(7). E-ISSN: 2548-1398 Published by: Ridwan Institute
Syntax  Literate:  Jurnal  Ilmiah  Indonesia  p–ISSN:  2541-0849 e-ISSN: 2548-1398
Vol. 7, No. 7, Juli 2022

## WAKTU  KONVERSI  NEGATIF  SWAB  PCR  PASIEN  COVID-19  DENGAN DAN  TANPA  PENYAKIT  KOMORBID  PADA  RUMAH  SAKIT  RUJUKAN  DI JAWA TIMUR
Budhi  Setiawan,  Muzaijadah  Retno  Arimbi,  Akhmad  Sudibya,  Indah Widyaningsih
Universitas Wijaya Kusuma Surabaya, Indonesia Email: budhisetiawan@uwks.ac.id, retno_arimbi@yahoo.com, sudibya1964@gmail.com, indatamun@uwks.ac.id

## Abstrak
Pandemi  COVID-19  memberikan  efek  pada  semua  negara  di  dunia.  Indonesia merupakan  salah  satu  negara  yang  terdampak  dengan  pandemi  ini.  Menurut  data per 27 juli 2020 jumlah penderita terkonfirmasi di Indonesia adalah 100.303 kasus. Jawa  Timur  merupakan  penyumbang  nomor  dua  terbanyak  kasus  di  Indonesis setelah  DKI  Jakarta    (Data  Tim  COVID-19,  2020). Pusat  Pengendalian  dan Pencegahan Penyakit Amerika Serikat juga mencatat bahwa rawat inap enam kali lebih  tinggi  di  antara  pasien  dengan  komorbid  daripada  mereka  yang  tidak. Di antara 287.320 (22 persen) kasus dengan data yang cukup tentang kondisi pasien dengan komorbid, yang paling umum adalah penyakit kardiovaskular (32 persen). Tujuan  Penelitian  Penelitian    kami    adalah  mengkaji  apakan  ada  hubungan cepatnya  konversi  negatif  PCR  pada  penderita  Covid-19  tanpa  komorbid  dan dengan  penderita  Covid-19  dengan  komorbid. Metode  penelitian, Penelitian dilakukan di RSI JemuR Sari Surabaya  dan RS Muhamadiyah Gresik bulan April sampai  bulan  Juli  2020  didapatkan  sejumlah  71  orang.  Diagnosis  digunalan  swab nasofaring dengan metode PCR. 42 orang penderita covid-19 tanpa komorbid dan 29 orang dengan komorbid. Hasil penelitian: penderita Covid-19 dengan komorbid mendapatkan hasil konversi PCR negative lebih lama dengan dibandingkan dengan penderita Covid-19 tanpa komorbid.
Kata Kunci: negatif swab, covid-19, penyakit komorbid

## Abstract
The COVID-19 pandemic has an effect on all countries in the  world. Indonesia is one  of  the  countries  affected  by  this  pandemic.  According  to  data  as  of  July  27, 2020,  the  number  of  confirmed  cases  in  Indonesia  is  100,303  cases.  East  Java  is the  second largest  contributor  to  cases  in  Indonesia  after  DKI  Jakarta  (Covid-19 Team Data, 2020). The United States Centers for Disease Control and Prevention also  noted  that  hospitalizations  were  six  times  higher  among  patients  with comorbidities than those without. Among 287,320 (22 percent) cases with sufficient data  on  the  condition  of  patients  with  comorbidities,  the  most  common  was cardiovascular  disease  (32  percent).  Research  Objectives  Our  study  was  to examine whether there was a relationship between rapid negative PCR conversion
in  patients  with  Covid-19  without  comorbidities  and  with  patients  with  Covid-19 with  comorbidities.  The  research  method,  the  research  was  carried  out  at  Jemur Sari  Hospital  Surabaya  and  Muhamadiyah  Gresik  Hospital  from  April  to  July 2020,  it  was  found  that  there  were  71  people.  The  diagnosis  was  made  using  a nasopharyngeal  swab  using  the  PCR  method.  42  people  with  COVID-19  without comorbidities and 29 people with comorbidities. The results of the study: Covid-19 patients with comorbidities got negative PCR conversion results for a longer time compared to Covid-19 patients without comorbidities .

