Jurnal Lahan Suboptimal: Journal of Suboptimal Lands ISSN: 2252-6188 (Print), ISSN: 2302-3015 (Online, www.jlsuboptimal.unsri.ac.id) Vol. 7, No.1: 50-58 April 2018 DOI: https://doi.org/10.33230/JLSO.7.1.2018.347

## Analisis Polimorfisme Padi Varietas Lokal Sumatera Selatan Berdasarkan Pendekatan PCR-RAPD
Polymorphism Analysis of Local Varieties of South Sumatra Rice Based on PCR-RAPD
Fikri Adriansyah 1*) , Laila Hanum 2 , Muharni Muharni 2 , Yuanita Windusari 2 1 Program Studi Doktor Ilmu Pertanian, Fakultas Pertanian, Universitas Sriwijaya, Palembang, Sumatera Selatan 30139
2 Jurusan Biologi, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Sriwijaya, Indralaya, Sumatera Selatan 30862
*) Penulis untuk korespondensi: fikri24adriansyah@gmail.com

## ABSTRACT
The  existence  of  rice  germplasm  is  threatened  because  of  the  introduction  of various high-yielding varieties. This study aimed to analyze rice kinship and conservation of  local  varieties  of  South  Sumatra  rice.  This  study  was  conducted  in  August  2015  to December 2015. DNA isolation using the Promega Wizard Purification Systems KIT. This study uses OPA-9 primer, OPA-10, OPA-13, OPA-16. All primers can amplify DNA with optimal  quality.  OPA-9  primers  produced  5  DNA  bands,  OPA-10  primers  produced  9 DNA bands, OPA-13 primers produced 12 DNA and Primary OPA-16 bands producing 9 ppita DNA.
Kata kunci: monomofik, Polimorfik, Pita DNA, smear

## ABSTRAK
Keberadaan  plasma  nutfah  padi  tersebut  terancam  karena  introduksi  berbagai varietas  unggul.  Penelitian  ini  bertujuan  untuk  menganalisis  kekerabatan  padi  dan konservasi  padi  varietas  lokal  Sumatera  Selatan.  Penelitian  ini  telah  dilakukan  pada Agustus  2015  sampai  Desember  2015.  Isolasi  DNA  menggunakan  KIT  Promega Wizard Purification Systems . Penelitian ini menggunakan primer OPA-9, OPA-10, OPA-13, OPA- 16.  Semua  primer  dapat  mengamplifikasi  DNA  dengan  kualitas  yang  optimal.  Primer OPA-9  menghasilkan  5  pita  DNA,  Primer  OPA-10  menghasilkan  9  pita  DNA,  Primer OPA-13 menghasilkan 12 pita DNA dan Primer OPA-16 menghasilkan 9 ppita DNA. Keywords: monomofic, Polymorphic, DNA Bands, Smears

## PENDAHULUAN
Sumatera  Selatan  memiliki  potensi yang  tinggi  untuk  dijadikan  daerah  sentra produksi  padi.  Hal  ini  disebabkan  karena Sumatera  Selatan  merupakan  salah  satu daerah  di  Indonesia  yang  memiliki  laha rawa  lebak  terluas.  Akan  tetapi  lahan  rawa lebak  memiliki  beberapa  kendala  untuk kegiatan pertanian (Nurmalina, 2008).
Sumatera  Selatan  kaya  akan  plasma nutfah  padi  varietas  lokal  yang  tergolong dalam  kelas  aromatik.  Sebagai  akibat  dari introduksi  padi  varietas  unggul,  konsistensi padi  varietas  lokal  sumatera  selatan terdegradasi.  Hal  ini  disebabkan  karena siklus  hidup  padi  varietas  lokal  Sumatera Selatan  yang  cukup  lama  sehingga  kurang menguntungkan  bagi  petani  (Hanum et  al., 2017).
Salah  satu  penyebab  permasalahan tersebut  karena  terbatasnya  lahan  yang optimal  untuk  budidaya  kedelai.  Upaya peningkatan  produksi padi dapat dilakukan melalui  perluasan  areal  tanam.  Menurut Lakitan  dan  Gofar  (2013),  dewasa  ini pemerintah Indonesia tengah memanfaatkan lahan-lahan  suboptimal  yang  baik  sudah dikelola  maupun  memungkinkan  untuk dikelola.  Akan  tetapi  upaya  ini  memiliki banyak  tantangan.  Hal  ini  disebabkan karena  berbagai  macam  karakteristik  lahan yang kurang menguntungkan untuk pertanian
Umumnya  lahan  suboptimal  yang terdapat  di  Indonesia  merupakan  tanah ultisol.  Menurut  Suriadikarta  &  Sutriadi (2007), tanah ultisol memiliki potensi  yang cukup tinggi di Indonesia yaitu sebesar 25% dari  total  luas  daratan  Indonesia.  Sebaran terluas terdapat di  Kalimantan  (21.938.000 ha), diikuti  di  Sumatera  (9.469.000  ha), Maluku dan Papua (8.859.000 ha), Sulawesi (4.303.000  ha),  Jawa  (1.172.000  ha), dan Nusa  Tenggara  (53.000  ha).  Menurut Prasetyo  dan  Suriadikarta  (2006),  tanah  ini dapat  dijumpai  pada  berbagai  relief,  mulai dari datar hingga bergunung
Di Indonesia, khusunya di Sumatera Selatan pemanfaatan tanah ultisol khusunya untuk tanaman hortikultura belum dimanfaatkan  secara  optimal.  Hal  ini khususnya untuk skala petani kecil disebabkan  karena  biaya  pengolahan  tanah ultisol  yang  cukup  tinggi.  Selain  itu Menurut  Prasetyo  dan  Suriadikarta  (2006), dalam  skala  besar  tanah  ultisol  banyak digunakan  untuk  perkebunan  komoditas karet,  kelapa  sawit,  dan  hutan  tanaman industri.
Tanah  ultisol  tidak  efektif  untuk budidaya  tanaman  hortikultura.  Hal  ini disebabkan  karena  karakteristik  tanah ultisol yang kurang mendukung pertumbuhan tanaman.  Menurut  Nursyamsi (2006),  umumnya  tanah  Ultisol  memiliki pH  yang  sangat  masam  hingga  agak masam,  yaitu  sekitar  4.1-5.5,  jumlah  basa- basa dapat  ditukar tergolong rendah hingga sedang dengan komplek adsorpsi
didominasi  oleh  Al,  dan  hanya  sedikit mengandung  kation  Ca  dan  Mg.  Kapasitas tukar  kation  (KTK)  dan  kejenuhan  basa (KB)  lapisan  atas  tanah  umumnya  rendah hingga sedang. Kekahatan kalium merupakan  kendala  yang  sangat  penting dan sering  terjadi di tanah Ultisol. Masalah tersebut erat kaitannya dengan bahan induk tanah  yang  miskin  K,  hara  kalium  yang mudah  tercuci  karena  KTK  tanah  rendah, dan  curah  hujan  yang  tinggi  di  daerah tropika  basah  sehingga  K  banyak  yang tercuci.  Selain  itu  salah  satu  kendala lingkungan  yang  sangat  mendesak  yaitu cekaman tenggelam
Peningkatan produktivitas dan konservasi  plasma  nutfah  padi  varietas lokal  Sumatera  Selatan  dapat  dilakukan melalui  pendekatan  molekuler.  RAPD sebagai  salah  satu  pendekatan  analisis molekuler  memiliki  keuntungan  dalam produktivitas  dan  efektivitas  (Simarmata  & Rustikawati,  2015).  Padi  varietas  lokal sumatera selatan memiliki sifat-sifat unggul yang  penting  sebagai  informasi  dasar pemuliaan tanaman. Oleh karena itu penting untuk  melakukan  eksplorasi  informasi- informasi genetik tersebut. Upaya peningkatan produktivitas padi dapat dilakukan melalui pemuliaan varietas khususnya  peningkatan  adaptasi-adaptasi terhadap  kondisi  lingkungan  lahan  rawa lebak.  Penelitian  ini  bertujuan  untuk menganalisis kekerabatan padi dan konservasi  padi  varietas  lokal  Sumatera Selatan.

