DNA BARCODING UNTUK VALIDASI SPESIES PAUS SPERMA ( Physeter macrocephalus LINNAEUS, 1758) DARI PERAIRAN LAUT SAWU, NUSA TENGGARA TIMUR, INDONESIA
DNA BARCODING FOR SPECIES VALIDATION OF SPERM WHALE (Physeter macrocephalus LINNAEUS, 1758) FROM SAWU SEA WATERS, EAST NUSA TENGGARA,

## INDONESIA
Agus Alim Hakim 1,2 *, Endah Sri Rahayu 1 , Ali Mashar 1 , Nurlisa A Butet 1 , Yusli Wardiatno 1 ,
Mohammad Mukhlis Kamal 1
1 Department of Aquatic Resources Management, Faculty of Fisheries and Marine Science, IPB University, 16680, Indonesia
2 Molecular Invertebrate Systematics and Ecology Lab, Graduate School of Engineering and Science, University of the Ryukyus, 1 Senbaru, Nishihara, Okinawa 903-0213, Japan
* Corresponding author: agusalim@apps.ipb.ac.id

## ABSTRACT
The sperm whale (Physeter macrocephalus) is a protected marine biota in Indonesia. Molecular identification of sperm whales from the Sawu Sea (East Nusa Tenggara, Indonesia) was carried out using the 16S rRNA gene. This study aims to validate the species of the sperm whale (Physeter macrocephalus) in Indonesia using the partial cytochrome oxidase subunit I (COI) gene. The specimens used were tissue specimens from laboratory collections taken from Sawu Sea waters in 2014. The three samples were validated as Physeter microcephalus with 100% similarity. The base composition is dominated by the base thymine (31.7 – 31.8%) with a GC content of 42.7 – 42.8%. The genetic distance for the same species was 0.0015, while the highest genetic distance for Orcaella brevirostris was 0.2128. Molecular identification using the 16S rRNA gene and COI has validated the species of a sperm whale (Physeter macrocephalus) in Indonesia so that this genetic data can be used as a basis for sperm whale resource management and conservation.
Keywords: COI, DNA barcoding, genetic, Sawu Sea, sperm whale

## ABSTRAK
Paus  sperma  ( Physeter  macrocephalus )  merupakan  salah  satu  biota  laut  yang  dilindungi  di  Indonesia. Identifikasi  molekuler  paus  sperma  dari  perairan  Laut  Sawu  (Nusa  Tenggara  Timur,  Indonesia)  telah dilakukan menggunakan gen 16S rRNA. Penelitian ini bertujuan untuk menvalidasi spesies paus sperma ( Physeter  macrocephalus )  di  Indonesia  menggunakan  gen cytochrome  oxidase subunit  I  (COI)  parsial. Spesimen  yang  digunakan  merupakan  spesimen  jaringan  dari  koleksi  laboratorium  yang  diambil  dari perairan  Laut  Sawu  tahun  2014.  Ketiga  spesimen  tervalidasi  sebagai Physeter  microcephalus dengan kemiripan  sebesar  100%.  Komposisi  basa  didominasi  oleh  basa  timin  (31,7-31,8%)  dengan  GC  konten sebesar  42,7 – 42,8%.  Jarak  genetik  pada  spesies  yang  sama  didapatkan  nilai  sebesar  0,0015,  sedangkan jarak  genetik  tertinggi  dengan  spesies Orcaella  brevirostris sebesar  0,2128 . Identifikasi  molekuler menggunakan gen 16S rRNA dan COI telah menvalidasi spesies paus sperma ( Physeter macrocephalus ) di Indonesia,  sehingga  data  genetik  ini  dapat  digunakan  sebagai  dasar  pengelolaan  dan  konservasi sumberdaya paus sperma.
Kata kunci: COI, DNA barcoding, genetik, Laut Sawu, paus sperma
Article history:Received 30/01/2023; Received in revised from 24/03/2023; Accepted 30/04/2023
COJ (Coastal and Ocean Journal) e-ISSN: 2549-8223
Journal home page: http://coj.pksplipb.or.id/; email: journal@pksplipb.or.id

## 1. PENDAHULUAN
Mamalia laut adalah kelompok mamalia yang seluruh siklus hidupnya berlangsung di laut, kelompok hewan ini berasal dari Ordo Sirenia dan Cetartiodactyla dengan jumlah spesies  sebanyak  36  spesies  (Rudolph  et  al.  1997;  Kreb  et  al.  2013).  Salah  satu  jenis mamalia laut yang ditemukan di Indonesia yaitu paus sperma. Paus sperma adalah spesies yang tersebar luas, menghuni perairan yang lebih dalam dari katulistiwa hingga daerah kutub (IJsseldijk et al. 2018). Selain itu, paus sperma biasanya mencari makan di perairan dalam,  di mana mereka secara rutin menyelam hingga kedalaman 400 – 900  m, dengan kedalaman maksimum tercatat 2.250 m (Ponganis 2015). Menurut Cantor et al. (2019), betina  dan  individu  muda  tinggal  di  laut  beriklim  sedang  dan  tropis  sepanjang  tahun, sementara  jantan  sub-dewasa  dan  dewasa  pindah  ke  tempat  mencari  makan  di  garis lintang yang lebih tinggi.
Setiap tahunnya, paus sperma melakukan perjalanan dari Samudera Pasifik dan Hindia melalui perairan Indonesia, khususnya melewati Laut Sawu, Nusa Tenggara Timur (NTT). Spesies  ini  dimanfaatkan  oleh  masyarakat  Lamalera  (Pulau  Lembata,  NTT)  dengan menjadikan spesies target dalam tradisi berburu. Penangkapan ini dikategorikan sebagai subsistence  whaling oleh International  Whaling  Commision (IWC)  karena  penangkapan dilakukan dalam skala kecil dengan tujun untuk memenuhi kebutuhan masyarakat lokal dan tidak bertujuan mendapatkan keuntungan (Desrianti 2011).
Paus  sperma  dikategorikan ke  dalam  status  vulnerable  (VU)  menurut International Union for Conservation of Nature and Natural Resources (IUCN) (Taylor et al. 2019). Status tersebut menunjukkan bahwa paus sperma ( Physeter macrocephalus ) merupakan spesies yang menghadapi risiko kepunahan di alam liar di waktu  yang akan datang.  Beberapa langkah perlindungan terhadap paus sperma telah dilakukan dalam skala internasional maupun  nasional.  Spesies  ini  dilarang untuk  diperjualbelikan  dalam  bentuk  apapun  di perdagangan internasional yang secara tegas masuk dalam kategori Appendiks I oleh The Convention on International Trade in Endangered Species of Wild Fauna and Flora (CITES). Selain  itu,  diberbagai  negara  telah  membuat  aturan  perlindungan  seperti  di  perairan Amerika Serikat, Undang-Undang Perlindungan Mamalia Laut telah diberlakukan sejak tahun 1972 (Roman et al. 2013). Begitu juga halnya dengan Indonesia, pemerintah telah mengeluarkan aturan dalam upaya melindungi spesies paus sperma melalui Peraturan Menteri Lingkungan Hidup dan Kehutanan. Oleh karena itu, monitoring diperlukan untuk menilai  status  populasi  dan  ancaman  antropogenik  terhadap  populasi  mamalia  laut (Suarez-Bregua et al. 2022).
Pendekatan genetik melalui metode DNA barcoding saat ini telah dikembangkan untuk membantu  identifikasi  spesies  dengan  efisien  dan  cepat  (DeSalle  &  Goldstein  2019). Teknologi  barcode  DNA  dapat  mengidentifikasi  spesies  hewan  menggunakan  urutan parsial  dari  mitokondria  cytochrome  c  oxidase  subunit  I  (COI)  (Hebert  et  al.  2003). Penggunaan  gen  COI  dengan  panjang  600  hingga  800  pasangan  basa  ini,  merupakan pendekatan  unik  karena  menggunakan  bagian  gen  kecil  dan  identik  sebagai  penanda spesies internal (Teletchea 2009). DNA barcoding telah diaplikasikan untuk identifikasi paus di Belanda (Keijl et al. 2019), Brazil (Silva et al. 2021), China (Ren et al. 2022), dan Indonesia (Kamal et al. 2021). Penelitian DNA barcoding paus sperma oleh Kamal et al. (2021) menggunakan gen 16S rRNA, sehingga penelitian ini mencoba menggunakan gen penanda lain. Penelitian ini bertujuan untuk menvalidasi spesies paus sperma ( Physeter
macrocephalus ) dari perairan Laut Sawu, Nusa Tenggara Timur, Indonesia menggunakan gen cytochrome oxidase subunit I (COI) parsial.

## 2. METODE PENELITIAN

## 2.1. Lokasi dan Waktu
Spesies  contoh  paus  sperma  berupa  otot  ( tissue )  merupakan  koleksi  spesimen  di Laboratorium Biologi Molekuler Sumberdaya Akuatik yang berasal dari Laut Sawu, Nusa Tenggara Timur (Kamal et  al. 2021).  Analisis laboratorium dilakukan di Laboratorium Biologi Molekuler Sumberdaya Akuatik (Departemen Manajemen Sumberdaya Perairan, FPIK-IPB) dan Laboratorium Terpadu  (FPIK-IPB) mulai Oktober 2015 hingga Februari 2016.

