## PENGARUH LAMA PAPARAN SUHU KAMAR TERHADAP KUALITAS DNA PADA PEMERIKSAAN SWAB EARPHONE DALAM PENENTUAN JENIS KELAMIN
Aris Saputro 1 , Ahmad Yudianto 2 , Toetik Koesbardiati 3 1,2,3 Program Studi S2 Ilmu Forensik  Sekolah Pascasarjana Universitas Airlangga Jln. Airangga 4-6 Surabaya.
2 Departemen Ilmu Kedokteran Forensik & Medikolegal, FK Unair 3 Departemen Antropologi, FISIP Unair Email : 1 gan.droeng@gmail.com ; 2 yudi4n6sby@yahoo.co.id : 3 toek.unair@yahoo.com

## Abstrak
Metode  identifikasi  meliputi  sidik  jari,  property,  medis,  gigi,dan  analisis  DNA.  Spesimen  yang banyak  dipakai  dalam  pemeriksaan  DNA  dalam  mengidentifikasi  adalah  spesimen  yang  terdapat bercak  darah,  bercak  semen,    vaginal  swab,  buccal  swab  dan  tulang.  Selain  spesimen  tersebut terdapat  pula  benda  yang  sering  digunakan  pelaku/korban  terakhir  kalinya.  Misalnya    alat  Bantu dengar handphone (headset/earphone). Dalam penggunaannya earphone menempel pada kulit telinga bagian luar sehingga diduga adanya serumen yang menempel pada alat tersebut. Faktor-faktor yang dapat  mempengaruhi  kualitas  DNA  misal  lama  paparan.  Sampai  saat  ini  di  Indonesia    efek  lama paparan suhu kamar terhadap kualitas DNA pada bahan DNA swab earphone melalui analisis DNA belum  banyak  diketahui.  Jenis  penelitian  ini  adalah  observasional  laboratoris.  earphone  yang  telah digunakan sebelumnya kemudian terpapar suhu kamar  dalam  waktu 1, 7, 14 dan 20 hari. Dari hasil penelitian  ini  efek  lingkungan  yakni  lama  paparan  dengan  adanya  penurunan  kadar  DNA, menunjukkan penurunan kadar cukup signifikan dari hari ke 1 sampai ke 20. Hanya pada sampel hari ke 1 yang masih menunjukkan terdeteksi pada lokus amelogenin (X :106bp &   Y : 112bp) serta hari ke  7  hanya  1  buah  sampel  yang  masih  dapat  terdeteksi.      Dari  hasil  analisis  dalam    penelitian  ini dapat  disimpulkan  sebagai  berikut:  terdapat  pengaruh  lama  waktu  paparan  suhu  kamar  terhadap kualitas DNA dari bahan swab earphone.  Penurunan kadar DNA swab earphone menunjukkan nilai signifikansi (p<0.005) terhadap pengaruh lama waktu paparan suhu kamar.
.
Kata kunci : swab earphone, Kualitas DNA, Amelogenin

## Abstract
Identification  includes  fingerprint,  property,  medical,  dental  and  DNA  assay  methods . Specimens widely used in DNA assay for identification are blood spots/bloods, semen spots,  vaginal swabs,  buccal  swabs  and  bones.  In  addition  to  these  specimens,  the  last  objects  often  used  by  the perpetrators/victims can be used for identification, such as hearing aids (headsets/earphones).
During their use, earphones are attached to the outer ear skin; thus, the earwax is suspected to adhere to the device. Length of exposure is among the factors that may affect the quality of DNA. Until recently in Indonesia, the effects of room temperature exposure duration on the quality of DNA found in earphone swabs through DNA analysis have not been widely known.
The  present  study  was  of  laboratory  observation.  Earphones  which  have  been  used  were subsequently exposed to room temperature for 1, 7, 14 and 20 days.
Results showed a significant decrease in DNA levels from day 1 to day 20. Only at day 1 that samples were detectable at the amelogenin locus (X: 106bp and Y: 112bp). Additionally, at day 7 only 1  sample  was  detectable.  In  conclusion,  the  length  of  room  temperature  exposure  had  a  significant effect (p <0.005) on decreasing the quality of DNA found in earphone swabs.
Keywords : Earphone swabs, DNA quality, amelogenin

## 1. PENDAHULUAN
Identifikasi  personal  melalui  analisis DNA  merupakan  alat  diagnostik  yang akurat  dalam  bidang  forensik  (Yudianto, 2010).  Keunggulan  dari  analisis  DNA adalah  karena  DNA  memiliki  kestabilan pada  sel  somatik  yakni  gambaran  DNA dari  darah,  sperma,  rambut,  organ  dan sebagainya  identik,  sehingga  cocok  untuk digunakan  sebagai  bahan  identifikasi (Kirby, 1990).
Penentuan jenis kelamin melalui metode analisis DNA dalam pemeriksaannya menggunakan primer amelogenin.  Amelogenin  adalah  sebuah gen  yang  mengkode  protein  yang  terdapat pada  kromosom seks (X  dan  Y). Amelogenin diketahui relatif mudah digunakan untuk amplifikasi DNA walaupun  sampel  hanya  menghasilkan jumlah  DNA  yang  kecil  atau  DNA  pada sampel  yang  sudah  mengalami  degradasi dengan  cara  menggunakan  PCR  dengan pengulangan  27  -  30  kali  (Budowle et  al , 1996; Yudianto, 2009).
Di  tempat  kejadian  perkara  akan didapatkan trace  evidence biologi  dan benda/alat  yang  sering  digunakan  pelaku atau korban terakhir kalinya. Satu
diantaranya  yakni  alat  Bantu  dengar handphone yang  sekarang  sedang  marak yakni headset atau earphone .  Dalam penggunaannya earphone menempel  pada kulit  telinga  bagian  luar  sehingga  diduga adanya  serumen  yang  menempel  pada  alat tersebut.  Sebelumnya  di  Jepang  telah dilakukan  penelitian  tentang  hal  tersebut, Seo  Y, et  al (2002)  dalam  penelitiannya melakukan  identifikasi  forensik  melalui bahan serumen yang melekat pada earphone yang  digunakan  oleh  pelaku kejahatan. Sosiawan (2004) dalam penelitiannya  yakni  melakukan  analisis efektivitas  swab  serumen  sebagai  bahan alternative  pemeriksaan  DNA  paternitas dan  penelitian  Yudianto  (2015)  yakni analisis  DNA  mitokondria swab  earphone sebagai bahan alternatif identifikasi. Sehingga  adanya earphone / headset disini mempunyai  makna  dalam  identifikasi forensik.
Pada earphone yang  sudah  digunakan akan dapat ditemukan adanya serumen dari telinga bagian luar yang menempel/melekat  penggunanya  tersebut. Atas  dasar  tersebut  dapat  diperoleh kandungan
DNAnya sehingga memungkinkan sebagai bahan pemeriksaan
identifikasi  forensik  melalui  analisis  DNA (Seo Y, et al 2002).
Seringkali  dalam  proses  pemeriksaan pada  analisis    DNA  dihadapkan  pada kondisi  bahan  atau  spesimen  pemeriksaan DNA  yang  tidak  seperti  diharapkan, contohnya  spesimen  tidak  dalam  kondisi segar  atau fresh untuk  dilakukan  analisis DNA  atau  dikenal  dengan  istilah DNA degraded (degradasi  DNA) ( Butler et  a l, 2003 ; Yudianto, 2010).
Kondisi spesimen mengalami degradasi  DNA salah  satunya  akibat paparan    suhu  yang  merupakan  suatu kendala dalam analisis DNA. Paparan suhu merupakan  salah  satu  faktor  kerusakan DNA. Degradasi DNA pada jaringan lunak juga sering terjadi pada tubuh korban yang sudah  rusak  oleh  karena  pembusukan (Notosoehardjo, 1999). Kerusakan tersebut mengakibatkan  kualitas  DNA  mengalami penurunan  sehingga  tidak  bisa  digunakan sebagai bahan pemeriksaan identifikasi.
Kadar  DNA dari swab earphone yakni antara  20-300 µ g/ml.  Lama  paparan  suhu kamar  (28 0 C  -  31 0 C)  yang  masih menunjukkan  deteksi  positif  pada  DNA mitokondria  yakni  pada  hari  ke  1 (Yudianto,  2015).  Dalam  penelitian  ini lama  paparan  yang  digunakan  sebagai patokan yakni hari ke 1 sampai hari ke 20. Hari  ke  1  dari  penelitian  sebelumnya  oleh Yudianto (2015) yang masih menunjukkan
hasil  deteksi  positif  sedangkan  hari  ke  7 merupakan  waktu  maksimal    pemeriksaan olah TKP, kemudian hari ke 20 merupakan masa  maksimal  penahanan  tersangka (KUHAP)  serta  hari  ke  14  merupakan jarak  tengah-tengah    antara  hari  ke  7 sampai hari ke 20. Sejauh ini efek paparan suhu  kamar  terhadap  kualitas  DNA swab earphone untuk  digunakan  sebagai  bahan identifikasi  khususnya  penentuan  jenis kelamin  melalui analisis DNA  yang masih belum banyak diketahui.
Tujuan penelitian ini yakni Menganalisis  pengaruh  lama  paparan terhadap  kualitas  DNA swab  earphone untuk digunakan sebagai bahan identifikasi khususnya penentuan jenis kelamin melalui analisis DNA.

## 2. METODOLOGI  PENELITIAN
Jenis Penelitian ini adalah observasional laboratories dengan rancangan penelitian time series . Sampel penelitian yakni    DNA  yang  berasal  dari swab earphone yang diambil dari responden    di  DOKKES  POLDA  JATIM dengan  melalui  uji  kelaikan  etik.    Dari hasil  perhitungan  diketahui  jumlah  sampel yang diperlukan 56 responden.
