CURRENT BIOCHEMISTRY
ISSN: 2355-7877 e-ISSN: 2355-7931 Journal homepage: http://journal.ipb.ac.id/index.php/cbj Journal E-mail: current.biochemistry@gmail.com

## Minyak atsiri Kapulaga (Elettaria cardamomum) sebagai inhibitor Sap 5
Candida albicans penyebab kandidiasis vulvovaginalis (KVV) secara in silico
Gusnia Meilin Gholam 1 , Rini Kurniasih 1 , I Made Artika 1,*
1 Department of Biochemistry, IPB University, Bogor, 16680, Indonesia
Received: 19 Agustus 2024 ; Accepted: 22 Agustus 2024
Corresponding author : e-mail: imart@apps.ipb.ac.id

## ABSTRACT
Vulvovaginal  candidiasis  (VVC)  is  a  disease  caused  by  the  inflammatory  process  of  the  vulva  and vaginal mucosa caused by Candida sp., mainly Candida albicans. This study aimed to analyze the molecular interaction between the volatile oil in cardamom and Sap 5 as an inhibitor of Candida albicans causing VVC through  In  silico  molecular  interaction  analysis.  The  methods  used  are  analysis  of  homology,  structural quality, and essential areas, receptor and ligand preparation, gridbox validation, virtual screening, Lipinski prediction  and  toxicity,  and  ligand-receptor  interaction  visualization  analysis.  The  results  showed  that essential oils have the potential to inhibit Sap 5 through molecular bonding and produce interactions in the form of hydrogen bonds, electrostatic bonds, and hydrophobic interactions. The best test ligands were geranyl acetate (-6.78 kcal/mol), alpha-terpinyl acetate (-6.07 kcal/mol), 1,8-sineol (-5.47 kcal/mol), and linalool (- 5.06  kcal/mol).  The  test  ligands  have  contact  with  catalytic  residues  on  Asp32/Asp218.  In  addition,  the properties of these ligands also meet the Lipinski and toxicity rules, so they can be predicted to be safe.

## Keywords: Candida albicans, cardamom, essential oil, in silico, Sap 5

## ABSTRAK
Kandidiasis vulvovaginalis (KVV) merupakan penyakit akibat dari proses inflamasi vulva dan mukosa vagina  yang  disebabkan  oleh  Candida  sp.  utamanya  Candida  albicans.  Penelitian  ini  bertujuan  untuk menganalisis interaksi molekuler antara minyak atsiri yang terkandung pada kapulaga dengan Sap 5 sebagai inhibitor Candida albicans penyebab KVV melalui analisis interaksi molekuler secara In silico. Metode yang digunakan  yaitu  analisis  homologi,  kualitas  struktur,  dan    daerah  penting,  preparasi  reseptor  dan  ligan, validasi gridbox, penapisan virtual, prediksi Lipinski dan toksisitas, dan analisis visualisasi interaksi ligan- reseptor. Hasil penelitian menunjukkan bahwa minyak atsiri mempunyai potensi menghambat Sap 5 melalui penambatan molekuler dan menghasilkan interaksi berupa ikatan hidrogen, ikatan elektrostatik, dan interaksi hidrofobik. Golongan ligan uji yang terbaik yaitu geranil asetat (-6.78 kkal/mol), alfa-terpinil asetat (-6.07 kkal/mol),  1,8-sineol  (-5.47  kkal/mol),  dan  linalool  (-5.06  kkal/mol).  Ligan  uji  tersebut  mempunyai  kontak residu  katalitik  pada  Asp32/Asp218.  Selain  itu,  sifat  ligan  tersebut  juga  memenuhi  aturan  Lipinski  dan toksisitas, sehingga dapat diprediksi aman.

## 1. PENDAHULUAN
Jamur  yang  diketahui  bersifat  patogen pada  manusia  berjumlah  kurang  lebih  600 spesies.  Angka  tesebut  termasuk  jamur  yang dapat  menginfeksi  secara  ringan  hingga  berat. Beberapa penelitian melaporkan bahwa Candida  albicans ( C.  albicans )  menjadi penyebab utama dari infeksi superfisial seperti kandidiasis vulvovaginalis dan kandidiasis oral (Mayer et al . 2013; Joo et al . 2013; Roselletti et al . 2019). Diperkirakan sebanyak 20-25% dari populasi  dunia  mengalami  infeksi  jamur  dan persentase  tersebut  tersebut  dapat  menyerang semua  usia  dari  laki-laki  dan  perempuan (Puspitasari et  al .  2019). C.  albicans merupakan spesies yang paling sering diidentifikasi  dengan  rata-rata  56%  dari  kasus kandidiasis. Selain itu, diketahui  bahwa jamur ini  mewakili  spesies  paling  banyak  di  seluruh dunia  dengan  rata-rata  66%  dari  semua Candida spp . (Puspitasari et al . 2019;  Nuraini et al . 2018; Kalista et al . 2017). Rekomendasi dari beberapa penelitian mengenai pengobatan infeksi  oleh C.  albicans pada  penyakit Kandidiasis  vulvovaginalis  (KVV)  antara  lain ketokonazol,  flukonazol,  dan  itrakonazol (Harnindya dan Agusni 2016). Badan Pengawas  Obat  dan  Makanan  2014  melalui Yudhani et  al. (2020)  menjelaskan  bahwa sekitar 1000 spesies tumbuhan yang berada di Indonesia  dapat  dimanfaatkan  sebagai  obat herbal dan sangat potensial untuk dikembangkan agar mendukung sektor kesehatan  di  Indonesia  (Yudhani et  al. 2020).
Tanaman herbal dimanfaatkan oleh masyarakat salah  satunya  sebagai  obat.  Masyarakat menggunakan  tanaman  sebagai  obat  sesuai manfaat dan khasiatnya (Harefa 2020).
Vaginitas  adalah  masalah  medis  yang umum  terjadi  pada  wanita  (Karo et  al. 2016). KVV  akibat  dari  terjadinya  proses  inflamasi vulva dan mukosa vagina yang disebabkan oleh Candida sp. utamanya C. albicans (Puspitorini et al. 2018; Samosir et al. 2019). KVV menurut Puspitorini et al. (2018) umumnya terjadi pada
pasien imunokompromais dan diabetes. Prevalensi sebanyak 3 perempat wanita, semasa hidupnya  mengalami  KVV,  terutama  pada masa  usia  subur  dan  5%  wanita  dapat mengalami  rekurensi  KVV(Karo et  al. 2016; Puspitorini et  al. 2018).  Menurut  data  lain, diperkirakan  75%  wanita  akan  mengalami infeksi  sekurang-kurangnya  satu  kali  dan sekitar  40-50%  cenderung  terjadi  reinfeksi dengan disertai gejala seperti vulva terasa gatal, terbakar,  iritasi,  bau  menyengat,  keputihan (Karo et al. 2016; Samosir et al. 2019). Jamur yang menjadi  penyebab  KVV, bertumbuh  dan berkembang  di  area  vagina  ketika  dalam keadaan kurang bersih dan lembab (Tasik et al. 2016).  Organisme  ini  juga  dapat  menginfeksi kulit,  kuku,  membran  mukosa,  saluran  cerna dan menyebabkan penyakit sistemik (Widasmara et  al. 2014).  KVV  Infeksi  jamur simtomatis  ataupun  asimtomatis  dengan  hasil pemeriksaan  yang  dilaporkan  mikroskopi  dan kultur positif (Widasmara et al. 2014).
C.  albicans adalah  organisme  yang membutuhkan suhu 25-30 ° C dan 35-37 ° C untuk dapat  tumbuh  dengan  baik  (Harnindya  dan Agusni  2016).  Dampak  infeksi Candida pada kesehatan  sebaiknya  dapat  menjadi  perhatian, karena  sangat  merugikan  perempuan  seperti timbulnya  beberapa  gejala  seperti  timbulnya rasa  gatal  yang  dapat  menimbulkan  lecet  dan hubungan  seks  yang  tidak  nyaman,  selain  itu disebutkan  bahwa  kandidiasis  juga  dapat memfasilitasi infeksi Human immunodeficiency virus (HIV) (Harnindya dan Agusni 2016).
Salah  satu  jenis  tumbuhan  yang mempunyai  potensi  yaitu  kapulaga  ( Elettaria cardomomum ). Penelitian terdahulu membuktikan  bahwa  kapulaga  mempunyai berbagai  aktivitas  antijamur  dan  antibakteri (Yudhani et  al. 2020).  Kandungan  kapulaga antara  lain  minyak  atsiri,  saponin,  flavonoid, alkaloid, tanin, polifenol, saponin dan triterpenoid (Afrina et al. 2016; Hartady et al. 2020). Khusnul dan Rinzani (2019)
menyebutkan  bahwa  kapulaga  mempunyai
aktivitas antimikroba terhadap beberapa
mikroba patogen. Penelitian lain menyebutkan bahwa kapulaga mempunyai aktivitas antibakteri seperti Helicobacter pylori , Campylobacter jejuni , dan Campylobacter coli . Beberapa senyawa yang terdapat pada minyak atsiri  kapulaga  diketahui  mempunyai  potensi sebagai antiseptik yang sensitif terhadap bakteri di  dalam  rongga  mulut,  gigi  berlubang  yang menghasilkan  bau  mulut,  dan  infeksi  lainnya seperti  infeksi  yang  disebabkan streptococcus mutans dan candida albicans . Aggregatibacter actinomycetemcomitans juga  dihambat  dalam pertumbuhan  patogennya  (Afrina et  al. 2016; Hartady et al. 2020).
Dua  subfamili  SAPs  menjadi  sorotan dalam  proses  ini:  Sap4-6  terkait  dengan ekspresi penanda diferensiasi keratinosit. Sap 5 dengan degradasi cadherin E pada persimpangan  antar-epitel  (Silva et  al .  2019). Degradasi pada protein Cadherin E (persimpangan antarepitel) menyebabkan
perubahan  struktural  dalam  integritas  jaringan dan memfasilitasi invasi oleh C.albicans (Silva et al . 2019). Oleh karena itu, Sap 5 diperkirakan paling signifikan untuk virulensi dalam infeksi lokal dan sistemik yang diakibatkan C.albicans (Silva et  al .  2019).  Beberapa  literatur  juga menganggap  bahwa  Sap  5  (terkait  dengan invasi aktif) dapat menjadi target utama karena peran  pentingnya  dalam  invasi  terhadap jaringan  (Silva et  al .  2019),  sehingga  apabila ditemukan agen yang mampu menjadi inhibitor produksi C.albicans SAPs akan berguna dalam pengobatan terjadinya infeksi (Meenambiga et al . 2018).
Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis interaksi molekuler antara senyawa yang terkandung dalam minyak atsiri pada kapulaga dengan Sap 5 sebagai inhibitor Candida albicans penyebab Kandidiasis vulvovaginalis melalui analisis interaksi molekuler secara In silico .

## 2. METODOLOGI
Alat-alat yang digunakan dalam penelitian  ini  adalah  laptop  HP  250  G5 Notebook PC dengan sistem operasi Windows 10 Professional 64-bit dan spesifikasi prosessor Intel ® Core TM i3-6006U. Perangkat dilengkapi dengan  4,00  GB  RAM  dan  software  untuk simulasi penambatan molekuler seperti
YASARA Structure, Discovery studio, PyMOL.
Bahan-bahan  yang  digunakan  dalam penelitian  ini  adalah  file  ligan  dengan  format *.sdf  dan Sap 5 dengan *.pdb. Struktur 3D dari Sap 5 dengan kode PDB (2QZX) (Borelli et al . 2008) sebagai reseptor yang diunduh dari RCSB Protein Data Bank . Struktur 3D untuk ligan uji dan  ligan  pembanding  diambil  dari  database PubChem. Ligan yang digunakan berjumlah 67 dari minyak atsiri kapulaga. Reseptor diketahui telah  memiliki  ligan  hasil  kristalografi  yaitu pepstatin.
Analisis  Homologi,  Kualitas  Struktur  3D dan Daerah Penting
Kualitas
protein dianalisis menggunakan diagram  Ramachandran melalui laman The  European  Bioinformatics  Institute (EMBL-EBI)  (https://www.ebi.ac.uk/).  Hasil persen nilai stabilitas enzim ditampilkan berupa gambar  plot  diagram  Ramachandran.  Metode homologi  menggunakan  pendekatan  BLAST NCBI (https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/ Blast.cgi)  dan  memilih  blastp suite, kemudian sekuen  asam  amino  reseptor  uji  disalin  dan diletakkan  pada  kolom query  sequence . Database  dipilih  Protein  Data  Bank  (pdb)  dan algoritma  blastp  (protein-protein  BLAST). Hasil  BLAST  dilakukan  pensejejajaran  untuk menganalisis  daerah  penting  protein  target (Komalasari 2021; Pangestu 2021).

