Tersedia online di http://journal.ipb.ac.id/index.php/jhi

## Keragaman Genetik Bawang Merah (Allium cepa var. aggregatum) Berdasarkan Marka Morfologi dan Molekuler
Genetic Diversity of Shallot (Allium cepa var. aggregatum) Based on Morphology and Molecular Markers
Erviana Eka Pratiwi 1 , Diny Dinarti 2 , dan Awang Maharijaya 2,3 *
Diterima 30 Juli 2018/Disetujui 07 Januari 2020

## ABSTRACT
Shallot (Allium cepa var. aggregatum) in Indonesia are commonly vegetative propagated, but the scattered shallots are so diverse that they are suspected of having high genetic diversity. This study aimed to identify morphological diversity using 21 characters of shallot and molecular diversity using RAPD markers. The results showed that morphological characters divided 40 shallot genotypes into two  main  groups  at  a  dissimilarity  coefficient  of  0.59  i.e  group  A  (38  genotypes)  and  group  B  (2 genotypes), while morphological analysis based on 14 morphological characters of bulbs showed two main groups at 0.50 dissimilarity coefficient i.e group A and group B, consisted of 36 and 4 genotypes, respectively. Based on molecular markers, there were two main groups at 0.41 dissimilarity coefficient i.e.  group  A  (3  genotypes)  and  group  B  (37  genotypes).  RAPD  markers  generated  229  DNA polymorphic band with a total of 100%, and the informative primers were SBN2, OPE11, and SBN9. The  clustering  of  40  genotypes  in  this  study  did  not  relate  to  geographic  origin.  The  genotypes of BM12, BM19, BM78, and BM01 have long leaf size, largest size and bulb diameter, and having dark of skin base color dry bulb intensity. BM63 and BM24 have erect foliage attitude, medium leaf length, medium  size  and  bulb  diameter.  These  potential  genotypes  can  be  developed  to  improve  shallot varieties in Indonesia.
Keywords: dissimilarity coefficient, genotype, informative primers, RAPD

## ABSTRAK
Bawang merah di Indonesia pada umumnya diperbanyak secara vegetatif, tetapi bawang merah yang tersebar tersebut beragam bentuknya sehingga diduga memiliki keragaman genetik yang tinggi. Penelitian ini bertujuan mengidentifikasi keragaman morfologi menggunakan 21 karakter bawang merah serta keragaman molekuler menggunakan penanda RAPD. Hasil penelitian menunjukkan bahwa karakter morfologi membagi 40 genotipe bawang merah menjadi 2 kelompok utama pada koefisien ketidakmiripan 0.59 yaitu kelompok A (38 genotipe) dan B (2 genotipe), sedangkan analisis morfologi berdasarkan 14 karakter morfologi umbi menunjukkan adanya dua kelompok utama pada koefisien ketidakmiripan 0.50 yaitu kelompok A dan B, masing-masing terdiri atas 36 dan 4 genotipe. Analisis berdasarkan penanda molekuler menunjukkan dua kelompok utama pada koefisien ketidakmiripan 0.41 yaitu kelompok A (3 genotipe) dan B (37 genotipe). Marka  RAPD  menghasilkan  229  pita  polimorfik  DNA  dengan  total  100%  dan  primer  informatif  adalah SBN2, OPE11 dan SBN9. Pengelompokan dari 40 genotipe dalam penelitian ini tidak berhubungan dengan asal geografis bawang merah tersebut. Genotipe BM12, BM19, BM78 dan BM01 memiliki ukuran daun yang panjang, ukuran dan diameter umbi besar dan memiliki intensitas warna dasar kulit umbi kering yang gelap. BM63  dan  BM24  memiliki  perilaku  daun  yang  tegak,  panjang  daun  sedang,  ukuran  dan  diameter  umbi sedang. Genotipe potensial ini dapat dikembangkan untuk meningkatkan varietas bawang merah di Indonesia.
