DOI 10.33323/indigenous.v5i1.293
Volume 5(1) 2022 (15-24)
KARAKTERISASI BAKTERI AKAR PADI SAWAH ( Oryza sativa L) DESA NOELBAKI,

## KABUPATEN KUPANG
Dina Christiani Duhu 1 , Emilianus Pani 2 , Chatarina Gradict Semiun 2 , Yulita Iryani Mamulak 2
1,2 Program Studi Biologi Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Katolik Widya Mandira Jl. Jend. Ahmad Yani 50-52 Kupang, Nusa Tenggara Timur, Indonesia
1 Email coresponden: christyynduhu@gmail.com
2 Co-author: emilianuspani@gmail.com; gr4dict@gmail.com; yulitairyani@yahoo.co.id

## ABSTRAK
Pertumbuhan  tanaman  padi  umumnya  dipengaruhi  oleh  faktor  abiotik  dan  faktor  biotik.  Faktor  abiotik meliputi  pH,  suhu,  kelembaban  dan  intensitas  cahaya,  sedangkan  faktor  biotik  meliputi  keanekaragaman organisme  tanah,yang  salah  satunya  adalah  bakteri  tanah  yang  hidup  di  tanah  maupun  di  daerah  perakaran. Penelitian  ini  bertujuan  untuk  mengetahui  jenis-jenis  bakteri  tanah  di  sekitar  perakaran  tanaman  padi  di  Desa Noelbaki Kecamatan Kupang Tengah, Kabupaten Kupang. Pengambilan sampel akar dan tanah menggunakan sistem diagonal, jumlah plot pengambilan dibuat sebanyak 5 plot. Jarak pengambilan sampel antara satu plot ke plot  lainnya  adalah  ±  50-100  m.  Pengujian  selanjutnya  dilakukan  berdasarkan  pengamatan  makroskopik, mikroskopik dan biokimia. Berdasarkan hasil isolasi didapatkan sebanyak 26 isolat bakteri tanah. Dari 26 isolat yang didapat, hanya 11 isolat  yang dapat diidentifikasi. Identifikasi dilakukan berdasarkan karakter bakteri baik secara makroskopik, mikroskopik, dan uji biokimia meliputi  uji pewarnaan gram, uji motilitas dengan media NA dan  uji katalase dengan reagen H 2 O 2 . Dari  beberapa uji  yang  dilakukan maka diperoleh 4  genus bakteri,  yaitu Bacillus , Corynebacterium , Marinococcus , dan Azotobacter .
Kata Kunci: Karakterisasi, Bakteri Tanah, Akar padi

## ABSTRACT
The growth of rice plants is generally influenced by abiotic factors and biotic factors. Abiotic factors include pH, temperature, humidity and light intensity, while biotic factors include the diversity of soil organisms, one of which is soil bacteria that live in the soil and in the root area. This study aims at determining the types of  soil bacteria around the roots of rice plants in Noelbaki Village, Central Kupang District, Kupang Regency. There are five plots with a diagonal system which are used to take  roots and soil as the sample. The sampling distance from one plot to  another  is  ±  50-100  m.  Then,  tests  were  conducted  based  on  macroscopic,  microscopic  and  biochemical observations. The data revealed that there were 26 isolates of soil bacteria. Of the 26 isolates obtained, only 11 isolates  could  be  identified.  Identification  was  carried  out  based  on  the  character  of  the  bacteria  both macroscopically, microscopically, and biochemically including gram staining test, motility test with NA media and catalase  test  with  H_2  O_2  reagent.  There  were  4  genera  of  bacteria  obtained  in  the  tests,  namely  Bacillus, Corynebacterium, Marinococcus, and Azotobacter.
Keywords: Characterization, Soil Bacteria, Rice Root

