http://journal.trunojoyo.ac.id/jurnalkelautan                                                              Jurnal Kelautan
Volume 11, No. 2, 2018 ISSN: 1907-9931 (print), 2476-9991 (online)

## KAJIAN FILOGENETIK IKAN TUNA ( Thunnus spp ) SEBAGAI DATA PENGELOLAAN DI PERAIRAN SEKITAR KEPULAUAN MALUKU, INDONESIA.
THE PHYLOGENETIC FISH TUNA AS MANAGEMENT DATA IN ARROUND MALLUCAS ISLAND’S SEA
Nebuchadnezzar Akbar 1* , Muhammad Aris 2 , Muhammad Irfan 2 , Irmalita Tahir 1 , Abdurrachman Baksir 1
1 Program Studi Ilmu Kelautan. FPIK Universitas Khairun. Ternate
2 Program Budidaya Perairan. FPIK Universitas Khairun. Ternate
*Corresponding author e-mail: nezzarnebuchad@yahoo.co.id
Submitted: 08 Januari 2018 / Revised: 20 Desember 2018 / Accepted: 20 Desember 2018
http://doi.org/10.21107/jk.v11i2.3459

## ABSTRACT
Tuna  (Thunnus  Spp)  is  a  pelagic  fish  that  has  migration  capabilities  and  commercial  value.  The condition  of  North  Maluku  and  Ambon  oceanographies  supports  the  abundance  of  resource population  stocks.  Phylogenetic  knowledge  can  help  show  the  evolutionary  relationship  of  an organism  inferred  from  morphological  and  molecular  data.  The  aim  of  the  study  was  to  determine phylogenetic of tuna in the waters of North Maluku and Ambon. This study used the PCR-Sequencing method.  Molecular  analysis  uses  a  polymerase  chain  reaction  (PCR)  with  CRK-CRE  primer, electrophoresis.  Reconstruction  of  the  phylogenetic  tree  using  the  Neighbor  joining  method  and  the Kimura  2-parameter  evolution  model  was  carried  out  with  the  MEGA5  application.  The  results  of phylogenetic  research  found  that  there  were  four  four  different  clades  of  tuna  species  (bigeye  tuna; kuing fin tuna; alalunga tuna; cakalang). The genetic distance of big eye tuna (T.obesus) with yellow fin tuna (T.albacares) is 0.09, bigeye tuna (T.obesus) with tuna alalunga (T.albacore) is 0.19, yellow fin tuna (T.albacares) with tuna alalunga (T.albacore), for 0.21, big eye tuna (T.obesus) with alalunga tuna (T.albacore) cakalang (K.pelamis) is 0.34, cakalang (K.pelamis) with alalunga tuna (T.albacore) is  0.39  and  yellow  fin  tuna  (T.albacares)  with  Cakalang  (K.  pelamis)  are  0.34.  All  results  show significant  genetic  differences,  genetic  tuna  species  come  from  one  group  and  filogeography  has  a real distribution boundary between one another.
Keywords:  Thunnus,  Polymerase  Chain  Reaction  (PCR),  Phylogenetic  Tree,  CRK-CRE  primer, Neighbor joining, Kimura 2-parameter, genetic distance, MEGA5, filogeography.

## ABSTRAK
Ikan tuna (Thunnus Spp) adalah ikan pelagis yang memilili kemampuan  migrasi dan nilai  komersial. Kondisi  oseanografie  Maluku  Utara  dan  Ambon  mendukung  kelimpahan  stok  populasi  sumberdaya. Pengetahuan  filogenetik  dapat  membantu  menunjukan  hubungan  evolusioner  dari  suatu  organisme yang  disimpulkan  dari  data  morfologi  dan  molekuler. Tujuan  penelitian  untuk  mengetahui  filogenetik ikan  tuna  di  perairan  Maluku  Utara  dan  Ambon.  Penelitian  ini  menggunakan  metode  PCR- Sequencing.  Analisis  molekuler  menggunakan  Polymerase  Chain  Reaction  (PCR)  dengan  primer CRK-CRE, elektroforesis. Rekonstruksi pohon filogenetik menggunakan metode Neighbor joining dan model  evolusi  Kimura  2-parameter  dilakukan  dengan  aplikasi  MEGA5.  Hasil  penelitian  filogenetik menemukan terdapat empat empat clade spesies  ikan tuna yang saling berbeda (tuna mata besar ; tuna sirip kuing ; tuna alalunga ; cakalang ). Jarak genetik tuna mata besar (T.obesus)  dengan tuna sirip  kuning  (T.albacares)    adalah  0.09,  tuna  mata  besar  (T.obesus)    dengan  tuna  alalunga (T.albacore)  adalah  0.19,  tuna  sirip  kuning  (T.albacares)    dengan  tuna  alalunga  (T.albacore), sebesar 0.21,  tuna mata besar (T.obesus)  dengan tuna alalunga (T.albacore)  cakalang (K.pelamis) adalah  0.34,  cakalang  (K.pelamis)  dengan  tuna  alalunga  (T.albacore)  adalah    0.39  dan  tuna  sirip kuning  (T.albacares)    dengan  Cakalang  (K.pelamis)  adalah  0.34.  Semua  hasil  menunjukan perbedaan genetik yang signifikan, genetik spesies tuna berasal dari satu kelompok  dan filogeografi memiliki batas distribusi yang nyata antar satu dengan yang lain.
Kata Kunci :   Thunnus, Polymerase Chain Reaction (PCR), Pohon Filogenetik, primer CRK-CRE, , Neighbor joining , Kimura 2-parameter, jarak genetik, MEGA5, filogeografi.

## PENDAHULUAN
Wilayah  perairan  kepulauan  Maluku  Utara  dan Ambon  telah  lama  dikenal  sebagai  daerah migrasi  dan  penangkapan  paling  produktif  di Indonesia (KKP, 2011). Total produksi penangkapan  ikan  tuna  pada  tahun  2011 sebesar  106.5  ton/  tahun  dan  produksi penangkapan  di  Ambon  sebesar  104.12 ton/tahun  (KKP,  2011).  Bailey et  al., (2012) mengatakan  bahwa  terdapat  beberapa  jenis tuna  diperairan  Indonesia  antara lain  tuna  sirip kuning  ( Thunnus  albacores ),  tuna  mata  besar ( Thunnus obesus ) dan ikan cakalang ( Katsuwonus  pelamis ).    Selain  itu  kedua wilayah  ini  secara  geografis  terletak  di  bagian timur  Indonesia  yang  dibatasi  oleh  Samudera Pasifik,  Laut  Seram,  Laut  Banda,  Laut  Maluku dan Laut Halmahera. Kedudukan ini menyebabkan perairan kedua wilayah dipengaruhi  oleh  massa  arus  lintas  Indonesia. Molcard et  al., (2001)  menjelaskan  Arlindo merupakan  aliran  arus  antar  samudera  yang melewati Indonesia dan memiliki peranan yang penting  dalam  sistem  sirkulasi  massa  air  yaitu mensuplai  massa  air  ke  Samudera  Hindia, selain  itu  Gordon  (2005)  melaporkan  perairan Maluku  Utara  dan  Ambon  dilewati  arus thermoklin  Pasifik  selatan  dan  termhoklin Pasifik  utara.  Pembentukan  arus  ini  akan membantu ikan khususnya tuna dalam bermigrasi dan bertemu antar populasi.