## 2.2. Prosedur Penelitian

## 2.2.1. Ekstraksi DNA
Kondisi  spesies  contoh  terawetkan  dalam  alkohol  96%  sehingga  perlu  dilakukan pencucian dengan aquades guna menghilangkan kandungan alkohol. Tiga contoh (PM 1, PM  2,  dan  PM  3)  dengan  bobot  jaringan  masing-masing  sebesar  40  mg  dimasukkan kedalam tube 1.5 ml untuk dilakukan proses ekstraksi DNA. Ekstraksi DNA menggunakan kit Gene Aid dengan prosedur sesuai protokol manual pabrik yang mengacu pada Kamal et al. (2021). DNA total didapatkan dari proses ini.

## 2.2.2. Amplifikasi gen COI dan Sekuensing
Amplifikasi gen COI dilakukan dengan teknik PCR ( Polymerase Chain Reaction ) dengan komponen yang terdiri dari ddH 2 O 4,5 ul, Tag ( Kapa Extra Hot Start ) 12,5 ul, masing- masing primer 1,5 ul (Hakim et al. 2020; 2022a), dan DNA total (cetakan) 5 ul.  Proses amplifikasi  dimulai  dengan  inisial  denaturasi  (94  °C;  3  menit);  dilanjutkan  dengan denaturasi  (94  °C;  45  detik),  annealing  (54  °C;  1  menit),  dan  elongasi  72  °C  selama  1 menit) sebanyak 35 siklus; serta pascaelongasi (72 °C; 5 menit) dan penyimpanan (15 °C; 10 menit) (Hakim et al. 2020). Produk PCR ( amplicon ) divisualisasi dengan menggunakan gel agarosa 1% pada mesin ultraviolet.
Amplicon dengan  kualitas  baik  dilanjutkan  pada  proses  sekuensing  dengan  metode Sanger  et  al.  (1977)  melalui  jasa  perusahaan  pelayanan  sekuensing.  Hasil  sekuensing berupa urutan basa nukleotida yang selanjutnya akan dianalisis.

## 2.3. Analisis Data
Urutan  basa  nukleotida  dari  primer  forward  dan  reverse  disejajarkan  untuk didapatkan urutan basa yang utuh dari masing-masing contoh dengan metode Clustal W (Larkin  et  al.  2007)  menggunakan  software  MEGA  11  (Tamura  et  al.  2021).  Untuk mendapatkan nama spesies yang valid, sekuen nukleotida diunggah pada situs Genbank (www.ncbi.nlm.nih.gov)  pada  pilihan  menu  BLASTn.  Komposisi  basa  gen  16S  rRNA diambil dari penelitian Kamal et al. (2021) dan diolah oleh penulis.
Jarak  genetik  dihitung  menggunakan  metode  Kimura-2-parameter  (K2P)  model (Kimura 1980). Matriks jarak genetik dapat digunakan untuk menggambarkan hubungan kekerabatan melalui pohon filogenetik menggunakan metode bootstrapped Neighbour- Joinning  (NJ)  (Saitou  and  Nei  1987)  dengan  1000  kali  ulangan  (Felsenstein  1985).
Kekerabatan tersebut dianalisis dengan menambahkan data yang berasal dari GenBank. Selain itu, dilakukan penelusuran situs nukleotida spesifik menggunakan software MEGA 11  (Tamura  et  al.  2021).  Jarak  genetik  dan  pohon  filogenetik  dianalisis  dengan menggunakan data yang berasal dari GenBank berupa beberapa spesies paus dan lumba- lumba seperti Physeter macrocephalus (KU891394.1), Eubalaena glacialis (MF459656.1), Balaena  mysticetus (AP006472.1), Pseudorca  crassidens (HM060332.1), Sousa  teuszii (NC_045404.1), Feresa  attenuata (NC_019588.1), Delphinus  delphis (MH000365.1), Orcaella heinsohni (JF339977.1), dan Orcaella brevirostris (MZ351458.1).

## 3. HASIL DAN DISKUSI
3.1. Hasil
3.1.1. Amplifikasi gen COI
Ketiga contoh berhasil diamplifikasi dan memiliki kualitas amplicon yang baik ditandai dengan  pita  tunggal  dan  tanpa  semear  ( Gambar  1 ).    Selain  itu,  panjang  ukuran  basa nukleotida dari ketiga contoh berada pada kisaran marka 500-750 bp ( base pair ) dimana ukuran tersebut sesuai dengan target panjang basa yaitu sebesar 650 bp.
Gambar 1. Visualisasi amplicon gen COI pada gel agarosa 1% (1: PM 1, 2: PM 2, 3: PM 3)

## 3.1.2. Validasi Spesies dan Komposisi Basa Nukleotida
Hasil pensejajaran basa nukleotida didapatkan ukuran basa berkisar antara 648 hingga 649 bp. Ketiga sepesies contoh paus telah diidentifikasi secara morfologi sebagai spesies Physeter  macrocephalus dan  tervalidasi  secara  molekuler  sebagai  spesies  yang  sama dengen persen identik sebesar 100% ( Tabel 1 ).
Tabel 1. Hasil validsi spesies menggunakan gen COI pada ketiga contoh paus
Kode Hasil Identifikasi Morfologi Panjang Basa (base pair) Hasil Identifikasi Molekuler Persen Identik PM 1 Physeter macrocephalus 649 Physeter macrocephalus (GenBank: KU891394.1) 100% PM 2 648 PM 3 649 (a)
(b)
Komposisi  basa  nukleotida  dari  gen  COI  dan  16S  rRNA  pada  ketiga  contoh  paus sperma disajikan pada Tabel 2 . Gen COI didominasi oleh basa timin (T) sebesar 31,7 – 31,8% sedangkan gen 16S rRNA didominasi oleh basa adenin (A) sebesar 32,8 – 33,0 %. GC konten dari ketiga contoh sebesar 42,7 – 42,8% pada gen COI dan 44,2 – 44,7 pada gen 16S rRNA.
Tabel 2. Komposisi basa nukleotida dari gen COI dan 16S rRNA pada ketiga contoh paus sperma Basa Komposisi (%) COI 16S rRNA (Kamal et al. 2021) T 31,7 – 31,8 22,6 – 22,8
C 25,9 – 26,0 24,3 – 24,5
A 25,4 – 25,5 32,8 – 33,0 G 16,8 19,9 – 20,2 GC konten 42,7 – 42,8 44,2 – 44,7

## 3.1.3. Jarak Genetik dan Pohon Filogeni
Tingkat  kekerabatan  antara P.  macrocephalus dengan  spesies  paus  lain  dan  lumba- lumba ditunjukkan dengan adanya nilai jarak genetik yang bervariasi ( Tabel 3). Jarak genetik  pada  spesies  yang  sama  ( P.  macrocephalus) antara  sampel  dengan  referensi didapatkan nilai sebesar 0,0015. Selain itu, jarak genetik antara sampel dengan paus sikat atlantik utara ( Eubalaena glacialis ) dan paus kepala busur ( Balaena mysticetus ) sebesar 0,1693  hingga  0,1839.  Adapun  nilai  jarak  genetik  antara  sampel  dengan  lumba-lumba genus Pseudorca , Sousa, Feresa,  Delphinus ,  dan Orcaella sebesar  1,995-0,2128  dengan jarak  genetik  tertinggi  pada  spesies Orcaella  brevirostris. Matriks  jarak  genetik berdasarkan gen COI tersebut kemudian dijadikan sebagai data untuk mengonstruksikan pohon filogenetik dan dihasilkan hubungan kekerabatan pada Gambar 2 .
Tabel 3. Matriks jarak genetik gen COI paus sperma (PM 1-3) dengan spesies paus lain dan lumba-lumba
No Spesies 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 1 PM 1 2 PM 2 0,0000 3 PM 3 0,0000  0,0000 4 Physeter macrocephalus 0,0015  0,0015 0,0015 5 Eubalaena glacialis 0,1839  0,1839 0,1839  0,1822 6 Balaena mysticetus 0,1693  0,1693 0,1693  0,1719 0,0381 7 Pseudorca crassidens 0,1995  0,1995 0,1995  0,1956 0,1875  0,1834 8 Sousa teuszii 0,1995  0,1995 0,1995  0,1977 0,1789  0,1877  0,0757 9 Feresa attenuata 0,2019  0,2019 0,2019  0,1979 0,1770  0,1837  0,0431  0,0687 10 Delphinus delphis 0,2015  0,2015 0,2015  0,1996 0,1703  0,1789  0,0703  0,0219  0,0617 11 Orcaella heinsohni 0,2103  0,2103 0,2103  0,2062 0,1851  0,1853  0,0497  0,0670  0,0548  0,0599 12 Orcaella brevirostris 0,2128  0,2128 0,2128  0,2086 0,1896  0,1986  0,0514  0,0724  0,0583  0,0687  0,0381
Berdasarkan Gambar  2 ,  terlihat  hubungan  kekerabatan  yang  dekat  antara  paus sperma dengan jenis paus lain yang ditunjukkan dengan adanya clade yang sama. Selain itu, spesies lumba-lumba membentuk satu clade yang berbeda. Sedangkan paus sperma memiliki kekerabatan yang jauh dengan lumba-lumba, terlihat dari pemisahan yang jelas antara clade paus dengan lumba-lumba.
Gambar 2. Konstruksi pohon filogenetik paus sperma (PM 1-3) dengan spesies paus lain dan  lumba-lumba  berdasarkan  gen  COI  menggunakan  metode  Neighbour- Joinning (NJ) dengan bootstrap 1000 ulangan.

