## Original Article
Journal of Science and Applicative Technology vol. 3 (1), 2019, pp. 40-45 | 40
e-ISSN: 2581-0545 - https://journal.itera.ac.id/index.php/jsat/
Copyright © 2019 Journal of Science and Applicative Technology. Content from this work may be used under the terms of the Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International Licence . Any  further distribution of this work must maintain attribution to  the author(s) and the  title of the work, journal citation and DOI. Published under licence by Journal of Science and Aplicative Technology  (JSAT).
Received 30th July 2018 Accepted 11th December 2018 Published 31st August 2019

## Ekstraksi DNA total dari sumber jaringan hewan (Ikan Kerapu) menggunakan metode kit for animal tissue
Yanti Ariyanti *a , Sister Sianturi b
a Program Studi Biologi, Jurusan Sains, Institut Teknologi Sumatera, Lampung Selatan 35365, Indonesia
b Program Studi Farmasi, Institut Sains dan Teknologi Nasional, Jakarta Selatan 12630, Indonesia
* Corresponding E-mail: yanti.ariyanti@bi.itera.ac.id
Abstract: DNA extraction is a series of processes to separate DNA from other cell components. Extraction is the most crucial early stage in molecular research. There are two methods in DNA extraction: traditional organic extraction and non-organic adoption extraction method. Traditional organic extraction method are used by many laboratories to obtain amount of high- yield DNA. However, in recent years it has been a tendency to adopt non-organic commercial protocols, known as extraction kit. This method was relatively faster, low times-consuming and avoid the toxicity due to phenol use. This study aims to determine the steps of DNA extraction to obtain total DNA from muscle tissue of fish grouper using Extraction Kit for Animal Tissue. The Kit extraction method has an advantages that is the processing time is shorter, simple, non-toxic and high-purity DNA yields. A total of 4 tissue samples from grouper muscle were successfully extracted using an Extraction Kit that was indicated by the visualization of the band on qualitative DNA analysis in 1% agarose gel.
Keywords: DNA extraction, extraction kit, high-yield DNA, molecular method
Abstrak: Ekstraksi DNA adalah serangkaian proses untuk memisahkan DNA dari komponen sel lainnya. Ekstraksi merupakan tahap awal yang paling penting dalam penelitian molekuler. Secara umum terdapat dua metode dalam ekstraksi DNA: ekstraksi organik  tradisional  dan  metode  ekstraksi  adopsi  non-organik.  Metode  ekstraksi  organik  tradisional  digunakan  oleh  banyak laboratorium untuk memperoleh panenan DNA dengan hasil yang tinggi. Namun, dalam beberapa tahun terakhir telah menjadi kecenderungan untuk mengadopsi protokol komersial non-organik, yang dikenal sebagai kit ekstraksi. Metode ini relatif lebih cepat, hemat waktu dan menghindari toksisitas karena penggunaan fenol. Penelitian ini bertujuan untuk menentukan langkah- langkah ekstraksi DNA untuk mendapatkan DNA total dari jaringan otot ikan kerapu menggunakan Kit Ekstraksi untuk Jaringan Hewan.  Metode  ekstraksi  Kit  memiliki  kelebihan  yaitu  waktu  pemrosesan  yang  lebih  singkat,  sederhana,  tidak  beracun  dan panenan  DNA  dengan  kemurnian  tinggi.  Sebanyak  4  sampel  jaringan  dari  otot  kerapu  berhasil  diekstraksi  menggunakan  Kit Ekstraksi yang ditunjukkan oleh visualisasi pita pada analisis DNA kualitatif dalam gel agarosa 1%.
Kata Kunci : analisis kualitatif, analisis kuantitatif, ekstraksi DNA, kit ekstraksi

