## Bioaktif Alami Dari Minyak Atsiri Akar Wangi Terhadap Pengaruh Kerusakan Lambung
Mohamad Amin*, Monalisa PJ Taihuttu, Umie Lestari Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Negeri Malang *e-mail : mohamad.amin.fmipa@um.ac.id
Received: May 25, 2019 Accepted: June 16, 2019 Online Published: July 3, 2019
Abstract:  Bioactive  Natural  From  Vetiver  Essential  Oil  To  The  Effect  Of  Gastric Damage  With  Basic  Research  Approach  In  Silico .  This  study  aims  to  determine  the natural bioactive compounds of vetiver essential oil for the treatment of gastric damage based  on  in  silico  screening.  Natural  secondary  metabolites  that  have  the  potential  to treat gastric damage are pyrozoline, which is contained in essential oils of vetiver. 3D chemical  structures  and  SMILES  ligands  (Pirazolin)  are  taken  from  the  compound database  on  the  server.  The  target  selection  results  using  Pharmmapper  (JOBID 17043231348). Swiss Target Prediction and Super Pret found that Pirazolin Compound interacts  with  the  target  protein  Tyrosyl-DNA  phosphodiesterase  1.  This  research proves  that  Pirazolin  natural  compounds  that  can  be  obtained  from  essential  oils  of vetiver  have  the  potential  as  gastric  inflammatory  drugs  similar  to  the  chemical compounds commonly used as drugs namely Celecoxib.
Keywords : essential oil, gastric damage, in silico, vetiver
Abstrak:  Bioaktif  Alami  Dari  Minyak  Atsiri  Akar  Wangi  Terhadap  Pengaruh Kerusakan  Lambung  Dengan  Pendekatan  Dasar  Penelitian  Secara  In  Silico . Penelitian  ini  bertujuan  untuk  mengetahui  senyawa  bioaktif  alami  dari  minyak  atsiri akar  wangi    untuk  pengobatan  kerusakan  lambung  berdasarkan  penyaringan  in  silico. Senyawa  metabolit  sekunder  alami  yang  berpotensi  untuk  pengobatan  kerusakan  lambung adalah  Pirozolin,  yang  terkandung  pada  minyak  atsiri  akar  wangi.  Struktur  kimia  3D  dan SMILES  ligan  (Pirazolin)  diambil  dari  database  senyawa  pada  server. Hasil  seleksi  target menggunakan Pharmmapper (JOBID 17043231348). Swiss Target Prediction dan Super Pret  ditemukan  bahwa  Senyawa  Pirazolin  berinteraksi  dengan  protein    target  Tyrosyl- DNA phosphodiesterase 1. Penelitian ini membuktikan bahwa senyawa alami Pirazolin yang  bisa  diperoleh  dari  minyak  atsiri  akar  wangi  memiliki  potensi  sebagai  obat inflamasi  lambung  yang  mirip  dengan  senyawa  kimia  yang  biasa  digunakan  sebagai obat yaitu Celecoxib.
Kata kunci: akar wangi, in silico, kerusakan lambung, minyak atsiri

## PENDAHULUAN
Lambung  merupakan  salah  satu anggota tubuh yang sangat penting yang memiliki peranan besar dalam mencerna makanan  dan  mengubah  makanan menjadi sumber energi yang dibutuhkan oleh tubuh. Lambung merupakan anggota  dari  sistem  pencernaan  tubuh juga  bernafas,  lambung  akan  mengepis bila  tidak  ada  asupan  makanan  yang masuk  dan  akan  mengembang  bila makanan masuk. Infeksi lambung adalah peradangan pada lapisan lambung yang disebabkan oleh mikroorganisme disebabkan oleh bakteri Helycobacter  pylori (Yuniati  et. al., 2010).
Peradangan lambung terus
menerus  terjadi  bisa  menimbulkan kerusakan  pada  lambung  membentuk luka  atau  ulkus  peptikum,  perdarahan dan  bisa  berakhir  dengan  rusaknya seluruh  lapisan  lambung  (Hegar,  B., 2000).  Senyawa  metabolit  sekunder alami yang berpotensi untuk pengobatan kerusakan  lambung  adalah  Pirozolin, yang  terkandung  pada  minyak  atsiri akar wangi.
Penelitian  ini  bertujuan  untuk mengetahui  senyawa  bioaktivitas  alami dari  minyak  atsiri  akar  wangi    untuk pengobatan Kerusakan
lambung berdasarkan penyaringan insilico.

