## KERAGAMAN GENETIK IKAN KERAPU BEBEK (Cromileptes altivelis) GENERASI F1 DAN F3
GENETIC VARIATION OF HUMPBACK GROUPER (Cromileptes altivelis ON F1 AND F3 GENERATIONS )
Sari Budi Moria Sembiring 1 , Tridjoko 1 , dan Haryanti 1
1 Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Budidaya Laut Gondol, Bali PO Box 140 Singaraja, Bali; Email: moriasembiring@yahoo.co.id

## ABSTRACT
Hatchery and culture technology of Humpback grouper has been developed. However, sometimes it is still found constraint in sedd production and caused instability of production due to failure by many factors. Breeding program become necessary to provide seed with high quality and good genetic variation. Quantitative characteristic selection is one of breeding program to improve productivity in grouper aquaculture. The aim of this research was to produce good phenotyphic and genotypic quality of Humpback grouper candidate broodstock. Selection of Humpback grouper F1  and  F3  was done based on quantitative characteristic (body length and weight) and genotyphic characteristic by using ramdom amplified polymorphism DNA (RAPD) method.  The results of conventional selection were found candidate broodstock of Humpback grouper F1 and F3 with body weight range from 170-210 g and 160-170 g consecutively.  Heterozygosity  values of Humpback grouper analized by RAPD of F1 and F3 were  0.7940  and  0.7749 consecutively and it was not significantly different. This value emphasis that population of this F3 Humpback grouper was still good to grow for broodstock.
Keywords: genetic variation, humpback grouper, F1, F3.

## ABSTRAK
Teknologi pembenihan dan pembesaran ikan kerapu bebek ( Cromileptes altivelis ) telah dapat dikembangkan. Namun demikian terkadang masih ditemukan kendala produksi benih yang    tidak stabil dan masih  sering mengalami kegagalan  yang disebabkan oleh berbagai faktor. Program pemuliaan merupakan tulang punggung bagi penyediaan benih ikan kerapu yang berkualitas baik dengan tetap mempertahankan keragaman  genetik dari populasi ikan tersebut. Seleksi pada karakter kuantitatif merupakan program pemuliaan yang bertujuan untuk meningkatkan produktivitas budidaya ikan kerapu.  Penelitian ini bertujuan  untuk memperoleh calon induk kerapu bebek yang berkualitas secara fenotipik dan genotipik. Seleksi ikan kerapu keturunan pertama (F1) dan ketiga (F3) dilakukan secara individu dengan parameter karakter kuantitatif (panjang dan bobot) serta pengamatan secara genotype dengan metode random amplified polymorphism DNA (RAPD) . Hasil dari seleksi individu telah diperoleh calon induk ikan kerapu bebek F1 dan F3 dengan bobot tubuh 170-210 g untuk F1 dan 160-170 g untuk F3 selama 17 bulan pemeliharaan.  Nilai heterosigositas ikan kerapu bebek  F1  (0,7940) dan  F3  (0,7749) dengan penanda RAPD memberikan nilai yang tidak signifikan terhadap keragaman genetik, sehingga populasi ikan kerapu bebek F3 masih layak sebagai populasi induk.
Kata kunci: keragaman genetik, kerapu bebek, F1, F3.

## I. PENDAHULUAN
Di Indonesia jenis ikan kerapu banyak diburu orang karena mempunyai nilai ekonomi cukup tinggi di pasar dalam negeri dan untuk ekspor. Besarnya permintaan ikan terutama ikan kerapu hidup menimbulkan dampak pada turunnya jumlah tangkap, jenis dan ukurannya. Kondisi ini merupakan suatu indikasi telah terjadinya lebih tangkap- over fishing.
Pada saat ini teknologi pembenihan dan pembesaran ikan kerapu telah dapat dikembangkan dengan baik. Agar kegiatan usaha budiaya ikan kerapu dapat berlangsung sepanjang tahun dengan produksi maksimal diperlukan kontinuitas benih baik dalam jumlah maupun mutu. Dengan demikian produksi budidaya ikan kerapu dapat terjamin dalam memenuhi kebutuhan pasar domestik dan internasional.
