# Korespondensi:  Balai  Riset  Budidaya  Ikan  Hias.
Jl.  Perikanan  No.  13,  Pancoran  Mas,  Depok  16436,  Indonesia. Tel.  +  62  21  7520482 E-mail:  m_rinif@yahoo.com
Tersedia  online  di:  http://ejournal-balitbang.kkp.go.id/index.php/jra

## KERAGAMAN GENETIK IKAN TIGER FISH (Datnioides sp.) ASAL  KALIMANTAN  DAN  SUMATERA
Melta  Rini  Fahmi # ,  Erma  Primanita  Hayuningtyas,  Mochammad  Zamroni,  Bastiar  Nur,  dan Shofihar  Sinansari
Balai Riset Budidaya Ikan Hias Jl. Perikanan No. 13, Pancoran Mas, Depok 16436
(Naskah diterima: 19 Maret 2018; Revisi final: 10 Juli 2018; Disetujui publikasi: 10 Juli 2018)

## ABSTRAK
Ikan tiger fish (Datnioides sp.) merupakan ikan hias air tawar yang memiliki nilai ekonomis penting. Distribusi populasi ikan ini meliputi Papua, Kalimantan, dan Sumatera, dengan tingkat eksploitasi yang cukup tinggi di dua lokasi terakhir. Penelitian ini dilakukan untuk mendapatkan informasi keragaman genetik ikan tiger fish yang mendiami perairan Kalimantan dan Sumatera. Sebanyak 24 sampel ikan uji dikoleksi dari Sungai Kapuas, Kalimantan Barat dan Sungai Musi, Sumatera Selatan. Penelitian dilakukan dalam dua tahap, tahap pertama yaitu identifikasi molekuler dengan menggunakan DNA barcoding gen cytochrome oxidase 1 (COI), tahap kedua adalah analisis keragaman genetik dengan menggunakan marka DNA mitokondria gen cytochrome b (Cyt b), dan DNA inti gen recombination activating gene (RAG2). Hasil identifikasi secara molekuler menunjukkan bahwa  ikan  hasil  koleksi  memiliki  kesamaan  genetik  sebesar  100%  dengan  spesies D.  undecimradiatus. Keragaman genetik ikan tiger fish antar populasi berkisar pada nilai 0,023 (standar deviasi 0,001) sedangkan keragaman intra populasi adalah sebesar 0,002 dan 0,003 masing-masing untuk populasi Kalimantan dan Sumatera. Jarak genetik sampel baik yang berasal dari Sumatera maupun Kalimantan dengan spesies D. undeciumradiatus  masing-masing  0,003  dan  0,006;  sedangkan  dengan  spesies  D.  microlepis  yaitu  0,142. Analisis menggunakan gen RAG2 menunjukkan sampel yang diuji memiliki struktur populasi yang terpisah ditandai dengan terjadinya mutasi pada enam nukleotida dan tiga asam amino.
KATA KUNCI: Datnioides sp.; tiger fish; keragaman genetik; DNA barcoding
ABSTRACT: Genetic diversity of indonesian tiger fish (Datnioides sp.) from Kalimantan and Sumatera. By: Melta Rini Fahmi, Erma Primanita Hayuningtyas, Mochammad Zamroni, Bastiar Nur, and Shofihar Sinansari
The Tiger fish (Datnioides sp.) is a freshwater ornamental fish that has important economic value. The distribution of this fish included Papua, Kalimantan, and Sumatra, but intensive exploitation occurs in the last two population. This research was conducted to obtain the genetic diversity of tiger fish that inhabited in Kalimantan and Sumatra. A total of 24 fish were collected from Kapuas River, West Kalimantan and Musi River, at Sumatra. The study was conducted in two stages, the first stage is molecular identification of sample by using DNA barcoding cytochrome oxidase 1 (COI) gene, the second stage is analyses of genetic diversity of tiger fish within and between population by using the mitochondrial DNA cytochrome b (Cyt b) gene, and nucleus DNA recombination (RAG2) gene. The molecular identification has shown that the collected fish has a genetic similarity of 100% with D. undecimradiatus. The genetic diversity of tiger fish between populations is 0.023 (standard deviation of 0.001) whereas intra-population is 0.002 and 0.003 for Kalimantan and Sumatra, respectively. The genetic distance of samples with species D. undeciumradiatus were 0.003 and 0.006 for Kalimantan and Sumatera, respectively, whereas the genetic distance with D. microlepis was 0.142. The analysis of mutation on RAG2 gene shows there are six nucleotides and three amino acids have mutation.
KEYWORDS: Datnioides sp.; tiger fish; genetic diversity; DNA Barcoding

## PENDAHULUAN
Famili  Datnioididae  merupakan  monotypic  yang terdiri  satu  genus  yaitu  Datnioides  dengan  nama sinonim yaitu Coius. Datnioides memiliki enam anggota atau spesies yaitu Datnioides microlepis, D. campbelli, D.  pulcher,  D.  polota,  dan  D.  undecimradiatus,  secara umum ikan ini dikenal dengan nama dagang tiger fish atau  Siemens  Tiger  Fish.  Di  antara  kelima  spesies tersebut D. microlepis dan D. pulcher, diduga mendiami perairan Indonesia. Khusus spesies D. microlepis lebih dikenal  dengan  sebutan  “The  Indonesian  tiger  fish” ditemukan di perairan Sungai Kapuas, Kalimantan dan Sungai Musi, Sumatera (Wang et al., 2016b).
Ikan tiger fish merupakan ikan hias air tawar yang memiliki nilai ekonomis penting dan permintaannya cukup  tinggi  terutama  untuk  pasar  ekspor,  namun hingga  saat  ini  pemenuhan  kebutuhan  pasar  masih mengandalkan  hasil  tangkapan  alam.  Tingginya permintaan  dan  harga  pasar  ikan  tiger  fish  telah mendorong terjadinya eksploitasi secara berlebihan terhadap ikan ini di alam. Eksploitasi secara berlebihan dianggap menjadi salah satu faktor ikan ini semakin sulit didapatkan di alam di samping penurunan kualitas habitat dan lingkungan. Di sisi lain kegiatan budidaya ikan tiger hampir untuk semua spesies belum berhasil dilakukan (Nur et al., 2017).  Status kepunahan  ikan tiger fish telah dipublikasi oleh IUCN dengan tingkatan berbeda  di  mana  D.  pulcher  berada  pada  status terancam  punah  (critically  endengered),  D. undecimradiatus masuk ke dalam kategori rentan (vul- nerable) dan tiga spesies lainnya mendekati terancam (near  threatened)  (http://www.iucnredlist.org).
Di perairan Indonesia genus Datnioidae ditemukan di  wilayah  Sumatera,  Kalimantan,  dan  Papua  dari perairan  tawar  hingga payau.  Menurut  Muflikhah  & Dharyati  (2010),  perairan  Indonesia  bagian  barat  di huni  dua  jenis  anggota  genus  Datnioides  yaitu Datnioides  microlepis  dan  D.  quadrifasciatus  (synonim D.  polota).  Sebelumnya,  Weber  &  Beaufort  (1936) menyebutkan bahwa ikan ringau hanya ditemukan di Sungai Kapuas.
Ikan tiger fish umumnya menempati perairan yang memiliki  tingkat  keasaman  rendah  atau  air  gambut (peatland  atau  black  water)  di  Danau  Sentani, Kalimantan.  Beberapa  karakter  populasi  ikan  yang mendiami perairan gambut adalah merupakan populasi kecil dan tingkat endemisitasnya tinggi. Tentu secara ekologi ikan-ikan yang merupakan anggota populasi kecil dan mengalami tekanan karena tingginya tekanan eksploitasi  dan  kerusakan  lingkungan  akan  mudah sekali mengalami kepunahan atau terancam punah.
Setiap spesies atau populasi memiliki mekanisme untuk  memilih  lokasi  geografis,  temporal,  ekologi, maupun perilaku (ethologi) (Ryman, 1993), sehingga masing-masing  kelompok  akan  memperlihatkan kekhasan dari masing-masing populasi atau tingkah lakunya.  Perbedaan  respons  dari  masing-masing spesies  terhadap  kondisi  ekologi  maupun  perilaku akan  terekspresi pada  gen  yang mengkode  masing- masing respons tersebut (Willmer et al., 2000), atau dikenal dengan keragaman genetik. Perbedaan genetik dapat menyebabkan setiap populasi akan menunjukkan ciri  morfologi  dan  perilaku  yang  berbeda  pula, termasuk  ketahannnya  terhadap  tekanan  atau perubahan lingkungan. Keragaman genetik adalah to- tal informasi genetik yang tersimpan dalam gen-gen individu  dalam  suatu  populasi  dan  mencerminkan kemampuannya beradaptasi dengan perubahan. Secara umum  populasi  yang  memiliki  keragaman  genetik tinggi lebih mampu beradaptasi terhadap perubahan lingkungan  dan  sangat  berguna  sebagai  objek pemuliaan  (selective  breeding)  (Kottelat  &  Whitten, 1996).
Pemahaman  terhadap  keragaman  genetik  ikan menjadi sangat penting dalam upaya pengelolaan dan konservasi  ikan.  Keragaman  genetik  sebelumnya dijelaskan  dengan  keragaman  morfologi  yaitu morfometrik  meristik,  namun  setelah  ilmu  biologi mengalami evolusi menjadi biologi molekuler maka studi  keragaman  genetik  pun  dilakukan  dengan menggunakan  pendekatan  molekuler,  yaitu  dengan melihat tingkat mutasi nukleotida (Freenland, 2005). Marka  genetik  digunakan  dalam  analisis  populasi meliputi DNA mitokondria dan DNA inti.
DNA mitokondria merupakan gen pada sel somatik (sel tubuh) yang memiliki ukuran relatif kecil berkisar 20 kb yang diturunkan dari tetua betina (Griffiths et al., 2000). DNA mitokondria memiliki tingkat mutasi lima hingga10 kali lebih cepat dibandingkan dengan DNA inti, dengan rata-rata tingkat mutasi adalah 1%- 2% per satu juta tahun (Randi, 2000). Gen cyochrome b pada  mitokondria  merupakan  gen  yang  umum digunakan dalam mempelajari keragaman genetik dan pohon kekerabatan (Finnila, 2000). Pada mitokondria juga  terdapat  gen  untuk  identifikasi  atau  DNA barcoding yaitu gen cytochrome oxidase I (COI), namun sebagian ahli juga menggunakan gen COI ini sebagai marka  keragaman  genetik  dengan  asumsi  melihat keragaman pada gen-gen yang bersifat lestari (conserve) (El-Nabi et al., 2017). RAG (recombination activating gene) merupakan  gen  inti  yang  memiliki  fungsi  dalam mengatur sistem imunoglobulin dan sel T dalm tubuh, rantai protein gen RAG relatif panjang sehingga banyak
digunakan sebagai marka genetik (Lovejoy & Collette, 2001).
Penelitian  ini  dilakukan  untuk  mendapatkan informasi genetik ikan tiger fish (Datnioides sp.) asal populasi Kalimatan dan Sumatera, meliputi identifikasi molekuler  dan  keragaman  genetik.  Informasi  yang diperoleh  selanjutnya  dijadikan  dasar  dalam pengelolaan dan konservasi ikan tiger fish.

## BAHAN DAN METODE

## Ikan  Koleksi
Sebanyak 24 sampel ikan tiger fish yang digunakan pada  penelitian  ini  diperoleh  dari  Sungai  Musi, Sumatera Selatan dan Sungai Kapuas, Kalimantan Barat masing-masing sebanyak 12 sampel. Kedua lokasi ini mewakili  populasi  ikan  yang  mendiami  sungai  tua Paparan  Sunda  (Gambar  1).  Ikan  ditangkap  dengan menggunakan  alat  tangkap  ikan  berupa  jala  dan serokan.  Ikan  hasil  koleksi  disimpan  dalam  alkohol 96%  dan  selanjutnya  digunakan  dalam  kegiatan molekuler.

## Ekstraksi  dan  Amplifikasi  DNA
Total  DNA  (genome)  diisolasi  dari  jaringan  sirip ekor (caudal fin). DNA diekstrasi dengan menggunakan metode spin-column mengacu pada prosedur kerja Kit gSYNC  DNA  Extraction.  Kualitas  DNA  hasil  ekstrasi, dilakukan visualisasi DNA dengan bantuan blue light
transilluminator ( λ = 250 nm). DNA total hasil purifikasi ekstrasi selanjutnya digunakan sebagai DNA cetakan (DNA template) untuk proses amplifikasi dengan teknik Polymerase Chain Reaction (PCR). Primer yang digunakan dalam proses PCR, tertera pada Tabel 1. Kondisi PCR yang digunakan untuk gen COI mengacu pada Ward et al.  (2005).  Sedangkan  untuk  DNA  inti  gen  RAG2, proses PCR dilakukan sebanyak dua kali (nested PCR) mengacu pada Lovejoy & Collette (2001).

## Pembacaan  untai  DNA  dan  analisis  data
Purifikasi  DNA  dilakukan  pada  gen  RAG2. Amplifikasi  gen  RAG2  tahap  pertama  menghasilkan empat pita produk PCR utama yaitu 500 bp, 700 bp, 1.200 bp, dan 1.500 bp. Selanjutnya diambil dua produk PCR  yang  memiliki  ketebalan  pita  tertinggi  dengan cara pemotongan gel. Gel yang telah dipotong tersebut diisolasi dan dipurifikasi dengan menggunakan Kit Gel PCR/DNA fragment extraction produksi Geneaid. DNA hasil  purifikasi  selanjutnya  digunakan  sebagai  DNA template  pada  PCR  tahap  kedua.  Kondisi  PCR  tahap kedua  sama  dengan  tahap  pertama,  namun  siklus amplifikasi  ditambah  sehingga  menjadi  50  siklus. Runutan  nukleotida  hasil  PCR  selanjutnya  dibaca dengan  menggunakan  Applied  Biosystems  melalui Macrogen Korea.
Kualitas  hasil  runutan  DNA  dicek  secara  manual untuk  mengkoreksi  adanya  insersi  dan  delesi nuklotida.  Analisis  hasil  runutan  dilakukan  untuk
Gambar 1. (  ) Lokasi pengambilan sampel ikan tiger fish (Datnioides microlepis) yang mewakili sungai tua Paparan  Sunda  di  perairan  Sumatera  dan  Kalimantan  (gambar  ilustrasi  sungai  tua  pada  masa Pleistocene oleh Voris et al. (2000)).
Figure 1. (  ) The Indonesian tiger fish sampling site (Datnioides microlepis) represents the Ancient Sunda Island River in Sumatra and Kalimantan (an ancient river illustration in the Pleistocene era refers to Voris et al. (2000)).
masing-masing gen. Analisis gen COI dilakukan untuk identifikasi spesimen dengan menggunakan metode BLAST  (http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi)  yaitu melalui  pembandingan  runutan  nukleotida  yang diperoleh  dengan  runutan  yang  terdapat  dalam GenBank National Centre for Biotechnology Informa- tion  (NCBI)  (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast). Persentasi sisi homolog runutan nukleotida gen COI dari spesies yang diperoleh dan hasil penelusuran akan didapatkan persentase kesamaan atau identity   simi- larity.
Analisis  keragaman  genetik  ikan  tiger  fish dilakukan  dengan  menggunakan  marka  DNA mitokondria gen chytochrome b dan DNA inti gen RAG2 (Recombination  Activating  Gene2).  Semua  hasil runutan disejajarkan dengan menggunakan CLUSTAL W  Multiple  alignment  yang  tersedia  pada  program MEGA.5.1  (Kumar  et  al.,  2008).  Nilai  keragaman haplotip (h) dan keragaman nukleotida (p) dianalisis dengan mengunakan program DNAsp versi 5 (Librado &  Rozas,  2009).  Komposisi  nukleotida,  model substitusi dan mutasi, pohon kekerabatan, serta jarak genetik  dari  kedua  populasi  dikalkulasi  dengan menggunakan  program  MEGA  versi  5.  Mutasi nukleotida  baik  sinonim  maupun  non-sinonim dianalisis setelah dilakukan pensejajaran (align) dan translasi.

## HASIL DAN BAHASAN

## Identifikasi  Molekuler  dan  DNA  Barcoding
Hasil  identifikasi  molekuler  ikan  tiger  fish  asal Kalimantan dan Sumatera menunjukkan bahwa sampel hasil koleksi memiliki kesamaan sebesar 100% dengan spesies Datnioides undecimradiatus. Analisis terhadap 632 nukleotida hewan uji memperlihatkan kesamaan dengan urutan nukleotida spesies D. undecimradiatus pada  posisi  ke-5.605  hingga  posisi  ke-6.236  (kode akses NCBI KU870663.1) (Gambar 1). Hasil serupa juga dapat dilihat dari konstruksi pohon kekerabatan antara
sekuen hewan hasil uji dan sekuen genus yang sama dari GenBank. Mengacu pada hasil bootstrap konstruksi pohon  kekerabatan  dengan  1.000  kali  perulangan menunjukkan  bahwa  semua  kelompok  hewan  uji memiliki  kesamaan  100%  dengan  spesies  D. undecimradiatus  pada  posisi  nukleotida  ke-5.605 hingga 6.236.
Hasil identifikasi molekuler terhadap ikan tiger fish yang  diperoleh  dari  penelitian  ini  berbeda  dengan identifikasi sebelumnya yang dilakukan oleh Wang et al.  (2016b).  Berdasarkan  data  sekuen  mitokondria (complete genome) Wang et al. (2016b) menyebutkan bahwa Indonesian tiger fish adalah spesies D. microlepis, sedangkan  D.  undecimradiatus  adalah  spesies  yang mendiami  perairan  Sungai  Mekong.  Vidthayanon (2005) menyebutkan bahwa D. undecimradiatus adalah spesies  genus  Datnioides  yang  mendiami  perairan Sungai  Mekong.  Roberts  &  Kottelat  (1993) menyebutkan bahwa ikan ringau atau Indonesian tiger fish (D. microlepis) merupakan salah satu spesies ikan hias air tawar dari famili Datnioididae yang hidup di perairan  sungai  dan  danau  di  daerah  Sumatera  dan Kalimantan.  Pada  tahun  1994,  Robert  &  Kottelat melakukan publikasi ulang bahwa Indonesian tiger fish (D. microlepis) terdapat di perairan Chao Phraya, Sungai Mekong, Sungai Kapuas, dan Sungai Musi.
Keragaman  Genetik  Ikan  Tiger  Fish  Populasi Kalimantan  dan  Sumatera  Berdasarkan  DNA Mitokondria (mtDNA) dan  DNA  Inti
Hasil  analisis  keragaman  genetik  semua  sampel ikan ikan uji dengan menggunakan metode Maximum Composite Likelihood adalah 0,023 dengan standar deviasi 0,006. Sedangkan keragaman genetik intra populasi adalah  0,002  untuk  populasi  Kalimantan  dan  0,003 untuk  populasi  Sumatera,  masing-masing  memiliki standar  deviasi  0,001.  Dari  890  nukleotida  hasil sekuensing hanya 844 nukeotida yang digunakan untuk analisis keragaman genetik, sedangkan 48 nukleotida tidak  diikutkan  dalam  proses  untuk  menghindari
Tabel 1. Daftar primer yang digunakan pada penelitian ini

## Table 1. List of primers that were used in the present study
Nama primer Primer name Sekuen Squence Gen Gene Produk PCR PCR product Referensi Reference Fish  F1 TCA-ACC-AAC-CAC- AAA- GAC- ATT GGC- AC Fish  R1 TAG- ACT- TCT- GGG- TGG- CCA- AAG AAT- CA FCyt-Tiger fish TGA-TGG-AAC-TTT-GGC-TCC-CT RCyt-Tiger fish GAG-GAG-TTG-AGT-GAG-GGG-TC RAG2F1 TTT-GGR-CAR-AAG-GGC-TGG-CC 1,200 bp RAG2R4 GTr-Gar-TAG-TAG-GGC-TCC-CA 720 bb
Recombination Activating
Gene 2  (RAG2) Desain pada penelitian ini Cytochrome Oxidase 1  (COI) 680 bp Ward et al . (2005) Chytochrome b  (Cyt b) 980 bp Lovejoy & Collette (2001)
ketidakjelasan  hasil  pembacaan  sekuen.  Dari  844 nukleotida  yang  dianalis  terdapat  sembilan  posisi polimorfik untuk semua populasi, masing-masing tiga untuk  populasi  Kalimatan  (0,35%)  dan  enam  untuk populasi  Sumatera  (0,7%).  Hasil  analisis  substitusi nukleotida dapat dilihat pada Tabel 2, substitusi transisi lebih tinggi dibandingkan dengan substitusi transversi. Analisis  substitusi  dilakukan  dengan  menggunakan metode  HKY  (Hasegawa  Kishino  Yano).  Pemilihan metode ini mengacu pada nilai BIC (Bayesian Informa- tion  Criterion),  nilai  BIC  terendah  merupakan  model substitusi terbaik. Rendahnya keragaman genetik ikan tiger fish diduga disebabkan oleh penurunan populasi ikan di alam dan adanya penyempitan aliran gen (bottle- neck)  yang  terjadi  semenjak  jutaan  tahun  yang  lalu (Kusumah, 2007).
Hasil penghitungan frekuensi kemunculan masing- masing nukleotida adalah sebagai berikut Adenin (A) 25,08%; Timin (T/U) 28,02%; Cytosin (C) 14,16%; dan Guanin  (G)  32,74%.  Louie  et  al.  (2003)  menjelaskan bahwa  distribusi  frekuensi  nukleotida  untuk  region coding (exon) dan non-coding (intron) berbeda. Untuk region intron umumnya terjadi gap (perbedaan yang cukup jauh) antara frekuensi CG dan AT, seperti pada hasil penelitian ini perbedaan frekuensi Cytosine dan Guanine cukup jauh yaitu 14,16% dan 32,74%. Perbedaan frekuensi  untuk  masing-masing  nukleotida menunjukkan terjadinya asimentris proses mutasi, hal ini dapat terjadi pada proses transkripsi.
Mengacu  pada  pohon  kekerabatan  Gambar  3 terlihat  sampel  yang  digunakan  memiliki  hubungan lebih dekat dengan D. undecimradiatus dibandingkan
Gambar 2. Konstruksi pohon kekerabatan neighbour-joining (NJ) gen  COI ikan tiger fish dengan 1.000 kali perulangan (bootstrap replication) angka pada akar pohon memunjukkan persentase kesamaan nilai permutasi.  untai DNA sampel populasi Sumatera,  untai sampel populasi Kalimantan, dan  untai DNA dari GenBank).
Figure 2. The construction of neighbour-joining (NJ) phylogenetic tree gene COI tiger fish with 1,000 repetitions (bootstrap replication), number at the root of the tree indicates the percentage of similarity in permutation values(  DNA sequence of sample from Sumatra,  DNA sequence of sample from Kalimantan, and  DNA sequence from GenBank).
Sumatra-457-Datnioides sp.
Sumatra-458-Datnioides sp. Sumatra-456-Datnioides sp.
Sumatra-454-Datnioides sp. Sumatra-453-Datnioides sp. Sumatra-455-Datnioides sp. Sumatra-460-Datnioides sp. Sumatra-459-Datnioides sp. Borneo-452-Datnioides sp. Borneo-451-Datnioides sp. Borneo-448-Datnioides sp. Borneo-449-Datnioides sp. Datnioides pulcer Datnioides microlepis Borneo-450-Datnioides sp. Datnioides undecimradiatus 63 95 64 0.01
dengan jenis  D.  microlepis.  Kondisi  ini  sama  dengan pohon kekerabatan berdasarkan gen COI dengan nilai permutasi 97%. Jarak genetik antar populasi dan intra populasi juga menunjukkan hasil yang sama, data pada Tabel 3, memperlihatkan jarak  genetik sampel yang berasal dari Sumatera dan Kalimantan dengan spesies D. undeciumradiatus masing-masing 0,003 dan 0,006. Jarak genetik ini lebih dekat dibandingkan dengan jarak genetik terhadap spesies D. microlepis yaitu 0,142.
Konstruksi dendogram genetika populasi ikan ti- ger  fish  berdasarkan  DNA  inti  RAG2  menunjukkan sampel yang diuji terbagi menjadi dua grup berbeda yaitu Sumatera dan Kalimantan seperti pada Gambar 4  dengan  jarak  genetik  antar  grup  adalah  0,007 (berdasarkan Kimura-2 Parameter). Perbedaan populasi didasari  pada  mutasi  nukleotida  baik  pada  kodon pertama maupun kodon ketiga. Mutasi nukleotida ke- 774 tidak menyebabkan terjadinya perubahan asam
Tabel 2. Substitusi nukleotida gen cyt b berdasarkan Maximum Composite Likelihood
Table 2. The nucleotide substitution of cyt b gene based on Maximum Compos- ite Likelihood
Keterangan: Tulisan cetak tebal (bold) adalah substitusi transisi dan tulisan cetak miring
(italics) adalah substitusi transversi Note:
Bold text  is a  transitional substitution  and italics  is  a  transcription substitution)
Gambar 3. Pohon kekerabatan neighbour-joining (NJ) gen Cyt b ikan tiger fish populasi Kalimantan dan Sumatera dengan 1.000 kali perulangan (bootstrap replication) angka pada akar pohon menunjukkan persentasi kesamaan nilai permutasi.
(  untai DNA sampel populasi Sumatera,  untai sampel populasi Kalimantan,
dan  untai DNA dari GenBank).
Figure 3. Neighbour-joining (NJ) phylogenetic tree genes Cyt b of tiger fish from Kalimantan and Sumatra with 1,000 times of repitition (bootstrap replication) number at the root of the tree indicates the percentage of similarity in permutation values (  DNA
sequence of sample from Sumatra,  DNA sequence of sample from Kalimantan,
and  DNA sequence from GenBank).
A T C G A - 7.51 8.78 0.05 T 6.73 - 24.91 3.8 C 6.73 21.32 - 3.8 G 0.08 7.51 8.78 -
Borneo-450-Datnioides sp.
Borneo-449-Datnioides sp. Borneo-116-Datnioides sp. Borneo-448-Datnioides sp. Borneo-114-Datnioides sp. Borneo-115-Datnioides sp.
Sumatra-459-Datnioides sp.
Sumatra-453-Datnioides sp.
Sumatra-456-Datnioides sp.
Sumatra-454-Datnioides sp.
Sumatra-457-Datnioides sp.
Sumatra-458-Datnioides sp. Datnioides undecimradiatus Datnioides microlepis 0.01 97 71 61
amino, sedangkan mutasi nukelotida pada posisi 838, 851,  860,  dan  862  masing-masing  menyebabkan terjadinya  perubahan  asam  amino  seperti  disajikan pada Tabel 5.
Hasil  penghitungan  jarak  genetik  berdasarkan keragaman nukleotida gen inti (RAG2) memperlihatkan nilai  yang  lebih  tinggi  dibandingkan  dengan perhitungan  jarak  genetik  berdasarkan  keragaman nukleotida gen mitokondria (cyt b dan COI). Smith & Lee (2008) menyebutkan bahwa walaupun konsep yang selama ini menyebutkan bahwa tingkat mutasi pada gen mitokondria lebih tinggi dibandingkan dengan gen inti, namun laju mutasi masing-masing bagian dalam gen inti menunjukkan tingkat yang berbeda. Beberapa bagian di antaranya memiliki tingkat mutasi yang lebih tinggi seperti pada region intron dan silent site.
Rendahnya  jarak  genetik  antar  populasi mengindikasikan  bahwa  kedua  populasi  memiliki hubungan kekerabatan secara geografis pada dekade sebelumnya  atau  pernah  terjadi  aliran  genetik  dari
Tabel 3. Jarak genetik antar populasi berdasarkan gen cyt b Table 3. Genetic distance between populations based on cyt b gene
Keterangan: Tulisan cetak tebal (bold) adalah jarak genetik dan tulisan cetak miring (italics) adalah standar deviasi
Note:
Bold  text  is  the  genetic  distance  and  italic  is  the  standard  deviation
kedua populasi.  Kehadiran konstruksi sungai  tua di Paparan Sunda oleh Voris (2000) mendukung informasi genetik  yang  diperoleh  pada  penelitian  ini.  Jika mengacu  pada  data  struktur  populasi  ikan  Botia (Hidonis,  2008)  di  mana  perbedaan  genetik  untuk masing-masing  populasi  Kalimantan  dan  Sumatera adalah 6,29%-6,32%; maka diperkirakan kedua populasi terpisah  semenjak  9,25-9,46  juta  tahun  yang  lalu (Zaman Miocene). Sedangkan data yang diperoleh pada penelitian  yakni  jarak  genetik  sekitar  2,3%  maka diperkirakan kedua populasi terpisah sekitar 3,38 juta huan yang lalu (Zaman Pliosen). Estimasi evolusi ini diperoleh  dari  laju  mutasi  pada  DNA  mitokondria sebesar  0,68%  setiap  satu  juta  tahun.  Doardio  & Perdices  (2005)  menyebutkan  bahwa  perbedaan genetik untuk Familli Cobitidae adalah sebesar 0,68% per  satu  juta  tahun.  Perbedaan  kondisi  perairan  di kedua  populasi  menyebabkan  terjadinya  mutasi nukleotida ikan pada masing-masing populasi sebagai strategi  untuk  dapat  bertahan  hidup  (adaptasi) (Frankham et al., 2007).
Gambar 4. Dendogram  genetika  populasi  ikan  tiger  fish  asal  Kalimantan  dan  Sumatera berdasarkan gen RAG2.
Figure 4. Dendrogram  of  genetics  populations  of  tiger  fish  from  Kalimantan  and  Sumatera based on RAG2 gene.
(1) (2) (3) (4) Kalimantan (1) 0.001 0.003 0.034 Sumatera/Sumatra  (2) 0.003 0.003 0.034 D. undeciumradiatus  (3) 0.006 0.008 0.033 D. microlepis  (4) 0.142 0.142 0.133 0.0005 Sumatra-454-RAG2
Sumatra-453-RAG2 Sumatra-456-RAG2 Sumatra-457-RAG2
Sumatra-458-RAG2
Borneo-114-RAG2
Borneo-115-RAG2 Borneo-116-RAG2 Borneo-448-RAG2 Borneo-449-RAG2 Borneo-450-RAG2 Populasi Kalimantan Kalimantan population Populasi Sumatera Sumatra population 99
Para ilmuwan telah mendeskripsikan sekitar 100 juta tahun yang lalu landasan kontinen Indonesia secara umum  terbagi  menjadi  dua  bagian  yaitu  Paparan Sunda, yang menghubungkan tiga pulau besar yaitu Sumatera, Kalimantan, dan Jawa, serta Paparan Sahul (meliputi  New  Guinea  dan  Australia).  Hipotesa tersebut  didukung  oleh  bukti-bukti  ilmiah  adanya kekerabatan  flora  dan  fauna  yang  mendiami  pulau- pulau tersebut (Sudarto, 2003).

## KESIMPULAN
Identifikasi molekuler ikan tiger fish hasil koleksi populasi Sumatera dan Kalimantan memiliki tingkat kesamaan  100%  dengan  D.  undeciumradiatus. Keragaman  genetik  antar  populasi  0,023  dan
intrapopulasi adalah 0,002 dan 0,003 masing-masing untuk  populasi  Kalimantan dan  Sumatera.  Genetika populasi  ikan  tiger  fish  berdasarkan  DNA  inti menunjukkan sampel hasil koleksi terbagi menjadi dua kelompok  yaitu  populasi  Kalimatan  dan  populasi Sumatera dengan jarak genetik antar populasi 0,007.

## UCAPAN TERIMA KASIH
Penulis  mengucapkan  terima  kasih  kepada  DIPA APBN Balai Riset Budidaya Ikan Hias (BRBIH) 2016 yang telah mendanai penelitian ini.

## DAFTAR  ACUAN
Doadrio, I. & Perdices, A.  (2005). Phylogenetic rela- tionships  among  the  Ibero-African  Cobitids
Tabel 4. Mutasi nukelotida gen RAG2 ikan tiger fish populasi Kalimantan dan Sumatera Table 4. Mutation of nucleotides RAG2 gene of tigerfish fish population Kalimantan and Sumatra
Tabel 5. Mutasi asam amino gen RAG2 ikan tiger fish populasi Kalimantan dan Sumatera
Table 5. Mutations  of  amino  acids  RAG2  gene  of  tiger  fish  from  Kalimantan  and  Sumatra populations
Nukleotida ke- Nucleotide 775 838 Borneo -114-RAG2 TTT GAG CAC TTA GAA GCA AGT ACT GGA GAG GGA AGC ATC CTA CTT GGT ATA CCT Borneo -115-RAG2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Borneo -116-RAG2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Borneo -448-RAG2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Borneo -449-RAG2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Borneo -450-RAG2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Sumatra -454-RAG2 . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . AT Sumatra -453-RAG2 . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . AT A . . Sumatra -456-RAG2 . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . .AT A . . Sumatra -457-RAG2 . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . .AT A . . Sumatra -458-RAG2 . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . .AT A . . 851 860-62 Asam amino ke- Amino acids 280 288 Borneo -114-RAG2 MECSTVTLDE KGIHFEHLEA PKWIPDIIHS RTWFGGSTGE GSILLGIP Borneo -115-RAG2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Borneo -116-RAG2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Borneo -448-RAG2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Borneo -449-RAG2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Borneo -450-RAG2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Sumatra -454-RAG2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . K . . . Q . . NT Sumatra -453-RAG2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . K . . . Q . . NT Sumatra -456-RAG2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . K . . . Q . . NT Sumatra -457-RAG2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . K . . . Q . . NT Sumatra -458-RAG2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . * . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . K . . . Q . . NT
(Cobitis,  Cobitidae)  based  on  Cytochrome  b  se- quence data. Molecular Phylogenetic Evolution, 37, 484-493.
El-Nabi, E.H.,  El  Desoky,  M.S.,  & Geba,  K.M.  (2017). Genetic  population  diversity  of  European  eel Anguilla  anguilla  elvers  in  two  Egyptian  water bodies,  Rosetta  (Rachid)  estuary  and  Burullus Lake.  Genes  Genom.,  DOI:  10.1007/s13258-017- 0572-1.
Finnila,  S.  (1999).  Phylogenetic  analysis  of mithocondrial DNA detection of mutation in pa- tients with occipital stroke. Oulu, 71 pp.
Frankham,  R.,  Ballau,  J.D.,  &  Briscoes  D.A.  (2007). Introduction to conservation genetic. Cambridge University  Press.
Freenland,  J.R.  (2005).  Molecular  ecology.  West Sussex,  England:  John  Wiley  &  Sons  Ltd., p. 31-60.
Griffiths, A.J.F.,  Miller, J.H., & Suzuki, D.T. (2000). An introduction to genetic analysis. 7th edition. New York: W.H.  Freeman.
Hidonis, K. (2008). Genetic differentiation among popu- lations of Chromobotia macracanthus Bleeker from Sumatra and Kalimantan based on sequencing gene of  MtDNA  Cytochrome  b  and  Nucleus  DNA  RAG2. Skripsi.  Fakultas  Parikanan  dan  Ilmu  Kelautan. Institut Pertanian  Bogor.
Kottelat,  M.  &  Whitten,  A.J.  (1996).  Freshwater biodiversity in Asia with special reference to fish. Washington,  USA:  World  Bank  Technical  Paper, 343 pp.
Kumar,  S.,  Nei,  M.,  Dudley,  J.,  &  Tamura,  K.  (2008). MEGA:  A  biologist-centric  software  for  evo- lutionary analysis of DNA and protein sequence. Brief. Bioinformatics, 9(4), 299-306.
Kusumah,  R.V.  (2007).  Struktur  populasi  dan  sejarah kolonisasi  ikan  Botia  (Chromobotia  macracanthus Blekeer)  berdasarkan  Sequence  (urutan  basa)  intron dari gen Aldolase B. Skripsi. Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan. Institut Pertanian Bogor.
Librado, P. & Rozas, J.  (2009). DnaSP v5: a software for comprehensive analysis of DNA polymorphism data. Bioinformatic, (25)11, 1451–1452.
Louie,  E.,  Ott  J.,  &   Majewski,  J.  (2003).  Nucleotide frequency variation across human genes. Genome Research, 13, 2594-2601.
Lovejoy,  N.R.  &  Collette,  B.B.  (2001).  Phylogenetic relationships  of  New  World  Needlefishes (Teleostei:  Belonidae)  and  the  biogeography  of transitions between marine and freshwater habi- tats. Copeia, 2, 324-338.
Muflikhah, N. & Dharyati, E. (2010). Studi biologi ikan ringau (Datnioides microlepis) di Daerah Aliran Sungai
Kapuas,  Kalimantan  Barat.  Prosiding  Seminar Nasional Biologi. Fakultas Biologi, Universitas Gajah Mada. Yogyakarta, 24-25 September 2010.
Nur,  B.,  Sudrajat,  A.O.,  &  Fahmi,  M.R.  (2017).
Penggunaan  serotonin  dalam  formulasi  hormon pregnant  mare  serum  gonadotropin  dan antidopamin  untuk  menginduksi  perkembangan gonad  ikan  ringau,  Datnioides  microlepis  Bleeker, 1854. Jurnal Iktiologi Indonesia, 17(1), 29-43.
Randi,  E.  (2000).  Mithocondrial  DNA.  In  Beker,  A.J. (Ed.).  Molecular  methods  in  ecology.  Oxpord: Blackwell Science, p. 136-167.
Roberts, T.R. & Kottelat, M. (1994). The Indo-Pacific tigerperches, with a new species from the Mekong basin (Pisces: Coiidae). Ichthyol. Explor. Freshwat., 5, 257-266.
Ryman, N. (1993). Conservation genetics considerations in fishery management. Journal of Fish Biology, 39, 211-224.
Smith, D.R. & Lee, R.W. (2008). Nucleotide diversity in the mitochondrial and nuclear compartments of  Chlamydomonas  reinhardtii:  investigating  the origins  of  genome  architecture.  BMC  Evolu- tionary Biology, 8, 156.
Sudarto.  (2003).  Systematic  revision  and  phylogenetic relationships among populations of clariid species in Southeast Asia. Thesis. University of Indoneisa, 271 hlm.
Voris, H.K. (2000). Maps of Pleistocene sea levels in Southeast Asia: shorelines, river systems and time durations. Journal of Biogeography, 27, 1153-1167. Vidthayanon,  C.  (2005).  Thailand  red  data:  fishes. Bangkok, Thailand: Office Natural Resources and En- vironmental Policy and Planning, 108 pp.
Ward,  R.D.,  Zemlak,  T.S.,  Innes,  B.H.,  Last,  P.R.,  & Hebert, P.D.N. (2005). DNA barcoding Australia’s fish species. Philos. Trans. R. Soc. Lond. B. Biol. Sci., 1462, 1847-1857.
Wang, L., Chen, Z., Gao, J., Zhao, Y., Sun, P., & Lu, K. (2016a). The complete mitochondrial genome of Mekong  tiger  fish  Datnioides  undecimradiatus (Roberts  &  Kottelat,  1994).  Mitochondrial  DNA Resources, 1(1), 367-368.
Wang, L., Chen, Z., Gao, J., Zhao, Y., Sun, P., & Lu, K. (2016b). The complete mitochondrial genome of Indonesia tiger fish, Datnioides microlepis (Bleeker 1854). Mitochondrial DNA Resources, 1(1), 328-329. Weber,  M.  &  de  Beaufort,  L.F.  (1936).  The  fishes  of the  lndo-Australian Archipelago  VII.  Perciformes (continued). Brill, Leiden, XII, 1-607.
Willmer, P., Stone G., & Johnston, I. (2000). Environ- mental physiology of animals. Blackwell Science, p. 1-45.