Tranh chấp lãnh thổ giữa hai nước diễn ra từ năm 1951 cho tới nay, bao gồm cả tranh chấp biên giới trên bộ và trên biển, xuất phát từ cách nhìn nhận khác nhau của hai bên về Công ước Pháp-Thanh 1887 giữa Pháp (đại diện cho Việt Nam) và Nhà Thanh (đại diện cho Trung Quốc). Trên bộ, tranh chấp xảy ra trên nhiều mảnh lãnh thổ nhỏ dọc biên giới, với tổng diện tích khoảng 60 km². Trong những năm 1951-1975, chính phủ Việt Nam Cộng hòa bác bỏ những tuyên bố của Trung Quốc về chủ quyền lãnh thổ trên bộ và trên biển. Từ năm 1976, chính quyền Việt Nam (thống nhất) thể hiện lập trường tương tự. Tranh chấp lãnh thổ giữa hai quốc gia là một trong những nguyên nhân góp phần làm xảy ra cuộc Chiến tranh biên giới Việt-Trung năm 1979. Năm 1999, hai nước ký kết Hiệp định biên giới, theo đó giải quyết tranh chấp trên 227 km² biên giới, với kết quả mỗi bên nhận xấp xỉ 50% diện tích có tranh chấp. Việt Nam giành lại được độc lập từ Trung Quốc từ năm 939. Hòa ước Thiên Tân 1885 và Công ước 1887, 1895 ký kết giữa Nhà Thanh (Trung Quốc) và Thực dân Pháp công nhận 750 km vuông của tổng Tụ Long ở Vân Nam cũng như mũi Bắc Luân (Packlung) ở Quảng Đông là của Trung Quốc. Kể từ khi Việt Nam Dân chủ Cộng hòa thành lập năm 1945, biên giới Việt-Trung trải qua một giai đoạn dài tương đối yên bình. Biên giới giữa hai nước là đường biên giới Pháp-Thanh phân định năm 1887, theo đó trên tuyến biên giới có 333 cột mốc. Tuy nhiên các cột mốc biên giới này không được coi sóc cẩn thận, một số cột mốc bị thời gian làm hư hại, hoặc "bị dịch chuyển về phía nam, nhưng Việt Nam khi đó đang tập trung tâm trí vào cuộc Chiến tranh Việt Nam, và Trung Quốc nói với Việt Nam biên giới không phải là vấn đề lớn, hai bên có thể để về sau giải quyết" Trong những năm 1970, tình hình thay đổi, Trung Quốc tỏ ý muốn giải quyết vấn đề biên giới theo hướng có lợi cho họ. Đây cũng là cách mà Trung Quốc dùng để thăm dò thái độ của Việt Nam với Trung Quốc trong tương quan với Liên Xô. Trung Quốc cho rằng nếu những bất đồng về vấn đề biên giới trên bộ, cũng như chủ quyền các quần đảo Hoàng Sa và Trường Sa được giải quyết thì uy tín và vị thế của Trung Quốc trong mối liên hệ tay ba Việt Nam - Trung Quốc - Liên Xô sẽ tăng lên, và giảm thiểu khả năng Liên Xô sử dụng vấn đề tranh chấp lãnh thổ để lôi kéo Việt Nam và gây hiềm khích Việt Nam-Trung Quốc. Vì lẽ đó, Trung Quốc có lẽ đã bị bất ngờ khi Việt Nam từ chối đàm phán với Trung Quốc ở cấp cao để giải quyết mâu thuẫn lãnh thổ, lấy lý do "còn quá nhiều việc phải làm để giải phóng miền Nam". Theo Robert Ross, lý do của hành động này có lẽ là Việt Nam muốn trì hoãn đàm phán, chờ khi vị thế của mình được nâng lên với sự ủng hộ từ Liên Xô, để làm đối trọng với Trung Quốc. Tháng một năm 1974, hải quân Trung Quốc đụng độ với hải quân Việt Nam Cộng hòa tại quần đảo Hoàng Sa và chiếm đóng các đảo này. Tới đầu tháng 2 năm 1974, đến lượt hải quân Việt Nam Cộng hòa đổ bộ và chiếm giữ sáu đảo thuộc quần đảo Trường Sa. Với sự kiện thứ nhất, các nhà lãnh đạo Việt Nam Dân chủ Cộng hòa lên tiếng kêu gọi các bên liên quan tiến hành thương