## PERBANDINGAN SAMPEL SWAB NASO FARING DAN ORO FARING TERHADAP POSITIVITY RATE COVID – 19
DENGAN METODE REVERSE TRANSCRIPTION

## PCR (RT – PCR) DI LAB. PCR RSUD.    KOTA PADANG SIDEMPUAN
Comparison Of Naso Pharynx And Oro Pharynx Swab Samples On Covid – 19 Positivity Rate With The Reverse Transcription Method Pcr (Rt – Pcr) In The Lab. Rsud Pcr. City Padang Sidempuan
YANNA ROTUA SIHOMBING1 * , ROMAULI ANNA TERESIA MARBUN 1 , LENNI RISMAYANTI 1 , RATIH ANGGRAENI 1 ,OCTAVIAN ASHIDO NABABAN 2 , KRISTIAN CAHAYANI ZEBUA 3
1 INSTITUT KESEHATAN MEDISTRA LUBUK PAKAM, DELI SERDANG, SUMATERA
UTARA, INDONESIA
2 UNIVERSITAS EFARINA, PEMATANG SIANTAR, SUMATERA UTARA e-mail : romamarbun60@yahoo.com DOI : https://doi.org/10.35451/jfm.v6i2.2021

## Abstrak
Sindrom  pernapasan  akut  parah  virus  corona-2  (SARS-CoV-2)  bisa  jadi merupakan  virus  corona  yang  menyebabkan  infeksi  COVID-19.  SARS-CoV-2 tergolong  infeksi  RNA  yang  dapat  menyebabkan  penyakit  pernafasan  ringan hingga  berat.  Kontaminasi  virus  terus  menyebar  dengan  cepat,  sehingga sangat  penting  untuk  mencegah  penyebaran  infeksi  melalui  usap  nasofaring dan/atau  orofaring  di  masyarakat.  Tujuan  pertimbangan  ini  adalah  untuk menentukan ketepatan pemeriksaan penyebaran nasofaring atau faring serta kecepatan inspirasi pada pasien RSUD. Kota Padang Sidempuan Pemeriksaan ini  dilakukan  dengan  mengumpulkan  20  usapan  nasofaring  dan  20  usapan faring dari pasien RSUD. Kota Padang Sidempuan Pengujian infeksi dilakukan di  dalam  fasilitas  penelitian  dengan  turn  around  Transcriptase  Polymerase Chain  Response  (RT-PCR).  Informasi  dianalisis  menggunakan  uji  chi-square dengan  p  <0,05.  Dilihat  dari  angka  positif  nasofaring  dan  orofaring  yang dihasilkan,  nilai  angka  positif  nasofaring  lebih  tinggi  dibandingkan  dengan nilai  angka  positif  nasofaring,  bahkan  jika  sama  persistennya.  Kesimpulan dari  renungan  ini  adalah  penemuan  SARS-CoV-2  melalui  usap  nasofaring akan  lebih  tepat. Dari  20  pasien  dan  hasil  uji  statistik  menunjukkan  bahwa terdapat hasil akurasi pada deteksi sampel nasofaring terhadap positivity rate covid-19  dengan  metode  reverse  transcription  PCR  (RT_PCR)  dengan  value Sig. < 0.001 (< 0.05). Sebanyak 7 pasien (100%) dari 20 pasien dan hasil uji statistic  menunjukkan  bahwa  terdapat  hasil  akurasi  sampel  orofaring terhadap  positivity  rate  covid-19  dengan  metode  reverse  transcription  PCR (RT-PCR) dengan value Sig. < 0.001 (< 0.05).

