This work is licensed under a Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License

## Habitus Aquatica
Journal of Aquatic Resources and Fisheries Management
Journal homepage: http://journal.ipb.ac.id/index.php/habitusaquatica

## Identifikasi Karakterstik Molekuler Gen 16S rRNA Parsial pada Paus Sperma
( Physeter macrocephalus Linnaeus, 1758)
Molecular Characteristic Identification of Partial 16S rRNA Genes of Sperm Whales (Physeter macrocephalus Linnaeus, 1758)
Mohammad Mukhlis Kamal l, *, Nurlisa A Butet 1 , Endah Sri Rahayu 1 , Agus Alim Hakim 1
1 Departemen Manajemen Sumbedaya Perairan, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, Institut Pertanian Bogor, Jl. Agatis Kampus IPB Dramaga, Bogor, Indonesia
Received 11 November 2020          Received in revised 20 Desember 2020          Accepted 29 Januari 2021

## ABSTRAK
Paus  sperma  ( Physeter  macrocephalus )  merupakan  salah  satu  mamalia  laut  yang  dikategorikan  dalam  status vulnerable pada IUCN dan status Appendix I pada CITES. Identitas asli dari paus sperma secara molekuler dapat ditelusuri. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi karakteristik molekuler paus sperma ( P. macrocephalus ) berdasarkan  gen  16s  rRNA  parsial.  Tiga  contoh  jaringan  paus  sperma  yang  dianalisis  berasal  dari  perairan  Laut Sawu,  Nusa  Tenggara  Timur.  Hasil  identifikasi  berdasarkan  sekuen  basa  nukleotida  gen  parsial  16S  rRNA menunjukkan  bahwa  ketiga  contoh  memiliki  kemiripan  dengan Physeter  catodon sebesar  99%,  dimana P.  catodon merupakan  sinonim  dari P.  macrocephalus. Pensejajaran  sekuen  nukleotida  dengan outgroup ( Balaenoptera physalus dan Balaena  mysticetus ) didapatkan  nilai  jarak  genetik  ketiga  contoh  dengan outgroup berkisar  antara 0,0093–0,0726.  Selain  itu,  didapatkan  25  nukleotida  spesifik P.  macrocephalus yang  mampu  membedakan  dari spesies outgroup .    Penelitian  ini  mampu  memvalidasi  spesies P.  macrocephalus berdasarkan  gen  16S  rRNA  dan dapat dijadikan sebagai marka molekuler yang kuat untuk identifikasi P. macrocephalus .
Kata kunci: 16S rRNA, Laut Lawu, paus sperma, Physeter macrocephalus

## ABSTRACT
Sperm  whale  (Physeter  macrocephalus)  is  one  of  the  marine  mammals  that  is  categorized  as  vulnerable  on  IUCN and Appendix I status on CITES. The aunthentic identity of the sperm whale can be traced molecularly. This study aims to identify the molecular characteristics of the sperm whale (P. macrocephalus) based on the partial 16s rRNA gene.  Three  samples  of  sperm  whale  tissue  analyzed  came  from  the  Lawu  Sea  Waters,  East  Nusa  Tenggara.  The identification  results  based  on  the  nucleotide  base  sequence  show  that  the  three  samples  have  99%  similarity  to Physeter catodon, where P. catodon is a synonym for P. macrocephalus. The alignment of the nucleotide sequences with the outgroup (Balaenoptera physalus and Balaena mysticetus) obtained the genetic distance values of the three samples  with  outgroups  ranging  from  0.0093–0.0726.  In  addition,  there  were  25  specific  nucleotides  of  P. macrocephalus  that  were  able  to  differentiate  from  outgroup  species.  This  study  is  success  to  validate  P. macrocephalus  species  based  on  the  16S  rRNA  gene  and  can  be  used  as  a  strong  molecular  marker  for  the identification of P. macrocephalus.
Keywords: 16S rRNA, Lawu Sea, sperm whale, Physeter macrocephalus

## 1. Pendahuluan
Paus  sperma  ( Physeter  macrocephalus ) adalah  salah  satu  mamalia  laut  yang dikategorikan  ke  dalam  kelompok cetacean . Menurut  Yusron  (2012),  Cetacea  merupakan mamalia  laut  memiliki  habitat  air  dan sepenuhnya  menyesuaikan  diri  lingkungan perairan,  sebagai  contoh  yaitu  paus  dan lumba-lumba.  Sebanyak 86 spesies paus dan lumba-lumba  yang  terdapat  di  dunia,  31 spesies  ditemukan  di  perairan  Indonesia (Tomascik et  al. 1997).  Beberapa  penelitian menyebutkan bahwa wilayah Indonesia sebagai  tempat  ditemukan  atau  menjadi  jalur migrasi  bagi  kelompok cetacean yatu  di perairan  Flores  (Setiawan  2004),  Selat Makassar (Kreb dan Budiono 2005), Sulawesi Utara,  Pulau  Komodo  (APEX  Lingkungan 2011),  Raja  Ampat  (Lazuardi et  al. 2011), Lamalera  (Yusron  2012),  dan  Laut  Sawu (Ramadhan 2015).
Paus  sperma  dikategorikan  ke  dalam Odontoceti  (paus  bergigi)  dengan  jumlah populasi  di  alam  mengalami  penurunan. Penurunan  populasi  tersebut  disebabkan  oleh faktor-faktor  seperti  predator,  perubahan lingkungan,  dan  penangkapan.  Kegiatan penangkapan  oleh  manusia  sering  kali dilakukan  dengan  alasan  pada  pemenuhan kebutuhan  hidup  sehari-hari.  Salah  satu daerah  pemanfaatan P.  macrocephalus di Indonesia  yaitu  perairan  Laut  Sawu  yang dilakukan  oleh  suku  Lamalera.  Penangkapan ini  dibuktikan  dengan  terdapatnya  komunitas tradisional pemburu ikan dan mamalia di laut Lamalera  yang  melakukan  perburuan  atau penangkapan  pada  ikan-ikan  besar.  Kegiatan perburuan  atau  penangkapan  ini  telah dinyatakan  legal  oleh International  Whaling Commission (IWC)  dan  Undang-Undang Nomor  45  Tahun  2009  (Ramadhan  2015). Menurut Desrianti (2011), perburuan terhadap paus  sperma  tersebut  merupakan  budaya dasar  dan  menjadi  landasan  bagi  berdirinya suatu  sistem  sosiokultur  yang  utuh  di Lamalera.
Paus  sperma  adalah  mamalia  kelompok migratory species yang memiliki daerah jelajah yang luas dan keberadaan di suatu daerah dapat terjadi pencampuran subpopulasi terutama pada daerah feeding  ground maupun spawning
ground (Rice  1989).  Terjadinya  pencampuran populasi  menyebabkan  penelusuran  keaslian spesies  tersebut  sulit  ditentukan.  Identifikasi berdasarkan marka molekuler dapat memfasilitasi  penelusuran  identitas  asli  dari P. macrocephalus .  Salah  satu  Teknik  identifikasi molekuler yaitu DNA barcoding yang diperkenalkan  oleh  Hebert et  al. (2003). Teknik  DNA barcoding adalah  pendekatan molekuler yang dapat mengidentifikasi spesies  secara  lebih  akurat  (Tudge  2000). Proses identifikasi berdasarkan mrka molekuler  dengan  teknik  DNA barcoding dengan  menggunakan  sebagian  kecil  dari tubuh biota mampu memberikan hasil dengan tingkat ketelitian yang tinggi.
