P-ISSN: 2302-7282 E-ISSN: 2549-8703

## Biotropika: Journal of Tropical Biology
Biotropika:  Journal  of  Tropical  Biology  is  a  scientific  journal  published  by  Biology Department,  Faculty  of  Mathematics  and  Natural  Sciences,  Universitas  Brawijaya established  since  2013.  Biotropika:  Journal  of  Tropical  Biology  is  a  peer-reviewed  journal that  strives  to  provide  scientific  information  on  the  research  results  which  focused  on biological science in tropical regions including biotechnology, biodiversity, microbiology and environmental sciences. Biotropika: Journal of Tropical Biology publishes three issues each year.
(Biotropika:  Journal  of  Tropical  Biology  adalah  jurnal  ilmiah  yang  diterbitkan  oleh  Jurusan Biologi,  Fakultas  Matematika  dan  Ilmu  Pengetahuan  Alam,  Universitas  Brawijaya  sejak 2013.  Biotropika:  Journal  of  Tropical  Biology  adalah  jurnal  yang  ditelaah  oleh  mitra  bestari yang  menyediakan  informasi  ilmiah  tentang  hasil-hasil  penelitian  yang  fokus  pada  kajian biologi  di  wilayah  tropis  meliputi  bioteknologi,  biodiversitas,  mikrobiologi  dan  ilmu lingkungan. Biotropika: Journal of Tropical Biology menerbitkan tiga isu/nomor setiap tahun).

## EDITORIAL TEAM

## Editor in Chief
Yoga Dwi Jatmiko, M.App.Sc., Ph.D (Scopus ID: 57192984241) Biology Department, Faculty of Mathematics and Natural Sciences, Universitas Brawijaya

## Managing Editor
Eko Suyanto, M.Sc (Scopus ID: 57218242359) Biology Department, Faculty of Mathematics and Natural Sciences, Universitas Brawijaya
Muhammad Yusuf, M.Si Biology Department, Faculty of Mathematics and Natural Sciences, Universitas Brawijaya

## Editorial Board
Prof. Sutiman Bambang Sumitro, DSc (Scopus ID: 55218596400) Biology Department, Faculty of Mathematics and Natural Sciences, Universitas Brawijaya Prof. Widodo, PhD. Med.Sc (Scopus ID: 57190247745) Biology Department, Faculty of Mathematics and Natural Sciences, Universitas Brawijaya Prof. Muhaimin Rifa’i, PhD. Med.Sc (Scopus ID: 8269391600) Biology Department, Faculty of Mathematics and Natural Sciences, Universitas Brawijaya Luchman Hakim, M.Agr.Sc., Ph.D (Scopus ID: 55293349000) Biology Department, Faculty of Mathematics and Natural Sciences, Universitas Brawijaya Rodiyati Azrianingsih, M.Sc., PhD (Scopus ID: 56560101900) Biology Department, Faculty of Mathematics and Natural Sciences, Universitas Brawijaya Amin Setyo Leksono, M.Si., Ph.D (Scopus ID: 12445990300) Biology Department, Faculty of Mathematics and Natural Sciences, Universitas Brawijaya Zulfaidah Penata Gama, M.Si., Ph.D (Scopus ID: 55573337700) Biology Department, Faculty of Mathematics and Natural Sciences, Universitas Brawijaya Sugiono Saputra, Ph.D (Scopus ID: 57076979100) Mikrobiologi Division, Research Center for Biology, Indonesian Institute of Sciences, Indonesia Dr. Sundari, M.Pd (Scopus ID: 57204425264) Biology Education, Faculty of Education, University of Khairun, Ternate, Indonesia
Editorial Team would like to thank to peer reviewer who has been invited by Biotropika: Journal of Tropical Biology Volume 8 Number 2, 2020
Dr. Sentot Raharjo Akademi Farmasi Putra Indonesia Malang, Indonesia
Galuh Wening Permatasari, M.Sc. INBIO Indonesia
Sutomo, Ph.D. Pusat Penelitian Konservasi Tumbuhan dan Kebun Raya 'Eka Karya Bali', Indonesia
Brian Rahardi, M.Sc. Biology Department, Universitas Brawijaya, Malang, Indonesia
Bagus Priambodo, M.Sc
Biology  Department,  Faculty  of  Mathematics  and  Natural  Sciences,  Universitas  Negeri Malang
Nur Rohmatin Isnaningsih Bidang Zoologi, Puslit Biologi - Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia
Dr. Dra. Catur Retnaningdyah, M.Si. Biology Department, Universitas Brawijaya, Malang, Indonesia
Bayu Agung Prahardika, M.Si.
Biology Department, UIN Maulana Malik Ibrahim, Malang, Indonesia
Dr. Kurniasih Sukenti Faculty of Mathematics and Natural Sciences, Universitas Mataram, Indonesia
Novita Kartika Indah, M.Si.
Biology  Department,  Faculty  of  Mathematics  and  Natural  Sciences,  Universitas  Negeri Surabaya
Sugiyono, Ph.D Microbiology Division, Research Center for Biology, Indonesian Institute of Sciences
Dr. Siska Aditya Veterinary Medicine, Universitas Brawijaya, Malang, Indonesia
Viky Vidayanti, M.Si. Biology Department, Universitas Brawijaya, Malang, Indonesia
Dr. Retno Wimbaningrum Biology Department, Faculty of Mathematics and Natural Sciences, Universitas Jember
Prof. Amin Setyo Leksono, Ph.D. Biology Department, Universitas Brawijaya, Malang, Indonesia
Dr. Barlah Rumhayati Chemistry Department, Universitas Brawijaya, Malang, Indonesia

