## Studi Segregasi dan Pewarisan Marka-marka RAPD pada Tanaman Karet Hasil Persilangan PB 260 dengan PN
NOVALINA 1) , Aidi Daslin SAGALA 2)
1) Fakultas Pertanian Universitas Jambi, 2) Balai Penelitian Karet Sungai Putih Email: noflina@yahoo.com
ABSTRACT . This  research  was  conducted with  the  aim to study  the pattern  of  inheritance and segregation of RAPD markers in a  rubber  clone  from PB  260 and PN  crosses. Rubber used  in this study consisted  of two  populations from the  first generation: population A  (PB  260 x PN 7) and population C (PB 260 x PN7111) and each of male and female parental. The results of segregation analysis shows that the  majority  of RAPD markers segregating in the  first generation of  plant populations A and C, following the Mendelian inheritance pattern.
Keywords : inheritance, segregation, RAPD markers, rubber
ABSTRAK. Penelitian  ini  dilakukan  dengan  tujuan  untuk  mempelajari  pola  pewarisan  serta segregasi  marka-marka  RAPD  pada  tanaman  karet  hasil  persilangan  PB  260  dengan  PN.  Tanaman karet  yang  digunakan  pada  penelitian  ini  terdiri  atas  dua  populasi  turunan  pertama  yaitu  populasi  A (PB260  x  PN  7)  dan  populasi  C  (PB260  x  PN7111)  serta  masing-masing  tanaman  tetua  jantan  dan tetua  betina.  Berdasarkan  hasil  analisis  segregasi  dapat  diketahui  bahwa  sebagian  besar marka RAPD  bersegregasi pada tanaman turunan pertama populasi A dan C, dan diwariskan mengikuti pola pewarisan Mendelian.
Kata Kunci : pewarisan, segregasi, marka RAPD, karet

## PENDAHULUAN
Tanaman  karet  ( Hevea  brasiliensis Muell  Arg) merupakan  salah  satu  komoditas  perkebunan yang  penting  di  Indonesia  hingga  saat  ini. Sebagai  salah  satu  negara  utama  penghasil karet  alam  di  dunia,  Indonesia    terus  berupaya untuk  meningkatkan  produksi  dan  produktivitas karet  agar    dapat  memenuhi  permintaan  pasar global  yang  terus  meningkat,  juga  untuk meningkatkan  devisa  negara  dan  kesejahteraan petani karet.
Penggunaan klon unggul yang berproduksi tinggi merupakan  salah  satu  cara  untuk  meningkatkan produksi  karet. Para  pemulia  tanaman  karet selama  ini  terus  berupaya  untuk  mendapatkan klon-klon  baru  yang  mempunyai  potensi  hasil yang  tinggi  serta  mempunyai  karakter  agronomi lain yang diinginkan.
Proses  seleksi  dalam  pemuliaan  karet  dilakukan pada  populasi  turunan  pertama    hasil  suatu persilangan. Tanaman  karet  yang  terpilih  pada proses  seleksi  awal    selanjutnya  diperbanyak secara  vegetatif  dan  mengikuti  rangkaian  uji mulai  dari  uji  pendahuluan  sampai  uji  skala besar.    Selama  ini  persilangan  antara  dua tanaman  tetua  pada  tanaman  karet  yang  sama-
sama  berproduksi  tinggi  selalu  menunjukkan keragaman  hasil  pada  tanaman  turunannya. Terdapatnya  keragaman  potensi  hasil  pada populasi  turunan  pertama  kemungkinan  didasari oleh faktor genetik. Besarnya tingkat keragaman  pada  tanaman  turunan  hasil  suatu persilangan merupakan bahan baku pada proses seleksi.
Pada  tanaman  tahunan  yang  menyerbuk  bebas seperti  tanaman  karet kemungkinan  gen-gen yang  terdapat  pada  satu  individu  tanaman mempunyai  genotipe  yang  berbeda-beda.  Untuk gen  A  bersifat  homozigot  dominan,  sedangkan untuk gen  B  bersifat  heterozigot,  untuk  gen  C bersifat homozigot resesif.  Sehingga persilangan antara  dua  tetua  yang  bersifat  seperti  demikian akan mempunyai konfigurasi campuran, sebagian akan mempunyai konfigurasi backcross dan sebagiannya lagi akan mempunyai konfigurasi F2 (Liu 1998).
Tanaman-tanaman  yang  bereproduksi  secara seksual seperti tanaman karet,  gen tunggal akan diwariskan  dari  satu  generasi  ke  generasi berikutnya mengikuti pewarisan sederhana Mendelian. Berdasarkan hukum segregasi Mendelian  suatu  sifat  sederhana  pada  populasi
backcross atau testcross akan  mempunyai  rasio segregasi  fenotipik    1:1,  sedangkan  pada populasi  F2  akan  mempunyai  rasio  fenotipik  3:1 untuk  alel-alel  yang  mempunyai  pewarisan dominan  (Liu  1998).    Marka  genetik  seperti marka  RAPD  ( random  amplified  polymorphic DNA )  dapat  dianggap  sebagai  sifat  dengan pewarisan  sederhana.  Teknik    RAPD  saat  ini telah  banyak  digunakan  oleh  berbagai  kalangan peneliti  sejak  diperkenalkan  pertama  kali  oleh Williams dkk (1990),  diantaranya    untuk  melihat variasi  genetik  atau  hubungan  kekerabatan  intra atau  antar  populasi  organisme  baik  hewan maupun  tumbuhan  serta    untuk  konstruksi    peta pautan genetik tanaman (Nunome dkk 1999; Levi dkk 200;  Liu  &  Mei  2003;  Irwansyah  2004). Teknik  RAPD  mempunyai  beberapa  keuntungan diantaranya  lebih  sederhana,  cepat  dan  biaya relatif  lebih  murah  dibanding  teknik  molekuler lainnya.  Selain itu teknik ini hanya membutuhkan DNA  dalam  jumlah  yang  sedikit,  serta  tidak diperlukannya informasi tentang sekuen DNA.
Polimorfisme  yang  muncul  sebagai  hasil  teknik RAPD  menggambarkan  adanya  variasi  pada situs  pelekatan  primer  dan  dari  perbedaan panjang  DNA  antara  situs  pelekatan  primer  (Liu 1998).    Sesuai  dengan  namanya  teknik  ini menggunakan  primer  acak  biasanya  berukuran 10  basa  nukleotida  ( dekamer nukleotida).    Pada analisis  RAPD,  alel  yang  berbeda  pada  lokus yang  sama  pada  umumnya  dibedakan  oleh terdapatnya atau tidak terdapatnya fragmen DNA pada ukuran tertentu.  Fenotipe dengan fragmen DNA  yang  muncul  bersifat  dominan  terhadap fenotipe  yang  tidak  mengandung  fragmen  DNA tersebut (Liu 1998).
Berdasarkan  hal  tersebut  diatas  dilakukan penelitian  dengan  tujuan untuk  mengetahui  pola pewarisan  dan  segregasi  marka  RAPD  pada tanaman  karet  hasil  persilangan  PB  260  dengan PN, serta untuk menduga genotipe  marka RAPD pada  tetua  betina  dan  tetua  jantan.  Data segregasi  marka  RAPD  selanjutnya  dapat digunakan  dalam  mengkonstruksi  peta  pautan genetik.

## METODE PENELITIAN

## Bahan Tanaman
Pada  penelitian  ini  digunakan  dua  populasi tanaman turunan pertama  yaitu  populasi  A: hasil persilangan  PB  260  x  PN  7111  sebanyak  22 tanaman  (1A –  22A),  dan  populasi  C:  hasil persilangan  PB  260  x  PN  7  sebanyak  20
tanaman  (1C –  22C).  Tanaman  tetua  dari populasi  persilangan  tersebut  juga  digunakan dalam penelitian ini, masing-masing satu tanaman.  Tanaman-tanaman  tersebut  ditanam pada  Agustus-September  1998,  dengan  jarak tanam  2  m  x  2  m  di    Kebun  Percobaan  Pusat Penelitian  Karet  Sungai  Putih  Medan.  Penelitian berlangsung  pada  Januari  2006  sampai  April 2007.

## Ekstraksi DNA
Ekstraksi  DNA  menggunakan  sampel  daun dari masing-masing  tanaman    populasi  A    dan  C, serta  tanaman  tetuanya.    Sampel  daun  yang digunakan  untuk  mengektraksi  DNA  merupakan daun  muda  yang  berada pada  payung  daun teratas  dan  dalam  taraf  stadia  payung  daun penuh. Eskstraksi DNA dari daun karet dilakukan menurut  metode  Nurhaimi dkk 1998  yang merupakan  modifikasi  dari  metode  Orozco-
Castilo dkk (1994)
khususnya pada penambahan  antioksidan  polivinil  polipirolidon dan merkaptoetanol selama melakukan penggerusan  contoh  dan  ke  dalam  buffer pengekstrak.

## Pengukuran Kualitas  DNA
Kualitas  DNA  dilihat  dari  ukuran    dan  ketegasan fragmennya  melalui  elektroforesis.    Bila  fragmen yang  terbentuk  utuh    maka  DNA  tersebut berkualitas baik.

## Amplifikasi DNA
Analisis RAPD dilakukan merujuk pada prosedur yang  dilakukan  Williams dkk (1990)  dengan sedikit modifikasi. Reaksi PCR dilakukan menggunakan bahan yang disuplai oleh Promega dan RBC (Real Biotech Corporation).
Amplifikasi  PCR  menggunakan thermal  cycler Gene  Amp  PCR  2400  (Perkin  Elmer),  dengan siklus termal diulang sebanyak 45 kali, diprogram 1  menit  pada  suhu  94  C  (denaturasi),  1  menit pada  37  C  (penempelan  primer)  dan  2  menit pada  72  C  (pemanjangan  rantai)    diikuti  dengan pemanjangan  rantai  akhir  selama  4  menit  pada 72  C.
DNA  hasil  amplifikasi  ditambahkan  dengan  5  l buffer loading 6X (0.25% bromophenol blue (b/v) dan  40%  sukrosa  (b/v),  dan  dipisahkan  dengan cara  elektroforesis  pada  gel  agarosa  1.4% selama 70 menit pada voltase 50V, menggunakan    buffer    TAE  1X  (Tris  40  mM, asam  asetat  glasial  20  mM,    EDTA  1  mM  pH
8.0).    DNA  1  kb ladder (Promega  atau    RBC) digunakan sebagai penanda untuk mengestimasi fragmen  hasil  amplifikasi.  Setelah  elektroforesis gel  direndam  pada  larutan etidium  bromida selama  30  menit  dan  pada  akuades  selama  10 menit. Selanjutnya pita DNA divisualisasi dengan UV transluminator dan  didokumentasi  dengan film polaroid 667.

## Penapisan dan Pemilihan Primer
Sebanyak  80    primer  acak  dekamer  (Operon Technologies  Inc)    digunakan  dalam  analisis RAPD  terhadap  sampel  DNA  tanaman  tetua untuk mengetahui primer-primer yang menghasilkan  pita  DNA  yang  polimorfik  antara tanaman  tetua  jantan  dan  betina.  Dari  80  primer tersebut,  sebanyak  36  primer  diantaranya  telah digunakan  sebelumnya  pada  penelitian  karet (Nurhaimi-Haris dkk 1998;  Zulkifli  2001).  Primer yang  dipilih  untuk  digunakan  dalam  analisis RAPD selanjutnya pada populasi turunan pertama adalah  yang  menghasilkan  fragmen polimorfik terhadap kedua tanaman tetua tersebut.    Terdapat  atau  tidaknya  pita  DNA  dari masing-masing  primer  untuk  masing-masing tanaman  diskor  secara  manual.  Data  dijadikan sebagai  data  biner  sebagai  peubah  diskret, bernilai  1  untuk  terdapatnya  pita  DNA  dan bernilai 0 untuk tidak terdapatnya pita DNA  yang homolog.

## Analisis statistika
Data  marka  RAPD  yang  telah    dihitung selanjutnya  dianalisis  dengan  menggunakan  uji khi  kuadrat  (P  0.05)  untuk  mendapatkan  rasio segregasinya, dengan software SPSS 14.0.  Nilai khi kuadrat pengamatan dihitung dengan menggunakan rumus sebagai berikut:
k  2 = ∑ (Oi –Ei) 2 i=1        Ei
dimana  Oi adalah nilai pengamatan fenotipe ke-i dan Ei adalah hilai harapan fenotipe ke-i.   Bila  2 hitung  berada  di  wilayah  dengan  peluang  lebih besar  dari  5%  (P  >  0.05)  atau  dengan  kata  lain jika nilai khi kuadrat hitung lebih kecil dari nilai khi kuadrat  tabel  maka  dapat  disimpulkan  antara pengamatan dan harapan tidak terdapat perbedaan  yang  nyata  dan  rasio  segregasi  uji dapat diterima dan sebaliknya  (Jusuf 2001).

## HASIL DAN PEMBAHASAN
Analisis  RAPD  awal  yang  dilakukan  terhadap tanaman  tetua  dengan  menggunakan  80  primer acak  10-mer  dapat  diketahui  bahwa  pada  38 primer menunjukkan polimorfisme antara tanaman  tetua betina (PB 260) dan tetua jantan (PN 7111).  Dari 80 primer yang ditapis terhadap tetua  betina  dan  tetua  jantan,  17  primer  (21,2%) tidak  menghasilkan  produk  amplifikasi  atau  pita yang  dihasilkan  kurang  jelas.  Hal  yang  serupa pernah dilaporkan oleh Grattapaglia dan Sederroff  (1994)      bahwa  sebanyak  50  primer dari  305  primer  yang diskrining  pada    tanaman Eucaliptus (18,7%)  tidak  menghasilkan  produk amplifikasi. Primer-primer yang pernah digunakan  dan  dipilih    Zulkifli  (2001)  pada tanaman  karet  pada  umumnya  menunjukkan adanya  produk  amplifikasi. Hasil  dari  analisis RAPD  dengan  menggunakan  beberapa  primer pada tanaman tetua betina (PB260) dan PN 7111 dapat dilihat pada Gambar 1.
Dari  38  primer  yang  polimorfik,  25  primer digunakan  untuk  analisis  RAPD      selanjutnya pada    populasi  turunan  pertama  A  dan  C. Primer-primer yang diprioritaskan untuk digunakan  dalam   analisis  RAPD    pada  populasi turunan  pertama  adalah  primer-primer  yang menunjukkan  terdapatnya  pita  DNA  pada  tetua betina  tetapi  tidak  terdapat  pita  tersebut  pada tetua jantan.
Analisis  RAPD  dengan  menggunakan  25  primer acak  dekamer  terhadap  tanaman  turunan pertama  pada  populasi  A    menghasilkan  jumlah fragmen  DNA  (lokus)    yang    berkisar  antara  2 sampai 6 per primer sehingga secara keseluruhan  diperoleh  94    lokus,  rata-rata  3.76 lokus  per  primer  terpilih  (data  tidak  disajikan). Ukuran  fragmen  DNA  yang  diperoleh  berkisar antara  250-2200  bp.  Rasio    yang  serupa  juga pernah  dilaporkan  pada  tanaman Eucaliptus (3.69  marka/primer  terpilih)  (Grattapaglia  & Sederroff  1994).    Dari  94  lokus  yang  diperoleh terdiri  atas  50  lokus  polimorf  dan  adalah  44 lokus  monomorf  antara  PB  260  dan  PN  7111. Jumlah  lokus  total  yang  diperoleh  pada  populasi C  dengan  menggunakan  24  primer  sebanyak  91 lokus. Jumlah produk amplifikasi yang diharapkan  dengan  menggunakan  satu  primer acak  merupakan  fungsi  dari  panjang  genom, jumlah  nukleotida  pada  primer  dan  panjang fragmen maksimum yang dapat diamplifikasi (Liu 1998).

## Gambar 1. Hasil analisis RAPD dengan 16 primer 10-mer terhadap PB 260 dan PN 7111
Atas Lajur 1:  OPC05       PB260    polimorfik 8  :   OPC14    PB 260   polimorfik 2:  OPC05       PN7111 9  :   OPC14    PN7111 3:  OPC09       PB260 polimorfik 10 :   OPC20    PB 260   polimorfik 4:  OPC09       PN7111 11 :   OPC20    PN7111 5:  OPC13       PB260 polimorfik 12 :   OPD01    PB 260   polimorfik 6:  OPC13       PN7111 13 :   OPD01    PN7111 7:  Marker 1kb ladder 14 :   OPD03    PB 260  polimorfik 15 :   OPD03    PN7111 Bawah Lajur 1:    OPD04     PB260   tidak teramplifikasi 10:    OPJ04     PB260   pita  kurang jelas 2:   OPD04     PN7111 11:    OPJ04     PN7111 3:   OPD05     PB260    polimorfik 12:    OPJ11 PB260   pita kurang jelas 4:   OPD05      PN7111 13:    OPJ11     PN7111 5:   OPH05      PB260   polimorfik 14:    OPJ14     PB260    pita kurang jelas 6    OPH04      PN7111 15:    OPJ14     PN7111 7:   OPH18      PB260   polimorfik 16:    OPJ20     PB260    polimorfik 8:   OPH18      PN7111 17:    OPJ20     PN7111 9:   Marker 1 kb ladder 18:    OPM09   PB260  tidak teramplifikasi 19:    OPM09   PN7111
Hasil  analisis  segregasi  terhadap  marka-marka RAPD dengan  menggunakan  uji  khi  kuadrat disajikan  pada  Tabel 1  dan  Tabel 2.    Marka- marka  RAPD  yang  polimorf  antara  tetua  betina dan  tetua  jantan  dari  populasi  A    yang bersegregasi  1:1    berjumlah  sebanyak  30  lokus yang  terdiri  dari    20  lokus  yang      muncul  pada tetua  betina  (PB  260)  tetapi  tidak  muncul  pada tetua  jantan  (PN  7111),  dan  10  lokus  tidak muncul  pada  PB  260  tetapi  muncul  pada  PN 7111 (Tabel 1). Marka-marka RAPD ini mempunyai  konfigurasi test-cross pada  populasi A.
Marka  RAPD  merupakan  marka  yang  bersifat dominan,  dimana  antara  individu  yang  bersifat homozigot  dominan  tidak  dapat  dibedakan dengan  individu  heterozigot,  karena  kedua
individu  tersebut  akan  sama-sama  memberikan hasil pita DNA untuk suatu marka RAPD tertentu. Akan  tetapi  sifat  heterozigot  atau  homozigot  dari marka RAPD dapat diketahui antara tetua betina dan  tetua  jantan  dari  suatu  populasi  dengan menganalisis  hasil  reaksi  RAPD  pada  populasi turunannya.    Menurut  Liu  (1998)  pada  marka RAPD, alel yang berbeda pada lokus yang sama dibedakan  oleh  terdapat  atau  absennya  fragmen DNA  pada  ukuran  tertentu.    Fenotipe  yang mengandung pita DNA bersifat dominan terhadap  fenotipe  yang  tidak  mengandung  pita DNA.  Marka  RAPD  yang  bersifat  heterozigot pada  satu  tetua  dan  bersifat  homozigot  resesif (tidak  muncul  pita  DNA)    pada  tetua  yang  lain akan bersegregasi 1:1 pada turunan pertama.
Tabel 1. Marka-marka RAPD yang polimorf antara PB 260 dan PN 7111 yang bersegregasi 1:1 pada Populasi A dan atau Populasi C tanaman karet
No. Nama Marka F Fenotipe marka                        Populasi A                       Populasi C PB 260  PN 7111   PN 7        ( PB 260 x PN  7111) ( PB 260 x PN  7)
ada : tidak ada                ada : tidak ada
1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. 8. 9. 10. 11. 12. 13. 14. 15. 16. 17. 18. 19. 20. 21. 22. 23. 24. 25. 26. 27. 28. 29. 30. 31. 32. A02-1100 B07-450 C08-800 C08-1000 C13-2000 C19-1200 C20-400 D01-600 D05-400 H05-1950 M20-1050 N15-2000 O15-1300 O15-1500 O20-1300 W19-750 W19-1100 Y09-1200 Y19-450 Y19-950 B07-500 C08-650 C20-250 D01-2200 H02-700 J20-500 M20-850 O15-800 W19-550 Y19-650 W19-1300 W19-1700 ada        tidak - ada        tidak - ada        tidak - ada        tidak - ada        tidak - ada        tidak - ada        tidak - ada        tidak - ada        tidak - ada        tidak - ada        tidak - ada        tidak - ada        tidak - ada        tidak - ada        tidak - ada        tidak - ada        tidak - ada        tidak - ada        tidak - ada        tidak - tidak       ada - tidak       ada - tidak       ada - tidak       ada - tidak       ada - tidak       ada - tidak       ada - tidak       ada - tidak       ada - tidak       ada - tidak       tidak - tidak       tidak - 10 :   12   ( 1:1)              8   :  12    (1:1) 12   :    10   (1:1)            18   :    2    (3:1) 11   :    11   (1:1) 9   :  11    (1:1) 8     :    14   (1:1)            11  :    9    (1:1) 10   :    12   (1:1)              9   :  11    (1:1) 12   :    10   (1:1)              9   :  11    (1:1) 10   :    12   (1:1)              8   :  12    (1:1) 9   :    13   (1:1)              8   :    9    (1:1) 13   :     9    (1:1) - - 11   :    11   (1:1)              9   :  11    (1:1) 9   :    13   (1:1)            10  :  10    (1:1) 10   :    12   (1:1) 11  :    9 (1:1) 9   :    13   (1:1) 10  :  10    (1:1) 10   :    12   (1:1) 10  :  10    (1:1) 10   :    12   (1:1) 10  :  10    (1:1) 9    :    13   (1:1)              9   :  11    (1:1) 8    :    14   (1:1) 15 :    5    (3:1) 13   :    9     (1:1) 16  :    4    (3:1) 12   :    10   (1:1) 19  :    0 13   :     9    (1:1) 11  :    8    (1:1) 11   :    11   (1:1) 13   :    7    (1:1) 12   :    10   (1:1)              0   :  20      (-) 9    :    13   (1:1) 12  :    8    (1:1) 7   :    10   (1:1) 0  :  20      (-) 9    :    13   (1:1)               0  :  20      (-) 11   :    11   (1:1)               0  :  20      (-) 12   :    10   (1:1)               0  :  20      (-) 11   :    11   (1:1)             10  :  10   (1:1) 11   :    11   (1:1)             10  :  10   (1:1) 12   :    10   (1:1)             19  :    0 0   :    22   (-)                 10  :  10   (1:1) 0   :    22   (-)                   8  :  12   (1:1)
Keterangan  *  rasio 1:1 hasil uji khi kuadrat rasio 3:1 hasil uji khi kuadrat
Dengan  mengadopsi  prinsip  hukum  Mendel, marka  RAPD  yang  monomorf  pada  tetua  betina dan  tetua  jantan  (sama-sama  muncul  pita  DNA untuk  lokus  yang  sama)  jika  bersegregasi  3:1 pada  tanaman  turunan  pertama  dapat  diyakini bahwa  tetua  betina  dan  tetua  jantan sam-sama bersifat  heterozigot  untuk  lokus  tersebut.    Marka RAPD  yang    monomorf  pada  tetua  betina  dan tetua  jantan,  jika  tidak  bersegregasi  pada populasi tanaman turunan pertama dapat diyakini bahwa salah satu tetua atau kedua tetua bersifat homozigot  dominan  untuk marka  RAPD tersebut.
Berdasarkan  hukum  pewarisan  Mendel  dan konsep  yang  telah  dikemukan  oleh  Liu  (1998) dapat  dinyatakan  bahwa  pada 20 marka  RAPD yang  bersegregasi  1:1  pada  populasi  A  untuk yang  muncul  pada  PB  260 tetapi  tidak  muncul pada  PN    bersifat  heterozigot  pada  PB  260  dan PN 7111 bersifat  homozigot resesif.   Sedangkan pada  10  lokus  dimana  marka-marka  RAPD tersebut    hanya  muncul  pada  PN  7111  tetapi tidak muncul  pada  PB  260  dan  bersegregasi  1:1 pada  tanaman    populasi  A  bersifat  heterozigot pada  PN 7111  dan  bersifat  homozigot  resesif pada PB 260.
Marka-marka RAPD pada populasi C tidak dapat dibedakan  atas  lokus  polimorf  atau  monomorf antara  tetua  betina  dan  tetua  jantan  karena  data RAPD  untuk  PN  7  yang  merupakan  tetua  jantan pada populasi C  tidak diperoleh.  Fragmen DNA yang  merupakan  produk  amplifikasi  reaksi  PCR- RAPD    tidak  dihasilkan  dengan  menggunakan sampel DNA PN 7.  Hal ini diduga karena sampel DNA yang digunakan telah rusak.
Walaupun data marka RAPD PN 7 tidak tersedia, pendugaan genotipe tetua jantan dari populasi C dilakukan dengan membandingkan dan mengacu pada  hasil  analisis  segregasi  marka-marka RAPD  pada  populasi  A  karena  kedua  populasi tersebut mempunyai tetua betina yang sama (PB 260).  Marka RAPD yang bersegregasi 1:1 untuk munculnya fragmen DNA pada PB 260 terdiri dari 19 lokus (Tabel 1 dan Tabel 2).  Pada 19 marka RAPD tersebut diyakini  bersifat heterozigot pada PB  260  dan  diduga  bersifat  homozigot  resesif pada PN 7.
Marka-marka  yang  sama-sama  bersegregasi  1:1 pada populasi A dan C untuk marka-marka yang muncul  pada  PB  260  berjumlah  sebanyak  15 lokus.    Beberapa  marka  yang  muncul  pada  PB 260 dan bersegregasi 1:1 pada populasi A tetapi bersegregasi  3:1  atau  tidak  bersegregasi  pada populasi  C  yaitu  pada  marka  B07-450,    W19- 1100, Y09-1200 dan Y19-450s (Tabel 1).  Diduga bahwa  marka  B07-450,    W19-1100,  Y09-1200 bersifat  heterozigot  dan  marka  Y19-450  bersifat homoziot  dominan  pada tetua jantan  populasi C. Marka-marka  RAPD  yang  tidak muncul  pada  PB 260  tetapi  muncul  pada  PN  7111  dan  sama- sama  bersegregasi  1:1  pada  populasi  A  dan  C terdapat sebanyak 4 marka yaitu marka B07-500, C20-250, O15-800 dan W19-550.  Diduga bahwa 4  marka  tersebut  bersifat  heterozigot  pada  tetua jantan populasi C.   Marka-marka C08-650, D01- 2200, H02-700, J20-500 dan M20-850 yang tidak muncul pada PB 260 (tetua betina) tetapi muncul pada  PN  7111    bersegregasi  1:1  pada  populasi A,  sedangkan  pada  populasi  C  fragmen  DNA tersebut tidak teramplifikasi pada semua tanaman    populasi  C.    Diduga    bahwa  PN  7 bersifat  homozigot  resesif  untuk  lima  lokus tersebut.    Lima  marka  ini  menjadi  karakteristik populasi  A.      Sedangkan  2  marka  yaitu  W19- 1300  dan  W19-1700  menjadi  penciri  populasi  C karena  hanya  muncul  pada  sebagian  populasi  C sedangkan  pada  populasi  A  fragmen  DNA tersebut tidak teramplifikasi pada semua tanaman  populasi A.
Lokus-lokus  yang  sama-sama  teramplifikasi (fenotipe  sama)    pada  PB  260  dan  PN  7111 tidak  dapat    dibedakan  secara  langsung  apakah bersifat  homozigot  atau  heterozigot  pada  kedua tetua  tersebut  tanpa  melihat  segregasi  marka RAPD  tersebut    pada  tanaman  turunan. Berdasarkan  hasil  penghitungan  rasio  segregasi pada  tanaman    populasi  A  terhadap  41  marka RAPD  yang  berfenotipe  sama  pada  tetua  betina dan  tetua  jantan  dapat  diketahui  bahwa  pada  16 lokus, fragmen DNA teramplifikasi   pada semua tanaman    populasi  A  atau  dengan  kata  lain  16 marka  RAPD  tersebut  tidak  bersegregasi  pada tanaman  hasil  persilangan  PB  260  dan  PN  7111 tersebut  (Tabel 2).      Berdasarkan  hasil  ini  dapat diduga  bahwa  pada  salah  satu  tetua  atau  pada kedua tetua bersifat homozigot dominan pada 16 lokus  tersebut.        Sedangkan  pada  25  lokus lainnya bersegregasi dengan rasio 3:1.
Berdasarkan teori pewarisan sederhana Mendelian  bahwa  persilangan  antara  dua  tetua yang keduanya  heterozigot untuk suatu karakter atau  marka    akan  menghasilkan  turunan  yang mempunyai  fenotipe  3:1.  Fragmen  DNA  hasil amplifikasi  PCR-RAPD  merupakan  fenotipe dimana  pita  DNA  yang  dihasilkan  dapat  diamati setelah dielektroforesis.  Sehingga dapat diyakini bahwa  25  lokus  yang  bersegregasi  3:1  pada turunan  pertama  pada  populasi  A  bersifat heterozigot  pada  tetua  betina  dan  tetua  jantan, serta mempunyai konfigurasi F2 pada populasi A. Marka-marka RAPD yang sama-sama teramplifikasi  pada  tetua  betina  dan  tetua  jantan serta  bersegregasi  3:1  pada  populasi turunan pertama juga pernah dilaporkan sebelumnya oleh Grattapaglia dan Sederoff pada tanaman Eucaliptus (1994).
Proporsi  lokus   monomorf pada  tetua  betina  dan tetua  jantan  yang  bersegregasi  pada  tanaman turunan  pertama  pada  populasi  A  lebih  besar (25/41) dibandingkan lokus monomorf yang tidak bersegregasi  (16/41).    Marka  RAPD    yang  tidak bersegregasi  pada    populasi  C  terdiri  dari  18 lokus.    Jumlah  lokus  yang  tidak  bersegregasi pada    populasi  C  lebih  banyak  dibandingkan dengan tanaman  populasi A.
