Syahruddin, K. ∙ M. Azrai ∙ M. B. Pabendon ∙ M. Abid ∙ A. Nur

## Keragaman genetik koleksi plasma nutfah jewawut sister line dan lokal menggunakan marka SSR
Sari .  Keragaman  genetik  sangat  penting  dalam  pemuliaan  tanaman,  oleh  karena  itu  informasi  genetik sangat  dibutuhkan  dalam  proses  seleksi.  Teknologi  molekuler  dengan  menggunakan  marka Simple Sequence  Repeat (SSR)  saat  ini  banyak  digunakan  karena  keakuratan  informasi  dan  polimorfik  untuk spesies  atau  galur  yang  berkerabat  dekat.  Penelitian  ini  dilakukan  untuk  mengidentifikasi  keragaman genetik dari 14 koleksi plasmanutfah jewawut berkerabat dekat dengan menggunakan 27 marka SSR yang menyebar pada semua kromosom jewawut. Hasil penelitian menunjukkan bahwa koleksi plasmanutfah jewawut berkerabat dekat mengelompok pada klaster yang sama, kecuali pada koleksi aksesi Wete dari Nusa Tenggara Timur (NTT) yang menyebar pada kelompok yang berbeda pada kisaran nilai koefisien kemiripan  genetik  0,28 – 0,85  dengan  nilai  matriks  korelasi  (r)  sebesar  0,954.  Koleksi  Jewawut  yang memiliki  koefisien  kemiripan  genetik  yang  tinggi  (0,85)  ditunjukkan  pada  koleksi  ICE-276-11A  dengan ICE-276-12A dan yang memiliki koefisien kemiripan terkecil (0,61) ditujukkan pada koleksi 2007-ICE-1335 dan 2007-ICE-1335B. Koleksi jewawut yang berasal dari NTT (Wete Gha Gero Phere dan Wete Wolowea) dan  introduksi  (2007-ICE-1335B  dan  2007-ICE-1335)  memiliki  tingkat  variasi  genetik  tinggi  yang ditunjukkan oleh penyebaran aksesi pada klaster yang berbeda dengan nilai jarak genetik rata-rata yang cukup tinggi terhadap aksesi koleksi. Adanya keragaman yang tinggi memberikan peluang keberhasilan program pemuliaan tanaman jewawut .
Kata kunci : Aksesi introduksi ∙ Jewawut ∙ Nusa Tenggara Timur ∙ Variasi

## Genetic diversity of Sister line and Local Foxtail millet germplasm using SSR markers
Abstract. Genetic diversity is very important in plant breeding, thus genetic information is needed in plant breeding activities, especially for selection process. Molecular technology using Simple Sequence Repeat (SSR)  marker  is  widely  used  for  genetic  diversity  research  due  to  the  high  accuracy  of information and highly polymorphic for closely related species. This study was conducted to identify the  genetic  diversity  of  14  millet  germplasms  using  27  SSR  markers.  The  results  showed  that  the collection  of  closely  related  millet  germplasm  was  grouped  in  the  same  cluster,  except  for  the  Wete accessions  from  Nusa  Tenggara  Timur  (NTT)  that  spread  to  different  groups  in  the  range  of  the genetic  similarity  coefficient  of  0.28 – 0.85  with  a  correlation  matrix  value  (r)  of  0.954.  The  millet collections which had a high genetic similarity coefficient (0.85) was shown in ICE-276-11A and ICE- 276-12A,  while  the  smallest  similarity  coefficient  (0.61)  was  shown  in  2007-ICE-1335  and  2007-ICE- 1335B.  The  accessions    from  NTT  (Wete  Gha  Gero  Phere  and  Wete  Wolowea)  and  introduction accesions (2007-ICE-1335B and 2007-ICE-1335) showed a high level of genetic variation as indicated by the  spread  of  accessions  in  different  clusters  with  sufficient  high  average  genetic  distance  values against the accession of the collections.  A wide diversity of germplasm provided greater opportunity of success for millet breeding.
Keywords : Introduction accession ∙ Foxtail millet ∙ Nusa Tenggara Timur ∙ Variation
Diterima : 28 Juli 2021, Disetujui : 10 Desember 2021, Dipublikasikan : 15 Desember 2021 DOI: 10.24198/kultivasi.v20i3.34843
Syahruddin, K 1 . ∙ M.Azrai 1 ∙ M. B. Pabendon 1 ∙ M. Abid 2 ∙ A. Nur 3 1 Balai Penelitian Tanaman Serealia, Jl. DR. Ratulangi No.274, Allepolea, Kec. Lau, Kabupaten Maros, 90512
2 Balai Pengkajian Teknologi Pertanian Sulawesi Tengah, Jl. Poros Palu- Kulawi Km 17, Maku, Dolo, Kab. Sigi, Sulteng 94362
3 Balai Pengkajian Teknologi Pertanian Gorontalo, Jl. Mohamad Van Gobel No.270, Iloheluma, Tilongkabila, Kab. Bone Bolango 96119 Korespondensi: karlinasyahruddin@gmail.com

## ___________________________________________ Pendahuluan
Keragaman  genetik  adalah  tingkat  variasi makhluk  hidup  dalam  suatu  ekosistem (Ramanatha and Toby, 2002). Keragaman genetik menjadi sangat penting di dalam suatu populasi karena  semakin  banyak  gen  dalam  suatu populasi,  semakin  besar  kemungkinan  adaptasi suatu  individu  dalam  menghadapi  perubahan lingkungan,  seperti  terhadap  cekaman  abiotik dan  biotik  (Govindaraj et  al .,  2014).  Keragaman genetik merupakan kunci dalam pengembangan tanaman budidaya melalui kegiatan pemuliaan.
