Keragaman genotipe dan morfometrik ikan tengadak Barbonymus schwanenfeldii (Bleeker 1854) asal Sumatera, Jawa, dan Kalimantan
[Genotype diversity and morphometric of tinfoil barb Barbonymus schwanenfeldii (Bleeker 1854) from Sumatera, Java, and Kalimantan]
Deni Radona 1  , Dinar Tri Soelistyowati 2 , Odang Carman 2 , Rudhy Gustiano 1
1 Balai Penelitian dan Pengembangan Budidaya Air Tawar, Jln. Sempur No. 1 Bogor 16151
2 Departemen Budidaya Perairan, FPIK IPB, Jln. Agatis Kampus IPB Dramaga 16680
Diterima: 21 Oktober 2015; Disetujui: 31 Mei 2016

## Abstrak
Studi keragaman genotipe dan fenotipe populasi awal ikan tengadak ( Barbonymus schwanenfeldii ) asal Sumatera, Jawa, dan  Kalimantan  merupakan  upaya  pemanfaatan  sumber  daya  genetik  ikan  tengadak  untuk  kegiatan  budi  daya  secara berkelanjutan.  Tujuan  penelitian  ini  adalah  melakukan  evaluasi  keragaman  genotipe  dan  fenotipe  ikan  tengadak  asal Sumatera,  Jawa,  dan  Kalimantan.  Analisis  keragaman  genotipe  dilakukan  secara  molekuler  dengan  metode Random Amplified  Polymorphism  DNA (RAPD)  menggunakan  primer  OPA  08,  OPA  09  dan  OPC  02  sedangkan  keragaman fenotipe  dilakukan  berdasarkan  pengukuran truss  morphometric .  Hasil  penelitian  menunjukkan  polimorfisme  genetik tertinggi (40%) ditemukan pada ikan jantan populasi asal Jawa dan ikan betina asal Kalimantan dengan nilai heterozi- gositas tertinggi 0,18 sedangkan polimorfisme terendah (18%) ditemukan pada  ikan betina populasi  asal Jawa dengan tingkat  heterozigositas 0,08.  Jarak  genetik  ketiga  populasi berkisar  0,48-0,55  sedangkan  antara  ikan  jantan  dan betina berki-sar 0,19-0,24. Hasil analisis fungsi kanonikal truss morfometrik ikan tengadak pada 21 karakter terukur  menun- jukkan  sebaran  pengukuran  ketiga  populasi  berada pada  kuadran yang  berbeda. Persentase  indeks keseragaman  intra- populasi menunjukkan indeks keseragaman genetik tertinggi pada populasi Jawa (66,7-86,7 %) dengan indeks kesera- gaman interpopulasi (0-6%) pada populasi Kalimantan dan (0%) pada populasi Sumatera. Berdasarkan data keragaman genotipe dan fenotipe ikan jantan asal Jawa dan ikan betina asal Kalimantan berpotensi sebagai sumber genetik donor untuk pengembangan budidaya ikan tengadak.
Kata penting: morfometrik, polimorfisme, RAPD, tengadak

## Abstract
Study on genotype and phenotype diversity of initial population tinfoil barb from Sumatera, Java and Kalimantan is an effort  to  use  genetic  sources  of  tinfoil  barb  for  sustainable  aquaculture.  This    study  was  to  evaluate  the  diversity  of genotype and phenotype of tinfoil barb from Sumatra, Java and Kalimantan. Analysis of  genotype  diversity  was con- ducted by RAPD methods using primer (OPA 08, OPA 09 and OPC 02) and phenotype based on truss morphometric measurement.  The  result  showed  that  the  highest  genetic  polymorphism  (40%)  was  found  in  the  male  population  of Java and female from Kalimantan with heterozygosity 0.18; while the lowest polymorphism was detected in the female population from Java (18%) with the heterozigosity level at 0.08. Based on the relationship between tinfoil barb from Java,  Sumatera  and  Kalimantan  by  using  three  primer  of  RAPD  showed  that  the  genetic  distance  ranged  from  0.48- 0.55, whereas between male and female population was ranged from 0.19-0.24. Canonical analysis using truss morpho- metric  from  21  measured  characters  among  three  populations  showed  the  different  kind  of  genetic  dispersion.  From intrapopulation  genetic  sharing  percentage,  the  highest  interpopulation  genetic  sharing  component  was  found  in  the tinfoil  barb  from  Java  (66.7-86.7  %),  while  interpopulation  genetic  sharing  component  ranged  0-6  %    and  0  %  were found in the tinfoil barb from Kalimantan and Sumatera, respectively. According to our results, the genotype diversity and phenotype of tinfoil male from Java and female from Kalimantan are genetic resources for developing tinfoil barb aquaculture.
Keywords: morphometric, polymorphism, RAPD, tinfoil barb

## Pendahuluan
Ikan tengadak Barbonymus schwanenfeldii
(Bleeker  1854)  merupakan  ikan  asli  perairan  ta- war Indonesia yang terdapat di pulau Sumatera,
Jawa,  dan  Kalimantan.  Disamping  dikenal  se- bagai  ikan  konsumsi  yang  bernilai  ekonomis tinggi,  ikan  tengadak  juga  berpotensi  sebagai ikan hias  karena bentuknya  unik,  tubuh  bewarna perak  kekuningan,  sirip  punggung  dan  ekor  ber- warna  jingga  atau  merah  darah.  Sebagian  besar produksi ikan tengadak di Indonesia saat ini ma-
_____________________________  Penulis korespondensi Alamat surel: deniradona_kkp@yahoo.com
sih didominasi dari hasil tangkapan di alam. Upa- ya budi daya belum banyak dilakukan untuk me- lestarikan keberadaan jenis ikan ini, sehingga di- khawatirkan populasinya semakin berkurang dan mengalami kepunahan (Gustiano et al . 2015).
