Vol. 06 No. 1, April 2015, Hal 1-8 ISSN: 2086-8227
KERAGAMAN GENETIK MINDI ( Melia azedarach L.)

## PADA HUTAN RAKYAT DI JAWA BARAT DENGAN PENANDA MIKROSATELLIT
Genetic Diversity of Mindi (Melia azedarach L. ) in Community Forests West Java Assessed by Microsatellite Markers

## Laswi Irmayanti, Iskandar Z. Siregar dan Prijanto Pamoengkas
Departemen Silvikultur, Fakultas Kehutanan, IPB

## ABSTRACT
Mindi (Melia  azedarach  L.) is  mostly  found  in  community  forests  of  West  Java.  One  of  the  factors  that  affect productivity  of  mindi  plantation  is  high  quality  seed  that  is  not  easily  available.  Seed  sources  of  mindi  should  be established based on the status of genetic variation, preferably the one with high genetic variation. However, information on the status of genetic variation is always lacking. The research objective was to estimate genetic variation within and between  populations  of  mindi  in  West  Java  community  forests  based  on  microsatellites.  Six  mindi  populations  were selected  in  the  following  villages:  Nagrak  (Bogor),Babakan  Rema  (Kuningan),  Padasari  (Sumedang),  Legok  Huni (Wanayasa), Sukakarya (Bogor) and Gambung (Bandung).The results showed that average number of alleles was 2.750, PLP  (percentage  of  polymorphic  loci)  was  91.67%,  and  the  genetic  diversity  within  populations  (He)  was  0.366.  The highest genetic diversity was found in Padasari (He = 0.454), and the lowest one was in Babakan Rema (He = 0.269). The genetic difference between populations (Fst) was 0.3030. Cluster analysis showed three groupings in which the first and second clusterconsisted of Nagrak and Padasari, as well as Babakan Rema, Gambung and Sukakarya, respectively. On the other hand Legok Huni was separated alone. The findings provided information on the moderate status of genetic diversity that may be considered during the selection and establishment of seed sources.
Key words : community forests, genetic diversity microsatellite, mindi (Melia azedarach L . )

## PENDAHULUAN
Mindi  ( Melia  azedarach L.)  merupakan  salah  satu jenis alternatif pengganti kayu berkualitas. Saat ini kayu berkualitas  tinggi  sudah  mulai  sulit  ditemukan  dan berharga  mahal  karena  permintaan  pasar  yang  semakin meningkat  (Syamsuwida et  al. 2012).  Pada  industri kerajinan  meubel  di  Jepara  kayu  mindi  digunakan sebagai  salah  satu  pengganti  kayu  jati  ketika pasokannya  berkurang.  Selain  kayunya,  daun,  akar, kulit,  dan  bunga  mindi  dapat  dimanfaatkan  sebagai obat-obatan  dan  pestisida  alami  (Karyono  &  Hariatno 2001).  Pramono  (2012)  melaporkan  bahwa  mindi merupakan  salah  satu  jenis  tanaman  yang  memiliki prospek  bagus  untuk  dikembangkan  di  hutan  rakyat. Mindi  mampu  beradaptasi  pada  perbedaan  kondisi lingkungan  tumbuh  yang  luas  (Pramono et  al. 2012). Hutan  rakyat  mindi  merupakan  salah  satu  tipe  hutan rakyat yang berkembang cukup baik khususnya di Jawa Barat  (Bramasto  2011).  Salah  satu  faktor  yang mempengaruhi  produktivitas  hutan  adalah  penggunaan benih yang berkualitas. Namun, benih berkualitas masih sulit  didapatkan  karena  keterbatasan  jumlah  sumber benih.
Salah  satu  cara  membangun  sumber  benih  adalah membangun  hutan  atau  memanfaatkan  hutan  yang sudah  ada.  Saat  ini  keberadaan  hutan  rakyat  dapat berfungsi sebagai alternatif pilihan sumber benih. Asal- usul  sumber  benih  merupakan  salah  satu  penentu
kualitas  benih  yang  diharapkan  mampu  menghasilkan bibit  yang  berkualitas  pula.  Akan  tetapi,  informasi tentang  kualitas  sumber  benih  di  hutan  rakyat  saat  ini masih kurang. Pengembangan hutan rakyat dengan jenis mindi,  perlu  ditunjang  dengan  penyediaan  benih  ( seed procurement )  yang  bermutu  tinggi,  baik  mutu  fisik, fisiologi  maupun  genetik  (Yulianti et  al. 2011).  Pada umumnya  benih  yang  digunakan  untuk  hutan  rakyat belum memperhatikan mutu genetik.
Mutu  genetik  merupakan  penampilan  benih  murni dari  spesies  tertentu  yang  menunjukkan  identitas keragaman  genetik  dari  tanaman  induknya  (Sutopo 2011).  Penggolongan  keragaman  genetik  ada  2,  yaitu dalam  populasi  dan  antar  populasi.  Keragaman  dalam populasi menggambarkan perbedaan gen yang terkandung  dalam  individu  suatu  populasi  dan berhubungan  erat  dengan  kemampuan  beradaptasi (Finkeldey 2005). Sedangkan keragaman antar populasi menggambarkan  beberapa  parameter  genetik,  yaitu jarak  genetik,  pembagian  variasi  genetik  (Fst),  dan pengelompokan (klaster) antar populasi.
Sumber  benih  hendaknya  dibangun  dengan  mutu setinggi  mungkin  dan  keragaman  genetik  setinggi mungkin  (Roshetko et  al. 2004).  Mutu  genetik  perlu diperhatikan  karena  menyangkut  daya  adaptasi  dengan lingkungan  tempat  tumbuh.  Semakin  tinggi  keragaman genetiknya  semakin  besar  peluang  tanaman  untuk beradaptasi  dengan  lingkungannya.  Keragaman  genetik yang  rendah  pada  suatu  populasi  akan  menyebabkan
inbreeding (perkawinan  sedarah). Inbreeding yang terjadi  terus-menerus  akan  menyebabkan  kepunahan (Hamilton 2009).
Keragaman  genetik  sumber  benih  dapat  dideteksi dengan beberapa metode antara lain dengan penggunaan marka  DNA,  misalnya  RAPD  dan  mikrosatellit. Keunggulan  dari  teknik  analisis  menggunakan  marka RAPD diantaranya: (1) kuantitas DNA yang dibutuhkan sedikit,  (2)  hemat  biaya,  (3)  mudah  dipelajari,  dan  (4) primer yang diperlukan sudah banyak dikomersialisasikan.  Namun  teknik  RAPD  mempunyai beberapa  kelemahan  antara  lain:  (1)  sangat  sensitif terhadap variasi konsentrasi DNA, dan (2) memerlukan konsentrasi  primer  serta  kondisi  siklus  suhu  yang optimal  pada  saat  pengujian  (Azrai  2005).  Kelebihan dari  teknik  mikrosatelit  yaitu  bersifat  polimorfik (Varshney et  al. 2007).  Perez et  al. (2005)  melaporkan mikrosatelit  merupakan  penanda  genetik  yang  sangat baik  untuk  studi  keragaman  genetik  dalam  berbagai tanaman.
Keragaman  genetik  memiliki  besaran  berkisar  0-1. Semakin  mendekati  0  berarti  keragaman  genetik dikatakan  rendah.  Menurut  Fahmi  (2011),  penggunaan penanda  RAPD  dan  mikrosatellit  akan  menghasilkan nilai  rentang  keragaman  genetik  yang  berbeda,  yaitu penggunaan RAPD  mempunyai nilai  yang lebih rendah dibandingkan  mikrosatellit.  Keragaman  genetik  dengan RAPD  dikatakan  rendah  jika  kurang  dari  0.1,  sedang 0.1-0.2,  dan  tinggi  diatas  0.2.  Yulianti et  al. (2011) melaporkan  bahwa  rata-rata  keragaman  genetik  pohon induk mindi di enam lokasi Jawa Barat (Nagrak-Bogor, Babakan  Rema-Kuningan,  Padasari-Sumedang,  Legok Huni-Purwakarta,  Sukakarya-Bogor,  dan  Gambung- Bandung)  dengan  teknik  RAPD  sebesar  0,1712 dikategori  keragaman  genetik  sedang.  Azrai  (2005) melaporkan  bahwa  RAPD  memiliki  kelemahan  tingkat reproduksi pola markah dari laboratorium ke laboratorium  yang  rendah,  dan  merupakan  penanda dominan.  Penanda  dominan  merupakan  penanda  yang tidak  mampu  membedakan  individu  heterozigot  dan homozigot.
Perlu  dilakukan  penelitian  lebih  lanjut  untuk menentukan status keragaman genetik pada hutan rakyat mindi  sebagai  sumber  benih  sesuai  lokasi  dan  sampel penelitian  Yulianti et  al. (2011)  menggunakan  penanda mikrosatellit.  Mikrosatelit  memiliki  kelebihan  tingkat reproduksi  yang  tinggi,  dan  merupakan  penanda kodominan  (Rajora  &  Rahman  2001;  Weising et  al. 2005)  yang  mampu  membedakan  individu  heterozigot dan  homozigot.  Hal  ini  akan  membantu  dalam pengembangan  sumber  benih  hutan  rakyat,  khususnya sebagai  alat  bantu  seleksi  (MAS- Marker  Assised Selection ),  QTL  ( Quantitative  Trait  Loci ),  dan penandaan gen ( Qualitative Gene Tagging ). Tujuan dari penelitian ini adalah untuk menduga keragaman genetik di dalam dan antar populasi mindi di hutan rakyat Jawa Barat  yang  dapat  dikembangkan  menjadi  sumber  benih dengan penanda mikrosatellit .

