Potret Profil Manajemen Hatchery pada Pembudidaya Ikan Pelangi Melanotaenia boesemani (Allen & Cross, 1980) di Kawasan Jakarta
Portrait of Hatchery Management Profile on Rainbow Fish Melanotaenia boesemani (Allen & Cross, 1980) Cultivation in Jakarta Area
Media Fitri Isma Nugraha 1  , Jean-Christophe Avarre 2 , Laurent Pouyaud 2 , Kadarusman 3 , Odang Carman 4 , dan M. Zairin Junior 4
1 Balai Penelitian dan Pengembangan Budidaya Ikan Hias. Jl Perikanan No 13. Pancoran mas Depok Jawa Barat 16436
2 L’institut des science de l’evolution de Montpellier, UMR 226 IRD-CNRS-UM, 361 rue Jean-Francois Breton BP 5095
3 Sekolah Tinggi Perikanan Jakarta, Jl. AUP Barat Pasar Minggu Jakarta (Permanen staf: Politeknik Kelautan dan Perikanan Sorong, Papua Barat
4 Departemen Akuakultur Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan Institut Pertanian Bogor 16680
 corresponding author: media.nugraha@kkp.go.id / mfitri_isman@yahoo.com

## Abstrak
Manajemen hatchery penting untuk mempertahankan keragaman genetik dan kebugaran populasi dari spesies langka dan terancam punah di pembudidaya dan hal ini sulit dilakukan, tetapi menjadi keharusan untuk biologi konservasi. Kebugaran dan struktur populasi tergantung pada efektif breeding number (Ne) dan konektivitas populasi  antara  satu  sama  lain  serta  aliran  gen  dan  pergeseran  genetik.  Ne  memiliki  peran  utama  dalam pemeliharaan  keanekaragaman  genetik  dan  sebagai  indikator  terjadinya  inbreeding  dan  pergeseran  genetik. Terdapat  6 hatchery sampel  di  wilayah  Jakarta  dan  Bekasi  Indonesia  dengan  menggunakan  12  lokus mikrosatelit polimorfik  untuk  mengukur  struktur genetik populasi. Hasil penelitian  ini  menunjukkan bahwa masing-masing hatchery memiliki  metode  yang  berbeda.  Pembudidaya  paling  lama  adalah  bapak  Gusi  dan bapak Hasan (30 tahun). Ne di hatchery bapak Hasan dan bapak Gusi  adalah 66.667 dan nilai F adalah 0,00749 dan  nilai  kehilangan  alel  (P)  adalah  0,26183.  Dibandingkan  dengan  pembudidaya  bapak  Yahya  (5  tahun) memiliki Ne = 133.333, F = 0,00375 dan P = 0,06855. Meskipun penetasan di hatchery bapak Hasan dan bapak Gusi  memiliki nilai Ne, F dan P yang sama,  tetapi hasil struktur populasinya adalah populasi pendiri  yang berbeda.  Hatcheri  bapak  Hasan  memiliki  struktur  yang  unik  dan  komposisi  alel  dibandingkan  dengan pembenihan lainnya.
Kata kunci: breeding , manajemen, Melanotaenia boesemani , hatchery , populasi .

## Abstract
Hatchery  managers  and  maintaining  genetic  diversity  and  fitness  population  in  endangered  and  threatened species in pond is a important and difficult thing to do.  But is must to do for conservation biology.  Fitness and structure population depends on effective breeding number (Ne) and population connectivity between each other. The second most important thing is gene flow and genetic drift. Ne is major role in the maintenance of genetic diversity as indicator for inbreeding depresion and genetic drift.  We sampled 6 hatchery in Jakarta  and Bekasi Indonesia region and used 12 polymorphic microsatellite loci to quantify population genetic structure. Result in this study are, each farm have different methode. The old farmers is  bapak Gusi and bapak Hasan (+30 years).  Ne in bapak Hasan and bapak Gusi hatchery is 66,667 and F value is 0,00749 and loosing allele (P) is 0,26183.  Compared with younger farmers bapak Yahya (5 years) have Ne = 133,333, F = 0,00375 and P = 0,06855.  Even though hatchery  bapak Hasan and bapak Gusi have the same value Ne, F and P but the result  in  population  structure  they  are  different  founder  populations.  Hatchery  bapak  Hasan  have  unique structure and alleles composition compared with other hatchery.
Keywords: breeding, management, Melanotaenia boesemani , hatchery, population.
Volume 1 (2) June 2018: 81-92

## Pendahuluan
Melanotaenia  boesemani  (Allen  &  Cross,  1980)  adalah  salah  satu  ikan  hias  famili Melanotaeniidae,  endemik  di  danau  Ayamaru  dan  Uter/Aitinyo,  Papua  Barat  Indonesia (Kadarusman, 2012; Nugraha et al., 2015). M. boesemani di temukan pertama kali oleh Dr. Marinus Boeseman tahun 1955, seorang ikhtiolog Belanda dan menyimpan koleksinya pada museum  Rijksmuseum  van  Natuurlijke  Historie–Leiden  Belanda.    Allen  dan  Cross  tahun 1980  mendeskripsikan  spesies  ini  dari  spesimen  koleksi  museum  dan  memberikan  nama M. boesemani .  Pada bulan November 1982, Gerald R. Allen (Iktiolog Australia) dan Heiko Bleher  (kolektor  ikan  hias  Jerman)  mengunjungi  wilayah  terpencil  danau  Ayamaru  dan Aitinyo,  mereka  membawa  sejumlah  spesimen  hidup  ke  Eropa  dan  Australia  kemudian didistribusikan kepada penggemar ikan hias di seluruh dunia.
Melalui  publikasinya,  Allen  &  cross  (1980),  ikan  ini  semakin  populer  dan  menjadi incaran  banyak  penikmat  aquaria.  Sepanjang  tahun  1980-an,  ikan  pelangi  boeseman mengalami overfishing dimana lebih dari 10.000 jantan dieksploitasi dari habitat aslinya dan masuk dalam daftar red list hewan yang dilarang eksport dari habitat alam (IUCN, 2013). Sejak pertengahan tahun 1980-an, aquarist Heiko Bleher, menangkarkan, membudidayakan, dan mendistribusikan ikan pelangi boeseman ke hobiis akuarium di seluruh dunia (Smith et al , 2007).
Philippart  (1995)  mengemukakan  bahwa  teknik  budidaya  atau  penangkaran  adalah salah  satu  teknik  yang  efektif  dalam  penyelamatan  spesies  ikan.    Pada  tahun  yang  sama Philippart (1995) melaporkan bahwa setidaknya 35 spesies ikan yang terancam punah telah sukses dibudidayakan dan terhindar dari kepunahan. M. boesemani mulai dibudidayakan sejak tahun 1983 oleh bapak Gusi dan bapak Hasan yang mendapatkan induk dari eksportir yang berbeda di Jakarta.
Selama lebih 30 tahun M. boesemani di tangkarkan oleh kedua pembudidaya di atas, dan hingga penelitian ini dimulai, kami mendokumentasikan banyak keluhan dari kalangan pembudidaya antara lain, ukuran kecil, warna yang kurang menarik, bentuk tubuh abnormal, dan  jumlah  betina  lebih  banyak  dari  jantan.  Sebagian  besar  petani  dan  manejer hatchery tidak melakukan pencatatan tentang inbreeding .
Hanyutan  genetik  ( genetic  drift )  dari  proses inbreeding dapat  menimbulkan  efek defisiensi genetik, dan perubahan fluktuasi alel-alel dalam suatu populasi (Allendorf, 1993). Fenomena ini dapat mengakibatkan  kehilangan variasi genetik dari alel-alel penting dan alel langka,  yang  memberikan  dampak  pada  hilangnya  gen  penting  dan  langka,  selain  itu frekuensi alel dapat mengalami perubahan yang mengakibatkan rusaknya gene pool .
Menurut  Tave  (1986)  sebuah hatchery budidaya  ikan  akan  menghasilkan  budidaya yang  efektif,  jika  menerapkan  manajemen hatchery yang  baik.    Salah  satunya  dengan menghitung  formula  nilai inbreeding (nilai  perkawinan  sedarah)  dan effective  breeding number (Jumlah budidaya yang efektif).  Rata-rata nilai inbreeding harus ditentukan untuk semua populasi dalam hatchery pada setiap generasi.  Kareana nilai inbreeding adalah hal yang sama pentingnya dengan hasil budidaya. Manajemen induk merupakan bagian integral dari manajemen pembenihan. Effective breeding number dan nilai inbreeding merupakan parameter penting dalam membantu menjelaskan tren hasil, dan fekunditas. Nilai-nilai ini juga memungkinkan pembudidaya untuk memprediksi apakah akan terjadi masalah sebagai akibat dari tekanan inbreeding atau hilangnya variasi genetik.
Tujuan  penelitian  ini  adalah  1)  untuk  mengetahui  keragaman  manajeman  hatchery pada setiap pembudidaya, sehingga dapat mengestimasikan ukuran nilai effective breeding number (Ne)  pada  setiap  pembudidaya M.  boesemani ,  2)  untuk  mengetahui  apakah  ada tekanan inbreeding yang  terjadi  di  setiap hatchery pembudidaya  melalui  pengamatan keragaman alel dalam struktur populasi.

## Bahan dan Metode
Sampling dan sistim penelitian (Analisa sistim budidaya)
Penelitian  dilakukan  pada  Januari  –  September  2014,  pada  enam hatchery pembudidaya. Analisa sistim, pola dan teknik budidaya yang digunakan dengan pendekatan observasi  lapangan.    Dari  25  pembudidaya,  dipilih  6  pembudidaya  karena  memiliki konsistensi dalam membudidayakan M. boesemani tanpa jeda (Tabel 1).
Tabel 1. Daftar pembudidaya M. boesemani di wilayah Jabodetabek
No Pembudidaya dan Alamat Tahun mulai budidaya Jumlah sampel (dalam analisa struktur populasi) 1 Farm Gusi, Ciracas 1983 34 2 Farm Sukri, Depok 2000 30 3 Farm Hasan, Bekasi 1983 30 4 Farm Yahya,  Bekasi 2009 30 5 Farm Didi, Tridayasakti, Bekasi 1986 29 6 Farm Warso, Tambun Utara, Bekasi 2012 30
Nilai efektif budidaya ( effective breeding number ) M. boesemani pada hatchery
Untuk melakukan estimasi ukuran nilai effective breeding number dari M. boesemani pada setiap hatchery (6 pembudidaya), digunakan formula Tave, 1986. Penenetuan nilai Ne
berdasarkan probabilitas secara acak, pada satu pembudidaya dengan jumlah efektif individu dewasa.
1. Analisa  nilai  efektif  budidaya  ( effective  breeding  number )  (Ne)  berdasarkan sex  ratio dengan rumus dihitung dengan persamaan berikut:
𝑁𝐸 = 4( ♀ )( ♂ ) ( ♀ ) + ( ♂ )
Keterangan:  Ne  = effective  breeding  number; ♀ = Jumlah  betina  yang  memproduksi keturunan dan ♂ = Jumlah jantan yang memproduksi keturunan
2. Nilai Inbreeding yang terjadi dalam satu populasi tertutup di hitung dengan:

## 𝐹 = 1 2Ne
Hubungan terbalik antara F dan Ne jelas menunjukkan bahwa jika Ne menurun, maka F meningkat, begitu sebaliknya. Nilai F dihitung dalam formula adalah nilai inbreeding rata-rata untuk setiap ikan dalam populasi.
3. Nilai budidaya efektif dalam populasi budidaya (Nef).  Setelah terjadi penurunan pada nilai  Ne  artinya  terjadi  inbreeding. Inbreeding pada  akhirnya  menurunkan  masa  Ne dalam siklus umpan balik positif. Selanjutnya perhitungan Ne menjadi Nef, dimana  Nef adalah nilai efektif breeding dalam populasi budidaya.
𝑁 𝑒𝑓 = 𝑁𝐸 1 + F
4. Ketika jantan memijah dengan lebih dari satu betina dan / atau betina memijah dengan lebih  dari  satu  jantan,  ada  keberhasilan  reproduksi  yang  tidak  sama  untuk  dua  jenis kelamin, dan Ne menjadi:
𝑁 𝑒𝑈𝑅 = 8(𝑁𝐸) ( ♀ ) + ( ♂ ) + 4
5. Probabilitas  hilangnya  alel dalam 1 kali sampling (saat  melakukan transfer broodstock dari 1 generasi dari satu bak ke bak lainnya) dihitung dengan persamaan berikut:
𝑃 = (1.0 − 𝑞) 2𝑁𝑒
Keterangan:  nilai  q  =  0,01  (perhitungan  hilangnya  alel  dalam  1  generasi,  berdasarkan Tave, 1986)
6. Probabilitas alel yang tersimpan selama masa budidaya S = 1-P

## Genotyping
Genotyping dilakukan dengan tujuan untuk melihat keragaman alel untuk mengetahui tekanan inbreeding dan analisa struktur populasi.  Sejumlah sampel dianalisa seperti pada
Table 1.  Sampel diambil dengan melakukan anastesi pada semua sampel dengan 0.1 mL/L Eugenol (dengan zat aktif EU Directive 2010/63/EU).  Sekitar 1 cm sirip anal dipotong dan disimpan ke dalam microtube dengan larutan preservasi etanol absolut sampai saat ekstraksi DNA dilakukan.  Setelah sampling selesai ikan dipulihkan dari anastesi dan dikembalikan ke kolam. Anastesi ini dilakukan sesuai standar protokol animal welfare .

## DNA ekstraksi dan mikrosatelit amplifikasi
Sampel  dianalisa  dengan  pendekatan genotype dengan  menggunakan  12 nuclear mikrosatelit marker yang telah dikembangkan oleh Nugraha et al ., (2014).  DNA diekstraksi dari  sedikit  sampel  (10mg)  sirip  ekor  dengan the  Nucleospin @  96 tissue  kit (Machery- Nagel), dengan menggunakan alat ekstraksi  Janus automated workstation (Perkin Elmer). Primer forward dilabel dengan flurosence dyes (5’FAM, 5’HEX, 5’ATO550, 5’ATO565) (Eurofins).    Setiap  reaksi  berisi  5µL  2x master  mix ( Fast-start PCR kit ,  Roche),  0,1  µM primer forward , 0,4 µM primer reverse dan 0,5 µL DNA template .
Amplifikasi dan siklus PCR sebagai berikut: Denaturasi 950C selama 4 menit, diikuti dengan 30 x siklus 950C selama 20 detik, 560C selama 20 detik dan 720C selama 30 detik dan  final  elongasi  7  menit  pada  720C.    Analisa  amplifikasi  produk  PCR  dengan menggunakan elektrophoresis kapiler seperti yang dijelaskan sebelumnya oleh Nugraha et al. , (2014).  Pembacaan  ukuran alel dan genotyping menggunakan program peak scanner v1.0 dan GeneMapper v5.0 ( Applied Biosystems ).

## Analisa keragaman genetik
Jumlah alel (Na), nilai heterozigot observasi (Ho) dan heterozigot ekspektasi (He) di hitung dengan menggunakan aplikasi GENETIX 4.05 (Belkhir et al ., 1996).  Program ini adalah    program  lengkap  dalam  indeks  genetika  populasi  untuk  menilai  keragaman  dan perbedaan genetik  melalui analisis variabilitas genetik dalam hal heterozigositas dan tingkat jumlah alel.  Pendekatan ini digunakan untuk menilai kesalahan genotiping, kehadiran null allel , alel gagap / alel drop out yang di analisa dengan program Micro-Checker v. 2.2.3 (CI
95% bootstrap simulasi 1000x ) (Van Oosterhout et al ., 2004.

## Struktur populasi
Investigasi  performa  distribusi  variasi  genetik  dianalisa  dengan molecular  variance (AMOVA) dan kalkulasi keragaman alel, heterozigositi menggunakan program GENETIX 4.05  (Belkhir et  al .,  1996).  Analisa cluster  genetic menggunakan  program  STRUCTURE v.2.3.2 (Pitchard et al., 2000).
Program STRUCTURE v2.3.2 (Pitchard et al ., 2000) mengimplementasikan metode pengelompokan  genotipe  secara  memaksimalkan  dalam  kluster  berdasarkan  kesesuaian Hardy Weinberg Equilibrium (HWE) dan meminimalkan linkage disequilibrium . Program STRUCTURE  menghitung  kemungkinan  untuk  mengasumsikan  jumlah  cluster,  K,  dan memungkinkan perbandingan antara nilai-nilai K berbeda. Kami melakukan 20 kali ulangan independen  untuk  setiap  nilai  K  (K  =  1-11)  dengan  10.000  iterasi  MCMC  berdasarkan 10.000 iterasi burn-in . Asumsi setiap lokus adalah independen dan informasi setiap populasi dan sampel telah diketahui.

## Analisis data
Analisis data dilakukan dengan menggunakan sidik ragam dan dilanjutkan dengan uji W-Tuckey  pada  taraf  uji  5%  dengan  bantuan  program  SPSS  12,0  untuk  menganalisis perbedaan antar perlakuan.

## Hasil dan Pembahasan

## Teknik dan manajemen hatchery di Pembudidaya

## Pembudidaya bapak Gusi
Pembudidaya bapak Gusi masih menerapkan pola konvensional, yang memanfaatkan media  budidaya  dari  bak  beton.  Perkawainan  ikan  dilakukan  secara  acak  dengan perbandingan 1 jantan : 10 betina dan ditebar pada 60 buah kolam beton seluas 10 x 10 m2; 2x3  m2  ;  3x3 m2  dan  4x3  m2. Spawning dilakukan  secara  alami  tanpa  induksi  hormon. Pakan  yang  diberikan  antara  lain  jentik  nyamuk  (culex),  daphnia,  cacing  sutra  ( water worms ), tubifex  worms (cacing  darah)  dan  fitoplankton  yang  tersedia  di  dalam  kolam budidaya, tanpa melakukan tambahan pakan buatan.

