Evaluasi Lokus Kloroplas untuk DNA Barcoding pada Marga Stelechocarpus (Annonaceae) Secara In-Silico
In-silico evaluation of Chloroplast loci for DNA Barcoding on Genus Stelechocarpus (Annonaceae)
Turhadi ♥ , Luchman Hakim
Departemen Biologi, Fakultas Matematika dan Pengetahuan Alam, Universitas Brawijaya, Malang, Indonesia
♥ Corresponding author email: turhadibiologi@ub.ac.id
Article history: submitted: December 5, 2022; accepted: March 2, 2023; available online: March 31, 2023
Abstract. Stelechocarpus is a genus belonging to the Annonaceae family that grows in the Asia-Pacific region. As a plant that is not well known to the public, conservation efforts are needed because the Stelechocarpus has many benefits in pharmaceutical and cosmetics. One of the strategies to support conservation efforts is DNA barcoding, which has little information for the Stelechocarpus. This study aimed to evaluate chloroplast loci that can be used as DNA barcodes for the member of genus Stelechocarpus using in-silico approach. This research was conducted in-silico by extracting chloroplast loci sequences including rbcL, trnL-F, matK, psbA-trnH, and ndhF which are available in the NCBI database. The results showed that only 18 sequences of chloroplast loci were obtained from two  species  of  Stelechocarpus  genera,  including  S.  burahol  and  S.  cauliflorus.  The  psbA-trnH  and  ndhF  loci indicated that they can be used as markers for genetic diversity studies on S. burahol. On the other hand, the rbcL, trnL-F, and matK loci indicated they could be used for genetic diversity studies on Stelechocarpus genera. Keywords : conservation; S. burahol; S. cauliflorus
Abstrak. Stelechocarpus merupakan salah satu genus anggota famili Annonaceae yang tumbuh di kawasan Asia- Pasifik. Sebagai salah satu tumbuhan yang kurang dikenal oleh masyarakat maka perlu adanya upaya konservasi karena  jenis Stelechocarpus mempunyai  banyak  manfaat  di  bidang  farmasi  dan  kosmetika.  Salah  satu  strategi mendukung  upaya  konservasi  yaitu  dengan DNA  barcoding yang  masih  sedikit  informasinya  untuk  jenis Stelechocarpus . Penelitian ini bertujuan untuk  mengevaluasi lokus daerah kloroplas secara in-silico yang dapat digunakan sebagai DNA barcode anggota genus Stelechocarpus (Annonaceae). Penelitian ini dilakukan secara in- silico dengan  mengekstrak  sekuen  penanda  kloroplas  meliputi rbcL , trnL-F , matK , psbA-trnH ,  dan ndhF yang terdapat  pada  pangkalan  data  NCBI.  Hasil  penelitian  yang  dilakukan  menunjukkan  bahwa  hanya  diperoleh  18 nomor sekuen lokus kloroplas dari dua jenis pada genus Stelechocarpus , meliputi S. burahol dan S. cauliflorus . Lokus psbA-trnH dan ndhF mengindikasikan dapat digunakan  sebagai penanda untuk studi  keragaman  genetik pada S.  burahol .  Di  sisi  lain,  lokus rbcL , trnL-F ,  dan matK mengindikasikan  dapat  digunakan  untuk  studi keragaman genetik pada genus Stelechocarpus . Kata kunci: konservasi; S. burahol; S. cauliflorus

## PENDAHULUAN
Konservasi  genetik  merupakan  upaya konservasi suatu organisme untuk meminimalkan  resiko  kepunahan  serta ancaman terjadinya penurunan populasi yang dapat  terjadi  melalui  proses  genetik  dan evolusi (Kramer & Havens, 2009; Willi et al., 2022). Terjadinya penurunan variasi  genetik di  dalam  suatu  populasi  menjadi  ancaman kepunahan  bagi  suatu  organisme.  Upaya konservasi  melalui  pendekatan  genetik  ini contohnya  telah  dilakukan  pada  beberapa jenis tumbuhan, misalnya: Taxus  sumatrana (Rachmat  et  al.,  2016),  Bornean Melastoma (Cai  et  al.,  2019),  anggrek  (Phillips  et  al., 2020), Paeonia  decomposita (Wang,  2020),
Physaria  filiformis (Edwards  et  al.,  2021). Kajian  variasi  genetik  suatu  organisme  di alam  merupakan  strategi  yang  efektif  untuk mengonservasi organisme langka dan terancam  punah  (Minter  et  al.,  2021). Menurut  Willi  et  al.  (2022),  konservasi genetik berperan dalam membantu pengelolaan  jenis  yang  terancam  melalui strategi identifikasi populasi dan jenis.
