## | Jurnal Pengabdian Masyarakat
Volume 04, Nomor 01, Februari 2021
ISSN : 2622-6766 ( online ) DOI   : https://doi.org/10.32938/bc.v4i1/893

## PELATIHAN TEKNISILABORATORIUM BIOMOLEKULER KESEHATAN MASYARAKAT PROVINSI NTT UNTUK PERSIAPAN PENANGANAN SAMPEL COVID-19 SECARA POOLED-TEST
Stormy Vertygo 1) , Fainmarinat S. Inabuy 2) , Alfredo Kono 3) , Ermi Ndoen 3) , Dominggus Elcid Li 3)
Politeknik Pertanian Negeri Kupang 1)
Universitas Udayana 2)
Forum Academia NTT 3)
email: svertygo91@gmail.com 1)

## Abstrak
Dengan semakin meningkatnya kasus terkonfirmasi positif COVID-19 di wilayah provinsi Nusa Tenggara Timur (NTT), suatu metode pemeriksaan diagnostik yang dapat menganalisa sampel dalam jumlah  banyak dengan  waktu  singkat menjadi  sangat imperatif  untuk  dilakukan.  Menyikapi hal ini, sejumlah  putra-putri  NTT  yang  tergabung  dalam  organisasi  Forum  Academia  NTT  (FAN) memprakarsai  penerapan  metode pooled-test untuk  analisa  diagnostiksampel  COVID-19  yang diharapkan dapat mengoptimalkan program pemerintah dalam mempercepat penanganan penyakit ini di  wilayah  NTT.  Pada  Maret  2020  lalu,  sebanyak  13  teknisi  laboratorium  (laboran)  telah  berhasil diseleksi  yang  akan  ditempatkan  pada  Laboratorium  Biomolekuler  Kesehatan  Masyarakat  Provinsi NTT, khususnya untuk menjalankan prosedur analisis sampel menggunakan metode tersebut di atas. Akan tetapi, sebelum para laboran ini siap beraktivitas, diperlukan suatu pelatihan khusus yang dapat membekali  mereka  dengan  kompetensi  dan  keterampilan  dasar  yang  diperlukan.  Pada  Juni  2020, pelatihan Biomolekuler tahap I telah dilaksanakan yang memiliki maksud dan tujuan tersebut. Topik pelatihan yang diajarkan berupa: Pengenalan Biosafety Lab dan Biosafety Cabinet , Teknik Penggunaan Mikropipet, Teknik Analisis DNA/RNA menggunakan metode Elektroforesis, Nano- Spektrofotometer, PCR dan qPCR, serta Pengenalan metode Pooled-test . Berdasarkan hasil observasi, para peserta dianggap telah cukup menguasai berbagaiteknik Biomolekuler Dasar yang diajarkan yang diharapkan  dapat  berkontribusi  terhadap  hasil  penanganan  analisis  sampel  yang  lebih  akurat, terpercaya dan dapat dipertanggungjawabkan.
Kata Kunci: Pelatihan, Teknisi Laboratorium, Biomolekuler Dasar, COVID-19, Pooled-test

## Abstract
With the increasing number of positive confirmed cases of COVID-19 in East Nusa Tenggara (NTT) province, a diagnostic test method that could analyze large numbers of samples in a short time is becoming imperative. In response to this, several NTT subjects from NTT Academia Forum (FAN) have  initiated  the  application  of  pooled-test  method  for  handling  diagnostic  analysis  of  COVID-19 samples  which are expected to optimize government’s program in accelerating the handling of this disease  in  NTT  region.  In  March  2020,  13  laboratory  technicians  were  successfully  selected  to  be placed  in  the  Biomolecular  Laboratory  of  Public  Health  in  NTT  Province,  especially  to  carry  out
Dikirim: 02-01-2021
Direvisi: 25-01-2021
Diterbitkan: 28-02-2021

## | Jurnal Pengabdian Masyarakat
Volume 04, Nomor 01, Februari 2021
ISSN : 2622-6766 ( online ) DOI   : https://doi.org/10.32938/bc.v4i1/893
sample analysis procedure using such method. Before these technicians are ready to work, a special training is  needed that can equip them  with necessary basic competencies and  skills.  In June 2020, Phase  I Biomolecular training  was  carried out  which such aims and objectives.  The training topics taught  were:  Introduction  to  Biosafety  Lab  and  Biosafety  Cabinet,  MicropipettingTechnique, DNA/RNA Analysis using Electrophoresis, Nano-Spectrophotometer, PCR and qPCR, and Pooled-test method. Based on observations, the participants had sufficiently mastered various Basic Biomolecular techniques  which were expected to contribute to handling more accurate, reliable, and accountable sample analysis results.
Key Words: Training, Laboratory Technicians, Basic Biomolecular, COVID-19, Pooled-test

## PENDAHULUAN
Setelah  dideklarasikan sebagai  pandemi  oleh Organisasi  Kesehatan Dunia  PBB  (WHO)  pada Maret  2020  lalu, Coronavirus  Disease2019 atau  Penyakit  Koronavirus  2019  (COVID-19)  dengan sekejap telah mengubah tatanan kehidupan manusia baik individual maupun sosial secara global ( WHO Western  Pacific  |  World  Health  Organization ,  2020).  Dampak  yang  begitu  signifikan  dari penyebaran penyakit ini telah dirasakan pada hampir segala aspek kehidupan masyarakat mulai dari bidang ekonomi, politik, pendidikan, telekomunikasi hingga mode (Chakraborty  &  Biswas,  2020; Herrera et al., 2020; Prawoto et al., 2020). Penyakit ini disebabkan oleh virus zoonotik, severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2), yang diduga berasal dari hewan kelelawar dan trenggiling yang umumnya dipasarkan pada pasar hewan di Wuhan, China, lokasi di mana penyebaran penyakit ini bermula (Mackenzie  &  Smith, 2020). Virus ini juga merupakan varian baru dari virus SARS-CoV-1 penyebab penyakit severe acute respiratory syndrome (SARS) atau sindrom pernapasan akut berat yang pernah menjadi pandemi pada tahun 2002-2004 silam (Shereen et al., 2020).
Di Indonesia sendiri, angka penderita COVID-19 dan laju mortalitasnya kian meningkat dari hari ke hari yang memaksa pemerintah untuk memperpanjang masa penguncian ( lockdown ) di beberapa daerah dengan semakin memperketat kebijakan Pembatasan Sosial Berskala Besar (PSBB) khususnya di  tempat-tempat  umum  (dob,  2020).  Meskipun  kasus  COVID-19  di  NTT  terjadi  kemudian  bila dibandingkan dengan provinsi lainnya di Indonesia, akan tetapi angka penderita yang terkonfirmasi positif pun kian menanjak. Berdasarkan data dari Gugus Tugas Percepatan Penanganan COVID-19 NTT per tanggal 31 Desember 2020, total kasus yang terkonfirmasi positif berjumlah 2171 orang dengan 50 orang di antaranya meninggal dunia  ( COVID-19 NTT - Sebaran Data , 2021). Dengan mempertimbangkan cakupan  luas  geografis  dan  dinamika  sosio-kultural  masyarakat  NTT,  penyebaran  penyakit  ini diasumsikan  dapat  semakin  meningkat  apabila  tidak  ada  komitmen  penuh  dari  tiap  individu  untuk mematuhi protokol kesehatan yang telah ditetapkan pemerintah. Selain itu, karena penyebaran virus ini yang sangat cepat dan tak terlihat, maka diperlukan pula suatu bentuk metode pemeriksaan yang dapat menganalisis sampel dengan jumlah banyak dalam waktu singkat sehingga proses penanganan lebih lanjut, baik yang bersifat kuratif maupun preventif dapat dilakukan secara lebih efektif dan efisien.
Metode  pemeriksaan  secara  berkelompok  atau  yang  dikenal  dengan  istilah  “ pooled-test ” merupakan suatu teknik pemeriksaan diagnostik yang menggabungkan sampel beberapa individu ke dalam  satu  kelompok  ( pool )  sebelum  dilakukannya  proses  analisis  lebih  lanjut  (Denny,  2020).

## | Jurnal Pengabdian Masyarakat
Volume 04, Nomor 01, Februari 2021
ISSN : 2622-6766 ( online ) DOI   : https://doi.org/10.32938/bc.v4i1/893
Implementasi metode ini dinilai dapat menangani sampel dengan ukuran yang besar khususnya terkait penanganan berbagai penyakit menular ( infectious diseases ) (Deckert  et  al.,  2020). Saat ini, metode pooled-test telah diterapkan dalam analisis sampel untuk penyakit-penyakit seperti HIV/AIDS, klamidia, dan kencing nanah (gonorrhea) (Sultan et al., 2016).Selain itu, teknik ini dapat pula menghemat biaya analisis karena penggabungan sampel yang dilakukan hanya akan membutuhkan perangkat analisis ( kit ) yang setara dengan analisis untuk 1 sampel saja dengan tingkat keakuratan yang minimal sama (Health, 2020). Dengan mempertimbangkan aspek-aspek yang telah disebutkan tersebut, metode diagnostik ini dinilai dapat diterapkan terhadap analisis sampel COVID-19 karena sesuai dengan tujuan dan urgensinya saat ini. Di NTT, penerapan metode pooled-test diprakarsai oleh Fainmarinat Inabuy dan Dominggus Elcid Li yang kemudian mengusulkan proposal tersebut kepada Pemerintah Provinsi dan mendapatkan dukungan penuh serta sentimen positif dari pihak-pihak lainnya.
Sebelum metode ini dapat dijalankan, diperlukan dukungan berupa laboratorium dengan fasilitas yang  menunjang  yang  dilengkapi  pula  dengan  sumber  daya  manusia  berupa  teknisi  laboratorium (laboran)  dengan  pengetahuan  dan  keterampilan  pada  level  Biomolekuler  yang  relevan.  Perekrutan terhadap laboran dengan kriteria seperti ini telah dilakukan sebelumnya dan berhasil terjaring sebanyak 13 orang. Tujuan dari pelatihan ini adalah untuk selanjutnya membekali dan mengasah keterampilan laboran-laboran  yang  terjaring  tersebut,  sebelum  ditempatkan  pada  Laboratorium  Biomolekuler Kesehatan Masyarakat Provinsi NTT untuk menangani sampel COVID-19 secara pooled-test . Dengan demikian, keterampilan yang didapatkan selama proses pelatihan ini dapat berkontribusi dalamperolehan hasil interpretasi laboratorium yang akurat, terpercaya dan dapat dipertanggungjawabkan.

## METODE
Pelatihan dilakukan selama enam hari dari tanggal 15 hingga 20 Juni 2020 dengan peserta pelatihan merupakan teknisi (laboran) hasil perekrutan lembaga Forum Academia NTT (FAN) dan Institute of Resource Governance and Social Change (IRGSC) Kupang sejumlah  13  orang  dengan  latar  belakang  pendidikan  dan  keterampilan  yang  sesuai. Laboran-laboraninikemudian  akan  ditempatkan  pada  Laboratorium  Biomolekuler Kesehatan Masyarakat (KesMas) Provinsi NTT, khususnya dalam penanganan analisis sampel swab COVID-19  dengan  menggunakan  metode pooled-test .  Pada  saat  itu, laboratorium  Biomolekuler  yang  dimaksud  masih  dalam  tahap  perencanaan  untuk dibangun,  sehingga  proses  pelatihan  dilaksanakan  di  laboratorium  Bioteknologi Pertanian, jurusan Tanaman Pangan dan Hortikultura (TPH), Politeknik Pertanian Negeri Kupang (Politani Kupang).
Topik-topik  pelatihan  memiliki  cakupan  di  bidang  Biomolekuler  yang  dapat membekali para laboran dalam menjalankan berbagai aktivitas di lab khususnya terkait analisis sampel COVID-19, di antaranya: Pengenalan dan Penggunaan Biosafety Lab dan Biosafety  Cabinet ,  Teknik  Penggunaan  Mikropipet,  Teknik  Analisis  DNA/RNA menggunakan  metode  Elektroforesis,  Nano-Spektrofotometer,  PCR  dan  qPCR, Pengenalan konsep analisis sampel COVID-19 menggunakan metode Pooled-test serta

## | Jurnal Pengabdian Masyarakat
Volume 04, Nomor 01, Februari 2021
ISSN : 2622-6766 ( online ) DOI   : https://doi.org/10.32938/bc.v4i1/893
diskusi  singkat  mengenai  perkembangan  wabah  COVID-19  di  NTT  dalam  perspektif epidemiologi. Pelatihan diawali dengan penjelasan singkat secara teoritis yang kemudian diikuti  dengan  pendalaman  praktis  menggunakan  alat,  bahan  serta  fasilitas  yang  telah tersedia dalam laboratorium.

