## KONEKTIVITAS GENETIK Cephalopholis sexmaculata ANTARA DAERAH PENANGKAPAN DAN DAERAH KONSERVASI DI WILAYAH PENGELOLAAN PERIKANAN 714

## (Genetic Connectivity of Cephalopholis sexmaculata between Fishing Areas and
Conservation Areas in the Fisheries Management Area 714)
Gino V. Limmon 1 , Johannes M. S. Tetelepta 2 , Jesaya A. Pattikawa 2 , Yuliana Natan 2 dan Chimberly Silooy 3 *
1 Jurusan Ilmu Kelautan, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, Universitas Pattimura
2 Jurusan Manajemen Sumberdaya Perairan, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, Universitas Pattimura
3 Program Studi Magister Ilmu Kelautan, Program Pascasarjana, Universitas Pattimura Corresponding author: chmsilooy26@gmail.com *
ABSTRAK: Wilayah Pengelolaan Perikanan (WPP 714) memiliki potensi ikan karang yang besar dengan keragaman yang tinggi. Walaupun demikian, eksploitasi ikan karang terutama ikan kerapu di WPP 714 juga cukup tinggi untuk memenuhi permintaan pasar nasional dan internasional.  Salah  satu  jenis  ikan  kerapu  adalah Cephalopholis  sexmaculata dari  famili Serranidae.  Penelitian  ini  dilakukan  dengan  tujuan  untuk  mengetahui  jarak  genetik  dan hubungan filogenetik serta keragaman genetik, struktur populasi dan konektivitas genetik dari spesies C. sexmaculata antara daerah konservasi dan daerah penangkapan di WPP 714 dengan menggunakan DNA barcoding. Sampel ikan C. sexmaculata diperoleh menggunakan metode survei dengan analisis yang dilakukan meliputi analisis molekuler, hubungan kekerabatan atau filogenetik  serta  keragaman  dan  konektivitas  genetik.  Hasil  penelitian  menunjukan  bahwa populasi C.  sexmaculata di  WPP  714  memiliki  hubungan  yang  sangat  dekat  dengan  jarak genetika yang diperoleh berkisar antara 0-10,9%. Nilai keragaman genetik yang diperoleh juga menunjukan angka 1 yang terkategori tinggi pada setiap populasi. Konektivitas yang terbentuk dari  struktur  populasi  pada  spesies  ini  menunjukan  pendugaan  terhadap  adanya  pertukaran genetik antara populasi C. sexmaculata di daerah konservasi dengan daerah penangkapan di WPP 714.
Kata Kunci: WPP 714, Cephalopholis sexmaculata , penanda DNA, konektivitas, filogenetik
ABSTRACT: The Fisheries Management Area (FMA 714) has great potential for reef fish with high diversity. However, exploitation of reef fish, especially grouper in FMA 714 is also high  to  meet  national  and  international  market  demand.  One  of  the  species  of  grouper  is Cephalopholis sexmaculata from the Serranidae family. This research was conducted with the aim to determine genetic distance and phylogenetic relationships as well as genetic diversity, population structure and genetic connectivity of the C. sexmaculata in conservation areas and fishing areas in FMA 714 using DNA barcoding. Samples of C. sexmaculata were collected using a survey method with analyzes carried out including molecular analysis, phylogenetic relationships as well as genetic diversity and connectivity. The results of the research show that  the C.  sexmaculata population  in  FMA  714  has  a  very  close  relationship  with  the  the values of genetic distance ranging from 0-10.9%. The genetic diversity obtained also shows the value of 1 which is categorized as high in each population. The connectivity formed from
TRITON: Jurnal Manajemen Sumberdaya Perairan 19(2) 122-131, Oktober 2023
P-ISSN 1693-6493 E-ISSN 2656-2758
DOI: https://doi.org/10.30598/TRITONvol19issue2page122-131
the population structure of this species indicates the existence of genetic exchange between the C. sexmaculata population in the conservation area and the fishing area in FMA 714.
Keywords: FMA  714, Cephalopholis  sexmaculata ,  DNA  Barcoding,  connectivity, phylogenetic

## PENDAHULUAN
Pemerintah Indonesia menetapkan Wilayah
Pengelolaan
Perikanan
Negara Republik  Indonesia  (WPPNRI)  dalam  rangka optimalisasi  pengelolaan  perikanan  (KKP, 2014).  WPPNRI  714  merupakan  wilayah penangkapan  yang  terdiri  atas  Teluk  Tolo  dan Laut  Banda  dengan  luasan  sekitar  66  juta  Ha. Sebagai  wilayah  penangkapan,  WPPNRI  714 tentu  memiliki  kekayaan  atas  keanekaragaman hayati  pada  biotanya.  Hal  ini  didukung  oleh keberadaan ARLINDO dan fenomena upwelling yang  sering  terjadi  akibat  faktor  oseanografi  di WPP  ini  khususnya  di  Laut  Banda.  Selain  itu, perairan  timur  Indonesia  (termasuk  WPPNRI 714) juga diketahui merupakan bagian daripada pusat  segitiga  terumbu  karang  dunia  ( Coral Triangle  Centre )  (BALITBANG  KP,  2016). Dengan  demikian  wilayah  ini  sangat  produktif untuk  mendukung  pertumbuhan  spesies  ikan, khususnya  yang  berhabitat  di  wilayah  terumbu karang seperti ikan kerapu.
