Thời Lê Sơ, nước Đại Việt chịu ảnh hưởng của Nho giáo, Phật giáo và Đạo giáo cùng tín ngưỡng dân gian, trong đó Nho giáo là đậm nét nhất, trở thành tư tưởng chủ đạo của chính quyền cai trị. Thờ thần linh là tín ngưỡng từ lâu đời của người Việt. Ngay khi giành thắng lợi trong cuộc khởi nghĩa Lam Sơn, Lê Lợi đã quan tâm tới việc sai các quan đi tế lễ thần kỳ ở các núi, sông, miếu xã các nơi trong nước và các lăng tẩm các vua đời trước. Ông tuyên bố: "Ta là chúa tể của bách thần". Việc đẩy mạnh phong thần chính là muốn mượn uy danh thần linh để bảo vệ vương quyền và bảo vệ đất nước. Năm 1437, Lê Thái Tông tiến hành gia phong cho các thần linh trong nước và tổ chức tế lễ long trọng. Sang thời Lê Nhân Tông, triều đình đã cho lập các đàn thờ Thành hoàng tại kinh thành Thăng Long, thờ "thần Gió, thần Mây, thần Mưa, thần Sấm" để bảo vệ kinh thành. Trong thời thuộc Minh, nhà Minh đã cho tuyên truyền đạo Phật khá nhiều vào Đại Việt nên lượng sư sãi trong xã hội rất đông. Năm 1429, Lê Thái Tổ ra lệnh cho các nhà sư, ai thông thạo kinh điển và đủ phẩm hạnh thì đến trình diện để thi kiểm tra cho tiếp tục để tu hành, ai không thi đỗ thì bắt hoàn tục. Bằng biện pháp này, nhà Lê đã hạn chế được người không có học, lợi dụng cửa Phật để hành nghề cúng bái. Tuy ảnh hưởng đối với chính quyền cai trị của Phật giáo không còn lớn như thời Lý - Trần nhưng về đời sống tâm linh thì vua, quan vẫn hướng theo đạo Phật, tìm đến cửa chùa niệm cầu, mong được Phật độ trì. Vua Lê Thái Tông và Lê Nhân Tông đã làm lễ Phật để cầu mưa. Các quan đại thần nhà Lê như Lê Văn Linh, Lê Ngân rất sùng đạo Phật. Đặc biệt, Lê Hiến Tông là ông vua khá chuộng đạo Phật và nghiên cứu khá sâu về đạo Phật. Tại khoa thi Đình năm 1502, ông đã ra đề thi về Phật giáo khiến những người dự thi đều bỡ ngỡ. Trong đề thi, ông đã ra hơn 100 câu hỏi rất cụ thể về các kiến thức Phật học. Đạo sĩ Lê Ích Mộc làm bài đối bàn về đạo Phật xuất sắc đã đỗ Trạng nguyên khoa này. Trạng Lường Lương Thế Vinh, nhà toán học thời Lê sơ cũng là người am hiểu về Phật giáo. Ông đã viết cuốn sách có tính chất giáo khoa về Phật giáo là Thiền môn khoa giáo và viết lời tựa cho sách Nam tông tự pháp đồ của thiền sư Thường Chiếu thời nhà Lý. Có ý kiến trong giới nghiên cứu cho rằng vì là nhà Nho lại đi viết sách về Phật giáo nên Lương Thế Vinh không được thờ trong Văn Miếu. Trong đời sống chính trị, Nho giáo ngự trị nhưng trong đời sống tín ngưỡng của nhân dân, Phật giáo vẫn đóng vai trò chủ đạo, cùng các tôn giáo tâm linh và tín ngưỡng dân gian. Do nhân dân xây cất thêm rất nhiều chùa nên năm 1461, Lê Thánh Tông ra lệnh cho các lộ, phủ không được tự tiện xây chùa nhằm hạn chế bớt ảnh hưởng của Phật giáo trong đời sống xã hội. Tuy nhiên, sang thế kỷ XVI, Phật giáo ngày càng phát triển mạnh hơn, ngay cả trong cung đình nhà Hậu Lê. Cũng như đạo Phật, dù bị triều đình hạn chế khá chặt chẽ nhưng Đạo giáo vẫn phát triển trong đời sống tư tưởng của nhân dân. Cũng như với các tăng ni, Lê Thái Tổ đã làm sát hạch với các đạo sĩ năm 1429 để loại bỏ bớt những người không thực sự có kiến thức về Đạo giáo. Năm 1461, Lê Thánh Tông, đồng thời với lệnh cấm tự tiện xây chùa đã ra lệnh cấm tự tiện mở đạo quán. Dù các vua từ Thái Tổ đến Thánh Tông đề ra những biện pháp hạn chế hoạt động Đạo giáo nhưng trên thực tế ngay cả trong cung đình, Đạo giáo vẫn tồn tại và chi phối các nghi lễ cung đình. Đạo giáo thời Lê sơ chủ yếu là Đạo giáo thần tiên và Đạo giáo phù thủy. Đạo giáo phù thủy kết hợp với tín ngưỡng dân gian, thâm nhập sâu vào đời sống tinh thần của nhân dân với nội dung niệm chú, đặt bùa yểm, trừ bỏ tà ma, chữa bệnh cứu người. Đạo giáo thần tiên hấp dẫn giới Nho sĩ bởi tinh thần siêu thoát, phiêu du và tạo cảm hứng sáng tác thơ văn. Trong quá trình tồn tại và phát triển, Đạo giáo thường song hành với Phật giáo và thường mượn nghi lễ của Phật giáo để thâm nhập lòng người. Sang đầu thế kỷ 16, thời các vua Lê từ Hiến Tông đến Chiêu Tông, Đạo giáo cùng Phật giáo ngày càng phát triển mạnh không chỉ trong dân gian mà ngay cả trong cung đình. Cuộc khởi nghĩa của Trần Cảo năm 1516 mang màu sắc Đạo giáo khá rõ: Trần Cảo mặc áo đen, tự xưng là "Đế Thích giáng sinh", lôi cuốn được hàng vạn người tham gia.