# Korespondensi:  Balai  Riset  Pemuliaan  Ikan.  Jl.  Raya  2 Sukamandi  Pantura,  Patokbeusi,  Subang  41263,  Indonesia. Tel.  +  62  21  7520482 E-mail:  didik_ski@yahoo.com
Tersedia  online  di:  http://ejournal-balitbang.kkp.go.id/index.php/jra

## KARAKTERISTIK  FENOTIPE  DAN  GENOTIPE  LIMA  STRAIN  IKAN  MAS DI JAWA BARAT DAN BANTEN
Didik Ariyanto *)# ,  Odang  Carman **) ,  Dinar Tri  Soelistyowati **) ,  Muhammad Zairin  Jr. **) ,  dan Muhamad  Syukur ***)
*) Balai Riset Pemuliaan Ikan Jl. Raya 2 Sukamandi Pantura, Patokbeusi, Subang 41263
**) Departemen Budidaya Perairan, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, Institut Pertanian Bogor Kampus  IPB Darmaga,  Jl. Agatis,  Babakan,  Dramaga, Bogor, Jawa Barat 16680
***) Departemen Agronomi dan Hortikulutura, Fakultas Pertanian, Institut Pertanian Bogor Kampus IPB  Darmaga, Jl. Meranti, Babakan, Dramaga, Bogor, Jawa Barat 16680
(Naskah diterima: 11 Mei 2018; Revisi final: 8 Agustus 2018; Disetujui publikasi: 8 Agustus 2018)

## ABSTRAK
Langkah  awal  program  pemuliaan  adalah  koleksi  dan  pengenalan  karakter  materi  pemuliaan  tersebut. Hasil karakterisasi digunakan sebagai dasar pertimbangan metode pelaksanaan program pemuliaan yang akan dilakukan. Koleksi material genetik untuk program pemuliaan ikan mas menghasilkan lima strain yang dominan dibudidaya di wilayah Jawa Barat dan Banten, yakni strain Rajadanu, Sutisna, Majalaya, Wildan, dan Sinyonya. Pengenalan karakter material genetik ikan mas hasil koleksi dilakukan melalui dua pendekatan, yaitu fenotipe menggunakan metode truss morfometrik dan genotipe menggunakan metode mikrosatelit DNA.  Hasil  analisis  menunjukkan  bahwa  variasi  keragaan  fenotipe  kelima strain  ikan  mas  relatif  sesuai dengan  variasi keragaan  genotipenya.  Selain  mengelompokkan antar strain,  hasil  analisis  genotipe  juga menunjukkan bahwa tingkat keragaman genetik kelima strain ikan mas yang diindikasikan dengan nilai heterozigositas (Ho) relatif rendah, yaitu berkisar antara 0,08-0,20 dengan jarak genetik antar strain berada dalam  kisaran  0,420-0,582.
KATA KUNCI: karakterisasi;  truss  morfometrik;  mikrosatelit;  ikan  mas
ABTRACT: Phenotype  and  genotype  characteristics of  five  strains  of  common  carp from  West  Java  and Banten  Province,  Indonesia.  By:  Didik  Ariyanto,  Odang  Carman,  Dinar  Tri  Soelistyowati, Muhammad Zairin Jr., and Muhamad Syukur
The first step in a fish breeding program is the collection and characterization of the breeding subject. The results of characterization are used as a baseline to select suitable potential methods used in the breeding program. The samples of genetic materials of five strains of common carp (Rajadanu, Sutisna, Majalaya, Wildan, and Sinyonya) were obtained from West Java and Banten Province. The characterization of collected genetic materials of the common carp species followed the phenotype and genotype approaches. Phenotypic characterization used truss morphometric method while genotype characterization applied DNA microsatellite method. The results showed that the phenotypic variation of the common carp had a close fit with its genotypic variation. In addition, the genotype analysis also showed that the genetic diversity level of the strains was relatively low indicated by the narrow ranges of heterozygosity values (Ho) (0.08-0.20) and genetic distance among strains (0.420-0.582).
KEYWORDS: characterization; truss morphometric; microsatellite; common carp