## Preparasi Reseptor
Setelah pengunduhan reseptor, struktur reseptor tiga dimensi dipreparasi menggunakan aplikasi  YASARA structure ( Bioinformatics 30,2981–2982 version 19.9.17).  Tahap  ini dimaksudkan  untuk  dapat  menghilangkan molekul air dan penghilangan residu yang tidak diperlukan.  kemudian  ditambahkan  atom hidrogen  (Humaedi  dan  Halimatushadyah 2021;  Komalasari  2021;  Nurjanah  2021; Pannindriya et  al. 2021;  Putri  2021;  Gholam 2022).

## Preparasi Ligan
Laman  PubChem  (https://pubchem. ncbi.nlm.nih.gov/)
diperlukan untuk mengunduh  seluruh  bahan  ligan  uji  dan  alami dengan  konfromer  (.sdf).  Ligan  dilakukan energy  minimization dan  penambahan  atom hidrogen.  Setelah  itu,  file  disimpan  dalam format  (.pdb)  setelah  di  minimalisasi  energi (Gholam 2022).

## Validasi Gridbox
Sebelum screening ,  perlu  adanya validasi untuk mencari ukuran gridbox dengan memperhatikan  nilai  energi  bebas  ikatan (kkal/mol)  paling  negatif  dan  nilai  RMSD terkecil.  Ukuran  ini  dilakukan  sebagai  salah satu  metode  pendekatan  validasi  penambatan molekuler.  Pencarian  pengaturan gridbox terbaik  dengan  cara  penambatan  ulang ligan hasil kristalografi dengan menggunakan dock_run,  medan  gaya  AMBER14,  serta runs=100 (Ali et al. 2020; Gholam 2022).

## Penambatan Molekuler
Simulasi penambatan molekuler menggunakan perangkat lunak YASARA structure dengan  memperhatikan  zona  penambatan  ligan yang  dibatasi  oleh  gridbox  di  area  situs  aktif reseptor.  YASARA structure dalam  pelaksanaan Running menggunakan  file  dock_runscreeening serta  runs=100,  dan  AMBER14.  Hasil  penapisan nantinya didapat file berbentuk (.txt), file ini akan secara  otomatis  muncul  dalam  folder  kerja.  File
berisi nilai energi bebas ikatan (kkal/mol) dan asam amino  yang  berinteraksi (Durai et  al. 2017;  Ali et al. 2020; Irsal et al . 2022).

## Prediksi Lipinski dan Toksisitas Ligan
Analisis  dan  prediksi  ligan  menggunakan laman  http://lmmd.ecust.edu.cn/admetsar1/predict/ untuk toksisitas, sedangkan bioavailabilitas menggunakan laman http://www.scfbio- iitd.res.in/software/drugdesign/lipinski.jsp.
Keduanya  sama-sama  menggunakan  SMILES untuk  menjalankan  prediksi  (Komalasari  2021; Nurjanah  2021).  Analisis  ini  bertujuan  untuk memprediksi sifat kandidat ligan uji.

## Analisis  dan  Visualisasi  Interaksi  Ligan- Reseptor
Analisis hasil penapisan untuk melihat energi pada file  hasil  running  penapisan  (.txt).  File  lain  yaitu (.yob)  diubah terlebih  dahulu menjadi  (.pdb), agar dapat dimuat pada BIOVIA Discovery Studio untuk visualisasi  2D  dan  PyMOL  untuk  visualisasi  3D serta  dapat  dianalisis  interaksi  Reseptor-Ligan (Komalasari 2021; Nurjanah 2021; Putri 2021; Irsal et al . 2024).

## 3. HASIL Homologi Reseptor
Hasil analisis sekuen homolog Secreted aspartic  proteinase 5 Candida  albicans pada BLAST  NCBI  menunjukkan  sekuen  mirip dengan  SAP  1,  SAP2,  Secreted  Aspartic Protease (1ZAP_A), SAP3, dan Structure of the extracellular aspartic proteinase from Candida tropicalis yeast (1J71_A).  Kemiripan  sekuen tersebut  dapat  dianalisis  dengan  melihat beberapa  parameter  yaitu max  score,  total score , query cover , dan per-ident . Sekuen yang diketahui  paling  mendekati  kemiripan  dengan SAP  5  dari C.  albicans yaitu  SAP  1  dari C. albicans dengan per-ident sebesar 57.82% pada SAP 1 (Tabel 1).

## Tabel 1 Homologi Reseptor
Sekuen Organisme Max Score Total Score Query Cover E-Value Per.Ident Accession Secreted aspartic proteinase (Sap) 5 Candida albicans 693 693 100.00% 0 100.00% 2QZX_A Secreted aspartic proteinase (Sap) 1 Candida albicans 408 408 99% 1e-142 57.82% 2QZW_A Secreted aspartic proteinase (SAP2) Candida albicans 384 384 99% 4e-133 56.18% 1EAG_A Secreted aspartic protease Candida albicans 380 380 99% 1e-131 55.29% 1ZAP_A Secreted aspartic proteinase (Sap) 3 Candida albicans 366 366 99% 4e-126 53.69% 2H6S_A

## Pensejajaran Sekuen
Gambar 7 yang memperlihatkan pensejajaran  sekuen,  menunjukkan  hasil  dari keempat  sekuen  yang  mirip  dengan  Sap  5 dengan  kode  2QZX  memiliki  residu  katalitik yang  sama  yaitu  pada  Asp32  dan  Asp218. Reseptor  diketahui  mempunyai  motif  katalitik di  sekitar  residu  Asp  tersebut.  Motif  katalitik
2QZX  yaitu  pada  residu  katalitik  Asp32  yaitu Thr33, Gly34, Ser35, Asp218, Ser219, Gly220, dan  Thr221. Selain itu, pengikat substrat  pada Sap  3  (2H6S),  Sap  1  (2QZW),  Sap  2  (1EAG) dan Sap (1ZAP) mempunyai urutan yang sama dengan Sap 5 yang ditandai dengan warna ungu (Gambar 7).

## Kualitas Struktur Reseptor
Reseptor  yang  digunakan  berasal  dari Candida  albicans yaitu  enzim  Sap  5  dengan kode  protein  data  bank  (PDB)  2QZX  yang diperoleh  dari  RCSB  PDB.  Resolusi  sinar  X sebesar  2.50  Å.  Kestabilan  struktur  Sap  5 dianalisis  dengan  diagram  Ramachandran  plot (Gambar  2).  Ramchandran  dari  Sap  5 menunjukkan  Sap  5  mempunyai  518  (85.2%) residu  asam  amino  yang  terdapat  pada  daerah yang  diinginkan  ( most  favoured  regions ),  89 (14,6%)  residu  asam  amino  terletak  di  daerah yang  diperkenankan ( additional  allowed regions ),  dan  0  (0.0%)  residu  asam  amino terletak  di  daerah  yang  dihindari  ( disallowed regions ).

## Gambar 2 Analisis 2QZX pada Ramachandran plot

## Validasi Gridbox
Validasi  dilakukan  untuk  menentukan ukuran yang akan digunakan dalam penambatan  molekuler  dengan  ligan  uji. Validasi menggunakan ligan hasil kristalografi yaitu pepstatin dengan cara penambatan ulang . Tahap  penambatan  ulang menggunakan  file perintah dock_run dengan runs=100 dan Amber 14.  Penambatan  ulang menggunakan  ukuran dengan  rentang  0.5  Å  –  5  Å.  Tahap  validasi menunjukkan  hasil  terbaik  pada  ukuran  4.5  Å dengan  nilai  RMSD  sebesar  0  Å  dan  energi bebas -9.61 kkal/mol. Visualisasi dari penambatan ulang terlihat pada Gambar 9.
Gambar  3  Hasil  penambatan  ulang  pepstatin.  Warna merah bata merupakan posisi pepstatin sebelum validasi. Warna ungu merupakan posisi pepstatin setelah validasi.

## Penapisan Virtual
Perangkat lunak yang digunakan untuk penapisan  virtual  yaitu  YASARA stucture . senyawa  yang  digunakan  dari  turunan  minyak atsiri  berjumlah  67.  Ligan  pembanding  yang digunakan yaitu liriodenin, sedangkan pepstatin sebagai ligan hasil kristalografi juga digabungkan  bersama  dengan  ligan  uji  dan ligan  pembanding.  Parameter  utama  yang digunakan  adalah  energi  bebas  ikatan.  Ligan pembanding  dan  ligan  hasil  kristalografi dijadikan  sebagai  kontrol  dari  energi  bebas ikatan dalam penelitian ini.
Setelah  dilakukan  penyaringan  seluruh ligan,  ligan  hasil  kristalografi  dan  ligan pembanding  tetap  mempunyai  energi  bebas ikatan  paling  negatif  dari  pada  ligan  uji  dari turunan minyak atisiri. Ligan hasil kristalografi yaitu  pepstatin  memiliki  nilai  energi  bebas ikatan sebesar -9.54 kkal/mol,  kemudian ligan pembanding  yaitu  liriodenin  dengan  nilai energi bebas ikatan -8.29 kkal/mol. Tiga ligan uji  yang menjadi sorotan dalam penelitian ini yaitu  alfa-terpinil  asetat,  1,8-sineol,  dan linalool  masing-masing  mempunyai  energi bebas  ikatan  -6.07  kkal/mol,  -5.47  kkal/mol, dan -5.06 kkal/mol. Ligan uji yang mempunyai energi bebas ikatan paling negatif yaitu geranil asetat  dengan  nilai  -6.78  kkal/mol.  Selain  itu, ligan  uji  yang  memiliki  nilai  energi  bebas ikatan  lebih  kecil  dari  -5.00  kkal/mol  yang berjumlah  63  ligan  akan  diambil  sebagai  data ligan potensial yang kemudian dianalisis lebih lanjut mengenai sifat berdasarkan Lipinski rule of  five dan  toksisitas  ligan.  Ligan  uji  yang
mempunyai  hasil  energi  bebas  ikatan  semakin negatif  menandakan  semakin  kuat  interaksi dengan  reseptor  target,  hal  ini  diketahui berdasarkan  penelitian  ini.  Hasil  penapisan virtual dapat dilihat pada Tabel 2.
Tabel  2  Ligan  Hasil  Penapisan  Virtual menggunakan YASARA structure
No Ligan Energi  bebas ikatan (kkal/mol) 1 Pepstatin (Ligan Hasil Kristalografi) -9.54 2 Liriodenin (Ligan Pembanding) -8.29 3 Geranil asetat -6.78 4 Carvone asetat -6.69 5 beta-selinene -6.55 6 Kariofilen oksida -6.42 7 Gamma-Cadinene -6.39 8 2E,6E-farnesol -6.08 9 Alfa-terpinil asetat -6.07 10 Asam geranik -6.03 11 trans-nerolidol -5.99 12 Linalil asetat -5.97 13 Carvacrol 5.96 14 cis-Dihydrocarvone -5.96 15 cis-Carveol -5.93 16 Carvone -5.92 17 Perilla alcohol -5.91 18 Cuminol -5.90 19 Neril asetat -5.88 20 Terpinolena -5.86 21 Timol -5.85 22 trans-Linalool oksida (furanoid) -5.79 23 cis-linalool oksida (furanoid) -5.78 24 Trans-P-Menth-2-En-1,8-Diol -5.77 25 Sabinene -5.74 26 P-Mentha-1,5-Dien-8-Ol -5.74 27 Alfa-Pinene -5.72 28 Alfa-Terpinene -5.72 29 Alfa-Thujene -5.72 30 Cis-P-2-Menthen-1-Ol -5.72 31 Cis-P-Mentha-2,8-Dien-1-Ol -5.72 32 cis-Piperitol -5.72 33 Verbenone -5.70 34 Trans-P-Menth-2-En-1-Ol -5.69 35 trans-Pinocarveol -5.69 36 trans-Sabinene hidrat -5.69 37 Cuminal -5.66 38 Metil eugenol -5.64 39 Bornil asetat -5.61 40 P-Cymen-8-Ol -5.61 41 Asam heksadekanoat -5.59 42 Terpinen-4-Ol -5.59 43 1,8-Menthadien-4-Ol -5.56 44 Eugenol -5.55 45 trans-Carveol -5.55 46 p-Cymene -5.54 47 Pinocarvone -5.54 48 gamma-Terpinene -5.51 49 Geranial -5.51 50 Limonene -5.50 51 Dehydro-1,8-Sineol -5.50 52 beta-Pinene -5.50 53 trans-1,2-limonene epoksida -5.49 54 Nerol -5.47 55 1,8-Sineol -5.47 56 Neral -5.42 57 1,3,8-P-Menthatriene -5.36 58 Geraniol -5.35 59 cis-beta-Ocimene -5.23 60 Camphene -5.21 61 trans-beta-Ocimene -5.13 62 Hotrienol -5.12 63 Linalool -5.06 64 Cis-4-Decenal -4.87 65 Cis-8-Methylbicyclo[4.3.0]non-3- ene -4.87 66 6-Methyl-5-hepten-2-one -4.80 67 Myrcene -4.78 68 Octanol -4.69 69 Octanal -4.36 Keterangan :  highligh  t biru  muda  = Ligan  uji  yang  dipilih berdasar pada persentase terbanyak analisis GC-MS dan energi bebas ikatan tertinggi.

## Prediksi Lipinski
Berdasarkan Tabel 3, sebanyak 63 ligan uji  yang  diambil  dari  hasil  penapisan  virtual memenuhi aturan Lipinski, sehingga dinyatakan kategori lolos. Hal itu dikarenakan ligan  uji  hasil  penapisan  tidak  melanggar Lipinski Rule  of  five lebih  dari  2  aturan  yang berlaku, dimana ligan yang memenuhi standar tersebut maka diberikan lolos dalam tabel  dan dapat  dianalisis  secara  lebih  lanjut  apabila digunakan  seacra  oral.  Satu  ligan  uji  yang melanggar  aturan  satu  aturan  Lipinski  yaitu asam  heksadekanoat  pada  LogP  dengan  nilai 5.552299,  akan  tetapi  ligan  uji  tersebut  tetap termasuk dalam kategori lolos Lipinski rule of five .

## Tabel 3 Karakteristik Ligan berdasarkan Aturan Lipinski
Ligan Massa  Atom Relatif Donor Ikatan Hidrogen Akseptor Ikatan Hidrogen LogP Refraktifitas Molar Keterangan Pepstatin (Ligan Hasil Kristalografi) 312 5 6 -0.053101 77.145782 Lolos Liriodenin (Ligan Pembanding) 275 0 4 2.234540 76.325989 Lolos Geranil asetat 210 0 0 3.819099 64.941994 Lolos Carvone asetat 208 0 3 2.378700 57.010986 Lolos beta-selinene 204 0 0 4.725199 66.742981 Lolos Kariofilen oksida 220 0 1 3.936399 66.263985 Lolos Gamma-Cadinene 204 0 0 4.581099 66.672981 Lolos 2E,6E-farnesol 222 1 1 4.397899 72.498772 Lolos Alfa-terpinil asetat 196 0 2 3.074500 56.942986 Lolos Asam geranik 168 1 1 2.763700 50.057789 Lolos trans-nerolidol 222 1 1 4.396299 72.476776 Lolos Linalil asetat 196 0 2 3.240599 59.032982 Lolos Carvacrol 150 1 1 2.824019 46.932793 Lolos cis-Dihydrocarvone 152 0 1 2.567800 46.325989 Lolos cis-Carveol 152 1 1 2.279700 47.301788 Lolos Carvone 150 0 1 2.487900 46.301991 Lolos Perilla alcohol 152 1 1 2.281300 47.323788 Lolos Cuminol 150 1 1 2.302300 46.453793 Lolos Neril asetat 196 0 2 3.242199 59.054981 Lolos Terpinolena 136 0 0 3.452999 45.981991 Lolos Timol 150 1 1 2.824019 46.932793 Lolos trans-Linalool oksida (furanoid) 170 1 2 1.881000 49.006786 Lolos cis-linalool  oksida (furanoid) 170 1 2 1.881000 49.006786 Lolos Trans-P-Menth-2- En-1,8-Diol 170 2 2 1.474500 48.785587 Lolos Sabinene 136 0 0 2.998699 43.751987 Lolos P-Mentha-1,5-Dien- 8-Ol 152 1 1 2.279700 47.301788 Lolos Alfa-Pinene 136 0 0 2.998699 43.751987 Lolos Alfa-Terpinene 136 0 0 3.308899 45.911991 Lolos Alfa-Thujene 136 0 0 2.998699 43.751987 Lolos Cis-P-2-Menthen-1- Ol 154 1 1 2.359600 47.325787 Lolos Cis-P-Mentha-2,8- Dien-1-Ol 152 1 1 2.279700 47.301788 Lolos cis-Piperitol 154 1 1 2.359600 47.325790 Lolos Verbenone 150 0 1 2.177700 44.141991 Lolos Trans-P-Menth-2- En-1-Ol 154 1 1 2.359600 47.325787 Lolos trans-Pinocarveol 152 1 1 1.969500 45.141788 Lolos trans-Sabinene hidrat 154 1 1 2.193500 45.235786 Lolos Cuminal 148 0 1 2.622500 45.918495 Lolos Metil eugenol 178 0 2 2.432300 53.446987 Lolos Bornil asetat 196 0 2 2.764300 54.782986 Lolos
P-Cymen-8-Ol 150 1 1 2.222420 46.423794 Lolos Asam heksadekanoat 256 1 2 5.552299 77.947777 Lolos Terpinen-4-Ol 154 1 1 2.503700 47.395790 Lolos 1,8-Menthadien-4- Ol 152 1 1 2.423800 47.371788 Lolos Eugenol 164 1 2 2.129300 48.559792 Lolos trans-Carveol 152 1 1 2.279700 47.301788 Lolos p-Cymene 134 0 0 3.118419 45.267994 Lolos Pinocarvone 150 0 1 2.177700 44.141991 Lolos gamma-Terpinene 136 0 0 3.308899 45.911991 Lolos Geranial 152 0 1 2.877999 48.485989 Lolos Limonene 136 0 0 3.308899 45.911987 Lolos Dehydro-1,8-Sineol 152 0 1 2.520100 45.432987 Lolos beta-Pinene 136 0 0 2.998699 43.751987 Lolos trans-1,2-limonene epoksida 312 5 6 -0.053101 77.145782 Lolos Nerol 154 1 1 2.671399 49.507786 Lolos 1,8-Sineol 154 0 1 2.744100 45.526985 Lolos Neral 152 0 1 2.877999 48.485989 Lolos 1,3,8-P- Menthatriene 134 0 0 3.228999 45.887989 Lolos Geraniol 154 1 1 2.671399 49.507786 Lolos cis-beta-Ocimene 136 0 0 3.474999 48.001987 Lolos Camphene 136 0 0 2.998699 43.751991 Lolos trans-beta-Ocimene 136 0 0 3.474999 48. 001987 Lolos Hotrienol 152 1 1 2.445800 49.391788 Lolos Linalool 154 1 1 2.669800 49.485786 Lolos
Keterangan : highlight biru muda = Ligan uji yang dipilih berdasar pada persentase terbanyak analisis GC-MS dan energi bebas ikatan paling negatif dari kelompok ligan uji.

## Toksisitas Ligan Uji
Prediksi toksisitas dapat melihat parameter  antara  lain human  ether-a-go-go related  gene (herG),  karsinogenik,  dan toksisitas  oral  akut  (LD50),  dan human intestinal  absorption (HIA).  Berdasarkan analisis  parameter  tersebut,  diketahui  64  ligan uji masuk dalam kategori Inhibitor lemahh pada herG.  Sifat  karsinogenik  yang  diprediksi  dari 64  ligan  uji  yang  terpilih,  ternyata  10 diantaranya memiliki sifat karsinogenik.
Kesepuluh  ligan  uji  yang  mempunyai  sifat karsinogenik  dari  hasil  prediksi  antara  lain Linalil asetat, Cuminol, Neril asetat, P-Cymen- 8-Ol,  p-Cymene,  Geranial,  Neral,  cis-beta- Ocimene, trans-beta-Ocimene, dan Hotrienol.
Prediksi  Toksisitas  oral  menunjukkan bahwa dari total  64 ligan hanya 3 diantaranya
yang memiliki kategori IV yang berarti sedikit berbahaya,  dan  yang  termasuk  dalam  kategori tersebut  yaitu  Linalil  asetat, Bornil asetat, dan Asam  heksadekanoat.  HIA  dari  seluruh  ligan uji,  hanya  ligan  hasil  kristalografi  yaitu Pepstatin  yang  mempunyai  HIA-  dengan  skor 0.6364,  sehingga  agak  sulit  diabsorpsi.  Hasil prediksi keseluruhan dapat dilihat pada Tabel 4.

## Interaksi  Ikatan  dan  Kontak  Residu Penapisan Virtual
Berdasarkan penapisan virtual menggunakan  Yasara,  perlu  adanya  analisa kontak  residu  asam  amino  dan  interaksi  yang terjadi  seperti  hidrofobik  maupun  hidrogen. Kami  menganalisis  interaksi  4  kompleks enzim-ligan terbaik.

## Tabel 4 Prediksi Toksisitas Ligan Hasil Penapisan Virtual
Ligan Inhibisi Human Ether-A-Go-Go Related Gene (herG) Karsinogenik Toksisitas Oral Human Intestinal Absorption  (HIA) Kategori Skor Kategori Skor Kategori Skor Kategori skor Pepstatin (Ligan Hasil Kristalografi) Inhibitor Lemah 0.9942 Tidak karsinogenik 0.8131 III 0.6414 HIA- 0.6364 Liriodenin (Ligan Pembanding) Inhibitor lemah, 0.9850 Tidak karsinogenik 0.9702 III 0.6509 HIA+ 1.0000 Geranil asetat Inhibitor lemah, 0.9821 Tidak karsinogenik 0.6034 III 0.8697 HIA+ 0.9765 Carvone asetat Inhibitor lemah 0.8917 Tidak karsinogenik 0.7668 III 0.6400 HIA+ 0.9893 beta-selinene Inhibitor lemah 0.8717 Tidak karsinogenik 0.8131 III 0.8388 HIA+ 0.9947 Kariofilen oksida Inhibitor lemah 0.8720 Tidak karsinogenik 0.7292 III 0.8166 HIA+ 0.9950 Gamma-Cadinene Inhibitor lemah 08089 Tidak karsinogenik 0.7728 III 0.7950 HIA+ 0.9968 (2E,6E)-farnesol Inhibitor lemah 0.7838 Tidak karsinogenik 0.5055 III 0.8552 HIA+ 0.9846 Alfa-terpinil asetat Inhibitor lemah 0.9332 Tidak karsinogenik 0.6462 III 0.7462 HIA+ 1.0000 Asam geranik Inhibitor lemah 0.9397 Tidak karsinogenik 0.8193 III 0.8193 HIA+ 0.9598 trans-nerolidol Inhibitor lemah 0.8464 Tidak karsinogenik 0.5830 III 0.9000 HIA+ 0.9792 Linalil asetat Inhibitor lemah 0.9416 Karsinogenik 0.5787 IV 0.6409 HIA+ 0.9738 Carvacrol Inhibitor lemah 0.8987 Tidak karsinogenik 0.7195 III 0.8351 HIA+ 0.9955 cis- Dihydrocarvone Inhibitor lemah 0.6019 Tidak karsinogenik 0.8523 III 0.8245 HIA+ 0.9945 Neril asetat Inhibitor lemah 0.8928 Karsinogenik, 0.5219 III 0.5909 HIA+ 0.9937 Terpinolena Inhibitor lemah 0.8209 Tidak karsinogenik 0.6580 III 0.7058 HIA+ 0.9963 Timol Inhibitor lemah 0.8987 Tidak karsinogenik 0.7195 III 0.8351 HIA+ 0.9955 trans-Linalool oksida (furanoid) Inhibitor lemah 0.9788 Tidak karsinogenik 0.7648 III 0.8102 HIA+ 0.9835 cis-linalool oksida (furanoid) Inhibitor lemah 0.9788 Tidak karsinogenik 0.7648 III 0.8102 HIA+ 0.9835 Trans-P-Menth-2- En-1,8-Diol Inhibitor lemah 0.9656 Tidak karsinogenik 0.8233 III 0.8975 HIA+ 0.9945 Sabinene Inhibitor lemah 0.9353 Tidak karsinogenik 0.7732 III 0.7601 HIA+ 0.9858 P-Mentha-1,5- Dien-8-Ol Inhibitor lemah 0.9640 Tidak karsinogenik 0.6007 III 0.5697 HIA+ 0.9969 Alfa-Pinene Inhibitor lemah 0.9641 Tidak karsinogenik 0.6096 III 0.8258 HIA+ 0.9964 Alfa-Terpinene Inhibitor lemah 0.9010 Tidak karsinogenik 0.6199 III 0.8506 HIA+ 0.9953 Alfa-Thujene Inhibitor lemah 0.9653 Tidak karsinogenik 0.6717 III 0.6216 HIA+ 0.9959 Cis-P-2-Menthen- 1-Ol Inhibitor lemah 0.9491 Tidak karsinogenik 0.8313 III 0.8682 HIA+ 0.9953 Cis-P-Mentha- 2,8-Dien-1-Ol Inhibitor lemah 0.9098 Tidak karsinogenik 0.8605 III 0.8083 HIA+ 0.9883
cis-Piperitol Inhibitor lemah 0.8359 Tidak karsinogenik 0.8534 III 0.7298 HIA+ 0.9953 Verbenone Inhibitor lemah 0.9654 Tidak karsinogenik 0.7742 III 0.7560 HIA+ 1.0000 Trans-P-Menth-2- En-1-Ol Inhibitor lemah 0.9545 Tidak karsinogenik 0.8226 III 0.8912 HIA+ 0.9972 trans-Pinocarveol Inhibitor lemah 0.9338 Tidak karsinogenik 0.8314 III 0.8328 HIA+ 0.9871 trans-Sabinene hidrat Inhibitor lemah 0.9579 Tidak karsinogenik 0.8475 III 0.8141 HIA+ 0.9932 Cuminal Inhibitor lemah 0.9629 Tidak karsinogenik 0.5102 III 0.9307 HIA+ 1.0000 Metil eugenol Inhibitor lemah 0.8488 Tidak karsinogenik 0.8119 III 0.9019 HIA+ 0.9938 P-Cymen-8-Ol Inhibitor lemah 0.9691 Karsinogenik 0.5541 III 0.5173 HIA+ 0.9944 Bornil asetat Inhibitor lemah 0.9483 Tidak karsinogenik 0.7995 IV 0.4812 HIA+ 0.9969 Asam heksadekanoat Inhibitor lemah 0.9322 Tidak karsinogenik 0.6452 IV 06378 HIA+ 0.9888 Terpinen-4-Ol Inhibitor lemah 0.8716 Tidak karsinogenik 0.8500 III 0.8121 HIA+ 0.9969 1,8-Menthadien- 4-Ol Inhibitor lemah 0.8354 Tidak karsinogenik 0.8664 III 0.8489 HIA+ 0.9906 Eugenol Inhibitor lemah 0.8355 Tidak karsinogenik 0.8432 III 0.8605 HIA+ 0.9832 trans-Carveol Inhibitor lemah 0.8007 Tidak karsinogenik 0.7990 III 0.8021 HIA+ 0.9854 p-Cymene Inhibitor lemah 0.9573 Karsinogenik 0.5481 III 0.8434 HIA+ 0.9960 Pinocarvone Inhibitor lemah 0.9300 Tidak karsinogenik 0.8100 III 0.7917 HIA+ 0.9961 gamma-Terpinene Inhibitor lemah 0.9359 Tidak karsinogenik 0.5240 III 0.8413 HIA+ 0.9972 Geranial Inhibitor lemah 0.8752 Karsinogenik 0.5847 III 0.8232 HIA+ 0.9919 Limonene Inhibitor lemah 0.7745 Tidak karsinogenik 0.6913 III 0.9069 HIA+ 0.9887 Dehydro-1,8- Sineol Inhibitor lemah 0.9134 Tidak karsinogenik 0.7969 III 0.7021 HIA+ 0.9926 beta-Pinene Inhibitor lemah 0.9157 Tidak karsinogenik 0.7520 III 0.8344 HIA+ 0.9834 trans-1,2- limonene epoksida Inhitor lemah 0.8685 Tidak karsinogenik 0.8036 III 0.8102 HIA+ 0.9818 Nerol Inhibitor lemah 0.7838 Tidak karsinogenik 0.5055 III 0.8552 HIA+ 0.9842 1,8-Sineol Inhibitor lemah 0.8743 Tidak karsinogenik 0.7856 III 0.8147 HIA+ 0.9880 Neral Inhibitor lemah 0.8752 Karsinogenik 0.5847 III 0.8232 HIA+ 0.9919 1,3,8-P- Menthatriene Inhibitor lemah 0.8724 Tidak karsinogenik 0.6500 III 0.8646 HIA+ 0.9859 Geraniol Inhibitor lemah 0.7838 Tidak karsinogenik 0.5055 III 0.8552 HIA+ 0.9846 cis-beta-Ocimene Inhibitor lemah 0.9243 Karsinogenik 0.7261 III 0.6148 HIA+ 0.9764 Camphene Inhibitor lemah 0.9237 Tidak karsinogenik 0.7712 III 0.8360 HIA+ 0.9857 trans-beta- Ocimene Inhibitor lemah 0.9243 Karsinogenik 0.7261 III 0.6148 HIA+ 0.9764
Hotrienol Inhibitor lemah 0.9218 Karsinogenik 0.6352 III 0.8199 HIA+ 0.9618 Linalool Inhibitor lemah 0.9163 Tidak karsinogenik 0.5721 III 0.8335 HIA+ 0.9741
Keterangan : highlight biru muda = Ligan uji yang dipilih berdasar pada persentase terbanyak analisis GC-MS dan energi bebas ikatan paling negatif dari kelompok ligan uji.
Geranil  asetat  sebagai  ligan  uji  yang mempunyai  energi bebas ikatan paling negatif (-6.78 kkal/mol) dari golongan ligan uji  yang mendekati  ligan  pembanding  dan  ligan  hasil kristalografi  mempunyai  kontak  residu  yaitu Ile12,  Ile30,  Asp32,  Tyr84,  Asp86,  Ser88, Ala119,  Arg120,  Ile123,  Gly220,  Thr221, Thr222.  Keseluruhan  residu  asam  amino tersebut tergolong interaksi hidrofobik. Visualisasi  2D  dan  3D  dapat  dilihat  pada Gambar  4.  Alfa-terpinil  asetat  dengan  energi bebas ikatan -6.07 kkal/mol mempunyai kontak residu  asam  amino  Ser35,  Gly34,  Asp218, Asp32, Ala119, Ile30, Ile123, Tyr84.
Keseluruhan kontak residu asam amino tersebut masuk  dalam  interaksi  hidrofobik.  Visualisasi 2D dan 3D dapat dilihat pada Gambar 5.
1,8-sineol dengan energi bebas ikatan -
5.47 kkal/mol mempunyai kontak residu asam amino  yaitu  Asp86,  Arg120,  Trp51,  Ser88, Gly85,  Asp32,  Ile12,  Thr13,  Gly220,  Thr222,
Ile30,  Tyr84,  Ala119,  Ile123,  Ile30,  Tyr84, Ala119,  dan  semua  residu  tersebut  masuk dalam  interaksi  hidrofobik.  Visualisasi  2D dan3D  dapat  dilihat  pada  Gambar  6.  Linalool dengan  energi  bebas  ikatan  -5.06  kkal/mol mempunyai  residu  asam  amino  yaitu  Leu216, Gly85,  Asp86,  Ser35,  Ala119,  Ser88,  Asp32, Gly220, Gly34, Thr221, Asp218, Ile30, Tyr84, Ile123.  Diketahui  bahwa  linalool  membentuk ikatan hidrogen yang mengenai residu katalitik Sap 5 yaitu pada residu Asp218. Visualisasi 2D dan3D dapat dilihat pada Gambar 7. Gambar 8 menunjukkan  visualisasi  3D  dengan surface yang memperlihatkan posisi  keempat ligan uji pada reseptor Sap 5. Keempat ligan uji terlihat berada didaerah sisi aktif reseptor yaitu residu katalitik,  motif  katalitik,  kantung  substrat  S3 dan  S4.  Hal  ini  menunjukkan  bahwa  keempat ligan uji tersebut tertambat pada daerah penting dari reseptor.
Gambar 4 Visualisai 2D dengan menggunakan Discovery Studio dan 3D menggunakan PyMOL. (A) Visualisasi interaksi 2D dari geranil asetat terhadap Sap 5 dengan seluruh residu asam amino dari hasil YASARA. Residu katalitik berwarna biru dan pengikat substrat berwarna merah. (B) Visualisasi interaksi 3D dari  geranil asetat terhadap Sap 5 dengan residu yang mengenai residu katalitik dan kantung pengikat substrat pada S3 dan S4. Seluruh residu membentuk interaksi hidrofobik.
Gambar 5 Visualisai 2D dengan menggunakan Discovery Studio dan 3D menggunakan PyMOL. (A) Visualisasi interaksi 2D  dari  alfa-terpinil  asetat  terhadap  Sap  5  engan  seluruh  residu  asam  amino  dari  hasil  YASARA.  (B) Visualisasi  interaksi  3D  dari    alfa-terpinil  asetat  terhadap  Sap  5  dengan  residu  katalitik.  Seluruh  residu membentuk interaksi hidrofobik.
Gambar 6 Visualisai 2D dengan menggunakan Discovery Studio dan 3D menggunakan PyMOL. (A) Visualisasi interaksi 2D  dari  1,8-sineol  terhadap  Sap  5  dengan  seluruh  residu  asam  amino  dari  hasil  YASARA.  (B)  Visualisasi interaksi 3D dari  1,8-sineol terhadap Sap 5 dengan residu yang mengenai residu katalitik dan kantung pengikat substrat pada S3 dan S4. Seluruh residu membentuk interaksi hidrofobik.
Gambar 7 Visualisai 2D dengan menggunakan Discovery Studio dan 3D menggunakan PyMOL. (A) Visualisasi interaksi 2D  dari  linalool  terhadap  Sap  5  dengan  seluruh  residu  asam  amino  dari  hasil  YASARA.  (B)  Visualisasi interaksi 3D dari  linalool terhadap Sap 5 dengan residu yang mengenai residu katalitik dan kantung pengikat substrat pada S3 dan S4. linalool membentuk ikatan hidrogen pada residu katalitik Asp218 dengan jarak 3 Å.
Gambar 8 Visualisasi 3D secara surface dari hasil penapisan virtual. Reseptor Sap 5 yang dikenai didaerah sisi aktif oleh keempat ligan uji geranil asetat (merah), alfa-terpinil asetat (Hijau), 1,8-sineol (Biru), dan linalool (cyan). Sisi aktif Sap 5 terdiri dari residu katalitik berwarna pink, motif katalitik berwarna biru, kantong pengikat substrat S3 berwarna kuning, dan kantong pengikat substrat S4 berwarna lemon.

