## ISSN: 0215-7950
*Alamat penulis korespondensi : Departemen Hama dan Penyakit Tumbuhan, Fakultas Pertanian, Universitas Gadjah Mada, Jalan Flora Bulaksumur, Yogyakarta 55281 No telp : 0274-523926, Fax : 0274-523926, Surel : priyatmojo@ugm.ac.id
Volume 17, Nomor 4, Juli 2021 Halaman 141–150 DOI: 10.14692/jfi.17.4. 141–150
Keragaman Rhizoctonia solani Isolat Padi Varietas Ciherang, IR 64, Mekongga, dan Situ Bagendit
Diversity of Rhizoctonia solani Isolates of Rice Varieties of Ciherang, IR 64, Mekongga, and Situ Bagendit
Arina Manasikana, Suryanti, Sri Sulandari, Achmadi Priyatmojo * Universitas Gadjah Mada, Yogyakarta 55281

## ABSTRAK
Padi ( Oryza sativa ) termasuk ke dalam komoditas penting di Indonesia. Salah satu penyakit penting pada tanaman padi ialah penyakit hawar pelepah yang disebabkan oleh Rhizoctonia solani . Tujuan penelitian ini untuk mengetahui karakteristik dan kelompok anastomosis R. solani yang diisolasi dari tanaman padi varietas Ciherang, IR 64, Mekongga, dan Situ Bagendit; dan mengetahui keragaman genetiknya menggunakan primer universal, dan tingkat kekerabatannya. Penelitian dilaksanakan pada Oktober 2019 hingga Juli 2020 di Laboratorium Teknologi Pengendalian UGM. Pengambilan sampel dilaksanakan di Kecamatan Pandak, Bantul yang selanjutnya dilakukan isolasi dan pemurnian cendawan Rhizoctonia menggunakan medium agar-agar dekstrosa kentang. Isolat R. solani diklasifikasikan berdasarkan keragaman kultur, keragaman morfologi, jumlah inti sel, kemampuan anastomosis (AG), dan keragaman genetik. Analisis keragaman genetik dilakukan dengan PCR menggunakan primer universal ITS1 dan ITS4. Berdasarkan pengamatan keragaman kultur dan keragaman morfologi diperoleh hasil yang bervariasi. Hasil pengamatan jumlah inti sel pada keseluruhan isolat berkisar antara 5 hingga 7 inti pada sel yang termasuk dalam kategori multinukleat. Pengamatan kelompok anastomosis (AG) pada 13 isolat yang digunakan masuk ke dalam kategori C3 (anastomosis sempurna). Analisis PCR diperoleh pita DNA dengan hasil sesuai target yaitu 600–750 pb. Hasil secara sikuensing diketahui bahwa 12 isolat R. solani menunjukkan kekerabatan yang tinggi dengan isolat AG-1 IA, kecuali pada isolat CH 3.
Kata kunci: anastomosis, hawar pelepah, inti sel, keragaman genetik, variabilitas

## ABSTRACT
Rice ( Oryza sativa ) is one of the important commodities cultivated in Indonesia. One of the important diseases on rice is sheath blight caused by Rhizoctonia solani . The research aimed to determine the effectiveness and anastomosis group of R. solani isolated from Ciherang, IR 64, Mekongga, and Situ Bagendit varieties and to know the molecular amplification of R. solani using universal primers and their genetic relationship based on the sequencing results. This research was conducted from October 2019 to July 2020 in Laboratory of Control Technology UGM. The diseased leaf samples were collected from paddy field in Pandak, Bantul. Rhizoctonia fungus was obtained by leaf tissue isolation and purified on potato dextrose agar. The R. solani isolates were classified based on cultural type, morphological characteristics, number of nuclei, anastomosis (AG) compatibility, and genetic diversity. Analysis of genetic diversity was carried out with PCR using universal primers ITS1 and ITS4. The results showed that the cultural and morphological characteristics of the isolates were various. The number of nuclei was ranged from 5 to 7 which belong to multinucleate type. The anastomosis groups (AG) compatibility

## PENDAHULUAN
Tanaman padi ( Oryza sativa ) adalah salah satu tanaman pangan yang penting di Indonesia. Seiring bertambahnya jumlah penduduk yang semakin pesat, kebutuhan akan beras yang merupakan makanan pokok bagi masyarakat Indonesia juga semakin meningkat (Sawitri et al. 2018). Sistem produksi padi bergantung pada teknologi yang diterapkan dalam praktik budi daya di antaranya pemilihan varietas, pemupukan, pengairan, penggunaan pestisida kimia, serta penggunaan alat mesin pertanian (Savary et al. 2000). Pemilihan varietas yang tepat dan faktor lingkungan yang baik sangat penting karena berpengaruh pada tingkat keberhasilan dalam suatu proses budi daya (Afrizal et al. 2018). Salah satu penyakit penting tanaman padi ialah penyakit hawar pelepah yang disebabkan oleh cendawan Rhizoctonia solani (Nuryanto 2017).
