ISSN 1858-3768 (Versi elektronik)
Terakreditasi dengan No. 164/E/KPT/2021

## MENARA PERKEBUNAN

## JURNAL PENELITIAN BIOTEKNOLOGI DAN BIOINDUSTRI INDONESIA
INDONESIAN JOURNAL RESEARCH INSTITUTE FOR BIOTECHNOLOGY AND BIOINDUSTRY
Volume 91, Nomor 1, 2023
PUSAT PENELITIAN KELAPA SAWIT PT. RISET PERKEBUNAN NUSANTARA
Menara Perkebunan Vol. 91 No.1 Hal. 1-95 Bogor, April 2023 ISSN 0125-9318 (Versi cetak) 1858-3768 (Versi elektronik)
Terakreditasi dengan No. 164/E/KPT/2021

## MENARA PERKEBUNAN

## JURNAL PENELITIAN BIOTEKNOLOGI DAN BIOINDUSTRI INDONESIA
INDONESIAN JOURNAL RESEARCH INSTITUTE FOR BIOTECHNOLOGY AND BIOINDUSTRY
Volume 91, Nomor 1, 2023
PUSAT PENELITIAN KELAPA SAWIT PT. RISET PERKEBUNAN NUSANTARA

## Menara Perkebunan
Jurnal Penelitian Bioteknologi dan Bioindustri Indonesia Indonesian Journal Research Institute for Biotechnology and Bioindustry
Volume 91, Nomor 1, 2023
Terbit pertama kali tahun 1926 dengan nama De Bergculture , tahun 1956 berganti nama menjadi Menara Perkebunan Pertama memiliki No. ISSN 0125-9318 pada edisi tahun 1977, dan ISSN 1858-3768 (versi elektronik) pada edisi tahun 2004
PENERBIT / PUBLISHER Pusat Penelitian Kelapa Sawit Indonesian Oil Palm Research Institute
PENANGGUNGJAWAB / ADVISORY EDITOR Dr. Ir. M Edwin S Lubis Dr. Riza A Putranto, DEA Dr. Hasrul A Hasibuan
DEWAN PENYUNTING / EDITORIAL BOARDS Ketua / Chief Editor Dr. Hayati Minarsih, MSc (Biologi Molekuler / PPKS Unit Bogor-Indonesia)
Anggota / Members Prof (R) Dr. Ir. Didiek Hadjar Goenadi, MSc, ENV (Kesuburan dan Biologi Tanah / PPKS Unit Bogor-Indonesia) Ir. Sumaryono, MSc   (Fisiologi Tanaman / PPKS Unit Bogor- Indonesia) Dr. Happy Widiastuti, MSi (Mikrobiologi Tanah / PPKS Unit Bogor- Indonesia)
Prof. Ts Dr. Asmah Awal (Agroteknologi/ Universiti Teknologi MARA-Malaysia)
Prof. Ir.Iin P Handayani, MSc, Ph.D (Ilmu Tanah dan Pertanian Berkelanjutan/ Murray State University- USA)
Dr. Ir. Ambar Kusumandari, MES (Ilmu kehutanan/ Universitas Gadjah Mada- Indonesia)
Dr. Ir Jenny Elisabeth, MS (Teknologi Pangan/ Wilmar Business Polytechnic- Indonesia) Prof. Dr. Ing.Ir. Misri Gozan, MTech, IPU (Bioproses/ Universitas Indonesia- Indonesia) Prof. Dr. Drs. Wibowo Mangunwardoyo, MSc (Mikrobiologi/ Universitas Indonesia-Indonesia) Prof. Dr. Ir. Suryo Wilyono (Hama dan Penyakit Tanaman/ IPB University-Indonesia)
Mitra Bestari / Reviewers Prof. Dr Titi Candra Sunarti (Teknologi Pertanian/ IPB University) Dr. Nisa Rachmania Mubarik M.Si (Mikrobiologi/ IPB University) Dr. Sri Wening (Pemuliaan Tanaman/ PT. RPN) Dr. Tri Muji Ermayanti (Biologi Sel & Jaringan/ BRIN) Dr. Asmini Budiani (Biologi Molekuler/ Pusat Penelitian Bioteknologi dan Bioindutri Indonesia) Dr. Yohanes Martono (Kimia Analitik/ Universitas Kristen Satyawacana) Dr. Hari Setiapraja (Teknik Kimia & Bioenergi/ BRIN)
Dr. Endang Sulistyowati, M.P (Hama dan Penyakit Tanaman / Pusat Penelitian Kopi dan Kakao Indonesia)
Dr. Ir. Abul Munif, MSc (Hama dan Penyakit Tanaman/ IPB University)
Dr. rer. Nat. Arli Aditya Parikesit (Bioinformatika/ Indonesia International Institute for Life Science)
REDAKSI PELAKSANA / MANAGING EDITOR Masna Maya Sinta, M.Si Yora Faramitha, M.Sc Rizka Tamania Saptari, MSi Fajar Prayoga, S.Kom Dieta Puspitasari, S.Pt Larasati Dena Mahardika, MSc Cory Diana, S.Kom

## ALAMAT / ADDRESS
Pusat Penelitian Kelapa Sawit- Unit Bogor Indonesian Oil Palm Research Institute- Bogor unit Jl. Taman Kencana No.1, Bogor 16128 – Indonesia Telp. (0251) 8324048/8327449 Fax. (0251) 8328516 E-mail: menaraperkebunan@iribb.org/ menaraperkebunanppbbi@gmail.com    http://mp.iribb.org
IZIN TERBIT / PUBLISHING PERMIT Dep. Penerangan RI No. 1196/SK/Ditjen PPG/STT/1987 Tanggal 21 Desember 1987
Terbit bulan April dan Oktober, download gratis tersedia di www.mp.iribb.org Published on April and October, free download available at www.mp.iribb.org
Terakreditasi dengan No. 164/E/KPT/2021

## MITRA BESTARI MENARA PERKEBUNAN
Dr. Efi Toding Tondok (Proteksi Tanaman/ Institut Pertanian Bogor)
Dr. Nisa Rachmania Mubarik M.Si (Mikrobiologi/ Institut Pertanian Bogor)
Ir. Suharyanto, MS (Mikrobiologi/ Pusat Penelitian Bioteknologi dan Bioindustri Indonesia)
Dr. Dra. Romsyah Maryam, M.Med.Sc (Toksikologi/ Balai Besar Penelitian Veteriner, Balitbangtan)
Dr. Wiwit Budi Widyasari (Pemulian & Genetik Tanman/ Pusat Penelitian Perkebunan Gula Indonesia)
Dr. Yanni Sudiyani (Teknologi Lingkungan/ BRIN)
Dr. Kholis Audah (Enzimologi/ Swiss German University)
Dr. Triwibowo Yuwono (Bioteknologi/ Universitas Gajah Mada)
Dr. Sri Winarsih (Fisiologi Tanaman/ Pusat Penelitian Perkebunan Gula Indonesia)
Dr. Irfan Prijambada (Mikrobiologi/ Universitas Gajah Mada)
Dr. Tri Rini Nuringtyas, MSc (Plant Molecular Biology/ Universitas Gajah Mada)
Dr. Awang Maharijaya (Bioteknologi Tanaman/ Institut Pertanian Bogor)
Dr. Diah Ratnadewi (Kultur Jaringan/ Institut Pertanian Bogor)
Dr. Tri Muji Ermayanti (Biologi Sel & Jaringan/ BRIN)
Dr. Krisantini (Biologi Konservasi/ Institut Pertanian Bogor)
Prof. Bambang Sugiharto (Bioteknologi Tanaman/ Universitas Jember)
Prof. Dr. Ir. Nur Richana, MSc (Pascapanen/ BRIN)
Prof. Dr. Ir. Khaswar Syamsu, MSc (Bioproses/ Institut Pertanian Bogor)
Dr. Tridiati Antono (Fisiologi Tanaman & Genetika/ Institut Pertanian Bogor)
Dr. Syaiful Anwar (Ilmu Tanah/ Institut Pertanian Bogor)
Dr. Sisunandar (Bioteknologi Tanaman/ Universitas Muhammadiyah Purwokerto)
Prof. Dr. Ing Misri Gozan (Bioproses/ Universitas Indonesia)
Prof. Dr. Asmu Saptoraharjo (Kimia/ Universitas Indonesia)
Dr. Abjad A Nawangsih (Biologi Molekuler/ Institut Pertanian Bogor)
Dr. Amy Estiati (Bioteknologi Tanaman/ BRIN)
Dr. Ir. Endang Sulistyaningsih MSc (Fisiologi Tanaman/ Universitas Gadjah Mada)
Prof. Liliek Sulistyowati, PhD (Fitopatologi / Universitas Brawijaya)
Dr. Ir. Abul Munif, MSc (Hama dan Penyakit Tanaman/ Institut Pertanian Bogor)
Prof. Dr. Yelmida Azis (Material/ Universitas Riau)
Prof. Dr. Anja Meryandini, MS (Mikrobiologi/ Institut Pertanian Bogor)
Dr. Isroi (Mikrobiologi/ Pusat Penelitian Bioteknologi dan Bioindustri Indonesia)
Dr. Dede Heri Yuli Yanto (Bioteknologi/ BRIN)
Dr. Erina Sulistiani (Biologi/ SEAMEO BIOTROP)
Dr. Heny Herawati (Teknologi Pascapanen/ Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Pasca Panen Pertanian)
Dr. Agus Dana Permana (Entomologi/ Institut Teknologi Bandung)
Prof. Dr. Lisdar A Manaf (Mikologi/ Institut Pertanian Bogor)
Dr. Fitrah Ernawati (Biokimia Gizi/ Badan Litbang Kesehatan)
Dr. Kartini Kramadibrata (Biologi/ BRIN)
Dr. Ir Hamim (Fisiologi Tanaman/ Institut Pertanian Bogor)
Dr. Maman Turjaman (Mikrobiologi/ BRIN)
Dr. Uun Yanuhar (Biologi Molekuler/ Universitas Brawijaya)
Dr. Siswanto (Kimia/ Pusat Penelitian Bioteknologi dan Bioindustri Indonesia)
Prof. Dr. Cahyono AD Koranto (Ilmu Kehutanan/ Universitas Gadjah Mada)
Dr. Arief R Maulana (Ekonomi Teknik/ Universitas Lambung Mangkurat)
Dr. Araz Meilin (Hama dan Penyakit Tanaman/ Balai Pengkajian Teknologi Pertanian Jambi)
Dr. Endang Sulistyowati, M.P (Hama dan Penyakit Tanaman / Pusat Penelitian Kopi dan Kakao Indonesia)
Prof. Dr. Ir. Hengky Novarianto (Pemuliaan dan Genetika Tanaman/ BRIN)
Dr. rer. Nat. Arli Aditya Parikesit (Bioinformatika/ Indonesia International Institute for Life Science)
Dr. Rifki Febriansah (Biologi Molekuler/ Universitas Muhammadiyah Yogyakarta)
Dr. Eng.Wisnu A Kusuma, MT (Bioinformatika/ Institut Pertanian Bogor)
Dr. Prayoga Suryadarma, STP, MT (Bioindustri/ Institut Pertanian Bogor)
Dr. Tania S Utami, ST, MT (Teknik Kimia/ Universitas Indonesia)
Dr. rer. Nat. Sarijaya Antonius (Mikrobiologi/ BRIN)
Dr Endah Yulia (Fitopatologi/ Universitas Padjajaran)
Dr. Untung Susanto, SP, MP ( Pemuliaan Tanaman/ BRIN)
Ari Kristini, SP, M.Plant Prot (Penyakit Tanaman/Pusat Penelitian Gula Indonesia)
Dr. Rudy Agung Nugroho, MSi ( Biologi, fisiologi hewan, akuakultur/Universitas Mulawarman)
Hari Prawiratama, SP, MSc (Proteksi Tanaman/ Pusat Penelitian Kelapa Sawit)
Dr. Laksmi Ambarsari (Biokimia/ Institut Pertanian Bogor)
Dr. Panji Sakti Basunanda, SP, MP (Pemuliaan Tanaman/ Universitas Gadjah Mada)
Prof. Dr Titi Candra Sunarti (Teknologi Pertanian/ IPB University)
Dr. Sri Wening (Pemuliaan Tanaman/ PT. RPN)
Dr. Asmini Budiani (Biologi Molekuler/ Pusat Penelitian Bioteknologi dan Bioindutri Indonesia)
Dr. Yohanes Martono (Kimia Analitik/ Universitas Kristen Satyawacana)
Dr. Hari Setiapraja (Teknik Kimia & Bioenergi/ BRIN)

