## Profil RAPD Tanaman Kantung Semar Beberapa Koleksi Kebun Raya Baturraden
Retno Mayangsari 1 , Agus Hery Susanto 1 , Alice Yuniaty 1 1 Fakultas Biologi Universitas Jenderal Soedirman, Purwokerto E-mail: susanto1408@yahoo.co.id

## Abstract
A study on the RAPD profile of some pitcher plants ( Nepenthes spp.) of Baturraden Botanical Garden collection was carried out. Seven individuals of particular concern were Mount Slamet semi-endemic and Java endemic species, i.e. N.  adrianii and N.  gymnampora .  Both  species  of  pitcher  plants  were  taken  from  Baturraden  Botanical  Garden collection.  Samples  were  then  subject  to genomic  DNA extraction,  after  which  RAPD  markers  were  amplified  using PCR  technique  with  ten  random  primers,  i.e.  ES10G23,  ES10A26,  ES10C24,  ES10G33,  OPA-2,  OPA-9,  OPA-13, OPB-3,  OPB-5  and  OPB-7.  The  results  show  that  the  10  primers  produce  43  (67.2%)  polymorphic  bands  and  21 (32.8%)  monomorphic  bands  with  size  ranging  from  130  to  1,500  bp.  OPA-2  and  OPB-3  produce  highest polymorphism,  while  ES10G23  and  OPA-13  produce  most  monomorphic  bands.  Dendogram  constructed  using UPGMA in MEGA 6.06 shows that at a genetic distance of 18% two clusters are formed. Both clusters are separated seemingly by geographic location.
Key words : pitcher plants, RAPD, Baturraden Botanical Garden

## Abstrak
Telah  dilakukan  penelitian  tentang  profil  RAPD  beberapa  tanaman  kantung  semar  ( Nepenthes spp.)  koleksi  Kebun Raya  Baturraden.Tujuh  individu  yang  dipelajari  merupakan  spesies  semiendemik  Gunung  Slamet  dan  endemik Jawa,  yaitu N.  adrianii dan N.  gymnampora .  Sampel  kedua  spesies  kantung  semar ini diambil  dari  koleksi  Kebun Raya  Baturraden.  DNA  genomik  sampel  diekstraksi  untuk  kemudian  digunakan  sebagai  templat  dalam  amplifikasi marka  RAPD  menggunakan  teknik  PCR  dengan  10  primer  acak,  yaitu  ES10G23,  ES10A26,  ES10C24,  ES10G33, OPA-2,  OPA-9,  OPA-13,  OPB-3,  OPB-5,  dan  OPB-7.  Hasil  penelitian  menunjukkan  bahwa  ke-10  primer  tersebut menghasilkan  43  (67,2%)  pita  polimorfikdan  21  (32,8%)  pita  monomorfikdengan  ukuran  berkisar  dari  130  hingga 1.500 bp. OPA-2 and OPB-3 menghasilkan polimorfisme tertinggi, sedangkan ES10G23 dan OPA-13 menghasilkan pita  monomorfik  terbanyak.  Dendogram  yang  dikonstruksi  menggunakan    UPGMAdalam  MEGA  6.06 memperlihatkan bahwa dua klaster terbentuk pada jarak genetik  18%. Kedua klaster tersebut cenderung dipisahkan oleh lokasi geografi.
Kata kunci : kantung semar, RAPD, Kebun Raya Baturraden

## Pendahuluan
Kantung
semar ( Nepenthes spp.) merupakan  tanaman  yang  unik  jika  dilihat  dari cara  mendapatkan  makanan.  Saat  ini  populasi kantung  semar  di  alam  diperkirakan  makin menurun.Hal ini disebabkan oleh beberapa faktor, seperti  kebakaran  hutan  dan  alih  fungsi  lahan hutan  atau  semak  belukar  menjadi  kawasan permukiman, perladangan, perkebunan, pertanian,  atau  pun  pertambangan.Pemerintah Indonesia  telah  menetapkan  kantung  semar sebagai  salah  satu  spesies  tumbuhan  prioritas dilindungi karena keberadaannya di alam cenderung  terancam  punah  (Berita  Negara Republik Indonesia Nomor 51, 2008).
