*Corresponding author.

## ANALISIS STRUKTUR GEN DAN PROTEIN LIPID DROPLET- ASSOCIATED PROTEIN (LDAP) YANG BERPERAN DALAM BIOGENESIS MINYAK PADA TANAMAN JARAK PAGAR (Jatropha
curcas L.)
Fredy Z. Saudale 1
1 Program Studi Kimia, Fakultas Sains dan Teknik, Universitas Nusa Cendana, Kupang, NTT, Indonesia e-mail: fredy_saudale@staf.undana.ac.id

## Abstrak
Tanaman  Jarak  Pagar  atau  Jatropha  curcas  adalah  salah  satu  sumber  biodiesel  yang menawarkan  keuntungan  langsung  dan  berkelanjutan  terhadap  efek  rumah  kaca.  Ekspresi protein  lipid  droplet-associated  protein  (LDAP) berkorelasi dengan  tingginya  akumulasi lemak, baik di biji maupun buah. Dalam studi yang menggunakan metode penjajaran sekuen jamak ini, LDAP  Jatropha  menunjukkan  tingkat  identitas  yang  tinggi  sebesar  82.92%  dengan  LDAP tanaman karet; 67,50% dengan LDAP3 Arabidopsis; 61,21% dengan LDAP2 buah Alpukat, dan 55,65%  dengan  LDAP1  buah  Alpukat.  Namun  LDAP  Jatropha  menunjukkan  tingkat  identitas yang  rendah  yaitu  sebesar  46,01%  dan  37,04%  masing-masing  dengan  LDAP2  dan  LDAP1 Arabidopsis.  Struktur  gen  dari  LDAP  Jatropha  terdiri  atas  3  ekson  dan  2  intron.  Asam  amino pada  posisi  20-40  menunjukkan  indeks  hidropobisitas  yang  tinggi  (=2)  dan  diprediksi berinteraksi dengan LDAP dalam memfasilitasi proses biogenesis minyak pada tanaman jarak pagar.
Kata kunci: Biodiesel, jatropha, lipid droplet, LDAP

## Abstract
Jatropha  curcas  is  a  source  of  biodiesel  that  offers  direct  and  sustainable benefits  to the  greenhouse  effect.  LDAP  protein  expression  correlates  with high  lipid accumulation in both seeds and fruits. LDAP plays an important role in oil biogenesis. But  its  presence  in  the  Jatropha  plant  has  never  been  characterized.  In  this  study using multiple sequence alignment analysis, JatrophaLDAP showed a percent identity of  82.92%  with  rubber  plant  LDAP;  67.50%  with  Arabidopsis  LDAP3;  61.21%  with LDAP2 and 55.65% with LDAP1 fromAvocados. JatrophaLDAP Jatropha shows a low percent  identity  which  is  46.01%  and  37.04%  respectively  with  LDAP2  and  LDAP1 from Arabidopsis. Gene structure of JatrophaLDAP consists of 3 exons and 2 introns. Amino  acids  at  position  20  and  40  show  a  high  hydropobicity  index  (=  2).  Thus,  this amino  acid  segment  may  play  a  role  in  interacting  with  membrane  phospholipid monolayer oflipid droplets in facilitating oil biogenesis.
Keywords : Biodiesel, jatropha, lipid droplet, LDAP

## PENDAHULUAN
Kebutuhan  yang  meningkat  untuk kemandirian  energi  dan  kekhawatiran  yang meningkat tentang dampak kenaikan tingkat  karbon  dioksida  telah  mendorong pencarian  bahan  bakar  terbarukan  yang dapat  mengurangi  konsumsi  bahan  bakar
fosil kita saat ini (Ghosh et al., 2019; Hood, 2016;  Mohanty  &  Swain,  2019) .  Strategi penting  untuk  mengatasi  dampak  bahan bakar  fosil  terhadap  lingkungan  adalah dengan  menggunakan  biofuel  dari  sumber alam yang dapat diperbaharui (Meyer et al., 2012) .  Salah  satu  bahan  bakar  tersebut
adalah biodiesel yang biasanya berasal dari minyak  nabati  dan  sumber  lain  seperti lemak  hewani (Durrett  et  al.,  2008; POWLSON  et  al.,  2005) .  Sumber  energi yang  ditangkap  oleh  tumbuh-tumbuhan berasal  dari  matahari,  yang  akan  menjadi sumber  energi  konstan  untuk  beberapa miliar  tahun  mendatang (Greenway  & Gibbs, 2003) . Energi ini kemudian dikonversi  dan  disimpan  dalam  bentuk minyak  atau  trigliserida  (TG) (Felber  & Golay, 1995; Saudale & Boelan, 2018) . Tanaman  Jarak  Pagar  atau Jatropha curcas adalah  salah  satu  sumber  biodiesel yang  menawarkan  keuntungan  langsung dan  berkelanjutan  pada  gas  rumah  kaca dari  sumber  biodiesel  lainnya (Berchmans & Hirata, 2008; Gübitz et al., 1999; Lu et al., 2009;  Openshaw,  2000;  Pramanik,  2003; Silitonga  et  al.,  2011;  Tiwari  et  al.,  2007) . Jarak  pagar merupakan  tumbuhan  semak berkayu  yang  banyak  ditemukan  didaerah tropik. Secara  global,  jarak  pagar  telah menarik minat peneliti karena mengandung minyak  yang  tidak  dapat  dimakan,  tidak menciptakan konflik makanan versus bahan bakar, dan dapat digunakan untuk menghasilkan biodiesel dengan hasil kinerja yang sama atau lebih baik saat diuji di mesin diesel (Berchmans & Hirata, 2008; Eboibi et al., 2018; Fuentes et al., 2018; Lu et al., 2009; Tiwari et al., 2007) .
