Identifikasi Genetik Udang Mantis Dengan Pendekatan DNA Barcoding Gen Sitokrom Oksidase 1 (CO1)
Muhammad Dailami 1 , Dandi Saleky 2 , Abdul Hamid A. Toha 3 , Lalu Panji Imam Agamawan 4
1 Program Studi Budidaya Perairan, Departemen Manajemen Sumberdaya Perikanan dan Kelautan, FPIK Universitas Brawijaya 2 Program Studi Manajemen Sumberdaya Perairan, Jurusan Manajemen Sumberdaya Perairan, Faperta Universitas Musamus 3 Program Studi Manajemen Sumberdaya Perairan, Jurusan Perikanan, FPIK Universitas Papua
4 Program Studi Ilmu Perikanan, Jurusan Ilmu Kelautan dan Perikanan, FMIPA Universitas Cenderawasih *e-mail korespondensi: muhdailami@ub.ac.id
INFORMASI ARTIKEL

## A B S T R A C T
Diterima Disetujui Terbit Online : 21 Mei 2022 : 20 Juni 2022 : 26 Juni 2022 Mantis shrimp is one of the marine organisms that has a very abundant diversity of species. The similarity of morphology of this group make it difficult to identify morphologically. Therefore, identification was carried out using a DNA barcoding approach. The purpose of this study was to identify the mantis shrimp species from Manokwari waters using molecular techniques. The CO1 gene fragments were amplified by using LCO and HCO primers. The DNA sequences obtained were   analyzed   for   homology,   phylogeny,   and   genetic   distance   using   MEGA   X software. A total of 537 base pairs of CO1 gene fragments of mantis shrimp from Manokwari were obtained. The results of the homology analysis on GenBank, show   the   highest   similarity   of   91.18%   with   sequences   from   the   genus Gonodactylus.   Analysis   of   phylogenetic   tree   and   genetic   distance   showed   the same results and supported each other with homology analysis on GenBank data.
Copyright © 2021 Universitas Cenderawasih Key Words : Udang Mantis DNA Barkode Gen CO1

## PENDAHULUAN
Udang   mantis   adalah   salah   satu   hewan invertebrata   yang   termasuk   dalam   kelompok udang   ( crustacea )   dan   termasuk   dalam   ordo stomatopoda   (WoRMS,   2022).   Habitat   udang mantis yaitu disekitar karang mati yang memiliki celah-celah   atau   lubang   yang   berguna   untuk tempat   bersembunyi.   Beberapa   jenis   lain   dari udang mantis juga hidup di daerah pantai dengan substrat   berlumpur   (Patek   &   Caldwell,   2005). Distribusi udang mantis sangat luas, dapat ditemui hampir   di   seluruh   wilayah   Indonesia   yang memiliki wilayah pantai berkarang. Udang mantis merupakan   kekayaan   keanekaragaman   hayati Indonesia yang harus dilestarikan.
Udang   mantis   merupakan   organisme   laut yang   memiliki   keragaman   jenis   yang   tinggi. Terdapat lebih dari 450 spesies udang mantis yang tersebar   dalam   beberapa   kelompok   famili   (Van Der Wal, et al ., 2017). Beberapa nama spesies dari udang   mantis   merupakan   sinonim   dari   nama spesies udang mantis yang lain. Bentuk morfologi beberapa   jenis   udang   ini   sangat   mirip   sehingga menyulitkan  dalam  identifikasi  secara  morfologi. Oleh   karena   itu   diperlukan   sebuah   metode identifikasi   yang   lebih   mudah   dan   akurat   dalam identifikasi   spesies   udang   mantis.   Motode
identifikasi   spesies   dengan   pendekatan   DNA barcoding telah   banyak   dilakukan   dan dikembangkan.   DNA Barcoding adalah   sebuah metode   identifikasi   spesies   dengan   cara menganalisis   perbandingan   sekuens   dari   gen tertentu   dengan   database   yang   ada   seperti GenBank   dan   BOLD System (Barcode   Of   Life Database)(Ratnasingham S, and Hebert, 2013).
Tujuan   penelitian   ini   adalah   menentukan identitas spesies udang mantis yang dikoleksi dari perairan   Manokwari   dengan   menggunakan pendekatan   DNA barcoding yang   menggunakan pendekatan  BLAST  ( basic  local  alignment  search toolls )   pada   database   National   Center   For Biotechnology   Information   (NCBI)   (Camacho, et al .,   2008).   Analisis   lanjutan   dalam   identifikasi genetik dapat dilakukan dengan membuat pohon filogenetik dan melakukan analisis jarak genetik. Pengelompokkan   dalam   pohon   filogenetik   akan memberikan   gambaran   klasifikasi   spesies   dari sampel.

