Tự do tôn giáo là quyền được thực hiện các hành vi tôn giáo, theo đuổi một tín ngưỡng của một cá nhân một cách tự do. Nó được nhiều người cho là một trong những quyền tự do căn bản của con người. Quyền tự do tôn giáo tại Việt Nam được ghi nhận trong hiến pháp, ở điều 70 như sau: Theo quy định của nhà nước Việt Nam, hoạt động tôn giáo cần tuân theo hiến pháp và pháp luật. Ngày 15 tháng 11 năm 2004, Pháp lệnh Tín ngưỡng, tôn giáo có hiệu lực thi hành sau khi được quốc hội thông qua. Theo pháp lệnh này, các giáo hội chủ động quyết định về nhân sự lãnh đạo giáo hội từ cấp trung ương đến cơ sở; việc phong chức, phong phẩm, bổ nhiệm và thuyên chuyển chức sắc được các tổ chức Giáo hội thực hiện theo quy định tại hiến chương, điều lệ của tổ chức tôn giáo và thông báo, đăng ký với cơ quan nhà nước có thẩm quyền (điều 22). Cũng theo đó, tổ chức tôn giáo nào có hiến chương, điều lệ thể hiện tôn chỉ, mục đích, đường hướng hành đạo gắn bó với dân tộc và không trái với quy định của pháp luật, có tổ chức nhân sự thích ứng thì được phép hoạt động (điều 16). Một số chức sắc tôn giáo, trong đó một số thuộc giáo hội chưa được phép hoạt động, bị bắt với lý do, theo nhà nước Việt Nam, vi phạm pháp luật dân sự hoặc hoạt động chính trị trái phép. Tổ chức Quan sát Nhân quyền ("Human Rights Watch") thu thập một số báo cáo về các giáo hội không đăng ký trên vùng Tây Nguyên bị san bằng và một số tín đồ bị buộc từ bỏ đạo. Linh mục Nguyễn Văn Lý, một tu sĩ được ân xá ngày 31 tháng 1 năm 2005, vốn bị kết án 15 năm tù (và 2 lần giảm án 5 năm) sau khi gửi thư điều trần tới Ủy ban Hoa Kỳ về tự do tôn giáo quốc tế. Ông bị khởi tố với hai tội danh: "không chấp hành quyết định quản chế của cơ quan nhà nước có thẩm quyền" và "phá hoại chính sách đại đoàn kết." Tháng 2 năm 2006, linh mục Nguyễn Văn Lý đã bị quản chế tại Bến Cũi, Thừa Thiên Huế, cũng với tội danh nêu trên. Những lãnh đạo của Giáo hội Việt Nam thống nhất, vốn không được nhà nước thừa nhận đã bị cầm cố trong chùa của họ suốt nhiều năm. Tuy nhiên nhà nước Việt Nam phủ nhận việc quản thúc này. Một số vị lãnh đạo và tín đồ trong Giáo hội Phật giáo Việt Nam Thống nhất cũng đã bị giam giữ nhiều năm vì nỗ lực chống việc chính quyền đòi quyền tuyệt đối kiểm soát Giáo hội. Philip Taylor, một nhà nhân học ở Đại học Quốc gia Úc và là chuyên gia về tôn giáo Việt Nam, nhận định: "Tôn giáo phát triển ở Việt Nam ngày nay, khi xét về số lượng tín đồ và sự đa dạng tín ngưỡng". Nếu như trong thập niên 1980, ít ai đi dự các buổi lễ ở nhà thờ Công giáo và Tin lành thì nay chúng chật cứng người. Năm 2001, Giáo hội Tin lành miền Nam Việt Nam lần đầu tiên được chính thức công nhận. Các ngôi chùa mới xuất hiện trên khắp nước. Ủy ban Tự do Tôn giáo Hoa Kỳ, Bộ Ngoại giao Hoa Kỳ và nhiều tổ chức tự do tôn giáo quốc tế khác cho rằng ở Việt Nam quyền tự do tôn giáo còn nhiều hạn chế. Ngày 06 tháng 01 năm 2011, Đại sứ Michael W.Michalak đã có cuộc họp báo kết thúc nhiệm kỳ công tác tại Việt Nam và trao đổi thêm về nhân quyền, theo đó ông khẳng định "về lĩnh vực nhân quyền, chúng ta đã thấy những tiến bộ, nét tích cực từ phía Việt Nam như việc Việt Nam đã đạt được những bước tiến lớn trong việc giảm nghèo hoặc mở rộng hoạt động của các nhóm tôn giáo". Ông cũng không quên nói thêm là "cũng còn những điều quan ngại". Một phái đoàn LHQ về tự do tín ngưỡng, được Việt Nam mời thăm từ ngày 21 đến 31 tháng 7. Ngày cuối, Bộ Ngoại giao Việt Nam nói chuyến thăm của phái đoàn thể hiện "thiện chí, thái độ hợp tác, cởi mở của Chính phủ Việt Nam". Tuy nhiên, đặc phái viên của Liên Hợp Quốc về tự do tôn giáo Heiner Bielefeldt than phiền trong buổi phỏng vấn với đài Deutsche Welle (DW) của Đức hôm 4 tháng 8, ông bị 'cản trở' trong chuyến đi Việt Nam và không thể tiếp cận một số nhà hoạt động trong nước: "Một số các cá nhân đã bị ngăn cản không cho gặp tôi, một số khác thì bị cảnh cáo, đe dọa hoặc sách nhiễu. Bên cạnh đó, phái đoàn của tôi còn bị công an hoặc an ninh ngầm theo dõi và tính bí mật của các cuộc gặp riêng cũng bị vi phạm". Nhà báo Phạm Chí Dũng, Chủ tịch Hội Nhà báo độc lập Việt Nam, nói với đài BBC, công an TP HCM và một số địa phương khác đã "ngăn chặn không cho những người nằm trong số các chức sắc tôn giáo và nhân chứng, mà ông Bielefeldt có kế hoạch gặp gỡ nhằm kiểm chứng, ra khỏi nhà vào ngày 25/7/2014 và cả một số ngày sau đó", trong số đó có bản thân ông, các nhà hoạt động khác như bác sĩ Nguyễn Đan Quế, bà Dương Thị Tân (vợ ông Nguyễn Văn Hải tức blogger Điếu Cày), cựu tù nhân chính trị Phạm Bá Hải, và hai mục sư Tin Lành là Nguyễn Hoàng Hoa và Nguyễn Mạnh Hùng. Về vấn đề vi phạm tự do tín ngưỡng, ông Bielefeldt cho biết: Theo Tướng Nguyễn Hữu Có, Phó thủ tướng, kiêm Tổng trưởng Quốc phòng, đồng thời là Tổng tham mưu trưởng Việt Nam Cộng hòa: Theo bà Lê Thị Thu Hằng, người phát ngôn của Bộ Ngoại giao Việt Nam: