## STATUS TAKSONOMI IKAN NOMEI DARI PERAIRAN TARAKAN, KALIMANTAN UTARA BERDASARKAN GEN 16S rRNA SEBAGAI UPAYA KONSERVASI IKAN LAUT LOKAL INDONESIA
1) Endik Deni Nugroho, 2) Dwi Anggorowati Rahayu
1,2) Staf Pengajar Jurusan Biologi Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan, Universitas Borneo Tarakan Jl. Amal Lama No.1, Tarakan. Kalimantan Utara. 77123.
Email: endwi.2011@gmail.com

## ABSTRACT
Tarakan  waters  have  geographical  and  landscape  that  supported  a  wealth  of  abundant and diverse fish. One of the natural resources on the Tarakan Island is Nomei fish. This fish is known by local names of Pepija or Lembe-Lembe. Nomei fish catch has decreased since 2009. There has been no real effort in determining the fish conservation strategies. Data on Nomei taxonomy is still lacking, so far limited research has been conducted only on bio ecology aspect. The purposed of this study was to determine the taxonomic status of  Nomei  fish  from  Tarakan  based  on  16S  rRNA  gene  sequences  and  determine relationship with closely related species. Genetic data collection were done by taking two individual  pectoral fin  from  each fish from  Amal  and  Juata  waters.  Total  DNA  isolated using  Roche  KIT  with  some  modifications.  16S  rRNA  gene  amplification  were  done  by using  a  universal  primer.  Alignment  results  showed  that  there  were  several  automorfi nucleotide  characters  distinguishing  of  this  genus.  Based  on  16S  rRNA  gene  sequences with  consistency  of  phylogenetic  topology  is  generated,  it  can  be  concluded  that  Nomei fish from Amal and Juata included in Harpodon genus, species Harpodon nehereus. This is consistent with the description of morphological characters were Harpodon nehereus. It is also strengthened by divergent sequences of Harpodon sp. Amal 1 and Harpodon sp. Amal 2 (0%); while Harpodon sp. Juata 1 and Harpodon sp. Juata 2 (0%).
Keywords : taxonomic status, Nomei fish, 16S rRNA gene, conservation

## PENDAHULUAN
Ikan Demersal merupakan
sumberdaya  ikan  yang  cukup  penting  di Indonesia.  Hasil  penelitian  oleh  Komisi Ilmiah Stock  Assessment tahun  2001 menunjukkan  bahwa  potensi  lestari  ikan demersal  di  Indonesia  diduga  sebesar 1.370,10  juta  ton/tahun,  sebesar  27% berada  di  Laut  Jawa,  yaitu  sekitar  375,20 juta  ton/tahun.  Salah  satu  ikan  demersal yang  memiliki  nilai  ekonomis  tinggi  yaitu ikan Nomei.
Ikan  Nomei  hidup  di  dasar,  lumpur, daerah  pantai,  muara  sungai,  memiliki panjang  40  cm,  dan  umumnya  10-25  cm.
Ikan  Nomei  tergolong  buas,  makanannya berupa  binatang  dasar,  ikan-ikan  kecil, penangkapan dengan trawl , macam-rnacam pukat tepi, jermal, dipasarkan dalam bentuk segar,  kering  tanpa  garam,  dan  harga murah.  Daerah  penyebaran;  Laut  Jawa, Sumatera,  sepanjang  Kalimantan,  Sulawesi Selatan,  Laut Arafuru, Teluk Benggala dan sepanjang pantai Laut Cina Selatan.
Ikan Nomei merupakan ikan komersial  yang  banyak  dipasarkan  dalam bentuk  ikan  kering.  Ikan  Nomei  menjadi salah  satu  makanan  khas  Kota  Tarakan. Menurut  DKP  Tarakan  (2002)  Ikan  ini mempunyai  potensi  yang  cukup  besar, yakni  10  ton  per  bulan  dalam  bentuk  segar
atau  ±  3  ton  ikan  Nomei  kering.  KKP (2011)  melaporkan  bahwa  penangkapan ikan  Nomei  pada  tahun  2010  sekitar  149 ton di wilayah Kalimantan Timur, sedangkan  pada  wilayah  perairan  pantai barat  Kalimantan,  hasil  tangkapan  ikan Nomei pada tahun 2010 yaitu 44 ton, tetapi Direktorat  Pengembangan  Potensi  Daerah BKPM  tahun  2009  melaporkan  potensi perikanan  tangkap  di  Kalimantan  Barat sebesar  807  ton.  Dari  data  di  atas  hasil penangkapan ikan Nomei mengalami penurunan.
