## Original Research

## Deteksi  Gen  Jamur  Candida  spp.  pada  Swab Tenggorok Penderita Tuberculosis dengan Metode Polymerase Chain Reaction
Detection  of  Fungal  Gene  of  Candida  spp. from  roat  Swab  of  Tuberculosis  Patient  with Polymerase Chain Reaction Method
Anwar, Aan Yulianingsih; Basri, Acce; Jakaria, Febrianti
Aan Yulianingsih Anwar aanyulianingsih@rocketmail.com Jurusan Teknologi Laboratorium Medis, Poltekkes Kemenkes Ternate, Indonesia Acce Basri Jurusan Teknologi Laboratorium Medis, Poltekkes Kemenkes Ternate, Indonesia Febrianti Jakaria Jurusan Teknologi Laboratorium Medis, Poltekkes Kemenkes Ternate, Indonesia

## Health Information: Jurnal Penelitian
Poltekkes Kemenkes Kendari, Indonesia ISSN: 2085-0840 ISSN-e: 2622-5905 Periodicity: Bianual vol. 14, no. 1, 2022 jurnaldanhakcipta@poltekkes-kdi.ac.id
Received: 07 February 2022 Accepted: 20 June 2022
URL: http://portal.amelica.org/ameli/journal/504/5043270003/ DOI: https://doi.org/10.36990/hijp.v14i1.459
Funding Funding source: Poltekkes Kemenkes Ternate Contract number: HK.02.03/1/1119/2021 Corresponding author: aanyulianingsih@rocketmail.com
Authors retain copyright and grant the journal right of ﬁrst publication with the work simultaneously licensed under a Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License that allows others to share the work with an acknowledgment of the works authorship and initial publication in this journal and able to enter into separate, additional contractual arrangements for the non- exclusive distribution of the journals published version of the work (e.g., post it to an institutional repository or publish it in a book).
is work is licensed under Creative Commons Attribution- ShareAlike 4.0 International.
Ringkasan: Tuberculosis  paru  merupakan  penyebab  utama kematian  yang  dikaitkan  dengan  kompleks  Mycobacterium tuberculosis secara global. Angka kejadian tuberkulosis dihitung sebagai  membagi  jumlah  kasus  penyakit  baru  dalam  setahun dalam seratus ribu populasi. Banyak faktor resiko terkait dengan TB  yaitu  koinfeksi  dengan  jamur  Candida  spp.  Koeksistensi antara  patogen  jamur  dan  TB  paru  adalah  suatu  kondisi klinis  yang  umumnya  terjadi  pada  pasien  imunosupresif.  Maka diperlukan  adanya  skrining  pada  penderita  pasien  tuberculosis yang  berkoinfeksi  dengan  Candida  spp,  terutama  dalam  kasus pasien dengan respons yang tidak adekuat terhadap terapi OAT. Tujuan  penelitian  ini  untuk  mengetahui  gen  candida  spp  pada swab  tenggorok  pasien  penderita  TB  di  Puskesmas  Kalumata. Metode yang digunakan yaitu deskriptif analitik dengan desain Cross  Sectional.  Adapun  gen  yang  digunakan  yaitu  C.  albicans (665 bp), C. parasilopsis I (837 bp), C. parasilopsis II (310 bp), C.  guilliermondii  (205  bp)  dan  C.  lusitaniae  (799  bp).  Hasil penelitian  menunjukkan  bahwa  dari  30  sampel  ditemukan  7 sampel  (23,3%)  Spesies  Candida  albicans,  Candida  parasilopsis II  sebanyak  8  sampel  (26,7%)  dan  15  sampel  negatif  (50%). Kesimpulan dari penelitian ini yaitu dari 30 sampel terdeteksi 15 sampel yang mempunyai gen Candida spp.
Kata kunci: Candida, Gen jamur, Polymerase Chain Reaction, Tuberculosis.
Abstract: Pulmonary  tuberculosis  is  the  leading  cause  of  death associated with the Mycobacterium tuberculosis complex globally. e incidence of tuberculosis is calculated as dividing the number of  new  cases  of  the  disease  in  a  year  in  one  hundred  thousand population. Many risk factors associated with TB are coinfection with  the  fungus Candida  spp .  Coexistence  between  fungal pathogens and pulmonary TB is a common clinical condition in immunosuppressed patients. us, there is a need for screening in patients with tuberculosis co-infected with Candida spp , especially in cases of patients with inadequate response to OAT therapy. e purpose of this study was to determine the candida spp gene in throat swabs of TB patients at the Kalumata Health Center. e  method  used  is  descriptive  analytic  with  a  cross  sectional
design. e genes used were C. albicans (665 bp), C. Parasilopsis I  (837  bp), C.  Parasilopsis II  (310  bp), C.  guilliermondii (205 bp)  and C.  lusitaniae (799  bp).  e  results  showed  that  from 30  samples  found  7  sampels  (23,3%) Candida  albicans species, Candida  parasilopsis II  as  many  as  8  samples  (26.7%)  and  15 samples were negative (50%). e conclusion of this study is that from 30 samples, 15 samples were detected that had the Candida spp gene.
Keywords: Candida, Fungal gene, Polymerase Chain Reaction, Tuberculosis.

## PENDAHULUAN
Penyakit  infeksi (infectious  disease )  yang  juga  dikenal  sebagai communicable disease atau transmissible disease merupakan suatu penyakit yang secara klinik terjadi akibat dari keberadaan dan pertumbuhan agen biologik patogenik pada organisme host individu. Penularan patogen dapat terjadi melalui berbagai cara yang meliputi kontak ﬁsik, makanan yang terkontaminasi, cairan tubuh, benda, inhalasi yang ada di udara atau melalui organisme vector (Duarsa et al., 2020).
Tuberkulosis (TBC) merupakan penyakit menular dan merupakan ancaman serius bagi manusia. Organisasi Kesehatan Dunia pada tahun 2016 menyebutkan ada 9,6 juta orang terdeteksi kasus baru tuberkulosis dan 1,5 juta mengalami kematian (Fontalvo et al., 2016). Secara global, tuberkulosis paru merupakan penyebab utama kematian yang disebabkan oleh Mycobacterium tuberkulosis, tuberkulosis (TBC) merupakan salah satu dari 10 penyebab kematian teratas di seluruh dunia. Lebih dari 95% penderita penyakit paru-paru dengan penyebab tuberkulosis  telah  dilaporkan  dari  negara  berkembang,  terutama  dari  Asia, Afrika, Timur Tengah dan Amerika Latin (Amiri et al., 2018). Banyak faktor risiko  seperti  riwayat  keluarga  dari  kontak  dekat  dengan  pasien  TBC,  status sosial, usia, kemiskinan, jenis kelamin laki-laki, infeksi HIV, merokok, asma dan tunawisma memiliki peran penting dalam risiko pengembangan TBC (Amiri et al., 2018).
Spesies jamur Candida merupakan jamur penyebab kandidiasis pada manusia yang terjadi di seluruh dunia dan menyerang segala usia, baik laki-laki maupun Wanita (Anita et al., 2017). Kandidiasis oral merupakan manifestasi klinis awal dan dialami oleh pasien TBC. Kandidiasis oral dapat meningkatkan morbiditas pada pasien koinfeksi TBC. Hal tersebut disebabkan timbulnya keluhan yang signiﬁkan, antara lain ketidaknyamanan dalam rongga mulut, rasa nyeri, tidak dapat mengecap makanan, bahkan kesulitan menelan yang menyebabkan berat badan pasien terganggu akibat tidak cukup asupan makanan dan kualitas hidup pasien semakin menurun (Mariana et al., 2017).
Gejala umum infeksi jamur pada paru sama dengan infeksi mikroba lainnya, antara lain batuk-batuk, batuk darah, banyak dahak, sesak, demam, nyeri dada dan  bisa  juga  tanpa  gejala.  Pada  penderita  TBC  paru  dengan  defek  anatomi paru disertai pemberian obat anti tuberkulosa dalam waktu lama akan menekan ﬂora normal sehingga pertumbuhan jamur oportunistik tidak terhambat. Infeksi jamur paru sering menyertai penyakit lain dan tidak ada gejala yang khas sehingga infeksi jamur sering tidak terdiagnosa dan keberadaan jamur dalam paru pun
tidak  diketahui,  untuk  itu  pemeriksaan  laboratorium  sangat  penting  dengan mengidentiﬁkasi adanya jamur pada sampel (Geni et al., 2016).
Perlunya  skrining  paru  pasien  tuberkulosis  untuk  koinfeksi Candida , terutama dalam kasus pasien dengan respons yang tidak adekuat terhadap terapi antituberkular. Tes sensitivitas antijamur sangat diupayakan dalam kasus spesies Candida non-Albicans . Berdasarkan hal tersebut maka penelitian ini bertujuan untuk mendeteksi gen Candida spp. pada swab tenggorok pendertita TBC.

