Jurnal Ilmiah Matematika dan Pendidikan Matematika (JMP) Vol. 10 No. 1, Juni 2018, hal. 39-52 ISSN (Cetak) : 2085-1456; ISSN ( Online ) : 2550-0422

## REKOMBINASI MOLEKUL DNA

## Isah Aisah
Departemen Matematika, Fakultas MIPA, Universitas Padjadjaran isah.aisah@unpad.ac.id
Litani Farin N.
Departemen Matematika, Fakultas MIPA, Universitas Padjadjaran

## Hendra S. Mulyana
Departemen Matematika, Fakultas MIPA, Universitas Padjadjaran
ABSTRACT. Every living creature has unique genetic materials. These genetic materials are  stored  in  a  DNA  molecule.  In  some  cases,  it  is  founda  change  in  a  normal  DNA molecule  into  an  abnormal  one.  Recombining  DNA  molecule  is  one  way  to  solve  this problem. In mathematical view, splicing system is a mathematical model of a system of a restriction  enzyme’s  action  in  recombining  DNA  molecule.  Splicing  language  is  a language  constructed  by  splicing  system.Result  obtained  from  double-chained  DNA molecule  recombination  process  using  uniform  splicing  system  and  uniform  splicing language is a various language, which is depend on: (1) how we determine which DNA molecule that contains donor’s and recipient’s gen and (2) how we choose involved restriction  enzyme.  Apart  from  that,  DNA  molecule  recombination  can  only  be  done  on DNA molecule which has a DNA molecule’s partition a restriction enzyme could identify.

## Keywords
: DNA, recombination, uniform splicing system, uniform splicing languages
ABSTRAK. Setiap  makhluk  hidup  memiliki  materi  genetik  yang  berbeda-beda.Materi genetik  tersebut  tersimpan  di  dalam  suatu  molekul  DNA.Dalam  beberapa  kasus, ditemukan  perubahan  struktur  suatu  molekul  DNA  normal  menjadi  molekul  DNA abnormal.Rekombinasi  molekul  DNA  adalah  cara  untuk  mengatasi  masalah  tersebut. Dalam  bidang  kajian  matematika, splicing  system merupakan  model  matematis  dari sistem  pada  tindakan  enzim  restriksi  dalam  rekombinasi  molekul  DNA  dan splicing language merupakan  bahasa  yang  dihasilkan  oleh splicing  system .Hasil  yang  diperoleh dari  proses  rekombinasi  molekul  DNA  rantai  ganda  menggunakan uniform  splicing system dan uniform  splicing  language merupakan  bahasa ) ( S L yang  berbeda-beda bergantung pada penentuan molekul DNA yang mengandung gen pendonor dan penerima donor serta pemilihan enzim restriksi yang terlibat. Selain itu, rekombinasi molekul DNA hanya  dapat  dilakukan  pada  molekul  DNA  yang  memuat  potongan  molekul  DNA  yang dapat dikenali oleh suatu enzim restriksi.
Kata kunci : DNA, rekombinasi , uniformsplicing system, uniform splicing languages .

## 1. PENDAHULUAN
Rekombinasi  molekul  DNA  merupakan  penyusunan  kembali  informasi genetik  melalui  proses  penggabungan  dua  potongan  molekul  DNA  dari  molekul DNA  yang  merupakan  calon  gen  pendonor  dengan  molekul  DNA  yang merupakan  calon  gen  penerima  donor.  Kemudian  hasil  dari  proses  rekombinasi tersebut adalah molekul DNA baru.
Dalam  kehidupan  sehari-hari,  rekombinasi  molekul  DNA  lebih  dikenal sebagai  proses  rekayasa  genetika.  Dalam  hal  ini,  rekayasa  genetika  dilakukan untuk  membuat  molekul  DNA  yang  abnormal  menjadi  molekul  DNA  yang normal.Contohnya  adalah  pada  pembuatan  hormon  insulin  untuk  penderita diabetes dan pembuatan antibody pada vertebrata (ikan, amfibi, reptil, burung, dan mamalia).
Splicing  system merupakan  model  matematis  dari  sistem  dalam  tindakan enzim  restriksi  pada  saat  pemotongan  molekul  DNA  dalam  proses  rekombinasi dan splicing  language merupakan  model  matematis  dari  tindakan  enzim  ligase pada saat penyisipan rantai molekul DNA (Lim, et al ., 2011).
Penelitian  tentang  aplikasi splicing  system dalam  rekombinasi  molekul DNA  telah  dilakukan  diantaranya  oleh  Nor  Haniza  Sarmin  dan  Fong  Wan  Heng (2006)  dalam  judul  penelitian  “ Mathematical  Modelling  of  Splicing  System ” dan Fong  Wan  Heng et  al (2008)  dalam  judul  penelitian  “ Recognition  of  Simple Splicing Systems using SH-Automaton ”.
Permasalahan  yang  dibahas  dalam  paper  ini  adalah  aplikasi splicing system ,  khususnya uniform  splicing  system ,  dalam  proses  rekombinasi  molekul DNA pada satu  kasus  dengan  penentuan molekul  DNA dan enzim restriksi  yang terlibat.