## Keywords: negative swab, covid-19, comorbid diseases

## Pendahuluan
Pandemi  COVID-19  memberikan  efek  pada  semua  negara  di  dunia.  Indonesia merupakan salah satu negara yang terdampak dengan pandemi ini. Menurut data per 27 juli  2020  jumlah  penderita  terkonfirmasi  di  Indonesia  adalah  100.303  kasus.  Jawa Timur  merupakan  penyumbang  nomor  dua  terbanyak  kasus  di  Indonesis  setelah  DKI Jakarta (Data Tim COVID-19, 2020).
Pusat Pengendalian dan Pencegahan Penyakit Amerika Serikat/ The Centre for Disease  Control / CDC mengungkap  data  bahwa  virus  corona  penyebab COVID-19 dua  belas  kali  lebih  mematikan  bagi  pasien  yang  memiliki  penyakit  penyerta  atau komorbid.  Laporan  tersebut  berdasarkan  data  kasus  virus  corona  Amerika  yang dipelajari  pada  rentang  22  Januari-30  Mei  2020  (Tempo,  18  juni  2020). CDC juga mencatat  bahwa  rawat inap enam  kali lebih tinggi di antara  pasien  dengan  komorbid daripada  mereka  yang  tidak. Di  antara  287.320  (22  persen)  kasus  dengan  data  yang cukup  tentang  kondisi  pasien  dengan  komorbid,  yang  paling  umum  adalah  penyakit kardiovaskular  (32  persen),  diabetes  (30  persen),  dan  penyakit  paru-paru  kronis  (18 persen) (Tempo, 18 juni 2020).
Dalam mendeteksi covid ada beberapa metode yaitu rapid test ,  PCR,  dan TCM (Fang  Y et  al. ,  2020). Baku  emas  diagnosis  COVID-19  adalah  pemeriksaan laboratorium r eal-time  reverse-transcriptase  polymerase chain  reaction (RT-PCR)  dari sputum dan swab tenggorok yang kemudian dilanjutkan dengan genome sequencing untuk  deteksi ribonucleic  acid /RNA  virus  Corona  baru  (SARS-CoV-2). Pemeriksaan  RT-PCR  untuk  COVID-19  memiliki  spesifisitas  yang  tinggi  namun sensitivitasnya diduga masih tergolong rendah, yaitu sekitar 60-70%. Studi retrospektif oleh  Fang  Y et  al. melaporkan  bahwa  sensitivitas  RT-PCR  untuk  COVID-19  adalah 71%.  Dengan  demikian,  dalam  mendiagnosis  COVID-19,  tentunya  akan  dibutuhkan beberapa  pemeriksaan  lain  ( Fang  Y et  al. ,  2020).Klasifikasi  penderita    COVID-19 menjadi 4 kategori, yakni Pasien Dalam Pengawasan (PDP), Orang Dalam Pengawasan, Kasus Probabel, dan Kasus Konfirmasi (Kemenkes1--4, 2020).
Penyakit komorbid adalah penyakit tertentu yang menyertai pasien COVID-19. Penyakit-penyakit  tersebut  meliputi  diabetes  melitus  (DM  tipe  I,  DM  tipe  II,  dan glucocorticoid-associated diabetes ), penyakit terkait geriatri, penyakit terkait autoimun, penyakit  ginjal, ST  Segment  Elevation  Myocardial  Infarction (STEMI), Non-ST
Segment  Elevation  Myocardial  Infarction (NSTEMI),  hipertensi,  penyakit  paru obstruktif  kronik  (PPOK),  tuberkulosis,  dan  penyakit  kronis  lain  yang  diperberat  oleh kondisi penyakit COVID-19 (Kemenkes5, 2020).
Pemeriksaan  laboratorium  pada  infeksi  virus  meliputi cell  culture ,  deteksi antigen, nucleic acid amplification testing (NAAT), dan pemeriksaan serologis.  Contoh NAAT  antara  lain  adalah  PCR, real-time PCR , strand  displacement  amplification (SDA), nucleic  acid  sequence-based  amplification (NASBA), transcription-mediated amplification (TMA), loop-mediated isothermal amplification (LAMP), dan isothermal nucleic acid amplification technology (INAAT) (Mazur dan Castello, 2017). Real time PCR menjadi baku emas pemeriksaan COVID-19.
Spesimen pada pemeriksaan penunjang COVID-19 ada berbagai jenis spesimen tersebut  antara  lain  usapan  nasofaring/orofaring,  sputum, bronchoalveolar  lavage , tracheal  aspirate , nasopharyngeal  aspirate , nasal  wash ,  jaringan  biopsi/autopsy,  dan serum  (Kemenkes5,  2020).  Di  antara  berbagai  spesimen  ada  dua  yang  sangat  dikenal yakni  usapan  nasofaring/orofaring  untuk  pemeriksaan  PCR  (populer  dengan  nama pemeriksaan swab ) dan serum untuk pemeriksaan rapid test .
Polymerase  Chain  Reaction (PCR)  adalah  suatu  metode  enzimatis  untuk melipatgandakan  secara  eksponensial  suatu  sekuen  nukleotida  tertentu  dengan  cara in vitro (Yuwono,  2006).  Metode  ini  sangat  sensitif  dan  digunakan  sebagai  baku  emas ( golden standard ) pada diagnosis COVID-19.
Menurut  Yuwono  (2006),  ada  empat  komponen  utama  pada  PCR.  Empat komponen utama tersebut adalah:
1. DNA cetakan , yaitu fragmen DNA yang akan dilipatgandakan,
2. Oligonukleotida primer ,  yaitu  suatu  sekuen  oligonukleotida  pendek  (15—25  basa nukleotida) yang digunakan untuk mengawali sintesis rantai DNA,
3. Deoksiribonukleotida trifosfat (dNTP), dan
4. Enzim DNA polymerase, yaitu enzim yang melakukan katalisis reaksi sintesis rantai DNA.
Menurut  Fatchiyah  (2011),  dasar  siklus  DNA  yang  utama  merupakan  siklus berulang  30—35  siklus  yang  meliputi  denaturasi, annealing dan  ekstensi.  Pada denaturasi  heliks  ganda  DNA  terurai  menjadi  dua  untai  cetakan  DNA  tunggal.  Pada annealing tejadi  penempelan  primer  cetakan  DNA.  Pada ekstensi terjadi  terjadi  proses polimerasi untuk pembentukan untai DNA baru.
Ada beberapa teknik PCR antara lain Reverse Transcriptase PCR (RT-PCR) dan PCR  In  Situ  (Yuwono,  2006).  Faried  dkk.  (2019)  berpendapat  masih  ada  dua  teknik lain, yakni reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR) dan quantitative- Real Time (qRT) PCR. Apabila peneliti ingin mendapatkan data yang bersifat kualitatif, maka reverse  transcription-polymerase  chain  reaction (RT-PCR)  akan  dipilih. Seandainya  peneliti  ingin  mendapatkan  data  yang  bersifat  kuantitatif,  maka quantitative-Real Time (qRT) PCR akan dipergunakan.
Indonesia  dalam  menegakkan  diagnoi    pasien  yang  termasuk  kasus  suspek, pengambilan spesimen untuk pemeriksaan RT-PCR dilakukan pada hari ke-1 dan ke-2
dengan  selang  waktu  ˃  24  jam  serta  apabila  ada  pemburukan.  Sementara  itu,    untuk pasien yang tergolong kontak erat (khusus untuk petugas kesehatan) maka pada pasien tersebut  segera  dilakukan  RT-PCR  segera  setelah  dinyatakan  sebagai  kasus probable atau konfirmasi (Kemenkes5, 2020).
Pengambilan spesimen untuk pasien yang tergolong Orang Tanpa Gejala (OTG) dilakukan pada hari-1 dan hari ke-14 serta apabila ada pemburukan.

