Studi Docking Molekul Aktivitas Obat COVID-19 dari Derivat N-(2-phenylethyl)methanesulfonamide sebagai Inhibitor Main Protease
Molecular Docking Study on COVID-19 Drug Activity of N-(2-phenylethyl)methanesulfonamide Derivatives as Main Protease Inhibitor

## Purwaniati
RUBI Analisis Farmasi dan Kimia Medisinal, Fakultas Farmasi, Universitas Bhakti Kencana Jl. Soekarno-Hatta 754 Bandung, Jawa Barat
Sur-el korespondensi: purwaniati@bku.ac.id

## ABSTRAK
Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan calon-calon senyawa baru yang potensial dikembangkan sebagai obat COVID-19 dengan mekanisme menghambat enzim main protease (M pro ) dari virus COVID-19. Metode yang digunakan  adalah  penambatan  molekul  dengan  program  AutodockTools  1.5.6,  dan  dilanjutkan  dengan  prediksi profil  farmakokinetik  dan  toksisitas  dengan  bantuan  aplikasi  PreADMET.  Potensi  penghambatan  dinilai berdasarkan nilai energi pengikatan dan konstanta inhibisinya. Penelitian menunjukkan bahwa senyawa ligan alami ( N-(2-phenyl-ethyl)methanesulfonamide) ,  S1,  S3,  S7  dan  S9  merupakan  senyawa-senyawa  yang  memberikan aktivitas penghambatan terhadap enzim M pro yang lebih potent dibanding lopinavir sebagai pembandingnya. Energi pengikatan dan konstanta inhibisi ligan alami, S1, S3, S7 dan S9 lebih rendah dari senyawa pembanding, berturut- turut, yaitu -1,61 kcal/mol dan 66,26 mM. Prediksi ADMET menunjukan bahwa senyawa-senyawa yang potensial tersebut masih memerlukan perbaikan dari segi farmakokinetik dan toksisitas.
Kata Kunci : Obat COVID-19, N-(2-phenylethyl)methanesulfonamide, docking molekul , prediksi ADMET

## ABSTRACT
The aim of this research is to find potential new compounds that are potential to be developed as COVID- 19 drugs with a mechanism to inhibit the main protease (M pro ) enzyme from the COVID-19 virus. The method used molecular docking  with the AutodockTools 1.5.6 program and continued with the prediction of pharmacokinetic profiles and toxicity with the help of the PreADMET application. Inhibition potential was assessed based on the binding  energy  value  and  the  inhibition  constant.  Research  showes  that  natural  ligand  (N-(2-phenyl-ethyl) methanesulfonamide), S1, S3, S7, and S9  were  compounds that provide inhibitory activity against M pro enzymes which were more potent than lopinavir as a comparison. The binding energy and inhibition constants of natural ligands, S1, S3, S7, and S9  are lower than  comparative compounds,  respectively -1.61 kcal/mol and 66.26 mM. ADMET prediction shows that these potential compounds still need improvement in terms of pharmacokinetics and toxicity.
Keywords : COVID-19 drug, N-(2-phenylethyl)methanesulfonamide, molecular docking, ADMET prediction

## PENDAHULUAN
Corona  virus  desease 2019 (COVID-19) yang disebabkan oleh Severe Acute
Respiratory  Syndrome  Coronavirus-2 (SARS-
COV-2) telah  menjadi  pandemi  global  sejak akhir  tahun  2019. SARS-COV-2 sebagaimana halnya  virus  corona  lainnya  merupakan  virus yang  mempunyai RNA untai  tunggal  yang

