## Pharmacoscript Volume 7 No. 2 Agustus 2024
STUDI IN SILICO SENYAWA AKTIF DAUN KEMANGI IMBO ( Pycnarrhena cauliflora ) TERHADAP RESEPTOR ESTROGEN ALFA (ER ⍺ ) SEBAGAI KANDIDAT

## ANTIKANKER PAYUDARA
Masayu Kyla Fa’aizah 1 , Nabilah Rahmadhani 1 , Sitti Masyithah 1 , Fiona Puspita Sari 1 , Nayla Maymuna Fathin 1 , Agus Rusdin 2 , Dhania Novitasari 3
1 Program Studi Sarjana Farmasi, Fakultas Farmasi, Universitas Padjadjaran
2 Program Studi Doktor Farmasi, Fakultas Farmasi, Universitas Padjadjaran
3 Departemen Analisis Farmasi dan Kimia Medisinal, Fakultas Farmasi, Universitas Padjadjaran *Email: dhania@unpad.ac.id
Received: 03/07/2024 , Revised: 07/08/2024 , Accepted: 07/08/2024, Published: 08/08/2024

## ABSTRAK
Daun  kemangi  imbo  ( Pycnarrhena  cauliflora )  dikenal  memiliki  sifat  farmakologis,  salah satunya  berpotensi  sebagai  agen  antikanker  payudara.  Jenis  kanker  payudara  banyak  ditandai dengan  adanya  ekspresi  berlebih  pada  protein  hormon,  salah  satunya  ialah  reseptor  estrogen alpha  (ER ⍺). Penelitian  ini  bertujuan  mengkaji  senyawa  yang  terdapat  dalam  daun  kemangi imbo  yang  berpotensi  untuk  agen  antikanker  payudara  tertarget  pada  ER ⍺ .  Pengujian  yang dilakukan  dengan  pendekatan  studi  komputasi,  seperti  prediksi  Lipinski rule  of  five ,  prediksi ADMETOKS,  penapisan  farmakofor,  dan  penambatan  molekuler.  Hasil  studi  menunjukkan bahwa  semua  senyawa  yang  diidentifikasi  dari  daun  kemangi  imbo  memenuhi  persyaratan Lipinski rule of five . Penentuan ADMETOKS pada sepuluh senyawa memiliki persentase human intestinal  absorption (HIA)  yang  baik  dan  penetrasi blood  brain  barrier (BBB)  yang  tinggi, permeabilitas  Caco-2  yang  sedang,  sebagian  besar  memiliki  ikatan  protein  plasma  (PPB)  yang tinggi,  dan  beberapa  senyawa  diprediksi  bersifat  mutagen  dan  karsinogenik.  Penapisan farmakofor  diperoleh  kurva  nilai  AUC 100 sebesar  0,95  dan  senyawa  yang  hit  yaitu  β-sitronelol dengan fit  score 43,00.  Pada molecular  docking ,  senyawa  longipinocarvone  menunjukkan kemiripan  paling  tinggi  dengan native  ligand yaitu  afimoxifene  (4-OHT),  dengan  energi  bebas Gibbs  paling  negatif  (-8,20  kkal/mol)  dan  konstanta  inhibisi  paling  kecil  (0,98  µM).  Di  antara senyawa  metabolit  sekunder  yang  terkandung  dalam  daun  kemangi  imbo,  longipinocarvone menunjukkan  potensi  untuk  dikembangkan  sebagai  agen  antikanker  payudara  tertarget  pada ER ⍺ . Kata kunci : kemangi imbo, kanker payudara, penambatan molekuler.

## ABSTRACT
Imbo  basil  leaves  (Pycnarrhena  cauliflora)  are  known  to  demonstrate  pharmacological properties, one of which has potential as a breast anticancer agent. Many types of breast cancer
Fa’aizah et al./Pharmacoscript, Volume 7, No, 2, Agustus 2024, 346 - 361
Fa’aizah et. al.;Studi In Silico Senyawa Aktif Daun…..Pharmacoscript Volume 7 No. 2, Agustus 2024
are  characterized  by  overexpression  of  hormone  proteins,  one  of  which  is  estrogen  receptor alpha (ER ⍺ ). This study aims to examine the compounds contained in imbo basil leaves that may have  the  potential  for  breast  anticancer  agents  targeted  at  ER ⍺ .  Tests  were  carried  out  with computational study approaches, such as Lipinski rule of five prediction, ADMETOX prediction, pharmacophore  screening,  and  molecular  docking.  Our  results  showed  that  all  compounds identified  from  imbo  basil  leaves  met  the  Lipinski  rule  of  five  requirements.  ADMETOX determination  on  ten  compounds  had  a  good  percentage  of  human  intestinal  absorption  (HIA) and high blood brain barrier (BBB) penetration, moderate Caco-2 permeability, most had high plasma  protein  binding  (PPB),  and  some  compounds  were  predicted  to  be  mutagenic  and carcinogenic.  Pharmacophore  screening  obtained  an  AUC 100 value  curve  of  0.95  and  the  hit compound  was  β-sitronellol  with  a  fit  score  of  43.00.  In  molecular  docking,  longipinocarvone showed  the  highest  similarity  with  native  ligand,  afimoxifene  (4-OHT),  with  the  most  negative Gibbs  free  energy  (-8.20  kcal/mol)  and  the  smallest  inhibition  constant  (0.98  µM).  Among  the secondary  metabolite  compounds  contained  in  imbo  basil  leaves,  longipinocarvone  shows potential to be developed as a breast anticancer agent targeted at ER ⍺ . Keywords : imbo basil leaves, breast cancer, molecular docking

