## Sasambo Journal of Pharmacy
https://jffk.unram.ac.id/index.php/sjp
___________ Email: gusnia_26@apps.ipb.ac.id (*Corresponding Author)
Copyright © 2022, The Author(s). This article is distributed under a Lisensi Creative Commons Atribusi 4.0 Internasional .
Molecular docking of the bioactive compound Ocimum sanctum as an inhibitor of Sap 1 Candida albicans

## Gusnia Meilin Gholam
1 1 Departemen Biokimia, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, IPB University, Bogor, 16680, Indonesia.
DOI: https://doi.org/10.29303/sjp.v3i1.157
Article Info
Abstract: Candida  albicans ( C.  albicans )  is  the  norm  microbiota  that  lives  in  humans'  oral cavity, digestive tract, and urinary tract. However, C. albicans , under certain circumstances can cause superficial infections of the mucosa such as oropharyngeal candidiasis (OPC) or vulvovaginal  candidiasis  (VVC)  and  even  systemic  infections. Secreted  aspartic  proteinase (Sap) 1 plays a role in the phenotype change of C. albicans. The study aimed to perform molecular  docking  using  the  bioactive  compound Ocimum  sanctum to  inhibit  Sap  1  C. albicans.  Methods  used  include  preparation  of  protein  structures,  ligands  preparation, simulation of docking, and analysis and visualization. The results showed Apigenin had the highest binding energy of 7,792 kcal/mol and was followed by methyl eugenol ligand 5,361  kcal/mol,  Citral  5,307  kcal/mol,  Ursolic  acid  4,967  kcal/mol,  and  Taxol  2,118 kcal/mol.  Known  interactions  from  the docking  results  showed  that  the  four  ligands  hit the catalytic residue Asp32/Asp218, but only ursolic acid did not hit the catalytic residue.
This study concludes that all ligands have binding energies that inhibit Sap 1, resulting in various interactions, amino acid residue contacts, and dissociation constants. Received : 2022-03-15
Revised : 2022-04-05
Accepted : 2022-04-20
Keywords: Candida albicans, Molecular docking, Sap 1, Ocimum sanctum.
Citation: Gholam,  G.  M.  (2022).  Molecular  docking  of  the  bioactive  compound Ocimum sanctum as  an  inhibitor  of  Sap  1 Candida albicans . Sasambo Journal of Pharmacy , 3 (1), 18-24. https://doi.org/10.29303/sjp.v3i1.157

## Pendahuluan
Candida  albicans ( C.  albicans )  merupakan mikrobiota  normal  pada  manusia  yang  berada  pada rongga  mulut,  saluran  pencernaan,  dan  saluran urinogenitary hingga  mencapai  70%. Namun,  diketahui jika  dalam  kondisi  tertentu  jamur  ini  dapat menyebabkan  infeksi  superfisial  pada  mukosa  seperti oropharyngeal  candidiasis (OPC)  atau vulvovaginal candidiasis (VVC)  dan  bahkan  jika C.  albicans dapat menembus  aliran  darah,  akan  dapat  menyebabkan infeksi sistemik yang mengancam jiwa (Wächtler et al., 2012). C.  albicans diketahui  menghasilkan secreted aspartic  proteinase (Sap),  Sap  pada C.  albicans mempunyai  keluarga  gen  yang  terdiri  dari  Sap  1 hingga Sap 10. Sap terbukti secara in vitro mempunyai peran  yang  berbeda-beda.  Borelli  et  al.,  (2008)
menyebutkan  bahwa  Sap  1  mempunyai  peran  yang signifikan  dalam  virulensi  terhadap  infeksi  lokal  dan sistemik  oleh C.  albicans. Sap  1  membantu  dalam peralihan  fenotip.  Subfamili  Sap1-3  diperkirakan memiliki  fungsi  yang  sama  pada  permukaan mucocutaneous secara in  vivo ,  sehingga  dapat menggunakan substrat yang sama (Naglik et al., 2004). Selain  itu,  adanya  Sap  yang  berbeda-beda,  telah  lama dikaitkan  dengan  virulensi  dari C.  albicans sejak ditemukan (Correia et al., 2010; Hube et al., 1997). Sap merupakan protein ekstraselular dari Candida dan juga salah  satu  faktor  penting  dalam  virulensinya.  Sap diketahui  dapat  menekan  produksi  protein  hospes yang  mempunyai  peran  dalam  imunitas  seperti albumin,  hemoglobin,  keratin  dan  sekresi  IgA  (Sjam, 2012).  Tantangan  saat  ini,  kurangnya  vaksin antijamur dan  terbatasnya  jumlah  zat  antimikotik  yang  tersedia
yang  dapat  berkontribusi  pada  kesulitan  dalam mengobati  penyakit  yang  ditimbulkan  oleh C. albicans (seperti kandidiasis sistemik) (Polke, et al, 2015).