## Metode Penelitian
Lokasi  Penelitian:    Rumah  Sakit  Islam  Surabaya  (Jemursari)  dan  RS Muhammadiyah Gresik.
Data  yang  diambil  adalah:  hasil  pemeriksaan  PCR  kesatu,  kedua,  dan  ketiga (positif  atau  negatif)  dan  profil  pasien  (jenis  kelamin,  umur,  riwayat  perjalanan, penyakit komorbid, hasil foto toraks, dan hasil pemeriksaan darah lengkap). Penelitian ini  adalah  penelitian  yang  mempergunakan  data  sekunder  yang  terdapat  pada  rekam medik. Populasi penelitian: semua pasien yang didiagnosis sebagai COVID-19.
Sampel  penelitian:  semua  pasien  yang  dilakukan  pemeriksaan  PCR.  Pasien dibagi  menjadi  dua  grup:  Grup  I,  pasien COVID-19  dengan  penyakit  komorbid; Grup II,  pasien  COVID-19  tanpa  penyakit  komorbid.  Batasan  penyakit  komorbid  mengacu pada Pedoman COVID-19 mutakhir.
Variabel independen: (+):  pasien COVID-19 dengan penyakit komorbid.    (-): pasien COVID-19 tanpa penyakit komorbid.   Variabel dependen:   jangka waktu yang diperlukan oleh pasien COVID-19 untuk memperoleh perubahan hasil dari hasil positif menjadi hasil negatif. Satuan yang dipergunakan: hari.
Pengujian  secara  statitik  adalah  Uji  T  Tidak  Berpasangan  (apabila  syarat terpenuhi) atau Uji Mann-Whitney (apabila syarat untuk Uji T Tidak Berpasangan tidak terpenuhi) (Dahlan, 2019).