## Pendahuluan
Ekstraksi  DNA  merupakan  serangkaian  proses  untuk memisahkan DNA dari komponen-komponen sel lainnya. Ekstraksi  merupakan  tahap  awal  yang  paling  penting dalam  penelitian  molekuler  [1].  Secara  umum  proses ekstraksi meliputi penghancuran membran sel menggunakan  Sodium  Dodesil  Sulphate  (SDS)/  sejenis detergen, penghilangan protein dan RNA menggunakan Proteinase  K  &  RNAse,  pengendapan  DNA,  dan pemanenan DNA.
Kualitas  DNA  yang  dihasilkan  sangat  penting  untuk menentukan  teknik  molekuler  selanjutnya,  sehingga diperlukan  metode  ekstraksi  yang  tepat  untuk memperoleh  DNA  dari  berbagai  sumber  jaringan  [1]. Ketepatan metode yang dilakukan sangat mempengaruhi  kualitas  DNA  yang  dihasilkan.  Menurut Fan dan Gulley [2] terdapat dua metode dalam ekstraksi DNA yaitu metode ekstraksi tradisional organik (manual) dan  metode  ekstraksi  adopsi  non-organik.  Metode ekstraksi  tradisional  organik  digunakan  oleh  banyak laboratorium untuk mendapatkan jumlah molekul DNA yang  tinggi.  Namun,  dalam  beberapa  tahun  terakhir
Open Access
DOI: 10.35472 /jsat.v3i1.111
Copyright © 2019 Journal of Science and Applicative Technology
J. Sci. Appl. Tech. vol. 3 (1), 2019, pp. 40-45 | 41 Published by: Lembaga Penelitian, Pengabdian Masyarakat, dan Penjaminan Mutu Institut Teknologi Sumatera, Lampung Selatan, Indonesia
telah  terjadi  kecenderungan  adopsi  protokol  komersial non-organik,  dikenal  dengan  sebutan  kit  ekstraksi, dengan  waktu  pengerjaan  yang  relatif  lebih  cepat  dan menghindari toksisitas akibat penggunaan phenol [3].
Tahapan  utama  ekstraksi  DNA  dalam  penelitian  ini menggunakan  kit  yang  terdiri  atas  lisis  sel,  pengikatan DNA (binding), pencucian DNA (wash), dan elusi dengan menggunakan reagen-reagen/buffer yang telah disediakan  oleh  produsen Extraction  Kit .  Proses pengikatan ( binding ) DNA terjadi oleh adanya membran silika yang terdapat dalam minispin column tube . Prinsip dasar  dari  membran  silika  di  dalam  spin  column sangatlah sederhana.  DNA  berikatan  dengan  membran silika  pada spin  column dengan  adanya  bantuan  dari garam chaotrophic dengan konsentrasi tinggi, kontaminan  akan  dibuang  dan  DNA  dielusi  dari membran  silika  dengan  air  atau  garam  penyangga berkonsentrasi  rendah.  Elusi  atau  pemisahan  DNA  dari komponen sel lainnya dalam hal ini pelepasan DNA dari kolom  silika,  merupakan  tahap  akhir  terpenting  dalam ekstraksi menggunakan kit.
Sumber  jarigan  yang  diekstraksi  dalam  penelitian  ini berasal dari jaringan otot bagian dorsal ( epaxial muscle ) ikan kerapu. Jaringan adalah kumpulan sel yang memiliki bentuk  dan  struktur  yang  sama  untuk  fungsi  tertentu. Jaringan  hewan  dan  manusia  umumnya  sama,  terdiri atas  jaringan  epithel,  jaringan  otot,  jaringan  saraf, jaringan  penguat  (jaringan  ikat,  jaringan  tulang  keras, jaringan tulang rawan, dan darah), dan jaringan lemak . Jaringan  yang  dapat  diambil  sebagai  material Deoxyribose  Nucleic  Acid (DNA)  antara  lain  otot,  hati, jantung,  sel  epitel,  dan  bagian  tubuh  lainnya.  DNA ( Deoxyribo  Nucleic  Acid )  dan  RNA  ( Ribo  Nucleic  Acid ) merupakan asam nukleat yang disusun oleh nukleotida. Nukleotida  adalah  senyawa  yang  terdiri  dari  3 komponen yaitu basa nitrogen, gula pentosa, dan gugus fosfat  (PO42-).  DNA  pada  organisme  tingkat  tinggi seperti  manusia,  hewan,  dan  tumbuhan  terdapat  di dalam  inti  sel  dan  beberapa  organel  sel  seperti mitokondria  dan  kloroplas,  sehingga  penamaan  DNA juga  didasarkan  pada  lokasi  asal  misalnya  DNA  genom inti  ( nuclear DNA genome ),  DNA  genom  mitokondria ( mitochondrial DNA genome ),  dan  DNA  genom kloroplast ( choloroplast DNA genome) [4].

