Prevalence Analysis of WSSV ( White Spot Syndrome Virus ) in Vaname Shrimp ( Litopenaeus vannamei ) in Bengkalis District
Sidiq Malik Akbar 1* , Irwan Effendi 1 , Feliatra 1 , Nanang Muhson 2
1 Department of Marine Science, Faculty of Fisheries and Marine, Universitas Riau
2 Sultan Syarif Kasim II Class I Fish Quarantine Station, Pekanbaru Corresponding Author: sidiqmalikakbar@gmail.com
Diterima/Received: 11 August 2022; Disetujui/Accepted: 01 September 2022

## ABSTRACT
Vannamei  shrimp  ( Litopenaeus  vannamei )  is  one  type  of  shrimp  that  is  widely  cultivated  in Indonesia. Vannamei shrimp dominates aquaculture in Indonesia which was previously dominated by tiger shrimp ( Penaeus monodon ). WSSV, a double-stranded circular DNA  virus,  has become one of the  most  widespread  and  fatal  diseases  in  shrimp  populations.  Therefore,  it  is  necessary  to  conduct research  to  detect  the  WSSV  virus  that  attacks  white  vaname  shrimp  and  determine  the  prevalence rate  of  the  WSSV  virus  that  attacks  white  vaname  shrimp  in  Bengkalis  Regency.  This  study  was conducted from February to June 2022. The purpose of this study was to analyze the prevalence rate of the WSSV virus that attacks white shrimp in the Bengkalis Regency. The research method used in this study is a survey method. The results of the morphological examination did not show any clinical symptoms in vaname shrimp. Tests using PCR with specific primers measuring 941 bp showed DNA bands of vaname shrimp samples from 3 locations, namely Bengkalis district, Bukit Batu district and Rupat district. So the prevalence of the research results obtained is 0%.
Keywords: Disease, WSSV, White shrimp

## 1. PENDAHULUAN
Udang  vaname  ( Litopenaeus  vannamei ) adalah spesies udang budidaya utama di seluruh dunia  dan  lebih  dari  empat  juta  ton  diproduksi setiap  tahun.  Budidaya  spesies  ini  memainkan peran  penting  dalam  ketahanan  pangan  dan memberikan  kontribusi  signifikan  terhadap beberapa  ekonomi  nasional  dan  merupakan mata  pencaharian  di  negara  Asia,  Afrika  dan Amerika Selatan (Knib et al ., 2019).
Udang  vaname  memiliki  keuntungan tumbuh  lebih  cepat  daripada  spesies  udang lainnya  yang  memungkinkan  untuk  ditebar dengan  kepadatan tinggi.  Selain itu,  spesies  ini lebih  tahan  terhadap  kondisi  lingkungan  dan penyakit  dibandingkan  spesies  udang  lainnya, dan  cukup  populer  di  pasar  internasional (Herawati et al ., 2020).
Kabupaten Bengkalis, salah satu kabupaten  yang  terletak  di  Pesisir  Timur Sumatera, mempunyai wilayah yang strategis di Provinsi Riau. Potensi pengembangan budidaya udang  vaname  atau  udang  air  payau  sangat besar  di  Kabupaten  Bengkalis,  Provinsi  Riau. Lahan tambak di Kabupaten Bengkalis memiliki  potensi  udang  vaname  kurang  lebih 1.300  hektare.  Namun,  saat  ini  yang  baru
dimanfaatkan sekitar 100 hektar dengan jumlah pembudidaya sebanyak 61 pengusaha.
Pesatnya  ekspansi  budidaya  udang  yang intensif dan terindustrialisasi, berbagai penyakit telah  muncul  dan  menghambat  pembangunan berkelanjutan industri budidaya udang. Penyakit  selalu  menjadi  faktor  penting  yang membatasi  perkembangan  budidaya  udang.  Di antara  patogen  yang  menyebabkan  berbagai penyakit  pada  udang, white  spot  syndrome virus (WSSV)  diakui  sebagai  salah  satu ancaman  paling  serius  bagi  industri  udang karena  penularannya  yang  cepat,  tingkat kematian  yang  besar  dan  kisaran  inang  yang luas,  menyebabkan  kerugian  ekonomi  yang besar  setiap  tahun  (Yang et  al .,  2019).  Oleh karena  itu  perlu  dilakukan  penelitian  untuk mendeteksi  virus  WSSV  yang  menyerang udang vaname dan mengetahui tingkat prevalensi virus WSSV yang menyerang udang vaname.