DNA  mitokondria  memiliki  beberapa kelebihan  dibandingkan  dengan  DNA  inti. Tingkat  evolusi  lebih  cepat,  berukuran  lebih kecil,  dan  terdapat  dalam  jumlah copy tinggi pada DNA mitokondria dibandingkan dengan DNA inti, sehingga DNA mitokondria mudah dalam  proses  isolasi  dan  purifikasi  (Jusuf 2001).  Salah  satu  gen  penanda  yang  berasal dari  DNA  mitokondria  yaitu  gen  16S  rRNA. Gen 16S rRNA  juga digunakan dalam proses identifikasi  spesies  akuatik  (Mitani et  al. 2009).  Beberapa  penelitian  mengenai  paus sperma ( P. macrocephalus ) telah dilakukan di Indonesia. Namun, penelitian genetik berdasarkan  gen  16S  rRNA  belum  pernah dilakukan sebelumnya. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi karakteristik molekuler  paus  sperma  ( P.  macrocephalus ) berdasarkan  gen  parsial  16s  rRNA.  Hasil DNA barcoding dari  penelitian  ini  dapat digunakan sebagai informasi identitas molekuler pada spesies P. macrocephalus .

## 2. Metode

## 2.1 Waktu dan Lokasi
Contoh  jaringan  paus  sperma  merupakan koleksi  contoh  yang  diambil  dari  perairan Laut  Sawu,  Nusa  Tenggara  Timur  (Gambar 1).  Analisis  laboratorium  dilakukan  di Laboratorium  Biologi  Molekuler  Akuatik,
Departemen
Manajemen
Sumberdaya
Perairan, FPIK, IPB pada bulan Oktober 2015 hingga Februari 2016.
Gambar 1. Lokasi pengambilan contoh paus sperma di  perairan  Laut Sawu, Nusa Tenggara Timur.

## 2.2 Prosedur Penelitian
2.2.1. Pengambilan Contoh
Tiga  contoh  paus  sperma  yang  diambil berupa  jaringan  yang  telah  dimasukkan  ke dalam  botol  sampel  berukuran  100  ml  dan diawetkan  dengan  alkohol  96%.  Contoh tersebut  kemudian  dibawa  ke  Laboratorium Biologi  Molekuler  Akuatik  untuk  analisis molekuler.  Spesies  contoh  paus  sperma  yang digunakan  merupakan  koleksi  laboratorium yang berasal dari Nusa Tenggara Timur yang diambil  pada  tahun  2014.  Contoh  paus  telah diidentifikasi sebagai Physeter macrocephalus yang  tertera  pada  label  botol sampel .

## 2.2.2. Analisis Laboratorium
Contoh  ditimbang  sebanyak  40  mg  dan dilakukan  preparasi  untuk  menghilangkan pengaruh  pengawet  alkohol  96%.  Preparasi dilakukan  melalui  pencucian  dengan  aquades sebanyak  5  kali  kemudian  dikeringkan  untuk menghilangkan  kandungan  alkohol.  Contoh dimasukkan ke dalam microtube dan dilakukan  proses  isolasi  dan  ekstraksi  DNA
menggunakan kit komersil ( Gene Aid ) dengan prosedur mengikuti manual pabrik.
DNA  total  yang  didapatkan  dari  proses isolasi dan ekstrasi digunakan sebagai cetakan dalam  proses  amplifikasi  fragmen  DNA  gen 16S rRNA dengan menggunakan teknik PCR ( Polymerase  Chain  Reaction ) . Komposisi PCR  terdiri  dari  ddH 2 O,  Taq  dari  kit komersial  Kapa  Extra  Hot  Start,  primer,  dan cetakan DNA. Primer yang digunakan berupa primer universal untuk beberapa biota akuatik yang  didesain  oleh  Butet  (2013, unpublish data ).  Proses  amplifikasi  gen  16S  rRNA dilakukan  selama  35  siklus  dengan  rincian proses disajikan pada Tabel 1.
Produk  PCR  uji  kualitasnya  melalui elektroforesis  dengan  menggunakan  gel agarosa  1,2%  dan  divisualisasi  menggunakan mesin ultraviolet. Produk PCR yang memiliki kualitas baik dilanjutkan pada tahap sekuensing  untuk  didapatkan  sekuen  basa nukleotida.  Sekuensing  dilakukan  dengan metode  Sanger  (1977)  dengan  mengirimkan produk  PCR  ke  perusahaan  jasa  sekuensing yang berada di Malaysia.
