Tersedia  online  di:  http://ejournal-balitbang.kkp.go.id/index.php/jra
# Korespondensi:  Pusat  Riset  Perikanan.
Gedung  BRSDMKP  II,  Jl.  Pasir  Putih  II,  Ancol  Timur,  Jakarta  Utara 14430,  Indonesia Tel.  +  62  21  64700928 E-mail:  istisugama@yahoo.com

## DETEKSI PENYAKIT SCALE DROP PADA IKAN KAKAP PUTIH Lates calcarifer BLOCH
Isti  Koesharyani *)# ,  Agus  Sunarto **) ,  dan  Ketut  Sugama *)
*) Pusat Riset Perikanan Gedung BRSDMKP II, Jl. Pasir Putih II, Ancol Timur, Jakarta Utara 14430
**) CSIRO Australia Australian Animal Health Laboratory, Geelong, VIC 3220, Australia
(Naskah diterima: 23 Agustus 2019; Revisi final: 22 Juli 2020; Disetujui publikasi: 22 Juli 2020)

## ABSTRAK
Ikan kakap putih Lates calcarifer BLOCH sudah banyak dibudidayakan baik dalam bak di daratan ataupun dalam karamba jaring apung (KJA) di laut. Pada tahun 2010, terjadi kematian massal pada ikan kakap yang dipelihara  dalam  karamba  jaring  apung  (KJA)  di  Batam  dari  ukuran  0,3  hingga  2  kg.  Patogen  penyebab kematiannya  belum  terkonfirmasi.  Oleh  karena  itu,  tujuan  penelitian  ini  adalah  untuk  mendeteksi  dan menentukan jenis patogen penyebab kematian ikan kakap putih yang dibudidayakan dalam KJA. Analisis deteksi dan penentuan jenis patogen dilakukan dengan metode polymerase chain reaction (PCR). Penyiapan sampel untuk analisis PCR diambil dari organ internal ikan kakap yang sakit, berupa limfa, ginjal, mata, dan otak  yang  diawetkan  dalam  larutan  etanol  90%.  Analisis  PCR  dilakukan  menggunakan  dua  jenis  primer spesifik  megalocytivirus  yaitu  red  sea  bream  iridovirus  (RSIV)  and  scale  drop  disease  (SDD).  Hasil  analisis menunjukkan adanya band spesifik pada 643 base pair (bp), yang berarti terkonfirmasi positif terinfeksi oleh SDD yang disebabkan oleh novel megalocytivirus dan ini merupakan kasus pertama terjadi di Indonesia, namun negatif terhadap infeksi RSIV. Analisis separasi susunan nukleotida melalui sekuensing, menunjukkan bahwa SDD dari sampel ikan kakap dari KJA Batam mirip 100% dengan SDDV yang berasal dari Singapura yang tersimpan di GenBank dengan nomor aksesi KRI.139659. Dari hasil penelitian ini terkonfirmasi bahwa virus scale drop disease adalah penyebab kematian massal ikan kakap dalam KJA di Batam. Untuk  menghindari penyebaran virus SDD ke daerah lain di Indonesia disarankan untuk tidak menggunakan induk dan benih ikan kakap yang berasal dari Batam dan Singapura.
KATA KUNCI: Lates calcarifer; polymerase chain reaction (PCR); scale drop disease (SDD)
ABSTRACT: Detection of scale drop disease of sea bass, Lates calcarifer Bloch. By: Isti Koesharyani, Agus Sunarto, and Ketut Sugama
Seabass, Lates calcarifer Bloch has been widely cultured in various land-based and marine farming systems. In 2010, widespread mass mortality of cultured seabass had occurred in floating fish cages in Batam coastal waters, particularly affecting the cultured fish sized between 0.3 and 2.0 kg. The pathogen suspected to cause the mortality has not yet been confirmed. The aim of this study was to determine and detect the pathogen that causes the fish mortality. Polymerase chain reaction (PCR) method was used in this research. The initial research stage involved the collection of the tissues of internal organs such as spleen, kidney, eye, and brain from the moribund fish and preserved in 90% ethanol solution. The PCR analysis was performed using two pair specific primers of megalocytivirus, red sea bream iridovirus (RSIV), and scale drop disease (SDD). The result of the analysis showed that the specific band appeared at 643 base pair (bp), confirming the positive infection of SDD belonged to the novel megalocytivirus. This research finding is the first report of the occurrence of novel megalocytivirus in Indonesia despite the negative detection of RSIV infection. The subsequent analysis of nucleotide structures by sequencing revealed that the Batam SDD had a 100% similarity to that of Singapore SDDV reported at GenBank with the accession number of KRI.139659. The present results confirmed that the pathogen infecting the cage culture of seabass in Batam is the SDD virus and caused high mortality rate. This
research recommends prohibiting the use of broodstock and seed of seabass from either Batam or Singapore in order to avoid the spread of the SDD virus to other seabass mariculture areas in Indonesian.
