# Korespondensi:  Balai  Riset  Budidaya  Ikan  Hias,  Depok.
Jl.  Perikanan  No.  13,  Pancoran  Mas,  Depok  16364,  Indonesia. Tel.  +  62  21  7520482 E-mail:  erma_primanita@yahoo.com
Tersedia  online  di:  http://ejournal-balitbang.kkp.go.id/index.php/jra

## KARAKTER GENOTIPE TIGA POPULASI IKAN RAINBOW AJAMARU (Melanotaenia ajamaruensis) DARI ALAM DAN BUDIDAYA MENGGUNAKAN RAPD
Erma  Primanita  Hayuningtyas # ,  Shofihar  Sinansari,  Melta  Rini  Fahmi,  Eni  Kusrini,  dan  Bastiar  Nur
Balai Riset Budidaya Ikan Hias Jl. Perikanan No. 13, Pancoran Mas, Depok 16364
(Naskah diterima: 25 Mei 2018; Revisi final: 17 Juli 2018; Disetujui publikasi: 18 Juli 2018)

## ABSTRAK
Ikan rainbow Ajamaru (Melanotaenia ajamarunensis) yang  dinyatakan punah pada tahun 1996 merupakan ikan endemik dari Danau Ajamaru, Papua. Namun ikan ini berhasil ditemukan kembali pada tahun 2007 di Sungai Kaliwensi, Sorong, Papua. Domestikasi ex-situ ikan rainbow Ajamaru sedang dilakukan di Balai Riset Budidaya  ikan  Hias,  Depok-Jawa  Barat.  Penelitian  ini  bertujuan  mengevaluasi  perbedaan  genotipe  ikan rainbow Ajamaru di alam dan budidaya melalui analisis keragaman genetik untuk melihat adanya perubahan genetik, migrasi maupun mutasi gen. Metode yang digunakan adalah Randomly Amplified Polymorphic DNA (RAPD) dengan 3 jenis primer (OPA 03, OPB 6, dan OPZ 5). Setiap populasi baik, dari alam (Papua) maupun budidaya (Depok dan Papua) masing-masing diambil secara acak sebanyak 10 sampel ikan uji.  Hasil penelitian menunjukkan nilai keragaman genetik pada ikan di alam lebih rendah (62,5%) dibanding ikan budidaya di Papua (70,31%) dan tertinggi pada ikan budidaya di Depok (73,43%). Heterozigositas pada ikan di alam lebih rendah  (0,172)  dibanding  ikan  budidaya  di  Papua  (0,241)  dan  di  Depok  (0,270).  Jarak  genetik  terjauh ditunjukkan antara populasi ikan alam dan populasi ikan budidaya Papua, sedangkan jarak genetik terdekat antara  populasi  ikan budidaya  di  Papua  dengan di  Depok. Karakter  genotipe  yang  dihasilkan  pada  tiga populasi ikan rainbow Ajamaru adalah memiliki corak DNA yang berbeda nyata (P<0,05). Perbedaan yang dihasilkan dari karakter genotipe karena respon genotip dari tiap individu dan daya adaptasi ikan berbeda- beda pada habitat yang berbeda.

## KATA KUNCI: ikan rainbow; Melanotaenia; genetic; RAPD
ABSTRACT: Genotype characterization of three populations of Ajamaru rainbow fish using RAPD. By: Erma Primanita Hayuningtyas, Shofihar Sinansari, Melta Rini Fahmi, Eni Kusrini, and Bastiar Nur
Ajamaru rainbow,  an endemic fish  from Lake Ajamaru, Papua,  once declared extinct  in 1996. However,  it was rediscovered in 2007, in Kaliwensi River, Sorong, Papua. Currently, the Ajamaru rainbow fish is being domesticated ex- situ at the Research Center for Ornamental Fish Culture, Depok, West Java. The aim of the research was to determine the genotype characteristics of wild and cultured Ajamaru rainbow including genetic change, drift, migration, and mutation using genetic variance analysis. The genetic analysis applied was Randomly Amplified Polymorphic DNA (RAPD) using OPA-03, OPB-6, and OPZ-5 primers. Ten samples were used for each population. The results showed that the three populations of Ajamaru rainbow fish have significantly different (P<0.05) of DNA polymorphism. The lowest value of genetic variance was found in the wild fish (62.5%) followed by the cultured fish located in Papua (70.31%), and the highest was observed in the cultured fish located in Depok (73.43%). Heterozygosity of the wild fish was lower (0.172) than that of the cultured fish in Papua (0.241) and in Depok (0.270). The high genetic distance was found between the wild and cultured fish from Papua. The closest relationship was between the fish culture in Papua and Depok. The genotype character produced in the three  Ajamaru rainbow fish populations was have significantly different  (P<0.05) of  DNA  polymorphism.  The differences  that  result form  genotype  characters  because of  the genotypic response of each individual and the adaptability of fish vary in different habitats.