Sebagai  salah satu  tumbuhan langka atau jarang ditemukan sehingga diperlukan upaya konservasi,  misalnya S.  burahol yang mempunyai  banyak  potensi  (Soeroto  et  al., 2018).  Berbagai  penelitian  melaporkan bahwa S. burahol berpotensi sebagai sumber antioksidan (Tisnadjaja et al., 2006; Suwandi
et  al.,  2012),  penghilang  bau  (Darusman  et al.,  2012),  salep  luka  bakar  (Ladeska  et  al., 2022), dan anti-mikroba (Amin et al., 2018). Selain  itu, S.  burahol juga  merupakan tumbuhan identitas Daerah Istimewa
Yogyakarta
berdasarkan Keputusan
Gubernur  Kepala  DIY  No.  385/KPTS/1992 (DLHK DIY 2019). Meskipun jenis (spesies) Stelechocarpus mempunyai  banyak  potensi dalam bidang farmasi dan kosmetika, sejauh ini masih belum ada laporan potensi jenis lain Stelechocarpus selain S.  burahol .  Jenis Stelechocarpus juga  belum  termasuk  ke dalam  jenis  tumbuhan  yang  dilindungi  oleh pemerintah  RI  (Peraturan  Menteri  LHK  RI No.P.106/MENLHK/SETJEN/KUM.1/12/20 18),  sehingga  upaya  konservasi  sangat diperlukan mengingat Stelechocarpus merupakan  salah  satu  tumbuhan  yang  tidak dibudidayakan  dan  kurang  dikenal  oleh masyarakat.  Salah  satu  strategi  yang  dapat digunakan untuk mendukung upaya konservasi S.  burahol yaitu  melalui  studi keragaman genetik.
Indonesia sebagai wilayah dengan keragaman tumbuhan yang tinggi dilaporkan juga  menjadi  habitat Stelechocarpus .  Jenis Stelechocarpus yang  terdapat  di  Indonesia yaitu S.  burahol (kepel)  dan S.  cauliflorus yang  tumbuh  di  wilayah  Jawa,  Kalimantan, dan  Sumatera,  sedangkan  jenis S.  expansus dilaporkan  hanya  ditemukan  di  wilayah Thailand  (Turner,  2018).  Di  antara  ketiga jenis Stelecocarpus yang terdapat di Indonesia, S.  burahol adalah  jenis  yang banyak  dijumpai  di  pulau  Jawa.  Namun, sejauh  ini  masih  sedikit  penelitian  yang melaporkan keragaman genetik jenis Stelechocarpus di  pulau  Jawa.  Sebagai langkah  awal  untuk  mengetahui  populasi Stelechocarpus  dapat  digunakan  strategi identifikasi  menggunakan  pendekatan DNA barcoding . DNA barcoding merupakan teknik karakterisasi  suatu  organisme  menggunakan bagian  pendek  DNA  tertentu  dari  sebuah genom (Li et al., 2015). Hingga saat ini, DNA barcoding telah  banyak  digunakan  di  dalam riset botani untuk tujuan ekologi, evolusi, dan
konservasi  (Kress,  2017).  Meskipun  telah luas  penggunaan DNA  barcoding ,  saat  ini masih belum ada lokus yang dapat digunakan pada lintas semua  jenis tumbuhan  (Li  et al., 2015). Pada tumbuhan, DNA plastida (lokus: rbcL , matK , trnL , dan trnH-psbA ) dan DNA inti (lokus: ITS dan ITS2 ) sering digunakan di dalam  DNA  barcoding  (Nagarajan  et  al., 2020;  Cahyaningsih  et  al.,  2022).  Daerah matK,  rbcL,  trnL-F,  ndhF,  ndhF-rpl32, rpl32-trnL,  ycf1,  psbA-trnH  spacer,  atpB- rbcL  spacer,  trnL  intron ,  dan trnS-trnG intergenic  spacers telah  digunakan  sebagai DNA  barcode pada  Annonaceae  (Su  et  al., 2008;  Xue  et  al.,  2014;  Larranaga  & Hormaza,  2015;  Lestari  et  al.,  2018; Chaowasku, 2020). Sebagai anggota Annonaceae,  masih  belum  banyak  artikel ilmiah  yang  melaporkan DNA  barcoding untuk  jenis-jenis  tumbuhan  dari  genus Stelechocarpus .  Tujuan  dari  penelitian  ini yaitu  mengevaluasi  lokus  daerah  kloroplas secara in-silico yang dapat digunakan sebagai DNA barcode anggota genus Stelechocarpus (Annonaceae). Informasi yang diperoleh dari penelitian  ini  dapat  bermanfaat  untuk melakukan  studi  keragaman  genetik  jenis- jenis di dalam genus Stelechocarpus dengan penanda  DNA  yang  sesuai  dan  mendukung strategi konservasinya.