## 2. METODE PENELITIAN

## Waktu dan Tempat
Penelitian  ini  dilaksanakan  dari  bulan Februari-April  2022.  Sampel  udang  vaname diambil  dari  Kecamatan  Rupat,  Kecamatan
Bengkalis, dan Kecamatan Bukit Batu Kabupaten Bengkalis, Provinsi Riau. Kemudian  pemeriksaan  sampel  dilakukan  di Laboratorium Stasiun Karantina
Ikan Pengendalian  Mutu  dan  Keamanan  Hasil Perikanan (SKIPM) Pekanbaru.

## Metode Penelitian
Metode penelitian yang digunakan dalam penelitian  ini  adalah  metode  survey.  yaitu dengan  mengambil  sampel  udang  vaname  di lapangan,  kemudian  dilakukan  analisis  seperti ekstraksi,  amplifikasi  dan  elektroforesis  pada udang vaname dilakukan pada laboratorium.

## Prosedur Penelitian Penanganan Sampel
Sampel  udang  yang  diambil  pada  saat dilapangan  dibawa  ke  laboratorium  virus SKIPM  Pekanbaru  dengan  metode fiksatif menggunakan  larutan  alkohol  70%  guna mencegah  autolisis  dengan  meninaktivasi enzim  lisosom  sehingga  struktur  baik  luar  atau dalam sel pada sampel udang tetap terjaga.

## Ekstraksi DNA
Proses Ekstraksi menggunakan  metode DTAB/CTAB.  Adapun  bagian  tubuh  udang yang  diambil  untuk  diekstraksi  adalah  kaki jalan,  kaki  renang,  dan  sedikit  daging.  Sampel udang  dikeringkan  dengan  teliti  menggunakan kertas  tissue, timbang  sampel sebanyak 20 mg, kemudian  sampel  dimasukkan  ke  dalam microtube 1,5 mL, ditambahkan 600 μL larutan DTAB. Kemudian sampel digerus menggunakan pestle sampai halus dan diinkubasi  pada  suhu  75 o C  selama  5  menit. Setelah  selesai,  sampel  dikeluarkan  dan didinginkan pada suhu ruang, ditambahkan 700 μL kloroform, kemudian vortex selama 20 detik hingga larutan homogen. Setelah itu, disentrifugasi  dengan  kecepatan  12.000  rpm selama  5  menit.  Supernatan  yang  dihasilkan dipindahkan  ke  microtube  1,5  mL  yang  baru, ditambahkan  100  μL  larutan  CTAB,  900  μL DEPC.ddH2O  dan  dihomogenkan.  Selanjutnya diinkubasi pada suhu 75 o C selama 5 menit. Setelah selesai, dikeluarkan dan didinginkan  sampai  suhu  ruang.  Setelah  dingin disentrifugasi  pada  12.000  rpm  selama  10 menit, supernatan  yang dihasilkan dibuang dan ditambahkan 150 μL Dissolve Solution . Setelah itu, diinkubasi pada suhu 75 o C selama 5 menit. Setelah  selesai  dikeluarkan  dan  didinginkan sampai  suhu  ruang.  Selanjutnya  disentrifugasi
pada  12.000  rpm  selama  5  menit.  Larutan bening yang ada dipindahkan ke microtube 0,5 mL  dan  ditambahkan  300  μL  etanol  96%  PA. dihomgenkan  menggunakan  vortex  selama  20 detik.  Kemudian  disentrifugasi  pada  12.000 rpm  selama  5  menit,  dekantasi  supernatan. Pellet  dikeringkan  dengan  cara  microtube dibalik dan diletakkan di atas tissue. Kemudian ditambahkan  DEPC.ddH2O  sebanyak  50  μl, simpan pada -20 o C sampai akan diamplifikasi.

## Amplifikasi DNA
Proses  amplifikasi  dilakukan  melalui  2 kali  proses  amplifikasi  yaitu  first  dan  nested, Dipersiapkan master mix dengan volume 25 µL per  satu  reaksi.  Dengan  membuat Master  Mix yang  merupakan  campuran  dari  primer  F sebanyak 1 μl, R sebanyak 1 μl, Go Taq Green 12,5  μl  dan  NFW  sebanyak  8,5  μl  ditambah  2 kontrol  (+)  dan  kontrol  (-),  semua  komposisi dicampur  menjadi  1  tube  dihomogenkan dengan  divortex  lalu  di spindown .  Setelah  itu campuran master  mix ditambahkan  2  μl template DNA  yang  merupakan  hasil  proses ekstraksi di amplifikasi dalam  mesin  PCR. Proses ini dilakukan melalui 2 kali tahapan.

## Elektroforesis
Pembuatan  gel agarose dilakukan  untuk mempersiapkan wadah sampel sebelum dilakukan  proses  elektroforesis.  Pembuatan  gel agarose ini dimulai dengan menambahkan 75 gr agarose dengan  50  ml TAE  Buffer ,  kemudian dipanaskan  kedalam  oven  selama  kurang  lebih 5 menit atau sampai tidak terdapat endapan dan agarose berwarna bening. Setelah itu tambahkan sybr  safe sebanyak  5  μl.  Kemudian dihomogenkan  dan  tuang  kedalam  bejana elektroforesis  yang  telah  di  pasang  sisir. Selanjutnya  ditunggu  hingga  gel  agarose menjadi  padat.  Setelah  padat  sisir  pada  bejana elektroforesis  dicabut  dan  ditambahkan TAE Buffer hingga menutupi media agar. Kemudian dimasukkan  secara  berurutan  kontrol  negatif, amplikon  sebanyak  5  sampel,  kontrol  positif dan marker atau bandsebagai penanda  kedalam sumur  sebanyak  5  µl.  Setelah  itu  sampel  di elektroforesis  dengan  voltase  100  volt  selama 30 menit.

## Visualisasi DNA
Visualisasi  DNA  dilakukan  dengan mengamati  sampel  yang  telah  melalui  proses PCR. Gel yang telah di elektroforesis ditiriskan lalu  diletakkan  pada  bagian  kotak  hitam  pada
alat  UV  transluminator.  Setelah  itu  menutup kaca  UV  dan  menekan  tombol  ON  kemudian hasil gel elektroforesis diamati dan didokumentasikan.  Setelah  melakukan  proses pengamatan dan dokumentasi gel hasil pengamatan  dibuang  ke  tempat  yang  telah disediakan.

## Pengukuran Parameter Kualitas Air
Pengukuran parameter kualitas air yang meliputi  pH,  suhu  dan  salinitas.  Parameter kualitas  air  diukur  disetiap  3  lokasi  berbeda pada Kabupaten Bengkalis.

## Analisis Data
Dari  hasil  deteksi  WSSV  terhadap sampel  yang  diperoleh  dari  lokasi  penelitian disajikan dalam bentuk gambar hasil visualisasi DNA kemudian akan dituangkan dalam bentuk grafik  non  parametrik  untuk  menggambarkan status tingkat prevalensi pada lokasi penelitian.
Informasi  sekunder  yang  diperoleh  dari  petani atau  pembudidaya  akan  di  kembangkan  atau dikaitkan dengan hasil penelitian.

## 3. HASIL DAN PEMBAHASAN Pengamatan secara Morfologi
Hasil pengamatan  secara morfologi pada sampel  udang  tidak  menunjukkan  adanya serangan  WSSV  yang  mana  apabila  udang terinfeksi  WSSV  ditandai  dengan  bintik-bintik putih  di  seluruh  permukaan  karapas.  Bintik- bintik  putih  di  permukaan  Tubuh  udang, merupakan  ciri  morfologi  Adanya  infeksi WSSV pada udang (Chang et al ., 1998; Hulten et al ., 2000; dan Rodriguez et al ., 2003). Semua sampel  udang  vaname  yang  diamati  memiliki anatomi  yang  normal,  memiliki  pergerakan yang  aktif  dan  tidak  terdapat  bintik  putih  pada bagian karapas.

## Gambar 1. Hasil Pemeriksaan Menggunakan
PCR  Sampel  Udang  Vaname Kecamatan Bengkalis Gambar  2.  Hasil  Pemeriksaan  Menggunakan PCR  Sampel  Udang  Vaname Kecamatan Bukit Batu
Gambar 3. Hasil Pemeriksaan Menggunakan PCR Sampel Udang Vaname Kecamatan Rupat Keterangan : K+ : Kontrol Positif; K-: Kontrol Negatif;  W.1R   :  Sampel  1;    W.2R:  Sampel  2; W.3R: Sampel 3; W.4R : Sampel 4;  W.5R  : Sampel 5; M : Marker (941 bp)

## Pemeriksaan menggunakan PCR
Pengujian  WSSV  bernilai  positif  atau negatif  dapat  diketahui  melalui  pemeriksaan
secara  molekular  dengan  menggunakan  PCR. Pengujian  WSSV  setelah  melalui  tahapan ekstraksi, amplifikasi dan elektroforesis
menunjukkan  nilai  negatif.  Perpendaran  pita DNA tidak muncul pada ukuran 941 bp. Hal ini menunjukkan  bahwa  tidak  adanya  sampel udang  vaname  yang  terinfeksi  virus  WSSV yang dapat dilihat pada (Gambar 1-3).