Tempat Penelitian : Human Genetic  Study  Group,Institute  of    Tropical Disease UNAIR.Kampus  C  Mulyorejo. Bahan  Penelitian  : swab  earphone,  bahan
untuk  ekstraksi  DNA  : DNAzol  Reagent,
Larutan  100%  &  70  % ethanol. bahan untuk  PCR  :    PCR  Mix  (12,5  ul)  yang terdiri  :  dNTP  (ATP,CTP,TTP  GTP), MgCl2    dan  Taq  Polimerase,  DW  sigma (Nuclease  Free  water),  primer  amelogenin [X; 106bp & Y; 112bp] :
5’CTGATGGTTGGCCTCAAGCCTGTG  3’
&  5’TAAAGAGATTCATTAACTTGACTG
3’.
3. HASIL  PENELITIAN
3.1  Analisis    pengaruh  lama  waktu paparan suhu kamar terhadap kadar DNA bahan swab earphone.
Penelitian ini diawali dengan pemaparan  sampel,  yakni  pemaparan  suhu kamar  pada  earphone.    Adapun  suhu  dan waktu  paparan  dalam  penelitian  ini berturut-turut:  29,5 0 C-30 0 C;  dalam  waktu
1, 7, 14 dan 20 hari.
Kemudian dilanjutkan dengan ekstraksi  DNA  sampel  dengan  metode DNAzol.    Hasil  ekstraksi  DNA  sampel tersebut  dilanjutkan  dengan  pengukuran kadar  DNA  dan  kemurnian  DNA  sampel dengan menggunakan UV-Visible

## Spectrophotometer
Hasil pengukuran rerata  pengukuran kadar DNA untuk sampel penelitian dapat dilihat di bawah ini.
Tabel  1 .  Kadar    DNA  hasil  isolasi  dari  bahan  swab earphone
Sampel Rerata kadar ( x ± SD) (µg/ml)
Hari ke 0 1,5289 ± 85,71 Hari ke 1 11,19 ± 5,58 Hari ke 7 2,15 ± 0,81 Hari ke 14 0,93 ± 0,79 Hari ke 20 0,16 ± 0,42
Tabel  1  menunjukkan  adanya penurunan  rerata  kadar  DNA  dari  bahan swab  earphone    melalui  paparan  suhu kamar dalam rentang waktu 1, 7, 14 dan 20 hari.        Dinyatakan  bahwa  semakin  lama waktu  paparan suhu kamar  yang diberikan maka terjadi penurunan kadar DNA  bahan swab  earphone.    Untuk  memperjelas  hal tersebut,  maka  di  buat  grafik  penurunan kadar DNA bahan tulang  berikut ini:
Gambar  1. Grafik  :    Pengaruh  lama  paparan  terhadap  kadar DNA swab earphone.
Untuk  memastikan  apakah  terdapat pengaruh  tersebut  terhadap  kadar  DNA swab  earphone  maka  dilakukan  uji statistik.  Menentukan  pengaruh  lama waktu  paparan  suhu  kamar  terhadap  kadar DNA  swab  earphone,  maka  dilakukan pengujian  normalitas  (uji Kolmogorov Smirnov) untuk  mengetahui  distribusi  dari sampel penelitian.
Keterangan :
X
: rata-rata kadar DNA,
SD : Standar Deviasi
Hasil  menunjukkan    kadar  DNA swab earphone pada hari ke 1 dan hari ke 7 berdistribusi  normal  ( Asymp.sig (p)=0.952 &  0.902,  sig.  p>0.05).    Sedangkan  pada hari  ke  14  dan  20  tidak  berdistribusi normal ( Asymp.sig (p)=0.410 & 0.001, sig. p>0.05).  Hasil  homogenitas ( Levene  test) sampel dengan kadar DNA swab eraphone didapatkan  tidak homogen { sig (p): kadar DNA:  0.000,  sig.  homogen    p>0,05)}, sehingga  data  kadar  DNA  swab  earphone berdistribusi  normal  tetapi  tidak  homogen dan  untuk  melihat  adanya  pengaruh  lama paparan  suhu  kamar  terhadap  kadar  DNA digunakan  uji  Kruskall  Wallis.    Hasil    uji tersebut  menunjukkan  terdapat  pengaruh lama  paparan  suhu  kamar  terhadap penurunan  kadar  DNA  swab  earphone (sig.(p):  0.000,  batas  sig.  p<0,05).  Untuk membandingkan kadar DNA pada  masing- masing  lama  waktu  paparan,  mengingat kadar  DNA  sampel  tidak  homogen,  maka digunakan uji t. Uji t tersebut membanding  antara  lama  waktu  paparan suhu  kamar  terhadap  kadar  DNA  swab earphone.    Hasil  uji  t    pada  data  kadar DNA swab earphone  diperoleh  nilai  yang didapat signifikansi: 0.002, batas signifikansi p<0,05.
3.2  Analisis  efek  lama  paparan  suhu kamar  pada  DNA  swab  earphone dengan  lokus amelogenin dalam penentuan jenis kelamin
Untuk mengetahui efek lama paparan  suhu  kamar  terhadap  DNA  swab earphone  dengan  pemeriksaan  penentuan jenis  kelamin  melalui  lokus  amelogenin  ( x: 106bp dan y: 112bp). Gambar berikut di bawah  ini  visualisasi  hasil  PCR  lokus aemolegenin pada elektroforesis Polyacrylamid  Agarose  Composit  Gel dalam  sampel  bahan  swab  earhone  pada hari ke 1:
Gambar  2 .    Visualisasi  hasil  PCR  lokus  amelogenin  bahan swab earphone .pada hari ke 1
Visualisasi hasil PCR lokus amelogenin, gambar 2 diatas menunjukkan pada  lama  paparan  suhu  kamar  hari  ke  1 dari 8 buah  sampel, 7 buah sampel masih dapat  dideteksi  (nampak band )  yakni  dua band  (106bp  &  112bp)  berjenis  kelamin laki-laki.  Selanjutnya  i  visualisasi  hasil PCR lokus aemolegenin pada elektroforesis Polyacrylamid Agarose
1          2           3          4            5         6          7            8          M 500 bp 200 bp +        +        +         +        +         + ––      + DETEKSI
Keterangan :
M : marker ladder 100 bp 1 s/d 8 : sampel Deteksi +  :  X ; 106 bp & Y ; 112 bp 100 bp
Composit  Gel dalam  sampel  bahan  swab earhone pada hari ke 7 :
Gambar  3 .    Visualisasi  hasil  PCR  lokus  amelogenin  bahan swab earphone .pada hari ke 7
Gambar    4 .    Visualisasi  hasil  PCR  lokus  amelogenin  bahan swab earphone .pada hari ke 14
Gambar  5 .    Visualisasi  hasil  PCR  lokus  amelogenin  bahan swab earphone .pada hari ke 20 Visualisasi hasil PCR lokus amelogenin, gambar 3,4,5 diatas
menunjukkan  pada  lama  paparan  suhu kamar  hari  ke  7,14  dan  20  dari  semua sampel    sudah  tidak  dapat  dideteksi  (tidak nampak band ).

## 4. PEMBAHASAN
4.1  Analisis    pengaruh  lama  waktu paparan suhu kamar terhadap kadar DNA bahan swab earphone.
Kualitas  DNA  yang  meliputi  kadar DNA dan kemurnian DNA. Kualitas DNA menjadi  persyarat  dalam  pemeriksaan analisis  DNA  dengan  metode  Polymerase Chain  Reaction  (PCR).    Kemurnian  DNA yang  digunakan  yakni  yang  mempunyai nilai 1-2 (idea 1.8 – 2)(muladno, 2002).
Penelitian  ini  mendapatkan  nilai kemurnian dalam range  antara 0.00  – 1.80 sehingga kemurnian DNA sudah mendapatkan  nilai  yang  baik  (  nilai  0.00 menunjukkan  tidak  adanya  DNA  dalam
Keterangan : M   : marker ladder 100 bp 1 s/d 7 : sampel Deteksi +  :  X ; 106 bp & Y ; 112 bp
Keterangan : M : marker ladder 100 bp 1 s/d 12 : sampel Deteksi +  :  X ; 106 bp & Y ; 112 bp
Keterangan : M      : marker ladder 100 bp 1 s/d 6 : sampel Deteksi +  :  X ; 106 bp & Y ; 112 bp
––        ––           ––          ––           –– DETEKSI ––          –– 1            2             3                4               5            M                6             7 500 bp
200 bp M     1         2       3        4         5       6       7         8        9       10     11       12 DETEKSI ––       ––     ––     ––     ––      ––      ––      ––    ––      ––    ––  –– 500 bp 200 bp 100 bp M             1               2             3              4            5            6 500 bp 200 bp
100 bp DETEKSI ––         ––            ––              ––           ––      ––
sampel  tersebut).  Sedangkan  dari  rerata kadar DNA pada penelitian ini mendapatkan  23,18±57,58 ng/µl ,  dimana nilai  0,00  menunjukkan  tidak  dapatkan adanya DNA dalam sampel.
Kadar  DNA  merupakan  faktor penting  dalam  pemeriksaan  analisis  DNA terutama terhadap keberhasilan amplifikasi pada  sampel-sampel  DNA.  Penurunan kadar  DNA  ingá  1  ng  berpotensi  terhadap penurunan kemampuan deteksi STR hinggá 95% (Butler, 2003). Integritas DNA merupakan  sebuah  hal  yang  utama  bagi pemeriksaan  DNA  forensik.    Hal  ini mengandung  pengertian  bahwa  meski pemeriksan  kadar  DNA  yang  diperoleh relatif  tinggi,  namun  bila DNA  telah mengalami  fragmentasi  atau  degradasi ( fragmented  or  degraded DNA),  maka kadar  DNA  yang  tinggi,  menjadi  sebuah hal yang kurang berarti.