## Menara Perkebunan

## Jurnal Penelitian Bioteknologi dan Bioindustri Indonesia
Indonesian Journal of Research on Biotechnology and Bioindustry
Menara  Perkebunan sebagai  lanjutan  dari  De  Bergcultures  yang  diterbitkan  oleh  Algemeen  Landbouw  Syndicaat/Centrale Proefstations Vereniging sejak tahun 1926 sampai dengan 1992 diterbitkan oleh Balai Penelitian Perkebunan Bogor atas dasar surat Direktur Utama Yayasan Dana Penelitian dan Pendidikan Perkebunan No.103/JDPP/1967 dan surat Kepala Biro Penelitian dan Perencanaan Departemen Pertanian No.80/Ba/1967 serta SK Menteri Pertanian No.336/Kpts/OP/12/1968. Mulai 1993 Menara Perkebunan  diterbitkan  oleh  Pusat  Penelitian  Bioteknologi  Perkebunan  berdasarkan  SK  Ketua  DPH-AP3I No.084/Kpts/DPH/XII/1992. Pada periode tahun 1997 hingga tahun 2002 Menara Perkebunan diterbitkan oleh Unit Penelitian Bioteknologi  Perkebunan.  Sesuai  Surat  Keputusan  Direktur  Eksekutif  Lembaga  Riset  Perkebunan  Indonesia  No.05/Kpts/ LRPI/2003, sejak Januari 2003 Menara Perkebunan diterbitkan oleh Balai Penelitian Bioteknologi Perkebunan Indonesia yang mulai tahun 2015 menjadi Pusat Penelitian Bioteknologi dan Bioindustri Indonesia. Pada bulan Agustus 2022, Pusat Penelitian Bioteknologi dan Bioindustri Indonesia bergabung dengan Pusat Penelitian Kelapa Sawit (PPKS), menjadi PPKS Unit Bogor.
Menara  Perkebunan sebagai  media  komunikasi  penelitian  di  bidang  Perkebunan  memuat  tulisan  hasil  penelitian  orisinil, pengembangan teknologi, review/ulasan tentang bioteknologi dan bioindustri serta aplikasinya pada bidang pertanian, kesehatan dan lingkungan serta aspek bioteknologi yang lain.
Menara Perkebunan as the continuation of De Bergculture published by Algemeen Landbouw Syndicaat/Centrale Proefstation Vereniging  since  1926,  was  published  by  the  Bogor  Research  Institute  for  Estate  Crops  until  1992,  based  on  a  letter  of  the President Director of the Foundation of Research and Education Fund for Estate Crops No.103/JDPP/1967 and a letter of the Head of General Bureau for Research and Planning of the Ministry of Agriculture No.336/Kpts/OP/12/1968. Since 1993 Menara Perkebunan  was  published  by  the  Indonesian  Biotechnology  Research  Institute  for  Estate  Crops,  based  on  the  Decree  of  the Chairman  of  the  Managing  Board  of  the  Indonesian  Planters  Association  for  Research  and  Development  No.084/Kpts/ DPH/XII/1992. During the period of 1997-2002 Menara Perkebunan was published by Biotechnology Research Unit for Estate Crops. Referring to a letter of Executive Director of the Indonesian Research Institute for Estate Crops No.05/Kpts/LRPI/2003, since January 2003 Menara Perkebunan has been published by the Indonesian Biotechnology Research Institute for Estate Crops which changed to the Indonesian Research Institute for Biotechnology and Bioindustry in 2015. On August 2022, Indonesian Research  Institute  for  Biotechnology  and  Bioindustry  join  with  Indonesian  Oil  Palm  Research  Institute  (IOPRI)  become Indonesian Oil Palm Research Institute, Unit Bogor (IOPRI -Unit Bogor)
Menara Perkebunan as a communication medium for research in estate crops publishes articles on original research results, improved technologies, and reviews of biotechnology and bioindustry and its applications in the areas of agriculture, health, environment, and other aspects of biotechnology.
Terima kasih kepada para mitra bestari Menara Perkebunan edisi 2023 Volume 91, Nomor 1
Prof. Dr Titi Candra Sunarti (Teknologi Pertanian/ IPB University) Dr. Nisa Rachmania Mubarik M.Si (Mikrobiologi/ IPB University) Dr. Sri Wening (Pemuliaan Tanaman/ PT. RPN) Dr. Tri Muji Ermayanti (Biologi Sel & Jaringan/ BRIN) Dr. Asmini Budiani (Biologi Molekuler/ Pusat Penelitian Bioteknologi dan Bioindutri Indonesia) Dr. Yohanes Martono (Kimia Analitik/ Universitas Kristen Satyawacana) Dr. Hari Setiapraja (Teknik Kimia & Bioenergi/ BRIN) Dr. Endang Sulistyowati, M.P (Hama dan Penyakit Tanaman / Pusat Penelitian Kopi dan Kakao Indonesia) Dr. Ir. Abul Munif, MSc (Hama dan Penyakit Tanaman/ IPB University) Dr. rer. Nat. Arli Aditya Parikesit (Bioinformatika/ Indonesia International Institute for Life Science)

## Pengantar Redaksi
Jurnal Menara Perkebunan sebagai media komunikasi penelitian di bidang perkebunan telah memasuki edisi penerbitan  tahun  ke  -91  dan  senantiasa  menyajikan  hasil-hasil  penelitian  yang  menjadi  mandat  institusi  yaitu bioteknologi, baik dalam kegiatan prapanen maupun pasca panen dalam industri perkebunan.  Pada edisi tahun 2023 No.1,  Jurnal  Menara  Perkebunan  kembali  menyajikan  delapan  judul  tulisan  hasil  penelitian  yaitu  tentang  1).
Transformation  of  DHN1  gene  and  DHN  promoter  constructs  into  sugarcane  calli,  regeneration  of  the  calli,  and acclimatization  of  the  plantlets,  2).  Effect  of  enzymatic  hydrolysis  and  nitrogen  on Saccharomyces  cerevisiae β- glucan production from Manihot utilissima and Maranta arunadinacea waste, 3) Optimasi sistem kultur dan media untuk peningkatan tinggi tunas in vitro kelapa sawit, 4). Improvement of purification process of stevia extract by combination of microfiltration and ultrafiltration, 5). Stability of B50 biodiesel added with glycerol ester additive based on palm oil oleic acid, 6) Pemodelan protein dan analisis molecular docking enzim β-glukanase isolat Bacillus subtilis W3.15 , 7).  Biocontrol  activity  of  endophytic  bacteria  from  cocoa against Phytophthora sp.  and Colletotrichum sp., dan 8). Potensi ekstrak kasar metabolit sekunder yang dihasilkan Trichoderma asperellum dan Pseudomonas fluorescens untuk pengendalian antraknosa pada buah kakao.
Semoga dengan kedelapan sajian tulisan ini Menara Perkebunan dapat memberikan sumbangan yang nyata untuk perkembangan bioteknologi di bidang perkebunan khususnya dan ilmu pengetahuan dan teknologi di Indonesia pada umumnya.
p-ISSN: 0125-9318
www.mp.iribb.org
e-ISSN: 1858-3768