## METODE
Persiapan  Ligan. Struktur  kimia 3D  dan  SMILES  ligan  (Pirazolin) diambil  dari  database  senyawa  pada server (https://pubchem.ncbi.nlm.nih. gov/) dengan nomor ID: CHEMBL1075138. Seleksi  Target. Seleksi  protein target  dilakukan  dengan  mengunakan bantuan beberapa server untuk mengecek  dan  memastikan  protein target  secara  tepat.  Langkah  melakukan
seleksi  taerget  merujuk  pada  Maulina, et.al.,  2018)  dengan  tahapan  yang dilakukan:  (1)  input  SMILES  ligan (pirazolin)  ke  dalam  Pharmmapper software (http://59.78.96.61/pharm- mapper/) untuk mengidentifikasi kandidat  protein  target  yang  potensial. (2)  mencocokkan  protein  target  yang sama  seperti  yang  ditemukan  pada server pertama melalui SwissTargetPrediction software (http://www.  swisstargetprediction.ch/) (3)  pengecekan  protein  target  yang potensial  melalui SuperPred  software (http://prediction.charite.de/) untuk mencocokkan  protein  target  yang  sama seperti  yang  ditemukan  pada  server pertama  dan  kedua.  Proses  pengecekan protein  target  dilakukan  berkali-kali untuk  memastikan  protein  target  adalah benar,  sehingga  tidak  menimbulkan kegagalan dalam proses docking .
Docking Molekul. Kemudian docking molekul  Pirazolin,  protein target,  dan  senyawa  kontrol  yang merupakan obat kimia dalam pengobatan Inflamasi Lambung menggunakan software PyRx 0,8. Visualisasi dan Interaksi Molekul. Interaksi  antara  pirazolin,
protein  target,  dan  senyawa  kontrol yang  diketahui  berdasarkan  visualisasi protein  selanjudnya  dianalisis  dengan menggunakan  sofhwere  PyMol  and LigPlus  dan  Discovery  Studio  2016 Client.

## HASIL DAN PEMBAHASAN
Hasil  seleksi  target  menggunakan Pharmmapper  (JOBID  17043231348), SwissTargetPrediction  dan  SuperPret ditemukan  bahwa  Senyawa  Pirazolin berinteraksi  dengan  protein    target Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1. Pirazolin merupakan metabolit sekunder golongan alkaloid yang telah dilaporkan
memiliki  berbagai  macam  bioaktivitas seperti antimikroba, antiinflamasi, antioksidan  dan  antikanker  (Puspita, 2014).
Gambar 1. Senyawa Pirazolin
Tyrosyl-DNA  phosphodiesterase 1 ortholog terdapat pada semua organisme  dan  bertindak  positif  pada organel  nukleus  dan  mitokondria  kelas vertebrata.  TDP1  menghidrolisis  3'- tirosin  dalam  berbagai  struktur  DNA dengan  preferensi  untuk  DNA  beruntai tunggal  (Gol,  et.  al.,  2013). Bentuk untai  tunggal  mampu  mempertahankan aktivitas  segmen  DNA  sesingkat  4 nukleotida  dan  substrat  beruntai  ganda, terutama  pada  celah,  ujung  tumpul, ujung  berjumbai  dan  ujung  ekor.  TDP1 di  luar  perbaikan  Top1cc  pertama  kali ditunjukkan
pada ujung 3'-
phosphoglycolate  dan  ujung  fosfolfenol 3'-deoksiribosa, yang merupakan
produk umum kerusakan DNA oksidatif dan  juga  dari  obat-obatan  radiomimetik seperti  bleomycin.  Dengan  demikian, sel KO-TDP1 kekurangan dalam memperbaiki  kerusakan  DNA  oksidatif baik di mitokondria dan nukleus. Aktivitas  nukleosidase  TDP1 dapat menghilangkan
nukleotida deoksiribo  dan  ribo-nukleotida  3'1 ketika  tidak  terfosforilasi  pada  ujung 3's.  TDP1  tidak  dapat  memproses ujung-akhir fosfat-3 membatasi aktivitasnya  untuk  menghilangkan  satu nukleosida dari ujung DNA
(Sakthinathan, et.al.,  2012).
Berdasarkan hasil penelitian diketahui  bahwa  senyawa  Pirazolin
mampu berikatan dengan protein Tyrosyl-DNA phosphodiesterase receptor dengan membentuk ikatan pada salah  satu  ujung  sisinya.  Ikatan  yang terjadi  antara  protein  target    dan senyawa  Pirazolin  ternyata  diketahui memiliki situs posisi ikatan yang sedikit berbeda dengan senyawa kimia celecoxib  yang  sudah  umum  digunakan untuk  pengobatan  Inflamasi  lambung. Hasil  visualisasi  dengan  menggunakan sofhwere PyMoland LigPlus ditunjukkan pada Gambar 2.
Gambar 2. Ikatan protein target dan senyawa alami. (Keterangan :
Kuning = protein target; Hijau = senyawa alami).
Hasil  interaksi  antara  senyawa alami  Pirazolin  dan  protein  target “Tyrosyl-DNA phosphodiesterase receptor” dibandingkan dengan senyawa  kimiawi  celexocib  dengan protein target “Tyrosyl-DNA phosphodiesterase receptor”
menunjukkan  hasil  yang  tidak  berbeda nyata.  Penelitian  tersebut  diperoleh salah  satu  senyawa  yang  mengandung gugus  pirazolin  memilik  potensi  lebih unggul  dibandingkan  obat  antiinflamasi dan  analgesik  standar  dengan  efek samping yang rendah terhadap lambung. Visualisasi  ikatan  antar  molekul menggunakan sofhwere Discovery Studio  2016  Client  menunjukkan  jarak ikatan  anatar  molekul  serta  jenis  ikatan yang  terjadi  pada  setiap  sisi  molekul
ligand  dan  protein  targetnya.  Hasil penelitian In Silico menggunakan
aplikasi Discovery Studio 2016 Client. Gambar 3. Jarak ikatan antar senyawa Pirazolin dan protein target serta macam
ikatan yang terjadi.
Gambar 4. Jarak ikatan antar senyawa kontrol dan protein target serta macam
ikatan yang terjadi.

