Public procurement notice: Voluntary Ex Ante Transparency Notice
Published: 2017-08-03
Buyer: Università degli Studi di Firenze — Dipartimento di Biologia
Country: IT
Contract type: Supplies
Procedure: Negotiated without a prior call for competition
CPV classification: 38970000

Technical requirements: II sistema MiSeq è la prima soluzione di sequenziamento end-to-end che integra generazione di cluster, amplificazione, sequenziamento e analisi dei dati in un solo strumento.
Sistema di sequenziamento DNA con caratteristiche di esclusività, unicità e infungibilità di seguito riportate: — II sistema MiSeq e la prima soluzione di sequenziamento end-to-end che integra generazione di cluster, amplificazione, sequenziamento e analisi dei dati in un solo strumento. Con un ingombro di circa mezzo metro quadrato può essere inserito praticamente in qualsiasi ambiente di laboratorio. Il sistema MiSeq impiega la tecnologia di sequenziamento mediante sintesi (SBS) Illumina, la più usata chimica di sequenziamento di nuova generazione, che lo rende la piattaforma ideale per eseguire analisi genetiche rapide ed efficaci in termini economici.; — La tecnica di sequenziamento mediante sintesi Illumina utilizza terminatori di sequenza reversibili attaccati ad ogni dNTP. Durante l'amplificazione di singoli filamenti di DNA, i coloranti fluorescenti dei terminatori vengono identificati dallo strumento via via che ogni dNTP viene aggiunto, e vengono poi scissi per consentire di incorporare le basi successive. Le singole basi che vengono incorporate a formare la semielica complementare di un filamento di DNA di stampo vengono rilevate parallelamente per milioni di singoli filamenti. Poiché durante ogni ciclo di sequenziamento sono presenti tutti e quattro i dNTP legati ai terminatori reversibili, la competizione naturale riduce al minimo l'errore di inclusione. L'identificazione delle basi viene eseguita direttamente sulle misurazioni del segnale di intensità luminosa durante ciascun ciclo, riducendo significativamente il tasso di errore sui dati grezzi rispetto ad altre tecnologie. Il sequenziamento Illumina permette di ottenere un alto numero di dati privi di errori anche per campioni di sequenziamento sensibili e complessi; — I campioni vengono preparati rapidamente e in modo semplice rispetto a qualsiasi sistema di sequenziamento da banco di nuova generazione. In soli 90 minuti viene preparata la libreria di filamenti di DNA per l'amplificazione ed il sequenziamento. Amplificazione clonale, sequenziamento e identificazione delle basi automatizzati avviene nell'arco in sole quattro ore. L'individuazione delle varianti e l'allineamento delle sequenze possono essere completati direttamente sul computer integrato allo strumento o in cloud computing su BaseSpace entro tre ore; — Il sistema MiSeq include l'accesso ad una piattaforma di analisi genomica sul cloud computing lllumina. BaseSpace fornisce monitoraggio della corsa su internet, informazione sui dati in tempo reale. loro archiviazione e condivisione; — Grazie a flussi di lavoro semplificati e alla possibilità di ottenere i dati nel più veloce tempo possibile, MiSeq offre un'alternativa efficace in termini economici sia all'elettroforesi capillare che ad altri sistemi di sequenziamento massivo per applicazioni quali il sequenziamento di ampliconi e trascrizione target tramite sequenziamento, risequenziamento di piccoli genomi, sequenziamento de novo, sequenziamento di RNA e metagenomica. Lunghezze di lettura di sequenza regolabili e possibilità di letture unidirezionali o paired-end permettono una flessibilità eccellente per confrontare i risultati su un'ampia gamma di esigenze.