## HASIL DAN PEMBAHASAN
1. Pengenalan Biosafety Lab dan Biosafety Cabinet
Sebagai  pengantar,  para  peserta  diperkenalkan  terlebih  dahulu  dengan  konsep Biosafety  Lab yang  merupakan  serangkaian  protokol  yang  terintegrasi  di  dalam laboratorium  yang  memiliki  fungsi  proteksi  terhadap  kontaminasi  mikroorganisme patogen tidak hanya bagi personil lab, tetapi juga terhadap lingkungan internal maupun eksternal lab (World Health Organization, 2004). Para peserta diberikan pemahaman akan pentingnya bekerja di dalam laboratorium yang harus menganut dan menerapkan prinsip- prinsip Biosafety (minimal  Biosafety  Lab  level-2),  khususnya  dalam  hal  penanganan sampel  COVID-19  (Mcleod,  2010).  Selain  itu,  Biosafety  kabinet  sebagai  salah  satu fasilitas  utama  dalam  Biosafety  Lab  juga  dijelaskan  yang  akan  berguna  selama  teknis pengerjaan  sampel  nantinya  (khususnya  saat  ekstrasi  material  genetik  virus)  sehingga akan menghasilkan kualitas sampel yang baik untuk interpretasi hasil analisis yang akurat (Sapkota, 2020).

## 2. Teknik Penggunaan Mikropipet
Peserta  diperkenalkan  dengan  alat  Mikropipet,  bagian-bagian  beserta  fungsinya. Miropipet  merupakan  apparatus  laboratorium  yang  berfungsi  untuk  mengambil  dan memindahkan suatu larutan atau cairan dengan skala volume yang sangat kecil (kurang dari 1000 µL). Terdapat berbagai jenis mikropipet berdasarkan ukuran skala volumenya. Pada pelatihan ini, para laboran menggunakan 4 jenis mikropipet dengan rentangan skala yang berbeda yaitu (SEP, n.d.):
P10 dengan skala      : 0.5 – 10 µL P20 dengan skala      : 2 – 20 µL P200 dengan skala    : 20 – 200 µL P1000 dengan skala: 200 – 1000 µL
Dengan  muara  pelatihan  ini  yang  berakhir  pada  pelaksanaan pooled - test untuk pendeteksian  COVID-19,  penggunaan  mikropipet  merupakan  topik  yang  dibahas  pada hari  pertama  sebagai  salah  satu  kompetensi  dasar  awal  yang  dibutuhkan.  Hal  ini dikarenakan oleh kesalahan dalam teknik pemipetan akan dapat memberikan implikasi sistemik  pada  analisis  tahap-tahap  lanjutan  selama pooled - test .  Pada  dasarnya,  para peserta telah mengetahui cara menggunakan mikropipet dalam hal kalibrasi skala volume, pengambilan dan pemindahan cairan/larutan, akan tetapi perlu dilakukan penguatan dan

## | Jurnal Pengabdian Masyarakat
Volume 04, Nomor 01, Februari 2021
ISSN : 2622-6766 ( online ) DOI   : https://doi.org/10.32938/bc.v4i1/893
pembiasaan  kembali  keterampilan  penggunaannya  secara  baik  dan  benar.  Secara  lebih mendetail, prosedur pengaturan mikropipet dapat dilihat pada Gambar 1. di bawah ini.

## Gambar 1. Kartu Protokol Mikropipet (Sumber: SEP, n.d.)
Pada Sesi 2), peserta dilatih teknik pengambilan sampel larutan baik dalam bentuk encer  (berupa  akuades)  dan  kental  (berupa  gliserol  50%  dan  100%)  dengan  dasar pertimbangan bahwa kedua bentuk larutan ini akan memerlukan teknik pengambilan yang berbeda (Gambar 2.). Khusus untuk pengambilan larutan kental, setelah selesai menarik tombol penekan ( plunger button ) mikropipet, umumnya harus menunggu beberapa detik terlebih dahulu sebelum mikropipet dipindahkan ke wadah berikut, karena larutan kental umumnya  membutuhkan  waktu  yang  lebih  lama  untuk  tertarik  ke  dalam  tip.  Hal  ini penting sebab tentunya akan  sangat berpengaruh terhadap volume dan/atau konsentrasi akhir dari sampel yang diambil nantinya. Selain itu, konsistensi selama pemipetan juga diasah  melalui  pengambilan  setiap  sampel  cairan/larutan  (akuades,  gliserol  50%  dan 100%)  sebanyak  sepuluh  kali  (10×)  dan  diukur  massanya  dengan  timbangan  analitik. Berdasarkan evaluasi, 70% peserta telah dapat memipet dengan volume yang cukup sama pada  10  kali  pemipetan  pertama,  yang  terlihat  dari  nilai  massa  yang  tertera  pada timbangan  analitik  yang  cenderung  konstan.  Akan  tetapi,  habituasi  penggunaan mikropipet ini terus dipantau secara intensif oleh para pelatih (pemateri) hingga seluruh
Commented [WU1]: Tampilkan  kalimat  rujukan gambar

## | Jurnal Pengabdian Masyarakat
Volume 04, Nomor 01, Februari 2021
ISSN : 2622-6766 ( online ) DOI   : https://doi.org/10.32938/bc.v4i1/893
peserta  (100%)  telah  lebih  terbiasa  menggunakannya  dan  dapat  mengambil  sampel dengan  volume  yang  konstan  setiap  kali  pemipetan  ( Using  a  Micropipette  - Diamantina Institute - University of Queensland , 2017).
Gambar 2. Teknik Penggunaan Mikropipet. Penjelasan teoritis (kiri), praktik oleh salah satu peserta pelatihan (kanan).
Selama pelatihan teknik pemipetan ini pula, beberapa hal turut ditekankan oleh para pemateri  di  antaranya:  meminimalisir  terbentuknya  gelembung  dalam  tip,  selalu memposisikan mikropipet dalam kondisi vertikal terlebih ketika tip dalam kondisi terisi, selalu  menggunakan  sarung  tangan  terutama  ketika  berhubungan  dengan  pengerjaan sampel RNA, mengusahakan untuk menggunakan dan mengambil larutan secara aseptis dan selalu mengembalikan skala mikropipet ke posisi volume maksimum setelah selesai digunakan ( maintenance ).

