## Studi Perbandingan Sifat Struktur dan Dinamika Bentuk Apo dan Holo dari FKBP12 dan Mip dengan Menggunakan Simulasi Dinamika Molekul
Elisabeth Catherina Widjajakusuma (a) , Monica Frederica (a) , Kornelius Kaweono (a) , Arkenjela Shea (a) , Gracia De Sales Lodhu Jawa (a) , Yohanes Aliandra Kelan (a) , Ajeng Indah (a) , Firli An’nisavia (a) , Margaretha Yuliani Br Simatupang (a) , Fildzahdina (a) , Dwi Vita Setiyoningsih (a)
Interaksi protein dan ligan pada sisi pengikatan merupakan topik penting dalam desain obat dan proses prediksi fungsi  protein.  FKBP12  dan  Mip  ( macrophage  infectivity  potentiator )  termasuk  dalam  keluarga  protein  FKBP dengan sisi pengikatan yang kemiripannya sangat tinggi. Oleh karena itu untuk mendapatkan ligan yang selektif tidaklah  mudah.  Tujuan  penelitian  ini  untuk  membandingkan  sifat  struktur  dan  dinamis  dari  FKBP12  dan  Mip dalam  bentuk  holo  (membentuk  kompleks  dengan  suatu  ligan)  dan  bentuk  apo  (tidak  terikat  dengan  ligan) dengan menggunakan simulasi dinamika molekul selama 40 ns dengan penambahan energi potensial selama 10 ns.  Penggantian  ligan  rapamycin  dengan  ligan  yang  lebih  kecil,  yaitu  turunan  asam  pipecolat,  menyebabkan perubahan  struktur  pada  FKBP12  dibandingkan  Mip  terutama  pada  asam  amino  Q81/E54,  V82/F55,  I83/I56, W86/W59, Y109/Y82, P117/H87, dan I118/I90. Hal ini memberikan informasi untuk pengembangan ligan yang selektif.
Kata kunci: FKBP12, Mip ( macrophage infectivity potentiator ), Legionella pneumophila , simulasi dinamika molekul, potensial flooding

## Comparison of Structural and Dynamic Properties of Apo- and Holo-Forms of FKBP12 and Mip using Molecular Dynamics Simulations
Protein-ligand  interaction  on  its  binding  site  is  an  important  topic  in  drug  design  and  the  process  of  predicting protein functions. FKBP12 and Mip (macrophage infectivity potentiator belong to the FKBP protein family with  a highly conserved binding site. Accordingly, finding selective ligands for those proteins can be very challenging. This study aimed to compare the structural and dynamic properties of FKBP12 and Mio in the holo-form and apo-form by  using  molecular  dynamics  simulations  for  40  ns  with  the  addition  of  potential  energy  for  10  ns.  The  results showed that the replacement of the rapamycin with a smaller ligand, i.e. a derivative of pipecolic acid, led to more structural  changes  in  FKBP12  compared  to  Mip,  especially  residues  Q81/E54,  V82/F55,  I83/I56,  W86/W59, Y109/Y82,  P117/H87,  and  I118/I90.  This  information  may  be  useful  in  drug  design  and  drug  development process.
Keywords:  FKBP12,  Mip  (macrophage  infectivity  potentiator), Legionella  pneumophila ,  molecular  dynamics simulations, flooding potential
* Corresponding author: Fakultas Farmasi Universitas Katolik Widya Mandala Surabaya, Jl. Raya Kalisari Selatan No. 1 Surabaya, e-mail: ecwidj@ukwms.ac.id

## PENDAHULUAN
Protein FKBP merupakan bagian dari famili protein  yang  memiliki  aktivitas  mengkatalisis perubahan  cis/trans  (PPIase, peptidyl  prolyl cis/trans  isomerase ).  PPIase  memiliki  peran penting dalam berbagai proses biologis (Christner et  al .,  1999).  Berbagai  FKBP  memperlihatkan fungsi  regulator  sebagai  bagian  yang  stabil  atau dinamis  dari  kompleks  heterooligomer.  Banyak kemajuan  yang  sudah  didapatkan  dalam  upaya mengerti  mekanisme  FKBP  yang  terlibat  dalam pengaturan  proses  imunologis,  pensinyalan steroid,  dan  peran  yang  dihasilkannya  dalam proses  fisiologis.  Oleh  karena  itu,  FKBP  sudah menjadi  target  pengobatan  untuk  berbagai penyakit  dan  para  peneliti  berfokus  pada pengembangan  obat  baru  untuk  menginhibisi FKBP (Kolos et al. , 2018; Ghartey-Kwansah et al. , 2018; Tong et al ., 2015).
FKBP12,  anggota  dari  famili  FKBP,  dapat berinteraksi  dengan  obat  imunosupresif  (Kang et al ., 2008; Kolos et al ., 2018). FKBP12 berinteraksi dengan tacrolimus (FK506) membentuk kompleks yang  selanjutnya  berikatan  dengan  calcineurin, yaitu  enzim  yang  berperan  penting  dalam  sistem kekebalan tubuh. Di lain pihak, interaksi FKBP12 dengan rapamycin membentuk kompleks FKBP12-rapamycin  yang  kemudian  berikatan dengan  FKBP binding  domain dari  mTOR ( mammalian target of rapamycin ). mTOR adalah suatu  kinase  yang  terlibat  dalam  pertumbuhan dan  proliferasi  sel.  Penghambatan  kedua  proses ini menyebabkan efek imunosupresif (Kolos et al ., 2018;  Griffith et  al .,  1995;  Banaszynski  et  al.,
2005). Mip  ( macrophage  infectivity  potentiator ) adalah  faktor  virulensi  penting  yang  di  dalam beberapa  bakteri  Gram  negatif  yang  memiliki struktur  homolog  yang  sangat  mirip  dengan FKBP12  manusia.  Mip  terdapat Legionella pneumophila ,  penyebab  penyakit legionairre, sejenis  penyakit  paru-paru.  Kemiripan  Mip  dari 2VCD  (Ceymann  et  al.,  2008)  dengan  FKBP12 dari  1FKB  (van-Duyne  et  al.,  1991)  (Gambar  1) menyebabkan  perlunya  mengembangkan  obat yang  selektif  untuk  penyakit legionairre tetapi tidak mempunyai efek imunosupresif (Rasch et al ., 2019; Dunyak et al ., 2016).
Interaksi  Mip  dengan  rapamycin  yang diamati  dengan  NMR  (Ceymann et  al .,  2008) menunjukkan  bagian  pipekolat  dari  rapamycin terikat pada sisi pengikatan Mip. Berdasarkan hal tersebut,  sintesis  ligan  Mip  dari Legionella pneumophila telah  dilakukan  untuk  beberapa turunan  asam  pipekolat  (Juli et  al .,  2011). Senyawa ( S )-3-(3,4,5-trimetoksifenil)propil-1- benzilsufonil)  piperidine-2-karboksilat  (ligan  B) memperlihatkan  aktivitas  yang  tinggi  pada domain  FKBP  dari  Mip.  Meskipun  demikian, senyawa  ini  tidak  menunjukkan  efek  terhadap replikasi L.  pneumophila pada  sel  yang  mirip dengan sel makrofag manusia sel U937 (Juli et al. , 2011).
Gambar 1. Superposisi struktur Mip (merah) dan FKBP12  (biru)  tanpa  ligan.  Asam  amino  yang terlibat  dalam  interaksi  dengan  ligan  rapamycin diperlihatkan.
Dalam  penelitian  ini,  perbedaan  sifat struktur  dan  dinamik  dari  Mip  dan  FKBP12 diamati  dengan  menggunakan  simulasi  dinamika molekul.  Mip  diperoleh  dalam  keadaan  tidak terikat  ligan  (bentuk  apo),  membentuk  kompleks (senyawa holo) dengan rapamycin, dan membentuk  kompleks  dengan  senyawa  B). Demikian  juga  dengan  FKBP12,  simulasi dinamika  molekul  dilakukan  dalam  bentuk  apo dan holo.

## METODE
Simulasi  dinamika  molekul  dilakukan dengan  paket  program  GROMACS  versi  2018.2 dengan AMBERff99SB forcefield (Lindorff-Larsen et  al .,  2010).  Parameterisasi  ligan  dilakukan dengan  AMBER  (GAFF)  dan  muatan  diturunkan menggunakan  metode  AM1-BBC  yang  diterapkan dalam program Antechamber (Wang et al ., 2004) dari  AMBER18  (Case et  al .,  2018).  Topologi  dan koordinat  ligan  yang  diperoleh  dari  AMBER  18 dikonversi  dengan  acpype  (da  Silva et  al .,  2012) untuk  memperoleh  format  GROMACS  versi 2018.2 (Abraham et al ., 2018). Struktur awal yang digunakan dapat dilihat pada Tabel 1.
Prosedur yang sama dilakukan untuk setiap struktur  awal  pada  Tabel  1.  Sistem  dinetralkan dengan  menggunakan  ion  klorida  dan  dilarutkan dalam  model  air  TIP3P  (Jorgensen,  1983)  dalam kotak dodekahedron yang batas kotak berjarak 10 Å  dari  setiap  atom  terluar  sistem.  Kondisi  batas periodik dikenakan pada sistem. Algoritma Verlet dengan timestep 2  fs  digunakan  untuk mengintegrasikan  persamaan  gerak.  Pendekatan particle mesh Ewald (Darden, 1993) dengan jarak cutoff 12  Å  diterapkan  untuk  menghitung interaksi  elektrostatik  jarak  jauh.    Suhu  sistem dikonstankan  pada  300  K  menggunakan  metode V- rescale (Bussi et al ., 2007) dan tekanan pada 1 bar  menggunakan  metode  Parinello-Rahman (Parrinello et  al .,  1981).  Panjang  ikatan  yang melibatkan  atom  hidrogen  dibatasi  dengan menggunakan  metode  LINCS  (Hess et  al .,  1997). Minimasi energi dilakukan selama 100 ps dengan metode steepest  descent (Haug et  al .,  1976), kemudian sistem disetimbangkan dengan
ensemble NVT  selama  100  ps,  kemudian  dengan
ensemble NPT  juga  selama  100  ps.  Simulasi dinamika molekul kemudian dijalankan selama 10 ns  (Grubmüller,  1995),  dilanjutkan  dengan penambahan flooding  potential selama  10  ns. Dalam  penelitian  ini  parameter  yang  digunakan adalah adaptive  flooding dengan  energi  bebas untuk  destabilisasi  ΔF 0 =  150  kJ/mol, the  initial
flooding strength 𝐸 𝑓𝑙 (0) = 0, dan konstanta waktu τ = 0.1 ps. Sistem kembali disimulasikan selama 20 ns. Total waktu simulasi adalah 40 ns. Visualisasi molekul menggunakan perangkat lunak Discovery Studio  (BIOVIA,  2020)  dan  VMD  (Humphrey et al ., 1996).
Tabel 1. Sistem simulasi dinamika molekul Ko-de Pro-tein Lig-and PDB Eks-per-imen TIP3P Atoms M1 Mip Rapamycin 2VCD NMR 8486 27699 M2 Mip B B-2VCD NMR 8495 27649 M3 Mip Apo-2VCD NMR 8522 27663 M4 Mip 2UZ5 NMR 8315 27042 M5 Mip 1FD9 Sinar X 8598 27880 F1 FKBP12 Rapamycin 1FKB Sinar X 6430 21098 F2 FKBP12 B B-1FKB Sinar X 6442 21057 F3 FKBP12 Apo-1FKB Sinar X 6455 21029 F4 FKBP12 2PPN NMR 6623 21533 F5 FKBP12 1FKT Sinar X 6531 21257 1) Pustaka-pustaka PDB

## HASIL DAN PEMBAHASAN
Untuk mengerti kemiripan struktur 3D dari struktur awal, dilakukan perhitungan RMSD ( root mean  square  deviation )  untuk  semua  atom (angka  bagian  atas)  dan  atom  tulang  belakang (angka  bagian  bawah)  seperti  yang  ditunjukkan dalam  Tabel  2.  Secara  umum,  struktur  Mip  holo (2VCD)  memiliki  nilai  RMSD  yang  lebih  besar daripada  FKBP12  holo  (1FKB)  baik  terhadap protein  aponya  sendiri  maupun  dengan  protein apo  yang  lain.  Di  lain  pihak,  struktur  Mip  apo memiliki kemiripan dengan struktur FKBP12 holo dan apo. Hal ini menunjukkan adanya fleksibilitas Mip  yang  lebih  tinggi  daripada  FKBP12  dan adanya  perbedaan  antara  struktur  holo  dan  apo dari Mip.
Konfirmasi tentang fleksibitas struktur Mip secara keseluruhan dapat dilihat dari perhitungan
RMSD dari ke-10 simulasi yang ditunjukkan pada Gambar 2. Perhitungannya dilakukan pada residu di sekitar sisi aktif yaitu residu 50-130 untuk Mip dan  20-100  untuk  FKBP12.  Secara  umum,  nilai RMSD untuk Mip lebih besar, yaitu sekitar 2-3 Å, daripada  FKBP12  sekitar  2  Å  sebelum  adanya potensial  flooding  (<10  ns).  Namun  demikian, dengan  adanya  potensial flooding pada  20-30  ns terlihat  bahwa  potensial  tambahan  ini  tidak memberi  pengaruh  yang  lebih  kecil  pada  Mip dibandingkan pada FKBP12. Bahkan struktur Mip apo  dari  sinar  X  memiliki  nilai  RMSD  <  2  Å. Kenaikan  RMSD  akibat  potensial  tambahan terlihat  cukup  jelas  hanya  pada  struktur  Mip  apo (M3,  hijau).  Sebaliknya,  lonjakan  RMSD  terjadi pada  semua  struktur  FKBP12,  terutama  pada struktur  FKBP12  yang  membentuk  kompleks dengan ligan B (F2, merah).
Tabel 2. RMSD dari struktur awal. Terdapat dua nilai untuk setiap perhitungan; nilai pada bagian atas adalah perhitungan RMSD untuk semua atom dan pada bagian bawah adalah untuk atom tulang punggung
RMSD 2VCD 1) 2UZ5 2) 1FD9 3) 1FKB 4) 2PPN 5) 1FKT 6) 2VCD 0 0 2,77 1,71 2,31 0,78 2,58 0,87 2,55 0,82 2,63 1,10 2UZ5 2,77 1,71 0 0 1,56 1,36 1,43 1,23 1,54 1,27 1,97 1,78 1FD9 2.31 0,78 1,57 1,36 0 0 1,19 0,58 1,13 0,59 1,46 0,78 1FKB 2,58 0,87 1,43 1,23 1,19 0,58 0 0 0,49 0,16 1,13 0,89 2PPN 2,55 0,82 1,54 1,27 1,13 0,59 0,49 0,16 0 0 1,19 0,87 1FKT 2,63 1,10 1,97 1,78 1,46 0,78 1,13 0,89 1,19 0,87 0 0 1) (Ceymann et al ., 2008); 2) (Ceymann et al. , 2006); 3) (Ribolli-Tunnicliffe et al. , 2001); 4) (van-Duyne et al ., 1991); 5) (Szep et al ., 2009)
6) (Michnick, 1991)
Struktur  Mip  apo  dari  NMR  (M4,  biru) memiliki  RMSD  tertinggi  sebelumdengan  RMSD di  bawah  2  Å  dan  dari  sinar  X  (M5,  kuning) dengan  RMSD  sekitar  3  Å  relatif  tidak menunjukkan  perubahan  sebelum  dan  sesudah penambahan  potensial flooding  pada 20-30  ns . Penggantian  rapamycin  dengan  ligan  B  (M2, merah) memang menunjukkan kelonjakan RMSD yang  cukup  besar  akibat  penambahan  potensial
flooding, tetapi  setelah  potensial flooding ditiadakan  strukturnya  kembali  semula.  Satu- satunya  yang  menunjukkan  perubahan  RMSD yang  cukup  signifikan  sebelum  dan  setelah penambahan  potensial flooding adalah  struktur Mip  apo  (M3,  hijau).  Baik  rapamycin  maupun ligan  B  tidak  terlalu  berpengaruh  pada fleksibilitas dari Mip. Fleksibilitas Mip yang relatif lebih  tinggi  dibandingkan  FKBP12  menunjukkan
stabilitas  yang  lebih  baik  ketika  sistem  diberi gangguan berupa potensial tambahan.