Pengembangan  budi  daya  ikan  tengadak dilakukan  apabila  proses  domestikasi  telah  ber- hasil.  Upaya  domestikasi  sangat  diharapkan  da- pat  menjaga  kelestarian  sumber  daya  genetiknya serta  dapat  meningkatkan  produktivitas  melalui pengelolaan  secara  berkelanjutan.  Keragaman genetik yang meliputi variasi alelik dan heterozi- gositas penting  untuk  kelestarian jangka panjang suatu populasi maupun spesies terkait dengan ke- mampuannya  beradaptasi  terhadap  perubahan lingkungan  (Dunham  2004).  Keragaman  genetik juga  berhubungan  erat  dengan  keragaan  pertum- buhan  dan  sifat-sifat  produksi  terutama  sintasan.
Identifikasi  keragaman  genetik  suatu  populasi dapat  dilakukan  dengan  pemetaan  secara  genoti- pe  maupun  fenotipe.  Analisis  keragaman  genoti- pe  dilakukan  dengan  menggunakan  metode
RAPD  ( Random  Amplified  Polymorphism  De- oxyribonucleic  acid )  sedangkan  analisis  fenotipe dapat dilakukan dengan metode truss morphome-
tric .  Analisis  keragaman  genetik  dengan  meng- gunakan metode RAPD dan Truss morphometric
telah dilakukan pada beberapa jenis ikan asli In- donesia diantaranya ikan kancra Tor douronensis
(Nugroho et  al .  2006),  ikan  torsoro Tor  soro
(Asih et al . 2008), ikan tawes Barbonymus goni- onotus (Kusmini et  al. 2009),  ikan  nilem Osteo- chilus  vittatus (Mulyasari  2010),  ikan  tambakan
Helostoma temminckii (Sundari et al . 2012), ikan betok Anabas  testudineus (Slamat et  al .  2011),
ikan gabus Channa striata (Gustiano et al. 2013),
ikan sepat Trichopodus pectoralis (Iskandariah et al . 2015, Aththar et al . 2015) dan ikan baung He- mibagrus  nemurus (Nugroho et  al. 2005).  Hasil analisis RAPD dan truss morphometric pada ba-
nyak ikan asli Indonesia menunjukkan nilai kera- gaman  genetik  yang  bervariasi  dan  berdasarkan penelusuran  kekerabatan  genetik  memungkinkan dapat  dilakukan  seleksi  stok  yang  potensial  di- kembangkan dalam penangkaran selektif menuju kegiatan budi daya yang berkelanjutan.
Tujuan  penelitian  ini  adalah  melakukan evaluasi  keragaman  genotipe  dan  fenotipe  ikan tengadak  asal  Sumatera,  Jawa,  dan  Kalimantan berdasarkan  analisis  RAPD  dan truss  morpho- metric untuk  menyediakan  pangkalan  data  gene- tika  sebagai  acuan  dalam  pengelolaan  budi  daya yang berkelanjutan.

## Bahan dan metode
Penelitian dilakukan selama tiga bulan da- ri bulan Maret sampai Juni 2015. Truss morpho- metric dilakukan  di  Instalasi  Penelitian  Plasma Nutfah  Perikanan  Air  Tawar  dan  analisis  RAPD dilakukan di Laboratorium  Genetika  Balai Pene- litian  dan  Pengembangan  Budidaya  Air  Tawar Bogor.

## Ikan uji
Ikan  uji  yang  digunakan  adalah  ikan  te- ngadak  yang  berasal  dari  Sumatera  (Kawasan Konservasi  Arwana  Kutur,  Dinas  Perikanan  dan Peternakan  Sorolangun  Jambi),  Jawa  (Balai  Pe- lestarian  Perikanan  Perairan  Umum,  Dinas  Ke- lautan  dan  Perikanan  Provinsi  Jawa  Barat),  dan Kalimantan  (Balai  Budidaya  Ikan  Sentral,  An- jungan  Kalimantan  Barat).  Karakteristik  ling- kungan populasi ikan uji disajikan pada Tabel 1.
Ikan  tengadak  yang  digunakan  berukuran panjang 15,2 ± 1,1 cm dan bobot 124,2 ± 28,5 g. Jumlah  sampel  yang  digunakan  untuk  analisis RAPD  sebanyak  15  ekor (8  jantan  dan  7  betina) setiap  populasi,  sedangkan  untuk  pengukuran truss morphometric digunakan sebanyak 30 ekor
(15  jantan  dan  15  betina)  setiap  populasi.  Spesi-
men yang digunakan untuk analisis RAPD adalah sampel  sirip  yang  disimpan  dalam  larutan  alko- hol 70%.

## Random Amplified Polymorphic DNA
Ekstraksi  DNA  ikan  dilakukan  dengan metode Phenol-Chloroform (Nugroho et  al .
