ISSN: 1907-9931 (print), 2476-9991 (online)

## ISOLASI DAN IDENTIFIKASI MOLEKULER BAKTERI RHIZOSFER DARI SEDIMEN MANGROVE JENIS RHIZOPORA SP. DI EKOSISTEM MANGROVE TAPAK, SEMARANG
ISOLATION AND MOLECULAR IDENTIFICATION OF RHIZOSPHERE BACTERIA FROM RHIZOPORA SP. MANGROVE SEDIMENTS IN THE TAPAK MANGROVE ECOSYSTEM,

## SEMARANG
Siti Dinda Chrisnawati 1 , Aninditia Sabdaningsih 1,2,3 *, Oktavianto Eko Jati 2,3 & Diah Ayuningrum 2
1 Program Studi Manajemen Sumber Daya Perairan, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, Universitas Diponegoro, Jalan Prof. Soedarto No. 13, Tembalang, Kec. Tembalang, Kota Semarang, Jawa Tengah, 50275
2 Departemen Sumber Daya Akuatik, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, Universitas Diponegoro, Jalan Prof. Soedarto No. 13, Tembalang, Kec. Tembalang, Kota Semarang, Jawa Tengah, 50275 3 Laboratorium Pengelolaan Sumber Daya Ikan dan Lingkungan, Universitas Diponegoro, Jalan Prof.
Soedarto No. 13, Tembalang, Kec. Tembalang, Kota Semarang, Jawa Tengah, 50275
*Corresponden author email: aninditiasabdaningsih@live.undip.ac.id
Submitted: 02 August 2022 / Revised: 02 August 2023 / Accepted: 05 August 2023 http://doi.org/10.21107/jk.v16i2.15952

## ABSTRAK
Ekosistem  mangrove  merupakan  ekosistem  yang  memiliki  tingkat  kesuburan  lebih  tinggi dibandingkan  dengan  yang  lainnya  karena  lokasinya  yang  masih  dipengaruhi  pasang  surut  air  laut. Kesuburan  tersebut  juga  dipengaruhi  oleh  tingginya  unsur  hara  yang  terkandung  dalam  sedimen khususnya  rhizosfer  atau  sedimen  yang  berada  di  area  sistem  perakaran.  Hal  tersebut  juga mendukung  adanya  pertumbuhan  bakteri.  Bakteri  yang  hidup  di  rhizosfer  disebut  dengan  bakteri rhizosfer  yang  memiliki  peranan  penting  dalam  siklus  biogeokimia  sehingga  dapat  mengontrol lingkungan  kimiawi  mangrove. Tujuan  dari  penelitian  ini  yaitu  untuk  mengetahui  isolat  dan  jenis  dari bakteri  rhizosfer  yang  didapatkan.  Pengambilan  sampel  dilakukan  di  ekosistem  mangrove  Tapak pada November 2021 dan analisis sampelnya dilakukan pada bulan November 2021 – Februari 2022. Penelitian  ini  menggunakan  pendekatan  eksploratif.  Sampel  sedimen  diambil  pada  3  stasiun menggunakan sediment core. Sampel sedimen kemudian diisolasi pada media GSP dan nutrient agar untuk  mendapatkan  isolat  murni.  Sebanyak  19  isolat  diperoleh  dengan  9  isolat  Gram  positif  dan  10 isolat  Gram  negatif,  seluruh  bentuk  sel  yang  didapatkan  adalah  basil.  Isolat  TC.1c  dilakukan identifikasi  molekuler  menggunakan  primer  universal  27F  dan  1492R  dengan  amplifikasi  gen  16S rRNA. Hasil identifikasi menunjukkan bahwa isolat TC.1c merupakan Bacillus mycoides yang memiliki potensi dalam mendegradasi bahan organic dan berperan dalam siklus denitrifikasi.

## Kata kunci: Mangrove, PCR, Rhizosfer, Sedimen

## ABSTRACT
The  mangrove  ecosystem  is  an  ecosystem  that  has  a  higher  fertility  level  compared  to  others because of its location, which is still influenced by the tides of seawater. This fertility is also influenced by  the  high  nutrient  content  contained  in  sediments,  especially  in  the  rhizosphere  or  sediments  that are present in the root system area. This also supports the growth of bacteria. Bacteria that live in the rhizosphere  are  called  rhizosphere  bacteria,  which  plays  an  important  role  in  the  biogeochemical cycle,  thus  being  able  to  control  the  chemical  environment  of  the  mangrove.  The  objective  of  this study  was  to  determined  the  isolates  and  types  of  rhizosphere  bacteria  obtained.  Sampling  was conducted in the Tapak mangrove ecosystem On November 2021, and sample analysis was carried out  from  November  2021  to  February  2022.  This  study  utilized  an  exploratory  approach.  Sediment samples were taken at 3 stations using a sediment core. The sediment samples were then isolated on GSP  and  nutrient  agar  media  to  obtain  pure  isolates.  A  total  of  19  isolates  were  obtained,  with  9
Gram-positive  isolates  and  10  Gram-negative  isolates,  and  all  the  cell  forms  obtained  were  bacilli. Isolate TC.1c was molecularly identified using the universal primers 27F and 1492R with amplification of the 16S rRNA gene. The identification results indicate that the TC.1c isolate is Bacillus mycoides, which has the potential for degrading organic matter and plays a role in the denitrification cycle.

## Keywords: Mangrove, PCR, Rhizosphere, Sediment

## PENDAHULUAN
Ekosistem  mangrove  merupakan  ekosistem yang sangat kompleks dikarenakan wilayahnya  berada  di  daerah  peralihan  antara perairan  tawar  dengan  perairan  asin  yang masih  dipengaruhi  oleh  pasang  surut  air  laut. Hal  tersebut  dapat  dilihat  juga  dari  hubungan timbal  balik  antar  hewan,  tumbuhan  dan lingkungannya  (Eddy et  al., 2019),  selain  itu juga  dari  keadaan  lingkungan  yang  berubah- ubah sesuai dengan musim dan gradien ruang (seperti  perubahan  salinitas,  siklus  pasang- surut,  anoksia  sedimen,  dan  ketidakstabilan tanah)  (Capdeville et  al .,  2019)  Ekosistem mangrove  juga  dikenal  dengan  ekosistem yang  memiliki  tingkat  produktivitas  perairan yang  lebih  tinggi  jika  dibandingkan  dengan ekosistem  yang  berada  di  wilayah  pesisir lainnya (Eddy et al ., 2015). Hal tersebut sesuai dengan  kondisi  ekosistem  mangrove  yang berada di Desa Tapak, Kecamatan Tugu, Kota Semarang.
Ekosistem  mangrove  di  Tapak  merupakan salah  satu  ekosistem  yang  dijadikan  sebagai tempat  edu-wisata  yang  berlokasikan  di sepanjang  sungai  Tapak,  Semarang  dan dikelilingi oleh tambak tradisonal ikan bandeng dan  udang.  Lokasinya  yang  berada  di sepanjang  sungai  Tapak  ini  menyebabkan akses  jalan  hanya  bisa  dilalui  oleh  perahu, dimana  hal  tersebut  menyebabkan  ekosistem mangrove  ini  berpotensi  mendapat  pengaruh dari limbah bahan bakar perahu (solar). Selain itu,  sungai  Tapak  juga  merupakan  tempat yang  diduga  sebagai  pembuangan  limbah industri, salah satunya yaitu dari pabrik sabun (Afif et  al .,  2014).  Letak  dan  kondisi  tersebut merupakan faktor yang menyebabkan kandungan bahan organik dan bahan anorganik di ekosistem mangrove Tapak tinggi yang  membuatnya  kaya  akan  unsur  hara terutama  pada  sedimen.  Unsur  hara  yang tinggi dapat dikatakan subur untuk pertumbuhan  makro  dan  mikro  organisme  air payau.  Keberagaman  mikroba  di  ekosistem mangrove  disebabkan  oleh  letak  geografis, pH,  suhu,  salinitas,  kelembapan  dan  nutrisi yang  berbeda  pada  setiap  daerah  (Xu et  al ., 2014).  Keberagaman  komunitas  mikroba  juga sangat tinggi di sedimen mangrove (Capdeville et al., 2019).
Sedimen merupakan padatan yang terdiri atas batuan-batuan  melalui  proses  fisika  kimia. Area  sedimen  yang  letaknya  berada  di  sistem perakaran  tanaman  disebut  dengan  rhizosfer. Luas  dari  area  rhizosfer  ini  berdasarkan cakupan  luas  area  yang  masih  terpengaruh oleh sistem perakaran tersebut. Aktivitas yang berada  di  rhizosfer  mangrove  mengakibatkan tingginya  produktivitas  ekosistem  mangrove (Zhang et  al., 2017).  Tingginya  produktivitas tersebut menjadi pendukung adanya kehidupan  mikroba  di  dalamnya.  Berbagai bakteri  tumbuh  di  area  rhizosfer  dan  juga rhizoplane (permukaan  perakaran)  (Sari, 2015). Bakteri yang hidup di sekitar perakaran mangrove  disebut  dengan  bakteri  rhizosfer (Saputri et al ., 2021).
Terdapat  beberapa  kelompok  bakteri  yang hidup  di  rhizosfer  antara  lain  yaitu,  bakteri penambat  nitrogen,  bakteri  pelarut  fosfat, bakteri  pelarut  sulfur,  bakteri anoxygenic fotosintesis,  bakteri  metanogenik  dan  bakteri produksi  enzim.  Jenis  bakteri  yang  hidup  di rhizosfer  yaitu Pseudomonas sp, Bacillus sp, Vibrio sp dan Acinetobacter sp. Bakteri-bakteri tersebut memiliki peranan yang sangat penting dalam proses dekomposisi dan siklus biogeokimia  pada  sedimen  mangrove,  serta sebagai  penyangga  kehidupan  di  ekosistem mangrove.  Komunitas  bakteri  memiliki  peran penting  di  ekosistem  mangrove  dalam  siklus biogeokimia  (karbon,  nitrogen,  belerang  dan fosfor)  sehingga  dapat  mengontrol  lingkungan kimiawi mangrove (Thatoi et al., 2013).
Informasi  mengenai  bakteri  dan  potensinya dapat  diketahui  dengan  cara  melakukan identifikasi bakteri. Identifikasi molekuler bakteri merupakan suatu cara mengidentifikasi bakteri  menggunakan  materi  genetik  yang dimiliki  bakteri.  Identifikasi  molekuler  bakteri dianggap  lebih  akurat  jika  dibandingkan dengan  identifikasi  menggunakan  uji  biokimia, karena  tidak  dipengaruhi  oleh  faktor  internal seperti  tahap  pertumbuhan  maupun  faktor eksternal seperti lingkungan tempat tumbuhnya  (Sogandi,  2018).  Salah  satu  cara identifikasi  bakteri  secara  molekuler  yaitu melalui  amplifikasi  gen  16S  rRNA.  Gen  16S rRNA  ada  pada  setiap  bakteri  dan  memiliki variasi  yang  cukup  untuk  membedakan spesies bakteri dan memiliki bagian

