## Variasi Genetik Spesies Mangrove Ceriops tagal berdasarkan Marka RAPD

## Dhuta Sukmarani
Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan Universitas Muhammadiyah Magelang e-mail:dhutasukmarani@gmail.com

## Diterima Mei 2013 disetujui untuk diterbitkan September 2013

## Abstract
Ceriops  tagal are  found  at  Segara  Anakan  Cilacap,  Baluran  National  Park  and Karimunjawa  National  Park.  Information  on  the  genetic  diversity  can  be  used  for  conservation policy.  Genetic  variation  of C.  tagal were  analysed  by  using  Random  Amplified  Polymorphic DNA  (RAPD).  This  study  aims  to  determine  the  genetic  variation  in  each  population  and between populations C. tagal based on RAPD markers. The total DNA was extracted with CTAB extraction method. Amplification was performed using 10 primer (OPA-3, OPA-10, OPB-1, OPB- 6,  OPB-7,  OPB-8,  OPB-10,  OPB-12,  OPB-17  and  OPB-18).    Amplification  includes pradenaturation  at  94°C  for  5  min,  followed  by  45  cycles  of  denaturation  at  94°C  for  1  min, primer  annealing  at  37°C  for  1  min,  and  primer  elongation  on  72°C  for  1  min  30  sec,  final extension  at 72°C for 5 min and ends with  holding at 4°C for 1 min.  The analysis was done by changing the pattern of fragments  to binary data (for bands appear = "1" and for bands do  not appear  =  "0").  It  is  done  using  a  program  GenAlEx  2.1  and  NTSYS-PC  6.1.  A  population  that has  the  highest  genetic  variation  ( h )  was  Segara  Anakan  (0.308),  followed  by  Baluran  (0.295) and  Karimunjawa  (0.123).  Baluran  has  the  highest  polymorphism  (75.00%),  Segara  Anakan 69.23%, while Karimunjawa was 30.77%. The results of AMOVA, showed that the percentage of genetic variation within populations is greater (77%) than among populations (23%). The results of  PCA  analysis  showed  a  similar  pattern  of  genetic  distance  and  UPGMA.  Samples  of Karimunjawa clustered with samples of the population,  SA1 and SA3 likely close to the sample of Karimunjawa and SA2 are  likely  not one group with another sample of the  Segara Anakan. Results of mantel test, the value of r = 0.347 and p = 0.02.
Key words : Ceriops tagal , genetic variation, RAPD

## Abstrak
Ceriops tagal terdapat di Segara Anakan Cilacap, Taman  Nasional Baluran Jawa Timur, dan  di  Taman  Nasional  Karimunjawa.  Informasi  mengenai  keragaman  genetik  spesies  dapat digunakan  sebagai  bahan  pertimbangan  dalam  mengambil  kebijakan  konservasi.  Salah  satu teknik molekuler yang dapat digunakan untuk analisis variasi genetik adalah Random Amplified Polymorphic  DNA (RAPD).  Penelitian  ini  bertujuan  untuk  mengetahui  variasi  genetik  pada masing-masing populasi dan antar populasi C. tagal berdasarkan marka RAPD.  Ekstraksi DNA menggunakan metode CTAB. Amplifikasi dilakukan menggunakan 10 primer (OPA-3, OPA-10, OPB-1, OPB-6, OPB-7, OPB-8, OPB-10, OPB-12, OPB-17 dan OPB-18), meliputi pradenaturasi pada 94°C  5 menit, 45 siklus denaturasi pada 94°C selama 1  menit, penempelan primer pada 37°C  selama  1  menit,  dan  pemanjangan  primer  pada  72°C  selama  1  menit  30  detik, final extension pada 72°C selama 5 menit  dan holding pada 4°C selama 1 menit. Analisis dilakuka n dengan  mengubah  pola  fragmen  menjadi  data  biner  (pita  muncul  =”1”  dan  pita  tidak  muncul =“0”). Setelah  itu  dilakukan analisis menggunakan  program GenAlEx 6.1 dan  NTSYS-PC  versi 2.1. Populasi yang memiliki variasi genetik ( h ) tertinggi adalah Segara Anakan (0,308), Balura n (0,295) dan terendah adalah Karimunjawa (0,123). Populasi Baluran memiliki nilai polimorfisme sebesar  75,00%,  Segara  Anakan  69,23%,  sedangkan  Karimunjawa  30,77%.  Hasil  AMOVA menunjukkan  persentase  variasi  genetik  dalam  populasi  lebih  besar  (77  %)  dibanding  variasi genetik  antar  populasi  (23  %).  Hasil  analisis  PCA  memperlihatkan  pola  yang  hampir  sama dengan jarak genetik  dan  UPGMA yaitu pengelompokan sampel dari Baluran yang cenderung terpisahkan  dengan  populasi  lain.  Sampel  dari  Karimunjawa  mengumpul,  SA1  dan  SA3 cenderung  dekat  dengan  sampel  Karimunjawa  dan  SA2  yang  cenderung  tidak  satu  kelompok
dengan  sampel  dari  Segara  Anakan  yang  lain.  Hasil mantel  test yaitu  nilai  r=0,347  dan  nilai p=0,02.
Kata kunci : Ceriops tagal , variasi genetik, RAPD

