## Pemodelan  Homologi  Protein  Receptor  Orphan Receptor-1  (ROR-1)  Sebagai  Target  Terapi Chronic Lymphocytic Leukemia (CLL)

## Ruslin, Suci Rahmawati Putri, Muhammad Arba
Fakultas Farmasi Universitas Halu Oleo, Kampus Hijau Bumi Tridharma Anduonohu, Jl. H. E. A. Mokodompit Kendari 93232
E-mail: mahaleo241@yahoo.co.id

## Abstract
Receptor  Orphan  Reseptor-1 (ROR-1)  is  a  trans-membrane  protein  consists  of  937  amino  acid  residues  located  on  1p31.3 chomosome.  ROR-1  has  an  important  role  in  leukemogenesis  of  CLL  cells.  Co-expressions  of  ROR-1  and  TCL  enhance leukemogenesis  and  caused  AKT’s  phosphorylation,  cell’s  proliferations,  and  resistances  to  apoptosis.  This  study  had  done physicochemical characteristics analysis, secondary structure and tertiary structure prediction of ROR-1 Protein using few types of bioinformation tools. The physicochemical characteristics analysis was done by using Expasy Protparam server and the prediction of secondary structure was using Sopma and Psipred. The prediction of ROR-1’s tertiary structure was done by using Modeller 9.19 software and  resulting  five  ROR-1’s  tertiary  structures  predicted  model.  The  accuration  of  the  results  then  evaluated  using Ramachandran’s plot analysis and it was showed Model 3 is the best models wich percentage is 82%.
Keywords: ROR-1, Choronic Lymphocytic Leukemia (CLL), homology modeling, Modeller, Ramachandran plot

## 1. Pendahuluan
Leukemia  atau  kanker  darah  adalah  penyakit keganasan  sel  darah  yang  berasal  dari  sumsum  tulang ditandai dengan proliferasi sel-sel darah putih, oleh adanya sel-sel  abnormal  yang  diproduksi  secara  tak  normal (transformasi  maligna)  dari  sel-sel  pembentuk  darah  di sumsum  tulang  dan  jaringan  limfoid  [1].  Leukemia termasuk  ke  dalam  jenis  tumor  cair  ( liquid tumor)  [2]. Leukemia ditandai  oleh penimbunan sel darah putih  yang abnormal dalam sumsum tulang, yang dapat menyebabkan kegagalan sumsum tulang  dan  meningkatnya  sirkulasi sel darah putih [3].
Chronic  Lymphocytic  Leukemia (CLL)  merupakan keganasan  hematologi  yang  ditandai  akumulasi  limfosit kecil  matang  dalam  darah,  sumsum  tulang  dan  jaringan limfoid.  Resiko terjadinya penyakit  ini meningkat dengan bertambahnya usia, dan lebih sering dijumpai pada laki-laki dibandingkan  dengan  wanita  [4].  Data  statistik  kanker Surveillance , Epidemiology,  and  End  Result  Program National Cancer Institute prevalensi leukemia sebesar 13,7 per  100.000  populasi  per  tahun,  dan  jumlah  kematian leukemia  sebesar  6.8  per  100.000  populasi  per  tahun. Leukemia  berada  di  urutan  ke-9  dilihat  dari  prevalensi kejadiannya,  yaitu  sebesar  3.7%  dari  seluruh  kanker.  [5]. Pilihan obat yang digunakan untuk pengobatan CLL adalah Fludarabine di kombinasi dengan senyawa berbeda seperti siklofosfamid  dan  anti-CD20  mAbs  telah  meningkatkan efisiensi  dan efektivitas  pengobatan.  Akan tetapi,  obat  ini hanya  efektif  untuk  pengendalian  penyakit  bukan  untuk terapi  [6].  Banyak  usaha  yang  telah  dilakukan  untuk mengatasi kekurangan terapi CLL saat ini. Banyak peneliti
telah  mencoba  menyajikan  modalitas  baru  untuk  terapi CLL  menggunakan  pendekatan  berbeda  termasuk  mAbs spesifik, inhibitor tyrosine kinase , imunotoksin, dan terapi sel[7].  Semua  modilitas  berpotensi  terapeutik  terutama protein ROR-1 ditargetkan untuk terapi CLL [8].
Reseptor Orphan Reseptor-1 (ROR-1) adalah protein transmembran  yang  terdiri  dari  937  residu  asam  amino. ROR-1  terletak  pada  kromosom  1p31.3[9].  ROR-1  juga memiliki peran dalam leukemogenesis dari sel CLL dengan berinteraksi pada sel T antigen leukemia  yang merupakan aktivator  dari  AKT.  Ko-ekspresi  dari  ROR-1  dan  TCL  1 meningkatkan leukemogenensis sehingga terjadi fosforilasi AKT  proliferasi  sel  dan  resisten  terhadap  apoptosis  [10]. Fosforilasi  ROR-1  residu  tirosin  pertama  dan  terakhir sangat  penting.  ROR-1  secara  konstitutif  terfosforilasi residu  tirosin  pada  sel Chronic  Lymphocytic  Leukemia (CLL),  Anti-ROR-1  mAbs  melawan  Domain  CRD  dan KNG menginduksi defosforilasi ROR-1 di residu tyrosine diikuti oleh apoptosis sel leukemia[11].
Berdasarkan  profil  ekspresi  pengujian  ROR-1 dilakukan  secara  praklinis  pada  kelinci  fab  khusus  untuk ROR-1  sebagai  target  baru  untuk  terapi  CLL.    Hasil penelitian  yang  dilakukan  menunjukkan  bahwa  ROR-1 secara kolektif dapat mengikat molekul pada manusia dan mengaktifkan antibody-dependent cell-mediated cytotoxicity (AADC), complement  mediated  cytotoxicity (CDC)  serta  induksi  apoptosis  sel  pada  CLL  dimana ekspresi  yang  kuat  dari  ROR-1  dapat  terlihat  pada  sel-B CLL  [12].  Terapi  kanker  pada  sel  target  muncul  sebagai pilihan pengobatan baru untuk berbagai jenis kanker. Salah
satu  pendekatan  yang  dapat  dilakukan  untuk  menemukan obat  yang  selektif  membunuh  sel  kanker  yaitu  dengan mengenali  atau  mengetahui  karakterisasi  protein-protein yang  bekerja  pada  sistem  regulasi  penyakit  kanker[13]. Struktur  protein  diprediksi  dengan  metode  pemodelan homologi ( homology modeling ) [14]. Sulitnya menentukan struktur  dan  terbatasnya  kemampuan  untuk  melakukan penelitian  secara  langsung  di  dalam  laboratorium,  maka menyamakan  atau membuat  pemodelan homologi ( homology  modeling )  dapat  dijadikan  sebagai  cara  untuk menentukan struktur tersier menggunakan sekuens protein yang telah diketahui ( target ) terhadap pensejajaran sekuens ( alignment ) dari satu atau lebih pola struktur protein yang telah diketahui (pola/ template ) [15].
Berdasarkan  hal  tersebut,  perlu  dilakukannya penelitian  untuk  mencari struktur  tersier  protein Receptor Orphan  Receptor-1 (ROR-1)  melalui  program modelling komputer Modeller .  Kemudian  akan  dilakukan  validasi terhadap  struktur  tersier  protein Receptor  Orphan Receptor-1 (ROR-1)  karena  dengan  mengetahui  struktur tersier protein ROR-1, bisa dijadikan sebagai acuan untuk memperkirakan  bentuk  senyawa  yang  dapat  berinteraksi dengan  protein  tersebut  pada  tingkat  molekuler  sehingga memudahkan  pencarian  senyawa  obat  yang  dapat berpotensi  sebagai  target  terapi Chronic  Lymphocytic Leukemia (CLL).

## 2. Metode Penelitian

## 2.1 Umum
Alat  yang  digunakan  dalam  penelitian  yakni Perangkat  Keras  ( Hardware )  Laptop  dengan  spesifikasi Intel-CoreTM  i5-8250U  (3.4  GHz)  NVIDIA®  GeForce® (4GB VRAM) 4GB DDR3 L Memory 1TB HDD, Sistem operasi:  Windows®,  serta  s oftware Modeller v9.18  dan software PyMol v1.8.6.0.  Sekuens  protein  ROR-1 Homosapiens yang  diperoleh  dari National  Center  of Biotechnology Information (NCBI).