1997).  Potongan  sirip  seberat  5-10  mg  dimasuk-
kan  ke  dalam  tabung  1,5  ml,  yang  telah  berisi
larutan TNES ( tris NaCL EDTA sodium dodecil-
sulfat )  Urea  sebanyak  500  µl  dan  larutan  10  µl
proteinase  K  lalu  dihomogenkan  dengan  vortex dan  diinkubasi  pada  suhu  37 o C  selama  24  jam hingga jaringan hancur. Selanjutnya ditambahkan
1,000  µl Phenol  Chloroform lalu  dihomogenkan
dan  disentrifugasi  dengan  kecepatan  10,000  rpm
(rotasi  per  menit)  selama  10  menit.  Supernatan yang  terbentuk  dipindahkan  ke  dalam  tabung yang  baru  dan  ditambahkan  1,000  µl ethanol
90% dan 10 µl natrium asetat. Setelah itu dilaku- kan  sentrifugasi  dengan  kecepatan  10,000  rpm selama 10 menit hingga terbentuk endapan DNA warna  putih.  Hasil  dari  campuran  tersebut  lalu dipisahkan  antara  DNA  dengan  larutan.  DNA yang  telah  terpisah  dikeringkan  dalam  suhu  ka- mar.  Selanjutnya  pelet  DNA  dilarutkan  dalam
100  µl Tris  -  EDTA (TE) buffer dan  disimpan pada  suhu  4 o C.  Amplifikasi  DNA  dilakukan  de-
ngan  metode Polymerase  Chain  Reaction (PCR)
dimulai  dengan  seleksi  6  primer  (OPA  08,  OPA
09,  OPA  11,  OPA  13,  OPC  02  dan  OPC  05).
Pengujian  primer  dengan  komposisi  bahan:  1  µl DNA,  0,5  µl  primer,  1  unit  (10  µl) dry  taq Pro- mega, dan air suling (8,5 µl) dengan total volume sebanyak  20  µl.  Program  PCR  yang  digunakan, meliputi  pradenaturasi  94 o C  selama  5  menit,  de-
naturasi  suhu  94 o C  selama  1  menit,  penempelan primer pada  suhu  36 o C  selama  1  menit,  peman- jangan primer pada suhu 72 o C selama 2,5 menit, elongasi  akhir  72 o C  selama  7  menit  dan  proses penstabilan 4 o C selama 3 menit. Proses PCR ber- langsung  sebanyak  45  siklus.  Hasil  PCR  mem- perlihatkan  bahwa  primer  OPA  08,  OPA  09  dan OPC  02  memberikan  produk  amplifikasi  lebih banyak  dibandingkan  primer-primer  yang  lain. Hasil  PCR  kemudian  dielektroforesis  menggu- nakan  gel  agarose  2%  dalam Tris-Boric-EDTA
(TBE) buffer .  Hasilnya  diamati  dengan  UV  illu- minator  dan  didokumentasikan  dengan  kamera Polaroid.

## Truss morphometric
Metode  pengukuran  dan  penentuan  titik- titik  truss  berdasarkan  Li et  al .  1993  pada  ikan
Megalobrama  amblycephala .  Pembuatan  titik- titik truss dilakukan dengan cara meletakkan ikan di  atas  kertas  yang  telah  dilapisi  plastik  bening dan styrofoam .  Masing-masing  titik  ditandai
dengan  menggunakan  jarum  sesuai  dengan  pola truss  morfometrik,  meliputi:  pengukuran  jarak titik-titik tanda yang dibuat pada kerangka tubuh
(Gambar 1).
Tabel 1. Nilai karakteristik lingkungan populasi ikan uji yang digunakan
Karakteristiklingkungan Populasi Sumatera Jawa Kalimantan Suhu ( o C) 32 - 33 24 - 30 29 - 33 pH 6,5 5 - 7 5,0 - 7,4 Oksigen terlarut (mg L -1 ) 5 - 6,4 4,0 - 5,6 4,5 - 6,6
Gambar  1.  Titik  pengukuran truss morphometric ikan  tengadak.  A1  (ujung  mulut  -  ujung  operkulum  ba- wah), A2 (ujung mulut - batas akhir tulang kepala), A3 (ujung mulut - sirip ventral), A4 (ujung operkulum bawah - batas akhir tulang kepala), A5 (ujung operkulum bawah - sirip ventral), A6 (batas akhir tulang kepala - sirip ventral), B1 (batas akhir tulang kepala - awal sirip dorsal), B3 (batas akhir tulang kepala - awal sirip anal), B4 (sirip ventral - awal sirip dorsal), B5 (sirip ven- tral - awal sirip anal), B6 (awal sirip dorsal - awal sirip anal), C1 (awal sirip dorsal - akhir sirip dorsal),  C3  (awal  sirip  dorsal  -  akhir  sirip  anal),  C4  (awal  sirip  anal  -  akhir  sirip  dorsal),  C5 (awal sirip anal - akhir sirip anal), C6 (akhir sirip dorsal - akhir sirip anal), D1 (akhir sirip dorsal - awal sirip ekor atas), D3 (akhir sirip dorsal - awal sirip ekor bawah), D4 (akhir sirip anal - awal sirip ekor atas), D5 (akhir sirip anal - awal sirip ekor bawah) dan D6 (awal sirip ekor atas - akhir sirip ekor bawah).

## Analisis data
Tingkat  keragaman  genetik  intrapopulasi dianalisis menggunakan program Tools for Popu- lation  Genetic  Analysis (TFPGA)  mengacu  pada
Wright (1978) in Miller (1997). Hubungan keke- rabatan interpopulasi dianalisis berdasarkan jarak genetik dengan program Unweight Pair Methods
Arithmetic (UPGMA)  dan  disajikan  dalam  ben- tuk  dendrogram.  Analisis  sebaran  karakter  mor- fometrik  intra  dan  interpopulasi  dilakukan  de- ngan anova menggunakan SPSS versi 18 dan di- sajikan  dalam  diagram  diskriminan  kanonikal serta analisis indeks keseragaman.