## METODE

## Jenis Penelitian
Jenis penelitian yang digunakan adalah analitik dengan desain cross-sectional.

## Tempat dan Waktu
Pengambilan  sampel  dilakukan  di  Wilayah  Kerja  Puskesmas  Kalumata sedangkan untuk identiﬁkasi dengan menggunakan PCR dilaksanakan di Lab. NECHRI UNHAS. Peneliti telah mendapatkan persetujuan etik dengan nomor LB.02.04/2.3/181/2021 dari Poltekkes Kemenkes Ternate.

## Populasi dan Sampel
Populasi penelitian adalah semua penderita penyakit tuberkulosis di Puskesmas Kalumata, Kota Ternate. Sampel pada Penelitian ini berjumlah 30 orang.

## Bahan dan Alat
1. Seperangkat alat PCR dan alat elektroforesis gel. Swab Tenggorok
2. Primer  PCR  Candida  albicans  665bp  (Forward  CABF 59  :  TTGAACATCTCCAGTTTCAAAGGT  Reverse  CADBR 125:AGCTAAATTCATAGCAGAAAGC) 3. Primer C. parasilopsis 1 837bp (Forward CPPIF41:TGACAATATGACAAAGGTTGGTA Reverse CPPIR122 : TGTCAAGATCAACGTACATTTAGT) 4. C. parasilopsis II 310bp (Forward CPPIIF41 : GGACAACATGACAAAAGTCGGCA  Reverse  CPPIIR69  : TTGTGGTGTAATTCTTGGGAG) 5. C. Guiellermondii 205bp (Forward CGLF41 : CCCAAAATCACAAAGCTCAAGT  Reverse  CGLR61  : TACGACTTGAAGTTGCGAATTG) 6. C. lusitaniae 799bp (Forward CLTF39 : CATGTCGAAATGCAACCCCCCG  Reverse  CLTR119  : GCGTACACTTGTGGCCATCTTTA) 7. Malt ekstrak Agar
8.
Alkohol,  Larutan  NaCl,  natrium  asetat,  fenol,  etanol  70%,  bufer TE,  aquades,  bufer  TBE,  zat  warna  etidium  bromide,  trifosfat deoxynucleoside  (dATP,  dCTP,  dTTP),  Taq  Polymerase,  DNA templat  50ng  sebanyak  5  mikro,  bufer  Tris-Borat  EDTA,  TBE,
Bromphenol blue, Kappa master mix 2gfast, nuclease free water

## Prosedur Kerja

## Ekstraksi DNA
Ekstraksi DNA dilakukan sesuai dengan petunjuk teknis yang terdapat pada kit ekstraksi DNA merk Geneaid.