## BAHAN DAN METODE

## Waktu dan Lokasi Penelitian
Sampel   udang   mantis   diambil   dari   wilayah perairan   Manokwari.   Sampel   diawetkan   dalam larutan   etanol   90%   dan   dilakukan   penggantian
Jurnal Ilmu Kelautan dan Perikanan Papua E-ISSN: 2685-1865 Vol. 05, No. 01, Hal. 37-43 DOI: 10.31957/ acr.v5i1.2269 Juni 2022 http://ejournal.uncen.ac.id/index.php/ACR
larutan   etanol   setiap   kali   etanol   mengalami perubahan   warna   menjadi   keruh.   Penggantian etanol dilakukan secara berulang sebanyak 3 kali, untuk   memastikan   sampel   tetap   berada   dalam keadaan   baik.   Proses   Analisis   DNA   dilakukan   di Laboratorium Genetika Universitas Papua selama 3 bulan.

## Isolasi DNA
Metode isolasi DNA yang digunakan merujuk pada penelitian yang dilakukan Toha et al ., (2020) dan   Lutfi, et   al .,   (2019)   yakni   DNA   diisolasi menggunakan   DNAeasy   mini   kit   dari   GenAid. Metode   ini   dilakukan   dengan   mengambil   30   mg sampel   udang   mantis,   kemudian   dimasukkan   ke dalam   200   µL   larutan   lisis buffer .   Degradasi protein   dalam   daging   udang   mantis   dilakukan dengan   menambahkan   10   µL   proteinase   K kemudian diinkubasi selama 10 menit pada suhu 65 o C. pada saat proses inkubasi, sebanyak 100 µL larutan buffer elusi   juga   dipanaskan   untuk digunakan   pada   tahap   akhir.   Setelah   10   menit, larutan   sampel   ditambahan   dengan   GT2 buffer sebanyak 100  µL kemudian  masukkan  ke  dalam freezer selama   3   menit.   Kemudian   tahap selanjutnya   memindahkan   seluruh   campuran   ke dalam kolom GD lalu disentrifugasi selama 1 menit dengan   kecepatan   3500   rpm.   Filtrat   yang dihasilkan   dibuang,   kemudian   kolom   GD   dicuci dengan   menggunakan buffer W1   kemudian   W2. Setelah   itu,   kolom   GD   yang   berisi   campuran sampel   tersebut   ditambahkan buffer elusi   yang telah dipanaskan sebanyak 100 µL dan diinkubasi pada suhu ruang selama 3 menit untuk melarutkan DNA   yang   terikat   pada   kolom   GD.   Selanjutnya kolom   GD   dipindahkan   ke   dalam   tabung mikrosentrifugasi dan dilakukan sentrifugasi pada kecepatan   15000   rpm   selama   30   detik   untuk memperoleh filtrat yang berisi isolat DNA genom. Isolat DNA selanjutnya akan digunakan pada tahap PCR.

