## PEMANFAATAN GEN 16S rRNA SEBAGAI PERANGKAT IDENTIFIKASI BAKTERI UNTUK PENELITIAN-PENELITIAN DI INDONESIA
Claudia Valleria Akihary 1) , Beivy Jonathan Kolondam 1)
1) Program Studi Biologi FMIPA UNSRAT Manado, 95115

## ABSTRACT
The 16S rRNA gene has hyper variable region and different for one bacterial species to another. The gene is being used as research tool to help for accurate identification of bacteria in many fields in Indonesia. As a useful tool, the 16S rRNA gene sequence is important as to explore the potencies of a bacterial  species.  Sequencing  of  this  gene  is  very  useful  for  research  in  clinical  study,  fisheries, marine science, agricultural science, and animal husbandry in Indonesia.
Keywords : 16S rRNA gene, research tool, bacteria, Indonesia

## ABSTRAK
Gen  16S  rRNA  memiliki  region  yang  sangat  bervariasi  dan  berbeda  setiap  spesies  bakteri. Penggunaannya sebagai  perangkat penelitian, gen 16S rRNA telah banyak membantu dalam proses identifikasi  berbagai  jenis  bakteri  secara  akurat  untuk  berbagai  penelitian  di  Indonesia.  Gen  16S rRNA  tidak  hanya  dapat  mengidentifikasi  tetapi  dapat  dijadikan  arahan  dalam  mengetahui  potensi suatu  bakteri.  Sekuensing  gen  16S  rRNA  telah  digunakan  secara  luas  untuk  penelitian  di  bidang klinis, perikanan, kelautan, pertanian dan peternakan di Indonesia.
Kata Kunci: Gen 16S rRNA, perangkat penelitian, Bakteri, Indonesia.

## PENDAHULUAN
Gen 16S rRNA merupakan bagian dari prokariot  yang  memiliki  bagian  yang  bersifat “terkonsevasi”  ( conserved ).  Selain  gen  ini, dikenal  juga  beberapa  nukleotida  lain  yaitu gen  5S  rRNA  dan  gen  23S  rRNA  yang  juga digunakan  dalam  pengidentifikasian  namun dinilai  sulit  dalam  analisis.  Gen  5S  rRNA memiliki  panjang  ~120  nt.  Pada  prokariotik, 5S  rRNA  mengikat  pada  protein  ribosomal: L5, L18, L25. 5S rRNA jika dijadikan metode dalam  mengidentifikasi  dinilai  sangat  sulit. Hal  ini  dikarenakan  terlalu  kecil  dan  dalam beberapa  kasus  pada  Archae  dan  Prokariot didapati  5S  rRNA  bermodifikasi  sehingga tidak  akurat  jika  dilakukan  analisis  filogenik. Gen  23S  rRNA  memiliki  2900  basa  dan  juga dinilai  menyulitkan  analisis  statistika,  karena memiliki  struktur  tersier  dan  sekunder  yang cukup panjang (Jusuf, 2001).
Dalam  pemanfataanya,  gen  16S  rRNA banyak  digunakan  dalam  berbagai  bidang terkait dengan keuntungannya  terutama dalam hal  identifikasi.  Gen  ini  memiliki  banyak sekali manfaat sehingga dijadikan sebagai Gen Penanda.  Gen  16S  rRNA  telah  banyak digunakan  di  berbagai  bidang  penelitian maupun  untuk  tujuan  praktis  karena  dinilai cepat dan praktis.

## KELEBIHAN  DAN  KEKURANGAN  METODE IDENTIFIKASI      MENGGUNAKAN  GEN  16S rRNA
Pemanfaatan  gen  16S  rRNA  untuk metode  deteksi  molekuler  dianggap  memiliki tingkat  diskriminasi  yang  rendah  karena sebagian  besar  hasil  runutan  DNA  16S  rRNA menunjukkan adanya kesamaan yang tinggi di dalam  satu  spesies.  Apabila  homolgi  sekuen 16S  rRNA  menunjukkan  <97.5%  dapat dikatakan  sebagai  spesies  yang  berbeda  atau novel  spesies (Stackbrant  dan  Gobel,  1994). Dengan  metode  gen  16S  rRNA  dapat digunakan untuk identifikasi jika didapati sulit untuk mengidentifikasi bakteri secara fisiologi.  Selain  identifikasi  secara  fisiologis, uji  biokimia  juga  bila  dirasa  tidak  dapat dikenali  maka  metode  ini  dapat  dijadikan sebagai alternatif (Janda dan Abbott, 2007).
Menurut  Pangastuti  (2006),  gen  16S rRNA memiliki berbagai keunggulan yaitu (1) Bersifat  ubikuitas  dengan  fungsinya  yang bersifat identik pada setiap organisme; (2) Gen 16S  rRNA  dapat  berubah  sesuai  jarak evolusinya  sehingga  dapat  digunakan  sebagai kronometer  evolusi;  (3)  Gen  16S  rRNA memiliki  bagian  yang  bersifat  konservatif untuk mengontruksi pohon filogenetik universal;  (4)  Memiliki  bagian hyper  variable region yang memudahkan untuk mengidentifikasi  jenis  bakteri.  Keuntungan dari  Gen  16S  rRNA,  berdasarkan  penelitian Dewa et  al. (2015),  yaitu  dapat  melihat kemiripan  antar  spesies  bakteri.  Kemiripan yang didapati antar spesies dengan metode ini yaitu 99%. Kemiripan yang didapat juga dapat di  kelompokkan  dalam  dua  kelompok  yaitu kemiripan  yang  cukup  tinggi  dan  kemiripan yang  cukup  jauh  (rendah).  Dengan  metode Gen  16S  rRNA,  suatu  genus  dikatakan  mirip apabila memiliki kemiripan 97% dan dikatakan satu spesies apabila kemiripan yang diperoleh 99% (Petti, 2007).
Dilihat  dari  keuntungannya,  gen  16S rRNA  nyatanya  sangat  efektif  digunakan karena  memiliki  keakuratan  yang  tinggi  dan juga tidak memakan waktu dalam pengidentifikasiannya.  Sama  halnya  dengan metode-metode  lainnya,  metode  ini  memiliki kekurangan dalam beberapa hal. Kekurangannya  ini  didapati  melalui  beberapa penelitian  yang  menggunakan  penelitian  dan mendapati kendala.
Kekurangan  pertama,  gen  16S  rRNA memiliki  morfologi  yang  sama  walaupun spesies berbeda. Walaupun telah diidentifikasi secara  molekuler,  belum  dapat  menjamin morfologi  atau  fenotip  yang  diamati  akan sama.  Melalui  penelitian  Napitupulu et  al. (2019),  yang  berbeda  dalam  hal  ciri-ciri (ukuran, warna, elevation , dan bentuk koloninya) akan tetapi diidentifikasi tergolong dalam  genus bakteri  yang sama  yaitu Basillus sp. Ketidaksama fenotip juga dapat disebabkan karena  penggunaan  metode.  Metode  fenotip apabila dilakukan berulang-ulang akan memberikan hasil yang berbeda pula. Berdasarkan  penelitian  Nurkanto  dan  Agusta (2015),  spesies  yang  didapatinya  memiliki
perbedaan berdasarkan warna koloni, kemampuan  asimilasi  gula,  toleransi  salinitas dan  pH  juga  resisten  beberapa  antibiotic. Walaupun  secara  molekuler  menggunakan metode  16S  rRNA,  sekuen  gen  dari  kedua bakteri tersebut identik.
Kekurangan kedua, diperlukan beberapa  langkah  untuk  menggabungkan identifikasi  secara  fenotip,  genotip  dan informasi  filogenik.  Melalui  penelitian  yang dilakukan oleh Suryadi et al. (2013), diperoleh tujuh  isolat  yang  enam  diantaranya  diprediksi berpeluang  sebagai novel  spesies .  Keenam isolat  tersebut  memiliki  kemiripan  morfologi dan  sekuen,  sehingga  perlu  ditambahkan langkah  selanjutnya  yaitu  metode  polifasik. Metode polifasik ini dianggap lebih akurat dan terpercaya  karena  prinsip  dari  metode  ini adalah  menggabungkan  semua  informasi fenotip,  genotip  dan  informasi  filogenik  yang diperoleh.
Polifasik merupakan pendekatan sistematik  mikroba  seperti  bakteri  baiknya menggunakan  metode  ini  (Idramsa,  2013). Polifasik  ini  menggunakan  atau  berdasarkan informasi  sekuen  gen  16S  rRNA  yang dijadikan  dasar  dalam  pengidentifikasian  dan validasi  dengan  mengamati  banyak  karakter fenotik,  genotik  ( G+C content ,  DNA-DNA similarity dan  DNA-rRNA similiarity) dan kemotaksonomi (Idramsa, 2013).

## PEMANFAATAN  SEKUENSING  16S  rRNA UNTUK PENELITIAN  DI  INDONESIA

## Bidang Klinis
Di  bidang  klinis,  metode  16S  rRNA termasuk  sebagai  prosedur  dalam  diagnosis suatu  penyakit.  Metode  16S  rRNA  sebagai diagnosis  suatu  penyakit  memang  belum banyak  digunakan  terkait  dengan  biaya pemeriksaan  yang  mahal.  Jika  dilihat  dari spesifitas  dan  sensitivitasnya  yang  tinggi, metode  ini  dinilai  sangat  akurat  dan  cepat dalam  hal  mengidentifikasi  berbagai  sampel klinis (Rinanda, 2011).
Menurut Nolte (2008),
mengidentifikasi bakteri dari saluran pernapasan  tidak  akurat  jika  menggunakan metode  mikrobiologi  konvensional.  Menurut Rinanda  (2011),  pendekatan  molekuler  dinilai
tepat  dan  akurat  dibandingkan  metode mikrobiologi konvesional.
Sehingga
mikrobiologi konvesional tidak lagi dimasukkan dalam pedoman penatalaksanaan.
Berdasarkan  penelitian  Radji et  al. (2010),  identifikasi  bakteri E.  coli secara konvesional  melalui  uji  biokimia  memakan waktu  yang  lama  dan  cenderung  sulit dilakukan.  Penelitian  Sikome et  al. (2018), mendapati  jenis  bakteri  pada  penderita  ISK (Infeksi  Saluran  Kencing)  yaitu Klebsiella pneumonia .  Bakteri  ini  didapat  dengan mengamplifikasi  gen  16S  rRNA  dengan tingkat kemiripan 99%.
Bakteri  dapat  ditemukan  di  mana  saja misalnya di  tanah, udara, air bahkan di  dalam tubuh organisme. Bahkan di tempat yang tidak diduga  seperti  pada  spons  untuk  mencuci piring. Spons yang sering digunakan mempunyai  kemungkinan  terdapat  bakteri- bakteri  penyebab  penyakit  yang  berbahaya bagi  manusia.  Penelitian  Gaffar et  al. (2014) mendapati  bakteri E.  coli sebagai  bakteri pathogen  penyebab  penyakit  pada  spons  cuci piring.  Gen  bakteri  ini  berhasil  diamplifikasi pada  panjang  fragmen  gen  16S  rRNA mendekati 1400 bp.

## Bidang Perikanan dan Kelautan
Di  bidang  kelautan  dan  perikanan, beberapa  penelitian  menggunakan  Gen  16S rRNA  telah  banyak  dilakukan.  Umumnya penelitian  di  bidang  ini  bertujuan  untuk mengidentifikasi beberapa bakteri  yang bukan hanya  dapat  menyebabkan  penyakit  tetapi dapat  menghasilkan  metabolit  yang  dapat dimanfaatkan kembali di berbagai bidang.
Dari  penelitian  Ramadhan et  al . (2016),  dijelaskan  bahwa  bakteri  yang diidentifikasi merupakan bakteri yang bersimbiosis  dengan  beberapa  makroalga  dan dapat menghasilkan enzim selulase. Enzim ini umumnya  dapat  ditemui  di  alam  dan  dapat digunakan  seperti  untuk  produksi  bioethanol. Dengan ditemui bakteri yang dapat mengsekresikan  enzim  selulase  ini  pada substratnya diharapkan produksi enzim tersebut lebih optimal. Untuk mengidentifikasi bakteri  tersebut  digunakan  Gen  16S  rRNA. Dari  penelitian  ini  didapati  dua  jenis  bakteri
yang  memiliki  kesamaan  nukleotida  diatas 80%.