## Multipleks PCR
Primer yang digunakan yaitu C. albicans (665 bp), C. parasilopsis 1 (887 bp), C. parasilopsis 2 (230 bp), C. guilliermondii (205 bp), C. lusitaniae ( 799 bp ). Campuran reaksi ampliﬁkasi PCR diambil sebanyak 25 μl dengan enzim Kappa sebanyak 12,5 μl, MgCl. 0,5 μl, 10 μM primer forward 1 μl, 10 μM p rimer reverse 1 μl dan produk DNA 10 μl. Kemudian dilakukan ampliﬁkasi pada alat PCR dengan suhu sebagai berikut:
A) Cycle 1 sebanyak 1x Suhu 95⁰C selama 2 Menit ( Predenaturation ) B) Cycle 2 sebanyak x 25 Siklus
1. Step 1 Suhu 95⁰C selama 30 detik ( Predenaturation process)
2. Step 2 Suhu 55⁰C selama 60 detik ( Annealing process )
3. Step 3 Suhu 72⁰C selama 1 menit ( Extension process ) 4. Cycle 3  sebanyak  1x  suhu  72⁰C  selama  10  menit  ( Final extension process ) C) Set 3 dan 4 1. Cycle 1  sebanyak  1x  Suhu  95⁰C  selama  5  Menit
( Predenaturation process )
2. Cycle 2 sebanyak x 35 Siklus
• Step  1  Suhu  95⁰C  selama  30  detik  ( Denaturation process ) • Step 2 Suhu 57⁰C selama 30 detik ( Annealing process ) • Step 3 Suhu 72⁰C selama 1 menit ( Extension process )
• Cycle 3 sebanyak 1x suhu 72⁰C selama 2 menit ( Final extension process )

## Elektroforesis Gel Agarosa
Untuk  mengetahui  hasil  ampliﬁkasi  DNA  dilakukan  proses  elektroforesis terhadap  produk  PCR  pada  gel  agarosa  2%  dan  perangkat  elektroforesis dijalankan dengan mengalirkan aliran listrik 100 Volt 400 mA selama 90 menit.
Aan Yulianingsih Anwar, et al. Deteksi Gen Jamur Candida spp. pada Swab Tenggorok Penderita Tuberculosis dengan Metode Polymerase Chain Reac...

## Pengolahan dan Analisis Data
Pengolahan dan analisis data hasil PCR di buatkan tabel dan di persentasekan masing-masing spesies jamur Candida spp .

## HASIL
Hasil  penelitian  meliputi  karakteristik  responden  dan  hasil  gen Candida spp. Hasil penelitian didapatkan sebanyak 30 sampel swab tenggorok pada penderita Tb yang diambil di wilayah Puskesmas Kalumata.

## Tabel 1
Karakteristik responden berdasarkan jenis kelamin
DOI: https://doi.org/10.36990/hijp.v14i1.459.g487
Responden secara keseluruhan sebanyak 30 orang. Jika diklasiﬁkasikan sesuai jenis kelamin, responden perempuan sebanyak 13 orang (43,3%) dan laki-laki sebanyak 17 orang (56,7%).

## Tabel 2
Klasiﬁkasi Candida berdasarkan hasil PCR
DOI: https://doi.org/10.36990/hijp.v14i1.459.g488
Spesies yang ditemukan pada hasil multipleks PCR adalah Candida albicans pada 7 sampel (23,3%), Candida parasilopsis II pada 8 sampel (26,7%) dan negatif 15 sampel (50%).

## Gambar 1 Ampliﬁkasi pada PCR
Sampel no. 1, 5, 10, 12, 13, 15 dan 19, 665 bp adalah C. albicans; sampel no. 3, 7, 8, 11, 21, 23, 26, dan 27, 310 bp adalah C. parasilopsis II DOI: https://doi.org/10.36990/hijp.v14i1.459.g489

## PEMBAHASAN
TBC merupakan penyakit menular, dan masih merupakan ancaman serius bagi manusia. Menurut Organisasi Kesehatan Dunia, 9,6 juta orang (kisaran: 9,1-10 juta) terdeteksi kasus baru tuberkulosis, dan 1,5 juta kematian (kisaran: 1,1-1,7 juta) terkait dengan penyakit ini pada tahun 2014 (Fontalvo et al., 2016)
Metode  yang  digunakan  untuk  menganalisis  DNA  dari  sel Candida secara molekuler menggunakan polymerase chain reaction (PCR) yaitu suatu metode enzimatis  untuk  ampliﬁkasi  DNA  dengan  cara in  vitro .  Pada  proses  PCR diperlukan beberapa komponen utama yaitu sampel, DNA cetakan, enzim DNA polimerase, oligonukleotida primer, (dNTP) deoksiribonukelotida trifosfat, dan komponen pendukung lain adalah senyawa bufer (Hermansyah et al., 2018).
Pada  Tabel  1  menunjukkan  bahwa  laki-laki  lebih  banyak  menderita  TBC dibandingkan  perempuan.  Hal  ini  sejalan  dengan  penelitian  Jaya  &  Mediarti (2017) dengan hasil penderita TBC lebih banyak diderita oleh laki-laki. Alasan pasti mengenai lebih seringnya laki-laki diduga TBC dibanding wanita belum diketahui, namun hal ini diduga terkait dengan hormon Estradiol pada wanita yang berfungsi meningkatkan respons imunitas selular melalui aktivasi makrofag oleh IFN-gamma yang menyebabkan wanita memiliki ketahanan lebih dalam melawan tuberkulosis dibandingkan laki-laki.
Hasil  identiﬁkasi  dengan  menggunakan  metode  multipleks  PCR,  dimana menggunakan  5  pasang  primer  yaitu Candida  albicans (665  bp), Candida parasilopsis 1 (837 bp), Candida parasilopsis II (310 bp), Candida guilliermondii (205  bp)  dan Candida  lusitaniae (799  bp)  didapatkan  identiﬁkasi  terbanyak yaitu Candida  parasilopsis  II (Tabel  2  &  Gambar  1).  Hasil  yang  berbeda dari  penelitian  Bhutia  &  Adhikari  (2015)  di  Rumah  Sakit  Pusat  Rujukan  di Sikkim,  India.  Bhutia  &  Adhikari  melakukan  pemeriksaan  pada  200  sampel
Aan Yulianingsih Anwar, et al. Deteksi Gen Jamur Candida spp. pada Swab Tenggorok Penderita Tuberculosis dengan Metode Polymerase Chain Reac...
sputum  dari  pasien  terduga  TBC  dengan  pemeriksaan  dilakukan  dengan pemeriksaan mikroskopis langsung dengan KOH, pewarnaan gram dan kultur, dan didapatkan bahwa jamur yang paling banyak ditemukan dari pemeriksaan sputum adalah Candida sp. dan Aspergillus sp. Perbedaan penelitian ini dengan Bhutia & Adhikari (2015) yaitu kami melakukan identiﬁkasi hingga pada tahap genotipenya sementara penelitian lain hanya pada tahap fenotipenya saja. Dalam penelitian ini, dari 30 sampel swab tenggorok hanya terdapat 15 sampel yang positif dengan menggunakan 5 pasang primer ini sehingga kemungkinan hasil yang negatif bukan berarti betul negatif karena masih ada 9 jenis Candida spp. yang tidak terdeteksi dengan menggunakan primer ini (Tabel 2).

## KESIMPULAN DAN SARAN
Ditemukan spesies Candida albicans pada 7 sampel, Candida parasilopsis II pada 8 sampel. Saran untuk peneliti selanjutnya menggunakan primer yang berbeda dan jumlah sampel yang lebih banyak.

## Kekurangan Penelitian
Primer yang digunakan hanya 5 primer sehingga masih ada 9 jenis Candida spp. yang tidak terdeteksi dengan menggunakan primer ini.

## Mengakui
Ucapan terimakasih kami ucapkan kepada Poltekkes Kemenkes Ternate, Lab. NECHRI UNHAS, responden, Puskesmas Kalumata, atas bantuannya sehingga penelitian ini dapat berjalan dengan baik.

