Accredited by Ministry of Research, Technology                           DOI: https://doi.org/10.35799/jis.20.2.2020.28857 and Higher Education No: 28/E/KPT/2019                    Available online at https://ejournal.unsrat.ac.id/index.php/jis
Prediksi Struktur Tiga Dimensi Protein β -NGF ( Nerve Growth Factor ) Burung Merpati  ( Columba livia )
Nur Alam 1) ,  I Made Budiarsa 1) , Dewi Tureni 1)
1) Program Studi Pendidikan Biologi, Jurusan Pendidikan MIPA Universitas Tadulako, Palu, Indonesia email: budiarsa_imade@yahoo.com
(Article History:  Received 16-06-2020; Accepted 04-09-2020; Published 13-09-2020)

## ABSTRAK
Protein β -NGF berperan dalam kelangsungan hidup sel neuron dan diferensiasi embrio aves yang diekspresikan oleh gen NGF. Informasi protein β -NGF telah diidentifikasi pada ayam  dan masih terbatas  dilaporkan  pada  merpati.  Tujuan  penelitian  adalah memprediksi  struktur  tiga  dimensi protein β -NGF merpati untuk  menambah  informasi  karakter  proteinnya.  Protein  target  diperoleh dari server UniProt dengan  kode akses B4ZE95 . Prediksi  struktur  tiga dimensi dan karakterisasi protein β -NGF menggunakan  server  SWISS-MODEL  dan  program  Chimera.  Hasil  analisis menunjukkan bahwa protein β -NGF merpati dan template memiliki nilai identity sebesar 89,91%, QMEAN 0,51 serta GMQE sebesar 0,44. Struktur tiga dimensi protein  B4ZE95 memiliki   asam amino hidrofobik (Ile, Leu, Trp, Phe, Val, Ala, Gly, Met, Cys); karboksil (Glu, Ser, Asp); amina (Lys, Thr) dengan 83 ikatan hidrogen.
Kata kunci: chimera, columba livia, protein β -NGF, swiss-model
Three Dimensional Protein Structure Prediction of β-NGF (Nerve Growth Factor) on Pigeon ( Columba livia )

## ABSTRACT
The β-NGF protein plays a role in the survival of neuron cells and differentiation of avian embryo which is expressed by NGF gene. Information of β -NGF protein was identified in chicken and it is  still  limited  reported  in  pigeon.  The  purpose  of  this  study  is  to  predict  the  three-dimensional structure  of  pigeon  β-NGF  protein  to  add  information  about  its  protein  character.  The  target protein  is  obtained  from  UniProt  server  with  access  code  B4ZE95.  The  prediction  of  three- dimensional  structure  and  characterization  of  β-NGF  protein  were  carried  out  using  SWISS- MODEL  server  and  Chimera  program.  The  analysis  showed  that  pigeon  β-NGF  protein  and template  had  identity  of  89,91%,  QMEAN  0,51  and  GMQE  of  0,44.  The  three-dimensional structure  of  the  B4ZE95  protein  has  hydrophobic  amino  acids  namely  (Ile,  Leu,  Trp,  Phe,  Val, Ala,  Gly,  Met,  Cys);  carboxyl  namely  (Glu,  Ser,  Asp);  amine  namely  (Lys,  Thr)  with  83 hydrogen bonds.
Keywords: chimera, columba livia, protein β-NGF, swiss model