## 2.2 Pemastian Struktur ROR-1 dan Analisis Fisikokimia
Penelitian ini dilakukan untuk membangun struktur tersier  dari  suatu  protein  yang  belum  diketahui  sturktur tersier  sebelumnya.  Untuk  memastikan  apakah  protein ROR-1  belum  memiliki  struktur  tersier  adalah  dengan melakukan  pencarian  pada  server  PDB.  Analisis  sifat fisikokimia  berdasarkan  struktur  primer  protein  ROR-1 dilakukan  menggunakan  server  Expasy  ProtParam,  yang meliputi  beberapa  parameter  fisikokimia  berupa  titik isoelektrik  teoritis  (pI), berat  molekul,  komposisi  asam amino,  perkiraan  waktu  paruh,  rata-rata  nilai  hidropati (GRAVY), indeks alifatik dan indeks ketidakstabilan.

## 2.3 Prediksi Struktur Sekunder
Struktur sekunder protein ROR-1 diprediksi dengan menggunakan  server  SOPMA  dan  PSIPRED.  Server tersebut  memperkirakan  sifat  struktural  sekunder  seperti αhelix, Pi helix, beta bridge, extended strand, bend region, beta turns, random coil, dan ambiguos states .

## 2.4 Prediksi Struktur Tersier
Struktur  tersier  protein  ROR-1  diprediksi  dengan menggunakan software Modeller  yang  dimulai  dengan pencarian struktur protein yang homolog ( template ) dengan protein  target  ROR-1 menggunakan analisis  BLAST. Analisis  tersebut  akan  menghasilkan  berbagai  macam protein  yang  memiliki  kemiripan  dengan  ROR-1.  Tahap selanjutnya  yaitu  mensejajarkan  target  dengan template dengan  cara  mensejajarkan  residu-residu  asam  amino antara  sekuens  asam amino ROR-1 dengan sekuens asam amino template . Setelah penyejajaran target- template telah dibuat, Modeller akan secara otomatis membangun model target menggunakan kelas automodel.

## 2.5 Validasi Struktur
Hasil  kelima  pemodelan  struktur  tersier  ROR-1 divalidasi  menggunakan  server  PROCHECK  untuk memeriksa  kualitas  streokimia  dan  stabilitas  model  dari struktur protein berdasarkan plot Ramachandran.

## 3. Hasil dan Pembahasan
Hasil  pencarian  struktur  protein  ROR-1  pada  server PDB menunjukkan bahwa ROR-1 belum memiliki struktur tersier.  PDB  merupakan  satu-satunya  gudang  informasi global tentang struktur tiga dimensi yang meliputi struktur tersier  ataupun  struktur  kuarterner  molekul  biologis  dari protein maupun asam nukleat.

## 3.1 Analisis Sifat Fisikokimia
Analisis  struktur  primer  atau  urutan  asam  amino memberikan  wawasan  mengenai  struktur  protein,  sehingga dapat  memberikan  kemudahan  dalam  memahami  fungsi biokimia  maupun  fungsi  seluler  [16].  Hasil  analisis  sifat fisikokimia  diantaranya  berupa  komposisi  asam  amino penyusun  protein  ROR-1  dapat  dijadikan  sebagai  acuan dalam  menentukan  sifat  fisiko-kimia  protein  ROR-1,  serta nilai dari beberapa parameter fisikokimia protein ROR-1.
Berdasarkan Tabel 1 terlihat jenis asam amino  yang paling  mendominasi  dalam  menyusun  protein  ROR-1 adalah  serin  sebanyak  93  asam  amino  (9,9%)  dan  prolin sebanyak  79  asam  amino  (8,4%).  Kompisisi  asam  amino ini dapat menjadi acuan dalam proses pembentukkan atau pelipatan suatu struktur sekunder dan tersier protein ROR- 1.  Namun  komposisi  suatu  asam  amino  tidak  dapat memberikan  nilai  rinci  dari  parameter  sifat  fisikokimia protein ROR-1.
Hasil  analisis  fisikokimia  menggunakan  server ProtParam  Expasy  menunjukkan  ROR-1  memiliki  berat molekul sebesar 104282.62 Da, berat molekul protein melalui server  ProtParam  Expasy  dihitung  dengan  penambahan massa  isotop  rata-rata  asam  amino  dalam  protein  yang disediakan  dan massa isotop rata-rata dari satu  molekul air. Perkiraan  waktu  paruh  ROR-1  pada  mamalia  retikulosit secara in vitro adalah 30 jam, ragi secara in vivo >20 jam dan Escherichia coli secara in vivo >10 jam. Waktu paruh adalah  prediksi  waktu  yang  diperlukan  setengah  dari jumlah  protein  dalam  sel  untuk  menghilang  setelah
sintesisnya  di  dalam  sel  [17].  Waktu  paruh  berkaitan dengan waktu yang dibutuhkan untuk mengganti setengah dari molekul protein. Informasi mengenai waktu paruh atau tingkat  degradasi  terhadap  suatu  protein  dapat  digunakan sebagai  acuan  dalam  pengembangan  obat  dalam  berbagai jenis  penyakit.  Sehingga  dikarenakan  protein  ROR-1 menjadi  target  terapi  kanker Choronic  Lymphocytic Leuekemia (CLL),  maka  senyawa  obat  yang  akan berinteraksi  dalam  menghambat  kerja  ROR-1  harus dipastikan  dapat  mencapai  target  dalam  kurun  waktu  30 jam.
Tabel 1. Komposisi asam amino ROR-1 Asam Amino Jumlah Komposisi Alanin (A) 58 6.2 % Arginin (R) 46 4,9 % Asparagin (N) 45 4.8 % Aspartat (D) 36 3.8 % Cystein (C) 28 3.0 % Glutamin (Q) 43 4,6 % Glutamat (E) 53 5,7 % Glisin (G) 58 6,2 % Histidin (H) 30 3,2 % Ileusin (I) 57 6,1 % Leusin (L) 77 8,2 % Lisin (K) 39 4,2 % Metionin (M) 26 2,8 % Fenilalanin (F) 37 3,9 % Prolin (P) 79 8,4 % Serin (S) 93 9,9 % Treonin (T) 47 5,0 % Triptofan (W) 10 1,1 % Tirosin (Y) 34 3,6 % Valin (V) 41 4,4 %
Nilai pI ( isoelectric point ) teoritis ROR-1 sebesar 6,76 yang adalah nilai pH dimana total muatan gugus bermuatan positif  dan  negatif  mencapai  kestabilan  (sehingga  total muatan  asam  amino  tersebut  adalah  nol)  [18].  Apabila  pH berada  diatas  titik  isoelektrik  protein  bermuatan  negatif, sedangkan dibawah titik isoelektrik maka protein bermuatan positif.  Titik  isoelektrik  merupakan  data  yang  sangat penting  diketahui  untuk  proses  pemurnian  suatu  protein. Jika titik isoelektrik (pI) sutu protein sudah diketahui maka strategi awal pemisahan dapat dengan mudah dikembangkan.
GRAVY ( grand average of hydropathicity ) hidropatik  atau  rata-rata  hidropatik  merupakan parameter yang  menentukan  sifat  hidrofobik  suatu  protein,  apabila nilai indeks hidropati asam amino semakin positif, semakin hidrofobik  asam  amino  tersebut  [19].  Hasil  analisis menunjukkan  bahwa  nilai  GRAVY  dari  protein  ROR-1 adalah  -0,359  yang  menunjukkan  bahwa  protein  ROR-1 bersifat hidrofilik. Hal ini sangat berpengaruh terhadap proses pelipatan  suatu  asam  amino  dalam  pembentukan  struktur tersiernya.  Diketahui  bahwa  protein  yang  kaya  akan  residu asam amino yang bersifat hidrofilik sulit membentuk lipatan menjadi stuktur tersier yang baik.
Protein  ROR-1  memiliki  indeks  kestabilan  sebesar 54,10.  Indeks  ketidakstabilan  adalah  ukuran  protein  yang memberikan  perkiraan  stabilitas  suatu  protein.  Sebuah protein  yang  indeks  ketidakstabilannya  lebih  kecil  dari  40
diprediksi  stabil,  jika  lebih  besar  maka  kemungkinan  tidak stabil  [20].  Berdasarkan  hasil  yang  diperoleh  menunjukkan bahwa protein ROR-1  merupakan protein  yang tidak  stabil. Hal ini akan berpengaruh terhadap proses pembentukkan dari struktur tersier protein ROR-1.
Indeks  alifatik  merupakan  volume  relatif  yang ditempati  oleh asam amino seperti alanin,  valin, isoleusin dan  leusin,  yang  memiliki  rantai  samping  alifatik  dalam strukturnya  dan  dianggap  sebagai  faktor  yang  dapat meningkatkan termostabilitas protein [17] . Indeks alifatik dari suatu  protein  menunjukkan  volume  relatif  yang  ditempati oleh  asam  amino  seperti  alanin,  valin,  isoleusin  dan  leusin, yang  memiliki  rantai  samping  alifatik  dalam  strukturnya. Indeks  alifatik  merupakan  faktor  positif  yang  dapat meningkatan  termostabilitas  suatu  protein  globular  [21]. Protein ROR-1 memiliki indeks alifatik sebesar 74,65.