## METODE
Penelitian  ini  dilakukan  secara in  silico dengan mengekstrak data sekuen pada lokus rbcL , trnL-trnF , matK , psbA-trnH , dan ndhF dari jenis-jenis anggota genus Stelechocarpus yang  terdapat  di  bank  gen  NCBI  (Tabel  1). Sekuen  DNA  ditelusuri  melalui  laman  bank gen  NCBI  ( https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ ) dengan kata kunci berupa genus Stelechocarpus yang  diikuti  oleh  nama  gen, misalnya: Stelechocarpus rbcL.  Untuk analisis  lebih  lanjut,  sekuen  DNA  dari masing-masing jenis dan gen target disimpan dalam format  FASTA. Seluruh sekuen  yang diperoleh  selanjutnya  disejajarkan  secara Multiple Sequence Alignment (MSA) menggunakan  ClustalW  pada  perangkat lunak Geneious Prime ® 2021.1.1 (Biomatters
Agro Bali : Agricultural Journal                                                                                  e-ISSN 2655-853X Vol. 6 No. 1: 56-64, March 2023 https://doi.org/10.37637/ab.v6i1.1105
Ltd,  New  Zealand).  Analisis  filogenetik menggunakan metode Neighbor-Joining dengan bootstrap 1000x.

## HASIL DAN PEMBAHASAN
Stelechocarpus adalah  salah  satu  genus anggota dari famili Annonaceae. Annonaceae terdiri  dari  106  genus  dan  2400  jenis  yang mayoritas tumbuh di daerah tropis (Simpson, 2019). Terdapat 110 jenis dan 40 genus pada famili  Annonaceae  yang  ditemukan  di wilayah  Asia-Pasifik.  Diantara  40  genus tersebut terdapat beberapa jenis Stelechocarpus yang  ditemukan  di  wilayah Asia-Pasifik, meliputi Stelechocarpus burahol (Blume)  Hook.f.  &  Thomson, Stelechocarpus cauliflorus (Scheff.) R.E.Fr., dan Stelechocarpus  expansus (Chaowasku) I.M.Turner (Turner, 2018).
Hasil  penelusuran  sekuen  gen  dari database yang  dijadikan  sebagai DNA barcoding daerah  kloroplas  pada  genus Stelechocarpus yaitu  lokus rbcL , trnL-F , matK , psbA-trnH ,  dan ndhF .  Berdasarkan kelima  lokus  penanda  tersebut  hanya diketahui terdapat pada 2 jenis anggota genus Stelechocarpus ,  meliputi S.  burahol dan S. cauliflorus .  Total  sekuen  daerah  kloroplas ( rbcL , trnL-F , matK , psbA-trnH ,  dan ndhF ) pada kedua jenis tersebut sebanyak 18 nomor
aksesi berdasarkan database NCBI. Panjang nukleotida  kelima  daerah  penanda  kloroplas tersebut yaitu 1371-1395, 895-980, 803, 828, 359-428, dan 1990-2033 pb, masing-masing untuk rbcL , trnL-F , matK , psbA-trnH ,  dan ndhF (Tabel 1).
Hasil  pengurutan  pada  sekuen rbcL menunjukkan  terdapat  11  posisi  basa  yang berbeda antara S. burahol dan S. cauliflorus (Tabel  2).  Sebelas  daerah  pembeda  pada penanda rbcL ini  merupakan  daerah-daerah yang  mengalami  mutasi  titik.  Berbeda dengan rbcL , penanda trnL-F
memperlihatkan  perbedaan  pada  5  daerah antara S. burahol dan S. cauliflorus (Tabel 3). Pada  penanda trnL-F mengindikasikan perbedaan  intra  dan  inter-spesies  antar Stelechocarpus yang  dianalisis.  Perbedaan intra-spesies S.  burahol ditunjukkan  pada daerah  basa  ke-550-556.  Di  samping  itu, perbedaan inter-spesies antara S. burahol dan S. cauliflorus ditunjukkan oleh adanya daerah insersi delesi (InDel) pada basa ke-744-751. Selain  adanya  InDel  sebagai  pembeda penanda trnL-F antara S.  burahol dan S. cauliflorus juga  dijumpai  2  daerah  mutasi titik  (basa  ke-164  dan  ke-832  dan  1  daerah mutasi  segmen  (basa  ke-584-585).  Serupa dengan rbcL , penanda matK antara S. burahol dan S.  cauliflorus menunjukkan  9  daerah berbeda dengan tipe mutasi titik (Tabel 4).
Tabel 1 . Daftar sekuen yang digunakan dalam penelitian ini
Jenis ID Genbank NCBI Panjang nukleotida (pb) rbcL trnL-F matK psbA-trnH ndhF
rbcL trnL-F MatK psbA-trnH ndhF S. burahol AY319053.1 AY319167.1 AY518803.1 JX544788.1 JX544775.1 1395 972 828 428 2033 MT040237.1 MT040248.1 MT040202.1 MT040225.1 JQ723814.1 1371 895 803 377 2030 KF709067.1 MT040213.1 359 1990 S. cauliflorus AY319054.1 AY319168.1 AY518800.1 JX544789.1 JX544776.1 1395 980 828 428 2033 KF682123.1 2032
Tabel 2 . Perbedaan nukleotida pada lokus rbcL dari S. burahol (Sb) dan S. cauliflorus (Sc) Sampel Nukleotida urutan ke- 33 392 582 631 720 752 951 1090 1308 1348 1381 SbrbcL_AY319053.1 G T T A
G A G T G A A SbrbcL_MT040237.1 G T T A G A G T G A A ScrbcL_AY319054.1 A C C G A G T C A G G
Seperti halnya trnL-F , penanda psbA-trnH juga  memperlihatkan  kemampuan  dalam membedakan intra- dan inter-spesies Stelechocarpus .  Terdapat  12  daerah  yang
menunjukkan  sifat  polimorfisme  antara S. burahol dan S.  cauliflorus yang  dianalisis (Tabel  5).  Sembilan  daerah  merupakan mutasi  titik  dan  3  daerah  merupakan  mutasi segmen.  Urutan  basa  ke-52  menunjukkan perbedaan intra-spesies S. burahol, sedangkan  8  daerah  mutasi  titik  lainnya mampu  membedakan  antara  spesies S. burahol dan S.  cauliflorus .  Tiga  daerah mutasi segmen juga mengindikasikan mampu menunjukkan  variasi  antar S.  burahol yaitu basa  ke-134-137,  ke-139-143,  dan  ke-145- 148.
Terdapat  36  daerah  penanda ndhF yang menunjukkan  adanya  perbedaan  antara  lima sampel Stelechocarpus yang  dianalisis. Variasi sekuen terdiri dari 34 mutasi titik dan 2  mutasi  segmen  (Tabel  6A-B).  Nukleotida urutan ke- 149-150, 238, 299, 528, 795, 1103,
1119,  1145,  1178,  1284,  1363,  1404,  1406, 1577,  1644,  1717,  1766,  1835,  1862,  1990, dan  1998  merupakan  daerah  yang  dapat membedakan S. burahol dengan S. cauliflorus .
Hubungan  filogenetik  antara S.  burahol dan S.  cauliflorus memperlihatkan  adanya variasi  clade  diantara  penanda  lokus kloroplas  yang  digunakan  dalam  penelitian ini.  Secara  konsisten  penanda rbcL , trnL-F , dan matK menunjukkan  bahwa S.  burahol berbeda clade dengan S. cauliflorus (Gambar 1A-C).  Di  sisi  lain,  penanda psbA-trnH dan ndhF memperlihatkan  clade  yang  lebih variatif  yaitu  3 clades dibandingkan  marka rbcL , trnL-F , dan matK . Variasi intra-spesies S.burahol ditunjukkan  oleh  penanda psbA- trnH dan ndhF menjadi dua clades (Tabel 7).
