## Catatan Pertama Distribusi Tridacna noae (Röding, 1798) dari Perairan Kepulauan Kei, Maluku

## Teddy Triandiza*, Udhi Eko Hernawan, Agus Kusnadi
Pusat Riset Oseanografi, Badan Riset dan Inovasi Nastional Jl. Pasir Putih I, Ancol Timur Jakarta Utara 14430 Indonesia Email: teddy.triandiza27@gmail.com

## Abstract
The First Note on Distribution of Tridacna noae ( Röding, 1798) from Kei Island, Maluku
The giant clams are the biggest  living bivalves that not only play a  vital role in coral reef ecosystem, but also as a food provider for coastal inhabitant. One of these species was Tridacna noae which is a crpyctic species due to morphoplogial characteristic similarity and habitat preferences with Tridacna maxima. Tridacna noae was recorded at the first time found in Kei  Islands  on  November  and  December  2017  based  on  morphological  characteristic  and  DNA  barcoding  analysis.  This research found 8 individu of T. Noae in total, 7 individu was found in Kur Island and one individu from Ohoidertom at 2-3 m depth. The mantle pattern of T. noae was very unique and can be used to distinguished from T. maxima. Special feature of ormanent mantle of T. noae indicated with oval-shape patch with white line on the edge, has hyaline organ scattered along the  margin  of  mantle  and  the  presence  of  papillae  that  clearly  seen.  The  result  on  Blasting  from  GenBank  NCBI  for  COI sequence of giant clam sample revealed that 99.79%-100% was identical with T. noae species. Furthermore, result on genetic distance analysis of T. noae sample from Kei Island compare with T.noae from GenBank was 0.00-0.051, while genetic distance value compare with T. maxima was 0.159 – 0.205. The new finding of T. noae in Kei Island has added the number of giant clam species  recorded  previously  become  7  species.  This  finding  was  also  has  enhanced  the  information  on  biogeographical distribution of T.noae in Indonesia .
Keywords: Cryptic species, mantle, primer, genetic distance, Kei Island

## Abstrak
Kerang kima  merupakan  kelompok  bivalvia berukuran paling  besar yang  memlilki peranan penting  di ekosistem  terumbu karang  serta  menjadi  sumber  nutrisi  bagi  masyarakat  peisir.  Salah  satu  species  kima  adalah Tridacna  noae yang  bersifat cryptic spesies karena memiliki banyak kesamaan karakteristik morfologi dan preferensi habitat dengan T . Maxima. T. noae tercatat  pertama  kali  ditemukan  di  Perairan  Kepulauan  Kei  pada  bulan  November  dan  Desember  2017  berdasarkan pengamatan karekteristik morfologi dan aplikasi DNA barcoding. Hasil peneltian menemukan delapan individu T. noae , tujuh individu ditemukan di Perairan Pulau Kur, satu individu ditemukan di Perairan Ohoidertoom dengan kedalaman perairan 2-3 m.  Ornamen  mantel T.  noae sangat  khas  dan  dapat  digunakan  untuk  membedakan  dari T.  maxima .  Ornamen  mantel ditandai dengan patch berbentuk oval terpisah dengan garis putih di tepi, memiliki organ hialin yang tersebar di sepanjang margin  mantel,  dan  kehadiran  papila  yang  terlihat  jelas.  Hasil  blasting  di  GenBank  NCBI  untuk  sekuens  COI  sampel  kima menghasilkan  tingkat  kemiripan  99.79%-100%  (identik)  dengan  T.  noae.  Hasil  analisis  jarak  genetik  sampel T.  noae asal Kepulauan Kei dengan T. noae Genbank adalah sebesar 0.00 hingga 0.051, sedangkan jarak genetik dengan T. maxima adalah  0.159  hingga  0.205.  Temuan  T.  noae  di  Kepulauan  Kei  menambahkan  jenis  kima  yang  tercatat  sebelumnya  di Kepulauan Kei menjadi 7 jenis. Temuan ini juga menambahkan lebih banyak informasi tentang distribusi geografis T. noae di Indonesia
Kata kunci : Spesies kriptik, mantel, primer, jarak genetic, Kepulauan Kei

## PENDAHULUAN
Taksonomi  dan  filogeografi Tridacna saat  ini  banyak  mengalami  revisi  substansial,  seiring dengan  perkembangan  penelitian  di  bidang  biologi  molekuler.  Identifikasi  berdasarkan  karakter morfologi memiliki banyak kelemahan karena  secara morfologis memiliki kesamanan bentuk dan warna.  Selain  itu,  akibat  dari  adaptasi  terhadap  lingkungan,  ciri  khas  penting  untuk  identifikasi spesies  seringkali  menghilang  (Prehadi et  al .  2015) . Perubahan  pada  ekosistem  terumbu  karang mengubah kondisi ekosistem dan berpengaruh terhadap keanekargaman biota laut di dalamnya salah satunya fenomena cryptic spesies . Cryptic species adalah dua atau lebih spesies berbeda yang  diklasifikasikan  sebagai  spesies  tunggal  karena  kemiripan  morfologinya.  Fenomena cryptic
species ini dapat menyebabkan masalah sinonim yaitu terdapat nama ganda pada satu spesies yang  sama  atau  sebaliknya  (Bickford et  al .  2006). Cryptic  species merupakan  fenomena  yang umum terjadi pada biota laut. Appeltans et al . (2012) menyatakan bahwa sekitar 11-50% dari 80.000 spesies laut (49 taksa) menunjukan fenomena cryptic species, termasuk pada kerang kima (Huelsken et al . 2013; Findra et al. 2017, Liu et al . 2020).
