P-ISSN 1693-7945, E-ISSN : 2622-1969
Deteksi Molekuler Burkholderia Glumae Pada Varietas Padi Mekongga Di Kecamatan Indramayu
Fina Dwimartina 1 , Fadhillah Laila 2 , Faisal Al Asad 3
1,2,3 Universitas Wiralodra, Jl. Ir. H. Djuanda KM 03 Singaraja Indramayu, Jawa Barat, Indonesia, fina.dwimartina@unwir.ac.id
Diterima 15 Januari 2022, disetujui 6 April 2022, diterbitkan 7April 2022 Pengutipan:  Dwimartina,  F,  Laila,  F  &  Al  Asad,  F.(2022).  Deteksi  Molekuler Burkholderia  Glumae Pada Varietas Padi Mekongga di Kecamatan Indramayu. Gema Wiralodra , 13 (1), 23-33, 2022

## ABSTRAK
Deteksi patogen penyebab penyakit tumbuhan dapat dilakukan baik secara langsung maupun tidak langsung. Deteksi secara langsung umumnya dilakukan dengan menggunakan metode serologi dan molekuler.  Deteksi  bakteri  patogen  dengan  teknik  molekuler  dapat  dilakukan  dengan  teknik polymerase chain reaction (PCR). Penyakit hawar malai yang disebabkan oleh Burkholderia glumae dilaporkan telah  menginfeksi tanaman padi  di Indonesia. B. glumae dapat terbawa benih sehingga berpotensi menyebar dengan cepat. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui wilayah sebar penyakit hawar  malai  pada  padi  varietas  Mekongga  di  Kecamatan  Indramayu.  Metode  yang  dilakukan meliputi pengambilan sampel biji padi Mekongga di Kecamatan Indramayu, kemudian diuji secara molekuler. Penelitian ini dilakukan dalam waktu 12 bulan ketika suhu dan kelembapan tinggi serta menjelang  panen  pada  tanaman  padi. B.  glumae pada  biji  padi  diekstraksi  menggunakan  DNeasy Plant  Mini  Kit  Qiagen,  dideteksi  menggunakan  primer  Hasebe  dan  Lida,  kemudian  dilakukan elektroforesis  menggunakan  5µl  produk  PCR  pada  agarose  1.2  %  di  dalam  Buffer  TAE  1x,  pada tegangan 70 V selama 40 menit. DNA ladder menggunakan 100 bp plus dari Thermo Scientific. Hasil amplifikasi PCR terhadap sampel biji padi menunjukkan sampel tersebut positif terinfeksi B. glumae . Hal ini dapat terjadi karena pada saat pengambilan sampel, Kecamatan Indramayu sedang memasuki musim  kering, sehingga potensi berkembangnya penyakit hawar malai akan  meningkat. Infeksi B. glumae akan  meningkat  pada  suhu  dan  kelembapan  tinggi,  sehingga  akan  berpengaruh  terhadap peningkatan insidensi penyakit hawar malai.
Kata kunci: Burkholderia glumae , Biji Padi, Hawar Malai, Busuk Bulir, Molekuler

## ABSTRACT
Detection  of  plant  disease-causing  pathogens  can  be  done  either  directly  or  indirectly.  Direct detection is generally carried out using serological and molecular methods. Detection of pathogenic bacteria with molecular techniques can be done by polymerase chain reaction (PCR). Panicle blight caused by Burkholderia glumae has been reported to have infected rice plants in Indonesia. B. glumae can be carried by seeds so that it has the potential to spread quickly. This study aims to determine the  distribution  area  of  panicle  blight  on  the  Mekongga  rice  variety  in  Indramayu  District.  The method  used  included  sampling  of  Mekongga  rice  seeds  in  Indramayu  District,  then  molecular testing. This research was conducted within 12 months when the temperature and humidity were high and before harvest in rice plants. B. glumae in rice seeds was extracted using DNeasy Plant Mini Kit Qiagen, detected using Hasebe and Lida primers, then electrophoresis was performed using 5µl PCR product on 1.2% agarose in 1x TAE buffer, at 70 V voltage for 40 minutes. The DNA ladder uses 100 bp plus from Thermo Scientific. The results of PCR amplification of the rice seed sample showed that  the  sample  was  positive  for  the  B.  glumae  infection.  This  can  happen  because  at  the  time  of sampling, Indramayu District is entering the dry season, so the potential for developing panicle blight will increase. B. glumae infection will increase at high temperature and humidity, thus affecting the increase in the incidence of panicle blight.
