## PENDAHULUAN
SARS-CoV adalah virus RNA untai positif dengan, 30 kb genome.  Genom  SARS-CoV  terdiri  dari  9  kerangka baca  terbuka  yang  unik  (orfs).  Dari  jumlah  tersebut, ORF3a adalah yang terbesar dan menyandi protein dari 274 asam amino. Protein 3a adalah bagian dari partikel virus,  diekspresikan  secara  melimpah  pada  sel  yang terinfeksi  maupun  yang  ditransfeksi,  terlokalisasi  pada membran  intraseluler  dan    plasma,  dan    menginduksi apoptosis  pada  sel  yang  ditransfeksi  dan  terinfeksi. Protein  3a  SARS-CoV  memiliki  banyak  fungsi  yaitu memiliki  aktivitas  saluran  ion,  memodulasi  properti peradagangan SARS-CoV spike (S) protein,
meningkatkan ekspresi fibrinogen dalam sel epitel paru dan menginduksi apoptosis dalam berbagai jenis sel in vitro dan in  vivo(Minakshi et al., 2009).  ORF3a tidak ditemukan pada dua virus corona manusia (OC43 dan 229E) atau spesies virus corona lain yang diidentifikasi hingga  saat  ini.  Ini  menunjukkan  bahwa  ORF3a  adalah protein yang baru muncul pada virus corona. Selain itu ORF3a  telah  terdeteksi  di  jaringan  paru-paru  pasien SARS(McColl et al., 2005) . Oleh karena itu diperlukan senyawa yang berpotensi menghambat ekspresi ORF3a, diharapkan gejala klinik yang  menggaggu tidak  muncul. Salah satu metode skrening yang dapat digunakan adalah metode  komputasi  dengan  memanfaatkan  kandungan kimia bahan alam yang terdapat pada tumbuhan. Salah

## SKRENING SENNYAWA DARI TANAMAN Rhodomyrtus tomentosa (Aiton) Hassk TERHADAP SARS-CoV-2 ORF3a
Screening Of Compounds From Plant Rhodomyrtus Tomentosa (Aiton) Hassk Against SARS-CoV-2 ORF3a
Samsul Hadi 1*
1 Prodi Farmasi FMIPA Universitas  Lambung
Mangkurat, Banjarbaru, Kalimantan Selatan,Indonesia
*email: samsul.hadi@ulm.ac.id

## Abstrak
Protein  ORF3a  dari  SARS-CoV  memiliki  fungsi  dalam  hal  aktivitas  saluran  ion, memodulasi  properti  peradagangan  SARS-CoV  spike  (S)  protein,  meningkatkan ekspresi  fibrinogen  dalam  sel  epitel  paru  dan  menginduksi  apoptosis.  Sehingga diperlukan peniltian untuk mengatasi eksperesi ORF3a. Metode dalam peniltian ini menggunakan metode skrening secara komputasi dengan software autodok4. Hasil dari peniltian ini dihasilkan free binding energy antara senyawa Rhodomyrtus tomentosa (Aiton) Hassk dengan ORF3a yaitu: α -tocopherol-quinone (-5,86); blumeatin (-4,98); metil  sinamat  (-4,44);  myricetin  (-4,49);  naringenin  (-4,93);  kuersetin  (-4,9); rhodomyrtone  (-6);  rhodomyrtosone  B  (-7,11);  rhodomyrtosone  C  (-6,77); tetrahydroxyflavanone  (-4,91); α -tocopherol  A  (-6,72);  verimol  K  (-4,89); watsonianone  A  (-7,55).  Berdasarkan  data  yang  diperoleh  ligand  yang  paling berpotensi karena kesetabilan ikatan adalah watsonianone A.

## Kata Kunci:
ORF3a R. tomentosa
watsonianone A
Keywords: ORF3a R. tomentosa watsonianone A

## Abstract
The ORF3a protein from SARS-CoV has functions in terms of ion channel activity, modulates the trafficking properties of SARS-CoV spike (S) protein, increases fibrinogen expression in pulmonary epithelial cells and induces apoptosis. So that research is needed to overcome the  ORF3a  experiment.  The  method  in  this  research  uses  the  computational  screening method with autodok4 software. The results of this study resulted in free binding energy between  Hassk  Rhodomyrtus  tomentosa  (Aiton)  and  ORF3a  compounds,  namely: α - tocopherol-quinone (-5.86); blumeatin (-4.98); methyl cinnamate (-4.44); myricetin (-4.49); naringenin  (-4.93);  quercetin  (-4,9);  rhodomyrtone  (-6);  rhodomyrtosone  B  (-7.11); rhodomyrtosone C (-6.77); tetrahydroxyflavanone (-4.91); α -tocopherol A (-6.72); verimol K (-4.89); watsonianone A (-7.55). Based on the data obtained, the ligand with the most potential due to the stability of the bond is watsonianone A.
© year The Authors. Published by Institute for Research and Community Services Universitas Muhammadiyah Palangkaraya. This  is  Open  Access  article  under  the  CC-BY-SA  License  (http://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/).  DOI: https://doi.org/10.33084/jsm.vxix.xxx .
satu  tumbuhan  yang  sudah  diketahui  kandungan kimianya adalah karamunting. karamunting memiliki nama latin Rhodomyrtus tomentosa (Aiton)  Hassk.  Karamunting  secara  empirik  telah digunakan  oleh  masyarakat  dalam  munurunkan  gula darah dan pengobatan bengkak(Noorhidayah & Sidiyasa, 2005).  Jika  dilihat  pada  proses  bengkak,  hal  ini melibatkan  proses  inflamasi,  sehingga  kandungan  dari tanaman ini berpotensi mengatasi salah satu gejala dari ekrspesi  protein  ORF3a.    Tanaman  ini  tumbuh  di dataran  kering  di  Kalimantan,  Sumatra,  dan  asia. Sehingga tanaman ini sudah banyak diteliti dan diketahui kandungan kimiannya, kandungan kimia dari karamunting ini adalah α -tocopherol-quinone, blumeatin,  metil  sinamat,  myricetin,  naringenin, kuersetin, rhodomyrtone, rhodomyrtosone B, rhodomyrtosone  C,  tetrahydroxyflavanone, α - tocopherol A, verimol K, watsonianone A(Zhou et al., 2016)

## METODOLOGI

## Alat dan Bahan
Laptop yang dipakai dengan spesifikasi prosesor Intel® Quad core Processor N3700, RAM 2GB, Windows 10 64-bit  sebagai  sistem  operasi.  Perangkat  lunak  yang digunakan  adalah  AutoDock4  (Genetic  algorithm  dan Lamarckian  Genetic  Algorithm)(Morris  et  al.,  2009) MarvinBean  Suite(ChemAxon,  2016),  dan  discovery studio.

## Subjek Penelitian
Protein  target  yang  digunakan  adalah  SARS-CoV-2 ORF3a  pada  organisme  Severe  acute  respiratory syndrome coronavirus 2 karena protein ini terekspresi dalam  jumlah  yang  besar  pada  sel  yang  terinfeksi  dan yang ditrensfeksi. Kristal protein diperoleh dari website https://www.rcsb.org/structure/6XDC  dengan  kode 6xdc.pdb resolusi pengukuran 2,9A 0 (Kern et al., 2020).
Dalam struktur Kristal belum ada ligan yang berikatan
dengan  protein  ini  sehingga  diperlukan  pencarian binding  site  dengan  bantuan  webserve  (Jiménez  et  al., 2017).

## Prosedur Penelitian
Ligand disiapkan dengan menggunakan MarvinBean suite sehingga  diperoleh  struktur  yang  siap  dijalankan  di autodock4,  sedangkan  protein  yang  di  peroleh  dari database di preparasi diautodock4.

