Article History: Received : April, 9 th 2022; Accepted : December, 10 th 2022 Rekayasa  ISSN:  2502-5325  has  been  Accredited  by Ristekdikti  (Arjuna)  Decree:  No.  23/E/KPT/2019  August  8th, 2019 effective until 2023
Cite this as: Amin, A.A., Pramudia, Z., Yanuar, A.T., Susanti, Y.A.D., Okuda, H & Kurniawan,  A. (2022 ). Analisis Environmental  DNA  (E-DNA) untuk  Estimasi  Jumlah  Total  Bakteri  pada  Air  Kolam  dengan Recirculation Aquaculture System (RAS). Rekayasa 15 (3). 368- 374 pp. doi: https://doi.org/10.21107/rekayasa.v15i3.16884 . © 2022  Amin
Rekayasa , 2022; 15(3): 368-374 ISSN: 0216-9495 (Print) ISSN: 2502-5325 (Online)
Analisis Environmental-DNA (E-DNA) Untuk Estimasi Jumlah Total Bakteri Pada Air Kolam dengan Sistem Recirculation Aquaculture System (RAS)
Abdul Aziz Amin 1 , Zulkisam Pramudia 2 , Adi Tiya Yanuar 1 , Yogita Ayu Dwi Susanti 2 , Hideki Okuda 3 , Andi Kurniawan 1* 1 Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan Universitas Brawijaya
2 Pusat Studi Pesisir dan Kelautan Universitas Brawijaya Jl. Veteran Ketawanggede Lowokwaru Kota Malang 65145 Jawa Timur
3 Graduate School of Life Sciences Ritsumeikan University *andi_k@ub.ac.id DOI: https://doi.org/10.21107/rekayasa.v15i3.16844

## ABSTRACT
Catfish is an aquaculture commodity that has great potential to be developed in various regions in Indonesia. The success of catfish  cultivation  is  primarily  determined  by  creating  a  suitable  environment  for  catfish.  One  way  to  create  a  suitable environment for catfish cultivation is the Recirculation Aquaculture System (RAS). In applying RAS, the presence of organic matter  in  the  pond  is  controlled  so  the  pond  water  can  be  reused.  The  presence  of  organic  matter  in  pond  water  is determined mainly by the activity of bacteria in the water. These bacteria are actively involved in the pond's residual organic matter degradation process. Therefore, the total number of bacteria in the water can be one of the essential parameters in the  RAS.  The  method  widely  used  to  calculate  the  abundance  of  bacteria  is  counting  the  number  of  bacteria  based  on bacterial culture method. However, the bacteria that can be cultured are only a small part of the bacteria in the water, so the  abundance  value  obtained  does  not  reflect  the  actual  bacterial  population.  Therefore,  it  is  necessary  to  analyze  the abundance  of  bacteria  using  a  method  closer  to  the  actual  abundance  value,  such  as  the  environmental  DNA  (eDNA) analysis. This study aims to analyze the abundance of bacteria in water in  catfish aquaculture with RAS using the eDNA method. In addition, this study also analyzes water quality data (temperature, pH, Dissolved Oxygen). This study's results indicate that the water temperature value in catfish ponds ranges from 28.0 to 29.0 °C, the average pH value is 7.7, and the dissolved  oxygen  is  between  5.7  -  6.2  mg/L.  The  water  quality  analysis  results  indicate  that  RAS  can  maintain  optimum conditions  in  the  catfish  cultivation  process.  This  study  also  showed  that  the  total  microbial  abundance  value  at  the beginning of cultivation was 1.68 × 107 cells/ml, and on day 30, it was 3.6 × 106 cells/ml. The dynamic of bacterial densities in this study may indicate that this system can maintain the stability of the microbial community.
