## Penapisan Senyawa Kandidat Obat  Covid-19 dari Ekstrak Asparagus dengan Mekanisme Inhibisi Spike Protein Varian B.1.1.7 terhadap Ligan
Hanum Sekar Panglipur 1* , Fachrurrazie 1 , Armi Wulanawati 2 , Joko Untung 1 , Anom Cahyotomo 1 , Ardina Purnama Tirta 1 , Imas Solihat 3 , Annissa Amalia 1
1) Program Studi Analisis Kimia, Politeknik AKA Bogor, Bogor, 16154 Indonesia
2) Program Studi Kimia, FMIPA, Institut Pertanian Bogor, Bogor, 16680, Indonesia
3) Program Studi Nanoteknologi Pangan, Politeknik AKA Bogor, Bogor, 16154 Indonesia
*E-mail: hanum@kemenperin.go.id (Received: 28 Oktober 2023; Accepted: 28 Desember 2023; Published: 30 Desember 2023)

## Abstrak
Penyebaran  yang  cepat  dan  terus  meluas  semenjak  ditemukannya  virus Severe  Acute  Respiratory  Syndrome Coronavirus 2 atau SARS-CoV-2 pada 2019, telah memberikan dampak yang luas pada aspek kesehatan dan kesejahteraan  global,  khususnya  Indonesia.  Pencarian  terapi  standar  melalui  jalur  paru  seperti  nebulizer, menggunakan ekstrak Asparagus diharapkan mampu menjadi alternatif dan terobosan bagi pengobatan SARS- CoV-2. Pengobatan ini merujuk pada proses penapisan antara Spike Glyco Protein (SGP) virus SARS-CoV-2 dengan varian B.1.1.7 dengan reseptor sel manusia ACE2. Penapisan dilakukan dengan mereaksikan senyawa- senyawa yang terdapat pada ekstrak Asparagus dengan SGP virus SARS-CoV-2, sehingga infeksi dapat dicegah. Asparagus  dipilih  karena  mengandung  banyak  senyawa  fitokimia  yang  diharapkan  dapat  memberikan karakteristik antivirus, dan dapat menjadi acuan pengobatan COVID-19 melalui studi in silico . Didapat bahwa Dioscin  merupakan  senyawa  yang  paling  kuat  berinteraksi  dengan  SGP  virus  SARS-CoV-2  dengan  varian B.1.1.7  dari  67  senyawa  ekstrak  Asparagus  yang  dipelajari.  Selain  Dioscin  terdapat  3  senyawa  lainnya  yang dapat menjadi acuan untuk pengobatan COVID-19, yakni Shatavarin IV, Aspafilioside A, dan Solasonin dengan nilai afinitas masing-masing -8.3, -8.1, -7.9, dan -7.9 kkal/mol.
Kata kunci : asparagus, dioscin, insilico, sars-cov-2, shatavarin IV

## Abstract
A  rapid  &  massive  infection  have  happened  since  Severe  Acute  Respiratory  Syndrome Coronavirus  2  or  The SARS-CoV-2 virus was found in 2019. The search for therapeutic standard through the pulmonary route such as a nebulizer, using Asparagus extract is expected to be an alternative and breakthrough for the treatment of SARS- CoV-2. This treatment refers to the blocking process between the Spike Glyco Protein (SGP) virus SARS-CoV-2 variant B.1.1.7 with the human cell receptor ACE2. Blocking is done by reacting the compounds contained in the Asparagus  extract  with  the  SARS-CoV-2  virus  SGP,  thus  infection  can  be  prevented.  Asparagus  was  chosen because  it  contains  many  phytochemical  compounds  expected  to  provide  antiviral  characteristics  and  can  be used  as  a  reference  for  treating  COVID-19  through  in  silico  studies.  Dioscin  showed  as  the  most  strongly interacting compound with SGP SARS-CoV-2 virus variant B.1.1.7 of the 67 compounds in the Asparagus extract studied. Besides Dioscin, 3 other compounds can be used as references for the treatment of COVID-19, namely Shatavarin  IV,  Aspafilioside  A,  and  Solasonin  with  affinity  values  of  -8.3,  -8.1,  -7.9,  and  -7.9  kcal/mol, respectively.
Keywords: asparagus, dioscin, insilico, sars-cov-2, shatavarin IV

## PENDAHULUAN
Penyebaran  yang  cepat  dan  terus  meluas semenjak  ditemukannya  virus  Severe  Acute Respiratory  Syndrome  Coronavirus  2  atau  SARS- CoV-2 pada 2019, telah memberikan dampak yang luas pada aspek kesehatan dan kesejahteraan global [Lu  et  al,  2020].  Di  Indonesia  sendiri,  pada  awal
Mei  2022  terdapat  6,048,685  kasus  terkonfirmasi positif  dimana  sebanyak  156,396  menyebabkan pasien meninggal dunia [Peta Sebaran | Covid19.go.id]. Pada tahun 2023 melalui Keputusan Presiden Republik Indonesia (Keppres) Nomor 17 Tahun 2023, status Pandemi COVID-19 di  Indonesia  resmi  berakhir.  Namun  di  lapangan
terjadi peningkatan kasus terdapat 6,641,275 kasus terkonfirmasi  positif  dimana  sebanyak  161,870 menyebabkan  pasien  meninggal  dunia  pada  akhir Desember 2023. Penyebaran yang terus berkembang  ini  mendorong  pemerintah  Indonesia melakukan berbagai  upaya  penanganan  Kesehatan dan pemulihan ekonomi [Covid19.go.id].
