Jurnal Biosains Pascasarjana Vol. 19 (2017) pp
© (2017) Sekolah Pascasarjana Universitas Airlangga, Indonesia
PENGARUH RENDAMAN AIR TERHADAP KUALITAS DNA PADA SPERMA DENGAN STR-CODIS D13S317 DAN D21S1
Abdul Hadi Furqoni *1 , Ahmad Yudianto 2 , Puspa Wardhani 3
Sekolah Pascasarjana Universitas Airlangga; Kampus B. Jl. Airlangga No. 4-6, Surabaya 60286, Telp. (031) 5041566 / Fax. (031) 5029856
Program Studi S2 Ilmu Forensik e-mail : *1 cocohadi01@gmail.com , yudi4n6@yahoo.co.id 2 , puspa_pk@yahoo.co.id 3

## Abstrak
Kriminalitas  yang  terjadi  akibat  kejahatan  seksual  banyak  terjadi  di  mana-mana. Kejahatan ini bisa menimpa beberapa orang dan dari berbagai umur.  Dalam kasus ini pasti akan di temukan barang bukti di tempat kejadian perkara. Salah satu bukti akibat kejahatan seksual  adalah  bercak  sperma.  Bercak  sperma  dapat  di  temukan  seperti  pada  pakaian  yang digunakan korban atau pelaku. Dengan keterbatasan waktu yang dimiliki oleh polisi tentunya perlu  cara  untuk  pengidentifikasi  siapa  pelaku  dari  kejahatan  tersebut.  Sampel  bercak sperma  akan  di  isolasi  DNA.      Isolasi  DNA  adalah  memisahkan  DNA  yang  ada  pada  sel sperma dengan komponen yang lainnya. Setelah DNA di dapatkan akan di ketahui kadar dan kemurniannya.  Hasil  tersebut  bisa  di  pengaruhi  oleh  media  bercak  sperma  berada.  Faktor- faktor tersebut salah satunya media air  dan kain katun. Sifat kain katun adalah mempunyai kemampuan menyerap yang tinggi walaupun dalam keadaan basah sekalipun.  Setelah isolasi DNA, tahapan selanjutnya adalah amplifikasi. Proses amplifikasi dalam penelitian ini adalah menggunakaan STR dengan lokus D13S317 dan D21S11.
Kata kunci : Kriminal, Sperma, DNA, STR-CODIS

## Abstract
Case  of  crimes  due  to  sexual  crimes  happen  frequently  and  everywhere.  This  type  of crime may happen to a number of people and from different range of age.  In this case, there must be evidence in the crime scene. One of the evidences of sexual crime is sperm stain. Sperm stain may be found such as on a clothing worn by the victims or criminals. Due to the limitation of  time  that the police has,  a  method to identify  who the  real culprit  of  such  crime  is  needed. Sperm  stain  sample  will  be  brought  to  the  lab  for  DNA  isolation.    DNA  isolation  means separating  DNA  in  the  sperm  cell  from  the  other  components.  After  the  DNA  is  obtained,  the concentration and purity will be identified. The result may be affected by the media where the sperm is staining. One of the factors is water and cotton cloth media. The feature of cotton cloth is that it is highly absorbent even though it is in wet condition.  After DNA isolation, the next step  is  amplification.  Amplification  process  in  this  research  is  using  STR  with  D13S317  and D21S11 loci.
Keywords : Crime, sperm, DNA, STR-CODIS
© (2017) Sekolah Pascasarjana Universitas Airlangga, Indonesia

## 1.    PENDAHULUAN
Pada  zaman  modern  seperti  sekarang, banyak  ditemukan  tindakan  melanggar  hukum (kriminalitas)  di  berbagai  belahan  dunia, terutama  di  negara  miskin  dan  negara berkembang  seperti  Indonesia.  Kriminalitas dapat berupa pembunuhan, terorisme, pencurian, pemerkosaan dan sebagaiya. Dalam Dunia  Internasional,  Indonesia  menduduki peringkat  ke  62,  dengan  jumlah  0,00567  per 1000 orang atau 5-6 per satu juta orang dalam kasus pemerkosaan. Apabila jumlah penduduk Indonesia  sebanyak  250  juta  jiwa,  maka  ada 1418  kasus  pemerkosaan  yang  terjadi.  Untuk ukuran  Nasional,  Provinsi  Bandar  Lampung merupakan        Provinsi        dengan        kasus pemerkosaan  tertinggi.  Pada  tahun  2009  telah terjadi   106   kasus   pemerkosaan   di   Bandar Lampung,  diikuti  oleh  Jakarta  sebanyak  90 kasus. Sedangkan Provinsi Bali hanya   terjadi 19  kasus  pemerkosaan  (Yulia,  2010).    Sekian banyak kasus pemerkosaan yang terjadi, selalu ditemukan  masalah  yang  sulit  untuk  di selesaikan   olek   pihak   berwajib.   Tentunya untuk  mengolah  TKP  pun  ada  batas  waktu untuk  menilai  kemurnian  dari  setiap  tanda- tanda yang ditemukan pada tempat kejadian.
Pada  Perkap  nomor  10  tahun  2009 khususnya  terkait  tata  cara  dan  persyaratan permintaan  Pemeriksaan  Teknis  Kriminalistik TKP   pasal   6   ayat   1   huruf   B   menyatakan “dalam  hal  tertentu  dan  keadaan  mendesak permintaan  pemeriksaan  dapat  diajukan  secara lisan  atau  melalui  telepon,  dan  permintaan tertulis  harus  sudah  disusulkan  paling  lama  7 (tujuh)  hari  kerja  setelah  pemeriksaan  TKP dilaksanakan”. Terbatasnya  waktu  yang diberikan untuk bisa mengolah TKP, diharapkan pihak berwajib bisa
memaksimalkan  tugasnya  dalam  menemukan tanda-tanda  yang  dapat  mengungkap  kasus yang  terjadi.  Pada  kasus  pemerkosaan  sering ditemukan    barang    bukti    sebagai    contoh sperma, baik di bagian tubuh korban, terutama vagina atau di media seperti pada kondom atau pakaian  korban  yang  ada  di  TKP  (tempat kejadian perkara).
Sperma  adalah  sel  reproduksi  dari  tubuh jantan,  yang  diteliti  pertama  kali  pada  tahun 1677 oleh Stephen Ham, salah satu murid dari
Antonie  van  Leeuwenhoek  (Adnan,  2006). Semua  sel  maupun  jaringan  makhluk  hidup termasuk  spermatozoa  yang  terdapat  pada sperma  mengandung (Deoxyribonucleic  acid) DNA    (Robert,    2007).    Sperma    sering digunakan  sebagai  bukti  untuk  menyelesaikan kasus    pemerkosaan,    terutama    dalam identifikasi pelaku.
Sampel dari cairan ejakulat berupa bercak sperma  yang  terdapat  pada  baju/kain  di  TKP ataupun cairan/swab vagina dapat dipengaruhi oleh faktor-faktor luar yang dapat menurunkan kualitas  DNA  nya.  Contoh  faktornya  seperti suhu,    kelembapan,    cahaya,    media    sperti sperma  yang  terdapat  pada  kain,  rendaman  air tawar,  dll.  Penelitian  yang  dilakukan  oleh Wahyuningsih ( 2008 ) tentang  kain  katun, disimpulkan    bahwa    kain    katun    mempunyai sifat    tidak    kuat    terhadap    asam    berat    dan apabila  di  rendam  pada  air  yang   memiliki kadar  asam  tinggi  akan  merusak  komponen dari  kain  itu  sendiri.  Pada  penelitian  yang dilakukan  oleh  Nursida ( 2011 ) terdapat  hasil bahwa  jumlah  rata  –  rata  fragmen  DNA  hasil amplifikasi  Ikan  kerapu  pada  toleran  salinitas rendah lebih  besar dibandingkan  daripada  ikan yang toleran salinitas tinggi.
Dalam    mengungkap    tersangka    dalam kasus   pemerkosaan,   bisa   dilakukan   dengan cara   mengidentifikasi   DNA   yang   terdapat pada  bercak  sperma  yang  ditemukan.  Dalam pelaksanaannya  diperlukan  primer  seperti (Short  tandem  repeat  combined  DNA  index) STR-CODIS   untuk   mengamplifikasi   DNA yang  sangat  sedikit.  STR  adalah  bagian  DNA yang  pendek  dan  bersifat  polimorfik  yang paling   informatif   berdasarkan   PCR   untuk mencoba   untuk   mengindividualisasi   bahan biologis.  STR-CODIS  sering  di  pakai  pada kasus   untuk   identifikasi   pada   manusia   di karenakan   sudah   di   sepakati   oleh   lembaga forensik  dunia  dan  FBI  sebagai  cara  yang mudah  untuk  mencocokkan  sampel  yang  ada di  TKP  dengan  sampel  terduga  korban  atau tersangka (Butler, 2006).
Berdasarkan  latar  belakang  diatas  maka pada   tesis   ini   akan    membahas    pengaruh paparan rendaman air tawar dalam waktu yang berbeda  terhadap  kualitas  DNA  pada  bercak sperma  yang  dideteksi  dengan  STR–CODIS D13S317 dan D21S11.
© (2017) Sekolah Pascasarjana Universitas Airlangga, Indonesia

