Trường Đại học Indonesia (tiếng Indonesia: "Universitas Indonesia"), viết tắt UI là trường đại học lâu đời nhất ở Indonesia, và có nhiều cơ sở ở Jakarta và Depok. Nguồn gốc của Đại học Indonesia bắt đầu từ năm 1851. Vào lúc đó, chính quyền thực dân của Đông Ấn Hà Lan quyết định lập một trường học để đào tạo các y sĩ. Khoá đào tạo kéo dài 2 năm và người tốt nghiệp được chứng nhận có thể chữa trị đơn giản và cơ bản. Bằng cấp được gọi là "bác sĩ Java" và người tốt nghiệp chỉ được chứng nhận mở phòng chữa trị ở Đông Ấn Hà Lan, đặc biệt là ở Java. Chương trình giáo dục đã trở nên toàn diện hơn và đến 1864 đã kéo dài 3 năm. Đến 1875, chương trình đã kéo dài 7 năm và người tốt nghiệp được cấp bằng bác sĩ. Tiếp theo chính quyền Đông Ấn Hà Lan đã thiết lập một trường mới huấn luyện bác sĩ có tên là STOVIA (School tot Opleiding von Indische Artsen). Điều kiện tiên quyết để nhập học STOVIA gần tương đương với bằng phổ thông cơ sở, nhưng chương trình của trường này là 9 năm do đó đây là một chương trình đào tạo hỗn hợp giữa trung học và đại học. Nhiều người tốt nghiệp trường này sau này đã đóng vai trò quan trọng trong phong trào độc lập dân tộc của Indonesia cũng như sự phát triển y tế của quốc gia này. Năm 1925, chính quyền thực dân quyết định mở một trường giáo dục cấp đại học để đào tạo quan chức và viên chức với tên gọi RHS (Recht Hoge School). RHS sau này trở thành Khoa luật của Đại học Indonesia. Năm 1927, tư cách của STOVIA được nâng lên thành đại học và được đổi tên là GHS (Geneeskundige Hogeschool). Nhiều cựu sinh viên của GHS sau này trở thành những người góp phần thành lập Đại học Indonesia cũng như giáo sư giảng dạy. Sau khi Indonesia độc lập, Viện giáo dục sau trung học Indonesia (BPTRI) được thành lập ở Jakarta bao gồm 3 khoa: Y và Dược, Văn học, Luật. Trong năm đó, viện này đã đào tạo 90 bác sĩ. Khi quân đội thực dân Hà Lan chiếm đóng Jakarta cuối năm 1945, BPTRI được dời đến Klaten, Surakarta, Yogyakarta, Surabaya và Malang. Năm 1946, chính quyền thực dân Hà Lan đã thành lập "Nood Universiteit" hay Đại học Khẩn cấp tại Jakarta. Năm 1947, tên gọi đại học này được đổi thành "Universiteit van Indonesie" (UVI) hay Đại học Indonesia. Tiếp theo sau cuộc Cách mạng dân tộc Indonesia, chính quyền đã thành lập một trường đại học nhà nước ở Jakarta tháng 2 năm 1950. với tên gọi Universiteit Indonesia, bao gồm các đơn vị của BPTRI và nguyên UVI, mà sau đó được đổi thành Universitas Indonesia (UI). Năm 1950, UI đã là một trường đại học có nhiều cơ sở với nhiều khoa ở Jakarta (Y khoa, Luật, Văn học), Bogor (Nông nghiệp và Thú y), Bandung (Kỹ thuật công nghệ, Toán học và Khoa học tự nhiên), Surabaya (Y khoa và Nha khoa), and Makassar (Kinh tế). Năm 1954, cơ sở tại Surabaya trở thành đại học Airlangga (Universitas Airlangga). Năm 1955, cơ sở Makassar trở thành Đại học Hasanuddin (Universitas Hasanuddin). Năm 1959, cơ sở Bandung trở