibandingkan dengan ikan yang rentan (6,4 buah fragmen) yang menggunakan primer YNZ- 22. demikian pula dengan primer UBC-457, menghasilkan rata-rata jumlah fragmen yang lebih banyak (6,7  buah  fragmen)  daripada  yang  rentan  (4  buah  fragmen).  Sementara  pada  primer  UBC-456 menghasilkan  rata-rata  jumlah  fragmen  yang  sama  antara  ikan  yang  tahan  dan  rentan  (6  buah fragmen). Secara umum,  hasil  ini  menunjukkan bahwa ikan  kerapu  macan  yang tahan  memiliki pola fragmen yang lebih beragam (polimorfik) dibandingkan dengan ikan yang rentan. Hal ini dikarenakan ikan  yang  tahan  memiliki  polimorfisme  yang  tinggi  sehingga  akan  memiliki  peluang  hidup  yang semakin tinggi untuk beradaptasi dengan perubahan lingkungan, terutama terhadap serangan penyakit dibandingkan  dengan  ikan  yang  rentan.  Menurut  Warr  (2003),  bahwa  semakin  besar  polimorfisme suatu karakter individu atau populasi maka hal tersebut semakin baik (menguntungkan).
Tabel 4. Jumlah dan Rata-rata Fragmen DNA Ikan Kerapu Macan yang Tahan (T) dan Rentan (R)
Sampel Primer YNZ-22 UBC-456 UBC-457 T1 7 6 - T2 10 6 6 T3 10 6 - T4 9 6 - T5 9 6 7 T6 11 6 - T7 9 6 7 Jumlah 65 42 20 Rata-rata 9,3 6 6,7 R1 7 6 3 R2 7 6 5 R3 7 6 3 R4 7 6 4 R5 7 6 - R6 3 - - R7 7 6 5

## 4.  Analisis Keragaman Genetik
Keragaman  genetik  ikan  kerapu  macan  yang  tahan  dan  rentan  terhadap  serangan  bakteri V. alginolyticus dapat  dilihat  dari  perbedaan  jumlah  total  fragmen,  jumlah  fragmen  polimorfik, persentase  fragmen  polimorfisme  dan  ukuran  fragmen  serta  jarak  genetik  ikan  tersebut.    Perbedaan keragaman genetik (variasi profil DNA) dapat dilihat pada Tabel 5.
Dari tabel tersebut terlihat bahwa jumlah total fragmen yang dihasilkan dari dua primer yang digunakan memperlihatkan variasi jumlah fragmen antara populasi ikan kerapu macan yang tahan dan rentan. Pada populasi ikan kerapu yang tahan, jumlah fragmen yang terdapat pada kedua jenis primer berkisar  antara  7 –  11  (Tabel  5)  sedangkan  jumlah  fragmen  pada  populasi  ikan  yang  rentan  berkisar antara 5 – 7 fragmen. DNA hasil amplifikasi berukuran antara 0,3 – 2,5 kb.
Tabel 5.  Jumlah Fragmen Monomorfik, Polimorfik, Total Fragmen, Persentase Polimorfisme dan Kisaran Ukuran Fragmen dari Populasi Ikan Kerapu Macan yang Tahan (T) dan Rentan (R) Terhadap Bakteri V. alginolyticus
Primer Jumlah Fragmen Monomorfik Jumlah Fragmen Polimorfik Jumlah Total Fragmen Persentase Polimorfisme (%) Kisaran Ukuran Fragmen T R T R T R T R YNZ-22 2 2 9 5 11 7 82 71 0,4 – 2,0 UBC-457 2 2 5 3 7 5 71 60 0,3 – 2,5
Berdasarkan  hasil  yang  diperoleh  pada  Tabel  5  ,  maka  dapat  diketahui  bahwa  dengan menggunakan  primer  YNZ-22,  jumlah  fragmen  polimorfik  yang  muncul  sebanyak  9  buah  fragmen pada  ikan  yang  tahan  dan  rentan  5  buah.  Jumlah  fragmen  monomorfik  berjumlah  2  buah  dengan ukuran masing-masing fragmen adalah  0,7 kb dan 1,0 kb (Gambar 3).  Persentase polimorfisme pada ikan yang tahan sebesar 82 % dan pada ikan yang rentan 71 %.