Key words : total bacteria, eDNA, aquaculture, recirculation system, catfish

## PENDAHULUAN
Salah  satu  komoditas  akuakultur  yang menunjukkan  peningkatan  produksi  secara konsisten  di  Indonesia  adalah  budidaya  ikan  lele (Iswanto et  al., 2014).  Budidaya  ikan  lele  memiliki potensi besar sebagai komoditas untuk dikembangkan dalam bentuk pembenihan maupun  pembesaran  (Sahuleka et  al., 2020; Sudaryati et al., 2017; Yuniar et al., 2021). Produksi ikan  lele  di  Indonesia  meningkat  dari  841,75  ribu ton  pada  tahun  2017  menjadi  1,81  juta  ton  pada tahun  2018  dengan  pertumbuhan  rata-rata produksi  sebesar  56,32%  (KKP,  2018).  Dalam
proses  budidaya  ikan,  siklus  nutrien  merupakan komponen  penting  dalam  degradasi  bahan organik  di  dalam  kolam.  Siklus  nutrien  ini  dapat dioptimalkann sebagai kunci keberhasilan budidaya  ikan.  Pengaturan  siklus  nutrien merupakan  bagian  penting  dalam  pengkondisian kolam  agar  sesuai  bagi  kehidupan  ikan  yang dipelihara (Alfia et al., 2013). Pada sistem budidaya dengan  padat  penebaran  tinggi  yang  menuntut pemberian pakan dalam jumlah tinggi, penumpukan  bahan  organik  dalam  kolam  dapat meningkat dengan sangat pesat. Akumulasi bahan

## REKAYASA
Journal of Science and Technology https://journal.trunojoyo.ac.id/rekayasa
organik akan
menyebabkan terjadinya pembentukan  senyawa-senyawa  yang  beracun bagi  ikan,  sehingga  mempercepat  penurunan kualitas air. Pada kondisi jumlah air yang terbatas, penurunan kualitas air dapat lebih membahayakan kelangsungan  hidup  ikan.  Oleh  karena  itu, berbagai upaya dilakukan untuk mempertahankan kualitas air kolam ini.
Sistem  resirkulasi  banyak  digunakan  untuk mempertahankan  kualitas  air  kolam  budidaya sehingga tetap layak bagi ikan. Dalam Recirculation Aquaculture System (RAS), air buangan dari proses pemeliharaan  diolah  agar  dapat  digunakan kembali  dalam  proses  budidaya  ikan  (Alfia,  et  al., 2013).  Sistem ini telah banyak  dikembangkan dan diterapkan  di  berbagai  negara,  seperti  Amerika Serikat,  Israel,  Singapura,  German  serta  Norwegia selama kurun waktu 20-30 tahun ini (Fadhil, 2010). Sistem  RAS  dengan teknik filtrasi dalam  budidaya ikan  merupakan  salah  satu  upaya  yang  dapat diaplikasikan  untuk  menanggulangi  penurunan kualitas  air  karena  adanya  akumulasi,  mineralisasi dan  nitrifikasi  bahan  organik  di  dalam  air  kolam budidaya  ikan.  Penggunaan  sistem  ini  secara umum  memiliki  beberapa  kelebihan  yaitu, penggunaan  air  persatuan  waktu  relatif  rendah, budidaya  yang  terkontrol  dan  lebih  higienis, kebutuhan  akan  ruang  atau  lahan  relatif  kecil, kemudahan  dalam  mengendalikan,  memelihara dan  mempertahankan  kualitas  air  (Helfrich  dan Libey, 2000).
Aplikasi  teknologi  dengan  Sistem  RAS membantu  proses  budidaya  ikan  menjadi  lebih terkontrol  dan  kadar  sirkulasi  makanan  ( food circulation  rate )  lebih  rendah  daripada  sistem budidaya  secara  konvensional  (Fadhil,  2010). Sistem  RAS  terdapat  dalam  berbagai  bentuk,  dari yang  paling  sederhana  sampai  yang  otomatisasi berbasis Internet of Things (IoT) (Graber and Junge, 2009).  Sistem  resirkulasi  pada  prinsipnya  adalah pengaturan  penggunaan  kembali  air  yang  telah digunakan  dalam  kegiatan  budidaya.  Salah  satu fokus  utama  pada  sistem  resirkulasi  adalah pemindahan amonia zat hasil proses metabolisme ikan  yang  berbahaya  bagi  ikan.  Sistem  resirkulasi merupakan  alternatif  yang  dapat  digunakan  pada budidaya  intensif  (Putra, et  al., 2011). Suksesnya sistem  resirkulasi  terutama  tergantung  pada efektifitas sistem dalam menangani atau mengolah limbah  budidaya  terutama  yang  berupa  limbah organik.  Proses  pengolahan  limbah  pada  sistem
resirkulasi dapat berupa filtrasi fisik, filtrasi biologi dan filtrasi kimia (Sasongko, 2001).