## PENDAHULUAN
NGF  merupakan  anggota  keluarga neurotrophin  (Bertaux et  al .,  2004),  yang berperan dalam pertumbuhan dan
perkembangan neuron sensoris saraf simpatis (Hallbook et al ., 1991).  Manca et al . (2011), melaporkan  bahwa  gen  NGF  mempengaruhi ekspresi terkait dengan regulasi
perkembangan atau proliferasi sel pada tahap awal perkembangan embrio ayam.
Gen  NGF    terletak  di  ekson  1  pada manusia,  dan  di  ekson  3  pada  tikus  (Bertaux et  al .,  2004).  Kimball et  al .  (2009) melaporkan  bahwa  gen  NGF  pada  ayam terletak  di  ekson  4  dengan  panjang  750  bp. NGF  memiliki  promotor  Arg-Ser-Lys-Arg (RSKR)  yang  menghasilkan β -NGF  peptida (Shaikh et al ., 2018), tersusun dari 118 asam
amino  secara  homodimer  dalam  ikatan  non kovalen (Dawbarn & Allen, 2003).
Protein β -NGF mengikat reseptor TrkA ( tyrosine kinase ) yang menginduksi dimerisasi,  autofosforilasi  dan  aktivasi  untuk kelangsungan hidup sel neuron serta diferensiasi  (Shaikh et  al .,  2018)  merupakan reseptor yang umum diikat oleh β -NGF (Li et al ., 2012), yang membantu dalam pertumbuhan  sel  neuron  (Dawbarn  &  Allen, 2003).
Informasi β -NGF  telah  dikaji  pada aves  disistem  saraf  pusat  yang  berperan membantu dalam pemeliharaan dan kelangsungan hidup sel dan terbatas dilaporkan  pada  merpati,  sehingga  penting dikaji  untuk  menambah  informasi  karakter protein dalam pemetaan struktur tiga dimensi. Zhan  &  Guo  (2015),  menjelaskan  bahwa struktur  tiga  dimensi  dapat  memberikan informasi  tentang sifat dan fungsi  protein.
Struktur tiga dimensi protein dianalisis secara  komputasi  sebagai  alternatif  yang sangat  baik  dan  hemat  biaya  dalam menganalisis  karakteristik  protein  (Sehar et al .,  2013).  Prediksi  struktur  tiga  dimensi dilakukan  dengan  cara  pendekatan  homologi (Amelia,  2013;  Lukitaningsih et  al .,  2013), yang  merupakan  pilihan  terbaik  untuk menentukan  struktur  tiga  dimensi  protein dengan  pencarian  kemiripan sequence pada database sebagai template (Kopp et al ., 2007; Amelia & Irayani, 2013).
Penelitian ini bertujuan untuk memprediksi  struktur  tiga  dimensi  protein β - NGF  merpati  dengan  pendekatan  homologi menggunakan  program SWISS-MODEL dan diperkuat  oleh  program Chimera untuk mengkarakterisasi  hasil  prediksi  protein β - NGF merpati.

## BAHAN DAN METODE
Bahan yang digunakan sequence protein β -NGF dari GenBank NCBI ( National Center for  Biotechnology  Information )  dan alat  berupa  laptop  dengan  spesifikasi  Intel core  i 3 berkecepatan  1,00  GHz,  RAM  2  GB yang terkoneksi dengan internet. Server yang
digunakan adalah Uniprot ( www.uniprot.org ), server Protein Data Bank (PDB)  ( www.pdb.org )  yang  diakses  dengan aplikasi Crome dalam sistem operasi windows 8 dan  diperoleh  protein β -NGF dengan kode akses  B4ZE95. Prediksi model
dengan  pendekatan  homologi  pada server
SWISS-MODEL (swissmodel.expasy.org).
Karakterisasi model dilakukan dengan program Chimera serta  pensejajaran  antara sequence protein β -NGF  dengan template pada BioEdit yang diakses secara offline. Penentuan template menggunakan workspace  user  template pada SWISS- MODEL untuk  mendapatkan  acuan  yang cocok  dengan sequence target.  Setelah  target didapatkan  kemudian  membangun  model srtuktur  tiga  dimensi  pada SWISS-MODEL dan CHIMERA untuk mendapatkan informasi protein  tentang  ikatan  hydrogen,  residu hidrofobik,  dan  residu  karboksil  dan  amina. Evaluasi model dilakukan dengan
membandingkan nilai Global Quality
Estimation,  Quality  Estimate dan Residue Quality serta Plot Ramachandran.