Tabel 3 . Perbedaan basa pada lokus trnL-F dari S. burahol (Sb) dan S. cauliflorus (Sc) Sampel Nukleotida urutan ke- 164 550-566 * 584-585 744-751 * 832 SbtrnL-F_AY319167.1 T TCGTGAGGGGTTCAAGTC AA -------- A SbtrnL-F_MT040248.1 T NNNNNNNNNNN AA -------- A SctrnL-F_AY319168.1 A TCGTGAGGGGTTCAAGTC GG TACGTGCA G
*) N = A/G/C/T; ---- = tidak ada
Tabel 4 . Perbedaan basa pada lokus matK dari S. burahol (Sb) dan S. cauliflorus (Sc)
Sampel Nukleotida urutan ke- 179 237 487 512 579 625 635 668 711 SbMatK_AY518803.1 C T A G G C T C T SbMatK_MT040202.1 C T A G G C T C T ScMatK_AY518800.1 G G C A A T C T C
Tabel 5 . Perbedaan basa pada lokus psbA-trnH dari S. burahol (Sb) dan S. cauliflorus (Sc)
Sampel Nukleotida urutan ke- 52 102 110 134-137 139-143 145-148 150 194 215 * 255 356 370 SbpsbA-trnH_JX544788.1 C A A AACG CTCTC ACAA G T G G A T SbpsbA-trnH_KF709067.1 A A A TTGT GAGAG CGTT G T G G A T SbpsbA-trnH_MT040225.1 C A A AACG CTCTC ACAA G T G G A T ScpsbA-trnH_JX544789.1 C G T AACG CTCTC ACAA T A R A G G
*) R = G/A
Selain menggunakan karakteristik morfologi,  identifikasi  tumbuhan  juga  dapat dilakukan menggunakan sekuen DNA. DNA barcoding sebagai  salah  satu  alat  bantu identifikasi tumbuhan telah banyak diaplikasikan  saat  ini.  Secara  umum, identifikasi tumbuhan melalui DNA barcoding secara luas didasarkan pada lokus kloroplas,  misalnya rbcL , trnL-trnF , matK , psbA-trnH , dan ndhF . Selain didasarkan pada
Agro Bali : Agricultural Journal                                                                                  e-ISSN 2655-853X Vol. 6 No. 1: 56-64, March 2023 https://doi.org/10.37637/ab.v6i1.1105
lokus  kloroplas,  DNA  barcoding  tumbuhan juga  dapat  dilakukan  menggunakan  daerah lokus inti. Sebagai salah satu tumbuhan yang persebaran secara global hanya terbatas pada wilayah Asia tenggara (Indonesia, Malaysia, dan  Thailand)  (Turner,  2018)  dan  kurang dikenal masyarakat, menjadikan Stelechocarpus jarang  dikaji  pada  level keragaman genetiknya.
Sebagai  salah  satu  kajian  pendahuluan untuk mengetahui keragaman genetik Stelechocarpus maka perlu dilakukan penentuan  lokus  penanda  yang  sesuai  untuk marga  ini.  Hasil  studi  secara in-silico menunjukkan  jika  data  sekuen  lokus kloroplas  untuk  jenis Stelechocarpus masih sangat  terbatas  yaitu  hanya  ditemukan  18 sekuen dari 5 daerah/lokus kloroplas untuk 2 jenis Stelechocarpus (Tabel  1).  Berdasarkan hal  ini  masih  ada  peluang  besar  untuk
melakukan  eksplorasi  keragaman  genetik Stelechocarpus , misalnya di wilayah Indonesia.
Berdasarkan  penelitian  yang  dilakukan juga mengindikasikan jika dari 5 lokus daerah kloroplas  terbagi  menjadi  2  jenis  penanda untuk Stelechocarpus ,  yaitu  (1)  penanda DNA untuk studi S. burahol pada level jenis (intra-spesies)  dan  (2)  penanda  DNA  untuk studi identifikasi jenis dalam genus Stelechocarpus (Tabel  2-7;  Gambar  1). Penanda  DNA  untuk  studi S.  burahol pada level jenis (intra-spesies), meliputi psbA-trnH (Tabel 5&7; Gambar 1D) dan ndhF (Tabel 6- 7; Gambar 1E). Lokus psbA-trnH merupakan daerah  yang  mempunyai  frekuensi  InDel yang  tinggi  sehingga  lokus  dapat  digunakan sebagai DNA barcode pada level jenis (Li et al., 2015).