Tetesan lipid ( Lipid droplets )
memainkan  peran  penting  dalam  siklus hidup tanaman sebagai tempat penyimpanan  lipid  dalam  bentuk  TG (Chapman  et  al.,  2012;  Goodman,  2008; Horn  et  al.,  2013) ,  Sekarang  telah  banyak diketahui  bahwa  tetesan  lipid  memiliki banyak  fungsi  di  luar  penyimpanan  lipid dalam biji dan bahwa semuanya terdapat di hampir  semua  jenis  sel  tanaman,  yang banyak  di  antaranya  tidak  menumpuk jumlah  lipid  yang  cukup  besar,  seperti  sel- sel  di  daun,  batang,  dan  akar (Cruz  et  al., 2019;  Olzmann  &  Carvalho,  2019) .  Ada juga bukti yang muncul bahwa tetesan lipid adalah  organel  yang  sangat  dinamis  yang terlibat  dalam  berbagai  proses  seluler  dan respons  fisiologis,  beberapa  di  antaranya tampak  dilestarikan  di  antara  banyak eukariota (Martin  &  Parton,  2006) .  Dua protein pada buah Alpukat ( Persea Americana )  telah  diketahui  terletak  pada
permukaan  tetesan  lipid  ( Lipid  droplets ) yang  mempunyai  kemiripan  tinggi  dengan persentase  identitas  mencapai  86% (Horn et  al.,  2013) .  Dua  protein  tersebut  diberi nama “ lipid droplet-associated protein 1 dan 2 ”  atau  disingkat  LDAP1  dan  LDAP2. Dilaporkan  juga  bahwa  ekspresi  gen LDAP1 dan LDAP2 selama pengembangan mesocarp  alpukat  mengalami  peningkatan yang berkorelasi dengan akumulasi minyak. Pada  tanaman Arabidopsis  thaliana juga telah diketahui mempunyai 3 isoform LDAP yaitu LDAP1, LDAP2 dan LDAP3 (Gidda et al.,  2016) .  Analisis  proteomik  yang  paling signifikan  menunjukkan  bahwa  tingkat LDAP  sesuai  dengan  tingkat  akumulasi minyak.  Secara  keseluruhan,  pengamatan ini  mendukung  peranan  protein  LDAP dalam biogenesis tetesan lipid dan akumulasi  TG  dalam  jaringan  kaya  lipid pada buah alpukat ( Persea Americana ) dan Arabidopsis thaliana . Melihat peranan LDAP  dalam  pembentukan  TG,  maka penelitian  ini  berusaha  untuk  menemukan protein  homolog  dari  LDAP  pada  tanaman Jarak  Pagar Jatropha  curcas ,  yang  sampai saat  ini  belum  pernah  di  teliti  dan  di karakterisasi. Dengan mengetahui karakteristik molekuler dari struktur gen dan protein  LDAP,  maka  kloning  dan  produksi protein  rekombinan  LDAP  akan  bisa dilakukan.  Protein  rekombinan  LDAP  yang dihasilkan  kemudian  bisa  digunakan  dalam eksperimen knock  down (pendeaktivan) dan  overekspresi  atau  dalam  rekayasa genetika  LDAP  dalam  menghasilkan  TG yang lebih  melimpah pada tanaman Jatropha curcas .

## METODE

## Gen, Protein LDAP dan spesies tanaman
Tanaman Jarak Pagar Jatropha Curcas (LDAP, nomor akses XP_012089011.1)  Buah  advokat Persea americana (LDAP1, nomor akses KF031141.1;
LDAP2, nomor akses KF031142),  Tanaman Aradidopsis  thaliana (LDAP1, nomor akses NP_176904; LDAP2, nomor  akses  NP_182299;  LDAP3,  nomor akses  NP_187201),  Tanaman  Karet Hevea brasiliensis
(LDAP,
nomor akses
AGO95096)
Pengunduhan  urutan  gen  LDAP  dari database Genomik
Informasi  urutan  DNA  dan  asam- asam  amino  Protein  LDAP  dari  tanaman Arabidopsis  thaliana dan  Jarak  Pagar Jatropha  curcas diambil  dari  database genomik
pada
NCBI
(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/),  dan  KEGG (www.genome.jp/). Sekuens protein LDAP3 ( Lipid  Droplet-Associated  Protein )  yang mengandung  246  asam-asam  amino  dari tanaman Arabidopsis  thaliana digunakan sebagai  input  ( query )  pada  pencarian protein  dan  DNA  homolog  dari  spesies tumbuh-tumbuhan  lain  termasuk  Jarak pagar  melalui  pencarian  dengan  TBLASTN (https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/) pada database  genomik  (McGinnis  &  Madden, 2004; Ye et al., 2006).
Persejajaran  Sekuens  Jamak,  domain dan protein homolog
Sekuen-sekuen  asam  amino  yang lengkap  yang  mengkode  LDAP  kemudian dianalis  urut-urutan  asam-asam  amionya dengan  menggunakan  Clustal  Omega (https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/) (Sievers  et  al.,  2011;  Sievers  &  Higgins, 2018).  Sekuens-sekuens  yang  dihasilkan yang  mengkode  region Rubber  Elongation Factor  Protein (REF)  pada  protein  LDAP dianalisis  dengan  menggunakan  Pfam (http://pfam.xfam.org) yang didasarkan atas pencarian  dengan  menggunakan  model Hidden  Markov  untuk  keseluruhan  sekuen gen  LDAP  (Bateman  et  al.,  2004).  Analisis hidropati dilakukan dengan program ProtScale (https://web.expasy.org/protscale/) (Gasteiger et al., 2005)

## Struktur gen, intron dan ekson LDAP
Sekuens-sekuens  yang  teridentifikasi dianalisis  lebih  lanjut  kandungan  intron, ekson,  dan  Open  Reading  Frame  (ORF) menggunakan program Splign (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sutils/splign/s plign.cgi)    dengan  prediksi  struktur  gen yang didasarkan Model Hidden Markov.

## Konstruksi pohon filogenetik
Urutan asam-asam amino dari protein LDAP  tanaman  Jarak  Pagar  digunakan untuk mengidentifikasi isoform-isoform LDAP  dari  spesies  tanaman  lain.  Pohon filogenetik dihasilkan menggunakan BLAST Tree View pada NCBI (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/treeview/) dengan  metode  neighbor-joining  dengan matriks  jarak  yang  ditentukan  oleh  model Jones-Taylor-Thornton  (Brinkman  et  al., 2001; Jones et al., 1992)

## HASIL DAN PEMBAHASAN
Pencarian sekuen-sekuen protein yang  mirip  dengan  LDAP  dari  Arabidopsis menggunakan T BLAST Protein pada NCBI menampilkan  nukleotida  dari  Tanaman Jarak  pagar  ( Jatropha  curcas )  dengan tingkat  indentitas  sebesar  65%  (nomor akses  XM  012233621).  Informasi  dalam database  yang  muncul  di  NCBI  nukleotida masih dalam tahap prediksi yang menyatakan kemiripan dengan gen Arabdipsis yang  menyandikan  LDAP  yang berperan  dalam  biogenesis  lipid  (kode anotasi  At3g05500)  (Gidda  et  al.,  2013, 2016). Nukelotida dari Jatropha ini diberikan  kode  anotasi  REF/SRPP-like At3g05500 atau At3g05500 yang mempunyai domain yang bernama “ Rubber Elongation  Factor (REF)”  dan  “ Small Rubber  Particle  Protein (SRPP)”  yang berperan  dalam  biosintesis  karet  alam. Dalam  paper  ini  nukleotida  dari Jatropha tersebut  disebut  sebagai  gen  LDAP.  Gen LDAP  ini  mempunyai  1208  pasangan  basa yang  mengkodekan  240  asam  amino  dari protein LDAP Jatropha curcas . Penyejajaran  sekuen  jamak  ( Multiple Sequence Alignments ) merupakan
penyejajaran  sekuen  yang  meliputi  lebih dari dari satusekuen DNA atau protein baik dari  spesies  yang  sama  maupun  yang berbeda (Chenna et al., 2003). Penyejajaran  ini  bertujuan  untuk  melihat homologi  atau  kemiripan  urutan  basa-basa purin,  pirimidin maupun residu-residu asam amino  dari  suatu  protein  untuk  melihat kedekatannya  secara  evolusi  dari  dari  satu spesies dengan spesies yang lain.