## Pendahuluan
Genus Ceriops pada  awalnya diketahui  terdiri  dari  dua  spesies,  yaitu Ceriops tagal (Perr.) C. B.  Rob. dan C. decandra (Griff.) Ding Hou (Hou, 1958). Kemudian C. australis (White) Ballment,  Smith  dan  Stoddart  (1988) yang  tadinya  merupakan C.  tagal  var australis ,  ditetapkan  menjadi  spesies dari  genus Ceriops .  Penetapannya menjadi  spesies  adalah  berdasarkan karakter  isozim  dan  morfologi  hipokotil (Ballment et  al .,  1988).  Kemudian, spesies  baru Ceriops yang  ditemukan Sheue (2003) diberi nama C. zippeliana (Sheue et  al .,  2009).  Selanjutnya ditemukan C. pseudodecandra di
Australia,  New  Guinea  dan  Seram (Sheue et  al .,  2010),  sehingga  saat  ini ada 5 spesies Ceriops yang tercatat. C. tagal di Pulau Jawa terdapat  di Segara Anakan  Cilacap  dan  Taman  Nasional Baluran  Jawa  Timur  (Setyawan et  al. , 2005;  Sudarmadji,  2004).  Selain  itu, juga  terdapat  di  pulau  Karimunjawa (Susetiono et al ., 2010).
Vegetasi  mangrove  mempunyai morfologi dan anatomi  tertentu sebagai respon fisiogenetik  terhadap  habitatnya (Gunarto,  2004).  Di  samping  itu, keterbatasan  kemampuan  penyebaran jarak jauh propagul
C. tagal menyebabkan  keragaman genetik yang rendah dan populasi yang tersubstruktur (Huang et al ., 2007). Dari uraian  tersebut,  dapat  diduga  adanya variasi  morfologi  serta  variasi  genetik antar populasi C. tagal . Oleh karena itu
perlu dilakukan analisis untuk mengetahui variasi genetiknya. Informasi mengenai keragaman genetik spesies dapat digunakan sebagai bahan  pertimbangan  dalam  mengambil kebijakan konservasi. Misalnya menentukan  prioritas  area  konservasi maupun  menyediakan  informasi  untuk strategi  konservasi  genetik  (Ferrière et al .,  2004).  Metode  molekuler  dapat
diaplikasikan untuk mengetahui sumber daya  genetik  untuk  taksa  yang  akan dikonservasi. Salah satu teknik
molekuler  yang  dapat  digunakan  untuk analisis variasi  genetik  adalah Random Amplified  Polymorphic  DNA (RAPD). Beberapa  penerapan  teknik  RAPD untuk  melihat  variasi  genetik  pada tumbuhan  mangrove  yang pernah dilakukan  yaitu  pada  empat  spesies Bruguiera di India, yaitu B. cylindrica, B. gymnorrhiza,  B.  parviflora dan B. sexangula (Sahoo et  al .,  2007),  variasi antar populasi Suaeda nudiflora di India (Jena  dan  Das,  2006)  dan  variasi genetik Rhizophora mangle pada populasi  Florida  selatan  (Bartleson et al .,  2003).  Tujuan  dari  penelitian  ini adalah  mengetahui  variasi  genetik dalam  dan  antar  populasi C.  tagal dari Baluran, Segara Anakan dan Karimunjawa berdasarkan marka RAPD. Informasi tersebut dapat digunakan  untuk  pertimbangan  dalam menentukan kebijakan konservasi.