## PENDAHULUAN
Pengembangan  budidaya  ikan  mas  di  Indonesia mengalami kendala yang cukup serius. Hal ini ditandai
dengan penurunan jumlah produksi ikan mas budidaya sejak sekitar tahun 2003 (Rukmono, 2005). Penurunan angka  produksi  ikan  mas  disebabkan  oleh  adanya serangan penyakit dan penurunan laju pertumbuhan benih. Ketidakmampuan benih menghadapi serangan penyakit, serta penurunan laju pertumbuhan ini diduga karena  benih  telah  mengalami  penurunan  kualitas genetik. Penurunan kualitas genetik benih ikan mas
budidaya  diduga  kuat  terkait  dengan  kesalahan manajemen  perbenihan  pada  tingkat  pembenih (Subagyo  et  al.,  2000).  Kondisi  tersebut  menuntut segera  dilakukannya  perbaikan  mutu  genetik (pemuliaan) benih ikan mas budidaya.
Dalam rangka kegiatan pemuliaan, langkah pertama yang  perlu  dilakukan  adalah  pengenalan  terhadap karakter  plasma  nutfah.  Pengenalan  karakter  dapat dilakukan  melalui  dua  pendekatan,  yaitu  secara fenotipe  dan  genotipe.  Karakterisasi  fenotipe  yang mempunyai  akurasi  hasil  cukup  tinggi  adalah menggunakan metode truss morphometric. Pengukuran karakter  morfometrik  menggunakan  pola  truss memberikan  gambaran  bentuk  tubuh  yang  lebih menyeluruh.  Metode  ini  menghasilkan  karakter geometrik bentuk tubuh secara lebih sistematis dan menunjukkan  peningkatan  kemampuan  dalam mengidentifikasi perbedaan-perbedaan bentuk tubuh pada  ikan.  Metode  truss  morfometrik  banyak digunakan untuk mengidentifikasi perbedaan bentuk tubuh ikan seperti pada ikan nila (Velasco et al., 1996), ikan  salmon  (Swain  et  al.,  1991),  ikan  mackerel (Jayasankaret al., 2004), dan ikan mas (Imron, 2000).
Dalam  banyak  kasus,  karakter  fenotipe  suatu populasi dipengaruhi oleh kondisi lingkungan tempat populasi  tersebut  berkembang.  Dalam  rangka mengonfirmasi  keragaman  karakter  fenotipe, dikembangkan  metode  karakterisasi  pada  tingkat genotipe.  Karakterisasi  genotipe  molekuler  yang banyak  digunakan  sebagai  analisis  pembeda  antar populasi  plasma  nutfah  adalah  analisis  DNA mikrosatelit (Takezaki & Nei, 1996). DNA mikrosatelit merupakan suatu urutan basa N pendek  pada DNA, biasanya terdiri atas dua sampai lima basa N (disebut sebagai  motif),  yang  berulang-ulang  tanpa  tersela. Panjang  pengulangan  ini  bervariasi  tergantung individu/varietas  dan  diwariskan  kepada  generasi berikutnya. Mutasi dapat terjadi terhadap banyaknya pengulangan  ini  sehingga  muncul  variasi  panjang pengulangan di dalam individu-individu dalam suatu spesies.  Variasi  ini  membuat  mikrosatelit  dapat digunakan  sebagai  penanda  genetik.  Penerapan metode  mikrosatelit  untuk  mengkarakterisasi spesies-spesies ikan telah dilakukan antara lain pada ikan rainbow trout (Herbinger et al., 1995), ikan nila (Romana-Eguia et al., 2004), dan ikan mas (Yue et al., 2004; Thai et al., 2007; Hulak et al., 2010).
Penelitian ini bertujuan mengidentifikasi karakter fenotipe  dan genotipe  lima strain  ikan  mas di  Jawa Barat  dan  Banten,  yaitu  strain  Rajadanu,  Sutisna, Majalaya, Wildan, dan Sinyonya.  Hasil penelitian ini digunakan sebagai dasar pertimbangan pelaksanaan kegiatan pemuliaan ikan mas selanjutnya.

## BAHAN DAN METODE

## Populasi  Ikan  Mas
Bahan penelitian adalah lima strain ikan mas milik Balai  Penelitian  Pemuliaan  Ikan,  Sukamandi  yang dikoleksi tahun 2010-2012. Populasi ikan mas terdiri atas  strain  Rajadanu  dan  Sutisna  dari  Kabupaten Kuningan (Jawa Barat), strain Majalaya dari Kabupaten Bandung (Jawa  Barat), strain  Wildan dari  Kabupaten Cianjur (Jawa Barat), dan strain Sinyonya dari Kabupaten Pandeglang (Banten).

## Karakterisasi  Fenotipe
Analisis  keragaman  karakter  fenotipe  dilakukan menggunakan  metode  truss  morphometric.  Benih sampel diambil dari hasil pemijahan tiga pasang induk dari masing-masing strain, berukuran 25-50 g per ekor. Jumlah  sampel  sebanyak  50  ekor/strain,  terdiri  atas 25 ekor jantan dan 25 ekor betina. Pengambilan titik- titik patokan yang jelas, konsisten, dan homolog dari satu  sampel  ke  sampel  lain  dipilih  di  sekitar  garis bentuk (outline) tubuh ikan mengikuti Nugroho et al. (1991) dan Imron et al. (2000). Pengukuran jarak antara titik-titik patokan dilakukan menggunakan mistar ukur dengan ketelitian 0,5 mm.

## Karakterisasi  Genotipe
Karakterisasi  genotipe  dilakukan  menggunakan metode  DNA  mikrosatelit.  Bahan  yang  digunakan adalah potongan sirip induk ikan mas hasil koleksi, sebanyak 10 ekor/strain. Secara umum, analisis DNA mikrosatelit  terdiri  atas  tahap  ekstraksi  DNA, amplifikasi DNA dalam mesin PCR, elektroforesis, dan analisis fragmen DNA. Karakteristik genotipe dianalisis menggunakan lima lokus mikrosatelit, yaitu MFW-6, MFW-7,  MFW-9,  MFW-13,  dan  MFW-16  (Yue  et  al., 2004; Thai et al., 2007).

## Analisis  Data
Data  fenotipe  dianalisis  menggunakan  analisis komponen  utama  (Principal  Componen  Analysis/PCA) sebagai pembeda bentuk tubuh antar strain. Analisis ragam multivariasi (Amova) dilakukan antar populasi jantan  dan  betina  untuk  mengetahui  kemungkinan adanya dimorfisme seksual. Analisis komponen utama dilakukan  pada  populasi  jantan  dan  betina  secara terpisah jika secara nyata terdapat perbedaan antara populasi  jantan  dan  betina.  Analisis  data  gabungan populasi  jantan  dan  betina  dilakukan  sebagai pembanding.  Analisis  komponen  utama  dilakukan mengikuti prosedur Strauss & Bond (1990) dan Edge et  al.  (1991).  Analisis  data  dilakukan  menggunakan program SPSS 16.0.
Parameter  genotipe  meliputi  jumlah  alel  setiap lokus, frekuensi alel, diversitas gen, heteroziogositas, polimorfisme  dan  jarak  genetik  dianalisis menggunakan program Power Maker V3.25. Visualisasi hubungan  antar  strain  dalam  bentuk  dendrogram dilakukan menggunakan metode UPGMA (Unweighted Pair Group Method with Aritmatic Mean).