## 3. Isolasi Sampel RNA
Pada topik ini, peserta mempraktekkan prosedur pengisolasian RNA menggunakan protokol  standar  pengisolasian  SARS-CoV-2  yang  merupakan  jenis  virus  RNA.  Akan tetapi,  sebagai  contoh  model  pelatihan,  sampel  yang  digunakan  berupa  kultur  bakteri Lactobacillus sp. yang telah diremajakan ( refresh ) selama 24 jam (Gambar 3.). Sebelum dipraktekkan, para laboran diberikan pemahaman mengenai konsep dasar tentang materi genetik  (DNA  dan  RNA).  RNA  merupakan  molekul  kompleks  yang  berperan  dalam proses sintesis protein seluler dan sebagai penyimpan informasi genetik (menggantikan DNA)  pada beberapa strain virus.  Akan  tetapi,  bila  dibandingkan dengan  DNA,  RNA beruntai tunggal dan relatif lebih pendek dan tidak stabil ( DNA and RNA | Introduction to Chemistry , n.d.).

## | Jurnal Pengabdian Masyarakat
Volume 04, Nomor 01, Februari 2021
ISSN : 2622-6766 ( online ) DOI   : https://doi.org/10.32938/bc.v4i1/893

## Gambar 3. Praktik Isolasi RNA
Di dalam laboratorium, untuk mendapatkan RNA berkualitas tinggi dapat menjadi suatu  tantangan.  Alasan  utama  adalah  enzim  yang  mendegradasi  RNA,  ribonuklease (RNase)  terdapat  di  mana-mana  mulai  dari  kulit,  debu,  reagen  yang  digunakan  dan bahkan dari sampel itu sendiri. Dengan demikian, menciptakan lingkungan yang bebas RNase sangat penting ketika bekerja dengan sampel RNA. Beberapa cara atau pendekatan yang  dapat  dilakukan  untuk  menciptakan  lingkungan  kerja  yang  bebas  dari  RNAase misalnya: penggunaan sarung  tangan, pemakaian air  DEPC ( DEPC-treated  water )  dan reagen bebas RNAase, penambahan inhibitor RNA, teknik aseptik yang baik dan benar serta metode penyimpanan RNA yang efektif ( Working with RNA: Hints and Tips | Bioline | Meridian Bioscience , 2020).
Prosedur  pengisolasian  sampel  RNA  yang  dilakukan  saat  pelatihan  mengikuti protokol berikut (Qiagen, 2012):
1. Sarung tangan digunakan terlebih dahulu.
2. Kultur bakteri diambil dengan cara  sentrifugasi pada 5000 x g selama 5 menit pada suhu 4ºC (jangan gunakan lebih dari 1 x 10 9 bakteri). Supernatan dituang, dan dengan hati-hati dikeluarkan semua media yang tersisa dengan aspirasi. Jika sentrifugasi  akan  digunakan  nanti  dalam  prosedur  ini,  dipanaskan  hingga  20– 25ºC.
3. Volume Buffer RLT ditambahkan yang sesuai Vorteks selama 5-10 detik.
Jumlah bakteri Buffer RLT (µL) < 5 x 10 8 350 5 x 10 8 - 1 x 10 9 700
4. Suspensi ditempatkan ke dalam tabung sentrifugasi ( safe-lock tube ). Tambahkan dengan  reagen  yang  dapat  melisis  bakteri  (ex: TissueLyser )  dan  sentrifugasi dengan kecepatan maksimum selama 5 menit.
5. Disentrifugasi lagi pada kecepatan maksimum selama 10 menit lalu dipindahkan suspensi ke dalam tabung yang baru yang ukurannya minimal 2 x lebih besar dari ukuran volume Buffer RLT yang akan digunakan.

## | Jurnal Pengabdian Masyarakat
Volume 04, Nomor 01, Februari 2021
ISSN : 2622-6766 ( online ) DOI   : https://doi.org/10.32938/bc.v4i1/893
6. Volume supernatan yang ingin digunakan ditentukan, lalu ditambahkan ethanol 70%. Dengan volume yang sama dengan supernatan. Campuran dihomogenkan dengan pipetting ( up-down ). Jangan di-sentrifugasi.
7. Lisat ditransfer hingga 700 μL, termasuk endapan apa pun yang mungkin telah terbentuk ke kolom spin RNeasy yang ditempatkan ke dalam collection tube 2 ml. Ditutup dengan hati-hati, dan disentrifugasi selama 15 detik pada kecepatan ≥8000 x g (≥10.000 rpm). Flow-through dibuang.
8. Sebanyak 700 μL buffer RW1 ditambahkan ke dalam spin-column RNeasy dan campuran disentrifugasi (>10.000 rpm; 15 detik).
9. Cairan ( flow-through ) yang berada di tabung koleksi dibuang dan spin-column dipasang kembali pada tabung koleksi.
10. Sebanyak  500  μL  buffer  RPE  ditambahkan  ke  dalam  membran  spin-column RNeasy dan disentrifugasi (>10.000 rpm; 15 detik).
11. Cairan yang berada di tabung koleksi dibuang dan spin-column dipasang kembali pada tabung koleksi.
12. Sebanyak 500 μL buffer RPE ditambahkan ke dalam spin-column RNeasy dan campuran disentrifugasi (>10.000 rpm; 2 menit).
13. Cairan  yang  berada  di  tabung  koleksi  dibuang  dan  spin-column  dipasang  ke dalam tabung koleksi 2 mL yang baru.
14. Optional : Dapat disentrifugasi pada kecepatan maksimum selama 1 menit.
15. Sebanyak  30-50  μL  air  bebas  RNase  atau  air  yang  telah  diberi  DEPC ditambahkan ke filter membran spin-column dan disentrifugasi (>10.000 rpm; 1 menit).
16. Jika hasil RNA yang diharapkan adalah> 30 μg, ulangi langkah 15 menggunakan
30-50 μL RNase free-water atau dapat pula menggunakan eluat yang terbentuk dari  langkah  15  (jika  konsentrasi  RNA  tinggi  yang  diperlukan).  Gunakan kembali collection tube dari langkah 15.
17. Spin-column  RNeasy dibuang dan  collection  tube  dapat disimpan  pada  suhu  - 80°C.
18. Kualitas  dan  kuantitas  hasil  isolasi  RNA  dapat  diperkirakan  melalui elektroforesis  gel  agarosa  1%  dan  pengukuran  menggunakan  Nano- Spektrophotometer.
19. Rasio A260/A280 yang berkisar 1.8 – 2.1 mengindikasikan bahwa sampel RNA yang diperoleh telah memiliki tingkat kemurnian yang tinggi ( highly purified ).

