Runutan gen cytochrome C oxydase 1 ikan lais janggut, Kryptopterus limpok (Bleeker, 1852) dari Sungai Kampar dan Sungai Indragiri, Provinsi Riau
[Cytochrome C oxydase 1 gene sequences long-barbel sheatfish, Kryptopterus limpok (Bleeker, 1852) from Kampar River and Indragiri River of Riau Province]
Roza Elvyra 1  , Dedy Duryadi Solihin 2
1 Program Studi Biologi, Fakultas MIPA, Universitas Riau, Kampus Binawidya Jl. HR. Soebrantas Km 12.5 km Panam Pekanbaru 28293
2 Departemen Biologi, Fakultas MIPA, Institut Pertanian Bogor, Jalan Agatis Kampus IPB Dramaga Bogor 16680
Diterima: 11 Desember 2014; Disetujui: 22 September 2015

## Abstrak
Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis runutan gen cytochrome c oxydase 1 (Cox-1) DNA  mitokondria ikan lais janggut, Kryptopterus limpok . Gen Cox-1 Kryptopterus limpok dari Sungai Kampar dan Indragiri, Provinsi Riau telah diamplifikasi menggunakan teknik PCR. Runutan gen Cox-1 yang diperoleh sepanjang 655 bp, dengan sembilan situs substitusi nukleotida,  meliputi  empat  substitusi  transisi dan lima  substitusi  transversi  basa. Frekuensi  nukleotida  yang sedikit  ditemukan  pada  guanin  (G:17,2%),  sedangkan  frekuensi  cytosin,  thymin,  adenin  kurang  lebih  sepadan  (C: 29,5%, T: 27,5%, A: 25,8%), dan kandungan G+C (46,7%). Jarak genetik runutan gen Cox-1 antara Kryptopterus lim- pok dari Sungai Kampar dan Sungai Indragiri adalah 0,01. Pohon filogeni memperlihatkan bahwa Kryptopterus limpok dari Sungai Kampar dengan Sungai Indragiri membentuk satu kelompok dengan nilai bootstrap 100%.
Kata penting: Cox-1, genetika, Kryptopterus limpok , Riau

## Abstract
This study aimed to analyze the sequence of mitochondrial DNA cytochrome c oxydase 1 (Cox-1) gene of the long bar- bel  sheatfish, Kryptopterus  limpok .  The  Cox-1  gene  of Kryptopterus  limpok from  Kampar  and  Indragiri  Rivers,  Riau Province was amplified using PCR technique. The length of the Cox-1 gene sequence was 655 bp containing nine nu- cleotide sites substituted. Four base substitutions were transition and five base was transversion. Nucleotide frequencies of guanine was a few (G:17.2%) and approximately  equal in frequencies of cytosine, thymine, adenine (C: 29.5%, T: 27.5%, A: 25.8%), and G+C content (46.7%). The genetic distance of mtDNA Cox-1 gene sequences between Krypto- pterus  limpok from  Kampar  and  Indragiri  river  was  0.01.  Phylogenetic  tree  showed  that Kryptopterus  limpok from Kampar and Indragiri Rivers are in one cluster with 100% bootstrap value.
Keywords: Cox-1, genetic, Kryptopterus limpok , Riau

## Pendahuluan
Ikan  lais  janggut, Kryptopterus  limpok (Bleeker,  1852)  merupakan  ikan  khas  ekosistem sungai  rawa  banjiran  yang  bernilai  ekonomis tinggi.  Salah  satu  daerah  penyebaran  ikan  lais janggut  di  Indonesia  adalah  di  Sungai  Kampar dan  Indragiri  di  Provinsi  Riau.  Ikan  ini  disebut sebagai  ikan  lais  janggut  karena  keunikannya mempunyai  sungut  rahang  atas  dan  bawah  yang panjang.
Untuk  pengembangan  sumber  daya  gene- tik ikan-ikan khas sungai rawa banjiran, perlu di- lakukan  penelitian  genetika  populasinya.  Peneli- tian molekuler yang sudah berkembang pesat da- pat  diterapkan  pada  ikan  ikan  lais  janggut  dari Provinsi Riau. Informasi yang didapat dari pene- litian ini dapat dijadikan dasar untuk meningkat- kan potensi sumber daya hayati sungai rawa ban- jiran.
Dewasa  ini  runutan  gen  cytochrome  c oxydase 1 (Cox-1) DNA mitokondria, telah digu- nakan  sebagai barcode untuk  pengidentifikasian spesimen (Ward et al . 2005 dan Hajibabaei et al .
