## Studi  Invitro  dan  Insilico  Efektivitas  Antibakteri  Kunyit  Putih Terhadap Hambatan Pertumbuhan Escherichia Coli
In  Vitro  and  Silico  Study  of  White  Turmeric’s  Antibacterial  Efficacy  against Escherichia coli
Putu Oky Ari Tania 1 , Agusniar Furkani Listyawati 2 , Ayly Soekanto 3 , Dorta Simamora 1 , Rini Purbowati 1
1 Bagian Biomedik Penelitian Biomolekuler Fakultas Kedokteran Universitas Wijaya Kusuma Surabaya
2 Bagian Mikrobiologi Fakultas Kedokteran Universitas Wijaya Kusuma Surabaya
3 Bagian Anatomi Fakultas Kedokteran Universitas Wijaya Kusuma Surabaya
*Korespondensi Penulis : Putu Oky Ari Tania, putu.oky@gmail.com

## Abstrak
Latar Belakang: Escherichia coli telah diamati sebagai salah satu bakteri  penyebab resistensi antibiotik. Pasien  ISK  di  India  Selatan  dilaporkan  menunjukkan  peningkatan  resistensi  terhadap  ciprofloxacin. Senyawa  bioaktif  diperlukan  sebagai  kandidat  antibiotik  untuk  mengendalikan  infeksi  bakteri. Curcuma zedoaria atau kunyit putih sebagai antimikroba terutama terhadap E. coli . Aktivitas antibakteri pada dinding sel paling sering digunakan sebagai agen bakterisida. Enzim penting untuk biosintesis peptidoglikan pada dinding sel bakteri adalah protein muramyl  ligase  E  (MurE) (entri  PDB: 7B9E)  dan  Gyrase  B  (entri  PDB: 4ZVI),  berpotensi  sebagai  target  pengikatan  dengan  metabolit  sekunder  curcumenol  dan  germacrone dengan in silico (molecular docking ). Tujuan: Penelitian ini bertujuan untuk melihat efektivitas ekstrak etanol kunyit putih dibandingkan antibiotik dalam menghambat pertumbuhan E. coli secara in vitro dan in silico . Metode: 5 kelompok yang digunakan, yaitu ekstrak kunyit putih konsentrasi 15%, 20% dan 25%, kelompok kontrol positif dengan pemberian ciprofloxacin dan negatif yang diberikan aquades. Metode yang digunakan adalah  mengukur  diameter  zona  hambat  dan  daya  bunuh  (jumlah  koloni) E.  coli dan  uji in  silico yang dilakukan  pada  software  PyRx. Hasil :  penelitian  menunjukkan  ekstrak  kunyit  putih  konsentrasi  25% mempunyai zona hambat yang sangat kuat dengan diameter hambatan 36,2 mm, sedangkan kunyit putih tidak mempunyai daya membunuh pada konsentrasi 10, 15 dan 25%. Afinitas pengikatan terendah untuk protein  MurE  adalah  germacrone,  sedangkan  untuk  pengikatan  DNA  girase  B  adalah  curcumenol. Kesimpulan: Kunyit  putih  mempunyai  potensi  sebagai  antibakteri  dan  diduga  ligan  curcumenol  dan germacrone dapat menghambat aktivitas protein MurE dan DNA Gyrase B.
Kata Kunci: antibakteri; DNA Gyrase B; kunyit putih; molecular docking ; MurE

## Abstract
Background: Escherichia coli has been observed as one of the causes of antibiotic resistance. It has been reported that urinary tract infections in South India showed increased resistance to ciprofloxacin. Bioactive compounds,  such  as  Curcuma  zedoaria  or  white  turmeric, are  needed  as  antibiotic candidates  to  control bacterial infections and as antimicrobials against E. coli. Antibacterial activity on the cell wall is often used as  a  bactericidal  agent.  Necessary  enzymes  for  peptidoglycan  biosynthesis  in  bacterial  cell  walls  are muramyl ligase E (MurE) (PDB entry: 7B9E) and Gyrase B (PDB entry: 4ZVI) proteins, which are potential targets  for  binding  with  secondary  metabolites  kurkumenol  and  germacrone  by  molecular  docking. Objective: This study explored the effectiveness of white turmeric ethanol extract compared to antibiotics in  inhibiting  E.  coli growth  in vitro  and  silico.  Methods:  Using  five  groups,  namely,  white  turmeric  extract concentrations of 15%, 20%, and 25%, positive control was given ciprofloxacin and aqua dest as negative control. The method used was measuring the diameter of the inhibition zone and killing power (number of colonies) of  E.  coli,  and  in  silico  tests  were carried  out using  PyRx  software.  Results:  It was shown  that white turmeric extract at a concentration of 25% had a potent inhibition zone of 36.2 mm, while white turmeric at concentrations of 10, 15 and 25% had no antibacterial effect. The lowest binding affinity for MurE protein is  germacrene,  while  gyrase  B  is  curcumin  for  DNA.  Conclusion:  White  turmeric  has  potential  as  an antibacterial,  and  the  ligands curcumin  and  germacrene  are  predicted  to have  potential  inhibitory  activity against MurE protein and DNA Gyrase B.
Keywords: antibacterial; DNA Gyrase B; white turmeric; molecular docking; MurE

## Pendahuluan
Resistensi terhadap antibiotik menjadi  masalah  bidang  kesehatan karena  menyebabkan  ketidakefektifan terapi  untuk  melawan  infeksi  bakteri tertentu.  Ketidakefektifan  tersebut  dapat berdampak fatal berupa kematian akibat penyakit infeksi. 1 Escherichia coli adalah salah  satu  bakteri  yang  resistensi terhadap  antibiotik,  AMRIN-Study  atau antimicrobial  Resistance  in  Indonesia melaporkan  bahwa  43  % E.  coli mengalami  resistensi  antibiotik. 2 Studi dari Vieira (2011), 3 yang dilakukan di 11 negara  Eropa,    termasuk  Austria, Denmark,  Finlandia,  Perancis,  Jerman, Italia, Belanda, Norwegia, Spanyol, Swis dan  Swedia  melaporkan  terdapatnya isolat E.coli yang  resistensi  antibiotik pada  sumber  makanan  hewani  berasal dari  daging  unggas,  daging  babi  dan daging sapi. Sumber makanan terkontaminasi E.  coli yang  resisten antibiotik,  dapat  menyebar  ke  manusia. Manusia berisiko untuk terinfeksi selama proses  pemasakan  atau  mengonsumsi sumber  pangan  yang  terkontaminasi. Kontaminasi E.coli resisten  antibiotik  ini selanjutnya  akan  berkolonisasi  di  usus dan  berpotensi  menyebabkan  infeksi, pada  umumnya  infeksi  saluran  kencing (ISK). 4 Selain itu dapat juga menyebabkan infeksi bloodstream, infeksi  food-borne,  meningitis  bayi  1. Bakteri  gram  negatif  ini  berkontribusi
terhadap  terjadinya  diare,  berdasarkan kelompok  virulensinya,  penyebab  diare ini  dikenal  dengan  Diarrheagenic  E.  coli (DEC). 5
Beberapa  antibiotik  telah  berkurang efektivitasnya terhadap E. coli termasuk amoksisilin  dan  sefuroksim. 6 Prevalensi resistensi E.  coli terhadap  ciprofloxacin pada  kultur  fecal  dari  3.284  pasien  di Semarang  dan  Surabaya,  Indonesia adalah 8% dengan menggunakan
metode  difusi  cakram. 7 Oleh  karena  itu
perlu
pengembangan potensi
antimikroba  untuk  membantu  antibiotik sebagai  pengendali  infeksi  bakteri, khususnya E.  coli .  Salah  satunya Curcuma zedoaria atau kunyit putih yang banyak  ditemukan  dan  mempunyai beberapa manfaatnya untuk kesehatan.
Curcuma  zedoaria adalah  herbal yang  mengandung  berbagai  senyawa seperti alkaloid, fenol, saponin, glikosida, steroid, terpenoid. Rimpang dari tanaman  ini  mengandung  lebih  dari sepuluh  jenis  sesquiterpene  termasuk curcumin, zingiberene, curcumenol, furanodiene  dan  germacrone. 8 Kunyit putih  memiliki  beberapa  fungsi  antara lain  sebagai  antimikroba,  antifungi, antikanker,  anti  alergi,  antioksidan  dan sebagai  analgesic. 9 Menurut  Islam  et al 10 ,  ekstrak  etanol  rimpang  kunyit  putih berpotensi  sebagai  antibakteri  dengan hambatan  terbesar  pada  bakteri E.  coli dan Salmonella typhi . Curcuma
mengandung curcuminoid termasuk curcumin  yang  merupakan  senyawa fenolik yang merupakan senyawa paling aktif  dan  merupakan  bahan  yang berpotensi  dalam  membentuk  zona hambat. 11
Beberapa  protein  pada  bakteri diketahui  sebagai  target  antibakteri. Mekanisme antibakteri dengan menghambat sintesis dinding sel bakteri, menghambat sintesis protein, dan sintesis asam nukleat dan antimetabolit. Aktivitas  antibakteri  pada  dinding  sel adalah  yang  paling  sering  digunakan sebagai  bakterisidal  karena  hambatan sintesis  peptidoglikan  pada  bakteri menyebabkan  lisis  sel. 12 Enzim  penting untuk  biosintesis  peptidoglikan  pada dinding  sel  bakteri  adalah  protein muramyl  ligase  E  (MurE)  (PDB  entry: 7B9E).
Cara  kerja  antibiotik  ciprofloxacin adalah hambatan enzim topoisomerase. Gyrase  B  merupakan  sub  unit  DNA gyrase yang merupakan enzim topoisomerase  type  II  yang  ketika berikatan  dengan  suatu  komponen, maka  biosintesis  DNA  tidak  terjadi sehingga  terjadi  kematian  bakteri. 13,14
Pada Penelitian ini dilakukan studi invitro dalam  mengeksplorasi  efikasi Curcuma zedoaria sebagai  antibakteri E.  coli sekaligus memprediksi target antibakteri untuk protein E. coli secara in silico yaitu
muramyl  ligase  E  dan  protein  DNA gyrase B.

## Metode
Penelitian  eksperimental  dengan metode in  ivitro  dan  in  silico. Metode In vitro Lima  kelompok  isolate E.  coli
diberikan  perlakuan  dengan  Kontrol Positif (KP) yaitu pemberian Ciprofloxacin,  Kontrol  Negatif  (KN) dengan  pemberian  aquades,  kelompok A, B, dan C (ekstrak kunyit putih masing- masing  konsentrasi  10%,  15%,  dan 25%).  Sedangkan  pendekatan in  silico dengan  metode molecular  docking
menggunakan software PyRx dan PyMOL.
Bahan  yang  digunakan  adalah serbuk  kunyit  putih  yang  diambil  dari petani  di  daerah  Banyumas,  etanol,
Dimetil sulfoksida (DMSO), isolat Escherichia  coli, media  Mueller  Hinton Agar  (MHA),  Eosin  Methylene  Blue (EMB).  Banyumas  merupakan  daerah pertanian  dan  pengolahan  kunyit  putih hingga  menjadi  serbuk  yang  dijual sebagai bahan jamu dan obat.
Alat  yang  digunakan  untuk  proses ekstraksi  yaitu  pisau,  blender,  tabung Erlenmeyer, dan rotary vacuum evaporator .  Timbangan  analitik  dengan ketelitian  4  angka  ukuran  di  belakang koma.  Penelitian  in  silico  dengan bantuan  perangkat  lunak  (software) PyMOL,  Discovery  Studio  2016,  dan
PyRx pada notebook yang akan digunakan.  Spesifikasi  notebook  yang akan digunakan instalasi minimal adalah dual core processor, 2 GHz, RAM 2GB, dengan tipe sistem Windows 8
Enterprise –  64  bit  operating  system.
Protein  muramyl  ligase  E  (PDB  entry: 7B9E)  dan  protein  DNA  gyrase  B  (PDB entry: 4ZVI), ligan Germacrone (Pubchem ID: 6436348) dan curcumenol (Pubchem ID: 167812).
Ekstraksi kunyit putih dengan metode  maserasi  etanol  96%.  Simplisia didapatkan  berupa  serbuk  kunyit  putih 500  gram  dimaserasi  dengan  1250  mL etanol (2:2,5). Ekstraksi dilakukan dalam botol kaca tertutup selama 7 hari, dengan sesekali diaduk. 10 Dari 500 gram serbuk didapatkan 14,3 gram ekstrak kental.
Pembuatan suspensi bakteri dengan cara  mencampur  bakteri E.  coli dengan PZ  sesuai  standar  0,5  Mc.  Farland. Suspensi bakteri ini dibuat di Laboratorium  Mikrobiologi  FK  UWKS. Isolat ekstrak kunyit putih 10%, 15% dan 25%  dilarutkan  dalam  DMSO.  Kontrol positif  yaitu  kelompok  Ciprofloxacin dengan dosis 50 µg/ 50 mL. 15 Aktivitas Daya Hambat menggunakan  metode  difusi  sumuran dengan Media Muller Hinton Agar. Setiap sumuran  diisi  sebanyak  0,1  mL  dan diukur diameter zona hambatnya.
Aktivitas  Daya  Bunuh  yaitu  masing- masing  1  ml  biakan E.  Coli dan  1  ml
larutan uji (ekstrak kunyit putih berbagai konsentrasi, aquades, dan ciprofloxacin) dimasukkan ke dalam tabung reaksi lalu diinkubasi,  lalu  diinokulasi  ke  EMB dengan metode spreading dan dilakukan penghitungan koloni.
Uji In  silico :  Tahap  biokomputasi molekuler  secara in  silico dengan  data yang diperoleh dari database PubChem, RCSB  dan  uniprot.  Visualisasi  dengan PyMOL. Docking molekul dengan PyRx. Hasil  uji in  silico dibandingkan  dengan antibiotik  ciprofloxacin.    Protein  yang digunakan  sebagai  protein  uji  adalah protein DNA gyrase B (PDB entry: 7B9E) dan  protein  DNA  gyrase  B  (PDB  entry: 4ZVI).  Ligan  yang  digunakan  adalah senyawa kunyit putih yang diduga dapat menghambat  pertumbuhan E.  coli yaitu curcumenol, dan Germacrone.
Data yang diperoleh berupa diameter  zona  hambat  pertumbuhan E. coli , Minimum  inhibitory  concentrations
(MIC) dan Minimum bactericidal concentrations (MBC) dan jumlah koloni (daya  bunuh).  Pengumpulan  data  MIC yaitu  konsentrasi  minimal  dari  ekstrak yang dapat menghambat bakteri, sedangkan  MBC  adalah  konsentrasi minimal  yang  bisa  membunuh  bakteri. Analisis  dilakukan  beberapa  tahap,  Uji asumsi statistik normalitas menggunakan Kolmogorov-Smirnov dan uji  homogenitas  menggunakan Leven’s test (p value > 0,05). Dilanjutkan dengan
ANOVA dan Uji post hoc dengan uji LSD (α  =  0,05)  jika  memenuhi  asumsi  uji parametrik  dan  jika  tidak  memenuhi asumsi  menggunakan  non  parametrik Mann Whitney. Hasil uji in silico dianalisis dengan  membanding  antara  ikatan hidrogen,  letak  pengikatan,  dan  asam amino  yang  menjadi  lokasi  pengikatan senyawa aktif terhadap antibiotik ciprofloxacin.

## Hasil
Zona  hambat  dengan  uji  difusi sumuran, didapatkan hasil  adanya zona bening disekitar sumuran yang menandakan pertumbuhan E. coli dapat dihambat  oleh  larutan  uji  yaitu  ekstrak kunyit putih. Diameter zona hambat pada Tabel  1  menunjukkan  rerata  diameter
zona  hambat  terbesar  ditunjukkan  dari pemberian  ciprofloxacin  yaitu  sebesar 43,8 mm, sedangkan pemberian aquades  tidak  menunjukkan  adanya daya hambat.
Pemberian  ekstrak  kunyit  putih konsentrasi 25% menunjukkan diameter daya hambat yang paling besar dibandingkan konsentrasi lainnya. Index inhibition diukur  dengan  membagi  zona hambat  masing-masing  larutan  dengan diameter  sumuran  yang  digunakan. Tabel  1  menunjukkan  bahwa  semakin besar  konsentrasi  ekstrak  yang  diujikan menunjukkan index  inhibition yang semakin  besar. Visualisasi diameter daya  hambat  tiap  kelompok  dapat diamati pada Gambar 1.
Tabel 1. Uji Daya Hambat Ekstrak Kunyit Putih terhadap Pertumbuhan E. coli
Kelompok Diameter Zona Hambat (mm) Rerata Jumlah Koloni (CFU) Rerata Index inhibition Ekstrak Kunyit Putih 10% 22,7 0,52 97,4 Ekstrak Kunyit Putih 15% 18,7 0,43 78,8 Ekstrak Kunyit Putih 25% 36,2 0,83 72,4 Ciprofloxacin 5µg/ 50 mL 43,8 1 51,4 Aquades 0 0 123,4
Gambar 1. Diameter daya hambat atau zona terang pertumbuhan E. coli di sekitar sumuran
Jumlah koloni terbanyak ditunjukkan  pada  kontrol  negatif  (KN)
yaitu dengan pemberian aquades terbukti  tidak  memiliki  daya  bunuh terhadap E.  coli .  Rerata  jumlah  koloni paling sedikit ditunjukkan pada KP atau pemberian  ciprofloxacin.  Koloni E.  coli pada media EMB spesifik menunjukkan warna hijau metalik (Gambar 2.)
Hasil  uji  normalitas  untuk  diameter daya hambat dan jumlah koloni menunjukkan  nilai p  value 0,05.  Uji homogenitas dengan Levene test menunjukkan  p  value    0,05.  Hasil  uji Mann-Whitney  U  menunjukkan  p  value pada  variabel  diameter  daya  hambat 0,000  dan  jumlah  koloni  0,025  yang berarti  pemberian  perlakuan  ekstrak kunyit,  aquades  maupun  ciprofloxacin menunjukkan perbedaan rata-rata yang berbeda signifikan terhadap zona hambat dan jumlah koloni E. coli . Hasil uji statistik tersaji pada Tabel 2.
Perbedaan rata-rata zona hambat dan rata-rata jumlah koloni dari masing-
masing kelompok dapat diamati perbedaannya menggunakan uji Kruskal-Wallis pada Tabel 3. Perbedaan variabel  diameter  daya  hambat  dan jumlah  koloni  pada  masing-masing kelompok  ditunjukkan  pada  Tabel  3. Perbedaan zona hambat antara kelompok kontrol Negatif dan pemberian ciprofloxacin  (KP)  menunjukkan  beda bermakna (0,000). Daya Hambat ekstrak  kunyit  putih  25%  menunjukkan tidak  ada  perbedaan  zona  hambat dengan  ciprofloxacin.  Ekstrak  kunyit konsentrasi  10%  dan  15%  tidak menunjukkan  perbedaan  zona  hambat, sedangkan  pemberian  ekstrak  kunyit putih antara 15% dan 25% menunjukkan perbedaan zona hambat. Diameter zona hambat  menunjukkan  perbedaan  yang bermakna  antara  kelompok  ekstrak kunyit putih 10% dengan KP (ciprofloxacin),  dan  konsentrasi  15%
dengan ciprofloxacin.
Gambar 2. Koloni E. coli di Media EMB Agar pada masing-masing Kelompok

## Tabel 2. Hasil Uji Statistik
Uji Statistik Diameter Daya Hambat ( p value ) Jumlah Koloni ( p value ) Kolmogorov-Smirnov 0,200 0,110 Levene 0,000 0,025 Mann-Whitney U 0,000 0,000 Tabel 3. Tabel Analisis Statistik Perbedaan Diameter Zona Hambat dan Jumlah Koloni E.

## coli dengan Berbagai Perlakuan
Kelompok Kelompok p Value Diameter Zona Hambat Jumlah Koloni Aquades (KN) KP (ciprofloxacin) 0,000* 0,000* Ekstrak Kunyit Putih 10% 0,344 0,282 Ekstrak Kunyit Putih 15% 0,262 0,018* Ekstrak Kunyit Putih 25% 0,000* 0,003* Ciprofloxacin (KP) Ekstrak Kunyit Putih 10% 0,040* 0,001* Ekstrak Kunyit Putih 15% 0,002* 0,053* Ekstrak Kunyit Putih 25% 0,437 0,196 Ekstrak Kunyit Putih 10% (A) Ekstrak Kunyit Putih 15% 0,321 0,196 Ekstrak Kunyit Putih 25% 0,203 0,053 Ekstrak Kunyit Putih 15% (B) Ekstrak Kunyit Putih 25% 0,023* 0,518 Ekstrak Kunyit Putih 25% (C) KN (aquades) 0,000* 0,003* KP (ciprofloxacin) 0,437 0,196 Ekstrak Kunyit Putih 10% 0,203 0,053* Ekstrak Kunyit Putih 15% 0,023 0,518 Studi In silico Pemilihan  senyawa  uji/  kandidat berdasarkan studi literatur, yaitu curcumenol  dan  germacrone  karena dua  senyawa  ini  berpotensi  sebagai antibakteri. Struktur senyawa uji sebagai kandidat diambil melalui database yaitu curcumenol https://pubchem.ncbi.nlm. nih.gov/compound/167812 Germacrone
yaitu https://pubchem.ncbi.nlm.nih. gov/compound/6436348 . Kedua
senyawa uji tersebut dalam struktur tiga dimensi dapat disimpan dalam format”sdf”,  untuk  diubah  ke  bentuk “pdf” menggunakan aplikasi PyMOL.
Pencarian  dan  Preparasi  Protein Target
Protein target yang digunakan yaitu protein  muramyl  ligase  E  (PDB  entry: 7B9E) dan protein DNA gyrase B (PDB entry:  4ZVI).  Ligan  dari  senyawa  uji kunyit putih adalah germacrone (pubchem ID: 6436348) dan curcumenol (Pubchem  ID:  167812)  serta  antibiotik ciprofloxacin sebagai obat kontrol (Pubchem ID: 2764). Protein target perlu dicari rantai yang berikatan dengan ligan unik  sehingga  dapat  disimpan  sebagai protein  yang  siap  untuk  dilakukan docking,  dan  disimpan  dalam  format
.pdb. Ligan unik protein 7B9E yaitu JHP dan  4S4  untuk  protein  4ZVI.  Struktur tiga  dimensi  masing-masing  protein diambil  dari  database  RCSB  Protein Data Bank yaitu untuk muramyl ligase E https://www.rcsb.org/structure/7B9E dan DNA gyrase B https://www.rcsb.org/structure/4ZVI , kriteria masing-masing
protein menggunakan  struktur  X-Ray  dengan resolusi    3,00  Å,  untuk  organisme E. coli . Data diunduh menggunakan format .pdb.  Sebelum  dilakukan  docking, terlebih dahulu dilakukan tahap preparasi protein target dengan
penghilangan molekul air menggunakan software Pymol.
Prediksi  Fisikokimia,  Farmakokinetik dan Toksisitas pada Senyawa
Senyawa  atau  ligan  uji  yaitu curcumenol  dan  germacrone  diuji  juga parameter  fisikokimia,  farmakokinetik dan toksisitasnya menggunakan database  pkCSM.  Prediksi  fisikokimia diukur berdasarkan Lipinski's rule of five, yaitu senyawa dikatakan sebagai kandidat obat jika berat molekul   500, koefisien logarithm  of  the  octanol partition (LogP)  5,  hydrogen  bond donor  (HBD)  5,  hydrogen  bond acceptor (HBA)10, and tidak lebih dari dua errors/violations. Prediksi fisikokimia  dan  prediksi  farmakokinetik dan toksisitas senyawa uji dapat diamati pada Tabel 4 dan Tabel 5.

## Tabel 4. Prediksi Fisikokimia dari Curcumenol dan Germacrone
No Compounds Lipinski's Five Law Parameters Application of Lipinski's Five Laws BM (g/mol) Log P HBA HBD 1 Curcumenol 234.339 3.1765 2 1 Yes, 0 Error 2 Germacrone 218.34 4.3885 1 0 Yes, 0 Error 3 Ciprofloxacin (antibiotik pembanding) 331.347 1.5833 5 2 Yes, 0 Error

## Molecular Docking
Setelah diketahui protein target dan ligan dari senyawa uji, maka dilanjutkan dengan prediksi dan molekuler  docking yaitu  menggunakan  software  pyRx. Pada software pyRx dimasukkan macromolecule yaitu protein target yang telah di preparasi, berikut ligan unik dan
ligan  dari  senyawa Curcuma  zedoaria . Selanjutnya  dilakukan specific  docking pada  tempat/  site  ligan  alami  dan  ligan uji berada berikatan (binding site). Pada protein  7B9E  center  terdapat  pada  X: 16,443;  Y:  7,9059;  dan  Z:  13,4645, sedangkan  protein  4ZVI  terdapat  pada center:  X:  -3.9065;  Y:  12.3038;  Z:
12.5368.  Proses  selanjutnya  adalah docking untuk mendapatkan hasil pose, binding  affinity,  RMSD  upper  bond dan RMSD lower bond.
Studi in  silico dilakukan  dengan memprediksi  cara  kerja  kunyit  putih terhadap  hambatan  pertumbuhan E. coli . Pada uji in silico dilakukan analisis mekanisme penghambatan antara senyawa obat yang diuji yaitu curcumenol  dan  germacrone  kunyit putih terhadap protein target dari E. coli yaitu  protein  murE  dan  DNA  gyrase  B dengan  ligan  alami  masing-masing adalah JHP dan 4S4, yang dibandingkan
dengan antibiotik
ciprofloxacin.  Hasil  binding  affinity terhadap kedua protein dan ligan alami serta ciprofloxacin terdapat  pada  Tabel 6.  Gambar  3.  (A)  menunjukkan  bahwa semua ligan uji yaitu senyawa germacrone,  curcumenol,  ligan  alami JHP dan ciprofloxacin menunjukkan sisi ikatan  di  satu pocket .  Sedangkan gambar (B) menunjukkan sisi aktif ligan uji  terdapat  di  dua pocket ,  satu pocket yaitu  ciprofloxacin,  dan pocket lainnya yaitu  ligan  4S4,  germacrone  dan curcumenol. Struktur 3 dimensi masing- masing protein dan ligan uji, ligan alami serta  ciprofloxacin  dapat  dilihat  pada Gambar 3.
Tabel 5. Prediksi Farmakokinetik dan Toksisitas Prediksi farmakokinetik dan toksisitas Cucumenol Germacrone Ciprofloxacin Water solubility (log mol/L) -3,421 -4,298 -2,897 Caco2 permeability (log Papp in 10 -6 cm/s) 1,525 1,434 0,492 Intestinal absorption (human) (%) 95,613 95,515 96,466 Skin permeability (log Kp) -2,95 -1,922 -2,734 Vss (human) (log L/kg) 0,412 0,292 -0,17 BBB permeability (log BB) 0,545 0,526 -0,587 CNS Permeability -2,809 -2,48 -2,999 CYP2D6 substrate (Yes/ No) No No No CYP2D6 inhibitor (Yes/ No) No No No Total Clearance (log ml/min/kg) 1,016 1,416 0,633 Renal OCT substrate (Yes/ No) No No No Ames toxicity (Yes/ No) No No No Oral Rat acute toxicity LD50 (mol/kg) 1,829 1,768 2,891 Hepatotoxicity (Yes/ No) No No Yes
Gambar  3.  Kompleks  protein  target  dengan  semua  ligan:  MurE  (A),  DNA  gyrase  B  (B). Rantai merah: Ciprofloxacin; Hijau: Germacrone; Biru: Curcumenol; Kuning: ligan alami (JHP dan 4S4)
Tabel 6. Nilai Binding Affinity interaksi protein-ligan
Protein Target Binding Affinity (Kkal/ mol) Senyawa Kandidat/ ligan Curcumenol Germacrone Ciprofloxacin Ligan alami MurE -7,3 -7,4 -6,9 -7,6 DNA Gyrase B -7,0 -6,7 -7,0 -7,3
Nilai binding  affinity atau  energi ikatan antara protein dan ligan. Binding affinity menunjukkan kemampuan suatu protein untuk berikatan dengan ligannya pada  posisi  tertentu.  Protein  MurE  dan DNA gyrase B diketahui memiliki binding affinity paling  rendah  masing-masing terdapat  pada  ligan  germacrone  -7,4 Kkal/mol  dan  curcumenol  sebesar  -7,0 Kkal/  mol.  Ciprofloxacin  memiliki  nilai binding  affinity pada  protein  murE  dan DNA gyrase B masing-masing sebesar - 6,9  dan  -7,0  Kkal.  Nilai  binding  affinity germacrone terhadap protein MurE lebih rendah dibandingkan antibiotik
ciprofloxacin, sedangkan binding affinity antara  DNA  gyrase  B  dan  curcumenil sama dengan ciprofloxacin.

## Interaksi Ligan dan Reseptor
Interaksi ligan dengan residu asam amino  pada  protein  (reseptor)  dapat diamati pada struktur 2 dimensinya dan dapat  diketahui  jenis  ikatannya  melalui software  Discovery  Studio.  Struktur  2 dimensi  interaksi  antara  ligan  dan proteinnya dapat dilihat pada Gambar 4. Jenis interaksi dan ikatan yang terbentuk  antara  ligan  dan  protein tersebut dapat diketahui pada Tabel 6.
Gambar 4. A. interaksi Residu Asam Amino Ligan dan Protein 7B9E
Gambar 4. B. interaksi Residu Asam Amino Ligan dan Protein 4ZVI

## Tabel 6. Residu Asam Amino pada Senyawa dan Protein Target
Protein Kandidat senyawa Residu Asam Amino Interaksi MurE Curcumenol Leu491 , Val452 , Pro352 , Val354 , Ala455, Val355, Val461 , Leu462, Val463, Val487 Hidrofobik Germacrone Val487, Val354, Val460 , Val461, Leu490 , Leu491, Pro352, Val452, Val463 , Val487, Phe346 Hidrofobik Ciprofloxacin Pro352-Thr353, Val354 , Val452, Ala455, Pro352 , Val461 , Val487 , Leu451, Val452 , Leu491 Glu334 Hidrofobik Ikatan hidrogen JHP His232, Ala237, Ile239, Trp249 Ser202 Hidrofobik Ikatan hidrogen DNA Gyrase B Curcumenol Ile78, Ile94, Pro79 Hidrofobik Germacrone Ile94, Ile78 Hidrofobik Ciprofloxacin Ile273, Lys337, His38 Gyl24, Met25, Gyl28, Thr336, Gyl28 Hidrofobik Ikatan hidrogen 4S4 Asn46, Val43, Val120, Val167, Ile78, Pro79 , Ile78 Glu50 Hidrofobik Elektrostatik
Keterangan: cetak tebal menunjukkan kompleks ligan dan protein dengan kontrol