Salah  satu  kelompok  biota  yang  bersifat cryptic adalah  kerang  kima,  contohnya  spesies Tridacna noae. T.noae pertama kali dideskripsikan oleh Röding  tahun 1798 berdasarkan jarak sisik pada  cangkang,  namun  kima T.  noae diketahui  merupakan  ekotipe  atau  varian  dari Tridacna maxima (Rosewater 1965), dengan nama komersil Tear Drops T. maxima . Hasil penelitian Su et al. (2014) dan Borsa et al. (2015) menemukan bukti terbaru bahwa T. noae merupakan spesies yang valid  terpisah  dari T.  maxima berdasarkan  urutan  DNA  mitokondria,  pola  mantel  yang  khas,  dan isolasi reproduksi . Temuan tersebut menunjukkan bahwa permasalahan  fenomena cryptik species pada  biota  laut  dapat  diselesaikan  melalui  pendekatan  komprehensip  dengan  mengabungkan analisis  morfologi  dengan  analisis  genetik.  Selain  fenomena  spesies  kriptik  tersebut,  penelitian sebelumnya  juga  menunjukkan  bawha  distribusi T.  noae  yang awalnya  hanya  dilaporkan  dari Taiwan dan kepulauan Ryukyu (Kubo & Iwai 2007, Su et al. 2014). Namun, dengan berkembangnya metode  identifikasi  melalui  pendekatan  genetika  dan DNA  barcoding distribusi  geografis  dari T. noae meluas mulai dari Ryukyus (Jepang Selatan),  peairan indo pasifik bagian tengah dan timur (Tan et al , 2022) Taiwan, Filipina (Ecube et al . 2019), Indonesia, Australia Barat, Kepulauan Pasifik ke sekitar timur Pulau Christmas (Borsa et al. 2015; Militz et al. 2015; Neo and Low 2017; Neo et al . 2017) dan kepulauan Samoa (Marra-Biggs et al . 2022).
Sejauh ini, total delapan jenis kima yang ditemukan di perairan Indonesia (Neo et al . 2017; Harahap et  al .  2018;  Ramses et  al .  2020;  Setiawan et  al .  2021)  yaitu Tridacna  gigas , Tridacna squamosa , Tridacna  derasa , Tridacna  maxima , Tridacna  crocea , Hippopus  hippopus,  Hippopus porcellanus dan T. noae. Dari delapan jenis tersebut, enam species hidup di perairan Kepulauan Kei dan sekitarnya (Triandiza, 2019) kecuali T.noae dan H. porcellanus . Informasi terkait distribusi jenis T. noae di Indonesia hanya bersumber dari penelitian Borsa et al . (2015) yang menemukan T. noae di Laut  Sulawesi,  Laut  Maluku  Utara,  dan  Laut  Sawu.  Sedangkan  di  perairan  Kepulauan  Kei  dan sekitarnya belum ada catatan akan kehadiran spesies tersebut. Pada Tahun 2017, kami menemukan spesies kima yang di duga sebagai jenis T. noae berdasarkan karekter morfologi di Kepulauan Kei (5 o 00’ -6 o 00’ LS dan 131 o 45’ -133 o 15’ BT . Untuk memastikan dan mengkonfirmasi apakah spesies kima yang  ditemukan  di  perairan  Kepulauan  Kei  adalah T.noae ,  maka  studi  identifikasi  spesies  kima T. noae secara morfologi dan molekuler menggunakan gen CO1 penting dilakukan sebagai informasi catatan baru kehdairan dan distribusi jenis ini di Kepulauan kei dan Indonesia.

## MATERI DAN METODE
Sampel Tridacna noae ditemukan di tiga lokasi perairan Kepulauan Kei, yaitu Perairan Pulau Kur bag. Barat (S 05 0 19’53.73”; E 131 0 58’17.96”) pada tanggal 4 November 2017, P. Kur bag. Timur (S 05 0 20’36.75”; E 132 0 01’24.25”) tanggal 5 November 2017, dan Perairan Ohoidertoom (S 0 5 0 56’11.18”; E 132 0 42’50.23”) pada tanggal 5 Desember 2017 (Gambar 1).
Sampel T.  noae diperoleh  dari  hasil  survei  populasi  kima  di  Kepulauan  Kei  melalui  teknik penyelaman dan underwater fotografi. Hasil fotografi tersebut kemudian dianalisa menggunakan karakteristik morfologi untuk kima yang dikembangkan oleh Rosewater (1965), Su et al . (2014) dan Borsa et al . (2015). T. noae secara visual di alam sangat sulit dibedakan dengan T. maxima karena memiliki  kesamaan  morfologi  dan  preferensi  habitat.  Namun  beberapa  penelitian  menunjukan bahwa  ornamen  mantel  pada T.  noae sangat  khas  dan  dapat  digunakan  untuk  membedakan dengan T. maxima . (Su et al., 2014; Borsa et al., 2015; Neo & Low, 2017; Marra-Biggs et al . 2022).