## PENDAHULUAN
Pertumbuhan tanaman padi dipengaruhi oleh faktor abiotik dan faktor biotik. Faktor abiotik meliputi pH, suhu, kelembaban dan intensitas cahaya. Faktor biotik meliputi keanekaragaman organisme tanah, salah  satunya  yaitu  bakteri  tanah  yang  hidup  di  tanah  maupun  di  daerah  perakaran  tanaman  padi. Bakteri  tanah  merupakan  mikroorganisme  yang  memiliki  peranan  ekologis  yaitu  dalam  proses
Indigenous Biologi Jurnal pendidikan dan Sains Biologi 5(1) 2022
mineralisasi,  fiksasi  nitrogen,  nitrifikasi/denitrifikasi,  pelarutan  fosfat,  antibiosis,  produksi  siderofor, pengatur pertumbuhan tanaman, dan induksi ketahanan tanaman (Mukrin dkk., 2019). Oleh karena itu keberadaan bakteri tanah menjadi sangat penting bagi pertumbuhan tanaman padi.
Di  daerah  NTT  sendiri  penelitian  mengenai  isolasi  bakteri  tanah  pada  akar  tanaman  sudah dilakukan, salah satunya penelitian dari Widiastuti dkk., (2010) yang berhasil mengidentifikasi 113 isolat bakteri Azotobacter sp. yang berpotensi dalam meningkatkan perkecambahan benih dan pertumbuhan tanaman sorgum di daerah Sumsel, Sikka, dan Flores. Akan tetapi, hingga sejauh ini penelitian tentang bakteri tanah yang diisolasi dari akar tanaman padi masih jarang dilakukan khususnya di desa Noelbaki, kecamatan Kupang Tengah, kabupaten Kupang.
Desa  Noelbaki  merupakan  salah  satu  daerah  di  NTT  dengan  penghasil  padi  cukup  besar. Masyarakat  di  desa  ini  pada  umumnya  masih  menggunakan  berbagai  macam  bahan  kimia  seperti pupuk anorganik dan pestisida untuk meningkatkan hasil pertaniannya. Berdasarkan survei lokasi dan wawancara  yang  telah  dilakukan  pada  bulan  Juli  2019  jenis  padi  yang  ditanam  oleh  kebanyakan masyarakat di desa ini yaitu jenis padi varietas Ciherang dan Memberamo atau yang sekarang lebih dikenal  dengan  Inpari  6.  Pengolahan  padi  di  desa  ini  masih  mengandalkan  pada  pengolahan  lahan secara tradisional.
Menurut  pengamatan  peneliti,  kebanyakan  masyarakat  belum  mengetahui  dampak  dari penggunaan pupuk anorganik dan pestisida. Hal ini dilihat dari tingkat ketergantungan petani terhadap pupuk  anorganik  dan  pestisida  bahkan  masyarakat  seringkali  menggunakannya  dalam  jumlah berlebihan.  Pemberian  pupuk  anorganik  yang  berlebihan  dapat  menyebabkan  kurang  tersedianya beberapa unsur hara mikro di dalam tanah. Kondisi ini menyebabkan turunnya pH tanah sehingga mikro flora  dan  fauna  mati,  tata  aerasi  menjadi  jelek  yang  akhirnya  menghambat  perkembangan  akar  dan pertumbuhan tanaman (Misran, 2014). Hal ini disebabkan karena sisa –sisa pupuk kimia yang tertinggal di  dalam  tanah  dan  membuat  tanah  menjadi  keras  dan  masam.  Kondisi  ini  membuat  organisme pembentuk unsur hara menjadi mati atau berkurang. Dampak dari penggunaan pestisida yaitu beberapa kelompok mikroorganisme tanah akan terpengaruh kehidupannya dan bahkan pada tingkat konsentrasi yang  cukup  tinggi  akan  mengakibatkan  matinya  mikroorganisme  tersebut  (Mulyono,  2009).  Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui jenis-jenis bakteri tanah di sekitar perakaran padi ( Oryza sativa L .) di Desa Noelbaki Kecamatan Kupang Tengah, Kabupaten Kupang.

## METODE PENELITIAN

## Lokasi dan Waktu Penelitian
Lokasi pengambilan sampel yaitu lahan pertanian padi di kelurahan Noelbaki kecamatan Kupang Tengah, kabupaten Kupang. Sampel dianalisis di Laboratorium Mikrobiologi Universitas Katolik Widya Mandira. Penelitian ini telah dilaksanakan pada bulan November sampai Desember 2019.

## Teknik Pengambilan Data
Pengambilan sampel dilakukan pada satu petak sawah. Luas petak 36 m 2 x 20 m 2 . Pengambilan sampel  akar  tanaman  padi  dan  tanah  dilakukan  dengan  sistem  diagonal.  Jumlah  plot  pengambilan sampel tanah dan akar adalah sebanyak 5. Jarak pengambilan sampel antara satu plot ke plot lainnya ±  50-100  m.  Untuk  pengambilan  sampel  tanah  dari  masing-masing  plot  diambil  3  subcontoh  tanah sehingga  jumlah  pengambilan  tanah  dari  semua  plot  sebanyak  15  contoh  kemudian  contoh-contoh tanah  disatukan  menjadi  1  sampel.  Sedangkan  untuk  pengambilan  sampel  akar  padi,  dari  masing- masing plot diambil 1 akar padi. Total sampel tanah dan akar padi adalah 10 sampel. Sampel tanah dan akar padi dianalisis di Laboratorium Mikrobiologi Universitas Katolik Widya Mandira.
Prosedur Kerja a.  Sterilisasi alat