Pada  sistem  RAS  keberadaan  mikroba  akuatik akan  sangat  mempengaruhi  keberhasilan  proses budidaya  yang  dilakukan  (Ekawati et  al, 2021).
Karakteristik komunitas mikroba banyak menentukan  keberadaan  bahan  organik  di ekosistem  perairan  (Kurniawan  dan  Fukuda,  2016; Kurniawan et  al., 2018).  Sistem  resirkulasi  dapat membuat  kandungan  oksigen  (O 2 )  meningkat (Nirmala  dan  Djokosetyono,  2014).  Hal  ini  akan mempengaruhi proses nitrifikasi yang memerlukan oksigen (O 2 ). Peningkatan kandungan oksigen (O 2 ) tersebut  akan  berdampak  terhadap  kepadatan bakteri  yang  terdapat  pada  air  (Pramudia et  al., 2022).  Proses  nitrifikasi  terjadi  karena  proses oksidasi  amonia  menjadi  nitrit  dan  oksidasi  nitrit menjadi nitrat, atau oksidasi bahan organik secara langsung.  Proses  ini  melibatkan  bakteri  nitrifikasi (Sohier  dan  Bianchi,  1995;  Nagata et  al., 2003). Keberhasilan sistem RAS  akan sangat dipengaruhi jumlah  bakteri  yang  ada  di  filter  air.  Oleh  karena itu, penting untuk mengetahui jumlah total bakteri yang terdapat pada air sebagai media hidup dalam budidaya ikan lele termasuk yang mengaplikasikan sistem RAS.
Analisis jumlah populasi bakteri akuatik banyak dilakukan dengan memanfaatkan metode pengkulturan. Namun, bakteri yang dapat dikultur hanya sebagian kecil dari total bakteri yang ada di ekosistem  perairan  seperti  kolam  ikan  (Kurniawan et  al., 2019).  Untuk  mengatasi  permasalahan  ini, maka  banyak  dikembangkan  metode  analisis populasi  mikroba  dengan  pendekatan  molekuler. Metode  perhitungan  jumlah  mikrobiologi  yang paling  umum  adalah  perhitungan  total  koloni. Namun, metode total perhitungan koloni terbatas pada  estimasi  kuantitatif  bakteri  yang  dapat dikultur  saja  (O'Toole  2016;  Gensberger et  al ., 2016).  Untuk  mengatasi  masalah  ini,  Aoshima et al., (2006)  memperkenalkan  metode  alternatif untuk  menghitung  jumlah  bakteri  di  lingkungan berdasarkan  biomassa  DNA  lingkungan  (eDNA) dari  komunitas  bakteri.  Metode  ini  menggunakan prinsip low  stirring  method untuk  meminimalkan kerusakan  DNA  selama  ekstraksi.  Kuantifikasi jumlah  bakteri  dilakukan  dengan  menggunakan jumlah  e-DNA  yang  diekstraksi.  Metode  ini memberikan  cara  yang  lebih  mudah  untuk menghitung  jumlah  bakteri  dibandingkan  dengan
370 | Amin e t al , Analisis Environmental DNA
metode penghitungan langsung maupun perhitungan koloni.
Secara  prinsip  dasar,  metode  e-DNA  adalah metode  untuk  menghitung  jumlah  bakteri  yang didasarkan  kepada  keberadaan  jumlah  DNA. Metode  e-DNA  digunakan  untuk  menganalisis jumlah  bakteri  dengan  menghitung  jumlah  DNA dalam  sampel  yang  diambil  langsung  dari lingkungan.  Analisis  komunitas  bakteri  dengan metode e-DNA ini dapat meningkatkan pemahaman  ekologi  mikroba  perairan  dalam budidaya  ikan.  Hanya  saja,  studi  yang menggunakan metode e-DNA dalam mengestimasi jumlah bakteri dalam budidaya ikan lele,  terutama  sistem  RAS,  masih  sangat  jarang dilakukan.  Penelitian  ini  bertujuan  untuk menganalisis  jumlah  total  bakteri  pada  air budidaya  lele  yang  menerapkan  sistem  RAS dengan  menggunakan  metode  environmental- DNA  (e-DNA).  Studi  ini  juga  menganalisis parameter  kualitas  air  untuk  melihat  apakah  RAS yang diaplikasikan dapat menjaga kualitas air.