## Ad-Dawaa’ Journal of Pharmaceutical Sciences
ISSN: 2654-7392, E-ISSN: 2654-6973 Vol. 3, No. 1, Juni 2020, Hal. 1 – 11 DOI: 10.24252/djps.v3i1.13945
diliputi struktur menyerupai selimut ( enveloped structure ) dengan bentuk pleomorfik  atau  spherical  (Prajapat,  et  al., 2020;  Yang,  Bartlam,  &  Rao,  2006).  Dari semua virus RNA , genom virus corona adalah yang  terbesar  (Belouzard,  Millet,  Licitra,  & Whittaker, 2012).
Target  kerja  obat COVID-19 dapat  dipilih dari protein struktural dan non struktural virus. Protein struktural virus ini terdiri dari protein spike  (S),  membrane  (M),  envelop  (E), dan nucleocapsid (N) (Hilgenfeld, 2014; Prajapat, et  al.,  2020).  Sedangkan  genom RNA virus corona ini mengandung 7 gen yang terdiri dari: ORF1a, ORF1b, S, OEF3, E, M, dan N dalam 5’ – 3’ (Prajapat, et al., 2020).
Penyakit  pernafasan  akut COVID-19 disebabkan  oleh  suatu  virus  yang  merupakan strain baru virus corona. Jenis virus ini dapat menular  melalui  infeksi  droplet  (sekresi pernafasan) dan kontak fisik antar orang. Studi menunjukan  virus  ini  juga  dapat  menyebar melalui keringat, urin dan sekressi pernafasan. Virus  yang  masuk  ke  dalam  tubuh  manusia akan  berikatan  dengan  sel-sel  target  primer seperti eritrosit dan pneumomosit  (Ding, et al., 2004; Guo, Korteweg, McNutt, & Gu, 2008).
Infeksi SARS-COV-2 mengakibatkan kerusakan  jaringan  dan  penurunan  fungsi paru-paru, dan pada beberapa kasus menyebabkan  kegagalan  paru-paru  (Prajapat, et  al.,  2020). SARS-COV-2 main  protease (M pro )  merupakan  salah  satu  target  penting yang  telah  teridentifikasi  sebagai  target  kerja obat COVID-19 (Prajapat,  et  al.,  2020).  M pro
dikenal  juga  sebagai  3CL protease (3CL pro ), berperan  dalam  memediasi  proses  replikasi dan  transkripsi  virus  (Prajapat,  et  al.,  2020; Zhang, Lin, Sun, Rox, & Hilgenfeld, 2020).
Virus SARS-COV-2 akan  terikat  pada  sel target melalui interaksi protein spike – protein sel  inang,  yaitu  pada  reseptor angiotensin converting enzyme 2 (ACE-2) (Li, et al., 2003). Setelah  proses  pengikatan  tersebut,  genom virus  dan  nukleosidnya  kemudian  dilepaskan ke  dalam  sitoplasma  sel  inang  (Velthuis, Worm,  &  Snijder,  2012).  Genom  virus  yang mengandung gen ORF1a dan ORF1b kemudian menghasilkan dua poliprotein yaitu pp1a dan pp1ab. Poliprotein tersebut kemudin menghasilkan 16 protein non struktural (NSP) yang  masing-masing  memiliki  fungsi  yang spesifik (Stobart, et al., 2013).
Hampir semua protein dalam virus tersebut merupakan  protein-protein  yang  potensial sebagai target kerja obat COVID-19 . Protease menjadi salah satu protein yang penting untuk ini. Ada 2 tipe cysteine protease yang bekerja pada poliprotein dalam pelepasan NSP, yaitu: chymotrypsin-like  cysteine  protease ( main protease [M pro ]),  yang  memproses  bagian terminal  C  poliprotein  pp1a/pp1ab  dan papain-like protease (PL pro )  yang memproses bagian  terminal  N  poliprotein  pp1a/pp1ab (Lindner, et al., 2005).
M pro memiliki  bentuk  homodimer  yang menunjukan  aktivitas  protease.  Protease  ini dapat membelah 11 situs pada pp1a dan pp1ab yang  menghasilkan  protein-protein  yang sangat  dibutuhkan  bagi  kelangsungan  virus
tersebut.  Beberapa  senyawa  seperti  asam arylboronat , derivat kuinolinkarbok-silat, dan tiofenkarboksilat menunjukan adanya aktivitas penghambatan  M pro (Hsu,  et  al.,  2005).
Sejumlah  struktur  kristal  M pro yang  berikatan dengan  inhibitornya  telah  tersedia  dalam Protein  Data  Bank (PDB) .  Lopinavir  dan ritonavir  yang  merupakan  inhibitor  protease HIV juga menunjukan aktivitas penghambatan pada  M pro (Liu  &  Wang,  2020).  Beberapa flavonoid  juga  dilaporkan  dapat menghambat enzim tersebut (Jo, Kim, Shin, & Kim, 2020). N-(2-pheny-methyl)methenesulfonamide merupakan salah satu molekul yang terkonfirmasi  mampu  menginhibisi  enzim M pro SARS-COV-2 ,  sebagaimana  ditunjukan dalam PDB ID : 5R7Y (Zhang, Lin, Sun, Rox, & Hilgenfeld, 2020).
Berdasarkan  potensi  M pro sebagai  target obat COVID-19 , maka penelitian ini dilakukan melalui studi penambatan molekul ( molecular docking ) derivat senyawa N-(2- phenymethyl)methenesulfonamide terhadap kemampuan inhibisi enzim M pro . Dari studi ini diharapkan  diperoleh  suatu  derivat  baru yang dapat disintesis dan lebih lanjut dikembangkan menjadi obat COVID-19 .