Jika  dibandingkan  pada  saat  awal ditemukan,  setidaknya  terdapat  penambahan  20 variasi nukleotida pada sekuens genomik SARS- CoV-2 [Faria et al, 2021]. Banyaknya penambahan variasi baru SARS-CoV-2 umumnya, diamati pada mutasi Receptor Binding Domain  (RBD)  atau  Receptor  Binding  Protein dari Spike  Glyco  Protein (SGP),  yang  berperan dalam  memfasilitasi  masuknya  virus  melalui Angiotensin-Converting  Enzyme 2  (ACE2)  yang terdapat  pada  permukaan  sel  manusia  [Burki, 2021 & Shang et al, 2020]. Salah satu contoh dari pesatnya  mutasi  SARS-CoV-2  adalah  varian B.1.1.7 atau varian alfa yang ditemukan pada awal bulan Desember 2020 [Kupferschmidt, 2020]. Varian B.1.1.7 cukup mendapat perhatian lebih  karena  mutasi  turunannya  memiliki penularan  yang  cepat  pada  manusia  [Yele  et  al, 2022].  WHO  telah  menemukan  beberapa  terapi standar  penanganan  SARS-CoV-2  menggunakan beberapa  kombinasi  obat,  vaksin,  dan  lain sebagainya  [Ramírez-Salinas  et  al,  2020  & Villoutreix, 2021]. Proses pengikatan antara SGP SARS-CoV-2  dan  ACE2  pada  sel  manusia menjadi hal yang penting dalam penentuan terapi pengobatan  SARS-CoV-2.  Hal  ini  dikarenakan pemblokiran ikatan antara SGP SARS-CoV-2 dan ACE2  dapat  menghentikan  infeksi  lebih  lanjut pada sel manusia [Rolta et al, 2021]. Pada vaksin, umumnya antibodi berikatan dengan SGP SARS- CoV-2  dan  mencegah  virus  berikatan  dengan ACE2  dan  menghalangi  patogenesis,  namun keamanan  dan  efektifikas  vaksin  SARS-CoV-2 bagi  penderita  auto  imun  masih  perlu  dilakukan uji  klinis  lanjutan  [Rolta  et  al,  2021;  He  et  al, 2006; & Medeiros-Ribeiro et al, 2021]. Beberapa obat sempat medapatkan Izin Penggunaan Darurat untuk  pengobatan  SARS-CoV-2,  antara  lain Ivermectin  yang  telah  digunakan  di  berbagai negara  sebagai  pilihan  pengobatan  lini  pertama SARS-CoV-2,  dimana  Ivermectin  melakukan penapisan dengan cara berikatan baik dengan SGP SARS-CoV-2 maupun ACE2 [Zaidi et al, 2022]. Namun,  berdasarkan  Pedoman  Tatalaksana Covid-19  2022,  Ivermectin  termasuk  salah  satu obat  yang  ditarik  dari daftar alternatif  terapi  dan pengobatan  SARS-CoV-2  di  Indonesia,  karena efektifitas  yang  masih  perlu  dipelajari  dan keamanan  konsumsi  dalam  jumlah  besar  yang membahayakan  [Tata  Laksana  Covid-19  Edisi  4 & FDA].
Pencarian  terapi  standar  bagi  pengobatan SARS-CoV-2  terus  dilakukan  agar  obat  maupun
senyawa dapat langsung berinteraksi dengan virus SARS-CoV-2.  Pemberian  obat  maupun  senyawa melalui  paru  menjadi  langkah  yang  menjanjikan dalam  pengobatan  COVID-19,  salah  satunya melalui  nebulizer  [Kaufman,  2022].  Beberapa studi pemberian obat melalui nebulizer sebelumnya  telah  dilakukan  [Lokugamage  et  al, 2021; Khairnar et al, 2022; & Alton et al, 2015]. Pemberian  obat  melalui  nebulizer  memiliki beberapa keunggulan antara lain, mudah digunakan  dengan  tidal  breathing,  cocok  untuk pasien anak-anak dan orang tua, dapat disesuaikan dengan kondisi keparahan pasien, dan semprotan visible  yang  dapat  memberikan  rasa  yakin  pada pasien [Khairnar et al, 2022]. Melalui jalur paru, diharapkan  pemberian  obat  atau  senyawa  dapat langsung  berinteraksi  langsung  dengan  SGP SARS-CoV-2 dan mencegah virus  memasuki sel manusia.
