## Keragaman  Genetik dan Filogenetik Kepiting Biola (Uca Spp.) di Pesisir Pantai Jailolo, Kabupaten Halmahera Barat

## Abdurrachman Baksir, Nebuchadnezzar Akbar*, Firdaut Ismail
Program Studi Ilmu Kelautan, Fakultas Perikanan Dan Kelautan, Universitas Khairun Jl. Pertamina Kampus II Unkhair Gambesi Kota Ternate Selatan Indonesia Email: nezzarnebuchad@yahoo.co.id

## Abstract

## Genetic and Phylogenetic Diversity of Violin Crab (Uca Spp.) in Jailolo Coastal Coast, West Halmahera Regency
The  types  of  crabs  that  inhabit  coastal  and  mangrove  areas  are  violin  crabs  (Uca  spp.).  The  research  genetic  aspects  is important to be able to explain the current status of crabs. The research location in the villages of Payo (geothermal water area)  and  Tuada  (tourist  sites).  Sampling  was  done  purposively,  namely  the  mangrove  area  that  received  the  flow  of geothermal water sources (Payo Village = 4 samples) and the mangrove area that did not get any influence (Tuada Village = 2 samples). Amplification of Biola crab DNA (Uca Spp.) using primer jgLCO1490 and jgHCO2198 Sequences were analyzed with MEGA5 (Molecular Evolutionary Genetic Analysis) software, genetic distance, DnaSP 4.0 diversity of haplotype (Hd) and nucleotide diversity (π ). and Network 4.6 haplotype distribution. Enviromental parameters collected include (temperature, pH  land,  pH  water,  salinity  and  substrate).  The  results  environmental  parameters  show  that  differences  values    at  two locations.  Identification  species  crab  found  family  Ocypodidae,  genus  Uca  with  species  of  perplexa,  annulipes,  crassipes and  lactea.  The  results  of  genetic  matching  were  found,  similar  to  the  results  of  morphological  identification.  Genetic diversity  was  found  highly  with  nucleotides  and haplotype  varitions. Phylogenetic  reconstruction  of  Uca  Spp  crabs  shows the  kinship  that  occurs  between  species,  although  there  is  a  gap  (gap)  between  different  species  of  location.  Genetic distance  and  Fixation  Index  (Fst)  analysis  which  also  shows  genetic  proximity  between  species  and  strong  genetic  flow between species, despite different locations.
Keyword : Fixation index analysis, genetic diversity, genetic distance

## Abstrak
Jenis  kepiting  yang  mendiami  wilayah  pesisir  dan  mangrove  adalah  kepiting  biola  (Uca  spp.).  Penelitian  tentang  aspek genetik begitu penting untuk dapat menjelaskan status kepiting saat ini. Lokasi penelitian di desa Payo (Daerah sumber air panas bumi) dan Tuada (Lokasi wisata).  Sampling dilakukan secara purposive yaitu  area mangrove yang mendapatkan aliran  sumber  air  panas  bumi  (Desa  Payo  =  4  sampel)  dan  tidak  mendapatkan  pengaruh  (Desa  Tuada  =    2  sampel). Amplifikasi  DNA  kepiting  Biola  (Uca  spp)  menggunakan  primer  jgLCO1490  dan  jgHCO2198  Sekuen  dianalisis  dengan software MEGA5 ( Molecular Evolutionary Genetic Analysis ), jarak genetik, DnaSP 4.0 keanekaragaman haplotype ( Hd ) dan keanekaragaman nukleotida ( π ) dan Network 4.6 distribusi haplotipe. Parameter lingkungan diukur meliputi (suhu, pH air, pH tanah,  salinitas  dan  substrat).  Hasil  pengukuran  parameter  lingkungan  memperlihatkan  perbedaan  nilai  kedua  lokasi. Identifikasi  jenis  kepiting  ditemukan  famili Ocypodidae ,  genus Uca dengan  spesies perplexa,  annulipes,  crassipes dan lactea .. Keragaman genetik sangat tinggi dengan jumlah nukleotida dan haplotipe yang bervariasi. Rekonstruksi filogenetik memperlihatkan  kekerabatan  terjadi  antar  spesies,  meskipun  terdapat  adanya  jarak  ( Gap )  antar  spesies  yang  berbeda lokasi.  Analisis  jarak  genetik  dan  analisis Fixation  Index ( Fst )  yang  juga  memperlihatkan  adanya  kedekatan  genetik  dan aliran genetik yang kuat antar spesies, meskipun berbeda lokasi.
Kata kunci : Analisisi fixation index, Uca, keragaman genetik, jarak genetik

## PENDAHULUAN
Ekosistem  mangrove  tersebar  luas  diwilayah  pesisir  Jailolo.  Tahir et  al. (2017)  menyebutkan bahwa  berdasarkan  hasil  analisis  data  Citra  Alos  Avnir-2  ditemukan  mangrove  yang  terdapat  di Teluk Jailolo adalah 393.77 ha, sebagian besar menyebar disekitar garis pantai bagian Timur Teluk Jailolo,  dengan  kategori  tingkat  kerapatan  sangat  jarang  hingga  lebat.  Akbar et  al. (2015) mengatakan  keberadaan  hutan  mangrove  sangat  penting  untuk  menjaga  keberlangsungan hidup sumberdaya ikan dan juga keberadaan biota disekitar mangrove. Kehadiran ekosistem  ini menyediakan  ruang  dan  habitat  untuk  berbagai  organisme.  Keberadaan  ekosistem  mangrove
memberikan  peluang  hidup  kepiting  biola  untuk  dijadikan  sebagai  tempat  tinggal.  Distribusi mangrove  dan  kepiting  biola  (Uca  Spp.)  juga  berada  pada  wilayah  yang  tidak  mendapatkan pengaruh  sumber  air  panas  bumi.      Hal  ini  dikarenakan  tidak  semua  jenis  kepiting  biola  mampu hidup dan bertahan di berbagai wilayah belahan dunia. Jenis-jenis krustasea sebagai fauna bentik sangat umum ditemukan di wilayah ini dimana jenis dan sebarannya sangat bervariasi (Muniarti, 2010).
Penelitian untuk melihat kondisi kepiting biola (Uca spp.) berdasarkan informasi genetik telah dilakukan  Laurenzano et  al. (2016)  tentang  pola  kontras  keanekaragaman  genetik  clinal  dan potensi kolonisasi pada dua spesies kepiting di Atlantik Barat serta Nehemia  dan Kochzius (2017) tentang  penurunan  keragaman  genetik  dan  perubahan  aliran  gen  dalam  kepiting  biola  akibat degradasi  hutan  mangrove  di  Tanzania.  Namun  informasi  genetik  kepiting  biola  (uca  spp)  di Indonesia  belum  di  tersedia.  Penelitian  tingkat  molekuler  yang  mengkaji  aspek  genetik  begitu penting  untuk  dapat  menjelaskan  status  populasi  saat  ini  (Akbar et  al. ,  2018).  Pengetahuan tentang  struktur  populasi  genetik  penting  untuk  kepentingan  pengelolaan  yang  efektif,  stok sumberdaya dan menentukan kebijakan konservasi (Nishida et al., 1998; Chiang et al., 2006; 2008; Carpenter et al., 2011; Akbar et al., 2014b; Aguila et al., 2015; Jefri et al., 2016 ; Kusuma et al., 2016; Saleky et  al., 2016;  Akbar et  al., 2018).  Perkembangan  ilmu  pengetahuan  dan  teknologi  telah menambah  konsep  penelitian  ekologi,  biologi  menjadi  biologi  molekuler.  Molekuler  memberikan informasi tambahan tentang DNA. Informasi genetik pada kepiting biola (Uca spp.) pada daerah yang  terpengaruh  sumber  air  panas  bumi  dan  tidak  mendapatkan  pengaruh,  belum  dilakukan, sehingga  diperlukan  pendekatan.  Penelitian  ini  bertujuan  untuk  melihat  keragaman  genetik  dan filogenetik Kepiting Biola (Uca Spp.) di Pesisir Pantai Jailolo Kabupaten Halmahera Barat.