## Abstract
Severe  acute  respiratory  syndrome  coronavirus-2  (SARS-CoV-2)  could  be  a coronavirus  that  causes  COVID-19  infection.  SARS-CoV-2  is  classified  as  an
RNA  infection  that  can  cause  gentle  to  severe  respiratory  diseases.  Viral contaminations proceed to extend quickly, so it is critical to prevent the spread of  the  infection  through  nasopharyngeal  and/or  oropharyngeal  swabs  within the  community.  The  point  of  this  consider  was  to  decide  the  exactness  of nasopharyngeal or pharyngeal spread testing and the inspiration rate in RSUD patients. Padang Sidempuan City This think about was performed by collecting 20 nasopharyngeal swabs and 20 pharyngeal swabs from RSUD patients. City of  Padang  Sidempuan  Infection  testing  was  performed  within  the  research facility  by  turn  around  transcriptase  polymerase  chain  response  (RT-PCR). Information were analyzed employing a chi-square test with p < 0.05. Judging from  the  nasopharynx  and  oropharynx  positive  rate  comes  about,  the nasopharynx positive rate esteem is higher than the nasopharynx positive rate esteem, indeed in case it is the same persistent. The conclusion of this ponder is  that  the  discovery  of  SARS-CoV-2  by  nasopharyngeal  swab  will  be  more precise.  From  20  patients  and  statistical  test  results  show  that  there  are accurate results in the detection of nasopharyngeal samples on the positivity rate of Covid-19 using the reverse transcription PCR (RT_PCR) method with a value of Sig. < 0.001 (< 0.05). A total of 7 patients (100%) out of 20 patients and  statistical  test  results  showed  that  there  were  accurate  results  of oropharyngeal  samples  regarding  the  Covid-19  positivity  rate  using  the reverse  transcription  PCR  (RT-PCR)  method  with  a  Sig  value.  <  0.001  (< 0.05).
Keywords: COVID-19, nasopharyngeal swabs, oropharyngeal swabs, positive mice

## 1. PENDAHULUAN
Pertama  kali  dilaporkan  di Wuhan,  China  pada  tanggal  31 Desember  2019,    Covid-19  atau penyakit  virus  corona  2019  telah menyebar  dengan  cepat  ke  seluruh dunia dan menjadi isu internasional.
Menurut  data  per  9  Februari 2021,  virus  yang  menyebabkan  virus ini,  SARS-CoV-2,  juga  dikenal  sebagai Severe  Acute  Respiratory  Syndrome Virus, Coronavirus
2,
telah menyebabkan  lebih  dari  200  infeksi hingga  saat  ini  dan  mempengaruhi lebih dari 105,4 juta orang negara yang terinfeksi.  Di  Asia  Tenggara,  Indonesia menjadi  negara  dengan  jumlah  infeksi dan  kematian  tertinggi  pada  minggu pertama  Februari  2021  (Chen  et  al. Associates, 2020; WHO, 2021).
Pedoman
CDC
merekomendasikan  pengambilan    usap nasofaring  sebagai  tes  paling  sensitif untuk  mendeteksi  SARS-CoV-2  (CDC, 2021).  Memang  benar  bahwa  reseptor invasi  sel  SARS-CoV-2,  reseptor  ACE2, lebih  banyak  diekspresikan  pada  sel epitel  hidung,  terutama  sel  goblet  dan sel  bersilia.  Sel-sel  ini  merupakan tempat infeksi SARS-CoV-2 dan reservoir  penyebaran  virus  (Sugnak  et al., 2020).
Selain  itu,  nasofaring  juga merupakan tempat berkembang biaknya SARS-CoV-2 (Mawaddah et al., 2020),  sehingga  menyebabkan  viral load  dan  penularan  yang  lebih  tinggi. Pengujian PCR dengan swab nasofaring dan  orofaring  sangat  membutuhkan pelatihan  khusus,  bahan  habis  pakai diagnostik COVID-19 berlimpah. Namun,  pengambilan  sampel  swab
tidak  diperlukan  dan  membawa  risiko penularan
ke petugas
layanan kesehatan, dan pengujian rujukan yang akurat,  sensitif,  dan  spesifik  untuk daerah nasofaring memiliki kekurangan.  Oleh  karena  itu,  alternatif pengambilan  sampel  swab  nasofaring harus dicari.

## 2. METODOLOGI PENELITIAN
Penelitian ini diteliti di laboratorium RSUD Kota
Padang Sidempuan pada Maret 2023. Penelitian menggunakan analisis kualitatif dengan data yang diperoleh dari tes COVID-19 terlepas dari tingkat keparahan penyakit  dan  dimaksudkan  hanya untuk  menggambarkan  hasil  penyakit spesimen  yang  diambil  dari  cairan nasofaring
atau orofaring dan persentase positif dengan RT- PCR. Adapun kriteria inklusi dan eksklusi: Semua masyarakat  yang telah didiagnosa terpapar covid-19 dan direkomendasikan  untuk  pemeriksaan RT-PCR:  Dan  Pasien  yang  berumur  25 – 60  tahun.  Kriteria  Eksklusi:  Pasien Anak – anak,  pasien  yang  berumur diatas 60 tahun.

