Som nackdelar nämns bl.a. att systemet är komplicerat , att det leder till en ökad koncentration av jordbruksproduktionen till vissa områden och till lönsamma företag , att kväveanvändningen inte kommer att minska i de högproduktiva områdena , att brukandet kommer att upphöra i områden viktiga för biologisk mångfald och landskapet och att kostnaderna för att starta ett jordbruk kommer att öka .