Identifikasi Padi Lokal Jawa Timur Berdasarkan Gen BADH2 yang Berpotensi sebagai Padi Beraroma
Kurniawan Setia Putra 1) , Dwi Listyorini 1,3)* , Suharti 2,3)
1) Jurusan Biologi, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Negeri Malang, Jl. Semarang 5
Malang, Indonesia
2) Jurusan Kimia, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Negeri Malang, Jl. Semarang 5 Malang,
Indonesia
3) Laboratorium Sentral Mineral dan Material Maju, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas
Negeri Malang, Jl. Semarang 5 Malang, Indonesia
*) Alamat korespondensi: listyorini.aljabari@um.ac.id

## ABSTRAK
Padi  lokal  merupakan  padi  liar  yang  telah  dibudidayakan  oleh  petani  Indonesia.  Potensi  padi  lokal dapat  digunakan  sebagai  plasma  nutfah  yang  memiliki  berbagai  gen  dalam  mengendalikan  sifat  tertentu. Beberapa  beras  di  Indonesia  memiliki  potensi  sebagai  beras  aromatik.  Berbagai  varietas  padi  aromatik berpotensi  meningkatkan  kualitas  beras  di  Indonesia.  Aroma  beras  dikendalikan  oleh  gen betain  aldehid dehidrogenase ( BADH ).  Gen  ini  terdiri  dari  dua  alel  yaitu BADH1 dan BADH2 ,  mengkodekan  enzim  yang bertanggung jawab untuk mengkatalisis sintesis senyawa 2-acetyl-1-pyrroline (2-AP). Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi potensi aroma varietas Berlian. Gen BADH2 diisolasi dari daun pada ketiga varietas tersebut dan diamplifikasi menggunakan primer forward 5'-TTGTTTGGCTCTTGCTGATG -3' dan primer reverse 5'CATAGGAGCAGCTGAAATATATACC-3'.  Fragmen  gen BADH2 berhasil  diamplifikasi  dengan ukuran  258  bp  (varietas  Berlian).  Sekuen BADH2 varietas  Berlian  menunjukkan  kemiripan  100%  dengan sekuen BADH2 padi  tidak  beraroma  dan  tidak  memiliki  kemiripan  dengan  sekuen BADH2 varietas  padi beraroma.  Analisis  potensi  padi  beraroma  menunjukkan  bahwa  varietas  Berlian  tidak  berpotensi  sebagai padi beraroma.
Kata kunci: padi Lokal, Jawa Timur, BADH2, varietas Berlian, padi beraroma
Identification of Local Rice from East Java Based on BADH2 Gene with Potency as Aromatic Rice
Kurniawan Setia Putra 1) , Dwi Listyorini 1,3)* , Suharti 2,3)
1) Department of Biology, Faculty of Mathematics and Natural Sciences, State University of Malang, Jl. Semarang 5
Malang, Indonesia
2) Department of Chemistry, Faculty of Mathematics and Natural Sciences, State University of Malang, Jl. Semarang 5
Malang, Indonesia
3) Central Laboratory of Mineral and Advanced Material, Faculty of Mathematics and Natural Sciences, State University of Malang, Jl. Semarang 5 Malang, Indonesia
*) Email: listyorini.aljabari@um.ac.id

## ABSTRACT
Local rice is wild rice that has been cultivated by Indonesian farmers. Potential local rice can be used as germplasm with a variety of genes controlling certain properties. Some rice in Indonesia have the potency as aromatic  rice. The variety of aromatic  rice  is potentially  to improve the  quality of  rice  in Indonesia. The aroma  of  rice  is  controlled  by  the betain  aldehyde  dehydrogenase ( BADH )  gene. This  gene  consists  of  two alleles  i.e. BADH1 and BADH2 ,  which  encode  enzyme  responsible  for  catalyzing  the  synthesis  of 2-acetyl-1- pyrroline (2-AP) compounds. This study aimed to identify the aromatic potential of Berlian varieties. Gene of BADH2 was  isolated  from  leaves  of  those  three  varieties  and  amplified  using  forward  primer  5'- TTGTTTGGAGCTTGCTGATG  -3'  and  reverse  primer  5'-CATAGGAGCAGCTGAAATATATACC-3'. The BADH2 gene was successfully amplified with band size of 258 bp (Berlian variety). The BADH2 sequence of Berlian variety showed the similarity of 100% with BADH2 sequence of non-aromatic and did not similar
with  the BADH2 sequence  of  aromatic  rice  variety.  The  analysis  of  aromatic  rice  showed  that  the  Berlian variety is not potential as aromatic rice.
