Den nuvarande vägledningen för att inrätta vattenskyddsområden består främst av Naturvårdsverkets tidigare handbok om vattenskyddsområde samt allmänna råd om vattenskyddsområden , vilka numera förvaltas av Havs- och vattenmyndigheten , HaV. Handboken utkom 2003 och reviderades 2010 .