Cảng Ninh Phúc là một trong những Cửa Khẩu quốc tế đường biển và là cảng đường thủy lớn nhất ở miền Bắc cho tàu biển cập bến. Cụm cảng Ninh Phúc gồm các cảng liền nhau là: Cảng Ninh Bình, cảng than, cảng Vissai, cảng Bích Đào, cảng Ninh Phúc, cảng Ninh Phúc 1, cảng Ninh Phúc 2, cảng xăng, cảng Phúc Lộc, cảng Khánh Phú, cảng Long Sơn. Các cảng chính đảm bảo nhận tàu cỡ 3000 DWT cập bến, công suất đạt 2,5 - 3,5 triệu tấn/năm; Tổng công suất cụm cảng Ninh Phúc mở rộng được xây dựng đạt công suất 8,5 triệu tấn/năm. Cảng nằm dọc bờ hữu sông Đáy thuộc các phường Thanh Bình, Bích Đào, Ninh Phúc (thành phố Ninh Bình) và Khánh Phú, Khánh Hòa (Yên Khánh, Ninh Bình). Cảng Ninh Phúc có chiều dài hơn 3 km, chiều dài 1 bến là 500m, diện tích bến là 12,5 ha. Cảng nằm ở điểm cuối của tuyến quốc lộ 35, là tuyến đường quốc lộ có tên gọi đường nối cảng Ninh Phúc. Cảng Ninh Phúc cũng nằm rất gần các Quốc lộ 1 và quốc lộ 10. Cảng Ninh Phúc nằm ở Km 72, bờ phải sông Đáy, đảm bảo công tác vận tải đường thủy các tuyến giao thông đường thủy Cửa Đáy - Ninh Bình, Ninh Bình - Hà Nội, Ninh Bình - Nam Định - Hải Phòng - Quảng Ninh, Ninh Bình - Thanh Hóa. Cảng Ninh Phúc được xây dựng từ cuối năm 1995. Ngày 27/6/2000 Cảng Ninh Phúc chính thức đưa vào khai thác. Năm 2015, cụm Cảng Ninh Phúc được Bộ Giao thông vận tải quyết định công bố được tiếp nhận phương tiện thủy nội địa, tàu biển Việt Nam và nước ngoài có trọng tải đến 3.000 tấn. Hiện nay, Cụm cảng Ninh Phúc - Ninh Bình là một trong những cảng đường sông lớn nhất ở Việt Nam. Hà Nội, Ninh Bình, Phú Thọ là 3 địa phương có năng lực vận tải đường thủy nội địa lớn nhất miền Bắc. Cảng Ninh Phúc nằm bên các tuyến giao thông đường thủy, đường bộ và đường sắt Bắc Nam quan trọng tại khu vực rộng lớn phía Nam của các tỉnh Bắc bộ và phía Bắc của các tỉnh miền Trung thông qua tuyến sông Đáy hoặc sông Ninh Cơ ra biển Đông đi các tỉnh kéo dài từ Quảng Ninh tới Đà Nẵng và thông thương với các nước trong khu vực và quốc tế. Việc xuất hiện của hàng loạt các khu công nghiệp Khánh Phú, Phúc Sơn, Tam Điệp, Gián Khẩu với hàng loạt nhà máy lớn ra đời như: Nhà máy xi măng Tam Điệp; xi măng Vinakansai; xi măng Hướng Dương; xi măng Duyên Hà; xi măng Bỉm Sơn; xi măng Long Sơn; nhà máy cán thép liên doanh Tam Điệp (công suất 120 tấn/năm); nhà máy phân lân nung chảy (công suất hiện tại khoảng 120 tấn/năm), nhà máy đạm Ninh Bình...; các cơ sở sản xuất gạch, ngói, hàng thủ công mỹ nghệ, chế biến nông - lâm sản xuất khẩu... là nguồn hàng đáng kể thông qua cảng hàng năm. Cùng với việc đầu tư xây dựng cảng Ninh Phúc, tuyến luồng giao thông đường thủy trên sông Đáy, đặc biệt là cửa Đáy thông với biển cũng được nạo vét, cải tạo nâng cao độ sâu, lắp đặt hệ thống phao tiêu, báo hiệu, đèn báo cửa biển phục vụ tàu thuyền qua lại vào cảng một cách thuận lợi và an toàn. Vì vậy, lưu lượng phương tiện vận tải đường biển ra, vào cảng làm hàng ngày càng tăng lên. Theo Quyết định Số: 2179/ QĐ-UBND của tỉnh Ninh Bình ngày 17 tháng 9 năm 2007 về việc phê duyệt Quy hoạch giao thông đường thủy nội địa tỉnh Ninh Bình đến năm 2015 và định hướng phát triển đến năm 2020 thì Cảng Ninh Phúc sẽ được mở rộng thành 2 khu vực do trung ương và địa phương quản lý. Cảng Ninh Phúc sẽ nằm dọc bờ hữu sông Đáy, qua địa phận các xã Ninh Phúc, Khánh Phú và Khánh Hòa. Đoạn mở rộng dài 2,5 Km. Tuyến Quảng Ninh - Ninh Bình (qua sông Đào Hải Phòng, sông Luộc, từ cửa Lục đến cảng Ninh Phúc dài 264 km) được quy hoạch cấp II (riêng đoạn từ cửa Văn Úc đến cầu Khuể là cấp đặc biệt). Tĩnh không cầu quy hoạch các đoạn tuyến như sau: Tuyến Quảng Ninh - Ninh Bình (qua sông Đào Hải Phòng, sông Luộc, từ cửa Lục đến cảng Ninh Phúc dài 264 km) được quy hoạch cấp II (riêng đoạn từ cửa Văn Úc đến cầu Khuể là cấp đặc biệt). Tĩnh không cầu quy hoạch các đoạn tuyến như sau: Cụm cảng Ninh Bình gồm 5 cảng liên tiếp trên bờ phải sông Đáy là cảng Ninh Bình, cảng Vissai, cảng Ninh Phúc, cảng Phúc Lộc, cảng đạm Ninh Bình và cảng Long Sơn; 2 cảng chuyên dùng là cảng than, cảng xăng dầu và cảng cạn ICD Phúc Lộc. Tất cả các cảng này đều nằm trong danh sách cảng tiếp nhận tàu biển Việt Nam và phương tiện thủy nước ngoài. Ngoài ra cụm cảng Ninh Bình còn có các cảng khác như cảng Nam Phương, cảng Khánh An...