## Artikel Penelitian
Analisis Nilai Kemurnian DNA Menggunakan Nano Fotometer pada Rasio 260/230 yang Diisolasi dari Produk Nugget
Alfi Sophian 1* , Yustina 2
1,2 Pusat Pengembangan Pengujian Obat dan Makanan Nasional, Badan Pengawas Obat dan Makanan, Jakarta Pusat, Indonesia
* Corresponding author : alfi.sophian@pom.go.id

## ABSTRACT
Background: The purity value parameter analyzed from the wavelength with a ratio of 260/230 is a secondary validation parameter used to analyze the quality of isolated DNA in  chicken nugget  products.  Purposes:  The  aim  of  this  research  was  to  provide  information  about  the analysis value of isolated DNA purity readings at a ratio of 260/230. By obtaining information from  the  results  of  this  study,  it  is  hoped  that  it  can  provide  benefits  for  relevant  similar research. Method: The method used in this study was the DNA isolation method using the spin column technique, and then the isolated DNA obtained was read using a nano photometer at a ratio of 260/230. Result: The measurement results are then calculated as the average value and  standard  deviation.  Based  on  the  results  of  the  isolated  DNA  measurements,  the  purity results  which  were  read  at  the  A260/A230  ratio  were  in  the  range  of  1.98  –  2.10,  with  an average  value  of  2.043.  Conclusion:  Based  on  these  results,  it  can  be  concluded  that  the isolated DNA obtained showed good DNA quality based on the quality requirements for the purity value of DNA at a ratio of 260/230, namely in the range of 2.0 – 2.2 .
Keywords: analysis, DNA, purity, ratio, validation

## ABSTRAK
Latar belakang: Parameter nilai kemurnian yang dianalisis dari panjang gelombang dengan rasio  260/230  merupakan  parameter  validasi  sekunder  yang  digunakan  untuk  melakukan analisis mutu DNA hasil isolasi pada produk nugget ayam. Tujuan: Tujuan dari dilakukannya penelitian  ini  adalah  untuk  memberi  informasi  tentang  nilai  analisis  kemurnian  DNA  hasil isolasi yang dibaca pada rasio 260/230.  Dengan diperolehnya informasi dari hasil penelitian ini  diharapkan  dapat  memberi  manfaat  terhadap  penelitian  sejenis  yang  relevan. Metode: Metode yang digunakan dalam penelitian ini adalah metode isolasi DNA menggunakan teknik spin kolom, kemudian DNA hasil isolasi yang diperoleh dibaca menggunakan nano fotometer pada  rasio  260/230. Hasil: Hasil  pengukuran  kemudian  dihitung  nilai  rata-rata  dan  standar deviasinya.  Berdasarkan hasil pengukuran DNA hasil isolasi diperoleh hasil kemurnian yang dibaca pada rasio A260/A230 berada pada kisaran 1,98 – 2,10, dengan nilai rata-rata berada pada nilai 2,043. Simpulan: Berdasarkan hasil tersebut maka dapat disimpulkan bahwa DNA hasil  isolasi  yang diperoleh menunjukkan kualitas DNA yang baik  berdasarkan syarat  mutu nilai kemurnian DNA pada rasio 260/230 yaitu pada kisaran 2,0 – 2,2.
Kata kunci: analisis, DNA, kemurnian, rasio, validasi

## PENDAHULUAN
Parameter  nilai  kemurnian  yang  dianalisis dari  panjang  gelombang  dengan  rasio 260/230  merupakan  parameter  validasi sekunder yang digunakan untuk melakukan analisis mutu DNA hasil isolasi.  Beberapa penelitian yang melakukan analisis terhadap  mutu  DNA  hasil  isolasi  seperti pada produk tomat, beras, pembuatan baku DNA porcine dan  pada  produk  cangkang kapsul  (1–5),  akan  tetapi,  penelitian- penelitian  tersebut  belum  mencantumkan rasio  260/230  sebagai  parameter  mutu DNA.  Oleh sebab itu penelitian ini menjadi penting untuk dilakukan.
Pada analisis DNA hasil isolasi, nilai rasio 260/A230 digunakan untuk menunjukkan  adanya  senyawa  organik yang tidak diinginkan seperti Trizol, fenol, Guanidine  HCL dan guanidin  tiosianat . Rasio  260/230  yang  dapat  diterima  secara umum berada dalam kisaran 2,0 – 2,2 (6,7). Nilai  yang  lebih  tinggi  dari  ini  dapat menunjukkan kontaminasi dengan senyawa yang  disebutkan  di  atas.    Penggunaan parameter  nilai  rasio  ini  berbeda  dengan rasio  260/280  yang  merupakan  parameter paling banyak digunakan dalam menentukan  kemurnian  pengukuran  asam nukleat.  Rasio ini paling umum digunakan untuk menentukan keberadaan protein dan atau fenol dalam sampel asam nukleat yang diisolasi. Penelitian bertujuan mendapatkan informasi  tentang  nilai  analisis  kemurnian DNA  hasil  isolasi  yang  dibaca  pada panjang gelombang dengan rasio 260/230.