## | Jurnal Pengabdian Masyarakat
Volume 04, Nomor 01, Februari 2021
ISSN : 2622-6766 ( online ) DOI   : https://doi.org/10.32938/bc.v4i1/893

## Gambar 4. Asesmen Kualitas RNA Menggunakan Nano-Spektrofotometer.
Berdasarkan hasil praktikum selama pelatihan hari ke-2 Sesi 2), sampel RNA bakteri yang di-ekstraksi dari tiap kelompok peserta memiliki rasio A260/A280 berkisar antara 1.5 sehingga dianggap memiliki tingkat kemurnian yang rendah (Gambar 4.). Salah satu penyebab  ketidakmurnian  ini  dapat  berasal  dari  prosedurnya  sendiri  yang  sebagian besarnya  memang diperuntukkan  bagi sampel virus  COVID-19.  Hal  ini  tentunya  tidak sesuai  bagi  ekstraksi  sampel  bakteri  yang  kemudian  akan  berdampak  pada  tidak optimalnya  molekul  RNA  yang  di-isolasi.  Meskipun  demikian,  terhadap  para  peserta pelatihan,  prosedur  pelaksanaan  metode  ekstraksi  RNA  merupakan  aspek  yang  lebih ditekankan  untuk  dipahami  sehingga  ketika  akan  berhubungan  dengan  sampel  yang sebenarnya (SARS-CoV-2), mereka telah dapat mempraktekkan prosedurnya secara lebih efektif dan efisien sesuai protokol kesehatan.
4. Polymerase Chain Reaction (PCR) dan Quantitative Polymerase Chain Reaction (qPCR)
Topik  selanjutnya  yang  dipelajari  para  peserta  laboran  adalah Polymerase  Chain Reaction (PCR)  dan Quantitative  Polymerase  Chain  Reaction  (qPCR) yang  merupakan teknik  laboratorium  yang  digunakan  untuk  membuat  banyak  salinan  (amplifikasi)  dari segmen gen tertentu yang ingin dikaji secara lebih spesifik (Gambar 5.). Tujuan utama PCR  adalah  untuk  memperoleh  gen  target  dengan  kuantitas  yang  cukup  (amplicon) sehingga  dapat  dianalisis  dan/atau  digunakan  pada  metode-metode  lanjutan.  Dalam pooled - test ,  PCR  dapat  dijadikan  metode  pendeteksian  COVID-19  apabila dipadupadankan dengan metode elektroforesis (akan dibahas pada sub-topik berikutnya). Berbeda dengan dengan PCR yang bersifat kualitatif, qPCR sifatnya kuantitatif sehingga tidak diperlukan lagi kombinasi dengan metode elektroforesis karena penentuan amplicon telah terintegrasi pada setiap siklus amplifikasi  ( What Is the Difference between PCR and

## | Jurnal Pengabdian Masyarakat
Volume 04, Nomor 01, Februari 2021
ISSN : 2622-6766 ( online ) DOI   : https://doi.org/10.32938/bc.v4i1/893
Real-Time  PCR?  |  AAT  Bioquest ,  2020).  Meskipun  demikian,  penentuan  dan  penyiapan reaksinya memiliki prosedur yang sama (termasuk setingan profil PCR-nya) (Gambar 6.).
Gambar 5. Sesi Pelatihan PCR dan qPCR. Penjelasan teoritis oleh pemateri (kiri) dan oleh salah satu peserta (kanan).
Prosedur metode PCR dan qPCR yang dilaksanakan selama pelatihan adalah sebagai berikut (Nolan et al., 2013):

## Sintesis cDNA
1. Tentukan  jumlah  reaksi  yang  diperlukan,  termasuk  kontrol.  Hitung  volume masing-masing komponen yang diperlukan untuk semua reaksi (berikan ±10% ekstra untuk kesalahan pemipetan) dan campurkan reagen sesuai tabel di bawah ini menggunakan tabung 0,2 mL atau pelat 96 sumur yang diletakkan di atas es. Jika menggunakan pelat PCR, ikuti skema pelat untuk memastikan bahwa reagen ditambahkan ke sumur yang benar.  Aturan pencampuran reaksi PCR ( reaction mix ) dapat dilihat pada Tabel 1. berikut.
Tabel 1. Reaction Mix PCR
Reagen Volume  (μL)  per Reaksi 20 μL Tunggal Campuran sintesis cDNA (5× RT blend) 4 Template  Total  RNA—bervariasi  (1  μg  -  10 pg) 1 PCR grade water 15
2. Setelah ditutup/disegel,  campuran  reaksi  di-vorteks dan di-sentrifugsi  sebentar untuk mengumpulkan pelet di bagian bawah tabung.
3. Campuran reaksi kemudian di-inkubasi pada suhu ruang selama 5 menit.
4. Setelah menyelesaikan sintesis cDNA, 1: 5 hingga 1:10 dari reaksi untai pertama (2-4 μL) digunakan untuk amplifikasi PCR.
Commented [WU2]: Tampilkan  kalimat rujukan Tabel

## | Jurnal Pengabdian Masyarakat
Volume 04, Nomor 01, Februari 2021
ISSN : 2622-6766 ( online ) DOI   : https://doi.org/10.32938/bc.v4i1/893

