## Abstract
Gourami (Osprhronemus goramy Lac. ) is a  freshwater fish that is  widely cultivated in Indonesia, particularly by fish farmer in Java. Soang strain has a faster growth rate than other strains. However, the fry that derived from a single cohort (generated from a single spawning) shows various sizes even in the same  age  because  they  have  different  growth  rate.  Differences  in  growth  rate  may  occur  due  to differences in metabolic capabilities especially cellular respiration. Different rate of respiration can be assumed to be due to differences in the genetic component, especially on their cytochrome c oxidase 1 gene (CO1). Therefore this study aimed to determine whether there are differences in PCR-RFLP marker CO1 gene among different sizes of gourami soang strain from the same cohort so that can be used to analyze genetic diversity. This study used survey method by applying purposive random sampling. Four restriction enzymes were used   during the   research. Molecular characters were defined descriptively based on the appearance of restriction fragment on agarose gel. The result showed that soang strain which used in this study had monomorphics allele on their CO1-HindIII. PstI, BamHI, and EcoRI, could not cut the PCR products and results no RFLP markers. So that genetic variation in the used CO1 gene fragment could not be detected using HindIII, Pst1, BamH1 and EcoR1 enzymes. The three different sizes of  soang  strain  had  similar  alleles  or  homozygous,  meaning  that  heterozigocity  value  was  0  (zero). Therefore, the CO1 gene in this study could not be used as molecular character to differentiate different sizes of gourami soang strain from the same cohort.
Keywords : gourami soang strain, PCR-RFLP, genetic diversity, cohort, cytochrome c oxidase 1 gene (Co1).

## Abstrak
Ikan gurami  (Osprhronemus goramy Lac.) merupakan salah satu jenis ikan air tawar yang banyak dibudidayakan petani ikan, terutama di Pulau Jawa. Gurami strain Soang memiliki laju pertumbuhan lebih tinggi dari strain lainnya. Namun benih yang dihasilkan dari satu cohort(dihasilkan dari satu pemijahan) memilikiukuran  tubuh  bervariasi  meskipun  umurnya  samakarerna  memiliki  laju  pertumbuhan  yang berbeda.  Perbedaanlaju  pertumbuhan  dapat  terjadikarena  perbedaan  kemampuan  metabolisme khususnya pada respirasi seluler. Perbedaan kemampuan respirasi diduga karena adanya perbedaan komponen genetik pada benih-benih tersebut, terutama pada gen sitokrom c oksidase 1 (CO1) yang dimilikinya. Penelitian ini bertujuan untuk menentukan ada tidaknya perbedaan marka PCR-RFLP gen CO1 diantara benih ikan gurami sowang yang berasaldaari satu cohort tetapi memiliki ukuran tubuh berbeda sehingga dapat digunakanuntukmenganalisis keragaman genetiknya. Metode penelitian yang digunakan adalah purpossive random sampling Enzim restriksi yang digunakan sebanyak empat buah. Karakter molekuler PCR-RFLP ditentukan secara deskriptif berdasarkan kemunculan fragmen restriksi pada gel agarosa. Hasil penelitian menunjukkan bahwa benih gurami sowang berbeda ukuran yang digunakan dalam penelitian ini memiliki alel monomorfik untuk marka PCR-RFLP genCO1-HindIII. PstI, BamHI, dan EcoRI. Keempat enzim yang digunakan tidak dapat memotong gen COI yang digunakan. Halini membuktikan bahwa pada gen tersebut tidak terdapat situs restriksi untuk keempat enzim yang digunakan. Oleh karena itu, penggunaan keempat enzim tidak dapatmedekteksi adanya variasi genetik pada benih gurami sowang berbeda ukuran namun berasal dari satu cohort.. Ketiga jenis ukuran benih gurami  sowang  dari  satu  cohort  memiliki  alel  yang  sama  atau  homozigot  pada  gen  COI,  denngan demikian nilai heteosigositasnya adalah nol (0). Oleh karena itu, dalam penelitian ini, gen CO1 tidak dapat digunakan sebagai marka molekuler yang dapat digunakan untuk membedakan benih gurami soang berbeda ukuran namun berasal dari satu cohort.
Kata Kunci: gurami  soang,  PCR-RFLP,  keragaman  genetik,  cohort,  cytochrome  c  oxidase  1  gene (CO1).

## R.Aryawati.  2002.  Distribusi  dan
Kelimpahan Rumput Laut di Pulau Karimunjawa,  Jawa  Tengah. Applied of Seaweed Forum (2):1-7.
Kadi, A. 2007. Komunitas Makroalgae di Pulau  Buton  dan  Sekitarnya. Jurnal  Biosfera  Unsoed Univ. Purwokerto Vol. 24 (3) : 138-146.
Kusmana,  C,  1997.  Metode  Survey Vegetasi.  PT.  Penerbit  Institut Pertanian Bogor. Bogor. 76 pp.
Michael, P. 1994. Metode Ekologi Untuk Penyelidikan  Lapangan  dan Laboratorium UI Jakarta.53 pp
Mubarak,  H.,  Sulistijo,  A.Djamali  dan O.K.Sumadhiharga.  1998. Sumber  daya  rumput  laut.  Hal. 226-241. Dalam: Johanes Widodo; K.A. Azis; B.E. Priyono; G.H. Tampubolon; N. Naami dan A.  Djamali  (eds.). Potensi  dan penyebaran  sumber  daya  ikan laut di perairan Indonesia. Komisi Nasional  Pengkajian  Stok Sumber daya Ikan Laut-Lembaga Ilmu  Pengetahuan  Indonesia, Jakarta. 226-241.
Pratomo,  H.  dan  L.  Sulistyowati.  2005. Kajian  perairan  Pulau  Kelapa untuk budidaya rumput laut. Jur. Peng.Tek. Pertanian 8 (2) : 1- 8.
Saito,  Y.  H.  Sazaki  and    K.  Watanabe 1976.  Succession  of  algae communities  on  the  vertical substratum faces of breakwater in Japan. Phycol . 15 (1) ; 93-100.
Soerianegara,  I  dan  Indrawan, A.1988. Ekologi  Hutan  Indonesia. Laboratorium  Ekologi.  Fakultas Kehutanan  .  Institut  Pertanian Bogor, Bogor. 57 pp.
Taylor,  W.  R.  1967. Marine  algae  of eastern tropical and substropical Coast  of  the  American. Univ. M i c h i g a n   P r e s s   X X I , Michigan.673 pp.
Trono,  Jr.C.C.and  E.T.Ganzon- F o r t e s . 1 9 8 8 . P h i l i p p i n e Seaweeds .  Philippine:  National Book Store Inc. Metro Manila. 327 pp.
Wong,  C.L.  and  S.M.  Phang.  2004. Diversity  and  distribution  of Malaysian Sargassum sp. Pp. 23- 46. In: Phang, S.M.; C.V. Ching.; H.S.  Chye.;  N.H.  Mohktar  and J.O.L.  Sim.(eds.). Proceeding  of the  Asia-Pacific  Conference  on Marine Science and Technology,
Kuala Lumpur:31- 44.

## Karakterisasi Molekuler Ikan Gurami Soang ( Osphronemus goramy Lac.)
berbeda ukuran menggunakan Pcr-Rflp Gen Sitokrom C Oksidase 1
Siti Nur Azizah, Agus Nuryanto, Hendro Pramono Fakultas Biologi Universitas Jenderal Soedirman, Purwokerto email: siti.nurazizah93@gmail.com

