Nội chiến Inca, còn được gọi là Chiến tranh triều đại Inca, Chiến tranh kế vị Inca, hoặc, đôi khi Lưỡng huynh đệ chi chiến là một cuộc chiến giữa Huáscar và Atahualpa, hai người con trai của vị Inca quá cố Huayna Capac, nhằm tranh giành ngôi báu. Cuộc chiến theo sau cái chết của Huayna Capac vào năm 1527, mặc dù không chính thức cho đến năm 1529, và kéo dài đến năm 1532. Huáscar khởi binh do ông cho mình là người kế thừa xứng đáng. Atahualpa với đội quân hùng mạnh do người cha để lại ở Quito trong cuộc bắc chinh lần trước, đã chứng tỏ ông vượt trội hơn hẳn người anh trai về mặt chiến thuật. Các nguồn sử liệu cho các ghi chép chi tiết khác nhau về cuộc chiến. Tới năm 1490, vị Sapa Inca Túpac Yupanqui đánh chiếm các vùng phía bắc là Ecuador ngày nay, tuy vậy, những cuộc nổi dậy liên tiếp của người bản địa vẫn diễn ra. Con trai và vị Sapa Inca kế tiếp tên Huayna Capac, vào khoảng năm 1515, huy động 40.000 chiến binh để đàn áp các cuộc bạo loạn tại đây, chủ yếu gần Quito, Tomepampa, Puná, Tumbes và Pastos. Ông mang theo hai người con trai là Ninan Cuyuchi và Atahualpa, với các tướng lĩnh tốt nhất của ông đi bắc phạt, để lại Huáscar (tên khác là Topa Cusi Huallpa) tại thủ đô Cusco cùng với ba quý tộc orejones, Hilaquita, Auqui Topa Inca và Tito Atau để trông coi việc xã tắc. Huayna Capac dành 10 năm cuối đời tại Tomepampa, quê hương của ông, làm trầm trọng thêm cuộc khủng hoảng trong tương lai. Từ năm 1524-1526, Francisco Pizarro đem theo 62 kỵ binh và 106 bộ binh Tây Ban Nha đi thám hiểm Nam Mỹ. Bệnh đậu mùa từ đây mà được du nhập vào nội địa, gây bệnh dịch trên toàn cõi Inca. Sapa Inca Huayna Capac thân chinh lên bắc để điều tra về những kẻ lạ mặt này. Mặc dù chưa gặp mặt một người Tây Ban Nha nào, vị hoàng đế mắc bệnh đậu mùa và băng hà vào năm 1527. Trước khi chết, Huayna Cápac đã chỉ định Ninan Cuyochi làm người kế vị, nhưng vị hoàng tử cũng mắc bệnh và qua đời ở Tomepampa. Mặc dù một nhóm các curaca (quan lại người Incac) đã cố gắng giữ kín chuyện này, sự tình tuy vậy đã lọt vào tai Huáscar thông qua thân mẫu của ông, Raura Ocllo, người đã nhanh chóng đi từ Quito đến Cusco để báo tin này cho con. Bệnh dịch cũng đã giết chết hai trong số những orejones ở thủ đô, khiến Huáscar trở thành lựa chọn hợp lý nhất để nối ngôi,13 do ông là người Inca "thuần khiết" nhất, bởi vì cha mẹ ông, Huayna Capac và Chincha Ocllo, là anh em ruột. Ông cũng được giới quý tộc, giới tôn giáo và nhiều nhân vật chính tại Cusco ủng hộ. Atahualpa lúc đó vẫn đang chinh chiến ở phương Bắc nên không được để ý. Một lý do nữa khiến Atahualpa không được coi là người xúng đáng đó là thân mẫu của Atahualpa, Paccha, không phải người hoàng gia (mặc dù sinh ra trong hoàng tộc Shyri) và là con gái của Cacha Shyri Duchicela, cựu thủ lĩnh chống đối cuộc bắc phạt của người Inca. Tuy vậy, Atahualpa được lòng của các vị tướng lĩnh mà ông đã sát cánh cùng nói riêng và của người dân phương bắc nói chung; các chỉ huy có ảnh hưởng và có khả năng nhất quyết định ở lại với ông tại Quito và Tomepampa. Các nguồn khác cho rằng Huayna Cápac trên thực tế ưu tiên Ninan Cuyuchi rồi đến Huáscar, và không quan tâm đến Atahualpa; sau này khi ông bàn bạc lại với những người con lớn, ông đã quyết định cho Atahualpa làm curaca hoặc thống đốc của thành Quito. Ở Cuzco, Chuquishuaman và Conono, anh em của Huáscar, mưu phản với ý định đưa Cusi Atauchi lên ngôi nhưng bất thành. Sự ngờ vực và chứng hoang tưởng trong Huáscar dần lớn lên. Khi xác ướp của Huayna Cápac được gửi trở về Cuzco, Huáscar đã rất tức giận