Тут він читав публічні лекції з медицини (пояснення «Афоризмів» Гіппократа і «Ars parva» Галена), друкував деякі наукові твори та модні тоді «альманахи», нарешті, практикував, як лікар, попри те, що ступінь доктора медицини він офіційно отримав значно пізніше. Цю свою діяльність продовжував він і в Ліоні, куди переїхав з Монпельє, — та саме тут він вступав на той шлях, на якому йому призначено було здобути безсмертну славу: у 1532 або 1533 році з'явилися в першій редакції дві перші книги його знаменитого роману «Гаргантюа і Пантагрюель», без підпису автора (через страх переслідувань), під псевдонімом «Алькофрібас Назьє» (анаграма його імені і прізвища), і під заголовком «Grandes et inestimables chroniques du grand et énorme géant Gargantua».