Identifikasi  Isolat  Rhizobakteria  Indigenos  Kandidat  Agen Biokontrol Ganoderma boninense Berdasarkan Sekuen Gen 16S rRNA
(Identification of Indigenous Rhizobacteria Isolates as Biocontrol Agents Candidate of Ganoderma boninense Based on 16S rRNA Gene Sequence)
Yulmira Yanti 1* , Nurbailis 1 , Imam Rifai 2 1 Program  Studi  Proteksi  Tanaman  Fakultas  Pertanian  Universitas  Andalas,  Jl.  Unand  Kampus Limau  Manis  Kec.  Pauh  Kota  Padang,  Telp./Fax.:  (0751)72701/(0751)72702,  Kode  Pos:  25163 dan 2 Pascasarjana Ilmu Hama dan Penyakit Tumbuhan Fakultas Pertanian Universitas Andalas, Jl. Unand Kampus Limau Manis Kec. Pauh Kota Padang, Telp./Fax.: (0751)72701/(0751)72702, Kode Pos: 25163 E-mail: yy.anthie79@gmail.com; mira23@agr.unand.ac.id

## ARTICLE INFO ABSTRACT
Article history
Submitted: January 7, 2020 Accepted: March 19, 2021 Published: May 21, 2021
Keywords:
basal stem rot,
indigenous rhizobacteria, oil palm, 16S rRNA
Rhizobacteria is a group of bacteria that colonize roots, affect growth and control plant pathogens. Based on the results of previous studies, 6 isolates have the best ability to control Ganoderma boninense in oil palm  seedlings.  It  is  important  to  characterize  them  molecularly. Molecular  identifications  of  the  selected  rhizobacteria  isolates  were done  using  the  16S  rRNA  gene.  The  results  showed  that  all  isolates were  identified  to  have  similarity  as  5  different  species  i.e  Bacillus paramycoides, Microbacterium paraoxydans, B. albus , B. cereus , and Serratia marcescens based on NCBI database.
Copyright © 2021 Author(s). This work is licensed under a Creative Commons Attribution- ShareAlike 4.0 International License.

## PENDAHULUAN
Kelapa  sawit  ( Elaeis  guineensis Jacq. ) merupakan  komoditas  tanaman  perkebunan sebagai  penghasil  minyak  yang  memiliki  nilai  ekonomi  tinggi.  Salah  satu  kendala  dalam budidaya kelapa sawit antara lain gangguan penyakit tanaman  (Azizah et al ., 2015). Penyakit busuk pangkal batang (BPB) yang disebabkan oleh Ganoderma boninense merupakan penyakit utama pada kelapa sawit di  Asia Tenggara termasuk Indonesia  (Chong et al ., 2011). Penyakit ini  dilaporkan  menyebabkan kerugian sekitar 50 – 80% per ha (Cooper et al., 2011). Indonesia dan  Malaysia  merupakan  negara  dengan  kerugian  terbesar  akibat  BPB  yang  dip erkirakan mencapai 500 juta USD.tahun -1 (Ommelna et al., 2012). Penyakit ini sulit dikendalikan, sebab G.  boninense merupakan  patogen  tular tanah  yang  memiliki  kisaran  inang  luas. G.  boninense juga memiliki struktur bertahan khusus berupa klamidospora dan struktur pseudosklerotia yang mampu menginfeksi inang (Sanderson, 2005; Susanto et al ., 2013).
Upaya  pengendalian  yang  telah  dilakukan  terhadap G . boninense, yaitu  pengendalian secara  fisik  melalui  teknik  sanitasi,  serta  menggunakan  fungisida  sintetis  belum  menunjukan
Yanti et al.: Identifikasi Isolat Rhozobakteri Indigenos Kandidat Agen ...