KEYWORDS: Lates calcarifer; polymerase chain reaction (PCR); scale drop disease
parasit (Koesharyani et al., 2004; Dong et al.,  2017; Ransangan  et  al.,  2012).  Kasus  kematian  massal budidaya ikan kakap pernah terjadi pada KJA laut di Batam  pada  tahun  2010  dengan  jumlah  kematian mencapai  30%.  Ikan  kakap  yang  sakit  terlihat  kulit berwarna gelap, tetapi gejala klinis yang sangat khas pada  hampir  semua  ikan  yang  sakit  yaitu  sisiknya terlepas  scale  droop.  Penyakit  ini  menyerang  ikan kakap  dari  ukuran  kecil  sampai  ikan  besar  yang dibudidayakan. Kasus scale drop syndrome (SDS) atau sisik yang terlepas ini pertama kali dilaporkan terjadi pada budidaya ikan kakap L. calcarifer di Penang pada tahun  1992  (de  Groof  et  al.,  2015).  Mengingat ancaman,  serta  kerugian  ekonomi  akibat  serangan penyakit  SDS maka  dilakukan  penelitian ini  dengan tujuan  untuk  mendeteksi  dan  menentukan  jenis patogen  penyebab  penyakit  sisik  lepas  pada  ikan kakap di Batam dengan metode polymerase chain re- action  (PCR).

## BAHAN DAN METODE

## Sampel  Ikan
Sebanyak 14 ekor sampel kakap putih L. calcarifer yang  terinfeksi  secara  natural  (menunjukkan  gejala sakit) dikoleksi dari pembudidaya KJA di Pulau Murai Batu, Batam, Kepulauan Riau, pada saat terjadi wabah kematian massal. Ukuran bobot ikan berkisar antara ± 300-500 g. Ikan sakit diindikasikan dengan gejala sisik terlepas pada bagian badan. Dari semua sampel ikan diambil bagian organ dalam berupa otak, mata, ginjal,  limfa,  dan  hati;  kemudian  diawetkan  dalam larutan 90% ethanol untuk dilakukan deteksi virus RSIV dan SDD dengan metode PCR menggunakan spesifik primers.  Adapun  spesifik  primer  yang  digunakan tertera pada Tabel 1.

## Ektraksi DNA
Sampel campuran organ dalam berupa limfa dan ginjal, sebanyak ± 25 mg diekstrak DNA-nya dengan QIAamp  DNA  Mini  Kit  (QIAGEN),  ektraksi  dilakukan sesuai  prosedur  ektraksi  Kit.  Setelah  jaringan  uji dihancurkan dengan ATL buffer, kemudian ditambahkan AL buffer dan ethanol (96%-100%). Selanjutnya larutan tersebut dipindahkan pada 2 mL minispin column dan collection tube, dan dilakukan pencucian dengan buffer AW1 dan AW2, lalu ditambahkan pelarut DNA sebanyak 200  µL  dengan  AE  buffer  atau distilled  water.  Hasil ektraksi  DNA  selanjutnya  dilakukan  penghitungan

## PENDAHULUAN
Ikan  kakap  Lates  calcarifer  Bloch  merupakan komoditas  budidaya  yang  diprioritaskan  oleh Kementerian Kelautan dan Perikanan (KKP), mengingat kebutuhan  pasar  dunia yang  cukup  tinggi  terutama berupa  fillet.  Budidaya  ikan  kakap  ini  dilakukan  di karamba  jaring  apung  (KJA)  offshore  untuk memproduksi  ikan  berukuran  besar  (>2  kg). Teknologi pengembangan KJA offshore ini diadopsi dari negara Norwegia untuk budidaya salmon yang akan diaplikasikan untuk budidaya massal kakap. Dengan adanya  program  tersebut  tentu  akan  banyak dibutuhkan benih kakap yang berkualitas. Budidaya harus dilakukan sesuai dengan better management prac- tices (BMP), sehingga kendala infeksi penyakit dapat dicegah. Penyakit dapat terjadi bila lingkungan hidup ikan tidak seimbang. Penyakit pada budidaya ikan laut yang  sering  ditemukan  sangat  beragam  mulai  dari infeksi  virus,  bakteri,  dan  parasit  (Mahardika  et  al., 2018a; 2018b; 2018c; Koesharyani et al., 1999a; 2001). Tetapi  golongan  infeksi  virus  adalah  yang  sangat berbahaya  dan  mematikan,  serta  sangat  sulit dikendalikan. Di  Indonesia ada dua jenis  virus yang sudah  terbukti  menimbulkan  kerugian  yang  tidak sedikit,  serta  mematikan  yaitu  viral  nervous  necrosis (VNN) dan megalocytivirus, yang mana kedua patogen tersebut sampai saat ini masih sering ditemukan pada kegiatan budidaya ikan laut (Koesharyani et al., 1999b; 2001, 2004; Mahardika et al., 2014; Zafran et al., 1998; Novriadi et al., 2015; Balai Besar Perikanan Budidaya Laut (BBPBL), 2018. Khusus untuk penyakit pada kakap yang perlu diwaspadai adalah infeksi virus terutama serangan VNN yang dapat menimbulkan kematian baik pada stadia benih maupun pada pembesaran (Zafran et al., 1998; Koesharyani et al., 2001; Ransangan & Manin, 2010).  Kemudian  megalocytivirus  yang  merupakan salah satu genera dari iridovirus diketahui menginfeksi lebih 30 jenis ikan budidaya laut, payau maupun tawar, serta ikan hias (Koesharyani et al., 2001; Koesharyani & Gardenia, 2013; Zainathan et al., 2017; OIE, 2019). Adapun  phylogeni  iridovirus  terbagi  menjadi  lima genera  yaitu  (ranavirus,  megalocytivirus, lymphocystivirus)  yang  menginfeksi  berbagai golongan  vertebrata  dan  (iridovirus  dan chloriridovirus)  yang  menginfeksi  golongan invertebrata (Williams et al., 2000 dalam Heather et al., 2010; Kurita & Nakajima, 2012). Sedangkan kasus penyakit  infeksi  bakteri  didominasi  dari  golongan Vibrio  sp.  dan  infeksi  parasit  didominasi  oleh  ekto
konsentrasi dan kemurnian DNA menggunakan Nanno Drop. Hasil ekstraksi DNA pada rasio Å 260 /Å 280 dengan nilai berkisar 1,8-2,1 yang selanjutnya akan digunakan untuk pengujian amplifikasi PCR (Sambrook & Russel, 1989). DNA yang telah diukur konsentrasinya kemudian diencerkan sehingga mendapatkan konsentrasi yang sama untuk selanjutnya digunakan dalam analisis PCR.