________________________________
 Penulis korespondensi Alamat surel: roza_elvyra@yahoo.com
2006). Keberhasilan barcode yang digunakan un- tuk  pengidentifikasian  ditunjukkan  oleh  runutan DNA  yang  lebih  seragam  satu  sama  lain  secara intra  spesies.  DNA barcode berguna  untuk  me- lengkapi  pengidentifikasian  spesies  secara  mor- fologis (Ward et al . 2005).
Berdasarkan  data GenBank (2014),  data gen  Cox-1  DNA  mitokondria K.  limpok belum dilaporkan. Penelitian ini bertujuan untuk menga- nalisis  sumber  daya  genetik K.  limpok dari  Su- ngai  Kampar  dan  Sungai  Indragiri  di  Provinsi Riau, dengan runutan  gen  Cox-1  DNA  mitokon- dria.

## Bahan dan metode
Penelitian  dilaksanakan  dari  bulan  Juni 2013  hingga  April  2014.  Sampel  ikan  lais  jang- gut diperoleh dari tangkapan nelayan dari Sungai Kampar  dan  Sungai  Indragiri  di  Provinsi  Riau. Pengidentifikasian  jenis  ikan  secara  morfologi menggunakan  kunci  identifikasi  Kottelat et  al.
(1993).  Penelitian  dilakukan  di  laboratorium Genetika  Jurusan  Biologi  Universitas  Riau,  dan laboratorium Biologi Molekuler, Pusat Penelitian Sumber  daya  Hayati  dan  Bioteknologi,  Institut Pertanian Bogor.

## Isolasi dan purifikasi DNA total.
Otot  ikan  lais  janggut  dalam  bentuk  po- tongan  kecil  dima-sukkan  dalam  tabung  epen- dorf,  dicacah  halus  de-ngan  menambahkan  la- rutan digestion  buffer {1%  (W/V)  SDS;  0,5  M Tris-HCl,  pH  9,0;  0,5  M  EDTA,  pH  8,0;  1  M NaCl;  20  mg/ml  Proteinase  K}  dan  diinkubasi pada  inkubator  dengan  suhu  55ºC  selama  sema- lam (Duryadi, 1993). Sampel yang sudah diinku- basi, dipurifikasi dengan fenol dan kloroform:iso amil alkohol (24:1). Selanjutnya DNA dipresipi- tasi dengan alkohol absolut dan dicuci dengan al- kohol 70% (Elvyra et al . 2009).

## Amplifikasi dan perunutan Gen Cox-1.
DNA  total  hasil  purifikasi  digunakan  se- bagai DNA cetakan untuk proses amplifikasi de- ngan menggunakan teknik Polymerase Chain Re- actions  (PCR) .  Primer  yang  digunakan  untuk mengamplifikasi  gen  Cox-1  DNA  mitokondria adalah  primer  Fish  F2  dan  Fish  R2  (Ward et  al . 2005). Strategi PCR yang digunakan adalah: pra
PCR dengan suhu 94ºC selama 5 menit, PCR : de- naturasi  dengan  suhu  94ºC  selama  30  detik,  pe- nempelan dengan suhu 57ºC selama 45 detik, pe- manjangan  dengan  suhu  72ºC  selama  1  menit (sebanyak  35  siklus)  dan post  PCR dengan  suhu 72ºC selama 5  menit. Gen Cox-1  yang terampli- fikasi dilakukan perunutan DNAnya dengan  me- sin perunutan (sequencer) DNA.

## Analisis data.
Runutan basa  nukleotida  gen  Cox-1 DNA mitokondria  yang  diperoleh  kemudian  disejajar- kan  ( multiple  allignment )  dengan  data  runutan gen  Cox-1  utuh  dari  ordo  Siluriformes  yaitu Si- lurus  asotus (GenBank 2014,  nomor  akses JN116720) dan Ictalurus punctatus (NC003489).
Data runutan gen  Cox-1 parsial dalam famili Si- luridae  juga  digunakan  yaitu Kryptopterus  apo- gon (EF609377)  dan Ompok  pabo (FJ230018).
Analisis data menggunakan program MEGA ver- si 3,0 (Kumar et al. 2004) dengan  metode Boot- strap Neighbor-Joining 1000 kali pengulangan.

