## Validasi Spesies Undur-Undur Laut Berdasarkan Penanda Molekuler 16s rRNA dari Perairan Bantul dan Purworejo
( Species Validation of Mole Crabs Based on Molecular Marker of 16s rRNA from Bantul and Purworejo waters )
Nurlisa A Butet, Inge Anggraeni Bela Putri Dewi, Zairion, Agus Alim Hakim*
Departemen Manajemen Sumberdaya Perairan, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, Institut Pertanian Bogor

## ARTIKEL INFO ABSTRAK
Article History Recevied: 08 September 2019 Accepted: 09 November 2019
Undur-undur laut hidup pada habitat intertidal pantai berpasir. Identifikasi spesies akuatik sering mengalami  kesalahan  yang  diakibatkan  oleh  fenomena cryptic spesies,  sehingga  diperlukan teknik identifikasi dengan pendekatan molekuler yaitu DNA barcoding . Penelitian ini bertujuan untuk menvalidasi  dan menganalisis hubungan kekerabatan  dari  undur-undur  laut berdasarkan marka molekuler gen 16S rRNA dari perairan Bantul dan Purworejo. Kit komersil berupa Gene Aid digunakan  untuk  isolasi  dan  ekstraksi  DNA  dan  dihasilkan  tiga  DNA  total  dari  setiap lokasi. DNA total dengan kualitas baik dilanjutkan pada proses amplifikasi menggunakan teknik PCR  dengan  primer  16S  rRNA.  Hasil  sekuen  gen  16S  rRNA  sampel  undur-undur  laut disejajarkan  dengan  beberapa  sekuen  dengan  spesies  lain  dari  genus Emerita , Scylla ,  dan Portunus yang  berasal  dari GeneBank .  Validasi  spesies  dilakukan  dengan  mengunakan BLASTn. Jarak genetik dan pohon filogenik didapatkan dari program MEGA 5.0. Sampel undur -undur laut yang berasal dari Bantul dan Purworejo tidak berbeda nyata dan sampel berasal dari sumber genetik yang sama.

## ABSTRACT
Mole crabs live in intertidal areas of sandy beaches. Identification of aquatic species is often due misidentification cause by the cryptic phenomenon, so it is needed identification technique with a molecular approach by DNA barcoding. The study was purposed to validity and analyze kinship  of  the  mole  crabs  based  on  16S  rRNA  molecular marker  from  Bantul  and  Purworejo waters.  Commercial  kit  of  Gene  Aid  was  used  to  isolation  and  extraction  of  DNA  and  was produced three  total  DNA  from  each  location.  DNA total with  good  quality  was  continued  to amplified process using PCR technique with a primer of 16S rRNA. Sequence products of 16S rRNA  gene  were  aligned  with  several  sequences  of  species  other  from  genus  Emerita, Scylla, and Portunus that was found from GenBank. Species validation was performed using BLASTn. Genetic distance and phylogenetic tree were obtained MEGA 5.0 program. The samples of mole crab from Bantul and Purworejo were insignificantly different and the samples were from the same genetic sources.
Kata Kunci:
16S rRNA, gen, identifikasi, jarak genetik, pohon filogenik.
Keywords: 16S rRNA, gene, identification, genetic distance, phylogenetic tree.

## Korespondensi Author
Agus Alim Hakim, Departemen Manajemen Sumberdaya Perairan, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, Institut Pertanian Bogor. Email: agusalimhakim0@gmail.com

