Вопрос: Как правильно оформить продажу доли в компании?

Лучший ответ:
Налоговые последствия в России и что нужно сделать:
1. Продажу лучше оформить по цене равной инвестиции (все, что вы вносили в компанию), сделанной ООО в американскую компанию. В этом случае у ООО не возникает налогооблагаемого дохода. Продажу нужно оформить договором купли-продажи доли и составить сертификат акций на нового собственника. При этом, старый сертификат необходимо аннулировать. Размер инвестиции нужно определить с учетом первоначального взноса в иностранную компанию, а также последующих внесений.
Последствий сделки в отношении налога на добавленную стоимость не возникает. Реализация долей в уставных капиталах организаций не подлежит налогообложению НДС на основании пп. 12 п. 2 ст. 149 НК РФ.
По налогу на прибыль ООО признает доход от реализации доли в уставном капитале иностранной компании в сумме договорной цены доли (пп. 1 п. 1 ст. 248, п. 1 ст. 249, п. 3 ст. 271 НК РФ) и при этом, делает вычет на стоимость инвестиции на том основании, что согласно пп. 2.1 п. 1 ст. 268 НК РФ при реализации имущественных прав (в том числе долей) налогоплательщик вправе уменьшить доход от реализации на цену приобретения данных имущественных прав (в том числе долей) и на сумму расходов, связанных с их приобретением и реализацией. В случае цены продажи равной размеру инвестиции, дохода не возникает.
Несмотря на это, доходы и расходы по этой сделке должны быть отражены в декларации по налогу на прибыль.  Выручка от продажи имущественного права (доли в УК другой организации) признается доходом от реализации в совокупности с другими доходами и отражается в Приложении N 1 к листу 02 по строке 010, в том числе в расшифровке по строке 013 (выручка от реализации имущественных прав). Итоговая сумма доходов от реализации показывается по строке 040 (п. 6.1 разд. VI Порядка заполнения налоговой декларации по налогу на прибыль организаций, утвержденного Приказом ФНС России от 26.11.2014 N ММВ-7-3/600@ (далее - Порядок заполнения декларации)).
Расходы на покупку проданных имущественных прав отражаются по строке 059 Приложения N 2 к листу 02. Итоговая сумма признанных расходов показывается по строке 130 (п. 7.1 разд. VII Порядка заполнения декларации). 
2. ООО должно подать в налоговый орган «Уведомление о своем участии в иностранных организациях» в связи с окончанием участия в иностранной организации в течение 3 месяцев со дня продажи доли.
Кроме того, ООО должно подать в налоговый орган «Уведомление о контролируемых иностранных компаниях» за период, в котором ООО являлось контролирующей организацией и отчитаться по полученному доходу, а также предоставить бухгалтерскую отчетность иностранной компании. Такое уведомление подается в налоговый орган «в срок не позднее 20 марта года, следующего за налоговым периодом, в котором контролирующим лицом признается доход в виде прибыли контролируемой иностранной компании в соответствии с главой 23 или 25 настоящего Кодекса.»
При этом, на основании Ст. 25.13-1 НК прибыль контролируемой иностранной компании освобождается от налогообложения если, в частности, эффективная ставка налогообложения доходов (прибыли) для этой иностранной организации составляет не менее 75 процентов средневзвешенной налоговой ставки по налогу на прибыль организаций. Американские компании уплачивают налог на прибыль по прогрессивной шкале, начиная с минимальной налоговой ставки 15%, что соответствует 75% от российской ставки 20% по налогу на прибыль организаций. На этом основании доход КИК не будет облагаться в РФ.
Так же стоит иметь в виду, что на основании п.7 Ст. 25.15 НК прибыль КИК не будет облагаться, если ее размер не превышает 10 млн. руб. (30 млн. руб. за 2016 год). Тот факт, что прибыль КИК на том или ином основании не является облагаемым доходом контролирующего лица, не освобождает от обязанности подачи Уведомления о контролируемых иностранных компаниях.
Одновременно с предоставлением ООО Уведомления об окончании участия, физическое лицо – приобретатель доли, должен предоставить «Уведомление о своем участии в иностранных организациях» от своего имени в связи с приобретением доли. 
Поскольку физическое лицо приобретает контроль над иностранной компанией, на него ложатся обязанности ежегодно декларировать свое участие и контроль, а также получение дохода и предоставление бухгалтерской отчетности контролируемой иностранной компании.
Желаю успеха в реализации задуманного!

Худший ответ:
Переоформить на нового владельца российское ООО и не парить мозги.