## Metode

## Alat dan Bahan
Alat dan bahan yang digunakan untuk ekstraksi jaringan otot  ikan  kerapu  diantaranya,  gunting,  pinset, scalpel , waterbath , sentrifuge, microwave , tabung ependorf 1.5 ml,  tip,  mikro  pipet  ukuran  0.1  μl  -  1000  μl  sedangkan mini spin column dan c ollection tube 2 ml sudah tersedia dalam Extraction Kit . Bahan yang harus disiapkan yaitu Proteinase  K,  EtOH  absolut  sedangkan  reagen-reagen ekstraksi  lainnya  (buffer  ATL,  buffer  AL,  buffer  AW1, buffer  AW2,  buffer  AE)  sudah  tersedia  dalam  Qiagen Extraction Kit.

## Sampel jaringan
Sampel  yang  digunakan  merupakan  jaringan  otot  empat individu  ikan  kerapu  ( Epinephelus sp.)  yang  berasal  dari Lombok (1 ekor) dan Pangandaran (3 ekor).

## Preparasi jaringan (otot)
Jaringan  otot  yang  digunakan,  diambil  dari  tubuh  ikan kerapu bagian epaxial muscle yaitu jaringan otot dari bagian dorsal  tubuh  ikan.  Bagian  ini dipilih  karena  memiliki  massa otot yang cukup tebal sehingga memudahkan pengambilan jaringan  otot.  Untuk  keperluan  identifikasi  morfologi ( Barcode ),  pengambilan  jaringan  dilakukan  secara  hati-hati dengan  memperhatikan  aspek  estetika  agar  menghindari sayatan  yang  terlalu  mencolok.  Pengambilan  jaringan  dari epaxial  muscle dilakukan  dengan  cara  menyayat  kulit  ikan sekitar  1-2  cm  menggunakan scalpel .  Kemudian  jaringan otot diambil dengan bantuan pinset yang berujung runcing agar  dapat  menjangkau  otot  bagian  dalam  (menghindari terambilnya  simbion  dari  kulit/sisik  ikan).  Selanjutnya sekitar 20 gram otot diambil, dimasukkan ke dalam tube 2 ml yang  berisi  alkohol  95%.  Sampel  dicuci  menggunakan alkohol  95%  sebanyak  2  kali  ulangan  selanjutnya  jaringan otot dipreservasi dengan alkohol 95%.