## Materi dan Metode
Sampel  daun C.  tagal yang dibutuhkan  adalah  daun  yang  paling muda,  hingga  2-3  percabangan  yang lebih tua, agar diketahui pola percabangannya.  Ekstraksi  DNA  total dari  daun  segar  dilakukan  dengan metode  ekstraksi  CTAB  (Doyle  &
Doyle, 1990 yang dimodifikasi), Amplifikasi fragmen-fragmen DNA
genom  secara  acak  menggunakan teknik  RAPD  dengan  10  primer  (tabel 1). PCR dilakukan  dengan volume total 10  μL,  yang  terdiri  atas  5  μL  go  taq green PCR master  mix 2X;  2,25  μL DNA;  0,25  μL  primer  dan  2,5  μL water nuclease free . Amplifikasi DNA
dilakukan  menggunakan PCR  Thermal Cycler BOECO.  Metode  amplifikasi dilakukan mengikuti Malviya dan Yadav (2010)  dengan  sedikit  dimodifikasi. Pradenaturasi untai ganda DNA
template dilakukan  pada  suhu  94°C selama 5 menit, diikuti dengan 45 siklus reaksi yang terdiri atas denaturasi pada suhu  94°C  selama  1  menit,  tahap penempelan  primer  ( primer  annealing ) pada  suhu  37°C  selama  1  menit,  dan pemanjangan  primer  ( extension )  pada suhu  72°C  selama  1  menit  30  detik, final extension pada suhu 72°C selama 5  menit.  Siklus  diakhiri  dengan holding pada suhu 4°C selama 1 menit. Produk PCR dilihat menggunakan teknik elektroforesis  pada  gel  agarosa  1% dengan  penambahan  TBE  1X  dan  di-
running pada  tangki  elektroforesis selama 30 menit  dengan tegangan 100
V. Setelah itu, agarosa direndam dalam larutan EtBr selama 20 menit. Visualisasi dilakukan menggunakan UV transiluminator. Analisis dilakukan dengan  mengubah  pola  fragmen  yang bersifat  kualitatif  menjadi  data  biner kuantitatif (untuk pita yang muncul =”1” dan  untuk pita yang tidak muncul =“0”).
Setelah itu dilakukan analisis
menggunakan  program  GenAlEx  6.1 (Peakall  dan  Smouse,  2006)  dan NTSYS-PC versi 2.1 (Rohlf, 1997).
Tabel 1. Sekuen primer yang digunakan dalam PCR Table 1. Primers sequences used for the PCR
Primer Sekuen OPA-3 5'- AGTCAGCCAC -3' OPA-10 5'- GTGATCGCAG -3' OPB-1 5'- GTTTCGCTCC -3' OPB-6 5'- TGCTCTGCCC -3' OPB-7 5'- GGTGACGCAG -3' OPB-8 5'- GTGACGTAGG -3' OPB-10 5'- CTGCTGGGAC -3' OPB-12 5'- CCTTGACGCA -3' OPB-17 5'- AGGGAACGAG -3' OPB-18 5'- CCACAGCAGT -3'

## Hasil dan pembahasan

## Isolasi DNA Genom
Hasil  isolasi  DNA  dari  segi kuantitas  dapat  dilihat  pada  Tabel  2.
Pengukuran menggunakan spektrofotometer  dengan  absorbanasi A260/280 dan A260/230 dengan tujuan mengetahui kemurnian DNA dan konsentrasi  DNA.  Jika  mengacu  pada Sambrook  dan  Russel  (1989),  nilai A260/280  adalah  rasio  antara  DNA dengan  protein.  Tingkat  kemurnian DNA  pada  absorbansi  tersebut  adalah 1,8  –  2,0.  Sedangkan  nilai  A260/230 adalah  rasio  antara  DNA  dengan  RNA dan  kemurnian  DNA  pada  absorbansi tersebut  adalah  2,0  –  2,2.  Kemurnian DNA  pada  absorbansi  A260/280  pada penelitian  ini  berkisar  antara  1,200  - 1,800. Sampel yang mencapai kemurnian  1,800  adalah  KJ4  dan  SA3,
sedangkan  sampel  yang  lain  memiliki nilai  di  bawah  1,800.  Sedangkan  pada absorbansi  A260/230  berkisar  antara 0,600  -  1,686.  Hasil  isolasi  DNA  pada beberapa  sampel  masih  berada  di bawah  angka  kemurnian.  Menurut Larasati  (2011),  jika  nilai  kemurnian DNA pada absorbansi A260/280
melebihi  2,0  maka  larutan  yang  diuji masih  mengandung  kontaminan  dari protein membran atau senyawa lainnya sehingga  kadar  DNA  plasmid  yang didapat  belum  murni.  Jika  kurang  dari 1,8  maka  ddH2O  yang  diambil  terlalu banyak  sedangkan  DNA  yang  diambil terlalu  sedikit.  Konsentrasi  DNA  hasil isolasi  berkisar  antara  450  –  1900 ng/µL.  Konsentrasi  DNA  yang  dapat digunakan  untuk  mengamplifikasi  lokus tunggal  berkisar  dari  0,05  hingga  1,00 μg  atau  setara  dengan  50  –  100  ng (Innis et al. , 1990). Berdasarkan  uraian di  atas,  maka  hasil  isolasi  DNA  genom
memiliki  konsentrasi  yang  cukup  dan dapat digunakan untuk analisis
selanjutnya.
Tabel  2.  Hasil  kuantifikasi  isolasi  DNA C.  tagal seluruh  populasi  menggunakan spektrofotometer
Table  2.    Quantification  results  of  C.  tagal  DNA  isolation  from  all  populations  using spectrophotometer Kode sampel A260/280 A260/230 Konsentrasi (ng/µL) BL1 1,238 0,897 1300 BL2 1,357 0,905 1900 BL3 1,200 1,667 900 BS4 1,200 0,706 600 BS5 1,200 1,686 1200 SA1 1,389 0,833 1250 SA2 1,800 1,286 450 SA3 1,500 1,091 600 KJ1 1,357 0,905 950 KJ2 1,238 1,083 1300 KJ3 1,800 1,500 450 KJ4 1,500 0,913 1050 Keterangan: BL1=sampel C. tagal 1 Pop. Baluran BL2=sampel C. tagal 2 Pop. Baluran BL3=sampel C. tagal 3 Pop. Baluran BS4=sampel C. tagal 4 Pop. Baluran BS5=sampel C. tagal 5 Pop. Baluran SA1=sampel C. tagal 1 Pop. Segara Anakan
SA2=sampel C. tagal 2 Pop. Segara Anakan SA3=sampel C. tagal 3 Pop. Segara Anakan
KJ1=sampel C. tagal 1 Pop.
Karimunjawa KJ2=sampel C. tagal 2 Pop.
Karimunjawa
KJ3=sampel C. tagal 3 Pop.
Karimunjawa
KJ4=sampel C. tagal 4 Pop.
Karimunjawa

