Із цим навчальним закладом зв'язані більш 30 років життя Ньютона. Коледж, як і весь університет, переживав важкий час. Щойно, 1660 року, в Англії була відновлена монархія, король Карл II часто затримував виплати університету, звільнив значну частину викладацького складу, призначену в роки громадянської війни. Усього в Триніті-Коледжі проживало 400 людей, включаючи студентів, слуг і 20 жебраків, яким за статутом коледж зобов'язаний був видавати милостиню.