Untuk  primer  UBC-457  diperoleh  hasil  jumlah  fragmen  polimorfik  pada  sampel  ikan  yang tahan  yaitu  5  buah  fragmen  dan  jumlah  fragmen  polimorfik  pada  ikan  yang  rentan  3  buah.  Jumlah fragmen monomorfik pada sampel ikan yang tahan adalah 2 buah yang berukuran masing-masing 0,3 kb dan 1,2 kb (Gambar 5).  Adapun persentase polimorfisme pada ikan yang tahan sebesar  71 % dan pada ikan yang rentan 60 %. Dengan demikian persentase polimorfisme tertinggi dimilki oleh populasi ikan kerapu  macan yang tahan.
Sejumlah  penelitian  sebelumnya  mengemukakan,  polimorfisme  jumlah  fragmen  DNA  yang dihasilkan  pada  analisis  RAPD  pada  beberapa  spesies  ikan  berbeda-beda,  yaitu  pada  spesies Haplostententhus atlanticus memiliki 1-6 fragmen DNA dengan ukuran fragmen 600–2800 bp (Smith et al ., 1997) dalam Tingey et al ., (1992) dan Ictalurus memiliki 1–10 fragmen dengan ukuran fragmen 200–  1500  bp.  Menurut  Soewardi  (2007)  untuk  keperluan  analisis,  semakin  tinggi  fragmen  yang dihasilkan suatu primer maka semakin baik untuk direkomendasikan dalam keperluan analisis.
Hasil  PCR-RAPD  menunjukkan  adanya  fragmen-fragmen  spesifik  yang  dapat  menjadi penanda (marker) pada populasi ikan kerapu macan yang tahan terhadap bakteri V. alginolyticus yaitu pada  ukuran  fragmen  1,2  –  2,0  kb  dimana  fragmen-fragmen  ini  tidak  ditemukan  pada  populasi  ikan kerapu  macan  yang  rentan  dengan  menggunakan  primer  YNZ-22.  Pemilihan  primer  pada  analisis RAPD  berpengaruh  terhadap  polimorfisme  fragmen  yang  dihasilkan,  karena  setiap  primer  memiliki situs  penempelan  tersendiri,  akibatnya  fragmen  DNA  polimorfik  yang  dihasilkan  setiap  primer menjadi berbeda, baik dalam ukuran maupun jumlah fragmen DNA (Poerba dan Martanti, 2008).
Hasil  analisis  UPGMA  dengan  menggunakan  perangkat  lunak  TFPGA  versi  1.3 memperlihatkan  keragaman  genetik  antara  ikan  kerapu  macan  yang  tahan  dan  rentan  sebesar  0,5091 atau  50,91  %  (Gambar  6).    Hal  ini  menunjukkan  bahwa  antara  ikan  kerapu  macan  yang  tahan  dan rentan hubungannya dari segi genetik sudah agak jauh. Menurut  Khaeruni (2005) bahwa semakin jauh jarak pada dendogram hubungan secara genetik antar populasi makin jauh .
0.5091 ( T ) ( R )
Adapun hasil analisis pengelompokan antar individu populasi ikan kerapu macan yang tahan dan rentan dapat dilihat dari dendogram pada Gambar 7.  Dari gambar tersebut terlihat bahwa antar individu populas ikan kerapu macan yang tahan dan rentan  dihasilkan koefisien kekerabatan  0,7032 atau terdapat keragaman antar individu populasi sebesar 70,32 %.  Jarak genetik antar individu dalam populasi  ikan  yang  tahan  adalah  sebesar  0,32  atau  keragaman  antar  individu  sebesar  32  %.  Secara umum bahwa ikan kerapu macan yang tahan memiliki keragaman genetik  lebih besar dibandingkan dengan ikan kerapu macan yang rentan.
Pada  kelompok  populasi  ikan  kerapu  macan  yang  tahan  antara  individu  T5  dan  T7  tidak berbeda, akan tetapi berbeda sebesar 0,0715 dengan T2 dan membentuk kelompok tersendiri.  Antara T3 dan T6 jarak genetiknya sebesar 0,0351, selanjutnya antara T4 dengan T3 dan T6 jarak genetiknya sebesar  0,0533,  lalu  antara T1  dengan  T4, T3  dan  T6  jarak  genetiknya  sebesar  0,1097,  dan  individu tersebut membentuk kelompok tersendiri (Gambar 7).