Firdaus  (2010)  menyatakan  bahwa target  tangkapan  ikan  Nomei  di  Tarakan Kalimantan  Timur,  nilai  laju  tangkap sebesar 16,10 kg/jam ( main catch ) dan 3,43 kg/jam  (HTS),  dengan  rata-rata  durasi waktu towing 3,04  jam/trip.  Jika  intensitas penangkapannya  terus  meningkat  dan berlangsung  terus  menerus  tanpa  masa tenggang,  maka  dikhawatirkan  populasi ikan Nomei akan semakin menurun. Hal ini terlihat  dari  beberapa  hasil  wawancara dengan  nelayan  setempat  yang  dikatakan bahwa  hasil  tangkapan Ikan  Nomei
mengalami
penurunan (komunikasi
pribadi).
Semakin  berkembangnya  teknologi, penggunaan  sekuen  DNA  dalam  penelitian taksonomi  telah  meningkat  pesat  dan  telah dilakukan pada semua tingkatan taksonomi, misalnya famili, genus, dan spesies. Sekuen DNA yang  sering  digunakan  dalam penelusuran hubungan kekerabatan, penelusuran evolusi, dan sistematika molekuler  adalah  genom  mitokondria (Ward  et  al.,  2005;  Hidayat  dan  Pancoro, 2006). Hal ini dikarenakan genom mitokondria  memiliki  laju  mutasi  sepuluh kali  lipat  lebih  tinggi  daripada  genom  inti, tidak  memiliki  intron,  jarang  terjadi rekombinasi,  genom  mitokondria  bersifat monofiletik,  diturunkan  secara  maternal dalam  bentuk  haploid  berdasarkan  garis keturunan  maternal.  Analisis  molekuler digunakan untuk memperkuat hasil identifikasi  spesies  dari  karakter  morfologi karena  memiliki  tingkat  akurasi  yang tinggi.
Gen  yang  digunakan  sebagai  marka untuk  identifikasi  spesies  salah  satunya adalah  gen 16S  rRNA .  Gen  ini  memiliki kemampuan untuk penelusuran kekerabatan pada  kategori  pertengahan  yaitu  ditingkat famili  dan  genus  (Knowlton  &  Weight, 1998; Popa et al., 2007; Mitani et al., 2009; Cawthorn  et  al.,  2012).  Gen 16S  rRNA terbukti  berpotensi  dalam  studi  filogenetik serta  menyediakan  informasi  sistematika vertebrata  darat  dan  laut  (Allard  et al.,1992).  Adanya  mutasi  pada  beberapa daerah gen 16S rRNA ini dapat menunjukkan  variasi  untuk  membedakan spesies yang berbeda (Vences et al., 2005). Pondella dkk. (2003) menyatakan penggunaan  gen 16S  rRNA berhasil menunjukkan  hubungan  kekerabatan  dari kadal  juga  pada  ikan,  ketimun  laut  dan organisme  lainnya  (Byrne  et  al.,  2010). Rahayu  (2013)  menyatakan  bahwa  dengan menggunakan partial gen 16S rRNA mampu mengelompokkan  ikan  genus  Tor  yang berasal  dari  daerah  yang  berbeda,  gen  ini telah  berhasil  merekonstruksi  filogenetik pada  ikan  laut,  seperti  Centropomidae  dan Epinephilnae  (Tringali  et  al.,  1999), beberapa  kelompok  ikan  di  Afrika  Selatan (Cawthorn  et  al.,  2012)  serta  mampu membedakan populasi Tor duoronensis dan Tor  tambroides dari  Sarawak,  Malaysia (Nguyen et al., 2006).
