Public procurement notice: Contract Award Notice
Published: 2022-02-07
Buyer: Universitätsklinikum Jena
Country: DE
Contract type: Supplies
Procedure: Negotiated without a prior call for competition
CPV classification: 33000000
Estimated value: 0.01 EUR
Award criteria: Lowest price

Technical requirements: Lääketieteelliset laitteet, farmaseuttiset valmisteet ja henkilökohtaiseen hygieniaan liittyvät tuotteet
Oxford Nanopore Technologies Sequenzierungsplattform / Geräte- und Verbrauchsmittelbeschaffung GridION Sequenzer
Im Rahmen der Bekämpfung der SarsCoV -Pandemie wird seit Februar 2021 die Gerätemiete und die Beschaffung notwendiger Verbrauchsmittel für einen GridION Sequenzer der Oxford Nanopore Technologies, Oxford UK durch das Bundesministerium für Forschung und Bildung gefördert und die SarsCoV-2
Die Notwendigkeit zur Fortsetzung der SarsCoV-2 Sequenzierung besteht pandemiebedingt weiter, sodass der Projektträger VDI Mittel zur Gerätebeschaffung zur Verfügung gestellt hat. Darüber hinaus sind weitere Forschungsaktivitäten im Rahmen des bereits genehmigten Forschungsprojektes LPI mit diesem Gerätesystem
Mittels der Nanopore Technologie kann die mRNA direkt sequenziert werden, was das Hauptaugenmerkmal der im LPI zu etablierten Plattformen sein soll. Außerdem ist diese Technologie mit dem MinIon portabel. So können auch Studien zu Nutzung dieser Technologien als Vor-Ort-Diagnostik durchgeführt werden. Hier ist bereits eine
Studie in Zusammenarbeit mit dem Plazentalabor in Bearbeitung. Das IIMK hat bereits die MinIon Technologie im Labor etabliert und entsprechende Algorithmen für die Datenprozessierung und Auswertung erarbeitet und erprobt. Das GridIon Gerät ist mit diesen bioinformatischen Pipelines vollständig kompatibel. Hierbei ist
festzuhalten, dass die erzeugten Daten nicht beliebig austauschbar und nutzbar in solchen Pipelines sind. Die GridIon stellt eine Erweiterung der Sequenzierungskapazität der bereits im IIMK-Labor etablierten und breit genutzten (auch in der Coronadiagnostik, mikrobiologischen Diagnostik und Hygiene) Sequenzierungsplattform
Gegenstand des Vergabeverfahrens war damit die Geräteübernahme des Mietgerätes in den Bestand des UKJ und der Abschluss eines Rahmenvertrages über die notwendigen, nur vom Gerätehersteller Oxford Nanopore Technologies, Oxford UK zu beziehenden Verbrauchsmittel.
Die ONT Plattform erkennt auch die in der Pore befindliche DNA anhand eines Echtzeit-Abgleiches gegen eine Referenzdatenbank und entscheidet eigenständig, ob dieses DNA-Fragment weiter sequenziert wird oder ob die Pore Umgepolt wird und die DNA wieder entfernt wird (Depletion/Enrichment). Das ermöglicht eine Selektive
und damit deutlich sensitive Sequenzierung z.B. vom Mikrobiomen in humanen Proben bei gleichzeitiger Reduktion der Humanen-Genomsequenzen.
Mittels der Nanopore Technologie kann die mRNA direkt sequenziert werden, was das Hauptaugenmerkmal der im LPI zu etablierten Plattformen sein soll. Außerdem ist diese Technologie mit dem MinIon portabel. So können auch Studien zu Nutzung dieser Technologien als Vor-Ort-Diagnostik durchgeführt werden. Hier ist bereits eine
Studie in Zusammenarbeit mit dem Plazentalabor am Laufen. Das IIMK hat bereits die MinIon Technologie im Labor etabliert und entsprechende Algorithmen für die Datenprozessierung und Auswertung erarbeitet und erprobt. Das GridIon Gerät ist mit diesen bioinformatischen Pipelines vollständig kompatibel. Hier muss man
verstehen, dass die erzeugten Daten nicht beliebig austauschbar und nutzbar in solchen Pipelines sind. Die GridIon stellt eine Erweiterung der Sequenzierungskapazität der bereits im IIMK-Labor etablierten und breit genutzten (auch in der Coronadiagnostik, mikrobiologischen Diagnostik und Hygiene) Sequenzierungspalform dar.
Diese Plattform funktioniert aber nur mit der entsprechend auf die Nanoporen abgestimmten Chemie und Probenvorbereitung sowie den speziellen Flowcells. Die Flowcelles sind das Herzstück der Technologie, denn sie beinhalten die Nanoporen selbst. Die Flowcells können und werden auch mehr als einmal verwendet, was die Kosten wieder reduzieren hilft, aber es handelt sich um biologische Systeme, die irgendwann einfach absterben. Daher sind die Flowcells als Verbrauchsmaterial eingestuft. Zusätzlich werden spezielle Adaptoren


Winner: Oxford Nanopore Technologies
Award value: 0.01
Number of bids: 1