Tabel 1. Tahapan amplifikasi gen 16S rRNA. Tahap Suhu (°C) Waktu Siklus predenaturasi 94 3 menit denaturasi 94 45 detik 35 annealing 46 1 menit elongasi 72 1 menit pascaelongasi 72 5 menit penyimpanan 15 10 menit

## 2.2.3. Analisis Bioinformatika
Hasil  sekuensing  diedit  untuk  didapatkan urutan  basa  nukleotida  dan  divalidasi  dengan cara  mengunggah  pada  situs  NCBI  ( National Center  for  Biotechnology  Information )  pada menu Basic  Local  Alignment  Search  Tool- nucleotide ( BLASTn ).  Sekuen  nukleotida disejajarkan  dengan  menggunakan  metode Clustal  W.  Jarak  genetik  dihitung  dengan menggunakan  metode pairwise  distance. Pohon  filogeni  direkontruksi  menggunakan metode bootstrapped  Neighbour-Joinning (NJ) dengan 1000 kali pengulangan. Pensejajaran  nukleotida,  perhitungan  jarak genetik,  dan  rekontruksi  pohon  filogeni dilakukan  dengan software MEGA  5.2 (Tamura et al .  2011).

## 3. Hasil dan Pembahasan

## 3.1. Hasil
Hasil  amplifikasi  dari  ketiga  contoh  telah ditunjukkan  pada  Gambar  2  dan  didapatkan kualitas  produk  PCR  yang  baik.  Urutan nukleotida  memiliki  panjang  berkisar  antara 500-700 bp.
Hasil sekuensing gen 16S rRNA diperoleh ukuran  basa  pada  masing-masing  sampel sebesar 572, 574, dan 580 bp. Validasi spesies berdasarkan  gen  parsial  16S  rRNA  melalui pengunggahan  pada  situs  NCBI  didapat bahwa ketiga contoh Physeter macrocephalus memiliki  kemiripan  sebesar  99%  dengan Physeter  catodon .  Urutan  basa  nukleotida contoh  disejajarkan  dengan outgroup berupa Balaenoptera physalus dan Balaena mysticetus yang  berasal  dari GenBank .  Hasil pensejajaran diperoleh didapatkan nilai variable sebesar  8,70%  (47/540), conserve sebesar  91,30%  (493/540),  dan singleton sebesar 4,63% (25/540).
Perhitungan  jarak  genetik  didapatkan bahwa  jarak  genetik P.  macrocephalus dengan Balaenoptera  physalus dan Balaena
mysticetus berkisar  antara  0,0093-0,0726. Matriks  hasil  jarak  genetik  disajikan  pada Tabel 2.
Gambar  2.  Visualisasi  gen  16S  rRNA  ketiga contoh pada gel agarosa 1%.
Jarak genetik dijadikan sebagai data untuk analisis  kekerabatan  melalui  pohon  filogeni. Pohon filogeni menunjukkan tingkat kekerabatan  antara ingroup dan outgroup pada P.  macrocephalus (contoh  1,  2,  dan  3) dengan Balaena mysticetus and Balaenoptera physalus (Gambar 3).
Situs  nukleotida  spesifik  dari  gen  16S rRNA  contoh P.  macrocephalus didapatkan setelah penyejajaran dengan Balaena mysticetus dan Balaenoptera physalus . Terdapat  25  situs  nukleotida  spesifik  yang merupakan  basa  nukleotida  penciri  yang menjadi  pembeda  dengan  spesies  lain  (Tabel 3)
Tabel 2. Matriks jarak genetik P. Macrocephalus , Balaenoptera physalus , dan Balaena mysticetus berdasarkan gen 16S rRNA dengan metode pairwise distance .