## Pembahasan
Pada  penelitian  ini,  aktivitas  anti bakteri  diamati  dari  daya  hambat  dan zona  bunuh  terhadap  pertumbuhan E. coli. Konsentrasi Minimal  Inhibition Concentration (MIC) adalah konsentrasi terendah  dari  suatu  agen  antibacterial yang dikontrol pada kondisi in vitro yang mencegah  pertumbuhan  nyata  dari suatu bakteri. 16 MIC ekstrak kunyit putih dalam  menghambat  pertumbuhan E. coli yaitu  pada  konsentrasi  10%. Konsentrasi  ini  menghasilkan  zona hambat  rata-rata  sebesar  22,7  mm. Kategori aktivitas antibakteri ditunjukkan dari nilai yang beragam. Diameter zona hambat  yang  lebih  dari  20  mm
dikategorikan  sebagai  antibakteri  yang sangat kuat, sedangkan diameter 10-20 mm dikategorikan antibakteri kuat, 5-10 mm  kategori  sedang  dan    5mm dikategorikan lemah aktivitas antibakterinya. 9 Hanya konsentrasi 15% saja yang menunjukkan aktivitas antibakteri yang kuat, konsentrasi lainnya menunjukkan aktivitas
antibakteri yang sangat kuat.
Index  inhibition atau activity  index sebesar 1,00 menyatakan bahwa ekstrak  tersebut  memiliki  kemampuan yang  sama  dalam menghambat  seperti kontrol positif yaitu antibiotik ciprofloxacin. 17 Pada penelitian ini index inhibition konsentrasi 25% adalah
konsentrasi  ekstrak  kunyit  putih  yang paling  baik  karena  mendekati  aktivitas ciprofloxacin  yaitu  antibiotik  standar dalam membunuh E. coli .
Pada  uji  daya  bunuh,  semua konsentrasi  uji  yaitu  10,  15  dan  25% masih menunjukkan pertumbuhan koloni,  artinya  belum  memiliki  daya bunuh  terhadap  pertumbuhan E.  coli . Bahkan  pemberian  ciprofloxacin  tidak menunjukkan  adanya  daya  bunuh terhadap E.  coli .    Menurut  Eltai  et  al, 4 bakteri E.  coli dapat  berperan  sebagai pembawa  atau  penampung  dari  gen Antibiotics Resistance (AR), yang dapat memberikan materi genetik AR dengan bakteri dalam golongannya atau spesies berbeda, sehingga bakteri komensal E. coli dapat  berperan  sebagai  penyebab utama kematian akibat resistensi antibiotik. 1
Pemberian  ciprofloxacin  sebagai antibiotik  standar  untuk  infeksi E.  coli .
Menurut  Abbott  et  al, 18 penggunaan ciprofloxacin pada infeksi saluran kencing akibat E. coli dapat dikategorikan  adalah  antibiotik  yang manjur.  Tidak  ada  perbedaan  zona hambat antara ekstrak kunyit konsentrasi  25%  dengan  ciprofloxacin, sehingga  penggunaan  ekstrak  kunyit putih  25%  hanya  dapat  menghambat pertumbuhan E. coli seperti ciprofloxacin. Kunyit putih mengandung metabolit primer dan sekunder, dengan komponen utama adalah pati, curcumin, minyak  esensial  dan  Arabic  gum. Rimpangnya mengandung lebih dari 10 jenis
sesquiterpene termasuk germacrone, 8 pada  fraksi  heksan  dan dikloromethan ditemukan 19 komponen termasuk  curcumenol. 19 Curcumenol juga merupakan senyawa yang termasuk dalam kelompok sesquiterpenoid yaitu sesquiterpene tipe
Guaiane. 20
Menurut Rahayu et al. 21 curcumenol
pada kunyit putih meliputi
penghambatan yang sedang sebesar 50 ppm yang menghambat Staphylococcus aureus  dan E.  coli .  Komponen  bioaktif utama  yang  ditemukan  pada  minyak volatile dari kunyit putih adalah germacrone  yang  memiliki  salah  satu khasiat  sebagai  antibakteri. 22 Senyawa
Germacrone
adalah golongan sesquiterpene  yang  bersifat  hidrofob sehingga  mengganggu  integritas  sel bakteri  melalui  penurunan  cadangan ATP  intrasel,  menurunkan  pH  sel, sehingga  bakteri  mengalami  presipitasi dan denaturasi protein. 23
Hasil uji Kruskal-Wallis juga menunjukkan  pada  jumlah  koloni  pada aquades tidak menunjukkan perbedaan jumlah  koloni  dengan  ekstrak  kunyit putih  konsentrasi  10%.  Pemberian ciprofloxacin  tidak  menunjukkan jumlah
koloni  yang  berbeda  signifikan  dengan ekstrak  kunyit  putih  konsentrasi  15% dan  25%.  Artinya,  ekstrak  kunyit  putih konsentrasi 15% dan 25% memiliki daya bunuh bakteri E. coli yang sama dengan ciprofloxacin.
Resistensi E. coli terhadap
antibiotik ciprofloxacin dilaporkan beberapa  dekade  ini.  Pemberian  dosis rendah  ekstrak  kunyit  putih  sudah mampu  membunuh  bakteri  seperti ciprofloxacin. E. coli mengalami evolusi sehingga mengalami resistensi ciprofloxacin  dari  akumulasi  perubahan beberapa gen. Mutasi pada gen tertentu seperti rpoB mengakibatkan tidak sensitif  terhadap  ciprofloxacin.  Terjadi peningkatan efflux membran intraseluler dari E.  coli yang  tidak  rentan  terhadap ciprofloxacin  akibatnya  ciprofloxacin akan  dikeluarkan  dari  sitoplasma  ke periplasma  atau  bahkan  dikeluarkan dari  sel. 24 Penelitian  secara in  vitro menunjukkan  potensi  ekstrak  kunyit putih dengan dosis yang semakin tinggi untuk  menyamai  potensi  ciprofloxacin dalam kerentanan terhadap E. coli .
Pendekatan in silico memungkinkan skrining molekul secara virtual sehingga didapatkan prediksi fisikokimia,
farmakokinetik dan toksisitas yang lebih baik dalam kandidat obat dan membutuhkan  waktu  yang  lebih  cepat. Pendekatan docking molekuler berbasis ligan tersedia untuk eksplorasi
penemuan obat baru dengan throughput tinggi. 25 Beberapa  agen  terapi  gagal  di tahap  uji  coba  klinis  karena  parameter ADMET ( adsorption, distribution,
metabolism,  elimination dan Toxicity ) yang  tidak  diinginkan.  Metode drug- likeness paling  sering  digunakan  untuk mengidentifikasi  rekomendasi  senyawa sebagai  obat  yaitu  memenuhi  aturan Lipinski. 26
Senyawa  yang  digunakan  sebagai ligan pada penelitian ini yaitu curcumenol  dan  germacrone  pada kunyit putih telah memenuhi 5 parame ter  Lipinski’s  antara  lain  jika berat molekul  500, koefisien logarithm of  the  octanol  partition  (LogP)  5, hydrogen  bond  donor  (HBD)  5, hydrogen bond acceptor (HBA)10, and tidak lebih dari dua errors/violations.
Profiling
farmakokinetik dan toksisitas (ADMET) senyawa uji dilakukan  dengan  database online pkCSM. Pada Tabel 4. parameter Caco- 2  permeability pada  curcumenol  dan germacrone  adalah  1,525  dan  1,434. Caco-2  digunakan  sebagai  sel  model secara in  vitro untuk  melihat  transpor suatu  obat  melalui  epitel  usus.  Nilai bioavailability untuk memprediksi permeabilitas sel Caco2 adalah  0,55, yang  menunjukkan  curcumenol  dan germacrone dapat menembus membran sel. 27
Suatu senyawa dapat diserap usus pada manusia ( intestinal absorption ) jika nilai    30%,  artinya  curcumenol  dan germacrone  dapat  diserap  di  usus. Senyawa yang dapat menembus sistem saraf  pusat  ( Central  Nervous  System/ CNS) jika  nilai    -2,0,  sehingga curcumenol  dan  germacrone  tidak mudah  menembus  system  saraf  pusat karena  nilai  CNS Permeability adalah  - 2,809  dan-2,48  log  PS. 28 Curcumenol dan  germacrone  tidak  menunjukkan efek  akut  toksik  dan  mutagenic  karena tidak menunjukkan adanya Ames toxicity.  Ames  toxicity  secara  umum digunakan sebagai metode untuk mengukur  potensi  senyawa  mutagenik menggunakan bakteri. 29
Aktivitas docking dapat dilihat pada Tabel 5. Binding affinity dari obat, paling baik  jika  memiliki  nilai  energi  ikat terendah atau lebih negatif. 30 Pengikatan
ini menghasilkan pembentukan  lebih  banyak  interaksi antara  reseptor  dan  ligan  karena  lebih banyak  energi  bebas  yang  dilepas. Hasilnya,  target  yang  diinginkan  lebih mudah  diakses  dibandingkan  dengan ligan dengan nilai negatif lebih rendah.
Nilai binding  affinity atau  energi ikatan antara protein dan ligan. Binding affinity menunjukkan kemampuan suatu protein untuk berikatan dengan ligannya pada  posisi  tertentu.  Kompleks  protein MurE dan germacrone memiliki binding
affinity yaitu -7,4 Kkal/mol. Ligan protein MurE (germacrone) berinteraksi dengan sisi  aktif  pada  11  residu  asam  amino, sedangkan  ligan  alaminya  yaitu  JHP menunjukkan binding  affinity sebesar  - 7,6 Kkal/mol dan memiliki sisi aktif  di 5 residu  asam  amino. Binding  affinitiy dengan  ligan  curcumenol  menujukkan nilai  -7,3  Kkal/  mol  dengan  10  sisi  aktif residu  asam  amino.  Perbandingan jumlah sisi aktif yang penting dan terlibat pada penghambatan MurE dengan ligan curcumenol dan germacrone mengindikasikan germacrone berinteraksi dengan jumlah yang terbesar  pada  sisi  aktif  yang  penting terhadap  hambatan  aktivitas  protein murE  dibandingkan  dengan  jumlah  sisi aktif pada ligan lainnya.
Energi ikatan antara ligan germacrone dengan reseptor MurE (-7,4 Kkal/mol) adalah lebih rendah dibandingkan curcumenol dan ciprofloxacin (-6,9 Kkal/mol) yang berarti germacrone  lebih  stabil  dan  lebih terlokalisasi  pada pocket protein  MurE dibandingkan  ligan  lainnya. 26 Sisi  aktif yang penting pada kompleks MurE dan germacrone diketahui pada residu asam amino Val487, Val354, Val460, Val461, Leu490,  Leu491,  Pro352,  Val452, Val463,  Val487,  Phe346  dengan  jenis ikatan  hidrofobik.  Residu  asam  amino Leu491, Val452, Pro352, Val354, Val461,  Val487  menunjukkan  sisi  aktif
yang  sama  dengan  kontrol  yaitu ciprofloxacin, asam amino ini merupakan sisi aktif yang penting yang dapat  digunakan  sebagai  referensi  sisi aktif  kandidat  obat  yang  sama  dengan ciprofloxacin.
Protein  muramyl  ligase  E  (MurE) merupakan enzim penting untuk biosintesis  peptidoglikan  pada  dinding sel bakteri. Peptide muramyl merupakan protein Pathogen  Associated  Molecular Pattern (PAMPs) bakteri selama
merupakan  fragmen  peptidoglikan  atau murein dari bakteri. Peptidoglikan berlokasi  di  luar  membran  plasma bakteri  dan  membentuk  dinding  sel bakteri. 31
Peptide muramyl dapat digunakan untuk komunikasi bagi bakteri,
membantu koordinasi
pertumbuhan keseluruhan populasi bersama  dengan  bioregulator  lain  dari bakteri juga berperan sebagai mediator Quorum-sensing. 31 Menurut Wysocka et al, 32 aktivitas antimicrobial dari derivative  muramyl  dipeptide  secara umum  lebih  tinggi  pada  bakteri  gram negatif  termasuk E.  coli dibandingkan pada  bakteri  gram  negatif.  Sehingga germacrone  dengan  11  sisi  aktif  yaitu residu  asam  amino  amino  Val487,
Val354, Val460, Val461, Leu490,
Leu491, Pro352, Val452, Val463, Val487, Phe346 yang berikatan dengan protein  MurE  melalui  ikatan  hidrofobik, akan  berpotensi  untuk  menghambat
aktivasi protein ini dengan cara menghambat pembentukan peptidoglikan E. coli . Banyaknya
interaksi  antara  ligan  dengan  asam amino  melaui  ikatan  hidrofobik  akan menunjukkan bahwa interaksinya berpotensi sebagai inhibitor potensial. 30
Analisis  dari molecular  docking dilakukan  untuk  menentukan  posisi ikatan hidrogen, hidrofobik antara senyawa  yang  diuji  dengan  target protein termasuk kekuatan ikatan antara kompleks tersebut. Senyawa aktif diprediksi  memiliki  ikatan  yang  kuat dengan  protein  target  jika  ikatan hidrogen  berikatan  kuat  dengan  residu asam amino yang sama dengan rujukan kontrol. 29
Nilai binding  affinity antara  DNA gyrase B dan curcumenol sama dengan ciprofloxacin yaitu -7,0 Kkal/mol, sedangkan dengan germacrone menunjukkan nilai binding affinity yaitu - 6,7 Kkal/mol. Hasil docking curcumenol menunjukkan binding affinity yang lebih
negatif dibandingkan dengan germacrone dengan residu asam amino
Ile94, Ile78, sedangkan antara curcumenol dengan protein DNA gyrase B  ada  di  sisi  aktif  Ile78,  Ile94,  Pro79. Jumlah  sisi  aktif  di  curcumenol  lebih banyak  dari  germacrone  yaitu  3  residu asam  amino  yang  artinya  lebih  banyak sisi  aktif  yang  dapat  berikatan  dengan DNA gyrase B.
DNA Gyrase B merupakan sub unit DNA  gyrase  yang  merupakan  enzim topoisomerase  type  II. 13 Protein  DNA
Gyrase  sub  unit  B  merupakan  reseptor protein  yang  ketika  berikatan  dengan suatu komponen, maka biosintesis DNA tidak terjadi sehingga menyebabkan sel bakteri  akan  mati, 14 sehingga  ketika  3 residu  asam  amino  yaitu  Ile78,  Ile94, Pro79  pada  curcumenol  berikatan dengan DNA gyrase B, maka biosintesis DNA  bakteri  akan  terhambat  sehingga mengakibatkan  kematian  sel  bakteri.
Docking protein MurE  dan  DNA  gyrase B  yang  diikat  dengan  ligan  curcumenol serta  Germacron,  tidak  membentuk ikatan hidrogen, namun terdapat interaksi hidrofobik yang ikatannya akan distabilkan pada binding pocket . 33