## 3. HASIL
Data Frekuensi Responden Berdasarkan Usia dan Jenis Kelamin oada Tabel 1 di bawah ini.
Tabel 1 . Distribusi Frekuensi Responden Berdasarkan Usia dan Jenis Kelamin No Usia F % 1 30-40 tahun 3 15 2 41-50 tahun 5 25 3 51-60 tahun 12 60 Total 20 100 No Jenis Kelamin F % 1  Laki-Laki 9 45 2  Perempuan 11 55 Total 20 100
Dari  Tabel  1  distribusi  frekuensi responden  berdasarkan  usia  sebanyak 20 responden yang mayoritas dinyatakan positif Covid-19
berdasarkan  sampel  usap  nasofaring dan faring tenggorokan, dengan jumlah 12  orang  (60%)  pada  grup  usia  51-60 tahun,  5  orang  (25)  pada  grup  umur 41-50),  dan  3  orang  pada  grup  umur 30-40  (15%). Responden  mayoritas jenis  kelamin  perempuan  11  orang (55%) sedangkan responden kelompok laki-laki  9  orang  (45%).  Frekuensi Perbandingan Hasil Pemeriksaan Tingkat  Positivitas  Covid-19  pada Sampel  Nasofaring  pada  Tabel  2  di bawah ini.
Tabel 2. Distribusi Frekuensi Perbandingan Hasil Pemeriksaan Tingkat Positivitas Covid-19 pada Sampel Nasofaring.
Tingkat
Positivitas  T ot al Sig.
Tin ggi Ren dah Sa mp el Nas ofa rin g Tinggi 7 1 8
Rend ah 0 12 1 2 < 0.001 Total
7 13 2 0
Berdasarkan  tabel  2  bahwa proporsi sampel nasofaring yang memiliki  tingkat  positivitas  tinggi sebanyak  8  pasien  (100%)  dari  20 pasien dan hasil uji statistik menunjukkan  bahwa  terdapat  hasil akurasi pada deteksi sampel nasofaring metode reverse  transcription  PCR ( RT_PCR ) dengan nilai Sig . < 0.001 (< 0.05).  Frekuensi  Perbandingan  Hasil Pemeriksaan  Tingkat  Positivitas  Covid- 19 pada Sampel Orofaring dapat dilihat pada Tabel 3 di bawah ini.
Tabel 3. Distribusi Frekuensi Perbandingan Hasil Pemeriksaan Tingkat Positivitas Covid-19 pada Sampel Orofaring.
Tingkat Positivita s Tot al Sig. Ting gi Re nd ah Sa mp el
Oro fari ng Ting gi 7 1 8 Rend ah 0 12 12 < 0.001 Total 7 13 20
Proporsi  sampel  orofaring  yang memiliki tingkat postivitas tinggi sebanyak  7  pasien  (100%)  dari  20 pasien dan hasil uji statistik menunjukkan  bahwa  terdapat  hasil akurasi  sampel orofaring terhadap positivity rate covid-19 dengan metode reverse  transcription PCR  (RT-PCR ) dengan nilai Sig . < 0.001 (< 0.05).
Dapat  pastikan  bahwa  terdapat hasil  akurasi  sampel  nasofaring  dan orofaring terhadap positivity rate covid- 19 dengan metode reverse transcription PCR (RT-PCR). Dilihat dari hasil  angka  positif  nasofaring  dan faring,  angka  positif  nasofaring  8  lebih tinggi  dari  angka  positif  nasofaring  7 meskipun sampel yang diuji sama.

## 4. PEMBAHASAN
Metode RT-PCR merupakan metode paling klasik untuk memastikan diagnosis  Covid-19  karena  sensitif, spesifik,  dan  dapat  memproses  sampel dalam  jumlah  besar.  Ketidaksesuaian antara ukuran sampel dan kemampuan untuk  melakukan  RT-PCR  secara  tepat waktu telah diakui sebagai keterbatasan  utama  dalam  strategi pembendungan kesehatan masyarakat. Sampel  usap  nasofaring  menggunakan metode  RT-PCR  merupakan  standar emas  yang  direkomendasikan  WHO
untuk  mendiagnosis  infeksi  SARS-Cov- 2,  dan    banyak  penelitian  telah dilakukan (WHO, 2020).
Tes  ini  sensitif,  akurat,  dan andal  dalam  mendeteksi  virus  SARS- Cov-2. Metode RT-PCR didasarkan pada pembentukan  DNA  dari  sampel  RNA menggunakan transkriptase balik.