Ikan  tuna  merupakan  spesies  pelagis yang  beruaya  jauh,  terdistribusi  secara  luas dan  bermigrasi  mengikuti  pola  arus  perairan (Bremer et al., 1998: Chen et al., 2005). Hal ini memberikan  peluang  ikan  bertemu  dengan populasi ikan yang lain diperairan. Gaylord dan Gaines  (2000)  mengatakan  bahwa  arus  laut dapat  mempengaruhi  distribusi  populasi  dan struktur genetika ikan. Gordon dan Fine (1996) juga  melaporkan  bahwa  rute  pertukaran  gen antara  organisme  tropis  di  Samudera  Hindia dengan  Samudera  Pasifik  terus  berlangsung hingga saat ini dan pertukaran gen secara garis besar melalui perantara Arlindo
Dilihat  dari  sejarah  geologi,  Maluku  Utara  dan Ambon  merupakan  kepulauan  yang  terbentuk akibat  peristiwa  tubrukan lempeng  yang  terjadi sehingga  menyebabkan  kenaikan  kerak  bumi keatas  permukaan  laut.  Hal  ini  menyebabkan isolasi yang panjang dan rumitnya pembentukan  pulau  ini  secara  geologi  telah memberikan  fenomena  menarik  tehadap  jenis fauna  yang  menghuni  pulau  Halmahera  (Hall, 1998).  De  jong  (1998)  mengatakan  bahwa secara  geologi  antara  pulau  Halmahera  dan Seram sangat berbeda dimana pulau Halmahera  secara  geografis  mengarah  ke
bagian  timur  Indonesia  sedangkan  pulau Seram  menjulur  ke  bagian  barat  Indonesia. Variasi  kondisi  lingkungan  diduga  dapat menimbulkan  variabilitas  genetika  pada  ikan laut  dan  perubahan  struktur  genetik  yang diakibatkan  terjadinya  perubahan  tinggi  muka air laut pada jaman Pleistosen (Saunders et al., 1986; Borsa, 2003).
Berbagai  penjelasan  mengenai  geologi  dan oseanografie  pada  Maluku  Utara  dan  Ambon memberikan  pandangan  bahwa  perlu  adanya suatu  kajian  filogenetik  untuk  menjawab hubungan  kekerabatan  yang  terjadi  antara ikan, khususnya tuna yang mimiliki kemampuan  migrasi  yang  tinggi.  Pengetahuan tentang  hubungan  kekerabatan  suatu  spesies diperlukan untuk mempelajari evolusi beberapa taksa  yang  memiliki  kekerabatan  dengan membandingkan  sekuen  DNA  nya  (Ubadillah dan Sutrisno, 2005). Baldauf (2003)
mengatakan ilmu filogenetik dapat memperkirakan evolusi yang terjadi pada masa lalu  dengan  membandingkan  sekuens  DNA atau Protein. Campbell et al., (2012) menyebutkan  filogenetik  dapat  menunjukan hubungan  evolusioner  dari  suatu  organisme yang  disimpulkan  dari  data  morfologi  dan molekuler.
Penelitian  filogenetik  ikan  tuna  sendiri  telah dilakukan  oleh  (Chow  dan  Kishino,  1995; Finnerty & Block, 1995; Elliott and Ward, 1995 ; Bremer et  al., 1997  ;  Chow et  al., 2003)  yang melihat  hubungan  filogenetik  diantara  spesies tuna dengan menggunakan genom mitokondria dan  nuclear.  Hasil  penelitian  menunjukan bahwa  terdapat  hubungan  yang  kuat  diantara spesies  tuna  dan  terjadi  pengelompokan  yang berbeda  antar  spesies.    Penelitian  ikan  tuna sendiri  di  Indonesia  dilakukan  oleh  Permana (2007) yang mengkaji variasi genetik ikan tuna sirip kuning (Thunnus albacores) dan Suman et al., (2013)  yang  melihat  struktur  genetik  ikan tuna  pada  spesies  tuna  mata  besar  ( Thunnus obesus )  sedangkan  kajian  filogentik  ikan  tuna di  Indonesia  sendiri,  hingga  sekarang  belum terpublikasi dan ditemukan.
Analisis hubungan filogenetik ikan tuna menggunakan  teknik  DNA sequencing .  Teknik ini  yang  dapat  dipakai  untuk  mengetahui informasi genetik dan metode untuk memperoleh  urutan  basa  nukleotida  pada molekul  DNA  (Sanger et  al., 1977).  Freeland (2005) mengatakan DNA sekuensing merupakan satu-satunya metode untuk mengidentifikasi  pasangan  basa  dengan  tepat antara individu yang berbeda dan memungkinkan untuk menyimpulkan hubungan
evolusi.  Selain  itu  teknik  ini  sangat  mudah, cepat,  efisien  sehingga  banyak  digunakan sebagai aplikasi dasar (Graham dan Hill, 2001; Ubadillah dan Sutrisno, 2009)

## MATERI DAN METODE Koleksi Sampel.
Total  sampel  yang  ditemukan  pada  Maluku Utara  (89)  dan  Ambon  (29)  individu.  Sampel kemudian  difoto,  diukur  panjang  dan  diambil bagian  sirip  renang  ( pectoral  fin )  sepanjang  3 cm setelah itu di simpan dalam tube yang telah terisi larutan ethanol 96% untuk pengawetan.
Ekstraksi DNA, Polymerase Chain Reaction (PCR), Elektroforesis dan Sekuensing.
Isolasi  DNA  mitokondria  dilakukan  dengan larutan  Chelex  10%  (Walsh et  al., 1991). Ekstraksi  DNA  dimulai  dengan  pengambilan sampel  jaringan.  Sebelum  dan  sesudah jaringan  diambil,  pinset  dicelupkan  ke  dalam ethanol  96%  dan  dibakar  dengan  api  bunsen. Berikutnya tube divortex  dan  disentrifuge selama  +  20  detik,  kemudian  dipanaskan dalam heat  blok dengan  suhu  95 o C  selama  + 45  menit.  Setelah  dipanaskan,  tube  kembali divortex  dan  disentrifuge  selama  +  20  detik. Amplifikasi  dilakukan  pada  lokus  mitocondrial DNA  control  region  menggunakan  primer forward  CRK 5’-AGCTC  AGCGC  CAGAG CGCCG GTCTT GTAAA- 3’ dan primer reverse CRE 5’-CCTGA  AGTAG  GAACC  AGATG- 3’(Lee et  al., 1995).  Reaksi  PCR  dilakukan dalam  volume  25  µL,  menggunakan  template DNA sebanyak 1 µL. Setiap reaksi terdapat 2,5
µL  10x  PCR  buffer  ( Applied  Biosystems ),  2.5 µL 10 mM dNTPs, 1.25 µL of each primer at 10 mM,  2  µL  25  mM  MgCl2  solution,  0.125  µL AmplyTaq Red ™ ( Applied Biosystems ), 1 µL 1x BSA  and  13.5  µL  ddH2O.    Profil  PCR  meliputi denaturasi  awal  pada  suhu  94  °C  selama  15 detik,  38  siklus  yang  meliputi  denaturasi  pada 94  °C  selama  30  detik,  annealing  pada  50  °C selama  30  detik,  dan  extension  pada  72  °C selama 45 detik, selama 72 °C untuk  5 menit.
