13 лютого 2016 року під час виступу в Мюнхені заявив, що не висуватиме свою кандидатуру на посаду Президента України. Конфлікт із президентом Порошенком та відставка 2 листопада 2016 року рішенням ВРУ та підписом президента Порошенка Центр адмінпослуг в Одесі був закритий, через що Саакашвілі був обурений та вимагав від Порошенка відмінити закриття центру. Він також звинуватив Петра Порошенка в підтримці корумпованих чиновників, які, за його словами, підривають його зусилля по реформуванню в Одесі.