Jumlah kadar DNA yang dibutuhkan  dalam  analisis  DNA  berbeda- beda  tergantung  dari  kebutuhan  dan  jenis pemeriksaan.  Pada  pemeriksaan  Short Tandem repeat (STR) hanya membutuhkan konsntrasi DNA minimal antara 1 – 25 ng. Selain  tergantung  dari  kadar  DNA  juga dibutuhkan kualitas DNA yang mencukupi yaitu  DNA  yang  digunakan  harus  dalam kondisi  terdegradasi  seminimal  mungkin (Butler,  2003).  Apabila  DNA  mengalami kondisi terdegradasi parah, maka
mengakibatkan primer tidak dapat menempel  pada  DNA  target  yang  akan digandakan (Muladno, 2002).
Degradasi  DNA  dapat  disebabkan oleh 2 faktor, yaitu faktor endogenous dan eksogenous. Sedangkan faktor endogenous berasal  pada  sel  sendiri,  yang  dikenal sebagai kerusakan spontan. Faktor eksogenous berasal dari lingkungan. Faktor eksogenous dari lingkungan seperti halnya kelembaban, temperature lingkungan sangatlah  berpengaruh  terhadap  kondisi DNA  serta  faktor-faktor  lainnya  yakni adanya  bahan  kontaminan  yakni  bakteri. Jaringan  yang  terdegradasi  oleh  bakteri dapat  terjadi  autolisis  dan  depurinasi spontan (Gollenberg et al , 1996; Burger et al ,  1999).    Paparan  abnormal  dari  bahan- bahan  kimia,  pH,  temperatur,  maupun paparan  lainnya  dapat  menyebabkan  DNA mengalami  kerusakan  ( damage )  pula (Farley et al , 1991; Melcher, 2000).
Hasil pemeriksaan pengukuran kadar DNA dalam penelitian ini menunjukkan adanya kecenderungan penurunan  kadar  DNAnya  pada  bahan swab  earphone  terhadap  lama  waktu paparan  suhu  kamar.    Untuk  memastikan seberapa  jauh  pengaruh  lama  waktu paparan suhu kamar  terhadap kadar  DNA dalam sampel penelitian ini maka dilakukan beberapa uji statistik
Hasil  uji  statistik  dengan  uji Kruskall  Wallis  dan  uji  t  terhadap  kadar DNA  swab  earphone  menunjukkan  secara rerata  terdapat    pengaruh  yang  bermakna terhadap  lama  waktu  paparan  suhu  kamar. Hasil    uji  Kruskall  Wallis  tersebut menunjukkan  terdapat  pengaruh  lama paparan  suhu  kamar  terhadap  penurunan kadar  DNA  swab  earphone  (nilai  yang didapat signifikansi: 0.000, batas signifikansi p<0,05). Untuk membandingkan kadar DNA pada  masing- masing  lama  waktu  paparan,  mengingat kadar  DNA  sampel  tidak  homogen,  maka digunakan uji t. Uji t tersebut membanding  antara  lama  waktu  paparan suhu kamar  terhadap  kadar  DNA  swab earphone.    Hasil  uji  t    pada  data  kadar DNA swab earphone  diperoleh  nilai  yang didapat signifikansi: 0.002, batas signifikansi  p<0,05.  Dengan  demikian perbedaan  kadar  DNA  secara  bermakna pada semua lama waktu paparan, sehingga dengan kata lain hipotesis yang menyebutkan  ada  pengaruh  lama  waktu paparan  suhu  kamar  terhadap  kualitas DNA swab earphone diterima.
Dapat dinyatakan, umumnya semakin lama waktu yang dipaparkan suhu kamar  pada  bahan  swab  earphone  maka terjadi  penurunan  kadar  DNA  bahan  swab earphone  tersebut.    Waktu  lama  paparan pada  suhu  kamar  tersebut  menyebabkan
ikatan konjugasi mengalami kerusakan dan basa  nitrogen  lepas  sehingga  DNA terfragmentasi bahkan rusak.
Kadar  DNA  merupakan  faktor penting  dalam  pemeriksaan  DNA  forensik yakni  berpengaruh  terhadap  keberhasilan STR genotyping pada sampel-sampel DNA khususnya  pada  pemeriksaan  identifikasi melalui analisis DNA.
4.2 Analisis  efek  lama  paparan  suhu kamar  pada  DNA  swab  earphone dengan  lokus amelogenin dalam penentuan jenis kelamin
Visualisasi hasil Polymerase Chian Reaction (PCR) dianalisis secara deskriptif,  yakni  dengan  melihat  ada tidaknya  gambaran  band  atau  pita  sesuai dengan  ukuran  produk  PCR  (base  pair) yakni lokus amelogenin  ( X : 106bp  &  Y: 112bp). Dalam penelitian ini menunjukkan pada paparan suhu kamar hari ke 0 dan ke 1  yang  masih  dapat  dideteksi  (nampak band/pita)  melalui  lokus  amelogenin. Sedangkan  pada  paparan  suhu  kamar  hari ke  7,  14  dan  20  menunjukkan  tidak  dapat terdeteksi (tidak nampak band/pita).
