Единбург, західна та північно-східна частини країни перейшли під контроль прибічників Марії Стюарт. Положення ускладнювалось частою зміною регентів при малолітньому королі: Метью Стюарт, 4-й граф Леннокс (1570—1571), Джон Ерскін, 1-й граф Мар (1571—1572), Джеймс Дуглас, 4-й граф Мортон (з 1572 року). Тільки втручання англійської королеви й підтримка уряду містами та дрібним дворянством забезпечила в 1573 році перемогу «партії короля». Громадянська війна завершилась взяттям Единбурга 28 травня 1573 року, прибічники Марії Стюарт визнали короля Якова VI.