Keywords : detection, Burkholderia glumae , rice grains, grain root, molecular
P-ISSN 1693-7945, E-ISSN : 2622-1969

## PENDAHULUAN
Penyakit  hawar  malai  padi  disebabkan  oleh Burkholderia  glumae pertama  kali dilaporkan di Jepang tahun 1956, dan diketahui menyebabkan gejala busuk bulir dan hawar pada  bibit  padi.  Menurut  Wamishe  (2014),  gejala  ini  sering  ditemukan  pada  bulir  padi, sehingga  dikenal  dengan  nama  busuk  bulir  ( grain  rot )  di  beberapa  wilayah  Asia.  Hawar malai  diketahui  menjadi  salah  satu  penyakit  penting  pada  pertanaman  padi  di  Amerika, Korea dan Jepang. Pada tahun 1995, penyakit ini mulai berkembang dan menjadi masalah penting pada pertanaman padi di  Arkansas, Amerika Serikat. Wilayah  ini dikenal sebagai salah satu daerah penghasil padi terbesar di Amerika Serikat. Kehilangan hasil di wilayah Lousiana akibat penyakit hawar malai mencapai 40% (Mizobuchi et al., 2013).
Menurut Wamishe (2014), awalnya penyakit ini sering ditemukan pada tanaman padi kultivar Bengal serta Cypress, dan dikenal dengan dengan nama panicle blight . Gejala yang dihasilkan panicle blight diketahui sebagai akibat dari kondisi lingkungan tertentu, seperti suhu  yang  tinggi,  cekaman  air,  penyerbukan  yang tidak  optimal,  serta  kontaminasi  bahan kimia di sekitar perakaran. Kemudian dilakukan isolasi dan identifikasi pada bagian tanaman yang  bergejala,  untuk  mengetahui  secara  pasti  penyebab  panicle  blight.  Hasil  identifikasi diketahui  bahwa  penyebab panicle  blight merupakan  bakteri  patogen  tumbuhan Burkholderia  glumae .  Penamaannya  pun  berubah  menjadi bacterial  panicle  blight untuk membedakan  dengan  penyakit  yang  disebabkan  oleh  faktor  lingkungan  karena  adanya kemiripan gejala yang dihasilkan (Nandakumar et al, 2009; Sayler et al, 2006).
Serangan B.  glumae pada  pertanaman  padi  di  Indonesia  masih  belum  sebanyak penyakit hawar daun bakteri oleh Xanthomonas oryzae pv. Oryzae dan penyakit blas oleh Pyricularia  oryzae .  Kerugian  yang  disebabkan  oleh  penyakit  hawar  malai  di  Indonesia belum pernah dilaporkan sebelumnya. Namun, melihat dari ekologinya, kondisi iklim yang panas  dan  kering  serta  curah  hujan  yang  cukup  tinggi  di  Indonesia  saat  ini  sangat  sesuai untuk  perkembangan  penyakit  hawar  malai.  Hal  ini  tentu  akan  berpengaruh  terhadap peningkatan  intensitas  serta  keparahan  penyakit  (Joko,  2017).  Bakteri  patogen  ini  dapat terbawa  benih,  sehingga  potensi  menyebar  ke  wilayah  lain  menjadi  lebih  besar  dan dikhawatirkan akan muncul outbreak di masa yang akan datang.
Bakteri B. glumae dapat bertahan pada permukaan tanaman terutama pada bagian daun dan  batang  pelepah  namun  bersifat  non-patogenik.  Koloni  bakteri  ini  dapat  tersebar
P-ISSN 1693-7945, E-ISSN : 2622-1969
keseluruh  bagian  tanaman  mengikuti  pertumbuhan  tanaman.  Populasi  bakteri  akan meningkat  secara  cepat  pada  permukaan  malai  yang  sedang  berkembang  dan  mulai menginfeksi  bunga  (Kim  et  al.,  2012). B.  glumae akan  menginfeksi  bulir  yang  sedang berkembang  setelah  proses  penyerbukan.  Bunga  padi  yang  terinfeksi  kemudian  akan mengalami  pembusukan  pada  saat  pengisian  bulir  (Nandakumar  et  al,  2009;  Tsushima, 1996).  Kerentanan  terhadap  infeksi  turun  sekitar  enam  hari  setelah  tahap  pembungaan. Infeksi  penyakit  hawar  malai  umumnya  berkembang  dengan  pola  melingkar  pada  suatu pertanaman padi. Pola ini terjadi karena malai yang terinfeksi tetap tumbuh tegak (Takeuchi et al ., 1997).
Gejala  hawar  malai  padi  dapat  terlihat  terutama  pada  bagian  malai  dan  bulir  padi. Menurut (Groth & Hollier, 2009), mulanya gejala berupa bercak kecil berukuran 1–5 mm, berwarna cokelat muda dengan bagian tepi berwarna cokelat. Bercak muncul pada bagian daun,  spikelet  serta  bulir,  kemudian  pada  tingkat  infestasi  yang  tinggi  bulir  akan  gugur sebelum  proses  pengisian.  Bulir  padi  yang  terinfeksi  akan  menjadi  sumber  inokulum  dan menyebarkan patogen ke bagian  malai. Bulir padi  yang kosong akan  menyebabkan  malai tumbuh  tegak,  namun  bagian  batang  malai  tetap  berwarna  hijau.  Bulir  padi  yang  kosong mulanya berwarna kecokelatan, kemudian berubah menjadi keabuan, hitam atau berwarna gelap  sebelum  akhirnya  gugur.  Gejala  pada  bulir  yang  telah  terisi  namun  terinfeksi B. glumae , berupa adanya perubahan warna menjadi cokelat.
Gejala  infeksi B. glumae dapat  muncul pada  bagian pelepah  berupa  bercak panjang keabuan dengan bagian tepi berwarna cokelat kemerahan. Karakteristik lainnya yaitu malai tumbuh ke atas dan berwarna kekuningan dengan bagian pangkal bunga berwarna gelap serta terdapat garis cokelat kemerahan yang melintang di bagian tengah. Pada tingkat infeksi yang tinggi, proses pengisian bulir dapat terganggu. Hal  ini  menyebabkan  malai tumbuh tegak, karena bulir tidak terisi (Nandakumar et al., 2009).
Tingkat  keparahan  penyakit  hawar  malai  dipengaruhi  oleh  beberapa  faktor  seperti tingkat  kerentanan  tanaman  inang,  jumlah  inokulum,  kelembapan  serta  kondisi  suhu lingkungan  (Kado,  2010).  Kondisi  lingkungan  pada  tahap  pembungaan  juga  akan menentukan tingkat kejadian dan keparahan penyakit hawar malai. Pada kelembapan tinggi, potensi infeksi bakteri pada bagian spikelet akan meningkat. B. glumae akan tumbuh optimal pada suhu 30-35ºC, dan pada kisaran suhu tersebut bakteri ini akan memproduksi senyawa
P-ISSN 1693-7945, E-ISSN : 2622-1969
fitotoksin yaitu toxoflavin. Oleh karena itu, penyakit ini sering ditemukan pada daerah tropis dan semi-tropis karena memiliki iklim panas yang cocok untuk perkembangan B. glumae . Selain  itu,  adanya  pemanasan  global  juga  akan  meningkatkan  kejadian  dan  keparahan penyakit  di  pertanaman  padi  (Mizobuchi et  al .,  2013). B.  glumae dapat  terbawa  benih, sehingga berpotensi tinggi menyebar ke wilayah lain (Yabuuchi et al ., 1992).
Deteksi bakteri patogen yang menginfeksi secara laten pada biji atau jaringan tanaman lain cukup sulit dilakukan, karena bakteri target umumnya tersebar secara tidak merata dan dalam  populasi  yang  kecil.  Menurut  Liu et  al .  (2012),  umumnya  metode  yang  dilakukan untuk mendeteksi dan mengidentifikasi B. glumae yaitu secara fisiologi, biokimia, serologi dan molekuler. Deteksi patogen penyebab penyakit tumbuhan dapat dilakukan baik secara langsung  maupun  tidak  langsung.  Deteksi  secara  langsung  umumnya  dilakukan  dengan menggunakan  metode  serologi  dan  molekuler.  Kedua  metode  ini  dapat  digunakan  untuk mendeteksi  sampel  dalam  jumlah  yang  banyak  dan  menghasilkan  analisis  yang  tepat  dan akurat.  Metode  ini  umumnya  digunakan  untuk  mendeteksi  mikroorganisme  patogen tumbuhan seperti bakteri, virus dan jamur.
Melihat dari ekologinya, kondisi iklim yang panas dan kering serta curah hujan yang cukup tinggi di Indonesia saat ini sangat sesuai untuk perkembangan penyakit hawar malai. Hal  ini  tentu  akan  berpengaruh  terhadap  peningkatan  intensitas  serta  keparahan  penyakit. Dwimartina dan Laila (2022) dalam penelitiannya tidak menemukan adanya sampel biji padi yang positif terinfeksi Burkholderia glumae pada sampel biji padi yang diuji di sawah tadah hujan  lingkungan  Universitas  Wiralodra  Indramayu.  Akan  tetapi,  Handiyanti et  al (2018) menemukan  tanaman  padi  di  Kabupaten  Cirebon,  Purworejo,  dan  Banyuwangi  terinfeksi patogen ini. Dari latar belakang yang dikemukakan, dapat dirumuskan masalah diantaranya B. glumae pada varietas padi Mekongga di Kecamatan Indramayu sebagai salah satu sentra produksi padi  nasional. Sehingga perlunya  mengetahui sebaran B. glumae dengan deteksi secara  molekuler  yang  akan  sangat  bermanfaat  sebagai  dasar  penentuan  tindakan pencegahan  dan  pengendalian  yang  preventif  bagi  patogen  tersebut  sebagai  tujuan  dari penelitian ini.
P-ISSN 1693-7945, E-ISSN : 2622-1969

## METODE PENELITIAN

## Lokasi dan Waktu Penelitian
Penelitian ini dilaksanakan pada sawah petani di Kecamatan Indramayu. Waktu percobaan dilaksanakan  selama  12  bulan  ketika  suhu  dan  kelembapan  tinggi  serta  menjelang  panen pada  tanaman  padi.  Biji  padi  varietas  Mekongga  secara  acak  diambil  di  Kecamatan indramayu. Sampel biji padi yang diambil kemudian di uji secara molekuler.

## Ekstraksi DNA
Ekstraksi  DNA  dari  biji  padi  menggunakan  DNeasy  Plant  Mini  Kit  Qiagen.  PCR  pada sampel menggunakan pasangan primer dari Hasebe and Iida: forward 1418S (5’-GCG ATA TGG CAA GAC GCA AA-3’) dan reverse 1418A   (5'-AGT CAT ACC CTT TGT CAG CGT-3'),  menghasilkan    amplikon  571  bp.  Komposisi  Komponen  PCR    (menggunakan MyTaq  HS  Red  Mix  PCR,  Bioline)  dengan  komponen  Master  Mix  (2x)  12,5  μl,  Primer forward (10 μM) 1 μl, Primer reverse (10 μM) 1 μl, Template (DNA) 1-4 μl, dan Nuclease Free  Water  25  μl.  PCR  dilakukan  pada  mesin  Thermocycler  AB  Verity  dengan  program: Denaturasi awal 94 ° C, 4 menit, Amplifikasi 30 siklus: Denaturasi 94 ° C, 30 detik, Annealing 59 ° C, 20 detik, Ekstensi 72 ° C, 45 detik, dan Ekstensi Akhir 72 ° C, 10 menit.

## Analisis molekuler
Analisis molekuler menggunakan metode elektroforesis dilakukan terhadap 5µl produk PCR pada agarose 1.2 % di dalam Buffer TAE 1x, pada  tegangan 70 V selama 40 menit.  DNA ladder menggunakan 100 bp plus dari Thermo Scientific. Setelah selesai elektroforesis, gel agarosa  kemudian  direndam  dalam  larutan  Ethidium  Bromide  selama  20  mnt,  kemudian dilakukan visualisasi hasil elektroforesis tersebut menggunakan Carestream Gel Logig 212 PRO.

## HASIL PENELITIAN DAN PEMBAHASAN

## Hasil Penelitian
Pengambilan sampel biji padi varietas Mekongga secara acak dilakukan di Kecamatan Indramayu,  Jawa  Barat.  Survei  dan  pengambilan  sampel  dilakukan  pada  bulan  Juni  - Agustus  2020.  Sampel  biji  padi  yang  diambil  memiliki  gejala  berupa  bercak  cokelat  di bagian  permukaan  kulitnya.  Pada  lokasi  diperoleh  satu  sampel  biji  padi  dengan  varietas Mekongga.  Varietas  tersebut  merupakan  varietas  yang  banyak  ditanam  oleh  petani  di wilayah Indramayu, karena mampu menghasilkan panen yang cukup tinggi. Selain itu, para
P-ISSN 1693-7945, E-ISSN : 2622-1969
petani  cenderung  menggunakan  varietas  yang  sama  selama  musim  tanam,  sehingga  jenis padi  yang ditanam  merupakan  varietas dari hasil  panen sebelumnya. Pengambilan sampel dilakukan  pada  saat  masa  panen  hingga  setelah  masa  panen.  Hal  ini  dilakukan  untuk mendapatkan sampel berupa malai dan biji padi yang memiliki gejala infeksi B. glumae .
Gambar 1. Sampel biji padi varietas Mekongga.
Sampel biji padi yang diambil kemudian diuji secra molekuler menggunakan primer spesifik. Hasil amplifikasi PCR terhadap sampel biji padi  varietas Mekongga menunjukkan sampel tersebut positif terdeteksi B. Glumae . Biji padi yang terinfeksi B. glumae memiliki ciri  bercak  cokelat  di  bagian  permukaan  kulitnya.  Bercak  cokelat  dapat  ditemukan  pada bagian  uji  biji  atau  melintang  di  bagian  tengah. (Gambar  2).  Dari  hasil  elektroforesis, terdapat pita DNA dari masing-masing isolat uji yang letaknya berada di bawah  pada 571 bp.  Hasil  analisis  PCR  menunjukkan  bahwa  lima  sampel  isolat  bakteri  yang  diuji  dapat teramplifikasi oleh primer. M= DNA ladder 100 bp plus; K+= Kontrol positif ( B. glumae ); K-= Kontrol negatif (NFW); 1= Sampel biji padi varietas Mekongga.
Gambar 2. Visualisasi hasil amplikasi DNA dari varietas padi Mekongga menggunakan primer spesifik.
P-ISSN 1693-7945, E-ISSN : 2622-1969
Hal ini sesuai dengan penelitian yang dilakukan Karki et al. (2012), yang melakukan uji konfirmasi terhadap 24 isolat B. glumae menggunakan primer BGF/BGR. Analisis pada daerah  ITS  dan  urutan  basa  16-23S  rDNA  dapat  digunakan  untuk  mengidentifikasi  dan membedakan  isolat B. glumae dari B. gladioli , karena B. gladioli juga dapat  menginfeksi tanaman  padi  dan  menghasilkan  gejala  yang  mirip  dengan  gejala  oleh  infeksi B.  glumae . isolasi  biji padi  juga diperlukan, untuk memastikan hasil  yang diperoleh tepat  dan akurat. Selain  itu, Yabuuchi et  al., (1992)  menyatakan  bahwa deteksi B. glu mae dapat  dilakukan pada sampel benih padi yang diperoleh dari tanaman terinfeksi. Deteksi dilakukan terhadap benih padi dengan gejala berat, ringan serta tanpa gejala.
Pada umumnya gejala perubahan warna ( discoloration ) pada biji padi dapat digunakan sebagai  indikator  adanya  infeksi  oleh  bakteri  patogen.  Namun, B.  glumae juga  dapat dideteksi pada sampel yang tidak menghasilkan gejala. Fory et al. (2013) melaporkan bahwa dari 14 sampel biji yang tidak bergejala, terdapat 3 sampel yang positif terinfeksi B. Glumae . Sampel  biji  padi  yang  positif  terdeteksi B.  glumae dapat  terjadi  karena  pada  saat pengambilan sampel, wilayah Indramayu sedang memasuki musim kering, sehingga potensi berkembangnya penyakit hawar malai akan  meningkat. Infeksi B. glumae akan meningkat pada  suhu  dan  kelembapan  tinggi,  sehingga  akan  berpengaruh  terhadap  peningkatan insidensi penyakit hawar malai.

## Pembahasan
Biji padi yang terinfeksi akan memiliki gejala bercak cokelat pada bagian permukaan kulitnya.  Bercak  cokelat  dapat  muncul  baik  pada  bagian  ujung  dan  pangkal  biji  maupun melintang di bagian tengah biji. Bercak cokelat tidak hanya terlihat pada bagian permukaan kulit, namun juga pada bagian dalam biji padi yang berwarna putih. Bercak cokelat ini mirip dengan gejala bekas tusukan walang sangit ( Leptocorisa oratorius ). Baik infeksi B. glumae maupun serangan walang sangit terjadi pada tahap pembungaan hingga tahap masak susu, sehingga  bercak cokelat  yang terlihat pada permukaan  biji seringkali  bias dan sulit untuk dibedakan. Gejala infeksi B. glumae berupa biji berwana hijau pucat, mengerut, kemudian berubah menjadi kuning dan kecokelatan. Pada awalnya lesi muncul di bagian pangkal biji, kemudian  meluas  ke  bagian  atas.  Pangkal  bulir  yang  telah  terinfeksi  lanjut  akan  menjadi busuk  dan  mengakibatkan  aborsi  (Sayler et  al .,  2006).  Perbedaan  gejala  yang  disebabkan oleh tusukan hama walang sangit yaitu berupa titik berwarna abu kekuningan dengan warna
P-ISSN 1693-7945, E-ISSN : 2622-1969
cokelat  di  sekeliling  bekas  tusukan.  Biji  padi  yang terserang,  akan  menyebabkan  separuh hampa,  serta  beras  yang  dihasilkan  berubah  warna  menjadi  putih  kecokelatan  hingga kehitaman  dan  mengapur.  Pada  proses  penggilingan,  beras  yang  telah  terserang  walang sangit akan menjadi mudah pecah.
Infeksi B. glumae pada tanaman padi lebih banyak terjadi pada bagian bulir. Bakteri B.glumae akan masuk melalui rambut-rambut glume, kemudian mengkolonisasi pada bagian stamen,  putik,  hingga  ovarium  bunga  padi.  Bakteri  ini  dapat  menyebar  dan  mengganggu proses  fertilisasi  sehingga  tidak  terjadi  proses  pengisian  bulir  dan  mengakibatkan  bulir hampa atau aborsi. Jika B. glumae menginfeksi sebelum tahap pembungaan, maka bulir tidak terisi  dan  mengakibatkan  malai  tumbuh  tegak.  Namun  bila  bakteri  ini  menginfeksi  pada tahap  pengisian  bulir,  maka  infeksi  tetap terjadi  dan B.  glumae dapat  bertahan  pada  bulir tersebut (Handiyanti et al., 2018).
B. glumae yang bersifat terbawa benih dapat menurunkan produksi bibit padi. Benih padi  yang telah terinfeksi dan  membawa B. glumae , tidak dapat tumbuh dan berkembang dengan  baik.  Bibit  padi  yang  tumbuh  akan  mengalami  gejala  hawar  dan  busuk,  sehingga tidak dapat dipindah tanamkan. Liu et al., (2012) menyatakan bahwa benih padi yang diberi perlakuan  inokulum B.  glumae ,  akan  mengalami  penurunan  daya  kecambah.  Infeksi B. glumae dapat  menyebabkan  busuk  lunak  pada  masa  perkecambahan,  selain  itu  bibit  padi yang terinfeksi  juga akan tumbuh  lebih kecil dan terdapat  bercak busuk berwarna cokelat pada bagian pelepah. Infeksi B. glumae di Indonesia dilaporkan hanya terjadi pada tanaman padi.  Namun,  di  beberapa  negara  telah  dilaporkan  bahwa  bakteri  patogen  ini  juga menginfeksi dan menyebabkan layu bakteri pada tanaman lain seperti tomat, perila, cabai, dan terung (Jeong et al ., 2003). Penelitian yang dilakukan oleh Cottyn et al. (1996) terhadap benih  padi  yang  diberi  perlakuan  inokulum B.  glumae ,  menunjukkan  bahwa  terjadi penurunan  daya  kecambah  pada  benih  yang  telah  diberi  perlakuan  tersebut.  Infeksi B. glumae dapat  menyebabkan  busuk  pada  masa  perkecambahan.  Selain  itu,  bibit  padi  yang terinfeksi  juga akan tumbuh  lebih kecil dan terdapat bercak  busuk  berwarna cokelat pada bagian pelepah. Daun mengalami perubahan morfologi menjadi keriting, melengkung dan memutih pada 1 hingga 2 minggu setelah inokulasi.
Uji  konfirmasi  dengan  isolat  bakteri  hasil  isolasi  biji  padi  juga  diperlukan,  untuk memastikan  hasil  yang  diperoleh  tepat  dan  akurat.  Selain  itu,  Yabuuchi et  al., (1992)
P-ISSN 1693-7945, E-ISSN : 2622-1969
menyatakan  bahwa  deteksi B.  glu mae  dapat  dilakukan  pada  sampel  benih  padi  yang diperoleh  dari  tanaman  terinfeksi.  Deteksi  dilakukan  terhadap  benih  padi  dengan  gejala berat, ringan serta tanpa gejala. Pada umumnya gejala perubahan warna ( discoloration ) pada biji padi dapat digunakan sebagai indikator adanya infeksi oleh bakteri patogen. Namun, B. glumae juga dapat dideteksi pada sampel yang tidak menghasilkan gejala. Fory et al. (2013) melaporkan bahwa dari 14 sampel biji yang tidak bergejala, terdapat 3 sampel yang positif terinfeksi B. glumae .

## KESIMPULAN
Berdasarkan  hasil penelitian, kesimpulan  yang diperoleh adalah  sampel  biji padi  varietas Mekongga yang diambil dari Kecamatan Indramayu memiliki gejala berupa bercak cokelat dibagian permukaan kulitnya. Bercak cokelat ditemukan pada bagian pangkal, yang semakin meluas ke bagian tengah biji. Hasil amplifikasi PCR terhadap sampel biji padi yang diisolasi dari  Kecamatan  Indramayu  menunjukkan  sampel  tersebut  positif  terdeteksi B. Glumae . Berdasarkan hasil penelitian, B. glumae sudah terdeteksi pada padi  varietas Mekongga di Kecamatan  Indramayu  dan  primer  yang  digunakan  dapat  digunakan  untuk  mendeteksi keberadaan B. glumae pada biji padi yang bergejala.

## UCAPAN TERIMAKASIH
Ucapan terima kasih disampaikan kepada  Kemenristek Dikti selaku pemberi dana melalui hibah  Penelitian  Dosen  Pemula  beserta  Laboratorium  Balai  Besar  Uji  Standar  Karantina Pertanian yang telah melakukan pengujian terhadap sampel bulir padi sehingga Kami dapat menyelesaikan penelitian ini.

## DAFTAR PUSTAKA
Cottyn, B., Cerez, M. T., Van Outryve, M. F., Barroga, J., Swings, J., & Mew, T. W.. (1996). Bacterial  Diseases  of  Rice.  I.  Pathogenic  Bacteria  Associated  with  Sheath  Rot Complex  and  Grain  Discoloration  of  Rice  in  the  Philippines. Plant  Disease ,  80, 429−437.
Dwimartina,  F.,  Arwiyanto,  T.,  &  Joko,  T.  (2017).  Potential  of  Endophytic  and Rhizobacteria as an Effective Biocontrol for Ralstonia syzygii subsp. syzygii . Asian Journal of Plant Pathology, 11, 191–198.
P-ISSN 1693-7945, E-ISSN : 2622-1969
Dwimartina, F. & Laila, F. (2022) Analisis Molekuler Burkholderia glumae Pada Varietas Padi  Ciherang  Di  Sawah  Tadah  Hujan  Lingkungan  Universitas  Wiralodra Indramayu. Jurnal Agro Wiralodra , 5, 1, 1-5.
Fory, P.A., Triplett, L., Ballen, C., Abello, J.F., Duitama, J., Aricapa, M .G., Prado, G. A., Correa,  F.,Hamilton,  J.,  Leach,  J.  E.,  Tohme,  J.,  &  Mosquera,  G.  M.  (2013). Comparative  Analysis  of  Two  Emerging  Rice  Seed  Bacterial  Pathogens. Phytopathology. 104, 436−444.
Groth,  D.  &  C.  Hollier.  (2009).  Rice  diseases  of  Louisiana. Lousiana  State  University Agricultural Center Publising , 1, 9, 3084.
Handiyanti,  M.,  Subandiyah,  S.,  &  Joko, T.  (2018).  Molecular  detection  of Burkholderia glumae ,  a  causal  agent  of  bacterial  panicle  blight  disease. Jurnal  Perlindungan Tanaman Indonesia, 22(1), 98-107.
Jeong  Y.,  J.  Kim.,  S.  Kim.,  Y.  Kang.,  T.  Nagamatsu.,  &  Hwang,  I.  (2003).  Toxoflavin produced  by Burkholderia  glumae causing  rice  grain  rot  is  reposible  for  inducing bacterial wilt in many field crops. Plant Disease , 87, 890-895.
Joko,  T.  (2017). Burkholderia  glumae sebagai  emerging  pathogen:  Status,  potensi kerusakan, dan strategi pengedalian. Prosiding Simposium Nasional Fitopatologi , p, 27-35.
Karki,  H.S.  ,  Shrestha,  B.  K.,  Han,  J.  W.,  Groth,  D.  E.,  Barphagha,  I.  K.  ,  Rush,  M.  C., Melanson,  R.  A.,  Kim,  B.  S.,  &  Ham,  J.  H.  (2012).  Diversities  in  Virulence, Antifungal  Activity,  Pigmentation  and  DNA  Fingerprint  among  Strains  of Burkholderia glumae. PLoS ONE, 7, e45376.
Kado, C. I. (2010). Plant Bacteriology . Minnesota: APS Press.
Kim, B. K., Cho, M. S., Kim, M . H., Choi, J. H., Kang, M. J., & Shim, H .S. (2012). Rapid and  specific  detection  of Burkholderia  glumae in  rice  seed  by  Real-Time Bio-PCR  using  specific-specific  primers  based  on  an  rhs  family  gene. Plant Disease , 96, 577-580.
Liu,  W.,  Li,  L.,  Khan,  M.  A.,  &  Zhu,  F.  (2012).  Popular  molecular  markers  in  bacteria. Molecular genetics, Microbiology and Virology, 27, 103-107.
Mahfut, Joko, T., & Daryono, B. S. (2016). Molecular Characterization of Odontoglossum Ring  Spot  Virus  (ORSV)  in  Java  and  Bali,  Indonesia. Asian  Journal  of  Plant Pathology , 10, 9−14.
Mizobuchi,  R.,  Sato,  H.,  Fukuoka,  S.,  Tanabata,  T.,  Tsushima,  T.,  Imbe,  T.,  &  Yano,  M. (2013).  Mapping a quantitative trait locus for resistance to bacterial grain rot in rice. Rice , 6, 13.
P-ISSN 1693-7945, E-ISSN : 2622-1969
Nandakumar, R., Shahjahan, A. K. M., Yuan, X. L., Dickstein, E. R., Groth, D. E., Clark, C. A., Cartwright, R. D., & Rush, M. C. (2009). Burkholderia glumae and B. gladioli cause bacterial panicle  blight in rice  in the Southern United States. Plant Disease, 93, 896-905.
Sayler, R.J., Cartwright, R. D.,  & Yang, Y. (2006). Genetic characterization and realtime PCR detection of Burkholderia glumae , a newly emerging bacterial pathogen of rice in the United States. Plant Disease, 90, 603-610.
Takeuchi,  T.,  Sawada,  H.,  Suzuki,  F.,  &  Matsuda,  I.  (1997).  Specific  detection  of Burkholderia  plantarii and B.  glumae by  PCR  using  primers  selected  from  the 16S-23S  rDNA  spacer  regions. Annuals  of  the  Phytopathological  Society  of Japan, 63, 455-462.
Tsushima, S.  (1996). Epidemiology of  bacterial grain rot of rice caused  by Pseudomonas glumae . Japan Agricultural Research Quarterly, 30, 85-89.
Wamishe,  Y.  2014.  Bacterial  panicle  blight  of  rice.  Forum  for  Agricultural  Risk Management in Development. http://www.agriskmanagementforum.org
/content/bacterial-panicle-blight-rice.
Yabuuchi,  E.,  Kosako,  Y.,  Oyaizu,  H.,  Yano,  I.,  Hotta,  H.,  Hashimoto,  Y.,  Ezaki,  T.,  & Arakawa,  M.  (1992).  Proposal  of Burkholderia  gen.  nov .  and  transfer  of  seven species  of  the  genus Pseudomonas homology  group  II to  the  new  genus,  with  the type  species Burkholderia  cepacia (Palleroni  and  Holmes  1981) comb.  nov . Microbiology and Immunology, 36, 1251 -1275.