## AMPLIFIKASI GENE mtDNA CO1 MURAENESOCIDAE DARI PERAIRAN KOTA TARAKAN DENGAN TEKNIK PCR

## AMPLIFICATION OF THE mtDNA CO1 GENE OF MURAENESOCIDAE FISH FROM TARAKAN WATER WITH PCR METHODE
Sumarlin *1 , Clara Yovilan Moq 1 , Syamsidar Gaffar 2 , dan M. Gandri Haryono 2
1. Prodi Teknologi Hasil Perikanan, UBT 2. Prodi Manajemen Sumberdaya Perairan, UBT *korespondensi, e-mail:sumar.borneo@gmail.com

## ABSTRAK
Muraenesocidae  atau  di  Tarakan  lebih  dikenal  dengan  sebutan  Ikan  Ose  merupakan  ikan komersil  yang  tersebar  secara  luas  di  laut Indo-west  pacific .  Di  Indonesia  Muraenesocidae tersebar  dari  pulau  Sumatra,  Kalimantan, dan Sulawesi.  Dengan penyebaran yang begitu luas sayangnya  informasi  genetik  ikan  Ose  masih  sangat  terbatas.  Penelitian  ini  dilakukan  untuk mengisolasi  dan  mengamplifikasi  gen  mtDNA  CO1  Muraenesocidae  dari  perairan  Kota Tarakan.  Metode  penelitian  yang  dilakukan  meliputi  isolasi  genom  mtDNA  CO1  dengan mengikuti  petunjuk Quick -DNA  Tissue/Insect  Miniprep  Kit .  Dilanjutkan  dengan  amplifikasi untai  gen  mtDNA  CO1  menggunakan  4  primer cocktail .  Kemudian  visualisasi  produk  PCR dengan  menggunakan  teknik  gel  elektroforesis.  Terdapat  dua  jenis  ikan  yang  dijadikan sampel  pada  penelitian  ini,  yaitu  Ikan  ose  dengan  perut  berwarna  kuning  (Ose-K)  dan  Ikan ose  dengan  perut  berwarna  hitam  (Ose-H).  Ekstrak  gen mtDNA Ose-K memiliki konsentrasi 67.3  ng/µl  dengan  nilai  rasio  A 260/280 diperoleh  1.94,  dan  konsentrasi  untuk  ekstrak  gen mtDNA  sampel  Ose-H  diperoleh  84.5  ng/µl  dan  1.97  untuk  nilai  rasio  A 260/280. Hasil visualisasi  produk  PCR  diperoleh  pita  tunggal  untuk  masing-masing  sampel  dengan  panjang basa sekitar 700 bp.
Kata kunci: gen mtDNA CO1, Ikan Ose, pita DNA, rasio A 260/280

## ABSTRACT
Muraenesocidae  fish,  which  local  people  are  better  known  as  Ose  Fish,  is  a commercial fish widely  distributed  in the Indo-West Pacific Sea. In Indonesia,  Muraenesocidae fish are spread from  the  islands  of  Sumatra,  Kalimantan,  and  Sulawesi.  With  such  a  widespread, unfortunately,  the  genetic  information  of  this  fish  is  still  minimal.  This  research  was conducted  to  isolate  and  amplify  the  mtDNA  CO1  gene  of  Muraenesocidae  fish  from Tarakan  City's  waters.  The  method  included  isolation  of  the  mtDNA  CO1  genome  by following  the  Quick-DNA  Tissue/Insect  Miniprep  Kit  instructions.  This  step  was  followed by amplification  of  mitochondrial  DNA  gene  with  cocktails  of  4  primers.    Next,  the  PCR product  was  detected  using  gel  electrophoresis.  There  are  two  types  of  fish  in  this resea rch: yellow-bellied  (Ose-K)  and  black-bellied  (Ose-H).    The  samples  concentration  was  obtained at  67.3  ng/µl  and  84.5  ng/µl,  while  the  ratio  on  A 260/280 was  1.94  and  1.97,  respectively,  for Ose-K  and  Ose-H.  The  PCR  product  visualization  revealed  a  single  band  for  each  sample with an average base length of about 700 bp.
Keyword: mtDNA COI gene, Ose Fish, DNA Band, A 260/280 ratio