Hasil  analisis  segregasi  marka  RAPD  ini menunjukkan    terdapatnya  heterozigositas  yang tinggi  pada    populasi  tanaman  karet  yang  diuji. Terdapatnya heterozigositas yang tinggi mengindikasikan  bahwa  terdapat  cukup  peluang untuk  mendapatkan  tanaman-tanaman  turunan pertama  yang  beragam  dari  suatu  persilangan
antara dua tetua. Hal ini kemungkinan disebabkan  karena  tetua  betina  dan  tetua  jantan yang  digunakan  berasal  dari  introduksi  yang berbeda.    PB  260  merupakan  klon  unggul  yang
berasal  dari  tanaman  karet  introduksi  Wickham, sedangkan  PN 7111    sebagai  tetua  jantan  dari populasi A  berasal dari introduksi 1981.
Tabel 2.  Marka-marka  RAPD  yang  teramplifikasi  pada  PB  260  dan  PN  7111  yang  bersegregasi  3:1 atau  tidak  bersegregasi  pada  Populasi  A  dan    bersegregasi  3:1  atau  1:1  atau  tidak bersegregasi pada Populasi C tanaman karet
No. Nama Marka F Fenotipe marka Populasi A                 Populasi C PB 260  PN 7111   PN 7          ( PB260 x PN 7111) ( PB260 x PN 7)
ada  : tidak ada            ada : tidak ada
1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. 8. 9. 10. 11. 12. 13. 14. 15. 16. 17. 18. 19. 20. 21. 22. 23. 24. 25. 26. 27. 28. 29. 30. 31. 32. 33. 34. 35. 36. 37. 38.
39. 40. 41. A02-500 B07-800 B07-1800 C13-750 C13-950 C13-1300 C19-500 C19-750 C19-950 C20-1100 D01-350 D01-1000 D01-1500 D05-500 D18-500 D18-950 D20-500 H02-250 H02-500 H05-350 H05-1100 H15-350 H15-850 H19-750 H19-1100 J13-650 J20-350 J20-600 J20-800 M20-300 N15-400 N15-750 N15-1200 N15-1500 O20-350 R13-250 Y09-250 Y09-450 Y09-750 Y19-2000 Abi117.17- 400 ada     ada - ada      ada - ada      ada - ada      ada - ada      ada - ada      ada - ada      ada - ada      ada - ada       ada - ada       ada - ada       ada - ada       ada - ada       ada - ada       ada - ada       ada - ada       ada - ada       ada - ada       ada - ada       ada - ada       ada - ada       ada - ada       ada - ada       ada - ada       ada - ada       ada - ada       ada - ada       ada - ada       ada - ada       ada - ada       ada - ada       ada - ada       ada - ada        ada - ada        ada - ada        ada - ada        ada - ada        ada - ada         ada - ada         ada - ada         ada - ada         ada - 22 :    0                      18   :   2  (3:1) 22   :    0                      20   :   0 22   :    0                       20  :   0 20    :   2  (3:1)             20  :   0 22   :     0                      16  :   4   (3:1) 22   :    0                      14  :    6  (3:1) 18   :    4  (3:1)             20  :   0 16   :    6  (3:1)             20  :   0 16    :   6  (3:1)             20  :   0 22   :    0                       20  :   0 13    :   4  (3:1)              7   : 10   (1:1) 16    :   1 15  :   2   (3:1) 13    :   4  (3:1)             10  :   7   (1:1) 22   :    0 -     : - 22    :   0                       20  :   0 15    :   7  (3:1)             14   :  6   (3:1) 22    :   0 20  :   0 15    :   7  (3:1)             18   :  2   (3:1) 15   :    7  (3:1)             15   :  5   (3:1) 22   :    0                       20   :  0 22   :    0                       20   :  0 22   :    0                       20   :  0 16   :    6  (3:1)             15   :  5    (3:1) 19   :   3   (3:1)             18   :  2    (3:1) 22   :    0                       20   :  0 17  :     5  (3:1)             14   :  6   (3:1) 16  :     6  (3:1)             10   : 10  (1:1) 22  :     0                       20   :   0 16  :     6  (3:1)             20   :   0 15  :    7   (3:1)             14   :   6   (3:1) 18  :    4   (3:1)             10   : 10   (1:1) 15  :    7   (3:1)             17   :   3   (3:1) 16  :   6   (3:1)             20   :   0 16  :    6   (3:1)             18   :   2   (3:1) 22  :   0                        20    :   0 22  :   0                        17    :   3   (3:1) 20   :   2  (3:1)              17   :   3   (3:1) 18   :   4  (3:1)              15   :   5   (3:1) 15   :   7  (3:1)              15   :   5   (3:1) 17   :   5  (3:1)              19   :   0 16   :   6  (3:1)              11   :   3   (3:1)
Keterangan  *  rasio 1:1 hasil uji khi kuadrat rasio 3:1 hasil uji khi kuadrat

## KESIMPULAN
Sebagian  besar  marka  RAPD  yang    diuji  pada umumnya  bersegregasi  pada  populasi  A  dan  C. Tanaman    populasi  A  bersegregasi  1:1  pada  20 lokus  marka  RAPD  untuk  lokus-lokus  yang muncul  pada  PB  260  tetapi  tidak  muncul  pada PN  7111    diduga  PB  260  mempunyai  genotipe heterozigot dan PN 7111 homozigot resesif untuk lokus-lokus  tersebut. Sedangkan  pada  10  lokus lainnya  yang    bersegregasi  1:1  pada  populasi  A yang  tidak  muncul   pada  PB  260  tetapi  muncul pada PN 7111 diduga PB 260 bersifat homozigot resesif      dan PN 7111 bersifat heterozigot untuk 10  lokus  tersebut.    Tanaman    populasi  C mempunyai  rasio segregasi  1:1  pada  19  lokus marka  RAPD  untuk  lokus-lokus  yang  fragmen DNAnya  teramplifikasi  pada  PB  260.    Tanaman populasi  A  dan  C  sama-sama  bersegregasi  1:1 pada 15 lokus.
