## Uji Potensi dan Identifikasi Berdasarkan Sekuen ITS Kapang Antagonis Pengendali Kapang Patogen Tanaman Apel di Perkebunan Apel Gabes
Lely Shohihati 1)* , Suharjono 1)
1) Mikrobiologi, Biologi, Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Brawijaya, Jl. Veteran
Alamat Korespondensi : Lely Shohihati lelybio10@gmail.co.id

## ABSTRAK
Apel  (Malus  sylvestris  Mill) sebagai  ciri  khas  Kota  Batu  produksinya  mengalami  penurunan  yang disebabkan  oleh  serangan  kapang  patogen.  Penelitian  ini  bertujuan  untuk  mempelajari  potensi  dan identifikasi isolat kapang antagonis dalam menghambat pertumbuhan kapang patogen tanaman apel dari perkebunan apel di Gabes Kota Batu Jawa Timur. Tahapan penelitian meliputi isolasi kapang antagonis dan kapang patogen tanaman apel, skrining kapang antagonis, uji antagonis dengan metode dual culture berdasarkan  Rancangan  Acak  Kelompok,  dan  identifikasi  kapang  antagonis  secara  molekular.  Hasil skrining  didapatkan  kapang  antagonis  isolat  OK14,  OK23,    FO1,  dan  FO14  memiliki  potensi penghambatan  secara  berurutan  38,0;  52,4;  50,0;  dan  49,7  %  terhadap  kapang  patogen  AN5.2.  Isolat OK14,  OK23,  dan  FO13  memiliki  potensi  penghambatan  secara  berurutan  39,3;  41,8;  dan  83,2  % terhadap  kapang  patogen AN3.2. Isolat OK23  merupakan antagonis potensial terhadap  kapang patogen AN5.2 diidentifikasi sebagai Aspergillus fumigatus.
Kata kunci: antagonis, dual culture, kapang, molekular, patogen.

## ABSTRACT
Apple (Malus sylvestris Mill) as character of Batu City its production decreased due to pathogenic mold infection. The objective of this research is to study potency and identify the mold antagonist isolates to inhibit growth of apple plant pathogenic mold from apple orchard in Gabes Batu City East Java. Steps of  the  research  include  isolation  of  antagonist  and  apple  plant  pathogenic  mold,  screening  antagonist mold,  antagonist  assay  with  dual  culture  method  based  on  Randomized  Block  Design,  and  identifying antagonistic  mold  moleculary.  The  result  showed  that  antagonist  mold  isolates  OK14,  OK23,  FO1,  and FO14  have  inhibiting  potency  against  pathogenic  mold  AN5.2  respectively  38.0;  52.4;  50.0;  and  49.7  %. Isolates OK14, OK23, and FO13 have inhibiting potency against pathogenic mold AN3.2 respectively 39.3; 41.8;  and  83.2  %.  Isolate  OK23  is  potential  antagonist  against  pathogenic  mold  AN5.2  identified  as Aspergillus fumigatus.
Key words: antagonist, dual culture, molecular, mold, pathogen.

