Nurhidayati,  T.,  S.B.M.  Sembiring,  dan  M.
Munir. 2001. Pengaruh Pe-nambahan

## IAA  Terhadap  Laju  Pertumbuhan
Populasi Spirulina sp.  Dalam  Media Zarrouk Mo-difikasi. Balai Besar Riset Peri-kanan  Budidaya  Laut,  Gondol- Bali.
Panji, T and Suharyanto. 2001. Optimization media from low-cost nutrient  sources  for  growing Spirulina platensis and  carotenoid  production.
Biotechnology  Re-search  Unit  For
Estate Crops.  69(1), 18-28. ____________________.  2003.  Produksi Spirulina  platensis dan  Potensinya sebagai  Pakan  Ikan.  Pusat  Riset Perikanan Budidaya. Bogor.
Parson, T. R., M. Takanashi and Hargrave. 1997.  Biological  Oce-anographic nd Process. 2  edition. Permagon Press, London.
Sen and Coker 2005 . Studies on Growth of Marine Microalgae in Batch Culture: I. Chlorella vulgaris (Chlorophyta). Asian Journal  of  Plant  Sciences  4(6):  636- 638.
Soelchan,  F.  1996.  Biologi  dari Chlorella.
Fakultas Biologi Univer-sitas Nasional, Jakarta. Buletin Perikanan Darat 9 (1) Juni.
Suharto,  S.  B.  1995.  Mikroorganisme  dan
Biologi  M-Bio  Bakteri  Fermentasi Bahan  Organik  Tana-man.  Pusat Pengkajian  dan  Pengembangan S u m b e r   d a y a   l o k a l ,   U n s o e d ,
Purwokerto.

## 182

## Keanekaragaman Bakteri Tanah dari Teluk Kodek Area, Pamenan Lombok Barat

## Tri Ratna Sulistiyani
Pusat penelitian Biologi, Lembaga Ilmu Penelitian Indonesia, Jalan Raya Bogor-Jakarta Km. 46, Cibinong 16911 Indonesia E-mail: tri_ratna83@yahoo.com
Diterima Januari  2011 disetujui untuk diterbitkan September 2011

## Abstract
Indonesia  is  the  center  of  the  world's  biodiversity  with  a  unique  biodiversity  and  priceless.  To explore and get more information about biodiversity, strategic research was needed.  The objective of this reseach was to explore the population diversity of soil microbes in Lombok Island.  Bacterium isolates was identified by molecular 16S rDNA. Soil samples from 5 different sites in Lombok Island showed various bacteria  population.  The  highest  population  113  x  106  CFU/g  soil  was  found  in  soil  sample  around Plumeria acuminata and the lowest 34 x 106CFU/g soil was found in soil sample around Tamarindus indica tree.   Fourteen of isolates were identified using molecular identification with homology from 94 – 100%.
Keywords: biodiversity, soil microbes, identification

## Abstrak
Indonesia merupakan pusat keanekaragaman hayati dunia yang memiliki biodiversitas yang unik dan  tak  ternilai  harganya.  Untuk  menggali  dan  menambah  informasi  keanekaragaman  tersebut, diperlukan  serangkaian  penelitian  yang  strategis.  Penelitian  ini  bertujuan  untuk  menggali keanekaragaman mikroba tanah dari berbagai lokasi di Pulau Lombok melalui pendekatan molekuler sekuensing 16S rDNA.   Sampel tanah dari 5 lokasi yang berbeda di pulau Lombok memiliki populasi
6
bakteri  yang  bervariasi.  Populasi  bakteri  tertinggi  sebanyak  113  x  10 CFU/g  tanah  terdapat  pada perakaran tanaman Plumeria acuminata (kamboja gajah) dan terendah pada tanah yang berada pada 6 perakaran tanaman Tamarindus indica sebanyak   34 x 10  CFU/g tanah. 14 dari isolat terisolasi telah teridentifikasi secara molecular 16S rDNA dengan tingkat homologi dari 94-100%.
Kata kunci: biodiversitas, mikroba tanah, identifikasi

## Pendahuluan
Pulau Lombok merupakan salah satu pulau  kecil  yang  memiliki  topograpi  yang berbukit, dataran tinggi, serta sedikit dataran yang  luas.  Pulau  ini  memiliki  tingkat keanekaragaman hayati yang cukup tinggi. Keanekaragaman flora dan fauna di pulau ini lebih  menunjukkan  kemiripan  dengan  flora dan  fauna  yang  dijumpai  di  Australia daripada  Asia.  Usaha  penggalian  sumber daya  hayati  terutama  mikroorganisme bakteri  terus  dilakukan  dalam  rangka menggali  dan  menambah  informasi keanekaragaman hayati yang ada di Pulau Lombok.
Bakteri  tanah  memiliki  peran  yang sangat  penting  dalam  siklus  kehidupan  di bumi  dan  merupakan  salah  satu  mikroba yang  paling  melimpah  di  alam.  Dalam kehidupan,  mikroba  memiliki  banyak
manfaat diantaranya berperan dalam siklus karbon,  siklus  nitrogen,  proses  daur  ulang sulfur, fosfor, besi dan banyak mikronutrien lain,  serta  penghasil  antibiotik  seperti aktinomicestes.  Selain  itu  mikroorganisme juga  bermanfaat  dalam  bioremediasi  yaitu penggunaan  mikroorganisme  untuk mendetoksifikasi  dan  menguraikan  zat berbahaya dalam lingkungan.
Dalam  tanah  bakteri  juga  berfungsi sebagai  penghasil  hormon  tumbuh  seperti Indol  Acetic  Acid  (IAA),  sitokinin,  giberelin agen biokontrol, yang pada akhirnya dapat meningkatkan kesuburan tanah. Salah satu bakteri tanah yang menguntungkan adalah Pseudomonas .  Bakteri  ini  memiliki kemampuan  sebagai  agen  biokontrol, pendegradasi  limbah-limbah  pencemar lingkungan,  dan  mampu  tumbuh  pada kondisi  yang  ekstrim  (Hasanudin  2003,
Purwaningsih 2004, Durrani 2008).
Sebagai  upaya  untuk  mengetahui keberadaan  bakteri  dari  tanah  tersebut diatas, maka dilakukan penelitian dan isolasi bakteri  dari  tanah  berbagai  lokasi  dan perakaran  tanaman.  Hasil  penelitian  ini diharapkan dapat menambah informasi dan k o l e k s i   b a k t e r i   t e r u t a m a   g e n u s Pseudomonas dari sampel tanah.