KEYWORDS: rainbow fish; Melanotaenia; genetic; RAPD

## PENDAHULUAN
Ikan rainbow Ajamaru (Melanotaenia ajamaruensis Allen & Cross 1980) merupakan salah satu dari 131 spesies  ikan  rainbow  yang  tersebar  di  Papua,  New Guinea, dan Australia (Tappin, 2016). Jenis Ikan rain- bow  ini,  termasuk  spesies  endemik  Papua  yang dinyatakan punah sejak tahun 1996 berdasarkan sta- tus IUCN periode 1996-2010. Pada tahun 2007, ikan ini ditemukan kembali di  Sungai Kaliwensi, Sorong, Papua  (Kadarusman  et  al.,  2010)  sehingga  merubah statusnya  menjadi  kekurangan  data  (data  deficient) (IUCN, 2017).
Pemijahan ikan rainbow Ajamaru sedang dilakukan di Balai Riset Budidaya Ikan Hias Depok agar ikan rain- bow Ajamaru bisa dibudidayakan di luar habitat aslinya. Koleksi  tahun  2007  telah  menghasilkan  empat generasi, namun pemijahannya masih dilakukan secara massal hasil koleksi tahun 2017 telah menghasilkan dua  generasi.  Upaya  pemijahan  di  luar  habitat, merupakan proses  domestikasi mengembangbiakan ikan liar pada lingkungan yang terkontrol, baik pakan maupun habitatnya budidaya (Effendi, 2004). Karakter genotipe  ikan  liar  yang  ditangkap  di  alam  berbeda dengan  ikan  hasil  budidaya,  sehingga  dibutuhkan karakterisasi  untuk  melihat  variasi  genetik  yang diperoleh  dari  populasi  alam  dan  populasi  hasil budidaya. Karakter genotipe dari suatu populasi secara kuantitatif  dikendalikan  oleh  banyak  gen  atau poligenik. Variasi genetik merupakan salah satu sifat kuantitatif bisa dipengaruhi oleh faktor lingkungan. Ikan  liar  dari  alam  yang  didomestikasikan  ke lingkungan  budidaya  akan  mengalami  perubahan genetik yang terekspresi melalui sifat kuantitatifnya (Ambarwati, 2016).
Randomly Amplified Polymorphic DNA (RAPD) sudah banyak dilakukan  pada beberapa generasi  ikan hias laut clown (Sembiring et al., 2010), beberapa populasi ikan beronang (Lante et al., 2012), beberapa populasi ikan gabus (Kusmini et al., 2015), beberapa generasi ikan hias rainbow Kurumoi (Hayuningtyas et al., 2016), beberapa  populasi  ikan  tambakan  (Kristanto  et  al., 2017). Analisis RAPD yang dilakukan pada beberapa spesies  ikan  ditujukan  untuk  melihat  keragaman genetik  baik  intra-maupun  inter-populasi  melalui tingkat polimorfismenya. Analisis RAPD yang dilakukan terhadap  tiga  generasi  ikan  rainbow  Ajamaru diharapkan  dapat  memperoleh  jarak  genetik  yang menghubungkan ketiganya sehingga dapat dilihat ge- netic  drift  yang  dihasilkan  atau  terjadi  perubahan frekuensi alel. Penelitian ini bertujuan melihat variasi genetik ikan rainbow Ajamaru yang diperoleh dari alam dan hasil budidaya.

## BAHAN DAN METODE

## Ikan Uji
Ikan uji yang digunakan merupakan ikan rainbow Ajamaru dari alam (RA Papua) dan hasil budidaya di Papua (RB Papua) dan di Depok (RB Depok). Ikan rain- bow Ajamaru alam (RA Papua) adalah ikan liar yang ditangkap dari Sungai Kaliwensi, Kabupaten Soroang Selatan, Papua Barat tahun 2017. Ikan rainbow hasil budidaya  memiliki  sumber  induk  dari  alam  sama seperti hasil ekspedisi ke-2 pada tahun 2017. Terdapat dua populasi budidaya, populasi budidaya yang pertama RB Papua yaitu ikan rainbow Ajamaru generasi pertama yang berhasil dibudidayakan di Politeknik Kelautan dan Perikanan Sorong, merupakan F-1; keturunan pertama dari  alam  Sungai  Kaliwensi,  Sorong  Selatan,  Papua Barat. Populasi budidaya yang kedua RB Depok adalah ikan rainbow Ajamaru generasi pertama yang berhasil dibudidayakan di BRBIH, Depok, Jawa Barat, merupakan F-2; keturunan dari ikan F-1 hasil budidaya di Politeknik Kelautan dan Perikanan Sorong, Papua. Setiap populasi masing-masing sebanyak 10 individu diambil sampel jaringan berupa daging atau sirip ekor secara acak.

