Єлизавету переконали ввести війська в Шотландію на допомогу тамтешнім протестантським повстанцям, і хоч кампанія була марною, Единбурзький договір, підписаний невдовзі після війни в липні 1560 року, поклав край французькій загрозі з Шотландії. Коли Марія повернулась в Шотландію 1561 року, щоб взяти владу в свої руки, країною уже правила рада протестантських дворян, і була заснована протестантська Церква Шотландії. Марія відмовилась ратифікувати договір.