## PENDAHULUAN
Kanker  payudara  merupakan  tumor ganas yang terjadi ketika sel-sel di payudara bermutasi  dan  tumbuh  di  luar  kendali,  dan secara  umum  disebabkan  oleh  faktor genetik,  usia,  jenis  kelamin,  gaya  hidup, atau  paparan  zat  karsinogen.  Menurut  data dari World  Cancer  Observatory ,  Indonesia melaporkan 65,858 kasus baru (16,6%) pada tahun  2020.  Hal  ini  menjadikan  Indonesia sebagai  negara  dengan  angka  kejadian kanker  tertinggi  dengan  jumlah  kematian mencapai 22,430 kasus (GCO, 2021).
Saat  ini,  pengobatan  kanker  payudara yang  umum  mencakup  pada  operasi, kemoterapi adjuvan, radioterapi, dan imunoterapi.  Namun,  efek  samping  yang ditimbulkan tidak sedikit dan dapat berdampak  signifikan  terhadap  kualitas hidup  pasien,  sehingga  penggunaannya perlu  dibatasi  dan  dipertimbangkan  dengan
cermat  (Li et  a.l, 2022).  Terdapat  dua  jenis reseptor  estrogen,  yaitu  reseptor  estrogen- alfa  (ERα)  dan  reseptor  estrogen-beta (ERβ).  Reseptor  utama  yang  dijadikan sebagai target dalam terapi kanker payudara adalah  ERα,  karena  ERα  merupakan reseptor yang diregulasi pada sebagian besar kanker  payudara  dan  ekspresinya  menjadi karakteristik  dari  pertumbuhan  tumor  yang bergantung pada hormon. Sedangkan, tingkat  reseptor  ERβ  mengalami  penurunan pada  sel  tumor  (Williams  dan  Lin,  2013). Selain itu, ERα juga merupakan penyumbang  sekitar  70%  dari  seluruh perkembangan  kanker  payudara.  Terapi klinis untuk pasien kanker payudara positif- Erα  yang umum diberikan ialah tamoksifen yang  bertindak  langsung  sebagai  modulator selektif  reseptor  estrogen  (Yamamoto- Ibusuki  et  al.,  2015).  Berbagai  antagonis ERα telah dikembangkan untuk
meningkatkan  efektivitas  terapi  tertarget pada  reseptor  estrogen,  namun  tamoxifen masih menjadi pilihan utama dalam algoritma  pengobatan  kanker  payudara positif-ER hingga saat ini (Liu et al. , 2014).
Pasien  kanker  merupakan  salah  satu pengguna  pengobatan  tradisional  terbanyak di  Indonesia  (Pradipta et  al .,  2023),  yang meliputi pengobatan herbal sebagai sumbernya (Hamiyati and Laratmase, 2021). Penelitian dari Puspita dan Wulandari  (2020)  yang  mengidentifikasi metabolit  sekunder  pada  ekstrak  daun kemangi  imbo  ( Pycnarrhena  cauliflora ) dengan  kromatografi  gas  menunjukkan kandungan  senyawa  bioaktif  seperti  α- bergamotene , aloaromadendrene, α- kubebene, longipinocarvone, β- sesquiphellandrene, germakrena-D, α- humulene,  β-kariofilen,  dan  lain-lain. Senyawa-senyawa  tersebut  telah  diketahui memiliki  berbagai  efek  antioksidan  dan antikanker  (Gong et  al .,  2022;  Legault and Pichette,  2007;  Dhyani  et  al.,  2022). Aktivitas  antioksidan  dari  senyawa  bioaktif lainnya  dalam  daun  kemangi  menunjukkan potensi efek antikanker yang penting karena adanya mekanisme penangkal radikal bebas, sehingga  dapat  memicu  kematian  sel  dan menghambat  proliferasi  tumor,  terutama pada  penghentian  siklus  sel  berdasarkan  uji in  vivo dan in  vitro (Perna et  al .,  2022).
Oleh  karena  itu,  penggunaan  tanaman
seperti daun kemangi imbo dalam pengobatan dapat dijadikan sebagai alternatif  karena  memiliki  efek  samping yang  lebih  rendah  dibandingkan  dengan pengobatan kanker payudara modern.
Berdasarkan penelitian terdahulu, ekstrak  dari  herba  kemangi  imbo  diketahui memiliki  aktivitas  sitotoksik  dan  mampu menghambat  proliferasi  sel  kanker  serviks melalui  mekanisme  inhibisi  daur  sel  kanker dan  induksi  apoptosis  (Masrianif et  al ., 2013). Namun hingga saat ini, masih belum ada  penelitian  terkait  mekanisme  molekuler dari  daun  kemangi  imbo  sebagai  kandidat antikanker.  Oleh  karena  itu,  studi  saat  ini bertujuan untuk menentukan senyawa bioaktif  daun  kemangi  yang  berpotensi memiliki efek antikanker payudara, khususnya  tertarget  pada  reseptor  Erα melalui studi komputasi. Hasil dari penelitian  ini  diharapkan  dapat  menambah informasi  saintifik  terkait  potensi  daun kemangi  imbo  untuk  dikembangkan  lebih lanjut  sebagai  herba  untuk  terapi  kanker payudara.

