У той самий час королівській владі були підпорядковані вожді гірських кланів (експедиція лорда Охілтрі на Гебриди у 1608 році й підписання Статуту Йони у 1609 році, придушення заколотів Макдональдів у 1614—1615 роках, розгром клану Мак-Грегорів у 1610 році). При цьому Яків VI у боротьбі за підкорення гірських регіонів продовжував політику своїх попередників і спирався на кілька найвідданіших королю кланів (Кемпбелли, Макензі). У 1611—1615 роках була ліквідована автономія Оркнейських островів.