Син — Дмитро Стус, народився 15 листопада 1966 року. Має двох синів від першої дружини Оксани Стус: Ярослав (нар. 18 травня 1985), випускник КПІ; Стефан (нар. 1991). Друга дружина — Тетяна Щербаченко (у шлюбі з 2003 року).