## Amplifikasi  Polymerase  Chain  Reaction  (PCR)
Deteksi red sea bream iridovirus (RSIV). Amplifikasi PCR untuk deteksi RSIV menggunakan master mix ready to go bead yang merupakan campuran master mix yang berbentuk  butiran  bead.  Master  mix  ini  digunakan untuk amplifikasi PCR dengan menambahkan masing- masing  2  µL  primer reverse  dan  forward  RSIV  pada konsentrasi 10 pMol dan 2 µL DNA uji pada konsentrasi ±  50  ng,  serta  nucleic  free  water  (NFW)  hingga  vol- ume25  µL.  Selanjutnya  campuran  tersebut diamplifikasi menggunakan mesin PCR thermo hybaid, siklus amplifikasi dilakukan sebanyak 30 kali dengan denaturasi pada suhu 94°C selama 30 detik, annealing 58°C  dan  ekstensi  72°C  masing-masing  selama  60 detik,  sedangkan  proses  final  extension  adalah  72°C selama lima menit. Selanjutnya dilakukan penyimpanan sementara pada suhu 4°C hingga dilakukan uji lebih lanjut (Kurita et al., 1998).
Deteksi scale drop disease (SDD). Pada amplifikasi PCR  untuk  deteksi  SDD  digunakan  super  mix invitrogen dengan komposisi 22 mM Tris-HCl (pH 8,4); 55  mM  KCl;  1,65  mM  magnesium  chloride ;  220  µM dGTP; 220 µM dATP; 220 µM dTTP; 220 µM dCTP; 22 U/mL  recombinant  Taq  DNA  Polymerase  dan  stabiliz- ers,  sesuai  protokol  yang  ada.  Primers  specific  untuk deteksi SDD forward dan reverse (F/R) masing-masing sebanyak 0,5 µL ditambahkan dengan konsentrasi 10 pMol, 2 µL DNA uji dengan konsentrasi ± 50 ng dan ddH2O ditambahkan hingga volume 25 µL. Campuran tersebut diamplifikasi pada mesin PCR biometra T per- sonal, dengan proses pre-denaturasi pada suhu 95°C
selama  lima  menit,  dilanjutkan  35  kali  proses denaturasi pada suhu 95°C selama 30 detik, annealing 54°C selama 30°C detik dan extension pada suhu 72°C selama satu menit, sedangkan proses final  extension adalah 72°C selama 10 menit. Penyimpanan sementara dilakukan pada suhu 4°C sampai akan dilakukan proses selanjutnya.

## Elektroforesis
Produk PCR selanjutnya diseparasi menggunakan elektroforesis (Muppid-2 Plus/Submarine system) pada 1,5% agarose dan larutan penyangga (buffer) 1x Tris Acetic  EDTA  (TAE).  Elektroforesis  dilakukan  selama 25  menit  dengan  aliran  listrik  100  volt.  Kemudian dilakukan  pewarnaan  gel dengan  perendaman  pada 0,05%  ethidium  bromide  dan  didokumentasikan menggunakan  GelDoc.

## Sekuensing  DNA
Analisis sekuensing menggunakan hasil amplifikasi yang  positif  terinfeksi  virus  dilakukan  di  Balai  Uji Standar  Karantina  Ikan,  Pengendalian  Mutu  dan Keamanan  Hasil  Perikanan  (BUSKIPM),  Jakarta. Sekuensing SDD dilakukan menggunakan sequencer ABI  3130  CE.  Analisis  blast  menggunakan  software Neighbor-joining  BIOEDIT  MEGA  Version  7.  Kemudian similarity  sekuen  nukleotida  SDD  atau  nucleotide sequence  similarity  dilakukan  dengan  mencocokan atau  mensejajarkan  DNA  sekuens  pada  GenBank- BLASTN database (https://blast.ncbi.nlm.nih.gov).

