https://journal.ipb.ac.id/index.php/jurnalikt
e-ISSN   : 2620-309X

## DNA BARCODING, IDENTIFIKASI MORFOLOGI DAN KEPADATAN POPULASI GENUS TRIDACNA DI PERAIRAN MALUKU UTARA

## DNA BARCODING, MORPHOLOGICAL IDENTIFICATION AND POPULATION DENSITY OF GENUS TRIDACNA IN NORTH MALUKU WATER
Namira Hadadi 1 , Hawis Madduppa 1 , Irma Shita Azaraly 2 , dan Nurlita Putri Anggraini 1*
1 Departemen Ilmu dan Teknologi Kelautan, FPIK–IPB, Bogor, 16820, Jawa Barat
2 Pusat Riset Oseanografi, Badan Riset Inovasi Nasional (BRIN), Jakarta, 14430, DKI Jakarta, *E-mail: nurlitaputrianggraini@gmail.com

## ABSTRACT
Tridacna  (kima)  is  a  giant  bivalve  that  is  important  to  ecology.  Attractive  sizes  and  colours  are  the main  attraction  of  overexploitation.  Protection  must  occur,  such  as  density  measurement,  size variations,  and  species  identification  based  on  morphology  and  DNA  barcodes.  This  study  aimed  to identify  clams  using  the  DNA  barcode  method  and  to  evaluate  their  population  size  and  density  in North  Maluku  waters.  The  research  method  uses  DNA  barcodes,  morphological  identification  of mantle  colour  and  shell  size  variations,  and  measurements  of  the  density  of  clams  found  in  North Maluku waters. The results were helpful based on DNA barcoding. They helped detect the morphology of the same results. Namely, three types of clams, Tridacna crocea, Tridacna squamosa, and Tridacna maxima, were detected. Differences in the shell's size and shape and the mantle's colour strengthen the three  types  as  distinct  species.  In  addition,  the  clade  shape  of  the  phylogenetic  tree  between  the samples and GenBank data from the same clade. The condition of clam density in these waters showed the same results as other locations, namely less than 1/m2. A value density of < 1 m2 may suggest that the  species  is  declining  or  lead  to  over-exploitation.  Thus,  this  research  data  can  be  used  as  a reference for assessing chemical conservation activities.

## Keywords: evaluation of density, evaluation of size, overexploitation, species decreased

## ABSTRAK
Tridacna (kima) merupakan bivalvia yang berukuran besar dan memiliki peran penting dalam ekologi. Ukuran  dan  warna  menarik  yang  menjadi  daya  tarik  hingga  mengalami overexplotation. Langkah perlindungan  perlu  dilakukan,  salah  satunya  pengukuran  kepadatan,  variasi  ukuran  yang  banyak ditemukan  dan identifikasi  spesies berdasarkan  morfologi dan  DNA barcoding .  Tujuan  penelitian  ini adalah  untuk  mengidentifikasi  kima  dengan  metode  DNA barcoding serta  mengevaluasi  ukuran  dan kepadatan  populasinya  di  Perairan  Maluku  Utara.  Metode  penelitian  menggunakan  DNA barcoding dan  identifikasi  morfologi  berupa  warna  mantel  dan  variasi  ukuran  cangkangnya  serta  pengukuran kepadatan  kima  yang  ditemukan  di  Perairan  Maluku  Utara.  Hasil  identifikasi  berdasarkan  DNA barcoding dan  identifikasi  morfologi  menunjukan  hasil  yang  sama,  yaitu  terdeteksi  tiga  jenis  kima, Tridacna crocea, Tridacna squamosa, dan Tridacna maxima. Perbedaan ukuran dan bentuk cangkang serta  warna  mantel  yang  timbul,  memperkuat  ketiga  jenis  tersebut  sebagai  spesies  yang  berbeda. Selain itu, bentuk clade pohon filogenetik antara sampel dengan data genbank membentuk clade yang sama. Kondisi kepadatan kima pada perairan ini menunjukan hasil yang sama dengan lokasi lain, yaitu nilainya  kurang  dari  1  /m 2 .  Nilai  kepadatan  <  1  m 2 dapat  mengarahkan  bahwa  spesies  tersebut mengalami  penurunan  atau  mengarah  pada overexploitatation. Sehingga,  data  penelitian  ini  dapat dijadikan sebagai referensi penilaian untuk kegiatan konservasi kima.
Kata kunci: evaluasi kepadatan, evaluasi ukuran, overexploitation, penurunan spesies

## I. PENDAHULUAN
Tridacna (kima)  termasuk  dalam filum bivalvia yang berukuran besar, mudah dikenali  karena  memiliki  warna  yang  khas dan  sebagian  besar  berasosiasi  dengan ekosistem  terumbu  karang.  Kima  dibagi menjadi  dua  genus,  yaitu Hippopus dan Tridacna. Genus Hippopus terbagi  menjadi dua  jenis,  yaitu Hippopus  hippopus dan Hippopus  porcellanus. Genus Tridacna terbagi  menjadi  delapan  spesies,  yaitu Tridacna gigas, Tridacna maxima, Tridacna crocea, Tridacna squamosa, Tridacna derasa,  Tridacna  rosewatari,  Tridacna tevoroa dan Tridacna  costata (bin  Othman et  al., 2010;  Kumayanjati,  2015) . Setiap jenis  kima  memiliki  preferensi  habitatnya sendiri,  seperti  pada  jenis T.  derasa,  T. squamosa,  T.  gigas,  T.  crocea, dan T. maxima memiliki  sebaran  yang  luas  di Perairan  Hindia  dan  Pasifik  (bin  Othman et al., 2010).  Habitat  kima  banyak  ditemukan berasosiasi  dengan  terumbu  karang  seperti genus Tridacna, hal  ini  karena Tridacna membutuhkan substrat keras untuk menempel dan membenamkan diri (Rizkifar et  al., 2019).  Keberadaan Tridacna di ekosistem terumbu karang memiliki beberapa  fungsi  secara  ekologis  yang membantu  pertumbuhan  terumbu  karang, yaitu sebagai biofilter alami untuk mengatur proses  eutrofikasi  dan  salah  satu  yang memproduksi kalsium karbonat untuk pertumbuhannya  (Soo  &  Todd,  2014; Vicentuan-Cabaitan et  al .,  2014;  Neo et  al., 2015). Bentuk, ukuran dan warna khas pada mantelnya  menjadikan  ciri  khas  dan  daya tarik  dari  kima.  Hal  tersebut  yang  membuat kima  bernilai  tinggi,  karena  baik  cangkang maupun  dagingnya  dapat  digunakan  baik sebagai  bahan  kerajinan,  terutama  kerajinan tangan  (Neo  &  Loh,  2014;  Nijiman et  al ., 2015;  Larson,  2016;  Albert et  al., 2017; Mies et  al., 2017;  Lyons et  al .,  2018) maupun  sebagai  sumber  makanan  (Allo et al ., 2010; Claus, 2017). Daging kima banyak diperjual belikan di pasar Jepang,
Hongkong,  Australia,  dan  USA  (Wabnitz et al., 2003;  Nijiman et  al., 2015).  Kondisi  ini dapat mengarah pada overexploitation (Richter et  al., 2008;  Ramah et  al., 2019; Neo et  al., 2019).  Selain overexplotation, Tridacna juga  terancam  karena  adanya perusakan  habitat  baik  yang  dilakukan secara  sengaja  ataupun  karena  perubahan iklim (NMFS, 2018). Kedua kondisi tersebut dapat  memengaruhi  penurunan  kepadatan dari Tridacna. Beberapa  penelitian  yang menunjukkan  nilai  kepadatan  rata– rata Tridacna kurang  dari  0,1  ind/m 2 (Yusuf et al., 2009;  Wakum et  al., 2017;  Harahap et al., 2018;  Triandiza et  al., 2019).  Langkah yang dilakukan untuk mengurangi overexploitation dari  kima,  yaitu  Konvensi perdagangan internasional (CITES) memasukan  jenis  ini  kedalam appendix  II , untuk  mengatur  penggunaan  berlebih  agar populasi  kima  dapat  pulih . Selain  itu, Pemerintah sendiri memasukan kima sebagai  hewan  yang  dilindungi  dan  tertulis dalam  undang–undang  No.  5  Tahun  1990 tentang  konservasi  sumberdaya  alam  hayati dan ekosistemnya serta Peraturan Pemerintah  No.  7  Tahun  1999  tentang pengawetan tumbuhan dan satwa.
Identifikasi  spesies  perlu  dilakukan untuk menjawab berbagai isu biologi, seperti diversitas,  biosekuriti,  spesies  konservasi dan  pencegahan  pandemic  (Dayrat,  2005; Fr é zal  &  Leblois,  2008;  Ni et  al., 2012; Mamat et  al., 2021). Isu tersebut  yang akan mengarahkan  pada  prioritas  area  untuk kegiatan  konservasi,  terutama  kima  (Beger et  al., 2014;  DeBoer et  al., 2014). Klasifikasi kima banyak dilakukan berdasarkan  karakteristik  cangkang  dan mantelnya (Mamat et al., 2021). Pendekatan morfologi  merupakan  dasar  dari  identifikasi taksonomi, namun identifikasi secara taksonomi dapat mengarahkan pada kesimpulan yang kurang tepat (Pathwardhan et al., 2014), terutama pada kelompok kima. Pada  kasus Tridacna  maxima berdasarkan penelitian Tang (2005); Kubo & Iwai (2007) menyatakan jenis ini termasuk dalam kriptik
spesies,  karena  pengamatan  mantel  yang memiliki variasi yang banyak serta ditemukan  beberapa  spot  dan  pola  pita. Karakteristik  yang  komplek  pada  setiap wilayahnya,  seperti  paleo  dan  kondisi oseanografi sekarang serta iklim berpengaruh terhadap genotip dan memberikan  pengaruh  fenotip  dari  spesies ini  (Carpenter et  al., 2011).  Kombinasi identifikasi morfologi dengan analisis genetik dapat membantu dalam memverifikasi suatu spesies untuk mencegah terjadinya misleading identification (Lizano  &  Santos,  2014). Analisis  genetika  yang  dilakukan  pada penelitian ini menggunakan target lokus 16S rRNA  yang  memiliki  kinerja  yang  sama dengan COI dalam mendeskripsikan spesies serta  mampu  menggambarkan  kekerabatan untuk  spesies  laut  (Guo et  al., 2011). Penelitian  kima  di  perairan  Maluku  Utara memiliki informasi yang sedikit terkait data, kelimpahan dan identifikasi spesies. Penelitian sebelumnya dilakukan di Perairan Maluku  Tenggara,  di  Pulau  Kei  terkait kelimpahan  dan  struktur  dan  genetika populasi Tridacna  crocea (Triandiza et  al., 2019;  Kusnadi et  al., 2022).  Terdapat beberapa  tujuan  yang  dihasilkan  dari penelitian  ini,  yaitu:  1.  Mengidentifikasi Tridacna dengan  menggunakan  identifikasi morfologi dan DNA barcoding, 2. Pembuatan  pohon  filogenetik  untuk  melihat seberapa  dekat  kekerabatan  dari Tridacna yang  ditemukan  di  Perairan  Maluku  Utara, 3.  Melihat  variasi  panjang Tridacna yang tersebar di perairan tersebut, serta mengukur kepadatan  populasi Tridacna di  Perairan Maluku  Utara.  Penelitian  ini  secara  umum bertujuan  sebagai  langkah  awal  untuk kegiatan,  baik  pengelolaan,  manajemen maupun  konservasi Tridacna di  Perairan Maluku Utara.