## Amplifikasi cDNA
1. Dalam tabung mikrosentrifuge steril 0,5 mL, tabung amplifikasi, atau sumur pelat mikrotiter steril, larutan reaksi dicampurkan dengan urutan pada Tabel 2. berikut:

## Tabel 2. PCR Mix
2. cDNA  diamplifikasi  menggunakan  PCR  dengan  rincian  pada  Tabel  3. berikut:
Tabel 3. Profil PCR Jumlah Siklus Denaturation Annealing Polymerization 1–30 30  detik  pada 94°C 30  detik  pada 55°C 1 menit pada 72°C Komponen Volume Konsentrasi Akhir (V 1 M 1 .V 2 M 2 ) Buffer Aplifikasi (10×) 5 µL Campuran dNTP (masing-masing 20 mM, pH 8.0) 1 µL 0.4 mM Forward primer (20 µM) 2.5 µL 1 µM Reverse primer (20 µM) 2.5 µL 1 µM
Thermostable DNA taq polymerase  (1–5 units/µL)
Template DNA 5–10 µL H 2 O hingga volume akhir: 50 µL

## | Jurnal Pengabdian Masyarakat
Volume 04, Nomor 01, Februari 2021
ISSN : 2622-6766 ( online ) DOI   : https://doi.org/10.32938/bc.v4i1/893
Jumlah Siklus Denaturation Annealing Polymerization Siklus Terakhir 1  menit  pada 94°C 30  detik  pada 55°C 1 menit pada 72°C
3. Sampel sebanyak 5–10 μL dari campuran reaksi uji dan masing-masing dari empat  reaksi  kontrol  diuji  dengan  elektroforesis  melalui  agarosa  atau  gel poliakrilamida. Dipastikan untuk memasukkan penanda DNA dengan ukuran yang  sesuai.  Gel  diwarnai  dengan  ethidium  bromide  ataupun  SYBR  Gold untuk memvisualisasikan DNA target.
Gambar 6. Sesi Pelatihan PCR dan qPCR. Alat PCR (kiri) dan qPCR (kanan).

## 4. Elektroforesis
Gel elektroforesis merupakan teknik yang umum digunakan di laboratorium untuk memisahkan molekul bermuatan seperti DNA, RNA dan protein sesuai dengan ukurannya. Molekul  bermuatan  bergerak  melalui  gel  ketika  arus  listrik  dilewatkan  di  atasnya.  Arus listrik diterapkan melintasi agar (gel) sehingga salah satu ujung gel memiliki muatan positif dan  ujung  lainnya  memiliki  muatan  negatif.  Pergerakan  molekul  bermuatan  ini  disebut migrasi.  Molekul  bermigrasi  ke  arah  muatan  yang  berlawanan.  Molekul  dengan  muatan negatif karena itu akan ditarik ke arah ujung positif (Fritsch & Krause, 2003).
Molekul yang lebih kecil bermigrasi melalui gel lebih cepat dan karena itu bergerak lebih jauh daripada fragmen yang lebih besar yang bermigrasi lebih lambat dan karenanya akan  menempuh  jarak  yang  lebih  pendek.  Akibatnya  molekul-molekul  dipisahkan  oleh ukuran (Lee et al., 2012).

## | Jurnal Pengabdian Masyarakat
Volume 04, Nomor 01, Februari 2021
ISSN : 2622-6766 ( online ) DOI   : https://doi.org/10.32938/bc.v4i1/893
Gambar 7. Sesi Pelatihan Elektroforesis. Perakitan alat (kiri) dan loading sampel (kanan).
Selama  pelatihan,  para  peserta  tidak  hanya  diajarkan  bagaimana  teknik menempatkan sampel pada sumur elektroforesis namun juga dalam hal menyiapkan larutan buffer  TBE  (Tris-borate-EDTA),  larutan  agarose  1%  dan  merangkaikan  perangkat elektroforesis gel. Setelah sampel di-elektroforesis (± 2 jam), agarose gel diamati di bawah UV-doc. Sesi pelatihan metode Elektroforesis daapt di lihat pada Gambar 7. di atas.

## 5. Metode Pooled-test
Pada hari terakhir pelatihan, peserta diperkenalkan dengan metode pooled-test yang akan  menjadi  metode  utama  saat  mengimplementasikan  prosedur  analisis  sampel swab COVID-19. Pada dasarnya, metode ini menggabungkan beberapa sub-sampel (yang berasal dari beberapa individu) yang dianalisis ke dalam satu pool atau kelompok yang sama (CDC, 2020). Dengan demikian, kapasitas analisis sampel dapat ditingkatan sehingga penanganan lebih  lanjut  baik  secara  kuratif  (misalnya:  rawat  inap  di  rumah  sakit)  maupun  preventif (misalnya: lockdown terbatas,  karantina/isolasi  mandiri)  daapt  dilaukan  secara  lebih optimal.  Dengan  prosedur  seperti  ini,  diharapkan  juga  untuk  dapat  menekan  anggaran pengadaan  perangkat  tes,  yang  tentunya  akan  menekan  pula  biaya  tes  bagi  masyarakat khususnya yang berasal dari golongan ekonomi tingkat menengah ke bawah (Mutesa et al., 2021). Akan tetapi, selama pelatihan, topik ini tidak dilanjutkan ke dalam bentuk latihan praktis dengan mempertimbangkan bahwa masih perlu untuk dilakukannya validasi metode pooled-test COVID-19 (yang akan lebih efektif dilakukan ketika Lab Biomolekuler selesai dibangun)  untuk  mengidentifikasi  berapa  total  maksimum  sub-sampel  yang  dapat digabungkan  ke  dalam  satu pool untuk  meminimalisir  kemungkinan  diperolehnya  hasil analisis yang negatif palsu.

