Konservasi Genetik Ikan Kakap Putih ( Lates calcarifer , Bloch, 1790) melalui Pendekatan DNA Barcoding dan Analisis Filogenetik di Sungai Kumbe Merauke Papua
Dandi Saleky 1 , Muhammad Dailami 2 *
1 Jurusan Manajemen Sumberdaya Perairan, Universitas Musamus Jl. Kamizaun Mopah Lama, Merauke, 99600 Indonesia 2 Program Studi Budidaya Perairan, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, Universitas Brawijaya Jl. Veteran, Kota Malang, 65149 Indonesia
Email : muhdailami@ub.ac.id

## Abstract
Genetic Conservation of White Snapper Fish (Lates calcarifer, Bloch, 1790) through DNA Barcoding Approach and Phylogenetic Analysis in Kumbe River Merauke Papua
Genetic data is very important as the basis for fisheries management and conservation related to connectivity between regions and population structure. White snapper Fish is one of the fish that has high economic value  which is utilized  either by its meat or by its swim bladder. This research  was aimed to identify the species of white snapper fish were collected from the Kumbe River, Merauke Regency, Papua using the Cytochrome Oxidase I gene. The results shows that this sample is a species of Lates calcarifer, Bloch, 1790 with 100% similarity. The haplotype of white snapper fish from Merauke has similarities  with the haplotype from Australia, Malaysia and China,  this  indicating that there is gene flow and connectivity among those locations. The phylogenetic tree explains the grouping of species based on genetic distance and the level of DNA Sequences similarities. Molecular approach can be used in the management and conservation of fish with high economic value.
Keywords: Lates calcarifer, Kumbe River, COI gene, Haplotype, Phylogenetic tree

## Abstrak
Data  genetik  sangat  penting  sabagai  dasar  pengelolaan  dan  konservasi  perikanan  yang berhubungan  dengan  konektivitas  antar  wilayah  dan  juga  truktur  populasi.  Ikan  kakap  putih termasuk dalam ikan yang memiliki nilai ekonomis tinggi yang dimanfaatkan baik daging ataupun gelembung renangnya. Penelitian ini dilakukan dengan tujuan mengidentifikasi spesies ikan kakap putih putih yang dikoleksi dari Sungai Kumbe, Kabupaten Merauke Papua dengan menggunakan gen  Sitokrom  Oksidase  I.  Hasilnya  menunjukkan  bahwa  bahwa  sampel  ini  adalah  spesies Lates calcarifer , Bloch, 1790 dengan kemiripan 100 %. Haplotype ikan kakap putih asal Merauke memiliki kesamaaan  dengan  haplotype  yang  berasal  dari  Australia,  Malaysia  dan  Cina  hal  tersebut mengindikasikan  adanya sharring genetik  dan  konektivitas  antar  lokasi.  Pohon  filogenetik  yang terbentuk  memperlihatkan  pengelompokan  spesies  yang  didasarkan  pada  jarak  genetik  dan tingkat similaritas sekuen DNA. Berdasarkan data ini, Pendekatan molekuler dapat digunakan dalam kegiatatan pengelolaan dan konservasi spesies ikan ekonomis penting.
Kata Kunci: Lates calcarifer , Sungai Kumbe Merauke, Gen COI, Haplotype, Pohon filogenetik

## PENDAHULUAN
Ikan  kakap  putih    ( Lates  calcarifer , Bloch,  1790)  adalah  ikan  yang  memiliki  nilai ekonomis tinggi baik  untuk dikonsumsi dalam negeri  ataupun  sebagai  komoditas  eksport (Ibrahim et al., 2014). Permintaan pasar akan ikan kakap putih baik daging dan gelembung renangnya  cukup  tinggi,  menjadikan  ikan kakap  putih  sebagai  spesies  target  oleh nelayan et  al. ,  2016).  Laju  pemanfaatan sumberdaya perikanan yang tinggi, kerusakan habitat,  dan  perubahan  iklim  cenderung dapat  berpengaruh  terhadap  keragaman genetik spesies ikan termasuk ikan kakap putih (Martinez et al. , 2018). Ekplorasi dan eksploitasi sumberdaya ikan sebaiknya dilakukan dengan  pendekatan  konservatif  yang  mana kegiatan tersebut dapat mencegah terjadinya penurunan populasi ikan (Akbar et al., 2014).
DNA barcoding memiliki  keunggulan dalam  identifikasi  spesies  dengan  tingkat akurasi  yang  tinggi  dibandingkan  dengan pengamatan  morfologi  (Madduppa et  al ., 2017;  Saleky et  al., 2020).  DNA barcoding berdasarkan  marka  gen  Sitokrom  Oksidase Subunit  I  (COI)  secara  luas  dipergunakan dalam identifikasi spesies dan studi keanekaragaman  hayati  (Leatemia et  al. , 2018;  Thu et  al. ,  2019).  Gen  COI  digunakan sebagai  marker  DNA  yang  efektif  pada spesies  ikan  dari  perairan  berbeda  di  seluruh dunia  (Wang et  al. ,  2012)  dan  telah diaplikasikan  pada  berbagai  jenis  ikan  di berbagai wilayah seperti di Australia (Ward et al. ,2008),    India  (John et  al., 2010),  dan  Asia- Pasifik (Yue et al. , 2009).dan berbagai wilayah di dunia termasuk di Indonesia (Dailami et al. , 2021a).