## 2.    TINJAUAN PUSTAKA

## 2.1  Deoxyribo Nucleic Acid (DNA)
Sel  merupakan  unit  struktural  dan fungsional  dari  organisme  yang  ditemukan pertama  kali  oleh  peneliti  Inggris  bernama Robert  Hooke.  Sel  eukariot  jauh  lebih kompleks daripada sel prokariot, karena sel eukariot  memiliki  membran  dan  organel tertentu  yang  tidak  dimiliki  sel  prokariot. Di  dalam  sebuah  sel  juga  erdapat  materi genetik,  tepatnya  terletak  pada  inti  sel  dan mitokondria  pada  hewan  atau  kloroplast pada   tumbuhan.   Materi   genetik   dapat berupa Deoxyribo    Nucleic    Acid (DNA) atau Ribonucleic  Acid (RNA)  (Campbell et all , 2004). Deoxyribo Nucleic Acid (DNA) adalah asam   nukleat   yang   membawa   informasi genetik dari generasi ke generasi selanjutnya.  DNA  terdapat  pada  nukleus, mitokondriapada  hewan  dan  terdapat  juga pada   kloroplas  tumbuhan.   Ada   beberapa perbedaan   antara   DNA   tersebut,     yaitu: DNA  nukleus  yang  disebut  juga  DNA kromosomal, berbentuk benang lurus (linear)   tak   bercabang   dan   berasosiasi sangat    erat    dengan    protein    histon, sedangkan DNA  mitokondria dan kloroplas berbentuk  melingkar  (sirkular)  dan  tidak berasosiasi dengan protein histon.
DNA mitokondria dan kloroplas memiliki    cirri    khas,    yaitu    hanya mewariskan    sifat-sifat    yang    berasal    dari ibu,    sedangkan    DNA    nukleus    memiliki pola   pewarisan   sifat   dari   kedua   orang tuanya (Raven dan Johnson, 2002). Ukuran molekul  DNA  setiap  spesies  berbeda  satu dengan  yang  lainnya.  Pada  mitokondria berukuran  5µ,  molekul  DNA  bakteri berukuran    1,4    mm,    sedangkan    molekul DNA  pada  Riggs  (Suryo,  2005).  Menurut Watson  dan  Crick  dalm  Suryo  (2005), molekul   DNA   berbentuk double   helix.
DNA terdiri  atas susunankimia  yang  terdiri atas  tiga  macam  molekul  yaitu  :  yaitu  gula pentose  yang  dikenal  sebagai  deoksirobisa, asam  fosfat,  dan  basa  nitrogen  yang  terdiri atas basa purin dan pirimidin.
Menurut   Lewis   (2003)   purin  terdiri atas  adenin  (A)  dan  guanin  (G),  sedangkan pirimidin  dibedakan  menjadi  timin  (T)  dan sitosin    (S).    Adenin    hanya    akan berpasangan   dengan   timin   dan   guanin hanya  berpasangan  dengan  sitosin.  Adenin dan  timin  dihubungan  oleh  dua  atom hidrogen,  sedangkan  guanin  dan  sitosin dihubungkan dengan tiga atom hidrogen.
Molekul  DNA  dari  mahluk  hidup diperoleh  dengan  cara  melakukan  ekstraksi DNA  dari  seluruh  bagian  biologis  mahluk hidup  tersebut,  salah  satunya  adalah spermatozoa.  Ekstraksi  DNA  memiliki beberapa  metode  seperti  medote  fenol klorofom,    metode    membran    dialisis, metode  chilex  (Toha,  2001).  DNA  yang bisa  didapatkan  dari  proses  ekstraksi  relatif sedikit,  maka  dari  itu  untuk  kepentingan analisis perlu dilakukan perbanyakan DNA. Proses   perbanyakan   DNA   itu   disebut dengan amplifikasi DNA. Proses perbanyakan  ini  dilakukan  melalui  suatu rangkaian  reaksi  yang  di  sebut  dengan Polymerase   Chain   Reaction   (PCR)   (Son 2007).

## 2.2  Sperma
Sperma  adalah  sel  reproduksi  dari tubuh   jantan,    yang    diteliti    pertama    kali pada tahun  1677  oleh salah satu  murid dari Antonie Van Leeuwenhoek. Sperma diproduksi  melalui  proses  spermatogenesis yang  terjadi  didalam  tubulus  seminiferus pada    testis.    Spermatogenesis    terdiri    atas tiga  tahapan,  yaitu  berlangsung  pada  suhu 35 o - 36 o .  Apabila suhu tidak sesuai  maka proses spermatogenesis tidak akan berjalan secara   optimal,   yang   akan   berpengaruh pada   jumlah   dan   bentuk   sperma   yang dihasilkan.        Selain        suhu,        proses spermatogenesis    juga    dipengaruhi    oleh senyawa   kimia,   dan   lain-lain   (Johnson, 2003).
Spermatogenesis atau proses pembentukan   sperma,   terjadi   di   dalam testis, tepatnya terjadi di tubulus seminiferus.    Spermatogenesis    terjadi setelah  seorang  laki-laki  mengalami  masa puber       (dewasa       secara       fisiologis).
© (2017) Sekolah Pascasarjana Universitas Airlangga, Indonesia
1. Spermatogonium,  biasanya  terletak
masak terdiri dari : di tepi tubulus seminiferus. 1. Kepala   ( head, caput ), terdiri   dari
2. Spermatosit primer. sel    berinti    tebal    dengan   hanya 3. Spermatosit sekunder. sedikit    sitoplasma,    mengandung 4. Spermatid,  berukuran  relatif  kecil inti   (nukleus)   dengan   kromosom
Spermatogenesis  kemudian  akan  terjadi secara  teratur  dan  terus  menerus  seumur hidup laki-laki.
Gambar 1. Tahapan Spermatogenesis (Suryo,2005)