Sebanyak empat sampel tisue jaringan mantel (±1 cm) dikumpulkan dari perairan Pulau Kur, kemudian dipreservasi dengan  alkohol 96%.  Ekstraksi DNA kima dilakukan dengan menggunakan
panduan  standar  dari  kit  komersial  Genomic  DNA  mini  kit  (Geneaid).  Hasil  ekstraksi  diamplifikasi dengan menggunakan metode PCR ( Polymerase Chain Reaction ). Primer yang digunakan adalah primer spesifik untuk  kima  yang telah didesain oleh Kochzius dan Nuryanto (2008),  LCO: 5’ -GGG TGA TAA TTC GAA CAG  AA- 3’  dan  RCO:  5’ -TAG  TTA  AAG  CCC  CAG  CTA  AA- 3’. Target gen COI yang teramplifikasi sepanjang ± 500 bp.  Total volume reaksi adalah 27 µl yang terdiri atas 3 µl DNA  template,  12.5  μL  of  Thai  TAQ  buffer,  1.25  μL  dari  masing - masing  primer,  dan  9  μL ddH2O. Amplifikasi dilakukan menggunakan mesin Thermal Cycler Applied Biosystems (Dlab) dengan kondisi pre-denaturasi 94°C selama 5 menit, dilanjutkan dengan 35 siklus yang terdiri atas denaturasi  94°C selama  1 menit, annealing  45°C  selama 90 detik dan ekstensi 72°C selama 1 menit serta ekstensi akhir 72°C  selama  5  menit (Lizano and Santos, 2014) .
Hasil amplifikasi fragmen COI selanjutnya diuji mengunakan metode elektroforesis. Teknik ini menggunakan  gel  agarose  dengan  konsentrasi  gel  1,0%  yang  dilarutkan  dalam  buffer  TAE  (Tris Acetate EDTA) dengan pewarna Ethidium Bromide (EtBr). Elektroforesis dilakukan pada tegangan 100 V dan arus listrik 400 mA selama 20 menit dan kemudian divisualisasikan menggunakan mesin Gel Doc. Hasil amplifikasi PCR yang berhasil, kemudian dikirim keperusahaan jasa sequencing (First Base Malaysia) untuk dilakukan  analisa sequencing dengan menggunakan metode Sanger et al . (1977).
Pengeditan hasil sekuensing dan penentuan komposisi nukleotida dianalisis dengan software MEGA  6  ( Moleculer  Evolutionary  Genetic  Analysis )  (Tamura et  al. 2013).  Sekuen  DNA  disejajarkan dengan  dengan  menggunakan  program Clustal  W dari  software  MEGA  6.  Identifikasi  spesies dilakukan dengan BLAST (basic local alignment search tools) untuk mengetahui kecocokan sekuens DNA  target  dengan  sekuen  DNA  pada  basis  data  ( GenBank ),  dan  memastikan  spesies  tersebut adalah Tridacna noae . Sekuen DNA target kemudian dibandingkan dengan beberapa sekuen dari Genbank T.  noae (Accesion  KJ202115,  KT865901,  KT899649,  KT899693,    MF969244,  MG195267, MG385486,  MG385490,  MG385501,  MG385503,  MG385504,  MG385505,  MG385518,  MG385521, MG385527,  MG385537,  MG385538), T.  crocea (Accesion  KF446291), T.  squamosa (Accesion JN392023), T. gigas (Accesion EU003616), T. maxima (sekuens dari Pulau Kur) dan sampel genbank (Accesion KF446333, KF446489, KY769525), serta out grup Hippopus hippopus (Accesion KJ202105) (Nuryanto et al. 2007; Neo and Tood, 2012; Lizano dan Santos 2014; Johnson et al. 2016; Findra et al . 201; Liu et al. 2017; Keyse et al. 2018; Neo et al . 2018). Identifikasi dilanjutkan dengan analisis pohon filogenetik  dan  analisis  jarak  genetik  berdasarkan  Kimura-2-parameter  menggunakan  software MEGA  6.  Pohon  filogenetik  dibangun  berdasarkan  metode  Maximum  Likelihood  model  evolusi Tamura  3  parameter  dengan  interval gamma  distributed dan  replikasi bootstraps 1000x  melalui aplikasi Mega 6.0 (Tamura et al . 2013).
Gambar 1. Lokasi Penelitian di  Kepulauan Kei, Maluku

## HASIL DAN PEMBAHASAN
Hasil peneltian secara morfologi menemukan delapan individu T. noae di Perairan Kepulauan Kei yang terdiri dari tujuh individu ditemukan di Perairan Pulau Kur dan satu individu ditemukan di Perairan Ohoidertom dengan kisaran ukuran cangkang 11-22 cm. Berdasarkan ukuran tersebut, T. noae yang  ditemukan  berada  dalam  fase  dewasa  sampai  dengan  dewasa  hermaprodit,  dan menunjukkan  populasi  berkembang  biak  di  terumbu  karang  pulau  Kur  dan  Ohoidertom.  Kima T. noae pada  penelitian  ini  ditemukan  terbenam  pada  substrat  karang  mati  beralga  ( Dead  Coral Algae )  dengan  kedalaman  2-3  m.  Hasil  ini  melengkapi  informasi  sebelumnya  yang  menyatakan bahwa habitat spesies ini hidup di subtrat karang yang ditutupi oleh alga jenis Sargassum sp. (Ecube et al . 2019).
Sampel T. noae diidentifikasi berdasarkan pola ornamen mantel merunjuk pada Su et al. (2014; Borsa et  al. 2015).  Pewarnaan  mantel  pada T.  noae sangat  bervariasi  dari  warna  coklat,  kuning, jingga, hijau, biru kehitaman, dan semua corak dengan distribusi warna yang seragam atau tambal sulam. Ornamen mantel T. noae sangat khas (Gambar 1A-F), ditandai dengan patch berbentuk oval terpisah dengan garis putih di tepi dinamakan Teardrop spot (Gambar 1I). Memiliki organ hialin yang tersebar di sepanjang margin mantel, berbeda dengan organ hialin T. maxima yang hanya berada
Gambar 1. Pola  warna  pada  mantel T.  noae (A) T.  noae dari  Ohoidertom  (S  05056'11.18  ";  E 132042'50.23"), (B-F) T. noae dari pulau Kur (S 05019'53.73 "; E 131058'17.96"; S 05020'36.75 "; E 132001'24.25 ”), dan T. maxima (K-L) dari Pulau Dullah Laut. (G-H), T. noae dengan papilla bercincin putih. (I), T. noae dengan bercak oval yang dibatasi margin putih. (J), organ hialin dari T. noae . (K-L), organ hialin T. maxima. (HO = organ Hyalin; P = Papilae; TD = Teardrop spot)
di  tepi  mantel  (1J-L).  Kehadiran  papila  pada T.  noae sangat  terlihat  jelas  (Gambar  1G-H). Karakteristik morfologi ini sesuai dengan yang dilaporkan sebelumnya oleh Su et al . (2014), Borsa et al . (2015), Neo et al . (2017), Ecube et al . (2019) dan Marra-Biggs et al . (2022). Dengan catatan baru ini,  distribusi  spesies  T.  noae  meluas  dari  yang  sebelumnya  dilaporkan  oleh  Neo et  al .  (2017)  dan Marra-Biggs et al (2022) serta hanya di temukan di Laut Sulawesi, Laut Maluku Utara, dan Laut Sawu (Borsa et al . 2015) bertambah dengan kepulauan Kei dan sekitarnya.
DNA  barcoding  merupakan  teknik  molekuler  untuk  mengedentifikasi  spesies  berdasarkan menggunakan 600-800 bp basa nuleotida dari gen mitokondria (Imtiaz et al . 2017). Marka genetik mitokondria yang digunakan adalah gen sitokrom oksidase subunit 1 (COI). Hasil amplifikasi  DNA melalui  PCR  menghasilkan  fragmen  sepanjang  485  bp.  Analisis  homologi  berdasarkan  BLAST-N terhadap Cytocrom Oksidase I (COI) mtDNA kima asal Pulau Kur menunjukan kemiripan yang hampir identik  yaitu  99-100%  dengan Gen  Bank (Tabel  1).  Hasil  identifikasi  menggunakan  Bold  System (http://www.boldsystems.org) membuktikan bahwa  kima asal Pulau Kur  yang diteliti adalah benar merupakan spesies Tridacna noae. Komposisi nukleotida rata-rata yang ditemukan pada fragemen COI T.  noae adalah  nukleotida  Timin  (T)  sebesar  34.9%,  Citosin  (C)  18.7%,  Adenin  (A)  24.2%,  dan Guanin (G) sebesar 22.3%.  Sangat berbeda dengan komposisi nukleotida T. maxima dimana Timin (T) sebesar 36.0%, Citosin (C) 17.9%, Adenin (A) 25.8%, dan Guanin (G) sebesar 20.3%.
Jarak  genetik  menunjukkan  kedekatan  hubungan  kekerabatan.  Hasil  analisis  jarak  genetik antara sampel yang di duga T. noae Pulau Kur dengan T. noae, T. maxima, T.  crocea, T. squamosa, T. gigas dan H. hippopus dari Genbank berdasarkan kimura 2 parameter disajikan pada Tabel 2. Jarak genetik T. noae dari Pulau Kur dengan T. noae dari Genbank adalah sebesar 0,00 hingga 0,051, jarak genetik T. noae dengan T. maxima adalah 0,159 hingga 0,199. Berdasarkan Nei (1972) nilai jarak genetik 0.01-0.099 menunjukan kedekatan genetik dan masih dalam jenis yang sama.
Jarak genetik 0.00 diperoleh antar sampel dari T.noae pulau Kur dengan sampel yang T. noae (KJ202115-  Filipina), T.  noae (MF969224-  Hainan  Island), T.  noae (MG385490-Camguin), T.  noae (MG385505-Mayu)¸ T.  noae (MG385521-P.  Doi)  dan T.  noae (MG385537-Tanjung  Jerawai).  Jarak genetik 0,000 menunjukkan bahwa individu tersebut berasal dari satu keturunan atau berasal dari lokasi yang berdekatan (Nei, 1972). Jarak genetik yang sangat kecil antara T. noae dari Pulau Kur dengan T.  noae yang  berasal  dari  Filipina,  Hainan,  Maju,  Pulau  Doi  dan  Tanjuang  Jerawai menunjukkan bahwa ada konektivitas antar wilayah. Mohamed et al . (2016),  Triandiza et al ., (2020) menyatakan kemiripan secara genetik pada T. noae disebabkan aliran genetik yang di bawa larva planktonik sebagai media transfer.  Larva dispersal tersebut dapat menghabiskan  waktu  9-19 hari (Mohamed et  al ,  2016;  Southgate et  al .  2016)  terbawa  arus  sebelum  menetap  di  substrat  keras. Tahap  kehidupan  planktonik  ini  berpotensi  menghubungkan  populasi  yang  jauh.  Selain  itu  juga karena  adanya  konektivitas  antar  wilayah  melalui  pola  migrasi  (Saleky et  al .  2016)  dan  sharing genetik (Leatemia et al. 2018).
