الحرب الأهلية الرواندية (1990 - 1993) أو ما يعرف بالحرب القبلية بين التوتسي والهوتو، كانت صراعاً بين القوات المسلحة الرواندية الممثلة لحكومة رواندا، وبين الجبهة الوطنية الرواندية المتمردة (RPF). وقد اندلعت الحرب التي استمرت منذ عام 1990 وحتى عام 1994 نتيجة للنزاع الذي طال أمده بين جماعات الهوتو والتوتسي ضمن السكان الروانديين. وقد جاءت ثورة ( 1959-1962) لتستبدل النظام الملكي التوتسي بنظام جمهوري بقيادة الهوتو، مما اضْطُر أكثر من 336,000 من التوتسي إلى البحث عن ملجأ في البلدان المجاورة. وقد قامت مجموعة من هؤلاء اللاجئين في أوغندا بتأسيس ما يعرف بالجبهة الوطنية الرواندية المتمردة التي أصبحت تحت قيادة فريد رويجيما وبول كاجامي جيشًا جاهزًا للمعركة في أواخر الثمانينيات.

نشبت الحرب في 1 أكتوبر 1990 ، عندما قامت الجبهة الوطنية الرواندية بغزو شمال شرق رواندا، وتقدمت 60 كم (37 ميل) داخل البلاد. ولكنها تعرضت لانتكاسة كبيرة عندما قُتِلَ رويجيما في اليوم الثاني من الحرب. حيث أصبح الجيش الرواندي بمساعدة قوات من فرنسا متفوقاً جداً فتمكن من هزيمة الجبهة الوطنية الرواندية هزيمة كبيرة بحلول نهاية أكتوبر. بعد ذلك عاد كاجامي الذي كان في الولايات المتحدة خلال الغزو ليتولى زمام الأمور. فقام بسحب القوات إلى جبال فيرونغا لعدة أشهر قبل معاودة الهجوم مرة أخرى. ثم بدأت الجبهة الوطنية الرواندية حرب عصابات من خلال الكر والفر، والتي استمرت حتى منتصف عام 1992 من دون أن يستطيع أحد تحقيق نصرا على الأرض. وقد أرغمت سلسله من الاحتجاجات الرئيس الرواندي جوفينال هابياريمانا على بدء مفاوضات سلام مع الجبهة الوطنية الرواندية وأحزاب المعارضة المحلية. وعلي الرغم من الاضطرابات وعمليات القتل التي قامت بها حركة هوتو باور وهي مجموعة من المتطرفين المعارضين لأي اتفاق بالإضافة إلى هجوم جديد للجبهة الوطنية الرواندية في أوائل عام 1993، فقد اِختُتِمَت المفاوضات بنجاح بتوقيع اتفاقات أرُوشا في شهر أغسطس من عام 1993.

وأعقب ذلك سلام غير مستقر، تم خلاله تطبيق بنود الاتفاقيات بصورة تدريجية. وتم نشر قوات تابعة للجبهة الوطنية الرواندية في مجمع في كيجالي كما تم إرسال بعثة لحفظ السلام من الأمم المتحدة للمساعدة في رواندا (UNAMIR).لكن حركة هوتو باور كانت تكتسب نفوذاً مطرداً وخططت لتنفيذ "حل نهائي" لإبادة التوتسي. وقد وُضِعَتْ هذه الخطة موضع التنفيذ عقب اغتيال الرئيس هابياريمانا في السادس من أبريل عام 1994. وعلى مدى نحو مئة يوم فقط، قُتل ما بين 500,000 و 1,000,000 من التوتسي والهوتو المعتدلين فيما أصبح يُعرَف باسم الإبادة الجماعية في رواندا. وسرعان ما استأنفت الجبهة الوطنية الرواندية الحرب الأهلية. فاستولوا على الأراضي بشكل مطرد، وحاصروا المدن وقطعوا طرق الإمداد. وبحلول منتصف شهر يونيه حاصروا العاصمة كيجالي، وفي الرابع من يوليو استولوا تمامًا عليها. وانتهت الحرب في وقت لاحق من ذلك الشهر عندما استولت الجبهة الوطنية الرواندية على آخر الأراضي التي تحتفظ بها الحكومة المؤقتة، مما أجبر الحكومة ومرتكبي جرائم الإبادة الجماعية علي النزوح إلى زائير.

تولى حزب الجبهة الوطنية الرواندية المنتصر السيطرة على البلاد، حيث كان بول كاجامي زعيمًا فعليًا. وشَغل كاجامي منصب نائب الرئيس منذ عام 1994، وكرئيس بداية من عام 2000، كما فاز بالانتخابات في الأعوام 2003 و 2010 و 2017. وبدأت الجبهة الوطنية الرواندية برنامجًا لإعادة بناء البنية التحتية واقتصاد البلاد، وجلب مرتكبي الإبادة الجماعية إلى المحاكمة، وكذلك تعزيز المصالحة بين الهوتو والتوتسي. وفي عام 1996 شنت الحكومة الرواندية التي تقودها الجبهة الوطنية الرواندية هجومًا ضد مخيمات اللاجئين في زائير، التي كانت موطنًا لقادة النظام السابق المنفيين وملايين اللاجئين من الهوتو. وساهم هذا الهجوم في بدأ حرب الكونغو الأولى، التي أطاحت بالدكتاتور موبوتو سيسي سيكو الذي استمر فترة طويلة في السلطة. واعتباراً من العام 2018، يظل كاجامي والجبهة الوطنية الرواندية القوة السياسية المسيطرة في رواندا.