Namun, pencarian obat atau senyawa yang sesuai dan dapat berinteraksi dengan SGP SARS- CoV-2 masih terus dilakukan. Pencarian senyawa yang  tepat  bagi  pengobatan  SARS-CoV-2 dilakukan  secara in  silico dengan  mencoba mencari molekul maupun ekstrak bahan alam atau tanaman obat yang dapat digunakan dalam proses penapisan  SGP  SARS-CoV-2  dengan  ACE2 [Rolta et al, 2021]. Beberapa ekstrak tanaman obat diketahui  memberikan  efek  antimikroba  dan antivirus serta memiliki efek samping yang lebih rendah  [Esquenazi  et  al,  2002  &  Jassim  et  al, 2003].  Salah  satu  ekstrak  tanaman  yang  akan dipelajari interaksinya terhadap SGP SARS-CoV-
2 adalah Asparagus secara in silico . Asparagus sp. diketahui  memiliki  potensi  yang  tinggi  sebagai antimikroba, antiparasitik, antiageing, antidepresan, anti-inflamantori, antioksidan, antifungal,  dan  antiproliferatif  pada  sel  ganas yang umum ditemui pada sel kanker [Mohammed et  al,  2021  &  Zhang  et  al,  2018].  Spesies Asparagus  yang  digunakan  dalam  penelitian  ini dapat  dilihat  pada  Tabel  1.  Hal  ini  didukung dengan  ditemukannya  94  senyawa  fitokimia dalam  ekstrak  Asparagus  antara  lain,  asam organik,  asam  amino,  peptida  dan  turunannya, polifenol (asam hidroksisinamat, flavonol, lignans and nonlignan), oxylipin, dll [Jiménez-Sánchez et al,  2016].  Studi in  silico telah  menemukan  14 senyawa fitokimia yang dapat berinteraksi dengan SPG pada virus [Chikhale et al, 2020], yang juga diharapkan  dapat  bersifat  antiviral  dengan  cara berinteraksi dengan SGP SARS-CoV-2.
Studi  penapisan  SGP  SARS-CoV-2 menggunakan  ekstrak  Asparagus  secara in  silico melalui  penambatan  molekuler,  diharapkan mampu  menghemat  waktu  dan  biaya  dalam mendesain  senyawa  yang  tepat  bagi  pengobatan COVID-19.  Hal  ini  dikarenakan  interaksi molekuler  dari  senyawa  ekstrak  Asparagus  yang didapat  dari  metode  penambatan  molekuler
(docking), dapat digunakan sebagai acuan dalam memilih  senyawa  yang  tepat  dan  berpotensi menapis  SGP  SARS-CoV-2  dengan  ACE2 melalui  interaksinya  dengan  SGP  virus.  Metode penambatan  molekuler  ( molecular  docking ) sendiri umumnya memprediksi ikatan nonkovalen antara  molekul  protein  dengan  ligan,  dimana tujuan utamanya untuk mempredikisi konformasi ikatan berupa posisi dan jenis ikatan serta afinitas ikatan  berdasarkan  energi  ikatan  [Trott  et  al, 2012].  melalui  metode  ini  diharapkan  mampu memberikan  acuan  untuk  mensintesis  atau mengekstrak  senyawa  dalam  Asparagus  yang sesuai untuk pengobatan COVID-19.
Tabel  1.  Spesies  Asparagus  yang  digunakan dalam pencarian ligan sebagai kandidat senyawa obat No . Spesies Asparagus Bagian Tumbuh an Dareah Pengambil an Spesies 1 2 3 4 5 6 7 8 9 Asparagus acutifolius L. Asparagus Filicinus Asparagus Officinalis (liliaceae) Asparagus Officinalis L.
Asparagus officinalis L.
Asparagus officinalis Asparagus racemosus Asparagus racemosus Asparagus racemosus Batang Konsent rat Ungu & Putih Tunas Rimpan g Seluruh bagian Seluruh bagian Akar Seluruh Bagian Ekstrak Akar Castera, Italia Yunnan China Amerika Jepang China Spanyol Australia India India

## METODOLOGI Bahan dan Alat
Dalam  studi  ini  digunakan  perangkat komputer dengan spesifikasi prosesor tipe Intel® Core i7 4770K, 8M Cache , up to 3.90 GHz RAM 16  GB,  SSD  SATAIII  500GB,  kartu  grafis NVIDIA GTX 980 4 GB VRAM, perangkat lunak
ACD  Chem  Sketch  12.1  ( Advanced  Chemistry Development , Toronto, CA, USA), Marvin Sketch (ChemAxon, Boston, MA, USA), AutoDock Vina 1.1.2, AutoDock Tools 1.5., dan Discovery Visual Analyzer .  Protein  virus  SARS-CoV-2  yang digunakan  merupakan  varian  B.1.1.7  (PDB  ID 7EDJ),  dimana  SGP  varian  B.1.1.7  berinteraksi dengan  ACE2,  yang  dapat  diunduh  di Research Collaboratory  for  Structural  Bioinformatics Protein  Data  Bank (RCSB  PDB)  [Yang  et  al, 2021]. Pemilihan ligan senyawa ekstrak Asparagus  yang  akan  digunakan,  diambil  dari senyawa-senyawa  yang  telah  ditemukan  dalam studi  terdahulu  dan  diambil  67  ligan  untuk digunakan dalam studi ini [Jiménez-Sánchez et al, 2016].

## METODE PENELITIAN
Struktur  ligan  yang  digunakan  untuk penambatan  digunakan  struktur  3  dimensinya, umumnya dapat diunduh di PubChem Compound . Namun,  untuk  ligan  yang  tidak  tersedia  data strukturnya  Digambar  bentuk  2  dimensinya menggunakan  ACD  Chem  Sketch  dan  di  dapat data  dalam  bentuk  format  .mol.  Dengan bantuan Marvin  Sketch  struktur  2  dimensi  ligan  diubah menjadi  struktur  3  dimensi  dan  disimpan  dalam bentuk format .mol. Agar selanjutnya dapat diolah menggunakan  AutoDock  Tools,  struktur  3 dimensi software Marvin  Sketch  merubah  file dengan  format  .mol  menjadi  format  .pdb  dan dilanjutkan  di  proses  menggunakan Python Molecule Viewer . Data struktur ligan ini disimpan dalam  format  .pdbqt.  Selanjutnya  data  protein virus SARS-CoV-2 yakni varian B.1.1.7 (PDB ID 7EDJ)  didapat  dengan  format  .pdb  melalui  situs Research Collaboratory for Structural
Bioinformatics  Protein  Data  Bank .  Protein  atau SGP  virus  SARS-CoV-2  varian  B.1.1.7  yang dipilih,  merupakan  SGP  yang  berikatan  dengan ACE2  agar  posisi  optimum  pada  protein  agar berikatan dengan  ligan.  Data protein yang  sudah diunduh  diolah  menggunakan Python  Molecule Viewer dan  AutoDock  Tools,  untuk  kemudian dihilangkan  seluruh  molekul  air  pada  protein, ditambahkan  kembali  atom  hidrogen  polar,  dan disimpan dalam format .pdbqt.
Optimasi Grid (Penentuan Tapak Aktif) (Morris et al. 2009)
Tapak aktif  protein dicari dengan menggunakan  struktur  SGP  yang  telah  berikatan dengan  ACE  2.  Struktur  protein  ini  didapatkan dari  RCSB  PDB  dengan  PDB  ID  7EDJ  Setelah didapatkan  tapak  aktif  protein  dari  7EDJ  yang berinteraksi  fisik  dengan  ACE2,  setelah  itu dilakukan pengaturan grid. Nilai sumbu X, Y, dan Z  dari  bentuk  protein  diperlukan  untuk konfigurasi grid , sehingga semua bagian sisi aktif tertutupi  oleh  kedudukan grid  box .  Keluaran
pengkondisian  optimum  tapak  aktif  disimpan dalam format.gpf.
Docking (Penambatan) (Morris et al. 2009)
Proses autogrid dilakukan untuk mensimulasikan hasil optimasi grid disimulasikan dengan  menjalankan  proses autogrid ,  yang dilanjutkan penentuan awalan parameter docking. Hal ini dilakukan dengan merancang fleksibilitas makromolekul  dan  juga  ligan.  Vina  Config (vina.txt)  dan  AutoDock  Vina  masing-masing digunakan untuk memproses output dan mensimulasikan proses docking .
Hasil keluarannya  berupa  format  ligan_out.pdbqt  yang menunjukkan  nilai  ΔG  dan  fail,  yang  mana dilanjutkan  dengan software AutoDock  untuk menganalisis dengan memilih analyze .

## Visualisasi Hasil Docking
Visualisasi  dan  analisis  lebih  lanjut dilakukan  dengan  kompleks  yang  telah  dalam format  ligan_out.pdbqt  menggunakan  bantuan perangkat lunak Discovery Visual Analyzer untuk melihat  tapak  pengikatan  dan  interaksi  ligan dengan protein.

