وقفت المقاومة المولدوفية خلال الحرب العالمية الثانية ضد ألمانيا النازية ورومانيا المتحالفة مع دول المحور، فكانت جزءًا من حركات المقاومة السوفياتية (البارتيزان السوفيات). تأسست جمهورية مولدوفا الاشتراكية السوفياتية، والتي تشكل اليوم دولة مولدوفا، في شهر أغسطس عام 1940 عقب إلحاقها بالاتحاد السوفياتي، ثم أُخضعت من جديد على يد رومانيا إثر عملية بارباروسا. توسعت المقاومة المولدوفية لتشمل حدودًا إدارية جديدة، فبين عامي 1941 و1944، أُعيد دمج بيسارابيا برومانيا وأصبحت الأولى مقاطعة ذات حكم شبه مستقل، بينما أدارت مقاطعة ترانسنيستريا الرومانية المناطق الممتدة على طول نهر دنيستر. بعد مرور فترة قصيرة على الغزو الروماني–الألماني بين شهري يونيو ويوليو عام 1941، طالب الحزب الشيوعي المولدوفي بإنشاء شبكة من المقاومة. لم يسهم الطلب في إنشاء حركة منظمة جراء التفكك السريع للبنى الإقليمية السوفياتية في بيسارابيا. فضل بعض المنظمون الأوائل التخلي عن مناصبهم، بينما قُضي على معظم محاولات السوفيات لاختراق البارتيزان المخضرمين على طول خطوط الجبهة، وذلك بفضل خدمات الاستخبارات الخاصة الرومانية. على أي حال، استطاعت تشكيلات البارتيزان تنظيم هجمات واسعة النطاق على البنى التحتية الرومانية، في مدينة بيندر وأماكن أخرى. ميّزت الوثائق الرومانية فئات السكان المحليين المتأثرين بالأفكار الشيوعية وصنفتهم كعناصر خاملة من المقاومة، بينما يشير العديد من المعلقين المعاصرين إلى الكره العام للشيوعية في بيسارابيا باعتباره شهادة عن هامشية حركة المقاومة تلك.

أُوكل نيكيتا سالوغور، السكرتير الأول للحزب الشيوعي المولدوفي، بمهمة تأسيس فرعٍ للمقاومة في بيسارابيا وترانسنيستريا من مقرّه الرئيس في لنينسك. ارتبطت قوات العصابات الناشئة بالحزب الشيوعي المولدوفي والمقر الرئيس المركزي لحركة البارتيزان، لذا كانت قوات متعددة الجنسيات. وبينما كانت نسبة الرومانيين والمولدوفيين فيها ضئيلة عمومًا، كانت بعض مجموعات المقاومة الأخرى نشطة دائمًا ضد الجيش الروماني في بيسارابيا، وحتى عام 1944، قاتلت وحدات المقر الرئيس المركزي المخصصة لمولدوفا ضد قوات الفيرماخت النازية وجيش التمرد الأوكراني ضمن مفوضية الرايخ في أوكرانيا. كان فاسيلي أندرييف وإيفان أليشين ونيكولاي ميخايلوفيتش فرولوف وغيراسيم رودي من أبرز قادة قادة المفاومة المولدوفية.

منذ عام 1943، وتزامنًا مع تغيّر الوضع على الجبهة الشرقية بشكل دراماتيكي، تزايد نشاط البارتيزان، وتزايد أيضًا القمع الممارس ضدها من طرف القوات الرومانية والألمانية. نُقلت وحدتان من الاستخبارات المضادة الرومانية إلى بيسارابيا، وهما الوحدتان بي وإتش، للمساهمة في المجهود. سقطت بيسارابيا الشمالية بيد السوفيات خلال عمليات هجوم دنيبر–كاربات في أوائل العام 1944، ما جعل الجبهة الجنوبية مكشوفة ومعرضة لمزيد من الاختراق على يد منظمة المخابرات السوفياتية سميرش، ما أدى إلى تحريك قوات البارتيزان المولدوفية لمساعدة الجيش الأحمر. عقب الزحف السوفياتي نحو رومانيا، تأسست جمهورية مولدوفا الاشتراكية السوفياتية بشكل كامل، وبدأت سميرش مطاردة المولدوفيين الذين شاركوا في مساعي مقاومة حركات البارتيزان. شهد هذا الصدام مذابحًا بحقّ البارتيزان المأسورين على يد قوات المحور المنسحبة، في معسكرات أُقيمت ضمن تيراسبول وريبنيتا.

أطرى التأريخ وكتابات البروباغندا (الدعاية) السوفياتيين على المقاومة المولدوفية ضد النازيين، وظهر ذلك في رواية "الحارس اليافع" لألكسندر فادييف. أعاد الكثير من المؤلفين، المعادين للسوفياتية وفي فترة ما بعد السوفياتية، النظر في تلك الصورة، ووصفوا البارتيزان في بعض الحالات بالإرهابيين. لا تزال بعض الخلافات قائمة حول دور الأقليات، تحديدًا يهود بيسارابيا الذين استُهدفوا أثناء الهولوكوست، والذين حجبت إسهاماتهم عمومًا في المصادر السوفياتية. في المقابل، طرح الكاتب الروماني قسطنطين فيرجيل جورجيو ادعاءات جدلية تفيد بأن كافة مجموعات البارتيزان تألفت من اليهود بشكل رئيس.