Marka-marka C08-650, D01-2200, H02-700, J20- 500 dan M20-850  merupakan penciri populasi A karena  fragmen  DNA  hanya  teramplifikasi  pada sebagian  tanaman      populasi  A,  tetapi  fragmen DNA  tersebut  tidak  teramplifikasi  pada  semua tanaman  populasi C.  Sedangkan 2 marka  yaitu W19-1300  dan  W19-1700  menjadi  penciri populasi  C  karena  hanya  muncul  pada  sebagian populasi  C  sedangkan  pada  populasi  A  fragmen DNA  tersebut  tidak  teramplifikasi  pada  semua tanaman  populasi A.
Lokus-lokus yang sama-sama teramplifikasi pada tetua  betina  dan  tetua  jantan  sebagian  besar bersegregasi  3:1  pada  tanaman    sedangkan sebagiannya  lagi  tidak  bersegregasi.    Tanaman populasi  A  dan  C  tidak  bersegregasi  pada  11 lokus    yang  monomorf  antara  PB  260  dan  PN 7111.      Proporsi  lokus  marka  RAPD  yang berfenotipe  sama  pada    PB  260  dan  PN  7111 yang  bersegregasi  3:1  pada  populasi  A  dan  C lebih  besar  dibandingkan  dengan  yang  tidak bersegregasi.    Dua  populasi  yang  diamati mempunyai  tingkat  heterozigositas  yang  tinggi pada marka RAPD.
Marka-marka  RAPD    yang  diamati  mempunyai genotipe  yang  berbeda  antar  marka  yang berbeda  dan  menghasilkan  konfigurasi  yang berbeda, sebagian mempunyai konfigurasi backcross ( test-cross )  dan  sebagiannya  lagi mempunyai konfigurasi F2.

## DAFTAR PUSTAKA
Grattapaglia  D,  Sederoff  R .    1994.    Genetic linkage  maps  of Eucaliptus  grandis and Eucaliptus  urophylla using  pseudo-test- cross:mapping strategy and RAPD
markers. Genetics . 137:1121-1137.
I rwansyah E .  2004.  Peta  pautan genetik marka RAPD  dan  analisis  QTL  kelapa  sawit menggunakan populasi silang balik generasi pertama menuju perbaikan kualitas  minyak  [disertasi].  Bogor:  Sekolah Pascasarjana, Institut Pertanian Bogor.
Jusuf  M .    2001. Genetika  I  :  Struktur  dan Ekspresi  Gen. Jakarta  :  Sagung  Seto. p40-41.
Levi  A dkk .    2001.    A  genetic  linkage  map  for watermelon  based  on  randomly  amplified polymorphic DNA markers. Amer Soc Hort Sci .  126(6): 730-737.
Liu  BH. 1998. Statistical  Genomics  :  Linkage, Mapping  and  QTL  Analysis .  Washington: CRC Pr.
Liu C,  Mei M .  2003.   Construction of a lychee genetic  linkage  map  based  on  RAPD markers.  [abstrak].    XXVI  International Horticultural  Congress:    Biotechnology  in Horticultural Crop Improvement; Achievements, Opportunities and Limitations. Nunome    T,  Yoshida  T,    Hirai  M . 1999.
Construction  of  AFLP  and  RAPD-based linkage  map  of  eggplant.    [abstrak].    Plant & Animal Genome VII Conference. January 17-21, 1999. San Diego.
Nurhaimi-Haris,  Woelan  S,  Darussamin  A . 1998.  RAPD  analysis  of  genetic  variability in  plant  rubber  ( Hevea  brasiliensis Muell. Arg)  clones.    Menara  Perkebunan.  66(1): 9-19.
Orozco-Castilo,  Chalmers  KJ,  Waugh  R, Powell  W .  1994.  Detection  of  genetic diversity  and  selective  gene  introgression in coffee  using  RAPD  markers.  Theor. Appl. Genet. 87:934-940.
Williams JGK, Kubelik AR, Livak KJ, Rafalsky JA,  Tingey  SV .  1990.  DNA  polymorphism amplified by arbitrary primers are useful as genetic  markers. Nucleic  Acid  Res 18:6531-6535.
Zulkifli  L .    2001.  Analisis  pembeda  klon  karet tahan  dan  rentan  penyakit  gugur  daun Coryneospora  serta  analisis  keragaman genetik dengan AFLP dan RAPD [disertasi].  Bogor:  Program  Pascasarjana,
Institut Pertanian Bogor.