## HASIL DAN PEMBAHASAN
Sebagai  salah  satu  varian  awal  dimana kemunculannya menyebabkan pemicu gelombang pandemi  COVID-19  [Yuan  et  al,  2020  & Murayama et al, 2021], varian B.1.1.7 atau varian alfa  menjadi  salah  satu  varian  yang  banyak dipelajari  karena  termasuk  dalam  varian  yang diwaspadai  atau Variants  of  Concern (VOC) [Jewell,  2021  &  Williams  et  al,  2021].  Pasien yang  terserang  varian  B.1.1.7  dapat  mengalami kehilangan  indera  penciuman  dan  perasa,  batuk, radang tenggorokan, myalgia , kelelahan, dan juga dapat  mengingkatkan  keparahan  penyakit  dan risiko  rawat  inap  [Jewell,  2021  &  Bager  et  al, 2021]. Kemampuan penularan varian ini berkaitan dengan mutasi yang dimilikinya dimana peningkatan  afinitas  dengan  reseptor  sel  tubuh manusia  seperti  ACE2,  sehingga  memungkinkan virus  untuk  berkembang  biak  dan  menyebarkan infeksi  dengan  lebih  baik  [Davies  et  al,  2021; Peacock  et  al,  2020;  &  McCarthy  et  al,  2020]. Virus SARS-CoV-2 mengandung empat struktural  protein,  yakni  protein spike (S), membran (M), envelop (E), and nukleokapsid (N), dimana  protein spike memiliki  peranan  penting untuk virus masuk ke dalam tubuh manusia [Zhou et  al,  2018  &  Du  et  al,  2009].  Selain  itu, Spike Glikoprotein  (SGP)  virus  SARS-CoV-2  juga dimanfaatkan  peneliti  untuk  membuat  terapi, pengobatan,  dan  vaksin  COVID-19  [Wang  et  al, 2016].
Secara  umum,  permukaan  virus  SARS- CoV  memiliki  dua  komponen  yakni,  S1  yang mengandung Receptor  Binding  Domain (RBD) yang  secara  langsung  berikatan  dengan  reseptor
seluler  pada  sel  manusia;  dan  S2,  yang mengandung  peptida  fusi  yang  dapat  membaur dengan membran sel manusia [Anand et al, 2003 &  Perlman  et  al,  2009].  Untuk  dapat  masuk kedalam  tubuh  manusia,  RBD  virus  SARS-CoV pada  subunit  S1  akan  berikatan  dengan  reseptor ACE2 yang terdapat pada permukaan sel manusia [Perlman  et  al,  2009].  Patogenesis  dipengaruhi interaksi  antara  SGP  virus  dengan  ACE2, sehingga  diharapkan  saat  interaksi  SGP  varian B.1.1.7 (PDB ID 7EDJ) dengan ACE2 dihalangi maka infeksi dapat dihentikan [Rolta et al, 2021]. Sebanyak  tujuh  residu  pada  SGP  ini  dipilih sebagai  tapak  aktif  protein  B.1.1.7.  7EDJ  yaitu pada protein ASN 484, GLN 490, THR 497, TYR 450,  PHE  487,  TYR  446,  dan  LYS  414  yang diketahui  telah  berikatan  langsung  dengan reseptor  ACE2  dan  kemudian  dilakukan  grid sebagai  tapak  aktif  virus,  seperti  terlihat  pada Gambar 1. Tapak Aktif diandaikan seperti lubang yang dapat diisi oleh ligan.
Gambar 1 7EDJ Docking Site dan Gridbox
Pada  penelitian  ini  menggunakan  metode oriented docking sehingga hanya tapak aktif yang telah  diketahui  yang  ditutupi.  Gambar  2 menunjukkan posisi ketiga tapak aktif pada SGP. Tapak  aktif spike protein  yang  berikatan  dengan reseptor ACE2 memiliki titik pusat grid X, Y, dan Z kemudian diatur berturut-turut 200.0; 205.0; dan 290.0  dengan  dimensi  kubus  X,  Y,  Z,  berturut- turut 126, 126, 50 dengan nilai Å 0,800.
Gambar 2 Grid  Box  Position  With 7EJD Docking Site
Penambatan ligan dengan protein dilakukan sesuai dengan tapak aktif protein yang
sudah  ditentukan.  Penambatan  memiliki  tujuan untuk  memprediksi  afinitas  ikatan  secara  akurat dan  menentukan  bentuk  pengikatan  yang  benar [Fu et al, 2018]. Interaksi antara ligan dan protein diamati  menggunakan  nilai  ∆G.  ∆G  digunakan sebagai  nilai  prediksi  interaksi  karena  dianggap dapat  menentukan  stabilitas  kompleks  protein- ligan  [Du  et  al,  2016].  Hal  ini  dikarenakan
penurunan  energi  bebas  pada  sistem  dapat mendorong  interaksi  protein-ligan  berikatan secara  spontan  [Bronowska,  2011],  sehingga senyawa  ligan-protein  dengan  nilai  ∆G  terkecil dapat  dapat  dijadikan  acuan  pemilihan  senyawa untuk pengobatan COVID-19.
Gambar 3. Interaksi Aspafilioside A (A); Aspafilioside B (B); Aspafilioside E (C); Dioscin (D); dan Shatavarin IV (E) dengan protein SARS-CoV-2 dengan tampilan dua dimensi
Berdasarkan hasil penambatan 67 ligan- senyawa  pada  Gambar  4,  terlihat  dibandingkan dengan  Aspafilioside  B  dan  E,  Aspafilioside  A nilai  ∆G  Aspafilioside  A  (-7.9  kkal/mol)  yang lebih rendah dibandingkan Aspafilioside B (-7.8 kkal/mol)  dan  E  (-7.7  kkal/mol).  Hal  ini didukung  dengan  penggambaran  interaksi  2 dimensi  pada  Gambar  3.  Terlihat  pada  gambar
3A,  interaksi  Aspafilioside  A  antara  lain, berikatan hidrogen dengan TYR448 & TYR348, dan  interaksi  hidrofobik  dengan  ALA349, ILE465,  TYR448  &  ALA345.  Sedangkan Shatavarin  IV  dengan  nilai  ∆G  lebih  kecil  dari Aspafilioside  A,  yakni  -8.1  kkal/mol,  memiliki interaksi  ikatan  hidrogen  konvensional  dengan SER440  &  LEU438  dan  interaksi  hidrofobik
(A) (B) (C) (D) (F)
dengan  ALA349.  Dari  Gambar  4  dapat  terlihat bahwa  senyawa  Dioscin  memiliki  nilai  yang paling baik diantara seluruh ligan dalam studi ini yakni  -8.3  kkal/mol.  Dimana  interaksi  yang berlangsung  dengan  protein  virus  SARS-CoV-2
adalah  ikatan  hidrogen  konvensional  dengan ASN447  dan  interaksi  hidrofobik  dengan LEU438.
Gambar 4. Nilai ΔG dari 67 ligan ekstrak Asparagus Sp.
Hal  tersebut  dapat  menunjukkan  bahwa Dioscin  merupakan  senyawa  dalam  ekstrak Asparagus  yang  dapat  menjadi  kandidat  senyawa yang  cukup  potensial  dan  dijadikan  acuan pembuatan  obat  yang  langsung  menghambat  SGP virus  karena  berinteraksi  paling  baik  dengan  SGP
virus  SARS-CoV-2  diantara  66  senyawa  lainnya pada ekstrak asparagus.
DAFTAR PUSTAKA
Alton,  E.  W.,  Armstrong,  D.  K.,  Ashby,  D.,
Bayfield, K. J., Bilton, D., Bloomfield, E. V., ...  &  Wolstenholme-Hogg,  P.  (2015). Repeated  nebulisation  of  non-viral  CFTR gene therapy in patients with cystic fibrosis:
a randomised, double-blind, placebo- controlled,  phase  2b  trial. The  Lancet Respiratory  Medicine ,  3(9),  684-691.Anand K,  Ziebuhr  J,  Wadhwani  P,  Mesters  JR, Hilgenfeld.  Coronavirus  main  proteinase (3CLpro)  structure:  basis  for design  of  anti- SARS drugs. Science. 2003; 300:1763–7. Bager  P,  Wohlfahrt  J,  Fonager  J,  Albertsen  M,
Yssing  Michaelsen  T,  Holten  Møller  C,  et al. (2021). Increased risk of hospitalisation associated with infection with SARS-CoV- 2 lineage B. 1.1. 7 in Denmark. The Lancet Infectious Diseases , 21(11), 1507-1517.
Bronowska,  A.  K.,  (2011),  Thermodynamics  of
Ligand-Protein  Interactions:  Implications for  Molecular  Design,  in  J.  C.  Moreno- Pirajan (ed.), Thermodynamics - Interaction Studies  -  Solids,  Liquids  and  Gases , IntechOpen, London. 10.5772/19447.
Burki T (2021) Understanding variants of SARS- CoV-2. The Lancet , 397(10273):462; Chikhale, R. V., Sinha, S. K., Patil, R. B., Prasad, S. K., Shakya, A., Gurav, N., ... & Gurav, S. S.  (2021).  In-silico  investigation  of phytochemicals from Asparagus racemosus as  plausible  antiviral  agent  in  COVID-19.
Journal  of  Biomolecular  Structure  and Dynamics , 39(14), 5033-5047.
Davies, N. G., Abbott, S., Barnard, R. C., Jarvis, C.
I.,  Kucharski,  A.  J.,  Munday,  J.  D.,  ...  & Edmunds, W. J. (2021). Estimated transmissibility and impact of SARS-CoV- 2  lineage  B.  1.1.  7  in  England. Science , 372(6538), eabg3055.
Du, L., He, Y., Zhou, Y., Liu, S., Zheng, B. J., & Jiang,  S.  (2009).  The  spike  protein  of SARS-CoV—a  target  for  vaccine  and therapeutic  development. Nature  Reviews Microbiology , 7(3), 226-236.
Du, X., Li, Y., Xia, Y. L., Ai, S. M., Liang, J., Sang, P.,  ...  &  Liu,  S.  Q.  (2016).  Insights  into protein–ligand  interactions:  mechanisms, models, and methods. International journal of molecular sciences , 17(2), 144.
