Penambatan  Molekuler  dan  Simulasi  Dinamika  Molekuler  Senyawa  Dari Genus Nigella Terhadap Penghambatan Aktivitas Enzim Protease HIV-1
( Molecular  Docking  and  Molecular  Dynamics  Simulation  of  Compounds  from  Nigella  Genus  on Protease HIV-1 Enzyme Inhibitors )
Muhammad Sulaiman Zubair 1* , Saipul Maulana 1 , Alwiyah Mukaddas 1
1 Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Tadulako, Palu, Indonesia. E-mail: sulaiman_zubair80@yahoo.co.id
Article Info:
Received: 19 Januari 2020
in revised form: 25 Januari 2020 Accepted: 07 Maret 2020 Available Online: 07 Maret 2020

## ABSTRACT
Nigella  plant  genus  has  potential  as  anti-HIV.  One  species  of Nigella, Nigella  sativa has  been  reported  to  have  HIV-1  protease  enzyme inhibitory  activity.  This  research  aims  to  determine  the  compounds  of  the Nigella  genus  that  have  activity  as  HIV-1  protease  enzyme  inhibitory activity  through molecular  docking method  by  Autodock  Vina  and  to compare  interaction  stability  through  molecular  dynamics  simulations  by AMBER.  The  metabolite  of  the  Nigella  genus  was  obtained  from  the KnapSack  website,  and  enzyme  model  was  obtained  from  the  Protein  Data Bank  (3NU3).  The  results  of molecular  docking found  the  lowest  affinity energy  of  Nigella  compound  is  Nigellidine  4-O-sulfite  (-13.4  kcal/mol). Meanwhile, the affinity energy of the ligand native (Amprenavir) was -12.1 kcal/mol.  The  lowest  affinity  energy  of  Nigellidine  4-O-sulfite  might  be predicted  to  have  potency  as  an  HIV-1  Protease  inhibitor.  Molecular dynamics  simulation  showed Root  Mean  Square  Fluctuation (RMSF)  value of  Nigellidine  4-O-sulfite  with  the  amino  acid  active  site  is  0.4064  Å  for ASP:25 and 0.5667 Å for ASP: 125. Whereas RMSF ligand native with the amino acid active site, ASP: 25 is 0.3647 Å and ASP: 125 is 0.3639 Å. The higher RMSF value of Nigellidine 4-O-sulfite describes the lower interaction stability than the ligand native.
Keywords : Nigella Molecular Docking Molecular Dynamics Protease HIV-1
Corresponding Author : Muhammad Sulaiman Zubair Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Tadulako
Palu 90245 Indonesia email: sulaiman_zubair80@yahoo.co.id
Copyright © 2019 JFG-UNTAD
This open access article is distributed under a Creative Commons Attribution (CC-BY-NC-SA) 4.0 International license.
How to cite (APA 6 th Style):
Zubair, M. S., Maulana, S., Mukaddas, A. (2020). Penambatan Molekuler dan Simulasi Dinamika Molekuler Senyawa Dari Genus  Nigella  Terhadap  Penghambatan  Aktivitas  Enzim  Protease  HIV-1. Jurnal  Farmasi  Galenika  :Galenika  Journal  of Pharmacy (e-Journal), 6 (1), 132-140. doi:10.22487/j24428744.2020.v6.i1.14982
Jurnal Farmasi Galenika ( Galenika Journal of Pharmacy ) (e-Journal) 2020; 6 (1): 132 – 140 ISSN : 2442-8744 (electronic); 2442-7284 (printed) Journal Homepage: https://bestjournal.untad.ac.id/index.php/Galenika DOI: 10.22487/j24428744.2020.v6.i1.14982

## ABSTRAK
Nigella  merupakan  genus  tumbuhan  yang  berpotensi  sebagai  anti  HIV.  Salah  satu  spesies  dari  genus  ini  yaitu Nigella  sativa telah  diteliti  memiliki  aktivitas  penghambatan  enzim  protease  HIV-1.  Penelitian  ini  bertujuan untuk menentukan senyawa dari genus Nigella yang berpotensi sebagai inhibitor enzim protease HIV-1 melalui penambatan  molekuler menggunakan program Autodock  Vina  dan  mengetahui  kestabilan  interaksi  melalui simulasi dinamika molekuler menggunakan program AMBER. Data senyawa kimia genus Nigella diperoleh dari situs KnapSAck, dan  model enzim diunduh dari Protein Data Bank (3NU3). Hasil molecular docking diperoleh energi afinitas paling terendah dari senyawa Nigellidine 4-O-sulfite (-13,4 kkal/mol). Sedangkan energi afinitas ligan standar (Amprenavir) sebesar -12,1 kkal/mol. Afinitas yang lebih rendah membuat Nigellidine 4-O-sulfite diprediksi berpotensi menjadi inhibitor Protease HIV-1. Hasil simulasi dinamika molekuler diperoleh nilai Root Mean  Square  Fluctuation (RMSF)  berturut-turut  Nigellidine  4-O-sulfite  dengan  asam  amino  sisi  aktif  enzim sebesar 0,4064 Å untuk ASP:25 dan 0,5667 Å untuk ASP:125. Sedangkan RMSF interaksi ligan standar dengan asam  amino  sisi  aktif  enzim  yaitu  ASP:25  sebesar  0,3647  Å  dan  ASP:125  sebesar  0,3639  Å.  Nilai  RMSF Nigellidine  4-O-sulfite  yang  lebih  besar  menggambarkan  kestabilan  interaksi  yang  lebih  rendah  dibandingkan ligan standar.
Kata kunci: Nigella, Molecular Docking , Molecular Dynamics , Protease HIV-1

## PENDAHULUAN
AIDS (Acquired  Immune  Deficiency  Syndrome) adalah  sekumpulan  gejala  penyakit  yang  timbul karena  turunnya  kekebalan  tubuh  yang  disebabkan  oleh  infeksi  HIV  (Kemenkes  RI,  2014).  HIV (Human  Immunodeficiency  Virus) adalah  virus  yang  menyerang  sel  darah  putih  yang  menyebabkan turunnya  kekebalan  tubuh  manusia.  Jumlah  penderita  HIV  di  Indonesia  dari  bulan  Oktober  sampai dengan  Desember  2017  sebanyak  14.640  orang,  dan  AIDS  sebanyak  4.725  orang.  Pola  penularan HIV tertinggi berdasarkan kelompok umur paling banyak terjadi pada kelompok usia produktif 25-49 tahun (69,2%), diikuti kelompok usia 20-24 tahun (16,7%), dan kelompok >50 tahun (7,6%) dengan rasio  penderita  HIV  antara  laki-laki  dan  perempuan  adalah  2  :  1.  Sedangkan  di  Sulawesi  Tengah kasus HIV mencapai 200 kasus, dan AIDS mencapai 144 kasus (Kemenkes RI, 2017).
Penanganan  infeksi  HIV  saat  ini  adalah  menggunakan  terapi  antiretroviral  dengan  aktivitas  tinggi. Pemberian obat antiretroviral (ARV) sejauh ini belum efektif membunuh HIV, pengobatan ini hanya mampu  menghambat  perkembangan  virus  (Depkes,  2006).  Obat  ARV  bekerja  dengan  menekan replikasi virus penderita, dan menghambat progresivitas infeksi (WHO, 2018). Salah satu mekanisme kerja obat ARV yaitu dengan menghambat kerja enzim protease yang berperan dalam maturasi virus (Ghosh et  al., 2017).  Penghambatan  enzim  protease  berdampak  pada  virus  yang immature sehingga virus  menjadi  bentuk  yang  non  infeksius  (Pandey et  al., 2017).  Oleh  karena  itu,  pentingnya  enzim protease  HIV  dalam  siklus  hidup  virus  menjadikan  enzim  protease  sebagai  target  ideal  untuk pengobatan penyakit HIV (Yilmaz et al., 2017).
Beberapa  komponen  senyawa  tanaman  dari  bahan  alam  memiliki  potensi  untuk  menjadi  senyawa obat  baru  yang  menghambat  kerja  enzim  HIV  (Kurapati et  al. ,  2016).  Salah  satu  genus  tumbuhan yang  memiliki  potensi  sebagai  anti  HIV  adalah  Nigella.  Ekstrak  biji Nigella  Sativa dilaporkan memiliki aktivitas sebagai inhibitor enzim protease HIV-1 (Kusumoto et al., 1995). Studi kasus yang dilaporkan  oleh  Onifade et  al (2013)  menunjukkan  bahwa  pemberian  terapi  selama  6  bulan menggunakan  ramuan  yang  mengandung  biji Nigella  sativa sebanyak  10  ml  dua  kali  sehari, memberikan hasil pemeriksaan berupa virus HIV  tidak terdeteksi dan kadar CD4 mendekati normal. Pada penelitian  ini,  dilakukan  pengujian  secara i n silico senyawa-senyawa anti HIV dari tumbuhan genus Nigella sebanyak 45 senyawa menggunakan  metode penambatan  molekuler yang selanjutnya dianalisa secara dinamika molekuler untuk mengetahui kestabilan interaksi dalam ruang dan waktu tertentu.
.

## METODE PENELITIAN

## Alat dan Bahan
Bahan    yang    digunakan    dalam  penambatan  molekuler  berupa  model  enzim  protease  virus  HIV-1 diunduh dari  situs  Protein  Data  Bank  (http://www.rcsb.org/)  (kode  :  3NU3),  data  struktur  senyawa kimia dari tanaman genus Nigella yang diperoleh dari situs KNApSAcK (http://kanaya.naist.jp/KNApSAcK/)  dengan  kata  kunci  Nigella  sejumlah  45  senyawa.  Perangkat lunak  yang  digunakan  yaitu,  Sistem  Operasi  Windows  7  dan  Linux  Fedora,  Chemdraw,  Chem3D, MarvinView, Autodock Tools, Autodock Vina, PyMol, Biovia Discovery Studio 2017, Amber Tools, serta  Terminal  Linux.  Perangkat  keras  yang  digunakan  pada  penelitian  ini  adalah  komputer Laboratorium  Penelitian  Jurusan  Farmasi  UNTAD  dengan  spesifikasi processor Intel  (R)  Core  i5- 2400 CPU @ 3.10GHz (4 CPUs), memory 2048 MB RAM.

## Metode

## Penyiapan Senyawa Metabolit
Senyawa  metabolit  yang  terdapat  pada  genus  Nigella  yang  telah  diketahui  (sebanyak  45  senyawa metabolit) diunduh pada website KNApSAcK, kemudian mengoptimalkan struktur senyawa metabolit menggunakan program Chem3D.

## Preparasi struktur protein
Enzim  Protease  HIV-1  diunduh  pada website www.rscb.org  dengan  kode  PDB;  3NU3.  Kemudian, digunakan  perangkat  lunak  BIOVIA  Discovery  Studio  2017  untuk  memisahkan  residu  pelarut  (air), ligan standar, serta residu non-standar lainnya dari enzim sehingga diperoleh berkas ligan standar dan enzim tanpa residu pelarut dan non standar lain. Masing-masing berkas selanjutnya dioptimasi dengan perangkat lunak Autodock Tools..
Analisis dan Visualisasi Redocking Molekul Ligan Standar
Ligan standar dan enzim  yang telah disiapkan selanjutnya  di docking berdasarkan koordinat interaksi ikatan ligan-enzim menggunakan Autodock Vina. Posisi dan orientasi ligan standar pada enzim yang berinteraksi  dengan  asam-asam  amino  divisualisasikan  dengan  perangkat  lunak  BIOVIA  Discovery Studio  2017.  Kemudian,  diperoleh  nilai  RMSD  ( Root  Mean  Square  Deviation )  dengan  perangkat lunak  PyMOL.  Bila  hasil  penambatan  ligan  standar  memiliki  nilai  RMSD  <2Å,  maka  protokol penambatan dapat diterima atau dinyatakan valid (Zubair et al., 2016).