## 4. PEMBAHASAN

## Homologi Reseptor
Pencarian struktur protein yang homolog  menggunakan  analisis  BLAST. Analisis tersebut dapat menghasilkan berbagai macam  protein  dari  spesies  lain,  yang mempunyai  kemiripan  dengan  reseptor  Sap  5 Candida  albicans .  Database  GenBank  NCBI memperlihatkan  adanya  kemiripan  tertinggi yaitu Secreted aspartic proteinase (Sap) 1 dari Candida  albcians dengan nilai Max score dan Total score sebesar 408, Query cover 99%, E- Value 1e-142, dan Per. Ident 57.82%. Menurut Rahim  dan  Madduppa  (2020)  menjelaskan bahwa  kemiripan  tertinggi  pada  GenBank, mempunyai  ciri  seperti  nilai Max  score dan total score yang sama, nilai E-Value 0, Query cover dan Per.  Ident mendekati  100. Walaupun,  terdapat  beberapa  parameter  yang tidak terpenuhi, namun tetap dapat dikategorikan memiliki kemiripan yang cukup tinggi,  karena  pada  nilai E-Value juga menunjukkan hasil perbandingan spesie lainnya  bersifat  identik  dan  nilai  kepercayaan yang  tinggi  (Rahim  dan  Madduppa  2020). Penelitian  Fitrian  dan  Maduppa  (2021)  juga menjelaskan  bahwa  nilai E(Expect)-Value merupakan  suatu  parameter  tentang  sekuen identik  atau  tidak  identik.  Jika  nilai  semakin rendah mendekati 0 (nol), maka
mengindikasikan  tingkat  homologi  antara sekuen semakin tinggi.
Sequence alignment (pensejajaran) merupakan suatu proses mencocokkan karakter yang homolog dan menganalisis kemungkinan adanya gap (celah)  pada  sekuen  yang  mirip. Gap mempresentasikan  adanya  insersi,  delesi maupun  kemungkinan  adanya  penyusunan ulang  materi  genetik  dari  satu  atau  lebih karakter sekuen sealama evolusi (Sindiya et al. 2018).  Gambar  7  menunjukkan  adanya kesamaan  residu  katalitik  dari  Sap  5  dengan beberapa  protein  lain  dari  hasil  BLAST  yaitu pada  residu  Asp32  dan  Asp218.  Adanya kesamaan residu katalitik dan kantong pengikat substrat  dikarenakan  masih  dalam  satu organisme. Selain itu, perlu diketahui bahwa 10 gen yang berbeda Sap 1-Sap 10 yang menyandi enzim dengan fungsi dan karakter yang serupa, tetapi  berbeda  sifat  molekul  seperti  massa molekul,  pH,  dan  titik  isoelektrik  untuk aktivitas  yang  optimal.  Diketahui  bahwa ekspresi gen Sap diatur pada tingkat transkripsi, dan  preproprotein  yang  diproses  oleh  sinyal peptidase  dalam  retikulum  endoplasma  dan oleh  Kex2-like  proteinase  dalam  aparatus Golgi. Sap 1- Sap 3 disekresikan oleh sel yeast dan Sap 4  -Sap 6 oleh sel  hifa  (Lestari  2010). Sjam (2012) menjelaskan bahwa Sap merupakan  protein  ekstraselular  yang  dapat menekan  produksi  protein  hospes  yang
berperan  pada  imunitas  seperti  albumin, hemoglobin,  keratin  dan  sekresi  IgA.  Protein yang  disejajarkan  dengan  Sap  5  antara  lain Secreted  aspartic  proteinase (Sap)  3 Candida albicans (2H6S), Secreted aspartic proteinase (Sap)  1 Candida  albicans (2QZW), Secreted aspartic  proteinase (Sap)  2 Candida  albicans (1EAG), Secreted  aspartic  protease (1ZAP) Candida  albicans .  Terdapat  motif  katalitik yang  diakses  pada  NCBI  melalui  laman ( https://www.ncbi.nlm.nih.gov/structure ).
Motif  katalitik  terdapat  pada  urutan setelah  residu  katalitik  Asp32  yaitu  Thr33, Gly34,  Ser35.  Motif  katalitik  lain  terletak berurutan setelah residu katalitik Asp218 yaitu Ser219,    Gly220,  Thr221.  Selain  itu,  residu pengikat substrat mempunyai urutan yang sama disetiap  reseptor  yang  dapat  dilihat  pada Gambar  7  dan  dapat  diakses  dalam  penelitian Borelli et al (2008).
Menurut  Nauli  (2014)  menjelaskan bahwa  sisi  aktif  merupakan  daerah  spesifik pada  makromolekul  dimana  substrat  akan terikat  dan  mengalami  reaksi  kimia.  Sisi  aktif dapat  ditemukan  pada  celah  (cleft),  parit (groove),  atau kantung  (pocket) yang tersusun dari sejumlah residu asam  amino yang terlibat dalam pengenalan substrat.

## Kualitas Struktur Reseptor
Kualitas  dari  reseptor  dapat  dilihat berdasarkan  analisis  Ramachandran  plot. Ramachandran  plot  merupakan  sebaran  plot secara  2D  yang  didaparkan  dari  perbandingan backbone  torsion  angel π  (phi)  dan Ψ  (psi) untuk  memprediksi sebarannya (Lukitaningsih et  al  2013).  Ramachandran  plot  dari  hasil penelitian  ini  menunjukkan  struktur  Sap  5 memiliki  85.2%  pada most  favoured  regions , 14,6%  pada additional  allowed  regions ,  dan 0%  pada dissalowed  regions .  Struktur  yang bagus adalah struktur yang memiliki persentase pada most  favored  region lebih  dari  50%, dengan  kata  lain,  semakin  besar  persentase residu  asam  amino  pada  daerah  tersebut  dan
semakin kecil persentase pada daerah dissalowed  region ,  maka  reseptor  semakin (Amelia  2013).  Lukitaningsih et  al. (2013) menjelaskan bahwa Ramachandarn plot adalah salah satu indikator untuk mengetahui kualitas intrinsik dari struktur 3D suatu reseptor.
Menurut Zahra (2021)
Plot Ramachandran  merupakan  visualisasi  wilayah yang  diperbolehkan  secara  energetika  untuk sudut dihedral Cα asam amino (φ,ψ). Diketahui bahwa plot ini menunjukkan distribusi empiris dari  titik  data  yang  dapat  diamati  dalam  satu struktur  untuk  penggunaan  validasi  struktur. Tiga  sudut  dihedral  pada  rantai  protein didefinisikan  sebagai  φ  (phi),  ψ  (psi),  dan  ω (omega).  Ramachandran  menampilkan  sudut perputaran  phi  (φ)  dan  psi  (ψ)  tiap  residu protein.  Lebih  lanjut,  konformasi  tulang punggung  asam  amino  diketahui  ditentukan oleh nilai dua sudut torsi. Secara berurutan, phi (φ)  adalah  sudut  torsi  C(i-1),  N(i),  Ca(i),  C(i) dan  psi  (ψ)  adalah  N(i),  Ca(i),  C(i),  N(i+1) (Zahra 2021).

## Validasi  Gridbox  dan  Penapisan  Virtual Ligan Uji Terhadap Sap 5
Metode yang digunakan untuk  validasi adalah  dengan  melakukan  penambatan  ulang ligan  hasil  kristalografi  ke  residu  katalitik reseptor. Parameter yang digunakan adalah root mean  square  deviation (RMSD).  Skor  RMSD menjelaskan  perbedaan  rata-rata  posisi  atom dari ligan hasil kristalografi awal dengan ligan hasil  kristalografi  dari  proses  penambatan ulang.  RMSD  dinyatrakan  valid  apabila mempunyai  skor  kurang  dari  2  Å.  Semakin kecil  skor  RMSD  menunjukkan  bahwa  posisi ligan  hasil  penambatan  ulang mempunyai kemiripan  dengan  ligan  hasil  kristalografi (Pratama dan Gusdinar 2019). Hasil penelitian ini mendapatkan RMSD sebesar 0 Å dan energi bebas -9.61 kkal/mol (Gambar 9) pada gridbox ukuran 4.5 Å. RMSD tersebut dinyatakan valid, dikarenakan  mengikuti  aturan  yang  berlaku seperti  yang  telah  dijelaskan.  Maka  dari  itu,
ukuran  4.5  Å  digunakan  dalam  penapisan virtual.
Penapisan virtual merupakan salah satu metode  komputasi  dengan  menggunakan beberapa  tools  yang  berlaku  dan  digunakan untuk  membantu  mengidentifikasi  senyawa- senyawa  yang  berjumlah  besar  dari  database, sehingga harapanya dapat menemukan senyawa  potensial  dalam  berikatan  dengan protein  target.  Penelitian  ini  menggunakan YASARA structure untuk melakukan penapisan untuk memperoleh nilai energi bebas ikatan dan kontak residu asam amino. Apabila nilai  energi  bebas  ikatan  semakin  kecil (negatif),  maka  suatu  ligan  menunjukkan mudah  berikatan  dengan  reseptor  target (Simanjuntak 2021).
Penelitian  ini  memasukkan  Pepstatin dan  Liriodenin  sebagai  pembanding  dalam mengetahui energi bebas ikatan dalam senyawa turunan minyak atsiri dari Kapulaga. Selain itu, terdapat beberapa penjelasan mengenai Pepstatin dan Liriodenin. Pepstatin merupakan inhibitor  yang  telah  dikristalkan  dengan reseptor Sap 5 pada RCSB PDB. Pepstatin juga penghambat  proteinase  aspartat  klasik  dan inhibitor  paling  kuat.  Menurut  Borelli et  al.
(2008) menyatakan bahwa Pepstatin menunjukkan  efek  perlindungan  terhadap infeksi C.  albicans pada  hewan  uji  tikus  dan Pepstatin  menunjukkan  efisiensi  pengikatan yang sangat tinggi dengan Sap 5 (Borelli et al. 2008;  Meenambiga et  al. 2018).  Zhang et  al. (2002)  menjelaskan  bahwa  Liriodenin  aktif melawan C. albicans dan beberapa mikroorganisme lainnya.
Seluruh  ligan  uji  mempunyai  energi bebas ikatan diatas  ligan pembanding maupun ligan  hasil  kristalografi.  Pepstatin  memiliki energi bebas ikatan sebesar -9.54 kkal/mol dan Liriodenin -8.29 kkal/mol. Kedua ligan tersebut mempunyai  nilai  energi  bebas  ikatan  paling negatif dalam penelitian ini. Terdapat ligan uji yang  menjadi  sorotan  (highlight)  yang  dapat dijadikan kandidat inhibitor Sap 5 yaitu geranil
asetat  dengan  nilai  energi  bebas  ikatan  -6.78 kkal/mol.  Ligan  tersebut  mempunyai  energi bebas ikatan terendah dari keseluruhan ligan uji yang  berasal  dari  minyak  atsiri  Kapulaga. Selain  itu,  terdapat  tiga  ligan  uji  dengan persentase tertinggi yang terkandung di  dalam kapulaga berdasarkan analisis melalui GC-MS dalam  penelitian  Savan  dan  Kucukbay  (2013) yatiu  alfa-terpinil  asetat,  1,8-sineol,  dan linalool.  Nilai  energi  bebas  ikatan  dari  ketiga senyawa  tersebut  berturut-turut  menghasilkan energi bebas ikatan yaitu -6.07 kkal/mol, -5.47 kkal/mol, dan -5.06 kkal/mol.
Seluruh hasil dari penapisan menunjukkan  nilai  negatif  pada  parameter energi bebas ikatan karena semakin rendah nilai energi bebas ikatan (kkal/mol) yang dilepaskan pada  saat  interaksi  senyawa  dengan  reseptor, maka  akan  semakin  kuat  interaksi  reseptor- ligan. Hal ini dikarenakan terjadi kestabilan dan kekuatan  interaksi  non-kovalen  pada  senyawa terhadap reseptor target (Mardianingrum et al. 2015).  Penelitian  lain  menjelaskan  bahwa energi  bebas  ikatan  merupakan  salah  satu parameter  kestabilan  konformasi  yang  dapat dilihat antara ligan dan reseptor  (Suhadi et  al. 2019).  Lebih  lanjut,    adanya  reaksi-reaksi metabolisme yang terjadi didalam tubuh, dapat ditinjau  dari  termodinamika  yang  berlangsung secara  eksergonik  dan  endergonik.  Reaksi eksergonik yaitu reaksi yang dapat menghasilkan  energi  bebas  ikatan,  yaitu  suatu energi yang digunakan untuk melakukan kerja pada temperatur dan tekanan yang tetap (Suhadi et al. 2019). Diketahui, reaksi eksergonik dapat menyebabkan  energi  bebas  molekul  pereaksi menjadi turun, hal ini disebabkan karena energi bebasnya  mengalami  pembebasan  pada  saat bereaksi,  oleh  sebab  itu  energi  bebas  produk menjadi  lebih  rendah  dibandingkan  energi bebas  pereaksi.  Semakin  rendah  energi  bebas suatu molekul, maka molekul tersebut mengalami kestabilan dan reaksi yang berjalan secara  spontan.  (Mardianingrum et  al. 2015; Suhadi et al. 2019). Semakin kecil energi bebas
ikatan,  maka  gugus  fungsi  membutuhkan  atau melepaskan  energi  lebih  sedikit  agar  mampu menambahkan  elektronnya,  sehingga  semakin bermuatan negatif maka akan mudah berinteraksi dengan atom-atom yang bermuatan positif  pada  asam  amino.  Selain  itu,  semakin rendah  energi  bebas  ikatan  menunjukkan semakin  stabil  suatu  kompleks  reseptor-ligan (Frimayanti et al . 2021).