## Ekstraksi DNA
Prinsip  utama  dalam  isolasi  DNA  yakni  penghancuran (lisis) membran sel, ekstraksi atau pemisahan DNA, dan presipitasi  DNA  [5].  Tahapan  utama  ekstraksi  DNA menggunakan  kit  terdiri  atas  lisis  sel,  pengikatan  DNA (binding),  pencucian  DNA  (wash),  dan  elusi  dengan menggunakan reagen-reagen/buffer yang telah disediakan  oleh  produsen  Extraction  Kit.  Proses pengikatan (binding) DNA terjadi oleh adanya membran silika  yang  terdapat  dalam  minispin  column  tube. Penggerusan  atau  grinder  dilakukan  untuk  membantu mempercepat  proses  lisis  membran  sel.  Penambahan Proteinanse  K  berfungsi  untuk  melisis  protein.
e-ISSN: 2581-0545
Ekstraksi DNA total dari sumber jaringan hewan (Ikan Kerapu) menggunakan metode kit for animal tissue
Penambahan buffer ATL dan AL masih termasuk dalam proses  lisis.  Tahapan  pengikatan  (binding)  DNA melibatkan minispin column yang di dalamnya terdapat membran berbasis silika dengan menambahkan ethanol absolut. Tahap pencucian DNA (wash) melibatkan buffer AW1  dan  AW2.  Tahap  terakhir  adalah  elusi  atau pemisahan DNA dari komponen sel lainnya dalam hal ini pelepasan DNA dari kolom silika sehingga diperoleh DNA murni.
Sebelum  melakukan  ekstraksi  DNA,  terlebih  dahulu disiapkan  semua  alat  dan  bahan  yang  akan  digunakan termasuk  proteinase-K  dan  EtOH  absolut  (gambar  1). Tabung  ependorf  1,5  ml  dan  tip  pipet  terlebih  dahulu disterilisasi  menggunakan  mesin  autoclave.  Selain  itu sterilisasi  meja  kerja  dan  mikro  pipet  yang  akan digunakan juga dilakukan dengan menggunakan ethanol 70%  sehingga  bebas  dari  debu  dan  kontaminan. Berbagai  reagent  dari  Kit  yang  akan  digunakan  juga dipersiapkan di antaranya buffer ATL, buffer AL, buffer AW1, buffer AW2, buffer AE, serta mini spin column dan collection  tube  (gambar  2).  Tahapan  kerja  berikutnya mengikuti protokol Extraction Kit yang digunakan yaitu sebagai berikut:
Step 1: Sebanyak + 20 mg jaringan otot ikan kerapu yang telah dipreservasi dalam alkohol 95% diambil dari tube sampel.
Step  2:  Alkohol  dari  jaringan  diserap  dengan menggunakan kertas tissue hingga kering. Sampel yang telah  diserap  alkoholnya  dimasukkan  ke  dalam  tabung ependorf  1,5  ml.  Jaringan  kemudian  digrinder  atau dicacah menggunakan gunting.
Step  3:  Buffer  ATL  ditambahkan  sebanyak  200  μl  dan Proteinase K 20 μl. Vortex 15 detik, kemudian diinkubasi pada suhu 56 oC (1-2 jam). Vortex setiap 20 menit.
Step  4:  Buffer  AL  200  μl  ditambahkan,  kemudian divortex selama 15 detik.
Step 5: EtOH (96-100%) ditambahkan sebanyak 200 μl, kemudian divortex 15 detik.
Step  6:  Seluruh  campuran  di  pipet  dan  dimasukkan  ke dalam  Dnaesy  mini  spin  column  tube  2  ml,  kemudian disentrifugasi 800 rpm selama 1 menit.
Step  7:  Cairan  dan  collection  tube  dibuang  kemudian pindahkan DNeasy mini spin column ke collection tube yang  baru.  Tambahkan  500  μl  Buffer  AW  1,  kemudian disentrifugasi 800 rpm selama 1 menit.
Step  8:  Cairan  dibuang  kemudian  tempatkan  DNeasy mini  spin  column  kembali  ke  collection  tube  2  ml.
Tambahkan 500 μl Buffer AW 2, kemudian disentrifugasi 14.000 rpm selama 3 menit.
Step 9: Cairan dan collection tube dibuang, Dneasy mini spin column dipindahkan ke tube 1,5 ml yang baru.
Step  10:  Sebanyak  100  μl  Buffer  AE  (Ellution  buffer) ditambahkan untuk membasuh DNA pada matriks mini spin  column.  Inkubasi  selama  1  menit,  kemudian disentrifugasi 800 rpm selama  1  menit.  Diperoleh  DNA total.

## Analisis DNA secara kualtatif
Uji  kualitatif  DNA  hasil  ekstraksi  dilakukan  dengan melakukan  elektroforesis  dalam  gel  agarose  1%  yang dijalankan pada tegangan 100 volt selama 30 menit.