## Penyiapan Ligan Senyawa Metabolit Tanaman Genus Nigella
Struktur senyawa metabolit genus Nigella yang telah diketahui (sebanyak 45 senyawa metabolit) pada database KNApSAcK  diunduh,  dan  dioptimasi  strukturnya  dengan  perangkat  lunak  Chem3D menggunakan metode MM2. Struktur tersebut kemudian diskrining awal berdasarkan kriteria Lipinski, Aturan Lipinski pada dasarnya menjelaskan tentang sifat senyawa yang aktif secara oral dan paramater yang  digunakan  dalam  menentukan  sifat  fisikokimianya  (Lipinski,  2004).  Aturan  Lipinski  bertujuan untuk  mengevaluasi  suatu  senyawa  kimia  yang  memiliki  aktivitas  farmakologi  yang  dapat  aktif  jika diberikan  secara  oral  pada  manusia  (Singh et  al., 2013).  Senyawa/Ligan  dianggap  memiliki  sifat fisikokimia  yang  baik  jika  memenuhi  aturan  Lipinski  dengan  kriteria  yaitu;  berat  molekul  <500 gram/mol, jumlah grup donor proton ikatan hidrogen <5, jumlah grup akseptor proton ikatan hidrogen <10, dan nilai koefisien partisi (LogP) <5. Pada penelitian ini hanya senyawa yang memenuhi paling sedikit 3 dari 4 aturan yang akan dilakukan penambatan molekuler.

## Penambatan Molekul Senyawa Uji
Penambatan  molekuler  senyawa  uji  dilakukan  dengan  menggunakan  Autodock  Vina,  dengan koordinat koordinat x=16,751, y=23,353, z=17,611 dan grid box sebesar 50 x 50 x 50 Å.

## Analisis dan Visualisasi Penambatan Molekul Senyawa Uji
Nilai skor penambatan dari masing-masing senyawa uji tersebut kemudian dibandingkan dengan skor penambatan ligan  standar yang  diperoleh  dari  protokol redocking penambatan  sebelumnya.  Hasil penambatan dianalisis  dan  divisualisasi  model  interaksi  ligan - reseptornya  dengan  menggunakan Autodock Tools dan BIOVIA Discovery Studio 2017.

## Simulasi Dinamika Molekuler
Simulasi  dinamika  molekuler  penambatan  kompleks  enzim  protease  dengan  ligan  dilakukan  dengan menggunakan program AMBER MD melalui beberapa tahapan, yaitu:

## Persiapan berkas masukan
Dalam simulasi dinamika molekuler berkas masukan yang harus disiapkan meliputi persiapan berkas enzim-ligan hasil penambatan, serta topologi dan koordinat menggunakan program Amber Tools.

## Minimisasi Energi
Pada  tahap  minimisasi  energi,  digunakan  berkas  topologi  dan  koordinat  ligan,  makromolekul,  dan kompleks  ligan-makromolekul  menggunakan  program  Amber  Tools  yang  berlangsung  dalam  dua tahap,  dimana  tahap  pertama  merupakan  minimisasi  terhadap  molekul  air  sebanyak  1000 steps ,  dan minimisasi  tahap  kedua  merupakan  minimisasi  seluruh  sistem  ligan-enzim  dan  molekul  air  juga sebanyak 1000 steps .

## Ekuilibrasi
Ekuilibrasi dilakukan dengan menggunakan program Amber dan berlangsung dalam 3 tahapan. Pada tahapan pertama, dilakukan ekuilibrasi untuk membuat volume yang konstan dan menaikkan suhu dari 0 o K menjadi 300 o K (5000 steps ). Ekuilibrasi kedua (5000 steps) dan ketiga (50000 steps) dilakukan untuk  membuat  seluruh  sistem  ligan-enzim  dan  molekul  air  berada  pada  suhu  dan  tekanan  yang konstan.

## Produksi
Proses  produksi  simulasi  dinamika  molekuler  dilakukan  dengan  perangkat  lunak  sander.  Pada  tahap produksi ini,  dilakukan  dalam  10  langkah  dimana  masing-masing  langkah  dilakukan  dengan  100000 steps untuk mencapai waktu total simulasi sebesar 2 ns.

## Analisis Hasil Simulasi Dinamika Molekuler
Hasil  simulasi  dinamika  molekuler  berupa  berkas  keluaran  dan  berkas trajectory yang  dianalisa dengan  program  cpptraj  dan  VMD  dari  AmberTools,  dengan  parameter  yang  dianalisis  adalah fluktuasi  energi  potensial,  RMSD (Root  Mean  Square  Deviation), RMSF (Root  Mean  Square Fluctuation) , dan perubahan jarak interaksi.

## HASIL DAN PEMBAHASAN
Penambatan divalidasi dengan menambatkan ligan  standar sebagai protokol redocking dengan enzim protease HIV-1  yang telah dipersiapkan sebelumnya. Ligan  standar (Amprenavir) digunakan sebagai protokol  penambatan  untuk  memprediksi  posisi  dan  interaksi  ligan-enzim.  Penambatan  dilakukan menggunakan  Autodock  Vina  yang  diakses  melalui  Cygwin.  Selanjutnya  dilihat  nilai  RMSD  ( Root Mean Square Deviation ), nilai RMSD digunakan untuk mengukur kemiripan koordinat (pose) antara dua atom (Kufareva and Abagyan, 2012). Pada gambar 1 menunjukkan bahwa hasil redocking ligan standar pada penelitian ini memiliki RMSD sebesar 1,403Å.
Gambar 1. Hasil RMSD dari ligan standar (nilai RMSD = 1,403Å)
Pada penelitian ini terdapat 45 senyawa dari genus Nigella yang diperoleh dari situs KNApSAcK yang digunakan  sebagai  senyawa  uji.  Sebelum  dilakukan  penambatan  molekuler,  seluruh  senyawa  uji tersebut  diskrining  awal  terlebih  dahulu  menggunakan  aturan  Lipinski.  Aturan  Lipinski  bertujuan untuk  mengevaluasi  suatu  senyawa  kimia  yang  memiliki  aktivitas  farmakologi  yang  dapat  aktif  jika diberikan secara oral pada manusia (Singh et al., 2013). Jika suatu senyawa kimia memenuhi kriteria aturan  Lipinski,  maka  senyawa  tersebut  dianggap  memiliki  potensi  dapat  masuk  ke  dalam  membran sel dan diserap oleh tubuh (Chairunnisa dan Runadi, 2017). Senyawa yang memenuhi paling sedikit 3 dari 4 aturan yang akan dilakukan penambatan molekuler.
Berdasarkan hasil penambatan molekuler senyawa metabolit genus Nigella diperoleh 1 senyawa yang berpotensi  sebagai  inhibitor  enzim  protease  HIV-1.  Senyawa  uji  yang  memiliki  potensi  sebagai inhibitor yaitu Nigellidine 4-O-sulfite dengan energi afinitas sebesar -13,4 kkal/mol, sedangkan ligan standar  (Amprenavir)  memiliki  energi  afinitas  sebesar  -12,1  kkal/mol.  Senyawa  aktif  berpotensi sebagai  inhibitor  jika  memiliki  nilai  energi  afinitas  yang  lebih  rendah  dibandingkan  ligan  standar (Ramadhan,  2018).  Senyawa  tersebut  selanjutnya  dianalisa  secara  dinamika  molekuler  untuk mengetahui kestabilan interaksinya.
Gambar 2. Interaksi ligan standar setelah ditambatkan
Gambar 3. Interaksi Nigellidine 4-O-sulfite setelah ditambatkan
Pada  Gambar  2  menunjukkan  bahwa  model  interaksi  ligan  standar  dan  enzim  setelah  ditambatkan menunjukkan bahwa terjadi interaksi berupa ikatan hidrogen (ASP:25, ASP:125, GLY:127, ASP:130, ASP:129,  GLY:149)  dan  interaksi  hidrofobik  yaitu  Pi-Sigma  (VAL:82),  Alkyl/Pi-Alkyl  (ILE:147, ALA:128, PRO:181, ILE:50, ILE:184, ALA:28, ILE:47, ILE:150, PRO:81). Interaksi Nigellidine 4-O- sulfite dengan enzim protease HIV-1 berupa ikatan hidrogen (ASP:125, GLY:27, GLY:148), interaksi elektrostatik  (ASP:25),  dan  interaksi  hidrofobik  yaitu  Alkyl/Pi-Alkyl  (ILE:50,  ALA:128,  ILE:184, ILE:47, ILE:150) seperti yang ditunjukkan pada gambar 3.
Hasil  penambatan  molekuler  senyawa  Nigellidine  4-O-sulfite  dan  ligan  standar  dengan  enzim selanjutnya  dianalisa  secara  dinamika  molekuler.  Analisa  dinamika  molekuler  bertujuan  untuk mengetahui kestabilan interaksi ligan-reseptor, hal ini dilakukan karena penambatan molekuler belum dapat  memberikan  informasi  terkait  kestabilan  interaksi  ligan-reseptor  terhadap  ruang  dan  waktu. Parameter  yang  digunakan  untuk  mengevaluasi  kestabilan  interaksi  ligan-enzim  pada  simulasi dinamika molekuler adalah Root Mean Square Fluctuation (RMSF).
Gambar  4. Grafik RMSF terhadap waktu selama proses ekuilibrasi dalam waktu simulasi 2000 piko detik
Tabel 1. Nilai RMSF  hasil dinamika  molekuler ligan  standar dan Nigellidine 4-O-sulfite terhadap asam amino sisi aktif enzim protease HIV-1
Ligan RMSF (Å) ASP:25 ASP:125 ILE:47 ILE:50 ALA:128 ILE:150 ILE:180 Ligan standar 0,3647 0,3639 0,7002 0,8746 0,4564 1,2644 0,8267 Nigellidine 4-O-sulfite 0,4064 0,5667 0,7757 0,7514 0,6115 0,9042 0,894
Parameter  RMSF (Root  Mean  Square  Fluctuation) dievaluasi  untuk  mengetahui  fluktuasi  interaksi ligan  dengan  asam  amino  pada  enzim  selama  simulasi.  Berbeda  dengan  RMSD,  RMSF  dihitung terhadap  masing-masing  residu  penyusun  protein  yakni  melihat  seberapa  besar  fluktuasi  pergerakan masing-masing  residu  selama  simulasi  berlangsung.  Secara  umum,  nilai  RMSF  menggambarkan fleksibilitas interaksi ligan dengan  setiap  residu  asam  amino  (Rex,  2009).  Nilai RMSF  ligan  standar dan  Nigellidine  4-O-sulfite  terhadap  asam  amino  enzim  protease  HIV-1  dapat  dilihat  pada  Tabel  1. Pada gambar 4 menunjukkan bahwa terjadi fluktuasi interaksi antara ligan dengan residu asam amino
Daerah Interaksi ASP:25 ILE:47 ILE:50 ASP:125 ALA:128 ILE:150 ILE:180
dalam  enzim.  Interaksi  antara  amprenavir  maupun  Nigellidine  4-O-sulfite  dengan  asam  amino  yang bertindak sebagai sisi katalitik enzim protease HIV-1 yaitu residu ASP:25 dan ASP:125, serta daerah ikatan lain berupa residu ILE:47, ILE:50, ALA:128, ILE:150, ILE:180 yang berperan sebagai kantung (pocket) ikatan memiliki nilai RMSF yang rendah seperti yang ditunjukkan pada gambar 4. Semakin rendah nilai RMSF, maka semakin stabil interaksi antara ligan dengan asam amino tersebut (Junaid et al., 2014).  Kantung  ikatan  dalam  enzim  protease  HIV-1  bersifat  hidrofobik,  adanya  interaksi  antara protease  inhibitor  dengan  asam  amino  hidrofobik  dalam  kantung  ikatan  dapat  meningkatkan afinitasnya (Ko et al., 2011).

## KESIMPULAN
Senyawa  Nigellidine  4-O-sulfite  dari  spesies Nigella  sativa berpotensi  memiliki  aktivitas penghambatan  terhadap  enzim  protease  HIV-1  yang  diuji  secara in  silico melalui  penambatan molekuler  dengan  program  Autodock  Vina.  Hasil  simulasi  dinamika  molekuler  menggambarkan bahwa senyawa Nigellidine 4-O-sulfite kurang stabil berinteraksi dengan sisi katalitik enzim protease HIV-1.

## DAFTAR PUSTAKA
Chairunnisa, A., & Runadi, D. (2017). Aktivitas Kalkon terhadap Reseptor Esterogen β (Er-β) Sebagai Antikanker Payudara Secara In Vitro Dan In Silico: Review. Farmaka , 14, 1–8.
Depkes  RI.  (2006).  Pelayanan  Kefarmasian  untuk  Orang  Dengan  HIV/AIDS  (ODHA).  Jakarta: Departemen Kesehatan Republik Indonesia.
Ghosh,  A.  K.,  Osswald,  H.  L.,  &  Prato,  G.  (2017).  Recent  Progress  in  the  Development  of  HIV-1 Protease Inhibitors for the Treatment of HIV/AIDS, 59 (11), 5172–5208. https://doi.org/10.1021/acs.jmedchem.5b01697.Recent
Junaid, M., Muhseen, Z. T., Ullah, A., Wadood, A., Liu, J., & Zhang, H. (2014). Molecular modeling and  molecular  dynamics  simulation  study  of  the  human  Rab9  and  RhoBTB3  C-terminus complex. Biomedical Informatics, 10 (12), 757–763.
Kemenkes  RI.  (2014).  Infodatin  AIDS.  Jakarta:  Pusat  Data  dan  Informasi  Kementerian  Kesehatan Republik Indonesia.
Kemenkes RI. (2017). Laporan Perkembangan HIV-AIDS & Infeksi Menular Seksual (IMS) Triwulan IV Tahun 2017. Jakarta: Kementerian Kesehatan Republik Indonesia.
Ko,  G.  M.,  Reddy,  A.  S.,  Kumar,  S.,  Bailey,  B.  A.,  &  Garg,  R.  (2011).  Computational  Analysis  of HIV-1  Protease  Protein  Binding  Pockets. J  Chem  Inf  Model ,  50  (10),  1759-1771. https://doi.org/10.1021/ci100200u.Computational
Kufareva, I., & Abagyan, R. (2012). Methods of protein structure comparison. Methods Mol Biol , 857, 231–257. https://doi.org/10.1007/978-1-61779-588-6
Kurapati, K. R. V, Atluri, V. S., Samikkannu, T., & Garcia, G. (2016). Natural Products as Anti-HIV Agents and Role in HIV-Associated Neurocognitive Disorders (HAND): A Brief Overview, 6 , 1–14. https://doi.org/10.3389/fmicb.2015.01444
Kusumoto,  I.  T.,  Nakabayashi,  T.,  Kida,  H.,  Miyashiro,  H.,  Namba,  T.,  &  Shimotohno,  K.  (1995). Screening  of  Various  Plant  Extracts  used  in  Ayurvedic  Medicine  for  Inhibitory  Effects  on Human Immunodeficiency Virus Type 1 (HIV-1) Protease, 9 , 180–184.
Onifade, A. A., Jewell, A. P., & Adedeji, W. A. (2013). Nigella Sativa Concoction Induced Sustained

## Seroreversion in HIV Patient, 10, 332–335
Pandey,  D.,  Chouhan,  U.,  &  Verma,  N.  (2017).  HIV  Infection :  A  Review  of  their  Inhibitors Progression. Biomedical & Pharmacology Journal , 10(2), 749–758.
Ramadhan,  A.  (2018).  Skrining  Virtual  Penghambat  Enzim  Xantin  Oksidase  (XO)  dan Siklooksigenase-2  (COX-2)  dari  Senyawa  Tanaman  Kelor  ( Moringa  oleifera Lam.).  Skripsi. Universitas Tadulako, Palu.
Rex, R. (2009). Quantification of structure / dynamics correlation of globular proteins. Bachelor-und Masterarbeiten. Georg-August-Universität Göttingen.
Singh, S., Gupta, A. K., & Verma, A. (2013). Molecular Properties and Bioactivity score of the Aloe vera  antioxidant  compounds  –  in  order  to  lead  finding. Research  Journal  of  Pharmaceutical, Biological and Chemical Sciences, 4(2), 876–881.
Yilmaz,  N.  K.,  Swanstrom,  R.,  &  Schiffer,  C.  A.  (2017).  Improving  Viral  Protease  Inhibitors  to Counter Drug Resistance, 24 (7), 547–557. https://doi.org/10.1016/j.tim.2016.03.010
Zubair,  M.  S.,  Anam,  S.,  Khumaidi,  A.,  Susanto,  Y.,  Hidayat,  M.,  &  Ridhay,  A.  (2016).  Molecular Docking  Approach  to  Identify  Potential  Anticancer  Compounds  from  Begonia  (Begonia  sp).
Advances of Science
and
Technology for Society , 080005, 1–7. https://doi.org/10.1063/1.4958513.