Trận Trấn Ninh (1802) là trận kịch chiến cuối cùng giữa quân Tây Sơn và quân chúa Nguyễn, xảy ra vào tháng Giêng năm Nhâm Tuất (3 tháng 2 năm 1802) và kết thúc sau một thời gian ngắn (không rõ ngày), ở Trấn Ninh (Quảng Bình, Việt Nam). Kết thúc trận, quân Tây Sơn đại bại. Nhà sử học Phạm Văn Sơn viết: ""Nhà Tây Sơn mạt vận ở lũy Trấn Ninh"." Sau khi kinh đô Phú Xuân thất thủ vào ngày 3 tháng 5 năm Tân Dậu (1801), vua Tây Sơn là Cảnh Thịnh (Nguyễn Quang Toản) bỏ chạy ra Bắc Hà. Tháng 6, vua đổi niên hiệu thành Bảo Hưng, năm Cảnh Thịnh thứ 9 thành Bảo Hưng năm đầu, xuống chiếu nhận lỗi, an dân, đồng thời để chiêu tập thêm binh mã. Tháng 8 (âm lịch) cùng năm, Nguyễn Quang Thùy (anh cùng cha khác mẹ với vua cảnh Thịnh) nhận lệnh đem quân vào giữ Nghệ An. Sau khi truyền hịch đi các trấn lấy quân, đến tháng 11 (âm lịch), thì nhà vua đã có trong tay non 3 vạn lính (gồm quân 4 trấn xứ Bắc và quân Thanh Hóa, Nghệ An). Giao Bắc thành cho hai em là Nguyễn Quang Thiệu và Nguyễn Quang Khanh coi giữ, vua Bảo Hưng tự mình đem hết số quân trên, vượt sông Gianh (tức sông Linh Giang) vào Quảng Bình. Cùng lúc đó, với hơn 100 chiếc chiến thuyền, thủy quân Tây Sơn cũng được lệnh vào trấn giữ cửa Nhật Lệ. Ngoài ra, hỗ trợ lực lượng này còn có 5.000 quân của Trần Quang Diệu và Bùi Thị Xuân. Trước đây, cũng vì e quân Tây Sơn ở Thăng Long vào cứu Quy Nhơn, nên vào tháng 7 cùng năm trên, chúa Nguyễn Phúc Ánh đã đến Đồng Hới thăm lũy Trấn Ninh, duyệt lại số quân, trọng pháo và lương thực; rồi chia đi các nơi hiểm yếu. Riêng ở sông Gianh, chúa Nguyễn cho một hạm đội có lục quân yểm trợ đến canh phòng. Ngoài ra, chúa còn gọi thêm quân ở các nơi khác tới tăng cường cho mặt trận Quảng Bình. Để tấn công ba căn cứ quân sự rất trọng yếu ở địa đầu trấn Thuận Hóa, quân thủy bộ Tây Sơn phân thành ba mũi như sau: Mặc dù đã chuẩn bị khá chu đáo, nhưng trước lực lượng hùng hậu của đối phương, các tướng Nguyễn là Nguyễn Văn Trương, Tống Phúc Lương và Đặng Trần Thường đang trấn giữ sông Gianh, phải cho lui quân về Đồng Hới. Được tin khẩn, chúa Nguyễn liền thân chinh đem đại quân ra tiếp ứng, sai Phạm Văn Nhân và Đặng Trần Thường đem quân ra giữ mặt bộ, sai Nguyễn Văn Trương ra giữ mặt biển. Tháng Giêng năm Nhâm Tuất (3 tháng 2 năm 1802), vua Tây Sơn sai Nguyễn Quang Thùy tiến quân lên đánh lũy Trấn Ninh, nhưng đánh mãi không đổ. Thành Đầu Mâu cũng bị quân Tây Sơn tấn công rất gắt, nhưng vẫn không phá được. Vua Tây Sơn đã toan rút quân về, nhưng Bùi Thị Xuân không chịu, xin cho ra đốc quân đánh trận. Rồi một mình bà trên mình voi xông xáo trên chiến trường từ sáng sớm đến chiều tối, chưa bên nào được thua. Đánh một lúc nữa, quân Nguyễn dự tính tháo lui thì bất ngờ ở cửa Nhật Lệ, đội binh thuyền của Tây Sơn bị thủy quân của tướng Nguyễn Văn Trương phá tan. Sách "Việt sử tân biên" (quyển 4) chép: Được tin đại quân Tây Sơn thua to ở Trấn Ninh, hai tướng là Trần Quang Diệu và Vũ Văn Dũng biết không thể giữ được Quy Nhơn, nhưng vẫn gắng gượng đến tháng 3 cùng năm trên mới rời bỏ thành, đem binh tượng đi đường thượng đạo qua Ai Lao ra Nghệ An, ý là để hội quân với vua Tây Sơn mà lo sự chống giữ. Sử gia C. B. Mabon kể: Trong những lần đánh nhau giữa quân Tây Sơn và quân chúa Nguyễn, lần được sử sách nhắc nhở nhiều nhất là trận Trấn Ninh (1802). Đây là trận có ý nghĩa quyết định nên cả hai bên đều dốc hết toàn lực và có quyết tâm cao. Theo sử liệu thì trong lần giao tranh giao tranh này, quân Nguyễn đã dao động trước tinh thần lăn xả của quân Tây Sơn, và nổi bật nhất là nữ tướng Bùi Thị Xuân. Mặc dù bà không phải là tướng tổng chỉ huy, nhưng với năm ngàn quân, bà đã hiên ngang tấn công một cách quyết liệt vào đội ngũ của đối phương, khiến cho chúa Nguyễn Ánh còn phải khiếp sợ. Rất tiếc là lực lượng chung của Tây Sơn đến thời điểm đó đã hoàn toàn rệu rã, lòng dũng cảm và tài cầm quân của bà cùng các tướng lĩnh trung thành còn lại không đủ để chống lại quân Nguyễn. Theo Phạm Văn Sơn, thì cũng chính vì tinh thần can đảm, hòng xoay chuyển tình thế, đã làm cho chúa Nguyễn và các tướng lĩnh có lúc thất thần, mà bà phải nhận hình phạt dã man nhất...