## Perkembangan Bioinformatics dalam Ruang Lingkup Ilmu Komputer

## Irma Yunita, Kristian Tjandradiredja, Seng Hansun
Program Studi Teknik Informatika, Universitas Multimedia Nusantara, Tangerang, Indonesia irma.yunita@student.umn.ac.id, kristian.tjandradiredja@student.umn.ac.id
Diterima 19 Mei 2016 Disetujui 10 Juni 2016
Abstract —Bioinformatics is a research topic which is very attractive in this era. Bioinformatics combines biology and computer science. It means that biology problem can be solved by using methods and techniques in solving problems in computer science. There are some terms of bioinformatics such as DNA, RNA, and protein. In addition, there are several methods described in this paper, which can be used in solving the problem bioinformatics following with the tools and software which are available and free in internet.
Keywords— bioinformatics, tools of bioinformatics, methods of bioinformatics

## I. P endahuluan
Pada era teknologi yang semakin berkembang ini, kebutuhan akan informasi semakin dibutuhkan oleh masyarakat secara luas. Selain itu, masalah yang berhubungan dengan dunia biologis atau lebih dikenal dengan bioinformatics , menjadi topik yang diminati pada masa kini [1].
Bioinformatics diciptakan oleh Paulen Hogeweg pada tahun 1979 sebagai ilmu yang mempelajari tentang proses informasi pada sistem biotik [2]. Menurut [2], bioinformatics dapat  didefinisikan  sebagai  aplikasi dari teknologi komputer untuk mengelola informasi biologis.
Berikut ini alasan bioinformatics menjadi tema sangat menarik untuk dibahas [3].
• Biologi merupakan masalah yang sangat penting karena berhubungan dengan manusia.
• Menggunakan data dengan jumlah yang banyak.
• Bertujuan untuk menyelesaikan masalah (solusi).
• Jika berhasil menyampaikan solusi, akan memperoleh penghargaan.
Bioinformatics memiliki tujuan utama untuk meningkatkan pengertian tentang proses secara biologis [2].  Selain  itu,  bioinformatics  juga  dapat  digunakan untuk menyelesaikan masalah yang berkaitan dengan manusia. Oleh karena itu, di sini dibahas lebih rinci tentang bioinformatics beserta dengan algoritma- algoritma yang dapat digunakan dalam menyelesaikan
masalah biologis dan penerapannya dengan pendekatan pada ruang lingkup ilmu komputer.
II. d efInIsI b IoInformaTIcs
Bioinformatics merupakan pembuatan konsep biologis dengan istilah molekul (memiliki makna yang  sama  dengan  kimia  fisik)  dan  menggunakan teknik informasi (diturunkan berdasarkan disiplin seperti menggunakan matematika, ilmu komputer dan statistik) untuk memahami dan mengorganisasi informasi terkait dengan molekul tersebut pada skala yang  luas  [4].  Berdasarkan  Gambar  1,  secara  lebih sederhana, bioinformatics merupakan irisan antara ilmu komputer dan biologi.
Gambar 1. Definisi Bioinformatics
III. T ermInologI b IoInformaTIcs
Berikut ini dijelaskan beberapa terminologi dari bioinformatics menurut [5].
A. Gen atau Genome
Gen membawa informasi turunan dari sebuah organisme yang direpresentasikan dalam setiap sel. Gen direpresentasikan dalam bentuk molekul DNA. Setiap molekul DNA merupakan rantai panjang yang terdiri dari struktrur asam nukleat yang terdiri dari empat tipe, yaitu Adenine , Cytosine , Guanine , Thymine . Keempat tipe tersebut biasa disingkat menjadi A, C, G, T.
Informasi yang diperoleh dari gen dapat saling dibandingkan dengan gen lainnya dari spesies berbeda.

## ISSN 2085-4552
Hal ini dapat menjelaskan proses dan mekanisme dari evolusi.