## MATERI DAN METODE
Bahan  yang  digunakan  adalah  Kepiting  Biola  (Uca  Spp.)  yang  ditangkap  didaerah  pantai (Desa  Payo  =  4  sampel)  dan  (Desa  Tua  =  2  sampel).  Bahan  lain  yang  digunakan  adalah  etanol 90%, agorosa, kertas sampel, es batu, kiagen, enzim dan ETBR dari Biodiversity Indonesia (Bionesia), Bali.  Peralatan  digunakan  meliputi  mikro  tube,  heating  block  (Fisher  Scientific,  Grant,  USA), centrifuge (Fisher  Scientific,  Grant,  USA),  vortex  mixer  (Fisher  Scientific,  Grant,  USA),  vortex  ginie (Fisher  Scientific,  Grant,  USA),  PCR  mesin  (2720,  Applied  Biosystem),  mesin  ultraviolet  (Thermo scientific, EC 300 XL, USA), oven (700 W, Sanyo)  timbangan, mikro pipet, cool box , pH meter, pH tanah, hand refraktometer, bunsen, dan refrigerator
Penelitian  dilaksanakan  di  desa  Payo  (Daerah  sumber  air  panas  bumi)  dan  Tuada  (Lokasi wisata) Jailolo, Kabupaten Halmahera Barat. Provinsi Maluku Utara. Kegiatan penelitian dilakukan pada wilayah pesisir yang terdapat potensi air panas bumi ( Geothermal ) dan Wisata.
Pengambilan  di  daerah  aliran  sumber  air  panas  bumi  (Desa  Payo  =  4  sampel)  dan  area mangrove  normal  (Desa  Tua  =  2  sampel).  Parameter  lingkungan  perairan  meliputi  suhu,  salinitas, pH  (air  dan  tanah).  Jenis  substrat  diperoleh  berdasarkan  pengamatan  di  lapangan  melalui pengayakan,  diraba  dan  dilihat.  Koleksi  sampel  kepiting  biola  (Uca  Spp)  menggunakan  tangan ( Hand collections ) dengan menggali lubang ( digging ) menggunakkan skop kecil sedalam ± 30 cm (Hasan, 2015). Spesies yang diperoleh difoto dan dimasukkan ke tube berisi etanol 70-99 % (Hasan, 2015;  Nehemia  dan  Kochzius,  2017  ;  Akbar et  al., 2018  ).  Penambahan  data  sekuens  DNA mitokondrial  kepiting  Biola  (Uca  Spp.)  dari  wilayah  lain  untuk  dijadikan  sebagai  pembanding (sekunder).  Data  sekuens  di  unduh  dari GenBank dengan accession  number keperluan pembanding (sekunder).
Ekstraksi sampel dilakukan dengan menggunakan DNeasy Blood & Tissue Kit . Jaringan sampel diambil sebanyak +  25 mg dengan menggunakan pinset dan dimasukkan ke dalam tube  1,5ml. Amplifikasi  atau  perbanyakan  DNA  dilakukan  dengan  metode  PCR  ( polymerase  hain  reaction ). Sampel  hasil  ektraksi  diamplifikasi  pada  lokus  COI  (sitokrom  oksidase  I)  dengan  metode  Gold
(Bioline).  Parameter  yang  digunakan  dalam  metode  ini  adalah  sebagai  berikut  :  pre-denaturasi pada suhu 94 o C selama 3 menit, denaturasi pada suhu 94 o C selama 30 detik, annealing pada suhu 50 o C  selama  30  detik,  dan extension pada  suhu  72 o C  selama  1  menit,  dan  final  extension  pada suhu  72 o C  selama  2  menit,  dan  proses  PCR  ini  (denaturasi,  anneling  dan  extension)  diulang sebanyak  38  siklus  (Barber et  al. ,  2006).  Amplifikasi  digunakan  dua  primer,  yaitu  primer  depan ( forward )  jgLCO1490  dengan  urutan  nukleotida  sebagai  berikut  TITCIACIAAYCAYAARGAYATTGG dan  primer  belakang  ( reverse )  jgHCO2198  dengan  urutan  nukleotida  sebagai  berikut TAIACYTCIGGRTGICCRAARAAYCA  (Geller et  al., 2013).  Hasil  PCR  yang  telah  berhasil  dilakukan analisis sekuensing dengan metode Sanger et al. (1977) untuk mendapatkan urutan pasang basah sekuen.
Sekuen  control  region  mtDNA  dianalisis  menggunakan  empat  aplikasi  yaitu  MEGA5  dan  X ( Molecular Evolutionary Genetic Analysis ) (Tamura et al., 2011; Kumar et al., 2018) untuk penjeran sekuen  DNA,  DnaSP  4.0  (Rozas et  al., 2003)  digunakan  untuk  mengetahui  keanekaragaman haplotype  ( Hd )  (Nei,  1987),  keanekaragaman  nukleotida  ( π )  dan  Network  4.6  digunakan  untuk rekonstruksi sebaran haplotipe yang ditemukan.

## HASIL DAN PEMBAHASAN
Kehidupan  biota  laut  sangat  dipengaruhi  kondisi  lingkungan  disekitar  habitat,  sehingga parameter  lingkungan  menjadi  faktor  pembatasan  utama  kehidupan  biota  laut.  Rahayu et  al. (2018) mengatakan bahwa faktor fisika kimia lingkungan merupakan parameter lingkungan yang mempengaruhi  kehidupan  kepiting  biola  ( Uca spp.).  Hasil  pengukuran  memperlihatkan  bahwa terdapat  perbedaan  nilai  yang  ditemukan  terhadap  parameter  lingkungan  fisika-kimia  pada kedua lokasi (Tabel 1).  Perbedaan ini diakibatkan pada lokasi desa Payo memiliki ciri lingkungan yang  lebih  ekstrim,  kepiting  uca  spp  hidup  di  daerah  yang  dipengaruhi  sumber  aliran  air  panas bumi  ( Geothermal  water ).  Aliran  air  panas  bumi  adalah  air  tawar  yang  masuk  ke  daerah mangrove  dengan  sumber  dari  mata  air  alami yang  keluar  dari  lubang  dalam  tanah.  Kondisi  ini mempengaruhi  suhu  lingkungan  hidup  kepiting  uca  spp,  dimana  ditemukan  suhu  air  51 o C,  suhu tanah 54 o C, salinitas 0 % o , pH air 6.1 dan pH tanah 7 (Tabel 1).