## II. METODE PENELITIAN

## 2.1 Waktu dan Lokasi Penelitian
Pengambilan  sampel  dilakukan  pada beberapa  lokasi  penelitian  di  Provinsi Maluku  Utara,  yaitu  Pulau  Morotai,  Pulau Jailolo,  Pulau  Buli,  Pulau  Weda,  Pulau Bacan  dan  Obi  (Gambar  1).  Analisis identifikasi  morfologi  dilakukan  secara insitu, dilakukan  dengan  menggunakan scuba  diving dan  difoto  serta  diukur. Analisis genetika dilakukan di Laboratorium Biodiversitas  dan  Biosistematika  Kelautan, ITK, FPIK, IPB University.
Gambar 1 . Penelitian  di  Provinsi  Maluku Utara lingkaran merah merupakan  titik  pengambilan sampel serta pengukuran morfometrik dan kepadatan populasi Tridacna.
2.2 Pengambilan Sampel Penentuan stasiun pengamatan dilakukan dengan metode Purposive sampling, yaitu  titik  yang  paling  banyak ditemukan  genus  kima (English et  al., 1997) . Titik  yang paling banyak ditemukan , akan  diasumsikan  sebagai  habitatnya.  Titik keberadaan kima ditandai dengan pelampung  buatan  pada  tiap–tiap  individu yang  ditemukan.  Kima  ditemukan  pada  ke dalam 3 hingga 21 m sehingga pengambilan sampelnya menggunakan alat SCUBA.
Metode pengambilan sampel dilakukan dengan metode LIT (Line Intercept  Transect )  yang  ditarik  sepanjang 50  m  secara  horizontal  (Gambar  2). Pengamatan  dilakukan  setiap  sepuluh  meter sampai  pada  titik  transek  terakhir.  Setiap titik  yang  dilalui,  dilakukan  pencatatan berupa  identifikasi  spesies  yang  ditemukan dan  jumlah  individu  yang  teramati  setiap titiknya (English et  al., 1997). Dokumentasi dilakukan untuk memperkuat hasil identifikasi saat penyelaman serta pengukuran dengan menggunakan kaliper.
Pengambilan  jaringan  kima  tidak bersifat  merusak  dan  mengikuti  beberapa
literatur  sebelumnya.  Kima  yang  ditemukan diambil  sedikit  jaringan  dibagian  mantelnya dan  jaringan  dimasukkan  ke  dalam  1,5  ml botol microcentrifuge dan  dipreservasi dengan  ethanol  96%  (Mamat et  al., 2021; Lizano & Santos, 2014).

## 2.3 Analisis Laboratorium dan Analisis Data
Ekstraksi DNA menggunakan larutan
Chelex 10%  dan  larutan  ini  terdiri  dari  dua layer, yaitu  natan dan supernatant (Walsh et al., 1991). Jaringan yang sudah dipreservasi, diambil dan dipotong, setelah itu dimasukkan ke dalam bagian supernatannya. Jaringan yang telah masuk ke  dalam larutan Chelex 10% , dipanaskan  menggunakan dry bath selama  60  menit  pada  suhu  95 o C (Nuryanto et  al., 2007).  Pada  proses amplifikasi/PCR, penelitian ini menggunakan  target  marka  16S  rRNA mitokondria.  Target  primer  yang  digunakan adalah  primer universal 16SAR-L  (5’  - CGCCTG  TTTATCAAAAACAT-3’)  dan 16SBR-H (5’-CCGGTCTGAACT CAGATCACGT-3’)  yang  digunakan  untuk mengamplifikasi  fragment  DNA  16S  rRNA
Gambar 2 . Desain  pengambilan  sampel  pada  tiap-tiap  lokasi  penelitian  dengan  metode Transek Garis (50 m x 50 m), garis warna hitam adalah garis vertikal dan warna putih adalah garis horizontal.
(Palumbi et  al., 1996;  Richter et  al., 2008; Ni et al., 2012; Lizano & Santos, 2014; Lee et  al., 2022).  Reaksi  PCR  dibuat  dengan total  volume  25  μl,  yang  didalamnya terdapat  1  μl  DNA  hasil  ekstraksi,  12,5  μl KAPA  Master  Mix,  1,25  μl  (10  mM) masing–masing  primer,  dan  9  μl  ddH 2 O. Kondisi  PCR  pada  penelitian  terdiri  dari  40 siklus  yang  terdiri  dari  tiga  tahapan, denaturasi  94℃  selama  30  detik,  annelling pada  50℃  selama  30  detik  dan  extention pada 72℃ selama 45 detik (Ni et  al., 2012; Lee et al., 2022).
Produk hasil PCR selanjutnya dielektroforesis  ke  dalam  agarose  1%  yang mengandung  25  μg/ml  EtBr  dengan menggunakan ladder 1000 bp pada tegangan 100  v  selama  20  menit.  Hasil  elektroforesis divisualisasikan  di  bawah  sinar  UV  atau GelDoc. Apabila hasil amplifikasi menunjukkan pita band positif, maka sampel tersebut  akan  dilanjutkan  untuk  proses sekuensing.  Proses  sekuensing  dilakukan  di Sequencing facility 1 st Base Malaysia.
Hasil  sekuensing  yang  diterima berupa  file  kromatogram  dengan  format AB1  dan  dianalisis  menggunakan software MEGA  6.  Analisis  dimulai  dari  proses editing sekuens berupa proses trim (pemotongan urutan basa DNA didepan dan dibelakang)  untuk  menghindari  kesalahan dalam pembacaan
kromatogramnya.
Analisis selanjutnya dengan proses pensejajaran atau alignment terhadap urutan rantai basa nukleotidanya dengan menggunakan  metode  ClustalW  yang  ada pada software MEGA  6  (Tamura et  al., 2013).  Hasil  dari  proses editing ini  berupa urutan  basa  yang  sudah  rapih  dan  tidak ditemukan  stop  kodon  didalamnya.  Data hasil editing yang  diperoleh  dicocokkan dengan  data  yang  tersedia  di GeneBank, NCBI  ( National  Centre  for  Biotechnology Information) menggunakan  BLAST  ( Basic
Local Alignment Search Tool ) ( http://blast.ncbi.nlm.nih/-gov ).
Hasil  yang  didapat  dari  proses BLAST  berupa list spesies  dengan  nilai  %
identifikasi  dan  % query  cover yang mendekati  100%.  Hasil  identifikasi  BLAST akan  dibandingkan  dengan  identifikasi morfologi  dengan  melihat  warna  mantel, bentuk  cangkang  dan  ukuran  panjang  kima. Pengukuran panjang kima dilakukan dengan menggunakan jangka sorong dengan ketelitian  0,01  cm.  Identifikasi  spesies menggunakan  beberapa  referensi,  seperti The  Distribution  and  Status  of  Giant  Clams (Family  Tridacnidae)  (Othman  &  Todd, 2010), Endangered  and  threatened  wildlife; 90-day  finding  on  a  petition  to  list  Chinook salmon in the Upper Klamath-Trinity Rivers Basin  as  Threatened  or  Endangered  Under the  Endangered  Species  Act (NMFS,  2018) dan Conservation  Status  Reassessment  of Giant  Clams (Neo  &  Todd,  2013)  serta didukung  oleh  referensi  lainnya.  Analisis pohon  filogenetik  dibuat  dengan  metode Neigbour-Joining dan Maximum  Likelihood dengan  total bootstrap sebesar  1000.  Kedua metode  tersebut  dijalankan  dengan  metode Kimura 2-Parameter (K2P) berdasarkan best fit  model pada  MEGA  6  (Tamura et  al., 2013).