Data  mengenai  ikan  Nomei  masih kurang,  belum  ada  penelitian  dasar  kearah sistematika  ikan  tersebut.  Penelitian  yang telah  dilakukan  terbatas  pada  aspek bioekologi  dan  biologinya.  Penyebaran yang berbeda memungkinkan terjadi perbedaan  morfologi  dan  genetik.  Oleh karena  itu,  studi  sistematika  diperlukan untuk  mengungkapkan  status  spesies  ikan tersebut berdasarkan sekuen gen 16S rRNA ikan  Nomei  dari  perairan  Tarakan,  untuk memperkuat penelitian berdasarkan morfologi.  Hasil  penelitian  ini  digunakan sebagai data  base ikan  lokal  Indonesia, khususnya  Kota  Tarakan  yaitu  berupa informasi  status  taksonomi  Ikan  Nomei, informasi  variasi  genetik  Ikan  Nomei, pengenalan  kepada  masyarakat  terutama
mahasiswa  dan  pembelajaran  berbasis potensi  lokal  dengan  membuat  bahan    ajar yang disesuaikan dengan kurikulum sekolah dan perguruan tinggi.

## METODE PENELITIAN
Penelitian  ini  merupakan  penelitian deskriptif
eksploratif.
Penelitian
dilaksanakan  bulan  Oktober  –  Desember 2014.  Lokasi  pengambilan  sampel  ikan Nomei (Harpodon  nehereus) adalah  di perairan Amal dan Juata Tarakan,
Kalimantan  Utara  dan  pengambilan  data genetik  dilakukan  di  Laboratorium  Biologi Molekuler Universitas Negeri Malang.
Tahap  awal  yang  dilakukan  dalam penelitian  ini  adalah  isolasi  DNA  total dengan  menggunakan  Kit  Roche  dengan beberapa  modifikasi.  Setelah  mendapatkan DNA  total,  segera  dilakukan  uji  kuantitatif dengan menggunakan UV spektrofotometer NANO  DROP 2000.  Hasil  isolasi  DNA pada masing-masing sampel diambil sebanyak  3  µl  dan  di  campur  dengan  1  µl loading  dye dengan  2  µl  akuades  steril. Campuran DNA sampel, akuades steril dan loading dye dimasukkan dalam sumuran gel agarosa  dengan  hati-hati  menggunakan mikropipet. Running DNA dilakukan dengan  menghubungkan  katoda  dan  anoda pada  sumber  tegangan  100  V,  200  MA selama  1  jam.  Pengamatan  pita  DNA  yang terbentuk  dilakukan  dengan  menggunakan UV  Transiluminator .  Setelah  didapatkan DNA  dengan  konsentrasi  tinggi  dan  tidak terkontaminasi  RNA  ataupun  protein, langkah selanjutnya adalah tahap amplifikasi  gen 16S  rRNA dengan  primer universal (Palumbi et al ., 1991).
Tabel 1. Primer Gen 16S rRNA
Komposisi PCR untuk gen 16S rRNA dengan volume total volume 30 μl  yaitu 2x PCR  Master  Mix  Solution  15µL,  template
DNA  3  µL,  Primer  F  (10  pmol/  µL)  3  µL, Primer R (10 pmol/ µL) 3 µL, dan ddH 2 O 6 µL.  Selanjutnya  dimasukkan  dalam  mesin PCR  dengan  menggunakan  program  PCR yang  sesuai  untuk  proses  amplifikasi  gen tersebut  (Tabel  1).  Verifikasi  hasil  PCR dilakukan dengan elektroforesis
menggunakan  gel  agarosa  1% yang ditambahkan  dengan  0,5  mg/ml  EtBr ( ethidium  bromide ).  Hasil  elektroforesis dipaparkan  di  atas  UV-transiluminator  dan difoto dengan kamera digital.