Jarak genetik terjauh kima T. noae Pulau Kur adalah dengan sampel T. noae (KT899643-Walli Island), T. noae (KT899693-Loyalty Island, MG385501-Kavieng, dan MG385503-Kri). Diferensiasi genetik yang signifikan tersebut disebabkan oleh pola isolasi jarak geografis, sejarah geologi, dan kondisi
Tabel 1 .  Hasil  analisis  homologi  berdasarkan  Basic  Local  Alignment  Search  Tool  (BLAST)  terhadap sequens kima asal Pulau Kur
No. Kode sampel Analisis Blast Query cover (%) Similarity (%) GenBank Accession 1 Kur Tm 05 Tridacna noae 97 99.79 MF969246.1 2 Kur Tm 12 Tridacna noae 97 100 MF969246.1 3 Kur Tm 13 Tridacna noae 97 99.79 MF969246.1 4 Kur Tm 15 Tridacna noae 97 100 MF969246.1
Tabel 2 .  Analisis jarak genetik sampel T. noae dari Pulau Kur dan Tridacnidae Genbank berdasarkan kimura 2 parameter
Locus GenBank Accesion No. Lokasi sampling Species Species dari Pulau Kur T. noae T. maxima COI KUR Tm 05 KUR Tm 12 KUR Tm 13 KUR Tm 15 KUR Tm 01 KUR Tm 02 EU003616 Indonesia Tridacna gigas 0,194 0,194 0,194 0,194 0,044 0,037 JN392023 Singapura T. squamosa 0,126 0,126 0,126 0,126 0,181 0,190 KF446291 Teluk Cendrawasih T. crocea 0,176 0,176 0,176 0,176 0,154 0,154 KF446333 Flores T. maxima 0,190 0,190 0,190 0,190 0,020 0,013 KY769525 Wakatobi T. maxima 0,190 0,190 0,190 0,190 0,010 0,003 KF446489 Halmahera T. maxina 0,190 0,190 0,190 0,190 0,010 0,003 KJ202105 Filipina H. Hippopus 0,207 0,207 0,207 0,207 0,205 0,205 KJ202115 Filipina T. noae 0,000 0,000 0,000 0,000 0,185 0,195 KT865901 Ninggalo  Marinae park (Australia) T. noae 0,007 0,007 0,007 0,007 0,190 0,199 KT899643 Wallis  Island  (Pasifik Ocean) T. noae 0,051 0,051 0,051 0,051 0,172 0,181 KT899649 Yap (Micronesia) T. noae 0,003 0,003 0,185 0,194 KT899693 Loyalty Island (New Caledonia) T. noae 0,030 0,030 0,030 0,030 0,159 0,168 MF969224 Hainan Island (China) T. noae 0,000 0,000 0,000 0,000 0,185 0,195 MG195267 Dongsha Atol (Taiwan) T. noae 0,007 0,007 0,007 0,007 0,190 0,199 MG385486 Bali T. noae 0,007 0,007 0,007 0,007 0,185 0,195 MG385490 Camguin (Filipina) T. noae 0,000 0,000 0,000 0,000 0,185 0,195 MG385501 Kavieng (Papua New Guinea) T. noae 0,030 0,030 0,030 0,030 0,159 0,168 MG385503 Kri (Raja Ampat) T. noae 0,030 0,030 0,030 0,030 0,159 0,168 MG385504 Manado T. noae 0,003 0,003 0,003 0,003 0,181 0,190 MG385505 Maju (Ternate) T. noae 0,000 0,000 0,000 0,000 0,185 0,195 MG385518 Ninggalo  Marinae park (Australia) T. noae 0,003 0,003 0,003 0,003 0,190 0,199 MG385521 Pulau Doi (Halmahera Utara) T. noae 0,000 0,000 0,000 0,000 0,185 0,195 MG385527 Sorong Bay (Papua Barat) T. noae 0,027 0,027 0,027 0,027 0,163 0,172 MG385537 Tanjung Jerawai T. noae 0,000 0,000 0,000 0,000 0,185 0,195 MG385538 Halmahera Barat T. noae 0,003 0,003 0,003 0,003 0,190 0,199
oseanografis (Hui et al., 2016). Yu et al . (2018) menyatakan bahwa aliran gen yang terbatas dapat disebabkan  oleh  hambatan  geografis,  sejarah  geologis  setempat,  dan  tekanan  lingkungan dikaitkan dengan sirkulasi laut. Beberapa contoh diantara adanya pengaruh arus dari Halmahera Edy yang menyebabkan aliran terbatas dan struktur genetik pada populasi T. squamosa (Hui et al ., 2016), T. crocea (Kochzius &  Nuryanto 2008; DeBoer et al. 2014a; Hui et al . 2016;) dan T. maxima (DeBoer et al. 2014b; Hui et al. 2016) di Laut Maluku dan Papua Bagian Utara. Selain itu karakteristik unik yang membedakan organisme T. noae dipengaruhi letak geografis. Sampel T. noae (KT899643- Walli  Island), T.  noae (KT899693-Loyalty  Island,  MG385501-Kavieng,  dan  MG385503-Kri)  berada  di Samudera  Pasifik  yang  menyebabkan  perbedaan  batimetri,  pola  arus,  pola  suhu  dan  salinitas permukaan laut (Bahri, 2017).