## 2.4 Kepadatan Populasi
Kapadatan  populasi  dihitung  dengan menggunakan rumus (Krebs, 1989):
𝐷𝑖 = 𝑋 𝐴
Keterangan: D i adalah kepadatan suatu jenis (ind/m 2 ); X adalah  jumlah  individu  perjenis yang diperoleh; dan A adalah luas area yang terukur (m 2 ).

## III. HASIL DAN PEMBAHASAN
3.1 Spesies Identifikasi berdasarkan DNA Barcoding Total yang teramplifikasi
menggunakan target 16S rRNA sebanyak 91 individu dan dilanjutkan ke proses sequencing untuk  mendapatkan  urutan nukleotida.  Hasil sequencing dilanjutkan  ke
proses  edit sequence ( alignment dan  trim) dengan  menggunakan software MEGA  6. Panjang basepair yang didapatkan dari hasil editing sebesar  496  bp.  Panjang basepair pada  penelitian  Lizano  &  Santos  (2014) menggunakan  target  dan  primer  yang  sama didapatkan  sebesar  413  bp.  Panjang  basa hasil editing digunakan untuk mendeskripsikan spesies menggunakan analisis  BLAST  ( Basic  Local  Alignment System  Tool )  yang  berbasis online .  Analisis BLAST  merujuk  pada  web  NCBI ( National Centre  for  Biotechnology  Information )  dan mensititasi accession number sebagai sumber referensi kesamaan deskripsi spesies dengan  hasil  penelitian.  Hasil  BLAST tersedia pada  Tabel  1, 2, dan 3 dengan nilai persentase  identifikasi  yang  didapat  antara 98–100%.  Persentase  hasil  BLAST  dan identifikasi  spesies  pada  penelitian  ini menunjukkan  bahwa  16S  rRNA  dapat
digunakan  untuk  mendeskripsikan  jenis kima.  16S  rRNA  banyak  digunakan  untuk identifikasi  spesies  dan  menggambarkan hubungan  filogenetik  antara  organisme  laut (Guo et  al., 2011;  Lizano  &  Santos,  2014). Jenis  kima  yang  teridentifikasi  ada  tiga jenis,  yaitu Tridacna  crocea,  Tridacna maxima, dan Tridacna  squamosa. Hasil identifikasi  morfologi  dengan  identifikasi molekular  pada  penelitian  ini  menunjukkan hasil  identifikasi  yang  sama  pada  setiap sampelnya.
Pengukuran  jarak  genetik  dibedakan menjadi  dua  level,  yaitu  inter-  dan intraspesies. Perbandingan interspesies menunjukkan  perbandingan  nilai  jarak genetik  antar  spesies  yang  masih  didalam satu  family,  Tridacnidae.  Perbandingan intraspesies menunjukkan perbandingan nilai  jarak  genetik  didalam  satu  jenisnya. Adapun nilai interspesiesnya bervariasi,
Tabel 1.   Informasi identifikasi kima jenis Tridacna crocea yang diambil di Perairan Maluku Utara.
No ID Sampel %Query %Ident Accession number Spesies 1 Bacan_1 99 99 KJ508350.1 Tridacna crocea 2 Bacan_2 99 99 MK249738.1 Tridacna crocea 3 Bacan_6 99 99 MK249738.1 Tridacna crocea 4 Bacan_7 99 99 KJ508350.1 Tridacna crocea 5 Bacan_8 99 99 KJ508350.1 Tridacna crocea 6 Bacan_9 99 99 MK249738.1 Tridacna crocea 7 Bacan_12 99 99 KJ508350.1 Tridacna crocea 8 Bacan_13 99 99 MK249738.1 Tridacna crocea 9 Bacan_17 99 99 MK249738.1 Tridacna crocea 10 Bacan_18 99 100 KJ508350.1 Tridacna crocea 11 Buli_1 99 99 MK249738.1 Tridacna crocea 12 Buli_3 99 99 MK249738.1 Tridacna crocea 13 Buli_5 99 100 MK249738.1 Tridacna crocea 14 Buli_6 99 99 KJ508350.1 Tridacna crocea 16 Buli_7 99 100 MK249738.1 Tridacna crocea 17 Buli_10 99 100 MK249738.1 Tridacna crocea 18 Buli_11 99 99 MK249738.1 Tridacna crocea 19 Buli_12 99 100 KJ508350.1 Tridacna crocea 20 Buli_13 99 99 MK249738.1 Tridacna crocea 21 Buli_16 99 99 MK249738.1 Tridacna crocea 22 Buli_17 99 99 MK249738.1 Tridacna crocea 23 Jailolo_3 99 99 KJ508351.1 Tridacna crocea 24 Jailolo_4 99 100 KJ508350.1 Tridacna crocea 25 Jailolo_5 99 100 KJ508350.1 Tridacna crocea
No ID Sampel %Query %Ident Accession number Spesies 26 Jailolo_6 99 99 KJ508350.1 Tridacna crocea 27 Jailolo_10 99 99 KJ508350.1 Tridacna crocea 28 Jailolo_13 99 99 KJ508350.1 Tridacna crocea 29 Jailolo_14 99 99 MK249738.1 Tridacna crocea 30 Jailolo_15 99 98 MK249738.1 Tridacna crocea 31 Jailolo_15 99 100 MK249738.1 Tridacna crocea 32 Jailolo_17 99 100 KJ508350.1 Tridacna crocea 33 Moro_2 99 99 MK249738.1 Tridacna crocea 34 Moro_4 99 98 MK249738.1 Tridacna crocea 35 Moro_5 99 99 MK249738.1 Tridacna crocea 36 Moro_8 99 99 MK249738.1 Tridacna crocea 37 Moro_9 99 100 MK249738.1 Tridacna crocea 38 Obi_3 99 99 MK249738.1 Tridacna crocea 39 Obi_5 99 99 MK249738.1 Tridacna crocea 40 Obi_7 99 99 MK249738.1 Tridacna crocea 41 Weda_2 99 99 MK249738.1 Tridacna crocea 42 Weda_3 99 99 MK249738.1 Tridacna crocea 43 Weda_4 99 99 MK249738.1 Tridacna crocea 44 Weda_5 99 100 MK249738.1 Tridacna crocea 45 Weda_6 99 99 MK249738.1 Tridacna crocea 46 Weda_7 100 99 KJ508350.1 Tridacna crocea 47 Weda_10 100 99 MK249738.1 Tridacna crocea 48 Weda_15 99 99 MK249738.1 Tridacna crocea 49 Weda_19 99 100 MK249738.1 Tridacna crocea 50 Weda_20 99 99 MK249738.1 Tridacna crocea 51 Weda_22 99 99 MK249738.1 Tridacna crocea
Tabel 2.   Informasi identifikasi kima jenis Tridacna maxima yang diambil di Perairan
Maluku Utara.
No ID Sampel %Query %Ident Spesies Accession number 1 Bacan_3 99 100 Tridacna maxima MW604124.1 2 Bacan_4 99 100 Tridacna maxima MW604124.2 3 Bacan_5 99 100 Tridacna maxima MW604124.3 4 Bacan_11 99 99 Tridacna maxima MW604124.4 5 Bacan_14 99 100 Tridacna maxima MW604124.5 6 Bacan_15 99 98 Tridacna maxima MW604124.6 7 Buli_4 99 98 Tridacna maxima MW604124.7 8 Buli_9 99 98 Tridacna maxima MW604124.8 9 Buli_15 99 98 Tridacna maxima MW604124.1 10 Buli_18 99 100 Tridacna maxima MW604124.1 11 Jailolo_2 99 98 Tridacna maxima MW604124.1 12 Moro_1 99 99 Tridacna maxima MW604124.1 13 Moro_3 99 100 Tridacna maxima MW604124.1 14 Moro_7 99 98 Tridacna maxima MW604124.1 15 Moro_10 99 100 Tridacna maxima MW604124.1 16 Obi_4 98 92 Tridacna maxima MW604124.1 17 Obi_6 99 100 Tridacna maxima MW604124.1 18 Obi_8 99 99 Tridacna maxima MW604124.1 19 Weda_9 99 99 Tridacna maxima MW604124.1 20 Weda_18 99 100 Tridacna maxima MW604124.1
Tabel 3.   Informasi identifikasi kima jenis Tridacna squamosa yang diambil di Perairan
Maluku Utara.
No ID Sampel %Query  %Ident Spesies Accession number 1  Bacan_16 99 100 Tridacna squamosa MW604009.2 2  Buli_2 99 100 Tridacna squamosa MW604009.1 3  Buli_8 99 93 Tridacna squamosa MW604009.0 4  Buli_14 99 100 Tridacna squamosa MW604009.1 5  Jailolo_1 99 99 Tridacna squamosa MW604009.1 6  Jailolo_7 99 100 Tridacna squamosa MW604009.1 7  Jailolo_8 99 100 Tridacna squamosa MW604009.1 8  Jailolo_9 99 100 Tridacna squamosa MW604009.1 9  Jailolo_11 99 100 Tridacna squamosa MW604009.1 10  Jailolo_12 99 100 Tridacna squamosa MW604009.1 11  Jailolo_18 99 98 Tridacna squamosa MW604009.1 12  Moro_6 99 99 Tridacna squamosa MW604009.1 13  Obi_1 100 99 Tridacna squamosa MW604009.1 14  Obi_2 99 100 Tridacna squamosa MW604009.1 15  Weda_1 99 100 Tridacna squamosa MW604009.1 16  Weda_8 99 100 Tridacna squamosa MW604009.1 17  Weda_11 99 100 Tridacna squamosa MW604009.1 18  Weda_12 99 100 Tridacna squamosa MW604009.1 19  Weda_13 99 100 Tridacna squamosa MW604009.1 20  Weda_14 99 99 Tridacna squamosa MW604009.1 21  Weda_16 99 100 Tridacna squamosa MW604009.1 22  Weda_17 99 100 Tridacna squamosa MW604009.1 23  Weda_21 99 99 Tridacna squamosa MW604009.1
Tabel 4.   Jarak  genetik  dari  ketiga  spesies  kima  dan  satu outgroup dari  jenis Cerastoderma edule dengan metode Kimura 2-Parameter dan 1000 bootstrap. Jenis Tridacna crocea Tridacna maxima Tridacna squamosa Cerastoderma edule Tridacna crocea 0,008 Tridacna maxima 0,057 0,019 Tridacna squamosa 0,031 0,059 0,003 Cerastoderma edule 1,109 1,139 1,120 n/c
mulai dari 0,031–0,059 dan jarak intraspesiesnya  antara  0,003–0,019.  Jarak dengan outgroup, C. edule menunjukan nilai antara 1,109–1,139 (Tabel 4). Besarnya nilai jarak  genetik  pada  umumnya  berkisaran pada  3%  atau  0,03,  baik  untuk  pembeda interspesies  maupun  intraspesies  (Hebert et al., 2003;  Lizano  &  Santos,  2014).  Hal  ini menunjukkan  bahwa  kelompok Tridacna dengan outgroup adalah sister group , karena
merujuk pada nilai jarak genetiknya (Lizano & Santos, 2014).
Hasil analisis filogenetik
menunjukkan terdapat  tiga clade besar yang terdiri dari tiga jenis, yaitu Tridacna crocea, Tridacna  maxima, dan Tridacna  squamosa dengan  satu outgroup (Gambar  3).  Analisis pohon  filogenetik  dianalisis  menggunakan data yang ada dan digabungkan dengan data yang  terdapat  pada  GenBank  sebagai
referensi.  Pohon  dianalisis  menggunakan metode Neighboor–joining dan Maximum– likelihood, dan  fungsi  penggunaan  kedua metode  tersebut  untuk  menguatkan  bahwa pohon  yang  terbentuk  dari  analisis  ini membentuk pohon yang sama (Mamat et al., 2021). Hasil membentuk pohon monofiletik, Tridacna  crocea dan Tridacna  squamosa berada  dalam  satu clade yang  sama  dan Tridacna  maxima berada  pada clade yang berbeda.  Hal  ini  menunjukkan  bahwa Tridacna maxima merupakan sister taxa dari Tridacna  crocea dan Tridacna  squamosa. Semua  sampel  yang  diambil  membentuk clade yang sama dengan data referensi yang ada  di  GenBank.  Bentuk clade yang terbentuk sesuai dengan penelitian sebelumnya  yang  dilakukan  oleh  Lizano  & Santos  (2014)  dengan  menggunakan  target 16S.
Secara  morfologi, Tridacna  maxima dan Tridacna  crocea memiliki  bentuk  yang sama,  seperti  pada  warna  mantelnya  dan substrat  tempatnya  ditemukan  (Lizano  & Santos,  2014;  Hui et  al., 2016).  Identifikasi morfologi  ini  yang  dapat  memberikan misleading  identification pada  spesies  ini, terutama pada ukuran pada saat fase juvenile (Waheed,  2016) . Pada  penelitian  ini, penggunaan COI membantu dalam mengidentifikasi  spesies  dan  mendukung data  morfologi  yang  ditemukan  pada penelitian ini.

## 3.2. Identifikasi Morfologi
Kunci  identifikasi  genus Tridacna sebagian  besar  ditentukan  oleh  bentuk  luar cangkang dan warna mantel luarnya (Mamat et  al., 2021).  Perbedaan  antara Tridacna dengan Hippopus yang paling terlihat adalah warna  pinggiran  mantelnya.  Pada  genus Hippopus mantel  yang  dimiliki  lebih  pucat dan  cangkangnya  tidak  memiliki  sisik (Schneider and Foighil, 1999) (Gambar  4d). Pada Tridacna umumnya  memiliki  warna cangkang yang lebih mencolok dan melewati bagian tepi cangkangnya (Calumpong,  1992;  Findra et  al., 2017).
Bentuk cangkang Tridacna dibedakan menjadi  dua  kelompok,  yaitu  kelompok dengan cangkang bersisik ( Tridacna squamosa,  Tridacna  maxima, dan Tridacna crocea ) dan kelompok cangkang tanpa sisik ( Tridacna  derasa dan Tridacna  gigas ) (Findra et al., 2017).
Pada  penelitian  ini,  pengamatan morfologi difokuskan pada ukuran cangkang dan  warna  mantel  yang  dibentuk Tridacna, karena  ukuran  cangkang  dapat  memberikan gambaran umum sebaran stadia dari populasi Tridacna di Perairan Maluku Utara (Tabel 1).
Tridacna  crocea memiliki  bentuk yang sama dengan Tridacna maxima namun memiliki ukuran yang lebih kecil dan sedikit tidak  asimetri  (NMFS,  2018).  Ukuran maksimalnya  mencapai  15  cm  dengan  rata– rata  pertumbuhan  11  cm.  Memiliki  jumlah sisik  6–7,  kecuali  dibagian  tepi  atas cangkangnya (Hernawan, 2012). Bagian luar cangkang  memiliki  warna greyish  white yang  dibalut  dengan  warna  kuning  atau pinkish  orange (NMFS,  2018).  Pada penelitian  ini, Tridacna  crocea yang memiliki  ukuran  terkecil  ada  di  wilayah Buli,  2–4  cm,  dan  ukuran  terbesar  di wilayah  Jailolo,  10–15  cm.  Variasi  ukuran Tridacna crocea pada masing–masing wilayah  memiliki  stadia  kebanyakan  dalam bentuk  dewasa  yang  siap  bereproduksi, kecuali  pada  wilayah  Morotai  (3–12  cm) yang  memiliki  stadia  larva  hingga  dewasa dan  Buli  (2–4  cm)  yang  banyak  ditemukan pada  stadia juvenile . Tridacna  crocea yang berukuran  <2  cm  merupakan Tridacna dalam  stadia juvenile ,  2–4  cm  merupakan post–juvenile sedangkan  >  4  cm  adalah Tridacna dewasa  dan  telah  memasuki  masa hermaproditnya (Fitt, 1991). Tridacna crocea memiliki umur kematangan individunya  antara  5–6  tahun  dan  dengan panjang  ukuran  cangkangnya  sebesar  8–9 cm  (NMFS,  2018).  Sebagai  pembanding penelitian, Tridacna crocea yang ditemukan di  kawasan  Wangi-Wangi,  memiliki  kisaran panjang cangkang 2-9,5 cm untuk kawasan
(a)
(b)
Gambar  3 . Analisis  pohon  filogenetik  dari  kelompok Tridacna dan  menggunakan outgroup Cerastoderma  edule dengan  menggunakan bootstrap 1000.  (a)  Analisis  dengan Maximum likelihood , (b) Analisis dengan Neighbor joining .
Keledupa  dan  Tomia  kisaran  panjang cangkang  1,5-10  cm  (Findra,  2016).  Warna mantel  yang ditemukan pada jenis Tridacna crocea berwarna cokelat dengan pinggirannya  berwarna  biru.  Mantel  pada Tridacna  crocea sering  ditemukan memiliki
warna  yang  lebih  terang  dan  warna  serta polanya  bervariasi  seperti  hijau,  biru,  ungu, cokelat  dan  oranye  (Kinch  &  Teitelbaum, 2009; NFMS, 2018).
Tridacna  squamosa memiliki  sisik dengan  jumlah  6–8  cm  yang  berbentuk
Gambar 4.  Bentuk  morfologi Tridacna  squamosa (a), Tridacna  crocea (b)  dan Tridacna maxima (c),  dan Hippopus  hippopus (d)  (KKP  Kementerian  Kelautan  dan Perikanan).
Tabel 5.   Variasi ukuran (panjang cangkang) (cm) pada genus Tridacna di Perairan Maluku Utara.
Jenis Panjang Cangkang (cm) Jailolo Bacan Morotai Obi Weda Buli Tridacna crocea 10 - 15 8 - 14 3 - 12 5 -12 9 - 13 2 - 4 Tridacna squamosa 6 - 38 8 - 20 25 - 40 11 - 29 12 - 35 9 - 14 Tridacna maxima 7 - 8 10 - 15 8 10 5 - 12 4 - 9
seperti  pisau  dengan  susunan  teratur  secara radial.  Sisik  tersebut  tersebar  hingga  bagian umbo,  namun  ukurannya  semakin  kecil (Hernawan,  2012).  Pertumbuhannya  bisa mencapai  40  cm  dan  pada  umumnya ditemukan  pada  ukuran  30  cm  (Kinch  &
Teitelbaum,  2009;  Hernawan,  2012;  Neo et al., 2015;  NMFS,  2018).  Bagian  luar cangkang berwarna grayish white , terkadang berwarna  rona  oranye,  kuning  atau  merah muda  dengan  sisik  seperti  pisau  dengan corak  yang  berbeda (NMFS,  2018).  Pada
penelitian  ini,  ukuran  terbesar  berada  pada wilayah  Morotai,  dengan  ukuran  25–40  cm dan  ukuran  terkecilnya  pada  wilayah  Buli dengan ukuran 9–14 cm.  Pada wilayah lain, di  Kepulauan  Seribu  ukuran Tridacna squamosa berkisar  5,24–31,71  cm  dan  di Perairan  Manado,  ukurannya  ditemukan berkisar  9,5–31,28  cm  (Yusuf et  al., 2009). Variasi  ukuran  yang  ditemukan  kebanyakan dalam  bentuk post–juvenile, namun  pada wilayah  Morotai,  individunya  ditemukan hanya  dalam  bentuk  dewasa.  Pada  wilayah pembanding, kedua wilayah tersebut menunjukkan keberagaman stadia mulai dari juvenile hingga  dewasa.  Menurut  Fitt (1991), Tridacna  squamosa yang  berukuran <10  cm  merupakan  stadia juvenile ,  10–20 cm  merupakan post–juvenile dan  yang berukuran  >20  cm  telah  memasuki  masa dewasa.  Berbeda  dengan  yang  disampaikan NMFS  (2018), Tridacna  squamosa mulai memasuki  tahapan  dewasa  pada  ukuran  6– 16 cm, ukuran tersebut setara dengan umur 1 hingga 4 tahun. Identifikasi mantel Tridacna squamosa yaitu  terdapat  bintik  putih  dan disekitarnya  berwarna  cokelat.  Warna  corak mantel  dari Tridacna  squamosa memiliki berbagai variasi campuran antara hijau, biru, oranye  dan  kuning  (Kinch  &  Teitelbaum, 2009).
Tridacna  maxima termasuk  dalam kelompok  kima  yang  memiliki  sisik  dengan jumlah  6–8  yang  terdapat  dibagian  margin atas  dengan  bentuk  pertumbuhan  cangkang yang memanjang. Tridacna maxima memiliki  ukuran  hingga  mencapai  35  cm, namun  pada  umumnya  ditemukan  rata–rata berukuran  25  cm  (Kinch  &  Teitelbaum, 2009;  Hernawan,  2012;  NMFS,  2018). Bagian  luar  cangkang  berwarna grayish white yang  dikelilingi  warna  kuning  atau pinkish orange (Kinch & Teitelbaum, 2009). Ukuran terbesar dari jenis ini ada di wilayah Bacan, 10–15 cm dan ukuran terkecil ada di wilayah  Buli,  4–9  cm.  Pada  wilayah Kepulauan Seribu, ukuran Tridacna maxima berkisar  6,19–19,22  cm  dan  pada  Perairan Manado,  berkisar  9,78–13,91  cm  (Yusuf et
al., 2009).  Pada  penelitian  ini,  stadia  yang paling  banyak  ditemukan  dari  jenis  ini kebanyakan pada stadia post–juvenile sedangkan  pada  dua  wilayah  ini  lebih banyak ditemukan pada stadia post–juvenile hingga  dewasa. Tridacna  maxima yang berukuran  <4  cm  merupakan Tridacna dalam  stadia juvenile ,  4–5  cm  merupakan post–juvenile sedangkan >15 adalah Tridacna dewasa  dan  telah  memasuki  masa dewasa (Fitt, 1991). Menurut NMFS (2018), Tridacna maxima mengalami tingkat kematangan seksual secara bertahap, dimulai  pada  ukuran  6  cm, Tridacna maxima mulai  memasuki  fase  kematangan awal. Pada ukuran 10 cm tingkat kematangannya  mencapai  50%  dan  pada ukuran 14 cm atau lebih, tingkat kematangan mencapai 100%. Mantel Tridacna  maxima pada  penelitian  ini teridentifikasi  berwarna  biru  dengan  bintik kecil  berwarna blackish  blue .  Berbeda dengan Tridacna maxima di lokasi Terumbu Bemban,  Singapura  memiliki  ciri  berwarna cokelat dan terdapat bintik berwarna cokelat yang lebih tua dari sekitarnya (Neo & Todd, 2013). Tridacna  maxima memiliki  berbagai warna  mantel  dari  berbagai  bentuk  dan variasi  warna, seperti grayish yellow, bluish green,  blackish  blue, ungu  serta  berwarna cokelat (Kinch & Teitelbaum, 2009; NMFS, 2018).
Terdapat beberapa faktor yang memengaruhi  perbedaan  ukuran  cangkang kima,  yaitu  faktor  lingkungan.  Banyak penelitian yang melaporkan bahwa beberapa parameter lingkungan memengaruhi pertumbuhan jenis Tridacna maxima , seperti suhu, paparan, kejernihan air, dan pergerakan  air  (Hart et  al., 1998;  Joubert et al., 2014;  Mohammed et  al., 2019).
Kebanyakan  laju  pertumbuhan Tridacna dipengaruhi  oleh  pH  (Mohammed et  al., 2019).  pH  rendah  dapat  memperlambat  laju pertumbuhan pada spesies Tridacna squamosa dan Tridacna maxima (Toonen et al., 2012) . Adapun  perbedaan  warna  mantel pada  setiap  jenis Tridacna dikarenakan
adanya  simbiosis  dengan  Zooxanthellae yang berada di jaringan mantelnya (Confforth & Santos, 2005).

