Під час воєнних походів Карла V разом з дружиною на правах штатгальтера керував Іспанією. У 1552 повернувся до Австрії. Тяжів до протестантизму і виношував плани зміни віросповідання, однак під тиском родичів і Папи Римського залишився в лоні католицької церкви. Не останню роль в ухваленні такого рішення відіграло обрання в 1558 році Фердинанда I Габсбурга імператором Священної Римської імперії (перехід в протестантизм позбавляв Максиміліана можливості успадкувати імператорську коронуі).