Spesies  ikan  kerapu  adalah  komoditas penting  yang  tingkat  peminatannya  tinggi  dan Indonesia merupakan salah satu negara pengekspor  ikan  kerapu  tertinggi  di  dunia (Amorim et al., 2020). Dengan demikian, untuk memenuhi  permintaan  tersebut,  maka  tingkat pemanfaatan  terhadap  ikan  kerapu  dapat dilakukan  secara  berkala,  namun  tanpa  adanya pengawasan  yang  optimal,  maka  tindakan  ini akan berakibat pada over exploitation . Sekalipun potensi ikan kerapu tinggi di perairan Indonesia, belum  termasuk  dalam  apendik  CITES  dan belum tergolong jenis ikan yang dilindungi, akan tetapi pemanfaatan yang secara berkala, mampu menurunkan  keanekaragaman  genetik  dari populasi ikan kerapu umumnya dan Cephalopholis sexmaculata khususnya (Kusuma et al., 2021; Suharsono, 2014).
Cephalopholis sexmaculata (Rüppell 1830)  adalah  kelompok  ikan  demersal  dan
termasuk  golongan  spesies  ikan  kerapu  yang berasal  dari  famili  Serranidae.  Spesies  ini merupakan spesies ikan konsumsi yang dimanfaatkan  secara  lokal  dalam  skala  kecil untuk  diperdagangkan  (Bray,  2022).  Family Serranidae memiliki ritual khusus sebagai suatu pola tingkah laku yang unik untuk bereproduksi. Kelompok  ini  akan  berdatangan  pada  suatu lokasi dan waktu tertentu untuk melangsungkan perkawinan  secara  masal.  Apabila  ritual  ini terjadi dan membentuk siklus waktu yang tetap, maka sangat memungkinkan untuk memprediksi lokasi dan waktu reproduksi kelompok ikan ini. Oleh  karena  itu,  kondisi  tersebut  dapat mengancam  dan  mampu  memberikan  tekanan terhadap  populasi  ikan  ini  akibat  aktivitas eksploitasi, sehingga diperlukan upaya konservasi  dan  regulasi  yang  jelas  untuk melindungi daerah pemijahan famili Serranidae khususnya  spesies C.  sexmaculata (Suharsono, 2014).  Terkait  hal  tersebut,  maka  mempelajari pola  daur  hidup  ikan  sangatlah  penting. Retraubun  et  al.,  (2023)  menyatakan  bahwa spesifikasi siklus hidup daripada setiap jenis ikan karang  masih  sangatlah  kurang.  Oleh  sebab  itu solusi  tepat  untuk  mengatasi  permasalahan tersebut  adalah  melalui  kajian  konektivitas, karena kajian ini telah diketahui kemampuannya dalam  menentukan  ketersediaan  unit  stok  yang output-nya  sangat  dibutuhkan  dalam  studi ekologi dan konservasi.
Konektivitas  merupakan  suatu  aspek biologi  dan  proses  ekologis  pada  ekosistem  di laut, yang mempelajari tentang sebaran individu secara  spasial.  Konektivitas  dapat  terjadi  dan terbentuk  karena  adanya  distribusi  atau  migrasi oleh  spesies  yang  lebih  dewasa  saat  proses pemijahan. Pemahaman tentang studi konektivitas  sangat  penting,  karena  mampu mendorong  pemulihan  stok  organisme  di  laut melalui  pengetahuan  akan  sebaran  organisme secara  genetika  atau  spesies,  yang  kemudian
akan  berimplikasi  dalam  skala  dengan  cakupan yang  lebih  luas,  yakni  pada  tingkatan  populasi, komunitas  maupun  ekosistem  (Balbar  & Metaxas, 2019).
Studi  konektivitas  dapat  ditinjau  secara molekular  melalui  pendekatan  genetic  dengan Deoxyribo Nucleic Acid (DNA) yang memainkan  peran  utama  dalam  kajian  ini . Penanda  genetic  dipakai  untuk  membedakan suatu  spesies  dan  hubungan  kekerabatan (filogenetik)  yang  berperan  dalam  proses penyebaran  pada  suatu  individu  (Selkoe  et  al . , 2016).  Sebagai  spesies  yang  bernilai  ekonomis dan tergolong ikan komersial yang penelitiannya sangatlah  minim,  serta  rendahnya  optimalisasi daripada  implementasi  kajian  konektivitas genetik  pada  ikan  kerapu  umumnya  dan khususnya pada C. sexmaculata di daerah WPP 714, menjadi alasan utama pentingnya penelitian ini  dilakukan.  Dengan  demikian,  penelitian  ini bertujuan  untuk  menganalisis  jarak  genetik  dan hubungan filogenetik (kekerabatan) serta keragaman  genetik,  struktur  populasi  dan konektivitas genetik dari spesies C. sexmaculata antara daerah konservasi dan daerah penangkapan di WPP 714.

## METODE PENELITIAN

## Pengambilan Data
Penelitian  dilaksanakan  pada  April-Mei 2022 di beberapa wilayah timur WPP 714 yakni Ambalau  dan  Skaru  Pakelo  yang  tergolong wilayah penangkapan, sedangkan Hatta dan Kei tergolong  wilayah  konservasi  (Gambar  1). Prosedur pengambilan sampel dilakukan dengan menerapkan  metode  survei.  Sampel  yang dikoleksi  adalah  sampel  ikan  dewasa.  Sampel ikan  dewasa  yang  terkoleksi  dimasukkan  ke dalam ember dan diambil jaringan otot dorsalnya ( tissue )  satu  per  satu  sebagai  sumber  analisis genetic (Ariyanti et al., 2015). Tissue yang telah diambil  disimpan  ke  dalam sample  tube yang telah dilabeli sebelumnya yang berisikan alkohol 96% agar tetap awet (Marwayana, 2015).

## Analisis Genetika
Prosedur  analisis  genetika  dilakukan dengan menerapkan teknik DNA barcoding yang
meliputi  beberapa  tahapan,  yakni  ekstraksi  atau isolasi  DNA,  amplifikasi Polymerase  Chain Reaction (PCR)  dan  tahap  elektroforesis. Prosedur  ekstraksi  atau  isolasi  DNA  dilakukan dengan menerapkan penggunaan sebuah kit dari QIAGEN Jerman yakni DNeasy ® Blood&Tissue Kit. DNA hasil ektraksi kemudian diamplifikasi atau  digandakan  dalam  jumlahan  copy  melalui teknik PCR dengan marka gen CO1 ( Cytorchrome  oxidase  subunit  I )  sebagai  target dalam proses amplifikasi ini. Penggunaan primer barcoding khusus  untuk  menargetkan  gen  CO1 didasari  pada  primer  yang  dirancang  oleh (Folmer  et  al.,  1994),  yakni LC-1490 sebagai primer
forward dengan susunan oligonukleotidanya (5’-
GGTCAACAAATCATAAAGATATTGG- 3’) dan HCO-2198 sebagai primer  reverse dengan susunan oligonukleotida (5’- TAAACTTCAGGGTGACCAAAAAATCA- 3’) . Reaksi PCR dilakukan dengan total volume PCR 50 µl dengan siklus PCR sebanyak 35 pada tahap  denaturasi- extentiton .  Kondisi  PCR  pada penelitian ialah sebagai berikut:
• Pre-denaturasi 95 ºC selama 5 menit
• Denaturasi pada suhu 94 ºC selama 30 detik
• Annealing pada suhu 42 ºC selama 30 detik
• Extention pada suhu 72ºC selama 1 menit
• Final  extention pada  suhu  72  ºC  selama  7 menit
Visualisasi  terhadap  panjang  fragmen  DNA dilakukan  pada  produk  PCR  (DNA  yang teramplifikasi). Produk PCR kemudian dikirimkan  ke  1 st base di  Malaysia  untuk disekuensing dengan jumlah total 10 sampel.

## Analisis Jarak Genetik dan Filogenetik
Data  sekuens  DNA  yang  telah  diperoleh kemudian  dikoreksi,  diedit  dan  disejajarkan dengan  menggunakan  model  ClustalW  (1.6) pada  software  MEGA  11.0.13  ( Moleculer Evolutionary  Genetic  Analysis )  (Tamura  et  al., 2018). Hasil fragmen DNA yang telah dikoreksi kemudian  disimpan  dalam  format  FASTA  dan dicocokan dengan data yang telah tersedia pada data genbank di website NCBI ( National Center for Biotechnology Information ) ( https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ ) dengan menggunakan  metode  BLAST  ( Basic  Local
TRITON: Jurnal Manajemen Sumberdaya Perairan 19(2) 122-131, Oktober 2023
P-ISSN 1693-6493 E-ISSN 2656-2758 DOI: https://doi.org/10.30598/TRITONvol19issue2page122-131
Alignment Search Tool ). Tujuannya yaitu untuk mengetahui  tingkat  kecocokan  data  sekuens DNA  penelitian  ini  dengan  standar  identifikasi ( query  cover , identified ,  dan identities )  yang tersedia  pada genbank (Bramasta  et  al.,  2021; Rahayu  et  al.,  2019).  Analisis  filogenetik kemudian dilakukan pada data yang telah diblast dengan menggunakan metode Neighbor-Joining (NJ),  model  Kimura  2-parameter  (K2P model ) dan bootstrap sebanyak  1000x  replikasi (pengulangan)  (Kimura,  1980;  Saitou  &  Nei, 1987).  Pada  penelitian  ini  digunakan  satu  data aksesi  pembanding  untuk out  group yang diperoleh dari genbank NCBI yakni Cephalopholis  argus dengan  kode  akses KU366470.1.  Jarak  genetik  antar  spesies dihitung  dengan  menggunakan software dan model yang sama dan dideskripsikan berdasarkan kategori (Nei, 1972) (Tabel 1).
Analisis Keragaman Genetik, Struktur Populasi dan Konektivitas Genetik
Analisis  keragaman  genetik  dan  struktur populasi pada data sekuens DNA C.sexmaculata menggunakan software DnaSP v.6.12 (Rozas et al.,  2003).  Perolehan  nilai  statistik  berupa  nilai keragaman  haplotipe  (Hd)  dan  keragaman nukleotida (π) untuk analisis keragaman genetik serta Fixation index (Fst) untuk analisis struktur populasi  dideskripsikan  dengan  mengacu  pada kategori nilai menurut Excoffier et al. (1992) dan Nei  (1987)  (Tabel  1).  Jaringan  haplotipe C. sexmaculata di  WPP  714  kemudian  diplotkan berdasarkan  analisis median  joining  network menggunakan software PopArt  (Bandelt  et  al., 1999).