Keywords: local rice, East Java, BADH2 , Berlian varieties, aromatic rice

## PENDAHULUAN
Padi  beraroma  merupakan  padi  yang memiliki  aroma  khas,  teksturnya  yang  pulen dan  memiliki  harga  yang  tinggi  di  pasaran. Budidaya  padi  beraroma  dapat  memberikan keuntungan  bagi  petani  karena  harganya  yang relatif  tinggi  daripada  padi  biasa  [1],  dan merupakan  upaya  untuk  menjaga  kelestarian padi  lokal  serta  dapat  digunakan  sebagai sumber  plasma  nutfah  [2].  Sifat  aroma  padi diatur  oleh  gen fgr ( fragrance )  yang  terletak pada  kromosom  8.  Gen fgr ( fragrance ) memiliki  tiga  daerah  gen  pengkode  protein, yaitu  3-metilkrotonil-KoA  (Mccc2),  karbonat anhidrase (Cah), dan betain aldehid dehidrogenase ( BADH ) [3].
Betain  aldehid  dehydrogenase  ( BADH ) merupakan  gen  pengendali  sifat  aroma  padi yang  terekspresi  pada  seluruh  bagian  padi kecuali  akar  [4] . Gen  ini  memiliki  dua homolog  yaitu BADH1 dan BADH2 .  Gen BADH1 terletak pada kromosom 4 dan BADH2 pada  kromosom  8  [5].  Kedua  gen  tersebut memiliki  15  ekson  dan  menunjukkan  75% homologi urutan pada tingkat asam amino [6]. Gen BADH1 memiliki  fungsi  biokimia  yang serupa  dengan BADH2 sehingga  gen BADH1 dikaitkan dengan aroma padi. Padi aroma yang dikendalikan  oleh BADH1 terdapat  pada varietas  Kalanamak  3119,  Kalanamak  3131 dan  Pusa  1121  [7].  Padi  aroma  yang dikendalikan  oleh BADH2 terdapat  pada varietas Basmati dan Jasmine [8]. Gen BADH2 menghasilkan  aroma  karena  adanya  delesi urutan nukleotida [9].
Potensi  padi  aroma  pada  padi  lokal merupakan  potensi  yang  dapat  dikembangkan dengan  melalui  transfer  gen  [10].  Penggunaan padi  lokal  untuk  mengetahui  potensi  aroma sangat  penting  karena  dapat  menghasilkan bibit  yang  unggul  dalam  pemuliaan  tanaman padi.  Keanekaragaman  genetik  padi  lokal dengan potensi aroma dapat digunakan sebagai data  agar potensi  aroma  padi  tidak  mengalami kepunahan dan erosi genetik [11].
Pada penelitian ini  dipilih padi lokal varietas Jawa,  SOJ  A3  dan  Berlian.  Pemilihan  padi tersebut  berdasarkan  hasil  observasi  bahwa  padi lokal  varietas  Jawa  dan  Berlian  tidak  beraroma sedangkan varietas SOJ A3 memiliki  aroma. Padi lokal  tesebut  merupakan  padi  lokal  Jawa  Timur yang berasal dari daerah Malang dan Banyuwangi. Penelitian  ini  perlu  dilakukan  untuk  mengetahui potensi  padi  lokal  beraroma  berdasarkan  gen BADH2 serta  menambah database padi  lokal beraroma  sebagai  pendukung  untuk  penelitian selanjutnya.

## METODE PENELITIAN
Isolasi  DNA  total. Isolasi  DNA  total dilakukan  dengan  mengikuti  protokol  Macherey- Nagel.  Gen BADH2 diamplifikasi  menggunakan primer forward 5’-  TTG  TTT  GGA  GCT  TGC TGATG  -3’  dan reverse 5’-  CAT  AGG  AGC AGC TGA AAT ATA TACC -3’ [12].