## 2.2.1   Tahapan Perkembangan Sel Kecambah
Tubulus  seminiferus  yang ada  pada testes  pria,  terdiri  dari  sel-sel  diploid yang  dinamakan  spermatogonia  yang akan  berkembang  menjadi  sperma  yang matang.      Proses      yang     terjadi      yaitu adanya  peralihan  proses  pembelahan serta    perubahan    struktur    yang fungsional  melalui  proses  pembelahan serta    perubahan    struktur    secara berurutan. Secara umum tahap perkembangan    sel    germa    hingga menjadi spermatozoa meliputi:
Gambar 2. Tahapan Perkembangan Sel Kecambah (Suryo, 2005)
2.2.2   Struktur Sperma
Setelah terbentuk sempurna, spermatozoa  masuk  ke  dalam  rongga tubulus  seminiferus,  kemudian  akibat kontraksi  dinding  tubulus  spermatozoa terdorong  ke  arah  epididimis.  Suasana keseimbangan  asam-basa  dan  elektrolit yang sesuai di intratubulus dan epididimis memberikan  spermatozoa kemampuan  untuk  bergerak  (motilitas sperma) (Suryo, 2005). Sperma diproduksi  sebanyak  300  juta  per  hari. Rata-rata  volume  air  mani  untuk  setiap ejakulasi  adalah  2,5  sampai  6  ml,  dan rata-rata jumlah sperma yang diejakulasikan  adalah  40-100  juta  per ml    (Suryo,   2005).   Ukuran   sperma dewasa    yaitu    60    µm.vSpermatozoa
dan   mempunyai   bakal   tudung   di bagian ujung inti.
5.  Spermatozoa,      sudah      memiliki bagian kepala serta ekor.
dan  bahan  genetiknya.  Pada  bagian membran  permukaan  di  ujung kepala  sperma  terdapat  selubung tebal yang disebut akrosom. Akrosom           mengandung enzim hialuronidase   dan   proteinase yang berfungsi  untuk  menembus  lapisan pelindung  ovum.  Ukuran  kepala sperma  sendiri  yaitu  panjang  5µm dan   lebar   3µm.   bagian   posterior
© (2017) Sekolah Pascasarjana Universitas Airlangga, Indonesia
membran    inti    membentuk basal plate .
Gambar   3. Struktur   Kepala   Sperma (Suryo, 2005)
2.  Leher             ( neck,             cervix ), menghubungkan kepala dengan badan.    Terdiri    dari    sembilan segmen  kolom  materi  berserat, berlanjut sebagai serat padat terluar ekor.
3.  Badan             ( middle             piece, corpus ) , panjangnya  5  µm,  banyak mengandung mitokondria yang berfungsi  sebagai  penghasil  energi untuk pergerakan sperma.
4.     Ekor        ( tail, caudal ), panjangnya 45µm,  berfungsi  untuk  mendorong spermatozoa  masak  ke  dalam  vas deferen dan ductus ejakulotoris.
Gambar 4. Struktur  Sperma  Manusia dengan Mikroskop Elektron (Suryo, 2005)
Gambar 5. Gambar  Struktur  Sperma Manusia (Suryo, 2005)
Menurut  Suryo  (2005)  ada  dua  tipe sperma,    yaitu    :    sperma    tipe    X    dan sperma  tiper  Y.  Sperma  tipe  X  adalah sperma  yang  membawa  22  kromosom tubuh  dan  kromosom  kelamin  X  yang menentukan  jenis  kelamin  perempuan. Sperma  tipe  Y  adalah  sperma  yang membawa  22  kromosom  tubuh  dan kromosom  kelamin  Y  yang  menentukan jenis  kelamin  laki-laki  saat  fertilisasi. Sperma  tipe  X  akan  bergerak  dengan cepat  dalam  kondisi  lingkungan  yang asam,  sedangkan  sperma  tipe  Y  akan bergerak  dengan  cepat  dalam  kondisi basa.

## 2.2.3   Struktur       DNA       dan       Kromatin Spermatozoa
Berbeda dengan sel somatik, spermatozoa  manusia  memiliki  struktur dan  integritas  fungsional  yang  dikemas dalam  sistem  yang  unik.  Materi  DNA spermatozoa  manusia  dikemas  dengan bantuan  protein  khusus  yang  mengatur proses kondensasi dan  dekompresi melalui mekanisme tertentu. Keseimbangan  proses  itu  disinkronisasi oleh struktur organisasi DNA spermatozoa  (Singh,  2011).  Secara struktural, sebagian besar DNA
spermatozoa  melingkar  menjadi  toroid, sebagian  kecil  berikatan  dengan  histon dan  sisanya  melekat  di  matriks  inti spermatozoa matrix  attachment  regions (MARs).
Organisasi  DNA  spermatozoa  yang paling  padat  berada  di  dalam  toroid. Selama  proses  maturasi,  sebagian  besar protein  histon  yang  berasosiasi  dengan DNA    digantikan    oleh    protamin (Gambar  2).  Adanya  protamin  yang berikatan  dengan  DNA,  memungkinkan terjadi proses kondensasi yang lebih erat dan  membuat  DNA  resisten  terhadap nuclease (Singh, 2011). Untuk memperoleh  struktur  DNA  yang  padat, proses  pengemasan  DNA  spermatozoa
© (2017) Sekolah Pascasarjana Universitas Airlangga, Indonesia
juga  merupakan  mekanisme  kontrol ekspresi gen.
Proses  tersebut  menahan  akses  ke reading  frame dan  menyebabkan  tidak terjadinya       ekspresi      gen      selama spermatogenesis.  Saat  spermatozoa  fusi dengan  oosit  protamin  akan  digantikan seluruhnya  dengan  protein  histon  yang disediakan  oleh  oosit  saat  empat  jam pertama.
Penggantian tersebut memberikan  kesempatan  bagi  genom paternal  untuk  meningkatkan  akses dalam    memproduksi    protein.    Oleh karena itu, keseluruhan proses pengemasan DNA/kromatin spermatozoa  mengindikasikan  fungsi struktur toroid untuk melindungi spermatozoa  selama  perjalanan  dalam saluran reproduksi laki-laki dan perempuan  hingga  terjadinya  fertilisasi dan tidak berperan
dalam perkembangan embrio (Singh, 2011).
Protamin  terdiri  atas  pita  besar bermuatan   positif   dan   residu   arginin yang    dinetralkan    oleh    ikatan fosfodiester   DNA.   Interaksi   tersebut mengurangi repulsion antar    ikatan DNA,  sehingga  memungkinkan  DNA berlipat-lipat  untuk  menciptakan  toroid yang  kompak  dan  erat.  Toroid  berbaris berdampingan  untuk  menghasilkan  luas permukaan  maksimal.  Protamin  tidak hanya  memberikan  pemadatan  struktur DNA,       tetapi       juga       memberikan perlindungan  dari  kerusakan.  Ikatan disulfida  antar  molekul  di  kromatin  sel spermatozoa  lebih  resisten  terhadap kerusakan       mekanik       dibandingkan dengan sel somatik (Singh, 2011).
Struktur  DNA  spermatozoa  lainnya adalah DNA yang terikat dengan histon. Histon  terutama  berikatan  di  daerah promotor  gen.  Seluruh  famili  gen  yang vital  untuk  spermiogenesis  dan  masa fertilisasi    awal    secara    khusus berasosiasi dengan histon di spermatozoa.  DNA  yang  berikatan dengan  histon  memberikan  akses  pada reading    frame .    Histon    DNA spermatozoa    tidak    digantikan    oleh histon  pascafertilisasi  yang  ditemukan
dalam oosit.
Hal tersebut memungkinkan  kerusakan  histon  DNA spermatozoa  ditransmisikan  ke  embrio tanpa  terdeteksi dan termodifikasi.
Kejadian  tersebut  merugikan  karena kebanyakan  DNA  yang  terikat  di  histon adalah kluster gen yang bertanggungjawab terhadap
perkembangan    awal    embrio    (Singh, 2011).
Selain    DNA    spermatozoa    yang terikat   dengan   protamin   dan   histon bentuk  terakhir  organisasi  spermatozoa adalah matrix     attachment     region (MAR).  MAR  merupakan  bagian  DNA yang  melekat  di  lingkaran  domain kromatin    matriks   inti   kaya   protein. MAR  berukuran  tidak  lebih  dari  1000 pasang  basa  dan  berada  di  antara  toroid protamin  yang  menempelkan  toroid  di tempatnya  disebut toroid  linker . Toroid linker berisi  histon  dan  sangat  sensitif terhadap  aktivitas  nuklease.  MAR  juga berperan  sebagai  tempat  pemeriksaan integritas  DNA  spermatozoa  setelah fertilisasi.  MAR  bersama  histon  terikat DNA  lain,  langsung  berasal  dari  materi genetik  paternal  yang  diturunkan  ke embrio dan penting untuk perkembangan (Singh, 2011).

