सर्वाधिक बडे़ राष्ट्रीय विश्वविद्यालयों में से टोक्यों में निम्नलिखित स्थित है: ओचानोमिज़ू विश्वविद्यालय वैद्युत-संचार विश्वविद्यालय टोक्यो विश्वविद्यालय टोक्यो आयुर्विज्ञान और दन्त विश्वविद्यालय टोक्यो विदेशी शिक्षा विश्वविद्यालय टोक्यो समुद्री विज्ञान और प्रौद्योगिकी विश्वविद्यालय टोक्यो गाकूजेई विश्वविद्यालय