Однак шотландське духовенство відмовилось співпрацювати з новим урядом. У серпні 1582 року стався новий державний переворот: король був захоплений Вільямом Рутвеном, до влади прийшли радикальні протестанти. Їхнє правління виявилось також недовговічним: у червні 1583 року Яків VI утік з-під влади Рутвена й за допомогою північних баронів скинув режим ультрапротестантів.