BioEksakta: Jurnal Ilmiah Biologi Unsoed Volume 2, Nomor 2 (2020): 215 - 217 E-ISSN: 2714-8564
Deteksi Molekuler Virus Dengue Serotipe 3 pada Nyamuk Aedes aegypti Linnaeus di Wilayah Purwokerto Timur

## Priskila Agnesia Prayitno, Endang Srimurni Kusmintarsih, Daniel Joko Wahyono
Fakultas Biologi, Universitas Jenderal Soedirman Jalan dr Suparno 63 Purwokerto 53122 Email: priskilaagnesia.pa@gmail.com
Rekam Jejak Artikel:
Diterima  : 29/08/2019 Disetujui  : 03/03/2020

## Abstract
Dengue  Hemorrhagic  Fever  (DHF)  is  an  infectious  disease  caused  by  the  Dengue  virus  and transmitted  through  by  bite  of Ae.  aegypti .  This  mosquito  is  the  main  vector  transmission  of Dengue Virus (DENV) with characteristics of the body and limbs are covered with scales silvery white lines. Mosquitoes are widespread in tropical and subtropical regions, and Purwokerto is an endemic of DHF and at the same time found mosquitoes as the vectors. East Purwokerto is the highest  region  of  DHF  cases  in  Banyumas,  and  the  outbreak  was  happened  in  Sokanegara  in 2016  until  cause  death.  Based  on  previous  research,  the  most  common  Dengue  virus  found  in Purwokerto is serotype 3. Therefore, detection molecular of Ae. aegypti need to be carried out to predict of dengue transmission  as an  preliminary information on the prevention and control of DENV. The purpose of this research is to detect Dengue virus in adult mosquitoes Ae. Aegypti as vector of DENV. The research method used is survey method with cross sectional and purposive sampling  technique.  The  analysis  has  been  done  on  the  positivity  DENV  serotype  3  on mosquitoes based on survey data. The results of the research showed that DENV serotype 3 was not detected in mosquitoes based on entomological survey in East Purwokerto.
Keywords: edes aegypti, dengue hemorrhagic fever, DENV

## Abstrak
Penyakit Demam Berdarah Dengue (DBD) adalah penyakit menular yang disebabkan oleh virus Dengue  dan  ditularkan  melalui  gigitan  nyamuk Aedes  aegypti. Nyamuk  tersebut  merupakan vektor  utama  dalam  penularan  virus  Dengue  (DENV)  dengan  ciri  khas  tubuh  dan  tungkainya ditutupi  sisik  dengan  garis-garis  putih  keperakan.  Persebarannya  luas  di  daerah  tropis  dan subtropis, Purwokerto termasuk daerah endemis DBD dan sekaligus ditemukan nyamuk sebagai vektornya.  Kecamatan  Purwokerto  Timur  menempati  urutan  tertinggi  dari  banyaknya  kejadian DBD  di  wilayah  Banyumas,  bahkan  kejadian  luar  biasa  (KLB)  yang  terjadi  di  Kelurahan Sokanegara pada tahun 2016 hingga menyebabkan kematian. Penelitian sebelumnya melaporkan bahwa  virus  Dengue  yang  paling  banyak  ditemukan  di  Purwokerto  adalah  serotipe  3.  Oleh karena  itu,  deteksi  molekuker  nyamuk Ae.  aegypti perlu  dilakukan  berkaitan  dengan  prediksi penularan  Dengue  untuk  memperoleh  informasi  awal  dalam  pencegahan  dan  pengendalian DENV.Tujuan  penelitian  ini  adalah  untuk  mendeteksi  virus  Dengue  serotipe  3  pada  nyamuk dewasa Ae.  aegypti sebagai  vektornya.  Metode  penelitian  yang  digunakan  yaitu  metode  survei dengan  pendekatan  secara cross  sectional dan  teknik  pengambilan  sampel purposive . Analisis data survei dilakukan dengan melihat positivitas DENV serotipe 3 pada nyamuk . Hasil penelitian menunjukkan  DENVserotipe  3  tidak  terdeteksi  pada  nyamuk  yang  di  sampling  di  Purwokerto Timur.
Kata kunci : Aedes aegypti, Demam Berdarah Dengue, DENV