## 3.3. Kepadatan Populasi
Hasil  total  individu  yang  didapat pada  penelitian  ini  berjumlah  127  individu yang  ditemukan  di  Perairan  Maluku  Utara dengan  komposisi  70  individu  dari  jenis Tridacna  crocea ,  25  individu  dari  jenis Tridacna  squamosa ,  dan  22  individu  dari jenis Tridacna maxima. Hasil per lokasi  per spesies  disajikan  dalam  bentuk  grafik (Gambar 5, 6, dan 7).
Kepadatan populasi dari jenis Tridacna  crocea tertinggi  ada  pada  lokasi Morotai  dan  Buli,  0,0072  ind/m 2 dan kepadatan  populasi  terendah  di  lokasi  Obi, 0,0008  ind/m 2 (Gambar  4).  Rata–rata  dari kepadatan  populasi  dari  jenis  ini  sebesar 0,005±0,002  ind/  m 2 ,  dibandingkan  dengan
lokasi lain dengan spesies yang sama seperti Kepulauan  Seribu  (0,028  ind/m 2 ),  Manado (0,009  ind/m 2 ),  dan  Pulau  Ayem  (Raja Ampat)  (0,016  ind/m 2 ),  nilai  kepadatan  di perairan  ini  terbilang  rendah,  dibanding dengan  lokasi  pembandingnya  (Yusuf et al., 2009; Wakum et al., 2017).
Kepadatan  jenis Tridacna  squamosa tertinggi  pada  lokasi  Weda  dengan  jumlah sebesar  4  ind/m 2 dan  kepadatan  terendah pada  lokasi  Bacan  dan  Morotai  dengan masing–masing  nilai  kepadatan  sebesar  0,4 ind/m 2 (Gambar  5).  Rata–rata  kepadatan populasi  pada  jenis  ini  sebesar  0,002±0,001 ind/m 2 ,  nilai  yang  sama  ditunjukkan  di Pulau  Ayem,  Raja  Ampat  (0,002  ind/m 2 ) (Wakum et  al., 2017).  Hasil  kepadatan  di wilayah  Kepulauan  Seribu  (0,026  ind/m 2 ) dan  Manado  (0,021  ind/m 2 )  menunjukkan nilai  kepadatan  yang  lebih  tinggi  (Yusuf et al., 2009).
Gambar 5.  Kepadatan  populasi  dari  jenis Tridacna  crocea pada  masing–masing  lokasi  di Perairan Maluku Utara.
Gambar  6. Kepadatan populasi  dari  jenis Tridacna squamosa pada masing–masing  lokasi  di Perairan Maluku Utara.
0 0.0005 0.001 0.0015 0.002 0.0025 0.003 Jailolo Bacan Obi Morotai Weda Buli K epa d a ta n P o pul a si (i n d /m 2 ) 0 0.0005 0.001 0.0015 0.002 0.0025 0.003 Jailolo Bacan Obi Morotai
Weda Buli
Ke pa d a ta n P o pu la si
(i n d /m 2)
Gambar  7.  Kepadatan  populasi  dari  jenis Tridacna  maxima pada  masing–masing  lokasi  di Perairan Maluku Utara.
Kepadatan populasi dari jenis Tridacna  maxima tertinggi  pada  lokasi Bacan  dan  Weda  dengan  jumlah  kepadatan masing–masing  sebesar  0,0024  ind/m 2 , sedangkan  kepadatan  terendah  pada  lokasi Jailolo  dan  Obi  dengan  jumlah  kepadatan sebesar  0,0004  ind/m 2 .  Rata–rata  kepadatan populasi  pada  jenis  ini  sebesar  0,002  ± 0,0008  ind/m 2 .  Pulau  Ayem  (0,03  ind/m 2 ) dan  Kepulauan  Seribu  (0,02  ind/m 2 ) memiliki  nilai  kepadatan  yang  lebih  tinggi dibandingkan  di  Perairan  Maluku  Utara. Namun,  kepadatan  spesies  ini  di  Perairan Manado  (0,0005  ind/m 2 )  jika  dibandingkan dengan  Perairan  Maluku  Utara  (Yusuf et al., 2009; Wakum et al., 2017).
Populasi Tridacna pada  wilayah tertentu  memiliki  nilai  kepadatan  yang  <1 per m 2 berdasarkan pada beberapa penelitian Yusuf et  al. (2009)  dan  Wakum et  al.
(2017).  Nilai  kepadatan  populasi Tridacna terbesar yang ditemukan pada jenis Tridacna  crocea dengan  nilai  rata–rata kepadatan  sebesar  0,005±0,002  ind/m 2 dibanding  dua  jenis  lainnya.  Hal  ini dikarenakan Tridacna crocea memiliki nilai fekunditas  yang  sangat  tinggi,  tiap  individu dapat menghasilkan telur sebanyak 8 sampai 9  juta  telur  (Tisdell,  1994;  NMFS,  2018). Walaupun  memiliki  nilai  mortalitas  yang tinggi,  namun  populasinya  dapat  meningkat dengan  program  kultur  (Tisdell,  1994; NMFS,  2018).  Pada  spesies Tridacna maxima, pertumbuhan  yang  lambat  dapat
memengaruhi proses pematangan seksualnya,  untuk  mencapai  ukuran  10  cm memerlukan  waktu  5  tahun,  begitupun seterusnya.  Hal  ini  yang  membuat Tridacna maxima menjadi jenis yang memiliki tingkat kematangan  lama  (NMFS,  2018;  Chamber, 2007). Overexploitation juga  menjadi  salah satu  penyebab  penurunan  populasi  dari Tridacna Indo–Pasifik, terutama di Indonesia  (Larson  2016;  Neo et  al., 2017). Selain overexploitation,  Tridacna juga terancam  karena  adanya  perusakan  habitat baik  yang  dilakukan  secara  sengaja  ataupun karena perubahan iklim (NMFS, 2018).

