Цим він налаштував проти себе обидва табори. Після викликаного студентськими заворушеннями 1861 року закриття Петербурзького університету, кілька його професорів, серед них і Костомаров, організували в приміщенні Міської думи систематичне читання лекцій. Однак на «неслухняних» щодо влади викладачів посипалися утиски, а потім і заборона на такого роду несанкціоновані виступи.