## BAHAN DAN METODE

## Waktu dan Tempat Penelitian
Penelitian  dilaksanakan  mulai  bulan  Juli  2013- Agustus  2014.  Pengambilan  sampel  penelitian  berupa daun  dilaksanakan  pada  bulan  juli  2013  di  enam  hutan rakyat  di  Jawa  Barat,  yaitu:  1)  Nagrak  (Bogor),  2) Sukakarya  (Bogor),  3)  Legok  Huni  (Purwakarta),  4) Padasari  (Sumedang),  5)  Gambung  (Bandung),  dan  6) Babakan  Rema  (Kuningan)  seperti  disajikan  pada Gambar 1. Pemilihan lokasi penelitian berdasarkan zona sebaran  populasi  mindi  ( Melia  azedarach L.)  di  Jawa Barat  (Pramono et  al. 2012)  dan  penelitian  Yulianti et al. (2011). Kegiatan ekstraksi DNA, elektroforesis, dan PCR  ( Polymerase  Chain  Reaction )  dimulai  bulan September  2013  dan  berakhir  bulan  Juli  2014.  Analisis data  keragaman  genetik  dilaksanakan  pada  Agustus 2014.  Kegiatan  ekstraksi  DNA  sampai  analisis  data dilaksanakan  di  Laboratorium  Genetik,  Departemen Silvikultur, Fakultas Kehutanan IPB.
Gambar  1.  Peta  lokasi  pengambilan  sampel  penelitian, 1) Nagrak, 2) Sukakarya, 3) Legok Huni, 4) Padasari, 5) Gambung, 6) Babakan Rema

