У XII столітті в місті з'явився Паризький університет, визнаний королем Філіпом II в 1200 році. У XIII столітті Робером де Сорбоном при університеті був заснований Сорбоннський коледж, назва якого згодом стала асоціюватися з усім Паризьким університетом. Новий час У часи гугенотських воєн (1562—1598) місто залишалося в руках католиків. 24 серпня 1572 року у Варфоломіївську ніч у Парижі було вбито тисячі гугенотів.