## PCR Gen COI dan Elektroforesis
Primer   yang   digunakan   dalam   proses amplifikasi fragmen gen COI adalah primer LCO- 1490   dan   HCO-2198   (Folmer,   1994)   dengan urutan sekuens untuk primer LCO-1490 adalah 5’- TAAACTTCAGGGTGACCAAAAAATCA-3’ dan primer
HCO-2198 adalah
5’- GGTCAACAAATCATAAAG   ATATTGG-3’.   PCR dilakukan   dengan   menggunakan   50   µL   larutan yang berisi 25 µL Go Taq Green Mastermix, 13 µL ddH2O, 5 µL isolat DNA, 2.5 µL primer LCO, 2.5 µL primer   HCO,   1   µL   DMSO   dan   1   µL   BSA   ( bovine serum albumin ) dengan profil suhu sesuai Toha et al., (2020). Hasil   PCR   kemudian   diteruskan   ke   tahap elektroforesis   untuk   mengetahui   keberhasilan
proses amplifikasi fragmen gen COI. Elektroforesis dilakukan   menggunakan   gel   agarosa   1%   (b/v) dimana sebanyak 0,5 gram agarosa dilarutkan ke dalam   45   mL   SB- Buffer ,   kemudian   dipanaskan sampai tidak berwarna (bening) dan dicetak pada cetakan   yang   berisi   sisir   gel.   Gel   yang   telah mengeras   dimasukkan   ke   dalam   tangki elektroforesis   yang   telah   diisi   dengan   SB- buffer . Sumur gel pada gel agarosa diisi dengan campuran 4   µL   isolat   DNA   dan   1   µL loading   dye . Elektroforesis   dilakukan   selama   30   menit   pada tegangan  100 volt Dailami, et al. , 2018). Gel hasil elektroforesis   kemudian   diangkat   dan   rendam selama 20 menit dalam larutan etidium bromida . Kemudian   gel   dibilas   terlebih   dahulu   sebelum diamati   menggunakan   UV-Transluminator   dan didokumentasikan menggunakan kamera.

## Sekuensing DNA
Isolat DNA yang merupakan produk PCR yang telah   menunjukkan   hasil   positif   kemudian dilanjutkan ke tahap sekuensing DNA. Sekuensing DNA dilakukan oleh 1st Base, Malaysia melalui PT. Genetika Science Indonesia dengan menggunakan metode   dideoksi   terminasi   sanger   dengan   hasil berupa AB1 file. Hasil sekunsing DNA dikirimkan melalui email.
Proof Reading Sekuens DNA
Hasil sekuensing DNA dengan file berformat *.AB1   dilakukan   pengecekan   kesesuaian   antara elektroforegram dan sekuens DNA yang diperoleh. Sekuens   dari   Primer   LCO   digunakan   sebagai forward   dan   sekuens   dari   primer   jg-HCO dilakukan   reverse   complement   untuk   digunakan sebagai reverse. Setelah itu, menurut   Thompson, Higgins   &   Gibson   (1994)   penggunaan   menu clustall W dilakukan untuk mensejajjarkan kedua sekuens.   Apabila   terdapat   urutan   sekuens   yang tidak   sesuai   dengan   elektroferogram,   maka diperbaiki   dan   disesuaikan   dengan   tiap   peak   di elektroferogramnya.   Hasil   yang   diperoleh kemudian   disimpan   dengan   format fasta   file menjadi satu sekuens ( contig ).

## Homologi Sekuens DNA
Sekuens   DNA   yang   dihasilkan   kemudian dibandingkan   dengan database DNA   yang   ada pada   GenBank.   Proses   pembandingan   ini dilakukan   menggunakan   Basic   Local   Allignment Search toolls (BLAST) yang dapat diakses melalui website
NCBI
yaitu https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi   (Boratyn et   al .,   2013).   Analisis   homologi   dilakukan mengikuti metode yang digunakan oleh Dailami et al . (2021b). Hasil dari BLAST NCBI disajikan dalam bentuk   tabel   kemudian   diunduh   dengan   format
fasta   file   sehingga   dapat   digunakan   untuk membuat pohon filogenetik.
Pembuatan Filogenetik MEGA   X   adalah   aplikasi   yang   digunakan untuk   membuat   pohon   filogenetik   (Kumar, Stecher, Li, Knyaz, & Tamura, 2018). Pembuatan pohon   filogenetik   memerlukan   10   sekuens pembanding   dari   NCBI   menggunakan   metode neighbour joining dan maximum likelihood dengan bootstrapt 1000   replikasi.   Untuk   memperoleh jarak   genetik,   perhitungan   dilakukan   dengan metode yang sama.