vì phái đoàn không mang theo Atahualpa. Ông sát hại nhiều quý tộc Cusco chỉ vì nghi ngờ họ phản quốc. Huáscar coi Atahualpa là mối đe dọa lớn nhất đối với quyền lực của ông, vì Atahualpa đã trải qua một thập kỷ chiến đấu bên cạnh cha mình và nhận được lòng trung thành của nhiều người. Huáscar không phản đối việc Atahualpa cai trị Quito vì tôn trọng mong muốn của người cha quá cố, nhưng với hai điều kiện: ông ta không được huy động chiến tranh mở rộng lãnh thổ, ông ta phải chấp nhận làm chư hầu của Cusco và phải nộp cống phẩm thường xuyên. Atahualpa chấp nhận. Ngay sau khi Huáscar tuyên bố lên ngôi, ông bắt tất cả thần dân phải thề trung thành với ông. Atahualpa gửi những vị tướng đáng tin cậy nhất của ông đến Cuzco, cùng với những món quà xa xỉ bằng vàng và bạc (như thông lệ). Nghi ngờ, Huáscar khước từ món quà của Atahualpa. Cáo buộc Atahualpa tội làm loạn, Huáscar ra lệnh giết một số sứ giả, và gửi một vài người về ăn mặc như phụ nữ. Atahualpa tuyên chiến. Ngay trước khi người Tây Ban Nha đến Cajamarca, Atahualpa phái quân tới Cusco để bắt Huáscar. Huáscar huy động binh lực chuẩn bị chiến tranh. Các tướng Chalcuchimac, Quizquiz và Rumiñawi, được cho là đã được sinh ra ở phương bắc, và do đó tạo phản và gia nhập phe Atahualpa. Atahualpa lúc này đã tập hợp quân đội đế quốc ở Quito, khu vực phía Bắc mà ông kiểm soát. Cũng chính tại nơi đây, Atahualpa lập thủ đô mới nơi người dân ủng hộ ông nhất. Khi biết tin này, Huáscar bắc chinh và đột kích Tumebamba. Quân Cañari địa phương hỗ trợ cuộc tấn công này, nhằm trục xuất nguồn lực đế quốc gần nhất, với mục đích hất cẳng Inca ra khỏi khu vực này hoàn toàn. Atahualpa bị bắt và bị cầm tù. Trong khi quân Huáscar ăn mừng, họ say xỉn và cho phép một người phụ nữ vào gặp Atahualpa. Bà ta lẻn vào một công cụ giống cái khoan mà ông sử dụng tối hôm đó để đục một cái hố và trốn thoát. Ông ngay lập tức tập hợp binh lính tại Quito chuẩn bị phản công vào Tomepampa. Ulco Colla và Hualtopa (chính quyền Cuzco tại thành phố) tháo chạy đem theo hầu hết thanh niên trai tráng để gia nhập quân của Huáscar, bỏ lại phụ nữ và trẻ con trong thành sau đó bị tàn sát bởi quân Atahualpa. Trong cuộc hành quân tới Caxabamba, Atahualpa hạ lệnh hủy diệt tất cả các thị trấn và bộ lạc đã liên minh với Huáscar. Một thời gian ngắn trước cuộc tấn công Quito, Huáscar đã thu phục lòng trung thành của các thị trấn ở Tallán (của người tumbiz, punaeños, chimu, yunga, guayacundo và cañari). Atahualpa tàn phá tất cả mọi thứ trên đường tiến quân và đến Tumbes, nơi đa phần ủng hộ ông. Kuruka Chili Masag gia nhập quân của Atahualpa và đóng góp 12.000 binh sĩ và nhiều bè để chinh phục đảo Puná, nơi có 12.000 cư dân là kình địch của dân Tumbes và trung thành với Huáscar. Bảy cacique (tù trưởng) của hòn đảo, nổi bật trong số đó có Cotori và Tomala (sau này được rửa tội thành Francisco Tomala), nghênh chiến với 3.000 chiến binh trên bè. Những người dân đảo, vốn là những nhà hàng hải tinh nhuệ, đánh bại quân đội Inca vượt trội về số lượng. Quân Inca rút lui sau khi Atahualpa bị bắn một mũi tên vào chân. Ông được đưa đến Cajamarca để chữa lành vết thương trong suối nước nóng. Sau đó, người đảo Puná đánh chiếm Tumbes, cướp bóc và thiêu rụi thành phố, bắt giữ khoảng 600 người trong đó có lính Quito và địa phương. Atahualpa lại phải rút về Quito để tổ chức lại lực lượng. Khi quân Atahualpa trở lại miền nam, punaeños chạy về đảo của họ, đem theo tù binh và chiến lợi phẩm. Sau này khi chính quyền Cuzco sụp đổ, dân đảo Puná đã thề trung thành với hoàng đế mới.