Gambar  2. Ligan  rapamycin  dan  turunan  asam pipekolat. Keduanya memiliki cincin pipekolil
Pengamatan dilanjutkan
dengan membandingkan  kesepuluh  struktur  tersebut dengan  perhitungan  RMSD  2D  seperti  yang ditunjukkan  pada  Gambar  3.  RMSD  dengan struktur yang sama ditunjukkan pada  kotak  pada diagonal.  Penyimpangan  cukup  besar  dari struktur  awal  hanya  terlihat  pada  struktur  Mip apo  (M3),  yaitu  dari  sekitar  2  Å  menjadi  4  Å. Struktur  Mip  kompleks  dengan  ligan  B  (M2) memiliki kemiripan yang cukup besar dengan M5 yaitu  sekitar  1  Å.  Struktur  Mip  apo  (M3) menunjukkan  perbedaan  yang  relatif  lebih  besar dibandingkan  dengan  struktur  Mip  lainnya. RMSD 2D untuk FKBP12 menunjukkan penyimpangan  yang  cukup  besar,  terutama FKBP12 yang membentuk kompleks dengan ligan B  (F2)  hingga  hampir  mencapai  8  Å  dan  hanya satu struktur yang penyimpangan sekitar 1 Å yaitu struktur  FKBP12  yang  membentuk  kompleks dengan  rapamycin  (F1).  Rapamycin  berperan cukup  besar  dalam  kestabilan  struktur  FKBP12 dibandingkan dengan Mip. Penggantian rapamycin  dengan  ligan  B  ataupun  tanpa  ligan berpengaruh  cukup  besar  pada  protein  FKBP12 dibandingkan dengan Mip.
Analisa  lebih  lanjut  dengan  perhitungan RMSF ( root mean square fluctuation ) memperlihatkan  bagian  mana  dari  protein  yang fleksibel  (Gambar  4).  Pada  Mip,  bagian  13  yang paling  fleksibel  dan  pada  bagian  ini  terdapat  tiga residu  yang  terlibat  pada  sisi  pengikatan  yaitu Y109,  P117,  dan  I118.  Lonjakan  RMSD  dari  M3 yang  cukup  tinggi  disebabkan  oleh  keluarnya
ketiga  residu  tersebut  dari  sisi  pengikatan  akibat dari penambahan potensial. Dengan struktur awal yang  sangat  mirip  antar  M2  dan  M5  diperoleh dinamika  yang  cukup  mirip,  tetapi  fluktuasi residu  yang  cukup  sedikit  berbeda  yaitu  pada bagian  sambungan coil 10  yang  tidak  memiliki residu  yang  terlibat  dalam  sisi  pengikatan. Penggantian ligan rapamycin dengan ligan B tidak menunjukkan  perubahan  berarti.  Namun  ligan  B tidak tetap tinggal pada lubang pengikatan, tetapi pada bibir pengikatan seperti pada Gambar 5. Hal ini dapat menjelaskan temuan Juli dkk (Juli et al ., 2011)  bahwa  meskipun  berinteraksi  dengan  Mip tapi  efek  inhibisi  terhadap  replikasi  Mip  tidak terjadi.