Organisasi  kesehatan  dunia  (WHO)  melaporkan bahwa sekitar 4 miliar orang (80% dari populasi dunia) menggunakan  obat-obatan  herbal  untuk  beberapa aspek  perawatan  kesehatan  mereka.  Obat  herbal  telah diakui  WHO  sebagai  komponen  penting  dalam perawatan  kesehatan  dan  sekitar  11%  dari  252  obat berasal  dari  tanaman.  Tanaman  obat  diketahui memiliki peran dalam farmakologi seperti antioksidan, antivirus,  antikanker,  antimikroba,  antijamur,  dan antiparasit  (Shakya,  2016).  Tanaman  obat  merupakan sumber  yang  kaya  akan  metabolit  sekunder  yang secara  kimiawi  dan  taksonomi  sangat  beragam fungsinya (Borah & Biswas, 2018; Shakya, 2016).
Ocimum  sanctum L.  atau  lebih  dikenal  sebagai kemangi  (Tulsi)  merupakan  tanaman  herbal  dan dianggap  sebagai  salah  satu  sumber  obat  dan mempunyai  banyak  metabolit  sekunder  dan  minyak atsiri  yang  direkomendasikan  untuk  pengobatan malaria, diare, bronkitis, pen yakit kulit, radang sendi, sakit  mata,  demam  kronis.  Selain itu, Ocimum sanctum juga  menunjukkan  efek  sebagai  antikanker,  antijamur, antimikroba,  antifertilitas,  hepatoprotektif,  pelindung jantung, antiemetik, antidiabetik, dan analgesik (Borah &  Biswas,  2018). Tabel  1 menunjukkan  senyawa bioaktif  pilihan  yang  mempunyai  sifat  sebagai antidiabetik,  antibakterial,  antijamur,  antipiretik  dan antikanker (Shakya, 2016).
Era  teknologi,  rancangan  kandidat  obat  dapat dibantu dengan alat bioinformatika dan terbukti sangat inovatif  yang  mempunyai  kemungkinan  hasil mendekati  akurat  dan  dapat  menekan  biaya  menjadi lebih  hemat,  serta  mempunyai  efisiensi  waktu  yang cukup  lebih  cepat.  Penambatan  molekuler  merupakan salah  satu  teknik  dalam  bioinformatika  untuk menganalisis  adanya  kemungkinan  terbentuk  ikatan molekul  ligan  dengan  reseptor  secara  spesifik (Tumilaar, Siampa, & Tallei, 2021).
Berdasarkan  penjelasan  diatas,  penelitian  ini bertujuan melakukan penambatan molekuler menggunakan senyawa bioaktif Ocimum sanctum untuk menghambat Sap 1 C. albicans .