Analisis  sekuen barcode gen 16S rRNA dilakukan  dengan  menggunakan beberapa  program  komputer  yaitu:  DNA Baser  untuk  membuat consensus  sequence ; BLAST  untuk  mengetahui  kecocokan  gen target  dengan Query yang  diperoleh  dari Gene Bank , BOLD system , dan FISH-BOL; Clustal-X untuk membuat multiple alignment antara  gen 16S  rRNA sampel dengan data  base dari  kerabat  dekat  ikan Famili  Synodontidae.  Langkah  selanjutnya yaitu  pembuatan  rekonstruksi  topologi filogenetik dilakukan dengan menggunakan program komputer MEGA 5 dengan metode Maximum  Parsimony menggunakan  model perhitungan algoritmik CNI ( Close Neighbor  Interchange ) onrandom  tree menggunakan Random  addition  sequence dilakukan  sebanyak  10  kali  pengulangan, Minimum  Evolution dan Neighbor  Joining dengan  model  perhitungan  algoritmik parameter Kimura-2, dan Maximum Likelihood dengan menggunakanmodel perhitungan  algoritmik  HKY  ( Hasegawa Kishino  Yano ).  Evaluasi  pohon  dilakukan dengan  menggunakan  analisis bootstrap sebanyak 1000 kali pengulangan. Perhitungan nilai
similaritas yaitu:
Persentase  Similaritas  =  (1  -  Jarak Genetik) x 100%

## HASIL DAN PEMBAHASAN
Ikan  Nomei  dari  dua  lokasi  perairan yaitu  perairan  Amal  dan  Juata,  Tarakan, Kalimatan  Utara  diidentifikasi  berdasarkan gen 16S  rRNA. Gen 16S  rRNA memiliki kemampuan untuk penelusuran kekerabatan
pada  kategori  pertengahan  yaitu  ditingkat famili  dan  genus  (Knowlton  &  Weight, 1998;  Popa  et  al.,  2007).  Gen 16S  rRNA dapat digunakan untuk menjelaskan hubungan  kekerabatan  dari  ikan  pada  level taksonomi yang berbeda, hal ini
dikarenakan  gen  tersebut  sangat conserved dan  memiliki  laju  evolusi  lambat  (Dudu  et al.,  2011).  Sekuen  gen 16S  rRNA Ikan Nomei  dari  perairan  Amal  dan  Juata sepanjang ± 550 bp.
Gambar 1.  Hasil amplifikasi gen 16S rRNA ikan Nomei ( Harpodon sp. ) Amal dan Juata pada gel Agarosa 1% (DNA Marker 1 Kb). Ket: M: marker; 1: ikan Nomei Amal 1; 2: ikan Nomei Amal 2; 3: ikan Nomei Juata 1; 4: ikan Nomei Juata 2
Setelah  mendapatkan  pita  DNA  yang sesuai  dengan  panjang  gen  target,  langkah selanjutnya  yaitu  melakukan sekuensing untuk mengkonfirmasi hasil amplifikasi gen 16S  rRNA dari  masing-masing  sampel. Hasil sekuensing tersebut selanjutnya dikonfirmasi dengan BLAST untuk mengetahui  apakah  sekuen  gen  yang didapat  adalah  gen  target  dari  ikan  genus Harpodon.  Setelah  dilakukan  konfirmasi dengan BLAST diketahui bahwa sekuen gen yang  diperoleh  adalah  benar  sekuen  gen 16S  rRNA .  Hal  ini  dapat  dibuktikan  dari tingkat  homologi  sekuen  gen 16S  rRNA yang  diperoleh  dengan  sekuen  gen 16S
rRNA Query dari Gene Bank yaitu Saurida undosquamis menunjukkan kecocokan yang tinggi yaitu 91%.
Hasil alignment menunjukkan  bahwa didapatkan total sekuen gen 16S rRNA ikan Nomei dari perairan Amal dan Juata adalah 628-629  bp. Alignment tersebut  dilakukan untuk  menentukan  tingkat  homologi  dari urutan  basa  sekuen  gen 16S  rRNA yang diperoleh  antar  sampel.  Komposisi  basa nukleotida  antar  sampel  adalah  basa nukleotida
A=33.54%, C=26.76%,
G=22.53%  serta  T=17.18%.  Basa  yang mendominasi yaitu basa T dan A.
