Uji Molekuler Menggunakan Gen rbcL Pada Tumbuhan Pegagan
( Centella asiatica (L.) Urban)
Daffa Rizki Syahreza 1* , Efrida Pima Sari Tambunan 2 , Zahratul Idami 3
1,2,3 Program Studi Biologi, Fakultas Sains dan Teknologi Universitas Islam Negeri Sumatera Utara, Jln. Lapangan Golf, Desa Durian Jangak, Kec. Pancur Batu, Kab. Deli Serdang, Sumatera Utara 20353, Indonesia
syahrezalex@gmail.com (1), efrida_pima@uinsu.ac.id (2), zahratulidami@uinsu.ac.id (3)

## ABSTRAK
Uji  secara  molekuler  dilakukan  dengan  menentukan  satu  penanda  yang  tepat  untuk  menganalisis  beberapa kajian dalam bidang  molekuler. Uji secara molekuler tumbuhan  dilakukan  menggunakan penanda gen rbcL ( Ribulose-1,5-biphosphate carboxylase/oxygenase large subunit gene ). Tumbuhan pegagan ( Centella asatica (L.) Urban) merupakan herba yang pada umumnya hidup secara liar di tempat terbuka seperti padang rumput, kebun, tepi jalan, dan tepi parit. Tempat tumbuh pegagan seperti dataran tinggi, dataran rendah, dan pesisir pantai  sangat  mempengaruhi  perubahan  dari  segi  molekuler.  Tujuan  penelitian  ini  untuk  mengetahui bagaimana  karakteristik  molekuler,  keragaman  molekuler  (keragaman  genetik)  dan  hubungan  filogenetik tumbuhan  pegagan  ( Centella  asiatica (L.)  Urban)  dengan  menggunakan  gen rbcL. Penelitian  ini  memiliki tahapan  yaitu  koleksi  sampel,  isolasi  DNA,  amplifikasi  DNA  dengan  gen  rbcL,  elektroforesis,  sekuensing, dan  analisis  data  dengan  MEGA  11.  Hasil  penelitian  dari  amplifikasi  menggunakan  gen rbcL pada  DNA genom Centella asiatica (L.) Urban yang diteliti menghasilkan panjang amplikon kurang lebih 600 bp. Pada penyatuan sekuens yang konsesus pada sampel mendapatkan sekuens dengan panjang D 1 567 bp dan D 2 562 bp. Pembentukan pohon filogenetik menggunakan metode Neighbor-Joining dan model perhitungan Kimura- 2-Parameter menunjukkan Centella asatica (L.) Urban termasuk dalam kelompok monofiletik . Hasil analisis keragaman molekuler Centella asatica (L.) Urban menunjukkan bahwa pada seluruh sampel yang dikoleksi dari  Desa  Pantai  Labu  Pekan  Kabupaten  Deli  Serdang  dan  Jl.  Air  Bersih  Ujung  Kota  Medan  memiliki keragaman molekuler. Maka dari itu, dapat disimpulkan bahwa gen rbcL menghasilkan barcode DNA dapat digunakan sebagai  metode untuk  mengidentifikasi Centella asatica (L.) Urban secara molekuler  dan sangat efisien dalam menentukan hubungan kekerabatan dengan spesies yang lainnya.