## Bahan dan Metode

## Isolasi bakteri dari tanah
Isolasi  bakteri  dilakukan  dengan m e t o d e   s e r i   p e n g e n c e r a n   d e n g a n menggunakan larutan fisiologis NaCl 0,85%. Sebanyak  1g  tanah  ditimbang  dan dimasukkan  ke  dalam  tabung  reaksi  yang telah  berisi  larutan  fisiologis  9  ml  sampai diperoleh  seri  pengenceran  10-1-10-5. Masing-masing dari seri pengenceran 10-3- 10-5  diambil  100  µl  dan  dimasukkkan  ke dalam cawan petri yang berisi media Difco Pseudomonas Agar F. Susupensi diratakan di atas permukaan lempengan agar dengan spatula  dan  selanjutnya  diinkubasi  pada o temperatur  27 C.  Koloni  yang  tumbuh diamati dan dihitung jumlahnya dengan cara mengalikan  faktor  pengenceran  yang digunakan.  Proses  selanjutnya  adalah purifikasi  yang  dimaksudkan  untuk memperoleh isolat murni.

## Identifikasi  bakteri  melalui  pendekatan molekuler Ekstraksi DNA
Untuk  mendapatkan  sel,  bakteri dapat  ditumbuhkan  di  media  padat  atau media cair. Pemanenan sel dari media padat dilakukan dengan mengumpulkan sel yang ada  dipermukaan  agar  menggunakan  ose dan ditempatkan di tabung eppendorf 1.5 ml, sedangkan  pemanenan  sel  dari  media  cair d i l a k u k a n   d e n g a n   s e n t r i f u s e   p a d a kecepatan 3000xg selama 15-30 menit. Sel yang telah dipanen dibilas menggunakan 1 ml  bufer  TE  dan  disentrifugasi  10000  rpm, selama 15 menit.
Sel  yang  telah  dipanen  selanjutnya dipecah  menggunakan  50  µl  lisozim (50µg/ml).  Kocok  hingga  homogen  dan o inkubasi  37 C  selama  30  menit.  Untuk melarutkan  protein  membran  dan  enzim, ditambahkan  pereaksi  GES  sebanyak  250 µl. Homogenkan hingga larut sempurna dan inkubasi selama 10 menit pada temperatur
ruang. Dilanjutkan dengan penambahan 125 µl  ammonium  acetate    7.5  M  dan ditempatkan dalam es selama 10 menit.
Pemisahan  DNA  dari  protein  dan p o l i s a k a r i d a   d i l a k u k a n   d e n g a n menambahkan  500  µl  kloroform  ke  dalam larutan,  dibolak-balik  50  kali,  dan disentrifuse  pada  kecepatan  10000  rpm selama  10  menit.  Setelah  selesai  sentrifus akan  terbentuk  3  lapisan  dan  DNA  berada pada  lapisan  paling  atas.  DNA  diambil menggunakan pipet tumpul dan ditempatkan ke eppendorf yang baru. Untuk membentuk benang-benang DNA, ke dalam larutan DNA ditambahkan  isopropanol  setengah  dari volume larutan DNA, kemudian dibolak-balik sampai  terlihat  benang-benang  DNA. Sentrifuse  pada  kecepatan  10000  rpm selama 5 menit hingga benang-benang DNA mengendap.  Selanjutnya  endapan  DNA dicuci dengan etanol 70 % dingin. Sentrifuse kembali  dan  buang  supernatan.  DNA dikeringanginkan  selama  10  menit, dilarutkan dalam 100 µl 0.2X bufer TE, dan selanjutnya  konsentrasi  DNA  diukur menggunakan  spektrofotometer  pada panjang gelombang 260 nm.

## Amplifikasi PCR 16S rDNA
A m p l i f i k a s i   1 6 S   r D N A  d i l a k u k a n menggunakan  GoTaq  (Promega)  dengan primer  20F  dan  1500R,  dengan  komposisi 8.75 µl Ultrapure water, 12.5 µl GoTag Green Master Mix 2X, 0.625 µl primer 20F (10 µM), 0.625 µl primer 1500F (10 µM), 0.5 µl DMSO, dan 2 µl sampel DNA dengan total volume 25 µl.  Amplifikasi  dilakukan  dengan  kondisi PCR 95 C selama 3 menit, dilanjutkan (95C,
o 30  detik  denaturasi;  50 C,  30  detik o annealing; 72 C, 90 detik elongasi) 30 siklus o dan final extension pada 72 C, 10 menit .

## Elektroforesis
Sebanyak  3 ì l  dari  produk  PCR dianalisis  menggunakan  gel  agarose  1% dengan  aliran  listrik  bertegangan  100  V selama  30  menit.  Setelah  selesai,  gel direndam dalam larutan etidium bromida 0.5 µl/mL  selama  30  menit  dan  dibilas menggunakan  bufer  TAE  1X.  Hasil elektroforesis dilihat menggunakan  alat gel documentation.