## Hasil
Gen  Cox-1  ikan  lais  janggut  dari  Sungai Kampar  dan  Indragiri  telah  diamplifikasi  meng- gunakan  primer Fish  F2 dan  primer Fish  R2 menghasilkan  fragmen  berukuran  655  pb, yaitu terletak  pada  basa  ke  51  sampai  dengan  basa  ke 705 (acuan gen Cox-1 utuh Silurus asotus sepan- jang  1551  pb (GenBank 2014,  nomor  akses JN116720). Penjajaran berganda dilakukan terha-
dap  runutan  gen  Cox-1  yang  diperoleh  dengan menggunakan runutan pembanding yaitu runutan gen  Cox-1  ikan-ikan  dalam  Ordo  Siluriformes ( Silurus  asotus , Kryptopterus  apogon, Ompok pabo dan Ictalurus  punctatus) yang  ada  di GenBank . Runutan DNA yang diperoleh dari ha- sil  penjajaran  berganda  adalah  624  nukelotida, yaitu pada posisi  ke 82 sampai dengan posisi ke 705  (berdasarkan  acuan  gen  Cox-1  utuh Silurus asotus (JN116720).  Bagian  runutan  fragmen yang tidak terbaca yaitu 31 nukleotida dari ujung 5’ primer Fish F2 (Gambar 1).
Rata-rata nukleotida C dan T lebih banyak ditemukan pada komposisi nukleotida gen Cox-1 parsial  ikan  lais  janggut  dan  ikan-ikan  lainnya dalam  Ordo  Siluriformes  (Tabel  1)  yaitu  C (29,5%) dan T (27,5%), diikuti oleh nukleotida A (25,8%),  sedangkan  rata-rata  yang  paling  sedikit
ditemukan  adalah  G  (17,2  %).  Rata-rata  kompo- sisi nukleotida A+T adalah lebih banyak (53,3%) daripada  rata-rata  nukleotida  G+C  (46,7%). Komposisi  nukleotida  yang  mempunyai  kera- gaman  terbesar  dari  keseluruhan  kodon  triplet gen  Cox-1  parsial  ikan-ikan  dalam  Ordo  Siluri- formes  terletak  pada  nukleotida  ketiga,  sedang- kan  komposisi  nukleotida  pada  kodon  kedua adalah yang paling tidak beragam (Tabel 1).
Enam  ratus  dua  puluh  empat  nukleotida hasil penjajaran berganda gen Cox-1 parsial ikan lais  janggut  dari  Sungai  Kampar  dan  Sungai  In- dragiri  dengan  data  pembanding  jenis-jenis  ikan dalam  ordo  Siluriformes  ( GenBank), ditranslasi- kan dengan  menggunakan program MEGA versi 3,0 (Kumar et al . 2004) menghasilkan 208 asam amino. Posisi 208 asam amino ini terletak pada
Gambar  1.  Skema  posisi  primer  Fish  F2  dan  Fish  R2  untuk  mengamplifikasi  gen  Cox-1  parsial  ikan  lais janggut dari Sungai Kampar dan Indragiri di Provinsi Riau, dengan pembanding gen Cox-1 utuh Silurus asotus (GenBank)
Tabel 1.  Komposisi nukleotida gen Cox-1 parsial DNA mitokondria Kryptopterus limpok dari Sungai Kampar dan Indragiri Riau dengan pembanding data GenBank
Jenis T(U) C A G T-1 C-1 A-1 G-1 T-2 C-2 A-2 G-2 T-3 C-3 A-3 G-3 1 S. asotus * 28,2 28,7 25,5 17,6 17,3 26 25,5 31,3 42,3 28,8 15,4 13,5 25 31,3 35,6 8,2 2 K. limpok (Kam) 27,7 29,6 26 16,7 16,8 27
25 31,3 42,3 28,8 15,4 13,5 24 33,2 37,5 5,3 3 K. limpok (Ind) 27,2 29,6 26,1 17 16,8 26,4 25,5 31,3 41,3 28,8 15,9 13,9 23,6 33,7 37 5,8 4 K. apogon * 26,9 30 26,3 16,8 16,8 27
25,5 30,8 42,3 28,8 15,4 13,5 21,6 34,1 38 6,3 5 O. pabo * 26,1 29,6 27,7 16,5 15,4 27,9 25,5 31,3 42,3 28,8 15,4 13,5 20,7 32,2 42,3 4,8 6 I. punctatus * 28,7 29,8 23,1 18,4 16,3 27
25,5 31,3 41,8 28,8 15,9 13,5 27,9 33,7 27,9 10,6 Rata-rata 27,5 29,5 25,8 17,2 16,6 26,8 25,4 31,2 42,1 28,8 15,5 13,5 23,8 33 36,4 6,8
Keterangan: * Data GenBank
624 nt Gen Cox-1 utuh (1551 pb) Fish R2 Fish F2 31 nt 50 pb 655 pb 846 pb
Enam  ratus  dua  puluh  empat  nukleotida hasil penjajaran berganda gen Cox-1 parsial ikan lais  janggut  dari  Sungai  Kampar  dan  Sungai  In- dragiri  dengan  data  pembanding  jenis-jenis  ikan dalam  ordo  Siluriformes  ( GenBank), ditranslasi- kan dengan  menggunakan program MEGA versi 3,0 (Kumar et al . 2004) menghasilkan 208 asam amino.  Posisi  208  asam  amino  ini  terletak  pada posisi ke 28 sampai dengan asam amino ke 235, dengan  acuan  asam  amino  hasil  translasi  gen Cox-1 utuh Silurus asotus (GenBank) .
