Public procurement notice: Contract Award Notice
Published: 2024-11-08
Buyer: Semmelweis Egyetem
Country: HU
Region: HU110
Contract type: Services
Procedure: Open procedure
CPV classification: 85110000: Hospital and related services | 85111000: Hospital services | 85145000
Submission deadline: 2026-02-28
Award criteria: quality, price
EU fund: eu-funds

Technical requirements: „Teljes genomszekvenálás soktagú Marfan-szindrómás családnál, RRF-2.3.1-21-2022-00003 azonosítószámú, »Nemzeti Kardiovaszkuláris Laboratórium« tárgyú projekt” I. Nyertes Ajánlattevő feladata soktagú Marfan-szindrómás család tagjainak teljes genomszekvenálása, a fenotípus súlyosságát befolyásoló genetikai háttér azonosítására. 30 db vérminta teljes genomszekvenálása 30x-s lefedettséggel, továbbá a nyers adatok bioinformatikai elemzése. Elvégzendő szekvenálási feladatok: -A beérkező vérmintákból nukleinsav izolálása, a DNS minták minőségi ellenőrzése - A DNS mintákból könyvtárak készítése, a könyvtárak minőségi ellenőrzése - Szekvenálás 2x150 bp leolvasással, mintánként legalább 30X lefedettséggel Bioinformatikai feladatok: -Minták demultiplexálása - Minőségi szűrés és QC - Szűrt adatok térképezése - Térképezési QC - Bázis minőségi érték újra kalibráció - Variánsok (SNPk és rövid INDELek) azonosítása - Variánsok genotipizálása és minőségi szűrése - Variánsok funkcionális annotálása - Variánsok adatbázis annotálása - Nyers FASTQ fájlok, köztes adatok (BAM, QC riportok) és VCF fájlok megosztása a Ajánlatkérővel (Megrendelővel). A szerződés keretösszege nettó 12.652.878,- Ft. Ajánlatkérő a keretösszeg 70 %-ára vállal lehívási kötelezettséget. Ajánlatkérő felhívja a figyelmet arra, hogy a teljesítéshez szükséges informatikai és műszaki infrastruktúra biztosítása Nyertes ajánlattevő feladatát képezi az alábbiak szerint: - szekvenálási technológia, - teljes genom szekvenálási képesség - leolvasási hossz: 2x150 bázispár, - átlagos lefedettség: mintánként legalább 30X, - nyers FASTQ fájlok, köztes adatok (BAM, QC riportok) és VCF fájlok kezelése és megosztása Részletesen a közbeszerzési dokumentumok részét képező Közbeszerzési műszaki leírásban foglaltak szerint. II. Az értékelés módszere: Ajánlatkérő az ajánlatokat a Kbt. 76. § (2) bekezdés c) pontja szerint a legjobb ár-érték arány szempontja alapján bírálja el. Az értékelés módszere az „ár” értékelési részszempont esetében a fordított arányosítás, a minőségi kritérium esetében a pontkiosztás. Ajánlatkérő a „Genomszekvenálás és bioinformatikai analízis nettó egységára (HUF/db)” értékelési részszempont alatt 1 db vérminta teljes genomszekvenálásával és bioinformatikai elemzésével kapcsolatos valamennyi feladat költségét érti. Az értékelés során adható pontszám alsó és felső határa: 0–10 pont. Pontkiosztás esetén adható válaszok: „igen” vagy „nem”. „Igen” válasz esetén a pontkiosztás módszere szerint 10 pont,„nem” válasz esetén 0 pont. Minőségi értékelési szemponttal kapcsolatos információk (részletek: Közbeszerzési dokumentumok, IV. Fejezet, 4. pont.)
Ajánlattevő alkalmaz vagy szakértőként foglalkoztat olyan szakembert, aki részt vett befejezett tudományos projektben és/vagy szerzője tudományos publikációnak genomszekvenálás és/vagy bioinformatikai analízis témában (igen/nem)
Genomszekvenálás és bioinformatikai analízis nettó egységára (HUF/db)
A jogorvoslati kérelmek benyújtásának határidejére vonatkozó pontos információkat a Kbt. 148. § (3)-(9) bekezdéseiben foglalt előírások tartalmazzák.
I. Nyertes Ajánlattevő feladata soktagú Marfan-szindrómás család tagjainak teljes genomszekvenálása, a fenotípus súlyosságát befolyásoló genetikai háttér azonosítására. 30 db vérminta teljes genomszekvenálása 30x-s lefedettséggel, továbbá a nyers adatok bioinformatikai elemzése. Elvégzendő szekvenálási feladatok: -A beérkező vérmintákból nukleinsav izolálása, a DNS minták minőségi ellenőrzése - A DNS mintákból könyvtárak készítése, a könyvtárak minőségi ellenőrzése - Szekvenálás 2x150 bp leolvasással, mintánként legalább 30X lefedettséggel Bioinformatikai feladatok: -Minták demultiplexálása - Minőségi szűrés és QC - Szűrt adatok térképezése - Térképezési QC - Bázis minőségi érték újra kalibráció - Variánsok (SNPk és rövid INDELek) azonosítása - Variánsok genotipizálása és minőségi szűrése - Variánsok funkcionális annotálása - Variánsok adatbázis annotálása - Nyers FASTQ fájlok, köztes adatok (BAM, QC riportok) és VCF fájlok megosztása a Ajánlatkérővel (Megrendelővel). A szerződés keretösszege nettó 12.652.878,- Ft. Ajánlatkérő a keretösszeg 70 %-ára vállal lehívási kötelezettséget. Ajánlatkérő felhívja a figyelmet arra, hogy a teljesítéshez szükséges informatikai és műszaki infrastruktúra biztosítása Nyertes ajánlattevő feladatát képezi az alábbiak szerint: - szekvenálási technológia, - teljes genom szekvenálási képesség - leolvasási hossz: 2x150 bázispár, - átlagos lefedettség: mintánként legalább 30X, - - nyers FASTQ fájlok, köztes adatok (BAM, QC riportok) és VCF fájlok kezelése és megosztása , Részletesen a közbeszerzési dokumentumok részét képező Közbeszerzési műszaki leírásban foglaltak szerint. II. Az értékelés módszere: Ajánlatkérő az ajánlatokat a Kbt. 76. § (2) bekezdés c) pontja szerint a legjobb ár-érték arány szempontja alapján bírálja el. Az értékelés módszere az „ár” értékelési részszempont esetében a fordított arányosítás, a minőségi kritérium esetében a pontkiosztás. Ajánlatkérő a „Genomszekvenálás és bioinformatikai analízis nettó egységára (HUF/db)” értékelési részszempont alatt 1 db vérminta teljes genomszekvenálásával és bioinformatikai elemzésével kapcsolatos valamennyi feladat költségét érti. Az értékelés során adható pontszám alsó és felső határa: 0–10 pont. Pontkiosztás esetén adható válaszok: „igen” vagy „nem”. „Igen” válasz esetén a pontkiosztás módszere szerint 10 pont, „nem” válasz esetén 0 pont. Minőségi értékelési szemponttal kapcsolatos információk (részletek: Közbeszerzési dokumentumok, IV. Fejezet, 4. pont.)


Winner: Novogene (UK) Company Limited
Number of bids: 2