Kata Kunci : Uji Molekuler, Centella asiatica (L.) Urban, rbcL

## ABSTRACT
Molecular  testing  is  carried  out  by  determining  one  appropriate  marker  to  analyze  several  studies  in  the molecular  field.  Molecular  plant  testing  was  carried  out  using  the  rbcL  gene  marker  ( Ribulose-1,5- bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit gene ). The gotu kola plant ( Centella asatica (L.) Urban) is a herb that generally lives wild in open places such as grasslands, gardens, roadsides and ditch edges. The places where gotu kola grows, such as the highlands, lowlands and coastlines, greatly influence changes from a  molecular  perspective.  The  aim  of  this  research  is  to  determine  the  molecular  characteristics,  molecular diversity (genetic diversity) and phylogenetic relationships of gotu kola plants ( Centella asiatica (L.) Urban) using the rbcL gene. This research has stages, namely sample collection, DNA isolation, DNA amplification with the rbcL gene, electrophoresis, sequencing, and data analysis with MEGA 11. The results of the research from amplification using the rbcL gene on the Centella asiatica (L.) Urban genomic DNA studied produced long  amplicons.  approximately  600  bp.  By  combining  the  consensus  sequences  in  the  sample,  we  get sequences with a length of D1 567 bp and D2 562 bp. Formation of a phylogenetic tree using the Neighbor- Joining  method  and  the  Kimura-2-Parameter  calculation  model  shows  that Centella  asatica (L.)  Urban  is included in the monophyletic group. The results of the molecular diversity analysis of Centella asatica (L.) Urban showed that in all samples collected from Pantai Labu Pekan Village, Deli Serdang Regency and Jl. Clean Water at the Edge of Medan City has molecular diversity. Therefore, it can be concluded that the rbcL gene  produces  a  DNA  barcode  that  can  be  used  as  a  method  to  identify Centella  asatica (L.)  Urban molecularly and is very efficient in determining kinship relationships with other species.
Keywords : Molecular Tests, Centella asiatica (L.) Urban, rbcL
Rizki  Syahreza  D,  Pima  Sari  Tambunan  E,  Idami  Z  :  Uji  Molekuler  Menggunakan  Gen rbcL Pada Tumbuhan Pegagan ( Centella asiatica (L.) Urban)

## I. PENDAHULUAN

## 1. Latar Belakang
Pulau Sumatera memiliki beberapa jenis famili tumbuhan, salah satu famili tersebut adalah Apiaceae.  Salah  satu  tumbuhan  yang  masuk  kedalam  famili  Apiaceae  yakni  tumbuhan pegagan  ( Centella  asiatica (L).  Urban).  Tumbuhan  ini  terdistribusi  di  wilayah  Asia Tenggara  dan  sebagian  kawasan  subtropis  (Maruzy et al .,  2020).  Tumbuhan  pegagan ( Centella asatica (L.) Urban) dikategorikan sebagai tumbuhan herba yang hidup di padang rumput  secara  liar,  kebun,  tepi  jalan,  dan  tepi  parit.  Tumbuhan  pegagan  memiliki  daun seperti  ginjal  atau  seperti  kaki  kuda  sehingga  tumbuhan  ini  sering  juga  disebut  dengan daun  kaki  kuda  (Silalahi,  2014).    Tumbuhan  pegagan  ( Centella  asiatica (L.)  Urban) tumbuh  di  dataran  tinggi,  dataran  rendah,  dan  pesisir  pantai.  Perbedaan  lokasi  sangat mempengaruhi  perubahan  dari  segi  karakteristik  pada  tingkat  molekuler,  keragaman molekuler (keragaman  genetik), dan kekerabatan genetik. Perubahan pada tingkat  genetik tersebut dapat diketahui dengan melakukan uji secara molekuler dengan menentukan satu penanda  yang  tepat  sehingga  dapat  menentukan  karakteristik  molekuler,  keragaman genetik,  dan  hubungan  kekerabatan  ( filogenetik )  pada  tumbuhan  pegagan  ( Centella asiatica (L.)  Urban)  (Ellyza,  2020).  Uji  secara  molekuler  dapat  dilakukan  dengan menggunakan penanda rbcL . Penanda Gen rbcL ( Ribulosa-1,5-biphosphate carboxylase/oxygenase  large  subunit  gene )  digunakan  sebagai  penanda  uji  secara molekuler  yang  merupakan  salah  satu  solusi  untuk  mengetahui  karakteristik  molekuler, keragaman  genetik,  dan  hubungan  kekerabatan  ( filogenetik ).  Penggunaan  penanda  Gen rbcL memiliki  keuntungan  yaitu  pada  tahapan  amplifikasi,  gen rbcL memiliki  tingkat keberasilan  yang  tinggi  mencapai  100%  dengan  primer forward dan reverse yang merupakan  proses sequencing dua  arah  (Basith,  2015).  Teknik  pengkajian  molekuler menggunakan  penanda  gen rbcL dilakukan  dengan  pengujian barcode DNA.  Identitas suatu makhluk hidup dapat diteliti secara molekuler dengan memanfaatkan Barcode DNA dengan  menggunakan  region  gen  yang  terstandardisasi  dan  spesifik  dari  sekuens  pendek DNA  (Rahmayani,  2021).  Uji  molekuler  menggunakan  gen rbcL dilakukan  karena  data sekuen barcode DNA standar gen rbcL masih terdapat banyak jenis tumbuhan yang belum tersedia,  hal  ini  dibuktikan  berdasarkan  penelusuran  dalam  BOLD  ( Barcode  of  Life Database )  sistem  yang  terhubung  dengan  database  sekuen  dari  beberapa  negara (Kolondam et  al., 2013).  Maka  dari  itu,  berdasarkan  informasi  yang  diperoleh,  penulis tertarik  untuk  melakukan  penelitian  dengan  judul  “ Uji  Molekuler  Menggunakan  Gen rbcL Pada Tumbuhan Pegagan ( Centella asatica (L.) Urban)” untuk mendapatkan hasil Barcode DNA dari tumbuhan Centella asatica (L.) Urban.
2. Perumusan Masalah
Rumusan masalah dalam penelitian ini adalah :
1. Bagaimana karakteristik molekuler tumbuhan pegagan ( Centella asiatica (L.) Urban) dengan menggunakan sekuens gen rbcL ?
2. Bagaimana keragaman molekuler (keragaman genetik) tumbuhan pegagan ( Centella asiatica (L.) Urban) menggunakan barcode DNA berdasarkan gen rbcL ?
3. Bagaimana  hubungan  filogenetik  tumbuhan  pegagan  ( Centella  asiatica (L.)  Urban) yang berasal dari dua populasi menggunakan gen rbcL ?
3. Tujuan Penelitian
Penelitian ini bertujuan untuk :
1. Untuk mengetahui karakteristik molekuler tumbuhan pegagan ( Centella asiatica (L.) Urban) dengan menggunakan sekuens gen rbcL ?
2. Untuk  mengetahui  keragaman  molekuler  (keragaman  genetik)  tumbuhan  pegagan ( Centella asiatica (L.) Urban) menggunakan barcode DNA berdasarkan gen rbcL ?
Rizki  Syahreza  D,  Pima  Sari  Tambunan  E,  Idami  Z  :  Uji  Molekuler  Menggunakan  Gen rbcL Pada Tumbuhan Pegagan ( Centella asiatica (L.) Urban)
3. Untuk  mengetahui  hubungan  filogenetik  tumbuhan  pegagan  ( Centella  asiatica (L.) Urban) yang berasal dari dua populasi menggunakan gen rbcL ?
4. Manfaat Penelitian
Manfaat penelitian ini adalah untuk dijadikan bahan rujukan, sumber informasi tambahan dan  data  ilmiah  yang  mendukung  bagi  dosen,  mahasiswa,  peneliti  maupun  masyarakat umum yang terkait data uji molekuler tumbuhan pegagan ( Centella asiatica (L.) Urban).

## II. METODE Tempat dan Waktu
Penelitian  dilaksanakan  pada  bulan  Januari  2023  di  Laboratorium  Genetika  Universitas Islam Negeri Sumatera Utara Medan. Sampel di koleksi dari dua lokasi yaitu Desa Pantai Labu Pekan Kecamatan Pantai Labu Kabupaten Deli Serdang dan Jalan Air Bersih Ujung Sudirejo I Kecamatan Medan Kota Medan Sumatera Utara.

