Accredited by Ministry of Research, Technology                          DOI: https://doi.org/10.35799/jis.21.1.2021.30282 and Higher Education No: 28/E/KPT/2019                Available online at https://ejournal.unsrat.ac.id/index.php/jis
Penambatan Molekuler Senyawa Bioaktif dari Ekstrak Etanol Daun Pangi ( Pangium edule ) Terhadap Reseptor Protease HIV-1
Sefren Geiner Tumilaar 1) , Jainer Pasca Siampa 1) , Trina Ekawati Tallei 2)
1) Program Studi Farmasi, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Sam Ratulangi, Manado, 95115
2) Program Studi Biologi, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam,
Universitas Sam Ratulangi, Manado, 95115 E-mail: sefrentumilaar1@gmail.com ; jainerpsiampa@unsrat.ac.id ; trina_tallei@unsrat.ac.id

## ABSTRAK
Human Immunodeficiency Virus (HIV) merupakan virus yang menyerang sistem kekebalan tubuh, dan  pada  akhirnya  dapat  menyebabkan Acquired  Immune  Deficiency  Syndrome (AIDS).  Daun Pangi ( Pangium edule ) yang sering digunakan sebagai sayuran oleh masyarakat di Sulawesi Utara, telah  diteliti  memiliki  efek  penghambatan  pada  enzim  protease  HIV-1.  Penelitian  ini  bertujuan untuk  mengevaluasi  potensi  senyawa  bioaktif  yang  terkandung  dalam  daun  Pangi  dalam menghambat  protease  HIV-1  secara in  silico .  Senyawa  ini  diekstraksi  menggunakan  etanol  dan ditentukan  menggunakan Gas  Chromatography-Mass  Spectrometer (GC-MS).  Penambatan molekul  dilakukan  menggunakan  program  Autodock  Vina  dengan  menambatkan  senyawa  yang telah  ditentukan  pada  situs  aktif  reseptor  protease  HIV-1  (PDB  ID:  3NU3).  Hasil  GC-MS  dari ekstrak etanol daun Pangi menunjukkan 12 komponen senyawa. Senyawa-senyawa ini  digunakan sebagai  ligan  untuk  ditambatkan  pada  protease  HIV-1.  Hasil  penambatan  senyawa-senyawa tersebut dibandingkan dengan hasil penambatan amprenavir yang digunakan sebagai ligan kontrol. Studi  penambatan  molekuler  menunjukkan  bahwa  Phytol  merupakan  ligan  dengan  nilai  afinitas pengikatan terendah (-8,8 kkal / mol).
Kata kunci : Pangi; penambatan molekuler; protease HIV-1
Molecular Docking of Bioactive Compounds from Pangi ( Pangium edule ) Leaves Ethanol Extract Against HIV-1 Protease

## ABSTRACT
Human  Immunodeficiency  Virus  (HIV)  is  a  virus  that  attacks  the  immune  system  and  can eventually  cause Acquired  Immune  Deficiency  Syndrome  (AIDS).  The  leaf  of  Pangi  ( Pangium edule), which is often used as a vegetable by people in North Sulawesi, has been investigated to have an inhibitory effect on the HIV-1 protease enzyme. This study aimed to evaluate the potential of bioactive compounds contained in Pangi leaves in inhibiting HIV-1 protease by using in silico analysis.  These  compounds  were  extracted  using  ethanol  and  determined  using  a  Gas Chromatography-Mass Spectrometer (GC-MS). The evaluation was carried out using the Autodock Vina  program  by  docking  the  determined  compounds  on  the  active  site  of  the  HIV-1  protease receptor  (PDB  ID:  3NU3).  There  were  12  compounds  detected  in  the  ethanol  extract  of  Pangi leaves, which were then used as ligands, and the results were compared with amprenavir as a control ligand. Molecular docking study showed that Phytol was the ligand with the lowest binding affinity value ( -8.8 kcal/mol).
Keywords : Pangi;  molecular docking; HIV-1 protease
(Article History:  Received 16-09-2020; Accepted 28-01-2021; Published 31-01-2021)