Tabel 1. Kriteria nilai jarak genetik, keragaman genetik dan struktur populasi
Analisis Ketegori Referensi Rendah Sedang Tinggi Jarak Genetik 0.010-0.099 0.1-0.99 1.00-2.00 (Nei, 1972) Keragaman Genetik (Hd) 0.1-0.4 0.5-0.7 0.8-1.00 (Nei, 1987) Struktur Populasi (Fst) 0.1-0.3 0.4-0.7 0.8-1.00 (Excoffier et al ., 1992)

## HASIL DAN PEMBAHASAN
Identifikasi  Sekuens  DNA  Menggunakan Blast
Berdasarkan  analisis  diperoleh  panjang fragmen DNA dari produk PCR pada marka gen COI  berkisar  antara  649-665  bp  (Tabel  2), terkecuali  pada  sampel  dengan  ID  KE3  karena memiliki  panjang  fragmen  yang  lebih  sedikit yakni 409 bp. Merujuk pada Tabel 2, persentase query  cover pada  penelitian  ini  berkisar  antara 71-98%, menunjukan bahwa sebesar itulah nilai persentase  dari  panjang  fragmen  penelitian  ini yang  terpakai  untuk  dianalisis  dan  disejajarkan dengan  data genbank di  NCBI.  Nilai  tersebut merupakan  representase  dari  total  panjang fragmen DNA (409-665 bp) pada penelitian ini.
Persentase  nilai identified dari  10  sampel yang berkisar antara 89,11-100%, artinya bahwa sebanyak  itulah  nilai  persentase  dari  hasil sekuensing  DNA  yang  berhasil  disejajarkan dengan  yang  tersedia  di genbank .  Sebaliknya, sekitar  0-10,89%  panjang  fragmen  DNA  pada penelitian ini tidak sama dan tidak tersejajarkan dengan  data  yang  ada  di genbank NCBI.  Nilai identities menunjukan  adanya  selisih  dari sejumlah basa nukleotida di setiap data sekuens DNA pada penelitian ini dengan basa nukleotida yang terdapat pada sekuens DNA yang tersedia di genbank .  Nilai  selisih  terbesar  terdapat  pada ID  AMB2  (573/643)  dengan  total  70  bp, sehingga merepresentasikan persentase kesejajaran antara sekuens DNA pada penelitian
dengan genbank ( Identified )  yang  juga  lebih rendah dibandingkan yang lainnya yakni sebesar 89,11%.

## Jarak Genetik dan Hubungan Filogenetik
Nilai  jarak  genetik  ( genetic  distance )  dan hubungan  filogenetik  ditentukan  berdasarkan karakteristik  sekuens  DNA  yang  ada  di  dalam setiap  spesimen  atau  taksa  (Syah,  2022).  Jarak genetik didefenisikan sebagai perbedaan gen atau genom  antar  spesies  maupun  populasi  satu dengan lainnya yang terukur dengan menggunakan  metode  numerik  (Dogan  & Dogan,  2016).  Nilai  yang  diperoleh  dari  jarak genetik menyatakan hubungan kedekatan antara 2  spesimen  yang  dibentuk  berdasarkan  tingkat kesamaannya  pada  sekuens  DNA  (Leatemia  et al., 2018). Dengan menggunakan model Kimura 2-Parameter  (K2P Model ),  jarak  genetik  pada spesimen atau individu atau taksa C. sexmaculata yang  tertabulasi  pada  Tabel  3  berkisar  antara 0,000-0,109 (0-10,9%). Nilai tersebut menunjukan  kemiripan  sekuens  DNA  yang dibandingkan  antara  kedua  specimen.  Semakin kecil  nilainya,  maka  semakin  dekat  hubungan kedua  spesimen  dan  sebaliknya  semakin  besar nilainya,  maka  jarak  kedua  spesimen  tersebut semakin  jauh.  Secara  keseluruhan  nilai  jarak genetik yang diperoleh hampir mendekati angka 0, sedangkan spesimen dengan jarak genetik 0,1 diperoleh  antara  spesimen  Ambalau  2  dengan spesimen lainnya (Tabel 3).
