Pendekatan secara in silico senyawa inhibitor ACE2 dari Senyawaan Ekstrak Asparagus Sebagai Kandidat Obat SARS- CoV-2
Fachrurrazie* 1 , Anom Cahyotomo 1 , Joko Untung 1 , Hanum Sekar Panglipur 1 , Imas Solihat 2 , Ardina Purnama Tirta 1 , Armi Wulanawati 3
1) Program Studi Analisis Kimia, Politeknik AKA Bogor, Bogor, 16154 Indonesia
2) Program Studi Nanoteknologi Pangan, Politeknik AKA Bogor, Bogor, 16154 Indonesia
3) Program Studi Kimia, FMIPA, Institut Pertanian Bogor, Bogor, 16680, Indonesia
*E-mail : fachrurrazie@kemenperin.go.id
(Received : 15 Mei 2022; Accepted: 19 Agustus 2022; Published: 26 Agustus 2022)

## Abstrak
Virus  SARS-CoV-2  telah  menjadi  pandemik  sejak  menyebar  melalui  kontak  erat  penyintas  dari  kota  Wuhan, virus  ini  telah  bermutasi  menjadi  varian  B.117  yang  telah  ditemukan  kasusnya  di  Inggris  Raya.  Pemblokiran antara spike glikoprotein  virus  dengan  ACE2  dapat  terjadi  saat  pasien  memproduksi  antibodi,  seperti  saat pemberian  vaksinasi  SARS-CoV-2  kepada  pasien  sehingga  antibodi  dapat  berikatan  dengan spike protein  dan mencegah pembentukan ikatan dengan ACE2, ataupun dengan penggunaan suatu senyawa yang dapat berikatan dengan spike glikoprotein  virus  sehingga  proses  pembauran  virus  dengan  sel  inang  dapat  dicegah.  Kehadiran spike glikoprotein  yang  berikatan  dengan  ACE2  menjadi  jalur  penting  bagi  siklus  hidup  virus  dan  diyakini sebagai  target  utama  untuk  diblokir.  Asparagus  mengandung  senyawa-senyawa  yang  ada  memiliki  aktivitas antivirus  yang  sampai  saat  ini  belum  ada  penelitiannya  baik  secara in  vitro maupun  maupun in  vivo ,  sehingga perlu  dilakukan  penelitian  secara  in-siliko  untuk  menapisnya.  Dari  hasil  penelitian  didapatkan  bahwa  senyawa Dioscin memiliki interaksi terkuat dengan situs aktif ACE2 diantara senyawa 67 senyawa kandidat lainnya yaitu sebesar -7.5 kkal/mol.
Kata kunci: ACE2; Asparagus; Covid19; Sars-Cov-2; Shatavarin VII

## Abstract
The SARS-CoV-2 virus has become a pandemic since it spread from the city of Wuhan. The virus became B.117 variant has been reported in the United Kingdom. Blocking between the viral spike glycoprotein and ACE2 can occur when the patient delivers antibodies, such as when giving SARS-CoV-2 vaccination to the patient so that the antibody can bind to the spike protein and prevent formation with ACE2, or by using a compound that can bind  to  the  virus.  Spike  glycoprotein  that  the  virus  assimilation  process  with  host  cells  can  be  vulnerable. Asparagus contains compounds that have an anti-viral activity which nowadays has been no research either in vitro or in vivo. It was necessary to do in-silico research to filter it out. This study, reported that Dioscin most interacted with the active site of ACE2 was -7.5 kcal/mol, amongst 67 candidate compounds.
Keywords: ACE2; Asparagus; Covid19; Sars-Cov-2; Shatavarin VII

## PENDAHULUAN
Kehadiran severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) pada akhir tahun 2019 di  Wuhan,  China  telah  menjadi  ancaman  kesehatan dunia sampai saat ini. SARS-CoV-2 dapat menginfeksi manusia salah satunya melalui pembentukan ikatan antara spike glikoprotein dengan reseptor  seluler Angiotensin  Converting  Enzyme  2 (ACE2) sehingga menjadi perantara proses pembauran  antara  virus  dengan  sel  membran  inang (Yan et  al .,  2021). Spike glikoprotein  pada  SARS- CoV-2 terdiri dari subunit 1 (S1) dan sub unit 2 (S2). S1  merupakan  bagian  utama  dari spike protein  yang terdiri  dari receptor  binding  protein (RBD)  dan
dapat  berinteraksi  dengan  permukaan  sel  ACE2 sedangkan  S2  memfasilitasi  pembauran  membran virus ke dalam membran sel inang (Lan et al ., 2020). Kehadiran spike glikoprotein  yang  berikatan  dengan ACE2  menjadi  jalur  penting  bagi  siklus  hidup  virus dan  diyakini  sebagai  target  utama  untuk  diblokir sehingga  dapat  mencegah  masuknya  virus  ke  dalam sel inang.
Pemblokiran  antara spike glikoprotein  virus dengan ACE2 dapat terjadi saat pasien memproduksi antibodi,  seperti  saat  pemberian  vaksinasi  SARS- CoV-2  kepada  pasien  sehingga  antibodi  dapat berikatan  dengan spike protein  dan  mencegah
pembentukan  ikatan  dengan  ACE2,  ataupun  dengan penggunaan  suatu  senyawa  yang  dapat  berikatan dengan spike glikoprotein  virus  sehingga  proses pembauran  virus  dengan  sel  inang  dapat  dicegah. Sampai  saat  ini  terdapat  beberapa  penelitian  yang telah  dilakukan  secara in  silico untuk  mencari kandidat  senyawa  yang  dapat  berperan  memblokir spike glikoprotein  SARS-CoV-2,  (Gangadevi et  al ., 2021).  Gangadevi et  al. ,  (2021).  juga  melaporkan penapisan  secara  virtual  bahwa  Kobofenol  A memiliki  potensi  sebagai  senyawa  penghambat (inhibitor).  Kobofenol  A  telah  diketahui  secara in vitro dapat  memblokir  interaksi  antara  reseptor ACE2 dan S1 (Gangadevi et al ., 2021). Harisna et al. (2021)  telah  berhasil  menampilkan docking  analysis dari  protein  propolis  (22  senyawa  dalam  propolis) yang  beberapa  senyawanya  dapat  menghambat aktivitas SARS-CoV-2 main protease (M pro ).
Asparagus  sp.  telah  lama  dikenal  sebagai obat  tradisional  yang  memiliki  banyak  khasiat mengobati  kondisi  patologis  seperti  obat  sakit  gigi, jerawat,  rematik,  pegal  linu,  laksatif  dll.  Dari penelitian  terbaru  menunjukkan  Asparagus  sp. memiliki  aktivitas  antikanker,  antioksidan,  dan antiinflamasi. Hasil Penelitian Chikhale et al . (2020) menemukan  14  senyawa  fitokimia  berpotensial  dari Asparagus  racemosus  berdasarkan  jenis  interaksi ikatan  yang  terjadi  antara  senyawa  fitokimianya dengan spike protein.  Komponen  kimia  yang kompleks  pada  asparagus,  perlu  dikembangkan untuk  meningkatkan  mutu  dan  mengembangkannya menjadi  produk  pangan  fungsional.  Beberapa komponen  bioaktif  pada  asparagus  merupakan kelompok  senyawa  fenolik  yang  berfungsi  sebagai antioksidan  alami  (Lisiewska et  al. ,  2004). Komponen  bioaktif  asparagus  menurut  penelitian Duniaji et. al. (2016), asparagus mempunyai potensi sebagai  antioksidan  karena  mampu  mereduksi senyawa  radikal  dengan  komponen  klorofil  dan senyawa fenolik yang dikandungnya. Hingga saat ini belum  ada  penelitian  yang  membahas  sifat  antivirus dari  senyawa-senyawa  bioaktif  yang  ada  pada Asparagus.
Kami  sebagai  peneliti  menduga  bahwa senyawa-senyawa  yang  ada  pada  Asparagus  sp. memiliki  aktivitas  antivirus  yang  sampai  saat  ini belum ada penelitiannya baik secara in vitro maupun in vivo , sehingga perlu dilakukan penelitian secara in silico untuk  menapis  senyawa-senyawa  yang berfungsi  sebagai  antivirus.  Lebih  dari  itu  proses desain  obat  membutuhkan  waktu  yang  lama  dan biaya  yang  mahal.  Oleh  karena  itu,  metode docking molekuler adalah langkah pertama dalam desain obat berbasis  struktur.  Metode  ini  sangat  cepat,  hemat biaya,  dan  akurat  (Wulanawati et  al .,  2018). Penelitian ini dilakukan secara in silico menggunakan  metode docking molekuler.  Prinsip docking molekuler adalah dengan mengikatkan ligan pada  enzim  sehingga  membentuk  konformasi molekul kompleks (Noviardi dan Fachrurrazie 2015).
Penelitian yang dilakukan diharapkan dapat menemukan  senyawa  yang  memiliki  potensi  untuk dijadikan obat COVID-19.
Pada penelitian ini akan dikaji secara in silico kemungkinan  senyawa  dari  ekstrak  asparagus  pada berbagai  negara  yang  dapat  digunakan  untuk mencegah pembauran virus dengan sel inang melalui pemblokiran  ACE2.  Setiap  senyawa  akan  dicek interaksi  molekulernya  dengan  metode docking molekuler  ( docking )  sehingga  dapat  dianalisis interaksi yang terjadi dan toksisitas serta kompabilitas  senyawa  berdasarkan lipinski  rule  of five .  Semoga  penelitian  ini  dapat  dijadikan  acuan untuk  membuat  senyawa  sintetik  yang  memiliki afinitas  yang  lebih  baik  sebagai  kandidat  senyawa obat SARS-CoV-2.

## BAHAN DAN METODE Bahan dan Alat
Alat  yang  digunakan  pada  penelitian  ini ialah  komputer  yang  memiliki  spesifikasi  prosesor tipe  Intel®  Core  i7  4770K,  8M  Cache,  up  to  3.90 GHz RAM 16 GB, SSD SATAIII 500GB, serta kartu grafis  NVIDIA  GTX  980  4  GB  VRAM,  perangkat lunak  ACD  Chem  Sketch 12.1 ( Advanced Chemistry Development ,  Toronto,  CA,  USA),  Marvin  Sketch (ChemAxon,  Boston,  MA,  USA),  AutoDock  Vina 1.1.2  (Trot  dan  Olson  2010),  AutoDock  Tools  1.5.6 (Goodsell  dan  Olson  1990),  dan Discovery  Visual Analyzer (Biovia  2015).  Bahan  yang  digunakan berupa  ligan  yang  didapatkan  dari  telaah  Pustaka terhadap 94 senyawa yang berhasil diidentifikasi dari Asparagus officinalis , Asparagus Racemosus , Asparagus  Filicinus , Asparagus  Acutifolius ,  berupa asam  organik,  asam  amino,  peptida  dan  turunannya, polifenol,  oksilipins,  dan  lainnya  (Jiménez-Sánchez et  al .,  2016).  Protein  SARS-CoV-2  variant  B.1.1.7 PDB  ID  7EDJ  (Yang et  al .,  2021)  yang  digunakan ialah protein dalam keadaan berikatan dengan ACE2. Struktur protein diunduh dari Research Collaboratory for  Structural  Bioinformatics  Protein  Data  Bank (RCSB PDB) pada laman https://www.rcsb.org/

## Metode Penelitian
Pada  tahapan  penyiapan  berkas  ligan, sebanyak  67  ligan  yang  memiliki  potensi  sebagai obat  yang  didapatkan  dari  hasil  studi  pustaka digambarkan struktur 2 dimensinya dengan menggunakan  perangkat  lunak  ACD Chem  Sketch lalu disimpan dalam  format .mol. Struktur 2 dimensi ligan  kemudian  digambarkan  menjadi  bentuk  3 dimensi  dengan  menggunakan  perangkat  lunak Marvin  Sketch  dan  disimpan  dalam  format  .mol. Ligan  yang  sudah  dalam  format  .mol  kemudian diubah  format  menjadi  .pdb  dengan  menggunakan perangkat  lunak  Marvin  Sketch.  Ligan  yang  sudah dalam  format  .pdb  lalu  diproses  dengan  perangkat lunak Python Molecule Viewer dan dipilih AutoDock Tools.  Ligan  kemudian  disimpan  dalam  format .pdbqt. Protein SARS- CoV-2 varian B.1.1.7 PDB ID
7EDJ  yang  digunakan  ialah spike protein  dalam keadaan  terikat  dengan  ACE2  yang  ditelusuri  dan diunduh  pada  situs Research  Collaboratory  for Structural Bioinformatics Protein Data Bank (RSCB PDB) pada alamat http://www.rcsb.org dalam format .pdb.  Protein  7EDJ  dalam  format  .pdb  diproses menggunakan  perangkat  lunak  Python  Molecule Viewer  lalu  dipilih  AutoDock  Tools.  Setelah  itu semua  molekul  air  dihilangkan  dan  ditambahkan kembali  atom  hidrogen  polar.  Protein  kemudian disimpan dalam format .pdbqt.
Optimasi Grid (Penentuan Tapak Aktif) (Morris et al ., 2009) Tapak aktif protein dicari dengan menggunakan  struktur spike protein  yang  telah berikatan  dengan  ACE2.  Struktur  protein  ini didapatkan  dari  RCSB  PDB  dengan  PDB  ID  7EDJ. Setelah  didapatkan  tapak  aktif  protein  dari  7EDJ, tapak  aktif  protein  tersebut  ditandai  dengan  warna merah,  setelah  itu  dilakukan  pengaturan  grid. Pengaturan  grid  ditentukan  berdasarkan  bentuk protein dengan nilai sumbu X, Y, dan Z yang sesuai. Posisi  grid  box  diatur  hingga  menutupi  seluruh bagian  sisi  aktif.  Hasil  dari  optimasi  tapak  aktif kemudian disimpan dalam bentuk .gpf.
Docking (Morris et al ., 2009)
Hasil  optimasi  grid  disimulasikan  dengan menjalankan proses autogrid.  Setelah proses tersebut selesai,  dilakukan  persiapan  parameter docking dengan  mengatur  fleksibilitas  makromolekul  dan ligan  juga  dipilih.  Proses  output  diatur  dengan  Vina Config  (vina.txt).  Proses docking disimulasikan dengan  menjalankan  proses  AutoDock  Vina.  Setelah proses  ini  selesai,  akan  didapatkan  nilai  ΔG  dan berkas  hasil  dari docking akan  memiliki  format ligan_out.pdbqt.  Hasil docking kemudian  dianalisis menggunakan pilihan analyze dalam perangkat lunak AutoDock.
Visualisasi Hasil Docking Visualisasi dan analisis lebih lanjut dilakukan dengan kompleks yang telah dalam format ligan_out.pdbqt  menggunakan  bantuan  perangkat lunak Discovery Visual Analyzer untuk melihat tapak pengikatan dan interaksi ligan dengan protein.

## HASIL DAN PEMBAHASAN
SARS-CoV-2  dapat  terus  berkembang sehingga  dapat  menginfeksi  manusia  dan  dapat memberikan  efek  serius  hingga  ancaman  kematian yang  tinggi.  SARS-CoV-2  dikelompokan  menjadi empat kelompok besar berdasarkan struktur genomnya,  yaitu  alfa,  beta,  gamma,  dan  delta (Gurung et  al .,  2020).  SARS-CoV-2  alfa  dan  beta adalah kelompok yang menyebabkan infeksi pernafasan  pada  manusia  dan  gastroenteritis  pada mamalia (Zhou et al ., 2015). Hasil penelitian Walls et al . (2020) menemukan bahwa SARS-CoV-2
mengenali  ACE2  sebagai  reseptornya.  RBD  subunit S1  berperan  berikatan  dengan  reseptor  sel  inang ACE2. Spike protein SARS-CoV-2 B117 (Gambar 1) dalam  keadaan  terbuka  (Gambar  2b)  yang  dapat diakses reseptor ACE2.
Virus  SARS-CoV-2  Varian  B.1.1.7  lebih mudah  menular  karena  adanya  mutasi  pada  protein spike 7EDJ.  Virus corona  yang  menyebabkan  wabah COVID-19 adalah Severe Acute Respiratory Syndrome  Coronavirus-2  (SARS-CoV-2)  (Phadke dan  Saunik  2020).  Saat  terjadi  infeksi, spike protein akan berikatan dengan reseptor Angiotensin converting  enzyme 2  (ACE)  kemudian  terbelah menjadi  dua  subunit,  S1  dan  S2. Transmembrane serine  protease  2 (TMPRSS2)  melakukan priming pada spike protein  dengan  membelahnya  menjadi subunit  S1  dan  S2  (Hoffmann et  al .,  2020).  Subunit S1  berisi Receptor  Binding  Domain (RBD)  yang dapat  langsung  mengikatkan  SARS-CoV-2  dengan ACE2. Sedangkan subunit S2 melakukan fusi virus di dalam  sel  inang  (Hoffmann et  al .,  2020). Penghambatan  protein spike 7EDJ  ini  dipercaya dapat  mencegah  virus  SARS-CoV-2  Varian  B.1.1.7 menempel  pada  reseptor  ACE2.  Pendekatan  dengan menggunakan  reseptor  ACE2  dan  TMPRSS2 dilakukan untuk mengetahui bagian dari spike protein virus  yang  memungkinkan  untuk  dihambat  dengan golongan  senyawa  kandidat  yang  berpotensi  sebagai kandidat obat COVID-19.
Spike protein  memainkan  peran  paling penting  dalam  perlekatan,  fusi  dan  entri  virus,  serta berfungsi  sebagai  target  untuk  pengembangan antibodi, inhibitor entri, dan vaksin (Tai et al ., 2020). Spike protein  adalah  protein  struktural  yang bertanggung  jawab  atas  bentuk  seperti  mahkota  dari partikel virus CoV, dari mana nama asli virus corona diciptakan. Spike protein  terdiri  dari  dua  subunit fungsional, yaitu S1 dan S2. Subunit S1 mengandung domain  pengikat  reseptor  (RBD)  yang  bertanggung jawab  untuk  mengikat  reseptor  sel  inang.  Hasil penelitian  Walls et  al .  (2020)  didapatkan  bahwa SARS-CoV-2  mengenali  angiotensin  converting enzyme  2  (ACE2)  manusia  sebagai  reseptornya. ACE2  dapat  ditemukan  pada  mukosa  oral  dan  nasal, nasofaring,  paru,  lambung,  usus  halus,  usus  besar, kulit, timus, sumsum tulang, limpa, hati, ginjal, otak, sel  epitel  alveolar  paru,  sel  nterosit  usus  halus,  sel endotel arteri vena, dan sel otot polos (Burhan et al ., 2020).
Gambar 1.   7EDJ  SARS-CoV-2  Varian  B.117 Spike Protein .
Tapak  aktif spike protein  didapatkan  dari struktur  kristal spike protein  yang  telah  berikatan dengan  reseptornya,  yaitu  ACE2  dengan  PDB  ID 6M0J  (Lan et  al .,  2020).  Asam  amino  Gln493  pada spike protein  diketahui  memiliki  interaksi  dengan Lys31,  His34,  dan  Glu35  pada  ACE2.  Asam  amino Thr500 pada spike protein juga diketahui membentuk ikatan hidrogen dengan Tyr41 pada ACE2. Selain itu, asam  amino  Gly502  pada spike protein  diketahui membentuk  ikatan  hidrogen  dengan  Lys353  pada ACE2.  Asam  amino  Ty505  pada spike protein  juga terlihat  membentuk  ikatan  hidrogen  dengan  Glu37 pada ACE2.
Sebanyak  empat  residu  pada spike protein ini  dipilih  sebagai  tapak  aktif spike protein  dengan reseptor  ACE2.  Pada  mutasi  B117  terdapat pergeseran  tapak  aktif  ACE2  yang  berikatan  pada spike protein  7EDJ  bergeser  pada  protein  Asp30 Lys31  His  34  Tyr41,  dan  Gln  42  Kemudian dilakukan  grid  pada  tapak  aktif  yang  diketahui  telah berikatan langsung dengan reseptor ACE2.
Gambar 2. ACE2 Docking Site
Hasil  penelitian  Iqbal  (2017)  menemukan terdapat  dua  macam  cara  dalam  menentukan  grid, dengan  metode  oriented docking ,  yaitu  grid  box hanya menutupi sisi aktif tertentu pada protein target dan  metode blind docking ,  yaitu  grid  box  menutupi semua  permukaan  protein  target.  Penelitian  ini menggunakan  metode  oriented docking sehingga hanya tapak aktif yang telah diketahui yang ditutupi.
Gambar 3 menunjukkan posisi ketiga tapak aktif pada spike protein.  Tapak  aktif spike protein  yang berikatan dengan reseptor ACE2 memiliki titik pusat grid  X,  Y,  dan  Z  kemudian  diatur  berturut-turut 79.561; 81.535; 28.57 dengan dimensi kubus X, Y, Z, berturut-turut  80,  40,  80  dengan  nilai  Å  0,375 (Gambar 3).
Gambar 3.   Grid Box Position terhadap ACE2 Situs Aktif
Situs  aktif  enzim  digambarkan  sebagai gembok  yang  kaku  dan  kokoh,  dengan  tepat  hanya satu  substrat  kunci  (Tripathi  dan  Bankaitis  2017). pengikatan  dalam  protein  adalah  fleksibel  dan  ligan yang berinteraksi menginduksi perubahan konformasi pada  situs  pengikatan  (Du et  al .,  2016).  Kedua mekanisme  ini  dilakukan  dengan  menggunakan pendekatan docking molekuler. Pada proses docking , protein virus diasumsikan  sebagai  molekul  yang  kaku,  sedangkan ligan  diasumsikan  sebagai  molekul  yang  memiliki beberapa  derajat  kebebasan,  terutama  dalam  sudut torsional,  karena  beberapa  parameter  lainnya  seperti panjang  ikatan  dan  sudut  ikatan  memiliki  nilai konstan  untuk  konformasi  molekul  yang  berbeda (Mulyati  2016).  Oleh  karena  itu,  hasil  yang  didapat setelah tahap docking adalah berbagai energi afinitas interaksi  ligan  yang  dapat  terikatpada  tapak  aktif protein target.
Pengikatan protein-ligan hanya terjadi ketika perubahan  energi  bebas  Gibbs  (ΔG)  dari  sistem negatif, ketika sistem mencapai keadaan kesetimbangan pada tekanan dan suhu konstan (Du et al .,  2016).  Nilai  ΔG  dapat  dianggap  menentukan stabilitas  kompleks  protein-ligan  tertentu  karena tingkat  hubungan  protein-ligan  ditentukan  oleh besarnya  ΔG  negatif  (Du et  al .,  2016).  Oleh  karena itu,  hasil docking molekuler  yang  diinginkan  adalah suatu konformasi dengan nilai ΔG yang rendah.
Nilai  energi  bebas docking yang  semakin negatif  dan  kecil  menunjukkan  konformasi  yang terbentuk  antara  ligan  dan  enzim  semakin  stabil (Idrees et  al .,  2014).  Hasil docking kelompok senyawa  penghambat  ACE2  pada  Gambar  4 menunjukkan  senyawa  dioscin  memiliki  nilai  ΔG terkecil,  yaitu  -7,5  kkal/mol  yang  merupakan  hasil karakterisasi dari ekstrak akar Aspergillus Racemosus yang  ditanam  di  India  yang  diteliti  oleh  Sidiq et  al . (2011).
Gambar 4. (A)  Dioscin  (B)  Aspafilioside  B  (C) Aspafilioside  A  dan  (C)  Shatavarin  VII docked dengan situs aktif ACE2.
Pada  senyawaan  Aspafilioside  A,  B  dan Shatavarin  VII  didapatkan  nilai  ΔG  berturut-turut  - 7,1;  -7,4  ;  dan  -7,2  kkal/mol  dimana  didapatkan  dari ekstrak  ekstrak  akar Asparagus  racemosus yang ditanam  di  Australia  dan Asparagus  Filicinus di Yunnan  China  yang  diteliti  oleh  Zhou et  al .  (2012) dan  Hayes et  al .  (2008).  dari  interaksi  yang ditampilkan terlihat bahwa dioscin memiliki interaksi hidrogen dengan Asp 30 dan Asp 38 yang merupakan interaksi  hidrogen  yang  merupakan  interaksi  fisik yang kuat (Gambar 5).
Dari Gambar 5, diketahui interaksi shatavarin  VII  juga  memiliki  interaksi  kuat  dengan His 34, Asn 33, dan Glu 37, sedangkan Aspafilioside A dan B memiliki interaksi kuat dengan Ala 387 dan His  34.  interaksi  tersebut  tergolong  pada  interaksi dipol-dipol  dan  hidrogen.  Selain  interaksi  tersebut juga  ada  interksi  Van  der  Waals  dengan  gugus protein  ACE2  yang  terlihat  pada  hasil  visualisasi docking dengan  menggunakan  Discovery  Visual Analyzer. Keempat senyawa ligan tersebut merupakan hasil penapisan dari 67 senyawa lain yang di docking pada sisi aktif ACE2 (Gambar 6).
Gambar 5. (A) Dioscin (B)Aspafilioside B (C)Aspafilioside  A  dan  (C)  Shatavarin  VII interaksi dengan gugus protein di situs aktif ACE2.
Tabel 1.   Kriteria  Lipinski  Rule  of  Five  dari  empat senyawa  kandidat  obat  SARS-CoV-2  dari Ekstrak Asparagus.
Ligan Dioscin Aspa filioside A Aspa filioside B Shata varin VII Lipinski Rule of Five Massa (dalton) 868.00 710.00 826.00 884.00 <500 Donor Ikatan Hidrogen 8.00 6.00 7 9 <5 Akseptor Ikatan Hidrogen 16.00 12.00 15 17 <10 Log P 2.42 2.08 1.57 0.06 <5 Refraktifitas Molar 212.57 176.99 202.22 212.99 40-130
A B A B C D C D
Gambar  6.  Hasil docking 67  senyawa  dari  ekstrak Asparagus
Dari  tabel  1  didapatkan  bahwa  hanya senyawa Aspafilioside A yang mendekati kriteria dari Lipinski Rule  of  Five (RoF),  yang  merupakan  Sifat- sifat  yang  masuk  pada  RoF  ini  sesuai  dengan penyerapan  obat  yang  baik  di  membran  dan kemampuannya  untuk  melintasi  penghalang  usus. Kandidat  obat  asparagus  ini  kurang  baik  untuk  tipe obat  yang  nantinya  diberikan  sediaan  dalam  bentuk oral  namun  dapat  dijadikan  alternatif  jika  digunakan dalam  bentuk  sediaan  oral  inhalasi  serta  dikatakan mampu  menghambat  interaksi  ACE2  dengan  virus SARS-CoV-2 karena secara in silico terlihat interaksi kuat  pada  tapak  aktif  yang  nantinya  akan  diserang oleh  virus  sebagai  jalan  masuk  kedalam  sel  inang. Dengan mekanisme penghambatan diharapkan bahwa tapak  aktif  ACE2  dapat  terlindungi  dengan  adanya ligan tersebut.

## KESIMPULAN
Docking oleh  115  senyawa  terhadap  tapak aktif spike protein  SARS-CoV-2  yang  berikatan dengan  ACE2,  menghasilkan  empat  senyawa  paling berpotensial menjadi kandidat obat COVID-19 dalam sediaan  oral  inhalasi.  Senyawa  Dioscin  dari kelompok  senyawa  fitokimia  memiliki  nilai  ΔG  -7,5 kkal/mol.  Nilai  ΔG  tersebut  merupakan  nilai  ΔG paling  rendah  dari  67  senyawa  kandidat  yang
ditambatkan  pada  tapak  aktif spike protein  SARS- CoV-2 dengan ACE2.

## DAFTAR PUSTAKA
Biovia,  D.S.  (2015). Discovery  Studio  Modeling Environment .  San  Diego  (US):  Dassault
Systems. Burhan  E.,  Isbaniyah  F.,  Susanto  A.D.,  Aditama, T.Y.,  Soedarsono,  Sartono,  T.R.,  Sugiri, Y.J., Tantular, R., Sinaga, B.Y.S., Handayani,  R.R.D.,  Agustin,  H.  (2020). Pneumonia  COVID-19:  Diagnosis  dan Penatalaksanaan  di  Indonesia .  Jakarta: Perhimpunan Dokter Paru Indonesia.
Chikhale, R.V., Sinha, S.K., Patil, R.B., Prasad, S.K.,
Shakya,  A.,  Gurav,  N.,  Prasad,  R., Dhaswadikar, S.R., Wanjari, M., dan Gurav, S.S.  (2020).  In-silico  investigation  of phytochemicals  from  Asparagus  racemosus as  plausible  antiviral  agent  in  COVID-19. J Biomol Struct Dyn . 0(0), 1–15.
Duniaji,  A.S.,  Suprapta,  D.N.,  Puspawati,  N.N.,  dan
Yoga,  I.B.  (2016).  Studi  komponen  bioaktif asparagus ( Asparagus officinalis ) dan potensinya sebagai antioksidan. Jural Ilmiah
Teknologi  Pertanian  AGROTECHNO ,  1(1),
56–61. Du,  X.,  Li,  Y.,  Xia,  Y.L.,  dan  Ai,  S.M.  (2016).
Insights  into  protein-ligand  interactions: mechanisms, models, and methods.
International Journal of Molecular
Sciences , 17(2), 1-34.
Gangadevi,  S.,  Badavath,  V.N., Thakur,  A.,  Yin,  N., De  Jonghe,  S.,  Acevedo,  O.,  Jochmans,  D., Leyssen,  P.,  Wang,  K.,  Neyts,  J.,  Yujie,  T., Blum,  G.  (2021).  Kobophenol  A  Inhibits Binding of Host ACE2 Receptor with  Spike RBD  Domain  of  SARS-CoV-2,  a  Lead Compound for Blocking COVID-19. J Phys Chem Lett ,12,1793–802.
Goodsell,  D.S.,  dan  Olson,  A.J.  (1990).  Automated Docking  of  Substrates  to  Proteins  by Simulated  Annealing  Proteins:  Structure, Function and Genetics., 8, 195-202.
Gurung,  A.B.,  Ali,  M.A.,  Lee,  J.,  Farah,  M.A.,  Al- Anazi,  K.M.  (2020).  Unravelling  lead antiviral phytochemicals for the inhibition of SARS-CoV-2  Mpro  enzyme  through  in silico approach. Life Sciences , 255, p.117831.
Harisna,  A.H.,  Nurdiansyah,  R.,  Syaifie,  P.H., Nugroho,  D.W.,  Saputro,  K.E.,  Firdayani, Prakoso,  C.D.,  Rochman,  N.T.,  Maulana, N.M., Novriyanto, A., Mardliyati, E. (2021). In silico investigation of potential inhibitors to main protease and spike protein of SARS- CoV-2  in  propolis. Biochem  Biophys  Rep , 26, 100969.
Hoffmann,  M.,  Kleine-Weber,  H.,  Schroeder,  S., Krüger,  N.,  Herrler,  T.,  Erichsen,  S.,
Schiergens,  T.S.,  Herrler,  G.,  Wu,  N.H., Nitsche,  A.,  Müller,  M.A.,  Drosten,  C., Pöhlmann,  S.  (2020).  SARS-CoV-2  Cell Entry Depends on ACE2 and TMPRSS2 and Is  Blocked  by  a  Clinically  Proven  Protease Inhibitor. Cell , 181(2), 271-280.
Idrees,  S.,  dan  Ashfaq,  U.A.  (2014).  Discovery  and design  of  cyclic  peptides  as  dengue  virus inhibitors through structure-based molecular docking. Asian  Pacific  Journal  of  Tropical Medicine , 7(7), 513-516. Jiménez-Sánchez, C., Lozano-Sánchez, J., Rodríguez-Pérez,  C.,  Segura-Carretero,  A., dan Fernández-Gutiérrez, A. (2016). Comprehensive,  untargeted,  and  qualitative
RP-HPLC-ESI-QTOF/MS2
metabolite profiling  of  green  asparagus  (Asparagus officinalis). J  Food  Compos  Anal ,  46,  78– 87.
Lan,  J.,  Ge,  J.,  Yu,  J.,  Shan,  S.,  Zhou,  H.,  Fan,  S., Zhang,  Q.,  Shi,  X.,  Wang,  Q.,  Zhang,  L.,
Wang,  X.  (2020).  Structure  of  the  SARS- CoV-2 spike receptor-binding domain bound to the ACE2 receptor. Nature , 1-16,
Lisiewska,  Z.,  Kmiecik,  W.,  dan  Slupski,  J.  (2004).
Content  of  chlorophyll  and  carotenoids  in frozen  dill:  effect  of  usable  part  and  pre- treatment  on  the  content  of  chlorophyll  and carotenoids
in frozen dill ( Anethumgraveolens L),  depending  on  the time  and  temperature  of  storage. Food Chemistry , 84, 511-518.
Morris,  G.M.,  Huey,  R.,  Lindstrom,  W.,  Sanner, M.F.,  Belew,  R.K.,  Goodsell,  D.S.,  dan Olson, A.J. (2009). AutoDock4 and AutoDockTools4:  automated  docking  with selective  receptor  flexibility. J  Comput
Chem , 30(16), 2785-2791.
Mulyati,  B.  (2016).  Studi  Komputasi  Interaksi Isoflavon  Dengan  Reseptor  Estrogen  Β Menggunakan  Metode  Oniom. EduChemia , 1(2),137–148.
Noviardi,  H.,  dan  Fachrurrazie,  F.  (2015).  Potensi Senyawa  Bullatalisin  Sebagai  Inhibitor Protein  Leukotrien  A4  Hidrolase  Pada Kanker Kolon Secara in silico. Fitofarmaka . J. Ilm. Farm , 5(2), 65–73.
Sidiq,  T.,  Khajuria,  A.,  Suden,  P.,  Singh,  S.,  Satti, N.K.,  Suri,  K.A.,  dan  Johri,  R.K.  (2011).  A novel sarsasapogenin glycoside from
Asparagus  racemosus  elicits  protective immune responses against HBsAg. Immunology Letters , 135(1–2), 129–135.
Tai, W., He, L., Zhang, X., Pu, J., Voronin, D., Jiang, S.,  Zhou,  Y.,  dan  Du,  L.  (2020). Characterization  of  the  receptor-binding domain  (RBD)  of  2019  novel  coronavirus: implication for development of RBD protein as  a  viral  attachment  inhibitor  and  vaccine. Cellular  and  Molecular  Immunology ,  17, 613-620.
Tripathi,  A.,  dan  Bankaitis,  V.A.  (2017).  Molecular docking:  from  lock  and  key  to  combination lock. Journal  of  Molecular  Medicine  and Clinical Applications , 2(1), 1-19.
Trott,  O.,  dan  Olson,  A.J.  (2010).  AutoDock  Vina: improving  the  speed  and  accuracy  of docking  with  a  new  scoring  function, efficient  optimization,  and  multithreading. Journal  of  computational  chemistry ,  31(2), 455-461.
Walls,  A.C.,  Park,  Y.J.,  Tortorici,  M.A.,  Wall,  A., McGuire,  A.T.,  dan  Veesler,  D.  (2020). Structure,  function,  and  antigenicity  of  the SARS-CoV-2 spike glycoprotein. Cell ,  180, 281-292
Wulanawati,  A.,  Noviardi,  H.,  dan  Ibrohim,  M.S.M. (2018).  Finding  a  potential  bruceine  d inhibitor  for  apoptotic  resistance  protein pancreatic  cancer  based  on  molecular docking. Indones  J  Chem .  18(3):566–572. doi:10.22146/ijc.25220.
Yan, R., Zhang, Y., Li, Y., Ye,  F., Guo, Y., Xia, L., Zhong,  X.,  Chi,  X.,  Zhou,  Q.  (2021). Structural basis for the different states of the spike  protein  of  SARS-CoV-2  in  complex with ACE2. Cell Res. , 31, 717–719. Yang, T.J., Yu, P.Y., Chang, Y.C., Liang, K.H., Tso, H.C.,  Ho,  M.R.,  dan  Hsu,  S.T.D.  (2021). Effect of SARS-CoV-2 B.1.1.7 mutations on spike  protein  structure  and  function.  Nature Structural  and  Molecular  Biology,  28(9), 731–739. https://doi.org/10.1038/s41594- 021-00652-z.
Zhou,  Y.,  Vedantham,  P.,  Lu,  K.,  Agudelo,  J., Carrion,  R.,  Nunneley,  J.W.,  dan  Simmons, G.  (2015).  Protease  inhibitors  targeting coronavirus  and  filovirus  entry. Antiviral Research , 116(2), 76–8.