Документальних свідчень і спогадів про цей період його життя збереглося дуже мало. У ці роки остаточно склався характер Ньютона — наукова скрупульозність, прагнення дійти до суті, нетерпимість до обману, наклепу й гноблення, байдужість до публічної слави. У нього як і раніше не було друзів. У квітні 1664 року Ньютон, здавши іспити, перейшов у вищу студентську категорію «сколерів» (scholars), що дало йому право на стипендію й продовження навчання в коледжі.