## 186

## Pendahuluan
Ikan  gurami  ( Osprhronemus  goramy
Lac.)  merupakan  ikan  air  tawar  yang tersebar  di  kawasan  Asia  Tenggara  dan banyak  dibudidayakan  oleh  petani  ikan khususnya di Pulau Jawa (Bachtiar, 2010). Produksi  ikan  gurami  nasional  mengalami peningkatan  sebesar  19,86  %  per  tahun sejak  tahun  2009  sampai  dengan  2013 (Kementerian    Perikanan    &    Kelautan, 2014).  Oleh  karena  itu  ikan  gurami merupakan  usaha  yang  memiliki  prospek tinggi  untuk  dikembangkan.  Hal  tersebut dikarenakan  dagingnya  lezat,  harga  jual cukup   tinggi   dan   relatif   stabil,   biaya pemeliharaan  ikan  gurami  relatif  rendah dan  memiliki  daya  adaptasi  yang  tinggi pada    lingkungan    dengan    kandungan oksigen  terlarut  rendah  (Setijaningsih et al. , 2007). Permasalahan utama pada budidaya ikan gurami adalah laju pertumbuhan yang lambat.  Beberapa strain ikan  gurami  yang telah  dibudidayakan  di  Indonesia  meliputi gurami   soang,   gurami   jepang,   gurami paris,  gurami  bastar,  dan  gurami  porselen (Setijaningsih et   al .,   2007).   Salah   satu strain ikan    gurami    yang    dipercaya memiliki laju pertumbuhan lebih cepat dari strain lainnya  adalah  gurami  soang (Bachtiar,  2010).  Namun,  benih  yang dihasilkan    dari    satu  pemijahan    (satu cohort)  memiliki  ukuran  bervariasi dikarenakan  perbedaan  laju  pertumbuhan. Perbedaan  laju  pertumbuhan  dapat disebabkan  oleh  adanya  perbedaan  laju metabolisme  untuk  memanfaatkan  energi dari  pakan,  terutama  respirasi  seluler (Yurisma et  al .,  2013).  Laju  respirasi  yang berbeda  diduga  terjadi  karena  variasi konstituen  genetik  yang  dimilikinya.  Salah satu  faktor  genetik  yang  berperan  dalam respirasi adalah gen sitokrom c oksidase 1 (Co1). Penelitian terdahulu memberikan bukti bahwa  variasi    faktor    genetik khususnya gen  penyandi  hormon  pertumbuhan berkorelasi   positif   dengan variasi ukuran tubuh  yang  dimiliki  oleh  individu-individu anggota populasi (Hua et al ., 2009). Namun sampai saat ini belum ada   laporan   yang menyediakan     bukti bahwa variasi ukuran tubuh benih gurami soang yang berasal dari satu cohort juga berkorelasi dengan variasi gen CO1. Berdasarkan  kenyataan  diatas  maka  perlu
dilakukan  penelitian  mengenai  keragaman genetik  benih  gurami  soang  yang  memiliki ukuran  berbeda  namun  berasal  dari  satu cohort, yaitu melalui karakterisasi molekuler ikan  gurami    soang    berbeda    ukuran menggunakan  gen  CO1.  Analisis  variasi genetik   (variasi    intrapopulasi)   dengan menggunakan  penanda  genetik  yang mempunyai   sensitifitas   tinggi   diperlukan untuk  karakterisasi  genetik.  Salah  satu teknik  molekuler  yang  dapat  digunakan adalah         PCR-RFLP         (Nichol, 2008). Penelitian  ini  akan  membantu  dalam program   budidaya   melalui   penyediaan metode   seleksi   benih   secara   molekuler. Apabila hal ini dilakukan pada gurami soang, maka  generasi  berikutnya  akan  memiliki kualitas  yang  lebih  baik, misalnya  dapat tumbuh    lebih    cepat  sehingga pemeliharaannya menjadi lebih efisien dan murah (Sembiring et al ., 2013). Salah satu karakter molekuler yang digunakan sebagai penanda genetik adalah gen CO1. Gen ini telah digunakan sebagai marka  untuk  mengidentifikasi  spesies burung,  ikan  (Jeon et  al .,  2012),  primata, insekta  (Wang et  al .,  2011),  Paramecium (Zhao et al., 2013), Holothuria (Kamarudin et al .,  2011).  Gen  tersebut  juga  berhasil digunakan  sebagai  penanda  genetik sebagaimana  penelitian  yang  telah dilakukan  oleh  Nuryanto  &  Sastranegara (2013)    untuk    karakterisasi    secara molekuler   terhadap Polymesoda   erosa yang  hidup  di  perairan  tercemar  dan  tidak tercemar.  Bahkan  telah  ditemukan  bahwa terdapat variasi sekuen gen CO1 pada ikan gurami blue saphire dan soang (Nuryanto et al., 2012).
Berdasarkan  uraian  tersebut  maka permasalahan   yang   muncul   dan   perlu diteliti yaitu apakah ada perbedaan tingkat keragaman  gen  CO1  pada  ikan  gurami soang dari satu pemijahan yang memiliki laju pertumbuhan  tinggi  atau  rendah berdasarkan  karakter  PCR-RFLP.  Tujuan dari   penelitian   ini   adalah   mendapatkan data tingkat keragaman gen CO1 pada ikan gurami  soang  dari  satu  pemijahan  yang memiliki  laju  pertumbuhan  tinggi  atau rendah berdasarkan karakter PCR-RFLP. Penelitian  karakterisasi  molekuler  dengan menggunakan   PCR-RFLP   gen CO1 pada ikan  gurami  soang  berbeda  ukuran  ini diharapkan  dapat  memberikan  informasi ilmiah mengenai karakter PCR- RFLP gen CO1  pada  ikan  tersebut.  Pengetahuan t e r s e b u t   d a p a t   d i g u n a k a n   u n t u k
membedakan   individu   yang memiliki laju pertumbuhan tinggi atau rendah, sehingga berguna bagi para pembudidaya ikan gurami soang  untuk  keperluan    seleksi    dalam tahapan berikutnya.
Metode Metode  yang  digunakan  dalam penelitian ini adalah metode survey dengan menggunakan  teknik purposive  random sampling ,    yaitu    pengambilan    sampel secara  acak  pada  daerah  yang  telah ditentukan.  Sampel  ikan  gurami  soang diambil  dari  Desa  Bancar,  Kabupaten Purbalingga, namun asal gurami soang dari Ciamis.  Jumlah  sampel  ikan  sebanyak  43 ekor  dengan  rincian  4  ekor  ikan  gurami soang berukuran besar (> 15 cm), 15 ekor berukuran  sedang  (±10-15  cm),  dan  24 ekor  berukuran  kecil  (<10  cm).  Semua sampel berasal dari satu cohort yang sama (berasal dari satu kali pemijahan). Variabel yang  diamati  pada  penelitian  ini  meliputi keragaman    genetik    intrapopulasi    dan ukuran  tubuh  ikan  gurami  strain  soang. Parameter  yang  diamati  terdiri  atas keragaman  haplotipe  dan  keragaman nukleotida. Sirip ekor dari masing-masing sampel ikan gurami soang dipotong dengan ukuran  lebih kurang  5  mm.  Sampel  jaringan  sirip  ekor diawetkan dalam alkohol absolut 96% dan disimpan di lemari es dengan temperatur  4 o C.    Isolasi    DNA    dilakukan  dengan menggunakan metode chelex® 100 (Walsh et  al.,  1991).  Penanda  genetik  yang digunakan dalam penelitian ini adalah gen sitokrom c oksidase 1 (CO1). Fragmen gen tersebut  diamplifikasi  menggunakan sepasang  primer  Fish  F2 Forward :  5' TCGACTAATCATAAAGATATCGGCA  C 3'      dan      FishR2 Reverse 5' ACTTCAGGGTGACCGAAGAATCAGA A 3' (Ward et al., 2005). Segmen gen CO1 yang teramplifikasi    dilakukan skrinning untuk memperoleh situs polimorfisme mengguna- kan  4  enzim  restriksi  endonuklease  yang terdiri atas Pst I, BamH I, EcoR I dan Hind III. Profil marka PCR-RFLP untuk setiap ukuran benih  dianalisis  secara  deskriptif berdasarkan  kemunculan  pita  pada  gel agarosa.  Sementara  itu,  keragaman haplotipe  h  dan  keragaman  nukleotida π dihitung  menggunakan  program Arlequin , diawali  dengan  merubah  data  pola  pita RFLP  yang  tervisualisasi  menjadi  data binner (0:1; 0 = berarti fragmen tidak muncul dan 1 berarti fragmen muncul).

## Hasil dan Pembahasan
Profil Isolasi DNA Ikan Gurami Soang G e n o m     y a n g     d i i s o l a s i menggunakan  metode chelex diuji kualitasnya  dengan  teknik      elektroforesis gel      agarosa      1%.  Secara  keseluruhan DNA  dari  setiap  individu  berhasil  diisolasi, meskipun DNA yang diperoleh terlihat tidak utuh atau smear . Pita smear menunjukkan adanya  fragmen-fragmen  DNA  yang terbentuk  akibat  perlakukan  fisik  selama proses  ekstraksi  DNA.  Namun,  dari intensitas ketajaman pita yang terlihat, DNA hasil isolasi tersebut masih dapat digunakan sebagai  templat  yang  cukup  baik  untuk reaksi  PCR.  Hal  tersebut  sesuai  dengan yang  dilaporkan  Nuryanto  &  Kochzius (2009)  yang  berhasil  mengamplifikasi  gen CO1  dari Tridacna  maxima (Bivalvia) menggunakan template DNA  yang tervisualisasi   pada   gel   agarosa   berupa smear DNA. Hasil isolasi DNA dapat dilihat pada Gambar 1.
Gambar 1.  Hasil visualisasi genom total ikan gurami soang
Keterangan: B1-B4 = Sampel ikan gurami soang besar;  S1-S15  =  Sampel  ikan gurami  soang  sedang;  K1-K24  = Sampel  ikan  gurami  soang  kecil; M= DNA marka 1kb
Azizah, Karakterisasi Molekuler Ikan Gurami Soang (Osphronemus goramy Lac.) : 185 - 193