## PENDAHULUAN
Demam  Berdarah  Dengue  (DBD)  masih menjadi  masalah  kesehatan di Indonesia  yang perlu mendapat  perhatian  serius  karena  di  beberapa daerah  masih  sering  terjadi  kejadian  luar  biasa (Sunaryo  &  Pramestuti,  2014).  Penularan  demam berdarah  terjadi  melalui  gigitan  nyamuk Ae  aegypti sebagai  vektornya.  Penyebaran  penyakit  ini  sangat cepat  terutama  di  daerah  tropis  maupun  subtropis (Dinkes,  2014).  Menurut  Depkes  RI  (2002),  data dari  seluruh  dunia  menunjukkan  bahwa  Asia menempati  urutan  pertama  dalam  jumlah  penderita DBD setiap tahunnya, dan World Health Organization (WHO)  mencatat  negara  Indonesia sebagai negara dengan kasus DBD tertinggi di Asia
Tenggara. Penyakit DBD pertama kali ditemukan di Surabaya  pada  tahun  1968  dan  sejak  saat  itu penyakit  tersebut  menyebar  ke  berbagai  daerah, hingga sampai saat ini seluruh provinsi di Indonesia telah terjangkit penyakit DBD (Latifa , et al. , 2013). Penyakit  DBD  dapat  muncul  sepanjang  tahun  dan dapat  menyerang  seluruh  kelompok  umur,  karena penyakit  ini  berkaitan  dengan  kondisi  lingkungan dan perilaku masyarakat (Kanigia et al ., 2016).
Kabupaten  Banyumas  merupakan  salah  satu daerah  endemis  demam  berdarah  dengue  (DBD)  di Jawa Tengah berdasarkan pengelompokkan endemisitas  wilayah  yaitu  dalam 3  t ahun  terakhir selalu  ditemukan  kasus  DBD  (Depkes,  2002). Jumlah  kasus  DBD  di  Kecamatan  Purwokerto
Timur  pada  tahun  2016  ditemukan  sebanyak  60 kasus dengan 13 kasus kematian yang salah satunya terjadi di Kelurahan Sokanegara. Tiga Kelurahan di Kecamatan  Purwokerto  Timur  termasuk  dalam daerah  endemis  yaitu  Kelurahan  Arcawinangun, Kelurahan  Sokanegara  dan  Kelurahan  Kranji berdasarkan adanya kasus DBD tiap tahunnya. Saat ini  vaksin  dan  obat  DBD  masih  dalam  proses penelitian dan belum ditemukan vaksin yang efektif. Oleh  karena  itu,  upaya  pengendalian  DBD  yang tepat  adalah  dengan  pemutusan  rantai  penularan melalui pengendalian vektornya dengan mengurangi populasi nyamuk serta menghindari gigitan nyamuk (Arifudin, 2016).
Penelitian  mengenai  kasus  DBD  sudah  pernah dilakukan pada tahun 2016 di Kabupaten Banyumas wilayah  Purwokerto  Timur,  namun  parameter  yang diteliti  tidak  mengacu  pada  deteksi  molekuler melainkan  hanya  dilihat  berdasarkan  kondisi lingkungannya  seperti  jumlah  kepadatan  rumah, kebiasaan  menggantung  pakaian,  serta  ruangan gelap  di  setiap  rumah.  Parameter  tersebut  diteliti untuk menentukan kondisi lingkungan yang menjadi penyebab kejadian DBD berdasarkan Kejadian Luar biasa  (KLB)  yang  terjadi.  Penelitian  ini  menitik beratkan pada deteksi molekuler virus Dengue pada Ae.  aegypti yang  merupakan  vector  utama  penyakit ini  sebagai  informasi  awal  untuk  penelusuran penularan DBD.
Pengamatan  nyamuk Ae.  aegypti sangat penting  terutama  untuk  mengetahui  penyebaran, kepadatan dan habitat utama larva. Berbagai macam metode  dapat  dilakukan  untuk  mendeteksi  DENV dan  salah  satunya  adalah  metode  molekuler.  Salah satu  metode  yang  banyak  diaplikasikan  dan  telah berkembang  saat  ini  adalah  metode Polymerase Chain  Reaction (PCR)  menggunakan  alat Thermal Cycler yang mampu melipat gandakan (amplifikasi) fragmen  DNA  dan  cDNA.  Pada  saat  melakukan deteksi  molekuler  DENV  dengan  metode Reverse- Transcriptase  Polymerase  Chain  Reaction (RT- PCR)  diperlukan  enzim reverse-transcriptase untuk mengubah  genom  RNA  DENV  menjadi  cDNA. Primer  adalah  suatu  sekuen  oligonukleotida  pendek yang  berfungsi  mengawali  sintesis  rantai  DNA dalam reaksi berantai polymerase (Yuwono, 2006).
Nested PCR merupakan variasi dari PCR yang menggunakan dua pasang primer untuk mengamplifikasi  fragmen  DNA.  Pasangan primer pertama  mengamplifikasi  fragmen  DNA  dengan cara  kerja  yang  mirip  dengan  PCR  pada  umumnya, sedangkan  pasangan primer kedua  atau nested primer akan  mengamplifikasi  fragmen  DNA  dari produk  PCR  pertama  sehingga  hasil  fragmen  yang diperoleh  lebih  pendek  daripada  yang  pertama. Kelebihan  menggunakan nested PCR  adalah  jika terdapat  fragmen  yang  salah  teramplifikasi  maka kemungkinan  bagian  tersebut  diamplifikasi  untuk kedua  kalinya  oleh primer yang  kedua  sangat
rendah,  oleh  karena  itu nested PCR  lebih  spesifik dalam melakukan amplifikasi (Yusuf, 2010).

