Available online at http://ejurnal.setiabudi.ac.id/ojs/index.php/biomedika P-ISSN : 1979 - 035X & E-ISSN : 2302 - 1306
Deteksi Methicillin Resistant Staphylococcus aureus (MRSA) Pada Pasien RSUD Dr. Moewardi Surakarta Menggunakan Metode Polymerase Chain Reaction (PCR)
Detection of Methicillin Resistant Staphylococcus aureus (MRSA) on the Patients of RSUD Dr. Moewardi Surakarta using Culture Method and Polymerase Chain Reaction (PCR)
Siti Nur Arsih, Nony Puspawati dan Rizal Maarif Rukmana* Program Studi D4 Analis Kesehatan Fakultas Ilmu Kesehatan, Universitas Setia Budi Surakarta, Jl. Let. Jend. Sutoyo, Mojosongo, Surakarta, 57127, Jawa Tengah, Indonesia *Corresponding Author: rizal.nerazuri@gmail.com
Received: Agustus 26, 2019; Revise: October 21., 2019;  Accepted: November 8, 2019 DOI : https://doi.org/10.31001/biomedika.v12i2.615

## ABSTRAK
Methicillin Resistant Staphylococcus aureus (MRSA) adalah jenis Staphylococcus aureus yang tahan  terhadap  antibiotik  jenis  beta-laktam,  seperti  metisilin,  penisilin,  ampisilin,  dan  amoksisilin. Persentase  kejadian  MRSA  di  Indonesia  cukup  tinggi  yaitu  sebanyak  23,5%.  Deteksi  MRSA  dapat dilakukan menggunakan metode kultur dan Polymerase Chain Reaction (PCR).  Tujuan penelitian untuk mengetahui  perbandingan  kecepatan  dan  sensitivitas  dari  metode  kultur  dan  PCR  dalam  mendeteksi Methicillin  Resistant Staphylococcus  aureus pada  pasien  RSUD  Dr.  Moewardi  Surakarta.  Metode penelitian  yang digunakan  adalah  eksperimental  dengan pendekatan  komparatif (perbandingan).  Sampel yang  digunakan  berupa  3  isolat Staphylococcus  aureus suspek  MRSA  pasien  RSUD  Dr.  Moewardi Surakarta. Deteksi MRSA menggunakan uji difusi cakram antibiotik penisilin, ampisilin, amoksisilin dan vankomisin  serta  menggunakan Polymerase  Chain  Reaction (PCR).  Hasil  kultur  menunjukkan  bahwa 3 sampel  suspek S.aureus pada  pasien  RSUD  Dr.  Moewardi  adalah  positif  MRSA.  Identifikasi  sampel dengan  PCR  menunjukkan  bahwa  semua  sampel  positif  MRSA.  Metode  PCR  lebih  cepat  dan  sensitif untuk mendeteksi MRSA dibandingkan dengan metode kultur.
Kata kunci: antibiotik; kultur; MRSA; PCR

## ABSTRACT
Methicillin Resistant Staphylococcus aureus (MRSA) is type of Staphylococcus aureus resistant to beta-lactam antibiotics, such as meticillin, penicillin, amphycillin, and amoxycillin. The percentage of MRSA occurrence in Indonesia is quite high namely 23.5%. MRSA detection can be done using culture method and Polymerase Chain Reaction (PCR). This research aims to find out the comparison of speed and  sensitivity  between  the  culture  method  and  Polymerase  Chain  Reaction  (PCR)  in  detecting Methicillin Resistant Staphylococcus aureus towards the patients of RSUD Dr. Moewardi Surakarta. This research  used  experimental  analytic  research  design  along  with  comparative  research  design.  This experiment  observed  3  samples  of  bacterial  isolates  Staphylococcus  aureus  MRSA  suspect  patients  of RSUD  Dr.  Moewardi  Surakarta.  The  detection  of  MRSA  was  conducted  using  disk  diffusion  test  of penicillin, amphycillin, amoxycillin and vancomisin as well as using Polymerase Chain Reaction (PCR). The results of the research indicate that Polymerase Chain Reaction (PCR) method was faster and more sensitive  to  detect  Methicillin  Resistant  Staphylococcus  aureus  on  the  patients  of  RSUD  Dr.  Moewardi Surakarta.
Key word: antibiotics; culture; MRSA; PCR

## PENDAHULUAN
Staphylococcus aureus merupakan  anggota  flora  normal kulit  pada  manusia  dan  hewan. Bakteri ini memiliki reseptor untuk dapat  melekat  pada  sel  inang, memproduksi enzim lisozim ekstraseluler  dalam  menginvasi dan mengkatalisis fibrinogen untuk pertahanan  tubuhnya  (Gillespie dan  Bamford,  2009).  Pengobatan infeksi Staphylococcus aureus dapat diberikan antibiotik golongan  penisilin,  namun  dalam infeksi  yang  berat  bakteri  ini menjadi resisten penisilin. Metisilin kemudian digunakan sebagai antibiotik untuk mengobati infeksi Staphylococcus aureus yang  resisten  terhadap  penisilin. Seiring  dengan  perkembangannya, bakteri ini menjadi resisten terhadap  metisilin  yang  disebut Methicillin Resistant Staphylococcus  aureus (MRSA) (Noorhamdani,  2016). Methicillin Resistant Staphylococcus  aureus
(MRSA)  adalah  penyebab  utama infeksi  nosokomial,  yaitu  infeksi yang diperoleh di rumah sakit yang berupa  infeksi  pasca  tindakan operasi, infeksi saluran urin sampai saluran pernafasan (Kemalaputri dkk., 2017). Resistensi MRSA terhadap antibiotik  golongan  beta-laktam dikarenakan
bakteri ini
mempunyai penisilinase dan protein  mutan penicillin-binding protein 2a  (PBP2a)  yang  disandi oleh gen mec A (Yuwono, 2012). Sebuah penelitian pada pasien  rumah  sakit  Universitas Hasanudin menyatakan bahwa metode  kultur  dapat  digunakan untuk  mendeteksi  MRSA  dengan metode  difusi  (cakram).  Difusi cakram  antibiotik  tunggal  dengan standarisasi  yang  baik,  dapat menentukan kepekaan dan resistensi  bakteri  dengan  cara membandingkan  zona  hambatan standar  bagi  obat  yang  sama (Nismawati et al ., 2018). Identifikasi  MRSA  juga  dapat dilakukan dengan pendekatan biologi  molekular  yaitu  dengan cara  mendeteksi  keberadaan  gen mec A  dengan  metode Polymerase Chain  Reaction (PCR)  (Yuwono, 2010).  Pada  penelitian  ini  sampel yang digunakan adalah sampel dari pasien RSUD Dr. Moewardi Surakarta.  Sejauh  ini  identifikasi dan  deteksi  secara  molekuler suspek MRSA yang diperoleh dari sampel  klinis  pasien  masih  sangat jarang dilakukan. Deteksi molekuler  pada  sampel  terduga MRSA diharapkan lebih cepat dan sensitif dibandingkan dengan metode yang lain.
Penelitian  ini  bertujuan untuk  mengetahui  perbandingan
kecepatan  dan  sensitifitas  dari kedua  jenis  metode  pemeriksaan yaitu metode kultur dan Polymerase Chain Reaction (PCR) dalam mendeteksi Methicillin Resistant Staphylococcus  aureus pada pasien rumah sakit khususnya di RSUD Dr. Moewardi Surakarta.

## METODE PENELITIAN
Jenis penelitian ini adalah penelitian  eksperimental  dengan pendekatan komparatif (perbandingan).

## Alat dan Bahan
Alat-alat  yang  digunakan dalam  penelitian  ini  antara  lain autoclave (Bio-rad,  USA) , lemari es (Shrap, Japan),  inkubator, oven, gelas  objek,  pembakar  spirtus,  rak pengecatan,  rak  tabung  reaksi, mikroskop, vortex, microcentrifuge,  microcentrifuge tube, termomixer (i-labware,
Singapore) , micropipete , microtubes, spinner, kuvet, biophotometer,  pcr  selectcyler  ii, cetakan agarosa, wadah elektoforesis, amplifier, dan bio- rad gel doc xr + (Bio-rad, USA). Bahan-bahan  yang  digunakan dalam  penelitian  ini  antara  lain isolat pasien Staphylococcus aureus suspek  MRSA  pada  media NA ( Nutrient Agar ) miring , Media Nutrien  Agar (NA),  media Brain
Heart Infusion (BHI), media Vogel Johnson Agar (VJA), media MHA ( Mueller Hinton Agar ) yang diperoleh  dari  Sigma/Aldrich,  St. Louis,  MO,  USA.  larutan  H 2 O 2 , larutan  NaCl  fisiologis,  larutan plasma sitrat, larutan kalium telurit,  reagen  Gram  (A,  B,  C,  D), minyak  imersi,  awuades,  alcohol, cakram antibiotik penisilin, ampisilin, amoksisilin dan vankomisin, Presto TM Mini  gDNA Bacteria  Kit ,  larutan TE  Buffer , larutan  primer mec A forward : 5’AAAATCGATGGTAAAGGTT GGC3’,  larutan  primer mec A reverse : 5’AGTTCTGCAGTACCGGATT TGC3’,  larutan Go  Tac  Green Promeg Polymerase Mix Reaction , Agarosa bubuk, larutan TAE Buffer,  l arutan TAE, dan  larutan marker “Invitrogen” SYBR  Safe DNA gel stain (Merck®, Darmstadt, Germany) .

## Prosedur Penelitian
Isolasi Staphylococcus aureus Penelitian ini dilakukan dengan  pengambilan  dan  isolasi specimen  yang  dilanjutkan  dengan kultur. Sebelumnya dilakukan sterilisasi  alat  dan  pembuatan media Nutrient  Agar (NA), Brain Heart Infusion (BHI), Vogel
Johnson Agar (VJA), dan Mueller- Hinton Agar (MHA).
178 | Arsih, S.N. et al
Sampel pasien yang diperoleh dari Labororium Mikrobiologi RSUD  Dr.  Moewardi  digoreskan pada  media Nutrient  Agar (NA) miring  kemudian  diinkubasi  pada suhu  37°C  selama  24  jam.  Hasil kultur  kemudian  diambil  satu  ose, lalu  digoreskan  pada  media Vogel Johnson  Agar (VJA). Media  VJA yang telah digores sampel kemudian  diinkubasi  pada  suhu 37°C  selama  24  jam  di  inkubator. Adanya  koloni  berwarna  hitam dengan  sekitar  media  berwarna kuning disekitar koloni menunjukan  hasil  positif  terdapat Staphylococcus aureus .
Identifikasi Staphylococcus aureus 1. Pengecatan Gram
Koloni  yang  dihasilkan  dari media  VJA  selanjutnya  dilakukan
pewarnaan
gram dengan mengambil  satu  ose  koloni  yang dicurigai Staphylococcus  aureus dari  media  VJA  dan  diletakkan pada  tetesan  NaCl  fisiologis  di gelas  objek.  Kemudian  dilakukan pengecatan  Gram  A,  Gram  B, Gram  C  dan  Gram  D  secara berturut-turut. Preparat dikeringkan  pada  suhu  ruang  dan diamati  di  mikroskop  dengan perbesaran  100x  menggunakan minyak  imersi.  Morfologi  bakteri gram positif Staphylococcus
aureus terlihat bulat dengan susunan berkelompok seperti buang anggur berwarna ungu.
2. Uji Katalase
Uji katalase dilakukan dengan penambahan  hidrogen  peroksida pada isolat. Katalase dapat menguraikan H 2 O 2 menjadi hidrogen  dan  oksigen  sehingga terbentuknya  gelembung  udara menunjukan  hasil  positif  yang menandakan bahwa bakteri tersebut  adalah Staphylococcus aureus .
3. Uji Koagulase
Uji koagulase dilakukan dengan  penambahan  plasma  sitrat pada isolat. Koagulase dapat menggumpalkan  plasma  sehingga terbentuknya gumpalan antara suspensi  bakteri  dengan  plasma sitrat menunjukan hasil positif.