## 2.3  STR – CODIS
Amplifikasi  adalah  suatu  penerapan bioteknologi  untuk  memperbanyak  DNA pada  kromosom.  DNA  dapat  diperbanyak hingga  ratusan  bahkan  ribuan  kali. Amplifikasi  dapat dilakukan dengan berbagai  metode,  salah  satunya  dengan metode    PCR    ( Polymerase    Chain Reaction )  yang  ditemukan  Karry  Mullis pada  tahun  1983.  Amplifikasi  dengan metode    PCR    membutuhkan    primer. Primer  adalah  sekuen  oligonukleotida (umumnya      10-20      nukleotida)      khusus yang  akan  berikatan  dengan  DNA  pada daerah yang spesifik (Butler, 2006).
Keberhasilan amplifikasi dengan metode PCR dipengaruhi oleh kesesuaian primer    dengan    bahan    ekstraksi    dan optimalisasi  PCR.  Apabila  primer  tidak
© (2017) Sekolah Pascasarjana Universitas Airlangga, Indonesia
sesuai  dengan  bahan  ekstraksi  akan menyebabkan  daerah  lain  (bukan  daerah sasaran)  yang  teramplifikasi  atau  bahkan tidak  ada  daerah  yang  diamplifikasi. Optimalisasi ini menyangkut suhu denaturasi  dan  penempelan  ( annealing) DNA dalam mesin PCR (Butler, 2006).
Penggunaan  teknologi  DNA typing telah  datang  dan  tercapai  oleh  FBI  dari bank  data  DNA  nasional  yang  disebut CODIS  ( Combined  DNA  Index  System ). Dua  tujuan  utama  untuk  operasi  CODIS yang    membantu    peneliti    dalam identifikasi tersangka kejahatan kekerasan,  dan  meningkatkan  efektivitas laboratorium forensik dengan menyediakan  perangkat  lunak  untuk melakukan kerja kasus DNA dan melakukan  perhitungan  statistic  (Butler, 2006).
CODIS  adalah database catatan hirarki  identifikasi  DNA.  Catatan  DNA CODIS   berisi   informasi   terbatas   untuk memungkinkan  pencarian  profil.  Secara umum,      catatan      identifikasi      berisi pengenal         laboratorium,         pengenal spesimen, karakteristik DNA, dan informasi  untuk  mengklasifikasikan  dan meninjau  catatan integritas DNA  (Butler, 2006).    Untuk   benar-benar     fungsional untuk     membandingkan     profil     DNA, Laboratorium FBI harus  menjadi jaringan terintegrasi  antara  lokal,  negara  bagian, dan     laboratorium     kriminal     federal. Memungkinkan  laboratorium  kejahatan penegak   hukum  federal,   negara   bagian dan lokal untuk bertukar dan membandingkan     profil     DNA     untuk menghubungkan kejahatan kekerasan seri dan untuk mengidentifikasi potensi tersangka  dengan  mencocokkan  profil DNA  dari  bukti  TKP  dan  profil  pelaku (Butler, 2006).
Untuk  tujuan  menerapkan  teknologi berbasis  PCR  untuk  pengujian  identitas manusia  dan  karenanya  penggunaan  bank data  DNA  nasional,  penanda  genetik polimorfik  didefinisikan,  teknik  analisis yang  kuat,  dan  studi  populasi  diperlukan. Short    tandem   repeats   (STR)    adalah bagian  DNA  yang  pendek  dan  bersifat
polimorfik yang paling informatif berdasarkan  PCR  untuk  mencoba  untuk mengindividualisasi    bahan    biologis. Lokus  STR  terdiri  dari  urutan  tandem berulang   (masing-masing   dua   sampai tujuh  pasang  basa  panjangnya),  sangat informatif,  dan  ketika  diperkuat  secara bersamaan  dalam  PCR  multipleks,  bisa sangat  efektif  untuk  mengidentifikasi berbagai      sampel      forensik.      Keputusan untuk    memilih    lokus    STR    sebagai penanda    genetik    untuk    CODIS    sangat jelas (Butler, 2006).
Laboratorium FBI bersama komunitas      ilmuan      forensik      untuk membangun  inti  lokus  STR  untuk indeks DNA   nasional.   Pada   tanggal   9   April 1996,   pertemuan   organisasi,   didukung oleh  program  Laboratorium  FBI  CODIS, diadakan    untuk    mendirikan    sebuah agenda       proyek       penelitian       untuk memvalidasi aplikasi forensik dari sejumlah   lokus   STR   untuk   mengetik bukti    biologis    DNA    (Butler,    2006). Tujuan  dari  pertemuan  ini  adalah  untuk mengidentifikasi  calon  lokus  STR  yang dapat    dianalisis    dengan    deteksi fluorescent ,  untuk  menentukan  tugas penelitian           laboratorium           untuk berpartisipasi  dan  melaporkan  hasil  pada selang waktu tertentu.
Tujuan antisipasi adalah untuk menguji,  mengevaluasi,  dan  /  atau mengoptimalkan     PCR     dan     kondisi mengetik  untuk  komersial  yang  tersedia kit   STR   yang   berisi   kandidat   tanggal lokus  STR  untuk  semua  laboratorium dalam    mengevaluasi    protokol,    setelah kondisi ketikan yang diinginkan didirikan untuk membangun basis data kependudukan  yang  relevan,  melakukan pencemaran    lingkungan    dan    studi evaluasi  kerja  kasus.  Lokus  STR  yang dievaluasi  adalah  CSF1PO,  F13AO1, F13B,  FES  /  FPS,  FGA,  TH01,  LPL, TPOX, VWA, D3S1358, D5S818, D7S820,  D8S1179,  D13S317,  D16S359, D18S51, dan D21S11 (Butler, 2006).
Pada  pertemuan  proyek  STR  13-14 November  1997  lokus  inti  untuk  sistem nasional    disepakati    oleh    laboratorium
© (2017) Sekolah Pascasarjana Universitas Airlangga, Indonesia
yang  berpartisipasi.  Untuk  mengambil keuntungan  penuh  dari  kekuatan  ketikan STR    dan    untuk    memastikan kompatibilitas  untuk  pencarian  profil DNA,  semua  peserta  sepakat  bahwa mengetik  semua  13  lokus  STR  dapat  di praktekkan  ketika  menganalisis  kasus (Butler, 2006).

## 2.4  Analisis Polymerase Chain Reaction
(PCR)
Polymerase      chain  reaction  (PCR) digunakan  untuk  membuat  jutaan  kopi DNA  dari  sampel  biologis.  Amplifikasi DNA dengan menggunakan PCR menyebabkan  analisis  DNA  pada  sampel biologis  hanya  membutuhkan  sedikit sampel  dan  dapat  diperoleh  dari  sampel yang   halus   seperti   rambut. Kemampuan
PCR   untuk   mengamplifikasi   sejumlah kecil DNA memungkinkan untuk menganalisa sampel yang sudah terdegradasi  sekalipun.  Namun,  tetap  saja harus  dicegah  kontaminasi  dengan  materi biologis  yang  lain  selama  melakukan identifikasi, koleksi dan menyiapkan sampelnya.  Tes  DNA  dilakukan  dengan cara  mengambil  DNA  dari  kromosom  sel tubuh  (autosom)  yang  mengandung  area STR (short  tandem repeats),  suatu  area  ini tidak  memberi  kode  untuk  melakukan sesuatu.  STR  inilah  yang  bersifat  unik karena  berbeda  pada  setiap  orang.
Perbedaannya  terletak  pada  urutan pasang  basa  yang  dihasilkan  dan  urutan pengulangan    STR.    Pola    STR    ini diwariskan  dari  orang  tua.  Aplikasi  teknik ini  misalnya  pada  tes  DNA  untuk paternalitas  (pembuktian  anak  kandung) yaitu tes DNA untuk membuktikan apakah seorang  anak  benar-benar  adalah  anak kandung  dari  sepasang  suami  istri.  Cara memeriksa    tes    DNA    dilakukan    dengan cara mengambil STR dari anak.
Selanjutnya,    di    laboratorium            akan dianalisa     urutan     untaian     STR     ini apakah      urutannya      sama      dengan seseorang    yang    dijadikan    pola    dari seorang  anak.  Urutan  tidak  hanya  satu- satunya   karena   pemeriksaan   dilanjutkan
dengan melihat nomor kromosom. Misalnya,  hasil  pemeriksaan  seorang  anak ditemukan  bahwa  pada  kromosom  nomor 3  memiliki  urutan  kode  AGACT  dengan pengulangan 2 kali (Butler, 2006).

## 2.5  Pengertian Air Tanah
Air   tanah   merupakan   bagian   air di    alam    yang    terdapat    di    bawah permukaan  tanah.  Pembentukan  air  tanah mengikuti  siklus   peredaran  air   di   bumi yang  disebut  daur  hidrologi,  yaitu  proses alamiah    yang    berlangsung    pada    air    di alam  yang  mengalami  perpindahan  tempat secara  berurutan  dan  terus  menerus (Kodoatie dan Robert, 2012).

## 2.5.1  Karakteristik Akuifer Air Tanah
Air    tanah    merupakan    bagian dari        siklus        hidrologi        yang berlangsung  di  alam,    serta    terdapat dalam     batuan     yang     berada     di bawah      permukaan      tanah  meliputi keterdapatan, penyebaran dan pergerakan    air    tanah    dengan penekanan  pada  hubungannya  terhadap kondisi geologi suatu daerah (Danaryanto,  dkk.  2005)  Berdasarkan atas    sikap     batuan    terhadap    air, dikenal   adanya   beberapa karakteristik batuan sebagai berikut :
1.  Akuifer    (lapisan    pembawa    air) adalah   lapisan   batuan   jenuh   air di    bawah  permukaan  tanah  yang dapat   menyimpan  dan  meneruskan air  dalam  jumlah  yang  cukup  dan ekonomis misalnya pasir.
2.  Akuiklud    (lapisan    batuan    kedap air)   adalah   suatu   lapisan   batuan jenuh  air  yang      mengandung      air tetapi        tidak        mampu melepaskannya    dalam    jumlah berarti misalnya lempung.
3.  Akuitard (lapisan batuan lambat air) adalah  suatu  lapisan  batuan  yang sedikit  lulus  air  dan  tidak  mampu melepaskan    air    dalam    arah mendatar, tetapi mampu melepaskan   air   cukup   berarti   kea
© (2017) Sekolah Pascasarjana Universitas Airlangga, Indonesia
sehingga pengeboran yang menembus akuifer      ini akan
rah  vertikal,  misalnya  lempung pasiran.
4.  Akuiflug (lapisan  kedap  air)  adalah suatu  lapisan batuan kedap  air  yang tidak  mampu  mengandung  dan meneruskan air, misalnya granit.
Menurut    Undang-undang   Nomor 11    Tahun    1974    tentang    Pengairan, cekungan    air     tanah     adalah     suatu wilayah    yang    dibatasi    oleh    batas hidrogeologis,   tempat   semua   kejadian hidrogeologis           seperti           proses pengimbuhan,         pengaliran,         dan pelepasan air tanah berlangsung.
Gambar 5. Kedudukan  Tipe  Akuifer (Kodoatie, 2012)
Tipe akuifer digolongkan menjadi tiga (Kodoatie, 2012),  yaitu : 1.  Akuifer         bebas         ( unconfined aquifer ),   merupakan  akuifer   jenuh air      dimana  lapisan  pembatasnya hanya  pada   bagian  bawahnya  dan tidak    ada    pembatas    di   lapisan atasnya (batas di lapisan atas berupa muka air tanah).
2.  Akuifer         tertekan         ( confined aquifer ),  adalah  akuifer  yang  batas lapisan    atas   dan   lapisan   bawah adalah   formasi   tidak   tembus   air, muka    air    akan    muncul    diatas formasi   tertekan   bawah.   Akuifer ini   terisi    penuh   oleh   air    tanah
menyebabkan   naiknya   muka    air tanah  di  dalam  sumur  bor  yang melebihi kedudukan semula.
3.  Akuifer      semi      tertekan     ( leaky
aquifer ),   merupakan  akuifer   jenuh air  yang  dibatasi  oleh  lapisan  atas berupa akuitard dan lapisan bawahnya merupakan akuiklud. Akuifer  semi-tertekan  atau  aquifer bocor    adalah    akuifer      jenuh  yang sempurna,  pada  bagian  atas  dibatasi oleh   lapisan   semi-lulus   air    dan bagian  bawah  merupakan  lapisan lulus air ataupun semi-lulus air.