## 3.2. Pembahasan
Penelitian ini berhasil mengamplifikasi urutan basa nokleotida dari cytochrome oxidase subunit I (COI) parsial pada tiga spesimen paus sperma menggunakan primer universal yang mampu mendapatkan gen target tanpa adanya delesi atau insersi. Primer universal ini  tidak  hanya  digunakan  sebagai  penanda  untuk  DNA  barcoding  mamalia  air,  tetapi sebelumnya telah digunakan pada kelompok ikan (Kamal et al. 2019, Hakim et al. 2020, Hakim et al, 2022a) crustacea (Krisanti et al. 2020; Hakim et al. 2022b), kura-kura (reptil), dan serangga air. Hasil pengeditan urutan basa diperoleh panjang basa dari COI dengan kisaran 648-649 pasangan basa (Tabel 1).
Berdasarkan gen COI, semua sampel divalidasi sebagai Physeter macrocephalus dengan tingkat kemiripan 100%. Menurut Herbert et al. (2003), nilai persen identik lebih dari 97% menunjukkan bahwa urutan nukleotida spesimen dapat dipastikan memiliki nama spesies mengikuti hasil dari Genbank. Hasil validasi ini memiliki kedekatan secara genetik pada  genbank  dengan  kode  akses  KU891394.1  (Morin  et  al.  2016,  unpublished).  Data genetik pada genbank tersebut menyebutkan bahwa spesies yang tercatat adalah Physeter catodon. Spesies  tersebut merupakan  sinonim  dari Physeter  macrocephalus, sehingga dapat dipastikan bahwa spesimen pada penelitian merupakan P. macrocephalus. Komposisi nukleotida ketiga sampel paus sperma berdasarkan urutan gen COI dan 16S rRNA  ditunjukkan  pada  Tabel  2.  Kandungan  GC  ketiga  sampel  berdasarkan  gen  COI sebesar 42,7 – 42,8% sedangkan berdasarkan gen 16S rRNA sebesar 44,2 – 44,7%. Menurut Jusuf  (2001),  kandungan  GC  memiliki  3  ikatan  hidrogen  sedangkan  kandungan  AT memiliki  2  ikatan  hidrogen  dimana  paus  sperma  didominasi  oleh  kandungan  AT.
Paus
Lumba-lumba
Komposisi  basa  nukleotida  paus  sperma  menunjukkan  bahwa  ikatannya  mudah dipisahkan, sehingga P. macrocephalus memiliki kemungkinan mutasi yang lebih tinggi. Jarak genetik sering digunakan untuk menilai taksonomi spesies dari studi taksa dan evolusi yang terkait erat (Doğan dan Doğan 2016). Peningkatan jarak genetik pada tingkat taksonomi yang lebih tinggi mendukung perubahan signifikan dalam divergensi genetik pada  batas  spesies  (Lakra  et  al.  2011).  Semakin  rendah  nilai  jarak  genetik  antara  dua individu yang berbeda menunjukkan hubungan kekerabatan yang sangat erat (Tallei et al. 2016). Pada penelitian ini, nilai jarak genetik relatif rendah pada spesies paus sperma sampel  dengan  paus  sikat  atlantik  utara  ( Eubalaena  glacialis )  dan  paus  kepala  busur ( Balaena mysticetus ). Sedangkan nilai jarak genetik relatif lebih tinggi antara paus sperma sampel  dengan  lumba-lumba  genus Pseudorca , Sousa, Feresa,  Delphinus ,  dan Orcaella. Pohon  filogenetik  juga  menunjukkan  hal  sama  dimana  spesies  paus  sperma  terpisah dengan  spesies  lumba-lumba.  Menurut  Dexter  et  al.  (2017),  penyebaran  spesies  yang intens  akan  mengakibatkan  kurangnya  struktur  komunitas  filogenetik  karena  spesies berasal dari cabang yang berbeda dan memiliki sejarah evolusi yang berbeda.
Penelitian sebelumnya mengenai barcode DNA pada paus sperma telah dilakukan di Indonesia menggunakan gen yang berbeda dari penelitian ini yaitu 16S rRNA (Kamal et al.  2021)  dan  control  region  (Yusmalinda  et  al.  2017).  Dalam  penelitian  ini, COI  dapat diterapkan  dan  berhasil  mengungkap  taksonomi  dari  paus  sperma  di  Indonesia. Penelitian Viricel & Rosel (2012), dan Amaral et al. (2012) juga telah berhasil melakukan identifikasi  molekuler  menggunakan  gen  COI  yang  berasal  dari  mtDNA  untuk mengidentifikasi kelompok cetacean. mtDNA umumnya diwariskan secara maternal, non- rekombinasi, dan memiliki tingkat mutasi yang lebih tinggi daripada DNA inti (DeSalle et al.  2017). DNA  barcoding telah  menjadi  alat  yang  ampuh  untuk  memahami keanekaragaman  hayati  dan  biologi  spesies  akuatik  (Elías-Gutiérrez  et  al.  2021). Galimberti  et  al.  (2015)  juga  menambahkan  bahwa DNA  barcoding adalah  sistem identifikasi  molekuler  universal  makhluk  hidup  yang  kemanjuran  telah  banyak dibuktikan dalam dekade terakhir dalam banyak konteks. Data genetik dari penelitian ini telah  diunggah  di  situs  Genbank  ( www.ncbi.nlm.nih.gov ) sebagai  data  genetik  gen  COI paus sperma dari Indonesia. Data tersebut dapat digunakan sebagai dasar pertimbangan dalam melakukan konservasi secara genetik.
Selain  DNA  barcoding,  saat  ini  telah  berkembang tool genetik  lain  yaitu  DNA lingkungan (eDNA) dengan sampel yang berasal dari lingkungan. Sampel lingkungan bisa berasal dari air, tanah, dan udara dengan asumsi bahwa DNA dilepaskan dari kulit, lendir, urin,  air  liur,  feses,  sekresi,  telur,  sperma,  darah  dan  lain-lain  (Taberlet  et  al.  2012). Pendekatan eDNA telah diaplikasikan pada beberapa penelitian mamalia laut (Foote et al 2012, Suarez-Bregua et al. 2022, Székely et al. 2022).
Analisis eDNA mampu menilai keanekaragaman, distribusi, dan kelimpahan mamalia laut sangat penting untuk memahami dinamika tingkat spesies dan ekosistem, dan untuk menginformasikan strategi pengelolaan dan konservasi (Székely et al. 2022). Schwartz et al.  (2007)  menambahkan  bahwa  penggunaan  penanda  genetik  molekuler  untuk memantau  keanekaragaman  hayati  dan  mendeteksi  serta  mengidentifikasi  spesies, individu  atau  mengukur  parameter  genetik  populasi  dapat  memberikan  informasi berharga untuk pengelolaan dan konservasi spesies dan ekosistem.