Gambar 1. Analisis Sekuens Multiple (ASM) protein LDAP dari Jarak Pagar dengan tanaman lain.
(A)  Analisis  dilakukan  menggunakan program  T  Coffee  yang  tersedia  di http://tcoffee.crg.cat/apps/tcoffee/do:regular Asam-asam  amino  yang  mempunyai  skor identitas  yang  tinggi  ditera  dengan  kotak berwarna  merah  muda  (skor  91-93).Kotak yang  berwarna  kuning  menunjukkan  skor identitas  yang  sedang,  sedangkan  kotak diwarnai  hijau  dan  ungu  mempunyai  skor identitas  yang  sangat  rendah,  (B).  Analisis pohon filogenetik (Phylogenetic Tree) (Ath_LDAP1, Arabidopsis  thaliana LDAP1; Ath_LDAP2, Arabidopsis  thaliana LDAP2; Ath_LDAP3, Arabidopsis  thaliana LDAP3; Jth_LDAP, Jatropha curcas
LDAP; Hbr_SRPP,
Hevea brasiliensis SRPP; Pam_LDAP1; Persea  Americana LDAP1 dan Pam_LDAP2; Persea Americana LDAP2).
Kedekatan ini bisa berimplikasi terhadap fungsi dan peranan yang mungkin sama  bahkan  berbeda  dari  suatu  protein yang  sama  dari  sejumlah  spesies  yang
berbeda.  Penyejajaran  sekuen  jamak  ini sangat penting sebagai kajian pendahuluan dari eksperimen molekuler dari protein yang sedang di kaji.
Seperti ditunjukkan pada Gambar 1A, penyejajaran  antara  sekuens  protein  LDAP dari  tanaman  Jarak  pagar  dengan  spesies yang  lain  menunjukkan  tingkat  identitas kekerabatan  dan  konservasi  yang  tinggi pada  sekuen  di  area  pertengahan  yang ditunjukkan  dengan  kotak  berwarna  merah muda.  Pada  Gambar  1B  ditunjukkan hubungan kedekatan antara sekuen protein LDAP Jatropha dengan  spesies  yang  lain. Terlihat  pada  pohon  filogenetik  bagaimana sekuen  protein  LDAP Jatropha mempunyai hubungan  yang  dekat  dengan  SRPP/LDAP dari  tanaman  karet Hevea dan  LDAP3  dari tanaman Arabidopsis thaliana .
Hubungan  kedekatan  secara  evolusi ini  kemudian  diperkuat  dengan  tingginya persentase  dari  asam-asam  amino  yang identik  berdasarkan  penyejajaran  sekuen
jamak  dari Jatropha , Arabidopsis dan Hevea .  Seperti  ditunjukkan  pada  tabel  1, LDAP Jatropha menunjukkan tingkat identitas  yang  tinggi  sebesar  82.92% dengan  LDAP  tanaman  karet;  67,50% dengan LDAP3 Arabidopsis ; 61,21%
dengan  LDAP2  buah  Alpukat  dan  55,65% dengan  LDAP1  buah  Alpukat.  Namun LDAP Jatropha menunjukkan tingkat identitas yang rendah yaitu sebesar 46,01% dan 37,04% masing-masing dengan LDAP2 dan LDAP1 Arabidopsis . Salah satu cara untuk
mengidentifikasi  gen  adalah  dengan  cara menyejajarkan
sekuen transkrip (mRNA/cDNA)  dengan  sekuen  genomik. Seperti  diketahui  pada  eukariota,  DNA tersusun  atas  bagian-bagian  yang  dikenal dengan  exon  dan  intron.  Exon  adalah daerah  pada  sekuen  DNA  genomik  yang akan diterjemahkan dan dimasukkan dalam sekuens  mRNA.  Sementara  intron  adalah daerah  pada  sekuens  DNA  genomik  yang tidak  akan  diterjemahkan  atau  ditranskripsi menjadi  mRNA.  Untuk  mengetahui  dengan tepat  identitas  gen  LDAP  yang  akan diterjemahkan,  maka  analisis  terhadap struktur  gen  LDAP  dari Jatropha dilakukan dengan  menggunakan  struktur  LDAP  dari Arabidopsis sebagai  referensi.  Program Bioinformatika  Splign  dari  NCBI  digunakan untuk  menandai  bagian  mana  dari  DNA genomic dari LDAP Jatropha yang diterjemahkan  (exon)  dan  bagian  mana yang tidak (intron).