Beberapa  penelitian  identifikasi  untuk mikroorganisme  laut  melalui  skala  DNA  dan molekuler khususnya di Sulawesi Utara masih minim.  Beberapa  penelitian  dilakukan  dengan gen  penyandi  yaitu  Gen  16S  rRNA  untuk meneliti  bakteri  yang  hidup  di  perairan malalayang,  Sulawesi  Utara.  Salah  satu contohnya  penelitian  yang  dilakukan  Untu et al. (2015)  untuk  mendapakan  salah  satu bakteri  pada  tubuh  organisme  invertebrate laut.  Hasil  penelitian  tersebut  mendapati kemiripan mikroba 99%.  Untuk kemiripannya sendiri  diperoleh  dari  nilai  total  dari  jumlah basa  mikroba  pada  GenBank  dibagi  dengan total  jumlah  basa  yang  sama  dengan  sampel mikroba (Untu et al., 2015).
Penelitian  Napitupulu et  al .  (2019) mendapati dua jenis bakteri yang masuk dalam genus  yang  sama  yaitu Bacillus sp.  yang merupakan  bakteri  pengurai  pada  rotifer. Rotifer  merupakan  salah  satu  organisme  yang mampu  hidup  di  perairan  yang  kotor.  Bahkan perairan  yang  mengandung  banyak  detritus dan  nanoplankton  dapat  menambah  banyak jumlah  rotifer.  Setelah  dilakukan  identifikasi secara  molekuler  didapati  bakteri  yang berfungsi  sebagai  pengurai.  Dengan  gen  16S rRNA  didapati  bakteri Basillus sp.  dengan Expect  value 0. Expect  value menunjukkan nilai  dugaan  dan  jika  menunjukkan  nilai dugaan  0  maka  menandakan  bahwa  hasil sekuens kedua jenis bakteri tersebut identik.
Selain  dapat  mengindentifikasi  jenis bakteri  diperairan,  Gen  16S  Rrna  terbukti dapat  mengidentifkasi  status  taksonomi  ikan. Melalui  penelitian  Nugroho  dan  Rahayu (2015),  tentang  Taksonomi  ikan  Nomei  di Perairan Tarakan berdasarkan  gen 16S rRNA, terindentifikasi ikan jenis Saurida undosquamis dengan tinggkat kecocokan 91%. Selain  dapat  mengindentifikasi  jenis  ikan Nomei di perairan tersebut, dapat juga melihat topologi filogentik dan dengan adanya spesies outgrup dapat  memperkuat  status  taksonomi dari ikan Nomei.
Berdasarkan  penelitian  Dewi et  al . (2018)  penggunaan  gen  16S  rRNA  sebagai gen penyandi dapat bertujuan untuk
mengetahui  suber  Bioluminesensi  pada  ikan lumek.  Ikan  lumek  yang  mati  pada  awalnya belum  diketahui  asal  sumber  cahaya  yang dihasilkan.  Melalui  penelitian  ini  didapati cahaya  yang  dihasilkan  berasal  dari  bakteri luminesen  yang  memungkinkan  ikan  dapat memancarkan cahaya pada permukaan kulitnya  8  sampai  9  jam  setelah  kematian. Bakteri  ini  diketahui  merupakan  bakteri  gram negatif, bersifat motile dan dapat menfermentasikan glukosa.

## Bidang Pertanian
Di bidang pertanian, gen 16S rRNA ini juga  memiliki  manfaat  yang  hampir  sama yaitu  pengidentifikasi  bakteri  dengan  manfaat untuk menemukan bakteri yang dapat menyebabkan  penyakit  pada  tanaman  dan dapat  menyebabkan  penurunan  produksi pangan.  Selain  itu  juga  dapat  diidentifikasi bakteri  yang  bersifat  endofit  sehingga  dapat dimanfaatkan  sebagai  salah  satu  organisme penghasil metabolit sekunder yang bermanfaat.