## Tabel 1. Parameter Lingkungan di Lokasi Penelitian
Parameter Lingkungan Substrat Lokasi Suhu Air ( o C)  Suhu Tanah ( o C)  Salinitas (% o )  pH Air pH Tanah 51 54 0 6.1 7 Tanah Liat Desa Payo 29 20 27 7 6.7 Pasir Berlumpur  Desa Tuada
Suhu  tanah  yang  diukur  pada  liang  bioturbasi  kepiting uca  spp memiliki  suhu  yang  lebih tinggi  dibandingkan  dengan  suhu  air  panas  yang  mengalir  diatas  permukaan.  Kondisi  ini dimungkinkan akibat kondisi liang yang sempit dengan sirkulasi udara yang sedikit, sehingga suhu air  yang  masuk  menjadi  bertambah  dan  meningkatkan  suhu  tanah.  Suhu  lingkungan  yang ditemukan  ini  lebih  panas  jika  dibandingkan  yang  dilaporkan  Natania et  al. (2017)  yang menemukan  suhu  lingkungan  kepiting  uca  spp  yakni  25-30 o C  di  ekosistem  mangrove  desa Kahyapu Pulau Enggano. Nilai salinitas yang diperoleh juga berbeda yang ditemukan pada lokasi lain.  Rahayu et  al. (2018)  di  kawasan  mangrove  Kabupaten  Purworejo  Jawa  Tengah  dengan kisaran  nilai  3-9  % o .  Hal  ini  menunjukan  bahwa  salinitas  yang  rendah  masih  dapat  mendukung kehidupan  dikarenakan  dapat  mentolerir  kadar  salinita  yang  tidak  normal.  Rahayu et  al. (2018) menyatakan  kisaran  tersebut  masih  dalam  kisaran  oligohalin  (0,5-5  ppt)  sampai  mesohalin  (5-18 ppt)  dan  masih  dapat  mendukung  kehidupan  krustasea.  Nilai  pH  tanah  dan  air  yang  diperoleh berdasarkan hasil pengukuran, menunjukan bahwa kepiting uca spp hidup pada kondisi  pH yang normal. Hasil penelitian yang sama juga dilaporkan  Supraygogi et al. (2014) dimana ditemukan pH tanah 6.1 sedangkan Krisnawati et al (2018) menemukan pH air dengan nilai 7.25-7.49. Rahayu et al. (2018)  mengatakan  bahwa  derajat  keasaman  (pH)  di  perairan  6-7  masih  dalam  batasan normal untuk kehidupan biota air laut termasuk kepiting biola.
Hasil  pengukuran  parameter  lingkungan  di  desa  Tuada  menemukan  bahwa  keseluruhan parameter lingkungan masih dalam kondisi normal (Tabel 1). Hasil pengkuran diperoleh nilai suhu air 29 o C, suhu tanah 20 o C, salinitas 27 % o , pH air 7 dan pH tanah 6.7 (Tabel 1). Kondisi normal yang ditemukan  ini  dikarenakan  lokasi  ini  tidak  ditemukan  sumber  air  panas  yang  mengalir  ke  arah mangrove dan laut. Habitat kepiting uca spp pada lokasi ini sangat dipengaruhi perairan air laut melalui  intrusi,  pasang  surut  dan  gelombang  yang  menjulur  ke  arah  daratan.  Suhu  air  laut  yang diperoleh,  mirip  dengan  Rahayu et  al. (2018)  dengan  kisaran  26-28 o C.  Hal  ini  menunjukkan  suhu yang terdapat pada semua lokasi tersebut masih berada dalam batas toleransi organisme akuatik (Pertiwi et  al. ,  2015).  Nilai  salinitas  berdasarkan  hasil  pengukuran  menunjukkan  bahwa  kondisi perairan  masih  normal  dan  mendukung  keberadaan  biota.  Budiman et  al. (2014)  mengatakan bahwa  kadar  salinitas  yang  normal  32-34  % o .  Hasil  penelitian  ini  mirip  dengan  yang  ditemukan Rahayu et  al. (2018)  dengan  kadar  salinitas  26-30% o .  Natania et  al. (2017)  menyatakan  bahwa salinitas  merupakan  parameter  lingkungan  yang  mempengaruhi  proses  biologi  dan  secara langsung  mempengaruhi  kehidupan  organisme  termasuk  kepiting  biola  ( Uca spp.).  Hasil pengukuran  pH  air  dengan  nilai  7  ,  hal  ini  menjukan  bahwa  kondisi  perairan  sekitar  masih  sesuai untuk  pertumbuhan  kepiting  uca  spp.  Laporan  Rahayu et  al. (2018)  menemukan  nilai  pH  yang mirip yakni dengan kisaran 6-8 dan Hidayat (2011) memperoleh nilai pH dengan nilai 7.2. Natania et  al. (2017)  mengatakan  bahwa  derajat  keasaman  (pH)  mempengaruhi  tingkat  kesuburan perairan karena mempengaruhi kehidupan jasad renik. Nilai pH ditemukan lebih rendah dengan pH perairan yaitu 6.7, namun masih menggambarkan bahwa liang bioturbasi kepiting uca bersifat basa.
Perbedaan  hasil  yang  ditemukan  diakibatkan  kondisi  lingkungan  pada  lokasi  penelitian berbeda,  dimana  pada  lokasi  lain  tidak  ditemukan  pengaruh  lingkungan  air  panas  bumi ( Geothermal  water ).  Kondisi  suhu  air  dan  liang  bioturbasi  yang  tinggi  di  desa  Payo  dapat mempengaruhi  pertumbuhan  dan  bentuk  morfologi  kepiting  uca  spp  yang  relatif  lebih  kecil, namun tidak mengakibatkan kematian ataupun reproduksi. Keadaan berbeda di temukan di sesa Tuada, dimana perairan dan kondisi parameter lingkungan yang normal, dikarenakan daerah ini
tidak  dipengaruhi  proses  geothermal  water.  Keadaan  anomali  pada  kedua  daerah  tseperti  ini dapat  mempengaruhi  aspek  genetik  dari  individu.  Perbedaan  genetik  yang  ditimbulkan mengakibatkan  bisa  menimbulkan  disppersi  genetik  antar  populasi.  Sukmawati et  al. (2016) mengatakan bahwa suhu lingkungan telah lama diketahui sebagai salah satu faktor abiotik  yang berperan besar dalam kehidupan
Determinasi  kepiting  Uca  Spp  secara  genetik  melalui Basic  Local  Alignment  Search  Tool ( BLAST )  ditemukan  spesies  4  spesies  di  desa  Payo  dan  2  spesies  pada  desa  Tuada  (Tabel  5). Keseluruhan  sampel  genetik  memperlihatkan  tingkat  kemiripan  diantara  97-100  %  (Tabel  2).  Hasil pencocokan  genetik  yang  ditemukan,  mirip  dengan  hasil  identifikasi  secara  morfologi.  Hal  ini menunjukan determinasi genetik dapat mengklarifikasi hasil penemuan secara morfologi dengan tingkat keakuratan yang sama. Shih et al. (2016) menemukan bahwa identifikasi morfologi kepiting Uca  Spp  ditemukan  terdapat  kesamaan  antara  spesies  didalam  populasi.  Sejauh  ini  pengkajian untuk  melihat  struktur  populasi  dilakukan  dengan  metode  konvensional  melalui  pendekatan morfologi dan meristik (Akbar et al., 2014).  Shih et al. (2009) mengatakan bahwa untuk menjawab permasalahan taksonomi, maka tidak hanya digunakan pengukuran tradisional secara morfologi tatapi  juga  diperkuat  melalui  analisis  DNA.  Pertiwi et  al. (2015)  mengatakan  bahwa  sulitnya identifikasi  spesies  secara  morfologi,  oleh  karena  itu  diperlukan  adanya  identifikasi  secara molekular untuk mendukung identifikasi spesies.
Amplifikasi dan penjejaran ( alignment ) DNA yang dilakukan pada 6 sampel kepiting Uca Spp di  daerah  lokus cytochrome  oxidase  I (COI)  ditemukan  596  panjang  basa  ( base  pairs )  (Tabel  2). Panjang fragmen DNA kepiting Uca Spp yang diperoleh mirip yang ditemukan Shih et al. (2009) di barat  laut  Samudera  Hindia  yaitu  540  bp,  Aoki  dan  Wada  (2013)  yaitu  504  bp  di  daerah  barat pasifik, Laurenzano et al. (2016) yaitu 825 bp di Barat Atlantik, Nehemia dan Kochzius (2017) yakni 674 bp di pesisir Tanzania dan Shih et al. (2015) di laut Arabian yakni 548 bp (Tabel 2). Panjang basa (bp) yang berbeda ditemukan Amaral et al. (2015) yakni 710 bp di daerah pusat Atlantik tengah. Perbedaan  panjang  fragment  yang  ditemukan  karena  perbedaan  kualitas  sampel  DNA  dan jumlah  sampel  yang  dikumpulkan,  namun  tidak  menunjukkan  adanya  pengaruh  terhadap  hasil analisis sekuens (Akbar et al., 2014;Jefri et al., 2015). Faktor perbedaan panjang fragmen DNA yang ditemukan juga diakibatkan penggunaan primer yang berbeda, hal  ini dikarenakan penggunaan primer dan penempatan daerah yang akan di amplifikasi disesuaikan dengan tujuan penelitian.
Proses  pembuktian  secara  genetik  diperlukan  untuk  mengklarifikasikan  tahapan  klasifikasi ataupun  identifikasi  secara  morfologi.  Hal  ini  dikarenakan  perbedaan  genetik  dapat  menjawab perbedaan dan kesamaan secara morfologi. Perbedaan habitat dapat menimbulkan perbedaan fenotip  setiap  individu.  Kemiripan  hasil  identifikasi  secara  genetik,  menjelaskan  bahwa  proses identifikasi  morfologi  telah  dilakukan  dengan  benar.  Meskipun  dalam  proses  identifikasi  genetik perlu  suatu  pendekatan  secara  fenotip.  Hal  ini  dikarenakan  kemiripan  secara  morfologi  antar spesies kepiting uca cukup tinggi. Shih et al. (2009) mengatakan bahwa kemiripan morfologi dari kepiting  uca  Spp  dikarenakan  keaslian  deskripsi  dari  variasi  salah  satu  dari  mereka  atau  kondisi alami yang terjadi sejak subspesies terdahulu.