Tabel 2. Alignment  gen 16S  rRNA ikan  Nomei  dari  Perairan  Amal  dan  Juata  dengan Genus Saurida
Tabel 3. Automorfi  Sekuen  Gen 16S  rRNA Ikan  Nomei  dari  Perairan  Amal  dan  Juata dengan Genus Saurida
Tabel 4. Persentase Jarak Genetik dengan Model Perhitungan Kimura 2 Parameter (Rata- rata ± SD) berdasarkan Sekuen Gen 16S rRNA Sampel dengan Genus Saurida
Gambar 2.  Topologi  filogenetik  A. Maximum  Parsimony ,  B. Maximum  Likelihood ,
C. Neighbour  Joining ( Bootstarps 1000  X  pengulangan)    ikan  Nomei ( Harpodon  sp. )  Amal  dan  Juata  berdasarkan  sekuen  gen 16S  rRNA . Kotak  warna  merah  menunjukkan sister  spesies ikan  Nomei  ( Harpodon sp .) Amal dan Juata yang merupakan genus Harpodon.
Alignment tersebut tidak dapat dibandingkan  dengan  kerabatnya  dalam satu  genus  dikarenakan  belum  ada data base yang merekam keberadaan ikan genus Harpodon dari segi molekularnya. Penelitian  ini  memberikan  informasi  status spesies ikan Nomei berdasarkan sekuen gen
16S  rRNA .  Pensejajaran  sekuen  tersebut dibuat  berdasarkan  hanya  antar  sampel yang  diteliti  dan  genus  yang  berbeda  yang masih dalam satu famili. Spesies pembanding  yang  berada  dalam  satu  genus yaitu Saurida  undosquamis (AB297971.1) dan Saurida  wanieso (AB297972.1),  serta
spesies outgroup yaitu Tetraodon fluviatilis (AB297972)  dan Tetraodon  nigroviridis (AB297972.1).
Basa  nukleotida  yang  mengalami subtitusi  dapat  digunakan  sebagai  penanda untuk  membedakan  spesies  disebut  basa nukleotida  automorfi.  Alignment  basa nukleotida  antar  sampel  (Harpodon  sp Amal  1  dan  Amal  2)  serta  (Harpodon  sp. Juata 1 dan Juata 2) sepanjang 613 bp. Basa nukleotida  yang  didapatkan  menunjukkan conserved (ditunjukkan dengan tanda bintang,  Tabel  2)  dan  terdapat  2  basa nukleotida  yang  automorfi,  yaitu  basa nukleotida  no.  40  dan  604.  Sampel Harpodon sp. Amal 1 dan Amal 2 pada basa nukleotida  no.  40  memiliki  basa  Guanin (G),  sedangkan  Harpodon  sp.  Juata  1  dan Juata  2  memiliki  basa  Sitosin  (C).  Hal  ini juga  terjadi  pada  basa  nukleotida  no.  604 Sampel Harpodon  sp .  Amal  1  dan  Amal  2 pada basa nukleotida no. 604 memiliki basa Timin (T), sedangkan Harpodon sp . Juata 1 dan Juata 2 memiliki basa Sitosin (C).
Hasil alignment menunjukkan  ada beberapa basa nukleotida yang menunjukkan  karakter  basa  automorfi pembeda  genus.  Hasil  tersebut  dianalisis berdasarkan  sampel  yang  diperbandingkan dengan  genus  Saurida.  Hal  ini  dikarenakan belum  ada database genus  Harpodon. Automorfi pembeda genus tersebut berjumlah  29  karakter  basa  nukleotida (Tabel  3).  Salah  satu  basa  nukleotida  yang menunjukkan automorfi adalah basa nukleotida  nomer  69,  genus  Harpodon memiliki  basa  nukleotida  Sitosin  (C), sedangkan  genus  Saurida  memiliki  basa nukleotida Timin (T).
Rekonstruksi
topologi pohon filogenetik  tersebut  dibuat  berdasarkan metode ML , MP dan NJ dengan  (model perhitungan  Kimura-2  Parameter).  Model perhitungan  kimura-2  parameter  tersebut digunakan  karena  efektif  untuk  analisis DNA  Barcoding (mempertimbangkan  titik substitusi transisi dan transversi) (Maralit et al., 2012). Ketiga metode perhitungan yang dipakai  mendukung  kekonsistenan  bahwa ikan  Nomei  Amal  dan  Juata  membentuk
sister  spesies dan  terpisah  cluster  dari Saurida undosquamis dan Saurida wanieso.
