Свої подорожі він здійснював не стільки як капітан, скільки як космограф і штурман; тільки в останнє своє плавання, під час якого була досліджена велика частина берегів Бразилії, він командував невеликим судном. Рекомендований Колумбом королю Фернандо II Арагонському, суперникові Мануела І, Веспуччі в 1505 році знову поступив на іспанську службу, 22 березня 1508 року був призначений головним картографом та навігатором при іспанській Касі-де-Контратасьйон у Севільї. Компанія займалась виготовленням карт і підготовкою штурманів для іспанських експедицій в Новий Світ. Помер 22 лютого 1512 року в Севільї від малярії.