अनेक अफगान सरदारों ने उनकी अधीनता स्वीकार कर ली लेकिन मुख्य अफगान सेना जिसे बंगाल के शासक नुसरत शाह का समर्थन प्राप्त था, जो गंडक नदी के पूर्वी तट पर थी। बाबर ने गंगा नदी पार करके घाघरा नदी के पास आफगानों से घमासान युद्ध करके उन्हें पराजित किया। बाबर ने नुसरत शाह से संधि की जिसके अनुसार नुसरत शाह ने अफगान विद्रोहियों को शरण ना देने का वचन दिया। बाबर ने अफगान जलाल खान को अपने अधीन किया जो उस समय बिहार का शासक था, और उसे आदेश दिया कि वह शेर खां को अपना मंत्री रखें।