Hasil  rekonstruksi  topologi  pohon filogenetik  pertama  yaitu  dengan  metode MP  ( Maximum  Parsimony )  diperoleh  hasil yang tidak berbeda jauh dengan metode ML ( Maximum  Likelihood )  dan  NJ  ( Neighbour Joining )  (Gambar  2.  A,  B  C).  Hal  yang membedakan  adalah  nilai bootstrapnya . Nilai bootstrap pada kelompok monofiletik Ikan Nomei Amal maupun Juata, yaitu 100; dan genus Saurida membentuk cluster yang berbeda  yang  mengindikasikan  berbeda genus  dengan  ikan  Nomei  yang  ditemukan dari perairan Amal maupun Juata.
Sekuen  divergen  antara  ikan  Nomei ( Harpodon  sp .)  Amal  1  dengan Harpodon sp Amal 2 adalah 0 ± 0,000%; ikan Nomei ( Harpodon sp .) Juata 1 dan Juata 2 dengan nilai  0  ±  0,000%.  Ikan  Nomei  yang ditemukan  dari  perairan  Amal  dan  Juata merupakan  kelompok  monofiletik  (satu sister spesies). Hal ini berbeda dengan nilai sekuen  divergen  dari  genus  Saurida  jika dibandingkan  dengan  genus  Harpodon. Nilai  jarak  genetik  antara  keduanya  yaitu 10,9  ±  0,015  (Tabel  4).  Jarak  genetik  yang tinggi mengindikasikan telah terjadi mutasi. Hal  ini  dapat  dilihat  pada  banyaknya perbedaan  basa  nukleotida  antara  sampel dengan  spesies ingroup yang  masih  dalam satu  genus.  Semakin  besar  jarak  genetik antar sampel, maka kesamaan basa nukleotidanya  semakin  kecil  (hubungan kekerabatannya semakin jauh).
Belum  adanya  sekuen  gen 16S  rRNA genus
Harpodon di G ene Bank , memberikan  alternatif  penelusuran  status taksonomi  ikan  Nomei  didasarkan  pada sister  species terdekatnya  yang  masih berada  dalam  satu  family.  Konstruksi topologi  filogenetik  juga  dibuat  dengan adanya  spesies outgroup .  Hal  ini  dapat memperkuat status taksonomi dan penelusuran  kekerabatan  ikan  Nomei  dari perairan  Amal  dan  Juata  dengan  kerebat terdekatnya  di  G ene  Bank .  Konstruksi topologi filogenetik juga dibuat
berdasarkan metode perhitungan algoritmik ML, MP dan NJ (Gambar 2 A, B, C).
Berdasarkan  sekuen  gen 16S  rRNA dengan  kekonsistenan  topologi  filogenetik yang  dihasilkan,  maka  dapat  disimpulkan bahwa  ikan  Nomei  dari  perairan  Amal  dan Juata  termasuk  dalam  genus  Harpodon, spesies Harpodon  nehereus .  Hal  ini  sesuai dengan  pendeskripsian  karakter  morfologi Harpodon  nehereus (Weber  dan  Beaufort (1916),  Bleeker  (1858),  Nugroho  (2014), dimana  sirip  pektoral  panjang  (mencapai atau  melebihi  awal  sirip  dorsal),  karakter tersebut dimiliki oleh Harpodon sp. Amal, Harpodon  sp .  Juata,  dengan Harpodon nehereus (Weber & Beaufort, 1913). Hal ini juga  diperkuat  dengan  sekuen  divergen Harpodon  sp .  Amal  1  dan Harpodon  sp.
Amal  2  (0  %);  sedangkan Harpodon  sp.