hasil yang  maksimal  karena dapat menyebabkan dampak  negatif bagi lingkungan  (Idris et al ., 2004).  Pengendalian  biologi  patogen  tular  tanah  menggunakan  agen  hayati  yang  hidup  di rizosfer  merupakan  salah  satu  pilhan  yang  tepat  dan  potensial  untuk  dikembangkan  dalam budidaya  tanaman  perkebunan  yang  ramah  lingkungan    (Bivi et  al. ,  2010).  Mikroorganisme yang  sudah  banyak  dilaporkan  sebagai  agen  hayati  adalah  rizobakteri  dari  kelompok Plant Growth  Promoting  Rhizobacteria (PGPR)  (Beneduzi et  al .,  2012).  Penapisan  terhadap sejumlah  rizobakteri  indigenos  dari  berbagai  lahan  ultisol  di  Sulawesi  Selatan  dan  Tenggara mampu  memacu pertumbuhan tanaman dan  menghambat patogen tular tanah  (Khaeruni et al ., 2011).  Beberapa  rizobakteri  yang  telah  dilaporkan  memiliki  kemampuan  sebagai  agen  hayati terhadap G.  boninense antara  lain Pseudomonas,  Bacillus sp.  dan Burkholderia (Suryanto et al ., 2012; Buana et al ., 2014)
Beberapa  penelitian  menunjukan  bahwa  rizobakteri  mempunyai  kemampuan  dalam mengendalikan  patogen  tanaman  secara  langsung  melalui  beberapa  cara  yaitu  produksi antib iotik,  siderofor,  enzim  kitinase,  β -1,3-glucanase,  sianida,  parasitisme,  kompetisi  sumber nutrisi  dan  relung  ekologi  (Glick et  al. ,  2007).  Rizobakteri  juga  memiliki  kemampuan melarutkan  posfat  yang  juga  dapat  meningkatkan  ketersedian  nutrisi  bagi  pertumbuhan tanaman (Chen et al ., 2006).
Dalam pengembangan agens hayati, informasi mengenai identitas kandidat agens hayati penting  untuk  diketahui.  Informasi  mengenai  identitas  rizobakteri  penting  untuk  mengetahui penyebaran dan keragamannya (Zahid, et al ., 2015). Identifikasi bakteri dapat dilakukan secara fenotipik,  fisiologis,  biokimia  dan  molekuler.    Identifikasi  bakteri  secara  fenotipik  memiliki kelemahan  yaitu  tidak  stabil  terhadap  waktu  dan  dapat  berubah  akibat  kondisi  lingkungan seperti  media,  suhu  dan  pH  (Rossello-Mora  dan  Amann,  2001).  Identifikasi  molekuler menggunakan  sekuens  16S  rRNA  merupakan  teknik  yang  baik  dan  paling  banyak  digunakan dalam  identifikasi spesies bakteri (Petti et al ., 2005). Penggunaan sekuens 16S rRNA sebagai metode  alternatif  identifikasi  bakteri  semakin  meningkat  karena  hemat  biaya  dan  waktu (Simmon et  al. ,  2008).    Analisis  sekuens  16S  rRNA  juga  telah  banyak  dilaporkan  dan merupakan  metode  yang  mapan  untuk  analisis  fiogenetik  dan  studi  taksonomi  (Tan et  al., 2001).
Berdasarkan  penelitian  sebelumnya  (Yanti et  al. ,  2019)  diperoleh  6  isolat  rizobakteri indigenos  dari  rizosfer  perkebunan  kelapa  sawit  di  PTPN  IV  Kabupaten  Simalungun  hasil seleksi  secara in  planta dan  diketahui  memiliki  kemampuan  terbaik  dalam  meningkatkan ketahanan bibit  kelapa sawit terhadap penyakit BPB. Isolat-isolat tersebut perlu diidentifikasi untuk mengetahui spesiesnya. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi secara molekuler isolat rizobakteri indigenos yang telah terseleksi sebagai agens biokontrol G. boninense .

## METODE PENELITIAN
Penelitian  dilaksanakan  pada  Januari-April  2019.  Kegiatan  meliputi  peremajaan  dan perbanyakan  isolat  dilakukan  di  Laboratorium  Mikrobiologi,  Fakultas  Pertanian  sedangkan isolasi DNA dilakukan di Laboratorium Biomedik, Fakultas Kedokteran, Universitas Andalas, Padang. Bahan-bahan yang digunakan dalam penelitian adalah inokulum Ganoderma boninense koleksi Pusat Penelitian Kelapa Sawit, Medan.
Yanti et al.: Identifikasi Isolat Rhizobakteri Indigenos Kandidat Agen ...

## Peremajaan Isolat Rizobakteri Indigenos
Sumber  isolat  rizobakteri  indigenos  diperoleh  dari  Laboratorium  Mikrobiologi,  Jurusan HPT,  Fakultas  Pertanian,  Universitas  Andalas.  Isolat  yang  digunakan  yaitu  1)  RZ.1A  2.1;  2) RZ2B  1.1;  3) RZ2C 2.1; 4)  RZ1E 2.1; 5)  RZ2E 1.2;  6) RZ2E  2.1  (Yanti et  al .,  2019).  Isolat tersebut  diremajakan  dengan  metode  gores  pada  medium Nutrient  Agar (NA)  kemudian inkubasi selama 2x24 jam.

## Identifikasi Bakteri Berdasarkan Sekuen Gen 16S rRNA
Ekstraksi  DNA. DNA  diekstraksi  berdasarkan  protokol Purelink Genomic  DNA  Mini Kit (Invitrogen ).  Untuk melisis sel bakteri gram negatif, pelet isolat RBI disuspensikan dengan 180  µL  larutan Purelink  Genomic  Digestion  Buffer ,  ditambahkan  20  µL  Proteinase  K  dan dihomogenkan dengan  divorteks. Sampel bakteri diinkubasi pada suhu 55 o C dalam  oven  dan dihomogenkan tiap 10 menit sampai proses lisis selesai (30 menit). Setelah itu 20 µL RNase A ditambahkan ke lysate dan dihomogenkan dengan vorteks dan diinkubasi pada suhu ruangan 2 menit. Setelah itu 200 µL Purelink Genomic Lysis/Binding Buffer ditambahkan pada lysate dan divorteks, kemudian 200 µL ethanol 96-100% ditambahkan lysate dan dihomogenkan selama 5 detik.  Sementara  itu,  untuk  Bakteri  gram  positif, pelet  bakteri  diresuspensi  dengan  180  µL lysozyme  digestion  buffer ,  dihomogenkan  dengan  vorteks  dan  diinkubasi  pada  suhu  37 o C selama 30 menit. Sebanyak 20 µL Proteinase K ditambahkan, dihomogenkan, lalu ditambahkan 200  µL PureLink  Genomic  lysis/binding  buffer dan  dihomogenkan  serta  diinkubasi  kembali pada  suhu  55 o C  selama  30  menit  di  dalam  oven.  Sebanyak  200  µL  ethanol  96-100% ditambahkan  ke lysate dan  dihomogenkan  selama  5  detik.  Pengikatan,  pencucian  dan  elusi DNA dilakukan sesuai protocol Purelink Genomic DNA Mini Kit (Invitrogen ).
Amplifikasi  DNA  dengan Polymerase  Chain  Reaction (PCR). DNA  diamplifikasi dengan  primer  27F  (5’  AGA  GTT  TGA  TCM  TGG  CTC  AG’3)  dan  primer  1492R  (5’CGG TTA CCT TGT TAC GAC TT ‘3). Pelaksanaan PCR dilakukan sesuai Protokol GreenTaq PCR Master Mix (Thermo Scientific). Campuran Reaksi dibuat sesuai protokol untuk masing-masing volume  reaksi  25  µL  dengan  campuran  untuk  tiap  reaksi  yaitu Master  Mix 12.5  µL, Primer Forward 1 µL, Primer Reverse 1 uL dan Nuclease Free Water 7.5 µL. Campuran reaksi PCR sebanyak  25  µL  dimasukkan  ke  dalam  microtube  100  µL  dan  tiap  tube  dimasukkan  3  µL template DNA sampel. Kondisi awal PCR diatur pada suhu 94 o C selama 5 menit, selanjutnya diikuti dengan 35 siklus yang terdiri dari denaturasi pada suhu 94 o C selama 3 menit, annealing pada  suhu  55 o C  selama  1  menit  dan  ekstensi  pada  suhu  72 o C  selama  2  menit  dan  ekstensi akhir  pada  suhu  72 o C  selama  10  menit  (Chen et  al .,  2015).  Amplificon  dielektroforesis menggunakan agarose gel 1% dalam buffer TAE 1x dan divisualisasi dengan gel imaging dan diperoleh pita basa berukuran + 1.500 bp. Sequencing dilakukan di First base Singapore.