## Purifikasi produk PCR
Purifikasi  produk  PCR  dilakukan dengan PEG precipitation method (Hirashi et
184
al. , 1995). Produk PCR ditambah dengan 15 µl  larutan  PEG  (40%  PEG  6000  dalam  10 mM  MgCl )  dan  6  µl  3  M  sodium  asetat.
2 Kocok  selama  10  menit  pada  temperatur kamar,  kemudian  disentrifugasi  pada kecepatan  16.000  rpm  selama  25  menit. Endapan  DNA  yang  terbentuk  dicuci  2  kali dengan  etanol  70%  dan  dikeringanginkan selama 10 menit. DNA dilarutkan dalam 20 µl milli-Q  dan  dilanjutkan  dengan cycle sequencing .
C ycle sequencing
Produk  PCR  yang  yang  telah dipurifikasi  dilanjutkan  dengan  C ycle sequencing .  Komposisi cycle  sequencing 0.5 µl BDT Rrmix, 1.75 µl 5X Seq buffer, 0.5 µl Seq primer (10 µM) dengan primer 520F (5'- GTGCCAGCAGCCGCGG-3')  dan 920R  (5'GTCAATTCCTTTGAGTTT-3'),  1.0 µl produk PCR, dan 6.25 µl Ultrapure water. cycle sequencing dilakukan pada kondisi 95 C selama 1 menit, dilanjutkan 40 siklus (95C,
o 10 detik denaturasi; 50 C, 5 detik annealing;
o 60 C,  90  detik  elongasi)  dan  dilanjutkan o pada 4 C.
Hasil cycle  sequencing dipurifikasi kembali dengan Ethanol purification method . Produk cycle  sequencing ditambah  1  µl EDTA 125 mM, 1 µl natrium asetat 3 M, dan 25 µl etanol 99%. Kocok hingga homogen, inkubasi pada temperatur kamar selama 15 menit dan disentrifus pada kecepatan 16000 o rpm  selama  25  menit  4  C.  Endapan  DNA selanjutnya  dicuci  dengan  etanol  70%, disentrifuse  kembali  dan  endapan  DNA dikeringanginkan 10 menit.
U r u t a n   b a s a   n i t r o g e n   d i b a c a menggunakan automated  DNA  sequencer (ABI  PRISM  3130  Genetic  Analyzer) (Applied Biosystems). Data hasil sekuensing selanjutnya diolah dengan program Bioedit, Clustalx,  dan  Njplot.  Data  yang  diperoleh dicari homologinya atau dicocokkan dengan bank  data  DNA  yang  ada  secara  online  di i n t e r n e t   ( w w w . d d b j . n i g . a c . j p ; www.ncbi.nlm.nih.gov).

## Hasil dan Pembahasan
Bakteri mendapat banyak perhatian karena mampu  tumbuh  dengan  cepat  dan  dapat mendekomposisi  berbagai  substrat  yang ada  di  alam.  Kepadatan  dan  komposisi bakteri  dalam  suatu  lingkungan  sangat dipengaruhi oleh kondisi lingkungan, antara
lain  kelembaban,  aerasi,  temperatur, keasaman,  kandungan  zat  organik,  dan anorganik.  Keadaan  iklim  terutama  curah h u j a n   j u g a   b e r p e n g a r u h   t e r h a d a p perkembangan  mikoorganisme  dalam tanah.  P.  Lombok  memiliki  curah  hujan sebesar  1.500  mm  per  tahun,  sehingga tanahnya  mempunyai  tingkat  kesuburan yang  cukup  baik,  yang  memungkinkan bakteri  tumbuh  dengan  baik  (WWF Indonesia, mendatangkan Dewi Sri di Pulau Lombok,  13  Juli  2010).  Tanah  yang mendapat  aerasi  cukup,  bakteri  dan  fungi akan  tumbuh  dominan,  sedangkan lingkungan  yang  mengandung  sedikit  atau tanpa  oksigen,  bakteri  akan  berperan terhadap hampir semua perubahan biologis dan kimia lingkungan tanah.
Hasil  isolasi  menunjukkan  bahwa populasi  bakteri  bervariasi  pada  masing- masing  sampel  tanah  yang  diamati  (Tabel 1.). Hasil isolasi bakteri dari 5 titik sampling menunjukkan  bahwa  populasi  bakteri  lebih banyak  terdapat  pada  sampel  yang ditumbuhi  tanaman  dibandingkan  sampel yang tidak ditumbuhi oleh tanaman. Sampel tanah di sekitar pohon Plumeria acuminata (kamboja  gajah)  memiliki  populasi  bakteri tertinggi dibandingkan dengan sampel tanah
6 yang  lain  yaitu  sebanyak  113  x  10 CFU/g tanah dan terendah pada sampel tanah yang b e r a d a   p a d a   p e r a k a r a n   t a n a m a n
-5 Tamarindus indica sebanyak  34 x 10 CFU/g tanah.  Perbedaan  populasi  ini  dipengaruhi oleh  kondisi  lingkungan  sampel  yang diambil.  Eksudat  dari  akar    kamboja berperan sebagai substrat dan nutrisi yang bagus  bagi  pertumbuhan  dan  aktivitas bakteri  yang  ada  di  perakaran  tanaman tersebut. Sedangkan sampel dari perakaran tanaman Tamarindus  indica menunjukkan populasi bakteri yang terendah dikarenakan tanaman  tersebut  menghasilkan  senyawa metabolit  sekunder  yang  kemungkinan b e r s i f a t   a n t i m i k r o b a   s e h i n g g a kelangsungan  hidup  mikroba  di  sekitar perakaran  tanaman  tersebut  menjadi terganggu  (Doughari,  2006).    Daun Tamarindus  indica mengandung  senyawa kimia  terpenoid,  saponin,  flavonoid,  dan asam-asam  organik,  sedangkan  buahnya Buah  polong  asam  jawa  mengandung senyawa kimia antara lain asam appel, asam sitrat,  asam  anggur,  asam  tartrat,  asam suksinat,  pectin  dan  gula  invert.  Diduga s e n y a w a - s e n y a w a   i n i l a h   y a n g
Purwaningsih 2004, Durrani 2008).
Sebagai  upaya  untuk  mengetahui keberadaan  bakteri  dari  tanah  tersebut diatas, maka dilakukan penelitian dan isolasi bakteri  dari  tanah  berbagai  lokasi  dan perakaran  tanaman.  Hasil  penelitian  ini diharapkan dapat menambah informasi dan k o l e k s i   b a k t e r i   t e r u t a m a   g e n u s Pseudomonas dari sampel tanah.

## Bahan dan Metode

## Isolasi bakteri dari tanah
Isolasi  bakteri  dilakukan  dengan m e t o d e   s e r i   p e n g e n c e r a n   d e n g a n menggunakan larutan fisiologis NaCl 0,85%.
Sebanyak  1g  tanah  ditimbang  dan dimasukkan  ke  dalam  tabung  reaksi  yang telah  berisi  larutan  fisiologis  9  ml  sampai diperoleh  seri  pengenceran  10-1-10-5. Masing-masing dari seri pengenceran 10-3- 10-5  diambil  100  µl  dan  dimasukkkan  ke dalam cawan petri yang berisi media Difco Pseudomonas Agar F. Susupensi diratakan di atas permukaan lempengan agar dengan spatula  dan  selanjutnya  diinkubasi  pada o temperatur  27 C.  Koloni  yang  tumbuh diamati dan dihitung jumlahnya dengan cara mengalikan  faktor  pengenceran  yang digunakan.  Proses  selanjutnya  adalah purifikasi  yang  dimaksudkan  untuk memperoleh isolat murni.