## PENDAHULUAN
Tanaman  apel  (Malus  sylvestris  Mill) menjadi  salah  satu  ciri  khas  Daerah  Malang Raya  khususnya  Kota  Batu  dan  berkembang pesat  pada  tahun  1960  [1].  Seiring  dengan bertambahnya usia dan munculnya organisme pengganggu tanaman menyebabkan produktivitasnya  menurun  dari  tahun  ke tahun.  Jumlah  tanaman  apel  produktif sebanyak  2.603.086  pohon  (tahun  2004) mengalami  penurunan  menjadi  1.595.772 pohon  (tahun  2008) [2].  Patogen  sebagai organisme pengganggu tanaman dapat menyebabkan  penyakit  tanaman  apel  seperti kanker  batang  (Botryosphaeria  ribis),  bercak Marssonina  (Marssonina  coronaria),  mati ujung (bakteri) dan busuk buah
(Gloeosporium fructigenum) dikaji dari Kusuma  Agrowisata  Batu  Malang.  [3], Pythium  splendens  yang  menyerang  tanaman apel di Kota Batu [4].
Penggunaan  pestisida  untuk  melawan penyakit  yang  menyerang  tanaman  apel menyebabkan  masalah  seperti  hilangnya musuh  alami  sebagai  organisme  non  target dan  menurunkan  kualitas  tanah.  Oleh  sebab itu, penggunannya perlu dikurangi [5].
Adanya  musuh  alami  perlu  dikaji potensinya  sebagai  pengendali  alami  hama dan penyakit tanaman apel. Kapang antagonis dapat  digunakan  sebagai  agen  pengendali hayati  kapang  pascapanen  penyebab  busuk buah  apel,  grey  dan  blue  mold  [6]. Penggunaan mikroorganisme antagonis menjadi  alternatif  fungisida  untuk  mengontol
kudis  apel  (apple  scab)  [7].  Enam  spesies kapang (Trichoderma sp.1, Trichoderma sp.4,
Trichoderma sp.6, Aspergillus sp.2, Aspergillus  sp.3  dan  Penicillium  sp.1) ditemukan  antagonis  terhadap  Phythophtora pada tanaman apel [8].
Kapang  antagonis  efektif  digunakan untuk  menghambat  pertumbuhan  kapang patogen penyebab penyakit beberapa tanaman tidak  terkecuali  tanaman  apel.  Diharapkan melalui  penelitian  uji  potensi  dan  identifikasi berdasarkan  sekuen  ITS  kapang  antagonis yang  potensial  dari  perkebunan  apel  organik Gabes  dapat  digunakan  untuk  menghambat pertumbuhan kapang patogen yang meyebabkan penyakit tanaman apel.

## METODE PENELITIAN
Waktu dan Tempat Penelitian. Penelitian  ini  dilaksanakan  pada  bulan Desember 2013-Agustus 2014 di
Laboratorium  Mikrobiologi  dan  Biologi  Sel dan  Molekular,  Jurusan  Biologi,  Fakultas Matematika  dan  Ilmu  Pengetahuan  Alam, Universitas  Brawijaya.  Sampel  diperoleh  dari perkebunan  apel  organik  Daerah  Gabes, Dusun  Junggo  yang  berada  di  kaki  Gunung
Arjuno, Desa Tulungrejo,
Kecamatan
Bumiaji, Kota Batu.
Isolasi,  Skrining,  dan  Uji  Antagonis. Tanah  diisolasi  dengan  teknik  pengenceran berseri  atau  serial  dilution  agar  plating sampai  10 ⁻ 5 [9].  Koloni  kandidat  kapang antagonis  dan  kapang  patogen  ditumbuhkan pada  cawan  petri  berisi  media  PDA  dengan jarak  30  mm.  Inkubasi  pada  suhu  30 ⁰ C (dengan  AN5.2)  dan  suhu  ruang  (dengan AN3.2). Skrining dilakukan inkubasi selama 3 hari sedangkan uji antagonis dilakukan selama 9  hari  inkubasi  untuk  melihat  interaksinya. Koloni  kapang  antagonis  hasil  skrining terlebih  dahulu  dilakukan  monospora  untuk uji antagonis. Kapang patogen yang digunakan  hasil  uji  patogenesitas  pada tanaman apel [10].
Identifikasi Kapang Antagonis
Berdasarkan Sekuen ITS. Kapang antagonis diisolasi  DNA  nya  menggunakan  modifikasi metode  Doyle  dan  Doyle  [11].  Sampel  DNA yang  didapat  diuji  kualitatif  menggunakan
elektroforesis  dan  kuantitatif  menggunakan spektrofotometri supaya diketahui konsentrasi DNA sampelnya. Kemudian dilakukan amplifikasi sekuen DNA menggunakan primer  ITS5  (5’GGAAGTAAAAGTCGTAA CAAGG3’) and ITS4 (5’TCCTCCGCTTATT GATATGC3’) [12]  dan  reaksi  amplifikasi PCR sebanyak 35 siklus (Tabel 1) [13]. Hasil PCR dirunning menggunakan  gel agarosa 1,5 % [14] menggunakan DNA marker
(GeneRuler™ DNA LadderMix 100).
Purifikasi  dan  sekuensing  DNA  dilakukan  di First  Base,  Malaysia.  Hasil  sekuensing dianalisis  pada  GenBank  ( http://www.ncbi. nlm.nih.gov )  dengan  program  MEGA  ver. 5.03.
Tabel 1. Kondisi reaksi amplifikasi polymerase chain reaction (PCR)  menggunakan  primer ITS4/ITS5 Reaksi Suhu ( ⁰ C) Waktu (menit) Denaturasi awal 95 10 Denaturasi 94 0,25 Annealing 55 0,5 Ektensi 72 0,25 Ektensi akhir 72 7