## Pembudidaya Hasan dan Didi
Menerapkan  pola  budidaya  dalam  bak  beton  dan  akuariaum  dengan  sistim  tertutup, yang  memanfaatkan  fasilitas outdoor dan indoor . Spawning dilakukan  dalam  akuarium dengan perbandingan 25 jantan : 50 betina dengan wadah pemijahan tali rafia yang dibentuk seperti tanaman pakis.  Saat benih telah berukuran 1-1.5 inci, selanjutnya benih ditransfer ke akuarium lain dan siap di pasarkan atau di pelihara sebagai indukan baru.  Pergantian induk dilakukan setiap setelah dua kali periode pemijahan.  Manajemen pakan menggunakan pakan alami berupa kutu air saat juvenil dan pakan dikombinasikan dengan jentik nyamuk ( Culex ), cacing sutra dan tambahan pakan komersial lainnya jika suplai pakan alami tidak mencukupi.

## Pembudidaya Yahya dan Warso
Kedua pembudidaya ini menggunakan teknik budidaya indoor dengan menggunakan bak  beton  berukuran  3x4m2.    Seluruh  proses  budidaya  dari  spawning  hingga  penetasan dilakukan dengan sirkulasi  sistim  tertutup.  Pemijahan tetap dilakukan di  dalam bak, saat telah terjadi pembuahan induk jantan dan betina dipindahkan ke bak lainnya.  Manajemen pakan dengan menggunakan pakan alami.  Pada fase larva diberi pakan moina, dapnia.  Fase pendewasaan pakan di ganti dengan kutu air, jentik nyamuk, cacing darah, cacing sutra dan tambahan pakan buatan.