## DAFTAR PUSTAKA
Amiri, M.R.J., Siami, R. & Khaledi, A. (2018). Tuberculosis Status and Coinfection of Pulmonary Fungal Infections in Patients Referred to Reference Laboratory of Health Centers Ghaemshahr City during 2007-2017. Ethiopian journal of health sciences, 28 (6), 683–690. https://doi.org/10.4314/ejhs.v28i6.2
Anita, A., Maidin, A., & Massi, N. (2017). Multiplex PCR untuk mendeteksi Candida Spp. Jurnal Medika: Media Ilmiah Analisis Kesehatan, 2 (1). https://garuda.kem dikbud.go.id/documents/detail/2372569
Bhutia, T., & Adhikari, L. (2015). Pulmonary mycoses among the clinically suspected cases  of  pulmonary  tuberculosis. International  Journal  of  Research  in  Medical
Sciences , 1. https://doi.org/10.5455/2320-6012.ijrms20150147 Fontalvo,  D.  M.,  Jiménez  Borré,  G.,  Gómez  Camargo,  D.,  Chalavé  Jiménez,  N., Bellido Rodríguez, J., Cuadrado Cano, B., & Navarro Gómez, S. (2016). Authors Response:  Tuberculosis  and  pulmonary  candidiasis  co-infection  present  in  a previously healthy patient. Colombia Medica , 177–177. https://doi.org/10.2510 0/cm.v47i3.2619
Duarsa, W. D. P. D., & Dwija, I. B. N. P. (2020). Prevalensi Candica Albicans Pada Sputum Pasien Tb Dan Tb-Hiv Di Instalasi Mikrobiologi Klinik Rumah Sakit
Umum Pusat Sanglah Denpasar. E-Jurnal Medika Udayana. 9 (3), 22–27. https: //garuda.kemdikbud.go.id/documents/detail/1692992
Geni, L., Zuraida & Violita, V. (2016). Hitung Jumlah Koloni Jamur dan Identiﬁkasi Jamur pada Sputum Penderita Tuberkulosis Paru dari Rumah Sakit X dan Y di Jakarta. Artikel Ilmu Kesehatan, 8 (1), 37-45.
Hermansyah,  H.,  Sutami,  N.,  &  Miksusanti,  M.  (2018).  Ampliﬁkasi  pcr  domain d1/d2  28s  rdna  menggunakan  primer  its1  dan  its4  sampel  dna  dari  candida tropicalis yang diisolasi dengan metode pendinginan. Indonesian Journal of Pure and Applied Chemistry, 1 (1), 1. https://doi.org/10.26418/indonesian.v1i1.2603
7
Jaya, H., & Mediarti, D. (2017). Faktor-Faktor yang Berhubungan dengan Tuberkulosis Paru Relaps pada Pasien di Rumah Sakit Khusus Paru Provinsi Sumatera Selatan Tahun 2015-2016. JPP (Jurnal Kesehatan Poltekkes Palembang), 12 (1), 1-12. ht tps://garuda.kemdikbud.go.id/documents/detail/1046536
Mariana, N., Maemun, S., & Rusli, A. (2017). Proﬁl pasien kandidiasis oral dengan koinfeksi  tuberkulosis-hiv  di  rumah  sakit  penyakit  infeksi  (RSPI)  Prof.  Dr. Sulianti Saroso. e Indonesian Journal of Infectious Diseases, 3 (1), 8. https://doi .org/10.32667/ijid.v3i1.27

## Catatan kaki
Editor  Akademis Mohammad  Rizki  Fadhil  Pratama  (Universitas  Muhammadiyah Palangkaraya, Indonesia)
Pernyataan Konﬂik Kepentingan Para penulis menyatakan tidak ada konﬂik kepentingan.
Kontribusi Penulis Tidak dideklarasikan.
Berbagi Data Tidak ada setdata yang dibagikan.
Catatan Penerbit Poltekkes Kemenkes Kendari menyatakan tetap netral sehubungan dengan klaim  dari  perspektif  atau  hasil  pemikiran  yang  diterbitkan  dan  dari  aﬁliasi  institusional manapun.

## Author notes
aanyulianingsih@rocketmail.com