Філіп реформував іспанську структуру єпископства, розділивши Кастилію на 5 архієпископств і 30 єпископств, а Арагон відповідно — на 3 архієпископства і 15 єпископств. У Іспанії, яку не зачепила Реформація, яка закликала поширити християнство в Новому Світі, а також зміцнити католицьку реформу та Контрреформацію в Європі, духовенство, підтримуване королем Філіпом, випромінювало потужні імпульси до створення світової католицької церкви.