## Metode
Alat yang digunakan dalam penelitian ini adalah laptop HP 250 G5 Notebook PC dengan sistem operasi Windows  10  Professional  64-bit  dan  spesifikasi prosessor  Intel  ®  Core  TM  i3-6006U.  Dilengkapi dengan 4,00 GB RAM. Perangkat lunak yang diunakan yaitu YASARA Structure dan BIOVIA Discovery studio. Bahan  yang  digunakan  adalah  Reseptor  Sap  1 Candida albicans yang diunduh dalam format file (.pdb)
dari  PDB  (https://www.rcsb.org/).  Ligan  yang digunakan  yaitu  Apigenin,  Taxol,  Ursolic  acid,  Citral, dan Methyl eugenol (Tabel 1).

## Preparasi struktur protein
Struktur  tiga  dimensi  (3D)  Sap  1  diunduh  dari PDB  (https://www.rcsb.org/)  (S.  K.  Pandey  et  al., 2019),  dengan  kode  PDB  ID “ 2QZW ” dan  dipreparasi menggunakan
YASARA
structure dengan menghilangkan  molekul  air,  penambahan  atom hidrogen (Gonzalez, Rae, Colacino, & Richardson, 2019; Borelli et al., 2008). Penelitian ini menggunakan Chain A Sap 1.

## Preparasi Ligan
Stuktur tiga dimensi (3D) diambil dari PubChem (https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/)  (Tabel  1)  (S.  K. Pandey  et  al.,  2019).  Preparasi  ligan  dan  minimalisasi energi  menggunakan  prosedur  pada  YASARA structure .  Ligan  disimpan dalam  format  *_ligand.sdf (* mempresentasikan  harus  memiliki  nama  atau  angka yang sama dengan file *_receptor.sce) (Gao et al., 2021).

## Simulasi Penambatan
Penambatan  dilakukan  menggunakan  VINA yang  terletak  pada Play  macro YASARA structure (Valmas,  Dedes,  &  Dimarogona,  2020;  Venkatachalam &  Ettrich,  2021). Untuk  simulasi  penambatan,  residu katalitik  Sap  1  digunakan  untuk  mengatur  area  target penambatan.  Pertama, cube simulation cell diatur  dalam Extend 5  A  pada  area  residu  katalitik  Asp32  dan Asp218, kemudian dapat disimpan dalam *_receptor.sce  dalam  file  YASARA structure .  Kedua, play  macro yang  digunakan  adalah  dock_run  dengan pengaturan 25 runs dan metode VINA pada YASARA structure (Cortés-Benítez,  Roy,  Perreault,  Maltais,  & Poirier, 2021; Gao et al., 2021; Valmas et al., 2020). Hasil penambatan  secara  otomatis  berupa  energi  ikatan (kkal/mol), konstanta disosiasi (pM) dan kontak residu asam amino (Srivastava, et al, 2018).

## Analisis dan Visualisasi
BIOVIA  Discovery  Studio  digunakan  untuk melihat  kompleks  ligan  dengan  protein  agar  terlihat tipe ikatan dari hasil penambatan (Raj, Lee, et al, 2022).
Tabel 1. Komponen bioaktif Ocimum sanctum (A. K. Pandey, Singh, & Tripathi, 2014; Shakya, 2016)
cid ligan 5280443 Apigenin 36314 Taxol 64945 Ursolic acid 638011 Citral 7127 Methyl eugenol
Tabel 2. Hasil penambatan molekuler Ligan Energi ikatan (kkal/mol) Konstanta diosisasi (pM) Kontak residu asam amino dari YASARA structure Tipe-tipe ikatan Apigenin 7.792 194,262 x 10 -4 Asp32 Gly34 Ser35 Ser36 Asp37 Ile82 Tyr84 Gly85 Asp86 Asn131 Glu132 Ala133 Arg192 Asp218 Gly220 Thr221 Ile305 Gambar 1e Methyl eugenol 5.361 117,580 x  10 -6 Ile30 Asp32 Gly34 Ser35 Tyr84 Gly85 Asp86 Ser88 Ile119 Ile123 Leu216 Asp218 Gly220 Thr221 Ile305 Gambar 1a Citral 5.307 128,800 x 10 -6 Ile30 Asp32 Gly34 Ser35 Tyr84 Gly85 Asp86 Ser88 Ile119 Ile123 Gly220 Gambar 1d Ursolic acid 4.967 228,633 x 10 -6 Gly34 Ser35 Ser36 Asp37 Ile82 Gly83 Tyr84 Gly85 Asn131 Glu132 Ala133 Arg192 Glu193 Arg195 Leu216 Asp302 Ala303 Ile305 Gambar 1c Taxol 2.118 280,211 x 10 -8 Val12 Ser13 Ile30 Asp32 Gly34 Ser35 Ser36 Asp37 Ile82 Gly83 Tyr84 Gly85 Asp86 Ser88 Ile 119 Pro120 Gln121 Ile123 Asn131 Glu132 Ala133 Glu193 Arg195 Leu216 Asp218 Gly220 Thr221 Thr222 Ile223 Tyr225 Ser301 Ala303 Ile305 Gambar 1b
Gambar 1. (a) Visualisasi 2D ligan Methyl eugenol terhadap Sap 1. (b) Visualisasi 2D ligan Taxol terhadap Sap 1. (c) Visualisasi 2D ligan Ursolic acid terhadap Sap 1. (d) Visualisasi 2D ligan Citral terhadap Sap 1. (e) Visualisasi 2D ligan Apigenin terhadap Sap 1.
Gambar 2. Visualisasi 3D kompleks Apigenin dengan Sap 1 Candida albicans

## Hasil dan Pembahasan
Penelitian  ini  menggunakan  YASARA structure untuk    penambatan  molekuler  lima  senyawa  bioaktif pilihan  dari Ocimum  sanctum antara  lain Apigenin, Taxol,  Ursolic  acid,  Citral  dan  Methyl  eugenol  dalam menghambat  target  reseptor  yaitu  Sap  1 C.  albicans . File dalam bentuk receptor dan ligand digunakan untuk set target dan play macro . File play macro yang digunakan dalam membantu penambatan yaitu dockrun_mcr dan digunakan untuk menghitung interaksi antara reseptor dan  ligan  secara  individu.  Hasil  dari  penambatan menggunakan  YASARA structure meliputi  energi ikatan (kkal/mol), konstanta disosasi (pM), dan kontak residu asam amino (Srivastava et al., 2018).
Tabel  2 menunjukkan  hasil  penambatan molekuler.  Energi  ikatan  paling  positif  yaitu  Apigenin (7.792  kkal/mol)  dan  berturut-turut  Methyl  eugenol (5.361  kkal/mol),  Citral  (5.307  kkal/mol),  Ursolic  acid (4.967 kkal/mol), dan Taxol (2.118 kkal/mol). Semakin positif energi ikatan, maka suatu senyawa mempunyai interaksi yang kuat dengan reseptor, sebaliknya apabila suatu  senyawa  mempunyai  energi  ikatan  yang menunjukkan  nilai  negatif,  maka  senyawa  tersebut tidak  mengikat  dengan  baik  pada  reseptor  target  (Ali, Salleh,  Leow,  Rahman,  &  Ali,  2020;  Srivastava  et  al., 2018).
Sap  1  mempunyai  residu  katalitik  pada  residu asam  amino  Asp32  dan  Asp218  (Borelli  et  al.,  2008). Dari  hasil  penambatan,  terlihat  bahwa  Apigenin, Methyl  eugenol  dan  Taxol  mengenai  kedua  residu katalitik Asp32 dan Asp218, serta beberapa residu asam
amino  lainnya.  Citral  hanya  mengenai  satu  residu katalitik  pada  Asp32,  sedangkan  Ursolic  acid  tidak memiliki kontak residu katalitik. Dalam penelitian oleh Borelli  et  al.,  (2008)  memberikan  daftar  beberapa kantong  pengikat  substrat,  sehingga  hasil  dari penelitian ini dapat merujuk pada penelitiannya untuk membantu mengidentifikasi ligan-ligan yang mempunyai  interaksi  dengan  kantong  pengikat substrat.
Setiap  ligan  membentuk  ikatan  van  der  waals pada  beberapa  residu  asam  amino,  Apigenin  terletak pada  residu  asam  amino  Asp32,  Gly34,  Ser35,  Ser36, Ile82,  Gly85,  Glu132,  Asn131,  Asp86,  Arg192,  Gly220, ile305.  Methyl  eugenol  terletak  pada  residu  asam amino  Ile30,  Asp32,  Gly34,  Ser35,  Gly85,  Gly220, Thr221. Citral terletak pada residu asam amino Asp32, Gly34, Ser35, Gly85, Asp86, Ile119, Gly220. Ursolic acid terletak  pada  residu  asam  amino  Gly34,  Ser35,  Ser36, Asp37, Gly83, Glu132, Asn131, Arg192, Glu193, Arg195, Leu216,  Asp302.  Hanya  Taxol  yang  tidak  membentuk van  der  waals.  Van  der  waals  berperan    dalam menstabilkan  ikatan  reseptor-ligan  melalui  interaksi dipol-dipol  seperti  pi-pi,  pi-cation  dan  atau  pi-sigma (Hariono & Rollando, 2016).
Ikatan hidrogen terbentuk disetiap ligan dengan detail  residu  asam  amino  yaitu  Apigenin  pada  residu asam  amino  Asp37,  Asp218,  dan  Thr221.  Methyl eugenol  pada  residu  asam  amino  Gly85  dan  Asp86. Citral pada residu asam amino Ser88. Ursolic acid pada residu asam amino Gly85 dan Taxol pada residu asam amino  Asp32,  Gly34,  Tyr84,  Gly85.  Adanya  ikatan hidrogen  berperan  dalam  molekul  obat,  yang  mana
dapat  mempertahankan  kompleks  molekul,  sehingga hal  ini  memicu  adanya  pembentukan  respons  biologis terhadap target protein (Kharisma, Ansori, Widyananda, Utami, & Nugraha, 2020). Penelitian yang dilakukan oleh Borelli et al., (2008) menunjukkan jenis ikatan  yang  diharapkan  terbentuk  oleh  adanya kandidat  inhibitor  bagi  Sap yaitu  ikatan  hidrogen  dan interaksi  hidrofobik.  Terlihat  melalui  visualisasi  2D bahwa  seluruh  ligan  uji  mempunyai  kedua  interaksi tersebut. Keseluruhan tipe interaksi dan kontak residu asam amino yang terbentuk dapat dilihat secara detail melalui  visualisasi  2D  pada Tabel  2 dan Gambar  1 . Ikatan  hidrogen  dan  interaksi  hidrofobik  mempunyai peran  yang  penting  dalam  membantu  mengaktifkan respons  biomolekul  seperti  protein  (Kharisma,  Ansori, Widyananda,  Utami,  &  Nugraha,  2020).  Sap  1 mempunyai asam amino yang bersifat asam dan asam amino  yang  bersifat  basa  pada  residu  asam  amino Asp37, Asp86, Glu193, dan Arg195 pada Sap 1 (Borelli et  al.,  2008).  Setiap  ligan  uji  dalam  penelitian  ini setidaknya  mempunyai  kontak  dengan  salah  satu residu  asam  amino  tersebut.  Adanya  kontak  pada residu asam amino aktif pada Sap 1 dapat menandakan adanya aktivitas terhadap target molekul. S. K. Pandey et  al.,  (2019)  menjelaskan  bahwa  terbentuknya pengikatan ligan ke situs aktif target juga menunjukkan adanya kemungkinan bahwa ligan mampu mengantarkan  modulasi  fungsional  dalam  molekul target.  Teori  ini  juga  terbukti  diamati  pada  penelitian lain,  yang  mana  menunjukkan  bahwa  ligan  dan pengikatannya ke dalam situs aktif dapat menyebabkan perubahan fungsional molekul target (S. K. Pandey et al., 2019).
Gambar  2 menunjukkan  kompleks  ligan- reseptor dari ligan uji Apigenin terhadap Sap 1 dengan mengenai  beberapa  residu  asam  amino  Sap  1  dengan ikatan  hidrogen  dan  interaksi  hidrofobik.  Ligan  uji Apigenin mempunyai energi ikatan yang paling tinggi dibanding ligan uji lainnya.
Berdasarkan Gambar  1 ,  terlihat  bahwa  ligan Taxol  membentuk  tipe  ikatan Unfavorable dengan residu  asam  amino  Asp  86,  Gly220,  dan Thr  221  pada Sap 1 setelah simulasi penambatan. Adanya tipe ikatan ini  dapat  mempengaruhi  kestabilan  aktivitas  obat. Terbentuknya  semua  jenis  dari  ikatan Unfavorable antara/dalam kompleks ligan-protein dapat mengurangi stabilitas kompleks karena jenis ikatan ini diketahui  menunjukkan  adanya  gaya  tolak-menolak yang terjadi antara 2 molekul dan atom (Dhorajiwala et al.,  2019).  Maka  dari  itu,  ligan  uji  Taxol  mungkin kurang  stabil  terhadap  aktivitasnya  terhadap penghambatan Sap 1.

## Kesimpulan
Ligan Apigenin mempunyai energi ikatan paling tinggi  yaitu  7.792  kkal/mol  dan  disusul  ligan  Methyl eugenol 5.361 kkal/mol, Citral 5.307 kkal/mol, Ursolic acid 4.967 kkal/mol, dan Taxol 2.118 kkal/mol. Semua ligan mempunyai energi ikatan yang menghambat Sap 1,  menghasilkan berbagai  tipe interaksi,  kontak  residu asam amino dan konstanta disosiasi. Terdapat sembilan tipe  interaksi  yang  terbentuk  dari  hasil  penambatan (Gambar  1).  Seluruh  ligan  dapat  dianalisis lebih lanjut efek dalam tubuh secara In silico dan dapat dilanjutkan secara In  vitro pada  ligan  yang  mempunyai  energi ikatan  paling  positif  dari  senyawa  bioaktif Ocimum sanctum yang  mampu  menghambat  Sap  1 C.  albicans . Keempat  ligan  mengenai residu katalitik  Sap  1,  hanya satu  ligan  yang  tidak  mengenai  residu  katalitik  yaitu Ursolic acid.

## Ucapan Terima Kasih
Penulis mengucapkan terima kasih kepada Prof. Dr.  Ir.  I  Made  Artika,  M.App.Sc  dan  Departemen Biokimia, IPB University atas akses YASARA structure .

## Daftar Pustaka
Ali, N. S. M., Salleh, A. B., Leow, T. C., Rahman, R. N. Z.  R.  A.,  &  Ali,  M.  S.  M.  (2020).  The  Influence  of Calcium toward Order/Disorder Conformation of Repeat-in-Toxin  (RTX)  Structure  of  Family  I.3 Lipase  from  Pseudomonas  fluorescens  AMS8.
Toxins , 12 (579), 1 – 14.
https://doi.org/10.3390/toxins12090579
Borah,  R.,  &  Biswas,  S.  P.  (2018).  Tulsi  (  Ocimum sanctum  ),  excellent  source  of  phytochemicals. International Journal of Environment, Agriculture and Biotechnology , 3 (5), 1732 – 1738.
Borelli,  C.,  Ruge,  E.,  Jung,  H.  L.,  Schaller,  M., Vogelsang,  A.,  Monod,  M.,  …  Maskos,  K.  (2008). X-ray  structures  of  Sap1  and  Sap5:  Structural comparison  of  the  secreted  aspartic  proteinases from Candida albicans. Proteins: Structure, Function and Genetics , 72 (4), 1308 – 1319.
https://doi.org/10.1002/prot.22021
Correia,  A.,  Lermann,  U.,  Teixeira,  L.,  Cerca,  F., Botelho, S., Gil Da Costa, R. M., … Pais, C. (2010). Limited role of secreted aspartyl proteinases Sap1 to  Sap6  in  Candida  albicans  virulence  and  host immune  response  in  murine  hematogenously disseminated  candidiasis. Infection  and  Immunity , 78 (11), 4839 – 4849.
https://doi.org/10.1128/IAI.00248-10
Cortés-Benítez, F., Roy, J., Perreault, M., Maltais, R., &
Poirier,
D. (2021). 16-Picolyl-androsterone derivative  exhibits  potent  17β -HSD3  inhibitory activity,  improved  metabolic  stability  and cytotoxic  effect  on  various  cancer  cells:  Synthesis, homology  modeling  and  docking  studies. Journal of  Steroid  Biochemistry  and  Molecular  Biology ,
210 (October 2020), 1 – 13.
https://doi.org/10.1016/j.jsbmb.2021.105846
Dhorajiwala,  TM.,  Halder,  ST.,  Samant,  L.  (2019). Comparative in  silico molecular  docking  analysis of  L-Threonine-3-Dehydrogenase,  a  protein  target against  african  trypanosomiasis  using  selected phytochemicals. J  App  Biotechnol,  6 (3),  101-108. doi:10.29252/JABR.06.03.04
Gao,  M.,  Nie,  K.,  Qin,  M.,  Xu,  H.,  Wang,  F.,  &  Liu,  L.
(2021).  Molecular  mechanism  study  on  stereo ‐ selectivity of α or β hydroxysteroid dehydrogenases.
Crystals , 11 (3), 1 – 25. https://doi.org/10.3390/cryst11030224
Gonzalez,  T.  L.,  Rae,  J.  M.,  Colacino,  J.  A.,  & Richardson,  R.  J.  (2019).  Homology  models  of mouse and rat estrogen receptor- α ligand -binding domain  created  by  in  silico  mutagenesis  of  a human  template:  Molecular  docking  with  17β - estradiol,  diethylstilbestrol,  and  paraben  analogs. Computational  Toxicology , 10 (October  2018),  1 – 16. https://doi.org/10.1016/j.comtox.2018.11.003
Hariono, M., & Rollando. (2016). Molecular docking of compounds  from  Chaetomium  sp.  against  human estrogen  receptor  alpha  in  searching  anti  breast cancer. Jurnal  Farmasi  Sains  dan  Komunitas , 13 (1),
35 – 43.
Hube,  B.,  Sanglard,  D.,  Odds,  F.  C.,  Hess,  D.,  Monod, M.,  Schäfer,  W.,  …  Gow,  N.  A.  R.  (1997). Disruption  of  each  of  the  secreted  aspartyl proteinase  genes  SAP1,  SAP2,  and  SAP3  of Candida  albicans  attenuates  virulence. Infection and Immunity , 65 (9), 3529 – 3538.
https://doi.org/10.1128/iai.65.9.3529-3538.1997
Kharisma, V. D., Ansori, A. N. M., Widyananda, M. H., Utami,  S.  L.,  &  Nugraha,  A.  P.  (2020).  Molecular simulation: The potency of conserved region on E6 HPV-16  as  a  binding  target  of  black  tea compounds against cervical cancer. Biochemical and
Cellular Archives , 20 (August), 2795 – 2802.
https://doi.org/10.35124/bca.2020.20.S1.2795
Naglik,  J.,  Albrecht,  A.,  Bader,  O.,  &  Hube,  B.  (2004).
Candida  albicans proteinases  and  host/pathogen interactions. Cellular  Microbiology,  6 (10),  915-926. doi:10.1111/j.1462-5822.2004.00439.x
Pandey,  A.  K.,  Singh,  P.,  &  Tripathi,  N.  N.  (2014). Chemistry  and  bioactivities  of  essential  oils  of some  Ocimum  species:  An  overview. Asian Pacific Journal  of  Tropical  Biomedicine , 4 (9),  682 – 694. https://doi.org/10.12980/APJTB.4.2014C77
Pandey, S. K., Yadav, S., Goel, Y., Temre, M. K., Singh, V. K., & Singh, S. M. (2019). Molecular docking of anti-inflammatory  drug diclofenac with  metabolic targets: Potential applications in cancer therapeutics. Journal of Theoretical Biology , 465 , 117 – 125. https://doi.org/10.1016/j.jtbi.2019.01.020
Polke,  M.,  Hube,  B.,  &  Jacobsen,  I.  D.  (2015).  Candida survival  strategies.  In Advances  in  Applied Microbiology (Vol. 91). https://doi.org/10.1016/bs.aambs.2014.12.002 . Raj, V., Lee, J.-H., Shim, J.-J., & Lee, J. (2022). Antiviral activities of 4H-chromen-4-one scaffold-containing flavonoids against SARS – CoV – 2 using computational  and  in  vitro  approaches.  In Journal of Molecular Liquids (Vol. 353). https://doi.org/10.1016/j.molliq.2022.118775
Shakya, A. K. (2016). Medicinal plants: Future source of new  drugs. International Journal of Herbal Medicine ,
4 (4), 59 – 64. https://doi.org/10.13140/RG.2.1.1395.6085
Sjam,  K.  R.  (2012).  Kolonisasi  Candida  dalam  Rongga Mulut. Majalah Kedokteran FK UKI , 28 (1), 39 – 47.
Srivastava,  S.,  Shree,  P.,  Pandey,  H.,  &  Tripathi,  Y.  B. (2018). Incretin hormones receptor signaling plays the  key  role  in  antidiabetic  potential  of  PTY-2 against  STZ-induced  pancreatitis. Biomedicine  and Pharmacotherapy , 97 (July 2017), 330 – 338. https://doi.org/10.1016/j.biopha.2017.10.071
Tumilaar,  S.  G.,  Siampa,  J.  P.,  &  Tallei,  T.  E.  (2021).
Penambatan  Molekuler  Senyawa  Bioaktif  dari Ekstrak  Etanol  Daun  Pangi  (Pangium  edule) Terhadap  Reseptor  Protease  HIV-1. Jurnal  Ilmiah
Sains , 21 (1), 6 – 16. https://doi.org/10.35799/jis.21.1.2021.30282
Valmas,  A.,  Dedes,  G.,  &  Dimarogona,  M.  (2020). Structural Studies of a Fungal Polyphenol Oxidase with Application to
Bioremediation of
Contaminated  Water. Proceedings , 66 (1),  10. https://doi.org/10.3390/proceedings2020066010
Venkatachalam,  K.  V.,  &  Ettrich,  R.  H.  (2021).  Role  of aspartic acid residues D87 and D89 in APS kinase domain  of  human  3′ - phosphoadenosine  5′ - phosphosulfate synthase 1 and 2b: A commonality with  phosphatases/kinases. Biochemistry  and Biophysics Reports , 28 , 101155.
https://doi.org/10.1016/j.bbrep.2021.101155
Wächtler,  B.,  Citiulo,  F.,  Jablonowski,  N.,  Förster,  S., Dalle, F., Schaller, M., … Hube, B. (2012). Cand ida albicans-epithelial interactions: Dissecting the roles of  active  penetration,  induced  endocytosis  and host  factors  on  the  infection  process. PLoS  ONE , 7 (5). https://doi.org/10.1371/journal.pone.0036952