## METODE PENELITIAN Pengambilan Sampel
Penelitian  ini  dilakukan  pada  kolam  budidaya lele  dengan  menggunakan  Sistem  Resirkulasi Akuakultur (RAS) di Kabupaten Tuban, Jawa Timur. Sistem resirkulasi yang digunakan menggunakan 3 unit resirkulasi (Gambar 1). Kolam yang digunakan adalah  kolam  bundar  berbahan  terpal  dengan diameter 3 meter dan ketinggian air kurang lebih 1 meter.    Desain  kontruksi  sistem  RAS  yang digunakan  adalah  mengacu  pada  (Ekawati,  et  al 2021).  Filter  yang  digunakan  adalah  filter  fisika dengan sistem swirl filter dan filter biologi dengan penggunaan bioball  filter .  Pengambilan  sampel dalam  penelitian ini dilakukan pada hari ke 0 dan hari ke 30 pada budidaya lele. Selain itu, parameter kualitas  air  harian  selama  proses  budidaya  juga dianalisis dalam studi ini.
Gambar 1. Sistem RAS Kolam Lele

## Analisis Total Bakteri Dengan Metode eDNA
Jumlah  total  bakteri  dalam  air  diperkirakan dengan  menggunakan  DNA  lingkungan  (eDNA) dengan  metode  pengadukan  rendah  (Aoshima  et al. 2006). Satu ml sampel air dicampur dengan 8,0 mL buffer eDNA dan 1 mL larutan natrium dodesil sulfat  (SDS)  20%.  Dengan  demikian,  suspensi diaduk  pada  1.500  rpm  selama  20  menit,  diikuti dengan  sentrifugasi  suspensi  pada  6.000  ×  g selama  10  menit.  Supernatan  dicampur  dengan campuran  kloroform-isoamil  alkohol  (24:1  (v/v), dan  disentrifugasi  pada  18.000  ×  g  selama  10 menit. Asam nukleat kasar dilakukan dengan 500 L fase  aqueos  dan  300  L  campuran  isopropanol, kemudian  disentrifugasi  pada  18.000  ×  g  selama 20  menit.  Sisanya  dilarutkan  dalam  buffer  1  ×  TE (10 mM Tris-HCl dan 1 mM EDTA, pH 8.0).
Kuantifikasi  eDNA  dilakukan  berdasarkan intensitas  pita  setelah  elektroforesis  1%  gel agarosa  menggunakan  KODAK  1  D  3.6  Perangkat Lunak  Analisis Gambar (Eastman Kodak  Company, CT,  USA).  Persamaan  untuk  menentukan  jumlah total bakteri adalah sebagai berikut:
Number of cells /ml = eDNA amount (µl/ml) X 1.7 X 10 8 [R 2 = 0.938]

## Analisis Kualitas Air Harian
Pengukuran  kualitas  air  dilakukan  selama proses budidaya. Paramter pengukuran kualitas air meliputi  suhu,  pH  dan  oksigen  terlarut. Pengukuran  dilakukan pagi  (05.30  wib)  dan  sore hari (14.00 wib) selama proses budidaya.

## HASIL PEMBAHASAN Kualitas Air
a. Suhu
Pengukuran suhu pada penelitian ini dilakukan dua  kali  sehari  selama  30  hari  yaitu  pada  waktu pagi hari dan sore hari. Hasil menunjukkan bahwa rata-rata  suhu  di  kolam  pemeliharaan  selama penelitian antara 28– 29 0 C (Gambar 2). Suhu rata- rata pada pagi hari di kolam  yaitu 28 0 C, dan suhu rata-rata pada sore hari di kolam  yaitu 29 0 C. Jika dilihat  perbedaan  suhu  pada  pagi  hari  dan  sore hari maka sedikit lebih tinggi suhu pada sore hari. Hal ini  dikarenakan pengukuran suhu di  pagi hari dilakukan  sebelum  adanya  sinar  matahari  dan pengukuran suhu di sore hari masih terpapar sinar
matahari  sehingga  meyebabkan  suhu  di  perairan meningkat.
