Mật Tông (zh. 密宗 "mì-zōng") là từ gốc Hán dùng để gọi pháp môn bắt nguồn từ sự kết hợp giữa Ấn Độ giáo và Phật giáo Đại thừa, được hình thành vào khoảng thế kỷ 5,6 tại Ấn Độ. Mật Tông lại chia thành hai phái: Chân ngôn thừa (Mantrayàna) và Kim cương thừa (Vajrayàna). Sự phát triển của Mật Tông gắn với các luận sư nổi tiếng như Subha Karasimha ("Thiên Vô Úy", 637-735), Vajra Bodhi ("Kim Cương Trí", 671-741), Amoghavajra ("Bất Không Kim Cương", 705-774), Padmasambhava ("Liên Hoa Sinh", cuối thế kỷ thứ VIII), Dipankarasrijanàna (Atisa, cuối thế kỷ thứ XI). Tư tưởng Mật giáo có từ thời Phật giáo Nguyên thủy, thể hiện qua các câu thần chú trong các bộ luật và trong Kinh Khổng Tước. Nửa sau thế kỷ thứ 7 CN, Ấn Độ giáo đã len lỏi trong các hệ thống học thuyết, kể cả giáo lý Phật giáo mà phục hưng trở lại, từ đó tạo ra sự cạnh tranh mãnh liệt đối với Phật giáo đương thời. Lúc bấy giờ, Phật giáo Đại thừa chỉ giới hạn trong phạm vi “kinh viện triết học”, lý luận học vấn, các phạm trù triết học biện luận... Do vậy, đã tự tách mình ra khỏi phần đông quần chúng trong khi những hiện tượng siêu hình, thần bí có ở khắp nơi trên đất Ấn. Vì thế, để thích ứng với tình thế mới, Phật giáo Đại thừa nhanh chóng và tích cực tiếp cận với Ấn Độ giáo và Bà-la-môn giáo. Ban đầu khi tiếp xúc, phía Phật giáo có những phản ứng khá kịch liệt, có lúc cật lực phê phán những quan niệm nghi chấp về tế tự cầu phúc trừ họa và mật chú. Tuy nhiên vẫn xúc tiến việc hợp lý hóa hoặc Phật giáo hóa theo tinh thần tùy duyên, cuối cùng Mật giáo đã hình thành nên một hệ thống tương đối độc lập trong Phật giáo Đại Thừa. Theo Mật giáo, sự truyền thừa bắt đầu từ Đại Nhật Như Lai truyền cho Kim Cương Bồ tát. Ông viết 2 quyển kinh Đại Nhật và Kim Cương Đỉnh đem lưu lại trong một ngôi tháp. Long Thụ mở tháp tiếp nhận 2 quyển kinh này và được Kim Cương Bồ tát chỉ dạy. Sau đó, Long Thụ truyền cho Long Trí, một cao tăng tại viện Đại học Nalanda. Ngài Long Trí sau khi thụ pháp với ngài Long Thụ, đã truyền pháp và giáo hóa các nước miền Nam Thiên Trúc và Tích Lan (Sri Lanka). Mật giáo sau đó đã sớm được phổ biến về hướng Bắc để sang Tây Tạng, Trung Hoa và Nhật Bản và về hướng Nam để qua mấy xứ Tích Lan, Miến Điện (Myanmar), Nam Dương (Indonesia), Campuchia, Lào… hình thành hai nhánh Mật Giáo chính: Mật tông Nam Tông và Mật tông Bắc Tông. Trước khi Mật giáo được truyền vào Tây Tạng, dân chúng nơi này chưa có một tôn giáo nào đậm nét. Lúc đó, vùng đất chỉ có đạo Bon là đạo giáo cổ truyền của dân bản xứ. Thời đó,người ta chỉ biết thờ cúng chư thần kể cả hung thần, ác quỷ. Pháp môn Mật tông này truyền vào Tây Tạng muộn hơn Trung Quốc, vào khoảng cuối thế kỷ thứ 8, vua Tisongdetsen (740-786) có thỉnh rước 2 vị cao tăng Ấn Độ là Đại Sư Liên Hoa Sinh (Padma-Jungne) và Antarakshita. Tại đây Kim cương thừa đã hòa nhập với Phật giáo Đại thừa sẵn có của Tây Tạng và được gọi là Lạt Ma giáo. Tây Tạng có 4 tông phái Mật Tông chính là: Ở Tây Tạng, đệ tử chỉ được thu nhận vào Mật tông thông qua một nghi lễ khai ngộ ("initiation") đặc biệt được tiến hành bởi một lạt-ma có tên tuổi. Mật tông cũng chủ trương sự tự giác ngộ thông qua việc thiền định ("meditation") và niệm chân ngôn ("mantra"). Dòng truyền thừa vào Tây Tạng xuất phát từ trung tâm Phật học Vikramasila. Mật tông vốn truyền vào Việt Nam từ khá sớm. Theo Thiền uyển tập anh, vào thế kỷ thứ VI, Tỳ Ni Đa Lưu Chi, người Ấn Độ, đã đến Việt Nam và dịch kinh Đại thừa phương quảng tổng trì tại chùa Pháp Vân. Đây là một bộ kinh của Mật giáo, và liên hệ rất nhiều đến Thiền. Vào thời