## HASIL DAN PEMBAHASAN

## Amplikon fragmen Gen COI
Proses   perbanyakan   fragmen   gen   CO1 divisualisasikan   dalam   gel   elektroforesis   yang menunjukkan   adanya   pita   DNA   dengan   panjang mencapai   700   pasang   basa   (Gambar   1).   Produk PCR   tersebut   dilanjutkan   dengan   analysis sekuensing   DNA   dan   menghasilkan   file elektroferogram   dengan   format   *.ab1   file. Elektroferogram   diolah   dengan   melakukan proofreading   antara   puncak   elektroferogram dengan  sekuens   DNA  yang  muncul.   Berdasarkan data tersebut, diperoleh sekuens fragmen gen CO1 dari   sampel   udang   mantis   Manokwari   dengan panjang mencapai 537 pasang basa yang berbeda dengan hasil yang terlihat pada gel elektroforesis. Hal ini dikarenakan kualitas dari elektroferogram yang   dihasilkan   kurang   baik,   akibat   banyaknya pengotor dalam elektroferogram yang dihasilkan. Akibatnya banyak sekuens bagian awal dan akhir yang harus dihilangkan.
Gambar 2. Pita   DNA   yang   dihasilkan   pada   gel elektroforesis fragmen gen COI Udang Mantis asal Manokwari
Ukuran   DNA   hasil   amplifikasi   fragmen   gen COI dari udang mantis didapatkan pita DNA pada ukuran   sekitar   700   pasang   basa.   Ukuran   ini memiliki   panjang   yang   sama   dengan   beberapa fragmen   gen   COI   dari   spesies   lain   seperti
Rhincodon   typus   (Toha et   al .,   2020),   dan   pada kelompok gastropoda (Saleky et al ., 2016). Hal ini dapat   diartikan   bahwa   region   dari   fragmen   gen CO1 yang digunakan berada pada posisi yang tepat untuk analisis DNA Barcoding.
Pita   DNA   yang   dihasilkan   pada   hasil elektroforesis   juga   memiliki   kualitas   yang   baik dengan   bentuk   yang   teratur   dan   kecerahan   pita yang   sangat   baik.   Kualitas   pita   DNA   ini menggambarkan   kualitas   produk   PCR   yang dihasilkan. Jika kecerahan pita DNA kurang baik atau   lebih   buruk   dari   DNA   marker mengindikasikan   konsentrasi   produk   PCR   yang rendah.   Hasil   penelitian   ini   menunjukkan konsentrasi   produk   PCR   yang   memadai   dengan ditandai kualitas pita DNA yang baik pada hasil gel elektroforesisnya..

## Urutan Sekuens DNA
Sekuens   DNA   fragmen   gen   CO1   dari   udang mantis   asal   Manokwari   memiliki   panjang   537 pasang basa. Sekuens ini diperoleh dari gabungan sekuens forward dan reverse yang telah dilakukan proof reading terhadap peak elektroferogram yang muncul. Sekuens tersebut menyandi asam amino sebanyak 109 asam amino.
Total nukleotida G+C dari fragmen  Gen COI udang mantis asal Manokwari adalah 47.3% dan A+T   yaitu   52.7%,   yang   menunjukkan   bahwa jumlah   G+C   lebih   sedikit   dari   pada   jumlah   basa A+T.   Nukleotida   A   selalu   berpasangan   dengan nukleotida   T   dan   dihubungkan   oleh   2   ikatan hidrogen.   Ikatan   hidrogen   antara   basa   A   dan   T lebih lemah dibandingkan ikatan hidrogen antara G dan C yang memiliki 3 ikatan hidrogen. Sekuens DNA   dengan   persentase   G+C   lebih   kecil   akan memiliki suhu denaturasi yang lebih rendah jika dibandingkan dengan sekuens dengan kandungan G+C   yang   lebih   tinggi.   Adapun   sekuens   lengkap dari fragmen gen CO1 udang mantis yang berhasil diamplifikasi disajikan pada Gambar 2.
ACTGCTCTTAGGTTAATTATTCGAGCAGAGCTTGGACAAC CTGGTAGTTTAATTGGAGATGATCAAATTTATAATGTAGT AGTCACAGCCCACGCTTTTATTATAATTTTTTTCATAGTT ATGCCTATTATAATTGGAGGCTTTGGTAATTGACTAGTCC CTCTTATACTAGGAGCTCCTGATATAGCATTTCCACGAAT AAACAACATAAGATTTTGACTTTTACCCCCCGCTCTTACA TTACTCCTTTCAAGAGGTATAGTAGAAAGAGGAGTAGGGA CAGGGTGAACTGTTTATCCTCCCCTAGCCGCAGGAATTGC CCATGCGGGAGCTTCTGTAGATTTAGGTATCTTTTCATTG CATATAGCAGGAGCTTCTTCAATTTTAGGAGCAGTAAACT TTATTACAACAGTAATTAACATACGATCAAACGGGATAAC TATAGACCGGATACCCTTATTTGTTTGAGCTGTTTTTATT ACAGCCATTCTACTTTTATTATCTCTGCCAGTATTAGCAG

