Journal of Natural Resources and Environmental Management 11 (1): 141-151. http://dx.doi.org/10.29244/jpsl.11.1.141-151 E-ISSN: 2460-5824 http://journal.ipb.ac.id/index.php/jpsl Keragaman genetik populasi giant Snakehead ( Channa micropeltes ) menggunakan penanda Random Amplified Polymorphic DNA di perairan Taman Nasional Sebangau, Kalimantan Tengah
Genetic diversity of giant Snakehead ( Channa micropeltes ) populations using Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) meltings in Sebangau National Park, Central Kalimantan
Eva Muhajirah a , M Mukhlis Kamal b , Nurlisa A. Butet b , Arif Wibowo c
a Mahasiswa Pascasarjana Prodi Pen gel olaan Sumberdaya Perairan, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, Institut Pertanian Bogor, Kampus IPB Darmaga Bogor, 16680, Indonesia [+62 85242256086]
b Departemen Manajemen Sumberdaya Perairan, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, Institut Pertanian Bogor, Kampus IPB Darmaga Bogor, 16680, Indonesia
c Balai Riset Perikanan Perairan Umum dan Penyuluhan Perikanan, Kementerian Kelautan dan Perikanan, Palembang, 30763, Sumatera Selatan, Indonesia
Article Info: Received: 15 - 09 - 2020 Accepted: 06 - 01 - 2021

## Keywords:
Channidae, genetic variation,

## RAPD-PCR
Corresponding Author: Nurlisa A. Butet Departemen Manajemen Sumberdaya Perairan, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan Institut Pertanian Bogor; Tel. +62816977966 Email: n.butet@gmail.com
Abstract . Giant  Snakehead  fish  ( Channa  micropeltes ,  Cuvier,  1831)  also known as Toman is a fish species with good taste and high market value. This study  aims  to  reveal  the  genetic  diversity  of C.  micropeltes population  in Sebangau National Park (SNP), Central Kalimantan using molecular analysis with  genetic  meltings  Random  Amplified  Polymorphic  DNA  (RAPD).  The primers used in this study were OPE-07, OPD-03, and OPG-10. The results showed that the polymorphism of C. micropeltes in SNP waters was relatively low  (43%)  and  heterozygosity  was  also  not  much  different, i.e 0.2323  and 0.2067.  Based  on  pairwise  comparison  tests  (Fst,),  the  population  of C. micropeltes in SNP waters not significantly different (P>0.05). Thus, it can be concluded that C. micropeltes in SNP waters of the Sebangau and Katingan river  populations  have  no  different  genetic  diversity.  Genetically, C. micropeltes in SNP relatively low diversity and low adaptation capability.
How to cite (CSE Style 8 th Edition):
Muhajirah  E,  Kamal  MM,  Butet  NA,  Wibowo  A.  2021.  Keragaman  genetik giant  Snakehead ( Channa  micropeltes )  menggunakan penanda Polymerase Chain Reaction (PCR) di perairan Taman Nasional Seabngau, Kalimantan Tengah. JPSL 11 (1): 141-151. http://dx.doi.org/10.29244/jpsl.11.1.141-151.

