Офіційним ядром операційної системи GNU є Hurd, на основі якого складається також дистрибутив Debian. Але, оскільки Hurd не є закінченим проєктом, то для утворення повноцінної операційної системи пакет програм GNU часто об'єднується з ядром Linux, яке не є частиною проєкту GNU. Цю систему зазвичай називають «Linux», хоча FSF наполягає на назві «GNU/Linux» для зазначення вкладу проєкту GNU.