Reaksi PCR adalah pra-denaturasi pada 94ºC selama  2  menit,  denaturasi  DNA  pada  94ºC selama  40  detik,  anneling  pada  55ºC  selama  30 detik, kemudian ekstensinya pada 72ºC selama 40 detik,  pemanjangan  akhir  pada  72ºC  selama  5 menit dan terdiri dari 30 siklus [13].
Analisis  data  sekuen .  Target  gen BADH2 hasil  sekuensing  dibaca  menggunakan  perangkat lunak  FinchTV  dan  Bioedit.  Pembuatan  sekuen konsensus    dilakukan  dengan  menggabungkan forward dan reverse sampel  menggunakan program  DNAbaser.  Analisis  BLAST  kemudian dilakukan  untuk  mengkonfirmasi  apakah  fragmen hasil  isolasi  adalah  fragmen  dari  gen  yang ditargetkan (https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/ Blast.cgi). Selanjutnya analisis pensejajaran sekuen  sampel  dengan  sekuen  pembanding  yang diperoleh  dari  BLAST,  menggunakan  program ClustalX.
Analisis  potensi  padi  beraroma .  Analisis padi  beraroma  dilakukan  dengan  pensejajaran sekuen  nukleotida  gen BADH2 padi  lokal  Jawa Timur  dengan  sekuen  nukleotida BADH2 padi tidak  beraroma  dan  padi  beraroma  menggunakan program  ClustalX.  Analisis  pensejajaran  sekuen
nukleotida  gen BADH2 dilakukan  untuk melihat  komposisi  dan  perbedaan  sekuen nukleotida  gen BADH2 padi  tidak  beraroma dengan padi beraroma gen BADH2 .

## HASIL DAN PEMBAHASAN
Isolasi  DNA  total. Isolasi  DNA  total padi lokal Jawa Timur dilakukan untuk mengamplifikasi  gen  target BADH2 .    Hasil visualisasi  produk  PCR  melalui  elektroforesis menunjukkan  adanya  pita  DNA  gen BADH 2 pada  sampel  varietas  Berlian  (Br)  berukuran 258 bp (Gambar 1).
Gambar 1 .  Elektrogram  pita  gen BADH2 hasil PCR padi lokal Jawa Timur. M:  Marker  100b  plus  DNA ladder;  1:  Varietas  Jawa;  2: Varietas  SOJ  A3;  3:  Varietas Berlian.
Analisis  data  sekuen. Sekuen  gen BADH2 varietas  Berlian  kemudian  di  analisis
dengan  BLAST  menggunakan  pembanding  padi tidak  aroma  dengan  nomor  aksesi  KT877412,
KT877416, KT987433, KT998665, dan KT998667  [13].  Nilai  kesamaan  yang  terdapat pada  BLAST  merupakan  nilai max  score pasang basa  yang  identik  antar  sampel  dengan  spesies pembanding  di GeneBank yaitu  Padi  tidak  aroma [14].  Hasil  analisis  BLAST  menunjukkan  nilai max score varietas Berlian sebesar  477 (Tabel  1). Semakin  tinggi  nilai  skor,  maka  semakin  tinggi tingkat homologi kedua urutan nukleotida [3].
Urutan  nukleotida  varietas  Berlian  dengan pembanding  padi  beraroma  memiliki  nilai query cover sebesar  12  -  20%  (Tabel  2).  Hal  tersebut membuktikan  bahwa  padi  lokal  varietas  Berlian tidak  memiliki  kesamaan  dengan  padi  beraroma nomor  aksesi KT877417, KU131197, KU206395, KT998660,  dan  KT998663.  Urutan  nukleotida dikatakan  identik  apabila  memiliki  nilai  minimal query  cover sebesar  40%  [15].  Nilai max  score gen BADH2 varietas  Berlian  dengan  pembanding padi beraroma sebesar 60-99.