## HASIL DAN BAHASAN

## Karakteristik  Fenotipe
Analisis ragam multivariasi antara populasi jantan dan  betina  memberikan  nilai  F hitung =  1,663  dan  P= 0,038. Hasil ini mengindikasikan adanya dimorfisme seksual pada bentuk tubuh ikan mas, sehingga analisis lanjutan  menggunakan  analisis  komponen  utama dilakukan pada masing-masing jenis kelamin. Analisis gabungan  kedua  jenis  kelamin  dilakukan  sebagai pembanding. Hasil analisis komponen utama populasi jantan, betina, serta gabungan disajikan pada Tabel 1. Analisis  pengelompokan bentuk  tubuh  berdasarkan analisis komponen utama disajikan dalam bentuk dia- gram pencar (scatter plot) pada Gambar 1, dan analisis gerombol  (cluster  analysis)  berdasarkan  kemiripan bentuk tubuh antar strain ikan mas disajikan dalam bentuk dendrogram pada Gambar 2.
Tiga komponen utama yang dibangun berdasarkan nilai-nilai  karakter  truss  dalam  analisis  morfometrik menunjukkan keragaman bentuk tubuh populasi ikan mas hingga 58,9% pada populasi jantan; 52,4% pada populasi betina; dan 52,9% pada populasi gabungan (Tabel 1). Hal ini  menunjukkan bahwa metode yang digunakan  pada  penelitian  ini  relatif  baik  dalam membedakan bentuk tubuh antar strain ikan mas. Hasil analisis komponen utama pada PC-1 dan PC-2 populasi jantan menunjukkan bahwa strain Sutisna mempunyai
kemiripan  tinggi  dengan  strain  Sinyonya  sedangkan strain Rajadanu mempunyai kemiripan dengan strain Majalaya (Gambar 1A). Analisis pada populasi betina menunjukkan  pola  yang  hampir  sama,  yaitu  strain Sutisna  mempunyai  kemiripan  tinggi  dengan  strain Sinyonya, tetapi bentuk tubuh strain Rajadanu berbeda dengan  strain  Majalaya  (Gambar  1B).  Hasil  analisis populasi  gabungan  mendukung  hasil  analisis  pada kedua populasi di atas yang menunjukkan bahwa strain Sutisna  mempunyai  kemiripan  yang  tinggi  dengan strain  Sinyonya.  Analisis  data  gabungan  juga menunjukkan bahwa bentuk tubuh yang paling berbeda adalah antara strain Rajadanu dengan strain Majalaya. Hal ini diindikasikan dengan daerah sebaran individu yang berhimpitan antara kedua strain tersebut relatif sedikit  (Gambar  1C).  Berdasarkan  Tabel  1,  karakter truss  yang  secara  nyata  berkontribusi  terhadap pembedaan antar strain tersebut adalah A-3, A-4, A-6, B-3, B-4, B-5, C-4, C-5, dan D-3. Hasil ini menunjukkan bahwa perbedaan bentuk tubuh antar strain ikan mas merata pada semua bagian tubuh, mulai dari bentuk kepala, badan bagian depan dan belakang hingga batang ekor.
Hasil  analisis  gerombol  berdasarkan  tingkat kemiripan  bentuk  tubuh  antar  strain  ikan  mas menunjukkan  bahwa  kelima  strain  ikan  mas  dalam penelitian  ini  terbagi  menjadi  tiga  kelompok  besar, yaitu strain Sinyonya, Sutisna, dan Wildan dalam satu kelompok  sedangkan  strain  Rajadanu  dan  Majalaya menjadi kelompok-kelompok yang berbeda (Gambar 2). Hasil ini mendukung hasil analisis sebelumnya yang menunjukkan  bahwa  strain  Sutisna  dan  Sinyonya mempunyai  kemiripan  bentuk  tubuh  yang  tinggi, sedangkan bentuk tubuh strain Rajadanu dan Majalaya saling berbeda.
Gambar 1. Diagram pencar komponen utama 1 dan 2 (PC-1, PC-2) pada populasi ikan mas jantan (A), betina (B), dan gabungan (C) menggunakan 21 jarak truss.
Figure 1. Scatter plot for the first and second PC in male (A), female (B), and combination (C) population of common carp using 21 truss characters. Majalaya           Sinyonya          Rajadanu         Sutisna        Wildan
A B C P C -2 3.0 2.0 1.0 0.0 -1.0 -2.0 -3.0 PC-1 -3.0 -2.0 -1.0 0.0 1.0 2.0 3.0 P C -2 3.0 2.0 1.0 0.0 -1.0 -2.0 -3.0 -3.0 -2.0 -1.0 0.0 1.0 2.0 3.0 P C -2 3.0 2.0 1.0 0.0 -1.0 -2.0 -3.0 -3.0 -2.0 -1.0 0.0 1.0 2.0 3.0
PC-1
PC-1
Secara  umum,  penampilan  fenotipe  populasi ditentukan oleh keragaan genetik dan dipengaruhi oleh kondisi lingkungan. Pada populasi ikan mas, pengaruh kondisi  lingkungan  terhadap  keragaman  morfologi populasi tersebut sangat besar (Wang & Li, 2007; Ninh et  al.,  2011).  Hasil  penelitian  yang  dilakukan  oleh Matricia (1990), Hardjamulia et al. (1996), dan Imron et  al.  (2000)  pada  populasi  ikan  mas  menunjukkan bahwa strain Rajadanu dan Sutisna mempunyai bentuk tubuh yang relatif sama. Hal ini diduga karena kedua strain  tersebut  dikembangkan  di  daerah  dengan kondisi  geografis dan  agro-klimatologis yang  sama, yaitu di daerah Kuningan, Jawa Barat. Imron et al. (2000) juga memperoleh hasil bahwa bentuk tubuh ikan mas strain  Majalaya  dari  daerah  Bandung  mempunyai kemiripan  tinggi  dengan  strain  Wildan  dari  daerah Cianjur. Secara geografis, Kabupaten Bandung dengan Kabupaten Cianjur relatif berdekatan dengan kondisi agro-klimatologi yang relatif sama. Namun, hasil yang diperoleh pada penelitian ini relatif berbeda dengan penelitian sebelumnya. Bentuk tubuh ikan mas strain Sutisna (Kuningan) cenderung mempunyai kemiripan dengan  bentuk  tubuh  strain  Wildan  (Cianjur)  dan Sinyonya (Pandeglang), tetapi berbeda dengan bentuk tubuh  strain  Rajadanu  (Kuningan)  maupun  Majalaya (Bandung).  Beberapa  alasan  dapat  menyebabkan terjadinya perbedaan hasil antar penelitian, antara lain: (1)  Metode  pembangkitan  dan  analisis  data  yang digunakan.  Penggunaan  metode  yang  berbeda cenderung menghasilkan keluaran yang berbeda. Hal ini karena sensitivitas alat, metode dan analisis yang digunakan  pada  masing-masing  metode  tersebut berbeda. (2) Metode koleksi contoh yang digunakan. Di dalam penelitian sebelumnya, contoh benih ikan mas  yang  digunakan  diambil  langsung  dari  daerah endemik populasi tersebut berkembang, sedangkan pada penelitian ini, benih yang digunakan berasal dari pemijahan induk yang dikoleksi oleh BRPI, Sukamandi
pada tahun 2010-2012. (3) Lingkungan pemeliharaan. Induk  yang  digunakan  untuk  produksi  benih  dalam penelitian  sebelumnya  dipelihara  di  daerah  asal masing-masing strain, sedangkan induk ikan mas hasil koleksi BRPI yang digunakan pada penelitian ini sudah dipelihara pada lingkungan yang relatif sama selama lebih  dari  lima  tahun.  Berdasarkan  analisis  di  atas, argumentasi  nomor  2  dan  3  nampaknya  lebih memungkinkan terjadinya perbedaan hasil penelitin ini. Hal ini mengingat semua metode yang digunakan dalam  penelitian  ini  mengacu  pada  penelitian sebelumnya, sehingga kemungkinan besar perbedaan hasil penelitian bukan disebabkan oleh faktor tersebut. Proses adaptasi yang sudah berlangsung lebih dari lima tahun  diduga  menyebabkan  terjadinya  perubahan bentuk  tubuh  dari  masing-masing  strain  ikan  mas. Dengan demikian, adanya variasi bentuk tubuh antar strain  ikan  mas  dalam  penelitian  ini  diduga  lebih disebabkan karena perbedaan karakter genotipe.

## Karakteristik  Genotipe
Karakteristik  genotipe  lima  strain  ikan  mas berdasarkan  analisis  mikrosatelit  disajikan  pada Gambar 3 dan Tabel 2. Gambar 3 menunjukkan adanya beberapa private allele pada masing-masing lokus dari setiap strain. Private allele merupakan alel yang hanya ditemukan pada satu strain dan tidak ditemukan pada strain lainnya (Syahputra et al., 2016). Sebagai contoh, alel berukuran 117 bp dan 143 bp pada lokus MFW-6 merupakan  alel  yang  hanya  ditemukan  pada  strain Wildan, sedangkan alel berukuran 136 bp dan 150 bp hanya ditemukan pada strain Sutisna. Pada lokus MFW- 7, alel berukuran 58 bp merupakan alel yang hanya ditemukan pada strain Rajadanu, alel berukuran 200, 209,  217, dan  238 bp  ditemukan  hanya pada  strain Sutisna,  sedangkan  alel  berukuran  266  bp  hanya ditemukan pada strain Wildan. Pada lokus MFW-13 dan MFW-16, variasi alel antar strain lebih beragam dengan
Gambar 2. Dendrogram yang menunjukkan tingkat kemiripan morfologi lima strain ikan mas.
Figure 2. Dendrogram  showing  the  morphological  similarity  among  five strains of common carp.
C A S E
Label Num Sinyonya
Sutisna Wildan Rajadanu Majalaya 3 4 5 2 1 0 5 10 15 20
25
Rescaled distance cluster combine
Gambar 3. Ukuran dan frekuensi alel di setiap lokus mikrosatelit pada lima strain ikan mas. Figure 3. The allele sizes and frequencies in each microsatellite locus of five strains of common carp.
0 20 40 60 80 100 120 140 1 0 9 1 1 7 1 1 8 1 3 5 1 3 6 1 3 7 1 4 1 1 4 2 1 4 3 1 5 0 1 5 1 1 5 2 1 5 3 1 5 4 1 6 6 1 6 8 1 6 9 Fr ek u en si (F re qu en cy ) Panjang alel/Allele length (bp) MFW-6 Sinyonya Wildan
Majalaya Sutisna Rajadanu 0 20 40 60 80 100 120 140 5 8 1 9 8 1 9 9 2 0 0 2 0 9 2 1 7 2 2 0 2 2 1 2 2 3 2 2 4 2 2 5 2 2 6 2 2 7 2 3 3 2 3 5 2 3 8 2 4 1 Fr ek u en si ( Fr eq ue nc y) Panjang alel/Allele length (bp) MFW-7 Sinyonya Wildan
Majalaya Sutisna Rajadanu 0 20 40 60 80 100 120 140 89 90 92 93 122 123 124 126 140 183 184 Fr ek u en si (F re qu en cy ) Panjang alel/Allele length (bp) MFW-9 Sinyonya Wildan
Majalaya Sutisna Rajadanu 0 50 100 150 200 250 7 7 9 0 1 6 0 1 6 1 1 6 2 1 6 3 1 6 4 1 6 6 1 6 7 1 6 8 1 6 9 1 7 1 1 7 2 1 9 0 1 9 7 1 9 9 Fr ek u en si ( Fr eq ue nc y) Panjang alel/Allele length (bp) MFW-13 Sinyonya Wildan
Majalaya Sutisna Rajadanu 0 20 40 60 80 100 120 104 134 141 146 159 172 176 181 185 187 189 208 Fr ek u en si ( Fr eq ue nc y) Panjang alel/Allele length (bp) MFW-16 Sinyonya Wildan Majalaya Sutisna Rajadanu
ditemukannya beberapa private allele pada kelima strain ikan mas. Tingginya variasi alel antar strain maupun antar  individu  dalam  strain  ikan  mas  menunjukkan bahwa tingkat polimorfisme marka mikrosatelit yang digunakan pada penelitian ini relatif tinggi.
Jumlah rata-rata alel setiap strain ikan mas dalam penelitian ini berbeda-beda, berkisar antara 5,8 pada strain Majalaya hingga 8,8 pada strain Wildan (Tabel 2).  Rata-rata  jumlah  alel  ini  relatif  sama  jika dibandingkan  dengan  rata-rata  jumlah  alel  yang teridentifikasi  pada  populasi  ikan  mas  di  Asia  dan Eropa (Kohlmann et al., 2005), Bangladesh (Mondol et al., 2006), dan Vietnam (Thai et al., 2007). Frekuensi rata-rata alel pada strain Rajadanu sama dengan strain Sinyonya,  mengindikasikan  bahwa  kedua  strain tersebut  mempunyai  struktur  genotipe  yang  relatif sama,  tetapi  berbeda  dengan  tiga  strain  lainnya. Tingkat  keragaman  genetik  kelima  strain  ikan  mas ditunjukkan  dengan  nilai  diversitas  gen  dan heterozigositas. Dalam analisis ini, nilai diversitas gen sama dengan nilai heterozigositas harapan (expected heterozygosity/He)  sedangkan  nilai  heterozigositas adalah nilai heterozigositas teramati (observed heterozy- gosity/Ho) (Nei, 1987). Strain Wildan mempunyai nilai heterozigositas  (Ho)  rata-rata  paling  tinggi  sebesar 0,20 (Tabel 2). Hasil ini mengindikasikan bahwa strain Wildan  merupakan  populasi  plasma  nutfah  dengan tingkat  keragaman  genetik  paling  lebar.  Namun demikian,  nilai  rata-rata  diversitas  gen  (He)  strain Wildan lebih tinggi dibanding nilai heterozigositasnya (Ho). Kondisi yang sama juga terjadi pada semua strain ikan mas dalam penelitian ini, di mana nilai diversitas gen  (He)  lebih  tinggi  di  atas  nilai  rata-rata heterozigositas (Ho). Hasil ini menunjukkan terjadinya defisit heterozigositas pada semua populasi ikan mas hasil koleksi. Dijelaskan oleh Syahputra et al. (2016) bahwa  defisit  heterozigositas  pada  suatu  populasi disebabkan  oleh  adanya  keadaan  homozigot berlebihan (excess of homozygote). Munculnya keadaan homozigot  berlebihan  dapat  disebabkan  oleh fenomena  null  alleles,  inbreeding,  assortative  mating, aktivitas seleksi, dan kombinasi dari beberapa faktor tersebut  (Garcia  de  Leon  et  al.,  1997).  Homozigot berlebihan  yang  mengakibatkan  rendahnya  tingkat keragaman  genetik  ikan  mas  dalam  penelitian  ini diduga disebabkan aktivitas seleksi maupun fenomena inbreeding.  Sebagai  contoh,  strain  Rajadanu  yang digunakan dalam penelitian ini adalah populasi yang telah mengalami seleksi selama tiga generasi di Balai Riset  Pemuliaan  Ikan,  Sukamandi  (Syahputra  et  al., 2015).  Diduga  aktivitas  seleksi  tersebut  telah mengakibatkan  hilangnya  beberapa  alel  sehingga meningkatkan frekuensi alel-alel tertentu yang secara bersamaan menurunkan tingkat heterozigositasnya. Fenomena  inbreeding  pada  strain-strain  ikan  mas
didukung oleh analisis keseimbangan Hardy-Weinberg yang menunjukkan bahwa semua strain ikan mas tidak berada dalam kesimbangan (P<0,05) yang baik.
Berdasarkan  hasil  analisis  polimorfisme  dan heterozigositas di atas, kelima strain ikan mas dalam penelitian  ini  merupakan  populasi  dengan  tingkat homozigositas dan tingkat polimorfisme yang tinggi (homozigot  heterogen).  Dalam  konteks  ilmu pemuliaan, populasi dengan karakteristik tersebut baik untuk  digunakan  dalam  kegiatan  hibridisasi  karena akan  memunculkan  sifat  heterosis  yang  baik  pada keturunannya. Pada kegiatan seleksi, populasi-populasi dengan  karakteristik  tersebut  akan  menjadi  efektif jika digabungkan dalam sebuah populasi sintetis, yaitu populasi  yang  merupakan  kombinasi  dari  beberapa sumberdaya  genetik.  Populasi  sintetik  umumnya mempunyai tipe yang heterozigot heterogen.
Berdasarkan hasil analisis pada Tabel 2, selanjutnya dihitung  jarak  genetik  antar  strain  ikan  mas.  Jarak genetik  antar  strain  ikan  mas  berkisar  antara  0,420 yaitu antara strain Rajadanu dengan Sinyonya hingga 0,582 yaitu antara strain Majalaya dengan Sutisna (Tabel 3). Hasil penelitian ini senada dengan hasil penelitian Ariyanto et al. (2003) yang menunjukkan bahwa strain Majalaya mempunyai keragaan genotipe yang berbeda dari tiga strain ikan mas lainnya, yaitu strain Rajadanu, Sutisna,  dan  Wildan  dengan  jarak  genetik  sebesar 0,018. Pada penelitian ini, penggunaan metode yang lebih teliti mampu menunjukkan perbedaan keragaan genotipe  dan  jarak  genetik  antara  strain  Rajadanu, Sutisna, dan Wildan dengan strain Majalaya, masing- masing sebesar 0,512; 0,582; dan 0,557 (Tabel 3).
Berdasarkan  analisis  jarak  genetik  pada  Tabel  3 selanjutnya dibuat hubungan filogenetik antar strain ikan mas hasil koleksi (Gambar 4). Berdasarkan analisis filogenetik  pada  Gambar  4,  strain  Majalaya  secara sendiri terpisah  dari keempat  strain lainnya,  senada dengan hasil  analisis gerombol berdasarkan  bentuk tubuh  (Gambar  2).  Hasil  ini  juga  sesuai  dengan penelitian  Ariyanto  et  al.  (2003)  yang  menunjukkan bahwa strain Majalaya terpisah dengan strain Rajadanu, Sutisna, dan Wildan. Pengelompokan keempat strain lainnya dalam penelitian ini menempatkan strain Wildan terpisah dari strain Sutisna, Rajadanu, dan Sinyonya. Hasil  analisis  genotipe  ini  sedikit  berbeda  dengan analisis morfologi yang menempatkan strain Rajadanu terpisah  dari  ketiga  strain  lainnya  (Wildan,  Sutisna, dan  Sinyonya).  Perbedaan  hasil  analisis  ini  diduga karena adanya faktor lingkungan yang memengaruhi keragaan fenotipe ikan mas. Selain itu, lima macam lokus  mikrosatelit  yang  digunakan  dalam  analisis keragaman  genotipe  ini  bukan  merupakan  marka spesifik yang berhubungan dengan keragaman bentuk tubuh ikan mas.
Ta b el 1
. Sk o r, ko re la si , d an p ro p o rs i k er ag am an y an g d ap at d ij el as ka n o le h t ig a ko m p o n en u ta m a p er ta m a m en g g u n ak an 2 1 k ar ak te r tr uss m o rf o m et ri k p ad a li m a
st ra in i ka n m as . Ta bl e 1.