Keanekaragaman  hayati  saat  ini dianggap  sebagai  bagian  dari  hasil  evolusi dari  perubahan iklim dan tektonik di masa lalu (Weigand et al. , 2013). Pengelolaan sumberdaya ikan kakap putih yang berkelanjutan diperlukan proses pemantauan dan  klarifikasi  yang  berhubungan  struktur populasi  di  alam  melalui  analisis  filogenetik (John et  al. ,  2010)  maupun  keragaman genetik  populasi  (Nugraha et  al., 2011). Hubungan  genetik  antar  spesies  dalam  satu populasi  dan antar populasi  dapat diketahui
melalui rekonstruksi filogenetik (Pramono et al, 2017; Saleky et al. , 2020).
Perairan Merauke kaya akan sumberdaya ikan  kakap  putih,  pemanfaatannya  tidak terbatas pada daging tetapi juga gelembung ikan  yang  memiliki  nilai  ekonomis  yang  jauh lebih  tinggi.  Eksploitasi  berlebih  akan mengakibatkan  penurunan  keanekaragaman spesies  yang  diawali  dengan  penurunan keanekaragaman  genetik  (Yusron,  2005). Kegiatan konservasi diawali dengan dilengkapinya  berbagai  informasi  seperti bioekologi,  taksonomi  termasuk  di  dalamnya informasi  genetik  (Nuryanto  &  Solihin,  2006). Informasi  tersebut  sangat  diperlukan  dalam rangka menentukan metode konservasi yang tepat. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis  keragaman  genetik  ikan  kakap putih  ( Lates  calcarifer ,  Bloch,  1790)  sebagai dasar  dalam  pengelolaan  dan  konservasi sumberdaya  hayati  ikan  kakap  putih  di perairan Merauke Papua.

## MATERI DAN METODE
Sampel  ikan  kakap  putih  dikoleksi  dari Sungai  Kumbe  Kabupaten  Merauke,  Papua (Gambar 1), Sampel ikan kakap putih dikoleksi menggunakan gillnet dan  diidentifikasi menggunakan fishbase (www. fishbase .org). Sampel  jaringan  sirip  yang  diperoleh kemudian disimpan dalam botol sampel berisi ethanol  96  %.  Analisis  molekuler  untuk mendapatkan  fragmen  DNA  dilakukan  di Laboratorium Biodiversitas Indonesia Bali.
Sekuen DNA ikan kakap putih diperoleh melalui  analisis  molekuler.  Primer  yang digunakan dalam penelitian ini menggunakan  2  primer  yang  secara  umum dipergunakan  dalam  identifikasi  ikan  yaitu primer forward FISH-BCL: 5'-
TCAACCAACCACAAAGACA-3',  dan  primer reverse FISH-BCH : 5' TAGACTTCTGGGTGGCCAA-3'. Reaksi  PCR  menggunakan  volume  25  µl dengan  jumlah  template  DNA  1  -  4  µl.  Profil PCR meliputi denaturasi awal 94 °C selama 15 detik,  denaturasi  94  °C  selama  30  detik, annealing pada  50  °C  selama  30  detik  dan extention pada 72 °C selama 45 detik dan final extention pada 72 °C selama 10 menit, semua proses tersebut dilakukan dengan pengulangan  sebanyak  40  siklus.  Hasil  PCR
positif  kemudian  dikirim  untuk  di  sekuensing pada  lembaga  penyedia  jasa  sekuensing yaitu 1 st Base Singapura.
Hasil  sekuensing  yang  diperoleh  dari perusahaan jasa sekuensing kemudian diedit menggunakan  model  ClustalW  (1.6)  dengan menggunakan  program  MEGA  X  ( Moleculer Evolutionary  Genetic  Analysis ).  Data  yang telah  diedit  kemudian  dicocokan  dengan data  genetik  pada  GeneBank  di  NCBI ( National Center for Biotechnology
Information ) dengan menggunakan BLAST ( Basic  Local  Alignment  Search  Tool ).  Data genetik di download dari GenBank (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/) dan dijadikan sebagai  pembanding  ikan  gulamah  asal Merauke  dan  ikan  kakap  putih  dari  daerah lain.  Perhitungan  jarak  genetik  (D)  antar spesies  dihitung  dan  juga  merekonstruksi pohon  filogenetik  dengan  menggunakan aplikasi  Mega  X  (Kumar et  al. , 2018). Rekonstruksi  pohon  filogenetik  ikan  kakap putih  menggunakan  metode Neighbour- Joining (NJ)  dengan  model  Kimura  2- parameter,  nilai bootstrap 1000x.  Analisis haplotype  menggunakan software DnaSP (Rozas et al. , 2017).