## Indigenous Biologi
Jurnal pendidikan dan Sains Biologi 5(1) 2022
Alat gelas yang digunakan disterilisasi menggunakan oven pada suhu 170-180ºC selama 2-3 jam dan menggunakan autoklaf pada suhu 121ºC selama 15 menit (Lambui, 2017).
b.  Pembuatan Media Agar dan YEMA
Media agar ditimbang sebanyak 11,8 gram dilarutkan dalam 1000 ml aquades, dipanaskan hingga mendidih, lalu media dimasukkan ke dalam 36 tabung reaksi, masing-masing diisi 20 ml, kemudian disteril dalam autoklaf selama 15 menit pada suhu 121ºC. untuk pembuatan media YEMA; media K 2 HP O 4 0,5 g, MgS O 4 0,2 g, NaCl 0,1 g, CaC O 3 3 g ditimbang lalu dilarutkan dalam aquadest 1000 ml. Selanjutnya media dipisahkan, untuk YEMA cair 200 ml dan untuk YEMA + agar 800 ml. Untuk pembuatan media agar dengan takaran 10 g NA dilarutkan dalam 500 ml aquades dan 2 g dilarutkan dalam  100  ml.  Lalu  media  dimasukkan  dalam  10  erlenmeyer  berukuran  100  ml,  masing-masing erlenmeyer diisi sebanyak 45 ml.
c.  Pengambilan dan Penyiapan Sampel
Sampel akar tanaman padi diambil pada umur dua bulan setelah tanam. Sampel diambil dengan menggunakan pisau dan dimasukkan ke dalam plastik steril. Lalu sampel dibawa ke laboratorium untuk diisolasi bakterinya.
d.  Isolasi Bakteri dari Lingkungan
Sampel  akar  tanaman  padi  dan  tanah  dibersihkan.  Untuk  akar  tanaman  padi  dicuci  dengan  air mengalir hingga bersih, lalu akar dikeringkan di atas tissue steril . Selanjutnya sampel akar dan tanah dari masing-masing plot ditimbang sebanyak 5 gram. Lalu masing-masing sampel diinokulasi dalam media  YEMA  cair,  digojok  menggunakan  shaker  dengan  kecepatan  140  rpm  selama  3  jam  dan diinkubasi  selama  5  hari  pada  suhu  37ºC.  setelah  diinkubasi,  kemudian  dilakukan  pengenceran. Pengenceran  menggunakan  NaCl  infus  0,9%  dengan  faktor  pengenceran  10 -9 dengan  jumlah tabung 25 tabung. 25 tabung ini didapat dari kedua sampel yaitu sampel tanah dan akar, dengan jumlah sampel masing-masing 5. Pengenceran dilakukan dengan cara, 1 ml larutan tanah dan akar di masukkan dalam 25 tabung reaksi. Selanjutnya dilakukan pengenceran berseri dari 10 -1 hingga 10 -5 .  Isolasi  dilakukan  dilakukan  dengan  2  kali  pengulangan  ( duplo )  pada  setiap  sampel  dengan faktor  pengenceran  yang  digunakan.  Lalu  diinkubasi  selama  24  jam  pada  suhu  37ºC.  Setelah diinkubasi, kemudian dilanjutkan dengan menggunakan metode pour plate (metode tuang). Isolasi dilakukan dengan cara, masing-masing medium dimasukkan ke dalam cawan petri, lalu cawan petri digoyang-goyang  membentuk  angka  8  sebanyak  15-20  kali  agar  sampel  merata.  Kemudian diinkubasi  pada  suhu  ruang  selama  24  jam.  Lalu  diamati  koloni  yang  tumbuh  dan  dilakukan perhitungan. Koloni tunggal yang diperoleh dipindahkan ke media agar miring sebagai stok. e.  Isolasi dari Bakteri yang Potensial Agen Biofertilizer
Bakteri  yang  berhasil  diisolasi  kemudian  dilakukan  pengujian  lanjutan,  dan  diidentifikasi berdasarkan karakteristik yang mengacu pada Bergey’s Manual of Determinative Bacteriology 9 th dan 7 th . f.  Karakterisasi bakteri
1)  Identifikasi morfologi secara makroskopis dan mikroskopis
Pengamatan secara makroskopis meliputi warna koloni, bentuk koloni, tepi koloni, pusat koloni, diameter  koloni,  tekstur  koloni  dan  pertumbuhan  koloni.  Pengamatan  makroskopis  dilakukan dengan mengamati secara langsung ciri-ciri koloni bakteri isolat menggunakan Colony counter , meliputi: ukuran, warna, bentuk, margin,  dan elevasi koloni (Lay, 1994 dalam Lambui, 2017). Pengamatan  secara  mikroskopis  yaitu  dilakukan  dengan  mengamati  bentuk  sel  bakteri  yang telah diwarnai melalui pengecatan gram dan uji motilitas.
2)  Pembuatan Stok Isolat Bakteri
Sebelum dilakukan pengujian lanjutan, isolat-isolat yang diperoleh diremajakan terlebih dahulu pada media NA serta diinkubasi pada suhu ruang agar stok bakteri tetap ada.
3)  Pembuatan Media Miring
Indigenous Biologi Jurnal pendidikan dan Sains Biologi 5(1) 2022
Setelah dibuat stok, isolat-isolat diambil dan ditumbuhkan pada media agar miring atau media NA dan diinkubasi selama 24 jam.
4)  Uji Motilitas (Brown & Smith, 2015)
Uji mortilitas dilakukan dengan menusukkan kultur isolat pada media NA menggunakan jarum ose. Indikasi positif ditandai dengan pertumbuhan bakteri menyebar dari bekas tusukan jarum ose setelah inkubasi 24 jam.
5)  Uji Pengecatan Gram (Brown & Smith, 2015)
Pengujian  dilakukan  dengan  cara,  sebanyak  1  ose  suspense  bakteri  diletakkan  pada  kaca preparat dan difiksasi di atas api. Selanjutnya secara berturut-turut diberikan larutan Kristal violet selama 1 menit, larutan aseton-alkohol selama 30 detik, dan larutan Safranin selama 2 menit. Pengamatan  dilakukan  di  bawah  mikroskop,  dimana  bakteri  Gram  Positif  berwarna  ungu, sedangkan Gram negatif berwarna merah.
6)  Uji Katalase (Brown & Smith, 2015)
Keberadaan enzim katalase diuji dengan pemberian larutan H 2 O 2 3% pada koloni bakteri. Koloni bakteri diambil dengan jarum ose yang sudah disterilisasi dan diletakkan di atas kaca preparat, lalu larutan H 2 O 2 3% diteteskan pada bakteri yang telah diletakkan di atas kaca preparat. Bakteri yang menunjukkan katalase positif ditandai dengan terbentuknya buih pada koloni.
7)  Uji Fermentasi Gula (Brown & Smith, 2015)
Pengujian ini dilakukan dengan cara, isolat yang telah diperoleh diinokulasikan dalam 5 gelas beaker  ukuran  500  ml  yang  telah  diisi  medium  pengujian  gula  (laktosa,  galaktosa,  glukosa, fruktosa dan manitol), lalu ditambahkan fenol red ke dalam masing-masing medium pengujian gula tersebut. Kemudian dimasukkan dalam tabung reaksi yang telah berisi tabung durham yang dipasang  terbalik  dan  diinkubasi  pada  suhu  ruang  selama  1  sampai  3  hari  tergantung  dari tumbuhnya kultur. Indikasi positif bila terdapat gelembung gas pada tabung durham.

