ISSN 2085-2916  e-ISSN 2337-3652 Tersedia daring http://jai.ipb.ac.id J. Agron. Indonesia, Agustus 2021, 49(2):105-111 DOI: https://dx.doi.org/10.24831/jai.v49i2.36565

## PENDAHULUAN
Kegiatan seleksi merupakan salah satu proses penting dalam  rangkaian  program  pemuliaan  tanaman.  Banyak peneliti  yang  mengkaji  efisiensi  seleksi  dalam  program pemuliaan  tanaman  seperti  Yullianida et  al. (2014)  dan
Akbar et  al .  (2018).  Seleksi  secara  fenotipik,  terutama terhadap  cekaman  abiotik,  seringkali  sulit  dilakukan.  Hal tersebut salah satunya dikarenakan sulitnya mengkondisikan lingkungan  homogen  seperti  yang  dikehendaki.  Cekaman kekeringan  merupakan  salah  satu  cekaman  abiotik  yang sulit  untuk  diterapkan  pada  saat  melakukan  skrining  atau seleksi genotipe padi. Kesulitan melakukan seleksi terhadap cekaman kekeringan secara fenotipik adalah kehomogenan media dan tingkat cekaman kekeringan terjadi pada waktu

## Konfirmasi Toleransi Galur-galur Padi terhadap Cekaman Kekeringan secara Molekuler
Molecular Confirmation of Tolerance of Rice Lines to Drought Stress
Rina Hapsari Wening 1 , Willy Bayuardi Suwarno 2 , Bambang Sapta Purwoko 2* , Indrastuti Apri Rumanti 1 , dan Amy Estiati 3
1 Balai Besar Penelitian Tanaman Padi, Jl. Raya 9, Sukamandi, Subang 41256, Jawa Barat, Indonesia
2 Departemen Agronomi dan Hortikultura, Fakultas Pertanian, Institut Pertanian Bogor (IPB University), Jl. Meranti, Kampus IPB Darmaga, Bogor 16680, Indonesia
3 Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia, Jl. Raya Jakarta-Bogor No. Km 46, Cibinong, Bogor 16911, Indonesia Diterima 19 Juli 2021/Disetujui 24 Agustus 2021

## ABSTRACT
Phenotypic selection, especially for abiotic stresses, is often challenging. Molecular selection activities are needed to identify at the molecular level that a tolerant trait is genotypically proven. This study aimed at confirming the drought tolerance  of  rice  lines  using  SSR  markers  RM164,  RM228,  RM248,  dan  RM328.  The  study  was  conducted  at  the  LIPI Biotechnology Laboratory at Cibinong, Bogor, Indonesia from November to December 2017, using the polymerase chain reaction (PCR) technique. The results showed that the RM228 marker was associated with the character of leaf rolling scores, panicle length, number of tillers, number of filled grains per panicle, and productivity. This marker is therefore potential to be used for drought tolerance selection. Seven of the ten lines that indicated as tolerant at generative phase drought stress based on artificial screening, were confirmed molecularly, which were in the same group with the tolerant check ‘Limboto’. The seven lines were B13983E-KA-12-2, B13507E-MR-19, B14366E-KY-50, BP20452e-PWK-0-SKI-1-1, BP20452e-PWK- 0-SKI-2-4, BP20452e-PWK-0-SKI-3-3, and BP29790d-PWK-3-SKI-1-5.

## Keywords: drought tolerant, marker, polymerase chain reaction

## ABSTRAK
Seleksi  secara  fenotipik,  terutama  terhadap  cekaman  abiotik,  seringkali  sulit  dilakukan.  Kegiatan  seleksi  secara molekuler diperlukan untuk mengidentifikasi hingga taraf molekuler bahwa suatu sifat toleran terbukti secara genotipik. Tujuan  dari  penelitian  ini  ialah  untuk  mengkonfirmasi  sifat  toleransi  kekeringan  galur-galur  padi  secara  molekuler menggunakan  marka  SSR  RM164,  RM228,  RM248,  dan  RM328.  Penelitian  dilaksanakan  di  Laboratorium  Bioteknologi LIPI, Cibinong pada bulan November hingga Desember 2017, menggunakan teknik polymerase chain reaction (PCR). Hasil penelitian menunjukkan bahwa marka RM228 terkait dengan karakter skor menggulung, panjang malai, tinggi tanaman dan umur berbunga, sedangkan RM328 terkait dengan panjang malai, jumlah anakan, jumlah gabah isi per malai, dan produktivitas. Marka tersebut diduga dapat digunakan untuk seleksi toleransi kekeringan. Tujuh dari sepuluh galur yang terindikasi toleran terhadap cekaman kekeringan fase generatif berdasarkan skrining secara artifisial terkonfirmasi secara molekuler  berada  dalam  satu  kelompok  dengan  varietas  pembanding  toleran  ‘Limboto’.  Ketujuh  galur  tersebut  ialah B13983E-KA-12-2, B13507E-MR-19, B14366E-KY-50, BP20452e-PWK-0-SKI-1-1, BP20452e-PWK-0-SKI-2-4, BP20452e- PWK-0-SKI-3-3, dan BP29790d-PWK-3-SKI-1-5.