## 186

## Pendahuluan
Ikan  gurami  ( Osprhronemus  goramy Lac.)  merupakan  ikan  air  tawar  yang tersebar  di  kawasan  Asia  Tenggara  dan banyak  dibudidayakan  oleh  petani  ikan khususnya di Pulau Jawa (Bachtiar, 2010). Produksi  ikan  gurami  nasional  mengalami peningkatan  sebesar  19,86  %  per  tahun sejak  tahun  2009  sampai  dengan  2013 (Kementerian    Perikanan    &    Kelautan, 2014).  Oleh  karena  itu  ikan  gurami merupakan  usaha  yang  memiliki  prospek tinggi  untuk  dikembangkan.  Hal  tersebut dikarenakan  dagingnya  lezat,  harga  jual cukup   tinggi   dan   relatif   stabil,   biaya pemeliharaan  ikan  gurami  relatif  rendah dan  memiliki  daya  adaptasi  yang  tinggi pada    lingkungan    dengan    kandungan oksigen  terlarut  rendah  (Setijaningsih et al. , 2007). Permasalahan utama pada budidaya ikan gurami adalah laju pertumbuhan yang lambat.  Beberapa strain ikan  gurami  yang telah  dibudidayakan  di  Indonesia  meliputi gurami   soang,   gurami   jepang,   gurami paris,  gurami  bastar,  dan  gurami  porselen (Setijaningsih et   al .,   2007).   Salah   satu strain ikan    gurami    yang    dipercaya memiliki laju pertumbuhan lebih cepat dari strain lainnya  adalah  gurami  soang (Bachtiar,  2010).  Namun,  benih  yang dihasilkan    dari    satu  pemijahan    (satu cohort)  memiliki  ukuran  bervariasi dikarenakan  perbedaan  laju  pertumbuhan. Perbedaan  laju  pertumbuhan  dapat disebabkan  oleh  adanya  perbedaan  laju metabolisme  untuk  memanfaatkan  energi dari  pakan,  terutama  respirasi  seluler (Yurisma et  al .,  2013).  Laju  respirasi  yang berbeda  diduga  terjadi  karena  variasi konstituen  genetik  yang  dimilikinya.  Salah satu  faktor  genetik  yang  berperan  dalam respirasi adalah gen sitokrom c oksidase 1 (Co1). Penelitian terdahulu memberikan bukti bahwa  variasi    faktor    genetik khususnya gen  penyandi  hormon  pertumbuhan berkorelasi   positif   dengan variasi ukuran tubuh  yang  dimiliki  oleh  individu-individu anggota populasi (Hua et al ., 2009). Namun sampai saat ini belum ada   laporan   yang menyediakan     bukti bahwa variasi ukuran tubuh benih gurami soang yang berasal dari satu cohort juga berkorelasi dengan variasi gen CO1.
Berdasarkan  kenyataan  diatas  maka  perlu
dilakukan  penelitian  mengenai  keragaman genetik  benih  gurami  soang  yang  memiliki ukuran  berbeda  namun  berasal  dari  satu cohort, yaitu melalui karakterisasi molekuler ikan  gurami    soang    berbeda    ukuran menggunakan  gen  CO1.  Analisis  variasi genetik   (variasi    intrapopulasi)   dengan menggunakan  penanda  genetik  yang mempunyai   sensitifitas   tinggi   diperlukan untuk  karakterisasi  genetik.  Salah  satu teknik  molekuler  yang  dapat  digunakan adalah         PCR-RFLP         (Nichol, 2008). Penelitian  ini  akan  membantu  dalam program   budidaya   melalui   penyediaan metode   seleksi   benih   secara   molekuler. Apabila hal ini dilakukan pada gurami soang, maka  generasi  berikutnya  akan  memiliki kualitas  yang  lebih  baik, misalnya  dapat tumbuh    lebih    cepat  sehingga pemeliharaannya menjadi lebih efisien dan murah (Sembiring et al ., 2013).
Salah satu karakter molekuler yang digunakan sebagai penanda genetik adalah gen CO1. Gen ini telah digunakan sebagai marka  untuk  mengidentifikasi  spesies burung,  ikan  (Jeon et  al .,  2012),  primata, insekta  (Wang et  al .,  2011),  Paramecium (Zhao et al., 2013), Holothuria (Kamarudin et al .,  2011).  Gen  tersebut  juga  berhasil digunakan  sebagai  penanda  genetik sebagaimana  penelitian  yang  telah dilakukan  oleh  Nuryanto  &  Sastranegara (2013)    untuk    karakterisasi    secara molekuler   terhadap Polymesoda   erosa yang  hidup  di  perairan  tercemar  dan  tidak tercemar.  Bahkan  telah  ditemukan  bahwa terdapat variasi sekuen gen CO1 pada ikan gurami blue saphire dan soang (Nuryanto et al., 2012). Berdasarkan  uraian  tersebut  maka permasalahan   yang   muncul   dan   perlu diteliti yaitu apakah ada perbedaan tingkat keragaman  gen  CO1  pada  ikan  gurami soang dari satu pemijahan yang memiliki laju pertumbuhan  tinggi  atau  rendah berdasarkan  karakter  PCR-RFLP.  Tujuan dari   penelitian   ini   adalah   mendapatkan data tingkat keragaman gen CO1 pada ikan gurami  soang  dari  satu  pemijahan  yang memiliki  laju  pertumbuhan  tinggi  atau rendah berdasarkan karakter PCR-RFLP. Penelitian  karakterisasi  molekuler  dengan menggunakan   PCR-RFLP   gen CO1 pada ikan  gurami  soang  berbeda  ukuran  ini diharapkan  dapat  memberikan  informasi ilmiah mengenai karakter PCR- RFLP gen CO1  pada  ikan  tersebut.  Pengetahuan t e r s e b u t   d a p a t   d i g u n a k a n   u n t u k
membedakan   individu   yang memiliki laju pertumbuhan tinggi atau rendah, sehingga berguna bagi para pembudidaya ikan gurami soang  untuk  keperluan    seleksi    dalam tahapan berikutnya.
Metode Metode  yang  digunakan  dalam penelitian ini adalah metode survey dengan menggunakan  teknik purposive  random sampling ,    yaitu    pengambilan    sampel secara  acak  pada  daerah  yang  telah ditentukan.  Sampel  ikan  gurami  soang diambil  dari  Desa  Bancar,  Kabupaten Purbalingga, namun asal gurami soang dari Ciamis.  Jumlah  sampel  ikan  sebanyak  43 ekor  dengan  rincian  4  ekor  ikan  gurami soang berukuran besar (> 15 cm), 15 ekor berukuran  sedang  (±10-15  cm),  dan  24 ekor  berukuran  kecil  (<10  cm).  Semua sampel berasal dari satu cohort yang sama (berasal dari satu kali pemijahan). Variabel yang  diamati  pada  penelitian  ini  meliputi keragaman    genetik    intrapopulasi    dan ukuran  tubuh  ikan  gurami  strain  soang. Parameter  yang  diamati  terdiri  atas keragaman  haplotipe  dan  keragaman nukleotida.
Sirip ekor dari masing-masing sampel ikan gurami soang dipotong dengan ukuran  lebih kurang  5  mm.  Sampel  jaringan  sirip  ekor diawetkan dalam alkohol absolut 96% dan disimpan di lemari es dengan temperatur  4 o C.    Isolasi    DNA    dilakukan  dengan menggunakan metode chelex® 100 (Walsh et  al.,  1991).  Penanda  genetik  yang digunakan dalam penelitian ini adalah gen sitokrom c oksidase 1 (CO1). Fragmen gen tersebut  diamplifikasi  menggunakan sepasang  primer  Fish  F2 Forward :  5' TCGACTAATCATAAAGATATCGGCA  C
3'      dan      FishR2 Reverse 5' ACTTCAGGGTGACCGAAGAATCAGA A 3' (Ward et al., 2005). Segmen gen CO1 yang teramplifikasi    dilakukan skrinning untuk memperoleh situs polimorfisme mengguna- kan  4  enzim  restriksi  endonuklease  yang terdiri atas Pst I, BamH I, EcoR I dan Hind III. Profil marka PCR-RFLP untuk setiap ukuran benih  dianalisis  secara  deskriptif berdasarkan  kemunculan  pita  pada  gel agarosa.  Sementara  itu,  keragaman haplotipe  h  dan  keragaman  nukleotida π dihitung  menggunakan  program Arlequin ,
diawali  dengan  merubah  data  pola  pita RFLP  yang  tervisualisasi  menjadi  data binner (0:1; 0 = berarti fragmen tidak muncul dan 1 berarti fragmen muncul).

## Hasil dan Pembahasan
Profil Isolasi DNA Ikan Gurami Soang G e n o m     y a n g     d i i s o l a s i menggunakan  metode chelex diuji kualitasnya  dengan  teknik      elektroforesis gel      agarosa      1%.  Secara  keseluruhan DNA  dari  setiap  individu  berhasil  diisolasi, meskipun DNA yang diperoleh terlihat tidak utuh atau smear . Pita smear menunjukkan adanya  fragmen-fragmen  DNA  yang terbentuk  akibat  perlakukan  fisik  selama proses  ekstraksi  DNA.  Namun,  dari intensitas ketajaman pita yang terlihat, DNA hasil isolasi tersebut masih dapat digunakan sebagai  templat  yang  cukup  baik  untuk reaksi  PCR.  Hal  tersebut  sesuai  dengan yang  dilaporkan  Nuryanto  &  Kochzius (2009)  yang  berhasil  mengamplifikasi  gen CO1  dari Tridacna  maxima (Bivalvia) menggunakan template DNA  yang tervisualisasi   pada   gel   agarosa   berupa smear DNA. Hasil isolasi DNA dapat dilihat pada Gambar 1.

## Gambar 1.  Hasil visualisasi genom total ikan gurami soang
Keterangan: B1-B4 = Sampel ikan gurami soang besar;  S1-S15  =  Sampel  ikan gurami  soang  sedang;  K1-K24  = Sampel  ikan  gurami  soang  kecil; M= DNA marka 1kb

## Amplifikasi Gen Sitoktrom C Oksidase 1
Hasil amplifikasi gen CO1 berukuran   lebih kurang 655 pasang basa (pb). Pita amplikon yang dihasilkan merupakan  fragmen  yang diharapkan  karena  produk  amplifikasi  gen CO1 menggunakan primer dari Ward et al. (2005)   adalah sepanjang 655   pb. Produk apmlifikasi  ( amplicon )  disajikan  pada Gambar 2. Produk  PCR  655  pb  diperoleh  setelah melalui     proses     optimasi     suhu, waktu
dan  kombinasi  reagen  yang  tepat. Kondisi optimal     PCR     yang     diperoleh selama penelitian      adalah      pradenaturasi  pada
0 temperatur  95   C  selama  5  menit. PCR dilakukan  sebanyak  35  siklus  yang  terdiri o atas  denaturasi  pada  temperatur  95  C selama  30  detik, annealing (penempelan) o pada   temperatur   55    C selama 2 menit, o
extension pada temperatur 72  C selama 1 menit 30 detik. Setelah 35 siklus, kemudian dilakukan  tahap  pemanjangan  akhir  ( final o extension) pada temperatur 72  C selama 5
menit.
Gambar 2.    Hasil amplifikasi gen sitokrom c oksidase 1 ikan gurami soang Keterangan: B1-B4 = Sampel ikan gurami soang besar; S1-S15 = Sampel ikan gurami soang sedang; K1- K24 = Sampel ikan gurami soang kecil; M= DNA marka 1kb
Gen  CO1  sebagai  produk  yang  dihasilkan selama  penelitian  mempunyai  spesifitas yang tinggi karena hanya terbentuk satu pita. Christianti (2003) menjelaskan bahwa hasil PCR yang baik dipengaruhi oleh beberapa faktor  seperti  kemurnian  DNA  hasil ekstraksi, ketepatan pemilihan primer yang digunakan serta ketepatan   kondisi   PCR. Primer merupakan  bagian  penting  dalam reaksi CR karena primer merupakan inisiator pada sintesis DNA target. Primer yang telah
digunakan  telah  memenuhi  syarat-  syarat dalam seleksi primer seperti terdiri atas 20 basa,  kandungan  G/C  nya  50%, kemungkinan  terbentuknya  struktur sekunder dalam primer adalah kecil dan 2 basa pada 3 basa terakhir terdiri dari G/C. Ketepatan  kondisi  PCR  juga  sangat mempengaruhi  hasil  reaksi  PCR. Pemotongan Produk PCR Menggunakan Enzim  Restriksi  Endonuklease Deteksi polimorfisme gen CO1 pada  gurami  soang
dalam  penelitian    ini  telah    dilakukan menggunakan    teknik  PCR-RFLP,  yaitu amplifikasi fragmen DNA spesifik sepanjang 655  pb  yang  dilanjutkan  dengan p e m o t o n g a n   p a d a   t i t i k   t e r t e n t u menggunakan  enzim  restriksi EcoR I, BamH I, Pst I,  dan Hind III.  Reaksi  digesti dilakukan  dengan  cara  menambahkan enzim  restriksi, nuklease  free  water dan
buffer  enzim  ke  dalam  tabung  yang  berisi DNA  hasil  amplifikasi  menggunakan  suhu o inkubasi  37  C.Penggunaan  empat  enzim restriksi  tersebut  dengan  harapan  dapat menghasilkan  pola  restriksi  DNA sehingga digunakan sebagai dasar untuk mengetahui adanya  perbedaan  antara  sampel  ikan gurami soang yang berbeda ukuran dalam satu pemijahan. Gambar 3.    Hasil pemotongan produk PCR menggunakan enzim Hind III Keterangan: B1-B4 = Sampel ikan gurami soang besar; S1-S15 = Sampel ikan gurami soang sedang; K1-K22 = Sampel ikan gurami soang kecil; -B,- S,-K= Kontrol negatif; M= DNA marka 100 bp Jika  terdapat  situs  restriksi  maka
enzim restriksi akan memotong DNA pada situs-situs yang dikenal oleh enzim restriksi sehingga  sekuens  DNA  terpisah  menjadi fragmen-fragmen  DNA.  Jika  sekuens  DNA pada individu tersebut berbeda  pada  situs yang    dikenali    oleh  enzim  restriksi  maka pemotongan dengan enzim  restriksi  dapat menghasilkan  jumlah  fragmen  yang berbeda.  Ada  atau  tidaknya  situs  restriksi ditentukan  berdasarkan  kemunculan fragmen  RFLP.  Profil  marka  PCR-RFLP untuk  setiap  ukuran  benih  dianalisis kemunculan  pita  pada  gel  agarosa  1,3%. Ukuran  fragmen  RFLP    diduga    dengan cara  membandingkan  fragmen  yang diperoleh dari hasil pemotongan dengan 100 bp ladder . Pemotongan  produk  PCR  menggunakan empat enzim restriksi diperoleh satu enzim
yang menghasilkan pola marka RFLP yaitu Hind III  (Gambar  3.).  Setelah  dilakukan pemotongan produk PCR  menggunakan  enzim Hind III, dua pita   RFLP   dihasilkan   yang   masing- masing   berukuran   lebih   kurang   385   pb dan   270   pb.   Kedua   fragmen   RFLP tersebut  muncul  pada  semua  sampel  baik pada  ikan  gurami  soang  berukuran  besar, sedang,  maupun  kecil.  Pemotongan  yang menghasilkan  dua  pita  ini  menunjukkan bahwa  gen  CO1  mempunyai  satu  sisi pemotongan  untuk  enzim Hind III. Menurut Brown  (1991),  enzim Hind III  dapat memotong  produk  PCR  dengan  urutan pengenal 5' A↓A-G-C-T-T 3' atau 3' T-T-C-G-A↓A 5'.
Enzim  restriksi  lain  yang  digunakan  pada penelitian  ini  adalah BamH I.  Hasil  dari pemotongan  gen  CO1  oleh  enzim BamH I dapat  dilihat  pada  Gambar      4.      Produk 189 188 Azizah, Karakterisasi Molekuler Ikan Gurami Soang (Osphronemus goramy Lac.) : 185 - 193
Biosfera 32 (3) September 2015