## Analsis DNA secara kuantitatif
Kuantifikasi DNA hasil ekstraksi dilakukan dengan mengukur rasio,  konsentrasi  DNA  (ìg/ml)  dan  protein  (mg/ml)  dari setiap sampel dengan menggunakan spektrofotometer pada panjang gelombang 260 dan 280 nm
Gambar 1. Persiapan alat dan bahan ekstraksi DNA (gunting, pinset, scalpel, waterbath, sentrifuge, microwave, tabung ependorf 1.5 ml, tip, mikro pipet ukuran 0.1 ìl - 1000 ìl, Proteinase K, EtOH absolut).
Gambar 2. Reagen-reagen dan alat yang tersedia dalam Extraction Kit (kiri).
Copyright © 2019 Journal of Science and Applicative Technology
J. Sci. Appl. Tech. vol. 3 (1), 2019, pp. 40-45 | 43 Published by: Lembaga Penelitian, Pengabdian Masyarakat, dan Penjaminan Mutu Institut Teknologi Sumatera, Lampung Selatan, Indonesia

## Hasil dan Pembahasan
Menurut  Hajibabaei et  al .  [3]  terdapat  tiga  metode ekstraksi dan purifikasi untuk mendapatkan DNA genom dengan  relatif  cepat  yaitu  ekstraksi  menggunakan Chelex 100, ekstraksi menggunakan silika atau membran silika dan ekstraksi menggunakan Magnetic-Bead Based . Metode  Chelex  ( Chelating  Ion  Exchange )  merupakan metode  ekstraksi  berbasis  bahan  pengkelat  untuk memurnikan senyawa lain melalui mekanisme pertukaran  ion.  Metode  Chelex  relatif  sederhana  dan cepat.  Tahapan  dalam  metode  Chelex  menggunakan sedikit  tube  transfer  dan  tidak  melibatkan  pelarut organik  toksik  [6].  Metode Magnetic-Bead  Based merupakan metode ekstraksi yang melibatkan penambahan  partikel magnetik  ( magnetic beads )  dan magnet separator sebagai alat pemisah DNA target yang telah dihomogenasi dengan partikel magnetik [7,8]
Metode  yang  digunakan  dalam  penelitian  ini  adalah ekstraksi  dengan  menggunakan  membran  silika  atau yang lebih dikenal dengan metode kit ekstraksi. Berbagai protokol  menyatakan  bahwa  ekstraksi  berbasis  silika dan  membran  silika  dapat  menghasilkan  DNA  yang relatif  murni.  Pendekatan  penggunanaan  silika  dan membran silika ini juga lebih efektif dalam mengekstrak DNA dalam studi spesimen yang telah terdegradasi [3]. Menurut Raffiudin et al . [9] ekstraksi dengan metode kit merupakan  teknik  yang  tepat  digunakan  oleh  para pengambil  kebijakan  di  badan  karantina  untuk mendeteksi  spesies  introduksi  dari  luar  Indonesia, sehingga  dapat  memutuskan  secara  cepat  perizinan diperbolehkan atau tidaknya spesies tersebut masuk ke Indonesia.  Kit  ekstraksi  tersedia  untuk  bermacam- macam spesimen sesuai peruntukannya, misalnya untuk ekstraksi jaringan darah, jaringan tumbuhan, dan bakteri.
Saat  ini  kit  ekstraksi  komersial  banyak  digunakan  oleh para peneliti sebagai alternatif metode ekstraksi organik dari berbagai material sumber genetik dengan berbagai perlakuan. Selain mudah dan cepat dalam pengerjaannya,  kualitas  DNA  yang  diperoleh  relatif murni.
Penggunaan  manik-manik  gelas  atau  partikel  silika  gel menjadi  metode  yang  popular  untuk  mengisolasi  DNA. Evolusi  dari  prinsip  ini  diperkenalkan  melalui  spin column  dengan  membran  silika.  Prinsip  dasar  dari  gel padat silika di dalam spin column sangatlah sederhana. DNA berikatan dengan membran silika pada spin column dengan adanya bantuan dari garam chaotrophic dengan konsentrasi tinggi, kontaminan akan dibuang dan DNA di