## HASIL DAN BAHASAN
Kasus kematian massal pada budidaya ikan kakap terjadi di karamba jaring apung (KJA) di Pulau Murai Batu Kepulauan Riau. Gejala klinis yang sangat khas yaitu sisik rontok atau lepas scale drop serta terlihat perubahan warna tubuh ikan yang menjadi lebih gelap (Gambar  1)  dan  menyerang  ikan  dari  ukuran  300  g sampai 2 kg. Kasus dengan gejala sisik rontok atau
Tabel 1. Sekuens primer yang digunakan dalam mendeteksi keberadaan jenis virus RSIV dan SDD pada kakap putih Lates calcarifer Bloch
Table  1. The  sequence  of  primer  pairs  used  to  detect  RSIV  and  SDD  virus  on  seabass,  Lates calcarifer  Bloch
Jenis Virus Type of viruses Susunan primer 5' ~ 3' Primers sequences 5'~3' Ukuran produk Produk size  (bp) Sumber References F: 5' CTC AAA CAC TCT ggC TCA TC' 3 R: 5' gCA CCA ACA CAT CTC CTA TC' 3 SDD (ORF) RSIV 570 643 Kurita et al . (1998) Sunarto (2016) Komunikasi pribadi (personal communication ) F: 5' AAC TTC AgT AgC ggg Tg-3' R: 5' gAC TCA TCT CTA Cgg Tgg Cg-3'
scale  drop  ini  awalnya  dilaporkan  pernah  terjadi  di Singapura  pada  tahun  2002,  2006,  dan  2009  yang menyerang budidaya ikan kakap L. calcarifer di KJA laut dengan ukuran 100 g hingga 300 g (Kueh et al., 2012). Kemudian kasus yang sama terjadi di Penang, Malay- sia;  Indonesia;  dan  Vietnam  (Dong  et  al.,  2017;  de Groof  et  al.,  2015;  Senapin  et  al.,  2019).  Penyakit tersebut  awalnya  diyakini  disebabkan  oleh  sejenis infeksi  bakteri  Tenacibaculum  maritimum,  karena bakteri ini adalah mengakibatkan kerusakan pada kulit berupa ulserasi atau borok yang mengakibatkan sisik rontok  (Herrera  et  al.,  2006).  Kasus  scale  drop  ini terus diamati karena kematiannya selalu massal dan masif, seperti penyakit yang umum disebabkan oleh infeksi  virus.
Saat ini di Indonesia hanya ada dua jenis penyakit sangat  berbahaya  yang  disebabkan  oleh  virus  pada budidaya ikan laut, yang pertama adalah viral nervous necrosis (VNN), yang dilaporkan menyerang lebih dari 50 spesies umumnya ikan laut termasuk European sea bass  (Dicentrarchus  labrax),  kerapu,  kakap,  dan  ikan sebelah (OIE, 2019; Munday et al., 2002; Sano et al., 2011; Koesharyani et al., 2001; Ransangan & Manin, 2010). Ada  empat golongan kluster jenis  VNN yang menyerang  budidaya  ikan  yaitu,  striped  jack  nervous necrosis  virus  (SJNNV),  tiger  puffer  nervous  necrosis virus  (TPNNV),  burfin  flounder  nervous  necrosis  vi- rus  (BFNNV),  Japanese  flounder  nervous  necrosis  vi- rus,  dan  red-spotted  grouper  nervous  necrosis  virus (RGNNV).  VNN  yang  menyerang  kakap  (L.  calcarifer) klasifikasinya  termasuk  ke  dalam  kluster  VNN  red- spotted  grouper  nervous  necrosis  virus  (RGNNV) (Nishizawa et al., 1997; Skliris et al., 2001; Ransangan & Manin, 2010). Penyakit virus kedua yang menginfeksi ikan  kakap  adalah  megalocytivirus  red  seabream iridovirus  (RSIV),  jenis  virus  ini  dapat  menyebabkan kematian terutama pada budidaya red sea bream (Pagrus major)  dan  dapat  menginfeksi  budidaya  ikan  laut
lainnya  (OIE,  2019;  Kawakami  &  Nakajima,  2002; Koesharyani et al., 2001, Shinmoto et al., 2009). Pada kasus kematian kakap di Batam ini awalnya dicurigai adanya infeksi red seabream iridovirus (RSIV) kemudian dilakukan  analisis  identifikasi  dengan  PCR menggunakan  spesifik  primer  RSIV,  hasilnya menunjukkan semua 14 sampel uji negatif terinfeksi oleh  RSIV.  Sebagai  data  tambahan  bahwa  hasil perhitungan  konsentrasi  dan  kemurnian  DNA  yang digunakan pada panjang gelombang Å 260 /Å 280 memiliki nilai  rasio  1,8-2,1  (Tabel  2),  merupakan  batas kemurnian yang biasa dipakai dalam analisis molekuler (Sambrook & Russel, 1989).
Hasil  separasi  DNA  dengan  elektroforesis  pada pengujian megalocytivirus tidak menunjukkan adanya pita target sebesar 570 bp yang merupakan indikasi adanya infeksi RSIV, namun lebih banyak terlihat pita- pita  tidak  spesifik  seperti  tertera  pada  Gambar  2. Gambaran pada gel agarose yang multiband atau pita berganda tersebut diduga bahwa primer tersebut tidak spesifik dengan target patogen (SDD virus).
Penelitian  yang  dilakukan  oleh  de  Groof  et  al. (2015) dan Kueh et al. (2012) melaporkankan bahwa kasus SDD ini definitif disebabkan oleh infeksi sejenis virus. Pada hasil penelitian ini untuk mendeteksi SDD pada kakap putih dengan gejala sisik lepas atau scale drop  menggunakan  primer  ORF60-F  (5'- AACTTCAGTCAGAGCGGGTG-3')  dan  ORF60-R  (5'- GACTCATCTCTACGGTGGCG-3').  Primer  ini  didesain dari https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/ (Gambar  3)  dengan  target  berat  molekul  643  bp (Sunarto, 2016, personal komunikasi). Hasil sekuense konstruksi  primer  yang  disejajarkan  dari  genbank terlihat bahwa primer forward  identik dengan susunan nukleotida SDD pada awal (5’) dari ORF60 48897-5025. Sementara,  pada  konstruksi  primer  reverse  susunan nukleotida sesuai dengan penyejajaran pada ujung (3’). Hal ini menunjukkan bahwa sekuense primer bersifat specific untuk deteksi SDD.
Gambar 1. Gejala klinis penyakit scale drop pada ikan kakap Lates calcarifer hasil budidaya KJA di Pulau Murai Batu di Batam. (A) warna tubuh gelap, (B) sisik rontok.
Figure  1. Clinical  symptoms  of  scale  drop  disease  on  seabass,  Lates  calcarifer  cultured  in floating  net  cage  in  Murai  Batu  Island  at  Batam.  (A)  dark  body  coloration,  (B) scale  drop.
Tabel 2. Konsentrasi dan kemurnian DNA hasil ektraksi untuk analisis PCR RSIV dan SDD pada kasus kematian massal ikan kakap Lates calcarifer yang dibudidayakan di karamba jaring apung
Table  2. Concentration  and  purity  of  extracted  DNA  of  RSIV  and  SDD  for PCR  analysis  to  determine  the  cause  of  mass  mortality  on  cultured seabass,  Lates  calcarifer
Sampel Sam ples Konsentrasi DNA Concentration DNA Kemurnian Å260/Å280 Purity Å260/Å280 1 314.7 1.91 2 89.6 1.94 3 415.4 1.90 4 355.8 1.91 5 87.3 2.03 6 191.8 1.94 7 243.7 1.90 8 411.3 1.91 9 433.0 1.90 10 436.9 1.94 11 521.3 1.88 12 217.7 1.95 13 193.7 1.96 14 223.3 1.95
Gambar 2. Hasil amplifikasi PCR untuk deteksi megalocytivirus red seabream iridovirus (RSIV) pada ikan kakap Lates calcarifer. M: 100 bp DNA low range marker (50, 200, 400, 850, dan 1.500 bp). 1-7: sample ikan; N: kontrol negatif; P: kontrol positif.
Figure 2. PCR  amplification  to detect  megalocytivirus  red  seabream  iridovirus (RSIV)  in  seabass, Lates calcarifer. M: 100 bp DNA low range marker (50, 200, 400, 850, and 1,500 bp); 1-7: fish samples; N: negative control; P: positive control.
Berdasarkan dari hasil pengujian RSIV pada 14 DNA sampel  uji,  selanjutnya  dilakukan  pengujian  SDD menggunakan enam sampel uji dengan sumber DNA yang  sama  (Tabel  3).  Hasil  deteksi  yang  diperoleh ternyata  lima  sampel  uji  positif  terinfeksi  SDD  dan satu  sampel  terlihat  terinfeksi  ringan  (pada  sampel uji no. 2), dengan gambaran pita tunggal pada target sebesar  643  bp  (Gambar  4),  yang  berarti  primer  ini spesifik digunakan untuk mendeteksi SDD.
Metode deteksi dengan PCR menggunakan primer spesifik SDD pada Gambar 4, nantinya dapat dijadikan acuan  untuk  pengujian  SDD  pada  kakap  yang mengalami  kematian  akibat  infeksi  SDD.  Primer spesifik  ini  dapat  menentukan  penyebab  kematian
kakap yang dibudidaya pada KJA di Batam dan difinitif disebabkan oleh novel megalocytivirus (SDDV). Hasil ini  dapat  sebagai  alternatif  metode  pengujian  SDD; selain itu, deteksi SDD ini dapat juga menggunakan uji  lain  dengan  metode  semi-nested  PCR  yang  telah dikembangkan oleh Charoenwai et al. (2019).
Kasus kejadian penyakit biasanya akan meningkat dalam  kondisi  budidaya  intensif  dengan  kepadatan tinggi  yang  dapat  cepat  meningkatkan  wabah  dan penyebaran patogen. Kasus penyakit sisik rontok ini diduga  baru  ditemukan  pada  ikan  kakap  dan  tidak terjadi pada budidaya ikan laut lainnya seperti kerapu, kerapu  hybrid,  bandeng,  ataupun  bawal  bintang. Penyakit sisik rontok pada kakap ini disebabkan oleh
Gambar 3. Desain penyejajaran primer untuk pengujian penyakit virus scale drop disease (SDD) pada kakap Lates calcarifer Bloch.
Figure  3. Design  primers  alignment  to  detect  scale  drop  disease  (SDD)  virus  in  seabass,  Lates calcarifer  Bloch.
Gambar 4. Hasil amplifikasi PCR dengan menggunakan primer spesifik untuk mendeteksi scale drop disease virus (SDD) pada kakap Lates calcarifer. M: 100 bp DNA marker (100, 200, 300, 400, 500, ~ 1.000 bp); 1-6: sampel ikan, N: kontrol negatif.
Figure  4. PCR  amplification  by  using  specific  primer  for  detection  scale  drop  disease  virus (SDD) in  seabass, Lates  calcarifer. M:  100 bp  DNA marker  (100, 200,  300, 400,  500,
~  1,000  bp);  1-6:  fish  samples,  N:  negative  control.
1000 bp
500 bp 100 bp
virus dan telah dibuktikan dengan pengujian postulat Koch. Jenis virus ini merupakan spesies baru dari Famili iridoviridae genus megalocytivirus (novel megalocytivirus) yang dapat diisolasi dan diperbanyak dengan  metode  kultur  sel  dan  dapat  menimbulkan cytopathogenic efek (CPE) pada jaringan sel ginjal dan otak Asian seabass (de Groof et al., 2015). Virion dari virus  ini  berbentuk  icosahedral  dengan  ukuran  140 nm yang merupakan ciri dari Famili Iridoviridae dan penyakit  sisik  rontok  ini  difinitif  dinamai  scale  drop disease  virus  sesuai  dengan  gejala  penyakit  yang ditimbulkan (de Groof et al., 2015).
Hasil analisis sekuensing untuk menentukan sta- tus genetik SDD yang ditemukan di Batam, ternyata mempunyai  kemiripan  100%  dengan  SDD  yang tersimpan  di  GenBank  dengan  accession  number KR139659, yaitu SDD yang ada di Singapura. Hal ini dapat dilihat dari hasil alignment  yang ditandai dengan tidak adanya garis penghubung antara Query (sekuen isolat  sampel)  dan  Sbjct  (sekuen  referensi)  dari GenBank yang tidak terekspresi di sepanjang 595 bp sekuen yang diuji. Di samping itu, kasus sisik rontok/ lepas  yang  sering  terjadi  di  Singapura  memperkuat bahwa  kasus  kematian  budidaya  kakap  di  Batam penyebabnya adalah sama yaitu disebabkan oleh SDD. Hasil BLAST sekuen isolat SDD dibandingkan dengan sekuens  dari  GenBank  dengan  accession  number KR139659 memperlihatkan kemiripan atau homologi
100% di sepanjang 595 bp (Gambar 5). Kemiripan ini juga sama seperti yang terjadi pada kasus infeksi SDD pada  kakap yang  terjadi di  Thailand (Senapin  et  al., 2019).

## KESIMPULAN
Hasil  deteksi  jenis  patogen  pada  budidaya  ikan kakap Lates calcafifer Bloch di karamba jaring apung (KJA) yang menyebabkan kematian baik pada ukuran besar dan kecil dengan gejala sisik lepas atau rontok, disebabkan oleh infeksi virus scale drop disease (SDD) dari novel megalocytivirus yang mempunyai kemiripan 100% dengan nomor aksesi KR139659

## UCAPAN TERIMA KASIH
Terima  kasih  saya ucapkan  kepada  pembudidaya ikan kakap di Batam yang banyak membantu dalam mendapatkan sampel ikan sakit. Ucapan terima kasih juga  disampaikan  kepada  peneliti  dan  teknisi  di Laboratorium Instalasi Penelitian dan Pengembangan Perikanan Penyakit Ikan (IP4I) Depok, serta staf Badan Karantina Ikan, Pengendalian Mutu dan Keamanan Hasil Perikanan (BKIPM) yang membantu melakukan analisis PCR dan sekuensing nukleotida DNA.

## DAFTAR  ACUAN
Charoenwai,  O.,  Meemetta,  W.,  Sonthi,  M.,  Dong, Ha  T.,  &  Senapin,  S.  (2019).  A  validated  semi-
Tabel 2. Hasil deteksi RSIV dan SDD menggunakan metode PCR pada kasus kematian massal  ikan  kakap  Lates  calcarifer  yang  dibudidayakan  di  karamba  jaring apung
Table  2. Detection  results  of  RSIV  and  SDD  by  using  PCR  method  on  mass  mor- tality  on  seabass  Lates  calcalifer  culture  in  cage
Keterangan  (Note): NT=  No  tested;  RSIV=red  seabream  iridovirus;  SDD=  scale  drop  disease
` Sampel
Samples Konsentrasi DNA Concentration DNA Kemurnian Å260/Å280 Purity Å260/Å280 1 314.7 1.91 2 89.6 1.94 3 415.4 1.90 4 355.8 1.91 5 87.3 2.03 6 191.8 1.94 7 243.7 1.90 8 411.3 1.91 9 433.0 1.90 10 436.9 1.94 11 521.3 1.88 12 217.7 1.95 13 193.7 1.96 14 223.3 1.95
nested  PCR  for  rapid  detection  of  scale  drop disease  virus  (SDDV)  in  Asian  sea  bass  (Lates calcarifer). Journal Virological Methods, 268, 37-41.
de Groof, Ad., Guelen, L., Deijs, M., van der Wal, Y.,
Miyata, M., Ng, K.S., van Grinsven, L., ....., & van derHoek, L. (2015). A novel virus causes scale drop disease  in  Lates  calcarifer.  PLoS  Pathog,  11(8), e1005074.  https://doi.org/10.1371/journal. ppat.1005074.