## HASIL DAN PEMBAHASAN
Panjang  sekuen  DNA  adalah 660  pb diperoleh  dari  analisis  molekuler.  Hasil identifikasi menggunakan BLAST di GenBank, 2 spesies  yang  dikoleksi  dari  Sungai  Kumbe Kabupaten  Merauke  Papua  ada  benar  ikan kakap  putih  ( Lates  calcarifer ,  Bloch,  1790) dengan  tingkat  similaritas  100  %.  Hasil identifikasi menggunakan teknik DNA barcoding memiliki  potensi  yang  luas  dalam perkembangannya,  seperti  studi  identifikasi dalam  berbagai  tahapan  kehidupan,  status konservasi,  taksonomi  (Dailami et  al .,  2021b), biogeografi  dan  inventarisasi  keanekaragaman hayati (Achmad, Subur, & Akbar, 2020; Ran, Li, Qi, Li, & Kong, 2020). Komposisi nukleotida dan komposisi rata-rata basa DNA yang ditemukan  pada  kedua  sampel  ikan  kakap putih adalah Thymine (T) (29.4 %), Cytosine (C) (30 %), Adenine (A) (21.4 %), dan Guanine (G) (19.4 %). Kedua sampel ikan kakap putih yang dikoleksi juga tidak terjadi mutasi genetik yang mana kedua sampel tersebut memiliki sekuen yang identik.
Sebanyak  tujuh  haplotipe  ikan  kakap putih diperoleh dalam  penelitian ini  dan
Gambar 1. Peta pengambilan sampel ikan kakap putih ( Lates calcarifer , Bloch, 1790)
tersebar  diberbagai  wilayah  perairan.  Jenis haplotype akan bertambah dengan semakin banyaknya  jumlah  sampel  yang  dianalisis. Variasi haplotype sangat menentukan tingkat keragaman genetik yang menjadi faktor kunci dalam  kelangsungan  hidup  suatu  spesies (Rachmat et  al., 2016).  Perubahan  dalam variasi  haplotype  sangat  dipengaruhi  oleh berbagai faktor seperti seleksi alam, pergeseran  genetik,  mutasi,  dan  aliran  gen yang  mengarah  pada  terbentuknya  spesies baru (Adams et al ., 2019).
Hasil analisis memperlihatkan ikan putih asal  sungai  Kumbe  Merauke  memiliki kesamaan  haplotype  dengan  sampel  ikan kakap putih yang berasal dari Australia, China dan  Malaysia.  Hasil  ini  memperlihatkan terjadinya sharring genetik  antar  lokasi-lokasi
tersebut  sehingga  memiliki  haplotype  yang sama (Díaz-Ferguson et al ., 2010).
Jarak genetik digunakan sebagai dasar dalam mempelajari evolusi molekuler, rekonstruksi  filogenetik  dan  perkiraan  waktu evolusi  (Sohpal,  2013).  Analisis  jarak  genetik dilakukan  dengan  menggunakan  model Kimura  2-Parameter  (Tabel  1).  Hasil  analisis jarak  genetik  diketahui  2  individu  ikan  kakap putih  yang  dikoleksi  dari  Sungai  Kumbe Merauke  memiliki  haplotype  yang  sama dengan  jarak  genetik  0.000.  Jarak  genetik 0.000  juga  diperoleh  antar  sampel  dari merauke  dengan  sampel  yang L.  calarifer (KX781875-  Australia), L.  calarifer (EU189378- Australia Selatan) dan L. calarifer (GU459274- China). Jarak genetik terjauh ikan kakap putih asal Merauke adalah dengan sampel ikan
Tabel 1 .  Sekuen DNA Lates calcarifer , Lates niloticus dan Lates japonicas yang digunakan dalam rekonstruksi filogenetik termasuk lokasi, nomor akses dari National Center for Biotechnology Informatio n (NCBI).
No  Spesies Lokasi Acc. No Sumber 1 L. calcarifer Gujarat India JX983354 (Khedkar,  Jamdade,  Naik, David, & Haymer, 2014) 2 L. calcarifer Indonesia GU674017 - 3 L. calcarifer Bangladesh MK572284 (Rahman et al. , 2019) 4 L. calcarifer Malaysia KY849521 (Azmir et al. , 2017) 5 L. calcarifer Indonesia KU692587 (Dahruddin et al ., 2017) 6 L. calcarifer Polinesia JQ431879 (Hubert et al ., 2012) 7 L. calcarifer Australia KX781875 (Mitchell et al. , 2019) 8 L. calcarifer Australia KX781858 (Mitchell et al ., 2019) 9 L. calcarifer Myanmar MH235652 (Segura-García, et  al. , 2018) 10 L. calcarifer India JF919828 (John et al ., 2010) 11 L. calcarifer India JF919827 (John et al ., 2010) 12 L. calcarifer India KC508501 (Rajasekar et al ., 2012) 13 L. calcarifer India KC508500 (Rajasekar et al ., 2012) 14 L. calcarifer Australia Selatan EU189379 (Ward et al ., 2008) 15 L. calcarifer Australia Selatan EU189378 (Ward et al ., 2008) 16 L. calcarifer Vietnam MK777481 (Thu et al ., 2019) 17 L. calcarifer Bangladesh MH087052 (Ahmed et al. , 2020) 18 L. calcarifer Bangladesh MG969518 (Ahmed et al ., 2020) 19 L. calcarifer China GU459305 (Zhang, 2010) 20 L. calcarifer China GU459274 (Zhang, 2010) 21 L. japonicus Jepang LC269832 (Iwatsuki et al. , 2018) 22 L. niloticus Mesir LC487183 (Ali et al. , 2020)
kakap putih yang berasal dari India, Vietnam maupun Bangladesh. Beberapa faktor dapat menjadi  penyebab  terjadinya  perbedaan genetik  misalnya  kondisi  habitat  yang berbeda,  tidak  adanya  konektivitas  antar lokasi maupun jarak geografis.