## Validasi Metode Docking
Validasi  docking  ligand  dipersiapakan  untuk  mencari konformasi ligand yang stabil terhadap reseptor dengan melihat  Gridbox  pada  number  of  points  dan  center coordinat  yang  diperoleh  dari.  Dalam  penelitian skrening terhadap ligand  yang berikatan pada sisi  aktif dari  protein  ORF  tidak  terdapat  ligan  natif  sehingga RMSD  (root  mean  square  deviation  )  untuk  melihat kesejajaran  konformasi    dapat  diterima  dengan  nilai dibawah 2 0 A (Rodríguez et al., 1989)dengan  redocking,

## Analisis data
Analisis  data  dilakukan  dengan  melihat  binding  free energy dengan satuan kcal/mol. Nilai binding free energy ligand berinteraksi dengan reseptor semakin minus akan semakin  stabil  interaksi  itu(Saputri  et  al.,  2016). Visualisasi  Data  interaksi  ligan  dengan    protein ditampilkan  dengan  discovery  studio  (Discovery  Studio Visualizer Software, Version 4, 2012)untuk melihat residu yang terlibat.

## HASIL DAN PEMBAHASAN
Protein target yang digunakan dalam penilitian ini adalah protein ORF3a (open reading frame3a), yang memiliki dua  rantai  protein  yaitu  protein  B  dan  protein  A,. Protein  ini  di  preparasi  di  autodcok  dengan  grid molecule  dan  ditambahkan  hidrogen  disimpan  dalam bentuk file pdqt. Ligand yang di preparasi di Marvin bean sudah  ditambahkan  hidrogen  dan  disimpan  dalam bentuk  pdbqt  di  autodock.  Tahap  selanjutnya  adalah
mencari center coordinat, pencarian ini dengan bantuan webserver  dan  koordinat  yang  diperoleh  ada    dua seperti terlihat ditabel 1.

