Trận Cửa Cạn xảy ra tại Cửa Cạn (Phú Quốc) vào khoảng đầu tháng 9 năm 1868 và kéo dài cho đến khoảng tháng 10 cùng năm thì kết thúc, sau khi vị chủ tướng của nghĩa quân là Nguyễn Trung Trực bị quân Pháp bắt. Đây là trận chiến cuối cùng của cuộc khởi nghĩa do ông lãnh đạo vào nửa cuối thế kỷ 19 ở Nam Bộ, Việt Nam. Sau khi đánh chiếm và làm chủ đồn Rạch Giá, hai ngày sau (ngày 18 tháng 6 năm 1868), Bộ chỉ huy Pháp ở Mỹ Tho liền cử Thiếu tá hải quân A. Léonard Ausart mang quân từ Vĩnh Long sang tiếp cứu. Đến ngày 21, đoàn quân trên theo kênh Thoại Hà tiến đến Sọc Suông (nay thuộc xã Tân Hội, huyện Tân Hiệp, Kiên Giang) và bắt đầu phản công dữ dội. Mặc dù, nghĩa quân đã chống ngăn quyết liệt, nhưng trước vũ khí quá mạnh của đối phương, Nguyễn Trung Trực đành phải cho quân rút về đồn Rạch Giá, rồi rút luôn đến Ba Trại (Hòn Chông, nay thuộc huyện Kiên Lương, tỉnh Kiên Giang). Pháp liền cho quân đuổi theo thiết lập vòng vây và chặn hết các con đường tiếp tế đến nơi đó. Không thể ở đó được, Nguyễn Trung Trực đã lệnh cho quân bí mật dùng ghe vượt khoảng 45 km đường biển để ra đảo Phú Quốc. Ngay khi đến đảo, Nguyễn Trung Trực cho nghĩa quân hợp lực cùng người dân trên đảo đốn cây lấy gỗ để xây dựng chiến lũy và ngăn vàm sông Cửa Cạn. Cửa Cạn là tên một con sông dài 15 km, nay thuộc xã Cửa Cạn, thành phố Phú Quốc, tỉnh Kiên Giang. Sông bắt nguồn trên dãy núi Hàm Ninh chảy theo hướng Tây-Tây Nam, qua cánh rừng Cấm, đồng Cây Sao, đồng Bà, rồi đổ ra vịnh Thái Lan. Lợi dụng địa hình, địa vật ở đây, Nguyễn Trung Trực đã đặt một căn cứ có tên là "Ba Trại Ngoài" để trấn giữ vàm sông Cửa Cạn; và một căn cứ khác tựa lưng vào dãy núi Hàm Ninh, có tên là "Ba Trại Trong". Khoảng đầu tháng 9 năm 1868, tàu chiến Groeland do Buochet Rivière chỉ huy theo ra đến đảo. Tìm hiểu mục tiêu xong, thủy quân Pháp dùng súng đại bác bắn dữ dội vào chiến lũy Cửa Cạn. Sau khi tốn nhiều đạn pháo, chiến lũy bị phá tan, tức thì, quân Pháp đổ bộ lên đảo. Một trận kịch chiến liền diễn ra tại vàm Cửa Cạn. Tuy chống trả quyết liệt, nhưng trước hỏa lực quá mạnh của đối phương, nghĩa quân đành phải vừa chống ngăn vừa rút dần lên núi Hàm Ninh. Nhờ núi cao rừng rậm che khuất và nhờ lối đánh du kích rất có hiệu quả, nên quân Pháp không dám truy đuổi. Ngày 19 tháng 9, tàu chiến Groeland trở về Hà Tiên rước Lãnh binh Tấn cùng 150 lính mã-tà từ Gò Công sang chi viện. Theo kế hoạch của Lãnh binh Tấn, quân lính phong tỏa mọi ngõ ngách ở đảo. Những ghe tàu nào có dấu hiệu khả nghi đến tiếp tế lương thực và đạn dược đều bị ngăn chặn. Tấn lại cho bắt hết người dân ở nơi nghĩa quân đang lẩn trốn, nhằm cô lập họ. Cùng lúc ấy, ở chợ Rạch Giá, thực dân Pháp cho treo giải thưởng: Ai bày mưu bắt được ông Trực sẽ được thưởng 200 quan tiền; ai bắt sống hay hạ sát được ông, sẽ được thưởng 500 quan tiền. Một ngày trong tháng 10 năm 1868, chủ tướng Nguyễn Trung Trực bị Pháp bắt, trận chiến Cửa Cạn kể như kết thúc. Tuy nhiên, việc Nguyễn Trung Trực bị bắt hay ra hàng, các sử liệu ghi không giống nhau. Lược trích ở các sách: Nhưng theo lời khai ít ỏi của Nguyễn Trung Trực khi ông bị giam cầm ở Khám Lớn Sài Gòn với Đại úy Piquet, thanh tra bổn quốc sự vụ, thì sự việc như thế này, trích biên bản hỏi cung: Rất tiếc là bản cáo của Lãnh binh Tấn gửi cho Thống đốc Nam kỳ về "Việc bắt Nguyễn Trung trực và Tổng binh Cân" đã bị thất lạc từ ngày 23 tháng 5 năm 1950, vì thế sự việc chưa được tường tận.