## 4. KESIMPULAN
Ketiga spesimen berhasil teramplifikasi urutan basa nokleotida dari gen cytochrome oxidase  subunit  I  (COI)  parsial  dan  tervalidasi  sebagai Physeter  microcephalus dengan kemiripan sebesar 100%. Komposisi basa didominasi oleh basa timin dan memiliki GC konten sebesar 42,7 – 42,8%. Identifikasi molekuler menggunakan COI telah menvalidasi spesies  paus  sperma  di  Indonesia,  sehingga  data  genetik  ini  dapat  digunakan  sebagai dasar pengelolaan dan konservasi sumberdaya paus sperma.

## PERNYATAAN KETERSEDIAAN DATA
Data  yang  mendukung  temuan  penelitian  ini  tersedia  secara  terbuka  di  situs  Genbank (www.ncbi.nlm.nih.gov), dengan kode akses OR437963.1, OR437964.1, dan OR437965.1.

## DAFTAR PUSTAKA
Amaral, A.R., Jackson, J.A., Möller, L.M., Beheregaray, L.B., Coelho, M.M. 2012. Species tree of  a  recent  radiation:  The  subfamily  Delphininae  (Cetacea,  Mammalia). Molecular Phylogenetic and Evolution 64, 243 – 253.
Cantor, M., Gero, S., Whitehead, H., Rendell, L. 2019. Sperm whale: The largest toothed creature on Earth. In B. Würsig (Ed.), Ethology and ecology of marine mammals 261- 280.
DeSalle,  R.,  Goldstein,  P.  2019.  Review  and  interpretation  of  trends  in  DNA  barcoding.
Front. Ecol. Evol. 7, 302. DeSalle, R., Schierwater, B., Hadrys, H. 2017. MtDNA: The smallworkhorse of evolutionary studies. Front Biosci-Landmark 22(5), 873-887.
Desrianti.  F.  2011.  Perubahan  sosial  masyarakat  nelayan  Lamalera  (sudut  pandang sosiologi ekonomi dan ekologi) [disertasi],  Bogor (ID): Institut Pertanian Bogor.
Dexter,  K.G.,  Lavin,  M.,  Torke,  B.M.,  Twyford,  A.D.,  Kursar,  T.A.,  Coley,  P.D.,  Drake,  C., Hollands, R., Pennington, R.T. 2017. Dispersal assembly ofrain forest tree communities across the Amazon basin. Proc Nat AcadSci 114(10), 2645-2650.
Doğan , İ . ,  Doğan ,  N.  2016.  Genetic  distance  measures:  Review. Turkiye  Klinikleri  J Biostatistics 8, 87-93.
Elías-Gutiérrez, M., Hubert, N., Collins, R.A., Andrade-Sossa, C. 2021. Aquatic organisms research with DNA barcodes. Diversity 13, 306.
Felsenstein J. 1985. Confidence limits on phylogenies: An approach usingthe bootstrap.
Evolution 39, 783-791.
Foote, A.D., Thomsen, P.F., Sveegaard, S., Wahlberg, M., Kielgast, J., et al. 2012. Investigating the  potential  use  of  environmental  DNA  (eDNA)  for  genetic  monitoring  of  marine mammals. PLoS ONE 7(8), e41781.
Galimberti, A., Sandionigi, A., Bruno, A., Bellati, A., Casiraghi, M. 2015. DNA barcoding in mammals: what's new and where next? Hystrix It. J. Mamm 26(1), 13 – 24.
Hakim, A.A., Kamal, M.M., Butet, N.A., Affandi, R. 2020. Taxonomic status investigation of freshwater eels (Anguilla spp.) based on themolecular marker in seven rivers that flow to Palabuhanratu Bay,Indonesia. IOP Conf Ser Earth Environ Sci 420, 012012.
Hakim, A.A., Dikrurahman, Muhlis, S., Astuti, R.P., Sari, D.W., Kamal, M.M. 2022a. A genetic approach  for  authentication  on  morphological  differences  of  cultivated  pompano species in Indonesia. Biodiversitas 23, 4561-4569.
Hakim,  A.A.,  Sidabutar,  Y.N.,  Mashar,  A.,  Zairion,  Imran,  Z.,  Wardiatno,  Y.  2022b. Application  of  cytochrome  oxidase  subunit  1  partial  gene  forspecies  validation  of Macrobrachium sintangense from Lake Lido,West Java. IOP Conf Ser Earth Environ 1033,
012001.
Hebert,  P.D.N.,  Cywinska,  A.,  Ball,  S.L.,  de  Waard,  J.R.    2003.  Biological  identifications through DNA barcodes. Proceedings of the Royal Society of London 270, 313-322. IJsseldijk, L.L., van Neer, A., Deaville, R., Begeman, L., van de Bildt, M., van den Brand, J.M.A., et al. 2018. Beached bachelors: An extensive study on the largest recorded sperm whale Physeter macrocephalus mortality event in the North Sea. PLoS ONE 13(8), e0201221. Kamal,  M.M.,  Butet,  N.A.,  Rahayu,  E.S.,  Hakim,  A.A.  2021.  Identifikasi  karakterstik molekuler gen 16S rRNA parsial pada paus sperma ( Physeter macrocephalus Linnaeus, 1758). Habitus Aquatica 2(1), 21 – 28.
Kamal, M.M., Hakim, A.A., Butet, N.A., Fitrianingsih, Y., Astuti, R. 2019. Autentikasi spesies ikan kerapu berdasarkan marka gen MT-COI dari perairan Peukan Bada, Aceh. Jurnal Biologi Tropis 19(2), 116 – 123.
Keijl,  G.O.,  Groenenberg,  D.S.J.,  Nieman,  A.M.,  Desjardins,  R.B.,  Gravendeel,  B.  2019. Molecular identification of sei whales ( Balaenoptera borealis ) from the Netherlands. Lutra 62(1), 3-11.
Kreb,  D.P.,  Mustika,  B.,  Kahn,  A.,  Yanuar,  Muhajir.  2013.  National  reviews  of  status, research,  catch,  by-catch,  conservation  and  legislation  of  marine  mammals  in Indonesia: A Country Report to the 3rd Southeast Asian Marine Mammal Symposium. Langkawi, 3rd Southeast Asian Marine Mammal Symposium.
Krisanti, M., Ramadhan, B.F., Mashar, A., Butet, N.A., Hakim, A.A., Wardiatno, Y. 2020. Mole crab  phylogenetics  relationship  analysis  inParangkusumo  and  Ketawang  Beach Waters. IOP Conf Ser EarthEnviron Sci 420, 012018.
Lakra, W.S., Verma, M.S., Goswami, M., et al. 2011. DNA barcoding Indian marine fishes.
Molecular Ecology Resources 11, 60 – 71.
Larkin, M.A., Blackshields, G., et al. 2007. Clustal W and Clustal X version2.0. Bioinformatics 23(21), 2947-2948.
Morin, P.A., Alexander, A., Hancock-Hanser, B.L., Foote, A.D., Mesnick, S.L., Rosel, P.E. 2016. Genomic  diversity  and  historical  demography  of  the  sperm  whale  ( Physeter macrocephalus ); from bottleneck to global distribution. [unpublished] Ponganis,  P.J.  2015.  Diving  physiology  of  marine  mammals  andseabirds.  Cambridge: Cambridge University Press.
Ren,  X.,  Ma,  X.,  Allen,  E.,  Fang,  Y.,  Wen,  S.  2022.  DNA  barcoding  technology  used  to successfully sub-classify a museum whale specimen as Balaenoptera edeniedeni . Front. Ecol. Evol. 10, 921106.
Roman,  J.,  Altman,  I.,  Dunphy-Daly,  M.  M.,  Campbell,  C.,  Jasny,  M.,  Read,  A.J.  2013.  The Marine  Mammal  Protection  Act  at  40:  status,  recovery,  and  futureof  U.S.  marine mammals. Ann. N. Y. Acad. Sci. 1286, 29 – 49.
Rudolph,  P.,  Smeenk,  C.,  Leatherwood,  S.  1997.  Preliminary  checklist  of  cetacea  in  the Indonesian Archipelago and Adjacent Waters. Zoologische Verhandelingen 312, 3-24. Saitou, N., Nei, M. 1987. The neighbor-joining method: A new method forreconstructing phylogenetic trees. Mol Biol Evol 4, 406-425.
Sanger,  F.,  Nicklen,  S.,  Coulson,  A.R.  1977.  DNA  sequencing  with  chainterminating inhibitors. Proc Natl Acad Sci USA 74, 5463-5467.
Schwartz, M.K., Luikart, G., Waples, R.S. 2007. Genetic monitoring as a promising tool for conservation and management. Trends Ecol Evol 22, 25 – 33.
Silva, V.S., Skueresky, N., Lopes, F. et al. 2021. Integrating morphology and DNA barcoding to assess cetacean diversity in Brazil. Mamm Res 66, 349 – 369. Suarez-Bregua, P., lvarez-Gonza ́ lez, A.M., Parsons, K.M., Rotllant, J., Pierce, G.J., Saavedra, C. 2022. Environmental DNA (eDNA) for monitoring marine mammals: Challenges and opportunities. Front. Mar. Sci. 9, 987774.
Sz é kely, D., Cammen, K. M., & Tange Olsen, M. 2022. Needles in an ocean haystack: using environmental  DNA  to  study  marine  mammals  in  the  North  Atlantic.  NAMMCO Scientific Publications. NAMMCO Scientific Publications 12 .
Taberlet,  P.,  Coissac,  E.,  Hajibabaei,  M.,  Rieseberg,  L.H.  2012.  Environmental  DNA. Mol. Ecol. 21, 1789 – 1793.
Tallei,  T.E.,  Rembet,  R.E.,  Pelealu,  J.J.,  Kolondam,  B.J.  2016.  Sequencevariation  and phylogenetic analysis of Sansevieria trifasciata(asparagaceae). Biosci Res 13, 1-7. Tamura,  K.,  Stecher,  G.,  Kumar,  S.  2021.  MEGA11:  Molecular  Evolutionary  Genetics Analysis Version 11. Mol Biol Evol 38(7), 3022-3027.
Taylor, B.L., Baird, R., Barlow, J., Dawson, S.M., Ford, J., Mead, J.G., Notarbartolo di Sciara, G., Wade, P. & Pitman, R.L. 2019. Physeter macrocephalus (amended version of 2008 assessment). The IUCN Red List of Threatened Species e.T41755A160983555.
Teletchea,  F.  2009.  Molecular  identificationmethods  of  fish  species:  Reassessment andpossible applications. Rev Fish Biol Fish 19(3), 265 – 293.
Viricel, A., Rosel, P.E. 2012. Evaluating the utility of COI for cetacean species identification. Marine Mammal Science 28, 37 – 62.
Yusmalinda,  N.L.A.,  Anggoro,  A.W.,  Suhendro,  D.M.,  Ratha,  I.M.J.,  Suprapti,  D.,  Kreb,  D., Cahyani, N.K.D. 2017. Identifikasi jenis pada kejadian cetacea terdampar di Indonesia dengan teknik molekuler. Jurnal Ilmu dan Teknologi Kelautan Tropis 9(2), 465-474.