## Prediksi Ligan dengan Aturan Lipinski
Analisis  bioavailabilitas  menunjukkan bahwa dari seluruh ligan uji yang berjumlah 64, hanya  ligan  uji  Hexadecanoic  yang  tidak memenuhi salah satu aturan Lipinski yaitu logP dengan  skor  5.552299.  logP  merupakan parameter yang paling berguna untuk karakterisasi  hidrofobisitas dan polaritas suatu senyawa (Chtita et al. 2019). Namun, ligan uji tersebut  tetap  dikategorikan  lolos  aturan Lipinski karena hanya melanggar satu aturan.
Refraktivitas  molar  merupakan  salah satu  parameter  yang  membedakan  suatu senyawa  dapat  diserap  atau  tidak  pada  saat didalam  tubuh.  Senyawa  yang  dapat  diserap mempunyai  nilai  lebih  rendah  daripada senyawa  yang  tidak  dapat  diserap  (Miantika 2021). Dengan demikian, seluruh ligan uji yang terdapat pada minyak atsiri memenuhi daturan Lipinski  yang  berlaku.  Hal  ini  juga  sesuai dengan  penjelasan  mengenai  minyak  atsiri Kapulaga  pada  penelitian  Ashokkumar et  al. (2020) yang menjelaskan bahwa minyak atsiri kapulaga  dan  beberapa  metabolit  bioaktif lainnya  terakumulasi  dalam  kapsul  dari kapulaga  dan  kegunaannya  dalam  bidang farmasi.

## Prediksi Toksisitas Ligan Uji
Terdapat  sepuluh  ligan  uji  yang mempunyai sifat karsinogenik. Kesepuluh ligan uji tersebut antara lain Linalil asetat, Cuminol, Neril asetat, P-Cymen-8-Ol, p-Cymene, Geranial,  Neral,  cis-beta-Ocimene,  trans-beta- Ocimene,  dan  Hotrienol.  Karsinogenisitas
merupakan  kemampuan  suatu  senyawa  untuk menyebabkan terjadinya neoplasia (pertumbuhan jaringan baru) (Pannindriya et al. 2021).  Maka  dari  itu,  kesepuluh  ligan  uji diharapkan untuk tidak dijadikan kandidat obat, karena  mempunyai  sifat  sebagai  karsinogenik berdasarkan Admetsar1.
Keempat  ligan  uji  yang  dipilih  yaitu geranil  asetat,  alfa-terpinil  asetat,  1,8-sineol, dan  linalool  mempunyai  hERG  sebagai inhibitor  lemah,  tidak  mempunyai  sifat karsinogenik,  toksisitas  masuk  dalam  kategori kelas  III,  dan  HIA+.  Keseluruhan  parameter tersebut  masuk  dalam  kategori  standar  yang berlaku seperti yang telah dijelaskan sebelumnya.
Penelitian  ini  menunjukkan  bahwa  α- thujene  dan  limonene  memiliki  sifat  sebagai inhibitor lemah dalam herG, tidak karsinogenik, dan mempunyai HIA+, sehingga tergolong  sebagai  senyawa  yang  tidak  terlalu berbahaya,  jika  melihat  dari  standar  masing- masing  parameter  yang  ditetapkan.  Namun, penelitian  lain  menyebutkan  bahwa  ligan  α- thujene dan limonene yang tergolong kelompok monoterpen  diketahui  dalam  suatu  prediksi mempunyai  potensi  sebagai  ligan  yang berbahaya.  α-thujene  diprediksi  mempunyai aktivitas dalam menghambat gamma aminobutyric acid (GABA) tipe-A dan apabila pemberian dosis tinggi dilakukan (>60 mg/kg) pada hewan coba tikus, memungkinkan hewan coba  tikus  mengalami  kejang  otot  kaki  dan bahkan  berujung  kematian.  Selain  itu,  ligan limonene  dapat  dengan  mudah  teroksidasi menjadi bentuk senyawa yang mempunyai sifat alergen  dan  iritan.  Namun,  dalam  penelitian pada  tahun  2013  oleh  Kim et  al. (2013) menyebutkan  bahwa  efek  tersebut  tidak signifikan  terjadi  pada  tubuh manusia. International  Agency  for  Research  on  Cancer (IARC) memasukkan senyawa limonene dalam grup  3  yang  mempunyai  arti  sebagai  senyawa yang tidak golongkan sebagai yang mempunyai
sifat karsinogenik bagi tubuh manusia (Pangestu 2021) .

## Analisis Visualisasi Kontak Reseptor-Ligan
Keempat  ligan  uji  melalui  analisis interaksi ini dapat digunakan untuk mengetahui apakah  mempunyai  interaksi  terhadap  residu asam  amino  penting  seperti  pada  residu katalitik,  motif  katalitik,  maupun  kantung pengikat substrat S3 dan S4. Keempat ligan uji dipilih  dalam  penelitian  ini  karena  menurut penelitian  Savan  dan  Kucukbay  (2013), terdapat  tiga  ligan  uji  yang  mempunyai persentase  terbesar  terkandung  dalam  minyak atsiri  kapulaga  berdasarkan  analisis  GC-MS diantaranya 1,8-sineol (25.6%), linalool (6.4%), α -terpinyl  acetate  (40.7%),  sedangkan satu  ligan  uji  yaitu  geranil  asetat  merupakan ligan  yang  mempunyai  energi  bebas  ikatan paling  negatif.  Keempat ligan  tersebut diidentifikasi  potensinya  sebagai  kandidat inhibitor Sap berdasarkan interaksinya terhadap reseptor.
Berdasarkan  empat  ligan  yang  dipilih, hanya  satu  ligan  uji  yang  mempunyai  ikatan hidrogen  yaitu  linalool.  Ikatan  hidrogen terbentuk  pada  residu  asam  amino  Asp218 dengan  jarak  3  Å  melalui  atom  H.  Ikatan hidrogen  merupakan  jenis  ikatan  yang  terjadi antara  hidrogen  pada  suatu  molekul  dengan atom flour (F), nitrogen (N), oksigen (O). Tipe interaksi  yang  termasuk  ikatan  hidrogen  pada saat  visualisasi  yaitu  tipe  ikatan  hidrogen konvensional  dan  ikatan  hidrogen  karbon. Lebih lanjut adanya ikatan hidrogen konvensional
menunjukkan adanya kemampuan membentuk ikatan hidrogen secara konvensional yang diketahui dapat mempunyai afinitas  pengikatan  yang  lebih  baik.  Ikatan hidrogen  konvensional  lebih  bagus  dalam pengikatan  dibandingkan  ikatan  hidrogen karbon.  Hal  ini  dikarenakan  ikatan  hidrogen konvensional terbentuk antara (OH---O, OH--- N,  NH-----O,  dan  NH---N),  sedangkan  pada ikatan  hidrogen  terbentuk  antara  (CH---O).
Karbon diketahui kurang elektronegatif dibandingkan dengan O dan N. Selain itu juga dijelaskan  bahwa  ikatan  hidrogen  karbon mampu menstabilkan kompleks yang terbentuk meskipun  interaksi  bersifat  lemah  dalam pengikatan pose (Nuraeni 2021). Terdapat ligan uji  yang  dipilih  berdasar  pada  energi  bebas ikatan terkecil dan yang mempunyai persentase terbanyak  melalui  analisa  GC-MS  yang mempunyai ikatan hidrogen yaitu linalool pada residu  Asp218  melalui  H  dengan  jarak  3  Å. Residu  tersebut  yang  dikenai  oleh  linalool adalah residu katalitik dari Sap 5. Hal tersebut memberikan  tanda  yang  bagus.  Linalool  yang membentuk  ikatan  hidrogen  dengan  atom molekul H mengenai Asp218 (sidechain COO- )  (Cadicamo et  al. 2013).  Dari  keseuluruhan ligan  yang  diujikan  (ligan  hasil  kristal,  ligan pembanding, ligan uji) yang mempunyai ikatan paling kuat yang dapat dilihat melalui hasil dari energi  bebas  ikatan  dan  interaksi  yang terbentuk yaitu Pepstatin. Pepstatin merupakan ligan yang telah dikomplekskan dengan Sap 5 yang  dapat  diakses  pada  PDB  (Borelli et  al. 2008).  Pepstatin  membentuk  ikatan  hidrogen terbanyak  dari  keseluruhan  ligan  dalam penelitian ini. Selain itu, beberapa ligan uji juga mempunyai  ikatan  hidrogen  pada  beberapa kontak  residu  asam  amino  dari  Sap  5. Kestabilan  dan  energi  bebas  ikatan  dapat disebabkan karena adanya gugus-gugus fungsi polar pada ligan seperti metil (-CH3), hidroksil (-OH)  dan  amina  (-NH3)  pada  ligan  (Weni et al. 2020).  Seluruh  visualisasi  dari  keempat ligan  uji  yang  dipilih,  baik  secara  surface,  2D dan  3D  untuk  melihat  secara  detail  kontak residu  maupun  posisi  ligan  uji  dapat  dilihat pada Gambar 10 sampai Gambar 14.
Seluruh  ligan  termasuk  ligan  hasil kristalografi,  ligan  pembanding,  dan  ligan  uji mempunyai  interaksi  hidrofobik.  Interaksi hidrofobik merupakan interaksi yang mempunyai  sifat  menghindari  lingkungan  cair dan  mempunyai  kecenderungan  berkelompok di sebelah dalam struktur globular dari protein.
Pembentukan interaksi tersebut meminimalkan interaksi residu nonpolar dengan air (Arwansyah et  al. 2014).  Geranil  asetat membentuk interaksi hidrofobik terhadap ligan terbentuk  pada  residu  Ile12,  Ile30,  Asp32, Tyr84,  Asp86,  Ala119,  Arg120,  Ile123, Gly220,  Thr221,  Thr222,  Ser88.  Pada  alfa- terpinil asetat residu interaksi hidrofobik yaitu Gly34,  Ser35,  Asp32,  Ile30,  Tyr84,  Ala119, Ile123,  Asp218.  Kemudian  pada  1,8-sineol residu  yang  memiliki  interaksi  hidrofobik antara  Asp86,  Arg120,  Trp51,  Ser88,  Gly85, Asp32,  Ile12,  Thr13,  Gly220,  Thr222,  Ile30, Tyr84,  Ala119,  Ile123.  Sedangkan  pada linalool  pada  residu  Leu216,  Gly85,  Asp86, Ser35, Ala119, Ser88, Asp32, Gly220, Gly34, Thr221,  Ile30,  Tyr84,  Ile123.  Residu-residu yang  terlibat  dalam  interaksi  hidrofobik tersebut  merupakan  residu  asam  amino  yang bersifat  nonpolar.  Lebih  lanjut,  diketahui  jika residu  asam  amino  yang  bersifat  nonpolar (hidrofobik), cenderung membentuk kelompok pada bagian interior protein (Arwansyah et al. 2014). Penelitian ini menunjukkan semua ligan mempunyai interaksi hidrofobik dan mempunyai  interaksi  dengan  residu  asam amino  paling  banyak  dibandingkan  ikatan hidrogen.  Hal  ini  dikarenakan  gugus  nonpolar senyawa  dan  gugus  nonpolar  reseptor  yang dikelilingi  molekul  air  akan  saling  mendekat mengakibatkan  molekul  air  akan  terganggu. Ketika  molekul  air  terganggu  maka  akan meningkatkan entropi yang berakibat menurunnya  energi  bebas  yang  menstabilkan komplek reseptor-ligan. Maka dari itu, interaksi hidrofobik  berfungsi  sebagai  stabilisasi  untuk menjaga komplek reseptor-ligan akibat menurunnya energi bebas (Lestari 2021).
Sap  5  mempunyai  beberapa  daerah penting  antara  lain  residu  katalitik,  motif katalitik  dan  pengikatan  substrat.  Residu katalitik  Sap  5  diketahui  terletak  pada  residu asam amino Asp32 dan Asp218 (Borelli et al. 2008),  Sedangkan  berdasarkan  hasil  laman NCBI structure Sap 5,  motif katalitik terletak
pada residu asam amino Thr33, Gly34, Ser35, Ser219,  Gly220,  Thr221.  Borelli et  al. (2008) menyebutkan  bahwa  kandidat  inhibitor  Sap  5 sebaiknya  memiliki  interaksi  dengan  kantung pengikat substrat S3 dan S4 dari Sap 5. Adapun residu  asam  amino  dari  S3  antara  lain  Ile12, Thr13, Asp86, Ser88, Ser118, Arg120, Gly220. Sedangkan,  residu  asam  amino  kantung  S4 yaitu  Ile12,  Thr222,  Ile223,  Tyr225,  Glu295, Arg297, Arg299. Penelitian oleh Flamandita et al. (2019)  menyebutkan  bahwa  Thr222 merupakan residu yang telah diprediksi sebagai residu  penting  yang  termasuk  dalam  residu katalitik.  Seperti  yang  telah  disebutkan sebelumnya,  diketahui  bahwa  Thr222  masuk dalam kantung S4.
Kontak  residu  asam  amino  yang terbentuk  menghasilkan  interaksi  hidrofobik dan  ikatan  hidrogen  yang  mempunyai  peran dalam meningkatkan afinitas ikatan. Kedua hal tersebut  berperan  dalam  menjaga  kestabilan komplekas reseptor dan ligan. Semakin banyak residu  asam  amino  yang  membentuk  ikatan hidrogen, maka ikatan antara reseptor dan ligan juga akan semakin stabil dan kuat. Jarak ikatan hidrogen yang baik  kurang dari 2.8 Å, artinya semakin kecil jarak antara ligan dengan residu, maka  interaksi  dapat  semakin  kuat.  Gugus nonpolar  yang  terletak  pada  senyawa  dan reseptor yang terkandung molekul air disekitarnya  akan  saling  mendekat,  sehingga dapat  berakibat  molekul  air  akan  terganggu. Hal  itu  mengakibatkan  terjadi  peningkatan entropi yang berakibat pada menurunnya energi bebas  yang  berfungsi  menstabilkan  kompleks reseptor-ligan akibat menurunnya energi bebas tersebut  yaitu  interaksi  hidrofobik  (Lestari 2021).  Semakin  banyak  asam  amino  dari reseptor  yang  terikat  apda  ligan,  maka kemungkinan  ligan  mengalami  kestrabilan yang  baik.  Lebih  lanjut,  residu  asam  amino yang  berikatan  dengan  ligan  semakin  banyak, maka  menandakan  adanya  prediksi  ligan tersebut  cocok  sebagai  kandidat  obat  (Novita dan Falyani 2021).