## Ekstraksi  DNA
Sampel daging atau sirip ekor ikan diekstraksi DNA menggunakan prosedur gSYNC DNA Extraction Kit Quick Protocol (Genaid, Taiwan). Sirip ikan rainbow Ajamaru sebanyak 10-25 mg dihancurkan, dilakukan tahapan penghancuran,  pemisahan  DNA  dari  kontaminan seperti  protein dan  selulosa,  serta tahap  pencucian atau pemurnian DNA dan pengenceran sesuai dengan yang ada dalam instruksi kerja kit.

## Amplifikasi  PCR  (Polymerase  Chain  Reaction) dengan  Metode  RAPD
Pada tahap awal, ada 18 jenis primer RAPD yang diuji  (Tabel  1).  PCR  dilakukan  menggunakan thermocycler  gradient  (AB)  agar  suhu  annealing  bisa diatur  sesuai  dengan  temperature  melting  (TM)  dari masing-masing  primer.  Program  PCR  terdiri  atas denaturasi awal pada suhu 94°C selama dua menit, 35 siklus terdiri atas denaturasi 94°C selama satu menit, annealing sesuai  TM  primer  selama  satu  menit,  dan extension 72°C selama dua menit, dan diakhiri dengan satu siklus extension pada  72°C selama  tujuh menit. Komposisi  pereaksi  terdiri  atas  12,5  µL Dream  Taq Master Mix 2x (Thermo Scientific, USA), 1 µL primer RAPD,  3  µL  DNA,  dan  ditambah nuclease  free  water sampai total volume 25 µL.

## Elektroforesis  dan  Visualisasi
Produk  PCR yang  dihasilkan selanjutnya  masing- masing dimasukkan ke dalam sumur gel (well) sebanyak
6 µL (sudah mengandung dye) pada gel agarose 1,5% yang  mengandung  pewarna  gel  0,01%  (PeqGreen). Elektroforesis dilakukan bersama marker 100 bp Plus (Vivantis) pada voltase 100 volt selama 60 menit pada media  1x  TBE  (Tris  Borate  EDTA)  menggunakan PowerPac Basic (Bio-Rad). Selanjutnya visualisasi DNA dilakukan  menggunakan  Gel  documentation  -  UV transiluminator AlphaImager (Protein Simple).

## Analisis  Data
Setelah  diperoleh  hasil  elektroforesis  dilakukan scoring kemunculan fragmen DNA tergantung dari berat molekul  yang  dihasilkan.  Berat  molekul  produk amplifikasi  diprediksi  dengan  bantuan  software AlphaView SA. Selanjutnya setiap kemunculan fragmen diubah ke data biner yaitu angka-1 untuk fragmen yang muncul, dan angka-2 untuk fragmen yang tidak muncul. Hasil  dari  data  biner  tersebut  selanjutnya  dianalisis menggunakan software TFPGA (Tools for Population Ge- netic  Analyses),  sehingga  dihasilkan  nilai  derajat polimorfisme, heterozigositas dan jarak genetik, serta pembuatan  dendrogram  berdasarkan  UPGMA (Unweighted  Pair  Group  Arithmatic  Average)  (Miller, 1997).
Tabel 1. Jenis primer, urutan basa, panjang nucleotida, % G+C, dan temperature melting yang digunakan saat seleksi primer RAPD ikan rainbow Ajamaru
Table 1. Primer type, base pair, nucleotide length, G+C %, temperature melting used in primer screening of RAPD Ajamaru rainbow fish Jenis primer Primer type Urutan basa (5’ – 3’) Base pair (5’ – 3’) Panjang nukleotida Nucleotide length G+C (%) Suhu didih Temperature melting OPA-01 CAGGCCCTTC 10-mer 70 36.4 OPA-03 AGTCAGCCAC 10-mer 60 34.3 OPA-07 GAAACGGGTG 10-mer 60 33.2 OPA-08 GTGACGTAGG 10-mer 60 31.1 OPA-09 GGGTAACGCC 10-mer 70 37.4 OPA-14 TCTGTGCTGG 10-mer 60 34.3 OPA-18 AGGTGACCGT 10-mer 60 36,2 OPB-01 GTTTCGCTCC 10-mer 60 33,4 OPB-04 GGACTGGAGT 10-mer 60 32,2 OPB-06 TGCTCTGCCC 10-mer 70 39,8 OPB-07 GGTGACGCAG 10-mer 70 38,1 OPB-08 GTCCACACGG 10-mer 70 37,3 OPB-10 CTGCTGGGAC 10-mer 70 36,2 OPB-11 GTAGACCCGT 10-mer 60 32,6 OPC-05 GATGACCGCC 10-mer 70 37,6 OPZ-05 GGCTGCGACA 10-mer 70 41,2 OPZ-10 CAAACGTGGG 10-mer 60 33,7 OPZ-13 GGGTCTCGGT 10-mer 70 38,0

## HASIL DAN BAHASAN
Screening 18 primer RAPD memperoleh hasil seperti tersaji  pada  Gambar  1.  Hasil  menunjukkan  bahwa terdapat tiga primer yang muncul secara polymorphic dan konsisten. Tiga primer yang digunakan adalah OPA- 03,  OPB-06,  OPZ-05.  Selanjutnya  ketiga  primer tersebut digunakan untuk menganalisis populasi ikan rainbow RA Papua, RB Papua, dan RB Depok.
Setiap  primer  memiliki  profil  fragmen  yang berbeda  karena  memiliki  daerah  penempelan  yang berbeda  pada  tiap  populasi  maupun  individu.  Pada primer  OPA-3  profil  fragmen  yang  dihasilkan ditampilkan pada Gambar 2. Pada populasi alam yaitu RA  Papua  fragmen  yang  muncul  cukup  berbeda dibandingkan  populasi  budidaya  RB  Papua  dan  RB Depok.  Fragmen  yang  muncul  pada  RA  Papua berukuran 2.500-700  bp, sementara pada  RB Papua dan RB Depok adalah ukuran 1.800-300 bp. Terdapat selisih kemunculan fragmen di awal (2.500-1.800 bp) dan di akhir (700-300 bp), sehingga menghasilkan profil yang  berbeda  antara  ikan  rainbow  Ajamaru  yang dipelihara  di  alam  dengan  yang  dipelihara  secara budidaya. Selain perbedaan kemunculan fragmen ada pula fragmen yang muncul secara dominan di ketiga
Gambar 1. Hasil screening menggunakan 18 jenis primer RAPD (Keterangan: Produk PCR hasil screening diberi tanda kotak).
Figure 1. Screening result using 18 RAPD primers (Note: The screened PCR product is boxed).
populasi, yaitu  pada ukuran 1.300, 1.000,  850, dan 700 bp.
Profil  fragmen  hasil  amplifikasi  menggunakan primer  OPB-6  ditampilkan  pada  Gambar  3.  Pada populasi  alam  ukuran  fragmen  yang  muncul  masih berbeda  dibandingkan  populasi  budidaya.  Ukuran fragmen  RA  Papua  1.900-400  bp,  sedangkan  pada populasi RB Papua 2.300-400 bp dan RB Depok 3.000- 400 bp. Antara populasi budidaya terdapat perbedaan kemunculan fragmen 3.000 bp muncul pada RB Depok sementara  pada  populasi  lainnya  tidak  muncul, sedangkan antara populasi alam dan populasi budidaya terdapat  selisih  kemunculan  fragmen  pada  ukuran besar yaitu 3.000-1.900 bp. Selain perbedaan terdapat juga fragmen yang muncul dominan yaitu pada ukuran 950, 800, 750, 600, dan 400 bp.
Profil  fragmen  hasil  amplifikasi  menggunakan primer OPZ-5 ditampilkan pada Gambar 4. Kemunculan fragmen yang dihasilkan dengan menggunakan primer OPZ-5  cenderung  lebih  jarang  dibandingkan penggunaan primer lainnya. Fragmen dominan yang muncul  dengan  menggunakan  primer  OPZ-5  adalah 1.400, 1.200, 1.000, 900, dan 400 bp. Ukuran yang dihasilkan pada populasi alam RA Papua adalah 2.200- 400 bp sedangkan pada populasi budidaya RB Papua adalah 2.300-300 bp, dan RB Depok adalah 2.400-300 bp. Jumlah fragmen yang dihasilkan dan ukuran fragmen yang dihasilkan secara rinci ditampilkan pada Tabel 2.
Pada Tabel 2 selain menampilkan ukuran fragmen juga menampilkan jumlah fragmen. Jumlah fragmen dengan rentang terluas adalah pada primer OPB-6 (1- 13  fragmen),  sedangkan  yang  memiliki  rentang
Gambar 2. Profil fragmen RAPD hasil amplifikasi DNA dari tiga populasi ikan rainbow Ajamaru menggunakan primer OPA-03 (Keterangan: RA Papua= populasi alam; RB Papua= populasi budidaya di Papua; RB Depok= populasi budidaya di Depok).
Figure 2. Profile of RAPD fragments of DNA amplification result in three generations of Ajamaru rainbow fish using primer OPA-03 (Note: RA Papua= wild population; RB Papua= culture in Papua population; RB Depok= culture in Depok population).
RA Papua                                         RB Papua                                          RB Depok
terendah adalah primer OPZ-5 (1-10 fragmen). Dengan demikian,  variasi  kemunculan  fragmen  yang  paling tinggi  ada  pada  primer  OPA-3,  sedangkan  variasi kemunculan fragmen yang paling rendah adalah pada OPZ-5.
Tabel  3  menampilkan  variasi  keragaman  genetik berdasarkan derajat polimorfisme dan heterozigositas. Berdasarkan hasil keragaman genetik menggunakan  program  TFPGA  diperoleh  nilai polimorfisme  tertinggi  adalah  73,43%  dan  nilai heterozigositas sebesar 0,270 pada populasi RB Depok yang  merupakan  ikan  rainbow  Ajamaru  yang
dibudidaya  di  Depok.  Populasi  dengan  keragaman genetik terendah adalah RA  Papua yang merupakan populasi  ikan  rainbow  Ajamaru  dari  alam  yaitu polimorfisme  62,5%  dan  heterozigositas  0,172. Sementara ikan budidaya RB Papua juga memiliki nilai keragaman genetik yang lebih tinggi dibandingkan ikan rainbow Ajamaru dari alam yaitu polimorfisme 70,31% dan  heterozigositas  0,241. Hal  ini  mengindikasikan bahwa  tidak  terjadi  inbreeding  dalam  proses domestikasi  dari  ikan  alam  ke  ikan  budidaya. Keragaman genetik yang tinggi terjadi pada ikan rain- bow  Ajamaru  hasil  budidaya  dikarenakan  proses adaptasikan dari alam ke media budidaya yang baru.
Gambar 3. Profil fragmen RAPD hasil amplifikasi DNA dari tiga populasi ikan rainbow Ajamaru menggunakan primer OPB-06 (Keterangan: RA Papua= populasi alam; RB Papua= populasi budidaya di Papua; RB Depok= populasi budidaya di Depok).
Figure 3. Profile of RAPD fragments of DNA amplification result in three generations of Ajamaru rainbow fish using primer OPB-06. (Note: RA Papua= wild population; RB Papua= culture in Papua population; RB Depok= culture in Depok population).
RA Papua                                         RB Papua                                          RB Depok
Gambar 4. Profil fragmen RAPD hasil amplifikasi DNA dari tiga populasi ikan rainbow Ajamaru menggunakan primer OPZ-05 (Keterangan: RA Papua= populasi alam; RB Papua= populasi budidaya di Papua; RB Depok= populasi budidaya di Depok).
Figure 4. Profile of RAPD fragments of DNA amplification result in three generations of Ajamaru rainbow fish using primer OPZ-05 (Note: RA Papua= wild population; RB Papua= culture in Papua population; RB Depok= culture in Depok population).
RA Papua                                         RB Papua                                          RB Depok
Hal  ini  diperkuat  dengan  hasil  keragaman  genetik antara ikan budidaya yang dipelihara di Papua berbeda nyata  dengan  yang  dipelihara  di  Depok.  Menurut Kusmini  et  al.  (2015),  nilai  polimorfisme  dan heterozigositas  menunjukkan  potensi  kemampuan adaptasi terhadap lingkungan, karena semakin tinggi nilai heterozigositas semakin banyak pula gen yang
terlibat  dalam  menyumbangkan  tingkat  kebugaran suatu  populasi.  Hal  ini  sesuai  dengan  pernyataan Gardner et al. (1991) bahwa faktor yang meningkatkan keragaman genetik yaitu mutasi dan migrasi. Dengan demikian, peningkatan keragaman genetik yang terjadi pada populasi budidaya baik yang di Papua maupun yang  di  Depok  akibat  adanya  perpindahan  tempat
Tabel 2. Jumlah dan ukuran fragmen per primerpada populasi ikan rainbow Ajamaru Table 2. Number and length fragment per primer of Ajamaru rainbow fish populations
Tabel 3. Jumlah sampel, derajat polimorfisme, heterozigositas, jumlah lokus dari tiga populasi ikan rain- bow Ajamaru.
Table 3. Number of sample, degree of polymorphism, heterozygosity, and locus number of three populations of Ajamaru’s rainbow fish
RA Papua RB Papua RB Depok Jumlah fragmen (Fragment count ) 7-11 3-7 5-13 3-13 Ukuran fragmen (Fragment length ) 700-2,500 300-2,000 300-1,800 300-2,500 Jumlah fragmen (Fragment count ) 1-11 4-13 1-12 1-13 Ukuran fragmen (Fragment length ) 400-1,900 400-2,300 400-3,000 400-3,000 Jumlah fragmen (Fragment count ) 1-9 1-9 3-10 1-10 Ukuran fragmen (Fragment length ) 400-2,200 300-2,400 400-2,400 300-2,400 1-11 1-13 1-12 1-13 OPZ 5 Total jumlah fragmen (Total fragment count )
Populasi (Population ) Primer/parameter
Primer/parameters
Antar populasi
Between population
OPA 3
OPB 6 RA Papua RB Papua RB Depok Jumlah sampel (ekor) / Sampel count (ind.) 10 30 Polimorfisme (Polymorphism ) (%) 62.5 70.31 73.43 86.06 Heterozigositas (Heterozygosity ) 0.172 0.241 0.27 0.274 Lokus berdasarkan primer (Locus by primer ) OPA 3 OPB 6 OPZ 5 Total lokus (Total locus ) Jumlah lokus (Locus count ) 23 23 18 64
Total/antar generasi Total/between generation Parameter (Parameters ) Populasi (Population )
Tabel 4. Hasil uji FST berpasangan terhadap tiga populasi ikan rainbow Ajamaru
Table 4. Result of FST comparison pairs test of three populations of Ajamaru rainbow fish
Keterangan: S = Berbeda nyata pada taraf alpha (P<0,05)
Note: S  =  Significantly different on  the significance level  of (P<0.05) RA Papua RB Papua RB Depok RA Papua ***** RB Papua 0.0000 s ***** RB Depok 0.0000 s 0.0005 s *****
budidaya yang  tadinya terbatas  di sungai  yang pola migrasinya rendah (karena hanya sepanjang kurang dari 200 meter) sehingga diduga di alam sudah terjadi in- breeding.  Sedangkan  ikan  yang  dipelihara  secara budidaya, pemijahannya lebih terarah.
Hasil uji FST berpasangan ditampilkan pada Tabel 4. Berdasarkan analisis statistik mengunakan AMOVA menunjukkan bahwa antara ketiga populasi ikan rain- bow Ajamaru baik dari alam maupun ikan budidaya secara  genotipe  berbeda  nyata  (P<0,05).  Hal  ini menunjukkan bahwa ikan alam yang sudah berhasil didomestikasikan dan dibudidayakan di tempat yang baru  diduga  terjadi  proses  ekspresi  dari  interaksi antara  genotipe  dengan  lingkungan  melalui  proses adaptasi  ikan  dengan  kemampuan  adaptasi  yang berbeda  menghasilkan  keragaman  genetik  yang berbeda pula. Menurut Ambarwati (2016), lingkungan dapat berpengaruh terhadap ekspresi sifat kuantitatif dan ada banyak gen yang dapat mengendalikan sifat (gen bekerja sendiri-sendiri atau saling berinteraksi). Selain itu, juga untuk mengetahui interaksi antar alel yang berada pada lokus berbeda.
Jarak genetik yang dihasilkan diperoleh dari analisis data  TFPGA  berdasarkan Wright’s  (1978)  modifikasi dari Roger’s (1972) pada pengolah data TFPGA dalam Miller (1997). Tabel 5 menampilkan jarak genetik antara ikan  dari  alam  (RA  Papua)  dengan  ikan  budidaya  di Papua  (RB  Papua)  sebesar  0,3665;  yang  merupakan hubungan  terjauh.  Hubungan  kekerabatan  terdekat adalah antara ikan rainbow Ajamaru hasil budidaya di Papua  (RA  Papua)  dengan  di  Depok  (RB  Depok). Menurut Asih et al. (2008), hubungan kekerabatan yang jauh bisa disebabkan oleh kondisi lingkungan perairan yang  berbeda  dan  pola  migrasi  yang  terbatas.  Pada ikan rainbow Ajamaru yang ditangkap di alam yaitu sepanjang Sungai Kaliwensi yang panjangnya kurang dari  200  meter,  ikan  rainbow  Ajamaru  hanya  dapat diperoleh di sungai tersebut sehingga diduga tingkat inbreeding di alam sudah tinggi karena habitatnya yang terbatas dan sumberdaya genetik yang tersedia hanya yang  berasal  dari  sungai  tersebut.  Pemijahan  di
alampun  menjadi  tidak  terarah  sehingga  dapat meningkatkan potensi inbreeding. Sementara pada ikan budidaya pemijahan dapat dilakukan terarah dan bisa diatur untuk tidak memijah secara massal.
Berdasarkan  analisis  klaster  (UPGMA)  yang ditampilkan dalam dendrogram pada Gambar 5, terlihat bahwa  populasi  ikan  rainbow  Ajamaru  budidaya membentuk  satu  klaster tersendiri,  sedangkan  ikan rainbow  Ajamaru  dari  alam  membentuk  klaster terpisah.  Hal  ini  karena  ikan  budidaya  di  Depok merupakan  anakan  dari  ikan  budidaya  di  Papua, sehingga kekerabatannya lebih dekat dibanding ikan yang diambil langsung dari alam. Menurut Kristanto et al. (2017), hubungan kekerabatan yang dekat pada dendrogram  menunjukkan  bahwa  ikan  budidaya memiliki sumber genetik dari induk yang sama. Hal ini terbukti karena ikan budidaya di Depok merupakan keturunan  dari  ikan  budidaya  di  Papua  namun pemijahan dilakukan di Depok.
Populasi ikan rainbow Ajamaru memiliki keragaman genetik  yang  tinggi  dan  memiliki  perbedaan  yang nyata  terutama  antara  ikan  di  alam  dengan  ikan budidaya. Hal ini diduga akibat adanya perpindahan tempat  dan  terdapat  proses  adaptasi  pada  ikan  di tempat yang baru. Kemampuan ikan dalam beradaptasi yang  disebut  adaptability  ini  berpengaruh  secara fenotipe dan genotipe. Letak geografis yang berjauhan juga  menjadi  salah  satu  faktor  yang  memengaruhi karena kondisi media pemeliharaan antara satu tempat dengan tempat lainnyapun bisa berbeda. Hal ini sesuai dengan pendapat Lante et al. (2012) bahwa populasi dengan  keragaman  genetik  yang  tinggi  mempunyai peluang  hidup  yang  tinggi  karena  mempunyai kemampuan yang lebih baik untuk beradaptasi dengan lingkungannya.
Menurut Tahapari et al. (2017), pada ikan patin yang dipelihara  pada  lingkungan  ekosistem  berbeda mengakibatkan keragaman pertumbuhan dan tampilan fenotipe yang bervariasi, hal ini disebabkan respons genotipe dari tiap ikan yang tidak sama. Daya adaptasi
Tabel 5. Jarak  genetik  tiga  populasi  ikan  rainbow  Ajamaru  alam  dan  budiaya berdasarkan jarak Wright’s (1978) modifikasi Roger’s (1972)
Table 5. Genetic  distance  of  three  populations  of  Ajamaru  rainbow  fish  from  wild  and culture based on Wright’s (1978) modification of Roger’s (1972) distance RA Papua RB Papua RB Depok RA Papua ***** RB Papua 0.3665 ***** RB Depok 0.3482 0.2581 *****
ikan dipengaruhi oleh faktor genetik, lingkungan, dan interaksi  antara  genetik  dan  lingkungan.  Namun kemampuan  ikan  dalam  beradaptasi  dapat meningkatkan produktivitas dari budidaya ikan yang berkelanjutan. Produktivitas yang berbeda dihasilkan dari  pemeliharaan  ikan  pada  lokasi  budidaya  yang berbeda  akibat  adanya  kondisi  geografis, agroklimatologis,  dan  teknologi  budidaya  yang digunakan. Perbedaan tersebut menimbulkan respons genotipe yang berbeda sehingga dapat menghasilkan fenotipe  yang  berbeda  juga,  hal  inilah  yang menyebabkan  keragaman  genetik  yang  tinggi  pada lokasi budidaya yang berbeda (Ariyanto et al., 2011; Kusmini et al., 2015; Lante et al., 2012; Tahapari et al., 2017). Pada ikan rainbow Ajamaru yang dipelihara pada lingkungan berbeda menghasilkan keragaman genotipe yang  berbeda  karena  respons  genotipe  dari  tiap individu dan daya adaptasi ikan berbeda-beda.

## KESIMPULAN
Keragaman genetik ikan rainbow Ajamaru memiliki nilai keragaman yang tinggi pada kisaran 62,5-73,43%, yang  tertinggi  pada  ikan  budidaya  di  Depok.  Nilai Heterozigositas pada ikan alam lebih rendah (0,172) dibanding ikan budidaya di Papua (0,241) dan di Depok (0,270). Jarak genetik terjauh adalah antara populasi ikan alam dan populasi ikan budidaya Papua sedangkan jarak  genetik  terdekat  adalah  antara  populasi  ikan budidaya di Papua dengan di Depok. Karakter genotipe yang dihasilkan pada ikan rainbow Ajamaru dari alam dan budidaya adalah berbeda nyata (P<0,05). Perbedaan yang  dihasilkan  dari  karakter  genotipe  ini  karena
respon genotip dari tiap individu dan daya adaptasi ikan berbeda-beda pada habitat yang berbeda.

## UCAPAN TERIMA KASIH
Kegiatan penelitian ini dibiayai DIPA tahun anggaran 2017. Ucapan terima kasih disampaikan kepada tim ekspedisi Ajamaru tahun 2017 terdiri atas tiga institusi yaitu Balai Riset Budidaya Ikan Hias (BRBIH), Depok; Sekolah  Tinggi  Perikanan,  Jakarta;  dan  Politeknik Kelautan  dan  Perikanan  Sorong,  Papua  yang  telah menyediakan ikan uji yang digunakan dalam penelitian ini. Terima kasih juga diucapkan kepada Nadia Mega Ariyani  selaku  analis  laboratorium  genetika  dan bioteknologi  BRBIH  yang  terlibat  dalam  kegiatan penelitian ini.

## DAFTAR  ACUAN
Ambarwati, E. (2016). Pengantar genetika kuantitatif. Jogjakarta: Gadjah Mada University Press, 118 hlm. Ariyanto,  D.,  Robisalmi,  A.,  &  Fajarwati,  D.  (2011).
Evaluasi  daya  tahan  larva  ikan  nila  (Oreochromis niloticus) pada media bersalinitas. Surabaya, Indo- nesia:  Prosiding  Seminar  Nasional  Kelautan  VII, hlm. 37-43.
Asih,  S.,  Nugroho,  E.,  Kristanto,  A.H.,  &  Mulyasari. (2008). Penentuan genetik ikan Batak (Tor soro) dari Sumatera  Utara  dan  Jawa  Barat  dengan  metode analisis Random Amplified Polymorphism DNA (RAPD). Jurnal Riset Akuakultur, 3(1), 91-97.
Effendi,  I. (2004).  Pengantar  Akuakultur. Jakarta,  In- donesia: Penebar Swadaya, 188 hlm.
Gambar 5. Dendrogram  tiga  populasi  ikan  rainbow  Ajamaru  dari  alam  dan budidaya.
Figure 5. Dendrogram of three populations of  Ajamaru Rainbowfish from wild and culture. Keterangan: RA Papua= ikan rainbow Ajamaru F-0 dari alam; RB Papua= ikan rainbow Ajamaru budidaya di Papua; dan RB Depok= ikan rainbow Ajamaru budidaya di Depok Note: RA  Papua=  Ajamaru  Rainbowfish  F0  wild;  RB  Papua=  Ajamaru  rainbow  fish culture  in Papua;  and  RB Depok=  Ajamaru  rainbow  fish  culture  in  Depok) 0.400 0.300 0.200 0.100 0.000 RB Depok RB Papua
RA Papua
Gardner, E.J., Simmons, M.J., & Snustad, P.D. (1991). Population and evolutionary genetics in principles of  genetic.  New  York,  Chichester  Brisbane, Toronto, Singapore: Jhon Wiley and Sons Inc., p. 566-580.
Hayuningtyas,  E.P. &  Kadarini,  T. (2016).  Keragaman genotipe  ikan  rainbow  Kurumoi  (Melanotaenia parva) hasil domestikasi berdasarkan RAPD. Jurnal Riset Akuakultur, 11(2), 107-114.
IUCN.  (2017).  Melanotaenia  ajamaruensis:  The  IUCN Red  List  of  Threatened  Species.  Website: www.iucnredlist.org/details/13055/0.  diakses  28 Mei 2018.
Kadarusman,  Sudarto,  Paradis,  E.,  &  Pouyaud,  L. (2010).  Description  of  Melanotaenia  fasinensis,  a new spesies of rainbowfish (Melanotaeniidae) from West  Papua,  Indonesia  with  comments  on  The Rediscovery  of  M.  Ajamaruensis  and  The  Endan- gered Status of M. parva. Cybium International Jour- nal of Ichthyology, 34(2), 207-215.
Kristanto,  A.H.,  Subagja,  J.,  Cahyanti,  W.,  &  Arifin, O.Z. (2017). Evaluasi variasi fenotipe dan genotipe ikan tambakan dari Kalimantan Tengah, Jawa Barat, dan Jambi dengan truss morfometrik dan Random Amplified  Polymorphic  DNA  (RAPD).  Jurnal  Riset Akuakultur, 12(3), 203-211.
Kusmini,  I.I.,  Prakoso,  V.A.,  &  Kusdiarti.  (2015).
Keragaman  fenotipe  truss  morfometrik  dan genotipe  ikan  gabus  (Channa  striata)  dari  Jawa Barat, Sumatera Selatan, dan Kalimantan Tengah. Jurnal Riset Akuakultur, 10(4), 501-509.
Lante, S., Tenriulo, A., & Palinggi, N.N. (2012). Variasi genetik  ikan  baronang  (Siganus  gutatus)  asal perairan Barru, Lampung, dan Sorong menggunakan penanda  RAPD  (Randomly  Amplified  Polymorfism DNA). Jurnal Riset Akuakultur, 7(2), 195-204.
Miller, M.P. (1997). Tools for Population Genetic Analy- ses (TFPGA). Version 1.3. USA: Northern Arizona University.
Sembiring,  S.B.M.,  Setiawati,  K.M.,  Haryanti,  & Wardana, I K. (2010). Karakter genetik induk (F-0) dan  turunannya  (F-1)  pada  ikan  hias  laut  clown (Amphiprion percula)  menggunakan marker  RAPD (Random  Amplified  Polymorfism  DNA).  Jurnal  Riset Akuakultur, 5(2), 183-190.
Tahapari, E., Darmawan, J., & Dewi, R.R.S.P.S. (2017). Daya  adaptasi  tiga  spesies  ikan  patin  pada lingkungan yang berbeda. Jurnal Riset Akuakultur, 12(3), 253-261.
Tappin, A.R.  (2016). Rainbowfish:  Melanotaenia and Pseudomugilidae, rainbowfish species. Australia:
Art Publications. Website: http:// rainbowfishes.angfaqld.org.au/melano.htm diakses 23 Maret 2018.