## Prevalensi Virus WSSV
Prevalensi  digunakan  untuk  menentukan jumlah  total  kasus  udang  vaname  yang terinveksi virus WSSV selama penelitian. Hasil dari prevalensi WSSV yang diidentifikasi akan dihitung dengan menggunakan rumus prevalensi.  tingkat  prevalensi  virus  WSSV, dapat dilihat pada Tabel 1.

## Tabel 1. Tingkat Prevalensi Virus WSSV
Kecamatan  Sampel Positif WSSV Prevalensi (%) Bengkalis 5 0 0 Bukit Batu 5 0 0 Rupat 5 0 0 Total 15 0 0
Berdasarkan  hasil  tersebut  didapatkan total keseluruhan prevalensi WSSV pada udang vaname  di  Kabupaten  Bengkalis  sebesar  0%. Menurut  Elovaara  (2001),  jika  insiden  virus (prevalensi) di suatu  wilayah  kurang dari 50%, insiden  virus  di  wilayah  tersebut  masih  relatif rendah.  Dengan  demikian  dapat  disimpulkan bahwa  prevalensi  WSSV  pada  udang  vaname Kabupaten Bengkalis masih relatif rendah

## Parameter Kualitas Perairan
Hasil  pengukuran  parameter  kualitas perairan  yang  dilakukan  di  tambak  udang  di Kecamatan  Bengkalis,  Kecamatan  Bukit  Batu dan  Kecamatan  Rupat  pada  saat  melaksanakan penelitian dapat dilihat pada Tabel 2.
Tabel  2.  Hasil  Pengukuran  Parameter
Kualitas Perairan Kecamatan pH Suhu Salinitas Bengkalis 6 28 o C 22 ppt Bukit Batu 6 29 o C 24 ppt Rupat 6 30 o C 24 ppt
Pertumbuhan  yang  baik  bagi  udang vaname  yaitu  berada  pada  kondisi  lingkungan air  yang  optimal  berdasarkan  syarat  standar baku mutu air tambak. Kualitas air tambak akan mempengaruhi  proses  metabolisme  tubuh udang,  seperti  keaktifan  mencari  pakan,  proses pencernaan,  pertumbuhan  dan  perkembangan
bagi udang. Parameter kualitas perairan tambak pada  Kecamatan  Bengkalis,  Kecamatan  Bukit Batu  dan  Kecamatan  Rupat  menunjukkan kisaran nilai salinitas yaitu berada pada nilai 22 -  24  ppt.  Nilai  tersebut  menunjukkan  bahwa salinitas pada tambak berada pada standar baku mutu  air  tambak.  Hal  ini  sesuai  dengan PERMEN  KP  No  75  Th.  2016  menyatakan bahwa  idealnya  salinitas  bagi  budidaya  udang antara  (10  –  35  ppt).  Kisaran  suhu  hasil penelitian  pada  tambak  udang  vaname  di Kecamatan  Bengkalis,  Kecamatan  Bukit  Batu dan  Kecamatan  berada  pada  kisaran  nilai  28- 30 o C.  Menurut  (Supriatna et  al .,  2020)  bahwa suhu  air  optimal  bagi  pertumbuhan  udang vaname  berkisar  antara  (26-32 o C).  Jika  suhu lebih  dari  angka  optimal  maka  metabolisme dalam  tubuh  udang  berlangsung  cepat,  namun jika  suhu  lingkungan  lebih  rendah  dari  suhu optimal,  maka  pertumbuhan  udang  menurun dengan menurunnya nafsu makan.
Nilai  derajat  keasaman  (pH)  di  tambak memiliki  nilai  6-7.  Nilai  tersebut  baik  untuk pertumbuhan  udang  vaname  karena  masih berada  dalam  standar  baku  mutu  kualitas perairan  air  tambak.  Kisaran  nilai  pH  yang optimal untuk budidaya udang vaname berkisar antara  7,0-8,5.  Pada  kisaran  tersebut  udang dapat mengalami pertumbuhan optimal. Konsentrasi pH air berpengaruh terhadap nafsu makan  udang  dan  reaksi  kimia  di  dalam  air. Selain  itu  pH  yang  berada  di  bawah  kisaran toleransi  menyebabkan  kesulitan  ganti  kulit dimana  kulit  menjadi  lembek  serta  sintasan menjadi rendah (Supriatna et al ., 2020).