Kata kunci: marka, toleransi kekeringan, polymerase chain reaction
yang tidak sesuai dengan perlakuan (Afa et al. , 2013). Akbar et al. (2018) melaporkan bahwa belum ada teknik penapisan yang  efektif  memilah  antara  galur  yang  toleran  dan  peka terhadap cekaman kekeringan. Penelitian yang telah banyak dilakukan  ialah  skrining  genotipe  padi  terhadap  cekaman kekeringan fase vegetatif seperti yang telah dilakukan oleh Widyastuti et al. (2016), Cahyadi et al. (2013), dan Kartina et al . (2019). Banyak studi yang melaporkan bahwa terdapat beberapa karakter yang dapat dijadikan sebagai karakter seleksi seperti panjang akar seminal, bobot kering akar seminal, persentase perkecambahan  (Akbar et  al., 2018),  panjang  akar,  bobot kering  akar  dan  bobot  kering  kecambah  untuk  skrining toleransi kekeringan pada fase bibit (Afa et al. , 2013). Hasil penelitian Wening et al. (2019) diperoleh informasi bahwa berdasarkan seleksi secara fenotipik dengan menggunakan karakter  skor  mengering,  menggulung  dan  produktivitas, telah  didapatkan  10  galur  yang  toleran  terhadap  cekaman kekeringan  dari  99  galur  yang  diuji.  Meskipun  skrining kekeringan secara fenotipik sudah banyak dilakukan, studi pengembangan marka molekuler untuk penapisan toleransi kekeringan pada padi perlu dilakukan.
Marka  DNA  dapat  dimanfaatkan  sebagai  alat  bantu seleksi. Kegiatan seleksi secara molekuler diperlukan untuk mengidentifikasi bahwa suatu sifat toleran terbukti secara genotipik.  Banyak peneliti yang menggunakan marka DNA sebagai  sarana  dalam  melakukan  seleksi.  Nuraida  (2012) menyatakan bahwa marker assisted selection (MAS) lebih efisien  dibandingkan  seleksi  secara  fenotipik.  Kegiatan seleksi dengan menggunakan MAS akan lebih efektif dan efisien karena hanya didasarkan pada sifat genetik tanaman dan  tidak  dipengaruhi  oleh  faktor  lingkungan.  Kegiatan pemuliaan  tanaman  dapat  menjadi  lebih  cepat  dan  tepat jika  memanfaatkan  marka  molekuler.    Beberapa  peneliti telah menggunakan MAS dalam melakukan seleksi, seperti Tresniawati et al. (2014) yang menggunakan teknik MAS untuk menyeleksi kakao berkadar lemak tinggi.
Marka  molekuler  yang  paling  banyak  dimanfaatkan pada  penelitian  tanaman  pangan  ialah  marka simple sequence repeats (SSR).  SSR merupakan marka dari reaksi rantai polimerase ( polymerase chain reaction , PCR) yang menggunakan  sekuen-sekuen  nukleotida  sebagai  primer. Penggunaan marka SSR didasarkan beberapa pertimbangan, diantaranya adalah primer terdistribusi secara melimpah dan merata dalam genom serta variabilitasnya tinggi, memiliki reprodusibilitas  yang  tinggi,  dapat  digunakan  sebagai studi keragaman genetik (Yang et al., 2011), serta mampu mendeteksi  homosigositas  dan  kemurnian  genetik  inbrida secara akurat (Daniel et al., 2012; Hipi et al., 2012; Semagn et al., 2012; Mulsanti et al., 2013). Kelemahan teknik ini ialah marka SSR belum tersedia pada semua spesies tanaman, sehingga untuk merancang primer baru memerlukan waktu yang  lama  dan  biaya  yang  mahal  (Bahagiawati,  2011). Namun  demikian,  untuk  tanaman  padi  telah  ditemukan banyak marka SSR yang sesuai untuk kegiatan skrining atau seleksi sifat tertentu.
Seleksi  secara  genotipik  menggunakan  marka SSR  terkait  dengan  toleransi  terhadap  kekeringan  telah banyak  dilakukan.  Efendi et  al. (2014)  menggunakan
marka  SSR  untuk  menyeleksi  jagung  inbrida  toleran terhadap  kekeringan.  Hasil  penelitian  Zhao et  al. (2008) menyebutkan  bahwa  marka  SSR  RM258  dan  RM228 yang  terletak  pada  kromosom  10  berhubungan  dengan karakter  laju  fotosintesis,  frekuensi  stomata  daun,  bobot daun spesifik, dan hasil, dimana seluruh karakter tersebut berkaitan  dengan  toleransi  terhadap  kekeringan.  Menurut Lang dan Buu (2008), RM328 berada di kromosom 9 dan diduga  terkait  erat  dengan  toleransi  kekeringan.  Selvi et al. (2015) menyebutkan bahwa RM248 pada kromosom 7 terkait dengan pertumbuhan akar.
Penelitian  ini  bertujuan  untuk  mengkonfirmasi toleransi  kekeringan  secara  molekuler  menggunakan marka SSR RM164, RM228, RM248, dan RM328 . Hasil penelitian ini digunakan untuk mendukung hasil penelitian skrining  galur-galur  padi  terhadap  cekaman  kekeringan secara fenotipik (Wening et al. , 2019).

## BAHAN DAN METODE
Metode skrining toleransi kekeringan secara molekuler menggunakan  marka  SSR  yang  terkait  dengan  toleransi terhadap kekeringan. Marka SSR terkait toleransi terhadap kekeringan yang digunakan ialah RM164, RM228, RM248, dan RM328 (Zao et al ., 2008; Yue et al ., 2006; Lang dan Buu, 2008). Materi yang digunakan sebanyak 96 genotipe padi yang terdiri atas 92 galur padi dan varietas pembanding yaitu Inpari 30, IR42, Limboto sebagai varietas pembanding untuk  sifat  toleran  kekeringan,  dan  IR20  sebagai  varietas pembanding untuk sifat peka terhadap kekeringan (Lampiran 1).  Isolasi  DNA  dilakukan  menggunakan  metode cetyl trimethylammonium bromide (CTAB) dengan sampel daun tanaman. Program reaksi polymerase chain reaction (PCR) yang digunakan ialah preheat lid 105 o C, initial denaturation 95 o C  selama  2  menit,  35  kali  siklus denaturation 95 o C  selama  30  detik, annealing 55 o C  (tergantung  rata- rata  dari  temperate    melting  primer reverse dan forward ) selama  45  detik,  dan extension 72 o C  selama  45  detik, selanjutnya final extension pada 72 o C selama lima menit. Produk PCR disimpan dalam suhu 4 o C sampai digunakan untuk  elektroforesis.  Produk  PCR  dielektroforesis  pada gel  agarose  dengan  daya  100  volt  selama  1-2  jam  sesuai dengan  ukuran  fragmen  DNA  dalam  buffer Tris-borate - EDTA (TBE) 10X dengan konsentrasi 18.93%. Loading dye diberikan sebagai pemberat dan penanda pergerakan DNA. Kb Ladder disertakan  untuk  mengetahui  ukuran  fragmen DNA. Pewarnaan produk elektroforesis dilakukan dengan cyber safe atau ethidium bromide dan visualisasinya dilihat menggunakan Geldoc/UV transilluminator.