## PENDAHULUAN
Giant  Snakehead ( Channa  micropeltes ,  Cuvier,  1831)  juga  dikenal  sebagai  ikan  Toman  merupakan spesies  ikan  dengan  cita  rasa  yang  enak  dan  harga  jual  yang  tinggi. C.  micropeltes berasal  dari  famili Channidae merupakan ikan yang hidup diperairan tawar, memiliki alat pernapasan tambahan, kelompok ikan karnivora, serta  sebagai  sumber protein  hewani.  Kadar protein pada C. micropeltes dan C. striata memiliki kadar  yang  tidak  berbeda  nyata dengan  berat  molekul  protein  albumin  masing-masing  65.56  kDa (Alviodinasyari et  al., 2019).  Morfologi  tubuh C.  micropeltes ditandai  oleh  tubuh  memanjang,  sirip  ekor bundar, sirip punggung memanjang dan sirip dubur yang hanya terdiri atas sirip lunak, sisik besar di kepala dan  posisi  mata  pada  bagian  anterior  kepala  (Gambar  1).  Beberapa  penelitian  menemukan  bahwa  dengan
mengonsumsi Snakehead baik untuk menjaga kesehatan tubuh, mempercepat proses penyembuhan luka (Jais et al., 1994; Baie dan Sheikh, 2000; Jais, 2007; Shafri dan Abdul, 2012; Nicodemus et al., 2014).
Distribusi Channidae ditemukan dibeberapa wilayah diantaranya di Asia Tenggara, Malaysia, Thailand, Indo China, Myanmar, Vietnam, India, Laos dan Indonesia (Ambak et al., 2012; Pazzini et al., 2014). Ikan- ikan tersebut ditemukan di beberapa daerah di Indonesia yaitu Sumatera, Jawa, Kalimantan, Belitung, Bangka. Kehidupan C. micropeltes tersebar di berbagai perairan dan  hidupnya tidak dapat dipisahkan dari pengaruh lingkungan,  sehingga  memungkinkan  untuk  beradaptasi  dengan  lingkungan  sekitarnya.  Kondisi  lingkungan perairan  memengaruhi  kondisi  morfologi  organisme.  Perbedaan  warna  tubuh  adalah  salah  satu  bagian  dari karakter morfologis yang sangat penting untuk diidentifikasi. Untuk memperjelas perbedaan pada keragaman morfologi, dapat pula menggunakan karakter taksonomi lain seperti keragaman genetik.
Keragaman genetik memengaruhi kemampuan adaptasi suatu populasi dalam merespon lingkungan yang berfluktuasi  untuk  dapat  bertahan  hidup  di  habitat  alami  maupun  di  luar  lingkungan  alaminya.  Keragaman genetik  yang  tinggi  dalam  suatu  populasi  akan  memiliki  kemampuan  bertahan  hidup  yang  tinggi  pula,  hal tersebut  karena  tersedianya  alternatif  gen  dalam  jumlah  banyak  untuk  merespon  perubahan  lingkungan (Dunham,  2011).  Informasi  mengenai  keragaman  genetik  dan  melalui  penelusuran  genetik  memungkinkan dapat  dilakukan  seleksi  stok  yang  potensial  untuk  dikembangkan  dalam  penangkaran  untuk  ditindaklanjuti menuju kegiatan budidaya.
Penanda  genetik Random  Amplified  Polymorphic DNA (RAPD)  memungkinkan  deteksi  DNA polimorfisme berdasarkan penanda Polymerase Chain Reaction (PCR) dengan menggunakan primer tunggal dengan panjang basa nukleotida sebanyak 10 pasang basa (Welsh dan McCelland, 1990; Gil, 2007). Penanda RAPD memiliki beberapa keunggulan diantaranya relatif lebih murah dan dari segi waktu lebih cepat untuk dilakukan, polimorfismenya tinggi dan tidak memerlukan informasi urutan basa nukleotida untuk melakukan pembacaan (Williams et al., 1990; Hadrys et al., 1992). Penanda RAPD telah digunakan untuk mengevaluasi kergaman genetik dan konservasi beberapa populasi ikan (Almeida et al., 2001, 2003; Dergam et al., 2002). Dari  sejumlah  penanda  DNA  yang  menggunakan  RAPD,  teknik  ini  telah  digunakan  untuk  mengevaluasi keanekaragaman  genetik  spesies  Nila  (Bardakci  dan  Skibinski,  1994;  Dinesh et  al., 1996;  Mahboob et  al., 2019), Lele (Liu et al., 1998; Almeida et al., 2003), C. punctatus (Nagarajan et al., 2006), spesies Snakehead India (Bhat et al., 2012), Ompok bimaculatus (Rashid et al., 2012), Clarias gariepinus (Ikpeme et al., 2015) serta  penelitian  serupa  lainnya.  Analisis  RAPD yang  dilakukan  terhadap C.  micropeltes di  perairan  TNS diperoleh jarak genetik sehingga dapat diketahui genetic drift yang dihasilkan atau terjadi perubahan frekuensi alel.

## Gambar 1 Morfologi Channa micropeltes

## METODE

## Lokasi dan Waktu Penelitian
Pengambilan sampel dilakukan di perairan Taman Nasional Sebangau, Kalimantan Tengah (Gambar 2) pada  bulan  Oktober  hingga  Desember  2019. Analisis  genetik  dilakukan  di  Balai  Riset  Budidaya  Ikan  Hias (BRBIH), Depok, Jawa Barat pada bulan Januari 2020.
Gambar 2 Peta lokasi penelitian yang menunjukkan lokasi pengambilan sampel ikan (bertanda hitam) di perairan Taman Nasional Sebangau, Kalimantan Tengah

## Metode Pengumpulan Sampel
Pengambilan sampel ikan dilakukan  secara acak ( Random sampling ). Sampel C. micropeltes diperoleh dengan menggunakan alat tangkap tradisional yang umum digunakan oleh nelayan. Ikan hasil tangkapan dalam kondisi hidup dipilih 3 sampai  5 sampel ikan untuk diambil jaringan spesies C. micropeltes yang diperoleh dari sirip dorsal kemudian diawetkan dalam larutan alkohol 96%.

## Isolasi dan Ekstraksi DNA
Jaringan sirip dorsal C. micropeltes yang berasal dari sungai Sebangau dan Katingan diisolasi kemudian dilakukan  ekstraksi,  namun  sebelumnya  dilakukan  pencucian  terhadap  sampel  untuk  menghilangkan kandungan  alkohol  yang  digunakan  sebagai  pengawet  sampel.  Pencucian  dilakukan  dengan  menggunakan akuades sebanyak 2 sampai 5 kali. Ekstraksi DNA menggunakan masing-masing 3 sampel yang diambil secara acak  dari  masing-masing  sungai.  Jaringan  sirip  dorsal  ikan  Toman  sebanyak  20  mg  diekstraksi  DNA menggunakan metode  Isolasi DNA GF 1 (Vivantis). Jaringan  sirip sebanyak 20 mg dihancurkan kemudian ditambah 250 µL larutan Buffer TL, 20  µL Proteinase K dan 12  µL  Lysis Enhacher, kemudian diinkubasi dengan suhu 65 o C selama 3 jam. Selanjutnya penambahan 560 µL Buffer TB dicampur menggunakan vortex, kemudian diinkubasi 65 o C selama 10 menit. Kemudian didiamkan pada suhu ruang lalu ditambahkan 200 µL Etanol Absolute, divortex. Supernatan dipindahkan  pada  tube  kolom lalu disentrifuge pada 5 rpm selama 1 menit, lalu buang cairan bawah kolom. Tahap pencucian kolom, 750  µL Wash Buffer dimasukkan ke dalam kolom kemudian disentrifuge pada 5 rpm selama 1 menit (diulang sebanyak 2 kali). Kolom dipindah ke tube baru  dan  ditambahkan  100  µL  Ellution  Buffer  kemudian  diinkubasi  pada  suhu  65 o C  selama  2  menit,  lalu sentrifuge pada 5 rpm. Genom DNA disimpan pada suhu 4 o C jika belum melanjutkan ketahapan selanjutnya.