## Analisis Data
Identifikasi bakteri menggunakan buku identifikasi Bergey’s Manual of Determinative Bacteriology 9 th dan 7 th serta  browsing  internet  pada  website  terkait.  Sedangkan  untuk  penghitungan  populasi menggunakan metode perhitungan Standard Plate Count (SPC).

## HASIL DAN PEMBAHASAN
Gambar  1  menunjukan  populasi  bakteri  pada  sampel  tanah.  Angka-  angka  pada  petri  dish menunjukan jenis bakteri berbeda yang dilihat menggunakan Colony counter .  Gambar 2 merupakan populasi bakteri pada sampel akar. Setelah dilakukan pengujian dan diamati, populasi bakteri sangat banyak atau tidak terhingga jumlahnya sehingga tidak dilakukan pengujian lanjutan.
Tabel 1 merupakan hasil isolasi dan karakterisasi dari 26 isolat yang didapat. Dari 26 isolat yang berhasil  diisolasi  ada  15  isolat  yang  sulit  diidentifikasi.  Hal  ini  diduga  isolat  yang  didapat  tidak murni atau  sudah  terkontaminasi.  Isolat-isolat  yang  berhasil  diidentifikasi  dilakukan  pengujian  lanjutan berdasarkan karakter baik dari pengamatan morfologi, fisiologi serta pengujian biokimianya.

## Indigenous Biologi
Jurnal pendidikan dan Sains Biologi 5(1) 2022

## Gambar 1. Koloni pada sampel tanah Gambar 2. Koloni pada sampel akar
Pada  pengamatan  mikroskopik,  hasil  yang  didapat  yaitu  isolat  bakteri  yang  diperoleh  didominasi oleh bakteri gram positif, sedangkan untuk bentuk dan susunan sel didominasi bakteri berbentuk batang (basil) dan ada beberapa bakteri yang berbentuk kokus (bulat). Untuk hasil pewarnaan bakteri dapat dilihat pada gambar 3 yang merupakan  isolat bakteri pada sampel tanah dengan kode isolat IT 5.5 dan IT 2.5 yang merupakan bakteri gram positif dan berbentuk batang (basil) yang dilihat pada perbesaran 4 x 100.

## Tabel 1. Karakterisrik Morfologis
No Kode Isolat Bentuk Ukuran Tepi Warna Motilitas  Katalase Pewarnaan Gram Bentuk Koloni (+) (-) 1 IT 5.4 Irregular Moderate   Undulate Putih kekuningan + + - - - 2 IT 5.5 Irregular  Large Undulate Putih susu + + √ Basil 3 IT 1.5 Circulair  Moderate Entire Putih susu + + - - - 4 IT 5.5 Irregular   Moderate  Undulate Putih susu + + - - - 5 IT 1.5 Circulair   Large Undulate Putih susu + + - - - 6 IT 1.5 Irreguler   Moderate   Undulate Putih susu + + - - - 7 IT 4.5 Circulair   Small Entire Putih susu + + √ Basil 8 IT 3.5 Circulair   Moderate  Entire Putih susu + + - - - 9 IT 3.5 Circulair  Moderate   Undulate Putih susu + + - - - 10 IT 3.5 Irregular    Large Undulate Putih susu + + - - - 11 IT 4.5 Irregular  Moderate   Undulate Putih  susu + + - - - 12 IT 2.5 Circulair   Moderate Entire Putih susu + + √ Basil 13 IT 2.5 Circulair Moderate Undulate Putih susu + + - - - 14 IT 4.5 Irregular  Moderate   Lobate Putih susu + + - - - 15 IT 1.5 Irregular   Large Lobate Putih susu + + √ Basil 16 IT 3.5 Irregular   Large Undulate Putih kekuningan + + √ Basil
17 IT 1.5 Irregular   Large Undulate Putih kekuningan + + - - - 18 IT 1.5 Irregular   Large Undulate Putih kekuningan + + - - - 19 IT 1.5 Irregular  Large Lobate Putih  kekuningan + + √ Basil 20 IT 1.5 Irregular   Moderate  Lobate Putih susu + + √ Kokus 21 IT 4.5 Irregular   Large Undulate Putih susu + + √ Basil 22 IT 3.5 Circulair Moderate Lobate Putih susu + + - - Kokus 23 IT5.4 Irregular   Moderate  Undulate Putih susu + + - - - 24 IT 2.5 Circulair  Moderate Undulate Putih susu + + √ Kokus 25 IT 5.5 Circulair   Moderate   Undulate Putih susu + + √ Kokus 26 IT 4.5 Irregular   Large Undulate Putih susu + + - - -
Keterangan:  IT = Isolat tanah;  (+) = Isolat yang menunjukkan reaksi positif katalase dan motilitas;  (-) = Isolat yang tidak dapat diidentifikasi;  ( √ ) = Isolat yang dapat diidentifikasi setelah pewarnaan gram
Berdasarkan hasil isolasi bakteri tanah didapatkan 26 isolat. Dari 26 isolat yang didapat hanya 11 isolat  yang  dapat  diidentifikasi.  Isolat  bakteri  tanah  yang  telah  diperoleh  diidentifikasi  berdasarkan karakter bakteri baik secara makroskopik, mikroskopik, dan uji biokimia meliputi uji pewarnaan gram, uji motilitas dengan media NA dan uji katalase dengan reagen H 2 O 2 . Dari beberapa uji yang dilakukan maka diperoleh 4 genus bakteri, yaitu Bacillus , Corynebacterium , Marinococcus , dan Azotobacter.

