इस क्रिया के कारण पनीर में उपस्थित दुग्धशर्करा लैक्टिक अम्ल में परिणत हो जाती है, छेना अथवा केसीन अधिक सुपाच्य प्रोटीन यौगिकों में बदल जाता है तथा वसा भी सरल यौगिकों में परिणत हो जाती है। किण्वन क्रिया के पूर्व खानेवाला नमक भी थोड़ी मात्रा में पनीर में मिला दिया जाता है। क्रिया के समय प्रयुक्त ताप तथा नमी की मात्रा के अनुसार ही पनीर में एक विशेष प्रकार की मादक गंध तथा तीखा स्वाद उत्पन्न हो जाता है, जो एक बार आ जाने पर कॉफी अथवा बियर के समान स्वादिष्ठ लगने लगता है।