## Identifikasi  bakteri  melalui  pendekatan molekuler

## Ekstraksi DNA
Untuk  mendapatkan  sel,  bakteri dapat  ditumbuhkan  di  media  padat  atau media cair. Pemanenan sel dari media padat dilakukan dengan mengumpulkan sel yang ada  dipermukaan  agar  menggunakan  ose dan ditempatkan di tabung eppendorf 1.5 ml, sedangkan  pemanenan  sel  dari  media  cair d i l a k u k a n   d e n g a n   s e n t r i f u s e   p a d a kecepatan 3000xg selama 15-30 menit. Sel yang telah dipanen dibilas menggunakan 1 ml  bufer  TE  dan  disentrifugasi  10000  rpm, selama 15 menit.
Sel  yang  telah  dipanen  selanjutnya dipecah  menggunakan  50  µl  lisozim (50µg/ml).  Kocok  hingga  homogen  dan o inkubasi  37 C  selama  30  menit.  Untuk melarutkan  protein  membran  dan  enzim, ditambahkan  pereaksi  GES  sebanyak  250 µl. Homogenkan hingga larut sempurna dan inkubasi selama 10 menit pada temperatur
ruang. Dilanjutkan dengan penambahan 125 µl  ammonium  acetate    7.5  M  dan ditempatkan dalam es selama 10 menit.
Pemisahan  DNA  dari  protein  dan p o l i s a k a r i d a   d i l a k u k a n   d e n g a n menambahkan  500  µl  kloroform  ke  dalam larutan,  dibolak-balik  50  kali,  dan disentrifuse  pada  kecepatan  10000  rpm selama  10  menit.  Setelah  selesai  sentrifus akan  terbentuk  3  lapisan  dan  DNA  berada pada  lapisan  paling  atas.  DNA  diambil menggunakan pipet tumpul dan ditempatkan ke eppendorf yang baru. Untuk membentuk benang-benang DNA, ke dalam larutan DNA ditambahkan  isopropanol  setengah  dari volume larutan DNA, kemudian dibolak-balik sampai  terlihat  benang-benang  DNA. Sentrifuse  pada  kecepatan  10000  rpm selama 5 menit hingga benang-benang DNA mengendap.  Selanjutnya  endapan  DNA dicuci dengan etanol 70 % dingin. Sentrifuse kembali  dan  buang  supernatan.  DNA dikeringanginkan  selama  10  menit, dilarutkan dalam 100 µl 0.2X bufer TE, dan selanjutnya  konsentrasi  DNA  diukur menggunakan  spektrofotometer  pada panjang gelombang 260 nm.

## Amplifikasi PCR 16S rDNA
A m p l i f i k a s i   1 6 S   r D N A  d i l a k u k a n menggunakan  GoTaq  (Promega)  dengan primer  20F  dan  1500R,  dengan  komposisi 8.75 µl Ultrapure water, 12.5 µl GoTag Green Master Mix 2X, 0.625 µl primer 20F (10 µM), 0.625 µl primer 1500F (10 µM), 0.5 µl DMSO, dan 2 µl sampel DNA dengan total volume 25 µl.  Amplifikasi  dilakukan  dengan  kondisi PCR 95 C selama 3 menit, dilanjutkan (95C,
o 30  detik  denaturasi;  50 C,  30  detik o annealing; 72 C, 90 detik elongasi) 30 siklus o dan final extension pada 72 C, 10 menit .

## Elektroforesis
Sebanyak  3 ì l  dari  produk  PCR dianalisis  menggunakan  gel  agarose  1% dengan  aliran  listrik  bertegangan  100  V selama  30  menit.  Setelah  selesai,  gel direndam dalam larutan etidium bromida 0.5 µl/mL  selama  30  menit  dan  dibilas menggunakan  bufer  TAE  1X.  Hasil elektroforesis dilihat menggunakan  alat gel documentation.

## Purifikasi produk PCR
Purifikasi  produk  PCR  dilakukan dengan PEG precipitation method (Hirashi et
184
al. , 1995). Produk PCR ditambah dengan 15 µl  larutan  PEG  (40%  PEG  6000  dalam  10 mM  MgCl )  dan  6  µl  3  M  sodium  asetat.
2 Kocok  selama  10  menit  pada  temperatur kamar,  kemudian  disentrifugasi  pada kecepatan  16.000  rpm  selama  25  menit. Endapan  DNA  yang  terbentuk  dicuci  2  kali dengan  etanol  70%  dan  dikeringanginkan selama 10 menit. DNA dilarutkan dalam 20 µl milli-Q  dan  dilanjutkan  dengan cycle sequencing .
C ycle sequencing
Produk  PCR  yang  yang  telah dipurifikasi  dilanjutkan  dengan  C ycle sequencing .  Komposisi cycle  sequencing 0.5 µl BDT Rrmix, 1.75 µl 5X Seq buffer, 0.5 µl Seq primer (10 µM) dengan primer 520F (5'-
GTGCCAGCAGCCGCGG-3')  dan 920R  (5'GTCAATTCCTTTGAGTTT-3'),  1.0 µl produk PCR, dan 6.25 µl Ultrapure water. cycle sequencing dilakukan pada kondisi 95 C selama 1 menit, dilanjutkan 40 siklus (95C,
o 10 detik denaturasi; 50 C, 5 detik annealing; o 60 C,  90  detik  elongasi)  dan  dilanjutkan o pada 4 C.
Hasil cycle  sequencing dipurifikasi kembali dengan Ethanol purification method . Produk cycle  sequencing ditambah  1  µl EDTA 125 mM, 1 µl natrium asetat 3 M, dan 25 µl etanol 99%. Kocok hingga homogen, inkubasi pada temperatur kamar selama 15 menit dan disentrifus pada kecepatan 16000 o rpm  selama  25  menit  4  C.  Endapan  DNA selanjutnya  dicuci  dengan  etanol  70%, disentrifuse  kembali  dan  endapan  DNA dikeringanginkan 10 menit.
U r u t a n   b a s a   n i t r o g e n   d i b a c a menggunakan automated  DNA  sequencer (ABI  PRISM  3130  Genetic  Analyzer) (Applied Biosystems). Data hasil sekuensing selanjutnya diolah dengan program Bioedit, Clustalx,  dan  Njplot.  Data  yang  diperoleh dicari homologinya atau dicocokkan dengan bank  data  DNA  yang  ada  secara  online  di i n t e r n e t   ( w w w . d d b j . n i g . a c . j p ; www.ncbi.nlm.nih.gov).