B. Genetik Genetik merupakan studi atau ilmu yang mempelajari tentang turunan biologis dari suatu organisme. Hal utama dari genetik ini merupakan konsep dari gen karena gen yang dapat diwariskan.

## C.  Sel
Sel merupakan unit terkecil penyusun organisme. Manusia terdiri dari triliun sel yang dapat melakukan mitosis dan meiosis, serta membawa informasi tentang sel yang dapat menghasilkan keturunan.
D. Protein Protein merupakan molekul biologis yang sangat besar yang tersusun dari untaian molekul-molekul yang lebih kecil, biasa disebut asam amino ( amino acids ). Protein dapat membuat struktur sel, seperti rambut, kulit, dan lain-lain.
E. DNA DNA atau Deoxyribonucleic  Acid merupakan untaian kode genetik yang terdiri dari {A, C, G, T} yang membawa informasi keturunan dari gen sebelumnya.
F. RNA RNA atau Ribonucleic Acid merupakan untaian ganda dan pendek kode genetik yang terdiri dari Adenine , Cytosine , Guanine , Urasil ({A, C, G, U}) yang membawa informasi keturunan dari gen sebelumnya dan berperan penting dalam pembentukan protein.
IV. a nalogI b IologI dan I lmu k omPuTer
Analogi biologi dan ilmu komputer ini dapat diajukan untuk mempermudah penalaran tentang bioinformatics terutama dalam hal pemrosesan gen dan  protein  dalam  komputer.  Menurut  [1],  analogi antara ilmu biologi dan ilmu komputer diuraikan sebagai berikut.
• Gen G pada komponen DNA berperan penting pembentukan protein P.
• Suatu Interpreter I mampu memproses setiap gen yang mungkin digunakan oleh protein P sebagai satu dari komponen interpreter itu sendiri.
• Hal tersebut memberi dampak jika protein P tidak diproduksi ke dalam mesin dari I, tidak ada proses interpretasi yang dapat berlangsung.
• Situasi di atas dapat disimulasikan pada komputer dengan memanfaatkan proses yang berjalan bersamaan, yaitu terdiri dari banyak interupsi untuk mengendalikan eksekusi program.
• Implementasi tersebut menggunakan interpreter dimana pengujian pertama-tama dilakukan pada semua kompenen yang telah diproduksi. Pengujian
hasil tersebut hanya terjadi jika proses pengujian terhadap semua komponen telah dilaksanakan dan interupsi berlangsung hingga proses produksi selesai. Eksekusi bagian program dilaksanakan setelah seluruh komponen diproduksi dan interupsi terjadi sebelum hasil produksi selesai.

## V. P enelITIan T erkaIT b IoInformaTIcs
Sejak penemuan pertama pada 1980-an, penelitian terkait bioinformatics semakin  berkembang  [7]. Penggabungan antara permasalahan dalam ilmu biologi dan ilmu komputer, memiliki daya tarik yang kuat dalam era perkembangan teknologi informasi yang semakin pesat pada masa kini. Penelitian terkait bioinformatics menghubungkan antara permasalahan dalam ilmu biologi yang diselesaikan secara komputerisasi. Berikut ini disajikan beberapa penelitian sebelumnya terkait dengan bioinformatics .
A. Bioinformatics dalam Penelitian Penyakit Kanker
Pengelompokan atau penentuan jenis penyakit kanker tertentu merupakan salah satu permasalahan bioinformatics . Berdasarkan penelitian yang telah dilakukan  oleh  [6],  dalam  kasus  pengelompokan kanker tertentu yang berdasarkan pola dari ekspresi gen, dapat bekerja dengan baik untuk meningkatkan fungsionalitas analisis terhadap ciri-ciri kanker tertentu.