Pada  penelitian  ini,  hasil  pengukuran  suhu selama  30  hari  pemeliharaan masih berada dalam kisaran toleransi yang baik untuk  ikan lele. Hal ini sesuai  pernyataan  Sastrawijaya  (2009),  suhu mempunyai  pengaruh  yang  besar  terhadap kelarutan  oksigen.  Ikan  lele  memiliki  suhu optimum berkisar 25-32 0 C, jika suhu berbeda jauh dari  kisaran  optimumnya  dapat  mengakibatkan ikan akan mati atau mengakibatkan berpengaruhnya  terhadap  tingkat  pertumbuhan. Fluktuasi  suhu  selama  penelitian  menunjukkan hasil  yang  cenderung  stabil  dan  tidak  mengalami kenaikan  maupun  penurunan  yang  signifikan.  Hal ini dikarenakan sistem resirkulasi yang menyebabkan  air  teraduk  merata  sehingga fluktuasi  suhu  permukaan  air  dan  dasar  perairan kolam  cenderung  sama.  Hal  ini  sesuai  pernyataan Lesmana  (2001),  bahwa  sistem  resirkulasi  dalam pemeliharaan  ikan  akan  memberikan  beberapa keuntungan  antara  lain:  1)  membantu  menjaga keseimbangan  biologi  dalam  air,  yaitu  dapat membantu  mencegah  berkumpulnya  ikan  atau pakan  alami  di  suatu  tempat,  2)  menjaga kestabilan  suhu,  terutama  pada  pemakaian pemanas (heater), 3) membantu distribusi oksigen ke segala arah, baik di dalam air maupun difusinya dengan  udara,  4)  menjaga  akumulasi  atau berkumpulnya  sisa  metabolit  beracun  sehingga kadar atau daya racun dapat ditekan.
Gambar 2.  Grafik Pengamatan Suhu Rata-Rata

## b. Derajat Keasaman (pH)
Pengukuran  pH  pada  penelitian  ini  dilakukan dua  kali  sehari  selama  30  hari  yaitu  pada  waktu pagi hari dan sore hari. Hasil menunjukkan bahwa rata-rata  pH  di  kolam  pemeliharaan  selama penelitian yaitu  7,7 (Gambar 3).  Nilai pH rata-rata pada  pagi  hari  yaitu  7,7.  pH  rata-rata  pada  sore hari 7,7 Kisaran pH selama penelitian masih dalam
kisaran optimum untuk  pemliharaan ikan lele. Hal ini  sesuai  pernyataan  Mahyudin  (2008),  yang menyatakan bahwa nilai pH yang dianjurkan untuk pemeliharaan ikan lele dumbo berkisar antara 6,5- 8,5.
Gambar 3.  Grafik Pengamatan pH

## c. Oksigen Terlarut
Pengukuran oksigen terlarut pada penelitian ini dilakukan dua kali sehari selama 30 hari yaitu pada waktu pagi  hari dan sore  hari. Hasil  menunjukkan bahwa  rata-rata  oksigen  terlarut  di  kolam pemeliharaan  selama  penelitian  antara  5,7  -  6,2 mg/L  (Gambar  4).  Oksigen  terlarut  rata-rata  pada pagi hari di kolam  yaitu 5,7 mg/L. Oksigen terlarut rata-rata  pada  sore  hari  yaitu  6,2  mg/L.  Hasil pengukuran  ini  merupakan  kisaran  nilai  yang optimal  untuk  pemeliharaan  ikan  lele  dumbo  (C. gariepinus),  karena  menurut  Aji  et  al.  (2014) menyatakan  bahwa  oksigen  terlarut  optimum untuk  pemeliharaan  ikan  lele  dumbo  (C. gariepinus)  adalah  kisaran  4,9-5,79  mg/l,  namun ikan  lele  dumbo  masih  mampu  bertahan  hidup pada kisaran oksigen terlarut yang rendah.
Gambar 4.  Grafik Pengamatan Oksigen Terlarut Hal  ini  didukung  dengan  pernyataan  Kristanti (2014),  bahwa  beberapa  jenis  ikan  yang mempunyai  alat  pernafasan  tambahan  seperti arborescent  organ  pada  lele  dumbo  masih  bisa bertahan  pada  konsentrasi  oksigen  terlarut  <3
mg/l.  Hal  ini  dikarenakan  ikan  dapat  langsung mengambil  oksigen  bebas  di  udara  dengan menyembul ke permukaan air.