## IV. KESIMPULAN
Hasil  identifikasi  kima  di  Perairan Maluku  Utara  terdeteksi  sebanyak  tiga spesies,  yaitu Tridacna  crocea,  Tridacna squamosa dan Tridacna  maxima. Ketiga hasil tersebut berdasarkan hasil identifikasidari  pengamatan  morfologi  dan pengukuran  panjang  kima  serta  DNA Barkoding  menggunakan  target  16S  rRNA. Marka  ini  mampu  mendeskripsikan  jenis kima  hingga  tingkat  spesies,  hal  ini ditunjukkan  dengan  tingkat  persentase BLAST sebesar 98–99%. Analisis filogenetik dari ketiga jenis kima membentuk pohon monofiletik dan didukung  oleh  nilai  jarak  genetik  pada  tiap jenisnya.  Pada  spesies Tridacna  crocea dan Tridacna  squamosa membentuk  satu clade
0 0.0005 0.001 0.0015 0.002 0.0025 0.003 Jailolo Bacan Obi Morotai Weda Buli K epa d a ta n P o pul a si (i n d /m 2)
besar  dan  berpisah  dengan Tridacna maxima. Secara  identifikasi  morfologi, terdapat  beberapa feature  unique pada masing–masing  spesies  tersebut  dibagian mantel.  Pada  jenis Tridacna  crocea, mantel berwarna  cokelat  dengan  pinggiran  biru, sedangkan Tridacna  squamosa, mantelnya terdapat  bintik  putih  dan  disekitarnya berwarna  cokelat,  dan  jenis Tridacna maxima mantelnya  berwarna  biru  dengan bintik  kecil  berwarna blackish  blue. Selain warna mantel, ketiga jenis tersebut memiliki variasi  ukuran  yang  berbeda–beda  sesuai dengan  lokasinya.  Ukuran  memberikan pengaruh pada laju pertumbuhan dari kerang kima,  dan  kebayakan  ditemukan  dalam post–juvenile, dengan kepadatan individunya  rata–rata  <  0,1.  Penggunaan tools DNA  Barkoding  dan  identifikasi morfologi pada suatu spesies dapat menghasilkan  data  yang  lebih  akurat.  Kima salah  satu  jenis  yang  sulit  diidentifikasi secar  morfologi,  sehingga  kedua  metode  ini sangat  direkomendasikan  untuk  digunakan secara  berbarengan.  Nilai  kepadatan  dan ukuran yang ditemukan mengarah pada jenis ini mengalami overexploitation. Arah overexploitation menandakan bahwa kebanyakan kima diburu pada fase memasuki dewasa.

## UCAPAN TERIMA KASIH
Ucapan  terima  kasih  disampaikan kepada  Tim  Peneliti  teman-teman  angkatan S1 (Ridwan Kamarullah, Herman Musa, dan Marjuki  Ismail)  dan  Laboratorium  Marine Biodiversity  dan  Biosystematika  ITK  IPB yang telah megijinkan saya untuk mengelola dan analisis sampel selama masa penelitian.