## 3.2 Prediksi Struktur Sekunder
Struktur  sekunder  protein  dapat  dianggap  sebagai jembatan  yang  menghubungkan  urutan  utama  protein  dan struktur  tersier  [22].  Struktur  sekunder  terbentuk  karena interaksi yang terjadi antara gugus C, O, dan NH pada asam amino  dalam  rantai  polipeptida  untuk  membentuk alpha helix ,  β- sheet ,  atau random  coil dan  yang  memfasilitasi pelipatan menjadi struktur tiga dimensi [23].
Tabel 2. Komposisi struktur sekunder ROR-1 Struktur sekunder Jumlah Komposisi Alpha helix 228 24,33 % 310 helix 0 0,00 % Pi helix 0 0,00 % Beta bridge 0 0,00 % Extended strand 133 14,19 % Beta turn 46 4,91 % Bend region 0 0,00 % Random coil 530 56,65 % Ambiguous states 0 0,00 % Other states 0 0,00 %
Hasil  prediksi  struktur  sekunder  yang  diperoleh  dari server  SOPMA,  menunjukkan  bahwa  struktur  sekunder ROR-1 didominasi oleh Random coil (56,65%), alpha helix (24,33%), Extended strand (14,19 %) dan beta turn (4,49%). %).  Struktur alpha  helix umumnya  menggambarkan  ciri protein transmembran karena ikatan hidrogen dari struktur alpha  helix membentuk backbone molekul,  sedangkan rantai  samping  struktur alpha  helix memiliki  sifat hidrofobik.  Berdasarkan  hasil  prediksi  server  Sopma, menunjukkan  bahwa  protein  ROR-1  memiliki  struktur alpha  helix dengan  persentasi  kedua  terendah,  sedangkan struktur  yang  memiliki  persentase  paling  tinggi  yaitu struktur random  coil .  Kumparan  acak  atau random  coil protein  berfungsi  dalam  fleksibilitas  dan  perubahan konformasi[24]. Dimana ikatan peptida dalam random coil yang  tidak  terlibat  dalam  ikatan  intra-protein  hidrogen, menjadikan  struktur random  coil dapat  dengan  leluasa berinteraksi  dengan  molekul  air,  ligan  kecil,  atau  dengan protein yang lain [25].
Gambar 1. Hasil prediksi struktur sekunder ROR-1 menggunakan server PSIPRED

