Після повернення звідти він був учителем і парафіяльним священиком в Айслебені і 1536 року зайняв професорську кафедру у Віттенберзі, де відбувалася розпочата ним ще раніше антиномістська суперечка з Лютером і Філіппом Меланхтоном. Ця сварка спонукала його в 1536 році переселитися у Берлін, де бранденбурзький курфюрст Йоахім II призначив його придворним проповідником і генерал-суперінтендентом. Агріколі приписують провідну роль при підготовці Аугсбурзького інтериму.