## Uji Kualitas DNA
Uji  kualitas  DNA  dilakukan  dengan  Teknik  Elektroforesis  dengan  menggunakan  media gel  agarose . Pengujian ini pada prinsipnya adalah mengukur laju migrasi DNA pada gel agarose . Keberadaan DNA dilihat melalui elektroforesis pada voltase 100 selama 25 menit. Kuantifikasi DNA dilakukan menggunakan UV-Vis
Spectrophotometer ( Gene  Quant ).  Kualitas  DNA  akan  terlihat  dari  pita  DNA  yang  muncul  pada  proses visualisasi yang ditandai dengan pita yang terang, tebal dan membentuk garis yang tegas.
Amplifikasi Polymerase Chain Reaction (PCR) dengan Metode RAPD
Proses  PCR  dilakukan  dengan  menggunakan thermocycler  gradient (AB)  agar  suhu annealing dapat menyesuaikan  dengan  temperatur melting (TM)  dari  masing-masing  primer.  Setelah  proses  uji  kemudian terpilih 3 primer yang digunakan dalam proses amplifikasi yaitu menggunakan 3 primer ( Operon Technologies Primer set A, 1 st BASE Pte Ltd ) yaitu OPD-03, OPE-07 dan OPG-10. Proses amplifikasi dilakukan melalui proses Polymerase Chain Reaction (PCR) dengan komposisi bahan 1 μl primer (10rmol), 2 μl DNA template (50-200 ng), 12.5 μl 2X PCR Master Mix (Vivantis), dan 9.5 μl H 2 O; dengan total volume 25 μl dicampur menjadi 1 unit. Selanjutnya dimasukkan dalam thermocycler dengan program PCR terdiri atas denaturasi awal pada suhu 94°C selama 2 menit; 35 siklus terdiri atas denaturasi pada suhu 94°C selama 1 menit, annealing sesuai TM primer selama 1 menit dan elongasi 72°C selama 2 menit dan diakhiri dengan elongasi akhir pada suhu  72°C  selama  7  menit.  Selanjutnya  produk  PCR  dilihat  melalui  proses  elektreoforesis  (jika  belum dilanjutkan ketahap PCR sebaiknya sampel disimpan dalam freezer dengan suhu 4°C. Proses PCR untuk satu sampel ikan dilakukan sebanyak primer yang digunakan (3 primer), masing-masing primer dilakukan satu kali proses PCR.

## Elektroforesis
Produk  PCR  yang  dihasilkan  dilanjutkan  pada  tahap  elektroforesis  dengan  menggunakan  media gel agarose . Produk PCR sebanyak 7 μl (sudah mengandung dye ) pada gel agarose + synergel 2% pada media ½ TAE ( Tris Acetate EDTA ) ke dalam sumur pada gel agarose . Selanjutnya dialiri  listrik dengan  voltase 100 selama 30 menit, bersamaan dengan melting 100bp Plus ( Vintatis ) sebagai standar berat molekul. Stanning, gel direndam  dalam  larutan ethidium  bromide selama  30-60  menit.  Kemudian  divisualisasikan  pada  UV transluminator.

## Metode Analisis Data
Melakukan scoring kemunculan  fragmen  DNA  pada  hasil  elektroforesis  dari  tiga  jenis  primer  yang terpilih setelah melalui tahap screening . Selanjutnya fragmen yang telah dihasilkan kemudian diubah menjadi data biner dengan memberikan scoring berdasarkan kemunculan fragmen DNA: angka (1) untuk kemunculan fragmen  dan  angka  (2)  untuk  ketidakmunculan  fragmen.  Hasil  yang  diperoleh  pada  data  biner  kemudian dilakukan  analisis  menggunakan Tools  for  Population Genetic  Analysis (TFPGA),  sehingga  diperoleh  nilai persentase  polimorfisme,  heterozigositas  dan  jarak  genetik.  Selanjutnya  membuat  dendogram  serta  uji perbandingan berpasangan Fst dengan menggunakan Unweighted Pair Group Arithmetic Average (UPGMA). Dendogram digunakan untuk melihat kekerabatan spesies C. micropeltes antara populasi Sungai Sebangau dan Katingan, sedangkan uji perbandingan berpasangan digunakan untuk melihat kemampuan migrasi individu.
Melakukan scoring kemunculan  fragmen  DNA  pada  hasil  elektroforesis  dari  tiga  jenis  primer  RAPD (hasil seleksi primer) yang digunakan, selanjutnya fragmen yang dihasilkan diubah menjadi data biner. Scoring dilakukan dengan cara memberikan angka satu (1) merupakan nilai untuk kemunculan fragmen dan angka dua (2)  merupakan  nilai  untuk  ketidakmunculan  fragmen.  Keberadaan  fragmen  yang  terbentuk  dianggap merupakan satu buah lokus. Hasil yang diperoleh dari data biner kemudian dianalisis menggunakan software TFPGA  ( Tools  for  Population  Genetic  Analysis )  sehingga  dihasilkan  nilai  derajat  polimorfisme, heterozigositas, dan jarak genetik. Pembuatan dendrogram digunakan untuk melihat  pengelompokan hirarki ikan  Toman  yang  berada  di  perairan  Taman  Nasional  Sebangau  serta  koefisien  nilai Fst digunakan  untul melihat kemampuan migrasi individu. Kedua analisis tersebut diperoleh menggunakan UPGMA ( Unweighted Pair Group Arithmetic Average ) (Miller, 1997).