Ketidak  dideteksinya  visualisasi hasil  PCR  pada  sampel-sampel  tersebut diakibatkan  oleh  karena  kualitas  DNAnya. Kualitas  DNA  mencakup  yakni  kadar DNA, kemurnian DNA dan kondisi DNA ( degradasi  ).  Pada  pemeriksaan  melalui analisis  DNA  dengan  metode  PCR, dibutuhkan kualitas DNA yang mencukupi.
Keberhasilan PCR menurut Yuwono
(2006)  sangat  tergantung  oleh  beberapa faktor, yaitu: deoksiribonukleotida triphosphat (dNTP), oligonukleotida primer,  DNA  cetakan,  larutan  buffer, siklus  reaksi,  enzim  yang  digunakan  dan faktor teknis dan non teknis lainnya, misal kontaminasi.
Yang dimaksud kualitas DNA yang mencukupi  yakni  DNA  yang  digunakan harus  dalam  analisis  DNA  dalam  kondisi baik  dan  apabila    terdegradasi    maka degradasi  ini  harus  seminimal  mungkin. Jika  DNA  dalam  kondisi  terdegradasi parah  mengakibatkan  primer  tidak  dapat menempel atau anealling pada DNA target yang  akan  digandakan,  sehingga  kualitas DNA  yang  bagus  menjadi  prasyarat fundamental  bagi keberhasilan reaksi  PCR secara keseluruhan . Menurut Chung (2004) sensitivitas  PCR  merupakan  fungsi  dari jumlah  siklus  dan  kadar  serta integritas dari DNA.
Jika  DNA  mengalami  degradasi parah  mengakibatkan  primer  tidak  dapat menempel atau annealing pada DNA target yang  akan  digandakan  (Muladno,  2002; Rudin et  al ,  2002;  Yuwono,  2006).
Menurut Muladno (2002), untuk mendapatkan hasil visualisasi yang adekuat  dibutuhkan  kemurnian  DNA  yang adekuat  dan  kadar  DNA  yang  memadai, sehingga  DNA  dapat  digunakan  sebagai
bahan  pemeriksaan  DNA  termasuk  dalam hal  ini  adalah  identifikasi  dan  tes paternitas.
Degradasi DNA pada faktor eksogenous dibagi menjadi 2 tipe (Chen L, et  al,  2000  ;  Yudianto,  2006)  :  Tipe  I  : DNA  terdegradasi  karena  faktor  waktu yang  relatif  lama,  dimana  kerusakan  DNA yang  tejadi  seringkali  disebabkan  proses kimia dan biasanya proses ini berlangsung lamban.  Tipe  II  :  DNA  terdegradasi  yang cepat, hal ini disebabkan faktor kelembaban,  sinar  matahari  bahkan  suhu ekstrim tinggi
Degradasi  DNA  ini  merupakan salah  satu  penyebab  kegagalan  deteksi DNA  pada  pemeriksaan  analisis  DNA dengan  metode  PCR  dalam  penelitian  ini. Hal tersebut sesuai dengan yang dikemukan  oleh  Bartlett  &  Stirling  (2003) dan  Yudianto  (2010),  mengenai  beberapa kemungkinan yang menyebabkan kegagalan deteksi DNA antara lain: jumlah DNA target yang minimal,  degradasi DNA sehingga  primer  tidak  dapat  menempel, kurangnya  DNA polymerase dan  siklus PCR serta adanya  inhibitor PCR.
Siklus  PCR  bisa  dikendalikan dengan dilakukannya optimasi sebelumnya, tetapi tidak menutup kemungkinan terjadi kegagalan pada amplifikasi  DNA.    Diduga  hal  ini  karena adanya inbitor PCR yakni bahan
dekalsifikasi  yaitu  EDTA.  Disamping  itu kemungkinan  kurang  mencukupi  ataupun berlebihnya  Mg 2+ ,  DNA  Polymerase  dan siklus PCR yang digunakan kurang relevan untuk  diduga  sebagai  penyebab  terjadinya kegagalan dari proses amplifikasi. Kegagalan  proses  amplifikasi  ditandai dengan  tidak  adanya band pada  hasil elektroforesis.    Hal  ini  bisa  diantisipasi dengan penggunaan PCR master mix , yang memiliki  kandungan  Mg 2+ , DNA  taq Polymerase, dNTP  dalam  jumlah  yang disesuaikan  dengan  kebutuhan  reaksi  PCR optimal  dan  telah  terbukti  memiliki kehandalan  dalam  dalam  reaksi  PCR  saat ini  (Promega,  2004),  sedangkan  siklus yang kurang mencukupi pada reaksi  PCR, sudah  diantisipasi  dengan  melakukan optimasi  PCR  pada primer-primer yang digunakan (Yudianto,2010).
