Але російський уряд не дозволив Костомарову відновити викладання. Костомаров цілком зосередився на дослідницькій роботі. З 1863 р. він бере активну участь у періодичному виданні томів зібрання документів з історії України та Білорусі XIV—XVII століть («Акти, що стосуються історії Південної і Західної Росії, зібрані і видані Археографічною комісією»).