Король також видав «привілей Сигізмунда Августа», який гарантував шляхті й бюргерству німецького походження в Лівонії широку політичну, майнову, національну й релігійну автономію. У 1563 православну руську шляхту було зрівняно у правах зі шляхтою-католиками. У 1564 в Польщі допущено діяльність єзуїтів.