## Total Bakteri
Kelimpahan  bakteri  dalam  air  dalam  budidaya lele  dengan  RAS  dianalisis  dalam  penelitian  ini (Gambar 5). Analisis ini dilakukan dengan perkiraan jumlah  bakteri  dengan  memanfaatkan  jumlah eDNA  yang  diisolasi  dari  sampel  lingkungan (Gambar 6). Kualitas air pada kondisi budidaya ikan tidak lepas dari kelimpahan bakteri di perairan (Ni, M  et  al.  2021).  Hasil  analisis  eDNA  menunjukan jumlah  kelimpahan  bakteri  pada  awal  budidaya adalah  1,68  ×10 7 sel/ml,  dan  pada  hari  ke  30 menjadi  3,6  ×  10 6 sel/ml.  Hasil  ini  menunjukan kepadatan  bakteri  cenderung  berkurang  dalam kolam  RAS  walaupun  beban  bahan  organik bertambah.  Pada  RAS  air  kembali  dimasukkan  ke dalam  kolam  setelah  melalui  filter  air.  Dalam kondisi  ini,  kandungan  kotoran  dan  kandungan senyawa  berbahaya  sudah  bisa  diminimalisir sehingga bakteri pathogen tidak berkembang dan membuat  kesehatan  dan  daya  tahan  ikan  terjaga (Agusta, 2016).
Gambar 5.  Grafik Pengamatan Total Bakteri Jumlah  mikroba  juga  mengindikasikan  adanya aktivitas  mikroba.  Dalam  sistem  RAS,  kestabilan jumlah  mikroba  juga  dapat  dihubungkan  dengan keberadaan  mikroba  terutama  bakteri  yang menopang proses nitrifikasi. Proses ini dimulai dari bahan  organik  yang  terurai  menjadi  amonium yang oleh bakteri nitrosomonas dioksidasi menjadi nitrit. Selanjutnya, nitrit diubah menjadi nitrat oleh bakteri  seperti  nitrobacter  atau  nitrospina.  Proses ini dapat membantu untuk mengurangi kandungan amonia di dalam air kolam (Jacinda et al. 2021). Jumlah bakteri yang terdeteksi dalam air kolam  dalam  studi  ini  dapat  mengindikasikan ekologi  mikroba  dalam  sistem  RAS  dapat  terjaga
sehingga  mendukung  proses  penguraian  bahan organik yang ada di kolam.
Gambar 6.  Gel Elektroporesis e-DNA (M: Marker; A : Sampel air hari 0; dan B: Sampel air hari 30)
Komunitas  bakteri  yang  terdeteksi  dalam  studi ini  juga  dapat  mengindikasikan  kalau  proses seperti  denitrifikasi  terjadi  dalam  sistem  RAS. Dalam  proses  denitrifikasi  ini  nitrat  dirubah menjadi  nitrit  untuk  kemudian  dirubah  menjadi amonia  dan  dengan  bantuan  bakteri  seperti Bacillus,  Pseudomonas  maupun  Clostridium  sp. merubah  amonia  menjadi  gas  N₂,  N₂O  atau  NO yang terlepas ke udara. Sistem RAS dapat menjaga kesetabilan jumlah mikroba dimana keseimbangan bakteri dibutuhkan untuk menjaga stabilitas dalam ekosistem kolam maupun tambak (Alfiansyah et al. 2018;  Chen  et  al.  2017).  Dengan  stabilnya ekosistem  kolam,  maka  pertumbuhan  ikan  dapat ditopang  dengan  baik  karena  ikan  tidak mengeluarkan  banyak  energi  untuk  beradaptasi dengan perubahan kondisi lingkungan.

