## Jurnal Sains dan Teknologi
Volume 12 Number 2, Tahun 2023, pp. 494-501 P-ISSN: 2303-3142 E-ISSN: 2548-8570 Open Access: https://doi.org/10.23887/jstundiksha.v12i2.51433

## Mutasi Daerah D-Loop DNA Mitokondria pada Penderita Asma
Rina Budi Satiyarti 1* , Yohana Permata Sari 2 , Tina Dewi Rosahdi 3
1,2,3 Jurusan Kimia, Fakultas Sains dan Teknologi Universitas Islam Negeri Sunan Gunung Djati, Bandung, Indonesia

## A B S T R A K
Asma  adalah  penyakit  radang  kronis  yang  disebabkan  oleh  inflamasi  sel  darah putih.  Asma  dapat  terjadi  karena  adanya  reaksi  terhadap  lingkungan  dan kombinasi rangsangan genetik. Rangsangan genetik akan mempengaruhi urutan basa  nitrogen  pada  asam  deoksiribonukleat  mitokondria  (mtDNA).  Tujuan penelitian  ini  adalah  menganaslisis  jenis  mutasi  yang  terjadi  di  daerah D-Loop mtDNA penderita asma. Pada penelitian ini dilakukan penyiapan cetakan DNA dari sel akar rambut penderita asma dan manusia normal menggunakan metode buffer lisis.  Amplifikasi  fragmen D-Loop mitokondria  dari  DNA  cetakan  menggunakan teknik Polymerase  Chain  reaction (PCR).  Deteksi  amplikon  fragmen D-Loop dilakukan  dengan  cara  memisahkan  amplikon  berdasarkan  ukuran  molekul melalui  metode  elektroforesis  gel  agarosa,  dan  penentuan  urutan  nukleotida fragmen D-Loop ditentukan  melalui  metode  dideoksi  Sanger.  Dari  hasil pensejajaran  urutan  DNA  secara in  silico ,  diperoleh  7  mutasi,  yaitu  a(16037)-, c(16108)T, g(16129)A, a(16162)G, t(16172)C, t(16304)C, t(16519)C ditemukan pada  penderita  asma  dan  sesuai  dengan  standar  dari  basis  data Cambridge Reference  Sequence (CRS).  Pada  pensejajaran  urutan  nukteotida  antara  kontrol CRS  dan  manusia  normal  tidak  ditemukan  adanya  mutasi  substitusi,  ataupun delesi  yang  berkaitan  dengan  mutasi  pada  penyakit  asma.  Adanya  mutasi memperkuat  data  sebagai  ciri  genotip  gangguan  pernafasan  seperti  penyakit asma.

## A B S T R A C T
Asthma is an inflamantory chronic disease caused by white blood cell inflammation. Asthma happened as a  reaction of unsuitable  environment  and  genetical  stimulation.  A  genetical  stimulation  would  affect  variation  of  nitrogen  base mitochondrial deoxyribonucleic acid (mtDNA). The aim of this research was to analyze a various type of mutation which occurred in D-Loop region of asthma patient mitochondria. DNA template was prepared from hair root cells using buffer lysis method. D-Loop fragment from template DNA was amplificated using Polymerase Chain Reaction (PCR) technique. Amplicon was detected based on DNA size separation using agarose gel electrophoresis method, and the fragment was sequenced by using dideoxy Sanger method. The result showed 7 mutations, there were a (16037)-, c(16108)T, g(16129)A, a(16162)G, t(16172)C, t(16304)C, t(16519. All mutations were compatible to database of Cambridge Reference Sequence (CRS) for people with asthma.  Further information showed that all mutations had only occurred in asthma sample. This results were useful to strenghthen the database as genotype characteristic for asthma.

## 1. PENDAHULUAN
Asma adalah penyakit kronis pada saluran pernafasan dan struktur paru-paru yang prevalensinya masih meningkat di seluruh dunia (Hanafi et al., 2021; Yudhawati & Krisdanti, 2019) . Asma ditandai dengan adanya episode berulang dari sesak nafas, nafas berbunyi (mengi), dada terasa berat, dan batuk (Gupta, M., K., Rakesh Gupta, R., Khunteta, A., Swarnkar, S., 2017) . Gejala biasanya memburuk pada waktu malam atau pagi hari atau sebagai respons terhadap kegiatan olahraga atau udara dingin (Kaplan, Balter, Bell, Kim, & McIvor, 2009; Sockrider & Fussner, 2020) . Pada sejumlah penderita asma, ada yang jarang menunjukkan gejala,  sebagai  respons  terhadap  pemicu,  sedangkan  sejumlah  penderita  asma  yang  lain  mungkin menunjukkan gejala yang nyata dan persisten (Kaplan et al., 2009; Papi et al., 2020) . Diagnosis  pada  asma  berdasar  pada  pola  gejala,  respons  terhadap  terapi  pada  kurun  waktu tertentu, dan pemeriksaan menggunakan spirometri (Louis et al ., 2022) . Spirometri merupakan sebuah uji untuk mendeteksi adanya gangguan pada paru-paru, dengan cara mengukur jumlah oksigen maksimal yang dapat dihirup pada satu waktu (Graham et al., 2019; Townsend & Dreger, 2020) . Diagnosa lainnya yaitu dengan pemeriksaan sputum. Sputum dihasilkan oleh produksi eosinofil. Eosinofil merupakan sel darah putih yang dihasilkan pada masa penyembuhan setelah serangan dan berbentuk nanah (Habib, Pasha, & Tang, 2022; Porpodis et al., 2022) .
Asma  pada  dasarnya  dapat  digolongkan  menjadi  dua  jenis  berasarkan  faktor  pemicunya,  yang pertama  adalah  asma  yang  diakibatkan  oleh  faktor  ekstrinsik,  contohnya  adalah  asma  alergi  yang

## A R T I C L E   I N F O
Article history: Received August 15, 2022 Revised August 20, 2022 Accepted April 12, 2023 Available online July 25, 2023
Kata Kunci: Asma, mtDNA, D-Loop , PCR, Mutasi Keywords: Asthma, mtDNA, D-Loop, PCR, Mutation
This is an open access article under the CC BY-SA license.
Copyright © 2023 by Author. Published by Universitas Pendidikan Ganesha.
disebabkan oleh allergen. Jenis yang kedua adalah asma yang diakibatkan oleh faktor intrinsik, yaitu asma yang timbul akibat penggunaan aspirin, infeksi paru-paru, olah raga, suhu, stres, obesitas, dan lain-lain yang bersumber dari manusia (del Carmen Vennera & Picado, 2014; Habib et al., 2022) . Adanya peningkatan laju penderita asma belakangan ini disebabkan oleh perubahan faktor epigenetik dan lingkungan hidup yang berubah (Yang,  Lozupone,  &  Schwartz,  2017) .  Peneliti  telah  menemukan  asosiasi  mitokondria  yang signifikan  haplogroup  U  dengan  peningkatan  kadar  IgE  dan  asma  serta  disfungsi  mitokondria  yang dikaitkan dengan peningkatan inflamasi saluran napas alergi (Anandan, Nurmatov, Van Schayck, & Sheikh, 2010;  Raby et al., 2007) . Juga telah  diamati risiko asma untuk anak, ibu dengan asma lebih  tinggi akan beresiko menurunkan asma kepada anaknya dibandingkan dengan ayah, hal ini dibuktikan dengan adanya perubahan  ekspresi  gen  di  mitokondria  pada  plasenta  ibu  yang  memiliki  asma (Aguilera-Aguirre  et  al., 2009; Qian, Mehrabi Nasab, Athari, & Athari, 2022) . Hal ini dikarenakan ibu akan menurukan sifat genetik pada DNA mitokondria (mtDNA) kepada anaknya (Derisoud et al., 2022;  Hutchison, Newbold, Potter,  & Edgell, 1974) . Mitokondria  memainkan  peran  penting  dalam  proses  inflamasi.  Telah  diketahui  bahwa  asma ditandai oleh peradangan kuat pada saluran udara yang akhirnya mengarah ke remodeling alur udara pada paru (Amorim, Fernandes,  &  Taveira, 2019;  Hough et  al., 2020) Peradangan  dipicu  oleh  pemaparan sel epitel saluran napas terhadap stres oksidatif yang dimediasi oleh apa yang disebut spesies oksigen reaktif (ROS) (Lim,  Kobzik,  &  Dahl,  2010) .  ROS  endogen  terutama  dihasilkan  oleh  mitokondria,  apabila  terjadi disfungsi mitokondria maka akan terjadi kelebihan ROS dan meningkatkan peradangan. Sebaliknya, ROS yang berlebihan dapat merusak mitokondria sampai terjadi apoptosis sel epitel bronkial. Dengan cara ini peradangan  alergi  sel-sel  epitel  bronkial  dapat  menyebabkan  disfungsi  dan  remodeling  saluran  udara selama asma (Lim et al., 2010; Lin et al., 2019) .
Mitokondria  memiliki  genom  tersendiri  yang  berbeda  dengan  genom  pada  inti  sel.  DNA mitokondria  (MtDNA)  terbagi  menjadi  daerah  pengkode  dan  daerah  non  pengkode.  Daerah  pengkode protein  melituti  37  gen  pengkode  untuk  rRNA,  22  tRNA,  dan  13  polipeptida  yang  merupakan  subunit kompleks enzim yang terlibat dalam fosforilasi oksidatif. Daerah yang tidak mengkode yaitu D- Loop (Roger, Muñoz-Gómez,  &  Kamikawa,  2017;  Shokolenko  &  Alexeyev,  2022) .  Daerah D-Loop ini  sangat  beragam antara individu satu dengan individu lainnya, baik pada individu penderita penyakit genetik seperti asma. D-Loop terdiri dari daerah  Hipervariabel 1 (HV1) dan hipervariabel 2 (HV2) (Sylvester, Krishna, Rao, & Chandrasekar,  2018) .  Daerah  Hipervariabel  1  (HV1)  bersifat  sangat  variatif  (mempunyai  urutan  basa nukleotida yang bervariasi) dan mempunyai laju evolusi lima kali lebih cepat dibandingkan dengan daerah HV2 (Ngili, Ubyaan, Palit, Bolly, & Noer, 2012; Tran et al., 2020) . Namun, terdapat keunikan pada daerah HV1 dibandingkan daerah HV2, yaitu memiliki tingkat polimorfisme (substitusi basa) yang tinggi dalam DNA  mitokondria (Andres,  Cardena,  Fridman,  &  Podgaec,  2018;  Singh,  Kumar,  Urs,  &  Kapoor,  2022) . Keterkaitan  antara  perubahan  mtDNA  pada  penderita  asma  dan  manusia  normal  saat  ini  berada  pada bagian penyandi pada mtDNA dan bagian non-coding (Xu et al ., 2019) . Untuk daerah penyandi terutama pada  daerah  gen  penyandi  protein  yang  terlibat  pada  fosforilasi  oksidatif  dan  bagian non-coding pada daerah D-Loop (Jang et  al .,  2020) .  Menariknya,  data  variasi  basa  nitrogen  pada  daerah D-Loop masih terbatas  pada  penderita  asma  dibandingkan  dengan  daerah  penyandi,  walaupun  keboleh  jadian  mutasi pada daerah D-Loop lebih bervariasi dibandingkan daerah penyandi (Jang et al., 2020; Mori et al., 2022; Xu et al., 2019; Zifa et al., 2012) . Oleh karena itu, pencarian variasi mutasi pada daerah D-Loop akan menambah karakteristik mutasi pada struktur mtDNA penderita asma yang dapat mempermudah diagnosis yang lebih akurat pada penyakit saluran pernafasan, seperti asma dengan penyakit lainnya yang memiliki gejala umum sesak  nafas,  agar  dapat  memperoleh  terapi  yang  tepat.  Selain  itu,  informasi  yang  didapatkan  akan memperkuat  informasi  variasi  basa  nitrogen  pada database mtDNA  yang  berkenaan  dengan  asma  yang nantinya dapat dikembangkan untuk menjadi biomarker pada diagnosis asma.

## 2. METODE
Jenis  peneitian  ini  adalah  penelitian  eksperimental.  Sampel  diambil  melalui  kriteria purposive random sampling method pada penderita asma di suatu area (Kelurahan Cipadung, kota Bandung). Adapun subyek penelitian ini adalah genom DNA manusia yang berasal dari akar rambut penderita asma (ASMA- KIMFST-UINSGD)  dan  manusia  normal  (YHN-KIMFST-UINSGD).  Pengumpulan  data  dilakukan  melalui eksperimen  pada  laboratorium.  Langkah-langkah  penelitian  meliputi:  lisis  sel  akar  rambut  memakai metode  bufer  lisis  ( Qiagen ).  Keberhasilan  terlepasnya  DNA  genom  dari  sel  dapat  dilihat  dari  hasil elektroforesis  gel  agarosa  ( CIE-PLAS )  supernatan  hasil  lisis,  dan  visualisasi  hasil  elektroforesis  dilihat menggunakan lampu LED (B/uPAD). Selanjutnya supernatan hasil lisis digunakan sebagai DNA cetakan. Amplifikasi daerah D-Loop mtDNA sampel dengan teknik PCR (SensQuest ( Labcycler )) dengn primer maju M1  -CACCATTAGCACCCAAAGCT-  dan  primer  balik  HV2R – CTGTTAAAAGTGCATACCGCC-  yang  mengapit
daerah kontrol mtDNA, yang dapat dilihat pada Gambar 1 . Konsentrasi amplikon dihitung menggunakan nanoquant (palte tecan 200M PRO) . Penentuan urutan  nukleotida (sekuensing) dilakukan menggunakan metode  dideoksi  Sanger  (Macrogen Inc ,  Korea).  Metode  ini  didasarkan  pada  penambahan  ddNTP (doubeldeoksi NTP) untuk menentukan setiap urutan basa nitrogen. Pada  dan analisis urutan nukleotida menggunakan program SeqMan DNASTAR untuk menentukan adanya mutasi.
Gambar 1. Diagram Ukuran Fragmen Daerah D-Loop mtDNA pada Penelitian
Data  fragmen  DNA  yang  telah  didapatkan  urutan  nukleotidanya  kemudian  dianalisis  secara in silico . Untuk mengetahui kebenaran fragmen yang di amplifikasi benar merupakan bagian dari daerah D- Loop  mitokondria,  digunakan  menu  BLAST  pada  situs  bioinformatika  NCBI.  Selanjutnya,  dilakukan pensejajaran  urutan  nukleotida  dengan database yang  didapatkan  dari  situs  bioinformatika Cambdrige Reverse Sequence (CRS) menggunakan software seqman dari DNA STAR. Pensejajaran ini digunakan untuk melihat  perbedaan  basa  nitrogen  pada  kedua  sampel  dan database .  Hasil  analisa  data  perbedaan  basa nitrogen kemudian dikonfirmasi kebenarannya pada situs bioinformatika MITOMAP.

## 3. HASIL DAN PEMBAHASAN
Hasil Ukuran amplikon  fragmen D-Loop mtDNA pada kedua  sampel hasil amplifikasi DNA berukuran menggunakan primer M1 dan HV2 adalah 1 kb yang disajikan pada Gambar 2 . Hasil eksperimen ini sama dengan  hasil  perhitungan  teoritis  untuk  menentukan  ukuran  fragmen  DNA  target.  Adapun  penjelasan kesesuaian antara pengukuran teoritis ukuran target dan hasil eksperimen adalah sebagai berikut. Jumlah total  pasang  basa  DNA  mitokondria  yaitu  16.569  pb.  Ukuran  amplikon  fragmen  D-Loop  dihitung berdasarkan selisis total pasangan basa dalam mtDNA dengan posisi awal primer M1 (15.978 pb) + 1 dan posisi awal primer HV2R (409) + 1. Sehingga hasil diagram ukuran fragmen daerah D-Loop mtDNA yaitu 1,002 kb.  Hasil elektroforesis  gel agarosa 1 % pada amplikon sel akar  rambut dari kedua sampel asma (ASMA-KIMFST-UINSGD) dan (YHN-KIMFST-UINSGD) membentuk pita pada posisi 1 kilobasa (kb).
Gambar 2. Elektroforesis Amplikon Fragmen D-Loop mtDNA
Keterangan : 1. Penanda DNA ( marker ) GeneRuler 1 Kb DNA Ladder .
2. Fragmen D-Loop target dari sampel ASMA-KIMFST-UINSGD
3. Fragmen D-Loop target dari sampel YHN-KIMFST-UINSGD
1,5  kb
1 kb 0,75 kb
1 2 3
Fragmen D-Loop kemudian  diperbanyak  untuk  ditentukan  urutan  nukleotidanya  (DNA sequencing ). Hasil sekuensing fragmen D-Loop memperlihatkan elektroforegram yang terdiri dari 4 puncak berbeda warna sesuai dengan jenis basa nitrogen yang terdapat pada masing-masing nukleotida, warna hijau untuk adenin, hitam untuk guanin, merah untuk timin dan biru untuk sitosin, terdapat pada Gambar 3 . Pada Gambar 3 terlihat pula pemisahan puncak yang tidak saling tumpang tindih, hal ini memiliki arti bahwasanya urutan nukleotida adalah benar satu basa diwakilkan satu puncak, sehingga hasil urutan basa yang  tertera  di  bagian  bawah  elektroforegram  adalah  benar.  Elektroforegram  berwarna  hitam menunjukkan basa guanin, hijau untuk adenin, merah untuk timin, dan biru untuk sitosin.
Gambar 3 . Potongan Elektroforegram Hasil Penentuan Urutan Nukleotida Fragmen D-Loop.
Analisis  pensejajaran  kepastian  urutan  nukleotida  terhadap  daerah  1002  pasang  basa  (pb) fragmen D-Loop mtDNA menggunakan standar urutan nukleotida pada genom manusia berdasarkan CRS (Cambridge  Reference  Sequent) Anderson  yang  telah  direvisi  oleh  Andrew.  Analisis  urutan  nukleotida dilakukan dengan cara menempatkan posisi nukleotida sampel sejajar dengan urutan nukleotida CRS pada penderita asma dan normal pada software SeqMan DNA . Hasil pensejajaran menunjukkan bahwa urutan nukleotida  yang  diperoleh  adalah  benar  bagian  dari  daerah D-Loop mitokondria  manusia.  Selain mengetahui urutan nukleotida, pada program SeqMan DNA juga dapat dilakukan identifikasi mutasi yang terjadi pada fragmen D-loop hasil eksperimen. Penulisan nukleotida yang mengalami mutasi harus sesuai dengan  aturan  penulisan  mutasi,  yaitu  nukleotida  pertama  merupakan  nukleotida Cambridge dan nukleotida yang kedua merupakan nukleotida sampel penderita asma terdapat pada Gambar 4 dan normal terdapat pada Gambar 5 . Pada hasil analisis mutasi Gambar 4 , diperoleh sebanyak 7 mutasi nukleotida yang serupa antara sampel  ASMA-KIMFST-UINSGD  dan Cambridge  Reference  Sequence (CRS).  Terdapat  satu  mutasi  delesi (kehilangan pasangan nukleotida) dimana posisi 16037 pb dari kehilangan basa nukleotida menjadi basa adenin (A), juga terdapat enam mutasi substitusi (menempatkan urutan nukleotida pada posisi yang salah) yaitu pada posisi 16108 pb dari basa timin (T) menjadi sitosin (C), posisi 16129 pb dari basa adenin (A) menjadi guanin (G), posisi 16162 pb dari basa guanin (G) menjadi adenin (A), posisi 16172 pb dari basa sitosin (C) menjadi timin (T), posisi 16304 pb dari basa sitosin (C) menjadi timin (T), dan posisi 16519 pb dari basa sitosi (C) menjadi timin (T). Berikut analisis mutasi pada sampel penderita asma yang diperoleh dari Cambridge dapat dilihat pada Tabel 1. Sedangkan  pada pensejajaran sampel YHN-KIMFST-UINSGD, tidak  didapatkan  mutasi  substitusi  seperti  pada  sampel  ASMA-KIMFST-UINSGD  yang  memiliki  fenotip asma.