## Hasil dan Pembahasan
Bakteri mendapat banyak perhatian karena mampu  tumbuh  dengan  cepat  dan  dapat mendekomposisi  berbagai  substrat  yang ada  di  alam.  Kepadatan  dan  komposisi bakteri  dalam  suatu  lingkungan  sangat dipengaruhi oleh kondisi lingkungan, antara
lain  kelembaban,  aerasi,  temperatur, keasaman,  kandungan  zat  organik,  dan anorganik.  Keadaan  iklim  terutama  curah h u j a n   j u g a   b e r p e n g a r u h   t e r h a d a p perkembangan  mikoorganisme  dalam tanah.  P.  Lombok  memiliki  curah  hujan sebesar  1.500  mm  per  tahun,  sehingga tanahnya  mempunyai  tingkat  kesuburan yang  cukup  baik,  yang  memungkinkan bakteri  tumbuh  dengan  baik  (WWF Indonesia, mendatangkan Dewi Sri di Pulau Lombok,  13  Juli  2010).  Tanah  yang mendapat  aerasi  cukup,  bakteri  dan  fungi akan  tumbuh  dominan,  sedangkan lingkungan  yang  mengandung  sedikit  atau tanpa  oksigen,  bakteri  akan  berperan terhadap hampir semua perubahan biologis dan kimia lingkungan tanah.
Hasil  isolasi  menunjukkan  bahwa populasi  bakteri  bervariasi  pada  masing- masing  sampel  tanah  yang  diamati  (Tabel 1.). Hasil isolasi bakteri dari 5 titik sampling menunjukkan  bahwa  populasi  bakteri  lebih banyak  terdapat  pada  sampel  yang ditumbuhi  tanaman  dibandingkan  sampel yang tidak ditumbuhi oleh tanaman. Sampel tanah di sekitar pohon Plumeria acuminata (kamboja  gajah)  memiliki  populasi  bakteri tertinggi dibandingkan dengan sampel tanah
6 yang  lain  yaitu  sebanyak  113  x  10 CFU/g tanah dan terendah pada sampel tanah yang b e r a d a   p a d a   p e r a k a r a n   t a n a m a n -5 Tamarindus indica sebanyak  34 x 10 CFU/g tanah.  Perbedaan  populasi  ini  dipengaruhi oleh  kondisi  lingkungan  sampel  yang diambil.  Eksudat  dari  akar    kamboja berperan sebagai substrat dan nutrisi yang bagus  bagi  pertumbuhan  dan  aktivitas bakteri  yang  ada  di  perakaran  tanaman tersebut. Sedangkan sampel dari perakaran tanaman Tamarindus  indica menunjukkan populasi bakteri yang terendah dikarenakan tanaman  tersebut  menghasilkan  senyawa metabolit  sekunder  yang  kemungkinan b e r s i f a t   a n t i m i k r o b a   s e h i n g g a kelangsungan  hidup  mikroba  di  sekitar perakaran  tanaman  tersebut  menjadi terganggu  (Doughari,  2006).    Daun Tamarindus  indica mengandung  senyawa kimia  terpenoid,  saponin,  flavonoid,  dan asam-asam  organik,  sedangkan  buahnya Buah  polong  asam  jawa  mengandung senyawa kimia antara lain asam appel, asam sitrat,  asam  anggur,  asam  tartrat,  asam suksinat,  pectin  dan  gula  invert.  Diduga s e n y a w a - s e n y a w a   i n i l a h   y a n g
mempengaruhi kelimpahan jumlah mikroba di  perakaran  tanaman Tamarindus  indica menjadi lebih sedikit dibandingkan tanaman yang  lain  (Hertiani,  2002).  Apabila dibandingkan dengan sampel-sampel yang lain,  sampel  tanah  dari  pantai  senggigi dengan  kondisi  lingkungan  berupa  tanah dan bebatuan menunjukkan populasi bakteri yang  sedikit.  Hal  ini  kemungkinan disebabkan  tidak  tersedianya  sumber substrat  dan  nutrisi  yang  penting  bagi pertumbuhan bakteri.
Tanah  yang  ditumbuhi  tanaman memiliki  kandungan  bahan  organik  dan unsur hara makro lebih tinggi dibandingkan tanah  tanpa  tumbuhan.  Tanah  yang ditumbuhi  pohon  mengandung  bahan organik atau unsur C yang umumnya di atas 2.5%,  sedangkan  C  pada  tanah  tidak  ada tumbuhan  pohon  tetapi  didominasi  alang- alang  adalah  di  bawah  0.7%.  Hal  ini disebabkan antara lain bahan organik yang dihasilkan  pohon  lebih  mudah  mengalami perombakan  dan  bahan  organik  ini dihasilkan  dalam  jumlah  banyak  sehingga cukup  tersedia  untuk  pertumbuhan  dan p e r k e m b a n g a n   m i k r o b a   t a n a h
(Purwaningsih 2004). Wiley, 1961, mengemukakan bahwa jumlah bakteri  di  daerah  perakaran  tanaman
9 berlimpah  hingga  10   sel  pergram  tanah. Kenyataan  ini  menunjukkan  bahwa  tanah yang  ditumbuhi  aneka  tumbuhan  tentunya mengandung  bahan  organik  dalam  jumlah yang  memadai  yang  sangat  dibutuhkan untuk kelangsungan hidup bakteri. Setiap  mikroorganisme  akan  tumbuh dengan  baik  dalam  lingkungannya  selama kondisi  tersebut  menguntungkan  bagi pertumbuhan dan pertahanan dirinya, sama halnya dengan mikroba-mikroba yang ada di dalam tanah. Begitu terjadi perubahan fisik atau kimiawi, seperti habisnya nutrien atau terjadinya  perubahan  radikal  dalam  hal temperatur atau pH, yang membuat kondisi bagi  pertumbuhan  spesies  lain  lebih menguntungkan,  maka  organisme  yang telah  teradaptasi  dengan  baik  dalam keadaan  tanah  terdahulu  terpaksa menyerahkan tempatnya kepada organisme yang dapat beradaptasi dengan baik dalam kondisi yang baru itu.
Tabel 1. Jumlah bakteri total dari beberapa sampel tanah di Pulau Lombok Table 1. Total number of bacteria from some soil samples in Lombok Island
Kode sampel Asal sampel Kode isolate Jumlah bakteri total 6 (10 ) LS 01 Pantai senggigi,  teluk kodek C 42 LS 02 Sekitar pohon Mangifera indica (mangga) D 76 LS 03 Sekitar tanaman Anacardium occidentale (jambu monyet) E 81 LS 04 Sekitar pohon Tamarindus indica (asam jawa) F 34 LS 05 Sekitar pohon Plumeria acuminata (kamboja gajah) G 113
Gambar 1. Hasil isolasi sampel tanah dari Pulau Lombok Figure 1. Results of soil sample isolation from Lombok Island
186
Isolasi  dilakukan  menggunakan media Pseudomonas    Agar  F dengan harapan bakteri yang terisolasi termasuk dalam  genus Pseudomonas atau kelompok  bakteri  gram  negatif. Berdasarkan  hasil  identifikasi  melalui p e n d e k a t a n   m o l e k u l e r   d e n g a n sekuensing 16S rDNA menunjukkan bahwa  populasi  bakteri  yang  terisolasi terdiri dari beberapa genus bakteri (Table 2).   Tidak semua bakteri yang terisolasi merupakan bakteri genus Pseudomonas ,  hampir  83%  bakteri  terisolasi m e r u p a k a n   b a k t e r i   n o n   g e n u s Pseudomonas .  Pada  gambar  2  dapat diamati  hubungan  kekerabatan  antar isolat  yang  diperoleh.  Hampir  35% bakteri  yang  teridentifikasi  merupakan genus Bacillus dimana kelompok bakteri ini berperan dalam proses dekomposisi kitin  (Lyla  dan  Ajmal,  2006).  Spesies Bacillus merupakan sapropit tanah yang