## Tabel 1. Skor binding site
no score centers 1  0,999333441 139,6110001 134,9250031 144,5279999 2  0,994916081 137,6110001 150,9250031 122,5279999
Berdasarakan tabel1. , koordinat yang digunakan dalam proses  docking  adalah  skor  tertinggi  yaitu  0,999333 dengan  koordinat x : 139,61100006 ; y: 134,92500305 dan  koordinat  z  :  144,52799988.  Tahap  selanjutnya adalah  pengujian  docking  senyawa  senyawa  dari Rhodomyrtus  tomentosa  dengan  terlebih  dahulu melihat nilai RMSD dari redocking ligand.
Pengukuran Konformasi ligand  dapat digunakan untuk pensejajaran konformasi ligand terhadap protein target, pengukuran  kedekatan  konformasi  dari  3D  ligand dinyatakan  dengan  RMSD,  pada  tahaap  pertama dilakukan  dengan  docking  salah  satau  ligand  dan dilakukan redocking terilihat pada gambar 1, sedangkan hasil  RMSD  secara  keseluruhan    dapat  dilihat  pada tabel2., nilai yang yang tersaji dalam tabel 2. adalah nilai terdekat  pensejajaran  konformasi    dalam  100  running konformasi, nilai RMSD ini memberikan nilai dibawah 2 0 A, sehingga docking yang dijalankan memenuhi validasi docking  untuk  proses  skrening.  Setelah  nilai  RMSD  di dapatkan  dilanjutkan  dengan  pengukuran  binding  free energy  dari  masing  masing  ligand  ketika  berinteraksi dengan reseptor.
Gambar  1.  Konformasi  redocking  watsonianone  A terhadap  ORF3a  diperlihatkan  dalam  nilai  RMSD  1,89 A 0 (biru-docking; coklat- redocking)
Docking  antara  senyawa  senyawa  dari  Rhodomyrtus tomentosa dengan protein ORF3a diperoleh konformasi senyawa  dengan  energi  terendah.  Semakin  kecil  nilai binding  free  energy  interaksi  antara  senyawa  dengan protein  ORF3a  semakin  stabil  sebaliknya  jika  semakin positif nilai binding free energy maka interaksi senyawa dengan  reseptor  semakin  kurang  stabil.    Data  hasil skrening senyawa Rhomyrtus tomentosa dengan protein ORF3a  dapat  dilihat  pada  table  II.  Nilai  binding    free energy yang paling baik adalah watsonianone A dengan nilai  -7,55.  Nilai  ini  berdasarkan  Final  Intermolecular Energy        =-9,34  kcal/mol  (vdW  +  Hbond  +  desolv Energy  =  -9,40  kcal/mol  dan  Electrostatic  Energy  = +0,06  kcal/mol);  Final  Total  Internal  Energy  =  -  2,00 kcal/mol;  Torsional  Free  Energy=  +1,79  kcal/mol; Unbound  System's  Energy    =-2,00  kcal/mol.  Nilai  ini dikontribusi oleh ikatan Hidrogen dengan residu asam amino ASP A142 dan interaksi hidrob dengan LYS A75; ALA  B143;  LEU  B71;LEU  A65;  HIS  A78;  TYR  B189; TYR  B141;  ASP  B142  juga  final  total  internal  energy yang  memberikan  kestabilan  sedangkan  yang menurunkan  kestabilan  adalah  Electrostatic  Energy  , torsional  free    energy  dan  Unbound  System's  Energy. Dalam hasil docking watsonianone A dihasilkan 7 klaster Free  Enegy  binding,  hal  ini  menggambarkan  stabilitas interaksi  antara  ligand  dengan  reseptor  memilki  7 penggolongan. Sedangkan nilai binding free energy nilai
kurang stabil yaitu -4,44 dimiliki oleh metil sinamat nilai ini berdasarkan  Final Intermolecular Energy =   -5.63 kcal/mol (vdW + Hbond + desolv Energy     =   -5,57 kcal/mol dan Electrostatic Energy  =     -0,06 kcal/mol); Final Total Internal Energy =   -0,21 kcal/mol; Torsional Free  Energy  =      +1,19  kcal/mol;  Unbound  System's Energy=   -0,21 kcal/mol. Nilai ini dikontribusikan oleh interaksi hidrofob ligand dengan asam amino ALA A143, juga  final  total  internal  energy  yang  memberikan kestabilan  sedangkan  yang  menurunkan  kesetabilan adalah  Torsional  Free  Energy  dan  Unbound  System's Energy. Dalam hasil docking dengan 100 run terhadap metil  sinamat  dihasilkan  5  klaster  Binding  Free  Enegy, hal ini menggambarkan stabilitas interaksi antara ligand dengan reseptor memilki 5 penggolongan.
Mengenai  urutan  free  binding  energy  dari  yang  kurang stabil kearah stabil terhadap ORF3a yaitu metil sinamat dengan Δ G = -4,44 dilanjutkan oleh myricetin  dengan Δ G = -4,49. Kestabilan interaksi myricetin, verimol K, kuersetin, tetrahidroxyflavanone, naringenin, blumeatin, α -tocopherol  A,  rhodomyrtosone  C  , rhodomyrtosone  B  dengan  ORF3a  dipengaruhi interaksi vanderwals, ikatan hidrogen, desolvasi energi, energi  elektrostatik  dan  final  total  internal  energy sedangkan  yang  menurunkan  kesetabilan  adalah Torsional Free Energy dan Unbound System's Energy, α -tocopherol-quinone  memiliki  binding  free  energy sebesar -5,86, kestabilan interaksi ini dipengaruhi oleh vanderwals, ikatan hidrogen, desolvasi energi, dan final total  internal  energy  sedangkan  yang  menurunkan kesetabilan adalah Torsional Free Energy dan Unbound System's Energy. Rhodomyrtone memiliki binding free energy sebesar -6.0, kestabilan inetraksi rhodomyrtone dengan  ORF3a  dipengaruhi  oleh  interaksi  vanderwals, ikatan hidrogen, desolvasi energy dan final total internal energy sedangkan yang menurunkan kesetabilan adalah energi  elektrostatik,  Torsional  Free  Energy  dan Unbound  System's  Energy.  Dalam  tahap  screening senyawa  alam  dari  Rhodomyrtus  tomentosa  (Aiton)
Hassk  yang  dapat  berinteraksi  dengan  ORF3a  paling stabil adalah senyawa watsonianone A
Tabel  II.  Nilai  binding  free  energy  dan  tipe  interaksi ligand dengan ORF3a

## KESIMPULAN
Berdasarkan  skrening,  senyawa  watsonianone  A  dari Rhodomyrtus  tomentosa  (Aiton)  Hassk  memiliki tingkat kesetabilan yang paling tinggi terhadap ORF3a.

## UCAPAN TERIMA KASIH
Peneliti mengucapkan terimakasih terhadap Universitas Lambung  Mangkurat  yang  telah  memberi  kesempatan menulis penelitian ini
no senyawa binding free energy (kcal/mol) RMSD jenis ikatan asam amino 1 α-tocopherol- quinone -5,86 1,25 Hidrogen TYR B145; TYR B160 hidrofob ALA B143; LEU A65; PHE B146 2 blumeatin -4,98 0.08 Hidrogen TYR A141; ASN B144 elektrostatik ASP B142 Hidrofob LEU B65, ASP A142, SER B74 3 metil sinamat -4.44 0,12 hidrofob ALA A143 4 myricetin -4.49 0.04 Hidrogen ASN B144; ASP B142, ASN B161; TYR B141; ASP B142 Elektrostatik LEU B65, SER B74, TYR A189 5 naringenin -4.93 0.03 Hidrogen LEU B65 Elektrostatik ASP B142 hidrofob LEU A65; LEU A71 6 kuersetin -4,9 0,13 Hidrofob LYS A75; TYR B141; ASP A142 7 rhodomyrtone -6 0,25 Hidrogen ASN B161; ASP A142; hidrofob ALA B143; ILE B63; LEU B65; TYR A141, TYR B189, HIS B78 8 rhodomyrtosone B -7,11 0,17 Hidrogen LYS B75; TYR A189 hidrofob ALA A143; ILE B63; LEU B65, LEU A71; PRO A159; TYR A141;ASP A142; His B78 9 rhodomyrtosone C -6,77 0,16 Hydrogen ARG A122; ASP B142; hidrofob ASN B161;ALA A143; LEU B65; LEU A71; PRO B159; TYR B141; HIS B78; TYR B189; ALA A143 10 tetrahydroxyflavanone -4,91 0,02 Hidrogen TYR A141, ASN B161 Elektrostatik ASP B:142 hidrofob SER B 74 11 α-tocopherol A -6,72 1,18 Hidrofob LEU B71; LYS B75; LEU B65; LEU A71; HIS A78; TYR A141; TYR B189; LEU A65; ASP B142; LEU B140; TYR B141; ASP142 LYS A75; 12 verimol K -4,86 0,23 Elektrostatik ASP B142 hidrofob ASP A 142; ALA A143 13 watsonianone A-7,55 1,68 Hydrogen ASP A142; hidrofob LYS A75; ALA B143; LEU B71;LEU A65; HIS A78; TYR B189; TYR B141; ASP B142;

