У цей час до Анни звернувся шкільний учитель Ньютона Стокс і почав умовляти її продовжити навчання надзвичайно обдарованого сина. До цього прохання приєдналися дядько Вільям і грентемський знайомий Ісаака (родич аптекаря Кларка) Гемфрі Бабінгтон, член кембриджського Триніті-коледжу. Спільними зусиллями вони зрештою добилися свого. У 1661 році Ньютон успішно закінчив школу й відправився продовжити освіту в оплот англіканської віри й ученості — Кембриджський університет.