## SIMPULAN
Penelitian ini membuktikan bahwa  senyawa  alami  Pirazolin  yang bisa  diperoleh  dari  minyak  atsiri  akar wangi  memiliki  potensi  sebagai  obat inflamasi  lambung  yang  mirip  dengan senyawa  kimia  yang  biasa  digunakan sebagai obat yaitu
Celecoxib, berdasarkan  posisi  situs  ikatan  antar molekul  yang  hampir  sama  dan  nilai Binding Affinity antar molekul.

## DAFTAR RUJUKAN
Amir,  M.,  Kumar,  H.  and  Khan,  S.A. 2008. Synthesis and pharmacological  evaluation  of pyrazoline  derivatives  as  new anti-inflammatory  and  analgesic agents. Bioorganic and Medicinal Chemistry  Letters. 18  (3):  918- 922.
Gol,  R.M.,  Khokhani,  K.M.,  Khatri,
T.T., & Bhatt, J.J. 2013. Synthesis of  novel  pirazolines  of  medicinal interest.  Journal  of  the  Korean
Chemical Society. 58(1):49-56.
Hegar,  B.  2000.    Infeksi Helicobacter Pylori pada anak, Sari Pediatri ,  2 (2): 82-89.
Kamal,  R.  2012.  Sintesis  dan  uji antiinflamasi  senyawa  ( R )-3-(4-
Florofenil)-1-fenil-5-(tiofen-2-il)- 4,5-dihidro-1 H -pyrazol serta pengaruhnya  terhadap  kerusakan lambung, Jurnal Penelitian Farmasi Indonesia . 1 (1): 17-23. Maulina,  D.,  Amin,  M.,  Lerstari,  SR.,
Aziz, M. 2018. Alanine as natural biopesticide  from  Mirabilis  jalapa and  its  interaction  with  glutamate as  an  inhibitor  in  insects  immune system, Journal  of  BIOLOGICAL RESEARCHES 23  (2):  77-83,
Doi: 10.23869/bphjbr.23.2.20185. PharmMapper. http://59.78.96.61/ pharmmapper/ (accessed on November 2017).
Puspita,  A.,  Teruna,  H.Y.,  Jasril.  2014. Sintesis  pirazolin  dari  kalkon  3- Kloro  inti  naftalen  dan  uji aktivitasnya  sebagai  anti  bakteri, JOM FMIPA 1 (2): 403-409.
Sakthinathan, S.P., Vanangamudi, G., & Thirunarayanan, G. 2012. Synthesis,  spectral  studies  and antimicrobial activities of some 2- naphthyl  pyrazoline  derivatives. Elsevier Journal. 95:693-700. Superpred.  http://prediction.charite.de/ (accessed on November 2017). Swiss Target Prediction. http://www.SwissTargetPrediction .ch/  (accessed  on  November 2017). Yuniati.,  Achmad,  H.,  Sumarno.  2010. Pengaruh Outer Membrane Protein Helicobacter Pylori terhadap  Perubahan  Histopatologi Mukosa Lambung dan S-IgA pada
Mus  musculus  Outbred  Balb/C , J.Exp. Life Sci . 1 (1): 20-27.