## METODE PENELITIAN

## Alat dan Bahan
Alat yang digunakan adalah perangkat laptop  dengan  spesifikasi Windows 11  64- Bit, Processor AMD  Ryzen  5  5600H  (12 CPUs)  3.3GHz,  RAM  8GB,  aplikasi LigandScout (lisensi  Laboratorium  Kimia
Fa’aizah et. al.;Studi In Silico Senyawa Aktif Daun…..Pharmacoscript Volume 7 No. 2, Agustus 2024
Medisinal,  Fakultas  Farmasi,  Universitas Padjadjaran)  BIOVIA Discovery  Studio
Visualizer, AutoDock 4.2.7, website https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/.,  website http://mcule.com/apps/property-calculator., website https://preadmet.webservice.bmdrc.org/., website https://dude.docking.org/targets., dan website https://www.rcsb.org/.
Bahan  yang  digunakan  adalah  data senyawa  metabolit  sekunder  dari  tanaman daun  kemangi  imbo  didapatkan  dari  laman Pubchem.  Adapun  target  reseptor  estrogen- alfa  yang  digunakan  berasal  dari Protein Data  Bank dengan  kode  1SJ0  untuk penapisan  farmakofor,  dan  kode  3ERT untuk studi penambatan molekuler.
Jalannya Penelitian
1. Prediksi Lipinski Rules of Five
Prediksi  Lipinski rule  of  five adalah metode  yang  digunakan  untuk  mengetahui sifat  fisikokimia  dan  permeabilitas  suatu senyawa  untuk  difusi  pasif  (Lipinski et  al ., 1997).  Senyawa  uji  harus  memenuhi  lima aturan  Lipinski  agar  dapat  digunakan. Langkah  pertama  yang  dilakukan  yaitu pemodelan  2D  senyawa  uji  yang  bisa diunduh  secara  langsung  dari  database Pubchem.  Analisis  fisikokimia  kemudian dilakukan menggunakan web http://mcule.com/apps/property-calculator .
Parameter dari lima aturan lipinski diantaranya  adalah  bobot  molekul,  nilai  log
P,  ikatan  hidrogen  donor  serta  ikatan hidrogen akseptor.

## 2. Penentuan ADMETOKS
Penentuan atau prediksi ADMETOKS yang  meliputi  profil  absorpsi,  distribusi, metabolisme,  ekskresi,  dan  toksisitas  dapat dilakukan  dengan  menggambar  struktur senyawa  yang  ingin  diprediksi  profil farmakokinetiknya  dan  dikalkulasikan  pada website
https://preadmet.webservice.bmdrc.org/ .
Dalam memprediksi ADME/Tox, parameter yang  diamati  adalah  nilai human  intestinal absorption (HIA), human colon adenocarcinoma (CaCo-2), plasma  protein binding (PPB), blood-brain  barrier (BBB), serta  ada  atau  tidaknya  potensi  sifat mutagenik  dan  karsinogenik  yang  dapat menjadi toksisitas dari senyawa tersebut.

