Але 22 серпня 1572 року, через кілька днів після весілля, відбувся замах на Коліньї. Боячись повстання, Карл IX за порадою матері та радників дав згоду на ліквідацію лідерів протестантів, за деякими винятками, в числі яких були його двоюрідні брати, принци крові Генріх Наварський і Генріх Конде. Це рішення втілилось у Варфоломіївську ніч 24 серпня 1572 року, яка призвела до загибелі тисяч гугенотів у Парижі та інших великих містах Франції. Рішуче налаштований утримати порядок, король наказав припинити кровопролиття починаючи з ранку 24 серпня, але численні заклики до спокою раз за разом були порушені.