Regeringens målsättning med en sådan myndighet är att etablera en effektiv och samlad svensk havs- och vattenmiljöförvaltning som skapar förutsättningar för ett hållbart och optimalt nyttjande av naturresurserna och tjänar till att bevara och vid behov förbättra miljötillståndet i de svenska vattenmiljöerna .