الحرب الأهلية الغواتيمالية هي حرب أهلية وقعت في غواتيمالا من عام 1960 حتى عام 1996، بين حكومة غواتيمالا ومختلف الجماعات المتمردة اليسارية. وقد دُعمت هذه الجماعات في البداية من قبل السكان الأصليين من عرقية المايا وفلاحي لادينو، الذين كانوا يشكلون معًا فقراء الأرياف. وقد أدينت القوات الحكومية لارتكابها إبادة جماعية ضد سكان المايا في غواتيمالا خلال الحرب الأهلية ولانتهاكات حقوق الإنسان على نطاق واسع ضد المدنيين. وكان سياق النضال قائمًا على قضايا قديمة تتعلق بالتوزيع غير العادل للأراضي. إذ كان المقيمون من أصول أوروبية والشركات الأجنبية، مثل الشركة الفاكهة المتحدة الأمريكية، يسيطرون على جزء كبير من الأرض، بشكل يتعارض مع أماكن تواجد فقراء الريف.

جلبت الانتخابات الديمقراطية أثناء الثورة الغواتيمالية في عامي 1944 و1951 الحكومات اليسارية الشعبية إلى السلطة. وأدى انقلاب مدعوم من الولايات المتحدة في عام 1954 إلى تثبيت النظام العسكري لكارلوس كاستيلو أرماس، الذي أعقب حكمه سلسلة من الحكام الطغاة العسكريين اليمينيين.

في عام 1970، أصبح العقيد كارلوس مانويل أرانا أوسوريو الأول من سلسلة من الديكتاتوريين العسكريين الذين يمثلون الحزب الديمقراطي المؤسسي أو (بّي أي دي). سيطر الحزب الديمقراطي المؤسسي على السياسة الغواتيمالية لمدة اثني عشر عامًا من خلال عمليات تزوير انتخابية لصالح اثنين من أتباع العقيد كارلوس أرانا (الجنرال كييل يوجينيو لاغيريد غارسيا في عام 1974 والجنرال روميو لوكاس غارسيا في عام 1978). فقد الحزب الديمقراطي المؤسسي قبضته على السياسة الغواتيمالية عندما استولى الجنرال إفراين ريوس مونت، مع مجموعة من صغار ضباط الجيش، على السلطة في انقلاب عسكري في 23 مارس عام 1982. وفي سبعينيات القرن العشرين، استمر السخط الاجتماعي بين السكان الأصليين والفلاحين، الذين يتحملون تقليديًا العبء الأكبر من عدم المساواة في حيازة الأراضي. تنظم الكثيرون ضمن مجموعات متمردة وبدأوا بمقاومة القوات الحكومية.

خلال ثمانينيات القرن العشرين، تولى الجيش الغواتيمالي السلطة الحكومية المطلقة تقريبًا لمدة خمس سنوات. ونجح في التغلغل والقضاء على أعدائه في كل مؤسسة اجتماعية وسياسية في الدولة، بالإضافة إلى الطبقات السياسية والاجتماعية والفكرية. وفي المرحلة الأخيرة من الحرب الأهلية، طور الجيش سيطرة موازية، وشبه مرئية، وغير ملفتة للأنظار، لكنها عالية التأثير، على الحياة الوطنية في غواتيمالا.

وتشير التقديرات إلى أن 200 ألف شخص قتلوا أو «اختفوا» قسراً أثناء النزاع. وخلال القتال بين القوات الحكومية والجماعات المتمردة، شمل الصراع بشكل أكثر أهمية حملة واسعة ومنسقة من العنف من جانب واحد هو الدولة الغواتيمالية ضد السكان المدنيين منذ منتصف ستينيات القرن العشرين فصاعدًا. قامت المخابرات العسكرية (G2 أو S2) ومنظمة استخبارات تابعة لها تعرف باسم "La Regional" أو"Archivo"  - ومقرها في ملحق ضمن القصر الرئاسي - بتنسيق عمليات القتل و«الإخفاء» لمعارضي الدولة، والمتمردين المشتبه بهم، والأشخاص الذين اعتبرتهم أجهزة الاستخبارات متعاونين مع المعارضين. كانت الدولة الغواتيمالية من أوائل دول أمريكا اللاتينية التي شاركت في الاستخدام الواسع للاختفاء القسري ضد معارضيها. ويقدر العدد الإجمالي للمفقودين بما يتراوح بين 40 ألفًا و50 ألفًا في الفترة من عام 1966 حتى نهاية الحرب.

في المناطق الريفية، حيث احتفظ المتمردون بمعاقلهم، بلغ القمع حد ذبح الفلاحين بالجملة، ومذابح الحكومة لقرى بأكملها. بدأت هذه المذابح أولاً في مقاطعتي إيزابال وزاكابا (1966-1968)، وفي المرتفعات الغربية التي تسكنها أغلبية المايا منذ عام 1978 فصاعدًا. وفي أوائل ثمانينيات القرن العشرين، بات قتل شعب المايا يعتبر بمثابة إبادة جماعية. وقد كانت معظم انتهاكات حقوق الإنسان على أيدي الجيش والشرطة وأجهزة المخابرات. وكان من بين ضحايا القمع نشطاء من السكان الأصليين، ومعارضون مشتبهون للحكومة، ولاجئون عائدون، وأكاديميون ناقدون، وطلاب، وسياسيون يساريون، ونقابيون، وعاملون في المجال الديني، وصحفيون، وأطفال شوارع. قدرت «Comisión para el Esclarecimiento Histórico» (لجنة التوضيح التاريخي) أن القوات الحكومية ارتكبت 93٪ من انتهاكات حقوق الإنسان في النزاع، بينما ارتكب المتمردون 3٪ منها.

في عام 2009، سجنت المحاكم الغواتيمالية فيليب كوسانيرو، وهو أول شخص يُدان بجريمة الأمر بالإخفاء القسري.

في عام 2013، بدأت الحكومة محاكمة الرئيس السابق إفراين ريوس مونت بتهمة الإبادة الجماعية لقتل واختفاء أكثر من 1700 شخص من السكان الأصليين شعب إكسيل من المايا خلال فترة حكمه في الفترة ما بين 1982-1983. واستندت تهم الإبادة الجماعية إلى تقرير «"Memoria del Silencio"» - الذي أعدته اللجنة المعينة من قبل الأمم المتحدة للتوضيح التاريخي. وخلصت اللجنة إلى أن الحكومة يمكن أن تكون ارتكبت إبادة جماعية في كيتشي بين عامي 1981 و1983. ولم تُقيم المصالح الاقتصادية المحتملة في منطقة إيكسكان الواقعة في فرانخا ترانسفيرسال دل نورته، حيث اكتُشفت حقول النفط في تلك المنطقة في عام 1975. كان مونت أول رئيس دولة سابق يحاكم بتهمة الإبادة الجماعية من قبل النظام القضائي لبلده؛ وقد أدين وحكم عليه بالسجن 80 عامًا. لكن بعد أيام قليلة، نقضت المحكمة العليا في البلاد الحكم. ودعوا إلى تجديد المحاكمة بسبب الانحرافات القضائية المزعومة. ثم بدأت المحاكمة مرة أخرى في 23 يوليو عام 2015 لكن هيئة المحلفين لم تتوصل إلى حكم قبل وفاة مونت في الحجز في 1 أبريل عام 2018.