## Tabel 2. Hasil Identifikasi Spesies Menggunakan BLAST
Kode Identifikasi Desa Base pairs (bp) Genetik Per. Ident (%) 1 Uca Annulipes 98 Payo 596 2 Uca crassipes 98 3 Uca Lactea 97 4 Uca perplexa 100 5 Uca Annulipes 98 Tuada 6 Uca perplexa 98

## Tabel 3. Sampel, Jumlah Sampel, Base Pair. Lokasi dan Sumber
Sampel Jumlah sampel Base pairs (bp) Lokasi Sumber Kepiting Uca Spp 6 596 Jailolo, Kabupaten Halmahera Barat  Hasil Penelitian, 2019 20 113 Samudera Hindia Shih et al. , 2009 113 504 Barat Pasifik Aoki dan Wada, 2013 138 674 Pesisir Tanzania Nehemia dan Kochzius, 2017 24 548 Laut Arabian Shih et al. , 2015 80 825 Barat Atlantik Laurenzano et al. , 2016
Identifikasi  spesies  secara  genetik  juga  menjelaskan  bahwa  tidak  terdapat  penyimpangan secara genetik, hal ini membuktikan bahwa proses amplifikasi DNA dilakukan dengan benar dan sekuen  DNA  tidak  terkontaminasi  dengan  genetik  organisme  lain.  Penggunaan cytochrome oxidase I (COI) dikarenakan daerah ini merupakan salah satu lokus mitokondria yang juga disebut DNA  Barcoding.  Hasil  amplifikasi  menunjukan  bahwa  penggunaan  COI  dapat  digunakan  untuk keperluan identifikasi kepiting Uca Spp. Pertiwi et al. (2015) menjelaskan bahwa sulitnya amplifikasi lokus COI pada beberapa organisme, menyebabkan digunakannya lokus lain baik pada DNA inti maupun  DNA  mitokondria  untuk  identifikasi  spesies  secara  genetik.  Penelitian  terdahulu  dengan menggunakan  COI  dalam  identifikasi  kepiting  Uca  Spp  telah  dilakukan  Shih et  al. (2009)  dalam mengungkapkan  fakta  genetik  pada  dua  spesies  kepiting  Uca  yakni  Uca  iranica  dan  Uca albinama di barat laut samudera India,  Shih et al. (2015) untuk  melihat populasi  genetik kepiting Uca sindensis dari laut Arabian dan Nehemia dan Konhzius (2017) dalam melihat degradasi genetik kepiting pada daerah mangrove yang terdegradasi di Tanzania.
Keragaman  genetik  ditemukan  sangat  tinggi  dengan  jumlah  nukleotida  yang  bervariasi (Tabel 4 dan 5). Keragaman haplotipe ( Hd ) pada sampel tiap lokasi memperlihatkan bahwa Payo memiliki nilai keragaman genetik 0,833 dengan keragaman  nukleotida  0,109 dan  Tuada dengan keragaman  genetik  1,00  dan  nukleotida  0,735  (Tabel  6).  Keseluruhan  keragaman  genetik  pada kedua lokasi ditemukan dengan nilai 0,867 dan nukloetida yakni 0,094 (Tabel 6). Nilai keragaman genetik  kepting  Uca  Spp  pada  lokasi  Tuada  lebih  tinggi  dibandingkan  pada  daerah  Payo. Rendahnya  genetik  kepiting  uca  Spp  pada  lokasi  Payo  diduga  diakibatkan  pengaruh  aliran sumber  air  panas  bumi  yang  masuk  ke  habitat.  Aliran  ini  dapat  mengakibatkan  perubahan genetik.  Nehemia  dan  Kochzius  (2017)  mengatakan  bahwa  kondisi  lingkungan  dapat mengakibatkan  aliran  dan  keragaman  genetik  suatu  populasi  berkurang.  Kondisi  habitat  yang berbeda  diantara  kedua  lokasi,  memberikan  pengaruh  terhadap  keragaman  genetik.  Meskipun demikian  kesuluruhan  nilai  keragaman  genetik  kepiting  uca  Spp  sangat  tinggi.  Shih et  al. (2015) kepiting  biola  terlihat  bersosialisasi  pada  lingkungan  bersuhu  tinggi,  karena  memiliki  kemampuan beradaptasi pada variasi suhu dan salinitas yang lebar. Keragaman yang tinggi didukung dengan jumlah  haplotipe  yang  bervariasi,  dimana  jumlah  haplotipe  ditemukan  4  yang  terdistribusi  2 haplotipe spesifik dan 4 haplotipe bercampur pada setiap sampel (Tabel 5 dan Gambar 2).
Berdasarkan  kriteria  keragaman  genetik  (Nei,1987),  maka  hasil  penelitian  yang  ditemukan memberikan gambaran bahwa kepiting Uca Spp masih dalam kondisi baik. Tingginya keragaman genetik yang ditemukan memberikan gambaran bahwa kepiting uca Spp masih dapat bertahan hidup pada kondisi lingkungan apapun. Penyesuaian kepiting Uca spp dengan kondisi lingkungan telah dilakukan dengan waktu yang lama, sehingga proses ovolusi secara genetik dan morfologi telah  terbentuk.  Akbar  dan  Labenua  (2018)  mengatakan  bahwa  tingginya  nilai  keragaman genetik  menyimpulkan  bahwa  populasi  masih  dalam  kondisi  baik,  tingginya  peluang  bertahan hidup  dan  mampu  beradaptasi  terhadap  gangguan  kualitas  lingkungan.  Faulks et  al. (2011) mengatakan  kekayaan  genetik  alel  dan  keragaman  genetik  adalah  indikator  proses  adaptasi yang panjang dan daya tahan spesies terhadap habitat. Abbas et al. (2016) menemukan kepiting sangat bergantung pada habitat sekitar termasuk relung tempat tinggal yang sempit.