Tabel 2. Hasil identifikasi sekuens DNA C. sexmaculata menggunakan blast
ID Spesies Query Cover (%) Identified (%) Identities Panjang Fragmen Penelitian  Genbank AMB1 C. sexmaculata 98 99,23 643/648 656 658 AMB2 C. sexmaculata 97 89,11 573/643 662 636 BND1 C. sexmaculata 95 100 623/623 651 654 BND2 C. sexmaculata 97 99,69 634/636 653 636 HJ1 C. sexmaculata 95 100 619/619 649 654 KE1 C. sexmaculata 97 99,68 630/632 649 636 KE2 C. sexmaculata 98 99,24 652/657 665 658 KE3 C. sexmaculata 71 93,23 273/292 409 621 KE4 C. sexmaculata 97 99,53 630/633 651 636 KE5 C. sexmaculata 97 99,68 630/632 649 636
TRITON: Jurnal Manajemen Sumberdaya Perairan 19(2) 122-131, Oktober 2023
P-ISSN 1693-6493 E-ISSN 2656-2758 DOI: https://doi.org/10.30598/TRITONvol19issue2page122-131
Tabel 3. Hasil identifikasi sekuens DNA C. sexmaculata menggunakan blast
1 2 3 4 5 6 7 8 9 AMB1_C._sex AMB2_C._sex 0.10213 BND1_C._sex 0.00472 0.10932 BND2_C._sex 0.00000 0.10213 0.00630 HJ1_C._sex 0.00472 0.10932 * 0.00000 0.00630 KE1_C._sex 0.00000 0.10392 0.00472 0.00157 0.00472 KE2_C._sex 0.00000 0.10196 0.00630 0.00000 0.00630 0.00157 KE4_C._sex 0.00157 0.10571 0.00630 0.00314 0.00630 0.00157 0.00314 KE5_C._sex 0.00000 0.10213 0.00630 0.00000 0.00630 0.00157 0.00000  0.00314
Keterangan: * = nilai jarak genetik tertinggi
Berdasarkan  kategori  menurut  Nei  (1972) maka dapat disimpulkan bahwa secara keseluruhan  jarak  genetik C.  sexmaculata di WPP  714  terkategori  rendah  dan  hubungan kekerabatannya  sangat  dekat  antara  spesimen satu dengan lainnya karena berada pada kisaran 0,01  –  0,099,  sedangkan  hubungan  kekerabatan antara  spesimen  Ambalau  2  dengan  spesimen lainnya terkategori sedang.
Filogenetik didefenisikan sebagai hubungan  evolusi  antar  sekelompok  organisme yang  dalam  sejarah  sebelumnya  didasari  pada perbandingan morfologi antar fosil (Fietri et al., 2020).  Pada  zaman  modern  ini  analisis  tersebut
berkembang  dan  dikenal  dengan  analisis filogenetik molekuler dengan mengacu pada data molekuler  yakni  DNA  atau  protein  (Horiike, 2016).  Pohon  filogenetik  menggambarkan ilustrasi  mengenai  hubungan  suatu  spesies dengan  nenek  moyang  terakhirnya  yang  paling dekat dengan spesies tersebut. Hal ini bertujuan untuk  melihat  sejauh  mana  hubungan  antar spesies (Hikam et al., 2021). Rekonstruksi pohon filogenetik  menggunakan  metode Neighbour- Joining (NJ) dengan model Kimura 2-parameter (K2P model ) dan nilai bootstrap sebanyak 1000x replikasi (pengulangan) terilustrasi dalam Gambar 2.
Gambar 2. Rekonstruksi pohon filogenetik C. sexmaculata menggunakan metode Neighbour-Joining (NJ), model Kimura 2-parameter (K2P model ) dan bootstrap 1000x replikasi

## Konektivitas Genetik Cephalopholis Sexmaculata Antara Daerah Penangkapan dan Daerah Konservasi …
Berdasarkan  hasil  analisis,  terlihat  bahwa adanya 2 kelompok ( Cluster ) yang terbentuk dari 10 sekuens DNA C. sexmaculata , dengan 2 klad ( Clade )  yang  berasal  dari  1  percabangan  yang sama  dan  2  klad  lainnya  terdiri  atas  masing- masing  satu  spesimen.  Asal  percabangan  yang sama mengindikasikan bahwa setiap taksa dalam penelitian ini bersumber dari satu nenek moyang ( ancestor )  yang  sama  dan  kemudian  tergolong dalam kelompok monofiletik. Cabang dari pohon filogenetik  NJ  menunjukan  bahwa  klad  I  yang terdiri  atas  taksa  KE1,  2,  4,  5  serta  BND2  dan AMB1 ini berasal dari satu nenek moyang sama dengan taksa dari BND1 dan HJ1 yang tergolong dalam  klad  II.    Hal  tersebut  didukung  dengan jarak  genetika  pada  klad  I  yang  sangat  rendah dengan rentang nilai 0,000-0,004 (0,00%) (Tabel 3).  Ukuran  panjang  pendeknya  percabangan yang terilustrasi pada pohon filogenetik menyatakan  jarak  evolusi,  selain  itu  perkiraan daripada waktu atau periode laju evolusi seperti spesiasi dan duplikasi gen juga dapat diperkirakan  berdasarkan  informasi  panjang cabang pada pohon filogenetik (Horiike, 2016).
Keragaman  Genetik,  Struktur  Populasi  dan Jaringan Haplotipe C. sexmaculata
Nilai  keragaman  genetik  atau  haplotipe (Hd)  dan  nukleotida  (π)  yang  diperoleh  dengan menggunakan software DnaSP v.6.12 menunjukan  bahwa  jumlah  8  sampel  yang terinput  memperoleh  6  haplotipe  (Tabel  4). Setiap  populasi  memiliki  keragaman  nukleotida yang  berbeda  yakni  Ambalau  0,09561,  Banda 0,00627  dan  Kei  0,00340,  sedangkan  secara
keseluruhan  ialah  0,02799.  Akan  tetapi  nilai keragaman  genetik  yang  diperoleh  ialah  1  dari ketiga  populasi  dan  nilai  keragaman  haplotipe dari semua populasi yakni 0,92857. Nilai 1 dari perolehan  keragaman  genetik  menunjukan genetik  pada  populasi C.  sexmaculata meliputi wilayah  Ambalau,  Banda  dan  Kei  sangat beragam  dan  terkategori  tinggi  menurut  Nei (1987).  Tingginya nilai keragaman genetik pada suatu  populasi  menyatakan  bahwa  populasi tersebut  sangat  mungkin  untuk  bertahan  hidup dengan jauh lebih baik, sebab terdapat berbagai macam  gen  penyusun  sifat  yang  mampu memberi  respon  berbeda  terhadap  setiap perubahan  pada  kondisi  lingkungan  di  suatu wilayah (Akbar & Labenua, 2018).