Penelitian  tersebut  [6]  menggunakan microarray data dan protein basis data. Jika fungsi gen tidak dapat diperoleh dari basis data secara terbuka, dapat digunakan metode pencarian berbasis homologi, yang mencakup konteks string , PFP, dan PSORT [6].  Perangkat bioinformatics dan basis data yang digunakan dalam penelitian tersebut di atas tersedia dalam halaman website http://dragon.bio.purdue.edu/ bioinfolinks . B. OrthologID
Penelitian  selanjutnya  dikembangkan  oleh  [7] yang menggunakan tanaman sebagai objek penelitian. Berdasarkan  [7],  OrthologID  merupakan  aplikasi berbasis web yang mengotomatisasi prosedur besar dari ortologi gen dan karakteristik dari kerangka filogenetik.  Dengan  demikian,  dapat  membuat kepastian ortologi yang berdasarkan karakteristik pada skala gen menjadi memungkinkan.

## C. RNA Sampler
Menurut  [8],  tidak  adanya  penulisan  kode  pada RNA dan aturan RNA secara terstruktur menjadi pendorong terhadap pentingnya peran dalam aturan gen dan fungsi seluler lainnya. Berdasarkan penelitian yang  telah  dilakukan  oleh  [8],  dapat  memprediksi struktur RNA sekunder yang secara umum.
Algoritma yang disajikan oleh [8], dapat menemukan struktur umum di antara dua kejadian dari percobaan
probabilitas yang diperoleh dari hasil perhitungan konservasi dengan membandingkan antara dua kejadian (perhitungan berdasarkan probabilitasnya). Algoritma yang diajukan [8] memiliki kelebihan yaitu mampu memprediksi struktur metode dengan tingkat kerentanan dan ketegasan dengan cepat dan mampu memberikan alasannya.
RNA Sampler tersedia dalam http://ural.wustl.edu/ software.html dan penelitian tersebut dibangun dengan menggunakan bahasa pemrograman C . Berdasarkan percobaan  yang  telah  dilakukan  oleh  [8],  dengan menggunakan RNA Sampler , mampu memprediksi kebutuhan struktur sekunder dari RNA secara umum.
VI. m eTode Yang s erIng d Igunakan dalam b IoInformaTIcs
Berikut ini dijelaskan beberapa metode yang sering digunakan dalam masalah bioinformatics menurut [1].
A. Membandingkan Urutan Diberikan data yang tersedia berjumlah sangat banyak, terdapat kebutuhan penting untuk mengembangkan algoritma yang sesuai dalam membandingkan urutan data yang sangat besar. Algoritma ini mengizinkan adanya penghapusan ( delete ), penambahan ( insertion ), dan penggantian ( replacements ) dari simbol-simbol yang merepresentasikan inti dari DNA (nukelotida) atau asam amino (protein) untuk adanya perubahan secara alami.
B. Membangun Evolusi (Phylogenetic Trees) Struktur pohon ( tree ) ini biasanya dibuat setelah proses membandingkan urutan untuk setiap jenis organisme selesai. Pengelompokan tree berdasarkan tingkat dari kemiripannya. Pengelompokan tersebut dianggap sebagai panduan untuk penalaran tentang bagaimana urutan tersebut telah diubah melalui proses evolusi. Misalnya, pengelompokan homologi dari kesamaan tertentu, dan mungkin mengesampingkan asumsi kesalahan ( error ) yang bertentangan dalam proses evolusi.
C. Mendeteksi Pola dalam Urutan Ada bagian-bagian tertentu dari urutan DNA dan asam amino yang perlu dideteksi. Dua contoh utama yaitu gen dalam DNA dan menentukan komponen bagian dari urutan asam amino (struktur sekunder). Terdapat bebeapa cara untuk melakukan proses tersebut. Biasanya proses tersebut dilakukan berdasarkan machine learning berikut dengan probabilitas dari aturan bahasa ( grammar ) dan jaringan saraf ( neural networks ).
D. Menentukan Struktur 3D dari Urutan Masalah dalam bioinformatics yang berhubungan dengan urutan ke struktur 3D merupakan masalah komputasi yang sulit. Penentuan bentuk RNA dari urutan tersebut, membutuhkan algoritma dengan
tingkat kompleksitas (O(n)) pangkat tiga.