## METODE  PENELITIAN
Alat dan bahan
Alat-alat yang digunakan adalah seperangkat hardware: Laptop dengan RAM 8 GB , 64 bit, software : Yasara View, Discovery Studio  Visualizer  2020  Client,  Chembiodraw
Ultra  14.0,  Chembio3D  Ultra  14.0,  dan AutodockTools 1.5.6.
Data yang digunakan adalah struktur kristal protein  M pro yang  didownload  dari PDB dengan  kode PDB  ID :  5R7Y,  dan  senyawa- senyawa turunan N-(2-pheny- methyl)methanesulfonamide .
Validasi Metode Docking
Preparasi Protein Target dan Ligan Alami Protein  target  didownload  dari  database Protein  Data  Bank dengan  ID  5R7Y, kemudian  ligan  alami  dengan  kode  JFM (molekul N-(2-phenymethyl)methenesulfon- amide )  dipisahkan  dari  semua  komponen lainnya  dalam  kompleks  protein  (molekul protein,  molekul  kecil  lainnya,  ion,  dan  air) dengan  menggunakan  program  Yasara  View kemudian  disimpan  dalam  format  file PDB dengan  nama  ligan  (ligan. PDB ).  Struktur protein  dapat  dilihat  pada  Gambar  1. Kompleks  protein  yang  masih  utuh  (5R7Y) dibuka dalam program Yasara View, kemudian  dilakukan  penghapusan  semua molekul  air  dan  ligan  alami,  kemudian  di disimpan dengan nama makromolekul dengan format file PDB (makromolekul. PDB ).

## Re-docking Ligan Alami pada Protein Target
Setelah proses preparasi ligan dan protein target selesai (file ligan. PDB dan makromolekul. PDB ), kemudian dilakukan re- docking ligan  terhadap  protein  target  sebagai upaya  untuk  mendapatkan  metode docking yang  valid.  Metode docking dinyatakan  valid jika  interaksi  antara  ligan  dan  protein  target
memberikan  nilai RMSD ( root  mean  square deviation ) kurang dari 2 Å.

## Penyiapan Senyawa Uji
Senyawa-senyawa      turunan N-(2-pheny- methyl)methanesulfonamide dengan digambar dengan program Chembiodraw Ultra. Senyawa-senyawa tersebut kemudian dioptimasi  geometri  dengan  menggunakan Program  Chembio3D  Ultra  dengan  menu Gaussian  interface-minimize  energy dengan metode  AM1  sehingga  diperoleh  struktur dengan energi yang rendah.

## Docking Senyawa Uji
Semua  senyawa  uji  yang  telah  dioptimasi geometrinya  kemudian  di- docking- kan  pada protein  target  (makromolekul. PDB )  dengan program AutodocksTools 1.5.6 dengan menggunakan  prosedur docking yang  telah valid.  Hasil docking senyawa  uji  dinyatakan dengan  nilai  energi  pengikatan  dan  konstanta inhibisinya.  Nilai  energi  pengikatan  dan konstanta  inhibisi  tersebut  ditetapkan  pada konformasi terbaiknya, yaitu konformasi hasil docking yang  memiliki  energi  pengikatan terendah.  Nilai  energi  pengikatan  dan konstanta  inhibisi  diperoleh  dengan  cara membuka  file  *.DLG  kemudian control-F “lowest energy ”.
Analisis Hasil Docking
Analisis  hasil docking dilakukan  dengan menggunakan program AutodocksTools 1.5.6 dan  Discovery  Studio  Visualizer.  Hasil docking dinilai  berdasarkan  nilai  energi
pengikatan,  konstanta  inhibisi  dan  interaksi ligan (senyawa uji) dengan protein targetnya.
Prediksi Absorbsi, Distribusi, Metabolisme,

## Ekskresi dan Toksisitas
Senyawa  turunan  yang  memiliki  aktivitas obat COVID-19 yang  baik  berdasarkan  studi docking kemudian diprediksi profil farmakokinetik  dan  toksisitas  menggunakan aplikasi  PreADMET.  Tahapan  ini  dilakukan dengan  cara  membuka  aplikasi  PreADMET, menggambarkan  struktur  senyawa  yang  akan diprediksi  dan  dilakukan  prediksi  oleh aplikasi.