## Hasil
Keragaman genotipe ikan tengadak
Amplifikasi  DNA  menggunakan  tiga  pri- mer  (OPA  08,  OPA  09,  dan  OPC  02)  pada  ikan tengadak  jantan  dan  betina  asal  Sumatera,  Jawa, dan  Kalimantan  memperlihatkan  situs  DNA  ter- amplifikasi  pada  setiap  lokus  bervariasi  (Tabel 2).  Berdasarkan  profil  RAPD,  jumlah  fragmen pada  populasi  jantan  dan  betina  interpopulasi berkisar  8-18  sedangkan  ukuran  fragmen  DNA teramplifikasi  yang  paling  besar  180-3000  bp pada  populasi  ikan  jantan  asal  Jawa  dan  pada ikan  betinanya  lebih  rendah  yaitu  180-2000  bp. Pada  populasi  lainnya,  ukuran  fragmen  DNA teramplifikasi  berkisar  200-2000  bp  pada  ikan tengadak asal Kalimantan dan 250-1800 bp pada ikan tengadak asal Sumatera.
Tabel 2. Jumlah dan ukuran fragmen DNA (OPA 08, OPA 09, dan OPC 02) ikan tengadak jantan dan be- tina asal Sumatera, Jawa, dan Kalimantan Asal populasi Jumlah fragmen Ukuran fragmen (bp) Betina (♀) Jantan ( ♂) Betina (♀) Jantan ( ♂) Sumatera Jawa Kalimantan 9 - 18 11 - 14 11 - 14 8 - 18 12 - 16 11 - 15 250 - 1800 180 - 2000 200 - 2000 250 - 1800 180 - 3000 200 - 2000
Persentase polimorfisme dan heterozigosi- tas pada populasi ikan tengadak jantan dan betina (Tabel  3)  memperlihatkan  bahwa  polimorfisme genetik yang tertinggi yaitu 40,54% pada popula- si  jantan  asal  Jawa  dan  betina  asal  Kalimantan sedangkan  yang terendah  yaitu 18,91% pada po- pulasi  betina  asal  Jawa.  Tingkat  heterozigositas yang  tertinggi  yaitu  0,18  pada  populasi  jantan dan  betina  asal  Kalimantan  serta  yang  terendah yaitu  0,08  pada  populasi  betina  asal  Jawa.  Uji perbandingan  ber-pasangan  Fst  menunjukkan perbedaan  keragaman  genetik  yang  nyata  antara populasi  jantan  dan  betina  ikan  tengadak  asal Sumatera, Jawa, dan Kalimantan (P<0,05).
Analisis dendrogram hubungan kekerabat- an  berdasarkan  perhitungan  jarak  genetik  intra- populasi (Gambar 2) diperoleh hubungan genetik
antara  jantan  dan  betina  lebih  dekat  yaitu  berki- sar  0,1906  -  0,2362  dibandingkan  dengan  hubu- ngan  genetik  interpopulasi  antara  Sumatera, Jawa,  dan  Kalimantan  yaitu  berkisar  0,4826  - 0,5495.  Populasi  ikan  tengadak  asal  Jawa  dan Sumatera  menunjukkan  hubungan  kekerabatan yang  lebih  dekat  dibandingkan  dengan  populasi asal Kalimantan.

## Truss morphometric ikan tengadak
Keragaman  morfometrik  berdasarkan  21 karakter  (Tabel  4)  yang  dianalisis  dengan wilks lambda dan lavene  test (anova)  menunjukkan perbedaan  pada  empat  karakter  spesifik  lokasi yaitu dibagian kepala dan pangkal ekor (A3, A5, D1 dan D6) dan berbeda nyata koefisien  kovari- ansinya pada semua karakter.
Tabel 3. Persentase polimorfisme dan heterozigositas ikan tengadak  jantan dan betina asal Sumatera, Jawa dan Kalimantan
Asal Populasi Polimorfisme (%) Heterozigositas Betina (♀) Jantan ( ♂) Betina (♀) Jantan ( ♂) Sumatera Jawa Kalimantan 32,43 18,92 40,54 32,43 40,54 37,84 0,16 0,08 0,18 0,14 0,16 0,18
Gambar  2.  Dendrogram  hubungan  kekerabatan  ikan  tengadak  jantan  dan  betina  asal  Sumatera,  Jawa  dan Kalimantan berdasarkan keragaman OPA 08, OPA 09 dan OPC 02
Tabel 4.  Analisis wilks lambda dan lavene test (anova) variasi fenotip pada 21 karakter morfometrik dari ikan tengadak jantan dan betina asal Sumatera, Jawa dan Kalimantan