## 3. Skrining Farmakofor
Skrining farmakofor dilakukan terhadap  10  senyawa  uji  yang  dipilih berdasarkan  kandungan  senyawa  kimia paling  banyak  dan  memiliki  aktivitas farmakologi  pada  daun  kemangi  imbo  yang diantaranya sabinene, cis-ocimene, β- sitronelol,  α-kubeben,  longipinocarvone,  β- sesquiphellandren, α-humulene, aloaromadendren, germakrena-d  dengan menggunakan  format  pdb  yang  sebelumnya telah  disiapkan.  Diawali  dengan  dilakukan preparasi database  active dan decoy dari
protein  1SJ0  yang  diunduh  dari  website https://dude.docking.org/targets lalu  diubah ke  dalam  format  ldb,  alasan  menggunakan 1SJ0  karena  reseptor  yang  kita  tuju  adalah yang dapat bekerja sebagai agen anti kanker payudara  yaitu  reseptor  ER ⍺ yang  salah satunya adalah 1SJ0. Selanjutnya dilakukan  preparasi  database  senyawa  uji dengan mengubah format 10 senyawa uji ke dalam  ldb. Tahap  berikutnya  pembuatan model  farmakofor  berdasarkan  database senyawa  aktif  yang  sudah  diminimalisasi menjadi kluster sehingga didapatkan sepuluh model farmakofor, Dalam pharmacophore modeling, senyawa dikelompokkan  (kluster)  berdasarkan  fitur farmakofor  seperti  donor  dan  akseptor hidrogen,  titik  hidrofobik,  dan  cincin aromatik. Clustering juga mempertimbangkan  kesamaan  struktural, aktivitas  biologis,  energi  ikatan,  dan distribusi  fitur  dalam  ruang  tiga  dimensi. Algoritma  seperti  K-means,  hierarchical clustering,  dan  DBSCAN  sering  digunakan, dengan  pemilihan  metode  bergantung  pada tujuan  studi  dan  sifat  data  senyawa. kemudian ditetapkan model terbaik berdasarkan  plot  kurva  ROC.  Setelah didapat  model  terbaik,  dilakukan  skrining farmakofor  terhadap  database  senyawa  uji dengan  model  terbaik  farmakofor  dan database  decoy  dan  menunggu  hingga
selesai  dan  diperoleh  senyawa  yang  hit. (Djamaluddin et al , 2024)
4. Penambatan Molekul
Protein target ESR- dengan PDB ID: 3ERT diunduh pada situs Research Collaboratory  for  Structural  Bioinformatics ( RCSB ) Protein
Data Bank
( https://www.rcsb.org/ )  dan  pada  aplikasi AutoDockTools reseptor yang telah dipisahkan  dari  ligan  alaminya  dilakukan perbaikan  dengan  memberikan  penambahan atom  hidrogen  polar  dan  muatan  Kollman. Senyawa  digabungkan  memberi  muatan Gasteiger pada ligan dan menjadi non polar lalu torsi diinput ke dalamnya (Pitaloka dkk, 2023).
Pada  proses  validasi,  dapat  dilakukan dengan  adanya  penambahan  kembali  dari native ligand pada reseptor dengan menggunakan aplikasi AutoDockTools . Ukuran  posisi  dari grid  box ,  dapat  diatur dengan  sedemikian  rupa  agar  saat  proses running menggunakan nilai genetic algorithm memperoleh nilai sebesar 10. Jika nilai Reference RMSD  yang  bernilai  ≤2  Å serta energi ikatan yang bernilai negatif atau semakin kecil dapat dikatakan hasil validasi sudah  dapat  diterima. Konfigurasi  yang digunakan ialah sebagai berikut: grid box (x = 40; y = 40; z = 40) dan grid coordinate (x =  30,282;  y  =  -1.913;  z  =  24.207)  dengan jarak 0,375 Å. Selanjutnya, proses penambatan  molekuler  ligan  uji  terhadap
Fa’aizah et. al.;Studi In Silico Senyawa Aktif Daun…..Pharmacoscript Volume 7 No. 2, Agustus 2024
reseptor atau protein target (ESR- PDB ID: 3ERT)  dilakukan  menggunakan  tahapan yang sama seperti pada tahap validasi tetapi dengan  menggunakan Genetic  Algorithm Lamarckian yang bernilai 100.
Pada  proses  validasi  ini,  nilai genetic algorithm yang  lebih  kecil  daripada  saat proses  running  yang  kemudian  akan digunakan  untuk  penambatan  molekuler ligan  uji.  Kemudian  hasil  dari  penambatan molekuler,  akan  dianalisis  dengan  aplikasi AutoDockTools . Hasil analisis tersebut akan dapat divisualisasi melalui aplikasi BIOVIA Discovery  Studio Visualizer® sehingga memperoleh  bentuk  visualisasi  2D  dan  3D dari  ligan  uji  yang  sudah  ditambatkan  pada reseptor.

## HASIL DAN PEMBAHASAN

## 1. Prediksi Lipinski Rule of Five
Kriteria Lipinski  Rule  of  Five adalah senyawa  memiliki  berat  molekul  <500, memiliki  tidak  lebih  dari  lima  donor  ikatan hidrogen,  tidak  lebih  dari  sepuluh  akseptor ikatan  hidrogen  dan  nilai  koefisien  partisi (log P) <5. (Lipinski, 2004). Penyimpangan dalam  Lipinski  Rule  of  Five  diperbolehkan selama kriteria tersebut tidak boleh menyimpang  lebih  dari  1  parameter  yang ada  pada  aturan.  Berdasarkan  hasil  pada Tabel 1 diketahui bahwa semua senyawa uji dari  Daun  Kemangi  Imbo  ( Pycnarrhena cauliflora )  memenuhi  persyaratan  Lipinski
Rule  of  Five  yang  artinya  senyawa  tersebut dapat digunakan sebagai obat oral. Berdasarkan  hasil  prediksi Lipinski  Rule  of Five (RO5)  tidak  ditemukan  hasil  yang menyimpang  dari  kelima  parameter  kriteria Lipinski. Oleh karena  itu  senyawa  uji  ini memiliki permeabilitas yang baik dan dapat digunakkan untuk sediaan oral.

## Pharmacoscript Volume 7 No. 2 Agustus 2024

## Tabel 1. Hasil Lipinski Rule of Five
No Nama Senyawa Berat Molekul (<500Da) Log P (<5) Ikatan Hidrogen Keterangan Donor (<5) Akseptor (<10) 1 Sabinene 136,23 3,1 0 0 Memenuhi 2 Cis - Ocimene 136,23 4,3 0 0 Memenuhi 3 Beta-citronellol 156.26 2,7 1 1 Memenuhi 4 Alpha-cubebene 204,35 4,5 0 0 Memenuhi 5 Longipinocarvone 218,33 3,9 0 1 Memenuhi 6 Beta-sesquiphellandrene 204,35 4,9 0 0 Memenuhi 7 Alpha-humulene 204,35 4,5 0 0 Memenuhi 8 Alloaromadendrene 204,35 4,7 0 0 Memenuhi 9 Germacrene-d 204,35 4,7 0 0 Memenuhi

