У результаті країну залишило багато пресвітеріан, у тому числі і їхній головний ідеолог Ендрю Мелвілл. Аррану вдалось домогтись згоди Англії на укладення військово-політичного союзу з Шотландією, однак неможливість досягнення компромісу з пресвітеріанами підривала позиції режиму всередині країни. Наприкінці 1585 року до країни за англійської підтримки повернулись емігранти-протестанти на чолі з графом Ангусом. Яків VI був змушений усунути Аррана і сформувати новий уряд, до якого увійшли представники ультрапротестантів.