Hasil dari pensejajaran dengan menggunakan ClustalX  fragmen  gen BADH2 varietas  Berlian memiliki  kesamaan  dengan  referensi  padi  tidak beraroma  nomor  aksesi  KT877412,  KT877416, KT987433,  KT998665,  dan  KT998667    (Gambar 2).  Selanjutnya  pensejajaran  fragmen  DNA  gen BADH2 varietas  Berlian  dengan  padi  aroma nomor  aksesi  KU131197,  KT877417,  KT998663 dan  KT998660  (Gambar  3)  yang  menunjukkan perbedaan  yang  berupa  delesi  dan  insersi. Terdapat delesi pada basa nomor 47-56 bp, 87-89 bp,  105-107  bp,  152  bp,  195  bp  dan  266-267  bp. Sedangkan  insersi  terdapat  pada  basa  nomor  130 bp dan 229 bp (Gambar 3) [13].
Tabel 1. Hasil analisis BLAST gen BADH2 varietas Berlian dengan padi tidak beraroma
Kode aksesi Max score Total score Query coverage E value Ident. KT877412 477 477 100% 1e- 139 100% KT877416 477 477 100% 1e-139 100% KT987433 477 477 100% 1e-139 100% KT998665 477 477 100% 1e-139 100% KT998667 477 477 100% 1e-139 100%
Tabel 2. Hasil analisis BLAST gen BADH2 varietas Berlian dengan padi beraroma Kode aksesi Max score Total score Query coverage E value Ident. KT877417 99,0 99,0 20% 1e-25 100% KU131197 99,0 99,0 20% 1e-25 100% KU206395 60,2 60,2 12% 5e-14 100% KT998660 76,8 76,8 15% 4e-19 100% KT998663 76,8 76,8 15% 4e-19 100%
Analisis  potensi  padi  beraroma. Hasil pensejajaran  nukleotida  varietas  Berlian  dengan padi  tidak  beraroma  dapat  ditemukan  persentase nukleotida baik A, C, T, dan G memiliki koposisi yang sama, yaitu 35,7% (T/U), 18,6% (C), 22,9% (A),  dan  22,9%  (G).  Sebaliknya  komposisi nukleotida  varietas  padi  berlian  dengan  padi beraroma, ditemukan perbedaan komposisi nukleotida  yaitu  padi  varietas  Berlian  memiliki komposisi  nukleotida  T/U  paling  sedikit  sebesar 35,1%,  komposisi  nukleotida  A  paling  banyak sebesar 23,4% dan komposisi G yang juga paling banyak sebesar 22,2% (Tabel 4).
Tabel 3. Persentase komposisi perbedaan
nukleotida  varietas  Berlian  dan  padi tidak beraroma Sampel Nukleotida T C A G Berlian 35,7 16,6 22,9 22,9 KT877412 35,7 16,6 22,9 22,9 KT877416 35,7 16,6 22,9 22,9 KT987433 35,7 16,6 22,9 22,9 KT998665 35,7 16,6 22,9 22,9 KT998667 35,7 16,6 22,9 22,9 Tabel 4. Persentase komposisi perbedaan nukleotida varietas Berlian dan padi beraroma Sampel Nukleotida T C A G KU206395 44,7 19,1 20,6 15,6 KT877417 46,2 19,3 20,1 14,5 KT998660 46,2 19,3 19,7 14,9 Berlian 35,1 19,2 23,4 22,2 KU131197 46,2 19,3 19,7 14,9 KT998663 46,2 19,3 19,7 14,9
Matriks perbedaan nukleotida juga menunjukkan  perbedaan  komposisi  (Tabel  5,  6, 7,  dan  8).  Perbedaan  komposisi  nukletida varieties  padi  Berlian  dengan  padi  beraroma untuk nukleotida T memiliki rentang 9,6-11,1%, A  pada  rentang  2,8-3,7%,  dan  G  pada  rentang 6,6-7,7%,  untuk  nukleotida  C  tidak  bisa
membedakan  perbedaan  komposisi  nukleotida. Sementara  komposisi  nukleotida  antar  sesama varieties  padi  pembanding  memiliki  komposisi nukleotida  yang  sama,  yaitu  pada  persentase  0- 0,9%.