## PENDAHULUAN
Undur-undur  laut  adalah  salah  satu  jenis crustacea anggota  famili  Albuneidae  dan Hippidae  (Boyko  dan  Harvey  1999)  dari  ordo decapoda.  Menurut  Mashar  dan  Wardiatno (2013),  undur-undur  laut  hidup  pada  daerah intertidal  pantai  berpasir.  Undur-undur  laut memiliki  kebiasaan  menggali  dan  masuk  ke dalam  pasir  dalam  mempertahankan  hidup  dari predator  (Muzammil et  al. 2015).  Kelompok spesies  ini  memiliki  peran  ekologi  di  ekosistem intertidal  sebagai  salah  satu  konsumen  tingkat pertama (Nugraha et al. 2018). Selain itu, undur-
undur  laut  memiliki  peran  ekonomi  yaitu sdijadikan  sebagai  umpan  untuk  memancing ataupun dapat diolah menjadi makanan (Bhagawati et al. 2016). Salah satu spesies undur- undur  laut  yang  biasa  digunakan  sebagai  bahan dasar  olahan  makanan  yaitu  undur-undur  laut beton ( Emerita emeritus ).
Undur-undur  laut  dapat  ditemukan  di beberapa  perairan  Indonesia  seperti    Barat Sumatera  dan  selatan  Jawa  (Mashar  dan Wardiatno  2016).  Di  pantai  selatan  Jawa,  undur- undur  laut  tersebar  di  beberapa  wilayah diantaranya  yaitu  Kebumen  (Mashar  dan Wardiatno 2013),  Yogyakarta  (Mursydin  2007),
dan Purworejo (Nugraha et al. 2018).
Undur-undur  laut  juga  terdapat  di  pantai Purworejo  dan  Bantul.  Di  pantai  berpasir Purworejo  telah  ditemukan  tiga  spesies  undur- undur  laut  yaitu Albunea  symmysta, Hippa adactyla ,  dan Emerita  emeritus (Nugraha et  al. 2018). Emerita emeritus merupakan spesies yang memiliki  kelimpahan  tertinggi  dibandingkan dengan spesies lain yang ditemukan di Purworejo.
Identifikasi  spesies  pada  biota  laut  sering mengalami  kesalahan  yang  disebabkan  oleh fenomena cryptic species . Menurut Bickford et al. (2006),  c ryptic species adalah  dua  atau  lebih spesies  yang  sebenarnya  berbeda  namun diklasifikasikan  menjadi  satu  nama  spesies  yang diakibatkan  oleh  karakter  morfologi  yang  samar atau  mirip.  Identifikasi  berdasarkan  morfologi merupakan  identifikasi  yang  umum  dan  sering digunakan. Akan tetapi, metode ini dikhawatirkan memunculkan hasil yang tidak akurat. Oleh sebab itu,  diperlukan  identifikasi  dengan  pen-  dekatan lain untuk mendapat hasil yang akurat.

## METODE

## Waktu dan Lokasi Penelitian
Penelitian  ini  dilakukan  mulai  Maret  hingga April 2019. Sampel undur-undur laut diambil dari perairan  Pantai  Bantul  dan  Purworejo  yang ditunjukkan  pada  Gambar  1.  Identifikasi  secara morfologi  maupun  molekuler  dilakukan  di Laboratorium  Biologi  Molekuler  Akuatik,  MSP, FPIK, IPB.

## Pengambilan Sampel
Pengambilan  sampel  undur-undur  laut dilakukan  secara  manual  dan  menggunakan  alat
tangkap serok dibantu oleh nelayan lokal. Sampel undur-undur laut kemudian dimasukkan ke dalam botol sampel dan diawetkan dengan alkohol 96%. Selanjutnya  dibawa  ke  laboratorium  untuk dilakukan analisis morfologi dan molekuler.

## Identifikasi morfologi
Identifikasi  morfologi  dilakukan  dengan mengacu  pada  Boyko  dan  Harvey  (1999). Karakteristik  morfologi  diamati  untuk  melihat kemiripan  maupun  kesamaan  ciri  morfologi sampel  untuk  memastikan  kesamaan  sampel tersebut  dengan  spesies  yang  telah  diidentifikasi sebelumnya oleh Boyko dan Harvey (1999).

## Analisis molekuler
Sebanyak  5  sampel  diambil  dari  masing- masing lokasi untuk dilakukan analisis molekuler. Preparasi sampel dilakukan untuk menghilangkan pengaruh alkohol dengan  menggunakan akuades. Jaringan  yang  digunakan  untuk  analisis  berasal dari  otot  kaki.  Isolasi  dan  ekstraksi  DNA dilakukan  dengan  menggunakan  kit  komersil berupa Gene  Aid dengan  protocol  sesua  maual pabrik. Bobot jaringan  yang digunakan sebanyak 30 mg.
DNA  total  hasil  ekstraksi  dilakukan pengujian  kualitas  dengan  metode  elektroforesis. Tahap  elektroforesis  meggunakan agarose 1,2% yang  terdiri  dari agarose (1,2  gram),  larutan buffer TAE 1x (100ml), dan larutan fluorensence (5 μL). Proses elektroforesis digunakan pemberat ( loading  dye )  sebanyak  0,5  μL  yang  telah dicampur  dengan  DNA  total  sebanyak  2,5  μL. Setelah dimasukkan ke dalam gel (sumur), mesin dinyalakan dengan tegangan sebesar 100v selama
Jurnal Pengelolaan Perikanan Tropis, Desember 2019, Volume 3 Nomor 2
25  menit.  Kemudian  dilakukan  visualisasi menggunakan sinar UV (ultraviolet) sehingga pita DNA dapat dibaca.
Amplifikasi  DNA  dilakukan  berdasarkan hasil  elektroforesis  pada  sampel  dengan  kualitas DNA  yang  baik.  Amplifikasi  dilakukan  dengan menggunakan  fragmen  gen  16S  rRNA  melalui teknik Polymerase  Chain  Reaction (PCR) menggunakan kit komersil My Tag HS Red Mix . Proses  amplifikasi  mengacu  pada  penelitian Hakim  (2014)  dengan  beberapa  modifikasi. Tahap  amplifikasi  meliputi  predenaturasi  dengan suhu  94°C  selama  5  menit,  denaturasi  dengan suhu  94°C  selama  45  detik, annealing dengan suhu 46°C selama 45 detik, elongasi dengan suhu 72°C selama 1 menit, pascaelongasi dengan suhu 72°C  selama  5  menit.  Dalam  proses annealing, primer  yang  digunakan  berupa  primer  universal untuk biota akuatik (Butet 2013, unpublish data).
Produk PCR dilakukan elektroforesis menggunakan gel agaros (1,2%) dan divisiualisasi menggunakan  mesin  ultraviolet  (UV).  Hasil  pita DNA  dengan  hasil  baik  selanjutnya  dapat dijadikan sebagai cetakan pada proses sekuensing.  Sekuensing  basa  nukleotida  untuk mendapatkan  gen  target  dilakukan  dengan mengirim  produk  PCR  yang  berkualitas  ke perusahaan jasa squensing First Base.

## Analisis Data
Hasil  sekuensing  diedit  dan  diolah  berupa pensejajaran,  perhitungan  jarak  genetic,  dan kontruksi  pohon  filogeni  menggunakan  aplikasi MEGA  5  (Tamura et  al .  2011).  Pensejajaran urutan
nukleotida dilakukan dengan menggunakan  metode  Clustal  W  (Thompson et al . 1994). Sekuen DNA gen 16S rRNA dihasilkan dari  runtutan  nukleotida  dengan  menempelkan urutan basa primer forward dan reverse .
Urutan basa nukleotida  yang telah dihasilkan kemudian  divalidasi  menggunakan  BLASTn ( Basic Local Alignment Search Tool – nucleotide ) yang  berada  di  GenBank.  BLASTn  merupakan menu  yang  digunakan  untuk  membandingkan
urutan  basa  nukleotida  hasil  penelitian  dengan data yang terdapat di situs NCBI ( National Center for  Biotechnology  Information ).  Situs  tersebut mencocokkan  dan  menampilkan  spesies  dengan karakteristik yang mendekati hasil basa nukleotida sampel.
Sekuen  gen  16S  rRNA  undur-undur  laut dilakukan  pensejajaran  antar  sampel  dari  Bantul dan Purworejo sebagai ingrup . Selain  itu, sekuen gen  16S  rRNA  sampel  disejajarkan  dengan beberapa  spesies  undur-undur  laut  dari  genus Emerita , Portunus ,  dan Scylla .  Sekuen  tersebut meliputi Emerita  talpoida (KT959521.1), E. emeritus (AY583898.1 ), E. benedicti (KP091501.1), E.  brasiliensis (KP091484.1), Scylla  olivacea (AF109321.1), S.  paramamosain (AY841366.1),
Portunus trituberculatus (FJ919807.1), dan P. pelagicus (DQ388052.1). Perhitungan  jarak  genetik  dihasilkan  melalui analisis persamaan dan perbedaan basa nukleotida dengan  metode pairwise  distance .  Hasil  dari analisis  tersebut  berupa  data  yang  jarak  genetik yang berbentuk matriks. Data tersebut  digunakan sebagai  dasar  kontruksi  pohon  filogeni  yang digunakan dalam menentukan hubungan kekerabatan. Pohon filogeni dikontruksi berdasarkan  metode Neighbour  Joining dengan Boostrap 1000 kali pengulangan.

## HASIL DAN PEMBAHASAN Hasil
Identifikasi morfologi Secara  morfologi,  contoh  undur-undur  laut dari  perairan  Bantul  dan  Purworejo  (Gambar  2) adalah  spesies Emerita  emeritus (Linnaeus, 1767).  Spesies  tersebut  memiliki  ruas  kaki pertama  berbentuk  sederhana  yang  digunakan untuk  berjalan.  Selain  itu  mempunyai  alat  gerak berbentuk sungut dengn panjang setidaknya sama dengan  karapas,  dengan  bulu  padat  menutupi bagian perut. Lebar ruas kaki pertama kurang dari 2 kali panjang punggung yang dilindungi dengan liki  duri.  Pereopod  I  memiliki  duri  sepanjang
Jurnal Pengelolaan Perikanan Tropis, Desember 2019, Volume 3 Nomor 2
b
Gambar 2 Pereopod I (a) bagian kanan dan (b) bagian kiri
Setengah dari  batas perut  (Gambar 2). Hasil dari penelitian  ini  didapatkan  rasio  badan    dan Pereopod I sebesar 3 : 2 cm.
DNA total Isolasi  dan  ekstraksi  DNA  lima  contoh  dari masing-masing  lokasi  menghasilkan  tiga  contoh dari  perairan  Bantul  maupun  perairan  Purworejo dengan  kualitas  DNA  yang  baik  maupun  kurang baik.  Pengujian  kualitas  DNA  total  untuk dilakukan  dengan  gel  agarose  (1,2%).  Contoh dengan  kode  Pur001,  Pur002,  Pur003,  Ban001, Ban002, dan Ban003 memiliki kualitas yang baik. Hal  ini  ditunjukkan  melalui  kemunculan  pita DNA  yang  terang,  (Gambar  3).  Kualitas  DNA total  yang  baik  layak  dilanjutkan  untuk  proses amplifikasi melalui teknik PCR.

## Amplifikasi  dan  visualisasi  fragmen  DNA  gen 16S rRNA
Amplifikasi  fragmen  DNA  pada  gen  16S rRNA  melalui  penempelan  primer  dengan  suhu optimum,  yaitu  46°C  (Gambar  4).  6  contoh unduryang  terdiri  dari  tiga  contoh  pada  masing-
masing  lokasi  yang  sudah  berhasil  diamplifikasi dengan  ditunkukkan  adanya  pita  DNA  yang berwarna  putih  terang,  yang  selanjutnya dilakukan  proses  sekuensing.  Ukuran  produk PCR berkisar yang dihasilkan berkisar antara 500 -600 bp.

## Pensejajaran sekuen nukleotida
Hasil  dari  pensejajaran  sekuen-sekuen nukleotida pada gen 16S rRNA dari penelitian ini didapatkan  panjang  nukleotida  sebesar  514  bp. Pensejajaran  sekuen  nukleotida  juga  dilakukan pada  gen  16S  rRNA  contoh  dengan Emerita emeritus , E.  brasiliensis , E.  talpoida , E. benedicti , Scylla  olivacea , S.  paramamosain, Portunus  trituberculatus, dan P.  pelagicus menghasilkan singleton sebesar  8,75%  (45/514), variable sebesar  36,38%  (187/514),  dan conserved sebesar 63,42% (326/514).
Validasi urutan basa nukleotida Sekuen  nukleotida  gen  16s  rRNA  contoh yang  diunggah  ke Basic  Alignment  Search  Tool nucleotide (BLASTn)  yang  terdapat  di  situs
Jurnal Pengelolaan Perikanan Tropis, Desember 2019, Volume 3 Nomor 2
(a)                  (b)
Gambar  3  Visualisasi  DNA  total  contoh  pada  gel  agarose  1,2%  (1:  Pur001,  2:  Pur002,  3:  Pur003,  4: Ban001, 5: Ban002, dan 6: Ban003) (a) Purworejo dan (b) Bantul
1     2     3             1    2     3
Gambar 4  Visualisasi produk PCR gel agarose 1,2% (M: marker, 1: Pur001, 2: Pur002, dan 3: Pur003), Pur (Purworejo); (1: Ban001, 2: Ban002, 3: Ban003, dan M: marker), Ban: Bantul
National  Center  for  Biotechnology  Information (NCBI)  telah  dipastikan  kebenaran  nama  spesies hewan  contoh.  Contoh  dari  penelitian  memiliki kedekatan  dengan  spesies Emerita  emeritus (AY583898.1) sebesar 95,43%

## Jarak genetik
Jarak  genetik  fragmen  gen  16S  rRNA  pada contoh  penelitian  pada  kedua  lokasi  (Bantul  dan Purworejo)  mempunyai  hubungan  kekerabatan yang  sangat  dekat,  hal  tersebut  ditunjukkan  oleh nilai  jarak  genetik  sebesar  0,0000-0,0021.  Jarak genetik contoh dengan E. emeritus (AY583898.1) sebesar  0,0293.  Jarak  genetik  contoh  dengan E. brasiliensis
(KP091484.1),
E. talpoida (KT959521.1),  dan E.  benedicti (KP091501.1) berturut-turut  deng  nilai    0,0983;  0,1088;  dan 0,0941.  Jarak  genetik  contoh  dengan  spesies outgrup terjauh  dihasilkan  nilai  sebesar  0,2531 yaitu  dengan P.  pelagicus (DQ388052.1)  (Tabel 1).

## Pohon filogeni
Pohon filogenik yang dikontruksikan menggunakan  MEGA  5.0  didasarkan  oleh  jarak genetik dengan bootsrapp 1000 kali, menunjukkan  hasil ingroup antar  spesies  yaitu contoh dari lokasi Bantul dan Purworejo memiliki hubungan  kekerabatan  yang  sangat  erat.  Hal tersebut  menunjukkan  bahwa  contoh  dari  Bantul tidak  terpisah  secara  nyata  dengan  Purworejo (Gambar 5). Hubungan kekerabatan antara contoh dengan E. emeritus (AY583898.1) memiliki nilai
jarak  genetik  sebesar  0,0293.  Hasil  dari  pohon filogenik contoh dengan E. benedicti, E. talpoida, E.  brasiliensis terpisah  nyata,  sedangkan  hasil outgroup antara  undur-undur  laut  terpisah  nyata dengan genus Portunus dan genus Scylla .

## Nukleotida spesifik gen 16S rRNA
Hasil pensejajaran urutan nukleotida gen 16S rRNA contoh dari Bantul dengan Purworejo tidak memiliki nukleotida spesifik. Munculnya nukleotida  spesifik  pada  pensejajaran  antara contoh  dari  kedua  lokasi  dengan E.  emeritus (AY583898.1)  sebanyak  13  nukleotida  spesifik. Nukleotida tesebut berada pada situs ke 4, 42, 90, 91,  99,  142,  220,  257,  262,  270,  336,  496  dan 499.
Beberapa situs spesifik tersebut menunjukkan  adanya  penciri  khusus  pada populasi, individu maupun spesies.

## Situs mutasi gen 16S rRNA udur-undur laut
Hasil pensejajaran urutan nukleotida gen 16S rRNA contoh dengan E. emeritus terdapat 7 situs mutasi yatu pada situs ke 33, 467, 481, 488, 500, 501, dan 502.

## Pembahasan
Identifikasi  spesies  merupakan  tahapan  awal yang  penting  dalam  menentukan  kepastian taksonomi  suatu  jenis  spesies,  karena  kepastian spesies sangat diperlukan dalam pengelolaan dan konservasi  sumberdaya  (Triaprilyanti  2016). Identifikasi  secara  morfologi  didapatkan  bahwa contoh  undur-undur  laut  pada  lokasi  penelitian
Jurnal Pengelolaan Perikanan Tropis, Desember 2019, Volume 3 Nomor 2
Tabel 1 Jarak genetik gen 16S rRNA pada contoh undur-undur laut, Emerita emeritus , E. brasiliensis , E. benedicti , E.talpoida , S. olivacea , S. paramamosain , Portunus trituberculatus ,  dan P. pelagicus dengan menggunakan metode pairwise distance Spesies 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14
(1) S. paramamosain
AY841366.1
(2) Scylla olivacea AF109321.1
0,0649 (3) P. pelagicus DQ388052.1
0,1318 0,1423 (4) P. trituberculatus FJ919807.1 0,1046 0,1109 0,0628 (5) E. brasiliensis KP091484.1 0,2050 0,2092 0,2427 0,2218 (6) E. talpoida KT959521.1 0,2155 0,2218 0,2427 0,2197 0,0753 (7) E. benedicti KP091501.1 0,1987 0,2029 0,2280 0,2071 0,0586 0,0439 (8) E. emeritus AY583898.1 0,2301 0,2448 0,2552 0,2406 0,0900 0,1088 0,0900 (9)Undur-undur Laut Bantul 001 0,2427 0,2510 0,2531 0,2406 0,0983 0,1088 0,0941 0,0293 (10)Undur-undur Laut Bantul 002 0,2406 0,2490 0,2510 0,2385 0,0962 0,1067 0,0921 0,0293 0,0021 (11)Undur-undur Laut Bantul 003 0,2427 0,2510 0,2531 0,2406 0,0983 0,1088 0,0941 0,0293 0,0000 0,0021 (12)Undur-undur Laut Purworejo 001 0,2406 0,2490 0,2510 0,2385 0,0962 0,1067 0,0921 0,0293 0,0021 0,0000 0,0021 (13)Undur-undur Laut Purworejo 002 0,2427 0,2510 0,2531 0,2406 0,0983 0,1088 0,0941 0,0293 0,0000 0,0021 0,0000 0,0021 (14)Undur-undur Laut Purworejo 003 0,2406 0,2490 0,2510 0,2385 0,0962 0,1067 0,0921 0,0293 0,0021 0,0000 0,0021 0,0000 0,0021
adalah spesies Emerita emeritus (Linnaeus 1767). Hasil  identifikasi  morfologi  dilakukan  dengan mengacu  pada  Boyko  dan  Harvey  (1999).  Hasil identifikasi  morfologi tersebut dilakukan validasi melalui  basa  nukleotida  fragmen  gen  16S  rRNA menggunakan  BLASTn  pada  situs  NCBI sehingga  fragmen  tersebut  telah  dipastikan kedekatannya  dengan  spesies  yang  ada  di GenBank . Hebert et  al. (2003)  menyatakan  bahwa spesies dikatakan  berbeda apabila  memiliki  jarak genetik  lebih  besar  dari  3%.  Hasil  BLASTn sekuen  nukleotida  gen  16S  rRNA  contoh memiliki  kedekatan  dengan  spesies Emerita emeritus (AY583898.1)  dari  Genbank  sebesar 95,43%.  Hal  ini  diduga  karena  adanya  mutasi pada  basa  nukleotida  antara  contoh  dengan  data yang berada pada GenBank . Penelitian Ramadhan (2019)  menggunakan  penanda  genetik  COI  pada undur-undur  laut  dari  lokasi  yang  sama  (Bantul dan  Purworejo),  didapatkan  kemiripan  96% dengan E.  emeritus dengan  akses  nomor (AF246159.1).  Contoh  pada  penelitian  ini memiliki potensi sebagai spesies yang tidak sama dari spesies E. emeritus (AY583898.1). Jarak  genetik  dapat  digunakan  untuk menentukan  kedekatan  antar  speseies  maupun intraspesies  (Sahara et  al. 2015).  Jarak  genetik contoh  dari  perairan  Bantul  dan  Purworejo menunjukkan nilai dengan kisaran 0,0000-0,0021. Hubungan  genetik  antar  populasi  digambarkan melalui  nilai  jarak  genetik,  dimana  jarak  genetik yang  rendah  menggambarkan  adanya  kedekatan hubungan  genetik  (Kusuma  2014).  Oleh  karena itu,  contoh  dari  perairan  Bantul  dan  Purworejo
diduga berasal dari satu unit populasi yang sama. Nilai  jarak  genetik  antara  contoh  penelitian dengan E.  emeritus (AY583898.1)  sebesar 0,0293.  Penelitian  ini  didapatkan  potensi kedekatan  spesies  yang  berbeda,  namun  tidak menutup  kemungkinan  bahwa  spesies  contoh adalah E.  emeritus .  Nilai  tersebut  dapat  terjadi karena  adanya  perbedaan  geografis  maupun sumber  genetik.  Wirdateti et  al. (2016) menyatakan  bahwa  perbedaan  letak  geografis dapat  mempengaruhi  kondisi  genetik.  Nilai  jarak genetik  antara  contoh  dengan outgroup terjauh yaitu  sebesar  0,2531,  sehingga  contoh  penelitian dengan outgrup adalah  spesies  yang  berbeda. Outgroup digunakan  dalam  menyusun  hubungan kekerabatan  dengan  fungsi  sebagai  kontrol  dan pembanding (Subositi dan Widodo 2010).
Pohon  filogeni  dibangun  dari  nilai  jarak genetik  yang  kemudian  dapat  menggambarkan hubungan  kekerabatan  antar  spesies  maupun subspesies.  Menurut  Lubis  (2014),  hubungan kekerabatan  antar  spesies  dapat  diduga  melalui pohon filogenetik. Berdasarkan konstruksi pohon filogeni, contoh dari Bantul dan Purworejo berada dalam satu clade atau tidak terpisah secara nyata. Hal ini menunjukkan bahwa populasi dari Bantul dan Purworejo mempunyai hubungan kekerabatan yang  sangat  erat.  Populasi  di  Bantul  dan Purworejo  diduga  berasal  dari  satu  sumber genetik  yang  sama,  sehingga  masih  membawa karakter asli dari nenek moyangnya.
Tingkat kepercayaan pohon filogeni ditentukan  berdasarkan  jumlah bootstrap yaitu 100  hingga  1000  (Hall  2001 in Pangestika et  al. 2015). Menurut Ubaidillah dan Sutrisno (2009) in
Jurnal Pengelolaan Perikanan Tropis, Desember 2019, Volume 3 Nomor 2
Gambar 5 Kontruksi pohon filogeni  berdasarkan  gen 16S rRNA pada contoh Undur-undur Laut, Emerita emeritus,  Emerita  benedicti,  Emerita  talpoida,  Emerita  brasiliensis,  Scylla  paramamosain, Scylla olivacea, Portunus pelagicus, dan Portunus trituberculatus
Pangestika et  al. (2015),  nilai bootstrap yang tinggi  menyebabkan  tingginya  nilai  kepercayaan topologi  dari  hasil  pohon  yang  direkonstruksi. Nilai bootstrap 100  memiliki hubungan kekerabatan yang erat (Muzammil 2015). Hal ini menggambarkan  populasi  contoh  di  Bantul menghasilkan  hubungan  kekerabatan  yang  dekat dengan di Purworejo. Konstruksi pohon filogenik contoh dengan outgroup , menunjukkan terjadinya  pemisahan  yang  jelas  antar  contoh dengan E.  emeritus pada GenBank . Selain  itu, hasil konstruksi pohon filogenik menggambarkan pemisahan  yang  jelas  antara  genus Emerita dengan genus Portunus dan genus Scylla. Perbandingan  urutan  nukleotida  gen  16S rRNA  contoh  dengan E.  emeritus terdapat  tujuh situs  mutasi.  Situs  mutasi  tersebut  adalah  basa nukleotida  yang  mengalami  perubahan  berupa insersi  yang  memunculkan  situs  spesifik  pada individu.  Sehingga  terdapat  situs  spesifik  pada perbandingan  contoh  dengan E.  emeritus (AY583898.1).
Urutan  basa  nukleotida  pada  contoh  dari Bantul  dan  Purworejo  tidak  memiliki  situs spesifik.  Hal  ini  menunjukkan  tidak  ada  penciri pembeda  antara  contoh  pada  kedua  perairan tersebut. Hal tersebut juga memperkuat perkiraan bahwa  contoh  dari  Bantul  dan  Purworejo  adalah satu unit populasi yang sama.
Kemiripan  sekuen  basa  nukleotida  yang tinggi/jarak  genetik  yang  rendah  antara  contoh dari  Bantul  dan  Perworejo,  menandakan  kedua populasi  berasal  dari  satu  sumber  genetik  nenek moyang  yang  sama.  Kemiripan  karakteristik sekuen basa nukleotida gen 16S rRNA Bantul dan Purworejo  mununjukkan  populasi  yang  sama, sehingga dapat ditentukan pengelolaan yang sama seperti konservasi maupun pengelolaan sumberdaya  undur-undur  laut  lainnya.  Undur- undur  laut  yang  berasal  dari  kedua  lokasi  yang berbeda  tersebut  dapat  saling  ditranslokasikan melalui  prasyarat  apabila  terjadi  penurunan  atau berkurangnya populasi di salah satu lokasi.

## KESIMPULAN
Karakteristik morfologi undur-undur laut dari perairan  Bantul  dan  Purworejo  memiliki kemiripan  dengan Emerita  emeritus .  Hasil validasi  molekuler  dengan  penanda  gen  16S rRNA menunjukkan kemiripan 95,43% dengan E.
emeritus (AY583898.1), sehingga contoh berpotensi  sebagai  spesies  yang  tidak  sama. Kemiripan  yang  tinggi  pada  undur-undur  laut  di kedua  lokasi  mengindikasikan  bahwa  kedua populasi memiliki kesamaan asal sumber genetik.

## DAFTAR PUSTAKA
Bhagawati D, Anggoro S, Zainuri M, Sya'rani L.
2016.  Ethnotaxonomical  study  of  mole  crab (Crustace:  Hippoidae)  on  coastal  community of  Cilacap. biosaintifika:  Journal  of  Biology & Biology Education. 8(2): 222-231. Bickford  D,  Lohman  DJ,  Sodhi  NS,  Ng  PKL, Meier R, Winker K, Ingram KK, Das I. 2006. Cryptic species as a window on diversity and conservation. Trends  in  Ecology  and Evolution . 22(3): 148-155.
Boyko  CB,  Harvey  AW.  1999.  Crustacea Decapoda:  Albuneidae  and  Hippidae  of  the tropical Indo-West Pacific region, in Crosnier A. (ed.), Resultats des campagnes MUSORSTOM. Memoires  du  Museum national  d'Histoire  naturelle .  20(180):  379- 406.
Hakim  AA.  2014.  Identifikasi  molekuler  undur- undur  laut  dari  perairan  pantai  Cilacap Berdasarkan Marka Gen Cytochrome Oxidase  Subunit  I  (COI)  [skripsi].  Bogor (ID): Institut Pertanian Bogor.
Hebert  PDN,  Cywinska  A,  Ball  SL,  De  Waard JR.  2003.  Biological  identifications  through DNA  barcodes. Proc.  R.  Soc.  Lond,  B .  270: 313-321.
Kusuma  AB.  2014.  Konektivitas  dan  keragaman genetika  pada  karang  lunak Sarcophyton trocheliophorum serta implikasinya terhadap kawasan  konservasi  laut  [tesis].  Bogor  (ID): Institut Pertanian Bogor.
Lubis  K.  2014.  Cara  pembuatan  pohon  filogeni. Jurnal  Pengabdian  Kepada  Masyarakat .  20 (75): 66-69.
Mashar  A,  Wardiatno  Y.  2013.  Aspek pertumbuhan  undur-undur  laut, Emerita emeritus dari  pantai  berpasir  Kabupaten Kebumen.  J urnal  Biologi  Tropis .  13(1):  29- 38.
Mashar  A,  Wardiatno  Y.  2016.  Biomassa  sesaat perikanan  undur-undur  laut  (Crustacea: Decapoda:  Hippidae)  di  pantai  berpasir Cilacap  dan  Kebumen  Jawa  Tengah .  Marine Fisheries . 7(2): 211-218.
Mursyidin  DH.  2007.  Kandungan  asam  lemak omega  6  pada  ketam  pasir  ( Emerita spp)  di pantai Selatan Yogyakarta. BIOSCIENTIAE . 4(2) : 79-84.
Muzammil  W.  2015.  Analisis  populasi  undur- undur  laut Hippa  adactyla Febricius,  1787 (Crustacea: Hippidae) berdasarkan pendekatan morfometrik dan genetik dipantai berpasir Cilacap dan Kebumen [tesis]. Bogor (ID): Institut Pertanian Bogor.
Muzammil  W,  Wardiatno  Y,  Butet  NA.  2015.
Rasio panjang-lebar karapas, pola pertumbuhan,  faktor  kondisi,  dan  faktor kondisi relatif kepiting pasir ( Hippa adactyla ) di  pantai  berpasir  Cilacap  dan  Kebumen. J urnal  Ilmu  Pertanian  Indonesia. 20(1):  78- 84.

## Nugraha  OT,  Suryanti,  Rodyanti  S.  2018.
Karakteristik  habitat  dan  kelimpahan  undur- undur  laut  (Hippoidea)  di  pantai  Puworejo. Journal  of  Fisheries  and  marine  Science .  2 (2): 56-67. Pangestika Y, Budiharjo A, Kusumaningrum HP. 2015.  Analisis  filogenik Curcuma  zedoaria (Temu  Putih)  berdasarkan  gen  Internal Transcribed  Spacer  (ITS). Jurnal  Biologi. 4 (4): 8-13.
Ramadhan  BF.  2019.  Analisis  hubungan filogenetik  undur-undur  laut  di  Perairan Pantai Ketawang dan Parangkusumo [skripsi].  Bogor  (ID):  Institut  Pertanian
Bogor.
Sahara  A,  Prastowo  J,  Widayanti  R,  Kurniasih, Nurcahyo  W.  2015.  Kekerabatan  genetik caplak Rhiphicephalus (Boophilus) microplus asal  Indonesia  berdasarkan  sekuen  internal transcribed  spacer-2. Jurnal  Veteriner .  16(3): 310-319.
Subositi  D,  Widodo  H.  2010.  Hubungan kekerabatan  filogenik  interspesifik  anggota genus  Stevia  berdasarkan  gen  Maturase  K (matK). Jurnal  Tumbuhan  Obat  Indonesia. 3 (1): 33-41.
Tamura  K,  Peterson  D,  Peterson  N,  Glen  S,  Nei M,  Kumar  S.  2011.  MEGA5 :  molecular evolutionary
genetics analysis using maximum  likelihood,  evolutionary  distance, and  maximum  parsimony  methods. Mol. Biol. Evol. 28(10): 2731–2739. Thompson    JD,  Higgins  DG,  Gibson  TJ.  1994. Clustal  W:  improving  the  sensitivity  of progressive  multiple  sequence  alignment through  sequence  weighting,  positiion- specific  gap  penalties  and  weight  matrix Choice. Nucleic  Acids  Research. 22(22): 4673–80. Triaprilyanti W. 2016. Identifikasi molekuler gen Cytochrome Oxidase Subunit I (COI) lobster genus Panulirus di Yogyakarta: sebagai dasar pengelolaan  sumberdaya  [skripsi].  Bogor (ID): Institut Pertanian Bogor. Wirdateti, Indriana E, Handayani. 2016. Analisis sekuen  DNA  mitokondria  Cytochrome Oxidase  I  (COI)  mtDNA  pada  kukang Indonesia  ( Nycticebu spp)  sebagai  penanda guna  pengembangan  identifikasi  spesies. Jurnal Biologi Indonesia . 12(1): 119-128.