Keunggulan  metode  RT-PCR  adalah dianggap  oleh  para  ilmuwan  dan profesional  medis  sebagai  teknik  yang baik  dan  sesuai,  banyak  digunakan dalam  penelitian  dan  pengobatan, sehingga  menjadi  pilihan  utama  untuk mendiagnosis  dan  memprediksi  Covid- 19  sebagai  uji  untuk  RNA  Karena sensitivitasnya yang tinggi saat menguji  sampel  dan    sangat  spesifik saat  menggunakan  primer  spesifik untuk sintesis DNA, alat ini memungkinkan petugas kesehatan menjalankan banyak tes secara bersamaan  untuk  mendeteksi  infeksi yang
persisten. Membantu membedakan  pasien  yang  terinfeksi (Yanti dkk., 2020). Kekurangan  metode  RT-PCR antara  lain  peralatan  deteksi  yang mahal,  waktu  pemrosesan  yang  lama (2-3  jam),  risiko  paparan  yang  tinggi, dan  perlunya  teknisi  khusus  untuk mendeteksi  dan  menganalisis  data. Data  RT-PCR,  metode  pemrosesan yang kompleks (Bai et al., 2020).
Hasil  tes  RT-PCR    dipengaruhi oleh banyak faktor, termasuk sensitivitas  dan  spesifisitas  tes  yang digunakan, jenis
sampel
yang digunakan,  waktu  pengumpulan,  gen target yang digunakan, dan kemungkinan  terjadinya  infeksi  adalah sebuah  kemungkinan  infeksi  karena mutasi  virus.  Dalam  berbagai  jurnal peer-review,  terdapat  beberapa  faktor yang  mempengaruhi  metode  RT-PCR untuk  mendeteksi  Covid-19  adalah sebagai berikut:
1. Analisis  gender,  pengelompokan nilai  Ct  menunjukkan  bahwa
sampel  perempuan  memiliki  nilai Ct  lebih  tinggi  dibandingkan sampel  laki-laki  dan  kemiringan garis  tren  positif  lebih  curam dibandingkan saat terinfeksi (Poret et al, 2020).
2. Gejala  (status  kesehatan),  kasus bergejala  dibagi  menjadi  dua kelompok:  kasus  berat  (pasien dengan gejala klinis seperti pneumonia berat, seperti demam, kejang otot, kehilangan rasa atau penciuman)  dan  kasus  ringan (Tidak ada gejala), Amati kemunculan setiap gejala sebelum menguji  setiap  metode  (Nigeria- Ikeda et.Al, 2020).
3. Penentuan nilai Ct Sumber kesalahan  penting  dalam  evaluasi hasil  terletak  pada  penentuan ambang batas RT-PCR, khususnya nilai Ct sampel positif. Hasil untuk sampel  dengan  nilai  Ct  yang mendekati  batas  mungkin  perlu dipertimbangkan sebagai permulaan  dan  idealnya  diulangi dengan sampel baru sampai batas Ct positif dapat ditentukan dengan  lebih  tepat.  Oleh  karena itu, penting untuk mengembangkan
prosedur operasi  standar  untuk  mengatasi keterbatasan    di  atas  pada  tahap pengujian  pra-analitik,  analitis, dan  pasca-analitik  (Nalumansi  et al., 2020).
4. Nilai  sensitivitas  sampel  air  liur dalam  diagnosis  COVID-19  masih kontroversial  karena  sensitivitas diagnostik yang dilaporkan sangat bervariasi antara 69,2 dan 100 µn dan  belum  sepenuhnya  dievaluasi (Nagura-Ikeda dkk.,
2020). Analisis lebih
lanjut harus
dilakukan pada subkelompok tertentu  untuk  mendapatkan  nilai sensitivitas yang baik (Porte et al, 2020).
5. Sensitivitas dapat terganggu karena  dokumentasi  tes  RT-PCR yang  buruk,  dan  keterbatasan logistik    terkait  pengangkutan, termasuk  pengangkutan  sampel usap, dapat mengakibatkan penggunaan  media  pengangkut virus  (VTM)  dibandingkan  media pengangkut  virus  (VTM),  Saline sering  dikirim  ke  UVRI.  Namun, pengumpulan  dan  pengangkutan alat  penyeka  (swab)  mungkin menimbulkan kendala logistik karena keterbatasan berikut: Pengiriman  reagen  habis  pakai RT-PCR,  kendaraan  pengangkut, atau inti uji penyakit tertunda dan tidak  mencapai  lensa  (dalam jumlah yang lebih banyak),
sehingga
mempersulit pendeteksian
Antigen
dalam sampel  (awal  Infeksi)  (Nalumansi et al., 2020).