## MATERI DAN METODE
Bahan-bahan  yang  akan  digunakan  dalam penelitian  ini  antara  lain  nyamuk Ae.  aegypti , Purelink  Viral  DNA/RNA  Mini  Kit,  100bp  DNA Ladder,  TAE  Buffer  (Tris Acetat  EDTA),
SuperScriptIIIFirst-strand  synthesis  system  for  RT- PCR  (Invitrogen),  My  Taq  PCR  kit  Bioline,  Sybr Safe DNA Gel Stain, Agarosa 1.5%, DEPC, RNAse free water, dan ethanol absolut. Alat-alat yang akan digunakan dalam penelitian ini antara lain eppendorf 1.5  ml, viral  spin  column,  collection  tube, sentrifuge, inkubator , mikropipet,  10  µl  Racked Extended  Length  Filtered  Vertex  Tips,  200  µl Racked  Filtered  Vertex  Tips  Natural  Graduated, 1000  µl  Racked  Filtered  Vertex  Tips  Natural Graduated,  0.2  ml  PCR  tube,  mesin thermal cycle, vortex,  perangkat  elektroforesis,  dan  UV
Transilluminator (ChemiDoc, Bio-Rad).
Metode penelitian yang akan digunakan adalah metode  survei  dengan  pendekatan  secara cross sectional dan teknik pengambilan purposive sampel di  wilayah  Kecamatan  Purwoketo  Timur.  Variabel utama  pada  penelitian  ini  adalah  hasil  deteksi positivitas virusnya. Parameter yang di amati adalah positivitas DENV serotype 3 pada nyamuk. Analisis data  hasil  positivitas  virus  Dengue  pada  nyamuk dengan metode Nested RT-PCR dengan menghitung persentase  kemunculan  pita  cDNA  DENV  dari jumah sampel.

## HASIL DAN PEMBAHASAN
Berdasarkan  hasil  identifikasi  virus  DENV-3 di  tiga  Kelurahan  pada  Kecamatan  Purwokerto Timur,  Kabupaten  Banyumas,  yaitu  di  Kelurahan Arcawinangun,  Kelurahan  Kranji  dan  Kelurahan Sokanegara dengan metode nested RT-PCR menunjukkan  hasil  yang  negatif  DENV-3,  karena tidak  ditemukan  adanya  amplikon  cDNA  yang berukuran  538  pb  pada  elektroforesis  gel  Agarosa 1,5  %  (Gambar  1).  Beberapa  faktor  dapat mempengaruhi hasil yang negatif, antara lain seperti kurangnya jumlah nyamuk yang diuji dan titer virus yang tidak mencukupi sehingga tidak terdeteksi oleh RT-PCR  seperti  pada  penelitian  yang  telah dilakukan oleh Sari., et al.( 2012) serta kemungkinan lain  bahwa  nyamuk  yang  diuji  memang  tidak membawa  virus  Dengue.  Teknik Nested RT-PCR dikembangkan  untuk  sejumlah  virus  dengan  genom RNA  dan  berpotensi  untuk  menjadi  alternatif diagnosis  laboratorium.  Proses  RT-PCR  dalam penelitian  ini  menggunakan  two-steps  RT-PCR, yaitu  reaksi  RT  dan  reaksi  siklus  PCR  dilakukan secara  terpisah.  Pertama  adalah  pengubahan  RNA virus  menjadi  cDNA,kemudian  tahap  kedua  adalah amplifikasi  cDNA  virus  dengan  primer  spesifik untuk  keempat  serotipe  virus  Dengue  (Yang  et  al, 2008).
5
° C 1 M
Gambar  1. Hasil  deteksi  DENV-3  pada  nyamuk Ae. Aegypti dengan metode nested RT-PCR pada gel Agarosa 1,5%.
Keterangan : Sumuran M = marka DNA 100 pb,  sumuran nomor 1-4 = DENV tipe lain, Sumuran no. 5 =  DENV-3 negatif.
Transmisi  virus  Dengue  dapat  ditularkan selama  kegiatan  sekolah  karena  sebagian  besar waktu  pagi  dihabiskan  di  sekolah,  terlebih  pukul 08.00-10.00  merupakan  waktu  yang  ideal  bagi nyamuk.  Kemungkinan  lain  juga  dapat  terjadi apabila penduduk tersebut mendapat gigitan nyamuk yang bukan berasal dari wilayah asalnya, melainkan nyamuk  dari  daerah  lain  yang  telah  berpindah (Agustiningtyas  &  Lusiyan,  2017).  Mobilitas  tinggi dan  populasi  penduduk  yang  padat  juga  diduga menjadi penyebab adanya kasus DBD (Prasetyowati &  Astuti  ,2010).Sehingga  kasus  demam  berdarah masih  dapat  terjadi  meskipun  kehadiran  virus Dengue negatif (Agustiningtyas & Lusiyan, 2017).
Penyakit  DBD  merupakan  salah  satu  penyakit dengan  peningkatan  dan  penyebaran  kasus  yang sangat kompleks, meliputi (1) Adanya pertumbuhan penduduk yang semakin tinggi, (2) Urbanisasi yang tidak  terencana  &  tidak  terkendali,  (3)  Kurang adanya bahkan ketidakadaan kontrol vektor nyamuk yang efektif di daerah endemis, dan (4) Peningkatan jumlah  sarana  transportasi  yang  tinggi.  Morbiditas dan  mortalitas  infeksi  virus  dengue  dipengaruhi berbagai  faktor  antara  lain  status  imunitas  pejamu, kepadatan  vektor  nyamuk,  transmisi  virus  dengue, keganasan  (virulensi)  virus  dengue,  dan  kondisi geografis setempat