Dari 208 situs asam amino, terdiri atas 157 (75%)  situs  penyandi  keragaman  dan  51  situs (25%) conserve (kekal). Dari 157 situs  penyandi beragam tersebut terdiri atas situs asam amino si- nonimous  (nukleotida  penyandi  berubah,  asam amino  sama)  yaitu  150  situs  (72%),  dan  asam amino non sinonimous (nukleotida penyandi ber- ubah,  asam  amino  berubah)  yaitu  7  situs  (3%) (Tabel 2).
Seratus lima puluh tujuh situs penyandi di- kategorikan sebagai ragam situs karena terjadi-
nya  substitusi  transisi  dan  transversi  nukleotida. Dari  157  situs  beragam  tersebut  kejadian  substi- tusi  paling  sering  terjadi  pada  basa  ketiga  dari kodon  triplet  yaitu  sebanyak  136  kali  (86,62%). Substitusi  yang  paling  sedikit  terjadi  pada  basa kesatu, kedua, dan ketiga kodon triplet yaitu satu kali (0,64%) (Tabel 3).
Tujuh  situs  asam  amino  non  sinonimous didapatkan dari 157 situs penyandi beragam (Ta- bel  4).  Dari  tujuh  situs  asam  amino  non  sinoni- mous  tersebut,  tiga  asam  amino  dapat  dijadikan penanda  genetik  ikan  lais  janggut  dari  Sungai Kampar yaitu V pada situs ke 28, G pada situs ke 29, dan V pada situs ke 30. Tiga asam amino da- pat  dijadikan  penanda  genetik  ikan  lais  janggut dari Sungai Indragiri yaitu E pada situs ke 28, T pada situs ke 173, dan G pada situs ke 201. Asam amino  S  pada  situs  ke  187  merupakan  penanda genetik genus Kryptopterus karena dipunyai oleh K.  limpok (Kampar  dan  Indragiri)  maupun K. Apogon ( GenBank ),  sementara  tidak  dipunyai oleh data pembanding lainnya.
Tabel 2. Rasio antara situs asam amino kekal, asam amino sinonimus dan asam amino non sinonimus dengan asam amino total hasil translasi gen Cox-1 Kryptopterus limpok dari Sungai Kampar dan Indragiri Riau berdasarkan acuan Silurus asotus ( GenBank ) Situs Asam Amino Rasio Conserve / total Sinonimus / total Non sinonimus / total Non sinonimus / sinonimus
51 / 208 = 0,25 150 / 208 = 0,72 7 / 208 = 0,03 7 / 150 = 0,05
Tabel 3. Posisi ragam basa dan jumlah situs kodon penyandi yang mengalami perubahan pada gen Cox-1 Kryptopterus limpok dari Sungai Kampar dan Indragiri Riau dengan pembanding data GenBank Ragam basa pada kodon penyandi Jumlah situs kodon penyandi dan persentase (%) Ke 1 Ke 3 Ke 1 dan 3 Ke 2 dan 3 Ke 1, 2 dan 3 3 (1,91%) 136 (86,62%) 13 (8,28%) 4 (2,55%) 1 (0,64%) Total 157 situs Tujuh  situs  asam  amino  non  sinonimous didapatkan dari 157 situs penyandi beragam (Ta-
bel  4).  Dari  tujuh  situs  asam  amino  non  sinoni- mous  tersebut,  tiga  asam  amino  dapat  dijadikan
penanda  genetik  ikan  lais  janggut  dari  Sungai Kampar yaitu V pada situs ke 28, G pada situs ke 29, dan V pada situs ke 30. Tiga asam amino da- pat  dijadikan  penanda  genetik  ikan  lais  janggut dari Sungai Indragiri yaitu E pada situs ke 28, T pada situs ke 173, dan G pada situs ke 201. Asam amino  S  pada  situs  ke  187  merupakan  penanda genetik genus Kryptopterus karena dipunyai oleh
K.  limpok (Kampar  dan  Indragiri)  maupun K.
Apogon ( GenBank ),  sementara  tidak  dipunyai oleh data pembanding lainnya.
Kejadian  substitusi  transisi  dan  transversi pada  nukleotida  gen  Cox-1  parsial  jenis-jenis ikan dalam Ordo Siluriformes disajikan pada Ta- bel 5 dan Tabel 6. Substitusi transisi di antara je- nis  ikan  dalam  ordo  Siluriformes  sebanyak  4-75 nukleotida.  Substitusi  transversi  di  antara  jenis ikan dalam ordo Siluriformes sebanyak 5-44 nu- kleotida
Tabel 4. Situs kodon penyandi dan asam amino yang mengalami perubahan pada gen Cox-1 parsial DNA mitokondria Kryptopterus limpok dari Sungai Kampar dan Indragiri Riau dengan pembanding data GenBank
Jenis Situs kodon ke 1 (28) 2 (29) 3 (30) 31 (58) 146 (173) 160 (187) 174 (201) S. asotus (JN116720) ATA GTC GGC GTT CCC GCC GTC K. limpok (Kampar) G.. .GT .TA ... ... T.. ..G K. limpok (Indragiri) GA. ... ..A ... A.. T.. .GG K. apogon (EF609377) ... ..T ... ..A ... T.T ... O. pabo (FJ230018) ..G ..T ..T ..C ..A ... ..G I. punctatus (NC003489) ... ..G ..T .A. ... ... ..T Jenis Situs asam amino ke 1 (28) 2 (29) 3 (30) 31 (58) 146 (173) 160 (187) 174 (201) S. asotus (JN116720) M V G V P A V K. limpok (Kampar) V G V . . S . K. limpok (Indragiri) E . . . T S G K. apogon (EF609377) . . . . . S . O. pabo (FJ230018) . . . . . . . I. punctatus (NC003489) . . . D . . .
Keterangan: Angka dalam tanda kurung ( ) = urutan situs berdasarkan runutan gen Cox-1 utuh S. asotus ( GenBank ); tanda titik = runutan yang sama dengan S. asotus ( GenBank ); huruf tebal bergaris bawah = perubahan non sinonimous
Tabel 5.  Substitusi transisi berdasarkan runutan nukleotida gen Cox-1 parsial Kryptopterus limpok dari Sungai Kampar dan Indragiri Riau dengan pembanding data GenBank Jenis [1]           [2]           [3]           [4]           [5]           [6] [1] S..asotus (JN116720)
[2] K. limpok (Kampar)
[3] K. limpok (Indragiri)
[4] K. apogon (EF609377)
[5] O. pabo (FJ230018)
[6] I. punctatus (NC003489) 63 62              4 75            50           50 63            56           58           52 63            46           49           63            63
Keterangan: Rata-rata transisi = 54 nukleotida
Jarak  genetik  ( p-distance )  berdasarkan runutan  nukleotida  gen  Cox-1  parsial  ikan  lais
janggut, K.  limpok (Kampar)  dengan K.  limpok
(Indragiri)  dengan  pembanding  jenis-jenis  ikan
dalam Ordo Siluriformes dari data GenBank disa- jikan  pada  Tabel  7.  Jarak  genetik  di  antara  jenis ikan dalam Ordo Siluriformes yaitu 0,01-0,17.
Analisis  hubungan  kekerabatan  dilakukan antara  ikan  lais  janggut  (Kampar  dan  Indragiri), de-ngan pembanding jenis-jenis ikan dalam Ordo Siluriformes  ( GenBank )  disajikan  pada  Gambar
2.  Filogram  berdasarkan  runutan  nukleotida  gen
Cox-1 parsial memperlihatkan bahwa antara ikan lais  janggut K.  limpok (Kampar)  dan K.  limpok (Indragiri)  membentuk  hubungan  kekerabatan yang  didukung  dengan  nilai bootstrap 100%.
Pengelompokan hubungan kekerabatan ini ditun- jang  oleh  nilai  substitusi  transisi  dan  transversi nukleotida serta jarak genetiknya.
Tabel 6. Substitusi transversi berdasarkan runutan nukleotida gen Cox-1 parsial Kryptopterus limpok dari
Sungai Kampar dan Indragiri Riau dengan pembanding data GenBank Jenis [1]           [2]           [3]           [4]           [5]           [6] [1] S..asotus (JN116720)
[2] K. limpok (Kampar)
[3] K. limpok (Indragiri)
[4] K. apogon (EF609377)
[5] O. pabo (FJ230018)
[6] I. punctatus (NC003489) 29 30              5 26            17           18 35            40           41           37
40            43           44           42            43
Keterangan: Rata-rata transversi = 33 nukleotida
Tabel 7. Jarak genetik ( p-distance ) berdasarkan runutan nukleotida gen Cox-1 parsial Kryptopterus limpok dari Sungai Kampar dan Indragiri Riau dengan pembanding data GenBank Jenis [1]           [2]           [3]           [4]           [5]           [6] [1] S..asotus (JN116720)
[2] K. limpok (Kampar)
[3] K. limpok (Indragiri) [4] K. apogon (EF609377)
[5] O. pabo (FJ230018)
[6] I. punctatus (NC003489) 0,15 0,15         0,01 0,16         0,11        0,11 0,16         0,15        0,16         0,14 0,17         0,14        0,15         0,17        0,17
Gambar 2. Filogram menggunakan metode Bootstrap Neighbor-Joining berdasarkan runutan nukleotida gen Cox-1 parsial Kryptopterus limpok dari Sungai Kampar dan Indragiri Riau dengan pembanding data GenBank
Kryptopterus limpok  (Kampar) Kryptopterus limpok  (Indragiri)
Kryptopterus apogon (EF609377)
Silurus asotus (JN116720)
Ompok  pabo (FJ230018)
Ictalurus punctatus (NC003489)
100 82 44 0.02

## Pembahasan
Amplifikasi  gen  Cox-1  ikan  lais  janggut dari  Sungai  Kampar  dan  Indragiri  menggunakan primer Fish F2 dan primer Fish R2 menghasilkan fragmen  655  pb.  Panjang  fragmen  gen  Cox-1 yang  diperoleh  dalam  penelitian  ini  sesuai  de- ngan  yang  didapatkan  Ward et  al .  (2005)  pada jenis-jenis ikan Genus Thunnus dan Squalus , dan Elvyra  &  Duryadi  (2013)  pada  jenis K.  apogon dari  Sungai  Indragiri.  Penjajaran  berganda  dila- kukan  terhadap  runutan  gen  Cox-1  yang  diper- oleh  dengan  menggunakan  runutan  pembanding yang ada di GenBank dan menghasilkan runutan DNA sepanjang 624 nukleotida. Hasil penjajaran berganda sepanjang 624 nukleotida ini lebih pan- jang  daripada  yang  diperoleh  Elvyra  &  Duryadi (2013)  pada  gen  Cox-1 K.  apogon dari  Sungai Indragiri yaitu 615 nukleotida.
Rata-rata nukleotida G paling sedikit dite- mukan  pada  komposisi  nukleotida  gen  Cox-1 ikan  lais  janggut  dan  ikan-ikan  lainnya  dalam Ordo Siluriformes (Tabel 1). Kecenderungan fre- kuensi nukleotida G lebih sedikit juga ditemukan oleh  Ward  &  Holmes  (2007)  pada  jenis-jenis ikan  genus Urolophus .  Azlina et  al .  (2013)  juga menemukan  rata-rata  nukleotida  G  yang  lebih rendah  dibandingkan  nukleotida  lainnya  pada ikan-ikan  famili  Pangasiidae  di  Malaysia  yang sama-sama termasuk ordo Siluriformes.
Secara  keseluruhan,  komposisi  nukleotida yang  mempunyai  keragaman  terbesar  dari  kese- luruhan kodon triplet gen Cox-1 ikan-ikan dalam Ordo Siluriformes terletak pada nukleotida ketiga (Tabel  1).  Keragaman  terbesar  pada  nukleotida ketiga dari kodon triplet juga ditemukan pada pe- nelitian Ward & Holmes (2007) dan Azlina et al .
(2013).
Enam  ratus  dua  puluh  empat  nukleotida hasil  penjajaran  berganda  gen  Cox-1  ikan  lais janggut dari Sungai Kampar dan Sungai Indragiri
ditranslasikan  menjadi  208  asam  amino.  Situs asam  amino  tersebut,  terdiri  atas  situs  penyandi keragaman  yang  lebih  banyak  (75%)  dibanding- kan situs conserve (25%). Dari 157 situs penyan- di keragaman tersebut terdiri atas situs asam ami- no sinonimous yang lebih banyak (72%) daripada asam amino non sinonimous (3%) (Tabel 2). Az- lina et  al .  (2013)  juga  menemukan  nilai  situs beragam  yang  lebih  tinggi  pada  famili  Pangasi- idae.  Ward  &  Holmes  (2007)  juga  menemukan laju  substitusi  sinoninomus  lebih  tinggi  diban- dingkan  laju  substitusi  nonsinonimous.  Ada  ba- nyak kodon yang menyandikan asam amino yang sama.  Kodon-kodon  yang  menyandikan  asam amino  yang  sama  disebut  kodon  sinonimous. Substitusi  nukleotida  yang  menghasilkan  kodon sinonimous disebut substitusi tersembunyi ( silent substitution ), sedangkan substitusi yang mengha- silkan perubahan asam amino disebut kodon non sinonimous (Nei & Kumar 2000).
