З кінця 1586 року Єлизавету переконали санкціювати суд та страту Марії на підставі листів, написаних нею під час змови Бебінгтона. 8 лютого 1587 голова Марії була стята в замку Фотерінгей в Нортгемптонширі. Їй було 44 роки.