З іншого боку, король не перешкоджав зростанню впливу пресвітеріїв й поступовому усуненню єпископів від церковної влади, надавав підтримку англійським пуританам, а у 1592 році затвердив акт парламенту Шотландії про пресвітеріанську реформу церкви. Кульмінацією про-пресвітеріанської політики Якова VI став похід короля в 1594 році у супроводі Ендрю Мелвілла й лідерів ультрапротестантів проти північних баронів, що завершився їхнім вигнанням із країни та конфіскацією володінь. Невдовзі, щоправда, Гантлі повернувся та, після його формального навернення у пресвітеріанство, був відновлений у правах. Це, однак остаточно усунуло католицьку загрозу в Шотландії.