Під час боротьби папи римського з Базельським собором втручання короля до цього протистояння було мінімальним, що разюче контрастувало з активністю його попередника імператора Сигізмунда. У 1446 році Фрідріх уклав зі Священним престолом Віденський конкордат, що врегульовував відносини австрійських монархів і папи римського й був чинним до 1806 року. За угодою з папою Фрідріх отримав право розподілу 100 церковних бенефіцій та призначення 6 єпископів.