Hubungan filogenetik ikan tahan cekaman di Hutan Harapan Jambi berdasarkan DNA Barcode
[Phylogenetic relationships of stress resistant fish in Harapan Rainforest Jambi based on DNA barcode]
Tedjo Sukmono 1 , Winda Dwi Kartika 2
1 Program Studi Biologi Fakultas Sains dan Teknologi Universitas Jambi 2 Program Studi Pendidikan Biologi Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan Universitas Jambi Surel: sukmonotedjo@gmail.com, windadwikartika@unja.ac.id
Diterima: 7 Oktober 2020; Disetujui: 20 Mei 2021

## Abstrak
DNA barcode sebagai alat efektif  identifikasi dan mengungkap hubungan filogenetik pada ikan. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis runutan DNA, jarak genetik dan hubungan filogenetik ikan tahan cekaman ( blackfish) di Hutan Harapan Jambi berdasarkan DNA barcode . Penelitian  dilakukan pada April-Agustus 2016 di Hutan Harapan Jambi, Laboratorium Terpadu Universitas Jambi dan Laboratorium Pusat Studi Satwa Primata IPB Bogor. Ektraksi DNA dilakukan pada lima spesies ikan  tahan cekaman dari Hutan Harapan    Jambi  yaitu  kerapu  rawa  ( Nandus  nebulosus ),  sepatung  ( Pristolepis  grootii ),  sepat  mutiara ( Trichopodus  leerii ),  gabus  ( Channa  striata ),  dan  toman  ( Channa  micropeltes ).  Sebagai  kelompok pembanding    digunakan  ikan  yang  tidak  tahan  cekaman  ( whitefish )  dari  Hutan  Harapan  Jambi  yaitu ridiangus ( Balantiocheilos  melanopterus ), dan dari gen-bank NCBI yaitu baung ( Hemibagrus  nemurus) nomor  akses  KT001040,1.  Ektraksi    DNA  berdasarkan Quick-Star  Protocol jaringan  dari  Qiagen. Amplifikasi gen COI dengan modifikasi pada suhu penguraian DNA dan penempelan primer. Visualisasi pita DNA menggunakan mesin elektroforesis horizontal dari Bio Rad . Sequencing DNA dikirim ke 1 st Base Malaysia. Analisis DNA menggunakan perangkat lunak Bioedit dan MEGA X. Hasil pensejajaran pita DNA  pada  MEGA  X  menghasilkan  runutan  DNA  sepanjang  588  bp,  terdiri  atas conserve 350  bp  dan variable 238 bp. Komposisi basa nukleotida (T/U) =29%, C=28,6%, A=25%, dan G=17,3%. Jarak genetik terdekat  pada Channa  striata dan Channa  micropeltes 0,190  dan    terjauh  pada Nandus  nebulosus dan Hemibagrus  nemurus 0,303.  Berdasarkan  pohon  filogeni  menunjukkan  bahwa  kelompok blackfish (ingroup )    terpisah  dengan  kelompok whitefish (pembanding),  pada blackfish terbagi  atas  Channidae ( Channa  striata,  Channa  micropeltes )  dan  non  Channidae  ( Nandus  nebulosus,  Trichopodus  leerii, Pristolepis grootii ).
Kata penting: Hutan Harapan , DNA barcode , ikan tahan cekaman

## Abstract
DNA  barcode  as  an  effective  tool  for  identification  and  reveal  phylogenetic  relationships  in  fish.  The purpose of this study was to analysis DNA sequence, genetic distance and reveal phylogenetic relationships of stress resistance fish (blackfish) in Harapan Rainforest Jambi base on DNA barcode. The research was conducted form April to August 2016 in Harapan Rainforest Jambi, Integrated Laboratory, Jambi University and Biotechnology Laboratory of the Primate Study Centre-IPB University. DNA extraction was done on five  blackfish  species  from  Harapan  Rainforest  Jambi,  namely Nandus  nebulosus , Pristolepis  grootii , Trichopodus leerii , Channa striata and Channa micropeltes . As a comparison, we used stress intolerance fish  (whitefish)  from  Harapan  Rainforest  Jambi,  i.e., Balantiocheilos  melanopterus and Hemibagrus nemurus from the gene-bank NCBI with acession number KT001040,1. DNA Extraction was performed according  to  Quick-Star  Tissue  Protocol  from  Qiagen.  COI  gene  amplification  with  modification  at denaturation  and  anneling  temperatures.  Visualization  DNA  band  using  a  horizontal  electrophoresis machine  from  Bio  Rad.  Sequencing  DNA  send  to  1st  Base  Malaysia.  DNA  sequence  used  Biodit  and MEGA X software. The alignment of the DNA bands in MEGA X produces DNA sequence along 588 bp, where 350 bp conserve and 238 bp variable sites. The composition of the base nucleotides were (T/U) =29%, C=28.6%, A=25%, and G=17.3%. The closest genetic distance was between Channa striata and
Channa micropeltes (0.190)  and the farthest was found on Nandus nebulosus and Hemibagrus nemurus (0.303).  The  phylogeny  tree  shows  that  the  blackfishes  are  separated  from  whitefishes.  The  group  of blackfish is divided into Channidae group ( Channa striata, Channa micropeltes ) and non-Channidae group ( Nandus nebulosus, Trichopodus leerii, Pristolepis grootii).

## Keywords: blackfishes, DNA barcode, Harapan Rainforest

## Pendahuluan
Hutan  Harapan  Jambi  merupakan  areal restorasi  ekosistem  yang  pertama  di  Indo- nesia,  berada  di  Pulau  Sumatra  meliputi Provinsi Jambi dan Sumatra Selatan dengan luas  saat  ini  ±  100.000  ha.  Berbagai  tipe ekosistem seperti hutan sekunder tinggi dan rendah serta perairan umum daratan (sungai dan rawa) dapat ditemukan di Hutan Harap- an. Menurut Sukmono et al. (2013), perairan umum daratan di Hutan Harapan meliputi 4 subdaerah aliran sungai (DAS) yaitu: Sungai Kandang, Sungai Meranti, Sungai Lalan, dan Sungai Kapas. Sungai-sungai tersebut bertipe sungai rawa banjiran. Pada musim hujan air bisa meluap masuk ke daerah paparan banjir sehingga  di  sepanjang  sungai  bermunculan rawa-rawa banjiran, namun pada saat kema- rau  rawa - rawa  tersebut  terpisah  dengan sungai  utama  sehingga  terbentuk  beberapa area bertahan ikan ( refuge  area ) dengan sa- luran-saluran bersifat sementara (Sukmono et
al . 2020)
Menurut  Welcomme  (2001)  dan  Elvira (2010), rawa banjiran merupakan habitat ber- bagai  jenis  ikan . Terdapat  dua  kelompok utama ikan yaitu ikan yang sepanjang hidup- nya ada di sungai atau terkadang beruaya ke paparan  banjir,  namun  harus  kembali  ke sungai  utama  untuk  menghindari  kondisi lingkungan  yang  kualitas  airnya  menurun.
Kelompok  ikan  ini  tidak  tahan  terhadap cekaman  pada  saat  kemarau  yang  dikenal sebagai ikan tidak tahan cekaman ( whitefish ).
Kelompok  kedua  adalah  ikan  yang  mampu bertahan pada air menggenang dan tahan ter- hadap cekaman atau kualitas air yang menu- run  seperti:  kandungan  oksigen  terlarut rendah,  suhu  yang  tinggi,  partikel  terlarut tinggi,  serta  perubahan  air  menjadi  coklat kehitaman,  dikenal  sebagai  ikan  tahan  ce- kaman  ( blackfish ).  Ikan  anggota  ikan  tahan cekaman umumnya dilengkapi dengan organ tambahan  yang  mampu  mengambil  oksigen langsung dari udara (Welcomme 2001). Ikan tidak tahan cekaman dan ikan tahan cekaman ditemukan  hidup  alami  di  perairan  Hutan Harapan Jambi.
Anggota  ikan  tahan  cekaman  umumnya berasal dari famili Channidae, Anabantidae, Siluridae,dan Osphronemidae (Elvira 2010). Famili tersebut memiliki beberapa kesamaan karakter seperti: mampu beradaptasi terhadap oksigen  rendah,  hidup  pada  habitat  yang sempit, memiliki organolfaxtory dan electro- sensor y,  serta  warna  badan  kehitaman. Organ-organ dengan bentuk dan fungsi yang hampir  sama  umumnya  diekspresikan  dari gen dengan runutan DNA yang hampir sama dan  terdapat  hubungan  filogenetik.  Sebagai contoh, pada kelompok catfish yang memiliki kelenjar  racun  berdasarkan  analisis  filogeni
memiliki hubungan kekerabatan lebih dekat dibandingkan catfish yang  tidak  memiliki kelenjar racun, hal ini didasarkan pada kesa- maan  polipeptida  yang  terdapat  dalam kelenjar racun tersebut (Wright 2009). Kesa- maan  adanya  organ  pernafasan  tambahan pada ikan tahan cekaman sebagai salah satu indikasi  adanya  kedekatan  runutan  DNA. Menurut Luca et al . (2008), kesamaan habitat
dan perilaku adaptasi pada ikan menimbulkan pertanyaan yang menarik dan relevan terkait dengan  studi  evolusi  untuk  mengetahui  hu- bungan  filogeni  dan  nenek  moyangnya. Kevin et al . (2009) menyatakan bahwa Cyto-
chrome  oxidase I  (COI)  atau  DNA barcode dapat  digunakan  untuk  diagnosis  molekular hubungan kekerabatan spesies. DNA barcode merupakan  runutan  DNA  pendek  dengan ukuran ± 650 bp yang dapat digunakan untuk mengidentifikasi  berbagai  spesies  hewan secara cepat (Prasanna et al . 2011). Menurut
Herbert et al. (2003) dan Ward et al . (2009),
DNA barcode dapat digunakan untuk meng- identifikasi  spesies  secara  cepat,  dan  akurat dengan  membandingkan  data  DNA  yang sudah tersimpan di gen-bank . DNA barcode telah  berhasil  digunakan  dalam  berbagai penelitian untuk mengungkapkan kekerabat- an  berbagai  spesies,  seperti  biodiversitas Mugilidae  dari  Indo-Australia  (Erwan et
al .2020).
Hingga  saat  ini  belum  dilakukan  pene- litian untuk mengetahui hubungan filogenetik ikan tahan cekaman di Hutan Harapan Jambi.
Penentuan  kekerabatan,  hubungan  filogene- tik,  dan  jarak  genetik  tidak  bisa  dilakukan
dengan identifikasi secara morfologi, sehing- ga  diperlukan  identifikasi  molekuler,  salah satunya  menggunakan  DNA  barcoding (Prasanna et al . 2011; Sukmono et al. 2015).
Penelitian  ini  bertujuan  untuk  menganalisis komposisi nukleotida, jarak genetik, dan hu- bungan  filogenetik  ikan  tahan  cekaman  di Hutan  Harapan  Jambi  berdasarkan  DNA
barcode .

## Bahan dan metode
Pengambilan sampel ikan tahan cekaman dilakukan  di  Sungai  Kapas,  Hutan  Harapan Jambi  (Gambar  1),  pada  musim  kemarau (April-Agustus)  2016  yang  meliputi  tiga stasiun  (Gambar  2).  Stasiun  satu  (St.1)  pos patrol;  koordinat  S  02°14.860’  dan  E 103°17’22.4,  stasiun  dua  (St.  2)  pintasan Ubay merupakan rawa banjiran koordinat S 02°15.112’  dan  E  103°17’22.5  dan  stasiun tiga(St.  3)  Muara  Bato  koordinat  S2°14.15 dan E 1,3°17’20.5.
Penangkapan  ikan  menggunakan  jaring insang  ukuran  panjang  30  m,  lebar  120  cm dan mata jaring ukuran 0,5-1,5 inci. Pancing exory dengan ukuran panjang 1,2 m dan mata pancing  karbonno  5,  7,  9,  dan  11.  Untuk menangkap  ikan  tahan  cekaman  digunakan umpan  katak,  jangkrik,  dan  cacing.  Alat tangkap lain adalah jala lempar dengan pan- jang 3 m dan bukaan 2 m 2 . Sampel ikan yang didapatkan  dilakukan  identifikasi  cepat  di lapangan  menggunaan  beberapa  buku  iden- tifikasi seperti: Kottelat et al. (1993), Kottelat &  Whitten  (1996),  dan  Rachmatika  (2004), serta secara daring dengan Fishbase (Froese
& Pauly 2016). Identifikasi ikan lebih lanjut dilakukan  di  Laboratorium  Dasar  Terpadu
Universitas Jambi. Pengambilan jaringan un- tuk analisis DNA dilakukan di lapangan de-
Gambar 1 Peta lokasi pengambilan sampel di Hutan Harapan Jambi
Gambar 2 Stasiun pengambilan sampel diSungai Kapas Hutan Harapan. A. Areal Pos Patrol (Stasiun 1), B.Pintasan Ubay (Stasiun 2), C. Muaro Bato (Stasiun 3)
ngan cara memotong pangkal sirip dada sebe- lah kanan menggunakan gunting, selanjutnya disimpan pada tabung ependorf 15 ml yang sudah berisi alkohol 96%. Beberapa spesimen dengan kondisi baik didepositkan di Museum
Zoological Bogoriens (MZB) LIPI Cibinong untuk mendapatkan nomor katalog museum.
Analisis DNA dilakukan di Laboratorium Pusat  Studi  Satwa  Primata  (PSSP)  Institut Pertanian  Bogor.  Setiap  spesies  dianalisis DNA  sebanyak  3  individu,  kecuali Nandus
nebulosus dan Balentiochelos  melanopterus hanya  satu  individu  karena  sampel  yang terbatas . Proses  ektraksi  DNA  dilakukan menggunakan DNeasy dari Qiagen dan dipro- ses dalam Biosaftey Cabinet (BSC). Jaringan sirip dengan ukuran ± 0,5 cm dicacah sampai halus  menggunakan  pisau  bedah  steril  dan ditambahkan  250  µl phosphat  buffer  saline (PBS), buffer ATL 180 µL, dan prot K 20 µL, selanjutnya di vortex dan inkubasi pada suhu 56 ⁰ C  selama  lima  menit.  Berikutnya  ditam- bahkan  buffer  Al  dan  Ethanol  absolut  @ 200µL  dan  di  ambil  filtrat  DNA  kemudian dipindahkan  ke  tabung  ependorf  1,5  µL ditambahkan  AW  1  dan  AW  2  @  200  µL, kemudian  ditambah  100µL  buffer  AE  dan diinkubasi  pada  suhu  kamar  selama  dua menit,  selanjutnya  disentrifuge  pada  kece- patan  8000  rpm  selama  satu  menit,  maka didapatkan DNA 100µL.
Proses  PCR  dilakukan  berdasarkan  me- tode  Ward et  al .  (2009)  yang  dimodifikasi suhu dan waktu saat pelepasan ikatan doube helix  DNA  ( denaturasi )  dan  suhu  penem- pelan primer (anneling ). PCR menggunakan
master mix PCR goteq dengan primer FishF1
( forward )  5’TCAACCAACCACAAAGAC- ATTGGCAC3’dan FishR1 ( reverse ) 5’TAGACTTCTGG  GTGGCCAAAGAA-
TCA3’  yang  akan  menghasilkan  segmen ±650 bp sebagai ciri runutan DNA barcode. Komposisi  reaksi  PCR  meliputi: primer
FishF1 dan FishR1 masing-masing  1  µL,
master  mix  qotaq 12.5  µL, nuclease  free water 5.5 µL, dan DNA sampel 5 µL, total volume  PCR  25  µL.  Kondisi  suhu  PCR meliputi: denaturasi pada suhu 94 º C selama 30 detik, anneling pada suhu 52 º C selama 30 detik dan ekstensi pada suhu 72 º C selama 30 detik, selanjutnya post PCR pada suhu 72 º C selama  5  detik  (Sukmono et  al. 2015).
Visualisasi  pita  DNA  dengan elektroforesis dari bio  rad ,  komposisi  saat elektroforesis meliputi: gel  agarosa 1,8  %,  DNA ladder dari  vivantis  100  bp,  sampel  DNA20  µL, voltase 100 watt dan waktu 45 menit. Proses
sequencing dikirim  ke  1 st base  Malaysia melalui PT Genetika Science Jakarta dengan target panjang basa nukleotida ±650 bp.
Hasil perunutan DNA dianalisis panjang basa  nukelotidanya  menggunakan  program bioedit, selanjutnya dilakukan cek penempel- an  primer  pada  program  MEGAX,  hingga didapatkan  konsensus  runutan  DNA  ikan tahan  cekaman.  DNA  konsesus  selanjutnya dicocokkan  dengan  DNA  ikan  yang  sejenis pada  genbank  NCBI  (www.ncbi.nlm.nih. gov)  dengan cara  di Basic  Local  Alignment
Search  Tool (BLAST).  Untuk  membuat  kla- dogram  hubungan  filogenetik  ikan  tahan cekaman,  runutan  DNA  disejajarkan  pada
program  MEGA  X.  Rekonstruksi  pohon filogeni menggunakan neighbor joining (NJ) dan boostrap 1000  X.  Selain  itu  juga dilakukan  analisis  komposisi  nukleotida, jumlah basa nukleotida yang urutannya tidak berubah ( conserve) dan basa nukleotida yang urutannya berubah ( variable ), perubahan mu- tasi  titik  pada  ikan  tahan  cekaman  dan pembanding  ( outgroup) ,  serta  pengukuran
jarak  genetik  dengan  metode  jarak  ber- pasangan  ( pairwise  distance). Pada  proses penyusunan  filogentik ikan  tahan  cekaman , sebagai  pembanding  ( outgroup )  digunakan jenis ikan yang tidak tahan cekaman karena tidak  memiliki  alat  nafas  tambahan  yaitu: ridiangus  ( Balantiocheilos  melanopterus ) dan baung ( Hemibagrus nemurus ).
Gambar  3 Spesies ikan tahan cekaman di Hutan Harapan Jambi: a. sepatung ( Pristolepis grootii), b. sepat mutiara ( Trichopodus leerii), c. gabus ( Channa striata ),d. toman ( Channa micropeltes), e.  kerapu  rawa (Nandus  nebulosus ),  f.  Ridiangus  ( Balantiocheilos melanopterus) sebagai pembanding ( outgroup).