Dong,  H.T.,  Taengphu,  S.,  Sangsuriya,  P., Charoensapsri, W., Phiwsaiya, K., Sornwatana, T., &  Senapin,  S.  (2017).  Recovery  of  Vibrio  harveyi from  scale  drop  and  muscle  necrosis  disease  in farmed  barramundi,  Lates  calcarifer  in  Vietnam. Aquaculture, 473, 89-96. https://doi. org/10.1016/ j.aquaculture.2017.02.005.
Balai Besar Perikanan Budidaya Laut (BBPBL). (2018).
Sebaran penyakit pada usaha budidaya ikan laut tahun 2018-tahun 2019 di Teluk Lampung. https:// bbpbl.djpb.kkp.go.id.
Herrera, A.R., Toranzo, A.E., & Magarinos, B. (2006). Tenacibaculosis  infection  in  marine  fish  caused by Tenacibaculum maritimum: A review. Diseases of Aquatic Organisms, 71, 255-266.
Heather,  E.E.,  Brooke,  A.R.,  &  Craig,  R.  (2010).  The genomic diversity and phylogenetic relationship in the family iridoviridae. Viruses, Viruses 2, 1458- 1475. ISSN 1999-4915. DOI: 10.3390/v2071458. www.mdpi.com/journal/viruses.
Kueh,  G.S.,  Chee,  D.,  Chen,  J.,  Wang,  Y.H.,  Tay,  S., Leong, L.N., & Ferguson, H.W. (2012). The pathol- ogy  of  ‘scale  drop  syndrome’  in  Asian  seabass,
Gambar 5. Hasil  BL AST  sekuen  isolat  SDD  pada  ikan  Kakap  L.  calcarifer  uji dibandingkan  dengan  sekuens  dari  GenBank  dengan  nomor  aksesi KR139659  yang  memperlihatkan  kemiripan  atau  homologi  100%  di sepanjang 595 bp. Figure  5. The  BLAST  results  of  sequences  of  SDD  isolates  from  Seabass  samples compared  with  the  sequence  from  GenBank  with  the  accession  number of  KR139659  showing  similarity  or  homology  of  100%  along  595  bp.
Lates calcarifer Bloch, a first description. Journal of Fish Diseases, 35, 19-27. https://doi. org/10.1111/ j.1365-2761.2011.01319.x.
Koesharyani, I., Zafran, & Yuasa, K. (1999a). Two spe- cies of capsalid monogeneans infecting cultured humpback grouper Cromileptes altivelis in Indone- sia.  Fish  Pathology,  34(3),  165-166.  Short Comunication.
Koesharyani, I., Zafran, & Yuasa, K. (1999b). Deteksi viral nervous necrosis (VNN) menggunakan poly- merase chain reaction (PCR) pada ikan kerapu bebek, Cromileptes  altivelis.  Prosiding  Seminar  Nasional Penelitian  dan  Desiminasi  Teknologi  Budidaya  Laut dan Pantai. Jakarta, hlm. 237-240.
Koesharyani,  I.,  Roza,  D.,  Mahardika,  K.,  Johnny,  F., Zafran,  &  Yuasa,  K.  (2001).  Mannual  for  fish disease diagnosis-II. Marine fish and crustacean. Diseases in Indonesia. Gondol Research Institute for Mariculture, Central Research Institute for Sea Exploration  and  Fisheries,  Departement  of Marine Affair and Fisheries; and Japan International Cooperation Agency. ISBN-979-8186-8-S (English). 49 pp.
Koesharyani,  I.,  Mahardika,  K.,  &  Yuasa,  K.  (2004). Infeksi  viral  nervous  necrosis  pada  benih  ikan kerapu bebek, Cromileptes altivelis. Jurnal Penelitian Perikanan Indonesia, 10(2), 77-81.
Koesharyani,  I.  &  Gardenia,  L.  (2013).  New megalocytivirus  infected  to  the  cultured  fresh water giant gourami, Osphronemus goramy Lac. in Indonesia.  Indonesian  Aquaculture  Journal,  8(1), 93-99.
Kurita,  J.  &  Nakajima,  K.  (2012).  Megalocytiviruses. Viruses,  4,  521-538.  Review.  DOI:  10.3390/ v4040521.
Kurita, J., Nakajima, K., Hirono, I., & Aoki, T. (1998). Polymerase chain reaction (PCR) amplification of DNA of  red  sea  bream  iridovirus  (RSIV).  Fish Pathology, 33(1), 17-23.
Kawakami,  H.  &  Nakajima,  K.  (2002).  Cultured  fish species  affected  by  red  sea  bream  iridoviral  di- sease from 1996 to 2000. Fish Pathol., 37, 45-47.