## Bahan dan Peralatan
Bahan yang digunakan yaitu sampel jaringan daun muda yang merupakan daun ketiga dari pucuk tumbuhan pegagan ( Centella asiatica (L.) Urban), DNA Mini Kit Plant ( Favorgen ), PCR  mix,  primer  reverse  (5’-ATG  TCA  CCA  CAA  ACA  GAG  ACT  AAA  GC-3’)  dan forward (5’-GTA AAA TCA AGT CCA CCR CG-3’) gen rbcL , ddH2O ( deionized water ), loading dye ( Thermo-scientific ), TBE (tris HCl, asam borat, dan EDTA) 10x (1st Base) dan Serbuk Agarose ( Infitrogen ).  Alat  yang  digunakan  yaitu  tube  ( Eppendorf )  1,5  ml,  vortex ( Biosan  Multi-Vortex  V-32 ),  digital water  bath ( 18-ONE ), sentrifuge ( Eppendorf ), collection  tube , spin  column ,  mini  horizontal  electrophoresis  HU10  ( BIO-RAD ),  PCR ( Polymerase  Chain  Reaction )  gradient  ( Eppendorf ),  labu  erlenmeyer  100  ml,  gelas  ukur 100 ml, mikro pipet ( Rainin ), hotplate ( Benchmark ) dan Gel Documentation ( BIOSTEP ).

## Analisis Data
Analisis  karakteristik  molekuler  dilakukan  menggunakan Basic  Local  Alignment  Search Tool (BLAST)  untuk  melakukan  pensejajaran  barisan  nukleotida  ( skuens  alignment ). Pengilustrasian  nukleotida  hasil  sekuensing  DNA  tumbuhan  pegagan  ( Centella  asiatica (L.)  Urban)  memanfaatkan  bantuan  website  (http://biorad-ads.com/DNABarcodeWeb/). Analisis keragaman molekuler dan pembentukan pohon filogenetik menggunakan program Molecular Evolutionary Genetic Analysis (MEGA) 11.

## III. HASIL PENELITIAN
1. Karakteristik molekuler pada tumbuhan pegagan ( Centella asiatica (L.) Urban)
Berdasarkan  beberapa  tahapan  karakteristik  molekuler  yang  telah  dilakukan  didapatkan hasil penelitian yang akan dijelaskan dibawah ini:
Barcode DNA Tumbuhan Pegagan ( Centella asiatica (L.) Urban) Barcod e DNA sangat bergantung pada informasi yang dikodekan dalam urutan nukleotida dari wilayah standar  genom  sebagai alat untuk identifikasi  spesies serta dalam penentuan hubungan  filogenetik  pada  makhluk  hidup  (Bafeel et al .,  2022).  Urutan  nukleotida  DNA Tumbuhan  Pegagan  ( Centella  asiatica (L.)  Urban)  (D 1 dan  D 2 )  hasil  sekuensing  dari perusahaan sekuensing 1st Base Malaysia pada Tabel 1.
Tabel 1. Urutan nukleotida DNA Tumbuhan Pegagan ( Centella asiatica ) Sanpel Urutan Sekuens DNA Centella asiatica (L.) Urban Sampel D 1 ACGCTCTCGTAGTTTTTAGCGGATAACCCCAATTTAGGTTTAATAGTA CATCCCAACAGGGGACGACCATACTTGTTCAATTTATCTCTTTCAACTT
GGATACCATGAGGCGGGCCTTGGAAAGTTTTCACATAAGCAACAGGG ATTCGCAGATCTTCCAGACGTAGGGCACGCAGGGCTTTGAACCCAAAT
ACATTACCAACAATGGAAGTAAACATGTTAGTAACAGAACCTTCTTCA AAAAGGTCTAATGGGTAAGCTACATAAGCAATAAATTGATTTTCTTCT
Rizki  Syahreza  D,  Pima  Sari  Tambunan  E,  Idami  Z  :  Uji  Molekuler  Menggunakan  Gen rbcL Pada Tumbuhan Pegagan ( Centella asiatica (L.) Urban)