## Tabel 4. Keragaman Genetik Kepiting Uca spp.
Lokasi n H n H d π Base Pairs Payo 4 3 0,833 0,109 596 Tuada 2 2 1,00 0,735 Keseluruhan 6 4 0,867 0,094
Tabel 5. Distribusi Haplotipe Kepiting Uca spp No Haplotipe ( Hd ) 1 Hap_1: 1  [Uca Annulipes(Payo)]
2 Hap_2: 2  [Uca crassipes (Payo) ; Uca perplexa (Tuada)]
3 Hap_3: 1  [Uca lactea (Payo)]
4 Hap_4: 2  [Uca Lactea (Bobo) ; Uca perplexa (Payo)]
Gambar  2. Distribusi Haplotipe Kepiting Uca Spp (H_1 = Uca Annulipes(Payo), H_2 = Uca crassipes (Payo) ; Uca perplexa (Tuada), H_3 = Uca lactea (Payo) dan H_4 = Uca Lactea (Bobo) ; Uca perplexa (Payo)
Nilai  keragaman genetik kepiting Uca Spp yang tinggi juga dilaporkan Shih et al. (2015) yang memperoleh nilai dengan dengan primer 16S (h = 0,380),  COI (h = 0.63 dan  primer CR (h = 0.996) di darah laut Arabian, Aoki dan Wada (2013) yang menemukan keragaman genetik populasi (h = 0,871)  di  Okinawa-jima  dan  populasi  Vietnamese  (h  =  1,000)  dan  Laurenzano et  al. (2016) keragaman  genetik  kepiting  di  daerah  Barat  Atlantik  dengan  nilai  (h=0,1-945)  (Tabel  6).    Isolasi genetik akibat perbedaan geografis memberikan perbedaan terhadap variasi dan aliran genetik antara  populasi.  Hampton et  al. (2014)  mengatakan  bahwa  isolasi  akibat  batasan  geografis meningkatkan  divergensi  genetik  dan  morfologi  antara  populasi.  Tingginya  keragaman  genetik dimungkinkan akibat tingginya pola migrasi populasi kepiting. Sifat migrasi kepiting mengakibatkan terjadinya  pertemuan  antar  populasi,  sehingga  menciptakan  perkawinan.  Perkawinan  antar populasi  yang  berbeda  wilayah  memunculkan  variasi  genetik  yang  tinggi.  Akbar et  al. (2014); Akbar dan Labenua (2018d) mengatakan distribusi secara global dan kemampuan migrasi tinggi memberikan  peluang  pencampuran  dan  aliran  genetik  signifikan  antar  populasi,  sehingga memberikan  peningkatan  terhadap  polmorfisme  di  dalam  dan  antar  populasi.  Wolfrath  (1993) mengatakan  bahwa  kepiting  jenis  Uca  Spp  memiliki  tingkat  migrasi  yang  luas  dengan  perkiraan jauh > 500 meter. Pergerakan migrasi kepiting Uca tangeri diketahui melakukan migrasi besar saat bulan  Agustus-Oktober  di  pesisir  pantai  Eropa  (Wolfrath,  1993).  Simith et  al. (2012)  mengatakan bahwa  kepiting  melakukan  ontogenetik  migrasi  sejak  masuk  dalam  fase  anak  hingga  dewasa untuk kegiatan mencari makan, habitat baru hingga kawin. Proses  ontogenetik migrasi  diketahui dilakukan  kepiting Uca  vocator pada  daerah  Estuaria  bersalinitas  tinggi  hingga  netral  untuk memelihara dan mendewasakan larva (Simith et al., 2012).
Rekonstruksi  filogenetik  kepiting  Uca  Spp  memperlihatkan  kekerabatan  yang  terjadi  antar spesies,  meskipun  terdapat  adanya  jarak  ( Gap )  antar  spesies  yang  berbeda  lokasi  (Gambar  3). Pohon  filogenetik  yang  ditemukan  mendukung  hasil  identifikasi  morfologi  kepiting  Uca  Spp. Identifikasi spesies kepiting Uca secara morfologi, ditemukan terdapat perbedaan bentuk secara morfologi. Hal ini memperlihatkan bahwa terdapat beberapa spesies yang ditangkap di dua lokasi yang  berbeda.  Analisis  filogenetik  menggunakan  metode Neighbor-joining  (Kimura  2-parameter model) ditemukan tidak terdapat tiga clade yakni pertama adalah clade yang berisi kepiting Uca dari dua lokasi (Payo dan Tuada) dengan jenis kepiting Uca annulipes (Tuada), perplexa (Tuada), annulipes (Payo),  kedua  berisikan  satu  jenis  kepiting  uca  yaitu Uca crassipes (Payo)  dan  Ketiga terdapat  dua  jenis  kepiting  yakni Uca  lactea dan perplexa (Payo)  (Gambar  3).    Pohon  filogeni yang  dibuat  ditemukan  nilai bootstraps yang  cukup  tinggi  pada  setiap  percabangan.  Tingginya nilai  menjelaskan  bahwa  pohon  kekerabatan  yang  dibangun  memiliki  tingkat  keakuratan  cukup baik.  Nilai bootstraps yang  ditemukan  berkisar  antara  54-100%.  Hasil  rekonstuksi  filogeni menyimpulkan  bahwa  kepiting  Uca  Spp  merupakan  populasi  panmiksi,  sehingga  ditemukan perbedaan genetik yang rendah antar spesies. Aris dan Akbar (2018) melaporkan bahwa pohon filogenetik dapat menjelaskan status genetik suatu populasi.
Tabel 6 . Perbandingan Keanekaragaman Genetik dengan Lokasi Lain
Lokasi n H n H d Π Base Pairs (bp) Sumber Jailolo 596 Hasil Penelitian,2019 Payo 4 3 0,833 0,109 Tuada 2 2 1,00 0,735 Keseluruhan 10 10 0,867 0,094 Laut Arabian 548 Shih et al. , 2015 Inside dan Outaside Teluk 24 6 0,380 (16S Primer) 0,076 24 5 0,630 (COI Primer)  0,130 24 23 0,996 (CR Primer) 1,352 Barat Pasifik 504 Aoki dan Wada, 2013 Okinawa-Jima 29 14 0,871 0,0034 Vietnamese 11 11 1,00 0,0603 Barat Atlantik 825 Laurenzano et al. , 2016 Jamaica 20 2 0,1 - Dominican Republik 7 3 0,524 - Suriname 5 2 0,4 - Cuba 14 1 <0,001 - Venezuela 10 2 0,2 - Brazil (Para State) 11 9 0,945 - Brazil (Sao Paulo) 13 8 0,885 -
Tabel 7 . Jarak Genetik Antar Lokasi Kepiting Uca Spp
Jarak Genetik Lokasi Tuada Tuada Dalam Populasi Payo 0,128 - Tuada - 0,025 Antar Populasi Payo - - Tuada 0,021 -

## Tabel 8 . Analisis Fst Kepiting Uca Spp
Lokasi Payo Tuada Payo - - Tuada 0.893 - Tabel 9. Jarak Genetik Antara Spesies Kepiting Uca
Lokasi Spesies Uca Annulipes Uca crassipes Uca Lactea Uca perplexa Uca Annulipes Uca perplexa HM590866.1 Scylla serrata Desa Payo Uca Annulipes - - - - - - - Uca crassipes 0,153 - - - - - - Uca Lactea 0,144 0,163 - - - - - Uca perplexa 0,144 0,163 0,121 - - - - Desa Tuada Uca Annulipes 0,010 0,153 0,140 0,140 - - - Uca perplexa 0,010 0,153 0,013 0,140 0,111 - - Out Group HM590866.1 Scylla serrata 0,204 0,210 0,192 0,192 0,204 0,191 -
Gambar  3 . Rekonstruksi Filogenetik Kepiting Uca Spp
Pembentukan clade diduga akibat perbedaan genetik antar spesies yang diakibatkan letak geografis  yang  berjauhan.  Faktor  geologi,  kimia  dan  fisika  lingkungan  mengakibatkan  adanya divergensi  genetik  diantara  lokasi.  Proses  isolasi  yang  panjang  dan  dalam  kondisi  yang  rumit mengakibatkan  adanya  jarak  genetik  antar  spesies.  Habitat  kepiting  Uca  Spp  di  daerah  Tuada merupakan  daerah  pesisir  dengan  kondisi  normal  dan  alami,  sedangkan  kepiting  Uca  Spp  yang ditemukan  di  daeah  Payo,  memiliki  kondisi  lingkungan  yang  dipengaruhi  aliran  air  panas  bumi yang mengalir ke arah laut. Aliran panas bumi berasal dari bawah tanah dan kemudian muncul dan membentuk badan serta aliran air. Kondisi habitat yang kompleks mengakibatkan terjadinya diferensiasi  genetik  kecil  pada  spesies  Uca  Spp.  Meskipun  terdapat  jenis  uca annluipes yang ditemukan pada daerah payo, masuk ke dalam clade pertama yang didominasi spesies Uca  sp
dari  daerah  Tuada.  Proses  isolasi  yang  panjang  mengakibatkan  terjadinya  pergeseran  genetik pada kepiting Uca Crassipess , sehingga membentuk clade ke dua. Secara keseluruhan rekonstruksi filogenetik menunjukan bahwa antar spesies memiliki kedekatan genetik  meskipun berbeda lokasi. Akbar et  al. (2018a)  mengatakan  bahwa  hal  ini  mengindikasikan  bahwa  populasi  adalah  satu keturunan, sehingga mengakibatkan kedua populasi ini menjadi mirip secara genetik.
Pohon  filogenetik  yang  ditemukan  mirip  dengan  penelitian  Shih et  al (2009)  di  barat  daya samudera  Hindia,  dimana  rekonstruksi  filogeni  memperlihatkan  terdapat  clade  berisi  spesies  Uca yang  sama  dari  berbagai  lokasi,  Hampton et  al. (2014)  memperoleh  pohon  filogeni  dengan subdivisi  setiap  spesies  di  lokasi  Pesisir  pantai  Brazil  dan  Shih et  al. (2015)  di  laut  Arabian  yang memperlihatkan bahwa terdapat subdivisi pada setiap spesies Uca Spp. Filogenetik jenis kepiting lain telah dilakukan Schubart dan Koller (2005) pada kepiting air tawar (Brachyura : Sesarmide) di Jamaika yang menemukan bahwa terjadi pencampuran spesies pada clade yang terbentuk dari sampel  dengan  lokasi  berbeda  dan  Amaral et  al (2016)  pada  spesies  kepiting  pasir  biru ( Cardisoma guanhumi ) di Atlantik tengah bagian barat, dimana hasil penelitian diperoleh subdivisi antar  spesies  bercampur  pada  clade.  Hampton et  al. (2014)  mengatakan  perbedaan  diantara clade disebabkan jarak intraokular dan bentuk karapas setiap indivisu kepiting Uca Spp. Kim et al. (2013) mengatakan informasi  morfologi dan ekologi mendukung pembuktian pohon filogeni dan dijadikan sebagai langkah preventif dalam kesalahan analisis DNA.
Rekonstruksi pohon filogenetik didukung hasil analisis jarak genetik dan analisis Fixation Index ( Fst )  yang  juga  memperlihatkan  adanya  kedekatan  genetik  antar  spesies  (Tabel  7,8  dan  9). Kedekatan  genetik  kepiting  Uca  Spp  juga  diperlihatkan  kedua  lokasi  sampling,  meskipun  secara geografis berjauhan (Tabel 7). Kedekatan genetik memperlihatkan bahwa kedua populasi kepiting Uca  Spp  memiliki  kemiripan  genetik.  Aliran  genetik  dapat terjadi,  diakibatkan  fenomena  geologi masa  lampau.  Kondisi  lingkungan  yang  berbeda  diantara  kedua  lokasi  (Payo  dan  Tuada)  tidak memperlihatkan  adanya  pembatasan,  meskipun  terdapat  jenis  kepiting  Uca  perplexa  yang berasal  dari  Tuada,  memiliki  perbedaan  divergensi  genetik.  Keseluruhan  analisis  genetik menunjukkan  bahwa  terjadi  kedekatan  genetik  antar  spesies  meskipun  berbeda  lokasi.    Analisis Fixation Index ( Fst ) menunjukkan bahwa terdapat aliran genetik yang kuat antar spesies, meskipun berbeda  lokasi  (Tabel  8).  Akbar  dan  Aris  (2018)  mengatakan  bahwa    genetik  yang  terhubung antar  lain  menunjukan  bahwa  semua  populasi  berkerabat  dekat.  Kedekatan  hubungan kekerabatan  antar  populasi  mungkin  disebabkan  karena  antar  populasi  mempunyai  asal  usul induk  yang  sama  dan  hubungan  kedekatan  genetik  (Kusuma et  al. 2016;  Akbar  dan  Aris,  2018). Kusuma et  al. (2016)  mengatakan  bahwa  topografi  memiliki  peran  penting  terhadap  tinggi  dan rendah jarak genetik.  Saleky et al. (2016) mengatakan bahwa aliran genetik dan isolasi geografis disebabkan jarak geografis dan kompleksitas lingkungan.
Penelitian terdahulu yang dilakukan Lu et al. (1997) menemukan tiga populasi kepiting Uca Spp di Barat Taiwan memiliki kedekatan genetik yang kuat dengan populasi dari Yilan. Shih et al. (2015)  memperlihatkan  bahwa    terjadi  aliran  genetik  lemah  antar  populasi  diakibat  adanya penghalang ( Barrier ) diantara wilayah. Perbedaan dan kesamaan genetik juga dilaporkan Yuhara et  al. (2014)  pada  populasi  kepiting  lokal  Clistocoeloma  sinense  di  Jepang.  Tinggi  rendah kedekatan  dan  aliran  genetik  disebabkan  faktor  genetik  masa  lalu,  geologi  yang  terjadi  masa lampau  dan  perubahan  lingkungan  habitat.  Keseluruhan  faktor  tersebut  mengakibatkan  proses evolusi  yang  panjang  pada  setiap  organisme.  Muniarti  (2010)  menemukan  pola  dominansi  capit merupakan  faktor  genetik  namun  dalam  beberapa  kasus  dapat  dipengaruhi  oleh  faktor lingkungan seperti predasi dan persaingan dalam populasi.

