Myndigheten skulle samverka och samråda med relevanta myndigheter och organisationer i Östersjöregionen samt med EU-kommissionen ,  i de fall myndigheten hade ansvar för flaggskeppsprojekt i strategins handlingsplan , utse projektledare samt leda , genomföra och utveckla respektive flaggskeppsprojekt ( SMHI flagg flaggskeppsledare 5.1 , Kemikalieinspektionen flaggskeppsledare 1.1 , Naturvårdsverket flaggskeppsledare 1.2 och 8.4 , Havs- och vattenmyndigheten flaggskeppsledare 9.4 ) .