Data  molekuler  diperoleh  dalam  bentuk  pita-pita DNA  hasil  amplifikasi  dengan  ukuran  tertentu  dari  tiap genotipe  yang  diuji.  Pengkelasan  hasil  analisis  molekuler menggunakan  perangkat  lunak  PBSTAT-CL  (www.pbstat. com)  menggunakan  metode dissimilarity Gower  dan pengkelasan  yaitu average  linkage .  PBSTAT  merupakan perangkat  lunak  yang  mudah  digunakan.  Sitaresmi et al .  (2019)  menggunakan  PBSTAT  untuk  menganalisa interaksi genotipe dengan lingkungan pada tanaman padi. Pada  penelitian  ini  dilakukan  pula  uji  t  data  molekuler
dianalisis  menggunakan  Minitab.  Uji  t  digunakan  untuk membandingkan  rata-rata  nilai  fenotipe  dari  kelompok genotipe  dengan  skor  marka  molekuler  0  (tanpa  pita) dibandingkan  dengan  kelompok  genotipe  dengan  skor  1 (ada pita) dan membandingkan antar kelompok hasil analisis gerombol.

## HASIL DAN PEMBAHASAN
Hasil Visualisasi Marka SSR Terkait Toleransi Kekeringan
Toleransi maupun adaptasi padi terhadap kekeringan merupakan  sifat  yang  dikendalikan  oleh  banyak gen  ( polygenes )  (Lang  dan  Buu,  2008).  Hal  tersebut menandakan  bahwa  evaluasi  fenotipik  galur-galur  padi untuk  memperoleh  galur  yang  toleran  terhadap  cekaman kekeringan sulit untuk dilakukan.  Hal tersebut mendasari dilakukannya konfirmasi toleransi kekeringan melalui studi molekuler  menggunakan  marka  SSR.  Penggunaan  marka SSR dilakukan karena marka molekuler ini paling banyak digunakan  pada  tanaman  pangan,  dan  pada  tanaman  padi telah banyak ditemukan marka SSR yang sesuai.  Seleksi secara genotipik menggunakan marka SSR terkait dengan toleransi kekeringan telah banyak dilakukan (Efendi et al., 2014; Zhao et al., 2008; Lang dan Buu, 2008). Empat marka molekuler SSR yang digunakan, yaitu marka RM164, RM 228, RM248, dan RM328 yang pada
percobaan sebelumnya menunjukkan sifat polimorfis. Hasil analisis  visual  menunjukkan  bahwa  pada  marka  RM164 tidak  diperoleh  hasil  visualisasi  yang  baik,  sedangkan ketiga  marka  lainnya  menunjukkan  visualisasi  yang  baik dan  polimorfis  terhadap  2-4  varietas  pembanding  yang digunakan. Varietas pembanding tersebut adalah A. Inpari 30, B. IR42, C. Limboto dan D. IR20. Selanjutnya seluruh genotipe  uji,  dievaluasi  DNA  nya  menggunakan  3  marka yaitu  RM  228,  RM248,  RM328,  data  hasil  visualisasinya dapat dilihat pada Gambar 1-3.
Marka  RM228  bersifat  polimorfis  terhadap pembanding  peka  dan  toleran  kekeringan.  Limboto (pembanding  toleran)  teramplifikasi  pada  sekitar  100  bp, sedangkan IR20 (pembanding peka) teramplifikasi di 150 bp.  Gambar  1  menunjukkan  visualisasi  DNA  galur-galur yang diuji dengan RM 228.  Marka ini dilaporkan terpaut erat  dengan  sifat  menggulung  daun  ( leaf  rolling )  sebagai salah  satu  penciri  toleransi  terhadap  kekeringan  dan  pada kromosom 10 (Anupam et al., 2017). Marka SSR RM248 diketahui  berada  pada  kromosom  7  dan  terpaut  dengan karakter  perkembangan  akar  ( root  development )  terutama terkait  dengan  volume  akar  yang  terekpresi  baik  pada kondisi  optimum  maupun  terinduksi  cekaman  kekeringan (Yue et al., 2006). Hasil visualisasi pita DNA dengan marka RM 248 ditunjukkan pada Gambar 2.
Visualisasi  pita  DNA  dengan  marka  RM328  pada galur-galur  yang  diamati  dapat  dilihat  pada  Gambar  3.
1
A B C D 1 2 3 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39
A B C D 50 51 52 53 54 55 56 57 58 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 73 74 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86
1

## 1
A B C D 1 2 3 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39
A B C D 50 51 52 53 54 55 56 57 58 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 73 74 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86
Keterangan: A = Inpari 30 Ciherang Sub1; B = IR42; C = Limboto; D = IR20; Angka 1, 2, 3, dan seterusnya menyatakan nomor galur; Ladder 1,000bp Gambar 1. Visualisasi RM228 pada analisis molekuler galur-galur padi
Hasil  amplifikasi  pada  marka  RM328  tersebut  terlihat adanya  fragmen smear .  Fragmen smear muncul  sebagai akibat  terpotongnya  untaian  DNA  penyusun  kromosom pada saat proses isolasi DNA. Hal tersebut dapat disebabkan kerusakan mekanis akibat aktivitas enzim RNAse pada saat rangkaian isolasi DNA. Pita DNA antar sampel yang terlihat pada  gel  agarosa  menunjukkan  intensitas  dan  konsentrasi DNA tiap sampel. Tinggi rendahnya konsentrasi DNA dapat dipengaruhi oleh senyawa yang terdapat pada tiap sampel, prosedur ekstraksi dan isolasi DNA, serta metode presipitasi DNA.

## Klasterisasi Genotipe Padi Berdasarkan Marka Molekuler
Tiap  hasil  amplifikasi  dari  tiap  marka  diskoring menjadi  data  biner  per  lokus.  Selanjutnya  berdasarkan data  skoring  marka  dibuat  dendrogram.  Hasil  analisis gerombol menggunakan skor dari 8 lokus dari ketiga marka ditunjukkan  pada  Gambar  4.  Hasil  analisis  menunjukkan adanya dua kelas yang membedakan kelas toleran dan kelas peka. Marka  molekuler  yang  dapat  digunakan  untuk mengkonfirmasi  adalah  marka  yang  memiliki  asosiasi dengan karakter fenotipik terutama yang menandakan sifat toleran.    Uji  t  digunakan  untuk  membandingkan  rata-rata nilai fenotipe dari kelompok genotipe dengan skor marka molekuler  0  (tanpa  pita)  dibandingkan  dengan  kelompok dengan  skor  1  (ada  pita).  Jika  berdasarkan  uji  t  terdapat
perbedaan  antar  kelompok,  maka  dapat  dikatakan  bahwa marka  tersebut  berasosiasi  atau  terkait  dengan  karakter fenotipik tertentu. Yohana et al. (2018) menganggap adanya sebuah quantitative trait loci (QTL) jika terdapat perbedaan nyata  dalam  rata-rata  skor  fenotipe  untuk  masing-masing kelompok.  Hasil  uji  t  yang  berbeda  nyata  pada  suatu karakter  menunjukkan  bahwa  terdapat  perbedaan  antara rata-rata nilai suatu karakter terhadap polimorfisme marka (Tabel 1).
Berdasarkan  uji  t,  diketahui  bahwa  marka  RM228 pada semua alel diduga memiliki asosiasi dengan karakter skor menggulung dan panjang malai. Marka RM228 diduga memiliki asosiasi pula dengan karakter tinggi tanaman dan umur berbunga alel 200 bp. Marka RM328 pada alel 100 bp diduga bersosiasi dengan panjang malai, pada alel 200 bp  diduga  berasosiasi  dengan  jumlah  anakan,  dan  pada 500  bp  diduga  berasosiasi  dengan  karakter  gabah  isi  dan produktivitas (Tabel 1). Zhao et al. (2008) menyatakan bahwa RM228 yang berada di kromosom 10 merupakan QTL terkait dengan  karakter  laju  fotosintetis  daun  bendera,  frekuensi stomata, dan bobot daun spesifik dan terdeteksi pula terkait dengan  bobot  hasil  pada  turunan  Asominori/IR24  CSSL, JYQ8/JX17  DH,  Nipponbare/Kasalath  BIL,  Nipponbare/ Kasalath BIL and 254 Teqing ILs. Menurut Lang dan Buu (2008), RM328 berada di kromosom 9 dan diduga terkait erat  dengan  toleransi  kekeringan.  Beragamnya  karakter fenotipik  yang  berasosiasi  dengan  satu  marka  molekuler diduga  karena  adanya  efek  gen  pleiotropi.  Ookawa et  al.

