## JURNAL MEDIA INFORMATIKA BUDIDARMA
ISSN 2614-5278 (media cetak), ISSN 2548-8368 (media online) Available Online at https://ejurnal.stmik-budidarma.ac.id/index.php/mib DOI: 10.30865/mib.v6i3.4238

## Penerapan Extreme Programming dalam Pengembangan Fitur Interoperabilitas Pada Aplikasi Bioinformatika
Edrian Hadinata * , Tantri Hidayati Sinaga
Fakultas Teknik dan Komputer, Program Studi Sistem Informasi, Universitas Harapan Medan, Medan, Indonesia Email: 1 edrianhadinata@gmail.com, 2 tantri.hida83@gmail.com Email Penulis Korespondensi: edrianhadinata@gmail.com
Abstrak−Extreme Programming atau XP Model adalah Framework pengembangan aplikasi yang digunakan untuk membuat aplikasi yang membutuhkan pengembangan dengan adaptasi secara cepat. Bahkan dalam kondisi aplikasi masih digunakan, penggunaan  model  pengembangan  ini  cukup  sesuai  jika  diterapkan  pada  pengembangan  beberapa  fitur  Aplikasi Bioinformatika. Maraknya penggunaan fitur interoperabilitas yang terdapat pada banyak aplikasi telah memudahkan banyak pengembang sistem dalam mengembangkan aplikasi di berbagai perangkat sistem. Begitu pula aplikasi bioinformatika yang banyak melakukan beragam telaah secara in silico . Pengembangan aplikasi menggunakan XP Model untuk aplikasi khusus jarang  digunakan  terlebih  untuk  penambahan  fitur,  kesulitannya  adalah  susahnya  menerapkan  adaptasi  cepat  pada pengembangan fitur interoperabilitas tanpa desain dan analisis pada aplikasi khusus. Kontribusi dari penulisan paper ini adalah untuk membuat catatan dan blueprint dari penambahan fitur interoperabilitas aplikasi bioinformatika. Disamping itu XP model merupakan metode yang berbeda ketika digunakan untuk melakukan proses pengembangan aplikasi terlebih jika digunakan untuk penambahan fitur pada aplikasi khusus. Kesuksesan yang diperoleh dalam pengembangan aplikasi ini tidak lepas dari kelebihan XP model itu sendiri, karena XP model mampu dilaksanakan dalam kondisi kekurangan sumber daya manusia serta berkemungkinan menerapkan prinsip dan teknik praktis dalam proses pengerjaannya. Hasilnya, pengembangan dilaksanakan secara  cepat  dan  aplikasi tersebut  berjalan  dengan baik  melalui hasil tes sehingga  aplikasi  bioinformatika dapat  digunakan untuk melakukan proses in silico melalui interaksi antar aplikasi ke aplikasi kepenyedia dataset.
Kata Kunci: Extreme Programming; Aplikasi; Bioinformatika; SDLC; Interoperabilitas
Abstract− Extreme  Programming  or  XP  Model  is  an  application  development  framework  used  to  create  applications  that require rapid adaptation. Even in the condition that the application is still in use, the use of this development model is quite appropriate  if  it  is  applied  to  the  development  of  Several  features  of  Bioinformatics  Applications.  The  widespread  use  of interoperability features found in many applications has made it easier for many system developers to develop applications on various system devices. Likewise, bioinformatics applications that carry out various in silico studies. Application development using  the  XP  Model  for special  applications  that  are  rarely used  for  feature  additions, the difficulty  is  implementing  rapid adaptation to interoperability feature development without design and analysis of specific applications. The contribution of this paper is to make notes and blueprints for adding interoperability features for bioinformatics applications. Besides that, the XP model is a different method when used to carry out the application development process, especially if it is used to add features to special applications. The success obtained in the development of this application cannot be separated from the advantages of the XP model itself, because the XP model can be implemented in conditions of lack of human resources and the possibility of applying practical principles and techniques in the process. As a result, development is carried out quickly and the application runs well through testing results and then applications can be used to perform processes in silico through interaction between applications to applications to the dataset provider.
Keywords : Extreme Programming; Application; Bioinformatics; SDLC; Interoperability