## HASIL DAN PEMBAHASAN

## Hasil
Hasil screening 7 (tujuh) primer yang digunakan pada penanda RAPD memperoleh hasil seperti tersaji pada Gambar 3. Hasil screening menunjukkan bahwa dari tujuh primer yang digunakan berhasil muncul pada tiga primer selama polymorphic dan konsisten. Adapun tiga primer yang berhasil muncul dan digunakan dalam penelitian  ini  yaitu  OPD-03,  OPE-07  dan  OPG-10.  Selanjutnya  melakukan  analisis  populasi  ikan C. micropeltes di  Sungai  Sebangau  dan  Katingan  dengan  menggunakan  tiga  primer  terpilih.  Hasil  amplifikasi menggunakan  primer  OPD-03,  OPE-07  dan  OPG-10  sampel C.  micropeltes terdiri  atas  6  sampel  dengan proporsi masing-masing 3 sampel dari Sungai Sebangau dan 3 sampel dari Sungai Katingan (Gambar 4).
Gambar 3 Hasil screening menggunakan 7 jenis primer RAPD (OPE-07, OPZ-13, OPG-13, OPD-03, OPG- 10, OPX-03, OPH-05) Keterangan: Produk PCR hasil screening bertanda kotak berwarna merah
Gambar 4 Hasil amplifikasi DNA sampel ikan C. micropeltes sungai Sebangau dan sungai Katingan menggunakan primer OPE-07, OPD-03 dan OPG-10 (Keterangan: Kode sampel 116, 117, 118 = Sungai Sebangau; Kode sampel 119, 120, 121 = Sungai Katingan)
Jumlah  lokus  yang  muncul  dengan  menggunakan  tiga  jenis  primer  (OPE-07,  OPD-03,  OPG-10)  pada spesies C.  micropeltes dikedua  lokasi  adalah  44  lokus.  Kemunculan  jumlah  lokus  terbanyak  berada  pada primer  OPG-10  yaitu  16  lokus.  Hasil  amplifikasi  menunjukkan  bahwa  jumlah  fragmen  dan  ukuran  DNA bervariasi yaitu antara 1 sampai 14 dengan kisaran 3 000 hingga 2 400 pasang basa. Jumlah fragmen spesies C.  micropeltes populasi  Sungai  Sebangau  yaitu  1  sampai  14  fragmen,  sedangkan  jumlah  fragmen  populasi Sungai  Katingan  yaitu  7-14  dengan  kisaran  ukuran  fragmen  masing-masing  300  sampai  2  400  bp.  Kisaran jumlah  fragmen  tertinggi  terdapat  pada  primer  OPE-07  pada  populasi  Sungai  Sebangau  maupun  Katingan, sedangkan  jumlah  terendah  pada  primer  OPG-10 pada  populasi  Sungai  Sebangau.  Kisaran  jumlah  fragmen terpanjang  terdapat  pada  primer  OPD-03  populasi  Sungai  Sebangau  maupun  Katingan  dengan  kisaran  400 sampai 2 400 pb, sedangkan ukuran terpendek terdapat pada primer OPE-07 pada populasi Sungai Sebangau maupun Katingan dengan kisaran 300 sampai 1 700 pb (Tabel 2).
Diperoleh  nilai  keragaman  genetik  berdasarkan  persentase  polimorfisme  dan  heterozigositas C. micropeltes populasi Sungai Sebangau dan Katingan yang disajikan pada Tabel 3.  Persentase polimorfisme pada populasi Sungai Sebangau dan Katingan memiliki persentase yang sama yaitu 43%. Selanjutnya analisis heterozigositas  yang  digunakan  untuk  menggambarkan  keragaman  genetik.  Diperoleh  nilai  heterozigositas spesies C.micropeltes populasi  Sungai Sebangau dan Katingan tidak jauh berbeda yaitu 0.2323 dan 0.2067. Secara  keseluruhan,  nilai  persentase  polimorfisme  antar  Sungai  Sebangau  dan  Katingan  yaitu  66%  dengan nilai heterozigositas 0.2781.
Secara  statistik  dengan  menggunakan  uji  perbandingan  berpasangan  Fst  menunjukkan  perbedaan keragaman  genetik  intrapopulasi  spesies C.  micropeltes yang  disajikan  pada  Tabel  4.  Diperoleh  hasil  uji perbandingan  berpasangan  Fst  yang  menunjukkan  bahwa  tidak  ditemukan  perbedaan  karakter  genetik  yang signifikan antara C. micropeltes populasi Sungai Sebangau dan Katingan ( p >0.05).
Dendogram digunakan untuk menggambarkan hubungan kekerabatan berdasarkan jarak genetik spesies C. micropeltes antar populasi. Dendogram terbentuk dengan menggunakan hubungan Unwighted Pair Group Arithmatic Average (UPGMA) yang menunjukkan  hubungan  kekerabatan antara populasi Sungai Sebangau dan Katingan dengan jarak node yaitu 0.6312 (Gambar 5). Hasil tersebut menunjukkan bahwa jarak genetik C. micropeltes pada populasi Sungai Sebangau dan Katingan yaitu 0.2471 (Tabel 5).
Tabel 1 Jenis primer yang digunakan pada tahap screening beserta urutan basa dan panjang nukleotida
Jenis Primer Urutan Basa (5’-3’) Panjang Nukleotida OPD-03* GTCGCCGTCA 10 mer OPE -07* AGATGCAGCC 10 mer OPH-05 AGTCGTCCCC 10 mer OPG-10* AGGGCCGTCT 10 mer OPG-13 CTCTCCGCCA 10 mer OPX-03 TGGCGCAGTG 10 mer OPZ-13 GGGTCTCGGT 10 mer *primer yang digunakan dalam penelitian ini Tabel 2 Jumlah dan ukuran fragmen DNA populasi Sungai Sebangau dan Katingan Primer Kisaran Jumlah Fragmen Kisaran Ukuran Fragmen Jumlah Lokus Per Primer Sebangau Katingan Sebangau Katingan OPE-07 12-14 14 300-1 700 300-1 700 14 OPD-03 1-13 7-13 400-2 400 400-2 400 14 OPG-10 4-9 7-13 300-1 900 300-2 100 16 Total kisaran 1-14 7-14 300-2 400 300-2 400 44
Tabel 3 Persentase polimorfisme dan tingkat heterozigositas populasi Populasi Polimorfisme (%) Heterozigositas Sebangau 43 0.2323 Katingan 43 0.2067 Antar populasi 66 0.2781 Tabel 4 Hasil uji perbandingan berpasangan Fst Populasi Sebangau Katingan Sebangau **** Katingan 1.0000 ****
Keterangan= p>0.05= tidak berbeda nyata; p<0.05= berbeda nyata
Tabel 5 Jarak genetik Channa micropeltes populasi Sungai Sebangau dan Katingan berdasarkan Roger’s (1972) dan modifikasi Wright’s (1978) Populasi Sungai Sebangau Sungai Katingan Sebangau **** Katingan 0.2471 ****
Jarak Node : 0.6312
Gambar 5 Visualisasi jarak genetik populasi C. micopeltes di perairan Taman Nasional Sebangau

