oxy hóa bêta là quá trình phân giải các axít béo (dưới dạng Acyl-CoA) thành Acetyl-CoA, "nhiên liệu" không thể thiếu của chu trình Krebs trong quá trình hô hấp hiếu khí. Việc phân giải các axít béo được thực thi trong các ti thể và thể peroxi. Quá trình oxy hóa bêta có thể được chia làm 3 giai đoạn chính: Axít béo được oxy hóa tại phần lớn các mô trong cơ thể. Một số trường hợp ngoại lệ thì không thể thực thi quá trình oxy hóa chất béo một cách hiệu quả (não) hoặc hoàn toàn không thể thực thi được (hồng cầu hay phần tủy của tuyến thượng thận). Các axít béo có thể thâm nhập qua lớp màng sinh chất vì chúng kém tan trong nước nhưng có thể tan tốt trong chất béo. Khi axít béo đã có mặt trong tế bào chất, việc kích hoạt chúng được xúc tác bởi enzyme acyl CoA béo dài synthetase. Cụ thể, một phân tử axít béo sẽ phản ứng với ATP để hình thành một phân tử acyl adenylat béo và một phân tử pyrophosphat vô cơ. Acyl adenylat béo sẽ phản ứng với các coenzyme A tự do để hình thành este acyl-CoA béo và AMP. Acyl-CoA béo lại phản ứng tiếp với carnitine để hình thành acylcarnitine và được chuyển vận qua lớp màng trong của ti thể bởi Natri glutamat. Một khi đã được chuyển vào trong ti thể, axít béo trải qua nhiều chu trình trình oxy hóa bêta cho đến khi mạch cacbon của axít phân rã hoàn toàn. Mỗi chu trình như vậy giải phóng một acetyl CoA chứa 2 nguyên tử cacbon và trải qua 4 bước như sau: Chu trình này cứ lặp đi lặp lại cho tới khi toàn bộ mạch C của axít béo bị cắt thành các acetyl CoA. Chu trình oxy hóa cuối cùng sẽ tạo ra 2 phân tử acetyl CoA thay vì 1 acyl CoA và 1 acetyl CoA như trước. Cứ mỗi chu trình thì Acyl CoA lại ngắn đi 2 cacbon và một phân tử FADH2, đồng thời một phân tử NADH và một phân tử acetyl CoA được sản sinh ra. Việc oxy hóa bêta của các axít béo không no gặp phải một vấn đề lớn khi vị trí của liên kết cis có thể ngăn cản việc hình thành của một liên kết trans-Δ2. Vấn đề này phải được giải quyết với sự có mặt của 2 enzyme mới. Ở đây, bất kể cấu trúc của mạch C như thế nào, quá trình oxy hóa bêta chỉ dừng lại cho đến khi acyl CoA (vì sự hiện diện của một liên kết đôi) không còn là cơ chất thích hợp cho các enzyme "acyl CoA dehydrogenase" và "enoyl CoA hydratase" nữa. Vì vậy: Nói ngắn gọn: Axít béo mạch C lẻ thường được tìm thấy trong thực vật và một số sinh vật biển. Nhiều động vật nhai lại sản sinh ra một lượng lớn các axít propionic có mạch 3 cacbon trong quá trình lên men hydratcacbon trong dạ cỏ. Các axít mạch lẻ được oxy hóa giống như mạch chẵn, tuy nhiên sản phẩm cuối cùng là propionyl-CoA chứ không phải acetyl-CoA. Propionyl-CoA này sẽ được carboxyl hóa bằng việc đặt một ion bicacbonat vào trong đồng phân lập thể dạng D của methylmalonyl-CoA, phản ứng này sẽ bao hàm sự tham gia của cofactor biotin, ATP, và enzyme propionyl-CoA carboxylase. Ion bicacbonat sẽ được cộng thêm vào cacbon giữa của propionyl-CoA, hình thành nên D-methylmalonyl-CoA. D-methylmalonyl-CoA sẽ được enzyme methylmalonyl-CoA epimerase xúc tác chuyển thành đồng phân dạng L của nó và sau đó enzyme methylmalonyl-CoA mutase sẽ thay đổi cấu trúc của L-methylmalonyl-CoA (yêu cầu sự tham gia của B12 với tư cách là coenzyme) để hình thành succinyl-CoA, một thành viên của chu trình Krebs. Vì nó không được hoàn toàn chuyển hóa trong chu trình Krebs, vì vậy sản phẩm của nó sẽ được tái chế trong một quá trình gọi là phản ứng bổ sung ("cataplerosis") và vì vậy các chất trung gian của chu trình Krebs được phục hồi. Những axít béo quá dài đến mức ti thể không đảm đương nổi (được cho là các axít có mạch C nhiều hơn 22 cacbon) thì thể peroxi sẽ xử lý chúng. Tuy nhiên thể peroxi chỉ thực thi một phần của quá trình: chúng dừng việc oxy hóa lại cho đến khi hình thành các octanyl CoA - tức Acyl CoA mạch 8 cacbon. Đến đây thì các octanyl CoA được chuyển qua ti thể để xử lý nốt phần còn lại của công việc. Một khác biệt lớn của quá trình oxy hóa bêta trong thể peroxi là nó không sản sinh ra ATP. Các điện tử mang điện thế cao sản sinh trong quá trình này sẽ được chuyển sang các phân tử O2 và hình thành nên H2O2. Enzyme catalase, enzyme đặc trưng chỉ được tìm thấy trong thể peroxi, sẽ có nhiệm vụ khử cácH2O2 thành nước và ôxi. Việc oxy hóa bêta các axít béo trong thể peroxi cũng đòi hỏi các enzyme đặc trưng dùng cho việc xắt nhỏ các axít béo ngoại cỡ. Có thể liệt kê ra 3 đặc điểm khác biệt quan trọng giữa các enzyme dùng bởi ti thể và thể peroxi trong quá trình này: Quá trình oxy hóa bêta diễn ra trong thể peroxi được kích thích bởi các bữa ăn mang hàm lượng chất béo cao, hay bởi các loại thuộc hạ lipid huyết như clofibrate.