R. solani merupakan salah satu patogen yang memiliki banyak ras yang dapat menyebabkan perbedaan gejala serangan pada tanaman inang yang sama (Muis 2007). Keragaman pada R. solani dimungkinkan terjadi karena adanya mutasi atau heterokariosis yang dapat memengaruhi karakteristik morfologi, patogenisitas, genetik, maupun epidemiologi penyakit (Lal et al. 2014). Pengelompokan R. solani pada suatu grup dapat berdasarkan pada keragaman morfologi, kenampakan kultur, jumlah inti sel, inang, fisiologis, karakteristik virulensi, kemampuan anastomosis (AG– yaitu terjadi fusi antara dua hifa yang sesuai), dan keragaman genetik (Mishra et al. 2014; Debbarma  dan  Dutta 2015). Adanya tingkat keragaman yang tinggi dapat menjadi kendala dalam pengendalian cendawan karena dapat memberikan peluang yang besar munculnya ras yang mampu bertahan hidup lebih baik serta memiliki virulensi yang tinggi (Ou 1985).
Cendawan Rhizoctonia spp. dibedakan menjadi tiga kelompok berdasarkan jumlah inti selnya yaitu uninukleat (memiliki satu inti dalam sel hifa), binukleat (memiliki dua inti dalam sel hifa), dan multinukleat (memiliki lebih dari dua inti dalam sel hifa). Kelompok Rhizoctonia spp. yang termasuk ke dalam binukleat terbagi menjadi 21 AG (AG-A hingga AG-U) (Hyakumachi et al. 2005). R. solani multinukleat dikelompokkan menjadi 14 grup anastomosis (AG 1 hingga AG 13 dan AG-BI ( bridging isolat )). Hifa dari isolat R. solani hanya akan melakukan anastomosis satu sama lain jika berada dalam kelompok anastomosis (AG) yang sama (Priyatmojo et al. 2001).
Penelitian ini bertujuan untuk menentukan karakteristik dan kelompok anastomosis (AG) R. solani yang diisolasi dari tanaman padi varietas Ciherang, IR 64, Mekongga, dan Situ Bagendit serta untuk mengetahui keragaman genetik dan tingkat kekerabatan R. solani yang diisolasi dari empat varietas padi tersebut.

## BAHAN DAN METODE
Waktu dan Pelaksanaan Penelitian Penelitian dilaksanakan pada Oktober 2019 hingga Juli 2020 di Laboratorium Teknologi Pengendalian, Departemen Hama dan Penyakit Tumbuhan, Fakultas Pertanian, Universitas Gadjah Mada, Yogyakarta dan area persawahan di Kisik Gedongsari, Wijirejo, Pandak, Bantul, Yogyakarta.
Pengambilan Sampel Tanaman dan Isolasi R. solani Sampel tanaman diambil dari bagian pelepah daun dengan gejala hawar pelepah di area persawahan padi dari 4 varietas yakni Ciherang, IR 64, Mekongga, dan Situ Bagendit. Pelepah daun sakit dipotong 5 × 5 mm,
test showed that the used 13 isolates are classified into C3 category (perfect anastomosis). DNA bands with results according to the target of 600-750 bp were derived from a PCR analysis. The sequencing results showed that 12 R. solani isolates showed a high genetic relationship with AG-1 IA tester isolates, except for CH 3 isolate.
Key words: sheath blight, variability, nuclei, anastomosis, genetic diversity
Jurnal Fitopatologi Indonesia
Manasikana et al . disterilisasi menggunakan kloroks 0.5% selama 1–2 menit, dicuci dengan air steril dan ditumbuhkan pada medium agar dekstrosa kentang (ADK). Isolat diinkubasikan pada suhu ruang dan kondisi gelap selama 4–7 hari. Miselium yang tumbuh dipindahkan pada medium ADK baru untuk mendapatkan biakan murni. Pengamatan dilakukan secara makroskopis dan mikroskopis untuk mendapatkan isolat R. solani (Debbarma dan Dutta 2015).
Pengamatan Karakteristik R. solani Pengamatan karakteristik R. solani dibagi menjadi dua yaitu, pengelompokan secara kultur meliputi warna koloni, diameter pertumbuhan koloni isolat, dan pola pertumbuhan koloni isolat; dan secara morfologi meliputi karakteristik sklerotium yang terdiri atas warna sklerotium, waktu pembentukan sklerotium, dan pola distribusi sklerotium (Lal dan Kandhari 2009; Mishra et al. 2014; Debbarma dan Dutta 2015).
Pengamatan inti sel pada isolat R. solani Miselium R. solani ditumbuhkan pada medium agar air pada gelas preparat dan diinkubasi selama 4–7 hari di suhu ruang. Miselium dicat dengan safranin 0.5% dan KOH 3% dan diamati di bawah mikroskop dengan perbesaran 400×.
Uji kelompok anastomosis ( anastomosis groups ) Keseluruhan isolat R. solani diuji kelompok anastomosisnya menggunakan isolat tester (NGW). Isolat NGW merupakan isolat yang telah diketahui kelompok anastomosisnya yakni AG1-IA dari tanaman padi (Budiarti et al. 2019). Masing-masing isolat uji dipasangkan dengan isolat tester di atas gelas preparat yang telah disterilisasi (Gambar 1). Pertemuan kedua hifa dari isolat yang berbeda diamati di bawah mikroskop dan dikategorikan berdasarkan Carling (1996) yang digolongkan menjadi 4 macam, yaitu C0, kedua hifa tetap tumbuh, tidak terjadi kontak; C1, tidak terjadi kontak dinding sel, reaksi dapat atau tidak diikuti kematian sel; C2, terjadi fusi dinding
sel (anastomosis) diikuti kematian sel, respon inkompatibilitas somatik; dan C3, terjadi fusi dinding sel tanpa diikuti kematian sel.
Identifikasi R. solani secara molekuler Ekstraksi DNA dilakukan menggunakan Genomic DNA Mini Kit ( Plant ). DNA hasil ekstraksi  diamplifikasi  berdasarkan  PCR dengan primer universal, yaitu ITS1 (TCC GTA GGT GAA CCT GCG G) dan ITS4 (TCC TCC GTT ATT GAT ATG C) dengan proses  amplifikasi  berdasarkan  Nadarajah et al. (2014). Hasil  amplifikasi  dianalisis menggunakan elektroforesis dan kemudian diamati dengan UV transiluminator. DNA hasil PCR disikuensing dan diolah menggunakan program MEGA-X. Hasil sikuensing digunakan untuk mencari padanan sikuen DNA yang homolog pada DNA database (GenBank) dengan program BLAST (http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast. cgi)  dari National Center for Biotechnology Information (NCBI). Persentase homologi digunakan untuk menentukan hubungan kekerabatannya, sedangkan untuk melihat hubungan kekerabatan antarsikuen digunakan pohon  filogenetika  (Rustam et al. 2011, Nadarajah et al. 2014).

## HASIL
Isolasi R. solani Tanaman padi yang terserang Rhizoctonia menunjukkan  ciri-ciri gejala penyakit hawar pelepah, yaitu membentuk bercak-bercak besar, pada bagian tepi berwarna cokelat tua sedangkan pada bagian tengah berwarna putih pucat (Gambar 2). Ada 12 isolat R. solani yang didapatkan dari 4 varietas padi (Tabel 1).
Gambar 1  Kenampakan uji anastomosis antara isolat uji dengan isolat tester. A, Gelas preparat ; B, Isolat tester; C, Isolat uji.