CCAGGAACGGGCTCGATTCCGTAGCATCGCCCTTTGTAACGATCAAGG CTGGTAAGTCCGTCGGTCCACACAGTTGTCCATGTACCAGTAGAAGAT TCGGCAGCTACCGCGGCCCCTGCTTCTTCAGGTGGAACTCCAGGTTGA
GGAGTTACTCGGAATGCTGCCAAGATATCAGTATCTTTGGTTTCATAG TCAGGAGTATAATAAGTCAATTTGTAATCTTTAACCCCAGCTTTGAAT CCAACACCTGCTTTAGTCTCTGTTTGGGGGTGACATAAAA DNA Centella asiatica (L.) Urban Sampel D 2 CAAGCTGGGGTTAAGATTACAAATTGACTTATTATACTCCTGACTATG AAACCAAAGATACTGATATCTTGGCAGCATTCCGAGTAACTCCTCAAC CTGGAGTTCCACCTGAAGAAGCAGGGGCCGCGGTAGCTGCCGAATCT TCTACTGGTACATGGACAACTGTGTGGACCGACGGACTTACCAGCCTT
GATCGTTACAAAGGGCGATGCTACGGAATCGAGCCCGTTCCTGGAGA AGAAAATCAATTTATTGCTTATGTAGCTTACCCATTAGACCTTTTTGAA GAAGGTTCTGTTACTAACATGTTTACTTCCATTGTTGGTAATGTATTTG GGTTCAAAGCCCTGCGTGCCCTACGTCTGGAAGATCTGCGAATCCCTG TTGCTTATGTGAAAACTTTCCAAGGCCCGCCTCATGGTATCCAAGTTG AAAGAGATAAATTGAACAAGTATGGTCGTCCCCTGTTGGGATGTACTA TTAAACCTAAATTGGGGTTATCCGCTAAAAACTACGGTAGAGCGGTTT ATGAATGTCTCCGCGGTGGACTGGAATTTTACAAC
Pada  sampel  tumbuhan  pegagan  yang  menggunakan  penanda  sampel  D 1 dan  D 2 memperlihatkan  urutan  nukleotida  yang  memiliki  tingkatan  similaritas  100%  yang  dapat digunakan untuk membuat barcode DNA.
DNA Centella asiatica (L.) Urban sampel D 1
DNA Centella asiatica (L.) Urban sampel D 2
Gambar 1. Ilustrasi Nukleotida DNA Pegagan ( Centella asiatica (L.) Urban) dengan warna yang berbeda (A;hijau, T;merah, C;biru dan G;hitam)
Hasil barcode DNA pada tumbuhan pegagan ( Centella asiatica (L) Urban) ditentukan dari urutan  nukleotida  pada  hasil  sekuensing  (Tabel  1).  Penelitian  ini  menghasilkan  panjang urutan  nukleotida  pada  fragmen  DNA  amplikon  yang  terlihat  berdasarkan barcode DNA Centella  asiatica (L.)  Urban  yaitu  penanda  D 1 567  bp  dan  penanda  D 2 562  bp.  Pada umumnya  gen rbcL mempunyai  ukuran  dengan  panjang  fragmen  sekitar  500-1400  bp, sehingga pada  gen ini terdapat  berbagai  karakter  dalam pengkajian filogenetik  (Z. Sagala & Sogandi, 2022).
2. Keragaman Molekuler Tumbuhan Pegagan ( Centella asiatica (L.) Urban)
Berdasarkan  penelusuran  yang  dilihat  di  NCBI  ( National  Center  for  Biotechnology Information ; https://www.ncbi.nlm.nih.gov )  didapatkan  hasil sekuens konsensus  pada beberapa spesies dari genus Centella.
Analisis Variasi dan Persentase GC Content dan AT Content Berdasarkan sampel tumbuhan pegagan ( Centella asiatica (L.) Urban) yang menggunakan penanda  sampel  D 1 dan  D 2 selanjutnya  dilakukan  analisis  untuk  melihat  komposisi
Rizki  Syahreza  D,  Pima  Sari  Tambunan  E,  Idami  Z  :  Uji  Molekuler  Menggunakan  Gen rbcL Pada Tumbuhan Pegagan ( Centella asiatica (L.) Urban)
nukleotida  dari  seluruh  sampel.  Maka  didapatkan  bahwa  hasil  analisis  persentase komposisi nukleotida dapat dilihat pada Tabel 2 .