Berdasarkan  penelitian  Sari  (2014) melakukan  identifikasi  terhadap  aktinomiset endofit asal tanaman padi berdasarkan analisis Gen  16S  rRNA  dan nif H.  Penelitian  ini memperoleh  enam  jenis  bakteri  yang  berbeda dengan  kesamaan  morfologi  koloni.  Enam jenis bakteri ini memiliki identitas maksimum <97%  dengan E-value 0,0  dan  keenamnya digolongkan ke dalam Streptomyces spp. Pengidentifikasian  dengan  16S  rRNA pada  penelitian  Suryadi et  al. (2013) memperoleh empat jenis bakteri yang teramplifikasi  pada  daerah  sekitar  1.300  bp. Penelitian  ini  juga  berhasil  menemukan  isolat bakteri  yang memiliki kemiripan 99% dengan bakteri Burkholderia sp.  dengan  panjang  basa nukleotida  1.322  bp.  Bakteri-bekteri  ini  di isolasi dari padi yang berasal dari 10 lokasi di daerah Sukabumi. Bakteri- bakteri ini merupakan  bakteri  endofitik  yang  berfungsi sebagai penghambat jamur patogen pada padi.
Pada  umumnya  metode  ini  dapat mengidentifikasi berbagai jenis bakteri dimanapun  contohnya  pada  bakteri  yang diisolasi  dari  oncom  merah  yang  telah difermentasi 24 jam dengan tujuan mendapatkan bakteri yang dapat menghasilkan
enzim  protease.  Melalui  penelitian  didapati bakteri Bacillus  thungiensis yang  juga  positif dapat  menghasil  enzim  protease  yang  baik. Bakteri  yang  telah  diisolasi  tadi  memiliki kemiripan  98%  dengan  fragmen  gen  16S rRNA pada Bacillus thungiensis (Safitri et al. , 2018).
Berbeda  dengan  penelitian-penelitian di  atas,  penelitian  Widaranti et  al. (2016) mengidentifikasi  bakteri  yang  bersimbiosis dengan  akar  tanaman  teh.  Melalui  penelitian ini didapati tiga jenis bakteri yang masuk pada golongan rhizobacteria.
Penelitian Nisa (2018) menggambarkan
tentang isolasi dan identifikasi bakteri pelarut dengan sekuen 16S rRNA  asal  tanah  pertanian  organik  Desa Sumberejo  batu.  Penelitian  ini  memperoleh bakteri  tanah  yang  memiliki  kedudukan  pada clade  yang  sama  dengan  bakteri Klebsiella pneumonia strain DSM 30104 dengan similaritas  98%.  Bakteri  ini  memiliki  potensi untuk  menghasilkan  IAA  yang  merupakan asam yang dapat melarutkan fosfat.

## Bidang Peternakan
Penggunaan  Gen  16S  rRNA  sebagai tool dalam  mengidentifikasi  bakteri  sangat luas  dan  dapat  digunakan  di  bidang  apa  saja termasuk  bidang  peternakan.  Pemanfaatan Gen  16S  rRNA  di  bidang  peternakan memainkan  peran  dalam  pengidentifikasian bakteri  yang  menyebabkan  penyakit  pada hewan  ternak  dan  juga  bakteri  yang  bersifat menguntungkan.
Bakteri  yang  bersifat  menguntungkan seperti  BAL  (Bakteri  Asam  Laktat).  BAL yang  ditemui  pada  usus  sapi  terbukti  dapat menghambat  pertumbuhan S.  aureus sebesar 50,35%  (36,56  -  61,47%  ).  BAL  ini didentifikasi  dari  bakteri  asam  laktat  isolate 9A  berpotensi  dengan  menggunakan  gen  16S rRNA (Widyadnyana et al., 2015).
Pada  penelitian  Yurleni et  al .  (2014), salah  satu  cara  meningkatkan  produktivitas ternak  dengan  meningkatkan  aktivitas  dan populasi  mikroba  pada  rumen  ternak  yaitu BAL.  BAL  yang  diperoleh  dapat  berasal  dari mana  seperti  berasal  dari  durian  fermentasi asal jambi.
Beberapa  penelitian  yang  menggunakan rumen sapi mendapati berbagai bakteri. Noor et al. (2014)  mendapati  jenis  bakteri  yang  dapat menghasilkan gas metana yang nantinya dapat digunakan  sebagai  alternatif  biogas.  Gen bakteri target yang diperoleh memiliki panjang ukuran  insert  yaitu  800bp  dengan  total  klon 51.