## HASIL DAN PEMBAHASAN
Hasil  Skrining  Kapang  Antagonis. Dari  37  isolat  hasil  isolasi  dari  perkebunan apel organik Gabes setelah diskrining didapatkan  lima  kapang  antagonis  yaitu OK23, OK14, FO1, FO13, dan FO14.
Isolat  OK23,  OK14,  FO1,  dan  FO14 mampu  menghambat  kapang  patogen  AN5.2 yang  ditunjukkan  dengan  garis  warna  oranye (Gambar  1).  Isolat  OK23,  OK14,  dan  FO13 mampu  menghambat  kapang  patogen  AN3.2 yang  ditunjukkan  dengan  garis  warna  merah (Gambar 1).
Hasil skrining terhadap kapang patogen AN5.2  dan  AN3.2  didapatkan  kapang antagonis  yang  spesifik.  Kapang  antagonis FO1  dan  FO14  spesifik  hanya  dapat menghambat  kapang  patogen  AN5.2.  Kapang antagonis  FO13  spesifik  menghambat  kapang patogen  AN3.2,  sedangkan  OK23  dan  OK14 menghambat  kedua  kapang  patogen  baik AN5.2 ataupun AN3.2.
35 siklus
Gambar 1. Skrining kapang antagonis dalam  menghambat pertumbuhan kapang patogen AN5.2 dan
AN3.2
Spesies Kapang yang Efektif Menghambat Pertumbuhan Kapang
Patogen.  Lima  kapang  antagonis  memiliki kemampuan  yang  berbeda  selama  waktu inkubasi  (tingkat  efektivitas  berbeda  baik terhadap kapang patogen AN5.2 atau AN3.2 terjadi peningkatan setiap harinya Keberhasilan suatu pengendalian hayati dengan  menggunakan  kapang  antagonis dicampur  dalam  tanah  dipengaruh lamanya  waktu  kontak  antara  a patogen [15].
Kapang antagonis OK14, OK23, FO14, dan FO1 memiliki potensi dalam kapang  patogen  AN5.2  dengan masing-masing 38 %, 52,4 %, 50 %, dan %.  Sementara  itu,  kapang  antagonis  OK14, OK23,  dan  FO13  memiliki  potensi  dalam menghambat  kapang  patogen  AN3.2 persentase  masing-masing  39,3  %,  41,8  %, dan 83,2 %.
Kapang  antagonis  isolat  OK23 memiliki  potensi  tinggi  dalam  menghambat kapang  patogen  AN5.2.  Isolat  OK23  setelah diidentifikasi berdasarkan sekuen diketahui  sebagai  Aspergillus  fumigatus Aspergillus  fumigatus  menurut Amadi  yang  melakukan  uji  in  vitro kemampuan  antagonis  terhadap pada  tanaman  kakao  sebesar  54  % Spesies  ini  di  alam  berfungsi  sebagai  jamur saprofit  yang  banyak  ditemukan  dalam  tanah dan  kompos  serta  memiliki  peran  penting dalam  siklus  karbon  dan  nitrogen  [1 diketahui  juga  menjadi  penyebab  penyakit pada  manusia dan  hewan  seperti [18].
apang antagonis dalam  menghambat pertumbuhan kapang patogen AN5.2 dan
Spesies Kapang yang Efektif Menghambat Pertumbuhan Kapang antagonis  memiliki kemampuan  yang  berbeda  selama  waktu berbeda  baik terhadap kapang patogen AN5.2 atau AN3.2), peningkatan setiap harinya.
eberhasilan suatu pengendalian hayati dengan  menggunakan  kapang  antagonis  yang dicampur  dalam  tanah  dipengaruhi  oleh
antara  antagonis  dan
OK14, OK23, FO14, potensi dalam menghambat dengan  persentase masing 38 %, 52,4 %, 50 %, dan 49,7 apang  antagonis  OK14, potensi  dalam
ng  patogen  AN3.2  dengan masing  39,3  %,  41,8  %,
isolat  OK23  yang
memiliki  potensi  tinggi  dalam  menghambat
.  Isolat  OK23  setelah sekuen ITS Aspergillus  fumigatus. Adebola  dan
in  vitro  memiliki ampuan  antagonis  terhadap  P.  palmivora pada  tanaman  kakao  sebesar  54  %  [16]. Spesies  ini  di  alam  berfungsi  sebagai  jamur saprofit  yang  banyak  ditemukan  dalam  tanah dan  kompos  serta  memiliki  peran  penting rbon  dan  nitrogen  [17],  dan juga  menjadi  penyebab  penyakit
pada  manusia dan  hewan  seperti aspergillosis

## KESIMPULAN
Isolat  kapang  antagonis  OK14,  OK23, FO1, dan FO14 memiliki potensi menghambat pertumbuhan  kapang  patogen  AN5.2  dengan persentase  penghambatan %,  dan  49,7  %;  sedangkan  kapang  patogen AN3.2  dapat  dihambat  oleh  isolat  kapang OK14,  OK23,  dan  FO13  dengan 39,3  %,  41,8  %,  dan  83,2  %.  Kapang antagonis  OK23  yang  paling  tinggi  dalam menghambat kapang patogen AN5.2 merupakan Aspergillus fumigates

## UCAPAN TERIMA KASIH
Ucapan  terima  kasih  penulis  kepada Allah  SWT  atas  selesainya  jurnal pembimbing  dan  penguji  atas  bimbingan  dan saran-saran  yang  diberikan.  Bapak  Arif Budiono selaku pemilik perkebunan, Laboran, peneliti dan teman-teman peneliti di Laboratorium  mikrobiologi  atas  bantuan  dan kerjasamanya.

## DAFTAR PUSTAKA
[1]    Ruminta  dan  Handoko.  2010. Perubahan Iklim pada Produkis Apel Batu. Universitas Padjadjaran. Bandung.
[2]   Dinas  Pertanian  Kota  Batu.  2008. Laporan  Statistik  Pertanian  Kota Batu. Tahun 2008. Batu Malang.
[3]     Akbar, F. 2011. Inventarisasi Penyakit yang  Disebabkan  Jamur  pada  Apel, Jeruk,  Stroberi  dan  Jambu  Biji  di Kusuma  Agrowisata  Batu  Malang
Skripsi. Universitas Brawijaya. Malang.
apang antagonis dalam  menghambat pertumbuhan kapang patogen AN5.2 dan

## KESIMPULAN
Isolat  kapang  antagonis  OK14,  OK23, FO1, dan FO14 memiliki potensi menghambat pertumbuhan  kapang  patogen  AN5.2  dengan persentase  penghambatan  38  %,  52,4  %,  50 %,  dan  49,7  %;  sedangkan  kapang  patogen AN3.2  dapat  dihambat  oleh  isolat  kapang OK14,  OK23,  dan  FO13  dengan  persentase 39,3  %,  41,8  %,  dan  83,2  %.  Kapang antagonis  OK23  yang  paling  tinggi  dalam menghambat kapang patogen AN5.2
fumigates.

## UCAPAN TERIMA KASIH
Ucapan  terima  kasih  penulis  kepada llah  SWT  atas  selesainya  jurnal,  dosen pembimbing  dan  penguji  atas  bimbingan  dan saran  yang  diberikan.  Bapak  Arif selaku pemilik perkebunan, Laboran,
teman peneliti di Laboratorium  mikrobiologi  atas  bantuan  dan

## DAFTAR PUSTAKA

## Ruminta  dan  Handoko.  2010.  Dampak
Perubahan Iklim pada Produkis Apel . Universitas
Padjadjaran.
Dinas  Pertanian  Kota  Batu.  2008. Laporan  Statistik  Pertanian  Kota . Tahun 2008. Batu Malang.
Inventarisasi Penyakit yang  Disebabkan  Jamur  pada  Apel, Jeruk,  Stroberi  dan  Jambu  Biji  di Kusuma  Agrowisata  Batu  Malang. Skripsi. Universitas Brawijaya. Malang.
[4] Lestari,  F.  W.,  Suharjono  dan  E.  L.
Arumingtyas. 2013. Phylogenetic Identification  of  Pathogenic  Fungi from  Apple  in  Batu  City,  Malang, Indonesia.  Advances  in  Microbiology, 3:69-75.
[5]   Pramono  dan  E.  Siswanto.  2007. Budidaya Apel Organik. Temu Pakar Pertanian  Organik  Buah-Buahan. Bukittinggi, Sumatera Barat.
[6]    Jones,  R.  W  dan  D.  Prusky.  2002. Expression  of  an  Antifungal  Peptide in  Saccharomyces:  A  New  Approach for Biological Control of the
Postharvest  Disease    Caused  by
Colletotrichum
coccodes.
Phytopathology, 92:33-37.
[7]        Kohl,  J.,  B.  H.  de  Haas  dan  W.  M.  L. Molhoek.  2006.  New  Approaches  in Biological  Control  of  Apple  Scab.
Selection  of  Antagonists  Suppressing Conidia Production of Venturia inaequalis.  Proceeding  from  European Joint  Organic  Congress,  30-31  May. Odense, Denmark.
[8]   Nugrahani,  M.,  Suharjono  dan  O. Endarto.  2012.  Eksplorasi  Kapang Antagonis  Terhadap  Phytophthora spp.  Patogen  pada  Tanaman  Apel. Natural B, 1(3).
[9] Apinis,  A.  E.  1963.  Occurrence  of Thermophilous Micro Fungi in Certain Alluvial Soils Near
Nottingham Nova Hedwigia, Zeitschr. Kryptogamenk. 5:57-78.
[10]  Isnain,  I.  R  dan  Suharjono.  2014. Identifikasi  Berdasarkan Sekuen  ITS Kapang  Patogen  Batang  Tanaman
Apel  var.  Anna  (Malus  sylventris  (L.)
Mill.) dari Lahan Perkebunan Organik  dan  Anorganik  Kota  Batu. Universitas Brawijaya. Malang. Skripsi.
[11]  Doyle,  J.  J  and  J.  L.  Doyle.  1990. Isolation  of    Plant  DNA  from  Fresh Tissue. Focus, 12:13-15.
[12]  White,  T.  J.,  T.  Bruns.,  S.  Lee.,  dan  J. Taylor. 1990. Amplification and
Direct Sequencing of Fungal Ribosomal RNA Genes for
Phylogenetics. Dalam: Innis, M. A., D.
H.  Gelfand.,  J.  J.  Sninsky.,  dan  T.  J. White, Eds. PCR Protocols: A Guide to Methods  and  Applications.  Academic Press. San Diego.
[13]  Schoch,  C.  L.,  K.  A.  Selfert.,  S. Huhndorf.,  V.  Robert.,  J.  L.  Spouge., dan  C.  A.  Levesque.  2011.  Nuclear Ribosomal Internal Transcribed
Spacer  (ITS)  Region  as  a  Universal DNA  Barcode  Marker  for  Fungi. Proceedings of the National Academy of Sciences of the USA, 109(16):1-6.
[14]  Suharjono.,  A.  P.  W.  Marhendra.,  A. Triwiratno.,  S.  Wuryantini  dan  L.  O. Rahayu.  2010.  Sistematik  Filogenetik Isolat-Isolat Kapang Indigenous Indonesia  sebagai  Entomopatogen Kutu Sisik (Lepidoshapes beckii Newman)  Hama  Tanaman  Jeruk. Biota, 15(2):231-236.
[15]  Hardaningsih,  S.  1995.  Efektivitas
Gliocladium roseum untuk Mengendalikan  Penyakit  Terbawa Benih pada Tanaman Kacang- Kacangan. Prosiding Kongres
Nasional  XII  dan  Seminar  Nasional PFI, Mataram. 185-188.
[16]  Adebola,  M.  O  dan  J.  E.  Amadi.  2010.
Screening  three  Aspergillus  species for  antagonistic  activities  against  the cocoa black pod organism
(Phytophthora  palmivora).  Agriculture and  Biology  Journal  of  North  America,
1(3):362-365.
[17]  Haeppi,  Y.  2012.  Analisis  Mekanisme Penghambatan
Secara Fisik Pertumbuhan Rhizoctonia Solani oleh Aspergillus Fumigatus dan
Aspergillus  Niger  Secara  In  Vitro.
Universitas Muhammadiyah Purwokerto. Purwokerto. Skripsi.
[18]  Ellis,  D.,  S.  davis.,  H.  Alexiou.,  R.
Handke., dan R. Bartley. 2007.
Descriptions of medical fungi. Second edition.  Mycology  unit  women’s  and children’s hospital. Australia.