Kesimpulan dari bentuk protein yang diproduksi dari urutan asam amino merupakan masalah yang hingga saat ini belum dapat dipecahkan.
E. Menyimpulkan Aturan Sel Fungsi gen atau protein terbaik digambarkan oleh perannya dalam metabolisme atau jalur sinyalnya. Gen berinteraksi satu sama lain dan protein juga dapat mencegah atau membantu dalam produksi protein lainnya. Model perkiraan yang tersedia untuk aturan sel dapat berupa diskrit atau kontinu. Pada umumnya, aturan tersebut membedakan antara simulas sel dan pemodelannya. Jumlah terakhir data digunakan untuk menyimpulkan data yang sudah tidak dipakai dari data eksperimen (biasa disebut sebagai microarray ). Proses ini biasanya disebut reverse engineering . F. Menentukan Fungsi Protein dan Persiapan Metabolisme
Hal ini adalah salah satu dari daerah yang paling menantang dari bioinformatics dan yang tidak ada data yang cukup tersedia untuk menyelesaikannya. Tujuannya adalah untuk menafsirkan penjelasan manusia tentang fungsi protein dan juga untuk mengembangkan database yang mewakili grafik yang dapat dilihat untuk keberadaan node (menentukan reaksi) dan jalur (menentukan urutan reaksi).
G. Menyusun Potongan DNA (DNA Fragments) Potongan DNA yang disediakan oleh mesin yang yang dapat mengurutkan, dirakit menggunakan komputer. Hal tersulit dari  kumpulan tersebut adalah DNA memiliki banyak daerah yang berulang-ulang dan potongan yang sama mungkin dimiliki oleh daerah yang berbeda. Algoritma untuk perakitan DNA yang banyak digunakan oleh perusahaan-perusahaan besar seperti Former Celera .
H. Menggunakan Bahasa Scripting Banyak aplikasi di atas sudah tersedia pada website - website secara umum. Penggunaannya membutuhkan scripting yang menyediakan data untuk aplikasi, menerimanya kembali, dan kemudian menganalisanya.
Yang membedakan masalah bioinformatik dari orang lain adalah ukuran besar data dan kualitasnya. Hal tersebut menunjukkan bahwa kebutuhan untuk perkiraan solusi yang tepat.
Perlu diperhatikan bahwa beberapa masalah dalam bioinformatics merupakan masalah optimasi ( optimization problem ). Solusi untuk masalah tersebut biasanya komputasi mahal. Salah satu metode yang efisien  yang  dikenal  dalam  masalah  optimasi  yaitu pemrograman dinamis ( dynamic programming ). Hal tersebut menjelaskan alasan teknik ini sering digunakan dalam bioinformatics . Pendekatan lain seperti branch - and - bound juga digunakan dalam mengatasi masalah optimasi, tetapi mereka dikenal memiliki kompleksitas yang lebih tinggi dari dynamic programming .

## ISSN 2085-4552
VII. e ValuasI T erhadaP P erangkaT s ImulasI b IoInformaTIcs
Terdapat beberapa faktor yang harus diperhatikan dalam menentukan perangkat ( tools ) simulasi yang baik untuk digunakan. Faktor-faktor tersebut yaitu penerapan ( applicability ), kegunaan ( usability ), kelebihan dan kekurangan, pendaftaran dan ketersediaan buku panduan, dan estimasi parameter [9].  Faktor-faktor  tersebut  diuji  dalam biochemical network .
Aplikasi yang digunakan sebagai obyek evaluasi, yaitu GENESIS/Kinetikit, Jarnac/JDesigner, dan Gepasi. Hasil evaluasi berdasarkan faktor-faktor di atas dijelaskan lebih rinci pada Tabel 1 [9].
Berikut ini dijelaskan lebih lanjut tentang faktor- faktor yang digunakan sebagai parameter dalam mengukur aplikasi yang baik untuk digunakan dalam simulasi pada masalah bioinformatics khususnya biochemical network . A. Penerapan (Applicability)
Penerapan ini menjelaskan daerah aplikasi utama dari simulator. Semua simulator mendukung untuk melakukan simulasi berdasarkan waktu.
B. Kegunaan (Usability) Kegunaan mendeskripsikan kemudahan dalam menggunakan aplikasi untuk dipelajari dan masalah yang muncul ketika melakukan pengujian. Graphical User Interface (GUI) sangat dibutuhkan untuk memudahkan penggunaan dalam melakukan simulasi.
C. Kelebihan dan Kekurangan Hal ini menunjukkan hasil evaluasi terhadap program aplikasi simulasi. Selain itu, dipertimbangkan pula keandalan dan kompatibilitas sebagai nilai yang sangat penting dalam sebuah aplikasi simulasi.
D. Pendaftaran dan Ketersediaan Buku Panduan Sebagian besar dari aplikasi simulasi tersedia secara gratis, tetapi lebih dari 20 tools dibutuhkan registrasi sebagai pelanggan. Pada beberapa kasus, registrasi telah dilakukan dengan menerapkan hak penggunaan.
E. Estimasi Parameter (Parameter Estimation) Sesuai dengan kemungkinan estimasi komputasi nilai parameter model (model fitting).
VIII. T ools P enTIng Yang d aPaT d Igunakan dalam b Io I nfromaTIcs
Berikut ini dijelaskan beberapa tools penting yang sering digunakan dalam masalah bioinformatics beserta dengan referensi untuk mendapatkan tools tersebut [2] dalam Tabel 2.
IX. s ImPulan
Bioinformatics menjadi topik yang sangat diminati pada masa kini. Bioinformatics menghubungkan antara ilmu biologi dan ilmu komputer seperti diilustrasikan pada Gambar 1.
Sejak penemuan pertamanya, bioinformatics terus mengalami  perkembangan  yang  sangan  signifikan. Penelitan terkait dalam bioinformatics disajikan pada Bab V. Disajikan pula metode yang digunakan beserta dengan hasil yang diperoleh dari penelitan-penelitian sebelumnya.
Terdapat beberapa terminologi dalam ilmu biologi yang digunakan dalam mengolah data pada komputer seperti DNA, RNA, dan protein. Metode pengolahan data dalam bioinformatics disajikan pada Bab VI.
Penelitian terhadap bioinformatics hingga saat ini masih dalam tahap perkembangan. Dalam memudahkan implementasi bioinformatics , terdapat tools dan aplikasi simulasi yang tersedia secara gratis. Tabel 2. Beberapa tools dalam bioinformatics Daerah Penelitian Bioinformatics Tool (Aplikasi) Referensi Sequence Alignment BLAST http://blast.ncbi.nlm. nih.gov/Blast.cgi CS-BLAST ftp://toolkit.lmb.uni- muenchen.de/csblast/ HMMER http://hmmer.janelia. org/ FASTA www.ebi.ac.uk/fasta33 Multiple Sequence Alignment MSAProbs
h t t p : / / m s a p r o b s . sourceforge.net/
DNA Aligntment h t t p : / / w w w. f l u x u s - engineering.com/align. htm MultAlin h t t p : / / m u l t a l i n . t o u l o u s e . i n r a . f r / multalin/multalin.html
DiAlign http://bibiserv.techfak. uni-bielefeld.de/
dialign/ Menemukan Gen GenScan g e n e s . m i t . e d u / GENSCAN.html
GenomeScan http://genes.mit.edu/ genomescan.html GeneMark http://exon.biology. gatech.edu/ Analisis Domain Protein Pfam http://pfam.sanger. ac.uk/ BLOCKS http://blocks.fhcrc.org/ ProDom http://prodom.prabi.fr/ prodom/current/html/ home.php