## 2. LANDASAN TEORI

## 2.1 Substansi Genetika
Setiap  sel  pada  makhluk  hidup  memiliki  inti  sel  yang  mengandung kromosom-kromosom.  Kromosom  mengandung  gen  yang  merupakan  substansi genetika.  Substansi  genetika  menentukan  sifat-sifat  makhluk  hidup  yang  akan
diwariskan  pada  keturunannya.  Sebuah  kromosom  terdiri  dari  DNA  dan  protein. DNA  merupakan  persenyawaan  kimia  pembawa  materi  genetik.  Sementara  itu, protein  penyusun  kromosom  terdiri  atas  protein  histon  yang  bersifat  basa  dan protein nonhiston yang bersifat asam.
Deoxyribonucleic  acid (DNA)  atau  asam  deoksiribonukleat  adalah  suatu molekul  besar  yang  kompleks  dan  terdiri  atas  dua  rantai  panjang  yang  saling berpilin membentuk  suatu rantai atau untaian  ganda ( double helix ).  Kedua rantai mempunyai orientasi yang berlawanan (antiparalel). Rantai yang satu mempunyai orientasi , sedangkan rantai yang lain berorientasi .

## 2.2. Enzim Retriksi dan Enzim Ligase
Pada  tahun  1960,  Werner  Arber  dan  Hamilton  Smith  menemukan  enzim dari  mikroba  yang  dapat  memotong  molekul  DNA  rantai  ganda.  Enzim  tersebut dikenal dengan nama enzim restriksi atau enzim endonuklease restriksi.
Enzim  restriksi  merupakan  enzim  yang  dapat  memotong  molekul  DNA khususnya  pada  bagian  gula-fosfat  dalam  nukleotida. Enzim  restriksi  akan mengenali  dan  memotong  DNA  hanya  pada  urutan  nukleotida  tertentu,  biasanya sepanjang 4 hingga 6 pasang basa. Hasil dari masing-masing reaksi tersebut yakni dua buah potongan molekul DNA rantai ganda dengan ujung molekul DNA rantai tunggal.  Ujung  seperti  ini  yang  dikenal  dengan  istilah sticky  end atau cohesive ends.
Enzim  ligase  merupakan  enzim  yang  mengkatalisis  pembentukan  ikatan fosfodiester antara ujung 5’-P dan 3’-OH pada DNA saat terjadinya rekombinasi molekul  DNA.  Secara  biologis,  enzim  ligase  diperlukan  untuk  menyambung potongan-potongan  DNA.  Enzim  ligase  diibaratkan  sebagai  lem  yang menyambung DNA yang telah terpotong sehingga menjadi DNA yang fungsional.

## 3. HASIL DAN PEMBAHASAN

## 3.1   Konsep Dasar Rekombinasi Molekul DNA
Pada  bagian  ini  akan  dijelaskan  variabel-variabel  dalam  proses rekombinasi.
Ada  beberapa  Enzim  yang  berperan    dalam  proses  rekombinasi  DNA  yaitu  : Enzim Restriksi dan Enzim Ligase. Enzim restriksi merupakan enzim yang dapat memotong molekul DNA sepanjang 4 hingga 6 pasang basa.
Tabel 1 Jenis-Jenis Enzim Restriksi (Watson, 1983) Enzim Sumber Urutan Pengenalan Urutan Pemotongan Isoschizomers Ajn I Acinetobacter johnsonii R2 CC W GG CCWGG   ' 3 ' 5     CC W GG CCWGG ' 3 ' 5 Aor I, Apa ORI,
Apy I, Eco RII, Mva I, Psp GI, Sle I, Ssp AI.
Bfi 57I Butyrivibrio fibrisolvens OB157 CTAG
GATC   ' 3 ' 5     CTAG GATC ' 3 ' 5 Bsp 105I, Bsp 143I,
Bsp JI, Bst MBI,
Cvi AI, Kz 09I,
Nde II, Ssi BI,
Mbo I.
Eco 183II Escherichia coli RFL1831 CC S GG CCSGG   ' 3 ' 5     CC S GG CCSGG ' 3 ' 5 Aha I, Ase II,
Asu C2I, Bcn I, Bpu MI, Cau II, Eco HI,
Hgi S221. Cha I Corynebacterium halofytica CTAG GATC   ' 3 ' 5 CTAG GATC     ' 3 ' 5 Bfu CI, Bsp 2095I,
Bsp KTGI,
Btk II, Fnu CI, Nme CI, Ssi AI. Fat I Flavobacterium aquatile NL3 GTAC CATG   ' 3 ' 5     GTAC CATG ' 3 ' 5
Hin 1II
Eco 137KI Escherichia coli 137K CC N GG CCNGG   ' 3 ' 5     CC N GG CCNGG ' 3 ' 5 Sso II , Bss KI. Hpy 57I Helicobacter pylori 51 TG S CA GTSAC   ' 3 ' 5     TG S CA GTSAC ' 3 ' 5 Nmu CI Hpy 99I Helicobacter pylori J99
GC W GC CGWCG   ' 3 ' 5 GC W GC CGWCG     ' 3 ' 5
Hpy CH4I Helicobacter pylori CH4 GTAC
CATG   ' 3 ' 5 GTAC CATG     ' 3 ' 5 Hsp 92II
Mae II Methanococcus aeolicus TG N CA GTNAC   ' 3 ' 5     TG N CA GTNAC ' 3 ' 5 Sse 9I Sporosarcina sp. 9 TTAA AATT   ' 3 ' 5     TTAA AATT ' 3 ' 5 Mlu CI, Tsp 590I. Tsc I Thermus sp. 491A TGCA ACGT   ' 3 ' 5 TGCA ACGT     ' 3 '
5 Tsp 49I
Enzim  ligase  merupakan  enzim  yang  mengkatalisis  pembentukan  ikatan fosfodiester antara ujung 5’-P dan 3’-OH pada DNA saat terjadinya rekombinasi molekul  DNA.Secara  biologis,  enzim  ligase  diperlukan  untuk  menyambung potongan-potongan DNA.
Splicing System dan Splicing Language (Head, 1987)
Definisi  3.1 adalah splicing  system dengan himpunan  hingga alfabet, himpunan hingga awalan string, himpunan hingga triplet dengan .  Masing-masing  triplet  dalam atau disebut  pola. Untuk masing-masing triplet, string disebut site dan string disebut crossing .
Pola pada disebut pola kiri dan pola pada disebut pola kanan.
Definisi  3.2 adalah  bahasa  yang  dihasilkan  oleh splicing  system yang terdiri  dari dan  semua  string  yang  diperoleh  dengan  merangkaikan string dan ke dengan serta dan
adalah  pola  dengan  sisi  yang  sama  (keduanya  sama-sama  pola  kanan  atau  pola kiri).  Bahasa adalah splicing  language jika  ada splicing  system dengan . Bahasa yang dihasilkan oleh dinotasikan
{ ̇  } (1)
Definisi  3.3 Null-context  splicing  system adalah splicing  system
dengan  masing-masing  pola  potongan  di dan mempunyai  bentuk . Bahasa dikatakan null-context  splicing  language jika  ada null-context  splicing system dengan . (Lim,  S.J, et al ., 2011).
Pada kasus molekul DNA heliks ganda maka dengan { } . adalah  himpunan  molekul DNA heliks ganda dan adalah himpunan enzim restriksi.

## Contoh
Misalkan null-context  splicing  system .  Misalkan adalah himpunan crossing di dan adalah himpunan crossing di , sehingga dapat ditulis  menjadi
.  Pilih  enzim Eco RII  dengan  urutan pemotongan pola kiri 5’
{    [    ][    ][    ][    ][    ]          [    ][    ][    ][    ][    ]    }
atau
{[    ][    ][    ][    ][    ]  [    ][    ][    ][    ][    ]} dan .
Definisi  3.4 Uniform  splicing  system adalah null-context  splicing  system dengan terdapat sehingga . Bahasa dikatakan uniform splicing language jika ada uniform splicing system dengan . (Lim,  S.J, et al ., 2011).
Pada kasus molekul DNA heliks ganda maka dengan { } . adalah  himpunan  molekul  DNA heliks ganda dan adalah himpunan enzim restriksi. dapat ditulis pula dengan atau ,  sehingga  penulisan dapat disederhanakan menjadi .

## 3.2 Rekombinasi molekul DNA
Pada  bagian  ini  akan  dijelaskan  proses  rekombinasi  molekul  DNA  pada berbagai kasus dengan penentuan molekul DNA yang mengandung gen pendonor dan penerima donor serta pemilihan enzim restriksi  yang terlibat dan  identifikasi kondisi  tertentu  yang  menyebabkan  suatu  molekul  DNA  dapat  dilakukan rekombinasi.
i. Rekombinasi  Molekul  DNA  Pada  Kasus  Gen  Pendonor  dan  Gen Penerima Donor Dalam Dua Molekul DNA Dengan Peran 1 Buah Enzim Restriksi (Lim, et al., 2015)
Misalkan   X I I D S , , '   uniform splicing system dengan {[    ][    ][    ][    ][    ][    ][    ][    ][    ] [    ][    ][    ][    ][    ][    ][    ][    ][    ] [    ][    ][    ][    ][    ][    ][    ][    ][    ] [    ][    ][    ][    ][    ][    ][    ][    ][    ][    ]} I menyatakan sub himpunan  dari molekul DNA heliks ganda, dan enzim restriksi yang  digunakan  yaitu Mlu CI  (tabel1) dengan  urutan  pemotongan  pola  kiri  5’,
{    [    ][    ][    ][    ]    } atau dapat ditulis {[    ][    ][    ][    ]} . Jika Mlu CI ditambahkan ke molekul DNA I maka diperoleh
' ' ' ' 5 3 3 5       G CGACGTCACG CCGTTAA GTGCC AATTGCTGCA GGC dan ' ' ' ' 5 3 3 5       GGCCT TTAA TGCGCATACA AATTCCGGA ACGCGTATGT
Pemotongan molekul DNA rantai ganda tersebut dapat dilihat pula dengan orientasi berikut ini
' ' ' ' 5 3 3 5       CGG GTTAA CCGTGACGTC
AATTGCC C GGCACTGCAG dan ' ' ' ' 5 3 3 5       TGTATGCGCA AGGCCTTAA GCGT AATTACATAC TCCGG sehingga I q cxc p v cxc u q cxc p v cxc u  2 ' 2 2 ' 2 1 ' 1 1 ' 1 , , , dan 2 , 1 ; , , ,  n q p v u n n n n merupakan potongan molekul DNA I dengan ggc u  1 ,   c , aatt x  ,   ' c , c gctgcagtgc v  1 , c ggcactgcag p  1 , gcc q  1 dan acgcgtatgt u  2 , ccgga v  2 , tccgg p  2 , acatacgcgt q  2 .
Selanjutnya  akan  dilakukan  penyambungan  molekul  DNA  oleh  enzim ligase  pada  kondisi  kimiawi  tertentu.  Bahasa yang  dihasilkan  oleh didefinisikan sebagai { ̇  }
Akan ditentukan bahasa yang sesuai dengan . Diketahui
I q cxc p v cxc u q cxc p v cxc u  2 ' 2 2 ' 2 1 ' 1 1 ' 1 , , , .
a) Misal pilih salah satu potongan dari molekul pertama yaitu ggc u  1 .
Maka  potongan  dari  molekul  kedua  yang  dapat  disambungkan  dengan 1 u adalah ccgga v  2 atau acatacgcgt q  2 .
L q cxc u q cxc u q cxc p v cxc u   1 ' 2 2 ' 1 1 ' 2 2 ' 1 , , , .
b) Misal pilih salah satu potongan dari molekul pertama yaitu acgcgtatg u  2 .
Maka  potongan  dari  molekul  kedua  yang  dapat  disambungkan  dengan 2 u
adalah c gctgcagtgc v  1 atau gcc q  1 . L q cxc u q cxc u q cxc p v cxc u   2 ' 1 1 ' 2 2 ' 1 1 ' 2 , , ,
Berdasarkan proses uniform splicing system dan uniform splicing language diperoleh molekul DNA baru yaitu
' ' ' ' 5 3 3 5     CT CCGTTAAGGC GA GGCAATTCCG ' ' ' ' 5 3 3 5     ATGCGCA CCGTTAATGT TACGCGT GGCAATTACA dan ' ' ' ' 5 3 3 5     CACGG TTAACGACGT TGCGCATACA

## GTGCC AATTGCTGCA ACGCGTATGT
Jadi,  rekombinasi  molekul  DNA  pada  kasus  gen  pendonor  dan  gen penerima donor dalam dua molekul DNA dengan peran 1 buah enzim restriksi menghasilkan bahasa
  m n m n I q v p u Sq u Sq p Sv u S L m m n n m n m n m n     ; 2 , 1 , ; , , , , , ) (
ii . Rekombinasi Molekul DNA Pada Kasus Gen Pendonor dan Gen Penerima Donor Dalam Satu Molekul DNA Dengan Peran 2 Buah Enzim Restriksi Dengan Pola Pemotongan yang Sama(Lim, et al ., 2011) Misalkan uniformsplicing system dengan {[    ][    ][    ][    ][    ][    ][    ][    ][    ]
[    ][    ][    ][    ][    ][    ][    ][    ][    ]}
dan  enzim  restriksi  yang  digunakan  yaitu Mbo Idan Dpn IIdengan  urutan pemotongan pola kiri 5’,
{    [    ][    ][    ][    ]          [    ][    ][    ][    ]    }
atau dapat ditulis {[    ][    ][    ][    ]  [    ][    ][    ][    ]} .
Jika Mbo I dan Dpn II ditambahkan ke molekul DNA maka diperoleh
Pemotongan molekul DNA rantai ganda tersebut dapat dilihat pula dengan orientasi berikut ini
Sehingga dan merupakan potongan molekul DNA dengan , , , , , dan , , . Selanjutnya  akan  dilakukan  penyambungan  molekul  DNA  oleh  enzim ligase  pada  kondisi  kimiawi  tertentu.  Bahasa yang  dihasilkan  oleh didefinisikan sebagai { ̇  }
Akan ditentukan bahasa yang sesuai dengan . Jika maka . a) karena merupakan  potongan  dari dan maka dapat ditulis = . b) karena maka  dapat  ditulis
.
.
Berdasarkan proses uniform splicing system dan uniform splicing language diperoleh molekul DNA baru yaitu
dan
Jadi,  rekombinasi  molekul  DNA  pada  kasus  gen  pendonor  dan  gen penerima  donor  dalam  satu  molekul  DNA  dengan  peran  2  buah  enzim  restriksi dengan  pola  pemotongan  sama  yang  dihasilkan  oleh didefinisikan  sebagai { ̇  } pada  proses  di  atas  bahasa  yang  dihasilkan  dapat  pula dinyatakan oleh :
{ }
iii. Rekombinasi  Molekul  DNA  Pada  Kasus  Gen  Pendonor  dan  Gen Penerima Donor Dalam Dua Molekul DNA Dengan Peran 2 Buah Enzim Restriksi Dengan Pola Pemotongan yang Sama(Lim, et al ., 2011)
Misalkan   X I I D S , , '   uniform splicing system dengan {[    ][    ][    ][    ][    ][    ][    ][    ][    ] [    ][    ][    ][    ][    ][    ][    ][    ][    ] [    ][    ][    ][    ][    ][    ][    ][    ][    ] [    ][    ][    ][    ][    ][    ][    ][    ][    ]}
dan  enzim  restriksi  yang  digunakan  yaitu Mlu CIdan Tsp 590Idengan  urutan pemotongan pola kiri 5’,
{    [    ][    ][    ][    ]          [    ][    ][    ][    ]    }
atau dapat ditulis {[    ][    ][    ][    ]  [    ][    ][    ][    ]} .
Jika Mlu CI dan Tsp 590I ditambahkan ke molekul DNA I maka diperoleh
' ' ' ' 5 3 3 5       CCTGAGGCTA

