Мартін з юних років брав участь у справах батька; після його смерті працював разом зі своїм дядьком Леонардом і Йоріусом ван Дорппом, торговцем тканинами з міста Мехелен, відвідував ярмарок у Франкфурті. Зберігся лист Бегайма до свого дядька Леонарда, датований 18 вересня 1478 року, в якому Бегайм висловлює небажання повертатися до Мехелену і прагнення покращити свої купецькі навички. У 1478 році Бегайм переселився до Антверпена, де працював у фарбувальній майстерні; там же навчався арифметики. Є відомості, що Бегайм навчався у Йоганна Мюллера, найбільшого астронома і математика того часу.