## KESIMPULAN
Identifikasi  spesies  kepiting  Uca  Spp  secara  genetik  dapat  digunakan  untuk  mengklarifikasi proses  identifikasi  mofologi.  Keragaman  genetik  tinggi  pada  kepiting  Uca  Spp  di  kedua  lokasi sampling,  sehingga  menunjukkan  bahwa  populasi  dalam  kondisi  baik.  Analisis  jarak  genetik  dan
fixation  index  (Fst) ditemukan  tinggi  antar  spesies,  dengan  demikian  dapat  dikatakan  bahwa secara genetik sangat dekat.

## UCAPAN TERIMAKASIH
Penulis  mengucapkan  terima  kasih  kepada  program  pascasarjana  Universitas  Khairun, Ternate yang telah memberikan dukungan melalui hibah dana penelitian tahun 2019, pemerintah daerah terkuhusnya kepala Desa Payo yang telah memberikan ijin melaksanakan penelitian, serta laboratorium Biodiversity Indonesia (Bionesia).

## DAFTAR PUSTAKA
Abbas,  E.M.,  Abdelsalam,  K.M.,  Geba,  K.M.,  Ahmed,  H.O.,  &  Kato,  M.  (2016).  Genetic  and morphological  identification  of  some  crabs  from  the  Gulf  of  Suez,  Northern  Red  Sea,  Egypt. Egyptian Journal of Aquatic Research, 42, 319 – 329.  doi: 10.1016/j.ejar.2016.08.003
Aguila, R.D., Perez, S.K.L., Catacutan, B.J.N., Lopez, G.V., Barut, N.C. & Santos, M.D. (2015). Distinct Yellowfin  Tuna  (Thunnus  albacares)  Stocks  Detected  in  Western  and  Central  Pacific  Ocean (WCPO)  Using  DNA  Microsatellites. Journal  Plos  One, 10(9),  1-14p.    doi:  10.1371/journal.pone. 0138292
Akbar,  N.,  Zamani,  N.P.,  &  Madduppa,  H.H.  (2014).  Genetic  diversity  of  yellowfin  tuna  ( Thunnus albacares ) from two populations in the Moluccas Sea, Indonesia. Depik Jurnal , 3(1), 65-73.  doi: 10.13170/depik.3.1.1304
Akbar,  N.,  Aris,  N.,  Irfan,  M.,  Tahir,  I.,  Baksir,  A.,  Surahman,  Madduppa,  H.H.,  &  Kotta,  R.  (2018a). Filogenetik  ikan  tuna  ( Thunnus spp.)  di  Perairan  Maluku  Utara,  Indonesia. Jurnal  Iktiologi Indonesia , 18(1), 1-11. doi: 10.32491/jii.v18i1.370
Akbar,  N.  &  Aris,  M.  2018.  Genetic  population  structure  of  yellowfin  tuna  (Thunnus  albacares)  as based data of fish conservation in north Mallucas sea. Jurnal Omni-Akuatika , 14(3), 75 – 85.  doi: 10.20884/1.oa.2018.14.3.457
Akbar,  N.,  &  Labenua,  R.  2018d.  Keragaman  genetik  ikan  cakalang  ( Katsuwonus  pelamis )  di Perairan Laut Maluku Utara. Depik, 7(2), 164-176.  doi: 10.13170/depik.7.2.11156 Amaral, M.R.X., Albrecht, M., McKinley, A.S., Carvalho, A.M.F.D., Junior, S.C.D.S., & Diniz, F.M. 2015. Mitochondrial DNA Variation Reveals a Sharp Genetic Break within the Distribution of the Blue Land Crab Cardisoma guanhumi in the Western Central Atlantic. Molecules, 20, 15158-15174. doi: 10.3390/molecules200815158.
Aoki, M., & Wada, K. 2013. Genetic structure of the wideranging fiddler crab Uca crassipes in the west Pacific region. Journal of the Marine Biological Association of the United Kingdom , 33(1), 1-7.  doi: 10.1017/S0025315412001178
Aris,  M.,  Akbar,  N.,  &  Labenua,  R.  2017.Genetic  and  Phylogenetic  Variations  of  Yellowfin  Tuna ( Thunnus  albacares )  As  A  Basis  For  Sustainable  Fishery  Resources  Management  In  North Moluccas. International  Journal  Pharma  Bio  Science ,    8(4),  419-426.  doi:  10.22376/ijpbs.2017. 8.4.b419-426
Barber,  P.H.,  Erdmann,  M.V.,  &  Palumbi,  S.R.  2006.  Comparative  Phylogeography  of  Three Codistributed Stomatopods: Origins and Timing of Regional Lineage Diversification in the Coral Triangle. Evolution, 60(9), 1825-1839.  doi: 10.1111/j.0014-3820.2006.tb00526.x Carpenter, K.E., Barber, P.H., Crandall, E.D., Ablan-Lagman, M.C.A., Ambariyanto, Mahardika, G.N. 2011.  Comparative  Phylogeography  of  the  Coral  Triangle  and  Implications  For  Marine Management. Jounal Marine Biology .14p.
Chiang, H.C.,  Hsu, C.C., Lin, H.D., Ma, G.C., Chiang, T.Y., & Yang, H.Y. 2006. Population structure of bigeye  tuna  ( Thunnus  obesus )  in  the  South  China  Sea,  Philippine  Sea  and  Western  Pacific Ocean  inferred  from  mitochondrial  DNA. Fisheries  Reserch ,  79,  219-225.  doi:  10.1016/j.fishres. 2005.11.026
Faulks, L.K., Gilligan, D.M., & Beheregaray, L.B. 2011. The role of anthropogenic vs. natural in-stream structures in determining connectivity and genetic diversity in an endangered freshwater fish,
Macquarie perch ( Macquaria australasica ). Evolutionary Applications , 4, 589-601.  doi: 10.1111/ j.1752-4571.2011.00183.x
Hampton,  K.R.,  Hopkins,  M.J.,  McNamara,  J.C.,  &  Thurman,  C.L.  2014.  Intraspecific  variation  in carapace  morphology  among  fiddler  crabs  (Genus Uca )  from  the  Atlantic  coast  of  Brazil). Aquatic Biology , 20, 53-67.  doi: 10.1111/j.1752-4571.2011.00183.x Jefri,  E.,  Zamani,  N.P.,  Subhan,  B.,  &  Madduppa,  H.H.  2015.  Molecular  phylogeny  inferred  from mitochondrial  DNA  of  the  Grouper Epinephelus spp.  in  Indonesia  collected  from  local  fish market. Biodiversitas , 16 (2), 254-263.  doi: 10.13057/biodiv/d160221 Kim,  S.J.,  Lee,  K.,  &  Ju,  S.J.  2013.  Nuclear  mitochondrial  pseudogenes  in  Austinograea  alayseae hydrothermal  vent  crabs  (Crustacea:  Bythograeidae):  Effects  on  DNA  barcoding. Molecular Ecology Resources, 121(19), 0998-1755. doi: 10.1111/1755-0998.12119
Krisnawati, Y., Arthana, I.W., & Dewi, A.P.W.K. 2018.  Variasi Morfologi dan Kelimpahan Kepiting Uca spp. di Kawasan Mangrove, Tuban-Bali. Journal of Marine and Aquatic Sciences , 4( 2 ), 236-243. doi: 10.24843/jmas.2018.v4.i02.236-243