## A.  Amplifikasi dan Polimorfisme DNA
Hasil  amplifikasi  menunjukkan bahwa kesepuluh primer yang digunakan menghasilkan fragmen RAPD  sebanyak  190  buah  (Tabel  3). Amplifikasi merupakan hasil
berpasangannya nukleotida primer dengan  nukleotida  penyusun  DNA (Hartati,  2006).  Polimorfisme  dapat terjadi  karena  primer  yang  digunakan dalam RAPD memiliki karakter
penempelan  fragmen  yang  berbeda (Roslim et  al .,  2003).  Hasil  amplifikasi primer  RAPD  dalam  penelitian  ini, terlihat  banyak  pita  yang  tidak  muncul, hal  tersebut  dapat  disebabkan  tidak menempelnya primer pada situs penempelan primer. Salah satu penyebab  terjadinya  hal  ini  adalah kualitas DNA yang kurang baik.
Tabel 3. Hasil analisis RAPD menggunakan 10 primers
Table 3.  Results of RAPD analysis by using 10 primers
Primer Pita ter- amplifikasi Total fragmen Ukuran pita  (pb)
Primer Pita ter- amplifikasi Total fragmen Ukuran pita  (pb) OPA 3 4 17 600, 550, 500, 300 OPA 10 10 28 1200,  900,  850,  800,  700,  600,  500,  400,  350, 200 OPB 1 4 15 650, 500, 400, 200 OPB 6 4 16 650, 500, 400, 300 OPB 7 9 48 1100, 700, 650, 550, 500, 400, 300, 250, 200 OPB 8 4 15 800, 600, 500, 400 OPB 10 1 4 200 OPB12 3 11 350, 300, 250 OPB 17 4 13 600, 450, 350, 100 OPB 18 9 23 1200, 1000, 900, 700, 550, 500, 400, 300, 250 DNA  yang  pemurniannya  tidak sempurna kemungkinan masih mengandung  polisakarida,  senyawa fenolik  atau  kontaminan  lain,  sehingga dengan meningkatnya konsentrasi DNA
maka  kontaminan  juga  bertambah.
Kontaminan dalam jumlah yang signifikan dapat mempengaruhi
penempelan primer  pada DNA cetakan (Weeden et  al .,  1992).  Kandungan fenol,  tannin  dan  metabolit  sekunder pada  tumbuhan  dapat  mempengaruhi ekstraksi  DNA  dan  akhirnya  dapat mempengaruhi  karakterisasi  melalui PCR (Nkongolo et al ., 1998).