Mahardika, K., Mastuti, I., & Haryanti. (2014). Effec- tivity  of  inactive  GSDIV  (grouper  sleepy  disease iridovrus)  vaccine  in  grouper  fish  (Cromileptes altivelis and Epinephelus fuscogttatus) against GSDIV infection. Indonesian aquaculture Journal, 8(2), 143- 151.  Indo:http://dx.doi.org/10.15578/iaj.8.2. 2013.143-151.
Mahardika, K., Mastuti, I., Sudewi, & Zafran. (2018a). Identification and life cycle of marine leech iso-
lated  from  cultured  hybrid  grouper  in  the Northern  Bali  waters  of  Indonesia.  Indonesian Aquaculture Journal, 13(1), 41-49.
Mahardika, K., Mastuti, I., Sudewi, Asih, Y.N., Muzaki, A., & Giri, I N.A. (2018b). Aplikasi vaksin bivalen (VNN  Dan  GSDIV)  pada  pemeliharaan  larva  ikan kerapu  sunu,  Plectropomus  leopardus.  Jurnal  Riset Akuakultur, 13(4), 337-346.
Mahardika, K., Mastuti, I., & Zafran. (2018c). Intensitas parasit  insang  (Trematoda  Monogenea: Pseudorhabdosynochus sp.) pada ikan kerapu hibrida melalui infeksi buatan. Jurnal Riset Akuakultur, 13(2), 169-177.
Munday,  B.L.,  Kwang,  J.,  &  Moody,  N.  (2002). Betanodavirus infections of teleost fish: A review. J. Fish Dis., 25, 127-142.
Nishizawa,  T.,  Furuhashi,  M.,  Nagai,  T.,  Nakai,  T.,  & Muroga, K. (1997). Genomic classification of fish nodaviruses by molecular phylogenetic analysis of the  coat  protein  gene.  Applied  And  Environ- mental Microbiology, p. 1633-1636. 0099-2240/97/ $04.0010.
Novriadi,  R.,  Agustatik,  S.,  &  Dwi,  T.O.N.  (2015). Identifikasi keberadaan viral nervous necrosis dan iridovirus pada budidaya ikan laut di wilayah kerja Balai  Perikanan  Budidaya  Laut  Batam.  Omni Akuatika, 14(20), 54-62.
OIE. (2019). Manual of Diagnostic Tests for Aquatic Animals.
Ransangan, J. & Manin, B.O. (2010). Mass mortality of hatchery-produced larvae of Asian seabass, Lates calcarifer (Bloch), associated with viral nervous ne- crosis in Sabah, Malaysia. Veterinary Microbiology, 145, 153-157. Short communication.
Ransangan, J., Lal, T.M., & Al-Harbi, A.H. (2012). Cha- racterization and experimental infection of Vibrio harveyi isolated from diseased Asian seabass (Lates calcarifer). Malaysian Journal of Micro-            biol- ogy, 8(2), 104-115.
Sano, M., Nakai, T., & Fijan, N. (2011). Viral diseases and agents of warm water fish. In Fish Diseases and Disorders, Vol. 3: Viral, Bacterial and Fungal Infections 2nd edition. Woo, P.T.K. & Bruno, D.W. (Eds.). London, UK: CABI, p. 166-244.
Senapin, S., Dong, H.T., Meemetta, W., Gangnonngiw, W., Sangsuriya, P., Vanichviriyakit, R., Sonthi, M., & Nuangsaeng, B. (2019). Mortality from scale drop disease in farmed Lates calcarifer in Southeast Asia. J. Fish Dis., 42, 119-127. DOI: 10.1111/jfd.12915.
Skliris,  G.P.,  Krondiris,  J.V., Sideris,  D.C.,  Shinn,  A.P., Starkey,  W.G.,  &  Richards,  R.H.  (2001).  Phyloge-
netic and antigenic characterization  of new fish nodavirus isolates from Europe and Asia. Virus Re- search, 75, 59-67.
Shinmoto,  H.,  Taniguchi,  K.,  Ikawa,  T.,  Kawai,  K.,  &
Oshima,  S-I.  (2009).  Phenotypic  diversity  of  in- fectious  red  sea  bream  iridovirus  isolates  from cultured fish in  Japan. Applied And  Environmental Microbiology, p. 3535-3541.
Sambrook,  J.  &  Russel,  D.W.  (1989).  Molecular  clo- ning: a laboratory manual. 2nd edition. New York: Cold-Spring Harbor Laboratory Press, 165 pp.
Zafran, Harada, T., Koesharyani, I., Yuasa, K., & Hatai, K. (1998). Indonesian hatchery reared seabass lar- vae (Lates calcarifer), associated with viral nervous necrosis (VNN). IV(1), 19-22. DOI: http://dx.doi.org/ 10.15578/ifrj.4.1.1998.19-22.
Zainathan,  S.C.,  Ahmad,  A.A.,  Johan,  C.A.C.,  Halim, N.I.A., Ariff,  N., Subramaniam,  N., &  Norizan, N. (2017). Detection and molecular characterization of megalocytivirus strain ISKNV in freshwater or- namental fish from Southern Malaysia. AACL Bioflux, 10(5). http://www.bioflux.com.ro/aacl.