१९९० में एक और विभाजन के बाद एक और नये विश्वविद्यालय का उदय हुआ जिसका नाम जयप्रकाश नारायण विश्वविद्यालय रखा गया जो अब छपरा में स्थित है। १९९२ में बिहार विश्वविद्यालय का नाम बदलकर भीमराव अंबेडकर विश्वविद्यालय रखा गया। अंगीभूत संस्थान लंगट सिंह महाविद्यालय मुजफ्फरपुर महंत दर्शनदास महिला महाविद्यालय मुजफ्फरपुर रामदयालु सिंह महाविद्यालय मुजफ्फरपुर