## HASIL DAN PEMBAHASAN

## Studi Docking Molekuler
Protein target  yang digunakan dalam studi ini  adalah main  protease SARS-COV-2 yang terdapat  dalam PDB dengan ID 5R7Y. Kompleks  protein  tersebut  terdiri  dari  satu untai  protein  M pro atau  3CL pro yaitu  protein dengan  306  asam  amino  yang  belum bermutasi,  dan  molekul  kecil  yaitu: N-(2- phenymethyl)methenesulfonamide , dimetil sulfoksida,  ion  klorida  dan  air.  Untuk kepentingan  validasi  metode docking ,  maka dilakukan pemisahan antara protein target dan ligan  alami.  Struktur  target  dan  ligan  alami dapat dilihat pada Gambar 1.
Berdasarkan proses validasi docking diperoleh  metode docking yang  valid  yaitu prosedur  dengan  parameter grid  point x=  26, y=  22  dan  z=30,  dengan grid  point  spacing 0.375 Å, number of GA runs 50 dan maximum number  of  evals  “short”. Prosedur docking
tersebut  dinyatakan  valid  karena  dari  3  kali percobaan docking ligan alami diperoleh nilai RMSD kurang  dari  2Å.  Nilai RMSD dari  3 percobaan tersebut adalah 1,57; 1,62 dan 1,69 Å.  Interaksi  yang  terjadi  antara  ligan  alami dengan  protein  target  adalah  satu  ikatan hidrogen,  sebagaimana  terlihat  pada  Gambar 2.  Ikatan  hidrogen  tersebut  terbentuk  antara akseptor  ikatan  hidrogen  atom  O  pada  ligan alami  dengan  donor  ikatan  hidrogen  pada residu asam amino histidin 41 (His41). Metode
docking yang telah valid kemudian digunakan untuk menguji (men- docking ) senyawa pembanding dan uji yang terdapat pada Tabel 1.
Berdasarkan  hasil docking senyawa  uji seperti  yang  tertera  pada  Tabel  2,  dapat diketahui  bahwa  senyawa  turunan  baru  yang diperoleh  belum  ada  yang  menunjukan aktivitas penghambatan enzim M pro lebih besar dibanding  ligan  alaminya.  Namun  demikian, senyawa  dengan  kode  S1,  S3,  S7  dan  S9
Gambar 1. Struktur kristal M pro dengan PDB ID: 5R7Y, a. Kompleks antara protein M pro dan ligan alami, b. struktur 2D ligan alami
Gambar 2. Interaksi yang terjadi antara ligan alami dengan protein target
menunjukan potensi untuk diteliti lebih lanjut sebagaimana  ligan  alaminya,  karena  potensi aktivitasnya  yang  hampir  sama  dengan  ligan alami  dan  jauh  lebih  kuat  dibandingkan dengan  senyawa  pembanding  satu  maupun dua, dengan nilai konstanta inhibisinya kurang dari 1 mM.

## Studi Profil Farmakokinetik dan Toksisitas
Potensi lima senyawa, yaitu ligan alami, S1, S3,  S7  dan  S9,  diteliti  lebih  lanjut  dalam prediksi  profil  farmakokinetik  (absorbsi, distribusi, metabolisme, ekskresi) dan toksisitas  dengan  menggunakan  aplikasi PreADMET.  Hasil  prediksinya  dapat  dilihat pada Tabel 3.
Nilai  prediksi blood  brain  barrier ( BBB ) atau  sawar  darah  otak  memberikan  informasi prediksi  konsentrasi steady  state senyawa  uji pada  otak  dan  darah  ( BBB =[otak/ brain ]/ [darah/ blood ]).  Berdasarkan  data  diperoleh bahwa ligan alami, S1, S3, S7 dan S9 memiliki kemampuan  menembus  sawar  darah  otak menengah ( middle absorbtion to CNS ), karena nilai BBB berkisar antara 0,1-2,0. PreADMET mengklasifikasikan  senyawa  sebagai: high absorbtion  to  CNS bila  nilai BBB lebih  dari 2,0, middle  aborbtion  to  CNS bila  nilai BBB antara 0,1-2,0 dan low absorbtion to CNS bila nilai BBB kurang dari 0,1 (Ma, Chen, & Yang, 2005; Schinkel, 1999).
Ligan  alami,  S3,  S7  dan  S9  menunjukan kelarutan  yang  cukup  baik  dalam  air  murni maupun  dalam  larutan  buffer.  Dari  nilai permeabilitas  Caco2,  dapat  diketahui  bahwa
lima senyawa uji memiliki permeabilitas yang rendah  karena  nilai  permeabilitas  Caco2 kurang  dari  4  nm/sec. Human  intestinal absorbtion ( HIA ) digunakan untuk memprediksi prosentase molekul yang terabsorbsi  dari  saluran cerna.  Lima  senyawa dapat  terabsorbsi  dengan  baik  dari  saluran cerna  karena  nilai  % HIA berkisar  antara  70- 100%  (Yee,  1997).  Lima  senyawa  uji  tidak menunjukan  adanya  inhibisi  pada  substrat P- glycoprotein . Ligan alami, S1, S3, S7 maupun S9  menunjukan  kelarutan  dalam  air  yang cukup tinggi, yaitu lebih dari 1000 mg/L.
Nilai  prosentase protein  plasma  binding ( PPB ) dari lima senyawa uji relatif rendah. Hal ini  berarti  akan  lebih  banyak  molekul  yang tidak  berikatan  dengan  protein  plasma  atau dalam  keadaan  bebas,  sehingga  molekul tersebut  dapat  segera  terdistribusi  pada  target kerjanya. Molekul dikatakan terikat kuat pada protein  plasma  bila  nilai  % PPB lebih  dari 90%.
Berdasarkan  data  prediksi  metabolism, diketahui bahwa seluruh senyawa uji merupakan  inhibitor  enzim  CYP-2C19  dan CYP-2C9,  dan  bukan  merupakan  inhibitor bagi  CYP-2D6.  Ligan  alami  hanya  akan sedikit  dimetabolisme  oleh  CYP-2D6.  Enzim CYP-2D6  tersebar  banyak  pada  jaringan, namun  paling  besar  terdapat  pada  hati.  CYP- 2D6 memediasi metabolisme senyawa antidepresan selective  serotonin  re-uptake inhibitor (Ali, et al., 2013). Karena ligan
Tabel 1. Daftar senyawa yang digunakan sebagai bahan penelitian Kode Senyawa Nama Senyawa Struktur 2D Ligan alami N-(2-phenymethyl)methenesulfonamide Pembanding 1 N-(4-(2-(2,6- dimethylphenoxy)acetamido)-3-hydroxy- 1-phenylbutyl)-3-methyl-2-(2- oxotetrahydropyrimidin-1(2H)-
yl)butanamide (Lopinavir)
Pembanding 2 tert-butyl (1-((R)-1-(((R)-4-
(benzylamino)-3,4-dioxo-1-((S)-2- oxopyrrolidin-3-yl)butan-2-yl)amino)-3- cyclopropyl-1-oxopropan-2-yl)-2-oxo-1,2- dihydropyridin-3-yl)carbamate (alpha- ketoamide 13b)
S1 phenethylsulfamoyl chloride S2 N-(4-hydroxyphenethyl) methanesulfonamide S3 N-(4-methylphenethyl
)methanesulfonamide
S4 N-(4-ethylphenethyl)ethanesulfonamide S5 N-(4-(hydroxymethyl) phenethyl)ethanesulfonamide S6 N-(4-(hydroxymethyl)phenethyl)-N- methylethanesulfonamide S7 N-hydroxy-N-(4- (hydroxymethyl)phenethyl) ethanesulfonamide S8 N-(3-hydroxyphenethyl) methanesulfonamide S9 N-(3-methylphenethyl) methanesulfonamide
alami  dan  senyawa  uji  tidak  menginhibisi CYP-2D6,  maka  resiko  interaksi  obat  yang terjadi jika digunakan bersamaan dengan obat- obat SSRI adalah rendah.
Lima  senyawa  diprediksi  mutagenik, sehingga tentunya diperlukan optimasi struktur lebih lanjut untuk menghilangkan sifat mutagenik dari senyawa-senyawa tersebut jika
Tabel 1. lanjutan
Kode Senyawa Nama Senyawa Struktur 2D S10 N-methyl-N-(3-methylphenethyl) methanesulfonamide S11 4-(2-((chlorosulfonyl)amino)ethyl)-2- hydroxybenzoic acid Tabel 2. Hasil docking senyawa uji No  Kode Senyawa Energi pengikatan (kkal/mol) Konstanta inhibisi (mM) Interaksi 1 Ligan alami -4,67 0,38 1 Ikataan H: O-His41 2 Pembanding 1  -1,61 66,26 1 Ikatan H: O-Arg4, 1 interaksi pi-alkil: ligan-Met6 3 Pembanding 2  -1,54 74,91 1 ikatan H: O-Ala7 1 interaksi pi-sigma: ligan-Val125 4 S1 -4,47 0,53 2 Ikatan H: H-Val125, O-Gln127 1Interaksi pi-sigma: ligan-Val125 5 S2 -3,67 2,04 5  ikatan  H:  3  ikatan  antara  O-Lys5,  O- Arg4, H-Gln127 6 S3 -4,58 0,44 3 ikatan H: O-Lys5, H-Lys5, O-Arg4 I interaksi pi-sigma: ligan-Tyr126 7 S4 -3,82 1,58 2 ikatan H: O-Lys5, O-Gln127 2  interaksi  pi-alkil:  ligan-Trp207,  ligan- Phe291 8 S5 -4,08 1,03 4 ikatan H: O-Ala7, O-Gln127, H-Val125, H-Ala7 1 interaksi pi-sigma: ligan-Met6 9 S6 -3,99 1,20 2 ikatan H: H-Gln127, O-Ala7 1 interaksi pi-sigma: ligan-Tyr126 10 S7 -4,44 0,55 2 ikatan H: O-Gln127, H-Val125 11 S8 -4,06 1,06 3 ikatan H: H-Val125, O-Gln-127, H-Lys5 I interaksi pi-alkil: ligan-Met6 12 S9 -4,23 0,79 2 ikatan H: O-Gln127, H-Val125 1 interaksi pi-sigma: ligan-Ala7 13 S10 -3,43 3,04 Tak ada interaksi 14 S11 -3,47 2,88 3 ikatan H: H-Val125, O-Gln127, H-Ala7
akan  dikembangkan  menjadi  obat.  Prediksi mutagenisitas  ini  dilakukan  berdasarkan metode  uji  Ames.  Senyawa  uji  dinyatakan mutagen  yang  berarti  senyawa-senyawa tersebut dapat menyebabkan bakteri Salmonella  typhimurium mutan  yang  tidak dapat  tumbuh  dalam  medium  tanpa  histidin bermutasi  menjadi  dapat  tumbuh  dalam medium tanpa histidin (Ames, Gurney, Miller, & Bartsch).
Ligan  alami,  S1,  S3,  S7,  dan  S9,  tidak menunjukkan  adanya  sifat  karsinogenik  pada
hewan pengerat. Sehingga lima senyawa uji ini dapat  disimpulkan  sebagai  mutagen  –  non karsinogen.  Lima  senyawa  tersebut  juga mempunyai  potensi  penghambatan  hERG yang rendah. Inhibisi hERG yang tinggi dapat mengakibatkan  aritmia  jantung  dan  kematian jantung  mendadak.  Inhibisi  hERG  menjadi parameter  kardiotoksisitas    (Potet,  et  al., 2012).
Tabel   3.  Prediksi  Profil  Farmakokinetik  (ADME)  dan  Toksisitas  dengan  menggunakan aplikasi PreADMET Prediksi Senyawa Ligan alami S1 S3 S7 S9
ADME
BBB 0,5411 0,5323 0,5449 0,2983 0,5449 Kelarutan dalam larutan buffer (mg/L) 3325,44 0.0719 4619,86 1022,62 2756,38 Caco2 1,8304 0,9403 0,9685 0,6643 8,6313 Inhibisi CYP-2C19 Inhibitor Inhibitor Inhibitor Inhibitor Inhibitor Inhibisi CYP 2C9 Inhibitor Inhibitor Inhibitor Inhibitor Inhibitor Inhibisi CYP 2D6 Non Non Non Non Non Substrat CYP 2D6 Lemah Non Non Non Non Inhibisi CYP 3A4 Inhibitor Inhibitor Inhibitor Non Inhibitor Substrat CYP 3A4 Lemah Lemah Lemah Lemah Lemah HIA (%) 94,5781 94,8290 94,5781 91,7748 94,5781 Inhibisi Pgp Non Non Non Non Non PPB 47,3635 60,7177 57,9192 55,3919 52,1058 Kelarutan dalam air (mg/L) 3840,68 1173,28 2651,12 20779,5 2790.03 T oks is it as Uji Ames Mutagen Mutagen Mutagen Mutagen Mutagen Inhibisi hERG Rendah Rendah Rendah Rendah Rendah Karsinogenisitas pada tikus Negatif Negatif Negatif Negatif Negatif Karsinogenisitas pada mencit Negatif Negatif Negatif Negatif Negatif