## DAFTAR PUSTAKA
Albert, D.D.A, V. Bujeng, & S. Chia. 2017. Traditional  shell  artefact  production in  Northern Sabah. Sabah Soc J .  33:
45–55.
https://www.academia.edu/49221593
/Traditional_shell_artefact_productio n_in_Northern_Sabah
Allo,  M.K.,  H.  Setiawan,  I.N.  Dewi,  A.R. Bisjoe,  Nurhayati,  &  M.  Qiptiyah. 2010. Studi Etnoekologi Kima Lubang  (Tridacna  Crocea)  dan  Ikan Malaja  (Sigamus  Canaliculatus)  di Kawasan  Taman  Nasional  Taka Bonerate.  Makassar  (ID):  Balai Penelitian Kehutanan Makassar.
Beger,  M.,  K.A.  Selkoe,  E.  Treml,  P.H. Barber,  S.  von  der  Heyden,  E.D. Crandall,  R.J.  Toonen & C. Riginos. 2014. Evolving coral reef
conservation with genetic information. Bulletin  of  Marine Science . 90: 159–185. https://digitalcommons.csumb.edu/cg i/viewcontent.cgi?article=1009&cont ext=sns_fac bin  Othman,  A.  S.,  G.  H.  S.  Goh  &  P.  A.
Todd,  2010.  The  distribution  and status of giant clams (family Tridacnidae)—  A  short  review. Raffles Bulletin of Zoology , 58: 103– 111. https://scholarbank.nus.edu.sg/handl
e/10635/102556
Calumpong,  H.  P.  1992.  The  Giant  Clam:
An Ocean Culture Manual. Australian  Center  for  International Agricultural Research (ACIAR). Canberra. 68 pp. Carpenter, K.E., P.H. Barber, E.D. Crandall,
M.C.A. Ablan-Lagman,
Ambariyanto, G.N. Mahardika, B.M. Manjaji-Matsumoto,  M.A.  Juinio- Meñez,  D.S.  Mudjekeewis,  C.J. Starger  &  A.H.A.  Toha.  2011. Comparative  phylogeography  of  the Coral  Triangle  and  implications  for marine  management. Journal  of Marine Biology .vol. 2011. Article ID 396982. 14 p. https://doi.org/10.1155/2011/396982
Chambers,  C.N.  2007.  Pasua  (Tridacna maxima)  size  and  abundance  in Tongareva  Lagoon,  Cook  Islands.
SPC  Trochus  Information  Bulletin . 13: 7-12. https://coastfish.spc.int/News/Trochu s/Trochus13/Trochus13_07_Chambe rs.pdf Claus,  C.A.  2017.  Beyond  Merroir:  The Okinawan Taste for Clams.
Gastronomica . 17(3): 49–57.
Coffroth,  M.A.,  &  S.R.  Santos.  2005. Genetic diversity of symbiotic
dinoflagellates in the genus Symbiodinium. Protist 156:  19-34. https://doi.org/10.1016/j.protis.2005. 02.004
Dayrat,  B.  2005.  Towards  integrative taxonomy .  Biol.  J.  Linn.  Soc .  85(3):
407–415. https://doi.org/10.1111/j.1095- 8312.2005.00503.x
DeBoer,  T.S.,  Naguit,  M.R.A.,  M.V.
Erdmann,  M.C.A.  Ablan-Lagman, Ambariyanto, K.E. Carpenter,
A.H.A.  Toha,  &  P.H.  Barber.  2014.
Concordance between phylogeographic  and  biogeographic boundaries  in  the  Coral  Triangle:
conservation  implications  based  on comparative  analyses  of  multiple giant  clam  species. Bulletin  of Marine  Science .  90(1):  277–300. https://doi.org/10.5343/bms.2013.10 03
English S., C. Wilkinson, & V. Baker.1997. Survey  Manual  for  Tropical  Marine Resources.  2nd  Edition.  Australian Institute of Marine Science. 383p.
Fitt, W.K. 1991. Mariculture of Giant Clam.
Di  dalam:  Menzel  W.  Editor.
Estuarine and Marine Bivalve Mollusca  Culture.  Boston  (US): CRC  Press.  Inc  Boca  Raton.  284- 293p.
Findra,  M.N.,  I.  Setyobudiandi,  N.A.  Butet
&  D.D.  Solihin.  2020.  Status populasi sumber daya kima (Tridacnidae)  di  Perairan  Taman Nasional  Wakatobi.  Proc.  Seminar
Nasional  Kelautan  dan  Perikanan  III (Kendari: UHO EduPress) 126-32.
Findra,  M.N.,  I.  Setyobudiandi,  N.A.  Butet, &  D.D.  Solihin.  2017.  Genetic profile  assessment  of  giant  clam genus Tridacna as  a  basis  for resource  management  in  Wakatobi National Park waters. Ilmu Kelautan , 22 (2):
67-74. https://doi.org/10.14710/ik.ijms.22.2. 67-74
Frézal, L., & R. Leblois. 2008. Four years of DNA  barcoding:  current  advances and  prospects. Infection,  Genetics and Evolution , 8 (5): 727-736.
https://doi.org/10.1016/j.meegid.200 8.05.005
Guo,  X.,  X.  Dai,  D.  Chen,  T.J.  Papenfuss,
N.B.  Ananjeva,  D.A.  Melnikov,  &
Y.  Wang.  2011.  Phylogeny  and divergence times of some racerunner lizards (Lacertidae:
Eremias)
inferred  from  mitochondrial  16S rRNA  gene  segments. Molecular Phylogenetics  and  Evolution .  61(2),
400-412.
https://doi.org/10.1016/j.ympev.2011.06.022
Harahap,  S.A.,  Y.  Yanuar,  &  Y.  Ilham. 2018.  Diversity  and  abundance  of giant  clams  in  Anambas  Islands,
Indonesia.  E3S  Web  of  Conferences 47: 1-9. https://doi.org/10.1051/e3sconf/2018 4703005
Hart,  A.M.,  J.D.  Bell,  &  T.P.  Foyle.  1998. Growth  and  survival  of  the  giant clams, Tridacna  derasa,  T.  maxima and T. crocea , at village farms in the Solomon Islands. Aquaculture . 165(3-4):
203–220.
https://doi.org/10.1016/S0044- 8486(98)00255-5
Hebert,  P.D.N.,  S.  Ratnasingham,  &  J.R. deWaard.  2003.  Barcoding  animal life:  cytochrome  c  oxidase  subunit  I divergences  among  closely  related species. Proceedings  of  the  Royal Society of London. Series B:
Biological  Sciences ;  270:  S96-S99. https://doi.org/10.1098%2Frsbl.2003 .0025
Hernawan,  U.E.,  2012.  Taxonomy  of Indonesian  giant  clams  (Cardiidae, Tridacninae). Biodiversitas  Journal of  Biological  Diversity .  13(3):  118– 123.
https://doi.org/10.13057/biodiv/d130 303
Hui,  M.,  W.E.  Kraemer,  C.  Seidel,  A.
Nuryanto,  A.  Joshi,  &  M.  Kochzius. 2016. Comparative genetic population structure of three
endangered  giant  clams  (Cardiidae: Tridacna species)  throughout  the
Indo-West  Pacific:  implications  for divergence, connectivity
and conservation. Journal  of  Molluscan Studies . 82(3): 403–414. https://doi.org/10.1093/mollus/eyw0 01
Joubert,  C.,  C.  Linard,  G.  Le  Moullac,  C.
Soyez, D. Saulnier,
V.
Teaniniuraitemoana,  C.L.  Ky,  &  Y. Gueguen.  2014.  Temperature  and food  influence  shell  growth  and mantle  gene  expression  of  shell matrix  proteins  in  the  pearl  oyster Pinctada  margaritifera. PloS  one .
9(8),
p.e103944. https://doi.org/10.1371/journal.pone. 0103944
Kinch, J. & A. Teitelbaum. 2009. Proceedings of the Regional
Workshop  on  the  Management  of Sustainable  Fisheries  for  Giant Clams  (Tridacnidae)  and  CITES
Capacity Building. Secretariat of the Pacific  Community,  Noumea,  New Caledonia . 51 pp.
Kreb,  C.J.  1989.  Ecology  Methodology. Hamper &  Row Inc. Publisher. New York.
Kubo,  H.  &  K.  Iwai.  2007.  On  two sympatric  species  within  Tridacna ‘‘maxima’’. Annu.  Rep.  Okinawa Fish. Ocean Res. Ctr . 68:205–210.
Kumayanjati,  B.  2015.  Kima  Biota  Eksotik perairan  Indo-pasifik. Oseana (XI) (4): 11-21.
Kusnadi,  A.,  D.  Kurnianto,  H.  Madduppa, N.P.  Zamani,  P.S.  Ibrahim,  U.E. Hernawan, R.T. Utami & T.
Triandiza.  2022.  Genetic  diversity and  population  structure  of  the boring  giant  clam  ( Tridacna  crocea ) in  Kei  Islands,  Maluku,  Indonesia. Biodiversitas  Journal  of  Biological
Diversity . 23(3): 1273–1282. https://doi.org/10.13057/biodiv/d230 311
Larson,  C.  2016.  Shell  trade  pushes  giant clams  to  the  brink. Science, 351: 323-324.
https://doi.org/10.1126/science.351.6 271.323
Lee,  L.K.,  M.L.  Neo,  Z.F.  Lim,  K.S.  Hii, H.C.  Lim,  A.A.  Chan,  H.  Gu,  P.T. Lim, & C.P. Leaw. 2022. Population status  and  genetic  diversity  of  two endangered  giant  clams  ( Tridacna squamosa and Tridacna  maxima )  on the  fringing  reefs  of  Perhentian Islands, Malaysia. Aquatic Conservation: Marine and Freshwater Ecosystems . 32(6): 1005-
1021.
https://doi.org/10.1002/aqc.3807
Lizano,  A.M.D  &  M.D.  Santos.  2014.
Updates  on  the  status  of  giant  clams Tridacna spp. and Hippopus hippopus  in  the  Philippines  using mitochondrial  CO1  and  16S  rRNA genes. Philipp Sci Lett , 7 (1), pp.187- 200.
Lucas, J.S. 2014. Giant clams. Curr Biol 24
(5):
183-184. https://doi.org/10.1016/j.cub.2013.11
.062
Lyons,  Y.,  D.  Cheong,  M.L.  Neo,  &  H.F. Wong.  2018.  Managing  giant  clams in  the  South  China  sea. Intl  J  Mar Coastal Law . 33: 1-28. https://doi.org/10.1163/15718085-
13301048
Mamat,  N.S.,  Y.U.S.R.I.  Yusuf,  S.A.  Md nor,  S.  Md  Sheriff,  M.N.  Ismail,  &
N. Mohd Husin. 2021. Dna barcoding of endangered giant clams in  islands  off  the  east  coast  of peninsular  Malaysia. Journal  of Sustainability Science and Management . 16(5): 35-47. https://doi.org/10.46754/jssm.2021.0 7.003
Mies,  M.,  P.  Dor,  A.Z.  Güth,  &  P.Y.G. Sumida.  2017.  Production  in  giant clam aquaculture: Trends and challenges. Rev  Fish  Sci  Aquac .  25: 286-296. https://doi.org/10.1080/23308249.20
17.1285864
Mohammed, T.A.A., M.H. Mohamed, R.M. Zamzamy,  &  M.A.M.  Mahmoud. 2019. Growth rates of the giant clam Tridacna  maxima  (Röding,  1798) reared  in  cages  in  the  Egyptian  Red Sea. The  Egyptian  Journal  of Aquatic  Research ,  45(1):  67-73. https://doi.org/10.1016/j.ejar.2019.02
.003
Neo, M.L. & P.A. Todd. 2013. Conservation status  reassessment  of  giant  clams (Mollusca:  Bivalvia:  Tridacninae)  in
Singapore. Nature  in  Singapore . 6(3): 125-133.
Neo,  M.L,  &  K.S.  Loh.  2014.  Giant  clam shells  ‘graveyard’  at  Semakau Landfill. Singapore Biodiversity Records . 248-249.
Neo,  M.L.,  W.  Eckman,  K.  Vicentuan, S.L.M. Teo, & P.A. Todd. 2014. The ecological  significance  of  giant clams  in  coral  reef  ecosystems. Biological  Conservation,  181:  111– 123. https://doi.org/10.1016/j.biocon.2014 .11.004
Neo,  M.L.,  W.  Eckman,  K.  Vicentuan, S.L.M. Teo, & P.A. Todd. 2015. The ecological  significance  of  giant clams in  coral reef ecosystems. Biol.
Conserv., 181: 111–123.
https://doi.org/10.1016/j.biocon.2014 .11.004
Neo,  M.L.,  C.C.C.  Wabnitz,  R.D.  Braley, G.A.  Heslinga,  C.  Fauvelot,  S.  Van Wynsberge, S. Andréfouët, C.
Waters,  AS-H.  Tan,  E.D.  Gomez, M.J.  Costello,  &  P.A.  Todd.  2017. Giant  clams  (Bivalvia:  Cardiidae: Tridacninae): A comprehensive update of species and their distribution,  current  threats  and conservation  status. Oceanogr  Mar
Biol Annu Rev 55: 87-388. https://doi.org/10.1201/b21944-5
Neo,  M.L.,  K.K.  Lim,  S.Y.  Yang,  G.Y. Soong,  G.D.  Masucci,  P.  Biondi, H.B.  Wee,  H.  Kise,  J.D.  Reimer.
2019.  Status  of  giant  clam resources around Okinawa-jima Island, Ryukyu  Archipelago,  Japan. Aquat Conserv . 29:1002–1011. https://doi.org/10.1002/aqc.3033
NMFS.  2018.  Endangered  and  threatened wildlife; 90-day finding on a petition to  list  Chinook  salmon  in  the  Upper Klamath-Trinity  Rivers  Basin  as Threatened or Endangered Under the Endangered  Species  Act. Fed  Reg . 83: 8410-8414.
Ni,  L.,  Q.  Li,  L.  Kong,  S.  Huang,  &  L.  Li 2012. DNA barcoding and phylogeny  in  the  family  Mactridae (Bivalvia:  Heterodonta):  Evidence for  cryptic  species. Biochemical Systematics  and  Ecology .  44:  164- 172.
https://doi.org/10.1016/j.bse.2012.05
.008
Nijman  V.,  D.  Spaan,  &  K.A.I.  Nekaris.
2015.  Large  scale  trade  in  legally protected marine mollusc shells from Java  and  Bali,  Indonesia.  PLoS  One 10 (12): e0140593. https://doi.org/10.1371/journal.pone. 0140593 Nuryanto, A., D. Duryadi, D. Soedharma, &
D. Blohm. 2007. Molecular phylogeny  of  giant  clams  based  on
mitochondrial  DNA  cytochrome  c oxidase  I  gene. HAYATI  Journal  of Biosciences , 14(4): 62-166. https://doi.org/10.4308/hjb.14.4.162 Palumbi,  S.R.,  D.  Hillis,  C.  Moritz  (Eds.). 1996. Molecular Systematics, Sinauer, Sunderland. pp. 205-247.
Patwardhan,  A.,  S.  Ray,  &  A.  Roy.  2014.
Molecular  markers  in  phylogenetic studies-a review. Journal of Phylogenetics & Evolutionary Biology ; 2(2): 1–9. https://doi.org/10.4172/2329-
9002.1000131 Ramah,  S.,  N.  Taleb-Hossenkhan,  P.A. Todd,  M.L.  Neo,  &  R.  Bhagooli. 2019.  Drastic  decline  in  giant  clams (Bivalvia: Tridacninae) around Mauritius  Island,  Western  Indian Ocean: implications for conservation and management. Marine Biodiversity . 49: 815-823. https://doi.org/10.1007/s12526-018- 0858-9 Richter,  C.,  H.  Roa-Quiaoit,  C.  Jantzen,  M.
Al-Zibdah, M. Kochzius. 2008.Collapse  of  a  new  living species of giant clam in the Red Sea. Current Biology , 18(17): 1349-1354.
https://doi.org/10.1016/j.cub.2008.07
.060
Rizkifar, M.A., Ihsan, Y.N., Hamdani, H., &
Sunarto. 2019. Kepadatan dan preferensi habitat kima ( Tridacnidae )  di  perairan  Pulau Semak  Daun  Provinsi  DKI  Jakarta. Jurnal  Perikanan  dan  Kelautan; X(1):
74-83.
https://jurnal.unpad.ac.id/jpk/article/ view/23046
Schneider,  J.A.  &  D.Ó.  Foighil,  1999. Phylogeny of giant clams (Cardiidae: Tridacninae) based on partial mitochondrial 16S rDNA gene sequences. Molecular  Phylogenetics and Evolution , 13(1): 59-66. https://doi.org/10.1006/mpev.1999.0 636
Soo,  P.  &  P.A.  Todd.  2014.  The  behaviour of  giant  clams  (Bivalvia:  Cardiidae:
Tridacninae). Marine Biology . 161(12): 2699–2717. https://doi.org/10.1007/s00227-014-
2545-0
Tamura,  K.,  D.  Peterson,  N.  Peterson,  G. Stecher,  M.  Nei,  S.  Kumar.  2013. MEGA  5:  Molecular  Evolutionary Genetics  Analysis  Using  Maximum Likelihood.  Evolutionary  Distance. and  Maximum  Parsimony  Methods. Mol  Bio  Evol .  28  (10):  731-2739. https://doi.org/10.1093%2Fmolbev% 2Fmsr121
Tang,  Y.C.  2005.  The  systematic  status  of Tridacna maxima (Bivalvia:
Tridacnidae) based on morphological and  molecular  evidence.  [Disertasi]. National  Taiwan  Ocean  University.
114 pp.
Tisdell,  C.,  Y.C.  Shang,  &  P.  Leung. 1994.
Economics of commercial giant clam mariculture. Economics of commercial  giant  clam  mariculture . 306pp.
Toonen,  R.J.,  T.  Nakayama,  T.  Ogawa,  A. Rossiter,  &  J.C.  Delbeek.  2012. Growth  of  cultured  giant  clams (Tridacna  spp.)  in  low  pH,  high- nutrient  seawater  species  -  specific effects of substrate and supplemental feeding  under  acidification. J.  Mar. Biol. Assoc ., 92: 731–740.
https://doi.org/10.1017/S0025315411
000762
Triandiza,  T.,  N.P.  Zamani,  H.  Madduppa, U.E.  Hernawan.  2019.  Distribution and  abundance  of  the  giant  clams (Cardiidae: Bivalvia) on Kei Islands, Maluku,  Indonesia. Biodiversitas,
20:
884-892. https://doi.org/10.13057/biodiv/d200
337
Vicentuan-Cabaitan  K.,  M.L.  Neo,  W.
Eckman,  S.L.M.  Teo,  &  P.A.  Todd. 2014.  Giant  clam  shells  host  a multitude of epibionts. Bull Mar Sci .,
90 (3): 795-796. https://doi.org/10.5343/bms.2014.10 10
Wabnitz,  C.,  M.  Taylor,  E.  Green  &  T. Razak.  2003.  From  Ocean  to Aquarium.
UNEP-WCMC, Cambridge, UK. 64 pp.
Waheed,  Z  .2016.  Patterns  of  coral  species richness  and  reef  connectivity  in
Malaysia. Netherlands: Leiden
University. Wakum, A., M. Takdir, & S. Talakua. 2017. Jenis-Jenis Kima dan Kelimpahannya  di  Perairan  Amdui Distrik  Batanta  Selatan  Kabupaten Raja  Ampat. Jurnal  Sumberdaya Akuatik  Indopasifik .  1(1):  43-52.
https://doi.org/10.30862/jsai-fpik- unipa.2017.Vol.1.No.1.16
Walsh,  P.S.,  D.A.  Metzger,  &  R.  Higuchi. 1991.  Chelex  100  as  a  medium  for simple  extraction  of  DNA  for  PCR- based  typing  from  forensic  material. Biotechniques , 10(4): 506-513. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/186
7860/
Yusuf,  C.,  Ambariyanto,  and  Hartati.  2009. Abundance  of  Tridacna  (Family
Tridacnidae)  at  Seribu  Island  and Manado  Waters,  Indonesia. Jurnal Ilmu Kelautan Universitas Diponegoro , 14(3):150-154. https://doi.org/10.14710/ik.ijms.14.3. 150-154
Submitted  :   07 May 2023 Reviewed  :   30 November 2023 Accepted  :  15 December 2023