Proses elektroforesis dilakukan dengan memasukan  1  gram  agarosa  erlenmeyer ditambahkan  100  mL  TAE  1x  dan  dipanaskan di  dalam  mikrowave  kemudian  ditambahkan  4 uL  EtBr.  Gel  agarosa  yang  sudah  jadi kemudian  dituangkan  di  cetakan  yang  sudah dipasang  sisir  pembuat  sumur  dan  didiamkan selama  30  menit. DNA Sequencing dilakukan dengan metode Sanger (Sanger et al., 1977).
Analisis Data.
Hubungan kekerabatan antar populasi ditentukan berdasarkan parameter jarak genetik  (Nei,  1972),  analisis  statistik  terhadap perbedaan jarak genetik (Nei, 1978), identifikasi  spesies    dan  rekonstruksi  pohon filogenetik  menggunakan  metode Neighbor joining dan  model  evolusi Kimura  2-parameter model dilakukan  dengan  aplikasi  MEGA5 (Tamura et al., 2011).
Gambar.1. Peta pengambilan sampel ikan tuna ( Thunnus Spp ).

## HASIL DAN PEMBAHASAN Karakteristik sekuens Nukleotida
Panjang fragmen hasil amplifikasi PCR dengan primer CRK-CRE  pada  lokasi  mtDNA control
region adalah 513 bp dari total 118 sampel ikan tuna  mata  besar  yang  terdiri  dari  89  individu Maluku  Utara  dan  29  individu  Ambon.  Hampir semua  substitusi  nukleotida  yang  diamati ditemukan  antara  individu.  Distribusi  haplotipe
Ambon Morotai Ternate Tidore Bacan Sanana Obi
dan  urutan  subtitusi  nukleotida  secara  umum dapat  di  lihat  pada  (tabel  1).  Total  jumlah  tipe nukleotida yang ditemukan adalah 80 nukeotida.  Jumlah  subtitusi  nukleotida  antar ikan  cakalang  ( K.  pelamis )  dengan  spesies tuna  ( Thunnus  Spp )  adalah  13  subtitusi nukeotida  dan  sangat  besar  dibandingkan dengan  jumlah  subtitusi  dalam  spesies  ikan tuna.  Pada  ikan  tuna  ( Thunnus ),  spesies  yang mendominasi  subtitusi  adalah  tuna  mata  besar ( Thunnus  obesus )  dengan  jumlah  subtitusi sebesar  9  nukleotida,  tuna  alalunga  ( Thunnus albacore ) dengan jumlah pergantian nukleotida sebanyak  8  dan  tuna  sirip  kuning  ( Thunnus albacares ) memiliki 6 subtitusi nukeotida.
Perbedaan  jumlah  subtitusi  tuna  mata  besar ( T.obesus )  dengan  tuna  alalunga  ( T.albacore ) adalah 10 nukleotida (1.25%), subtitusi nukleotida tuna mata besar ( T.obesus ) dengan tuna  sirip  kuning  ( T.albacares )  adalah    5 nukleotida (0.8%), antara ikan tuna mata besar ( T.obesus )  dengan  ikan  cakalang  ( K.pelamis ) sebesar  9  nukleotida  (0.11%),  ikan  cakalang ( K.  pelamis )  dengan  tuna  sirip  kuning ( T.albacares )  sebanyak  6  nukeotida  (0.07%), tuna alalunga ( T.albacore ) dengan  ikan cakalang  ( K.pelamis )  sebanyak    14  nukeotida (0.07%) sedangkan ikan tuna alalunga ( T.albacore )  dan  sirip  kuning  ( T.albacares )  8 nukelotida (0.1%).
Total  jumlah  80  tipe,  panjang  basa  (bp)  dan subtitusi  nukleotida  antara  spesies  tuna ( Thunnus Sp ) dengan cakalang yang ditemukan  berbeda  dengan  yang  diperoleh oleh  Chow  dan  Kishino (1995)  yakni  sebanyak 51  tipe,  total  terdapat  292  panjang  basa  (bp) yang  ditemukan  dan  jumlah  subtitusi  antar spesies  tuna  dengan  cakalang  berkisar  35-42. Perbedaan  ini  disebabkan  oleh  total  sampel yang digunakan tidak sama, dimana Chow dan Kishino  (1995)  hanya  menggunakan  tiga individu  pada  setiap  spesies  tuna  yang  terbagi atas  satu  individu  yang  sampel  yang  dikoleksi dan  dua  sampel  dari  data  DDJB  ( DNA  Data Bank  of  Japan )  sedangkan  sampel  koleksi yang  kita  gunakan  berjumlah  188  spesies  dan terbagi  atas  sampel  ikan  tuna  mata  besar ( T.obesus ),  tuna  sirip  kuning  ( T.albacares ), tuna  alalunga  ( T.albacore )  dan  cakalang ( K.pelamis ) (tabel 1 dan 2).

## Analisis filogenetik mtDNA
Analisis  filogenetik  menggunakan  metode Neighbor-joining dengan Kimura  2-parameter model diperoleh  empat  clade  yakni  clade pertama  untuk  spesies  ikan  tuna  sirip  kuning ( Thunnus  albacores ),  Clade  kedua  untuk  tuna
mata  besar  ( Thunnus  obesus ),  Clade  ketiga adalah  ikan  tuna  albacore  ( Thunnus  alalunga ) sedangkan outgroup yang  dipakai  adalah spesies  ikan  cakalang  ( Katsuwonus  pelamis ) (gambar  2).  Pohon  filogeni  yang  dibangun memiliki  nilai bootstrap diantara  87-99%  pada setiap cabang pada kelompok populasi.
Hubungan kekerabatan dan kedekatan diperlihatkan oleh kelompok populasi tuna mata besar  ( T.obesus )  dan  tuna  sirip  kuning ( T.albacares )  yang  berdekatan,  sedangkan kelompok  tuna  alalunga  ( T.albacore )  dan cakalang  ( Katsuwonus  pelamis )  terpisah  jauh dari  kelompok  tuna  mata  besar  dan  sirip kuning, dengan demikian bahwa terjadi divergensi  secara  genetik  antara  kelompok tuna  alalunga  ( T.albacore )  dan  Cakalang ( K.pelamis ).
Rekonstruksi  pohon  filogenetik  di  dukung  hasil analisis nilai jarak genetik antar empat spesies ditemukan  bahwa  jarak  genetik  tuna  mata besar  ( T.obesus )  dengan  tuna  sirip  kuning ( T.albacares ) dan berkerabat jauh dengan tuna alalunga ( T.albacore ) serta Cakalang ( K.pelamis ).  Jarak  genetik  tuna  mata  besar ( T.obesus ) dengan tuna sirip kuning ( T.albacares )    adalah  0.09,  tuna  mata  besar ( T.obesus )    dengan  tuna  alalunga  ( T.albacore ) adalah  0.19,  tuna  sirip  kuning  ( T.albacares ) dengan  tuna  alalunga  ( T.albacore ),    sebesar 0.21,    tuna  mata  besar  ( T.obesus )    dengan tuna alalunga ( T.albacore ) cakalang ( K.pelamis )  adalah  0.34,  cakalang  ( K.pelamis ) dengan tuna alalunga ( T.albacore ) adalah  0.39 dan  tuna  sirip  kuning  ( T.albacares )    dengan
Cakalang ( K.pelamis ) adalah 0.34
(tabel 3).