Đinh và Tiền Lê, Mật tông đã khá thịnh hành tại Việt Nam. Những trụ đá được phát hiện tại Hoa Lư, Ninh Bình vào các năm 1963, 1964, 1978 - dựng vào năm 973, thời Đinh; có trụ dựng năm 995, thời Lê Đại Hành - đều khắc bản kinh Phật đỉnh Tôn thắng Đà La Ni (Usnisavijaya dharani), một bản kinh rất phổ biến của Mật giáo, đã chứng minh cho điều đó. Dĩ nhiên Mật tông thịnh hành không chỉ do mỗi ngài Tỳ Ni Đa Lưu Chi, mà còn từ Phật giáo Chiêm Thành, những Tăng sĩ ngoại quốc và những vị sư Việt Nam thọ học từ Ấn Độ. Trong đó, ngài Mahamaya, gốc Chiêm Thành, thuộc đời thứ 10 của thiền phái Tỳ Ni Đa Lưu Chi, từng theo học với ngài Pháp Thuận - Pháp hành sám và trì tụng chú Đại bi - cũng rất nổi tiếng về pháp thuật. Thiền uyển tập anh cho rằng ông đắc pháp Tổng trì Tam muội, thi triển nhiều pháp thuật khiến cho vua Lê Đại Hành và dân chúng đều nể phục. Một thiền sư Việt, ngài Sùng Phạm (mất năm 1087), đời thứ 11 của thiền phái Tỳ Ni Đa Lưu Chi, đã đến Ấn Độ chín năm, sau mở trường dạy tại chùa Pháp Vân. Đệ tử của ngài có sư Từ Đạo Hạnh nổi tiếng về phù chú và sư Trì Bát cũng thấm nhuần Mật giáo. Đại Việt sử ký toàn thư cũng ghi chép về một vị Tăng sĩ Ấn Độ, vào năm 1311, đến nước ta, xưng là 300 tuổi, theo Mật giáo, có thể ngồi xếp bằng nổi trên mặt nước. Năm 1318, vua Anh Tông mời một Tăng sĩ Ấn Độ, tên Ban Để Đa Ô Sa Thất Lợi đến dịch một bộ kinh Mật giáo tên là Bạch Tán Thần chú kinh. Trong Nam, có Hòa Thượng Nhẫn Tế thế danh Nguyễn Văn Tạo sanh năm 1889 tại thôn An Thánh (nay là thị trấn Lái Thiêu), tỉnh Bình Dương, hâm mộ đạo Phật từ nhỏ, năm 1904, được 16 tuổi ông đến chùa Thiên Tôn trong vùng, quy y với Hòa Thượng Ấn Thành - Từ Thiện, pháp danh Chơn Phổ. Sau khi học hành xong, ông đi làm việc nhưng vì có bệnh nên xin nghỉ dưỡng bệnh. Năm 1926, chùa Thiên Thai ở Bà Rịa có giới đàn, ông đến xin thọ giới do Đầu đàn Hòa Thượng Huệ Đăng truyền giới, ông được ban pháp danh Trừng Liễn, pháp hiệu Minh Tịnh thuộc đời thứ 42 Thiên Thai Thiền Giáo Tông. Năm 1933, chùa Thiên Tôn mở Đại giới đàn, ông xin thọ giới do Đầu dàn Hòa Thượng Ngộ Định - Từ phong truyền giới, ông được ban pháp hiệu Nhẫn Tế, đệ tử nối pháp đời thứ 40 dòng Lâm Tế Chúc Thánh chùa Thiên Tôn. Ngày 17-4-1935, ông lên tàu đi sang Ấn Độ, chiêm bái và học Phật, có sang Népal nhận được Xá lợi Phật, rồi sang Tây Tạng ngày 28-6-1936, được yết kiến Nhiếp chánh Quốc vương Tây Tạng, được Lạt ma Nhiếp chánh nhận là tu sĩ Tây Tạng, ban cho pháp danh Thubten Osall Lama (Huệ Phát), ông đắc pháp Mật Tông Tây Tạng. Đến ngày 29-10-1936, ông rời khỏi Tây Tạng, trở lại Ấn Độ học hỏi thêm một thời gian rồi mới trở về xứ. Ông đặt chân lại am thất cũ của mình tại Bình Dương ngày 30-6-1937. Tại Phú Cường có ngôi chùa Bửu Hương, Phật tử tại đây quy ngưỡng nên dâng cúng chùa cho ông. Ông đổi tên thành Tây Tạng tự, từ đó ông tu và truyền bá Mật tông, nhưng vì Phật giáo thời đó, nên Mật Tông của sư Nhẫn Tế không lan rộng, không lập nên Giáo Hội. Hòa thượng Nhẫn Tế viên tịch ngày 17-5-1951, thọ 63 tuổi đời, đắc 25 hạ lạp, là một Lama Việt Nam đầu tiên, được chính Nhiếp chánh quốc vương Tây Tạng ấn chứng. Ở Huế có Mật tông lưu truyền, thập niên 60, Hội Phật Học Nam Việt có thỉnh chư Tăng từ Huế vào chùa Xá Lợi làm lễ Trai Đàn Cứu Tế, những vị Tăng nầy đã hành lễ theo nghi thức Mật Tông Trung Hoa. Thích Viên Đức có dịch một BỘ MẬT TÔNG gồm những sách: Hiển Mật Viên Thông Thành Phật Tâm yếu, Kinh Đại Thừa Trang Nghiêm Bảo Vương, Kinh Chuẩn Đề Đà La Ni Hội Thích (hay Kinh Thất Cu Chi Phật Mẫu Sở Thuyết), Kinh Mạt Pháp Nhất Tự Đà La Ni.