## PENDAHULUAN
Human Immunodeficiency Virus (HIV) masih  menjadi  perhatian  utama  di  bidang kesehatan dunia. Infeksi virus ini menyebabkan  terjadinya  penurunan  sistem kekebalan tubuh secara terus menerus dan bisa berkembang  menjadi Acquired  Immuno- deficiency  Syndrome (AIDS)  (Yanuar et  al .,
2014).  Virus  ini  dibagi  dalam  dua  klasifikasi
utama yaitu HIV tipe 1 (HIV-1) dan HIV tipe 2  (HIV-2).  Tetapi  HIV-1  yang  dapat ditemukan  diseluruh  dunia  dan  memiliki tingkat  resiko  bahaya  yang  lebih  tinggi dibandingkan dengan HIV-2 (Eurtivong et al ., 2019;  Sillapachaiyaporn  &  Chuchawankul 2019; Vijayan et al ., 2017). Pada tahun 1987, kasus  HIV  pertama  kali  ditemukan  di Indonesia, dan pada tahun 2017 jumlah infeksi HIV  secara  nasional  mencapai  48.300  orang, sedangkan kasus AIDS terjadi sebanyak 9.280 orang (Kemenkes, 2018).  Pada rentang tahun 1987  sampai  2014,  provinsi  Sulawesi  Utara menempati  urutan  ke-6  tertinggi  sebagai provinsi  yang  paling  banyak  angka  kejadian kasus AIDS (AIDS Case Rate), yaitu sebesar 27.3% (Kemenkes, 2014).
Pengobatan  infeksi  HIV  menggunakan minimal  tiga  kombinasi  obat  antiretroviral (ART)  (Bhatti et  al .,  2016).  Kombinasi  jenis obat protease  inhibitors (PI’s), reverse transferase inhibitors dan integrase inhibitor merupakan kombinasi obat yang paling efektif untuk terapi AIDS (Lv et al ., 2015). Protease HIV-1 bekerja pada  tahap akhir pematangan virus  sebelum  keluar  meninggalkan  inang (Hughes et al ., 2011). Dalam siklus virus ini, enzim  protease  HIV-1  bertanggung  jawab untuk menjadi katalisator produksi enzim dan kebutuhan struktural protein untuk menghasilkan  virion  yang  matang  dan mematikan  (Ghosh et  al .,  2016).  Apabila enzim  protease  HIV-1  dihambat,  maka  akan berdampak  pada  virus  yang  belum  matang, sehingga virus tidak dapat melakukan kinerja degan  baik,  atau  menjadi  bentuk  yang  non infeksius  (Pandey et  al .,  2017).  Oleh  karena itu,  enzim  protease  HIV-1  penting  untuk dijadikan sebagai target ideal untuk pengobatan  penyakit  HIV  (Yilmaz et  al ., 2016).
Ada  komponen  senyawa  bioaktif  dari bahan  alam  yang  memiliki  potensi  untuk dijadikan kandidat obat baru yang menghambat  kinerja  dari  HIV  (Mapanawang &  Elim,  2019).  Salah  satu  tumbuhan  yang sering  digunakan  masyarakat  Sulawesi  Utara sebagai  bahan  pangan  yaitu  Pangi  ( Pangium edule ) (Hu et al ., 2013; Rahmad et al ., 2019). Menurut  Mapanawang  &  Elim  (2019)  daun Pangi memiliki aktivitas menghambat pematangan  enzim  HIV.  Selain  itu  juga tanaman  ini  memiliki  zat  aktif  yang  dapat digunakan  sebagai  zat  antibakteri  dan antifungi (Kasim & David, 2013; Membalik et
al .,  2018).  Penelitian  ini  bertujuan  untuk mengevaluasi  secara in  silico senyawa- senyawa  anti  protease  HIV-1  dari  tumbuhan Pangi  menggunakan  metode  penambatan molekuler.

## METODE PENELITIAN

## Penyiapan Sampel
Sampel  yang  digunakan  yaitu  daun Pangi yang diperoleh dari Desa Tempang Dua, Kecamatan  Langowan  Utara,  Kabupaten Minahasa.  Daun  tersebut  dibersihkan  dari pengotor  dan  dicuci  di  bawah  air  mengalir sampai bersih. Setelah itu sampel dikeringkan dengan  cara  diangin-anginkan.  Selanjutnya, sampel  yang  telah  kering  dihaluskan  sampai menjadi serbuk menggunakan mix grinder.

## Ekstraksi Senyawa Bioaktif
Ekstrak daun Pangi dibuat dengan cara maserasi.  Sebanyak  0.5  g  serbuk  simplisia daun  Pangi  dimasukkan  ke  dalam microtube , kemudian ditambahkan larutan etanol 1,5 mL. Setelah itu microtube yang telah berisi sampel tersebut  divortex  selama  3  menit  kemudian didiamkan  selama  24  jam.  Selanjutnya, larutan  di vortex kembali  selama  1  menit  dan disentrifugasi  dengan  kecepatan  9000  rpm selama  3  menit  sampai  terbentuk  supernatan larutan  etanol  yang  digunakan  dalam  proses GCMS.

## Analisis GCMS
Pada  tahap  ini,  supernatan  yang terbentuk  dimasukkan  dalam vial untuk dinjeksi  ke  dalam  GCMS.  GCMS  ini menggunakan  sistem  ioniasi  elektron  dengan Helium sebagai gas pembawa pada laju aliran konstan 1 ml/menit. Sebanyak 1 ml supernatan dimasukkan  secara  manual  dalam  mode splitless , dengan rasio split 1:50. Suhu injeksi dan  jalur  perpindahan  massa  diatur  pada 250°C. Total waktu berjalan GCMS adalah 60 menit.

## Penentuan Sisi Aktif Reseptor
Potensi  tempat  pengikatan  ligan  atau kantung  (sisi  aktif)  pada  struktur  3D  HIV-1 reseptor  diidentifikasi  oleh  server  web Computed  Atlas  of  Surface  Topography  of proteins (CASTp) ( http://sts.bioe.uic . edu/castp/)  (Volkamer et  al .,  2012).  CASTp menggunakan  algoritma  terbaru  dan  analisis
8 Jurnal Ilmiah Sains Vol. 21 No. 1, April 2021
geometris kimia komputasi untuk memvalidasi sisi aktif reseptor.

## Penyiapan Reseptor
Analisis  penambatan  yang  digunakan dalam  penelitian  ini  mengikuti  metodologi yang  digunakan  dalam  Tallei et  al .  (2020).
Struktur  3D  makromolekul  protease  HIV-1 yang  dipilih  dari  Bank  Data  Protein (http://www.rcsb.org/pdb) merupakan reseptor yang memiliki  kode PDB ID: 3NU3 (Gambar  1).  File  protease  HIV-1  yang diunduh  dibuka  menggunakan  BIOVIA Discovery  Studio  Visualizer  2020.  Molekul air  dan  ligan  yang  menempel  pada  reseptor dihilangkan  dan  reseptor  disimpan  dalam format pdb (nama: reseptor.pdb). Selanjutnya, menggunakan Autodock Tools (Morris et al ., 2009), atom hidrogen polar ditambahkan pada reseptor.  File  disimpan  dalam  format  pdbqt (nama: reseptor.pdbqt).
Gambar 1 . Struktur 3D makromolekul protease HIV-1 (PDB ID:3NU3)

## Penyiapan Ligan
Struktur  senyawa  yang  teridentifikasi dihasil GCMS dari daun pangi diperoleh dari server online PubChem
(http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov).  Pencarian dilakukan  dengan  memasukkan  nama  ligan dalam  opsi  pencarian.  File  masing-masing ligan  diunduh  dan  disimpan.  File  diunduh dalam  format  sdf  kemudian  disimpan  dalam folder  khusus  untuk  perlakuan  penambatan. File  dikonversi  ke  format  .pdb  menggunakan Open  Babel  (O’Boyle et  al .,  2011)  dan tersimpan  dalam  format  .pdb  (nama:  ligan). Ligan  format  .pdb  dibuka  menggunakan Autodock Tools. Penyesuaian torsi dilakukan dengan  mendeteksi  root  dan  menyesuaikan sesuai keinginan. File disimpan dalam format .pdbqt (nama: ligan.pdbqt).

## Penambatan Reseptor-Ligan
Ligan  standar  dan  reseptor  yang  telah disiapkan selanjutnya ditambatkan berdasarkan titik koordinat pengujian penambatan. Posisi dan orientasi ligan standar pada  enzim  yang  berinteraksi  dengan  asam amino  divisualisasikan  dengan  perangkat lunak Pymol. Kemudian, diperoleh nilai Root Mean  Square  Deviation (RMSD).  Bila  hasil RMSD<  2  Å,  maka  protokol  penambatan dapat diterima atau dinyatakan valid (Zubair et al., 2016)
Setelah itu, Autodock Tools (Morris et al .,  2009)  digunakan untuk  mengatur pengikatan ligan dan reseptor protease HIV-1. Pengujian  penambatan  dilakukan  pada  titik koordinat  X:  13.908,  Y:  24.363,  Z:  20.318 ( blind  docking )  dengan  ukuran grid  box sebesar  38  ×  54  ×  64  Å  dimana  jarak  antara grid yaitu 1 Å. File  konfigurasi ini diketik di notepad,  kemudian  disimpan  dengan  format .txt (nama:conf.txt). Selanjutunya penambatan molekul  dilakukan  menggunakan  Autodock vina  (Trott  &  Olson,  2009).  Program  Vina dijalankan  melalui  command  prompt  yang diarahkan  ke  folder  yang  akan  ditambatkan dengan  menggunakan  rumus  :  vina  –config conf.txt  –log  log.txt.  Selanjutnya  hasil perhitungan penambatan diperoleh dari output dalam  format  notepad  (nama:  log.txt)  dan format .pdbqt (nama: out.pdbqt).

## Analisis dan Visualisasi
Pemilihan  afinitas  terendah  dilakukan dengan  menggunakan  program  Vina  yang dijalankan  melalui command  prompt yang diarahkan ke folder hasil perhitungan docking, dengan    menggunakan  rumus  :  vina_split  – input  out.pdbqt.  Selanjutnya  hasil  masing- masing  nilai  afinitas  diperoleh  dari output ligan  tersebut  dalam  format  .pdbqt.  File reseptor  dan  ligan  dengan  afinitas  terendah dalam format pdbqt dibuka dengan menggunakan  Pymol untuk meilhat interaksi ligan dan reseptor dalam bentuk strukur  tiga dimensi  (3D),  dan  menggunakan  BIOVIA Discovery  Studio  Visualizer  2020  dalam bentuk struktur dua dimensi (2D). Kedua file disimpan dalam format image files.

## Penentuan Lipinski’s Rule of Five
Kriteria  Lipinski’s  rule  of  five  (RO5) terdiri  atas  berat  molekul  ligan,  donor  ikatan hidrogen,  akseptor  ikatan  hidrogen  dan
koefisien partisi oktanol-air (log P). Penentuan  RO5  ini  dilakukan  menggunakan situs online SCFBIO prediction ( http://www.scfbio-
iitd.res.in/software/drugdesign/lipinski.jsp ).