## DAFTAR PUSTAKA
Afrina,  Chismirina  S,  Aulia  CRP.  2016. Konsentrasi hambat dan bunuh minimum ekstrak buah kapulaga (Amomum compactum)  terhadap  Aggregatibacter actinomycetemcomitans. J  Syiah  Kuala Dent Soc . 1(2):192–200.
Ali  NSM,  Salleh  AB,  Leow  TC,  Rahman RNZRA, Ali MSM. 2020. The Influence of Calcium toward Order/Disorder
Conformation of Repeat-in-Toxin (RTX) Structure  of  Family  I.3  Lipase  from
Pseudomonas fluorescens AMS8. Toxins (Basel) . 12(579):1–14.
doi:10.3390/toxins12090579.
Amelia  F.  2013.  Modeling  Struktur  Protein Vaksin H5N1 HA BTB Menggunakan I- Tasser. J Saintek . 7(1).
Arwansyah, Ambarsari L, Sumaryada TI. 2014. Simulasi  Docking  Senyawa  Kurkumin Dan Analognya Sebagai Inhibitor Enzim 12-Lipoksigenase. Curr Biochem . 1(1):11–19.
Ashokkumar  K,  Murugan  M,  Dhanya  MK, Warkentin TD. 2020. Botany, traditional uses,  phytochemistry  and  biological activities of cardamom [Elettaria cardamomum  (L.)  Maton]  –  A  critical review. J  Ethnopharmacol .  246:112244. doi:10.1016/j.jep.2019.112244.
Astari  L,  Ahmad  Z.  2019.  Pola  Pergeseran Penyebab  Kandidiasis  Vulvovaginalis. Berk  Ilmu  Kesehat  Kulit  dan  Kelamin . 31(1):15.
Borelli  C,  Ruge  E,  Jung  HL,  Schaller  M,
Vogelsang  A,  Monod  M,  Korting  HC, Huber  R,  Maskos  K.  2008.  X-ray structures  of  Sap1  and  Sap5:  Structural comparison  of  the  secreted  aspartic proteinases  from  Candida  albicans. Proteins Struct Funct Genet . 72(4):1308– 1319. doi:10.1002/prot.22021.
Cadicamo  CD,  Mortier  J,  Wolber  G,  Hell  M, Heinrich IE, Michel D, Semlin L, Berger U,  Korting  HC,  Höltje  HD, et  al. 2013. Design, synthesis, inhibition studies, and molecular modeling of pepstatin analogues  addressing  different  secreted
aspartic proteinases of Candida albicans. Biochem  Pharmacol .  85(7):881–887. doi:10.1016/j.bcp.2012.12.008.
Chtita  S,  Ghamali  M,  Ousaa  A,  Aouidate  A,
Belhassan  A,  Taourati  AI,  Masand  VH, Bouachrine  M,  Lakhlifi  T.  2019.  QSAR study of anti-Human African Trypanosomiasis activity for 2-
phenylimidazopyridines derivatives using DFT and Lipinski’s descriptors. Heliyon .
5(3). doi:10.1016/j.heliyon.2019.e01304.
Durai  P,  Shin  HJ,  Achek  A,  Kwon  HK, Govindaraj RG, Panneerselvam S, Yesudhas  D,  Choi  J,  No  KT,  Choi  S.
2017.  Toll-like  receptor  2  antagonists identified  through  virtual  screening  and experimental validation. FEBS J . 284(14):2264–2283. doi:10.1111/febs.14124.
Fitrian  T,  Maduppa  H.  2021.  Penentuan  jenis ian  layang  (Decapterus  macrosoma) menggunakan  metode  analisis  morfologi dan  DNA  barcoding  dari  pasar  ikan Muara  Baru  Jakarta  Utara. BAWAL . 12(3):127–135.
Flamandita  D,  Sahlan  M,  Lischer  K,  Pratami DK.  2019.  Molecular  Docking  Analysis of  Anti-Candida  albicans  Biomarkers  in Sulawesi  Propolis  Against  Secreted Aspartic Proteinase-5. Di dalam: ICETAS 2019  -  2019  6th  IEEE  International Conference on Engineering, Technologies and Applied Sciences . Gholam  GM.  2022.  Molecular  docking  of  the bioactive compound Ocimum sanctum as an  inhibitor  of  Sap  1  Candida  albicans.
Sasambo J Pharm . 3(1):18–24. doi:https://doi.org/10.29303/sjp.v3i1.15.
Harefa  D.  2020.  Pemanfaatan  hasil  tanaman sebagai  tanaman obat  keluarga  (TOGA). Madani    Indones  J  Civ  Soc .  2(2):28–36. doi:10.35970/madani.v2i2.233.
Harnindya D, Agusni I. 2016. Studi Retrospektif: Diagnosis dan Penatalaksanaan Kandidiasis Vulvovaginalis. Berk Ilmu Kesehat Kulit dan  Kelamin .  28(1):42–48.  https://e-
journal.unair.ac.id/index.php/BIKK/articl e/view/2350.
Hartady  T,  Balia  RL,  Syamsunarno  MRAA, Jasni  S,  Priosoeryanto  BP.  2020. Bioactivity  of  amomum  compactum soland  ex  maton  (java  cardamom)  as  a natural  antibacterial. Syst  Rev  Pharm .
11(9):384–387. doi:10.31838/srp.2020.9.55.
Hube  B,  Naglik  J.  2001.  Candida  albicans proteinases:  Resolving  the  mystery  of  a gene family. Microbiology . 147(8):1997–
2005. doi:10.1099/00221287-147-8- 1997.
Humaedi  A,  Halimatushadyah  E.  2021.  Studi Komputasi Hubungan Aktivitas Senyawa Turunan  Asam  Galat  sebagai  Inhibitor Reseptor Androgen pada Kanker Prostat.
J Biotek Medisiana Indones . 10(1):65–76.
Irsal RAP, Seno DSH, Safithri M, Kurniasih R.
2022. Penapisan  virtual  senyawa  aktif sirih  merah  ( Piper  crocatum )  sebagai inhibitor angiotensin converting enzyme. Jurnal Farmamedika . 7(2): 104-113
Irsal  RAP,  Gholam  GM,  Dwicesaria  MA, Chairunisa  F.  2024.  Computational investigation  of Y.  aloifolia variegate  as anti-Human  Immunodeficiency  Virus (HIV)  targeting  HIV-1  protease:  A multiscale in-silico exploration.
Pharmacological  Research  -  Modern Chinese Medicine . 11: 100451
Karo  MB,  Kamelia  E,  Miko  H,  Simanjuntak TP,  Hatta  M.  2016.  Effects  of  Herbal Plants  on  Candidiasis  Vulvovaginalis Therapy. Am  J  Lab  Med .  1(3):65–68. doi:10.11648/j.ajlm.20160103.14.
Khusnul  K,  Rinzani  I.  2019.  Uji  daya  hambat ekstrak etanol daun kapulaga (Amomum compactum  Solan  ex.  Maton)  terhadap jamur  Microsporum  gypseum  secara  in vitro. J  Kesehat  Bakti  Tunas  Husada  J
Ilmu-ilmu  Keperawatan,  Anal  Kesehat dan Farm . 19(1). doi:10.36465/jkbth.v19i1.452.
Kim YW, Kim MJ, Chung BY, Bang DY, Lim SK, Choi SM, Lim DS, Cho MC, Yoon K, Kim  HS, et  al. 2013.  Safety  evaluation and  risk  assessment  of  D-limonene. J Toxicol Environ  Heal  -  Part  B Crit Rev . 16(1):17–38.
doi:10.1080/10937404.2013.769418.
Komalasari  PR.  2021.  Penambatan  Molekular Senyawa Aktif Kunyit (Curcuma longa L) dan  Teh  Hitam  (Camellia  sinensis)  pada Enzim  Asparagin  Endopeptidase.  IPB University.
Lestari  PE.  2010.  Peran  faktor  virulensi  pada patogenesis  infeksi  Candida  albicans.
Bagian Ilmu Biomedik Lab Mikrobiol Fak Kedokt Gigi Univ Jember . 7(2):113–117.
Lestari RP. 2021. Studi In silico Senyawa Aktif Kulit  Kayu  Mahoni  sebagai  Inhibitor RNA-Dependent  RNA  Polymerase  dan Endoribonuclease
SARS-CoV-2
EPI_ISL_467376. IPB University.
Lin TE, Sung LC, Chao MW, Li M, Zheng JH, Sung TY, Hsieh JH, Yang CR, Lee HY, Cho  EC, et  al. 2022.  Structure-based virtual screening and biological evaluation of novel small-molecule BTK inhibitors. J  Enzyme  Inhib  Med  Chem . 37(1):226–235.
doi:10.1080/14756366.2021.1999237.
Lukitaningsih E, Mustikawaty AA, Sudarmanto A. 2013. Homology Modeling dan Molecular Docking Senyawa  Aktif  dari  Bengkoang  ( Pachyrrhizus  erosus  )  sebagai  Inhibitor Tirosinase  pada  Homo  sapiens. J  Ilmu Kefarmasian Indones . 11(2):134–141.
Mardianingrum  R,  Herlina  T,  Supratman  U.
2015.  Isolasi  dan  molecular  docking senyawa 6,7-Dihidro-17- Hidroksierisotrin dari daun dadap belendung (Erythrina poeppigiana) terhadap  aktivitas  sitotoksik  antikanker payudara  MCF-7. Chim  Nat  Acta . 3(3):90–93. doi:10.24198/cna.v3.n3.9213.
Meenambiga SS, Venkataraghavan R,