## 1.  Genus Bacillus
Berdasarkan  pengamatan  makroskopik  kebanyakan  isolat-isolat  mempunyai  karakter  morfologi yang sama, koloni berbentuk bulat tidak beraturan (irregular )  dengan tepi bergelombang ( undulate ) dan berlekuk ( lobate ), warna  pada isolat berwarna putih susu hingga putih kekuningan. Hasil pengamatan mikroskopik menunjukkan bahwa isolat memiliki bentuk basil (batang), bersifat gram positif yaitu IT 1.5, IT 5.5, IT 3.5, IT 4.5, dan IT 1.5.
Berdasarkan  pengamatan  biokimia,  pada  uji  fermentasi  karbohidrat  isolat  IT  5.5  menunjukkan terjadinya fermentasi glukosa, fruktosa dan galaktosa, pada IT 1.5 menunjukkan terjadinya fermentasi glukosa,  fruktosa,  galaktosa  dan  laktosa,  sedangkan  pada  IT  3.5,  IT  1.5  dan  IT  4.5  tidak  adanya fermentasi  karbohidrat.  Pada  uji  motilitas  dan  katalase  menunjukkan  hasil  yang  positif  pada  semua isolat.
Hasil  yang  diperoleh  menunjukkan  bahwa  genus  bakteri  yang  paling  banyak  ditemukan  adalah genus Bacillus .  Isolat  IT  1.5,  IT  5.5,  IT  3.5,  IT  1.5,  dan  IT  4.5  dalam  genus Bacillus sesuai  dengan identifikasi  bakteri  oleh  (Holt  dkk,  1994  dan  Vos  dkk.,  1923)  dalam  buku bergeys  manual  of determinative bacteriology 9 𝑡ℎ dan buku bergeys manual of systematic bacteriology 2 𝑡ℎ , di mana genus ini  memiliki  sel-sel  berbentuk  batang  dan  lurus,  sering  disusun  berpasangan  atau  rantai  bulat  dan bentuknya  bervariasi  mulai  dari  bulat  hingga  tidak  teratur,  dengan  seluruh  tepi  bergelombang. Ditemukan  di  berbagai  habitat,  sebagian  terisolasi  dari  tanah,  atau  dari  lingkungan  yang  telah terkontaminasi  secara  langsung  atau  tidak  langsung  oleh  tanah. Warna  umumnya  berkisar  dari  buff atau  berwarna  abu-abu  kekuningan  sampai  putih  pucat  dan  kadang-kadang  berwarna  kuning  atau oranye. Pewarnaan sel gram positif dan mudah bergerak oleh flagela peritrichous, bersifat Aerobik atau fakultatif anaerob serta bersifat katalase. Bacillus mampu menghasilkan endospora, di mana endospora berbentuk oval atau kadang bulat atau silindris dan sangat tahan terhadap banyak kondisi buruk. Hal ini sesuai dengan pernyataan Madigan dkk, (2000) dalam Marista dkk, (2013) yaitu genus Bacillus dapat membentuk  endospora  pada  kondisi  lingkungan  yang  tidak  menguntungkan  sehingga  bakteri  dapat bertahan hidup.

## Indigenous Biologi
Jurnal pendidikan dan Sains Biologi 5(1) 2022
Penelitian dari Kurniawati dkk . (2013) yang menunjukkan potensi dari Bacillus sebagai agens hayati. Bakteri  dari  kelompok  ini  juga  memiliki  kemampuan  untuk  melarutkan  fosfat  sehingga  dapat meningkatkan  ketersediaan  fosfat  di  dalam  tanah.  Selain  itu,  penelitian  dari  Oktrisna  dkk,  (2017) menunjukkan potensi dari Bacillus yang mampu memacu pertumbuhan tinggi tanaman padi. Bacillus sp. memiliki kemampuan sebagai pelarut fosfat, sehingga unsur fosfat lebih tersedia untuk diserap oleh tanaman dan pertumbuhan tanaman menjadi optimal.
Selain  berpengaruh  terhadap  pertumbuhan  padi  sawah,  genus Bacillus juga  berpotensi mendegradasi pestisida dan dapat menekan pertumbuhan bakteri patogen. Dari hasil penelitian oleh Pratiwi dkk, (2012) yang menemukan adanya bakteri Bacillus yang berpotensi mendegradasi pestisida dan  antagonis  terhadap  patogen.  Penelitian  lain  dari  Isnaeni  dan  Masnilah  (2020)  yang  mengisolasi bakteri Bacillus pada  tanaman  padi    menunjukkan  potensi Bacillus yang  dapat  mengidentifikasi penyebab  busuk  bulir  pada  tanaman  padi.  Selain  memiliki  kemampuan  sebagai  agen  hayati  dan pemacu  pertumbuhan,  kelompok  bakteri  ini  dilaporkan  telah  banyak  menghasilkan  antibiotik  seperti Bacillomycin D, Mycosubtilin dan Zwittermicin A (Kurniawati dkk., 2013).

## 2.  Genus Corynebacterium
Berdasarkan  pengamatan  makroskopik  IT  4.5  dan  IT  2.5  menunjukkan  bahwa  koloni  berbentuk bulat  (Circulair),  dengan  tepi entire (rata),  pigmentasi  putih  susu.  Dilihat  dari  segi  ukuran  sangat bervariasi  ada  yang  berukuran  besar  ( large )  dan  ada  yang  berukuran  kecil  ( small ).  Berdasarkan pengamatan mikroskopik IT 4.5 dan IT 2.5 mempunyai bentuk basil (batang), pewarnaan gram positif. Hasil pengamatan berdasarkan karakteristik biokimia pada uji fermentasi karbohidrat, IT 4.5 dan IT 2.5 menunjukkan fermentasi glukosa, fruktosa galaktosa dan manitol. Pada uji motilitas dan katalase IT 4.5 dan 2.5 menunjukkan hasil yang positif.
Hasil  yang  diperoleh  menunjukkan  bahwa  IT  4.5  dan  2.5  cenderung  mengarah  pada  genus Corynebacterium , hal ini sesuai dengan identifikasi bakteri oleh (Holt dkk., 1994 dan Breed dkk., 1957) dalam  buku Bergeys  Manual  of  Determinative  Bacteriology 9 th dan 7 th ,  memiliki  ciri-ciri  lurus  sedikit melengkung, batang ramping memiliki ujung meruncing dengan segmen bernoda tidak teratur, kadang- kadang butiran. Kelompok ini tersebar luas di alam, dapat ditemukan di dalam tanah, tumbuh dengan baik pada suhu 37°C. Bersifat motil dan bergerak melalui flagel tunggal. Non-motil kecuali pada patogen tanaman. Termasuk dalam kelompok bakteri gram positif dan bersifat katalase positif.
Penelitian yang dilakukan oleh Despita dkk, (2017) menemukan adanya bakteri Corynebacterium sp.  pada  akar  padi.  Penelitian  tersebut  menunjukkan  potensi  dari Corynebacterium sp  yang  dapat menekan  pertumbuhan  bakteri  pathogen Xanthomonas  oryzae sehingga  mampu  meningkatkan pertumbuhan dan produktivitas padi. Hal ini didukung dengan penelitian Syahril dan Somantri (2015) yang  memanfaatkan  bakteri Corynebacterium sp.  sebagai  bio-agent  pengendali  penyakit  Kresek (Hawar  Daun  Bakteri)  sehingga  dapat  meningkatkan  produktivitas  padi.  Selain  sebagai  pengendali penyakit pada tanaman, isolat bakteri Corynebacterium memiliki kemampuan dalam melarutkan fosfat sehingga  dapat  dijadikan  sebagai  biofertilizer  untuk  meningkatkan  kesuburan  tanah  (Hefdiyah  dan Shovitri, 2014).

## 3.  Genus Marinococcus
Berdasarkan  pengamatan  makroskopik  menunjukkan  bahwa  koloni  pada  IT  3.5  dan  IT  2.5 berbentuk  bulat  dengan  tepi  bergelombang  dan  berlekuk,  pigmentasi  putih  susu.  Isolat-isolat  ini berukuran  sedang  (moderate).  Berdasarkan  pengamatan  mikroskopik  memiliki  bentuk  sel coccus (bulat) dan bersifat gram positif. Pengamatan karakteristik pada pengujian biokimia IT 3.5 dan 2.5 tidak menfermentasi gula, pada uji katalase dan pengujian motilitas, IT 3.5 dan 2.5 menunjukkan hasil yang positif.
Hasil  yang  didapat  menunjukkan  bahwa  IT  3.5  dan  2.5  termasuk  ke  dalam  genus Marinococcus sesuai dengan identifikasi bakteri oleh (Holt dkk., 1994 dan Vos dkk., 1923) dalam buku bergeys manual of determinative bacteriology 9 𝑡ℎ dan buku bergeys manual of systematic bacteriology 2 𝑡ℎ mempunyai ciri-ciri  gram-positif,  sel-sel  bulat  dan  bervariasi,  terjadi  secara  tunggal,  berpasangan  atau  rumpun. Bakteri  ini  umumnya  berwarna  kekuningan,  oranye  atau  putih  krem.  Suhu  optimal  untuk pertumbuhannya adalah 28-37°C,  sel-sel bersifat motil (dapat bergerak). Tidak membentuk spora. Uji katalase menunjukkan hasil yang positif. Bakteri ini dapat ditemukan pada air laut, dan tanah salin.
Penelitian dari Kusumawardani (2018) yang berhasil mengisolasi 10 isolat bakteri sebagai bakteri potensial  kandidat  PGPR.  Salah  satu  isolat  bakteri  yang  teridentifikasi  sebagai  PGPR  yaitu  genus Marinococcus .  Isolat  bakteri  tersebut  mampu  menambat  nitrogen  dan  melarutkan  fosfat.  Selain berpotensi  sebagai  PGPR,  isolat  bakteri  dari  genus Marinococcus berpotensi  sebagai  penghasil senyawa antibakteri (Cahlia dkk., 2018).

## 4.  Genus Azotobacter
Hasil yang diperoleh menunjukkan bahwa IT 1.5 dan IT 5.5 termasuk dalam genus Azotobacter , hal ini sesuai dengan identifikasi bakteri (Holt dkk., 1994) dalam buku Bergey’s Manual of Determinative bacteriology 9 𝑡ℎ dan 7 th , memiliki ciri-ciri yaitu terjadi secara tunggal berpasangan, atau rumpun tidak teratur,  dan  kadang-kadang  dalam  rantai  panjang  bervariasi,  jarang  menghasilkan  endospora, pewarnaan  sel  gram  negatif.  Motilitas  terjadi  oleh  flagela  petrichious.  Bersifat  aerobik,  mempunyai permukaan  yang  datar  dengan  sedikit  cekung  di  bagian  tengah,  seperti  susu  dan  kelihatan  bening. Warna koloni sangat tergantung pada spesies. Dapat ditemukan di tanah dan air.
Penelitian yang dilakukan oleh Nurmas dkk, (2014)  yang telah mengisolasi 21 isolat Azotobacter yang berpotensi untuk dikembangkan sebagai pupuk hayati yang memiliki kemampuan menghasil IAA dan melarutkan fosfat. Hal ini juga didukung dengan penelitian Widawati (2015) menemukan adanya bakteri Azotobacter ,  pada  rizosfer  perkebunan  karet  yang  berpotensi  sebagai  agen  pupuk  organik hayati. Selain berpotensi sebagai pupuk hayati Azotobacter juga memiliki kemampuan meningkatkan pertumbuhan tanaman. Penelitian dari Widiastuti dkk, (2010) yang menunjukkan bahwa semua isolat Azotobacter sp.  mampu  memproduksi  IAA,  membantu  perkecambahan  benih,  dan  memiliki kemampuan  meningkatkan  pertumbuhan  tanaman. Azotobacter juga  memiliki  peranan  dalam meningkatkan ketersediaan nitrogen tanah, dan peningkatan hasil (Nurmas dkk., 2014). Hal ini sesuai dengan  penelitian  Wuriesyliane  dkk,  (2013)  yang  menguji  kemampuan  bakteri  pelarut  fosfat,  salah satunya Azotobacter yang berpotensi dalam meningkatkan hasil padi.

## KESIMPULAN DAN SARAN

## Kesimpulan
Berdasarkan  hasil  penelitian  dapat  disimpulkan  bahwa  Genus  bakteri  tanah  yang  terdapat  pada daerah di sekitar akar tanaman padi di Desa Noelbaki, Kecamatan Kupang Tengah, Kabupaten Kupang terdiri dari empat genus yaitu genus Bacillus , Corynebacterium , Marinococcus dan Azotobacter . Dari keempat genus yang berhasil diisolasi, genus Bacillus yang paling banyak ditemukan.

## Saran
1.  Perlu dilakukan pengujian lanjutan tentang jenis-jenis bakteri apa saja yang terdapat pada tanah dan  perakaran  tanaman  padi  yang  paling  baik  digunakan  sebagai  biofertilizer  yang  nantinya berpotensi  terhadap  produktivitas  tanaman  padi  serta  dapat  mengurangi  penggunaan  pupuk anorganik dan pestisida.
2.  Perlu dilakukan penelitian lanjutan tentang keanekaragaman bakteri pada akar tanaman padi di lahan sawah yang tidak menggunakan aplikasi pupuk kimia dan pestisida kimia.

## Indigenous Biologi
Jurnal pendidikan dan Sains Biologi 5(1) 2022

## DAFTAR PUSTAKA
Breed,  R.,  S.  E.,  G.  D.  Murray,  N.  R.  Smith  and  Ninety-four  Contributors.  1957. Bergey’s  Manual  of Determinative Bacteriology . 7 nd ed. Williams and Wilkins. United States of America Brown,  A.,  Smith  H.  2015. Benson,s  Microbiological  Applications  Laboratory  Manual  in  General Microbiology Thirteenth Edition . Mc Graw Hill International Edition. United States of America Cahlia, U. R. H. Wibowo dan Sipriyadi. 2018. Potensi Bakteri Spons Haliclona sp. Laut Enggano sebagai Penghasil Senyawa Antibakteri. Seminar Nasional Biologi . Universitas Negeri Semarang: 197- 204
Despita, R, M. A. Dewi, Fatmah, M. Sholeh, Arifin dan T. Yuniana. 2017. Peningkatan Hasil Padi melalui Pengendalian Hawar Daun Bakteri dengan Bakteri Corynebacterium sp. dan Pestisida Nabati Hefdiyah  dan  M.  Shovitri.  2014.  Potensi  Isolat  Bakteri Edwardsiella dan Corynebacterium dari  Pulau Poteran Sumenep sebagai Pelarut Fosfat. Jurnal Teknik Pomits , 3 (2): 75-79 Isnaeni, S. J. dan R. Masnilah. 2020. Identifikasi Penyebab Penyakit Busuk Bulir Bakteri pada Tanaman Padi  ( Oryza  sativa )  dan  Pengendaliannya  Menggunakan  Isolat Bacillus spp.  secara  in  vitro. Jurnal Proteksi Tanaman Tropis , 1 (1): 14-20
Kurniawati, S, K. H. Mutaqqin dan Giyanto. 2013. Keragaman Bakteri pada Pertanaman Padi di Lahan Sawah  Irigasi,  Tadah  Hujan  dan  Rawa. Prosiding  Seminar  Nasional  Agroinovasi  Spesifik Lokasi untuk Ketahanan Pangan pada Era Masyarakat Ekonomi ASEAN : 259-266 Kusumawardani,  D.  2018.  Isolasi  dan  Karakterisasi  Bakteri  Perakaran  Tanaman  Padi  Lahan  Salin sebagai Kandidat PGPR. Artikel Ilmiah
Lambui  dan  Jannah.  2017.  Isolasi  dan  Identifikasi  Bakteri Tanah  di  Hutan Sekitar  Danau  Kalimpa’a,
Kawasan Taman Nasional Lore Lindu, Sulawesi Tengah. Online Journal of Natural Science , 6 (1): 73-82
Marista, E. S. Khotimah dan R. Linda. 2013. Bakteri Pelarut Fosfat Hasil Isolasi dari Tiga Jenis Tanah Rizosfer Tanaman Pisang Nipah ( Musa paradisiaca var. nipah) di Kota Singkawang. Jurnal Protobiont , 2 (2): 93-101
Misran.  2014.  Pengaruh  Penggunaan  Pupuk  terhadap  Pertumbuhan  dan  Hasil  Padi  Sawah. Jurnal Dinamika Pertanian , 29 (2): 113-118
Mukrin, Yusran, &  Toknok, B. 2019. Populasi fungi dan bakteri tanah pada lahan agroforestri dan kebun campuran di ngata katuvua dongi-dongi kecamatan palolo kabupaten sigi sulawesi tengah. J. ForestSains , 16 (2) : 77 – 84.
Mulyono,  D.  2009.  Pencemaran  Pestisida  dalam  Budidaya  Pertanian  dan  Upaya  Pengendaliannya.
JRL , 5 (3): 219-224
Nurmas,  A.  Nofianti,  A.  Rahman  dan  A.  Khaeruni.  2014.  Eksplorasi  dan  Karakterisasi Azotobacter Indigenous untuk Pengembangan Pupuk Hayati Tanaman Padi Gogo Lokal di Lahan Marjinal. Jurnal Agroteknos , 4 (2): 127-133 Oktrisna, D. Puspita, F. dan zuhry E. 2017. Uji Bakteri Bacillus sp. Endofit Diformulasi dengan Beberapa Limbah terhadap Tanaman Padi Sawah ( Oryza sativa L.) Jom Faperta , 4 (1): 1-12 Pratiwi, A., A. A. Suprihadi, B. Raharjo, P. Wahyudi dan S. Parmiyatni. 2012. Isolasi dan Karakterisasi Bakteri  Pendegradasi  Pestisida  Dicofol  dari  Tanah  Sawah  di  Kabupaten  Karawang. Jurnal Biologi , 1 (1): 23-32
Syahril dan Somantri, R., Utami. 2015. Keragaan Pertumbuhan dan Hasil Padi pada Budidaya Ramah Lingkungan di Daerah Endemis Penyakit Kresek Kabupaten OKU Timur . Proseding Seminar Nasional Lahan Suboptimal , 1-8
Widawati,  S.  2015.  Isolasi  dan  Aktivitas Plant  Growth  Promoting  Rhizobacteria ( Rhizobium , Azospirillum , Azotobacter , Pseudomonas )  dari  Tanah  Perkebunan  Karet,  Lampung. Berita Biologi , 14 (1): 77-88
Widiastuti, H. Siswanto dan Suharyanto. 2010. Karakterisasi dan Seleksi Beberapa Isolat Azotobacter sp. untuk Meningkatkan Perkecambahan Benih dan Pertumbuhan Tanaman. Buletin Plasma Nutfah , 16 (2): 160-167
Wuriesyliane, N. Gofar, A. Madjid, H. Widjajanti dan N. L., P. SR. 2013. Pertumbuhan dan Hasil Padi pada Inseptisol Asal Rawa Lebak yang Diinokulasi Berbagai Konsorsium Bakteri Penyumbang Unsur Hara. Jurnal Lahan Suboptimal , 2 (1): 18-27