## 3.3 Prediksi Struktur Tersier
Hasil  BLAST  struktur  protein  yang  homolog ( template ) dengan protein target ROR-1 ditampilkan pada Tabel  4.  Prinsip  BLAST  adalah  membandingkan  sekuens target  dengan  setiap  sekuens template dari  basis  data menggunakan  perbandingan  pasangan  sekuens.  Keenam template  seperti  yang  terdapat  dalam  Tabel  4  merupakan template  yang  telah  diketahui  struktur  tersiernya
berdasarkan  percobaan  eksperimental  yang  diperoleh  dari PDB.
Tabel 3. Hasil Analisis BLAST Template Max score Query cover E value Identity 3ZZW A 414 30 % 7e-138 68 % 4GT4 A 422 32 % 7e-141 66 % 4ASZ A, 255 28 % 2e-77 48 % 1LUF A, 278 29 % 2e-85 47 % 5I8A A 253 28 % 7e-77 47 %
Semua  template  kemudian  diolah  menggunakan software Modeller, dimana sekuens dari keseluruhan enam template akan disejajarkan dengan sekuens  protein  target, disesuaikan  dengan  residu-residu  penting  yang  berperan secara fungsional.  Tahap akhir adalah membangun model dari sekuens target yang telah disejajarkan dengan struktur template menghasilkan lima macam model struktur tersier. Kelima  hasil  prediksi  struktur  tersier  protein  ROR-1 kemudian  divisualisasikan  menggunakan  software  PyMol seperti yang ditunjukkan pada Tabel 4.
Berdasarkan  gambar  pada  tabel  4,  dapat  dilihat bahwa  kelima  hasil  prediksi  struktur  tersier  ROR-1  pada dasarnya  sama-sama  terdiri  dari  tiga  macam  struktur sekunder,  yaitu α- helix, β- sheet dan random coil . Namun, meskipun  tersusun  atas  struktur  sekunder  yang  sama, namun  dapat  dilihat  bahwa  bentuk  struktur  kelima  model tersebut memiliki sedikit perbedaan.
Tabel 4. Visualisasi model struktur tersier ROR-1 menggunakan PyMol Model Visualisasi Model Visualisasi Model 1
Model 4 Model 2 Model 5
Model 3

## 3.1 Validasi Struktur
Validasi kelima model struktur protein ROR-1 dapat diketahui  dengan  menganalisis  kualitas  stereokimianya menggunakan Procheck berdasarkan analisis plot Ramachandran. Plot Ramachandran akan
memvisualisasikan sudut-sudut dihedral φ (phi) dan ψ (psi) untuk  semua  residu  asam  amino  dalam  struktur  protein sehingga  dapat  memprediksi  konformasi  rantai  utama polipeptida  mana  yang  secara  teoritis  memungkinkan dengan melihat distribusi sudut dan memberikan gambaran daerah  yang  diperbolehkan  dan  tidak  diperbolehkan  dari nilai sudut dihedral yang berfungsi sebagai faktor penting dalam  penilaian  kualitas  struktur  tiga  dimensi  protein. Kualitas  struktur  yang  baik  dapat  dilihat  dari  persentase residu  asam  amino  yang  ditampilkan  sebagai  titik  biru dalam plot Ramachandran yang berada pada most favoured region (daerah yang paling disukai) dan disallowed region (daerah  yang  tidak  diperbolehkan).  Hasil  analisis  plot Ramachandran  dari  kelima  struktur  model  ROR-1 ditunjukkan pada Tabel 5.
Tabel 5. Hasil Analisis Plot Ramachandran Model Struktur ROR-1 Model Most Favoured Regions Additional Allowed Regions Generously Allowed Disallowed Regions 1 80,1 % 14,0 % 3,5 % 2,4 % 2 80,1 % 12,9 % 3,0 % 4,0 % 3 82, 0 % 11, 7 % 3,9 % 2,5 % 4 80,3 % 11,3 % 5,3 % 3,1 % 5 81, 6 % 11, 7 % 3,0 % 3,8 %
Model  3  merupakan  struktur  yang  paling  baik. karena memiliki persentase residu asam amino yang paling tinggi  pada most  favoured  region yaitu  82,  0  %,  dimana kualitas  struktur  ini  dapat  dilihat  dari  persentase  residu asam  amino  yang  ditampilkan  sebagai  titik  hitam  dalam plot Ramachandran yang berada pada most favoured region (daerah yang paling disukai) dan disallowed region (daerah yang tidak diperbolehkan) yang divisualisasikan
Gambar 3 . Plot Ramachandran Model 3.

## 4. Kesimpulan
a. Hasil analisis struktur primer protein ROR-1 meliputi nilai beberapa parameter sifat fisikokimia diantaranya yaitu  berat  molekul  sebesar  104282.62  Da,  perkiraan waktu paruh pada mamalia retikulosit secara in vitro adalah  30  jam,  ragi  secara in  vivo >20  jam  dan Escherichia  coli secara in  vivo >10  jam,  pI  teoritis sebesar  6,76,  nilai  GRAVY    sebesar    -0,359  ,  indeks alifatik  dengan  nilai  74,65,  indeks  ketidakstabilan sebesar  54,10  dan  komposisi  asam  amino  yang didominasi oleh Serin sebanyak 93 asam amino (9,9%) dari 937 asam amino penyusun protein ROR-1.
b. Struktur sekunder ROR-1 didominasi oleh Random coil (56,65%), alpha helix (24,33%), Extended strand (14,19
%) dan beta turn (4,91%).
c. Struktur  tersier protein ROR-1  dibangun  dengan cara membandingkan sekuens asam amino protein  ROR-1 dengan  kelima template yang  tersedia  pada  Protein Data Bank (PDB) melalui pemodelan  homologi  yang kemudian diperoleh lima model struktur.
d. Hasil validasi berdasarkan analisis plot Ramachandran diperoleh  struktur  tersier  proten  ROR-1  hasil pemodelan  yang  memiliki  kualitas  struktur  terbaik yaitu,  struktur  Model  3  dengan  jumlah  persentase residu  asam  amino  pada  most  favored  region 82% , additional allowed region 11,7% , generously allowed region 3,9% , disallowed region 2,5 %