## Alat dan Bahan
Bahan  tanaman .  Sampel  berupa  daun  tanaman mindi  ( Melia  azedarach L.)  yang  berasal  dari  enam lokasi  hutan  rakyat  mindi  di  Jawa  Barat  dari  lima kabupaten  (Gambar  1).  Pada  masing-masing  lokasi diambil  sampel  dari  20  pohon.  Pengambilan  sampel sebanyak  20  diasumsikan  sudah  mewakili  setiap  lokasi penelitian seperti dilaporkan oleh Boonton et al. (2008) dan Goetze et al. (2013).
Alat  dan  Bahan. Alat  dan  bahan  yang  digunakan dalam  penelitian  ini  terdiri  atas  peralatan  dan  bahan yang  umum  digunakan  untuk:  1)  ekstraksi  DNA,  2) elektroforesis,  dan  3)  PCR.  Daftar  alat  dan  bahan  yang digunakan dalam penelitian disajikan pada Tabel 1.
Tabel 1 Daftar alat dan bahan penelitian No Jenis Kegiatan Alat Bahan 1 Ekstraksi DNA tube ukuran 1.5 ml, mortar, pestel, mikropipet, tips , rak tube, vortex , mesin sentrifugasi,
waterbath ,  desikator.
daun mindi, kit DNA, buffer ekstrak , PVP
2%, chloroform , isopropanol, NaCl, etanol 95%, buffer TE, DNA Plan Mini Kit 2 Elektroforesis cetakan gel agarose, erlenmeyer , UV transilluminator , cetakan gel polyakrilamide , kamera Agarose , polyakrilamide, buffer TBE 10x, buffer TAE 1x, blue juice 10x, EtBr, DNA ledder 3 PCR ( Polymerase Chain Reaction) tube ukuran 0,2 ml, mesin PCR AB Applied Biosystem Veriti TM Thermal Cycler
DNA, primer-primer mikrosatellit, green go taq master mix, nukleas free water

## Tabel 2 Komposisi bahan untuk reaksi PCR Mikrosatelit
No. Nama Bahan Sampel Reaksi 1 H 2 O 2.5 μl 2 Green Go Taq Master Mix 7.5 μl 3 Primer F dan R 1.5 μl 4 DNA encer 2 μl
Tabel 3 Primer mikrosatelit mimba untuk amplifikasi silang mindi (Boonton et al. 2008) No Nama Primer Urutan basa DNA (5’ to 3’) Panjang Fragmen (bp) Suhu anealing ( O C) 1 Ai11 5’-GCATCAGTCAGCCATAGTGC-3’ 175–219 55 5’-TTGAAAAATCCTGGCGAGTG-3’ 2 Ai13 5’-CCACAAACAAATGGGAAACC-3’ 158–188 55 5’-CCCTTATTACAAAAGAAGAGGGAAG-3’ 3 Ai14 5’-GTCCACGCAAACAGAGACAC-3’ 224–232 54 5’-TTGGCTTGGCTTTCTCTTTC-3’ 4 Ai34 5’-ATTTGTGTGTGCGTGCTAGG-3’ 146–168 55 5’-CGAGGAACTGAGACTCCTGAA-3’

## Prosedur Kerja
Sampling .  Daun  mindi  pada  tiap  lokasi  diambil secara  acak  pada  pohon-pohon  yang  mempunyai fenotipa  baik  untuk  dijadikan  sebagai  pohon  induk seperti  disarankan  oleh  Mulawarman et  al. (2002). Sampel daun diambil dari 20 pohon (diameter pohon ≥ 20 cm) pada tiap lokasi dengan jarak rata-rata 5 m. Pada masing-masing  pohon  diambil  sampel  1  daun  dengan cara  memanjat.  Daun  segar  yang  diambil  kemudian dimasukkan  dalam  plastik  klip.  Plastik  klip  yang  berisi daun  dimasukkan  dalam ice  box yang  berisi dry  ice . Penyimpanan sampel selama di lapangan dengan dry ice bertujuan agar daun tetap segar sampai di Laboratorium.
Ekstraksi  DNA. Ekstraksi  DNA  dari  daun dilakukan  dengan  metode  CTAB  ( Cetyl  Trimethyl Ammonium  Bromide )  (Weising et  al .  2005  dan Aritonang et  al. 2007)  yang  telah  dimodifikasi.  Untuk mendapatkan  DNA  dengan  kualitas  yang  lebih  tinggi, ekstraksi  dilakukan  dengan  metode  kit  (protokol  DNA Plan  Mini  Kit )  dari  Qiagen  (www.qiagen.com)  dengan nomor katalog 6235.
Uji  Kualitas  DNA. Langkah  pertama  pada  uji kualitas DNA yaitu menyiapkan gel agarose 1% (0.33 g agarose dalam  33  ml buffer TAE).  Untuk  proses elektroforesis, ditambahkan buffer TE 50 μl pada pellet
DNA  lalu  disentrifugasi  dengan  kecepatan  10  000  rpm selam 10 menit. Pellet DNA diambil sebanyak 3 μl dan ditambahkan  2  μl  BJ  ( Blue  Juice ).  Campuran  pellet DNA  dan  BJ  dimasukkan  ke gel  agarose, dan dielektroforesis  selama  45  menit.  Hasil  elektroforesis direndam dalam larutan EtBr ( Etidium Bromida) selama 15  menit  dan  difoto  pada UV  transiluminator model TFX-20.LM (Aritonang et al. 2007).
Mikrosatelit. DNA  hasil  ekstraksi  diencerkan  100 kali  menggunakan  aquabides.  Perbandingan  antara DNA  dan  aquabides  yaitu  99  μl  aquabides  dan  1  μl DNA. Reaksi PCR mikrosatelit dilakukan dengan mesin AB  Applied  Biosystem  Veriti TM Thermal  Cycler (www.appliedbiosystem.com).  Komposisi  bahan  untuk reaksi PCR  mikrosatelit disajikan pada Tabel 2. Primer mikrosatelit  untuk  jenis  mindi  belum  ada,  sehingga dalam penelitian ini menggunakan primer dari jenis lain yang  satu  famili  dengan  mindi,  yaitu  mimba ( Azadirachta indica ) yang mengacu pada Boonton et al. (2008).  Primer  mikrosatelit  yang  digunakan  dalam penelitian ini disajikan pada Tabel 3. Amplifikasi silang primer  mikrosatellit  mimba  ke  mindi  dalam  penelitian ini  mengacu  pada  Abaloso et  al. (2009),  Costa et  al. (2013), Lemes et al . (2011), Thode et al. (2013), Wang et al. (2013), dan Wee et al. (2013).

