भारत सरकार के गृह मंत्रालय ने इंडियन मुजाहिदीन को प्रतिबंधित स्टूडेंट्स इस्लामिक मूवमेंट ऑफ इंडिया की इकाई और पाकिस्तान स्थित लश्कर-ए-तैयबा से संबंध के कारण आतंकवादी संगठन घोषित करते हुए इसे गैरकानूनी गतिविधि (रोकथाम) कानून के तहत प्रतिबंधित कर दिया।