Karakteristik R. solani Keseluruhan isolat R. solani yang diperoleh terbagi menjadi tiga kelompok berdasarkan pigmentasi koloni, yaitu white , pale yellow , dan pale brown (Gambar 3). Hasil penelitian menunjukkan bahwa warna white terdapat pada isolat CH3, IR3, SB1, SB2, dan SB3. Warna pale yellow pada isolat CH1, CH2, MK2, dan MK3, sedangkan pada warna pale brown dimiliki oleh isolat IR1, IR2, dan MK1. Isolat CH1, CH2, CH3, IR2, MK1, dan MK3 mempunyai laju pertumbuhan 7.1–7.6 cm dalam 48 jam (kategori  sedang), sedangkan isolat IR1, IR3, MK2, SB1, SB2, dan SB3 mempunyai laju pertumbuhan 2.5–6.35 cm
dalam 48 jam (kategori  lambat). Isolat CH1, CH2, CH3, IR1, IR2, MK1, SB1, dan SB3 termasuk ke dalam kategori melimpah (pertumbuhan miselium aerial menutupi permukaan miselium hingga menyentuh penutup cawan petri), isolat IR3, MK3, dan SB2 termasuk kategori moderat (pertumbuhan miselium udara mengaburkan miselium permukaan tanpa menyentuh penutup cawan petri), dan isolat MK2 termasuk kategori tipis (pertumbuhan miselium udara tidak sampai mengaburkan miselium permukaan) (Tabel 2). Isolat CH3, IR2, IR3, dan SB2 mempunyai warna sklerotium cokelat muda, isolat CH1, CH2, IR1, SB1, SB3 mempunyai warna sklerotium cokelat, dan isolat MK1, MK2, dan MK3 mempunyai warna sklerotium cokelat tua (Tabel 3; Gambar 4). Waktu yang diperlukan untuk pembentukan sklerotium bervariasi, yakni 3 hari, (isolat CH1, CH2, CH3, dan MK1), 6 hari (isolat IR1), 10 hari (isolat MK2, SB1, dan SB3), 15 hari (IR2 dan SB2), 16 hari (isolat IR3), dan 17 hari (isolat MK3) (Tabel 3). Pola distribusi sklerotium terdiri atas kelompok perifer, yaitu terdapat di bagian tepi koloni (isolat CH1, IR1, IR3, MK2, MK3, dan SB2) dan kelompok tersebar (isolat CH2, CH3, IR2, MK1, SB1, dan SB3) (Gambar 5).
Kelompok Anastomosis Group (AG) R. solani Jumlah inti per sel hifa R. solani berkisar antara 5–7 inti (Tabel 4). Tiga belas isolat R. solani beranastomosis secara sempurna (C3) dengan isolat tester NGW (Gambar 6).

## Uji Molekuler R. solani
Hasil elektroforesis menunjukkan bahwa seluruh  isolat  yang  digunakan  teramplifikasi pada 600–750 pb menggunakan primer ITS1 dan ITS4 (Gambar 7). Terdapat variasi kelompok genetik dari 13 isolat R. solani yang didapatkan  berdasarkan  analisis  filogenetika (Gambar 8). Kekerabatan 13 isolat R. solani dengan isolat pembanding AG1-IA memiliki nilai homologi sebesar 85–100% (Tabel 5).
Gambar 2  Gejala Rhizoctonia solani pada tanaman padi
Tabel 1  Isolat Rhizoctonia solani yang diisolasi dari tanaman padi Varietas Kode Lokasi Ciherang 1 CH1 Pandak, Bantul Ciherang 2 CH2 Pandak, Bantul Ciherang 3 CH3 Pandak, Bantul IR 64 1 IR1 Pandak, Bantul IR 64 2 IR2 Pandak, Bantul IR 64 3 IR3 Pandak, Bantul Mekongga 1 MK1 Pandak, Bantul Mekongga 2 MK2 Pandak, Bantul Mekongga 3 MK3 Pandak, Bantul Situ Bagendit 1 SB1 Pandak, Bantul Situ Bagendit 2 SB2 Pandak, Bantul Situ Bagendit 3 SB3 Pandak, Bantul
Jurnal Fitopatologi Indonesia
Gambar 3  Warna koloni Rhizoctonia solani yang diisolasi dari padi dengan gejala hawar daun. a, Warna pale yellow pada isolat MK 2; b, Warna white pada isolat SB 3;  dan c, Warna pale brown pada isolat IR 1. a b c
Tabel 2  Keragaman isolat Rhizoctonia solani secara kultur Kode isolat Diameter pertumbuhan (cm) setelah ... jam Warna miselium a Pola pertumbuhan miselium a 24 48 72 CH1 3.75 7.25 8.00 Pale yellow Melimpah CH2 3.90 7.30 8.00 Pale yellow Melimpah CH3 3.45 7.20 8.00 White Melimpah IR1 1.70 3.85 5.90 Pale brown Melimpah IR2 5.55 7.60 8.00 Pale brown Melimpah IR3 2.55 6.35 7.75 White Moderat MK1 5.25 7.50 8.00 Pale brown Melimpah MK2 1.25 3.45 5.40 Pale yellow Tipis MK3 3.85 7.10 8.00 Pale yellow Moderat SB1 2.00 3.90 5.65 White Melimpah SB2 1.40 4.35 6.90 White Moderat SB3 1.10 2.50 3.75 White Melimpah Keterangan : a ) setelah diinkubasi selama 10 hari.