Deteksi PCR  membutuhkan waktu kurang  lebih  1  hari.  Akurasi  metode RT-PCR    80-90%.  Sebuah  studi  oleh Wang  dkk  dalam  sebuah  penelitian (2020)  yang  dilakukan    terhadap  120 pasien dengan infeksi virus corona baru yang  terkonfirmasi,  tingkat  deteksi SARS-Cov-2    pada  usap  nasofaring tergolong  tinggi  (46,7%  (56/120)), dengan  tingkat  deteksi  sedang.  Jauh lebih  tinggi  dibandingkan  pada  usap faring,  Sampel.  Bulat  (10%  (12/120)). Selain  itu,  usap  nasofaring    jauh  lebih sensitif dibandingkan usap tenggorokan.
Dalam  penelitian  yang  dilakukan oleh  Patel  dkk  (2020),  146  sampel usap nasofaring dan orofaring dikumpulkan dalam waktu 7 hari  sejak timbulnya gejala. Di antara 146 pasien, 14,4%  sampel  usap  tenggorokan  dan 15,1%  sampel  usap  nasofaring  positif SARS-Cov-2.  Hasil  ini  menunjukkan tidak  ada  perbedaan  yang  signifikan diantara  keduanya.  Namun  pada  18 pasangan  positif  yang  cocok  (kedua
sampel  positif),  sebaran  nilai  Ct  pada sampel  usap  nasofaring  lebih  rendah dibandingkan pada sampel usap orofaring (kadar RNA virus SARS-CoV-2 lebih tinggi).
Dalam  penelitian  yang  dilakukan Palmas dkk (2020), terdapat 26 pasien anak  yang  diperiksa.  Hasil  tesnya menunjukkan  24  dari  26  usapan nasofaring positif, namun hanya 20 dari 26  usap  orofaring    yang  positif. Kerugian  dari  pengambilan  sampel nasofaring  dan  orofaring  antara  lain memerlukan  tenaga  profesional  yang terlatih  khusus,  metode  invasif  dapat menimbulkan ketidaknyamanan terutama  pada  pasien  anak,  dan  risiko perdarahan mukosa akibat trauma atau cedera (Guclu dkk, 2020).
Dalam  penelitian  yang  dilakukan oleh  Wang  dkk  (2020),  tingkat  deteksi positif  sampel  usap  nasofaring  lebih tinggi  dibandingkan  sampel  usap orofaring  pada  353  pasien  (192  pasien rawat  jalan,  161  pasien  rawat  inap); Tingkat  deteksi  positif  pasien  yang dihitung  sama  tingginya  sebagai  19 hingga 7,6%.
Hasil
penelitian menunjukkan  bahwa  73,1%  pasien dengan  sampel  usap  orofaring  positif memiliki  hasil  tes  usap  orofaring negatif.  Hal  ini  menunjukkan  bahwa tingkat false negative dari pengambilan sampel  negatif  usap  orofaring    pasien sangat tinggi.
Penelitian  lain  juga  dilaporkan oleh Calame  et al. (2020) melaporkan. Hasilnya  menunjukkan  kualitas  usap orofaring  dan  orofaring,  karena  semua pasien  memiliki  hasil  RT-PCR  SARS- Cov-2  positif  pada  sampel  orofaring, bahkan  pasien  dengan  nilai  Ct  lebih tinggi  pun  tergolong  positif  dengan sensitivitas  klinis  pada  titik-titik.  Studi ini  juga  mencatat  keterbatasan  seperti ukuran  sampel  yang    relatif  kecil  dan perlunya  evaluasi  lebih  lanjut  sebelum menarik kesimpulan akhir.
Dalam  penelitian  Tang  YW  dkk. (2020)  untuk  menganalisis  uji  SARS- Cov-2,  metode  yang  dipilih  adalah metode
molekuler dengan menggunakan  RT-PCR.  Sebuah  studi oleh Tahamtan dkk. (2020)
menunjukkan  bahwa  RT-PCR  real-time dianggap  sebagai  “standar  emas”  atau tes  akurat  untuk  mendeteksi  virus, termasuk  SARS-Cov-2,  penyebab  virus Covid-19. Studi oleh Habibzadeh P dkk. (2020) menjelaskan bahwa tes RT-PCR saat  ini  merupakan  tes  terpenting untuk mendiagnosis penyakit Covid-19.
