Vụ mâu thuẫn ở tu viện Bát Nhã xảy ra năm 2008 giữa tu viện và những tu sinh Làng Mai đang tu tập ở đây. Ngày 8 tháng 10, người phát ngôn Bộ Ngoại giao Việt Nam Nguyễn Phương Nga khẳng định không có việc Việt Nam 'ép' 400 người tu theo pháp môn Làng Mai phải rời khỏi tu viện Bát Nhã. Bà cũng khẳng định chính quyền địa phương đã giữ an ninh không để xảy ra xô xát, đảm bảo tuyệt đối an toàn tính mạng, tài sản của công dân, rằng chính quyền địa phương cũng đã vận động phật tử Bát Nhã không xúc phạm đến các tu sinh theo pháp môn Làng Mai. Bà khẳng định vụ mâu thuẫn là sự đối đầu không bạo lực của hai giáo phái, và nhấn mạnh: "Những thông tin nói 'đã xảy ra đụng độ giữa các "sư thầy", "sư cô" tại tu viện Bát Nhã và chính quyền, làm một số người bị thương và nhiều người bị bắt...' là hoàn toàn sai sự thật" Cung cấp thông tin cho các phóng viên trong nước và quốc tế tại buổi họp báo, chiều 11 tháng 1 năm 2010 tại Hà Nội, Phó Trưởng ban Thường trực Ban Tôn giáo Chính phủ, ông Nguyễn Thanh Xuân cho biết: Sau khi từ tu viện Bát Nhã về ở tạm tại chùa Phước Huệ (Lâm Đồng), đến ngày 30 tháng 12 năm 2009, những người Việt Nam tu theo pháp môn Làng Mai đã tự giác rời khỏi chùa Phước Huệ, về nơi cư trú. Theo thông tin của Ban Tôn giáo Chính phủ, trước tháng 6 năm 2008, những người Việt Nam tu theo pháp môn Làng Mai được Thượng tọa Thích Đức Nghi, Trụ trì tu viện Bát Nhã (thị xã Bảo Lộc, tỉnh Lâm Đồng) bảo lãnh tu tập tại cơ sở tôn giáo này theo những khóa tu ngắn ngày. Trong quá trình đó, Làng Mai đã can thiệp vào công việc nội bộ của Giáo hội Phật giáo Việt Nam bằng cách tự ý bổ nhiệm Phó Trụ trì tu viện Bát Nhã; tấn phong giáo phẩm cho 1 vị từ hàm Thượng tọa lên Hòa thượng mà không qua ý kiến GHPG Việt Nam và Trụ trì tu viện. Đây cũng là việc làm trái với Hiến chương của GHPG Việt Nam và pháp luật Việt Nam. Do bức xúc bởi việc này, ngày 1 tháng 9 năm 2008, Thượng tọa Thích Đức Nghi đã có đơn gửi GHPG Việt Nam đề nghị thôi bảo lãnh cho nhóm người trên. Giáo hội đã chấp thuận và truyền đạt ý kiến yêu cầu số tu sinh này thôi không tập trung tại Bát Nhã mà về các chùa thuộc địa phương nơi sinh sống để tu học. Tuy nhiên, nhóm tu sinh trên đã không thực hiện vì vậy dẫn đến việc xô xát ngày 27 tháng 6 giữa số người tu theo pháp môn Làng Mai và các tăng, phật tử của tu viện Bát Nhã. Đến ngày 28 tháng 9, toàn bộ số người tu theo pháp môn Làng Mai mới rời khỏi Bát Nhã đến ở tạm tại chùa Phước Huệ (Bảo Lộc, Lâm Đồng), một số người khác trở về địa phương. Và đến ngày 30 tháng 12, số người còn lại này đã tự rời khỏi chùa Phước Huệ, về nơi cư trú. Hiện tại chính quyền địa phương chưa nắm được tất cả số lượng cũng như nơi đến cụ thể của những người này sau khi rời khỏi chùa Phước Huệ. Cung cấp thông tin cho phóng viên về nguyên nhân dẫn đến vụ việc va chạm giữa số người tu theo pháp môn Làng Mai và các tăng, phật tử của tu viện Bát Nhã, ông Nguyễn Thanh Xuân nói: "Chính sự khác biệt về lối tu của Làng Mai với cách tu tập của tăng, phật tử của tu viện Bát Nhã theo lối truyền thống của Phật giáo Việt Nam đã dẫn đến những xung đột về văn hóa, châm ngòi cho những vụ va chạm trên". Cũng theo ông Nguyễn Thanh Xuân, sau khi sự việc trên xảy ra, Thứ trưởng Bộ Ngoại giao, Chủ nhiệm Ủy ban Nhà nước về người Việt Nam tại nước ngoài đã chủ động thông tin với Làng Mai trước 1 tháng trong chuyến công tác tại Pháp cuối tháng 9 đầu tháng 10 năm 2009; đề nghị được gặp Thiền sư Thích Nhất Hạnh với mục đích trao đổi, hợp tác giải quyết vụ việc. Tuy nhiên Thiền sư Thích Nhất Hạnh từ chối với lý do đã có chương trình sang Mỹ hoạt động tôn giáo. Trong khi đó, Làng Mai còn có những thông tin sai lệch, thiếu thiện chí về vấn đề những người tu theo pháp môn Làng Mai tại tu viện Bát Nhã. Thiền sư Thích Nhất Hạnh phủ nhận là mình đã cố làm cho vấn đề thêm rắc rối. Trong một bức thư ngày 20 tháng 7 gửi các tu sinh ở Bát Nhã, ông ca ngợi họ vẫn giữ hòa khí và khẳng định bất cứ quan niệm nào rằng họ có mục đích chính trị đều là "ảo tưởng". Trong một bài viết trên langmai.org, thiền sư Thích Nhất Hạnh viết: Giáo sư Carlyle Thayer, chuyên gia về Việt Nam tại Học viện Quốc phòng Úc, trong bài phỏng vấn của RFI nhận xét có "yếu tố Trung Quốc" trong vụ mâu thuẫn này và nói rằng: "Báo chí Nhà nước tại Việt Nam đã đưa tin theo hướng sự cố Bát Nhã là vấn đề tranh chấp giữa các nhóm phật tử địa phương. Thế nhưng có thể thấy rõ bàn tay của ngành an ninh trung ương trong việc dàn dựng những hành động mạnh tay, kể cả bạo động." Nói chuyện với phóng viên Quốc Phương (BBC) trong cuộc phỏng vấn tại Làng Mai, Thénac, Pháp, hồi tháng 2 năm 2015, sư cô Chân Không cho biết, trong chuyến đi thứ hai về Việt Nam năm 2007, sau khi Thiền sư Thích Nhất Hạnh làm trai đàn bình đẳng chẩn tế để giải oan cho các nạn nhân chiến cuộc ở cả miền Nam, miền Trung, miền Bắc và trên toàn đất nước, thì được Chủ tịch nước Nguyễn Minh Triết tiếp. Trong cuộc gặp đó, Thiền sư đưa ra 10 điểm đề nghị, trong đó có: