## Keragaman morfologi dan genetik beberapa aksesi tanaman Sagu (Metroxylon sagu Rottb.) berdasarkan penanda molekuler gen mat-K
Eka Fitri Wulandari 1 , Nouke Lenda Mawikere 1,2, Barahima Abbas 1,2*
1 Fakultas Pertanian, Universitas Papua, Jl. Gunung Salju Amban, Manokwari
2 Program Pascasarjana, Universitas Papua, Jl. Gunung Salju Amban, Manokwari
*E-mail: barahimabas@gmail.com
ABSTRACT: Sago palm ( Metroxylon sago Rottb.) is one of the carbohydrate-producing crops that has great potential in supporting food security programs. This  study aims to determine the morphological and genetic diversity based on the mat-K gene marker of 15 accessions of sago pal that have been collected by the Sago Research Consortium. This research was conducted by preparing plant samples, extracting DNA, amplifying DNA with a PCR tools, visualizing the results of DNA amplification, sequencing, editing DNA sequencing, and blasting. The results showed that the sago palm accessions collected by the  UNIPA  Sago  Research  Consortium  were  morphologically  different  in  the  Russet stages.  Based on the maturase K (mat-K) gene marker of 15 sago palm accessions were divided  into  two  haplotypes,  namely  haplotype  1  which  experienced  deletion  at  base number 5 (amino acid phenylalanine) and haplotype 2 which did not experience deletion so  it  had  phenylalanine  amino  acid.  Phylogenetic  analysis  showed  that  15  sago  palm accessions  were  divided  into  2  groups,  namely  group  1  and  group  2.  Sago  palm  were observed closely related to Metroxylon warburgii with genetic distance of 0.001.
Keywords: maturase K, phylogenetic, Metroxylon sago, sago palm

## PENDAHULUAN
Sagu  (Metroxylon  sagu  Rottb.) merupakan salah satu tanaman penghasil karbohidrat yang sangat potensial dalam mendukung  program  ketahanan  pangan (Tarigan, 2001). Potensi tanaman sagu di Indonesia cukup besar, karena memiliki areal  yang  luas.  Diperkirakan  sekitar 1.128 juta ha atau 51,3% dari luas areal sagu dunia terdapat di Indonesia, dengan daerah penyebaran utama adalah Maluku, Papua, dan beberapa daerah lain seperti  di  Sulawesi,  Sumatera,  dan Kalimantan. Sebagian besar lahan dalam bentuk  hutan  sagu  dengan  luasan berjumlah 1.067.590 ha atau 90,3% dan tanaman  sagu  yang  semi  budidaya
sekitar 114.000 ha atau 9,7% (Budianto, 2003).
Luas  areal  penyebaran  sagu  di Indonesia  tidak  menyebar  rata  begitu pula keragamannya. Flach (1983) memperkirakan  keragaman  sagu  di Indonesia  lebih  tinggi  dijumpai  di Provinsi Papua dibanding dengan pulau- pulau  lainnya  di  Indonesia.  Tanaman sagu  di  Indonesia  beragam  berdasarkan morfologi  dan  berdasarkan  marker molekuler  (Abbas  2018,  Riyanto  et  al 2018).  Keragaman  sagu  yang  dimiliki saat  ini  mengalami  erosi  plasma  nutfah dari tahun ke tahun (Tenda et al. 2006). Kondisi  ini  sejalan  dengan  tingkat konversi lahan atau hutan sagu menjadi
lahan  komoditas  lain,  bangunan,  dan tingkat eksploitasi yang berlebihan.
Untuk  menyelamatkan  keragaman sagu,  maka  perlu  dilakukan  konservasi plasma  nutfah.  Konservasi  plasma nutfah  dapat  dilakukan  dengan  cara  in situ  dan  ex  situ.  Konservasi  secara  ex situ  memerlukan  informasi  keragaman morfologi  dan  genetik  tanaman  yang akan  dikonservasi  agar  efisien  dalam penggunaan  ruang  dan  penanganannya. Informasi  keragaman  morfologi  dapat diungkap dengan mengidentifikasi karakter morfologi tanaman dan
informasi  keragaman  genetik  dapat diungkapkan  melalui  berbagai  macam teknik molekuler seperti penanda RAPD (Abbas  et  al.  2009),  penanda  cpDNA (Abbas  et  al.  2010),  penanda  gen nad 2 (Abbas  et  al  2019)  dan  penanda  gen specifik (Abbas and Ehara 2012).
Salah  satu  teknik  molekuler  yang dapat  digunakan  yaitu  DNA  barkoding. DNA  barkoding  adalah  satu  atau  lebih sekuen  gen  pendek  yang  diambil  dari bagian  genom  standar  dan  digunakan untuk  mengidentifikasi  spesies  (Kress dan Erickson, 2008). Beberapa kandidat gen  yang  disarankan  untuk  barkoding DNA tanaman kebanyakan berada pada DNA kloroplas, yang meliputi gen accD, mat-K,  ndhJ,  rpoB2,  rpoC1,  dan  ycf5 (Chase et al., 2007, Lahaye et al., 2008); rbcL  (Kress  dan  Erickson,  2007);  trnL intron (Taberlet  et al., 2007); dan trnH- psbA  (Kress  et  al.,  2005;  Kress  dan Erickson,  2007).  Consortium  for  the Barcoding of Life (CBoL)
merekomendasikan  tiga  gen  yang  dapat digunakan  untuk  barcoding  yaitu  rbcL, mat-K, dan ITS, sedangkan pada hewan sekuen DNA yang dapat dijadikan untuk barkoding  adalah  gen  cytokrom  c oksidasi  (COI)  di  DNA  mitokondria. Gen COI tidak dapat digunakan sebagai barkoding pada tanaman karena variabilitas yang rendah antar spesies.
Menurut  Kress  dan  Erickson  (2008),
DNA barkoding dapat digunakan dalam bidang taksonomi dan filogenetik tumbuhan untuk hasil identifikasi tumbuhan yang lebih akurat dibandingkan dengan identifikasi secara morfologi.  Salah  satu  DNA  barkoding yang  dapat  digunakan  yaitu  matK (Maturase  K)  yang  merupakan  gen kloroplas berukuran sekitar 1500 pasang basa (bp) yang berlokasi di intron trnK. Hollingsworth et al., (2011) menyatakan bahwa saat ini gen matK telah digunakan sebagai  alat  yang  penting  untuk memeriksa  keanekaragaman  genetik intraspesies dan interspesies.

## BAHAN DAN METODE

## Bahan Tanaman
Bahan tanaman yang digunakan pada penelitian  ini  adalah  15  aksesi  tanaman sagu  koleksi  Konsorsium  Riset  Sagu. Aksesi  itu  dikarakterisasi  morfologinya yaitu  warna  daun  tombak,  warna pelepah, warna daun mudah berdasarkan color  chart serta  menentukan  pola pendurian.  Analisis DNA menggunakan sampel  daun  muda  yang  diambil  dari tiap-tiap  aksesi  kemudian  diekstrak DNAnya  di  Laboratorium  Bioteknologi Unipa.

## Ekstraksi DNA
Ekstraksi  DNA  dilakukan  dengan menggunakan Genomic  DNA  mini  kit (plant) GENEID. DNA genom diekstraksi  dari  daun  sagu  yang  muda, dengan  cara  digerus  hingga  daun  sagu menjadi halus kemudian dimasukkan ke dalam tube 1,5 ml sebanyak 25 mg dan dicampurkan dengan GPX1 buffer (400 µl)  serta  RNAse  (5  µl)  menggunakan vortex  dan  spiner.    Campuran  tersebut diinkubasi  pada  suhu  60 ℃ selama  10 menit  menggunakan heat  block .  GP2 buffer sebanyak 100 µl  ditambahkan ke dalam  campuran  kemudian  dihomogen-
kan  menggunakan  vortex,  setelah  itu diinkubasikan  dalam  freezer  selama  3 menit.  Campuran  tersebut  dipindahkan ke  dalam  kolom  filter  yang  dipasang dalam tube 2 ml, kemudian disentrifuges dengan  kecepatan  5.000  rpm  selama  1 menit. Supernatant pada  tube  2  ml dipindahkan  dengan  hati-hati  ke  dalam tube  1,5  ml  yang  baru.  Volume lysate pada  GP3  buffer  1,5  kali  ditambahkan dan  divortex  selama  5  detik.  Campuran 700 µL dipindahkan ke dalam kolom GD yang  telah  diletakkan  pada  tube  2  ml, kemudian disentrifuges
dengan kecepatan  15.000  rpm  selama  2  menit. Cairan yang keluar dari tube dibuang dan sisa  campuran  dimasukkan  ke  dalam kolom GD, kemudian disentrifuge pada kecepatan  15.000  rpm  selama  2  menit. Cairan  yang  keluar  dibuang  dan  kolom GD  yang  digunakan  diletakkan  pada tube  2  ml.  W1  buffer  400  µL ditambahkan pada saat kolom dicuci dan kemudian disentrifuge dengan kecepatan 15.000 rpm selama 30 detik. Wash buffer 600  µL  ditambahkan  pada  kolom  yang dicuci  setelah  filtrate  dibuang  dan disentrifugasi  pada  15.000  rpm  selama 30 detik. Kolom GD dikeringkan dengan disentrifugasi  selama  3  menit  pada kecepatan  15.000  rpm  dan  filtrat dibuang.  Kolom  GD  yang  telah  kering dipindahkan  pada  tube  1,5  ml  dan ditambahkan  Elution  Buffer  100  µL, kemudian  dibiarkan  selama  4  menit hingga  Elution  Buffer  terserap  oleh matriks.  Selanjutnya  disentrifuge  pada kecepatan  15.000  rpm  selama  30  detik untuk mendapatkan DNA yang murni.