## BAHAN DAN METODE
Eksplorasi Padi Varietas Lokal

## Sumatera Selatan
Penelitian  ini  telah  dilakukan  pada bulan Agustus 2015 hingga Desember 2015 di Laboratorium Mikrobiologi dan Laboratorium  Genetika  dan  Bioteknologi, Departemen  Biologi,  Fakultas  Matematika dan  Ilmu  Pengetahuan  Alam,  Universitas Sriwijaya.  Uji  kualitas  dan  kuantitas  DNA dan PCR-RAPD telah dilakukan di Laboratorium  Genetik  dan  Laboratorium
Fasilitas  Penelitian  Bersama  (FALITMA) Fakultas Biologi Universitas Gadjah Mada.
Eksplorasi  dan inventaritasi varietas padi lokal Sumatera Selatan telah dilakukan dengan  menggunakan  metode Purposive
Sampling di  9  kabupaten  di  Sumatera Selatan.  Lokasi  telah  dipilih  sesuai  dengan studi  literatur  dan  wawancara.  Lokasi varietas  lokal  beras  Sumatra  Selatan menunjukkan (Gambar 1).

## Gambar 1. Peta Eksplorasi Padi Varietas Lokal Sumatera Selatan
Isolasi DNA
DNA  diekstraksi  dari  daun  muda menggunakan protokol seperti yang dijelaskan oleh Hanum et al. (2018). Aksesi yang  dipilih  dari  varietas  lokal  beras Sumatra  Selatan  (Tabel  1.)  dalam  kualitas yang  baik  (daun  padi  muda,  bersih,  dan tidak rusak) disimpan dalam freezer selama 1  minggu.  Isolasi  varietas  padi  lokal Sumatera  Selatan  DNA  dilakukan  dengan menggunakan KIT Promega Wizard Purification  Systems.  Kemurnian  DNA ditentukan  dengan  menggunakan  protokol yang  dijelaskan  oleh  Sambrook et  al., (1889)  kemurnian  DNA  ditentukan  oleh
rasio  A260/280  =  1,8-2.  Kuantifikasi  DNA dilakukan  untuk  menentukan  kemurnian dan  konsentrasi  DNA.  2  μl  sampel  DNA terisolasi  dimasukkan  ke  dalam  kuartet yang  mengandung  aquabides  steril  1998  μl dan  dicampur  secara  homogen.  Kuantitas dihitung  pada  panjang  gelombang  (λ)  260 dan  280  nm.  Rasio  konsentrasi  terhadap setiap panjang gelombang digunakan sebagai  patokan  kemurnian  DNA.  Hasil isolasi  diuji  secara  kualitatif  dengan elektroforesis menggunakan protokol seperti  yang  dijelaskan  oleh  (Fatchiyah et al. , 2011).