## KESIMPULAN
Hasil  penelitian  ini  menunjukkan  bahwa  nilai suhu  air  di  kolam  ikan  lele  berkisar  penelitian antara 28– 29 0 C, nilai pH rata rata adalah 7,7 dan rata rata rata-rata oksigen terlarut antara 5,7 - 6,2 mg/L.  Hasil  dinamika  kualitas  air  tersebut  adalah kondisi  optimum  dalam  proses  budidaya  lele.  Hal ini berpengaruh dengan total kelimpahan mikroba. Jumlah  kelimpahan  mikroba  pada  awal  budidaya adalah  1,68  ×10 7 sel/ml,  dan  pada  hari  ke  30 jumlah kelimpahan mikroba 3,6 × 10 6 sel/ml. Hasil
studi  ini  menunjukan  kalau  kepadatan  bakteri dalam  air  kolam  budidaya  lele  dengan menggunakan  sistem Recirculating  Aquaculture System (RAS)  relatif  stabil  dengan  kecenderungan sedikit  mengalami  pengurangan. Hal  ini  dapat mengindikasikan  kalau  teknologi  RAS  dalam budidaya  lele  dapat  membantu  menjaga  kualitas air  dan  kestabilan  ekologi  mikroba  dalam  air kolam.

## DAFTAR PUSTAKA
Alfia, A. R.,  A. Endang dan E. Tita. 2013. Pengaruh kepadatan yang berbeda terhadap kelulushidupan  dan  pertumbuhan  ikan  nila
( Oreochromis  niloticus )  pada  sistem  resirkulasi dengan filter bioball. Journal of Aquaculture and Technology . 2 (3): 88-93. Alfiansah,  Y.R.,  Hassenrück,  C.,  Kunzmann,  A., Taslihan,  A.,  Harder,  J.,  and  Gärdes,  A.  (2018) Bacterial Abundance and Community
Composition  in  Pond  Water  From  Shrimp Aquaculture  Systems  With  Different  Stocking
Densities. Front. Microbiol . 9:2457.
Aoshima  H.,  Kimura  A.,  Shibutani  A.,  Okada  C., Matsumiya Y., Kubo M. (2006). Evaluation of soil bacterial  biomass  using  environmental  DNA extracted  by  slow-stirring  method. App.  Micro. and Biotech, 71, 875-880.
Augusta,  T.  S.  2016.  Dinamika  perubahan  kualitas air  terhadap  pertumbuhan  ikan  lele  dumbo ( Clarias  gariepinus )  yang  dipelihara  di  kolam tanah. Jurnal Ilmu Hewani Tropika . 5 (1): 24-31.
Chen,  C-Y., Chen P-C., Weng, FC-H., Shaw, GT-W., Wang,  D.  (2017).  Habitat  and  indigenous  gut microbes  contribute  to  the  plasticity  of  gut microbiome in oriental river prawn during rapid environmental change. PLOS ONE .
2017a;12:e0181427.
Ekawati,  A.W.,  Ulfa,  S.M.,  Dewi,  C.S.,  Amin,  A.A., Salamah,  L.N.,  Yanuar,  A.T.,  &  Kurniawan,  A. (2021).  Analysis  of  Aquaponic-Recirculation Aquaculture System (A - Ras) Application in the Catfish  (Clarias  gariepinus)  Aquaculture  in Indonesia. Aquaculture Studies 21 (3), 93-100
Fadhil,  R.,  Johari  E.,  Farah,  S.  T.,  Muhammad,  S. (2010). Teknologi Sistem Akuakultur Resirkulasi untuk  Meneningkatkan  Produksi  Perikanan Darat  di  Aceh  :  Suatu  Tinjauan. Aceh
Development  International  Conference  2010 , ISBN 978-967-5742-00-2
Graber,  A.,  and  Junge,  R.  (2009).  Aquaponic Systems: Nutrient recyclingfromfish wastewater by  vegetable  production. Desalination, 246,
147–156. Helfrich,  L.A  and  Libey,  G.  (2000).  Fish  Farming  in Recirculating AquacultureSystem (RAS). Department  of  Fisheries  and  Wildlife  Sciences. VirginiaTech.
Iswanto,  B.,  Imron.,  H.  Marnis  dan  R.  Suprapto.
(2014).  Petunjuk  Teknis  Budidaya  Ikan  Lele Mutiara. Balai Penelitian Pemuliaan Ikan (BPPI). Sukamandi.  52 hlm.
Jacinda,  A.  K.,  Yustiati,  A.,  &  Andriani,  Y.  (2021). Aplikasi  Teknologi  Resirculating  Aquaculture System  (RAS)  di  Indonesia;  A  Review. Jurnal Perikanan Dan Kelautan , 11 (1), 43-49
Nirmala,  K  dan  Djokosetyanto.  2012.  Efektivitas kinerja  media  biofilter  dalam  sistem  resirkulasi terhadap  kualitas  air  untuk  pertumbuhan  dan sintasan  ikan  red  rainbow  ( Glossolepis  incisus Weber). Jurnal Riset Akuakultur . 7 (2): 279-292.