## Tabel 4 Komposisi pembuatan gel poliakrilamid
Bahan Komposisi Akrilamid 5,7 gram Bisakrilamid 0,3 gram TBE (1x) 10 ml TEMED 50 µl APS 500 µl Aquades 60 ml Tabel  5  Bahan  pewarnaan  gel  akrilamid  dan  lama perendaman Bak Bahan larutan pewarna Lama perendaman gel 1 Aquades 450 ml 10-15 menit Acetic acid (0,5%) 25 µl Etanol 50 ml 2 Aquades 500 ml 5 menit 3 Aquades 500  ml 10-20  menit,  setelah bak  3,  bilas  ke  bak  2 selama 10 detik Silbernitrat 0,5 gram Formaldehyde 0,6 ml 4 Aquades 500 ml Sampai mulcul pita DNA NaOH 7,5 gram Formaldehyde 1 ml Elektroforesis mikrosatellit menggunakan gel vertikal  poliakrilamid  (Wang et  al. 2009),  dengan komposisi  gel  seperti  pada  Tabel  4.  Akrilamid, bisakrilamid,  TBE  (1x),  dan  aquades  dicampur  dalam tabung  erlemeyer  dan  dikocok  selama  15  menit, kemudian  pada  menit  ke  10  dimasukkan  temed.  Pada menit ke 14 dimasukkan APS. Pada menit ke 15, larutan dalam  tabung  erlenmeyer  dimasukkan  dalam  pasangan kaca  polikrimaid,  kemudian  ditunggu  sampai  larutan memadat menjadi gel.
Kegiatan  elektroforesis  dilakukan  pada  tegangan listrik  350  V,  arus  40  mA,  dan  daya  80  W  selama  75 menit  dengan  buffer  running  TBE  1x.  Pewarnaan  gel dilakukan dengan pewarnaan silver nitrate (Benbouza et al. 2006; Creste et al. 2001). Pewarnaan ini terdiri atas empat  bak  perendaman.  Secara  berurutan  bak  satu sampai  empat  tertera  pada  Tabel  5.  Setelah  pewarnaan selesai dilakukan dokumentasi gel.

## Analisis Data
Keragaman  dalam  Populasi. Dokumentasi  DNA hasil  PCR  mikrosatelit  dianalisis  dengan  melakukan skoring  pola  pita  yang  muncul  (Gambar  2).  Hasil interpretasi  foto  kemudian  dianalisis  menggunakan software POPGENE  32  versi  1.31 (Yeh  &  Yang  1999) dan  NTSys  versi  2.0  (Rohlf  2008).  Hasil  dari software POPGENE  menampilkan  beberapa  parameter  untuk mengetahui keragaman dalam suatu populasi, yaitu nilai PLP  ( Percentase  Locus  Polymorphic ),  Na  (O bserved number of alleles ), Ne ( Effective number of alleles ), dan He (Expected Heterogozity) .
Keragaman  antar  Populasi. Data  jarak  genetik yang  dihasilkan  dari  POPGENE  digunakan  untuk analisis  gerombol  pada  metode  UPGMA  ( unweighted pair group with arithmatic avarage ) dalam NTsys versi 2.0 yang menghasilkan dendogram hubungan kekerabatan (Hartati 2007). Populasi dalam satu klaster menunjukkan  kekerabatan  yang  dekat.  Untuk  analisis PCoA  ( Principal  Coordinates )  digunakan software GenAlex  Ver  6.5  (Blyton  &  Nicola  2006).  Analisis struktur  perbedaan  antar  populasi  digunakan software structure versi  2.3.3  (Dillon et  al. 2013;  Evanno et  al. 2005; Pritchard et al. 2010; Purba 2012).

## HASIL DAN PEMBAHASAN

## Keragaman Genetik dalam Populasi
Peubah  yang  digunakan  untuk  mencirikan  variasi genetik  dalam  populasi  yaitu  Persentase  Lokus Polimorfik (PLP), rata-rata jumlah alel per lokus (A/L), dan  variasi  genetik  (He)  (Finkeldey  2005).  Hasil penelitian  ini  didapatkan  PLP  sebesar  91.67%.  Hal  ini menunjukkan  bahwa  primer  (lokus)  mikrosatellit  yang digunakan bersifat polimorfik, yaitu sekurang- kurangnya  ada  dua  varian  alel  yang  berbeda  yang mampu  membedakan  antar  individu.  Rata-rata  jumlah alel  per  lokus  sebesar  2.750,  dan  rata-rata  keragaman genetik  (He)  sebesar  0.366.  Nilai  keragaman  genetik tersebut dikategorikan pada keragaman sedang. Keragaman  genetik  berkisar  0-1  (Weising et  al. 2005), semakin  mendekati  1  maka  keragaman  suatu  populasi dikatakan  tinggi,  dan  sebaliknya  semakin  medekati  0 keragamannya  rendah.  Rambey  (2011)  melaporkan bahwa  populasi  mindi  di  Garut  yang  mempunyai  He sebesar  0.373  dikategorikan  keragaman  sedang.  Nilai peubah  keragaman  genetik  dalam  populasi  mindi disajikan pada Tabel 6.
Nilai  keragaman  genetik  berkategori  sedang  juga dinyatakan oleh Yulianti et al. (2011) yang menggunakan populasi  mindi dari enam populasi,  yaitu berlokasi sama dengan penelitian ini (Nagrak, Padasari, Babakan Rema, Legok Huni, Sukakarya, dan Gambung).  Yulianti et  al. (2012)  melaporkan  rata-rata keragaman  genetik  dari  enam  populasi  tersebut  dengan teknik  analisis  RAPD,  yaitu  sebesar  0.1712,  dengan keragaman  paling  rendah  adalah  populasi  Babakan Rema (Kuningan) dan paling tinggi Padasari (Sumedang).
Hasil  penelitian  ini  didapatkan  bahwa  dari  6 populasi  yang  diamati,  keragaman  genetik  tertinggi yaitu  pada  populasi  Padasari  (Sumedang)  (He=0.454), dan  terendah  pada  Babakan  Rema  (Kuningan) (He=0.269).  Tinggi  rendahnya  keragaman  dalam populasi  dapat  dipengarui  oleh  pola  sebaran  tanaman, khususnya  di  hutan  rakyat  yang  umumnya  tanaman tersebar  dengan  jumlah  yang  terbatas  (Hamid et  al. 2008).  Populasi  mindi  di  Babakan  Rema  merupakan areal yang berdekatan dengan perkebunan teh, sehingga diduga  tegakan  mindi  di  lahan  masyarakat  berasal  dari area  perkebunan  yang  hanya  dikelola  satu  pengelola (Yulianti  2011).  Oleh  karena  itu  keragaman  genetik mindi di Babakan Rema tergolong rendah.
Populasi  mindi  di  Padasari  tersebar  pada  berbagai tipe dan pemilik lahan dengan sejarah penanaman  yang bervariasi,  dan  cenderung  menghasilkan  musim  buah yang  bervariasi,  serta  diduga  variasi  genetiknya  lebih tinggi (Pramono 2012). Selain itu, Pramono (2012) juga melaporkan  bahwa  musim  buah  populasi  mindi  di Babakan  Rema  tergolong  serentak.  Musim  buah  yang serentak  ini  diduga  karena  populasi  Babakan  Rema mempunyai keragaman genetik yang rendah.