Juata 1 dan Harpodon sp. Juata 2 sebesar (0 %).  Jarak  genetik  yang  terbentuk  dapat ditelusuri dari konstruksi topologi filogenetik  dengan  menggunakan  3  metode perhitungan  algoritmik  (ML,  MP,  dan  NJ) menunjukkan  kekonsistenan  pembentukan cluster  tersendiri  antara  genus  Harpodon dan  terpisah  cluster  dengan  genus  Saurida dan kelompok outgroup.
Penelitian serupa juga pernah dilaporkan  oleh  Maralit  dkk.  (2012)  yang membuktikan  bahwa  ikan  “Pigek”  dan “Bulidao”  di  Filipina  merupakan  spesies yang  sama  yaitu Mesopristes  cancellatus yang ditunjukkan dari hasil topologi pohon filogenetik  berdasarkan  sekuen  gen 16S rRNA bahwa  keduanya  membentuk clade yang  sama  dengan  jarak  genetik  sebesar 0.004%  antar  sampel.  Cawthorn  dkk. (2012)  juga  melaporkan  jarak  genetik intraspesies  ikan  komersial  yang  diteliti  di Afrika  Selatan  memiliki  jarak  genetik antara  0%-0.60%,  satu  genus  0.8-3.24% berada  dalam  satu  famili  sebesar  5.10%- 14.5%.  Rahayu  (2013)  menyatakan  bahwa dengan menggunakan partial gen 16S rRNA mampu  mengelompokkan  ikan  genus  Tor yang berasal dari daerah yang berbeda, gen ini telah berhasil merekonstruksi filogenetik pada  ikan  laut,  seperti  Centropomidae  dan Epinephilnae  (Tringali  et  al.,  1999), beberapa  kelompok  ikan  di  Afrika  Selatan (Cawthorn  et  al.,  2012)  serta  mampu
membedakan populasi Tor duoronensis dan Tor  tambroides dari  Sarawak,  Malaysia (Nguyen et al., 2006).

## KESIMPULAN
Berdasarkan  uraian  hasil  penelitian dan  pembahasan  yang  telah  dikemukakan, maka diperoleh kesimpulan sebagai berikut: Sekuen barcode gen 16S rRNA Ikan Nomei yang ditemukan di Perairan Amal dan Juata memiliki  panjang  628-629  bp  terdapat karakter basa nukleotida automorfi pembeda genus dengan spesies pembanding;  Berdasarkan  sekuen barcode gen COI yang  ditunjang  dengan  karakter morfologi  Ikan  Nomei    yang  ditemukan  di perairan  Amal  dan  Juata  diduga  adalah Harpodon  nehereus ;  Berdasarkan  sekuen gen 16S  rRNA Ikan  Nomei    yang ditemukan  di  perairan  Amal  dan  Juata merupakan kelompok monofiletik.

## DAFTAR PUSTAKA
Astuti  Eka,  Abdul  jabarsyah,  Irawati.2005. Studi Aspek Kebiasaan Makanan Ikan Nomei  ( Horpodon  Nehereus,  Ham Buch,1822) Yang  Tertangkap  Di Perairan  Juata  Laut  Tarakan.  Jurnal Penelitian. 06 Mei  2012.
Firdaus,M.  2010.  Hasil  Tangkapan  Dan Laju  Tangkap  Unit  Perikanan  Pukat Tarik,  Tugu  Dan  Kelong. Makara, Teknologi , Vol. 14, No. 1.
Folmer,  O.,  Hoeh,  B.  W.,  Lutz,  R.  &
Vrijenhoeicatk, R. 1994. DNA Primers For Amplification of Mitochondrial Cytochrome-c OxidaseSubunit  I From  Diverses Metazoan Invertebrates . Molecular Marine  Biology  And  Biotechnology,
3(5): 294-299.
Hubert,  N.,  Hanner,  R.,  Holm,  E.  M., Nicholas.E. 2008. Identifying
Canadian  Freshwater  Fishes  though
DNA Barcodes . PLos One , 3(6):e2490. Jabarsyah, A., Astuti, Eka, Prihastuti, Dyah. 2005.  Hubungan  Panjang-Berat  Dan Faktor Kondisi Ikan Nomei
(Harpodon  nehereus Ham  Buch, 1822) Di Perairan Juata Laut Tarakan. Jurnal Harpodon , Vol 1 (1) 42-47.