Kristanti, A. I. 2014. Pengaruh pemanfaatan limbah roti  dalam  formulasi  pakan  terhadap  retensi protein  dan  retensi  energi  pada  benih  lele dumbo  (Clarias  gariepinus).  Skripsi.  Universitas Brawijaya. Malang. 73 hlm.
Kurniawan, A., Prihanto, A.A., Sari, S. P., Febriyanti, D.,  Kurniawan,  A.,  Sambah,  A.B.,  Asriani,  E. (2018). Isolation and Identification of cellulolytic bacteria  from  mangrove  sediment  in  Bangka Island.  IOP  Conference  Series:  Earth  and Environmental Science, 137 (1), 012070.
Kurniawan, A., Salamah, L,N., Amin, A.A., Yanuar, A. (2020). Biosorption of Cu (II) by natural biofilm matrix  of  Lahor  Reservoirs,  Indonesia.  IOP Conference  Series:  Earth  and  Environmental Science, 493 (1), 012008
Lesmana, D. S. 2001. Budidaya Ikan Hias Air Tawar. Penebar Swadaya. Jakarta. 98 hlm.
Mahyuddin,  K.  2008.  Panduan  Lengkap  Agribisnis Lele. Penebar Swadaya. Jakarta. 63 hlm.
Ni, M., Liu, M., Lou, J., Mi, G., Yuan, J., Gu, Z. (2021) Stocking  density  alters  growth  performance, serum  biochemistry,  digestive  enzymes,
374 | Amin e t al , Analisis Environmental DNA
immune  response,  and  muscle  quality  of largemouth  bass  ( Micropterus  salmoides )  in  in- pond raceway system. Fish Physiol. Biochem, 47 ,
1243–1255
Pramudia, Z.,  Amin A A., Yanuar  AT.,  Susanti YAD, Yanuhar U., Ulfa, S.M., Huda A S.,  Kurniawan, A. (2022). Application of eDNA method to analyze bacterial  community  structures  in  the recirculation aquaculture systems of Litopenaeus  vannamei.  IOP  Conf.  Series:  Earth and Environmental Science 1036 (2022) 012122
Putra,  I.,  D.  D.  Setiyanto  dan  D.  Wahyjuningrum. 2011.  Pertumbuhan  dan  kelangsungan  hidup ikan  nila  ( Oreochromis  niloticus )  dalam  sistem resirkulasi. Jurnal  Perikanan  dan  Kelautan .  16
(1): 56-63.
Sahuleka, M., Apituley, Y. M., & Bawole, Di. (2020).
Strategi pelibatan pemuda dalam pengembangan usaha budidaya keramba jaring apung di  teluk  ambon  dalam. Jurnal Penelitian
Sosial  Ekonomi  Perikanan  Dan  Kelautan , 4 (2), 45–57.
Sasongko,  A.  2001. Biomassa  bakteri  nitrifikasi pada  berbagai  bahan  filter  dalam  sistem resirkulasi  aliran  tertutup  dan  pengaruhnya terhadap  kondisi  ikan. Skripsi.  Program    Studi Ilmu  Perairan.  Institut  Pertanian  Bogor.  Bogor. 64 hlm.
Sastrawijaya,  T.  A.  2009.  Pencemaran  Lingkungan. Rinneka Cipta. Jakarta.  87 hlm
Sudaryati,  D.,  Heriningsih,  S.,  &  Rusherlistyani,  R.
(2017). Peningkatan produktivitaspelompok tani ikan  lele  dengan  teknik  bioflok. Jppm:  Jurnal Pengabdian  Dan  Pemberdayaan  Masyarakat ,
1 (2), 109.
Yuniar, M., Pratiwi, D. Y., & Agung, M. U. K. (2021). Penyuluhan  daring  manajemen  kualitas  air untuk  budidaya  ikan  dalam  ember  di  desa cipaning  kecamatan  jatinangor  kabupaten sumedang  sawa  barat. Journal  of  Community Services , 2 (1), 42–46.