## 1. PENDAHULUAN
Salah  satu  metode  pendekatan agile adalah  XP  Model  atau Extreme  Programming [1][2].  XP  Model memungkinkan suatu pengembangan software dilaksanakan secara cepat disebabkan oleh proses pengembangan difokuskan pada pengkodean. Proses dari  tahapan pengembangan software disederhanakan dan dipermudah[3]. Untuk itu metode ini termasuk kedalam Agile Software Development System [4]. Dimana pengembangan software ini adalah pengembangan sistem jangka pendek berlandaskan pada rapid adaptation [5][6]. Penggunaan XP Model sangat  sesuai  dengan  kondisi  dimana  aplikasi  tersebut  masih  digunakan,  terlebih  jika  aplikasi  dikembangkan dengan sangat sedikit tim kerja[7].
Dalam prosesnya pengembangan,  aplikasi  akan membutuhkan berbagai  unit organisasi  kerja yang mana setiap unit kerja tersebut memiliki keahlian dibidang masing-masing baik itu gaya dan landasan platform aplikasi yang dibuat[8], yang terkadang terjadi adalah setiap programmer dan pengembang sistem membuat dengan gaya tersendiri[9]. Hasilnya ketua tim akan kesulitan untuk mengidentifikasi alur dan informasi yang terdapat didalam sistem informasi tersebut.
Maraknya penggunaan dan koneksi interoperabilitas antar aplikasi telah banyak digunakan, tidak tertutup pula  kemungkinan  mekanisme  ini  digunakan  oleh  aplikasi  bioinformatika  dimana  aplikasi  ini  juga  banyak memanfaatkan data untuk berbagai kebutuhan analisis[10]. Penggunaan Representational State Transfer (REST) sebagai  bagian  dari  salah  satu  arsitektur Application  Programming  Interface (API)  yang  digunakan  untuk komunikasi client dimanfaatkan agar dapat mengakses resource yang ada pada server [11].
Pengembangan  aplikasi  dan  penambahan  fitur  selalu  menuntun  pengembang  sistem  untuk  menganalisis kondisi  yang ada. Proses pengembangan aplikasi  menggunakan XP  model cenderung menggunakan paradigma pemrograman  berorientasi  objek[12].  Tentunya  pengembangan  skala  besar  akan  mungkin  dilaksanakan  jika

## JURNAL MEDIA INFORMATIKA BUDIDARMA
ISSN 2614-5278 (media cetak), ISSN 2548-8368 (media online) Available Online at https://ejurnal.stmik-budidarma.ac.id/index.php/mib DOI: 10.30865/mib.v6i3.4238
mekanisme pemrogramannya berbeda dan kemampuan pendekatan agile telah terbukti cocok untuk  menangani pengembangan aplikasi bioinformatika[13].
Pengembangan  aplikasi  menggunakan  metode  yang  serupa  dilakukan  oleh  Bernardus[14]  yang menggunakan XP Model untuk menggembangkan sistem informasi reservasi hotel. Didalam penelitian tersebut terlihat penggunakan metode Classroom Responsibility Collaborator (CRC) cocok diterapkan untuk mendesain sistem  karena  basis  XP  Model  tersebut  adalah  pemograman  berorientasi  objek.  Sedangkan  penelitian  lain[15] menggabungkan XP Model dengan metode scrum untuk meningkatkan proses mekanisme manajemen agar lebih menambah  performanya.  Pengembangan  lain  [16]  digunakan  untuk  menyelesaikan  pengembangan  aplikasi permainan.  Alasannya  adalah  tidak  adanya  metode  yang  pasti  didalam  pengembangan  sistem  sehingga penggunaan  XP  Model  dimanfaatkan  sebagai  alternatif  model  lain  untuk  memperkecil  resiko  dalam pengembangan sistem.
Aplikasi bioinformatika adalah aplikasi dengan multidisiplin ilmu pengetahuan kimia, biologi, matematika dan  Ilmu  komputer[17].  Menurut  ahli  terdapat  tantangan  utama  dalam  pengembangan  aplikasi  bioinformatika antara  lain cross disiplin  ilmu[18], stakeholder yang  beragam[19],  tidak  bisa  digunakan  ulang,  kendala  proyek pengerjaan,  minim  dokumentasi  dan lack  teamwork [20].  Selain  itu,  pengerjaan  aplikasi  dilaksanakan  dalam kondisi sistem masih berjalan sehingga resiko aplikasi tidak bisa digunakan oleh user dalam masa update sistem berkemungkinan besar terjadi[21].
Dalam praktiknya pengembangan aplikasi menggunakan metode XP model ini jarang digunakan terlebih untuk penambahan fitur pada aplikasi yang khusus seperti bioinformatika. Susahnya menerapkan adaptasi cepat terlebih  digunakan  untuk  membuat  proses  interoperabilitas  dengan  tanpa  desain  dan  analisis  sebelumnya  telah membuat  pengembang  banyak  melakukan  improvisasi  dengan  menambahkan  metode  lain  untuk  meningkatkan performa  dan  manajemen  pengembangan  sistem.  Namun  dengan  penggunaan  XP  model  dalam  menyelesaikan persoalan  pengembangan  fitur  interoperabilitas  pada  aplikasi  bioinformatika  diharapkan  mampu  untuk menyelesaikan persoalan tersebut.

## 2. METODOLOGI PENELITIAN

## 2.1 Tahapan Penelitian
Dalam  proses  penelitian  tentang  pengembangan  dan  penambahan  fitur  interoperabilitas  aplikasi  terdapat metodologi yang bisa dilaksanakan, yaitu dengan menggunakan pendekatan metode Extreme Programming antara lain, adalah:
Step 1  : Analyze Existing System and Design
Pada tahapan ini setiap fitur yang terdapat  pada aplikasi  yang sedang berjalan di  analisis dan dilihat hubungan  dan  keterkaitan  setiap  komponen  aplikasi.  Selain  itu  juga  jika  memungkinkan  untuk memahami spesifikasi sistem yang digunakan dan mekanisme teknikal arsitekturnya. Proses ini penting dilakukan di awal karena untuk mengetahui besaran aplikasi pada tahap awal yang berhubungan dengan negosiasi harga dan deadline yang biasanya dilakukan setelah proses step 2.
Step 2  : Planning and Managing
Proses  dalam  tahapan  ini  adalah  klien  menjelaskan  kebutuhan-kebutuhan  di  dalam  aplikasi,  bisnis proses,  mendefinisikan output yang  diinginkan  oleh  klien,  yang  mana  nantinya  setiap  kebutuhan tersebut akan dibuatkan ke dalam modul sederhana yang biasa disebut user stories. Gunanya adalah agar pengembang mendokumentasikan dan memahami visi serta ruang lingkup pekerjaan serta menentukan waktu dan biaya.
Step 3  : Designing
Walaupun XP model merupakan metode dengan pengembangan aplikasi secara singkat yang berfokus pada coding dan  testing  tetapi  sebaiknya  pengembang  harus  memahami  apa  saja  bagian  yang  akan dilakukan dalam proses re-develop dan apa mekanismenya, apakah pengambilan data berasal dari luar sistem, apakah ada proses perhitungan, algoritma, apakah cukup komplek, apa dampak terhadap modul- modul lain dan bagaimana relasional antar tabelnya.
Semua  itu  berbagai  kemungkinan  yang  harus  dipikirkan.  Tentu  saja  lebih  cepat  membuat  modul, database atau tabel baru dibandingkan harus mempelajari dan menyisipkan fungsi baru di dalam class atau yang lebih rumit adalah merubah mekanisme dan alur algoritma di dalam sebuah fungsi. Tetapi kemungkinan akan terjadi duplikasi tabel, fungsi atau class yang lebih kurang manfaatnya hampir sama. Maka dari itu kunci dari penggunaan XP model ini terletak pada dokumentasi program. Step 4  : Coding
Dalam proses ini pengembang melakukan pembuatan baris program, selain itu termasuk diantaranya pembuatan tabel, penambahan kolom, class baru, dokumentasi dan pembuatan user guide . Step 5  : Testing Pada tahap pengujian dilakukan dengan seluruh database dan keseluruhan software pendukungnya. Step 6  : Reporting

## JURNAL MEDIA INFORMATIKA BUDIDARMA
ISSN 2614-5278 (media cetak), ISSN 2548-8368 (media online) Available Online at https://ejurnal.stmik-budidarma.ac.id/index.php/mib DOI: 10.30865/mib.v6i3.4238
Pada bagian ini adalah melakukan penulisan laporan dari setiap step atau proses yang telah terjadi serta mendokumentasikannya ke dalam catatan.
Gambar 1 . Langkah Metodologi Penelitian

## 2.2 Bioinformatika
Bioinformatika adalah ilmu yang berbasis multidisipliner yang menggabungkan pendekatan biologi molekuler dan teknik informatika[22]. Sejak kebangkitan dunia internet dimulai pada tahun 1990an berbagai penelitian dilakukan dan perkembangan web membuka tantangan baru terhadap studi-studi penting terkait dataset dan bioinformatika salah satunya didunia adalah sequence nucleotide database yang telah tersedia didatabase pada tahun 1993[23].

## 2.3 XP Model
Extreme programming (XP) merupakan suatu pendekatan pengembangan perangkat lunak secara cepat, sedangkan proses alurnya memiliki empat fase antara lain Planning, Desain, Coding dan Testing[24]. Pada tahap planning proses  dilakukan  dengan  mendengarkan  sekumpulan  kebutuhan  dan  mengidentifikasi  masalah,  tahap  desain pengembang  mulai  membangun  arsitektur  sistem,  sedangkan  Coding  pengembang  melaksanakan  proses pengkodean dan Testing melakukan pengujian sistem[25].