## HASIL DAN PEMBAHASAN

## Pemilihan Sekuen Target
Target yang diprediksi  yaitu protein β - NGF  merpati  yang  diunduh  pada server UnitProt di  http://  www.uniprot.org  sejak tanggal  12  Oktober  2019.  Protein β -NGF merpati memiliki kode akses B4ZE95 dengan identity 100%,  yang  tersusun  atas  230  asam amino  yang  di update pada  tanggal  23 September  2008,  kemudian  diunduh  dalam format  FASTA  ( canonical ).  Gambar  1 menunjukkan  hasil pencarian  protein β -NGF. Struktur  protein  ini  belum  ditentukan  secara laboratorium, yang dapat dilakukan pengecekan  pada server RCSB  PDB  di http://www.pdb.org /pdb/home.do yang ditunjukkan pada Gambar 2.
Gambar  1. Hasil  pencarian  protein  β-NGF merpati pada database UnitProt
Gambar 2. Hasil penelusuran protein β-NGF merpati
Gambar 2 menunjukkan bahwa protein B4ZE95  belum  terbangun  strukturnya  yang ditandai  dengan  hasil search  parameter menunjukkan  bahwa  B4ZE95  tidak  memiliki kecocokan.

## Identifikasi Template
Identifikasi template dilakukan  pada SWISS-MODEL workspace di https://swissmodel.expasy.org/ dengan pilihan search  template .  Westbrook et  al .
(2003),  memaparkan  bahwa  identifikasi template dapat  dilakukan  pada  perpustakaan template di server SWISS-MODEL  ExPDB yang  merupakan  turunan  dari  PDB  dan memiliki  alur  kerja  otomatis  dari server . Pemilihan template didasarkan  pada  resolusi, score dan sequence identity (Lukitaningsih et al . ,  2013) . Template yang  dipilih  1.www.1.B dengan  subunit  hetero-tetramer  ditentukan dengan score  identity yang  tinggi  yakni 88,03%  dan  X-ray  Å.  Amelia  &  Irayani
(2012)  menjelaskan  bahwa template yang memiliki  tingkat  kesamaan  lebih  dari  50% dapat menghindari kesalahan dalam memprediksi  struktur  tiga  dimensi  protein target.  Hasil  pencarian template ditunjukan pada Gambar 3.

## Pemodelan Sekuen Target
Template yang  dipilih  yaitu  subunit monomer  dari  1.www.1.B  karena score identity antara  target  dengan template adalah sebesar  89,91%.  Protein  B4ZE95  tersusun atas  230  asam  amino  dengan  massa  2313,44 Dalton.  Hasil  pemodelan  protein  B4ZE95
memiliki nilai QMEAN -0,51 yang menandakan  kualitas  model  yang  baik.
Seprianto  (2018),  melaporkan  bahwa  nilai
QMEAN  sekitar  0  adalah  baik  tetapi  -4  atau
dibawahnya  adalah  buruk.  Nilai  GMQE sebesar  0,44  yang  menandakan  kecocokan antara  residu  struktur  target  dan template mencerminkan  ekspektasi  akurasi  model. Kualitas  yang  baik  dari  model  perkiraan GMQE berada di antara 0 dan 1 (Rekik et al . , 2015).  Hasil  struktur  tiga  dimensi  protein  β- NGF merpati ditunjukkan pada Gambar 4.
Gambar  3. Hasil  pencarian template pada server SWISS MODEL
Gambar  4. Hasil  struktur  tiga  dimensi protein β-NGF merpati

## Evaluasi Model
Evaluasi  struktur  tiga  dimensi  model dilakukan  dengan  melihat  nilai  persentase identitas  target  dan template serta  nilai Global  Quality  Estimation .  Semakin  besar nilai  identitas sequence dan  target  maka model  semakin  mendekati  yang  sebenarnya. Berdasarkan hasil identifikasi template protein β -NGF  B4ZE95  memiliki identity 89,91 %  dengan  protein  PDB-ID  1.www.1B. Tabel  1.  menunjukkan  parameter  penilaian yang  digunakan  dalam  perhitungan Global Quality Estimation yang berfungsi memperkirakan kualitas  dan ekspektasi akurasi model.
Tabel 1. Parameter Global Quality Estimation antara template dan target protein β-NGF merpati N o Global Quality Estimation Template Target 1.  QMEAN -1,01 -0,51 2.  C β 0,60 0,45 3.  All atom -0,26 0,10 4.  Solvation -1,17 -0,69 5.  Torsion -0,79 -0,40
Nilai  QMEAN  ( Quality  model  energy analysis )  menggabungkan  beberapa  fungsi penilaian  untuk  memperkirakan  kualitas model.  Semakin  bagus  kualitas  model ditandai dengan timbulnya tanda ibu jari yang menghadap keatas.
Gambar  5  menunjukkan  sebaran  asam amino  pada  Plot  Ramachandran.  Plot Ramachandran  menggambarkan  rantai  asam amino  yang  termasuk alpha  helix dan beta sheet .  Struktur alpha  helix memiliki  rantai urutan asam amino yang berbentuk helix , dan distabilkan dengan ikatan hidrogen dari  asam amino. Asam amino penyusun α helix berada pada  daerah generously  allowed  regions dan additional  allowed  regions. Asam  amino penyusun β  sheet berada  pada  daerah most favoured  regions dan disallowed  regions. Struktur  model  memiliki  rantai α  helix dan lembar β  sheet yang  dapat  dilihat  pada Gambar 6.
Plot  Ramachandran  mempunyai  empat kuadran most  favoured  regions (kuadran  I), additional  allowed  regions (kuadran  II), generously allowed regions (kuadran III), dan disallowed  regions (kuadran  IV).  Phi  (Φ) menyatakan  sumbu  x,  sedangkan  psi  (ψ) menyatakan  sumbu  y  dari  asam  amino  suatu struktur  protein.  Plot  Ramachandran  adalah indikator  untuk  mengetahui  kualitas  intrinsik dari  struktur  3D  (Petsko  dan  Ringe,  2004). Kualitas  struktur  protein  yang  baik  atau buruk tergantung dari sedikit atau banyaknya residu  non-glisisn  yang  berada  pada  daerah outlier/  disallowed  regions. Kualitas  struktur protein  dikatakan  baik  jika  residu  non-glisin pada  daerah outlier lebih  kecil  dari  15%  dan semakin  kecil  akan  semakin  baik  kualitas struktur  protein  (Lovell et  al. ,  2002). Jumlah residu  asam  amino  pada  kuadran  I  (88,3  %), kuadran  II  (11,7  %),    kuadran  III  (0,00%), dan  kuadran  IV  (0,00%),  ini  menandakan bahwa struktur model memiliki kualitas yang
baik  karena  memiliki  residu  non  glisin  pada disallowed  regions berada    dibawah  15% yaitu  0,00%.  Bosco  &  Brasseur  (2005), menyatakan  bahwa  kualitas  dan  kestabilan model  ditandai  dengan  keberadaan  residu asam amino yang berada pada most favoured regions lebih  besar  dari  residu  asam  amino pada disallowed regions .
Gambar 5. Hasil visualisasi sekunder protein β-NGF merpati pada plot ramachandran
β sheet α helix
Gambar 6. Rantai α helix dan lembar β sheet pada struktur tiga dimensi protein β-NGF merpati

## Karakteristik protein β-NGF merpati
Ikatan hidrogen terjadi pada atom yang memiliki  keelektronegatifan  yang  tinggi dengan  atom  hidrogen  dan  terikat  secara kovalen  pada  suatu  atom  elektronegatif (Rachmania et  al . ,  2015).  Ikatan  hidrogen
II III IV I
antar  residu  pada  protein  B4ZE95  berjumlah 83  ikatan  yang  menandakan  protein β -NGF merpati  dalam  keadaan  stabil. Sheu et  al .
(2009),  melaporkan  bahwa ikatan  hidrogen dapat  menstabilkan  rangkaian  residu  asam amino pada struktur tiga dimensi protein dan penentu  dalam  dinamika  serta  stabilitas protein. Ikatan  hidrogen  terjadi  antar  atom hidrogen  pada  molekul  yang  satu  dengan salah  satu  unsur  (N,  O,  F)  (Effendy,  2006), dan  digambarkan  sebagai  suatu  bentuk interaksi  elektrostatik  antara  atom  hidrogen yang  terikat  pada  atom-atom  elektronegatif dengan  atom  elektronegatif  lainnya  (Pranoto, 2013).
Gambar 7 memaparkan ikatan hidrogen    pada  protein  β-NGF  merpati (B4ZE95).
Gambar  7. Hasil  tampilan    ikatan  hidrogen pada protein β-NGF merpati.
Gambar  8  menunjukkan  hasil  daerah hidrofobik  pada  B4ZE95.  Daerah  hidrofobik merupakan  asam  amino  non  polar  berperan dalam  membantu  protein  dalam  melipat. Malau & Sianturi (2019), menjelaskan bahwa residu  hidrofobik  dapat  menaikkan  stabilitas protein. Asam amino yang termasuk hidrofobik  pada  protein  B4ZE95  yaitu  Ile, Leu,  Trp,  Phe,  Val,  Ala,  Gly,  Met  dan  Cys. Ala,  Val,  Leu,  dan  Ile  bersifat  hidrofobik karena  memiliki  rantai  samping  gugus  alkil; Phe  dan  Trp  memiliki  rantai  samping  gugus aromatik;  serta  Met  mengandung  gugus sulfur.  Gowder et  al . (2014),  melaporkan bahwa  residu  Val,  Leu,  Ile,  Phe,  dan  Met merupakan  rantai  samping  kutub  yang terkena  pelarut  untuk  menstabikan  tulang punggung polipeptida. Dijelaskan lebih lanjut bahwa kemampuan untuk  memprediksi aksesibilitas  permukaan  residu  hidrofobik dari  urutan  asam  amino  dapat  membantu dalam  memilih  situs  modifikasi  kimia  atau mutasi  tertentu (Chasanah et al ., 2005).
(a)
(b)
Gambar  8. Hasil    hidrofobik  pada  β-NGF merpati  (a)  visualisasi  normal dan (b) hydrophobicity surface
Residu  karboksil  merupakan  asam amino bersifat asam dan residu amina adalah asam  amino    bersifat  basa  yang  dapat  dilihat pada Gambar 9.
Gambar  9. Daerah  karboksil  dan    amina  β- NGF  merpati  dengan  bentuk

## backbone
Daerah karboksil pada target yaitu Glu, Ser,  dan  Asp.  Glu  dan  Asp  termasuk  asam amino  bersifat  asam  karena  memiliki  rantai samping  yang  mengandung  gugus  karboksil dan  cenderung  mengalami  deprotonasi  pada pH  netral  dalam  air.  Daerah  amina  yaitu  Lys dan  Thr.  Lys  merupakan  asam  amino  yang bersifat  basa  karena  bermuatan  positif  pada pH  netral  dalam  air.  Ser  dan  Thr  termasuk asam  amino  polar  tak  bermuatan  yang bersifat  amfoter  sehingga  cenderung  bersifat asam  serta  basa.  Sumarlin et  al . (2013),
melaporkan  bahwa  gugus    karboksil  dan amina  merupakan  pendukung  terbentuknya ikatan  hidrogen  karena  gugus  karboksil mengandung  karbonil  dan  hidroksil,  antar- aksi  dari  kedua  gugus  ini  mengakibatkan suatu  kereaktivan  yang  unik  untuk  asam karboksilat sehingga  gugus karboksil bersifat polar  dan  reaksinya  tidak  dipengaruhi  sisa molekul.

## KESIMPULAN
Protein β -NGF merpati  (B4ZE95  ID PDB)  dan template memiliki identity 89,91%,  QMEAN  0,51  dan  GMQE  sebesar 0,44.  B4ZE95  tersusun  atas  asam  amino hidrofobik (Ile, Leu, Trp, Phe, Val, Ala, Gly, Met,  Cys);  karboksil  (Glu,  Ser,  Asp);  amina (Lys, Thr) dan 83 ikatan hidrogen.

## DAFTAR PUSTAKA
Amelia,  F.  2013.  Modeling  Struktur  Protein Vaksin  H5N1  HA  BTB  menggunakan I-TASSER. Jurnal Sains dan Teknologi, 7(1) : 1-5.
Amelia,  F.  &  Irayani.  2012.  Comparative Modelling  Protein  Vaksin  NA  BTB H5N1  menggunakan  Swiss  Model. Jurnal Sainstek , 4(2) : 165-169.
Bertaux, O., E. Toselli-Mollereau, Auffray & C.M.  Devignes.    2004.  Alternative usage of 5 Exons in the Chicken Nerve Growth Factor Gene: Refined Characterization of a Weakly
Expressed  Gene. Journal on  Gene  and Genome, 3(3) : 83–97.
Bosco,  K.  H.  &  R.  Brasseur  2005.  The Ramachandran  Plots  of  Glycine  and Pre-proline. BMC Struc Bio, 5 : 1-14.
Chasanah,    E.,  T.  S.  Maggy  &  P.  Sumpeno.
2005. Penggunaan kolom kromatografi Interaksi  hidrofobik  untuk  pemurnian kitosanase. Jurnal Penelitian Perikanan lndonesia, 11 (8) : 19-27.
Dawbarn.  D.  &  S.J.  Allen.  2003.  Neuro- trophins and Neurodegeneration. Neuropathology and Applied Neurobiology, 29 : 211–230.
Effendy. 2006. Teori VSEPR Kepolaran, dan
Gaya Antarmolekul . Bayumedia Publishing, Malang.
Gowder, S.M.,  J. Chatterjee, T. Chaudhuri & K. Paul. 2014. Prediction and Analysis of  Surface  Hydrophobic  Residues  in Tertiary  Structure  of  Proteins. The Scientific World Journal. 1-7.
Hallbook,  F.,    C.F.  Ibdiiez  &  H.  Persson. 1991.  Family  Reveal  a  Novel  Member Abundantly  Expressed  in  Xenopus Ovary. Neuron, 6 : 845-858.
Kimball,  R.T.,  E.I.  Braun,  F.K.  Barker,  R.C.
K. Bowie, M.J. Braun, J.I. Chojnowski,  S.J.  Hackett,  K.L.  Hann,
J. Harshman, V.H. Torres, W.
Holznagel,  C.J.  Huddleston,  B.D. Marks,  K.J.  Miglia,  W.S.  Moore,    S. Reddy, F.H. Sheldon, J.V. Smith, C.C. Witt  &  T.  Yuri.  2009.  A  Well-tasted Set  of  Primer  to  Amplify  Region Spread  Across  The  Avian  Genome. Molecular Phylogenetics and Evolution, 50 : 654–660.
Kopp, J., L. Bordoli, J.N.D. Battey, F. Kiefer
&  T.  Schwede.  2007.  Assessment  of CASP7  Predictions  for  Template- Based  Modeling  Targets. Proteins , 69 Suppl ., 8 : 38-46.
Li,  B.,    X.  Sheng,  M.  Song,  H.  Zhang,  J. Weng,  M.  Zhang,  X.  Hu,  J.  Zhou,  M. Xu,  Q.  Weng a, G.  Watanabe  &  K. Taya.  2012.  Expression  of  Nerve Growth  Factor  and  its  Receptors  TrkA and  p75  in  the  Uterus  of  Wild  Female Ground  Squirrel  (Citellus  dauricus Brandt). General  and  Comparative Endocrinology, 176 :  62–69.
Lovell, S.C., I.W. Davis,  W.B. Arendall, P.I. W.D.  Bakker,  J.M.  Word,  M.G. Prisant,  J.S.  Richardson  &  D.C. Richardson.  2002.  Structure  validation by Calpha geometry: phi,psi and Cbeta deviation. Proteins: Structure, Function & Genetics, 50 : 437-450.
Lukitaningsih,  E.,  A.A.  Mustikawaty  &  A.
Sudarmanto. 2013. Homology Modeling dan Molecular  Docking
Senyawa Aktif dari Bengkoang ( Pachyrrhizus erosus ) sebagai Inhibitor Tirosinase pada Homo sapiens. Jurnal  Ilmu  Kefarmasian
Indonesia, 11(2) : 134-141.
Malau,  N.D.    &  M.  Sianturi.  2019.  Analisa
Interaksi Hidrofobik terhadap Kestabilan  Termal  Enzim  Xilanase Aspergillus niger. Jurnal EduMatSains, 3(2) : 215-227.
Manca,  A.,  S.  Capsoni,  A.D.  Luzio,  D. Vignone,    F.  Malerba,  R.  Brandi,  F.
Paoletti,  I.  Arisi,  A.  Cattaneo  &  R. Levi-Montalcini.  2011.  Nerve  Growth Factor Regulates Axial Rotation
During  Early  Stages  of  Chick  Embryo Development. Journal  PNAS, 109(6) : 2009-2014.
Petsko,  G.A.  &  D.  Ringe.  2004. Protein structure  and  function:  from  sequence to  consequence .  New  Science  Press Ltd, London.
Pranoto.  2013.  Ikatan  Hidrogen.  Universitas Brawijaya, Malang.
Rachmania,  R.  A.,  Supandi  &  O.A.  Larasati.
2015.  Analisis In-silico Senyawa Diterpenoid  Lakto  Herba  Sambiloto ( Andrographis  paniculata Nees)  pada Reseptor Alpha-Glucosidase Sebagai Antidiabetes  Tipe  II. PHARMACY,
12(02) : 210-222.
Rekik, I., Z. Chaabene, C.D. Grubb, N. Drira, F.  Cheour  &  A.  Elleuch.  2015.  In
Silico  Characterization  and  Molecular Modeling  of  Double-strand  Break
Repair  Protein  MRE11  from  Phoenix Dactylifera V Deglet Nour. Theoretical Biology and Medical Modelling,
12(23) : 3-14.
Sehar,  U.,  M.A.  Mehmood,  Z.  S.N.  Nawaz, K.  Husain,  I.  Sohail,  M.  Rizwan,  T. Saba, T. Gill & A. Saqib.  2013. Three
Dimensional  (3D)  Structure  Prediction and Substrate-Protein Interaction Study of  the  Chitin  Binding  Protein  CBP24 from B. thuringiensis. Journal
Bioinformation, 9(14) : 725-729. Seprianto. 2018. Bioinformatika untuk Protein  Modelling.  Pusat  Penelitian Bioteknologi dan Bioindustri Indonesia,  Universitas  Esa  Unggul Press.
Shaikh,  S.S.,  M.S.  Nahorski  &  C.G.  Woods.
2018.  “A  Third  HSAN5  Mutation Disrupts  the  Nerve  Growth  Factor Furin  Cleavage  Site”. Molecular  Pain,
Sheu,  S.,  E.W.  Schlag,  H.L.  Selzle    &  D. Yang.  2009.  Hydrogen  Bonds  in Membrane Proteins. J. Phys. Chem. B ., 113 : 5318–5326.
Sumarlin,  L.O.,  S.  Nurbayti  &  S.  Fauziah. 2013.  Penghambatan  Enzime  Pemecah Protein(Papain)  Oleh  Ekstrak  Rokok, Minuman  Beralkohol  dan  kopi  secara in vitro. 2(3) : 449-458.
Westbrook, J., Z. Feng., L. Chen., H. Yang & H. M. Berman. 2003. The Protein Data Bank  and  structural  genomics. Nucleic Acids Res . 31 : 489–491.
Zhan,  Y  &  S.  Guo. 2015.  Three-dimensional (3D) Structure Prediction and Function Analysis of the Chitin-Binding Domain
3  Protein  HD73_3189  from Bacillus thuringiensis HD73. Bio-Medical
Materials  and  Engineering, 26 :  2019–
2024.