Public procurement notice: Voluntary Ex Ante Transparency Notice
Published: 2021-11-23
Buyer: Universitätsklinikum Jena
Country: DE
Contract type: Supplies
Procedure: Negotiated without a prior call for competition
CPV classification: 33000000 | 33100000 | 33696500
Estimated value: 0.01 EUR

Technical requirements: Lääketieteelliset laitteet, farmaseuttiset valmisteet ja henkilökohtaiseen hygieniaan liittyvät tuotteet
Oxford Nanopore Technologies Sequenzierungsplattform /Geräte- und Verbrauchsmittelbeschaffung GridION Sequenzer
Im Rahmen der Bekämpfung der SarsCoV -Pandemie wird seit Februar 2021 die Gerätemiete und die Beschaffung notwendiger Verbrauchsmittel für einen GridION Sequenzer der Oxford Nanopore Technologies, Oxford UK durch das Bundesministerium für Forschung und Bildung gefördert und die SarsCoV-2 Sequenzierung über die Kassenärztliche Vereinigung KV vergütet.
Die Notwendigkeit zur Fortsetzung der SarsCoV-2 Sequenzierung besteht pandemiebedingt weiter, sodass der Projektträger VDI Mittel zur Gerätebeschaffung zur Verfügung gestellt hat. Darüber hinaus sind weitere Forschungsaktivitäten im Rahmen des bereits genehmigten Forschungsprojektes LPI mit diesem Gerätesystem vorgesehen.
Die Notwendigkeit zur Fortsetzung der SarsCoV-2 Sequenzierung besteht pandemiebedingt weiter, sodass der Projektträger VDI Mittel zur Gerätebeschaffung zur Verfügung gestellt hat. Darüber hinaus sind weitere Forschungsaktivitäten im Rahmen des bereits genehmigten For-schungsprojektes LPI mit diesem Gerätesystem vorgesehen.
Mittels der Nanopore Technologie kann die mRNA direkt sequenziert werden, was das Hauptaugenmerkmal der im LPI zu etablierten Plattformen sein soll. Außerdem ist diese Technologie mit dem MinIon portabel. So könne auch Studien zu Nutzung dieser Technolo-gien als Vor-Ort-Diagnostik durchgeführt werden. Hier ist bereits eine Studie in Zusammenar-beit mit dem Plazentalabor in Bearbeitung. Das IIMK hat bereits die MinIon Technologie im Labor etabliert und entsprechende Algorithmen für die Datenprozessierung und Auswertung erarbeitet und erprobt. Das GridIon Gerät ist mit diesen bioinformatischen Pipelines vollstän-dig kompatibel. Hierbei ist festzuhalten, dass die erzeugten Daten nicht beliebig austauschbar und nutzbar in solchen Pipelines sind. Die GridIon stellt eine Erweiterung der Sequenzie-rungskapazität der bereits im IIMK-Labor etablierten und breit genutzten (auch in der Corona-diagnostik, mikrobiologischen Diagnostik und Hygiene) Sequenzierungsplattform dar.
Gegenstand des Vergabeverfahren ist damit die Geräteübernahme des Mietgerätes in den Bestand des UKJ und der Abschluss eines Rahmenvertrages über die notwendigen, nur vom Gerätehersteller Oxford Nanopore Technologies, Oxford UK zu beziehenden Verbrauchsmittel.
Die ONT Plattform erkennt auch die in der Pore befindliche DNA anhand eines Echtzeit-Abgleiches gegen eine Referenzdatenbank und entscheidet eigenständig, ob dieses DNA-Fragment weiter sequenziert wird oder ob die Pore Umgepolt wird und die DNA wieder entfernt wird (Depletion/Enrichment). Das ermöglicht eine Selektive und damit deutlich sensitive Sequenzierung z.B. vom Mikrobiomen in humanen Proben bei gleichzeitiger Reduktion der Humanen-Genomsequenzen.
Mittels der Nanopore Technologie kann die mRNA direkt sequenziert werden, was das Hauptaugenmerkmal der im LPI zu etablierten Plattformen sein soll. Außerdem ist diese Technologie mit dem MinIon portabel. So könne auch Studien zu Nutzung dieser Technologien als Vor-Ort-Diagnostik durchgeführt werden. Hier ist bereits eine Studie in Zusammenarbeit mit dem Plazentalabor am Laufen. Das IIMK hat bereits die MinIon Technologie im Labor etabliert und entsprechende Algorithmen für die Datenprozessierung und Auswertung erarbeitet und erprobt. Das GridIon Gerät ist mit diesen bioinformatischen Pipelines vollständig kompatibel. Hier muss man verstehen, dass die erzeugten Daten nicht beliebig austauschbar und nutzbar in solchen Pipelines sind. Die GridIon stellt eine Erweiterung der Sequenzierungskapazität der bereits im IIMK-Labor etablierten und breit genutzten (auch in der Coronadiagnostik, mikrobiologischen Diagnostik und Hygiene) Sequenzierungspalform dar.
Diese Plattform funktioniert aber nur mit der entsprechend auf die Nanoporen abgestimmten Chemie und Probenvorbereitung sowie den speziellen Flowcells. Die Flowcelles sind das Herzstück der Technologie, dann sie beinhalten die Nanoporen selbst. Die Flowcells könne und werden auch mehr als einmal verwendet, was die Kosten wieder reduzieren hilft, aber es handelt sich um biologische Systeme, die irgendwann einfach absterben. Daher sind die Flowcells als Verbrauchsmaterial eingestuft. Zusätzlich werden spezielle Adaptoren und Barcodes an die zu sequenzierende DNA anligiert, die der Erkennung durch die Pore dienen und der IP unterliegen. Darum sind einige Bestandteile der Verbrauchsmaterialien nicht beliebig austauschbar. Als Berechnungsgrundlage, muss aber auch berücksichtigt werden, dass die Reagenzien und Flowcells für mehr als ein Experiment ausreichen und je nach dem welches Flowcell-bundle abgeschlossen wurde, der Preis der Flowcells deutlich variiert.
6.	Onbord Echtzeit Base calling mit Guppy in der GridIon; bedeutet, dass weder eine lokale Infrastruktur noch eine stabile Internetverbindung benötigt wird
Oxford Nanopore Technologies Sequenzierungsplattform / Geräte- und Verbrauchsmittelbeschaffung GridION Sequenzer
Der Gesamtwert der Beschaffung und des Auftrags werden zur Wahrung der Betriebs- und Geschäftsgeheimnisse des Auftragnehmers nicht bekannt gegeben. Daher fiktiv die Angabe 0,01 EUR.
Das benannte Datum ist dasjenige, an dem entschieden wurde, den Vertrag mit dem benannten Partner zu schließen. Der Vertragsschluss erfolgt nach Ablauf der Wartefrist des § 135 Abs. 3 Nr. 3 GWB.
Statthafte Rechtsbehelfe sind gemäß §§ 155 ff. GWB die Rüge sowie der Antrag auf Einleitung eines Nachprüfungsverfahrens vor der zuständigen Vergabekammer.


Winner: Oxford Nanopore Technologies
Award value: 0.01