## Keragaman Genetik antar Populasi
Peubah  yang  digunakan  untuk  mencirikan  variasi genetik  antar  populasi  menurut  Finkeldey  (2005)  yaitu pembagian variasi genetik (Fst atau Gst), jarak genetik, dan  analisis  klaster/kelompok.  Perbedaan  genetik  dari
dua  atau  lebih  populasi  pada  umumnya  dianalisis dengan  sebuah  matrik  dimana  elemen-elemennya berupa  jarak  genetik  dan  pasangan  kombinasi  dari masing-masing  populasi  (Finkeldey  2005).  Jarak genetik  mengukur  perbedaan  struktur  genetik  antar populasi pada suatu lokus gen tertentu.
Hasil  penelitian  menunjukkan  bahwa  jarak  genetik terjauh  adalah  populasi  Nagrak  dan  Legok  Huni, sedangkan  jarak  genetik  terdekat  adalah  Nagrak  dan Padasari.  Sehingga  Populasi  Nagrak  dan  Legok  Huni mempunyai kekerabatan yang jauh, sedangkan Populasi Nagrak  dan  Padasari  mempunyai  kekerabatan  yang dekat.  Jarak  genetik  antar  populasi  mindi  di  hutan rakyat Jawa Barat disajikan pada Tabel 7.
Tabel 6 Nilai peubah keragaman genetik dalam populasi mindi di hutan rakyat Jawa Barat
No Populasi * N N a N e PLP (%) H e 1 Nagrak 20 2.750 1.754 100 0.401 2 Babakan Rema 20 1.750 1.513 75 0.269 3 Padasari 20 2.000 1.815 100 0.454 4 Legok Huni 20 2.500 1.757 100 0.352 5 Sukakarya 20 2.000 1.799 75 0.396 6 Gambung 20 2.500 1.572 100 0.325 Rata-rata 2.750 1.754 91.67 0.366
*) urutan  lokasi  berdasarkan  ketinggian  (rendah  ke  tinggi),  N:  jumlah  individu,  N a :  jumlah  alel  yang  teramati,  N e :  jumlah  alel  efektif,  H e : heterozigositas/keragaman genetik, PLP: Persentase Lokus Polimorfik

## Tabel 7 Jarak genetik populasi mindi di hutan rakyat Jawa Barat
Populasi Nagrak Babakan Rema Padasari Legok Huni Sukakarya Gambung Nagrak 0.000 Babakan Rema 0.776 0.000 Padasari 0.061 0.389 0.000 Legok Huni 0.829 0.334 0.562 0.000 Sukakarya 0.404 0.084 0.165 0.301 0.000 Gambung 0.543 0.131 0.269 0.488 0.235 0.000 Tabel 8  Nilai indeks fiksasi setiap lokus Locus N Fis Fit Fst Ai_11 120 -0.952 -0.752 0.102 Ai_13 120 -0.480 0.132 0.414 Ai_34 120 -0.498 0.341 0.560 Ai_4 120 -0.601 -0.384 0.135 Rata-rata -0.633 -0.166 0.303 Keterangan: N (jumlah sampel), F is (indek fiksasi), F it (indeks fiksasi total populasi), F st (nilai perbedaan genetik antar populasi)
Gambar 3 Dendogram mindi ( Melia azedarach L.) di hutan rakyat Jawa Barat berdasarkan analisis NTSYS
Nagrak Padasari Sukakarya Babakan Rema Gambung Legok Huni Coefficient 0.06 0.17 0.28
0.38 0.49
Gambar 4 PCoA mindi ( Melia azedarach L.) di hutan rakyat Jawa Barat
Gambar 5 Tampilan struktur populasi mindi ( Melia azedarach L.)
Yulianti  (2011)  melaporan  bahwa  mindi  di Gambung,  Sukakarya  dan  Legok  Huni  merupakan bagian atau berdekatan dengan perkebunan teh yang ada di  daerah  tersebut,  sehingga  kemungkinan  sumber  bibit mindi  yang  ada  di  lahan  masyarakat  berawal  dari  area perkebunan (satu sumber). Oleh karena itu jarak genetik dari  populasi-populasi  tersebut  cukup  dekat.  Berbeda dengan populasi Nagrak dan Padasari, dimana di daerah tersebut tidak terdapat perkebunan, sehingga mempunyai  struktur  genetik  yang  cukup  berbeda dengan populasi lainnya.
Salah  satu  faktor  yang  mempengarui  keragaman genetik adalah sistem perkawinan. Efek dari perkawinan yang  tidak  acak  pada  frekuensi  genotipe  dapat  diukur dengan membandingkan  frekuensi heterozigositas harapan  Hardy-Weinberg,  yang  diasumsikan  kawin acak,  dengan  frekuensi  heterozigositas  yang  diamati dalam  suatu  populasi.  Besaran  tersebut  disebut  indeks fiksasi  (F is )  (Hamilton  2009).  Hasil  penelitian didapatkan  nilai  F is pada  semua  lokus  bernilai  negatif dengan  rata-rata  -0.6328.  Hal  ini  menunjukkan  bahwa lokus  gen  secara  keseluruhan  tidak  menunjukkan kelebihan  homosigot.  Perbedaan  genetik  antar  populasi dievaluasi  dengan  menghitung  nilai  Fst  (Filkeldey 2005).  Rata-rata  nilai  perbedaan  genetik  antar  populasi (Fst)  didapatkan  0.303.  Nilai  ini  menunjukkan  bahwa secara  keseluruan  perbedaan  genetik  antar  populasi mindi  sebesar  30%.  Hasil  nilai  indeks  fiksasi  setiap lokus disajikan pada Tabel 8.
Berdasarkan  tampilan  struktur  populasi  hampir semua populasi mempunyai struktur yang sama. Hal ini menunjukkan  bahwa gen  pool semua  populasi  mindi dalam  penelitian  berasal  dari  satu  sumber.  Tampilan struktur populasi mindi disajikan pada Gambar 5.

## Potensi Sumber Benih Mindi di Hutan Rakyat Jawa Barat
Sumber  benih  merupakan  areal  atau  tempat  dimana koleksi  benih  dilakukan.  Perbedaan  genetik  antar sumber  benih  akan  berpengaruh  terhadap  keberhasilan dalam  pembangunan  hutan  (Na’iem  2011).  Menurut Santoso  (2011),  salah  satu  permasalahan  dalam penanaman  adalah  sumber  benih  dengan  kualitas genetik tinggi yang masih sangat sedikit.
Hasil analisis genetik menunjukkan tingkat keragaman  genetik  yang  ada  di  dalam  maupun  antar populasi dapat mengindikasikan bagaimana sumberdaya genetik  tanaman  mindi  hutan  rakyat  di  daerah  Jawa Barat.  Berdasarkan  hasil  penelitian,  keragaman  genetik populasi  mindi  rata-rata  adalah  0.366.  Hal  ini menunjukkan  keragaman  genetik  tanaman  mindi  di hutan  rakyat  tergolong  sedang.  Roshetko et  al. (2004), melaporkan  bahwa  sumber  benih  hendaknya  dibangun dengan  mutu  setinggi  mungkin  dan  keragaman  genetik setinggi mungkin. Berdasarkan hasil penelitian, mindi di Nagrak,  Padasari,  Legok  Huni,  Sukakarya,  dan Gambung dalam penelitian ini masih dapat direkomendasikan sebagai sumber benih. Pembangunan hutan rakyat sebaiknya juga memperhatikan kekerabatan antar populasi. Populasi yang berkekerabatan dekat hendaknya tidak ditanam berdekatan, misalnya populasi Nagrak dan Padasari. Hal ini  dimaksudkan  untuk  mengurangi  kemungkinan inbreeding. Berbeda  halnya  dengan  populasi  Nagrak dan  Legok  Huni  yang  mempunyai  kekerabatan  jauh, sumber  benih  dari  kedua  populasi  tersebut  dapat ditanam secara berdekatan.
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 C o o rd . 2 Coord. 1 Nagrak Babakan Rema Padasari Legok Huni Sukakarya Gambung

## KESIMPULAN DAN SARAN
Keragaman  genetik  dalam  populasi  (He)  mindi hutan  rakyat  di  Jawa  Barat  dengan  penanda mikrosatellit  sebesar  0.366,  tergolong  sedang;  dengan keragaman  genetik  tertinggi  adalah  populasi  Padasari (nama  kabupaten)  (He=  0.454)  dan  terendah  adalah Babakan  Rema  (nama  kabupaten)  (He=  0.269). Berdasarkan  nilai  jarak  genetik,  analisis  gerombol (dendogram), dan PCoA menunjukkan ada 3 pengelompokkan populasi mindi. Klaster pertama terdiri atas  Nagrak  dan  Padasari,  klaster  ke  dua  Babakan Rema,  Gambung  dan  Sukakarya,  serta  klaster  ke  tiga hanya  populasi  Legok  Huni.  Jarak  genetik  terjauh adalah populasi Nagrak dan  Babakan Rema, sedangkan jarak  genetik  terdekat  adalah  Nagrak  dan  Padasari. Sehingga  Nagrak  dan  Babakan  Rema  mempunyai kekerabatan yang jauh, sedangkan Nagrak dan Padasari mempunyai  kekerabatan  yang  dekat.Nilai  perbedaan genetik  antar  populasi  (Fst)  didapatkan  0.303.  Nilai  ini menunjukkan  bahwa  secara  keseluruan  perbedaan genetik antar populasi sebesar 30%.
Berdasarkan  hasil  penelitian,  mindi  di  Nagrak, Padasari, Legok Huni, Sukakarya, dan Gambung dalam penelitian  ini  masih  dapat  direkomendasikan  sebagai sumber  benih.  Dalam  pembangunan  hutan  hendaknya sumber  benih  dari  populasi  yang  berkekerabatan  dekat tidak ditanam berdekatan.

## UCAPAN TERIMA KASIH
Ucapan  terima  kasih  dan  penghargaan  kami sampaikan  kepada  Direktorat  Jenderal  Pendidikan Tinggi  yang  telah  memberikan  Beasiswa  Unggulan Dikti  kepada  peneliti  tahun  anggaran  2012-2014 (lampiran surat Dikti No.2460/E4.4/2012).