## SIMPULAN
Berdasarkan  hasil  deteksi  molekuler  dengan metode Nested RT-PCR menunjukkan virus Dengue (DENV)  serotipe  3  tidak  terdeteksi  pada  nyamuk Ae. Aegypti dewasa asal wilayah Purwokerto Timur.

## DAFTAR REFERENSI
Agustiningtyas,  I.  &  Lusiyan,  N.  2017.  Ovitrap survey  and  serotype  identification  of  dengue virus  on  Aedes  sp  mosquito  in  Potorono, Banguntapan, Bantul, Indonesia. International  Journal  of  Mosquito  Research, 4(5), pp. 32-3
Arifudin M, Adrial, Rusjdi R.S. 2015. Survei Larva Nyamuk  Aedes  Vektor  Demam  Berdarah Dengue  di  Kelurahan  Kuranji  Kecamatan Kuranji Kotamadya Padang Provinsi
Sumatera Barat. Jurnal Kesehatan Andalas, 5 (1), pp. 60-66
Depkes, RI. 2002. Modul Epidemiologi. Kedokteran EGC. Jakarta
Dinkes.  2014. Profil  Kesehatan  Provinsi  Jawa Tengah . pp 35-36
Kanigia,  T.  E.,  Cahyono,  T.  &  Gunawan,  T.  A. 2016.  Faktor-Faktor  yang  Berisiko  dengan Kejadian  Demam  Berdarah  Dengue  di Kecamatan  Purwokerto  Timur  Kabupaten Banyumas. Jurnal  Kesehatan  Lingkungan, 36, pp. 278-396.
Latifa,  K.  N.,  Arusyid,  W.  B.,  Iswidaty,  T.  & Sutiningsih,  D.  2013.  Pengaruh  Ovitrap Sebagai  Monitoring  Keberadaan  Vektor Aedes sp  di  Kelurahan  Bulusan  Kecamatan Tembalang  Kota  Semarang. Jurnal  Ilmiah Mahasiswa ,  1(3), pp. 26-29.
Prasetyowati H,  &  Astuti E.P. 2010.  Serotipe Virus Dengue  di  Tiga  Kabupaten/Kota  Dengan Tingkat  Endemisitas  DBD  Berbeda  di Propinsi  Jawa  Barat. Aspirator, 2(2),  pp. 120-124
Sari, T. F., Joharina, A. S. & Anggraini, Y. M. 2012.
Identifikasi  Serotipe  Virus  Dengue  pada Nyamuk A.aegypti & A.albopictus di Salatiga dengan  Metode  RT-PCR .  Salatiga:  Balai Besar  Penelitian  dan  Pengembangan  Vektor dan Reservoir Penyakit.
Sunaryo,  I.B.D.P.N.  2014.  Distribusi  Spasial Demam  Berdarah  Dengue  di  Kabupaten
Banyumas, Provinsi Jawa Tengah. Bersumber Binatang Banjarnegara
(BALABA), 10(1), pp. 1-8.
Yang,  D.,  Kweon,  C.,  Kim,  B.,  Lim,  S.,  Kim,  S., Kwon, J., & Han, H. 2008. TaqMan Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction for The  Detection  of  Japanese  encephalitis Virus. Journal  of  Veterinary  Science ,  5(4), pp. 345-351.
Yusuf,  Z.  K.  2010.  Polymerase  Chain  Reaction.
Saintek , 5(6).
Yuwono,  T.  W.  2006. Teori  dan  Aplikasi Polymerase  Chain  Reaction .  Yogyakarta: ANDI offset.