## 3. HASIL DAN PEMBAHASAN

## 3.1 Analyze Existing System and Design
A. Desain dan Arsitektur Sistem
Aplikasi yang dibangun terdapat sebelas proses bisnis yang ada termasuk proses login. Detail penjelasan dari proses tersebut ditunjukkan pada tabel 3, sebagai berikut:
Tabel 3. Tabel Proses UML No Proses Penjelasan 1 Login Bermanfaat  sebagai  pintu  masuk  pengguna  untuk  mengakses informasi dan fasilitas yang terdapat didalam sistem disamping itu  bermanfaat  juga  untuk  memisahkan  hak  akses  setiap pengguna aplikasi. 2
View Tracking User Tracking bermanfaat untuk menyimpan semua proses yang telah dilakukan  oleh  user  dalam  aplikasi.  Data tracking disimpan kedalam database . Data tracking bermanfaat untuk melihat apa proses  yang  paling  banyak  dilakukan  oleh user dalam  aplikasi tersebut. 3 Manage User Agar aplikasi dapat dijalankan dengan banyak pengguna dengan beragam  hak  akses  maka  perlu  dilakukan  pengaturan  dan penambahan user . Disamping itu manage user bermanfaat untuk menonaktifkan user tersebut  jika  ada  terindikasi  melakukan proses-proses yang merugikan aplikasi. Dalam manage user ini terdapat  jenis role yang bisa dipilih. Setiap jenis role memiliki beragam hak akses yang berbeda didalam aplikasi.
4 Manage Permission Manage  Permission digunakan  untuk  menambah  dan menghapus  jenis  hak  akses.  Penambahan  jenis  hak  akses dilakukan pada proses ini. Jenis hak akses dibuat beragam agar user  memperoleh  servis  dari  aplikasi  ini  secara  beragam. Menambah  hak  akses  dalam  menu  ini  dilakukan  tetapi  tidak

## JURNAL MEDIA INFORMATIKA BUDIDARMA
ISSN 2614-5278 (media cetak), ISSN 2548-8368 (media online) Available Online at https://ejurnal.stmik-budidarma.ac.id/index.php/mib DOI: 10.30865/mib.v6i3.4238
No Proses Penjelasan
langsung diberikan kepada user. Memberikan hak akses kepada jenis role dilakukan pada proses Manage Role 5 Manage Role Manage  Role digunakan  untuk  memberikan  jenis  hak  akses kepada user dan administrator . Role adalah  aturan  yang ditentukan  oleh  sistem.  Pengembang  menentukan  jenis role di dalam aplikasi. Jenis Role contohnya User dan Administrator . 6 Manage Bankdata Proses  ini  dimanfaatkan  untuk  menambah  dan  mengurangi bankdata,  serta  melakukan  hubungan  terhadap  proses  analisis tertentu seperti cluster analysis dan sequence analysis . 7 Manage API Proses manage API  ini  digunakan  untuk  mengatur  manajemen API, mulai dari link hingga apikey dan deskripsi. API berperan sebagai  pembawa pesan yang menerima request pengguna dan memberitahu sistem apa yang harus dilakukan. 8 Analysis and Sequence Sekuensing  atau  disebut  dengan  DNA Sequencing adalah metode yang digunakan untuk menentukan urutan nukleotida. Ini adalah fitur standar dari aplikasi bioinformatika secara umum.
9 View Any Profile Fitur  ini  berguna  untuk  melihat  profil  semua  user.  Fitur  ini digunakan dan dimiliki oleh role yang bernama Administrator 10 View Own Profile
Fitur ini bermanfaat untuk melihat profil pribadi.
11 Cluster Analysis
Fitur  bermanfaat  dalam  melakukan  proses  analisis clustering terhadap data-data bioinformatika.
Untuk  flow bisnis proses yang terdapat pada aplikasi ini, maka dirancang grafik sebagai berikut:
Gambar 2. Alur Cross Functional
Dari  gambar  2  yang  terlihat  dapat  dijelaskan  bahwa  terdapat  tiga  jenis  penggerak  sistem  yaitu User (pengguna umum), administrator sistem, sistem itu sendiri yang berjalan menggunakan automasi yang dipicu opsi-opsi dari pemrosesan bioinformatika. Sistem yang dijelaskan disini adalah sistem operasi yang juga berjalan secara  automasi  melaksanakan  proses-proses  di  layer  terminal  dan  mengeksekusi  setiap  perintah  python  dalam kaitannya membentuk  gambar dari susunan DNA, diagram  serta menjalankan dan menangkap hasil  luaran dari bahasa pemrograman python.
Dari  sisi  pemanfaatan  terbagi  tiga  bagian  antara  lain Preparation,  Utilization dan Output . Preparation adalah proses persiapan agar pengguna bisa memanfaatkan aplikasi yang ada. Proses preparasi diselesaikan oleh administrator.
Utilization adalah lapisan dimana pengguna dapat menggunakan aplikasi dan memanfaatkan sistem. Secara manual,  dikarenakan  pengguna  atau user yang  memanfaatkan  aplikasi  ini  maka  proses  download  dan  upload dataset dilakukan oleh user sendiri.
Layer  output adalah  pemrosesan  yang  dilaksanakan  dari  terminal  melalui trigger yang  diletakkan  pada bagian middleware  Framework Laminas.  Proses  automasi  dilakukan  berdasarkan  data  yang  dimasukkan  oleh pengguna  pada presentation  layer .  Setelah  diperoleh  hasil  maka  proses  yang  terjadi  di  sisi  middleware  adalah menangkap output tersebut  dan  menampilkannya  melalui  presentation layer atau view di  dalam Framework Laminas .
Kode program  yang terkait dengan perintah terminal  dipisah dan dibuat dengan nama Logic . Kemudian controller akan  mempekerjakan class Logic .  Modul  tersebut berisi  berbagai  perintah  untuk  melaksanakan algoritma dalam bidang pengetahuan bioinformatika, contoh : cluster analysis , sequencing , microarray dan lain- lain. Untuk teknikal arsitektur ditunjukkan pada gambar 3.

## JURNAL MEDIA INFORMATIKA BUDIDARMA
ISSN 2614-5278 (media cetak), ISSN 2548-8368 (media online) Available Online at https://ejurnal.stmik-budidarma.ac.id/index.php/mib DOI: 10.30865/mib.v6i3.4238
Arsitektur Dasar Setelah pengimplementasian modul biopython
Gambar 3 . Teknikal Arsitektur
Disamping itu di dalam modul logic berisi class yang bertugas membentuk file python dan menjalankan perintah algoritma tersebut kemudian mengcompilenya di terminal melalui perintah PHP. Untuk hasil dari perintah kompilasi tersebut di dalam server ditangkap oleh controller dan diteruskan ke view atau presentation layer agar dapat dilihat oleh user .

## 3.2 Planning and Managing
Pada proses planning menggunakan XP model, pengembang sistem menerima inputan dari klien dalam bentuk user stories ditunjukkan pada tabel 4, sebagai berikut:
Tabel 4. User Stories

## User Stories
Selama ini pengguna memasukkan data secara manual ke dalam sistem dengan cara unggah data, buat sistem yang dapat menarik data dari luar sistem seperti dari situs http://ncbi.nlm.nih.gov dan http://amp.pharm.mssm.edu, situs tersebut sudah menyediakan sarana agar data bisa diambil dan langsung dioperasikan di dalam sistem, sehingga tanpa harus melalui mekanisme download dan upload yang dilakukan user seluruh data dapat langsung dioperasikan. Buat laporan hasil transaksi perpindahan data dan simpan juga data tersebut ke dalam database. Selain itu, hasil operasi algoritma bioinformatika yang dilakukan oleh sistem terhadap data dari luar tersebut juga disimpan didalam database.
Dari cerita yang telah diutarakan oleh klien maka dibentuk sebuah tabel pemetaan untuk memperjelas detail dari permintaan dan kebutuhan sistem ditunjukkan pada tabel 5, sebagai berikut:
Tabel 5. Luaran Aplikasi No Luaran Penjelasan 1 Laporan transaksi data Laporan perpindahan data dari sistem external ke dalam sistem internal, melaporkan waktu, alamat API( Application Programming Interface ) dan meta data. 2 Modul interoperabilitas Modul yang berguna untuk melaksanakan perintah untuk menghubungkan aplikasi internal dan external . serta menjalankan sistem komunikasi antar aplikasi. 3 Modul konfigurasi interoperabilitas Modul yang berguna untuk menyimpan, antara muka konfigurasi sistem interoperabilitas

## 3.3 Designing
Dalam fase ini pemetaan prototipe dirancang, seluruh pengembangan sistem difokuskan diagram arsitektur dan pengembangan sistem konsep pemrograman berorientasi objek. Pembuatan aplikasi menggunakan XP model lebih diutamakan menggunakan paradigma pemrograman berorientasi objek selain lebih mudah memetakan sistem juga lebih ringkas di dalam mengembangkan sistem.

## JURNAL MEDIA INFORMATIKA BUDIDARMA
ISSN 2614-5278 (media cetak), ISSN 2548-8368 (media online) Available Online at https://ejurnal.stmik-budidarma.ac.id/index.php/mib DOI: 10.30865/mib.v6i3.4238
Submitted: 10/06/2022 ; Accepted: 05/07/2022 ; Published: 25/07/2022

## 3.3.1 Arsitektur
Untuk arsitektur sistem ditunjukkan pada gambar 4, sebagai berikut:

## Gambar 4. Arsitektur Interoperabilitas
Untuk  mekanisme  arsitektur  interoperabilitas,  terlebih  dahulu  yang  harus  diperhatikan  apa  saja  luaran yang  diberikan  oleh  aplikasi  eksternal  dan  bagaimana  memanage  data  tersebut.  Data  yang  dishare  adalah  data ringkasan dari carbonic anhydrase 5A pseudogene 1 yang dapat dibuka dengan laman sebagai berikut:
https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esummary.fcgi?db=gene&id=764 dan hasilnya seperti terlihat dalam format XML seperti pada gambar 5, sebagai berikut:
z
Gambar 5 . Halaman antarmuka API dalam format XML
Sedangkan  untuk download bisa  menggunakan link yang  memberikan feedback file  dalam  format  fasta contohnya sebagai berikut:
https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?db=nucleotide&id=1509580163,1509580026,150958002 4,1509580022&rettype=fasta&retmode=text.
Agar penggunaan aplikasi  lebih dinamis dalam menghandle setiap objek yang diambil dari API website NCBI  maka  penggunaan  modul  Bio.Entrez  yang  terdapat  pada  biopython. Interface nya  hanya  memilih  jenis fungsi, memasukkan data jenis database id dan tipenya saja yang nanti menjadikan link API menjadi lebih dinamis, contohnya {jenis fungsi}.fcgi?db={jenis database}&id={id}.