Tabel 6A . Perbedaan basa pada lokus ndhF dari S. burahol (Sb) dan S. cauliflorus (Sc)
Sampel Nukleotida urutan ke- 51- 52 * 56 74 * 84 * 88 * 91 * 94 * 111 * 149- 150 238 299 528 795 999 * 1012 * 1015 * 1021 * SbndhF_JQ723814.1 AA C T T T T G T TG C C T C T T T T
SbndhF_JX544775.1 AA C Y Y K W K Y TG C C T C K K K K
SbndhF_MT040213.1 AA C T T T T G T TG C C T C T T T T
ScndhF_JX544776.1 MM T T T T T G T CA T T C A T T T T
ScndhF_KF682123.1 AA T T T T T G T CA T T C A T T T T
*) Y = C/T; K = G/T; W = A/T; M = A/C Tabel 6B . Perbedaan basa pada lokus ndhF dari S. burahol (Sb) dan S. cauliflorus (Sc)
Sampel Nukleotida urutan ke- 1036-1067 * 11 03 11 19 11 45 11 78 12 84 13 63 14 04 14 06 15 77 16 44 17 17 17 66 18 35 18 62 18 94 19 90 19 98 20 20 * SbndhF_JQ 723814.1 TTATTCATTCAATGGAATCT ATTGTTGGCTAT C G A T C C C G A G G G A G C A T T SbndhF_JX 544775.1 KNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNN C G A T C C C G A G G G A G C A T T SbndhF_M T040213.1 TTATTCATTCAATGGAATCT ATTGTTGGCTAT C G A T C C C G A G G G A G C A T T ScndhF_JX 544776.1 TTATTCATTCAATGGAATCT ATTGTTGGCTAT T A T C A T T A T A T A G T A T C W ScndhF_KF 682123.1 TTATTCATTCAATGGAATCT ATTGTTGGCTAT T A T C A T T A T A T A G T A T C T
*) W = A/T; N = A/G/C/T
Tabel  7 .  Pengelompokan Stelechocarpus berdasarkan  lokus rbcL , trnL-trnF , matK , psbA-trnH ,  dan ndhF
Lokus Jenis S. burahol S. cauliflorus Clade rbcL I II trnL-F I II matK I II psbA-trnH I & III II ndhF I & II III
Gambar  1 .  Pohon filogenetik Stelechocarpus berdasarkan  lokus rbcL (A), trnL-trnF (B), matK (C), psbA-trnH (D), dan ndhF (E). Konstruksi pohon filogenetik berdasarkan metode Neighbor- Joining (NJ)  dengan  bootstrap  1000x.  Sebagai outgroup digunakan Annona  squamosa (Annonaceae).
Agro Bali : Agricultural Journal                                                                                  e-ISSN 2655-853X Vol. 6 No. 1: 56-64, March 2023 https://doi.org/10.37637/ab.v6i1.1105
Selain  itu,  penanda  DNA  untuk  studi identifikasi jenis dalam
genus Stelechocarpus ,  meliputi rbcL (Tabel  2&7; Gambar  1A), trnL-F (Tabel  3&7;  Gambar 1B),  dan matK (Tabel  4&7;  Gambar  1C). Meskipun rbcL telah  secara  luas  digunakan untuk DNA  barcoding pada  tanaman  darat, tetapi lokus rbcL hanya bisa digunakan pada level  famili  dan  genus.  Untuk  level  jenis, lokus rbcL tidak  dapat  digunakan  (Li  et  al., 2015). Penelitian pada Opuntia sp. (Cactaceae)  juga  menunjukkan  bahwa  lokus rbcL dan matK memiliki  homologi  yang tinggi  antar  jenis  sehingga  tidak  dapat digunakan  untuk  membedakan  sampai  pada level  jenis  (Aulia,  2022).  Lokus trnL-F dan matK juga  mengindikasikan  jika  memiliki homogenitas  yang  tinggi  dan  tidak  dapat digunakan  untuk  membedakan  antar  jenis Ixora sp.  (Rubiaceae)  (Anzani  et  al.,  2021). Keterbatasan  jumlah  sekuen  untuk  jenis Stelecocharpus yang  tersedia  di  database sehingga  masih  terbuka  lebar  kesempatan untuk melakukan eksplorasi dan inventarisasi di masa depan. Meskipun begitu, berdasarkan studi  yang  dilakukan  ini  mengindikasikan bahwa terdapat potensi lokus kloroplas yang dapat digunakan untuk studi lebih lanjut pada jenis-jenis Stelechocarpus .

## SIMPULAN
Berdasarkan kelima marka lokus kloroplas mengindikasikan  jika  daerah psbA-trnH dan ndhF dapat digunakan sebagai penanda untuk studi keragaman genetik pada S. burahol dan daerah rbcL , trnL-F ,  dan matK digunakan untuk  studi  keragaman  genetik  pada  genus Stelechocarpus .

## DAFTAR PUSTAKA
Amin, A., Radji, M., Mun’im, A., Rahardjo, A., & Suryadi, H. (2018). Antimicrobial activity  of  ethyl  acetate  fraction  from Stelechocarpus burahol fruit against oral bacteria  and  total  flavonoids  content. Journal  of  Young  Pharmacists , 10 (2),
s97–s100. https://doi.org/10.5530/jyp.2018.2s.19
Anzani A. N, Martiansyah I, Yuliani N. 2021.
Studi in  silico DNA  barcoding  pada bunga soka ( Ixora ). Di dalam: Prosiding Biologi Achieving the  Sustainable Development Goals with Biodiversity in Confronting Climate Change . Gowa, 08
Nov. 2021. Hlm 168-177.
Aulia, A. (2022). Studi in silico potensi DNA barcode berbasis DNA kloroplas (cpDNA)  untuk  identifikasi  variasi genetik Opuntis sp. Jurnal  Syntac Admiration , 3 (11), 1383–1394.
Cahyaningsih,  R.,  Compton,  L.  J.,  Rahayu, S., Brehm, J. M., & Maxted, N. (2022). DNA barcoding medicinal plant species from  Indonesia. Plants , 11 (10),  1–22. https://doi.org/10.3390/plants11101375
Cai, Y., Wang, F., Tan, G., Hu, Z., Wang, Y., Ng, W. L., Wu, W., Liu, Y., & Zhou, R. (2019). Hybridization of Bornean
Melastoma : implications for
conservation  of  endemic  plants  in Southeast  Asia. Botany  Letters , 166 (2), 117–124. https://doi.org/10.1080/23818107.2019. 1585284
Chaowasku, T. (2020). Toward a phylogenetic  reclassification  of  the subfamily  ambavioideae  (Annonaceae): Establishment of a new subfamily and a new  tribe. Acta  Botanica  Brasilica , 34 (3),
522–529. https://doi.org/10.1590/0102-
33062020abb0051
Darusman,  H.  S.,  Rahminiwati,  M.,  Sadiah, S.,  Batubara,  I.,  Darusman,  L.  K.,  & Mitsunaga,  T.  (2012).  Indonesia  kepel fruit  ( Stelechocarpus  burahol )  as  oral deodorant. Research Journal of Medicinal Plant 6(2), 180–188).
Dinas  Lingkungan  Hidup  Daerah  Istimewa Yogyakarta  (DLH  DIY).  2019.  Seri Flora Identitas: Kepel Si Pohonnya Putri
Agro Bali : Agricultural Journal                                                                                  e-ISSN 2655-853X Vol. 6 No. 1: 56-64, March 2023 https://doi.org/10.37637/ab.v6i1.1105
Raja. https://dlhk.jogjaprov.go.id/seri- flora-identitas-kepel-si-pohonnya-putri- raja. [30 November 2022].
Edwards,  C.  E.,  Tessier,  B.  C.,  Swift,  J.  F., Bassüner, B., Linan, A. G., Albrecht, M. A.,  &  Yatskievych,  G.  A.  (2021). Conservation  genetics  of  the  threatened plant species Physaria filiformis (Missouri  bladderpod)  reveals  strong genetic  structure  and  a  possible  cryptic species. PLoS  ONE , 16 (3),  1–20. https://doi.org/10.1371/journal.pone.024 7586
Kramer,  A.  T.,  &  Havens,  K.  (2009).  Plant conservation  genetics  in  a  changing world. Trends  in  Plant  Science , 14 (11), 599–607.
https://doi.org/10.1016/j.tplants.2009.08
.005
Kress,  W.  J.  (2017).  Plant  DNA  barcodes:
Applications  today  and  in  the  future. Journal  of  Systematics  and  Evolution , 55 (4), 291–307. https://doi.org/10.1111/jse.12254
Ladeska,  V.,  Dwita,  L.  P.,  Oktaviany,  F., Putri, O. F., Salamah, Y., & Amelia,  F.
(2022). Effects of Stelechocarpus burahol [Blume]  leaf  ethanol  extract ointment  on  burns  healing. Tropical Journal  of  Natural  Product  Research ,
6 (9), 1434–1439.
Larranaga, N., & Hormaza, J. I. (2015). DNA barcoding of perennial fruit tree species of  agronomic  interest  in  the  genus Annona (Annonaceae). Frontiers  in Plant Science , 6 , 1–8. https://doi.org/10.3389/fpls.2015.00589
Lestari, D. A., Azrianingsih, R., & Hendrian,
H. (2018). Filogenetik jenis-jenis Annonaceae  dari  Jawa  Timur  Koleksi Kebun  Raya  Purwodadi  berdasarkan coding dan non-coding sekuen  DNA. Journal  of  Tropical  Biodiversity  and
Biotechnology , 3 (1), 1. https://doi.org/10.22146/jtbb.28308
Li, X., Yang, Y., Henry, R. J., Rossetto, M., Wang, Y., & Chen, S. (2015). Plant DNA barcoding:  from  gene  to  genome. Biological  Reviews  of  the  Cambridge Philosophical  Society , 90 (1),  157–166. https://doi.org/10.1111/brv.12104
Minter, M., O’Brien, D., Cottrell, J., Ennos, R.,  Hill,  J.  K.,  &  Hall,  J.  (2021). Exploring  the  potential  for  ‘Gene Conservation Units’ to conserve genetic diversity in wild populations. Ecological Solutions  and  Evidence , 2 (2),  1–9. https://doi.org/10.1002/2688- 8319.12061
Nagarajan  M,  Prabhu  VR,  Kamalakkannan
R,  Sinu  PA.  2020.  DNA  Barcoding: Implications in Plant–Animal
Interactions. In : Trivedi, S., H. Rehman, S.  Saggu,  C.  Panneerselvam,  S.  Ghosh (eds).  DNA  Barcoding  and  Molecular Phylogeny. Switzerland: Springer. p 83- 101.