## 2. Penentuan ADME/Tox
Setelah  dilakukan  uji  ADMEToks berdasarkan Tabel  2 , didapatkan hasil pada sepuluh senyawa memiliki persentase Human  Intestinal  Absorption  (HIA)  yang baik  (≥70%).  Sepuluh  senyawa  memiliki permeabilitas  Caco-2  yang  sedang  (4-70). Sebagian  besar  senyawa  memiliki  ikatan protein  plasma  (PPB)  yang  tinggi  (≥90%), kecuali  sabinene  dengan  PPB  60,97%. Semua  senyawa  memiliki  penetrasi  Blood- Brain  Barrier  (BBB)  yang  tinggi  (>2) Kecuali  Acetic  acid  dan  Longipinocarvone. Beberapa senyawa diprediksi bersifat mutagen  dan  karsinogenik,  seperti  Acetic acid,  butyl  ester,  Sabinene,  Cis-Ocimene,
Beta-sesquiphellandrene,
Alloaromadendrene, Germacrene-d, dan Longipinocarvone. Sehingga senyawa- senyawa  yang  berpotensi  memiliki  sifat farmakokinetik  yang  baik  dan  senyawa- senyawa  yang  perlu  diwaspadai  terkait toksisitasnya.
Fa’aizah et. al.;Studi In Silico Senyawa Aktif Daun…..Pharmacoscript Volume 7 No. 2, Agustus 2024

## Tabel 2. Hasil Penentuan ADME/Tox
No. Nama Senyawa Absorpsi Distribusi Toksisitas HIA (%) Caco-2 (nm/sec) PPB (%) BBB Mutage n Karsinogen Mouse Rat 1. Sabinene 100 23.49 60,97 5.75 Mutagen - + 2. Cis - Ocimene 100 23.63 100,00 8.86 Mutagen + + 3. Beta- citronellol 100 8.91 100,00 7.09 Non- Mutagen + _ 4. Alpha- cubebene 100 23.63 100,00 11.14 Non- mutagen _ + 5. Longipinoca rvone 100 37.37 92.07 1.75 Mutagen _ + 6. Beta- sesquiphella ndrene 100 23.40 100,00 20.19 Mutagen + + 7. Alpha- humulene 100 23.63 100,00 14.22 Non- Mutagen + + 8. Alloaromad endrene 100 23.49 100,00 11.36 Mutagen _ + 9. Germacrene -d 100 23.63 100,00 14.52 Mutagen + _