## Pembahasan
Keragaman fenotip individu dalam  suatu populasi merupakan kombinasi antara variasi  genotip dengan kondisi lingkungannya. Keragaman genetik memiliki peran penting dalam menjaga kestabilan dan kemampuan populasi  untuk  bertahan  hidup  seperti  pencegahan  terhadap  kehilangan fitness individu  akibat  perkawinan sekerabat ( inbreeding ) yang dapat menyebabkan kepunahan karena sifat yang seragam dalam populasi yang sama  (Ferguson et  al., 1995).  Ragam  genetik  merupakan  parameter  kunci  yang  dapat  digunakan  untuk mengetahui tingkat kebugaran dalam populasi yang dapat menjamin keberlanjutan dan kemampuan merespon seleksi alam ataupun buatan (Lorenzen et al., 2012). Faktor lingkungan (kondisi habitat) dapat memengaruhi stabilitas struktur genetik kaitannya dengan aktivitas pertukaran gen dan aliran gen antar populasi pada proses seleksi  dan  persilangan.  Perbedaan  variasi  genetik  ikan  di  lingkungan  alami  maupun  lingkungan  budidaya diketahui berdasarkan persentase polimorfisme, keragaman alel, tingkat heterozigositas dan pengujian melalui uji perbandingan Fst (Wigati et al., 2003).
Channa micropeltes Sungai Sebangau
Channa micropeltes Sungai Katingan
Perbedaan  jumlah  dan  ukuran  fragmen  sangat  menentukan  tingkat  polimorfisme.  Berdasarkan  analisis dengan menggunakan penanda RAPD dapat diketahui keragaman genetik spesies C. micropeltes berdasarkan persentase polimorfisme dan nilai heterozigositas. Dikatakan polimorfik jika terdapat pita yang muncul pada satu  jenis  parental  tetapi  tidak  muncul  pada  parental  lain  (Soewardi,  2007).  Persentase  polimorfisme C. micropeltes populasi  Sungai  Sebangau  maupun  Katingan  memiliki  nilai  yang  sama  yaitu  43%.  Nilai  yang diperoleh  menunjukkan  bahwa  tingkat  keragaman  genetik  spesies C.  micropeltes Sungai  Sebangau  dan Katingan tergolong rendah jika dibandingkan dengan populasi spesies C. striata populasi Jawa, Sumatera dan Kalimantan yaitu secara berturut-turut 83%, 69% dan 81% (Gustiano et al., 2013). Berbeda dengan populasi C.  striata pada  beberapa  lokasi  geografis  diperoleh  nilai  derajat  polimorfisme  yang  tergolong  rendah dibandingkan dengan nilai yang diperoleh pada penelitian ini yaitu berkisar 15% sampai dengan 31% (Bhat et al., 2014). Penelitian lainnya oleh Mohd. Husin (2007) di perairan Malaysia terhadap beberapa spesies Channa diantaranya C.  striata,  C. gachua,  C.  marulioides,  C. micropeltes,  C.  melasoma dan C.  lucius memperoleh nilai derajat polimorfisme yang tidak jauh berbeda dengan nilai yang diperoleh pada penelitian ini yaitu nilai paling tinggi pada spesies C. lucius (47%) dan terendah pada spesies C. melasoma (9%) . Nilai polimorfik yang rendah berindikasi bahwa populasi alami jenis ikan tersebut tergolong kecil. Selanjutnya nilai heterozigositas, nilai tersebut menggambarkan tingkat keragaman genetik yang didasarkan pada proporsi jumlah individu yang heterozigot dalam populasi yang dapat mengindikasikan kemampuan dari individu untuk beradaptasi terhadap lingkungan, dimana semakin tinggi nilai heterozigositas dapat mengindikasikan bahwa semakin banyak pula gen yang terlibat sebagai penyumbang tingkat kebugaran dalam suatu populasi (Soewardi, 2007; Tave, 1993). Nilai heterozigositas C. micropeltes yang diperoleh berkisar antara 0.2067-0.2323. Pada suatu populasi yang memiliki  keragaman  genetik  rendah  akan  berdampak  terhadap  kemampuan  adaptasi  untuk  bertahan  hidup seperti organisme memiliki sintasan yang kecil, ukuran yang beragam dan tingkat survival yang rendah tehadap perubahan lingkungan (Leary et al., 1985; Frankham, 1999; Soewardi, 2007). Rendahnya nilai heterozigositas dan variasi gen pada suatu populasi dapat berakibat hilangnya alel yang berpotensi misalnya alel terkait dengan proses pertumbuhan, tingkat survival serta timbulnya abnormalitas terhadap keturunan yang dihasilkan. Perbedaan genetik diantara populasi C. micropeltes diperoleh dengan uji perbandingan berpasangan Fst. Hasil  uji  menunjukkan  bahwa  tidak  ditemukan  perbedaan  genetik  yang  nyata  antara  spesies C.  micropeltes populasi Sungai Sebangau dan Katingan ( p>0.05 ). Hal ini menunjukkan bahwa C. micropeltes populasi Sungai Sebangau dan Katingan memiliki banyak unsur kesamaan materi genetik. Hal tersebut dapat terjadi karena C. micropeltes masih  berada  dalam  wilayah  geografis  yang  sama  yaitu  wilayah  kawasan  Taman  Nasional Sebangau. Letak geografis yang relatif dekat memungkinkan keragaman genetik ikan akan memiliki tingkat kemiripan dan akan berada dalam satu kelompok.
Keragaman genetik antar populasi dapat diketahui berdasarkan jarak genetik dalam pengelompokan ikan yang  menggambarkan  perbedaan  nilai  suatu  ciri  antara  kelompok  satu  dengan  lainnya.  Semakin  kecil  nilai jarak genetik maka akan semakin kecil pula keragaman antar populasi tersebut (Wilujeng et al., 2014). Jarak genetik C. micropeltes pada populasi Sungai Sebangau dan Katingan yaitu 0.2471. Jarak genetik yang tinggi pada  suatu  populasi  memperlihatkan  bahwa  populasi  tersebut  memiliki  keragaman  genetik.  Keragaman genetik yang tinggi dalam suatu populasi mengindikasikan bahwa ketersediaan stok ikan di alam masih relatif tinggi  dan  aktivitas  penangkapan  yang  masih  tergolong  selektif  menangkap  jenis  dan  ukuran,  sehingga memungkinkan  untuk  terjadinya  perkawinan  secara  acak.  Jika  dibandingkan  dengan  penelitian  lainnya menunjukkan bahwa nilai jarak genetik di perairan ini tergolong rendah dibandingkan dengan jarak genetik spesies Channa di perairan India yaitu berkisar 0.3292-0.800. Keragaman genetik memiliki keterkaitan dengan letak geografis, hal ini sesuai dengan pernyataan Nagarajan et al. (2006) yang menyatakan bahwa keragaman genetik spesies C. puncatus di India berkorelasi positif dengan jarak secara geografis.
Berbagai  aktivitas  manusia  yang  melalukan  kerusakan  dan  pencemaran  terhadap  lingkungan  perairan dengan adanya aktivitas penangkapan berlebih, menggunakan alat tangkap yang tidak selektif dan tidak ramah lingkungan  seperti  penyetruman,  penggunaan  bom  dan  bahan  kimia  dapat  mengancam  keberadaan  suatu spesies  sehingga  perlunya  kesadaran  dan  kerjasama  untuk  melestarikan  plasma  nutfah.  Hasil  penelitian  ini
bermanfaat untuk memahami hubungan genetik antara populasi C. micropeltes di perairan TNS, pengelolaan yang efektif, konservasi dan sebagai informasi yang efektif untuk program penangkaran. Penelitian ini juga bermanfaat  sebagai  referensi  penelitian  untuk  studi  molekuler  di  masa  yang  akan  datang  pada  spesies Snakehead .