Esquenazi,  D.,  Wigg,  M.  D.,  Miranda,  M.  M., Rodrigues,  H.  M.,  Tostes,  J.  B.,  Rozental, S.,  ...  &  Alviano,  C.  S.  (2002). Antimicrobial  and  antiviral  activities  of polyphenolics from Cocos nucifera Linn.(Palmae) husk fiber extract. Research in microbiology , 153(10), 647-652.
Faria, N. R., Claro, I. M., Candido, D., Franco, L. M.,  Andrade,  P.  S.,  Coletti,  T.  M.,  ...  & Sabino, E. C. (2021). Genomic
characterisation  of  an  emergent  SARS- CoV-2  lineage  in  Manaus:  preliminary findings. Virological , 372, 815-821. FDA  https://www.fda.gov/consumers/consumer- updates/why-you-should-not-use- ivermectin-treat-or-prevent-covid- 19?msclkid=101e497fcfcc11ec8327153a3c c857c3 akses 10 April 2022 pukul 08.34
Fu, Y., Zhao, J., & Chen, Z. (2018). Insights into the molecular mechanisms of protein-ligand interactions  by  molecular  docking  and molecular  dynamics  simulation:  A  case  of oligopeptide binding
protein.
Computational  and  mathematical  methods in medicine , 2018.
He, Y., Li, J., Li, W., Lustigman, S., Farzan, M., & Jiang,  S.  (2006).  Cross-neutralization  of human  and  palm  civet  severe  acute respiratory  syndrome  coronaviruses  by antibodies  targeting  the  receptor-binding domain  of  spike  protein. The  Journal  of Immunology , 176(10), 6085-6092.
Jassim, S. A., & Naji, M. A. (2003). Novel antiviral agents:  a  medicinal  plant  perspective. Journal  of  applied  microbiology ,  95(3), 412-427.
Jewell,  B.  L.  (2021).  Monitoring  differences between the SARS-CoV-2 B. 1.1. 7 variant and  other  lineages. The  Lancet  Public Health , 6(5), e267-e268. Jiménez-Sánchez, C., Lozano-Sánchez, J., Rodríguez-Pérez, C., Segura-Carretero, A., & Fernández-Gutiérrez, A. (2016).
Comprehensive, untargeted, and qualitative RP-HPLC-ESI-QTOF/MS2 metabolite profiling  of  green  asparagus  (Asparagus officinalis). Journal  of  Food  Composition and Analysis , 46, 78-87.
Kaufman,  J.  (2022).  The  Use  of  Nebulizer Medications  as  an  Effective  Treatment  for COVID-19. https://digitalcommons.murraystate.edu/sc holarsweek/Spring2022/HON/1/  akses  9 mei 2022 pukul 20:03
Khairnar, S. V., Jain, D. D., Tambe, S. M., Chavan, Y.  R.,  &  Amin,  P.  D.  (2022).  Nebulizer systems: a new frontier for therapeutics and targeted  delivery. Therapeutic  Delivery , 13(1), 31-49.
Kupferschmidt,  K.  (2020).  Mutant  coronavirus  in the United Kingdom sets off alarms, but its importance remains unclear. Science .
Lokugamage,  M.  P.,  Vanover,  D.,  Beyersdorf,  J.,
Hatit, M. Z., Rotolo, L., Echeverri, E. S., ...
&  Dahlman,  J.  E.  (2021).  Optimization  of lipid  nanoparticles  for  the  delivery  of nebulized  therapeutic  mRNA  to  the  lungs. Nature biomedical engineering , 5(9), 1059- 1068.
Lu, R., Zhao, X., Li, J., Niu, P., Yang, B., Wu, H., ... & Tan, W. (2020). Genomic characterisation and epidemiology of 2019 novel  coronavirus:  implications  for  virus origins  and  receptor  binding. The  lancet ,
395(10224), 565-574.
McCarthy KR, Rennick LJ, Nambulli S, Robinson- McCarthy  LR,  Bain  WG,  Haidar  G,  et  al. Natural deletions in the SARS-CoV-2 spike glycoprotein drive antibody escape. BioRxiv . 2020:2020.11.19.389916.
Medeiros-Ribeiro, A. C., Aikawa, N. E., Saad, C.
G., Yuki, E. F., Pedrosa, T., Fusco, S. R., ...
&  Bonfa,  E.  (2021).  Immunogenicity  and safety of the CoronaVac inactivated vaccine in  patients  with  autoimmune  rheumatic diseases:  a  phase  4  trial. Nature  medicine , 27(10), 1744-1751.
Mohammed,  F.  S.,  Pehlivan,  M.,  Sevindik,  E., Akgul,  H.,  Sevindik,  M.,  Bozgeyik,  I.,  & Yumrutas,  O.  (2021).  Pharmacological properties  of  edible  Asparagus  acutifolius and  Asparagus  officinalis  collected  from North  Iraq  and  Turkey  (Hatay). Acta Alimentaria , 50(1), 136-143. Murayama, H., Kayano, T., & Nishiura, H. (2021). Estimating  COVID-19  cases  infected  with the  variant  alpha  (VOC  202012/01):  an analysis  of  screening  data  in  Tokyo, January-March  2021. Theoretical  Biology and Medical Modelling , 18(1), 1-5.
Peacock, T. P., Goldhill, D. H., Zhou, J., Baillon, L.,  Frise,  R.,  Swann,  O.  C.,  ...  &  Barclay,
W.  S.  (2020).  The  furin  cleavage  site  of SARS-CoV-2  spike  protein  is  a  key determinant  for  transmission  due  to enhanced  replication  in  airway  cells. BioRxiv , 2020-09.
Pemulihan  Ekonomi  |  Covid19.go.id  akses  9  mei 2022 pukul 19:17
Penanganan Kesehatan | Covid19.go.id akses 9 mei
2022 pukul 19:22
Perlman,  S.,  &  Netland,  J.  (2009).  Coronaviruses post-SARS:  update  on  replication  and pathogenesis. Nature reviews microbiology , 7(6), 439-450.
Peta  Sebaran  |  Covid19.go.id  akses  20  Desember 2023 pukul 19:08
Ramírez-Salinas,  G.  L.,  Martínez-Archundia,  M.,
Correa-Basurto,  J.,  &  García-Machorro,  J. (2020). Repositioning of ligands that target the spike glycoprotein as potential drugs for SARS-CoV-2  in  an  in  silico  study. Molecules , 25(23), 5615.
Rolta,  R.,  Salaria,  D.,  Sharma,  P.,  Sharma,  B., Kumar, V., Rathi, B., ... & Dev, K. (2021). Phytocompounds of Rheum emodi, Thymus serpyllum,  and  Artemisia  annua  inhibit spike  protein  of  SARS-CoV-2  binding  to ACE2 receptor: in silico approach. Current pharmacology reports , 7, 135-149.
Shang,  J.,  Ye,  G.,  Shi,  K.,  Wan,  Y.,  Luo,  C., Aihara,  H.,  ...  &  Li,  F.  (2020).  Structural basis  of  receptor  recognition  by  SARS- CoV-2. Nature , 581(7807), 221-224.
Indonesia,  P.  D.  P.,  Indonesia,  P.  D.  S.  K.,
Anestesiologi,  P.  D.,  Indonesia,  T.  I.,  & Indonesia,  I.  D.  A.  (2020). Pedoman Tatalaksana COVID-19 . PDPI, 4.
Trott, O., & Olson, A. J. (2010). AutoDock Vina: improving  the  speed  and  accuracy  of docking  with  a  new  scoring  function, efficient  optimization,  and  multithreading. Journal of computational chemistry , 31(2), 455-461.
Villoutreix, B. O., Calvez, V., Marcelin, A. G., & Khatib, A. M. (2021). In silico investigation of the new UK (B. 1.1. 7) and South African (501y.  v2)  SARS-CoV-2  variants  with  a focus  at  the  ace2–spike  rbd  interface. International journal of molecular sciences , 22(4), 1695.
Wang, Q., Wong, G., Lu, G., Yan, J., & Gao, G. F. (2016).  MERS-CoV  spike  protein:  targets for  vaccines  and  therapeutics. Antiviral research ,  133,  165-177.  Williams,  H., Hutchinson,  D.,  &  Stone,  H.  (2021).  The evolution and impact of COVID-19 variants B. 1.1. 7, B. 1.351, P. 1 and B. 1.617. Global Biosecurity , 3(1), NA-NA.
Yang, T. J., Yu, P. Y., Chang, Y. C., Liang, K. H.,
Tso,  H.  C.,  Ho,  M.  R.,  ...  & Hsu,  S.  T.  D. (2021). Effect of SARS-CoV-2 B. 1.1. 7 mutations  on  spike  protein  structure  and function. Nature  structural  &  molecular biology , 28(9), 731-739.
Yele, V., Sanapalli, B. K. R., & Mohammed, A. A. (2022).  Imidazoles  and  benzimidazoles  as putative inhibitors of SARS-CoV-2 B. 1.1. 7 (Alpha) and P. 1 (Gamma) variant spike glycoproteins:  A  computational  approach. Chemical Papers , 1-11.
Yuan,  J.,  Li,  M.,  Lv,  G.,  &  Lu,  Z.  K.  (2020).
Monitoring transmissibility and mortality of COVID-19 in Europe. International Journal of Infectious Diseases , 95, 311-315.
Zaidi, A. K., & Dehgani-Mobaraki, P. (2021). The mechanisms of action of Ivermectin against SARS-CoV-2:  An  evidence-based  clinical review. J Antibiot (Tokyo) .
Zhang, H., Birch, J., Pei, J., Ma, Z. F., & Bekhit, A. E. D. (2019). Phytochemical compounds and biological activity in Asparagus roots: a review. International  Journal  of  Food Science & Technology , 54(4), 966-977.
Zhou, Y., Jiang, S., & Du, L. (2018). Prospects for a MERS-CoV spike vaccine. Expert review of vaccines , 17(8), 677-686.