Gambar 4 . Hasil Pensejajaran Urutan Nukleotida antara Standar CRS dan Sampel ASMA-KIMFST-UINSGD.
Keetrangan :
Lingkaran Merah Menunjukkan Mutasi yang terjadi, sedangkan Posisi Mutasi Ditunjukkan pada Angka di atas Elektroforegram
Tabel 3. Data Mutasi pada Sampel ASMA-KIMFST-UINSGD
Kode Sampel Jenis Kelamin  Jenis Penyakit  Umur (Tahun)  Posisi Mutasi  Jumlah Mutasi
ASMA- KIMFST- UINSGD Perempuan Asma 22 a(16037)- c(16108)T g(16129)A a(16162)G t(16172)C t(16304)C t(16519)C 7 CAMBRIDGE - Asma - a(16037)- c(16108)T g(16129)A a(16162)G t(16172)C t(16304)C t(16519)C a(3243)G t(5655)C a(14693)G g(15927)A 11
Pada  hasil  pensejajaran  mtDNA  normal  diperoleh  tiga  mutasi  yang  sama  dengan Cambridge Reference Sequent (CRS) terdapat pada Gambar 5 . Dua mutasi substitusi yaitu pada posisi 73 pb dari basa guanin menjadi adenin (A) dan pada posisi 263 pb dari basa guanin menjadi adenin (A). Adapun yang terjadi pada mutasi delesi yaitu pada posisi 249 pb dari  basa adenin (A) menjadi hilang yang tersaji pada Tabel 2.

## Gambar 5. Hasil Pensejajaran antara Sampel Normal dan CRS
Tabel 2. Mutasi pada sampel YHN-KIMFST-UINSGD
Kode Sampel Jenis Kelamin Jenis Penyakit Umur (Tahun) Posisi Mutasi YHN-KIMFST- UINSGD Perempuan Normal 23 a(73)G a(249)- a(263)G CAMBRIDGE - Asma - a(73)G a(249)- a(263)G 73 pb 249 pb 263 pb

## Pembahasan
Kaitan  antara  mutasi  DNA  mitokondria  dengan  penderita  asma  adalah  mitokondria  berperan penting  dalam  proses  inflamasi  pada  sel  yang  akan  memicu  peradangan (Hough et  al .,  2020) .  Telah diketahui  bahwa  asma  ditandai  oleh  peradangan  kuat  pada  saluran  udara  yang  akhirnya  mengarah  ke remodeling jalan  udara  pada  sistem  pernafasan.  Beberapa  mutasi  yang  ditemukan  pada  sampel  ASMA- KIMFST-UINSGD ternyata terdapat juga pada manusia yang hidup dengan gangguan saluran pernafasan dan paru-paru. Mutasi G16129A dan C16108T ternyata ditemukan juga pada pasien yang mengalami kanker nasofaring,  yang  secara  mutasi  ini  akan  menghalangi  jalannya  oksigen  dari  hidung  ke  paru-paru (Pang, Shao, Liang, Xia, & Zeng, 2008) . Pada data mutasi T16519C, ternyata mutasi ini terdapat juga pada penderita kanker paru-paru (Yang Ai et al ., 2013) . Selanjutnya, mutasi T16519C terdapat juga pada manusia dengan gangguan  asupan  oksigen  yang  dibutuhkan  pada  ketinggian,  disebut  dengan  penyakit  high  altitude pulmonary edema (HAPE), dimana mutasi ini berkaitan dengan terjadinya penyempitan pembuluh darah di  paru-paru  pada  penderita  HAPE (Wang et  al .,  2022) .  Dari  penjelasan  ketiga  mutasi  tersebut,  dapat diketahui bahwa terjadinya mutasi pada sampel berkaitan dengan kemampuan mitokondria dalam bekerja maksimal  untuk  menghasilkan  energi  dan  mencegah  radikal  bebas.  Sehingga  terdapat remodeling alur udara  pada  sistem  pernafasan.  Terlebih  lagi  ketiga  mutasi  yang  ditemukan  G16129A,  C16108T,  dan T16519C miliki juga pada orang yang memiliki gangguan pernafasan, hal ini memperkuat dugaan bahwa ketiga mutasi ini identik dengan mutasi DNA mitokondria yang berkenaan dengan gangguan pernafasan. Selain itu, ditemukannya ketiga mutasi tersebut pada penderita asma, menambah informasi baru bahwa ketiga  mutasi  dimiliki  juga  oleh  DNA  mitokondria  pada  penderita  asma  yang  selama  ini  belum  pernah ditemukan pada penderita asma tanpa ada gangguan lain pada sistem pernafasan. Sehingga, data ini dapat memperkuat database mutasi DNA mitokondria pada penderita gangguan pernafasan termasuk asma. Sampel YHN-KIMFST-UINSGD berfungsi sebagai pengontrol yang berperan sebagai acuan bilamana terjadi mutasi pada sample  ASMA-KIMFST-UINSGD  yang memiliki fenotip  asma. Dari hasil pensejajaran terlihat bahwa mutasi pada Sampel YHN-KIMFST-UINSGD tidak berkaitan dengan asma dan gangguan paru- paru,  sehingga  dapat  dijadikan  perbadingan  dengan  sampel  ASMA-KIMFST-UINSGD.  