Benih merupakan salah satu faktor produksi yang sangat menentukan keberhasilan usaha budidaya. Kualitas benih yang dihasilkan juga dipengaruhi oleh beberapa faktor seperti suhu, variasi pakan dan nutrisi maupun perbedaan keragaman genetik dari induk ikan kerapu bebek  khususnya jika menggunakan induk yang bukan merupakan hasil tangkapan dari alam. Beberapa peneliti menyatakan bahwa diversitas sifat genetik pada ikan harus dipertahankan dalam proses Pembenihan, karena reduksi atau peluruhan karakter genetik akan menyebabkan beberapa gen pengontrol sifat atau karakter tertentu menjadi hilang pada turunannya (Sugama et  al ., 1998 b ; Goudie et  al ., 1995; Benzie & Williams, 1996).  Indikasi dari penurunan kualitas genetik ikan ditandai dengan sifat-sifat seperti pertumbuhan lambat dan tingkat kematian yang tinggi. Berdasarkan beberapa hasil penelitian menunjukkan bahwa faktor genetik sangat berpengaruh pada kualitas larva dan  pertumbuhan
dikontrol oleh faktor genetik. Oleh karena itu peranan faktor genetik dalam breeding sangat penting untuk memperoleh induk dan benih yang unggul  (Benzie, et al .,1997; Sbordoni e t al .,1987).
Pada dasarnya keragaman genetik dari suatu populasi dapat dilihat dari lokus polimorfik, jumlah alel per lokus dan heterosigositas (Permana et  al ., 2001). Selanjutnya   menurut Allendorf dan Utter (1979) dalam Sugama dan Priyono (1998 a ) menjelaskan bahwa penilaian variasi genetik di alam yang terbaik dengan melihat nilai rata-rata heterosigositas teramati. Suatu lokus dianggap polimorfik apabila frekuensi dari alel yang paling sering muncul sama atau kurang dari 0,99 (Sugama dan Priyono, 1998 a ; Permana et  al ., 2001; Murphy et al ., 1990).  Dari hasil penelitian    Sugama dan Prijono (1998 a ) mendapatkan nilai heterozigositas rata-rata untuk ikan bandeng ( Chanos chanos ) adalah 0.068, Imron et al. (1999) mendapatkan nilai 0.036 untuk udang ( Penaueus monodon ), dan Wibowo (2001) mendapatkan nilai 0.012 untuk ikan Napoleon Wrasse. Salah satu cara untuk mempertahankan keragaman genetik dari suatu populasi adalah dengan menggunakan jumlah induk (Ne) yang lebih banyak dalam produksi benih. Hal ini dilakukan untuk menghindari adanya perkawinan acak yang sangat sedikit, sehingga terjadi pembatasan pertukaran gen dari beberapa pasangan yang melakukan perkawinan.
Selektif  breeding sebagai    program pemuliaan yang bertujuan untuk meningkatkan breeding value dan perbaikan mutu genetik dari populasi dengan cara seleksi. Apabila hal ini dilakukan maka generasi berikutnya akan lebih bernilai karena dapat tumbuh lebih cepat dan hasilnya akan lebih meningkat sehingga pemeliharaannya menjadi lebih efisien dan murah.
Aplikasi  seleksi untuk mening- katkan produktivitas budidaya ikan kerapu
adalah seleksi pada karakter kuantitatif. Karakter kuantitatif merupakan karakter yang dapat diukur seperti panjang, bobot, jumlah telur per kilogram induk betina, konversi pakan dan  lainnya. Karakter kuantitatif berhubungan langsung dengan produksi sehingga merupakan karakter penting untuk dikelola dalam mening- katkan produktivitas (Tave, 1992). Selanjutnya diuraikan oleh Tave (1995), ada beberapa pendekatan dalam selektif breeding yaitu seleksi individual, seleksi family dan seleksi didalam family. Setiap pendekatan mempunyai kelebihannya masing-masing tergantung pada sifat yang akan diseleksi dan sumberdaya yang tersedia untuk program seleksi. Seleksi individu lebih sederhana, lebih sedkit rekaman dan tentu saja lebih praktis dan murah dibandingkan seleksi family.
