## KERAGAMAN GENETIK TANAMAN JARAK PAGAR (Jatropha curcas L.) AKSESI UNGGUL HASIL PERSILANGAN BERBASIS RAPD (RANDOM AMPLIFIED
POLYMORPHIC DNA)

## Baiq Muli Harisanti
Program Studi Pendidikan Biologi IKIP Matram e-mail: muli_lombok@yahoo.com
Abstrak; Penggunaan  keanekaragaman  genetis  untuk  mempelajari  kekerabatan  antara  dua  individu  atau dua populasi dalam satu spesies memang perlu didokumen dengan baik. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis keragaman  genetik  jarak  pagar  (Jatropha  curcas L.)  hasil  persilangan  berbasis  RAPD. Jenis  penelitian  ini    adalah penelitian  deskriptif  developmental.  Penelitian  ini  untuk  menganalisis  keanekaragaman  genotip  hasil  persilangan berbagai  aksesi  jarak  pagar  (Jatropha  curcas.  L)  dengan  teknik  RAPD.  Populasi  penelitian  ini  adalah  seluruh tanaman  jarak  pagar  (Jatropha  curcas L.)  aksesi  unggul  hasil  persilangan  yang  terdapat  di  Kecamatan  Kalipare, Kabupaten  Kediri.  Sampel  dalam  penelitian  ini  adalah  jarak  pagar  (Jatropha  curcas L.)  hasil  persilangan  pada nomor-nomor  unggul  yang  meliputi  4  nomor  tanaman  hasil  persilangan  yang  berasal  dari  Kalipare,  Jawa  Timur. Berdasarkan  hasil  analisis  kekerabatan  berdasarkan  penanda  RAPD  yang  terwujud  dalam  bentuk  dendogram  dari tanaman jarak pagar (Jatropha curcas L.) unggul hasil persilangan menunjukkan bahwa aksesi dengan tetua SM 35 X SP 38 dan SP 8 X SP 38 memiliki tingkat kemiripan genetik lebih kecil, yaitu 56,8% dibandingkan dengan tingkat kemiripan genetik antara aksesi dengan tetua SP 33 X HS 49 dan SP 8 X SP 16 sebesar 76,3%. Jika ditelusuri asal tetua dari masing-masing aksesi hasil persilangan, maka aksesi yang berasal dari daerah yang berbeda seperti SM 35 dari  Nusa  Tenggara Barat dan  HS  49  dari  Nusa  Tenggara  Timur  tidak  tertutup  kemungkinan  untuk  memiliki kemiripan  genetik dengan  aksesi  yang  berasal  dari  Sulawesi  Selatan,  seperti  SP  8,  SP  16,  SP  33,  dan  SP  38. Penelitian  terdahulu  (Salim,  2010)  pada  aksesi-aksesi  tetua  tersebut  menyebutkan  bahwa  aksesi  HS  49  dari  NTT memiliki kemiripan genetik (89,6%) dengan aksesi SP 38 dari Sulawesi Selatan, begitu juga dengan aksesi SM 35 dari NTB dengan aksesi SP 16 dari Sulawesi Selatan memiliki kemiripan genetik dengan koefisien mencapai 92%.
Abstract; The use of genetic diversity for the study of kinship between two individuals or two populations within a species is necessary documented. This study aimed to analyze the genetic diversity of Jatropha (Jatropha curcas L.) by using RAPD. This type of research is descriptive developmental research. This study was to analyze the genotypic diversity of crossbred various accessions of Jatropha (Jatropha curcas. L) with RAPD technique. The study  population  was  the  whole  Jatropha  (Jatropha  curcas  L.)  accessions  superior  results  of  a  cross  contained  in District Kalipare, Kediri. The sample in this study is jatropha (Jatropha curcas L.) the result of crossing the winning numbers  covering  4  numbers  of  crossbred  plants  originating  from  Kalipare,  East  Java.  Based  on  the  analysis  of kinship based RAPD embodied in dendogram of Jatropha (Jatropha curcas L.) crosses the superior results indicate that the accession to the elders SM 35 X SP 38 and SP 8 X SP 38 have smaller level of genetic similarity, namely 56 , 8% compared with the level of genetic similarity among accessions with elders SP HS 33 X 8 X 49 and SP 16 SP 76,3%.  If  traced  the  origin  of  the  elders  of  each  accession  of  crossbred,  the  accessions  originating  from  different areas  such  as  the  SM  35  of  Nusa  Tenggara  Barat  and  HS  49  from  East  Nusa  Tenggara  is  also  possible  to  have  a genetic similarity with accessions from South Sulawesi, such as SP 8, SP 16, SP 33 and SP 38. the previous study (Salim, 2010) on the accession of the elder-accession states that accession HS 49 from NTT has a genetic similarity (89.6%) with the accession SP 38 from South Sulawesi, as well as the accession of NTB SM 35 with the accession SP 16 from South Sulawesi has a genetic similarity coefficient reached 92%.
Kata Kunci: Keragaman Genetik, Jarak, RAPD.