Kekurangan sampel air liur adalah sensitivitas tes PCR pada sampel air liur diperkirakan lebih rendah dibandingkan sampel  nasofaring  karena  sampel  air liur rentan terhadap kontaminasi bakteri pada rongga mulut dan saluran pernapasan  bagian  atas.  Enzim  oral dapat  menghambat  replikasi  virus, yang  dapat  menyebabkan  hasil  negatif palsu.  Pengambilan  sendiri  di  rumah tanpa  pengawasan  medis  berisiko menghasilkan  sampel  yang  tidak  valid. Sampel  yang  tidak  valid  dapat  terjadi karena  buruknya  kontrol  komposisi  air liur  dan  cairan  VTM.  Sampel  air  liur dapat  digunakan  sebagai  alternatif pengganti  usap  nasofaring  karena perbedaan sensitivitas dan spesifisitasnya  tidak  terlalu  besar (Scohy  et  al.,  2020).  Sensitivitas adalah  kemampuan  suatu  tes  untuk menghasilkan  hasil  positif  bagi  pasien. Semakin  sensitif  suatu  tes,  semakin positif  hasil  tes  tersebut  dan  semakin sedikit hasil negatif palsu yang diterima pasien.  Spesifisitas  mengacu  pada kemungkinan  bahwa  suatu  tes  akan memberikan hasil negatif pada kebanyakan orang yang tidak menderita penyakit tersebut.

## 5. KESIMPULAN
Kesimpulan  yang  dapat  diambil pada  penelitian  ini  ialah  SARS-CoV-2
dideteksi  dengan  pengambilan  sampel dari nasofaring.
1. Proporsi  sampel nasofaring yang memiliki  tingkat  positivitas  tinggi sebanyak  8  pasien  (100%)  dari  20 pasien  dan  hasil  uji  statistik menunjukkan  bahwa  terdapat  hasil akurasi pada deteksi sampel nasofaring terhadap positivity  rate covid-19 dengan  metode reverse transcription  PCR ( RT_PCR )  dengan value Sig . < 0.001 (< 0.05).
2. Proporsi  sampel  orofaring  yang memiliki  tingkat  postivitas  tinggi sebanyak  7  pasien  (100%)  dari  20 pasien  dan  hasil  uji  statistic menunjukkan  bahwa  terdapat  hasil akurasi  sampel orofaring terhadap positivity  rate  covid-19 dengan metode reverse  transcription PCR (RT-PCR ) dengan value Sig . < 0.001 (< 0.05).

## DAFTAR PUSTAKA
Bai,  H.,  Cai.,  X.,    Zhang,  X.  (2020).
Perbandingan  tes  berbasis  PCR, immunoassay, dan Crispr. Pracetak OSF. https:
//doi.org/10.13581/j.cnki.rdm.20 19.
Calame,  A.,  Mazza,  L.,  Renzoni,  A., Kaiser, L., dan Schibler, M., 2020. Sensitivitas  sampel  nasofaring, orofaring,  dan  pencuci  hidung dalam  mendeteksi  SARS-CoV-2 tanpa
adanya peralatan
pengambilan sampel.Jurnal Mikrobiologi  Klinis  &  Penyakit
Infeksi  Eropa,  halaman  1-5.Pusat
Pengendalian  dan  Pencegahan Penyakit  (CDC).  2020.  Virus Corona https: //www.cdc.gov/coronavirus/index. html Disaccess, 15 Januari 2020. CDC.  2021.  Pedoman  Sementara Pengumpulan,  Penanganan,  dan Pengujian  Spesimen  Klinis  dari Individu  yang  Terkait  dengan Penyakit  Virus  Corona  2019 (Covid-19).  Informasi  lebih  lanjut
(online) di https:
//www.cdc.gov/coronavirus/2
019-ncov/lab/guidelines-clinical- exemplare.html  [Diagnosis  15 Februari 2021].
Chen, S., Yang, J., Yang, W., Wang, C. dan  Bärnighausen,  T.,  2020. Tindakan  terhadap  infeksi  virus corona  baru  di  Tiongkok  selama gerakan  massal  Tahun  Baru. Lancet, 395(10226), halaman 764-766.
De Wit E, van Dremaeren N, Falzarano D,  Münster  VJ.  SARS  dan  MERS: 4.444  temuan  terkini  tentang virus  corona  yang  baru  muncul. Mikrobiologi Nat Rev. 2016;14(8):
523- 34.
FDA.  2021.Tes  Virus  Corona  Kematian Grand  Lagen  2019.  Tersedia (online)
https:
//www.fda.gov/consumers/consu mer-updates/coronavirus-disease- 2019-testing-basics  [Diakses  32 Mei  Guclu,  E.,  Kroglu,  M., Yurumez, Y., Toptan, H., Kose, E., Gunesyu,  F.,    Karabay,  O. (2020).Perbandingan  sampel  air liur dan usap oronasofaring dalam diagnosis molekuler Covid-1. Jurnal  Asosiasi  Medis  Brasil, 66(8), 1116-1121. (Online) https: //doi.org/10.1590/1806- 9282.66.8.1116.
Guo  L,  Ren  L,  Yang  S,  Xiao  M,  Chang, Yang  F,  dkk.  Membuat  profil respons humoral dini untuk diagnosis  penyakit  virus  corona baru  (COVID-19).Clin  Infect  This. 2020;  Diterbitkan  online  pada  28 Maret.DOI: 10.1101/2020.03.05.20030502. Habibzadeh  P,  Sajadi  MM,  Emami  A, Karimi  MH,  Yadolhiye  M,  Kuceki M,  dkk.  (2020).Tingkat  re-positif tes  RT-PCR  pada  pasien  yang telah  pulih  dari  infeksi  COVID-19. Biokemia Medica, 30(3): 1-2.
Kementerian Kesehatan Republik Indonesia. 2020. Pedoman
kesiapsiagaan
penyakit virus
corona (Covid-19). Februari 2020.
Kementerian Kesehatan Republik Indonesia.  Pedoman  Pencegahan dan  Pengendalian  Penyakit  Virus Corona  (COVID-19),  Juli  2020. Jakarta:  Kementerian  Kesehatan Republik Indonesia, 2020. Li  X,  Geng  M,  Peng  Y,  Meng  L,  Lu  S. Imunopatogenesis  molekuler  dan diagnosis  infeksi  virus  corona baru.
J  Tegas  Anal.  2020;  Diterbitkan  online pada  tanggal  5  Maret.  DOI: 10.1016/j.jpha.2020.03.001.
Manzoor,  S.,  2020.Perbandingan  usap orofaring  dan  nasofaring  untuk mendeteksi  SARS  COV-2  pada pasien  infeksi  virus  corona  Chest, 158(4), P.A2
Nagura-Ikeda,  M.  et  al.  (2020). Evaluasi  klinis  air  liur  yang dikumpulkan
sendiri dengan transkripsi  balik  kuantitatif-PCR
(RT-qPCR),  RT-qPCR  langsung, amplifikasi isotermal yang dimediasi  loop  transkripsi  balik, dan  pengujian  antigen  cepat untuk  diagnosis  Covid-19.  Jurnal Mikrobiologi  Klinis,  58(9),  hlm.1- 9.
Narumanshi, A. lainnya.
(2020).
Evaluasi lapangan terhadap kinerja  tes  diagnostik  antigen SARS-Cov-2  cepat  menggunakan sampel  nasofaring  di  Uganda.
Jurnal
Internasional Penyakit Menular.doi: 10.1016/j.bios.2020.112454. Notoatomojo,  S.  (2017).Metode Neue Pennertian. Jakarta : Lineka Cipta.
Palmas,  G.,  Moriondo,  M.,  Trapani,  S., Ricci,  S.,  Calistri,  E.,  Pisano,  L., Perferri, G., Galli, L., Venturini, E., Indolfi,  G.dan  Azari,  C.  Usap hidung sebagai sampel klinis yang direkomendasikan
untuk pengujian Covid-19 pediatrik.
Jurnal  Penyakit  Menular  Anak, 39(9), halaman e267-e270.
Patel,  MR,  Carroll,  D.,  Ussery,  E., Whitham,  H.,  Elkins,  CA,  Noble Wang,  J.,  Rasheed,  JK,  Lu,  X.,
Lindstrom,  S.,  Bowen,  V.,  dan Waller, J., 2021. Perbandingan tes usap  orofaring  dan  tes  usap nasofaring untuk diagnosis infeksi virus  corona  2019  -  Amerika Serikat,  Januari  2020,  Februari 2020.