elusi  dari  membran  silika  dengan  air  atau  garam penyangga  dengan  konsentrasi  rendah.  Metode penggunaan membran silika merupakan modifikasi dari prinsip yang pertama kali dilakukan oleh Vogelstein dan Gillespie  [10].  Vogelstein  dan  Gillespie  menyatakan bahwa  percobaan  dapat  dilakukan  dengan  waktu  yang singkat,  sederhana,  non  toksik  dan  menghasilkan panenan DNA dengan kemurnian yang tinggi.
Prinsip pemurnian matriks silika didasarkan pada afinitas yang  tinggi  dari  ruas  rangka  DNA  yang  bermuatan negatif  terhadap  partikel  silika  yang  bermuatan  positif [11].  Silika  berikatan  dengan  DNA  melalui  interaksi ikatan  hidrogen  dengan  matriks  hidrofilik  silika,  di bawah  kondisi  garam chaotrophic terkonsentrasi (biasanya natrium iodida, natrium perklorat, guanidinium  tiosianat).  Agen chaotrophic adalah molekul  terlarut  yang  menganggu  dan  mengubah  sifat makromolekul protein dan asam  nukleat misalnya DNA dan  RNA  dengan  meningkatkan  entropi  sistem  yang dapat mengganggu interaksi intramolekul seperti ikatan hidrogen, gaya van der Waals, dan efek hidrofobik [12]. Pada umumnya, guanidinium tiosianat dan guanidinium hidroklorida digunakan untuk mengikat asam nukleat ke membran silika. Di bawah konsentrasi garam yang tinggi, asam nukleat selektif berikatan dengan membran silika sementara  kontaminan  lainnya,  terutama  protein, melewati membran.
Berdasarkan  Hajibabaei  et  al.  [3]  pada  pengujian perbandingan teknik isolasi, ekstraksi menggunakan kit lebih aman dari kesalahan pengerjaan yang menimbulkan kontaminasi dibandingkan dengan menggunakan  teknik  ChargeSwitch  dan  DryRelease. Selain  itu  metode  ekstraksi  berbasis  silika  juga dianjurkan  untuk  spesimen  yang  mengalami  proses penyimpanan (pengawetan).
Penggunaan  kit  komersial  ini  bukan  berarti  tidak memiliki  kekurangan.  Beberapa  penelitan  untuk membandingkan  metode  ekstraksi  yang  tepat  pada beberapa  spesimen  dengan  berbagai  perlakuan menyatakan  tidak  semua  kit  komersial  mampu memanen DNA dalam konsentrasi yang tinggi. Mulyani et  al.  [13]  menyatakan  bahwa  metode  yang  paling sensitif mengisolasi DNA genom ikan mas yang terinfeksi (Koi Herves Virus) KHV adalah metode modifikasi CTAB ( Cetyltrimethilammonium Bromide ). Metode modifikasi CTAB  ini  menghasilkan  nilai  kemurnian  DNA  yang  baik dengan  konsentrasi  DNA  tertinggi,  diikuti  metode  kit ekstraksi  DNA  dan  metode  CTAB  dengan  phenol  dan thermal lisis.
e-ISSN: 2581-0545
Ekstraksi DNA total dari sumber jaringan hewan (Ikan Kerapu) menggunakan metode kit for animal tissue
Tabel 1. Nilai absorbansi dan konsentrasi DNA total.
No Kode Sampel Konsentrasi DNA Unit 260/280 1. Ka 15.3 ng/μl 2.04 2. K1 9.75 ng/μl 2.05 3. K2 14.8 ng/μl 1.97 4. K3 6.25 ng/μl 2.08 Rata-rata 11.52 2.03
Gambar  3 Visualisasi  DNA  hasil  ekstraksi  dibawah  sinar  UV,  M  =  Marker (1500 bp) dan K1-K4 = nomor sampel.