## Deteksi MRSA dengan metode kultur
Deteksi  dilakukan  dengan  uji sensitivitas
antibiotik menggunakan metode difusi cakram disk. Kultur positif Staphylococcus aureus dibuat suspensi dengan standar kekeruhan Mc  Farland  0.5  pada  media Brain Heart  Infusion (BHI).    Kemudain bakteri  tersebut  diambil  dengan mencelupkan  kapas  lidi  steril  ke dalam medium, lalu diperas dengan  menekankan  ke  dinding
lalu  disebar  merata  pada  media Mueller-Hinton Agar (MHA).
Disk antibiotik penisilin, ampisilin, amoksisilin dan vancomisin diletakkan pada permukaan Mueller-Hinton  Agar (MHA) menggunakan pinset, kemudian  diinkubasi  pada  suhu 37°C  selama  24  jam. Zona  jernih atau bersih disekeliling kertas disk diukur menggunakan penggaris.
Deteksi  MRSA  dengan  metode PCR 1.  Isolasi  dan  Konsentrasi  DNA bakteri
Isolasi DNA dilakukan
dengan Presto TM Mini gDNA Bacteria  Kit . Putar  1  ml  suspensi bakteri sampel dalam microcentrifuge tube dnengan kecepatan  11000  rpm  selama  1 menit menggunakan sentrifus. Buang filtrat dan supernatan kemudian ditambah larutan campuran Gram + Buffer dan Lisosim  sebanyak  200  µl,  lalu vortex dan  inkubasi  pada  suhu 37°C selama 30 menit di termomixer. Selama inkubasi, bolak-balikan microcentrifuge tube setiap  10  menit  sekali. Putar kembali microcentrifuge tube 8500 rpm  selama  20  detik  kemudian divortex. Masukkan 20 µl Proteinase  K  kemudian vortex dan inkubasi pada suhu 60°C 10 menit
di termomixer. Selama  inkubasi, bolak-balikan microcentrifuge setiap  3  menit  sekali. Putar microcentrifuge  tube 8500  rpm selama 20 detik. Masukkan 200 µl GB Buffer dan  inkubasi pada  suhu 70°C selama 10 menit di termomixer. Selama inkubasi bolak-balikan microcentrifuge tube setiap  3  menit  sekali. Kemudian masukkan  200  µl  etanol  absolut lalu  vortex.  Setelah  itu  masukkan 700  µl  suspensi  campuran  ke dalam  kolom  spin  pada collection cube ,  putar  dengan  kecepatan 11000  rpm  selama  20  detik. Kemudian  pindahkan  kolom  spin pada collection  cube yang  baru, tambahkan  400  µl W1  Buffer dalam  kolom  GD.  Putar  dengan kecepatan  11000  rpm  selama  30 detik. Buang filtrat pada collection cube , dipindahkan kolom GD pada collection cube yang baru. Masukkan  400  µl Wash  Buffer ke dalam kolom GD lalu putar dengan kecepatan  11000  rpm  selama  30 detik. Buang filtrat pada collection cube , dipindahkan kolom GD pada collection cube yang baru. Kemudian putar 11000 rpm selama 30  menit. Buang  filtrat  pada collection cube , dipindahkan kolom  GD  pada collection  cube yang  baru. Lalu  tambahkan  50  µl Elution  Buffer ke  dalam  kolom GD,  inkubasi  pada  suhu  ruang
180 | Arsih, S.N. et al
selama  3  menit. Kemudian  putar 11000 rpm selama 30 detik. Buang kolom GD, collection cube disimpan  di  freezer  untuk  proses PCR.
Pengukuran konsentrasi DNA dilakukan  dengan Biophotometer Campurkan  50  µl  sampel  isolasi DNA  dan  45  µl  ke  dalam  kuvet. Kemudian  masukkan  kuvet  ke dalam  alat  lalu  tekan  “Sampel”. Hasil  konsentrasi  DNA  yang muncul  pada  layar  dibaca  pada panjang gelombang 260 dan 230.

## 2. Amplifikasi dengan PCR
Polymerase  Chain  Reaction (PCR)  dilakukan  dengan Go  Tac Green  Promeg  Polymerase  Mix Reaction. Masukkan  30  µl TE Buffer dan  100  µl  primer  gen mec A  ke  dalam  tube  PCR. Kemudian tambahkan 50 µl Polimerase  campuran  dan  1000  µl sampel  DNA  yang  telah  diisolasi lalu spinner . Masukkan  tube  PCR dalam  alat  PCR SelectCyler  II . Mesin  PCR  diprogram  dengan suhu  Denaturasi  95°C  selama  1 menit,  Anneling  62°C  selama  1 menit dan Elongasi 72°C selama 1 menit,  serta  Elongasi  akhir  72°C selama  5  menit. Proses  PCR dilakukan  sebanyak  35  siklus. Tekan  “ Start ”,  tunggu  hingga proses PCR selesai dijalankan.

## 3. Elektroforesis
Gel agarosa 2% dibuat terlebih dahulu dengan mencampurkan  2  gram  agarosa dan  200  ml TAE  Buffer dalam erlenmeyer. Kemudian oven selama  2  menit  untuk  melarutkan. Selanjutnya vortex sampai  larut dan dingin. Tuang agar ke cetakan agarosa  dan  dibiarkan  hingga padat. Masukkan  800  ml  larutan TAE ke dalam wadah elektroforesis.  Lalu  letakkan  agar pada  tengah  wadah  elektroforesis berisi  larutan TAE . Masukkan  500 µl sampel isolasi DNA dan 500 µl marker  pada  lubang  cetakan  agar yang sama. Tutup wadah elektroforesis.  Amplifier  diatur pada  tegangan  100  volt  400  mA selama  30  menit  dan  tunggu sampai  proses  berjalan  selesai. Dibuka penutup wadah elektroforesis,  ambil  agar  agarosa dan  letakkan  pada  alat BIORAD tepat  di  atas  sinar  UV. Klik  “ Gel Doc” pada  komputer,  lalu  klik “ Auto  Expore” dan  klik  “ Trans UV”. Hasil  elektroforesis  dilihat pada layar computer.