## A B C D 1 2 3 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 28 29 30 31 32 33 34 35 36
A B C D 50 51 52 53 54 55 56 57 58 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 73 74 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85
Keterangan: A = Inpari 30 Ciherang Sub1; B = IR42; C = Limboto; D = IR20; Angka 1, 2, 3, dan seterusnya menyatakan nomor galur; Ladder 1,000bp Gambar 2. Visualisasi RM248 pada analisis molekuler galur-galur padi
(2010) melaporkan bahwa QTL SCM2 yang berperan dalam kekuatan batang, terkait pula dengan karakter pembentukan stuktur malai sebagai efek dari gen pleiotropi.
Dari  96  genotipe  yang  digunakan  dalam  analisis molekuler,  hanya  83  genotipe  yang  secara  keseluruhan
memunculkan band pada  seluruh  marka  yang  digunakan. Hasil  analisis  gerombol  menggunakan  software  PBSTAT berdasarkan  3  marka  (RM228,  RM248,  dan  RM328) membagi  83  genotipe  menjadi  2  kelas  (Gambar  4). Selanjutnya hasil uji t menunjukkan bahwa pada karakter
Keterangan: A = Inpari 30 Ciherang Sub1; B = IR42; C = Limboto; D = IR20; Angka 1, 2, 3, dan seterusnya menyatakan nomor galur;
Ladder 1,000bp Gambar 3. Visualisasi RM328 pada analisis molekuler galur-galur padi
Marka bp Karakter Rata-rata nilai fenotipe Selisih p-value 0 1 RM228 100 Skor menggulung 6.38 4.79 1.59* 0.024 Panjang malai (cm) 22.84 24.30 -1.46** 0.008 150 Skor menggulung 4.74 6.57 -1.83** 0.005 Panjang malai (cm) 24.25 22.99 1.26* 0.030 200 Skor menggulung 4.94 6.80 -1.86* 0.011 Tinggi tanaman (cm) 84.40 76.20 8.20* 0.047 Umur berbunga (hari) 88.94 86.85 2.09* 0.034 Panjang malai (cm) 24.15 22.51 1.64* 0.015 RM328 100 Panjang malai (cm) 23.51 24.65 -1.14* 0.043 200 Jumlah anakan 11.04 8.22 2.82* 0.044 500 Jumlah gabah isi per malai (butir) 70.60 58.58 12.02** 0.000 Produktivitas (ton ha -1 ) 1.48 0.21 1.27** 0.000
Tabel 1. Hasil uji t rata-rata nilai fenotipik pada tiap pita analisa molekuler galur-galur padi
Keterangan: 0 = tidak ada pita; 1 = ada pita * = nyata pada taraf 5%; ** = nyata pada taraf 1%
A B C D 1 2 3 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38
A B C D 50 51 52 53 54 55 56 57 58 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 73 74 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87
skor menggulung dan panjang malai menunjukkan adanya perbedaan yang nyata antara kelompok 1 dan 2 (Tabel 2). Hal tersebut menunjukkan bahwa delapan alel pada tiga marka tersebut diduga dapat dimanfaatkan sebagai marka seleksi untuk karakter toleran kekeringan. Namun masih diperlukan penelitian  lebih  lanjut,  diantaranya  adalah  penelitian genetic dan association mapping. Hal ini diperlukan untuk mengidentifikasi  asosiasi  marka  dengan  karakter  toleran kekeringan dan beberapa karakter fenotipik lainnya.
Melihat adanya indikasi asosiasi antar marka molekuler dengan  karakter  fenotipik,  maka  hasil  analisis  molekuler dapat menguatkan hasil skrining toleransi kekeringan secara fenotipik.  Penelitian  ini  bertujuan  untuk  mengkonfirmasi toleransi  kekeringan  yang  sebelumnya  telah  dilakukan secara fenotipik pada penelitian Wening et al. (2019). Dari sepuluh  galur  yang  terindikasi  toleran  terhadap  cekaman kekeringan  fase  generatif  berdasarkan  skrining  secara artifisial  (Wening et  al. ,  2019),  terdapat  tujuh  galur  yang terkonfirmasi  secara  molekuler  yaitu  yang  berada  dalam satu kelompok dengan varietas pembanding toleran Limboto
(no 103). Ketujuh galur tersebut ialah B13983E-KA-12-2, B13507E-MR-19,  B14366E-KY-50,  BP20452e-PWK-0- SKI-1-1,  BP20452e-PWK-0-SKI-2-4,  BP20452e-PWK-0- SKI-3-3,  dan  BP29790d-PWK-3-SKI-1-5.  Ketujuh  galur tersebut juga dinyatakan toleran kekeringan secara fenotipik (Wening et al., 2019).