## HASIL DAN PEMBAHASAN

## Analisis GCMS
Pelarut  etanol  dapat  mengekstraksi  12 senyawa  polar  yang  terdeteksi  menggunakan
GC-MS (Gambar 2). Senyawa yang diekstraksi  dari  daun  Pangi  menggunakan pelarut etanol digunakan sebagai ligan seperti yang ditampilkan pada Tabel 1.
Gambar 2. Hasil kromatogram GCMS dari ekstrak etanol daun Pangi
Tabel 1.  Senyawa yang diidentifikasi menggunakan analisis GCMS dari ekstrak etanol daun Pangi.
Pe- ak RT Compound Name #Hit1 Compound Name #Hit2 Compound Name #Hit3 Ret. Area (%) 1 4.03  Formamide, N-methoxy- 1,3-Butanediol, (S)- Acetic acid--1- ethoxyethen-1-ol 7.83 2 10.43  3-Trifluoroacetoxy- pentadecane 3-Trifluoroacetoxy- dodecane 3-(Prop-2- enoyloxy)dodecane 3.46 3 30.07  3-Decen-1-ol, (Z)- 2-Tridecen-1-ol, (E)- 3-Decen-1-ol, (E)- 8.72 4 35.41  Phytol Oxirane, dodecyl- Octadecanal 79.98
GCMS  memiliki  fungsi  yang  cukup lengkap  karena  dapat  memisahkan  senyawa yang  mudah    menguap  dan  susah  untuk menguap  dengan  resolusi  tinggi.  (Hussain  & Maqbool, 2014). GCMS merupakan instrumen  yang  digunakan  untuk  pemisahan dan  identifikasi.  Hasil  GC  berupa  puncak kromatogam, dan MS berupa spektrum massa (Earlia et  al .,  2019).  Setidaknya  terdapat  4 peak  yang  dibagi  kedalam  12  kemungkinan komponen  berbeda  dengan  Similarity  Index (SI)  yang  berbeda  yang  dapat  dilihat  pada
kromatogram  GCMS.  Beberapa  senyawa bioaktif  yang  terdapat  dalam  tanaman  ini memiliki  aktivitas  antivirus  (Mapanawang  & Elim, 2019).

## Penentuan Sisi Aktif Reseptor
Kantong  sisi  aktif  reseptor  protease HIV-1 diidentifikasi menggunakan web server CASTp.  Sebanyak  35  residu  sisi  aktif  dapat diidentifikasi  oleh  server  CASTp  yaitu  Arg- A:8,  Leu-A:23,  Asp-A:25,  Gly-A:27,  Ala-
A:28,  Asp-A:29,  Asp-A:30,  Val-A:32,  Lys- A:45,  Ile-A:47,  Gly-A:48,  Gly-A:49,  Ile- A:50,  Leu-A:76,  Thr-A:80,  Pro-A:81,  Val- A:82,  Ile-A:84,  Arg-B:108,  Leu-B:125,  Asp- B:125,  Gly-B:127,  Ala-B:128,  Asp-B:129, Asp-B:130, Val-B:132, Ile-B:147, Gly-B:148, Gly-B:149, Ile-B:150, Gly-B:152, Phe-B:153, Pro-B:181, Val-B:182, dan Ile-B:184 Menurut  Zhang et  al ,  (2011)  HIV-1 protease  yang  masuk  golongan  retrovirus memiliki  struktur  dimer  protein  dimana protein  tersebut  memiliki  2  sub  unit  asam amino tunggal yang membentuk dimer protein secara  simetri  berantai.  Setiap  ligan  akan berinteraksi  dengan  2  rantai  asam  amino tersebut.  Oleh  karena  itu,  setiap  residu  asam amino  yang  terlibat  dalam  interaksi  ditandai dengan kode A dan B.