## TCACTTAA

## CGAT AATTGGACTC AGTG dan
' ' ' ' 5 3 3 5       GCTG TTAA GGATCCTGAC AATTCGAC CCTAGGACTG
Pemotongan molekul DNA rantai ganda tersebut dapat dilihat pula dengan orientasi berikut ini
' ' ' ' 5 3 3 5       GTGA TTAA TAGCCTCAGG
AATTCACT ATCGGAGTCC dan ' ' ' ' 5 3 3 5       GTCAGGATCC CAGCTTAA TAGG AATTCAGTCC GTCG sehingga I q c cx p v c cx u q c cx p v c cx u  2 ' 2 2 2 ' 2 2 1 ' 1 1 1 ' 1 1 , , , dan 2 , 1 ; , , ,  n q p v u n n n n
merupakan  potongan  molekul  DNA I dengan agtg u  1 ,   c , aatt x  1 ,   ' c , ggactccgat v  1 , atcggagtcc p  1 , cact q  1 dan cctaggactg u  2 , aatt x  2 , cgac v  2 , gtcg p  2 , cagtcctagg q  2 .
Selanjutnya  akan  dilakukan  penyambungan  molekul  DNA  oleh  enzim ligase  pada  kondisi  kimiawi  tertentu.  Bahasa yang  dihasilkan  oleh didefinisikan sebagai { ̇  }
Akan ditentukan bahasa yang sesuai dengan . Diketahui
I q c cx p v c cx u q c cx p v c cx u  2 ' 2 2 2 ' 2 2 1 ' 1 1 1 ' 1 1 , , , .
a) Misal pilih salah satu potongan dari molekul pertama yaitu agtg u  1 .
Maka  potongan  dari  molekul  kedua  yang  dapat  disambungkan  dengan 1 u adalah cgac v  2 atau cagtcctagg q  2
. L q cxc u q cxc u q cxc p v cxc u   1 ' 2 2 ' 1 1 ' 2 2 ' 1 , , , .
b) Misal pilih salah satu potongan dari molekul pertama yaitu cctaggactg u  2 .
Maka  potongan  dari  molekul  kedua  yang  dapat  disambungkan  dengan 2 u adalah ggactccgat v  1 atau cact q  1 . L q cxc u q cxc u q cxc p v cxc u   2 ' 1 1 ' 2 2 ' 1 1 ' 2 , , ,
c) Misal pilih salah satu potongan dari molekul pertama yaitu atcggagtcc p  1 .
Maka  potongan  dari  molekul  kedua  yang  dapat  disambungkan  dengan 1 p adalah cgac v  2 .
L v cxc p v cxc p   1 ' 2 2 ' 1 , ; , , , 2 , 1 ; , ' ' ' ' ' ' I v cxc p q cxc u q cxc p v cxc u n I q cxc p v cxc u m n m n m n m n n n n n      m n  .
Berdasarkan proses uniform splicing system dan uniform splicing language diperoleh molekul DNA baru yaitu
' ' ' ' 5 3 3 5     TG TCACTTAAGC AC AGTGAATTCG ' ' ' ' 5 3 3 5     CAGGATCC TCACTTAAGT GTCCTAGG AGTGAATTCA ' ' ' ' 5 3 3 5     TTAAGCTG TAGCCTCAGG AATTCGAC ATCGGAGTCC dan ' ' ' ' 5 3 3 5     ATCC TTAAGTCAGG TAGCCTCAGG TAGG AATTCAGTCC ATCGGAGTCC
Bahasa yang  dihasilkan  oleh yang  didefinisikan  sebagai
{ ̇  } pada  kasus  gen  pendonor  dan  gen  penerima  donor  dalam  dua molekul DNA dengan peran 2 buah enzim restriksi dengan pola pemotongan yang sama  dapat  dinyatakan  sebagai  bahasa { } dengan dan potongan dari molekul DNA yang berbeda.

## 4. KESIMPULAN
Berdasarkan hasil penelitian terhadap permasalahan rekombinasi molekul DNA, maka dapat ditarik simpulan sebagai berikut.
1. Rekombinasi  molekul  DNA  rantai  ganda  menggunakan uniform  splicing system dan uniform  splicing  language menghasilkan  bahasa ) ( S L yang berbeda-beda bergantung pada penentuan molekul DNA yang mengandung gen pendonor dan penerima donor serta pemilihan enzim restriksi yang terlibat.
2. Rekombinasi molekul DNA dapat dilakukan pada molekul DNA yang memuat potongan molekul DNA yang dapat dikenali oleh suatu enzim restriksi.

## DAFTAR PUSTAKA .
Head,  T, Formal  Language  Theory  and  DNA ,  Bulletin  of  Mathematical  Biology 49 (1987), 737-759.
Lim, S.J., Karimi, F., Sarmin, N.H., dan Fong, W.H., Mathematical Modelling of Some Null-Context and Uniform Splicing System, Journal of Fundamental Sciences, 7 (2) (2011).
Sunthornwata,  R.,  Moorea,  E.J.,  dan  Temtanapat,  Y., Detecting  And  Classifying Mutations  In  Genetic  Code  With  An  Application  To –Thalassaemia , Science Asia, 37 (2011), 51–61.
Watson,  J.  D.,  Tooze,  J.  dan  Kurtz,  D.  T., Recombinant  DNA:  A  Short  Course, Freeman, New York, 1983.
Yuwono, T., Biologi Molekular , Penerbit Erlangga, Yogyakarta, 2005.