Peraturan  Menteri  Lingkungan  Hidup  dan
Kehutanan RI No. P.106/MENLHK/SETJEN/KUM.1/12/2 018  tentang  Perubahan  Kedua  atas Peraturan  Menteri  Lingkungan  Hidup dan Kehutanan No. P.20/MENLHK/SETJEN/KUM.1/6/201
8  tentang  Jenis  Tumbuhan  dan  Satwa yang Dilindungi.
Phillips,  R.  D.,  Reiter,  N.,  &  Peakall,  R.
(2020).  Orchid  conservation:  From theory  to  practice. Annals  of  Botany , 126 (3),
345–362. https://doi.org/10.1093/aob/mcaa093
Rachmat, H. H., Subiakto, A., & Kamiya, K. (2016).  Short  Communication:  Genetic diversity  and  conservation  strategy considerations  for  highly  valuable medicinal  tree  of Taxus  sumatrana in
Indonesia. Biodiversitas , 17 (2),  487– 491.
https://doi.org/10.13057/biodiv/d170213
Simpson MG. 2019. Plant Systematics, third ed. New York: Elsevier.
Soeroto,  E.  hasthiati,  Priatmodjo,  D., Wisnubudi,  G.,  &  Sukartono,  I.  (2018).
Pembibitan dan Pengembangan Tanaman Buah Lokal . Pusat Pemberdayaan  Masyarakat  Universitas Nasional (PPM-UNAS).
Su, Y. C. F., Smith, G. J. D., & Saunders, R.
M.  K.  (2008).  Phylogeny  of  the  basal angiosperm genus Pseuduvaria (Annonaceae) inferred from five chloroplast DNA regions, with
interpretation of morphological character evolution. Molecular Phylogenetics and
Evolution , 48 (1), 188–206. https://doi.org/10.1016/j.ympev.2008.03
.028
Suwandi,  A.  O.,  Pramono,  S.,  &  Mufrod.
(2012).  Pengaruh  konsentrasi  ekstrak daun  kepel  ( Stelechocarpus  burahol (BL)  Hook  f.  &  Th.)  terhadap  aktivitas antioksidan dan sifat fisik sediaan krim. Majalah Obat Tradisional , 17 (2), 27-33.
Tisnadjaja,  D.,  Saliman,  E.,  Silvia,  S.,  & Simanjuntak, P. (2006). Study of burahol ( Stelechocarpus  burahol (Blume)  Hook
&  Thomson)  as  an  antioxidative compounds
containing fruit. Biodiversitas  Journal  of  Biological Diversity , 7 (2), 199–202.
https://doi.org/10.13057/biodiv/d070223
Turner,  I.  M.  (2018).  Annonaceae  of  the Asia-Pacific  region:  names,  types  and distributions.
Gardens’ Bulletin Singapore , 70 (2), 409–744.
https://doi.org/10.26492/gbs70(2).2018- 11
Wang,  S.  Q.  (2020).  Genetic  diversity  and
population  structure  of  the  endangered species Paeonia decomposita endemic to China and implications for its conservation. BMC Plant Biology , 20 (1),
1–14. https://doi.org/10.1186/s12870- 020-02682-z
Willi,  Y.,  Kristensen,  T.  N.,  Sgro,  C.  M., Weeks, A. R., Ørsted, M., & Hoffmann, A. A. (2022). Conservation genetics as a management  tool:  The  five  best- supported  paradigms  to  assist  the management  of  threatened  species. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America ,
119 (1), 1–10.
https://doi.org/10.1073/pnas.210507611
9
Xue,  B.,  Thomas,  D.  C.,  Chaowasku,  T., Johnson,  D.  M.,  &  Saunders,  R.  M.  K. (2014).  Molecular  phylogenetic  support for  the  taxonomic  merger  of Fitzalania and Meiogyne (Annonaceae):  New nomenclatural  combinations  under  the conserved  name Meiogyne . Systematic
Botany , 39 (2), 396–404. https://doi.org/10.1600/036364414X680 825