## KESIMPULAN
Berdasarkan  penelitian-penelitian  dari berbagai  bidang  yang  telah  dilakukandi Indonesia menggunakan gen 16S rRNA, dapat dikatakan bahwa gen ini merupakan perangkat yang memiliki keakuratan  yang tinggi  dengan penggunaan  yang  luas.    Gen  16S  rRNA  tidak hanya  dapat  mengidentifikasi  tetapi  dapat dijadikan  arahan  dalam  mengetahui  potensi suatu bakteri.

## DAFTAR PUSTAKA
Dewa  Gede  Agung  Widyadnyana,  I  Dewa Made Sukrama, dan I Wayan Suardana.  2015. Identifikasi  Bakteri Asam Laktat Isolat 9A dari Kolon Sapi Bali sebagai Probiotik melalui Analisis Gen 16S rRNA. JS . 33 (2 ): 228-233. Dewi, Kartika, D. Pringgenies., Haeruddin dan S. Muchlissin. 2018. Fenomena Bioluminesensi Ikan Lomek
( Harpadon  nehereus )  Berasal  dari Bakteri  luminesen. JPHPI 21(3) :  451- 459.
Gaffar,  Shabarni.,  I.  Maksum  dan  E.  Juleha. 2014.  Identifikasi  Populasi  Bakteri dalam  Spons  Pencuci  Piring  dengan Metode PCR-RFLP. Chimica et Natura Acta 2(2) :120-125.
Idramsa.  2013.  Peran  Sistematik  Mikrobia dalam  Mengungkap  Keanekaragaman Mikroorganisme. Jurnal Keluarga
Sehat Sejahtera 11(2) : 58-63.
Janda,  M  dan  Abbott,  S.  2007.  16S  rRNA
Gene Sequencing for Bacterial
Identification in the Diagnostic Laboratory:  Pluses,  Perils  and  Pitfalls. Journal  of  Clinical  Microbiology 45 :
2761-2764
Jusuf,  M.  2001. Genetika  1:  Struktur  dan Ekspresi gen . IPB. Bogor
Napitupulu,  H.,  I.  Rumengan.,  S.Wulur., E.Ginting.,  J.  Rimper.,  dan  Toloh,  B.
2019. Bacillus sp.  sebagai  Agensia Pengurai dalam Pemeliharaan Brachionus rotundiformis yang menggunakan  Ikan  Mentah  sebagai
Sumber  Nutrisi. Jurnal  Ilmiah  Platax 7(1) : 158-169.
Nisa,  Nurullah.  2018.  Isolasi  dan  Identifikasi Bakteri  pelarut  dengan  Sekuen  16S rRNA  Asal  Tanah  Pertanian  Organik Desa  Sumberejo  Batu. Skripsi .  UIN
Malang.
Nolte,  F.S.  2008.  Molecular  Diagnostics  for Detection  of  Bacterial  and  Viral Pathogens  in  Community-Acquired Pneumonia. CID 47 :123-6.
Noor,  S.,  H.  Pramono  dan  S.  Aziz.  2014.
Deteksi Keanekaragaman Spesies Bakteri Metanogen Rumen Sapi Menggunakan Kloning Gen 16S rRNA
dan  Sekuensing. Scripta  Biologica
1(4) : 1-8.
Nurkanto, A dan A. Agusta. 2015. Identifikasi
Molekular  dan  Karakterisasi  Morfo- Fisiologi Actiomycetes Penghasil Senyawa  Antimikroba. Jurnal  Biologi Indonesia 11(2) : 195-203.
Nugroho,  D.  dan  Rahayu  D.  2015.  Status Taksonomi  Ikan  Nomei  Dari  Perairan Tarakan, Kalimantan Utara Berdasarkan  Gen  16S  rRNA  Sebagai Upaya Konservasi Ikan Laut       Lokal
Indonesia. Jurnal  Harpodon  Borneo 8(2) : 132-141.
Pangastuti, A. 2006. Definisi Spesies
Prokaryota  Berdasarkan  Urutan  Basa Gen  Penyandi  16S  rRNA  dan  Gen
Penyandi  Protein. Biodiversitas 7(3) : 292-296.