Karakter morfo- metrik Rataan (cm) Signifi kan anova Signifi kan Wilks lambda Sumatera Jawa Kalimantan Betina (♀) Jantan ( ♂) Betina (♀) Jantan ( ♂) Betina (♀) Jantan ( ♂) A1 0,198 ± 0,016 (8,06) 0,199 ± 0,010 (5,09) 0,183 ± 0,018 (10,03) 0,166 ± 0,011 (6,57) 0,184 ± 0,009 (5,16) 0,188 ± 0,012 (6,33) ,352 ,000 * A2 0,165 ± 0,011 (6,85) 0,180 ± 0,013 (7,16) 0,160 ± 0,012 (7,54) 0,160 ± 0,009 (5,84) 0,164 ± 0,012 (7,18) 0,167 ± 0,010 (5,95) ,664 ,000 * A3 0,540 ± 0,019 (3,60) 0,534 ± 0,014 (2,57) 0,525 ± 0,030 (5,74) 0,500 ± 0,016 (3,28) 0,540 ± 0,014 (2,61) 0,522 ± 0,018 (3,37) ,011 * ,000 * A4 0,237 ± 0,012 (5,04) 0,232 ± 0,012 (5,16) 0,227 ± 0,015 (6,60) 0,204 ± 0,009 (4,27) 0,225 ± 0,013 (5,70) 0,222 ± 0,010 (4,48) ,490 ,000 * A5 0,374 ± 0,019 (5,16) 0,362 ± 0,020 (5,55) 0,367 ± 0,034 (9,30) 0,355 ± 0,015 (4,18) 0,380 ± 0,015 (4,00) 0,360 ± 0,015 (4,13) ,031 * ,013 * A6 0,477 ± 0,018 (3,72) 0,461 ± 0,014 (2,99) 0,460 ± 0,027 (5,90) 0,433 ± 0,015 (3,38) 0,476 ± 0,014 (2,99) 0,456 ± 0,015 (3,39) ,055 ,000 * B1 0,403 ± 0,012 (3,03) 0,387 ± 0,015 (3,79) 0,363 ± 0,021 (5,91) 0,376 ± 0,026 (6,90) 0,368 ± 0,017 (4,63) 0,354 ± 0,015 (4,35) ,075 ,000 * B3 0,653 ± 0,015 (2,32) 0,640 ± 0,011 (1,67) 0,624 ± 0,020 (3,14) 0,611 ± 0,017 (2,71) 0,632 ± 0,020 (3,24) 0,619 ± 0,020 (3,28) ,515 ,000 * B4 0,488 ± 0,014 (2,93) 0,462 ± 0,019 (4,03) 0,442 ± 0,025 (5,59) 0,416 ± 0,017 (4,08) 0,488 ± 0,018 (3,77) 0,457 ± 0,012 (2,66) ,425 ,000 * B5 0,242 ± 0,019 (8,01) 0,241 ± 0,014 (5,64) 0,242 ± 0,016 (5,23) 0,241 ± 0,016 (6,55) 0,233 ± 0,015 (6,35) 0,219 ± 0,014 (6,38) ,690 ,000 * B6 0,501 ± 0,011 (2,14) 0,492 ± 0,014 (2,78) 0,448 ± 0,013 (2,80) 0,435 ± 0,015 (2,67) 0,503 ± 0,018 (3,61) 0,492 ± 0,017 (3,46) ,353 ,000 * C1 0,176 ± 0,014 (7,81) 0,180 ± 0,021 (11,92) 0,164 ± 0,017 (10,25) 0,168 ± 0,018 (10,98) 0,191 ± 0,012 (6,37) 0,195 ± 0,015 (7,71) ,655 ,000 * C3 0,479 ± 0,010 (2,16) 0,467 ± 0,034 (7,23) 0,444 ± 0,016 (3,65) 0,435 ± 0,015 (3,54) 0,489 ± 0,017 (3,40) 0,480 ± 0,016 (3,42) ,404 ,000 * C4 0,382 ± 0,011 (2,98) 0,375 ± 0,024 (6,45) 0,333 ± 0,014 (4,21) 0,323 ± 0,019 (5,92) 0,370 ± 0,015 (4,11) 0,360 ± 0,009 (2,59) ,264 ,000 * C5 0,152 ± 0,018 (12,01) 0,150 ± 0,014 (9,50) 0,137 ± 0,018 (13,44) 0,132 ± 0,010 (7,38) 0,157 ± 0,011 (6,87) 0,152 ± 0,008 (5,14) ,054 ,000 * C6 0,327 ± 0,009 (2,90) 0,318 ± 0,017 (5,43) 0,295 ± 0,009 (2,93) 0,286 ± 0,009 (3,09) 0,320 ± 0,014 (4,37) 0,308 ± 0,009 (3,07) ,290 ,000 * D1 0,312 ± 0,010 (3,30) 0,302 ± 0,013 (4,36) 0,340 ± 0,022 (6,48) 0,331 ± 0,010 (2,97) 0,302 ± 0,021 (6,93) 0,301 ± 0,017 (5,74) ,010 * ,000 * D3 0,387 ± 0,013 (3,38) 0,377 ± 0,025 (6,62) 0,402 ± 0,020 (4,92) 0,390 ± 0,010 (2,55) 0,379 ± 0,019 (4,99) 0,369 ± 0,012 (3,12) ,251 ,000 * D4 0,235 ± 0,012 (5,06) 0,235 ± 0,012 (5,30) 0,234 ± 0,020 (8,62) 0,240 ± 0,020 (8,35) 0,220 ± 0,012 (5,29) 0,221 ± 0,014 (6,32) ,043 ,002 * D5 0,144 ± 0,018 (12,65) 0,152 ± 0,014 (9,02) 0,173 ± 0,019 (11,18) 0,186 ± 0,025 (13,48) 0,133 ± 0,013 (9,74) 0,138 ± 0,014 (10,15) ,108 ,000 * D6 0,156 ± 0,008 (4,99) 0,159 ± 0,005 (2,89) 0,141 ± 0,018 (13,08) 0,132 ± 0,010 (7,78) 0,147 ± 0,008 (5,80) 0,150 ± 0,010 (6,54) ,000 * ,000 *
Keterangan: *) berbeda nyata (P<0,05).
Sebaran  21  karakter  fenotipe truss  mor- phometric ikan  tengadak  jantan  dan  betina  asal
Sumatera,  Jawa,  dan  Kalimantan  berdasarkan analisis fungsi kanonikal memperlihatkan penge- lompokan  interpopulasi  yaitu  sebaran  karakte- ristik populasi Sumatera berada di kuadran I ter- pisah dengan populasi Kalimantan di kuadran IV, sedangkan populasi Jawa berada di kuadran II-III terpisah  dari  populasi  Sumatera  dan  Kalimantan (Gambar 3).
Analisis  indeks  keseragaman  genotipe intrapopulasi  menunjukkan  bahwa  populasi  ikan tengadak jantan dan betina Jawa memiliki indeks keseragaman  yang  tinggi  yaitu  66,7-86,7%  di- bandingkan  dengan  populasi  jantan  dan  betina asal  Sumatera  dan  Kalimantan  yaitu  53,3-66,7% (Tabel 5). Indeks keseragaman inter-populasi di- temukan rendah 0-6,7% antara populasi asal Ka- limantan  dengan  Jawa,  namun  tidak  ditemukan antara Jawa dan Sumatera.
Gambar  3.  Penyebaran  karakter  morfometrik  ikan  tengadak  jantan  dan  betina  asal  Sumatera,  Jawa  dan Kalimantan
Tabel 5. Nilai persentase indeks keseragaman (%) ikan tengadak jantan dan betina asal Sumatera, Jawa, dan
Kalimantan Populasi Sumatera Jawa Kalimantan Jumlah ♂ ♀ ♂ ♀ ♂ ♀ Sumatera ♂ 53,3 40,0 0 0 0 6,7 100 ♀ 26,7 66,7 0 0 0 6,7 100 Jawa ♂ 0 0 86,7 13,3 0 0 100 ♀ 0 0 33,3 66,7 0 0 100 Kalimantan ♂ 6,7 0 0 0 66,7 26,7 100 ♀ 0 6,7 0 6,7 33,3 53,3 100
Keterangan: Populasi betina (♀), populasi jantan ( ♂ )

## Pembahasan
Tingkat  polimorfisme  ditentukan  oleh jumlah  fragmen  yang  teramplifikasi  pada  3  pri- mer yang digunakan (OPA 08, OPA 09, dan OPC 02). Perbedaan polimorfisme  pita DNA  yang di- hasilkan  tergantung  pada  situs  penempelan  pri- mer  dan  dapat  digunakan  untuk  memberikan gambaran  mengenai  tingkat  keragaman  genetik suatu populasi (Gusmiati et al . 2012, Gustiano et
al .  2013).  Populasi  jantan  asal  Jawa  dan  betina asal  Kalimantan  memiliki  persentase  polimorfis- me tertinggi (40,54 %) sedangkan heterozigositas yang  tertinggi  sebesar  (0,18)  pada  populasi  asal Kalimantan.  Heterozigositas  merupakan  ukuran keragaman  genetik  berdasarkan  proporsi  jumlah
individu heterozigot populasi, semakin tinggi he- terozigositas maka semakin banyak gen yang ter- libat  dalam  menyumbangkan  tingkat  kebugaran suatu populasi (Tave 1993). Menurut Kusmini et al .  (2012),  tingginya  tingkat  polimorfisme  pada populasi  menunjukkan efektifitas individu dalam proses seleksi ( random mating ) dan reproduksi di
habitatnya.  Sebaliknya,  rendahnya  tingkat  poli- morfisme  populasi  diduga  berhubungan  dengan hambatan aliran gen (g ene flow ) oleh faktor ling- kungan  atau  terbatasnya  ukuran  populasi  yang menyebabkan  silang  dalam  sehingga  mereduksi ragam  genetik  intrapopulasi.  Rendahnya  kera- gaman genetik intrapopulasi akan mengakibatkan munculnya  sifat  negatif  antara  lain  pertumbuhan
1 2 4 3
lambat,  reproduksi,  dan  tingkat  adaptasi  yang rendah (Leary et al. 1985).
Keragaman  genetik  merupakan  parameter kunci kebugaran populasi yang menjamin keber- lanjutannya  dan  kemampuan  merespon  secara pasif  seleksi  alam  ataupun  buatan  (Lorenzen et al. 2012).  Perbedaan  keragaman  genetik  dapat meningkatkan  jarak  genetik  antarpopulasi  dan umumnya  digunakan  sebagai  pertimbangan  da- lam  melakukan  seleksi  dan  persilangan.  Kera- gaman genetik populasi Sumatera, Jawa dan Ka- limantan menunjukkan berbeda nyata dengan ki- saran  18,92-40,54%  diduga  merupakan  populasi yang  masih  tertutup  dan  belum  mengalami  eks- plorasi  genetik.  Populasi  Jawa  dan  Kalimantan yang memiliki ragam genetik tinggi potensial da- pat dikembangkan untuk budi daya. Populasi jan- tan  dan  betina  asal  Jawa  memiliki  jarak  genetik lebih  dekat  dengan  populasi  jantan  dan  betina asal Sumatera (0,4826) sedangkan populasi Kali- mantan  memiliki  jarak  genetik  terjauh  (0,5495).
Upaya untuk meningkatkan ragam genetik popu- lasi  dapat  dilakukan  dengan  silang  luar  interpo- pulasi  menggunakan  materi  genetik  asal  Kali- mantan yang memiliki jarak genetik paling jauh.
Variabilitas fenotipe mencerminkan varia- bilitas  genotipe  populasi  (Falconer  &Mackay 1996;  Gjedrem  2005).  Koefisien  keragaman populasi  ikan  tengadak  betina  berkisar  2,24- 13,44%  sedangkan  jantan  berkisar  1,67-13,48%.
Secara  umum  ikan  tengadak  jantan  dan  betina dari  populasi  Sumatera,  Jawa  dan  Kalimantan memiliki  karakter  morfologi  yang  berbeda.  Per- bedaan  karakter  morfologi  ikan  tengadak  jantan dan  betina  ketiga  populasi  berbanding  lurus  de- ngan jarak genetik yang ada, semakin jauh jarak- nya  semakin  berbeda  bentuknya.  Pada  analisis morfometrik 21 karakter yang terukur dari popu- lasi jantan dan betina memiliki perbedaan karak- ter  yang  spesifik  lokasi,  yaitu  pada  A3  (ujung
mulut-sirip  ventral),  A5  (ujung  operkulum bawah-sirip  ventral),  D1  (akhir  sirip  dorsal-awal sirip ekor atas) dan D6 (awal sirip ekor atas-akhir sirip  ekor  bawah)  yang  dapat  digunakan  sebagai penciri  asal  ikan.  Menurut  Li et  al. (1993)  dan
Tave  (1993),  perbedaan  fenotipe  dipengaruhi oleh faktor genetik, lingkungan dan interaksi ge- netik  dengan  lingkungan.  Kondisi  lingkungan perairan  ketiga  populasi  ikan  tengadak  terdapat kondisi  yang  berbeda  terutama  pada  parameter suhu, yaitu Sumatera (32-33 o C), Jawa (24-30 o C), dan Kalimantan (29-33 o C).
Perbedaan  karakter  morfologi  ikan  tenga- dak  jantan  dan  betina  pada  populasi  Sumatera, Jawa,  dan  Kalimantan  didukung  oleh  hasil  ana- lisis  fungsi  kanonikal  yang  memperlihatkan  pe- misahan  populasi  Kalimantan  (kuadran  IV), populasi Sumatera (kuadran I) dan populasi Jawa (kuadran II-III), namun berdasarkan indeks kese- ragaman  interpopulasi  menunjukkan  terdapat aliran  gen  yang  berlangsung  didalam  populasi. Nilai  indeks  keseragaman  intrapopulasi  menun- jukan  ikan  tengadak  asal  Jawa  (66,7-86,7%),  le- bih  tinggi  dibandingkan  Sumatera  dan  Kaliman- tan (53,3-66,7%), sedangkan indeks keseragaman interpopulasi  ditemukan  antara  ikan  tengadak asal  Jawa  dengan  Kalimantan  dan  Kalimantan dengan Sumatera sebesar 6,7% namun tidak dite- mukan  indeks  keseragaman  (0%)  antara  Jawa dengan  Sumatera.  Menurut  Setijaningsih  (2007), tinggi  rendahnya  nilai  indeks  keseragaman  dipe- ngaruhi  oleh  sumber  genetik  pembentuknya,  se- makin  tinggi  indeks  keseragaman  menunjukkan eksklusifitas  populasi  atau  diduga  merupakan populasi yang tertutup.

## Simpulan
Keragaman genetik ikan tengadak asal Ka- limantan menunjukkan polimorfisme  dan hetero- zigositas  tertinggi  serta  hubungan  kekerabatan genetik  yang  paling  jauh  dibandingkan  dengan
populasi  Sumatera  dan  Jawa.  Persentase  indeks keseragaman  intrapopulasi  pada  ikan  tengadak Jawa  menunjukkan  yang  tertinggi  sedangkan  in- deks  keseragaman  interpopulasi  rendah  yaitu antara  populasi  asal  Jawa  dengan  Kalimantan (6,7%) dan tidak ditemukan keseragaman dengan populasi asal Sumatera. Ikan tengadak asal Kali- mantan  potensial  sebagai  sumber  genetik  donor untuk  pengembangan  budi  daya  melalui  silang luar dengan populasi Jawa.

## Persantunan
Penulis  mengucapkan  terimakasih  kepada ibu Irin Iriana Kusmini, Sudarmaji, Fera Permata Putri,  dan  Sri  Sundari  atas  bantuan  yang  diberi- kan selama penelitian.

## Daftar pustaka
Asih  S,  Nugroho  E,  Kristanto  AH,  Mulyasari. 2008. Penentuan variasi genetik ikan batak
( Tor  soro )  dari  Sumatera  Utara  dan  Jawa Barat  dengan  metode  analisis  Random Amplified  Polymorphism  DNA  (RAPD). Jurnal Riset Akuakultur, 3(1): 91-97.
Ath-Thar  MF,  Soelistyowati  DT,  Gustiano  R. 2015. Performa reproduksi ikan sepat siam ( Trichopodus pectoralis Regan  1910)  asal Sumatera,  Jawa  dan  Kalimantan. Jurnal Iktiologi Indonesia , 14 (3): 201-210.
Dunham  RA.  2004. Aquaculture  and  Fisheries Biotechnology  :  Genetic  Approach ,  CABI Publishing, Cambridge, USA. 372 p.
Falconer FS, Mackay TFC. 1996. Introduction to Quantitative Genetics . Longman, England. 464 p.
Gjedrem  T.  2005. Selection  and  Breeding  Pro- gram  in  Aquaculture .  Akvaforsk,  As. Norway. 364 p
Gusmiati,  Restu  M,  Pongtuluran.  2012.  Seleksi primer  untuk  analisa  keragaman  genetik jenis  bitti  ( Vites  coffassus ). Jurnal  Peren- nial . 8(1): 25-29.
Gustiano  R,  Kusmini  I,  Ath-thar  MFH.  2015. Mengenal Sumber Daya Genetik Ikan Spe- sifik Lokal Air Tawar Indonesia untuk Pe- ngembangan Budidaya . IPB Press. Bogor. 51 p.
Gustiano R, Oktaviani T, Soelistyowati DT, Kus- mini  I,  Wahyutomo,  Huwoyon  G.  2013. Analisa ragam  genotip RAPD dan  fenotip truss  morphometric  pada  tiga  populasi ikan  gabus  ( Channa  striata ). Berita  Bio- logi, 12 (3) : 325-333
Iskandariah, Soelistyowati DT, Gustiano R, Kus- mini II, Huwoyon GH. 2015. Ragam gene- tik tiga populasi sepat siam  asal Kaliman- tan  menggunakan  analisis  RAPD  dan pengukuran morfometrik truss. Berita Bio- logi, 14(1): 57-68
Kusmini II, Gustiano R, Mulyasari. 2012. Karak- terisasi genetik ikan Kelabau ( Osteochilus kelabau )  dari  berbagai  lokasi  di  Kaliman- tan  Barat  menggunakan  analisis  RAPD . Berita Biologi, 10(4): 449-454.
Kusmini  II,  Mulyasari,Widiyati  A,  Nugroho  E.
2009.  Karakter  genetik  ikan  tengadak ( Barbodes sp.), ikan tawes albino ( Barbo- des sp.) dan  ikan tawes ( Barbodes gonio- notus ). In : Rustadi, Ustadi, Djumanto (edi- tor). Prosiding Seminar Nasional Tahunan VI Hasil Penelitian Perikanan dan Kelaut- an (2009). Yogyakarta, Indonesia. Yogya- karta (ID). UGM. hlm. 332-338.
Li S, Cai W, Zhou B. 1993. Variation in morpho- logy  and  biochemical  genetic  markers among  populations  of  blunt  snout  bream ( Megalobrama  amblycephala ). Aquacul- ture , 111(1-4): 117-127.
Leary  RF,  Allendrof  FW,  Knudsen  KL.  1985. Development  instability  and  high  meristic counts  in  interspecific  hybrid  of  salmonid fishes. Evolution , 3: 1318-1326.
Lorenzen K, Beveridge MCM, Mangel M. 2012. Cultured fish: integrative biology and ma- nagement  of  domestication  and  interact- ions with wild fish. Biology Review , 87(3): 639-660.
Mulyasari 2010. Karakteristik fenotipe morfome- ristik  dan  keragaman  genotipe  RAPD (Random Amplified Polymorphism DNA) ikan  nilem  ( Osteochilus  hasselti )  di  Jawa Barat. Tesis . Sekolah Pascasarjana Institut Pertanian Bogor, 63 p.
Miller  MP.  1997.  Tools  for  Population  Genetic Analysis  (TFPGA)  version  1.3.  Depart- ment of Biological Science. Northern Ari- zona University, Arizona, USA.
Nugroho E, Takagi M, Taniguchi N. 1997. Prac- tical  manual  on  detection  of  DNA  poly- morphism  in  fish  population  study. Bul- letin  of  Marine  Sciences  and  Fisheries , 18(1): 109-129.
Nugroho  E,  Hadie  W,  Subagja  J,  Kurniasih  T. 2005.  Keragaman  genetik  dan  morfome- trik pada ikan baung, Mystus nemurus dari Jambi, Wonogiri dan Jatiluhur. Jurnal Pe- nelitian Perikanan Indonesia , 11(1): 1-6.
Nugroho  E,  Subagja  J,  Asih  S,  Kurniasih  T.
2006.  Evaluasi  keragaman  genetik  ikan kancra  dengan  menggunakan  marker  mt DNA  D-loop  dan  Random  Amplified  Po- lymorphism  DNA  (RAPD). Jurnal  Riset Akuakultur , 1 (2): 211-217.
Slamat,  Thohari  AM,  Soelistyowati  DT.  2011. Keanekaragaman  genetik  ikan  betok ( Anabas  testudineus )  pada  tiga  ekosistem perairan  rawa  di  Kalimantan  Selatan.
Agroscientiae , 18(3): 129-135
Setijaningsih  L,  Arifin  OZ,  Gustiano  R.  2007. Karakterisasi  tiga  strain  ikan  gurame
( Osphronemus  gouramy  lac .)  berdasarkan metode truss morfometrik. Jurnal Iktiologi Indonesia, 7(1): 23-30
Sundari  S,  Iskandariah,  Huwoyon  GH,  Kusmini II,  Gustiano  R.  2012.  Keragaman  genetik 3 populasi ikan tambakan ( Helostoma tem- minckii )  asal  Sumatera,  Jawa  dan  Kali- mantan  menggunakan  metode  RAPD. In : Haryanti,  Imron,  Rachmansyah,  Sunarto A,  Sugama  K,  Sumiarsa  GS,  Parenrengi A,  Azwar  ZI,  Sudrajat  A,  Kristianto  AH, editor. Prosiding Forum Inovasi Teknologi Akuakultur (8-11  Juni  2012).  Makasar,
Indonesia.  Jakarta  (ID)  :  P4B.  hlm  1109- 1114
Tave  D.  1993. Genetic  for  Fish  Hatchery  Ma- nagers .  Kluwer  Academic  Publishers. Netherland. 415 p.