## Chrisnawati et al., Isolasi dan Identifikasi Molekuler Bakteri
terkonservasi ( conserved ) (Sune et alI., 2020). Gen  16S  rRNA  ini  memiliki  panjang  urutan basa  yang  berkisar  1.550  bp  (Noer,  2021). Dalam  metode  ini,  fragmen  gen  16S  rRNA diekspos  dari  sampel  bakteri  dan  kemudian direplikasi  secara  eksponensial  menggunakan reaksi  PCR  (Polymerase  Chain  Reaction). Hasil PCR kemudian diamati dan dibandingkan dengan basis data genetik untuk mengidentifikasi bakteri dengan akurasi tinggi. GenBank merupakan penyimpanan data nukleotida terbesar, memiliki lebih dari 20 juta sekuen  yang  disimpan,  di  mana  lebih  dari 90.000  merupakan  sekuen  gen  16S  rRNA (Akram et al., 2017). Keuntungan dari metode PCR  yaitu  prosesnya  yang  cepat  namun memiliki  keakuratan  yang  tinggi  (Akihary  dan Kolondam, 2020).
Tujuan dari penelitian ini yaitu untuk mengetahui  isolat  dan  jenis  dari  bakteri rhizosfer  di  Ekosistem  Mangrove  Tapak, Semarang  melalui  amplifikasi  Gen  16S  rRNA serta  menjelajahi  potensi  dari  bakteri  yang ditemukan  untuk  penelitian  lanjutan  dan mendalam  mengenai  ekologi  mikroba  di ekosistem mangrove.

## BAHAN DAN METODE

## Waktu dan Tempat
Penelitian ini dilaksanakan pada bulan November  2021  sampai  Februari  2022.
Pengambilan sampel berlokasikan di
Ekosistem Mangrove Tapak, Semarang ( Gambar  1 ).  Isolasi  dan  identifikasi  bakteri dilakukan  di  Laboratorium Tropical  Marine Biotechnology ,  Fakultas  Perikanan  dan  Ilmu Kelautan, Universitas Diponegoro.

## Pengambilan Sampel
Pengambilan sampel dilakukan secara purposive sampling dengan metode composite sampling . Sampel diambil pada sedimen yang berada  di  sekitar  rizosfer  mangrove  (10-20 cm)  menggunakan coring (Saputri et  al .,
2021). Sampel diambil pada 3 stasiun dengan pengulangan  sebanyak  3  kali  di  mangrove jenis Rhizopora mucronata , mangrove jenis ini sangat  umum  dan  melimpah  di  ekosistem mangrove  khususnya  di  Indonesia.  Oleh karena  itu,  penelitian  ini  akan  memberikan informasi  tentang  keanekaragaman  hayati mikroba  di  ekosistem  mangrove  dengan  jenis Rhizopora  mucronata Stasiun  1  berada  di dekat  dermaga,  stasiun  2  berada  di  dekat lokasi  pembibitan  mangrove  dan  stasiun  3 berada di dekat muara ( Gambar 1 ). Pemilihan lokasi  ini  berdasarkan  asupan  kandungan organik dan anorganik yang dapat mempengaruhi kelimpahan bakteri. Selanjutnya, sampel dikompositkan dan disimpan dalam plastik zipper steril. Parameter lingkungan  yang  diukur  meliputi  pH  dan salinitas.
Gambar 1 . Lokasi Penelitian dan Stasiun Pengambilan Sampel Sedimen Rhizosfer

## Isolasi Bakteri
Isolasi bakteri dilakukan dengan
menggunakan  metode  tuang  ( pour  plate ).
Sampel  sedimen  terlebih  dahulu  dilakukan pengenceran 10 -1 hingga 10 -3 , dengan menimbang  1  gr  sampel  sedimen  dan masukkan ke dalam tabung reaksi berisi 9 mL
aquades steril lalu homogenkan. Hasil pengenceran kemudian diambil masing- masing  1000  µL  dan  masukkan  ke  dalam cawan petri. Tuangkan media GSP ( Glutamate Strach  Phenol )  ke  dalam  cawan  petri  lalu homogenkan.  Inkubasi  pada  suhu  32°C selama  ±48  jam  (Hamzah et  al .,  2017).  Isolat yang didapatkan kemudian dipurifikasi sebanyak  2-3x  untuk  mendapatkan  isolat bakteri  yang  murni  di  media nutrient  agar (NA).

## Pewarnaan Gram
Pewarnaan  Gram  dilakukan  menggunakan Gram  Stains-Kit  dari  Himedia.  Pertama, teteskan  aquades  sebanyak  1  tetes  pada slides  glass ,  kemudian  oleskan  isolat  bakteri dan keringkan diatas api bunsen, lalu teteskan Gram A dan tunggu 1 menit. Bilas menggunakan air mengalir, kemudian teteskan Gram B dan tunggu 1 menit lalu bilas menggunakan air mengalir. Setelahnya, teteskan  Gram  C  hingga  warna  menghilang. Terakhir, teteskan Gram D dan tunggu 1 menit kemudian  bilas  menggunakan  air  mengalir. Isolat  bakteri  kemudian  dapat  diamati  pada mikroskop  dengan  perbesaran  1000x.  Bakteri yang  merupakan  Gram  positif  akan  berwarna ungu dan bakteri Gram negatif akan berwarna merah (Ibrahim et al., 2017).

## Identifikasi Molekuler
Identifikasi  molekuler  dilakukan  agar  dapat mengetahui  spesies  dari  bakteri  rhizosfer. Isolat  bakteri  terpilih  dilakukan  ekstraksi  DNA
menggunakan metode chelex . Tahap selanjutnya  yaitu  dapat  diamplifikasi  gen  16S rRNA  dengan  PCR  (Arfarita et  al .,  2019).
Proses PCR dilakukan
dengan mencampurkan  2µl  DNA template dan mix PCR  dengan  komposisi  (1µl  Primer  27F,  1µl Primer 1492R, 12,5µl My Taq Green dan 8,5µl ddH 2 O).  Proses  selanjutnya  yaitu  menguji hasil  amplifikasinya  dengan  elektroforesis menggunakan gel agarose 1% untuk mengetahui  panjang  pitanya.  Produk  hasil PCR  kemudian  dikirimkan  ke  PT.  Genetika Science  untuk  menentukan  sekuens  gen  16S rRNA yang kemudian dapat dianalisis menggunakan software MEGA 11.