## 6. Perkembangan Wabah COVID-19 di NTT dalam Perspektif Epidemiologi
Sesi pelatihan diakhiri dengan diskusi singkat antara salah satu pemateri dengan para peserta terkait perkembangan wabah COVID-19 di NTT dalam perspektif epidemiologi. Salah

## | Jurnal Pengabdian Masyarakat
Volume 04, Nomor 01, Februari 2021
ISSN : 2622-6766 ( online ) DOI   : https://doi.org/10.32938/bc.v4i1/893
satu  topik  yang  didiskuskan  adalah  mengenai  bagaimana  untuk  sebelum  melonggarkan pembatasan dan transisi maka harus memastikan terlebih dahulu beberapa hal di antaranya: bukti penularan penyakit terkendali, sistem kesehatan yang dapat mendeteksi, menguji, mengisolasi, serta  menangani  setiap  kasus  dan  melacak  setiap  kontak,  risiko  zona  merah  diminimalkan  di tempat-tempat rentan seperti panti jompo, sekolah, tempat kerja dan tempat umumlainnya telah menetapkan  langkah-langkah  pencegahan,  risiko  mengimpor  kausus  baru  dapat  dikelola, masyarakat sepenuhnya dididik, dilibatkan, diberdayakan untuk hidup di “ The  New  Normal ” (Ndoen, 2020).
Gambar 8. Kunjungan Pemerintah. Gubernur NTT (kiri) dan Walikota Kupang (kanan).
Selain  itu,  peserta  pelatihan  juga  diinformasikan  mengenai  kondisi swab  load (banyaknya sampel yang diambil dan harus diperiksa) pada beberapa Rumah Sakit dan/atau Lab rujukan pemeriksaan COVID-19 yang cukup tinggi dengan rerata hari tunggu pemeriksan yang cukup lama. Hal ini turut mempertegas beberapa rekomendasi di antaranya: perbanyakan Lab Pemeriksaan  COVID-19  berbasis  regional  NTT  untuk  mengurangi  beban swab load ,penggunaan pooled-test qPCR untuk pendeteksian orang tanpa gejala sehingga pemetaan tingkat  risiko  penularan  COVID-19  dapat  dilakukan  secara  lebih  maksimal,  evaluasi  waktu isolasi/karantina  pasien  COVID-19  tanpa  penyakit  penyerta  untuk  mengurangi  masa isolasi/karantina  di  fasilitas  kesehatan  yang  terbatas  sesuai  dengan  kondisi  pasien  dan penguatan screening saat Pelacakan Kontak untuk memastikan penapisan orang yang tepat yang perlu  diisolasi/dikarantina  dan  dilanjutkan  dengan  pemeriksaan  sample swab (Ndoen,  2020). Selama  pelatihan,  para  peserta  juga  dikunjungi  oleh  pihak  Pemerintah  Provinsi  dan  Kota (Gambar 8.).

## SIMPULAN
Berdasarkan hasil  observasi,  dapat  disimpulkan  bahwa  para  peserta  laboran  telah minimal  cukup  menguasai  teknik-teknik  Biomolekuler  Dasar  selama  pelatihan,  yang terlihat  dari  keterampilan  dalam  menjalankan  dan/atau  menggunakan  alat  dan  metode yang  diajarkan.  Keterampilan  ini  diharapkan  dapat  bermuara  padapeningkatan kompetensi  individu  staf  laboran  ketika  melakukan  analisis  sampel  COVID-19,  yang

## | Jurnal Pengabdian Masyarakat
Volume 04, Nomor 01, Februari 2021
ISSN : 2622-6766 ( online ) DOI   : https://doi.org/10.32938/bc.v4i1/893
tentunya akan berkontribusi terhadap perolehan interpretasi hasil yang akurat, terpercaya dan dapat dipertanggungjawabkan.

## UCAPAN TERIMA KASIH
Tim penulis ingin mengucapkan terima kasih yang sebesar-besarnya kepada Forum Academia  NTT  (FAN)  dan Institute  of  Resource  Governance  and  Social  Change (IRGSC)  Kupang  yang  telah  melakukan  perekrutan  terhadap  para  laboran  peserta pelatihan  yang  akan  ditempatkan  pada  laboratorium  Biomolekuler  KesMas  provinsi NTT.  Ungkapan  gratifikasi  diberikan  juga  kepada  pihak  Politani  Kupang  yang  telah bersedia  memberikan  fasilitas  laboratorium  bagi  keberlangsungan  pelatihan  yang dimaksud. Kepada Pemerintah Provinsi, dalam hal ini Gubernur Nusa Tenggara Timur dan  Dinas  Kesehatan  Provinsi  NTT,  apresiasi  yang  setinggi-tingginya  diberikan  atas dukungan  proaktif  terhadap  1)  pencanangan  program  pemeriksaan  sampel  COVID-19 menggunakan  metode pooled-test serta  2)  penganggaran  untuk  dibangunnya Laboratorium  Biomolekulerdilengkapi  dengan  segala  fasilitas  dan  infrastruktur  yang diperlukan. Diharapkan agar kedua hal tersebut dapat memberikan sumbangsih signifikan bagi  agenda  pemerintah  dalam  proses  percepatan  penanganan  COVID-19  di  lingkup provinsi NTT.

## DAFTAR PUSTAKA
CDC.  (2020,  February  11). Labs .  Centers  for  Disease  Control  and  Prevention. https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/lab/pooling-procedures.html Chakraborty,  S.,  &  Biswas,  M.  C.  (2020). Impact  of  COVID-19  on  the  Textile,  Apparel  and Fashion  Manufacturing  Industry  Supply  Chain:  Case  Study  on  a  Ready-Made  Garment
Manufacturing  Industry (SSRN  Scholarly  Paper  ID  3762220).  Social  Science  Research Network. https://papers.ssrn.com/abstract=3762220 COVID-19 NTT - Sebaran Data . (2021, January 27). http://www.covid19.nttprov.go.id/home/data Deckert,  A.,  Bärnighausen,  T.,  &  Kyei,  N.  N.  (2020).  Simulation  of  pooled-sample  analysis strategies for COVID-19 mass testing. Bulletin of the World Health Organization , 98 (9), 590–598. https://doi.org/10.2471/BLT.20.257188 Denny,  T.  N.  (2020).  Implementation  of  a  Pooled  Surveillance  Testing  Program  for Asymptomatic SARS-CoV-2 Infections on a College Campus—Duke University, Durham, North  Carolina,  August  2–October  11,  2020. MMWR.  Morbidity  and  Mortality  Weekly Report , 69 . https://doi.org/10.15585/mmwr.mm6946e1 DNA  and  RNA  |  Introduction  to  Chemistry .  (n.d.).  Retrieved  January  27,  2021,  from https://courses.lumenlearning.com/introchem/chapter/dna-and-rna/ dob.  (2020,  October  5). 3  Pekan  PSBB  Diperketat,  Covid  DKI  Malah  Melesat  Pak  Anies! Syariah.  https://www.cnbcindonesia.com/syariah/20201005132218-29-191949/3-pekan- psbb-diperketat-covid-dki-malah-melesat-pak-anies Fritsch, R. J., & Krause, I. (2003). ELECTROPHORESIS. In B. Caballero (Ed.), Encyclopedia