Tabel 1. Padi Varietas Lokal Sumatera Selatan
No. Nama Varietas Kode No. Nama Varietas Kode 1 Padi Pegagan PP 12 Padi Dayang Telasih DTLLG 2 Padi Dayang Rindu DRMK 13 Padi Hitam HLLG 3 Padi Dayang Kuning DKMK 14 Padi Pulut/Meto Tomok PLLG1 4 Padi Seluang SMK 15 Padi Putih PLLG2 5 Padi Panak/Pendek PMK 16 Padi Pegagat PLLG3 6 Padi Pamulan/Empat Bulan   PEBMK 17 Padi Dayang Rindu DRLLG 7 Padi Talang TB 18 Padi Pulut PM2SI 8 Padi Sanapi SB 19 Padi Panjang PM2S2 9 Padi Ketan Itam KIB 20 Padi Jambat Thehas JTM2S 10 Padi Ketan Putih KPB 21 Padi Stik SK 11 Padi  Ketan  Abang/Ketan Merah KAB 22 Padi Beram BM2S

## Analisis Penanda Molekuler PCR-RAPD
Pengamatan  molekuler  dari  22 aksesi  dilakukan  dengan  tahap  persiapan template DNA, amplifikasi DNA, elektroforesis gel, kuantifikasi hasil elektroforesis  gel,  dan  analisis  data. Sebelum  digunakan  dalam  proses  PCR- RAPD,  primer  (Tabel  2.)  dihentikan menggunakan  aquabides  steril.  Volume yang ditambahkan ke masing-masing tabung  utama  dihitung  dengan  berat molekul  utama  yang  tercantum  pada  setiap tabung. Reaksi PCR dilakukan pada volume total  25  μL  untuk  setiap  mikrotube.  Setiap reaksi PCR terdiri dari 12,5 μL goTag green mastermix  (2x),  5  μL  primer  (Sigma- Proligo),  5  µL  DNA  template,  dan  2,5  μL
Nuclease-free  water.  Amplifikasi  DNA dilakukan  dengan  C1000TM  Thermal Cycler  dari  Bio-Rad.  Pemanasan  pertama dilakukan  pada  94  °  C  selama  7  menit, diikuti  oleh  45  siklus  dengan  suhu  dan waktu  setiap  siklus  denaturasi  pada  94  °  C selama  1  menit,  annealing  telah  dilakukan dengan  menggunakan  gradien  anil  pada  39 °  C-38  °  C-37  °  C  -36  °  C  yang  menurun secara  bertahap,  masing-masing  11  siklus selama  1  menit,  dan  elongasi  pada  72  °  C selama  1  menit  30  detik.  Siklus  terakhir diikuti  oleh  pasca  elongasi  pada  72  °  C selama  2  menit.  Hasil  PCR  diamati menggunakan  perangkat  elektroforesis  dan disimpan pada -40 ° C.
Table 2. PCR-RAPD Primer
Primer Nucleotide Referen OPA 9 GGGTAACGCC Juansa et al., 2012 OPA 10 GTGATCGCAG Juansa et al., 2012 OPA 13 CAGGACCCAC Juansa et al., 2012 OPA 16 AGCCAGCGAA Juansa et al., 2012

## Analisis Data
Data  yang  diperoleh  dari  metode RAPD  dalam  bentuk  band  atau  band amplifikasi adalah data biner yang dilambangkan  dengan  'ada  (1)  atau  tidak ada  (0)'  dihitung  menggunakan  rumus sebagai  berikut  (Hanum  &  Rina,  2013). Hasil  pita  DNA  diukur  dengan  jarak migrasi mereka. Menentukan ukuran amplifikasi  pita  DNA  dilakukan  dengan mengukur jarak migrasi DNA standar (1 kb
tangga) dari sumur ke tempat migrasi DNA. Ukuran  fragmen  DNA  standar  kemudian logaritmik,  dan  nilai  logaritma  digunakan sebagai  sumbu  Y  sementara  jarak  migrasi DNA  standar  diukur  menjadi  sumbu  X. Setelah  X  dan  Y  nilai-nilai  yang  dikenal maka  persamaan  linear  linear  Y  =  ax  +  b diperoleh  melalui  persamaan  regresi  linier. Ukuran  pita  DNA  yang  diperkuat  dicari dengan  memasukkan  nilai  yang  terukur dalam persamaan garis. Selanjutnya, nilai Y
yang  diperoleh  sebagai  antilog  dan  akan dikenal sebagai panjang basis yang diperkuat  oleh  primer.  Setelah  panjang dasar  diketahui  dan  data  biner  diperoleh dengan '(1) atau tidak ada (0)'.

## HASIL DAN PEMBAHASAN
Hasil amplifikasi
PCR-RAPD
melalui elektroforesis (Gambar 3-5). Didapatkan hasil berupa visualisasi pita-pita DNA  yang  cukup  jelas  dan  tidak smear. Berdasarkan  hasil  elektroforesis  pita-pita DNA hasil amplifikasi dapat dibedakan dan dikelompokkan menjadi pita DNA monomorfik dan pita DNA polimorfik.