Metode seleksi yang digunakan merupakan seleksi individu dimana setiap individu dari populasi dasar diukur sifat- sifat yang diinginkan dalam hal ini petumbuhan (panjang dan bobot) dan selanjutnya pada akhir seleksi hanya individu-individu dengan performa terbaik (5% atau 10% terbaik) yang dipertahankan untuk dijadikan sebagai induk untuk menghasilkan keturunan berikutnya dan seterusnya.
Selain dilakukan pengukuran karakter kuantitatif, juga dilakukan analisis  keragaman  genetik ikan kerapu bebek F-1 dan F-3 untuk mengetahui keragaman genetik dari calon induk tersebut.  Penentuan variasi genetik pada ikan dapat dilakukan berdasarkan karakter morfologi dan genotipnya. Secara genotip, variasi genetic dapat dilakukan melalui pendekatan molekuler dengan berbagai macam metode antara lain adalah alozim/isozim, DNA mitokondria, Restrictrion Fragment Length Polymorphism (RLFP), Random Amplified Polymorphism DNA (RAPD), DNA mikrosatelit dan lain-lain. RAPD merupakan salah satu metode untuk
menentukan keragaman genetik dan membuat peta hubungan genetik dari banyak spesies dengan memanfaatkan teknik PCR dalam proses analisanya. Metode ini tidak membutuhkan sampel dalam jumlah yang banyak dan tidak membutuhkan pengetahuan akan sequence gen target. Namun RAPD tidak dapat menghasilkan hasil yang reproduksibel (Rafalski et al. , 1991;  Lamboy, 1994; Bardakci, 2001). Prinsip dasar dari metode RAPD ini adalah dengan memanfaatkan satu oligonukleotida pendek sintetik sebagai primer non spesifik untuk mengamplifikasi sejumlah kecil sampel template DNA pada kondisi temperatur annealing PCR yang relatif rendah.  Penelitian  ini bertujuan untuk menganalisis variasi genetik ikan kerapu bebek F1 dan F3 dengan metode Random Amplified Polymorphism DNA (RAPD) sehingga diperoleh informasi tentang keragaman genetik ikan  bebek F1 dan F3 sebagai kandidat calon induk  yang berkualitas secara fenotipe dan genotipe serta dapat menghasilkan keturunan dengan kecepatan pertumbuhan lebih cepat dari induknya sehingga biaya produksi dapat ditekan lebih rendah dan pada akhirnya dapat meningkatkan produktifitas budidaya ikan kerapu bebek.

## II. METODE PENELITIAN
2.1. Pemeliharaan Calon Induk Kerapu  Bebek di Karamba
Jaring Apung (KJA) Satu populasi induk kerapu bebek hasil tangkapan dari alam yang telah didomestikasikan berasal dari beberapa wilayah di Indonesia Timur digunakan untuk memproduksi populasi dasar (F1) untuk diseleksi dengan menggunakan metode seleksi individu.
Telur yang digunakan untuk membentuk populasi dasar berasal dari puncak pemijahan pada bulan Juni 2010. Penetasan  telur dan pemeliharaan larva
dilakukan sesuai dengan SOP (Standar
Operasional Prosedur) pembenihan ikan kerapu bebek. Pada fase gelondongan sampai dengan fase pembesaran dipelihara di  KJA. Selama fase pendederan , setiap satu bulan sekali dilakukan sampling dan grading. Sampling sebanyak 25-30 ekor dari setiap bak diambil secara acak untuk diukur panjang total dan bobotnya untuk megetahui pertumbuhan populasi dan keragaman ukuran. Grading dilakukan pada populasi ikan yang diseleksi untuk mengeluarkan ikan-ikan  yang sangat lambat pertumbuhannya dan ikan dengan bentuk tumbuh abnormal, sehingga hanya ikan-ikan normal yang pertumbuhannya cepat atau relatif cepat saja yang dipelihara lebih lanjut untuk diseleksi.
Calon induk kerapu bebek F-1 dan F-3  umur 17 bulan (Februari 2012) dipelihara di keramba jaring apung ukuran 2x2x2 m 3 sebanyak 2  buah. Jumlah calon induk kerapu bebek F1 sebanyak 70 ekor sedangkan kerapu bebek F3 sebanyak 120 ekor.    Selama pemeliharaan diberi pakan komersial dengan kadar protein sekitar 40%  dengan pemberian 2 kali sehari secara adlibitum .  Untuk meningkatkan respon kekebalan, dilakukan pemberian vaksin  dalam hal ini adalah vaksin  VNN (Murwantoko et al ., 2008; 2009). Metode pemberian vaksin dilakukan secara oral dengan mencampurkan vaksin dalam pakan selama 3 hari. Pencampuran dilakukan dengan menyemprotkan vaksin (menggunakan sprayer) pada pakan secara merata, Untuk menghindari terlarutnya vaksin ke media pemeliharaan, setelah vaksin tercampur merata, dilakukan coating dengan albumin  sebagai bahan pengkat ( binder ).
2.2. Analisa Keragaman Genetik

## Populasi  Ikan  Kerapu  Bebek F1
dan F3
Analisis keragaman genetik populasi ikan  kerapu bebek F1 dan F3 dari hasil seleksi konvensional dilakukan dengan
metode Random Amplified Polymorphism DNA (RAPD). Sampel ikan kerapu bebek F1 dan F3 umur 15 bulan dipotong bagian siripnya. Sebanyak 20 ekor dari masing- masing populasi sehingga jumlah  seluruh sampel yang digunakan adalah 40 ekor. Isolasi DNA dilakukan dengan menggunakan kit “ NucleoSpin ® Tissue ” (Macherey Nagel). Prosedur  isolasi dan purifikasi DNA sesuai dengan protocol kit tersebut. DNA yang dihasilkan dari setiap sampel diuji kuantitas, kualitas dan kemurniannya berdasarkan  Sambrook et al . (1989).
DNA hasil isolasi diamplifikasi menggunakan  primer RAPD yaitu  AS-4 dengan urutan basa TGT GGG CGC TCG ACA;  L-21  dengan urutan basa CTG CGA CCC AGA GCG G dan 2AAM 2 dengan urutan basa CTG CGA CCC AGA GCG. Proses amplifikasi dilakukan menggunakan metode Polymerize Chain Reaction (PCR) dengan komposisi reaksi yang terdiri atas : 5 x bufer reaksi ; 10 mM dNTP; 25 mM MgC1 2 ; 1 unit Taq DNA polimerase (Promega); 10-20 ng DNA genom DNA  dan 25  pmol primer   dengan total volume keseluruhannya 10 ul. Siklus PCR yang digunakan dalam amplifikasi adalah satu siklus denaturasi pada suhu 95 o C selama 2 menit. 2 siklus penggandaan pertama yang terdiri dari 95 o C selama 15 detik,  45 o C selama 15 detik dan 70 o C selama 1 menit. Kemudian 38 siklus penggandaan kedua yang terdiri dari 94 o C selama 5 detik,  45 o C selama  5 detik dan 70 o C selama 30 detik. Selanjutnya satu siklus terakhir pada suhu 70 o C selama 3 menit.
Hasil amplifikasi dielektroforesis bersama DNA standar 100 bp DNA ladder ( Solis Biodyne ) pada gel agarose dengan konsentrasi 2%, voltase 90 mV selama 1 jam di dalam larutan penyangga  SB 0,5X (100 mM NaOH; Boric Acid sampai pH 8,0). Setelah pewarnaan dengan 0,5 µg/ml ethidium bromide, lalu diamati di bawah sinar UV dan didokumentasikan dengan
Geldoc Camera . Berdasarkan ada atau tidak adanya pita, profil pita DNA diterjemahkan ke dalam data biner. Keragaman genetic dianalisis meng- gunakan program TFPGA ( Tools for Population Genetic Analysis ) (Nei dan Tajima, 1981). Selanjutnya dilakukan uji signifikansi terhadap rata-rata perbedaan keragaman genetik antara F1 dan F3 dengan student’s t-test dengan interval confidence 95% pada program QuickCalcs yang tersedia di /quickcalcs/ttest1.cfm.