## JURNAL MEDIA INFORMATIKA BUDIDARMA
ISSN 2614-5278 (media cetak), ISSN 2548-8368 (media online) Available Online at https://ejurnal.stmik-budidarma.ac.id/index.php/mib DOI: 10.30865/mib.v6i3.4238
Sementara untuk pemanfaatan data yang lain, contohnya data yang terdapat pada UCSC Genome Institute didapat dari pilihan link berikut https://api.genome.ucsc.edu/list/publicHubs. Disamping itu untuk mengakses data DNA tersebut bisa dilakukan dengan menggunakan link https://api.genome.ucsc.edu/getData/sequence?genome=hg38;chrom=chrM. Karena terdapat beberapa variabel yang harus diisi untuk itu beberapa pilihan yang harus ditentukan dan form pengisian tentu saja harus dibuat.

## 3.3.2 Pemetaan Kelas
Untuk pemetaan class atau kelas ditunjukkan pada tabel 6 dibawah ini, sebagai berikut:
Tabel 6. Pemetaan Kelas No Desain Penamaan Kelas 1 Interoperability ( user ) Controller :InteroperabilityController Form : InteroperabilityForm Interface : Interoperability Table: InteroperabilityRecordTable Factory : InteroperabilityFactory 2 Interoperability configuration ( admin ) Controller :InteropconfigController Form : InteropconfigForm Interface : Interopconfig Table: InteropconfigTable Factory : InteropconfigFactory
3 Python Scripting Interoperability Logic : Interopcommand 4 Interoperability Report Controller :InteropreportController Form : InteropreportForm Interface : Interopreport Factory : InteropreportFactory

## 3.4 Coding
Pada tahap pengkodean, pengembang aplikasi membuat pemetaan table yang akan dibentuk dan melakukan proses deployment . Seperti yang ditunjukkan pada tabel 7
Tabel 7. Pemetaan Tabel No Nama Tabel Deskripsi 1 InteroperabilityRecord Tabel yang digunakan untuk menyimpan semua transaksi API yang dilakukan oleh pengguna 2 Interopconfig Tabel ini dimanfaatkan untuk menyimpan pengaturan yang dilakukan oleh admin
Selain itu pemetaan interface juga dibuat agar pembuatan aplikasi lebih  terarah, konsisten dan sistematis ditunjukkan pada tabel 8.
Tabel 8. Pemetaan Interface No Nama Tampilan Deskripsi 1 forminteroperability Menampilkan form pengisian data dan pemilihan link API yang telah tersedia 2 reportinteroperability Menampilkan hasil eksekusi program yang telah dilaksanakan 3 listinteroperability Menampilkan daftar koneksi keluar aplikasi menggunakan API 4 formconfiginteroperability Menampilkan form konfigurasi interoperability seperti mekanisme enkripsi dan keamanan API dan seterusnya 5 reportsuccessadmin menampilkan laporan sukses atau tidaknya proses yang dilaksanakan
Proses  yang  lainnya  terkait  dengan  fase  ini  tentu  saja  adalah  pengkodean  itu  sendiri,  dikarenakan keterbatasan dalam penulisan paper ini maka proses pengkodean hanya menyertakan beberapa tampilan, sebagai berikut:

## JURNAL MEDIA INFORMATIKA BUDIDARMA
ISSN 2614-5278 (media cetak), ISSN 2548-8368 (media online) Available Online at https://ejurnal.stmik-budidarma.ac.id/index.php/mib DOI: 10.30865/mib.v6i3.4238
Submitted: 10/06/2022 ; Accepted: 05/07/2022 ; Published: 25/07/2022
Gambar 6 . Contoh Kode PHP Bio Entrez
Hasil dari  kompilasi dari kode  pada gambar 6 akan dibentuk sebuah file berekstensi  *.py yang nantinya akan  langsung  di  kompilasi  menggunakan  perintah  terminal  dengan trigger dari  program  PHP.  Untuk  fungsi- fungsi dan class yang masih dikategorikan di dalam satu manfaat dengan modul class yang sudah ada maka cukup dibuat fungsi turunannya saja atau di extend sehingga tidak merubah apapun pada modul sebelumnya.