## Penambatan Molekuler
Perancangan obat baru dengan berbagai alat  bioinformatika  terbukti  memiliki  metode yang  sangat  inovatif  dikarenakan  hasilnya yang  lebih  akurat  dengan  biaya  yang  rendah (Chen  &  Chen,  2008).  Penambatan  molekul merupakan  teknik  bioinformatika  untuk menganalisis adanya ikatan molekul ligan dan reseptor  secara  spesifik  (Ahmed et  al .,  2019;
Brooijmans  &  Kuntz,  2003;  Rakib,  Sami, et al ., 2020).
Penambatan molekuler divalidasi dengan  menambatkan  ligan  standar  sebagai protokol redocking dengan  enzim  protease HIV-1  yang  telah  dipersiapkan  sebelumnya. Selanjutnya,  dilihat  nilai  RMSD  dimana RMSD  ini  digunakan  untuk  mengukur kemiripan  koordinat  (pose)  antara  dua  atom (Kufareva & Abagyan, 2012). Pada gambar 3 menunjukkan  bahwa  hasil  redocking  ligan standar  pada  penelitian  ini  memiliki  RMSD sebesar 1,620 Å. Hal ini menunjukkan bahwa penelitian  dapat  dilanjutkan  karena  hasil validasi penambatan berada dibawah 2 Å.
Gambar  3. Hasil  RMSD  dari  ligan  standar (nilai RMSD = 1,620 Å)
Tabel 2. Binding affinity ligan yang diekstrak dari etanol daun Pangi dan amprenavir terhadap protease HIV-1 (3NU3).
PubChem ID Ligan Binding affinity (kcal/mol) 65016 Amprenavir -12.0 5280435 Phytol -8.8 12533 Octadecanal -8.4 534406 3-Trifluoroacetoxypentadecane -8.3 543279 3-(Prop-2-enoyloxy)dodecane -8.1 534402 3-Trifluoroacetoxydodecane -8.0 5364949 2-Tridecen-1-ol, (E)- -7.6 18604 Oxirane, dodecyl- -7.2 5352846 3-Decen-1-ol, (Z)- -6.9 5352493 3-Decen-1-ol, (E)- -6.8 7896 1,3-Butanediol, (S)- -4.7 71365992 Acetic acid--1-ethoxyethen-1-ol -4.6 542733 Formamide, N-methoxy- -3.8 Hasil  penelitian  ini  menunjukkan adanya  interaksi  antara  beberapa  senyawa yang  diidentifikasi  dari  daun  Pangi  dengan enzim protease HIV-1 (PDB ID: 3NU3). Dua
belas  senyawa  yang  diidentifikasi  memiliki hasil  binding  affinity  yang  lebih  rendah  jika dibandingkan  dengan  ligan  kontrol  yakni amprenavir (Tabel 2).
Pengikatan  ligan  dan  reseptor  dengan energi ikatan paling rendah dianggap sebagai senyawa  dengan  afinitas  pengikatan  (binding affinity)  tertinggi  (Chella-Perumal et  al .,
2014).    Selain  ligan  kontrol  podsitif,  ligan
yang memiliki binding affinity tertinggi yaitu phytol dengan nilai -8.8 Kkal/mol. Dilihat dari hasil  GCMS,  phytol  memiliki  kadar  tertinggi dalam ekstrak etanol daun Pangi yang ditandai dengan presentase peak area sebesar 79.98%. Menurut Mapanawang & Elim (2019), phytol merupakan  salah  satu  senyawa  yang  dapat berkontribusi  besar  dalam  penemuan  obat khususnya dalam penanganan HIV.
Gambar 4. (A) Output Autodock Vina yang menunjukkan interaksi reseptor protease HIV-1 dengan ligan amprenavir. (B) Diagram 2D yang menunjukkan jenis residu asam amino yang terbentuk antara ligan dan reseptor.
Ketepatan  ligan  berikatan  dengan reseptor  dilihat  dari  residu  asam  amino  yang berinteraksi  dalam  pengikatan  ligan  dan reseptor  (Rakib,  Paul, et  al .,  2020).  Ikatan phytol  dan  reseptor  menunjukkan  bahwa terdapat  17  dari  18  residu  asam  amino  yang terlibat dalam penambatan, sehingga
menunjukkan  hasil  yang  sama  dengan  residu asam amino yang diidentifikasi menggunakan
CASTp.  Sementara  itu,  semua  residu  asam amino dari ligan octadecanal, 3- Trifluoroacetoxypentadecane, 3-(Prop-2- enoyloxy)dodecane, 3- Trifluoroacetoxydodecane  tepat  berikatan dengan  sisi  aktif  reseptor  seperti  yang diidentifkasi melalui server CASTp.