## III. HASIL DAN PEMBAHASAN

## 3.1. Pemeliharaan Calon Induk Ikan Kerapu Bebek di Karamba Jaring Apung (KJA)
Pengamatan pertumbuhan panjang dan  bobot  rata-rata calon induk kerapu bebek F-1 dan F-3 umur 17 bulan sebesar 22,04 ± 1,88 cm; 176,8 g dan 20,9 ± 1,28 cm; 164,7 g (Gambar 1). Dari Gambar 1, terlihat bahwa perbedaan persentase pertumbuhan antara ikan kerapu bebek F- 1 dibandingkan dengan F-3 pada umur yang sama hanya sebesar 5,5 %. Secara teoritis perbedaan pertumbuhan ini disebakan adanya adaptasi lingkungan dari individu.
Gambar 1.  Pertumbuhan panjang dan bobot calon induk kerapu bebek ( Cromileptes altivelis ) F-1 and F-3 selama 17 bulan pemeliharaan (TL F1: 22 cm; TL F3:
21 cm; BW F1: 210 g; BW F3: 170 g).
3.2. Analisa Keragaman Genetik Populasi  Kerapu  Bebek F1 dan F3 Berdasarkan elektroforesis hasil
PCR, dilakukan pengelompokan alel (kelompok  dalam bentuk data biner) sampel ikan kerapu F-1 dan F-3 dari setiap primer yang digunakan berdasarkan pola pita-pita amplifikon yang terlihat seperti tertera pada Gambar 2,3 dan 4. Pengamatan terhadap profil pita DNA yang dihasilkan dari 3 primer RAPD terhadap kedua populasi calon induk ikan kerapu bebek F1 dan F3 ditampilkan pada Tabel 1. Ketiga primer ini dapat memisahkan kedua populasi ke dalam kelompoknya masing-masing. Pita yang didapatkan berukuran 100  –  1200 pb (pasang basa). Jumlah pita berkisar antara 10  (AS-4 dan 2AAM 2 )  dan 11  (L-21). Jumlah pita DNA yang dihasilkan oleh setiap primer tergantung pada sebaran situs yang homolog dengan sekuen primer pada genom. Adapun jumlah total pita yang dihasilkan dari 9 primer yang digunakan adalah 53 pita dan 50,1% diantaranya adalah polimorfis. Selanjutnya data biner tersebut dianalisis dengan program TFPGA untuk memperoleh nilai keragaman genetik (Tabel 1).
Nilai keragaman genetik ikan kerapu bebek F-3 masih relatif tinggi, yakni sebesar 0,7749 (keragaman genetik dianggap tinggi bila antara 0,8 sampai 0,9) (Permana et al. , 2007). Dengan demikian, keragaman genetik populasi F-3 tersebut masih layak untuk digunakan sebagai populasi calon induk karena nilai heterozigositasnya tidak berbeda nyata dibandingkan dengan F-1 (0,7940). Menurut Menurut Grant et al. (1987) dalam Sugama dan Priyono (1998) mengatakan bahwa sedikit atau tidak adanya perbedaan genetik diantara populasi ikan laut dikarenakan besarnya potensi gen flow (pertukaran gen) diantara populasi, berkurangnya penyimpangan genetik dalam populasi yang sangat besar atau kombinasi dari mekanisme ini.
Pada dasarnya terdapat beberapa fenomena yang dapat menurunkan nilai heterozigositas komoditas laut yang dibudidayakan, yaitu genetic drift , inbreeding dan genetic bottlenecks (Sugama et al. , 1998 b ). Penurunan keragaman genetik pada populasi berikutnya dapat menyebabkan pertumbuhannya menjadi lambat, lebih rentan terhadap serangan penyakit, lebih sulit beradaptasi terhadap perubahan lingkungan, maupun abnormalitas pada keturunan berikutnya (Imron, 1998).
Tabel 1. Heterosigositas dan persentase loki ikan kerapu bebek, Cromileptes altivelis F-
1 dan F-3 hasil RAPD menggunakan primer AS-4, L-21 dan 2AAM 2 . Populasi F-1 F-3 Loki polimorfik (%)
Lokus
Primer AS-4 0,7822 0,7603 52,9 Primer L-21 0,7822 0,7556 49,9 Primer 2AAM 2 0,8178 0,8089 47,4 Rata-rata 0.794067 0.774933 -
Gambar 2. Elektroforesis hasil PCR ikan kerapu bebek, Cromileptes altivelis F-1 dan F- 3 dengan menggunakan Primer AS-4 (A) (1= Marker; 2-16 sampel F-1; 17- 20 sampel F-3); (B) (1= Marker; 1-12 sampel F-3).