Analisis data sekuens. Data  sekuens  susunan  basa  nukleotida  dibandingkan  dengan database BLAST-N  secara  online  pada  website  NCBI  ( National  Centre  of  Biotechnology Information , http://blast.ncbi.nlih.gov).

## HASIL DAN PEMBAHASAN
Isolat  rizobakteri  yang  diuji  diidentifikasi  secara  molekuler  dengan  gen  penyandi  16S rRNA.  Amplifikasi  gen  16S  rRNA  dari  isolat  tersebut  dengan  primer  universal  27F  dan  1492R
Yanti et al.: Identifikasi Isolat Rhozobakteri Indigenos Kandidat Agen ...
menunjukkan ukuran basa lebih  kurang 1.500 bp (Gambar 1). Panjang pita gen 16S rRNA  isolat Rizobakteri  indigenos  (RBI)  menunjukkan  kesejajaran  dengan marker 1.500  bp.  Hal  ini  sesuai dengan  pendapat  Webster et  al. ,  (2003)  bahwa  penggunaan  primer  27F-1492R  menghasilkan produk sekitar 1.500 bp, mendekati jumlah basa gen penyandi 16S rRNA secara keseluruhan. Pita DNA  amplikon  yang  mendekati  keseluruhan  gen  16S  ideal  untuk  dibandingkan  dengan  database keragaman  bakteri.  Gen  16S  rRNA  memiliki  beberapa conserved  region yang  umum  ditemukan pada  banyak  spesies  bakteri,  dan region yang  beragam  dan  ditemukan  pada  beberapa  spesies (Fredriksson et al. , 2013).
Gambar 1.  Hasil elektroforesis produk PCR berbagai DNA rizobakteri menggunakan pasangan primer  27F  dan  1429  R.  M)  1Kb  DNA  marker;  1)  RZ.1A  2.1;  2)  RZ2B  1.1;  3) RZ2C 2.1; 4) RZ1E 2.1; 5) RZ2E 1.2; 6) RZ2E 2.1
Hasil  analisis  BLAST  isolat  RZ1A  2.1  memiliki  kemiripan  99%  dengan Bacillus paramycoides strain MCCC, isolat RZ2B 1.1 memiliki kemiripan 97% dengan Microbacterium paraoxydans strain  W5,  isolat  RZ22C  2.1  memiliki  kemiripan  100%  dengan Bacillus  albus strain  MCCC  1A02146 ,  isolat  RZ2E  2.1  memiliki  kemiripan  99%  dengan Bacillus  cereus strain JCM 2152 , isolat RZ2E 1.2 memilki  kemiripan 99% dengan Serratia marcescens strain NBRC  102204 ,  dan  isolat  RZ1E  2.1  memiliki  kemiripan  99%  dengan Bacillus  cereus ATCC 14579 (Tabel 1).
Sebagian  isolat  rizobakteri  indigenos  terseleksi  adalah  genus Bacillus .  Bakteri  dikenal sebagai  genus  yang  dilaporkan  sebagai  PGPR  dan  agens  biokontrol.  Sebagai  contoh, B. paramycoides strain KVS27  dilaporkan  memilki  kemampuan  PGPR  yang  baik  karena memiliki  kemampuan  melarutkan  posfat  dan Indole  Acetid  Acid (IAA)  bagi  pertumbuhan tanaman  (Vishwakarma et al ., 2018), B. cereus strain B-02 dilaporkan mampu melisiskan sel jamur patogen Botrytis cinerea (Li et al ., 2012), dan B. subtilis strain B10 dilaporkan mampu menekan  pertumbuhan G.  boninense pada  bibit  kelapa  sawit  (Bakhtiar et  al .,  2012). Pengintroduksian Bacillus sp.  pada  bibit  kelapa  sawit  juga  diketahui  mampu  meningkatkan pertumbuhan bibit kelapa sawit dan mampu menekan munculnya gejala BPB pada bibit kelapa sawit (Puspita et al ., 2013).
