Journal of Global Sustainable Agriculture, 4(1):96-100, Desember 2023                                  E-ISSN: 2775-3514 DOI:. https://doi.org/10.32502/jgsa.v4i1.5636 P-ISSN: 2775-3522
Pengaruh Perbedaan Metode Isolasi Terhadap Kualitas DNA Ikan Gabus ( Ophiocephalus sp.)
Effect of Different Isolation Methods on DNA Quality of Snakehead Fish ( Ophiocephalus sp.)
Putriana Sari Sirait 1)* , Septiana Sulistiawati 2)
1) Teknologi Hasil Perikanan, Fakultas Perikanan dan Kelautan, Universitas Riau, Kampus Bina Widya Km. 12,5, Simpang Baru, Kec. Tampan, Kota Pekanbaru, Riau 28293
2) Teknologi Hasil Perikanan, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, Universitas Mulawarman, Jl. Gunung Tabur Kampus Gunung Kelua, Samarinda 75123
* Penulis korespondensi: putrianasari@lecturer.unri.ac.id; Telp: +62-857-1603-8807

## Received June 2023, Accepted January 2024

## ABSTRAK
Perbedaan  spesies  ikan  gabus  dapat  dideteksi  melalui  beberapa  penanda,  antara  lain  dengan  pola  pita DNA.  Isolasi  untuk  mendapatkan  DNA  berkualitas  tinggi  merupakan  satu  kaidah  dasar  yang  harus  dipenuhi dalam studi molekuler, terutama dalam pencandraan sidik jari DNA. Metode isolasi DNA dapat dilakukan secara konvensional dengan CTAB (Cationic Hexadecyl Trimethyl Ammonium Bromide) atau dengan menggunakan kit yang  telah  disediakan  oleh  beberapa  perusahaan  untuk  mempermudah  isolasi  DNA  seperti  Qiagen  dan Thermoscientific.  Oleh  karena  itu  diperlukan  informasi  perbandingan  hasil  isolasi  DNA  dari  berbagai  metode isolasi  sehingga  menghasilkan  ekstraksi  DNA  yang  baik.  Hasil  penelitian  menunjukkan  bahwa  metode  CTAB merupakan  metode  terbaik.  Hal  ini  dibuktikan  dengan  penggunaan  CTAB  2%  sebagai  buffer  ekstraksi  telah mampu  memecah  sel  dan  menghasilkan  DNA  yang  berkualitas  baik  ditunjukkan  dengan  adanya  pita  DNA genom yang sesuai dengan target dan memilki tingkat efektivitas yang tinggi.
Kata kunci: CTAB, Ikan Gabus, Isolasi DNA, Thermoscientific, Qiagen

## ABSTRACT
Differences in snakehead fish species can be detected through several markers, including DNA  banding patterns.  Isolation  to  obtain  high-quality  DNA  is  one  of  the  basic  rules  that  must  be  met  in  molecular  studies, especially  in  DNA  fingerprinting.  DNA  isolation  methods  can  be  done  conventionally  with  CTAB  (Cationic Hexadecyl  Trimethyl  Ammonium  Bromide)  or  by  using  kits  that  have  been  provided  by  several  companies  to facilitate DNA isolation such as Qiagen and Thermoscientific. Therefore, it is necessary to compare the results of DNA  isolation  from  various  isolation  methods  to  produce  good  DNA  extraction.  The  results  showed  that  the CTAB method was the best. This is evidenced by the use of 2% CTAB as an extraction buffer has  been able to break down cells and produce good quality DNA indicated by the  presence of genomic DNA bands that  match the target and have a high level of effectiveness.
Keywords: CTAB, Snakehead Fish, DNA isolation, Thermoscientific, Qiagen
PENDAHULUAN Ikan gabus ( Ophiocephalus striatus ) merupakan  salah  satu  ikan  air  tawar  maupun  air payau  yang  juga  termasuk  dalam  jenis  ikan pancingan  yang  banyak  ditemui  di  sungai,  rawa, danau  dan  saluran-saluran  air  hingga  ke  sawah- sawah (Sulthoniyah et al., 2013). Jenis ikan keluarga Ophiocephalus adalah ikan gabus, tomang, kerandang,  yang  hampir  ditemukan  di  seluruh wilayah  Indonesia. Perbedaan spesies dapat dideteksi  melalui  beberapa  penanda,  antara  lain dengan  pola  pita  DNA  atau  asam  nukleat,  yang sering disebut sebagai penanda molekuler. Penanda molekuler  berperan  penting  dalam  konservasi  dan pengelolaan  sumber  daya  genetik  (Karp et  al., 1997).