## B.  Variasi Genetik
Jika  dilihat  dari  nilai  variasi genetik  ( h ),  populasi  yang  memiliki variasi  tertinggi  adalah  Segara  Anakan dengan  nilai  0,308,  disusul  populasi Baluran  dengan nilai  0,295,  dan populasi  yang  memiliki  nilai  terendah adalah  Karimunjawa  dengan  nilai h sebesar 0,123 (Tabel 4). Nilai polimorfisme juga bisa digunakan untuk melihat  variasi  genetik.  Semakin  tinggi nilai polimorfisme, maka semakin tinggi pula  variasi  genetik  dalam  populasi tersebut. Nilai polimorfisme  dapat berkisar  antara  0%  -  100%.  Jika  dilihat dari  persentase  lokus  polimorfik  pada
tabel  4,  populasi  Baluran  memiliki persentase  yang  paling  tinggi  yaitu sebesar  75,00%,  sedangkan  yang terendah  adalah  populasi  Karimunjawa dengan  nilai  30,77%.  Populasi  Segara Anakan  memiliki  nilai  polimorfisme diantara  kedua  populasi  lainnya,  yaitu sebesar  69,23%.  Terdapat  beberapa hal  yang  mempengaruhi  tingkatan variasi  genetik  suatu  spesies  dalam suatu populasi misalnya, ukuran populasi,  mutasi,  hanyutan  genetik ( genetic drift ), migrasi, sistem perkawinan,  seleksi,  serta  produksi bunga dan pollen (Hamid et al. , 2008) .
Tabel 4. Nilai parameter variasi genetik pada masing-masing populasi C. tagal
Table 4.  Parameter value of genetic variation in each population of C. tagal Populasi N Na Ne h PPL Baluran 5,000 1,615 1,510 0,295  75,00% Segara Anakan 3,000 1,404 1,554 0,308  69,23% Karimunjawa 4,000 0,615 1,208 0,123  30,77%
Keterangan:N= Jumlah Sampel; Na = Jumlah alel yang berbeda; Ne =
Jumlah alel yang efektif; h = variasi genetik; PPL= Persentase lokus polimorfik
Jika dilihat dari tabel 5, persentase variasi genetik dalam
populasi  lebih besar, yaitu senilai 77%, bila dibandingkan dengan variasi genetik  antar  populasi  yang  hanya sebesar  23%.  Hal  ini  sesuai  dengan Hamrick  dan  Godt  (1989)  bahwa sebagian besar keanekaragaman
genetik  tersimpan  di  dalam  populasi dan  perbedaan  antar  populasi  kecil.
Penelitian  yang  dilakukan  oleh  Yulianti et al. (2011) mengenai Melia azedarach juga  menunjukkan hasil  demikian, dengan  nilai  variasi  genetik  dalam populasi  69%  dan  nilai  variasi  genetik antar populasi sebesar 31%.
Tabel  5. Hasil AMOVA ( Analysis of Molecular  Variance ) dalam  dan antar populasi C. tagal
Table  5.    Results  of  AMOVA    ( Analysis  of  Molecular  Variance )  amongst  and interpopulation of C. tagal Source of variability Degree of freedom Sum of Square Mean sum of square Est. Var. % Among Pops 2 36,183 18,092 2,487 23% Within Pops 9 75,150 8,350 8,350 77% Total 11 111,333 10,837 100%
Berdasarkan  keseluruhan  para- meter  nilai  variasi  genetik,  populasi Baluran  dan  Segara  Anakan  dapat dikatakan memiliki variasi genetik yang tinggi  dibanding  populasi  Karimunjawa. Jika  dihubungkan  dengan  penyebab variasi  genetik  yang  diuraikan  diatas, hal  tersebut  dapat  terjadi  karena populasi  Baluran  merupakan  kawasan taman  nasional  dimana  berbatasan dengan  selat  Madura  di  sebelah  utara dan selat Bali di sebelah  timur,  dengan panjang  garis  pantai  ±  20  km  dan  luas hutan  mangrove  yang  mencapai  750 ha. Hal tersebut memungkinkan populasi ini berkesinambungan  dengan populasi  lain  karena  jarak  yang  relatif
dekat.  Sedangkan  Segara  Anakan merupakan  mangrove  terluas  di  Pulau Jawa  dengan  luas  sekitar  8.957  ha (Noor et  al .,  2006),  dapat  diprediksi bahwa  Segara  Anakan  merupakan mangrove  dengan  ukuran  populasi yang  besar  dan  hanya  memiliki  sedikit kemungkinan untuk mengalami
inbreeding dan hanyutan genetik, sehingga  variasi  genetik  populasi  ini relatif  besar.  Menurut  Hamid et  al . (2008),  ukuran  populasi  kecil  dapat meningkatkan  kemungkinan  hanyutan genetik  yang  selanjutnya  mengurangi atau  menghilangkan  variasi  genetik sebagai  hasil  dari bottlenecking dan inbreeding .

## C.  Jarak Genetik, Hubungan Kekerabatan dan Pola Pengelompokan
Jarak genetik ( genetic distances ) seluruh sampel C. tagal dari ketiga populasi dianalisis menggunakan program  GenAlEx 6.1 dan disajikan dalam tabel 6.
Tabel 6. Jarak genetik seluruh sampel C. tagal
Table 6. Genetic distances of all samples of C. tagal
BL1  BL2  BL3  BS4  BS5  SA1  SA2  SA3  KJ1  KJ2  KJ3  KJ4
BL1
0
BL2 20 0
BL3 23 17 0

