Utredningen redogjorde för flera problem som uppstår då man applicerar ämnesbetyg i en kursutformad skola , som till exempel hur en lärare ska ta hänsyn till underliggande kurser då ett ämnesbetyg sätts , och att det föreligger risk att elever väljer bort överliggande kurser om det fått ett bra betyg på den underliggande .