1                2              3              4               5               6              M
1500 1000 750 500 250
Yanti et al.: Identifikasi Isolat Rhizobakteri Indigenos Kandidat Agen ...
Tabel 1. Hasil analisis BLAST isolat rizobakteri indigenos yang diuji
No.     Isolat Identitas No. aksesi Kemiripan (%) 1. RZ1A 2.1 Bacillus paramycoides strain MCCC 1A04098 NR_157734.1 99 2. RZ2B 1.1 Microbacterium paraoxydans strain CF36 NR_025548.1 97 3. RZ2C 2.1 Bacillus albus strain MCCC 1A02146 NR_112354.1 100 4. RZ2E 2.1 Bacillus cereus strain JCM 2152 NR_113266.1 99 5. RZ2E 1.2 Serratia marcescens strain NBRC 102204 NR_114043.1 99 6. RZ1E 2.1 Bacillus cereus ATCC 14579 NR_074540.1 99
Informasi  mengenai  identitas  agens  hayati  potensial  telah  banyak  dilaporkan. Serratia marcescens juga  dilaporkan  sebagai  agens  biokontrol  yang  potensial  pada Pythium  ultimum, Pyricularia  oryzae, dan G.  boninense (Jaiganesh et  al., 2007; Roberts et  al .,  2007;  Azizah et al ., 2015). Microbacterium paraoxydans telah dilaporkan memiliki kemampuan sebagai PGPR dan  agens  biokontrol Microbacterium  paraoxydans juga  telah  dilaporkan  memiliki kemampuan dalam melarutkan posfat dan juga mampu menghasilkan siderofor yang berpotensi mampu  mengendalikan  patogen  tanaman  (Kaur et  al .,  2011).  Bosshard et  al .  (2003) menyatakan bahwa kesamaan antara 98-99% dari sekuens 16S ditetapkan sebagai spesies baru dalam genus yang sama.

## KESIMPULAN
Isolat  rizobakteri  indigenos  diidentifikasi  memiliki  kemiripan  berdasarkan  database NCBI sebagai Bacillus paramycoides strain MCCC (RZ1A 2.1), Microbacterium paraoxydans strain  CF36 (RZ2B  1.1), Bacillus  albus strain  MCCC  1A02146 (RZ2C  2.1), Bacillus  cereus strain  JCM  2152 (RZ2E  2.1), Serratia  marcescens strain  NBRC  102204  (RZ2E  1.2),  dan Bacillus cereus ATCC 14579 (RZ1E 2.1).

## DAFTAR PUSTAKA
Azizah,  S.  N.,  Mubarik,  N.  R.,  &  Sudirman,  L.  I.  (2015).  Potential  of  chitinolytic Bacillus amyloliquefaciens SAHA 12 . 07 and Serratia marcescens KAHN 15 . 12 as biocontrol agents of Ganoderma  boninense . Research  Journal  of  Microbiology ,  10(10),  452 – 465. https://doi.org/10.3923/jm.2015.452.465
Bakhtiar,  Y.,  Yahya,  S.,  &  Sumaryono,  W.  (2012).  Adaptation  of  oil  palm  seedlings  inoculated with  arbuscular  mycorrhizal  fungi  and  mycorrhizal  endosymbiotic  bacteria Bacillus  subtilis B10  towards  biotic  stress  of  pathogen Ganoderma  boninense Pat. Jurnal  Microbiology Indonesia , 6(4), 157 – 164. https://doi.org/10.5454/mi.6.4.3
Beneduzi, A., Ambrosini, A., & Passaglia, L. M. P. (2012). Plant growth-promoting rhizobacteria (PGPR):  Their  potential  as  antagonists  and  biocontrol  agents. Genetics  and  Molecular Biology , 4, 1044 – 1051.
Yanti et al.: Identifikasi Isolat Rhozobakteri Indigenos Kandidat Agen ...
Bivi,  M.  R.,  Farhana,  M.  S.,  Khairulmazmi,  A.,  &  Idris,  A.  (2010).  Control  of Ganoderma boninense :  A  causal  agent  of  basal  stem  rot  disease  in  oil  palm  with  endophyte  bacteria  in vitro. International Journal of Agriculture and Biology , 12(6), 833 – 839.