## BL1  BL2  BL3  BS4  BS5  SA1  SA2  SA3  KJ1  KJ2  KJ3  KJ4
BS4 19
23 18 0 BS5 21 19 20 12 0 SA1 20 28 23 15 17 0 SA2 24 16 21 23 21 32 0 SA3 24 32 27 15 21 4 36 0 KJ1 27 31 32 22 24 17 29 13 0 KJ2 26 32 27 19 23 8 34 6 11 0 KJ3 23 33 28 16 22 7 35 3 10 5 0 KJ4 23 31 26 16 20 3 33 5 14 5 6 0
Keterangan: BL1=sampel C. tagal 1 Pop. Baluran BL2=sampel C. tagal 2 Pop. Baluran BL3=sampel C. tagal 3 Pop. Baluran BS4=sampel C. tagal 4 Pop. Baluran BS5=sampel C. tagal 5 Pop. Baluran SA1=sampel C. tagal 1 Pop. Segara Anakan SA2=sampel C. tagal 2 Pop. Segara Anakan SA3=sampel C. tagal 3 Pop. Segara Anakan KJ1=sampel C. tagal 1 Pop. Karimunjawa KJ2=sampel C. tagal 2 Pop. Karimunjawa KJ3=sampel C. tagal 3 Pop. Karimunjawa KJ4=sampel C. tagal 4 Pop. Karimunjawa
Jika  dilihat  dari  Tabel  6,  dapat disimpulkan masing-masing sampel dari  populasi  Karimunjawa  memiliki jarak  genetik  yang  dekat  dengan sampel  satu populasi.  Sedangkan sampel C.  tagal dari  Segara  Anakan, terlihat  bahwa  SA2  memiliki  jarak genetik  yang  jauh  dengan  SA1  dan SA3.  SA1dan  SA3  cenderung  dekat dengan  sampel  dari  Karimunjawa, sedangkan  SA2  relatif  jauh  dengan
sampel  dari  populasi  lain.  Sampel  dari populsi  Baluran  memiliki  jarak  yang relatif  sedang  dengan  sesama  sampel Baluran dan relatif jauh dengan sampel dari populasi lain.
Gambar 1.  Hasil Analisis PCA seluruh sampel C. tagal
Figure 1.  PCA results of all samples of C. tagal
Keterangan: BL1=sampel C. tagal 1 Pop. Baluran BL2=sampel C. tagal 2 Pop. Baluran BL3=sampel C. tagal 3 Pop. Baluran BS4=sampel C. tagal 4 Pop. Baluran BS5=sampel C. tagal 5 Pop. Baluran SA1=sampel C. tagal 1 Pop. Segara Anakan
SA2=sampel C. tagal 2 Pop. Segara Anakan SA3=sampel C. tagal 3 Pop. Segara Anakan
KJ1=sampel C. tagal 1 Pop.
Karimunjawa KJ2=sampel C. tagal 2 Pop.
Karimunjawa
KJ3=sampel C. tagal 3 Pop.
Karimunjawa
KJ4=sampel C. tagal 4 Pop. Karimunjawa Kekerabatan  genetik  dan  pola pengelompokan berdasarkan jarak genetik  dapat  dilihat  menggunakan dendogram UPGMA ( Unweighted Paired  Group  Method  of  arithmetic Averages ) dan PCA ( Principal
Coordinate  Analysis ).  Hasil  analisis PCA memperlihatkan pola yang  hampir sama  dengan  jarak  genetik  yaitu pengelompokan  sampel  dari  Baluran yang  cenderung  terpisahkan  dengan populasi lain. Sampel dari Karimunjawa juga  mengumpul,  sedang  kan  sampel dari  Segara  Anakan,  yaitu  SA1  dan SA3  cenderung  dekat  dengan  sampel Karimunjawa  dan SA2 yang cenderung tidak  satu  kelompok  dengan  sampel dari Segara Anakan yang  lain (Gambar
1). Pengelompokan berdasarkan
UPGMA  pada  Gambar  2  seiring dengan  PCA  dan genetic  distances . Yaitu C.  tagal 1  populasi  Segara Anakan  (SA1)  paling  dekat  dengan C. tagal 4 populasi Karimunjawa (KJ4), C. tagal 3 populasi Segara Anakan  (SA3) paling  dekat  dengan C.  Tagal 3 populasi Karimunjawa (KJ3) dan cenderung sekelompok  dengan sampel dari Karimunjawa yang lain. Sedangkan C.  tagal 2  populasi  Segara  Anakan (SA2) cenderung mengelompok
dengan  sampel  dari  Baluran,  namun
jaraknya  jauh.  Secara  garis  besar  pola pengelompokan yang dihasilkan, sampel  dari  Segara  Anakan  tidak mengelompok  berdasarkan  populasi.
Hal  tersebut  dapat  saja  terjadi  karena adanya propagul C. tagal yang terbawa arus  laut  dan  menyebar  hingga  masuk ke  populasi  lain  dan  memberikan kontribusi  pada  gene  flow  populasi tersebut.  Adanya  arus  lintas  indonesia ( Indonesian Throughflow ) yang menghubungkan  samudera  Pasifik  dan samudera Hindia dapat menjadi perantara  penyebaran  propagul  dari satu  populasi  ke  populasi  lain  karena arus  tersebut  juga  melalui  perairan  di sekitar  pulau  Jawa  dan  Bali  (Wyrtki, 1987).  Sedangkan  air  dari  samudera Hindia  dan  laguna  Segara  Anakan dapat  keluar dan  masuk laguna melalui pelawangan  barat  (Yuwono et  al., 2007).  Kasus  serupa  pernah  terjadi pada  penelitian  Liao et  al .,  (2007) mengenai  gene  flow C.  Tagal antara teluk  Benggala  dan  laut  Cina  Selatan. Bibit mangrove dapat mengalami penyebaran  jarak jauh dengan  bantuan arus  laut  pada  saat  pasang  dan menyeberang  dari  teluk  Benggala menuju laut Cina Selatan atau sebaliknya, melalui Kra Isthmus (bagian tersempit semenanjung Malaya).
Gambar 2. Dendogram UPGMA unbtuk seluruh sampel C. tagal di ketiga populasi
Figure 2. UPGMA tree of all C. tagal samples
Untuk mengetahui korelasi antara jarak  genetik  dengan  jarak  geografis, dilakukan  analisis mantel  test .  Hasil yang  diperoleh  yaitu  nilai  r=0,347  dan nilai  p=0,02  (Tabel  7).  Angka  tersebut menunjukkan  bahwa  terdapat  korelasi yang  signifikan  antara  jarak  genetik dengan  jarak  geografis.  Hal  tersebut mengindikasikan bahwa perbedaan
geografis memberikan  peranan penting dalam  perbedaan  genetik  pada  ketiga populasi.  Hasil  semacam  ini  juga diperoleh  Varesa et  al .  (2012),  yang memperlihatkan bahwa perbedaan struktur  genetik  karena  adanya  jarak juga  terjadi  pada  tumbuhan Amomum apiculatum di Sumatera.
Tabel 7. Hasil mantel test antara jarak genetik dengan jarak geografis seluruh sampel