Nilai statistik struktur populasi (Fst) antara Ambalau-Banda  adalah  0,05797,  Ambalau-Kei adalah 0,03562 dan Banda-Kei  adalah -0,12121 (Tabel  5).  Mengacu  pada  kategori  struktur populasi menurut (Excoffier et al., 1992), maka struktur  populasi C.  sexmaculata di  WPP  714 tergolong  rendah  (0,1-0,3)  antara  Ambalau-Kei hingga sedang (0,4-0,7) antara Ambalau-Banda. Nilai  Fst  yang  rendah  diantara  populasi Ambalau-Kei  diduga  karena  populasi C. sexmaculata cenderung terdistribusi ke perairan Kei dibandingkan Banda, sehingga tidak terjadi pertukaran  gen  yang  begitu  besar  dan menyebabkan  penurunan  diferensiasi  genetik antara  kedua  wilayah  tersebut.  Sedangkan rendahnya diferensiasi genetik antara Banda-Kei diduga karena letak geografis yang sangat dekat, sehingga terjadi sharing genetic interpopulasi.
Tabel 4. Nilai statistik keragaman genetik C. sexmaulata di WPP 714
Keterangan: n = jumlah sampel, Hn = jumlah haplotipe, Hd = keragaman haplotipe, π = keragaman nukleotida
Tabel 5. Nilai statistik struktur populasi (Fst) genetik C. sexmaculata di WPP 714
Lokasi n Hn Hd π Ambalau 2 2 1 0,09561 Banda 2 2 1 0,00627 Kei 4 4 1 0,00340 Semua Populasi 8 6 0,92857 0,02799 Populasi Ambalau Banda Kei Ambalau - - - Banda 0,05797 - - Kei 0,03562 -0,12121 -
TRITON: Jurnal Manajemen Sumberdaya Perairan 19(2) 122-131, Oktober 2023 P-ISSN 1693-6493 E-ISSN 2656-2758
DOI: https://doi.org/10.30598/TRITONvol19issue2page122-131
Gambar 3. Konektivitas genetik C. sexmaculata di WPP 714 yang tergambarkan oleh jaringan haplotipe dengan menggunakan metode Minimum-Spanning Network
Nilai  Fst  yang  tergolong  rendah  antara Ambalau-Kei  dan  Banda-Kei  menunjukan  telah terjadi pertukaran gen antara populasi spesies C. sexmaculata dari  daerah  konservasi  (Kei)  ke daerah  penangkapan  (Ambalau),  ataupun  ke daerah  konservasi  lainnya  (Banda)  karena  letak geografis yang berdekatan. Semakin dekat suatu populasi secara spasial maka besar kemungkinan adanya genetik yang sama, sehingga diferensiasi genetik  menjadi  lebih  rendah  (Gardner  et  al., 2010).  Hal  ini  terjadi  karena  dengan  wilayah yang berdekatan maka akan sangat mudah terjadi pertukaran larva atau gen yang kemudian dikenal dengan  istilah free-exchange (pertukaran  gen secara bebas).
Analisis keragaman genetik memperlihatkan  adanya  hubungan  antara  setiap haplotipe  sekaligus  menjadi  dasar  rekonstruksi jaringan  haplotipe  ( haplotype network )  untuk mengungkapkan keterhubungan atau konektivitas  genetik  pada  ikan C.  sexmaculata pada  WPP  714.  Berdasarkan  ilustrasi  pada Gambar  3 ,  haplotype  network terbentuk  oleh  6 haplotipe  (h)  yang  mana  H1  terdiri  atas  AMB1 dan KE2, H2 yaitu AMB2, H3 yaitu BND1 dan HJ1, H4 yaitu BND2 dan KE5, serta H5 dan H6 yaitu  KE1  dan  KE4.  Hasil  juga  menunjukan adanya mutasi yang ditandai dengan angka yang tertulis  diantara  garis  penghubung  kedua haplotipe.  Keberadaan  beberapa  lokasi  pada haplotipe  yang  sama  menunjukan  adanya
sharing genetic antara lokasi tersebut (Leatemia et  al.,  2018)  yang  mana  dalam  penelitian  ini ditandai pada H1, H3 dan H4.

## KESIMPULAN DAN SARAN
Populasi C.  sexmaculata yang  diperoleh pada  WPP  714  secara  keseluruhan  berkerabat sangat  dekat  dengan  jarak  genetika  yang tergolong rendah karena berkisar antara 0-10%. Tingkat  keragaman  genetik C.  sexmaculata di WPP 714 sangat tinggi dengan nilai 1 pada setiap populasi  dan  terdapat  adanya  pertukaran  bebas ( free exchange )  antara  spesimen  pada  daerah konservasi  ke  daerah  penangkapan  maupun  ke daerah  konservasi  lainnya.  Pendugaan  populasi tertua dari spesies C. sexmaculata pada WPP 714 berasal  dari  daerah  konservasi  baik  wilayah perairan Kei maupun Banda.