Petti,  P. A. 2007.  Detection  and identification
of microorganisms by
gene Amplification  and  Sequencing. Clin.
Infect Disc . 44(8) :1108-1114.
Radji,  M.,  Puspaningrum,  A  dan  Sumiati,  A.
2010. Deteksi Cepat Bakteri Escherichia  coli dalam  Sampel  Air dengan  Metode  Polymerase  Chain Reaction  Menggunakan  Primer 16E1
dan 16E2 . J.  Makara  Sains 14(1) :  39- 43.
Ramadhan,  Muhammad  L.,  I.  Buwono.,  dan Y. Mulyani. 2012. Analisis Potensi dan Karakterisasi  Molekuler  Gen  16S rRNA Bakteri Selulotik yang di Isolasi dari  Makroalga Euchema sp.  dan Sargassum sp.  Sebagai  Penghasil Enzim Selulase. Jurnal Perikanan dan Kelautan 3(3) : 61-67.
Rinanda,  T.  2011.  Analisis  Sekuensing  16S rRNA  Di  Bidang  Mikrobiologi. J.
Kedokteran  Syiah  Kuala 11(4) :  172- 177 Sari, Wahyu Eka. 2014. Identifikasi
Aktonomiset  Endofit  Asal  Tanaman Padi  Berdasarkan  Analisis  Gen  16S rRNA dan nif H. Tesis . Bogor:  IPB. 71 hal Safitri, R., S. Muchlissin., A, Mukaromah., S.
Darwati  dan  S.  Ethica.  2018.  Isolasi Bakteri  Penghasil  Enzim  Protease Bacillus thungiensis irodi pada Oncom Merah  Pasca  Fermentasi  24  Jam. Seminar  Nasional  Edusaintek .  Hal  62-
69.
Stackebrandt,  E  dan  Gobel,  B.  1994.  A  place for  DNA-DNA  reassociation  and  16S Ribosomal RNA Sequence Analysis in The  Present  Species  Definition  in Bacteriology. Int.  J.  Syst.  Bacteriol .
44 : 846-849.
Sikome,  C.,  Fatmawati  dan  T.  Tallei.  2018.
Isolasi dan Identifikasi Secara Biomolekuler Bakteri Penyebab Penyakit  Infeksi  Saluran  Kemih  Yang Resisten Terhadap Antibiotik Ciprofloxacin di RSUP Prof. Dr. R. D. Kandau Manado. Pharmacon 7(2) : 62- 70.
Suryadi,  Y.,  T,  Priyatno.,  I.M.  Samudra.,  D. Susilowati.,  Patricia  dan  Irawati,  W. 2013.  Karakterisasi  dan  Identifikasi Isolat  Bakteri  Endofitik  Penghambat Jamur  Patogen  Padi. Buletin  Plasma Nutfah 19(1) : 25-32
Untu,  P.,  I,  Rumengan  dan  E,  Ginting.  2015.
Identifikasi  Mikroba  yang  Koeksis dengan  Ascidia Lissoclinum  patella Menggunakan Sekuens Gen 16S
rRNA. Jurnal Pesisir dan Laut Tropis .
2(1) : 23-33.
Widyadnyana,D  .,  I,  Sukrama  dan  Sudarna,  I. 2015. Identifikasi Bakteri Asam Laktat
Isolat 9A dari Kolon Sapi Bali sebagai
Probiotik  melalui  Analisis  Gen  16S rRNA. Jurnal  Sain  Veteriner 33(2) :
228-233.
Widaranti,  A.,  S,  Jannah.,  H,  Pancasakti  K., dan  D.  Susilowati.  2016.  Komunitas
Rhizobakteria  Tanaman  Teh  dengan Aplikasi Formula Bioimunizer ( Chryseobacterium sp.  dan Bacillus sp.)  berdasarkan  Gen  16S  rRNA.
Jurnal Biologi 5(4) : 40-50.
Yurleni. 2013. Produktivitas dan Karakteristik Daging  Kerbau  dengan  Pemberian
Pakan yang Mengandung Asam Lemak
Terproteksi. Tesis . Bogor: IPB.