Penelitian  sebelumnya  dari  Brik  & Wong  (2003)  menunjukkan  bahwa  sisi  aktif enzim  protease  HIV-1  ini  terletak  di  antara dimer  yang  mengandung  residu  katalitik aspartate  di  mana  mengandung  sub-unit penunjang yang lain. Residu tersebut terletak pada Asp-A:25 dan Gly-A:27, sehingga hal ini membuktikan  pula  bahwa  ligan  ini  tepat berikatan  dengan  reseptor  protease  HIV-1. Phytol  dan  3-Trifluoroacetoxypentadecane berikatan  dengan  sisi  aktif  enzim  dengan residu  Gly-A:27,  sedangkan  ligan  3-(Prop-2-
enoyloxy)dodecane  dan  3-Trifluoroacetoxy- dodecane  berikatan  dengan  sisi  aktif  enzim pada residu Asp-A:25.
Visulisasi  hasil  ikatan  dari  5  ligan terbaik  dan  residu  asam  amino  yang  terlibat dalam  penambatan  molekuler  dapat  dilihat dalam Gambar 4 dan 5.
Pengikatan  ligan  dan  reseptor  akan semkin kuat apabila memiliki ikatan hidrogen. Semakin  banyak  ikatan  hidrogen  yang terbentuk  dengan    residu  asam  amino,  maka ikatan akan semakin kuat dan sabul, dan skor binding  energy akan  semakin  rendah.  Ikatan hidrogen  merupakan  interaksi  antara  atom hidrogen  (H)  yang  terikat  secara  kovalen dengan  atom  seperti  flour  (F),  nitrogen  (N), dan  oksigen  (O)  (Głowacki et  al .,    2013). Kekuatan ikatan phytol dan reseptor semakin kuat  karena  terdapat  residu  asam  amino dengan  jenis  ikatan  hidrogen  yang  terletak pada residu asam amino Asp-B:129 dan Asp- B:130. Begitu pula dengan octadecanal, yang memiliki  ikatan  hidrogen  pada  residu  asam amino Asp-B:129 dan Asp-B:130. Sedangkan 3-Trifluoroacetoxydodecane  hanya  memiliki ikatan hidrogen pada residu asam amino Asp- B:129.
Gambar 5. Posisi penambatan molekuler dan jenis residu asam amino yang terbentuk: Phytol (A), Octadecanal  (B),  3-Trifluoroacetoxypentadecane  (C),  3-(Prop-2-enoyloxy)  dodecane (D), 3-Trifluoroacetoxydodecane (E) terhadap reseptor protease HIV-1.
D E A B C
Tabel  3. Lipinski’s  rule  of  five dari  ligan  yang  diprediksi  sebagai  penghambat  kinerja  enzim protease HIV-1.
Ligan Berat Molekul <500 H- Donor <5 H- Aksept or<10 Log P <5 Penyimpa- ngan Phytol 296 1 1 6.36 1 Octadecanal 268 0 1 5.50 1 3-Trifluoroacetoxypentadecane 324 0 2 6.18 1 3-(Prop-2-enoyloxy) dodecane 240 0 2 4.63 0 3-Trifluoroacetoxydodecane 282 0 2 5.01 1 2-Tridecen-1-ol, (E)- 198 1 1 4.06 0 Oxirane, dodecyl- 212 0 1 4.70 0 3-Decen-1-ol, (Z)- 156 1 1 2.89 0 3-Decen-1-ol, (E)- 156 1 1 2.90 0 1,3-Butanediol, (S)- 90 2 2 -0.25 0 Acetic acid--1-ethoxyethen-1- ol 148 2 4 0.08 0 Formamide, N-methoxy- 75 1 3 -0.71 0
Lipinski’s Rule  of  Five digunakan untuk  mengevaluasi drug  likeness suatu senyawa  kimia.  Ada  beberapa  kriteria Lipinski’s Rule of Five , yaitu: (1) donor ikatan hidrogen  kurang  dari  5,  (2)  akseptor  ikatan hidrogen  kurang  dari  10,  (3)  massa  molekul kurang  dari  500  Dalton,  dan  (4)  log  P  tidak lebih dari 5 (Lipinski, 2004). Oleh karena itu, setiap penambatan  senyawa diperiksa apakah memenuhi  aturan  ini  atau  tidak.  Aturan  ini digunakan  untuk  mengetahui  ada  tidaknya senyawa  kimia  tertentu  yang  memiliki  sifat kimiawi  dan  fisik  untuk  digunakan  sebagai obat  aktif  yang  dapat  dikonsumsi  secara  oral pada  manusia  dan  untuk  mengevaluasi kemiripan  obat  (Lipinski,  2004).  Tabel  3 menunjukkan  bahwa  12  ligan  memiliki bioavailabilitas  yang  sangat  tinggi  karena pelanggaran  tertinggi  hanya  satu.  Secara keseluruhan,  senyawa  tersebut  menunjukkan kompatibilitas  yang  baik  karena  memenuhi aturan ini, yang menunjukkan bahwa senyawa ini  mungkin  menunjukkan  kemiripan  obat yang aktif secara oral. Hal ini berarti senyawa
tersebut  mudah  mengikat  reseptor  dan menunjukkan  seberapa  baik  permeabilitas senyawa  tersebut  melintasi  membran  sel (Singh et al ., 2013).

## KESIMPULAN
Esktrak  etanol  daun  pangi    memiliki beberapa senyawa yang cukup potensial untuk menghambat aktivitas enzim protease HIV-1. Lima ligan terbaik yang tersebut yakni phytol, octadecanal,  3-Trifluoroacetoxypentadecane,
3-(Prop-2-enoyloxy)dodecane, 3-
Trifluoroacetoxydodecane memiliki nilai binding  affinity yang  lebih  rendah  dari  ligan kontrol.  Hal  ini  memberi  gambaran  bahwa pembentukan  ikatan  ini  menjanjikan  target dari  ligan  untuk  melawan  enzim  protease HIV-1. Oleh karena itu, penelitian lebih lanjut secara in vitro dan in vitro direkomendasikan untuk  menjelaskan  mekanisme  molekuler senyawa ini untuk bertindak sebagai senyawa target  yang  kuat  untuk  pengembangan  anti- HIV-1.

## DAFTAR PUSTAKA
Ahmed,  S.,  A.  Rakib,  M.  Islam,  B.  Khanam, F. Faiz, A. Paul, M. Chy, N. Bhuiya, M. Uddin,  S.  Ullah,  M.  Rahman,  &  T. Emran.  2019.  In  Vivo  and  In  Vitro Pharmacological  Activities  of  Tacca integrifolia  Rhizome  and  Investigation of  Possible  Lead  Compounds  Against Breast  Cancer  Through  in  Silico Approaches. Clinical Phytoscience, 5(1) . Bhatti,  A.,  M.  Usman  &  V.  Kandi.  2016. Current Scenario of HIV/AIDS, Treatment Options, and Major Challenges with Compliance to Antiretroviral  Therapy. Cureus, 8(3) :1– 12.
Brik,  A.  &  C.  Wong.  2003.  HIV-1  Protease:
Mechanism and Drug Discovery.
Organic  and  Biomolecular  Chemistry,
1 : 5–14.
Brooijmans,  N.  &  I.  Kuntz.  2003.  Molecular Recognition  and  Docking  Algorithms. Annual  Review  of  Biophysics  and Biomolecular Structure, 32: 335–373.
Chella  Perumal,  P.,  S.  Sowmya,  P.  Pratibha, B.  Vidya,  P.  Anusooriya,  T.  Starlin,  R. Vasanth, D. Jeya Sundra Sharmila & V. Gopalakrishnan.  2014.  Identification  of novel  PPARγ  Agonist  from  GC-MS Analysis of Ethanolic Extract of Cayratia trifolia (L.): A Computational Molecular Simulation  Studies. Journal  of  Applied Pharmaceutical Science, 4(9) : 6–11. Chen, Y. & F. Chen. 2008. Identifying Targets for Drug Discovery Using Bioinformatics. Expert  Opinion  on Therapeutic Targets, 12(4) : 383–389. Earlia, N., Muslem, R. Suhendra, M. Amin, C.
Prakoeswa, Khairan, & R. Idroes. 2019. GC/MS Analysis of Fatty Acids on Pliek U Oil and Its Pharmacological Study by Molecular  Docking  to  Filaggrin  as  a Drug  Candidate  in  Atopic  Dermatitis Treatment. Scientific  World Journal . 1– 7.
Eurtivong,  C.,  K.  Choowongkomon,  P. Ploypradith  &  S.  Ruchirawat.  2019.
Molecular Docking Study of Lamellarin Analogues and Identification of Potential  Inhibitors  of  HIV-1  Integrase Strand  Transfer  Complex  by  Virtual Screening, Heliyon . 5(11) : 4–11.
Fung, H.B., H. Kirschenbaum & R. Hameed. 2000.  Amprenavir:  A  New  Human Immunodeficiency Virus Type 1 Protease Inhibitor. Clinical Therapeutics, 22(5): 549–572.
Ghosh, A.K., H.L. Osswald & G. Prato.  2016.
Recent  Progress  in  the  Development  of HIV-1  Protease  Inhibitors  for  the Treatment  of  HIV/AIDS. Journal  of Medicinal  Chemistry, 59(11) :  5172–
5208.
Głowacki,  E.  D.,  M.  Irimia-Vladu,  S.  Bauer, &  N.  Sariciftci.  2013.  Hydrogen-Bonds in  Molecular  solids-From  Biological Systems To Organic Electronics.
Journal of Materials Chemistry B . 1(31) :
3742–3753.
Hu, Q. F., B. Zhou, J. Huang, X. Gao, L. Shu, G.  Yang  &  C.  Che.  2013.  Antiviral Phenolic  Compounds  From  Arundina gramnifolia. Journal of Natural
Products . 292–296.
Hughes, P. J.,  E.Cretton-Scott, A. Teague & T. Wensel. 2011. Protease Inhibitors for Patients with HIV-1 Infection a Comparative  Overview.  In P  and  T,
36(6) : 332-345.
Kasim,  A.  &  W.  David.  2013.  Characteristic of  Pangium  edule  Reinw  as  Food Preservative from
Different
Geographical Sites. Asia Pasific Journal of  Sustainable  Agriculture  Food  Dan Energy, 1(1) : 6–9.
Kemenkes,  R.I.  2014.  Infodatin  AIDS.  Pusat
Data dan Informasi Kementrian Kesehatan Republik Indonesia. Kemenkes,  R.I.  2018.  Infodatin  AIDS.  Pusat Data dan Informasi Kementrian Kesehatan Republik Indonesia. Kufareva, I.  & R. Abagyan. 2012. Methods of protein  structure  comparison. Methods Mol Biol, 857 :231–257.
Lipinski,  C.A.  2004.  Lead-  and  Drug-Like Compounds: The Rule-of-Five Revolution. Drug  Discovery  Today:
Technologies, 1(4) : 337–341.
Lv,  Z.,  Y.  Chu  &  Y.  Wang.  2015.  HIV Protease  Inhibitors:  A  Review  of Molecular  Selectivity  and  Toxicity. HIV/AIDS  -  Research  and  Palliative Care, 7 : 95–104.
Mapanawang,  A.  L.  &  H.  Elim.  2019.  Pangi Leaf  (Pangium  edule  Reinw)  Herbal Medicine:  A  Marvelous  Candidate  for the  Prominent  HIV  Herbal  Medicine. Science Nature, 2(2) : 97–104.