## HASIL DAN PEMBAHASAN
Sampel  sedimen  diambil  dari  ekosistem mangrove  yang  berlokasikan  di  Desa  Tapak, Kelurahan  Tugurejo,  Kecamatan  Tugu,  Kota Semarang.  Ekosistem tersebut  ditumbuhi  oleh 3  jenis  mangrove  yaitu Rhizopora sp. , Avicennia sp. dan Bruguiera sp.  Sampel sedimen  yang  diambil  merupakan  jenis sedimen  rhizosfer  yaitu  sedimen  yang  berada di  dekat  perakaran  pohon  mangrove  jenis Rhizopora  mucronata dengan  karakteristik sedimen  berlumpur  dan  memiliki  warna  hitam. Lingkungan  ekosistem  mangrove  tersebut tergolong  masam  yaitu  dengan  rata-rata  pH tanah  berkisar  5,51 –  5,84  dan  rata-rata salinitasnya  berkisar  20,90 –  27,45‰  yang tergolong normal untuk perairan payau ( Tabel 1 ).  Menurut  Afrina et  al .  (2020),  nilai  salinitas pada  perairan  payau  berkisar  antara  0,5 – 30‰.
Tabel 1 . Hasil Pengamatan Parameter Lingkungan Stasiun Titik Pengulangan pH Salinitas (‰) A 1 5,52 30,33 2 5,49 29,33 3 5,78 22,7 X̅ 5,60 27,45 B 1 5,67 27 2 5,71 25,70 3 5,80 27 X̅ 5,73 26,57 C 1 5,66 20,33 2 5,94 22 3 5,93 21,33 X̅ 5,84 21,22
Keterangan: Stasiun A= dekat dengan dermaga, Stasiun B= dekat dengan lokasi pembibitan, Stasiun C= dekat dengan muara.
Hasil  isolasi  bakteri  didapatkan  19  isolat bakteri  murni  yang  berasal  dari  bakteri  yang tumbuh di GSP dan dipindahkan ke media NA
berdasarkan  karakteristik  morfologi  yang berbeda.  Hasil  pengamatan  morfologi  dapat dilihat pada Tabel 2 yang menunjukkan bahwa
sebagian  besar  isolat  bakteri  memiliki  bentuk koloni  bulat  dengan  tepian  rata  dan  beberapa memiliki  bentuk  seperti  akar  belukar  atau rhizoid ,  warna  yang  dihasilkan  oleh  koloni bakteri  tersebut  didominasi  oleh  warna  putih
gading.  Menurut  Hidayat  (2006),  faktor-faktor yang  mempengaruhi  bentuk  dari  koloni  suatu bakteri  yaitu  umur  dan  syarat  pertumbuhan tertentu  seperti  faktor  lingkungan,  makanan (media pertumbuhan) dan suhu.
Tabel 2 . Karakteristik Morfologi Bakteri
No Kode Sampel Warna Isolat Bentuk Margin Elevasi 1 TA.1a Putih gading Circular Entire Convex 2 TA.1b Putih kuning pucat Circular Entire Pulvinate 3 TA.2a Putih gading Circular Entire Convex 4 TA.2b Putih kuning pucat Circular Entire Convex 5 TA.3a Putih gading Irregular Undulate Umbonate 6 TA.3b Putih gading Circular Entire Convex 7 TB.1a Putih gading Circular Entire Convex 8 TB.1b Putih gading Circular Entire Convex 9 TB.2a Putih gading Irregular Curled Convex 10 TB.2b Putih kuning pucat Rhizoid Rhizoid Flat 11 TB.3a Putih gading Circular Entire Convex 12 TC.1a Putih gading Irregular Lobate Flat 13 TC.1b Putih gading Filamentous Filamentous Raised 14 TC.1c Kuning Rhizoid Rhizoid Flat 15 TC.1d Putih kuning pucat Circular Entire Convex 16 TC.2a Putih kuning pucat Circular Entire Convex 17 TC.2b Putih kuning pucat Circular Entire Convex 18 TC.3a Putih kuning pucat Circular Entire Pulvinate 19 TC.3b Putih kuning pucat Circular Entire Umbonate
Keterangan: T = Tapak, A/B/C/D = Stasiun, 1/2/3 = Seri pengenceran, a/b = koloni bakteri
Hasil  pewarnaan  Gram  dapat  dilihat  pada Tabel  3 yang  menunjukkan  bahwa  terdapat  9 isolat  bakteri  dengan  Gram  positif  dan  10 isolat  bakteri  dengan  Gram  negatif.  Bakteri Gram positif akan terlihat berwarna ungu pada mikroskop dikarenakan memiliki lapisan peptidoglikan  yang  tebal.  Lapisan  tersebut yang mampu mengikat zat warna kristal violet, sehingga  menjadikannya  berwarna  ungu. Sedangkan  bakteri  Gram  negatif  akan  terlihat
berwarna  merah  pada  mikroskop  karena lapisan  peptidoglikan  yang  tipis  sehingga kemampuan  mengikat  zat  warna  kristal  violet kurang. Ukuran ketebalan dari lapisan peptidoglikan yang dimiliki bakteri Gram positif yaitu  20 –  80  nm,  sedangkan  ukuran ketebalan  lapisan  peptidoglikan  yang  dimiliki bakteri  Gram  negatif  yaitu  5 –  10  nm  dengan komposisi  utama  yaitu  lipoprotein,  membran luar dan polisakarida (Holderman et al ., 2017).
Tabel 3 . Hasil Pewarnaan Gram No Kode Sampel Hasil Pewarnaan Gram Bentuk Sel 1 TA.1a Ungu Positif Basil 2 TA.1b Merah Negatif Basil 3 TA.2a Ungu Positif Basil 4 TA.2b Merah Negatif Basil 5 TA.3a Ungu Positif Basil 6 TA.3b Ungu Positif Basil 7 TB.1a Ungu Positif Basil 8 TB.1b Merah Negatif Basil 9 TB.2a Ungu Positif Basil 10 TB.2b Merah Negatif Basil 11 TB.3a Ungu Positif Basil 12 TC.1a Merah Negatif Basil 13 TC.1b Ungu Positif Basil 14 TC.1c Ungu Positif Basil 15 TC.1d Merah Negatif Basil 16 TC.2a Merah Negatif Basil 17 TC.2b Merah Negatif Basil 18 TC.3a Merah Negatif Basil 19 TC.3b Merah Negatif Basil Keterangan: T = Tapak, A/B/C/D = Stasiun, 1/2/3 = Seri pengenceran, a/b = koloni bakteri
Gambar 2 . Isolat Bakteri Murni TC.1c dan Hasil Pewarnaan Gram
Satu  dari  19  isolat  bakteri  murni  dilakukan identifikasi  molekuler,  yaitu  isolat  TC.1c ( Gambar  2 ).  Identifikasi  molekuler  bakteri menggunakan  metode  PCR  dengan  primer universal  27F  dan  1492R  melalui  amplifikasi gen  16S  rRNA  dengan  target  1500  bp ( basepair )  ( Gambar  3 ).  Hasil  dari  rangkaian identifikasi  molekuler  yaitu  sekumpulan  urutan asam  nukleat  atau  sekuens  DNA.  Sekuens DNA tersebut kemudian dilakukan penyejajaran  di software MEGA  11  dan dilakukan  penelusuran  BLAST.  Hasil  yang diperoleh  dari  penelusuran  BLAST  dapat
dilihat  pada Tabel  4 .  Berdasarkan  tabel tersebut  diketahui  bahwa  isolat  bakteri  TC.1c memiliki  tingkat  kekerabatan  terdekat  dengan Bacillus  mycoides dengan percent  identity 100%.  Menurut  Stackebrandt  dan  Goebel (1994),  bakteri  dikatakan  berada  dalam kelompok  genus  yang  ada  di  GenBank  jika memiliki  tingkat  kesamaan  sekuen  gen  16S rRNA  dengan  persentase  97-99%.  Apabila nilai  tersebut  kurang  dari  97%  maka  bakteri tersebut  diduga  bakteri  dengan  spesies  baru atau berbeda genus.
Gambar 3 . Hasil Gel Photo Isolat TC.1c
Tabel 4 . Hasil BLAST
Kode Sampel Kekerabatan Terdekat Query Cover (%) E-Value Percent Identity (%) Access Number TC.1c Bacillus mycoides 100 0.0 100 MT509769.1
Bacillus  mycoides yang  diperoleh  dari  isolat bakteri  TC.1c  diambil  pada  sedimen  rhizosfer ekosistem mangrove jenis Rhizopora mucronata yang  berada  di  dekat  muara  dan
lokasinya  juga  berdekatan  dengan  tambak tradisional  udang. B.  mycoides memiliki karakteristik  morfologi  yaitu  bentuk  koloni rhizoid menyerupai akar belukar, tepian rhizoid
1.500 bp TC.1c
dan  memiliki  warna  kuning.  Menurut  Andriani et  al .  (2017),  koloni  dari B.  mycoides yang diamati  terlihat  memiliki  tekstur  yang  kasar dan  di  sekitar  koloni  terdapat  benang-benang halus. B.  mycoides merupakan  bakteri  gram positif  dengan  bentuk  sel  yaitu  basil.  Menurut Yahya et  al .  (2014),  diameter  sel B.  mycoides yaitu 3,0 – 4,5 µm dan memiliki sel tunggal. B. mycoides merupakan  bakteri  bersifat  aerobik yang  dapat  ditemukan  pada  sedimen,  dan umumnya  ditemukan  di  sedimen  yang  dekat dengan muara.
B. mycoides memiliki potensi dalam mendegradasi bahan organik yang terkandung dalam  sedimen.  Hal  tersebut  diungkap  pada hasil  penelitian  Jayamiharja  (2012)  yang menyebutkan  bahwa B.  mycoides berperan dalam mendegrasi Total organic matter (TOM) dan  ammonia  pada  sedimen  tambak  udang. Hasil penelitian Ernawati (2010) juga mengatakan  bahwa B.  mycoides mampu menghasilkan  enzim  yang  dapat  mereduksi nitrat dan methylene blue . Hasil tersebut dapat dikatakan  bahwa B.  mycoides merupakan bakteri yang berperan dalam siklus denitrifikasi.  Hal  tersebut  sesuai  dengan  hasil penelitian  Dlamini et  al., (2022)  yang menyatakan  bahwa B.  mycoides merupakan jenis bakteri yang berperan dalam mendegradasi berbagai jenis polutan. Spesies ini menunjukkan kemampuan denitrifikasi yang menjajikan, karena mampu mencapai efisiensi penghilangan  ammonia  dan  nitrat  masing- masing  sebesar  12,30%  dan  40,80%.  Hal tersebut sangat bermanfaat bagi biota maupun tumbuhan  karena  sifat  dari  ammonia  yaitu beracun.

## KESIMPULAN DAN SARAN
Sebanyak  19  isolat  bakteri  rhizosfer  yang diperoleh  dari  ekosistem  mangrove  di  Tapak, Semarang,  9  isolat  diantaranya  menunjukkan bakteri Gram positif dan 10 isolat menunjukkan  bakteri  Gram  negatif.  Seluruh isolat  bakteri  memiliki  bentuk  sel  yang  sama yaitu  basil  namun  memiliki  karakteristik morfologi  yang  berbeda.  Hasil  identifikasi bakteri  secara  molekuler  pada  isolat  TC.1c menujukkan  bahwa  isolat  TC.1c  memiliki homologi terdekat dengan spesies B. mycoides .  Spesies  ini  berpotensi  dalam mendegradasi  bahan  organic  dan  berbagai jenis  polutan,  serta  berperan  dalam  siklus denitrifikasi.  Hasil  penelitian  ini  menyarankan untuk  melakukan  karakterisasi  lebih  lanjut terhadap  isolat  bakteri  rhizosfer,  uji  efektivitas bioremediasi, dan analisis genomik pada isolat dengan  potensi  degradasi  dan  peran  dalam
siklus  nutrisi  ekosistem  mangrove  Tapak, Semarang.

## UCAPAN TERIMA KASIH
Terima  kasih  penulis  ucapkan  kepada  dana hibah  Riset  Publikasi  Internasional  (RPI) Universitas  Diponegoro  dengan  Nomor  SK 185-71/UN7.6.1/PP/2021 yang telah mendanai penelitian ini.

## DAFTAR PUSTAKA
Afif, J., Ngabekti, S., dan Pribadi, T. A. (2014). Keanekaragaman Makrozoobentos Sebagai Indikator Kualitas Perairan Di Ekosistem  Mangrove  Wilayah  Tapak Kelurahan  Tugurejo  Kota  Semarang. Unnes  Journal  of  Life  Science , 3 (1),
47 –52.
Akihary,  C.  V.,  dan  Kolondam,  B.  J.  (2020). Pemanfaatan Gen 16S rRNA Sebagai Perangkat  Identifikasi  Bakteri  Untuk Penelitian-Penelitian Di Indonesia. Pharmacon , 9 (1), 16-22. https://doi.org/10.35799/pha.9.2020.2
7405
Akram, A.,  Maley,  M.,  Gosbell,  I.,  Nguyen,  T., dan Chavada, R. (2017). Utility of 16S rRNA  PCR  Performed  on  Clinical Specimens  in  Patient  Management .
International  Journal  of  Infectious Diseases, 57, 144-149. http://dx.doi.org/10.1016/j.ijid.2017.02. 006 Andriani,  Y.,  Rochima,  E.,  Safitri,  R.,  dan Rahayuningsih, S. R. (2017). Characterization of Bacillus
megaterium  and  Bacillus  mycoides Bacteria  as  Probiotic  Bacteria  in  Fish and  Shrimp  Feed. in:  2 nd International
Conference on Sustainable Agricultural and Food Security.
ICSAFS Conference Proceedings , 1 (1), 127 –135. https://doi.org/10.18502/kls.v2i6.1029
Arfarita,  N.,  Muhibbudin,  A.,  dan  Imai,  T.
(2019). Exploration of Indigenous Free Nitrogen-Fixing Bacteria
From
Rhizosphere of Vignaradiata for
Agricultural  Land  Treatment.  Journal of  Degrdated  and  Mining  Lands Management, 6 (2), 1617-1623. https://doi.org/10.15243/jdmlm.2019.0 62.1617
Capdeville,  C.,  Thomas,  P.,  Gervaix,  J., Fromard,  F.,  Rols,  J.  dan  Leflaive,  J. (2019). Mangrove Facies Drives
Resistance and Resilience of Sediment Microbes Exposed to
Anthropic  Disturbance.  Frontiers  in
Microbiology, 9 (3337), 1-17. https://doi.org/10.3389/fmicb.2018.033
37
Dlamini,  Y.  R.,  Lallo,  R.,  Moonsamy,  G., Kumari,  S.,  Nasr,  M.,  Ramchuran,  S., dan  Bux,  F.  (2022). Development  of Bacillus spp. Consortium for One-step "Aerobic  Nitrification-Denitrification"  in a  Fluidizied-bed  Reactor . Bioesource Technology Reports . 17, 1-9. https://doi.org/10.1016/j.biteb.2021.10 0922 Eddy,  S.,  Mulyana,  A.,  Ridho,  M.  R.,  dan Iskandar,  I.  2015.  Dampak  Aktivitas Antropogenik terhadap Degradasi Hutan  Mangrove  di  Indonesia. Jurnal Lingkungan  Dan  Pembangunan,  1 (3), 240 –254.
Eddy,  S.,  Iskandar,  I.,  Ridho,  M.  R.,  dan
Mulyana,  A.  (2019).  Restorasi  Hutan Mangrove Terdegradasi Berbasis Masyarakat Lokal. Jurnal Indobiosains, 1 (1), 1-13.
Ernawati.  (2010). Isolasi  dan  Identifikasi Bakteri  Asam  Laktat  pada  Susu Kambing  Segar .  [SKRIPSI].  Fakultas Sains  dan  Teknologi,  Universitas Islam Negeri Maulana Maling Ibrahim, Malang, 90 hlm.
Hamza,  T.  A.,  Hussein,  Z.,  Mitku,  R.,  Ayalew, P.,  dan  Belayneh,  T.  (2017). Isolation and  Characterization  of  Nitrogen Fixing  Bacteria  from  Rhizospher  Soil Collected from Shell Mele Agricultural . Journal  of  Agricultural  Science  and Food Technology , 3 (7), 117 –124.
Holderman,  M.  V.,  De  Queljoe,  E.,  dan Rondonuwu,  S.  B.  (2017).  Identifikasi Bakteri  Pada  Pegangan  Eskalator  Di Salah  Satu  Pusat  Perbelanjaan  Di Kota  Manado. Jurnal  Ilmiah  Sains , 17 (1),
13-18. https://doi.org/10.35799/jis.17.1.2017.
14901
Ibrahim,  A.,  Fridayanti,  A.,  dan  Delvia,  F.
(2015).  Isolasi  Dan  Identifikasi  Bakteri Asam Laktat (BAL) Dari Buah Mangga
(Mangifera  indica  L.) . Jurnal  Ilmiah Manuntung , 1 (2), 159 –163.
Jayamiharja,  A.  (2012). Potensi  Bakteri Bacillus mycoides dalam Mendegradasi  Bahan  Organik  dari Sedimen  Tambak  Undang  secara  In Vitro .  [SKRIPSI].  Fakultas  Perikanan dan Ilmu Kelautan, Universitas Brawijaya, Malang, 92 hlm.
Saputri, K. E., Idiawati, N., dan Sofiana, M. S.
J.  (2021).  Isolasi  dan  Karakteristik
Bakteri Penambat Nitrogen dari Rizosfer Mangrove
di Kuala
Singkawang. Jurnal  Laut  Khatulistiwa, 4 (2), 17 –21.
Sari,  D.  R.  (2015).  Isolasi  dan  Identifikasi Bakteri  Tanah  yang  Terdapat  di Sekitar  Perakaran  Tanaman. Bio-Site , 1 (1), 21 –27.
Stackebrandt,  E.,  dan  Goebel,  B.  M.  (1994). Taxonomic  Note :  A  Place  for  DNA- DNA  Reassociation  and  16S  rRNA Sequence  Analysis  in  the  Present Species  Definition  in  Bacteriology . International  Journal  of  Systematic Bacteriology , 44 (4), 846 –849.
https://doi.org/0020-7713/94/$04.00+0 Sune,  D.,  Rydberg,  H.,  Augustinsson,  A.  N.,
Serrander,  L.  dan  Jungestrom,  M.  B. (2020). Optimization  of  16S  rRNA gene Analysis for Use in the Diagnostic Clinical Microbiology Service.  Journal  of  Microbiological Methods, 170 , 1-8. https://doi.org/10.1016/j.mimet.2020.1 05854
Syahputra, K., Rusmana, I., dan Widyastuti, U.
(2011). Isolasi  Dan  Karakterisasi Bakteri  Denitrifikasi  Sebagai  Agen Bioremediasi  Nitrogen  Anorganik . J. Ris. Akuakultur , 6 (2), 197 –209. http://dx.doi.org/10.15578/jra.6.2.2011
.197-209
Thatoi,  H.,  Behera,  B.  C.,  Mishra,  R.  R.,  dan Dutta,  S.  K.  (2013). Biodiversity  And Biotechnological Potential Of Microorganisms From Mangrove Ecosystems:  A  Review . Annals  of Microbiology , 63 (1), 1 –19.
https://doi.org/10.1007/s13213-012- 0442-7
Xu,  D.  B.,  Ye,  W.  W.,  Han,  Y.,  Deng,  Z.  X., dan  Hong,  K.  2014. Natural  products from mangrove actinomycetes . Marine Drugs , 12 (5), 2590 –2613. https://doi.org/10.3390/md12052590 Yahya,  Nursyam,  H.,  Risjani,  Y.,  dan Soemarno. (2014). Karakteristik
Bakteri  di  Perairan  Mangrove  Pesisir Kraton  Pasuruan. Ilmu  Kelautan ,
19 (1), 35 –42. Zhang,  Y.,  Yang,  Q.,  Ling,  J.,  Nostrand,  J.  D. Van,  Shi,  Z.,  Zhou,  J.,  dan  Dong,  J. (2017). Diversity  and  Structure  of
Diazotrophic Communities in Mangrove  Rhizosphere,  Revealed  by High-Throughput Sequencing .
Frontiers  in  Microbiology , 8 (2032),  1 –
11.
https://doi.org/10.3389/fmicb.2017.020
32