## Sc or es, cor re la ti on ,
an d va ri at ion e xp la in ed b y th e fi rst t hr ee p ri nc ip al c om pon en t usi ng 21 tr uss m or ph om et ri c ch ar ac te rs in fi ve st ra in s of com m on c ar p.
K e te ra n g an : A n g ka y an g d ic et ak t eb al a d al ah n il ai y an g s ig n if ik an , n il ai n ya le b ih d ar i s et e n g ah P C y an g b ers an g ku ta n ( Ve la sc o e t al ., 1 9 9 6 ). T an d a as te ri k (* ) m e n u n ju k ka n n il ai k o re la si y an g ti n g g i (> 0 ,7 ) a n ta ra k ara k te r tr us s d en g an P C y an g b er sa n g ku ta n , m en g in d ik as ik an k ar ak te r- k ara k te r ya n g s p es if ik m e m b e d ak an b en tu k tu b u h a n ta r st ra in ik an m as . N ot es : Bo ld p ri nt ed v al ue s re pr es en t sc or es c on si de re d to b e si g ni fi ca nt w hi ch a bs ol ut e va lu e is g re at er t ha n a ha lf m ax im um c oe ff ic ie nt f or r el ev an t PC ( Ve la sc o et a l., 1 9 9 6 ). T he a st er ix m ar ke r (* ) sh owe d th e hi gh c or re la ti on ( > 0 .7 ) be twe en t ru ss c ha ra ct er wi th i ts P C , wh ic h in di ca te d th os e ch ar ac te rs we re s pe ci fi c di ff er en ti at e th e bo dy s ha pe a m on g st ra in s of co m m on c ar p.