## Analisis Data
Data  yang  diperoleh  dari hasil penelitian adalah ukuran zona hambat  bakteri  dari  uji  sensitivitas antibiotik penisilin, ampisilin, amoksisilin  dan  vankomisin  dari
metode  kultur  dan  data  gen resisten mec A isolat bakteri MRSA dengan  melihat  adanya  pita-pita pada gel elektroforesis. Data deskriptif  yang  diperoleh  akan ditampilkan  dalam  bentuk  tabel dan gambar lalu diberikan pembahasan dan kesimpulan berdasarkan data yang terkumpul.

## HASIL DAN PEMBAHASAN

## Isolasi Staphylococcus aureus
Sampel A Sampel B       Sampel C
Gambar 1 . Hasil Isolasi Staphylococcus aureus pada Media VJA. Keterangan:
sampel A, B dan C: sampel suspek
S.aureus dari pasien RSUD Dr. Moewardi.
Isolasi  sampel  A,  B  dan  C pada  media Vogel  Johnson  Agar (VJA)  ketiganya  masing-masing menunjukan  koloni  hitam  dengan keliling  media  yang  berwarna kuning  (Gambar  1).  Koloni  hitam yang  terbentuk  pada  media  VJA ini disebabkan karena
Staphylococcus  aureus mampu mereduksi telurit (yang ditambahkan  pada  media)  menjadi logam tellurium sehingga mengakibatkan  koloni  berwarna hitam. Sedangkan warna kuning di
sekitar koloni dikarenakan
Staphylococcus aureus dapat memfermentasi manitol (Primatika, et al., 2015).

## Identifikasi
Staphylococcus aureus

## 1. Pengecatan Gram
Sampel A      Sampel B     Sampel C Gambar 2. Hasil Identifikasi Staphylococcus aureus pada Pengecatan Gram. Keterangan: sampel A, B dan C: sampel suspek S.aureus dari pasien RSUD Dr. Moewardi.
Pengamatan morfologi secara  mikroskopis  (Gambar  2) menunjukan bahwa Staphylococcus aureus pada masing-masing  sampel  (A,  B  dan C)  berbentuk coccus ,  bergerombol dan berwarna ungu yang merupakan ciri bakteri gram positif.  Pewarna  ungu  ( crystal violet )  dan  iodine  menyatu  di dalam  sitoplasma  bakteri  sehingga memberikan  warna  ungu  pada bakteri.  Kandungan  peptidoglikan yang  lebih  tebal  dibandingkan dengan  dinding  sel  gram  negatif sehingga tidak terpengaruh dengan pewarna  pembanding  (safranin) (Murwani, 2015).

## 2. Uji Katalase
Sampel A     Sampel B      Sampel C Gambar 3. Hasil Uji Katalase Sampel A, B, dan C. Keterangan: sampel A, B dan C: sampel suspek S.aureus dari pasien RSUD Dr. Moewardi.
Pengamatan pada uji
katalase  untuk  sampel  A, B  dan  C (Gambar 3), ketiganya
menunjukan  hasil  reaksi  yang positif yaitu ditandai dengan terbentuknya  gelembung  gas  pada gelas  objek  dengan  latar  belakang hitam.  Adanya  gelembung  gas yang  terbentuk  disebabkan  karena Staphylococcus  aureus memiliki enzim katalase yang dapat menguraikan  hidrogen  peroksida (H 2 O 2 )  menjadi  air  (H 2 O)  dan  gas (O 2 ) (Dewi, 2013).

## 3. Uji Koagulase
Sampel A      Sampel B      Sampel C Gambar 4. Hasil Uji Koagulase Sampel A, B dan C. Keterangan: sampel A, B dan C: sampel suspek S.aureus dari pasien RSUD Dr. Moewardi.
Identifikasi  sampel  A,  B dan C pada uji koagulase,
ketiganya menunjukan hasil koagulase positif yaitu terbentuknya  gumpalan  berwarna putih di dasar tabung. Uji koagulase digunakan untuk mengetahui  ada  tidaknya  enzim koagulase  yang  dihasilkan  oleh Staphylococcus  aureus. Koagulase positif  umunya  dihasilkan  oleh Staphylococcus aureus (Toelle dan Lenda, 2014).