## KESIMPULAN
Berdasarkan  analisis  molekuler  terdapat  7  galur toleran  kekeringan  yang  terkonfirmasi  berdasarkan  marka RM228, RM248, dan RM328 berada satu group dengan cek toleran cekaman kekeringan.  Ketujuh galur tersebut adalah B13983E-KA-12-2,  B13507E-MR-19,  B14366E-KY-50, BP20452e-PWK-0-SKI-1-1,  BP20452e-PWK-0-SKI-2-4, BP20452e-PWK-0-SKI-3-3,  dan  BP29790d-PWK-3-SKI- 1-5.  Marka  RM228,  RM248,  dan  RM328  diduga  dapat dimanfaatkan sebagai marka seleksi, namun perlu dilakukan validasi melalui g enetic dan association mapping.

## DAFTAR PUSKATA
Afa,  L.O.,  B.S.  Purwoko,  A.  Junaedi,  O.  Haridjaja,  I.S. Dewi.  2013.  Deteksi  dini  toleransi  padi  hibrida terhadap  kekeringan  menggunakan  PEG  6000.  J. Agron. Indonesia 41:9-15.
Akbar,  M.R.,  B.S.  Purwoko,  I.S.  Dewi,  W.B.  Suwarno. 2018. Penentuan indeks seleksi toleransi kekeringan galur  dihaploid  padi  sawah  tadah  hujan  pada  fase perkecambahan. J. Agron. Indonesia 46:133-139.
Anupam,  A.,  J.  Imam,  S.M.  Quatadah,  A.  Siddaiah,  S. Prasad Das, M. Variar, P.N. Mandal. 2017. Genetic diversity analysis of rice germplasm in Tripura State of  Northeast  India  using  drought  and  blast  linked markers. Rice Sci. 124:10-20.
Bahagiawati.  2011.  Peran  markah  molekuler  dalam pemuliaan tanaman. Badan Litbang Pertanian. Edisi 16-22 Maret 2011 No.3397. Jakarta, Indonesia.
Cahyadi,  E.,  A. Ete, U. Made. 2013. Identifikasi  karakter fisiologis  dini  padi  gogo  lokal  Mangkawa  terhadap cekaman kekeringan. Agrotekbis. 1:228-235.
Daniel, I.O., J.A. Adetumbi, O.O. Oyelakin, S.A. Olakojo, M.O. Ajala,  S.O.  Onagbesan.  2012. Application  of SSR markers for genetic purity analysis of parental inbred lines and some commercial hybrid maize ( Zea mays L.). Amer. J. Expt. Agric. 2:597-605.
Efendi, R., Y. Musa, M.F. Bdr, M.D. Rahim, M. Azrai, M. Pabendon. 2014. Seleksi jagung inbrida dengan marka molekuler dan toleransinya terhadap kekeringan dan nitrogen rendah. J. Pen. Pert. Tan. Pangan 20:43-53.
1 2
Keterangan: Kelompok 1 = tidak toleran; kelompok 2 = toleran Gambar 4. Dendogram galur-galur padi yang diuji menggunakan marka molekuler
Kelompok Skor menggulung Panjang malai (cm) Kelompok 1 6.69 22.77 Kelompok 2 4.73 24.29 Nilai t 3.19 -2.90 p-value 0.004 0.007 Tabel 2. Hasil uji t rata-rata nilai fenotipik antara kelas 1 dan  2  hasil  analisis clustergram pada  penelitian konfirmasi toleransi kekeringan galur-galur padi
Hipi,  A.,  M.  Surahman,  S.  Ilyas,  Giyanto.  2012.  Seed genetic  purity  assessment  of  hybrid  maize  using microsatellite  markers  (SSR). In Proceeding  of  an International  Maize  Conference.  Gorontalo,  21-23 November 2012.
Kartina, N., B.S. Purwoko, I.S. Dewi, D. Wirnas, A. Nindita. 2019. Skrining awal toleransi galur-galur dihaploid padi gogo terhadap cekaman kekeringan pada stadia bibit. J. Agron. Indonesia 47:1-8.