Asam  nukleat  merupakan  elemen  penting pada  seluruh  organisme  yang  berperan  mengatur seluruh aktivitas hidup. Perkembangan ilmu pengetahuan dan teknologi juga tidak bisa lepas dari analisis  tingkat  molekuler  yang  melibatkan  asam nukleat  (DNA).  Analisis  tingkat  molekuler  dengan DNA  sebagai  objeknya  diawali  dengan  proses ektraksi  DNA  untuk  mendapatkan  DNA  yang  murni dengan konsentrasi tinggi sehingga dapat digunakan untuk  analisis  molekuler  selanjutnya,  seperti  PCR, RLFP, dan RAPD (Fitriya et al., 2015).
Teknik  molekuler  bervariasi  dalam  cara pelaksanaan untuk mendapatkan data, baik tekniknya  maupun  tingkatan  target  data  yang diinginkan sesuai kemudahan pelaksanaan, ketersediaan  sumber  daya  manusia,  fasilitas,  dan dana (Karp et al., 1997). Isolasi  untuk mendapatkan
Journal of Global Sustainable Agriculture, 4(1):96-100, Desember 2023                                  E-ISSN: 2775-3514 DOI:. https://doi.org/10.32502/jgsa.v4i1.5636 P-ISSN: 2775-3522
DNA berkualitas tinggi merupakan satu kaidah dasar yang harus dipenuhi dalam studi molekuler, terutama dalam  pencandraan  sidik  jari  DNA.  Prinsip  dasar ekstraksi  DNA  adalah  serangkaian  proses  untuk memisahkan DNA dari komponen-komponen lainnya. Hasil ekstraksi tersebut merupakan tahapan penting  untuk  langkah  berikutnya  dan  harus dilakukan dengan baik dan bebas kontaminasi.
Langkah  utama  dalam  ekstraksi  DNA,  yaitu perusakan  dinding  sel  (lisis),  pemisahan  DNA  dari bahan  padat  seperti  selulosa  dan  protein,  serta pemurnian  DNA.  Melalui  proses  tersebut  DNA dipisahkan  dari  komponen  seluler  lain  seperti protein,  RNA  (Riboksi  nukleat  acid),  dan  lemak. Banyak  metode  yang  digunakan  untuk  mengisolasi DNA,  tergantung  spesimen  yang  akan  dideteksi. Metode  tersebut  pada  dasarnya  memiliki  prinsip yang  sama,  namun  ada  beberapa  hal  tertentu  yang biasanya digunakan modifikasi untuk dapat menghancurkan inhibitor yang ada di dalam masing- masing sumber spesimen (Retnaningati, 2021).
Metode  isolasi  atau ekstraksi DNA  yang tepat merupakan  tahap  yang  penting  dalam  analisis molekuler.  Ekstraksi  DNA  dapat  dilakukan  dengan berbagai  metode,  baik  konvensional  maupun menggunakan kit. Ekstraksi DNA secara konvensional  bisa  dilakukan  antara  lain  dengan metode CTAB ( Cationic Hexadecyl Trimetyl
Ammonium  Bromide )/NaCl  (Mulyani et  al., 2011), metode  SDS  (Green  &  Sambrook,  2012),  dan metode fenol kloroform (Tenriulo et al., 2001).Seiring perkembangan  ilmu  pengetahuan  dan  teknologi, ektraksi  DNA dapat dilakukan menggunakan  kit  dari berbagai merk seperti Qiagen dan Thermo Scientific. Oleh  karena  itu  diperlukan  informasi  perbandingan hasil  isolasi  DNA  dari  berbagai  metode  isolasi sehingga menghasilkan ekstraksi DNA yang baik.

## METODE PENELITIAN

## Waktu dan Tempat
Penelitian  ini  dilaksanakan  pada  Maret hingga Mei 2016 di Laboratorium Biomolekuler Hasil Perikanan,  Departemen  Teknologi  Hasil  Perikanan dan  Laboratorium  Terpadu  Fakultas  Perikanan  dan Ilmu Kelautan, Institut Pertanian Bogor.