## PENDAHULUAN
Jarak Pagar  (Jatropha  curcas L) merupakan  tanaman  yang  sudah  umum dikenal  oleh  masyarakat  di  Indonesia. Jarak Pagar  (Jatropha  curcas L)  termasuk  famili Euphorbiacae,  di  mana    genus  Jatropha memiliki  175  spesies;  dari  jumlah  ini  lima
spesies  sudah  ada  di  Indonesia,  yaitu J. curcas L  dan J.  gossypiifolia yang  sudah digunakan  sebagai  tanaman  obat  sedangkan J.  integerrima Jacq, J.  multifida dan J. podagrica Hook digunakan sebagai tanaman hias. J.  curcas L  menarik  minat  para ilmuwan  di  dunia  karena  sifat  minyaknya
yang  dapat  digunakan  untuk  substitusi minyak diesel (solar) (Mahmud, 2009).
Mengingat betapa besar manfaat dari tanaman  jarak  pagar  ini,  pemerintah  mulai melakukan  pengembangan  jarak  pagar. Landasan  pengembangan  ini  adalah  Perpres No.  5/2006  tentang  Kebijakan  Energi Nasional  dan  Inpres  No.  1  tahun  2006 tentang Penyediaan dan Pemanfaatan Bahan Bakar Nabati (Biofuel) sebagai Bahan Bakar Lain  (Anonim,  2007).    Menurut  Sudarmo (2007) dalam rangka mendukung pengembangan  jarak  pagar,  Puslitbang Perkebunan  telah  melakukan  eksplorasi  di beberapa  daerah.  Hasil  eksplorasi  sebanyak 421  calon  aksesi  yang  berasal  dari  Jawa Timur,  NTB,  NTT,  dan  Sulawesi  Selatan telah ditanam di KP Asembagus, Situbondo, Jawa  Timur.  Dari  421  calon  aksesi  ternyata memiliki  sifat  morfologi  sangat  bervariasi antara  lain:  berdaun  lebar,  berdaun  sempit, warna  batang  dan  daun  muda  merah,  warna petiol  hijau  sampai  kemerahan.    Demikian pula    evaluasi    terhadap    potensi  produksi pada umur tanaman 7 bulan hasilnya sangat bervariatif,  yaitu  antara  0,71 – 380  gram  biji kering  pertanaman  atau  17,75 – 950  g/ha (Zainal, 2006).
Pemberdayaan  plasma  nutfah  baru bisa  dilakukan  apabila  tersedia  informasi yang cukup untuk sifat-sifat yang diperlukan,  melakukan  karakterisasi  sifat morfologi  dan  agronomi  sehingga  dapat dibentuk  suatu  figure  tanaman  ideal  dan melakukan evaluasi sifat ketahanan/toleransi.  Genotif  terpilih  yang memiliki  sifat-sifat  yang  sesuai  untuk perbaikan jarak pagar dapat digunakan lebih lanjut  dalam  program  pemuliaan  tanaman (Rais, 2004).
Penggunaan keanekaragaman genetis untuk mempelajari  kekerabatan  antara  dua individu  atau  dua  populasi  dalam  satu spesies  memang  perlu  didokumen  dengan baik.  Khususnya  dalam  dunia  hewan  dan tumbuhan, dokumentasi semacam ini
merupakan  suatu  hal  yang  vital  untuk konservasi  genotip-genotip unik yang kelak berguna untuk program penangkaran. Namun  memang  perlu  disadari  banyaknya keanekaragaman genetis baik dalam populasi  maupun  spesies,  memerlukan metode  pengenalan  genotip-genotip  khusus yang perlu terus dikembangkan dan tampaknya  pendekatan  biologi  molekuler telah  dapat  menjawabnya (Widodo,  dkk., 2003).  Teknik  molekuler  telah  memberikan peluang pengembangan dan identifikasi peta genetik spesies tanaman. Pendekatan biologi molekuler  menggunakan  penciri  DNA  telah berhasil  membentuk  penanda  molekuler yang  mampu  mendeteksi  gen  dan  sifat-sifat tertentu,  evaluasi  keragaman,  kekerabatan, serta  evolusi  pada  tingkat  genetik  (Hoon- Lim et  al.,  1999 dalam Maftuchah  dan Zainudin, 2007).
Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan  informasi  tentang  variasi genetik tanaman jarak unggul hasil persilangan  dengan  menggunakan  penanda molekuler random amplified  polymorphic DNA  (RAPD).  RAPD  adalah    suatu  system deteksi molekuler  yang  berbasis PCR, salah satu  teknik  molekuler  untuk  mendeteksi keragaman DNA didasarkan pada penggandaan DNA (Purwanta, 2009).  DNA yang memanfaatkan primer acak oligonukleotida pendek (dekamer)  untuk mengamplifikasi  DNA  genom  organisme. Tujuan  Penelitian adalah  untuk Mengetahui keragaman  genetik jarak  pagar  (Jatropha curcas L.) hasil persilangan berbasis RAPD. Kegunaan Penelitian adalah 1).
Diperolehnya  database  tentang keragaman genetik  Jarak  Pagar  (Jatropha  curcas L.) hasil  persilangan  berbagai  aksesi  Jarak Pagar  (Jatropha  curcas L)  menggunakan teknik  RAPD;  2). Informasi ini  sangat penting  dalam  proses  penyeleksian  tanaman unggul. 3). Sebagai informasi  awal  dalam penyusunan asal-usul serta hubungan filogenik. 4). Sebagai bahan  kajian  dasar
dalam  bidang  pemuliaan,  pembibitan  dan perbaikan kualitas genetik Jarak Pagar.
Kajian Pustaka A. Gambaran Umum Jarak Pagar (Jatropha curcas L.)
Tanaman  jarak  pagar  (Jatropha curcas L.)  termasuk  jenis  tanaman  perdu, berkayu,  bergetah,  berbunga,  dan  berbuah, dimana buahnya mengandung minyak nabati yang  berpotensi  sebagai  biofuel.  Tanaman jarak  pagar  dapat  diperbanyak  secara vegetatif    yaitu  dengan  menggunakan  setek batang,  maupun  secara  generatif  dengan menggunakan  biji  (Ferry,  dkk.,  2006). Tinggi tanaman rata-rata 1-7 meter, berdaun tunggal  dengan  sudut  daun  antara  3-5, tulang  daun  menjari  dengan  5-7  tulang utama,  daun  berwarna  hijau  dan  panjang tangkai  daun  antara  4-15  cm  (Wanita  dan Hartono, 2006).
Jarak pagar  (Jatropha  curcas L.) sudah  lama  dikenal  oleh  masyarakat Indonesia  sebagai  tanaman  obat  dan penghasil  minyak  lampu.  Beberapa  nama daerah  (nama  lokal)  yang  diberikan  kepada tanaman jarak pagar antara lain jarak budge, jarak  gundul,  jarak  cina  (Jawa),  baklawah, nawaih  (NAD),  jarak  kosta  (Sunda),  paku kare (Timor), peleng kaliki (Bugis), kalekhe paghar  (Madura),  jarak  pager  (Bali),  lulu mau,  paku  kase,  jarak  pageh  (Nusa Tenggara), kuman nema (Alor), jarak kosta, jarak  wolanda,  bindalo,  bintalo,  tondo utomene  (Sulawesi),  ai  huwa  kamala, balacai,  kadoto  (Maluku)  (Mahmud,  dkk., 2009).
B. Plasma Nutfah Jarak Pagar Plasma nutfah jarak pagar ditemukan di  hampir  semua  provinsi  di  Indonesia, ditanam  sebagai  pagar  untuk  menghindari tanaman  dari gangguan  ternak  (Hasnam, 2007). Di seluruh dunia, jatropha dikonservasi  di  tiga  institusi  yaitu  CATIE (Costa  Rica)  3  provenan,  CNSF  (Burkina Faso)  12  provenan,  dan  INIDA  (Cape
Verde)  5  provenan  (Heller,  1996  dalam Hasnam, 2007).
Koleksi jarak  pagar  di Indonesia baru  dimulai  tahun  2005,  populasi  setek yang  diambil  dari  tiap  provinsi  berasal  dari Sumatera  Barat,  Lampung,  Banten,  Jawa Barat, Jawa Tengah, Jawa Timur, Bali, Nusa Tenggara  Barat,  Nusa  Tenggara  Timur, Sulawesi  Selatan,  Gorontalo,  dan  Sulawesi Utara  (Luntungan,  2009).  Koleksi  plasma nutfah  sebagai  hasil  eksplorasi  dari  setiap provinsi dilestarikan secara ex-situ di kebun- kebun  Balai  Penelitian  Tanaman  Tembakau dan  Serat  (Balittas)  di  Malang,  kebun koleksi plasma nutfah jarak pagar Pakuwon, dan  kebun  plasma  jarak  pagar  di  Pasirranji Jawa Barat (Luntungan, 2009).
Dalam upaya  penyediaan  biji  jarak pagar  sebagai  bahan  baku  biodiesel  perlu tersedia  teknologi  budidaya  dan  varietas unggul,  namun  hingga  saat  ini  belum  ada varietas  unggul  yang  memadai  (Sudarmo, dkk., 2007). Indonesia memiliki  keragaman plasma  nutfah  jarak  pagar  yang  sangat tinggi,  namun  variasi  tersebut diduga  hanya disebabkan  oleh  perbedaan  wilayah  yang melahirkan ekotipe-ekotipe tertentu
(Hasnam, 2006).
C. Keragaman Jarak Pagar Jatropha L termasuk famili Euphorbiacae,  di  mana  genus  Jatropha memiliki  175  spesies;  dari  jumlah  ini  lima spesies  sudah  ada  di  Indonesia,  yaitu J. curcas L  dan J.  gossypiifolia yang  sudah digunakan  sebagai  tanaman  obat  sedangkan J.  integerrima Jacq, J.  multifida dan J. podagrica Hook digunakan sebagai tanaman hias. J.  curcas L  menarik  minat  para ilmuwan  di  dunia  karena  sifat  minyaknya yang  dapat  digunakan  untuk  substitusi minyak diesel (solar) (Mahmud dkk., 2009).
Setelah diintroduksi ke Asia Tenggara  pada  abad  ke  17 – 18  oleh  pelaut- pelaut Portugis, variasi di Indonesia mungkin  hanya  disebabkan  oleh  perbedaan wilayah  yang  melahirkan  ekotipe-ekotipe
tertentu.  Dari  eksplorasi  pendahuluan  yang dilakukan  oleh  Puslitbang  Perkebunan  di Sumatera  Barat,  Lampung,  Banten,  Jawa Barat,  Jawa  Tengah,  Jawa  Timur,  Nusa Tenggara  Barat, Nusa  Tenggara  Timur,  dan Sulawesi Selatan ditemukan variasi pula: 1. kulit  batang:  keperak-perakan,  hijau kecoklatan
2. warna daun: hijau muda, hijau tua
3. pucuk  dan  tangaki  daun:  kemerahan, kehijauan 4. bentuk buah: agak elips, bulat 5. jumlah biji per kapsul: 1 - 4
Kontribusi  perbedaan  morfologi  di atas  terhadap  produktivitas  dan  kandungan minyak  tentu  ada,  hanya  belum  diketahui besarnya.  Tingkat  ploidi yang  sama  (2n = 22) diduga tidak akan menghambat persilangan  antar  spesies  dalam  upaya perbaikan  varietas  jarak  pagar (Hasnam dalam Zainal, 2006).

## D. Teknik PCR dan RAPD
Teknik PCR  yang  berkembang  saat ini awalnya ditemukan dari sebuah penelitian  yang  dilakukan  oleh  Kary  B. Mullis  tahun  1985,  seorang  peneliti  di bidang  Kimia  dari  California  (Bartlett  and Stirling, tanpa tahun). Lebih lanjut disebutkan bahwa awalnya, DNA polymerase  yang  digunakan  berasal  dari bakteri  Escherichia  coli  namun  karena  suhu yang  terlalu  tinggi  pada  tahap  denaturasi menyebabkan  enzim-enzim  yang  terdapat pada  bakteri E.  coli tersebut  menjadi  tidak aktif,  akhirnya  ditemukan  bakteri  yang cocok, yaitu bakteri Thermophilus aquaticus yang  diisolasi  dari  sumber  air  panas (Scheleif, 1993).
Metode yang berbasis PCR (Polymerase Chain Reaction) untuk mempelajari keragaman genetik atau kekerabatan  antar  aksesi tanaman  telah banyak  berkembang  seperti  RAPD  (random amplified polymorphic DNA), RFLP (Restriction Fragment
Polymorphism), AFLP (Amplified Fragment Length
Polymorphisme)  dan  ISSR/SSRs  (Inter Simple  Sequence  Repeats/Simple  Sequence Repeats). Masing-masing teknik tidak hanya berbeda dalam metode amplifikasinya tetapi juga  berbeda  dalam  jumlah  pola  pita  yang dihasilkan  (teramplifikasi)  (Vos et  al.,  1995 dalam Salim, 2010).
Weising  et  al.,  (1995)  dalam  Salim, (2010) menuliskan bahwa Random amplified polymorphic DNA  (RAPD)  merupakan penanda  DNA  yang  memanfaatkan  primer acak  oligonukleotida  pendek  (dekamer) untuk mengamplifikasi DNA genom tanaman  pada  mesin Polymerase  Chain Reaction (PCR).    Terkait  dengan  jumlah nukleotida, Hartl and Jones (1998) menuliskan primer pada RAPD ini terdiri 8- 10  nukleotida  yang  memiliki  sequen  acak (random) . Primer pada RAPD ini tergolong sangat  pendek,  oleh  karena  itu  cenderung untuk terjadi annealing pada banyak sisi.