## C. tagal
Table 7.  Results of matle test amongst genetic distance with geographic of all samples of C. tagal
SSx SSy SPxy Rxy P 3722597.003 5056.121 47637.274 0.347 0.020
Keterangan: SSx = the sum of products of X matrix elements; SSy = the sum of  products  of  Y  matrix  elements;  SPxy  =  the  sum  of  cross  products  of corresponding  elements  of  the  X  and  Y  Matrices;  Rxy=mantel  correlation coefficient; P=probability of statistical significance
Bedasarkan seluruh analisis variasi  genetik  yang  telah  dilakukan dapat dikatakan bahwa populasi Baluran  dan  Segara  Anakan  masih memiliki  kekayaan  genetik C.  tagal yang  tinggi  sehingga  dapat  digunakan untuk  sumber  bibit.  Selain  itu,  perlu peningkatan pengelolaan dan konservasi  untuk  menjaga  kekayaan genetik  yang  ada  di  ketiga  kawasan tersebut  dan  mengurangi  kerusakan
yang
disebabkan oleh faktor
antropogenik.

## Simpulan
1. Persentase variasi genetik dalam  populasi  lebih  besar  (77 %), dibandingkan dengan variasi  genetik  antar  populasi (23 %). Sebagian besar
keanekaragaman
genetik tersimpan di dalam populasi.
2. Nilai  variasi  genetik  ( h )  ketiga populasi tersebut berkisar antara  0,123-0,308.  Populasi Baluran  dan  Segara  Anakan masih memiliki kekayaan genetik C.  tagal yang  tinggi sehingga dapat digunakan sebagai  sumber  bibit  untuk konservasi.