Ketidakcukupan  DNA  polimerase serta  siklus  PCR,  faktor-faktor  ini  bisa dikendalikan  dalam  kegagalan  deteksi yakni  dengan  penggunaan PCR  master mix. PCR master mix memiliki kandungan Mg 2+ ,  DNA  tag  polimerase,  dNTP  dalam jumlah yang disesuaikan dengan kebutuhan reaksi yang optimal.
Konsentrasi Mg 2+ yakni sekitar 1,5–4 mM, kelebihan  konsentrasi Mg 2+ menyebabkan terjadinya non  specific  reaction dengan adanya smear pada elektroforesis, sebaliknya bila Mg 2+ tidak cukup
menyebabkan no  amplified  product atau tidak ada pita/band pada hasil elektroforesis.
Sedangkan jumlah enzim taq polimerase bila berlebihan terjadi gambaran  pada  elektroforesis  bentukan smear  ( non  specific  reaction ),  sebaliknya bila tak mencukupi (kurang) maka efisiensi amplifikasi terganggu dan memberi gambaran  tidak  ada  pita.      Pada  faktor inhibitor  PCR  yakni  berupa  EDTA  yang digunakan  dalam  proses  dekalsifikasi sampel,  penyulit  ini  dapat  dihindari  yakni dalam penggunaan ethanol sebagai presipitasi  dalam  ekstraksi/isolasi  DNA. Ethanol  merupakan  bahan  yang  potensial memisahkan    DNA  dengan  komponen lainnya  saat  ekstraksi  DNA  berlangsung (Schiffner, 2005)(Yudianto, 2010).
Beberapa hasil dalam penelitian ini menunjukkan  kegagalan  deteksi  berupa kegagalan  amplifikasi  DNA  dengan  PCR. Kegagalan  ini  dapat  disebabkan  degradasi atau damage DNA akibat efek lama waktu paparan  suhu    kamar  tersebut.  Serumen yang  menempel  pada  earphone  tersebut mengandung  sel  epitel  liang  telinga  luar yang  terlepas,  dimana  sel  epitel  tersebut tidak  ada  perlindungan  sehingga  langsung terpapar  dari  faktor-faktor  eksternal  yang menyebabkan degradasi DNA lebih cepat.
Menurut Melcher (2000), kerusakan DNA  dari luar  yang  disebabkan
oleh  paparan-paparan  contohnya  sinar-X, chemical  agents , spontaneous  instability , ataupun oleh temperatur yang sangat tinggi (temperatur  ekstrim)  akan    mengakibatkan adanya  banyak  tipe  kerusakan,  contohnya kerusakan  rantai  ( strand )  DNA  (baik double strand maupun single strand ), base damage (kerusakan  basa  DNA), sugar damage ,  bahkan  terjadinya  DNA-DNA crosslinks maupun DNA-protein crosslinks .  Faktor  lingkungan  tersebut menyebabkani  DNA  mengalami  degradasi atau degraded DNA.  Degradasi  ini  bisa cepat  atau  lambat,    tergantung  faktor  yang mempengaruhi dan waktu terjadinya
paparan.
Pada  penelitian  ini  didapatkan bahan:  swab  earphone  yang  masih  bisa digunakan  sebagai  bahan  analisis  DNA dalam  pemeriksaan  jenis  kelamin  (lokus amelogenin  X  :  106bp  &  Y  :  112bp) terhadap  paparan  suhu  kamar  (28 0 C  - 31 0 C) yakni maksimal pada hari ke 1.
Sehingga  dari  kajian    temuan dalam  penelitian  ini  diharapkan  dapat diaplikasikan  dalam  identifikasi  sehingga dapat dipertimbangkan dalam mempercepat  proses  identifikasi  terutama pada  kejadian  bencana  ( mass  disaster ) maupun  kasus-kasus  kriminal  lainnya .
Terutama  pada  Tempat  kejadian  perkara (TKP) yang sedikit trace evidencenya.

## 5. KESIMPULAN
Dari hasil analisis dalam  penelitian ini  dapat  disimpulkan  sebagai  berikut  : Terdapat  pengaruh  lama  waktu  paparan suhu  kamar  terhadap  kualitas  DNA  dari bahan  swab  earphone  Penurunan  kadar DNA  swab  earphone  menunjukkan  nilai signifikansi  (p<0.005)  terhadap  pengaruh lama  waktu  paparan  suhu  kamar.  Deteksi visualisasi  hasil  PCR  lokus  amelogenin yang menunjukkan hasil deteksi positif (+) hanya pada paparan pada hari ke 0 dan ke 1 (satu) sedangkan pada hari ke 7, 14 , 20 tidak terdeteksi .

## DAFTAR PUSTAKA
Affoed, RL., and Caskey, CT., 1994. DNA analysis  in  Forensic  disease and animal identification, Curr. Opin. Biotech.5:29-32
Atmaja,  DS.,  2005. Peranan  Sidik  jari DNA  dalam  Bidang  Forensik:
Seminar Nasional Aplikasi
DNA  Finger  Printing  dalam Bidang Kedokteran, 29 Agustus 2005 ,  Yogyakarta:  Program Studi Bioteknologi UGM
Butler, JM., 2001. STR Analysis for human testing,STR  Typing ,  Current protocols  in  Human  Genetic Unit, Vol.14, No.8, pp 1-37
Butler,  JM.,  2003. Forensic  DNA  Typing . San Diego – Florida: Academic Press, page 28-30, page 59-96.
Davis, LG., Mark, D. Dibner., James, F.Battey., 1986. Basic Methodes in Molecular
Biology , New York: Elsevier
Gibson,  J.,  2003. Modern  Physiology  and Anatomy  For  Nurses ,  1 st ed, Oxford: Published by Arrangement  with  Blackwell Science Limited, page 238-239
Henry  A.E.,  1992. PCR  Technology, Principles  and  Applications  for DNA Amplification , New York:
W.H.Freeman and Company
.
Houk,  MH.,  2001. Mute  Witnesses  Trace Evidence Analysis , Tokyo: Academic Press, page 87-117
Idries, A.M., 1997. Pedoman Ilmu Kedokteran  Forensik ,  1  ed,,
Jakarta: Penerbit Binarupa Aksara
Jackson,  M  Kelly.,  1990. The  Polymerase Chain  Reaction ,  Simposium DNA  Probing,  Teknik  dan
Penerapan Klinis, HKKI
Jusuf,  M., 2001. GENETIKA I Struktur  &
Ekspresi Gen , Jakarta:
Sagung Seto
Mark, A.F., 1991. Forensik DNA Technology , Lewis Publishers inc.
Murray et al., 1997. Biokimia Harper , edisi 24, EGC, hal 366-370
Muladno., 2002. Seputar tehnologi rekayasa genetik , Edisi I, Bogor: Pustaka Nidom  C.A.,2005. Teknik  Biomolekuler untuk Penentuan ‘DNA Profil’,Kumpulan makalah seminar  sehari  tentang  Tes Paternitas ditinjau dari
berbagai  aspek ,  TDC  UNAIR, November 2005.
Notosoehardjo  I.,  1999. Penentuan  jenis
kelamin berdasarkan Pemeriksaan DNA
dan
Antropometri  tulang ,  Disertasi Doktor, Unair, Surabaya.
Notosoehardjo  I.,  2001. DNA  Forensics; Paternity  test,  Past,  Present, and  Future,J.For.Scien ,VIII,pp 34-45.
Notosoehardjo  I.,  Kuntaman.,  2002. Teori dasar  dan  penerapan  Praktis
PCR , TDC Universitas Airlangga, hal 1-11.
Sosiawan  A.,  2004. Analisis  Efektivitas swab  serumen  sebagai  bahan alternatif  pemeriksaan  DNA paternitas ,  Medical  Research Unit FK Unair
Syukriani  Y.,  2012. DNA  Forensik , Jakarta: PT Sagung
Terry, M & Kimberlyn, N., 2003. The case of degraded DNA: mtDNA ancient  analysis  to  the  rescue ,
Mitotyping  Technologies,  LLC, State Coll. PA
Watson  et.al.,  1986. Molecular  Biology  of The  Gene ,  4nd.Ed.  Cummings
Publishing Company,Inc.
Westwood  SA  &  Werret  DJ.,  1990. An evaluation  of  the  Polymerase Chain  Reaction  method  for forensic  application ,  Elsevier
Science  International,  pp  201-
215.
Watson D. J.et al., 1988. DNA Rekombinan , Penerbit Erlangga
William G.E., 1992. Introduction Forensic Science ,  2  ed,  CRC  Press  Boca Rotan Florida, page 232-259.
Yasuhisa Seo., Taketo Uchiyama., Hirokazu Matsuda., Kenshi Shimizu.,  Yasunari  Takami.,
Tasuo Nakayama., Keiichi Takhama,, 2002. Mitochondrial DNA and STR Typing of Matter
adhering  to  an  earphone ,  Jour of Forensic Sci; 47(3):605-608.
Yudianto  A.,  2009. Sex  determinant melalui pemeriksaan DNA rambut manusia , Medical research unit, FK Unair.
Yudianto.,  2010. Analisis      DNA  Tulang dan  gigi  pada  lokus  Short Tandem Repeat-Combined DNA Index System (STR- CODIS),Y-Chromosome  STRs
& Mitochondrial
DNA (mtDNA)Akibat  efek  paparan panas  suhu  tinggi .  Disertasi, Program Pascasarjana, Universitas Airlangga Yudianto A., Sispitasari YE., Margaret N., 2015. Analisis DNA mitokondria  swab  earphone sebagai bahan alternative pemeriksaan identifikasi forensic ,  Penelitian  Unggulan Sekolah Pascsarjana Universitas Airlangga Zainuddin, M., 2000. Metodologi Penelitian ,  Kumpulan  kuliah
Pascasarjana, Universitas Airlangga