## METODE PENELITIAN
Jenis penelitian ini adalah
penelitian deskriptif developmental. Penelitian ini untuk menganalisis keanekaragaman  genotip  hasil  persilangan berbagai  aksesi  jarak  pagar  (Jatropha curcas. L) dengan teknik RAPD.
Populasi  penelitian  ini  adalah seluruh tanaman  jarak  pagar (Jatropha  curcas L.) aksesi  unggul  hasil  persilangan  yang terdapat di Kecamatan  Kalipare, Kabupaten Kediri.
Sampel  dalam  penelitian  ini  adalah jarak  pagar (Jatropha  curcas L.)  hasil persilangan pada nomor-nomor unggul yang meliputi 4 nomor tanaman hasil persilangan yang berasal dari Kalipare, Jawa Timur.
Pelaksanaan  penelitian  ini  dilakukan di laboratorium Universitas Muhammadiyah Malang, meliputi
Isolasi
DNA, penghitungan  perkiraan  konsentrasi  DNA, Polymerase  Chain Reaction  (PCR),  dan Deteksi  DNA  produk  PCR  populasi  sampel yang dilaksanakan di Laboratorium Molekuler  Tanaman  Pusat Pengembangan
Bioteknologi, Universitas
Muhammadiyah  Malang. Proses  PCR- RAPD  menggunakan  8  primer,  yaitu: OPF1, OPF2, OPF3, OPF4, OPF5, OPF6, OPF 14, dan OPA 12.
Data  yang dikumpulkan  adalah  data fenotip  dan  genotip tanaman  jarak  pagar  ( Jatropha curcas L).
1. Pengambilan  Data  Fenotip  Tanaman Jarak Pagar (Jatropha curcas L.) Hasil Persilangan
Sampel tanaman jarak pagar (Jatropha  curcas.  L)  hasil  persilangan sebanyak empat nomor tanaman di ambil di Kali Pare kemudian disimpan di
laboratorium Agronomi Universitas Muhammadiyah Malang untuk tujuan efisiensi.  Pengambilan  data  dari  masing- masing  tanaman  meliputi:    bentuk  daun, warna  daun  muda,  warna  daun  tua,  warna tunas,  jumlah  lekukan  daun,  warna  tangkai daun, bentuk batang, dan  warna batang. Pengambilan Data Genotip dengan Teknik RAPD
Tujuan  kegiatan  ini  adalah  untuk mendapatkan  hasil  analisis  pola  pita  sidik jari  DNA  dari  genom  jarak  pagar  dengan menggunakan teknik  RAPD.  Pola  pita DNA  diperoleh  melalui  proses  pemisahan produk  PCR dengan  elektroforesis  gel agarose. Pola pita yang diperoleh selanjutnya digunakan untuk deteksi polimorfisme alel-alel DNA.

## Reaksi PCR (Polimerase Chain Reaction)
Pada  reaksi  PCR,  DNA  jarak  pagar digunakan  sebagai  cetakan.  Primer  yang digunakan dalam reaksi PCR ini sebanyak 8 primer  yang merupakan  primer spesifik yang  telah  diaplikasikan  pada  beberapa varietas jarak pagar.
Volume total  reaksi  PCR  yang dipergunakan  adalah  sebanyak  25  µl,  terdiri dari campuran larutan yang terdiri dari DNA tag polimerase  dan  10X  buffer Taq Polimerase (100 mM Tris-CI, pH 8.3; 500 mM  KCI;  15  mM  MgCI 2 ;  0.01  % gelatin);
dNTP'S  mix  (dGTP,  dATP,  dTTP dan dCTP)  (Pharmacia);  dH 2 0  dan  30  ng  DNA cetakan. Kondisi untuk reaksi PCR dirancang  dengan  suhu  denaturasi 94°C, annealing 55-60°C, perpanjangan 75°C dan pasca  PCR  4°C.  Untuk perbanyakan,  siklus reaksi  PCR  diulang  sebanyak  45  kali.  Hasil amplifikasi  PCR kemudian  dielektroforesis pada 1,2 % gel agarosa dengan voltase 75 V selama  1 jam  dan  dilakukan  pemotretan  gel dengan polaroid.

## Deteksi Polimorfisme DNA (mendeteksi DNA produk PCR)
Fragmen dideteksi dari pola pita DNA yang berbeda hasil elektroforesis gel agarose dari produk PCR. Penentuan posisi pita DNA dilakukan  secara  manual (Leung et  al., 1993).  Untuk  memudahkan  pengamatan  ada beberapa  hal  yang dilakukan  yaitu:  1) Seluruh  pita  DNA  dengan  laju  migrasi  yang sama  diasumsikan sebagai  lokus  yang homologus,  2)  Masing-masing  pita  DNA ditandai (dapat menggunakan tinta berwarna),  tiap  tanda  mewakili  satu  posisi pita  DNA  tertentu, yang  dilakukan  dengan menempelkan  plastik  transparan  pada  foto gel,  3)  Bila jalur  DNA  yang  dibandingkan terpisah  satu  sama  lain,  maka  dapat digunakan bantuan  alat  (misal  mistar) untuk  membantu  menentukan  posisi  pita DNA,  4) Data  profil  DNA  merupakan  data alel yang teramati dengan ketentuan ada dan tidaknya  pita  DNA  berdasarkan  ukuran produk PCR pada satu posisi yang sama dari beberapa individu yang dibandingkan.

## Analisis Data
Analisis data  dalam  penelitian  ini adalah Analisis Deskriptif. Data genotip dari penelitian  ini  adalah  hasil  pita-pita  DNA yang  diasumsikan  sebagai  alel  RAPD. Berdasarkan  visualisasi  pita-pita  DNA tersebut dapat dibuat data yang diterjemahkan ke dalam bentuk data biner.
Analisis pengelompokan dan
pembuatan dendogram
dilakukan menggunakan  metode Unweighted  Pair-
Group  Method  With  Arithmetic (UPGMA) melalui  program Numerical  Taxonomy  and Multivariate System (NTSYS) versi 2.1.

## HASIL PENELITIAN
Data genotip  diambil  dari  sampel tanaman  jarak  pagar  (Jatropha  curcas L.) hasil persilangan yang diambil dari Kecamatan  Kalipare.  Tanaman  jarak  pagar (Jatropha  curcas L.)  aksesi  unggul  ini adalah  tanaman  hasil  persilangan,  dimana proses  persilangannya    sudah  dilakukan pada  penelitian  sebelumnya    oleh  peneliti pendahulu.  Sampel  tanaman  jarak  pagar (Jatropha  curcas L.)  pada  penelitian  ini terdiri  dari  empat  sampel  tanaman  aksesi unggul  hasil  persilangan  yang  telah  diberi label  dengan  kode  tanaman  no.  5,  6,  7,  dan 18.  Kode    nomor  tanaman  dengan persilangan tetuanya dapat dilihat pada tabel 4.1.  Selanjutnya  untuk  penulisan  yang  lebih informatif  akan digunakan kode persilangan tetua pada setiap sampel tanaman tersebut.
Tabel  4.1  Sampel  Tanaman  Jarak  Pagar  Dengan Persilangan Tetua
Nomor Tanaman Persilangan Tetua 5 SP 8  ><  SP 16 6 SP 8  ><  SP 38 7 SP 33  ><  HS 49 18 SM 35 >< SP 38
Catatan:    ><  : disilangkan dengan Karakteristik genotip meliputi: isolasi  DNA,  PCR-RAPD,  deteksi  alel RAPD,  tabel penerjemahan  dari  gambar hasil  PCR-RAPD,  dan  analisis  kekerabatan berbasis RAPD dalam bentuk dendogram.
Jenis  alel  dan  frekuensi  alel  pada empat aksesi tanaman jarak pagar (Jatropha curcas L.) unggul hasil persilangan berdasarkan hasil PCR-RAPD dengan menggunakan  primer  OPF-1,  OPF-2,  OPF- 3,  OPF-4,  OPF-5,  OPF-6,  OPF-14,  dan OPA-12 ditunjukkan pada tabel 4.12.
Tabel 4.12. Jenis dan Frekuensi Alel RAPD Empat  Aksesi    Tanaman  Jarak  Paga (Jatropha curcas L.) Unggul Hasil
Persilangan  dengan  Menggunakan  Delapan Primer
Tabel  4.12  menunjukkan  jenis  dan frekuensi alel pada beberapa aksesi tanaman jarak  pagar  (Jatropha  curcas L.)  unggul hasil  persilangan  dari  hasil  PCR-RAPD dengan menggunakan primer OPF-1, OPF-2, OPF-3, OPF-4, OPF-5, OPF-6, OPF-14, dan OPA-12. Pemakaian primer OPF-1
menghasilkan  7  jenis  alel  dengan  frekuensi tertinggi  pada  alel  A,  C,  D,  dan  F  sebesar 3/16  (18%),  sedangkan  frekuensi  terendah pada  alel  B,  E,  dan  G  sebesar  1/16  (6%). Pemakaian  primer  OPF-2  menghasilkan  5 jenis  alel  dengan  frekuensi  tertinggi  pada alel  B  sebesar  2/6  (33%),  sedangkan frekuensi terendah pada alel A, C, D, dan E sebesar 1/6 (16%). Pemakaian primer OPF-3 hanya  menghasilkan  2  jenis  alel  dimana frekuensi alel A lebih tinggi daripada alel B. Alel A memiliki frekuensi sebesar 4/7 (57%)
dan  alel  B  memiliki  frekuensi  sebesar  3/7 (43%).
Pemakaian primer
OPF-4 menghasilkan  6  jenis  alel  dengan  frekuensi tertinggi pada alel E sebesar 4/15 (27%) dan frekuensi terendah pada alel D dan F sebesar 1/15  (7%).  Pemakaian  primer  OPF-5 menghasilkan  2  jenis  alel  dengan  frekuensi alel yang sama pada alel A dan alel B, yaitu sebesar 4/8 (50%). Pemakaian primer OPF-6 menghasilkan  5  jenis  alel  dengan  frekuensi tertinggi pada alel A, B, dan E sebesar 3/11 (27%)  dan  frekuensi  terendah  pada  alel  C dan  E  dengan  frekuensi  1/11  (9%). Pemakaian primer OPF-14 hanya menghasilkan  1  jenis  alel  dengan  frekuensi yang sama,  yaitu 1/4 (25%), dan pemakaian primer  OPA-12  menghasilkan  9  jenis  alel dengan frekuensi tertinggi pada alel E, F, G, H,  dan  I  sebesar  2/14  (14%)  dan  frekuensi terendah  pada  alel  A,  B,  C,  dan  D  sebesar 1/14 (7%).