tersebar luas di seluruh dunia. Spora dari Bacillus dapat  bertahan  60  tahun  atau lebih di bawah kondisi lingkungan yang keras.  Selain Bacillus genus  yang  juga b a n y a k   t e r i d e n t i f i k a s i   a d a l a h Arthrobacter.  Arthrobacter merupakan genus yang tersebar luas di tanah, hal ini disebabkan Arthrobacter mampu memproduksi  berbagai  enzim  yang d a p a t   m e m e t a b o l i s m e   b e r b a g a i substansi  yang  ada  di  tanah,  termasuk organopospat.  Genus Pseudomonas merupakan  salah  satu  genus  bakteri yang  tersebar  luas  di  tanah  selain arthrobacter.  Beberapa  bakteri  tanah termasuk genus Pseudomonas memiliki kemampuan untuk melarutkan P organic menjadi  bentuk  fosfat  terlarut  yang tersedia  bagi  tanaman  dan  berperan dalam  proses  dekomposisi  protein dalam tanah,
Table 2.  Hasil identifikasi isolat bakteri melalui pendekatan molekuler 16S rDNA Table 2. Identification results of bacterium isolates with molecular approach of 16S rDNA
No. Kode isolat Hasil identifikasi 1 C1 Bacillus amyloliquefaciens 2 C4 Micrococcus luteus 3 C5 Cupriavidus gilardii 4 D2 Bacillus megaterium 5 D3 Arthrobacter crystallopoietes 6 E4 Pseudomonas  plecoglossicida 7 E5 Bacillus substilis 8 F3 Bacillus substilis 9 F7 Arthrobacter oryzae 10 G1 Bacillus niacin 11 G2 Staphylococcus_hominis 12 G5 Arthrobacter globiformis 13 G6 Dyella marensis 14 G7 Microbacterium trichothecanolyticum
mempengaruhi kelimpahan jumlah mikroba di  perakaran  tanaman Tamarindus  indica menjadi lebih sedikit dibandingkan tanaman yang  lain  (Hertiani,  2002).  Apabila dibandingkan dengan sampel-sampel yang lain,  sampel  tanah  dari  pantai  senggigi dengan  kondisi  lingkungan  berupa  tanah dan bebatuan menunjukkan populasi bakteri yang  sedikit.  Hal  ini  kemungkinan disebabkan  tidak  tersedianya  sumber substrat  dan  nutrisi  yang  penting  bagi pertumbuhan bakteri.
Tanah  yang  ditumbuhi  tanaman memiliki  kandungan  bahan  organik  dan unsur hara makro lebih tinggi dibandingkan tanah  tanpa  tumbuhan.  Tanah  yang ditumbuhi  pohon  mengandung  bahan organik atau unsur C yang umumnya di atas 2.5%,  sedangkan  C  pada  tanah  tidak  ada tumbuhan  pohon  tetapi  didominasi  alang- alang  adalah  di  bawah  0.7%.  Hal  ini disebabkan antara lain bahan organik yang dihasilkan  pohon  lebih  mudah  mengalami perombakan  dan  bahan  organik  ini dihasilkan  dalam  jumlah  banyak  sehingga cukup  tersedia  untuk  pertumbuhan  dan p e r k e m b a n g a n   m i k r o b a   t a n a h
(Purwaningsih 2004). Wiley, 1961, mengemukakan bahwa jumlah bakteri  di  daerah  perakaran  tanaman
9 berlimpah  hingga  10   sel  pergram  tanah. Kenyataan  ini  menunjukkan  bahwa  tanah yang  ditumbuhi  aneka  tumbuhan  tentunya mengandung  bahan  organik  dalam  jumlah yang  memadai  yang  sangat  dibutuhkan untuk kelangsungan hidup bakteri. Setiap  mikroorganisme  akan  tumbuh dengan  baik  dalam  lingkungannya  selama kondisi  tersebut  menguntungkan  bagi pertumbuhan dan pertahanan dirinya, sama halnya dengan mikroba-mikroba yang ada di dalam tanah. Begitu terjadi perubahan fisik atau kimiawi, seperti habisnya nutrien atau terjadinya  perubahan  radikal  dalam  hal temperatur atau pH, yang membuat kondisi bagi  pertumbuhan  spesies  lain  lebih menguntungkan,  maka  organisme  yang telah  teradaptasi  dengan  baik  dalam keadaan  tanah  terdahulu  terpaksa menyerahkan tempatnya kepada organisme yang dapat beradaptasi dengan baik dalam kondisi yang baru itu.
Tabel 1. Jumlah bakteri total dari beberapa sampel tanah di Pulau Lombok Table 1. Total number of bacteria from some soil samples in Lombok Island
Kode sampel Asal sampel Kode isolate Jumlah bakteri total 6 (10 ) LS 01 Pantai senggigi,  teluk kodek C 42 LS 02 Sekitar pohon Mangifera indica (mangga) D 76 LS 03 Sekitar tanaman Anacardium occidentale (jambu monyet) E 81 LS 04 Sekitar pohon Tamarindus indica (asam jawa) F 34 LS 05 Sekitar pohon Plumeria acuminata (kamboja gajah) G 113
Gambar 1. Hasil isolasi sampel tanah dari Pulau Lombok Figure 1. Results of soil sample isolation from Lombok Island
186
Isolasi  dilakukan  menggunakan media Pseudomonas    Agar  F dengan harapan bakteri yang terisolasi termasuk dalam  genus Pseudomonas atau kelompok  bakteri  gram  negatif. Berdasarkan  hasil  identifikasi  melalui p e n d e k a t a n   m o l e k u l e r   d e n g a n sekuensing 16S rDNA menunjukkan bahwa  populasi  bakteri  yang  terisolasi terdiri dari beberapa genus bakteri (Table 2).   Tidak semua bakteri yang terisolasi merupakan bakteri genus Pseudomonas ,  hampir  83%  bakteri  terisolasi m e r u p a k a n   b a k t e r i   n o n   g e n u s Pseudomonas .  Pada  gambar  2  dapat diamati  hubungan  kekerabatan  antar isolat  yang  diperoleh.  Hampir  35% bakteri  yang  teridentifikasi  merupakan genus Bacillus dimana kelompok bakteri ini berperan dalam proses dekomposisi kitin  (Lyla  dan  Ajmal,  2006).  Spesies Bacillus merupakan sapropit tanah yang
tersebar luas di seluruh dunia. Spora dari Bacillus dapat  bertahan  60  tahun  atau lebih di bawah kondisi lingkungan yang keras.  Selain Bacillus genus  yang  juga b a n y a k   t e r i d e n t i f i k a s i   a d a l a h Arthrobacter.  Arthrobacter merupakan genus yang tersebar luas di tanah, hal ini disebabkan Arthrobacter mampu memproduksi  berbagai  enzim  yang d a p a t   m e m e t a b o l i s m e   b e r b a g a i substansi  yang  ada  di  tanah,  termasuk organopospat.  Genus Pseudomonas merupakan  salah  satu  genus  bakteri yang  tersebar  luas  di  tanah  selain arthrobacter.  Beberapa  bakteri  tanah termasuk genus Pseudomonas memiliki kemampuan untuk melarutkan P organic menjadi  bentuk  fosfat  terlarut  yang tersedia  bagi  tanaman  dan  berperan dalam  proses  dekomposisi  protein dalam tanah,
Table 2.  Hasil identifikasi isolat bakteri melalui pendekatan molekuler 16S rDNA Table 2. Identification results of bacterium isolates with molecular approach of 16S rDNA
No. Kode isolat Hasil identifikasi 1 C1 Bacillus amyloliquefaciens 2 C4 Micrococcus luteus 3 C5 Cupriavidus gilardii 4 D2 Bacillus megaterium 5 D3 Arthrobacter crystallopoietes 6 E4 Pseudomonas  plecoglossicida 7 E5 Bacillus substilis 8 F3 Bacillus substilis 9 F7 Arthrobacter oryzae 10 G1 Bacillus niacin 11 G2 Staphylococcus_hominis 12 G5 Arthrobacter globiformis 13 G6 Dyella marensis 14 G7 Microbacterium trichothecanolyticum
Gambar 2. Hubungan  kekerabatan  antar  isolat  bakteria  dari  tanah  Teluk  Kodek, Lombok
Figure 2. Phylogenetic  relationship  amongst  soil  bacterium  isolates  from  Teluk
Kodek, Lombok