Asam amino non sinonimous terletak pada situs ke 28, 29, 30, 58, 173, 187 dan 201 (Tabel 4). Tiga asam amino dapat dijadikan penanda ge- netik ikan lais janggut dari Sungai Kampar yaitu V pada situs ke 28, G pada situs ke 29 dan V pa- da situs ke 30. Tiga asam amino lainnya juga da- pat  dijadikan  penanda  genetik  ikan  lais  janggut dari Sungai Indragiri yaitu E pada situs ke 28, T pada situs ke 173, dan G pada situs ke 201.
Kejadian  substitusi  transisi  lebih  banyak terjadi  (rata-rata  54  nukleotida)  daripada  substi- tusi  transversi (rata-rata 33 nukleotida) pada gen Cox-1 parsial jenis-jenis ikan dalam Ordo Siluri- formes (Tabel 5 dan 6). Kejadian substitusi tran- sisi  yang  lebih  banyak  dibandingkan  transversi juga  didapatkan  pada  ikan-ikan  Pangasiid  (Azli- na et al . 2013). Substitusi transisi antara ikan lais janggut K.  limpok (Kampar)  dengan K.  limpok
(Indragiri)  terjadi  paling  sedikit  yaitu  empat  nu- kleotida,  sedangkan  substitusi  transisi  antara K.
apogon ( GenBank )  dengan K.  limpok (Kampar dan  Indragiri)  terjadi  sebanyak  50  nukleotida. Substitusi  transisi  nukleotida  antara K.  apogon
( GenBank )  dengan S.  asotus ( GenBank )  terjadi paling banyak yaitu 75 nukleotida.
Kejadian  substitusi  transversi  paling  sedi- kit  adalah  lima  nukleotida,  yaitu  antara  ikan  lais janggut K.  limpok (Kampar)  dengan K.  limpok (Indragiri). Substitusi transversi antara K. apogon ( GenBank ) dengan K. limpok (Kampar dan Indra- giri) sebanyak 17-18 nukleotida. Substitusi trans- versi  nukleotida  antara K.  limpok (Kampar  dan Indragiri)  dengan I.  punctatus ( GenBank )  terjadi paling banyak yaitu 43-44 nukleotida.
Jarak  genetik  antara  ikan  lais  janggut K. limpok (Indragiri)  dengan K.  limpok (Kampar) mempunyai  nilai  yang  kecil  yaitu  0,01;  sedang- kan  nilai  jarak  genetik  antara K.  apogon ( Gen- Bank )  dengan K.  limpok (Kampar  dan  Indragiri) yaitu 0,11. Jarak genetik terbesar antara I. Punc- tatus ( GenBank ) dengan S. asotus ( GenBank ), K. apogon ( GenBank ) dan O. pabo ( GenBank ) yaitu 0,17%.
Hasil filogram berdasarkan runutan nukle- otida gen Cox-1 (Gambar 2) memperlihatkan an- tara ikan lais janggut K. limpok (Kampar) dan K. limpok (Indragiri)  membentuk hubungan kekera- batan  dengan  nilai bootstrap 100%.  Antara K.
limpok (Kampar dan Indragiri) dengan K. apogon ( GenBank )  membentuk  hubungan  kekerabatan dengan  nilai bootstrap 82%.  Pengelompokan genus Kryptopterus memisah  kelompoknya  dari kelompok S.  asotus dan O.  pabo .  Hubungan  ke- kerabatan  antara  kelompok K.  limpok (Kampar) ,
K.  limpok (Indragiri), K.  apogon  (GenBank), S.
asotus ( GenBank ) dan O. pabo ( GenBank ) mem- bentuk  satu  kelompok  besar  karena  sama-sama dalam satu famili  yaitu Siluridae, yang  memisah dengan Ictalurus punctatus ( GenBank ) dari fami-
li Ictaluridae, tetapi semuanya termasuk ke dalam ordo yang sama yaitu Siluriformes.