A
B
Gambar 3. Elektroforesis hasil PCR ikan kerapu bebek, Cromileptes altivelis F-1 dan F- 3 dengan menggunakan Primer L-21  (A) (1= Marker; 2-16 sampel F-1; 17- 20 sampel F-3);  (B) (1= Marker; 1-12 sampel F-3).
A
B
Gambar  4. Elektroforesis hasil PCR ikan kerapu bebek , Cromileptes altivelis F-1 dan F-3 dengan menggunakan Primer 2AAM 2 (A) (1= Marker; 2-13 sampel F-1; 14-20 sampel F-3);  (B) (1= Marker; 2-6 sampel F-3; 7-12 sampel F-1).
Berdasarkan hasil analisis dari ketiga jenis primer yang digunakan, tenyata bahwa ketiga primer yang memberikan derajat polimorfisme yang tinggi  dan tidak berbeda nyata baik pada populasi F-1 maupun F-3  (Tabel 1). Disamping jumlah fragmen yang
dihasilkan cukup banyak, kualitas masing- masing fragmen juga secara nyata sangat baik sehingga diharapkan  dalam scoring akan lebih mudah. Oleh karena itu ketiga primer  RAPD tersebut  (AS-4; L-21 dan 2AAM 2 ) merupakan lokus yang dapat
1     2    3    4    5     6    7     8    9   10  11  12  13  14   15  16  17  18 19   20 1     2     3      4    5     6      7     8     9   10    11 12 1    2    3    4     5     6    7    8    9    10  11  12  13   14  15   16  17  18 19   20 1     2      3     4      5     6     7      8    9     10  11 12
1      2    3    4    5    6    7    8   9   10  11   12  13  14   15  16  17  18   19 20
1      2      3     4    5      6    7       8     9    10   11
12
B A
digunakan untuk mengetahui  keragaman genetik ikan kerapu bebek F-1 dan F-3.

## IV. KESIMPULAN
Primer AS-4, L-21  dan  2AAM 2 dapat digunakan untuk analisis keragaman gentik calon induk ikan kerapu bebek F1 dan F3.
Analisis heterosigositas meng- gunakan program TFPGA memper- lihatkan nilai keragaman  genetik calon induk ikan kerapu bebek F1 (0,7940) dan F3 (0,7749).
Secara statistik tidak terdapat perbedaan keragaman genetik yang nyata antara calon induk kerapu bebek F1 dan F3 sehingga populasi calon induk tersebut masih layak digunakan sebagai induk yang berkualitas dalam proses pembenihan selanjutnya.
Populasi calon induk kerapu bebek F1  dan  F3  pada umur 17 bulan sudah mencapai ukuran  panjang dan bobot rata- rata  sebesar  22 cm dan 210 g untuk F1 dan  21 cm dan 170 g pada F3.

## DAFTAR PUSTAKA
Bardakci, F.    2001.    Random  amplified polymorphic
DNA (RAPD) markers. Turk. J. Biol. , 25:185- 196.
Benzie, J.A.H. and S.T.W. Williams. 1996.    Limitation of the genetic variation of hatchery produced batches of Giant clam, Tridacna gigas . Aquaculture , 139:225-241.
Benzie, J.A.H., M. Kenway, and L. Trott.
1997.  Estimtes for the heritability of size in juvenile P. monodon from Half-sib mattings. Aquaculture, 152:49-53.
Goudie, C.A., Q. Liu, B.A. Simeo,  and K.B. Davis.    1995.    Genetic relationship of growth, sex and glucose phosphate Isomerase-B phenotypes in channel catfish
( Ictalurus punctatus ). Aquaculture ,
138:119-124.
Imron.  1998.  Keragaman morfologis dan
biokimia stock keturunan udang windu ( Penaeus monodon )  asal laut yang dibudidayakan di tambak.  Tesis.  Program Pasca Sarjana Institut Pertanian Bogor.