Tabel 2. Analisis Variasi dan Persentase GC Content dan AT Content
No. Spesies Asal Komposisi Nukleotida (%) A T G C A+T G+C 1. Centella  asiatica (D 1 ) Indonesi a 27,3 3 27,7 7 22,2 2 22,6 6 55,11 44,88 2. Centella  asiatica (D 2 ) Indonesi a 27,5 5 28,6 6 21,5 5 22,2 2 56,22 43,77 3. Centella asiatica Thailand 27,5 5 28,6 6 21,5 5 22,2 2 56,22 43,77 4. Centella asiatica India 27,3 3 29,3 3 22,2 2 21,1 1 56,66 43,33 5. Centella asiatica China 27,5 5 28,6 6 21,5 5 22,2 2 56,22 43,77 6. Centella asiatica Amerika 27,5 5 28,6 6 21,5 5 22,2 2 56,22 43,77 Rata-rata 27,4 9 28,6 3 21,7 4 22,1 2 56,21 43,78
Berdasarkan Tabel 2 perhitungan rata-rata nilai persentase AT dan GC content didapatkan AT  content  56,21%  terlihat  lebih  tinggi  dibandingkan  dengan  GC  content  43,78%,  yang memperlihatkan  bahwa  spesies Centella  asiatica (L.)  Urban  sifatnya  lebih  primitif. Persentase  AT  content  juga  terlihat  lebih  tinggi  dibandingkan  dengan  persentase  GC content  pada  kedua  sampel  yaitu  sampel  dengan  penanda  D 1 memiliki  AT  content (55,11%) dan GC content (44,88%), sedangkan pada sampel dengan penanda D 2 memiliki AT  content  (56,22%)  dan  GC  content  (43,77%).  Pada  tabel  terlihat  bahwa  jumlah komposisi nukleotida AT content dan GC content sampel Centella asiatica (L.)
Jarak Genetik ( Pairwise Distance ) Sampel dan Out-groups
Jarak  genetik  dilakukan  untuk  mengetahui  tingkat  kekerabatan  pada  berbagai  makhluk hidup. Tingkatan kekerabatan yang tebilang paling dekat ditunjukkan dengan jarak genetik yang semakin kecil, selanjutnya untuk melihat kekerabatan yang semakin jauh dilihat dari jarak genetik yang semakin jauh (Vika et al ., 2015).
Tabel 3. Koefisien Similaritas Sampel dan Out-group ( Pairwise Distance ) Spesies 1 2 3 4 5 6 7
1 Centella asiatica (D 1 )
2 Centella asiatica (D 2 ) 0.000 3 Centella asiatica (Amerika) 0.000 0.000 4 Centella asiatica (China) 0.059 0.059 0.059 5 Centella asiatica (India) 0.000 0.000 0.000 0.059 6 Centella asiatica (Thailand) 0.000 0.000 0.000 0.059 0.000 7 Passiflora foetida (Indonesia) 1.401 1.401 1.401 1.387 1.401 1.401
Rizki  Syahreza  D,  Pima  Sari  Tambunan  E,  Idami  Z  :  Uji  Molekuler  Menggunakan  Gen rbcL Pada Tumbuhan Pegagan ( Centella asiatica (L.) Urban)
Pada Tabel  3 didapatkan  hasil  bahwa  nilai  jarak  genetik  ( pairwase  distance )  yang dianalisis  dari  seluruh  spesies  diatas,  yaitu  didapatkan  nilai  berkisar  antara  0.00  hingga 0.05. Berdasarkan perhitungan kedua sampel Centella asiatica (L.) Urban dengan penanda D 1 dan  D 2 dengan  jarak  genetik  0.00.  Sedangkan  jika  dilihat  dari  tingkat  genus Centella memiliki  jarak  genetik  dengan  sampel  berkisar  pada  nilai  0.00  hingga  0.05.  Hasil  yang didapatkan  ini  menunjukkan  bahwa  seluruh  sampel Centella  asiatica (L.)  Urban  similar dan bahkan tidak ada jarak genetik diantara seluruh sampel. Nilai pairwise distance yang mendekati  nilai  0.00  mempunyai  kekerabatan  dan  jarak  genetik  yang  dekat,  sedangkan nilai  angka  yang  tinggi  jauh  dari  nilai  0.00  maka  menunjukkan  kekerabatan  dan  jarak genetik yang jauh antar speies.