## FIGURE AND TABLE TITLES
Figure 1.   Research  in  North  Maluku  Province.  The  red  circle  is  the  sampling  point  and morphometric measurements and population density of Tridacna.
Figure 2.   Sampling design at each research location using the Line Transect method (50 m x 50 m), the black line is the vertical line and the white line is the horizontal line.
Figure 3.   Phylogenetic  tree  analysis  of  the  Tridacna  group  and  using  the  Cerastoderma edule outgroup using  bootstrap 1000. (a) Analysis with Maximum likelihood, (b) Analysis with Neighbor joining.
Figure 4.   Morphological  forms  of  Tridacna  squamosa  (a),  Tridacna  crocea  (b)  and Tridacna  maxima  (c),  and  Hippopus  hippopus  (d)  (KKP  Ministry  of  Maritime Affairs and Fisheries).
Figure 5.   Population  density  of  the  Tridacna  crocea  species  at  each  location  in  North Maluku waters.
Figure 6.   Population  density  of  the  Tridacna  squamosa  species  at  each  location  in  North Maluku waters.
Figure 7.   Population  density  of  the  Tridacna  maxima  species  at  each  location  in  North Maluku waters.
Table 1. Information  on  the  identification  of  Tridacna  crocea  clams  taken  in  North Maluku waters.
Table 2. Information  on  the  identification  of  Tridacna  maxima  clams  taken  in  North Maluku waters.
Table 3. Information  on  the  identification  of  Tridacna  squamosa  clams  taken  in  North Maluku waters.
Table 4. Genetic distance of the three clam species and one outgroup of the Cerastoderma edule type using the Kimura 2-Parameter method and 1000 bootstrap.
Table 5. Variations in size (shell length) of Tridacna determined (cm).