Самою своєю особистістю Філіп був ненависний нідерландцям; на всі скарги та прохання Філіп від початку свого правління відповідав наказами чавити єретиків без жодної поблажливості. Коли в 1565-1567 роках рух розрісся, Філіп сказав, що «дасть відплату за образу Бога» та його святині (тобто католицьких храмів), і відправив у Нідерланди герцога Альбу, одного зі своїх найкращих бойових генералів. Протягом терору, введеного Альбою, Філіп залишався найдієвішим натхненником усіх жорстокостей свого ставленика. З числа наступників Альби жоден не міг укласти миру; будь-яким спробам цього наполегливо противився Філіп, не виходячи зі свого улюбленого, похмурого, усамітненого палацу Ескоріала і вів звідти щоденне листування зі своїми намісниками і генералами.