Seperti  terlihat  pada  Gambar  2, penyejajaran  transkrip  LDAP  dengan  DNA genomic menunjukkan bahwa LDAP Jatropha terdiri  atas  3  ekson  dan  2  intron. Sebagai  pembanding,  LDAP Arabdiposis juga  mempunyai  3  ekson  dan  2  intron. Analisis  dengan  spesies  yang  lain  juga menunjukkan pola yang sama yaitu mempunyai  3  ekson  dan  2  intron  pada struktur  gen  yang  menyandikan  LDAP (Data tidak ditampilkan). Analisis ini walaupun  masih  bersifat  tentatif  tapi bermanfaat  di  dalam  perancangan  protein
rekombinan  LDAP  yang  dihasilkan  melalui kloning. Informasi ini memberikan data area mana  yang  bisa  menjadi  target  dari  primer maju  ( forward  primer )  dan  primer  balik ( reverse primer ) dalam pelaksanaan kloning LDAP dari Jatropha.
Untuk mengetahui tingkat
hidrofobisitas  dari  asam-asam  amino  pada protein  LDAP  maka  dilakukan  analisis Hidropati (D’Onofrio,  Jabbari,  Musto, &Bernardi,  1999).  Ini  digunakan  untuk mengkarakterisasi  atau  mengidentifikasi bentuk  struktur  atau  domain  protein. Analisis hidropati ditunjukkan dengan gambar  grafik  dengan  urutan  residu  asam amino  protein  pada  sumbu  x-nya,  dan tingkat  hidrofobisitas  dan  hidrofilisitas  pada sumbu  y-nya.  Ada  sejumlah  metode  untuk mengukur  tingkat  interaksi  pelarut  polar seperti  air  dengan  asam  amino  spesifik. Misalnya, skala Kyte-Doolittle menunjukkan asam  amino  hidrofobik,  sedangkan  skala Hopp-Woods  mengukur  residu  hidrofilik. Menganalisis bentuk plot hidropati memberikan  informasi  tentang  struktur parsial  protein  (Damodharan  &  Pattabhi, 2004).
Seperti  ditunjukkan  pada  Gambar  3 pada  LDAP  Jatropha  asam-asam  amino pada  residu  20-40  indeks  hidropobisitas sebesar =<2 yang mengimplikasikan bahwa kemungkinan  di  area  ini  asam-asam  amino yang  cenderung  bersifat  kurang  hidrofilik lebih  tersembunyi  dari  kontak  dengan bagian  permukaan  dan  lebih  berinteraksi dengan  bagian  dalam  dari  membrane  lipid dua  lapis  pada  lipid  droplet.  Perbandingan dengan LDAP dari buah Alpukat menunjukkan indeks spektrum yang hampir mirip  dengan  LDAP  dari  Jatropha.  Namun demikian,  terlihat  perbedaan  plot  hidropati yang  kontras  dengan  tanaman  Arabidopsis thaliana. Semua isoform LDAP dari Arabidopsis mempunyai  kemiripan  yaitu mempunyai  kecenderungan  hidrofobisitas yang tinggi pada hampir semua asam-asam aminonya.
Tabel 1. Persentase Identitas Asam Amino Penyusun Protein LDAP Berdasarkan Analisis Penjajaran Jamak.
Ath_LDAP 1 Ath_LDAP 2 Ath_LDAP 3 Jth_LDA P Hbr_SRP P Pam_LDAP 1 Pam_LDAP 2 Ath_LDAP1 100.00 32.51 34.68 37.04 36.99 31.86 32.60 Ath_LDAP2 32.51 100.00 43.52 46.01 46.30 46.51 47.44 Ath_LDAP3 34.68 43.52 100.00 67.50 65.02 54.51 55.27 Jth_LDAP 37.04 46.01 67.50 100.00 82.92 55.65 61.21 Hbr_SRPP 36.99 46.30 65.02 82.92 100.00 53.11 60.26 Pam_LDAP 1 31.86 46.51 54.51 55.65 53.11 100.00 65.02 Pam_LDAP 2 32.60 47.44 55.27 61.21 60.26 65.02 100.00
Keterangan:Ath = Arabidopsis thaliana , Jth = Jatropha curcas , Hbr = Heveabrasilensis , Pam = Perseaamericana

## A.  PREDIKSI STRUKTUR GEN LDAP Jatropha curcas

## B.  STRUKTUR GEN LDAP3 Arabidopsis thaliana
Gambar 2. Analsis struktur gen terhadap genomic dari LDAP.
(A)  Prediksi  struktur  gen  LDAP  dari tanaman  Jarak  Pagar  (XM_012233621.2) dengan  struktur  genomiknya.  (B)  struktur  dari gen  LDAP3  dari  tanaman  Aradbidopsis thaliana yang telah diketahui sebagai
pembanding. Analisis dilakukan dengan program Splign pada database NCBI
(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sutils/splign/spli gn.cgi).
C.  Persea LDAP1

## Gambar 3. Analisis Hidropati dari protein LDAP
(A)  Tanaman  Jarak  Pagar  Jatropha Curcas  (B),  (D),  (F)  Arabidopsis  thaliana,  dan (C),  (E)  tanaman  Karet  Persea  Americana. Analisis,  kurva,  dan  indeks  hidropati  didapat melalui progam ProtScale (https://web.expasy.org/protscale/).

## SIMPULAN
Protein  LDAP  yang  telah  diketahui berperan  dalam  biogenesis  minyak  pada tanaman Arabidopsis dan  buah  Alpukat menunjukkan tingkat kedekatan dan konservasi  yang  besar  dengan  homolog LDAP  yang  ada  pada  tanaman  Jarak pagar ( Jatropha curcas ). Analisis
A.  Jatropha LDAP B.  Arabidopsis LDAP1 D.  Arabidopsis LDAP2
E.  Persea LDAP2
F.  Arabidopsis LDAP3
penjajaran  sekuen  asam  amino  jamak menunjukkan bahwa protein LDAP Jatropha mempunyai  idetitas  sebesar 67,50%  dengan  LDAP3 Arabidopsis ; 61,21% dengan LDAP2 buah Alpukat dan 55,65%  dengan  LDAP1  buah  Alpukat.
Analisis  struktur  gen  menunjukkan  bahwa transkrip (mRNA/cDNA) yang
menyandikan protein LDAP pada Jatropha memiliki  3  ekson  dan  2  intron  yang  juga dimiliki oleh Arabdiposis . Berbeda dengan LDAP  pada Arabidopsis ,  LDAP  Jatropha mempunyai kemiripan
indeks hidropfobisitas dengan LDAP buah
Alpukat. Asam-asam amino pada area 20-
40 menunjukkan karakteristik
hidropfobisitas yang tinggi yang memberikan  implikasi  posisi  mereka  lebih berada  pada  bagian  dalam  membrane lemak  lapis  ganda  (bilayer).  LDAP  pada Jatropha  berpotensi  menjadi  target  dalam studi bioteknologi molekuler dengan rekayasa genetika dalam upaya meningkatkan  kadar  minyak  yang  bisa dimanfaatkan dalam pengembangan biofuel atau bahan bakar terbarukan

## DAFTAR PUSTAKA
Bateman, A., Coin, L., Durbin, R., Finn, R. D.,  Hollich,  V.,  Griffiths-Jones,  S., Khanna, A., Marshall, M., Moxon, S.,
&  Sonnhammer,  E.  L.  (2004).  The Pfam  protein  families  database. Nucleic Acids Research ,
32 (suppl_1), D138 –D141.
Berchmans,  H.  J.,  &  Hirata,  S.  (2008). Biodiesel  production  from  crude Jatropha  curcas  L.  seed  oil  with  a high  content  of  free  fatty  acids.
Bioresource Technology , 99 (6), 1716 –1721.
Brinkman,  F.  S.,  Wan,  I.,  Hancock,  R.  E., Rose,  A.  M.,  &  Jones,  S.  J.  (2001).
PhyloBLAST: Facilitating
phylogenetic  analysis  of  BLAST results. Bioinformatics , 17 (4),  385 – 387.
Chapman, K. D., Dyer, J. M., & Mullen, R. T.  (2012).  Biogenesis  and  functions of  lipid  droplets  in  plants  thematic review series: Lipid droplet synthesis and metabolism: from yeast to man.
Journal  of  Lipid  Research , 53 (2), 215 –226.
Chenna,  R.,  Sugawara,  H.,  Koike,  T., Lopez, R., Gibson, T. J., Higgins, D. G.,  &  Thompson,  J.  D.  (2003). Multiple  sequence  alignment  with the  Clustal  series  of  programs. Nucleic  Acids  Research , 31 (13),
3497 –3500.
Cruz, A. L., Carrossini, N., Teixeira, L. K., Ribeiro-Pinto,  L.  F.,  Bozza,  P.  T.,  & Viola,  J.  P.  (2019).  Cell  cycle progression  regulates  biogenesis and  cellular  localization  of  lipid droplets. Molecular  and  Cellular Biology , 39 (9), e00374 –18.
Damodharan,  L.,  &  Pattabhi,  V.  (2004). Hydropathy  analysis  to  correlate structure  and  function  of  proteins. Biochemical and
Biophysical Research  Communications , 323 (3),
996 –1002.
D’Onofrio,  G.,  Jabbari,  K.,  Musto,  H.,  & Bernardi,  G.  (1999).  The  correlation of  protein  hydropathy  with  the  base composition  of  coding  sequences.
Gene , 238 (1), 3 –14.
Durrett, T. P., Benning, C., & Ohlrogge, J. (2008).  Plant  triacylglycerols  as feedstocks  for  the  production  of biofuels. The  Plant  Journal , 54 (4),
593 –607.
Eboibi,  B.  E.,  Eboibi,  O.,  Okputu,  J.,  & Okpohwo,  K.  A.  (2018).  Production and  analysis  of  biodiesel  from Jatropha  curcas  seed. Journal  of Applied Sciences and Environmental Management , 22 (1), 26 –33.
Felber,  J.-P.,  &  Golay,  A.  (1995). Regulation  of  nutrient  metabolism and energy expenditure. Metabolism , 44 , 4 –9.
Fuentes,  A.,  García,  C.,  Hennecke,  A.,  & Masera,  O.  (2018).  Life  cycle assessment  of  Jatropha  curcas biodiesel production: A case study in Mexico. Clean  Technologies  and Environmental  Policy , 20 (7),  1721 –
1733.
Gasteiger,  E.,  Hoogland,  C.,  Gattiker,  A., Wilkins,  M.  R.,  Appel,  R.  D.,  &
Bairoch, A. (2005). Protein identification  and  analysis  tools  on the ExPASy server. In The proteomics  protocols  handbook (pp. 571 –607). Springer.
Ghosh,  P.,  Westhoff,  P.,  &  Debnath,  D. (2019).  Biofuels,  food  security,  and sustainability. In Biofuels,  Bioenergy and  Food  Security (pp.  211 –229). Elsevier.
Gidda,  S.  K.,  Park,  S.,  Pyc,  M., Yurchenko,  O.,  Cai,  Y.,  Wu,  P., Andrews,  D.  W.,  Chapman,  K.  D., Dyer,  J.  M.,  &  Mullen,  R.  T.  (2016). Lipid droplet-associated proteins (LDAPs) are required for the dynamic  regulation  of  neutral  lipid compartmentation  in  plant  cells. Plant  Physiology , 170 (4),  2052 – 2071.
Gidda, S. K., Watt, S. C., Collins-Silva, J., Kilaru,  A.,  Arondel,  V.,  Yurchenko, O.,  Horn,  P.  J.,  James,  C.  N.,
Shintani,  D.,  &  Ohlrogge,  J.  B. (2013). Lipid droplet-associated proteins (LDAPs) are involved in the compartmentalization  of  lipophilic compounds  in  plant  cells. Plant
Signaling & Behavior , 8 (11),
e27141.
Goodman,  J.  M.  (2008).  The  gregarious lipid  droplet. Journal  of  Biological Chemistry , 283 (42), 28005 –28009.
Greenway,  H.,  &  Gibbs,  J.  (2003). Mechanisms  of  anoxia  tolerance  in plants.  II.  Energy  requirements  for maintenance and energy distribution to  essential  processes. Functional Plant Biology , 30 (10), 999 –1036.
Gübitz,  G.  M.,  Mittelbach,  M.,  &  Trabi,  M. (1999). Exploitation of the tropical oil seed  plant  Jatropha  curcas  L.
Bioresource  Technology , 67 (1),  73 – 82.
Hood,  E.  E.  (2016).  Plant-based  biofuels.