Perbedaan  tersebut  menunjukkan  bahwa fragmen  gen BADH2 yang  teramplifikasi  tidak bertanggung  jawab  pada  sintesis  aroma,  karena gen BADH2 yang  bertanggung  jawab  pada sintesis  aroma  mengalami  delesi  pada  ekson  8 [16]. Hasil BLAST primer BADH2 membuktikan  bahwa  primer  yang  digunakan memiliki  kecocokan  urutan  nukleotida  dengan padi  tidak  beraroma.  Primer BADH2 tidak memiliki  kecocokan  dengan  gen BADH2 padi beraroma  dibuktikan  dengan  tidak  dapat teramplifikasi  padi  varietas  SOJ  A3  yang merupakan padi beraroma.
Tabel 5. Matrik perbedaan
komposisi nukleotida T(U) A B C D E F A - 1,5 1,5 1,5 1,5 1,5 B 1,5 - 0 0 0 0 C 1,5 0 - 0 0 0 D 9,6 11,1 11,1 - 11,1 11,1 E 1,5 0 0 11,1 - 0 F 1,5 0 0 11,1 0 -
Tabel 6. Matrik perbedaan komposisi nukleotida C A B C D E F A - 0,2 0,2 0,1 0,2 0,2 B 0,2 - 0 0,1 0 0 C 0,2 0 - 0,1 0 0 D 0,1 0,1 0,1 - 0,1 0,1 E 0,2 0 0 0,1 - 0 F 0,2 0 0 0,1 0 -
Tabel 7. Matrik perbedaan komposisi nukleotida A A B C D E F A - 0,5 0,9 2,8 0,9 0,9 B 0,5 - 0,4 3,3 0,4 0,4 C 0,9 0,4 - 3,7 0 0 D 2,8 3,3 3,7 - 3,7 3,7 E 0,9 0,4 0 3,7 - 0 F 0,9 0,4 0 3,7 0 -
Tabel 8. Matrik perbedaan komposisi nukleotida G A B C D E F A - 1,1 0,7 6,6 0,7 0,7 B 1,5 - 0,4 7,7 0,4 0,4 C 0,7 0 - 7,3 0 0 D 6,6 7,7 7,3 - 7,3 7,3 E 0,7 0,4 0 7,3 - 0 F 0,7 0,4 0 7,3 0 -
10        20        30        40        50 ....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|
berlian --- TTGTTTGGAGCTTGCTGATGTGTGTAAAGAGGTTGGTCTTCCTTCAG
KT877412. --- TTGTTTGGAGCTTGCTGATGTGTGTAAAGAGGTTGGTCTTCCTTCAG
KT877416. --- TTGTTTGGAGCTTGCTGATGTGTGTAAAGAGGTTGGTCTTCCTTCAG
KT987433. -- TTTGTTTGGAGCTTGCTGATGTGTGTAAAGAGGTTGGTCTTCCTTCAG KT998667. TGTTTGTTTGGAGCTTGCTGATGTGTGTAAAGAGGTTGGTCTTCCTTCAG
KT998665. --- TTGTTTGGAGCTTGCTGATGTGTGTAAAGAGGTTGGTCTTCCTTCAG Clustal Consensus *********************************************** 60        70        80        90       100 ....|....|....|....|....|....|....|....|....|....| berlian GTGTGCTAAACATAGTGACTGGATTAGGTTCTGAAGCCGGTGCTCCTTTG
KT877412. GTGTGCTAAACATAGTGACTGGATTAGGTTCTGAAGCCGGTGCTCCTTTG KT877416. GTGTGCTAAACATAGTGACTGGATTAGGTTCTGAAGCCGGTGCTCCTTTG KT987433. GTGTGCTAAACATAGTGACTGGATTAGGTTCTGAAGCCGGTGCTCCTTTG KT998667. GTGTGCTAAACATAGTGACTGGATTAGGTTCTGAAGCCGGTGCTCCTTTG KT998665. GTGTGCTAAACATAGTGACTGGATTAGGTTCTGAAGCCGGTGCTCCTTTG Clustal Consensus ************************************************** 110       120       130       140       150
....|....|....|....|....|....|....|....|....|....| berlian TCATCACACCCTGGTGTAGACAAGGTACAGCTATTCCTCCTGTAATCATG KT877412. TCATCACACCCTGGTGTAGACAAGGTACAGCTATTCCTCCTGTAATCATG KT877416. TCATCACACCCTGGTGTAGACAAGGTACAGCTATTCCTCCTGTAATCATG KT987433. TCATCACACCCTGGTGTAGACAAGGTACAGCTATTCCTCCTGTAATCATG KT998667. TCATCACACCCTGGTGTAGACAAGGTACAGCTATTCCTCCTGTAATCATG KT998665. TCATCACACCCTGGTGTAGACAAGGTACAGCTATTCCTCCTGTAATCATG Clustal Consensus ************************************************** 160       170       180       190       200 ....|....|....|....|....|....|....|....|....|....| berlian TATACCCCATCAATGGAAATGATATTCCTCTCAATACATGGTTTATGTTT
KT877412. TATACCCCATCAATGGAAATGATATTCCTCTCAATACATGGTTTATGTTT KT877416. TATACCCCATCAATGGAAATGATATTCCTCTCAATACATGGTTTATGTTT KT987433. TATACCCCATCAATGGAAATGATATTCCTCTCAATACATGGTTTATGTTT KT998667. TATACCCCATCAATGGAAATGATATTCCTCTCAATACATGGTTTATGTTT KT998665. TATACCCCATCAATGGAAATGATATTCCTCTCAATACATGGTTTATGTTT Clustal Consensus ************************************************** 210       220       230       240       250
....|....|....|....|....|....|....|....|....|....| berlian TCTGTTAGGTTGCATTTACTGGGAGTTATGAAACTGGTATATATTTCAGC KT877412. TCTGTTAGGTTGCATTTACTGGGAGTTATGAAACTGGTATATATTTCAGC
KT877416. TCTGTTAGGTTGCATTTACTGGGAGTTATGAAACTGGTATATATTTCAGC
KT987433. TCTGTTAGGTTGCATTTACTGGGAGTTATGAAACTGGTATATATTTCAGC KT998667. TCTGTTAGGTTGCATTTACTGGGAGTTATGAAACTGGTATATATTTCAGC KT998665. TCTGTTAGGTTGCATTTACTGGGAGTTATGAAACTGGTATATATTTCAGC Clustal Consensus **************************************************
260
....|....|. berlian TGCTCCTATGA KT877412. TGCTCCTATGA KT877416. TGCTCCTATGA KT987433. TGCTCCTATGA KT998667. TGCTCCTATGA KT998665. TGCTCCTATGA Clustal Consensus ***********
Gambar 2. Pensejajaran sekuen nukleotida padi lokal varietas Berlian dengan sampel padi tidak beraroma.
10        20        30        40        50        60        70        80        90       100
....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....| KU206395. TGGGAGTTATGAAACTGGTA A A A AGATTATGG C TTCAGCTGCTCCTATGGTTAAGGTTTGTTTCCAAATTTCTGTGGATATTTTTTGTTCTCTTTCTACT KT877417. TGGGAGTTATGAAACTGGTATATA -------- TTTCAGCTGCTCCTATGGTTAAGGTTTGTTTCCAAATTTCTGTGGATATTTTTTGTTCTCTTTCTACT KT998660. TGGGAGTTATGAAACTGGTATATA -------- TTTCAGCTGCTCCTATGGTTAAGGTTTGTTTCCAAATTTCTGTGGATATTTTTTGTTCTCTTTCTACT berlian TG T G T GT A A A GA GG T TGGT C T T CC --------- TTCAG G TG T G C T A A A C A T A G T G A C T G G A TT --- A GG TTCTG AA G CC GG --- T G C T C CT T T G TC A T C A KU131197. TGGGAGTTATGAAACTGGTATATA -------- TTTCAGCTGCTCCTATGGTTAAGGTTTGTTTCCAAATTTCTGTGGATATTTTTTGTTCTCTTTCTACT KT998663. TGGGAGTTATGAAACTGGTATATA -------- TTTCAGCTGCTCCTATGGTTAAGGTTTGTTTCCAAATTTCTGTGGATATTTTTTGTTCTCTTTCTACT
110       120       130       140       150       160       170       180       190       200
....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....| KU206395. AACTCT-CTATTATCAATTCTCAATGTTGTCCTTTTCTTTTAACTCCTTTACTTTTTAGAATTGTGATCAAGACACTTTGAGCATCATTCTAGTAGCCAG KT877417. AACTCT - CTATTATCAATTCTCAATGTTGTCCTTTTCTTTTAACTCCTTTACTTTTTA A AATTGTGATCAAGACACTTTGAGCATCATTCTAGTAGCCAG KT998660. AACTCT - CTATTATCAATTCTCAATGTTGTCCTTTTCTTTTAACTCCTTTACTTTTTAGAATTGTGATCAAGACACTTTGAGCATCATTCTAGTAGCCAG berlian C AC C CTG G T G T A G A CAA GG T A CA G C T A T - TCCT CC T G T AA T C A T G T A T A CC C C A T C A A T GG AAA TGAT A TT - C C T CT C AA T A CAT GG TT T A T GT TTT C T G KU131197. AACTCT - CTATTATCAATTCTCAATGTTGTCCTTTTCTTTTAACTCCTTTACTTTTTAGAATTGTGATCAAGACACTTTGAGCATCATTCTAGTAGCCAG KT998663. AACTCT - CTATTATCAATTCTCAATGTTGTCCTTTTCTTTTAACTCCTTTACTTTTTAGAATTGTGATCAAGACACTTTGAGCATCATTCTAGTAGCCAG
210       220       230       240       250 ....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|.... KU206395. TTCT - ATCCTGTTTCTTACCTTTTTATGGTTCGTCTTTTCTTGACAGCCTGTTTCACTG KT877417. TTCT - ATCCTGTTTCTTACCTTTTTATGGTTCGTCTTTTCTTGACAGCCTGTTTCACTG KT998660. TTCT - ATCCTGTTTCTTACCTTTTTATGGTTCGTCTTTTCTTGACAGCCTGTTTCACTG berlian TT A G G T T G C A T TT A CT GGG A G TT A T G AAA C T G GT A T A T A T TT -- CAG - CTG C T C C T A TG KU131197. TTCT - ATCCTGTTTCTTACCTTTTTATGGTTCGTCTTTTCTTGACAGCCTGTTTCACTG KT998663. TTCT - ATCCTGTTTCTTACCTTTTTATGGTTCGTCTTTTCTTGACAGCCTGTTTCACTG
Gambar 3. Pensejajaran sekuen nukleotida padi lokal varietas Berlian dengan sampel padi beraroma.

## KESIMPULAN
Berdasarkan  hasil  penelitian  diketahui  padi varietas Berlian memiliki gen BADH2 berukuran 258  bp.  Sekuen  gen BADH2 varietas  Berlian menunjukkan  kemiripan  100%  dengan  sekuen BADH2 varietas  padi  tidak  beraroma  dan  tidak memiliki  kemiripan  dengan  varietas padi beraroma.  Analisis  potensi  padi  beraroma menunjukkan  bahwa  varietas  Berlian  tidak berpotensi sebagai padi beraroma . Desain primer khusus perlu dilakukan untuk dapat mengamplifikasi fragmen BADH2 padi beraroma.

## UCAPAN TERIMA KASIH
Penulis  ingin  menyampaikan  terima  kasih kepada  Bpk.  Mahrus  Ismail  dari  Laboratorium Genetik Universitas Islam Negeri Maulana Malik
Ibrahim  Malang  atas  pendampingan  penelitian ini,  Bapak  Abdullah  Fuad  untuk  menyediakan fasilitas  laboratorium  di  Laboratorium  Sentral Universitas  Negeri  Malang.  Pekerjaan  ini merupakan  bagian  dari  proyek  penelitian  yang didanai oleh 4 in 1 Proyek Konsorsium Penelitian IDB  dan  Proyek  Penelitian  Dikti  DRPM  ke  D.L dan S.

## DAFTAR PUSTAKA
[1] Ahn  SN,  Bollich  CN,  Tanksley  SD, Breeding  P,  Hall  E  (1992)  RFLP  tagging of  a  gene  for  aroma  in  rice.  Theorotical and Applied Genetics 84: 825-828.
[2] Sobrizal  (2016)  Potensi  pemuliaan  mutasi untuk  perbaikan  varietas  padi  lokal Indonesia.  Jurnal  Ilmiah  Aplikasi  Isotop dan Radiasi 12(1): 23-36.