## Daftar Pustaka
Ballment,  E.R.,  T.J.  Smith  III  and  J.A.
Stoddart.  1988.  Sibling  species  in the mangrove genus C. (Rhizophoraceae),  detected  using biochemical  genetics. Australian Systematic Botany. 1: 391-397.
Doyle,  J.J.  and  J.L.  Doyle.  1990. Isolation  of  plant  DNA  from  fresh tissue. Focus 12: 13-15.
Ferrière,  R.U.,  U.  Dieckmann  and  D.
Couvet  (eds).  2004.  Evolutionary Conservation  Biology. Cambridge
University Press. Cambridge.
Gunarto.  2004.  Konservasi  Mangrove sebagai Pendukung Sumber Hayati Perikanan  Pantai. Jurnal  Litbang Pertanian . 23(1): 15-21.
Hamid,  A.H.,  N.A.  Ab-Shukor  and  A.L Senin.  2008.  Morphometric  and Genetic  variation  of  six  seed source  of Azadirachta  excelsa (Jack) Jacobs. Journal of Biological Sciences. 8: 702-712.
Hamrick,  J.L.  and  M.J.W.  Godt.  1989. Allozyme  Diversity  in  Plants.  In Plants Population Genetics Breeding  and  Genetic  Resources. A.H.D.  Brown,  M.  T.  Clegg,  A.L. Kahler,  and  B.S.  Weir  (eds.) Sinauer. Sunderland. Massachusetts. pp.43-63. Hartati,  D.  2006.  Keragaman  genetik sengon (Albazia falcataria L. Fosberg)  melalui  DNA  marker. Pusat Penelitian dan
Pengembangan  Hutan  Tanaman
(P3HT).Yogyakarta.
Hou,  D.  1958.  Rhizophoraceae. In
C.G.G.J.  van  Steenis  (ed.). Flora Malesiana . 1(5): 429-473.
Huang,  Y.,  F.  Tan,  G.  Su,  S.  Deng,  H. He,  and  S.  Shi.  2007.  Population genetic  structure  of  three  tree species  in  the  mangrove  genus
Ceriops (Rhizophoraceae) from the Indo West Pacific. Genetica. DOI:10.1007/s10709-007- 9182-1. Innis,  M.A.,  D.H.  Gelfand,  J.J.  Sninsky and T.J. White.  1990. PCR
Protocols  A  Guide  to  Methods  and Applications.  Academic  Press,  Inc; California.
Liao, P.C., S. Havanond and S. Huang.
2007.  Phylogeography  of  C.  tagal (Rhizophoraceae) in Southeast
Asia:  the  land  barrier  of  the  Malay
Peninsula  has  caused  population differentiation  between  the  Indian Ocean  and  South  China  Sea. Conservation Genetics . 8:89-98.
Nkongolo,  K.K.,  K.  Klimaszewska  and W.S.  Gratton.  1998.  DNA  yields and  optimization  of  RAPD  patterns using  spruce  embryogenic  lines, seedlings,  and  needles. Plant Molecular  Biology Reporter . 16: 1–
9
Noor,  Y.R.,  M.  Khazali  dan  N.N. Suryadiputra. 2006. Panduan Pengenalan Mangrove di Indonesia.  Wetlands  International Indonesia Programe. Bogor.
Peakall,  R.  and  P.E.  Smouse.  2006. GenAlEx  : Gen etic A na l ysis  in Ex cel.  Population  genetic  software for teaching and research. Australian National University, Canberra,  Australia.  Mol  Ecol Notes 6: 288-295. http:// www.anu.edu.au/BoZo/GenAlEx/ Rohlf.  F.J.  1997.  NTSYS-pc.Numerical Taxonomy and Multivariate Analysis  System.  Version  1.8. Exeter Software (NY, USA) .
Roslim,  D  I.,  Alex  H.  dan  Suharsono.
2003.  Kemiripan  Genetika  Tiga Populasi Kelapa Tipe Dalam Berdasarkan  Tiga  Metode  Analisis Data  Penanda  RAPD. Hayati.
10(1): 12-18.
Sahoo,  P.,  Satyanarayan  J.,  Suprava
M.  and  A.B.  Das.  2007.  Molecular phylogenetic  relationships  among four  species  of  the  mangrove  tree genus Bruguiera (Rhizophoraceae),  as  revealed  by chromosome  and  RAPD  markers.
Journal  of  Tropical  Biology .  55  (2):
437-448.
Sambrook,  J.  and  D.W.  Russel.  1989. Molecular  Cloning:  A  Laboratory Manual.  New  York:  Cold-Spring
Harbor  Laboratory  Press.  2nd Edition 165p.
Setyawan,  A.D.,  Indrowuryatno,  K.
Winarno, A. Susilowati dan Wiryanto. 2005. Tumbuhan Mangrove  di  Pesisir  Jawa  Tengah: 1. Keanekaragaman Jenis. Biodiversita s. 6 (2): 90-94. Sheue, C.R. 2003. Comparative Morphology  and  Anatomy  of  the Eastern Mangrove Rhizophoraceae. Ph. D. Dissertation.  National  Sun  Yat-sen University, Kaohsiung, Taiwan. 228pp. Sheue,  C.R.,  H.Y.  Liu,  C.C.  Tsai, S.M.A.  Rashid,  J.W.H.  Yong  and Y.P. Yang. 2009. On the morphology and molecular basis of segregation  of  two  species C. zippeliana Blume  and C.  decandra (Griff.) Ding Hou  (Rhizophoraceae) from  southeastern  Asia.  Blumea 54: ( in press ).
Sheue,  C.R.,  S.M.A.  Rashid,  J.W.H. Yong  and  Y.P.  Yang.  2010. C.
zippeliana Blume (Rhizophoraceae),  a  New  Record of a Mangrove Species in Singapore. Taiwania . 55(1): 72-77. Susetiono, P. Swasti, Supono dan Dharmawan  I.W.E.  2010.  Penyusunan Panduan Evaluasi Efektivitas Pengelolaan untuk Kawasan Konservasi  Laut  di  Indonesia.  CRITC COREMAP  II  -  LIPI.  Jakarta.  viii  +  92 pp.
Varesa, W, Syamsuardi, Mansyurdin, T. Maideliza,  dan  P.  Pratiwi.  2012. Analisis  Variasi  Genetik  Beberapa Populasi Amomum  apiculatum K. Schum. di Sumatera Barat Dengan Metoda Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD). Program Pascasarjana Biologi, Univ. Andalas. Weeden  N.F.,  G.M.  Timmerman,  M. Hemmat,  B.E.  Kneen,  and  M.A. Lodhi. 1992. Inheritance and reliability of RAPD markers. Application of RAPD Technology to Plant Breeding. Joint Plant Breeding Symposia Series CSSA/ASHS/AGA. Minneapolis. Wyrtki, K. 1987. Indonesian Throughflow  and  The  Associated Pressure  Gradient. Journal  of
Geophysical  Research .  92  (C12):
12941-12946.
Yulianti,  I.Z.  Siregar,  N.  Wijayanto,  I.T. Darma  and  D.  Syamsuwida.  2011. Genetic Variation of Melia azedarach in  Community  Forests of  West  Java  Assessed  by  RAPD. Biodiversitas . 12(2): 64-69.
Yuwono, E., T.C. Jennerjahn, I. Nordhaus, E.R. Ardli, M.H. Sastranegara and R. Pribadi. 2007. Ecological Status of Segara Anakan,  Indonesia:  A  Mangrove- fringed Lagoon Affected by Human
Activities. Asian  Journal  of  Water, Environment  and  Pollution .  4(1):
61-70.