## KESIMPULAN
Senyawa N-(2-phenymethyl)methane- sulfonamide dan turunannya, yaitu S1, S3, S7 dan  S9  potensial  untuk  didesain  dan dikembangkan  sebagai obat COVID-19 melalui  mekanisme  penghambatan  M pro yang berperan  penting  dalam  sintesis  protein  pada virus  COVID-19.  Struktur  molekul  tersebut masih  memerlukan  optimasi  terutama  untuk menghilangkan  efek  mutagenik,  peningkatan permeabilitas dan kemampuan molekul untuk dimetabolisme  oleh  enzim  sitokrom  P450 (CYP 450).

## DAFTAR PUSTAKA
Ali,  S.,  Mouton,  C.  D.,  Jabeen,  S.,  Zeng,  Q., Galloway,  G.,  &  Mendelson,  J.  (2013). Suicide, depression, and CYP2D6: How are they linked? Current Psychiatry, 12 (5). Ames,  B.  N.,  Gurney,  E.  G.,  Miller, J.  A.,  & Bartsch, H. (n.d.). Carcinogens as frameshift  mutagens:  metabolites  and derivatives  of  2-acetylaminofluorene  and other aromatic amine carcinogens. Proceedings  of  the  National  Academy  of Sciences  of  the  United  States  of  America. doi:https://doi.org/10.1073/pnas.69.11.312
8
Belouzard,  S.,  Millet,  J.  K.,  Licitra,  B.  N.,  &
Whittaker,  G.  R.  (2012).  Mechanisms  of coronavirus cell entry mediated by the viral spike  protein.  . Viruses,  4 (6),  1011-1033. doi:https://doi.org/10.3390/v4061011
Ding, Y.,  He,  L., Zhang, Q.,  Huang, Z.,  Che, X.,  Hou,  J.,  .  .  .  Jiang,  S.  (2004).  Organ distribution  of  severe  acute  respiratory syndrome  (SARS)  associated  coronavirus (SARS‐CoV) in SARS patients: implications  for  pathogenesis  and  virus transmission  pathways. The  Journal  of Pathology, 203 (2), 622-630. doi:https://doi.org/10.1002/path.1560
Guo, Y., Korteweg, C., McNutt, M. A., & Gu,
J.  (2008).  Pathogenetic  mechanisms  of severe  acute  respiratory  syndrome. Virus
Research., 133 (1), 4-12. doi:https://doi.org/10.1016/j.virusres.2007.
01.022
Hilgenfeld, R. (2014). From SARS to MERS:
crystallographic  studies  on  coronaviral proteases enable antiviral drug design. The FEBS Journal, 281 (18), 4085-4096. doi:https://doi.org/10.1111/febs.12936
Hsu, M.-F., Kuo, C.-J., Chang, K.-T., Chang, H.-C., Chou, C.-C., Ko, T.-P., . . . Liang, P.- H.  (2005).  Mechanism  of  the  maturation process  of  SARS-CoV  3CL  protease. Journal  of  Biological  Chemistry,  280 , 31257-31266.
doi:https://doi.org/10.1074/jbc.M5025772 00
Jo,  S.,  Kim,  S.,  Shin,  D.  H.,  &  Kim,  M.-S.
(2020).  Inhibition  of  SARS-CoV  3CL protease by flavonoids. Journal of Enzyme Inhibition and Medicinal Chemistry, 35 (1), 145-151. doi:https://doi.org/10.1080/14756366.2019 .1690480
Li,  W.,  Moore,  M.  J.,  Vasilieva,  N.,  Sui,  J.,
Wong, S. K., Berne, M. A., . . . Farzan, M. (2003).  Angiotensin-converting  enzyme  2 is  a  functional  receptor  for  the  SARS coronavirus. Nature.,  426 (6965),  450-454. doi:https://doi.org/10.1038/nature02145
Lindner, H. A., Fotouhi-Ardakani, N., Lytvyn,
V.,  Lachance, P., Sulea, T., & Ménard, R. (2005). The Papain-Like Protease from the Severe Acute  Respiratory  Syndrome Coronavirus Is a Deubiquitinating Enzyme. Journal  of  Virology,  79 (24),  15199- 151208. doi:doi: 10.1128/JVI.79.24.15199- 15208.2005
Liu,  X.,  &  Wang,  X.-J.  (2020).  Potential inhibitors  against  2019-nCoV  coronavirus M  protease  from  clinically  approved medicines. Journal  of  Genetics  and
Genomics, 47 (2), 119–121. doi:https://doi.org/10.1016/j.jgg.2020.02.0
01
Ma,  X.-l.,  Chen,  C.,  &  Yang,  J.  (2005). Predictive  model  of  blood-brain  barrier penetration  of  organic  compounds. Acta Pharmacologica  Sinica,  26 ,  500–512. doi:DOI:
10.1111/j.1745-
7254.2005.00068.x
Potet, F., Lorinc, A. N., Chaigne, S., Hopkins,
C. R., Venkataraman, R., Stepanovic, S. Z.,
. . . Kupershmidt, .. S. (2012). Identification and  characterization  of  a  compound  that protects cardiac tissue from human Ether-à- go-go-related  gene  (hERG)-related  drug- induced arrhythmias. , 287(47), . Journal of Biological  Chemistry,  287 (47),  39613– 39625. doi:doi: 10.1074/jbc.M112.380162 Prajapat, M., Sarma, P., Shekhar, N., Avti, P.,
Sinha, S., Kaur, H., . . . Medhi, B. (2020). Drug targets for corona virus: A systematic review. Indian  Journal  of  Pharmacology,
52 (1), 56–65. doi:https://doi.org/10.4103/ijp.IJP
Schinkel,  A.  H.  (1999).  P-Glycoprotein,  a gatekeeper  in  the  blood-brain  barrier.  .
Advanced Drug Delivery Reviews, 36 (2-3), 179-194. doi:https://doi.org/10.1016/S0169- 409X(98)00085-4 Stobart, C. C., Sexton, N. R., Munjal, H., Lu,
X., Molland, K. L., Tomar, S., . . . Denison,
M.  R.  (2013).  Chimeric  Exchange  of Coronavirus  nsp5  Proteases  (3CLpro)
Identifies Common and Divergent
Regulatory  Determinants  of  Protease
Activity. Journal  of  Virology,  87 (23), 12611-12618. doi:https://doi.org/10.1128/jvi.02050-13
Velthuis, A. J., Worm, S. H., & Snijder, E. J.
(2012). The SARS-coronavirus nsp7+nsp8 complex  is  a  unique  multimeric  RNA polymerase  capable  of  both  de  novo initiation  and  primer  extension. Nucleic
Acids Research, 40 (4), 1737–1747. doi:https://doi.org/10.1093/nar/gkr893
Yang, H., Bartlam, M., & Rao, Z. (2006). Drug
Design  Targeting  the  Main  Protease,  the
Achilles  Heel  of  Coronaviruses.  . Current Pharmaceutical  Design,  12 (35),  4573  - 4590. doi:https://doi.org/10.2174/138161206779 010369
Yee,  S.  (1997).  In  vitro  permeability  across Caco-2  cells  (colonic)  can  predict  in  vivo
(small intestinal) absorption in  man  -  Fact or  myth. Pharmaceutical  Research,  14 , 763–766. doi:https://doi.org/10.1023/A:1012102522 787 Zhang,  L.,  Lin,  D.,  Sun,  X.,  Rox,  K.,  & Hilgenfeld,  R.  (2020).  X-ray  Structure  of Main  Protease  of  the  Novel  Coronavirus
SARS-CoV-2  Enables  Design  of  α- Ketoamide
Inhibitors. . BioRxiv . doi:https://doi.org/10.1101/2020.02.17.952 879