a b c d e f

## Hasil
Berdasarkan  identifikasi  secara  morfo- logi  didapatkan  lima  spesies  ikan  tahan cekaman di  Hutan  Harapan  Jambi,  yaitu: kerapu  rawa  ( Nandus  nebulosus ),  sepatung
( Pristolepis  grootii ),  sepat  mutiara  ( Tricho- podus  leerii ),  gabus  ( Channa  striata ),  dan toman  ( Channa  micropeltes ).  Sebagai  pem- banding  ( outgroup) untuk  penyusunan  filo- genetik  berbasis  runutan  DNA  digunakan
Tabel 1 Data deposit spesimen ikan tahan cekaman Hutan Harapan Jambipada MZB LIPI No Spesies Nama lokal Famili MZB 1 Channa striata Gabus Channidae 22214 2 Channa micropeltes Toman Channidae - 3 Trichopodus leeri Sepat Mutiara Osphronemidae 22237 4 Nandus nebulosus Kerapu rawa Nandidae 22196 5 Pristolepis grootii Sepatung Pristolepididae 22205
Gambar 4 Visualisasi pita DNA ikan tahan cekaman pada Gel Doc, M. Marka: 1. Channa striata, 2. Channa micropeltes, 3. Trichopodus leerii, 4. Nandus nebulosus, 5. Pristolepis grootii
Tabel 2 Hasil BLAST pada Gen-bank NCBI ikan tahan cekaman di Hutan Harapan Jambi No Spesies Data gen bank Identify (%) Ac. number 1 Channa striata Channa striata 99,08 MF496938.1 2 Channa micropeltes Channa micropeltes 99,54 KM213040.1 3 Trichopodus leerii Trichopodus leerii 98,14 KR029983.1 4 Nandus nebulosus* Nandus oxyrhynchus 88,42 MK448149.1 5 Pristolepis grootii Pristolepis fasciata 95,05 MH721176.1 6 Balantiocheilosmelanopterus Balantiocheilosmelanopterus 100 KU568765.1 7 - Hemibagrus nemurus 100 KT001040.1 Keterangan * belum ada di data gen-bank NCBI M          1    2          3    4    5 ± 650 bp
ikan dari kelompokikan tidak tahan cekaman yang  memiliki  sifat  berbeda  dengan  ikan tahan  cekaman. Outgroup yang  digunakan yaitu  ridiangus  ( Balantiocheilos  melanopte-
rus )  dari  Hutan  Harapan  Jambi  dan  baung
( Mystus  nemurus )  dengan  penamaan  yang valid saat ini Hemibagrus  nemurus dari gen
bank NCBI.  Foto  ikan  tahan  cekaman  dari Hutan Harapan disajikan pada Gambar 3.
Beberapa spesimen didepositkan di Mu-
seum  Zoological  Bogoriens
(MZB)  LIPI
Cibinong  (Tabel  1),  selanjutnya  dilakukan
analisis  molekular  menggunakan  DNA
barcode dengan marka gen COI.
Hasil visualisasi pita DNA menunjukkan ukuran panjang pita rata-rata secara kurang- titatif  ±  650bp  (Gambar  3).  Selanjutnya sampel  DNA  dikirim  ke  1 st base Malaysia untuk proses perunutan DNA.
Hasil  perunutan  DNAdari  1 st base Ma- laysia,  selanjutnya  dikoreksi  pada  program Bioedit  untuk  memastikan  panjang  urutan basa nukleotida yang didapat sesuai dengan target yaitu ± 650 bp. Selanjutnya dilakukan pengoreksian penempelan primer FishF1 dan
Tabel 3 Komposisi basa nukleotida ikan tahan cekaman dan pemnading ( outgrou) Species T(U) C A G Total Channa striata 29,1 29,9 24,3 16,7 588,0 Channa micropeltes 25,5 31,6 25,2 17,7 588,0 Nandus nebulosus 30,1 27,9 23,8 18,2 588,0 Balantiocheilos melanopterus (outgrup) 29,8 25,9 28,1 16,3 588,0 Trichopodus leerii 31,3 27,0 24,5 17,2 588,0 Pristolepis grootii 27,9 31,1 23,3 17,7 588,0 Hemibagrus nemurus (outgrup) 29,6 26,5 26,2 17,7 588,0 Rata-rata (%) 29,0 28,6 25,0 17,3 588,0 Tabel 4 Jarak genetik dengan pairwise distance ikan tahan cekaman dan outgroup Species 1 2 3 4 5 6
1. Channa striata
2. Channa micropeltes
0,190
3. Nandus nebulosus
0,251  0,246
4. Balantiocheilos melanopterus* 0,275  0,263  0,288
5. Trichopodus leerii
0,232  0,240  0,245  0,294
6. Pristolepis grootii 0,244  0,198  0,254  0,290  0,195
7. Hemibagrus nemurus*
0,246  0,258  0,303  0,247  0,258  0,279
Keterangan * outgroup (whitefish)
FishR 1  pada  Program  MEGA  X  sehingga didapatkan  DNA  konsensus  setiap  spesies. Penentuan  spesies  dilakukan  dengan  men- cocokkan  pada Gen-bank NCBI  dengan BLAST (Tabel 2).
DNA konsensus yang didapat digunakan untuk  analisis  DNA,  penghitungan  jarak genetik  dan  penyusunan  pohon  filogenetik. Analisis  DNA  dilakukan  dengan  proses
allignment (pensejajaran)  pada  program MEGA  X,  dilakukan  editing  runutan  DNA menyesuaikan  dengan  panjang  sequence yang  terpendek  yaitu Hemibagrus  nemurus (588  bp).  Hasil  analisis  didapatkan  runutan DNA ikan  tahan  cekaman dengan  panjang
588 bp, terdiri atas basa nukelotida conserve 359 bp dan variable 238 bp, pharsimony 153 bp, single 85  bp.  Komposisi  rata-rata  basa nukleotida  T/U)  =29%,  C=28,6%,  A=25%, dan G=17,3% (Tabel 3).