## Analisis DNA Secara Kualitatif dan Kuantitatif
Indikasi  terdapatnya  DNA  dari  hasil  ekstraksi  dapat terlihat dari pita DNA yang membentuk smear (gambar 3).  Terdapat  4  pita  sampel  yang  tervisualisasi  pada  gel agarose. Perkiraan ukuran pita DNA dapat diketahui dari perbandingan marker. Marker yang digunakan memiliki ukuran  total  1500  pb  (pasang  basa).  Munculnya  pita pada  gel  menandakan  terdapatnya  DNA  dari  hasil ekstraksi terlepas dari ada tidaknya materi ikutan selama proses isolasi. Uji eksistensi DNA seperti ini mudah dan sederhana, namun tidak dapat mengkuantifikasi secara detail  konsentrasi  DNA  yang  sebenarnya  dari  tiap sampel.
Kuantifikasi  untuk  mengukur  konsentrasi  DNA  dan protein tiap sampel dapat dilakukan dengan menggunakan teknik nanodrop. Tingkat kemurnian DNA berkorelasi  dengan  kualitas  DNA.  Kualitas  DNA  dapat ditentukan  dengan  cara  menghitung  rasio  antara  nilai OD260  dan  nilai  OD280  pada  sampel  DNA  yang  diukur melalui  spektrofotometer.  DNA  dinyatakan  memiliki tingkat  kemurnian  85%  jika  memiliki  nilai  rasio OD260/OD280 (optical density) berkisar antara 1.8–2.0 [14]. Adanya kontaminasi fenol atau protein pada hasil ekstraksi  menurut  Fan  dan  Gulley  [2]  memiliki  rasio OD260/OD280  <  1,7  Khosravinia  et  al.  [15]  juga menjelaskan bahwa DNA dikatakan terkontaminasi RNA jika memiliki rasio OD260/OD280 > 2,0. Nilai absorbansi selanjutnya dapat dilihat pada tabel 1.

## Kesimpulan
Ekstraksi  DNA  yang  dilakukan  pada  penelitian  ini menggunakan metode ekstraksi adopsi nonorganik atau yang lebih  dikenal  dengan  metode kit  ekstraksi. Kolom berbasis  membran  silika  dibawah  larutan  garam terkonsentrasi menjadi prinsip pemurnian Kit ekstraksi. Metode ekstraksi menggunakan kit, waktu pengerjaannya lebih singkat, sederhana, non toksik dan menghasilkan  panenan  DNA  dengan  kemurnian  yang tinggi,  namun  dengan  biaya  yang  sedikit  lebih  tinggi. Sebanyak  4  sampel  jaringan  dari  otot  ikan  kerapu ( Epinephelus sp.)  berhasil  diekstraksi  menggunakan Extraction  Kit yang  diiindikasikan  dengan  munculnya pita  pada  analisis  DNA  secara  kualitatif  dalam  gel agarose  1  %.  Kemurnian  DNA  berdasarkan  rasio OD 260 /OD 280 berkisar antara 1.97-2.08 yang
menunjukkan  bahwa  DNA  yang  diekstraksi  memiliki tingkat kemurnian yang tinggi.

## Konflik Kepentingan
Penulis  menyatakan  tidak  ada  konflik  kepentingan dalam penelitian ini.

## Ucapan Terima Kasih
Penulis  mengucapkan  terima  kasih  kepada  Kepala Laboratorium  Molekuler,  Pusat  Penelitian  Oseanografi, Lembaga  Ilmu  Pengetahuan  Indonesia  (LIPI)  Ancol  atas pemberian  izin  untuk  mengerjakan  penelitian  di Laboratorium  Molekuler,  Pusat  Penelitian  Oseanografi, Lembaga  Ilmu  Pengetahuan  Indonesia  (LIPI)  Ancol. Penulis  juga  mengucapkan  terima  kasih  kepada  semua pihak yang telah memberikan masukan pada penulisan naskah  artikel  ini  saat  penulis  menjadi  mahasiswa  di Sekolah  Pascasarjana,  Program  Studi  Biosains  Hewan, Institut Pertanian Bogor.

