## Jurnal Pendidikan Biologi Undiksha
p-ISSN : 2599-1450 e-ISSN : 2599-1485 Volume 9 Nomor 1 Tahun 2022 Open Acces : https://ejournal.undiksha.ac.id/index.php/JJPB/index
Identifikasi  Spesies  Ikan  Pelagis  yang  Dijual  di  Pasar  Kota Denpasar  Menggunakan  Marka  Control  Region  Mitokondria (mtDNA)
Ni Putu Dian Pertiwi 1,2,*
1 Jurusan Biologi Perikanan Kelautan, Fakultas Matematikan dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Pendidikan Ganesha, Jalan Udayana 11, Singaraja, Bali, Indonesia.
2 Yayasan Biodiversitas Indonesia. Denpasar, Bali, Indonesia.
* dian.pertiwi@undiksha.ac.id; putudianpertiwi@gmail.com

## Abstract
Identification  and  inventarisation  of  fish  species  is  important  for  fisheries  data.  Information  regarding  fish  species  sold within the local markets of Denpasar city-Bali have not been collected and written as a good data, especially identification using  molecular  methods  and  comparison  between  local  name  and  species  name.  Therefore,  this  study  aims  to  identify species of pelagic fish sold within markets of Denpasar city using control region mitochondrial (mtDNA) marker. A total of 7 samples of pelagic fish were collected from 2 markets within Denpasar city, in the form of full body fish, fish that has been boiled, and boiled fish body parts. DNA samples were amplified at the control region of mtDNA, and obtained the sequence length of 508-527 bp. Identification was conducted using BLAST methods and phylogenetic analysis. The result showed that the samples were identified as 4 species, i.e. Auxis rochei, Auxis thazard, Thunnus albacares, and Thunnus obesus. Through this study, we also revealed that fish with the local name “ikan  tongkol” was the species of  Auxis rochei, Auxis thazard, Thunnus  albacares,  meanwhile  fish  known  as  the  local  name  “ikan  cakalang”  was  the  species  of  Thunnus  obesus.  The results of this study was expected to be a preliminary study about the diversity of fish sold within markets in Denpasar city, and also as the additional genetic data for pelagic fish within Bali waters. This will also  act as the additional information for the methods of fish species identification .
Keywords: pelagic fish, diversity, BLAST, phylogenetic.

## Abstrak
Identifikasi  dan  inventarisasi  spesies  –  spesies  ikan  sangat  penting  untuk  dilakukan  guna  menambah  data  perikanan. Informasi mengenai jenis – jenis ikan yang dijual di pasar di daerah Kota Denpasar-Bali, belum banyak diperoleh dan belum terdapat dengan baik, terutama menggunakan metode molekuler dan untuk membandingkan nama lokal ikan dengan nama spesies  ikan  tersebut.  Oleh  karena  itu,  penelitian  ini  bertujuan  untuk  mengidentifikasi  spesies  ikan  pelagis  yang  dijual  di Pasar Kota Denpasar menggunakan marka control region mitokondria (mtDNA). Sebanyak 7 sampel ikan pelagis dikoleksi dari 2 pasar di kawasan Kota Denpasar, dalam bentuk ikan utuh, ikan yang sudah direbus, serta potongan ikan yang telah direbus. DNA sampel diamplifikasi pada daerah control region mtDNA dan diperoleh sekuen sampel sepanjang 508-527 bp. Identifikasi  dilakukan  dengan  metode  BLAST  dan  analisis  filogenetik.  Hasil  menunjukkan  bahwa  sampel  teridentifikasi sebagai  4  spesies,  yaitu Auxis  rochei , Auxis  thazard , Thunnus  albacares ,  dan Thunnus  obesus .  Dari  penelitian  ini  juga diketahui bahwa ikan yang disebut dengan nama lokal “ikan tongkol” adalah spesies Auxis rochei , Auxis thazard , Thunnus albacares , sementara ikan yang disebut dengan nama lokal “ikan cakalang” merupakan Thunnus obesus . Hasil penelitian ini diharapkan  dapat  menjadi  suatu  studi  pendahuluan  mengenai  keanekaragaman  ikan  yang  dijual  di  pasar  di  kawasan  Kota Denpasar,  serta  menambah  informasi  genetik  dari  ikan  pelagis  di  perairan  Bali,  dan  sebagai  tambahan  informasi  bagi metode identifikasi spesies ikan.
Kata-kata kunci: ikan pelagis, keanekaragaman, BLAST, filogenetik.

## Pendahuluan
Perikanan  merupakan  komoditas  yang  sangat  penting  di  seluruh  dunia.  Menurut  data FAO,  konsumsi  ikan  di  seluruh  dunia  mengalami  peningkatan  rata  –  rata  pertahun  sebesar 3.1% dari tahun 1961 sampai 2017, dengan konsumsi mencapai 24.4 kg per kapita di negara berkembang  seperti  Indonesia  (FAO,  2020).    Tingginya  permintaan  produk  perikanan  juga harus  dibarengi  dengan  pemutakhiran  informasi  perikanan  untuk  menjaga  keberlangsungan perikanan  dan  meningkatkan  manajemen  perikanan  berkelanjutan  (Asche et  al .,  2018; Yonvitner dkk. 2020). Penelitian di bidang perikanan telah banyak dilakukan, salah satunya adalah  penelitian  mengenai  keanekaragaman  ikan  dan  identifikasi  ikan,  yang  dilakukan dengan berbagai metode, antara lain melalui pengamatan video, identifikasi melalui karakter morfologi,  dan  bahkan  dengan  melihat  variasi  genetik  pada  DNA  ikan  (Allen et  al .,  2022; Loiseau & Gaertner, 2015; Reis, et al ., 2016; Shafait et al ., 2016).
Penelitian  identifikasi  spesies  ikan  telah  dilakukan  di  perairan  Indonesia  (Fitrah  dkk, 2016; Nugroho & Rahayu, 2015; Pramono dkk, 2017), termasuk terhadap ikan pelagis yang didaratkan di beberapa Pasar dan Pusat Pendaratan Ikan (Babe dkk, 2021; Lubis dkk, 2021). Walaupun  inventarisasi  dan  identifikasi  ikan  pelagis  telah  dilakukan  di  beberapa  wilayah, namun  terkadang  setiap  wilayah  memiliki  penamaan  lokal  yang  berbeda  pada  jenis  ikan tangkapan  di  daerah  tersebut.  Perbedaan  nama  lokal  ini,  seringkali  menimbulkan kebingungan,  terutama  pada  jenis  ikan  yang  mempunyai  kemiripan  dalam  karakter morfologinya,  seperti  contohnya  ikan  kelompok  scombridae.  Ikan  kelompok  scombridae merupakan ikan yang telah dikenal luas sebagai ikan konsumsi dan olahraga, dan termasuk di antaranya adalah famili dari ikan jenis makarel, tuna, dan bonito. Sebagian besar scombridae merupakan  ikan  pelagis,  namun  beberapa  spesiesnya  merupakan  ikan  yang  ditemukan  di dekat  pesisir  pantai  (Collete et  al .,  2019).  Ikan  –  ikan  ini  seringkali  sulit  dibedakan  antar spesiesnya,  terutama  apabila  dibandingkan  antar  satu  bangsa  ( tribe )  yang  sama.  Identifikasi hanya dengan mengamati karakter morfologi terkadang sulit untuk dilakukan, terutama pada ikan  –  ikan  yang  telah  ditangkap  dan  disimpan  dalam  waktu  yang  lama.  Selain  itu,  ikan  – ikan yang dijual di pasar biasanya dalam bentuk yang sudah diproses (direbus, dikeringkan, ataupun dalam bentuk potongan tubuh). Hal ini juga dapat menyulitkan  proses inventarisasi dan identifikasi spesies.
Salah  satu  solusi  yang  telah  banyak  digunakan  dalam  penelitian  identifikasi  spesies adalah  dengan  menggunakan  metode  uji  DNA  molekuler  dengan  menggunakan  DNA barcoding dan analisis filogenetik. Beberapa penelitian menyatakan bahwa hasil dari metode ini dapat dipercaya dan dapat diandalkan dalam mengidentifikasi spesies ikan, bahkan hanya dari  potongan  tubuh  sekalipun  (Astarini et  al ,  2021; Pertiwi et  al .,  2020; Sembiring et  al . 2015).  Oleh  karena  itu,  penelitian  ini  bertujuan  untuk  mengidentifikasi  spesies  ikan  pelagis yang  dijual  di  Pasar  Kota  Denpasar  menggunakan  marka control  region mitokondria (mtDNA). Penelitian ini diharapkan dapat memberikan tambahan informasi mengenai spesies ikan  pelagis  yang  dijual  di  wilayah  Indonesia,  serta  sebagai  tambahan  data  variasi  genetik ikan pelagis yang ditangkap di wilayah perairan Indonesia.

## Metode
Pada  penelitian  ini,  sebanyak  7  sampel  dikoleksi  dari  dua  pasar  di  kawasan  Kota Denpasar,  yaitu  Pasar  Yadnya-Kesiman  dan  Pasar  Kumbasari  (Gambar  1).  Sampel  yang dikoleksi merupakan ikan pelagis dalam bentuk ikan utuh dan ikan yang telah direbus.  Satu sampel merupakan potongan ikan yang telah direbus (BIO0602001), 1 sampel dalam bentuk ikan utuh yang direbus (BIO0603001), dan lima sampel merupakan ikan utuh (BIO0604001- BIO0607002). Pada penelitian ini, berdasarkan informasi dari pedagang yang menjual ikan – ikan  tersebut,  peneliti  mendapatkan  informasi  mengenai  nama  lokal  dari  sampel  tersebut. Lima sampel ikan utuh serta ikan utuh yang direbus disebut dengan nama lokal ikan tongkol
(BIO0603001-BIO0607002), sedangkan sampel potongan ikan yang direbus disebut dengan ikan cakalang (BIO0602001).

## Gambar 1. Peta lokasi sampling
Uji  DNA  molekuler  dilakukan  terhadap  bagian  sirip  pektoral  kanan  ikan  utuh,  serta bagian  daging  dari  sampel  ikan  rebus.  Jaringan  sampel  diambil  sebanyak  +  2  mm  untuk digunakan  dalam  proses  ekstraksi  DNA.  Ekstraksi  dilakukan  dengan  menggunakan  larutan chelex 10%  (Walsh et  al .,  1991).  DNA  hasil  ekstraksi  digunakan  sebagai template pada proses  amplifikasi  DNA  pada  bagian control  region mitokondria  (mtDNA).  Amplifikasi dilakukan  dengan  menggunakan  metode  PCR  ( Polymerase  Chain  Reaction )  dengan primer forward – CRK (5’-agc tca gcg cca gag cgc cgg tct tgt aaa-3’) dan primer reverse – CRE (5’- cct gaa gta gga acc aga tg-3’) (Lee et al .,1995). Amplifikasi dilakukan dengan menggunakan parameter berikut: pre-denaturasi 94 o C selama 10 detik, dilanjutkan dengan denaturasi 94 o C selama  15  detik, annealing 50 o C  selama  30  detik, extensiton 72 o C  selama  45  detik  yang diulang  sebanyak  38  siklus  dan  diakhiri  dengan post-extension pada  72 o C  selama  5  menit. DNA  hasil  amplifikasi  divisualisasi  dengan  menggunakan  elektroforesis  pada  gel  agarosa 1%.  Produk  yang  berhasil  diamplifikasi  kemudian  dikirim  ke  fasillitas  DNA  sekuensing untuk  mendapatkan  urutan  nukleotida  (sekuen).  DNA  sekuensing  dilakukan  menggunakan metode big dye chain termination ( sanger sequencing ).
Urutan DNA sekuen sampel diedit menggunakan program MEGAX  dan disejajarkan dengan  CLUSTALW  (Kumar et  al .,  2018).  Sekuen  kemudian  dibandingkan  dengan  data pada basis data genbank dengan menggunakan program BLAST (https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/).  Sekuen genbank dengan accession no. LC498003 ( Thunnus obesus ),  AB107081  ( Auxis  rochei ),  AB107082  ( Auxis  thazard ),  KM  588080  ( Thunnus albacares ),  dan  KM261643  ( Thunnus  albacares )  digunakan  sebagai  pembanding  dalam analisis  pohon  filogenetik.  Analisis  filogenetik  dilakukan  menggunakan  metode Neighbor- Joining dengan  model p-distance dan  boostrap  1000  pengulangan.  Jarak  genetik  antara sekuen  sampel  dan  data  pembanding  dihitung  menggunakan  metode p-distance pada MEGAX.

## Hasil dan Pembahasan
Hasil  penelitian  pada  7  sampel  ikan  pelagis  yang  dikoleksi  di  Pasar  Yadnya-Kesiman dan  Pasar  Kumbasari  menunjukan  bahwa  sampel  tersebut  berhasil  diamplifikasi  dengan menggunakan  metode  PCR,  termasuk  sampel  dalam  bentuk  ikan  utuh  maupun  ikan  yang sudah direbus. Hasil ini juga menunjukkan bahwa DNA masih dapat diperoleh dari jaringan walaupun jaringan tersebut sudah mengalami proses pemanasan. Penelitian lain yang serupa pada  hiu  (Sembiring et  al ,  2015),  penyu  (Pertiwi et  al .,  2020),  dan  bahkan  pada  makanan hewan  peliharaan  dan  produk  kecantikan  (Cardenosa,  2019)  juga  mendapatkan  hasil  bahwa DNA masih  dapat  diperoleh dari jaringan yang telah mengalami  proses pemanasan maupun pengeringan.  Namun,  tidak  seluruh  jaringan  yang  telah  mengalami  kerusakan  masih  dapat diperoleh  DNA-nya.  Hal  ini  dapat  disebabkan  oleh  perbedaan  kerusakan  pada  jaringan, sehingga mempengaruhi kualitas DNA di dalamnya (Golenberg et al ., 1996).
Hasil  sekuensing  pada  uji  DNA  molekuler  menunjukkan  hasil  panjang  basa  DNA sampel  berkisar  antara  508  –  527  bp  ( base  pairs ).  Panjang  basa  ini  sesuai  dengan  panjang basa  yang  biasanya  diperoleh  dari  uji  sekuensing  dengan  menggunakan  primer  yang  sama (Allen et  al .,  2022;  Astarini et  al .,  2021).  Sekuen  DNA  sampel  dalam  penelitian  ini  telah disimpan pada database Genbank dengan accession no. OM993540-OM993546. Identifikasi  spesies  dilakukan  dengan  metode  BLAST  ( Basic  Local  Alignment  Search Tool )  dari  Genbank  (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/),  serta  dengan  menggunakan analisis pohon filogenetik. Hasil BLAST ditunjukkan seperti pada Tabel 1.
Tabel 1. Hasil identifikasi spesies dengan BLAST
No. ID Sampel Hasil identifikasi Accession No. Genbank Persentase kesamaan (% ident.) Query cover (%) 1 BIO0602001 Thunnus obesus LC498003 99.81 100 2 BIO0603001 Auxis rochei AB107081 98.01 99 3 BIO0604001 Auxis thazard AB107082 97.23 99 4 BIO0605001 Thunnus albacares KM588080 99.04 100 5 BIO0606001 Thunnus albacares KM261643 98.84 99 6 BIO0607001 Auxis rochei AB107081 98.01 99 7 BIO0607002 Auxis rochei AB107075 98.01 99
Dari hasil identifikasi BLAST ditunjukkan bahwa ketujuh sampel yang dikoleksi merupakan 4  spesies  ikan  pelagis  yang  berbeda,  antara  lain Thunnus  obesus ( big  eye  tuna /tuna  mata besar), Auxis  rochei ( bullet  tuna /tongkol  lisong), Auxis  thazard ( frigate  tuna / frigate mackerel /tongkol  krai),  serta Thunnus  albacares ( yellow  fin  tuna /tuna  ekor  kuning).  Hasil identifikasi  dengan  metode  ini  juga  menunjukkan  nilai  perbandingan  yang  tinggi  antara sampel dengan data sekuen pada genbank. Hal ini dilihat dari nilai persentase kesamaan (% identity )  yang  menunjukkan  nilai  diatas  97%,  dan  persentase  nilai query  cover yang menunjukkan  nilai  99%  dan  100%.  Persentase  kesamaan  (% identity ) menunjukkan persentase  jumlah  nukleotida  yang  sama  antara  sampel  dan  sekuen  pembanding,  sementara query  cover menunjukkan  kesamaan  panjang  nukleotida  antara  sampel  dan  sekuen pembanding  (Newell et  al .,  2013).  Pada  beberapa  penelitian,  nilai cut  off yang  digunakan sebagai batas penentuan satu spesies yang sama, dapat berbeda tergantung dari jenis spesies dan ketersediaan data pembanding (Abdullah & Rehbein, 2016, DeSalle & Goldstain, 2019; Sembiring et al ., 2015). Oleh karena itu, dapat dinyatakan bahwa data urutan nukleotida pada sampel  penelitian  ini,  mempunyai  tingkat  kemiripan  yang  sangat  tinggi  dengan  data nukleotida pembanding dari genbank, dan dapat dianggap sebagai spesies yang sama dengan sekuen pembanding.