## PREFACE
All  of  our  gratitude  goes  to  Almighty  God  because  of  His  blessed,  Biotropika:  Journal  of Tropical Biology publishes scientific writing which are the research results from researchers and academicians.
In  this  edition,  Biotropika:  Journal  of  Tropical  Biology  presents  various  research  in  tropical biology perspective. One of the articles presented in English that give a report about virtual inhibition  analysis  of  progesterone  receptor  and  lonaprisan  by  brazilin  from  secang ( Caesalpinia  sappan L)  in  breast  cancer  proliferation.  The  utilization  of  DNA  barcoding  to identify  gastropod  has  reported  in  the  study  of  analysis  of  growth  patterns  and  DNA barcoding  using  COI  gene  to  identify Turbo  stenogyrus P.  Fischer,  1873  which  is  DNA sequence is 650bp.  Biodiversity  of benthos also reported in the study of  macrozoobenthos diversities  in  Ciwulan  river,  Tasikmalaya  regency,  West  Java.  The  results  showed  that  the biodiversity of macrozoobenthos have a moderate level with relatively stable environmental conditions  and  also  found  21  species  of  gastropod,  2  species  of  bivalve  and  1  species  of crustacean. Biodiversity study also reported in the study of epilithic diatom diversity and its potential  as  bioindicator  of  river  quality  in  Coban  Tarzan,  Malang  regency  that  found  8 genera  of  diatom  with  moderate  level  of  diversity.  Exploration  of  plant  in  ethnobotany perspective  was  interesting  to  study  of  plants  diversity  and  socio-cultural  value  associated with  local  wisdom.  Totally,  17  species  of  food  plants  were  found  at  Kondang  Merak  forest and 20 species of food plants were found on home gardens as additional foodstuffs including tubers,  vegetables,  fruits,  spices  and  beverage  ingredients.  Other  research  result  reported about  effect  of  CSN1S2  protein  from  milk  and  yogurt  of  ethawah  crossbreed  goat  against microbiota composition in fecal RA rat model based on 16S rRNA gene analysis. The growth of  invasive  species Acacia  decurrens Willd.  on  the  mount  Merapi  national  park  was interested  to  study  because  it  can  disrupt  the  growth  of  restoration  core  plants  so  that  the research was conducted to determine the growth characteristics of trees A. decurrens after eruption and the effect of the shade of canopy A. decurrens on the growth rate of restoration plants.  Last,  the  research  result  was  reported  about  effect  of  riparian  zone  disturbance  on ecosystem  services  on  the  upper  Brantas  river  which  is  analyzed  by  using  Prati  index, naturalness index and hemeroby index.
The publication of this edition is also a hard work and the attention of many parties, therefore the  Editorial  team  thank  to  the  reviewers  who  willing  to  provide  inputs  and  criticisms  for improving  the  writing  quality.  The  members  of  the  editors  who  have  spent  their  time  to  let this issue can be published properly. May the articles in this journal can be beneficial to the readers and be a reference for future studies.
Regards, Editorial Team