## Simpulan
Berdasarkan  hasil  penelitan  dan  pemba- hasan  yang  telah  dilakukan,  dapat  disimpulkan bahwa  gen  Cox-1  ikan  lais  janggut  dari  Sungai Kampar  dan  Indragiri  Provinsi  Riau  dapat  ter- amplifikasi  sepanjang  655  pb,  dengan  empat subtitusi  transisi  dan  lima  substitusi  transversi nukleotida.  Frekuensi  nukleotida  guanin  sangat sedikit dibandingkan cytosin, thymin, adenin. Ti- ga  asam  amino  dapat  dijadikan  penanda  genetik ikan  lais  janggut  dari  Sungai  Kampar,  dan  tiga asam  amino  lainnya  juga  dapat  dijadikan  penan- da genetik ikan lais janggut dari Sungai Indragiri. Ikan lais janggut dari Sungai Kampar dan Sungai Indragiri  membentuk  kelompok  hubungan  keke- rabatan dengan nilai bootstrap 100 %.

## Persantunan
Penulis  mengucapkan  terimakasih  kepada Direktorat  Penelitian  dan  Pengabdian  Kepada Masyarakat,  Direktorat  Jenderal  Pendidikan Tinggi,  Kementerian  Pendidikan  dan  Kebudaya- an,  yang  telah  mendanai  penelitian  ini  melalui Hibah Kompetensi Tahun 2013-2014.

## Daftar Pustaka
Azlina  ZM,  Daud  SK,  Siraj  SS,  Aliabadian  M, Moghaddam  FY.  2013.  Molecular  phylo- geny of Malaysian Pangasiid based on cy- tochrome C oxidase I (COI) DNA sequen- ces. Iranian  Journal  of  Animal  Biosys- tematics (IJAB) 9(1): 17-28.
Duryadi  D.  1993.  Role  possible  du  comporte- ment dans l’evolution de deux souris Mus macedonicus et Mus spicilequs en Europe Centrale. Thesis  Doctorat. Faculte  des Sciences  et  Techniques  du  Languedoc. Montpellier II, France.
Elvyra  R,  Duryadi  D,  Affandi  R,  Junior  Z,  Yus Y. 2009. Keanekaragaman genetika dan
hubungan  kekerabatan Kryptopterus  lim- pok dan Kryptopterus apogon dari Sungai Kampar  dan  Sungai  Indragiri  Riau  berda- sarkan  Gen  Sitokrom  b. Jurnal  Ilmu-ilmu Perairan dan Perikanan Indonesia , 16(1): 55-61.
Elvyra R, Duryadi D. 2013. The characteristic of mitochondrial  Cytochrome  C  Oxydase  1 Gene  of Kryptopterus  apogon (Bleeker, 1851). In :  Hutauruk  R,  Efizon  D,  Karnila R, Nasution S, Syawal H, Windarti, Sami- aji  J,  Heltonika  B,  Junaidi  R  (eds.). Pro- ceeding 2 nd International Seminar of Fish- eries  and  Marine .  UR  Press,  Pekanbaru. pp. 124-127.
GenBank. 2014. Genomes. http://www.ncbi. nlm. nih.gov/ (15 Maret 2014).
Hajibabaei M, Smith MA, Janzen DH, Rodriguez JJ,  Whitfield  JB,  Hebert  PDN.  2006.  A minimalist  barcode  can  identify  a  speci- men  whose  DNA  is  degraded. Molecular Ecology Notes 6(4): 959-964.
Kottelat M, Whitten AJ, Kartikasari SN, Wirjoat- modjo  S.  1993. Freshwater  Fishes  of Western Indonesia and Sulawesi. Periplus edition. Hongkong. 293 p.
Kumar  S,  Tamura  K,  Nei  M.  2004.  MEGA  3.0: integrated  software  for  molecular  evoluti- onary  genetics  analysis  and  sequence alignment. Briefings  in  Bioinformatics 5(2): 150-163.
Nei M, Kumar S. 2000. Molecular Evolution and Phylogenetics .  Oxford  University  Press, New York. 333 p.
Ward RD, Holmes BH. 2007. An analysis of nu- cleotide  and  amino  acid  variability  in  the barcode region of cytochrome c oxydase 1 (cox 1) in fishes. Moleculer Ecology Notes 7(6): 899-907.
Ward  RD,  Zemlak  TS,  Innes  BH,  Last  PR,  He- bert  PDN.  2005.  DNA  barcoding  Austra- lia’s  fish  species. Philosophical  Transac- tions  of  the  Royal  Society  B ,  360(1462): 1847-1857.