## Pengujian Kualitas DNA
Gel  agarose  dibuat  dengan  cara menimbang agarose sebanyak 0,45 gram kemudian ditambahkan 45 ml SB buffer 1x.  Campuran  tersebut  dipanaskan hingga  mendidih  dan  dituangkan  ke dalam  cetakan  gel  elektroforesis  saat suhunya  sudah  turun  mendekati  40 o C
yang  telah  pasang  sisir  pada  bagian tepihnya.
Gel  dalam  cetakan  dimasukkan  ke dalam camber elektroforesis dan ditambahkan  SB  buffer  hingga  gel terendam seluruhnya. Sisir yang digunakan  untuk  membentuk  sumur- sumur  diangkat  dan  sumur-sumur  diisi dengan loading dye yang telah dicampur DNA  genom.  Ekstrak  DNA  4 μ l dicampur  dengan loading  dye sebanyak 1µl. Sumur terakhir diisi dengan marker 1 kb DNA ladder sebanyak 4µl. Camber elektroforesis  ditutup  dan  alirkan  listrik menggunakan tegangan 110 V selama 25 menit. Selamjutnya gel hasil elektrofore- sis direndam ke dalam etidium bromide selama  15  menit,  kemudian  dibilas dengan  air  dan  divisualisasi  mengguna- kan UV transiluminator.
Ampilifikasi  fragmen  gen  yang menyandi protein maturase K dilakukan dengan Polymerase  Chain  Reaction (PCR).  Proses  PCR  menggunakan GoTaq  Green (Promega). Total  volume reaksi amplifikasi sebanyak 50 µl, yang terdiri  atas  5  µl  DNA  Template,13  µl dd H 2 O ,  2,5  µl  primer  MatK-1RKIM-f dan  2,5  µl  primer  MatK-3FKIM-r,  1  µl BSA,  1  µl  DMSO,  dan  25 μ l  GoTaq Green  PCR  Mix  2X.  Profil  suhu  yang digunakan dalam thermocycler disajikan pada Tabel 1.

## Elektroforesis Produk PCR
Gel  agarose  1%  (b/v)  sebagai  media penyangga  dan  larutan  SB  buffer  1x digunakan  untuk  elektroforesis  hasil amplifikasi  PCR.  Gel  agarose  dibuat dengan melarutkan 0,5 gram agarosa ke dalam  50  ml  SB  buffer,  campuran tersebut  dipanaskan  hingga  mendidih dan  dituangkan  ke  dalam  cetakan  gel elektroforesis  pada  saat  suhu  turun sekitar 40 o C yang telah pasang sisir pada bagian tepihnya. Elektroforesis
dilakukan  pada  tegangan  100  V  selama 30 menit.

## Tabel 1. Tahapan amplifikasi DNA
Tahapan Suhu Waktu Jumlah Siklus Predenaturasi 80 ℃ 10 detik 1 Denaturasi 94 ℃ 5 menit 1 Denaturasi 94 ℃ 30 detik 40 kali Annealing 50 ℃ 30 detik 40 kali Extantion 72 ℃ 45 detik 40 kali Extansion 72 ℃ 7 menit 1 Extansion 37 ℃ 1 menit 1 Gel yang telah dielektroforesis
direndam ke  dalam  larutan  ethidium bromide  selama  15  menit  dan  dibilas dengan  air,  kemudian  divisualisasi dengan  menggunakan  UV  transilumi- nator.  Dokumentasi  dilakukan  dengan menggunakan kamera digital.

## Sequensing Hasil PCR
DNA  15  aksesi  sagu  yang  telah diperoleh kemudian dikirim ke
Singapore melalui PT Genetika Science Indonesia  Jakarta  untuk  dilakukan sequensing  dengan  metode  dideoksi terminasi Sanger oleh 1st base.

## HASIL DAN PEMBAHASAN

## Morfologi Tanaman Sagu
Karakterisasi  penampilan  morfologi suatu  tanaman  menjadi  salah  satu  hal yang penting dalam pemuliaan tanaman. Hasil karakteristik merupakan salah satu sumber data yang dapat digunakan untuk upaya  melakuakan  kegiatan  pemuliaan tanaman ataupun menentukan tetua guna menghasilkan bibit yang unggul.
Penampilan karakter morfologi 15 aksesi sagu yang dikarakterisasi disajikan pada Gambar 1.
Hasil  pengamatan  morfologi  15 sampel  sagu  di  lapangan  ditemukan berbagai  variasi,  salah  satunya  pada warna daun tombak. Variasi warna daun tombak  yaitu  hijau,  merah  kehijauan, dan  merah.  Aksesi  sagu  01,  03,  04,  05, 06,  08,  dan  12  memiliki  daun  tombak
berwarna  merah  kehijauan  (RHS174B), aksesi  sagu 07, 09, 10 dan 13 memiliki warna  daun  tombak  hijau  kekuningan (RHS142A), dan aksesi sagu 02, 11, 14, dan  15  memiliki  warna  daun  tombak merah (RHS67A) (Gambar 2 dan Tabel 2). Menurut penelitian sebelumnya yang dilakukan  oleh  Riyanto  et  al.,  (2018) aksesi  sagu  memiliki  3  varian  warna daun  tombak  yaitu  merah,  merah kehijauan,  dan  hijau.  Perbedaan  warna daun  tombak  pada  aksesi  sagu  diduga karena adanya perbedaan waktu terekspresinya warna hijau daun (pigmen  klorofil).  Aksesi  sagu  yang memiliki  daun  tombak  berwarna  hijau, ketika  daun  tombak  memasuki  fase pemanjangan  pigmen  warna  merah perlahan  menghilang  dan  ketika  sudah mencapai  tinggi  optimum  warna  merah sudah tidak tampak sama sekali. Aksesi sagu  yang  memiliki  daun  tombak berwarna  merah  kehijauan  dan  merah, ketika daun terbuka pigmen warna hijau masih  belum  terekspresi.  Warna  hijau akan terekspresi ketika daun berumur 8- 10 hari setelah daun terbuka.

## Karakter Pendurian
Tumbuhan  sagu  dibagi  menjadi  dua kelompok  menurut  penduriannya,  yaitu berduri  atau  tidaknya  tangkai  daun (Harsanto 1986). Aksesi sagu 01, 02, 03, 07,  08,  10,  11,  09,  dan  13  termasuk tanaman  sagu  yang  tidak  berduri  dan aksesi  sagu  04,  05,  06,  12,  14,  dan  15 memiliki duri pada tangkai atau pelepah
daunnya.      Penampilan  dan  bentuk pendurian dari beberapa aksesi tanaman
sagu disajikan pada Gambar 2 dan Tabel 2.
Gambar 1. Warna daun tombak 15 aksesi sagu
Gambar 2.  Karakter pendurian dan bentuk cluster pendurian tanaman sagu pada stadia russet
Sagu 01 Sagu 02 Sagu 03 Sagu 04
Sagu 05 Sagu 06
Sagu 07
Sagu 08 Sagu 09 Sagu 10
Sagu 11 Sagu 12 Sagu 13 Sagu 14 Sagu 15 Sagu 04 Sagu 05 Sagu 06 Sagu 15 Sagu 14 Sagu 12

## Bentuk Cluster Pendurian
Bentuk  cluster  duri  pada  bibit  sagu terdiri dari 2 kategori, yaitu mengumpul dan  menyebar.  Kategori  mengumpul yaitu  setiap  duri  berada  pada  dudukan yang teratur di tengah pelepah dan di tepi pelepah. Kategori menyebar yaitu setiap duri  memiliki  posisi  pada  pelepah  yang tidak  beralur  jelas  atau  tidak  teratur (Riyanto et al ., 2018).
Aksesi tanaman sagu yang
dikarakterisasi  dijumpai  enam  sampel sagu  yang  memiliki  duri  pada  bagian pelepahnya, yaitu aksesi sagu 04, 05 dan 06  masuk  dalam  kategori  duri  yang mengumpul  dan aksesi  sagu 12, 14 dan 15 masuk dalam kategori duri menyebar (Gambar 3 dan Tabel 2).

## Warna Pelepah
Pelepah muda dan tua pada bibit sagu juga memiliki variasi warna yang cukup mencolok. Bibit sagu memiliki 5 varian warna pelepah muda dan 2 varian warna pelepah  tua.  Pelepah  muda  memiliki lima  warna  yaitu  merah  tua,  kuning pucat,  merah  muda  kekuningan,  hijau
kekuningan,  dan  mosaik.  Pelepah  tua pada  bibit  sagu  memiliki  dua  varian warna  yaitu  hijau  tua  dan  hijau  muda (Riyanto et al ., 2018).
Warna  pelepah  muda  pada  sampel penelitian ini yaitu sampel aksesi 01, 06 dan  14  memiliki  warna  pelepah  merah tua (RHS179A), aksesi sagu 02, 04, 09, 10,  11,  12,  13  dan  15  memiliki  warna pelepah kuning  pucat (RHS158), aksesi sagu 05 dan 14 memiliki warna pelepah merah  muda  kekuningan  (RHS19A), aksesi  sagu  07  memiliki  warna  pelepah hijau  kekuningan  (RHS142A),  dan aksesi  sagu  03  memiliki  warna  pelepah mosaik. Menurut Riyanto et al., (2018), pelepah muda mosaik yaitu pelepah yang terdiri lebih dari satu warna dengan pola yang tidak beraturan. Warna pelepah tua pada  sampel  penelitian  ini  terdiri  atas aksesi  sagu  01,  02,  08,  10,  dan  15 memiliki  pelepah  yang  berwarna  hujau muda  (RHS140C)  dan  aksesi  sagu  03, 04,  05,  06,  07,  09,  11,  12,  13,  dan  14 memiliki  pelepah  berwarna  hijau  tua (RHS140B)  disajikan  pada  Gambar  3 dan Tabel 2.
Gambar 3. Penampilan warna pelepah beberapa aksesi tanaman sagu pada stadia russet
Sagu 12 Sagu 04 Sagu 02 Sagu 03 Sagu 01 Sagu 07 Sagu 08
Sagu 05 Sagu 06
Sagu 09 Sagu 10 Sagu 11 Sagu 13
Sagu 14 Sagu 15

## Tabel 2. Morfologi tanaman sagu pada stadia ruset
No Aksesi Karakter pendurian Ukuran klister Warna daun tombak Warna pelepah setelah daun tombak terbuka Warna pelepah ke empat 1 Sagu 01 Tidak berduri - RHS174B (Merah kehijauan) RHS179A (Merah tua) RHS140C (Hijau muda) 2 Sagu 02 Tidak berduri - RHS67A (Merah) RHS158A (Kuning pucat) RHS140C (Hijau muda) 3 Sagu 03 Tidak berduri - RHS174B (Merah kehijauan) Mosaic RHS140B (Hijau tua) 4 Sagu 04 Berduri Mengumpul RHS174B (Merah kehijauan) RHS158A (Kuning pucat) RHS140B (Hijau tua) 5 Sagu 05 Berduri Mengumpul RHS174B (Merah kehijauan) RHS19A (Merah muda kekuningan) RHS140C (Hijau muda) 6 Sagu 06 Berduri Mengumpul RHS174B (Merah kehijauan) RHS179A (Merah tua) RHS140B (Hijau tua) 7 Sagu 07 Tidak berduri - RHS142A (Hijau kekuningan) RHS142A (Hijau kekuningan) RHS140B (Hijau tua) 8 Sagu 08 Tidak berduri - RHS174B (Merah kehijauan) RHS179A (Merah tua) RHS140C (Hijau muda) 9 Sagu 09 Tidak berduri - RHS142A (Hijau kekuningan) RHS158A (Kuning pucat) RHS140B (Hijau tua) 10 Sagu 10 Tidak berduri - RHS142A (Hijau kekuningan) RHS158A (Kuning pucat) RHS140C (Hijau muda) 11 Sagu 11 Tidak berduri - RHS67A (Merah) RHS158A (Kuning pucat) RHS140B (Hijau tua) 12 Sagu 12 Berduri Menyebar RHS174B (Merah kehijauan) RHS158A (Kuning pucat) RHS140B (Hijau tua) 13 Sagu 13 Tidak berduri - RHS142A (Hijau kekuningan) RHS158A (Kuning pucat) RHS140B (Hijau tua) 14 Sagu 14 Berduri Menyebar RHS67A (Merah) RHS19A (Merah muda kekuningan) RHS140B (Hijau tua) 15 Sagu 15 Berduri Menyebar RHS67A (Merah) RHS158A (Kuning pucat) RHS140C (Hijau muda)

## Amplikon Fragmen DNA Gen mat-K
Hasil  amplifikasi  DNA  dari  15 sampel  tanaman  sagu  dan  marker  1kb DNA  ladder  ( Thermoscientific )  dengan ukuran  pita  DNA  berkisar  250  bp  – 10000  bp,  disajikan  pada  Gambar  4. Jumlah pita yang teramplifikasi
menggunakan primer Maturase K
berkisar  1000  bp.  Hal  ini  menunjukkan bahwa  produk  PCR  (amplikon)  yang diperoleh  adalah  benar  dari  Gen Maturase  K  yang  menjadi  target  dari primer  MatK-1RKIM-f  dan  MatK- 3FKIM-r (Kuzmina et al ., 2012).
Kualitas  amplikon  yang  diperoleh cukup baik  yang terlihat  dari kecerahan pita DNA (sangat terang) disajikan pada Gambar  4.  Kualitas  amplikon  akan berpengaruh terhadap hasil dari sekuensing  DNA.  Konsentrasi  DNA
yang  rendah  akan  menyebabkan  hasil sekuensing yang kurang bagus. Menurut
Elviana (2010), konsentrasi DNA sampel, ukuran panjang primer, konsentrasi  ion  Mg  dan  suhu  hibridasi primer  harus  dikontrol  dengan  hati-hati agar dapat diperoleh pita-pita DNA yang utuh dan baik.

## Urutan Sekuens Fragmen Gen Maturase K pada Tanaman Sagu
Urutan  sekuens  fragmen  gen mat -K yang  diperoleh  dalam  format  Ab1  file diedit dan dicocokkan
dengan elektroferogramnya  sehingga  diperoleh urutan  sekuens  yang  benar.  Seluruh sekuens yang diperoleh memiliki kualitas  elektroferogram  yang  baik. Penampilan  sampel  elektroferogram ditampilkan pada Gambar 7. Setiap basa
nukleotida yang dihasilkan memberikan warna puncak yang berbeda-beda, yaitu
Adenin berwarna hijau, Guanin berwarna ungu, Timin berwarna merah, dan Sitosin berwarna biru.
Hasil penggabungan sekuens forward
dan reverse disimpan dalam bentuk fasta
file  yang  digunakan  dalam  analisis selanjutnya.  Panjang  sekuens  yang diperoleh yaitu 700 bp (keompok I) dan 701  bp  (kelompok  II).    Urutan  sekuens DNA sampel sagu yang diteliti disajikan pada Tabel 3.
Gambar 4. Penampilan pola pita DNA hasil PCR
Gambar 5. Elektroferogram sampel sagu
Tabel 2. Urutan sekuens aksesi tanaman sagu kelompok I dan II
ID Sampel Urutan sekuens Kelompok I TTTA-TTTTTTTTTTGAAAAAGAAAATAAAAGACTATTTCGGTTCCTATATAATTCTTATGTATCTGAATGCGAATT TGTATTAGTTTTTCTTCGTAAACAATCTTCTTATTTACGATTAACATCTTCTGGAGCTTTTCTTGAGCGAACACATT TCTATGGAAAAATAGAACATCTTATAGTAGTGCGCCATAATTATTTTCAGAGGACCCTATGGTCCTTCAAGGATC CTTTCATGCATTATGTTCGATATCAAGGAAAAGCAATTCTGGTTTCAAAGGGGGCTCATCTTCTGATGAAGAAAT
GGAAATGTCACCTTGTCAATTTCTGGCAATATCATTTTCACTTTTGGTCTCAACCGTACAGGATCCATATAGACCA ATTATCAAACTGTTCTTTCTATTTTCTAGGTTATCTTTCAAGTGTATTAATAAATCTTTCGACGGTAAGGAATCAAA TGCTAGAGAATTCATTTCTAATGGATACTGTTACTAAAAAATTCGATACCAGAGTCCCAGTTATTCCTCTTATTGA ATCATTGTCTAAAGCAAAATTTTGTACCGTATCGGGGCACCCTATTAGTAAGCCGATCTGGACCGATTTATCAGA TTGCGATATTATTGATCGATTTGGTCGGATATGTAGAAATCTTTCTCATTATCACAGTGGATCCTCAAAAAAACA
GAGTTTGTATCGAATAAA Kelompok II TTTTTTTTTTTTTTTGAAAAAGAAAATAAAAGACTATTTCGGTTCCTATATAATTCTTATGTATCTGAATGCGAATT TGTATTAGTTTTTCTTCGTAAACAATCTTCTTATTTACGATTAACATCTTCTGGAGCTTTTCTTGAGCGAACACATT TCTATGGAAAAATAGAACATCTTATAGTAGTGCGCCATAATTATTTTCAGAGGACCCTATGGTCCTTCAAGGATC CTTTCATGCATTATGTTCGATATCAAGGAAAAGCAATTCTGGTTTCAAAGGGGGCTCATCTTCTGATGAAGAAAT
GGAAATGTCACCTTGTCAATTTCTGGCAATATCATTTTCACTTTTGGTCTCAACCGTACAGGATCCATATAGACCA ATTATCAAACTGTTCTTTCTATTTTCTAGGTTATCTTTCAAGTGTATTAATAAATCTTTCGACGGTAAGGAATCAAA TGCTAGAGAATTCATTTCTAATGGATACTGTTACTAAAAAATTCGATACCAGAGTCCCAGTTATTCCTCTTATTGA ATCATTGTCTAAAGCAAAATTTTGTACCGTATCGGGGCACCCTATTAGTAAGCCGATCTGGACCGATTTATCAGA
TTGCGATATTATTGATCGATTTGGTCGGATATGTAGAAATCTTTCTCATTATCACAGTGGATCCTCAAAAAAACA
GAGTTTGTATCGAATAAA
1000 bp

## Hasil Blast
Menurut  Barthet  dan  Hilu  (2007), Gen mat- K yang digunakan sebagai gen penyandi protein memiliki model evolusi  yang  tidak  biasa  karena  tingkat substitusi nukleotida gen mat -K tiga kali lebih tinggi dibandingkan gen rbcL dan tingkat substitusi asam amino enam kali lebih  tinggi  dibandingkan  gen  rbcL. Xiong  (2006)  menyatakan  bahwa  hasil dari  pembacaan  urutan  nukleotida
fragmen  gen mat- K  menghasilkan runutan  DNA  yang  selanjutnya  dapat dianalisis  menggunakan  BLAST  pada situs  NCBI.  BLAST  merupakan  teknik untuk  menyelaraskan  urutan  nukleotida sampel  dengan  membandingkan  urutan nukleotida  yang  terdapat  di  dalam database GenBank. Hasil Blast 15 aksesi sagu  dengan  tanaman  yang  falmae lainnya disajikan pada Tabel 4.
Tabel 3. Hasil blast tanaman sagu dengan tanaman selain sagu
No Sampel ID Hasil BLAST Spesies Accession number Query coverage Identity 1 Sagu 01 Metroxylon warburgii KT312926.1 99% 100% Metroxylon salomonense AM114548.1 100% 99,71% Salacca ramosiana KT312921.1 99% 99,71% Pigafetta elata KT312923.1 100% 99,43% Pigafetta elata AM114549.1 100% 99,43% 2 Sagu 02 Metroxylon warburgii KT312926.1 99% 100% Metroxylon salomonense AM114548.1 100% 99,71% Salacca ramosiana KT312921.1 99% 99,71% Pigafetta elata KT312923.1 100% 99,43% Pigafetta elata AM114549.1 99% 99,43% 3 Sagu 03 Metroxylon warburgii KT312926.1 100% 99,86% Metroxylon salomonense AM114548.1 100% 99,72% Salacca ramosiana KT312921.1 100% 99,57% Pigafetta elata KT312923.1 100% 99,57% Pigafetta elata AM114549.1 100% 99,57% 4 Sagu 04 Metroxylon warburgii KT312926.1 100% 99,86% Metroxylon salomonense AM114548.1 100% 99,72% Salacca ramosiana KT312921.1 100% 99,57% Pigafetta elata KT312923.1 100% 99,57% Pigafetta elata AM114549.1 100% 99,57% 6 Sagu 06 Metroxylon warburgii KT312926.1 100% 99,86% Metroxylon salomonense AM114548.1 100% 99,72% Salacca ramosiana KT312921.1 100% 99,57% Pigafetta elata KT312923.1 100% 99,57% Pigafetta elata AM114549.1 100% 99,57% 7 Sagu 07 Metroxylon warburgii KT312926.1 100% 99,86% Metroxylon salomonense AM114548.1 100% 99,72% Salacca ramosiana KT312921.1 100% 99,57% Pigafetta elata KT312923.1 100% 99,57% Pigafetta elata AM114549.1 100% 99,57% 8 Sagu 08 Metroxylon warburgii KT312926.1 100% 99,86% Metroxylon salomonense AM114548.1 100% 99,72% Salacca ramosiana KT312921.1 100% 99,57% Pigafetta elata KT312923.1 100% 99,57% Pigafetta elata AM114549.1 100% 99,57%

## Lanjutan Tabel 4
No Sampel ID Hasil BLAST Spesies Accession number Query coverage Identity 9 Sagu 9 Metroxylon warburgii KT312926.1 100% 99,86% Metroxylon salomonense AM114548.1 100% 99,72% Salacca ramosiana KT312921.1 100% 99,57% Pigafetta elata KT312923.1 100% 99,57% Pigafetta elata AM114549.1 100% 99,57% 10 Sagu 10 Metroxylon warburgii KT312926.1 100% 99,86% Metroxylon salomonense AM114548.1 100% 99,72% Salacca ramosiana KT312921.1 100% 99,57% Pigafetta elata KT312923.1 100% 99,57% Pigafetta elata AM114549.1 100% 99,57% 11 Sagu 11 Metroxylon warburgii KT312926.1 100% 99,86% Metroxylon salomonense AM114548.1 100% 99,72% Salacca ramosiana KT312921.1 100% 99,57% Pigafetta elata KT312923.1 100% 99,57% Pigafetta elata AM114549.1 100% 99,57% 12 Sagu 12 Metroxylon warburgii KT312926.1 99% 100% Metroxylon salomonense AM114548.1 100% 99,71% Salacca ramosiana KT312921.1 99% 99,71% Pigafetta elata KT312923.1 100% 99,43% Pigafetta elata AM114549.1 100% 99,43% 13 Sagu 13 Metroxylon warburgii KT312926.1 100% 99,86% Metroxylon salomonense AM114548.1 100% 99,72% Salacca ramosiana KT312921.1 100% 99,57% Pigafetta elata KT312923.1 100% 99,57% Pigafetta elata AM114549.1 100% 99,57% 14 Sagu 14 Metroxylon warburgii KT312926.1 100% 99,86% Metroxylon salomonense AM114548.1 100% 99,72% Salacca ramosiana KT312921.1 100% 99,57% Pigafetta elata KT312923.1 100% 99,57% Pigafetta elata AM114549.1 100% 99,57% Sagu 15 Metroxylon warburgii KT312926.1 99% 100% Metroxylon salomonense AM114548.1 100% 99,71% Salacca ramosiana KT312921.1 99% 99,71% Pigafetta elata KT312923.1 100% 99,43% Pigafetta elata AM114549.1 100% 99,43% Berdasarkan hasil blast pada
penelitian  ini  menunjukkan  bahwa  15 sampel yang diuji dibandingkan dengan spesies  tanaman  lainnya  di  GenBank, berdasarkan Accession  number , Query coverage, dan Identity nya dapat dikelompokkan  menjadi  2  kelompok. Kelompok 1 terdiri dari sampel sagu 01, 02, 08, 12, 15 dan kelompok 2 terdiri dari sampel  sagu  03,  04,  05,  06,  07,  09,  10, 11, 13, 14.  Keragaman genetik tanaman sagu berdasarkan market gen mat K juga membagi  aksesi  menjadi  dua  bagian genotype (Abbas et al 2020).
Nugraha et  al .,  (2014)  menyatakan bahwa  nilai Query  coverage menun- jukkan persentase sampel  yang terpakai di  dalam  analisis  BLAST.  Menurut Daniels et al., (2013), urutan nukleotida dikatakan identik apabila memiliki nilai minimal Query  coverage sebesar  40%. Pada penelitian ini nilai Query coverage pada  masing-masing  kelompok,  yaitu kelompok  1  dibandingkan  dengan Me- troxylon warburrgi dan Salacca ramosiana adalah sebesar  99%.  Pada spesies Meroxylon  salomonanse dan Pigafetta elata memilik i Query coverage
sebesar  100%.  Untuk  kelompok  2  jika dibandingkan  dengan  spesies  palmae memiliki  nilai Query  coverage sebesar 100%. Dari data tersebut dapat dikatakan bahwa  urutan  nukleotida  dari  masing- masing  sampel  identik  dengan  spesies palmae yang telah
disebutkan sebelumnya.
Identity merupakan nilai tertinggi dari persentase  identitas  atau  kecocokan antara  urutan  nukleotida Query dengan
urutan nukleotida database yang
disejajarkan  (Altschul et  al., 1990). Semakin  tinggi  nilai Identity maka semakin cocok urutan nukleotida sampel dengan urutan nukleotida database. Pada penelitian  ini  masing-masing  sampel memiliki  nilai identity yang  sangat tinggi,  yaitu  99,43%  sampai  100%. Dengan  demikian  dapat  dikatakan bahwa  urutan  nukleotida  sampel  cocok dengan  urutan  nukleotida  database. Accession  number merupakan  nomor aksesi atau penomoran khusus bagi tiap record (Nugraha et al., 2014). Accession number dalam  penelitian  ini  adalah nomor  aksesi  dari  spesies  palmae  lain yang diambil dari GenBank.
Karakter Fragmen DNA Sagu Berdasarkan Marker Gen mat-K

## Komposisi nukleutida
Menurut  Sambrook  dan  Russell (2001), perunutan DNA dapat membantu dalam hal merunut nukleotida yang ada, berbeda, ataupun bermutasi. Keragaman genetik  dapat  muncul  karena  adanya mutasi,  aliran  gen,  migrasi,  dan  proses seleksi.
Berdasarkan  komposisinya  nukleoti- da (T/U) pada semua individu memiliki persentase  yang  berbeda-beda,  yaitu pada sampel sagu 01, 02, 08, 12 dan 15 memiliki  persentase  sebesar  36,1%, sedangkan pada sampel sagu 03, 04, 05, 06,  07,  09,  10,  11,  13  dan  14  memiliki persentase  sebesar  36,4%.  Komposisi
nukleotida  sitosin  (C)  pada  semua sampel  sagu  memiliki  persentase  yang sama,  yaitu  sebesar  17,0%.  Komposisi nukleotida  adenin  (A)  paling  banyak pada sampel sagu 03, 04, 05, 06, 07, 09, 10,  11,  13  dan  14  yaitu  sebesar  30,6% dan pada sampel sagu 01, 02, 08, 12 dan 15 sebesar 30,4%. Komposisi nukleotida guanin (G) pada setiap sampel memiliki nilai persentase yang sama, yaitu sebesar 16,3%.
Jika  keseluruhan  sampel  ditambah dengan  data  palmae  lainnya,  rata-rata komposisi  nukleotida  (T/U)  sebesar 36,3%, sitosin (C) sebesar 17,0%, adenin (A)  sebesar  30,4%,  dan  guanin  (G) sebesar  16,3%,  sehingga  total  rata-rata komposisi  nukleotida  penyusun  sebesar 100%  dengan  jumlah  basa  berkisar  700 bp  sampai  701  bp.  Terlihat  bahwa komposisi nukleotidanya tidak memiliki selisih  komposisi  yang  jauh.  Menurut situs  Open  Course  Ware  (2009)  jumlah adenin  dengan  timin  selalu  sama  dalam DNA  suatu  organisme,  demikian  juga terjadi  pada  jumlah  guanin  dan  sitosin. Komposisi  nukleotida  dari  hasil  sekuen setiap sampel dapat dilihat pada Tabel 5.

## Polimorfisme DNA
Hasil  analisis  polimorfisme  tanaman sagu dibagi menjadi dua kelompok, yaitu kelompok  1  dan  kelompok  2  (Tabel  6). Kelompok 1 terdiri dari sampel sagu 01, 02, 08, 12 dan 15, sedangkan kelompok 2 terdiri dari sampel 03, 04, 05, 06, 07, 09, 10, 11, 13 dan 14. Kelompok tersebut hanya  ada  satu  perbedaan  nukleotida, yaitu  nukleotida  Adenin  (A)  pada kelompok  1  dan  nukleotida  Timin  (T) pada  kelompok  2  dengan  posisi  urutan yang  sama  yaitu  pada  urutan  ke-4. Kesamaan urutan nukleotida dari kedua kelompok tersebut adalah 99,9%.
Mengikuti  pola  penelitian  terdahulu yang  dilakukan  oleh Lawodi et  al ., (2013)  mendapatkan  bahwa  primer MatK-1RKIM-f  dan  MatK-3FKIM-r
berhasil digunakan untuk memperkuat  gen  mat-K  dari  tomat lokal  Sulawesi  ( L.  esculentum ). Hanya ada satu perbedaan nukleotida antara tomat dengan tomat kecil atau tomat  cherry  dan  kesamaan  urutan keduanya  jenis  tomat  ini  adalah 99,9% bila dibandingkan dengan data base  GenBank.  Perbedaan  urutan  itu sama  tingginya  dengan  3  nukleotida dengan  urutan  yang  sama  dalam beberapa spesies L. esculentum yaitu 99,64%.
Data yang diperoleh yang dibandingkan dengan data base GenBank,  maka  kelompok  1  dengan nukleotida  adenin  (A)  pada  posisi  4 berbeda  dengan Metroxylon  warburgii (kode akses KT312926.1) pada
nukleotida Cytosine . Urutan 548 dengan nukleotida Cytosine berbeda dengan data base  Genbank Metroxylon  salomonense (kode akses AM114548.1) pada nukleotida Timin. Hal ini berarti bahwa hanya  ada  satu  urutan  nukleotida  yang berbeda,  sehingga  memiliki  kesamaan sebesar 99,9%. Kelompok 1 pada posisi 4, 9, 188, dan 549 berbeda dengan data base Pigafetta  elata dengan  kode  akses KT312923.1 pada nukleotida adenin dan timin. Posisi nukleotida 4, 337, dan 549 yang  membedakan  dengan  data  base
Salacca ramosiana (kode akses KT312921.1)  pada  nukeotida  cytosin dan timin. Pada posisi 4, 9, 188, dan 549 terdapat  perbedaan  dengan  data  base Pigafetta elata (kode akses AM114549.1)  pada  nukleotida  Timin dan Adenin.

## Tabel 4. Komposisi nukleotida pada 15 sampel tanaman sagu yang diuji
ID Sampel Komposisi Nukleotida (%) Jumlah basa T(U) C A G Total Sagu 01 36.1 17.0 30.6 16.3 100 700.0 Sagu 02 36.1 17.0 30.6 16.3 100 700.0 Sagu 03 36.4 17.0 30.4 16.3 100 701.0 Sagu 04 36.4 17.0 30.4 16.3 100 701.0 Sagu 05 36.4 17.0 30.4 16.3 100 701.0 Sagu 06 36.4 17.0 30.4 16.3 100 701.0 Sagu 07 36.4 17.0 30.4 16.3 100 701.0 Sagu 08 36.1 17.0 30.6 16.3 100 700.0 Sagu 09 36.4 17.0 30.4 16.3 100 701.0 Sagu 10 36.4 17.0 30.4 16.3 100 701.0 Sagu 11 36.4 17.0 30.4 16.3 100 701.0 Sagu 12 36.1 17.0 30.6 16.3 100 700.0 Sagu 13 36.4 17.0 30.4 16.3 100 701.0 Sagu 14 36.4 17.0 30.4 16.3 100 701.0 Sagu 15 36.1 17.0 30.6 16.3 100 700.0 KT312926.1 Metroxylon warburgii 36.2 17.1 30.4 16.3 100 701.0 AM114548.1 Metroxylon salomonense 36.4 16.8 30.5 16.3 100 701.0 KT312923.1 Pigafetta elata 36.4 17.0 30.5 16.1 100 701.0 KT312921.1 Salacca ramosiana 36.5 17.0 30.2 16.3 100 701.0 AM114549.1 Pigafetta elata 36.4 17.0 30.5 16.1 100 701.0 Rata-rata 36.3 17.0 30.4 16.3 100 700.8
Tabel 5. Hasil polimorfisme tanaman sagu ID Sampel Untaian DNA 4 9  188  337  548  549 Sagu 01 A T G C C A Sagu 02 . . . . . . Sagu 03 T . . . . . Sagu 04 T . . . . . Sagu 05 T . . . . . Sagu 06 T . . . . . Sagu 07 T . . . . . Sagu 08 . . . . . . Sagu 09 T . . . . . Sagu 10 T . . . . . Sagu 11 T . . . . . Sagu 12 . . . . . . Sagu 13 T . . . . . Sagu 14 T . . . . . Sagu 15 . . . . . . KT312926.1 Metroxylon warburgii C . . . . . AM114548.1 Metroxylon salomonense . . . . T . KT312923.1 Pigafetta elata T A A . . T KT312921.1 Salacca ramosiana C . . T . T AM114549.1 Pigafetta elata T A A . . T
Kelompok  2  jika  dibandingkan dengan  data  base  GenBank Metroxylon warburgii dengan kode akses KT312926.1  memiliki  perbedaan  pada posisi  4  untuk  nukleotida  Timin  dan Cytocine.  Pada  urutan  548  kelompok  2 dengan  nukleotida  cytosin  berbeda dengan data base
Metroxylon salomonense (kode akses AM114548.1) yang  memiliki  nukleotida  Timin.  Pada untaian  9,  188,  dan  549  memiliki perbedaan  pada  nukleotida  andenin  dan timin apabila dibandingkan dengan data base Pigafetta  elata dengan  kode  akses KT312923.1. Jika dibandingankan dengan Salacca ramosiana dengan kode akses  AM114548.1,  perbedaan  terdapat pada  untaian  4,  337,  dan  549  pada nukleotida Cytosin dan Timin. Pada data base Pigafetta  elata dengan  kode  akses
AM114549.1 memiliki perbedaan dengan  untaian  9,  188  dan  549  pada nukleotida Adenin dan Timin.

## Haplotipe
Berdasarkan  hasil  polimorfisme  15 aksesi sagu dikelompokkan menjadi dua haplotipe  yaitu  haplotipe  tipe  1  dan haplotipe  tipe  2.  Haplotipe  1  terdiri sampel  sagu  01,  02,  08,  12,  dan  15, sedangkan haplotipe 2 terdiri dari sampel 03, 04, 05, 06, 07, 09, 10, 11, 13, dan 14 (Tabel 5). Tipe haplotipe 1 memiliki ciri khas  pada  urutan  basa  nukleotida  yaitu Adenin  (A)  pada  posisi  nukleotida urutan ke 4, sedangkan tipe haplotipe 2 memiliki  ciri  khas  pada  urutan  basa nukleotida  yaitu  Timin  (T)  pada  posisi nukleotida ke 6.
Polimorfisme haplotipe 1 dan haplotipe  2  berbeda  dengan  haplotipe referensi  dari  data  GenBank.  Perbeda dapat terlihat pada nukleotida-nukleotida penyusunnya. Keragaman haplotipe dapat  menunjukkan  tingkat  keragaman genetik. Haplotipe yang semakin beragam menandakan tingkat keragaman genetik  semakin  tinggi.  Pada  penelitian ini  15  aksesi  sagu  hanya  mendapatkan dua  haplotipe  berarti  tidak  menujukkan adanya  keragaman  genetik  yang  tinggi, namun  apabila  dibandingkan  dengan data  base  GenBank  maka  memiliki tingkat keragaman yang cukup tinggi.

## Urutan asam amino
Urutan  asam  amino  dari  15  sampel sagu,  hanya  diambil  perwakilan  sampel dari  setiap  haplotipe  untuk  analisis urutan  asam  amino.  Haplotipe  1 diwakilkan  oleh  sampel  sagu  01  dan haplotipe 2 diwakilkan oleh sampel sagu 03.  Analisis  urutan  asam amino menggunakan  aplikasi  MEGA  5.2 ( Molecular Evolutionary Genetic Analysis ) (Tamura et al ., 2011)
menghasilkan panjang 701 bp nukleotida yang  terdiri  dari  233  asam  amino. Analisis  berdasarkan variable  sites hanya  terdapat  1  asam  amino  yang berbeda seperti pada Tabel 7.
Pada Tabel 7 terlihat bahwa dari 233 asam amino hanya ditemukan satu asam amino  yang  berbeda  di  antara  individu, yaitu  pada  sampel  sagu  01  mengalami delesi  asam  amino  urutan  ke  2,  yaitu Phenylalanine  (F).  Sampel  sagu  03 memiliki asam amino Phenylalanine (F). Perbedaan ini dikarenakan adanya delesi pada  nukleotida  nomor  5  yang  berada dalam kelompok haplotipe 1.

## Komposisi asam amino
Komposisi  asam  amino  diwakilkan oleh  2  sampel  tanaman  sagu,  yaitu sampel  sagu  01  yang  mewakilkan haplotipe  1  dan  sampel  sagu  03  yang mewakilkan  haplotipe  2.  Komposisi asam amino berdasarkan analisis mengunakan aplikasi MEGA 5.2 ( Molecular Evolutionary Genetic Analysis ) (Tamura et al ., 2011) mendapatkan hasil seperti pada Tabel 8.
Tabel 7. Urutan asam amino sampel sagu yang diuji berdasarkan market Mat -K gen
No ID Sampel Urutan Asam amino 1 Sagu 01 (Haplotipe 1) F?FFFEKENKRLFRFLYNSYVSECEFVLVFLRKQSSYLRLTS SGAFLERTHFYGKIEHLIVVRHNYFQRTLWSFKDPFMHYVRY QGKAILVSKGAHLLMKKWKCHLVNFWQYHFHFWSQPYRIHID QLSNCSFYFLGYLSSVLINLSTVRNQMLENSFLMDTVTKKFD TRVPVIPLIESLSKAKFCTVSGHPISKPIWTDLSDCDIIDRF GRICRNLSHYHSGSSKKQSLYRI 2 Sagu 03 (Haplotipe 1) FFFFFEKENKRLFRFLYNSYVSECEFVLVFLRKQSSYLRLTS SGAFLERTHFYGKIEHLIVVRHNYFQRTLWSFKDPFMHYVRY QGKAILVSKGAHLLMKKWKCHLVNFWQYHFHFWSQPYRIHID QLSNCSFYFLGYLSSVLINLSTVRNQMLENSFLMDTVTKKFD
TRVPVIPLIESLSKAKFCTVSGHPISKPIWTDLSDCDIIDRF
GRICRNLSHYHSGSSKKQSLYRI
Tabel 8. Komposisi asam amino sampel sagu yang dianalisis berdasar- kan marker mat-K gen
Komposisi  asam  amino  dari  sampel sagu  01  dan  sampel  sagu  03  memiliki beberapa  perbedaan  pada  asam  amino penyusunnya. Contoh pada asam amino Phenylalanine (Phe), komposisinya memiliki rentang perbedaan yang cukup jauh  dibandingkan  komposisi  asam amino lainnya yaitu 9,5% untuk sampel sagu 01, sampel sagu 03 memiliki asam amino  yang  lebih  tinggi  yaitu  sebesar 9,9%.  20  asam  amino  tanaman  sagu memiliki  komposisi  tertinggi  sebesar 10,8%  pada  asam  amino  Leucine  (Leu) untuk  sampel  sagu  01  dan  sagu  03 sebesar  10,7%,  sama  halnya  pada  asam amino  Serine  (Ser).  Komposisi  yang paling  rendah  sebesar  1,7%  pada  asam amino  Alanine  dan  Methionine  untuk sampel sagu 01 dan sagu 03.

## Filogenetik Tanaman Sagu dan Famili Palmae Lainnya
Menurut Saitou dan Imanishi (1989), konstruksi pohon filogenetika adalah hal yang terpenting dan menarik dalam studi evolusi. Beberapa metode dapat diguna- kan untuk mengkonstruksi pohon filoge- netika  dari  data  molekuler  (nukleotida atau asam  amino), salah  satunya  adalah metode  UPGMA.  Diagram  filogenetik dikonstruksi menggunakan metode UPGMA  model  kimura-2  dan  analisis Bootstrap 1000 replikasi disajikan pada Gambar 8. Nilai bootstrap sebanyak 100 sampai  1000  ulangan  digunakan  untuk memperkirakan  tingkat  kepercayaan sebuah  pohon  filogenetik  (Hall,  2001). Semakin  besar  nilai bootstrap yang digunakan maka semakin tinggi keperca- yan  topologi  pohon  hasil  rekonstruksi yang  didasarkan  atas  distribusi  karakter dalam  data  akibat  pengaruh  efek  acak (Ubaidillah dan Sutrisno 2009).
Pohon  filogenetik  menggambarkan bahwa  semua  sampel  terbagi  menjadi dua  kelompok  besar.  Sampel  sagu  03, 04,  05,  06,  07,  09,  10,  11,  13  dan  14 berada  pada  satu  kelompok  yang  sama yang  didukung  dengan  nilai bootstrap 61, sedangkan sampel sagu 01, 02, 08, 12 dan  15  dengan  nilai bootstrap 44. Seluruh sampel dalam penelitian ini juga berada  dalam  satu  kelompok  besar dengan  sequens Metroxylon  warbugii yang berasal  dari GenBank  (kode akses KT312926.1) . Pengelompokan ini didukung dengan nilai bootstrap 37.
Asam amino ID sampel Sagu 01 Sagu 03 Ala (A) 1.7 1.7 Cys (C) 2.6 2.6 Asp (D) 3.4 3.4 Glu (E) 3.4 3.4 Phe (F) 9.5 9.9 Gly (G) 3.4 3.4 His (H) 5.2 5.2 Ile (I) 6.0 6.0 Lys (K) 7.3 7.3 Leu (L) 10.8 10.7 Met (M) 1.7 1.7 Asn (N) 3.9 3.9 Pro (P) 2.6 2.6 Gln (Q) 3.4 3.4 Arg (R) 6.5 6.4 Ser (S) 10.8 10.7 Thr (T) 3.9 3.9 Val (V) 6.0 6.0 Trp (W) 2.2 2.1 Tyr (Y) 5.6 5.6
Gambar 5. Diagram filogenetik tanaman sagu berdasarkan marker gen mat -K

## Jarak genetik
Tabel  matriks  jarak  genetik  aksesi sagu  dan  palmae  lain  ditampilkan  pada Tabel 9.   Pengelompokkan sampel sagu terdiri  dari  haplotipe  1  (01,  02,  08,  12, dan 15) dan haplotipe 2 (03, 04, 05, 06, 07, 09, 10, 11, 13, dan 14). Haplotipe 1 dan  haplotipe  2  memiliki  jarak  genetik 0,001  (Tabel  9)  yang  artinya  hubungan kekerabatan  kedua  haplotipe  ini  sangat dekat.  Menurut  Tallei  et  al.,  (2016), semakin sedikit nilai jarak genetik antara dua  organisme,  semakin  dekat  pula hubungan kekerabatan keduanya.
Jarak  genetik  antara  KT312926.1 Metroxylon warburgii dan AM114548.1 Metroxylon  salomonense dengan haplo- tipe 1 adalah 0.001, sedangkan haplotipe 2 jika dibandingkan dengan KT312926.1 Metroxylon  warburgii memiliki  jarak genetik  0.003.  jarak  genetik  antara
KT312923.1 Pigafetta elata dan
AM114549.1 Pigafetta  elata dengan haplotipe  1  adalah  0.006,  sedangkan dengan  KT312921.1 Salacca ramosiana
memiliki jarak genetik 0.004. Haplotipe 2 jika dibandingkan dengan KT312926.1 Metroxylon  warburgii memiliki  jarak genetik  0.001  dan  AM114548.1 Metro- xylon  salomonense memiliki  jarak genetik 0.003. Jika dibandingkan dengan KT312923.1 Pigafetta  elata, KT3129
21.1 Salacca  ramosiana dan AM1145
49.1 Pigafetta  elata, maka jarak  gene- tiknya adalah 0.004.  Famili falmae yang paling  dengat  dengan  tanaman  sagu adalah M. warburgi . Penelitian sebelum- nya  juga  mengungkapkan  bahwa M. sagu berkerabat  dekat  dengan M. warburgii (Abbas et al. 2020)
Individu-individu yang memiliki nilai jarak  genetik  rendah  mengindikasikan bahwa individu-individu tersebut memi- liki hubungan kekerabatan yang semakin dekat,  sedangkan  bila  jarak  genetiknya tinggi  maka  individu-individu  tersebut memiliki  hubungan  kekerabatan  yang jauh (Somura et al . 2013).
Kelompok I Kelompok II
Tabel 9. Matriks jarak genetik tanaman sagu berdasarkan marker gen mat -K No ID Sampel 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 1 Sagu 01 2 Sagu 02 0.000 3 Sagu 03 0.001 0.001 4 Sagu 04 0.001 0.001 0.000 5 Sagu 05 0.001 0.001 0.000 0.000 6 Sagu 06 0.001 0.001 0.000 0.000 0.000 7 Sagu 07 0.001 0.001 0.000 0.000 0.000 0.000 8 Sagu 08 0.000 0.000 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 Sagu 09 0.001 0.001 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.001 10 Sagu 10 0.001 0.001 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.001 0.000 11 Sagu 11 0.001 0.001 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.001 0.000 0.000 12 Sagu 12 0.000 0.000 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.000 0.001 0.001 0.001 13 Sagu 13 0.001 0.001 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.001 0.000 0.000 0.000 0.001 14 Sagu 14 0.001 0.001 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.001 0.000 0.000 0.000 0.001 0.000 15 Sagu 15 0.000 0.000 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.000 0.001 0.001 0.001 0.000 0.001 0.001 16 KT312926.1_Metroxylon_warburgii 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 AM114548.1_Metroxylon_salomonense 0.001 0.001 0.003 0.003 0.003 0.003 0.003 0.001 0.003 0.003 0.003 0.001 0.003 0.003 0.001 0.003 18 KT312923.1_Pigafetta_elata 0.006 0.006 0.004 0.004 0.004 0.004 0.004 0.006 0.004 0.004 0.004 0.006 0.004 0.004 0.006 0.006 0.007 19 KT312921.1_Salacca_ramosiana 0.004 0.004 0.004 0.004 0.004 0.004 0.004 0.004 0.004 0.004 0.004 0.004 0.004 0.004 0.004 0.003 0.006 0.006 20 AM114549.1_Pigafetta_elata 0.006 0.006 0.004 0.004 0.004 0.004 0.004 0.006 0.004 0.004 0.004 0.006 0.004 0.004 0.006 0.006 0.007 0.000 0.006

## KESIMPULAN
Bedasarkan  hasil  penelitian  ini  dapat disimpulkan  sebagai  berikut  (1)  aksesi tanaman  sagu  yang  telah  di  koleksi  oleh Konsorsium  Riset  sagu  UNIPA  secara morfologi  berbeda  pada  fase  Russet,  (2) berdasarkan penanda molekuler maturase K (mat-K) 15 aksesi sagu yang dianalisis terbagi  menjadi  dua  haplotipe,  yaitu haplotipe  1  yang  mengalami  delesi  pada basa nomor 5 (asam amino phenylalanine) dan  haplotipe  2  yang  tidak  mengalami delesi  sehingga  memiliki  asam  amino phenylalanine, dan (3) Konstruksi filogenetik menunjukkan bahwa 15 aksesi sagu  terbagi  menjadi  2  kelompok,  yaitu kelompok  1  dan  kelompok  2.  Kerabat yang  paling  dekat M.  sagu adalah M. warburgii dengan jarak genetik 0.001.

## UAPAN TERIMA KASIH
Penelitian  ini  dibiayai  oleh  Proyek Penelitian  Riset  Pengembangan  yang berjudul  “Transformasi  invensi  berbasis sagu  menjadi  inovasi  yang  berorientasi entrepreneurship dalam
rangka mengakselerasi daya saing dan kemandirian  Bangsa  dibidang  pangan” dengan kontrak No. 198/SP2H/AMD/LT/DRPM/2020. Kepada  Tim  Peneliti  dengan  Ketua  Prof. Dr.  Ir.  Barahima  Abbas,  M.Si  dan Pengelola Riset Pengembangan Kementerian Riset, Teknologi dan Pendidikan  Tinggi  diucapkan  terima kasih.