## DAFTAR PUSTAKA
Abasolo MA, Fernando ES, Borromeo TH, Hautea DM.
2009.
Cross-species
amplification of
shoreamicrosatellite  DNA  markers  in Parashorea malaanonan (dipterocarpaceae). Philippine  J  of Science. 138(1):23-28.
Aritonang  KV,  Siregar  IZ,  Yunanto  T.  2007. Manual Analisis  Genetik  Tanaman  Hutan  di  Laboratorium Silvikultur  Fakultas  Kehutanan  Institut  Pertanian Bogor . Bogor (ID): Fakultas Kehutanan IPB.
Benbouza  H,  Jacquemin  JM,  Baudoin  JP,  Mergeai  G. 2006.  Optimization  of  a  reliable,  fast,  cheap  and sensitive  silver  staining  method  to  detect  SSR markers  in  polyacrylamide  gels. Biotechnol.Agron. Soc. Environ. 10(2):77-81.
Blyton MDJ, Nicola SF. 2006. A Comprehensive Guide to:  GenAlEx  6.5 .  Australia  (AU):  Australian National University.
Boonton C, Pandey M, Chaangtragon S. 2008. Isolation and  characterization  of  microsatellite  markers  in Indian neem ( Azadirachta indica var. indica A. Juss) and cross-amplification in Thai neem ( A. indica var. siamensis Valenton). J ConservGenet .
doi:10.1007/s10592-008-9610-5.
Bramasto RGA. 2011. Hubungan faktor tempat tumbuh dengan  produksi  buah  mindi (Melia  azedarach Linn.)  di  Hutan  Rakyat  Jawa  Barat  [tesis].  Bogor (ID): Institut Pertanian Bogor.
Costa BF, Rodrigues LA, Ruas LA, Vieiera BG, Conson ARO,  Ruas  PM.  2013.  Characterization  of  nine microsatellite loci for the tree species Parapiptadenia rigida (Fabaceae-Mimosoideae) and their transferability. Genetics and Molecular Research . 11(3):2338-2342.
Creste  S,  Neto  AT,  Figueira  A.  2001.  Detection  of single sequence repeat polymorphisms in denaturing polyacrylamide  sequencing  gels  by  silver  staining. Plant Molecular Biology Reporter. 19:299–306. Dillon  NL,  Ian  SEB,  Wright  CL,  Hucks  L,  Innes  DJ,
Dietzgen  RG.  2013.  Genetic  diversity  ot  the Australian  National  Mango  Genebank. J  Scientia Horticulturae. 150:213-226.
Evanno  G,  Regnaud  S,  Goudet  J.  2005.  Detecting  the number of clusters of individuals using the software structure: a simulation study. Molecular Ecology .14:2611–2620. Fahmi  ZI.  2011 .  Pemanfaatan  Teknologi  DNA Molekuler dalam Identifikasi dan Verifikasi Varietas Tanaman  Perkebunan .  Surabaya  (ID):  Balai  Besar Perbenihan dan Proteksi Tanaman Perkebunan. Finkeldey  R.  2005.  Pengantar  Genetika  Hutan  Tropis . Djamhuri  E,  Siregar  IZ,  Siregar  UJ,  Kertadikara AW,  penerjemah.  Bogor  (ID):  Fakultas  Kehutanan Institut  Pertanian  Bogor.  Terjemahan  dari: An Introduction to Tropical Forest Genetic.
Goetze  M,  Louzada  RB,  Wanderley  MGL,  Souza  LM,
Bered  F,  Silva  CP.  2013.  Development  of microsatellite  marker  for  genetic  diversity  analysis of Aechmea  caudate (Bromeliaceae)  and  cross- species  amplification  in  other  bromeliads. J Biochemical Systematics and Eology. 48:194-198. Hamid  AH,  Ab-Shukor  NA,  Senin  AL.  2008. Morphometric  and  genetic  variation  of  six  seed sources  of Azadirachta  excelsa (Jack).  Jacobs. J  of Biological Science . 8:702-712. Hamilton MB. 2009. Population Genetics. United State (US): Wiley-Blacwell.
Hartati  D,  Rimbawanto  A,  Taryono,  Sulistyaningsih, Widyatmoko.  2007.  Pendugaan  keragaman  genetik di  dalam  dan  antar  provenan  pulai  ( Alstonia scholaris (L.) R. Br.) menggunakan penanda RAPD. J Pemuliaan Tanaman Hutan. 2:89-98.
Karyono,  Hariatno.  2001.  Peluang  dan  tantangan pemasaran  kayu  mindi  ( Melia  azedarach L.):  studi kasus  di  Bogor  Jawa  Barat. J  Sosial  Ekonomi. 2(2):77-86.
Lemes MR, Esashika T, Gaoue OG. 2011. Microsatellite  for  mahagonies:  twelve  new  loci  for Swietenia macrophylla and its high transferability to Khaya  senegalensis.  American  J  of  Botani. 5:207- 209. doi:10.3732/ajb.1100074.
Mulawarman,  Roshetko  JM,  Sasongko  SM,  Irianto  D. 2002. Pengelolaan  Benih  Pohon,  Sumber  Benih, Pengumpulan  dan  Penanganan  Benih:  Pedoman Lapang  untuk  Petugas  Lapang  dan  Petani. Bogor (ID): International Centre for Research in Agroforestry (ICRAF).
Na’iem  M.  2011.  Aspek  ilmiah  pembangunan  sumber benih  untuk  mendukun  kebijakan  penanaman  satu milyar  pohon.  Di  dalam:  Rimbawanto  A,  Leksono B,  Widyatmoko  AYPBC,  editor. Peran  Sumber Benih  Unggul  dalam  Mendukung  Keberhasilan Penanaman  Satu  Milyar  Pohon.  Seminar  Nasional Pembangunan  Sumber  Benih; 2011  Jun  30; Yogyakarta,  Indonesia.  Yogyakarta  (ID):  Balai Besar  Penelitian  Bioteknologi  dan  Pemuliaan Tanaman Hutan
Perez RS, Ruiz D, Dicenta F, Egea J, Gomez PM. 2005. Application  of  simple  sequence  repeat  (SSR) markers in apricot breeding: molecular characterization, protection, and genetic relationships. J  Scientia  Horticulturae .  103:305– 315.
Pramono  AA.  2012.  Karakteristik  musim  buah  mindi
( Melia  Azedarach )  di  hutan  rakyat  di  Jawa  Barat. Info Benih. 16(2):63-70.
Pramono  AA,  Danu,  Rohandi.  2012.  Zona  sebaran populasi mindi ( Melia azedarach Lin.) di Jawa Barat dan  potensi  tegakannya  untuk  sumber  benih. Info Benih. 16(2):55-62.
Pritchard JK, Wena X, Falushb D. 2010. Documentation for structure software: Version 2.3. United States of America (US): University of Oxford.
Purba MP. 2012. Genetic structure and variation of five Shorea  leprosula natural  populations  based  on microsatellite  marker  [tesis].  Bogor  (ID):  Institut Pertanian Bogor.
Rajora  OP,  Rahman  MH.  2001.  Microsatellite  DNA Marker  and  Their  Usefulness  in  Poplar,  and Conservation  of  Microsatellite  DNA  loci  in Salicaceae.  Di  dalam:  Muller  SD,  Schubert  R, Editor. Genetic  Response  of  Forest  Systems  to Changing  Environmental  Conditions. Netherlands (NL): Kluwer Academic Publishers.
Rambey R. 2011. Pengetahuan lokal sistem agroforestri mindi  ( Melia  azedarach L.)  (Studi  Kasus  di  Desa Selaawi,  Kecamatan  Talegong,  Kabupaten  Garut, Propinsi  Jawa  Barat)  [tesis].  Bogor  (ID):  Institut Pertanian Bogor.
Rohlf  FJ.  2008. Numerical  Taxonomy  and  Analysis System  (NTSYSpc)  Version  2.0. New  York  (US): University of New York.
Roshetko  JM,  Mulawarman,  Iriantono  D.  2004.  Kebun benih  untuk  petani  dan  LSM-mengapa  dan bagaimana?. Di dalam: Iriantono D, Farobi I, Harum F,  Ariyanto  D,  Editor . Benih  untuk  Rakyat. Suplemen Gedeha. 14:2-6.
Santoso  H.  2011.  Kebijakan  sumber  benih  dan  potensi kebutuhan  benih  untuk  mendukung  penanaman  satu milyar  pohon.  Di  dalam:  Rimbawanto  A,  Leksono B,  Widyatmoko  AYPBC,  editor. Peran  Sumber Benih  Unggul  dalam  Mendukung  Keberhasilan
Penanaman  Satu  Milyar  Pohon.  Seminar  Nasional Pembangunan  Sumber  Benih; 2011  Jun  30; Yogyakarta,  Indonesia.  Yogyakarta  (ID):  Balai Besar  Penelitian  Bioteknologi  dan  Pemuliaan Tanaman Hutan.
Sutopo L. 2012. Teknologi Benih. Jakarta (ID): Rajawali Pers.
Syamsuwida  D,  Palupi  ER,  Siregar  IZ,  Indrawan  A. 2012. Flower initiation, morphology, and developmental  stages  of  flowering-fruiting  of  mindi ( Melia  azedarach L). JMHT .  18(1):10–17.  doi: 10.7226/jtfm.18.1.10.
Thode VA, Backes A, Mader G, Kriedt R, Bonnato SL, Freitas LB. 2013. Development of microsatellites for Verbenoxylum  reitzii (Verbenaceae),  a  tree  endemic to the Brazilian Atlantic Forest. Applications in Plant Sciences . 1(8):1-3. doi:10.3732/apps.1300005. Varshney  RJ,  Chabane  K,  Hendre  PS,  Aggarwal  RK, Graner  A.  2007.  Comparative  assessment  of  EST- SSR, EST-SNP and AFLP markers for evaluation of genetic  diversity  and  conservation  of  genetic resources  using  wild,  cultivated  and  elite  barleys. J Plant Science . 173:638–649
Wang X, Rinehart TA, Wadl PA, Spiers JM, Hadziabdic D,  Windham  MT,  Trigiano  RN.  2009.  A  new electrophoresis  technique  to  separate  microsatellite alleles. African  J  of  Biotechnology. 8(11):2432- 2436.
Wang  HW,  Duan  JM,  Zhang  P,  Cheng  YG,  Wu  JW,
Wang  GZ.  2013.  Microsatellite  markers  in Paulownia kawakamii (Scrophulariaceae) and cross- amplification  in  other paulownia species. Genet.
Mol. Res . 12 (3):
3750-3754.doi:
http://dx.doi.org/10.4238/2013.
Wee  AKS,  Takayamaka  K,  Kajita  T,  Webb  EL.  2013.
Microsatellite loci for A vicennia alba (acanthaceae), Sonneratia  alba (lythraceae)  and Rhizophora mucronata (rhizophoraceae). J  of  Tropical  Forest Science. 25(1):131-136.
Weising  K,  Nybon  H,  Wolff  K,  Kahl  G.  2005. DNA Fingerprinting  in  Plants:  Principles,  Methods,  and Aplications .  Amerika  Serikat  (US):  CRC  Press Taylor & Francis Group.
Yeh FC, Yang R. 1999. POPGENE Version 1.31 : User Guide  Centre  for  International  Forestry  Research . Alberta (US): University of Alberta.
Yulianti.  2011.  Strategi  pengembangan  sumber  benih mindi ( Melia  azedarach L.)  pada  hutan  rakyat  di Provinsi  Jawa  Barat  [disertasi].  Bogor  (ID):  Institut Pertanian Bogor.
Yulianti,  Siregar  IZ,  Wijayanto  N,  Darma  IGKT, Syamsuwida  D.  2011.  Genetic  variation  of Melia azedarach in  community  forests  of  West  Java assessed  by  RAPD .  J  Biodiversitas. 12(2):64-69.