Berdasarkan  (Gambar.  2-4)  hasil amplifikasi  PCR-RAPD  menunjukkan  pita- pita  DNA  yang  jelas  dan  terang  serta  tidak ada smear yang  signifikan  mempengaruhi
visualisasi  pita  DNA . Sehingga  identifikasi dan  klasifikasi  pita  DNA  monomorfik  dan polimofik  dapat  dilakukan.  RNA  dan protein  ataupun  kontaminan  lainnya  yang kemudian terbawa dalam proses elektroforesis.  Hasil  analisis  PCR-RAPD menunjukkan  pita-pita  yang  jelas.  Hal  ini dipengaruhi  oleh  penggunaan  KIT  isolasi DNA  serta  penggunaan  larutan  purifikasi DNA.  Penggunaan  KIT  untuk  isolasi  DNA sangat  mempengaruhi  kemurnian  DNA (Simarmata & Rustikawati, 2015).
Berdasarkan (Gambar. 2-4) didapatkan  pita-pita  DNA  monomorfik  dan polimorfik. Dengan demikian 4 primer yang digunakan  untuk  analisis  PCR-RAPD spesifik  dengan  gen  padi  varietas  lokal Sumatera  Selatan.  Primer  yang  digunakan pada  penelitian  ini  sebelumnya  telah digunakan  untuk  analisis  molekuler  padi varietas lokal oleh Juansa et al. , (2012).
Gambar 2. Primer OPA-9
Gambar 3. Primer OPA-10
Gambar 4. OPA-13
Gambar 5. OPA-16
Primer  memiliki  tingkat  spesifitas terhadap  DNA  target.  Primer  yang  tidak spesifik  dapat  menyebabkan mispriming atau  bahkan  tidak  dapat  mengamplifikasi DNA. Menurut Hairmansis & Aswidinnoor (2005),  bahwa  dasar  dari  keberhasilan proses PCR terletak pada kesesuaian primer dan  efisiensi  serta  optimasi  proses  PCR. Primer  yang  tidak  spesifik  dalam  proses PCR  dapat  menyebabkan  teramplifikasinya daerah  lain  dalam  genom  yang  tidak dijadikan  sebagai  sasaran  atau  sebaliknya tidak ada daerah genom yang teramplifikasi.
Presentase jumlah pita yang didapatkan  pada  amplifikasi  DNA  sangat dipengaruhi  oleh  primer.  Pemilihan  primer dalam proses PCR-RAPD sangatlah penting.  Kualitas  dari  pita  DNA  hasil amplifikasi dipengaruhi oleh primer. Menurut  Hasan et  al .,  (2015),  bahwa pemilihan  primer  sangat  penting  dalam proses PCR-RAPD untuk mendapatkan pita DNA  yang  bersih  dan  bagus.  Primer  yang sesuai  atau  baik  akan  menghasilkan  lebih dari tiga pita DNA yang bersih.
Salah  satu  faktor  penting  dalam proses  PCR-RAPD  yaitu  Suhu annealing . Tahap annealing pada  penelitian  ini memerlukan  suhu  yang  spesifik  dan optimum. Untuk mendapatkan suhu
annealing yang spesifik dan optimum maka dilakukanlah  optimalisasi  dengan  cara menggunakan gradien suhu yang terdapat di mesin  PCR.  Cara  kerja  gradien  suhu  yaitu dengan  cara  mencari  suhu  spesifik  dan optimum  pada  kisaran  suhu  tertentu  (suhu terendah dan suhu tertinggi) dimana primer dapat  mengamplifikasi  DNA  target.  Suhu annealing yang tidak spesifik dan optimum dapat  menyebabkan  terjadinya mispriming yaitu  primer  mengamplifikasi  daerah  yang bukan  menjadi  target  atau  bahkan  tidak teramplifikasiya  DNA  target.  Berdasarkan penelitian  Langga et  al. (2012),  didapatkan bahwa  proses  pelekatan  primer  pada  DNA target  sangat  dipengaruhi  oleh  pengaturan suhu  pada  fase annealing .  Perubahan  suhu satu  derajat  akan  menyebabkan  primer gagal  melekat  pada  DNA  target.  Menurut Uslan & Pharmawati, (2015), suhu annealing merupakan  kisaran  suhu  yang membuat pasangan primer  menempel dengan komplemenya pada DNA target saat proses  PCR.  Suhu annealing sangat menentukan  keberhasilan  amplifikasi.  Hal ini  disebabkan  karena  proses  pemanjangan DNA  dimulai  dari  primer.  Suhu  yang umum digunakan pada saat annealing yaitu 50-65 o C .