Bosshard,  P.  P.,  Abels,  S.,  Zbinden,  R.,  Böttger,  E.  C.,  &  Altwegg,  M.  (2003).  Ribosomal  DNA sequencing for identification  of aerobic  gram-positive rods  in the  clinical laboratory  (an 18- month evaluation). Journal of Clinical Microbiology , 41(9), 4134-4140.
Buana,  R.  F.  N.,  Wahyudi,  A.  T.,  &  Toruan-Mat,  N.  (2014).  Control  activity  of  potential antifungal-producing Burkholderia sp.  in  suppressing Ganoderma  boninense growth  in  oil palm.
Asian Journal of Agricultural Research , 8 (5), 259 – 268.
https://doi.org/10.3923/ajar.2014.259.268
Chen, Y. P., Rekha, P. D., Arun, A. B., Shen, F. T., Lai, W., & Young, C. C. (2006). Phosphate solubilizing bacteria from subtropical soil and their tricalcium phosphate solubilizing abilities. Applied Soil Ecology , 34, 33 – 41. https://doi.org/10.1016/j.apsoil.2005.12.002
Chong, K. P., Lum, M. S., Foong, C. P., Wong, C. M. V. L., Atong, M., & Rossall, S. (2011). First identification  of Ganoderma  boninense isolated  from  Sabah  based  on  PCR  and  sequence homology.
African Journal of Biotechnology , 10(66), 14718 – 14723.
https://doi.org/10.5897/AJB11.1096
Cooper,  R.M,  Flood  J.,  Rees  R.W.  2011. Ganoderma  boninense in  oil  palm  plantations:  Current thinking on epidemiology, resistance and pathology. Planter , 87(1024): 515 – 52.
Fredriksson, N. J., Hermansson, M., & Wilén, B. M. (2013). The choice of PCR primers has great impact  on  assessments  of  bacterial  community  diversity  and  dynamics  in  a  wastewater treatment plant. PloS one , 8(10), e76431.
Glick  B.  R.,  Cheng,  Z.,  Czarny,  J.,  &  Duan,  J.  (2007).  Promotion  of  plant  growth  by  ACC deaminase-producingsoil bacteria. Eur J Plant Pathol 119:329-39.
Idris, A., Kushairi, A., Ismail, S., & Ariffin, D. (2004). Selection for partial resistance in oil palm progenies to Ganoderma basal stem rot. J Oil Palm Res ., 16(2), 12-18.
Kaur,  G.,  Kaur,  J.,  Dadhich,  K.  S.,  &  Caemotra,  S.  S.  (2011).  Phosphate-solubilizing  bacteria Microbacterium  paraoxydans isolated  from  the  rhizospheric  system  of  wheat  ( Triticum aestivum ). Transylv. Rev. Syst. Ecol. Res ., 12, 149 – 161.
Khaeruni,  A.,  Sutariati,  G.  A.  K., &  Rahman,  A..  (2011).  Potensi  Rizobakteri  indigenous  Ultisol untuk  mengendalikan  penyakit  busuk  batang  Phytophthora  (Phytophthora  capsici)  pada tanaman cabai. Jurnal Agroteknos, 1(1), 9-15.
Li, F. X., Ma, H. Q., Liu, J., & Zhang, C. (2012). Antagonistic effects of Bacillus cereus strain B- 02  on  morphology,  ultrastructure  and  cytophysiology  of Botrytis  cinerea . Polish  Journal  of Microbiology , 61(2), 119 – 128.
Ommelna,  B.  G.,  Jennifer,  A.  N,  Chong,  K.  P.  (2012).  The  potential  of  chitosan  isuppressing Ganoderma boninense infection in oil palm seedlings. JSSM 7(2):186-19.
Petti, C. A., Polage, C. R., & Schreckenberger, P. (2005). The role of 16S rRNA gene sequencing in  identification  of  microorganisms  misidentified  by  conventional  methods. Journal  of Clinical Microbiology , 43(12), 6123-6125.
Yanti et al.: Identifikasi Isolat Rhizobakteri Indigenos Kandidat Agen ...
