Public procurement notice: Contract Award Notice
Published: 2023-08-22
Buyer: Semmelweis Egyetem
Country: HU
Contract type: Services
Procedure: Open procedure
CPV classification: 85110000: Hospital and related services | 85111000: Hospital services | 85145000
Estimated value: 83600000 HUF
Award criteria: The most economic tender

Technical requirements: „SARS-CoV-2 vírus teljes genomszekvenálás és bioinformatikai analízis - Epidemiológiai és Surveillance Központ, RRF-2.3.1-21-2022-00006 azonosítószámú, »Egészségbiztonság Nemzeti Laboratórium (ENL)« projekt”
Nyertes ajánlattevő székhelye, laboratóriuma, továbbá a Semmelweis Egyetem Laboratóriumi Medicina Intézet (1082 Budapest, Üllői út 78/A, I. em.)
I. Nyertes Ajánlattevő feladata az Ajánlatkérő részére RT-PCR módszerrel SARS-CoV-2 vírusra pozitív mintákból genomszekvenálás (SARS-CoV-2 genomikai változásainak követésére szolgáló, ún. variánsmonitorozást megalapozó laboratóriumi vizsgálat) és bioinformatikai analízis végzése, és havi egyszeri mintaszállítás a Semmelweis Egyetem, Laboratóriumi Medicina Intézet székhelye és a genomszekvenálás helyszíne között, a genomszekvenáláshoz szükséges, megfelelő szállítási körülmények biztosításával.
Mintaszállítás: RT-PCR módszerrel SARS-CoV-2 vírusra pozitív minták szállítása a Semmelweis Egyetem Laboratóriumi Medicina Intézetből (Központi Betegellátó Épület 1. emelet, 1082 Budapest, Üllői út 78/a. 1 em.) az Ajánlattevő laboratóriumába fagyasztott állapotban, -20 Celsius fok alatti hőmérsékleten, a csomagok sérülésmentes és szakszerű szállításával. A szállítás előtt a minták szakszerű, sérülésmentes szállítást biztosító becsomagolását a nyertes ajánlattevő végzi. A mintaszállítás részét képezi a szállításhoz szükséges szállítólevél kiállítása, valamint a csomagoláshoz szükséges szárazjég, csomagolóanyagok és polisztirol doboz biztosítása is.
Minták kiválasztása: Ajánlattevő havi egy alkalommal felveszi a kapcsolatot az Ajánlatkérő kijelölt munkatársával a következő hónapban esedékes minták szállításának megszervezése céljából. A szállítás napját legkésőbb a szállítást megelőző hónap 15. napjáig le kell egyeztetni írásban, elektronikus levél formájában. A szállításnak legkésőbb a tárgyhó 5. napjáig kell megtörténnie. Az elemzésre szánt mintákat a Semmelweis Egyetem Laboratóriumi Medicina Intézet munkatársai választják ki az Ajánlatkérő útmutatása alapján, és a sérülésmentesen tárolt mintákat csomagolásra készen összekészítik az Ajánlattevő számára.
A vállalkozási keretszerződés hatálya alatt ajánlatkérő tervezetten 1672 db minta genomszekvenálását és bioinformatikai analízis ellátását fogja megrendelni.
A szerződés keretösszege nettó 83 600 000,- Ft. Ajánlatkérő a keretösszeg 70 %-ára vállal lehívási kötelezettséget.
- A minták érkeztetése, minőségi ellenőrzése, eredmény elektronikus megküldése Ajánlatkérőnek, könyvtárak készítése, mennyiségi és minőségi meghatározása.
- Szekvenálás 2x150 bázispár leolvasási hosszal, legalább 500x-os átlagos lefedettséggel, mintánként 1 000 000 leolvasással PE módban (paired end leolvasás két oldalról).
b) konszenzus szekvenciák elkészítése FASTA formátumban és minőségi indikátorok megadása (például nukleotidonként átlagos PHRED score; konszenzus 0/0, hogy az adott nukleotid mennyire volt egységes a readek között);
d) a minőségi követelményeket figyelembe véve a 20x-os lefedettségnél alacsonyabb vírus genomi régióinak maszkolása az „N” általános nukleotid beépítésével;
g) az eredményeket tartalmazó könyvtárstruktúra kialakítása az Ajánlatkérővel előre egyeztett formában;
h) az egyes mintacsomagok reprodukálható elemzésének biztosítása érdekében az Ajánlattevő köteles megjelölni a felhasznált programok és szoftverek verziószámát az elkészített riportban.
- Az Ajánlattevő köteles minden minta tekintetében a műszaki leírásban részletezett adatokat (pl. mintaazonosító kód, genomszekvenálás dátuma, a Pangolin klasszifikáció, a GISAID EpiCoV platformra feltöltött szekvencia azonosítója stb.) Ajánlatkérő számára írásban elektronikusan megküldeni a mintaküldéstől számított maximum 20 munkanapon belül.
- A GISAID EpiCoV platformra történő feltöltést minden minta esetében az Ajánlattevő végzi a mintaküldéstől számított maximum 20 munkanapon belül.


Winner: iBioScience Korlátolt Felelősségű Társaság
Award value: 83600000
Number of bids: 1