Kumar,  S.,  Stecher,  G.,  Li,  M.,  Knyaz,  C.,  &  Tamura,  K.  2018.  MEGA  X:  Molecular  Evolutionary Genetics  Analysis  across  Computing  Platforms. Moleculer  Biology  Evolution ,  35(6),  1547-1549. doi: 10.1093/molbev/msy096.
Kusuma,  A.B.,  Bengen,  D.G.,  Madduppa,  H.H.,  Subhan,  B.  &  Arafat,  D.  2016b.  Keanekaragaman Genetik  Karang  Lunak Sarcophyton  trocheliophorum Pada  Populasi  Laut  Jawa.  Nusa Tenggara dan Sulawesi. Jurnal Enggano , 1(1),  89-96. doi: 10.31186/jenggano.1.1.89-96 Laurenzano, C., Costa, T.M., & Schubart, C.D. 2016. Contrasting Patterns of Clinal Genetic Diversity and  Potential  Colonization  Pathways  in  Two  Species  of  Western  Atlantic  Fiddler  Crabs. PLoS ONE 11(11), 1-20.  doi: 10.1371/journal.pone.0166518
Lu, Y.P., Wu, Y.Y., Shih, J.T., & Huang, S. 1997 The genetic structure of Uca borealis Crane of Taiwan.
Biological  Bulletin  of  National  Taiwan  Normal  University ,  32,  25 – 32.  doi:  10.11646/zootaxa. 4083.1.3
Muniarti,  D.C.  2010.  Komposisi  Jenis  Kepiting  ( Decapoda:  Brachyura ) Dalam  Ekosistem  Mangrove Dan  Estuari,  Taman  Nasional  Bali  Barat. Berita  Biologi ,  10(2),  259-264.  doi:  10.14203/ beritabiologi.v10i2.1980 Natania,  T.,  Herliany,  N.E.,  Kusuma,  A.B.  2017. Struktur  Komunitas  Kepiting  Biola  ( uca spp.)    Di Ekosistem  Mangrove  Desa  Kahyapu  Pulau  Enggano. Jurnal  Enggano, 2(1),  11-24.    doi: 10.31186/jenggano.2.1.11-24
Nehemia,  A.,  &  Kochzius,  M.  2017.  Reduced  Genetic  Diversity  And  Alteration  Of  Gene  Flow  In  A Fiddler  Crab  Due  To  Mangrove  Degradation. PLoS  One ,12(8),  1-20.    doi:  10.1371/journal. pone.0182987 Nei, M. 1987. Moleculer Evolutionary Genetics . New York. Columbia University. Press. New York.  doi: 10.7312/nei-92038
Pertiwi,  N.P.D.,  Mahardika,  I.G.,  &  Watiniasih,  N.L.  2015.  Optimasi  Amplifikasi  DNA  Menggunakan Metode  PCR  ( Polymerase  Chain  Reaction )  Pada  Ikan  Karang  Anggota  Famili Pseudochromidae (DOTTYBACK)  Untuk  Identifikasi  Spesies  Secara  Molekular. Jurnal  Biologi, 19(2), 1-5. doi: 10.13140/RG.2.2.27883.34083
Rahayu,  S.M.,  Wiryanto,  Sunarto  .  2018.  Keanekaragaman  Kepiting  Biola  di  Kawasan  Mangrove Kabupaten Purworejo, Jawa Tengah. Bioeksperimen , 4 (1) ; 53-63.  doi: 10.20527/es.v13i1.3517 Redjeki,  S.,  Arif,  M.,  Hartati,  R.,  &  Pinandita,  L.K.  2017.  Kepadatan  Dan  Persebaran  Kepiting (Brachyura)  Di  Ekosistem  Hutan  Mangrove  Segara  Anakan  Cilacap. Jurnal  Kelautan  Tropis, 20(2), 131 – 139 . doi: 10.14710/jkt.v20i2.1739 Rozas,  J.,  Sanchez-DeI  Barrio,  J.C.,  Messeguer,  &  Rozas,  X.R.  2003.  DnaSP,  DNA  polymorphism analyses  by  the  coalescent  and  other  methods. Bioinformatics, 19,  2496 – 2497.  doi:  10.1093/ bioinformatics/btg359
Saleky,  D.,  Setyobudiandi,  I.,  Toha,  H.A.,  Takdir,  M.,  Madduppa,  H.H.  2016.  Length-Weight Relationship  And  Population  Genetic  of  Two  Marine  Gastropods  Species  (Turbinidae: Turbo sparverius and Turbo bruneus ) In The Bird Seascape Papua, Indonesia. Biodiversitas, 17(1), 208- 217. doi: 10.13057/biodiv/d170130
Sanger,  F.,  Nicklen,  S.,  &  Coulson,  A.R.  1977.  DNA  sequencing  with  chain-terminating  inhibitors. National Academical Science, United Stated of America , 74(12), 5463-5467. doi: 10.1073/pnas. 74.12.5463
Schubart, C., & Koller, P. 2011. Genetic diversity of freshwater crabs (Brachyura: Sesarmidae) from central Jamaica with  description of a new species. Journal of Natural History, 39(6), 469 – 481. doi: 10.1080/00222930410001671291
Shih, H.T., Kamrani, E., Davie, P.J.F., & Liu, M.Y. 2009. Genetic evidence for the recognition of two fiddler  crabs ,  Uca  iranica and U.  albimana (Crustacea:  Brachyura:  Ocypodidae),  from  the northwestern Indian Ocean, with notes on the U. lactea species complex. Hydrobiologia, 635, 373 – 382. doi: 10.1007/s10750-009-9930-6
Shih, H.T.,  Saher, N.U., Kamrani, E.,  Ng, P.K.,  Lai, Y.C.,   & Liu, M.Y. 2015.  Population genetics of the fiddler  crab Uca  sindensis (Alcock,  1900)  (Crustacea:  Brachyura:  Ocypodidae)  from  the Arabian Sea. Zoological Studies ,  54(1), 1-20. doi: 10.1007/s10750-009-9930-6 Shih, H.T., Lee ,J.G., Ho, P.H., Liu, H.C., Wang, C.H., Suzuki, H., & Teng, S.Z. 2016. Species diversity of fiddler  crabs,  genus  Uca  Leach  1814  (Crustacea:  Ocypodidae),  from  Taiwan  and  adjacent islands    with  notes  on  the  Japanese  species. Zootaxa, 4083(1),  057-082.    doi: 10.11646/zootaxa.4083.1.3
Simith, D.D.J.D.B., Souza, A.D.S., Maciel, C.R., Abrunhosa, F.A., & Diele, K. 2012. InXuence of salinity on the larval development of the Wddler crab Uca vocator (Ocypodidae) as an indicator of ontogenetic  migration  towards  offshore  waters. Helgoland  Marine  Research ,  66,  77 – 85.  doi: 10.1007/s10152-011-0249-0
Tahir, I., Paembonan, R.E., Harahap, Z.A., Akbar, N., & Wibowo, E.S. 2017. Sebaran Kondisi Ekosistem Hutan Mangrove Di Kawasan Teluk Jailolo Kabupaten Halmahera Barat Provinsi Maluku Utara. Jurnal Enggano , 2(2), 15-27.  doi: 10.31186/jenggano.2.2.143-155 Wolfrath, B. 1993. Observations on the behaviour of the European fiddler crab Uca tangeri. Marine Ecology Progress Series, 100, 111-118. doi: 10.3354/meps100111
Yuhara, T., Kawane, M., & Furota, T. 2014.Genetic Population Structure of Local Populations of the Endangered Saltmarsh Sesarmid Crab Clistocoeloma sinense in Japan. PLoS One, 9(1), e84720. doi: 10.1371/journal.pone.0084720