Membalik,  V.,  Y.  George,  A.  Rahman  &  A. Asman.  2018.  Antifungal  Activities  of Pangium  edule  Reinhw  Seed  Extracts Inhibts  The  Growth  of  Aspergillus flavus, Producer of Aflatoxinx, Through The In-Vitro Test. International Journal Of Pharmaceutical Sciences And Research, 10(6) : 2718–2722.
Morris,  G.,  R.  Huey,  W.  Lindstrom,  M. Sanner, Belew, K. Ri, D. Goodsell & A.
Olson. 2009. AutoDock4 and AutoDockTools4:  Automated  Docking with  Selective  Receptor  Flexibility. Journal  of  Computational  Chemistry, 30(16) : 2785–2791.
O’Boyle,  N.  M.,  M.  Banck,  C.  James,  C.
Morley,  T.  Vandermeersch  &  G.
Hutchison. 2011. Open Babel: An Open
Chemical Toolbox. Journal of
Cheminformatics, 3(33) : 1–14.
Pandey,  D.,  U.  Chouhan  &  N.  Verma.  2017. HIV  Infection:  A  Review  of  Their Inhibitors  Progression. Biomedical  and Pharmacology Journal, 10(2) : 749–758. Patick,  A.K.  &  K.  Potts.  1998.  Protease Inhibitors  as  Antiviral  Agents. Clinical Microbiology Reviews, 11(4) : 614–627.
Rahmad,  R.,  N.  Earlia,  C.  Nabila,  L.  Inayati, M.  Amin,  C.  Prakoeswa,  K.  Khairan  & R.  Idroes.  2019.  Antibacterial  Cream
Formulation  of  Ethanolic  Pliek  U Extracts  and  Ethanolic  Residue  Hexane Pliek U Extracts Against Staphylococcus aureus. IOP Conference Series:
Materials Science and Engineering .
Rakib, A., A. Paul, N. Chy, S. Sami, S. Baral, M.  Majumder,  A.  Tareq,  M.  Amin,  A. Shariar,  M.  Uddin,  M.  Dulta,  T.  Tallei,
T. Bin Emran & J. Simal-Gandara. 2020. Biochemical and Computational Approach  of  Selected  Phytocompounds from Tinospora crispa in the Management  of  COVID-19. Molecules,
25 : 1–16.
Rakib, A., S. Sami, N. Mimi, M. Chowdhury, T.  Eva,  F.  Nainu,  A.  Paul,  A.  Shahriar, A.  Tareq,  N.  Emon,  S.  Chakraborty,  S. Shil, S. Mily, T. Hadda, F. Almalki & T. Bin  Emran.  2020.  Immunoinformatics- Guided  Design  of  an  Epitope-Based
Vaccine Against Severe Acute Respiratory  Syndrome  Coronavirus  2 Spike  Glycoprotein. Computers  in Biology and Medicine . 124.
Razzaghi-Asl,  N.,  S.  Sepehri,  A.  Ebadi,  R. Miri & S. Shahabipoura.  2015. Effect of Biomolecular Conformation on Docking Simulation:  A  Case  Study  on  A  Potent HIV-1 Protease Inhibitor. Iranian Journal  of  Pharmaceutical  Research .
14(3) : 785–802.
Sadler,  B.  M.,  C.  Hanson,  G.  Chittick,  W. Symonds & N. Roskell. 1999. Safety and Pharmacokinetics of Amprenavir (141W94), a Human Immunodeficiency
Virus  (HIV)  Type  1  Protease  Inhibitor, Following Oral Administration of Single Doses to HIV-Infected Adults. Antimicrobial Agents and Chemotherapy, 43(7) : 1686–1692.
Sillapachaiyaporn,  C.  &  S.  Chuchawankul.
2019.  HIV-1  Protease  and  Reverse Transcriptase  Inhibition  by  Tiger  Milk
Mushroom (Lignosus rhinocerus) Sclerotium  Extracts:  In  vitro  and  In Silico  Studies. Journal  of  Traditional and Complementary Medicine . 4–12.
Singh,  S.,  A.  Gupta  &  A.  Verma.  2013. Molecular  Properties  and  Bioactivity Score  of  The  Aloe  vera  Antioxidant Compounds  -  in  Order  to  Lead  Fnding. Research  Journal  of  Pharmaceutical, Biological and Chemical Sciences, 4(2) : 876–881.
Tallei,  T.E.,  S.  Tumilaar,  N.  Niode, Fatimawali,  B.  Kepel,  R.  Idroes  &  Y. Effendi.  2020.  Potential  of  Plant Bioactive  Compounds  as  SARS-CoV-2 Main  Protease  (Mpro)  and  Spike  (S) Glycoprotein  Inhibitors:  A  Molecular Docking Study. Preprints .  1–18.
Trott, O. & A. Olson. 2009. AutoDock Vina: Improving  the  Speed  and  Accuracy  of Docking with A New Scoring Function, Efficient Optimization, and Multithreading. Journal of Computational  Chemistry, 31(2) :  455–
461.
Vijayan,  K.V.,  K.P.  Karthigeyan,  S.P. Tripathi, & L.E. Hanna. 2017. Pathophysiology of CD4+ T-Cell Depletion in HIV-1 and HIV-2 Infections. Frontiers  in  Immunology, 8 : 1–8.
Volkamer,  A.,  D.  Kuhn,  F.  Rippmann  &  M. Rarey.  2012.  Dogsitescorer:  A  Web Server  for  Automatic  Binding  Site Prediction,  Analysis  and  Druggability Assessment. Bioinformatics, 28(15) :
2074–2075.
Yanuar,  A.,  H.  Suhartanto,  A.  Mun’im,  B.
Nugraha  &  R.  Syahdi.  2014.  Virtual Screening of Indonesian Herbal Database as HIV-1 Reverse Transcriptase  Inhibitor. Bioinformation, 8(24) : 1206–1210.
Yilmaz,  N.,  R.  Swanstrom  &  C.  Schiffer.
2016. Improving Viral Protease
Inhibitors  to  Counter  Drug  Resistance. Trends in Microbiology, 24(7) : 547–557.
Zhang, S., A.H. Kaplan & A. Tropsha. 2011. HIV-1 Protease Function and Structure Studies with
The Simplicial Neighborhood  Analysis  of  Protein
Packing  Method. Proteins  Structure Function Genetics, 73(3) :742–53.
Zubair,  M.S.,  S.  Anam,  A.  Khumaidi,  Y. Susanto,  M.  Hidayat  &  A.  Ridhay.
2016. Molecular Docking Approach to Identify Potential Anticancer Compounds  from  Begonia  ( Begonia sp). Advances of Science and
Technology for Society . 1-7.