## 2.5.2   Gerakan Air Tanah
Perbedaan    potensi    kelembaban total    dan    kemiringan    antara     dua lokasi  dalam  lapisan  tanah  dapat menyebabkan     gerakan     air     dalam tanah.    Air    bergerak    dari    tempat dengan  potensi  kelembaban  tinggi  ke tempat    dengan    potensi   kelembaban yang    lebih  rendah.    Keseimbangan hidrologi  dapat   terjadi   apabila  tenaga penggerak    air    sebanding    dengan jumlah      tenaga  gravitasi  potensial  dan tenaga    hisap    potensial,    sehingga semakin  tinggi  kedudukan  permukaan air  tanah  maka  tenaga  hisap  potensial menjadi  semakin  kecil  (Asdak,  2010). Hal  ini  berarti  bahwa   semakin   besar tenaga  hisap/  pemompaan,  air  tanah menjadi          semakin  kering.  Ketika permukaan  air  tanah  menurun  sebagai akibat  kegiatan  pengambilan  air  tanah maka akan terbentuk cekungan permukaan air tanah.

## 2.5.3   Kualitas Air Tanah
Berdasarkan  uraian  di  atas  dapat diketahui  bahwa  pemanfaatan  air  tanah maupun    air    permukaan    menjadi sesuatu      yang      sangat      penting. Berkaitan  dengan hal     tersebut   maka agar  air  dapat  dimanfaatkan  secara berkelanjutan    dengan   tingkat    mutu yang    diinginkan,    salah    satu    langkah yang dilakukan adalah dengan pemantauan    dan    intepretasi    data kualitas  air.  Pemantauan  kualitas  air mencakup  kualitas        fisika,  kimia  dan biologi. Kualitas air   yaitu sifat air dan
© (2017) Sekolah Pascasarjana Universitas Airlangga, Indonesia
kandungan mahluk  hidup,  zat,  energi, atau  komponen  lain  di  dalam  air. Kualitas          air  dinyatakan  dengan beberapa  parameter,  seperti  parameter fisika  yaitu  suhu,  kekeruhan,  padatan terlarut,  dan  sebagainya,  parameter kimia  yaitu  pH,  oksigen  terlarut,  BOD, kadar  logam,  dan  sebagainya  dan parameter  biologi  yaitu  keberadaan plankton dan bakteri (Effendi, 2003). Apabila  hasil  pemantauan  kualitas air  tidak sesuai  dengan  hakekat  seperti di  atas  maka  air  dapat  dikatakan tercemar.        Pencemaran   air   adalah masuk  atau  dimasukkannya  makhluk hidup,  zat,  energi  dan  atau  komponen lain    ke    dalam    air    oleh    kegiatan manusia  sehingga  kualitasnya  turun sampai     ke     tingkat     tertentu     yang menyebabkan air  tidak  berfungsi sesuai dengan   peruntukaannya.   Pencemaran air  diakibatkan  oleh  masuknya  bahan pencemar  berupa  gas,  bahan  terlarut, maupun  partikulat  yang  menyebabkan air  menjadi  tidak  lagi  sesuai  dengan kondisi  alamiahnya.  Bahan  pencemar yang  memasuki  badan  perairan  bisa masuk  dengan  berbagai      cara      antara lain   melalui   tanah,   atmosfer,   limbah domestik,        limbah  industri  dan  lain sebagainya (Effendi, 2003).
Pencemaran  bisa  terjadi  pada  air permukaan   ( surface   water )   dan   air tanah      ( groundwater ).      Kebanyakan pencemaran  air  tanah  disebabkan  oleh bahan   pencemar   yang   bersifat   cairan misalnya  limbah  industri.  Ketepatan pengecekan    kualitas        air        untuk menentukan   tercemar    atau    tidaknya bisa      dilakukan    dengan  pemeriksaan secara  laboratorium.  Untuk  mengetahui apakah  suatu  air  terpolusi  atau  tidak, diperlukan  pengujian  untuk  menentukan sifat-sifat  air  sehingga  dapat  diketahui apakah terjadi penyimpangan dari batasan-batasan  polusi  air.  Sifat-sifat air yang  umum  diuji  dan  dapat  digunakan untuk  menentukan  tingkat  polusi  air misalnya  :  nilai  pH,  keasaman  dan alkalinitas,  suhu,  warna,  bau  dan  rasa, jumlah     padatan,     nilai     BOD/COD,
pencemaran  mikroorganisme  patogen, kandungan  minyak,  dan  kandungan logam berat (Purwanto, 2015).

## 2.5.4   Parameter Kualitas Air Tanah

## 1.  Suhu
Suhu  dipengaruhi  oleh  musim, letak  lintang  (latitude),  ketinggian tempat  dari  permukaan          laut (altitude). Suhu  memberi  efek  pada konsentrasi  oksigen  terlarut      dan berpengaruh    pada    aktifitas    bakteri dan  kimia  toksik  di  dalam  air (Effendi,  2003).  Suhu  air    juga mempengaruhi
aktivitas
mikroorganisme  dalam  penguraian bahan bahan organik, dimana semakin    tinggi    suhu          maka aktivitas  mikroorganisme  semakin meningkat yang menyebabkan pengambilan atau pemanfaatan oksigen  terlarut  dalam  air  semakin meningkat.
2.  Zat   Padat   Terlarut   ( Total   Disolve Solid /TDS )
Zat  padat  terlarut  adalah  jumlah zat  padat  yang  terlarut  dalam  air/ semua  zat   yang   tertinggal   setelah diuapkan  pada  suhu  103  –  105 o C. Padatan  terlarut  meliputi  garam garam  anorganik  dan  sejumlah  kecil zat  organik  serta  gas.  Berdasarkan kriteria  baku  mutu  air  kelas  I,  yaitu air  yang  dapat  digunakan  sebagai  air baku    untuk    diolah    sebagai    air minum  dan  keperluan  rumah  tangga, batas  maksimum  yang  diperbolehkan adalah 1000 mg/l (Effendi,  2003).
Menurut       Badan       Geologi, Pusat    Sumber    Air    Tanah    dan Geologi Lingkungan (2014),
disebutkan  batasan  nilai  TDS  air tanah  digolongkan seperti Tabel 1.
© (2017) Sekolah Pascasarjana Universitas Airlangga, Indonesia
l ) 2 4 10 H         ≥ 2 x 10 4
Tabel 1. Klasifikasi        Air         Tanah
Berdasarkan Total     Disolve Solid /TDS disebabkan  karena  digunakan  respirasi hewan dan tumbuhan. Menurut     Achmad,    2004,     daya No TDS (Miligram/ Tingkat kerusakan air
larut   oksigen   dalam   air    dipengaruhi liter)                                    tanah
1 < 1000                                               Aman
2 1000 –  10.000                             Rawan (payau)
3 > 10. 000                                      Krit is (asin)
3.  Cl (Klorida) Ion  khlorida  tidak  secara  langsung menyebabkan   toksik,   tetapi   kelebihan garam    ini    paling    banyak    terdapat sebagai    garam    garam    klorida    yang dapat menyebabkan  penurunan  kualitas air     yang   disebabkan   oleh   besarnya salinitas.  Batas  maksimum  ion  khlorida yang dianjurkan     200  mg/l,  sedangkan batas   maksimum   yang   diperbolehkan adalah 500 mg/l (Kodoatie, 2012).
Konsentrasi    khlorida     (C - dapat mempengaruhi   kualitas   air   tanah   dan juga  menentukan  system  klasifikasi  air tanah.     Berdasarkan    tipe    penentuan sistem    klasifikasi    kimia    air    tanah dibedakan  menjadi  enam  divisi  seperti ditunjukkan pada Tabel. 2.
Tabel 2. Pembagian Kualitas Air Tanah Berdasarkan Konsentrasi Cl
Banyaknya
suhu  perairan,  ketinggian  tempat  dan tingkat  turbulasi.  Semakin  tinggi  suhu perairan  maka  daya  larut  oksigen semakin  rendah.  Begitu  juga  semakin tinggi   ketinggian   tempat   maka   daya larut  oksigen  juga  semakin  rendah. Perairan    yang    turbulansinya    tinggi akibat    adanya    arus    angin    dan gelombang  maka  daya  larut  oksigen semakin  tinggi.  Batas  maksimum  dari pada  DO  yang diperbolehkan adalah ≥ 6 (Achmad, 2004).
5.  Tingkat Keasaman (pH)
Keasaman  air  pada  umumnya disebabkan  karena  adanya  gas  karbon dioksida  (CO2  )  yang  larut  dalam  air dan  menjadi  asam  karbonat  H2CO3. Untuk menyatakan keasaman dan kebasaan  air   yaitu   dengan   mengukur pH  air.  Syarat  pH  untuk  keperluan  air minum  6,0    -  9,0.  Nilai  pH  suatu perairan menicirikan keseimbangan antara  asam  dan  basa  dalam  air  dan merupakan  pengukuran  konsentasi  ion hydrogen     dalam     larutan.     Adanya karbonan   hidroksida   dan   bikarbonat
No       Tipe Air Tanah       Kode           -
1 Air bersih/minum
Cl    (mg/l)
menaikkan   kebasaan   air.   Sementara adanya  asam  mineral  bebas  dan  asam
(fresh) F           ≤  200
Air bersih-payau
(fresh-brackish) Fb         200 –  500 3             Air Payau (brackish)           B         500 –  1000 Air payau-garam (Brackish-salt) Bs        1000 –  10000 5             Air garam (salt)                   S         10000 –  2 x 4
6 Air kadar garam tinggi (hipersaline)
4.  DO (Oksigen terlarut)
Tingkat    kelarutan   oksigen   yang ada    di    dalam    lingkungan    perairan merupakan  faktor  yang  sangat  penting dalam  kualitas  air.  Oksigen  terlarut dalam air  bersumber  dari  difusi  oksigen atmosfir    dan    hasil    foto    sintesis tumbuhan dalam air. Sedangkan pengurangan          oksigen          terlarut
karbonat  menaikkan  keasaman.  pH  air dapat mempengaruhi jumlah dan susunan  zat  dalam  lingkungan  perairan dan mempengaruhi   tersedianya    hara- hara   serta   toksitas   dari   unsur-unsur renik (Achmad, 2004).
Mengingat   nilai   pH   ditentukan oleh  interaksi  berbagai  zat  dalam  air, termasuk  zat-  zat  yang  secara  kimia maupun  biokimia  tidak  stabil,  maka penentuan  pH  harus  seketika  setelah contoh diambil dan tidak dapat diawetkan (Achmad,  2004). Ukuran pH suatu  perairan  dapat  digunakan  sebagai indikasi  suatu  pencemaran    khususnya pencemaran      bahan      organik. Pemecahan    bahan organik  oleh mikroorganisme    akan    menghasilkan
© (2017) Sekolah Pascasarjana Universitas Airlangga, Indonesia
karbon  dioksida.  Peningkatan  karbon dioksida akan
mengakibatkan penurunan  nilai  pH  jika  system  buffer karbonat  di  perairan  rendah.  Perairan yang    mempunyai   pH   rendah   akan dapat  meningkatkan toksisitas beberapa persenyawaan  gas-gas   tertentu   dalam air seperti amoniak.
6.  Daya Hantar Listrik (DHL) Daya Hantar Listrik (DHL) menunjukkan  kemampuan  air  untuk menghantarkan  listrik.  Konduktivitas  air tergantung  dari  konsentrasi  ion  klorida,
suhu  air  dan  zat  padat  terlarut.  Oleh karena   itu   kenaikan   padatan   terlarut akan  mempengaruhi  kenaikan  DHL. Semakin  tinggi  temperatur  dan  ion klorida    maka    nilai    DHLnya    juga semakin  tinggi  dan  sebaliknya  semakin rendah  nilai    DHL maka  suhu  maupun ion  klorida  akan  rendah  pula.  Menurut Achmad,  2004  batasan  nilai  DHL  air tanah  adalah  digolongkan  seperti  Tabel 3.   Berdasarkan   Daya   Hantar   Listrik (Achmad, 2004)
Tabel 3. Klasifikasi Air Tanah
No  DHL (mikro Mhos/cm)          Jenis air
1   0 – 1000                                   Air tawar
2   1000 – 2000                             Air payau
3   2000 – 10000                            Air asin
4   >                                             Sangat asin

## 3.    METODE PENELITIAN
Jenis  penelitian  yang  digunakan adalah  penelitian  eksperimental  yaitu, penelitian   diarahkan   untuk   mengamati dan   menjelaskan   suatu   keadaan   atau situasi  yang  terjadi  (sebab  dan  akibat) dalam  tingkatan  waktu  tertentu  dan  tidak dapat dikendalikan oleh peneliti (Jogiyanto, 2008). Penelitian ini bertujuan untuk  mengidentifikasi  DNA  dari  bercak sperma  pada  kain  yang  di  rendam  pada air  tawar  berdasarkan  perbedaan  waktu dengan metode STR-CODIS ( Short Tandem  Repeat  Combined  DNA  Index System ) untuk kepentingan forensik.
Rancangan penelitian yang digunakan adalah rancangan eksperimental time  series, yaitu  populasi yang sama  diamati  dalam periode tertentu secara  longitudinal  ke  depan  (Sugiyono, 2003). Rancangan ini menggunakan pendekatan   eksperimen   dengan   adanya perbedaan  waktu  pengambilan  sampel bercak  sperma  pada  hari  ke-1,  hari  ke-3 dan  hari  ke-7.  Pada  setiap  waktu  (hari) dilakukan  pengambilan  sampel  sebanyak tiga  kali  (3x)  pengulangan  atau  replikasi sampel    untuk    menguji    keakurasian sampel.

## 4.    HASIL DAN PEMBAHASAN

## Tabel.4 Hasil rerata DNA
Hasil  rerata  kadar  DNA  menunjukkan kenaikan yang signifikan setiap waktunya. Hal ini  dipengaruhi  oleh  sifat  kain  katun  yang dapat  menyerap  cairan  meskipun  dalam keadaan basah.
Dalam  amplifikasi  Ukuran  DNA  produk PCR  (bp)  untuk  lokus  D13S317  :  169-201  bp. Gambar  6  dibawah  ini  menunjukkan  hasil amplifikasi  PCR  lokus  D13S317  terhadap sampel bercak sperma yang di rendam pada air tawar  dari  hari  ke-1,  ke-3,  dan  ke-7  terlihat pita  dan band DNA.  Dari  gambar  6  terlihat ukuran pita DNA tiap-tiap sampel berbeda.
© (2017) Sekolah Pascasarjana Universitas Airlangga, Indonesia
Gambar 6 . Hasil PCR lokus D13S317
Ukuran    DNA    produk    PCR    (bp)    untuk lokus    D21S11    :    203-259    bp.    Gambar    5.3 diatas  menunjukkan  hasil  amplifikasi  PCR lokus  D21S11  terhadap  sampel  bercak  sperma yang  di  rendam  pada  air  tawar  dari  hari  ke-1, ke-3,  dan  ke-7  terlihat  pita  dan band DNA. Dari  gambar  5.3  terlihat  ukuran  pita  DNA tiap-tiap    sampel    berbeda    pada    lokus    yang sama, yaitu lokus D21S11.
Gambar 7 . Hasil PCR lokus D21S11

## 5.    KESIMPULAN DAN SARAN
Kesimpulan  yang  didapat  pada  penelitian ini  bahwa  isolasi  DNA  bercak  sperma  pada kain  katun  yang  di  rendam selama  1,  3,  dan  7 hari  memiliki  nilai  kadar  dan  kemurnian  yang berbeda-beda.  Hasil  yang  didapatkan  pada penelitian  ini  tentang  kadar  dan  kemurnian DNA mengalami peningkatan yang signifikan.
Hal    ini    terjadi    karena    media    dari    bercak sperma      adalah      kain      katun.      Kain      katun memiliki  sifat  yang  kuat  dalam  keadaan  basah bertambah    25%,    dapat    menyerap    air    yang tinggi  (higroskopis).  Semakin  lama  sampel bercak   sperma    pada    kain    katun   berada semakin  pula  komponen-  komponen  dan termasuk    DNA    sampel    bisa    menyerap kedalam serat kain katun.
Saran  yang  dapat  diberikan  adalah  Variasi jenis    sampel    sangat    diperlukan    dalam penelitian  selanjutnya.  Untuk  masalah  media di  anjurkan  untuk  lebih  memilih  media  baru yang  belum  pernah  di  teliti  yang  berhubungan dengan pengaruh kualitas DNA.

## UCAPAN TERIMA KASIH
1.    Dr. Puspa Wardhani, dr.,Sp.PK Selaku pembimbing yang telah bnyak memberikan  pengarahan,  bimbingan, dan tambahan ilmu serta wawasannya.
2.  Dr.    Ahmad    Yudianto,    dr.,    Sp.F. M.Kes.   SH.   Selaku   Ketua   Program
Studi Magister Ilmu Forensik, Universitas Airlangga serta pembimbing  yang  telah  memberikan pengarahan, tambahan ilmu dan wawasannya. 3.   Prof. Dr. Med. H. M. Soekry Erfan K. dr.  SpF(K).  DFM.  Selaku  Kepala Laboratorium    Human    Genetic, Institute of Tropical Disease, Universitas  Airlangga,  yang  telah memberikan  kesempatan  kepada  saya untuk  melaksanakan  penelitian  di laboratorium Human Genetic.

## DAFTAR PUSTAKA
Achmad,  Rukaesih.  2004. Kimia  Lingkungan . Yokyakarta: Andi .
Adnan.   2006.   Reproduksi   dan   Embriologi. Makassar: Badan Penerbit UNM.
Asdak,      Chay.      (2010).      Hidrologi      dan Pengelolaan  Daerah  Aliran  Air  Sungai: Edisi     Revisi     Kelima.     Yogyakarta: Gadjah      Mada       University      Press Yogyakarta.
© (2017) Sekolah Pascasarjana Universitas Airlangga, Indonesia
Butler  JM,  2006.  Genetics  and  Genomics  of Core  Short  Tandem  Repeat  Loci  Used in  Human  Indentity  Testing.  J Forensic Sci. Vol 51, No 2, doi : 10.1111/j.1556- 4029.2006.00046.x : 253-265 Campbell NA, Reece, Mitchell. 2004. Biology Concept   and   Connection. Ed.5.   San Fransisco: Benjamin Cummings. Danaryanto,    H.    (2005), Air    Tanah    di Indonesia dan Pengelolaannya . Jakarta: Departemen ESDM.
Effendi,  H.  2003.  Telaah  Kualitas  Air  bagi Pengelolaan Sumber Daya dan Lingkungan  Perairan.  Cetakan  Kelima. Yogjakarta : Kanisius. Jogiyanto.     2008.     Metodelogi     Penelitian
Informasi.      C.      V      Andi      Offset. Yogyakarta. Kodoatie,   Robert  J.   2012. Tata   Ruang   Air Tanah. Penerbit Andi, Yogyakarta. Lewis,  R. 2003.  Human  genetics:  Concepts and   applications.   The   McGraw-Hills Company, Inc., Boston: xviii + 454 hlm. Raven,  P.H.  &  G.B.  Johnson.  2002.  Biology. 6th  ed.  McGraw-Hill  Companies,  Inc., New York: xxiv + 1238 hlm. Rena  Yulia,  2010, Viktimologi:  Perlindungan Hukum  Terhadap  Korban  Kejahatan , Yogyakarta, Penerbit  Graha Ilmu, Singh  A,  Agarwal  A.  The  role  of  sperm
chromatin  integrity  and  DNA  damage on      male      infertility.      The      Open Reproductive         Science         Journal. 2011;3:65-71. Haryani,  F.  M.  Ghazali,  dan  R.  Son . 2007. Meat  Molecular  Detection:  Sensitivity of      Polymerase      Chain      Reaction-
Restriction           Fragment           Length
Polymorphism             in             Species
Differentiation  of  Meat  From  Animal
Origin. ASEAN Food  Journal 14(1):51- 59. Sugiyono.     2003.     Metodelogi     Penelitian
Pendidikan. Bandung : Alfabeta.
Suryo.  2005. Genetika  Manusia.  Yogyakarta: Gadjah Mada University Press. Toha,  A.H.  2001.  DNA  Keanekaragaman, Ekspresi,       Teknologi       dan       Efek
Pemanfaatannya.    Bandung:     Penerbit Alfabeta. Ong S.B., M.I. Zuraini, M. G.
Jurin,  Y.  H.  Cheah,  R.  Tunung,  L.  C. Chai, Y.