## Tabel 2. Hasil analisis mikrosatelit pada lima strain ikan mas Table 2. Microsatellite analysis of five strains of common carp
Strain Rajadanu Sutisna Majalaya Wildan Sinyonya Jumlah sampel (Sample number ) 10 10 7 10 10 Panjang alel (Size range of allele ) 109-154 135-166 109-152 117-169 135-168 Jumlah alel (Number of allele ) 7 7 5 7 6 Frekuensi alel (Allele frequency ) 0.40 0.30 0.29 0.20 0.30 Diversitas gen* (Gene diversity ) 0.77 0.82 0.78 0.84 0.80 Heterozigositas** (Heterozigosity ) 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 Polimorfisme (Polymorphism ) 0.73 0.80 0.74 0.82 0.77 Nilai p Hardy-Weinberg p value of Hardy-Weinberg 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 Jumlah sampel (Sample number ) 10 10 7 10 10 Panjang alel (Size range of allele ) 58-226 199-238 199-235 199-266 221-241 Jumlah alel (Number of allele ) 5 9 6 7 5 Frekuensi alel (Allele frequency ) 0.30 0.20 0.29 0.30 0.30 Diversitas gen (Gene diversity ) 0.75 0.88 0.82 0.82 0.76 Heterozigositas (Heterozigosity ) 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 Polimorfisme (Polymorphism ) 0.70 0.87 0.79 0.80 0.72 Nilai p Hardy-Weinberg p value of Hardy-Weinberg 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 Jumlah sampel (Sample number ) 10 10 7 10 10 Panjang alel (Size range of allele ) 89-140 89-184 92-184 89-273 89-184 Jumlah alel (Number of allele ) 7 8 4 7 8 Frekuensi alel (Allele frequency ) 0.30 0.20 0.43 0.20 0.20 Diversitas gen (Gene diversity ) 0.82 0.86 0.69 0.84 0.86 Heterozigositas (Heterozigosity ) 0.00 0.00 0.00 0.10 0.00 Polimorfisme (Polymorphism ) 0.80 0.84 0.64 0.81 0.84 Nilai p Hardy-Weinberg p value of Hardy-Weinberg 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 Jumlah sampel (Sample number ) 10 10 7 10 10 Panjang alel (Size range of allele ) 160-197 77-208 161-210 90-209 160-198 Jumlah alel (Number of allele ) 4 9 7 12 6 Frekuensi alel (Allele frequency ) 0.45 0.25 0.50 0.20 0.45 Diversitas gen (Gene diversity ) 0.68 0.86 0.70 0.88 0.73 Heterozigositas (Heterozigosity ) 0.30 0.30 0.43 0.50 0.30 Polimorfisme (Polymorphism ) 0.62 0.84 0.68 0.87 0.70 Nilai p Hardy-Weinberg p value of Hardy-Weinberg 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 Jumlah sampel (Sample number ) 10 10 7 10 10 Panjang alel (Size range of allele ) 158-240 104-192 138-188 133-197 146-190 Jumlah alel (Number of allele ) 7 9 7 11 8 Frekuensi alel (Allele frequency ) 0.20 0.20 0.29 0.20 0.40 Diversitas gen (Gene diversity ) 0.84 0.87 0.82 0.89 0.77 Heterozigositas (Heterozigosity ) 0.00 0.10 0.29 0.40 0.20 Polimorfisme (Polymorphism ) 0.82 0.85 0.79 0.88 0.75 Nilai p Hardy-Weinberg p value of Hardy-Weinberg 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
Lokus Loci Parameter
Parameters
MFW-16 MFW-13 MFW-9 MFW-6 MFW-7

## KESIMPULAN DAN SARAN
Keragaman fenotipe lima strain ikan mas di Jawa Barat  dan  Banten  sesuai  dengan  keragaman genotipenya.  Secara    umum,  keragaman  genotipe strain-strain  tersebut  relatif  rendah,  dengan  nilai heterozigositas  kurang dari  0,20. Namun  demikian, tingkat polimorfisme kelima strain ikan mas tersebut
relatif  tinggi,  berkisar  antara  0,73-0,84  dan  jarak genetik antar strain yang relatif jauh, berkisar antara 0,420  (Rajadanu  dengan  Sinyonya)  hingga  0,582 (Majalaya dengan Sutisna).
Pemuliaan ikan mas dapat dilakukan melalui pro- gram hibridisasi karena jarak genetik yang relatif jauh antar strain. Pada kegiatan jangka panjang, pemuliaan
Tabel 2. Lanjutan
Table 2. Continued
Keterangan (Note): *Diversitas gen= heterozigositas harapan (He). **Heterozigositas= heterozigositas teramati (Ho) (Nei, 1987).

## Tabel 3. Jarak genetik antar lima strain ikan mas hasil koleksi berdasarkan analisis mikrosatelit
Table 3. Genetic  distance  among  five  strains  of  common  carp  based  on  microsatellite analysis Strain Majalaya Rajadanu Sinyonya Sutisna Wildan Majalaya *** Rajadanu 0.512 *** Sinyonya 0.538 0.420 *** Sutisna 0.582 0.489 0.452 *** Wildan 0.557 0.513 0.541 0.510 ***
Gambar 4. Dendrogam jarak genetik antar lima strain ikan  mas berdasarkan hasil analisis mikrosatelit menggunakan lima lokus pada Tabel 2.
Figure 4. Dendrogram of the genetic distance among five strains of common carp based on microsatellite analysis.
Sinyonya Rajadanu Sutisna Wildan
Majalaya 0 0.1 0.2 0.3 0.4
0.5 0.6
Strain Rajadanu Sutisna Majalaya Wildan Sinyonya Jumlah alel (Number of allele ) 6.00 8.40 5.80 8.80 6.60 Frekuensi alel (Allele frequency ) 0.33 0.23 0.36 0.22 0.33 Diversitas gen (Gene diversity ) 0.77 0.86 0.76 0.85 0.78 Heterozigositas (Heterozigosity ) 0.10 0.08 0.14 0.20 0.10 Polimorfisme (Polymorphism ) 0.74 0.84 0.73 0.84 0.76
Rata-rata Mean Lokus Loci Parameter Parameters
ikan mas dapat dilakukan melalui program seleksi yang diawali dengan pembentukan populasi sintetis sebagai populasi dasar bahan seleksi.

## UCAPAN TERIMA KASIH
Penelitian ini dibiaya oleh APBN melalui DIPA No. 032.11.2.660052/2016 di Balai Riset Pemuliaan Ikan, Sukamandi tahun 2016. Penulis menyampaikan terima kasih kepada teknisi lapangan dan laboratorium, serta kepada Dewan Redaksi Jurnal Riset Akuakultur dalam perbaikan makalah ini.