## SIMPULAN
C. micropeltes yang ditemukan di perairan TNS pada  Sungai  Sebangau dan Katingan berasal dari  satu nenek  moyang  yang  sama.  Spesies C.  micropeltes populasi  Sungai  Sebangau  dan  Katingan  diperoleh  nilai keragaman genetik cenderung rendah dan berpotensi rendah. Diprediksi pada masa yang akan datang populasi C. micropeltes di perairan TNS cenderung homozigot secara genetik. Dapat pula disimpulkan bahwa penanda genetik RAPD sangat berguna untuk mengumpulkan data tentang variasi genetik stok populasi ikan di alam pada wilayah geografis yang sama. Informasi ini juga bermanfaat untuk perencanaan strategi guna perbaikan dalam pemuliaan oleh para ahli dan peneliti selanjutnya.

## UCAPAN TERIMA KASIH
Penelitian ini merupakan penelitian kolaborasi bersama World Wildlife Fund ( WWF ) Indonesia cabang Kalimantan Tengah. Para penulis mengucapkan terima kasih kepada Tim Riset TNS: Nurasiah Riza dan Sifa Nurseptiani,  juga  kepada  staf  WWF  Indonesia  cabang  Kalimantan  Tengah  yang  telah  membantu  dalam memberi saran, penyediaan alat dan bahan penelitian serta membantu dalam pengambilan sampel: Okta Simon, Ma’mun Ansori, Fenky Wirada, Muh. Porkab Pratama, Karnalo, Ari, Supri, Kusnadi, Antoni, Agus, Zainal, dan Tarmin.

## DAFTAR PUSTAKA
Almeida FS, Fungaro MHP, Sodre LMK. 2001. RAPD and isoenzyme analysis of genetic variability in three allied  species  of  catfish  (Silluriformes,  Pimelodidae)  from  the  Tibagi  river,  Brazil. Journal  Zoology. 253: 113-120.
Almeida FS, Sodre LMK, Contel EPB. 2003. Population structure analysis of Pimelodus maculatus (Pisces, Siluriformes) from the Tiete and Paranapanema Rivers (Brazil). Genetics and Molecular Biology . 26: 301-305.
Alviodinasyari  R,  Pribadi  ES,  Soejoedono  RD.  2019.  Kadar  protein  terlarut  dalam  albumin  ikan  gabus ( Channa striata dan Channa micropeltes ) asal bogor. Jurnal Veteriner. 20(3): 436-444.
Ambak  MA,  Mansor  MAZM,  Mazlan  AG.  2012.  Fishes  of  Malaysia.  Malaysia  (MY):  Universiti  Malaysia Terengganu.
Baie SH, Sheikh KA. 2000. The wound healing properties of Channa striatus -cetrimide cream-tensile strength measurement. Journal Ethnopharmacol. 71(1-2): 93-100.
Bardakci F, Skibinski DOF. 1994. Application of the RAPD technique in tilapia fish: species and subspecies identification. Heredity . 73: 117-123.
Bhat  AA,  Haniffa  MA,  Divya  PR,  Gopalakrishnan  A,  Milton  MJ,  Kumar  R,  Paray  BA.  2012.  Molecular characterization  of  eight  Indian Snakehead species  (Pisces:  Perciformes  Channidae)  using  RAPD melting s. Molecular Biology Reports . 39: 4267-4273.
Bhat AA, Haniffa MA, Milton MJ, Paray BA, Divya PR, Gopalakrishnan A. 2014. International Journal of Biodiversity and Conservation. 6(5): 363-372.
Dergam JA, Paiva SR, Schaeffer CE, Godinho AL, Vieira F. 2002. Phylogeography and RAPD-PCR variation in Hoplias malabaricus (Bloch 1794). (Pisces, Teleostei) in Southeastern Brazil. Genetics and Moecular Biology. 25: 379-387.
Dinesh KR, Lim TM, Chan WK, Phang VPE. 1996. Genetic variation inferred from RAPD fingerprinting in three species of Tilapia. Aquaculture International. 4: 19-30.
Dunham RA. 2011. Aquaculture and Fisheries Biotechnology: Genetic Approach . Wellingford (UK): CAB International.
Ferguson A, Taggart JB, Prodohi PA, McMeel O, Thompson C, Stone C , McGinnity P, Hynes RA. 1995. The application  of  molecular melting s  to  the  study  and  conservation  of  fish  populations,  with  specual reference to Salmon. Journal Fish Biology. 47: 103-126. Frankham R. 1999. Quantitative genetic in conservation biology. Genetics Pres Cam. 74: 237-244.
Gil  LA.  2007.  PCR-based  methods  for  fish  and  fishery  products  authentication. Trends  Food  Sci  Technol . 18(11): 558-566.
Gustiano R, Oktaviani T,  Soelistyowati DT, Kusmini  II, Wahyutomo, Huwoyon GH. 2013. Analisis  ragam genotip  RAPD  dan  fenotip  truss  morfometrik  pada  tiga  populasi  ikan  gabus  ( Channa  striata (Bloch 1793)). Berita Biologi. 12(3): 325-333.
Hadrys H, Balick M, Schierwater B. 1992. Applications of random amplified polymorphic DNA (RAPD) in molecular ecology. Molecular Ecologyl. 1: 55-63.
Ikpeme EV, Udensi OU, Ekaluo UB, Kooffreh ME, Okolo CM, Ekpo PB, Ogbonna NC. 2015. Unveiling the genetic  diversity  in  Clarias  gariepinus  (Burchell,  1822)  using  random  amplified polymorphism  DNA (RAPD) fingerprinting technique. Asian Journal of Animal Science . 9(5): 187-197.