Clade pertama adalah populasi ikan tuna mata besar  ( T.obesus )  yang  memperlihatkan  bahwa dua  populasi  dari  tempat  yang  berbeda bercampur antara satu dengan yang lain, hal ini memungkinkan terjadi dan menjelaskan bahwa genetik  kedua  populasi  ini  sangat  dekat  dan memiliki kesamaan, hasil penelitian yang sama juga  diperoleh  Grewe  dan  Hampton  (1998) diperairan  samudera  Pasifik,  Martinez  dan Zardoya  (2005)  dan  Martinez et  al., (2006) pada perairan samudera Atlantik, Chiang et al., (2006) pada laut Cina, Philipina dan samudera Pasifik  bagian  barat,  dan  Chiang et  al., (2008) diperairan  samudera  Hindia.  Clade  kedua adalah ikan tuna sirip kuning ( T.albacares ) juga menunjukan  kemiripan  antar  kedua  populasi ini,  hal  ini  mengindikasikan  bahwa  kedua populasi  ikan  ini  adalah  satu  keturunan  dan bermigrasi  dengan  pola  migrasi  pada  lokasi yang  sama  sehingga  mengakibatkan  kedua
populasi ini menjadi  mirip secara genetic, hasil yang  diperoleh  didukung  oleh  Kunal et  al., (2013)  yang  menemukan  bahwa  ditemukan
seluruh  haplotipe  terbentuk  didalam  pohon filogenetik  dan  tidak  menunjukan  adanya perbedaan secara genetik diperairan India.

## Tabel 1 Distribusi haplotipe dan urutan subtitusi nukleotida ikan tuna mata besar
YFT 1 G T A C A T A T A T G T A A T T A C A C C A T A C T C A T A T A T C G A C C A T A T A T A A T A A T G C T T T A G G A C A T A T YFT 2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . YFT 3 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . YFT 4 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . YFT 5 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . YFT 6 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . YFT 7 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . YFT 8 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . YFT 9 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . YFT 10 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . YFT 11 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . YFT 12 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . YFT 13 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . YFT 14 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . YFT 15 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . YFT 16 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . YFT 17 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . YFT 18 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . YFT 19 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . YFT 20 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . YFT 21 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . YFT 22 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . YFT 23 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . YFT 24 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . YFT 25 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . YFT 26 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . YFT 27 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . YFT 28 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . YFT 29 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . YFT 30 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . YFT 31 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . YFT 32 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . YFT 33 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . YFT 34 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . YFT 35 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . YFT 36 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . YFT 37 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . YFT 38 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . YFT 39 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C YFT 40 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C YFT 41 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . BET 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . T . . . . . . G A . . . . . . . . C . G . . . . . T . C . . . . . . . . . . BET 2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . G A . . . . . . . . C . . . . . . . T . C . . . . . . . . . C
BET 3 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T C T . . . . . . G . . . . . . . . . C . G . . . . . T . C . . . . . . . . . C BET 4 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T C T . . . . . . G . . . . . . . . . C . G . . . . . T . C . . . . . . . . . . BET 5 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T C T . . . . . . G A . . . . . . . . C . G . . . . . T . C . . . . . . . . . . BET 6 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T C T . . . . . . G . . . . . . . . . C . G . . . . . T . C . . . . . . . . . . BET 7 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T C T . . . . . . G A . . . . . . . . C . G . . . . . T . C . . . . . . . . . . BET 8 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T C T . . . . . . G A . . . . . . . . C . G . . . . . T . C . . . . . . . . . . BET 9 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T C T . . . . . . G A . . . . . . . . C . G . . . . . T . C . . . . . . . . . . BET 10 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T C T . . . . . . G . . . . . . . . . C . . . . . . . T . C . . . . . . . . . . BET 11 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T C T . . . . . . G . . . . . . . . . C . . . . . . . T . C . . . . . . . . . . BET 12 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T C . . . . . . . G . . . . . . . . . C . G . . . . . T . . . . . . . . . . . . BET 13 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T C T . . . . . . G . . . . . . . . . C . G . . . . . T . C . . . . . . . . . . BET 14 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . G A . . . . . . . . C . G . . . . . T . C . . . . . . . . . . BET 15 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C T . . . . . . A . . . . . . . . . C . . . . . . . T . C . . . . . . . . . . BET 16 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T C T . . . . . . G A . . . . . . . . C . G . . . . . T . C . . . . . . . . . . BET 17 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T C T . . . . . . G A . . . . . . . . C . G . . . . . T . C . . . . . . . . . . BET 18 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . T . . . . . . G . . . . . . . . . C . . . . . . . T . C . . . . . . . . . . BET 19 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T C T . . . . . . G . . . . . . . . . C . G . . . . . T . C . . . . . . . . . . BET 20 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T C T . . . . . . G . . . . . . . . . C . G . . . . . T . C . . . . . . . . . . BET 21 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T C T . . . . . . G A . . . . . . . . C . G . . . . . T . C . . . . . . . . . . BET 22 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T C . . . . . . . G . . . . . . . . . C . G . . . . . T . C . . . . . . . . . . BET 23 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T C T . . . . . . G A . . . . . . . . C . G . . . . . T . C . . . . . . . . . . BET 24 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . T . . . . . . G . . . . . . . . . C . . . . . . . T . C . . . . . . . . . . BET 25 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T C T . . . . . . G . . . . . . . . . C . G . . . . . T . C . . . . . . . . . . BET 26 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . T . . . . . . A . . . . . . . . . C . . . . . . . T . C . . . . . . . . . . BET 27 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T C T . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . T . C . . . . . . . . . . BET 28 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T C T . . . . . . G . . . . . . . . . C . . . . . . . T . C . . . . . . . . . . BET 29 A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T C T . . . . . . G . . . . . . . . . C . G . . . . . T . C . . . . . . . . . . BET 30 A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T C T . . . . . . G . . . . . . . . . C . G . . . . . T . C . . . . . . . . . . BET 31 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T C T . . . . . . G . . . . . . . . . C . G . . . . . T . C . . . . . . . . . . BET 32 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . G A . . . . . . . . C . . . . . . . T . C . . . . . . . . . . BET 33 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . T . . . . . . G . . . . . . . . . C . . . . . . . T . C . . . . . . . . . . BET 34 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . T . . . . . . G . . . . . . . . . C . G . . . . . T . C . . . . . . . . . C BET 35 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T C T . . . . . . G A . . . . . . . . C . . . . . . . T . C . . . . . . . . . . BET 36 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T C T . . . . . . G . . . . . . . . . . . G . . . . . T . C . . . . . . . . . . BET 37 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C T . . . . . . G . . . . . . . . . C . G . . . . . T . C . . . . . . . . . . BET 38 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T C T . . . . . . G . . . . . . . . . C . G . . . . . T . . . . . . . . . . . . BET 39 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T C T . . . . . . G A . . . . . . . . C . . . . . . . T . C . . . . . . . . . . BET 40 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T C T . . . . . . G A . . . . . . . . C . G . . . . . T . C . . . . . . . . . . BET 41 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T C T . . . . . . G . . . . . . . . . C . G . . . . . T . C . . . . . . . . . . BET 42 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T C T . . . . . . G A . . . . . . . . C . G . . . . . T . C . . . . . . . . . . BET 43 A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C T . . . . . . G A . . . . . . . . C . G . . . . . T . C . . . . . . . . . . BET 44 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T C T . . . . . . G . . . . . . . . . C . G . . . . . T . C . . . . . . . . . . BET 45 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T C T . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . T . C . . . . . . . . . . BET 46 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T C T . . . . . . G . . . . . . . . . C . . . . . . . T . C . . . . . . . . . . BET 47 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T C T . . . . . . G A . . . . . . . . C . G . . . . . T . C . . . . . . . . . . BET 48 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T C T . . . . . . G A . . . . . . . . C . G . . . . . T . C . . . . . . . . . . BET 49 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T C T . . . . . . G A . . . . . . . . C . . . . . . . T . C . . . . . . . . . . BET 50 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . T . . . . . . G A . . . . . . . . C . G . . . . . T . C . . . . . . . . . . BET 51 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T C T . . . . . . G . . . . . . . . . C . G . . . . . T . . . . . . . . . . . . BET 52 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T C T . . . . . . G . . . . . . . . . C . G . . . . . T . C . . . . . . . . . . BET 53 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T A T . . . . . . G A . . . . . . . . C . G . . . . . T . C . . . . . . . . . . BET 54 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T C T . . . . . . G A . . . . . . . . C . G . . . . . T . C . . . . . . . . . . BET 55 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T C T . . . . . . G . . . . . . . . . C . G . . . . . T . C . . . . . . . . . .
BET 56 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T C T . . . . . . G . . . . . . . . . C . G . . . . . T . C . . . . . . . . . . BET 57 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T C T . . . . . . A . . . . . . . . . C . G . . . . . T . C . . . . . . . . . . BET 58 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . T . . . . . . A . . . . . . . . . C . . . . . . . T . C . . . . . . . . . .
BET 59 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T C T . . . . . . G A . . . . . . . . C . G . . . . . T . C . . . . . . . . . C
BET 60 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T C T . . . . . . G A . . . . . . . . C . G . . . . . T . C . G . . . . . . . . ALB 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A C T . . . . T . G A . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C
ALB 2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A C T . . . . T . G A . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ALB 3 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A C T . . . . T . G A . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ALB 4 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A C T . . . . T . G A . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ALB 5 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A C T . . . . T . G A . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ALB 6 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A C T . . . . T . G A . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C ALB 7 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A C T . . . . T . G A . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C SKJ . . G . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . A T . . . . . . T A . . . . . . . . C . . . . . . . T . G A . . . . . . . . .
Thunnus  obes us  JN988649(2) Thunnus  obes us  JN988649 Thunnus  obes us  Maluk u utara2 Thunnus  obes us  Maluk u utara11 Thunnus  obes us  ambon18 Thunnus  obes us  Maluk u utara13 Thunnus  obes us  Maluk u utara7 Thunnus  obes us  ambon10 Thunnus  obes us  Maluk u utara9 Thunnus  obes us  ambon7 Thunnus  obes us  ambon11 Thunnus  obes us  Maluk u utara37 Thunnus  obes us  Maluk u utara4 Thunnus  obes us  ambon20 Thunnus  obes us  Maluk u utara5
Thunnus  obes us  ambon16
Thunnus  obes us  Maluk u utara38
Thunnus  obes us  Maluk u utara8
Thunnus  obes us  Maluk u utara27
Thunnus  obes us  Maluk u utara3
Thunnus  obes us  ambon17 Thunnus  obes us  ambon8 Thunnus  obes us  ambon13
Thunnus  obes us  Maluk u utara16 Thunnus  obes us  Maluk u utara17
Thunnus  obes us  Maluk u utara18
Thunnus  obes us  ambon4 Thunnus  obes us  ambon19
Thunnus  obes us  ambon3
Thunnus  obes us  Maluk u utara20 Thunnus  obes us  ambon15 Thunnus  obes us  Maluk u utara31
Thunnus  obes us  Maluk u utara23
Thunnus  obes us  ambon6 Thunnus  obes us  Maluk u utara12 Thunnus  obes us  Maluk u utar40 Thunnus  obes us  Maluk u utara39 Thunnus  obes us  Maluk u utara26 Thunnus  obes us  ambon12
Thunnus  obes us  Maluk u utara24 Thunnus  obes us  Maluk u utara36
Thunnus  obes us  Maluk u utara6
Thunnus  obes us  ambon9 Thunnus  obes us  Maluk u utara28 Thunnus  obes us  Maluk u utara32 Thunnus  obes us  Maluk u utara14
Thunnus  obes us  Maluk u utara30 Thunnus  obes us  Maluk u utara22 Thunnus  obes us  Maluk u utara1
Thunnus  obes us  ambon5
Thunnus  obes us  Maluk u utara21 Thunnus  obes us  Maluk u utara29
Thunnus  obes us  ambon2 Thunnus  obes us  Maluk u utara19 Thunnus  obes us  HM573232(2) Thunnus  obes us  HM573232 Thunnus  obes us  Maluk u utara34
Thunnus  obes us  Maluk u utara15
Thunnus  obes us  Maluk u utara25
Thunnus  obes us  Maluk u utara10 Thunnus  obes us  Maluk u utara33 Thunnus  obes us  HM573216(2) Thunnus  obes us  HM573216
Thunnus  obes us  ambon14 Thunnus  obes us  Maluk u utara35
Thunnus  obes us  ambon1
Thunnus  obes us  HQ853217
Thunnus  obes us  DQ126374

## Thunnus obe sus
Thunnus  albac ares  Maluk u utara1 Thunnus  albac ares  Maluk u utara27 Thunnus  albac ares  Maluk u utara5 Thunnus  albac ares  Maluk u utara23
Thunnus  albac ares  Maluk u utara24 Thunnus  albac ares  Maluk u utara26 Thunnus  albac ares  Maluk u utara11 Thunnus  albac ares  Maluk u utara33 Thunnus  albac ares  Maluk u utara18
Thunnus  albac ares  Maluk u utara19
Thunnus  albac ares  Maluk u utara20 Thunnus  albac ares  ambon1
Thunnus  albac ares  Maluk u utara14
Thunnus  albac ares  ambon5 Thunnus  albac ares  Maluk u utara32 Thunnus  albac ares  Maluk u utara7 Thunnus  albac ares  JN988618(2)
Thunnus  albac ares  JN988615(2)
Thunnus  albac ares  JN988618 Thunnus  albac ares  JN988615 Thunnus  albac ares  ambon7 Thunnus  albac ares  Maluk u utara15 Thunnus  albac ares  ambon6
Thunnus  albac ares  Maluk u utara2 Thunnus  albac ares  Maluk u utara30
Thunnus  albac eres  ambon3 Thunnus  albac ares  Maluk u utara4 Thunnus  albac ares  Maluk u utara10 Thunnus  albac ares  Maluk u utara34 Thunnus  albac ares  Maluk u utara22 Thunnus  albac res  Maluk u utara21 Thunnus  albac ares  Maluk u utara13 Thunnus  albac ares  Maluk u utara28 Thunnus  albac ares  Maluk u utara17 Thunnus  albac eres  ambon2
Thunnus  albac ares  Maluk u utara8
Thunnus  albac ares  Maluk u utara9 Thunnus  albac ares  Maluk u utara29 Thunnus  albac ares  Maluk u utara3
Thunnus  albac ares  Maluk u utara16 Thunnus  albac ares  Maluk u utara12 Thunnus  albac ares  ambon4 Thunnus  albac ares  HQ630705 Thunnus  albac ares  HQ630705(2)
Thunnus  albac ares  ambon8
Thunnus  albac ares  Maluk u utara25 Thunnus  albac ares  Maluk u utara6
Thunnus  albac ares  JN988643 Thunnus  albac ares  JN988643(2)

## Thunnus a lba ca re s
Thunnus  alalunga Maluk u utara1 Thunnus  alalunga Maluk u utara6
Thunnus  alalunga JN086151 japan Thunnus  alalunga Maluk u utara2
Thunnus  alalunga Maluk u utara3
Thunnus  alalunga Maluk u utara7
Thunnus  alalunga Maluk u utara4 Thunnus  alalunga Maluk u utara5
Thunnus a la lunga Kats uwonus  pelamis  JF752061 Kats uwonis  pelamis Kats uwonus  pelamis  JF752263 Out group 5 9 9 9 9 9 9 9 9 8 7 5 7 9 6 1 9 9 9 9 9 0 9 8 9 9 9 8 1 4 9 6 3 3 4 8 8 9 1 6 4 9 7 6 6 2 8 7 8 3 2 3 6 1 8 8 8 9 8 8 7 3 1 9 3 1 0 3 2 0 2 7 2 8 8 0 3 5 0 1 1 3 1 0 3 3 2 1 0 0 7 0 0 8 0 1 7 2 3 9 8 9 7 8 7 8 7 4 1 9 8 5 7 6 0 4 0 5 0 9 6 9 7 3 0 7 7 3 4 9 4 9 0 7 4 3 6 3 4 7 8 4 4 4 1 2 7 8 6 1 2 3 0 3 1 3 4 8 1 9 1 7 4 0 1 6 8 8 3 6 2 5 1 3 2 7 2 1 2 1 1 5 0 1 0 0 1 3 0 4 2 0 0 1 1 4 3 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0.05
Tabel.2. komposisi spesies ikan tuna ( Thunnus Spp ) yang ditemukan.
Spesies Nama umum Lokasi dan tahun Singkatan  Jumlah sampel Thunnus Obesus Bigeye tuna Maluku Utara dan Ambon, 2016 BET 60 Thunnus albacares Yellowfin tuna  Maluku Utara dan Ambon, 2016 YFT 49 Thunnus alalunga Albacore Maluku utara, 2016 ALB 7 Katsuwonus pelamis  Skipjack tuna Maluku utara, 2016 SKJ 2 Total 118
Tabel.3. Jarak genetik antar spesies ikan tuna ( Thunnus Spp ).
Species 1 Species 2 Distance T.albacares T.obesus 0.09 T.albacares T.alalunga 0.21 T.obesus T.alalunga 0.19 T.albacares Cakalang 0.34 T.obesus Cakalang 0.34 T.alalunga Cakalang 0.39
Clade  ketiga  adalah  tuna  alalunga  ( Thunnus albacore )  tidak  menunjukan  kemiripan  karena ikan  ini  hanya  terdapat  pada  lokasi  Maluku Utara  dan  tidak  terdapat  di  lokasi  Ambon namun  perlu  dijelaskan  bahwa  tidak  menutup kemungkinan  ikan  tuna  albacore  juga  terdapat di  Ambon  dan  memiliki  kemiripan  secara geneologi dengan ikan tuna alalunga ( T.albacore ) lokasi Maluku Utara, sebagaimana yang  ditemukan  oleh  Davies et  al., (2011) bahwa tingkat kemiripan genetik rendah antara ikan  tuna  alalunga  ( T.albacore )  yang  terdapat pada bagian Atlantik utara dan laut Mediterania.  Clade  empat  merupakan  ikan cakalang ( K.pelamis ) yang dipilih untuk digunakan sebagai outgroup dan hasil rekonstruksi  pohon  menunjukan  bahwa  ikan cakalang  ( K.pelamis )  terdapat  diluar  kelompok yang  lainnya  dan  berkerabat  jauh  dengan kelompok  spesis  tuna  ( Thunnus  Spp ),  seperti yang  dijelaskan  Collette  dan  Chao  (1975) dalam Matsumoto et al., (1984) bahwa spesies ikan cakalang merupakan kerabat jauh dengan spesies tuna namun akan berkerabat dekat jika dibandingkan  dengan  spesies  tuna  lainya seperti Auxis dan Euthynnus.
Keseluruhan  hasil  yang  diperoleh  didukung oleh  Chow  dan  Kishino  (1995)  melakukan penelitian hubungan filogenetik diantara spesies  tuna  menemukan  bahwa  terdapat  tiga clade  yang  berbeda  namun  setiap  clade terdapat  dua  spesies  yang  berbeda,  Chow et al., (2003) menjelaskan bahwa tuna mata besar ( Thunnus  obesus )  secara  genetik  lebih  dekat dan  berkerabat  dengan  tuna  sirip  kuning ( Thunnus  albacares )  dibandingkan  dengan
tuna  albacore  ( Thunnus  alalunga ),  Vinas  dan Tudela  (2009)  melaporkan  bahwa  terdapat sepuluh  clade  yang  berbeda  diantara  spesies tuna yakni tuna sirip biru atlantic  ( T.atlanticus ) , sirip  kuning  ( T.albacares ) , tongkol  abu-abu ( T.tonggol ) , tuna  mata  besar ( T.obesus ) , tuna sirip  biru  selatan  ( T.moccoyii ) , tuna  sirip  biru pasifik  ( T.orientalis ) , tuna  sirip  biru  ( T.thynnus ) dan tuna alalunga ( T.albacore ), hal yang sama juga dilaporkan (Tseng et al., 2012 ; Kunal dan Kumar,  2013)  bahwa  terdapat  empat  clade spesies ikan tuna yang berbeda.
Hasil  identifikasi  yang  menemukan  spesies ikan  tuna  alalunga  ( T.albacore )  di  perairan Maluku Utara kemungkinan yang terjadi karena disebabkan oleh dua faktor, pertama larva ikan tuna  albacore  beruaya  masuk  mengikuti anakan ikan tuna lainnya, sebagimana Chow et al., (2003)  menjelasakan  bahwa  larva  dan juvenile  besar  dari  spesies  ikan  tuna  albacore ( T.alalunga ),  tuna  mata  besar  ( T.obesus ), cakalang  ( skipjack )  dan  tuna  sirip  kuning ( T.albacares )  tersebar  luas  disemua  perairan sementara  spesies  tuna  sirip  biru  pasifik  utara ( Thunnus  orientalis )  dan  spesies  Thunnini lainnya  yang  cenderung  lebih  dekat  dengan pulau-pulau  atau  daerah  pesisir.  Faktor  kedua adalah  kondisi  oseanografie  yang  mendorong larva  tuna  albacore  terbawa  masuk  keperairan Maluku  Utara,  karena  oseanografi  merupakan salah satu faktor yang membantu dalam proses pertukaran  gen  antar  populasi  ikan  yang memiliki  perbedaan  jarak  geografis  yang  jauh, dimana arus yang terbentuk akibat tiupan angin secara  global  membantu  dalam  membawa organism kecil yang belum memiliki
kemampuan  berenang.  Laevastu  dan  Hayes (1981)  mengatakan  arus  dapat  memberikan pengaruh  yang  besar  pada  keberadaan  ikan karena  dapat  mempengaruhi  rute  migrasi ikan, tingkah laku ikan, distribusi makan, penyebaran dan  kelimpahan  ikan  serta  dapat  membawa telur  dan  larva  ikan  dari  tempat  pemijahan  ke tempat asuhan, sedangkan Yuen (1955) dalam FAO  (1963)  menjelaskan  telur  ikan  tuna  mata besar  ditemukan  di  perairan  Samudera  Pasifik dan tercampur dengan telur ikan tuna lainya.
Hasil  jarak  genetic  yang  ditemukan  antara diantara spesies tuna (tabel 3) memperlihatkan bahwa  jarak  genetik  antara  tuna  mata  besar ( T.obesus )  dengan  dan  tuna  sirip  kuning ( T.albacares )  yang  dekat  juga  diperoleh  hasil yang  serupa  oleh  Chiang et  al., (2008)  dan Wijana  dan  Mahardika  (2010) yaitu  jarak genetik  antara  tuna  mata  besar  ( T.obesus ) dengan tuna sirip kuning ( T.albacares ) sebesar 0.07-0.09 dan antara  tuna mata besar dengan  tuna  sirip  biru sebesar  0.11,  jarak genetic jauh antara tuna mata besar ( T.obesus ) dengan  tuna  alalunga  ( T.albacore ),  Tseng et al., (2012) sebesar 0.016.  Jarak genetic antara tuna sirip kuning ( T.albacares ) dengan alalunga ( T.albacore ) yang diperoleh, juga telah dilaporkan  oleh  Tseng et  al., (2012)  sebesar 0.033, sedangkan tuna mata besar ( T.obesus ), tuna  sirip  kuning  ( T.albacares ),  tuna  alalunga ( T.albacore ) dengan  ikan  cakalang ( K.pelamis ) yang  diperoleh  sama  seperti  yang  dilaporkan Tseng et  al., (2012)  yakni  1.181-1.123. Perbedaan jarak genetic ini diduga karena pola penyebaran  dan  distribusi  empat  spesies  ini berbeda-beda  sehingga  memberikan  peluang pertemuan  yang  kecil  dan  menimbulkan  tidak adanya aliran gen antara populasi. Collette dan Nauen  (1983)  melaporkan  tuna  mata  besar ( T.obesus ) dan tuna sirip kuning ( T.albacares ) terdistribusi  luas  disemua  perairan  tropis termasuk  perairan  Indonesia  sedangkan  tuna alalunga  ( T.albacore )  terdistribusi  kosmopolit diperairan  tropis  dan  subtropis  termasuk  Laut Mediterania,  tetapi  tidak  perairan  Indonesia, selanjutnya  Chow et  al., (2003)  mengatakan secara  morfologi  juga  ketiga  memiliki  bentuk yang berbeda pada saat larva.

## KESIMPULAN DAN SARAN
Hasil  analisis  filogenetik  ikan  tuna  ( Thunnus Spp )  menunjukkan  bahwa  terdapat  perbedaan genetik  yang  signifikan  diantara  sampel spesies  tuna  berdasarkan  sekuen  mtDNA control  region namun  secara  genetik  spesies tuna berasal dari satu kelompok dan menunjukan bahwa secara filogeografi memiliki
batas  distribusi  yang  nyata  antar  satu  dengan yang lain.

## DAFTAR PUSTAKA
Baldauf, S. L. (2003). Phylogeny for the faint of heart:  a  tutorial. TRENDS  in  Genetics ,
19 (6), 345-351.
Bailey,  M.,  Flores,  J.,  Pokajam,  S.,  &  Sumaila,
U. R. (2012). Towards better management  of  Coral  Triangle  tuna. Ocean  &  coastal  management , 63 ,  30- 42.
Borsa,  P.  (2003).  Genetic  structure  of  round scad  mackerel  Decapterus  macrosoma (Carangidae) in the Indo-Malay archipelago. Marine  Biology , 142 (3),
575-581.
Bremer  AJR,  Naser  I,  Ely  B.  (1997).  Orthodox and unorthodox phylogenetic relationships  among  tunas  revealed  by the  nucleotide  sequence  analysis  of  the mitochondrial DNA control region. Journal of Fish Biology, 50 (3), 540-554. Bremer JRA, Stequert B, Robertson NW, Ely B. (1998).  Genetic  evidence  for  inter- oceanic  subdivision  of  bigeye  tuna (Thunnus  obesus)  populations. Marine Biology, 132 , 547-557.
Bremer  JRA,  Vinas  J,  Mejuto  J,  Ely  B,  Pla  C.
(2005).  Comparative  phylogeography  of Atlantic  bluefin  tuna  and  swordfish:  the combined effects of vicariance, secondary  contact,  introgression,  and population  expansion  on  the  regional phylogenies  of  two  highly  migratory pelagic  fishes. Molecular  Phylogenetics and Evolution, 36 , 169 –187.
Campbell  NA,  Reece  BJ,  Urry  LA,  Cain  ML, Wasserman  SA,  Minorsky  PV,  Jackson RB. 2012. Biologi edisi kedelapan jilid 2 . Penerbit Erlangga. Jakarta.
Chiang, H. C., Hsu, C. C., Lin, H. D., Ma, G. C., Chiang,  T.  Y.,  &  Yang,  H.  Y.  (2006). Population  structure  of  bigeye  tuna (Thunnus  obesus)  in  the  South  China Sea,  Philippine  Sea  and  western  Pacific Ocean  inferred  from  mitochondrial  DNA. Fisheries Research , 79 (1-2), 219-225.
Chiang,  H.  C.,  Hsu,  C.  C.,  Wu,  G.  C.  C., Chang,  S.  K.,  &  Yang,  H.  Y.  (2008). Population  structure  of  bigeye  tuna (Thunnus  obesus)  in  the  Indian  Ocean inferred from mitochondrial DNA. Fisheries Research , 90 (1-3), 305-312. Chen  IC,  Lee  PF,  Tzeng  WN.  (2005). Distribution of albacore ( Thunnus alalunga )  in  the  Indian  Ocean  and  its relation to environmental factors. Fisheries Oceanography , 14 (1), 71-80.
Chow  S,  Nohara  T,  Tanabe  T,  Itoh  S,  Tsuji  Y. Nishikawa  S.  Uyeyanagi  K,  Uchikawa. (2003). Genetic and morphological identification  of  larval  and  small  juvenile tunas  (Pisces:  Scombridae)  caught  by  a mid-water  trawl  in  the  western  Pacific.
Bull  of  Fisheries  Research  Agency, 8 :  1- 14.
Davies, C. A., Gosling, E. M., Was, A., Brophy, D.,  &  Tysklind,  N.  (2011).  Microsatellite analysis  of  albacore  tuna  (Thunnus alalunga): population genetic structure in the  North-East  Atlantic  Ocean  and Mediterranean  Sea. Marine  biology , 158 (12), 2727-2740.
De  Jong,  R.  (1998).  Halmahera  and  Seram: different  histories,  but  similar  butterfly faunas. Biogeography  and  geological evolution of SE Asia , 315-325.
Durand,  J.  D.,  Collet,  A.,  Chow,  S.,  Guinand, B.,  &  Borsa,  P.  (2005).  Nuclear  and mitochondrial  DNA  markers  indicate unidirectional gene flow of Indo-Pacific to Atlantic  bigeye  tuna  (Thunnus  obesus) populations,  and  their  admixture  off southern  Africa. Marine  Biology , 147 (2), 313-322.
Elliott,  N.  G.,  &  Ward,  R.  D.  (1995).  Genetic relationships  of  eight  species  of  Pacific tunas  (Teleostei:  Scombridae)  inferred from  allozyme  analysis. Marine  and Freshwater Research , 46 (7), 1021-1032.
FAO. (1963). Synopsis on the biology of bigeye tuna  parathunnus  mebachi  kishinouye 1923  (Indian  Ocean).  Fisheries  division, biology  branch  food  and  agriculture organization of the united nations. Rome, 1963
Finnerty  JR,  Block  AB.  1995.  Evolution  of cytochrome b in  the Scombroidei
(Teleostei:  molecular  insights into  billfish
(Istiophoridae and
Xiphiidae
relationships). Fishery  Bulletin , 93 ,  78- 96.
Freeland  JR. 2005. Molecular  ecology. British library  cataloguing  in  publication  data . Minion-regular by Thomson press (India) limited, New Delhi, India.
Gaylord,  B.,  &  Gaines,  S.  D.  (2000). Temperature  or  transport?  Range  limits in  marine  species  mediated  solely  by flow. The  American  Naturalist , 155 (6), 769-789.
Gordon,  A.  L.,  &  Fine,  R.  A.  (1996).  Pathways of  water  between  the  Pacific  and  Indian oceans  in  the  Indonesian  seas. Nature , 379 (6561), 146.
Gordon  AL.  (2005).  the  Indonesian  seas oceanography  of  and  their  throughflow. Oceanography, 18 , 14-27.
Grewe  P,  Hampton  J.  (1998).  An  assessment of  bigeye  ( Thunnus  obesus )  population structure in  the  Pasific  Ocean,  based  on mitochondrial DNA and DNA microsatellite analysis. Marine Research . CSRIO .
Graham CA, Hill AJM. (2001). DNA Sequencing  Protocols  Second  Edition.

## Humana Press Totowa, New Jersey.
Hall R. (1998). The plate tectonics of Cenozoic SE  Asia  and  the  distribution  of  land  and sea.  in  Hall,  R.  &  J.  D.  Holloway  (eds.). 1998.  Biogeography  and  Geological Evolution of SE Asia. Backhuys Publisher , Leiden.
Kementerian  Kelautan  dan  Perikanan.  (2011).
Kelautan  dan  perikanan  dalam  angka 2011. Jakarta.
Kunal,  S.  P.,  &  Kumar,  G.  (2013).  Cytochrome oxidase  I  (COI)  sequence  conservation and  variation  patterns  in  the  yellowfin and longtail tunas. International journal of bioinformatics research and applications , 9 (3), 301-309.
Laevastu  T,  Hayes  ML.  (1981). Fisheries oceanography  and  ecology .  New  York:
Fishering News Book Ltd.
Lee,  W.  J.,  Conroy,  J.,  Howell,  W.  H.,  & Kocher,  T.  D.  (1995).  Structure  and evolution  of  teleost  mitochondrial  control regions. Journal  of  Molecular  Evolution ,
41 (1), 54-66.
Martínez,  P.,  &  Zardoya,  R.  (2005).  Genetic structure  of  bigeye  tuna  ( Thunnus obesus )  in  the  Atlantic  Ocean. Collect. Vol. Sci. Pap, ICCAT , 57 (1), 195-205.
Martínez,  P.,  González,  E.  G.,  Castilho,  R.,  & Zardoya, R. (2006). Genetic diversity and historical  demography  of  Atlantic  bigeye tuna ( Thunnus obesus ). Molecular phylogenetics  and  evolution , 39 (2),  404- 416.
Matsumoto  WM,  Skiliman  RA,  Dizon  AE.
(1984).  Synopsis  of  biological  data  on skipjack  tuna,  katsuwonus  pelamis. NOAA  Technical  Report  NMFS  Circular 451. FAO Fisheries Synopsis (FAO). no. 136.
Molcard R, Feux M, Syamsudin F. (2001). The Indonesian  throughflow  within  Ombai strait. J . Deep Sea . Res . 48 ,1237-1253. Nei  M.  (1972).  Genetic  distance  between population. american  nature . 106 ,283- 292.
Nei M. (1987). moleculer evolutionary genetics. new york. columbia university. Press. Permana GN, Hutapea JH, Haryanti, Sembiring SBM.  (2007). Variasi  genetic  ikan  tuna sirip kuning ( Thunnus albaceras ) dengan analisis  elektroforesis  allozyme  dan  mt-
DNA . Jurnal  Riset  Akuakultur , 2 (1),  41- 50.
Rozas, J., Sánchez-DelBarrio, J. C., Messeguer,  X.,  &  Rozas,  R.  (2003). DnaSP,  DNA  polymorphism  analyses  by the  coalescent  and  other  methods. Bioinformatics , 19 (18), 2496-2497. Sanger F, Nicklen S, Coulson AR. (1977). DNA sequencing with
chain-terminating inhibitors. proc . natn . acad . sci . usa  74 , 5463±5467. Saunders,  N.  C.,  Kessler,  L.  G.,  &  Avise,  J. C. (1986). Genetic variation and geographic differentiation  in  mitochondrial  DNA  of the horseshoe crab, Limulus
polyphemus. Genetics , 112 (3), 613-627. Suman A, Irianto HE, Amri K, Nugraha B. 2013. Population  structure  and  reproduction  of bigeye  tuna  ( Thunnus  Obesus )  in  Indian Ocean  at  western  part  of  Sumatera  and southern  part  of  Java  and  Nusa Tenggara.
Indian Ocean Tuna Commission , 8 , 1-14. Tamura,  K.,  Peterson,  D.,  Peterson,  N., Stecher, G., Nei, M., & Kumar, S. (2011). MEGA5:  molecular evolutionary genetics analysis  using  maximum  likelihood, evolutionary  distance,  and  maximum parsimony  methods. Molecular  biology and evolution , 28 (10), 2731-2739.
Tseng, M. C., Jean, C. T., Smith, P. J., & Hung, Y. H. (2012). Interspecific and intraspecific genetic diversity of Thunnus species. In  analysis  of  genetic  variation in animals . InTech. Ubadillah  R,  Sutrisno  H.  (2009).  Pengantar Biosistematik: Teori dan Praktek.
Museum  Zoologicum  Bogoriense,  Pusat Penelitian Biologi
Lembaga Ilmu Pengetahuan  Indonesia  Bogor.  LIPI
Press. Jakarta.
Viñas,  J.,  &  Tudela,  S.  (2009).  A  validated methodology  for  genetic  identification  of tuna  species  (genus  Thunnus). PLOS one , 4(10), e7606.
Walsh,  P.  S.,  Metzger,  D.  A.,  &  Higuchi,  R. (1991). Chelex 100 as a  medium for simple extraction  of  DNA  for  PCR-based  typing from forensic material. Biotechniques , 10 (4), 506-513.