Tabel 3  Keragaman isolat Rhizoctonia solani secara morfologi Kode isolat Karakteristik sklerotium Warna Pola distribusi Waktu pembentukan (hari) CH1 cokelat perifer 3 CH2 cokelat tersebar 3 CH3 cokelat muda tersebar 3 IR1 cokelat perifer 6 IR2 cokelat muda tersebar 15 IR3 cokelat muda perifer 16 MK1 cokelat tua tersebar 3 MK2 cokelat tua perifer 10 MK3 cokelat tua perifer 17 SB1 cokelat tersebar 10 SB2 cokelat muda perifer 15 SB3 cokelat tersebar 10
c b a
Gambar 4  Warna sklerotium pada beberapa isolat Rhizoctonia solani .  a,  Warna cokelat muda pada isolat SB2;  b, Warna cokelat pada isolat SB1;  dan c, Warna cokelat tua pada isolat MK2.
b
a
Gambar 5  Distribusi sklerotium Rhizoctonia solani . a. Pola distribusi perifer pada isolat IR1; dan b, Pola distribusi tersebar pada  isolat MK1
NGW CH1 NGW IR1 NGW MK1 NGW SB1 NGW NGW
Gambar 6  Hasil uji anastomosis pada beberapa isolat R. solani dengan isotal tester (NGW).

## 750 pb
500 pb
Gambar 7 Amplifikasi isolat R. solani menggunakan primer ITS1 dan ITS4. M, Marker DNA 1 kb; 1, NGW; 2, CH1;  3, CH2; 4, CH3; 5, IR1; 6, IR2; 7, IR3; 8, MK1; 9, MK2; 10, MK3; 11, SB1; 12, SB2; 13, SB3.
M 1 13 12 11 10 9 8 7 6 5 4 3 2

## Tabel 4 Jumlah inti sel isolat cendawan
Rhizoctonia solani Jumlah inti sel Kategori Kode 5 Multinukleat CH2, CH3, IR1, IR3, MK2, SB1, SB2 6 Multinukleat CH1, MK1 7 Multinukleat IR2, MK3, SB3
Jurnal Fitopatologi Indonesia

## PEMBAHASAN
Tigabelas isolat yang didapatkan menunjukkan ciri-ciri cendawan R. solani , yaitu hifa muda tidak berwarna sedangkan hifa tua berwarna putih sampai cokelat kehitaman dan bersepta. Hifa cendawan R. solani biasanya akan membentuk percabangan dengan sudut 90° (Garcia et al. 2006). Isolat R. solani yang diperoleh memiliki warna koloni yang bervariasi, yaitu brown , light brown , dark brown , hingga yellowish brown (Sunder et al. (2003). Perubahan warna medium pertumbuhan dapat disebabkan oleh produksi pigmen patogen (Singh dan Kumar 2018). Isolat R. solani yang didapatkan termasuk dalam kategori pertumbuhan lambat dan sedang. Lal dan Kandhari (2009) melaporkan bahwa isolat R. solani yang mempunyai pertumbuhan cepat dan sedang, mempunyai virulensi lebih tinggi dibandingkan dengan yang pertumbuhannya lambat. Pola pertumbuhan koloni miselium isolat R.solani sesuai dengan hasil penelitian Debbarma dan Dutta (2015), yakni melimpah, moderat, dan tipis.
Karakteristik secara morfologi merupakan faktor  dasar  yang  penting  untuk  identifikasi cendawan dan variabilitasnya. Miselium dari
sebagian besar isolat membentuk sklerotium bulat kecil yang awalnya berwarna krem kemudian cokelat muda kekuningan dan akhirnya berubah menjadi cokelat gelap atau cokelat kemerahan tua (Gopireddy et al. 2017). Tiga belas isolat R. solani membentuk sklerotium yang berwarna cokelat muda, cokelat, dan cokelat tua yang sesuai dengan penelitian Dutta et al. (2013). Waktu pembentukan sklerotium pada R. solani berkisar antara 3–17 hari. Berdasarkan pengamatan pola distribusi sklerotium yang diperoleh tidak ada satupun isolat R. solani termasuk dalam kategori central (sklerotium berada di bagian tengah koloni membentuk lingkaran seperti cincin).
Tiga belas isolat R solani yang berhasil diisolasi merupaka kategori C3, yaitu adanya fusi dinding sel tanpa diikuti oleh kematian sel ketika diuji anastomosisnya dengan isolat tester NGW. Anastomosis secara sempurna dapat terjadi karena adanya hubungan genetik yang dekat (Toda dan Hyakumachi 2006). Ada dugaan bahwa sumber inokulum R. solani yang didapatkan berasal dari tetua yang sama yang kemudian dalam perkembangannya mengalami heterokariosis atau mutasi yang menyebabkan terjadinya variasi genetik
0.2
R. solani padi IR 1 R. solani padi IR 2 R. solani padi SB 3 R. solani padi SB 2 R. solani padi NGW R. solani padi CH 1 R. solani padi CH 2
R. solani padi MK 3 R. solani padi MK 1
R. solani padi MK 2
R. solani padi SB 1 MF42782.1 R. solani AG-1 IA padi India
JX089962.1 R. solani AG-1 IA jagung India
MG770080.1 R. solani AG1-IA milet China MG735261.1 R. solani AG1-IA gandum China KC285892.1 R. solani AG-1 IA padi China
KC285893.1 R. solani AG-1 IA padi China KJ577141.1 R. solani AGI-1AKA kelapa sawit Brazil
MG397062.1 R. solani AG-1 IA padi China KF907715.1 R. solani AG-1 IA kubis Belgia
FJ460433.1 Sclerotium cepivorum bawang merah Hungaria R. solani padi IR 3
Gambar 8  Analisis filogenetika isolat Rhizoctonia solani menggunakan MEGA-X.
148 Tabel 5  Persentase homologi sikuensing DNA isolat Rhizoctonia  solani No Identitas 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 161 17 18 19 20 21 22 1 R. solani NGW ID 2 R. solani padi CH 1
99.8 ID 3 R. solani padi CH 2
99.8 100.0 ID
4 R. solani padi IR 1
80.9 80.5 80.5 ID 5 R. solani padi IR 2 85.3 85.0 85.0 97.3 ID 6 R. solani padi IR 3 84.7 84.4 84.4 93.2 94.9 ID 7 R. solani padi MK 1 98.8 98.7 98.7 79.0 84.1 83.5 ID 8 R. solani padi MK 2 98.3 98.2 98.2 80.2 85.0 83.5 99.2 ID 9 R. solani padi MK 3 99.3 99.2 99.2 80.5 85.3 84.7 99.5 99.0 ID 10 R. solani padi SB 1 92.1 91.9 91.9 92.5 94.4 91.2 91.5 91.7 92.1 ID 11 R. solani padi SB 2 89.1 88.8 88.8 94.7 94.2 90.1 87.8 88.6 88.8 87.0 ID 12 R. solani padi SB 3 86.7 86.5 86.5 96.8 98.2 93.0 85.2 85.7 86.2 95.8 94.4 ID 13 JX089962.1 R. solani AG-1 IA jagung India 99.8 99.7 99.7 81.2 85.0 85.0 98.7 98.2 99.2 92.4 88.8 87.0 ID 14 KC285892.1 R. solani AG-1 IA padi China 100.0 99.8 99.8 81.1 85.2 84.9 98.8 98.3 99.3 92.3 89.0 87.0 100.0 ID 15 KC285832.1 R. solani AG-1 IA padi China 100.0 99.8 99.8 80.9 85.3 84.7 98.8 98.3 99.3 92.1 89.1 86.7 99.8 100.0 ID 16 KF907715.1 R. solani AG-1 IA kubis Belgia 100.0 99.8 99.8 80.9 85.3 84.7 98.8 98.3 99.3 92.2 89.1 86.8 99.8 100.0 100.0 ID 17 KJ577141.1 R. solani AG-1AKA Kelapa Sawit Brazil 100.0 99.8 99.8 80.9 85.3 84.7 98.8 98.3 99.3 92.1 89.1 86.7 99.8 100.0 100.0 100.0 ID 18 MF427842.1 R. solani AG-1 IA padi India 79.3 78.9 78.9 83.5 84.1 79.1 77.9 79.7 79.3 83.8 84.4 85.3 78.9 79.2 79.3 79.4 79.3 ID 19 MG397062.1 R. solani AG-1 IA padi China 100.0 99.8 99.8 80.9 85.3 84.7 99.8 98.3 99.3 92.1 89.1 86.7 99.8 100.0 100.0 100.0 100.0 79.3 ID 20 MG735261.1 R. solani AG-1 IA gandum China 100.0 99.8 99.8 81.1 85.2 84.9 98.8 98.3 99.3 92.3 89.0 87.0 100.0 100.0 100.0 100.0 100.0 79.2 100.0 ID 21 MG770080.1 R. solani AG-1 IA milet China 100.0 99.8 99.8 81.1 85.2 84.9 98.8 98.3 99.3 92.3 89.0 87.0 100.0 100.0 100.0 100.0 100.0 79.2 100.0 100.0 ID 22 FJ460433.1 Sclerotium cepivorum bawang merah Hungaria 69.4 70.0 70.0 46.6 51.2 50.1 69.7 69.6 69.8 51.4 54.4 46.0 68.9 69.8 69.4 69.5 69.4 49.4 69.4 69.8 69.8 ID