Berdasarkan  uji  kualitatif  yang dilakukan  oleh  peneliti  dan  uji  kuantitatif
dengan
menggunakan
metode spektrofotometri  yang  dilakukan  Hanum et al. (2018),  dengan  menggunakan  isolat DNA yang sama yang akan digunakan pada penelitian  variasi  genetik  PCR-RAPD  ini, didapatkan bahwa isolat DNA padi varietas lokal  yang  diisolasi  dengan  mengunakan Wizard Purification System (KIT) Promega telah  memenuhi  syarat  untuk  digunakan pada  penelitian  molekuler.  Selain  itu  juga dilakukan perbandingan kualitas dan kuantitas  isolat  DNA  padi  varietas  lokal Sumatera  Selatan  dengan  menggunakan aksesi  yang  sama  untuk  meneliti  variasi genetik padi varietas lokal melalui pendekatan PCR-RAPD dari metode isolasi DNA  CTAB  dan Wizard  Genome  DNA (KIT).  Berdasarkan  perbandingan  yang dilakukan  didapatkan  bahwa  isolat  DNA dari Wizard Genome DNA (KIT) memenuhi syarat  dan  lebih  baik  kualitas  dan kuantitasnya dibandingkan isolat DNA dari metode CTAB. Menurut Dewi et al . (2014), primer  tidak  akan  menempel  pada  DNA target jika DNA template kurang murni. Identifikasi  pita  monomorfik  dan pita  polimorfik  dilakukan  berdasarkan beberapa  kriteria  dalam  proses  pemberian skor pita DNA pada teknik PCR-RAPD ini, antara  lain  reproduksibilitas  dari  pita  DNA (konsistensi kemunculan pita DNA), ketebalan  pita  DNA,  dan  ukuran  pita  DNA serta  segregasi  pita  DNA.  Menurut  Kumar & Gurusubramanian (2011), terdapat beberapa  kriteria  dalam  pemberian  skor pada  pita  DNA  hasil  PCR-RAPD  antara lain reprodusibilitas  konsistensi  keberadaan pita DNA, ketebalan pita DNA, ukuran pita DNA, dan segregasi pada pita DNA.
Jumlah pita polimorfik yang didapatkan  pada  penelitian  variasi  genetik padi  varietas  lokal  Sumatera  Selatan  ini lebih  besar  jika  dibandingkan  dengan penelitian yang dilakukan oleh Juansa et al. (2012)  yang  meneliti  variasi  genetik  dan hubungan  kekerabatan  padi  varietas  lokal dengan  menggunakan  7  primer  yang  sama. Didapatkan total pita polimorfik yang dapat diamplifikasi  oleh  primer  pada  penelitian sebanyak  16,  20%  (kurang  dari  50%) sedangkan  pada  penelitian  ini  sebesar 53,6%.  Rendahnya  presentase  polimorfik pada  suatu  aksesi  dapat  diduga  disebabkan karena  aksesi  tersebut  memiliki  penamaan lokal  yang  bervariasi  di  berbagai  daerah akan  tetapi  semuan  nama  lokal  tersebut merupakan satu aksesi yang sama.