Jewawut  atau  millet  ( Setaria italica (L.)  P. Beauv.) adalah tanaman serealia pada subfamili Panicoideae  dan  suku  Paniceae  dengan  jumlah kromosom  2n  =  2x  =  18  (AA). Peran  jewawut sebagai  pangan  alternatif  potensial  sudah  lama dikenal  oleh  masyarakat  dunia,  dengan kandungan  seperti  asam  amino  yang  lengkap dan  kandungan  mineral  kalsium  dan  besi  yang tinggi  (Lin et  al ,  2012;  Sharma and Niranjan, 2018). Keanekaragaman dan penyebaran jewawut sangat bervariasi dan luas di Indonesia (Nirmalakumari et al ., 2010; Randall et al , 2016). Jenis foxtail millet  merupakan  yang  paling banyak  tersebar  di  Indonesia  dan  bernilai komersial (Ghimire et al ., 2019). Kegiatan koleksi jewawut  di  Balitsereal  sudah  lama  dilakukan, yang  berasal  dari  introduksi  dan  eksplorasi  di wilayah  Indonesia  yang  memiliki  keragaman genetik  jewawut  yang  tinggi  seperti  Nusa Tenggara  Timur  (NTT).  Koleksi  aksesi  jewawut mengalami  banyak  variasi  yang  terjadi  selama masa dikoleksi. Beberapa koleksi bisa menghasilkan  2-5  variasi  baru  yang  mungkin disebabkan  kerena  adanya  persilangan  alami  di lapangan,  atau  karena  belum  stabilnya  genetik dari  materi  introduksi  tersebut.  Tingginya variasi  dalam  aksesi  koleksi  menyebabkan sulitnya seleksi bagi pemulia untuk menggunakan  materi  genetik  tersebut  sebagai tetua dalam kegiatan pemuliaan dan pengembangan  jewawut.  Oleh  karena  itu. diperlukan  identifikasi  dan  karakterisasi  yang berguna  sebagai  informasi  dalam  kegiatan koleksi sumberdaya plasma nutfah dan kegiatan pemuliaan  (Ellegren and Galtier,  2016).  Pada aksesi koleksi yang berasal dari lokal NTT yang sangat beragam (Rini, 2018) memiliki karakteristik  yang  mencolok  antara  satu  dan lainnya,  namun  dikumpulkan  dengan  nama yang  sama.  Alternatif  dalam  membedakan
aksesi dengan nama yang sama dapat dilakukan dengan  mengidentifikasi  lokasi  eksplorasi, namun  hal  itupun  belum  tepat,  mengingat dalam  satu  lokasi  eksplorasi  dapat  ditemukan lebih  dari  1  aksesi.  Oleh  karena  itu,  diperlukan suatu  alat  identifikasi  yang  tepat  untuk membedakan aksesi koleksi tersebut.
Koleksi  plasmanutfah  jewawut  yang terbentuk  dari  variasi  aksesi  dan  eksplorasi membutuhkan  pembenaran  dalam  identifikasi genetiknya.  Penggunaan  marka  morfologi biasanya  membutuhkan  waktu  yang  agak  lama untuk  menemukan  karakter  pembeda  dan penanganan yang agak rumit. Marka molekuler merupakan  alat  yang  sangat  baik  bagi  pemulia dan  ahli  genetik  untuk  menganalisis  genom tanaman.  Mikrosatelit  merupakan  sekuen berulang  DNA  dari  genom  eukariot  dan  dapat menyajikan  penanda  genetik  yang  dapat mendeteksi  perbedaan  antar  genotipe  (Al- Badeiry et  al .,  2014).  Sekuens  ini  lazim  disebut sebagai Simple Sequence Repeat (SSR). Marka SSR saat  ini  banyak  digunakan  untuk  penelitian diversitas  genetik  karena  keakuratan  informasi yang  tinggi  dan  sangat  polimorfik,  bahkan untuk  spesies  atau  galur  yang  berkerabat dekat (Cholastova et  al .,  2011).  Sebagian  penelitian menggunakan  marka  SSR  untuk  identifikasi varietas tanaman dan mengidentifikasi keragaman  genetik  beberapa  macam  plasma nutfah  tanaman  (Hoxha et  al .,  2004).  Analisis dengan  marka  SSR  relatif  cepat,  sederhana, bersifat  polimorfik,  kodominan,  stabil,  dan dapat  digunakan  untuk  uji  kemurnian  benih (Mulsanti et al., 2013).
Penelitian ini dilakukan untuk mengidentifikasi  keragaman  genetik  koleksi plasma  nutfah  jewawut sister  line hasil introduksi  dan  lokal  Balitsereal  dengan menggunakan  marka  molekuler  SSR.  Informasi dari  keragaman  genetik  akan  membantu  dalam memperbaiki  database  koleksi  plasma  nutfah jewawut di Balitsereal.
