Hành chính Việt Nam thời Trần hoàn thiện hơn so với thời Lý. Sau khi giành được chính quyền, nhà Trần đã phân chia lại Đại Việt thành 12 lộ thay vì 24 lộ như ở thời Lý. Bộ máy hành chính được củng cố theo hướng tăng tính tập quyền quan liêu. Các quan được cấp lương bổng theo ngạch, bậc; cứ 10 năm thăng tước một cấp, 15 thăng tước một bậc. Nền hành chính của Đại Việt thời Trần ở cấp trung ương có bộ phận trung khu đứng đầu. Chức cao nhất ở trung khu là các chức quan hàng tướng quốc và "tam thái": thái sư, thái phó, thái bảo. Phần lớn suốt thời gian nhà Trần cầm quyền, các chức quan cao hàng tam thái do các thân vương nắm giữ. Tiếp đến là các chức quan hàng "tam thiếu": thiếu sư, thiếu phó, thiếu bảo. Sau đó đến tam tư: tư đồ, tư mã, tư không. Trần Thủ Độ, Trần Quang Khải là những người được các vua Trần bổ nhiệm là thái sư. Trần Nguyên Trác được bổ nhiệm làm tả tướng quốc. Trần Văn Bích được bổ nhiệm làm thái bảo (phụ quốc thái bảo). Giúp việc cho các quan đứng đầu trung khu là các ban hành khiển và khu mật viện. Hành khiển lại chia làm tả hành khiển đóng ở Thăng Long và hữu hành khiển đóng ở hành cung Tức Mặc (quê của họ Trần, thuộc thành phố Nam Định ngày nay). Ban hành khiển sau được đổi tên thành môn hạ sảnh. Đứng đầu ban hành khiển là chức "Nhập nội hành khiển đồng trung thư môn hạ sảnh bình chương sự". Ban đầu, người của hành khiển chỉ gồm hoạn quan. Sang thế kỷ 14, nhà Trần bắt đầu tuyển dùng các nhà nho như Nguyễn Trung Ngạn, Lê Cư Nhân. Việc chia trung khu gồm Tể tướng, quan chức ở Khu mật viện, Hành khiển môn hạ sảnh tách khỏi và đứng trên cơ quan chức năng. Đây là bước phát triển trong kết cấu và cơ chế bộ máy nhà nước thời Trần. Thời Trần, có 6 thượng thư sảnh tương đương với lục bộ, quản lý các công việc hành chính, tổ chức, ngoại giao, tín ngưỡng, tài chính ngân sách, quân sự, ty pháp. Đứng đầu thượng thư sảnh là chức thượng thư hành khiển và thương thư hữu bật. Dưới các chức này là chức thị lang, lang trung. Các thượng thư sảnh luôn được củng cố, càng về sau càng dùng nhiều nhân sỹ nho giáo. Bên cạnh 6 thượng thư sảnh là hàn lâm viện phụ trách các công việc văn phòng của triều đình. Người của hàn lâm viện gọi là học sĩ với nhiều cấp (chức) khác nhau. Các ban, ngành khác là Ngự sử đài, Đăng văn kiểm sát viện là các cơ quan thanh tra, giám sát. Có Quốc sử viện phụ trách công việc biên soạn quốc sử mà người đầu tiên phụ trách Quốc sử viện là Lê Văn Hưu. Có Quốc tử viện là nơi giáo dục các vương tử nhà Trần. Có Thái y viện chăm sóc sức khỏe cho hoàng tộc. Lộ và phủ là cấp hành chính địa phương cao nhất của nước Đại Việt. Đầu thời nhà Trần đổi 24 lộ thời Lý thành 12 lộ: Sang thế kỷ 14, có sự mở rộng đất đai về phía nam (Chiêm Thành), đã hình thành và có sự điều chỉnh các đơn vị hành chính. Kinh đô ban đầu kế tục nhà Lý, đóng tại Thăng Long. Từ năm 1397, quyền thần Hồ Quý Ly ép vua Trần Thuận Tông dời đô vào trấn Thanh Đô. Di tích hai kinh thành thời Trần là Hoàng thành Thăng Long (Hà Nội) và Thành nhà Hồ (Thanh Hóa) đều được UNESCO công nhận là di sản văn hóa thế giới. Cuối thời Trần, cả nước có 24 đơn vị hành chính như sau: Tương đương Bắc Ninh và một phần Hà Nội, Bắc Giang ngày nay, gồm có 3 châu, lộ trực tiếp quản lý 2 huyện Siêu Loại và Gia Lâm. 3 châu gồm: Tương đương một phần tỉnh Bắc Giang, Hưng Yên, Hải Dương, Hải Phòng và Lạng Sơn ngày nay, gồm 3 châu. Lộ trực tiếp quản lý 5 huyện: Long Nhãn (một phần Lạng Giang hiện nay), Cổ Dõng (Yên Dũng hiện nay), Phượng Sơn (một phần Lạng Giang hiện nay), Na Ngạn (Lục Ngạn hiện nay), Lục Na (một phần Lục Ngạn hiện nay). Ba châu gồm: Tương đương một phần Quảng Ninh, Thái Bình, Hải Phòng và Hải Dương hiện nay, gồm có 2 châu, bản phủ trực tiếp quản lý 5 huyện: Giáp Sơn (Kinh Môn hiện nay), Thái Bình (Thái Thụy hiện nay), Đa Dực (Quỳnh Phụ hiện nay), A Côi (một phần Quỳnh Côi hiện nay), Tây Quan (Thái Thụy hiện nay). Ba châu gồm: Tương đương tỉnh Lạng Sơn, một phần Quảng Ninh hiện nay. Trấn có 7 châu, trực tiếp quản lý 7 huyện: Tân An (Lộc Bình hiện nay), Như Ngao (một phần Lộc Bình hiện nay), Đan Ba (khoảng khu vực giữa Lộc Bình thuộc Lạng Sơn và Tiên Yên thuộc Quảng Ninh hiện nay), Khâu Ôn (Chi Lăng hiện nay), Kê Lăng (Hữu Lũng hiện nay), Uyên (Văn Lãng hiện nay), Đổng (nam Hữu Lũng hiện nay). Bảy châu gồm: Tương đương tỉnh Tuyên Quang, một phần Yên Bái và Vĩnh Phúc hiện nay. Gồm có 9 huyện: Khoáng, Đương Đạo, Văn Uyên, Bình Nguyên (4 huyện này tương đương khu vực Hàm Yên và Vị Xuyên hiện nay), Đáy Giang (Sơn Dương hiện nay), Thu Vật (Yên Bình thuộc Yên Bái hiện nay), Đại Man (Chiêm Hóa hiện nay), Dương (Tam Dương thuộc Vĩnh Phúc hiện nay), Ất (Sơn Dương hiện nay). Tương đương tỉnh Thanh Hóa hiện nay. Gồm 3 châu, trấn trực tiếp quản lý 7 huyện: Cổ Đằng (Hoằng Hóa hiện nay), Cổ Hoằng (một phần Hoằng Hóa hiện nay), Đông Sơn (Đông Sơn hiện nay), Cổ Lôi (Thọ Xuân và một phần Thường Xuân hiện nay), Vĩnh Ninh (Vĩnh Lộc hiện nay), Yên Định (Yên Định hiện nay), Lương Giang (Thiệu Hóa hiện nay). Ba châu gồm có: Tương đương một phần tỉnh Nghệ An, Hà Tĩnh hiện nay, gồm 4 châu, phủ lộ trực tiếp quản lý 8 huyện: Nha Nghi (Nghi Xuân hiện nay), Phi Lộc (Can Lộc hiện nay), Đỗ Gia (Hương Sơn hiện nay), Chi La (Đức Thọ hiện nay), Tân Phúc (giữa Diễn Châu và Nghi Xuân hiện nay), Thổ Du (Thanh Chương hiện nay), Kệ Giang (một phần Thanh Chương hiện nay), Thổ Hoàng (Hương Khê hiện nay). Bốn châu gồm: Tương đương tỉnh Quảng Bình và một phần Quảng Trị hiện nay. Gồm có 2 châu, trấn trực tiếp quản lý 3 huyện: Phúc Khang (Quảng Ninh thuộc Quảng Bình hiện nay), Nha Nghi (Lệ Thủy hiện nay), Tri Kiển (vùng tây Quảng Ninh và Lệ Thủy hiện nay). Hai châu gồm: Tương đương vùng Quảng Trị ngày ngay. Gồm có 2 châu: Đứng đầu chính quyền lộ, phủ là các chức an phủ chánh sứ và phó sứ, thông phán, trấn phủ, tri phủ. Bộ máy chính quyền của lộ, phủ lại chia ra làm các bộ phận hà đê (như trông coi đê điều), thủy lộ đề hình (trông coi giao thông đường thủy), liêm phóng (thanh tra, giám sát), khuyến nông. Các phủ, lộ luôn được nhà Trần chú ý. Những phủ, lộ quan trọng đều do thân vương nắm giữ. Dưới phủ lộ là cấp huyện (nếu ở đồng bằng), châu (nếu ở miền núi). Đứng đầu các châu là các chức chuyển vận sứ, thông phán. Đứng đầu huyện là các chức tri huyện, lệnh úy, chủ bạ. Dưới châu, huyện là cấp giáp, từ thời Trần Nhân Tông thì đổi gọi là hương. Quan lại quản lý cấp hương là đại toát hoặc tiểu toát có hàm ngũ phẩm trở lên. Tại kinh đô Thăng Long thì chia làm 61 phường. Các sử gia cho rằng hương thời Trần khá lớn, tương đương với tổng thời Nguyễn sau này. Dưới hương còn có cấp xã, do các xã chính, xã sử, xã giám gọi chung là xã quan đứng đầu. Từ ngũ phẩm trở lên là đại tư xã, từ lục phẩm trở xuống là tiểu tư xã. Quan cấp xã trở lên là ngạch chức danh do triều đình bổ nhiệm, có người làm xã quan kiêm cả hai, 3, 4 xã. Các xã quan làm nhiệm vụ quản lý địa phương, điều tra, kiểm soát nhân đinh hộ tịch… Dưới xã còn có các thôn, làng nhưng không phải đơn vị hành chính cơ sở do triều đình trực tiếp quản lý mà được giao cho các xã quan.