Daerah Penelitian Bioinformatics Tool (Aplikasi) Referensi Identifikasi Pola Gibbs Sampler h t t p : / / b a y e s w e b . wadsworth.org/gibbs/ gibbs.html AlignACE h t t p : / / a t l a s . m e d . harvard.edu/ MEME http://meme.sdsc.edu/ Daerah Penelitian Bioinformatics Tool (Aplikasi) Referensi Analisis Gen SLAM h t t p : / / b i o . m a t h . berkeley.edu/slam/ Multiz http://www.bx.psu.edu/ miller_lab/ Menemukan Motif MEME/MAST http://meme.sdsc.edu eMOTIF http://motif.stanford. edu l amPIran Tabel 2. Evaluasi terhadap aplikasi simulasi dalam bioinformatics Faktor GENESIS/Kinekit Jarnac/JDesigner Gepasi Applicability Merancang dan melakukan simulasi pada biochemical networks dan neuronal systems Merancang melakukan simulasi dalam biochemical networks Simulasi untuk biochemical networks , estimasi dari nilai model parameter, dan metabolic control analysis Usability Membutuhkan pengalaman dalam menggunakan GUI dan script language JDesigner merupakan intuitive GUI dalam merancang jaringan dan mengendalikan Jarnac Package aplikasi yang mudah digunakan Kelebihan Baik digunakan dalam hal komputasi dan efisien Mendukung external SBW interface , SBML import dan export
Baik digunakan dalam hal komputasi  dan  efisien,  tersedia metode yang beragam, SBML import dan export Kekurangan GUI tidak mudah digunakan oleh kaum awam atau pemula Tidak dapat memanfaatkan selain untuk linear external stimulus Tidak ada tool perancangan Pendaftaran dan Ketersedian Buku Panduan Tidak membutuhkan pendaftaran dan tersedia buku panduan Gratis dan tersedia buku panduannya Tidak dibutuhkan pendaftaran dan buku panduan tersedia E s t i m a s i Parameter Sebanyak 3 metode tersedia Tidak ada metode yang tersedia Sebanyak 12 metode tersedia d afTar P usTaka
[1] C. Jacques, “Bioinformatics - An Introduction For Computer Scientists,” ACM Computing Surveys, vol. XXXVI, No. 2, Juni 2004, hal. 122-158.
[2] R. Khalid, “Aplication Of Data Mining In Bioinformatics,” Indian Journal of Computer Science and Engineering, vol. I, No. 2, hal. 114-118.
[3]  L.  Dan,  “Introduction  Of  Bioinformatics”[online],  tersedia dalam https://www.lehigh.edu/~inbios21/PDF/Fall2010/ Lopresti_10082010.pdf , diakses 17 Mei 2016.
[4] N.M. Luscombe, D. Greenbaum, M. Gerstein, “What is bioinformatics? An introduction and overview,” dalam Yearbook of Medical Informatics 2001, Department of Molecular Biophysics and Biochemistry, Yale University, New Haven, USA.
[5]  M. T. Sabu, “Bioinformatics”[online], tersedia dalam https:// arxiv.org/ftp/arxiv/papers/0911/0911.4230.pdf , diakses 17 Mei 2016.
[6] K. Daisuke, D.Y. Yifeng, H. Troy, “Bioinformatics Resources For Cancer Research With An Emphasis On Gene Function And Structure Prediction Tools,” Cancer Informatics, 2006, hal. 25-35.
[7] C. C. Joanna, dkk, “OrthologID: Automation Of Genome- Scale  Ortholog  Identification  Within  A  Parsimony Framework,” Oxford University Press, vol. 22, No. 6, Januari 2006, hal. 699–707.
[8] X. Xing, J. Yongmei, D. S. Gary, “RNA Sampler: A New Sampling Based Algorithm For Common RNA Secondary Structure Prediction And Structural Alignment,” Oxford University, vol. 23, No. 15, Mei 2007, hal. 1883-1891.
[9] P. Antti dkk, “Simulation Tools For Biochemical networks: Evaluation Of Performace and Usability,” Bioninformatics Advance Access, 9 September 2004, Oxford University, hal. 1-8.