___________________________________________

## Bahan dan Metode
Penelitian dilaksanakan di laboratorium Biomolekuler  Balai  Penelitian  Tanaman  Serealia Maros,  Sulawesi  Selatan,  yang  berlangsung  dari Bulan  April – Juli  2020.  Bahan  tanaman  yang digunakan adalah 14 aksesi jewawut yang berasal dari  koleksi  jewawut  Balitsereal yang  merupakan hasil  introduksi  dari  India  (ICRISAT)  dan  dari
hasil eksplorasi di provinsi Nusa Tenggara Timur (NTT)  (Tabel  1).  Benih  disemai  di  tray  plastik berukuran  50  x  30  x  20  cm  yang  ditanam  secara alur  menggunakan  media  pertumbuhan  dengan perbandingan  tanah  dan  pupuk  kandang  adalah 1:2.  Pada  14  hari  setelah  tanam  (HST),  daun  di panen per baris aksesi dengan bobot sekitar 15 – 20 g. Sebanyak 4 g daun ditimbang dan ditempatkan dalam  tube  2  mL  yang  berisi  Cetyl  Trimethyl Ammonium  Bromide  (CTAB)  (Doyle,  1991; George et  al .,  2004)  dengan  membuat  duplikasi sebanyak  3  tube  sebagai  cadangan.  Daun  yang direndam CTAB kemudian disimpan pada suhu - 80  °C  sebelum  dilakukan  ekstraksi  DNA.  Isolasi DNA  menggunakan  metode  CTAB.  Hasil  DNA yang  diendapkan  kemudian  dibersihkan  meng- gunakan etanol 70% dan dikering-anginkan. Hasil DNA yang sudah kering kemudian dilarutkan ke dalam  50  mL  aquabides.  Kualitas  dan  kuantitas DNA dicek dengan elektroforesis pada gel agarosa 1%  bersama  lamda  DNA  berukuran  50,  100,  200 dan  300  ng/µL,  dan  konsentrasi  DNA  dikuan- tifikasi  menggunakan  spektrofotometer  ultra-low volume  (Nanodrop).  DNA  kerja  dibuat  dengan mengencerkan  DNA  stok  sampai  konsentrasi  50 ng/µL  kemudian  disimpan  pada  suhu  -20  °C untuk digunakan lebih lanjut. Sebanyak 27 primer penanda  SSR  (Tabel  2)  (Gupta et  al. ,  2012) digunakan  untuk  mengecek  keragaman  tanaman jewawut. Campuran PCR terdiri dari buffer reaksi 1  ×  Taq  (MyTaqTM  Red  Mix),  nukleotida  dATP, dGTP, dCTP, dan dTTP (masing- masing 125 μM), primer  0,1  μM,  1U  DNA  polimerase  Taq,  dan  10 ng DNA template (CIMMYT, 2004).
Ukuran  produk  pita  ditentukan  dengan perbandingan  menggunakan  Marker  Øx-  174 DNA/Hint I (Promega). Skoring pita dilakukan dengan  menetapkan  nilai  1  untuk  keberadaan pita dan 0 untuk tidak adanya pita untuk setiap lokus  (data  biner),  dan  jika  penampilan  pita sangat  meragukan  dituliskan  9  ( missing  data ). Beberapa  parameter  untuk  menentukan  primer yang  paling  informatif  antara  lain  jumlah  pita total,  jumlah  dan  persentase  pita  polimorfik, heterosigositas,  dan  kandungan  informasi polimorfik  (PIC).  Nilai  PIC  yang  menunjukkan efisiensi masing-masing primer dihitung dengan mengikuti rumus yang dijelaskan oleh Anderson et al . (1993): skoring menggunakan PICi = 1- ∑Pi 2 , di mana Pi adalah frekuensi alel ke-i pada lokus tertentu.  Analisis  statistik  dari  hasil  program NTSYS-pc,  2.1  (Rohlf,  2000),  Winboot  dan POWER MARKER.
Tabel  1.  Nama  aksesi  koleksi  jewawut  dan asalnya.
No Nama Aksesi Asal 1 ICE-276-8A-1 ICRISAT, India 2 ICE-276-11A ICRISAT, India 3 ICE-276-12A ICRISAT, India 4 ICE-276-12AC ICRISAT, India 5 ICE-276-13A ICRISAT, India 6 ICE376-3 ICRISAT, India 7 ICE376-13 ICRISAT, India 8 2007-ICE-1335 ICRISAT, India 9 2007-ICE-1335-B ICRISAT, India 10 Wete coklat NTT, Ratong Moto 11 Wete pulut NTT, Saneloe 12 Wete krem NTT, Seusisoy 13 Wete coklat NTT, Gha Gero Phere 14 Wete coklat NTT, Wolowea

## Hasil dan Pembahasan
Marker  SSR  yang  digunakan  dalam  penelitian  ini tersebar  merata  pada  seluruh  kromosom  jewawut sebanyak 1 – 3 marka per kromosom. Jumlah marka yang  digunakan  sebenarnya  belum  meng- akomodasi  untuk  melihat  keragaman  jewawut secara  menyeluruh.  Seperti  yang  kita  ketahui bahwa  jumlah  kromosom  Jewawut  adalah sebanyak  9  kromosom,  sehingga  membutuhkan banyak  marka  untuk  menganalisis  keragamannya, namun  dari  hasil  analisis  ditemukan  pengelom- pokan yang signifikan yang mengumpulkan aksesi jewawut  berkerabat  dekat  dengan  sangat  baik dengan  nilai  pengelompokan  yang  cukup  tinggi. Sebanyak 27 primer SSR yang digunakan memiliki reproduksi, stabilitas, dan polimorfisme yang tinggi (Tabel 3). Total pita yang dihasilkan dari seluruh primer  SSR  yang  diujikan  adalah  103  pita, dimana  101  pita  atau  98,05%  dari  pita  tersebut adalah  pita  polimorfis  dengan  ukuran  basa berkisar  antara  84  sampai  553  bp.  Jumlah  total pita  yang  dihasilkan  oleh  setiap  primer  SSR berkisar dari 2 hingga 8, dengan rata-rata jumlah pita  adalah  4,26  pita.  Frekuensi  alel  yang dihasilkan  dari  27  primer  SSR  tersebut  adalah berkisar antara 0,21 (p17x) hingga 0,93 (b226 dan b107)  dengan  rata-rata  frekuensi  alel  0,57.  Pita polimorfik  dari  setiap  primer  SSR  yang digunakan  bervariasi  dari  0,13  %  (b107)  sampai 0,83  %  (p59)  dengan  jumlah  rata-rata  pita polimorfik  0,55%.    Nilai    informasi  polimorfik (PIC)  dari  primer  SSR  berkisar  dari  0,12  (b226 dan b107) sampai 0,83 (p17x), dengan rata-rata
Tabel 2. Nama Primer SSR, BIN, dan sekuens basa forward dan reverse.
No  Primer Bin Forward Reverse 1  p16 1 F ： TT TC TC CC TC TC TC GA TT CC R ： AA AT TG GC GT GC TA AC AA CC 2  p92 1 F ： TG GA AT TG GA AC CC TT TC G R ： GC CA TG CA AA CA GT AC CA TC 3  b260 1 F ： GA AG AG AG AA GC AG CG TT C R ： AA AC CA CA CT TG CC CT GA 4  p80 2 F ： GC CG TT GG AT TT GA TT AT GG R ： TG TG GT TA GT TT AT GT GG CT TG 5  b115 2 F ： GG TA GC GA CG GA TC TA CA GC R ： GC TA GC AA AT GC TG TC AT GG 6  p98 3 F ： AT TC AT CA GT AG CA CA GC R ： TG GA AC TA AG AA CA GG AA AC 7  b186 3 F ： CC CG TA TA AA TG TC AT CA TC CC R ： GC AC CT GG CT TC CC TT 8  b226 3 F ： TA CC TC CC GT TC CG TT TT GT` R ： CG CA TT GA TG GC TT AC AG TT 9  b236 4 F ： TC TG GA CC AG CA TT CT GT CT T R ： GG TA AC TC TG CT TG GA CG AG 10  b247 4 F ： GA TT GC TC TC TC AC AC AC AC G R ： GC CC GA TG GC TG CT AG T 11  b255 4 F ： GA GG AC AG CG GC CA TT R ： CC TC CC TC CA TT TA CT TT GG 12  p17x 5 F ： CG GA CA CC TG AA AG AC GA A R ： GT CA CT TG TT GT TG TT GC G 13  p75 5 F ： AT GC CA TG GG AA TT TG AA CC R ： GT TT GA TG CA GG AC GA GA GG 14  b223 5 F ： GG CA TT AA CT AC AT TG AC AG TG G  R: AA AA CC AA CA GT TC CC TC GT 15  b190 6 F ： GA AA TT TC AC AA GT GT TG GT G R ： TG AT CG GA GC AG AG TG TT GA 16  p59 7 F ： TA AT TT TG TG GC GT GG GA TG R ： GC AC TG GT TT TG TT GA AT GG 17  b107 7 F ： AG AA CG AG GT GG TG TG TG G R ： GG GT CT CA CG CT CT CA TC A 18  b142 7 F ： TG GT AA AA CT CC CA TA TT GA GC R ： GC CC CA TC CT TG AT AA CA GA 19  p6 8 F ： AA GG AT GG AA TT TG CC AC TG R ： TT TC GA CG AT TT GC TT CA AC 20  b185 8 F ： GC AC GT GT GA CT TT CC AC AT R ： GT GA AT GG CA CA CG AA AC TG 21  b258 8 F ： GG GC CA AT AA TG GT TG CA TA R ： TT GC AC AT CC AA AT CT TT CC 22  p38 9 F ： GT CG TC CC AC GT AT GA AA CC R ： TG AT TT CA CC TA CC GA TT TG C 23  b241 9 F ： CA CG CA CG TA GT AT TG CT AT R ： GT TC TG GG CT TC TG GC TG 24  b265 9 F ： AA TA AT GG AG AG GC AG CA TC C R ： CG AA TC AA GG TG TG CG TG 25  b269 9 F ： GT GC GT GC CT CC CT TT A R ： CC AG AT GC TT CC AC GG T 26  SICAAS6101  6 F:  CA TG GT GC CT TG CA TT TA GA R: TG CA GT TC AG TG AG AC AT AC AA AA C 27  SICAAS6035  6 F: AA TA CC AC AC AA GC AT CA GG AG R: GG CG AT GG AG TG CA TT TT AT TA
PIC  0,5,  sedangkan  heterosigositas  (He) bervariasi  dari  0,00  (b226,  b190,  b107,  p6  dan b265)  sampai  0,93  (b186,  b255,  p75  dan  p38) dengan rata-rata 0,49 (Tabel 3).
Informasi pita polimorfis, He, dan PIC dari setiap primer menunjukkan besarnya keragaman  yang  terbentuk  pada  lokus-lokus yang diuji pada 14 koleksi jewawut. Primer yang nilai  He-nya  tinggi bisa  dijadikan  primer  untuk mengidentifikasi  keragaman  pada  tanaman jewawut  yang  dikoleksi  selanjutnya.  Semakin tinggi  nilai  He  dan  PIC  yang  dihasilkan,  maka primer  tersebut  akan  semakin  informatif  dalam membedakan individu antara genotipe di dalam suatu  populasi  dan  akan  membuat  kegiatan pemuliaan  semakin  efektif,  terutama  dalam membedakan populasi tanaman yang berkerabat dekat.
Nilai  PIC  dijadikan  standar  untuk mengevaluasi  marka  genetik  berdasarkan  pita DNA hasil amplifikasi PCR, oleh karena itu nilai PIC dibagi menjadi tiga kelas, yaitu PIC > 0,5 = sangat  informatif,  kemudian  0,25  >  PIC  >  0,5  = sedang, dan PIC <  0,25 = rendah (Mulsanti et al ., 2013),  sehingga  primer-primer  yang  informatif
untuk  membedakan  jewawut  berkerabat  dekat adalah  primer-primer  dengan  nilai  He  tinggi dan  PIC  diatas  0,5.  Primer  tersebut  adalah  p16, p80,  b186,  b255,  b247,  p17x,      p75,SICAAS6035, p59,   b142,  b258, dan p38.
Dendogram  dihasilkan  dari  analisis  jarak genetik Nei’s dan Principal Component Analysis (PCA).  Jarak  genetik  yang  dihasilkan  bervariasi dari  0,28  sampai  0,85.  Tingkat  keakuratan  dari pengelompokan  adalah  sangat  tinggi,  yaitu sebesar  r  =  0,954.  Kisaran  keragaman  yang dibentuk  pada  15  aksesi koleksi  jewawut  Korea Selatan  juga  menunjukkan  nilai  kisaran  jarak genetik  dari  0  -  0,693  dengan  He  0,335  yang sangat  tinggi  menggunakan  marker  morfologi dan  ISSR  (Ghimire et  al .,  2019).  Analisis  klaster mengelompokkan  14  koleksi  plasmanutfah jewawut  dalam  7  klaster    pada  nilai  kemiripan 0,59.  Klaster  1  terdiri  atas  koleksi  berkerabat ICE-276,  klaster  2  terdiri  atas  koleksi  Wete Seusisoy,  Wete  Saneloe  dan  Wete,  klaster  3 terdiri atas koleksi berkerabat ICE-376, klaster 4 terdiri  atas  Wete  Gha  Gero  Phere,  klaster  5 terdiri  atas  2007- ICE-1335,  klaster  6  terdiri  atas 2007-ICE-1335-B  dan  cluster  7  terdiri  atas  Wete
Wolowea  (Gambar  1).  Dari  pengelompokan tersebut  terlihat  jelas  bahwa  beberapa  koleksi berkerabat  mengelompok  pada  klaster  yang sama,  yang  artinya  bahwa  aksesi  dalam  satu klaster memang berasal dari genetik yang sama, namun  sudah  mengalami  perubahan  genetik yang  mungkin  disebabkan  karena  mutasi ataupun  persilangan  alami  di  lapangan  dengan aksesi yang lain sehingga terbentuk variasi baru ataupun karena materi ini sendiri adalah materi yang  belum  tergalur  dengan  baik  saat diintroduksi.
Gambar  1.  Dendogram  Koefisien  Kemiripan Genetik  antara  plasmanutfah  Jewawut  koleksi Balitsereal
Tabel 3. Profil data 27 lokus SSR hasil karakterisasi 14 koleksi plasmanutfah jewawut Balitsereal.
No Primer Size range Frekuensi Alel Jumlah Genotipe Jumlah alel % Pita Polimorfik He PIC 1 p16 189,50 - 228,58 0,57 5,00 3,00 0,58 0,43 0,51 2 p92 181,63 - 196,49 0,82 2,00 2,00 0,29 0,36 0,25 3 b260 142,75 - 244,10 0,79 4,00 6,00 0,37 0,21 0,36 4 p80 193,88 - 272,25 0,39 8,00 6,00 0,76 0,79 0,73 5 b115 249,00 - 311,00 0,61 5,00 3,00 0,55 0,36 0,49 6 b186 140,00 - 172,77 0,36 3,00 4,00 0,73 0,93 0,68 7 b226 216,33 - 239,20 0,93 2,00 2,00 0,13 0,00 0,12 8 p98 142,75 - 239,20 0,57 2,00 2,00 0,49 0,86 0,37 9 b255 151,00 - 195,10 0,46 3,00 3,00 0,64 0,93 0,56 10 b247 84,00 - 151,00 0,61 4,00 4,00 0,56 0,21 0,50 11 b236 105,99 - 180,40 0,57 8,00 8,00 0,64 0,36 0,62 12 p17x 157,12 - 340,00 0,21 7,00 8,00 0,85 1,00 0,83 13 p75 190,20 - 249,00 0,46 4,00 4,00 0,64 0,93 0,57 14 b223 106,75 - 140,00 0,54 5,00 5,00 0,65 0,36 0,61 15 SICAAS6035 142,75 - 192,99 0,39 3,00 4,00 0,71 1,00 0,65 16 b190 362,56 - 427,00 0,92 2,00 2,00 0,14 0,00 0,13 17 SICAAS6101 129,00 - 171,42 0,50 4,00 4,00 0,63 0,07 0,56 18 b107 311,00 - 427,00 0,93 2,00 2,00 0,13 0,00 0,12 19 p59 190,81 - 255,88 0,25 9,00 8,00 0,83 1,00 0,81 20 b142 123,50 - 259,33 0,46 7,00 7,00 0,69 0,71 0,64 21 p6 249,00 -290,33 0,50 2,00 2,00 0,50 0,00 0,38 22 b258 170,60 -553,00 0,32 4,00 6,00 0,78 1,00 0,75 23 b185 109,00 -148,25 0,64 5,00 4,00 0,53 0,36 0,49 24 b269 105,99 - 151,00 0,82 3,00 4,00 0,31 0,21 0,30 25 b241 118,00 - 183,66 0,57 6,00 5,00 0,61 0,21 0,57 26 b265 208,16 - 224,50 0,71 2,00 2,00 0,41 0,00 0,32 27 p38 151,00 - 200,00 0,43 4,00 5,00 0,63 0,93 0,55 Rerata 84,00 - 553,00 0,57 4,26 4,26 0,55 0,49 0,50
Aksesi  dengan  nama  Wete  lebih  bervariasi karena  terdistribusi  dalam  beberapa  klaster berbeda, yang berarti bahwa aksesi Wete beragam karakternya.  Aksesi  Wete  sendiri  berasal  dari wilayah  NTT  yang  berasal  dari  wilayah  yang berbeda-beda. Beragamnya genetik dari Wete yang berasal  dari  1  wilayah  NTT  ini  menunjukkan bahwa  jewawut  di  wilayah  Indonesia  sendiri sebenarnya  sudah  memiliki  tingkat  keragaman yang  tinggi,  namun  belum  tereksplorasi  dan terkarakterisasi  dengan  baik.  Oleh  karena  itu, aksesi  Wete  memerlukan  pengkarakterisasian secara morfologi dan agronomi untuk kemampuan adaptasi dan hasil serta kandungan nutrisi biji agar jelas karakteristik tanaman dan manfaatnya untuk digunakan dalam kegiatan pemuliaan.
Alel  dari  koleksi  jewawut  yang  berasal  dari NTT  sangat  tinggi  variasinya  dan  hal  ini  dapat menjelaskan  bahwa  semua  aksesi  dari  NTT memiliki  variasi  alel  yang  tinggi  seperti  hasil penelitian  yang  dilaporkan  oleh  Kumari et  al . (2011)  dimana  variasi  dan  aliran  gen/alel  antara aksesi  dari  wilayah  berbeda  cukup  tinggi  yang dideteksi  menggunakan  marka Random  Amplified Polymorphic DNA (RAPD) dan Inter Simple Sequence Repeat (ISSR).  Namun,  pada  hasil  penelitian Vetriventhan et. al . (2012), keragaman genetik dari jewawut  berkorelasi  cukup  baik  berdasarkan klasifikasi  wilayah,  begitu  pula  pada  hasil penelitian Kellogg et. al. (2009) yang menunjukkan bahwa  spesies Setaria lebih  terkelompok  oleh wilayah dari pada klasifikasi sub-generiknya, serta pada  hasil  penelitian  Benabdelmouna et  al. (2001) yang  menggunakan  sekuens  gen  tertentu  yang menunjukkan  bahwa  jewawut  yang  berkerabat dekat  dapat  berkelompok  berdasarkan  geografis lokasi pertumbuhan tanaman. Hal ini berbeda dari hasil  penelitian  ini  dimana  aksesi  Wete  tidak mengelompok  berdasarkan  wilayah,  begitu  pula hasil penelitian yang didapatkan oleh Randall et al. (2016)  yang  menunjukkan  jewawut  yang  tidak mengelompok  berdasarkan  wilayah.  Keragaman genetik  jewawut  di  wilayah  NTT  kemungkinan sangat  tinggi,  seperti  yang  ditemukan  oleh  Rini (2018)  bahwa  keragaman  genetik  jewawut  di daerah  Sumba,  NTT,  sangat  tinggi  berdasarkan karakter bentuk malai dan warna biji.
Aksesi  ICE-276-11A  dan  ICE-276-12A  berada dalam  klaster  yang  sama  dengan  kemiripan genetik  yang  tinggi  (0,85),  aksesi  ICE-376-3  dan ICE-376-13  juga  mengelompok  pada  klaster  yang sama  pada  nilai  koefisien  kemiripan  0,61, sedangkan  aksesi  2007-ICE-  1335  dan  2007-ICE- 1335-B mengelompok dengan koefisien kemiripan
0,53  (Tabel  4).  Nilai  bootstrap  pada  dendogram menunjukkan frekuensi dari berapa kali     aksesi tersebut     mengelompok    dan berpasangan pada garpu  dendogram.  Pada  klaster  I  menunjukkan bahwa  nilai  bootstrap  cukup  tinggi  (66,7)  untuk memetakkan  aksesi  ICE-276  dalam  1  klaster, diikuti klaster 3 dan 2.
Hasil  analisis  jarak  genetik  diantara  aksesi plasmanutfah  jewawut  menunjukkan  bahwa  ada beberapa aksesi yang memiliki jarak genetik yang sangat  dekat,  yaitu  aksesi  ICE-276-11A    dengan ICE-276-12A  (0,15),  ICE-276-12A  dengan  ICE-276- 12AC (0,18), dan ICE-276-12AC   dengan   ICE-276- 13A (0,20). Ketiganya memiliki jarak genetik yang sangat  dekat  karena  masih  merupakan sister  line . Banyak variasi yang terbentuk didalam satu aksesi dapat  terjadi  karena  genotipe  hasil  hibridisasi memiliki  tetua  persilangan  yang  perbedaan genetiknya  cukup  tinggi,  sehingga  menghasilkan keturunan yang beragam seperti yang terjadi pada aksesi ICE-276. Hal ini membuktikan bahwa aksesi ICE-276 yang diintroduksikan merupakan segregan  generasi  awal  yang  belum  menggalur sempurna,  sehingga  masih  menghasilkan  variasi genetik saat ditanam di Indonesia. Begitupula yang terjadi  pada  aksesi  ICE-376  dan  aksesi  2007-ICE- 1335.  Seperti  yang  kita  ketahui  bahwa  jewawut sendiri  memiliki  sifat  persilangan self-pollination , sehingga  outcrossing  sangat  kecil  terjadi,  namun diketahui bahwa jewawut memiliki heterosigositas yang  tinggi  pada  lokus-lokusnya  (Gupta et  al. , 2012).  Oleh  karena  itu,  variasi  ini  mungkin disebabkan  karena  genotipe  ICE-276  dan  ICE-376 merupakan  segregan  generasi  awal  yang heterosigositasnya  masih  tinggi  saat  diintroduksi ke Indonesia.
Rata-rata jarak genetik (rJG) adalah nilai rata- rata  jarak  genetik  suatu  aksesi  terhadap  aksesi yang lain. Nilai ini dapat menunjukkan bagaimana posisi suatu aksesi dalam suatu populasi uji. Nilai rata-rata  jarak  genetik  bergantung  pada  populasi ujinya.  Dalam  penelitian  ini  nilai  rJG  aksesi  Wete Gha  Gero  Phere  yang  paling  tinggi  (0,70),  diikuti 2007-ICE-1335-B  (0,69),  kemudian  2007-ICE-1335 (0,68)  dan  Wete  Wolowea  (0,67).    Jauhnya  jarak genetik dari aksesi tersebut juga dapat terlihat dari gambar 3 dimensi dimana pada Gambar 2 terlihat bahwa Wete Gha Gero Phere, Wete Wolowea, dan 2007-ICE-1335  terpisah  dengan  aksesi  yang  lain dengan  jarak  yang  jauh.  Jarak  genetik  yang  jauh memberikan  peluang  kepada  kegiatan  pemuliaan untuk  menghasilkan  variasi  baru  dalam menghasilkan  aksesi-aksesi  jewawut  yang  lebih baik.
Tabel 4. Jarak genetik antara aksesi koleksi plasmanutfah jewawut Balitsereal dengan 27 marka SSR.
Aksesi ICE -276 -8A -1 ICE -276 -1 1A ICE -276 -1 2A ICE -276 -1 2AC ICE -276 -1 3A ICE -376 -3 ICE -376 -13 20 07 -I CE -1 33 5 20 07 -I CE -1 33 5- B We te Sa ne Lo e We te Se us iS oy We te G ha We te We te W olo w ea ICE-276-8A-1 0,49
ICE-276-11A 0,24  0,45 ICE-276-12A 0,,3  0,15  0,46 ICE-276-12AC 0,37  0,23  0,18  0,47 ICE-276-13A 0,33  0,26  0,31  0,2 0,49 ICE-376-3 0,53  0,46  0,45  0,46  0,53  0,5 ICE-376-13 0,47  0,44  0,4 0,38  0,4 0,38  0,5 2007-ICE-1335 0,76  0,75  0,79  0,8 0,8 0,59  0,69  0,68 2007-ICE-1335-B  0,77  0,75  0,77  0,78  0,79  0,58  0,71  0,46  0,69 WeteSaneLoe 0,39  0,39  0,4 0,44  0,48  0,46  0,36  0,68  0,69  0,49 WeteSeusiSoy 0,49  0,47  0,48  0,44  0,45  0,43  0,47  0,65  0,71  0,44  0,52 WeteGha 0,7 0,66  0,63  0,66  0,65  0,64  0,65  0,75  0,8 0,73  0,71  0,7 Wete 0,36  0,29  0,35  0,42  0,4 0,44  0,47  0,68  0,7 0,31  0,33  0,7 0,47 WeteWolowea 0,7 0,72  0,72  0,76  0,79  0,58  0,71  0,47  0,52  0,66  0,7 0,78  0,61  0,67
Keterangan  :  Angka  didalam  kotak  adalah  rata-rata  jarak  genetik  dari  aksesi  tersebut  terhadap  seluruh  aksesi yang lain
Gambar 2. Bentuk 3 dimensi pengelompokan aksesi jewawut
___________________________________________

## Kesimpulan
Keragaman genetik dari plasma nutfah menjadi informasi  paling  penting  untuk  menghasilkan tanaman  jewawut  bernutrisi  lebih  baik  dengan produksi  yang  tinggi.  Keterbatasan  karakter morfologi  dapat  dibantu  dengan  penggunaan marka  molekuler  untuk  memudahkan  dalam mengidentifikasi  kedekatan  genetik  dari  aksesi
yang  mengalami  variasi  dalam  proses  koleksi dan  aksesi  yang  dikoleksi  dengan  nama  yang sama.  Marka  SSR  mampu  membedakan  aksesi jewawut berkerabat dekat dengan
pengelompokan  yang  baik.  Tingkat  keragaman yang  tinggi  diperoleh  pada  aksesi  Wete  dan 2007-ICE-1335 yang memberikan peluang untuk pemuliaan tanaman jewawut dalam
menghasilkan  variasi  yang  lebih  banyak  dari persilangan  aksesi-aksesi  tersebut.  Tidak  terjadi duplikasi  materi  koleksi  pada  kelompok  sister line, hanya aksesi ICE-276-11A dan ICE-276-8A- 1 yang memiliki koefisien kemiripan yang besar.

## ____________________________________ Ucapan Terima Kasih
Penulis  mengucapkan  terimakasih  kepada Badan
Litbang Pertanian, Kementerian Pertanian,  atas  pembiayaan  penelitian  ini melalui DIPA Balai Penelitian Tanaman Serealia, juga kepada segenap teknisi yang terlibat dalam penelitian  ini.  Semoga  hasil  penelitian  ini bermanfaat  seluas-luasnya  bagi  kemaslahatan umat.
___________________________________________

## Daftar Pustaka
Al-Badeiry,  N.A.,  A.H.  Al-Saadi,  and  T.K. Merza.  2014.  Analysis  of  Genetic  Diversity in  Maize  (Zea  mays  L.)  Varieties  Using Simple  Sequence  Repeat  (SSR)  Markers. Pure & Applied Science, 6, 1768-1774.
Anderson,    J.A.,  G.A.  Churchill,  J.E.  Autrique,
S.D.  Tanksley,  and  M.E.  Sorrells.  1993. Optimizing  parental  selection  for  genetic linkage maps. Genome 36, 181 – 186. Benabdelmouna,  A.,  M.  Abirached-Darmency and  H.  Darmency.  2001.  Phylogenetic  and genomic  relationships  in Setaria  italica and its  close  relatives  based  on  the  molecular diversity and chromosomal organization of 5S and 18S-5.8S-25S rDNA  genes. Theor Appl Genet 103, 668 – 677.
Cholastova,  T.,  M.  Soldanoa  and  R.  Pokorny. 2011.  Random  amplified  polymorphic DNA (RAPD) and simple sequence repeats (SSR)  marker  efficacy  for  maize  hybrid identification.  Afr.  J.  Biotech  10(24:  4794- 4801.
CIMMYT.  2004.  Protokol  untuk  Karakterisasi Jagung  secara  Genotipik  menggunakan Marka  SSR  serta  Analisis  Data.  Metro Manila, Philippines.
Doyle, J.J. and J.L. Doyle. 1990. Isolation of plant DNA from fresh tissue. Focus, v.12, p.13-15. Ellegren,  H.  and  N.  Galtier.  2016.  Determinants of  genetic  diversity.  Nature  Reviews Genetics,  Nature  Publishing  Group,  17  (7), pp.422 - 433.
George,  M.L.C., E.  Regalado,  W. Li,  M.  Cao,  M. Dahlan,  M.B.  Pabendon,  Warbuton,  X. Xianchun,  D.  Hoisington.  2004.  Molecular Characterization  of  Asians  maize  inbred lines  by  multiple  laboratories.  Theor  Appl Genet 109:80- 91.
Ghimire, B.K.,  C.Y.  Yu,  S.-H.  Kim,  I.-M.  Chung. 2019.  Assessment  of  Diversity  in  the Accessions  of  Setaria  italica  L.  Based  on Phytochemical  and  Morphological  Traits and ISSR Markers Molecules 2019, 24, 1486. Govindaraj,  M.,  M.  Vetriventhan,  and  M. Srinivasan.  2014.  Importance  of  Genetic Diversity  Assessment  in  Crop  Plants  and Its  Recent  Advances:  An  Overview  of  Its Analytical Perspectives. Hindawi
Publishing  Corporation  Genetics  Research International  Volume  2015,  Article  ID
431487, 14 pages.
Gupta,  S.,  K.  Kumari,  and  P.P.  Sahu. 2012. Sequence-based novel genomic microsatellite markers for robust
genotyping  purposes  in  foxtail  millet [Setaria  italica (L.)  P.  Beauv.]. Plant  Cell Rep 31, 323 – 337. https://doi.org/10.1007/
s00299-011-1168-x.
Hoxha,  S.,  M.R.  Shariflou,  and  P.  Sharp.  2004. Evaluation of genetic diversity in Albanian Maize using SSR markers. Journal Maydica 49:97-103.
Kellogg,  E.A.,  S.S.  Aliscioni,  O.  Morrone,  J. Pensiero,  and  F.  Zuloaga.  2009.  A phylogeny of Setaria (Poaceae, Panicoideae, Paniceae)  and  related  genera  based  on  the chloroplast  gene  ndhF.  International Journal of Plant Sciences, 170(1), 117-131.
Kumari  R.,  N.  Dikshit,  D.  Sharma,  and  K.V.
Bhat.  2011.  Analysis  of  molecular  genetic diversity  in  a  representative  collection  of foxtail  millet  [Setaria  italica  (L.)  P.  Beauv.] from  different  agro-ecological  regions  of India.  Physiol.  Mol.  Biol.  Plants  17(4):363 – 374.
Lin,  H.S.,  C.Y.  Chiang,  S.B.  Chang,  G.I.  Liao, and C.S.S. Kuoh. 2012. Genetic Diversity in
The Foxtail Millet (setaria italica)
germplashas  determined  by  agronomic traits and microsatellite markers. Australian Journal of Crop Science (AJCS) 6 (2) 342-349.
Mulsanti, W. Indria, M. Surahman, S. Wahyuni, dan  D.W.  Utami.  2013.  Identifikasi  galur tetua  padi  hibrida  dengan  marka  SSR spesifik  dan  pemanfaatannya  dalam  uji kemurnian benih. Jurnal Penelitian Pertanian Tanaman Pangan. 32 (1): 1- 8 Nirmalakumari,  A.  and  M.  Vetriventhan.  2010.
Characterization of foxtail millet plasmanutfah collections for yield contributing  traits.  Electronic  Journal  of Plant Breeding , 1(2): 140-147
Ramanatha, R.V. and T. Hodgkin. 2002. Genetic diversity  and  conservation  and  utilization of  plant  genetic  resources.  Plant  Cell, Tissue and Organ Culture 68: 1 – 19. Kluwer Academic Publishers. Netherlands.
Randall,  A.,  Y.  Yuwariah,  A.  Nuraini,  T. Nurmala,  A.W.  Irwan,  dan  W.A.  Qosim. 2016.  Karakterisasi  dan  kekerabatan  23 genotip  Jawawut  (Setaria  italic  L.  Beauv) yang  ditanam  tumpangsari  dengan  ubi jalar  berdasarkan  karakter  agromorfologi. Pangan, Vol. 25 No. 1 April 2016 : 21 - 32
Rini,  D.W.  2018.  Potensi  aksesi  lokal  jewawut (setaria italica (l.) p. beauv) sebagai pangan alternatif di lahan kering pulau sumba ntt. Seminar  Nasional  Pendidikan  Biologi  dan Saintek III. ISSN: 2527 – 533x :558-564.
Rohlf, F.J. 2000. NTSYSpc Numerical Taxonomy and  Multivariate  Analysis  System  Version 2.1. Applied Biostatistics Inc.
Sharma, N. and K. Niranjan. 2018. Foxtail millet: Properties,  processing,  health  benefits,  and
uses, Food Reviews International, 34:4, 329- 363.
Vetriventhan,  M.,  H.D.  Upadhyaya,  C.R. Anandakumar, S. Senthilvel, H.K. Parzies, A. Bharathi,  R.K.  Varshney,  and  C.L.L.  Gowda. 2012.  Assessing  genetic  diversity,  allelic richness  and  genetic  relationship  among races in ICRISAT foxtail millet core collection Plant  Genetic  Resources:  Characterization and Utilization, 10(3); 214 – 223.