Primer  OPA-13  menghasilkan  pita polimorfik yang paling banyak yaitu 11 pita (91,7%),  OPA-19  menghasilkan  7  pita polimorfik  (58,3%),  OPA-10  menghasilkan 5  pita  polimorfik  (55,6%),  OPA-16 menghasilkan  4  pita  polimorfik  (44,4%), dan OPA 9 menghasilkan 1 pita polimorfik (20%)  (Tabel  3).  Menurut  Peloa et  al. (2015), banyaknya pita DNA yang diamplifikasi  disebabkan  oleh  banyaknya situs  penempelan  primer  terutama  pada sekuens DNA berulang di dalam genom dan peningkatan  konsentrasi  DNA  genom dalam  reaksi.  Hal  ini  dapat  dilihat  dengan semakin  tajamnya  intensitas  pita  yang dihasilkan. Selain itu sebaran situs penempelan primer pada genom, kemurnian dan  konsentrasi  DNA  genom  dalam  reaksi mempengaruhi  intensitas  pita  DNA  yang dihasilkan.
Tabel 3. Presentase Pita DNA Padi Varietas Lokal Sumatera Selatan Hasil PCR-RAPD
No. Primer Sekuen ( 5’- 3’ )
Total Pita
Teramplifikasi Pita Monomorfik Pita Polimorfik Persentase Polimorfik (%) 1. OPA 9 GGGTAACGCC 5 4 1 20,0 2. OPA 10 GTGATCGCAG 9 4 5 55,6 3. OPA 13 CAGGACCCAC 12 1 11 91,7 4. OPA 16 AGCCAGCGAA 9 5 4 44,4 Total 70 30 40 212.7 Rata-rata 17.5 7.5 10 53,2
Pola pita hasil amplifikasi menunjukkan terdapatnya variasi genetik di antara padi varietas lokal Sumatera Selatan. Variasi  genetik berdasarkan pola pita DNA hasil  amplifikasi  ini  dapat  dijadikan  dasar dalam proses penyusuan pemuliaan tanaman atau perakitan varietas unggul. Hal ini  sependapat  dengan  Zulfahmi  (2013), bahwa  variasi  genetik  merupakan  tingkat variasi  paling  rendah  dalam  organisasi biologi. Variasi genetik merupakan informasi  dasar  dalam  menyusun  strategi konservasi  pemuliaan,  pengelolaan,  dan pemanfaatan  sumber  daya  genetik  secara berkelanjutan.

## KESIMPULAN
Semua primer dapat mengamplifikasi  semua  pita  DNA  dengan kualitas baik. Semua primer dapat mengamplifikasi  pita  DNA  monomorfik dan  polimorfik.  Pola  pita  polimorfik mengindikasikan terdapatnya variasi genetik diantara aksesi padi lokal Sumatera Selatan.

## UCAPAN TERIMA KASIH
Penelitian ini merupakan bagian dari Hibah  Unggulan  Perguruan  Tinggi  tahun 2015.  Ucapan  terimakasih  disampaikan kepada  Kementrian  Riset  dan  Teknologi yang telah mendanai penelitian ini.

## DAFTAR PUSTAKA
Dewi  A,  Restuhadi  F  &  Nugroho  T  T. 2014. Optimasi PCR Dan Amplifikasi Its  DNA  Ribosomal  Penicillium Primer  Gambut  Cagar  Biosfer  Bukit Batu  Riau. Journal  Ind.  Che  Acta , 4(2).
Fatchiyah,  Arumningtyas  E  L,  Widyarti  S, & Rahayu S. 2011. Biologi Molekular  Prinsip  Dasar  Analisis . Jakarta: Erlangga.
Hairmansis  A  &  Aswidinnoor  H.  2005. Evaluasi  Daya  Pemulih  Kesuburan Padi  Lokal  dari  Kelompok Tropical
Japonica , Jurnal Agronomi Indonesia 6(4): 1–6. Hanum  L  &  Rina.  2013.  Tumbuhan  Duku: Senyawa Bioaktif, Aktivitas
Farmaklogis  dan  Prospeknya  dalam Bidang Kesehatan, 5: 84–93.
Hanum  L,  Windusari  Y,  Muharni  &
Adriansyah, F. 2017. Genetic Relatedness  Of  Local  Varieties  Of Rice  South  Sumatra  Based  On. Sriwijaya  Journal  of  Enviroment ,
2:19–24.