thành Viện Công nghệ Bandung Institut Teknologi Bandung, trong khi Trường giáo dục Thể chất cũng nằm ở Bandung đã trở thành một phần của Đại học Padjajaran năm 1960. Năm 1964, cơ sở tại Bogor trở thành Đại học Nông nghiệp Bogor (IPB) và Khoa Giáo dục (FKIP) ở Jakarta, trở thành IKIP Jakarta. Năm 1965, Đại học Indonesia (UI) bao gồm 3 cơ sở, tất cả nằm ở Jakarta, đó là: Salemba (Y khoa, Nha khoa, Kinh tế, Kỹ thuật công nghệ, và Trường Bồi dưỡng); Rawamangun (Văn học, Luật, Khoa học Xã hội và Tâm lý học); Pegangsaan (Y tế công cộng và một số bộ phận của Y khoa). FK là viết tắt của Fakultas Kedokteran, có nghĩa Khoa Y theo tiếng Indonesia. Khoa này nằm ở cơ sở Salemba. Ban đầu, Khoa Luậy là một khoa giáo dục phổ thông về luật (tiếng Hà Lan: "rechtsschool"). Khoa này được thành lập bởi chính quyền thuộc địa Hà Lan để cung cấp đội ngũ nhân viên người Indonesia làm trong toà án, vốn lúc đó chủ yếu đảm trách bởi các thẩm phán người Hà Lan. Năm 1924, rechtsschool được nâng cấp thành cơ sở đào tạo bậc đại học với tên gọi là "rechtshogeschool", với hai chuyên ngành: Luật và Khoa học xã hội. Rechtshogeschool được sáp nhập với trường y ("School tot Opleiding van Inlandsche Artsen or Stovia") vào Universiteit van Indonesie. Năm 1955, tên gọi được đổi thành Đại học Indonesia (tiếng Indonesia: "Universitas Indonesia"). Năm 1968, Bộ môn Khoa học xã hội được lập thành một khoa mới, tên là Khoa Khoa học xã hội. FPsi là viết tắt tiếng Indonesia của Fakultas Psikologi hay Khoa Tâm lý, nằm ở cơ sở Depok. Khoa này được lập năm 1953 bởi giáo sư tiến sĩ Slamet Iman Santoso, người đã trở thành trưởng khoa đầu tiên của khoa này. Ban đầy, đây là một ngành học thuộc Khoa Y. FE là viết tắt của Khoa Kinh tế, nằm ở cả cơ sở Salemba và Depok. Khoa này được lập năm 1950 bởi giáo sư tiến sĩ Soemitro Djojohadikoesum, sau này trở thành trưởng khoa đầu tiên của khoa này. Khoa này có 3 ngành: Kế toán, Quản trị kinh doanh, Nghiên cứu Kinh tế. Khoa này có các lớp cử nhân và thạc sĩ. FIB nằm ở Depok. Trước đây khoa này được gọi là Khoa Văn (Fakultas Sastra). Fasilkom là tên viết tắt tiếng Indonesia của Fakultas Ilmu Komputer hay Khoa Khoa học máy tính của Đại học Indonesia nằm ở Salemba và Jakarta. Khoa này có nguồn gốc từ Chương trình nghiên cứu Khoa học máy tính từ năm 1986, trực thuộc ban giám hiệu. Khoa này được thành lập năm 1993. Fasilkom có hai môn học sau đại học là Thạc sĩ công nghệ thông tin "Magister Teknik Informasi" (MTI) nằm ở Salemba và Thạc sĩ Khoa học máy tính ("Magister Ilmu Komputer") nằm ở Depok. Khoa này cũng có chương trình đào tạo tiến sĩ Khoa học máy tính. Fasilkom cũng là nơi có Phòng thí nghiệm nghiên cứu trí thông minh điện toán, là nơi xuất bản tạp chí Hiệp hội Khoa học máy tính và Khoa học thông tin (ICIS). Khoa Điều dưỡng trước đây nằm ở Salemba. Hiện khoa này nằm ở cả Depok và Salemba. Đây là khoa ra đời muộn nhất của Đại học Indonesia.