## Deteksi MRSA Metode Kultur
Deteksi MRSA dengan metode  kultur  dilakukan  dengan uji  sensitivitas  antibiotik  metode difusi  terhadap Staphylococcus aureus menggunakan  media  MHA dapat  dilihat  hasil  zona  hambat disekeliling  kertas  disk  antibiotik pada Gambar 5 dan Tabel 1.
Sampel A     Sampel B    Sampel C Gambar 5. Hasil Uji Difusi Agar Beberapa Antibiotik terhadap bakteri Staphylococcus aureus . Keterangan: sampel A, B dan C: sampel suspek
S.aureus dari pasien RSUD Dr.
Moewardi.
Tabel 1. Hasil Pengamatan Uji Difusi Antibiotik Penisilin, Ampisilin, Amoksisilin dan Vankomisin terhadap Sampel A, B & C
Sampel Antibiotik Diameter Zona Hambatan (mm) Rata-rata Diameter
Zona Hambatan (mm) Cawan 1 Cawan 2 Cawan 3 A
Penisilin 1 0,9 - 0,7 Ampisilin - - - - Amoksisilin - - - - Vankomisin 17 16 12 15
B
Penisilin 0,9 0,9 - 0,6 Ampisilin - - - - Amoksisilin - - - - Vankomisin 17 19 12 19,3 C Penisilin - - - - Ampisilin - - - - Amoksisilin - - - - Vankomisin 18 19 22 19,6
Uji  sensitivitas  antibiotik menggunakan  metode  kultur  difusi menunjukan bahwa daya penghambatan  antibiotik  penisilin terhadap sampel A, B dan C dengan rata-rata  diameter  hambatan  0,65 mm,  penisilin  tergolong  resistan karena  memiliki  diameter  zona hambat  kurang  dari  20  mm. Antibiotik ampisilin dan amoksisilin  tidak  memiliki  daya hambatan  terhadap  ketiga  sampel. Vankomisin menunjukan daya penghambatan yang tergolong sensitif  dengan  rata-rata  diameter zona hambatan 17,9 mm.
Resistensi  bakteri  terhadap penisilin  bisa  terjadi  karena  bakteri membentuk  enzim  β-laktamase melalui kendali genetik oleh plasmid  sehingga  cincin  β-laktam akan  terbuka  dan  khasiat  antibiotik
akan hilang (Sunaryo, 2014). Resistensi  terhadap  ampisilin  dapat terjadi karena plasmid yang disebabkan oleh beta-laktamase yang  memecah  cincin  beta-laktam (Nguyen, 2018).
Sedangkan amoksisilin  reatif  rentan  terhadap hidrolisis oleh β-laktamase (Katzung et  al., 2012).  Lain  halnya dengan  vankomisin  yang  masihh sensitif  karena  dapat  menghambat dinding  sel  dengan  menghambat pembentukan  enzim  transpeptidase yang  berfungsi  dalam  mensintesis peptidoglikan  dan  menghentikan proses transpeptidasi tetapi mekanisme kerjanya berbeda dengan  obat  β-laktam  (Levinson, 2006).
Metode kultur dapat digunakan untuk mendeteksi MRSA dengan  kelebihan  yaitu  murah,
184 | Arsih, S.N. et al
mudah  dilakukan,  dan  bahan  yang digunakan mudah didapatkan. Namun,  metode  ini  memerlukan waktu  yang  lama,  jumlah  bakteri yang  banyak  serta  membutuhkan keterampilan dalam mengidentifikasi  bakteri  (Bakri el al ., 2015).

## Deteksi MRSA Metode PCR

## Isolasi dan Konsentrasi DNA
Tabel 2. Hasil Pengukuran Konsentrasi DNA dengan Biophotometer
Isolat DNA Konsentrasi DNA Kemurnian Sampel A 0,78 1,95 Sampel B 0,76 1,90 Sampel C 0,70 1,75
Dari  ketiga  sampel  yang diuji, seluruhnya menunjukan angka sekitar  1,75-1,95.  kemurnian  DNA dikatakan  kualitasnya  baik  apabila nilai  absorbansi  260  terhadap  nilai absorbansi  230  berkisar  1,8-2.  Jika rasio  kurang  dari  1,75  maka  DNA masih mengandung protein, sedangkan  jika  lebih  dari  2,0  DNA dikatakan masih  mengandung  RNA (Sambrook et  al., 2001).  Hal  ini dapat  diartikan  bahwa  masing- masing  sampel  dalam  penelitian  ini memiliki  kemurnian  DNA  tanpa kontaminasi protein maupun RNA.
Visualisasi Amplifikasi DNA

## Menggunakan Elektroforesis Gel
Gambar 6. Hasil elektroforesis Sampel A, B dan C Ket: M=DNA marker 100 bp; A,B,C=sampel;
pita DNA sampel=500bp
Deteksi MRSA dengan metode PCR dilihat dari keberadaan gen mec A ditandai dengan kemunculan  pita  pola  DNA  yang teramplifikasi  dengan  panjang  pita amplikom  500  bp.  Hal  ini  sesuai dengan  penelitian  Kuntaman et  al (2016)  dan  Nasution  (2017)  yang menyatakan bahwa gen mec A dapat teramplifikasi  pada  panjang  pita sekitar 500 bp.
Pita  DNA  yang  relatif  tebal pada seluruh sampel pasien menunjukan  bahwa  primer  berhasil menempel  dengan  spesifik  pada DNA cetakan dan berhasil memurnikan fragmen DNA gen dari pengotor  seperti  komponen  PCR, protein  dan  garam  pada  proses purifikasi.  Gen  resistensi  antibiotik dari Staphylococcus  aureus ,  gen mec A,  berperan  untuk  sebagian
besar antibiotik beta-laktam.
Staphyococcus aureus berubah menjadi  resisten  metisilin  (MRSA) karena  mendapat  sisipan  elemen DNA  yang  berukuran  besar  dari Staphylococcal Cassete Chromosome (SCC mec )  sebagai penyandi penicillin-binding protein (PBP).  PBP  merupakan  protein mutan  berisi  sekelompok  enzim pada  membran  sel Staphylococcus aureus yeng  dapat  mengkatalisis reaksi transpeptidasi dalam pembentukan peptidoglikan. (Nasution, 2017).
Metode Polymerase  Chain Reaction (PCR) juga terbukti spesifik mendeteksi Methicillin Resistant  Staphylococcus  aureus (MRSA), dilihat dengan adanya pita DNA  yang  berukuran  500  bp.  PCR memiliki  tingkat  sensitivitas  yang lebih besar dari pemeriksaan kultur, karena hanya  membutuhkan jumlah bakteri  sebanyak  1  ml  dengan kosentrasi  1.10 3 CFU/ml.  Hal  ini sesuai  dengan  penelitian  Prajawaty dan Fatmawati (2018) yang melaporkan bahwa
deteksi
Methicillin Resistant Staphylococcus  aureus (MRSA) menggunakan
metode PCR memiliki  sensitivitas  yang  cukup tinggi,  tanpa  menurunkan  tingkat spesitifitasnya. Deteksi MRSA dengan  menggunakan  PCR  juga lebih  cepat  dibandingkan  dengan deteksi secara kultur. Deteksi
MRSA  dengan  menggunakan  PCR hanya  membutuhkan  waktu  9  jam, namun deteksi dengan menggunakan  kultur  membutuhkan waktu 3x24 jam. Metode PCR yang cepat  dapat  menjadi gold  standart pemeriksaan karena dapat mendeteksi secara cepat dan akurat. Dengan  deteksi  yang  cepat  dan akurat  akan  memudahkan  tenaga kesehatan  dalam  pemberian  obat atau treatmen pada pasien. Polymerase  Chain  Reaction (PCR) memiliki beberapa kelemahan, antara  lain  biaya  peralatan  dan reagen  yang  mahal  dan  terbatas, primer  tidak  tersedia  untuk  semua penyakit, sangat mudah terkontaminasi, dan teknik prosedur yang kompleks dan bertahap sehingga  membutuhkan  keahlian khusus.

## KESIMPULAN
Methicillin Resistant Staphylococcus  aureus (MRSA)
pada  pasien  RSUD  Dr.  Moewardi Surakarta dapat dideteksi menggunakan  metode  kultur  dan Polymerase  Chain  Reaction (PCR). Metode Polymerase Chain Reaction (PCR) lebih cepat dan sensitif untuk mendeteksi Methicillin  Resistant Staphylococcus  aureus pada  pasien RSUD Dr. Moewardi Surakarta.