## GAGCTATTACAATAA
Gambar 2. Urutan Sekuens DNA dari fragmen gen COI Udang Mantis asal Manokwari.
Tabel 1. Komposisi   Nukleotida   Fragmen   Gen COI Udang Mantis Asal Manokwari. Sampe l G C A T Panjan g Basa Udang Mantis 28.5 % 18.8 % 33.9 % 18.8 % 537.0

## Homologi Sekuens DNA
Sekuens Udang Mantis asal Manokwari yangd diperoleh dalam penelitian ini memiliki kemiripan paling   tinggi   91.18%   dengan   sekuens   dari Gonodactylus chiragra (kode akses: DQ191682.1). Hasil   BLAST  sekuens   pada   database   NCBI   dapat dilihat pada Tabel 3.
Tabel 2. Hasil pembandingan homologi dengan BLAST NCBI Sampel Spesies Kemiripan Kode Akses Coverage Udang Mantis Gonodactylus chiragra 91.18% DQ191682.1 99% Udang Mantis Gonodactylus chiragra 90.69% AF205250.1 99% Udang Mantis Gonodactylellus affinis 90.44% MW301115.1 99% Udang Mantis Gonodactylus smithii 90.44% NC_060311.1 99% Udang Mantis Gonodactylus chiragra 89.19% HM138785.1 99%
Pada   hasil   BLAST   NCBI,   diperoleh   hasil coverage yang   berkisar   dari   97%   -   100%   yang memperlihatkan   hasil   BLAST   memiliki   variasi panjang   sekuens   yang   berbeda-beda.   Nilai coverage 100%   berarti   bahwa   sekuens   yang terdapat   dalam   NCBI   tersebut   memiliki   panjang yang   sama   dengan   sekuens   sampel   yang   diuji (Dailami, et   al .,   2021a).   Dengan   adanya   variasi panjang sekuens ini akan berdampak pada persen identity hasil BLAST yang diperoleh. Hasil BLAST ini menunjukkan bahwa sekuens sampel tidak dapat diindentifikasi secara genetik pada saat ini karena belum memadainya sekuens DNA gen CO1 untuk udang mantis yang tersedia di GenBank. Berdasarkan hasil BLAST terlihat bahwa sekuens sampel ini memiliki genus Gonodactylus namun   tidak   dapat   dipastikan   sampai   level spesies . Untuk   dapat   memastikan   bahwa   genus dari  sampel  ini  adalah benar berasal  dari genus Gonodactylus maka perlu dilakukan anaNlisis lebih lanjut dengan membuat pohon filogenetik.