## Hasil dan Pembahasan
Penyebaran  infeksi  Coronavirus  2019  (COVID-19),  mengakibatkan  pandemi global  dan  telah  mengubah  banyak  aspek  praktik  kedokteran  sehari-hari.  Sementara berbagai  metode  pengujian  molekuler  untuk  COVID-19  sekarang  tersedia.  Jenis diagnostik untuk Covid 19 yang digunakan antara lain:  Rapid antibodi, Rapid Antigen, PCR  ( Polimerase  Chain  Reaction) .  Sekarang  ini  Rapid  antibody  sudah  banyak ditinggalkan  untuk  diagnostic.  Sekarang  dikalangan  masyarakat  dan  laboratorium Klinik  sering  digunakan  adalah  rapid  antigen  dan  PCR  dimana  sampelnya  adalah  dari secret  di  nasofaring.  Pada  penelitian  ini  kami  mengadakannya  di  Rumah  sakit,  jenis pemeriksaan  diagnostik  untuk  Covid  adalah  dengan  metode  PCR  ( Polimerase  Chain Reaction ).
Penelitian    kami    adalah  mengkaji  apakan  ada  hubungan  cepatnya  konversi negatif  PCR  pada  penderita  Covid-19  tanpa  komorbid  dan  dengan  penderita  Covid-19 dengan  komorbid.  Dari  hasil  penelitian  tersebut  didapatkan  pada  penderita  Covid-19 dengan  komorbid  mendapatkan  hasil  konversi  PCR  negative  lebih  lama  dengan
dibandingkan dengan penderita Covid-19 tanpa komorbid. Ini sesuai dengan penelitian terdahulu  yang  mengatakan  pada  penderita  Covid-19  dengan  komorbid  akan mendapatkan  konversi  lebih  lama  dari  penderita  Covid-19  tanpa  komorbid.(  Ankur gupta et  all .,  2021).  Pada  penderita  Covid-19  dengan  comorbid  antara  lain  hipertensi, Diabetes  Melitus,  gagguan  ginjal,  gangguan  jantung  seringkali  mendapatkan  konversi negative  lebih  lama  dari  yang  penderita  Covid-19  yang  tidak  mempunyai  riwayat comorbid.  Hasil  negative  dari  tes  PCR  tidak  semata-mata  menjadikan  acuan  bahwa orang tersebut sudah tidak menularkan / sembuh dari kondisi sakit Covid, jika seseorang yang pernah sakit Covid-19 maka dinyatakan sembuh.

## Hasil Penelitian
Penelitian dilakukan di RSI Jemur Sari Surabaya dan RS Muhamadiyah Gresik bulan April sampai bulan Juli 2020 didapatkan responden sejumlah 69 orang. Dengan perincian 42 orang penderita covid-19 tanpa komorbid dan 29 orang dengan komorbid. Kami menganalisis konversi PCR negative pada tiap minggu responden dari segi jenis kelamin.
Tabel 1 Distribusi Responden Berdasarkan Jenis Kelamin Keterangan Pria Perempuan Jumlah Tanpa Komorbid 23 19 42 Dengan Komorbid 15 14 29 Jumlah 38 33 71
Tabel 2 Distribusi Lama Konversi Negative (Dalam Minggu)
Keterangan 1 minggu 2 minggu 4 minggu Tanpa Komorbid 9 26 7 Dengan Komorbid 0 18 11
Tabel 3

## Distribusi Jenis Kelamin Dengan Lama Konversi Tanpa Komorbid
Keterangan 1 minggu 2  minggu 4 minggu Jumlah Laki-laki 5 14 4 23 Perempuan 4 10 5 19 9 24 9 42
Tabel 4 Distribusi Jenis Kelamin Dengan Lama Konversi Dengan Komorbid
Keterangan 1 minggu 2 minggu 4 minggu   jumlah Laki-laki 0 7 8 15 Perempuan 0 11 3 14 0 18 11 29