Spesies P. macrocephalus 1 P. macrocephalus 2 P. macrocephalus 3 Balaenoptera physalus (KC572835.1) P. macrocephalus 1 P. macrocephalus 2 0,0093 P. macrocephalus 3 0,0149 0,0168 Balaenoptera physalus (KC572835.1) 0,0652 0,0596 0,0726 Balaena mysticetus (AP006472.1) 0,0559 0,0503 0,0633 0,0354 P. macrocephalus 1 P. macrocephalus 3 P. macrocephalus 2 Balaenoptera physalus (KC572835.1) Balaena mysticetus (AP006472.1)
100 0.000 0.005 0.010 0.015
0.020 0.025 0.030
Gambar  3.  Konstruksi  pohon  filogeni P.  macrocephalus , Balaena  mysticetus ,  dan Balaenoptera physalus berdasarkan gen 16S rRNA.
Tabel 3. Situs nukleotida spesifik dari gen 16S rRNA.
Spesies Situs nukleotida ke- 30 31 92 15 9 17 4 18 0 21 1 21 2 23 0 24 0 26 3 26 4 26 9 Balaenoptera physalus (KC572835.1) T C G
T A C C A C T C C T P. macrocephalus 1 T A
A C G C C A C C A C G P. macrocephalus 2 T A A
C G C C A C C A C G P. macrocephalus 3 T A A
C G C T C C C A C G
Balaena mysticetus (AP006472.1) C A A C G T C A T C T T A Spesies Situs nukleotida ke- 27 4 30 1 30 3 30 4 33 0 33 2 35 1 35 3 37 6 38 8 49 2 51 2 Balaenoptera physalus (KC572835.1) T G G
T A T T C C G T T P. macrocephalus 1 T G A
C G C C T C G C T P. macrocephalus 2 T G G
C G C C T C G C T P. macrocephalus 3 T A G
C G C C T C A C C
Balaena mysticetus (AP006472.1)
C G
G C G C C T T G C T

## 3.2. Pembahasan
Identifikasi P. macrocephalus
berdasarkan gen parsial 16S rRNA menggunakan BLASTn didapatkan  nilai  99% kemiripan  dengan P.    catodon. Hal  ini menguatkan  taksonomi  berdasarkan  hasil identifikasi  secara  morfologi, dimana P. catodon merupakan sinonim dari P.
macrocephalus . Berdasarkan
prinsip
revisionis  pertama,  nama P.  macrocephalus lebih  diutamakan  sebagai  nama  resmi  paus sperma (Husson dan Holthuis 1974). Kemiripan  sebesar  99%  tersebut  bahwa P. macrocephalus dari lokasi penelitian memiliki kemiripan dengan paus sperma yang berasal dari berbagai belahan dunia. Beberapa  wilayah  tersebut  yaitu  Islandia (Arnason et  al. 2000),  Oregon, dan Selandia
Baru  (Alexander et  al. 2012).    Islandia mewakili  daerah  perairan  Samudera  Atlantik pada  bagian  utara;  Oregon  mewakili  daerah perairan Samudera Pasifik; Selandia Baru dan Indonesia  (pada  penelitian  ini)  mewaliki daerah  perairan  Samudera  Hindia.  Penemuan speises  ini  pada  beberapa  daerah  menjadi salah  satu  bukti  bahwa  paus  perma  ( P. macrocephalus ) memiliki daerah jelajah yang luas  sehingga  dapat  disebut  sebagai highly migratory species . Urutan basa nukleotida dari P. macrocephalus disejajarkan  dengan Balaena mysticetus dan Balaenoptera  physalus yang diperoleh  dari GenBank .  Nilai  jarak  genetik outgroup antara ketiga contoh P.
macrocephalus dengan Balaenoptera physalus dan Balaena  mysticetus memiliki nilai  yang  lebih  tinggi  dari ingroup. Hal tersebut menunjukkan bahwa teknik molekuler  berdasarkan  marka  16S  rRNA mampu  mengidentifikasi  adanya  perbedaan antara P.  macrocephalus dengan  spesies- spesies yang dibandingkan . Konstruksi pohon filogeni  menunjukkan  pemisahan  yang  jelas antara  famili  Balaenidae,  Balaenopteridae, dan  Physeteridae.  Pemisahan  tersebut  terjadi disebabkan  oleh  keberadaan  situs  nukleotida spesifik.  Situs  tersebut  menandakan  adanya pembeda  susunan  basa  nukleotida  dari  ketiga contoh  yang  diteliti  dengan  spesies  yang dibandingkan  yaitu  ( Balaena  mysticetus dan Balaenoptera  physalus ).  Berdasarkan  gen parsial  16S  rRNA,  situs  nukleotida  spesifik yang ditemukan sebanyak 25 yang mengindikasikan terjadi evolusi yang spesifik terhadap P. macrocephalus .
Paus sperma ( P. macrocephalus ) dikategorikan sebagai salah satu mamalia laut dilindungi karena semakin berkurang keberadaannya di alam. Hal tersebut ditunjukkan  dengan  pernyataan  dari  IUCN ( International  Union  for  Conservation  of Nature and Natural Resources ) (2015) bahwa P.  macrocephalus masuk  dalam  kategori rentan  atau  “ Vulnerable ”.  Notarbartolo et  al. (2012)  menambahkan  bahwa  spesies  tersebut sudah  masuk  dalam  kategori  genting  atau “ Endangered ” pada subpopulasi Mediteranian.  Upaya  perlindungan  terhadap spesies  ini  dari  kegiatan  perdagangan  yaitu telah  dipertegas  pada  kategori  Appendiks  I
oleh CITES ( The Convention on International Trade  in  Endangered  Species  of  Wild  Fauna and Flora ). Secara hukum, P. macrocephalus telah dilarang diperjual belikan dengan segala bentuk perdagangan internasional.
Paus  sperma  merupakan  spesies  tunggal yang memiliki resiko tinggi terhadap kepunahan,  sehingga  perlu  adanya  upaya perlindungan melalui konservasi agar keberadaanya tetap lestari. Upaya
perlindungan pada paus sperma perlu memerhatikan  semua  aspek  yang  berkaitan dengan  spesies  itu  sendiri.  Saat  ini  secara umum  di  dunia  telah  dilakukan  upaya perlindungan serta pengelolaan P. macrocephalus .  Upaya  perlindungan  dan pengelolaan  tersebut  meliputi  monitoring marine conservation (Creese dan Cole 1995), marine protected areas (Hoyt 2005; Gormley 2012),  pengamatan  terhadap  kelimpahan (Taylor et  al. 2007),  dan  lain  sebagainya. Sedangkan  di  Indonesia,  upaya  perlindungan dan  pengelolaan  terhadap P.  macrocephalus masih  belum  optimal.  Hal  ini  dimungkinkan karena  masih  terbatasnya  informasi  yang berkaitan  dengan P.  macrocephalus serta informasi pendukung lainnya.
Teknik  molekuler  saat  ini  telah  menjadi bagian  dari  studi  berbasis  sistematika  dan konservasi  (Hillis et  al. 1996).  Menurut Trivedi et  al. (2015),  DNA barcoding memiliki  peran  dan  berpengaruh  secara signifikan pada upaya konservasi sumberdaya alam hayati di dalam ekosistem laut yang luas dan beragam.  Identifikasi  molekuler terhadap paus  sperma  pada  penelitian  ini  dapat dijadikan  sebagai  salah  satu  acuan  dasar dalam  upaya  perlindungan  dan  menjaga kelestarian P. macrocephalus melalui konservasi genetik. Konservasi genetik adalah salah  satu  cara  dalam  melestarikan  suatu sumberdaya  yang  berkaitan  dengan  faktor genetik  untuk  mengurangi  adanya  resiko kepunahan.  Menurut  Frankham  (2003),  peran faktor  genetik  pada  kepunahan  populasi  liar telah  menjadi  suatu  kontroversi,  namun beberapa  bukti  yang  telah  ada  menunjukkan bahwa  genetik  berkontribusi  penting  untuk resiko kepunahan.
P.  macrocephalus merupakan  mamalia akuatik  yang  memiliki  sifat highly  migratory species dengan  distribusi  yang  luas.  Proses identifikasi berdasarkan marka molekuler dapat
membantu  dalam  proses  validasi  kepastian  dan keaslian spesies secara lebih akurat. Keberadaan nukleotida spesifik P. macrocephalus menjadi  ciri  spesifik  pada spesies  tersebut  yang  terdapat  di  Indonesia. Apabila  terjadi illegal  fishing atau illegal market , maka nukleotida spesifik padapenelitian ini  menjadi barcode pada P.  macrocephalus Indonesia dan dapat dijadikan sebagai biomarker .

## 4. Kesimpulan
Identifikasi  berdasarkan  sekuen  basa nukleotida  gen  16S  rRNA  parsial  didapatkan kemiripan  dengan Physeter  catodon sebesar 99%,  dimana P.  catodon merupakan  sinonim dari P.  macrocephalus. Pensejajaran  sekuen nukleotida  dengan outgroup ( Balaenoptera physalus dan Balaena  mysticetus ) didapatkan nilai  jarak  genetik  ketiga  contoh  dengan outgroup berkisar  antara  0,0093–0,0726. Selain  itu,  didapatkan  25  nukleotida  spesifik P. macrocephalus yang mampu membedakan dari  spesies outgroup .    Penelitian  ini  mampu memvalidasi spesies P. macrocephalus berdasarkan  gen  16S  rRNA  dan  dapat dijadikan sebagai marka molekuler yang kuat untuk identifikasi P. macrocephalus .
Daftar Pustaka [IUCN]  International  Union for Conservation of  Nature  and  Natural  Resources.  2015.
The I UCN Red List of Threatened Species [Internet].  [diunduh  2015  Sep  15].
Tersedia pada: http://www.iucnredlist.org/details/41755/
0.
APEX  Environmental.    2011. Indonesian Oceanic  Cetacean  Program [Internet].
[diunduh  2015  Sep  16].    Tersedia  pada: http://www.apex- environmental.com/ ListIndonesia.html.
Alexander A, Steel D, Slikas B, Hoekzema K,
Carraher  C,  Parks  M,  Cronn  R,  Baker CS.  2012.  Low  diversity  in the mitogenome of sperm whales revealed by next-generation  sequencing. Genome Biol.  Evol . 5(1):113–129.
Arnason  U,  Gullberg  A,  Gretarsdottir  S,
Ursing B, Janke A. 2000. The mitochondrial  genome  of  the  sperm whale and a new molecular reference for estimating  Eutherian  divergence  dates .  J
Mol Evol. 50:569–578. Baharum SN,
Nurdalila AA. 2012. Application of 16S rDNA and cytochrome  b  ribosomal  markers  in studies  of  lineage  and  fish  populations structure  of  aquatic  species. Molecular Biology Report . 39:5225–5232.
Creese  RG,  Cole  RG.  1995.  Marine conservation  in  New  Zealand. Pacific
Conservation Biology . 2:55–63. Desrianti F. 2011. Perubahan sosial masyarakat  nelayan  Lamalera  (sudut pandang  sosiologi  ekonomi  dan  ekologi) [disertasi].  Bogor  (ID):  Institut  Pertanian Bogor.
Frankham  R.    2003.    Genetics  and Conservation  Biology. Comptes  Rendus Biologies. 326:S22–S29.
Gormley AM, Slooten E, Dawson SM, Barker RJ,  Rayment  WJ,  DuFresne  SD,  Bräger S.  2012.  First  evidence  that  MPAs  can work  for  marine  mammals. Journal  of Applied Ecology . 49(2):474–480.
Hebert PDN, Cywinska A, Ball SL, de Waard JR.  2003.  Biological  identifications through  DNA  barcodes. Proceedings  of the  Royal  Society  of  London. 270:313– 322.
Hillis  DM,  Moritz  C,  Mable  BK.  1996.
Molecular  Systematics .  Massachusett: Sinauer Associates, Sunderland,
Massachusett.
Hoyt E. 2005. Marine Protected Areas for dfdfWhales, Dolphins and Porpoises . London: Earthscan.
Husson  AM,  LB  Holthuis.  1974. Physeter macrocephalus Linnaeus, 1758, the valid name  for  the  sperm  whale. Zoologische Mededelingen. 48:205–217. Jusuf  M.  2001. Genetika  I:  Struktur  dan Ekspresi Gen . Jakarta (ID): Sagung Seto. Kreb  D,  Budiono.  2005.  Cetacean  diversity and habitat preferences in tropical waters of  East  Kalimantan,  Indonesia. The Raffles  Bulletin  of  Zoology 53(1):149–
155
Lazuardi  ME,  Christine  H,  dan  Katherina  T. 2011. Persepsi  masyarakat  di  Kawasan
Konservasi Laut Daerah Kabupaten Raja Ampat, Indonesia . Jakarta (ID): Conservation International (CI) Indonesia .
Mitani  T,  Akane  A,  Tokiyasu  T,  Yoshimura
S, Okii Y, Yoshida M. 2009. Identification of animal species using the partial  sequences  in  the  mitochondrial 16S  rRNA  gene. Legal  Medicine .
11:S449–S450.
Notarbartolo di Sciara, G, Frantzis A, Bearzi,
G. Reeves R. 2012. Physeter macrocephalus (Mediterranean subpopulation) .  The  IUCN  Red  List  of Threatened Species 2012: e.T16370739A16370477 [Internet]. [diunduh  2015  September  16]  Tersedia pada: http://dx.doi.org/10.2305/IUCN. UK.2012-1.RLTS.  T16370739A163704 77.en.
Ramadhan S. 2015. Pengelolaan sumber daya paus  sperma  ( Physeter  macrocephalus ) berbasis
Traditional
Ecological Knowledge (TEK)  di  Lamalera,  Nusa
Tenggara  Timur  [skripsi].  Bogor  (ID): Institut Pertanian Bogor.
Rice  DW.  1989.  Sperm  whale— Physeter macrocephalus Linnaeus,  1758. Pp.177-
234, in Handbook  of  marine  mammals;
River  dolphins  and  the  larger  toothed whales  (SH  Ridgway  and  R  Harrison, eds.). Academic Press, London, 4:1–442.
Sanger  F,  Nicklen  S,  Coulson  AR.    1977.
DNA  sequencing  with  chainterminating inhibitors. Proc  Natl  Acad  Sci  USA.
74:5463-5467.
Setiawan  A.  2004.  Sebaran  tingkah  laku
Cetecea di  perairan  sekitar  Taman Nasional Komodo, Flores, Nusa Tenggara  Timur  [skripsi].    Bogor  (ID): Institut Pertanian Bogor.
Tamura  K,  Dudley  J,  Nei  M,  Kumar  S.    2011.
Mega  5:  molecular  evolutionary  genetics analysis using maximum likelihood, evolutionary  distance,  and  maximum parsimony  methods. J  Mol  Biol  Evol.
28(10):27312739.doi:10.1093/molbev/msr 121.
Taylor BL, Martinez M, Gerrodette T, Barlow J,  Hrovat  YN.    2007.    Lessons  from monitoring  trends  in  abundance  of marine  mammals. Marine  Mammal Science . 23.157–175.
Tomascik  T,  AJ  Mah,  Nontji,  dan  MK Moosa.    1997. The  ecology  of Indonesian  seas .    Singapore  (SG): Periplus Edition .
Trivedi S, Aloufi AA, Ansari AA, Ghosh SK. 2015.  Role of DNA barcoding in marine biodiversity assessment and conservation:  An  update. Saudi  Journal of Biologica Sciences 23:161–171. Tudge  C.    2000. The  Variety  Of  Life .    New York (US): Oxford University Press.
Yusron  E.    2012.    Biodiversitas  jenis Cetacean  di  Perairan  Lamalera,  Kupang, Nusa Tenggara Timur. Ilmu Kelautan. 17 (2):59–62.