## KATA PENGANTAR
Segala puji syukur kita panjatkan kepada Tuhan YME karena atas karunia-Nya, Biotropika: Journal  of  Tropical  Biolog y  kembali  menerbitkan  berbagai  tulisan  ilmiah  yang  merupakan hasil penelitian dari para peneliti dan akademisi. Pada edisi ini, Biotropika: Journal of Tropical Biology menyajikan berbagai hasil penelitian di bidang  biologi  tropika.  Salah  satu  artikel  ilmiah  disajikan  dalam  bahasa  Inggris  mengenai analisis  penghambatan  virtual  antara  brazilin  yang  merupakan  senyawa  aktif  pada  secang ( Caesalpinia  sappan L)  dengan  reseptor  progesteron  atau  lonaprisan  pada  proliferasi  sel kanker  payudara.  Pendekatan  analisis  DNA  barcoding  dalam  identifikasi  gastropoda  juga dilaporkan  dalam  penelitian  analisa  pola  pertumbuhan  dan  pendekatan  DNA  barcoding menggunakan  gen  COI  untuk  identifikasi Turbo  stenogyrus yang  menghasilkan  panjang sekuen  DNA  yaitu  650bp.  Keanekaragaman  benthos  dilaporkan  pada  penelitian  diversitas makrozoobenthos  di  sungai  Ciwulan,  Kabupaten  Tasikmalaya  Jawa  Barat.  Hasil  penelitian menunjukkan  bahwa  keanekaragaman makrozoobenthos  memiliki kategori  sedang  dengan kondisi  lingkungan  yang  relatif  stabil  serta  ditemukan  21  spesies  gastropoda,  2  spesies bivalvia  dan  1  spesies  crustacea.  Kajian  diversitas  juga  dilaporkan  dalam  studi keanekaragaman  diatom  epilitik  serta  potensinya  sebagai  bioindikator  kualitas  perairan sungai  di  Coban  Tarzan  Kabupaten  Malang  yang  menemukan  8  genus  diatom  dengan tingkat keanekaragaman sedang. Eksplorasi tanaman dari sudut pandang etnobotani sangat menarik  untuk  mengkaji  diversitas  tanaman  dan  nilai-nilai  sosio-kultural  yang  berkaitan dengan  kearifan  lokal.  Total  ditemukan  sebanyak  17  spesies  tanaman  pangan  dari  hutan Kondang  Merak  dan  20  spesies  tanaman  pangan  dari  pekarangan  rumah  yang  termasuk umbi-umbian,  sayuran,  buah-buahan,  bumbu  dan  aroma  masakan  serta  bahan  minuman. Hasil  penelitian  yang  lain  melaporkan  pengaruh  protein  CSN1S2  dari  susu  dan  yogurt kambing  peranakan  ethawah  terhadap  komposisi  mikrobiota  pada  feses  tikus  model penyakit rheumatoid  arthritis (RA)  berdasarkan analisis  gen  16S  rRNA.  Pertumbuhan  jenis tanaman  invasif Acacia  decurrens Willd  pada  area  restorasi  di  taman  nasional  gunung Merapi  menjadi  perhatian  serius  karena  mengganggu  pertumbuhan  tanaman  inti  restorasi sehingga  penelitian  dilakukan  untuk  mengetahui  karakteristik  pertumbuhan  riap  pohon A. decurrens pasca  erupsi  dan  pengaruh  naungan  tajuk A.  decurrens terhadap  laju pertumbuhan  tanaman  restorasi.  Laporan  hasil  penelitan  yang  terakhir  pada  terbitan  ini melaporkan  tentang  pengaruh  gangguan  pada  zona  riparian  terhadap  jasa  layanan ekosistem  hulu  sungai  Brantas  yang  dianalisis  menggunakan  indeks  Prati,  indeks naturalness dan indeks hemeroby.
Penerbitan  edisi  ini  juga  atas  kerja  keras  dan  perhatian  banyak  pihak,  oleh  karena  itu redaksi Biotropika: Journal of Tropical Biology mengucapkan terima kasih kepada para mitra bestari  yang  berkenan  memberikan  masukan  dan  kritik  untuk  peningkatan  kualitas  tulisan. Para  anggota  redaksi  yang  telah  meluangkan  waktunya  agar  edisi  ini  dapat  terbit  dengan baik.  Semoga tulisan  hasil  penelitian  dalam  jurnal  ini  dapat  bermanfaat bagi  pembaca  dan menjadi rujukan untuk penelitian-penelitian berikutnya.
Hormat kami, Dewan redaksi

## TABLE OF CONTENTS
Editorial Team . ...................................................................................................................  i
Preface ...............................................................................................................................  iii Table of Contents ................................................................................................................  iv
Analisis  Penghambatan  Virtual  Antara  Senyawa  Bioaktif  Brazilin  Secang  ( Caesalpinia sappan L)  dengan  Reseptor  Progesteron  atau  Lonaprisan  pada  Proliferasi  Sel  Kanker
Payudara  ........................................................................................................................... 62 Pertumbuhan  Jenis  Invasif Acacia  decurrens Wild.  dan  Pengaruh  Naungannya
Terhadap Tanaman Restorasi  ............................................................................................ 71
Analisis  Pola  Pertumbuhan  dan  Pendekatan  DNA  Barcoding  untuk  Identifikasi Turbo stenogyrus P. Fischer, 1873 (Mollusca : Gastropoda) ......................................................... 79 Diversitas Makrozoobenthos di Sungai Ciwulan, Kabupaten Tasikmalaya, Jawa Barat ...... 89 Etnobotani  Tanaman  Pangan  dari  Hutan  dan  Pekarangan  Rumah  pada  Masyarakat  di Pemukiman Kondang Merak, Malang Selatan .................................................................... 98 Pengaruh  Protein  CSN1S2  dari  Susu  dan  Yogurt  Kambing  Peranakan  Ethawah Terhadap Komposisi Mikrobiota pada Feses Tikus RA-CFA  .............................................. 106 Studi  Keanekaragaman  Diatom  Epilitik  Serta  Potensinya  Sebagai  Bioindikator  Kualitas Perairan Sungai di Coban Tarzan, Kabupaten Malang  ....................................................... 116
Pengaruh  Gangguan  pada  Zona  Riparian  Terhadap  Jasa  Layanan  Ekosistem  Hulu Sungai Brantas  .................................................................................................................. 125
Author guideline ……………………………………………………………………………App 1