Jurnal Fitopatologi Indonesia
Manasikana et al . antarisolat. Hal ini didukung dengan asal isolat R. solani yang didapatkan berasal dari lahan yang saling berdekatan. Hasil dari program BLAST dari tigabelas isolat yang diuji menunjukkan R. solani , kecuali isolat CH3 yang diduga ialah jenis Rhizoctonia multinukleat lain. Analisis filogenetika  menunjukkan  duabelas  isolat memiliki kesamaan sebesar 85%–100% dengan isolat R. solani yang berasal dari India, Cina, Brazil, dan Belgia. Hossain et al. (2014) melaporkan bahwa isolat R. solani dari tanaman padi di Malaysia teridentifikasi sebagai AG-1 IA yang memiliki kekerabatan dekat dengan isolat R. solani (KF312465) dan R. solani (KC285893.1) yang berasal dari tanaman dari Cina. R. solani AG 1-1A banyak dilaporkan menjadi patogen pada tanaman padi (Nadarajah et al. 2014).
Karakteristik isolat R. solani dari tanaman padi varietas Ciherang, IR 64, Mekongga, dan Situ Bagendit bervariasi koloni dan morfologinya. Kelompok anastomosis isolat R. solani yang didapatkan termasuk dalam kategori C3 (anastomosis sempurna) yang memiliki tingkat kekerabatannya dekat dengan isolat tester NGW kelompok AG-1 IA yang didukung dengan hasil sikuensing DNAnya.

## UCAPAN TERIMA KASIH
Ucapan terima kasih disampaikan kepada Tim Penelitian Unggulan Perguruan Tinggi Terapan yang diketuai Prof. Dr. Ir. Edhi Martono, M.Sc atas dukungan fasilitas penelitian. Penghargaan dan ucapan terima kasih kepada Fakultas Pertanian UGM yang telah mendanai sebagian penelitian melalui Hibah Penelitian Kolaborasi Dosen dan Mahasiswa tahun 2020. Ucapan terima kasih juga disampaikan kepada Dr. Sri Wahyuni Budiarti, S.P., M.Si., yang telah memberi R. solani isolat tester NGW.

## DAFTAR PUSTAKA
Afrizal A, Ratih S, Nurdin M, Susilo FX. 2018. Intensitas serangan hama dan patogen pada agroekosistem hidroponik tanaman padi ( Oryza sativa L.) dengan berbagai media
tanam. JAT. 6(2):86–90. DOI:  https://doi. org/10.23960/jat.v6i2.2599.
Budiarti SW, Lukman R, Sumardiyono C, Wibowo A, Priyatmojo A. 2019. Effect of photoperiod on the cultural morphology of Rhizoctonia solani isolates of maize from Yogyakarta and Central Jawa, Indonesia. Biodiversitas. 20(7):2028–2038. DOI: https://doi.org/10.13057/biodiv/d200732. Carling DE. 1996. Grouping in Rhizoctonia solani by hyphal anastomosis reaction. Di dalam: Sneh B, Jabaji-Hare S, Neate S, Dijst G, editor. Rhizoctonia species taxonomy, molecular biology, ecology, pathology and disease control. Dordrecht (NL): Kluwer Academic Publisher. hlm 37–47. DOI: https://doi.org/10.1007/978- 94-017-2901-7_3.
Debbarma M, Dutta P. 2015. Cultural and morphological variability in Rhizoctonia solani isolates of different hosts of Assam. Indian J Appl Res. 5(2):878–884. Dutta U, Gupta S, Kalha CS, Razdan UK. 2013. Morpho-cultural and pathogenic variability among isolates of Rhizoctonia solani causing sheath blight in Jammu. J Mycol Plant Pathol. 43(2):210–215. Garcia VG, Onco MAP, Susan VR. 2006. Review. Biology and systematics of the form genus Rhizoctonia . Span J Agric Res. 4(1):55–79. DOI: https://doi.org/10.5424/ sjar/2006041-178.
Gopireddy BM, Devi GU, Kumar KV, Babu TR, Naidu TCM. 2017. Cultural and morphological characterization of Rhizoctonia solani f. sp. sasakii isolates collected  from  different  districts  of Andhra Pradesh. Int J Curr Microbiol App Sci. 6(11):3457–3469. DOI: https://doi. org/10.20546/ijcmas.2017.611.407.
Hossain MDK, Tze OS, Nadarajah K, Jena K, Bhuiyan MDAR, Ratnam W. 2014. Identification  and  validation  of  sheath blight resistance in rice ( Oryza sativa L.) cultivars against Rhizoctonia solani . Can J Plant Pathol. 36(4):482–490. DOI: https:// doi.org/10.1080/07060661.2014.970577.
Hyakumachi M, Priyatmojo A, Kubota M, Fukui H. 2005. New anastomosis groups, AG-T and AG-U, of binucleate
Manasikana et al .
Rhizoctonia spp. causing root and stem rot  of  cut-flower  and  miniature  roses. Phytopathology. 95(7):784–792. DOI: https://doi.org/10.1094/PHYTO-95-0784. Lal M, Kandhari J. 2009. Cultural and morphological variability in Rhizoctonia solani isolates causing sheath blight of rice. J Mycol Pantl Pathol. 39(1):77–81.
Lal M, Singh V, Kandhari J, Sharma P, Kumar V, Murti S. 2014. Diversity analysis of Rhizoctonia solani causing sheath blight of rice in India. Afr J Biotechnol. 13(51):4594–4605. DOI: https://doi. org/10.5897/AJB2013.13106.
Mishra PK, Gogoi R, Singh PK, Rai SN,
Singode A, Kumar A, Manjunatha C. 2014. Morpho-cultural and pathogenic variability in Rhizoctonia solani isolates from rice, maize and green gram. Indian Phytopathol. 67(2):147–154.
Muis A. 2007. Pengelolaan penyakit busuk pelepah ( Rhizoctonia solani Kuhn.) pada tanaman jagung. J Litbang Pert. 26(3):100– 103.
Nadarajah K, Omar NS, Rosli MM, Tze OS. 2014. Molecular characterization and screening for sheath blight resistance using malaysian isolates of Rhizoctonia solani . Bio Med Res Int. 2014:1–18. DOI:  https:// doi.org/10.1155/2014/434257.
Nuryanto B. 2017. Penyakit hawar pelepah ( Rhizoctonia solani ) pada padi dan taktik pengelolaannya. JPTI. 21(2):63–71. DOI: https://doi.org/10.22146/jpti.22494.
Ou SH. 1985. Rice Disease . Ed ke-2. Slough (UK): Common Wealth Mycological Institute.
Priyatmojo A, Escopalao VE, Tangonan NG, Pascual CB, Suga H, Kageyama K, Hyakumachi M. 2001. Characterization
of a new subgroup of Rhizoctonia solani anastomosis group 1 (AG-1-ID), causal agent of a necrotic leaf spot on coffee.  Phytopathology.  91(11):1054– 1061. DOI: https://doi.org/10.1094/ PHYTO.2001.91.11.1054.
Rustam, Giyanto, Wiyono S, Santosa DA, Susanto  S.  2011.  Seleksi  dan  identifikasi bakteri antagonis sebagai agens pengendali hayati penyakit hawar pelepah padi. Jurnal Penelitian Pertanian Tanaman Pangan. 30(3):164–171.
Savary S, Willocquet L, Elazegui FA, Castilla NP, Teng PS. 2000. Rice pest constraints in tropical Asia: quantification of yield losses due to rice pests in a range of production situations. Plant Dis. 84(3):357– 369. DOI: https://doi.org/10.1094/
PDIS.2000.84.3.357.
Sawitri S, Saragih R, Ariyanti E. 2018. Seleksi beberapa genotipe padi sawah lokal ( Oryza sativa L.) terhadap cekaman kekeringan menggunakan polyethylene glycol (PEG) pada fase perkecambahan. J Agroteknol. 9(1):23–30.
Singh J, Kumar A. 2018. Variability among isolates of Rhizoctonia solani inciting web blight of Mungbean. Int J Curr Microbiol App Sci. 7(9):2501–2510. DOI: https:// doi.org/10.20546/ijcmas.2018.709.310.
Sunder S, Kataria HR, Satyavir, Sheoran OP.
2003. Characterization of Rhizoctonia solani associated with root/collar rots and blights. Indian Phytopath. 56(1):27–33. Toda T, Hyakumachi M. 2006. Heterokaryon formation in Thanatephorus cucumeris anastomosis group 2-2 IV. Mycologia. 98(5):726–736. DOI: https://doi.org/10.10 80/15572536.2006.11832644.