Sebagai  instisusi  yang  bertanggung  jawab atas  kegiatan  konservasi  tanaman,  Kebun  Raya Baturraden  mulai  mengembangbiakan  tanaman kantung  semar  agar  tetap  terjaga  populasinya  di alam  (Puspitaningtyas  dan  Wawangningrum, 2007).  Di  antara  koleksi  Kebun  Raya  Baturraden terdapat  spesies  kantung  semar  semiendemik Gunung  Slamet  dan  endemik  Pulau  Jawa,  yaitu N.  adrianii dan N.  gymnampora .  Oleh  karena  itu,
perlu  dilakukan  kajian  lebih  lanjut  karena  potensi dan keunikannya yang tidak ada di tempat lain.
Salah  satu  pendekatan  untuk  memperoleh data  dasar  mengenai  spesies  kantung  semar semiendemik Gunung Slamet dan endemik Pulau Jawa dapat dilakukan melalui karakterisasi secara molekuler menggunakan marka tertentu, misalnya RAPD  (random  amplified  polymorphic  DNA). Penelitian  ini  bertujuan  untuk  mengetahui  profil RAPD  dan  hubungan  kekerabatan  genetik kantung semar koleksi Kebun Raya Baturraden.

## Metode Penelitian
Sebanyak  tujuh  sampel  daun  kantung semar  diperoleh  dari  rumah  kaca  Kebun  Raya Baturraden.  Ketujuh  sampel  tersebut  terdiri  atas tiga  sampel N.adrianii dan  empat  sampel N. gymnampora .
Penelitian dilakukan di Laboratorium Molekuler Fakultas Biologi
Universitas  Jenderal  Soedirman  dari  Januari hingga Maret 2017.

## Cara Kerja
1. Isolasi DNA genom (Doyle & Doyle, 1987)
Bufer  CTAB  dipanaskan  dalam waterbath pada  suhu  65 o C  selama  1  jam.Daun  kantung semar  ditimbang  sebanyak  0,5  g,  dicuci  dengan air  mengalir  dan  disemprot  dengan  alkohol 70%,dikeringkan  dengan  kertas  tisu,  laludigerus sampai halus menggunakan mortar dan pestle. Ditambahkan CTAB 1.500 µl, dihomogenkan,lalu ditambahkan 15 µl β- merchaptoetanol dan  0,025  g  PVP.Selanjutnya, dilakukan  inkubasi  dalam waterbath pada  suhu 65 o C  selama  1  jam,  diikuti  dengan  sentrifugasi pada kecepatan 12.000 rpm selama 22 menit.Supernatan  diambil  dan  ditambah  dengan klorofom:isoamil alkohol sebanyak 800 µl. Dilakukan  sentrifugasi  lagi  dengan  kecepatan 12.000  rpm  selama  20  menit.  Supernatandiambil dan ditambah dengan amonium asetat dan etanol absolut.Campuran  didiamkan  pada  suhu  4 o C selama semalam, kemudian disentrifugasi dengan kecepatan
11.000 rpm selama 25
menit.Supernatan dibuang, natan ditambah dengan  etanol  70%  sebanyak  750  µl,lalu disentrifugasi  dengan  kecepatan  11.000  rpm selama 5 menit. Supernatan dibuang,natan (DNA) dikeringkan,  kemudian  ditambahdengan    100  µl buffer TE.
Pengujian kualitas dan kuantitas DNA hasil isolasi  dilakukan  dengan  cara  elektroforesis menggunakan  media  gel  agarosa  1%  dan pengukuran nilai absorbansi menggunakan spektrofotometer nanodrop.

## 2. Amplifikasi marka RAPD
ReaksiPCR dibuat dalam  volume total reaksi 12,5  µl  yang  terdiri  atas  6,3  µl Kappa  PCR  mix , 100  ng  DNA  templat,  0,6  µl  (10  µM)  primer,  dan air bebas ion dalam 1x reaksi. Amplifikasi dimulai dengan  pradenaturasi  pada  suhu  94 o C  selama  3 menit,  diikuti  35  atau  45  siklus  yang  terdiri  atas denaturasi  pada  suhu  94 o C  selama  1  menit, penempelan  primer    pada  suhu  31 o C  atau  32°C selama  1  menit,  pemanjangan  primer  pada  suhu 72 o C  selama  2  menit.  Pemanjangan  akhir dilakukan  pada  suhu  72 o C  selama  8  menit  dan penyimpanan  dilakukan  pada  suhu  8 o C.  Untuk primer  ES10G23,  ES10A26,  ES10C24,  dan ES10G33  digunakan  suhu  penempelan  primer 31 o C,  sedangkan  untuk  primer  OPA-2,  OPA-9, OPA-13,  OPB-3,  OPB-5,  dan  OPB-7  digunakan suhu  penempelan  primer  32 o C.  Reaksi  dengan primer  ES10C24  menggunakan  35  siklus  PCR, sedangkan reaksi dengan sembilan primer lainnya menggunakan  45  siklus  PCR.Marka    RAPD dimigrasikan  pada  elektroforesis  gel  agarosa  2% dengan  tegangan  80  volt  dan  kuat  arus  500  mA selama 60 menit. Visualisasimarka RAPD dilakukan menggunakan
transiluminator ultraviolet.

## Analisis Dat a
Pita  DNA  hasil  amplifikasi  diskor  secara terpisah berdasarkan ada tidaknya fragmen untuk setiap  individu  menggunakan  kode  biner.Skor  1 diberikan  jika  ada  fragmen  dan  skor  0  diberikan jika  tidak  ada  fragmen  tanpa  memandang intensitasnya.Selanjutnya,  dilakukan  uji  analisis kelompok  ( cluster  analysis )  secara hierarchical clustering menggunakan  Program  MEGA  5 (Tamura et al., 2011) dengan metode UPGMA.Hasilnya ditampilkan dalam bentuk dendrogram.

## Hasil dan Pembahasan

## 1. Isolasi DNA genom
Hasil isolasi DNA genom dapat dilihat pada Gambar 1.  Pada gambar tersebut  terlihat bahwa DNA  genom  yang  diperoleh  relatif  cukup  baik kualitasnya. Hal ini ditunjukkan oleh intensitas pita elektroforesis  yang cukup tinggi.Begitu pula, hasil kuantifikasi  menunjukkan  tingkat  kemurnian  yang cukup baik (Tabel 1).
Tabel 1.   Hasil uji kuantifikasi sampel DNA genom kantung semar koleksi Kebun Raya
Baturraden Sampel A260/A280 Konsentrasi (ng/µL) A1 1.534 842 A2 2.041 647 A3 2.247 701 G1 2.563 704 G2 2.145 838 G3 1.896 994 G4 1.921 975 Keterangan :
A1  = N.  adrianii Igir  Gowok,  hutan  lindung  Baturraden, A2 = N. adrianii hutan lindung Gunung Slamet, A3 = N. adrianii Petak 58, hutan alam Gunung Slamet , G1 = N. gymnampora Petak 3 Bukit Tuban Gunung Bhisma, G2 = N.  gymnampora Gunung  Merbabu,  G3  = N. gmnampora Gunung  Prau  Desa  Pranten  Kecamatan Bawang,  G4  = N.  gymnampora Petung  Kriono Pekalongan, Dieng lereng utara.
Gambar 1.   Elektroforegram hasil ekstraksi DNA genom kantung semar koleksi Kebun Raya Baturraden (A1  = N.  adrianii Igir  Gowok,  hutan  lindung  Baturraden,  A2  = N.  adrianii hutan  lindung Gunung Slamet,A3 = N. adrianii Petak 58, hutan alam Gunung Slamet , G1 = N. gymnampora Petak  3  Bukit  Tuban  Gunung  Bhisma,G2  = N.  gymnampora Gunung  Merbabu,G3  = N. gmnampora Gunung Prau Desa Pranten Kecamatan Bawang,G4 = N. gymnampora Petung Kriono Pekalongan, Dieng lereng utara

## 2.  Amplifikasi marka RAPD
Semua  primer  yang  digunakan  dapat mengamplifikasi marka RAPD pada DNA kantung semar.Hal  ini  menunjukkan  bahwa  semua  primer tersebut mempunyai urutan basa  nukleotida  yang
komplementer  dengan  kedua  untai  DNA  genom. Menurut  Williams  (1990),  primer  akan  menempel dengan  baik  pada  DNA  templat  apabila  terdapat komplementasi  pada  posisi  yang  berlawanan.
Gambar  2a  dan  2b.  Hasil  dan  interpretasi  hasil  amplifikasi  PCR-RAPD  menggunakan  primer  ES10G23 (M  =  DNA  marka  1  kb,  A1  = N.  adrianii Igir  Gowok,  hutan  lindung  Baturraden,  A2  = N. adrianii hutan  lindung  Gunung  Slamet,  A3  = N.  adrianii Petak  58,  hutan  alam  Gunung Slamet , G1 = N. gymnampora Petak 3 Bukit Tuban Gunung Bhisma, G2 = N. gymnampora Gunung  Merbabu,  G3  = N.  gmnampora Gunung  Prau  Desa  Pranten  Kecamatan  Bawang, G4 = N. gymnampora Petung Kriono Pekalongan, Dieng lereng utara).
Gambar 3a dan 3b. Hasil dan interpretasi hasil amplifikasi PCR-RAPD menggunakan primer ES10A26 (M = DNA marka 1 kb, A1 = N. adrianii Igir Gowok, hutan lindung Baturraden, A2 = N. adrianii hutan lindung Gunung Slamet, A3 = N. adrianii Petak 58, hutan alam Gunung Slamet , G1 = N.  gymnampora Petak  3  Bukit  Tuban  Gunung  Bhisma,  G2  = N.  gymnampora Gunung Merbabu,  G3  = N.  gmnampora Gunung  Prau  Desa  Pranten  Kecamatan  Bawang,  G4  = N. gymnampora Petung Kriono Pekalongan, Dieng lereng utara).
Gambar 4a dan 4b. Hasil daninterpretasi hasil amplifikasi PCR-RAPD menggunakan primer ES10C24 (M = DNA marka 1 kb, A1 = N. adrianii Igir Gowok, hutan lindung Baturraden, A2 = N. adrianii hutan lindung Gunung Slamet, A3 = N. adrianii Petak 58, hutan alam Gunung Slamet , G1 = N.  gymnampora Petak  3  Bukit  Tuban  Gunung  Bhisma,  G2  = N.  gymnampora Gunung Merbabu,  G3  = N.  gmnampora Gunung  Prau  Desa  Pranten  Kecamatan  Bawang,  G4  = N. gymnampora Petung Kriono Pekalongan, Dieng lereng utara).
Gambar  5a  dan  5b.  Hasil  dan  interpretasi  hasil  amplifikasi  PCR-RAPD  menggunakan  primer  ES10G33 (M  =  DNA  marka  1  kb,  A1  = N.  adrianii Igir  Gowok,  hutan  lindung  Baturraden,  A2  = N. adrianii hutan  lindung  Gunung  Slamet,  A3  = N.  adrianii Petak  58,  hutan  alam  Gunung Slamet , G1 = N. gymnampora Petak 3 Bukit Tuban Gunung Bhisma, G2 = N. gymnampora Gunung  Merbabu,  G3  = N.  gmnampora Gunung  Prau  Desa  Pranten  Kecamatan  Bawang, G4 = N. gymnampora Petung Kriono Pekalongan, Dieng lereng utara).