Berdasarkan penelitian ini juga disarankan untuk  menambahkan  parameter  oseanografi berupa kecepatan dan pola pergerakan arus serta angin pada WPP 714. Parameter tersebut sebagai sebuah  media  yang  mampu  memodelkan transport genetik antara lokasi satu dengan yang lainnya. Dilakukan kajian lebih banyak terhadap ikan karang lainnya, mengingat potensi WPP 714 yang  adalah  bagian  terbesar  daripada  pusat segitiga  terumbu  karang  dunia  ( Coral  triangle center ).

## UCAPAN TERIMA KASIH
Penelitian  ini  dibiayai  oleh  Yayasan Konservasi Indonesia melalui Proyek Blue Halo S Survei Wilayah Pengelolaan Perikanan (WPP) 714 dan 715. Penulis mengucapkan terima kasih kepada  Janet  G.  P.  Rande,  S.Pi  dan  Cilun Djakiman,  S.Pi,  M.Sc  yang  telah  membantu dalam pengolahan data, serta Ir. F. Rijoly, M.Si yang membantu mengidentifikasi spesimen ikan.

## DAFTAR PUSTAKA
Akbar,  N.  N.,  &  Labenua,  R.  (2018).  Keragaman Genetik Ikan Cakalang ( Katsuwonus pelamis ) di  Perairan  Laut  Maluku  Utara. Depik , 7 (2), 164–176. https://doi.org/10.13170/depik.7.2.11156 Amorim, P., Sousa,  P.,  Jardim,  E.,  Azevedo,  M., & Menezes,  G.  M.  (2020).  Length-Frequency Data  Approaches  to  Evaluate  Snapper  and Grouper Fisheries in The Java Sea, Indonesia.
Fisheries
Research , 229 , 105576.
https://doi.org/https://doi.org/10.1016/j.fishres .2020.105576
Ariyanti,  Y.,  Farajallah,  A.,  &  Arlyza,  I.  S.  (2015).
Phylogenetic  Analysis  of  the  Darkfin  Hind, Cephalopholis  urodeta (Serranidae)  Using Partial  Mitochondrial  CO1  Gene  Sequences (Analisis  Filogenetik Cephalopholis  urodeta (Serranidae) Menggunakan Runutan Gen CO1 Mitokondria  Parsial). ILMU  KELAUTAN: Indonesian Journal of Marine Sciences , 20 (1),
38-44.
https://doi.org/10.14710/ik.ijms.20.1.38-44
Balbar,  A.  C.,  &  Metaxas,  A.  (2019).  The  Current Application of Ecological Connectivity in The Design  of  Marine  Protected  Areas. Global Ecology and Conservation , 17 , 1–20. https://doi.org/10.1016/j.gecco.2019.e00569 BALITBANG  KP.  (2016). Potensi  Sumber  Daya Kelautan  Dan  Perikanan  WPPNRI  714 .
AMaFRaD PRESS.
Bandelt,  H.  J.,  Forster,  P.,  &  Röhl,  A.  (1999). Median-joining Networks for Inferring
Intraspecific  Phylogenies. Molecular  Biology and Evolution , 16 (1), 37–48.
https://doi.org/10.1093/oxfordjournals.molbev .a026036
Bramasta,  R.  C.,  Faiqoh,  E.,  Hendrawan,  I.  G., Sembiring, A., & Yusmalinda, N. L. A. (2021). Identifikasi Hiu yang Diperdagangkan di Bali
Menggunakan  Metode  DNA  Barcoding  dan Analisis  Filogenetik. Journal  of  Marine  and
Aquatic Sciences , 7 (1), 84-93. https://doi.org/10.24843/jmas.2021.v07.i01.p1
2
Bray, D. (2022). Cephalopholis sexmaculata . Fishes of Australia.
Dogan,  I.,  &  Dogan,  N.  (2016).  Genetic  Distance Measures: Review. Turkiye Klinikleri Journal
of Biostatistics , 8 (1), 87–93. https://doi.org/10.5336/biostatic.2015-49517
Excoffier, L., Smouse, P. E., & Quattro, J. M. (1992).
Analysis of Molecular Variance Inferred From Metric  Distances  Among  DNA  Haplotypes: Application  to  Human  Mitochondrial  DNA Restriction Data. Genetics Society of America . https://doi.org/10.3354/meps198283
Fietri, W. A., Razak, A., & Ahda, Y. (2020). Analisis Filogenetik  Ikan  Tuna  ( Thunnus spp)  di Perairan  Maluku  Utara  Menggunakan  COI (Cytocrome  Oxydase  I). BIOMA :  Jurnal Biologi Makasar , 5 (1), 47–59.
Folmer, O., Black, M., Hoeh, W., & Lutz, R. (1994).
DNA Primers For Amplification Of Mitochondrial Cytochrome C Oxidase Subunit I  From  Diverse  Metazoan  Invertebrates.
Molecular Marine Biology and Biotechnology , 3 (5), 294–299. https://doi.org/10.1071/ZO9660275
Gardner,  J.,  Bell,  J.,  Constable,  H.,  Ritchie,  P.,  & Zuccarello,  G.  (2010).  Multi-species  Coastal Marine  Connectivity :  A  Literature  Review with  Recommendations  for  Further  Research. In New  Zealand  Aquatic  Environment  and Biodiversity Report (Issue 58).
Hikam,  A.  M.,  Mubarakati,  N.  J.,  Dailami,  M.,  &
Toha, A. H. A. (2021). DNA Barcoding Pada Invertebrata  Laut. Jurnal  Biologi  Udayana ,
25 (1),
46–56. https://doi.org/10.24843/jbiounud.2021.v25.i0 1.p06
Horiike,  T.  (2016).  An  Introduction  to  Molecular Phylogenetic Analysis. Review in Agricultural Science , 4 , 36–45.
https://doi.org/10.7831/ras.4.
Kimura, M. (1980). A Simple Method for Estimating Evolutionary  Rates  of  Base  Substitutions Through  Comparative  Studies  of  Nucleotide Sequences. Journal  of  Molecular  Evolution ,
16 (2),
111–120. https://doi.org/10.1007/BF01731581
KKP.  (2014). Peraturan  Menteri  Nomor  18  Tahun 2014 tentang Wilayah Pengelolaan Perikanan
TRITON: Jurnal Manajemen Sumberdaya Perairan 19(2) 122-131, Oktober 2023
P-ISSN 1693-6493 E-ISSN 2656-2758 DOI: https://doi.org/10.30598/TRITONvol19issue2page122-131
Negara Republik Indonesia . Jakarta.  Indonesia Kusuma,  A.  B.,  Tapilatu,  R.  F.,  &  Tururaja,  T.  S.
(2021).  Identifikasi  Morfologi  Ikan  Kerapu (Serranidae:  Epinephelinae)  Yang  Didaratkan Di Waisai Raja Ampat. Jurnal Enggano , 6 (1), 37–46.
Leatemia, S. P. O., Manumpil, A. W., Saleky, D., & Dailami,  M.  (2018).  DNA  Barcode  dan Molekuler  Filogeni Turbo sp.  di  Perairan Manokwari  Papua  Barat  DNA. Prosiding Seminar Nasionall MIPA UNIPA KE-3 Tahun 2018 .
Marwayana,  O.  N.  (2015).  Ekstraksi  Asam
Deoksiribonukleat (DNA) Dari Sampel Jaringan Otot. Oseana , 15 (2), 1–9.
Nei, M. (1972). Chapter 9: Genetic Distance Between
Populations. The American Naturalist , 106 (949), 283–292.
https://doi.org/10.7312/nei-92038-010 Nei,  M.  (1987). Molecular  Evolutionary  Genetics . Columbia
University
Press. https://doi.org/doi:10.7312/nei-92038
Rahayu,  D.  A.,  Deni  Nugroho,  E.,  &  Listyorini,  D.
(2019). DNA Barcoding Ikan Introduksi Khas Telaga Sari, Kabupaten Pasuruan. Biotropika:
Journal of Tropical Biology , 7 (2), 51-62.
Retraubun, A. S. W., Tupan, C. I., Selanno, D. A. J., Rijoly, F., Pello,  F. S., Ayal, F. W., Limmon, G. V., Abrahamsz, J., Pietersz, J. H., Pattikawa, J. A., Tetelepta,  J. M. S.,  Mamesah,  J. A.  B., Tomasouw, J. L., Siahainenia, L., Hulopi, M., Sangaji,  M.,  Tuapattinaja,  M.  A.,  Wawo,  M., Huliselan, N. V., … Natan, Y. (2023). Modul Blue  Halo  S  101 (V.  P.  H.  Nikijuluw,  E.
Wibisono, & J. L. Tomasouw (eds.)). Yayasan
Konservasi Cakrawala Indonesia.
Rozas, J., Sánchez-DelBarrio, J. C., Messeguer, X., & Rozas, R. (2003). DnaSP, DNA Polymorphism Analyses  by  The  Coalescent  and  Other Methods. Bioinformatics , 19 (18),  2496–2497. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btg359 Saitou, N., & Nei, M. (1987). The Neighbor-joining Method:  A  New  Method  For  Reconstructing Phylogenetic  Trees. Molecular  Biology  and
Evolution , 4 (4), 406–425. https://doi.org/10.1093/oxfordjournals.molbev .a040454
Selkoe,  K.  A.,  D’Aloia,  C.  C.,  Crandall,  E.  D., Iacchei, M., Liggins, L., Puritz, J. B., Von Der Heyden, S., & Toonen, R. J. (2016). A Decade of  Seascape  Genetics:  Contributions  to  Basic and  Applied  Marine  Connectivity. Marine Ecology Progress Series , 554 , 1–19.
https://doi.org/10.3354/meps11792
Suharsono. (2014). Biodiversitas Biota  Laut
Indonesia (Kekayaan Jenis, Sebaran, Kelimpahan,  Manfaat  dan  Nilai  Ekonomis) . Pusat Penelitian Oseanografi LIPI.
Syah,  M.  A.  (2022).  Isolasi  dan  Karakterisasi Molekuler  Gen  16S  rRNA  Bakteri  Lipolitik Asal  Limbah  Kulit  Biji  Jambu  Mete. Jurnal
Sumberdaya Hayati , 8 (1), 20–26.
https://doi.org/10.29244/jsdh.8.1.20-26
Tamura, K., Kumar, S., Stecher, G., Li, M., & Knyaz,
C. (2018). MEGA X: Molecular Evolutionary Genetics Analysis Across Computing Platforms. Molecular  Biology  and  Evolution ,
35 (6),
1547–1549. https://doi.org/10.1093/molbev/msy096