Gambar  3. RMSD dari kesepuluh sistem selama waktu  simulasi.  Perhitungan  RMSD  dilakukan untuk  semua  atom  setelah fitting pada  atom tulang punggung. Untuk protein Mip, perhitungan dilakukan  untuk  residu  50-130  dan  FKBP12 residu 20-100.
Gambar 4. RMSD 2-dimensi dengan total waktu simulasi 200 ns
Di  lain  pihak,  struktur  asam  amino  pada sisi  pengikatan  dari  FKBP12  menunjukkan perubahan  besar  akibat  penggantian  ligan rapamycin dengan ligan B (F2 pada Gambar 3, 4, dan  5).  Lubang  pada  sisi  pengikatan  bertambah besar  ketika  ligan  yang  relatif  lebih  kecil ditempatkan pada sisi tersebut dengan pergeseran E54,  V55,  I56  pada  bagian  8  dan  9,  serta  Y82, H87,W90  pada  bagian  12  dan  13  (Gambar  5). Kemiripan sifat struktur dan dinamika ditunjukkan  oleh  F1,  F3,  dan  F4,  sedangkan  F5 memperlihatkan  sifat  dinamika  yang  agak
berbeda.  Asam  amino  yang  menunjukkan perbedaan  antara  Mip  dan  FKBP12  adalah masing-masing  pada  W86  dan  W59.  Pada  Mip, W86  merupakan  bagian  dasar  dari  lubang pengikatan  dan  posisinya  tidak  mengalami
perubahan  akibat  penambahan  potensial,  tetapi W59  dari  FKBP12  berotasi  pada  sudut  torsional dihedral  χ 1 yang  menghubungkan  rantai  samping dengan atom Cα.
Gambar 5. RMSF atom tulang punggung dari kesepuluh sistem yang disimulasikan selama 40 ns. Penomoran bagian-bagian dari molekul ditunjukkan pada gambar bagian bawah
Gambar  6. Struktur tiga  dimensi kompleks Mip dan  ligan  B  (M2).  Ligan  B  berwarna  hijau  tebal, dengan  asam  amino  berwarna  hijau  ada  asam amino  pada  sisi  pengikatan  yang  tidak berinteraksi dengan ligan B.

## KESIMPULAN
Simulasi dinamika molekul dengan
potensial flooding memperlihatkan  adanya perbedaan  sifat  dinamika  pada  Mip  dan  FKBP12. Perubahan struktur antara kedua protein tersebut yang  paling  jelas  adalah  ketika  ligan  rapamycin digantikan  oleh  ligan  B.  Posisi  ligan  B  saat berinteraksi  dengan  Mip  dapat  menjelaskan mengapa  efek  inhibisi  yang  diinginkan  tidak terjadi. Meskipun terjadi perubahan struktur pada pengikatan  FKBP12  dengan  ligan  B,  perlu ditentukan  perubahan  energi  bebas  dari  kedua kompleks  tersebut  untuk  memberi  informasi tentang selektivitas ligan.

## DAFTAR PUSTAKA
Abraham,  M.J.,  van  der  Spoel,  D.,  Lindahl,  E.,  dan  Hess,  B., 2018, GROMACS User Manual version 2018.2, www.gromacs.org .
Banaszynski,  L.A.,  Liu,  C.W.,  dan  Wandless,  T.J.,  2005, Characterization  of  the  FKBP,  rapamycin,  FRB  ternary complex, Journal  of  American  Chemical  Society ,  127:4715- 4721.
BIOVIA, 2020, Discovery Studio Visualizer. Dassault Systèmes. https://3ds.com/products-services/biovia/products.
Bussi,  G.,  Donadio,  D.,  dan  Parinello,  M.,  2007,  Canonical sampling  through  velocity  rescaling, Journal  of  Chemical Physics , 126:014101.
Case, D., Ben-Shalom, I., Brozell, S., Cerutti, D., Cheatham, T. I., Cruzeiro, V., Darden, T., Duke, R., Ghoreishi, D., Gilson, M. K., Gohlke, H., Goetz, A. W., Greene, D., Harris, R., Homeyer, N., Huang, Y., Izadi, S., Kovalenko, A., Kurtzman, T., Lee, T. S.,
LeGrand,  S.,  Li,  P.,  Lin,  C.,  Liu,  J.,  Luchko,  T.,  Luo,  R., Mermelstein, D. J., Merz, K. M., Miao, Y., Monard, G., Nguyen,
C., Nguyen, H., Omelyan, I., Onufriev, A., Pan, F., Qi, R., Roe,
D.  R.,  Roitberg,  A.,  Sagui,  C.,  Schott-Verdugo,  S.,  Shen,  J., Simmerling,  C.  L.,  Smith,  J.,  Salomon-Ferrer,  R.,  Swails,  J.,
Walker, R.C., Wang, J., Wei, H., Wolf, R. M., Wu, X., Xiao, L., York, D.M., dan  Kollman, P.A., 2018, Amber 2018, University of California, San Francisco.
Ceymann,  A.,  Horstmann,  M.,  Ehses,  P.,  Schweimer,  K., Paschke,  A.-K.,  Steinert,  M.,  dan  Faber,  C.,  2008,  Solution structure  of  the Legionella  pneumophila Mip-rapamycin complex, BMC Structural Biology , 8:1-12.
Ceymann,  A.,  Horstmann,  M.,  Ehses,  P.,  Schweimer,  K., Steinert, M., Kamphausen, T., Fischer, G., Hacker, J., Rosch, P., dan Faber, C., 2006, Domain motion of the Mip protein from Legionella pneumophila , Biochemistry , 45:12303-12311.
Christner, C., Wyrwa, R., Marsch, S., Kullertz, G., Thiericke, R., Grabley,  S.,  Schumann,  D.,  dan  Fischer,  G.,  1999,  Synthesis and  cytotoxic  evaluation  of  cycloheximide  derivatives  as potential  inhibitors  of  FKBP12  with  neuroregenerative properties, Journal of Medicinal Chem istry, 42:3615-3622.
da Silva, A.S. dan Vranken, W., 2012, ACPYPE - AnteChamber PYthon Parser interfacE, BMC Research Notes , 5:367.
Darden, T., York, D., Pedersen, L., 1993, Particle mesh Ewald: an N.log(N) method for Ewald sums in large systems, Journal of Chemical Physics , 98:10089-10092.
Dunyak,  B.M.  dan  Gestwicki,  J.E.,  2016,  Peptidyl-proline isomerases (PPIases): Target for natural products and natural product-inspired compounds, Journal of Medicinal Chemistry , 59:9622-9644.
Ghartey-Kwansah,  G.,  Li,  Z.,  Feng,  R.,  Wang,  L.,  Zhou,  X., Chen, F. Z., Xu, M. M., Jones, O., Mu, Y., Chen, S., Bryant, J., Isaacs, W. B., Ma, J., dan Xu, X., 2018, Comparative analysis of FKBP  family  protein:  evaluation,  structure,  and  function  in mammals and Drosophila melanogaster , BMC Developmental Biology , 18:1-12.
Griffith, J. P., Kim, J. L., Kim, E. E., Sintchak, M. D., Thomson, J. A., Fitzgibbon, M. J., Fleming, M. A., Caron, P. R., Hsiao, K., dan Navia, M. A., 1995, X-ray structure of calcineurin inhibited by  the  immunophilin-immunosuppressant  FKBP12-FK506 complex, Cell , 82:507-522.
Haug, E., Arora, J. S., dan Matsui, K., 1976, A steepest-descent method  for  optimization  of  mechanical  systems, Journal  of Optimization Theory and Applications , 19:401-424.
Hess, B., Bekker, H., Berendsen, H. J. C., dan Fraaije, J. G. E. M.,  1997,  LINCS:  A  linear  constraint  solver  for  molecular simulations, Journal  of  Computational  Chemistry ,  18:1463- 1472.