## DAFTAR  ACUAN
Ariyanto,  D.,  Nugroho,  E.,  &  Subagyo.  (2003).
Karakterisasi biokimia enzimatis 4 strain ikan mas: Majalaya,  Rajadanu,  Wildan  dan  Sutisna.  Jurnal Penelitian Perikanan Indonesia, 9(4), 1-6.
Edge,  T.A.,  McAllister,  D.E.,  &  Qadri,  S.U.  (1991).
Meristic and morphometric variation between the endangered Acadian whitefish, Coregonus hutsmani and the lake whitefish, Coregonus clupeaformis, in the Canadian maritime provinces and the State of Maine, USA. Can. J. Fish. Aquat. Sci., 48(11), 2140- 2151.
Garcia de Leon, F.J., Chikhi, L., & Bonhomme, F. (1997). Microsatellite  polymorphism  and  population subdivisionin natural population of European sea bass (Dicentrarchus labrax Linnaeus 1758). Molecu- lar Ecology, 6(1), 51-62.
Hardjamulia, A., Asih, S., Supriyadi, H., & Muharam,
B.  (1996).  Karakterisasi  morfologis  dan  evaluasi beberapa plasma nutfah ikan mas (Cyprinus carpio). Bulletin Plasma Nutfah, II(1), 24-28.
Herbinger,  C.M.,  Doyle,  R.W.,  Pitman,  E.R.,  Paquet, D., Mesa, K.A., Morris, D.B., Wright, J.M., & Cook, D. (1995). DNA fingerprint-based  analysis of pa- ternal and maternal effect on offspring growth and survival  on  communally  reared  rainbow  trout. Aquaculture, 137, 245-256.
Hulak,  M.,  Kaspar,  V.,  Kohlmann,  K.,  Coward,  K.,
Tešitel,  J.,  Rodina,  M.,  Gela,  D.,  Kocour,  M.,  & Linhart,  O.  (2010).  Microsatellite-based  genetic diversity  and differentiation  of foreign  common carp (Cyprinus carpio) strains farmed in the Czech Republic. Aquaculture, 298, 194-201.
Imron, Subagyo, & Arifin, O.Z. (2000). Keragaman truss morfometrik 4 strain ikan mas: Majalaya, Rajadanu, Wildan, dan Sutisna. Prosiding Penelitian Perikanan 1999. Puslitbang Perikanan. Departemen Kelautan dan Perikanan, hlm. 188-197.
Jayasankar, P., Thomas, P.C., Paulton, M.P., & Mathew, J. (2004). Morphometric and genetic analyzes of
Indian mackerel (Rastrelliger kanagurta) from Pen- insular India. Asian Fisheries Science, 17, 201-215. Kohlmann,  K.,  Kersten,  P.T.,  &  Flajshans,  M.  (2005).
Microsatellite-based genetic variability and differ- entiation  of  domesticated,  wild  and  feral commoncarp  (Cyprinus  carpio  L.)  populations. Aquaculture, 247, 253-266.
Matricia, T. (1990). Morphological and growth variabil- ity among common carp population in different geo- graphical  areas  in  Indonesia.  M.Sc.  Thesis. Dalhousie Univ., Halifax, NS, Canada, 153 pp.
Mondol, K.R., Islam, S., & Alam, S. (2006). Character- ization  of  different  strains  of  common  carp (Cyprinus carpio L.) (Cyprinidae, Cypriniformes) in Bangladesh using microsatellite DNA markers. Ge- netics and Molecular Biology, 29(4), 626-633.
Nei, M. (1987). Genetic distance and molecular phy- logeny.  In  Ryman  &  Utter,  F.  (Eds).  Populations Genetics and Fishery Management. Seattle, WA: University of Washington Press, p. 193-223.
Ninh, N.H., Ponzoni, R.W., Nguyen, N.H., Woolliams, J.A., Taggart, J.B., McAndrew, B.J., & Penman, D.J. (2011). A comparison of communal and separate rearing of families in selective breeding of com- mon carp (Cyprinus carpio): Estimation of genetic parameters. Aquaculture, 322-323, 39-46.
Nugroho,  E.,  Wahyudi,  N.A.,  &  Sudarto.  (1991). Penentuan  jenis  kelamin  ikan  mas  dengan membandingkan bentuk tubuh melalui tehnik “truss morphometrics”. Bulletin Penelitian Perikanan Darat, 10(1), 23-29.
Romana-Eguia,  M.R.R.,  Ikeda,  M.,  Basiao,  Z.U.,  & Taniguchi, N. (2004). Genetic diversity in farmed Asian nile and red hybrid tilapia stocks evaluated from microsatellite and mitochondrial DNA analy- sis. Aquaculture, 236, 131-150.
Rukmono, D. (2005). Kebijakan pengelolaan kesehatan ikan  direktorat  kesehatan  ikan  dan  lingkungan. Dalam Supriyadi, H., & Priono, B. (Eds.). Strategi Pengelolaan  dan  Pengendalian  Penyakit  KHV. Jakarta: Pusat Riset Perikanan Budidaya, hlm. 1-6.
Strauss,  R.E.  &  Bond, C.E.  (1990).  Taxonomic  meth- ods: Morphology. Methods for Fish Biology. Ameri- can Fiheries Society, Bethesda, Maryland, USA, p. 109-140.
Subagyo, Muharom, B., Arifin, O.Z., & Asih, S. (2000). Perbaikan mutu benih ikan mas melalui pendekatan genetik,  nutrisi,  dan  lingkungan.  Laporan  Balai Penelitian Perikanan Air Tawar. T.A. 1999/2000, 15 hlm.
Swain, D.P., Riddell, B.E., & Murray, C.B. (1991). Mor- phological differences between hatchery and wild
populations of Coho salmon, Oncorhynchus kisutch: environmental versus genetic origin. Can. J. Fish. Aquat. Sci., 48(9), 1783-1791.
Syahputra,  K.,  Ariyanto,  D.,  &  Hayuningtyas,  E.P.
(2016).  Keragaman  genetik  ikan  mas  (Cyprinus carpio)  varietas  Rajadanu  tahan  Koi  Herpesvirus generasi  F-0  dan  F-1  menggunakan  tiga  lokus mikrosatelit. Jurnal Riset Akuakultur, 11(1), 59-66. Takezaki, N., & Nei, M. (1996). Genetic distance and reconstruction  of  phylogenic  trees  from microsatellite DNA. Genet., 144, 389-399.
Thai, B.T., Burridge,  C.P., & Austin, C.M.  (2007). Ge- netic  diversity  of  common  carp  (Cyprinus  carpio L.) in Vietnam using four microsatellite loci. Aquac- ulture, 269, 174-186.
Velasco, R.R., Pante, M.J.R., Macaranas, J.M., Janagap, C.C., & Eknath, A.E. (1996). Truss morphometric characterization  of  eight  strain  of  nile  tilapia (Oreochromis niloticus). In Pullin, R.S.V., Lazard, J., Legendre,  M.,  Kothias,  J.B.A.,  &  Pauly,  D.  (Eds.). The 3 rd International Symposium on Tilapia in Aquac- ulture. ICLARM Conf. Proc., 41, 415-425.
Wang,  C. &  Li,  S. (2007).  Genetic  effects and  geno- type  x  environment  interactions  for  growth-re- lated  traits  in  common  carp,  Cyprinus  carpio  L. Aquaculture, 272, 267-272.
Yue,  G.H.,  Ho,  M.Y.,  Orban,  L.,  &  Komen,  J.  (2004). Microsatellites within genes and ESTs of common carp and their applicability in silver crucian carp. Aquaculture. 234, 85-98.