Gambar 2. Konstruksi  pohon  filogenetik  sekuen  Kima Tridacna  noae menggunakan  metode Maximum Likelihood model evolusi Tamura 3 parameter dengan interval Has Invariant sites (I) dan replikasi bootstraps 1000x melalui aplikasi Mega X
Pohon filogenetik dibangun berdasarkan metode Maximum Likelihood model evolusi Tamura 3  parameter  dengan  interval Has  Invariant  sites  (I) dan  replikasi bootstraps 1000x  melalui  aplikasi Mega  6.0  (Tamura et  al .  2013).  Rekonstruksi  filogenetik  menunjukan  bahwa  sampel  kima  asal  Kur yang di duga T. noae tergabung dalam satu clade besar dengan T. noae genbank dengan nilai bootstrap 99, dan terpisah dengan clade T. maxima (Gambar 2) . Semakin tinggi nilai boostrap yang terbentuk semakin baik  rekonstruksi pohon filogenetik tersebut. Pohon filogeni T. noae dengan nilai bootstrap 99 menunjukkan kelompok T. noae terbagi atas 2 clade yaitu clade 1 terdiri dari gabungan T. noae asal Maju, Pulau Doi, Camguin, Pulau Hainan, Pulau Kur, Filipina, Tanjung Jerawai, Ninggalo Marine Park, Bali, Halmahera Selatan, Dongsha Atoll, Yap, dan Manado. Sedangkan clade 2 terdiri dari gabungan T. noae asal Sorong Bay, Pulau Tiga Loyalti, Kavieng, Kri Raja Ampat dan Pulau Wallis. Bergabungnya T. noae pada clade 1 mengindikasikan terjadinya sharring genetik atau gen flow antar  wilayah. Gen  flow terjadi  melalui  proses  migrasi  spesies  ataupun  melalui  proses  larva
dispersal (Jefri et al ., 2015). Clade 2 merupakan wilayah perairan yang unik karena letaknya berada di Samudera  Pasifik menyebabkan wilayah ini secara oseanografi  sangat yang dipengaruhi oleh Samudera Pasifik. Hasil tersebut  didukung  oleh analisis jarak genetik, dimana T. noae kelompok 1 memiliki  jarak  genetik  sebesar  0.000-0.007  (0-0.7%)  sedangkan T.noae kelompok  2  memiliki  jarak genetik  sebesar  0.027-0.051  (2.7  %-5.1%). Hasil  filogenetik  juga  menunjukan  bahwa  kima T.  noae membentuk kelompok monofiletik di mana T. noae lebih dekat hubungannya dengan T. squamosa dan T. crocea dari pada jenis Tridacna yang lainnya.

## KESIMPULAN
Hasil identifikasi  secara morfologi dan DNA Barcoding menunjukkan bahwa specimen kima yang berasal dari Pulau Kur, Maluku merupakan jenis Tridacna noae . Berdasarkan analisis filogenetik dan jarak genetik, sekuen DNA yang dianalisis membentuk clade yang sama dengan spesies T. noae dengan jarak genetik 0.000-0.051. Analisis molekuler memperlihatkan jenis T. noae terpisah dengan T. Maxima . DNA Barkoding melalui gen CO1 sangat efektif untuk identifikasi.

## UCAPAN TERIMA KASIH
Penelitian  ini  merupakan  bagian  dari  kegiatan  penelitian  Tesis  struktur  populasi  dan keragaman genetik kerang kima ( Cardiidae : Tridacninae ) di Perairan Kepulauan Kei Maluku, yang sebagian kegiatan dibiayai oleh program DIPA UPT Loka Konservasi Biota Laut Tual tahun anggaran 2017 .

## DAFTAR PUSTAKA
Appeltans, W., Ahyong,  S.T., Anderson, G., Angel, M.V., Artois, T., Bailly, N., Bamber, R., Barber, A., Bartsch,  I.,  Berta,  A.,  Costello,  M.J.  (2012).  The  magnitude  of  global  marine  species  diversity. Current Biology, 22(23), 2189 – 2202. doi: 10.1016/j.cub.2012.09.036
Bahri,  S.,  Atmadopoera,  A.S.,  &  Maddupa,  H.H.  (2017).  Keragaman  genetik  penyu  lekang Lepidochelys  olivacea  dengan  pola  arus  di  Teluk  Cendrawasih,  Papua. Jurnal  Ilmu  dan Teknologi kelautan Tropis , 9(2), 747-760. doi: 10.29244/jitkt.v9i2.19307
Bickford, D., Lohman, D., Sodhi, N.S., Ng, P.K.L., Meier, R., Winkler, K., Ingram, K.K., & Das, I. (2006). Cryptic species as a window on diversity and conservation. Ecology and Evolution, 22,148-155.
Borsa, P., Fauvelot, C., Tiavouane, J., Grulois, D., Wabnitz, C., Naguit, M.R.A., & Andrefouet, S. (2015).
Distribution of Noah’s giant clam, Tridacna noae . Marine Biodiversity, 45, 339 – 344.
Deboer, T.S., Naguit, M.R.A., Erdmann, M.V., Ablan-Lagman, M.C.A., Carpenter, K.E., Toha, A.H.A., Barber,  P.H.  (2014a).  Concordant  phylogenetic  patterns  inferred  from  mitochondrial  and microsatellite DNA in the giant clam Tridacna crocea . Bulletin of Marine Science, 90, 301 – 329. Deboer, T.S., Naguit, M.R.A., Erdmann, M.V., Ablan-Lagman, M.C.A., Ambariyanto, Carpenter, K.E., Toha,  A.H.A.,  &  Barber,  P.H.  (2014b).  Concordance  between  phylogeographic  and biogeographic  boundaries  in  the  Coral  Triangle:  Conservation  implications  based  on comparative analyses of multiple giant clam species. Bulletin of Marine Science , 90 (1), 277 – 300. doi: 10.5343/bms.2013.1003
Ecube, K.M.A., Villanueva, E.G., Dolorosa, R.G., & Cabaitan, P.C. (2018). Notes on the fisrt record of Tridacna  noae (Roding,  1798)  (cardiidae:  Tridacninae)  in  Palawan,  Philippines. The  Palawan Scientist , 11, 112-115
Findra, M.N., Setyobudiandi, I., Butet, N.A., Solihin, D.D,. (2017). Genetic profile assessment of giant clam genus Tridacna as a basis for resource management at Wakatobi National Park Waters. Ilmu Kelautan , 22(2), 67-74. doi: 10.14710/ik.ijms.22.2.67-74
Harahap,  S.A.,  Yanuar,  Y.,  Ilham,  Y.  (2018).  Diversity  and  abundance  of  giant  clams  in  Anambas Islands, Indonesia. E3S web of Conference s. 47, p.03005. doi: 10.1051/e3sconf/20184703005 Huelsken,  T.,  Keyse,  J.,  Liggins,  L.,  Penny,  S.,  Treml,  E.A.,  &  Riginos,  C.  (2013).  A  Novel  widespread cryptic  species  and  phylogeographic  patterns  within  several  giant  clams  species  (cardiidae: Tridacna)  from  the  Indo-Pacific  Ocean. Plos  ONE, 8(11),  e80858.  doi:  10.1371/journal.pone. 0080858
Hui, M., Kraemer, W.E., Seidel, C., Nuryanto, A., Joshi, A., & Kozhius, M. (2016). Comparative genetic population structure  of three endangered giant clams (Cardiidae: Tridacna species)  through out the Indo-West Pacific: Implications for divergence, connectivity and conservation. Journal of  Molluscan studies, 2(3), 403-414. doi: 10.1093/ mollus/eyw001.