Amplifikasi  daerah HV1 pada DNA mitokondria manusia pada umumnya akan menghasilkan variasi DNA mitokondria daerah HV1 yang menjadi daerah analisis pada perpindahan manusia ataupun identifikasi garis keturunan (Ngili et al ., 2012) . Adapun mutasi DNA yang terjadi pada YHN-KIMFST-UINSGD menunjukkan mutasi identitas dari populasi asia tenggara dengan garis keturunan haplogroup M . Haplogroup M merupakan haplogroup yang memiliki garis keturunan berasal dari Afrika Timur yang tersebar ke Asia Timur melalui benua India dengan  beragam  haplotipe  yang  berkembang  di  Asia  Selatan  dan  menjadi  bagian  dari  ekspansi  awal kelompok  manusia  modern  ke  Asia  Tenggara  dengan  sebagian  besar  mtDNA  ada  di  sana. Haplogroup M terjadi pada semua populasi Asia Tenggara dengan berbagai variasi frekuensi (25% – 45%) tertinggi terjadi di Melayu (Hill et al., 2007; Schurr & Wallace, 2002) . Melayu adalah etnis sekelompok orang berbahasa Austronesia didominasi oleh penghuni negara-negara modern seperti Singapura, Malaysia, dan Indonesia. Kelompok etnis Melayu Asia salah satu nya adalah Minangkabau (suku Minang) yang menganut adat bersifat matrilineal, mempunyai pemuka-pemuka adat atau penghulu yang disebut datuk dan hidup bersuku - suku menurut garis ibu (Wong et al ., 2013) .

## 4. SIMPULAN
Tiga mutasi DNA mitokondria yang ditemukan, yaitu G16129A, C16108T, dan T16519C dari sampel ASMA-KIMFST-UINSGD adalah mutasi substitusi yang baru ditemukan pada penderita asma dari Indonesia dan belum dilaporkan keberadaanya. Ketiga mutasi ini merupakan bagian dari penyumbang berubahnya jalur udara pada sistem pernafasan, dan berdampak negatif pada asupan udara ke dalam sistem pernafasan penderita asma.

## 5. DAFTAR PUSTAKA
Aguilera-Aguirre, L., Bacsi, A., Saavedra-Molina, A., Kurosky, A., Sur, S., & Boldogh, I. (2009). Mitochondrial Dysfunction Increases Allergic Airway  Inflammation. The Journal  of Immunology , 183 (8), 5379 – 5387. https://doi.org/10.4049/jimmunol.0900228.
Amorim, A., Fernandes, T., & Taveira, N. (2019). Mitochondrial DNA in human identification: A review. PeerJ , 7 . https://doi.org/10.7717/peerj.7314. Anandan, C., Nurmatov, U., Van Schayck, O. C. P., & Sheikh, A. (2010). Is the prevalence of asthma declining? Systematic  review  of  epidemiological  studies. Allergy:  European  Journal  of  Allergy  and  Clinical Immunology , 65 (2), 152 – 167. https://doi.org/10.1111/j.1398-9995.2009.02244.x.
Andres, M. P., Cardena, M. M. S. G., Fridman, C., & Podgaec, S. (2018). Polymorphisms of mitochondrial DNA
control region are associated to endometriosis. Journal of Assisted Reproduction and Genetics , 35 (3),
533 – 538. https://doi.org/10.1007/s10815-017-1082-4.
del Carmen Vennera, M., & Picado, C. (2014). Novel diagnostic approaches and biological therapeutics for intrinsic asthma. International Journal of General Medicine , 7 , 365 – 371. https://doi.org/10.2147/IJGM.S45259.
Derisoud, E., Jouneau, L., Dubois, C., Archilla, C., Jaszczyszyn, Y., Legendre, R., … Chavatte -Palmer, P. (2022). Maternal age affects equine day 8 embryo gene expression both in trophoblast and inner cell mass. BMC Genomics , 23 (1). https://doi.org/10.1186/s12864-022-08593-7.
Graham, B. L., Steenbruggen, I., Barjaktarevic, I. Z., Cooper, B. G., Hall, G. L., Hallstrand, T. S., … Thompson, B. R. (2019). Standardization of spirometry 2019 update an official American Thoracic Society and European  Respiratory  Society  technical  statement. American  Journal  of  Respiratory  and  Critical Care Medicine , 200 (8), E70 – E88. https://doi.org/10.1164/rccm.201908-1590ST.
Gupta,  M.,  K.,  Rakesh  Gupta,  R.,  Khunteta,  A.,  Swarnkar,  S.,  K.  (2017).  An  Overview  of  Asthma  and  its treatment. Journal of Biomedical and Pharmaceutical Research , 6 (5), 32 – 36.
Habib,  N.,  Pasha,  M.  A.,  &  Tang,  D.  D.  (2022).  Current  Understanding  of  Asthma  Pathogenesis  and Biomarkers. Cells , 11 (17), 1 – 17. https://doi.org/10.3390/cells11172764.