## REFERENSI
1. Minakshi, R., Padhan, K., Rani, M., Khan, N., Ahmad, F., & Jameel, S. (2009). The SARS Coronavirus 3a protein  causes  endoplasmic  reticulum  stress  and induces ligand-independent downregulation of the type 1 interferon receptor. PloS One, 4(12), e8342. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0008342
2. McColl,  M.  A.,  Law,  M.,  Baptiste,  S.,  Pollock,  N., Carswell,  A.,  &  Polatajko,  H.  J.  (2005).  Targeted applications  of  the  Canadian  Occupational Performance  Measure.  Canadian  Journal  of
Occupational Therapy. Revue Canadienne d’ergotherapie, 72(5), 298–300. https://doi.org/10.1177/000841740507200506
3. Noorhidayah,  N.,  &  Sidiyasa,  K.  (2005).
KEANEKARAGAMAN TUMBUHAN BERKHASIAT  OBAT  DI  TAMAN  NASIONAL KUTAI,  KALIMANTAN  TIMUR.  Jurnal  Analisis Kebijakan Kehutanan, 2, 115–128.
https://doi.org/10.20886/jakk.2005.2.2.115-128
4. Zhou, X.-M., Liu, H.-X., Chen, S., Ju, X.-C., Tan, H.- B.,  Qiu,  S.-X.,  &  Zheng,  C.  (2016).  Chemical constituents  from  leaves  of  Rhodomyrtus  tomentosa. 47, 2614–2620. https://doi.org/10.7501/j.issn.0253- 2670.2016.15.006
5. Morris, G. M., Ruth, H., Lindstrom, W., Sanner, M. F.  Belew,  R.  K.,  Goodsell,  D.  S.,  &  Olson,  A.  J. (2009).  Software  news  and  updates  AutoDock4 and  AutoDockTools4:  Automated  docking  with selective receptor flexibility. Journal of Computational  Chemistry,  30(16),  2785–2791. https://doi.org/10.1002/jcc.21256
6. ChemAxon. (2016). ChemAxon - Software Solutions and Services for Chemistry and Biology. MarvinSketch, Version 16.10.31. https://chemaxon.com/
7. Kern, D. M., Sorum, B., Hoel, C. M., Sridharan, S., Remis, J. P., Toso, D. B., & Brohawn, S. G. (2020). Cryo-EM  structure  of  the  SARS-CoV-2  3a  ion channel  in  lipid  nanodiscs.  In  bioRxiv :  the  preprint server
for
biology.
https://doi.org/10.1101/2020.06.17.156554
8. Jiménez, J., Doerr, S., Martínez-Rosell, G., Rose, A. S.,  &  De  Fabritiis,  G.  (2017).  DeepSite:  protein- binding  site  predictor  using  3D-convolutional neural  networks.  Bioinformatics,  33(19),  3036– 3042.
https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btx350
9. Rodríguez, E., Arqués, J. L., Rodríguez, R., Nuñez, M., Medina, M., Talarico, T. L., Casas, I. A., Chung, T. C., Dobrogosz, W. J., Axelsson, L., Lindgren, S.
E.,  Dobrogosz,  W.  J.,  Kerkeni,  L.,  Ruano,  P., Delgado,  L.  L.,  Picco,  S.,  Villegas,  L.,  Tonelli,  F., Merlo,  M.,  …  Masuelli,  M.  (1989).  We  are IntechOpen  ,  the  world  ’  s  leading  publisher  of Open  Access  books  Built  by  scientists  ,  for scientists TOP 1 %. Intech, 32(tourism), 137–144. https://www.intechopen.com/books/advanced- biometric-technologies/liveness-detection-in- biometrics
10. Saputri,  K.  E.,  Fakhmi,  N.,  Kusumaningtyas,  E., Priyatama,  D.,  &  Santoso,  B.  (2016).  Docking Molekular  Potensi  Anti  Diabetes  Melitus  Tipe  2 Turunan  Zerumbon  Sebagai  Inhibitor  Aldosa Reduktase  Dengan  Autodock-Vina.  Chimica  et Natura Acta, 4(1), 16. https://doi.org/10.24198/cna.v4.n1.10443
11. Discovery Studio Visualizer Software, Version 4. (2012). http://www.accelrys.com