## 3.5 Testing
Dalam  menggunakan  XP  model,  proses  tes  dilakukan  dengan  menggunakan  metode white  box  testing dimana setiap  modul  dilakukan  pengujian  secara  simultan  sejak  program  dibuat  seperti  yang  ditunjukkan pada  tabel  9 dibawah ini.
Tabel 9. Unit Testing Nama Dokumen : Unit Testing Nama Aplikasi : Biokiba Aktifitas : Pengujian White Box Lama Pengujian : 12/4/2022 sampai 24/4/2022 No Modul Uji Sesuai dengan proses bisnis Iya Belum 1 Interoperability ✓ 2 Konfigurasi Interoperability (Admin) ✓ 3 Laporan Interoperability ✓ 4 Python Script Interoperability ✓

## 3.5 Reporting
Proses selanjutnya pada paper ini adalah reporting yang terdapat pada tabel 10 dibawah ini, dimana setiap hasil dari setiap proses dilaporkan secara lebih sistematis. Namun disebabkan oleh keterbatasan pelaporan dalam paper ini maka penulis hanya melampirkan beberapa laporan saja.
Tabel 10. Laporan Tampilan Interoperability Nama Dokumen : Laporan Interoperability Nama Aplikasi : Biokiba Aktifitas : Desain User Interface Pembuatan : 15/4/2022 sampai 24/4/2022 No Tampilan Hasil Deskripsi 1 Halaman Home digunakan sebagai dashboard atau awal pusat kontrol aplikasi 2 Halaman Bank data digunakan untuk menampilkan hasil detail pencarian

## JURNAL MEDIA INFORMATIKA BUDIDARMA
ISSN 2614-5278 (media cetak), ISSN 2548-8368 (media online) Available Online at https://ejurnal.stmik-budidarma.ac.id/index.php/mib DOI: 10.30865/mib.v6i3.4238

## 3.6 Implementasi
Agar  lebih  memahami  bagaimana  luaran  yang  dihasilkan  dari  penelitian  ini,  berikut  ini  ditampilkan  beberapa tampilan dari program yang dibuat.
Gambar 7. Tampilan halaman bank data.
Gambar 8. Tampilan halaman download dataset.

## 4. KESIMPULAN
Dari tahapan yang telah dilakukan diperoleh bahwa aplikasi yang di ditambahkan fiturnya menggunakan XP model tidak hanya melakukan proses code dan testing saja, tetapi juga melakukan proses pemetaan arsitektur sistem agar proses coding dan testing bisa dilaksanakan tanpa mengganggu sistem yang ada sebelumnya. Proses analisis sistem yang  telah  berjalan  dilaksanakan  dalam  rangka  lebih  memahami  alur  kerja  sistem.  Pentingnya  memiliki dokumentasi aplikasi adalah kunci keberhasilan dalam proses penambahan fitur aplikasi. Kemudahan penambahan dan pengembangan modul, fungsi dan servis yang ada pada sistem sangat dipengaruhi oleh konsep dan paradigma dalam  pemrograman  berorientasi  objek.  Hasilnya  proses  menjadi  lebih  mudah  dan releasable .  Selama  proses akuisisi informasi dari server data sumber atau REST Server ke client perlu diperhatikan setiap response code yang diterima terkadang harus mereplikasi response code asal karena terkadang permasalahan lebih kompleks. Hasilnya pengembangan  lebih  cepat  dan  aplikasi  tersebut  berjalan  dengan  baik  sehingga  aplikasi  bioinformatika  dapat digunakan untuk melakukan proses in silico melalui interaksi antar aplikasi ke aplikasi kepenyedia dataset.

## REFERENCES
[1] E.  Bayu  Pratama  Program  Studi  Manajemen  Informatika  and  A.  BSI  Pontianak  Jl Abdurrahman  Saleh,  “Pendekatan Metodologi Extreme Programming pada Aplikasi e-Commerce Berbasis M-Commerce (Studi Kasus: Toko Buku An’Nur di Pontianak),” J. Khatulistiwa Inform. , vol. 5, no. 2, Dec. 2017, doi: 10.31294/JKI.V5I2.2885.
[2] L.  Rusdiana,  “Extreme  programming  untuk  rancang  bangun  aplikasi  pengelolaan  surat  keterangan  kependudukan,” Regist. J. Ilm. Teknol. Sist. Inf. , vol. 4, no. 1, 2018, doi: 10.26594/register.v4i1.1191.
[3] R. Rahmi, R. P. Sari, and R. Suhatman, “Pendekatan Metodologi Extreme Programming pada Aplikasi E-Commerce (Studi Kasus Sistem Informasi Penjualan Alat-alat Telekomunikasi),” J. Komput. Terap. , vol. 2, no. 2, 2016.

## JURNAL MEDIA INFORMATIKA BUDIDARMA
ISSN 2614-5278 (media cetak), ISSN 2548-8368 (media online) Available Online at https://ejurnal.stmik-budidarma.ac.id/index.php/mib DOI: 10.30865/mib.v6i3.4238
[4] R. Vallon, B. J. da Silva Estácio, R. Prikladnicki, and T. Grechenig, “Systematic literature review on agile practices in global software development,” Inf. Softw. Technol. , vol. 96, 2018, doi: 10.1016/j.infsof.2017.12.004.
[5] I. G. N. Suryantara and J. F. Andry, “Development of Medical Record With Extreme Programming SDLC,” Int. J. New Media Technol. , vol. 5, no. 1, 2018, doi: 10.31937/ijnmt.v5i1.706.
[6] A. Fatoni and D. Dwi, “Rancang Bangun Sistem Extreme Programming Sebagai Metodologi Pengembangan Sistem,” Prosisko , vol. 3, no. 1, 2016.
[7] G. Marthasari, W. Suharso, and F. A. Ardiansyah, “Personal Extreme Programming with MoSCoW Prioritization for Developing Library Information System,” Proceeding Electr. Eng. Comput. Sci. Informatics , vol. 5, no. 5, 2018, doi: 10.11591/eecsi.v5i5.1701.
[8] D. Özkan and A. Mishra, “Agile Project Management Tools: A Brief Comprative View,” Cybern. Inf. Technol. , vol. 19, no. 4, 2019, doi: 10.2478/cait-2019-0033.
[9] G. Ahmad, T. Rahim Soomro, and S. Mehmood Raza Naqvi, “An Overview: Merits of Agile Project Management Over Traditional Project Management in Software Development,” J. Inf. Commun. Technol. , vol. 10, no. 1, 2016.
[10]  A. Soni and V. Ranga, “API features individualizing of web services: REST and SOAP,” Int. J. Innov. Technol. Explor. Eng. , vol. 8, no. 9 Special Issue, 2019, doi: 10.35940/ijitee.I1107.0789S19.
[11]  H. P. Safitri, R.K., dan Putro, “Implementasi REST API untuk Komunikasi Antara ReactJS dan NodeJS (Studi Kasus : Modul Manajemen User Solusi247),” Automata , vol. 2, no. 1, 2021.
[12]  S. Al-Saqqa, S. Sawalha, and H. Abdelnabi, “Agile software development: Methodologies and trends,” Int. J. Interact. Mob. Technol. , vol. 14, no. 11, 2020, doi: 10.3991/ijim.v14i11.13269.
[13]  T. Aldwairi, “Planning computational biology projects using agile approach,” 2019. doi: 10.29007/r5x9.
[14]  B. G. Sudarsono, “Using an Extreme Programming Method for Hotel Reservation System Development,” Int. J. Emerg. Trends Eng. Res. , vol. 8, no. 6, 2020, doi: 10.30534/ijeter/2020/01862020.
[15]  J. P. Hubner, K. P. Sotomayor, and P. V. L. Miguel, “Extreme programming software development model on scrum for agile software management,” RISTI - Rev. Iber. Sist. e Tecnol. Inf. , vol. 2021, no. E39, 2021.
[16]  P. Sharma and N. Hasteer, “Analysis of linear sequential and extreme programming development methodology for a gaming application,” 2016. doi: 10.1109/ICCSP.2016.7754505.
[17]  G. Syahputra, “Peran Bioinformatika Dalam Desain Kandidat Molekul Obat,” Biotrends , vol. 6, no. 1, 2015.
[18]  N.  Mulder et  al. ,  “The  development  and  application of  bioinformatics  core  competencies to improve bioinformatics training and education,” PLoS Comput. Biol. , vol. 14, no. 2, 2018, doi: 10.1371/journal.pcbi.1005772.
[19]  A. T. Rahma, I. Elbarazi, B. R. Ali, G. P. Patrinos, L. A. Ahmed, and F. Al-Maskari, “Stakeholders’ Interest and Attitudes toward Genomic Medicine and Pharmacogenomics Implementation in the United Arab Emirates: A Qualitative Study,” Public Health Genomics , vol. 24, no. 3–4, 2021, doi: 10.1159/000513753.
[20]  Z. Ibrahim, M. G. M. Johar, and N. R. A. Rahman, “The quality of teamwork on methodology in software development workflow,” Int. J. Eng. Technol. , vol. 7, no. 4, 2018, doi: 10.14419/ijet.v7i4.28.22641.
[21]  H. Hijazi, S. Alqrainy, H. Muaidi, and T.  Khdour, “RISK FACTORS IN SOFTWARE DEVELOPMENT PHASES,” 2014.
[22]  A. A. PARIKESIT, D. ANUROGO, and R. A. PUTRANTO, “Pemanfaatan bioinformatika dalam bidang pertanian dan kesehatan (The utilization of bioinformatics in the field of agriculture and health),” E-Journal Menara Perkeb. , vol. 85, no. 2, 2017, doi: 10.22302/iribb.jur.mp.v85i2.237.
[23]  J. Gauthier, A. T. Vincent, S. J. Charette, and N. Derome, “A brief history of bioinformatics,” Brief. Bioinform. , vol. 20, no. 6, 2019, doi: 10.1093/bib/bby063.
[24]  A. Nurkholis, E. R. Susanto, and S. Wijaya, “Penerapan Extreme Programming dalam Pengembangan Sistem Informasi Manajemen Pelayanan Publik,” J. Sains Komput. Inform. (J-SAKTI , vol. 5, no. 1, 2021.
[25]  A.  Supriyatna,  “METODE  EXTREME  PROGRAMMING  PADA  PEMBANGUNAN  WEB  APLIKASI  SELEKSI PESERTA PELATIHAN KERJA,” J. Tek. Inform. , vol. 11, no. 1, 2018, doi: 10.15408/jti.v11i1.6628.