Hasil  analisis  mutasi  titik  ikan  tahan cekaman  di  Hutan  Harapan  Jambi  diban- dingkan  dengan  outgrup  menunjukkan terdapat  12  titik  substitusi  pasangan  basa yaitu pada urutan nukleotida ke- 30 (A ↔G),
41 (G ↔ C), 106 (G↔A), 108 ( A↔ C), 111 (A↔G),  225  (A  ↔G),  244  (C  ↔T),  261 (T↔A), 456 (A↔G), 499 (C↔T), 379 (C ↔ T). Proses substitusi /penggantian basa nitro- gen bersifat sejenis dari basa purin ke purin atau  pirimidin  ke  pirimidin  ( transisi )  dan tidak  sejenis  dari  purin  ke  pirimidin  atau sebaliknya (tranversi) .  Pengukuran  jarak genetik  dilakukan  dengan  metode  jarak berpasangan  ( pairwise  distance )  disajikan pada Tabel 4.
Hasil  rekontruksi  pohon  filogeni  meng- gunakan  metode neighbour  joining (NJ) dengan  boostrap  1000x,  dengan  ikan  tidak tahan cekaman Balantiochelos melanopterus dan Mystus  nemurus  dari  gen-bank  NCBI , saat  ini  nama  valid Hemibagrus  nemurus sebagai  pembanding  ( outgroup )  disajikan pada  Gambar  5.  Pohon  filogeni  pada  ini menunjukkan  bahwa  spesies  pembanding ( outgrup) (I)  terpisah  dengan ingrup (II).
Pada in grup terbagai atas dua clade yaitu; III ( Trichopodusleeri,  Pristolepis  grootii ber- gabung  dengan Nandus  nebulosus ),  dan  IV
Gambar  5 Rekonstruksi  pohon  filogeni  ikan  tahan  cekaman di  Hutan  Harapan  Jambi dengan NJ
( Channa  striata, dengan
Channa  micro-
peltes ) .

## Pembahasan
Gambar  2  dan  Tabel  1  pada  hasil menunjukkan  bahwa  terdapat  lima  spesies
ikan tahan cekaman di Hutan Harapan Jambi yaitu:  kerapu  rawa  ( Nandus  nebulosus ), sepatung ( Pristolepis  grootii ), sepat mutiara
( Trichopodus leerii ), gabus ( Channa striata ), dan  toman  ( Channa  micropeltes ).  Spesies tersebut  tergolong  dalam  famili  Channidae, Osphronemidae,  Nandidae,  dan  Pristolepi- didae. Anggota famili tersebut mampu meng- ambil  oksigen  langsung  dari  udara  karena memiliki  alat  pernafasan  tambahan  berupa organ suprabranchia dan hidup alami di rawa banjiran,  rawa  gambut  atau  sungai  berarus lemah (Elvira 2010, Sukmono & Margaretha 2017). Sungai Kapas Hutan Harapan Jambi, bertipe sungai rawa banjiran. Pada saat mu- sim penghujan areal paparan banjir menyatu dengan sungai utama, namun dan pada saat kemarau akan terpisah dengan sungai utama membentuk  putusan  sungai  atau  rawa-rawa banjiran,  yang  berperan  sebagai  habitat berbagai  spesies  ikan  seperti  anggota  ikan tahan cekaman (Sukmono et al . 2020).
Setelah  proses  identifikasi,  selanjutnya spesimen  ikan  tahan  cekaman  dari  Hutan Harapan didepositkan di Museum Zoological
Bogoriens (MZB)  LIPI  Cibinong.  Hal  ini dimaksudkan  agar  spesimen  dapat  dilacak kembali  karena  di  MZB LIPI  spesimen  ter- simpan dengan baik dan setiap spesimen akan memiliki nomor katalog untuk memudahkan
pelacakan.  Menurut  Hebert et  al .  (2003), syarat  baku  untuk  DNA barcode adalah: terdapat  foto  spesies,  spesimen,  voucher spesimen, identifikator, lokasi koordinat, dan pencocokan dalam genbank.
Berdasarkan koreksi penempelan primer Fish  F1  dan  Fish  F2  dan  pensejajaran  pada program  MEGA  X  dihasilkan  konsensus runutan  sepanjang  588  bp.  Panjang  runutan tersebut  masih  dalam  batas  standar  barcode untuk  hewan;  500-700  bp  (Hajibabei et  al . 2007).  Hasil  pencocokan  runutan  DNA dengan BLAST  pada Tabel 2  menunjukkan hasil kesamaan spesies 88,42-100%. Menurut Makino et  al .  (2017),  jika  dalam  BLAST perbedaan  lebih  dari  7%  menunjukkan spesies yang berbeda, dan hal ini juga sejalan dengan Hebert et al . (2003) bahwa kesamaan identitas  ≥  97%  menunjukkan  spesies  yang sejenis.  Kesamaan  88,42%  dengan  spesies pada genbank ditemukan pada Nandus nebu- losus, yang menunjukkan bahwa untuk runut- an DNA Nandus nebulosus belum terdapat di genbank.  Komposisi  basa  nukleotida  ikan tahan  cekaman  rata-rata  (T/U)  =29%, C=28,6%,  A=25%,  dan  G=17,3%.  Kompo- sisi tersebut mendekati komposisi nukleotida famili  Cyprinidae  didapatkan  T(U)  =29,7% C=26,1%, A=27,4% dan G=16,0% (Luca et al .  2008,  Sukmono et  al .  2015).  Kedekatan komposisi nukleotida tersebut dimungkinkan karena  ikan  ikan  tahan  cekaman  dan  ikan tidak tahan cekaman masih dalam satu ordo yang  sama  yaitu  Actinopterygii  (Froese  & Pauly 2016).
Berdasarkan  hasil  analisis  mutasi  titik antara  ikan  tahan  cekaman  (ingrup)  dengan outgrup terdapat 12 substitusi nukleotida ber- sifat transisi (8 titik) dan transversi (4 titik). Substitusi  transisi  berarti  perubahan  basa nukleotida  dari  basa  purin ↔ purin  (A ↔ G) atau pirimidin ↔ pirimidin (T ↔ C). Substitusi tranversi  berarti  perubahan  basa  nukleotida dari  purin ↔ pirimidin  (A↔T  ,C↔A,  C↔G dan T↔G). Setiap ada perubahan nukleotida ini  menunjukkan  karakter  pembeda  dari spesies tersebut dan hal ini bersifat unik. Pada saat pewarisan keturunan dari nenek moyang maka ada yang bersifat conserve (tetap) dan ada yang berubah (unik). Menurut Ubaidilah & Sutrisno (2009), jika nenek moyang yang sama  maka  runutan  DNA  muncul  yang diturunkan  secara  bertahap  akan  terpisah melalui perbedaan nukleotida karena adanya mutasi ataupun mutasi titik.
Hasil  rekontruksi  pohon  filogeni  (Gam- bar 5) menunjukkan terdapat dua clade utama yaitu ikan tahan cekaman (ingrup) dan ikan tidak tahan cekaman (outgrup ) . Pada ingrup, ikan tahan cekaman mengelompok berdasar- kan  kesamaan  bentuk  badan  (morfologi) yaitu Channa striata dan Channa micropeltes terpisah  dengan Trichopodus  leerii,  Pristo- lepeis grootii dan Nandus nebulosus . Bentuk morfologi  merupakan  ekspresi  fenotip  dari gen  yang  dimiliki  oleh  spesies,  sehingga spesies  dengan  kesamaan  morfologi  lebih
banyak,  maka  kekerabatannya  akan  lebih dekat,  karena  DNA  penyusunnya  memiliki kesamaan  lebih  banyak.  Hal  ini  juga  mem- buktikan bahwa DNA barcoding sesuai untuk
identifikasi  ikan  dan  mengetahui  hubungan filogeni  (Ward et  al. 2009).  Lebih  lanjut berdasarkan Luca et al . (2008), DNA barcode bisa mengungkapkan hubungan filogeni pada famili Cyprinidae dengan menghasilkan dua garis keturunan utama yaitu Cyprininae dan Leuciscynae. DNA barcode juga telah berha- sil  digunakan  membedakan  spesies  anggota famili  Mugilidae  di  Indo-Pasific  dengan menghasilkan konsesus-konsesus DNA yang berbeda (Erwan et al . 2020)

## Simpulan
Runutan  konsensus  DNA  ikan  tahan cekaman  dari  Hutan  Harapan  Jambi  berda- sarkan  DNA  barcode  adalah  588  bp,  terdiri atas conserve 350  bp  dan  variabel  238  bp.
Pharsimony  153  bp  dan  single  85  bp. Komposisi  rata-rata  basa  nukleotida  ikan tahan  cekaman  (T/U)  =29%,  C=28,6%, A=25%,  dan  G=17,3%.  Jarak  genetik  ter- dekat  terdapat  pada Channa  striata dan Channa  micropeltes 0,190.  Adapun  jarak genetik  terjauh  terdapat  pada Nandus
nebulosus dan Hemibagrus  nemurus 0,303. Pohon  filogeni  menunjukkan  ikan  tahan cekaman di Hutan Harapan Jambi terbagi atas anggota Channidae ( Channa striata, Channa mircropeltes )  dan  non  Channidae  ( Nandus nebulosus  ,  Trichopodus  leerii,  Pristolepis grootii).

## Persantunan
Dengan  selesainya  penelitian  ini  kami menyampaikan  terima  kasih  kepada  Rektor dan  Ketua  LPPM  Universitas  Jambi  yang
telah  mendukung  dan  membiayai  penelitian ini.  Terima  kasih  juga  disampaikan  kepada direktur PT REKI-Hutan Harapan Jambi, Ke- pala Laboratoriun Dasar Terpadu Universitas Jambi  dan  Kepala  Laboratorium  PSSP  IPB Bogor. Secara khusus terima kasih kami sam- paikan pada Musadat dan Samsul yang telah membantu  pengambilan  sampel  di  Sungai Kapas Hutan Harapan Jambi.

## Daftar Pustaka
Elvira  R.  2010.  Kajian  keragaman  genetik dan  biologi  reproduksi  ikan  lais  di Sungai Kampar Riau. Disertasi . Sekolah Pascasarjana  Institut  Pertanian  Bogor, Bogor. 145 p
Erwan  DT,  Jean  D,  Gino  L,  Sukmono  T, Kadarusman,  Hagi  Y,  Wei-Jen  C, Frédéric B, Philippe B, Hadi D, Sopian S,  Yuli  F,  Mochamad  S,  Régis  H,
Laurent P, PhilippeK, Daisy W, Dirk S, Robert H, Nicolas H. 2020. Biodiversity inventory of the greymullets (Actinopterygii: Mugilidae) of the Indo- Australian Archipelago through theiterative  use  of  DNA-based  species delimitation  and  specimen  assignment methods. Evolutionary Application , 13(6): 1451-1467
Froese R, Pauly D.Editors. 2016. Fishbase. A global  information  system  on  fishes . http://www.fishbase.org/ . [15 November 2020].
Hajibabei M, Singer G, Elizabeth C, Paul D. 2007 Design and applicability of DNA barcodes  in  Biodiversity  monitoring.
Journal of Bioorganic Medicinal Chemistry. 5 (1): 1-7 Hebert PN, Cywinska A, Ball S.de Ward Jr. 2003.  Biological  identifications  trough
DNA  barcodes. The  Royal  Society London. 27 (1): 313-321
Kevin CR, Sharon M, Mikhail V, Yaroslav A, Eugeny  A,  Paul  DN.  2009.  Filling  the
gap - COI barcode resolution in eastern Palearctic birds. Frontiers in Zoology , 6 (29): 1-13
Kottelat  M,  Whitten  AJ,  Kartikasari  SN, Wirjoatmodjo S. 1993. The  Freshwater Fishes  of  western  Indonesia  and  Sula- wesi . Periplus Edition & EMDI Project.
Jakarta. 293 p.
Kottelat  M,  Whitten  AJ.  1996. Freshwater fishes  of  Western  Indonesia  and Sulawesi  addition  and  correction .
Periplus Edition Ltd. Jakarta. 56 p. Luca  C,  Angelica  A,  Andrian  L,  Anca  M.
2008.  Phylogenetic  relationships  of
Cyprinidae (Teleostei:  Cypriniformes) inferred  from  the  cox1  gene  sequence.
Journal  of  Life  Science  Series ,  18  (1):
175-180
Makino,  W.,  Maruoka,  N.,  Nakagawa,
M. 2017 . DNA barcoding of freshwater zooplankton  in  Lake  Kasumigaura, Japan. Molecular  Ecology  Resources 32(2) : 481–493 .
Prasanna  K,  Akbar  J,  Ajmal  K,  Murugan, Rozihan M, Jalal K. 2011. Efficiency of universal  barcode  gen  (Coxi)  on morphologically  cryptic  mugilidae fishes  delineation. Trends  in  Applicate Science , 6(9): 1028-1036.
Rachmatika  I.  2004. Fish  Fauna  of  the Gunung  Halimun  National  Park,  West Java . Binamitra. Jakarta. 126 p.
Sukmono  T,  Duryadi  D,  Rahardjo  MF, Affandi R. 2013. Iktiofauna di perairan hutan  tropisdataran  rendah,  Hutan Harapan  Jambi. Jurnal Iktiologi Indonesia ,13(2): 161-174 Sukmono  T,  Duryadi  D,  Rahardjo  MF,
Affandi  R.  2015.  Fish  diversity  of Cyprinidae family  based  on  DNA barcodes in Harapan Rainforest, Jambi.
Proceeding The First International Con- ference  on  Life  Science  and  Biotech- nology  (Icolib). Jember  University.  p.
134-138.
Sukmono  T,  Kurniawan  W,  Wulandari  T. 2020.  Biodiversitas  ikan  di  refuge
areasungai  kapas  tengah  hutan  harapan Jambi sebagai database aplikasi go Iwak.
Biospecies , 13(1): 29-36. Sukmono  T  dan  Margaretha  M.  2017.  Ikan Air Tawar di Ekosistem Taman Nasional Bukit  Tigapuluh.  Yayasan  Konservasi Ekosistem Hutan Sumatera & Frankfurt Zoological Society. 104 p
Ubaidilah  R,  Sutrisno  H.  2009.
Pengantar
Biosistematika ( teori  dan  praktek ).
Museum Zoologi Bogoriensis- LIPI. 198 p.
Welcomme R. 2001. Inland  Fisheries.  Eco- logy  and  Management
.  FAO  Fishing
News. 380 p.
Wright,  J.J.  2009.  Diversity,  phylogenetic distribution,  and  origins  of  venomous catfishes. Evolution Biology , 282 (9): 1- 12
Ward  RD,  Hanner  R,  Herbert  DN.2009. Review  paper  the  campaign  to  DNA barcode  allfishes, Journale of Fish
Biology. 74 (2): 329-356