У ньому читалися лекції з мистецтв, медицини, цивільного та канонічного права. Король дарував університету велику хартію «Magna Charta Privilegiorum», якою надав самоврядні права. Заклад неодноразово переїздив до Лісабона і Коїмбри, поки 1537 року король Жуан III остаточно не затвердив його місце перебування у старій португальській столиці; відтоді установу стали називати Коїмбрський університет.