## Pembudidaya Sukri
Semua  aktifitas  budidaya  dilakukan  di  dalam  akuarium indoor dengan  sirkulasi tertutup hingga di pasarkan.  Pemijahan dilakukan secara alami dengan sarang akar pakis. Manajemen pakan  dengan menggunakan pakan alami Moina sp. dan Dapnia sp. saat masih larva, fase juvenil dan pendewasaan di ganti dengan jentik nyamuk, cacing darah dan caing sutra,  tanpa pakan buatan untuk menjaga kualitas air agar tetap bebas amoniak.
Nilai efektif budidaya ( Effective breeding number ) M. boesemani pada hatchery
Estimasi nilai efektif budidaya pada setiap pembudidaya dilakukan untuk melakukan pendugaan  pada  populasi  dan  perubahan  struktur  populasi  yang  terjadi  selama hatchery rainbowfish M. boesemani berproduksi. Nilai uuran populasi pada 6 pembudidaya disajikan pada Tabel 2.
Tabel 2. Analisa nilai ukuran populasi pada 6 pembudidaya
No Gusi Hasan Didi Yahya Warso Sukri Farm (30 th) Farm (30 th) Farm (28 th) Farm (5 th) Farm (2 th) Farm (4 th) 90 generasi 90 generasi 84 generasi 15 generasi 6 generasi 12 generasi Jumlah ∑ ♀ ∑ ♂ ∑ ♀ ∑ ♂ ∑ ♀ ∑ ♂ ∑ ♀ ∑ ♂ ∑ ♀ ∑ ♂ ∑ ♀ ∑ ♂ Tetua 100 20 50 25 70 30 100 50 40 20 100 10 Ne 66,667 66,667 84 133,333 53,333 36,364 2Ne 133,334 133,334 168 266,666 106,666 72,728 F = 1/2Ne 0,00749 0,00749 0,00595 0,00375 0,00937 0,01375 Nilai  F  tabel (Tave ,1986) 0,75% 0,75% 0,60% 0,38% 0,80% 1,38% 1+F 1,00749 1,00749 1,00595 1,00375 1,00937 1,01375 N ef = (Ne /1+F) 66,2036 66,2036 83,582 132,802 52,857 35,862 N eUR 4,3010 6,7510 6,46 6,926 6,6666 2,5518 P = (1,0-q) 2Ne 0,26183 0,26183 0,1848 0,06855 0,34231 0,48145 S = 1,0 - P 0,73817 0,73817 0,8152 0,93145 0,65769 0,51855
Berdasarkan  Tabel  2  dapat  dibaca  gambaran  manajemen hatchery pada  setiap pembudidaya sebagai berikut.  Data dari hatchery bapak Gusi (±30 tahun)  dan bapak Yahya
(5 tahun)  menjadi fokus utama. Hatchery bapak Gusi yang telah beroperasi selama lebih 30 tahun (lebih dari 90 generasi), memiliki teknik jumlah induk yang tidak sesuai dengan formula Tave (1986) yaitu 100 betina: 20 jantan (5:1), dengan nilai Ne sebesar 66,667 dan nilai inbreeding sebesar 0,00749 per generasi serta nilai alel yang hilang (P) sebesar 0,26183. Inbreeding pada hatchery bapak Gusi lebih tinggi dari visualisasi 90 generasi hatchery bapak Yahya.  Dugaan adalah proporsi jumlah betina yang lebih banyak dari jantan (5:1).  Pada generasi ke 90 dengan nilai inbreeding yang kurang dari 1%  (0,75%) dapat dikatakan bahwa hatchery bapak Gusi masih sehat.
Hatchery bapak  Yahya  memiliki  nilai effective  breeding  number (Ne)  tertinggi  = 133,333, nilai efektif dalam populasi budidaya (Nef) = 132,802  dan probabilitas alel yang disimpan  (S)  =  0,93145.    Nilai  paling  rendah  untuk  nilai inbreeding (F)  =  0,00375  dan probabilitas alel hilang (P) = 0,06855. Hatchery ini beroperasi selama 5 tahun dengan 15 generasi budidaya, dengan pola budidaya 100 betina : 50 jantan (2:1).  Perbandingan indukan ini tidak sesuai dengan formula Tave (1986).  Simulasi kebugaran hatchery bapak Yahya pada  generasi  ke 90  (jumlah generasi  yang sama dengan hatchery bapak  Gusi dan Hasan saat ini), maka nilai inbreeding per generasi dari hatchery bapak yahya sebesar 0,00375 : 15 =  0,00025.    Nilai  ini  masih  lebih  kecil  jika  dibandingkan  dengan  nilai inbreeding pada hatchery bapak Gusi.
Hatchery bapak  Hasan  memiliki  nilai  Ne,  2Ne,  F,  Nef,  P  dan  S  yang  sama  dengan hatchery bapak Gusi.  Tetapi berbeda pada nilai NeUr, hal ini dikarenakan jumlah proporsi jantan dan betina pada hatchery bapak Hasan tidak sama dengan bapak Gusi.  Jumlah jantan dan  betina  mempengaruhi  terhadap  keberhasilan  produksi  yang  tidak  sama  dalam pembuahan jantan dan betina dalam satu populasi.  Proporsi alel hilang pada hatchery bapak Gusi  dan  bapak  Hasan  dapat  diasumsikan  kecil  jika  dilihat  dengan  lama  waktu  budidaya yaitu 30 tahun (90 generasi).  Sedikit alel yang hilang dalam pola budidaya bapak Hasan dan bapak  Gusi  disebabkan  oleh  teknik  budidaya  massal,  dengan  banyak  bak  budidaya,  dan setiap bak mengalami rotasi indukan, sehingga alel yang hilang terminimalisir secara  alami.
Hatchery bapak  Didi  dengan  pola  induk  seperti  dalam  Tabel  2  jumlah  alel  hilang sekitar 0,1848  lebih kecil dari hatchery bapak Gusi dan bapak Hasan, karena jumlah tahun budidaya bapak Didi lebih kecil di banding bapak Hasan dan bapak Gusi yaitu 28 tahun (84 generasi). Hatchery bapak Warso dan bapak Sukri, masih sehat dikarenakan umur budidaya mereka masih kurang dari 5 tahun.
Seperti halnya dengan inbreeding (F), effective breeding number (Ne) adalah faktor yang  menentukan  besarnya inbreeding yang  terjadi.    Ne  dan  F  memiliki  hubungan  yang
terbalik,  saat  Ne  rendah inbreeding tinggi,  begitu  sebaliknya.    Pada  populasi  yang  besar, inbreeding (F)  lemah  dan  seleksi  terhadap  mutasi  yang  merusak  lebih  efektif  dari  pada populasi kecil.
Dari paparan hasil tentang  jumlah alel yang hilang selama budidaya maka hanyutan genetik ( genetic drift ), sangat penting dianalisa.  Biasanya hanyutan genetik banyak terjadi pada populasi kecil, sehingga terjadi inbreeding . Akibatnya pergeseran genetik makin tinggi, sehingga  alel  terbaik    dan  alel  langka  yang  hanya  hadir  pada  lokus  gen  tertentu  akan berangsur hilang dalam gene pool .
Hal  ini  sangat  menarik,  bahwa  ukuran  populasi  dan  jumlah  induk  dalam  budidaya sangat  mempengaruhi  inbreeding  dan  hanyutan  genetik. Effective  breeding  number (Ne) atau  jumlah  efektif  budidaya  adalah  ukuran  ideal  sebuah  populasi  merupakan  salah  satu konsep yang paling penting dalam pengelolaan populasi, dalam hal ini memberikan indikasi tentang stabilitas  genetik dari populasi karena nilai  (Ne) berbanding terbalik dengan nilai tekanan inbreeding (F).
Nilai  Ne  pada  spesies  terancam  punah  dan  langka  adalah  kunci  penting  dalam konservasi  dan  manajemen  budidaya  (Andersen et  al., 2004;  Schwartz et  al .,  2007).
Berkurangnya  nilai  populasi  efektif  dapat  memberikan  efek  merusak,  termasuk  tekanan inbreeding dan hilangnya keragaman genetik, yang dapat mengurangi kemampuan spesies atau  populasi  untuk  beradaptasi  dengan  perubahan  lingkungan  dalam  merespon  pengaruh lingkungan seperti penyakit dan patogen lainnya (Crnokrak and Roff, 1999).
Analisa keragaman genetik populasi antar hatchery pembudidaya
Keragaman  genetik  diperoleh  dari  hasil  analisa  jumlah  alel  (Na),  Heterozigositas ekspektasi (He), Heterozigositas teramati (Ho) dan frekuensi alel yang diolah  dan dianalisa dengan  menggunakan  program  GENETIX  v4.05  (Belkhir et  al. 1996).  Analisa  MICRO CHECKER  v.2.2.3  (Van  Oosterhout et  al .,  2004)  (CI  95%  bootstrap  simulasi  1000x), memperlihatkan tidak ada kesalahan genotipe, tidak ada kehadiran null alel, tidak ada alel gagap dan tidak ada alel drop out . Hasil  data dari program GENETIX v4.05 diolah lebih lanjut pada program STRUCTURE v2.3.2 (Pitchard et al ., 2000).
Berikut di tampilkan analisa struktur populasi, dengan gambaran frekuensi alel yang terdapat pada setiap hatchery (Gambar 1).