0.0715 0.0351 0.0533 0.1097 0.3200 0.0351 0.0533 0.0593 0.1647 0.1390 0.6213 0.7032 (R1) (R2) (R3) (R4)
(R5)
(R6) (R7) (T1) (T2) (T3) (T4) (T5)
(T6) (T7)
Gambar 7 : Dendogram  individu  ikan  kerapu  macan  yang  rentan (1,2,3,4,5,6,7) dan tahan (8,9,10,11,12,13,14) terhadap , hasil amplifikasi menggunakan 3 primer V. alginolyticus
Pada  kelompok  ikan  yang  rentan  terlihat  bahwa  jarak  genetk  antara  individu  R3  dan  R4 sebesar 0,0351, antara individu R2 dengan R3 dan R4  sebesar 0,0533, antara R1 dengan R2, R3 dan R4  sebesar  0,1390, antara  R7  dengan  R5,  R1, R2, R3  dan  R4  sebesar  0,1647.    Jarak    genetik  antara kelompok ini cukup dekat.   Akan tetapi, jarak genetik antara R6 dengan R7, R5, R1, R2. R3 dan R4 cukup jauh yaitu sebesar 0, 6213.

## 4.  Kualitas Air
Rataan  kualitas  air  yang  diperoleh  selama  penelitian  tertera  pada  Tabel  6.  Secara  umum kualitas  air  yang  diperoleh  masih  berada  dalam  kisaran  yang  dapat  ditolerir  oleh  ikan  kerapu  macan karena  menurut  Subyakto  (2003),  kisaran  kualitas  air  yang  layak  untuk  kelangsungan  hidup  dan pertumbuhan ikan kerapu seperti suhu 28–32 o C, salinitas 28–35 ppt, amoniak < 0,01 ppm dan oksigen terlarut  >  3  ppm.  Dengan  demikian  berdasarkan  hasil  pengukuran  kualitas  air,  kisaran  yang  didapat masih layak untuk sintasan dan pertumbuhan ikan kerapu.
Tabel 6. Rataan Kualitas Air Ikan Kerapu Macan ( Epinephelus fuscoguttatus ) Selama Penelitian
Perlakuan Parameter (Satuan) Suhu ( o C) Salinitas ( 0 / 00 ) NH 3 (ppm) DO (ppm) pH Tahan 28 31 0 3,06 8 Rentan 28 31 0 3,06 8

## KESIMPULAN
Berdasarkan  hasil  penelitian,  maka  dapat  disimpulkan  beberapa  hal  diantaranya  konsentrasi bakteri V.alginolyticus yang  mematikan  sebanyak  50  % (LC 50 )    ikan  kerapu  macan  ukuran  6-8  cm adalah 3,5 x 10 4 .  Ikan kerapu macan yang tahan memiliki pola pita yang lebih beragam (polimorfik) dibandingkan dengan ikan yang rentan (mati).  Jumlah rata-rata pita DNA hasil amplifikasi PCR untuk ikan  yang  hidup  lebih  tinggi  dibandingkan  pada  ikan  yang  rentan.    Ukuran  penanda  spesifik  ikan kerapu macan tahan yang menggunakan primer UBC-122 adalah 1,5-2,0 kb dan  0,75-0,95 pada UBC- 456.  Ikan yang hidup mempunyai prosentase pola pita polimorfik 100 % sedangkan yang mati  25 % (monomorfiknya  75  %).UBC-122  merupakan  genetik  marker  terbaik  untuk  menganalisa  keragaman genetik pada ikan kerapu macan.

## Ucapan Terima Kasih
Penulis mengucapkan terima kasih kepada DP2M Dikti yang telah membiayai penelitian ini, kami juga mengucapkan terima kasih kepada Kepala Balai Budidaya Air Payau (BBAP) Takalar dan Kepala Laboratorium Kesehatan  Ikan  BBAP  Takalar  (Sul-Sel)  serta  Kepala  Laboratorium  Reproduksi  dan  Genetika  Organisme Akuatik, FPIK IPB Bogor atas fasilitas sarana dan prasarana yang diberikan untuk digunakan selama penelitian. .

