## ISSN: 0215-7950
*Alamat penulis korespondensi: Departemen Proteksi Tanaman, Fakultas Pertanian, Institut Pertanian Bogor. Jalan Kamper, Kampus IPB Darmaga, Bogor 16680. Tel: 0251-8629364, Faks: 0251-8629364, Surel: srihendrastuti@apps.ipb.ac.id

## Volume 18, Nomor 1, Januari 2022
Halaman 43–51 DOI: 10.14692/jfi.18.1.43–51

## Insidensi dan Identifikasi Molekuler Papaya ringspot virus
pada Pepaya di Jawa
Incidence and Molecular-Based Identification of Papaya ringspot virus Infecting Papaya in Java
Naimatul Farida, Tri Asmira Damayanti, Darda Efendi, Sri Hendrastuti Hidayat * Institut Pertanian Bogor, Bogor 16680

## ABSTRAK
Infeksi Papaya ringspot virus (PRSV) di Indonesia pertama kali dilaporkan pada pepaya di Nangroe Aceh  Darussalam  pada  tahun  2012.  Sejak  itu,  PRSV  atau  penyakit  bercak  bercincin  pada  pepaya menyebar ke beberapa daerah di Jawa, Sumatera, Bali, dan Nusa Tenggara Barat. Penelitian ini dilakukan untuk mengonfirmasi keberadaan PRSV di beberapa daerah penanaman pepaya di Jawa dan mengetahui identitas  molekulernya.  Metode double antibody sandwich enzyme-linked immunosorbent assay (DAS-ELISA) dengan antiserum spesifik PRSV digunakan untuk mendeteksi sampel dari lapangan. Insidensi PRSV hasil deteksi DAS-ELISA di Bogor, Purworejo, Kebumen, dan Bantul berturut-turut sebesar 59.1%, 51.4%, 84.2%, dan 96.2%. Identifikasi lebih lanjut dilakukan dengan reverse transcription- polymerase chain reaction menggunakan  primer  spesifik  (PRSV326/PRSV800),  dilanjutkan  dengan sikuensing DNA. Fragmen DNA berukuran 475 pb berhasil diamplifikasi dari sampel lapangan dan analisis nukleotida menunjukkan bahwa semua sampel terkonfirmasi PRSV dengan homologi antarisolat berkisar antara 95.4% sampai 99.4%. Analisis filogenetika menunjukkan bahwa isolat-isolat PRSV di Jawa berada dalam satu grup yang sama dengan isolat PRSV-P pepaya dari Thailand.
Kata kunci: analisis filogenetika, DAS-ELISA, insidensi penyakit , reverse transcription-polymerase chain reaction , sampel lapangan

## ABSTRACT
Infection of Papaya ringspot virus (PRSV) in Indonesia was first reported in papaya in Nangroe Aceh Darussalam. Since then, ring spot disease in papaya has spread to several areas in Java, Sumatra, Bali, and West Nusa Tenggara. This study was conducted to confirm the presence of PRSV in several papaya growing  areas in  Java  and  to  characterize its  molecular identity.  Double  antibody sandwich enzyme-linked  immunosorbent  assay  (DAS-ELISA)  method  using  PRSV-specific  antiserum  was carried  out  to  detect  PRSV  infection  from  field  samples.  The  incidence  of  ring  spot  disease  based on DAS-ELISA in Bogor, Purworejo, Kebumen, and Bantul was 59.1%, 51.4%, 84.2%, and 96.2%, respectively. Further identification was done by reverse transcription-polymerase chain reaction using specific primers (PRSV326/PRSV800), followed by DNA sequencing. DNA fragment of 475 bp was successfully amplified from field samples and nucleotide analysis showed that all samples confirmed as PRSV with homology between isolates ranging from 95.4% to 99.4%. Phylogenetic analysis showed that PRSV isolates from Java belongs to the same group with PRSV-P isolate from Thailand.