## Amplifikasi Gen Sitoktrom C Oksidase 1
Hasil amplifikasi gen CO1 berukuran   lebih kurang 655 pasang basa (pb). Pita amplikon yang dihasilkan merupakan  fragmen  yang diharapkan  karena  produk  amplifikasi  gen CO1 menggunakan primer dari Ward et al. (2005)   adalah sepanjang 655   pb. Produk apmlifikasi  ( amplicon )  disajikan  pada Gambar 2. Produk  PCR  655  pb  diperoleh  setelah melalui     proses     optimasi     suhu, waktu
dan  kombinasi  reagen  yang  tepat. Kondisi optimal     PCR     yang     diperoleh selama penelitian      adalah      pradenaturasi  pada 0 temperatur  95   C  selama  5  menit. PCR dilakukan  sebanyak  35  siklus  yang  terdiri o atas  denaturasi  pada  temperatur  95  C selama  30  detik, annealing (penempelan) o pada   temperatur   55    C selama 2 menit, o extension pada temperatur 72  C selama 1 menit 30 detik. Setelah 35 siklus, kemudian dilakukan  tahap  pemanjangan  akhir  ( final o extension) pada temperatur 72  C selama 5 menit.
Gambar 2.    Hasil amplifikasi gen sitokrom c oksidase 1 ikan gurami soang Keterangan: B1-B4 = Sampel ikan gurami soang besar; S1-S15 = Sampel ikan gurami soang sedang; K1- K24 = Sampel ikan gurami soang kecil; M= DNA marka 1kb
Gen  CO1  sebagai  produk  yang  dihasilkan selama  penelitian  mempunyai  spesifitas yang tinggi karena hanya terbentuk satu pita. Christianti (2003) menjelaskan bahwa hasil PCR yang baik dipengaruhi oleh beberapa faktor  seperti  kemurnian  DNA  hasil ekstraksi, ketepatan pemilihan primer yang digunakan serta ketepatan   kondisi   PCR. Primer merupakan  bagian  penting  dalam reaksi CR karena primer merupakan inisiator pada sintesis DNA target. Primer yang telah
digunakan  telah  memenuhi  syarat-  syarat dalam seleksi primer seperti terdiri atas 20 basa,  kandungan  G/C  nya  50%, kemungkinan  terbentuknya  struktur sekunder dalam primer adalah kecil dan 2 basa pada 3 basa terakhir terdiri dari G/C. Ketepatan  kondisi  PCR  juga  sangat mempengaruhi  hasil  reaksi  PCR. Pemotongan Produk PCR Menggunakan Enzim  Restriksi  Endonuklease Deteksi polimorfisme gen CO1 pada  gurami  soang
dalam  penelitian    ini  telah    dilakukan menggunakan    teknik  PCR-RFLP,  yaitu amplifikasi fragmen DNA spesifik sepanjang 655  pb  yang  dilanjutkan  dengan p e m o t o n g a n   p a d a   t i t i k   t e r t e n t u menggunakan  enzim  restriksi EcoR I, BamH I, Pst I,  dan Hind III.  Reaksi  digesti dilakukan  dengan  cara  menambahkan enzim  restriksi, nuklease  free  water dan
buffer  enzim  ke  dalam  tabung  yang  berisi DNA  hasil  amplifikasi  menggunakan  suhu o inkubasi  37  C.Penggunaan  empat  enzim restriksi  tersebut  dengan  harapan  dapat menghasilkan  pola  restriksi  DNA sehingga digunakan sebagai dasar untuk mengetahui adanya  perbedaan  antara  sampel  ikan gurami soang yang berbeda ukuran dalam satu pemijahan.
Gambar 3.    Hasil pemotongan produk PCR menggunakan enzim Hind III Keterangan: B1-B4 = Sampel ikan gurami soang besar; S1-S15 = Sampel ikan gurami soang sedang; K1-K22 = Sampel ikan gurami soang kecil; -B,- S,-K= Kontrol negatif; M= DNA marka 100 bp
Jika  terdapat  situs  restriksi  maka enzim restriksi akan memotong DNA pada situs-situs yang dikenal oleh enzim restriksi sehingga  sekuens  DNA  terpisah  menjadi fragmen-fragmen  DNA.  Jika  sekuens  DNA pada individu tersebut berbeda  pada  situs yang    dikenali    oleh  enzim  restriksi  maka pemotongan dengan enzim  restriksi  dapat menghasilkan  jumlah  fragmen  yang berbeda.  Ada  atau  tidaknya  situs  restriksi ditentukan  berdasarkan  kemunculan fragmen  RFLP.  Profil  marka  PCR-RFLP untuk  setiap  ukuran  benih  dianalisis kemunculan  pita  pada  gel  agarosa  1,3%. Ukuran  fragmen  RFLP    diduga    dengan cara  membandingkan  fragmen  yang diperoleh dari hasil pemotongan dengan 100 bp ladder . Pemotongan  produk  PCR  menggunakan empat enzim restriksi diperoleh satu enzim
yang menghasilkan pola marka RFLP yaitu Hind III  (Gambar  3.).  Setelah  dilakukan pemotongan produk PCR  menggunakan  enzim Hind III, dua pita   RFLP   dihasilkan   yang   masing- masing   berukuran   lebih   kurang   385   pb dan   270   pb.   Kedua   fragmen   RFLP tersebut  muncul  pada  semua  sampel  baik pada  ikan  gurami  soang  berukuran  besar, sedang,  maupun  kecil.  Pemotongan  yang menghasilkan  dua  pita  ini  menunjukkan bahwa  gen  CO1  mempunyai  satu  sisi pemotongan  untuk  enzim Hind III. Menurut Brown  (1991),  enzim Hind III  dapat memotong  produk  PCR  dengan  urutan pengenal 5' A↓A-G-C-T-T 3' atau 3' T-T-C-G-A↓A 5'. Enzim  restriksi  lain  yang  digunakan  pada penelitian  ini  adalah BamH I.  Hasil  dari pemotongan  gen  CO1  oleh  enzim BamH I dapat  dilihat  pada  Gambar      4.      Produk
PCR  hasil  digesti masih berbentuk satu pita dengan ukuran 655 pb. Hal tersebut menjadi bukti bahwa produk   PCR   tidak   terpotong sehingga tidak   diperoleh   fragmen   RFLP pada semua  sampel.  Tidak  terpotongnya produk  PCR  diduga  terjadi  karena  tidak terdapat  situs  pengenalan  enzim  restriksi BamH I pada gen CO1 dari semua sampel. Menurut  Ausubel  (2003),  Enzim BamH I merupakan enzim yang diisolasi dari bakteri Bacillus  amyloquefaciens .  Kinerja  enzim BamH I  tersebut  mampu  memotong  ikatan fosfodiester pada urutan DNA pada sisi: 5′ G↓G-A-T-C-C  3′  atau  3′  C-C-T-A-  G↑G  5′. Enzim restriksi tersebut mampu mengenali urutan  nukleotida  yang  sama  (G-G), sehingga BamH I  disebut  juga  sebagai isoschizomer . Gambar 4.    Hasil Pemotongan Produk PCR Menggunakan Enzim BamH1 Keterangan: B1-B4 = Sampel ikan gurami soang besar; S2-S10 = Sampel ikan gurami soang sedang; K2-K20 = Sampel ikan gurami soang kecil; -B,-S,-K= Kontrol negatif; M= DNA Marka 100 bp P e m o t o n g a n   p r o d u k   P C R menggunakan  enzim  restriksi EcoR I disajikan pada Gambar 5. Hasil pemotongan gen CO1 sepanjang 655 pb menggunakan enzim EcoR I  pada    semua  sampel  tidak terpotong sehingga tidak diperoleh fragmen RFLP  dan  produk  pemotongan  memiliki ukuran yang sama dengan produk PCR yaitu sepanjang 655 pb.  Menurut  Gholizadeh & Kohnehrouz (2009) , EcoR I adalah enzim RE yang dihasilkan dari bakteri Escherichia coli strain  RY13.  Enzim  yang  memiliki  urutan pengenalan 5' G↓A-A-T-T-C 3' atau 3' C-T-T- A-A↓G 5' ini merupakan enzim restriksi tipe II yang  terdiri  dari  polipeptida,  mengandung 277 asam amino dan memiliki bobot molekul tunggal  mencapai  29  kDa  yang  telah dimurnikan sebelumnya. Gambar 5.   Hasil pemotongan produk PCR menggunakan enzim EcoR 1 Keterangan: B1-B4 = Sampel ikan gurami soang besar; S1-S10 = Sampel ikan gurami soang sedang; K2-K19 = Sampel ikan gurami soang kecil; -B,-S,-K= Kontrol negatif; M= DNA marka 100 bp
Hasil  digesti  dengan  enzim  restriksi Pst I menunjukkan  bahwa  gen  CO1  tidak terpotong (Gambar 6.). Hal ini berarti bahwa gen CO1 pada ikan gurami soang berukuran besar, sedang, dan kecil tidak memiliki situs pemotongan  untuk  enzim Pst I.  Enzim  ini mengenali  situs  pemotongan  (restriksi)  di posisi 5'C-T-G- C-A↓G 3' atau 3' G↓A-C-G-T- C  5'  (Santoso  et  al.,  2008).  Tidak  adanya situs restriksi     pada     gen     CO1     pada semua sampel menyebabkan gen tersebut tidak terpotong dan   hasilnya masih   sama dengan  produk  PCR  hanya  terdapat  satu pita  dengan  ukuran  655  pb.  Dengan demikian  tidak  diperoleh  marka Pst I-COI RFLP. Gambar 6.  Hasil pemotongan produk PCR menggunakan enzim Pst 1 Keterangan: B1-B4 = Sampel ikan gurami soang besar; S2-S10 = Sampel ikan gurami soang sedang; K2- K19 = Sampel ikan gurami soang kecil; -B,-S,-K= Kontrol negatif; M= DNA Marka 100bp
Analisis   Keragaman   Haplotipe dan Nukleotida H a s i l   p e n e l i t i a n   i n i   t i d a k memperlihatkan  adanya  polimorfisme  gen CO1 pada ikan gurami soang yang memiliki ukuran berbeda. Hal ini berarti bahwa gen tersebut  tidak  memperlihatkan  variasi individu jika dipotong menggunakan enzim Hind III, Pst I, EcoR I,  dan BamH I,  atau dengan  kata  lain  dalam  keadaan monomorfisme,      memiliki      alel  yang serupa    atau    homozigot,    sehingga  nilai heterozigositasnya  0  (nol).  Lokus dinyatakan  bersifat  polimorfik  apabila memiliki variasi alel dalam suatu populasi, sedangkan  apabila  tidak  memiliki  variasi maka  dinyatakan  bersifat        monomorfik. Individu        yang  memiliki  alel  sama  pada suatu  lokus  dinyatakan  memiliki  genotip yang  homozigot  sedangkan  yang  memiliki alel berbeda  dikatakan  heterozigot.  Oleh karena  nilai  heterozigositas            yang diperoleh  nol  (0),  sehingga  tidak  perlu dianalisis    lebih    lanjut    mengenai keragaman  haplotipe  dan  nukleotida menggunakan software Alrequin .
Berdasarkan  hasil  penelitian  yang telah  dilakukan,  karakterisasi  genetik  ikan
gurami soang  yang berbeda ukuran dalam satu pemijahan menggunakan   PCR-RFLP gen  CO1  menunjukkan  bahwa  variasi fenotip  (ukuran  tubuh)  pada  individu tersebut   tidak   diikuti   dengan   adanya variasi  pada  level  molekuler  khususnya pada gen CO1. Oleh karena itu, gen CO1 dalam  penelitian  ini  dapat  dikatakan  tidak dapat digunakan sebagai penanda genetik untuk  membedakan  ikan  gurami  soang berukuran     kecil,     sedang,     dan     besar. Variasi tersebut dimungkinkan terjadi bukan disebabkan  oleh  faktor  genetik  gen  CO1, meskipun  memiliki  peran  yang  vital membebaskan  energi  adenosin  trifosfat (ATP) dalam respirasi aerob yang diperlukan untuk    aktivitas    metabolisme  sel,  masih terdapat beberapa faktor lain yang mengatur pertumbuhan.
Besarnya     variasi     ukuran     tubuh ikan  gurami  soang  dalam  satu  pemijahan pada  penelitian  ini  tidak  berarti  hanya menggambarkan    besarnya    variasi    di dalam   bahan   genetik,   karena   variasi dalam  fenotip  dipengaruhi  juga  oleh lingkungan.  Hal  ini  dijelaskan  lebih  lanjut oleh    Mittler    &    Gregg    (1969)    dan Christianti  et  al.  (2003)  yang  menyatakan
190 Azizah, Karakterisasi Molekuler Ikan Gurami Soang (Osphronemus goramy Lac.) : 185 - 193

