Цар особисто керував походом. Були пограбовані всі міста на шляху від Москви до Новгорода. Під час цього походу в грудні 1569 Малюта Скуратов задушив у тверському Отрочому монастирі митрополита Пилипа, що намагався протистояти царю. Вважається, що число жертв у Новгороді, де тоді проживало не більше 30 тисяч осіб, досягло 10-15 тисяч.