## 3. Penapisan Farmakofor
Human  Estrogen  Receptor  Alpha Active Database dan Decoy Database (PDB
Code: ESR1) diunduh dari
https://dude.docking.org. dipilih, menyisakan  100  senyawa  untuk  database aktif  dan  400  senyawa  untuk  database decoy.  Membangun  model  farmakofor  di LigandScout menggunakan  database  yang telah  dibangun  sebelumnya  menghasilkan 10  model  farmakofor.    Selanjutnya  masing- masing dari 10 model farmakofor divalidasi dengan  memplot  kurva  ROC  ( Receiver Operating  Characteristic )  untuk  melihat kemampuan model farmakofor dalam membedakan  senyawa  aktif  dan  inaktif. Dalam  kurva  ROC,  sumbu  x  menunjukkan
jumlah  persentase  decoy  yang  diterima (tingkat  positif  palsu)  atau  spesifikasi tertulis 1. Semakin rendah nilai pada sumbu x, semakin akurat. Di sisi lain, sumbu Y dari CO2  kurva  ROC  adalah  jumlah  hasil  yang diperoleh  (true  positive  count)  atau  ditulis sebagai  sensitivitas.  Semakin  tinggi  nilai pada  sumbu  y,  semakin  baik  akurasinya. Pada  saat  yang  sama,  nilai  AUC  (area  di bawah kurva) juga menunjukkan keakuratannya.  Sehingga  semakin  tinggi nilainya, semakin baik kemampuan menyaring  bahan  aktif  dari  bahan  inaktif (decoy).  Kisaran  nilai  AUC  pada  ROC adalah  0≤  AUC  ≤  1.  Jika  nilai  AUC  =  0,5 maka  pemilihan  tidak  bekerja  sama  sekali. Jika nilai AUC >0,5 dan semakin mendekati
1  maka  akurasinya  semakin  tinggi.  Nilai AUC  ≥0,7  dapat  dianggap  valid,  dimana metode  menunjukkan  diskriminasi  yang dapat diterima.
Semakin  tinggi  nilai  ROC  semakin baik  artinya  model  farmakofor  yang  kita miliki  dapat  mengenali  setengah  bagian senyawa active dan decoy sedikit  bagian yang  dikenal.  Model  yang  terpilih  sebagai yang  terbaik  adalah  model  6,  menghasilkan 243 senyawa hit dengan hasil AUC 100 yaitu 0,95. (Gambar 1a.)
Uji  farmakofor  dilakukan  terhadap  10 senyawa aktif daun kemangi imbo, menghasilkan satu senyawa hit diperkirakan
berhubungan  dengan  reseptor  ESR1  yaitu ‘Beta-citronellol’ dengan score pharmacophore fit yaitu 43,00 dengan fitur- fitur  terpilih  yang  sama  yaitu  memiliki ikatan  hidrogen,  tidak  memiliki  ikatan  Van Der Waals dan memiliki ikatan asam amino lainnya  seperti  alkyl  dan  Pi-Alkyl  (Gambar 2.).
Senyawa  beta-citronellol  memiliki sifat  farmakofor  yang  terkait  dengan  asam amino  yang  bertanggung  jawab  atas aktivitas farmakologi terhadap kantong aktif reseptor  yang  mungkin  bekerja  sebagai inhibitor ER ⍺ (Gambar 1B-1C) .
(A) (B) (C)
Gambar  1. Hasil  skrining  farmakofor  dari  senyawa  bioaktif    daun kemangi  imbo.  (A)  Model  farmakofor  terbaik  (B)
Visualisasi  hasil  skrining  dari  β-sitronellol  sebagai senyawa hit (C)  Struktur  kimia      β-sitronellol
Fa’aizah et. al.;Studi In Silico Senyawa Aktif Daun…..Pharmacoscript Volume 7 No. 2, Agustus 2024
4. Penambatan  Molekul  ( Molecular
Docking )
Penambatan molekuler dilakukan terhadap  senyawa-senyawa  metabolit  aktif yang  terdapat  dalam  daun  kemangi  imbo ( Pycnarrhena  cauliflora )  dengan  protein atau  reseptor  target  yaitu  Protein  Estrogen Receptor-Alpha  (ER-α)  dengan  PDB  ID 3ERT.  Pemilihan  reseptor  PDB  ID  3ERT dikarenakan  reseptor  ini  mewakili  struktur
ER-α yang terikat ligan 4- Hydroxytamoxifen (4-HT). Validasi metode penambatan
molekuler dilakukan sebelum uji penambatan  molekuler  dengan  tujuan  untuk mengukur  kemampuan  metode  penambatan molekuler agar memberikan hasil konformasi  ligan  yang  mirip  dengan  hasil pengujian. Berdasarkan hasil validasi metode  tersebut,  nilai Root  Mean  Square Deviation (RMSD)  yang  diperoleh  yaitu 1.10Å  dengan  energi  ikatan  sebesar  -11,87 kkal/mol.  Validasi  metode  dianggap  valid jika  nilai  RMSD  yang  diperoleh  <2Å (Chang et al , 2021). Nilai RMSD menentukan  tingkat  akurasi  perhitungan, semakin  kecil  nilai  RMSD  maka  semakin kecil kesalahan perhitungan sehingga menunjukkan  akurasi  yang  lebih  tinggi. Dengan demikian, grid box dapat digunakan untuk  melakukan  penambatan  molekul senyawa-senyawa yang akan diuji selanjutnya.  Pada  simulasi  penambatan
molekuler,  dapat  dengan  memperhatikan parameter  nilai  energi  ikatan  (ΔG)  dan konstanta  inhibisi  (KI).  Dengan  nilai konstanta  inhibisi  yang  lebih  rendah  dan energi  ikatan  yang  lebih  negatif,  afinitas ligan  akan  semakin  tinggi  karena  interaksi non-kovalen  antara  senyawa  dan  reseptor menjadi  lebih  stabil  dan  kuat.  Interaksi antarmolekul atau ikatan non-kovalen adalah  konsep  dasar  yang  telah  dikenal sejak  lama  untuk  menjelaskan  berbagai fenomena  sifat-sifat  makroskopik  atau  bulk dalam bidang kimia. Berbagai jenis interaksi antarmolekul adalah ikatan dipol-dipol, ion- dipol,  dipol-dipol  terinduksi,  ikatan  van  der waals,  ikatan  -H,  gaya  london,  dan  efek hidrofobik  dan  hidrofilik.  Ikatan-H  adalah jenis  interaksi  antarmolekul  yang  banyak terjadi  pada  senyawa  organik,  termasuk peptida  dan  polimer  (Atkins  dan  Paula, 2006). Berdasarkan hasil penambatan molekuler  yang  ditunjukkan  pada Tabel  4 , senyawa  dengan  nilai  energi  ikatan  (ΔG) dan  konstanta  inhibisi  (KI)  terendah  adalah Longipinocarvone, dengan ΔG sebesar -8,20 dan  KI  sebesar  0,98  µM.  Nilai  yang diperoleh  Longipinocarvone  menunjukkan adanya  aktivitas  interaksi  reseptor  ER-α yang terjadi secara spontan.
Analisis kemiripan ikatan asam amino senyawa  uji  dengan native  ligand penting dilakukan  agar  dapat  melihat  potensi  ligan uji  berinteraksi  dengan Ligand  Binding
Domain (LBD) dari protein target. Berdasarkan hasil visualisasi  pada Tabel  5., asam amino (ARG 394) yang terlibat dalam ikatan  hidrogen  antara  ligan  dan  reseptor pada  Longipinocarvone,  berbeda  dengan asam amino (HIS 524, GLY 420, ASP 351, THR  347)  yang  terlibat  dalam  ikatan hidrogen  antara native  ligand dengan reseptor  .  Ikatan  yang  sama  dengan  ikatan
antara native ligand dan  Longipinocarvone hanya  terdapat  pada  ikatan  alkyl  dan  pi- alkyl (MET388, MET421, LEU346, ALA350,  LEU387).    Melalui  ikatan hidrofobik,  residu  asam  amino  seperti MET388,  MET421,  LEU346,  ALA350, LEU387  dapat  menimbulkan  tejadinya interaksi antara ligan dan reseptor.

## Tabel 4. Hasil Penambatan Molekul Senyawa Uji
Senyawa Binding Energy (kkal/mol) KI (µM) Interaksi dengan asam Amino Ikatan Hidrogen Ikatan Van der Waals Ikatan Lainnya 4-Hydroxytamoxifen ( Native ligand) -11,87 0,00198 HIS524, GLY420, ASP351, THR347 - ALA350, LEU 346, LEU387, LEU525, MET388, MET421 Acetic  Acid,  butyl  ester (CAS) -3,51 2.680 ARG548 PRO552 HIS547, ARG548, PRO552 Sabinene -5,10 183,07 LEU439, ARG394, GLU353, LEU387, LEU384, ILE424 LEU391, LEU428, MET388, LEU346, PHE404, MET421 Cis - Ocimene -4,74 338,05 LEU384, GLU353, ARG394 LEU387, MET421, ALA350, LEU391, MET388, LEU428, PHE404, LEU346, ILE424, LEU349 Beta-citronellol -5,17 161,78 ARG394, GLU353 - LEU349, ALA350, LEU387,
Fa’aizah et. al.;Studi In Silico Senyawa Aktif Daun…..Pharmacoscript Volume 7 No. 2, Agustus 2024
LEU346, LEU428, MET421, LEU384,
LEU391, PHE404, MET388 Alpha-cubebene -7,56 2,86 LEU384, LEU525, ARG394, GLU353, LEU349, THR347 MET421, PHE404, MET388, LEU346, LEU428, LEU391, ALA350, LEU387 Longipinocarvone -8,20 0,98078 ARG394 LEU349, LEU391, GLU353, LEU384 MET388, ILE424, LEU428, MET421, LEU346, PHE404, ALA350, LEU387 Betas- sesquiphellandrene -7,04 6,09 - ARG394, GLU353, LEU346, GLY521, GLY420, MET343 LEU428, MET421, ILE424, LEU525, HIS524, MET388, LEU391, LEU384, LEU387, PHE404 Alpha-humulene -7,44 3,49 GLU353, ARG394, LEU349, LEU525, THR347, MET421, ILE424 PHE404, LEU391, LEU387, MET388, LEU428, ALA350, LEU346 Alloaromadendrene -7,56 2,88 - LEU384, LEU525, GLU353, ARG394 LEU428, MET421, MET388, PHE404, LEU391,
LEU387,
LEU349, ALA350,

## Pharmacoscript Volume 7 No. 2 Agustus 2024
LEU346 Germacrene-d -7,20 5,27 LEU349, GLU353, ARG394, ALA350, PHE404, LEU391, THR347, LEU384 LEU525, LEU387, MET343, MET421, LEU346, ILE424, LEU428, MET388

## Tabel 5. Hasil Visualisasi Penambatan Molekuler
Senyawa Visualisasi 3D
4-Hydroxytamoxifen ( Native Ligand )

## Longipinocarvone

## KESIMPULAN
Hasil  dari  studi in  silico pada penelitian  ini  yang  dilakukan  menggunakan skrining farmakofor dan simulasi molecular
docking menunjukkan senyawa
Longipinocarvone  memiliki  interaksi  yang baik  terhadap  reseptor  estrogen  alfa. Konfirmasi  melalui  serangkaian  uji in  vitro
dan in  vivo dibutuhkan  untuk  membuktikan potensi antikanker dari kemangi  imbo salah satunya diperantarai oleh ER ⍺.

## DAFTAR PUSTAKA
Chang Y, Min J, Jarusiewicz J.A., Actis M,
Bradford  S.Y.C,  Mayasundari  A, Yang  L,  Chepyala  D,  Alcock  L,
Roberts K.G, Nithianantham S, Maxwell  D,  Rowland  L,  Larsen  R,
Seth A, Goto H, Imamura T, Akahane
K & Mullighan C.G. (2021).
Degradation  of  Janus  Kinase  CRLF2- rearranged Acute Lymphoblastic
Leukemia. Blood ,  138(23):  2301-
2302.
Atkins,  P.  dan  de  Paula,  J.  2006. Physical Chemistry  8th  ed .  UK:  Oxford University Press
Dhyani, P., Sati, P., Sharma, E., Attri, D.C.,
Bahukhandi,  A.,  Tynybekov,  B., Szopa,  A.,  Sharifi-Rad,  J.,  Calina,  D., Suleria,  H.A.  and  Cho,  W.C.,  2022. Sesquiterpenoid  lactones  as  potential anti-cancer  agents:  an  update  on molecular  mechanisms  and  recent studies.  Cancer  Cell  International, 22(1), p.305.
Djamaluddin  I.M., Suryanto  D.R.,  Salsabila S.,  Aziz  C.S.F.,  Setyowati  A.L.  2024. Studi In Silico Senyawa Bioaktif Daun Sirih  Sebagai  Antikolesterol  Pada Reseptor  HMG  CO-A  Reduktase. Farmaka , Vol 22(1):3-4
Global  Cancer  Obsevatory.  (2021).  World Health  Organization  in  Interantional Agency  for  Research  on  Cancer: Indonesia-Globocan  2020.  Tersedia di: https://gco.iarc.fr/today/fact- sheets-  populations.  [Diakses  pada Tanggal 10 Juni 2024].
Gong, J. E., Kim, J. E., Lee, S. J., Choi, Y. J., Jin, Y. J., Choi, Y. W., Choi, S. I.,
&  Hwang,  D.  Y.  2022.  Anti-Cancer Effects  of  α-Cubebenoate  Derived from  Schisandra  chinensis  in  CT26 Colon Cancer Cells. Molecules, 27(3), 737.
Hamiyati,  H.,  &  Laratmase,  A.  J.  (2021). Pengembangan Pengetahuan Tanaman
Obat Herbal dengan Perilaku Bertanggung Jawab Mahasiswa terhadap Lingkungan Universitas
Negeri  Jakarta. Jurnal  Green  Growth Dan  Manajemen  Lingkungan , 10 (2), 59–64.
https://doi.org/10.21009/jgg.102.101 Ismiyati,  N.,  Nurhaeni,  F.  (2016).  The
Effect  of  Ocimum  sanctum  L  Leaves Ethanolic Extract as A Chemopreventive  Agent  in  HeLa
Cervic  Cancer  39  Cells  Through Cytotoxic Activity and Induced
Apoptosis’, Media Farmasi, 13(1), pp. 35–48.
Legault, J., & Pichette, A. 2007.
Potentiating effect of beta- caryophyllene  on  anticancer  activity of  alpha-humulene,  isocaryophyllene and paclitaxel. The Journal of pharmacy  and  pharmacology,  59(12),
1643–1647.
Lipinski,  C.A.,  Lombardo,  F.,  Dominy,
B.W. and Feeney, P.J., 1997.
Experimental and computational approaches  to  estimate  solubility  and permeability  in  drug  discovery  and development  settings.  Advanced  drug delivery reviews, 23(1-3), pp.3-25.
Li Y, Zhang H, Merkher Y, Chen L, Liu N,
Leonov  S,  et  al.  (2022).  Recent advances  in  therapeutic  strategies  for triple-negative  breast  cancer. Journal of Hematology &
Oncology .;15(121):1-30.
Liu,  C.Y.,  Hung,  M.H.,  Wang,  D.S.,  Chu,
P.Y.,  Su,  J.C.,  Teng,  T.H.,  Huang, C.T.,  Chao,  T.T.,  Wang,  C.Y.,  Shiau, C.W.,  Tseng,  L.M.,  Chen,  K.F. (2014).  Tamoxifen  Induces  Apoptosis
Through Cancerous Inhibitor of Protein Phospatase 2A-dependent Phospo-Akt  Inactivation  in  Estrogen Receptor-negative Human Breast
Cancer Cells.
Masriani,  Mustofa,  Jumina,  &  Sunarti.
2013. Pycnarrhena cauliflora ethanolic  extract  induces  apoptosis and  cell  cycle  arrest  in  hela  human cervical  cancer  cells. International
Journal of Research in Pharmaceutical and Biomedical
Sciences , 4(4): 1060-1068.
Pitaloka,  A.D.,  Nurhijriah,  C.Y.,  Kalina., Musyaffa,  H.A.,  dan  Azzahra,  A.M. 2023. Molecular Docking of Chemical Constituents of
Dayak Onion
( Eleutherine palmifolia (L.)  Merr) towards VHR Receptors as Candidates for Cervical Anticancer Drugs. Indonesian  Journal  of  Biological Pharmacy , 3(3): 89-95.
Puspita,  D.,  dan  Wulandari,  T.  S.  2020.
Analisis Senyawa Bioaktif Pada Daun Kemangi
Imbo ( Pycnarrhena cauliflora )  Yang  Digunakan  Sebagai Penyedap  Alami. Jurnal  Teknologi Pangan dan Gizi , Vol 19 (1): 35-43.
Perna, S., Alawadhi, H., Riva, A., Allegrini,
P.,  Petrangolini,  G.,  Gasparri,  C., Alalwan,  T.  A.,  &  Rondanelli,  M. (2022).  In  Vitro  and  In  Vivo Anticancer Activity of Basil ( Ocimum spp.):  Current  Insights  and  Future Prospects. Cancers , 14 (10),  2375. https://doi.org/10.3390/cancers141023

## 75
Pradipta,  I.  S.,  Aprilio,  K.,  Febriyanti,  R. M., Ningsih, Y. F., Pratama, M. A. A. P.,  Indradi,  R.  B.,  Gatera,  V.  A., Alfian,  S.  D.,  Iskandarsyah,  A.,  dan Abdulah, R. (2023). Traditional medicine  users  in  a  treated  chronic disease  population:  a  cross-sectional study in Indonesia. BMC Complement Med Ther. Vol. 23(120).
Sumayyah,  S.,  &  Salsabila,  N.  (2017). Khasiat  Obat  Tradisional  Sumayyah 2017. Majalah  Farmasetika , 2 (5),
2003–2006.
Yamamoto-Ibusuki, M., Arnedos, M., Andre,  F.  (2015).  Targeted  Therapies for  ER+/HER2-  Metastatic  Breast Cancer. BMC Medicine. Vol. 13. 137. Williams,  C.  dan  Lin,  C.  Y.  Oestrogen receptors  in  breast  cancer:  basic mechanisms  and  clinical  implications.
Ecancermedicalscience . 2013;7(370):1-12.