Hanafi, N. S., Agarwal, D., Chippagiri, S., Brakema, E. A., Pinnock, H., Sheikh, A., … Khoo, E. M. (2021). Chronic respiratory disease surveys in adults in low- and middle-income countries: A systematic scoping review  of  methodological  approaches  and  outcomes. Journal  of  Global  Health , 11 ,  1 – 11. https://doi.org/10.7189/jogh.11.04026.
Hill,  C.,  Soares,  P.,  Mormina,  M.,  Macaulay,  V.,  Clarke,  D.,  Blumbach,  P.  B.,  …  Richards,  M.  (2007).  A mitochondrial stratigraphy for Island Southeast Asia. American Journal of Human Genetics , 80 (1), 29 – 43. https://doi.org/10.1086/510412.
Hough, K. P., Curtiss, M. L., Blain, T. J., Liu, R. M., Trevor, J., Deshane, J. S., & Thannickal, V. J. (2020). Airway Remodeling in Asthma. Frontiers in Medicine , 7 (May). https://doi.org/10.3389/fmed.2020.00191. Hutchison, C., Newbold, J., Potter, S., & Edgell, M. (1974). Maternal inheritance of mitochondrial DNA. Nature ,
251 , 536 – 538. https://doi.org/10.1038/251536a0.
Jang, H., Kim, M., Hong, J. Y., Cho, H. J., Kim, C. H., Kim, Y. H., … Kim, K. W. (2020). Mitochondrial and nuclear mitochondrial variants in allergic diseases. Allergy, Asthma and Immunology Research , 12 (5), 877 – 884. https://doi.org/10.4168/aair.2020.12.5.877.
Kaplan, A. G., Balter, M. S., Bell, A. D., Kim, H., & McIvor, R. A. (2009). Diagnosis of asthma in adults. CMAJ. Canadian Medical Association Journal , 181 (10), 210 – 220. https://doi.org/10.1503/cmaj.080006. Lim, R. H., Kobzik, L., & Dahl, M. (2010). Risk for asthma in offspring of asthmatic mothers versus fathers: A meta-analysis. PLoS ONE , 5 (4). https://doi.org/10.1371/journal.pone.0010134.
Lin, L. Sen, Wang, J. F., Song, J., Liu, Y., Zhu, G., Dai, Y., … Chen, X. (2019). Cooperation of endogenous and exogenous reactive oxygen species induced by zinc peroxide nanoparticles to enhance oxidative stress-based
cancer therapy. Theranostics , 9 (24), 7200 – 7209.
https://doi.org/10.7150/thno.39831.
Louis,  R.,  Satia,  I.,  Ojanguren,  I.,  Schleich,  F.,  Bonini,  M.,  Tonia,  T.,  …  Usmani,  O.  S.  (2022).  European Respiratory Society guidelines for the diagnosis of asthma in adults. European Respiratory Journal , 60 (3). https://doi.org/10.1183/13993003.01585-2021.
Mori,  K.  M.,  McElroy,  J.  P.,  Weng,  D.  Y.,  Chung,  S.,  Fadda,  P.,  Reisinger,  S.  A.,  …  Song,  M.  A.  (2022).  Lung mitochondrial  DNA  copy  number,  inflammatory  biomarkers,  gene  transcription  and  gene methylation
in
vapers and smokers.
EBioMedicine , 85 , 1 – 14. https://doi.org/10.1016/j.ebiom.2022.104301.
Ngili, Y., Ubyaan, R., Palit, E. I. Y., Bolly, H. M. B., & Noer, A. S. (2012). Nucleotide mutation variants on D-loop HVS1/HVS2  mitochondrial  DNA  region:  Studies  on  Papuan  population,  Indonesian. European Journal of Scientific Research , 72 (1), 64 – 73.
Pang, L. J., Shao, J. Y., Liang, X. M., Xia, Y. F., & Zeng, Y. X. (2008). Mitochondrial DNA somatic mutations are frequent  in  nasopharyngeal  carcinoma. Cancer  Biology  and  Therapy , 7 (2),  198 – 207. https://doi.org/10.4161/cbt.7.2.5256.
Papi,  A.,  Blasi,  F.,  Canonica,  G.  W.,  Morandi,  L.,  Richeldi,  L.,  &  Rossi,  A.  (2020).  Treatment  strategies  for asthma: Reshaping the concept of asthma management. Allergy, Asthma and Clinical Immunology , 16 (1), 1 – 11. https://doi.org/10.1186/s13223-020-00472-8. Porpodis, K., Tsiouprou, I., Apostolopoulos, A., Ntontsi, P., Fouka, E., Papakosta, D., … Domvri, K. (2022).
Eosinophilic  Asthma,  Phenotypes-Endotypes  and  Current  Biomarkers  of  Choice. Journal  of Personalized Medicine , 12 (7). https://doi.org/10.3390/jpm12071093.
Qian, L., Mehrabi Nasab, E., Athari, S. M., & Athari, S. S. (2022). Mitochondria signaling pathways in allergic asthma. Journal of Investigative Medicine : The Official Publication of the American  Federation for
Clinical Research , 70 (4), 863 – 882. https://doi.org/10.1136/jim-2021-002098.