thảo, nhưng im lặng khi sự kiện thứ hai xảy ra, và như vậy thực tế đã ngấm ngầm ủng hộ nhà cầm quyền Việt Nam Cộng hòa. Có thể nói như vậy tranh chấp lãnh thổ giữa Việt Nam và Trung Quốc đã âm ỉ diễn ra từ năm 1974. Tới sau năm 1975, tới lượt Việt Nam muốn đặt vấn đề đàm phán lại đường biên giới được phân định theo Hiệp định Pháp-Thanh, đặt vấn đề đường biên giới lịch sử với 15 vùng lãnh thổ nhỏ tại Vân Nam và Quảng Tây. Những đòi hỏi này khiến Trung Quốc bực tức, góp phần làm quan hệ hai nước trở nên xấu đi. Cho tới đầu năm 1978, đã có hàng trăm vụ xung đột vũ trang trên biên giới diễn ra, với mật độ ngày càng cao. Tuy nhiên, truyền thông Trung Quốc im lặng trước những vụ việc này, Trung Quốc tỏ ra bình tĩnh hơn Việt Nam, dường như họ không muốn xảy ra một cuộc chiến tranh truyền thông giữa hai nước, không muốn căng thẳng lên cao. Trong khoảng thời gian từ tháng 4 cho tới tháng 8 năm 1978, quan hệ giữa hai nước trở nên đặc biệt xấu. Cùng với cuộc khủng hoảng Hoa kiều, vấn đề Campuchia, quan hệ Việt Nam - Liên Xô và các vụ tranh chấp biên giới, Trung Quốc không còn giữ thái độ kiềm chế mà bắt đầu lớn tiếng đe dọa, buộc Hà Nội phải chấp thuận các yêu sách từ Trung Quốc. Trung Quốc bắt đầu tính đến khả năng dùng vũ lực để đối phó với Việt Nam. Ngày 3 tháng 11 năm 1978, Việt Nam ký kết Hiệp ước Hợp tác và Hữu nghị với Liên Xô, ngay sau đó, Nhân dân Nhật báo của Trung Quốc bắt đầu đăng các bài tố cáo Việt Nam tiến hành xâm phạm và khiêu khích trên biên giới với Trung Quốc. Về phần mình, Việt Nam cũng có những lý do chính đáng để tỏ ra không hài lòng với Trung Quốc. Việt Nam cho biết, phía Trung Quốc thực hiện chính sách dịch chuyển các cột mốc biên giới tại rất nhiều điểm vào sâu trong nội địa Việt Nam, cũng như sử dụng lực lượng vũ trang hộ tống dân cư Trung Quốc lấn sang đất Việt Nam. Một trong những địa điểm tranh chấp quan trọng nhất là 300m đường sắt vào sâu trong lãnh thổ Việt Nam từ điểm nối đường ray cho tới trạm kiểm soát biên giới gần Hữu Nghị Quan, do công nhân Trung Quốc bảo dưỡng với sự chấp thuận của Việt Nam từ năm 1955. Phía Trung Quốc tố cáo Việt Nam lấn chiếm nơi này, còn Việt Nam tố cáo Trung Quốc lợi dụng lòng tin của Việt Nam đặt điểm nối đường ray vào sâu trong lãnh thổ Việt Nam để lấn chiếm đất. Việt Nam cũng tố cáo Trung Quốc phá hủy cột mốc số 18 và dịch chuyển cột km số 0 vào sâu trong lãnh thổ Việt Nam 100m. Sau chiến tranh biên giới 1979, mặc dù tuyên bố rút quân, nhưng quân Trung Quốc vẫn chiếm đóng khoảng 60 km² lãnh thổ biên giới có tranh chấp mà trước đó Việt Nam kiểm soát, trong đó có 300 m đường xe lửa giữa Hữu Nghị Quan và trạm kiểm soát biên giới Việt Nam.. Trung Quốc cũng chiếm một số điểm cao chiến lược dọc biên giới Việt Nam, nhằm làm bàn đạp cho các cuộc tấn công quân sự sau này. Xung đột vũ trang vẫn liên tục xảy ra sau đó trên tuyến biên giới giữa hai nước trong suốt thập niên 1980. Kể từ nửa sau năm 1988, tình hình căng thẳng trên biên giới hai nước lắng xuống, rồi tới cuối năm các hoạt động buôn bán qua lại biên giới bắt đầu trở lại. Hai phía bắt đầu nối lại các hoạt