Jarak genetik yang sangat kecil antara ikan  kakap  putih  asal  Merauke  dengan  ikan kakap  putih  yang  berasal  dari  Australia  dan China  menunjukkan  bahwa  ada  konektivitas antar  wilayah  melalui  arus  laut.  Beberapa kemungkinan  yang  menyebabkan  spesies –
spesies  dari  lokasi  yang  berbeda  memiliki kemiripan  secara  genetik  misalnya  adanya sharring genetik  (Leatemia et  al .,  2018), konektivitas  antar  wilayah  (Díaz-Ferguson et al .,  2010),  kesamaan  habitat  dan  pada organisme  laut  cenderung  melalui  proses migrasi  dan  arus  laut  sebagai  media  transfer (Saleky et al ., 2016).
Filogenetik  molekuler  adalah  aspek fundamental  dari  analisis  evolusi  yang bergantung  pada  jarak  &  karakter  metode berbasis matematis (Sohpal, 2013). Rekonstruksi
Gambar 2 .  Rekontruksi pohon filogenetik ikan kakap putih ( L. calcarifer ) dari Sungai Kumbe Merauke, Papua
Lates calcarifer (EU189379-Australia Selatan)
Lates calcarifer (KX781858-Australia)
Lates calcarifer (EU189378-Australia Selatan)
Lates calcarifer (KX781875-Australia)
Lates Carcarifer-01-Merauke
Lates calcarifer-02-Merauke
Lates calcarifer (GU459274-China)
Lates calcarifer (GU459305-China)
Lates calcarifer (GU674017-Indonesia)
Lates calcarifer (KU692587-Indonesia)
Lates calcarifer (KY849521-Malaysia)
Lates calcarifer (MH087052-Bangladesh)
Lates calcarifer (KC508500-India)
Lates calcarifer (MK777481-Vietnam)
Lates calcarifer (JX983354-Gujarat India)
Lates calcarifer (KC508501-India)
Lates calcarifer (MH235652-Myanmar)
Lates calcarifer (JQ431879-Polinesia)
Lates calcarifer (MG969518-Bangladesh)
Lates calcarifer (MK572284-Bangladesh)
Lates calcarifer (JF919828-India)
Lates calcarifer (JF919827-India)
Lates japonicus (LC269832-Jepang)
Lates niloticus (ANGBF53024-Mesir)
98 56 33 73 31 9 12 10 52 100 100 100 80 67 54 46 37 77
Tabel 2 . Komposisi nukleotida ikan kakap putih asal Sungai Kumbe Merauke Papua
Id Thymine (%) Cytosine (%) Adenine (%) Guanine (%) C + G (%) A + T (%) Merauke 01 29.4 30 21.4 19.2 49.2 50.8 Merauke 02 29.4 30 21.4 19.4 49.2 50.8 Rerata 29.4 30 21.4 19.4 49.2 50.8
Tabel 3. Jumlah dan sebaran haplotype ikan kakap putih ( Lates calcarifer , Bloch, 1790) No Haplotipe Jumlah Id sampel 1 Haplotype 1 8 Merauke 01, Merauke 02, KY849521-Malaysia, EU189379-Australia Selatan, KX781875-Australia, EU189378-Australia Selatan, GU459305-China dan GU459274-China 2 Haplotype 2 1 X983354-Gujarat India 3 Haplotype 3 2 GU674017-Indonesia, KU692587-Indonesia 4 Haplotype 4 8 MK572284-Bangladesh, MH235652-Myanmar, JF919828-India, JF919827-India, KC508501-India, JQ431879-Polinesia, MK777481- Vietnam dan MG969518-Bangladesh 5 Haplotype 5 1 KX781858-Australia 6 Haplotype 6 1 KC508500-India 7 Haplotype 7 1 MH087052-Bangladesh
Tabel 4. Jarak genetik antar individu dan spesies Lates sp.
No Spesies 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 1 L. calarifer (Merauke-01) * * * * * * * * * * * * 2 L. calarifer (Merauke-02) 0.000  * * * * * * * * * * * 3 L. calarifer (GU674017-Indonesia) 0.005  0.005  * * * * * * * * * * 4 L. calarifer (KY849521-Malaysia) 0.008  0.008  0.003  * * * * * * * * * 5 L. calarifer (KX781875- Australia) 0.000  0.000  0.005  0.005  * * * * * * * * 6 L. calarifer (EU189378- Australia Selatan) 0.000  0.000  0.005  0.005  0.000  * * * * * * * 7 L. calarifer (JF919827- India) 0.097  0.097  0.089  0.102  0.095  0.095  * * * * * * 8 L. calarifer (JF919828-India) 0.097  0.097  0.089  0.102  0.095  0.095  0.000  * * * * * 9 L. calarifer (MG969518 Bangladesh) 0.098  0.098  0.092  0.097  0.098  0.098  0.002  0.002  * * * * 10 L. calarifer (MH235652-Myanmar) 0.091  0.091  0.085  0.093  0.091  0.091  0.000  0.000  0.002  * * * 11 L. calarifer (JQ431879- Polinesia) 0.096  0.096  0.089  0.098  0.095  0.095  0.002  0.002  0.003  0.000  * * 12 L. calarifer (MK777481- Vietnam) 0.100  0.100  0.096  0.100  0.099  0.099  0.000  0.000  0.000  0.000  0.002  * 13 L. calarifer (GU459274-
China)
0.000  0.000  0.003  0.000  0.000  0.000  0.101  0.101  0.101  0.097  0.101  0.101
filogenetik  menggunakan  metode Neighbour- Joining (NJ)  dengan  model  Kimura  2- parameter,  nilai bootstrap 1000x.  sebagai outgroup digunakan spesies L. japonicas dan L. niloticus sebagai pembanding .
Pohon filogenetik  ikan  kakap  putih  (Gambar  2) membentuk  2 clade utama yang  mana spesies-spesies  yang  dianalisis  membentuk kelompok  sesuai  dengan  jarak  genetik  dan kemiripan sekuen DNA.
Pohon  filogenetik  (Gambar  2)  yang terbentuk  terdiri  atas  2 clade besar  dengan nilai boostrap yang tinggi. Semakin tinggi nilai boostrap yang  terbentuk  semakin  baik rekonstruksi  pohon  filogenetik  tersebut.  Ikan kakap putih asal Merauke membentuk clade yang  sama  dengan  ikan  kakap  putih  yang berasal  dari  daerah  di  Indonesia,  Australia, Cina  dan  Malaysia. Clade yang  berbeda terdiri atas ikan kakap putih yang berasal dari Bangladesh,  India,  Myanmar,  Polinesia  dan Vietnam. Bergabungnya ikan kakap putih dari beberapa daerah yang berbeda mengindikasikan  terjadinya sharring genetik atau  gen flow antar  wilayah.  Sehingga pengelolaan  konservasi  ikan  kakap  putih harus dilakukan secara global.
Rekonstruksi filogenetik memperlihatkan terjadinya konektivitas antar lokasi baik Cina, Malaysia,  Indonesia  dan  Australia.  Wilayah Bangladesh,  India,  Polinesia,  Myanmar  dan Vietnam  membentuk  konektivitas  yang berbeda  dengan  wilayah  lainnya.  Jarak geografis  antara  Merauke  dan  Australia dapat  menyebabkan  terjadinya  gen flow yang  mana  pada  organisme  laut,  gen flow terjadi melalui proses migrasi spesies ataupun melalui  proses  larva  dispersal  (Jefri,  Zamani, Subhan,  &  Madduppa,  2015).  Rekonstruksi pohon  filogenetik,  ikan  kakap  putih  asal Sungai  Kumbe  Merauke  memiliki  hubungan genetik  genetik  dengan  ikan  kakap  putih yang  berasal  dari  Australia,  Cina  dan Malaysia.

## KESIMPULAN
Analisis  DNA barcoding diperoleh spesies  yang  dianalisis  adalah  ikan  kakap putih ( Lates  calcarifer ,  Bloch,  1790)  dengan panjang sekuen 660 bp. Kesamaan haplotytipe ditemukan antar  ikan kakap putih
asal Merauke, Australia, Malaysia dan Cina ini mengindikasikan  terjadinya  gen flow antar lokasi. Pohon filogenetik  membentuk 2 clade dengan    nilai boostrap 100.  Seluruh  sekuen terbentuk berdasarkan kemiripan sekuen dan jarak genetik.

## DAFTAR PUSTAKA
Achmad,  M.J.,  Subur,  R.,  &  Akbar,  N.,  2020. DNA barcode and phylogenetics of green humphead  parrotfish  (Bolbometopon muricatum) in North Maluku waters . AACL Bioflux, 13(5):2779 – 2787.
Adams,  C.I.M.,  Knapp,  M.,  Gemmell,  N.J., Jeunen, G.J., Bunce, M., Lamare, M.D., & Taylor,  H.R.,  2019.  Beyond  biodiversity: Can environmental DNA (eDNA) cut it as a  population  genetics  tool? Genes ,
10(3):p192. doi: 10.3390/genes10030192
Ahmed,  M.S.,  Datta,  S.K.,  &  Zhilik,  A.A.,  2020. Molecular diversity of freshwater fishes of Bangladesh assessed by DNA barcoding. Bangladesh  Journal  of  Zoology ,  48(1):1 – 19. doi: 10.3329/bjz.v48i1.47872
Akbar,  N.,  Zamani,  N.P.,  &  Madduppa,  H., 2014.  Keragaman  genetik  ikan  tuna  sirip kuning  ( Thunnus  albacares )  dari  dua populasi di Laut Maluku, Indonesia. Depik , 3 (1):65 – 73. doi: 10.13170/depik.3.1.1304 Ali,  F.S.,  Ismail,  M.,  &  Aly,  W.,  2020.  DNA barcoding to characterize biodiversity of freshwater  fishes  of  Egypt. Molecular Biology  Reports ,  47(8):5865 – 5877.  doi:
10.1007/s11033-020-05657-3
Azmir, I.A., Esa, Y., Amin, S.M.N., Md Yasin, I.S., &  Md  Yusof,  F.Z.,  2017.  Identification  of larval fish in mangrove areas of Peninsular Malaysia  using  morphology  and  DNA barcoding  methods. Journal  of  Applied Ichthyology , 33(5):998 – 1006. doi: 10.1111/ jai.13425
Dahruddin, H., Hutama, A., Busson, F., Sauri, S., Hanner, R., Keith, P., Hadiaty, R., & Hubert, N., 2017.  Revisiting the ichthyodiversity of Java  and  Bali  through  DNA  barcodes: taxonomic coverage, identification accuracy, cryptic
diversity
and identification of exotic species. Molecular Ecology  Resources ,  17(2):288 – 299.  doi:
10.1111/1755-0998.12528
Dailami, M., Rahmawati, A., Saleky, D., & Toha, A.H.A.,  2021a.  DNA  barcoding  of  tilapia fish  from  Merauke  ,  Papua  and  Malang,
East  Java-Indonesia. AACL  Bioflux , 14 (2): 849 – 858.
Dailami,  M.,  Widyawati,  Y.,  Toha,  A.  H.  A., 2021b. Identifikasi  Genetik  Ikan  Teri  dari Teluk  Cenderawasih  dengan  pendekatan DNA  Barcoding  Genetic  Identification  of Anchovy  from  Cenderawasih  Bay  using DNA  Barcoding  Approach . Musamus Fisheries and Marine Journal, 3 (2):154 – 166. https://doi.org/10.35724/mfmj.v3i2.3521 Díaz-Ferguson,  E.,  Haney,  R.,  Wares,  J.,  & Silliman, B., 2010. Population genetics of a trochid  gastropod  broadens  picture  of caribbean  sea  connectivity. PLoS  ONE , 5 (9):1 – 8. doi: 10.1371/journal.pone.0012675 Hubert,  N.,  Meyer,  C.P.,  Bruggemann,  H.J.,
Guérin,  F.,  Komeno,  R.J.L.,  Espiau,  B., Causse, R., Williams, J.T., & Planes, S., 2012. Cryptic diversity in indo-pacific coral-reef fishes  revealed  by  DNA-barcoding provides  new  support  to  the  centre-of- overlap  hypothesis.  PLoS  One  7(3): p.e28987. doi: 10.1371/journal.pone.0028987 Ibrahim, B., Salamah, E., Hak, N., & Komalasari, A.,  2014.  Pengaruh  Penyamakan  Khrom Kulit  Ikan  Kakap  Putih  Dikombinasi Dengan  Ekstrak  Biji  Pinang  Terhadap Karakteristik  Fisik  Kulit. Jurnal  Pengolahan Hasil Perikanan Indonesia , 17 (2):103 – 111. Iwatsuki, Y., Newman, S.J., Tanaka, F., & Russell, B.C.,  2018.  Validity  of  psammoperca datnioides richardson 1848
and redescriptions  of P.  waigiensis Cuvier  in Cuvier  &  Valenciennes  1828  and Hypopterus  macropterus  (Günther  1859) in  the  family  Latidae  (Perciformes)  from the  Indo-West  Pacific. Zootaxa ,  4402(3): 467 – 486. doi: 10.11646/zootaxa.4402.3.3
Jaya,  B.,  Agustriani,  F.,  &  Isnaini,  2015.  Laju Pertumbuhan dan Tingkat Kelangsungan Hidup Benih Kakap Putih (Lates calcarifer, Bloch)  dengan  Pemberian  Pakan  yang Berbeda Berian. Maspari Journal , 5(1): 56 – 63.
Jefri, E., Zamani, N.P., Subhan, B., & Madduppa, H., 2015.  Molecular  phylogeny  inferred  from mitochondrial  DNA  of  the  grouper epinephelus  spp.  In  Indonesia  collected from  local  fish  market. Biodiversitas , 16 (2):254 – 263. doi: 10.13057/biodiv/d160221 John, A., Prasannaku, C., Lyla, P.S., Khan, S.A.,
&  Jalal,  K.C.A.,  2010.  DNA  Barcoding  of
Lates  calcarifer  (Bloch,  1970). Research Journal  of  Biological  Sciences , 5 (6):414 – 419. doi : 10.3923/rjbsci.2010.414.419 Khedkar, G.D., Jamdade, R., Naik, S., David, L., & Haymer, D., 2014. DNA barcodes for the FIshes  of  the  Narmada,  one  of  India’s longest  rivers. PLoS  ONE , 9 (7):1 – 10.  doi  :
10.1371/journal.pone.0101460
Kumar,  S.,  Stecher,  G.,  Li,  M.,  Knyaz,  C.,  & Tamura,  K.,  2018.  MEGA  X:  Molecular evolutionary  genetics  analysis  across computing  platforms. Molecular  Biology and  Evolution ,  35(6):1547 – 1549.  doi  :
10.1093/molbev/msy096
Leatemia, S.P.O., Manumpil, A.W., Saleky, D., & Dailami,  M.,  2018.  DNA  Barcode  dan Molekuler  Filogeni  Turbo  sp  .  di  Perairan. Prosiding  Seminar  Nasional  MIPA  UNIPA Ke- 3. 3:103 – 114.
Madduppa,  H.,  Taurusman,  A.A.,  Subhan,  B., Anggraini, N.P., Fadillah, R., & Tarman, K., 2017. Short communication: Dna barcoding  reveals  vulnerable  and  not evaluated  species  of  sea  cucumbers (Holothuroidea and Stichopodidae) from Kepulauan  Seribu  reefs,  Indonesia. Biodiversitas , 18 (3):893 – 898.  doi  :  10.130 57/biodiv/d180305
Martinez, A.S., Willoughby, J.R., & Christie, M.R., 2018.  Genetic  diversity  in  fishes  is influenced by habitat type and life-history variation. Ecology  and  Evolution , 8 (23):
12022 – 12031. doi : 10.1002/ece3.4661 Mitchell,  A.,  Rothbart,  A.,  Frankham,  G., Johnson, R.N., & Neaves, L.E., 2019. Could do better! A high school market survey of fish  labelling  in  Sydney,  Australia,  using DNA barcodes. PeerJ , 7(2019):e7138. doi: 10.7717/peerj.7138
Nugraha, B., Novianto, D., & Barata, A., 2011. Keragaman Genetik Ikan Tuna Mata Besar ( Thunnus obesus ) Di Samudera Hindia. Jurnal Penelitian  Perikanan  Indonesia,  17 (4):277 – 284.
Nuryanto,  A.,  &  Solihin,  D.D.,  2006.  Variasi Sekuens  Gen  Mitokondrial  Sitokrom  C Oksidase  I  dari  Siput  Lola  (Trochus niloticus). Biosfera , 23 (1):31 – 37.  doi:
10.20884/1.mib.2006.23.1.143
Pramono,  T.B.,  Arfiati,  D.A.,  Widodo,  M.S., Yanuhar, U.Y., 2017. Identifikasi Ikan Genus Mystus  Dengan  Pendekatan  Genetik.
Jurnal  Sumberdaya  Akuatik  Indopasifik; 1(2):123-132,  doi:  10.30862/js  ai-fpik- nipa.2017.Vol.1.No.2.34
Rachmat,  H.H.,  Subiakto,  A.,  &  Kamiya,  K., 2016.  Short  Communication:  Genetic diversity  and  conservation  strategy considerations for highly valuable medicinal  tree  of  Taxus  sumatrana  in Indonesia. Biodiversitas , 17 (2):487 – 491. doi: 10.13057/biodiv/d170213 Rahman,  M.M.,  Norén,  M.,  Mollah,  A.R.,  & Kullander,  S.O.,  2019.  Building  a  DNA barcode library for the freshwater fishes of Bangladesh. Scientific  Reports , 9 (1):9382. doi: 10.1038/s41598-019-45379-6
Rajasekar,  M.,  Thangaraj,  M.,  Barathkumar,  T. R., Subburaj, J., & Muthazhagan, K. 2012. Genetic  Diversity  Analysis  of  Lates calcarifer  (Bloch  1790)  in  Captive  and Wild  Populations  Using  RAPD  Markers. Notulae  Scientia  Biologicae , 4 (3):33 – 37. doi: 10.15835/nsb43,7896 Ran,  K.,  Li,  Q.,  Qi,  L.,  Li,  W.,  &  Kong,  L.  2020.
Molecular  identification  of  Cerithiidae (Mollusca:  Gastropod)  in  Hainan  island, China. Mitochondrial  DNA  Part  A:  DNA Mapping,  Sequencing,  and  Analysis , 31 (2):57 – 63.  doi:  10.1080/24701394.2020. 1726898
Rozas, J., Ferrer-Mata, A., Sanchez-DelBarrio, J. C.,  Guirao-Rico,  S.,  Librado,  P.,  Ramos- Onsins,  S.E.,  &  Sanchez-Gracia,  A.,  2017. DnaSP  6:  DNA  sequence  polymorphism analysis  of  large  data  sets. Molecular Biology  and  Evolution ,  34(12):3299 – 3302. doi: 10.1093/molbev/msx248
Saleky, D., Leatemia, S.P., Pattiasina, T.F., Isma, I.,  Pangaribuan,  R.D.,  Welliken,  M.A., Melmambessy, E.H.P., & Dailami, M., 2020.
Analisis Pola Pertumbuhan dan
Pendekatan  DNA  Barcoding  untuk Identifikasi Turbo  stenogyrus P.  Fischer, 1873  (Mollusca:  Gastropoda). Biotropika:
Journal  of  Tropical  Biology 8(2):79 – 86. doi:10.21776/ub.biotropika.2020.008.02.03
Saleky,  D.,  Setyobudiandi,  I.,  Toha,  A.H.A., Takdir, M., & Madduppa, H., 2016. Length- weight  relationship  and  population genetic of two marine gastropods species (Turbinidae:  Turbo  sparverius  and  Turbo bruneus)  in  the  Bird  Seascape  Papua, Indonesia. Biodiversitas, Journal of
Biological  Diversity , 17 (1):208 – 217.  doi:
10.13057/biodiv/d170130
Saleky, D., Supriyatin, F. E., & Dailami, M., 2020.
Pola Pertumbuhan dan Identifikasi
Genetik Turbo  setosus Gmelin,  1791 [Turbinidae,  Gastropoda]. Jurnal  Kelautan Tropis , 23 (3):305 – 315. doi: 10.14710/jkt.v23 i3.7514
Segura-García,  I.,  Tun,  T.Y.,  &  Box,  S.J.  2018.,
Genetic characterization of the artisanal mud crab fishery in myanmar. PLoS ONE , 13(9):1 – 13. doi: 10.1371/journal.pone.0204905
Sohpal, K.V., 2013.  Computational Analysis of
Distance and Character
based Phylogenetic  Tree  for  Capsid  Proteins  of Human  Herpes  Virus. Journal  of  Data Mining  in  Genomics  &  Proteomics , 4 (2):
2153-0602. doi : 10.4172/2153-0602.1000 128 Thu, P.T., Huang, W.C., Chou, T.K., Van Quan, N., Van Chien, P., Li, F., Shao, K.T.  & Liao, T.Y.  2019. DNA barcoding of coastal ray- finned fishes in Vietnam. PLoS ONE , 14(9):
1 – 13. doi: 10.1371/journal.pone.0222631 Wang, Z.D., Guo, Y.S., Liu, X.M., Fan, Y.B., & Liu,
C.W.,  2012.  DNA  barcoding  South  China Sea fishes. Mitochondrial DNA , 23 (5):405 – 410. doi: 10.3109/19401736.20 12.710204
Ward, R.D., Holmes, B.H., & Yearsley, G.K., 2008.
DNA  barcoding  reveals  a  likely  second species  of  Asian  sea  bass  (barramundi) (Lates  calcarifer). Journal  of  Fish  Biology ,
72 (2):458 – 463.  doi:  10.1111/j.1095-8649. 2007.01703.x
Weigand,  A.M.,  Jochum,  A.,  Slapnik,  R., Schnitzler, J., Zarza, E., & Klussmann-Kolb, A.,  2013.  Evolution  of  microgastropods (Ellobioidea, Carychiidae): integrating taxonomic,  phylogenetic  and  evolutionary hypotheses. BMC  Evolutionary  Biology , 13(1):13-18. doi: 10.1186/1471-2148-13-18 Widodo, M.H., Edy H.P., & Melmambessy, S.M., 2016. Potensi Kakap Putih (Lates calcalifer Bloch,  1790)  Di  Sungai  Kumbe  Distrik Malind  Kabupaten  Merauke. Agricola,
6 (1):2565 – 2568.
Yue, G.H., Zhu, Z.Y., Lo, L.C., Wang, C.M., Lin, G., Feng, F., Pang, H.Y., Li, J., Gong, P., Liu, H.M., Tan, J., Chou, R., Lim, H. & Orban, L., 2009.  Genetic  variation  and  population structure  of  Asian  seabass  (Lates calcarifer)  in  the  Asia-Pacific  region. Aquaculture 293:  22 – 28.  doi  :  10.1016/
j.aquaculture.2009.03.053
Yusron,  E.,  2005.  Pemanfaatan  keragaman genetik dalam pengelolaan sumberdaya hayati laut. Oseana , 30(2):29 – 34.
Zhang,  J.,  2010.  Exploiting  formalin-preserved
fish  specimens  for  resources  of  DNA barcoding. Molecular  Ecology  Resources,
10(6):935 – 941.  doi  :  10.1111/j.155-0998.20 10.02838.x