Hanum  L,  Windusari  Y,  Setiawan  A,
Adriansyah  F  &  Mubarok  A  A.
2018. Comparison of CTAB Method  and  Wizard  Genomic  DNA Purification System Kit From
Promega on DNA Isolation of Local Varieties of Rice of South Sumatera,
Science  &  Technology  Indonesia, 3:26–29.
Hasan  M  M,  Rafii  M  Y,  Ismail  M  R, Mahmood M, Rahim H A, Alam  M A,  Latif    M  A.  2015.  Marker- assisted  backcrossing:  A  useful method for rice improvement.
Biotechnology and Biotechnological Equipment , 29(2): 237–254.
Juansa  A,  Purwantoro  A,  Basunanda  P. 2012. Keanekaragaman Padi ( Oryza sativa L.)  Berdasar  Karakteristik Botani  Morfologi  dan  Penanda
RAPD (Random Amplified Polymorphic  DNA).  Yogyakarta: Universitas Gadjah Mada. Kumar  N  S  &  Gurusubramanian,  G.  2011. Random amplified polymorphic DNA  (RAPD)  markers  and  its applications. Sci Vis , 11(3):116-124. Lakitan  B  &  Gofar  N.  2013.  Kebijakan
Inovasi Teknologi. Lahan
Suboptimal , (September): 20–21. Langga  I  F,  Restu  M  &  Kuswinanti  T.
2012.  Optimalisasi  Suhu  dan  Lama Inkubasi  Dalam  Ekstraksi  DNA Tanaman  Bitti  ( Vitex  Cofassus Reinw)  serta  Analisis  Keragaman Genetik. J  Sains  &  Teknologi ,
12(3):265–276.
Nurmalina  R.  2008.  Analisis  Indeks  dan Status Keberlanjutan Sistem Ketersediaan  Beras  di  Beberapa Wilayah  Indonesia. Jurnal  Agro Ekonomi , 26(1): 47–79.
Nursyamsi  D.  (2006).  Kebutuhan  Hara
Kalium  Tanaman  Kedelai  di  Tanah
Ultisol. Jurnal  Ilmu  Tanah  dan Lingkungan , 6(2): 71–81.
Peloa  A,  Wullur  S,  &  Sinjal  C  A.  2015.
Amplifikasi Gen Cytcochrome Oxidase  Subunit  I  (COI)  Dari Sampel  Sirip  Ikan  Hiu  dengan
Menggunakan  Beberapa  Pasangan Primer. Jurnal  Pesisir  dan  Laut Tropis , 1:37–42.
Prasetyo  B  H  &  Suriadikarta  D  A.  2006.
Karakteristik, Potensi, dan Teknologi Pengelolaan Tanah Ultisol untuk Pengembangan Pertanian Lahan Kering di Indonesia. Jurnal Litbang Pertanian , 25(2): 39–47.
Sambrook J, Fritsch E & Maniatis A. 1889.
Molecular  cloning.  A  laboratory manual .  New  York:  Cold  Spring Harbour.
Simarmata  M  &  Rustikawati.  2015. Identifikasi  Genetik  Kultivar  Padi Gogo  dengan  Menggunakan  Marka RAPD. Akta Agrosia , 18(2): 1–10. Suriadikarta  D  A  &  Sutriadi  M  T.  2007. Jenis-jenis  lahan  berpotensi  untuk bengembangan  pertanian  di  lahan rawa. Jurnal  Litbang  Pertanian , 26(3): 115–122.
Uslan  &  Pharmawati  M.  2015.  Optimasi Konsentrasi  DNA  dan  MgCl 2 pada Reaksi  Polymerase  Chain  Reaction- Random  Amplified  Polymorphic DNA  untuk  Analisis  Keragaman Genetik  Tanaman  Faloak  ( Sterculia quadrifida R.Br)  (Optimization  of DNA  and  MgCl 2 Concentrations  in Polymerase  Chain  Reactio. Jurnal Bioslogos , 5(1): 1639–