Raby, B. A., Klanderman, B., Murphy, A., Mazza, S., Camargo, C. A., Silverman, E. K., & Weiss, S. T. (2007). A common mitochondrial haplogroup is associated with elevated total serum IgE levels. Journal of Allergy and Clinical Immunology , 120 (2), 351 – 358. https://doi.org/10.1016/j.jaci.2007.05.029. Roger, A. J., Muñoz-Gómez, S. A., & Kamikawa, R. (2017). The Origin and Diversification of Mitochondria.
Current Biology , 27 (21), R1177 – R1192. https://doi.org/10.1016/j.cub.2017.09.015. Schurr, T. G., & Wallace, D. C. (2002). Mitochondrial DNA diversity in Southeast Asian populations. Human Biology , 74 (3), 431 – 452. https://doi.org/10.1353/hub.2002.0034. Shokolenko, I., & Alexeyev, M. (2022). Mitochondrial DNA: Consensuses and Controversies. Dna , 2 (2), 131 – 148. https://doi.org/10.3390/dna2020010. Singh, H., Kumar, S., Urs, A. B., & Kapoor, S. (2022). Identification of sequence polymorphisms in the D-loop region of mitochondrial DNA as valuable biomarkers for salivary gland tumors: an observational study. Egyptian  Journal  of  Otolaryngology , 38 (1),  0 – 5. https://doi.org/10.1186/s43163-022- 00208-y.
Sockrider,  M.,  &  Fussner,  L.  (2020).  What  is  asthma? American  Journal  of  Respiratory  and  Critical  Care Medicine , 202 (9), P25 – P26. https://doi.org/10.1164/rccm.2029P25.
Sylvester, C., Krishna, M. S., Rao, J. S., & Chandrasekar, A. (2018). Allele frequencies of mitochondrial DNA HVR III 514 – 524 (CA)n dinucleotide repeats in the Urali Kuruman tribal population of South India. Egyptian Journal of Forensic Sciences , 8 (1). https://doi.org/10.1186/s41935-018-0083-5.
Townsend, M. C., & Dreger, M. (2020). Spirometry in Occupational Health-2020. Journal of Occupational and Environmental Medicine , 62 (5), E208 – E230. https://doi.org/10.1097/JOM.0000000000001851. Tran, T. T. H., Nguyen, D. H., Tran, V. K., Nguyen, Q. L., Trinh, H. A., Luong, L. H., … Van Ta, T. (2020). Variation of  Mitochondrial  DNA  HV1  AND  HV2  of  the  Vietnamese  Population. Advances  in  Experimental Medicine and Biology , 1292 , 37 – 63. https://doi.org/10.1007/5584_2018_301.
Wang, Y., Huang, X., Peng, F., Han, H., Gu, Y., Liu, X., & Feng, Z. (2022). Association of variants m.T16172C and m.T16519C  in  whole  mtDNA  sequences  with  high  altitude  pulmonary  edema  in  Han  Chinese lowlanders. BMC Pulmonary Medicine , 22 (1), 1 – 10. https://doi.org/10.1186/s12890-021-01791-
1.
Wong,  L.-P.,  Ong,  R.  T.-H.,  Poh,  W.- T.,  Liu,  X.,  Chen,  P.,  Li,  R.,  …  Teo,  Y. -Y.  (2013).  Deep  whole-genome sequencing  of  100  southeast  Asian  Malays. American  Journal  of  Human  Genetics , 92 (1),  52 – 66. https://doi.org/10.1016/j.ajhg.2012.12.005.
Xu, W., Chen, R., Hu, B., Zein, J. G., Liu, C., Comhair, S. A. A., … Severe Asthma Research Program (SAR. (2019).
Mitochondrial DNA Variation
and
Severe Asthma, (D), A2961 – A2961. https://doi.org/10.1164/ajrccm-conference.2019.199.1_meetingabstracts.a2961.
Yang Ai, S. S., Hsu, K., Herbert, C., Cheng, Z., Hunt, J., Lewis, C. R., & Thomas, P. S. (2013). Mitochondrial DNA mutations in exhaled breath condensate of patients with lung cancer. Respiratory Medicine , 107 (6), 911 – 918. https://doi.org/10.1016/j.rmed.2013.02.007.
Yang, I. V., Lozupone, C. A., & Schwartz, D. A. (2017). The environment, epigenome, and asthma. Journal of Allergy and Clinical Immunology , 140 (1), 14 – 23. https://doi.org/10.1016/j.jaci.2017.05.011. Yudhawati,  R.,  &  Krisdanti,  D.  P.  A.  (2019).  Imunopatogenesis  Asma. Jurnal  Respirasi , 3 (1),  26. https://doi.org/10.20473/jr.v3-i.1.2017.26-33.
Zifa,  E.,  Daniil,  Z.,  Skoumi,  E.,  Stavrou,  M.,  Papadimitriou,  K.,  Terzenidou,  M.,  …  Mamuris,  Z.  (2012).
Mitochondrial  genetic  background  plays  a  role  in  increasing  risk  to  asthma. Molecular  Biology Reports , 39 (4), 4697 – 4708. https://doi.org/10.1007/s11033-011-1262-8.