Gambar 6a dan 6b. Hasil daninterpretasi hasil amplifikasi PCR-RAPD menggunakan primer OPA-2 (M = DNA  marka  1  kb,  A1= N.  adrianii Igir  Gowok,  hutan  lindung  Baturraden,  A2= N.  adrianii hutan lindung Gunung Slamet,A3= N. adrianii Petak 58, hutan alam Gunung Slamet , G1= N. gymnampora Petak  3  Bukit  Tuban  Gunung  Bhisma,G2= N.  gymnampora Gunung Merbabu,G3= N.  gmnampora Gunung  Prau  Desa  Pranten  Kecamatan  Bawang,G4= N. gymnampora Petung Kriono Pekalongan, Dieng lereng utara).
Gambar 7a dan 7b. Hasil daninterpretasi hasil amplifikasi PCR-RAPD menggunakan primer OPA-9 (M = DNA  marka  1  kb,  A1= N.  adrianii Igir  Gowok,  hutan  lindung  Baturraden,  A2= N.  adrianii hutan lindung Gunung Slamet,A3= N. adrianii Petak 58, hutan alam Gunung Slamet , G1= N. gymnampora Petak  3  Bukit  Tuban  Gunung  Bhisma,G2= N.  gymnampora Gunung Merbabu,G3= N.  gmnampora Gunung  Prau  Desa  Pranten  Kecamatan  Bawang,G4= N. gymnampora Petung Kriono Pekalongan, Dieng lereng utara).
Gambar 8a dan 8b. Hasil daninterpretasi hasil amplifikasi PCR-RAPD menggunakan primer OPA-13 (M = DNA  marka  1  kb,  A1= N.  adrianii Igir  Gowok,  hutan  lindung  Baturraden,  A2= N.  adrianii hutan lindung Gunung Slamet,A3= N. adrianii Petak 58, hutan alam Gunung Slamet , G1= N. gymnampora Petak  3  Bukit  Tuban  Gunung  Bhisma,G2= N.  gymnampora Gunung Merbabu,G3= N.  gmnampora Gunung  Prau  Desa  Pranten  Kecamatan  Bawang,G4= N. gymnampora Petung Kriono Pekalongan, Dieng lereng utara).
Gambar 9a dan 9b. Hasil daninterpretasi hasil amplifikasi PCR-RAPD menggunakan primer OPB-3 (M = DNA  marka  1  kb,  A1= N.  adrianii Igir  Gowok,  hutan  lindung  Baturraden,  A2= N.  adrianii hutan lindung Gunung Slamet,A3= N. adrianii Petak 58, hutan alam Gunung Slamet , G1= N. gymnampora Petak  3  Bukit  Tuban  Gunung  Bhisma,G2= N.  gymnampora Gunung Merbabu,G3= N.  gmnampora Gunung  Prau  Desa  Pranten  Kecamatan  Bawang,G4= N. gymnampora Petung Kriono Pekalongan, Dieng lereng utara).
Gambar 10 a dan 10b. Hasil daninterpretasi hasil amplifikasi PCR-RAPD menggunakan primer OPB-5 (M =  DNA  marka  1  kb,  A1= N.  adrianii Igir  Gowok,  hutan  lindung  Baturraden,  A2= N.  adrianii hutan lindung Gunung Slamet,A3= N. adrianii Petak 58, hutan alam Gunung Slamet , G1= N. gymnampora Petak  3  Bukit  Tuban  Gunung  Bhisma,G2= N.  gymnampora Gunung Merbabu,G3= N.  gmnampora Gunung  Prau  Desa  Pranten  Kecamatan  Bawang,G4= N. gymnampora Petung Kriono Pekalongan, Dieng lereng utara).
Gambar 11a dan 11b. Hasil daninterpretasi hasil amplifikasi PCR-RAPD menggunakan primer OPB-7 (M =  DNA  marka  1  kb,  A1= N.  adrianii Igir  Gowok,  hutan  lindung  Baturraden,  A2= N.  adrianii hutan lindung Gunung Slamet,A3= N. adrianii Petak 58, hutan alam Gunung Slamet , G1= N. gymnampora Petak  3  Bukit  Tuban  Gunung  Bhisma,G2= N.  gymnampora Gunung Merbabu,G3= N.  gmnampora Gunung  Prau  Desa  Pranten  Kecamatan  Bawang,G4= N. gymnampora Petung Kriono Pekalongan, Dieng lereng utara).
Tabel 2. Polimorfisme hasil analisis RAPD pada kantung semar koleksi Kebun Raya Baturraden
Primer Sekuen (5’-3’) Jumlah pita polimorfik Jumlah pita monomorfik Total Panjang lokus (bp) ES10G23 GTAGGCGTCG 2 4 6 300 – 1.500 ES10A24 CAGGGGACGA 5 1 6 400 – 1.200 ES10C26 GGCTCGTACC 3 2 5 450 – 1.300 ES10G33 GGCTCGTACC 4 2 6 500 – 1.300 OPA-2 TGCCGAGCTG 4 0 4 350 – 1.300 OPA-9 GGGTAACGCC 4 2 6 305 – 900 OPA-13 CAGCACCCAC 4 4 8 180 – 800 OPB-3 CATCCCCCTG 9 1 10 130 – 1.500 OPB-5 TGCGCCCTTC 4 2 6 300 – 1.400 OPB-7 GGTGACGCAG 4 3 7 250 – 700 Total 43 21 64 (67,2%) (32,8%) Hasil analisis polimorfisme terhadap sampel  kantung  semar  koleksi  Kebun  Raya Baturraden secara keseluruhan mampu mendeteksi 43 pita polimorfik (67,2%) dari total 64 pita  yang  teramplifikasi.  Jumlah  pita  polimorfik yang  dihasilkan  rata-rata  4  pita  per  primer.Primer OPA-2  dan  OPB-3  menghasilkan  polimorfisme tertinggi, masing-masing 100% (4 dari 4) dan 90% (9  dari  10).  Sementara  itu,  primer  ES10G23  dan OPA-13  menghasilkan  polimorfisme  terendah, masing-masing 33% (2 dari 6) dan 50% (4 dari 8) (Tabel 2).
Penelitian RAPD sebelumnya menghasilkan tingkat polimorfisme yang berbeda- beda. Nurhidayati (2016) mendeteksi keanekaragaman  genetik  kultivar  duku  dan memperoleh polimorfisme 96,96%. Karsinah et al. (2002)  mendapatkan  polimorfisme  pada  jeruk sebesar  91,8%.  Azizah  (2015)  mendapatkan polimorfisme  90,4%  pada  kultivar  ubi  jalar. Nandariyah  (2010)  mendapatkan  polimorfisme
68,4%  pada  kultivar  salak.  Menurut  Rout  et  al. (2003), tingkat polimorfisme yang diperoleh dapat digunakan  sebagai    indikator  tinggi  rendahnya keanekaragaman genetik.
3. Analisis  klaster N.  adrianii dan N. gymnampora
Nilai jarak (ketidaksamaan) genetik berkisar dari  0,780  hingga  0,438  dengan  jarak  tertinggi terdapat  antara N.  gymnampora “G3”  dan N. adrianii “A3”  (Tabel  3.).    Sementara  itu,  jarak terendah  terdapat  di  antara N.  gymnampora “G2, G3”,  dan  “G1”.Menurut  Nei  dan  Li  (1987),  jarak genetik yang besar menandakan bahwa hubungan  kekerabatan  genetik  antarspesies  atau pun  antarkultivar  cukup  jauh.Sebaliknya,  jarak genetik  yang  kecil  menandakan  hubungan kekerabatan genetik yang dekat.
Tabel 3.Hasil analisis jarak genetik antara N. adrianii dan N. gymnampora koleksi Kebun Raya Baturaden
A1 A2 A3 G1 G2 G3 G4 A1 ** A2 0,125 ** A3 0,297 0,266 ** G1 0,406 0,375 0,422 ** G2 0,391 0,359 0,406 0,078 ** G3 0,422 0,391 0,438 0,078 0,094 ** G4 0,172 0,266 0,406 0,234 0,281 0,250 **
A1 = N.  adrianii Igir  Gowok,  hutan  lindung  Baturraden, A2 = N.  adrianii hutan  lindung  Gunung  Slamet, A3 = N. adrianii Petak 58, hutan alam Gunung Slamet , G1 = N. gymnampora Petak 3 Bukit Tuban Gunung Bhisma, G2 = N. gymnampora Gunung  Merbabu, G3 = N.  gymnampora Gunung  Prau  Desa  Pranten  Kecamatan  Bawang, G4 = N. gymnampora Petung Kriono Pekalongan, Dieng lereng utara.
Gambar 12.  Dendogram  kekerabatan  antara N.  adrianii dan N.  gymnampora koleksi  Kebun  Raya Baturraden.
Nilai jarak genetik yang diperoleh kemudian digunakan untuk untuk mengonstruksi dendogram bagi ketujuh sampel kantung semar koleksi Kebun Raya  Baturraden.Berdasarkan  dendogram  yang terbentuk,  semua  genotipe  dapat  dibedakan antara  satu  dan  lainnya.    Apabila  ditarik  garis lurus  yang  memotong  dendogram  pada  jarak genetik  18%,  maka  terlihat  adanya  dua  klaster, yaitu  klaster  I  yang  terdiri  atas N.  adrianii ‘A1’, ‘A2’,  ‘A3’, N.  gymnampora ‘G4’dan  klaster  II  yang terdiri  atas N.  gymnampora ‘G1’,  ‘G2’,‘G3’. Klaster  I  terbagi  menjadi  dua  subklaster  yang memisahkan  antara  ‘A3’  pada  subklaster  1  dan ‘A1’,  ‘A2’,  ‘G4’  pada  subklaster  2.  Sementara  itu, klaster  II  juga  terbagi  menjadi  dua  subklaster, yaitu  subklaster  1  yang  terdiri  atas  ‘G3’dan subklaster 2 yang terdiri atas ‘G1’ dan ‘G2’.
Anggota  masing-masing  klaster  memiliki kecenderungan  untuk  mengelompok  berdasarkan letak geografinya. Anggota klaster I terdiri atas N. adrianii dari  Igir  Gowok  hutan  lindung  Baturraden (1.200  m  dpl),  dari  hutan  lindung  Gunung  Slamet (1.410  m  dpl),  dan  dari  Petak  58  hutan  alam Gunung  Slamet  (1.139  m  dpl),  yang  semuanya termasuk  dalam  subklaster  1.    Sementara  itu, pada  subklaster  2  terdapat N.  gymnampora yang berasal  dari  Petung  Kriono  Pekalongan,  Dieng lereng  utara  (1.755  m  dpl).Pada  klaster  II  semua sampel  terdiri  atas N.  gymnampora ,  masing- masing  berasal  dari  Gunung  Prau  Desa  Pranten Kecamatan  Bawang  (1.680  m  dpl),  Petak  3  Bukit Tuban  Gunung  Bhisma  (1.563  m  dpl),  dan Gunung  Merbabu  (1.951  m  dpl).Semua  sampel
merupakan
koleksi Kebun
Raya Baturraden.Dalam  hal  ini, N.  adrianii merupakan spesies semiendemik Gunung Slamet, sedangkan N.  gymnampora merupakan  spesies  endemik Jawa  Tengah.  Song  et  al.,  (2000)  melaporkan pengelompokan spesies duku berdasarkan marka RAPD  yang  ternyata  juga  sesuai  dengan  letak geografi.
Sampel  ‘A1’  dan  ‘A3’  terpisah  jauh  dalam subklaster yang berbeda. Pada lokus tertentu ‘A1’ menghasilkan pita, sedangkan ‘A3’ tidak menghasilkan  pita,  dan  begitu  juga  sebaliknya, pada  lokus  yang  lain.  Dengan  demikian, N. adrianii ‘A1’  dan  ‘A3’  terpisah  karena  banyaknya perbedaan
kemunculan pita RAPD. N. gymnampora “G3”  pada  klaster  II  juga  terlihat terpisah  dari N.  gymnapora “G4”  yang  terletak pada klaster I.

## Simpulan
Berdasarkan hasil dan pembahasan tersebut  di  atas  dapat  diambil  kesimpulan  bahwa primer OPA-2 dan OPB-3 menghasilkan polimorfisme
tertinggi, sedangkan primer ES10G23 dan OPA-13 menghasilkan
polimorfisme terendah.Terdapat dua klaster kantung  semar  koleksi  Kebun  Raya  Baturraden yang  cenderung  terpisah  berdasarkan  posisi geografi.
A1
A2 G4
A3 G3 G1 G2 37 99 76 62 0.06 0.06 0.16 0.04 0.04 0.04 0.11 0.00 0.14 0.05 0.05 0.02 0.00 0.05 0.10 0.15

## Daftar Referensi
Azizah,  E.  2015.Analisis  Kekerabatan  Beberapa Kultivar  Ubi  Jalar  ( Ipomoea  batatas L.) berdasarkan Penanda RAPD.Skripsi. Universitas Jenderal Soedirman,
Purwokerto.
Berita  Negara  Republik  Indonesia  Nomor  51 2008. Peraturan Menteri Kehutanan Nomor: P.  57/Menhut-II/2008  Tentang  Arahan Strategis  Konservasi  Species  Nasional 2008-2018.
Doyle,  J.J.  &  Doyle,  J.L.  1990.Isolation  of  plant DNA  from  fresh  tissue. Focus 12(1):  13 – 15.
Karsinah, Sudarsono, Setyobudi, L. & Aswidinnoor,  H.  2001.Keragaman  genetik plasma  nutfah  jeruk  berdasarkan  analisis penanda
RAPD. Jurnal Bioteknologi Pertanian 7(1): 8 – 16.
Nandariyah. 2010. Morphology and RAPS ( Random  Amplified  Polymorphic  DNA ) based  classification  of  genetik  variability  of Java  salacca  ( Salacca  zalazza Gaertner. Voss). Journal of Biotechnology and Biodiversity 1(1): 8 – 13.
Nei,  M.  &  Li,  W.  1987.Estimation  of  average heterozygosity  and  genetik  distance  from  a small number of individual. Genetics 89: 583 – 590.
Nurhidayati,  R,W.  2016.  Keragaman  Genetik Kultivar  Duku  ( Lansium  parasiyicum )  K.C.
Sahni & Bennet) di Purbalingga berdasarkan Penanda RAPD.Skripsi. Universitas Jenderal Soedirman, Purwokerto. Puspitaningtyas,  D.M.  &  Wawangningrum,  H. 2007.  Keragaman Nepenthes di  suaka alam Sulasih Talang-Sumatera Barat.
Biodiversitas 8(2): 152 – 156.
Rout, G R., Bhatacharya, D., Nanda, R M., Nayak, S.,  &  Das,  P.  2003.  Evaluation  of  genetic relationship  in  Dalbergia  species  using RAPD  markers. Bioconservation 12:  197 – 206.
Song,  B.K.,  Clyde,  M.M.,  Wickneswari,  R,
&Norman,  M.N.  2000.  Genetic  relatedness among Lansium  domesticum accessions using  RAPD  markers. Annals  of  Botany 8: 299 – 307.
Tamura,  K.,  Peterson,  D.,  Peterson,  N.,  Stecher, G.,  Nei,  M.,  Kumar,  S.  2011.  MEGA5: Molecular  Evolutionary  Genetics  Analysis using  Maximum  Likelihood,  Evolutionary Distance, and Maximum Parsimony
Methods. Mol. Biol. Evol. 28: 2731 – 2739.
Williams,  J.G.K.,  Kubelik,  A.R.,  Livak,  K.J., Rafalski,  J.A.,  &  Tingey,  S.V.1990.  DNA polymorphisms amplified by arbitrary primers
are useful as genetic markers. Nucleid  Acids  Research 18:  125 – 130.