Kata kunci: genotipe, koefisien ketidakmiripan, RAPD, primer informatif
1 Program Studi Pemuliaan dan Bioteknologi Tanaman, Sekolah Pascasarjana, Institut Pertanian Bogor Jl. Meranti Kampus IPB Darmaga, Bogor 16680, Indonesia
2 Departemen Agronomi dan Hortikultura, Fakultas Pertanian, Institut Pertanian Bogor Jl. Meranti Kampus IPB Darmaga, Bogor 16680, Indonesia
3 Pusat Kajian Hortikultura Tropika (PKHT)
Jl. Raya Padjajaran, Kampus IPB Baranangsiang, Bogor 16141, Indonesia E-mail : awang.maharijaya@gmail.com (*penulis korespondensi)

## PENDAHULUAN
Bawang  merah (Allium  cepa var.
aggregatum) merupakan salah satu komoditas hortikultura penting dan
banyak dibudidayakan  di  Indonesia.  Bawang  merah termasuk  komoditas  jenis  sayuran  yang memiliki  nilai  ekonomis  tinggi,  ditinjau  dari sisi  pemenuhan  konsumsi  nasional,  sumber penghasilan petani maupun potensinya sebagai penghasil devisa negara (BPS, 2015). Menurut Fattarusso et  al .  (2002)  umbi  bawang  merah mengandung  senyawa  yang  berperan  sebagai antibiotik  dan  dapat  menambahkan  nilai  cita rasa  dalam  masakan.  Bawang  merah  banyak digunakan  sebagai  bahan  penguat  atau penyedap  rasa  pada  produk  olahan  makanan sehingga menjadikan Indonesia sebagai salah satu  produsen  dan  konsumen  bawang  merah terbesar  di  dunia.  Permintaan  bawang  merah Indonesia  mengalami  peningkatan  setiap tahunnya seiring dengan pertambahan jumlah penduduk.  Hal  ini  dapat  dilihat  dengan  luas panen bawang merah Indonesia dari 122 126 ha pada 2015 menjadi 149 635 ha pada 2016 dengan produksi sebesar 1 229 184 ton pada tahun 2015 menjadi  1  446  860  ton  pada  tahun  2016  (BPS, 2017;  Dirjen Hortikultura, 2017).
Perbanyakan  bawang  merah  umumnya dilakukan  secara  vegetatif  menggunakan  umbi. Bawang  merah  yang  diperbanyak  secara vegetatif akan menghasilkan karakter yang sama dengan tetuanya. Bawang merah yang tersebar di Indonesia  diduga  memiliki  tingkat  keragaman yang  tinggi.  Pengetahuan  keragaman  genetik sangat  penting  dalam  program  pemuliaan, karena  hal  ini  merupakan  dasar  dalam pengembangan tanaman selanjutnya. Eksplorasi dan  identifikasi  merupakan  kegiatan  utama dalam  program  pemuliaan  dengan  cara mengumpulkan  dan  mengoleksi  semua  sumber keragaman  genetik  yang  tersedia.  Kemudian dilanjutkan  dengan  karakterisasi  semua  sifat yang  dimiliki  pada  sumber  keragaman  genetik yang  dapat  dijadikan  sebagai  informasi  dasar untuk melanjutkan program pemuliaan.
Menurut Handayani dan Ismadi (2017) tingkat kekerabatan tanaman dapat diprediksi dari  keragaman  morfologi  dan  sifat  buahnya berdasarkan nilai koefisien kemiripan tanaman satu sama lain. Semakin tinggi nilai kemiripan tanaman  maka  semakin  tinggi  tingkat kekerabatan dekatnya.
Marka  morfologi  dapat  diukur  secara visual  berdasarkan  karakter  kualitatif  yang dimiliki  tanaman  seperti  bentuk  dan  warna daun, bunga, polong dan biji, dimana karakter tersebut dikendalikan oleh gen sederhana dan sedikit dipengaruhi faktor lingkungan (Syukur et  al .,  2012).  Marka  molekuler  yang  bisa digunakan  untuk  mendeteksi  keragaman genetik  salah  satunya Random  Amplified Polymorphic DNA (RAPD).  RAPD  telah digunakan dalam menduga keragaman genetik pada  spesies Allium di  berbagai  negara. Menurut Mukherjee et al . (2013) marka RAPD dapat  digunakan  sebagai  studi  filogenetik intraspesifik serta digunakan untuk
karakterisasi  kultivar  yang  berbeda  pada spesies Allium . Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi  keragaman  morfologi  serta molekuler  yang  terdapat  pada  40  genotipe bawang merah ( Allium cepa var. aggregatum ) di Indonesia.

## BAHAN DAN METODE
Penelitian  dilaksanakan  pada  bulan Februari 2016 sampai Januari 2017. Penanaman  dilakukan  di  Kebun  Percobaan Pasir  Sarongge,  Departemen  Agronomi  dan Hortikultura IPB. Analisis molekuler dilakukan  di  Laboratorium  Pusat  Kajian Hortikultura Tropika IPB.

## Analisis  Keragaman  Morfologi  Bawang Merah
Percobaan ini menggunakan 40 genotipe  bawang  merah  koleksi  PKHT-IPB (Tabel  1).  Bahan  penelitian  ini  disusun menggunakan  metode  deskriptif  berdasarkan purposive  sampling (pengambilan  sampel dilakukan secara sengaja dengan menetapkan karakteristik  tertentu  yang  sesuai  dengan tujuan  penelitian)  dimana  setiap  genotipe terdiri dari 5 ulangan.  Pengamatan dilakukan pada  karakter  kualitatif  (Tabel  1)  mengikuti karakterisasi dari Panduan Pusat Perlindungan Varietas  Tanaman  dan  Perizinan  Pertanian (PPVT)  bawang  merah  (PPVT,  2013)  dan mengacu  pada calibration  book onion  and shallot (Naktuinbouw, 2010).
Tabel 2 . Rekapitulasi jumlah amplifikasi pita DNA 40 genotipe bawang merah pada 16 primer RAPD
No Primer Sekuens Ukuran Pita (pb) Jumlah Pita Jumlah Pita Polimorfik 1 OPA17 GACCGCTTGT >250 - 1500 15 15 2 SBH11 CTTCCGCAGT 250 - 1500 16 16 3 OPJ11 ACTCCTGCGA <250 - <1000 10 10 4 SBH20 GGGAGACATC <250 - >1500 12 12 5 OPE7 AGATGCAGCC <500 - 1500 10 10 6 OPJ16 CTGCTTAGGG 250 - <1500 14 14 7 OPE11 GAGTCTCAGG <250 - 1500 17 17 8 SBH9 TGTAGCTGGG >250 - <1500 10 10 9 OPJ13 ACTCCTGCGA 250 - <1500 12 12 10  SBN2 ACCAGGGGCA <250 - <1500 19 19 11  SBN3 GGTACTCCCC >250 ->1500 16 16 12  SBN9 TGCCGGCTTG 250 - >2000 17 17 13  OPN6 GAGACGCACA <250 - <2500 16 16 14  OPJ4 CCGAACACGG <250 - 1000 15 15 15  SBH12 ACGCGAATGT >250 - <1500 14 14 16  SOB1 AGATGCAGCCA <500 - <2500 16 16 Total 229 229 (100%) Data biner yang diperoleh dianalisis dan dikelompokkan menggunakan metode Unweighted  Pair  Group  Aritmatic  Mean
(UPGMA)  berdasarkan  matrik  DICE  pada program  R dengan  paket cluster .  Data  hasil pengamatan  morfologi  dianalisis  menggunakan perangkat  lunak  R  dengan  paket  cluster. Genotipe dikelompokkan berdasarkan metode UPGMA  berdasarkan  matriks  koefisien ketidakmiripan Gower. Analisis penggerombolan ( clustering )  dilakukan  sebanyak  dua  kali. Analisis pertama
dilakukan dengan
menggunakan  seluruh  21  karakter  tanaman bawang  merah.  Analisis  kedua  hanya menggunakan  karakter  umbi  yang  berjumlah 14 karakter.
Selanjutnya dilakukan perbandingan antar dua dendrogram.
Perbandingan dilakukan untuk melihat pengaruh morfologi umbi terhadap keragaman bawang merah.

## Analisis  Keragaman  Genetik  Menggunakan Marka RAPD
Isolasi  DNA  genom  menggunakan metode  CTAB  yang  telah  dimodifikasi (Mukherjee et al ., 2013). Percobaan menggunakan sampel daun bawang merah dengan berat 1 g dari  masing-masing  genotipe  (dari  sampel tanaman  yang  sama).  Sampel  daun  digerus dengan bantuan pasir kuarsa dan polyvinylpolypyrrolidone (PVP) masing- masing  0.02  g  dan  0.75  ml buffer ekstraksi CTAB (10% CTAB, 0.5  M EDTA, 1 M tris-
HCl  pH  8.0  dan  0.2%  ß-mercaptoetanol). Selanjutnya  tabung eppendorf yang  berisi sampel daun bawang merah tersebut diinkubasi dalam waterbath selama 60 menit, kemudian  CIAA  (chloroform  :  isoamilalkohol, 24:1)  ditambahkan  sebanyak  1x  volume  dan disentrifugasi  dengan  kecepatan  10  000  rpm selama  10  menit.    Pita  DNA  yang  telah diperoleh  dilakukan  pengujian  kualitas  pada gel agarose 0.8% dengan teknik elektroforesis dalam  1x  buffer  TAE  (Tris  Acetate  EDTA) dengan  tegangan  50  volt  selama  15  menit. Pengamatan  visualisasi  kualitas  pita  DNA dilakukan  dengan  pewarnaan  gel  agarose menggunakan  1%  larutan  EtBr  (Etidium Bromida)  selama  10  menit  dan  diamati menggunakan UV transilluminator .
DNA  40  genotipe  bawang  merah diamplifikasi  dengan  16  primer  RAPD  yang terseleksi  (Tabel  2)  menggunakan  Biosystem 2720 thermal cycler dengan komposisi reaksi PCR  ( Polymerase  Chain  Reaction )  sebagai berikut : DNA 3 µl (20 ng/µl), primer 3 µl (20 pmol/  µl),  PCR  mix  GoTag® Green  Master Mix Promega 12.5 µl dan Nuclease-free water 6.5  µl  sehingga  volume  akhir  menjadi  25  µl. Tahapan  PCR  meliputi  denaturasi  awal  pada kondisi  94 0 C  selama  4  menit,  dilanjutkan dengan  45  siklus  yang  terdiri  dari  denaturasi pada  94 0 C  selama  30  detik,  penempelan primer ( annealing ) pada suhu 36 0 C selama 1 menit dan extension pada 72 0 C selama 1 menit serta  diakhiri  dengan  final extension  pada  72 0 C selama 5 menit serta pendinginan pada suhu
4 0 C.  Produk  PCR  yang  teramplifikasi dielektroforesis  pada  gel  agarose  dengan konsentrasi  1.4%  dengan  tegangan  50  volt selama  50  menit,  selanjutnya  gel  agarose direndam  dalam  1%  larutan  EtBr  selama  10 menit.
Visualisasi pita DNA dilakukan dengan UV  transilumilator  dan  didokumentasikan menggunakan  kamera  digital.  Pengamatan hasil  amplifikasi  PCR  berupa  pola  pita  DNA dengan  ukuran  tertentu  berdasarkan  tingkat migrasi  yang  sama.  Pola  pita  DNA  yang muncul diberi skoring dengan nilai 1 dan nilai 0 jika pola pita DNA tidak muncul, sehingga hasil  pengamatan  molekuler  yang  diperoleh berupa data biner.

## HASIL DAN PEMBAHASAN

## Analisis  Keragaman  Morfologi  Bawang Merah
Hasil  analisis  morfologi  40  genotipe bawang merah yang ditampilkan pada Gambar 1.a  menunjukkan  dendrogram  dengan  nilai koefisien ketidakmiripan sebesar 0.59. Pemotongan  pada  koefisien  ketidakmiripan 59%  membagi  40  genotipe  bawang  merah menjadi 2 kelompok utama yaitu kelompok A terdiri  dari  38  genotipe  dan  B  terdiri  dari  2 genotipe. Karakter-karakter yang mempengaruhi pengelompokan pada kelompok A yaitu tidak ada  kelunakan  dan  kelengkungan  tajuk  dan tingkat  membelah  bagian  umbi  sedang. Kelompok  A  memiliki  tiga  sub-kelompok,
yaitu  sub-kelompok  A1  terdiri  dari  genotipe BM72 dan BM14. Genotipe BM72 dan BM14 mengelompok berdasarkan karakter tidak ada kelunakan  tajuk  dan  kelengkungan  tajuk, memiliki  intensitas  hijau  daun  sedang  serta ukuran  dan  diameter  umbi  kecil.  Disamping itu genotipe ini juga memiliki kesamaan pada karakter  tingkat  membelah  bagian-bagian umbi sedang, tinggi umbi sedang, posisi umbi diameter terluas pada bagian pertengahan dan umbi membujur berbentuk elips lebar.
Sub-kelompok A2 mengelompok berdasarkan karakter panjang daun berukuran sedang,  perilaku  tajuk  tegak,  tidak  ada kelunakan  tajuk  dan  kelengkungan  tajuk, jumlah  daun  batang  semu  berjumlah  sedang, tingkat  membelah  bagian  umbi  sedang  dan tingkat  melekat  umbi  setelah  panen  sedang. Genotipe  pada  kelompok  ini  terdiri  dari BM07, BM09, BM63, BM18, BM68, BM06, BM12, BM28, BM77, BM21, BM62, BM76, BM58, BM25, BM59, BM45, BM24, BM22B,
BM67, BM56, BM75, BM65, BM60, BM29,
BM20,  BM74,  BM64  dan  BM03.  Genotipe pada sub-kelompok A3 mengelompok berdasarkan panjang daun berukuran panjang, perilaku  tajuk  tegak  semi  tegak,  kelunakan tajuk  lemah,  kelengkungan  tajuk  sedang, tinggi  umbi  sedang,  posisi  umbi  diameter terluas  pada  bagian  pertengahan,  memiliki lebar  leher  umbi  sedang,  bentuk  umbi  pada ujung  akar  membulat  dan  tingkat  melekat umbi  setelah  panen  sedang.  Genotipe  ini terdiri  dari  BM19,  BM10,  BM05,  BM57, BM47, BM26, BM66 dan BM02.
Gambar  1. Dendogram  ketidakmiripan  analisis  kelompok  berdasarkan  (a)  dua  puluh  satu  karakter morfologi dan (b) empat belas karakter morfologi umbi
Kelompok B terdiri dari genotipe BM78 dan  BM01,  genotipe  ini  mengelompok berdasarkan  panjang  daun  berukuran  panjang, perilaku tajuk tegak semi tegak, intensitas daun berwarna gelap, diameter daun berukuran besar, ukuran  dan  diameter  umbi  besar,  memiliki tinggi umbi yang tinggi, bentuk umbi membujur elips  melintang  sedang,  bentuk  umbi  pada ujung batang agak naik.
Dendrogram pada Gambar 1.b
menunjukkan koefisien ketidakmiripan sebesar 50%    sehingga  membagi  40  genotipe  bawang merah  kedalam  dua  kelompok  utama  yaitu kelompok  A  terdiri  dari  36  genotipe  dan kelompok B terdiri dari 4 genotipe. Kelompok A memiliki dua sub-kelompok. BM07, BM72, BM14,  BM09,  BM58,  BM66,  BM18,  BM68, BM63  dan  BM06  termasuk  ke  dalam  sub- kelompok  A1.  Genotipe  ini  mengelompok berdasarkan  ukuran  dan  diameter  umbi  kecil, bentuk umbi pada ujung batang sangat miring, bentuk  umbi  pada  ujung  akar  agak  runcing, intensitas warna kulit umbi kering yang sedang. Sub-kelompok A2 terdiri dari genotipe BM77, BM28,  BM59,  BM10,  BM75,  BM67,  BM57, BM47, BM26, BM05, BM22B, BM62, BM56, BM21,  BM25,  BM60,  BM29,  BM45,  BM24, BM20,  BM76,  BM65,  BM03,  BM74,  BM64 dan  BM02  yang  mengelompok  berdasarkan karakter  ukuran  dan  diameter  umbi  sedang, bentuk umbi pada ujung batang dan ujung akar membulat. Tingkat membelah bagian umbi dan tinggi umbi merupakan karakter yang mempengaruhi  pengelompokan  genotipe  pada kelompok A.
Kelompok B terdiri dari genotipe BM19, BM12,  BM78  dan  BM01.  Pengelompokan genotipe  ini  berdasarkan  ukuran  umbi  dan diameter umbi berukuran besar, memiliki tinggi umbi  yang  tinggi,  posisi  umbi  pada  diameter terluas  pada  bagian  pertengahan,  bentuk  umbi membujur elips melintang sedang, bentuk umbi pada ujung batang agak naik, bentuk umbi pada ujung  akar  membulat,  tingkat  melekat  kulit umbi kering setelah panen sedang dan intensitas warna kulit umbi kering berwarna gelap.
Perbandingan antara kedua dendrogram (a  dan  b)  pada  Gambar  1,  terdapat  perbedaan pola pengelompokan pada kelompok A dan B. Pada  dendrogram  1(a)  genotipe  BM72  dan BM14  mengelompok  sendiri  pada  sub- kelompok A1 berdasarkan karakter tajuk seperti kelunakan  dan  kelengkungan  tajuk  serta intensitas hijau daun, sedangkan pada
dendrogram 1(b) BM72 dan BM14
mengelompok dengan genotipe BM07, BM09, BM58,  BM66,  BM18,  BM68,  BM63  dan BM06 lebih dipengaruhi oleh ukuran, diameter, bentuk serta intensitas warna umbi. Kelompok B  pada  dendrogram  a  terdiri  dari  BM78  dan BM01,  diduga  pengelompokan  genotipe  ini lebih  dipengaruhi  oleh  karakter  panjang  daun, diameter  daun,  intensitas  warna  daun  dan perilaku tajuk. Sedangkan dendrogram b terdiri dari  BM19,  BM12,  BM78  dan  BM01  yang mengelompok berdasarkan ukuran, bentuk dan intensitas  warna  umbi  pada  bawang  merah. Varga et  al. (2013)  mendapatkan  analisis karakter utama dari 30 genotipe bawang merah yang  diamati  bahwa  karakter  warna  umbi  dan bentuk  umbi  dapat  memisahkan  populasi  dan kultivar menjadi dua kelompok.

## Analisis  Keragaman  Genetik  Menggunakan Marka RAPD
Amplifikasi primer terhadap 40 genotipe bawang  merah  menghasilkan  229  pola  pita dengan persentase pita polimorfik 100% (Tabel 2).  Primer  SBN2  menghasilkan  jumlah  pita terbanyak  dengan  jumlah  19  pita  polimorfik (Gambar 2), sedangkan primer yang menghasilkan  pola  pita  polimorfik  paling sedikit adalah primer OPJ11, OPE7 dan SBH9 dengan  jumlah  masing-masing  10  pita polimorfik.
Hasil analisis 40 genotipe bawang merah berdasarkan  penanda  molekuler  menunjukkan koefisien ketidakmiripan sebesar 41% (Gambar 3)  sehingga  membagi  genotipe  bawang  merah kedalam dua kelompok utama yaitu kelompok A terdiri  dari  3  genotipe  dan  kelompok  B  terdiri dari  37  genotipe.  Genotipe  BM12,  BM09  dan BM07  pada  kelompok  A,  menghasilkan  pita pada primer OPJ11 (<500 pb), OPJ16 (>250 pb dan <750 pb), OPE11 (>500 pb dan >1000 pb) dan SBN3 (>250 pb).
Kelompok  B  memiliki  3  sub-kelompok yaitu  B1  terdiri  dari  :  BM74,  BM72,  BM68, BM67, BM77, BM78, BM76, BM75, BM66 dan BM65  mengelompok  berdasarkan  primer SBH11 (250 pb), SBH20 (250 pb), OPE11 (750 pb), OPJ13 (>1000bp) dan SOB1 (1500bp). Sub- kelompok B2 terdiri dari BM64, BM63, BM62, BM60,  BM59,  BM58,  BM57,  BM56,  BM47, BM45, BM29, BM28, BM26, BM25 dan BM24 BM65  mengelompok  berdasarkan  pita  pada primer SBN3 (<750 pb, 1000 pb dan <1500 pb) dan OPN6 (>250bp dan >500 pb).
A B B1 B2 B3
Gambar 2.   Hasil amplifikasi primer SBH11. Genotipe 01 (BM01), 02 (BM02), 03 (BM03), 05 (BM05), 06 (BM06), 07 (BM07), 09 (BM09), 10 (BM10), 12 (BM12),  14 (BM14), 18 (BM18), 19 (BM19), 20  (BM20),  21  (BM21),  22B  (BM22B),  24  (BM24),  25  (BM25),  26  (BM26),  28  (BM28),  29 (BM29), 45 (BM45), 47 (BM47), 56 (BM56), 57 (BM57), 58 (BM58), 59 (BM59), 60 (BM60), 62 (BM62), 63 (BM63), 64 (BM64), 65 (BM65), 66 (BM66), 67 (BM67), 68 (BM68), 72 (BM72), 74
(BM74), 75 (BM75), 76 (BM76), 77 (BM77) dan 78 (BM78).
Sub-kelompok  B3  terdiri  dari:  BM21, BM22B, BM19, BM20, BM18, BM14, BM10, BM06,  BM05,  BM02,  BM03  dan  BM01 mengelompok  berdasarkan  pita  pada  primer OPE7  (750  pb  dan  >1000  pb).  Hal  ini menunjukkan penanda molekuler dapat menduga keragaman pada 40 genotipe bawang merah  di  Indonesia  berdasarkan  229  lokus RAPD.
Tingkat  polimorfisme  sebesar  100% dapat  mengindikasi  keragaman  genetik  yang tinggi dalam genotipe bawang putih menggunakan 19 primer RAPD (Sharma et al. 2016).  Maniruzzaman et  al. (2010)  pada  10 kultivar  bawang  Bangladesh  yang  dievaluasi keragamannya  menggunakan  12  primer RAPD, menghasilkan 168 pita polimorfik dan dendrogram  yang  dihasilkan  menunjukkan bahwa  semua  kultivar  saling  keterkaitan. Sangeeta et al. (2006) menjelaskan 10 primer RAPD  yang  digunakan  dapat  menghasilkan keragaman  genetik  yang  tinggi  diantara  24 kultivar bawang India berhari pendek.
Terdapat  perbedaan  pola  pengelompokan genotipe  antara  karakter  morfologi  dan
penanda molekuler (Gambar 1 dan Gambar 3) dan  pengelompokan  40  genotipe  dalam penelitian  ini  tidak  dipengaruhi  dari  asal geografis. Genotipe BM12 merupakan varietas introduksi  asal  Philipina  yang  mengelompok dengan BM09 varietas lokal asal Sumenep dan BM07  asal  Palu,  begitu  juga  dengan  sub- kelompok  B3  genotipe  yang  sudah  dilepas menjadi  varietas  lokal  mengelompok  dengan genotipe  introduksi  asal  Thailand  dan Vietnam.  Hal  yang  sama  pada  sub-kelompok B2  pada  genotipe  BM56  dan  BM57  asal Sumatera  mengelompok  dengan  genotipe BM47 asal Sulawesi.  Perbedaan pola pengelompokan karakter morfologi dan marka RAPD  juga  ditemukan  pada  bawang  Persian dalam  penelitian  Ebrahimi et  al. (2009),  hal serupa pada Arifin et al. (2000) mendapatkan pola  pengelompokan  65  bawang  merah  asal Indonesia  dan  Jepang  tidak  berdasarkan  asal geografi  dengan  menggunakan  12  primer RAPD.  Sari et  al. (2017)  menyatakan pengelompokan  34  genotipe  bawang  merah menggunakan  marka  morfologi  dan  marka ISSR tidak berhubungan dengan asal geografi.
Gambar 3. Dendrogram ketidakmiripan analisis karakter molekuler (DNA) pada 40 genotipe bawang merah

## KESIMPULAN
Analisis  keragaman  morfologi  bawang merah  berdasarkan  21  karakter  morfologi menunjukkan koefisien ketidakmiripan sebesar  59%,  sedangkan  analisis  morfologi berdasarkan  14  karakter  morfologi  umbi menunjukkan koefisien ketidakmiripan sebesar  50%.  Analisis  berdasarkan  penanda RAPD  menunjukkan  adanya  dua  kelompok utama  pada  koefisien  ketidakmiripan  sebesar 41%.  Genotipe  BM12,  BM19,  BM78  dan BM01  memiliki  ukuran  daun  yang  panjang, ukuran dan diameter umbi besar dan memiliki intensitas warna  yang gelap. Genotipe BM63 dan  BM24  memiliki  perilaku  tajuk  tegak, panjang  daun  sedang,  ukuran  dan  diameter umbi  sedang.  Genotipe  tersebut  potensial dikembangkan  untuk  perbaikan  varietas bawang merah di Indonesia.

## UCAPAN TERIMA KASIH
Ucapan  terima  kasih  diberikan  kepada Pusat  Kajian  Hortikutura  Tropika  (PKHT), Institut Pertanian Bogor yang telah mendanai penelitian ini.

## DAFTAR PUSTAKA
Arifin,  N.S.,  Y.  Ozaki,  H.  Okubo.  2000. Genetic  diversity  in  Indonesian  shallot ( Allium  cepa var. ascalonicum )  and Allium x  wakegi  revealed  by  RAPD markers and origin of Allium x wakegi identified  by  RFLP  analysis  of amplified  chloroplast  gene.  Euphytica.