## Bahan dan Alat
Bahan  yang  digunakan  yaitu  sampel  ikan gabus,  larutan  CTAB,  Protease  K,  Larutan  PCI, larutan  CIA,  Isopropanol,  etanol,  buffer  TE  pH  8, Buffer  ARL,  Bufer  AL,  larutan  AW  1,  larutan  AW  2, Buffer  AE,  Degradation  Solition ,  RNAse, Lysis Solution ,  etanol  50%,  larutan  WB  1,  larutan  WB  2, Buffer  EB,  Agarose,  akuades, PCR  mix ,  dan cybergreen.

## Tahapan Penelitian
Isolasi  dilakukan  menggunaakan  tiga  metode yaitu metode konvensional menggunakan CTAB dan modern
menggunakan
kit
Qiagen dan
Thermoscientific .  Selanjutnya  dilakukan  pengujian
kemurnian DNA menggunakan nanodrop spektrofotometri dan pengujian menggunakan elektroforesis agarose.
1.      Isolasi DNA dengan metode CTAB Isolasi  DNA  menggunakan  CTAB  mengacu pada  metode  Lipp et  al. (1999)  dengan  modifikasi. Isolasi  DNA  dilakukan  dengan  menimbang  0,1-0,5 mg  sampel  gabus  yang  kemudian  di  gerus  pada mortar,  selanjutnya  sampel  dimasukkan  pada microtube 1,5 mL dan diberi larutan CTAB sebanyak 500  mL.  pada  sampel  kemudian  di  tambahakan protease K sebanyak 14 µL dan diinkubasi selama 2 jam  dengan  suhu  55⁰C.  Sampel  kemudian  di sentrifugasi  selama  10  menit  dengan  kecepatan 13.000 rpm dan di tambahkan larutan PCI sebanyak 500  µL.  sampel  kembali  di  sentrifugasi  selama  5 menit  dengan  kecepatan  13.000  rpm  dan  di  ambil supernatannya. Supernatan sampel kemudian ditambahkan  larutan  CIA    sebanyak  400µL  dan  si sentrifugasi  selama  5  menit  dengan  kecepatan 13.000 rpm, pengulangan sebanyak 1 kali. Supernatan  sampel  ditambahkan  isopropanol  dan dilakukan  presipitasi  selama  satu  malam  dengan suhu  - 4⁰C.    sampel  disentrifugasi  selama  10  menit dengan  kececpatan  13.000  rpm  dan  diambil peletnya.  Pelet  sampel  ditambahkan  dengan  etanol sebanyak  500  µL  dan  kemudian  di  diamkan  selama satu malam hingga sampel kering. Sampel kemudian ditambahkan  dengan  buffer  TE  pH  8.  DNA  ekstrak siap untuk dilakukan pengujian kemurnian.
2.     Isolasi DNA dengan metode Qiagen Isolasi  DNA  menggunakan metode  kit Qiagen dilakukan  dengan  menyiapkan  25  mg  sampel  ikan gabus  yang  kemudian  di  masukkan  ke  dalam microtube dan  di  larutkan  pada  buffer  ARL.  Larutan sampel dihomogenkan dengan vortex dan ditambahkan  enzim  protease  K  sebanyak  20  µL yang  kemudian  divortex  dan  spindown.  Sampel diinkubasi  pada  suhu  56⁰C  hingga  lisis,  kemudian didiamkan  selama  1  menit  pada  suhu  ruang  untuk inaktifasi protease K.
Bufer  AL  ditambahkan  sebanyak  200  µL  dan etanol 96 % sebanyak 200 µL pada sampel. Sampel kemudian  dipindahkan  pada  spin  kolom  dan disentrifugasi  selama  1  menit  dengan  kecepatan 8000  rpm,  selamjutnya  ditambahkan  larutan  AW  1 sebanyak 500 µL dan kembali di sentrifugasi selama 1  menit  dengan  kecepatan  8.000  rpm.  Air  pada collection  tube kemudian  di  buang  dan  digantikan dengan collection tube baru. Pada sampel ditambahkan  larutan  AW  2  kemudian  disenterifus selama  1  menit  dengan  kecepatan  14.000  rpm  dan collection  tube di  buang,  kemudian  bagian  kolom yang  sudah  di  berikan collection  tube baru  kembali disentrifugasi  dengan  kecepatan  12.000rpm  selama 2  menit.  Sampel  kemudian  ditambahkan  bufer  AE sebanyak  150  µL  dan  di  inkubasi  pada  suhu  ruang selama  5  menit,  yang  selanjutnya  di  sentrifugasi pada  kecepatan  8.000  rpm  selama  1  menit.  Cairan pada collection tube merupakan hasil ekstrak DNA.
3.            Isolasi  DNA  dengan  metode Thermo Scientific
Journal of Global Sustainable Agriculture, 4(1):96-100, Desember 2023                                  E-ISSN: 2775-3514 DOI:. https://doi.org/10.32502/jgsa.v4i1.5636 P-ISSN: 2775-3522
Isolasi DNA dengan metode Thermo Scientific dengan  menyiapkan  sampel  20  mg  sampel  yang telah  digerus.  Sampel  dimasukkan  pada microtube 2,5  mL.  sampel  kemudian  dilarutkam  dalam degradatiom  solution  sebanyak  180  µL  dan ditambahkan  protease  K  sebanyak  20µL.  Larutan sampel  diinkunasi  selama  3  jam pada  suhu  56⁰C.
RNAse  sebanyak  20  µL  ditambahkan  pada  sampel dan  dihomogenkan,  kemudian  diinkubasi  selama  10 menit.  200µL solution ditambahkan  pada  sampel, dilanjutkan dengan penambahan 400 µL etanol 50% yang masing-masing dihomogenkan. Larutan sampel dipindahkan  ke  dalam  spin  kolom  yang  selanjutnya disentrifugasi  pada  kecepatan  6000g  selama  1 menit.  Bagian  cairan  dari  sampel  kemudian  di buang,  dan  digantikan  dengan collection  tube yang baru.  Pada  sampel  ditambahkan  larutan  WB1 sebanyak  500  µL  kemudian  disentrifugasi  pada kecepatan 8000 g selama 1 menit, kemudian bagian cairan  dibuang  dan  digantikan  dengan collection tube yang baru. Selanjutnya pada sampel ditambahkan larutan WB 2 dan disentrifugasi dengan kecepatan  12.000  g  selama  3  menit,  kemudian collection tube dibuang dan digantikan dengan  yang baru.  Pada  spin  kolom  sampel  ditambahkan  buffer EB kemudian dihomogenkan dan diiinkubasi selama 2  menit  pada  suhu  ruang.  Sampel  disentrifugasi pada  kecepatan  8.000  g  selama  1  menit.  Cairan pada collection tube merupakan hasil ekstrak DNA.
4. Uji Kemurnian DNA
Cara  kerja  pengujian  kuantitatif  DNA  dengan menggunakan  alat nanodrop spektrofotometer. Kemudian  uji  blanko  dilakukan  menggunakan akuades.  Setelah  itu  dilanjutkan  dengan  menguji isolat  DNA  dengan  cara  meneteskannya  pada tempat sampel sebanyak 1 µL. Kemudian mengukur kemurnian DNA dan baca hasil kemurnian DNA-nya.
5. Uji  Kualitatif  DNA  dengan  PCR  dan Elektroporesis gel Agarose
Sebelum dilakukan
pengujian dengan elektroforesis  agarose,  sampel  DNA  di  amplifikasi terlebih  dahulu  menggunakan  PCR.  Mix  PCR dilakukan  dengan  mencampurkan  ddH2O, Kappa , Primer Forward ,  primer reverse dan  DNA template ke  dalam  1 microtube PCR.  Selanjutnya  dilakukan
amplifikasi dengan kondisi PCR pre d enaturasi 94⁰C selama  3  menit,  dena turasi  94⁰C  selama  45  detik, annealing 54⁰C  selama  1  menit,  ektension  72⁰C selama  1  menit  dan  final  extension  72⁰C  selama  7 menit dan 15⁰C selama 10 menit. Siklus berlangsung sebanyak 35 siklus.

## Analisis Data
Data hasil penelitian dibahas secara deskriptif, disajikan dalam bentuk grafik dan tabel.

## HASIL DAN PEMBAHASAN
DNA  mitokondria  adalah  penanda  genetik yang    sangat  penting    digunakan    dalam mempelajari    evolusi,    kekerabatan,    dan    variasi genetik  pada    berbagai    taxa    hewan  (Kocher  et al., 1989).  Adapun,  isolasi  DNA  memiliki  beberapa tahapan,  yaitu:  (1)  Isolasi  sel;  (2)  Lisis  dinding  dan membran  sel;  (3)  Ekstraksi  dalam  larutan;  (4) Purifikasi; dan (5) Presipitasi.
Dalam  penelitian  ini,  ada  beberapa  metode yang digunakan untuk isolasi DNA ikan, gabus yaitu metode  CTAB  serta  metode  menggunakan  kit ekstraksi  DNA  (Qiagen  dan  Thermoscientific). Beberapa  metode  ini  merupakan  metode  umum yang  digunakan  untuk  isolasi  DNA.  Oleh  karena itu, didalam penelitian ini beberapa metode tersebut diuji tingkat  efektifitasnya  dalam  mengisolasi  DNA  untuk mendapatkan  hasil  yang  terbaik  secara  kuantitas dan  kualitas  DNA  yang  dihasilkan  serta  efisiensi waktu dalam pengerjaannya.
Beberapa metode isolasi DNA yang dilakukan  pada  penelitian  ini  memungkinkan  hasil isolat  DNA  yang  berbeda.  Hal  ini  bergantung  pada efektifitas  metode  tersebut  dalam  menghasilkan isolat  DNA  baik  dari  segi  kualitas  maupun kuantitasnya  serta  efisiensi  waktu  pengerjaan.  Hasil yang  diperoleh  tergantung  pada  teknik  isolasi  yang digunakan  dan  ketelitian  cara  pengerjaan.  Teknik molekuler  bervariasi  dalam  cara  pelaksanaan  untuk mendapatkan data, baik tekniknya maupun tingkatan target  data  yang  diinginkan  sesuai  kemudahan pelaksanaan,  ketersediaan  sumberdaya  manusia, fasilitas, dan dana.

## Tabel 1 Perbandingan hasil uji dengan berbagai metode isolasi DNA
Sampel Konsentrasi Asam Nukleat Unit A260 A280 260/280 260/230 Faktor Metode CTAB Blanko 0,2 ng/µL 0,003 0,006 0,60 -0,25 50,00 1.1 26,7 ng/µL 0,533 0,270 1,98 0,57 50,00 1.2 29,6 ng/µL 0,591 0,301 1,96 0,61 50,00 Metode Qiagen Blanko -0,2 ng/µL -0,004 -0,018 0,23 0,23 50,00 1.1 7,8 ng/µL 0,155 0,095 1,64 1,79 50,00 1.2 8,3 ng/µL 0,165 0,092 1,79 0,67 50,00 Metode Thermoscientific Blanko 0,1 ng/µL 0,001 -0,003 -0,49 -0,10 50,00 1.1 173,6 ng/µL 3,471 1,671 2,08 1,96 50,00 1.2 162,7 ng/µL 3,255 1,575 2,07 1,96 50,00
Journal of Global Sustainable Agriculture, 4(1):96-100, Desember 2023                                  E-ISSN: 2775-3514 DOI:. https://doi.org/10.32502/jgsa.v4i1.5636 P-ISSN: 2775-3522
Hasil kuantifikasi dengan menghitung konsentrasi  dan  tingkat  kemurnian  menggunakan alat  spektrofotometer  nanodrop  dapat  dilihat  pada Tabel  1.  Kemurnian  DNA  dapat  dilihat  dari  rasio absorbansi DNA (A26:A280). Dimana nilai rata-rata kemurnian DNA yang diperoleh dari hasil penelitian ini  berkisar  antara  1,64 –  2,08.  Hasil  isolasi  DNA dikatakan  murni  jika  nilai  rasio  A260  :  A280  antara 1,8  hingga  2.  Apabila  nilai  kemurnian  sampel  di bawah  1,8  disebabkan  oleh  adanya  kontaminasi dari protein atau phenol (Green & Sambrook, 2012).
Berdasarkan standar diatas, hasil penelitian menunjukkan  bahwa  sampel  DNA  hasil  isolasi dengan  metode  CTAB  (1,98  dan  1,96)  merupakan isolat  DNA  murni.  Hal  ini  sejalan  dengan  penelitian Setiaputri  et  al.  (2020)yang  menemukan  bahwa konsentrasi  kemurnian  DNA  beberapa  produk  hasil perikanan  yg  diisolasi  dengan  metode  CTAB  lebih tinggi
jika
dibandingkan
dengan
isolasi menggunakan  kit Qiagen .  Metode  isolasi  ini menggunakan  CTAB  sebagai  bufer  lisis  yang berperan untuk memecah membran sel inang untuk mengeluarkan DNA genom. Pada tahap  pemurnian DNA  dilakukan  penambahan  phenol  :  kloroform  : isoamil  alkohol  (P:C:I)  yang  berfungsi  untuk menghilangkan  senyawa-senyawa  yang  dapat mengkontaminasi DNA.
Tabel 1 juga menunjukkan hasil pengukuran  konsentrasi  DNA  yang  berkisar  antara 7,8 –  173,6  ng/µL.  Perbedaan  konsentrasi  DNA yang  diperoleh  pada  masing-masing  sampel  dapat ditentukan oleh perlakuan fisik yang diberikan serta kemampuan  buffer  ekstraksi  dalam  memecah  sel. Proses perusakan sel secara fisik dengan penggerusan sampel yang sempurna dapat mempermudah buffer  ekstraksi dalam  memecah sel.  Disamping  itu ,  buffer  ekstraksi yang  digunakan dapat menentukan konsentrasi DNA yang dihasilkan.
Hasil penelitian menunjukkan bahwa metode  CTAB  merupakan  metode  terbaik.  Hal  ini
dibuktikan  dengan  penggunaan  CTAB  2%  sebagai buffer  ekstraksi  telah  mampu  memecah  sel  dan menghasilkan DNA yang berkualitas baik ditunjukkan  dengan  adanya  pita  DNA  genom  yang sesuai dengan target (Gambar 1).
Gambar 1. Visualisasi UV hasil elektroforesis DNA ikan gabus (Keterangan: M= marker; C= metode CTAB; Q= metode Qiagen; T= metode Thermoscientific)
Hasil  isolasi  genom  dijadikan  sebagai  DNA template  untuk  proses  PCR  ( Polymerase  Chain Reaction ).  Identifikasi  gen  cytochrome  c  oxidase  I (COI)  dapat  digunakan  sebagai  dasar  pembeda antar  spesies.  Sekuen  gen  CO1  mempunyai  sifat- sifat  yang  memenuhi  persyaratan  untuk  digunakan dalam  menentukan  suatu  spesies  pada  hampir semua  hewan,  terutama  pada  bagian  ujung  5’  gen dengan ukuran sekitar 700 bp (Hebert et al., 2003). Hasil identifikasi gen COI dengan PCR divisualisasikan  dengan  elektroforesis.  Gambar  1 menunjukkan  bahwa  gen  COI  pada  metode  CTAB berhasil  diamplifikasi  dan  teramati  dengan  ukuran 700 bp.
Tabel 2  Perbandingan efektifitas metode isolasi DNA
No. Metode Efektifitas metode isolasi DNA Efesiensi waktu Konsentrasi DNA Kemurnian DNA Amplifikasi Biaya 1. CTAB + ++ +++ +++ ++ 2. Kit ekstraksi DNA dengan Qiagen +++ + + ++ + 3. Kit ekstraksi DNA dengan Thermoscientific ++ +++ ++ + +
Keterangan: + : Kurang baik
++
: Baik
+++ : Sangat baik
Isolasi  DNA  genom  ikan  gabus  dengan menggunakan  beberapa  metode  isolasi  DNA menunjukkan  hasil  yang  berbeda  baik  dari  segi kuantitas  maupun  kualitas  DNA  yang  dihasilkan. Perbandingan isolasi DNA dapat dilihat ada Tabel 2.
Berdasarkan  Tabel  2  maka  metode  yang  paling sensitif  dalam  mengisolasi  DNA  genom  ikan  gabus adalah metode CTAB. Karena metode ini menghasilkan  nilai  kemurnian  yang  sesuai  dengan standar  dan  konsentrasi  DNA  yang  baik.  Namun
Journal of Global Sustainable Agriculture, 4(1):96-100, Desember 2023                                  E-ISSN: 2775-3514 DOI:. https://doi.org/10.32502/jgsa.v4i1.5636 P-ISSN: 2775-3522
metode ini, kurang efektif dan efisien dari segi waktu dan cara pengerjaannya.

## KESIMPULAN
Metode  isolasi  DNA  yang  menghasilkan kualitas  DNA  yang  terbaik  berdasarkan  pengujian kualititas  (konsentrasi  DNA)  dan  efisiensi  yaitu metode isolasi dengan menggunakan CTAB
( Cationic Hexadecyl Trimetyl Ammonium Bromide ).

## DAFTAR PUSTAKA
Fitriya,  R.  T.,  Ibrahim,  M.,  Lisdiana,  L.,  Biologi,  J., Matematika,  F.,  Pengetahuan,  I.,  Universitas, A.,  &  Surabaya,  N.  (2015).  Keefektifan Metode Isolasi DNA  Kit  dan CTAB/NaCl  yang Dimodifikasi pada Staphylococcus aureus dan Shigella  dysentriae. LenteraBio , 4 (1),  87 –92. http://ejournal.unesa.ac.id/index.php/lenterabi o
Green,  M.  R.,  &  Sambrook,  J.  (2012). Molecular Cloning  This  is  a  free  sample  of  content  from Molecular  Cloning:  A  Laboratory  Manual,  4th edition.  Click  here  for  more  information  or  to buy  the  book (4th  ed.).  Cold  Spring  harbor Laboratory Press. www.cshlpress.org
Hebert,  P.  D.  N.,  Cywinska,  A.,  Ball,  S.  L.,  & deWaard, J. R. (2003). Biological identifications through DNA barcodes.
Proceedings  of  the  Royal  Society  of  London. Series  B:  Biological  Sciences , 270 (1512), 313 –321.
https://doi.org/10.1098/rspb.2002.2218
Karp,  A.,  Kresovich,  S.,  Bhat,  K.  V.,  Ayad, W.  G.,  & Dodgkin,  T.  (1997). Molecular  tools  in  plant genetic resources conservation : a guide to the technologies . IPGRI.
Kocher,  T.  D.,  Thomas, W.  K.,  Meyer,  A.,  Edwards,
S.  V,  Pääbo,  S.,  Villablanca,  F.  X.,  &  Wilson, A.  C.  (1989).  Dynamics  of  mitochondrial  DNA evolution in animals: amplification and sequencing with
conserved
primers.
Proceedings  of  the  National  Academy  of
Sciences , 86 (16), 6196 –6200.
https://doi.org/10.1073/pnas.86.16.6196
Lipp,  M.,  Brodmann,  P.,  Pietsch,  K.,  Pauwels,  J.,
Anklam, E., Börchers, T., Braunschweiger, G., Busch,  U.,  Eklund,  E.,  Eriksen,  F.  D.,  Fagan, J.,  Fellinger,  A.,  Gaugitsch,  H.,  Hayes,  D., Hertel, C., Hörtner, H., Joudrier, P., Kruse, L., Meyer,  R.,  …  &  Wurtz,  A.  (1999).  IUPAC collaborative  trial  study  of  a  method  to  detect genetically  modified  soy  beans  and  maize  in dried  powder. Journal  of  AOAC  International , 82 (4), 923 –928.
Mulyani,  Y.,  Purwanto,  A.,  &  Nurruhwati,  I.  (2011). PERBANDINGAN BEBERAPA METODE ISOLASI  DNA  UNTUK  DETEKSI  DINI  KOI HERPES  VIRUS  (KHV)  PADA  IKAN  MAS (Cyprinus carpio L.). Jurnal Akuatika , 8 (11), 1 – 16.
Retnaningati,  D.  (2021).  Optimasi  Metode  Ekstraksi
DNA pada Melon (Cucumis melo L.) Berdasarkan  Suhu,  Lama  Inkubasi,  dan
Kondisi  Daun. Biota :  Jurnal  Ilmiah  Ilmu-Ilmu
Hayati , 109 –114. https://doi.org/10.24002/biota.v5i2.4096
Setiaputri,  A.  A.,  Rohmad  Barokah,  G.,  Alsere,  M., Sahaba,  B.,  Arbajayanti,  R.  D.,  Fabella,  N., Pertiwi,  R.  M.,  Nurilmala,  M.,  Nugraha,  R.,  & Abdullah,  A.  (2020).  Perbandingan  metode isolasi DNA pada produk perikanan segar dan olahan. JPHPI 2020 , 23 (3), 447 –458. Sulthoniyah, S. T. M., Sulistiyati, T. D., & Suprayitno, E.  (2013).  Pengaruh  Suhu  Pengukusan Terhadap  Kandungan  Gizi  dan  Organoleptik Abon  Ikan  Gabus  (Ophiocephalus  striatus). THPi Student Journal , I (I), 33 –35.
Tenriulo,  A.,  Suryati,  E.,  Parenrengi,  A.,  &  Rosmiat, dan.  (2001).  EKSTRAKSI  DNA  RUMPUT LAUT Kappaphycus alvarezii DENGAN METODE  FENOL  KLOROFORM*). Jurusan Kimia FMIPA , 2 (2), 6 –10.