## Biosfera 32 (3) September 2015
PCR  hasil  digesti masih berbentuk satu pita dengan ukuran 655 pb. Hal tersebut menjadi bukti bahwa produk   PCR   tidak   terpotong sehingga tidak   diperoleh   fragmen   RFLP pada semua  sampel.  Tidak  terpotongnya produk  PCR  diduga  terjadi  karena  tidak terdapat  situs  pengenalan  enzim  restriksi BamH I pada gen CO1 dari semua sampel. Menurut  Ausubel  (2003),  Enzim BamH I
merupakan enzim yang diisolasi dari bakteri Bacillus  amyloquefaciens .  Kinerja  enzim BamH I  tersebut  mampu  memotong  ikatan fosfodiester pada urutan DNA pada sisi: 5′ G↓G-A-T-C-C  3′  atau  3′  C-C-T-A-  G↑G  5′. Enzim restriksi tersebut mampu mengenali urutan  nukleotida  yang  sama  (G-G), sehingga BamH I  disebut  juga  sebagai isoschizomer .
Gambar 4.    Hasil Pemotongan Produk PCR Menggunakan Enzim BamH1 Keterangan: B1-B4 = Sampel ikan gurami soang besar; S2-S10 = Sampel ikan gurami soang sedang; K2-K20 = Sampel ikan gurami soang kecil; -B,-S,-K= Kontrol negatif; M= DNA Marka 100 bp
P e m o t o n g a n   p r o d u k   P C R menggunakan  enzim  restriksi EcoR I disajikan pada Gambar 5. Hasil pemotongan gen CO1 sepanjang 655 pb menggunakan enzim EcoR I  pada    semua  sampel  tidak terpotong sehingga tidak diperoleh fragmen RFLP  dan  produk  pemotongan  memiliki ukuran yang sama dengan produk PCR yaitu sepanjang 655 pb.  Menurut  Gholizadeh &
Kohnehrouz (2009) , EcoR I adalah enzim RE yang dihasilkan dari bakteri Escherichia coli strain  RY13.  Enzim  yang  memiliki  urutan pengenalan 5' G↓A-A-T-T-C 3' atau 3' C-T-T- A-A↓G 5' ini merupakan enzim restriksi tipe II yang  terdiri  dari  polipeptida,  mengandung 277 asam amino dan memiliki bobot molekul tunggal  mencapai  29  kDa  yang  telah dimurnikan sebelumnya.
Gambar 5.   Hasil pemotongan produk PCR menggunakan enzim EcoR 1 Keterangan: B1-B4 = Sampel ikan gurami soang besar; S1-S10 = Sampel ikan gurami soang sedang; K2-K19 = Sampel ikan gurami soang kecil; -B,-S,-K= Kontrol negatif; M= DNA marka 100 bp
Hasil  digesti  dengan  enzim  restriksi Pst I menunjukkan  bahwa  gen  CO1  tidak terpotong (Gambar 6.). Hal ini berarti bahwa gen CO1 pada ikan gurami soang berukuran besar, sedang, dan kecil tidak memiliki situs pemotongan  untuk  enzim Pst I.  Enzim  ini mengenali  situs  pemotongan  (restriksi)  di posisi 5'C-T-G- C-A↓G 3' atau 3' G↓A-C-G-T-
C  5'  (Santoso  et  al.,  2008).  Tidak  adanya situs restriksi     pada     gen     CO1     pada semua sampel menyebabkan gen tersebut tidak terpotong dan   hasilnya masih   sama dengan  produk  PCR  hanya  terdapat  satu pita  dengan  ukuran  655  pb.  Dengan demikian  tidak  diperoleh  marka Pst I-COI RFLP.
Gambar 6.  Hasil pemotongan produk PCR menggunakan enzim Pst 1 Keterangan: B1-B4 = Sampel ikan gurami soang besar; S2-S10 = Sampel ikan gurami soang sedang; K2- K19 = Sampel ikan gurami soang kecil; -B,-S,-K= Kontrol negatif; M= DNA Marka 100bp

## Analisis   Keragaman   Haplotipe dan Nukleotida
H a s i l   p e n e l i t i a n   i n i   t i d a k memperlihatkan  adanya  polimorfisme  gen CO1 pada ikan gurami soang yang memiliki ukuran berbeda. Hal ini berarti bahwa gen tersebut  tidak  memperlihatkan  variasi individu jika dipotong menggunakan enzim Hind III, Pst I, EcoR I,  dan BamH I,  atau dengan  kata  lain  dalam  keadaan monomorfisme,      memiliki      alel  yang serupa    atau    homozigot,    sehingga  nilai heterozigositasnya  0  (nol).  Lokus dinyatakan  bersifat  polimorfik  apabila memiliki variasi alel dalam suatu populasi, sedangkan  apabila  tidak  memiliki  variasi maka  dinyatakan  bersifat        monomorfik. Individu        yang  memiliki  alel  sama  pada suatu  lokus  dinyatakan  memiliki  genotip yang  homozigot  sedangkan  yang  memiliki alel berbeda  dikatakan  heterozigot.  Oleh karena  nilai  heterozigositas            yang diperoleh  nol  (0),  sehingga  tidak  perlu dianalisis    lebih    lanjut    mengenai keragaman  haplotipe  dan  nukleotida menggunakan software Alrequin .
Berdasarkan  hasil  penelitian  yang telah  dilakukan,  karakterisasi  genetik  ikan
gurami soang  yang berbeda ukuran dalam satu pemijahan menggunakan   PCR-RFLP gen  CO1  menunjukkan  bahwa  variasi fenotip  (ukuran  tubuh)  pada  individu tersebut   tidak   diikuti   dengan   adanya variasi  pada  level  molekuler  khususnya pada gen CO1. Oleh karena itu, gen CO1 dalam  penelitian  ini  dapat  dikatakan  tidak dapat digunakan sebagai penanda genetik untuk  membedakan  ikan  gurami  soang berukuran     kecil,     sedang,     dan     besar. Variasi tersebut dimungkinkan terjadi bukan disebabkan  oleh  faktor  genetik  gen  CO1, meskipun  memiliki  peran  yang  vital membebaskan  energi  adenosin  trifosfat (ATP) dalam respirasi aerob yang diperlukan untuk    aktivitas    metabolisme  sel,  masih terdapat beberapa faktor lain yang mengatur pertumbuhan.
Besarnya     variasi     ukuran     tubuh ikan  gurami  soang  dalam  satu  pemijahan pada  penelitian  ini  tidak  berarti  hanya menggambarkan    besarnya    variasi    di dalam   bahan   genetik,   karena   variasi dalam  fenotip  dipengaruhi  juga  oleh lingkungan.  Hal  ini  dijelaskan  lebih  lanjut oleh    Mittler    &    Gregg    (1969)    dan Christianti  et  al.  (2003)  yang  menyatakan
bahwa  variasi  pada  fenotip  dapat  terjadi karena adanya variasi genetik atau variasi lingkungan  atau  karena  keduanya,  yaitu variasi genetik dan lingkungan. Adanya   perbedaan   variasi   fenotip dapat disebabkan  oleh  faktor  lingkungan  dan genetik.   Di   antara   kedua   faktor tersebut dapat  terjadi  interaksi  ataupun  asosiasi. Faktor  genetik  dan  faktor  lingkungan dikatakan  berinteraksi  apabila  pengaruh faktor   lingkungan    terhadap suatu fenotip berbeda-beda,  bergantung  pada  genotip, atau  dengan  kata  lain,  pengaruh  faktor genetik  terhadap  suatu  fenotip  berbeda- beda  tergantung  pada  lingkungannya. Kedua  faktor  tersebut  dikatakan berasosiasi,  apabila  kedua faktor tersebut bersama-sama  meningkatkan  atau menurunkan  nilai  fenotip  (Susanto,  2011). Namun, oleh karena   dalam   penelitian   ini ikan   yang diuji merupakan hasil dari satu pemijahan dan beberapa faktor lingkungan yang mendukung pertumbuhan ikan gurami soang  juga  memiliki  kondisi  yang  sama untuk  semua  individu,  maka  ada  faktor genetik  lain  selain  gen  CO1  yang diasumsikan  berkontribusi  dalam mengatur pertumbuhan pada ikan gurami soang. Variasi  fenotip  yang  nampak  di  dalam populasi  merupakan  indikasi  bervariasinya protein-protein   yang dimiliki oleh individu- individu  di  dalam  populasi  yang  dihasilkan dari informasi genetik yang terdapat di dalam gen struktural sehingga menghasilkan asam amino  yang  terangkai  menjadi  polipeptida (protein)  dengan  berbagai  fungsi  dalam metabolisme  tubuh.  Pertumbuhan  ikan gurami  soang  merupakan  sifat  kuantitatif, sehingga     sifat     ini     dikendalikan     oleh banyak  gen  nonalelik  ( polygenic )  yang masing-masing  memberikan  kontribusi relatif  terhadap  pemunculan  suatu  fenotip (Susanto,  2011).  Oleh  karena  itu,  perlu dilakukan  pengujian  dengan menggunakan penanda   lain   yang   juga dapat mengatur pertumbuhan.
Pengukuran    terhadap    diversitas  pada tingkat   haplotipe   cukup   untuk digunakan dalam    mempelajari  polimorfisme  pada tingkat  DNA.  Studi  tentang  variasi  genetik pada  tingkat  DNA  lebih    akurat dibandingkan  dengan  studi variasi genetik pada  protein.  Polimorfisme  atau  variasi genetik  pada  jenis  yang  sama  sangat penting,    karena    mempunyai  banyak aplikasi  dalam  persilangan  dan  genetika (Purwoko et al ., 2003).

