Вопрос: Как ускорить вставку данных в таблицу с 500 млн записей?

Лучший ответ:
Тут пишут про "не лучшее решение" а для каких задач? Автор скажите как пользоваться планируете! Для чтения много запросов? Пропорция чтения / записи какая? 80 чтений, 20 записи? Тогда индексы не удалять точно. Да и вообще вредные советы в духе "вставить пакетно без индексов".. угу, а потом ждать пока индексы построятся по этим миллионам? А если у человека записи идут постоянные, т.е это не 100% чтений, ему что удалять каждый раз индексы, вставлять данные, и заного индексы создавать? Удалять индексы можно 1 раз, для огромного пакета и при отсутствии последующих вставок в течении продолжительного времени, иначе пересоздавать и удалять - не вариант.
Далее, советовали поменять на InnoDB - полностью поддерживаю. MyISAM очень привередлив и может легко корруптится (пруф сейчас не найду), и рекомендуется уж большие то базы (а особенно важные, даже не большие, но большие особенно) точно держать в InnoDB или xtraDB (MariaDB улучшенная версия InnoDB). Там восстановление после сбоев адекватное. По скорости работы надо проводить конкретные замеры для вашей нагрузки (чтений, записи, вашего железа), чтобы еще найти момент на котором MyISAM будет быстрее, что не факт. А восстановление после сбоев дорогого стоит.
Что касается основного подхода: держите индексы в ОЗУ, впрочем Mysql сам это и делает, когда выделяете достаточно оперативки. в MyISAM опции погуглите для задания (если на нем останетесь). А для InnoDB нужно задавать следующие параметры
innodb_buffer_pool_size=1024M
innodb_log_buffer_size=4M
innodb_log_file_size=48M
innodb_log_files_in_group = 2
по их настройке есть целые статьи и книги (от Зайцева в оригинале найдите если нужны подробности). От себя скажу что innodb_buffer_pool_size основная опция для держания всего в ОЗУ, если не умещаются индексы, данные, т.е. по замерам идет подкачка на диск смотрите read/write по дискам.. под linux iostat -dx 5 ; vmstat 5 ; iotop в помощь
innodb_log_buffer_size и innodb_log_file_size задается от размера вставок, чтобы не копились в оперативке слишком много или мало - влияет на сброс лога на диск, читайте подробности и настраивайте по своей нагрузке на запись, точные цифры никто не скажет (правило настройки есть в книге и статьях).
innodb_flush_log_at_trx_commit - доп опция, читайте что делает, может пригодиться, но для надежности лучше default.
Если есть достаточное железо т.е. ОЗУ и диски в raid 10, то InnoDB (xtraDB) обеспечат вам адекватную вставку в 500млн таблицу с вашей несложной структурой. И чтение из нее обеспечат.
p.s. еще человек предложил "нужно делать шардинг и держать данные в разных базах " -- частично поддерживаю. Т.е. это может быть решением если вы сможете на нескольких физических дисках (или даже серверах, но можно и на разных дисках одного серва) держать разные шарды (по-простому - части (не копии) своей области таблицы). Но это если у вас прям очень много записей. Шардинг призван ускорить запись за счет распараллеливания (по дискам, серверам).
Хотя по вашей базе я не вижу где тут прямо очень часто надо что-то менять. Новые юзеры часто добавляются? Данные меняются каких полей и как часто? Может не всю таблицу привели и там еще что-то?

Худший ответ:
Я бы попробовал заполнить всю таблицу пустыми записями, и при регистрации модифицировал бы их запросом UPDATE. Это чтобы каждый раз не перестраивались индексы, и не происходило копирование файла при добавлении новых записей.
Сама таблица должна иметь вид:CREATE TABLE `users` (
  `id` int(11) PRIMARY KEY AUTOINCREMENT,
  `group_id` int(11) DEFAULT NULL,
  `email_id` int(11) DEFAULT NULL,
  `reg_time` timestamp NULL DEFAULT NULL
);
С таблицей e-mail-ов примерно та же схема, только varchar(255) надо заменить на char(63) или char(127), чтобы под текст выделялось место определённого размера в файле таблицы.