Grubmüller, H., 1995, Predicting slow structural transitions in macromolecular  systems:  conformational  flooding, Physical Review E , 52:2893-2906.
Humphrey, W., Dalke, A., dan Schulten, K., 1996, VMD: visual molecular dynamics, Journal of Molecular Graphics , 14:33-38.
Jorgensen W.L., Chandrasekhar J., Madura J.D., Impey R.W., Klein, M.L., 1983, Comparison of simple potential functions for simulating liquid water, Journal of Chemical Phys ics, 79:926-
935.
Juli,  C.,  Sippel,  M.,  Jaeger,  J.,  Thiele,  A.,  Weiwad,  M., Schweimer,  K.,  Roesch,  P.,  Steinert,  M.,  Sotriffer,  C.  A.,  dan Holzgrabe,  U.,  2011,  Pipecolic  acid  derivatives  as  small- molecule inhibitors of the Legionella MIP protein, Journal  of Medicinal Chemistry , 54:277-283.
Kang, C.  B.,  Ye,  H.,  Dhe-Paganon,  S.,  dan  Yoon,  H.  S.,  2008, FKBP  family  protein:  Immunophilins  with  versatile biological functions, Neurosignals , 16:318-325.
Kolos,  J.  M.,  Voll,  A.  M.,  Bauder,  M.,  dan  Hausch,  F.,  2018, FKBP Ligands — Where We Are and Where to Go? Frontiers in Pharmacol ology, 9:1425.
Lindorff-Larsen,  K.,  Piana,  S.,  Palmo,  K.,  Maragakis,  P., Klepeis,  J.  L.,  Dror,  R.  O.,  dan  Shaw,  D.  E.,  2010,  Improved side-chain  torsion  potentials  for  the  Amber  ff99SB  protein force field, Proteins: Structure,  Function  and  Bioinformatics . 78:1950-1958.
Michnick,  S.W.,  Rosen,  M.K.,  Wandless,  T.J.,  Karplus,  M., Schreiber,  S.L.,  1991,  Solution  structure  of  FKBP,  a  rotamase enzyme and receptor for FK506 and rapamycin, Science , 252: 836-839.
Parrinello, M., dan Rahman, A., 1981, Polymorphic transitions in single crystals: A new molecular dynamics method, Journal of Applied Physics , 52:7182-7190.
Rasch,  J.,  Ünal,  C.  M.,  Klages,  A.,  Karsli,  Ü.,  Heinsohn,  N., Brouwer, R. M. H. J., Richter, M., Dellmann, A., dan Steinert, M.,  2019,  Peptidyl-prolyl- cis/trans -isomerases  Mip  and  PpiB of Legionella pneumophila contribute to surface translocation, growth  at  suboptimal  temperature,  and  infection, Infection and Immunity , 87:1-12.
Ribolli-Tunnicliffe,  A.,  Konig,  B.,  Jessen,  S.,  Weiss,  M.  S., Rahfeld,  J.,  Hacker,  J.,  Fischer,  G.,  dan  Hilgenfeld,  R.,  2001, Crystal  structure  of  Mip,  a  prolylisomerase  from Legionella pneumophila , Natural  Structural  and  Molecular  Biol ogy, 8:7790783.
Szep, S., Park, S., Boder, E. T., Duyne, G. D. V., dan Saven, J. G.,  2009,  Structural  coupling  between  FKBP12  and  buried water, Proteins , 74:603-611.
Tong,  M.,  dan  Jiang,  Y.,  2015,  FK506-binding  proteins  and their  diverse  functions, Current  Molecular  Pharmacology , 9:48-65.
van-Duyne, G. D., Standaert, R. F., Schreiber, S. L., dan Clardy, J., 1991, Atomic structure of rapamycin human immunophilin FKBP-12 complex, Journal of the American Chemical Society , 113:7433-7434.
Wang, J., Wolf, R. M., Caldwell, J. W., Kollman, P. A., dan Case, D. A., 2004, Development and testing of a general amber force field, Journal of Computational Chemistry , 25:1157-1174.