Puspita, F, Zul, D., & Khoiri, A. (2013). Potensi Bacillus sp. asal rizosfer Giam Siak Kecil Bukit Batu sebagai rhizobacteria pemacu pertumbuhan dan antifungi pada pembibitan kelapa sawit. Seminar  Nasional  “Peranan  Teknologi dan  Kelembagaan  Pertanian  dalam  Mewujudkan Pembangunan Pertanian yang Tangguh dan Berkelanjutan, 2009 (November), 7 – 15.
Roberts, D. P., McKenna, L. F., Lakshman, D. K., Meyer, S. L. F., Kong, H., de Souza, J. T., … Chung, S. (2007). Suppression of damping-off of cucumber caused by Pythium ultimum with live  cells  and  extracts  of Serratia  marcescens N4-5. Soil  Biology  and  Biochemistry ,  39(9), 2275 – 2288. https://doi.org/10.1016/j.soilbio.2007.03.029
Rosselló-Mora R, & Amann R (2001) The species concept for prokaryotes. FEMS Microbiol Rev 25(1):39 – 67.
Sanderson,  F.  R.  (2005).  An  insight  into  spore  dispersal  of Ganoderma  boninense on  oil  palm. Mycopathologia , 159 (1), 139 – 141. https://doi.org/10.1007/s11046-004-4436-2
Simmon, K. E., Mirrett, S., Reller, L. B., & Petti, C. A. (2008). Genotypic diversity of anaerobic isolates from bloodstream infections. Journal of Clinical Microbiology , 46(5), 1596-1601.
Suryanto, D., Wibowo, R. H., Siregar, E. B. M., & Munir, E.. (2012). A possibility of chitinolytic bacteria utilization to control basal stems disease caused by Ganoderma boninense in oil palm seedling.
African Journal of Microbiology Research , 6 (9). https://doi.org/10.5897/AJMR11.1343
Susanto,  A.,  Prasetyo,  A.  E.,  Priwiratama,  H.,  Wening,  S.,  &  Surianto,  S.  (2013). Ganoderma boninense penyebab penyakit busuk batang atas kelapa sawit. Jurnal Fitopatologi Indonesia , 9 (4), 123-123. https://doi.org/10.14692/jfi.9.4.123
Tan, Z., Hurek, T., Vinuesa, P., Müller, P., Ladha, J. K., & Reinhold-Hurek, B. (2001). Specific detection  of Bradyrhizobium and Rhizobium strains  colonizing  rice  ( Oryza  sativa )  roots  by 16S-23S  ribosomal  DNA  intergenic  spacer-targeted  PCR. Applied  and  Environmental Microbiology , 67(8), 3655-3664.
Vishwakarma,  K.,  Kumar,  V.,  Tripathi,  D.  K.,  &  Sharma,  S.  (2018).  Characterization  of rhizobacterial  isolates  from Brassica  juncea for  multitrait  plant  growth  promotion  and  their viability studies on carriers. Environmental Sustainability , 1(3), 253 – 265. https://doi.org/10.1007/s42398-018-0026-y.
Webster,  G.,  Newberry,  C.  J.,  Fry,  J.  C.,  &  Weightman,  A.  J.  (2003).  Assessment  of  bacterial community  structure  in  the  deep  sub-seafloor  biosphere  by  16S  rDNA-based  techniques:  a cautionary tale. Journal of Microbiological Methods , 55(1), 155-164.
Yanti, Y., Arnetti, A., & Rifai, I. (2019). Penapisan isolat rizobakteri indigenos untuk pengendalian Ganoderma boninense pada bibit kelapa sawit ( Elaeis guineensis Jacq.). Jurnal Agro Industri Perkebunan , 7 (2), 59-68. https://doi.org/10.25181/jaip.v7i2.1156
Zahid,  M.,  Abbasi,  M.  K.,  Hameed,  S.,  &  Rahim,  N.  (2015).  Isolation  and  identification  of indigenous plant growth promoting rhizobacteria from Himalayan region of Kashmir and their effect  on  improving  growth  and  nutrient  contents  of  maize  (Zea  mays  L.). Frontiers  in Microbiology , 6, 1-10. https://doi.org/10.3389/fmicb.2015.00207