## DAFTAR PUSTAKA
Bakri, Zakia., Hatta, Mohammad., dan Massi, Muh.Nasrum. 2015. Deteksi Keberadaan Bakteri Escherichia  coli O157:H7  pada Feses  Penderita  Diare  Dengan  Metode Kultur  dan  PCR. JST  Kesehatan, 5(2), 184-192. Dewi,  Amalia  Krishna.  2013.  “Isolasi, Identifikasi dan Uji Sensitivitas
Staphylococcus aureus terhadap Amoxicillin  dari  Sampel  Susu  Kambing Peranakan Ettawa (PE) Penderita Mastitis di Wilayah Girimulyo, Kulonprogo,  Yogyakarta”. Jurnal  Sain Veteriner. 31(2): 138-150.
Gillespie,  S.H  dan  Bamford,  K.B.  2007. Medical  Microboiology  and  Infection  at a  Glance  Third  Edition. Diterjemahkan oleh  Stella  Tinia  H.  2009.  Jakarta. Erlangga.
Katzung,  B.G.,  Masters,  S.B.,  dan  Trevor, A.J.  2012. Farmakologi  Dasar  dan Klinik  Edisi  12  Vol.2 .  DIterjemahkan oleh Brahm U.P. 2013. Jakarta. EGC. Kemalaputri,  D.W.,  Jannah,  S.N.,  dan Budiharjo,  A.  2017.  Deteksi  MRSA ( Methicillin  Resistant Staphylococcus aureus )  Pada  Pasien  Rumah  Sakit dengan  Metode  Maldi-TOF  MS  dan Multiplex PCR . Jurnal Biologi , 6(4), 51- 61.
Kuntaman,  K.,  Hadi,  U.,  Setiawan,  F., Koendori, E.B., Rusli, M., Santosaningsih.,  Severin,  Juliette.,  dan Verburgh,  H.A.  2016.  Prevalence  of Methicillin  Resistant Staphylococcus aureus From Nose and Throat of Patients on  Admission  in  Medical  Wards  of  Dr Soetomo  Hospital,  Surabaya,  Indonesia. Southeast  Asian  J  Trop  Public  Health. 47(1), 66-70. Levinson,  Warren.  2006. Review  of  Medical Microbiology  and  Immunology  13 th Edition. San Fransisco. McGraw-Hill. Murwani, Sri. 2015.
Dasar-dasar
Mikrobiologi  Veterniaer. Universitas Brawijaya Press.
Nasution,  G.S.  2017. Deteksi  Gen  Resistensi mecA
Pada Isolat Bakteri
Staphylococcus  aureus  yang  Tergolong MRSA  Dari  Hasil  Pemeriksaan  Vitek  2
Compact. Tesis.  Fakultas  Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam. Univeristas Sumatera Utara.
Nguyen,  Nam  H.  2018. Penting  18000  Kata Medical Dictionary di Indonesia:Essensial 18000 Medical Words Dictionary in Indonesia. Nismawati.,  Sjayhril,  R.,  dan  Agus,  R.  2018. Deteksi Methicillin Resistant Staphylococcus  aures  (MRSA)  Pada Pasien Rumah Sakit Universitas
Hasanudin  dengan  Metode  Kultur . Seminar  Nasional  Megabiodeversitas Indonesia. Gowa, 09 April 2018. Hal 15- 21.
Noorhamdani,  AS.  2016.  Infeksi  Bakteri MRSA  Pada  Kulit .  Skin  Infection:  Its Must Know Disease , 228-234.
Prajawaty,  P.A.U.,  dan  Fatmawati,  N.N.D.
2018.  Deteksi  Molekuler Mec a  Pada Isolat Klinis Methicillin Resistant
Staphylococcus  aureus (MRSA)  Dengan Menggunakan  Tenik  Polymerase  Chain Protein (PCR) DI Rsuo Sanglah
Denpasar. Intisari Sains Medis, 9(3), 74-
77.
Primatika,  R.A.,  Nugroho,  W.S.,  dan  Abdai,
R.D. 2015. Analisis
Cemaran
Staphylococcus  aureus pada  Gelas, Darah Segar dan  Jamu Drengan Ramuan Darah Ular Kobra Jawa ( Naja sputatrix) . Jurnal  Sain  Veteriner, 33(2), 190-194.
Sambrook,  Joseph  dan  Russell,  David
William.  2001. Molecular  Cloning:  A Alaboratory Manual. Vol. 3 . Cold Spring Harbor Laboratory Press. Sunaryo.  2014. Kimia  Farmasi .  Jakarta. EGC.Toelle,  Novianti  Neliyanti.,  dan Lenda  Viktor.  2014.  Identifikasi  dan Karakteristik Staphylococcus  Sp dan Streptococcus  Sp .  dari  Infeksi  Ovarium Pada  Ayam  Petelur  Komersial. Jurnal Ilmu Ternak , 1(7), 32-37.
Yuwono,  H.  2010.  Pandemi  Resistensi Antimikroba:  Belajar  dari  MRSA .  JKK,
1 , 2837-2850.
Yuwono,  H.  2012. Staphylococcus  aureus dan Methicillin Resistant Staphylococcus aures ( MRSA ). Palembang.  Departemen Mikrobiologi FK Unsri.