Analisis filogenetik dilakukan untuk memperkuat hasil identifikasi yang telah diperoleh dari  hasil  BLAST.  Sekuen  hasil  BLAST  digunakan  sebagai  pembanding  dalam  analisis filogenetik,  yaitu: A.  rochei (AB107081,  AB107075), A.  thazard (AB107082), T.  obesus (LC498003), dan T. Albacares (KM588080, KM261643).
Gambar 2. Pohon filogenetik dengan analisis metode Neighbor-Joining dan model p- distance , serta boostrap 1000 pengulangan.
Hasil analisis filogenetik menunjukkan adanya empat pengelompokan sampel yang dituliskan di dalam pohon filogenetik sebagai clade . Masing – masing clade merepresentasikan masing – masing spesies, yaitu clade I adalah spesies A. rochei , clade II adalah A. thazard , clade III adalah T. obesus, dan clade IV adalah T. albacares . Pengelompokkan ini didukung oleh nilai boostrap  yang  menunjukkan  nilai  yang  tinggi  (99-100)  pada  masing  –  masing  percabangan clade .  Nilai  boostrap  merupakan  proporsi  pengulangan  yang  membentuk  percabangan  dari suatu clade . Percabangan dengan nilai boostrap yang tinggi (nilai boostrap >90%) dianggap sebagai  satu clade yang  sama  dan  dinyatakan  sebagai  satu  spesies  yang  sama  (Russo  & Selvatti, 2018).
Percabangan pohon filogenetik menunjukkan kedekatan suatu sampel yang dilihat dari nilai jarak genetiknya. Jarak genetik dihitung dari persamaan dan perbedaan nukleotida antar sampel, yang dianalisis dengan suatu algoritme tertentu (Nei, 2013). Hasil perhitungan jarak genetik  terhadap  sampel  menunjukkan  nilai  sebagai  berikut:  (a)  jarak  genetik  sampel  pada clade  I adalah  sebesar  0.018-0.039;  (b)  jarak  genetik  sampel  pada clade  II adalah  sebesar 0.033; (c) jarak genetik sampel pada clade III adalah sebesar 0.002; (d) jarak genetik sampel pada clade IV adalah sebesar 0.010-0.023. Pada beberapa spesies ikan, jarak genetik dengan nilai  0-0.223  masih  dianggap  sebagai  satu clade dan  satu  spesies  yang  sama  (Allen et  al .,
2022; Ardiana et al , 2021; Romdon et al ., 2020)
Dari  hasil  analisis  tersebut  dapat  dinyatakan  bahwa  sampel  yang  termasuk  ke  dalam clade  I yaitu  sampel  dengan  ID  BIO0603001,  BIO0607001,  dan  BIO0607002  merupakan spesies A. rochei ; sedangkan sampel dengan ID BIO0604001 yang termasuk ke dalam clade II merupakan  spesies A.  thazard .  Sampel  BIO0602001  yang  termasuk  ke  dalam clade  III merupakan  spesies T.  obesus ,  dan  sampel  BIO0605001  serta  BIO060601  yang  termasuk  ke
dalam clade  IV merupakan  spesies T.  albacares .  Hasil  identifikasi  ini  sesuai  dengan  hasil identifikasi  spesies  yang  diperoleh  dengan  menggunakan  analisis  BLAST.  Oleh  karena  itu, dapat  diketahui  bahwa  ikan  pelagis  yang  ditemukan  dan  dijual  di  2  pasar  di  kawasan  Kota Denpasar  adalah Auxis  rochei , Auxis  thazard , Thunnus  albacares ,  dan Thunnus  obesus . Selain  itu,  ikan  yang  disebut  pedagang  sebagai  ikan  tongkol  (BIO0603001-BIO0607002) adalah spesies A. rochei , A. thazard , dan T. albacares , sementara ikan yang disebut dengan nama lokal ikan cakalang (BIO0602001) adalah spesies T. obesus .
Hasil  penelitian  ini  diharapkan  dapat  menjadi  suatu  studi  pendahuluan  mengenai keanekaragaman ikan yang dijual di pasar di kawasan Kota Denpasar pada khususnya dan di Pulau Bali secara umum. Serta menambah informasi mengenai data variasi genetik dari ikan pelagis  yang  ditangkap  di  wilayah  perairan  Indonesia.  Selain  itu,  penelitian  ini  diharapkan dapat  memberikan  manfaat  mengenai  metode  identifikasi  spesies  ikan,  terutama  bagi  ikan yang tidak dapat diidentifikasi hanya dengan menggunakan karakter morfologi.

## Penutup
Pada  penelitian  ini,  ikan  pelagis  yang  dijual  di  Pasar  Kota  Denpasar  teridentifikasi sebagai  empat spesies yang berbeda, yaitu Auxis  rochei , Auxis thazard , Thunnus albacares , dan Thunnus obesus . Jenis ikan pada penelitian yang disebut dengan nama lokal ikan tongkol adalah spesies A. rochei , A. thazard , dan T. albacares , sementara ikan yang disebut dengan nama  lokal  ikan  cakalang  adalah  spesies T.  obesus .  Berdasarkan  hasil  penelitian  ini  dapat disimpulkan  bahwa  penggunaan  marka control  region mitokondria  (mtDNA)  dapat digunakan  untuk  mengidentifikasi  spesies  ikan  pelagis  dengan  baik,  baik  pada  ikan  utuh maupun  potongan  tubuh  ikan  yang  sudah  diproses.  Penelitian  lanjutan  untuk menginventarisasi dan mengidentifikasi spesies di wilayah Indonesia masih  perlu dilakukan baik  pada  ikan  pelagis,  demersal  maupun  pada  jenis  produk  perikanan  lainnya  untuk pendataan informasi dan manajemen perikanan berkelanjutan yang lebih baik.

## Ucapan Terima Kasih
Penelitian  ini  didukung  oleh Partnership  for  Enhanced  Engagement  in  Research (PEER) Science  Program (AID-OAA-A-11-00012)  yang  didanai  oleh the  United  States Agency for International Development (USAID). Penulis mengucapkan terima kasih kepada para  peneliti  di  Yayasan  Biodiversitas  Indonesia  (Andrianus  Sembiring,  Ni  Luh  Astria Yusmalinda, M. Danie al Malik, Enex Yuniartiningsih), I Gusti Ricca Mahatma Putri, serta Ibu  Ida  Ayu  Astarini yang  telah  membantu  dan  memberikan  dukungan  dalam  penyelesaian penelitian ini.

## Daftar Pustaka
Abdullah,  A.,  &  Rehbein,  H.  (2016).  DNA  Barcoding  for  The  Species  Identification  of Commercially  Important  Fishery  Products  in  Indonesian  Markets. International Journal of Food
Science
and Technology , 52(1), 266-274. https://doi.org/10.1111/ijfs.13278.
Allen, G.R.,  Erdmann, M.W., &  Pertiwi, N.P.D. (2022). Description of Three New Species of Damselfish Belonging to the Pomacentrus philippinus Group (Pomacentridae) from Melanesia  and  the  Eastern  and  Central  Indian  Ocean. Aqua,  International  Journal  of Ichtiology , 28(1), 1-26.
Asche, F., Garlock, T.M., Anderson, J.L., Bush, S.R., Smith, M.D., Anderson, C.M., Chu, J., Garrett,  K.A.,  Lem,  A.,  Lorenzen,  K.,  Oglend,  A.,  Tveteras,  S.,  &  Vannuccini,  S. (2018).  Three  Pillars  of  Sustainability  in  Fisheries. PNAS ,  115(44),  11221-11225. https://doi.org/10.1073/pnas.1807677115.
Astarini, I.A., Ningsih, E.Y., Simanungkalit, D., Ardiana, S.A., Malik, M.D.A., Yusmalinda, N.L.A.,  Sembiring,  A.,  Pertiwi,  N.P.D.,  Cahyani,  N.K.D.,  &  Collins,  A.  (2021). Genetic Variation of Longtail  Tuna Thunnus tonggol Landed in  Four Fish  Markets  in Indonesia  based  on  Mitochondrial  DNA. Biodiversitas ,  22(4),  1644-1651.  DOI: 10.13057/biodiv/d220408.
Babe, B.Y., Erfin, L., &  Yohanista, M. (2021). Identifikasi  Jenis  –  jenis Ikan Pelagis Kecil yang  Ada  di  Pasar  Alok  dan  Pasar  Wuring,  Kabupaten  Sikka. Aquanipa-Jurnal  Ilmu Kelautan dan Perikanan , 3(2), 1-18.
Cardenosa,  D.  (2019).  Genetic  Identification  of  Threatened  Shark  Species  in  Pet  Food  and Beuty Care Products.
Conservation
Genetics , 20, 1383-1387. https://doi.org/10.1007/s10592-019-01221-0.
Collette,  B.,  Graves,  J.,  &  Kells,  V.A.  (2019). Tunas  and  Billfishes  of  the  World .  Johns Hopkins University Press. USA.
DeSalle, R., & Goldstein, P. (2019). Review and Interpretation of Trends in DNA Barcoding . Frontiers in Ecology and Evolution . 7, 302. doi: 10.3389/fevo.2019.00302. FAO. (2020). The State of World Fisheries and Aquaculture 2020 . Sustainability in Action . Rome. https://doi.org/10.4060/ca9229en.
Fitrah, S.S., Dewiyanti, I., &  Rizwan, T.  (2016). Identifikasi  Jenis  Ikan di  Perairan Laguna Gampoeng Pulot Kecamatan Leupung Aceh Besar. Jurnal Ilmiah Mahasiswa Kelautan Perikanan Unsyiah , 1(1), 66-81.
Golenberg,  E.M.,  Bickel,  A.,  &  Weihs,  P.  (1996).  Effect  of  Highly  Fragmented  DNA  on
PCR. Nucleic Acids Research , 24(24), 5026-5033.
https://doi.org/10.1093/nar/24.24.5026.
Kumar,  S.,  Stecher,  G.,  Li,  M.,  Knyaz,  C.,  &  Tamura,  K.  (2018).  Mega  X:  Molecular Evolutionary  Genetic  Analysis  Across  Computing  Platform .  Molecular  Biology Evolution , 35(6), 1547-1549. DOI: 10.1093/molbev/msy096.
Lee,  W.,  Conroy,  J.,  Howell,  W.H.,  &  Kocher,  T.D.,  1995.  Structure  and  Evolution  of Teleost Mitochondrial Control Regions. Journal of Molecular Evolution , 41, 54-66. Loiseau, N., & Gaertner, J. (2015). Indices for Assessing Coral Reef Fish Biodiversity: The Need  for  A  Change  in  Habits .  Ecology  and  Evolution ,  5(18),  4018-4027.  doi: 10.1002/ece3.1619.
Lubis, E.K., Sinaga, T.Y., & Susiana. (2021). Inventarisasi  Ikan Demersal dan Ikan Pelagis yang  Didaratkan  di  PPI  Kijang  Kecamatan  Bintan  Timur  Kabupaten  Bintan. Jurnal Akuatiklestari , 4(2), 47-57. Doi: https://doi.org/10.31629/akuatiklestari.v4i2.2536. Nei,  M.  (2013). Genetic  Distance.  Brenner’s  Encyclopedia  of  Genetics  (Second  Edition). Academic  Press.  Pages  248-250.  ISBN.  780080961569.  https://doi.org/10.1016/B978- 0-12-374984-0.00615-X.
Newell, P.D., Fricker, A.D., Roco, C.A., Chandrangsu, P., & Merkel, S.M. (2013). A Small- Group  Activity  Introducing  the  Use  and  Interpretation  of  BLAST. Journal  of Microbiology & Biology Education . 14(2), 238-243. doi: 10.1128/jmbe.v14i2.637. Nugroho,  E.D.,  &  Rahayu,  D.A.  (2015).  Status  Taksonomi  Ikan  Nomei  dari  Perairan Tarakan, Kalimantan Utara berdasarkan Gen 16S Rrna sebagai Upaya Konservasi Ikan Laut Lokal Indonesia.
Pertiwi,  N.P.D.,  Suhendro,  M.D.,  Yusmalinda,  N.L.A.,  Putra,  I.N.G.,  Putri,  I.G.R.M., Artiningsih, E.Y., Malik, M.D.A., Cahyani, N.K.D., & Sembiring, A. (2020). Forensic Genetic  Case  Study:  Species  Identification  and  Traceability  of  Sea  Turtle  Caught  in Illegal  Trade  in  Bali,  Indonesia. Biodiversitas ,  21(9),  4276-4283.  DOI: 10.13057/biodiv/d210945.
Pramono,  T.B.,  Arfati,  D.,  Widodo,  M.S.,  &  Yanuhar,  U.  (2017).  Identifikasi  Ikan  Genus Mystus  dengan  Pendekatan  Genetik. Jurnal  Sumberdaya  Akuatik  Indopasifik ,  1(2), 123-132.
Reis,  R.E.,  Albert,  J.S.,  Darios,  F.D.,  Mincarone,  M.M.,  Pertry,  P.,  &  Rocha,  L.A.  (2016). Fish Biodiversity and Conservation in South America. Journal of Fish Biology , 89, 12- 47. doi:10.1111/jfb.13016.
Romdon,  A.,  Sembiring,  A.,  Pertiwi,  N.P.D.,  Malik,  M.D.A.,  Pay,  L.,  Hehuwat,  Y.,  & Satrioajie,  W.N.  (2020).  Description  and  Identification  of  Tuna  Larvae  Based  On Genetic  and  Morphological  Analysis. IOP  Conference  Series:  Earth  and Environmental Science , 618. doi:10.1088/1755-1315/618/1/012035.
Russo,  C.A.D.M.,  &  Selvatti,  A.P.  (2018).  Bootstrap  and  Rogue  Identification  Tests  for Phylogenetic  Analysis. Molecular  Biology  and  Evolution ,  35(9),  2327-2333. https://doi.org/10.1093/molbev/msy118.
Sembiring,  A.,  Pertiwi,  N.P.D.,  Mahardini,  A.,  Wulandari,  R.,  Kurniasih,  E.M.,  Kuncoro, A.W.,  Cahyani,  N.K.D.,  Anggoro,  A.W.,  Ulfa,  M.,  Maduppa,  H.,  Carpenter,  K.E., Barber,  P.H.,  &  Mahardika,  G.N.  (2015).  Short  Communication:  DNA  Barcoding Reveals  Targeted  Fisheries  for  Endangered  Sharks  in  Indonesia. Fisheries  Research , 164, 130-234. http://dx.doi.org/10.1016/j.fishres.2014.11.003.
Shafait, F., Mian,  A., Shortis,  M.,  Ghanes, B., Culverhouse, P.F., Edgington,  D., Cline, D., Ravanbanksh,  M.,  Saeger,  J.,  &  Harvey,  E.S.  (2016).  Fish  Identification  from  Videos Captured in Uncontrolled Underwater Environments. ICES Journal of Marine Science , 73(10), 2737-2747. doi:10.1093/icesjms/fsw106.
Walsh,  P.S.,  Metzger,  D.A.,  &  Higuchi,  R.  (1991).  Chelex-100  as  A  Medium  for  Simple Extraction of DNA for PCR Based Typing from Forensic Material. Biotechniques , 10, 506-513.
Yonvitner,  Boer,  M.,  &  Kurni,  R.  (2020).  Kajian  Tingkat  Efektifitas  Perikanan  untuk Pengembangan  secara  Berkelanjutan  di  Provinsi  Banten. Jurnal  Kebijakan  Perikanan Indonesia , 12(2), 35-46. DOI: http://dx.doi.org/10.15578/jkpi.12.1.2020.35-46.