Imtiaz,  A.,  Nor,  S.A.H.,  &  Naim,  D.M.  (2017).  Review:  Progress  and  potential  of  DNA  barcoding  for species identification of fish species. Biodiversitas , 18(4), 1394-1405. doi:  10.13057/biodiv/d180415 Jefri,  E.,  Zamani,  N.P.,  Subhan,  B.,  &  Madduppa  H.  (2015).  Molecular  phylogeny  inferred  from mitochondrial DNA of the grouper epinephelus spp. In Indonesia collected from local fish market.
Biodiversitas , 16(2), 254 – 263. doi: 10.13057/biodiv/d160221
Johnson, M.S., Prince, J., Brearley, A., Rosser, N.L., & Black, R. (2016). Is  Tridacna maxima (Bivalvia: Tridacnidae)  at  Ningaloo  Reef,  Western  Australia?. Molluscan  Research, 36(4),  264 – 270.  doi: 10.1080/13235818.2016.1181141
Keyse, J., Treml, E.A., Huelsken, T., Barber, P.H., DeBoer, T., Kochzius, M., Nuryanto, A., Gardner, J.P.A., Liu, L.L., Penny, S., & Riginos, C. (2018). Historical divergences associated with intermittent land bridges overshadow isolation by larval dispersal in co-distributed species of Tridacna giant clams. Journal of Biogeography, 45, 848 – 858. doi: 10.1111/jbi.13163
Kochzius, M., & Nuryanto, A. (2008). Strong genetic population structure in the boring giant clam, Tridacna  crocea, across  the  Indo-Malay  Archipelago:  implications  related  to  evolutionary processes and connectivity. Molecular Ecology, 17, 3775 – 3787. Kubo, H., & Iwai, K. (2007). On sympatric two species within Tridacna “ maxima ”. Annual Report of Okinawa Fishery and Ocean  Research Center, 68, 205 – 210.
Leatemia, S.P.O., Manumpil,  A.W., Saleky, D.,  & Dailami, M. (2018). DNA Barcode dan Molekuler Filogeni Turbo sp . di Perairan. Prosiding Seminar Nasional MIPA UNIPA Ke- 3, 3, 103 – 114 Liu, J., Cui, D., & Zhang, H. (2017). Giant clams (Cardiidae: Tridacninae) in Hainan Island in the South China Sea. Institute of Deep-Sea Science and Engineering, Chinese Academy of Sciences, 28 Luhuitou Road, Sanya, Hainan 572000, China. (Unpublish)
Liu, J., Cui, D., Wang, H., Chen, J., Liu, H., & Zhang, H. (2020). Extensive cryptic diversity of giant clams ( Cardiidae: Tridacninae ) revealed by DNA-sequence-based species delimitation approaches with new data from Hainan Island, South China Sea. Journal of Molluscan Studies , 86(1), 56-53. doi: 10.1093/mollus/eyz033
Lizano, A.M., & Santos, M.D. (2014). Updates on the status of giant clams Tridacna spp. and Hippopus hippopus in  the  Philippines  using  mitochondrial  CO1  and  16S  rRNA  genes. Philippine  Science Letters, 7(1), 187-200.
Marra-Biggs, P., Fatherree, J., Green, A., Toonen, R.J. (2022). Range expansion and first observation of Tridacna  noae (Cardiidae:  Tridacninae)  in  American  Samoa. Ecology  and  Evolution, 12, e9635. doi: 10.1002/ece3.9635
Militz, T.A.,  Kinch, J., Southgate, P.C. (2015). Population demographics of Tridacna noae (Röding, 1798)  in  New  Ireland,  Papua  New  Guinea. Journal  of  Shellfish  Research, 34(2),  329-335.    doi: 10.2983/035.034.0215
Mohamed, N.A., Yu, Q., Chanfi, M.I., Li, Y., Wang, S., Bao, Z., & Huang, X. (2016). Genetic diversity and population differentiation of small giant clam Tridacna maxima in Comoros islands assessed by microsatellite markers. Springer Plus, 5(1852): 1-7. Nei, M. (1972). Genetic distance between population. Am Nat. 106 (949): 283-292.
Neo, M.L., Liu, L.L., Huang, D., Soong, K. (2018). Thriving population with low genetic diversity in giant clam species Tridacna maxima and Tridacna noae , at DongshaAtoll, South China Sea. Regional Studies in Marine Science, 24, 278-287. doi: 10.1016/ j.rsma.2018.09.001.