[3] Altschul  SF,  Gish  W,  Miller  W,  Myers
EW,  Lipman  DJ  (1990)  Basic  Local Alignment Search Tool. Molecular Biology 215: 403-410.
[4] Niu  X,  Tang  W,  Huang  W,  Ren  G,  Wang Q,  Luo  D,  Xiao  Y,  Yang  S,  Wang  F,  Lu BR,  Gao  F,  Lu  T,  Liu  Y  (2008)  RNAi- directed  downregulation  of  OsBADH2 results  in  aroma  (2-acetyl-1-pyrroline) production  in  rice  ( Oryza  sativa L.)  BMC Plant Biology 8: 1-10.
[5] Nakamura  T,  Yokota  S,  Muramato  Y, Tsutsui  K,  Oguri  Y,  Fukui  K,  Takabe  T (1997)  Expression  of  a  betaine  aldehyde dehydrogenase gene in rice, a glycinebetaine nonaccumulator, and possible  localization  of  its  protein  in peroxisomes.  The  Plant  Journal  11(5): 1115-1120.
[6] Fitzgerald  TL,  Waters  DLE,  Brooks  LO, Henry  RJ  (2010)  Fragrance  in  rice  ( Oryza sativa )  is  associated  with  reduced  yield under  salt  treatment.  Environmental  and Experimental Botany 68: 292-300.
[7] Singh  A,  Singh  PK,  Singh  R,  Pandit  A, Mahato  AK,  Gupta  DK,  Tyagi  K,  Singh AK,  Singh  NK,  Sharma  TR  (2010)  SNP haplotypes  of  the  BADH1  gene  and  their association  with  aroma  in  rice  ( Oryza sativa L.).  Molecular  Breeding  26:  325–
338.
[8] Bradbury  LMT,  Fitzgerald  TL,  Henry  RJ, Jin  Q,  Waters  DLE  (2005)  The  gene  for fragrance  in  rice.  Plant  Biotechnolgy Journal. 3: 363–370.
[9] Bradbury  LMT,  Henry  RJ,  Jin  Q,  Reinke RF, Waters DLE (2005b) A perfect marker for fragrance genotyping in rice. Molecular Breeding 16:279-283.
[10] Masniawati  A,  Baharudin,  Joko  T, Abdullah  A  (2015)  Pemuliaan  tanaman padi  aromatik  lokal  Kabupaten  Enrekang Sulawesi  Selatan.  Jurnal  Sainsmat 4(2): 205-213.
[11] Hendra  M,  Guhardja  EDI,  Setiadi  D, Walujo  EKOB,  Purwanto  Y  (2009) Cultivation  practices  and  knowledge  of local  rice  varieties  among  benuaq  farmers in  Muara  Lawa  District  West  Kutai  East.
Biodiversitas 10(2): 98 -103.
[12] Roy  SC  (2015)  DNA  barcoding  for  wild rice  ( Oryza  rufipogon Griff)  of  NBU campus  based  on  matK  gene  and assessment  of  genetic  variation  using DREB and BADH2  gene  sequences.  Plant
Gene and Trait 6(5): 1-10.
[13] Chakraborty D, Deb D, Ray A (2016) An analysis  of  variation  of  the  aroma  gene  in rice  ( Oryza  sativa L  .  subsp  indica  Kato) landraces.  Genetic  Resources  and  Crop Evolution  10:1-8.  doi:  10.1007/s10722- 016-0414-z.
[14] Nugraha  F,  Roslim  DI,  Ardilla,  YP, Herman  (2014)  Analisis  sebagian  sekuen gen  Ferritin2  pada  padi  ( Oryza  sativa L.)
Indragiri Hilir, Riau. Biosaintifika: Journal of  Biology  and  Biology  Education  6(2):
70–79. doi: 10.15294/ biosaintifika.v6i2.3102. [15] Ge  H,  Sun  L,  Yu  J  (2017)  Fast  batch searching  for  protein  homology  based  on compression and clustering. BMC
Bioinformatics 18(1): 1–12.
[16] Vanavichit A, Tragoonrung S, Toojinda T, Wanchana S, Kamolsukyunyong W (2008) Transgenic  rice  plants  with  reduced expression  of  Os2AP  and  elevated  levels of  2-acetyl-1  pyrroline.  USA  patent No.
7 319181.