## Kesimpulan
Dari  hasil  penelitian  ini  dapat disimpulkan  bahwa  sampel  tanah  dari perakaran  tanaman  di  Pulau  Lombok m e m i l i k i   p o p u l a s i   b a k t e r i   y a n g bervariasi.  Populasi  bakteri  tertinggi
6 sebanyak  113  x  10 CFU/g  tanah terdapat  pada  perakaran  tanaman Plumeria  acuminata (kamboja  gajah) dan  terendah  pada  tanah  yang  berada pada  perakaran  tanaman Tamarindus 5 indica sebanyak   34 x 10 CFU/g tanah. Empat belas isolat teridentifikasi secara molekuler  dengan  16S  rDNA  dengan genus paling banyak adalah Bacillus.

## Daftar Pustaka
Doughari JH. 2006. Antimicrobial activity of  Tamarindus  indica  Linn. Tropical  Journal  of  Pharma- ceutical Research. 5(2):597-603.
Durrani,  R.,  M  Abubakar,  Arshed  M.J., Saleha  S.,  Ullah  I.,  Ali  Q.  2008. Biological  characterization  and protein  profiles  two  model bacteria  by  SDS-PAGE  and  FT- IR. ARPN Journal  of  Agricultural and Biological Scienc . 3 (5&6) 6- 16.
Hasanudin  2003.  Peningkatan  Peran Mikroorganisme  dalam  Sistem P e n g e n d a l i a n   P e n y a k i t Tumbuhan Secara Terpa
http//www.plasmanutfah.unej.ac.id.
Diakses 17 Desember 2010.
Hertiani,T., dan Pratiwi, S.U.T. 2002. Uji Toksisitas  Kulit  Batang Phaleria macrocarpa (Scheff)  Boerl.  dan Profil  KLT  Fraksi  Aktif, MFI . Pharmacon, 3: 7-11.
Hougardy A. 2000. RhodoPseudomonas rhenobacensis sp.  Nov.,  a  new nitrate reducing purple non sulfur
bacterium. Int  J  Syst  Evol Microbial 50: 985-992.
Kunitsky  C,  Osterhout  G,  Sasser  M. 2006.  Identification  of  Micro- organisms  using  Fatty  Acid Methyl Ester (FAME) Analysis and theMIDI  Sherlock  Microbial Identification  System.  USA [www.pda.org/bookstore].
Lyla, P. S., dan Ajmal. K. S. 2006. Marine Microbial  Diversity  and  Ecology : I m p o r t a n c e   a n d   F u t u r e
Perspectives .  Current  Science. 90: 1325 - 1335.
Pitcher DG, Saunders A, Owen RJ. 1989. Rapid  extraction  of  bacterial genomic  DNA  with  guanidium t h i o c y a n a t e . J .   A p p l i e d Microbiology 8: 151-156. P u r w a n i n g s i h   S .   2 0 0 6 .   I s o l a s i ,
enumerasi,  dan  karakterisasi bakteri  rhizobium  dari  tanah Kebun  Biologi  Wamena,  Papua. Biodiversitas 6:82-84.
Purwaningsih,  S.,  Hardiningsih  R.,
Wardah, Sujadi A. 2004. Populasi bakteri  dari  tanah  di  desa Tudu_Aog,  kecamatan  Passi, kabupaten Bolaang Mongondow, Sulut. Biodiversitas . 5:13-16.
Reid G, and P. Wong. 2005. Soil bacteria.
State  of  New  South  Wales. Department of Primary Industries. h t t p : / / w w w . d p i . n s w . gov.au/data/assets.  Diakses January 2011)
http//www.plasmanutfah.unej.ac.id.
Diakses 17 Desember 2010.
Wiley. A.M.J.   1961. Introduction to Soil
Microbiology.  Japan:  Toppan
Printing.
Sulistiyani, Keanekaragaman Bakteri Tanah : 183 - 189
Gambar 2. Hubungan  kekerabatan  antar  isolat  bakteria  dari  tanah  Teluk  Kodek,
Lombok Figure
2. Phylogenetic  relationship  amongst  soil  bacterium  isolates  from  Teluk
Kodek, Lombok