## A. Analisis  Kekerabatan  Berdasarkan Penanda RAPD
Analisis kekerabatan berdasarkan penanda  RAPD  menggunakan  data  biner yang merupakan hasil PCR-RAPD tanaman jarak  pagar  (Jatropha  curcas L.)  aksesi unggul hasil persilangan dengan menggunakan  delapan  primer.  Data  biner dari  empat  aksesi  jarak  pagar  hasil persilangan digunakan untuk melihat kekerabatan  antara  keempat  aksesi  jarak pagar  unggul  hasil  persilangan.  Profil  pita DNA  diterjemahkan  ke  dalam  data  biner dengan  ketentuan  bahwa  nilai  0  berarti tidak  ada  pita  DNA  dan  nilai  1  untuk adanya  pita  DNA,  selanjutnya  dengan menggunakan data biner dilakukan pengelompokan data matrik (cluster analisys) dan pembuatan dendogram dengan  menggunakan  metode Unweighted Pair-Group  Pethod  Arithmetic (UPGMA) menggunakan program Multi Variate
Statistical  Package (MVSP)  versi  3.1  dan hasilnya ditunjukkan pada gambar 4.10.
Gambar 4.10. Dendogram Hasil Analisis Kekerabatan Empat  Aksesi Tanaman Jarak Pagar (Jatropha  curcas  L.)  Hasil  Persilangan  dengan Menggunakan Penanda RAPD
Berdasarkan  gambar  4.10  dendogram hasil  analisis  kekerabatan  empat  aksesi tanaman  jarak  pagar  (Jatropha  curcas L.) dapat  dilihat  pada  visualisasi  dendogram dengan nilai koefisien berkisar antara 40% - 100%.  Berdasarkan  hasil  tersebut  dapat diketahui bahwa tingkat  kemiripan pertama, yaitu  pada percabangan  (node 1)  dengan koefisien yang paling tinggi antara SP 33 X HS  49  dengan  SP  8  X  SP  16  dengan koefisien  tingkat  kemiripan  (similarity) sebesar  76,3%.  Tingkat  kemiripan  kedua ditemukan  pada  percabangan  (node 2)  SM 35  X  SP  38  dengan  SP  8  X  SP  38  dengan koefisien  tingkat  kemiripan  (similarity) sebesar  56,8%.  Tingkat  kemiripan  yang terakhir adalah kemiripan antar percabangan (node 1  dan node 2),  yaitu  antara percabangan SP 33 X HS 49 dengan SP 8 X SP  16  dan  SM  35  X  SP  38  dengan  SP  8  X SP  38  dengan  koeffisien  tingkat  kemiripan (similarity) sebesar 47,3%. Secara keseluruhan  dendogram  yang  ditunjukkan pada  gambar  4.10  memiliki  satu cluster (kelompok)  yang  ditemukan  pada  empat aksesi tanaman jarak pagar (Jatropha curcas L.)  unggul  hasil  persilangan.  Hal  ini menunjukkan bahwa antara keempat tanaman hasil persilangan tersebut memiliki hubungan  kekerabatan  yang  dekat,  artinya pita  DNA  dari  masing-masing  aksesi  hasil persilangan tersebut bersifat homologi.

## PEMBAHASAN
A. Hasil  PCR-RAPD  dan  Deteksi  Alel RAPD  pada  Tanaman  Jarak  Pagar (Jatropha curcas L.)  Aksesi  Unggul

## Hasil Persilangan
Berdasarkan  hasil  penelitian  dengan menggunakan delapan jenis primer didapatkan total pita DNA sebanyak 81 pita dari  empat  aksesi  tanaman  jarak  pagar (Jatropha curcas L.) unggul hasil persilangan.  Setiap  primer  menunjukkan jumlah  pita  yang  berbeda  dari  empat  aksesi jarak  pagar  (Jatropha  curcas L.)  unggul hasil  persilangan. Perbedaan  jumlah  pita  ini dapat terjadi karena setiap primer terdiri atas sekuen yang berbeda sehingga sekuen DNA yang  teramplifikasi  akan  tergantung  dari sekuen  DNA  template  (pada  genom)  yang sesuai  (match)  dengan  sekuen  DNA  pada primer. Hal ini sekaligus dapat menjelaskan mengenai  adanya  primer  yang  tidak  dapat mengamplifikasi DNA genom suatu organisme.  Lebih  lanjut  dijelaskan  bahwa primer  yang  berbeda  akan  mengamplifikasi fragmen-fragmen DNA genom yang berbeda pula.
Berdasarkan  hasil  penelitian  jenis  alel dan frekuensi alel pada tanaman jarak pagar (Jatropha curcas L.) unggul hasil persilangan  dari  hasil  RAPD  menggunakan delapan  primer  (OPF-1,  OPF-2,  OPF-3, OPF-4,  OPF-5,  OPF-6,  OPF-14,  dan  OPA- 12)  menunjukkan  bahwa  dari  semua  jenis alel  RAPD  yang  terdeteksi  pada  empat aksesi tanaman jarak pagar (Jatropha curcas L.)  pada  penelitian  ini,  frekuensi  alel tertinggi mencapai 0,57 (57%) dan terendah adalah  0,06  (6%).  Frekuensi  alel  adalah proporsi  atau  presentase  alel  tertentu  dalam suatu populasi. Frekuensi alel dapat digunakan  untuk  meninjau variasi  genetik dari  suatu  populasi. Hasil  perhitungan frekuensi  alel  dapat  digunakan  untuk menentukan  sifat  lokus  tempat  alel  tersebut berada.  Suatu  lokus  dikatakan  bersifat polimorfik  jika  frekuensi  alelnya  yang
terbesar sama  atau  kurang  dari  0,95. Sebaliknya,  suatu  lokus  dikatakan  bersifat monomorfik  jika  frekuensi  alelnya  yang terbesar melebihi 0,95 (bahkan sampai 0,99) (Hartl & Clark, 1997). Dalam penelitian ini, semua  pita  yang  terdeteksi  dari  keempat aksesi diasumsikan sebagai alel RAPD. Dari semua jenis alel RAPD yang terdeteksi pada empat aksesi  jarak  pagar,  frekuensi  alelnya kurang  dari  0,95 (<  95%).  Frekuensi  alel terbesar  hanya  sampai  nilai 0,57  (57%), yaitu  jenis  alel A pada  primer  OPF-3. Dengan  demikian  dapat  diketahui bahwa lokus  yang  ditempati  oleh  alel-alel  yang terdeteksi tersebut bersifat polimorfik.

## B. Analisis  Kekerabatan  Berdasarkan Penanda RAPD
Aksesi dengan tetua SP 8 X SP 16, SP 8 X SP 38, SP 33 X HS 49 dan SM 35 X SP 38 adalah  empat  aksesi  dengan  karakter unggul yang telah direkomendasikan kepada petani  jarak  pagar. Empat  aksesi  hasil persilangan  ini,  berasal  dari  tetua  yang  juga memiliki  karakter  unggul.  Karakter  unggul pada keempat sampel ini ditentukan berdasarkan tingkat produksi bijinya. Penelitian terdahulu (Sisca, 2010) menyebutkan bahwa tetua dengan aksesi SP 16,  SP  38,  dan  SP  8  berasal  dari  Sulawesi Selatan yang menempati urutan ke 2, 3, dan 4 harapan produktivitas biji tinggi.
Berdasarkan hasil analisis kekerabatan berdasarkan  penanda  RAPD  yang  terwujud dalam bentuk dendogram dari tanaman jarak pagar  (Jatropha  curcas L.)  unggul  hasil persilangan  menunjukkan  bahwa  aksesi dengan tetua SM 35 X SP 38 dan SP 8 X SP 38 memiliki tingkat kemiripan genetik lebih kecil,  yaitu  56,8%  dibandingkan  dengan tingkat  kemiripan  genetik  antara  aksesi dengan tetua SP 33 X HS 49 dan SP 8 X SP 16  sebesar  76,3%.  Jika  ditelusuri  asal  tetua dari masing-masing aksesi hasil persilangan, maka aksesi  yang  berasal  dari  daerah  yang berbeda  seperti  SM  35  dari  Nusa  Tenggara Barat dan HS 49 dari Nusa Tenggara Timur
tidak  tertutup  kemungkinan  untuk  memiliki kemiripan  genetik  dengan  aksesi  yang berasal  dari  Sulawesi  Selatan,  seperti  SP  8, SP  16,  SP  33,  dan  SP  38.  Penelitian terdahulu  (Salim,  2010)  pada  aksesi-aksesi tetua  tersebut  menyebutkan  bahwa  aksesi HS 49 dari NTT memiliki kemiripan genetik (89,6%)  dengan  aksesi  SP  38  dari  Sulawesi Selatan,  begitu  juga  dengan  aksesi  SM  35 dari NTB dengan aksesi SP 16 dari Sulawesi Selatan  memiliki  kemiripan  genetik  dengan koefisien mencapai 92%.

## KESIMPULAN
Berdasarkan hasil penelitian yang telah dilakukan  pada  empat  aksesi  tanaman  jarak pagar  (Jatropha  curcas L.)  unggul  hasil persilangan yang terdiri dari hasil persilangan dengan persilangan tetua SP 8 X SP 16, SP 8 X SP 38, SP 33 X HS 49, dan
SM 35 X SP 38 …..dapat diambil kesimpulan sebagai berikut:
1. Fenotif  jarak  pagar  dari  empat  aksesi unggul  hasil  persilangan  relative  sama kecuali  pada  dengan  tetua  SP  33  X  HS 49, karakter warna daun mudanya adalah hijau  tua,  sedangkan  pada  sampel  yang lain  (SP  8 X  SP  16,  SP  8 X  SP  38,  dan SM 35 X SP 38) karakter warna  daun mudanya  adalah  hijau  muda.  Perbedaan yang lain adalah pada aksesi dengan tetua SP 8X SP 16 dan SP 8X SP 38 memiliki karakter  warna  tangkai  daun  hijau  muda, sedangkan  aksesi  dengan  tetua  SP 33 X HS 49    dan  SM 35 X SP 38  memiliki karakter  warna  tangkai  daun  merah  di bagian ujungnya.
2. Keragaman  genetik  tanaman  jarak  pagar (Jatropha  curcas L.)  aksesi  unggul  hasil persilangan adalah sebagai berikut:
a. Jumlah  pita  DNA  yang  dihasilkan  pada analisis  RAPD  menggunakan delapan jenis  primer  pada  empat  aksesi  tanaman jarak pagar  (Jatropha curcas L.) unggul hasil  persilangan  adalah  81  pita.  Setiap primer memperlihatkan jumlah pita DNA yang  berbeda  dari  empat  aksesi  jarak
pagar  (Jatropha  curcas L.)  unggul  hasil persilangan.  Perbedaan  jumlah  pita  ini dapat  terjadi  karena  setiap  primer  terdiri atas  sekuen  yang  berbeda  sehingga sekuen  DNA  yang  teramplifikasi  akan tergantung  dari  sekuen  DNA  template (pada  genom)  yang  sesuai  (match) dengan sekuen DNA pada primer.
b. Jenis  alel  dan  frekuensi  alel  pada tanaman  jarak  pagar    (Jatropha  curcas L.)  unggul  hasil  persilangan  dari  hasil RAPD  menggunakan  delapan  primer (OPF-1,  OPF-2,  OPF-3,  OPF-4,  OPF-5, OPF-6, OPF-14, dan
OPA-12)
menunjukkan bahwa dari semua jenis alel RAPD yang terdeteksi pada empat aksesi tanaman jarak pagar (Jatropha curcas L.) pada  penelitian  ini,  frekuensi  alel tertinggi  mencapai  0,57  (57%)  dan terendah adalah 0,06 (6%).
c. Dari  semua  jenis  alel  RAPD  yang terdeteksi pada empat aksesi jarak pagar, frekuensi alelnya kurang  dari  0,95 (< 95%).  Frekuensi  alel  terbesar  hanya sampai  nilai 0,57  (57%),  yaitu  jenis  alel A pada  primer  OPF-3. Dengan  demikian dapat  diketahui bahwa  lokus  yang ditempati  oleh  alel-alel  yang  terdeteksi tersebut bersifat polimorfik.
d. Hasil  analisis  kekerabatan  berdasarkan penanda RAPD dari tanaman jarak pagar (Jatropha  curcas L.)  unggul  hasil persilangan  menunjukkan bahwa  aksesi dengan tetua SM 35 X SP 38 dan SP 8 X SP 38 memiliki tingkat kemiripan genetik lebih  kecil,  yaitu  56,8%  dibandingkan dengan  tingkat  kemiripan  genetik  antara aksesi  dengan  tetua  SP  33  X  HS  49  dan SP 8 X SP 16 sebesar 76,3%.

