Hành chính Việt Nam thời Nam Bắc triều phản ánh bộ máy chính quyền trung ương tới địa phương của hai triều đình Lê-Mạc từ năm 1527-1592 trong lịch sử Việt Nam. Bộ máy hai triều đình nhà Mạc và Lê trung hưng cơ bản mô phỏng theo mô hình tổ chức của nhà Lê sơ. Đặc biệt trong bối cảnh chiến tranh Nam-Bắc triều, nhà Mạc không có điều kiện thực hiện nhiều thay đổi, xáo trộn so với thời trước. Bộ máy chính quyền thời Mạc Thái Tổ về đại thể vẫn theo mô hình thời nhà Hậu Lê. Giúp việc cho hoàng đế là trung khu gồm các quan tam thái (thái sư, thái uý, thái bảo), tam thiếu (thiếu sư, thiếu uý, thiếu bảo) tương đương với hàm chánh nhất phẩm, chánh nhị phẩm của triều Lê. Người giữ chức vụ này ban đầu phần lớn là các quan lại cũ của nhà Hậu Lê như Nguyễn Quốc Hiến, Nguyễn Thì Ung. Đứng đầu ban võ là Đô chỉ huy sứ, Đô chỉ huy đồng tri và Đô chỉ huy thiêm sự, tương đương với hàm tam phẩm, chánh tứ phẩm, chánh ngũ phẩm thời Lê. Sử sách chép lại không nhiều về cơ chế bộ máy quan liêu nhà Mạc. Về nhân sự trong thời kỳ đầu, nhà Mạc tranh thủ các tướng lĩnh, quan lại cũ của nhà Lê có quan hệ thân thiết với nhà Mạc. Đồng thời, nhà Mạc tuân theo pháp độ của nhà Lê. Sau một thời gian, nhà Mạc tăng cường bổ sung đội ngũ quan lại mới thông qua việc đào tạo nhân tài và tổ chức các kỳ thi cử đều đặn 3 năm một lần để dần dần thay thế. Bộ máy hành chính giai đoạn này dựa theo thời Lê Thánh Tông trước đây. Đầu não là Đại Tư đồ, Đại Tư mã, Đại tư không, Tam thái (Thái sư, thái úy, thái bảo), Tam thiếu (Thiếu sư, thiếu úy, thiếu bảo). Trong triều đình vẫn có tổ chức Lục bộ là Lại Bộ, Lễ Bộ, Hộ Bộ, Binh Bộ, Hình Bộ, Công bộ. Mỗi bộ có một viên "Thượng thư" và 2 "Tả bộ thị lang" và cơ quan thường trực là "Vụ tư sảnh" đứng đầu. Thượng thư có hàm Tòng nhị phẩm, Thị lang có hàm Tòng tam phẩm, còn viên Tư vụ ở Vụ tư sảnh chỉ có hàm tòng bát phẩm. Giám sát Lục bộ là Lục khoa tương ứng. Giúp việc cho Lục bộ là lục tự, gồm Đại lý tự, Thái thường tự, Quang lộc tự, Thái bộc tự, Hồng lô tự, Thượng bảo tự. Về ban võ, họ Trịnh điều hành phỏng theo chế độ của thời Lê sơ. Quân lính chia làm 5 phủ gồm đô đốc phủ: trung quân, bắc quân, nam quân, tây quân, đông quân. Mỗi phủ có chức Tả, Hữu đô đốc, Đồng tri và Thiêm sự. Các đơn vị hành chính thời Mạc cơ bản vẫn giữ như thời Lê sơ, ngoài kinh đô Thăng Long thì chia làm 13 đơn vị hành chính gọi là "đạo". Những biến động chủ yếu về lãnh thổ là: từ năm 1533 nhà Lê trung hưng phục hồi và tấn công về Thanh Hóa rồi đến giữa thế kỷ 16 làm chủ thêm Nghệ An. Từ năm 1558 làm chủ Thuận Hóa, tới năm 1572 làm chủ Quảng Nam, toàn bộ phía nam không còn trong tay nhà Mạc. Các đơn vị hành chính như sau: Tức trung tâm Hà Nội hiện nay. Gồm có 2 huyện: Quảng Đức và Vĩnh Xương Gồm có 1 phủ: Riêng châu Vĩnh An từ năm 1540 Mạc Đăng Dung cắt cho nhà Minh, nay thuộc Quảng Tây, Trung Quốc Thời Mạc, các đơn vị hành chính trung gian thời Lê sơ như "trấn, lộ" không còn, thay vào đó có đơn vị "tổng" trung gian giữa huyện và xã - vốn hình thành cuối thời Lê sơ. Trình tự các đơn vị hành chính là: "đạo - phủ - huyện - tổng - xã". Dưới xã là thôn. Một xã có thể có nhiều thôn, thường là 3 hoặc 4 thôn; cũng có xã chỉ có 1 thôn duy nhất ("xã nhất thôn"). Mỗi thôn trung bình có khoảng 80-100 hộ gia đình. Mỗi đơn vị hành chính cấp cơ sở từ "đạo" trở xuống đều có các quan trấn trị. Tại các đạo có Giám sát ngự sử, tham chính. Tại các phủ đứng đầu là Phủ sĩ, tại các huyện đứng đầu là Huyện thừa, Tri huyện. Tại các tổng đứng đầu là các Tổng chính, Trùm tổng. Tại các xã đứng đầu là Xã trưởng, Xã xử, xã chính, xã quan, Câu đương. Đối với các vùng xa xôi, nhà Mạc cử các quan lại tin cẩn của triều đình đến trấn trị như Tiến sĩ Nguyễn Khắc Cần làm Giám sát ngự sử đạo Thanh Hoa hay tiến sĩ Nguyễn Đông Diễn làm Giám sát ngự sử đạo Quảng Nam. Nhà Mạc cố gắng củng cố chính quyền các cấp, đặc biệt quan tâm tới chính quyền cơ sở, thông qua duy trì cấp hành chính tổng và chú ý tới bộ máy chức dịch làng xã. Các xã trưởng có nhiệm vụ chính là thu thuế, tuyển quân, điều dân làm lao dịch như thời Lê sơ. Trên thực tế, hoạt động của bộ máy chức dịch địa phương thời Mạc được đánh giá là có hiệu quả cao. Tại một số thôn xã thời Mạc còn có tổ chức quần chúng gọi là "giáp". Giáp thời Mạc không mang tư cách một đơn vị hành chính vốn duy trì từ thời Bắc thuộc sang thời Tự chủ (tới thời nhà Trần đã đổi là "hương"), mà đã biến tướng trở thành một tổ chức xã hội tự nguyện của quần chúng nông dân trong làng xã. Các nhà nghiên cứu căn cứ trên các văn bia xác định: tổ chức "giáp" thời Mạc bao gồm những người khác huyết thống; hơn thế nữa giáp không chỉ dành cho nam giới mà dành cả cho nữ giới. Đó là nét cởi mở trong tổ chức quần chúng giáp thời Mạc. Giáp được đánh giá là tổ chức mang tính thuần phác, trong sáng trong đời sống sinh hoạt của người dân nông thôn, chưa bị quan lại các cấp khai thác. Kể từ những năm 1540 trở về sau, khi nhà Lê trung hưng dần dần mạnh lên, nhà Mạc không còn quản lý được vùng đất từ Thanh Hóa trở vào. Vùng đất thuộc quyền kiểm soát của nhà Mạc chỉ bao gồm 8 đạo: Hải Dương, Sơn Nam, Lạng Sơn, Thái Nguyên, Hưng Hóa, Sơn Tây, An Bang, Kinh Bắc. Tới năm 1570 khi Nguyễn Hoàng được điều vào trấn thủ Quảng Nam (kiêm Thuận Hóa trước đó), nhà Mạc còn cử Mạc Lập Bạo vào đánh chiếm lại một lần nữa (1572) nhưng không thành công. Hành chính nhà Mạc dù mô phỏng theo nhà Lê sơ nhưng sự kiểm soát không ngặt nghèo như nhà Lê sơ. Ngoài yếu tố chiến tranh, các nhà nghiên cứu cho rằng điều này còn do sự thông thoáng cởi mở của triều đình về mặt tư tưởng nên yếu tố cung đình dần dần nhường chỗ cho xu hướng dân gian hóa. Trong vùng nhà Lê trung hưng kiểm soát không có thay đổi đáng kể nào so với thời Lê sơ và đầu thời Mạc.