80hlm.
Imron, K.S., K. Sumantadinata, and K.
Soewardi. 1999.  Genetic variation in cultured stocks of Tiger Shrimp ( Penaeus monodon ) in Indonesia. IFR J., 5(1):10-18. Lamboy, W.F.  1994.  Computing genetic similarity coefficients from RAPD Data: the Effects of PCR Artifacts. Genome Res., 4:31-37. Murphy, R.W., J.W. Sites Jr, D.G. Buth, and C.H. Haufler.   1990.    Protein I:  isozyme  electrophoresis. In: molecular systematic. Massa- chussets: Sinaeur Associates. Inc.
45-126pp.
Murwantoko, W.J.  and  Y.L.  Nuraini. 2008.    Cloning and sequence analysis of coat protein gene of betanodavirus, the causative agent of viral nervous necrosis of grouper. Indonesian J. of Biotechnology , 13(1):1048-1054. Murwantoko, Harahap, F.F. Ustadi,
Triyanto, dan N.H. Kamiso.  2009.
Uji  sensitivitas imunodiagnosis dan RT-PCR untuk mendeteksi Viral Nervous Necrosis .  Prosiding seminar nasional tahunan VI hasil penelitian perikanan dan kelautan tahun 2009. 495hlm.
Nei, M. and F. Tajima.    1981.    DNA polymorphism detectable by restriction endonucleases. Gene- tics, 97:146-163.
Permana, G.N., S.B. Moria, Haryanti, dan K. Sugama.   2001.    Pengaruh domestifikasi terhadap variasi genetik  pada ikan kerapu bebek ( Cromileptes altivelis ) yang
dideteksi dengan allozyme electrophoresis. J. Penelitian Perikanan Indonesia, 7(1):25-29. Permana, G.N., S.B.M. Sembiring, A. Muzaki,  dan Haryanti.   2007.
Keragaman  genetik benih ikan kerapu sunu, Plectropomus leopardus turunan pertama (F1) dengan analisis restriction fragment length polymorphism (RFLP) MT-DNA. J. Riset Akuakultur, 2(2):187-197.
Rafalski, J.A., S.V. Tingey, and J.G.K. Williams.  1991.  RAPD markers-a new technology for genetic mapping and plant breeding. AgBitech News and Information, 3:645-648. Sambrook, J.E., F. Fritsch,  and T. Maniatis.    1989.    Moleculer cloning a laboratory manual. Cold Spring Harbour Laboratory. CSH- New York. 568-500pp. Sbodorni, V., E.  De Matthaeis, M. Cobolli-Sbordoni, G. La Rosa, and M. Mattoccia.   1987.    Bottleneck effects and the depression of genetic variability in hatchery stocks of Penaeus japonicus
(Crustacea: Decapoda). Aqua- culture , 57:239-251.
Sugama, K., and A. Priyono.    1998 a . Biochemical genetic differen-
tiation among wild populations of milkfish, Chanos chanos in Indonesia. IFR J., 4(1):11-18. Sugama, K., N. Taniguchi, and S. Umeda. 1988 b .    An experimental study on genetic drift in hatchery population of red sea bream. Bull. Japan Sci.
Soc ., 54:739-744.
Sugama, K., Haryanti, J.A.H. Benzie, and E. Ballment.    2002.    Genetic variation and population structure of the Giant Tiger Prawn, Penaeus
monodon , in Indonesia. Aqua- culture, 205:37-48.
Tave, D.  1992.  Genetic for  fish hatchery managers. 2 nd . An AVI Book Published by Van Nostand Reinhold. New York. 418p.
Tave, D.   1995.    Selective breeding programmes for medium-sized fish farms. FAO, Fisheries technical paper, No. 352. Rome, Italy, 122p.
Wibowo, A.H.  2001.  Analisis variasi dan struktur populasi genetik ikan Napoleon wrasse (Cheilinus undulates Ruppell ) . Tesis. Program Pasca Sarjana Universitas
Brawijaya. Malang. 68hlm.
Diterima  : 13 Agustus 2012 Direvisi  : 5 Februari 2013 Disetujui  : 30 April 2013