## DAFTAR RUJUKAN
Allorerung,  D.,  Z.  Mahmud,  A.A.  Rivaie, D.S. Efendi, dan A. Mulyani. 2006. Peta Kesesuaian  Lahan  dan  Iklim  Jarak Pagar  (Jatropha  curcas L.).  Makalah pada Lokakarya Status Teknologi Budidaya  Jarak  Pagar.  Jakarta,  11-12
April  2006.  Pusat  Penelitian  dan
Pengembangan Perkebunan. Badan
Litbang Pertanian.
Anonim, 2007. Upaya Pengembangan Jarak
Pagar (Kondisi, Kebijakan dan Pelaksanaan Pengembangan, Permasalahan yang dihadapi dan Dukungan  yang diperlukan). Ditjenbun. Lokakarya  Nasional  Jarak  Pagar  III, Malang, 5 November.
Bartlett,  John  and  David  Stirling.  Tanpa Tahun. PCR  Protocols.  Second  Edition Volume  226.  Humana  Press  Inc.  New Jersey.
Ferry,  Yulius;  Dibyo  Pranowo;  dan  Maman Herman.  2006. Pengaruh  Setek  Tanam Langsung  Terhadap  pertumbuhan  dan Produksi Jarak Pagar (Jathopha curcas L.).  Prosiding  Lokakarya  II  Status Teknologi Tanaman Jarak Pagar, Bogor, 29 November.
Fitriyanti,  Siska.  2009. Analisis  Keragaman
Genetik Tanaman Jarak Pagar (Jathropa curcas L.) dengan Menggunakan Penanda Molekular RAPD. Tesis tidak diterbitkan. Program Pasca Sarjana: Universitas Brawijaya. Hambali,  E.,  S.  Mujdalipah,  A.  H. Tambunan,  A.  W.  Pattiwiri  &  R. Hendroko.  2006. Teknologi  Bioenergi. Jakarta: Agromedia Pustaka.

## Hartati, Rr. Sri. 2008. Persilangan Tanaman
Jarak  Pagar (Jathropa  curcas  L.). Lokakarya  Nasional  Jarak  Pagar  IV, Akselerasi  Inovasi  Teknologi  Jarak Pagar  Menuju  Kemandirian  Energi. Malang, 6 November.
Hasnam; Syukur Cheppy; Hartati, R. R. Sri;
Wahyuni, Sri; Pranowo, Dibyo;
Susilowati,  Sri  Eko;  Purlani,  Edi; Heliyanto,  Bambang.  2007. Pengadaan Bahan  Tanam  Jarak  Pagar  (Jathopha curcas  L.)  di  Indonesia,  Desa  Mandiri Energi  serta  Strategi  Penelitian  di Masa  Depan.  Lokakarya  Nasional  III Inovasi  Teknologi  Jarak  Pagar  untuk Mendukung  Program  Desa  Mandiri Energi, Malang, 5 November.
Luntungan,  H.T.,  Rr.  Sri  Hartati,  R.D.
Purwati, H. Sudarmo, Hasnam, Maftuchah,  dan  Moch.  Cholik.  2009.
Bahan  Tanaman,  Teknologi  Jarak
Pagar  Menjawab  Tantangan  Krisis Energi.. Pusat Penelitian dan
Pengembangan Perkebunan. Badan Penelitian dan Pengembangan Pertanian. Departemen Pertanian. Maftuchah  &  Zainudin,  Agus.  2007. Studi
Pendahuluan  Variasi  Genetik  Jarak Pagar  (Jathopha  curcas  L.)  Lokal Berdasarkan Random Amplified
Polymorphic DNA. Lokakarya Nasional III Inovasi Teknologi Jarak Pagar untuk Mendukung  Program  Desa  Mandiri Energi, Malang, 5 November.
Mahmud,  Zainal;  Hasnam;  dan  Rr.  Sri
Hartati.  2009, Biologi, Teknologi  Jarak
Pagar  Menjawab  Tantangan  Krisis Energi.. Pusat Penelitian dan Pengembangan Perkebunan. Badan Penelitian dan Pengembangan Pertanian. Departemen Pertanian. Prastowo,  Bambang,  Dibyo  Prawono,  I Ketut  Ardana,  dan  Decyanto  Soetopo. 2009. Teknologi Jarak Pagar Menjawab  Tantangan  Krisis  Energi. Diversifikasi.  Pusat  Penelitian  dan Pengembangan Perkebunan. Badan Penelitian dan Pengembangan Pertanian. Departemen Pertanian.
Salim,  Fadila.  2010. Analisis  Keragaman
Genetik Tanaman Jarak Pagar
(Jatropha  curcas  L.)    Aksesi      Unggul dan  Tipe  Liar  Berbasis  RAPD  sebagai Sumber  Belajar  Mata  Kuliah  Teknik
Analisis  Biomolekuler.  Tesis  tidak diterbitkan.  Program  Pasca  Sarjana: Universitas Negeri Malang Scheleif,  Robert.  1993. Genetics  and Molecular  Biology.  Department  of Biology. The Johns Hopkins University Press. Baltimore and London. Soetopo,  Deciyanto.  2007. Potensi  Jarak
Pagar sebagai Bahan Pestisida Nabati. Lokakarya  Nasional  Jarak  Pagar  III. Inovasi  Teknologi  Jarak  Pagar  untuk Mendukung  Program  Desa  Mandiri
Energi, Malang, 5 November.
Supriatna, Agus; Sumangat, S. D; dan Broto,
Wisnu. 2006. Rekayasa Model Penunjang Keputusan Investasi Pembuatan  Biodiesel  dari  Jarak  Pagar (Jathopha curcas L.). Prosiding Lokakarya II Status Teknologi Tanaman Jarak Pagar, Bogor, 29 November. Tambunan, Armansyah H. dan Joelianingsih,  2008. Produksi  Biodiesel secara non-katalitik. Lokakarya Nasional  Jarak  Pagar  IV, Akselerasi Inovasi  Teknologi  Jarak  Pagar  Menuju Kemandirian Energi, Malang, 6 November.
Wanita,  Yeyen  P  dan  Joko  Hartono.  2006.
Pengaruh  Tingkat  Kemasakan  Buah
Terhadap  Kadar  Minyak  Jarak  Pagar (Jathopha curcas L.). Prosiding
Lokakarya II Status Teknologi Tanaman
Jarak Pagar, Bogor, 29 November.
Wijaya,  Andi.  2006. Perakitan  Hibrida Tanaman Jarak Pagar (Jatropha curcas
L.)  untuk  Wilayah  Beriklim  Basah.
Prosiding Lokakarya II Status Teknologi Tanaman Jarak Pagar, Bogor,
29 November.
Yuwono,  Triwibowo.  2006. Bioteknologi Pertanian.  Yogyakarta:  Gadjah  Mada University Press.