## Kesimpulan
Index  inhibition  konsentrasi  25% adalah  konsentrasi  ekstrak  kunyit  putih yang paling mendekati aktivitas ciprofloxacin. Ekstrak kunyit putih konsentrasi  10,  15  dan  25%  belum
memiliki daya bunuh terhadap pertumbuhan E.  Coli. Curcumenol maupun
Germacrone memenuhi standar sebagai obat karena memenuhi
5 kriteria Lipinski ( Lipinski’s five of rules ) yaitu  berat  molekul    500,  koefisien logarithm of the octanol partition (LogP) 5,  hydrogen  bond  donor  (HBD)  5,
hydrogen bond acceptor (HBA)10, and tidak lebih dari dua errors/violations.

## Saran
Melakukan eksplorasi ekstrak kunyit  putih  dengan  konsentrasi  yang lebih  besar  untuk  memperoleh  daya bunuh yang lebih baik. Analisis in silico dengan senyawa bioaktif lain dari kunyit putih  diperlukan  untuk  memperoleh prediksi  yang  lebih  baik  sebagai antibakteri.

## Ucapan Terima Kasih
Penulis  mengucapkan  terimakasih kepada LPPM Universitas Wijaya Kusuma  sebagai  penyandang  dana penelitian ini.

## Daftar Pustaka
1.  Shrestha  A,  Shrestha  R,  Koju  P,
Tamrakar  S,  Rai  A,  Shrestha  P,  et al.  The  Resistance  Patterns  in  E. coli  Isolates  among  Apparently Healthy Adults and Local Drivers of Antimicrobial  Resistance:  A  Mixed- Methods Study in a Suburban Area of  Nepal.  Trop  Med  Infect  Dis. 2022;7(7).
2.  Nurjanah  GS,  Cahyadi  AI,  Windria S.  Escherichia  Coli  Resistance  To Various  Kinds  of  Antibiotics  in Animals  and  Humans:  a  Literature Study.  Indones  Med  Veterinus. 2020;9(6):970 –83.

## 3.  Barlaam  A,  Parisi  A,  Spinelli  E,
Caruso M, Taranto PDI, Normanno G.  Global  Emergence  of  Colistin- Resistant  Escherichia  coli  in  Food Chains and Associated Food Safety
Implications : A Review. J Food Prot [Internet]. 2019;82(8):1440 –8. Available from: https://doi.org/
10.4315/0362-028X.JFP-19-116 4.  Eltai NO, Yassine HM, Al Thani AA, Abu Madi MA, Ismail A, Ibrahim E, et  al.  Prevalence  of  antibiotic resistant  Escherichia  coli  isolates from fecal samples of food handlers in  Qatar.  Antimicrob  Resist  Infect Control. 2018;7(1):1 –7.
5.  Montes-yedra  J,  Bautista-avenda AA,  Garcı  ES.  Virulence  genes  , antimicrobial  resistance  profile  , phylotyping  and  pathotyping  of diarrheagenic Escherichia coli isolated from children in Southwest Mexico. 2024;1 –23.
6.  Rostinawati  T.  Pola  Resistensi Antibiotik  Bakteri  Penyebab  Infeksi Saluran  Kemih  di  Puskesmas Ibrahim  Adjie  Kota  Bandung.  J Sains Farm Klin. 2021;8(1):27.
7.  Puspandari N, Sunarno S, Febrianti T, Febriyana D, Dian R, Rooslamiati
I,  et  al.  Extended  spectrum  beta- lactamase-producing Escherichia
coli surveillance in the human , food chain  ,  and  environment  sectors : Tricycle project ( pilot ) in Indonesia.
2021;13 .
8.  Gharge S, Hiremath SI, Kagawad P,
Jivaje  K,  Palled  MS,  Suryawanshi SS. Curcuma zedoaria Rosc
(Zingiberaceae):  a  review  on  its chemical, pharmacological and biological  activities.  Futur  J  Pharm Sci. 2021;7(1):1 –9.
9.  Indriani  V,  Chiuman  L,  Wijaya  LL,
Lister  G,  Grandis  L.  Antibacterial
Effect of Curcuma zedoaria Extract on Bacillus cereus and Staphylococcus epidermidis. Althea
Med J. 2020;7(1):6 –10. 10.  Miah  MAS,  Yeasmin  T,  Islam  F, Yeasmin S. Antimicrobial , membrane stabilizing and thrombolytic  activities  of  ethanolic extract of Curcuma zedoaria Rosc . Rhizome. J Pharmacogn
Phytochem.  2017;6  (5)(October 2018):38 –41.
11.  Dwi Puspita S, Yulianti R, Mozartha
M.  The  effectiveness  of  white turmeric (Curcuma zedoaria) extracts  as  root  canal  irrigation alternative material on
Streptococcus viridans. J Phys Conf Ser. 2019;1246(1).
12.  Alves MJ, Froufe HJC, Costa AFT, Santos  AF,  Oliveira  LG,  Osório SRM,  et  al.  Docking  studies  in target proteins involved in antibacterial  action  mechanisms: Extending the knowledge on
standard antibiotics to antimicrobial mushroom  compounds.  Molecules. 2014;19(2):1672 –84.
13.  Saqallah  FG,  Hamed  WM,  Talib
WH, Dianita R, Wahab HA. Antimicrobial activity and molecular docking  screening  of  bioactive components  of  Antirrhinum  majus (snapdragon)  aerial  parts.  Heliyon [Internet]. 2022;8(8):e10391. Available  from:  https://doi.org/10. 1016/j.heliyon.2022.e10391 14.  Yuan C, Hao X. Heliyon
Antibacterial  mechanism  of  action and  in  silico  molecular  docking studies  of  Cupressus  funebris essential  oil  against  drug  resistant bacterial  strains.  Heliyon  [Internet]. 2023;9(8):e18742.  Available  from: https://doi.org/10.1016/j.heliyon.20 23.e18742.
15.  Kanter  J,  Untu  S.  Uji  Aktivitas Antibakteri  Ekstrak  Kulit  Buah Tanaman  Jengkol  Pithecellobium jiringa Terhadap Pertumbuhan Bakteri Staphylococcus aureus dan Pseudomonas aeruginosa. Biofarmasetikal Trop. 2019;2(2):170 –9. 16.  Kowalska-krochmal B, Dudek-
wicher  R.  The  Minimum  Inhibitory Concentration of
Antibiotics :
Methods  ,  Interpretation  ,  Clinical Relevance. 2021. 17.  Kuspradini  H,  Putri  AS,  Egra  S,
Yanti. Short communication: In vitro antibacterial activity of essential oils from  twelve  aromatic  plants  from East Kalimantan, Indonesia. Biodiversitas. 2019;20(7):2039 –42.
18.  Abbott  IJ,  van  Gorp  E,  Cottingham
H,  Macesic  N,  Wallis  SC,  Roberts JA,  et  al.  Oral  ciprofloxacin  activity against ceftriaxone-resistant Escherichia  coli  in  an  in  vitro bladder infection model. J Antimicrob  Chemother  [Internet]. 2023;78(2):397 –410. Available
from:
https://doi.org/10.1093/jac/dkac402 19.  Ganur ANA, Rahayu DUC, Dianhar H,  Irwanto  I,  Sugita  P.  Terpenoid from  Indonesian  Temu  Mangga  ( Curcuma mangga , Val ) Rhizomes and  Review  of  Its  Anticancer Towards  MCF-7  Breast  Cells.  4th
International Swminar on Chemistry. https://doi.org/ 10.1063/5.00515 (June 2021):1 –8.
20.  Ode  DS,  Dwi  AS,  Gustin  S,  Dyah
CR,  Hanhan  D,  Purwantiningsih  S.
Secondary metabolite isolated from Indonesian white turmeric (
Curcuma  zedoaria  )  rhizomes  and its  potential  as  antibacterial  agent.
2022;11(1):28 –32. 21.  Rahayu WP, Nurjanah S, Komalasari  E.  Escherichia  coli: Patogenitas,Analisis,  dan  Kajian Risiko. J Chem Inf Model.
2018;53(9):5.
22.  Wu  J,  Feng  Y,  Han  C,  Huang  W,
Shen Z, Yang M, et al. Germacrone derivatives:  Synthesis,  biological activity,  molecular  docking  studies and molecular dynamics simulations. Oncotarget. 2017;8(9):15149 –58. 23.  Putri  R,  Mursiti  S,  Sumarni  W. Aktivitas Antibakteri Kombinasi Temu Putih dan Temulawak terhadap  Streptococcus  Mutans.  J MIPA  [Internet].  2017;40(1):43 –7.
Available from: http://journal.unnes. ac.id/nju/index.php/JM 24.  Garoff L, Huseby DL, Praski Alzrigat L,  Hughes  D.  Effect  of  aminoacyl- TRNA  synthetase  mutations  on susceptibility  to  ciprofloxacin  in Escherichia  coli.  J  Antimicrob Chemother. 2018;73(12):3285 –92. 25.  Abishad  P,  Niveditha  P,  Unni  V,
Vergis J, Kurkure NV, Chaudhari S, et al. In silico molecular docking and in  vitro  antimicrobial  efficacy  of phytochemicals  against  multi-drug-
resistant enteroaggregative
Escherichia  coli  and  non-typhoidal
Salmonella spp. Gut Pathog [Internet]. 2021;13(1):1 –11. Available from: https://doi.org/10.1186/s13099- 021-00443-3. 26.  Daoui  O,  Elkhattabi  S,  Chtita  S,
Elkhalabi R, Zgou H, Benjelloun AT.
QSAR,  molecular  docking  and ADMET  properties  in  silico  studies of novel 4,5,6,7-tetrahydrobenzo[D] -thiazol-2-Yl  derivatives  derived from dimedone as potent anti-tumor agents  through  inhibition  of  C-Met receptor  tyrosine  kinase.  Heliyon
[Internet]. 2021;7(7):e07463. Available from: https://doi.org/ 10.1016/j.heliyon.2021.e07463 27.  Novianty R. Analisis Farmakokinetik, Toksisitas dan Drug-Likeness Lima Senyawa Aktif Biji  Pinang  Sebagai  Antidepresan secara  In  Silico.    Jurnal  Inovasi Pendidikan dan Sains. 2023;4(1):61-66
28.  Diyah NW, Ghifari AS, Hidayati SW,
Ekowati  J.  In  silico  Study  on Physicochemical,  Pharmacokinetic and  Toxicity  Profiles  of  Available Antiviral  Drugs  and  The  Drug- Target  Interaction  with  Protease  of SARS-CoV-2  Studi  In  Silico  Profil Fisikokimia,  Farmakokinetik  dan Toksisitas  Obat  Antivirus  yang Bereda. Camellia. 2022;1(2):38 –47. 29.  Hartati  FK,  Djauhari  AB,  Viol  Dhea K.  Evaluation  of  pharmacokinetic properties,  toxicity,  and  bioactive cytotoxic  activity  of  black  rice (Oryza  sativa  l.)  as  candidates  for diabetes mellitus drugs by in silico. Biointerface Res Appl Chem. 2021;11(4):12301 –11.
30.  Sattari A, Ramazani A, Aghahosseini H. Repositioning therapeutics  for  COVID-19:  virtual screening  of  the  potent  synthetic and  natural  compounds  as  SARS- CoV-2  3CLpro  inhibitors.  J  Iran Chem Soc [Internet]. 2021;18(10):2807 –27. Available from: https://doi.org/10.1007/ s13738-021-02235-7 31.  Guryanova  S  V.,  Khaitov  RM. Strategies for Using Muramyl Peptides  -  Modulators  of  Innate Immunity  of  Bacterial  Origin  -  in Medicine. Front Immunol. 2021;12(April). 32.  Wysocka M, Dzierzbicka K, Krawczyk B. Evaluating the antibacterial  activity  of  muramyl dipeptide  derivatives,  retro-tuftsin derivatives, and anthraquinone oligopeptides  against  a  range  of pathogenic bacteria*. Acta Biochim Pol. 2021;68(3):449 –55.
33.  Jianu C, Stoin D, Cocan I, David I,
Pop  G  et  al.  In  Silico  and  In  Vitro Evaluation of The Antimicrobial and Antioxidant  Potential  of  Mentha  x Smithiana R Graham Essential Oil from  Western  Romania.  Foods. 2021,10, 815:1-17.