Abhishek  Biswal  R.  2018.  In  silico analysis  of  plant  phytochemicals  against
secreted  aspartic  proteinase  enzyme  of Candida  albicans. J  Appl  Pharm  Sci . 8(11):140–150.
doi:10.7324/JAPS.2018.81120.
Miantika  S.  2021.  Penambatan  Molekuler Xantin  Oksidase  oleh  Senyawa  Aktif Sirih  Merah  (Piper  crocatum)  sebagai
Pengobatan  Alternatif  Asam  URat.  IPB
University.
Mutiawati VK. 2016. Pemeriksaan Mikrobiologi  Pada  Candida  Albicans. J Kedokt Syiah Kuala . 16(1):53–63.
Naglik J, Albrecht A, Bader O, Hube B. 2004.
Candida albicans proteinases and host/pathogen interactions. Cell Microbiol . 6(10):915–926. doi:10.1111/j.1462-5822.2004.00439.x.
Naglik  JR,  Challacombe  SJ,  Hube  B.  2003.
Candida  albicans  Secreted  Aspartyl Proteinases in Virulence and
Pathogenesis  . Microbiol  Mol  Biol  Rev . 67(3):400–428. doi:10.1128/mmbr.67.3.400-428.2003.
Nauli  T.  2014.  Penentuan  Sisi  Aktif  Selulase Aspergillus  niger  dengan  docking  ligan.
JKTI . 16(2):94–100.
Novita  DiW,  Falyani  SA.  2021.  Uji  Potensi Antioksidan Kumis Kucing ( Orthosiphon aristatus  )  dengan  Pendekatan  In  Vitro dan In Silico. J Kesehat Islam . 10(2).
Nugraheni D, Agusni I, Ervianti E. 2015. Profil Enzim  Secreted  Aspartyl  Proteinase (SAP)  pada  Isolat  Pasien  Kandidiasis Vulvovaginalis  (KVV)  di  RSUD  Dr.
Soetomo  Surabaya. Berk  Ilmu  Kesehat Kulit dan Kelamin . 27(1):17–23.
Nuraeni  S.  2021.  Analisis  Potensi  Senyawa Aktif  Meniran  (Phyllanthus  niruri  L.)
Terhadap  Penghambatan  Enzim  3CLpro SARS-CoV-2  EPI_ISL_576383  dengan
Penambatan Molekuler. IPB University.
Nurjanah  S.  2021.  Penambatan  Molekul Senyawa Ekstrak Etanol Rimpang Temu Ireng (Curcuma aeruginosa Roxb) sebagai Antioksidan dan Antikanker. IPB
University.
Pangestu  AG.  2021.  Penambatan  Molekuler Senyawa  Aktif  Jintan  Hitam  sebagai Inhibitor  Enzim  Kolinesterase  dalam Pengembangan  Terapi  Alzheimer.  IPB University.
Pannindriya  P,  Safithri  M,  Tarman  K.  2021. Analisis  In  Silico  Senyawa  Aktif Sprirulina  platensis  sebagai  Inhibitor
Tirosinase. J  Pengolah  Has  Perikan Indones . 24(1):70–77. doi:10.17844/jphpi.v24i1.33122.
Polke M, Hube B, Jacobsen ID. 2015. Candida survival  strategies .  Volume  ke-91.  Elsevier Ltd.
Pratama  MRF,  Gusdinar  T.  2019.  Docking study  of  secondary  metabolites  from Glycyrrhiza  glabra  as  PPAR-γ  agonist. Biointerface Res Appl Chem . 9(4):4006– 4010.
Prayoga  GR,  Huda  AS,  Sitepu  SB.  2020.  The
Potency of Senggani (Melastoma malabathricum  L)  Leaves  in  Repair  of
Pancreatic  Beta  Cells  for  Diabetes Mellitus  Patients:  A  Narrative  Review. Curr Biochem . 7(2):61–70.
doi:10.29244/cb.7.2.3.
Puspitorini D, Astari L, Widya Y, Anggraeni S, Ervianti E, Prakoeswa RS, Suyoso S, Staf D, Fungsional M, Kesehatan I, et al. 2018. Faktor Risiko Kandidiasis Vulvovaginalis  (KVV)  (Risk  Factor  of Vulvovaginal  Candidiasis  [VVC]). Berk Ilmu Kesehat Kulit dan Kelamin - Period Dermatology
Venereol . 30 Desember:193–200.
Putri  FE.  2021.  Penambatan  Molekuler
Senyawa  Flavonoid  Terhadap  Inhibisi Glukosiltransferase Streptococcus mutans sebagai Antibiofilms. IPB University.
Putri S, Djamal A, Rahmatini R, Ilmiawati C.
2015. Perbandingan Daya Hambat
Larutan  Antiseptik  Povidone  iodine dengan  Ekstrak  Daun  Sirih  terhadap Candida  albicans  secara  In  Vitro. J Kesehat Andalas . 4(3):962–966. doi:10.25077/jka.v4i3.393.
Rahim Z, Madduppa H. 2020. Identifikasi ikan sardin komersial (Dussumieria
elopsoides)  yang  didaratkan  di  pasar Muara  Angke,  Jakarta  menggunakan pengamatan  morfologi,  morfometrik  dan DNA  barcoding. J  Kelaut .  13(2):93–99. doi:10.21107/jk.v13i2.6397.
Ruhnke  M.  2006.  Epidemiology  of  Candida albicans  Infections  and  Role  of  Non- Candidaalbicans  Yeasts. Curr  Drug
Targets . 7(4):495–504. doi:10.2174/138945006776359421.
Samosir  MY,  Karo  MB,  Aritonang  TR.  2019. Hubungan penggunaan kontrasepsi hormonal  dengan  kejadian  kandidiasis vulvovaginalis  pada  akseptor  keluarga berencana. Binawan  Student  J .  1(2):98– 102.
Sari  DK,  Murtiastutik  D.  2015.  Retrospective Study:  Candidiasis  Vulvovaginalis  in
Human  Immunodeficiency  Virus  (HIV) and Acquired
Immunodeficiency Syndrome  (AIDS). Berk  Ilmu  Kes  Kulit dan Kelamin . 27(3):197–203.
Savan  EK,  Kucukbay  FZ.  2013.  Essential  Oil Composition  of  Elettaria  cardamomum Maton. J Appl Biol Sci . 7(3):42–45.
Silva  DR,  Sardi  J  de  CO,  Freires  IA,  Silva ACB,  Rosalen  PL.  2019.  In  silico approaches  for  screening  molecular targets in Candida albicans: A proteomic insight into drug discovery and development. Eur J Pharmacol . 842:64– 69. doi:10.1016/j.ejphar.2018.10.016.
Silva S, Hooper SJ,  Henriques  M,  Oliveira R,
Azeredo J, Williams DW. 2011. The role of  secreted  aspartyl  proteinases  in Candida  tropicalis  invasion  and  damage of  oral  mucosa. Clin  Microbiol  Infect . 17(2):264–272. doi:10.1111/j.1469-
0691.2010.03248.x. Simanjuntak  AR.  2021.  Penapisan  Virtual Senyawa Polifenol Alami sebagai Inhibitor Beta-Laktamase untuk Penanganan  Resistensi  Antibiotik  Beta- Laktam. IPB University.
Sindiya  V,  Mukarramah  L,  Rohimah  S, Perwitasari DAG, Su’udi M. 2018. Studi
IN  SILICO  Potensi  DNA  Barocde  Pada Anggrek Langka Paphiopedilum. Biosfer . 3(1):20–26.
Sjam  KR.  2012.  Kolonisasi  Candida  dalam Rongga  Mulut. Maj  Kedokt  FK  UKI . 28(1):39–47.
Suhadi  A,  Rizarullah  R,  Feriyani  F.  2019. Simulasi  Docking  Senyawa  Aktif  Daun Binahong  Sebagai  Inhibitor  Enzyme Aldose Reductase. Sel J Penelit Kesehat . 6(2):45–65. doi:10.22435/sel.v6i2.1651.
Tasik  NL,  Kapantow  GM,  Kandou  RT.  2016. Profil  Kandidiasis  Vulvovaginalis  Di Poliklinik Kulit Dan Kelamin Rsup Prof. Dr.  R.  D.  Kandou  Manado  Periode Januari – Desember 2013. e-CliniC . 4(1). doi:10.35790/ecl.4.1.2016.10957.
Weni  M,  Safithri  M,  Seno  DSH.  2020.
Molecular Docking of Active
Compounds  Piper  crocatum  on  the  A- Glucosidase  Enzyme  as  Antidiabetic.
Indones  J  Pharm  Sci  Technol .  7(2):64. doi:10.24198/ijpst.v7i2.21120.
Widasmara D, Suyoso S, Murtiastutik D. 2014. Profil  spesies  Candida  dari  kandidiasis vulvovaginalis  pada  pasien  HIV  /  AIDS yang mendapat antibiotik sistemik. BIKK-
Berk  Ilmu  Kesehat  Kulit  dan  Kelamin- Period Dermatology Venereol .
26(3):202–206.
Yudhani RD, Pesik RN, Azzahro S, Anisa AF,
Hendriyani R. 2020. Acute Toxicity Test of  Amomum  cardamomum  (Kapulaga) Seed  Extract  on  Hepatic  Trasaminase Enzyme in  Winstar Rats. Indones J Clin Pharm .
9(4):288.
doi:10.15416/ijcp.2020.9.4.288. Zahra  H.  2021.  Penambatan  Molekuler Komponen Kimia Limbah Palm Oil Mill Effluent dengan Beberapa Enzim
Mikrobial  sebagai  Agen  Bioremediasi Potensial. IPB University.
Zhang  Z,  ElSohly  HN,  Jacob  MR,  Pasco  DS,
Walker  LA,  Clark  AM.  2002.  New sesquiterpenoids  from  the  of  root  of Guatteria  multivenia. J  Nat  Prod . 65(6):856–859. doi:10.1021/np0200717.