Jais AM, McCulloh R, Croft K. 1994. Fatty acid and amino acid composition in Haruan as a potential role in wound healing. Gen Pharmacol . 25: 947-950. Jais  AM.  2007.  Pharmacognosy  and  pharmacology  of  Haruan  ( C.  striatus ),  a  medicinal  fish  with  wound healing properties. Boletin Latinoamericano y del Caribe de Plantas Medicinales y Aromaticas . 6: 52- 60.
Leary RF, Allendrof FW, Knudsen KL. 1985. Development instability and high meristic counts in interspecific hybrid of salmonid fishes. Evolution . 39: 318-326.
Liu  ZJ,  Li  P,  Argue  BJ,  Dunham  RA.  1998.  Inheritance  of  RAPD melting s  in  channel  catfish  ( Ictalurus punctatus ), blue catfish ( I. furcatus ) and their F1, F2 and backcross hybrids. Animal Genetics . 29: 58- 62.
Lorenzen  K,  Beveridge  MCM,  Man gel M.  2012.  Cultured  fish:  integrative  biology  and  management  of domestication and interactions with wild fish. Biology Review . 87: 639-660.
Mahboob S, Al-Ghanim KA, Al-Misned F, Al-Balawi A, Ashraf A, Al-Mulhim NMA. 2019. Genetic diversity in  tilapia  populations  in  freshwater  reservoir  assayed  by  randomly  amplified  polymorphic  DNA melting s. Saudi Journal of Biological Sciences. 26: 363-367. Miller  MP.  1997. Tools  for  Population  Genetic  Analysis  (TFPGA)  Version  1.3 .  Arizona  (US):  Northern Arizona University.
Mohd.  Husin  NB.  2007.  Morphological  and  genetic  variability  of  Malaysian Channa  spp based  on morphometric and RAPD techniques [tesis]. Penang (MY): Universiti Sains Malaysia.
Nagarajan M, Haniffa MA, Gopalakrishnan A, Baheer VS, Muneer A. 2006. Genetic variability of Channa punctatus populations  using  random  amplified  polymorphic  DNA. Aquaculture  Research. 37:  1151- 1155.
Nicodemus,  Andrie  M,  Luliana  S.  2014.  Uji  efek  penyembuhan  luka  sayat  ekstrak  ikan  toman  ( Channa micropeltes ) secara oral pada tikus putih jantan wistar. Jurnal UNTAN. 1(1): 1-14. Pazzini  S,  Segos  I,  Favilli  L,  Manganelli  G . 2014.  The  first  europian  record  of  the  Indonesian Snakehead , Channa micropeltes (Actinopterygii: Perciformes: Channidae). Acta Ichthyologica et Piscatoria. 44(2): 153-155.
Rashid J, Tamanna FM, Hossain MAR, Alam MS. 2012. Genetic variation in endagered butter catfish, ( Ompok bimaculatus Bloch)  population  revealed  by  random  amplified  polymorphism  DNA  (RAPD) fingerprinting. International Journal of Biosciences . 2(9): 85-93.
Shafri  MAM,  Abdul  MMJ.  2012.  Therapeutic  potential  of  the  haruan  ( Channa  striatus ):  from  food  to medicinal uses. Malaysian Journal of Nutrition. 18(1): 125-136. Soewardi  K.  2007. Pengelolaan  Keragaman  Genetik  Sumberdaya  Perikanan  dan  Kelautan .  Bogor  (ID): Institut Pertanian Bogor.
Tave D. 1993. Genetic for Fish Hatchery Managers . Netherland (NL): Kluwer Acad Publ.
Welsh  J,  McClelland  M.  1990.  Fingerprinting  genome  using  PCR  with  arbitrary  primers. Nucleic  Acids Research . 18: 7213-7218.
Wigati E, Permana GN, Susanto G. 2003. Variasi genetik angoli berdasarkan pola pita allozim. Jurnal Ilmiah Nasional. 8(6): 465-471.
Williams  JGK,  Kubeli  AR,  Livak  KJ,  Rafalski  JA,  Tingey  SV.  1990.  DNA  polymorphisms  amplified  by arbitrary primers are useful as genetic melting s. Nucleic Acid Research. 18: 6513-6535.
Wilujeng  L,  Mahasri  G,  Mufasirin.  2014.  Keragaman  gen  cytochrome  b  pada  sidat  ( anguila  bicolor ) berdasarkan restriction fragment length polymorphism (RFLP). Jurnal Ilmiah Perikanan dan Kelautan. 6(2): 117-123.