động đàm phán về bình thường hóa quan hệ và giải quyết vấn đề biên giới. Quan hệ giữa hai nước đặc trưng bởi hình ảnh hữu hảo của các chuyến viếng thăm cao cấp qua lại giữa hai nước, diễn ra đồng thời với sự căng thẳng liên quan đến chủ quyền lãnh thổ, đặc biệt là trên Biển Đông, cả hai bên tiếp tục tuyên bố khẳng định chủ quyền trên các vùng có tranh chấp. Trên bộ, sự kiện nghiêm trọng nhất là việc tháng 5 năm 1997 Trung Quốc cho xây dựng một bờ kè kéo dài một cây số tại khúc sông chảy qua Đồng Mô, thuộc huyện Bình Liêu, tỉnh Quảng Ninh đối diện với khu Phòng Thành, tỉnh Quảng Tây, Trung Quốc. Theo Việt Nam, việc làm này vi phạm Thỏa ước tạm thời giữa hai phía không thay đổi nguyên trạng hiện trường, gây hại đến hệ thống thủy lợi tưới tiêu, cũng như làm xói lở đất bên bờ sông thuộc Việt Nam. Để đáp lại, tới tháng 9 cùng năm, Việt Nam cho xây một bờ kè đá để chống xói lở. Tới tháng 11, Trung Quốc cho lấp khúc sông biên giới, và như vậy đã lấn vào lãnh thổ Việt Nam hai hecta.. Điều đáng nói là các hoạt động trên diễn ra tại khu vực mà theo phía Việt Nam là biên giới xác định rõ ràng, tức trước đó không có tranh chấp. Năm 2000, tại vòng đàm phán thứ 11 về biên giới vụ việc này được đặt ra, nhưng không có thông tin cho biết liệu hai bên có đi đến giải pháp nào cho khu vực này. Theo Thứ trưởng Ngoại giao Vũ Dũng, đến 31/12/2008, hai bên đã phân giới khoảng 1.400 km biên giới, cắm 1.971 cột mốc, trong đó có 1.549 cột mốc chính và 422 cột mốc phụ. Toàn bộ 38 chốt quân sự trên đường biên giới đều đã được dỡ bỏ. Tại cửa khẩu Hữu Nghị Quan, Việt Nam và Trung Quốc đã tiến hành cắm mốc 1117 trùng với vị trí mốc 19 cũ, đường biên giới đi qua Km số 0, mốc 19 cũ đến điểm cách điểm nối ray hiện tại 148 m. Một nhượng bộ lớn của Việt Nam là khoảng cách 300 m cuối tuyến đường sắt từ Đồng Đăng đến đường biên giới cũ đã phải cắt cho Trung Quốc. Tại khu vực thác Bản Giốc, theo quy định của Hiệp ước 1999, hai nước điều chỉnh đường biên giới đi qua cồn Pò Thoong, qua dấu tích trạm thủy văn xây dựng những năm 1960, quy thuộc 1/4 cồn, 1/2 thác chính và toàn bộ thác cao cho Việt Nam. Tại cửa sông Bắc Luân, biên giới quy thuộc 3/4 bãi Tục Lãm và 1/3 bãi Dậu Gót cho Việt Nam, 1/4 bãi Tục Lãm và 2/3 bãi Dậu Gót cho Trung Quốc, và thiết lập khu giao thông đường thủy tự do cho nhân dân địa phương sử dụng luồng hai bên bãi Tục Lãm và Dậu Gót. Tại khu vực Hoành Mô, đường biên giới đi giữa ngầm như từ trước đến nay chứ không theo trung tuyến dòng chảy qua cống mới do Trung Quốc xây dựng những năm 1960. Khu vực mồ mả ở mốc 53 - 54 cũ (Cao Bằng) được giữ lại cho người dân Việt Nam mặc dù hai bên có nhận thức khác nhau về quy định của Hiệp ước 1999 về biên giới khu vực này đi theo chân núi. Khu vực rừng hồi người dân Trung Quốc trồng gần biên giới Quảng Ninh được bảo lưu cho phía Trung Quốc. Theo Hiệp ước 1999, đường biên giới cắt ngang qua bản Ma Lỳ Sán (gồm 05 hộ, 35 khẩu thuộc tỉnh Hà Giang) và khu 13 nóc nhà của người dân Trung Quốc gần Lạng Sơn, hai bên hoán đổi cho nhau trên cơ sở cân bằng diện tích, không xáo trộn đời sống dân cư...