## Kesimpulan dan Saran
Berdasarkan hasil penelitian yang diperoleh gen  Co1  DNA  mitokondria  tidak berhubungan  secara  nyata  dengan perbedaan   ukuran   pada   ikan   gurami soang.  Gen  CO1  pada  penelitian  ini  tidak dapat  digunakan  sebagai  pananda molekuler   pada   populasi   ikan   gurami soang yang memiliki laju pertumbuhan tinggi atau  rendah  dalam  satu  pemijahan.  Oleh karena itu diperlukan adanya penelitian lebih lanjut dengan menggunakan gen penyandi hormon  pertumbuhan  sebagai  penanda genetik  misalnya Growth  Hormone (GH)
atau  menggunakan  enzim  restriksi  yang lebih bervariasi.
Daftar Referensi Ausubel,  F.M.,  2003. Current  Protocols  in Molecular  Biology  Tabs .  19th  ed. Canada: John Willey & Sons. Bachtiar,  Y.,  2010. Buku  Pintar  Budi  Daya dan  Bisnis  Gurami .  Jakarta: AgroMedia  Pustaka.Brown,  T.A., 1991.  Pengantar  Kloning  Gen. Translated by A.M. Sumiati & Praseno. Yogyakarta:  Yayasan  Essentia Medica. Christianti, T., Sutarno & Etikawati, N., 2003. Identifikasi  Polimorfisme  pada Fragmen   D-Loop   DNA Mitokondria Sapi  Benggala. BioSMART ,  5(2), pp.73-77. Gholizadeh, A.  &  Kohnehrouz, B.B., 2009. Carborundum-Dependent Entrance of EcoRI  Restriction  Enzyme  into  Plant Cell  and  Specific  of  Genomic  DNA. Indian  Journal  of  Experimental Biology , 47, pp.684-689. Hua, G.H., Chen, S.L., Yu, J.N., Cai, K.L., Wu, C.J., Li, Q.L., Zhang, C.Y., Liang, A.X., Han, L., Geng, L.Y., Shen,   Z., Xu,    D.Q.,    Yang,    L.G.,  2009. Polymorphism of the Growth Hormone Gene and Its Association with  Growth Traits    in    Boer    Goat  Bucks. Meat Science , 81,  pp.391-395. Jeon,  H.,   Choi,  S.   &   Suk,   H.Y.,  2012. Exploring  the  Utility  of  Partial Cytochrome C Oxidase Subunit 1 for DNA  Barcoding  of  Gobies. Animal Systematics, Evolution and Diversity , 28(4), pp.269-278. Kamarudin, K., Rehan, A., Hashim, R., Usup, G.,  Ahmad,  H.  &Anua,  M.,  2011.
Molecular  Phylogeny  of Holothuria (Mertensiothuria) leucospilota (brandt 1835) as Inferred from Cytochrome C Oxidase  I  Mitochondrial  DNA  Gene Sequences. Sains Malaysiana , 40(2), pp.125–133. Kementerian Perikanan  &  Kelautan,  2014. Budidaya  Gurami,  Penggerak P e r e k o n o m i a n   D a e r a h   d a n Meningkatkan Kesejahteraan . [Online] Available  at:  [Accessed  15  Januari 2015]. http://www.djpb.kkp.go.id Mittler, L.E. & Gregg, T.G., 1969. Population Genetics  and  Evolution .  Englewood Clifie: Prentice Hall Inc. Nichol,  D.S.T.,  2008. An  Introduction  to Genetic  Engineering .  3rd  ed. United States  of  America:  Cambridge University Press,  New York. Nuryanto,  A.  &  Sastranegara,  M.H.,  2013. Molecular  Characterisation  of Polymesoda  erosa (Solander,  1786) Inhabit  Two  Different  Habitats. Bionatura-Jurnal Ilmu-ilmu Hayati dan Fisik , 15(3), pp.201-207. Nuryanto, A. & Kochzius, M., 2009. Highly Restricted  Gene  Flow  and  Deep Evolutionary  Lineages  in  the  Giant Clam Tridacna      maxima . Coral Reef , 28, pp.607-619. Nuryanto,  A.,  Wijayanti,  G.E.,  Susilo,  U., D a r s o n o   &   S u h a r n o . ,   2 0 1 2 . Peningkatan  Produksi  Gurami Banyumas  Melalui  Pendekatan Genetik,  Reproduksi,  Manajemen Pemeliharaan  dan  Evaluasi  Aspek Sosioekonomi .  Laporan    Penelitian. Purwokerto:  Universitas  Jenderal Soedirman Fakultas Biologi. Purwoko, A., Sutarno & Etikawati, N., 2003. Polimorfisme    DNA    pada    Lokus-2 Gen     Hormon     Pertumbuhan   Sapi Madura. Biodiversitas , 4(1),  pp.7-11. Santoso,  T.J.,  Hidayat,  S.,  Herman,  M., Aswidinnoor, H., & Sudarsono., 2008. Identitas  dan  eragaman  Genetik Begomovirus  yang  Berasosiasi dengan Penyakit Keriting  pada  Tomat Berdasarkan  Teknik  Polymerase Chain  Reaction  (PCR)-Restriction Fragment  Length  Polymorphism (RFLP). Jurnal AgroBiogen , 4(1), pp.9- 17Sembiring,     S.B.M.,     Tridjoko     & Haryanti,  2013.  Keragaman  Genetik Ikan  Kerapu  Bebek  ( Cromileptes altivelis ) Generasi F1 Dan F3. Jurnal Ilmu   dan   Teknologi Kelautan Tropis , 5(1), pp.103-111. Setijaningsih, L., Arifin, O.Z. & Gustiano, R., 2007.     Karakterisasi     Tiga     Strain Ikan Gurame Osphronemus gouramy Lac.)  Berdasarkan  Metode  Truss Morfometriks. Jurnal  lktiologi Indonesia , 7(1), pp.23-30. Susanto,   A.H.,   2011. Genetika .   1st   ed. Yogyakarta: Graha Ilmu. Walsh,  P.S.,  Metzger, D.A.  &  Higuchi, R., 1991.  Chelex-100  as  A  Medium  for Simple  Extraction  of  DNA  for  PCR Based Typing from Forensic Material. Biotechniques , 10(4), pp.506-513. Wang, J.-F., Jiang, L.-Y. & Qiao, G.-X., 2011. Use of A Mitochondrial COI Sequence to  Identify  Species  of  the  Subtribe Aphidina  (Hemiptera,  Aphididae). Zookeys , 122 (2011), pp.1-17. Ward, R.D., Zemlak, T.S., Innes, B.H., Last, P.  R.  &  Hebert,  P.D.N.,  2005.  DNA Barcoding  Australia's  Fish  Species. Philosophical  Transaction  of  The Royal Society , 360, pp.1847–1857. Yurisma, E.H., Abdulgani, N. & Mahasri, G., 2013.  Pengaruh  Salinitas  yang Berbeda  terhadap  Laju  Konsumsi Oksigen Ikan Gurame ( Osprhonemus gouramy ) Skala Laboratorium. Jurnal Sains dan Seni , 1(1), pp.1-4. Zhao,  Y.,  Gentekaki,  E.,  Yi,  Z.  &    Lin,  X., 2013.  Genetic  Differentiation  of  the Mitochondrial Cytochrome Oxidase C Subunit      I      Gene      in      Genus Paramecium  (Protista,  Ciliophora). Plos One , 8(10), pp.1-8. 193 192 Azizah, Karakterisasi Molekuler Ikan Gurami Soang (Osphronemus goramy Lac.) : 185 - 193

## Biosfera 32 (3) September 2015
bahwa  variasi  pada  fenotip  dapat  terjadi karena adanya variasi genetik atau variasi lingkungan  atau  karena  keduanya,  yaitu variasi genetik dan lingkungan. Adanya   perbedaan   variasi   fenotip dapat disebabkan  oleh  faktor  lingkungan  dan genetik.   Di   antara   kedua   faktor tersebut dapat  terjadi  interaksi  ataupun  asosiasi. Faktor  genetik  dan  faktor  lingkungan dikatakan  berinteraksi  apabila  pengaruh faktor   lingkungan    terhadap suatu fenotip berbeda-beda,  bergantung  pada  genotip, atau  dengan  kata  lain,  pengaruh  faktor genetik  terhadap  suatu  fenotip  berbeda- beda  tergantung  pada  lingkungannya. Kedua  faktor  tersebut  dikatakan berasosiasi,  apabila  kedua faktor tersebut bersama-sama  meningkatkan  atau menurunkan  nilai  fenotip  (Susanto,  2011). Namun, oleh karena   dalam   penelitian   ini ikan   yang diuji merupakan hasil dari satu pemijahan dan beberapa faktor lingkungan yang mendukung pertumbuhan ikan gurami soang  juga  memiliki  kondisi  yang  sama untuk  semua  individu,  maka  ada  faktor genetik  lain  selain  gen  CO1  yang diasumsikan  berkontribusi  dalam mengatur pertumbuhan pada ikan gurami soang. Variasi  fenotip  yang  nampak  di  dalam populasi  merupakan  indikasi  bervariasinya protein-protein   yang dimiliki oleh individu- individu  di  dalam  populasi  yang  dihasilkan dari informasi genetik yang terdapat di dalam gen struktural sehingga menghasilkan asam amino  yang  terangkai  menjadi  polipeptida (protein)  dengan  berbagai  fungsi  dalam metabolisme  tubuh.  Pertumbuhan  ikan gurami  soang  merupakan  sifat  kuantitatif, sehingga     sifat     ini     dikendalikan     oleh banyak  gen  nonalelik  ( polygenic )  yang masing-masing  memberikan  kontribusi relatif  terhadap  pemunculan  suatu  fenotip (Susanto,  2011).  Oleh  karena  itu,  perlu dilakukan  pengujian  dengan menggunakan penanda   lain   yang   juga dapat mengatur pertumbuhan.
Pengukuran    terhadap    diversitas  pada tingkat   haplotipe   cukup   untuk digunakan dalam    mempelajari  polimorfisme  pada tingkat  DNA.  Studi  tentang  variasi  genetik pada  tingkat  DNA  lebih    akurat dibandingkan  dengan  studi variasi genetik pada  protein.  Polimorfisme  atau  variasi genetik  pada  jenis  yang  sama  sangat penting,    karena    mempunyai  banyak aplikasi  dalam  persilangan  dan  genetika (Purwoko et al ., 2003).

## Kesimpulan dan Saran
Berdasarkan hasil penelitian yang diperoleh gen  Co1  DNA  mitokondria  tidak berhubungan  secara  nyata  dengan perbedaan   ukuran   pada   ikan   gurami soang.  Gen  CO1  pada  penelitian  ini  tidak dapat  digunakan  sebagai  pananda molekuler   pada   populasi   ikan   gurami soang yang memiliki laju pertumbuhan tinggi atau  rendah  dalam  satu  pemijahan.  Oleh karena itu diperlukan adanya penelitian lebih lanjut dengan menggunakan gen penyandi hormon  pertumbuhan  sebagai  penanda genetik  misalnya Growth  Hormone (GH) atau  menggunakan  enzim  restriksi  yang lebih bervariasi.

## Daftar Referensi
Ausubel,  F.M.,  2003. Current  Protocols  in Molecular  Biology  Tabs .  19th  ed. Canada: John Willey & Sons. Bachtiar,  Y.,  2010. Buku  Pintar  Budi  Daya dan  Bisnis  Gurami .  Jakarta:
AgroMedia  Pustaka.Brown,  T.A., 1991.  Pengantar  Kloning  Gen. Translated by A.M. Sumiati & Praseno. Yogyakarta:  Yayasan  Essentia Medica.
Christianti, T., Sutarno & Etikawati, N., 2003. Identifikasi  Polimorfisme  pada Fragmen   D-Loop   DNA Mitokondria Sapi  Benggala. BioSMART ,  5(2),
pp.73-77.
Gholizadeh, A.  &  Kohnehrouz, B.B., 2009. Carborundum-Dependent Entrance of EcoRI  Restriction  Enzyme  into  Plant Cell  and  Specific  of  Genomic  DNA. Indian  Journal  of  Experimental Biology , 47, pp.684-689.
Hua, G.H., Chen, S.L., Yu, J.N., Cai, K.L., Wu, C.J., Li, Q.L., Zhang, C.Y., Liang, A.X., Han, L., Geng, L.Y., Shen,   Z., Xu,    D.Q.,    Yang,    L.G.,  2009. Polymorphism of the Growth Hormone Gene and Its Association with  Growth Traits    in    Boer    Goat  Bucks. Meat Science , 81,  pp.391-395. Jeon,  H.,   Choi,  S.   &   Suk,   H.Y.,  2012. Exploring  the  Utility  of  Partial Cytochrome C Oxidase Subunit 1 for DNA  Barcoding  of  Gobies. Animal Systematics, Evolution and Diversity , 28(4), pp.269-278. Kamarudin, K., Rehan, A., Hashim, R., Usup,
G.,  Ahmad,  H.  &Anua,  M.,  2011.
Molecular  Phylogeny  of Holothuria
(Mertensiothuria) leucospilota (brandt 1835) as Inferred from Cytochrome C Oxidase  I  Mitochondrial  DNA  Gene Sequences. Sains Malaysiana , 40(2), pp.125–133.
Kementerian Perikanan  &  Kelautan,  2014.
Budidaya  Gurami,  Penggerak P e r e k o n o m i a n   D a e r a h   d a n Meningkatkan Kesejahteraan . [Online]
Available  at:  [Accessed  15  Januari 2015]. http://www.djpb.kkp.go.id Mittler, L.E. & Gregg, T.G., 1969. Population Genetics  and  Evolution .  Englewood Clifie: Prentice Hall Inc.
Nichol,  D.S.T.,  2008. An  Introduction  to Genetic  Engineering .  3rd  ed. United States  of  America:  Cambridge University Press,  New York.
Nuryanto,  A.  &  Sastranegara,  M.H.,  2013. Molecular  Characterisation  of Polymesoda  erosa (Solander,  1786) Inhabit  Two  Different  Habitats. Bionatura-Jurnal Ilmu-ilmu Hayati dan Fisik , 15(3), pp.201-207.
Nuryanto, A. & Kochzius, M., 2009. Highly Restricted  Gene  Flow  and  Deep Evolutionary  Lineages  in  the  Giant Clam Tridacna      maxima . Coral Reef , 28, pp.607-619. Nuryanto,  A.,  Wijayanti,  G.E.,  Susilo,  U.,
D a r s o n o   &   S u h a r n o . ,   2 0 1 2 . Peningkatan  Produksi  Gurami Banyumas  Melalui  Pendekatan Genetik,  Reproduksi,  Manajemen Pemeliharaan  dan  Evaluasi  Aspek Sosioekonomi .  Laporan    Penelitian.
Purwokerto:  Universitas  Jenderal Soedirman Fakultas Biologi. Purwoko, A., Sutarno & Etikawati, N., 2003. Polimorfisme    DNA    pada    Lokus-2 Gen     Hormon     Pertumbuhan   Sapi Madura. Biodiversitas , 4(1),  pp.7-11.
Santoso,  T.J.,  Hidayat,  S.,  Herman,  M., Aswidinnoor, H., & Sudarsono., 2008. Identitas  dan  eragaman  Genetik Begomovirus  yang  Berasosiasi
dengan Penyakit Keriting  pada  Tomat Berdasarkan  Teknik  Polymerase Chain  Reaction  (PCR)-Restriction Fragment  Length  Polymorphism (RFLP). Jurnal AgroBiogen , 4(1), pp.9- 17Sembiring,     S.B.M.,     Tridjoko     & Haryanti,  2013.  Keragaman  Genetik Ikan  Kerapu  Bebek  ( Cromileptes altivelis ) Generasi F1 Dan F3. Jurnal Ilmu   dan   Teknologi Kelautan Tropis , 5(1), pp.103-111.
Setijaningsih, L., Arifin, O.Z. & Gustiano, R., 2007.     Karakterisasi     Tiga     Strain Ikan Gurame Osphronemus gouramy Lac.)  Berdasarkan  Metode  Truss Morfometriks. Jurnal  lktiologi Indonesia , 7(1), pp.23-30. Susanto,   A.H.,   2011. Genetika .   1st   ed. Yogyakarta: Graha Ilmu.
Walsh,  P.S.,  Metzger, D.A.  &  Higuchi, R.,
1991.  Chelex-100  as  A  Medium  for Simple  Extraction  of  DNA  for  PCR Based Typing from Forensic Material. Biotechniques , 10(4), pp.506-513.
Wang, J.-F., Jiang, L.-Y. & Qiao, G.-X., 2011. Use of A Mitochondrial COI Sequence to  Identify  Species  of  the  Subtribe Aphidina  (Hemiptera,  Aphididae). Zookeys , 122 (2011), pp.1-17.
Ward, R.D., Zemlak, T.S., Innes, B.H., Last, P.  R.  &  Hebert,  P.D.N.,  2005.  DNA Barcoding  Australia's  Fish  Species. Philosophical  Transaction  of  The Royal Society , 360, pp.1847–1857.
Yurisma, E.H., Abdulgani, N. & Mahasri, G., 2013.  Pengaruh  Salinitas  yang Berbeda  terhadap  Laju  Konsumsi Oksigen Ikan Gurame ( Osprhonemus gouramy ) Skala Laboratorium. Jurnal Sains dan Seni , 1(1), pp.1-4. Zhao,  Y.,  Gentekaki,  E.,  Yi,  Z.  &    Lin,  X., 2013.  Genetic  Differentiation  of  the Mitochondrial Cytochrome Oxidase C Subunit      I      Gene      in      Genus Paramecium  (Protista,  Ciliophora).
Plos One , 8(10), pp.1-8.