उन्हें साँस में तकलीफ के साथ गुर्दे की भी समस्या थी। वह डायलिसिस के दौर से भी गुजर रहे थे। 24 अक्टूबर 2013 को सुबह 4 बजकर 30 मिनट पर शरीर के कई अंगों के काम न करने से अस्पताल में ही उनका देहान्त हो गया। अन्तिम समय में मन्ना डे के पास उनकी पुत्री शुमिता व दामाद ज्ञानरंजन देव मौजूद थे।