## Daftar Pustaka
Alifuddin,  M.  1999. Peran  Imunostimulan  (Lipopolisakarida, Saccharomyces  cereviceae dan  Levamisol) pada Gambaran respon Imunitas Ikan Jambal Siam ( Pangasius hypophthalmus Fowler) . Program Studi Ilmu Perairan. Program Pasca Sarjana IPB. Bogor.  52 hal
Kamiso. H. N., A. Isnansetyo, Triyanto, M. Murdjani dan Murwantoko. 2005. Produksi Vaksin Vibrio untuk Mengatasi  Penyakit  Ikan  Kerapu .  Makalah  disampaikan  pada  seminar  Riset  Unggulan  Strategis Nasional (RUSNAS) Kerapu.  12 Agustus 2005. Jakarta.   16 hal.
Khasonchandra.  J., 1999. Major  Viral Bakterial  Diseases of  Marine  Fishes  with  Emphasions  Seabass  and Grooper .  Paper  Contributed  to  the  Fourth  Syimposium  on  Diseases  in  Asian  Aquaculture.  Cebu International Convention Centre, Water front Cebu city Hotel, Cebu City.   Philipines.
Khaeruni,  A.    2005). Keragaman  Genetik  dan  Pengembangan  Metode  Deteksi  Cepat  Penyebab  Pustul Bakteri    ( Xanthomonas  axonopodis pv. Glycines )  pada  Kedelai .    Disertasi.    Sekolah  Pascasarjana IPB.  Bogor.  99 hal’
Khetpu, K.,  S. Wongphayak,  S. Klinbunga dan P. Menasveta.  2005. Genetic Diversity and Species – Specific Markers  of  the  Blue  Swimming  Crab Portunus  Pelagicus . In :  31 st Conggress  on  Science  and Technology of Thailand at Suranaree University of Technology.  7 pp Murdjani. M., 1997. Pembenihan Ikan Kerapu Tikus ( Cromileptes altivelis ) dalam Bak Terkendali di Loka BBAP Situbondo . Ditjen Perikanan, Deptan. 9 hal. Poerba,  Y.S.,  dan  D.  Martanti.    2008. Keragaman  Genetik  berdasarkan  Marka  Random  Amplified Polymorphic DNA pada Amorphophallus muelleri Blume di Jawa .  Biodiversitas vol. 9 (4) : 245- 249
Sambrook, J.E., F. Fritsch, and T. Maniatis.  1989. Molecular Cloning : A Laboratory Manual .  CSH-New York : Cold Spring Harbour Laboratory.
Soewardi.    2007. Pengelolaan  Keragaman  Genetika  Sumberdaya  Perikanan  dan  Kelautan .    Departemen Manajemen Sumberdaya Perairan.  Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan IPB. Bogor.
Subyakto, S., dan  S. Cahyaningsih, 2003. Pembenihan Kerapu Skala Rumah Tangga .  Agromedia Pustaka. Jakarta.
Tingey  SV,  JA.  Rafalski,  dan  JGK.  Williams,  1992. Genetic  analysis  with  RAPD  markers . Dalam : Proceedings of the Symposium Applications of  RAPD Technology to Plant Breeding . Minneapolis, 1 Nov 1992. Hal 3 - 8.
Triana,  S.H.,  Ilmiah,  O.  Carman,  dan  Asmi  C.M.    2006. Analisis  Profil  DNA  ( Deoxyribonucleic  Acic )  kan Kerapu  Macan  ( Epinephelus  fuscoguttatus )  yang  Diberi  Imunostimulan Saccharomyces cerevisiae dan Vaksin Vibrio alginolyticus . Laporan Penelitian Hibah Pekerti IV/1.  DP2M-DIKTI. Triana,  S.H.,    O.  Carman,    A.C.  Malina,  Alimuddin,  Ilmiah  dan  M.S.  Gani.    2007. Analisis  Profil  DNA ( Deoxyribonucleic  Acic )  kan  Kerapu  Macan  ( Epinephelus  fuscoguttatus )  yang  Tahan  dan Rentan Terhadap Serangan Bakteri Vibrio alginolyticus . Laporan Penelitian Hibah Pekerti IV/2. DP2M-DIKTI.
Wijayati, A., dan N. Hamid. 1997. Identifikasi Bakteri pada Pembenihan Ikan Kerapu Tikus ( Cromiteptes altivelis ) .  Dirjen Perikanan. Deptan.