## | Jurnal Pengabdian Masyarakat
Volume 04, Nomor 01, Februari 2021
ISSN : 2622-6766 ( online ) DOI   : https://doi.org/10.32938/bc.v4i1/893
of  Food  Sciences  and  Nutrition  (Second  Edition) (pp.  2055–2062).  Academic  Press. https://doi.org/10.1016/B0-12-227055-X/01409-7 Health, C. for D. and R. (2020). Pooled Sample Testing and Screening Testing for COVID-19. FDA . https://www.fda.gov/medical-devices/coronavirus-covid-19-and-medical- devices/pooled-sample-testing-and-screening-testing-covid-19 Herrera,  H.,  Konradt,  M.,  Ordoñez,  G.,  &  Trebesch,  C.  (2020,  November  6).  The  political consequences  of  the  Covid  pandemic:  Lessons  from  cross-country  polling  data.
VoxEU.Org . https://voxeu.org/article/political-consequences-covid-pandemic
Lee, P. Y., Costumbrado, J., Hsu, C.-Y., & Kim, Y. H. (2012). Agarose Gel Electrophoresis for the  Separation  of  DNA  Fragments. Journal  of  Visualized  Experiments :  JoVE , 62 . https://doi.org/10.3791/3923 Mackenzie,  J.  S.,  &  Smith,  D.  W.  (2020).  COVID-19:  A  novel  zoonotic  disease  caused  by  a coronavirus  from  China:  what  we  know  and  what  we  don’t. Microbiology  Australia , MA20013. https://doi.org/10.1071/MA20013
Mcleod,  V.  (2010,  August  12). Biosafety  Levels  1,  2,  3  &  4  |  Lab  Manager .
https://www.labmanager.com/lab-health-and-safety/biosafety-levels-1-2-3-4-19123
Mutesa, L., Ndishimye, P., Butera, Y., Souopgui, J., Uwineza, A., Rutayisire, R., Ndoricimpaye, E.  L.,  Musoni,  E.,  Rujeni,  N.,  Nyatanyi,  T.,  Ntagwabira,  E.,  Semakula,  M., Musanabaganwa,  C.,  Nyamwasa,  D.,  Ndashimye,  M.,  Ujeneza,  E.,  Mwikarago,  I.  E., Muvunyi,  C.  M.,  Mazarati,  J.  B.,  …  Ndifon,  W.  (2021).  A  pooled  testing  strategy  for identifying SARS-CoV-2 at low prevalence. Nature , 589 (7841), 276–280. https://doi.org/10.1038/s41586-020-2885-5
Ndoen,  E.  (2020,  June  20). Menuju  “New  Normal”  Nusa  Tenggara  Timur .  Pelatihan Biomolekuler, Politani Kupang.
Nolan,  T.,  Huggett,  J.,  &  Sanchez,  E.  (2013). Good  practice  guide  for  the  application  of quantitative PCR (qPCR)First Edition 2013 (1st ed.). Prawoto,  N.,  Purnomo,  E.  P.,  &  Zahra,  A.  A.  (2020).  The  Impacts  of  Covid-19  Pandemic  on Socio-Economic  Mobility  in  Indonesia. International  Journal  of  Economics  &  Business Administration (IJEBA) , VIII (3), 57–71. Qiagen, Q. (2012, June). RNeasy® Mini Handbook . http://webcache.googleusercontent.com/search?q=cache:mudLL5Z9LRcJ:www.bea.ki.se/ documents
Sapkota, A. (2020, November 1). Biosafety Cabinets- Definition, Classes (I, II, III) and Types. Microbe Notes . https://microbenotes.com/biosafety-cabinets/ SEP,  S.  E.  P.  (n.d.). LibGuides:  SEPGuides:  Science  Education  Partnership:  Micropipet  Kit . Retrieved July 1, 2020, from //libguides.fredhutch.org/SEP/sep/micropipet Shereen, M. A., Khan, S., Kazmi, A., Bashir, N., & Siddique, R. (2020). COVID-19 infection:
Origin,  transmission,  and  characteristics  of  human  coronaviruses. Journal  of  Advanced Research , 24 , 91–98. https://doi.org/10.1016/j.jare.2020.03.005 Sultan, B., White, J. A., Fish, R., Carrick, G., Brima, N., Copas, A., Robinson, A., Gilson, R.,
Mercey,  D.,  &  Benn,  P.  (2016).  The  “3  in  1”  Study:  Pooling  Self-Taken  Pharyngeal,
Urethral, and Rectal Samples into a Single Sample for Analysis for Detection of Neisseria gonorrhoeae  and  Chlamydia  trachomatis  in  Men  Who  Have  Sex  with  Men. Journal  of Clinical Microbiology , 54 (3), 650–656. https://doi.org/10.1128/JCM.02460-15 Using  a  micropipette—Diamantina  Institute—University  of  Queensland .  (2017,  April  27).

## | Jurnal Pengabdian Masyarakat
Volume 04, Nomor 01, Februari 2021
ISSN : 2622-6766 ( online ) DOI   : https://doi.org/10.32938/bc.v4i1/893
https://di.uq.edu.au/community-and-alumni/sparq-ed/sparq-ed-services/using- micropipette
What is  the  difference  between  PCR and real-time  PCR? |  AAT Bioquest . (2020, February 4). https://www.aatbio.com/resources/faq-frequently-asked-questions/What-is-the- difference-between-PCR-and-real-time-PCR WHO Western Pacific | World Health
Organization . (2020, December 24). https://www.who.int/westernpacific
Working  with  RNA:  Hints  and  Tips  |  Bioline  |  Meridian  Bioscience .  (2020). https://www.bioline.com/rna-hints-and-tips World Health Organization (Ed.). (2004). Laboratory biosafety manual (3rd ed). World Health Organization.