## METODE

## Material
Bahan yang digunakan dalam penelitian ini adalah  produk  nugget  ayam,  kit  ekstraksi
DNeasy  Mericon  Food  [Qiagen],  alkohol 96%, Air bebas nucleotide (NFW).

## Prosedur Ekstraksi DNA
Timbang  sampel  seberat  20  mg  dalam tabung  mikrosentrifus  2  ml,  kemudian ditambahkan 500 µL lysis buffer dan 30 µL Proteinase  K,  kemudian  diinkubasi  pada suhu  70 o C  selama  60  menit.  Keluarkan sampel  dari  inkubasi  kemudian  lanjutkan dengan  centrifuge  selama  5  menit  dengan kecepatan  putaran  centrifuge  14.000  rpm. Dalam  tabung  sentrifus  akan  terbentuk  2 lapis pelet dan supernatan, ambil supernatan  sebanyak  350  µL  dengan  cara dipipet dan pindahkan ke tabung sentrifus 2 mL kemudian ditambahkan 350 µL alkohol 96%  dan  dihomogenkan  dengan  cara divortex selama 10 detik, kemudian dipipet larutan yang berada di lapisan atas ke dalam tabung  sentrifus  2  mL  yang  baru  dan ditambahkan 500 µL binding buffer PB. Vortex kemudian memasukkan semua cairan ke dalam tabung centrifuge 2 ml secara bertahap sampai habis ke dalam spin column dan centrifuge. Setelah semua cairan habis, masukkan dan centrifuge, lalu tambahkan  500  µL  wash  buffer  AW2  dan centrifuge  lagi  selama  1  menit  dengan kecepatan  putaran  14.000  rpm.  Pindahkan spin column ke dalam tabung sentrifus baru 1,5  mL  kemudian  tambahkan  100  µL elution  buffer  (EB)  kemudian  sentrifus dengan  kecepatan  putaran  14.000  rpm selama  1  menit.  Buang  spin  column  dan sisa cairan dalam tabung centrifuge 1,5 mL merupakan  DNA  hasil  isolasi  yang  akan diukur  kemurnian  dan  konsentrasinya sebelum digunakan (8,9).

## Analisis Mutu DNA
Analisis  mutu  DNA  hasil  isolasi  diukur menggunakan  nanophotometer,  dimana analisis  mutu  berdasarkan  nilai  kemurnian DNA  panjang  gelombang  dengan  rasio 260/230 (6,7,10).

## Analisis Data
Analisis  data  dilakukan  dengan  cara menghitung nilai rata-rata kemurnian yang didapat  dari  pengukuran  menggunakan nanophotometer  kemudian  dihitung  nilai standar  deviasinya  dan  dibandingkan dengan  nilai  mean.    Jika  nilai  standar deviasi  lebih  kecil  dari  nilai  mean,  maka data  yang  dianalisis  dapat  dikatakan homogen.

## HASIL
Tabel 1. Hasil isolasi DNA No. Rasio Panjang Gelombang Nano Fotometer 260 230 260/230 1 20,152 10,178 1,98 2 19,922 9,961 2,00 3 25,188 12,408 2,03 4 25,164 12,335 2,04 5 25,345 12,363 2,05 6 18,431 9,035 2,04 7 18,711 9,217 2,03 8 18,520 9,123 2,03 9 19,607 9,564 2,05 10 19,847 9,777 2,03 11 19,962 9,785 2,04 12 19,934 9,492 2,10 13 20,400 9,761 2,09 14 20,047 9,592 2,09 15 19,819 9,528 2,08 16 20,289 9,849 2,06 17 20,383 10,141 2,01 18 23,326 11,491 2,03 19 23,201 11,373 2,04 20 23,178 11,362 2,04 Rata- rata 21,071 10,317 2,043 SD 2,266 1,128 0,030
Berdasarkan  hasil  pengukuran  DNA  hasil isolasi menggunakan nanophotometer diperoleh hasil kemurnian yang dibaca pada rasio  260/230  berada  pada  kisaran  1.98  – 2.10,  dengan  nilai  rata-rata  berada  pada nilai 2.043 (Tabel 1).

## PEMBAHASAN
Dalam  melakukan  isolasi  DNA,  tahapan lisis  merupakan  suatu  bagian  yang memegang peranan penting dalam mendukung  keberhasilan  proses  isolasi DNA (11–13).  Pada tahap ini, lisis dibantu oleh enzim proteinase K yang aktif bekerja pada  suhu  65-70 o C  (14–16).  Beberapa penelitian  menunjukkan  masa  inkubasi proteinase K yang bervariasi berkisar antara 30  menit  sampai  3  jam  (11,17–19),  Akan tetapi,  penelitian  lain  yang  dilakukan  oleh (20)  menunjukkan  suhu  inkubasi  75 o C selama 10 menit.
Pada penelitian ini, pemilihan parameter  mutu  DNA  hasil  isolasi  yang dilakukan menggunakan nilai rasio 260/230 yang  banyak  dikenal  sebagai  parameter sekunder dalam menentukan kualitas DNA hasil  isolasi,  dimana  pada  parameter  ini dapat  melihat  sumber  kontaminan  DNA hasil  isolasi.    Setidaknya  ada  beberapa penyebab paling umum dari rasio abnormal dalam  isolasi  DNA  yaitu;  kontaminasi sampel  oleh  residu  fenol,  guanidin,  dan reagen lain yang digunakan dalam protokol isolasi.
Karbohidrat adalah kontaminan umum  yang  terkait  dengan  isolasi  asam nukleat  dari  sumber  tanaman,  sampel sangat  encer  dan  konsentrasi  mendekati batas deteksi terendah.
Rasio yang tidak akurat dapat diamati untuk  sampel  asam  nukleat  dengan
konsentrasi  <10  ng/μl,  dan  penggunaan larutan  elusi  yang  tidak  tepat  digunakan untuk  pengukuran  blank. Larutan  blanko harus memiliki kekuatan ionik dan pH yang sama dengan larutan sampel. Menggunakan air untuk pengukuran Blanko untuk sampel yang  dilarutkan  dalam tris  EDTA dapat menghasilkan  rasio  260/230  yang  rendah (6,7).

## SIMPULAN
Berdasarkan hasil penelitian dapat disimpulkan bahwa DNA hasil isolasi yang diperoleh menunjukkan kualitas DNA yang baik  berdasarkan  syarat  mutu  nilai kemurnian  DNA  pada  rasio  260/230  yaitu pada kisaran 2,0 – 2,2.

## UCAPAN TERIMA KASIH
Penulis mengucapkan terima kasih kepada Kepala  Pusat  Pengembangan  Pengujian Obat dan Makanan atas dukungan fasilitas laboratorium  pengujian  yang  digunakan dalam penelitian ini.

## KONFLIK KEPENTINGAN
Penulis menyatakan tidak memiliki konflik kepentingan,  dan  tidak  ada  afiliasi  atau hubungan dengan atau dengan entitas atau organisasi mana pun, yang dapat menimbulkan  pertanyaan  bias  dalam diskusi dan kesimpulan dari naskah.

## REFERENSI
1. Turci  M,  Sardaro  MLS,  Visioli  G, Maestri  E,  Marmiroli  M,  Marmiroli N.  Evaluation  of  DNA  extraction procedures for traceability of various tomato products. Food Control. 2010 Feb;21(2):143–9.
2. Thomas SM, Moreno RF, Tilzer LL. DNA extraction with organic
solvents in gel barrier tubes. Nucleic Acids Res. 1989 Jul;17(13):5411.
3. Sutanta  M,  Wulan  DT,  Nabila  Y, Sophian  A.  Application  of  Double Wash  Technique  for  Species  DNA Isolation  in  Soft  Capsule  Shell Samples. Erud  Indones J Food Drug Saf. 2022 May 24;2(1):14–9.
4. Wulan DTRI, Sutanta M, Sophian A. Short Communication : Comparison of  two  commercial  DNA  extraction kit  to  obtain  high  quality  porcine DNA.  Asian  J  Trop  Biotechnol. 2021;18(2):69–72.
5. Aliyu  R,  Ademola  O.  Comparative study  of  genomic  DNA  extraction protocols in rice species. Int journals
Adv Res Technol. 2013 Mar 2;2:2.
6. Armbrecht M. Detection of contamination  in  DNA  and  protein samples by photometric
measurements.  Appl  Note  279.
2013;(279):1–6. 7. Matlock  B.  Assessment  of  nucleic acid purity. Tech Note. 2015;52646:1–2.
8. Sophian  A,  Sri  U,  Sofia  UD.  DNA isolation  in  processed  chicken  meat products  (nugget)  using  modified DNeasy Mericon Food kit (Qiagen). 2022;12(2):15–21.
9. Utaminingsih S, Utami SD, Sophian A.  Isolasi  DNA  pada  Produk  Otak- Otak Ikan Bandeng. Muhammadiyah J Nutr Food Sci. 2022;3(1):36–41.
10. Branquinho  MR,  Trotta  R,  Ferreira B,  Cardarelli-Leite  P.  Use  of  real- time  PCR  to  evaluate  two  DNA extraction methods from food Utilização  da  técnica  de  PCR  em tempo  real  para  avaliação  de  dois
métodos de extração de DNA a partir de alimentos. In 2012.
11. Sophian  A.  Detection  of  Species DNA in Chicken Meatball Products Using  NGF  Genes  as  Molecular
Markers.  BiosciED  J  Biol  Sci  Educ
[Internet].  2021  Dec  1;2(2):47–51.
Available from:
https://e- journal.upr.ac.id/index.php/bed/artic le/view/3422
12. Sophian A. Species DNA Detection Using PGR Gene Genetic Markers in
Chicken Nuggets. Indones Food Sci Technol  J  [Internet].  2021  Dec
31;5(1):17–20. Available from: https://online- journal.unja.ac.id/ifstj/article/view/1
4618
13. Sophian  A.  Short  Communication: Analysis of purity and concentration of  extracted  DNA  on  salted  fish processed food products. Asian J Nat Prod  Biochem  [Internet].  2021  Mar 5;19(1). Available from: https://smujo.id/jnpb/article/view/67 79
14. Ebeling  W,  Hennrich  N,  Klockow M,  Metz  H,  Orth  HD,  Lang  H. Proteinase  K  from  Tritirachium album Limber. Eur J Biochem. 1974 Aug;47(1):91–7.
15. Sophian  A.  DNA  Isolation  of Chicken  Feathers  from  the  Base  of the Young Feathers, the Base of the Old  Feathers,  and  the  Tip  of  the Feathers. BIOEDUSCIENCE
[Internet]. 2021 Aug 31;5(2):104–8. Available from: https://journal.uhamka.ac.id/index.p hp/bioeduscience/article/view/6211 16. Sophian  A,  Abinawanto.  Study  of Co1  and  BIK  BCL2  Gene  Analysis in  Gorontalo  Local  Chicken.  J Hunan Univ Nat Sci [Internet]. 2022 Jan 28;49(1):220–7. Available from: http://jonuns.com/index.php/journal /article/view/947
17. Gryson N. Effect of food processing on plant DNA degradation and PCR- based GMO analysis: a  review. Anal Bioanal Chem. 2010 Mar;396(6):2003–22. 18. Bauer  T,  Hammes  WP,  Haase  NU, Hertel C. Effect of food components and  processing  parameters  on  DNA degradation in food. Environ Biosafety Res. 2004;3(4):215–23.
19. Sophian  A,  Syukur  A.  Analysis  of Purity and Concentration of Isolated
DNA  in  Making  Raw  DNA  of  Rat Species. Erud  Indones J Food Drug
Saf [Internet]. 2021 Nov 30;1(2):1–
5. Available from: https://ppsdm.pom.go.id/eruditio/in dex.php/home/article/view/75
20. Santos  ALF,  Oliveira  CQP,  Arruda GNPN,  Martins  JK.  Comparison  of DNA  extraction  using  proteinase  K and  extraction  kit:  analysis  of  the quality of the genetic material. J Bras Patol e Med Lab. 2018;54(2).