F1000Research , 5 .
Horn,  P.  J.,  James,  C.  N.,  Gidda,  S.  K., Kilaru, A., Dyer, J. M., Mullen, R. T., Ohlrogge,  J.  B.,  &  Chapman,  K.  D.
(2013).  Identification  of  a  new  class of lipid droplet-associated proteins in plants. Plant  Physiology , 162 (4), 1926 –1936.
Jones, D. T., Taylor, W. R., & Thornton, J. M.  (1992).  The  rapid  generation  of mutation  data  matrices  from  protein sequences. Bioinformatics , 8 (3),
275 –282.
Lu,  H.,  Liu,  Y.,  Zhou,  H.,  Yang,  Y.,  Chen,
M., & Liang, B. (2009). Production of biodiesel from Jatropha curcas L. oil. Computers & Chemical Engineering ,
33 (5), 1091 –1096.
Martin,  S.,  &  Parton,  R.  G.  (2006). Opinion:  Lipid  droplets:  a  unified view of a dynamic organelle. Nature Reviews  Molecular  Cell  Biology , 7 (5), 373-378.
McGinnis,  S.,  &  Madden,  T.  L.  (2004). BLAST:  at  the  core  of  a  powerful and diverse set of sequence analysis tools. Nucleic Acids
Research , 32 (2), W20 –W25.
Meyer,  E.,  Logan,  T.  L.,  &  Juenger,  T.  E. (2012).  Transcriptome  analysis  and gene  expression  atlas  for  Panicum hallii var. Filipes, a diploid model for biofuel  research. The  Plant  Journal , 70 (5), 879 –890.
Mohanty,  S.  K.,  &  Swain,  M.  R.  (2019). Bioethanol  Production  From  Corn and Wheat: Food, Fuel, and Future. In Bioethanol  Production  from  Food Crops (pp. 45 –59). Elsevier.
Olzmann,  J.  A.,  &  Carvalho,  P.  (2019). Dynamics  and  functions  of  lipid droplets. Nature  Reviews  Molecular Cell Biology , 20 (3), 137 –155.
Openshaw,  K.  (2000).  A  review  of Jatropha  curcas:  An  oil  plant  of unfulfilled  promise. Biomass  and Bioenergy , 19 (1), 1 –15.
Powlson,  D.  S.,  Riche,  A.  B.,  &  Shield,  I.
(2005). Biofuels and other approaches for decreasing fossil fuel emissions  from  agriculture. Annals of Applied Biology , 146 (2), 193 –201.
Pramanik,  K.  (2003).  Properties  and  use of Jatropha curcas oil and diesel fuel
blends in compression ignition engine. Renewable  Energy , 28 (2), 239 –248.
Saudale, F., & Boelan, E. (2018). Aktivitas Antibakteri  Ekstrak  Polar  dan  Non
Polar  Biji  Kelor  (Moringa  oleifera)
Asal Pulau TImor NTT. Jurnal Sains Dan Teknologi , 7 (1), 67 –76.
Sievers,  F.,  &  Higgins,  D.  G.  (2018). Clustal  Omega  for  making  accurate alignments of many protein sequences. Protein  Science , 27 (1),
135 –145.
Sievers, F., Wilm, A., Dineen, D., Gibson, T.  J.,  Karplus,  K.,  Li, W.,  Lopez,  R.,
McWilliam, H., Remmert, M.,
Soding,  J.,  Thompson,  J.  D.,  & Higgins, D. G. (2011). Fast, scalable generation  of  high ‐ quality  protein multiple  sequence  alignments  using Clustal  Omega. Molecular  Systems Biology , 7 , 539.
Silitonga,  A.  S.,  Atabani,  A.  E., Mahlia,  T.
M.  I.,  Masjuki,  H.  H.,  Badruddin,  I. A.,  &  Mekhilef,  S.  (2011).  A  review on  prospect  of  Jatropha  curcas  for biodiesel  in  Indonesia. Renewable and  Sustainable  Energy  Reviews , 15 (8), 3733 –3756.
Tiwari,  A.  K.,  Kumar,  A.,  &  Raheman,  H.
(2007).  Biodiesel  production  from jatropha  oil  (Jatropha  curcas)  with high  free  fatty  acids:  An  optimized process. Biomass  and  Bioenergy , 31 (8), 569 –575.
Ye,  J.,  McGinnis,  S.,  &  Madden,  T.  L. (2006).  BLAST:  Improvements  for better  sequence  analysis. Nucleic Acids  Research , 34 (suppl_2),  W6 – W9.