Neo,  M.L.,  Low,  J.K.Y.  (2017).  First  observations  of  Tridacna  noae  (Röding,  1798)  (Bivalvia: Heterodonta: Cardiidae) in Christmas Island (Indian Ocean). Marine Biodiversity, 48, 2183-2185. Neo, M.L., Wabnitz, C.C.C., Braley, R.D., Heslinga, G.A., Fauvelot, C., Wynsberge, S.V., Andrefouet, S., Waters, C., Tan, A.S.H., Gomez, E.D., Costello, M.J., & Todd, P.A. (2017). Giant clams (Bivalvia: Cardiidae:  tridacninae):  A  Comprehensive  update  of  species  and  their  distribution,  currents threats and coservation status. Oceanography and Narine Biology: an Annual review, 55, 87-388 Neo, M.L., & Tood, P.A. (2012). Population density and genetic structure of the giant clams Tridacna crocea and T. squamosa on Singapore’s reefs. Aquatic Biology, 14, 265-275.
Nuryanto, A., Duryadi, D., Soedharma, D., & Bloom, D. (2007). Molecular phylogeny of giant clams based on mitochondrial DNA cytochrome c oxidase I gene. Hayati, 14, 162-166.
Prehadi,  P.,  Sembiring,  A.,  Kurniasih,  E.M.,  Rahmad,  R.,  Arafat,  D.,  Subhan,  B.,  &  Madduppa,  H.H.
(2015).  DNA  barcoding  and  phylogenetic  reconstruction  of  shark  species  landed  in  Muncar fisheries  landing  site  in  comparison  with  Southern  Java  fishing  port. Biodiversitas  Journal  of Biological Diversity, 16(1), 55-61.
Ramses,  Syamsi,  F.,  Thamrin,  Nofrizal,  Hamdayani,  Razai,  T.S.,  Kurniawan,  R.  (2020).  Biodiversity  of Bivalvia tridacnidae in Marine Conservation Area: lesson learned from Abang Island, kepulauan Riau Province-Indonesia. Ecotone, 1(1), 33-40 Rosewater, J. (1965). The family Tridacnidae in the Indo-Pacififi c. Indo-Pacifific Mollusca . 1: 347 – 394. Sanger,  F.,  Nicklen,  S.,  Coulson,  A.R.  (1977).  DNA    sequencing  with  chain-terminating  inhibitors.
Proceedding National Academical Science , United Stated of America, 74(12), 5463-5467. Saleky,  D.,  Setyobudiandi,  I.,  Toha,  A.H.A.,  Takdir,  M.,  &  Madduppa,  H.  (2016).  Length  weight relationship  and  population  genetic  of  two  marine  gastropods  species    (Turbinidae:  Turbo sparverius and Turbo bruneus) in the Bird Seascape Papua, Indonesia. Biodiversitas, 17(1), 208 – 217. doi: 10.13057/biodiv/d170130
Setiawan, R., Wimbaningrum, R., Siddiq, A.M., & Saputra, I.S. (2021). Keanekaragaman spesies dan Karaktersitik  habitat  kerang  kima  ( Cardiidae:  Tridacninae )  di  Ekosistem  intertidal  Tanjung  Bilik Taman nasional Baluran. Jurnal Kelautan, 14(3), 254-262
Southgate,  P.C., Braley,  R.D., &  Militz, T.A. (2016). Embryonic and larval development  of the giant clam Tridacna noae (Roding, 1798) (Cardiidae: Tridacninae). Journal of Shellfish Research, 35(4),
777-783
Su, Y., Hung, J.H., Kubo, H., & Liu, L.L. (2014). Tridacna noae (Röding, 1798) – a valid giant clam species separated from T. maxima (Röding, 1798) by morphological and genetic data. Raffles Bulletin of Zoology, 62, 124 – 135.
Tamura, K., Stecher, G., Peterson, D., Filipski, A., & Kumar, S. (2013). MEGA6: Molecular evolutionary genetics analysis version 6.0. Molecular Biology and Evolution, 30(12), 2725-2729.
Tan, E.Y.W., Neo, M.L., &Huang, D. (2022). Assessing taxonomic, functional and phylogenetic diversity of giant clams across the Indo-Pacific for conservation prioritization. Diveristy and Distribution, 28 , 2124-2138. doi: 10.1111/ddi.13609
Triandiza, T., Zamani, N.P., Maddupa, H., & Hernawan, U.H.  (2019). Distribution and abundance of the giant clam (cardiidae: Bivalvia) on Kei Islands, Maluku, Indonesia. Biodiversitas , 20(3), 884- 892. doi: 10.13057/biodiv/d200337
Triandiza,  T.,  Kusnadi,  A.,  Sari,  N.,  Pesilette,  R.N.,  Ainarwowan,  A.,  Suparmo,  &  Sapulete,  S.  (2020).
Keragaman genetik kima kecil ( Tridacna maxima ) di Pulau Kur, Pulau Biak, dan Manado serta implikasinya  untuk  konservasi. Jurnal  Penelitian  Perikanan  Indonesia, 26(3),  167-179.  doi: 10.15578/jppi.26.3.2020.167-179
Yu, S., Liu, S., Jiang, K., Zhang, J., Jiang, Z., Wu, Y. & Trevathan-Tackett SM. (2018). Population genetic structure of the threatened tropical seagrass Enhalus acoroides in Hainan Island, China. Aquatic Botany, 150, 64 – 70. doi: 10.1016/ j.aquabot.2018.07.005.