## IV. KESIMPULAN
Berdasarkan  hasil  penelitian  yang  telah  dilaksanakan,  maka  dapat  disimpulkan  sebagai berikut :
1. Karakteristik  molekuler  pada  ketiga  sampel  tumbuhan  pegagan  ( Centella  asiatica (L.) Urban)  dengan  menggunakan  sekuens  gen rbcL didapatkan  hasil  panjang  urutan nukleotida pada fragmen DNA amplikon yang terlihat berdasarkan barcode DNA pada sampel  dengan  penanda  D 1 567  bp  dan  penanda  D 2 562  bp  yang  memiliki  urutan nukleotida yang berbeda.
2. Berdasarkan  perhitungan  rata-rata  nilai  persentase  AT  dan  GC content didapatkan  AT content  56,21%  terlihat  lebih  tinggi  dibandingkan  dengan  GC  content  43,78%,  yang memperlihatkan  bahwa  spesies Centella  asiatica (L.)  Urban  sifatnya  lebih  primitif. Selanjutnya  didapatkan  nilai  jarak  genetik  ( pairwise  distance )  yaitu  0.00  yang  artinya sampel  tidak  memiliki  keragaman  molekuler  (keragaman  genetik)  dari  spesies  yang dikoleksi dari dua lokasi yang berbeda.
3. Rekonstruksi pohon filogenetik menunjukkan hubungan filogenetik tumbuhan pegagan ( Centella  asiatica (L.)  Urban)  yang  berasal  dari  Desa  Pantai  Labu  Pekan  Kabupaten Deli  Serdang  dan  Jl.  Air  Bersih  Ujung  Kota  Medan  dengan  menggunakan  gen rbcL didapatkan  seluruh  spesies  membentuk  5  klad  yang  berbeda.  Spesies  sampel  yang diamati  dengan  penanda  D 2 dan  D 3 membentuk  klad  memiliki  hubungan  kekerabatan tidak terlalu jauh dengan spesies yang lainnya dan masih berada di klad yang sama, klad ini masuk kedalam kelompok monofiletik.

## DAFTAR PUSTAKA
Anafarida,  O.,  &  Badruzsaufari.  (2020).  Analisi  Filogenetik  Mangga  ( Mangifer sp.) Berdasarkan Gen 5,8S RRNA. Ziraa’Ah , 45 (2), 120–126.
Anzani, A. N., Martiansyah, I., & Yuliyani, N. (2021). Studi In SilicoDNAbarcoding pada bunga  soka  (Ixora). UIN  Alauddin  Makassar ,  168–169.  http://journal.uin- alauddin.ac.id/index.php/psb
Bafeel,  S.  O.,  Arif,  I.  A.,  Bakir,  M.  A.,  Khan,  H.  A.,  Farhan,  A.  H.  A.,  Homaidan,  A., Ahamed, A., & Thomas, Y. (2022). Evaluasi Komparatif Keberhasilan PCR dengan Primer  Universal Maturase  K (matK)  dan Ribulosa-1,5-Bifosfat  Karboksilase Oksigenase  Subunit  Besar (rbcL)  Untuk  Barcode  Beberapa  Tanaman  Kering. Plant Omics Journal , 4 (4), 195–198.
Bagus,  W.  I.  D.  A.,  Wirawan,  I.  P.  G.,  &  Adiartayasa,  I.  W.  (2019).  Analisis  Homologi Fragmen  DNA  CVPD  r  dari  Jeruk  Kinkit  Trophasia  trifolia  Menggunakan  BLAST Protein Dan BLAST Nukleotida. Jurnal Agroekoteknologi Tropika , 8 (4), 381–387. Basith, A. (2015). Peluang gen rbcL sebagai DNA barcode berbasis DNA kloroplas untuk mengungkap  keanekaragaman  genetik  padi  beras  hitam  ( Oryza  sativa L.)  lokal Indonesia. Seminar Nasional XII Pendidikan Biologi FKIP UNS , 938–941.