## Pohon Filogenetik
Pembuatan   pohon   filogenetik   dilakukan dengan menggunakan sekuens pembanding yang diperoleh   dari   GenBank.   Adapun   sekuens   yang digunakan   sebagai   pembanding   disajikan   dalam Tabel 3.
Tabel   3.   Daftar   sekuens   yang   digunakan   dalam pembuatan pohon filogenetik No ID Sekuesn Kode Akses NCBI 1 Udang Mantis Penelitian ini 2 Gonodactylus chiragra DQ191682.1 3 Gonodactylus chiragra AF205250.1 4 Gonodactylellus affinis MW301115.1 5 Gonodactylus smithii NC_060311.1 6 Gonodactylus chiragra HM138785.1 7 Haptosquilla glyptocercus HM138789.1 8 Haptosquilla stoliura AF205241.1 9 Chorisquilla spinosissima
AF205254.1
Parameter yang digunakan dalam membuat pohon   filogenetik   ditentukan   berdasarkan   hasil pengujian terhadap 24 model subtitusi nukleotida yang   terdapat   dalam   aplikasi   MEGA.   Hasil perhitungan model test tersebut disajikan dalam Tabel   4.   Berdasarkan   tabel   tersebut,   terlihat bahwa model T92+G ( Tamura 3-parameter + Gamma Dsitribution )   memiliki   nilai bayesian   information criterion (BIC)   terendah   (2748.7)   yang   berarti bahwa   model   tersebut   merupakan   model   yang paling tepat digunakan  dalam pembuatan pohon filogenetik untuk dataset dalam penelitian ini (Nei and Kumar, 2000). Setiap dataset yang digunakan akan memiliki model terbaik yang berbeda-beda.
Tabel 3. Hasil pengujian 24 model subtitusi untuk dataset   sekuens   yang   akan   digunakan dalam pembuatan pohon filogenetik
Model #Param BIC AICc lnL T92+G 18 2748.7 2637.6 -1300.7 T92+G+I 19 2756.9 2639.6 -1300.7 HKY+G 20 2766.6 2643.2 -1301.5 TN93+G 21 2771.9 2642.4 -1300.1 HKY+G+I 21 2774.7 2645.2 -1301.5 TN93+G+I 22 2775.4 2639.6 -1297.7 GTR+I 24 2781.8 2633.8 -1292.7 GTR+G 24 2781.9 2633.8 -1292.7 GTR+G+I 25 2785.6 2631.4 -1290.5 K2+G 17 2796.3 2691.4 -1328.6 K2+G+I 18 2802.5 2691.4 -1327.6 T92 17 2908.1 2803.2 -1384.5 GTR 23 2909.6 2767.7 -1360.7 TN93 20 2913.1 2789.6 -1374.7 T92+I 18 2916.3 2805.2 -1384.5 TN93+I 21 2921.3 2791.7 -1374.7 HKY 19 2922.7 2805.5 -1383.6 K2 16 2925.6 2826.9 -1397.4 HKY+I 20 2930.9 2807.5 -1383.6 K2+I 17 2933.8 2828.9 -1397.4 JC+G 16 2948.7 2849.9 -1408.9
Model #Param BIC AICc lnL JC+G+I 17 2956.9 2851.9 -1408.9 JC 15 3055.5 2962.8 -1466.4 JC+I 16 3063.7 2964.9 -1466.4
Keterangan:   HKY:   Hasegawa-Kishino-Yano,   GTR: General   Time   Reversible,   T92:   Tamura   3-parameter, TN93:   Tamura-Nei,   JC:   Jukes-Cantor,   K2:   Kimura   2- parameter.
Hasil   pohon   filogenetik   yang   diperoleh disajikan   pada   Gambar   3.   Pohon   filogenetik menunjukkan   bahwa   sampel   udang   mantis   asal Manokwari berada dalams atu clade dengan udang mantis Gonodactylus   chiragra , Gonodactylus chiragra , Gonodactylellus   affinis , Gonodactylus smithii .   Hal   ini   menunjukkan   bahwa   sampel   ini merupakan anggota dari genus Gonodactylellus.
Analisis jarak genetik yang dilakukan pada sekuens   sampel   dengan   perbandingan   sekuens
dari  NCBI  menunjukkan  bahwa  sampel  memiliki jarak   genetik   dengan   sampel   dari   genus Gonodactylus   sebesar   0.1193   sedangkan   jarak genetik sampel udang mantis Manokwari dengan genus Haptosquilla dan Chorisquilla yaitu sebesar 0.1421-0.1528. Hal ini sesuai dengan hasil BLAST dan   juga   pohon   filogenetik   yang   menunjukkan bahwa   sampel   udang   mantis   Manokwari merupakan   anggota   dari   genus       Gonodactylus. Para   peneliti   terdahulu   mampu   mengidentifikasi organisme laut seperti ikan sampai level spesies dengan menggunakan   fragmen  gen CO1.  Sebagai contoh, penelitian yang dilakukan oleh Pramono et al.   (2017),   yang   berhasil   mengidentifikasi   ikan genus mystus, penelitian yang dilakukan Dailami et al . (2021a), yang juga berhasil mengidentifikasi lobster Panulirus versicolor dengan menggunakan DNA Barcoding.
MW301115.1 Gonodactylellus affinis
NC 060311.1 Gonodactylus smithii
AF205250.1 Gonodactylus chiragra
DQ191682.1 Gonodactylus chiragra
HM138785.1 Gonodactylus chiragra
MKW08
AF205254.1 Chorisquilla spinosissima
HM138789.1 Haptosquilla glyptocercus
AF205241.1 Haptosquilla stoliura 65 96 87 83 98 63 0.05 Gambar 3.  Pohon filogenetik Pohon filogenetik yang dibuat dengan menggunakan maximum likelihood dengan parameter T92+G ( tamura 3 paramater + gamma distribution ) dan bootstrap 1000 replikasi.
Tabel 4. Jarak Genetik sampel udang mantis asal Manokwari dengan sekuens dari GenBank
ID Sampel 1 2 3 4 5 6 7 8 9 1. MKW08 2. DQ191682.1_Gonodactylus_chiragra 0.0977 3. AF205250.1_Gonodactylus_chiragra 0.1037 0.045 0 4. MW301115.1_Gonodactylellus_affinis 0.1069 0.042 2 0.0128 5. NC_060311.1_Gonodactylus_smithii 0.1069 0.042 2 0.0128 0.000 0 6. HM138785.1_Gonodactylus_chiragra 0.1193 0.129 5 0.1367 0.140 2 0.1402 7. HM138789.1_Haptosquilla_glyptocercus 0.1421 0.182 7 0.1752 0.171 7 0.1717 0.197 1 8. AF205241.1_Haptosquilla_stoliura 0.1497 0.169 5 0.1762 0.165 6 0.1656 0.183 5 0.120 0 9. AF205254.1_Chorisquilla_spinosissima 0.1528 0.155 2 0.1515 0.154 9 0.1549 0.165 3 0.138 3 0.1440

## KESIMPULAN
Fragmen   gen   COI   dari   udang   mantis   asal Manokwari   dapat   digunakan   untuk   identifikasi sampai level genus. Sekuens sampel udang mantis asal manokwari memiliki kesamaan dengan udang mantis dari genus Gonodactylus dengan kemiripan mencapai   91.18%.   Analisis   filogenetik menunjukkan   bahwa   sampel   udang   mantis   ini berada   dalam   satu clade dengan   udang   mantis Gonodactylus   dan   berbeda clade dengan   genus Haptosquilla dan Chorisquilla.

## DAFTAR PUSTAKA
Boratyn,   G.   M.,   Camacho,   C.,   Cooper,   P.   S., Coulouris, G., Fong, A., Ma, N., … Zaretskaya, I. 2013.   BLAST:   a   more   efficient   report   with usability   improvements. Nucleic   Acids
Research , 41 (W1), W29–W33.
https://doi.org/10.1093/nar/gkt282
Camacho   C.,   Coulouris   G.,   Avagyan   V.,   Ma   N., Papadopoulos   J.,   Bealer   K.,   &   Madden   T.L.
(2008)   "BLAST+:   architecture   and applications."   BMC   Bioinformatics   10:421. PubMed
Dailami, M., Santi, D., Murtihapsari, ., Abubakar, H.,
&   Toha,   A.   H.   A.   2018.   Genetic   analisys   of cytochrome oxidase sub unit 1 gene fragment from Cirrhilabrus cf. ryukyuensis (Labridae) from   Cenderawasih   Bay   and   Raja   Ampat. Jurnal   Iktiologi   Indonesia , 18 (3),   209. https://doi.org/10.32491/jii.v18i3.347
Dailami, M., Toha, A.H.A., Lapadi, I. and Kilawati, Y. 2021a.   Genetic   characteristics   of   lobster Panulirus   versicolor   (Latreille,   1804)   from bird’s   head   seascape-Papua   based   on cytochrome oxidase subunit 1 (COI) gene. In IOP   Conference   Series:   Earth   and Environmental   Science   (Vol.   743,   No.   1,   p. 012020).
IOP Publishing.
Https://dx.doi.org/10.1088/1755- 1315/743/1/012020
Dailami, M., Widyawati, Y. and Toha, A.H.A. 2021b. Genetic   Identification   of   Anchovy   from Cenderawasih   Bay   using   DNA   Barcoding Approach.   Musamus   Fisheries   and   Marine Journal, pp.154-166. https://doi.org/10.35724/mfmj.v3i2.3521
Folmer, O., Black M, Hoeh W, Lutz R, Vrijenhoek R. 1994.   DNA   primers   for   amplification   of mitochondrial cytochrome c oxidase subunit I
from   diverse   metazoan   invertebrates.   Mol. Mar. Biol. Biotechnol. 1994;3:294–9.
Kumar, S., Stecher, G., Li, M., Knyaz, C., & Tamura, K.   2018.   MEGA   X:   Molecular   evolutionary genetics analysis across computing platforms. Molecular Biology and Evolution , 35 (6), 1547– 1549.
https://doi.org/10.1093/molbev/msy096
Lutfi, Abubakar, H., Manaf, M., Lapadi, I., & Dailami,
M. 201). Genetic Identification of Aplocheilus Panchax   from   the   Waters   of   West   Papua Using Molecular Approach for Preventing the Spread   of   Malaria. Indian   Journal   of   Public Health   Research   &   Development , 10 (10), 1348–1353.   https://doi.org/10.5958/0976- 5506.2019.03022.5
Nei, M., & Kumar, S. 2000. Molecular Evolution and Phylogenetics . Oxford University Press.
Patek,   S.   N.   &   Caldwell,   R.   L.   (2005).   "Extreme impact   and   cavitation   forces   of  a   biological hammer: strike forces of the peacock mantis shrimp". Journal of Experimental Biology. 208 (19): 3655–3664. doi:10.1242/jeb.01831
Ratnasingham,   S.,   &   Hebert,   P.   D.   N.   2007.   The Barcode of Life Data System BOLD : Molecular Ecology   Notes , 2007 (2007),   1–10. https://doi.org/10.1111/j.1471- 8286.2006.01678.x
Ratnasingham S, and Hebert PDN. 2013. A DNA- Based   Registry   for   All   Animal   Species:   The Barcode   Index   Number   (BIN)   System.   PLoS
ONE 8(8): e66213.
DOI:10.1371/journal.pone.0066213
Thompson, J. D., Higgins, D. G., & Gibson, T. J. 1994. CLUSTAL   W:   improving   the   sensitivity   of progressive   multiple   sequence   alignment through sequence weighting, position-specific gap   penalties   and   weight   matrix   choice. Nucleic   Acids   Research , 22 (22),   4673–4680. https://doi.org/10.1093/nar/22.22.4673
Toha, A. H. A., Dailami, M., Anwar, S., Setiawan, J. B., Jentewo, Y., Lapadi, I., … Madduppa, H. 2020. The   genetic   relationships   and   indo-pacific connectivity   of   whale   sharks   (Rhincodon typus)   with   particular   reference   to mitochondrial   COI   gene   sequences   from Cendrawasih   bay,   Papua,   Indonesia.
Biodiversitas , 21 (5),
2159–2171. https://doi.org/10.13057/biodiv/d210544
Van   Der  Wal,   C.,   Ahyong,   S.T.,   Ho,   S.Y.W.,   Lo,   N.
2017.   "The   evolutionary   history   of Stomatopoda   (Crustacea:   Malacostraca) inferred   from   molecular   data".   PeerJ.   5: e3844. doi:10.7717/peerj.3844
WoRMS.   2022.   Stomatopoda.   Accessed   at: https://www.marinespecies.org/aphia.php? p=taxdetails&id=14355 on 2022-06-26