## K3

## K4
Gambar 1. Gambar 1. Hasil genetik pengelompokkan dalam struktur berdasarkan 12 lokus mikrosatelit. Setiap vertikal bar mewakili individu sampel, dan tinggi masing-masing segmen berwarna dalam setiap bar  mewakili  probabilitas  sampel  dalam  masing-masing  populasi.    Hasil  digambarkan  secara optimal dengan nilai K (K = 3 dan K = 4). Warna adalah variasi alel yang dimiliki setiap populasi
Program  STRUCTURE  (Pritchard et  al .,  2000)  memformulasikan  sub  populasi (populasi  setiap hatchery budidaya)  adalah self -fertilisasi  tanpa  adanya Hardy-Weinberg Equilibrium .
Analisa struktur populasi menunjukkan bahwa populasi dalam hatchery bapak Hasan sangat spesifik berbeda dari populasi hatchery lainnya.  Terlihat dari nilai K = 3 dan K = 4, yang mana hatchery bapak Hasan konsisten dengan pola yang berbeda pada setiap nilai K.
Alel  dominan  pada hatchery bapak  hasan  merupakan rare  allel (alel  langka)  yang  tidak dimiki  oleh  pembudidaya  lainnya  terlihat  dari  hasil  analisa  struktur  populasi.    Dapat dikatakan bahwa founder populasi pada hatchery bapak Hasan memiliki alel yang berbeda dari founder populasi pada hatchery pembudidaya lainnya.
Dari  hasil  analisa  struktur  populasi  ini  terlihat  bahwa  populasi  pendiri  ( founder population )  pada  setiap hatchery adalah  berbeda.    Setiap  pembudidaya hatchery adalah independent dalam usaha budidaya mereka.  Para pembudidaya ini tidak melakukan sharing indukan, semua indukan dan hasil produksi mereka kelola sendiri secara terus menerus dan turun temurun.
Founder  population menjadi  dasar  populasi  pada  setiap hatchery .    Selama  usaha budidaya, terjadi perubahan pada frekuensi gen sebagai akibat dari perkawinan dalam 1 gene pool. Pergeseran  genetik  dapat  terjadi  selama  proses  pemijahan  /  penciptaan  generasi
berikutnya.  Gen ditransfer dari tetua kepada keturunannya (transfer gen dalam waktu yang sama; dari satu generasi ke generasi berikutnya).  Ketika ikan dipindahkan dari satu hatchery ke hatchery yang lain (transfer gen melintasi ruang).
Oubourg et al. (2010) mengatakan bahwa  (1) Peningkatan frekuensi alel homozigot akan  mengurangi  kesehatan  individu  sehingga  terjadi  penurunan  viabilitas,  (2)  Hilangnya variasi genetik dalam suatu populasi akan membuat penurunan kelangsungan hidup jangka panjang dari populasi, (3) Populasi baru  yang terisolasi secara genetik semakin berbeda dari populasi  asalnya  dan  (4)  Akibat  perkawinan  satu gene  pool secara  terus  menerus,  maka pergeseran genetik dalam populasi semakin tinggi, sehingga meningkatkan hilangnya alel langka dalam populasi tersebut.

## Simpulan
Hatchery pada setiap pembudidaya dari hatchery tertua bapak Gusi dan bapak Hasan hingga hatchery termuda bapak Warso masih dalam kondisi bugar dan  belum mengalami inbreeding .  Dari analisa struktur populasi disimpulkan bahwa; populasi pendiri dari setiap hatchery adalah berbeda.  Terlihat dari gambaran analisa struktur populasi setiap hatchery berbeda. Hatchery bapak Hasan sangat berbeda dan spesifik dan memiliki alel yang berbeda dari hatchery lainnya.

## Persantunan
Kami  mengucapkan  terima  kasih  yang  sebesar  besarnya  kepada  Kedutaan  Besar  - Kementerian  Luar  Negeri  Negara  Perancis  dan  IRD  (l’institut  de  recherche  pour  le development)  Perancis  atas  beasiswa  dan  dana  penelitian  yang  di  berikan,  sehingga penelitian ini dapat terlaksana.  Ucapan Terima kasih dan penghargaan kami kepada bapak Sumanta atas jasa dan bantuan selama survey pada pembudidaya M. boesemani di kawasan Jabodetabek, sehingga data yang di dapatkan sangat akurat dan tajam.

## Daftar Pustaka
Allen GR, Cross NJ. (1980).  Descriptions of five new rainbowfish  (Melanotaeniidae) from New Guinea,  Rec. West Aust. Mus .8(3):377-396.
Allendrof FW. 1993.  Delay of Adaptation to Captive Breeding by Equalizing Family Size. Conservation Biology . 7(2):416-419.
Andersen LW, Fog K, Damgaard C.  2004.  Habitat fragmentation causes bottlenecks and inbreeding in the european tree frog ( Hyla arborea).  Proc R Soc Lond B .271:1293- 1302.
Angfa.  2011.  Rainbowfishe Their Care & Keeping in Captivity. Second Edition.
Belkhir K, Borsa P, Chikhi L, Raufaste N,  Bonhomme F. 1996.  GENETIX 4.05, logiciel sous  WindowsTM  pour  la  génétique  des  populations,  CNRS,  Laboratoire  génome, populations, interactions, Montpellier, France.
Crnokrak P, Roff DA. 1999.  Inbreeding depression in the wild heredity.  83:260-270.
Philippart JC. 1995.  Is captive breeding an effective solution for the preservation of endemic species. Biological conservation .72:281-295.
Smith HP, Jones R, Kailola P.  2007.  FINAL REPORT. Scientific review of the biosecurity risks  associated  with  the  importation  of  rainbowfish  for  ornamental  purposes. Panaquatic® Health Solutions Pty Ltd,  pp 101.
IUCN.  (2013).  IUCN  Red  List  of  Threatened  Species  [internet].  [diacu  2013  Agustus  1]. Tersedia dari,  www.iucnredlist.org
Kadarusman.    2012.    Rainbowfishes  from  West  Papua  (Melanotaeniidae):  Evolution  and Systematics. These Doctorat de l’Universite de Toulouse France , pp 161.
Nugraha  MFI,  Pouyaud  L,  Carman  O,  Kadarusman,  Widyastuti  U,  Avarre  JC.  2014. Development  of  twelve  novel  polymorphic  microsatellite  DNA  markas  for  the Boeseman's rainbowfish ( Melanotaenia boesemani ) and test for their cross-utility in 21  rainbowfish  species  from  West  Papua  (Indonesia). European  Journal  Wild  Life Research . 60:941-946. doi: 10. 1007/s10344-014-0868-2.
Nugraha MFI, Pouyaud L, Carman O, Widyastuti U, Junior MZ, Kadarusman, Avarre JC. 2015. Genetic diversity of Boeseman’s rainbowfish Melanotaenia boesemani reared in  Indonesian  farms  compared  to  endangered  natural  population. Tropical Conservation Science . 8(3):796-805.
Ouborg  NJ,  Pertoldi  C,  Loeschcke  V,  Bijlsma  RK,  Hedrick  PW.    2010.    Conservation genetics in transition to conservation genomics. Trends in Genetics . 26 (4):177-187. doi:10.1016/j.tig.2010.01.001.
Pritchard  JK,  Stephens  M,  Donnelly  P.    2000.    Inference  of  population  structure  using multilocus genotype data. Genetics . 155:945-959.
Schwartz  M,  Luikart  G,  Waples  R.  (2007).  Genetic  monitoring  as  a  promissing  tool  for conservation and management. Trends Ecol Evo. 22:25-33.
Tave D.  1986.  Genetics for fish hatchery managers. Avi publishing company, Inc. Westport, Connecticut, 113 - 227
Van  Oosterhout  C,  Hutchinson  WF,  Wills  DPM,  Shipley  P.    (2004).  Micro-Checker: software for identifying and correcting genotyping errors in microsatellite data. Mol Ecol Note. 4: 535-538m.