111:23-31.
[BPS] Badan Pusat Statistik. 2015. Distribusi
Perdagangan Komoditas Bawang
Merah  Indonesia  2015.  Badan  Pusat Statistik. Jakarta.
[BPS]  Badan  Pusat  Statistik.  2017.  Produksi tanaman  sayuran  bawang  merah  tahun 2014.  https://www.bps.go.id/site/result Tab. [10 September 2017].
[Dirjen  Hortikultura]  Direktorat  Jenderal Hortikultura.  2017.  Produksi,  luas panen  dan  produktivitas  sayuran  di Indonesia.  http://www.pertanian.go.id./
appages/mod/datahorti.  [10 September 2017].
[Dit.  Perbenihan  Hortikultura]  Direktorat Perbenihan Hortikultura. 2017. Database varietas  terdaftar  hortikultura.  http:// varitas.net/dbvarietas/cari.php?type=je nis&q=bawang+merah&Submit=S+E+ A+R+C+H. [10 Januari 2018].
Ebrahimi,  R.,  Z.  Zamani,  A.  Kashi.  2009. Genetic  diversity  evaluation  of  wild Persian  shallot  ( Allium  hirtifolium Boiss.) using morphological and RAPD markers. Sci. Hort. 119:345-351.
Fattorusso,  E.,  M.  Iorizzi,  V.  Lanzotti,  O.
Taglialatela-Scafati.  2002.  Chemical composition of shallot ( Allium ascalonicum Hort.).  J.  Agric.  Food Chem. 50:5686-5690. Handayani,  R.S.,  Ismadi.  2017.  Analisis keragaman kualitas buah durian unggulan Aceh Utara. J. Hort Indonesia. 8(3):147-154.
Maniruzzaman,  M.E.  Haque,  M.M.  Haque, M.A.  Sayem,  M.  Al-Amin.  2010. Molecular  characterization  of  onion ( Allium  cepa )  using  RAPD  markers. Bangladesh  J.  Agril.  Res.  35(2):313- 322.
Mukherjee,  A.,  B.  Sikdar,  B.  Ghosh,  A. Banerjee,  E.  Ghosh,  M.  Bhattacharya, S.C.  Roy.  2013.  RAPD  and  ISSR analysis of some economically important  species,  varieties  and  the genus Allium ( Alliaceae ). Turk. J. Bot. 37:605-618.
Naktuinbouw.  2010.  Calibration  book  onion and  shallot.  https://www.naktuinbouw. nl/sites/default/files/Onion%20%26%2 0shallot%20calibration%20book.pdf [01 April 2016].
[PPVT]  Panduan  Perlindungan  Varietas Tanaman dan Perizinan Pertanian. 2013. Panduan  Pelaksanaan  Uji,  Kebaruan, Keunikan,  Keseragaman  dan  Kestabilan Bawang  Merah.  Kementrian  Petanian Republik Indonesia. 1-20.
Sangeeta, K.M., G.R. Veere, L. Anand. 2006.
Analysis  of  genetic  diversity  among
Indian short-day onion ( Allium cepa L.) cultivars using RAPD markers. J. Hort. Sci. Biotechnol. 81(4):774-777.
Sari, V., Miftahudin, Sobir. 2017. Keragaman genetik bawang merah ( Allium cepa L.) berdasarkan  marka  morfologi  dan ISSR. J. Agron. Indonesia. 45(2): 176- 182.
Sharma,  V.R.,  K.  Omotayo,  K.  Nagaraju,  S.
Malik,  M.  Kumar,  A.  Sirohi.  2016. Assessment  of  genetic  diversity  in garlic genotypes based on
morphoagronomic  traits  and  RAPD markers.  Inter.  J.  of  Bio-resource  and Stress  Management. 7(6spl):  s006- s016.
Syukur, M., S. Sujiprihati, R. Yunianti. 2012.
Teknik  Pemuliaan  Tanaman.  Penebar
Swadaya. Bogor.
Varga,  J.G.,  M.  Vasic,  J.  Cervenski,  A. Petrovic, D. Moravcevic. 2013. Phenotypic diversity of basic characteristic  of  genotypes  from  the Serbia  onion  collection.  Genetika.
45(1):101-108.