## DAFTAR PUSTAKA
Abbas  B,  Bintoro  MH,  Sudarosono, Surahman  M,  Ehara  H.  2009. Genetic  relationship  of  sago  palm
(Metroxylon sagu Rottb.) in Indonesia based on RAPD markers. Biodiversitas 10 (4): 168-174. DOI: 10.13057/biodiv/d100402 Abbas  B,  Renwarin  Y,  Bintoro  MH, Sudarsono,  Surahman  M,  Ehara  H. 2010.  Genetic  Diversity  of  Sago Palm  in  Indonesia  Based  on
Chloroplast DNA (CpDNA)
Markers. Biodiversitas 11 (3): 112- 17. DOI: 10.13057/biodiv/d110302. Abbas  B,  Tjolli  I,  Dailami  M,  Munarti. 2019.  Phylogenetic  of  sago  palm (Metroxylon  sagu)  and  others monocotyledon based on mitochondrial  Nad2  gene  markers. Biodiversitas  20  (8):  2249-2256. DOI: 10.13057/biodiv/d200820. Abbas, B dan H. Ehara. 2012. Assessment genetic variation and relationship of sago palm (Metroxylon sagu Rottb.) in  Indonesia  based  on  specific expression gene (Wx genes) markers.  African  Journal  of  Plant Science. 6(12):314-320
Abbas  B.  2018.  Sago  palm  genetic resource  diversity  in  Indonesia.  In: Ehara  H,  Toyoda  Y,  Johnson  D (eds.). Sago Palm: Multiple
Contributions to Food Security and Sustainable  Livelihoods.  Springer, Singapore.  DOI:  10.1007/978-981- 10-5269-95.
Abbas  B,  Kabes  RJ,  Mawikere  NL, Ruimassa  RMR,  Maturbong  RA. 2020. DNA barcode of Metroxylon sagu  and  other  palm  species  using matK gene. Biodiversitas 21: 4047- 4057
Abbas B, Tjolli I, Munarti. 2020. Genetic diversity of sago palm (Metroxylon sagu)  accessions  based  on  plastid cpDNA  matK  gene  as  DNA barcoding.  Biodiversitas  21:  219- 225.
Altschul,  S.  F.,  W.  Gish.,  W.  Miller.,  E. W.  Myers.  1990.  Basic  local aligment  search  tool.  Molecular Biology. 215(3):403-10.
Barthet,  M.  M  and  K.  W.  Hilu.  2007. Expression of matK: functional and evolutionary implications. American Journal of Botany. 94(8):
1402-1412. Budianto,  J.  2003.  Kebijakan  penelitian sagu  di  Indonesia.  Makalah  Utama dalam seminar Sagu Untuk
Ketahanan Pangan. Prosiding Seminar Nasional Sagu, Manado, 6 Oktober 2003. Puslitbang Perkebunan, Bogor. Chase,  M.  W.,  R.  S.  Cowan,  P.  M.
Hollingsworth, C. Van Den Berg, S. Madrin’an, G. Petersen, O. Seberg,
T.  Jorsensen,  K.  M.  Cameron,  M. Carine,  N.  Pedersen,  T.  A.  J. Hedderson,  F.  Conrad,  G.  A. Salazar,  J.  E.  Richardson,  M.  L. Hollingsworth,  T.  G.  Barraclough, L.  Kelly,  and  M.  Wilkinson.  2007.
A  proposal  for  a  standardised protocol  to  barcode  all  land  plants.
Taxon 56: 295–299.
Daniels  N.  M,  A.  Gallant,  J.  Peng,  L.  J. Cowen,  M.  Baym,  and  B.  Berger. 2013.  Compressive  genomics  for protein  databases.  Bioinformatics.
29:1283-1290. Elviana 2010. Keragaman genetik kloroplas (cpDNA) bangkirai (Shorea laevis Ridl.) di Kalimantan berdasarkan  penanda  PCR-RFLP dan sekuens sebagian wilayah trnl-f [skripsi].  Bogor  (ID):  Fakultas Kehutanan, Institut Pertanian Bogor. Flach,  M.  1983.  The  Sago  Palm
Domestication  Exploitation  and Product. FAQ Plant Production and
Protection Paper. Roma. Hall,  B.  G.  2001.  Phylogenetic  Trees Made Easy: A How - To Manual for Molecular Biologists. Sinauer Associates, Inc. Sunderland, Massachusetts, USA Harsanto,  P.  B.  1986.  Budidaya  dan Pengelolaan Sagu. Kanisius.
Yogyakarta.
Hollingsworth, P. M., S. W. Graham, and D.  P.  Little.  2011.  Choosing  and Using a Plant DNA Barcode. PLoS ONE. 6(5):1-13.
Kress, W. J and D. L. Erickson. 2007. A two-locus  global  DNA  barcode  for land  plants:  The  coding  rbcL  gene complements  the  noncoding  trnH-
psbA  spacer  region.  PLoS  ONE  2: e508. doi:
10.1371/journal.pone.0000508.
Kress,  W.  J  and  D.  L.  Erickson.  2008.
DNA  Barcoding  a  Windfall  for Tropical Biology? Biotropica, 40(4): 405–408 DOI: 10.1111/j.1744-7429.  2008.00426. x Kress,  W.  J.,  K.  J.  Wurdack,  E.  A.
Zimmer,  L.  A.  Weigt,  and  D.  H. Janzen. 2005. Use of DNA barcodes to identify flowering plants. Proceedings of the National
Academy  of  Sciences  USA,  102: 8369–8374.
Kuzmina,  M.  L,  K.  L.  Johnson,  H.  R. Barron, and P. D. N. Herbert.  2012. Identification  of  vascular  plants  of Churchill,  Manitoba,  using  a  DNA barcode  library.  BMC  Ecology 12:1-11. http://dx.doi.org/10.1186/1472- 6785-12-2 Lahaye, R., M. Van Der Bank, D. Bogarin, J. Warner, F. Pupulin, G. Gigot, O. Maurin, S. Duthoit, T. G.
Barraclough,  and  V.  Savolainen.
2008. DNA barcoding the floras of biodiversity  hotspots.  Proceedings of  the  National  Academy  of Sciences USA, 105: www.pnas.org_cgi_doi_10.1073_p nas.0709936105  Diakses  18  Maret 2019 Lawodi, E. N, T. E. Tallei, F. R. Mantiri, and  B.  J.  Kolondam.  2013.  Variasi genetik tanaman tomat dari beberapa tempat di Sulawesi berdasarkan  gen  matK.  Pharmacon 2:114-121
Nugraha F, D. I. Roslim, Y. P Ardilla, and Herman.  2014.  Analysis  of  partial gene  sequence  Ferritine2  on  Rice Plants  (Oryza  sativa  L.)  Indragiri Hilir,  Riau.  Biosaintifika.  6(2):70- 79.
Open  Course  Ware.  2009.  Asam  nukleat (nucleic  acid)  [terhubung  berkala]
http://.ocw.usu.ac.id/.../bbc115_slid e_asam_nukleat_atau_nucleic_acid. pdf [07 Mei 2019]. Riyanto, R., I. Widodo., B. Abbas.  2018. Morphology,  Growth  and  genetic variations of sago palm (Metroxylon sagu) seedlings derived from seeds. Biodiversitas. 19(2):682-688. Saitou, N and T. Imanishi. 1989. Relative efficiencies of the fitch-margoliash,
maximum-parsimony, maximum- likelihood, minimum-evolution, and neighbor-joining methods of
phylogenetic  tree  construction  in obtaining the correct tree. Molecular Biology and Evolution. 6(5).
Sambrook.  J.,  D.  W.  Russell.  2001. Molecular  cloning  a  laboratory manual. Planview, New York: Cold
Spring Harbor Laboratory Press.
Somura,  H.,  H.  Hori,  and  Y.  Manome. 2013. Nycticebus bengalensis
mitochondrion,  complete  genome. https://www.ebi.ac.uk/ena/dataview /KC 977312. Taberlet, P., E. Coissac., F. Pompanon., L. Gielly., C. Miquel., A. Valentini., T.
Vermat., G. Corthier., C. Brochmann,  and  E.  Willerslev.
2007.  Power  and  limitations  of  the chloroplast  trnL  (UAA)  intron  for plant  DNA  barcoding.  Nucleic Acids Research. 35(3):e14. Tallei,  T.  E.,  R.  E.  Rembet,  J.  J  Pelealu,
and B. J Kolondam. 2016. Sequence Variation and Phylogenetic Analysis  of  Sansevieria  trifasciata (Asparagaceae). Bioscience Research 13(1): 01-07. Tamura  K.,  D.  Peterson,  N.  Peterson,  G. Stecher,  M.  Nei,  and  S.  Kumar. 2011. MEGA5: Molecular Evolutionary Genetics Analisis using Maximum Likelohood, Evolutionary Distence, and maximum Parsimony Methods. Molecular  Biology  and  Evolution 28:2731-2739 Tarigan, D. D. 2001. Sagu memantapkan swasembada pangan. Warta Penelitian dan Pengembangan Pertanian 23 (5), 1-3.
Tenda  E.  T,  H.  Novarianto,  and  J.
Limbongan.  2006.  Biodiversity  of sago  palm  in  Indonesia  and conservation strategy. Proceeding of the  eight  International  sago  palm symposium. Pp. 239.
Ubaidillah,  R  dan  H.  Sutrisno.  2009. Pengantar  Biosistemik:  Teori  dan Praktikum. LIPI Press, Jakarta
Xiong, J. 2006. Essential Bioinformatics.
Cambridge (GB): Cambridge
University Pr.