## Daftar Pustaka
1. Isnani,  N.,  Dyah,  A.P.,  Rizka,  A.,Haridini,    I.M.,  2014, Evaluasi  Toksisitas  Hematologi  Akibat  Penggunaan  6- Merkaptopurin dalam Fase Pemeliharaan pada Pasien Pediatri Kanker Leukimia Limfoblastik Akut di Rs Kanker Dharmais Jakarta, Media Farmasi , Vol.11 (1) .
2. Morrison.,  Candis., Hesdorffer., Charles,  S., 2012., Patients’ Guide  to  Leukemia  (Panduan  untuk  Penderita  Leukemia), Penerjemah: Cisya Dewantara, Jakarta: PT Indeks.
3. Arita,  M.,  2009,  Perawatan  Pasien  Penyakit  Dalam,  Mitra Cendekia, Yogyakarta.
4. Wirawan,  R.,  2009,  Patogenesis  dan  Aspek  Laboratorium Polisitemia Vera, In: Pendidikan berkesinambungan patologi klinik, Editor: Oesman F, setiabudy RD, Departemen Patologi Klinik Fakultas Kedokteran Univeritas Indonesia, Jakarta.
5. NIH (National Cancer Institute)., Surveillance, Epidemiology, and  End  Result  Program,  U.S.  Departement  of  Health  and Human, USA.gov, http://seer.cancer.gov .
6. Elter, T M. Hallek, Engert, A., 2006, Fludarabine in chronic lymphocytic  leukaemia,  Expert Opin. Pharmacother . Vol.  7 (12). 1641–1651.
7. Baskar,  A.,  Wiestner,  W.H.,  Wilson,  I.,  Pastan,  C.  Rader., 2012,  Targeting  Malignant  B  Cells  With  an  Immunotoxin Against ROR1, MAbs 4 (May–June (3)) 349–361.
8. Cui,  G.F.  Widhopf,  L.  Chen,  L.  Rassenti,  Z.  Wang,  S.  Ma, dkk., 2013,  Preclinical Development of ROR1 Peptide Based Vaccine  with  Activity  Against Chronic  Lymphocytic Leukemia in  ROR1  Transgenic  Mice, Blood , Vol.122  (21) 4174.
9. Reddy, U. R., Phatak, S. & Pleasure, D., 1996, Human Neural Tissues Express A Truncated Ror1 Receptor Tyrosine Kinase, Lacking  Both  Extracellular  and  Transmembrane  Domains. Oncogene 13 , 1555–1559.
10. Widhopf,  GF.,  Cui,  B.,  Ghia,  EM.,  dkk.,  2014,    ROR-1  can Interact  with  TCL1  and  Enhance  Leukemogenesis  in  Emu- TCL1 Transgenic Mice, Proc Natl Acad Sci U S A , Vol. 111 (2) : 793-8.
11. Daneshmanesh, A.H., Hojjat-Farsangi, M., Khan, A.S., Jeddi- Tehrani, M., Akhondi
M.M.,  Bayat,  A.A.,  2012,  Monoclonal  Antibodies  Against ROR-1 Induce Apoptosis of Chronic Lymphocytic Leukemia (CLL) cells, Leukemia , Vol.6 (26) 1348–1355.
12. Yang, J.S. Baskar, K.Y. Kwong, M.G. Kennedy, A. Wiestner, C.  Rader.,  2011,  Therapeutic  Potential  and  Challenges  of Targeting Receptor Tyrosine Kinase ROR1 with Monoclonal Antibodies  in  B-Cell  Malignancies, PLoS  One , Vol  6  (6) e21018.
13. Roskoski,  Jr.B.,  2003,  STI-571:  An  Anticancer  Protein- Tyrosine  Kinase  Inhibitor, Biochemical  and  Biophysical Research Communications , Vol. 309 (4) .
14. Mulyani,  S.,  dan  Karl-Heinz  V.P.,  2015,  Prediksi  Model Protein PcpB dari Pentaklorpseudilin Biosintesis Gen Kluster dengan Menggunakan Swiss-Model, Seminar Nasional kimia dan Pendidikan Kimia VII , ISBN : 978-602-73159-0-7. 15. Eswar, N., John B., Mirkovic N., Fiser A., Ilyin VA., Pieper U.,  Stuart  AC.,  Marti-Renom  MA.,  Madhusudhan  MS., Yerkovich B and Sali A., 2003, Tools for Comparative Protein Structure Modeling and Analysis . Nucleic AcidsRes , 31: 3375- 80.
16. Toomula,  N.,  Kumar  D.S.,  Kumar  V.V.L.P.,  2011, Computational Methods for Protein Structure Prediction and Its  Application  in  Drug  Design, J.Proteomics  Bioinform , 4(12) .
17. Walker,  J.M.,  2005, The  Proteomics  Protocols  Handbook ,
Humana Press, New Jersey.
18. Thenawidjaja  M.,  Ismayana  WT.,  Retnoningrum  DS.,  2017, Protein  Serial  Biokimia  Mudah  dan  Menggugah, Grasindo, Jakarta.
19. Nelson, D.L., dan Cox, M.M., 2007, Lehninger Principles of Biochemistry 4rd Edition , WH Freeman, New York.
20. Guruprasad, K., Reddy, B.V., Pandit, M.W., 1990, Correlation Between  Stability  of  A  Protein  And  Its  Dipeptide Composition,  A  Novel  Approach  for  Predicting  In  Vivo Stability of A Protein from tts Primary Sequence, Protein Eng . 4, 155–161.
21. Ikai,  A.,  1980,  Thermostability  and  Aliphatic  Index  of Globular Proteins. J. Biochem . 88, 1895–1898.
22. Myers,  J.  K.,  Oas,  T.  G.,  2001,  Preorganized  Secondary Structure  as  an  Important  Determinant  af  Fast  Protein Folding, Nat. Struct. Mol. Biol. , 8 .
23. Wang,  S.,  Jian  P.,  Jianzhu  M.,  Jinbo  X.,  2016,  Protein Secondary  Structure  Prediction  Using  Deep  Convolutional Neural Fields, Scientific Reports , 6 .
24. Filiz,  E.,  Koc,  I.,  2014,  In  Silico  Sequence  Analysis  and Homology  Modeling  Of  Predicted  Beta-Amylase  7-Like Protein In Brachypodium Distachyon L., J. Bio. Sci. Biotech , 3(1) .
25. Bauxbaum, E., 2007, Fundamentals of Protein Structure and Function , 2Ed., Springer, London.
26. Putri,  S.P.,  2018,  Pemodelan  Homologi  Protein Receptor Orphan Receptor-1 (ROR-1) Sebagai Target Terapi Chronic Lymphocytic Leukemia (CLL), Skripsi, Universitas Halu Oleo
© 2019 by the authors; This article is an open access article distributed under the terms and conditions of the Creative Commons Attribution License ( http://creativecommons.org/ licenses/by/4.0/ )