## Kesimpulan
Dari  hasil  penelitian  ini  dapat disimpulkan  bahwa  sampel  tanah  dari perakaran  tanaman  di  Pulau  Lombok m e m i l i k i   p o p u l a s i   b a k t e r i   y a n g bervariasi.  Populasi  bakteri  tertinggi
6 sebanyak  113  x  10 CFU/g  tanah terdapat  pada  perakaran  tanaman Plumeria  acuminata (kamboja  gajah) dan  terendah  pada  tanah  yang  berada pada  perakaran  tanaman Tamarindus 5 indica sebanyak   34 x 10 CFU/g tanah. Empat belas isolat teridentifikasi secara molekuler  dengan  16S  rDNA  dengan genus paling banyak adalah Bacillus.

## Daftar Pustaka
Doughari JH. 2006. Antimicrobial activity of  Tamarindus  indica  Linn. Tropical  Journal  of  Pharma- ceutical Research. 5(2):597-603.
Durrani,  R.,  M  Abubakar,  Arshed  M.J., Saleha  S.,  Ullah  I.,  Ali  Q.  2008. Biological  characterization  and protein  profiles  two  model bacteria  by  SDS-PAGE  and  FT- IR. ARPN Journal  of  Agricultural and Biological Scienc . 3 (5&6) 6- 16.
Hasanudin  2003.  Peningkatan  Peran Mikroorganisme  dalam  Sistem P e n g e n d a l i a n   P e n y a k i t Tumbuhan Secara Terpa
http//www.plasmanutfah.unej.ac.id. Diakses 17 Desember 2010.
Hertiani,T., dan Pratiwi, S.U.T. 2002. Uji Toksisitas  Kulit  Batang Phaleria macrocarpa (Scheff)  Boerl.  dan Profil  KLT  Fraksi  Aktif, MFI . Pharmacon, 3: 7-11.
Hougardy A. 2000. RhodoPseudomonas rhenobacensis sp.  Nov.,  a  new nitrate reducing purple non sulfur
188
bacterium. Int  J  Syst  Evol Microbial 50: 985-992.
Kunitsky  C,  Osterhout  G,  Sasser  M. 2006.  Identification  of  Micro- organisms  using  Fatty  Acid Methyl Ester (FAME) Analysis and theMIDI  Sherlock  Microbial Identification  System.  USA [www.pda.org/bookstore].
Lyla, P. S., dan Ajmal. K. S. 2006. Marine Microbial  Diversity  and  Ecology :
I m p o r t a n c e   a n d   F u t u r e Perspectives .  Current  Science. 90: 1325 - 1335.
Pitcher DG, Saunders A, Owen RJ. 1989. Rapid  extraction  of  bacterial genomic  DNA  with  guanidium t h i o c y a n a t e . J .   A p p l i e d Microbiology 8: 151-156.
P u r w a n i n g s i h   S .   2 0 0 6 .   I s o l a s i , enumerasi,  dan  karakterisasi bakteri  rhizobium  dari  tanah Kebun  Biologi  Wamena,  Papua. Biodiversitas 6:82-84.
Purwaningsih,  S.,  Hardiningsih  R.,
Wardah, Sujadi A. 2004. Populasi bakteri  dari  tanah  di  desa Tudu_Aog,  kecamatan  Passi, kabupaten Bolaang Mongondow, Sulut. Biodiversitas . 5:13-16.
Reid G, and P. Wong. 2005. Soil bacteria.
State  of  New  South  Wales. Department of Primary Industries. h t t p : / / w w w . d p i . n s w . gov.au/data/assets.  Diakses January 2011)
http//www.plasmanutfah.unej.ac.id.
Diakses 17 Desember 2010.
Wiley. A.M.J.   1961. Introduction to Soil
Microbiology.  Japan:  Toppan Printing.
Agus Irianto
Agus Nurganto
Dwi Nugroho Wibowo
Husein Sastranegara
Sugiyono
Priyo Susatyo
Pudji Widodo
Uki Awiputranto

## Penelaah Volume 29, September 2011