Жана Кальвіна звинуватили в допомозі, тож йому теж довелось утекти з Парижа і жити у Франції під чужим ім'ям. У жовтні 1534 року Кальвін покинув Францію. У січні 1535 року Кальвін добрався до Базеля, приєднавшись до Ніколаса Копа. Опублікувавши у Базелі «Institutio Christianae religionis», Кальвін поїхав до Італії, де недовго працював секретарем феррарської герцогині Ренати (Рене), дочки короля Людовика XII.