## Referensi
[1] Sambrook  J,  Russell  DW.  Molecular  Cloning:  A  Laboratory, Third Edition. New York (US): Cold Spring Harbour Laboratory Press. 2001.
[2] Fan H, Gulley ML. Molecular Pathology Protocols: Methods in Molecular Medicine. A. A. Killeen, editor. Totowa, NJ: Humana Press Inc. 2000.
[3] Hajibabaei  M,  deWaard  JR,  Ivanova  NV,  Ratnasingsham  S, Dooh RT, Kirk SL, Mackie PM, Hebert PDN. Critical factors for assembling a high volume of DNA barcodes. Phil Trans R Soc B. 360: 1959-1967. 2005.
Copyright © 2019 Journal of Science and Applicative Technology
J. Sci. Appl. Tech. vol. 3 (1), 2019, pp. 40-45 | 45 Published by: Lembaga Penelitian, Pengabdian Masyarakat, dan Penjaminan Mutu Institut Teknologi Sumatera, Lampung Selatan, Indonesia
[4] Albert  B,  Johnson  A,  Lewis  J,  Raff  M,  Roberts  K,  Walter  P. Moleculer  Biology  of  The  Cell,  Fifth  Edition.  New  York  (US): Garland Science, Taylor & Francis Group. 2008.
[5] Walker  M  and  Rapley  R  (eds).  Molecular  Biomethods Handbook, 2 nd edn. NJ, USA: Humana Press. 2008.
[6] Sweet  D,  Lorente  M,  Valenzuela  A,  Lorente  JA,  Alvarez  JC. Increasing  DNA  extraction  yield  from  saliva  stains  with  a modified Chelex method. For Sci Int. 83: 167-177. 1996.
[7] Stefano RC, Vago L, Bonetto S, Nebuloni  M,  Costanzi  G.  Use magnetic  beads  for  tissue  DNA  extraction  and  IS6110 Mycobacterium tuberculosis PCR. J Clin Pathol. 52: 158-163. 1999.
[8] Albertoni  GA,  Arnoni  CP,  Araujo  PRB,  Andrade  SS,  Carvalho FO,  Girȧo  MJBC,  Schor  N,  Barreto  JA.  Magnetic  bead technology for viral RNA extraction from serum in blood bank screening. Braz J Infect Dis. 15 (16): 547-552. 2011.
[9] Raffiudin R, Bintar A, Widjaja MC, Farajallah A, Purwantara B. Rapid  detection  of  the  Africanized  honey  bee:  a  tool  for Indonesian animal quarantine. Biotropia. 16 (1): 38-44. 2009.
[10] Vogelstein  B,  Gillespie  D.  Preparative  and  analytical purification  of  DNA  from  agarose. Proc.  Nat.  Acad.  Sci .  76: 615-619. 1979.
[11] Esser  KH,  Marx  WH,  and  Lisowsky  T.  MaxXbond:  first regeneration system for DNA binding silica matrices. Nature. 3(1): 1 – 2. 2006.
[12] Berensmeier  S.  Magnetic  particles  for  the  separation  and purification  of  nucleic  acids.  Microbiol.Biotechnol.  73:  495- 504. 2006.
[13] Mulyani Y, Purwanto A, Nurruhwati I. Perbandingan beberapa metode isolasi DNA untuk deteksi dini Koi Herves Virus (KHV) pada ikan mas ( Cyprinus carpio L). Akuatika: 1-16. 2011.
[14] Glasel  JA.  Validity  of  nucleic  acid  purities  monitored  by  260 nm/280  nm  absorbance  ratio.  BioTechniques  18(1):  62-62. 1994.
[15] Khosravinia H, Murthy HNN, Parasad DT, Pirany N. Optimizing factors  influencing  dna  extraction  from  fresh  whole  avian blood. African J Biotechnol. 6 (4): 481-486. 2007.