## Kesimpulan
Analisis uji beda kelompok konversi PCR penderita dengan komorbid dan tanpa komorbid  menggunakan  Mann  Whitney  U  test  karena  pada  uji  Levene’s  test  terdapat perbedaan yang bermakna (p < 0.05) sehingga dapat disimpulkan kedua kelompok tidak homogen.  Terdapat  perbedaan  yang  bermakna  durasi  konversi  PCR  (minggu)  pada kelompok  penderita  dengan  komorbid  dibandingkan  dengan  penderita  tanpa  komorbid baik  menggunakan  uji  Mann  Whitney  U  atau  independent  t-test.  Penderita  dengan komorbid  memerlukan  waktu  yang  lebih  lama  untuk  konversi  PCR  dibandingkan dengan penderita yang tanpa komorbid.
Sedangkan  untuk  analisis  perbedaan  usia  dan  proporsi  gender  dapat menggunakan independent t test karena levene’s test menghasilkan tidak ada perbedaan yang bermakna (p > 0.05). Baik menggunakan Mann Whitney U test atau independent t test  menghasilkan  hasil  yang  sama  bahwa  untuk  proporsi  gender  tidak  ada  beda bermakna  dan  untuk  usia  ada  beda  yang  bermakna.  Usia  penderita  pada  kelompok komorbid lebih tua dibandingkan dengan kelompok tanpa komorbid.

## BIBLIOGRAFI
Badan  Pengembangan  Bahasa  dan  Perbukuan  Kemendikbud.  Kamus  Besar  Bahasa Indonesia. Edisi V Daring. 2016--2019.
Dahlan  S.  Statistik  untuk  Kedokteran  dan  Kesehatan.  Edisi  VI.  Cetakan  VIII.  Jakarta Timur: PT Epidemiologi Indonesia, 2019. h. 91--109.
Data Tim Covid, tim tugas Covid kemenkes. Down load 2 agt 2020 Faried A, Halim D, Achmad TH. Biologi Molekuler Dasar Dalam Bidang Kesehatan. Edisi I. Cetakan I. Jakarta: Penerbit Erlangga, 2019. h. 143--193.
Fang Jiang, Liehua Deng, Liangging Zhang,Yin Cai, Chi Wai Cheung, Zhengyuan Xia. Review of the Clinical Characteristics of Coronavirus Disease 2019 (COVID-19). Journal of General internal menidcine vol 35 p 1545-1549. 2020
Fatchiyah. Amplifikasi DNA. Dalam: Fatchiyah, Arumingtyas EL, Widyarti S, Rahayu S,  penyunting.  Biologi  Molekuler  Prinsip  Dasar  Analisis.  Edisi  I.  Cetakan  I.
Jakarta: Penerbit Erlangga, 2011. h. 47-57.
Kemenkes1.  Pedoman  Kesiapsiagaan  Menghadapi  Infeksi Novel  Coronavirus (2019 nCoV)
Kemenkes2.  Pedoman  Kesiapsiagaan  Menghadapi  Infeksi Novel  Coronavirus (2019- nCoV) (28-1-20).
Kemenkes3.  Pedoman  Pencegahan  dan  Pengendalian Coronavirus Disease (COVID- 19) (16-3-20).
Kemenkes4.  Pedoman  Pencegahan  dan  Pengendalian Coronavirus Disease (COVID- 19) (27-3-20).
Kemenkes5.  Pedoman  Pencegahan  dan  Pengendalian Coronavirus Disease (COVID- 19) (13-7-20).
Mazur  LJ,  Castello  M.  Viral  Infections.  In:  McPherson  RA,  Pincus  MR,  editors. Henry’s  Clinical  Diagnosis  And  Management    By  Laboratory  Methods.  23 rd . Edition. Missouri: Elsevier, 2017. p. 1072--1098.
Syakriah A. Regional COVID-19 testing disparities pose challenges. The Jakarta  Post, 23 Juli 2020; halaman 1.Tempo, 18 Juni 2020
Yuwono  T.  Teori  dan  Aplikasi  Polymerase  Chain  Reaction.  Edisi  I.  Cetakan  I. Yogyakarta: Penerbit Andi; 2006. h. 1-16.

## Copyright holder:
Budhi Setiawan, Muzaijadah Retno Arimbi, Akhmad Sudibya, Indah Widyaningsih
(2022)

## First publication right:
Syntax Literate: Jurnal Ilmiah Indonesia
This article is licensed under: