## JARAK GENETIK POPULASI KUDA LOKAL SULAWESI UTARA BERDASARKAN ANALISIS MORFOLOGI DAN POLIMORFISME PROTEIN DARAH
Takaendengan B.J 1) , Ronny R Noor 2) , Cece Sumantri 2) , Sri Adiani 1)
1) Fakultas Peternakan Universitas Sam Ratulangi, Manado 95115 e-mail: juvarda@yahoo.com , sri_adiani@yahoo.de
2) Departemen Ilmu Produksi dan Teknologi Pemuliaan, Fakultas Peternakan, Institut Pertanian Bogor, Bogor (e-mail: ronny_noor@yahoo.com )

## ABSTRAK
Penelitian ini bertujuan untuk menentukan jarak genetik antar subpopulasi kuda lokal di Sulawesi Utara dengan menggunakan analisis morfologi dan polimorfisme protein darah. Subpopulasi kuda local yang diamati meliputi 505 ekor kuda dewasa yang terdiri dari 310 kuda jantan (stallion) dan 193 kuda betina (mare) dengan umur 2-7 tahun.  Analisis morfologi digunakan untuk menentukan ukuran  tubuh  dan  bobot  badan,  sedangkan  analisis  polimorfisme  protein  darah  dilakukan  untuk menduga  keragaman  genetic  berdasarkan  polimorfisme  protein    Albumin  (Alb),  post-albumin (PAlb), transferin (Tf), post-transferin 1 (PTf-1), post-transferin 2 (PTf-2), alfa-hemoglobin(Hbα) dan beta-hemoglobin (Hbβ).  Analisis morfologi menunjukkan bahwa rata-rata ukuran badan dan bobot tubuh subpopulasi kuda Tomohon  lebih tinggi (p<0.05) dibandingkan dengan subpopulasi di  3  daerah  lainnya  (Manado,  Minahasa  selatan  dan  Minahasa).    Jarak  genetik  terdekat  (2,75) terdapat  antara  subpopulasi    kuda  Minahasa  dan  Minahasa  Selatan,  sedangakan  jarak  genetic terjauh (9,02) terdapat  antara subpopulasi kuda Tomohon dan Manado.  Hasil kedua analisis ini menunjukkan  bahwa  subpopulasi  kuda  Tomohon  mempunyai  hubungan  kekerabatan  yang  jauh dengan ketiga subpopulasi kuda Sulawesi Utara lainnya.
Kata kunci: jarak genetik, kuda, morfologi, polimorfisme protein darah

## DETERMINATION OF GENETIC DISTANCE ON NORTH SULAWESI NATIVE HORSES BASED ON ANALYSIS  OF MORPHOLOGY AND BLOOD-PROTEIN POLYMORPHISM

## ABSTRACT
This  research  aimed  to  determine  genetic  distance  among  subpopulations  of  North  Sulawesi natice  horses  using  analysis  of  morphology  and  blood  protein  polymorphism.    The  observed subpopulations  of  native  horses  included  505  mature  horses  2-7  years  old  and  consisted  of  310 males (stallion) and 193 females (mare).  Morphological analysis was used to determine the size and weight of body.  Analysis of blood protein polymorphism was conducted to estimate genetic polymorphism of Albumin (Alb), Post Albumin (PAlb), Transferin (Tf), Post Transferin-1(PTf1), Post  Transferin-2  (PTf2),  alfa  Hemoglobin  (Hbα)  and  beta  Hemoglobin  (Hbβ).    Morphological analysis showed that average size and weight of body in subpopulation of Tomohon horses were bigger (p<0,05) than 3 other ones (Manado, South Minahasa and Minahasa).  The nearest genetic distance  (viz.  2,75)  was  between  Minahasa  and  South  Minahasa  horses,  whereas  the  longest genetic  distance  was  between  Tomohon  and  Manado  subpopulations.    These  analysis  indicated that Tomohon horses bad far relationship to 3 other horse subpopulations ini North Sulawesi.
Keywords: genetic distance, horse, morphology, blood protein polymorphism

## PENDAHULUAN
Populasi  kuda  di  Indonesia  berkisar 400  ribu  ekor  yang  tersebar  di  beberapa daerah  (BPS,  2010).  Bangsa-bangsa  kuda yang  ada  di  Indonesia  hingga  saat  ini
umumnya merupakan hasil persilangan kuda- kuda lokal ( Sandelwood pony ) dengan bangsa kuda Arab atau kuda Thoroughbred , kuda asli Sumbawa, dan kuda-kuda asli Eropa (Equestrian  Indonesia,  2008) . Populasi  kuda
saat ini telah beradaptasi dengan lingkungannya  serta  mampu  menghasilkan keturunan  yang  fertil,  maka  menurut  Noor (2008)  populasi  tersebut  telah  terbukti mampu  mengatasi  cekaman  lingkungan sehingga  ternak  seperti  ini  cocok  untuk dikembangkan di Indonesia. Adaptasi terhadap  perubahan  genetik  hanya  terjadi apabila hewan baik populasi maupun individu mampu lolos dari faktor-faktor yang mengganggu seperti terjadinya mutasi, seleksi,  migrasi  (percampuran  bangsa)  dan penghanyutan  genetik  secara  acak.  (Liu, 1998;  Lanari, et  al .  2003),  akan  tetapi menurut Martodjo (2003), perubahan genetik dapat dimanfaatkan untuk mengetahui proses evolusi  suatu  populasi  bangsa  ternak  dengan melihat jarak genetik suatu populasi.
Penelitian  mengenai  jarak  genetik untuk  populasi  kuda  di  Indonesia  masih belum  banyak  dilakukan.  Salah  satu  metode dengan melihat adanya perbedaan fenotip dan genotip  akibat  adanya  seleksi  dan  mutasi dapat  juga  dimanfaatkan  untuk  mengetahui jarak  genetik  adalah  analisis  keragaman (Komenes,  1999).  Keragaman  fenotip  dapat diketahui  dengan  mengukur  bagian-bagian tubuh  atau  morfometrik.  (Freeland,  2005). Pengukuran  ukuran  tubuh  digunakan  untuk membedakan keragaman baik ukuran maupun  bentuk  tubuh  terhadap  populasi ternak  berukuran  besar  seperti  kuda  (Dietl, Hoffmann & Reinsch. 2005). Ukuran-ukuran tubuh  sering  dipakai  secara  rutin  sebagai parameter  pengganti  dalam  menduga  bobot hidup  ternak,  sedangkan  analisis  keragaman dan  korelasi  banyak  digunakan  dalam mengkarakterisasi hubungan sifat-sifat fenotip  dan  genetik  (Salako,  2006).  Analisis komponen  utama  adalah  bentuk  modifikasi perhitungan  yang  dipakai  saat  karakterisasi secara  fisik  menunjukkan  adanya  hubungan yang erat antar parameter dengan berat hidup hewan (Salako dan Ngere, 2002).
Pendekatan  ilmiah  lainnya  adalah dengan  memanfaatkan  teknologi  molekuler yang  berdasarkan  penanda  immunogenetik dan  biokimia  yang  saat  ini  telah  banyak dimanfaatkan  dalam  upaya  pencatatan  dan verifikasi keturunan dari kuda-kuda domestik.  Hubungan  antar  populasi  kuda dapat diungkap dengan memanfaatkan teknologi  pengujian  sampel  sel  darah  merah dan polimorfisme protein darah (Bowling and
Ruvinsky,  2004).  Analisis  polimorfisme protein  darah  dengan  menggunakan  metode PAGE  ( Polyacrylamide  Gel  Electrophoresis ) merupakan salah satu teknik yang sudah lama tetapi sering digunakan untuk mengidentifikasi  enzim  atau  protein,  yaitu metode  yang  sederhana  dan  relative  murah dalam memisah-kan molekul kimia berdasarkan perbedaan ukuran, berat molekul,  dan  muatan  listrik  yang  dikandung oleh  makro  molekul  dengan  menggunakan arus  listrik.  Protein  merupakan  salah  satu bentuk  makro  molekul  yang  dihasilkan  sel hidup yang berfungsi sebagai tempat penyimpanan  informasi  genetik  (Rodwell, 1983).
Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan  informasi  keragaman  fenotip dan  jarak  genetik  dengan  analisis  morfologi dan  polimorfisme  protein  darah  beberapa populasi kuda lokal di Sulawesi Utara.

## METODOLOGI PENELITIAN

## Waktu dan Tempat Penelitian
Penelitian ini (pengukuran dan pengambilan sampel) dilaksanakan di propinsi  Sulawesi  Utara  yaitu  di  4  wilayah administrasi  yaitu:  Kabupaten  Minahasa, Kabupaten Minahasa Selatan, Kota Tomohon dan  Kota  Manado,  pada  bulan  April  –  Juni 2010. Analisis  data dan laboratorium dilaksanakan di Laboratorium Pemuliaan dan Rekayasa  Genetik,  Fakultas  Peternakan, Institut  Pertanian  Bogor,  pada  bulan  Juli  – Desember 2010.

## Alat dan Bahan

## Alat
Peralatan  yang  digunakan  adalah timbangan lapangan digital, pita meteran dan tongkat  ukur  (FHK stainless  steel ),  alat  tulis dan kamera digital SLR Nikon D70s 10 mega pixel.  Alat  untuk  pengambilan  sampel  darah adalah jarum suntik Terumo (none) 5 ml, ice box,  centrifuge  tube 3  ml.  Mikropipet  P10, P20, beserta pipet tipnya, microtube eppendorf 1.5  dan  0.2,  gelas  ukur, erlenmeyer  dan  gelas  piala.  Peralatan elektronik  untuk  preparasi  sampel  adalah mikrosentrifus (Eppendorf  Centrifuge 5415 C); vortex  (Maxi  Mix  Thermolyne 37600 Mixer); waterbath (Grand Incubator); vacuum  dryer  (Centri  Vap  Concentrator,
Labconco);  magnetic  stirrer (Mg  78); electronic  balance (AD  HX  100)  dan elektroforesis  EP-155  ( Advantec )  pada  arus 15-35mA  dengan  tegangan  150  V  selama  1 jam 45 menit ; voltage/current regulator .

## Bahan
Populasi kuda yang dijadikan sampel penelitian  adalah  505  ekor  kuda  yang  sehat dan tidak bunting, terdiri dari 195 kuda betina dan  310  kuda  jantan  usia  dari  2  sampai  7 tahun  berdasarkan  pendugaan  gigi  menurut metode Owen dan Bullock  (2002). Sebanyak 148  sampel  darah  diambil  untuk  dianalisis protein  dan  sel  darah  merah  dengan  metode elektroforesis. Pewarnaan menggunakan Coomassie Brilliant Blue 2,5%.

## Metode Penelitian
Setiap  individu  kuda  yang  memenuhi kriteria  umur dan kesehatan  ditimbang bobot badan  (BB)  dan  diukur  ukuran  tubuhnya yaitu:  tinggi  pundak  (TP),  panjang  badan (PB),  lebar  dada  (LbrD),  dalam  dada  (DD), lingkar  dada  (LkD),  tinggi  pinggul  (TPgl), panjang pinggul (PPgl), lebar pinggul (LPgl), panjang kepala (PK), panjang leher (PL) dan lebar  kepala  (LK).  Beberapa  titik  anatomis dan prosedur pengukuran untuk ukuran tubuh tertentu mengalami sedikit perubahan berdasarkan  petunjuk  yang  terdapat  dalam Salako  dan  Ngere (2002).  Hasil    pengukuran dalam  bentuk datasheet  Excel (Microsoft Office,  2010)  ditabulasi  dan  kemudian dianalisis  secara  deskriptif  menggunakan program  GLM,  analisis  komponen  utama dengan  program  PCA  dan  analisis  Cluster untuk  menentukkan  jarak  Euclidean  dari software komputer  program  SAS  versi  9.0 (SAS  Institut,  2000)  serta  berpedoman  pada rumus  menurut  Steel  dan  Torrie  (1995). Indeks  morfologi  dihitung  dari  nilai  rataan ukuran-ukuran  tubuh  berdasarkan  metode Alderson (1999).
Sampel  darah  disentrifugasi  (8000  rpm/ 30  menit).  Plasma  yang  terbentuk  kemudian dipindahkan  ke  tabung  1,5  ml  dan  disimpan pada suhu 4 o C. Elektroforesis protein plasma darah  dilakukan  menggunakan  perangkat elektroforesis  EP-155  ( Advantec )  dengan metode stacking poliakrilamid gel
elektroforesis  (PAGE)  konsentrasi  5%  dan 3%.  Visualisasi  pita  protein  menggunakan pewarnaan Coomassie Brilliant Blue 2,5%,
dan  dicuci  dengan  methanol  sampai  pita kelihatan. Proses genotyping dilakukan dengan  mensejajarkan  pita-pita  protein  pada gel  (Sambrook et  al ,  1989).  Protein  yang diamati  meliputi  Albumin  (Alb),  Post Albumin  (PAlb),  Transferin  (Tf),  Post Transferin-1  (PTf-1),  dan  Post  Transferin-2 (PTf-2).  Sedangkan  sel  darah  merah  yang diamati  adalah  Hemoglobin  Alfa  (HbA)dan Beta(HbB).  Frekuensi  alel,  heterozigositas, keseimbangan  Hardy-Weinberg  (HW)  dan menggunakan  rumus  Nei  dan Kumar  (2000). Jarak  genetik  dan  pohon  kekerabatan  dibuat dengan  menggunakan software komputer program Mega versi 4 (Molecular Evolutionary  Genetics  Analysis)  (Nei et  al , 2007).

## HASIL DAN PEMBAHASAN

## Kajian Morfometri
Hasil analisis deskriptif yang ditampilkan  pada  Tabel  1,  (Lampiran  1) secara  umum  menggambarkan  populasi  baik kuda  jantan  maupun  betina  memiliki  ukuran tubuh  yang  hampir  tidak  berbeda  (P<0.001), namun  BB  kuda  betina  lebih  beragam  dari jantan.  Kuda  jantan  memiliki  TP  (122±  9.8 cm)  lebih  tinggi  dari  betina  (121±8.4  cm), namun rataan TP keseluruhan menggambarkan  kedekatan  ukuran  dari bangsa  kuda  poni  di  usia  dewasa  (Bowling and  Ruvinsky,  2004).  Ukuran  TPgl  yang cenderung  sama  dengan  TP  menjelaskan bahwa  secara  proporsional  tubuh  kuda berbentuk  datar  persegi  saat  berdiri  yang mencirikan  fungsi  sebagai  ternak  tunggang atau tarik.  Perbedaan topografi wilayah pada Tabel  2  (Lampiran  2),  menunjukkan  bahwa populasi kuda di kota Manado dan Kabupaten Minsel  memiliki  bobot  tubuh  yang  lebih ringan  dari  populasi  di  kota  Tomohon  dan kabupaten  Minahasa  hal  ini  diduga  lebih dipengaruhi oleh beberapa faktor lingkungan, misalnya  pakan  (ketersediaan  rumput),  suhu yang panas (tepi pantai) dan kondisi peternak (sosial-ekonomi).   Nilai koefisien keragaman (cv) berkisar dari rendah sampai sedang pada beberapa parameter ukuran tubuh menjelaskan  adanya  seleksi  secara  tidak langsung  pada  kuda-kuda  lokal  di  Minahasa dan secara genetik mengarah pada pembentukkan  bangsa  kuda  lokal  yang  baru. Kesamaan  ukuran  tubuh  pada  jantan  dan betina  juga  pernah  dilaporkan  pada  bangsa
ternak  besar  lainnya  seperti  ternak  sapi (Gilbert, Bailey & Shannon, 1993).
Ukuran  dan  bobot  badan  populasi kuda  di  kota  Tomohon  memiliki  perbedaan yang  nyata  dibandingkan  populasi  kuda  di wilayah  lainnya.  Hal  itu  menandakan  bahwa kuda  lokal  di  Tomohon  secara  fenotip berbeda  dengan  kuda-kuda  di  tiga  daerah lainnya.  Pengamatan  visual  dilapangan  dan hasil  analisis  data  menunjukkan  bahwa populasi  kuda  di  kota  Tomohon  lebih didominasi oleh ukuran dan tipe bangsa kuda thoroughbred  yang  banyak  dipelihara  untuk pacuan.  Hal  ini    diperkuat  dengan  hasil analisis  indeks  morfologi  pada  Tabel  2 (Lampiran  2)  dimana  WI  dan  CI  pada populasi  kuda  di  Tomohon  memiliki  bobot paling berat dan secara kumulatif menggambarkan bahwa postur tubuh kuda di Tomohon  lebih  besar  dari  populasi  kuda lainnya.  Hasil  perhitungan  indeks  yang didasarkan  dari  pengukuran  yang  saling berkaitan  erat  pada  bagian-bagian  tubuh ternak  menggambarkan  kestabilan  bentuk dari  suatu  bangsa  ternak.    Oleh  sebab berdasarkan  nilai  CI,  populasi  kuda  di Tomohon memiliki kaki-kaki dan tubuh yang lebih  panjang  yang  lebih  mencirikan  kuda pacuan. Sedangkan populasi kuda di Manado dan  Minahasa  Selatan  memiliki  proporsi tubuh  yang  cenderung  sebagai  ternak  kerja atau mild draught horse .
Secara  keseluruhan  analisis  indeks morfometrik  menjelaskan bahwa kuda jantan memiliki  dimensi  lebih  berat,  lebih  tinggi, lebih  lebar,  lebih  panjang  dan  bagian  depan lebih  kokoh.  Analisis  komponen  utama (Tabel 3) pada Lampiran 2 yang menunjukkan  bahwa  pada  ternak  jantan selain  ukuran  TP  dan  TPgl  terdapat  variable
PB, LD dan DD menguatkan hasil pengukuran morfometrik. Besar nilai korelasi ke lima komponen diatas dengan bobot badan sangat  tinggi  yaitu:  70  s/d  90  %.  Sedangkan kuda  betina  lebih  menonjol  pada  dimensi bagian belakang, mulai dari bagian punggung ke  arah  pinggul.  Nilai  WS  yang  lebih  besar dari  kuda  jantan  mengindikasi  bahwa  kuda betina adalah hewan yang  ramping didukung oleh  hasil  analisis  komponen  utama  yang menunjukkan  bahwa  faktor  pertama  yang menonjol  pada  ternak  betina  selain TP, TPgl adalah  komponen  PP  dan  LPgl  dengan  nilai korelasi: 77 - 87 %.
Sebagai
faktor penentu fungsionalitas,  maka  WS  dan  LI  merupakan parameter  utama  dalam  menduga  dimensi kesetimbangan  ( balance ) . Salako  (2006) menyatakan  bahwa  bentuk  tubuh    (tipe, struktur  dan  proporsi)  sangat  baik  untuk dimanfaatkan  pada  hewan  atau  ternak  yang telah  berproduksi.  Ukuran  tubuh  yang  dapat dijadikan  patokan  pengukuran  pada  populasi kuda  lokal  baik  jantan  maupun  betina berdasarkan  hasil  analisis  adalah  komponen TPgl,  TP,  dan  LD.  Faktor  pertama  ini cenderung  menggambarkan  pada  komponen utama  ukuran  tubuh.  Hal  yang  sama ditemukan  untuk  pengukuran  komponen utama  dari    sapi  hitam  Jepang  pada  bangsa sapi  yang  dilaporkan  oleh Fumio  dkk  (1982) dan Hammock, S.P. dan R.R. Shrode (1986) . Karacaoren,  B.  dan  H.N.  Kadarmideen (2008)  dan    Sadek,  M.H.  dkk  (2006)  juga dalam  penelitiannya  menjelaskan  bahwa faktor pertama dari analisis komponen utama memiliki keragaman yang paling tinggi yaitu antara 54.8 – 70.0 persen.
Faktor kedua dan ketiga menjelaskan komponen  utama  yang  berkaitan  dengan bentuk  tubuh.  Hasil  penelitian  menunjukkan bahwa  komponen  yang  dapat  menjadi patokan  dalam  bentuk  kuda  lokal  adalah komponen  PK  kuda  (47-49  cm)  dengan  nilai korelasi fenotip sebesar 48-64%. Konformasi tubuh  ternak  adalah  sifat-sifat  yang  baik untuk  dijadikan  dasar  dalam  melakukan seleksi  dan  evaluasi  genetik  ternak.  Seleksi berdasarkan kelompok peubah dengan memanfaatkan  faktor-faktor  dalam  kedua komponen  ini  lebih  mudah  untuk  dipakai dibandingkan menggunakan sifat-sifat terpisah Salako (2006).

## Kajian Genetik
Terdapat  7  lokus  yang  dikaji  yaitu  Post Transferin-1(PTf-1),Post  Transferin-2  (PTf- 2),  Transferin  (Tf),  Post  Albumin  (PAlb), Albumin  (Alb)  ,Hemoglobin  alfa  (HbA)  dan Hemoglobin beta (HbB). Dari Gambar 4 dan 5  (Lampiran  4)  terlihat  adanya  keragaman pola  pita  protein  berdasarkan  perbedaan bentuk  dan  jarak  pada  lokus  Tf,  PAlb,  Alb dan  HbA  memperlihatkan  adanya  2  pita. Sehingga hal ini menunjukkan adanya variasi lokus  populasi  kuda.  Semetara  lokus  lain hanya  nampak  pola  protein  pita  tunggal. Hasil  analisis  frekuensi  alel  pada  kuda  lokal
Sulawesi Utara berdasarkan lokus Alb, PAlb, Tf,  PTf-1,  PTf-2  disajikan  pada  Tabel  4 (Lampiran  4)  menujukkan  lokus  Alb  alel  A memiliki  frekuensi  tertinggi  yaitu  sebesar 0,85  dan terendah pada alel B sebesar 0,15 di populasi  Tomohon.    Frekuensi  alel  tertinggi pada  lokus    PAlb  alel  B  sebesar  0,625  di daerah  Manado    dan  terendah  pada  alel  C sebesar  0,00.  Frekuensi  alel  tertinggi  pada lokus  Tf  yaitu  alel  B  sebesar  0.731  dan terendah pada alel C sebesar 0,038 di daerah Amurang. Frekuensi alel tertinggi pada lokus PTf-1  dan  PTf-2  masing-masing  pada  alel  A sebesar  1,000  dan  terendah  pada  alel  B sebesar 0,000 untuk semua populasi.
Variabilitas  genetik  kuda  lokal  di Sulawesi  Utara  (Tabel  5)  pada  Lampiran  4 menunjukkan  bahwa  lokus  PAlb  dari  empat populasi memiliki nilai heterozigositas tertinggi yaitu sebesar 100% yang mencerminkan adanya polimorfik yang tinggi pada  populasi  kuda  di  kota  Tomohon.  Nilai heterozigositas tertinggi pada lokus Transferin  sebesar  90%  pada  populasi Tomohon. Nilai heterozigositas tertinggi pada lokus  Alb  sebesar  50%  terdapat  pada populasi  kuda  di  Manado.  Lokus  yang  lain tidak menunjukkan adanya variasi yaitu lokus PTf-1  dan  PTf-2  semuanya  menunjukkan genotipe homozigot yang sama yaitu genotipe AA.  Perbedaan  keragaman  genetik  dapat disebabkan  oleh  perbedaan  lingkungan  yang berbeda  secara  topografi  dan  juga  adanya perbedaan  sistem  pemeliharaan  dari  peternak di  keempat  lokasi.  Kota  Tomohon  diduga telah  melakukan  pola  pemeliharaan  dan sistem persilangan yang diawasi.

## Analisis Jarak Genetik
Analisis cluster ditujukkan untuk mengelompokkan  sejumlah  individu  ke dalam kelompok-kelompok berdasarkan derajat kemiripan yang paling dekat. Berdasarkan  metode cluster  observa tion dengan  metode average  linkage (pautan rataan)  jarak Euclidean diperoleh  gambaran berupa  diagram  pohon  dari  data  morfologi ukuran tubuh dan bobot badan populasi kuda di  Sulawesi  Utara  pada  kedua  jenis  kelamin seperti tertera pada Gambar 1  – 3 (Lampiran 3).  Secara  umum  populasi  keempat  daerah terbagai dalam 3 kelompok besar, berdasarkan  parameter  ukuran  tubuh  dan indeks  morfologi,  dimana  kelompok  pertama adalah  populasi  kuda  di  kota  Manado  dan
kabupaten  Minsel.  Keduanya  tergabung dalam  kelompok  yang  lebih  jauh  yaitu populasi  kuda  di  kabupaten  Minahasa. Hubungan  terjauh  terdapat  pada  kelompok kuda di kota Tomohon.
Perbedaan jarak genetik terjadi perubahan dengan parameter indeks morfometrik pada kuda jantan, dimana selain kota  Tomohon,  kelompok  terdekat  pertama adalah  populasi  di  kedua  kabupaten  yaitu Minahasa dan Minsel kemudian dengan jarak lebih jauh kota Manado. Hasil ini lebih mirip dengan  hasil  pengelompokkan  berdasarkan analisis genotip protein darah yang menunjukkan  populasi  kuda  di  kabupaten Minsel memiliki hubungan kekerabatan yang dekat  dengan  populasi  kuda  di  kabupaten Minahasa  dan  populasi  kuda  di  Tomohon memiliki  hubungan  kekerabatan  yang  jauh dengan  ketiga  populasi  kuda  lainnya.  Hal  ini dikarenakan  kota  Tomohon  yang  merupakan daerah  dataran  tinggi  (500  dpl)  dengan keadaan  daerah  perbukitan  telah  melakukan seleksi  yang  bertujuan  untuk  mendapatkan suatu  populasi  kuda  dengan  postur  tubuh yang  besar  dan  dapat  disesuaikan  dengan kondisi  geografis  kota  Tomohon.  Perbedaan jarak  genetik  tersebut  memberikan  arti penting  untuk  pemanfaatan  kuda  lokal  di Sulawesi  Utara.  Berdasarkan  dendogram morfologis  dan  genotype  populasi  di  empat wilayah  di  Sulawesi  Utara  di  duga  berasal dari dua populasi yang berbeda.

## KESIMPULAN DAN SARAN

## Kesimpulan
Terdapat variasi morfologi dan polimorfis  protein  darah  pada  lokus  Alb, PAlb, Tf dan HbA  antar individu dalam satu populasi.  Sehingga  dapat  dikatakan  bahwa terdapat  polimorfisme  genetik  kuda  lokal  di empat  populasi  di  Sulawesi  Utara.    Lokus lainnya bersifat monomorfik.
Variasi morfologi kuantitatif meliputi bobot  badan  dan  variable  ukuran  tubuh  dari seluruh populasi kuda yang tersebar di empat wilayah  serta  terdapat  dimorfisme  seksual dimana antar kuda jantan dan betina terdapat komponen pembeda yang jelas.
Dari hasil analisis clustering pengelompokkan  individu  berdasarkan  ciri morfometrik,  indeks  dan  genotipe  diketahui terdapat  kesamaan  antar  indeks  morfologi
pada  populasi  kuda  jantan  dengan  genotype protein darah.

## Saran
Indeks  kumulatif    menurut  metode Alderson  merupakan  alat  ukur  paling  baik untuk  mendapatkan  nilai  fungsional  dari individu atau populasi ternak yang dipelihara, akan  tetapi  diperlukan    sekurang-kurangnya lima  peubah  pada  indeks  kumulatif  agar dapat dipakai sebagai indikator untuk menilai kegunaan dari populasi kuda di Minahasa.
Terdapat  korelasi  yang  tinggi  dan positip antara peningkatan terhadap beberapa ukuran  tubuh  dengan  bobot  badan,  yang menjadikan faktor tersebut bermanfaat sebagai bahan pertimbangan dan pengambilan keputusan dalam satu rancangan program pemuliaan dan seleksi dengan hanya memakai  pengukuran  yang  sederhana  dan mudah.
Hasil  ini  membuktikan  dimasa  yang akan  datang  pengukuran  dapat  dilakukan hanya  dengan  mengukur  ukuran-ukuran tubuh  yang  berkaitan  secara  linier  untuk menduga  sifat-sifat  tertentu  dibandingkan dengan  memanfaatkan  timbangan  dan  alat ukur yang lain yang tidak praktis dan rumit.

## DAFTAR PUSTAKA
Alderson,  G.L.H.  1999.  The  development  of a  system  of  linear  measurements  to provide  an  assessment  of  type  and fuction of beef cattle. AGRI , 25:45-55.
Badan Pusat Statistik. 2010. Statistik Peternakan. BPS. Jakarta. http://www.bps.go.id/ [7 February
2010].
Bowling,  A.T.,  and  A.  Ruvinsky.  2004. The Genetics  of  The  Horse ,  1 st ed.  CAB
International. Wallingford. UK.
Equestrian Indonesia, 2008. Grading up kuda lokal dengan thoroughbre d. www.equestrian-indonesia.org/ [19
April 2009].
Freeland,  J.R.  2005. Molecular  Ecology . John Wiley and Sons, Ltd. England.
Gilbert,  R.P.,  D.R.C.  Bailey  and  N.H. Shannon. 1993. Linear body measurements  of  cattle  before  and  after 20  years  of  selection  for  post-weaning gain  when  fed  two  different  diets. J Anim Sci. 71:1712-1720.
Komenes,  P.A.  1999.  Alfa-casein  and  beta- lactoglobulin  and  growth  hormone alleles frequencies and genetik distances in  Nelore,  GYR,  Guzera,  Caracu, Charolais,  Canchim  and  Santa  Getrudis cattles. Gen Mol Biol 22:539-541.
Liu, B.H. 1998. Statistical Genomic ; linkage, mapping  and  QTL  analysis.  New  York: CRC Press.
Martojo,  H.  2003. Indigenous  Bali  Cattle: The  Best  Suited  Cattle  Breed  for Sustainable  Small  Farms  in  Indonesia. Laboratory  of  Animal  Breeding  and Genetics .  Faculty  of  Animal  Science. Bogor: IPB.
Nei,  M.,  and  S.  Kumar.  2000. Molecular Evaluation  and  Phylogenetics .  Oxford University Press. New York.
Nei,  M.,  S.  Kumar,  K.  Tamura.  and  J. Dudley.    2007. Molecular  Evolutionary Genetics Analysis. Versi ke-4. Center for Evolutionary Fuctional Genomics. Biodesign  Institute .  Ariszona  State
University. Arizona.
Noor, R.R. 2008. Genetika Ternak.  Edisi ke-
4. Penebar Swadaya, Jakarta.
Owen,  R.,  &  J.  Bullock.  2002. Complete Book  of  The  Horse  and  Rider .  Hamlyn Pub. Ltd.  England.
Salako,  A.E.,  and  L.  O  Ngere.    2002.
Application of multifactorial discriminant analysis in the morphometric  structural  differentiation of  the  WAD  and  Yankasa  sheep  in  the humid  southwest  Nigeria. Nig.  J.  Anim. Prod. 29(2):163-7.
Sambrook,  J.,  E.F.  Fritsch  &  T.  Maniastis. 1989.  Molecular  Cloning.  Di  dalam: A Laboratory  Manual. Ed  ke-2.  Cold
Spring Harbor Laboratory Press.

## Lampiran 1.
Tabel 1. Deskripsi morfometrik kuda lokal berdasarkan kelompok jenis kelamin dan lokasi.
Sifat (cm) Jenis Kelamin Lokasi Jantan (N=310) (rataan/sd/cv) Betina(N=195) (rataan/sd/cv) Manado(N=57) (rataan/sd/cv) Minahasa(N=374) (rataan/sd/cv) Minsel(N=33) (rataan/sd/cv) Tomohon(N=41) (rataan/sd/cv) BB (kg) LD LbrD DD TP TPgl LPgl PB PP PL LK PK 239 144 28 54 122 123 39 117 39 54 20 47 51.7 11.1 3.4 5.6 9.8 9.8 4.7 6.5 3.8 5.5 1.0 3.4 21.6 7.7 12.0 10.3 8.0 7.9 12.0 6.7 9.7 10.0 5.1 7.2 239 145 28 54 121 123 41 119 40 54 20 49 46.4 12.2 4.3 5.2 8.4 8.5 3.6 5.7 3.1 5.3 1.1 3.6 19.4 8.4 15.4 9.5 6.9 6.8 8.8 5.8 7.7 9.7 5.5 7.4 201 137 26 51 117 118 34 112 37 54 20 47 40.4 8.7 2.5 4.0 6.1 6.5 5.2 5.9 2.9 4.3 1.1 3.1 20.1 6.4 10.5 7.8 5.3 5.5 15.2 6.7 7.8 7.9 5.7 6.5 243 146 28 54 122 124 40 118 40 54 20 48 45.6 11.2 3.8 5.1 8.6 8.8 3.6 5.9 3.5 5.4 1.0 3.7 18.8 7.7 13.5 9.4 7.0 7.1 8.8 6.2 8.7 9.9 5.0 7.6 191 137 27 52 116 118 39 115 38 51 19 45 20.4 4.9 1.7 3.0 4.6 4.6 2.0 3.8 1.9 4.5 0.8 1.8 10.7 3.6 6.4 5.7 3.9 3.9 5.3 4.2 4.9 8.9 3.9 4.1 292 156 31 61 134 134 43 122 43 58 21 49 49.0 9.8 3.0 5.4 10.1 10.4 3.9 3.9 3.4 5.5 0.9 2.2 20.1 6.4 10.5 7.8 5.3 5.5 15.2 6.7 7.8 7.9 5.7 6.5 Semua koefisien nyata tidak berbeda (P<0.01); sd = standar deviasi; cv = coefficient of variation (%); . BB=Bobot badan(kg); LD=Lingkar dada(cm); LbrD=Lebar dada(cm);
DD=  Dalam  dada  (cm);  TP=Tinggi  pundak(cm);  TPgl=Tinggi  pinggul(cm);  LPgl=Lebar  pinggul(cm);  PB=Panjang  badan(cm);  PP=Panjang  paha(cm);  PL=Panjang leher(cm); LK=Lebar kepala (cm) dan PK=Panjang kepala(cm)
Lampiran 2.
Tabel 2. Morphological indices of matured Minahasa local horse by sex and region.
Indeks Jenis Kelamin Lokasi Jantan (N=310) (rataan/sd/cv) Betina(N=195) (rataan/sd/cv) Manado(N=57) (rataan/sd/cv) Minahasa(N=374) (rataan/sd/cv) Minsel(N=33) (rataan/sd/cv) Tomohon(N=41) (rataan/sd/cv) WI HS WS LI DI Fl Balance CI 57E4 1.00 1.40 0.96 0.44 68.40 1.02 2.97 12E4 0.02 0.15 0.05 0.02 4.98 0.14 0.25 22.26 2.30 10.94 4.84 4.04 7.28 13.35 8.52 40E4 0.98 1.46 0.65 0.45 67.01 1.09 2.74 7.4E4 0.02 0.13 0.03 0.02 4.63 0.12 0.23 18.73 2.14 9.06 5.40 4.75 6.90 11.33 8.54 46E4 0.99 1.33 0.96 0.43 65.91 0.96 2.77 9.7E40 .22 0.19 0.04 0.02 3.35 0.15 0.24 21.16 1.78 14.32 3.85 4.18 5.08 15.72 8.75 59E4 0.99 1.44 0.97 0.44 67.92 1.06 3.05 10E4 0.02 0.14 0.05 0.02 4.64 0.13 0.24 18.28 2.44 9.98 4.72 4.38 6.83 12.70 8.78 33E4 0.99 1.45 0.65 0.45 64.03 1.07 2.52 3.8E4 0.02 0.08 0.03 0.02 3.05 0.10 0.15 11.30 2.10 5.78 3.85 3.56 4.76 9.21 5.76 72E4 1.01 1.41 0.91 0.46 73.18 0.99 3.12 13E4 0.02 0.12 0.04 0.02 5.53 0.09 0.19 17.67 1.82 8.63 4.62 3.44 7.56 9.20 6.37 Semua  koefisien  nyata tidak  berbeda (P<0.01); sd = standar deviasi; cv = coefficient of variation (%); . WI= weight index ;HS= height slope ; WS= width slope ;  LI= length index ; DI= depth index ; Fl= foreleg index ;CI= coefficient index .
Tabel 3. Nilai Eigen dan pembagian ragam total ketiga faktor pengukuran tubuh kuda lokal Minahasa
N Jenis Kelamin Lokasi Jantan (N=310) Betina (N=195) Manado (N=57) Minahasa (N=374) Minsel(N=33) Tomohon(N=41) I ii iii i ii iii i ii iii I ii iii i ii iii i ii iii I TP,TPgl PB, LD, DD 66.1 7.3 TP, Tpgl PP, LPgl 61.0 6.7 TP,TPgl PB, LD DD, PP 55.5 6.1 TP,TPgl PB, LD LPgl, 60.1 6.7 TPgl PB,LD PP, 53.5 5.9 TP, TPgl LD, DD PP, 69.1 7.6 II PL,PK 8.2 0.9 LbrD 11.3 1.2 PL, PK 13.1 1.4 LbrD 9.5 1.0 DD,TP 11.5 1.3 PL,PK 8.4 0.9 III LK 5.9 0.7 PK, LK 7.1 0.8 LK 7.6 0.8 PK, LK 6.7 0.7 PL, PK 8.3 0.9 LK,LbrD 7.1 0.8
Ket:  N=faktor;  i=komponen;  ii=keragaman(%);  iii=nilai  Eigen.  BB=Bobot  badan(kg);  LD=Lingkar  dada(cm);  LbrD=Lebar  dada(cm);  DD=  Dalam  dada  (cm);  TP=Tinggi pundak(cm);  TPgl=Tinggi  pinggul(cm);  LPgl=Lebar  pinggul(cm);  PB=Panjang  badan(cm);  PP=Panjang  paha(cm);  PL=Panjang  leher(cm);  LK=Lebar  kepala  (cm)  dan PK=Panjang kepala(cm).

## Lampiran 3.
Gambar 1a. Dendogram jarak euklidean tingkat kesamaan individu berdasarkan  parameter ukuran tubuh kuda betina .
Gambar 1b. Dendogram jarak euklidean tingkat kesamaan individu berdasarkan  parameter indeks tubuh kuda betina .
Gambar 2a. Dendogram jarak euklidean tingkat kesamaan individu berdasarkan  parameter ukuran tubuh kuda jantan .
Dendrogram using Average Linkage (Between Groups Male)
Rescaled Distance Cluster Combine
Gambar 2b. Dendogram jarak euklidean tingkat kesamaan individu berdasarkan  parameter indeks tubuh kuda jantan .

## Gambar 3.  Dendrogram Pohon Genetik berdasarkan Metode UPGMA
Gambar 4.  Contoh Pola Pita Alb, PAlb, Tf, PTf-1, dan PTf-2 berdasarkan Teknik  PAGE
C A S E      0         5        10        15
20        25
Label     Num  +---------+---------+---------+------- --+---------+
Minahasa    2   ─┬───────────────────────┐ Minsel      3   ─┘                       ├─────────── ────────────┐ Manado      1   ─────────────────────────┘ │
Tomohon     4   ─────────────────────────────────────
────────────┘
C A S E 0         5        10        15        20        2 5 Label     Num  +---------+---------+---------+----- ----+---------+
Manado      1   ─┬─────────────┐ Minsel      3   ─┘             ├─────────────────── ──────────────┐
Minahasa    2   ───────────────┘
│
Tomohon     4   ───────────────────────────────────
──────────────┘ C A S E      0         5        10        15        2
0        25 Label     Num  +---------+---------+---------+-----
----+---------+
Manado      1   ─┬─────────────────┐ Minsel      3   ─┘                 ├─────────────── ──────────────┐ Minahasa    2   ───────────────────┘
│
Tomohon     4   ───────────────────────────────────
──────────────┘
C A S E      0         5        10        15        20 25 Label     Num  +---------+---------+---------+------
---+---------+
Manado      1   ─┬───────────────┐
Minsel      3   ─┘               ├────────────────── ─────────────┐ Minahasa    2   ─────────────────┘ │
Tomohon     4   ────────────────────────────────────
─────────────┘
Gambar 5. Rekonstruksi Pola Pita PTf-2,PTf-1, Tf, PAlb, Alb berdasarkan Teknik PAGE

## Lampiran 4.
Tabel 4.  Frekuensi Alel Kuda Lokal Sulawesi Utara
Populasi Albumin Post Albumin Transferin PostTransferin- 1 PostTransferin- 2 A B A B C A B C A B A B Tomohon  0.85  0.15  0.50  0.50  0,00  0.25  0.55  0.20 1,0 0,0 1,0 0,0 Manado 0.68  0.32  0.38  0.63  0,00  0.23  0.66  0.11 1,0 0,0 1,0 0,0 Amurang 0.7 0.27  0.50  0.50  0,00  0.23  0.73  0.04 1,0 0,0 1,0 0,0 Minahasa 0.7 0.24  0.46  0.52  0.02  0.26  0.65  0.09 1,0 0,0 1,0 0,0
Tabel 5.  Heterozigositas Kuda Lokal Sulawesi Utara
Populasi Alb PAlb Tf PTf-1 PTf-2 Tomohon 0,10 1,00 0,90 0,00 0,00 Manado 0,50 0,75 0,68 0,00 0,00 Amurang 0,23 1,00 0,54 0,00 0,00 Minahasa 0,30 0,83 0,69 0,00 0,00 Total 0,34 0,85 0,69 0,00 0,00