Rizki  Syahreza  D,  Pima  Sari  Tambunan  E,  Idami  Z  :  Uji  Molekuler  Menggunakan  Gen rbcL Pada Tumbuhan Pegagan ( Centella asiatica (L.) Urban)
El-Atroush, H., Magdy, M., & Werner, O. (2015). DNA Barcoding dari dua Tanaman obat yang  terancam  punah  dari  protektorat  Abou  Galoom. Life  Science  Journal , 12 (9), 101–109. https://doi.org/10.7537/marslsj120915.14
Ellyza,  A.  R.  (2020).  Keanekaragaman  Tanaman  Pegagan  ( Centella  asiatica (L.)  Urban) Pada  Ketinggian  Dan  Lingkungan  Yang  Berbeda  Berdasarkan  Karakter  Morfologi Dan  Molekuler  Menggunakan  Penanda  ISSR  ( Inter  Simple  Sequence  Repeat ). Skripsi. Universitas Islam Negeri Maulana Malik Ibrahim. Malang.
Kolondam,  B.  J.,  Lengkong,  E.,  Polii-Mandang,  J.,  Semuel,  R.,  &  Pinaria,  A.  (2013). Barcode DNA Anthurium Gelombang Cinta ( Anthurium plowmanii ) berdasarkan gen rbcL dan matK.
Jurnal Bios Logos , 3 (1), 17–25.
https://doi.org/10.35799/jbl.3.1.2013.3385
Maruzy, A., Budiarti, M., & Subositi, D. (2020). Autentikasi Centella asiatica (L.) Urban (Pegagan)  dan  Adulterannya  Berdasarkan  Karakter  Makroskopis,  Mikroskopis,  dan Profil Kimia.
Jurnal Kefarmasian Indonesia , 10 (1), 19–30. https://doi.org/10.22435/jki.v10i1.1830
Narita, V., Arum, A. L., Isnaeni M, S., & Fawzya, N. Y. (2012). Analisis Bioinformatika Berbasis  WEB  Untuk  Eksplorasi  Enzim  Kitosanase  Berdasarkan  Kemiripian Sekuens. Jurnal Al-Azhar , 1 (4), 197.
Rahmayani,  L.  (2021).  Penetuan  Barcode  DNA  Berdasarkan  Lokus  Gen  rbcL  Pada Zingiber  loerzingii  Valeton. Skripsi. Universitas  Islam  Negeri  Sumatera  Utara. Medan.
Sagala,  Z.,  &  Sogandi.  (2022).  DNA  Barcoding  Tanaman  Mangga  Kasturi  ( Mangifera indica )  Asal  Kalimantan  Selatan  Berbasis  DNA  Kloroplas  Gen  rbcL  dan  matK. Jurnal Ilmu Kefarmasian Indonesia , 20 (1), 38–43. http://blast. Seprianto. (2017). Modul Mata Kuliah Pengantar Bioinformatika (ibt 431). In Esa Unggul (Issue Ibt 431, pp. 1–86).
Subari,  A.,  Razak,  A.,  &  Sumarmin,  R.  (2021).  Phylogenetic  Analysis  of  Rasbora  spp. Based  on  the  Mitochondrial  DNA  COI  gene  in  Harapan  Forest. Jurnal  Biologi Tropis , 21 (1), 89–94. https://doi.org/10.29303/jbt.v21i1.2351
Vika,  T.  O.,  Purwantoro,  A.,  &  Wulandari,  R.  A.  (2015).  Keragaman  Molekuler  pada Tanaman Lili Hujan (Zephyranthes spp.). Jurnal Vegetalika , 4 (1), 70–77. Accepted Date Revised Date Decided Date Accepted to Publish 23 Oktober 2023 24 Oktober 2023 14 November 2023 Ya