अपने माता-पिता भारत लौटने के बाद, थरूर 1962 में मोंटफोर्ट स्कूल, यरकौड में चले गए, बाद में बॉम्बे (अब मुंबई) चले गए और कैंपियन स्कूल (1963-68) में पढ़ाई की। उन्होंने कलकत्ता (1969 -71) में सेंट जेवियर के कॉलेजिएट स्कूल में अपने हाईस्कूल साल बिताए। उन्होंने सेंट स्टीफ़न कॉलेज, दिल्ली से इतिहास में स्नातक (सम्मान) की डिग्री के स्नातक के साथ स्नातक की उपाधि प्राप्त की।