Penyakit Menular Klinis, 72(3), halaman  482-485.  Patologi  Klinik dan Laboratorium Kedokteran Indonesia. Panduan untuk melakukan pengujian cepat SARS-
CoV-2 (TCM) dan pengujian reaksi berantai
polimerase (PCR). Jakarta.  April  2020.  Musim  semi. 1-18
Porte,  L.,  dkk.  (2020).Evaluasi  tes deteksi  cepat  berbasis  antigen baru untuk diagnosis SARS-CoV-2 pada  sampel  pernapasan.  Jurnal Internasional  Penyakit  Menular, 99, hlm.328-333. https: //doi.10.1016/j.ijid.2020.05.098. Scohy,  A.,  Anantharajah,  A.,  Bodeus, M.,  Kabamba,  B.,  Verroken,  A., Rodriguez-Villaloboos,  H.  (2020). Low performance of rapid Antigen detection  test  as  frontline  testing for  COVID-19  diagnosis.  J  Clin Virol; 129:104455.
Supriyanta, B.,  & Setiawan, B. (2021). Sensitivitas, spesifisitas, nilai prediksi  positif,  nilai  prediksi negative  dan  akurasi  metode Lateral Flow Immuno Assay (LFIA) dengan mikroskopis untuk diagnosis gonore. Puinovakesmas, 2(2), 40-44. (Online), ( https://doi.org/10.29238/puinov a.v2i2.1170 ,  diakses  17  Juli 2022).
Sungnak, W.,  Huang, N.,  Bécavin,  C., Berg,  M.  and  Network,  H.L.B., 2020.  SARS-  CoV-2  entry  genes are  most  h  ciliated  cells  within human  airways. ArXiv .  ighly expressed in nasal goblet and.
Tahamtan  A,  Ardebili  A.  (2020).  Real- Time
RT-PCR
in Covid-19
Detection:  Issues  Affecting  the Results. Expert Review of Molecular Diagnostics, 20 (5):1-2.
Tang  YW,  Schmitz  JE,  Persing  DH, Stratton  CW.  (2020). Laboratory
Diagnosis  of  Covid-19:  Current Issues  and  Challenges .  Journal  of Clinical Microbiology, 58(6):1,4. Wahjudi, M. (2020). Kontroversi Metode Deteksi
COVID-19 di
Indonesia. Wang, W., Xu, Y., Gao, R., Lu, R., Han, K.,  Wu,  G.,  &  Tan,  W.  (2020). Detection  of  SARS-CoV-2  in
Different Types
of
Clinical
Speciments.  JAMA-Journal  of  The American  Medical  Association,  23 24. https://doi.org/10.1001/jama.202 0.3786. Wang,  H.,  Liu,  Q.,  Hu,  J.,  Zhou,  M., Yu,  M.Q.,  Li,  K.Y.,  Xu,  D.,  Xiao, Y.,Yang,  J.Y.,  Lu,  Y.J.  and  Wang, F.,  2020a.  Nasopharyngeal  swabs aremore sensitive
than
oropharyngeal swabs for Covid-19 diagnosis andmonitoring
the SARS-CoV-2  load. Frontiers  in medicine , 7 , p.334. Wang,  X.,  Tan,  L.,  Wang,  X.,  Liu, W.,  Lu,  Y.,  Cheng,  L.  and  Sun,
Z., 2020b.
Comparison of
nasopharyngeal andoropharyngeal swabs  for  SARS-CoV-2 detection in  353  patients  received  tests with  both
specimens
simultaneously. International Journal  of  Infectious  Diseases , 94 ,  pp.107- 109. World  Health  Organization.  (2020). Global Partnership to
Make
Available  120  Million  Affordable,
Quality  Covid-19  Rapid  Test  for Low-and Middle-Income Countries .
(online) https://www.who.int/news/item/2 8-09-2020-global-partnership-to- make-available-120-million- affordable-quality-covid-19-rapid- tests-for-low-and-middle-income- countries . World Health Organization. Coronavirus disease
2019 (COVID-19)
Situation report – 126. 2020. World  Health  Organization.  Situation Report – 10  [Internet].  2020 [updated  2020  january  30;  cited 2020  March  15].  Available  from: reports/20200130-  sitrep-  10- ncov. pdf?sfvrsn=d0b2e480_2.