16S rRNK. 16S rRNK — prokaryotik organizmlar ribosomalarning asosini tashkil etuvchi rRNKning uchta asosiy turidan biri hisoblanadi. Prokaryotik mikroorganizmlarda jami uch xil rRNK topilgan: 23S va 5S ribosomaning katta boʻlinmasida (50S), 16S esa ribosomaning kichik boʻlinmasida (30S) joylashgan. Bu ribosomal RNKdagi S ning manosi shuki — makromolekulalarning choʻkish tezligini bildiradi. Qancha makromolekula katta boʻlsa raqamham shuncha kattalashib boradi. Bu uchta tur ribosomalar eukaryotik organizmlarda ham uchraydi faqat 16S rrnk oʻrniga analogi 18S rrnk boʻladi. Bugungi kunga qadar 16S rRNK va 18S rRNKdagi nukleotidlar ketma-ketligi turli yovvoyi tabiatning 400 dan ortiq turlarida oʻrganilgan. 16S rRNK gen ketma-ketligi asosan bakteriyalar va arxeyalarning filogenetikasini oʻrganishda qoʻllanadi. 2010-yildan buyon ushbu mavzu boʻyicha tadqiqotlarni birlashtirgan Earth Microbiome loyihasi ishga tushirildi. Shuningdek, 16S rRNK gen ketma-ketligi patogen bakteriyalar boʻyicha tibbiy tadqiqotlar uchun ishlatiladi.. Oʻrganilish tarixi. 16S rRNK birinchi boʻlib 1959-yilda Eyzenberg va Litaur Escherichia coli bakteriyaning RNKsining fizik xususiyatlarini oʻrganish boʻyicha tajribalar davomida ajratib olingan. RNK va DNK eritmalarining qovushqoqliklarini solishtirishga asoslanib, ular RNKni bir zanjirli molekula ekanligini aniqladi. Bakterial hujayralardan ajratilgan RNK molekulalarini ajratishda choʻkma koeffitsientlari qiymatlarida farq qiluvchi ikkita RNK fraktsiyasi aniqlandi. Engil fraktsiya uchun koeffitsient 16S ga, ogʻirroq fraktsiya uchun esa 25S ga teng boʻLgan. Keyinchalik, 1960-yillarda A. Belozerskiy va A. Spirin rRNK barcha hujayra RNKsining 80-90 % ni tashkil etishini aniqladilar. Shuningdek, ular birinchi marta prokaryotik va eukaryotik organizmlarda rRNKning tuzilishi va tarkibidagi farqni tasvirlab berdilar. Mitoxondriya va xloroplastlarda prokaryotik tipdagi ribosomalar va rRNK ning topilishi simbiogenez nazariyasining isbotlaridan biriga aylandi.. Tuzilishi. Birlamchi tuzilishi. 16S rRNKning birlamchi tuzilishi bir zanjirli ketma-ketlik bilan joylashgan 1600 ta ribonukleotiddan iborat. 16S rRNK geni V1-V9 deb belgilangan toʻqqizta giperoʻzgaruvchan hududni oʻz ichiga oladi. Giperoʻzgaruvchan — uzoq qorindosh organizmlarda ketma-ketligi bir-biridan sezilarli darajada farq qiladigan, biroq yaqin qarindosh organizmlarda maʼlum foiz oʻxshashlikka ega boʻlgan hududlardir. Ikkilamchi tuzilma. 16S rRNKning ikkilamchi strukturasida 4 ta aniq belgilangan domenni ajratib koʻrsatish mumkin: 16S rRNK maʼlumotlar bazalari. Boshqa koʻplap genlar singai 16S RNK genining ketma — ketligining oʻqilishi natijasida ju’da koʻplap malumotlar yi’gila boshladi. 16S RNK gen ketma — ketligini aniqlashda hozirda qoʻllanadigan usullar quyidagicha: Keyinchalik, aniqlangan nukleotid ketma ketliklar 16S RNK genining aniqlangan ketma-ketligi bilan taqqoslanadi. EzBioCloud. Ilgari EzTaxon nomi bilan nomlangan EzBioCloud maʼlumotlar bazasi 2020-yil fevral holatiga koʻra 65342 bakterial va arxeal 16S rRNK ketma-ketligini oʻz ichiga olgan toʻliq ierarxik taksonomik tizimdan tashkil topgan. EzBioCloud maʼlumotlar bazasi tizimli ravishda tuziladi va muntazam yangilanadi. Bundan tashqari, maʼlumotlar bazasi veb-saytida prokaryotik genomlarning ikkita ketma-ketligi oʻrtasidagi foiz oʻxshashligini topish uchun ANI kalkulyatori, ikkita ketma-ketlik uchun juft- juft moslashtirish vositasi va boshqalar kabi bioinformatika vositalari taqdim etadi. Ribosomal maʼlumotlar bazasi loyihasi (RDP). RDP — bu rRNK ketma-ketligi haqida maʼlumot va tegishli dasturlar va xizmatlarni taqdim etuvchi maʼlumotlar bazasi. Masalan: filogeniya boʻyicha rRNK moslashuvlari, moslashishdan kelib chiqqan filogenetik daraxtlar, rRNKning ikkilamchi tuzilmalari va rRNK genini tadqiq qilish uchun maʼlumotlarni vizuallashtirish va tahlil qilish uchun turli dasturlar kiradi. Koʻpgina dasturiy paketlar yuklab olish va erkin foydalanish uchun mavjud. Silva Silva — qoʻlda tekshirilgan va muntazam yangilanib turuvchi ribosoma kichik subbirligi (16S/18S) va katta [[ribosoma]] subbirligi (23S/28S) rRNK ketma-ketligining barcha maʼlumotlarni oʻz ichiga olgan maʼlumotlar bazasi. Shuningdek, bu maʼlumotlar bazasiga asoslanib, praymer loyihalash va filogenetik daraxtlarni qurish uchun foydalaniladi. Manbalar. [[Turkum:Biologiya]]