Keywords: DAS-ELISA, disease incidence, field samples, phylogenetic analysis, reverse transcription-polymerase chain reaction

## PENDAHULUAN
Papaya ringspot virus (PRSV) (Genus Potyvirus ,  Famili  Potyviridae)  merupakan penyebab  penyakit penting pada tanaman pepaya  di  dunia.  Sampai  saat  ini  diketahui bahwa PRSV galur P (PRSV-P) dapat meng- infeksi  tanaman  famili  Caricaceae  dan Cucurbitaceae,  sementara  PRSV  galur  W (PRSV-W) hanya dapat menginfeksi tanaman dari  famili  Cucurbitaceae.  Penyakit  bercak bercincin  yang  disebabkan  oleh  PRSV-P sangat  merugikan terutama untuk negara- negara  penghasil  pepaya.  Infeksi  PRSV-P  di Taiwan pertama kali tercatat pada tahun 1975 dan dalam waktu  empat  tahun  virus  telah menghancurkan  sebagian besar pertanaman pepaya di sepanjang pantai barat Pulau Taiwan (Yeh et al. 1984).  Dilaporkan  pula  di  Brazil bahwa penyakit yang disebabkan oleh PRSV-P menyebabkan  kematian  pada  hampir  semua tanaman  pepaya  di  Sao  Paulo  (Gonsalves et al . 2010).  Awasthi et al. (2011) menyatakan bahwa  infeksi  PRSV  pada  tanaman  pepaya dapat  menyebabkan  kehilangan  hasil  antara 40% dan 90% bergantung pada waktu infeksi dan umur tanaman. Insidensi infeksi PRSV-W pada  tanaman  dari  famili  Cucurbitaceae dilaporkan di Australia pada tahun 1991 dan di Sudan pada tahun 2012 (Gonsalves et al. 2010; Mohammed et al. 2012).
Insidensi PRSV di Indonesia pertama kali dilaporkan pada tanaman pepaya di Kota Aceh Besar,  yaitu  mencapai  100%  (Hidayat et al . 2012). Sejak saat itu PRSV telah menyebar di wilayah Indonesia, dan berdasarkan Permentan No. 25 tahun 2020 PRSV dinyatakan memiliki daerah  sebar  di  Sumatera,  Jawa,  Bali,  dan Nusa Tenggara Barat. Kerugian akibat PRSV terhadap produksi pepaya di Indonesia belum banyak  diteliti.  Namun,  infeksi  PRSV  isolat Medan diketahui dapat menyebabkan penurunan bobot kering tanaman pepaya berkisar antara 50% dan 80% pada umur tanaman empat minggu setelah tanam (Harmiyati 2015). Oleh karena itu upaya untuk menekan penyebaran PRSV penting dilakukan.
Informasi tentang insidensi dan keparahan penyakit bercak bercincin di sentra pertanaman
pepaya  menjadi  penting  untuk  menyusun strategi  pengendalian  penyebaran  PRSV. Identitas  molekuler  galur  PRSV  yang menginfeksi tanaman di lapangan juga perlu dipastikan mengingat perbedaan kisaran inang PRSV-P dan PRSV-W. Menurut data Kementan (2017), beberapa daerah di Pulau Jawa menjadi salah  satu  sentra  pertanaman  pepaya  di Indonesia, yaitu di antaranya Kabupaten Bogor, Sukabumi, Kebumen, Purworejo, dan Lumajang. Oleh karena itu penelitian dilakukan untuk mengetahui  penyebaran  dan  status  penyakit bercak bercincin di beberapa daerah pe- nanaman  pepaya  di  Jawa  serta  menentukan identitas PRSV secara molekuler.

## BAHAN DAN METODE
Survei dan Pengambilan Sampel Survei  dilakukan  di  pertanaman  pepaya di Kabupaten Bogor (Jawa Barat), Purworejo dan  Kebumen  (Jawa  Tengah),  serta  Bantul (DI Yogyakarta) (Tabel 1). Penentuan tanaman contoh  mengikuti  metode  zig-zag  dengan jumlah tanaman contoh sebesar 20% dari populasi tanaman di setiap lahan. Gejala pada tanaman diamati untuk menentukan insidensi dan keparahan penyakit.
Insidensi  penyakit  (IP)  dan  keparahan penyakit (KP)  dihitung dengan rumus:
IP =       nN × 100%, dengan IP, insidensi penyakit (%); n, jumlah tanaman yang bergejala; dan N, jumlah tanaman yang diamati.
N × V KP = × 100%, dengan (n i × v i ) ∑ i i=0
n i , jumlah tanaman pada kategori infeksi ke-i; v i , nilai skor kategori infeksi ke-i; N, jumlah tanaman yang diamati; V, nilai skor tertinggi dalam ketegori infeksi.
Skor  keparahan  penyakit  diukur  meng- gunakan skala dengan kriteria: 0, tanaman tidak bergejala; 1, mosaik ringan pada daun; 2, mosaik daun sedang, tulang daun memucat, penebalan lamina daun; 3, mosaik daun sedang, mosaik bergaris pada tangkai daun, malformasi daun ringan; 4, mosaik berat, daun
Jurnal Fitopatologi Indonesia
Farida et al. Tabel 1  Kondisi tipe tanaman atau variestas pepaya di lokasi pengamatan Sampel Lokasi dan Koordinat lokasi Tipe atau varietas Umur (bulan) Kabupaten Bogor, Jawa Barat Tanah sereal Kp. Prapatan, Kec. Tanah Sereal 6°32'14.7"S 106°46'19.7"E Tipe California 6 Dramaga 1 Kp. Babakan, Ds. Petir, Dramaga 6°36'06.4"S 106°43'42.6"E Tipe California 8 Dramaga 2 Bulog, Dramaga 6°34'08.1"S 106°43'55.2"E Tipe California 8 Kabupaten Purworejo, Jawa Tengah Grabag 1 Ds. Ukirsari, Kec. Grabag 7°48'58.2"S 109°50'05.9"E Tipe California 8 Grabag 2 Ds. Ketawangrejo, Kec. Grabag 7°49'46.7"S 109°53'19.4"E Var. Orange lady 10 Grabag 3 Ds. Ketawangrej, Kec. Grabag 7°49'46.9"S 109°53'22.7"E Tipe California 7 Kabupaten Kebumen, Jawa Tengah Klirong Ds. Jagasima, Kec. Klirong 7°45'23.3"S 109°36'13.2"E Orange lady 12 Petanahan 1 Ds. Karanggadung, Kec. Petanahan 7°45'50.6"S 109°34'46.0"E Tipe California 12 Petanahan 2 Ds. Karanggadung, Kec. Petanahan 7°45'50.1"S 109°34'43.8"E Var. Orange lady 8 Kabupaten Bantul, DI Yogyakarta Jetis 1 Ds. Trimulyo, Kec. Jetis, Kab. Bantul 7°53'04.3"S 110°22'48.2"E Tipe California 18 Jetis 2 Ds. Trimulyo, Kec. Jetis, Kab. Bantul 7°53'12.9"S 110°23'07.4"E Var. Bangkok 12 Jetis 3 Ds. Trimulyo, Kec. Jetis, Kab. Bantul 7°52'48.3"S 110°22'45.6"E Tipe California 9
melepuh, lamina daun menguning, penebalan tulang daun, bercak bercincin pada buah; dan 5, daun berbentuk tali dan tanaman kerdil (Pacheco et al. 2003). Sampel daun dari lapangan disimpan di dalam pelepah pisang, dimasukkan ke dalam plastik,  kemudian  dibawa  ke  laboratorium. Setiap sampel ditimbang sebanyak 0.1 g dan dimasukkan dalam kantung plastik tebal, selanjutnya  disimpan  dalam  freezer  -80  ºC sampai digunakan.
Deteksi  PRSV dengan  Metode Double Antibody Sandwich Enzyme-Linked Immunosorbent Assay (DAS-ELISA) Deteksi PRSV dari sampel lapangan dilakukan dengan metode DAS-ELISA menggunakan antiserum spesifik PRSV sesuai dengan prosedur dari produsen antiserum
(Agdia Inc, AS). Analisis hasil ELISA secara kuantitatif  ditentukan  menggunakan  ELISA reader (BIO-RAD model 550) pada panjang gelombang 405 nm. Reaksi ELISA sampel dinyatakan  positif  apabila  nilai  absorbansi ELISA (NAE) lebih besar atau sama dengan 2x  NAE  kontrol  negatif.  Sebagai  kontrol negatif  digunakan  daun  tanaman  sehat; sedangkan  sebagai  kontrol  positif  digunakan sampel yang sudah terkonfirmasi sebelumnya positif PRSV.
Deteksi PRSV dengan Reverse-Transciption Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) Ekstraksi RNA total dari sampel daun pepaya (0.1 g) dilakukan dengan mengikuti metode  CTAB  (Doyle  dan  Doyle  1987). Modifikasi  dilakukan  pada  waktu  inkubasi hasil gerusan sampel daun dari 60 menit
menjadi 30 menit untuk meningkatkan efisiensi  metode  CTAB.  Reaksi  transkripsi balik dilakukan menggunakan primer oligo d(T),  selanjutnya  cDNA  yang  dihasilkan digunakan sebagai templat untuk reaksi amplifikasi. Amplifikasi dilakukan menggunakan  primer  spesifik  PRSV326 (‘5-TCGTGCCACTCAATCACAAT-3’) dan  PRSV800  (5’-GTTACTGACACTGCC GTCCA-3’)  dengan  target  gen  protein selubung  (CP)  PRSV  berukuran ± 475 pb (Mohammed et al. 2012 ). Amplifikasi  dimulai  dengan  tahapan predenaturasi pada suhu 94 ºC selama 5 menit, tahapan selanjutnya sebanyak 35 siklus yang terdiri atas denaturasi pada 94 ºC selama 30 detik, penempelan pada 50 ºC selama 1 menit, ekstensi pada 72 ºC selama 1 menit, dan ekstensi akhir pada 72 ºC selama 7 menit. Visualisasi  DNA  hasil  amplifikasi  dilakukan pada  gel  agarosa  1%  yang  dilarutkan  dalam bufer 0.5x Tris-boric EDTA (TBE) dan diberi pewarna asam nukleat FluoroVue TM (Smobio, Taiwan) (1:40 000). Elektroforesis dilakukan pada  tegangan  50  volt  selama  50  menit  dan hasil  elektroforesis  divisualisasi  dengan transiluminator ultraviolet.

## Perunutan DNA dan Analisis Filogenetika
DNA  hasil  amplifikasi  dikirimkan  ke First Base (Malaysia) untuk perunutan DNA, selanjutnya  hasil  runutan  DNA  disejajarkan dengan  data  virus  yang  terdapat  pada situs National Center for Biotechnology Information ( www.ncbi.nlm.nih.gov ) meng- gunakan program Basic Local Alignment Search Tool (BLAST). Tingkat homologi nukleotida dianalisis dengan perangkat lunak BioEdit 7.2, sedangkan hubungan kekerabatan dianalisis dengan perangkat lunak MEGA V6.0 menggunakan boostrap 1000x. Beberapa data sikuen pada Genebank digunakan sebagai pembanding untuk analisis runutan DNA.

## HASIL
Kondisi Pertanaman dan Gejala Penyakit Tanaman yang berada di lokasi pengamatan berada  pada  fase  generatif  dengan  umur
tanaman berkisar antara 6 dan 18 bulan (Tabel 1). Jenis  varietas  pepaya  yang  paling  banyak ditanam petani adalah pepaya tipe California. Pepaya tipe California ini masih belum jelas jenis  varietasnya,  karena  terdapat  beberapa varietas pepaya yang tergolong tipe California, di antaranya varietas Calina dan Merah Delima (Budiyanti dan Sunyoto 2011).
Gejala  infeksi  PRSV  yang  ditemukan di  Bogor,  Purworejo,  Kebumen,  dan  Bantul bervariasi  (Gambar  1).  Gejala  yang  paling dominan adalah mosaik daun, pemucatan tulang daun,  dan  bercak  bercincin  pada  buah  yang ditemukan di semua daerah survei; sedangkan jenis  gejala  yang  paling  sedikit  ditemukan adalah  keriting  daun  dan  daun  melepuh  yang hanya ditemukan di Bogor. Keragaman gejala tertinggi ditemukan pada lahan di Bogor dengan 10 jenis gejala, sedangkan keragaman gejala terendah  ditemukan  pada  lahan  di  Purworejo dengan empat jenis gejala (Tabel 2).
Insidensi dan Keparahan Penyakit Berdasarkan pengamatan gejala di lapangan diperoleh nilai IP berkisar antara 27.3%  (Grabag  2,  Purworejo)  dan  100% (Dramaga 1, Bogor). Lebih lanjut, konfirmasi infeksi  PRSV  melalui  DAS-ELISA  me- nunjukkan bahwa nilai IP berkisar antara 25% dan 100%. Terdapat lima lahan yang seluruh sampelnya  bereaksi  positif  dengan  DAS- ELISA, yaitu Grabag 3 (Purworejo), Petanahan 1 dan Petanahan 2 (Kebumen), serta Jetis 1 dan Jetis 3 (Bantul) (Tabel 3). Keparahan penyakit paling tinggi terjadi pada lahan di Dramaga 1 (Bogor),  yaitu  sebesar  72.5%  dan  terendah terjadi  pada  lahan  di  Grabag  2  (Purworejo), yaitu sebesar 5.5%.
Secara umum nilai IP berdasarkan gejala berbeda dengan nilai IP berdasarkan deteksi menggunakan DAS-ELISA. Nilai IP berdasar- kan DAS-ELISA lebih rendah dibandingkan IP berdasarkan gejala. Hal ini dapat terjadi karena  tanaman  yang  bergejala  tidak  selalu berasosiasi dengan infeksi PRSV, tetapi gejala tersebut dapat disebabkan oleh patogen lain atau faktor abiotik. Selain itu, metode ELISA juga mampu mendeteksi PRSV pada sampel yang tidak menimbulkan gejala.
Jurnal Fitopatologi Indonesia

## Tabel 2  Variasi gejala pada tanaman pepaya di lapangan
Gejala Lokasi Bogor Purworejo Kebumen Bantul Mosaik ringan + + + + Mosaik berat + + + + Pemucatan tulang daun + + + + Keriting daun + - - - Daun melepuh/ blistering + - - - Tali sepatu ( shoestring ) + - + - Bercak bergaris tangkai daun + - - + Mosaik batang + - - + Bercak bercincin buah + + + + Tanaman kerdil + - - -
(+), gejala dapat ditemukan; dan (-), gejala tidak dapat ditemukan
Identifikasi PRSV melalui RT-PCR Sebanyak 48 sampel yang bereaksi positif melalui DAS-ELISA dipilih untuk dikonfirmasi melalui  RT-PCR.  Pita  DNA  gen  CP  spesifik PRSV berukuran 475 pb berhasil diamplifikasi dari 35 sampel (Gambar 2). Primer PRSV326/ PRSV800  berhasil  mengamplifikasi  gen  CP PRSV asal pepaya dan mentimun.
Perunutan  Basa  Nukleotida  dan  Analisis Filogenetika Berdasarkan analisis runutan nukleotida gen CP diketahui bahwa PRSV isolat Bogor, Purworejo,  Kebumen,  dan  Bantul  memiliki homologi  yang  sangat  tinggi  satu  dengan
lainnya  (95.4-99.4%). Apabila  dibandingkan dengan aksesi pada GeneBank, isolat-isolat tersebut menunjukkan homologi tertinggi (93.4%-97.4%) dengan isolat PRSV asal Indonesia  lainnya  (Bali  dan  Nganjuk)  serta isolat PRSV asal Thailand. Homologi runutan nukelotida isolat-isolat dari penelitian ini dengan  isolat  PRSV-W  asal  Brazil ( AY094985.1 ) berkisar 88.6–90.4% (Tabel 4). Analisis homologi tersebut menunjukkan bahwa  5  isolat  dari  Pulau  Jawa  merupakan PRSV galur P. spesies dalam genus Potyvirus dinyatakan sebagai galur yang  sama  apabila  homologi  runutan nukleotida berkisar antara 83% dan 99%.
Gambar 1  Variasi gejala PRSV pada tanaman pepaya di lapangan: a, Mosaik daun; b, Pemucatan tulang daun; c, Daun keriting; d, Daun melepuh/ blistering ; e, Daun melepuh dan seperti tali sepatu ( shoestring ); F, Bercak bergaris pada tangkai daun; G, Mosaik pada batang; H, Bercak bercincin pada buah; dan I, Tanaman kerdil.
a b c d e f g h i
Tabel 3  Insidensi dan keparahan penyakit PRSV pada tanaman pepaya berdasarkan gejala dan keparahan penyakit
Asal sampel Insidensi penyakit (%) Keparahan penyakit (%) Gejala ELISA Bogor (Jawa Barat) Tanah sereal 83.0 58.3 38.0 Dramaga 1 100 87.5 72.5 Dramaga 2 91.7 50.0 45.8 Purworejo (Jawa Tengah) Grabag 1 62.5 25.0 12.5 Grabag 2 27.3 45.5 5.5 Grabag 3 40.0 100 14.0 Kebumen (Jawa Tengah) Klirong 81.3 62.5 45.0 Petanahan 1 83.3 83.3 53.3 Petanahan 2 81.3 100 32.5 Bantul (DI Yogyakarta) Jetis 1 50.0 100 17.1 Jetis 2 79.0 92.9 30.0 Jetis 3 60.0 100 24.0
Analisis  filogenetika  memperlihatkan pengelompokan PRSV menjadi empat grup, yaitu grup I, II, III, dan IV yang terpisah dari Zuccini yellow mosaic virus (ZYMV) (Genus Potyvirus ,  Famili  Potyviridae)  dari  Taiwan sebagai outgroup . Isolat PRSV asal Bogor, Kebumen,  Purworejo,  dan  Bantul  berada pada kelompok yang sama dengan PRSV dari Thailand namun berbeda kelompok dengan PRSV  asal  Indonesia  lainnya,  yaitu  isolat Bali dan Nganjuk (Gambar 3). Berdasarkan analisis  filogenetika  terlihat  bahwa  PRSV-W asal  Brazil  ( AY094985.1)  ternyata  berada dalam grup III bersama dengan PRSV-P asal Vietnam  dan  China.  Hasil  ini  menunjukkan kedekatan hubungan antara PRSV-P dan PRSV-W.

## PEMBAHASAN
Gejala  infeksi  virus  yang  ditemukan pada  tanaman  pepaya  di  lapangan  sangat bervariasi,  dengan  gejala  mosaik  daun  dan bercak  bercincin  buah  menjadi  gejala  yang paling dominan. Diuraikan oleh Noshad et al. (2015)  bahwa  infeksi  parah  PRSV  pada tanaman pepaya menyebabkan gejala mosaik berat  yang  sering  disertai  dengan  perubahan bentuk dan permukaan daun seperti daun keriput, melepuh dan daun berbentuk seperti tali sepatu. Variasi gejala akibat infeksi PRSV di  Indonesia  juga  dilaporkan  oleh  Harmiyati et al. (2015) yang menyatakan bahwa gejala penyakit disebabkan oleh perbedaan varietas, umur tanaman, dan kondisi lingkungan. Umur
Gambar 2  Visualisasi DNA hasil amplifikasi dengan primer spesifik PRSV 326/PRSV800. M, Penanda DNA 100 pb; 1 dan 2, Isolat asal Bogor; 3, Isolat asal Purworejo; 4, Isolat asal Kebumen; dan 5, Isolat asal Bantul.
M K- K+ 1 2 3 4 5 500 pb
475 pb
Jurnal Fitopatologi Indonesia
Farida et al.
Tabel 4 Homologi runutan nukleotida gen CP PRSV isolat pepaya yang berasal dari beberapa daerah di Jawa terhadap isolat dari negara lain yang tersedia pada GenBank Asal Isolat Nomor aksesi Homologi (%) Bogor1 Bogor2 Purworejo Kebumen Bantul Bogor1 ID Bogor2 97.7 ID Purworejo 99.4 98.2 ID Kebumen 98.7 97.4 99.2 ID Bantul 95.7 97.4 96.2 95.4 ID IDN_Bali LC223115.1 95.9 94.7 96.4 95.7 93.4 IDN_Nganjuk LC311783.1 96.9 95.7 97.4 96.7 94.2 Thailand MT470190.1 96.7 95.4 97.2 96.7 93.7 Vietnam FN822239.1 93.7 92.9 94.2 93.7 92.1 China KU365987.1 92.6 91.9 93.1 92.4 91.9 Australia AF506902.1 92.4 90.6 92.4 91.9 89.6 PRSVWBrazil AY094985.1 89.9 89.1 90.4 89.6 88.6 ZYMV* NC_003224.1 65.7 64.7 65.9 65.4 64.2
Gambar 3   Pohon filogenetika gen CP PRSV-P asal Bogor, Kebumen, Purworejo, dan Bantul dengan PRSV dari negara lain pada Genbank dengan outgroup Zucchini yellow mosaic potyvirus (ZYMV).
tanaman  pepaya  di  lokasi  survei  di  Bogor, Kebumen,  Purworejo,  dan  Bantul pada saat pengamatan  sudah  memasuki  fase  generatif sehingga  gejala  parah  yang  terlihat  diduga disebabkan  oleh  infeksi  virus  yang  sudah lanjut, yaitu sejak awal pertumbuhan tanaman. Selain itu, jenis pepaya California dilaporkan sebagai  jenis  pepaya  yang  tergolong  rentan terhadap  infeksi  PRSV  (Harmiyati  2015).
Pengamatan gejala merupakan langkah awal  dalam  diagnosis  penyebab  penyakit, termasuk penyakit yang disebabkan oleh virus.
Namun, pengamatan gejala saja tidak cukup akurat untuk menentukan virus penyebab suatu penyakit karena gejala yang diduga disebabkan oleh virus dapat pula disebabkan oleh patogen lain, atau faktor lainnya di antaranya toksisitas serangga,  faktor  abiotik  misalnya  kekurangan dan kelebihan unsur hara, serta faktor cekaman lingkungan lainnya . Oleh karena itu, diagnosis suatu  penyakit  tidak  dapat  didasarkan  hanya pada gejala saja, tetapi deteksi juga harus dilakukan untuk memastikan ada atau tidaknya infeksi  virus  pada  tanaman.  Metode  DAS-
ELISA diketahui memiliki tingkat kesensitifan yang cukup baik sehingga mampu mendeteksi virus  pada  sampel  tanaman  yang  tidak menunjukkan gejala.
Hasil  survei  lapangan  dan  deteksi  di laboratorium  menunjukkan  bahwa  infeksi PRSV pada pepaya telah menyebar di sentra pertanaman  pepaya  di  Jawa.  Penelitian sebelumnya melaporkan adanya infeksi PRSV pada pepaya di Aceh, Medan, Bogor, dan Bali (Hidayat et al. 2012;  Harmiyati et al. 2015;
Nurhantoro et al . 2018). Lebih lanjut dilaporkan berdasarkan  hasil  pemantauan  OPTK  bahwa daerah sebar PRSV juga mencakup Nusa Tenggara Barat (Kementan 2020). Selain penting memantau daerah sebar PRSV, perlu juga diketahui identitas galur PRSV yang menyebar di Indonesia. Berdasarkan runutan nukleotida gen  CP  diketahui  bahwa  PRSV  isolat  Jawa yang  dikoleksi  dari  penelitian  ini  memiliki homologi  yang  tinggi  dengan  PRSV-P  asal Thailand. Tingkat homologi yang tinggi me- nunjukkan kemiripan runutan nukleotida gen CP PRSV dan rendahnya keragaman genetik PRSV di beberapa daerah tersebut. Analisis filogenetika  menunjukkan  bahwa  lima  isolat PRSV-P  yang  dipelajari  berada  dalam  satu grup  yang  sama  dengan  isolat  PRSV-P  asal Thailand.  Hal  ini  mengindikasikan  adanya perpindahan  galur  virus  antarwilayah sehingga  perlu  diteliti  lebih  lanjut  pembawa yang berperan pada penyebaran virus tersebut.
Hasil  survei  dan  deteksi  penyakit  bercak bercincin pada beberapa sentra pertanaman pepaya  di  Pulau  Jawa  menunjukkan  status insidensi  penyakit  yang  cukup  tinggi  dan keparahan  penyakit  sedang.  Analisis  runutan nukleotida  gen  CP  mengonfirmasi  galur PRSV-P  sebagai  penyebab  penyakit  tersebut; hal ini sesuai dengan kisaran inang galur PRSV.

## UCAPAN TERIMA KASIH
Ucapan terima kasih disampaikan kepada Kementerian Pendidikan, Kebudayaan, Riset, dan Teknologi Indonesia yang telah mendanai penelitian ini melalui dana penelitian program Pendidikan Magister Menuju Doktor untuk Sarjana Unggul (PMDSU).

## DAFTAR PUSTAKA
Budiyanti T, Sunyoto. 2011. Varietas unggul baru pepaya merah delima si merah yang manis.  Sinartani.  Agroinovasi.  2–8  Nov. (3429):5–7.
Doyle  JJ,  Doyle  JL.  1987.  CTAB  DNA extraction in plants. Phytochem Bull . 19:11–15. Frenkel MJ, Ward CW, Shukla DD. 1989. The use of 3’ non coding nucleotide sequences in  taxonomy  of  Potyvirus:  aplication  to Watermelon  mosaic  virus  and  Soybean mosaic virus. J Gen Virol. 70:2775-2783. DOI: https://doi.org/10.1099/0022-1317- 70-10-2775.
Gonsalves  D,  Tripathi  S,  Carr  JB,  Suzuki JY. 2010. Papaya ringspot virus. Plant Health Instructor . 149(12):2435– 2442. DOI: https://doi.org/10.1094/ PHI-I-2010-1004-01.
Harmiyati  T.  2015.  Kisaran  inang  dan penularan Papaya ringspot virus [tesis]. Bogor (ID): Institut Pertanian Bogor. Harmiyati T, Hidayat SH, Adnan AM. 2015. Deteksi dan respons lima varietas pepaya terhadap tiga isolat Papaya ringspot virus (PRSV). J Agr Biogen. 11(3):87–94. DOI: https://doi.org/10.21082/jbio.v11n3.2015. p87-94.
Hidayat  SH,  Nurlita  S,  Wiyono  S.  2012. Temuan  penyakit  baru-Infeksi Papaya ringspot virus pada  tanaman  pepaya  di Provinsi  Nanggroe  Aceh  Darussalam. J Fitopatol Indones. 8(6):184–187. DOI: https://doi.org/10.14692/jfi.8.6.184.
[Kementan] Kementerian Pertanian. 2017. Petunjuk Teknik Budidaya Pepaya . Aceh (ID): Balai Besar Pengkajian dan Pengembangan Teknologi Pertanian. Badan Penelitian dan Pengembangan Pertanian.
[Kementan] Kementerian Pertanian. 2020. Peraturan Menteri Pertanian Nomor 25 tahun 2020 tentang Jenis Organisme Pengganggu Tumbuhan Karantina . Jakarta (ID): Kementrian Pertanian Indonesia.
Listihani,  Damayanti  TA,  Hidayat  SH, Wiyono S. 2018. Karakterisasi molekuler
Jurnal Fitopatologi Indonesia
Papaya ringspot virus tipe P pada tanaman  mentimun  di  Jawa.  J  Fitopatol Indones. 14(3):75–82. DOI: https://doi. org/10.14692/jfi.14.3.75.
Matthews  REF.  2002. Plant Virology . San Diego (US): Academic Press. Mohammed H, Manggil A, Zicca S, Hussein EA, Tomassol. 2012. First report of Papaya ringspot virus in pumpkin in Sudan. New Dis Rep . 26(1):26–33. DOI: https://doi.org /10.5197/j.2044-0588.2012.026.026.
Noshad  QQ,  Zafar Y,  Khan  MA,  Rashid  N, Zahid N, Bashir T, Ali Z, Naseem S. 2015. First  record  of Papaya ringspot virus (PRSV) strain in Malir District Sindh and in Islamabad Pakistan. Int J Agric Biol . 17(2):399–402.
Nurhantoro I, Mutaqin KH, Hidayat SH, 2018.
Penggunaan pelacak DNA untuk deteksi Papaya ringspot virus dengan metode hibridisasi asam nukleat. J Fitopatol
Indones . 14(3):89–96. DOI: https://doi. org/10.14692/jfi.14.3.89.
Pacheco  DA,  Rezende  JAM,  Piedae  SMS. 2003.  Biomass,  virus  concentration,  and symptomalogy  of  cucurbits,  infected by  mild  and  severe  strain  of  PRSV.  Sci Agric . 60(4):691–698. DOI: https://doi. org/10.1590/S0103-90162003000400013. Singh  S,  Awasthi  LP,  Singh  RK.  Induction of  systemic  resistance  through  antiviral agents of plant origin against Papaya ring spot disease ( Carica papaya L.). Arch Phytopathol Plant Prot . 44(17):1676–1682. DOI: https://doi.org/10.1080/03235408.20 10.482742.
Yeh  SD,  Gonsalves  D,  Provvidenti  R.  1984. Comparative  studies  on  host  range  and serology  of Papaya ringspot virus and Watermelon mosaic virus . Phytopathology . 74(9):1081–1085. DOI: https://doi. org/10.1094/Phyto-74-1081.