## 4. KESIMPULAN DAN SARAN
Berdasarkan    hasil  penelitian  yang  telah dilakukan,  Hasil  pemeriksaan  sampel  udang vaname secara morfologi tidak memperlihatkan adanya gejala klinis serangan WSSV, pemeriksaan  secara  molekuler  menggunakan PCR pada sampel udang vaname di Kabupaten Bengkalis  menunjukkan  tingkat  prevalensi udang  vaname  yang  terinfeksi  virus  WSSV adalah  0  %  atau  tidak  ada  udang  vaname  yang terinfeksi  WSSV.  Parameter  kualitas  perairan tambak  di  Kecamatan  Bengkalis  memiliki derajat  keasaman  (pH)  sebesar  6,  suhu  28  oC dan  salinitas  22  ppt.  Di  Kecamatan  Bukit  Batu memiliki  derajat  keasaman  (pH)  sebesar  6, suhu 29 o C dan salinitas 24 ppt. Sedangkan pada Kecamatan  Rupat  memiliki  derajat  keasaman
(pH) sebesar 6, suhu 30 o C dan salinitas 24 ppt. Berdasarkan  penelitian  yang  dilakukan maka  disarankan  untuk  penelitian  berikutnya mengambil  sampel  udang  dari  kecamatan  lain dengan  usia  yang  lebih  bervariasi  serta
disarankan untuk dilakukan pemeriksaan secara menyeluruh dan bertahap kemungkinan kehadiran  WSSV  di  daerah  ini  melalui eksaminasi faktor-faktor lingkungan lainnya.

## DAFTAR PUSTAKA
[KKP]  Kementerian  Kelautan  dan  Perikanan.  (2001). Keputusan  Menteri  Kelautan  dan  Perikanan Nomor:  KEP.  41/MEN/2001  tentang  Pelepasan  Varietas  Udang  Vaname  sebagai  Varietas Unggul.
Chang,  P.S.,  C.  Hsiao-Chao,  &  W.  Yu-Chi.  (1998).  Detection  of white  spot  syndrome assosiated baculovirus  in  experimentally  infected  wild  shrimp,  crab  and  lobster by  in  situ  hyridiztion. Aquaculture 164: (233-242).
Elovaara,  E.K.  (2001). Shrimp  Farming  Manual:Practical  Technology  For  Intensive  Shrimp Production . British West Indies: Carribean Press Ltd.
Fernando, C.F., J.L Furtado., A.V. Gussev., G. Honek., S.A. Kakonge. (1972). Methods for The Study of Freshwater Fish Parasites . University of Waterloo, Canada. Biology Series 12 (2) : 1-44.
Herawati,  V.E.,  Pinandoyo,  Darmanto,  Y.S.,  Rismaningsih,  N.,  Hutabarat,  J.,  Prayitno,  S.B.,  and Radjasa, O.K. (2020). Effect of feeding with Phronima sp. on growth, survival rate, and nutrient value  content  of  Pacific  white  shrimp  ( Litopenaeus  vannamei )  Post-larvae. Aquaculture , 735674.
Hulten,  M.C.W.V.,  W.  Goldbach,  &  J.M.  Vlak.  (2000).  Three  fungtion  diverged  major  structural proteins  of white  spot  syndrome  virus eveloved  by  gene  duplication. J.  Gen.  Viral .,  81:  2,525- 2,529.
Knibb,  W.,  Giang,  C.T.,  Premachandra,  H.K.A.,  Ninh,  N.H.,  and  Domínguez,  B.C.  (2019). Feasible options  to  restore  genetic  variation  in  hatchery  stocks  of  the  globally  important  farmed  shrimp species, Litopenaeus vannamei. Aquaculture , 734823.
Rodriguez, J., B. Bayot, Y. Amano, Panchana, I. de Blas, V. Alday, & J. Calderon. (2003). White spot syndrome  virus infection  in  culture Penaeus  vannamei (Boone)  in  Ecuador  with  emphasis  on histopathology and ultrastructure. J. Fish Dis ., 26: 439-450.
Supriatna,  M.  (2020).  Model  pH  dan  Hubungannya  dengan  parameter  Kualitas  Air  pada  tambak Intensif Udang Vaname (litopenaeus vannamei) di Banyuwangi Jawa  Timur. JFMR-Journal of Fisheries and Marine Research, 4 (3), 368–374.
Yang,  F.,  Li,  X.,  Li,  S.,  Xiang,  J.,  &  Li,  F.  (2019).  A  novel  cuticle  protein  involved  in  WSSV infection  to  the  Pacific  white  shrimp Litopenaeus  vannamei . Developmental  and  Comparative Immunology, 103491.