Genisa,  Samad  Abdul.  1999.  Pengenalan
Jenis  -  Jenis  Ikan  Laut  Ekonomi Penting Di Indonesia. Oseana,
Volume XXIV, Nomor 1.17 – 38. ISSN 0216-1877 . www.oseanografi.lipi.go.id .Pdf. Diunduh 03 Maret 2013. Kementerian Kelautan dan Perikanan
(KKP).  2011. Statistik  Perikanan
Tangkap Indonesia,2010 . Jakarta: Direktorat
Jendral Perikanan Tangkap.
Miguel, L., Tango, J., Jay, R., Kendrich, I.,
Basiao,  Z.,  Ong,  P.,  and  Quilang,  J. 2011.  DNA  barcoding  of  fishes  of Laguna de Bay, Philippines . Mitochondrial DNA . 22(4): 143–153.
Mitani,  T.,  Atsushi,  A.,  Takuma,  T., Sumitaka,  Y.,  Yutaka,  O  &  Manabu, Y.  2009.  Identification  of  Animal
Species  Using  The  Partial  Sequences in The Mitochondrial 16S rRNA gene. Legal Medicine . 11: S449-S450.
Popa,  L.  O.,  Popa,  O.  P.,  Gargarea,  P.  & Murariu,  D.  2007.  Sequence  Analysis of  the  5’  COI  Gene  Region  from Dama dama (Linnaeus, 1758) (Mammalia:  Cervidae). Travaux  du Museum National d’ Historie Naturelle , L: 537-542.
Nugroho,Endik  Deni,.dkk.  2014.  Status Taksonomi  Ikan  Lokal  Tarakan, Kalimantan  Utara  Sebagai  Langkah Awal Konservasi. Prosedding. Seminar Nasional Ikan VIII MII. IPB.
Nugroho,  Endik  Deni,.dkk.  2014.  Variasi
Morfologi  dan  Kekerabatan  Ikan Nomei di Perairan Kalimantan Sebagai  Upaya  Konservasi  Ikan  Laut Lokal di
Indonesia. Proseding Seminar  Nasional  XI  Biologi,  Sains, Lingkungan,  dan  Pembelajarannya.
Surakarta.
Rahayu  Eka  Putri,  Joko  Samiaji,  Irvina Nurrachmi.  2012.  Pola  Pertumbuhan Dan  Indeks  Kematangan  Gonad  Pada Ikan  Lomek  ( Harpodon  nehereus )  Di
Perairan Dumai Provinsi Riau. Skripsi. Unri.
Rahayu,  Dwi  Anggorowati.,  Listyorini,
Dwi., Ibrohim. 2011. Identifikasi Ikan Poeciliidae dari Telaga Sari Purwodadikabupaten Pasuruan
Berdasarkan  Karakter  Morfologi  dan DNA  Barcode  Cytochrome-Coxidase Subunit  I  (COI). (Skripsi).  Malang: Universitas Negeri Malang.
Rahayu,  Dwi  Anggorowati.,  Rodiyati,  A., Kurniawan,  Nia. Status  Taksonomi Ikan  Lokal  di  Kabupaten  Pasuruan Berdasarkan  Karakter  Morfologi  dan DNA Mitokondria (gen 16S rRNA dan COI) .  (Tesis).  Malang:  Universitas Brawijaya.
Rock, J., Costa, F. O., Walker, J. D, North, W.  A.,  Hutchinson,  F.  W.  &
Carvalho, R. G. 2008. DNA Barcodes of  Fish  of  The  Scotia  Sea,  Antarctica Indicates Priorty Groups For Taxonomic  and  Systematics  Focus. Antartic Science , 20(3): 253-262.
Weber, M. &  L. F. de Beaufort, 1916. The fishes of the Indo-Australian
Archipelago.  II.    Harpodon.  Lesueur, journ.Acad. Nat. Sc. V. 1825. P48.
www. ITIS. org. 2011. Integrated Taxonomic Information System .
www.  Fishbase.  org.  2011. A  Global Information System on Fishes.