Однак у збережених зошитах Ньютона вже згадуються Галілей, Коперник, картезіанство, Кеплер і атомістична теорія Ґассенді. Судячи із цих зошитів, він продовжував майструвати (в основному наукові інструменти), із захопленням займався оптикою, астрономією, математикою, фонетикою, теорією музики. За спогадами сусіда по кімнаті, Ньютон беззавітно віддавався навчанню, забуваючи про їжу й сон; імовірно, незважаючи на всі труднощі, це був саме той спосіб життя, якого він сам бажав.