## Menara Perkebunan

## Volume 91 No 1 April 2023

## Lembar Abstrak
Hayati  Minarsih,  Fauziatul  Fitriyah,  Annisa  Aulya Aksa,  Turhadi,  Deden  Sukmadjaya  &  Sustiprajitno Sustiprajitno
Transformasi konstruk gen DHN1 dan promoter DHN ke kalus tebu, regenerasikalus,dan aklimatisasiplanlet (hlm. 1-13).
Dehydrin diketahui memiliki peran yang penting pada    responstanaman    terhadap    cekaman    abiotik termasuk    kekeringan    dan    kadar    garam    tinggi. Penelitian  sebelumnya  melaporkan  bahwa  coding sequence (CDS) utuh dari gen DHN1 telah diisolasi dari tebu varietas PSJT 941 yang memiliki homologi tinggi dengan gen DHN pada tebudan sorgum. CDS lengkap  tersebut  kemudian  diklon  di  bawah  kendali promotor
konstitutif CaMV35S
dan ditransformasikan  ke  dalam  kalus  tebu  dengan bantuan Agrobacterium  tumefaciens .    Promotor DHN,  Pr-1DHNSo,  berhasil  diisolasi  dari  tebu varietas  PSJT  941  dan  konstruk  Pr-1DHNSo  telah dihasilkan  pada  vektor  ekspresi pBI121.  Konstruk promotor  tersebut  juga  telah ditransformasikan  ke kalus  tebu  varietas  Kidang Kencana menggunakan Agrobacterium  tumefaciens .Tanaman  transgenik yang    membawa    konstrukgen  DHN  dan    yang membawa    promotor    DHN  diregenerasi menggunakan  metode  standar  kultur jaringan tebu. Optimasi  metode    aklimatisasi  menggunakan modifikasi    media    pasca    perakaran  dapat menurunkan    tingkat    kematian    dari    plantlet transforman. Keberadaan konstruk gen dan promotor secara  periodik  diuji  dengan  PCR  menggunakan primer    spesifik    dan    menunjukkan    bahwa    kedua konstruk masih terdeteksi lebih dari satu tahun pasca transformasi.
[Kata  kunci:  cekaman  kekeringan,  dehydrin,  daerah promotor, kalus tebu, aklimatisasi]
Misri  Gozan,  Fita  Sefriana,  Yemirta  &  Muhammad Arif Darmawan
Efek hidrolisis enzimatis dan nitrogen pada produksi β-glukan Saccharomyces  cerevisiae dari  onggok Manihot utillissima dan Maranta arunadinacea (hlm 14-24)
Penelitian  ini  memanfaatkan  onggok  ubi  kayu ( Manihot utilissima ) dan onggok umbi garut ( Maranta arunadinacea ) sebagai media perbanyakan Saccharomyces  cerevisiae untuk  produksi  β-glukan. Limbah tersebut dihidrolisis oleh enzim amiloglukosidase menjadi glukosa kemudian dilanjutkan fermentasi dalam medium nitrogen oleh S. Cerevisiae .  Pelet  β-glukan  diekstraksi  menggunakan larutan  alkali  NaOH  2%  pada  suhu  90°C  selama  5 jam,  dilanjutkan  serangkaian  proses  sentrifugasi. Konsentrasi  glukosa  hasil  hidrolisis  tertinggi diperoleh dengan penambahan enzim amiloglukosidase M.  arundinacea 57,5  mg  dengan konversi sebesar 95,93% dan penambahan enzim M . utilissima 50  mg  dengan  konversi  sebesar  64,70%.
Produksi S.  cerevisiae jumlah  tertinggi  diperoleh dengan  menambahkan  4,75  g  pepton  ke  semua sampel. Jumlah sel optimum diperoleh sebanyak 1,61 x 10 8 koloni pada t = 48 jam untuk onggok umbi garut dan 8,55 x 10 7 koloni pada t = 48 jam untuk onggok ubi  kayu.  Untuk  produksi  β-glukan,  angka  tertinggi diperoleh  dengan  menggunakan  pepton  3,99  g  dan 4,75  g  masing-masing  untuk  onggok  ubi  kayu  dan umbi  garut  dengan  rendemen  berturut-  turut  1,20% dan  1,23%.  Untuk  pelet  β-glukan,  jumlah  tertinggi adalah 1,77 g L -1 (0,18% b/v) dari media onggok ubi kayu  dan  1,91  g  L -1 (0,19% b/v) dari onggok umbi garut. Sel mutan dalam media Yeast Extract–Peptone– Glycerol (YPG) menghasilkan 6,56 g L -1 (0,66% b/v) pelet  β-glukan  sedangkan  sel  tipe  liar  dalam  media YPG menghasilkan 1,84 g L -1 (0,18% b/v).
[Kata  kunci:  amiloglukosidase,  onggok  ubi  kayu, onggok umbi garut, pellet]
Masna  Maya  Sinta,  Rizka  Tamania  Saptari,  Imron Riyadi & Sumaryono
Optimasi sistem kultur dan media untuk peningkatan tinggi tunas in vitro kelapa sawit (hlm. 25-35)
Optimasi  pembesaran  tunas in  vitro perlu dilakukan  untuk  mempersingkat  waktu  kultur  dan menghasilkan  planlet  kelapa  sawit  yang  vigor. Penelitian ini dilakukan untuk menetapkan media dan sistem kultur terbaik untuk mempercepat pertumbuhan tinggi tunas in vitro kelapa sawit. Tunas kelapa sawit yang berasal dari embriogenesis somatik dikultur  pada  media  DF  menggunakan  dua  sistem kultur  (medium  padat  dan double-layer )  yang dikombinasikan dengan perlakuan hormon (GA3 0,5 - 1  mg  L -1 dan  BAP  atau  thidiazuron  0,5  mg  L -1 ). Optimasi  lebih  lanjut  dilakukan  dengan  penggunaan penutup  botol  yang  berbeda  (tutup  ulir  polipropilen dan plastic wrap ) dikombinasikan dengan perlakuan hara makro (1 atau 2 kali konsentrasi). Penelitian ini dilakukan dengan Rancangan Acak Lengkap (RAL), dengan  masing-masing  perlakuan  terdiri  dari  5 ulangan  botol  dan  tiap  botol  berisi  5  tunas.  Hasil penelitian menunjukkan bahwa media dengan sistem double-layer dan  kombinasi  media  GA3  (0,5-1  mg L -1 ) dan TDZ (0,5 mg L -1 ) memberikan penambahan tinggi tunas terbesar. Penggunaan media dengan dua kali konsentrasi hara makro pada botol kultur dengan penutup ulir meningkatkan penambahan tinggi tunas (136-167%) dan menurunkan kejadian nekrosis ujung tunas (0-24%). Penggunaan tutup botol plastik wrap menyebabkan peningkatan terjadinya nekrosis ujung daun, sedangkan penambahan hara makro menurunkan  persentase  nekrosis  ujung  daun. Pertumbuhan tunas kelapa sawit mulai melambat pada minggu  ke-5  setelah  kultur.  Sebagai  kesimpulan, kondisi  optimum  untuk  pertumbuhan  tunas in  vitro kelapa sawit adalah penggunaan media double-layer ditambah  GA3  0,5-1  mg  L -1 ,  TDZ  0,5  mg  L -1 ,  dan dilanjutkan dengan pengkulturan menggunakan media
dengan dua kali konsentrasi hara makro pada botol jar dengan penutup ulir.
[Kata kunci: double-layer , GA3, hara makro, penutup botol, thidiazuron]
Michael  Silaen,  Erliza  Noor &  Mulyorini Rahayuningsih
Peningkatan  proses  pemurnian  ekstrak  stevia menggunakan kombinasi mikrofiltrasi dan ultrafiltrasi (hlm. 36-48)
Mikrofiltrasi  dan  ultrafiltrasi  digunakan  pada proses pemurnian ekstrak stevia untuk mempertahankan  steviosida  dan  menghilangkan tanin.  Tujuan  utama  penelitian  ini  adalah mendapatkan  kondisi  operasi  proses  pemurnian ekstrak  stevia  yang  menghasilkan  rejeksi  steviosida terendah dan rejeksi tanin tertinggi. Proses pemurnian ekstrak stevia menggunakan membrane mikrofiltrasi dilaku-kan  pada  tekanan  transmembran  (1,20;  1,40; 1,65; 1,80; dan 1,90 bar), kecepatan alir (0,04; 0,06; dan 0,11 m det -1 ), dan konsentrasi steviosida umpan (7,12;  10,25;  14,03;  dan  18,47  g  L -1 ).  Proses pemurnian  ekstrak  stevia  menggunakan  membran ultrafiltrasi pada tekanan transmembrane (1,20; 1,40; 1,65; 1,80; dan 1,90 bar), kecepatan alir (0,06; 0,09; dan 0,12 m det -1 ), dan konsentrasi steviosida umpan (4,59  dan  10,36  g  L -1 ).  Proses  pemurnian  tahap pertama dilakukan menggunakan membran mikrofiltrasi  dan  hasil  permeatnya  sebagai  umpan proses  ultrafiltrasi.  Proses  pemurnian  tahap  kedua dilaku-kan  menggunakan  membran  ultrafiltrasi. Kondisi  operasi  terbaik  proses  mikrofiltrasi menggunakan  konsentrasi  steviosida  umpan  14,03  g L -1 pada  tekanan  transmembran  1,90  bar  dan kecepatan  alir  0,11  m  det -1 dengan  fluksi  permeat 82,90  L  m -2 jam -1 .  Kondisi  operasi  terbaik  proses ultrafiltrasi  menggunakan  konsentrasi  steviosida umpan 10,36 g L -1 dengan fluksi permeat 26,51 L m -2 jam -1 pada  tekanan  transmembran  1,90  bar  dan kecepatan  alir  0,12  m  det -1 .  Proses  mikrofiltrasi  dan ultrafiltrasi  menghasilkan  total  rejeksi  steviosida 59,52 % dan total rejeksi tanin 57,99 %.
[Kata  kunci:  mikrofiltrasi,  proses  pemurnian, steviosida, ultrafiltrasi]
Firda Dimawarnita, Yora Faramitha & Erliza Hambali
Stabilitas  biodiesel  B50  yang  ditambahkan  aditif gliserol ester berbasis asam oleat sawit (hlm. 49-58)
Biodiesel di Indonesia merupakan campuran Fatty Acid  Methyl  Ester  (FAME)  dan  minyak  diesel. Pencampuran  FAME  dan  minyak  diesel  merupakan tantangan  karena  FAME  terpisah  dengan  minyak diesel pada suhu rendah. Perubahan sifat fisika kimia biodiesel  selama  penyimpanan  menurunkan  kualitas biodiesel  akibat  adanya  oksigen  terlarut  yang berpotensi merusak mesin. Penggunaan gliserol ester (GE)  sebagai  aditif  dapat  menjadi  solusi  alternatif dalam mengatasi permasalahan tersebut. Penelitian ini mengkaji  stabilitas  biodiesel  yang  ditambahkan  GE. Sebagai  pembanding,  digunakan  aditif  komersial dietil  eter  (DEE).  Konsentrasi  aditif  yang ditambahkan  ke  biodiesel  divariasikan  dari  1000, 2000,  dan  3000  ppm  sedangkan  suhu  penyimpanan divariasikan  pada  12,  25,  dan  42 o C.  Stabilitas
biodiesel  dievaluasi  selama  tiga  bulan  dengan mengukur  angka  asam,  viskositas,  laju  korosi,  dan kadar  air.  Nilai  angka  asam  dari  variasi  jenis  dan konsentrasi aditif masih memenuhi standar SNI 7182- 2015 (0,5 mg KOH g -1 sampel) dengan rentang nilai 0,148-0,392  mg  KOH  g -1 sampel.  Viskositas kinematis  memiliki  rentang  nilai  3,12-3,58  cst  yang juga  memenuhi  standar  SNI  7182-2015  (2,3-6  cst). Laju  korosi  tertinggi  untuk  GE  dan  DEE  ada  pada minggu ke-1, dengan nilai masing-masing 0,447 dan 0,261 mpy. Biodiesel B50 kontrol maupun biodiesel B50 dengan penambahan 1000 ppm GE memiliki nilai kadar  air  yang  sama  pada  hari  ke-18  yaitu  sebesar 0,046%,  dan  nilai  tersebut  merupakan  kadar  air tertinggi. Secara keseluruhan, aditif GE pada biodiesel B50  dengan  variasi  konsentrasi  memenuhi  standar SNI biodiesel 7182-2015.
[Kata  kunci:    angka  asam,  laju  korosi,  sifat  fisiko- kimia, viskositas, kandungan air]
Ainia  Hanafitri,  Laksmi  Ambarsari  &  Nisa Rachmania Mubarik
Pemodelan  protein  dan  analisis  molecular  docking enzim  β-glukanase  isolat Bacillus  subtilis W3.15 (hlm. 59-71)
Enzim β-glukanase merupakan protein enzim yang dapat menghidrolisis β-glukan, salah satu komponen utama penyusun dinding sel jamur. Protein enzim ini dihasilkan oleh beberapa bakteri salah satunya adalah B.    subtilis .  Struktur    tiga    dimensi    (3D)    protein diperlukan untuk memahami sifat dan fungsi protein. Protein enzim dapat dianalisis struktur dan fungsinya menggunakan    metode  in      silico.  Penelitian    ini bertujuan  untuk  mendeteksi  gen  β-glukanase  dari B. subtilis W3.15  dan  menganalisisnya  menggunakan metode in  silico menggunakan homology  modelling dan analisis molecular docking. Pemodelan dilakukan dengan server SWISS-MODEL dan analisis docking menggunakan  program  PLANTS  1.1.  Pemodelan enzim  β-glukanase  berdasarkan  templat  dari  model protein  enzim  β-glukanase  dengan  kode  PDB  3o5s. Hasil  pensejajaran  sekuens dan  visualisasi  model cukup baik yang ditunjukkan dengan model memiliki nilai  Ramachandran  Plot  pada  daerah  favoured sebesar  91,10%,  skor  MolProbity  sebesar  0,95  dan nilai  QMEAN  0,90±0,06.  Model  enzim  β-glukanase kemudian    di-docking  menggunakan      program PLANTS1.1 dengan ligannative ligand B3P, 1,4-β-D- Glucan, D-glucose, β-D-Glucan dari oat, dan N-Acetil glucosamine.    Hasil    analisis  docking  menunjukkan bahwa  ligan  β-glukan  (β-D-glukan  dari  oat)  yang digunakan  sebagai  substrat  dalam  kultivasi  isolat B. subtilis W3.15 memiliki  nilai  prediksi  energi  ikat yang lebih  baik  dibandingkan  dengan  ligan  B3P, yang merupakan ligan alami dalam protein templat.
[Kata    kunci:  β-Glucan,    β-D-Glucan  dari    oat, ligan,PLANTS  1.1,  struktur  3D,  SWISS-MODEL] Grace  Wijaya,  Agustin  Krisna  Wardani  &  Deden Dewantara Eris
Aktivitas  biokontrol  bakteri  endofit  asal  tanaman kakao terhadap Phytophthora sp. dan Colletotrichum sp. (hlm. 72-86)
Kakao    ( Theobroma    cacao L.)    dan    cabai ( Capsicum  annuum L.)  banyak  dibudidayakan  oleh petani,    dan    oleh    beberapa    petani    keduanya dibudidayakan  secara  tumpangsari.  Patogen  utama yang    menyerang    kakao    adalah    cendawan Phytophthora sp.  yang  menyebabkan  busuk  buah, kanker  batang,  dan  hawar  daun,  sedangkan  pada tanaman    cabai    adalah Colletotrichum sp.    yang menyebabkan    antraknosa.    Kemampuan    bakteri endofit      dalam      menghambat      perkembangan cendawan  dan  bakteri  patogen  tidak  diragukan  lagi. Pada  penelitian  ini  kemampuan  biokontrol  terhadap cendawan    patogen    diujikan,    namun    untuk mengetahui  kemampuan  awal  biokontrol  terhadap bakteri  patogen  juga  dilakukan  pengujian  potensi penghambatannya  pada C.  violaceum yakni  uji  anti- quorum  sensing.    Bakteri    endofit    diisolasi    dari tanaman  kakao,  sedangkan  cendawan Phytophthora dan Colletotrichum diisolasi dari tanaman kakao dan cabai  yang  bergejala  busuk  buah  dan antraknosa. Sebanyak    34        isolat    bakteri    endofit  berhasil diisolasi,  10  isolat  dari  daun  (DK),  12 isolat dari ranting  (RK),  dan  12  isolat  dari  akar  (KA)  tanaman kakao  ICCRI  4.  Sebanyak16  isolat  menunjukkan kemampuan  penghambatan  populasi  bakteri/    anti- quorum    sensing    dengan    indeks  degradasi    AHL berkisar    antara    0,44  –1,56.    Uji  antagonis menunjukkan    bahwa    11    dari    16    isolat  tersebut memiliki  antibiosis  kuat  terhadap Phytophthora sp. dengan zona hambat antara 0,6 –1,35  cm.  Sedangkan 10        dari    16    isolat    tersebut  memiliki      antibiotik yang   kuat   terhadap Colletotrichum sp. dengan zona bening  antara  0,6  –1,1  cm.  Isolat  bakteri  endofit terbaik  yang  memiliki  kombinasi    kemampuan antiquorum    sensing C.  violaceumdan biokontrol terhadap Phytophthora sp.  dan Colletotrichum sp. adalah RK11, KA1, dan KA8.
[Kata kunci: antagonis, ahl laktonase, mikroorganisme unggul tanaman]
Christina  Oktora  Matondang,  Muklasin,  &  Loekas Soesanto
Potensi  ekstrak  kasar  metabolit  sekunder  yang dihasilkan
Trichoderma asperellum
dan Pseudomonas  fluorescens untuk  pengendalian antraknosa pada buah kakao (hlm. 87-95)
Penyakit antraknosa buah kakao merupakan salah satu  penyakit  penting  tanaman  kakao  dan  dapat menurunkan  hasil.  Pengendalian  penyakit  busuk antraknosa pada buah kakao telah banyak dilakukan tetapi  belum  berhasil  dengan  baik.  Penelitian  ini bertujuan  mengkaji  potensi  ekstrak  kasar  metabolit sekunder  yang  dihasilkan  oleh Trichoderma asperellum dan Pseudomonas  fluorescens tunggal atau gabungan dalam mengendalikan penyakit busuk antraknose buah kakao di kebun kakao rakyat di Desa Silo  Bonto,  Kabupaten  Asahan,  Provinsi  Sumatera Utara.  Ekstrak  kasar  metabolit  sekunder  yang diaplikasikan adalah dalam bentuk konidium atau sel T.  asperellum dan P.  fluorescens .  Rancangan  acak kelompok digunakan untuk menguji empat perlakuan yaitu ekstrak kasar metabolit sekunder T. asperellum + P.  fluorescens , T.  asperellum , P.  fluorescens ,  dan kontrol,  yang  diulang  enam  kali.  Parameter pengamatan  adalah  jumlah  buah  sehat  dan  sakit (busuk buah antraknosa). Hasil penelitian menunjukkan bahwa ekstrak kasar metabolit sekunder T. asperellum , P. fluorescens , dan T. asperellum + P. fluorescens menurunkan  jumlah  buah  sakit  masing- masing  sebesar  94,71;  89,09;  dan  92,09% dibandingkan kontrol . Peningkatan jumlah buah sehat pada  aplikasi  ekstrak  kasar metabolit  sekunder T. asperellum , P.  fluorescens ,  dan T.  asperellum  + P. fluorescens masing-masing sebesar 52,68; 54,20; dan 54,18%.
[Kata kunci: busuk  buah  antraknosa,  mikroba antagonis, senyawa bioaktif, uji lapangan]
p-ISSN: 0125-9318
www.mp.iribb.org

## Menara Perkebunan

## Volume 91, No 1. April 2023

## Abstract Sheet
Hayati  Minarsih,  Fauziatul  Fitriyah,  Annisa  Aulya Aksa,  Turhadi,  Deden  Sukmadjaya  &  Sustiprajitno Sustiprajitno
Transformation  of  DHN1  gene  and  DHN  promoter constructs  into  sugarcane  calli,  regeneration  of  the calli, and acclimatization of theplantlets (page. 1-13)
Dehydrin  is  known  to  have  an  important  role  in plant  response  and  adaptation  to  abiotic  stresses including drought and high salinity. Previous research reported  the  isolation  of  the  full-length  coding sequence (CDS) of DHN1 from sugarcane var. PSJT 941, and it shares a high homology with DHN genes from  sorghum  and  other  sugarcane  varieties.  In  this study,  the  full-length  CDS  was  cloned  under  the constitutive CaMV35S promoter and transformed into sugarcane  calli  mediated  by Agrobacterium tumefaciens .  The  DHN  promoter,  Pr-1DHNSo,  was also  successfully  isolated  from  the  sugarcane  var. PSJT  941  and  cloned  into  the  pBI121  expression vector.  The  promoter  construct  was  subsequently transformed  into  sugarcane  calli  of  var.  Kidang Kencana. Transgenic sugarcane carrying DHN1 gene and  DHN  promoter  constructs  were  regenerated according to the standard protocol of sugarcane tissue culture.  Optimization  of  an  acclimatization  protocol using  modified  post-rooting  media  was  also conducted and the resulting protocol reduced the total mortality  rates  of  the  transformed  plantlets.  The presence  of  the  gene  and  promoter  constructs  was periodically tested by PCR using specific primers. The genotyping  results  showed  that  the  constructs  were present for more than a year after transformation.
[Keywords:  drought  stress,  dehydrin,  promoter region, sugarcane calli, acclimatization] Misri  Gozan,  Fita  Sefriana,  Yemirta  &  Muhammad Arif Darmawan
Effect  of  enzymatic  hydrolysis  and  nitrogen  on Saccharomyces cerevisiae β-glucan production from Manihot utilissima and Maranta arunadinacea waste (page. 14-24)
This  experiment  utilised  cassava  ( Manihot utillissima) and  arrowroot  ( Maranta  arunadinacea) wastes  as  the  medium  of  propagation  of Saccharomyces  cerevisiae to  produce  β-glucan.  The amyloglucosidase hydrolysed the waste, followed by fermentation  in  the  nitrogenous  medium  by S. cerevisiae .  The  β-glucan  pellet  was  extracted  using 2%  NaOH  alkaline  solution  at  90°C  for  5  hours, followed by a series of centrifugation processes. The highest  glucose  concentration  from  hydrolysis resulted  from  adding  57.5  mg  amyloglucosidase enzyme for arrowroot waste with 95.93% conversion and  50  mg  enzyme  for  cassava  waste  with  64.70% conversion.  The  highest  amount  was  obtained  for producing S. cerevisiae by adding 4.75 g peptone to all  samples.  The  optimum  number  of  cells  was obtained  at  1.61  x  10 8 colonies  at  t  =  48  hours  for
arrowroot waste and 8.55 x 10 7 colonies at t = 48 hours for  cassava  waste.  For  β-glucan  production,  the highest  number  was  obtained  by  using  3.99  g  of peptone for cassava waste with a yield of 1.20% and by using 4.75 g of peptone for arrowroot waste with a yield  of  1.23%.  For  β-  glucan  pellet,  the  highest number  was  1.77  g  L -1 (0.18  %  b/v)  from  cassava waste  medium  and  1.91  g  L -1 (0.19%  b/v)  from arrowroot  waste.  Mutant  cells  in  the  Yeast  Extract– Peptone–Glycerol  (YPG)  medium  produced  6.56  g L -1 (0.66% b/v) β-glucan pellet, while wild-type cells in  the  similar  medium  produced  1.84  g  L -1 (0.18% b/v).
[Keywords:  amyloglucosidase,  arrowroot  waste, cassava waste, pellet]
Masna  Maya  Sinta,  Rizka  Tamania  Saptari,  Imron Riyadi & Sumaryono
Optimization of culture system and media for the in vitro shoot growth of oil palm  (page. 25-35)
Optimization of in vitro shoot growth is necessary to shorten the culture time and produce vigorous oil palm  plantlets.  This  research  was  conducted  to determine  the  best  media  and  culture  techniques  to accelerate in vitro shoot growth of oil palm. Shoots of oil  palm  derived  from  somatic  embryogenesis  were grown on DF media with two culture systems (solid medium  and  double-layer)  combined  with  hormone treatments (0.5-1 mg L -1 giberellin/GA3 and 0.5 mg. L -1 Benzyl amino purine/BAP or thidiazuron/ TDZ). Further  optimization  was  conducted  using  different bottle closures (polypropylene screw caps and plastic wraps)  and  macronutrients  (standard  or  double concentrations). This research was conducted using a completely  randomized  design  (CRD),  with  each treatment consisting of 5 bottle replications and each bottle consisting of 5 shoots. The results showed that media with double-layer system combined with GA3 (0.5-1 mg L -1 ) and TDZ (0.5 mg L -1 ) gave the highest shoot  height  increment.  The  use  of  double-  strength macronutrient media combined with screw bottle caps increased  shoot  height  (136-167  %)  and  decreased shoot tip necrosis (0-24 %). Plastic wrap bottle caps increased  shoot  tip  necrosis  (STN),  while  doubling macronutrients reduced STN. The growth of oil palm shoots began to slow down after 5 weeks of culture. In conclusion, the optimal conditions for in vitro shoot growth  of  oil  palm  were  at  usage  of  double-layer media  added  with  GA3  0.5-1  mg  L -1 ,  TDZ  0.5  mg L -1 ,  and  double  macronutrients  on  bottle  jars  with polypropylene screw caps.
[Keywords:  double-layer,  GA3,  macronutrients, bottle cap, thidiazuron]
Michael  Silaen,  Erliza  Noor &  Mulyorini Rahayuningsih
Improvement of purification process of stevia extract by  combination  of  microfiltration  and  ultrafiltration (Page. 36-48)
Microfiltration and ultrafiltration are used for the purification  process  of  stevia  extract  to  retain steviosides and remove tannins. The main objective of this study was to obtain the operating conditions for the purification process of stevia extract that resulted in  the  lowest  stevioside  rejection  and  highest  tannin rejection.  The  purification  process  of  stevia  extract using  microfiltration  membrane  was  carried  out  at transmembrane  pressure  (1.20,  1.40,  1.65,  1.80,  and 1.90 bar), cross flow velocity (0.04, 0.06, and 0.11 m s -1 ), and stevioside concentration of feed (7.12, 10.25, 14.03, and 18.47 g L -1 ). The stevia extract purification process used ultrafiltration membrane at transmembrane  pressure  (1.20,  1.40,  1.65,  1.80,  and 1.90 bar), cross flow velocity (0.06, 0.09, and 0.12 m s -1 ),  and  stevioside  concentration  of  feed  (4.59  and 10.36  g  L -1 ).  The  first  step  purification  process  was carried out using a microfiltration membrane and the resulting  permeate  was  used  as  feed  for  the ultrafiltration  process.  The  second  step  purification process  was  carried  out  using  an  ultrafiltration membrane.  The  best  operating  conditions  of  the microfiltration  process  were  feed  stevioside concentration  of  14.03  g  L -1 at  a  transmembrane pressure of 1.90 bar and a cross flow velocity of 0.11 m s -1 with a permeate flux of 82.90 L m -2 h -1 . The best operating conditions of the ultrafiltration process used a feed stevioside concentration of 10.36 g L -1 with a permeate flux of 26.51 L m -2 h -1 at a transmembrane pressure of 1.90 bar and a cross flow velocity of    0.12 m s -1 . The microfiltration and ultrafiltration processes resulted  in  total  stevioside  rejection  of  59.52  %  and total tannin rejection of 57.99 %.
[Keywords:  microfiltration,  purification  process, stevioside, ultrafiltration]
Firda Dimawarnita, Yora Faramitha & Erliza Hambali
Stability  of  B50  biodiesel  added  with  glycerol  ester additive based on palm oil oleic acid (Page. 49-58)
Biodiesel in Indonesia is a mixture of Fatty Acid Methyl Ester (FAME) and diesel oil. Mixing FAME and diesel oil is challenging since FAME is separated from  diesel  oil  at  low  temperatures.  Changes  in  the physico-chemical  properties  of  biodiesel  during storage  decrease  biodiesel  quality  due  to  dissolved oxygen,  potentially  damaging  the  engine.  Using glycerol ester (GE) as an additive can be an alternative solution  to  tackle  that  problem.  This  research examined  the  stability  of  GE-added  biodiesel.  As  a comparison, commercial diethyl ether (DEE) additive was  used.  The  concentration  of  additive  added  to biodiesel varied at 1000, 2000, and 3000 ppm while the  storage  temperature  varied  at  12,  25,  and  42℃. The  stability  of  biodiesel  was  evaluated  for  three months  by  measuring  the  acid  value,  viscosity, corrosion rate, and water content. The acid values of the various types and concentrations of additives still meet  the  SNI  7182-2015  standard  (0.5  mg  KOH  g -1 sample) with a value range of 0.148- 0.392 mg KOH g -1 sample. Kinematic viscosity had a value range of 3.12-3.58  cst,  which  also  meets  the  SNI  7182-2015 standard (2.3-6 cst). The highest corrosion rate for GE
and DEE was in the first week, with values of 0.447 and  0.261  mpy,  respectively.  Both  B50  biodiesel control and the addition of 1000 ppm GE had the same water  content  value  on  the  18 th day,  which  was 0.046%,  and  this  value  was  considered  the  highest water  content.  This  means  adding  an  additive  can maintain the water content in B50 biodiesel. Overall, GE  additives  in  B50  biodiesel  with  various concentrations comply with SNI 7182-2015 standard.
[Keywords:  acid  value,  corrosion  rate,  physico- chemical properties, viscosity, water content] Ainia  Hanafitri,  Laksmi  Ambarsari  &  Nisa Rachmania Mubarik
Protein modelling and molecular docking analysis of β-glucanase enzyme isolate of Bacillus subtilisW3.15 (page 59-71)
The β-glucanaseenzyme is an enzyme protein that can hydrolyze β-glucan, one of the main components of  the  fungal  cell  wall.  This  enzyme  protein  is produced  by  several  bacteria,  one  of  which  is B. subtilis.  The  three-dimensional  (3D)  structure  of proteins  is  necessary  tounderstand  their  properties and  functions  of  proteins.  Enzyme  proteins  can  be analyzed  for  their  structure  and  function  using  in silico  method.  This  study  aims  to  detect  the  β- glucanase gene from B. subtilisW3.15 and analyze it using  the  in  silico  method.  The  methods  in  this research    are    homology    modeling    and    molecular docking analyses. Modeling was carried out using the SWISS-MODEL  server  and  docking  analysis  using the  PLANTS    1.1    program.    Modeling    the    β- glucanase enzyme  is  based  on  the  template  of  the β-glucanase enzyme  protein  model  with  PDB  code 3o5s.  The results of sequence alignment and model visualization  were  quite  good  as  indicated  by  the model  having  a  Ramachandran    Plotvalue    in    the favored  area  of 91.10%, a MolProbity score of 0.95, and a QMEAN value of 0.90 ± 0.06. The β-glucanase enzyme  model  was  then  docked  using  the PLANTS1.1 program with native ligand B3P, 1,4-β- D-Glucan, D-glucose, β-D-Glucan  from  oats,  and N-Acetyl    glucosamine.    The  results  of  docking analysis showed that the β-glucan ligand (β-D-glucan from  oats)  used  as  a  substrate  in  the  cultivation  of isolate B. subtilisW3.15 had a better binding energy prediction value compared to the B3P ligand,  which is  a  natural  ligand  in  the  template proteins.
[Keywords:  β-Glucan,  β-D-Glucan  from  oat,  ligand, PLANTS  1.1, 3D  structure,  SWISS-MODEL] Grace  Wijaya,  Agustin  Krisna  Wardani  &  Deden Dewantara Eris
Biocontrol activity of endophytic bacteria from cocoa against Phytophthora sp.  and Colletotrichum sp. (page. 72-86)
Cocoa  ( Theobroma  cacao L.)  and  chili  pepper ( Capsicum  annuum L.)  are  commonly  cultivated  by farmers,  and  in  some  cases,  both  crops  are  grown together    in    intercropping    systems.    The    main pathogen    infected    cocoa    is    the Phytophthora sp. fungus, which causes fruit rot, stem cancer, and leaf blight, while Colletotrichum sp. causes anthracnose in chili    pepper    plants.    The    ability    of    endophytic
bacteria  to  inhibit  the  growth  of  fungi  and  bacterial pathogens    is    well    known.    In    this    study,    the biocontrol  ability  of  endophytic  bacteria  against fungal    pathogens    was    tested,    and    a  biocontrol preliminary  test  was  also  observed  by  examining their  potential  inhibition    on Chromobacterium violaceum called      antiquorum      sensing      test. Endophytic    bacteria    were    isolated    from    cocoa plants, while Phytophthora and Colletotrichum were isolated  from cocoa  and  chili  pepper  plants  that showed symptoms of fruit rot and anthracnose. A total of    34    endophytic    bacterial    isolates    were successfully  obtained,  with  10  isolates  from  leaves (DK),  12  isolates  from  branches  (RK),  and  12 isolates  from  roots  (KA)  of  cocoa  plant  ICCRI  4. Sixteen  isolates  showed  quorum  sensing  ability, which  AHL  degradation  index  ranging  from  0.44  – 1.56.  Antagonistic  tests  showed  that  11  out  of  16 isolates  had  strong  antibiosis  against Phytophthora sp., with inhibition zones ranging from 0.6-1.35 cm. Meanwhile,    10    out    of    16    isolates    had    strong antibiotics    against  Colletotrichumsp.,    with    clear zones  ranging  from  0.6 –1.1  cm.  The  three  best endophytic bacterial isolates that had a combination of antiquorum  sensing  ability  on C.  violaceum and biocontrol      against Phytophthora sp.      and Colletotrichum sp. were RK 11, KA 1, and KA 8.
[Keywords:  antagonist,      ahl      lactonase,      plant beneficial microorganism]
Christina  Oktora  Matondang,  Muklasin,  &  Loekas Soesanto
Potency  of  secondary  metabolite  crude  extracts produced by Trichoderma asperellum and
Pseudomonas fluorescens for anthracnose controle in cocoa pod (page. 87-95)
Cocoa pod anthracnose is an important disease of cocoa and can reduce yields. Many attempts have been made to control anthracnose rot disease on cocoa pods but  have  not  been  successful.  This  study  aims  to examine  the  potency  of  secondary  metabolite  crude extracts  produced  by Trichoderma  asperellum and Pseudomonas fluorescens alone or in combination in controlling anthracnose rot disease of cocoa pods in the  field  at  Silo  Bonto  Village,  Asahan  Regency, North Sumatera Province. The secondary metabolite crude extracts was prepared by the form of conidia or T. asperellum and P. fluorescens cells. A randomized block design was used to assessed four treatments i.e. T.  asperellum + P.  fluorescens , T.  asperellum ,  P . fluorescens secondary  metabolite  crude  extracts  and control,  which  was  repeated  six  times.  The observation  parameters  were  the  number  of  healthy and diseased fruits (anthracnose fruit rot). The results showed that the secondary metabolite crude extracts of T. asperellum , P. fluorescens , and T. asperellum + P. fluorescens reduced the number of diseased fruits by 94.71, 89.09, and 92.09% compared to the control respectively. The increasing of  healthy fruits number in  the  application  of  secondary  metabolite  crude extracts  of T.  asperellum , P.  fluorescens ,  and  T . asperellum + P.  fluorescens was  52.68,  54.20,  and 54.18%, respectively.
[Keywords:  anthracnose  pod  rot,  antagonistic microbes, bioactive compound, field tests]
ISSN 0125-9318 (Versi cetak) ISSN 1858-3768 (Versi elektronik ) Menara Perkebunan Volume 91, No.1 2023

## DAFTAR ISI CONTENTS
Hasil Penelitian ( Research Reports )
Transformation of DHN1 gene and DHN promoter constructs into sugarcane calli, regeneration ( Transformasi  konstruk  gen  DHN1  dan  promoter  DHN  ke  kalus  tebu, regenerasikalus,dan aklimatisasiplanlet )- Hayati Minarsih, Fauziatul Fitriyah, Annisa Aulya Aksa, Turhadi, Deden Sukmadjaya & Sustiprajitno..........................................................................................................
Effect  of  enzymatic  hydrolysis  and  nitrogen  on Saccharomyces  cerevisiae β- glucan production from Manihot utilissima and Maranta arunadinacea waste ( Efek hidrolisis enzimatis dan nitrogen pada produksi β-glukan Saccharomyces cerevisiae dari onggok Manihot utillissima dan Maranta arunadinacea )- Misri Gozan, Fita Sefriana, Yemirta & Muhammad Arif Darmawan…………………...
Optimasi sistem kultur dan media untuk peningkatan tinggi tunas in vitro kelapa sawit ( Optimization of culture system and media for the in vitro shoot growth of oil palm ) – Masna Maya Sinta, Rizka Tamania Saptari, Imron Riyadi & Sumaryono
Improvement  of  purification  process  of  stevia  extract  by  combination  of microfiltration and ultrafiltration ( Peningkatan  proses  pemurnian  ekstrak  stevia  menggunakan  kombinasi mikrofiltrasi  dan  ultrafiltrasi ) - Michael  Silaen,  Erliza  Noor &  Mulyorini Rahayuningsih……………………………………………………………………
Stability of B50 biodiesel added with glycerol ester additive based on palm oil oleic acid ( Stabilitas biodiesel B50 yang ditambahkan aditif gliserol ester berbasis asam oleat sawit )-  Firda Dimawarnita, Yora Faramitha & Erliza Hambali……………
Pemodelan  protein  dan  analisis  molecular  docking  enzim  β-glukanase  isolat Bacillus subtilis W3.15 ( Protein  modelling  and  molecular  docking  analysis  of  β-glucanase  enzyme isolate of Bacillus subtilis W3.15 ) -    Ainia Hanafitri, Laksmi Ambarsari & Nisa Rachmania Mubarik……………………………………………………………..
Biocontrol activity of endophytic bacteria from cocoa against Phytophthora sp. and Colletotrichum sp.
( Aktivitas biokontrol bakteri endofit asal tanaman kakao terhadap Phytophthora sp. dan Colletotrichum sp ) - Grace Wijaya, Agustin Krisna Wardani & Deden Dewantara Eris…………………………………………………………………..
Potensi  ekstrak  kasar  metabolit  sekunder  yang  dihasilkan Trichoderma asperellum dan Pseudomonas fluorescens untuk pengendalian antraknosa pada buah kakao
(Potency  of  secondary  metabolite  crude  extracts  produced  by Trichoderma asperellum and Pseudomonas fluorescens for anthracnose controle in cocoa pod) - Christina Oktora Matondang, Muklasin, & Loekas Soesanto………………….
Halaman 1-13 14-24
25-35 36-48 49-58 59-71 72-86 87-95