Флоренція після виборів отримала новий уряд, з яким домовилась папська курія. В травні 1497 року Савонарола був відлучений від церкви, як єретик, діяч розколу, що ганьбив Папський престол. Папський престол зажадав випробування Савонароли вогнем та підтвердження його пророцтв.