Lang,  N.T.,  B.C.  Buu.  2008.  Fine  mapping  for  drought tolerance in rice ( Oryza sativa L.). Omonrice. 16:9- 15.
Mulsanti,  I.W.,  M.  Surahman,  S.  Wahyuni,  D.W.  Utami. 2013.  Identifikasi  galur  tetua  padi  hibrida  dengan marka SSR spesifik dan pemanfaatannya dalam uji kemurnian benih. J. Pen. Pert. Tan. Pangan 32:1-8.
Nuraida,  D.  2012.  Pemuliaan  tanaman  cepat  dan  tepat melalui  pendekatan  marka  molekuler.  El-Hayah 2:97-103.
Ookawa,  T.,  T.  Hobo,  M.  Yano,  K.  Murata,  T. Ando,  H. Miura, K. Asano, Y. Ochiai, M. Ikeda, R. Nishitani, T. Ebitani, H. Ozaki, E.R. Angeles, T. Hirasawa, M. Matsuoka. 2010. New approach for rice improvement using  a  pleitropic  QTL  gene  for  lodging  resistance and yield. Nature Comm. 1:132.
Selvi, G.S.A., S. Hittalmani, and G. Uday. 2015. Root QTL pyramiding  through  marker-assisted  selection  for enhanced  grain  yield  under  low  moisture  stress  in rice ( Oryza sativa L.). J. Rice Res. 4:1-5.
Semagn,  K.,  Y.  Beyene,  D.  Makumbi,  S.  Mugo,  B.M. Prasanna, C. Magorokosho, G. Atlin. 2012. Quality control genotyping for assessment of genetic identity and  purity  in  diverse  tropical  maize  inbred  lines. Theoret. Appl Genet. 125:1487-1501.
Sitaresmi,  T.,  W.B.  Suwarno,  C.  Gunarsih,  Nafisah, Y.  Nugraha,  P.  Sasmita,  A.A.  Daradjat.  2019.
Comprehensive  stability  analysis  of  rice  genotypes through  multi-location  yield  trials  using  PBSTAT- GE. Sabrao J. Breed. Genet. 51:355-372.
Tresniawati, C., N. Yuniyati, E. Randriani. 2014. Penggunaan marka  molekuler  dalam  seleksi  genotipe  kakao dengan  sifat  kadar  lemak  tinggi.  Bunga  Rampai Inovasi Teknologi Bioindustri Kakao. 39-46.
Wening, R.H., B.S. Purwoko, W.B. Suwarno, I.A. Rumanti,
N. Khumaida. 2019. Seleksi simultan karakter daun mengering dan produktivitas pada galur-galur padi. J. Agron. Indonesia 47:232-239.
Widyastuti, Y., B.S. Purwoko, M. Yunus. 2016. Identifikasi toleransi kekeringan tetua  padi  hibrida  pada  fase perkecambahan  menggunakan  polietilen  glikol (PEG) 6000. J. Agron. Indonesia 44:235-241.
Yang, X., Y. Xu, T. Shah, H. Li, Z. Han, J. Li, J. Yan. 2011. Comparison  of  SSRs  and  SNPs  in  assessment  of genetic  relatedness  in  maize.  Genetica 139:1045- 1054.
Yohana, K. Adisyahputra, K.R. Trijatmiko. 2018. Validasi QTL  dan  aplikasinya  untuk  perbaikan  sifat  toleran keracunan Al pada padi. Bioma 4:37-48.
Yue, B.W. Xue, L. Xiong, X. Yu, L. Luo, K. Cui, D. Jin, Y. Xing, Q. Zhang. 2006. Genetic basis of drought resistance at reproductive stage in rice: separation of drought tolerance from drought avoidance. Genetics 172:1213-1228.
Yullianida, Suwarno, S.W. Ardhie, H. Aswidinnoor. 2014. Uji cepat toleransi tanaman padi terhadap cekaman rendaman  pada  fase  vegetatif.  J  Agron.  Indonesia 42:89-95.
Zhao, X., J. Xu, M. Zhao, R. Lafitte, L. Zhu, B. Fu, Y. Gao, Z. Li. 2008. QTLs affecting morphophysiological traits related to drought tolerance detected in overlapping introgression  lines  of  rice  ( Oryza  sativa L.).  Plant Sci. 174:618-625.