## PENDAHULUAN
Indonesia  merupakan  negara  tropis dengan  tingkat  biodeversitas  biota  laut tertinggi dibandingkan dengan negara tetangga  lainnya  yang  berada  di  gugus wilayah  Indo-Pasifik  (Nurilmala  et  al. 2017).  Jumlah  yang  melimpah  menjadikan perikanan sebagai  salah  satu  sektor penunjang ekonomi yang
penting sekaligus  sebagai  salah  satu  sumber ketahanan  pangan  nasional  (Abdullah  et al. 2017). Muraenesocidae (Ikan Ose) merupakan  ikan  komersil  penting  dan menjadi  komoditi  ekspor  di  Indonesia,  dan di  Kota  Tarakan  ikan  ini  lebih  cenderung di  ekspor  ke  negara  tetangga  yaitu Malaysia  melalui  wilayah  Tawau,  Sabah. Meskipun  kelimpahan  Ikan  Ose  sangatlah besar  namun  informasi  dan  publikasi tentang  ikan  Ose  masih  sangat  terbatas. Padahal informasi terkait biota laut perairan maritime sangat diperlukan ditengah  kondisi  laut  yang  mengalami penurunan kualias  akibat  pencemaran lingkungan  serta  adanya overfisihing dan illegal fisihing memicu penurunan populasi bahkan terancam  mengalami kepunahan  (Abdullah  et  al.  2017).  Saat  ini telah  banyak  dilakukan  penelitian  untuk menggali  informasi  biota  laut  nusantara terutama  informasi  genetik  berbasis  DNA barcoding , yaitu suatu teknik mengidentifikasi  suatu  organisme  dengan menggunakan marker DNA  salah  satunya gene  mitokondria cytochrome  oxidase subunit I (COI). Beberapa contoh penelitian  DNA barcoding biota  laut diantaranya  identifikasi  ikan  Hiu  (Prehadi et  al.  2015),  Ikan  Kerapu  (Jefri  et  al. 2015),  Ikan  Hias  (Fahmi  et  al.  2017), Autentikasi Produk Hasil Perikaan (Abdullah  et  al.  2017;  Abdullah  et  al. 2019;  Madduppa  et  al.  2014;  Nurilmala  et al.  2017;  Maulid  et  al.  2015),  Larva  Ikan (Abdullah  et  al.  2017;  Wibowo  et al. 2017; Wibowo  et  al.  2018),  jenis kerang  (Tindi et al.  2017)  bahkan  Manggrove  (Riyantini  et al. 2014) telah dilakukan analisis molekuler.  Untuk  wilayah  Kalimantan Utara,  penelitian  tentang  DNA barcoding
telah  dilakukan  pada  biota  laut  ikan  nomei (Nugroho  et  al.  2017),  namun  belum  ada informasi  genetik  yang  tersedia  terkait ikan  Ose.  Sehingga  penelitian  tentang DNA barcoding ikan ose penting dilakukan.  Penelitian  ini  adalah  penelitian pendahuluan  dari  rangkaian  tahapan  DNA barcoding yang  terbatas  pada  amplifikasi gen mt DNA COI ikan ose.

## METODOLOGI

## Waktu dan tempat
Penelitian  ini    dilaksanakan  di Laboratorium  Biologi  Fakultas  Perikanan dan  Ilmu  Kelautan  UBT.  Waktu  penelitian ini  dilaksanakan  selama  3  bulan  dimulai Mei hingga Juli 2020. Penelitian dilaksanakan  dua  tahap  yaitu  pengambilan sampel  di  lapangan  dan  analisis  DNA  di laboratorium.

## Alat dan Bahan
Alat yang digunakan dalam penelitian ini adalah alat-alat gelas, kalkulator,  alat  tulis,  timbangan,  vortex, mikrosentrifus, mikropipet, tip pipet, Biofuge  Primo  R  Centrifuge,  heating block, horizontal elektroforesis (Power Pac Basic™,  USA),  Spektrofotometer UV- Vis (Pharmacia Biotech), thermo cyler ( Agilent Surecycler 8800 ) ,  serta  perangkat  lunak Mega X, Seq Scanner v.2.0 dan Bio Edit.
Bahan yang digunakan dalam penelitian  adalah  sampel  jaringan  otot  ikan pari  totol  biru,  alcohol  70%,  Agarosa, buffer  Tris-EDTA  (TE)  pH  8,  Tris-Borat- EDTA (TBE) 1x, marker  100  pb (Invitrogen),  kit ZR  Tissue  &  Insect  DNA miniprep TM , MyTaq HS Red Mix (Bioline), primer, kloroform, aseton, etidium  bromide, loading  dye ,  serta low mass leader .
Metode

## Ekstraksi dan Amplifikasi DNA
Ekstraksi DNA berasal dari potongan  kecil  tubuh  ikan  Ose  (otot).
Ekstraksi  DNA  berasal  dari  potongan kecil tubuh ikan pari totol biru. Proses
pencucian  alkohol  pengawet  dilakukan dengan  merendam  sekitar  10  gr  potongan otot  dalam  etanol  70%.  Proses  ekstraksi DNA  sampel  mengikut  petunjuk ZR Tissue
& Insect DNA miniprep TM (Zymo Research,  D6016).  Proses amplifikasi PCR menggunakan  kit  MyTaq  HS  Red  Mix (Bioline)  dengan  komposisi:  ddH 2 O  9.5
µL,  MyTaq  Red  Mix  2x  12.5  µL,  dan primer masing-masing 10
µM menggunakan 4 primer cocktail berdasarkan Canadian  Center  for  DNA Barcoding (CCDB), 2006
For war d: VF2 _t1 TGTAAAACGACGGCCAGTC
AACCAACCACAAAGACATT GGCAC Fish F2_t 1 TGTAAAACGACGGCCAGTC GACTAATCATAAAGATATC GGCAC Rev erse : Fish R2_ t1 CAGGAAACAGCTATGACAC TTCAGGGTGACCGAAGAAT CAGAA FR1 d_t1 CAGGAAACAGCTATGACAC CTCAGGGTGTCCGAARAAY CARAA
DNA diamplifikasi dengan PCR menggunakan  kit  2x  MyTaq  HS  Red  Mix (Bioline).  Total  volume  yang  digunakan untuk  amplifikasi  yaitu  25  μl,  yang  terdiri atas  9.5  μl  ddH2O,  12.5 μl 2x MyTaq Red Mix,  1  μl  DNA  template  dan  0,5  μl volume  dari  tiap  primer  10  μM. Amplifikasi  DNA  menggunakan  mesin PCR Tpersonal (Biometra) dengan pengaturan suhu sebagai berikut: predenaturasi  pada  suhu  96 o C  selama  3 menit,  denaturasi  pada  suhu  94 o C  selama 10  detik  dilakukan  sebanyak  35  siklus, annealing  pada  suhu  50 o C selama 30 detik dan  dilakua  sebanyak  35  siklus,  elongasi pada  suhu  72 o C selama 45 detik sebanyak 35  siklus  dan  satu  siklus  perpanjangan akhir  pada  suhu  72 o C  selama  2  menit kemudian  didiamkan  pada  suhu  4 o C selama  5  menit.  Produk  PCR  dianalisis menggunakan  metode  elektroforesis  gel agarosa  1%  b/v  dengan  mengambil  3  µL sampel  hasil  PCR  dan  3  µL  DNA ladder 100  pb  dimasukkan  ke  dalam  sumur  yang
terbentuk  dari  sisir  yang  dijalankan  dalam buffer  TBE  (Tris-Boric  Acid-EDTA)  1x pada  tegangan  120  V  selama  20  menit yang  dilanjutkan  dengan  visualisasi  pada alat UV Transiluminator (Gel  Doc) (Sulistiowati  et al. 2020)

## HASIL DAN PEMBAHASAN
Basis data dalam analisis molekuler  adalah  sekuen  DNA.  Terdapat tiga  jenis  DNA  pada  sel  eukariot  yaitu DNA  Inti  (nuDNA),  DNA  mitokondria (mtDNA),  dan  DNA  klorofil  atau  plastid pada  tumbuhan.  Pada  Ikan,  jenis  DNA yang  umum  dugunakan  dalam  analisa molekuler  adalah  sekuen  genom  mtDNA. Salah  satu  Gen  penyandi  dalam  genom mtDNA  yang  paling  umum  digunakan dalam  analisa  molekuler  adalah  Gen cytochrome  oxidase subunit  I  (CO1).
Pemilihan  gen  ini  dikarenakan  sifat-sifat istimewanya  seperti  jarang  mengalami peristiwa  mutasi  baik  delesi  maupun insersi  pada  sekuennya,  mempu  nyai daerah  bersifat conserve (lestari)  yang menjadi  pijakan  dalama  analisis  molekuler seperti  DNA barcoding (Hebert et  al.
2003).  Selain  itu,  gen  ini  dapat  digunakan untuk  merekonstruksi  filogenetik  pada cabang  evolusi  tingkat  spesies  (Palumbi 1996).
Penelitian sebelumnya telah melaporkan  keberhasilan  amplifikasi  gen mtDNA  CO1  ikan  dengan primer universal rekomendasi  dari  CCDB  (Fields  et  al. 2015;  Shirley  et  al.  2015;  Reid  et  al. 2011; Ivanova  et  al.  2007;  Ude  et  al.  2020; Schmitt  et  al.  2019;  Giovos et al. 2020; Hu et  al.  2018;  Saha  et  al.  2019;  Zhang  et  al. 2011;  Hinkle  2015;  Cardeñosa  et  al.  2017; Moran  et  al.  2015),  sehingga  pada penelitian  ini  juga  menggunakan  primer universal yang sama. Ekstraksi  dan amplifikasi  gen  mtDNA  COI  sampel  ikan ose  dilakukan  pada  dua  jenis  yaitu  ose perut  kuning  (Ose-K)  dan Ose Perut hitam (Ose-H)  dengan  mengambil  jaringan  otot masing-masing sebanyak 1 gram. Ekstraksi gen mtDNA menggunakan
Amplifikasi  Gene mtDNA CO1 Muraenesocidae……………………......................(Sumarlin)
metode Zymo  research,  D6016  dan
diperoleh  data  seperti  yang  dicantumkan
pada tabel 2.
Tabel 1. Data kuantitatif hasil ekstraksi gen mtDNA sampel No.  Nama Sampel Konsentrasi (ng/µl) A 260/280 A 260/230 1. Ose-K 67.3 1.94 0.55 2. Ose-H 84.5 1.97 0.53
Gambar 1. Visualisasi produk PCR pad gel agarose
Hasil  eksraksi  gen  mtDNA  kedua sampel memberikan konsentrasi  yang cukup  tinggi  dengan  nilai  sebesar  masing- masing  untuk  Ose-K  dan  Ose-H  adalah 67.3  ng/µl  dan  84.5  ng/µl.  Disisi  lain, untuk  menetukan  tingkat  kemurnian  hasil ekstraksi  mtDNA  sampel  dapat  dilihat  dari rasio absorbansi (A) pada panjang gelombang  260/280  nm  dan  260/230  nm.
Rasio A 260/280 digunakan untuk
menentukan  konsentrasi  DNA  terhadap Protein.  DNA  menyerap  sinar  ultraviolet pada panjang gelombang 260 nm, sedangkan  protein  menyerap  sinar  UV pada  panjang  gelombang  280  nm.  Tingkat kemurnian  DNA  hasil  isolasi  terbaik berada  pada  nilai  A 260/280 antara  1.8  – 2.0. Semakin  mendekati  angka  2.0  maka tingkat  kemurnian  DNA  isolat  semakin mendekati  100%  (Farmawati  et  al.  2015; Pratiwi  et  al.  2020).  Pada  hasil  penelitian ini,  kedua  sampel  baik  Ose-K  dan  Ose-H masing-masing memiliki nilai rasio A 260/280 mendekati  angka  2.0  sehingga tingkat  kemurnian  DNA  isolat  kedua sampel  ini  menghampiri  100%.  Kemurnian
DNA  hasil  ekstraksi  juga  dapat  ditentukan melalui  rasio  A 260/230 .  Ekstrak  DNA dikatakan  murnia  apabila  nilai  rasio  yang diperoleh  berada  pada  kisaran  2.0  –  2.2 Jika  nilai  rasio  yang  diperoleh  lebih  rendah dari  nilia  ideal  tersebut  maka  dapat dikatakan bahwa ekstrak masih terkontaminasi pelarut sisa proses ekstraksi  yang  turut  andil  menyerap panjang  gelombang  230  nm  (Gardenia  et al.  2011).  Pada  hasil  penelitian  ini diperoleh  rasio  A 260/230 sebesar  0.55  dan 0.53  untuk  ekstrak  Ose-K  dan  Ose-H. Tingkat  kemurnian  ini  masih  jauh  dibawah nilai  ideal  (2.0  –  2.2)  namun,  hal  ini disebabkan karena pengukuran rasio A 260/230 masih  merupakn  ekstrak  kasar sehingga  antara  DNA  dan  sisa  pelarut ekstraksi belum dipisahkan sehingga memberikan  andil  yang  sangat besar dalam memberikan  nilai  rasio  dibawah  nilai ideal.  Meskipun  nilai  rasio  A 260/280 masih dibawah  nilai  yang  diharapkan,  hasil ekstraksi  ini  masih  dapat  digunakan  untuk proses  amplifikasi  (perbanyakan)  dengan menggunakan  teknik  PCR.
1 2 3 Ket: 1. DNA Ladder 2. Ose-K
3. Ose-H
Hasil amplifikasi PCR
menunjukkan  bahwa  kedua  gen  mtDNA COI  memiliki  panjang  sekuen  sekitar  700 pasang  basa  (pb).    Hal  ini  dapat dikonfirmasi  dari  hasil  elektroforesis  1  µl masing-masing  produk  PCR  ke  dalam  gel 1%  agarose  dalam  larutan  TBE.  Reaksi PCR dikatakan berhasil apabila menghasilkan  pita  DNA  tunggal  dan  tebal. Pada  gambar  2  dapat  dilihat  bahwa  hasil PCR  pada  penelitian  ini  diperoleh  pita DNA  tunggal  dan  tebal  sehingga  reaksi PCR  telah  berhasil  dilakukan.  Ukuran  pita DNA  hasil  PCR  dengan  panjang  sekitar 700  pb  juga  diperoleh  pada  penelitian identfikasi  bivalvia  yang  dilakukan  oleh Tindi  et  al  (2017),  dan  ikan  nomei  yang dilakukan  oleh  Nugroho  et al (2017).

## KESIMPULAN DAN SARAN

## Kesimpulan
Berdasarkan hasil penelitian diperoleh  ekstrak  gen  mtDNA  kedua sampel  dengan  konsentrasi  yang  cukup tinggi  dengan  nilai  sebesar  masing-masing untuk  Ose-K  dan  Ose-H  adalah  67.3  ng/µl dan  84.5  ng/µl.  Kemurnian  ekstrak  kedua sampel  baik  Ose-K  dan  Ose-H  masing- masing memiliki nilai rasio A 260/280 mendekati  angka  2.0  sehingga  tingkat kemurnian  DNA  isolat  kedua  sampel  ini menghampiri 100%. Hasil amplifikasi PCR  menunjukkan  bahwa  kedua  gen mtDNA  COI  memiliki  panjang  sekuen sekitar 700 pasang basa (pb).

## Saran
Penentuan  spesies  ikan  ose  perlu dilakukan  dengan  teknik  DNA barcoding , sehingga penting untuk dilaksanakan penelitian  lanjutan  meliputi  sekuensing gen  mtDNA  COI  ikan  ose,  dilanjutkan dengan analisis  BLAST dan filogenetik.

## DAFTAR PUSTAKA
Abdullah,  A.,  &  Rehbein,  H.  2017.  DNA
barcoding for the species identification of commercially important fishery products in Indonesian  markets. International Journal  of  Food  Science  and Technology 52(1): p.266–274.
Abdullah,  A.,  Sativa,  H.A.,  Nurhayati,  T.,
&  Nurilmala,  M.  2019.  Pemanfaatan DNA  barcoding  untuk  ketertelusuran label  berbagai  produk  olahan  ikan berbasis  surimi  komersial. Jphpi 22: p.508–519.
Cardeñosa,  D.  et  al.  2017.  A  multiplex PCR  mini-barcode  assay  to  identify processed  shark  products in the global trade. PLoS ONE 12(10): p.3–11.
Fahmi,  M.R.,  Kusumah,  R.V.,  Ardi,  I., Sinansari,  S.,  &  Kusrini,  E.  2017. Dna  Barcoding  Ikan  Hias  Introduksi. Jurnal Riset Akuakultur 12(1): p.29.
Farmawati,  D.,  Wirajana,  I.,  &  Chandra
Yowani, S. 2015. Perbandingan
Kualitas  Dna  Dengan  Menggunakan Metode  Boom  Original  Dan  Boom Modifikasi Pada Isolat Mycobacterium Tuberculosis 151.
Jurnal Kimia 9(1): p.41–46.
Fields,  A.T.,  Abercrombie,  D.L.,  Eng,  R., Feldheim,  K.,  &  Chapman,  D.D. 2015.  A  novel  mini-DNA  barcoding assay  to  identify  processed  fins  from internationally protected shark species. PLoS ONE 10(2): p.1–10.
Gardenia,  L.,  &  Koesharyani,  I.  2011.
Metode  Isolasi  Deoxyribose  Nucleic Acid  Bakteri  dari  Organ  Ikan  Nila (Oreochromis  niloticus). Jurnal  Ris.
Akuakultur 6(3): p.469–477.
Giovos,  I.  et  al.  2020.  Assessing  multiple sources  of  data  to  detect  illegal fishing,  trade  and  mislabelling  of elasmobranchs  in  Greek  markets. Marine Policy 112(March).
Hinkle,  J.  2015.  Proof-of-concept  of environmental  DNA  tools  for  atlantic
sturgeon management.  : p.46..
Hu,  Y., Huang, S.Y., Hanner, R., Levin, J., &  Lu,  X. 2018. Study of fish products in  Metro  Vancouver  using  DNA barcoding  methods  reveals  fraudulent labeling. Food Control 94: p.38–47.
Ivanova,  N.  V.,  Zemlak,  T.S.,  Hanner, R.H.,  &  Hebert,  P.D.N.  2007. Universal  primer  cocktails  for  fish DNA  barcoding. Molecular  Ecology Notes 7(4): p.544–548.
Jefri,  E.,  Zamani,  N.P.,  Subhan,  B.,  & Madduppa,  H.H.  2015.  Molecular
phylogeny inferred from mitochondrial  DNA  of  the  grouper epinephelus spp. In Indonesia collected  from  local  fish  market. Biodiversitas 16(2): p.254–263.
Madduppa,  H.H.,  von  Juterzenka,  K., Syakir,  M.,  &  Kochzius,  M.  2014. Socio-economy  of  marine  ornamental fishery  and  its  impact  on  the population  structure  of  the  clown anemonefish Amphiprion ocellaris and  its  host  anemones  in  Spermonde Archipelago,  Indonesia. Ocean  and Coastal Management 100: p.41–50.
Maulid,  D.,  &  Nurilmala,  M.  2015.  Dna Barcoding  Untuk  Autentikasi  Produk Ikan  Tenggiri  (Scomberomorus  Sp). Jurnal  Akuatika  Indonesia 6(2):
p.244388.
Moran,  Z.,  Orth,  D.J.,  Schmitt,  J.D., Hallerman,  E.M.,  &  Aguilar,  R. 2015. Effectiveness  of  DNA  barcoding  for identifying  piscine  prey  items  in stomach contents of piscivorous catfishes. Environmental  Biology  of Fishes 99(1): p.161–167.
Nugroho,  E.D.,  Nawir,  D.,  Amin,  M.,  & Lestari,  U.  2017.  Dna  barcoding  of nomei  fish  (Synodontidae:  Harpadon sp.)  in  Tarakan  Island,  Indonesia. AACL Bioflux 10(6): p.1466–1474.
Nurilmala,  M.,  Sari,  E.M.,  Abdullah,  A.,
Sudrajat,  A.O.,  &  Ochiai,  Y.  2017. Species identification by DNA barcoding and bioprospecting of Indonesian  seahorses. The JSFS 85th Anniversary-Commemorative International  Symposium  “Fisheries Science  for  Future  Generations" (10032):  p.2–3.
Pratiwi,  E.,  &  Widodo,  L.I.  2020.
Kuantifikasi Hasil  Ekstraksi  Gen Sebagai Faktor Kritis Untuk
Keberhasilan  Pemeriksaan  Rt  Pcr. Indonesian  Journal  for  Health Sciences 4(1): p.1.
Prehadi  et  al.  2015.  DNA  barcoding  and phylogenetic  reconstruction  of  shark species  landed  in  muncar  fisheries landing  site  in  comparison  with southern
Java fishing port.
Biodiversitas 16(1): p.55–61.
Reid,  B.N.  et  al.  2011.  Comparing  and combining distance-based and character-based approaches for barcoding  turtles. Molecular Ecology Resources 11(6): p.956–967.
Riyantini,  I.,  Mulyani,  Y.,  &  Agung,  M.
2014. Hubungan Filogenetik
Molekuler  Beberapa  Jenis  Mangrove Di  Pulau  Penjarangan,  Ujung  Kulon, Provinsi  Banten. Jurnal  Akuatika Indonesia 5(1): p.245336.
Saha,  S.  et al. 2019. NEW RECORDS OF
THE GOATFISH, UPENEUS
VITTATUS (FORSSKAL 1775) AND UPENEUS SUPRAVITTATUS
(UIBLEIN  AND  HEEMSTRA  2010)
(PRECIFORMES, MULLIDAE),

## FROM  SAINT  MARTIN’S  ISLAND IN THE BAY OF BENGAL,
BANGLADESH. J. Asiat. Soc. Bangladesh, Sci. 2(December): p.161– 173.
Schmitt,  J.D.,  Emmel,  J.A.,  Bunch,  A.J., Hilling,  C.D.,  &  Orth,  D.J.  2019. Feeding  Ecology  and  Distribution  of an  Invasive  Apex  Predator:  Flathead Catfish in Subestuaries of the Chesapeake  Bay,  Virginia. North American Journal  of  Fisheries Management 39(2): p.390–402.
Shirley,  M.H.,  Villanova,  V.L.,  Vliet, K.A.,  &  Austin,  J.D.  2015.  Genetic barcoding  facilitates  captive  and  wild management  of  three  cryptic  African crocodile  species  complexes. Animal Conservation 18(4): p.322–330.
Sulistiowati,  S.,  &  Madduppa,  H.  2020. Identifikasi  Scatophagus  argus  yang dipasarkan  di  Jakarta  berdasarkan Analisis Morfologi dan DNA Barcoding. Jurnal Kelautan Tropis .
Tindi,  M.  et  al.  2017.  DNA  BARCODE DAN  ANALISIS  FILOGENETIK MOLEKULER  BEBERAPA  JENIS
BIVALVIA ASAL PERAIRAN SULAWESI UTARA
BERDASARKAN  GEN  COI  (The
DNA Barcode and molecular phylogenetic  analysis  several  Bivalve species  from  North  Sulawesi  Waters based  on  COI  gene). Jurnal  Pesisir dan Laut Tropis 1(2): p.32–38.
Ude,  G.N.  et  al.  2020. DNA barcoding for identification  of  fish  species  from freshwater  in  Enugu  and  Anambra States  of  Nigeria. Conservation Genetics Resources 12(4): p.643–658.
Wibowo,  A.,  Panggabaian,  A.S.,  Zamroni,
A.,  Priatna,  A.,  &  Yusuf,  H.N.  2018. Using  Dna  Barcode  To  Improve  the Identification  of  Marine  Fish  Larvae, Case  Study  Coastal  Water  Near Jakarta  and  Banda  Sea,  Indonesia.
Indonesian Fisheries Research
Journal 24(1): p.37. Wibowo,  A.,  Wahlberg,  N.,  &  Vasemägi,
A.  2017.  DNA  barcoding  of  fish larvae reveals uncharacterised biodiversity  in  tropical  peat  swamps of  New  Guinea,  Indonesia. Marine and  Freshwater  Research 68(6):
p.1079–1087.
Zhang,  J.  Bin,  &  Hanner,  R.  2011.  DNA barcoding  is  a  useful  tool  for  the identification  of  marine  fishes  from Japan. Biochemical  Systematics  and Ecology 39(1): p.31–42.